##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=GOF,Description="Variant fails goodness-of-fit test.">
##FILTER=<ID=HapScore,Description="Too many haplotypes are supported by the data in this region.">
##FILTER=<ID=MQ,Description="Root-mean-square mapping quality across calling region is low.">
##FILTER=<ID=Q20,Description="Variant quality is below 20.">
##FILTER=<ID=QD,Description="Variants fail quality/depth filter.">
##FILTER=<ID=QualDepth,Description="Variant quality/Read depth ratio is low.">
##FILTER=<ID=REFCALL,Description="This line represents a homozygous reference call">
##FILTER=<ID=SC,Description="Variants fail sequence-context filter. Surrounding sequence is low-complexity">
##FILTER=<ID=alleleBias,Description="Variant frequency is lower than expected for het">
##FILTER=<ID=badReads,Description="Variant supported only by reads with low quality bases close to variant position, and not present on both strands.">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Flanking sequence contains homopolymer of length 10 or greater">
##FILTER=<ID=strandBias,Description="Variant fails strand-bias filter">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allelic frequency for the alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##GATKCommandLine.CombineVariants=<ID=CombineVariants,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Tue Jul 31 09:31:04 EDT 2018",Epoch=1533043864489,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=10000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=HC source=/lscratch/6234394//HC.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=Platypus source=/lscratch/6234394//PL.vcf)])] out=/gpfs/gsfs6/users/MoCha/processedDATA/594176/20170910/594176~295-R~J2-PDC~WES/calls/594176~295-R~J2-PDC~WES.merged.vcf genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=HC,Platypus printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=ALERT,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is adjacent to other variants, but case was too complex for joinAdjacentSNPs to handle. Please review.">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BRF,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of reads around this variant that failed filters">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Combined depth across samples">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=Float,Description="Estimated population frequency of variant">
##INFO=<ID=FS,Number=.,Type=Float,Description="Fisher's exact test for strand bias (Phred scale)">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length around variant locus">
##INFO=<ID=HapScore,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype score measuring the number of haplotypes the variant is segregating into in a window">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=JOINED,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is the result of joining adjacent SNPs/MNPs. Please use caution when interpreting sample-specific values.">
##INFO=<ID=MGOF,Number=.,Type=Integer,Description="Worst goodness-of-fit value reported across all samples">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MMLQ,Number=1,Type=Float,Description="Median minimum base quality for bases around variant">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=NF,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=NR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=.,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant-quality/read-depth for this variant">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=.,Type=Float,Description="Mann-Whitney Rank sum test for difference between in positions of variants in reads from ref and alt">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##INFO=<ID=START,Number=.,Type=Integer,Description="Start position of reference call block">
##INFO=<ID=SbPval,Number=.,Type=Float,Description="Binomial P-value for strand bias test">
##INFO=<ID=Size,Number=.,Type=Integer,Description="Size of reference call block">
##INFO=<ID=Source,Number=.,Type=String,Description="Was this variant suggested by Playtypus, Assembler, or from a VCF?">
##INFO=<ID=TC,Number=1,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCF,Number=1,Type=Integer,Description="Total forward strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCR,Number=1,Type=Integer,Description="Total reverse strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=WE,Number=1,Type=Integer,Description="End position of calling window">
##INFO=<ID=WS,Number=1,Type=Integer,Description="Starting position of calling window">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SentieonCommandLine.Haplotyper=<ID=Haplotyper,Version="sentieon-genomics-201711",Date="2018-07-31T12:54:06Z",CommandLine="/data/MoCha/patidarr/sentieon/sentieon-genomics-201711/libexec/driver --temp_dir /lscratch/6232383// -t 26 -r /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta -i 594176/20170910/594176~295-R~J2-PDC~WES/594176~295-R~J2-PDC~WES.bwa.final.bam --interval /data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed --algo Haplotyper -d /data/MoCha/patidarr/ref/dbsnp_138.hg19.vcf --min_base_qual 20 --min_map_qual 30 /lscratch/6232383//594176~295-R~J2-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf">
##contig=<ID=chrM,length=16571,assembly=hg19>
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##fileDate=2018-07-31
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##platypusOptions={'assemblyRegionSize': 1500, 'trimReadFlank': 0, 'assembleBadReads': 1, 'bamFiles': ['594176/20170910/594176~295-R~J2-PDC~WES/594176~295-R~J2-PDC~WES.bam'], 'minVarDist': 9, 'trimSoftClipped': 1, 'minReads': 2, 'qualBinSize': 1, 'refFile': '/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta', 'maxHaplotypes': 50, 'filterVarsByCoverage': 1, 'maxSize': 1500, 'originalMaxHaplotypes': 50, 'skipDifficultWindows': 0, 'parseNCBI': 0, 'skipRegionsFile': None, 'noCycles': 0, 'trimAdapter': 1, 'minPosterior': 5, 'assembleAll': 1, 'trimOverlapping': 1, 'filterDuplicates': 1, 'abThreshold': 0.001, 'minFlank': 10, 'bufferSize': 1000000, 'fileCaching': 0, 'useEMLikelihoods': 0, 'coverageSamplingLevel': 30, 'calculateFlankScore': 0, 'logFileName': 'log/platypus.594176.20170910.594176~295-R~J2-PDC~WES', 'nCPU': 32, 'filterReadsWithUnmappedMates': 1, 'qdThreshold': 10, 'maxVariants': 8, 'scThreshold': 0.95, 'filterReadsWithDistantMates': 1, 'maxReads': 100000000.0, 'badReadsWindow': 11, 'genIndels': 1, 'largeWindows': 0, 'minMapQual': 20, 'maxVarDist': 15, 'maxGOF': 30, 'rlen': 150, 'minGoodQualBases': 20, 'refCallBlockSize': 1000, 'countOnlyExactIndelMatches': 0, 'longHaps': 0, 'HLATyping': 0, 'filterReadPairsWithSmallInserts': 1, 'minBaseQual': 20, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'assemble': 0, 'assemblerKmerSize': 15, 'minVarFreq': 0.05, 'alignScoreFile': '', 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'compressReads': 0, 'rmsmqThreshold': 40, 'filteredReadsFrac': 0.7, 'outputRefCalls': 0, 'badReadsThreshold': 15, 'hapScoreThreshold': 4, 'regions': ['/data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed'], 'sbThreshold': 0.001, 'output': '594176/20170910/594176~295-R~J2-PDC~WES/calls/594176~295-R~J2-PDC~WES.Platypus.raw.vcf', 'assembleBrokenPairs': 0, 'mergeClusteredVariants': 1, 'maxGenotypes': 1275, 'nInd': 1}
##reference=file:///data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta
##source=Platypus_Version_0.8.1
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chr1	752894	rs3131971	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	762273	rs3115849	G	A	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=162;PP=2965;SC=CTGCCAAGGAGGAGCCCGCTT;SOR=3.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=59;TCR=162;TR=221;WE=762281;WS=762263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
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chr1	762592	rs71507462	C	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.29;QD=43.77;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	762601	rs71507463	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.29;QD=44.86;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	762632	rs61768173	T	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.31;QD=24.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	792263	rs1044922	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.37;QD=26.36;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	792480	rs2905036	C	T	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=94;PP=2965;SC=TTGTGTTCAACATATTTCATT;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=69;TCR=94;TR=163;WE=792488;WS=792470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	866319	rs9988021	G	A	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=14;PP=1352;SC=GTGGCCCAGCGGGGCACTGAC;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=866327;WS=866309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	866511	.	C	CCCCT	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=1250;SC=GGCCGTGACTCCCCTCCCTCC;SOR=3.690;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=23;WE=866519;WS=866501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	871334	rs4072383	G	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=845;SC=GAGGACGGTGGCGTCTCCACT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=871342;WS=871324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	876499	rs4372192	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=18;PP=1077;SC=AGCCGGGGGGATCACTGCTGT;SOR=1.201;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=50;WE=876507;WS=876489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	877715	rs6605066	C	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=224;SC=CGAGACGGACCGGGTAGGGGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=877723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	877831	rs6672356	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=213;SC=GATGTTCGCCTGGCAGCAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=877839;WS=877821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	879676	rs6605067	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=734;SC=TCAAAGGAAAGGAACAAATTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	879687	rs2839	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=552;SC=GAACAAATTTTCAAAGACTTG;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	880238	rs3748592	A	G	6885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=115;PP=2965;SC=AGCCAGCCTTAGAGGTTACTC;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=235;WE=880246;WS=880228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	881627	rs2272757	G	A	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=49;PP=1949;SC=TACAAGGTCAGGGGTGTCCCC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=114;WE=881635;WS=881617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	883625	rs4970378	A	G	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=GAAGAGCAGGAGAGAGGGCCG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=180;WE=883633;WS=883615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	884091	.	C	G	2428	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=8;NR=48;PP=2428;QD=43.9780573669;SC=CACCTGGCTGCACCCTGGTCA;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=154;TCF=37;TCR=117;TR=56;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr1	884091	.	C	CACCCTGGTCCCCCTGGTCCCTTTGGCCCTGCACCTGGCTGG	6454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=2.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	884101	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=20;NR=62;PP=2962;QD=20;SC=CACCCTGGTCACCCTGGTCCT;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=139;TCF=28;TCR=111;TR=82;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,82:0.59:139
chr1	886788	rs10465242	G	A	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=110;PP=2965;SC=TGGGGCTGCAGGTACCTTACC;SOR=2.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=36;TCR=110;TR=146;WE=886804;WS=886778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	886817	rs10465241	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=68;PP=1896;SC=AGCTTTATTTCAACACGGTGG;SOR=3.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=77;WE=886825;WS=886807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	887560	rs3748595	A	C	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=212;PP=2965;SC=CCAGGCTGACAAGTCAGGCTG;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=397;TCF=185;TCR=212;TR=395;WE=887568;WS=887550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr1	887801	rs3828047	A	G	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=51;PP=2965;SC=CCTTCTTGCGAGTGGTCATGG;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=149;WE=887809;WS=887791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	888639	rs3748596	T	C	15757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=303;NR=265;PP=2965;SC=GCAGAGACTCTTCCCCAGTGC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=570;TCF=303;TCR=267;TR=568;WE=888647;WS=888629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr1	888659	rs3748597	T	C	15380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=282;NR=280;PP=2965;SC=CTCCATACGATCACCATTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=564;TCF=283;TCR=281;TR=562;WE=888667;WS=888649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr1	889158	rs13303056	GA	CC	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=6;PP=1883;SC=ACTGGGCCACGAACCTTGAGC;SOR=2.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=39;WE=889167;WS=889148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	889638	rs13303206	G	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.076;SC=AGGGGCTTAGGAGGACCCTCT;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=44;WE=889646;WS=889628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr1	892745	rs13303227	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=59;PP=1899;SC=CTTCACAAGGGTTACCAACTA;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=105;WE=892753;WS=892735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	894573	rs13303010	G	A	10184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=217;PP=2965;SC=AGGCCAAATCGGCCCTCGGAC;SOR=1.438;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=124;TCR=217;TR=341;WE=894581;WS=894563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	897325	rs4970441	G	C	16085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TTGCCGATGCGCACTCCTGCA;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=582;TCF=277;TCR=305;TR=580;WE=897333;WS=897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,599:1.00:601
chr1	897564	rs13303229	T	C	19685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=348;NR=339;PP=2965;SC=CCGAGACCTTTCTGGATCTGG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=688;TCF=349;TCR=339;TR=687;WE=897583;WS=897554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr1	898323	rs6605071	T	C	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=96;PP=2965;SC=CGTTTCCCTCTTGCCCTGTGC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=187;WE=898331;WS=898313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	900285	rs4970435	CA	TG	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=12;PP=2294;SC=TTTTGTGGTGCAGCCCCTCCC;SOR=3.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=81;TCR=12;TR=85;WE=900306;WS=900275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	900298	rs71628926	C	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=7;PP=923;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CCCCTCCCCCCGCATCCCTTC;SOR=1.156;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=118;TCF=100;TCR=18;TR=58;WE=900306;WS=900275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr1	909419	rs28548431	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=627;ReadPosRankSum=0.439;SC=AGCCCCCAGACGCCCCTCAGC;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=50;WE=909427;WS=909409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
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chr1	914852	rs13303368	G	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1172;ReadPosRankSum=0.664;SC=GCTGAGGCCTGTCCTGAGCCT;SOR=0.365;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=189;TCF=128;TCR=61;TR=80;WE=914860;WS=914842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,80:0.42:192
chr1	914876	rs13302983	T	C	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=99;PP=2965;SC=TTATTGGGGCTGGGCCCAGCC;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=165;TCR=99;TR=264;WE=914884;WS=914866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	914940	rs13303033	T	C	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=100;PP=2754;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CCAGTGCGGGTGCCCCAGAGC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=247;TCR=201;TR=223;WE=914948;WS=914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,230:0.50:464
chr1	915227	rs13303355	A	G	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=107;PP=2965;SC=TCCGTGTCCAATTGTGGCTTG;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=225;WE=915235;WS=915217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	916549	rs6660139	A	G	4803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GGCTCCATCCATGCCCTGAAA;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=454;TCF=264;TCR=190;TR=230;WE=916557;WS=916539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,236:0.51:463
chr1	916590	rs28566954	G	A	5643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.119;SC=GGGGAGGGCCGCGCTTCCTTC;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=557;TCF=290;TCR=267;TR=266;WE=916598;WS=916580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,272:0.47:574
chr1	917640	rs41285816	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AGTACATGAGGACGACTTCCT;SOR=1.236;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=917648;WS=917630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	935222	rs2298214	C	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=736;ReadPosRankSum=-1.221;SC=CGGTCGCCCCCCTCACGCCCG;SOR=1.026;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=47;WE=935230;WS=935212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr1	948846	rs3841266	T	TA	2304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=1545;SC=GCCTCAGGCTTATAATAGGGC;SOR=1.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=35;WE=948854;WS=948836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	948870	rs4615788	C	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=20;PP=1162;SC=TGCTGCCTGCCGAAGCCGGCG;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=948878;WS=948860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	948921	rs15842	T	C	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=0.187;NF=62;NR=40;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TACAGGAGCTTGTGCCGTGGC;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=102;WE=948929;WS=948911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr1	949608	rs1921	G	A	4976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GAACCTCTGAGCATCCTGGTG;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=487;TCF=254;TCR=233;TR=232;WE=949616;WS=949598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,241:0.48:507
chr1	949654	rs8997	A	G	11744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=213;PP=2965;SC=CCTACGAGGTACGGCTGACGC;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=196;TCR=213;TR=409;WE=949662;WS=949644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	949925	rs2799070	C	T	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=70;PP=2125;SC=GAGAAATGGCCGCCTCTGTGT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=949933;WS=949915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	976481	.	CGGAGCGGGGCG	C	299	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=299;QD=156.0;SC=GCCTGGGGGGCGGAGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=2;WE=976499;WS=976471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr1	976514	rs79290478	C	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.343;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	977330	rs2799066	T	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1020;ReadPosRankSum=-1.514;SC=CACCCCTGCGTCCTAGACCAG;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=61;WE=977338;WS=977320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr1	977570	rs2710876	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=811;ReadPosRankSum=0.283;SC=GAGGCCAGGCGGGGTGGGCTG;SOR=0.431;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=47;WE=977578;WS=977560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr1	978603	rs35881187	CCT	C	3337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.328;NF=28;NR=26;PP=2063;ReadPosRankSum=0.186;SC=CCACTGAGCCCCTGTGTCCTT;SOR=0.894;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=54;WE=978612;WS=978593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,90:0.49:185
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chr1	981931	rs2465128	A	G	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.145;NF=91;NR=79;PP=2463;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CGCCCTCATCACGACCTCGGA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=209;TCR=176;TR=170;WE=981939;WS=981912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,167:0.43:384
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chr1	987200	rs9803031	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;ReadPosRankSum=-2.025;SC=CGAGAGGTAACGTGCCATCCT;SOR=0.815;Source=Platypus;TCF=115;TR=103;WE=987208;WS=987190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,106:0.49:218
chr1	988932	rs2710871	G	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=948;ReadPosRankSum=0.116;SC=CCTCCCGCCCGTCTCTCTGAT;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=55;WE=988940;WS=988922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr1	990280	rs4275402	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=29;PP=1125;SC=GCTTGCGGGACGTGGTGGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=70;WE=990288;WS=990270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	990517	rs2710872	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GACCTAGTGCCGAGGGATGGA;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=990525;WS=990507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	1007203	rs4633229	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=732;ReadPosRankSum=1.075;SC=GGCCCTAATTATCAGTCAGAG;SOR=0.292;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=33;WE=1007211;WS=1007193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	1007432	rs4333796	G	A	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,145:0.50:291
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chr1	1019175	rs2298215	C	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.33;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	1019180	rs9442396	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr1	1021415	rs3737728	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=668;ReadPosRankSum=-1.217;SC=ACCGCTGAGCAGACGGGCAGG;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=36;WE=1021423;WS=1021405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr1	1026707	rs4074137	C	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=699;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CCCCTCTGACCCCAGCAGTGG;SOR=1.316;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=51;WE=1026715;WS=1026697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr1	1026801	rs4562563	T	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1088;ReadPosRankSum=1.941;SC=CCCACCGCCCTCCACAGAGGC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=84;WE=1026809;WS=1026791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr1	1103471	.	C	T	174	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=56.96;NF=0;NR=10;PP=174;QD=20.8771212547;SC=GGCGGAGGGCCGAGCGGGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=1103479;WS=1103461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	1110987	rs138610889	T	TC	3531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.329;SC=GCTCTCTGCCTCCCGTCACCC;SOR=0.904;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=46;WE=1110999;WS=1110977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr1	1110991	rs60024177	G	C	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TCTGCCTCCCGTCACCCCCAC;SOR=0.899;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=64;WE=1110999;WS=1110977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,93:0.51:183
chr1	1111633	.	A	G	303	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=16;MQ=48.79;NF=17;NR=8;PP=303;QD=13.5108485019;SC=GACGCTGTGCAGGTGGAGAGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=25;WE=1111641;WS=1111623;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	1111709	rs9730234	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-3.460;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.243;SOR=1.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,8:0.09:85
chr1	1111716	rs112227633	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-3.508;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.747;SOR=1.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,8:0.09:87
chr1	1111743	rs111326580	C	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.320;NF=27;NR=20;PP=721;ReadPosRankSum=0.246;SC=CGCTGTGCAGCTGGAGAGAGG;SOR=2.293;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=47;WE=1111751;WS=1111733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,6:0.07:86
chr1	1114668	rs6668667	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=972;ReadPosRankSum=0.721;SC=CTTCAAGAGGGGCAAGAGGCC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=73;WE=1114676;WS=1114658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr1	1115994	rs13376597	G	A	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGCGGGAGCCGGCACCAGAGG;SOR=0.403;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=219;TCF=129;TCR=90;TR=107;WE=1116002;WS=1115984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,106:0.48:223
chr1	1116231	rs13374146	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1213;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCGGGGGGGGTCCAGGCCAGG;SOR=0.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=70;WE=1116239;WS=1116212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr1	1116311	rs12096125	A	G	121.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=0.674;SC=CTGCCCCTGCACCCGCCCCAC;SOR=3.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=1116319;WS=1116301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	1117398	rs12097586	A	G	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=42;PP=1219;SC=GGCTCAGGCCACGCTCTCCGC;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=1117406;WS=1117388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1118212	rs10907171	T	C	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=46;PP=2606;ReadPosRankSum=0.293;SC=GGGGCGTGGCTGGGTTGGGGG;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=141;WE=1118220;WS=1118202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr1	1118275	rs61733845	C	T	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=50;PP=1865;ReadPosRankSum=1.191;SC=TATGGATCTGCAAGCCCACAG;SOR=1.139;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=306;TCF=176;TCR=130;TR=138;WE=1118283;WS=1118265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,140:0.45:309
chr1	1120307	rs7539911	G	A	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.138;NF=72;NR=23;PP=1843;ReadPosRankSum=0.116;SC=CAGGCCCTCCGGACAGTCTGG;SOR=1.126;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=155;TCF=112;TCR=43;TR=95;WE=1120315;WS=1120297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,88:0.60:147
chr1	1120431	rs1320571	G	A	5876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CGCTACATCAGTGACACGTTC;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=556;TCF=274;TCR=282;TR=281;WE=1120439;WS=1120421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,288:0.50:576
chr1	1133077	rs2274789	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=458;ReadPosRankSum=1.355;SC=GTCCCCGGCCACCCGGCCCCG;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=37;WE=1133085;WS=1133067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr1	1133273	rs12031928	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=382;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCCCCAGCCGTGCTGCCTGCC;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=32;WE=1133281;WS=1133263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr1	1147243	rs2298211	A	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=823;ReadPosRankSum=0.504;SC=GGTGGGGTCCACAGGAGGGGC;SOR=0.811;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=52;WE=1147251;WS=1147233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr1	1147297	rs2298212	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.323;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=514;ReadPosRankSum=0.976;SC=TGGGGGCCCCGCTGGGCTGGG;SOR=0.639;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=37;WE=1147305;WS=1147287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr1	1147422	rs17568	C	T	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1671;ReadPosRankSum=0.666;SC=GGCCCTGGGTCTCCTGGGGCT;SOR=0.364;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=237;TCF=142;TCR=95;TR=117;WE=1147430;WS=1147412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,121:0.50:243
chr1	1153113	rs12036216	G	A	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=100;PP=2670;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTCCCCCTCCGAGCTCCGCGG;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=387;TCF=184;TCR=203;TR=195;WE=1153121;WS=1153103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,196:0.49:396
chr1	1156131	rs2887286	T	C	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=110;PP=2965;SC=AAGACCCAAATAAAGTGGCAC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=213;WE=1156139;WS=1156121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	1158534	rs59317408	G	GAC	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.301;SC=ACTCATACACGACACACACGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=1158542;WS=1158524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	1158562	rs57524763	AAC	A	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=380;ReadPosRankSum=1.184;SC=ATGTACACACAACACACGCGC;SOR=0.906;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=1158571;WS=1158552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	1158631	rs6603781	A	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=45;PP=2132;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CACTTTCCTCATCCACTTTGA;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=136;WE=1158639;WS=1158621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr1	1159485	rs75700266	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=309;ReadPosRankSum=1.321;SC=CCAGGCAACGCGAAAAGCGTC;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=18;WE=1159493;WS=1159475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	1163804	rs7515488	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.05;MQRankSum=-1.098;NF=70;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CACAGGCGAGCGCACGCGGAC;SOR=0.599;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=190;TCF=125;TCR=65;TR=113;WE=1163819;WS=1163794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,113:0.55:205
chr1	1163811	rs147694774	G	GGACA	4163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.112;NF=27;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=0.047;SC=GAGCGCACGCGGACAGCCCCC;SOR=0.894;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=56;WE=1163819;WS=1163794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,106:0.45:235
chr1	1177918	rs3835300	CT	C	3573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.595;NF=60;NR=23;PP=2866;ReadPosRankSum=2.100;SC=GCCAGCCCCCCTGGGCGCCCT;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=124;TCR=46;TR=83;WE=1177926;WS=1177908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
chr1	1178245	rs11260566	C	T	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=66;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GCACCTGTAGCGTGAAGACCC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=161;TCR=135;TR=145;WE=1178253;WS=1178235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,145:0.47:308
chr1	1178482	rs78555129	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=78;PP=1675;ReadPosRankSum=0.777;SC=ATGAGAACACACACCACGTCC;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=346;TCF=143;TCR=203;TR=129;WE=1178490;WS=1178472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,139:0.38:368
chr1	1178925	rs12093154	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1131;ReadPosRankSum=-3.648;SC=GGCACCTTGGGCAGCAGGCTG;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=77;TCR=139;TR=89;WE=1178933;WS=1178915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,88:0.40:220
chr1	1179030	rs111673713	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.021;SC=CCCCTCACTCGGAGCAGCTCT;SOR=2.336;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=1179038;WS=1179020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	1179309	rs113164957	G	A	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,121:0.51:235
chr1	1179800	rs115586508	G	A	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=66;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.907;SC=TCCTTAAGGCGCCGTCGTCCG;SOR=0.663;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=248;TCF=107;TCR=141;TR=121;WE=1179808;WS=1179790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,124:0.49:255
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chr1	1216195	rs55834051	C	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
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chr1	1221138	rs11260578	G	A	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1527;ReadPosRankSum=1.633;SC=TGTCAGGGACGGGTGTATCCG;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=191;TCF=84;TCR=107;TR=106;WE=1221146;WS=1221128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,112:0.56:200
chr1	1221717	rs13306647	C	T	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=83;PP=1897;ReadPosRankSum=0.982;SC=CCCCTGTGACCGTCTCTAACC;SOR=0.949;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=224;TCF=67;TCR=157;TR=115;WE=1221725;WS=1221707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,116:0.50:230
chr1	1222267	rs11260579	G	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.801;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=1805;ReadPosRankSum=-1.079;SC=ACTGTCCCCCGCCACGAGCCC;SOR=1.134;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=261;TCF=117;TCR=144;TR=109;WE=1222275;WS=1222256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,109:0.41:268
chr1	1222695	rs910556	G	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.686;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=768;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGTGGCGGGCGGGGGCCACTC;SOR=1.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=44;WE=1222703;WS=1222685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr1	1223385	rs2228579	G	C	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=1.592;SC=CGTGGAGGTGGAGCTGCTACA;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=65;WE=1223393;WS=1223375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr1	1223465	rs58081058	GC	G	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=1.315;SC=GGCTGGGCTGGCCAGGGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=1223473;WS=1223455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	1225612	rs1570866	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.179;NF=44;NR=21;PP=788;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCATGTCTCCGCTCCATCCCA;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=92;TCR=43;TR=65;WE=1225620;WS=1225602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr1	1225959	rs1570867	C	G	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=76;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GTTGGGGTCGCGGCCAGGGAT;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=324;TCF=139;TCR=185;TR=138;WE=1225967;WS=1225949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,140:0.43:326
chr1	1226221	rs2273275	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=11;PP=554;SC=CGTGGTACCCAGGATGGCCGG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=1226229;WS=1226211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	1226292	rs2273276	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=685;ReadPosRankSum=0.018;SC=CTCTGGCCACGCTAGGTGAAC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=40;WE=1226300;WS=1226282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr1	1226348	rs586965	C	G	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=45;PP=2760;SC=GTGCACCCTCCCCCTCCAGAG;SOR=1.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=106;TCR=45;TR=151;WE=1226356;WS=1226338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	1226690	rs114720027	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TTGGGGCCTCCGTCCTCTCCC;SOR=0.477;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=36;WE=1226698;WS=1226680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr1	1227244	rs2239609	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1100;ReadPosRankSum=0.030;SC=GCCGACACGCGGTGATGTACC;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=103;TCR=53;TR=72;WE=1227252;WS=1227234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chr1	1229680	rs2477781	G	T	11014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=180;PP=2965;SC=GGGACCGAACGTGGTCCCCAC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=179;TCR=180;TR=359;WE=1229688;WS=1229670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr1	1238492	rs12408158	G	A	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=52;PP=2195;SC=TGCCTCCCTCGGCCTCTCCCC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=111;WE=1238500;WS=1238482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	1239339	rs11260584	T	G	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=13;PP=2482;SC=GACCAGGACCTGGAGCACCAC;SOR=3.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=104;TCR=13;TR=116;WE=1239347;WS=1239329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	1242707	rs2274262	A	G	9896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=202;PP=2965;SC=CACGTTTCCAAGCACCCTACC;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=145;TCR=202;TR=347;WE=1242715;WS=1242697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr1	1246004	rs2296474	A	G	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=46;PP=2141;SC=ACAGGTACGTATTTTTCCAGG;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=117;WE=1246012;WS=1245994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	1247578	rs144812141	T	TGG	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.732;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	1254136	rs4970432	G	A	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=20;PP=2718;SC=ACCTAATATAGTTTCAAGAAA;SOR=2.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=94;TCR=20;TR=114;WE=1254144;WS=1254126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	1254436	rs1886773	A	G	16762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	1254443	rs1886772	G	A	17028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	1254841	rs10907179	C	G	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=111;PP=2965;SC=TGTAGATGGGCCCGTCGTAGC;SOR=1.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=176;WE=1254849;WS=1254831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	1260168	rs61766199	C	A	140.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=2.362;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,8:0.73:11
chr1	1262591	rs2296472	C	T	8774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=131;PP=2965;SC=CAGGCCTGGGCGAGGACTCGA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=195;TCR=131;TR=326;WE=1262599;WS=1262581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	1262966	rs307349	C	T	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=150;PP=2965;SC=TCGTGCGCCGCGCCGTCACCG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=163;TCR=150;TR=313;WE=1262974;WS=1262956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	1263144	rs307350	G	A	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=93;PP=2820;SC=CCTGCCCTAGGGGCGGGAAGC;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=154;WE=1263152;WS=1263134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	1268847	rs307378	T	G	14756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=264;NR=278;PP=2965;SC=GCCCACAGGGTACAAGACGAA;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=543;TCF=265;TCR=278;TR=542;WE=1268855;WS=1268837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr1	1269554	rs307377	T	C	8077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=109;PP=2965;SC=CCAGCCGGGCTGCTACAACCG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=179;TCR=110;TR=287;WE=1269562;WS=1269544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	1271924	rs140192690	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=398;ReadPosRankSum=0.301;SC=TGGGGAAGGAGCCTGTCAGCA;SOR=2.925;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=20;WE=1271932;WS=1271914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	1273116	rs307371	A	G	10778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=205;PP=2965;SC=CCCCATTCACACTGGCTCCTG;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=394;TCF=188;TCR=206;TR=392;WE=1273124;WS=1273106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr1	1275291	rs11582808	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=6;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=709;ReadPosRankSum=0.915;SC=AGCAGCCCCCGCAGACCCACC;SOR=1.467;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=27;WE=1275311;WS=1275281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	1275303	.	G	A	586	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=58.39;NF=3;NR=19;PP=586;QD=28.2168732976;SC=AGACCCACCCGCAGCCGCATG;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=22;WE=1275311;WS=1275281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr1	1275329	rs11585534	TA	CG	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=4;HapScore=3;JOINED;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=490;ReadPosRankSum=-2.116;SC=CAGCAGCCCCTACAGACCCAC;SOR=1.840;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=12;WE=1275338;WS=1275319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	1276930	rs75244934	GCA	G	8021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=60;PP=2979;SC=GCACACACATGCACACACACG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=154;WE=1276939;WS=1276920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	1276973	rs145370195	G	GACAC	18564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=131;PP=2975;SC=ACCTCATGCAGACACATGCAC;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=93;TCR=142;TR=218;WE=1276981;WS=1276963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr1	1277533	rs307362	T	C	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=92;PP=2616;SC=TGGCCACATTTGGGCTGTGCA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=161;WE=1277541;WS=1277523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	1278237	rs307361	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=73;PP=1828;SC=GCCCACACAATGTCACTCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=87;WE=1278245;WS=1278227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	1284490	rs150789461	G	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=90;PP=2593;SC=GCCCGGCCCGGGGCTCGGACG;SOR=2.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=112;WE=1284498;WS=1284480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	1288471	rs3766183	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=639;SC=GGGGAGCTCTCGGTGGCAGGC;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=1288479;WS=1288465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1288583	rs3845295	C	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=43;PP=2195;SC=TCCCAGCCCCCGACGAGCAGA;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=123;WE=1288591;WS=1288573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	1288823	rs2296471	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=25;PP=919;SC=AGCCCCTGGGAGAGGGGTGTG;SOR=1.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=1288831;WS=1288813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1289367	rs140777846	CTG	C	10126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=100;PP=2957;SC=CAGCCCGGGACTGGGAGCCGC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=55;TCR=109;TR=151;WE=1289376;WS=1289357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	1289911	rs4970365	G	A	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=74;PP=2359;SC=GCGGGGTCGGGGCGGCGTCAG;SOR=1.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=35;TCR=75;TR=109;WE=1289919;WS=1289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	1291159	rs201260508	GA	G	432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=5;PP=305;SC=GTCGGTGGGGGAAGGGGTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=1291167;WS=1291149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	1296691	rs2765025	C	G	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=132;PP=2965;SC=CGTTTGCTGACCACCTCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=68;TCR=132;TR=200;WE=1296699;WS=1296681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	1309885	rs35745967	A	G	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=75;PP=2965;SC=CGTCGGGTTGAGGAGCAGCAG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=74;TCR=76;TR=149;WE=1309893;WS=1309875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	1310074	rs2765035	C	G	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=112;PP=2965;SC=CGCCCCCGCGCGGCTTCCTAC;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=257;WE=1310082;WS=1310064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	1323945	rs111530797	GTC	G	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5220;FS=3.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=274;ReadPosRankSum=0.089;SC=GTGAGTGTGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=14;WE=1323954;WS=1323935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	1323961	.	CTCTA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr1	1323963	.	CTA	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr1	1330726	rs1240746	A	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=36;PP=2236;SC=GCGGCCAGGCAGGAGCAGCGG;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=111;WE=1330734;WS=1330716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	1333598	rs35242196	C	A	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=71;PP=2965;SC=GACTAGACAGCTCTGACTGAC;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=107;TCR=71;TR=178;WE=1333606;WS=1333588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	1335790	rs1240708	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=66;PP=2183;SC=AGCTGCCAGTAACTGCCCAGC;SOR=3.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=75;WE=1335798;WS=1335780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	1336136	rs34091023	GGA	G	2959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=44;PP=2237;SC=CAGAGGAGTGGGAGGTTGGTG;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=48;WE=1336145;WS=1336126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	1337334	rs1171	G	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=591;SC=GACATCATCTGTGAGGCTCTG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=1337342;WS=1337332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	1342612	rs2275915	G	C	6277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=146;PP=2965;SC=CCTGCAGGCCGGCGTCCCGAA;SOR=1.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=86;TCR=146;TR=232;WE=1342620;WS=1342602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	1361633	rs12022947	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	1361641	rs12030806	C	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	1374834	rs1892289	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=33;PP=1245;SC=AGGCCGGGCCAGAGCGCATCG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=1374842;WS=1374824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	1375185	rs1240699	G	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1386016	rs34301361	A	G	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.620;NF=67;NR=62;PP=1766;ReadPosRankSum=1.395;SC=GCCCAGCGGCATCCGTGTATC;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=129;WE=1386024;WS=1386006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,127:0.54:234
chr1	1387348	rs1781143	C	T	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.543;NF=75;NR=18;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GGTCCTGGGGCGGACGCAACC;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=145;TCR=35;TR=93;WE=1387356;WS=1387338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,96:0.54:178
chr1	1387667	rs1781144	C	G	11514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=207;PP=2965;SC=CTGTGTCAAGCCCTCACCCTC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=186;TCR=207;TR=393;WE=1387685;WS=1387657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	1387726	rs9793066	A	G	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=125;PP=2965;SC=TCCTGGTCACACCACTGCTTT;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=100;TCR=125;TR=224;WE=1387734;WS=1387716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	1387764	rs9793256	G	A	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=82;PP=2736;SC=CACCTTGTTTGGGGAAGGATT;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=1387772;WS=1387754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	1387891	rs1624483	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=26;PP=931;SC=CACAGGTCCTATCCCTGCTGG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=1387899;WS=1387881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	1387920	rs1625156	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=20;PP=699;SC=AGGTCCTGGCGCTCTCCCAGC;SOR=1.244;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=33;WE=1387928;WS=1387910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	1389695	rs35096659	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.52;QD=27.93;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	1390717	rs1695866	A	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=350;SC=TTCCAGCTCCAGGCCGGTCCT;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=1390725;WS=1390707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	1390875	rs1781147	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=40;PP=1584;SC=GACCCCAGGACGTGCTGGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=1390883;WS=1390865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	1390997	rs1781148	T	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=23;PP=1378;SC=GCGCCCAGGATCTTTTGGGTC;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=1391005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	1391304	rs1695873	T	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=74;PP=1961;SC=AAGGTGAGAGTGCCTAGCTGA;SOR=2.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=101;WE=1391312;WS=1391294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	1391459	rs369694676	T	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1417696	rs819970	C	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.921;NF=13;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=1.358;SC=GAGCACTGCCCAGGCCCGGGC;SOR=0.542;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=31;WE=1417704;WS=1417686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr1	1418531	rs819973	G	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=26;PP=759;SC=AAAAAGAAAAGAATTAGCTGG;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=1418539;WS=1418521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1421916	rs201951488	T	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-6.800;NF=90;NR=57;PP=1681;ReadPosRankSum=4.827;SC=CTCACTCTTCTTGTCCAGAAA;SOR=0.629;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=437;TCF=219;TCR=218;TR=147;WE=1421924;WS=1421906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,115:0.31:374
chr1	1422008	.	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.65;MQRankSum=1.271;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr1	1458073	rs3118507	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.679;NF=12;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.554;SC=TCCTGCTCTAAGAGGGAGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=16;WE=1458081;WS=1458063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	1469546	rs3128344	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=53;PP=1508;SC=ATGCTCCTGGGTGGGGACTGG;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=1469554;WS=1469536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	1470807	rs146206869	C	T	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.063;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=90;PP=2566;ReadPosRankSum=1.642;SC=ATGTTCCCGGCGGCCTCCTCG;SOR=0.517;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=345;TCF=162;TCR=183;TR=178;WE=1470815;WS=1470797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,187:0.53:355
chr1	1477244	rs7290	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-1.450;SC=ATCAATATCCTGCTCATAAGT;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=1477252;WS=1477238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	1479333	rs7533	A	G	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=62;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCACGTGCACAGGCTGGCAGG;SOR=0.870;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=231;TCF=108;TCR=123;TR=113;WE=1479341;WS=1479323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,123:0.50:248
chr1	1509825	rs6666293	A	G	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=67;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCGCCGGAGCAGAGCGCGCGG;SOR=1.004;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=297;TCF=172;TCR=125;TR=169;WE=1509833;WS=1509815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,179:0.57:313
chr1	1510035	rs150737039	GGC	G	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=852;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GCCGGAAGCGGGCGACGCGAA;SOR=1.112;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=22;WE=1510044;WS=1510025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
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chr1	1560103	rs28635343	C	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=50;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTGCATCGCTCTCCCAAGTGG;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=239;TCF=152;TCR=87;TR=129;WE=1560111;WS=1560093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,132:0.54:244
chr1	1562437	rs28510084	C	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1221;ReadPosRankSum=0.806;SC=CACCACTAACCTCAGCCCTGC;SOR=0.657;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=75;WE=1562445;WS=1562427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr1	1562536	rs11544452	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=960;ReadPosRankSum=0.300;SC=TGGAGGTGGCGCTGGGTAACG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=112;TCR=57;TR=70;WE=1562544;WS=1562526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
chr1	1564704	.	A	ACGG	2026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.666;NF=3;NR=30;PP=2365;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GAGTCCGTGGACGGCGGGGAT;SOR=0.894;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=33;WE=1564720;WS=1564694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr1	1564712	rs61774907	G	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-1.892;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr1	1566065	rs139398711	A	AG	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	1566068	rs28730454	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.39;ReadPosRankSum=0.076;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr1	1571829	rs147836863	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=12.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-11.847;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,40:0.16:246
chr1	1571841	rs150949339	A	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=10.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-11.215;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,31:0.15:211
chr1	1572893	.	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQRankSum=-8.952;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,48:0.13:362
chr1	1573811	rs144744578	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.50;MQRankSum=0.564;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	1574019	rs9442412	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQRankSum=0.483;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	1575616	rs80012316	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.93;QD=28.40;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1575836	rs72468213	C	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=11.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-9.832;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,96:0.34:280
chr1	1575929	.	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQRankSum=-0.134;QD=7.08;ReadPosRankSum=-2.720;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	1575943	.	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=-1.270;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr1	1575945	.	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.42;MQRankSum=-0.966;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	1580738	rs149767621	T	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-6.001;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,54:0.32:169
chr1	1580784	.	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.998;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQRankSum=-0.813;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.219;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	1581558	rs117719933	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.90;QD=29.38;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	1581926	rs61774917	G	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-6.546;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr1	1582106	rs79942991	T	C	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.64;QD=28.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	1582202	rs61774918	C	T	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.054;NF=67;NR=57;PP=1721;ReadPosRankSum=-2.479;SC=TGCCTTCTGGCCTCCATTGTT;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=356;TCF=185;TCR=171;TR=124;WE=1582210;WS=1582192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,119:0.36:335
chr1	1582794	rs4648754	C	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.59;QD=26.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	1582841	rs61774920	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQRankSum=1.465;QD=25.11;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	1582844	rs61774921	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQRankSum=1.465;QD=25.11;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	1582961	rs61774949	G	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=8.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-2.716;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,116:0.66:175
chr1	1583003	rs72468214	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.421;NF=35;NR=51;PP=895;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCTGCCAGGTCCTTTCACGCA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=109;TCR=154;TR=86;WE=1583011;WS=1582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,59:0.28:208
chr1	1583276	.	TC	T	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=44.08;NF=3;NR=0;PP=35;QD=28.0102999566;SC=CCTCCGTGCTTCCCAAGTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=3;WE=1583284;WS=1583266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr1	1585597	rs7531938	A	G	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=35;PP=2596;SC=CCATTATACCATAATTTCTGG;SOR=1.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=99;TCR=35;TR=134;WE=1585605;WS=1585587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr1	1586752	rs11486023	T	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=24;PP=1755;SC=GTTGTCACAGTGACCCTAGGA;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=1586760;WS=1586742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr1	1635004	rs874516	T	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.68;QD=28.30;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	1635004	.	TTTGACTA	CTTGACTA,CTTGACTG	1979	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=53.16;NF=60,7;NR=29,0;PP=1979,326;QD=22.6266428376;SC=AGGTCATCTTTTTGACTACTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89,7;WE=1635030;WS=1634982;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:89
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chr1	1635193	rs11486026	T	C	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.350;NF=115;NR=83;PP=2515;ReadPosRankSum=0.179;SC=CCAGCACCTGTGCGCCCCGCA;SOR=0.925;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=454;TCF=250;TCR=204;TR=198;WE=1635201;WS=1635183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,201:0.44:459
chr1	1635565	rs11488591	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.670;NF=30;NR=28;PP=905;ReadPosRankSum=1.608;SC=CGTACTCCCGCGCCAGCCCAA;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=58;WE=1635573;WS=1635555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr1	1635619	rs2076329	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.126;NF=42;NR=39;PP=1490;ReadPosRankSum=1.676;SC=TGGGTGGGCCTGGGCGGGTCA;SOR=0.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=1635627;WS=1635609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr1	1635749	rs55880629	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.864;NF=12;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GTTTCACCCCCCGCAGCAGCT;SOR=0.830;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=29;WE=1635757;WS=1635739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr1	1635928	rs2072922	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.631;NF=36;NR=13;PP=727;ReadPosRankSum=1.365;SC=CTGTCACCGCGGGGGTGACCA;SOR=0.922;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=101;TCR=40;TR=49;WE=1635936;WS=1635917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,37:0.30:124
chr1	1635943	rs1534950	A	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.820;NF=42;NR=17;PP=832;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGACCAGGACACTGCCCCCAC;SOR=0.965;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=163;TCF=113;TCR=50;TR=59;WE=1635951;WS=1635933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr1	1635979	rs1534951	G	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQRankSum=-9.198;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,77:0.38:202
chr1	1636044	rs1059822	G	A	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.13;QD=29.09;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	1636112	rs4288535	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.672;NF=20;NR=31;PP=689;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GCACGGCTCTGTGGGTGCTGG;SOR=0.395;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=51;WE=1636120;WS=1636102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr1	1636274	rs2179381	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.752;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.648;NF=35;NR=16;PP=987;ReadPosRankSum=0.478;SC=GCACCCGGCCCCAGGACAGCA;SOR=1.755;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=51;WE=1636282;WS=1636264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr1	1638780	rs374384253	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.426;NF=3;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GGCCAGGCTTCGCTCAGCCCC;SOR=0.039;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=1638788;WS=1638770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	1638925	rs200982240	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQRankSum=-0.588;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
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chr1	1639062	rs149613000	T	C	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	1639073	rs376287692	A	T	83.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	1639490	.	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQRankSum=-2.965;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	1639570	rs141165289	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQRankSum=-4.065;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.950;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	1639801	rs74378830	T	C	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.01;QD=20.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	1644908	rs2179383	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.876;NF=12;NR=9;PP=330;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AAATTACATACGTTTAGCATA;SOR=0.298;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=21;WE=1644916;WS=1644898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	1645838	rs33938712	CA	C	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=8.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQRankSum=-5.920;QD=4.01;ReadPosRankSum=2.828;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr1	1646789	rs760927	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=-2.866;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.766;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr1	1647722	rs114460890	G	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.228;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.855;SOR=1.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr1	1647725	rs368680882	GT	AG	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.186;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.622;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr1	1647729	.	CA	TG	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-2.347;QD=20.85;ReadPosRankSum=3.191;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr1	1647745	rs72634830	G	A	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.359;QD=19.13;ReadPosRankSum=2.289;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,86:0.48:180
chr1	1647753	rs74045984	C	T	3942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-2.433;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,102:0.46:221
chr1	1647778	rs72901773	C	G	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.261;QD=14.36;ReadPosRankSum=-2.852;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,196:0.50:394
chr1	1647814	rs72901775	T	C	6727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.863;NF=165;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CCCTTGCCATTTCCCTTCTCT;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=616;TCF=358;TCR=258;TR=292;WE=1647822;WS=1647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,318:0.50:640
chr1	1647871	rs72909014	T	C	9218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.14;MQRankSum=3.124;NF=148;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=1.328;SC=CTTCTCGATGTCGTTTCCGAC;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=723;TCF=326;TCR=397;TR=333;WE=1647879;WS=1647861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,445:0.53:835
chr1	1647893	rs144636354	C	CTTTCTT	12499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.143;NF=15;NR=121;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TTCGTGCTCTCTTTCTTTCAC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=381;TCF=44;TCR=337;TR=136;WE=1647901;WS=1647883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,324:0.53:610
chr1	1647968	rs146207119	C	CAT	2251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=5.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.206;NF=1;NR=51;PP=2954;ReadPosRankSum=0.145;SC=AAAAATTTCACGAGGCCGGGC;SOR=1.405;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=135;TCF=6;TCR=129;TR=52;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,62:0.38:162
chr1	1647971	rs77394327	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.227;NF=5;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AATTTCACGAGGCCGGGCACG;SOR=0.987;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=131;TCF=23;TCR=108;TR=41;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,56:0.38:148
chr1	1647983	rs74429813	T	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=15.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-1.743;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=2.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr1	1647990	rs76519969	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-1.490;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=2.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr1	1648002	rs77107184	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.726;NF=0;NR=21;PP=1750;ReadPosRankSum=0.013;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=2.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=21;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr1	1648018	rs79409185	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-1.876;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr1	1648027	rs61776857	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-2.176;QD=19.51;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=2.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	1650657	.	C	G	175	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=10;NR=0;PP=175;QD=20.9771212547;SC=CTTTCAGCTACAGTTTGCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=10;WE=1650665;WS=1650655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	1650787	rs1137003	T	C	6546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,174:0.46:381
chr1	1650797	rs1059830	A	G	6595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,172:0.45:384
chr1	1650801	rs1137004	T	C	6743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,182:0.46:395
chr1	1650807	rs1137005	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,109:0.27:411
chr1	1650832	rs72909030	A	G	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.034;SC=TCTGTGATGAACTTTTTCTTT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=435;TCF=236;TCR=199;TR=204;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,211:0.48:443
chr1	1650845	rs1059831	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,132:0.29:460
chr1	1650920	rs36191908	G	A	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=104;PP=2611;ReadPosRankSum=0.100;SC=ACAGCACTGCGTCATGCTTGA;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=366;TCF=146;TCR=220;TR=176;WE=1650928;WS=1650910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,185:0.48:386
chr1	1650938	.	CGG	C	2801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,128:0.42:306
chr1	1650942	.	A	AAG	2840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,128:0.43:296
chr1	1650960	rs72634834	G	A	3789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-1.938;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,95:0.43:222
chr1	1650967	rs75384210	T	C	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=-2.492;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr1	1650996	rs74223875	T	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr1	1651003	rs76941027	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr1	1651047	.	C	T	416	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=27;MQ=59.3;NF=1;NR=19;PP=416;QD=22.5385606274;SC=TCTCCAACTTCAGGCATCTTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=20;WE=1651055;WS=1651037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	1653004	rs36039898	T	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.133;NF=45;NR=21;PP=1045;ReadPosRankSum=0.161;SC=CTGTGTACAGTTGGGTCTTGC;SOR=0.629;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=106;TCR=43;TR=66;WE=1653012;WS=1652994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
chr1	1653028	rs16825265	C	T	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.125;NF=48;NR=29;PP=1160;ReadPosRankSum=1.173;SC=TCTGTACATCCGCTCACCTGT;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=121;TCR=71;TR=77;WE=1653036;WS=1653018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,79:0.38:209
chr1	1654038	rs61777494	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.105;NF=13;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=0.830;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=17;WE=1654046;WS=1654028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
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chr1	1654065	rs35174499	AGCG	A	1478.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=11.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-4.806;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
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chr1	1664019	rs2294488	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=371;ReadPosRankSum=-1.906;SC=GCTGCGTGCGTGGTGCACAGC;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=27;WE=1664027;WS=1664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr1	1666175	rs61777509	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=12.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.10;MQRankSum=-3.146;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr1	1669734	rs80140081	G	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.033;NF=32;NR=13;PP=689;ReadPosRankSum=2.092;SC=GGCGCAGGCGGAGGGGTGGGG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=45;WE=1669742;WS=1669724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr1	1684472	rs7407	C	T	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.378;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=2021;ReadPosRankSum=0.858;SC=TGGAGGGGAGCGGGTAGCATG;SOR=0.468;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=283;TCF=127;TCR=156;TR=147;WE=1684480;WS=1684462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,157:0.53:296
chr1	1685213	rs2072928	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=0.457;SC=GCGGACGGTGCAGTGCACGTC;SOR=0.200;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=1685221;WS=1685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	1686040	rs4751	G	T	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.251;SC=CCTGCGAGCCGTTCTCACCCA;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=557;TCF=333;TCR=224;TR=272;WE=1686048;WS=1686030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,288:0.50:578
chr1	1686943	rs2072929	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=634;ReadPosRankSum=1.771;SC=GGTCACTCAGTGCCCACGCCG;SOR=0.348;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=48;WE=1686951;WS=1686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr1	1686962	rs2076327	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=42;PP=1243;SC=CGTGCACCCCCGCACCACCCA;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=1686970;WS=1686952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	1687625	rs34306661	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=1.127;SC=ATGGAAGCCATGCTTGTGAGC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=15;WE=1687633;WS=1687615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	1688192	rs2281173	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=928;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AAACTTCATCACCAACGCGCC;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=63;WE=1688200;WS=1688182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr1	1688469	rs4648623	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CCCAGACACCCGGCAGATCCC;SOR=1.371;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=1688477;WS=1688459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	1688513	rs4648624	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AGCAGCCGTTGCCCAGCACTT;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=5;WE=1688521;WS=1688503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	1688823	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr1	1689762	rs2235537	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-1.743;SC=CCACAGACCTTAGCCCATCGC;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=1689770;WS=1689752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	1690126	rs79655042	A	AAC	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.47;MQRankSum=1.433;NF=1;NR=20;PP=878;ReadPosRankSum=1.123;SC=AACAAAACAAAACAGTTTCCT;SOR=0.743;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=21;WE=1690134;WS=1690116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	1696659	rs5021859	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.644;SC=CATCCCTCCCAGTTGTACCTG;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=1696667;WS=1696649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	1823524	rs3806168	G	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=586;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GGCCTTCATCGCCTCCGAGCT;SOR=0.377;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=35;WE=1823532;WS=1823514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr1	1823922	rs6688000	A	G	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=91;PP=2355;ReadPosRankSum=-0.191;SC=ACCTGTCCGCATCATTTCTGG;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=169;TCR=196;TR=170;WE=1823930;WS=1823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,177:0.46:384
chr1	1846582	rs2748987	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=1.195;SC=CCTGTACAAGATGGTCAAGCG;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=13;WE=1846590;WS=1846572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	1847856	rs2748986	G	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CTCCTGGTCAGGCCGGTGCGG;SOR=0.444;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=245;TCF=161;TCR=84;TR=115;WE=1847864;WS=1847846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,121:0.47:255
chr1	1847979	rs28581776	T	C	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=102;PP=2561;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GGAGCTGGAGTGGCTCATGAG;SOR=0.492;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=415;TCF=198;TCR=217;TR=206;WE=1847987;WS=1847969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,209:0.49:423
chr1	1848109	rs2803296	G	C	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1697;ReadPosRankSum=0.659;SC=TGGGTCAGGTGTCAGTGCCTA;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=93;WE=1848117;WS=1848099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,89:0.48:184
chr1	1848160	rs28634421	A	G	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GCTGTGCCCCATCCCTTGAGC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=122;WE=1848168;WS=1848150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,122:0.50:243
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chr1	1849744	rs1884455	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2394;ReadPosRankSum=0.722;SC=TGACTGCCACGTCGCAGGGCT;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=196;TCR=205;TR=174;WE=1849752;WS=1849734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,180:0.43:417
chr1	1850428	rs2295363	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=336;ReadPosRankSum=1.231;SC=CGACCTCGCCACCCGTGCCTC;SOR=0.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=28;WE=1850436;WS=1850418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr1	1853588	rs2144686	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTGGCCGTGGCGCCATGTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=1853596;WS=1853580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	1853615	rs113294876	T	TCTGA	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=837;SC=CCTATTGGAATCTGGCAGAGG;SOR=2.200;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=15;WE=1853623;WS=1853605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1853863	rs28680721	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=-0.528;SC=AGGCCTTCAGTCAGTGGGCAC;SOR=1.162;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=48;WE=1853871;WS=1853853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr1	1853921	rs28692556	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CCTGACTCCCTTGGGTCCTCC;SOR=0.206;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=12;WE=1853929;WS=1853911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	1854109	rs2803348	A	G	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=60;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AGGGCTCAATAGAGAAACCCT;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=306;TCF=172;TCR=134;TR=143;WE=1854117;WS=1854099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,149:0.46:321
chr1	1854321	rs2250833	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=1.820;SC=CCCGGCTGTCAGGACAAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=15;WE=1854329;WS=1854311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	1854546	rs28633659	C	T	2172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1514;ReadPosRankSum=-3.201;SC=GGCCTCAGCTCCTCAGCTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=101;WE=1854554;WS=1854536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
chr1	1855319	rs2295362	C	T	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1524;ReadPosRankSum=-2.145;SC=CCATGACGCCCTTGACGGGGG;SOR=0.888;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=242;TCF=109;TCR=133;TR=114;WE=1855327;WS=1855309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,126:0.48:264
chr1	1855450	rs28423370	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.449;SC=ATAGAGCTCTACACCCTGCCC;SOR=0.033;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=1855458;WS=1855440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	1858071	rs41315326	G	T	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1677;ReadPosRankSum=0.828;SC=TGGAGGTGTGGGCGGGGCTTA;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=212;TCF=105;TCR=107;TR=111;WE=1858079;WS=1858061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr1	1858161	rs78807865	C	T	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=78;PP=2528;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ATGGTGCCACCGTCGGGCACC;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=177;TCR=149;TR=170;WE=1858169;WS=1858151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,175:0.53:329
chr1	1858309	rs941530	T	C	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=97;PP=2827;ReadPosRankSum=1.528;SC=GACCACACCCTGTTCTGGCCA;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=446;TCF=242;TCR=204;TR=213;WE=1858317;WS=1858299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,221:0.48:457
chr1	1859176	rs45489198	T	C	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.698;SC=GGGGCCATATTCTTTCGGAAC;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=446;TCF=209;TCR=237;TR=213;WE=1859197;WS=1859166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,203:0.46:446
chr1	1860087	rs2748983	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=1.185;SC=CAGCTCGACACGTGCATTGCT;SOR=0.150;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=17;WE=1860095;WS=1860077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr1	1860141	rs28531873	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=644;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GCCGGAGCCCCCCAGGACTCG;SOR=1.036;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=37;WE=1860149;WS=1860131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr1	1870210	rs2803323	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=688;SC=GGTCAGGGGCGGGGATGTGGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=1870218;WS=1870200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1871979	rs2748982	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=1.118;SC=GAGACGCATCGCGCCGCCCTC;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=21;WE=1871987;WS=1871969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	1873453	rs2748981	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=347;ReadPosRankSum=0.581;SC=CGGCCTTGGCGTCCTGGCACC;SOR=1.824;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=21;WE=1873461;WS=1873443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr1	1873514	rs2803326	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=1842;ReadPosRankSum=0.872;SC=GTGCCTGGATATAGCCTGTCT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=49;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr1	1873525	rs2803327	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=1842;ReadPosRankSum=1.869;SC=TAGCCTGTCTTGGGCAGGAGC;SOR=0.940;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=55;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr1	1873697	rs2748980	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr1	1873697	.	GAG	AAC	1458	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=14;NR=26;PP=1458;QD=37.7866968716;SC=CCAAGCCCCCGAGAGGTGCTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=40;WE=1873707;WS=1873687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,40:0.51:78
chr1	1873699	rs2748979	G	C	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr1	1886500	.	GCGGCTC	G	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.44;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1886507	.	ACACCGGAAGTGC	A	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.48;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1886519	.	C	A	738	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=27;NR=2;PP=738;QD=26.6472831913;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=1886527;WS=1886509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr1	1887019	rs28548017	A	G	7662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=141;PP=2965;SC=TCGAAGGCCTAGGAAAATTCT;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=114;TCR=141;TR=255;WE=1887027;WS=1887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	1887091	rs139735565	CG	C	2519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=2312;ReadPosRankSum=-2.272;SC=AGGCCCTCACCGCCCGCCCAC;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=134;TCF=41;TCR=93;TR=62;WE=1887099;WS=1887081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,80:0.44:180
chr1	1887111	rs3838975	GC	G	2262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.225;NF=16;NR=41;PP=1912;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CCCTGGCTTGGCCTGGCAGCC;SOR=0.900;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=41;TCR=98;TR=57;WE=1887119;WS=1887101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,78:0.40:193
chr1	1887245	rs28575980	G	A	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AGCTGGTGGCGGCTTTGTCAT;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=107;WE=1887253;WS=1887235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,113:0.48:233
chr1	1888193	rs3820011	C	A	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.375;SC=ACGTAGCTGCCGAAGTCAATG;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=379;TCF=174;TCR=205;TR=191;WE=1888201;WS=1888183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,199:0.51:389
chr1	1888330	rs28535696	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=6.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=474;ReadPosRankSum=0.321;SC=AGCATTTGTGCGCGTTGTGCA;SOR=1.598;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=25;WE=1888338;WS=1888320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr1	1895177	rs7523728	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=698;ReadPosRankSum=0.685;SC=CTGTCTGAGCCGTCCTCTTAC;SOR=0.733;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=35;WE=1895185;WS=1895167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr1	1896440	rs16824585	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GTGCGCTCCAGGATGTCCTTG;SOR=0.489;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=77;WE=1896448;WS=1896430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,79:0.35:225
chr1	1896553	rs28625839	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=629;ReadPosRankSum=1.706;SC=ACCTGGGCGGCGCCGGTGGCA;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=44;WE=1896561;WS=1896543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr1	1897753	rs4648600	C	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr1	1900024	rs56985589	TG	T	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=302;ReadPosRankSum=0.077;SC=AGGCCCCACCTGCCCTCCACA;SOR=0.105;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=1900032;WS=1900014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	1900106	rs145742571	T	TCTC	1493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.938;NF=21;NR=12;PP=1393;ReadPosRankSum=0.907;SC=ACTGTGGTCTTCTTGCAAAAG;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=33;WE=1900114;WS=1900096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr1	1900232	rs16824588	T	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=1154;ReadPosRankSum=0.926;SC=ATCCGACTGATGATCTCCTGC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=105;TCR=107;TR=104;WE=1900240;WS=1900222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,112:0.48:232
chr1	1900332	rs55709963	A	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	1900339	rs56126097	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=-2.461;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr1	1916890	rs3795280	C	T	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=98;PP=2965;SC=GCTCTGCAAACAGGCGTCTGG;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=174;WE=1916898;WS=1916880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	1918488	rs4350140	A	G	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=127;PP=2965;SC=GAACAGGGAAACAAAGGTCAG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=121;TCR=127;TR=248;WE=1918496;WS=1918478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	1918535	rs4535948	A	T	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=124;PP=2965;SC=CCAAAGTGACAGTGGGCGTGG;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=76;TCR=124;TR=200;WE=1918543;WS=1918525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	1918584	rs4603072	C	T	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=68;PP=1889;SC=CCCCCAGAGCCCCCCTCACCC;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=89;WE=1918603;WS=1918574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	1918595	rs4466593	G	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=64;PP=1849;SC=CCCCTCACCCGGGCCAGGGGT;SOR=2.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=79;WE=1918603;WS=1918574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	1922303	rs13303195	C	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=36;PP=1837;SC=CTGAAACTTCCGTTACTGTGA;SOR=1.158;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=1922311;WS=1922293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	1956362	rs2376805	G	A	5682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CTGTCTGACCGGTGGCTTTGC;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=517;TCF=280;TCR=237;TR=255;WE=1956370;WS=1956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,267:0.50:534
chr1	1957037	rs2229110	T	C	6774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.076;SC=AGACCCTGGGTCTGGACAGCC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=664;TCF=327;TCR=337;TR=323;WE=1957045;WS=1957027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,340:0.49:695
chr1	1960926	rs28581504	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=473;ReadPosRankSum=0.672;SC=GTCACAGGCATCAAGGCTGGG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=21;WE=1960934;WS=1960916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	1986736	rs35052584	GA	G	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=368;ReadPosRankSum=2.259;SC=TTGTGTGTGGGAGGGGGGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=10;WE=1986744;WS=1986726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	1987993	rs12184	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=738;ReadPosRankSum=0.875;SC=AGTGCAGGGATGAAGGCCTCA;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=64;WE=1988001;WS=1987983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr1	1988044	rs3820005	G	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGGCAGCTCTGGGGGGCTGTT;SOR=0.866;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=35;WE=1988052;WS=1988034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
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chr1	1991173	rs2247923	A	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=2718;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TGGTGACCGCAGGTGGGGTTT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=60;WE=1991181;WS=1991152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr1	2005740	rs2459986	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=836;SC=CTGGTGGATGTGTGGCGGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=2005748;WS=2005730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	2106840	rs12135175	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=34;PP=988;SC=ACCCCAATATTCACCCAACCC;SOR=5.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=2106848;WS=2106830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	2106896	rs12135178	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=174;SC=AACCCCAAATTCATCCAACCC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=2106904;WS=2106886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	2118539	rs2503699	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=480;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGCGTGGGCGTGGTGCGGGGC;SOR=0.278;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=36;WE=2118547;WS=2118529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr1	2121118	rs2503701	C	T	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1597;ReadPosRankSum=0.104;SC=GTCCGGGCGCCGCACTCTGCG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=135;TCR=80;TR=115;WE=2121126;WS=2121108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,118:0.54:217
chr1	2126139	rs6662296	C	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	2144788	rs262695	A	G	7367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=126;NR=131;PP=2965;SC=CACAGAATACAGCAGGAGGCT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=126;TCR=132;TR=257;WE=2144796;WS=2144778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	2144982	rs2480714	G	T	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=93;PP=2965;SC=TCGCCTGGCTGCTTCCTCCCG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=156;WE=2144990;WS=2144972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	2234903	rs2256178	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=836;ReadPosRankSum=0.577;SC=GCTGTGCATGCGGACGCGCCC;SOR=1.110;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=51;WE=2234911;WS=2234893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr1	2235662	rs2645073	G	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr1	2235672	rs2843159	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=1.145;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr1	2286947	rs1039100	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=80;PP=2691;SC=TGGGGCTTCTAGCCACCAGCT;SOR=1.202;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=137;WE=2286955;WS=2286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	2328714	rs2645081	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=856;SC=CCTGGGCGTGATGTTTGTGGG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=2328722;WS=2328704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	2332391	rs12037485	C	T	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TAATTCTTCACGGTATTTGAA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=94;WE=2332399;WS=2332381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,102:0.49:207
chr1	2337032	rs1129171	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCTGAGAAAGCGCAGCCAGGG;SOR=1.127;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=2337040;WS=2337022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	2338126	rs3795269	C	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GCCCAGGACACCCCCAGCCCC;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=93;WE=2338134;WS=2338116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr1	2340200	rs2494598	T	C	8365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=142;PP=2965;SC=CGGCATGCAGTGTCACCAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=167;TCR=142;TR=309;WE=2340208;WS=2340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	2399119	rs2494632	A	G	6241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=72;PP=2227;SC=GGCAGGTGGGATCCCAGAAGG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=139;WE=2399127;WS=2399109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	2399149	rs2494631	A	G	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=70;PP=2160;SC=TGGTCCCCGTAGGGAGCCCAG;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=2399157;WS=2399139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	2409892	rs12727342	A	G	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=61;PP=2965;SC=CTCCGCTGACAGCCGTGTCTC;SOR=1.205;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=110;TCR=61;TR=171;WE=2409900;WS=2409882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	2411451	rs10797428	A	G	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=93;PP=2965;SC=ATGCAGACCCAGGGACCGGCC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=188;WE=2411459;WS=2411441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	2418935	rs10910082	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=712;SC=TTCTGTGTCCCTCACTGAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=2418943;WS=2418933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	2420590	rs10752744	T	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1176;SC=GAGGTGGGGCTTACCCATCCT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=2420598;WS=2420580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	2420913	rs6668720	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=50;PP=1378;SC=CATGCCATCCATGGGCATATC;SOR=5.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=53;WE=2420921;WS=2420903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	2422614	rs2477699	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=731;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CAACAGGCCGGCCTCTGGCTC;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=43;WE=2422622;WS=2422604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr1	2426149	rs2182177	C	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=767;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCCCGCCCTGCCCTCCCCTCC;SOR=1.721;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=67;TCF=61;TCR=6;TR=36;WE=2426157;WS=2426139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr1	2428874	rs2477706	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=781;ReadPosRankSum=0.041;SC=CGTGTGGTGGTGGGTGGGCGG;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=52;WE=2428882;WS=2428864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
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chr1	2442953	rs2236397	C	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=914;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GCTGACAGAGCCTTGAGCAGG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=56;WE=2442961;WS=2442943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr1	2443212	rs2236396	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=-0.648;SC=ATCCCTCCCAGGCGGGACAGA;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=36;WE=2443220;WS=2443202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr1	2445406	rs2247308	A	G	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=1830;ReadPosRankSum=0.702;SC=GACGGGGACAAGAGCGAGCGG;SOR=0.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=224;TCF=127;TCR=97;TR=123;WE=2445414;WS=2445396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,134:0.55:242
chr1	2446880	rs2236395	A	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1234;ReadPosRankSum=0.121;SC=GACGCAGATCAAGGGGTTTCT;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=68;WE=2446888;WS=2446870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr1	2446960	rs2236394	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TTAACCCGGCTGCGGCCTTGG;SOR=0.171;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=28;WE=2446968;WS=2446950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	2452357	rs2494636	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=0.595;SC=TGAAAAGGAAGCGCCAACCCC;SOR=0.169;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=20;WE=2452365;WS=2452347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	2452569	rs2985862	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=548;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CGATGAGGTCTTTGAACTTGT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=37;WE=2452577;WS=2452559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr1	2487663	rs2227312	C	A	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=1904;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGTCAGCGCCCCGGGGAGCAG;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=290;TCF=170;TCR=120;TR=142;WE=2487671;WS=2487653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,151:0.48:314
chr1	2487766	rs2227313	T	C	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=75;PP=2029;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TGGACTGGAATGGTGCAGGGG;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=343;TCF=177;TCR=166;TR=159;WE=2487774;WS=2487756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,168:0.47:361
chr1	2488153	rs4870	A	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=1087;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCCACCCCCAAAACCGACGTC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=60;WE=2488161;WS=2488143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr1	2490898	rs2257763	C	A	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.098;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=82;PP=2704;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AACCCGTTTGCGGGGTGGGTG;SOR=0.472;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=349;TCF=193;TCR=156;TR=175;WE=2490906;WS=2490888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,185:0.51:360
chr1	2490942	rs2281852	C	A	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=80;PP=2727;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GACCTGCCTGCGGGACCCTGC;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=377;TCF=204;TCR=173;TR=177;WE=2490950;WS=2490932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,185:0.48:386
chr1	2491205	rs2234161	C	T	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=81;PP=2824;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TGTCCTGGCCCGTGGATGGTG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=204;TCR=158;TR=185;WE=2491213;WS=2491195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,189:0.51:370
chr1	2494785	rs8725	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCACCTGGCGGAACCACCGGA;SOR=1.078;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=12;WE=2494793;WS=2494775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	2518186	rs10752746	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=258;SC=CGGCGGCAGCAAGAAAGGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=2518194;WS=2518176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	2520302	rs6667564	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,69:0.38:181
chr1	2520500	rs6701238	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=762;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CCTTGGGGGCGCTGCCTGCCA;SOR=1.697;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=40;WE=2520508;WS=2520490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr1	2520527	rs6670198	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.195;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=0.064;SC=GCCCTGCCCCTAGGTCCCCTG;SOR=3.126;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=24;WE=2520535;WS=2520517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	2520743	rs78851285	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GGCAGAGAGGCGTGTCCTCTC;SOR=0.793;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=2520751;WS=2520736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	2523212	rs876938	G	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-1.643;SC=CCTCCCATCAGCATTGAAATC;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=8;WE=2523220;WS=2523202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	2524205	rs745368	C	T	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=56;PP=2191;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCTGACTTCCCTCTCCCTCAG;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=160;TCR=110;TR=138;WE=2524213;WS=2524195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,143:0.52:277
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chr1	2524485	rs1555790	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.796;SC=TGTGCCTGGCCGCTCCTGCCC;SOR=0.671;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=12;WE=2524493;WS=2524475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr1	2535496	rs35642779	C	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.201;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GCTACCGGCCCACCCAGCACC;SOR=1.408;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=39;WE=2535504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr1	2535613	rs4648562	C	A	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCAGCTCCAGCACCTGCACCA;SOR=0.414;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=264;TCF=171;TCR=93;TR=124;WE=2535621;WS=2535603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,122:0.46:264
chr1	2535758	rs4648652	A	G	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=1695;ReadPosRankSum=0.190;SC=GGGTGGCCTCAGCCACCATGG;SOR=0.343;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=237;TCF=91;TCR=146;TR=119;WE=2535766;WS=2535748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,133:0.52:256
chr1	2537095	rs78506337	G	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1121;ReadPosRankSum=1.526;SC=CCTGGGCAAGGGGCCCGGGGT;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=69;WE=2537103;WS=2537085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr1	2537838	rs41300092	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.008;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1063;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGGAGACTGGCGGGCCCTGGG;SOR=0.186;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=67;WE=2537846;WS=2537828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr1	2538349	rs10797436	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=549;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GCCTCAGACCGAAGGAGCCCT;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=28;WE=2538357;WS=2538339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr1	2541269	rs10797440	A	G	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GGATCCTGGCAGCTGCTCGTC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=86;WE=2541277;WS=2541259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,91:0.47:192
chr1	2542653	rs10910111	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=726;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GGCGGGGCCTACGTCAGTGTC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=53;WE=2542661;WS=2542643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,58:0.39:147
chr1	2560735	rs4648657	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=-1.598;SC=GAGAGCGGGCACGGGGACAGG;SOR=0.936;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=34;WE=2560743;WS=2560725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr1	2560882	rs4648658	G	A	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=841;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CTGCACGGCCGGCGCTCTCCA;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=55;WE=2560890;WS=2560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr1	2560903	rs4648659	T	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCATCCCCACTGGGCCTTCGG;SOR=0.516;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=56;WE=2560911;WS=2560893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,62:0.57:108
chr1	2573199	rs4648662	A	G	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=108;PP=2965;SC=AACTCCTGCAACTCGGCCAGG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=98;TCR=108;TR=205;WE=2573207;WS=2573189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	2700117	rs4648502	C	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=497;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TCCCCCACCCCTGCTTGCCCA;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=33;WE=2700125;WS=2700107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr1	2700372	rs4648390	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTCCCTTCCCCAGCATCTATC;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=35;WE=2700380;WS=2700362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr1	2938265	rs4576609	C	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=17;PP=1514;SC=TTAATCCGCACGCTTTAGACT;SOR=1.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=2938273;WS=2938255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	2938407	rs4013154	CAGA	C	11742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=95;PP=2971;SC=AGAGGCCAACCAGAAGAAGTA;SOR=1.099;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=163;WE=2938417;WS=2938397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	2938697	rs3795262	T	G	8629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=157;PP=2965;SC=TCTACGCCTCTGCCTGTGTCA;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=138;TCR=157;TR=295;WE=2938705;WS=2938687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	3301962	rs78743764	C	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=914;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TCTTTGGGGACATCTGCCAAG;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=52;WE=3301970;WS=3301952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr1	3310928	rs145881072	C	CCG	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=390;SC=TCCAGGAGGGCCGCCCAGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=3310936;WS=3310918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	3311212	rs2493253	C	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=22;PP=707;SC=ACCTGCCCCACGGGCATCAGC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=3311220;WS=3311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	3311261	rs6702992	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=313;SC=TCCACTTGCGCCTGCTACAAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=3311269;WS=3311251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	3312963	rs12726710	C	T	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=107;PP=2965;SC=GGCCGAGCTGCGTCCACAGTG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=81;TCR=108;TR=188;WE=3312971;WS=3312953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
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chr1	3342804	rs870171	G	T	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=1902;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GAAAACTATCGCGGGCTGGGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=106;TCR=136;TR=136;WE=3342812;WS=3342794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,142:0.57:251
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chr1	3383593	rs3893316	G	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=510;SC=CCCAGCCTGGGGCAGTCCCCT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=3383601;WS=3383590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	3383665	rs7550948	G	A	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=28;PP=2457;SC=CTCAGCTGGCGGGTTGCAGGG;SOR=2.187;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=117;WE=3383673;WS=3383655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	3383898	rs6424078	A	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=78;PP=2331;SC=GCCAGCTCCCAGAGGTAGCGC;SOR=2.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=108;WE=3383906;WS=3383888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	3385250	rs1417897	C	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=5;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=900;ReadPosRankSum=1.361;SC=TGACCCAAGGCGGGTTACACA;SOR=1.284;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=24;WE=3385264;WS=3385241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	3385256	rs1891143	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=763;ReadPosRankSum=-2.300;SC=AAGGCGGGTTACACAGAGAGG;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=19;WE=3385264;WS=3385241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	3385330	rs2493249	T	C	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=51;PP=2555;SC=ACCTGAGCCCTGTGGGGTGGC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=142;WE=3385338;WS=3385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	3388269	rs77768688	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=30;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GCCCTGGGGCGGGAAGCTCCG;SOR=1.197;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=179;TCF=121;TCR=58;TR=107;WE=3388277;WS=3388259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr1	3389727	rs2185639	C	T	8792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=150;PP=2965;SC=CGCTGAGAAGCACTTCCACCC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=156;TCR=151;TR=305;WE=3389735;WS=3389717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	3390238	rs2493323	T	A	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=100;PP=2965;SC=GATGGCTTTATTAACCAGGAT;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=73;TCR=100;TR=173;WE=3390246;WS=3390228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	3394456	rs4638054	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=31;PP=1765;SC=CACTGATCTCTGCCTCCCGGT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=3394464;WS=3394446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	3394640	rs4422946	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=117;PP=2965;SC=TGGACACTGGACCGCTGGCCC;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=68;TCR=117;TR=185;WE=3394648;WS=3394630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	3394674	rs4534324	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=77;PP=1979;SC=TACAGGGAGTTGGCCCTGAGC;SOR=2.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=97;WE=3394682;WS=3394664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	3395039	rs10797395	G	A	14386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=266;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.656;SC=ACATCCAGGTGGAGAAGATAG;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=520;TCF=253;TCR=267;TR=518;WE=3395047;WS=3395029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,538:1.00:540
chr1	3395229	rs4553117	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=566;SC=ATTAGCTCCATGGGGACCGGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=3395237;WS=3395219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	3395973	rs70938094	ACC	A	6647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=54;PP=2979;SC=CACCCCCACCACCCCCATCTC;SOR=1.071;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=92;WE=3395982;WS=3395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	3396609	rs881978	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=17;PP=460;SC=CGAGGGCTTCCTCAAAGGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=3396617;WS=3396599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	3397188	rs2487677	T	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=45;PP=1432;SC=ACAGCCTGTCTCCAATCAGCA;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=3397196;WS=3397178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	3413868	rs4648506	C	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=789;ReadPosRankSum=0.411;SC=GCAGGCAGCGCCAGGCGGGCA;SOR=0.664;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=51;WE=3413876;WS=3413858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr1	3414105	rs10909951	C	T	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1165;ReadPosRankSum=-1.833;SC=AGGCAGGCCCCGGTGGCAAGG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=92;WE=3414113;WS=3414095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,103:0.50:205
chr1	3416449	rs7553399	C	A	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=78;PP=2858;SC=ACACTGGCACCGCTGCTCACA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=3416457;WS=3416439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	3417131	rs2821031	A	G	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=74;PP=2965;SC=GTGTGTGTGCACGTGTGCATA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=183;WE=3417139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	3417960	rs4648507	G	A	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=90;PP=2954;SC=CTGGAGCCACGGCCGAGGAGG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=158;WE=3417968;WS=3417950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	3418391	rs4648508	C	T	4927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.898;SC=TCCTCCCCGGCGGACACCGGC;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=433;TCF=234;TCR=199;TR=226;WE=3418399;WS=3418381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,234:0.53:444
chr1	3418565	rs2821030	T	C	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=85;PP=1991;SC=GGGCTCCTGGTGAGTGTGCCC;SOR=1.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=117;WE=3418573;WS=3418555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	3418613	rs139503756	CCG	C	900.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=993;ReadPosRankSum=1.554;SC=GTGTGCCCCCCCGGCGCCTCC;SOR=4.886;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=23;WE=3418626;WS=3418602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
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chr1	3418616	.	GCG	ACA	476	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=48.92;NF=0;NR=17;PP=476;QD=31.1451691095;SC=TGCCCCCCCGGCGCCTCCTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=17;WE=3418626;WS=3418602;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,17:0.61:28
chr1	3418618	rs57082253	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=28.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=0.000;QD=33.58;ReadPosRankSum=2.467;SOR=4.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
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chr1	3425345	rs192957037	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=1.224;SC=CCAGGGAAGGGGCATAAGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=29;WE=3425353;WS=3425335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr1	3440647	rs2794322	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=15;PP=1127;SC=TAGGGATGGCTGAAGCCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=3440655;WS=3440637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	3440824	rs10797399	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AGCAGGAATGGGGAAGGATCA;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=81;WE=3440832;WS=3440814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr1	3496328	rs2821051	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=770;SC=CGACACATCCTCGCCCCTTGC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=3496336;WS=3496318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	3496479	rs2794340	T	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=64;PP=1964;SC=AAACAGAGGCTGGCGCTGCAT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=3496487;WS=3496469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	3511934	rs7513275	A	G	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=42;PP=1809;ReadPosRankSum=-0.897;SC=GGGCTGCTGCATCCACCCTCG;SOR=0.874;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=264;TCF=182;TCR=82;TR=133;WE=3511942;WS=3511924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,134:0.50:268
chr1	3518944	rs7521546	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=491;ReadPosRankSum=0.664;SC=GACGGGGTCCTGGCCTCAGCT;SOR=0.269;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=32;WE=3518952;WS=3518934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr1	3527944	rs10797402	C	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=940;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CCCGCGCCCGCTCCGCGGAGC;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=52;WE=3527952;WS=3527934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,55:0.43:129
chr1	3528082	rs10797403	T	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=62;PP=2051;SC=TGCCCCGGACTCAGAGCCTGG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=3528090;WS=3528072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	3563428	rs76161888	C	T	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=127;PP=2965;SC=TTAAACGCAGCGGAGACCCGA;SOR=1.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=69;TCR=127;TR=196;WE=3563436;WS=3563418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	3563512	rs34514629	GC	G	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=1317;SC=CTTAAAACCAGCAGAGACCCG;SOR=3.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=30;WE=3563520;WS=3563502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	3566631	rs375432272	C	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=734;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCGCAGCAGGCTGCAACAGCC;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=41;WE=3566639;WS=3566621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr1	3566706	rs2251098	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=354;SC=AGCGCCGCCGGCTTCCGCGCG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=3566714;WS=3566696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	3598900	rs2273953	G	A	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,105:0.52:203
chr1	3598910	rs1801173	C	T	3907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=3.138;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,104:0.50:208
chr1	3638674	rs1801174	C	T	6214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.990;SC=CCCCAGGCACCGCCATCCGGG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=536;TCF=241;TCR=295;TR=273;WE=3638682;WS=3638652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,285:0.52:551
chr1	3640085	rs6424091	C	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.212;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	3640134	rs35939665	TCTGC	T	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.912;NF=0;NR=12;PP=503;ReadPosRankSum=-0.775;SC=AGTTGGCTGATCTGCCTGCCT;SOR=0.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=12;WE=3640145;WS=3640124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	3644085	rs10910017	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=530;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TGTGGTGACCGAGGGCTCTCA;SOR=0.342;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=29;WE=3644093;WS=3644075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr1	3644349	rs2181486	A	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GCGGCCGGCCAGGGGAACTGG;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=55;TCR=109;TR=90;WE=3644357;WS=3644339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr1	3644374	rs2146657	A	G	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=899;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GTGTGGGAGGAGAAGGGGACA;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=52;WE=3644382;WS=3644364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr1	3645835	rs2254530	C	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.90;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	3645844	rs2096224	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr1	3646137	rs11589885	C	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1207;ReadPosRankSum=0.313;SC=GCAGCAGGGTCCAGAGCAGAG;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=79;WE=3646145;WS=3646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr1	3646192	rs1885867	G	A	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AGCACTTGGGGCTGCCCTGGG;SOR=0.440;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=74;WE=3646200;WS=3646182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,84:0.55:154
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chr1	3646291	rs1885865	G	A	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1448;ReadPosRankSum=1.141;SC=GGTGGCCAGAGTGACCATGAC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=92;WE=3646299;WS=3646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr1	3647962	rs1745813	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.068;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=441;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CTCTCAGAGATGGGGGCTCGC;SOR=1.395;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=30;WE=3647970;WS=3647952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr1	3679139	rs1181879	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=364;ReadPosRankSum=-1.420;SC=CCTGGGGTGCTGCAGGAGGGG;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=27;WE=3679147;WS=3679129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	3683690	rs1181873	A	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.207;NF=27;NR=1;PP=547;ReadPosRankSum=0.888;SC=GGCGTGAGCCACTGCACCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=28;WE=3683698;WS=3683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr1	3686415	rs41315316	C	T	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1608;ReadPosRankSum=-1.682;SC=CCTTGGCCAACGAGATCTCTG;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=111;WE=3686423;WS=3686405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,114:0.44:258
chr1	3688030	rs3737592	C	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=799;ReadPosRankSum=0.408;SC=AAGTGCCCCCCCTGCAACAGT;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=60;WE=3688038;WS=3688020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr1	3698017	rs12745312	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=1.689;SC=GGGAAGTCAAGGAGCAGAGCA;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=29;WE=3698025;WS=3698007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr1	3698224	rs17411384	G	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ATCAGCAACTGCAACATTTGT;SOR=1.473;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=29;WE=3698232;WS=3698214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr1	3701580	rs57217928	G	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=7.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	3701663	rs2298227	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr1	3701832	rs71634371	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GGTGTCCACACTTCACCCTTG;SOR=0.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=16;WE=3701840;WS=3701822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	3703337	rs2368537	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=0.852;SC=CGGACACGCTGGCCTCAGGAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=6;WE=3703345;WS=3703330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	3731959	rs12729542	C	T	5620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,148:0.44:333
chr1	3731965	rs12728401	G	A	5619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,153:0.45:339
chr1	3732103	rs4648409	T	C	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=99;PP=2036;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GCACAGGACCTGCATTAGGAG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=156;TCR=197;TR=177;WE=3732111;WS=3732093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,189:0.50:377
chr1	3732172	rs4233019	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=907;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCAGCAACAACGTCCCAGGCC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=22;TCR=81;TR=50;WE=3732180;WS=3732162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr1	3732639	rs6702916	T	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	3732707	rs6702935	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=1.345;SC=AACCAGAACATGAAGACAGGC;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=14;WE=3732715;WS=3732697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	3732782	rs6703035	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=645;ReadPosRankSum=1.419;SC=CGGGGATGCTTTTTTGAATAA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=35;WE=3732790;WS=3732772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr1	3742257	rs12759497	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=-1.312;SC=CTTTTTGACTCGGCCTTTCAA;SOR=0.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=13;WE=3742265;WS=3742247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	3743109	rs2275834	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-6.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=1.674;SC=AAAAGGTAGCATGTTTTCCAT;SOR=0.157;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=65;TCR=3;TR=26;WE=3743117;WS=3743099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr1	3743132	rs4648344	T	C	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=1;PP=736;ReadPosRankSum=0.560;SC=AGCTGGGAGATGGCTGAGGTG;SOR=0.363;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=111;TCF=107;TCR=4;TR=43;WE=3743140;WS=3743122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr1	3743151	rs4648345	G	A	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=10;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TGCAGCAGGCGTGCAGTGATA;SOR=0.918;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=175;TCF=145;TCR=30;TR=72;WE=3743159;WS=3743141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr1	3743319	rs6663840	G	A	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.014;NF=79;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.762;SC=CTAAGACACAGAAACAGTGAG;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=392;TCF=153;TCR=239;TR=199;WE=3743327;WS=3743309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,205:0.51:405
chr1	3743433	rs5772126	T	TG	2188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=46;PP=2006;SC=TTCTACTGGCTGGCAAGGTGG;SOR=3.021;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=47;WE=3743441;WS=3743423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	3745787	rs2275832	T	C	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=33;PP=1238;ReadPosRankSum=0.232;SC=CAAAATACATTTCAGCTAAAA;SOR=0.729;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=88;WE=3745795;WS=3745777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,97:0.51:192
chr1	3746583	rs2275828	G	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr1	3746589	rs2275826	C	G	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.37;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	3747580	rs6424058	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.917;SC=TGCTGGGCCGCGTGGTGTGTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=3747588;WS=3747570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	3747603	rs6413779	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=634;SC=ACGCGAGGTCTGCTTACCTTC;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=3747611;WS=3747593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	3751728	.	G	GT	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=59.3;NF=0;NR=5;PP=51;QD=12.6;SC=TGAAGGCTTTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=3751736;WS=3751718;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	3753013	rs12746541	G	C	55.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=0;PP=289;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATATAGACTAGCCTCCCCTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=3753021;WS=3753003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr1	3753136	rs2275824	A	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr1	3755675	rs1891941	T	C	18651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=291;NR=370;PP=2965;SC=TCCCAAGGCGTTCACCAACCT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=661;TCF=291;TCR=370;TR=661;WE=3755683;WS=3755665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr1	3756120	rs1539649	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=330;ReadPosRankSum=0.700;SC=CTAAGTATACATAAAACCTAT;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=22;WE=3756128;WS=3756110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	3759784	rs10797347	A	G	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=43;PP=1394;SC=TGGCAAGGGAACCACTGTCCC;SOR=1.362;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=69;WE=3759792;WS=3759774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	3761479	rs2275822	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=527;ReadPosRankSum=-1.044;SC=ACCTGGCGTACGTTCCTTCTA;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=35;WE=3761487;WS=3761469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr1	3761650	rs2275821	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=645;SC=GCAAGGTTCAATGATCCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=3761658;WS=3761640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	3765424	rs10492943	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.766;SC=ATTCTTGCAGGTAAGAAGCAT;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=3765432;WS=3765414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	3769033	rs3819006	AA	TT	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=2937;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGAATTCACTAACACATGGAC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=63;TCR=112;TR=82;WE=3769042;WS=3769023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,93:0.49:189
chr1	3774130	rs34891610	A	G	4605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,118:0.52:226
chr1	3774138	rs12723005	T	C	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=20.07;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,132:0.55:242
chr1	3774296	rs12722891	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=0.316;SC=CCGCTGGGCTAGGCGGGGACG;SOR=0.347;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=30;WE=3774304;WS=3774286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	3774312	rs12726906	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=0.968;SC=GGACGGCCCGTCGGGGAGGCG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=22;WE=3774320;WS=3774302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	3775454	rs4376673	C	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=63;PP=1837;SC=TGGCACTCTCCGAGGTCCTGG;SOR=2.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=3775462;WS=3775444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	3776989	rs12129902	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-1.774;SC=GATAGGGTTTCGCCATGTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=3776997;WS=3776979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	3782608	rs10909809	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=0.723;SC=TTCTTTGGAGCCTGAGGTGCC;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=13;WE=3782616;WS=3782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	3786189	rs1141070	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=647;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ACCCCTCCACGGTGGGTGCGG;SOR=1.045;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=43;WE=3786197;WS=3786179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr1	3788968	rs111645751	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.184;NF=28;NR=2;PP=551;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AGAGCGAGGCGCTGTCTCAAG;SOR=0.976;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=30;WE=3788987;WS=3788958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr1	3789178	.	G	GGGCCCTGTCCCTGCCGC	2897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=63.84;NF=3;NR=42;PP=2897;QD=20;SC=AGTGCCTGCAGGGCCCTGTCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=8;TCR=104;TR=45;WE=3789186;WS=3789168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:67,45:0.40:112
chr1	3789194	.	G	GCGGCCC	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=6.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.48;MQRankSum=7.906;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.846;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr1	3789195	.	T	C	785	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=25;MQ=62.99;NF=10;NR=38;PP=785;QD=17.0785669281;SC=GTCCCTGCCGTGGCCCTGTCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=48;WE=3789203;WS=3789185;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:65,48:0.42:113
chr1	3789195	.	T	TGTCCCTGCCGC	3098.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.47;MQRankSum=7.775;QD=19.61;ReadPosRankSum=2.461;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr1	3800242	rs3205087	A	G	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=92;PP=2563;ReadPosRankSum=1.289;SC=ACTGTGACCCAAGCAGAATCT;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=214;TCR=221;TR=183;WE=3800250;WS=3800232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,183:0.41:444
chr1	3807593	rs4274008	G	C	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=130;PP=2965;SC=GGACGTTCGCGTGTCTGTGGC;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=109;TCR=130;TR=239;WE=3807601;WS=3807583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	3816893	rs71634382	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	4772717	rs242056	G	A	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=1.575;SC=CAGCAACAACGGGGAAGTCAC;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=92;TCR=127;TR=218;WE=4772725;WS=4772707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
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chr1	4834606	rs389959	T	C	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=71;PP=2378;SC=AGACGCCGTGTGTCTGTTTCA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=147;WE=4834614;WS=4834596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	4847845	rs4654460	G	A	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=190;PP=2965;SC=CTTGGCCCACGGGGCACGGGC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=168;TCR=190;TR=358;WE=4847853;WS=4847835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	5716287	rs371436567	GA	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.967;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr1	5926507	rs555164	T	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=72;PP=1856;ReadPosRankSum=0.730;SC=TGTCCCGTGGTTCCCCGGGGC;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=116;TCR=146;TR=129;WE=5926515;WS=5926497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,131:0.49:268
chr1	5933467	rs150625643	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TGCTTAGAGACACCACTGCCA;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=80;WE=5933475;WS=5933457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,84:0.41:207
chr1	5933530	rs905469	A	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=789;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGCAGCAACCATCACCAACCG;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=48;WE=5933538;WS=5933520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr1	5934490	rs868163	A	G	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,121:0.41:296
chr1	5934500	rs905467	T	C	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=3.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,122:0.41:298
chr1	5934837	rs1287638	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=382;ReadPosRankSum=1.275;SC=CAAATCGCCCCGGCTCTCGGG;SOR=3.923;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=20;WE=5934845;WS=5934827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	5935162	rs1287637	A	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CTGCTGCGCCAGCAGACAAGA;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=70;WE=5935170;WS=5935152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr1	5937168	rs3747992	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=678;ReadPosRankSum=0.171;SC=CGCTCGTCCCGCGCCGGCCCA;SOR=0.680;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=42;WE=5937176;WS=5937158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr1	5937391	rs3747989	C	T	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=81;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GTCAGGTAGACGTGCAGTGTC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=122;TCR=157;TR=143;WE=5937399;WS=5937381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,149:0.50:297
chr1	5937413	rs3747988	A	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=66;PP=1299;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GCCTTCCAGGAGCAGACACCA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=75;TCR=125;TR=105;WE=5937421;WS=5937403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,108:0.51:210
chr1	5939544	rs11121915	T	G	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1805;ReadPosRankSum=0.440;SC=CAACATAGGGTACTTCAACTT;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=134;TCR=98;TR=115;WE=5939552;WS=5939534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,118:0.48:246
chr1	5948677	rs2282281	G	A	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1854;ReadPosRankSum=0.478;SC=TCTCCTTTAGGGAACAGCCAA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=274;TCF=148;TCR=126;TR=128;WE=5948685;WS=5948667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,135:0.45:298
chr1	5964991	rs3737234	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=448;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GAGGCTGCCGTGGTCACCAAT;SOR=1.383;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=30;WE=5964999;WS=5964981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr1	6027252	rs875573	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TTAGCTAAGCAGATAGCAGTT;SOR=1.015;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=17;WE=6027260;WS=6027242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	6038583	rs4908639	G	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=740;ReadPosRankSum=1.783;SC=ATATCAGCACGCTGGTTTCCT;SOR=2.038;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=34;WE=6038591;WS=6038573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr1	6100458	rs12566866	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=361;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GGGGCTCCCCGATGCCCTGAA;SOR=0.323;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=27;WE=6100466;WS=6100448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	6170424	rs78789357	CG	C	5180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=52;PP=2966;SC=CTCCCTGCCCCGTGCAGCCCT;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=75;WE=6170432;WS=6170414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	6171741	.	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAGGAAGAACGAGGAAGGCTT;SOR=0.211;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=9;WE=6171749;WS=6171731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	6171992	rs59788818	C	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1210;ReadPosRankSum=3.318;SC=CCAGCTCTCACGCACAGGCAG;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=82;WE=6172000;WS=6171982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,84:0.57:148
chr1	6172875	rs4908515	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=5;PP=1253;SC=CCAAGGGGACGGCGCCTGGGA;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=6172883;WS=6172865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	6173649	rs2785580	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=566;SC=TGGAACTTGGAGCTGTGTCTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=6173657;WS=6173639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6184092	rs2843493	A	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=74;PP=2965;SC=ACCTCGCCCGACTTCTTCCCC;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=103;TCR=74;TR=176;WE=6184100;WS=6184082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	6184192	rs2273041	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	6184286	rs2273040	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=672;SC=GGTAGCTGCTACCTCCGCCCA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=6184294;WS=6184276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	6185064	rs55930553	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=446;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TCATCCTGGCGGAAGCAAATG;SOR=0.488;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=27;WE=6185072;WS=6185054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr1	6185532	rs2273037	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=932;ReadPosRankSum=0.993;SC=CCATACCCCAGGGGCAGCAGG;SOR=0.774;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=68;WE=6185540;WS=6185522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr1	6186961	rs2746060	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=454;SC=TGATCACCCCAGCCCTAGCTA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=6186969;WS=6186951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	6188044	rs3215558	TG	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-1.815;SC=GTGGACACAGTGGGGGGCGGG;SOR=0.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=6188052;WS=6188041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	6188377	rs72632513	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CCCATCCCCAGCAGGGGCTGC;SOR=0.098;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=6188385;WS=6188367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	6188546	rs2273034	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGCTGGGCTGGGTTGGCCCCT;SOR=0.301;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=96;TCF=77;TCR=19;TR=60;WE=6188554;WS=6188536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr1	6188779	rs2273033	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.968;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;ReadPosRankSum=2.514;SC=AGATACAGGTGGGGGGTGCAG;SOR=0.297;Source=Platypus;TCF=30;TR=43;WE=6188787;WS=6188769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr1	6190215	rs9434662	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	6191632	rs2235790	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1262;ReadPosRankSum=0.208;SC=AAGAACCAGGCCTGGGAGAAG;SOR=0.439;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=169;TCF=121;TCR=48;TR=85;WE=6191640;WS=6191622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr1	6194347	rs3765452	T	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GGTGGGGCATTGGTGGGCTCC;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=73;WE=6194355;WS=6194337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr1	6195493	rs2250504	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=32;PP=991;SC=TAACAGCCAGGAGCAGAGGAC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=6195501;WS=6195483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	6196493	rs7526887	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=271;SC=AGCAGGTCTCACAGCCAGGAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=6196501;WS=6196483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	6196517	rs7513548	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=475;SC=CTATTGATCCGTCTTCACTGG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=6196525;WS=6196507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	6196869	rs2250358	A	G	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=82;PP=2965;SC=TGGCCTGGTCAATGGTGATGA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=182;WE=6196877;WS=6196859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	6196943	rs2746066	A	G	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	6196951	rs2785582	T	A	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	6204161	rs17436816	G	A	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.329;SC=TGCACTGGTCGTAGGGCAGGT;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=172;TCR=176;TR=194;WE=6204169;WS=6204151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,201:0.56:361
chr1	6204266	rs9435102	A	G	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=107;PP=2965;SC=GCCACAGCACAGGTTTGATGA;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=61;TCR=108;TR=168;WE=6204274;WS=6204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	6206648	rs41279488	C	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-1.398;SC=GCGCTTCAGCCCCTTCCCGCC;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=17;WE=6206656;WS=6206638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	6239937	rs70981314	C	CG	3846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=20;PP=2707;SC=GCCCGCGCTCCGCCCTGGGCC;SOR=2.189;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=61;WE=6239945;WS=6239927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	6257856	rs2294713	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=794;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TGAAGTTTCAGTCAGTCGGAA;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=64;WE=6257864;WS=6257846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr1	6269340	rs4908865	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=592;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGAGCCGGGCACACTGCGTGG;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=42;WE=6269348;WS=6269330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr1	6272137	rs709208	A	G	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,184:0.97:189
chr1	6273206	rs55823245	C	T	5591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.698;SC=GCCCTACGTCCGCTCCATTGC;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=531;TCF=235;TCR=296;TR=256;WE=6273214;WS=6273186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,265:0.48:551
chr1	6278414	rs709209	A	G	9014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=170;PP=2965;SC=AGCAGGAACAACGCGGCCTCA;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=147;TCR=170;TR=317;WE=6278422;WS=6278404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	6279370	rs846111	G	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=0.110;SC=GCTCCGAACGGCCTCTCAGAA;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=49;WE=6279378;WS=6279360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr1	6305292	rs61760836	C	A	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=53;PP=2310;SC=CCCCCTGGTGCCCGAGAGCGC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	6305303	rs61760837	C	A	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=58;PP=2469;SC=CCGAGAGCGCCGCCGGCAGCA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=131;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	6309319	rs1883608	C	G	544.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
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chr1	6314349	rs6696630	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=978;SC=CCAGTGTGGCAGGGCCTTGTT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=6314357;WS=6314339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	6314479	rs12740426	C	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=7;PP=1496;SC=ACAGCAGCCCCTCCTGAGCCT;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=6314487;WS=6314469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	6314822	rs11590458	T	C	7043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGGCCGCGAGTGTACACAGCA;SOR=0.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=128;TCR=137;TR=262;WE=6314830;WS=6314812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,272:0.99:275
chr1	6387281	rs112529674	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=3.008;SC=ATGAGGCTCACGTAGGCCCGG;SOR=0.180;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=19;WE=6387289;WS=6387273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	6453520	rs76483502	C	CG	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=594;SC=GCGCCGGGGGCAATCGAACGC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=6453528;WS=6453510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	6489909	.	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.962;NF=13;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.245;SC=GGCGCTGGTGCTGACTCAGTG;SOR=1.315;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=18;WE=6489917;WS=6489899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	6525915	rs1536593	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=328;ReadPosRankSum=0.181;SC=GGGACACTGATAATGCTCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=19;WE=6525923;WS=6525905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	6530965	rs111312565	C	CG	3128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=50;PP=2874;SC=GGAGTGGGGGCGGGCTCAGGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=68;WE=6530973;WS=6530955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	6545390	rs75490131	A	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=1.201;SC=GTACCTGGCTATCACCGTCGC;SOR=1.357;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=30;WE=6545398;WS=6545380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr1	6557009	rs3007430	A	C	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=57;PP=1616;ReadPosRankSum=-1.924;SC=CAGATCCCTGAGAACCTTACG;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=300;TCF=171;TCR=129;TR=136;WE=6557017;WS=6556999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,141:0.46:309
chr1	6579607	rs1556035	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=53;PP=1642;SC=CTGCCTGGACCTCCAGCCACA;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=6579615;WS=6579597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	6585804	rs13513	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=807;SC=AACACTGTTGCTAATAAGGGC;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=6585812;WS=6585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	6586070	rs7548042	C	T	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CACGCTGAAACGGAAACACAG;SOR=1.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=190;WE=6586078;WS=6586059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr1	6591937	rs932112	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=307;SC=GAGCGAGGAGTTATGTAGTGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=6591945;WS=6591927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	6601773	rs3761927	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=208;SC=GACCATGAGTTTGGTAGGCGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6601781;WS=6601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	6609559	rs11122091	C	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=689;SC=AAGACAACATCCTACATAGTC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=6609567;WS=6609549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	6609851	rs10864622	A	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=118;PP=2965;SC=AACTATAAACATTAGGAGAGT;SOR=1.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=67;TCR=118;TR=183;WE=6609859;WS=6609841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	6609896	rs11579888	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=69;PP=1934;SC=TCAGGGGGCCGTACTACATAC;SOR=3.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=80;WE=6609904;WS=6609886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	6610366	rs2063805	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=527;SC=GCTGGGATTATAGGCGTGAGC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=6610374;WS=6610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	6610382	rs2063806	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=675;ReadPosRankSum=0.562;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCCT;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=27;WE=6610390;WS=6610372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr1	6614391	rs6693391	A	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=15;PP=806;SC=TCCACGCCGGACGCCTGGGCT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=6614399;WS=6614381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	6614415	rs6693400	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=12;PP=697;SC=AGTAACCGCCACCGTAGGCGC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=6614423;WS=6614405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	6614535	rs4908923	G	A	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	6614653	rs4908924	C	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=13;PP=330;SC=GAGGGGCCTCCGAGCCGCCGG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=6614661;WS=6614643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	6615690	rs925745	A	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	6615695	rs925744	C	T	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	6635231	rs10864628	A	G	8292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=108;PP=2965;SC=GGCAGACAAGAAGGCCCCTAG;SOR=1.243;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=174;TCR=108;TR=281;WE=6635239;WS=6635221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	6636461	rs17492553	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1135;ReadPosRankSum=1.066;SC=CTTCATGATACGCGTTTCTTT;SOR=0.652;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=178;TCF=119;TCR=59;TR=77;WE=6636469;WS=6636451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,81:0.43:187
chr1	6646959	rs3833475	GCCTGCCTTC	G	4158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.591;NF=16;NR=47;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.820;SC=CTGTCAGGGAGCCTGCCTTCC;SOR=0.573;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=203;TCF=41;TCR=162;TR=63;WE=6646975;WS=6646949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,113:0.43:262
chr1	6655666	rs146030353	GCA	G	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=0.172;SC=AGGAGGAAGTGCACACATGCA;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=6655675;WS=6655656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	6679848	rs2072948	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GAATCTGCCACCTTTGTCTTT;SOR=0.095;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=19;WE=6679856;WS=6679838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	6681375	rs6695474	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=763;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TGGAAGTGTTCTCGTCAGTAG;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=48;WE=6681383;WS=6681365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr1	6681744	rs3747994	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=6.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=642;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GAAGCGACCGCGGGCTTTTTT;SOR=1.140;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=33;WE=6681752;WS=6681734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr1	6685416	rs143084975	G	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=1.435;SC=CGACTCCGAGGCCTTGGCGCG;SOR=1.115;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=7;WE=6685424;WS=6685406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	6685442	rs12746591	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-1.606;SC=CGGGAGGCCCAAAGGCGTGCG;SOR=0.039;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=9;WE=6685450;WS=6685432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr1	6690140	rs742394	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CACTCTGACCATGATTTGAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=6690148;WS=6690137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	6694513	rs1043703	GA	TT	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCTGGGGAGGGAGGCCTGACT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=5;WE=6694522;WS=6694503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	6694927	rs2294532	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CTGGTCCTGTCCTCTTGAGCT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=6694935;WS=6694917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	6695802	rs6577583	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GAAGGTGGCCATTCCCATGCA;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=74;WE=6695810;WS=6695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr1	6704635	rs200458	A	G	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=110;PP=2965;SC=TGAGAGAAACACCCTGTGGAA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=235;WE=6704643;WS=6704625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	6705874	rs200454	G	C	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=63;PP=2133;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GAAGTGGCTGGTTTTAGTGTC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=185;TCR=139;TR=148;WE=6705882;WS=6705864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,156:0.46:339
chr1	6713114	rs2235564	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=1.028;SC=AAGGTGCAGACGATTCCTCTG;SOR=2.780;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=6713122;WS=6713104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	6845564	rs192783463	G	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	6866978	rs660880	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=986;SC=GTGAACATTGGTTATTGTTAT;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=6866986;WS=6866968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	7289777	rs4243824	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=15;PP=698;SC=CACAGAGGGCGGGGGTTGGGC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=7289785;WS=7289767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	7527996	rs1201529	T	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=914;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CTTCTGTCTCTGGTGCTCGGG;SOR=0.794;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=27;TCR=90;TR=63;WE=7528004;WS=7527986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr1	7723588	rs3737906	C	T	4856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.257;SC=AGAAGAGGAACGGCAAGGTGG;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=404;TCF=179;TCR=225;TR=206;WE=7723596;WS=7723578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,216:0.52:419
chr1	7723957	rs12128526	G	A	6502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.523;SC=CGGGCAGCTCGGAGAGCCTGT;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=565;TCF=318;TCR=247;TR=277;WE=7723965;WS=7723947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,295:0.50:594
chr1	7725284	rs4908671	C	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-2.165;SC=CTGCCACCACCTGTCACCTCC;SOR=0.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=22;WE=7725292;WS=7725274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr1	7737799	rs3011926	A	G	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=81;PP=2202;ReadPosRankSum=1.616;SC=GGACGGTAAGAACAGTGCTTG;SOR=0.508;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=240;TCF=78;TCR=162;TR=125;WE=7737807;WS=7737789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,131:0.52:252
chr1	7792411	rs2301488	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.484;SC=AAGTTACGGACGGCATTTGGA;SOR=2.564;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=7792419;WS=7792401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	7796641	rs2071985	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AGCCTCGCACATCCTCGCTCA;SOR=0.255;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=7796649;WS=7796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	7797734	rs1417986	T	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.842;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=707;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TACATTTCAGTTTTTTTGTTA;SOR=1.531;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=35;WE=7797742;WS=7797724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr1	7807897	rs12133253	A	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,104:0.55:189
chr1	7807966	rs34083763	GT	G	252.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=1.078;SOR=2.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr1	7811014	rs1573753	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=582;ReadPosRankSum=0.637;SC=AGAAGGGCAAGATATTTTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=33;WE=7811022;WS=7811004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	7811215	rs10779689	A	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GAGCCCGTGCAGCCCCTGTTG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=94;WE=7811223;WS=7811205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chr1	7812398	rs9919223	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CATCTTTAACATATGCTGTTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=7812406;WS=7812388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	7838113	rs697675	A	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=476;ReadPosRankSum=-1.474;SC=ATATTATATAATACTCTTCAA;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=28;WE=7838121;WS=7838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr1	7845695	rs228729	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=865;SC=CCAGGACTCATACAAGCAGCC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=7845703;WS=7845685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	7847362	rs35115980	C	CT	114.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=77;SC=TTTAGTATATCTTTTTTAATC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=7847370;WS=7847352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	7847529	rs2859390	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGGTGTGTACATAGTACTGTA;SOR=0.260;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=20;WE=7847537;WS=7847519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	7847614	rs697685	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=297;SC=TAAAGCTAGAGAGGAAAGTAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=7847622;WS=7847604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	7861304	rs707465	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=163;SC=TAAATATAAATGTGAAGAAGA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=7861312;WS=7861294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	7869915	rs228668	G	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=19;PP=1315;SC=CATTTGAACAGCCAGCAATTC;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=7869923;WS=7869905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	7870048	rs228669	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=47;PP=1424;SC=GTGAGGCCAGTGGGCACCGTG;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=7870056;WS=7870038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	7870144	rs228670	A	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=28;PP=833;SC=CTCGGTTCTGAATGTGGTGAC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=7870152;WS=7870134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	7879627	rs10462018	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.081;SC=CTAACACATACGCTGAACATT;SOR=0.784;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=7879635;WS=7879617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	7886424	rs697693	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=0.279;SC=AAGATTTTTCGTATTCCAGCA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=7886432;WS=7886414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	7887248	rs2859387	G	A	6908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=97;PP=2965;SC=AGAAGCTGCCGGAGCCGCCAG;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=136;TCR=97;TR=233;WE=7887256;WS=7887238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	7887493	rs228696	T	C	15648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=301;NR=259;PP=2965;SC=CTGCATGGGCTGCCCTTGTCC;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=562;TCF=303;TCR=259;TR=560;WE=7887501;WS=7887483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr1	7889804	rs228701	C	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=8;PP=1480;SC=GTAACTGAAACTACAGAAAGC;SOR=3.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=57;WE=7889812;WS=7889794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	7889941	rs2640908	C	T	4424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.042;NF=119;NR=72;PP=2956;ReadPosRankSum=1.308;SC=CTGCTACTACCGGTGCACTGT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=226;TCR=137;TR=191;WE=7889949;WS=7889931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,193:0.51:375
chr1	7889972	.	GAGAATCCATCCCATCCTACTGCCAGCGCTCTGTCCACAGGATCGCCTCCCATGA	G	7905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.07;QD=41.18;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	7890264	rs1773135	A	G	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=120;PP=2965;SC=CCAATGCCAGACATTCACTAT;SOR=2.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=45;TCR=120;TR=165;WE=7890272;WS=7890254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	7906476	rs172932	G	T	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=67;PP=2889;SC=TAGGGTAAACGCTCTGAGACC;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=151;WE=7906484;WS=7906466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	7907007	rs697694	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=409;SC=CAGAAACCAAGGAGCATCAGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=7907015;WS=7906997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	7907971	rs707473	C	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr1	7907984	rs4908485	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr1	7913029	rs34305100	A	G	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=915;ReadPosRankSum=1.331;SC=TAAGAATCCTATGAAAAGCAA;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=73;WE=7913037;WS=7913019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,75:0.47:160
chr1	7913445	rs13306061	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1023;ReadPosRankSum=0.885;SC=TTTATGAGTCCGAGCAGAAGT;SOR=0.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=79;WE=7913453;WS=7913435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,90:0.46:196
chr1	7998963	rs226476	T	G	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=67;PP=2057;SC=AAGTTTACAATAAAATAAGAT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=108;WE=7998971;WS=7998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	8022772	.	CAG	C	178	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=178;QD=42.6;SC=TGGGGTATCTCAGGGTTGCAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=8022781;WS=8022762;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	8029494	rs2641116	T	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.359;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=0.594;SC=TATACCTCAATAAAGCTGGGG;SOR=1.443;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=27;WE=8029502;WS=8029484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr1	8029509	rs2640906	GG	AA	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.701;HP=9;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=736;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTGGGGGGGGGGAAAAACTAA;SOR=1.768;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=19;WE=8029518;WS=8029499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr1	8390495	rs1058619	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1134;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCCCGTCCCCACCCGTCCTGC;SOR=0.934;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=83;WE=8390503;WS=8390485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,85:0.47:179
chr1	8390888	rs2289731	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1027;ReadPosRankSum=0.370;SC=CCTCTAAGCCGAGGTCATCAG;SOR=0.621;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=75;WE=8390896;WS=8390878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,78:0.38:205
chr1	8395441	rs2305016	T	C	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=46;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GAGCAGGGTCTGCGCTGTGTG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=188;TCR=96;TR=136;WE=8395449;WS=8395431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,139:0.47:293
chr1	8395560	rs7535752	G	T	5552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CAGCGAGCGCGCGGAGCAGCC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=469;TCF=214;TCR=255;TR=247;WE=8395568;WS=8395550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,257:0.54:479
chr1	8415235	rs1889854	C	T	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CAGGCAGTCACGCAGGCTGGA;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=96;WE=8415243;WS=8415225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,102:0.50:205
chr1	8415290	rs1889853	C	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=639;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CCCAAGCCCGCAGCCTCCTGT;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=40;WE=8415298;WS=8415280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr1	8415418	rs2289733	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=369;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CTGGGCACACGGGGAGGTTGG;SOR=1.781;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=24;WE=8415426;WS=8415408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	8418644	rs11121172	C	A	9732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	8418650	rs1058766	T	C	10128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	8420270	rs148981427	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=833;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CCTCAGCGTCGTCCAGAGCCT;SOR=0.865;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=64;WE=8420278;WS=8420260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr1	8421092	rs2784735	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr1	8421203	rs13596	T	C	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=35;PP=1216;SC=TGGGAGCCTGTGGCTGGTTAG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=8421211;WS=8421193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr1	8424039	rs9628991	C	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-5.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GCTTCCTCCCCCTGGGAGGCT;SOR=0.272;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=19;WE=8424047;WS=8424037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	8425798	rs3765972	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	8425900	rs3753275	T	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.662;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=684;ReadPosRankSum=0.292;SC=GTCTGGAGGGTGTGTTGACGG;SOR=1.283;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=56;WE=8425908;WS=8425890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,61:0.44:140
chr1	8616404	rs12122737	C	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=433;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CGGACACTGGCATGTTCACTG;SOR=0.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=24;WE=8616412;WS=8616394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr1	8926285	rs3831913	A	AG	898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=825;ReadPosRankSum=0.011;SC=CCCCCAACAGAGGGAGCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=23;WE=8926293;WS=8926275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	8926752	rs2781065	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.350;SC=GAGACAGGGTTTCACTATACT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=8926760;WS=8926742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	8930369	rs2781060	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-1.587;SC=ATGTCATGCATGGATTGTTCT;SOR=0.303;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=12;WE=8930377;WS=8930359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	8930385	rs2765511	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=-1.293;SC=GTTCTCGTGCGTGACAGGGAA;SOR=0.718;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=18;WE=8930393;WS=8930375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr1	8935149	rs2038904	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=495;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GAAAGCAGTGAGAATTCTCCT;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=23;WE=8935157;WS=8935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	9006104	rs5772343	T	TC	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;QD=30.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr1	9009406	rs2274327	C	T	8536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=155;PP=2965;SC=CTACAGAGGACGAAGGTGCGG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=297;WE=9009414;WS=9009387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
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chr1	9165818	rs12753196	C	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CAGGTCTTCCCAGGGACTTGA;SOR=2.066;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=22;WE=9165826;WS=9165808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	9165868	rs1705303	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=261;SC=GGTGGAGCCCAGATCCTTCTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=9165876;WS=9165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	9306849	rs2310925	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=296;ReadPosRankSum=0.455;SC=GGAGGTCACTTGCAAGTTTTT;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=15;WE=9306857;WS=9306839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	9307033	rs7524046	G	A	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2854;ReadPosRankSum=0.825;SC=AGGCTGTGGCGCAGATCCTGC;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=193;TCR=189;TR=195;WE=9307041;WS=9307023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,200:0.52:387
chr1	9307138	rs11121350	T	C	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CCGTGGATGCTGAAGGTGTGT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=101;TCR=143;TR=101;WE=9307146;WS=9307128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,102:0.41:247
chr1	9307230	rs12032814	T	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.830;NF=1;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=1.010;SC=CAGAGGGAGGTTTTCTGTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=25;WE=9307238;WS=9307220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr1	9323457	rs731183	G	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AAGGCGAGGGGCTTCCCTGAG;SOR=0.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=12;WE=9323465;WS=9323450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	9323910	rs6688832	G	A	5712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.227;SC=AGCCCTGTGCGGGAGCGGGAC;SOR=0.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=478;TCF=275;TCR=203;TR=251;WE=9323918;WS=9323900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,259:0.53:491
chr1	9416151	rs9435243	G	A	5262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.354;SC=ATGTCTTTGTGAAGGAGGACG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=486;TCF=248;TCR=238;TR=238;WE=9416159;WS=9416141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,245:0.49:500
chr1	9599823	rs148840119	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	9627521	rs6698575	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GTCTTTTTCTATGTTGGATTT;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=10;WE=9627529;WS=9627511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	9633387	.	GT	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	9642329	rs56026893	C	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1030;ReadPosRankSum=2.098;SC=TAATATGTGGCGTAAAGTAGG;SOR=0.636;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=75;WE=9642337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr1	9655795	rs4073710	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=0.481;SC=TCCTCCTGCTGTTCTGGGGCC;SOR=2.494;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=19;WE=9655803;WS=9655785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
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chr1	9658707	rs9430182	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TCCACAGGGCGGGGGTGGGGG;SOR=1.039;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=31;WE=9658715;WS=9658697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr1	9661061	rs9430184	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=596;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGGATGTGTGAGAACATGGGT;SOR=1.393;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=29;WE=9661069;WS=9661051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr1	9670483	rs4244632	T	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1658;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AATAGAAGAATGCCCCCAGAA;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=134;TCR=56;TR=100;WE=9670491;WS=9670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
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chr1	9671257	rs70979767	CT	C	258.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
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chr1	9714540	.	G	GAGGCCAGACC	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=2962;QD=20;SC=CAATGGTTGTGCGAAAGCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=10;WE=9714552;WS=9714528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,10:0.28:36
chr1	9714541	rs56235370	C	CCA	1476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr1	9714542	.	GAA	CAG	1780	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=1780;QD=183.346787486;SC=ATGGTTGTGCGAAAGCCAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=10;WE=9714552;WS=9714528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,10:0.26:39
chr1	9714543	rs55851927	A	ACCCC	1308.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr1	9714544	rs55746245	A	AG	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr1	9770690	rs112806445	C	CAG	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=304;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCTTGGTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=10;WE=9770699;WS=9770680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	9770714	rs72633865	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=1.100;SC=GAGAGAGAGACACAGATAGAC;SOR=0.330;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=9;WE=9770722;WS=9770704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	9776919	rs140532807	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CCAAGGCCTAGGACAGGCAGT;SOR=1.436;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=17;WE=9776927;WS=9776911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	9779871	rs9430220	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=452;ReadPosRankSum=0.201;SC=GGTTGGGAGATGTTAGCTGGG;SOR=1.066;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=26;WE=9779879;WS=9779861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	9781412	rs12735071	C	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=686;ReadPosRankSum=0.916;SC=GGCTTGCTCCCTCCTGCCTGG;SOR=0.915;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=39;WE=9781420;WS=9781402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr1	9782556	rs11589267	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1570;ReadPosRankSum=3.184;SC=CAGAAACTCACGCTTCTCCTC;SOR=0.771;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=106;WE=9782564;WS=9782546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,115:0.53:218
chr1	9782766	rs10864435	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=0.111;SC=CCATCTCAGCCGGGGAAAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=17;WE=9782774;WS=9782756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	9784423	rs11121484	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1588;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TCCTCACCTACGACTTTGTCC;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=107;WE=9784431;WS=9784413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,112:0.54:206
chr1	9786845	rs12037599	G	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=608;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AGCTTTTCCTGAGATGCTGGG;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=41;WE=9786853;WS=9786835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr1	9792105	rs377673198	G	GA	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=30;PP=437;SC=GAAAAGGACAGAAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=31;WE=9792113;WS=9792095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	9793452	rs41280776	T	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GGGAGCCTTGTACTCACCTCC;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=80;WE=9793460;WS=9793442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr1	9794305	rs12568720	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=0.516;SC=ACATGGCTCTCGTAAGGACCA;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=16;WE=9794313;WS=9794295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	9794982	rs11121485	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr1	9795250	rs11121486	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=716;ReadPosRankSum=1.563;SC=CAAGAAATGGGGAAGGGTCAG;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=50;WE=9795258;WS=9795240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr1	9795719	rs12569008	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=259;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AGCCAGTAACCGCAGGAGCTG;SOR=0.923;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=18;WE=9795727;WS=9795709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr1	9801341	rs10864436	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr1	9804693	rs7550295	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=353;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GCAGTGCCCGCGGCCGCACCT;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=23;WE=9804701;WS=9804683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	9811541	rs11674	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=953;ReadPosRankSum=0.218;SC=CATCTTTGTCAACAGTAAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=164;TCF=115;TCR=49;TR=70;WE=9811549;WS=9811531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr1	9816620	rs6680090	T	C	7885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=139;PP=2965;SC=AGAATGAAGATGGAATACACT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=287;WE=9816628;WS=9816610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	10001235	rs137978085	TTTCG	T	2793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=45;PP=2275;SC=CTTTTCTTTCTTTCGTTCGTT;SOR=1.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=47;WE=10001246;WS=10001225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	10027540	rs2890358	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=32;PP=1012;SC=AAAGCAAAGCGAGAAATAAAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=10027548;WS=10027530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	10041298	.	AT	A	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.524;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.867;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr1	10335315	rs6685773	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=404;SC=AAATTACCTTGTTGCGTGAGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=10335323;WS=10335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	10384711	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.812;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.880;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	10420852	rs148793575	G	GT	962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=897;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GTTCCTCTCTGTTATTAGAGT;SOR=0.372;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=24;WE=10420860;WS=10420842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr1	10468005	.	CAA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.623;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr1	10502307	rs33919161	AT	A	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=10;PP=750;SC=ATAAATACAGATTTTTTTTTT;SOR=2.628;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=41;WE=10502315;WS=10502297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	10511330	rs3838398	AT	A	172.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.632;NF=10;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=0.792;SC=CTTTTAGATCATTTTTTTTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=10511338;WS=10511320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	10511544	rs628462	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr1	10511589	rs666103	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=1056;SC=CCCAGCAATCTGCGCGCCGGG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=10511597;WS=10511579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	10529194	rs2781233	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=7;PP=1085;SC=ATGGATGCTGTACTGCATAGG;SOR=3.033;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=46;WE=10529202;WS=10529184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	10555257	rs622623	C	T	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=43;PP=2527;SC=CGTTTGAGAACGGAACATCTT;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=128;WE=10555265;WS=10555247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	10596388	rs2480779	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=49;PP=1458;SC=AGCACGGCCTACAGGGGGACT;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=10596396;WS=10596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	10689942	rs11539794	G	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=589;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ACTGCCTGGGGGTGCAGAGGG;SOR=0.940;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=45;WE=10689950;WS=10689932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr1	10704968	rs115739667	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=1009;ReadPosRankSum=0.732;SC=CCCCAGCCCTCGGTACCTAGC;SOR=0.916;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=63;WE=10704976;WS=10704958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr1	10713765	rs284294	T	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1176;ReadPosRankSum=1.590;SC=CCAGGGGGATTGAGCCAGGCA;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=88;WE=10713773;WS=10713755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,97:0.55:175
chr1	10714436	rs35604552	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=958;ReadPosRankSum=1.389;SC=CTTCCCTCCCCGCTTCTGCCC;SOR=0.258;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=53;WE=10714444;WS=10714426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr1	10715637	.	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.234;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCTGGGAGTGGGGGGCTCAGA;SOR=0.139;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=17;WE=10715645;WS=10715627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	10719645	rs475980	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=377;ReadPosRankSum=0.764;SC=GTGGATGTGTATAAGGTGTGA;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=21;WE=10719653;WS=10719635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	11079077	rs2273348	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=363;SC=CCCTTAGTGCATGCTGAATAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=11079085;WS=11079067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	11080723	rs143130606	T	TG	1420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=1416;SC=CCCAGCACTTTGGAGGCCGAG;SOR=2.476;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=34;WE=11080731;WS=11080713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	11086097	rs3215616	A	AT	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=1710;SC=CTTATTTCTAATGCCACTTTT;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=37;WE=11086105;WS=11086087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	11087524	rs1782455	G	A	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=124;PP=2965;SC=TGTCCAGGGCGGATGCATCAT;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=231;WE=11087532;WS=11087514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	11087835	rs1782454	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=577;SC=GGTGGGTGACTACCTATACAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=11087843;WS=11087825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	11090916	rs12711521	C	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=30;PP=909;SC=CTGGGTAGATCATCAGGAGGG;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=11090924;WS=11090906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	11094757	rs70977538	G	GA	36.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7941;FS=3.979;HP=15;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=1.282;SC=CCCTGTCTCAGAAAAAAAAAA;SOR=1.447;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=2;WE=11094765;WS=11094747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr1	11095039	rs6695096	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=312;SC=GCTCTCACAGCAGTTCCTATT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=11095047;WS=11095029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	11104845	rs9430347	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=952;SC=CAGAGACACGTGGCAGCAGGT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=11104853;WS=11104835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	11105106	rs2273345	C	T	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=38;PP=2084;SC=GCTGCCCACGCCCCAGAGCAC;SOR=1.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=101;WE=11105114;WS=11105096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	11105122	rs2273344	C	T	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=36;PP=1998;SC=AGCACTGGCCCGTCCCACAGT;SOR=0.990;Source=Platypus;TCF=53;TR=89;WE=11105130;WS=11105112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	11116943	.	A	AT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	11119899	rs7545802	T	C	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=117;PP=2965;SC=CCACCTGCAGTGACAGGGCCT;SOR=1.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=203;WE=11119907;WS=11119889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	11126569	rs2791659	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=251;ReadPosRankSum=0.097;SC=TCACCATAACCCCCGGAGCAC;SOR=2.170;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=11126577;WS=11126559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	11126941	rs6701726	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=0.839;SC=GAGAACTCGGCGGCCCACCAG;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=11126949;WS=11126931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	11128001	rs2791657	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=569;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CCCACGGACCACACCACGCAG;SOR=1.009;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=40;WE=11128009;WS=11127991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr1	11128329	rs2791656	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.519;SC=GAACAGGAGCACCCCAAAGCA;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=11128337;WS=11128319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	11128654	rs2791655	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=861;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GAGGAGGTCAGAAACAGGCGC;SOR=0.737;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=96;TCR=40;TR=56;WE=11128662;WS=11128644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,56:0.39:143
chr1	11129848	rs2791653	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	11132217	rs1130683	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=2.023;SC=CCAGCTTCCAGCGGTTGCTGA;SOR=1.027;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=42;WE=11132225;WS=11132207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr1	11134157	rs2748876	T	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=825;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TGCTGGTGCCTTGTCAGCGTC;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=48;WE=11134165;WS=11134147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr1	11137778	rs2259886	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.328;SC=CAGTCTCCAGCGCTGACTGTA;SOR=0.061;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=11137786;WS=11137768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	11140619	.	AAACAC	A	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=28;MQ=58.61;NF=2;NR=6;PP=121;QD=16.25;SC=GGAAAAAAAAAAACACACACA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=11140631;WS=11140609;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	11141187	rs2258621	C	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1407;ReadPosRankSum=-2.084;SC=GCAGCTGCACCGGCTGCCCGT;SOR=0.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=132;TCR=103;TR=107;WE=11141195;WS=11141177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,116:0.45:256
chr1	11151779	rs1148482	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCAGTGGCGCAATCTTGCCTC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=11151787;WS=11151769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	11181327	rs11121691	C	T	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=73;PP=2626;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TTTTCAGCCACAGCAGCTTGG;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=381;TCF=230;TCR=151;TR=183;WE=11181335;WS=11181317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,187:0.48:393
chr1	11187893	rs1770344	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=883;SC=GAGAGAAGCATCAAGAATCAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=11187901;WS=11187883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	11190646	rs2275527	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=911;ReadPosRankSum=0.601;SC=TCTCGGCCTCGCTCTCACTGT;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=54;WE=11190654;WS=11190636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr1	11205058	rs1057079	C	T	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=86;PP=2412;ReadPosRankSum=1.608;SC=CTCCTGCCATCGCAGTTAATT;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=167;TCR=167;TR=170;WE=11205066;WS=11205048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,192:0.52:367
chr1	11288758	rs1064261	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=637;ReadPosRankSum=1.487;SC=CTCGAATGACGTTAAGGAACG;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=45;WE=11288766;WS=11288748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr1	11292666	rs10864495	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	11294474	rs718206	T	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AGCAACAGACTTTTCTGCAAC;SOR=0.071;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=20;WE=11294482;WS=11294464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	11298790	rs2024627	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTCAACTAGATATTGATCAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=11298798;WS=11298780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	11301714	rs1135172	A	G	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGACTGTGGCATCCACCTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=172;TCR=166;TR=143;WE=11301722;WS=11301704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,149:0.42:358
chr1	11317320	rs2092642	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=2.226;SC=CGGCCAGGCACGGTGGCTCAA;SOR=0.951;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=18;WE=11317328;WS=11317310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr1	11318763	rs2076657	C	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TAGTTCAAACCAAAGAAGACA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=11318771;WS=11318753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	11319587	rs4845988	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTTGTCAGGCAGGGGATTCTA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=11319595;WS=11319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	11561593	rs2817580	G	A	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=76;PP=2636;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CTCACTCGGTGGCCCAGGCCC;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=386;TCF=211;TCR=175;TR=178;WE=11561601;WS=11561583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,189:0.47:398
chr1	11574366	rs10864515	C	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=1033;ReadPosRankSum=0.175;SC=GCTCCTGATACTCCTCTACAT;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=95;TCR=27;TR=58;WE=11574374;WS=11574356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr1	11575331	rs41274530	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=552;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GGTTGGGGAGAAGAGACAGGA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=27;WE=11575339;WS=11575321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr1	11575375	rs2594318	T	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1122;ReadPosRankSum=0.671;SC=GTGGGGTTTGTGTCCCATGAG;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=145;TCF=106;TCR=39;TR=75;WE=11575383;WS=11575365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr1	11579344	rs2072995	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=392;ReadPosRankSum=1.244;SC=GATCCTCAGGGCCCTGCCCCA;SOR=1.286;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=24;WE=11579352;WS=11579334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	11579470	rs2072994	G	A	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=58;PP=2098;ReadPosRankSum=1.843;SC=CGTGTTTGCCGCTCCCGAGCA;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=305;TCF=179;TCR=126;TR=149;WE=11579478;WS=11579460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,156:0.50:314
chr1	11579504	rs2072993	G	C	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=66;PP=2253;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCTGCCCAGGGCCCCATACCC;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=183;TCR=148;TR=145;WE=11579512;WS=11579494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,144:0.43:334
chr1	11584164	rs2076469	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr1	11586585	rs2817636	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GCTCTGTCCCCAACTCCGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=11586593;WS=11586575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	11586677	rs2745260	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=710;ReadPosRankSum=0.943;SC=CCCCGAGTCATGTGTCTTGTC;SOR=0.490;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=55;WE=11586685;WS=11586667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr1	11589911	rs2076468	G	A	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GCGGGAAGCCGGCGGTGCGGC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=86;WE=11589919;WS=11589901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr1	11590919	rs2244397	C	A	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=45;PP=1823;ReadPosRankSum=1.178;SC=ACTGAGTCCCCGTCTCACTGA;SOR=0.993;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=269;TCF=161;TCR=108;TR=124;WE=11590927;WS=11590909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,134:0.48:282
chr1	11593793	rs113116961	T	TGCACACACGCAC	3901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=1589;SC=CAGACACGCATGCACACACAC;SOR=1.358;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=35;WE=11593801;WS=11593783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	11594400	rs2235663	T	C	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;PP=1692;ReadPosRankSum=2.071;SC=TGGGCCACAGTCCCTGCCTGT;SOR=0.619;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=152;TCR=90;TR=112;WE=11594408;WS=11594390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,121:0.48:253
chr1	11594681	rs2817628	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-2.449;SC=CGGCCTGAGTCACAATCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=8;WE=11594689;WS=11594671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	11596762	rs2235666	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=501;ReadPosRankSum=-1.838;SC=GGGCTCTGGACACTTGCACCT;SOR=0.994;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=42;WE=11596770;WS=11596752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr1	11708736	rs1055547	T	C	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGGGGGAGAGTGGAGGCAGGG;SOR=0.469;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=122;WE=11708744;WS=11708726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,126:0.58:218
chr1	11709051	rs56192923	A	AG	267.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.228;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	11709052	.	C	G	154	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.39;NF=8;NR=4;PP=154;QD=15.7309343789;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=12;WE=11709060;WS=11709042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	11709052	.	C	CCCAG	267.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.228;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	11710561	rs9614	T	G	4609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=102;PP=2879;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GCGGCGCCGCTTGCTCAGGAA;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=435;TCF=235;TCR=200;TR=216;WE=11710569;WS=11710551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,230:0.51:454
chr1	11714368	rs2272983	T	G	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=74;PP=2209;SC=GGTCCAGGCGTCGGCTACCTG;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=11714376;WS=11714358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	11718195	rs3125816	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=291;SC=TGTGATCTGCAGCGTCCCACA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=11718203;WS=11718189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	11731927	rs3215521	AG	A	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.907;NF=23;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGCCTGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=1.524;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=24;WE=11731935;WS=11731917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	11734049	rs1063301	C	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TGTCACATAGCTCTGACGTTT;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=22;WE=11734057;WS=11734039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	11735262	rs2233027	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=685;ReadPosRankSum=0.586;SC=AGGGGGGTGACGGGGCTGGGC;SOR=0.409;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=46;WE=11735270;WS=11735252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr1	11735841	rs2233024	C	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1255;ReadPosRankSum=0.025;SC=GTGCCAGCCACTGGGCCCAGC;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=74;WE=11735849;WS=11735831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr1	11737051	rs2294638	G	C	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=97;PP=2420;ReadPosRankSum=-2.666;SC=ACCCCACCCCGACTACACCAC;SOR=0.704;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=328;TCF=128;TCR=200;TR=162;WE=11737059;WS=11737041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,170:0.49:344
chr1	11740358	rs7417320	A	G	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=51;PP=2183;ReadPosRankSum=1.705;SC=CGACCAAAGAATTTTTAAAAG;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=175;TCR=111;TR=129;WE=11740366;WS=11740348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,135:0.45:300
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chr1	11772526	rs1883573	A	G	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=991;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CAGGCTGGGTACTGGGAGGGA;SOR=0.395;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=58;WE=11772534;WS=11772516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr1	11779499	rs4846028	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=736;SC=TTTAAGCTCATTGGGGCTGCC;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=11779507;WS=11779494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	11779762	rs12117076	C	T	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1681;ReadPosRankSum=0.365;SC=AGCGGCCCCGCGGGACTGGGG;SOR=0.442;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=267;TCF=122;TCR=145;TR=124;WE=11779770;WS=11779752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,132:0.48:273
chr1	11782781	rs7533583	G	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr1	11782814	rs7414943	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=0.272;SC=TATGCTCCAGGAAAACTATTT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=34;WE=11782822;WS=11782804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr1	11782886	rs6540990	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	11782891	.	T	TC	63.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	11796168	rs146190997	CGGGCG	C	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=751;SC=GTGGCCGCAACGGGCGGGGCG;SOR=1.893;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=14;WE=11796180;WS=11796158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	11804590	rs17875987	T	G	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.384;SC=CCCCCCACAGTGCGCCAGCTC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=466;TCF=244;TCR=222;TR=221;WE=11804598;WS=11804580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,224:0.48:469
chr1	11807426	rs12752700	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=31;PP=1395;ReadPosRankSum=0.639;SC=GGCCCTGAGACGCCGGAGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=85;WE=11807446;WS=11807416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr1	11824242	rs4845876	A	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=3;PP=638;SC=GAGAGGAGCCACTGAGAGACC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=11824250;WS=11824232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	11824303	rs4845877	T	C	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=25;PP=1995;SC=CAAGAGCAGCTAGGAGTACTG;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=92;WE=11824311;WS=11824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	11824346	rs4845878	G	A	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=51;PP=2965;SC=AGAATGGGGTGGGGTTGAATG;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=109;TCR=51;TR=160;WE=11824354;WS=11824336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	11824556	rs4845879	A	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=74;PP=2208;SC=CTGGATGGGCAGTTACAGGAG;SOR=2.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=98;WE=11824564;WS=11824546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	11824575	rs10864536	T	C	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	11824578	rs11121825	C	T	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11825851	rs10218813	G	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=44;PP=2965;SC=GAGGCCTGGAGAGCTTCGCCT;SOR=1.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=101;TCR=44;TR=145;WE=11825859;WS=11825841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	11826630	rs6668699	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=18;PP=1668;SC=CCAGGAACCCCCCGGTGCTGT;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=11826638;WS=11826620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11827180	rs6540995	A	G	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=52;PP=2965;SC=GGTAGGGGGTAGGAGGTGTTG;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=153;WE=11827188;WS=11827170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	11827304	rs6540996	A	G	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=144;PP=2965;SC=TCACAGCCCCAGAGTCTGAGG;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=114;TCR=144;TR=258;WE=11827312;WS=11827294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	11827355	rs6540997	A	G	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=94;PP=2853;SC=CAGGGGTTGGAGTTGGGGGAC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=139;WE=11827363;WS=11827345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	11828238	rs4845880	G	A	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=68;PP=2773;SC=CAGCTGTTGCGAAAGTGCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=147;WE=11828246;WS=11828228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	11828319	rs4845881	G	A	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=65;PP=2332;SC=CTGCTGGTCCGGAGCTTCCGA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=11828327;WS=11828309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	11831615	rs6667720	C	T	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=84;PP=2965;SC=GATTGCTCAGCGGCTTCTGTC;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=167;WE=11831623;WS=11831605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	11831756	rs6680385	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=741;SC=CCTGAGCTCCACACTGGGCAG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=11831764;WS=11831746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	11832100	rs11121827	T	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=19;PP=1451;SC=TCCCATCTGCTTACTCTCTCT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=74;WE=11832108;WS=11832090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	11832311	rs10779764	G	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=39;PP=1152;SC=GAGCTTGGCTGTGCAGGTAGG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=11832319;WS=11832301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	11836441	rs6699669	TG	CA	7900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=62;PP=2947;SC=AAGAGGGGCCTGAGGCAGCAG;SOR=1.312;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=163;WE=11836450;WS=11836431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	11836628	rs6699881	T	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=92;PP=2680;SC=GGATGCCTGCTGGACACTGGC;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=152;WE=11836636;WS=11836618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	11836682	rs7538516	C	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=63;PP=1837;SC=GCTTTTCCAGCGCCAGTGGGC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=11836690;WS=11836672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	11838848	rs6697244	G	T	7142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr1	11839966	rs4846043	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=21;PP=650;SC=GGCCTGTGGCGTCAGCGGCTG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=11839974;WS=11839956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	11839998	rs4846044	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	11842144	rs10864542	C	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=808;SC=GTGGCCTCCTCTGTTCCCACC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=11842152;WS=11842134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	11844330	rs10864543	C	T	6315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.169;SC=CACTGGGGGCCGTGTTTGCCA;SOR=0.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=212;WE=11844338;WS=11844320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr1	11845113	rs11587953	G	A	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=22;PP=1211;SC=GGCTGGGCCCGGAAGGCCCCC;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=11845121;WS=11845103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	11845169	rs11586659	T	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=58;PP=2504;SC=TCCTGGCCTTTATGGCCCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=135;WE=11845177;WS=11845159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	11847334	rs35134728	G	GGAA	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=762;SC=GGGAATGGGTGGAAGAGGCCG;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=11847342;WS=11847324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11847759	rs3737966	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=132;SC=TCTCTTTGGGCGGCAGGCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=11847767;WS=11847749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	11848879	rs2077360	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=49;PP=1510;SC=TGCCACAGCCACGCACCGTGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=11848887;WS=11848869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	11849447	rs868014	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=57;PP=1718;SC=GGAAGCCGCCAGAGCACCGCG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=11849455;WS=11849437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11854457	rs4846051	G	A	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=130;PP=2965;SC=GGTAAAGAACGAAGACTTCAA;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=267;WE=11854465;WS=11854447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	11854476	rs1801131	T	G	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=1948;ReadPosRankSum=1.111;SC=AAAGACACTTTCTTCACTGGT;SOR=0.783;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=289;TCF=145;TCR=144;TR=131;WE=11854484;WS=11854466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,136:0.45:303
chr1	11854755	rs1994798	G	A	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GAACAAAGATGTATTTGCAAG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=125;TCR=95;TR=96;WE=11854763;WS=11854745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,98:0.44:224
chr1	11856378	rs1801133	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=901;ReadPosRankSum=0.192;SC=GATGAAATCGGCTCCCGCAGA;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=90;TCR=112;TR=81;WE=11856386;WS=11856368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,88:0.41:216
chr1	11860465	rs13306567	C	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=581;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CCCCGACACCCAGGACTGCGA;SOR=1.223;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=26;WE=11860473;WS=11860455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr1	11866183	rs13306560	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=580;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CTCGCCCCACCCGTCTGCAGC;SOR=0.929;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=30;WE=11866191;WS=11866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr1	11867044	rs3737964	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=794;SC=CCCTCACCCCTGAAAGGTTTT;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=11867052;WS=11867034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	11879468	rs78366115	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=937;ReadPosRankSum=1.454;SC=GAGATGCCTTCAAGAGGAGCA;SOR=1.481;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=84;TCF=72;TCR=12;TR=47;WE=11879476;WS=11879458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr1	11879685	rs198393	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=1790;ReadPosRankSum=2.183;SC=AGAAATGGGTCTAACAGTAAG;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=57;WE=11879707;WS=11879675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr1	11879699	rs2050265	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=1790;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CAGTAAGCATAGTATTAGAAG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=49;WE=11879707;WS=11879675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr1	11883731	rs12567136	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=612;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CAATGGATTTCGAGTTATGGG;SOR=0.357;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=41;WE=11883739;WS=11883721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	11884555	rs198400	A	G	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=CTCTTCGTGGAGAAGGAAGGC;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=11884563;WS=11884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	11884619	rs41275474	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=895;ReadPosRankSum=-1.522;SC=AGGTAAGATGGGCTGAGAGGG;SOR=1.282;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=55;WE=11884627;WS=11884609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr1	11886383	rs138460149	C	CTG	2181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.099;NF=1;NR=41;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GGAAACCCGACTGGGAGAAGG;SOR=1.308;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=42;WE=11886391;WS=11886373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr1	11887125	rs41275476	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=562;ReadPosRankSum=-1.696;SC=ATTGGATAACCCGTCTCTCTC;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=34;WE=11887133;WS=11887115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	11887303	rs7537765	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CAGTGAAAGCATTAACCACAC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=17;WE=11887311;WS=11887293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	11888384	rs198401	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=688;ReadPosRankSum=0.945;SC=ACTTCCAGGGACACATCTCAC;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=37;WE=11888392;WS=11888374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr1	11889213	rs41275482	T	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=431;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GACCAGAGCTTCTTTCTGTGG;SOR=1.489;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=24;WE=11889221;WS=11889203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr1	11889468	rs535107	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ACTAATAGATATGTTGGGTTC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=16;WE=11889476;WS=11889458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	11893830	rs74771026	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTCTGCCTCCTGTGTTGGAAG;SOR=0.207;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=11893838;WS=11893820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	11895966	rs41275496	G	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=632;ReadPosRankSum=1.624;SC=AGCACAGCTTGCTCCCAGGGG;SOR=1.854;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=54;TCR=0;TR=30;WE=11895974;WS=11895956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr1	11896345	rs198402	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=0.084;SC=TCTCATCACATGCGACAGGGA;SOR=0.138;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=11896353;WS=11896335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	11897271	rs198405	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=532;ReadPosRankSum=1.817;SC=GGGGTGAGCCTTTGGCTCAGA;SOR=0.756;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=29;WE=11897279;WS=11897261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr1	11897592	rs198406	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=974;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GCCAGGCCAGACCTGACGAAG;SOR=0.947;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=67;WE=11897600;WS=11897582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,71:0.42:170
chr1	11898849	rs198409	T	G	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=117;PP=2907;ReadPosRankSum=0.563;SC=CAACACTAGCTTTGAACCCTG;SOR=0.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=445;TCF=205;TCR=240;TR=208;WE=11898857;WS=11898839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,211:0.46:455
chr1	11900035	rs198410	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=8;PP=1235;SC=TTGGCCTCCAGTGTGTGAGCC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=11900043;WS=11900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	11900142	rs77785799	C	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=58;PP=2177;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TCCTGTCACTCCTGTTCTCGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=194;TCR=124;TR=150;WE=11900150;WS=11900132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,157:0.47:332
chr1	11905981	rs5067	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.342;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=1945;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AAGATGACACAAATGCAGCAG;SOR=0.208;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=47;WE=11906003;WS=11905971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr1	11905995	rs5066	C	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1945;ReadPosRankSum=1.461;SC=GCAGCAGAGACCCCAGGGGAC;SOR=0.501;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=69;WE=11906003;WS=11905971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr1	11906068	rs5065	A	G	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=71;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TGTTATCTTCAGTACTGCAAA;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=317;TCF=176;TCR=141;TR=155;WE=11906076;WS=11906058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,159:0.48:329
chr1	11917620	rs35207557	T	TA	1407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=819;ReadPosRankSum=-1.912;SC=ATAAATACATTAAAAAAATGA;SOR=0.854;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=34;WE=11917628;WS=11917610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr1	11971345	rs4845889	T	C	391.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TTGCATCCTTTGATGCAATCA;SOR=2.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=11971353;WS=11971335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr1	11980449	rs17037529	T	C	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=1823;ReadPosRankSum=0.314;SC=TGGCCAGCTATAGAAATAGGC;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=133;WE=11980457;WS=11980439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,145:0.53:272
chr1	11982544	rs2639453	T	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=33;PP=1959;SC=AAAACACTTGTGCGCGCTCTC;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=109;WE=11982552;WS=11982534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	11983206	rs3795408	A	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=85;PP=2892;SC=GCAGCCCCCCAAAGCTGAGCA;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=11983214;WS=11983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	12004479	.	T	TACACACAC,TACACACACAC	249.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=-0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CATGCACGCGTACACACACAC;SOR=0.199;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=8;WE=12004490;WS=12004469;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.43:23
chr1	12009955	rs7529452	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=916;ReadPosRankSum=-1.982;SC=TCATTCTCTTCGCAGACAGGT;SOR=0.476;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=68;WE=12009963;WS=12009945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr1	12024235	rs1130529	C	T	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=85;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCCTCAGGAACGTCATTGCCC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=195;TCR=177;TR=179;WE=12024243;WS=12024225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,183:0.47:389
chr1	12027204	rs2273293	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=584;ReadPosRankSum=1.242;SC=CCATCAGTGCCGCTCACTGTC;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=30;WE=12027212;WS=12027194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr1	12033113	rs3737961	A	G	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr1	12033120	rs3820190	G	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.48;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr1	12056440	rs2236056	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CGTTGTGACACGGCTGACCTC;SOR=1.463;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=17;WE=12056448;WS=12056430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
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chr1	12071680	rs1042842	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-1.325;SC=CCTAAGTGCCATGTGGGCTCC;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=21;WE=12071688;WS=12071670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	12082926	rs2295283	A	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=91;PP=2897;SC=TGCAGTTCCTAAGAGGAGCTG;SOR=1.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=46;TCR=91;TR=137;WE=12082934;WS=12082916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	12091210	rs946461	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=703;SC=AGGCCCTGCCTTGGTGGGGGC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=12091218;WS=12091200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	12157288	rs11569835	T	C	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.464;SC=AGGGCCTTGTTCTCTCTCCAG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=88;WE=12157296;WS=12157278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,90:0.51:176
chr1	12175729	rs1763642	C	T	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=99;PP=2965;SC=CACCAACTCCCGTGCCCGCTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=206;WE=12175737;WS=12175719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	12183174	rs4846096	A	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=256;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GTGTGAGCCAATGTGCCTGGC;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=14;WE=12183182;WS=12183164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	12183245	rs2486316	G	T	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CCACGGTGTTGCCTCGCTGGA;SOR=0.882;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=153;TCF=111;TCR=42;TR=68;WE=12183253;WS=12183235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr1	12198635	rs6419481	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=630;SC=TTCACCCCAATTGAAGTTTCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=12198643;WS=12198625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	12226940	rs201716195	C	CCAG	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	12248942	rs945439	A	G	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1288;ReadPosRankSum=1.567;SC=GCTGCAGCAAATGCTCGCCGG;SOR=0.439;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=93;WE=12248950;WS=12248932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,103:0.47:221
chr1	12248965	rs945438	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.307;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=980;ReadPosRankSum=0.273;SC=GAGGGCAGCCACGGGGGCACT;SOR=0.384;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=138;TCF=46;TCR=92;TR=69;WE=12248973;WS=12248955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr1	12249020	rs1815530	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GGGGCTGGGGCGCAAGAGCAT;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=24;WE=12249039;WS=12249010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr1	12249031	rs1201157	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GCAAGAGCATAGCCCTTGATT;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=24;WE=12249039;WS=12249010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	12250888	rs5746014	T	C	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TCTGAGGAATTGGAACTCCAC;SOR=0.915;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=77;WE=12250896;WS=12250878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr1	12250979	rs5746016	C	T	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=74;PP=2388;ReadPosRankSum=0.465;SC=GCAGAAGGCTCGCCCAGCTGA;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=341;TCF=191;TCR=150;TR=172;WE=12250987;WS=12250969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,181:0.51:356
chr1	12251765	rs498906	T	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.159;SC=TGCTGGGCTGTCTGGGAGGGC;SOR=1.062;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=63;WE=12251773;WS=12251755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr1	12251808	rs653667	T	G	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GCGTGACCGTTTGCCGCCCTC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=111;WE=12251816;WS=12251798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,114:0.53:215
chr1	12252333	rs112033722	CTG	C	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.533;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr1	12252892	rs1768642	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=319;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCCCTGCTGCCTCCTGACCAA;SOR=1.802;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=19;WE=12252900;WS=12252882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	12252955	rs1061622	T	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=989;ReadPosRankSum=0.097;SC=AATGCAAGCATGGATGCAGTC;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=66;WE=12252963;WS=12252945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,69:0.46:151
chr1	12253351	rs636964	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GTGCGTGGGCTGGATGCAGTG;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=18;WE=12253359;WS=12253341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	12254201	rs2275416	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AGCTGGATATGGGGGTCCTTG;SOR=0.078;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=18;WE=12254209;WS=12254191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	12389831	rs369267836	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.804;SC=ATCAGCAAAAGGCAGTTTTGG;SOR=0.597;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=107;TCR=49;TR=75;WE=12389839;WS=12389815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr1	12401868	rs28551666	A	C	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=84;PP=2965;SC=GCCGGCAGCCATTTGTCCCCT;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=146;TCR=84;TR=230;WE=12401876;WS=12401858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	12418700	rs10864552	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=344;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AACCATTGGCTGATGACCTCA;SOR=0.388;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=30;WE=12418708;WS=12418690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	12567232	rs7554257	A	G	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=81;PP=2965;SC=CTCAGCAGGAACTCATTTAGG;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=110;TCR=81;TR=191;WE=12567240;WS=12567222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	12628471	rs4072868	A	C	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr1	12632992	rs4846122	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCTGTCTGAGAGATTCGAGGC;SOR=2.239;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=24;WE=12633000;WS=12632982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	12638578	.	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.286;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr1	12638964	rs2275875	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=76;PP=1953;SC=CCAGCATACGTGGCAGGAAGG;SOR=1.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=12638972;WS=12638954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	12639018	rs2275874	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=0.558;SC=GTGGAGCAGCCGCAGCTCTGA;SOR=1.056;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=23;WE=12639026;WS=12639008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	12639168	rs3128461	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=29;PP=1907;SC=AGTCTGATGTATCCTAGAGCT;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=98;WE=12639176;WS=12639158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	12639197	rs144457264	GCCA	G	1550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=836;ReadPosRankSum=0.621;SC=GTCTTGTCTGGCCACCTTGTT;SOR=0.979;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=24;WE=12639207;WS=12639187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr1	12639226	rs61776831	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=794;ReadPosRankSum=-1.528;SC=TCCCTGCTGGCCTGAGCCCAA;SOR=1.291;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=167;TCF=114;TCR=53;TR=56;WE=12639234;WS=12639216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,61:0.34:179
chr1	12640650	rs11540058	C	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1535;ReadPosRankSum=1.344;SC=GGATCTCCTCCGTCGTCTCCT;SOR=0.394;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=227;TCF=90;TCR=137;TR=107;WE=12640658;WS=12640640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,119:0.49:245
chr1	12776218	rs3000860	A	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=402;SC=CAGCAGCCTGAGTGTTCTCAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=12776226;WS=12776208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	12776344	rs3000859	A	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1185;ReadPosRankSum=0.228;SC=TGCTGTTGACATGGGTGAGTT;SOR=1.121;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=84;WE=12776352;WS=12776334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,84:0.45:187
chr1	12779560	rs3010876	T	C	9959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.48;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	12779560	.	TCCC	CCCC,CCCT	2008	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=120,64;NR=141,71;PP=1533,2008;QD=6.00678625497;SC=TAAAGTATGATCCCGATGTTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=120;TCR=141;TR=261,135;WE=12779571;WS=12779550;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:261
chr1	12779563	rs78912772	C	T	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,144:0.54:266
chr1	12779618	rs3010877	T	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=105;PP=2965;SC=GCTGTACCAATCCAAGGCATC;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=55;TCR=105;TR=160;WE=12779626;WS=12779608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	12785093	rs4361998	T	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=773;SC=TTTCACAAAGTGAAGTGAATG;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=12785101;WS=12785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	12785494	rs7513079	G	T	8005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.625;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=0.369;SC=ATCTGCTACTGTTTTTTTCAA;SOR=1.171;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=133;TCR=195;TR=319;WE=12785502;WS=12785482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,307:0.98:313
chr1	12786070	rs3000930	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=165;SC=GCTAGGGAGGAGGTAGAGGTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=12786078;WS=12786060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	12815827	rs3795747	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=0.801;SC=GGGGACACCAGCCAGCTTCTT;SOR=0.094;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=16;WE=12815835;WS=12815817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	12820870	rs1132185	T	C	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=163;PP=2965;SC=CCTGCATCCTTTCCCACACTT;SOR=1.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=85;TCR=163;TR=248;WE=12820878;WS=12820860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	12835158	rs77870074	G	A	5824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,155:0.48:322
chr1	12835168	rs17346571	C	A	5979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=2.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,162:0.50:326
chr1	12835868	rs1812242	T	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=69;PP=1325;ReadPosRankSum=0.554;SC=AAGAATGGGATGCTGGATGAA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=84;TCR=135;TR=110;WE=12835876;WS=12835846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,119:0.51:232
chr1	12837471	rs79193271	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-6.153;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,5:0.10:50
chr1	12837475	rs78132363	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-6.543;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,6:0.11:54
chr1	12837547	rs200191720	TG	CA	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=7.263;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-11.208;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,10:0.07:150
chr1	12837564	rs200704680	G	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-11.794;QD=2.81;ReadPosRankSum=-3.149;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,24:0.13:183
chr1	12837570	rs201212047	GA	AG	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-11.895;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.591;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,24:0.13:186
chr1	12837619	rs199506940	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-12.328;QD=3.31;ReadPosRankSum=3.528;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,30:0.14:208
chr1	12837634	rs848578	T	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1247;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGCCCAAGATTATTGTGTTCA;SOR=0.756;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=84;WE=12837642;WS=12837624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
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chr1	12837664	rs201781857	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-10.834;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,30:0.16:189
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chr1	12837728	rs77317880	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-5.638;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.414;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,15:0.11:132
chr1	12837840	rs848577	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.373;NF=4;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=0.779;SC=CAATGTGAACGGGAAAGGAAA;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=12837848;WS=12837810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	12854383	rs200095016	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQRankSum=-3.045;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr1	12854400	rs201043652	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=8.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQRankSum=-3.084;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr1	12854413	rs199957996	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQRankSum=-3.190;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,6:0.09:64
chr1	12854414	.	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQRankSum=-3.190;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,6:0.09:64
chr1	12854428	rs1769774	C	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.978;NF=48;NR=22;PP=1542;ReadPosRankSum=0.448;SC=CATGTCCTGGCCACGTCTGAT;SOR=1.392;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=70;WE=12854440;WS=12854418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,71:0.91:78
chr1	12854530	rs1063776	C	G	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=TAATGAACTCCAAGGACGGTT;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=170;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	12854544	rs1063778	T	C	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.176;NF=77;NR=85;PP=2574;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACGGTTAGTTGCCAAATTCA;SOR=0.532;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=162;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr1	12888601	rs113914674	G	GC	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.7450;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=800;SC=AGCAGGCTCCGCCCGCAAGCT;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=12888613;WS=12888591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	12888706	rs61777005	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.43;MQRankSum=0.150;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	12907282	rs139731855	G	C	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQRankSum=-7.822;QD=21.90;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,83:0.56:148
chr1	12907284	rs149796618	TG	CC	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQRankSum=-7.776;QD=22.54;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,82:0.56:147
chr1	12907316	rs112607517	T	C	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-10.892;NF=46;NR=43;ReadPosRankSum=2.415;SC=TTCCTCAGCCTCTTTTTCATC;SOR=0.342;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=186;TCF=108;TCR=78;TR=89;WE=12907324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,91:0.47:193
chr1	12907350	rs2359486	CA	TG	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.251;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.475;NF=28;NR=42;PP=2113;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TCCAGCTGGTCATCCCCCTGA;SOR=0.973;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=70;WE=12907359;WS=12907340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,75:0.37:203
chr1	12907370	rs2076063	A	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=35.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-12.805;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=1.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,54:0.26:204
chr1	12907379	rs74055698	TC	CA	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=55.518;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQRankSum=-11.572;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=2.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,44:0.22:202
chr1	12907385	rs150590256	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=57.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=-10.997;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=3.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,38:0.19:201
chr1	12907400	rs149302457	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=36.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=-9.411;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=2.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,29:0.14:208
chr1	12907408	rs146075045	T	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=47.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-7.914;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=4.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,20:0.09:212
chr1	12907777	rs28391533	T	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=147.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQRankSum=-14.096;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.182;SOR=8.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,83:0.34:242
chr1	12907781	rs28441396	T	C	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=102.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQRankSum=-14.243;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.640;SOR=4.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,95:0.37:257
chr1	12907798	rs150096254	A	C	6486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=36.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=-10.467;QD=20.40;ReadPosRankSum=-2.720;SOR=1.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,161:0.51:318
chr1	12907802	rs138087690	CC	TT	6758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=35.311;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQRankSum=-9.958;QD=20.61;ReadPosRankSum=-2.708;SOR=1.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,171:0.52:328
chr1	12907837	rs1736811	C	T	7232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.640;NF=194;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CGTACATCTCCGCTGCTGATC;SOR=1.325;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=470;TCF=284;TCR=186;TR=298;WE=12907845;WS=12907827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,309:0.64:486
chr1	12907885	rs848418	T	C	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=4.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=3.307;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,158:0.27:596
chr1	12908236	rs1736809	G	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=10.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQRankSum=-6.916;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.351;SOR=2.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr1	12908243	rs1736808	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=11.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.99;MQRankSum=-6.969;QD=15.93;ReadPosRankSum=2.467;SOR=2.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr1	12908249	.	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQRankSum=-3.144;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,12:0.13:93
chr1	12919095	rs116865587	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-6.409;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,22:0.21:105
chr1	12919173	rs9308464	AG	GA	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-3.737;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr1	12919186	rs200051529	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-2.278;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr1	12920982	.	GT	G	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.698;NF=7;NR=0;PP=822;ReadPosRankSum=1.296;SC=ACAAACTTGTGTTTGGTTGAA;SOR=0.114;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=7;WE=12921006;WS=12920972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr1	13183439	rs28713604	T	C	14461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.552;NF=320;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TATGCGCTGGTGTTTCGAGGG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=534;TCF=322;TCR=212;TR=530;WE=13183447;WS=13183429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,526:1.00:528
chr1	13183511	rs72864546	T	C	7628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.148;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.569;NF=106;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GTACATCCCATCATAATAATC;SOR=1.061;SbPval=0.85;Source=Platypus;TCF=276;TR=263;WE=13183519;WS=13183501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,228:0.42:544
chr1	13183528	rs76937665	A	C	6527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=17.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=-11.581;QD=13.19;ReadPosRankSum=-2.665;SOR=1.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,177:0.36:495
chr1	13183532	rs77505369	CC	TT	5918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=22.139;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=-12.256;QD=12.31;ReadPosRankSum=-2.291;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,159:0.33:481
chr1	13183567	rs78160026	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=47.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-16.210;QD=4.06;ReadPosRankSum=-3.613;SOR=3.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,74:0.18:412
chr1	13183573	rs76669210	G	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=95.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-15.993;QD=3.17;ReadPosRankSum=-2.557;SOR=5.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,51:0.14:376
chr1	13183966	rs80025711	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=16.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.17;MQRankSum=3.026;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	13183973	rs3929664	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=19.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQRankSum=-1.597;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.968;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	13802325	rs3013105	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CAGTCATCCTTGTCCTCGTCT;SOR=0.542;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=36;WE=13802333;WS=13802315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr1	13839382	rs2990682	C	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=-0.609;SC=ACGGCTCCTCCCACCCAGACT;SOR=1.889;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=21;WE=13839390;WS=13839372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	13839419	rs139328962	C	CCCCT	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=17.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=2.439;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr1	13910417	rs355025	C	T	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.308;SC=CTCCGGCCCCCCCACCGTCGC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=191;TCR=154;TR=178;WE=13910425;WS=13910402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,182:0.52:351
chr1	13910741	rs150088145	CGGA	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=262;ReadPosRankSum=0.399;SC=GGCTGAGCGCCGGAGGAGGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=13910751;WS=13910731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	13936822	rs404658	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TAAGGCAGGGGATATATTTTA;SOR=0.873;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=17;WE=13936830;WS=13936812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	13937089	rs2487643	G	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCAACAAATAGAATAATCAAT;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=7;WE=13937097;WS=13937079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	13940864	rs2486188	C	G	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=95;PP=2965;SC=TTCATTGGTGCAATCATCGTT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=122;TCR=95;TR=216;WE=13940872;WS=13940854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	14042309	rs7411176	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.676;SC=GTGGGTTGGCGTTTCTGTGGT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=14042317;WS=14042299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	14059395	rs33969518	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GTAATTCTGATTCTTTGTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=14059403;WS=14059385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	14096821	rs1210110	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=-1.913;SC=ATAGCACTTATGTTTTAGACA;SOR=0.773;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=34;WE=14096829;WS=14096811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr1	14099763	rs10803426	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=676;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TTTATATTGTCCTTCTGAGAA;SOR=0.437;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=42;WE=14099771;WS=14099753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr1	14105139	rs2076324	T	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;PP=2426;ReadPosRankSum=3.229;SC=AAGAAGAAGATGATGATGATG;SOR=0.694;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=355;TCF=177;TCR=178;TR=164;WE=14105147;WS=14105126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,126:0.39:319
chr1	14105298	rs1203678	G	A	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=90;PP=2839;ReadPosRankSum=-1.407;SC=ACTGCTCAGAGGTAACACCTG;SOR=0.673;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=339;TCF=174;TCR=165;TR=179;WE=14105306;WS=14105288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,188:0.53:352
chr1	14106394	rs2308040	A	ACTC	11446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=106;PP=2970;ReadPosRankSum=0.504;SC=AGATAAACTAACTCCTGCAGG;SOR=0.709;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=169;TCF=53;TCR=116;TR=148;WE=14106409;WS=14106384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr1	14109114	rs1203651	A	G	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2098;ReadPosRankSum=1.214;SC=GCAAAACATCACGGAGCCTGC;SOR=0.597;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=312;TCF=159;TCR=153;TR=155;WE=14109122;WS=14109104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,164:0.50:329
chr1	14143003	rs1046331	A	G	8255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=156;PP=2965;SC=TCAAAGCTCCAGCTGCAGCCC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=144;TCR=156;TR=299;WE=14143011;WS=14142993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	14149505	rs2697970	C	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=615;SC=TCACTGTGAACATTCATCAAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=14149513;WS=14149495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	14149601	rs2697969	C	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=50;PP=2715;SC=CCACCATGGTCGGCACTGAAT;SOR=1.305;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=148;WE=14149609;WS=14149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	14149622	rs2697968	T	C	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=75;PP=2956;SC=GTGTGCTTACTGTTATTATTT;SOR=0.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=179;WE=14149630;WS=14149612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	14507057	rs10928050	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1047;ReadPosRankSum=0.297;SC=GTTCCATGATATTGATGAGGC;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=68;WE=14507065;WS=14507047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,69:0.42:165
chr1	15251078	.	CGCGGG	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.608;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	15370458	rs41310369	G	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=554;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TAACACCCACGGTGCTCTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=40;WE=15370466;WS=15370448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr1	15427934	rs10927676	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=519;ReadPosRankSum=1.128;SC=CCTCCCCCAACCCCATTGCTT;SOR=0.990;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=29;WE=15427942;WS=15427924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	15428358	rs477953	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=753;SC=GTCCACCCACTACCCGTCTAT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=15428366;WS=15428348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	15438990	rs10803354	G	A	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=104;PP=2965;SC=CGTCACGCGGGCAGGAAAGGA;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=149;TCR=105;TR=253;WE=15438998;WS=15438980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	15497727	rs6429722	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=52;PP=2285;SC=GCCTGGAAGATCGCTGTTTGA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=120;WE=15497735;WS=15497717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	15497832	rs41307794	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=567;ReadPosRankSum=-1.250;SC=AGGGGTTTGTTATAGGAATTA;SOR=0.499;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=38;WE=15497852;WS=15497822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr1	15497844	rs10429935	T	A	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=47;PP=1550;SC=TAGGAATTAGTTCTTATGCAT;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=15497852;WS=15497822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	15541537	rs3753314	C	T	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=40;PP=2083;SC=GCCTTGTATACATTTATTTTC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=15541545;WS=15541527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	15546077	rs3753313	G	A	15275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=257;NR=289;PP=2965;SC=GACTGAAACCGCTGAAAGTTC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=546;TCF=257;TCR=289;TR=546;WE=15546085;WS=15546060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr1	15573758	rs1780597	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	15573769	rs1752017	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	15573775	rs1780598	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	15573950	rs1780599	A	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=1.022;SC=GGGGCGGCCCAGCGAGGACTA;SOR=0.709;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=11;WE=15573958;WS=15573940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	15574076	rs1752016	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	15578195	rs1622686	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=0.298;SC=TTCATTCATTTTAAGTATGAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=15578203;WS=15578185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	15598712	rs147237287	C	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=514;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGAGGATTGTCGTGATGATCT;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=27;WE=15598720;WS=15598702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr1	15599025	rs75432354	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=0.118;SC=ATCCACCTCCGGTGAGTCCGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=15599033;WS=15599015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	15616139	rs486557	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1596;ReadPosRankSum=0.642;SC=GACGACGCCCGCAAGCCACCC;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=94;TCR=128;TR=111;WE=15616147;WS=15616129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,122:0.51:239
chr1	15616183	rs487338	T	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=801;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GGGCTGCCATTGGTGGCTTGG;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=55;TCR=92;TR=68;WE=15616191;WS=15616173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr1	15650784	rs3765354	T	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	15650791	rs3765355	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	15651062	rs3765356	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=972;ReadPosRankSum=0.964;SC=TCAGGTAGGCATGTTCCAGAG;SOR=0.448;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=64;WE=15651070;WS=15651052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr1	15653503	rs7532559	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=752;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CGCTGCCCCCACTTGCCGGCC;SOR=0.420;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=58;WE=15653511;WS=15653493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr1	15653563	rs3765357	C	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1336;ReadPosRankSum=0.478;SC=AGCTGGAGCACTTCAGAAGTC;SOR=0.580;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=97;WE=15653571;WS=15653553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,102:0.50:202
chr1	15654737	.	CT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.055;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	15668276	rs763821	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=551;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTTTACTGCAGGAAAAGCTGC;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=43;WE=15668284;WS=15668266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,48:0.41:118
chr1	15687059	rs4661330	A	G	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=43;PP=2013;ReadPosRankSum=1.054;SC=CACGGGTTTGAAGAAGAGATC;SOR=0.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=221;TCF=148;TCR=73;TR=123;WE=15687067;WS=15687049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,124:0.53:232
chr1	15702297	rs2496342	T	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=882;ReadPosRankSum=0.402;SC=GACACTAGCTTCGTTCCCTGG;SOR=0.925;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=52;WE=15702305;WS=15702287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr1	15707137	rs3737690	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=636;ReadPosRankSum=-2.613;SC=CTTTAGCTTCCAGTCATAGAA;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=47;WE=15707145;WS=15707127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr1	15707984	rs2473333	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=1.475;SC=AGAAAGGCCCGGGCCTCCCTT;SOR=1.332;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=23;WE=15707992;WS=15707974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	15708540	rs1010294	A	G	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1657;ReadPosRankSum=-2.199;SC=CAAAGTGTCCATTGAGATGTA;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=126;WE=15708548;WS=15708530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,135:0.53:253
chr1	15709555	rs3820067	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=849;ReadPosRankSum=0.300;SC=AGCATGGTACAGGAGTCAGCC;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=62;WE=15709563;WS=15709545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr1	15710411	rs2496338	G	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1022;ReadPosRankSum=0.136;SC=TTCTCCTGCTGTCTGCAGGGT;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=73;WE=15710419;WS=15710401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,78:0.52:151
chr1	15710493	rs3831918	CAT	C	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=558;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGTACATTCTCATGTGTGTGT;SOR=0.997;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=14;WE=15710502;WS=15710483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	15714716	rs72643654	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GCCTGCACGCGCTGCCCAAGG;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=13;WE=15714724;WS=15714706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	15714831	.	C	CCCTT	2220	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=61.08;NF=32,32;NR=7,7;PP=2220,544;QD=57.5384615385;SC=CTCCCTCCCTCCCCTCCCCAG;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=39,39;WE=15714850;WS=15714821;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr1	15714831	rs6669577	C	T,CCATT	3182.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=32,32;NR=7,7;PP=2220,544;SC=CTCCCTCCCTCCCCTCCCCAG;SOR=1.416;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=39,39;WE=15714850;WS=15714821;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.28,0.72:81
chr1	15714842	rs3002000	G	C	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.444;NF=52;NR=17;PP=2209;ReadPosRankSum=3.806;SC=CCCTCCCCAGGCCCTGCCCCA;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=69;WE=15714850;WS=15714821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,85:0.67:126
chr1	15717838	rs2473338	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.440;NF=1;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.269;SC=TTGAGACGGAATCTCACTCTG;SOR=0.184;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=15717846;WS=15717828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	15723843	rs2294490	G	A	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=28;PP=1438;ReadPosRankSum=0.106;SC=GAGAGATGCTGAGGAAAGAGA;SOR=1.311;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=90;WE=15723851;WS=15723833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,93:0.48:192
chr1	15724033	rs2253372	A	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=987;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CTAGTGTTTCATTTCCTAGAC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=59;WE=15724041;WS=15724023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr1	15754484	rs2473356	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=0.432;SC=CGCCCTTGCTTTGCAGCAGCC;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=33;WE=15754492;WS=15754474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr1	15769876	rs35149641	G	GC	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=18;PP=2001;SC=TGGGGCCAGGGCCTCCTGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=47;WE=15769884;WS=15769866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	15783096	rs5772641	GA	G	6624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=-0.403;QD=21.94;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,288:0.95:302
chr1	15783117	rs5772642	C	CA	15000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=151;PP=2967;SC=TATTTGGACACAGCTCTTTTT;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=90;TCR=154;TR=240;WE=15783125;WS=15783107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	15788269	rs3737696	A	C	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=78;PP=2965;SC=TAACCACTATACTGGCTGAGA;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=153;WE=15788277;WS=15788259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	15798433	rs3820070	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.818;NF=17;NR=8;PP=421;ReadPosRankSum=0.220;SC=GAAACTGCCATGCACAGCTCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=25;WE=15798441;WS=15798423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr1	15808198	rs7520335	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=479;SC=CTTCTTTGTCCGTGACCTCTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=15808206;WS=15808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	15808702	rs4661635	C	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=16;PP=2155;SC=CTATCCCTAGCATTATTCAAA;SOR=2.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=84;TCR=16;TR=100;WE=15808710;WS=15808692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	15808767	rs3820071	G	A	10288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=232;NR=124;PP=2965;SC=CAGCTCCTCCGGGATCTACCG;SOR=1.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=233;TCR=124;TR=356;WE=15808775;WS=15808757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	15808872	rs3766160	G	A	14210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=225;NR=292;PP=2965;SC=CTGGAACTCCGACCAGGTCTC;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=517;TCF=225;TCR=292;TR=517;WE=15808880;WS=15808862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr1	15809876	rs10927792	G	A	6086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.248;NF=120;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GCTACGTCACGGGCTGGGGAA;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=224;WE=15809884;WS=15809866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr1	15812432	rs6429745	A	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=42;PP=2153;SC=AAGCAGGGCCAGTTGCTGGTT;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=121;WE=15812440;WS=15812422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	15813751	rs2011159	C	T	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=83;PP=2965;SC=CCTCCCACTTCAACTCCCTAT;SOR=1.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=187;TCR=83;TR=270;WE=15813759;WS=15813741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	15813969	rs3737704	A	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=98;PP=2914;SC=CAAGGCACTGACCTGCTCACC;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=16;TCR=98;TR=114;WE=15813977;WS=15813959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	15820576	rs2020900	T	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=33;PP=1054;SC=CCATGCACGCTGGCTCGGGCG;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=15820584;WS=15820566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	15820607	rs2020895	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=409;SC=CTTGACTCATACATACATCCA;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	15820618	rs2020898	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=353;SC=CATACATCCAACAGGAGCAGC;SOR=1.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	15822073	rs4646090	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=207;SC=TGGGACCCCAAACTCATTAAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=15822081;WS=15822063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	15832383	rs1800614	G	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=0;PP=954;SC=TTTCCACAAAGCCAAGGGTGT;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=37;WE=15832391;WS=15832373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	15832543	rs1052576	T	C	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.053;SC=GTGGTCCTGCTGCGCCAGCTC;SOR=0.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=409;TCF=206;TCR=203;TR=407;WE=15832551;WS=15832533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr1	15834297	rs2020903	G	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=8;PP=1529;SC=CACCTGCAGGGAAGGACCTGA;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=15834305;WS=15834287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	15834491	rs4646032	G	A	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=105;PP=2965;SC=CCCCAAGAACGGAGCAGCGAG;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=180;WE=15834499;WS=15834481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	15844615	rs1132312	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=22;PP=1554;ReadPosRankSum=0.846;SC=CGACATCACCAAATCCTCCAG;SOR=1.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=84;WE=15844623;WS=15844605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,85:0.96:89
chr1	15844926	rs1820205	C	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=51;PP=1570;SC=TAATTATCCACGTACTTTTAT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=15844934;WS=15844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	15845022	rs112189619	C	CTGAG	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.13;NF=0;NR=18;PP=1042;SC=TGCAGGTGCACTGTGTGCCAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=15845030;WS=15845012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	15850483	rs4645985	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=244;SC=CCACAGGGAAGGCTAGGCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=15850491;WS=15850473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	15850553	rs4645984	C	CGGGGGCG	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=980;SC=GACAGGGGGCCGGGGGCGCAC;SOR=1.358;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=18;WE=15850561;WS=15850543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	15850613	rs1052571	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=26.62;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	15863351	rs112015425	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.916;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr1	15873386	rs7515244	A	G	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	15874961	rs2295626	T	A	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=88;PP=2510;SC=TTTCTTCACATTTTATCCCAA;SOR=1.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=123;WE=15874969;WS=15874951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	15909547	rs6429756	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=293;SC=TAAAATAAATGAATTACAATG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=15909555;WS=15909537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	15909624	rs111921608	TGAGTACAG	T	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=7;PP=2957;SC=CTCAAGCCCCTGAGTACAGGA;SOR=1.845;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=20;WE=15909639;WS=15909614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	15909850	rs6429757	C	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=44;PP=1270;SC=TTGACTGTCCCAAGCATCACT;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=76;WE=15909858;WS=15909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	15909895	rs6429758	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=651;SC=CCGAATCTGCAGAAGGAAGAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=15909903;WS=15909885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	15911031	rs10927808	T	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=3;PP=1381;SC=AGGGTCCAGGTAAATCAACCA;SOR=5.018;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=52;WE=15911039;WS=15911022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	15911349	rs3737705	G	A	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=48;PP=1462;SC=TCCGGGGCGCGTCGGAAGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=15911357;WS=15911339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	15911493	rs6687474	A	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	15959886	rs3795762	C	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-1.720;SC=TACTGATAAACGTTGAAAATA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=25;WE=15959894;WS=15959876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr1	16011005	.	G	GGGC	3061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=45.03;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	16065303	rs147907985	ACACACT	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=700;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ACACACTCTCACACACTCACA;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=16065316;WS=16065293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	16095267	rs184739588	A	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GTAGTTCGGCATCCATTTAAT;SOR=1.854;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=29;WE=16095275;WS=16095257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr1	16095305	rs139231382	A	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=4;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TTTTCCCTTTATACCTAAATT;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=16095324;WS=16095295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	16095316	rs2271545	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=495;SC=TACCTAAATTCTATTTAAAAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=16095324;WS=16095295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	16096893	rs12146078	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CCTGTGTCTCCCCTACCCCAG;SOR=0.215;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=20;WE=16096901;WS=16096883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	16096934	rs10927851	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=22;PP=1539;SC=AAGACCGTGTCCCCCCGAGAG;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=16096942;WS=16096924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	16097237	rs10803398	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=404;SC=GAAGGCGATTGGTTTCCTAGG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=16097245;WS=16097227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	16101522	.	G	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQRankSum=-2.450;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	16256007	rs848209	T	C	7947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=135;PP=2965;SC=CTGGGAGAACTAGCAGGTGAA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=143;TCR=135;TR=278;WE=16256015;WS=16255997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	16259813	rs848210	A	G	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=82;PP=2965;SC=CCCTGAATCCAACCAAGCTCA;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=119;TCR=82;TR=200;WE=16259821;WS=16259803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	16265422	rs848214	A	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=106;PP=2965;SC=GGTGGGGCTGATCAGGGTAGG;SOR=1.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=51;TCR=106;TR=157;WE=16265430;WS=16265412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	16271260	rs9661939	G	A	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CCCGGCACGAGAAGGGCTTCT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=221;WE=16271268;WS=16271250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr1	16272250	rs848217	A	G	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=60;PP=2850;SC=CAGCTTCTGCAGCAGCCATGC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=153;WE=16272258;WS=16272240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	16358520	rs12131197	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=879;SC=AAATCATGGCTACCCTCCCTT;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=16358528;WS=16358510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	16359052	rs10927893	A	G	9361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TGACACACGCAGCCCCCGGGG;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=322;TCF=115;TCR=207;TR=321;WE=16359060;WS=16359042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr1	16361875	rs11807054	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=32.62;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	16361916	rs11811753	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.806;NF=19;NR=11;PP=349;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SOR=1.171;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=30;WE=16361924;WS=16361906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr1	16362621	rs2009044	G	A	16808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=357;NR=240;PP=2965;SC=GAAGAAACTCGGGCTGAGAAA;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=599;TCF=357;TCR=242;TR=597;WE=16362629;WS=16362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr1	16363350	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.34;MQRankSum=1.597;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.361;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	16370899	rs945394	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=624;SC=TTCATGGGTGGGGAGAGCACT;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=16370907;WS=16370889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	16371067	rs2015352	G	T	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=95;PP=2965;SC=CCCTGTCCCCGCATCCGCCGA;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=116;TCR=96;TR=210;WE=16371075;WS=16371057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	16371932	rs6604909	A	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=871;SC=ACCCCAGAGTATACCACCAAG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=16371940;WS=16371922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	16372003	rs6604910	G	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=28;PP=1905;SC=GGATGGGACTGTCTGTGCCTC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=86;WE=16372011;WS=16371993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	16372283	rs6604911	T	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=2.194;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr1	16373124	rs5257	A	G	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=128;PP=2965;SC=CTTTCTCTTCAGGCTTCTCTC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=177;TCR=128;TR=304;WE=16373132;WS=16373114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	16373199	rs35820664	CCTT	C	14549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=181;PP=2948;SC=CTGGCCAAAACCTTCTCAGAT;SOR=0.964;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=210;TCF=25;TCR=185;TR=206;WE=16373209;WS=16373189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	16373282	rs2095540	A	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=79;PP=2433;SC=TGGCTTGCCCAAAGGGACACA;SOR=3.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=14;TCR=79;TR=93;WE=16373290;WS=16373272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	16374533	rs2014562	G	C	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.72;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	16374622	rs2863440	C	G	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=37;PP=1600;SC=ACGAAAGCTGCGTCAGAGGGG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=16374630;WS=16374612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	16374656	rs2902490	A	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=23;PP=1317;SC=CCTGCCTTCCAGGAACTCAGT;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=62;WE=16374664;WS=16374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	16374994	rs1889788	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.67;QD=31.04;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	16375063	rs1889789	CA	GC	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=29;PP=2031;SC=ACAGTCTTTGCAGCTCCCTTC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=60;WE=16375072;WS=16375053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	16375210	rs9633514	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=0.287;SC=CCCCGCCTTGGGCACAGCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=16375218;WS=16375200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	16376191	rs7367494	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.44;QD=30.85;SOR=5.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	16376230	rs59006537	A	AT	6822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=33;PP=2966;SC=TGAGAGTCCAAAAGGCATTCC;SOR=2.192;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=98;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	16376232	rs59924562	A	T	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.78;QD=44.08;SOR=2.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	16376238	rs34589727	TC	T	5009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=37;PP=2975;SC=CAAAAGGCATTCCCCCCAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=97;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	16376278	rs7365182	G	A	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=6.843;NF=157;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=3.393;SC=TACTGGGGTCGGGCTCTGGGC;SOR=0.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=157;TCR=97;TR=254;WE=16376286;WS=16376268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,253:0.98:258
chr1	16376319	rs7368151	T	C	10225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.959;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=16.570;NF=199;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=3.356;SC=GGGGTCTCTGTGGCATCCTGG;SOR=0.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=200;TCR=170;TR=369;WE=16376327;WS=16376309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,380:0.98:387
chr1	16376458	rs7368166	T	C	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=75;PP=2333;SC=AGCTCCCCCCTCACCGTACTC;SOR=3.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=86;WE=16376466;WS=16376441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	16377108	rs35480349	G	C	4613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.990;SC=AAGGGGCCTTGAGTGGGGTGG;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=490;TCF=230;TCR=260;TR=220;WE=16377116;WS=16377098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,229:0.45:507
chr1	16379008	rs2050522	C	T	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=61;PP=1758;SC=TAGCTGACCTCGGACATGGGG;SOR=4.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=66;WE=16379016;WS=16378998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	16380196	rs5253	T	C	10381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=245;PP=2965;SC=GCCAAGGACATGCCACTGGAG;SOR=1.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=147;TCR=246;TR=392;WE=16380204;WS=16380186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	16380243	rs2275166	A	G	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=-10.035;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.429;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,76:0.45:170
chr1	16380252	rs2275167	C	T	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-9.983;QD=17.96;ReadPosRankSum=0.240;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr1	16381718	rs1414498	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.43;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	16381718	.	TCCTC	CCCTC,CCCTT	346	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=24,16;NR=3,0;PP=177,346;QD=7.84337824249;SC=CACTCAGCCATCCTCAGCTAC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27,16;WE=16381730;WS=16381711;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:27
chr1	16381722	rs12691552	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=11.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.211;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	16381792	rs12047858	T	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=1086;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAGTTTCCTGTCCTTTATAAT;SOR=0.374;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=67;WE=16381800;WS=16381782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr1	16381816	rs12029508	C	T	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=30;PP=1605;ReadPosRankSum=0.769;SC=TGACAATAGTCACAATAGCCC;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=123;TCR=51;TR=95;WE=16381824;WS=16381806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,98:0.55:178
chr1	16382086	rs2297727	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GAGAGGGGCCCGCTGATATCC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=73;WE=16382094;WS=16382076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr1	16382730	rs12030469	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=827;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CCTGCGGCCCCGCCCAGACCC;SOR=1.893;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=34;WE=16382738;WS=16382726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr1	16382791	rs12023153	G	C	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=12;PP=2619;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TTGCAGGCCTGGGTCTCTTGT;SOR=1.075;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=219;TCF=194;TCR=25;TR=118;WE=16382799;WS=16382781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,110:0.52:213
chr1	16382827	rs77508204	CTCT	C	8974.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.639;NF=85;NR=59;PP=2968;ReadPosRankSum=2.470;SC=GGCCCCGCCCCTCTTCCTGGC;SOR=0.970;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=335;TCF=187;TCR=148;TR=144;WE=16382842;WS=16382817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,232:0.47:493
chr1	16382831	rs61769890	T	A	9165.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=3.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.633;QD=18.44;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,233:0.47:497
chr1	16382834	rs61769891	T	A	9337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.917;QD=17.89;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,249:0.48:522
chr1	16382877	rs7517792	A	G	32838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=922;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=35.69;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,920:1.00:920
chr1	16382877	.	ACCT	GCCA,GCCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=59.87;NF=237,483;NR=213,421;PP=2944,2962;QD=20;SC=TGGGCTGGGCACCTTCTACCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=908;TCF=485;TCR=423;TR=450,904;WE=16382888;WS=16382867;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:908
chr1	16382880	rs7512547	T	A	9838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.787;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,474:0.51:931
chr1	16383267	rs12728542	A	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-0.853;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr1	16383329	rs138507185	T	TC	3585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=64;PP=2972;SC=CTCCTCTACATCCCCCCGCAC;SOR=3.456;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=94;WE=16383356;WS=16383317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	16383336	rs12746138	G	C	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=74;PP=2962;SC=ACATCCCCCCGCACCTCCACC;SOR=3.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=125;WE=16383356;WS=16383317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	16383348	rs61769892	C	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.289;NF=47;NR=68;PP=2042;ReadPosRankSum=2.264;SC=ACCTCCACCCCCTTTCTCTGT;SOR=1.093;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=115;WE=16383356;WS=16383317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr1	16383448	rs10803415	A	C	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=90;PP=2965;SC=ACCCCAGCTGACCTGGTACTG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=158;WE=16383456;WS=16383438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	16383515	rs12402924	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQRankSum=0.951;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	16383581	rs1057844	G	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.31;QD=40.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	16383605	rs1057845	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.57;QD=39.97;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	16383668	rs6660218	T	G	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=63;PP=2965;SC=TATCTGCCAGTTGCTCAGTGA;SOR=1.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=112;TCR=63;TR=174;WE=16383676;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	16383742	rs1057857	C	G	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=143;PP=2965;SC=GGCACAGATGCCTTCTGGGGT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=117;TCR=144;TR=260;WE=16383750;WS=16383732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	16383808	rs28690440	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.206;NF=11;NR=27;PP=628;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CCCAGAGCTGGTGTCCATCCC;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=38;WE=16383816;WS=16383798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr1	16385175	rs17853748	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.980;NF=6;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=12;WE=16385183;WS=16385165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	16385797	rs3978478	C	G	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=14;PP=2102;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=73;TCR=14;TR=86;WE=16385805;WS=16385787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	16385815	rs2019456	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.943;NF=41;NR=14;PP=906;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CCTGCTCCTGGCACTGCCGGG;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=98;TCR=31;TR=55;WE=16385823;WS=16385805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr1	16385980	rs3884058	G	A	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=156;PP=2965;SC=TGGACCCTCTGGGCTGTACCT;SOR=1.491;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=98;TCR=156;TR=252;WE=16385988;WS=16385970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	16386008	rs2863452	T	C	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=115;PP=2965;SC=GGACGATGCCTTGGGGGCTGT;SOR=1.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=52;TCR=115;TR=167;WE=16386016;WS=16385998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	16386247	rs2095543	T	C	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	16386305	rs372070031	G	GC	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=6;PP=342;SC=AGTGATCTGGGCCCCCAAGGA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=16386313;WS=16386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16386416	rs9442230	G	A	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=22;PP=831;SC=AGTAATGCTCGTCCTCAGCTG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=16386424;WS=16386406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	16386447	rs11576236	G	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=25;PP=703;SC=CCAGCCTGCCGGCTGGGCACT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=16386455;WS=16386437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	16386495	rs71510977	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQRankSum=1.858;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	16388485	rs58894453	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.33;MQRankSum=-1.803;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	16388534	rs2863454	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQRankSum=-2.215;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	16388556	rs2863455	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.96;QD=43.61;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	16388556	.	CATTCTCCAC	TATTCTCCAC,TATTCTCCAG	286	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=45.85;NF=22,13;NR=12,7;PP=210,286;QD=7.19915331021;SC=TGGGACCGTGCATTCTCCACC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34,20;WE=16388573;WS=16388546;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:34
chr1	16388565	rs7524413	C	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=3.823;QD=26.72;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr1	16388580	rs3978467	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.577;NF=7;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=1.261;SC=AGGAGAGTTGCGGCCAGAACC;SOR=1.356;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=12;WE=16388588;WS=16388570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr1	16388646	rs2863456	T	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=22;PP=822;SC=CGGGGCGGGATCTGGAGTCGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=16388654;WS=16388636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	16388709	rs28570004	G	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.359;NF=4;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGCAGGAGGAGTGAGCAGGGT;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=13;WE=16388717;WS=16388699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	16388737	rs3978468	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.628;NF=7;NR=9;PP=276;ReadPosRankSum=0.022;SC=GCTGCCGGCCGACATCCCTCC;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=16;WE=16388745;WS=16388727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	16388766	rs3978469	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=11;PP=578;SC=CACCCATCCCCGTCTCCCAGC;SOR=1.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=29;WE=16388774;WS=16388756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	16388852	rs202226162	AC	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=0.241;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.608;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	16388904	rs2902491	A	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.703;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	16388909	rs2863457	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.200;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	16451767	rs3754334	G	A	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1541;ReadPosRankSum=0.604;SC=GGCTGTAGGCGATGCGCTTCT;SOR=0.979;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=191;TCF=83;TCR=108;TR=101;WE=16451775;WS=16451757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr1	16474839	rs35127370	AC	A	1682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.278;NF=21;NR=21;PP=1205;ReadPosRankSum=0.860;SC=GGAATGCAGAACCCCCTTCCC;SOR=0.570;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=42;WE=16474847;WS=16474829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr1	16475123	rs6678616	C	T	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=2.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,159:0.45:351
chr1	16475126	rs6678618	C	T	5866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,156:0.44:355
chr1	16477305	rs116039767	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=443;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCAGGCCCCACGCTCCCTGGG;SOR=0.298;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=30;WE=16477313;WS=16477295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr1	16525056	rs451260	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=676;ReadPosRankSum=1.556;SC=AGGCATGGAGGTGGGGTCCTA;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=44;WE=16525064;WS=16525046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr1	16525549	rs221032	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=399;ReadPosRankSum=1.501;SC=GGCAGATCAACACTTGCAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=24;WE=16525557;WS=16525539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	16528218	rs6676143	G	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=507;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGGATGGGAGGGGAGGAGAGC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=30;WE=16528226;WS=16528208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr1	16528233	rs221037	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=785;ReadPosRankSum=-2.705;SC=GAGAGCGGGCGAGGGTCCAGC;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=49;WE=16528241;WS=16528223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr1	16528469	rs58225172	GCCTACCCTAGGGAC	GTACCCTAGGGAC,G	3053.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=2935;SC=TAGGACCCAGGCCTACCCTAG;SOR=2.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=30;WE=16528492;WS=16528459;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:72
chr1	16528472	rs200243292	TACCCTAGGGACC	T	3050.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	16528484	.	C	T	986	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=59.64;NF=7;NR=30;PP=986;QD=27.5884111499;SC=CCCTAGGGACCCATGTCTGCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=37;WE=16528492;WS=16528459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,37:0.86:43
chr1	16528823	rs71574165	GCCATGGGGACGGGGTGCCCA	G	502.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.333;NF=16;NR=5;PP=1336;ReadPosRankSum=1.879;SC=AGGGGTGCCCGCCATGGGGAC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=21;WE=16528851;WS=16528813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	16528843	rs1693540	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.153;NF=8;NR=2;PP=858;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CGGGGTGCCCATCATGGGGAC;SOR=0.242;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=10;WE=16528851;WS=16528813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	16529117	rs221039	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=925;ReadPosRankSum=0.852;SC=GCCCTGGCTCTAGGCACCCAC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=59;WE=16529125;WS=16529107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr1	16532803	rs221050	G	A	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=48;PP=1975;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGTGGATGTAGGAGGCCTCGG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=144;TCR=102;TR=118;WE=16532811;WS=16532793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,127:0.48:263
chr1	16532848	rs221051	A	G	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=59;PP=2311;ReadPosRankSum=0.243;SC=GAGGGAGGGCACACACGGGGT;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=335;TCF=203;TCR=132;TR=159;WE=16532856;WS=16532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,169:0.48:351
chr1	16533022	rs221052	C	T	11403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=253;PP=2965;SC=CAAGCCTTTCCTGTCCTCGAT;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=152;TCR=254;TR=404;WE=16533030;WS=16533012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	16533085	rs34933259	A	AC	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=1149;ReadPosRankSum=1.227;SC=AGCCCCGCCCACCCCCCAGGT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=16;WE=16533113;WS=16533075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	16533096	rs221053	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.478;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	16533105	rs221054	G	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr1	16533817	rs170234	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.645;NF=1;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GGTTCGGATATCTGGACACAG;SOR=1.721;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=16533825;WS=16533807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	16534002	rs221056	C	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1046;ReadPosRankSum=0.981;SC=TCCCAGGGACCCCCCTCCCAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=120;TCR=54;TR=81;WE=16534010;WS=16533992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr1	16534255	rs221057	C	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CTTCGAGCCTCCATTCCAGAT;SOR=0.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=84;TCR=110;TR=85;WE=16534263;WS=16534245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,89:0.42:212
chr1	16534646	rs221058	C	G	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1329;ReadPosRankSum=0.466;SC=ACTACCTGGCCAGGCTCTAGG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=90;WE=16534654;WS=16534636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,95:0.46:207
chr1	16534730	rs221059	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=705;ReadPosRankSum=0.440;SC=CCTAGGGTTGGGGGCAAGGAG;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=47;WE=16534738;WS=16534720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr1	16543175	rs221024	A	C	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=95;PP=2480;SC=GCTTACCCTGAGCCAAACCCT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=49;TCR=95;TR=144;WE=16543183;WS=16543165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	16558838	rs6700888	C	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,100:0.62:160
chr1	16562968	rs6603850	C	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GGTCCCAGAGCTAGGGCTTTC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=16562976;WS=16562958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	16578950	.	AAC	A	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=44;QD=28.5;SC=TGCGTTCCAAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=16578959;WS=16578940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr1	16621183	rs1007150	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=385;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCCAGTAACCCATCCTTGAGA;SOR=0.926;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=26;WE=16621191;WS=16621173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr1	16641899	rs2273311	C	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1035;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTTCACTGTCCGAGGAGCTGG;SOR=0.383;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=150;TCF=58;TCR=92;TR=76;WE=16641907;WS=16641889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr1	16730582	rs17419150	C	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=0.260;SC=CGGAGCAGGTCCATGCCTTGC;SOR=0.203;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=47;WE=16730590;WS=16730572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr1	16731510	rs525409	C	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=862;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GCCAGCGTCACAGAGAAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=58;WE=16731518;WS=16731500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,58:0.40:146
chr1	16731646	rs3106498	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	16731646	.	TGTCATTCATCCCATT	CCTCATTTATCCCATC,CGTCATTCATCCCATT	1460	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1,11;NR=12,35;PP=1081,1460;QD=88.8052211432;SC=TTCTTGTTTCTGTCATTCATC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=13,46;WE=16731669;WS=16731636;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:46
chr1	16731647	rs526481	G	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=0.273;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr1	16731653	rs526489	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	16731661	rs526513	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	16778265	rs279782	G	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=24;PP=1453;SC=GGCCCTCCTTGTGGGGTTTTC;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=16778273;WS=16778255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	16802890	rs696095	G	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.44;NF=4;NR=3;PP=137;SC=GGTGCACAGCGTACCTGGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=16802898;WS=16802880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	16803267	rs156846	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.10;QD=31.06;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	16862273	rs76517011	C	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQRankSum=-0.322;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr1	16862294	.	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQRankSum=-1.652;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,23:0.13:172
chr1	16862296	rs1759227	G	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.271;NF=86;NR=13;PP=1634;ReadPosRankSum=1.059;SC=AAACCGAGACGGGCTGGATGG;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=244;TCR=36;TR=99;WE=16862304;WS=16862269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,72:0.39:183
chr1	16862340	rs200564364	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQRankSum=-9.919;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,107:0.18:585
chr1	16862454	rs71248115	T	G	34073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1816;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-18.358;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:879,937:0.52:1816
chr1	16862461	rs145386412	T	A	49233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1824;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQRankSum=-26.617;QD=26.99;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:565,1259:0.69:1824
chr1	16862472	rs200621127	G	C	7298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1839;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQRankSum=-9.244;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1532,307:0.17:1839
chr1	16862502	rs141629643	A	G	31396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=6.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1861;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-25.471;NF=732;NR=795;PP=2962;ReadPosRankSum=1.250;SC=ATCAATTCGTAATTTCCCATC;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=2216;TCF=1044;TCR=1172;TR=1527;WE=16862510;WS=16862492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:565,1295:0.70:1860
chr1	16862566	rs77197089	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1691;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQRankSum=-5.275;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1456,234:0.14:1690
chr1	16862638	rs369070338	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQRankSum=-2.199;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:578,162:0.22:740
chr1	16862708	rs1762987	T	G	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=13.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQRankSum=-8.339;QD=23.88;ReadPosRankSum=-3.452;SOR=2.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr1	16862712	rs61769538	G	T	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=11.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQRankSum=-8.227;QD=24.26;ReadPosRankSum=-3.398;SOR=2.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr1	16862714	rs61769539	T	G	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=10.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.76;MQRankSum=-8.399;QD=24.85;ReadPosRankSum=-3.127;SOR=2.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,63:0.58:108
chr1	16862732	.	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQRankSum=-5.479;QD=9.02;ReadPosRankSum=-3.997;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	16863213	rs74057444	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=13.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-11.981;QD=0.20;ReadPosRankSum=-2.647;SOR=3.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,13:0.08:165
chr1	16863257	.	A	G	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=49.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQRankSum=-12.960;QD=4.11;ReadPosRankSum=-5.532;SOR=5.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,57:0.14:401
chr1	16863258	rs140926795	C	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=24.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQRankSum=-9.344;QD=0.45;ReadPosRankSum=-4.023;SOR=4.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,34:0.08:415
chr1	16863259	rs114741004	T	G	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=56.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-18.051;QD=8.52;ReadPosRankSum=-9.251;SOR=4.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,116:0.27:433
chr1	16863286	rs146804457	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=5.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-10.311;QD=1.10;ReadPosRankSum=-4.280;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:590,100:0.14:690
chr1	16863304	rs61769542	T	C	19806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FS=15.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-18.157;QD=21.44;ReadPosRankSum=-5.132;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,495:0.54:924
chr1	16863308	rs112689425	G	T	20516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FS=15.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-18.161;QD=21.42;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,513:0.54:958
chr1	16863313	rs76539488	C	T	7168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1012;ExcessHet=3.0103;FS=8.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-12.088;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.272;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:666,345:0.34:1011
chr1	16863314	rs74927161	A	G	21847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FS=13.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQRankSum=-17.432;QD=21.38;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,567:0.55:1022
chr1	16863328	rs61769543	T	G	18597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-16.016;NF=488;NR=316;PP=2962;ReadPosRankSum=2.010;SC=AAGAAAGGCGTCGAGTCCTGT;SOR=1.163;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=1279;TCF=731;TCR=548;TR=804;WE=16863336;WS=16863294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,702:0.60:1178
chr1	16863352	rs61769544	C	T	21588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-15.380;NF=521;NR=441;PP=2962;ReadPosRankSum=1.975;SC=GTTGGGTAGGCGGAAGAGAGA;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=1419;TCF=739;TCR=680;TR=962;WE=16863360;WS=16863334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,868:0.66:1324
chr1	16863398	rs61769545	A	C	9906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=999;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.249;NF=217;NR=322;PP=2962;ReadPosRankSum=2.059;SC=GGGAGGTTTCAGGATCTAAAG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1052;TCF=422;TCR=630;TR=539;WE=16863406;WS=16863388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:515,483:0.48:998
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chr1	16971948	rs2209174	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.151;NF=9;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=0.425;SC=TTGCAACTGACCTGTGGGACC;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=10;WE=16971956;WS=16971938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	16972134	rs4661404	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQRankSum=-7.479;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,27:0.13:211
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chr1	16974010	rs201140718	G	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.00;MQRankSum=0.268;QD=4.85;ReadPosRankSum=-3.059;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr1	16974021	rs142740321	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.84;MQRankSum=-2.943;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr1	16974256	.	G	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=7.518;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=34.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.675;NF=40;NR=0;PP=836;ReadPosRankSum=-1.647;SC=GCTCGGGGCCGGACCTATCTC;SOR=5.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=107;TCF=93;TCR=14;TR=40;WE=16974264;WS=16974233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr1	16974511	rs58679574	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=1.650;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.408;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:631,146:0.19:777
chr1	16974592	rs201212576	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FS=3.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-8.344;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,99:0.15:679
chr1	16974637	rs16854791	T	C	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=8.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-3.666;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.105;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,129:0.28:456
chr1	16974662	rs28460410	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=30.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-0.746;QD=0.72;ReadPosRankSum=-2.030;SOR=2.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,49:0.14:359
chr1	16974869	rs4570422	G	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.234;NF=34;NR=22;PP=891;ReadPosRankSum=0.417;SC=TGCCAGCGCGGGTCCGCTGAG;SOR=0.523;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=56;WE=16974877;WS=16974859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr1	16974972	rs58464479	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=10.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-16.543;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.904;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,36:0.12:295
chr1	16975002	rs2093773	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-21.002;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,67:0.15:456
chr1	16975045	rs55763726	G	A	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FS=13.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQRankSum=-12.326;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.340;SOR=1.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:645,154:0.19:799
chr1	16975202	rs28602904	T	C	7930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.844;NF=299;NR=263;PP=2962;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCCTCAGCCCTCACCACCAAA;SOR=0.771;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1811;TCF=971;TCR=840;TR=562;WE=16975238;WS=16975192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1049,467:0.31:1516
chr1	16975230	rs2761535	G	C	36902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-1.611;NF=928;NR=854;PP=2965;ReadPosRankSum=0.886;SC=TCCCTTAACCGCAGTGAACTT;SOR=0.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1791;TCF=929;TCR=862;TR=1782;WE=16975238;WS=16975192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1326:1.00:1327
chr1	16975278	rs111244008	A	ACC	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1102;ExcessHet=3.0103;FS=3.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQRankSum=-4.254;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.486;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:876,101:0.10:977
chr1	16975289	rs200220176	T	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=989;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQRankSum=-3.240;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:818,169:0.17:987
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chr1	16976193	rs61772256	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=50.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=-12.868;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=4.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,66:0.13:493
chr1	16976436	.	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.05;MQRankSum=-2.013;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr1	16976569	rs78288272	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=9.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.26;MQRankSum=-4.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-2.024;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,34:0.17:195
chr1	16976585	rs1135350	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQRankSum=-3.362;QD=2.46;ReadPosRankSum=-3.440;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,62:0.20:316
chr1	16976620	rs55885953	A	G	4547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.509;NF=162;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CTGGGTCCTGAAAGGAATTAG;SOR=0.650;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=842;TCF=462;TCR=380;TR=281;WE=16976628;WS=16976610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,239:0.39:619
chr1	16976641	rs1057417	C	T	4802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQRankSum=-9.874;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:636,161:0.20:797
chr1	16976649	rs1057333	C	T	4749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQRankSum=-9.581;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:668,167:0.20:835
chr1	16976679	rs1065528	G	A	12203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.982;NF=295;NR=359;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.366;SC=CCGTCTTCACGCGTGTCTCTG;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=957;TCF=423;TCR=534;TR=654;WE=16976689;WS=16976669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,513:0.72:712
chr1	16976681	rs3175284	G	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-9.571;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,140:0.20:706
chr1	17017675	rs2743471	C	A	20601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=342;NR=420;PP=2965;SC=CAGTCAAGACCCGCTGCCAGG;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=763;TCF=343;TCR=420;TR=762;WE=17017683;WS=17017665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
chr1	17022921	rs200976124	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,48:0.18:271
chr1	17022952	rs557690	C	A	9393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=1.712;SC=TCCTCCTCCTCCATCTTCAGC;SOR=0.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=185;TCR=175;TR=359;WE=17022960;WS=17022931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,366:1.00:367
chr1	17023110	rs11260887	G	A	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.780;NF=50;NR=48;PP=1557;ReadPosRankSum=0.808;SC=GTTGAGCAGCGGCTGAAACCC;SOR=0.407;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=98;WE=17023118;WS=17023100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,102:0.56:182
chr1	17023126	rs2610633	C	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.181;NF=51;NR=36;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.805;SC=AACCCCGCAGCTGGCGGTGTG;SOR=1.014;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=87;WE=17023134;WS=17023116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr1	17023143	rs559507	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.221;NF=49;NR=47;PP=1429;ReadPosRankSum=0.782;SC=TGTGGGGCTCCGGACTGGTAA;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=96;WE=17023151;WS=17023133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,103:0.51:203
chr1	17023182	rs614461	C	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.728;NF=53;NR=46;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CGGCAGCGGCCAATCGGGCTG;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=99;WE=17023190;WS=17023172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,105:0.52:201
chr1	17023376	rs613579	C	T	8361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.91;MQRankSum=-1.554;NF=178;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CCAGTAGCTCCGAGTTGTCGC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=647;TCF=315;TCR=332;TR=371;WE=17023384;WS=17023366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,379:0.57:667
chr1	17023403	rs10907267	G	A	7287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.383;NF=143;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=1.162;SC=GGAACATCACGTTGAAAGACT;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=584;TCF=263;TCR=321;TR=327;WE=17023411;WS=17023393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,335:0.56:602
chr1	17023483	rs563062	C	T	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.948;NF=18;NR=69;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.884;SC=ACCCCTCACCCGCCCCTCTGC;SOR=0.956;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=37;TCR=130;TR=87;WE=17023491;WS=17023473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,88:0.52:169
chr1	17023509	rs563142	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr1	17023509	.	TCC	CCA	1019	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=59.44;NF=3;NR=40;PP=1019;QD=24.9411133689;SC=CCTTCCCAACTCCAGATTGGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=6;TCR=79;TR=43;WE=17023519;WS=17023499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:42,43:0.51:85
chr1	17023511	rs563144	C	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=76;PP=806;SC=TTCCCAACTCCAGATTGGATG;SOR=5.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=5;TCR=76;TR=81;WE=17023519;WS=17023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	17025992	rs12026928	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.912;NF=46;NR=17;PP=971;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AGGCGGGACCGGCGGCGGCGA;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=63;WE=17026000;WS=17025982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr1	17026043	.	G	GGCA	4051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.409;NF=19;NR=32;PP=2244;ReadPosRankSum=1.708;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=51;WE=17026051;WS=17026033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,116:0.65:179
chr1	17026087	rs678369	G	A	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=4.140;NF=53;NR=50;PP=1574;ReadPosRankSum=-1.168;SC=CGGCGCAGCCGTTAGGCACGT;SOR=0.638;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=103;WE=17026095;WS=17026077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,128:0.59:218
chr1	17026551	rs665763	G	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GCTCGGGCAAGTGCCCGGTAG;SOR=1.038;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=39;WE=17026572;WS=17026541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr1	17029257	rs12125112	T	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.108;NF=45;NR=80;PP=1683;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CATGTAGATGTCAGCTGCCTG;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=377;TCF=144;TCR=233;TR=125;WE=17029265;WS=17029247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,123:0.31:392
chr1	17029462	rs11260891	A	G	3949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.141;QD=11.90;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,199:0.60:332
chr1	17029513	rs523936	C	G	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.475;NF=40;NR=69;PP=1754;ReadPosRankSum=0.110;SC=ATGCAGACAGCCTTTCCCCCA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=73;TCR=123;TR=109;WE=17029521;WS=17029503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,116:0.58:200
chr1	17030325	rs601893	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.808;NF=14;NR=5;PP=776;ReadPosRankSum=-0.479;SC=AGCAAGTGATAAGAGTAGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=19;WE=17030344;WS=17030315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	17030336	rs4661915	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=776;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AGAGTAGTCTCCGATATTGGC;SOR=1.044;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=22;WE=17030344;WS=17030315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	17030716	rs4661917	G	A	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=80;PP=1773;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GTCCTACTCAGCCATGCCTTT;SOR=0.592;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=46;TCR=150;TR=106;WE=17030724;WS=17030706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,107:0.54:197
chr1	17033758	rs1736691	A	G	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.467;NF=77;NR=40;PP=1713;ReadPosRankSum=1.179;SC=GAGAGAATGCAACAGGAGCAG;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=117;WE=17033766;WS=17033748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,118:0.66:180
chr1	17033805	rs59259153	C	T	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.427;NF=95;NR=70;PP=2286;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CGTGCGCAGGCAGTGGGTGCA;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=147;TCR=107;TR=165;WE=17033813;WS=17033795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,168:0.65:258
chr1	17033854	rs2476568	C	T	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.204;NF=92;NR=71;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TCAGCGGCCGCGTACCCGTCG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=273;TCF=145;TCR=128;TR=163;WE=17033862;WS=17033844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,167:0.60:278
chr1	17034041	rs2743505	T	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=50;PP=1896;SC=CGCGCTGACCTCTAGCTCCCC;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=17034049;WS=17034031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	17034125	rs141324796	C	CAGCT	2091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.016;NF=5;NR=24;PP=1680;ReadPosRankSum=1.225;SC=CAGCAGCAGCCAGCTGAGCAC;SOR=0.808;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=29;WE=17034133;WS=17034115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr1	17034250	rs61773400	C	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17034455	rs140689885	CGCGCGCGT	C	5408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.696;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.313;NF=40;NR=40;PP=2973;ReadPosRankSum=1.554;SC=CCGTCGTGGGCGCGCGCGTGC;SOR=1.364;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=166;TCF=66;TCR=100;TR=80;WE=17034470;WS=17034445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,139:0.53:263
chr1	17044511	rs2773185	T	C	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=30;PP=2068;SC=TCCCAGCTGCTCTTCCTGCAT;SOR=1.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=96;WE=17044519;WS=17044501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	17044662	rs13374664	G	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.160;NF=21;NR=38;PP=929;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ATCAGTCCAGGCCATCTGGCC;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=59;WE=17044670;WS=17044652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr1	17044695	rs2773186	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.313;NF=11;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=1.442;SC=CCAGCGCCCAATCACACACAG;SOR=0.424;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=32;WE=17044703;WS=17044685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr1	17046361	rs3856291	A	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=744;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGGAGGGATCATTGCCCTGGA;SOR=0.137;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=36;WE=17046369;WS=17046351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	17046456	rs3856292	T	C	4528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.716;SC=GGAGTGATCTTACTCAGGGTA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=215;TCR=137;TR=198;WE=17046464;WS=17046446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,204:0.57:361
chr1	17046595	rs3856293	T	C	6048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.458;NF=130;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TTCACCACCTTGGGGTGGCCA;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=479;TCF=222;TCR=257;TR=277;WE=17046603;WS=17046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,281:0.58:485
chr1	17046613	rs3856294	C	T	5767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.740;NF=121;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.911;SC=CCAAAGCGGGCAGTCAGATGC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=470;TCF=216;TCR=254;TR=268;WE=17046621;WS=17046603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,272:0.57:477
chr1	17046698	rs3982089	C	G	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=82;PP=2027;ReadPosRankSum=0.669;SC=GTTGCTGCCCCGCCCCTGGCT;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=53;TCR=129;TR=116;WE=17046706;WS=17046688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,118:0.63:186
chr1	17083652	rs113710576	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=0.671;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	17083671	rs1057420	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQRankSum=0.522;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	17083685	rs3197973	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=-0.485;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	17083778	rs28455793	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.00;QD=30.77;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17083807	rs9286084	T	C	209.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.12;MQRankSum=1.922;QD=19.09;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	17083837	rs7798	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.22;MQRankSum=-0.103;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	17083872	rs61635893	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.20;MQRankSum=-1.575;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.005;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	17083919	rs143067724	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.36;MQRankSum=0.041;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	17084006	rs2446544	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.52;MQRankSum=-1.938;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr1	17084021	rs2446543	C	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.27;MQRankSum=-6.450;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,49:0.23:210
chr1	17084536	rs142741624	TGGAACA	T	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.36;MQRankSum=-4.040;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,18:0.10:177
chr1	17084670	rs199536872	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQRankSum=-4.309;QD=2.15;ReadPosRankSum=-4.625;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr1	17084948	rs199741699	A	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQRankSum=2.674;QD=0.41;ReadPosRankSum=-2.966;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,50:0.13:388
chr1	17084968	rs2761533	G	C	7121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.892;NF=212;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CACCGATTCCGCAAGCTGACT;SOR=0.917;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=586;TCF=355;TCR=231;TR=333;WE=17084976;WS=17084958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,313:0.62:503
chr1	17085165	rs2490828	G	C	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.39;QD=29.76;SOR=1.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	17085412	rs872964	C	T	6098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.332;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.688;NF=210;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.963;SC=GTTGTGCATGCGGTTCGGAGG;SOR=1.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=664;TCF=350;TCR=314;TR=371;WE=17085420;WS=17085402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,300:0.53:566
chr1	17085427	rs2002186	T	C	16242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.083;NF=284;NR=266;PP=2962;ReadPosRankSum=5.204;SC=CGGAGGTAAATGTGAACCGAG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=669;TCF=343;TCR=326;TR=550;WE=17085435;WS=17085417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,476:0.80:595
chr1	17085502	rs2329006	T	C	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=5.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.802;NF=46;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.327;SC=GTCCCAGACATCAAAGCATGC;SOR=1.344;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=357;TCF=119;TCR=238;TR=161;WE=17085510;WS=17085492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,131:0.44:298
chr1	17085542	rs2261754	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.15;MQRankSum=-0.368;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr1	17085564	rs3851921	A	G	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQRankSum=-6.830;QD=14.02;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr1	17085589	rs371449598	AGCGCTG	A	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQRankSum=-3.986;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,22:0.15:146
chr1	17085671	rs3863806	C	G	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=7.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQRankSum=-9.546;QD=20.11;ReadPosRankSum=2.190;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
chr1	17085677	rs3863805	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQRankSum=-7.845;QD=9.90;ReadPosRankSum=2.549;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr1	17085712	rs3863803	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.060;NF=39;NR=51;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.126;SC=CCCCGGCCCTCCGGTTCCAGG;SOR=1.080;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=90;WE=17085720;WS=17085691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr1	17085795	rs1057379	G	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=20.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQRankSum=-4.300;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,26:0.18:143
chr1	17085834	rs2005622	G	T	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=63;PP=2965;SC=CGGGCCGCAGGGTGAAGCACC;SOR=1.530;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=157;WE=17085842;WS=17085824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	17085995	.	G	GC	918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.671;NF=1;NR=41;PP=898;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CCCAACGCCCGCCCCCCCGCC;SOR=1.497;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=42;WE=17086003;WS=17085985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr1	17086052	rs1057286	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.60;QD=25.28;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17086085	rs200532237	G	GC	237.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.09;QD=29.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	17086941	rs28462251	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=107.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.95;MQRankSum=-7.621;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=7.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,48:0.18:270
chr1	17087072	rs79486936	G	A	4972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.192;NF=127;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.287;SC=ACTTGTGATCGTTCGGGAACT;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=722;TCF=330;TCR=392;TR=280;WE=17087080;WS=17087062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,263:0.37:711
chr1	17087262	rs2926375	C	T	4673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.561;NF=142;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.580;SC=TCGCCTTTCTCCTGGAAGAGG;SOR=1.025;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=506;TCF=296;TCR=210;TR=228;WE=17087270;WS=17087252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,217:0.44:494
chr1	17087292	rs2179161	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FS=53.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-21.614;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=6.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:572,68:0.11:640
chr1	17087299	rs2179162	T	C	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FS=49.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-22.804;QD=2.93;ReadPosRankSum=-2.140;SOR=4.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:581,85:0.13:666
chr1	17087305	rs12046578	G	C	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=39.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-24.695;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.898;SOR=3.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:583,107:0.16:690
chr1	17087365	rs2446556	C	G	14499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.279;NF=315;NR=293;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGTAGTGGAACGCCCTGGAGA;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=696;TCF=358;TCR=338;TR=608;WE=17087373;WS=17087355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,590:0.88:667
chr1	17087459	rs11576695	A	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQRankSum=1.836;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:492,115:0.19:607
chr1	17087465	rs11260924	G	A	6113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.118;NF=144;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTCCATTAAGGGCCCACAGCG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=636;TCF=306;TCR=330;TR=297;WE=17087473;WS=17087449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,284:0.48:592
chr1	17087521	rs11589598	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQRankSum=-3.132;QD=1.66;ReadPosRankSum=-2.636;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,95:0.17:562
chr1	17087541	rs113982165	GGTGCT	G	7706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-15.605;NF=33;NR=138;PP=2943;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GCATGTAGCAGGTGCTGTAGC;SOR=0.850;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=428;TCF=76;TCR=352;TR=171;WE=17087553;WS=17087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,211:0.39:544
chr1	17087582	rs10907280	G	A	7025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-19.294;NF=141;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=1.293;SC=GAAGTCATTCGATGGCGAGCG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=529;TCF=230;TCR=299;TR=321;WE=17087601;WS=17087572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,253:0.55:462
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chr1	17087682	rs9725203	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.459;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.042;NF=6;NR=26;PP=395;ReadPosRankSum=-1.227;SC=TTGTTCATTCAGGGGATCAAA;SOR=0.123;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=110;TCF=12;TCR=98;TR=32;WE=17087690;WS=17087672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
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chr1	17256850	rs147451230	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;ReadPosRankSum=0.685;SC=GAGGTGAGGGCGCAGCAGGGA;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=17;WE=17256858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	17270751	rs12025984	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=0.894;SC=AGGATGGCGCGCGGGTGCGCC;SOR=0.890;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=23;WE=17270759;WS=17270741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr1	17281003	rs2076606	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=542;SC=AGCCCCCATCTGAGGGAGGTG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=17281011;WS=17280993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr1	17295679	rs4920574	T	C	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=64;PP=2204;ReadPosRankSum=1.591;SC=GGGCCCTGGCTAAGGTGGAGG;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=111;WE=17295687;WS=17295669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr1	17297289	rs9435656	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=457;SC=TCCGGGACCCCAACTTCATCC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=17297297;WS=17297279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	17299013	rs201543544	CA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
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chr1	17301448	rs2235933	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.048;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	17301672	rs761423	T	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GTGGATAATATGTGTTGAATA;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=72;WE=17301680;WS=17301662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr1	17301780	rs761422	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1078;ReadPosRankSum=1.420;SC=GGAGCTCCTCATGGGCACACA;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=81;WE=17301788;WS=17301770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,87:0.48:183
chr1	17301900	rs3830850	AGACAGAACCTGGCACGGGAGCCCG	A	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.81;MQRankSum=3.255;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	17303589	rs2235932	C	T	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=92;PP=2769;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CTCGGTGACCCGGCAAGGCCC;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=365;TCF=197;TCR=168;TR=194;WE=17303597;WS=17303579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,198:0.52:380
chr1	17303792	rs4920588	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=579;SC=AGGTCAGGCCCATAAGAGCCT;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=17303800;WS=17303782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17312743	rs3170740	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=749;ReadPosRankSum=1.422;SC=CGGGCAGCGGCGGCCAGGGCT;SOR=0.618;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=50;WE=17312751;WS=17312733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr1	17313157	rs2076605	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.980;SC=TCAGGCAGGAGCCACGCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=23;WE=17313165;WS=17313147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr1	17313343	rs9435659	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr1	17313454	rs7531163	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,90:0.53:170
chr1	17313654	rs761421	C	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CCGGTGGCCGCACCCGTCCCA;SOR=0.761;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=103;WE=17313662;WS=17313644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,103:0.54:189
chr1	17314702	rs3738815	C	T	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=1.104;NF=98;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AGACGCTGAACGAAGTGTCAA;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=472;TCF=228;TCR=244;TR=216;WE=17314710;WS=17314679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,219:0.45:484
chr1	17314942	rs9435662	G	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=67;PP=1455;ReadPosRankSum=0.996;SC=AGTCATTGGCGCCGTCTCCGC;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=179;TCF=60;TCR=119;TR=104;WE=17314950;WS=17314932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,109:0.58:188
chr1	17319011	rs2076603	G	A	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2531;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCCAAAGTGGGGGTCTCATCA;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=296;TCF=159;TCR=137;TR=156;WE=17319019;WS=17319001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,160:0.52:309
chr1	17323449	rs9435736	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=338;SC=CCACCCTGCCTCACTCCACCT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=17323457;WS=17323448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17331676	rs3738814	A	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=883;ReadPosRankSum=-1.399;SC=AAGGCTATGGAGAGCCCTCCA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=62;WE=17331684;WS=17331666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr1	17359676	rs1022580	C	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=970;SC=ATTTATGTAACGTTCAACCTC;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=17359684;WS=17359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	17371152	rs12073028	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=1.140;SC=AACAGAGCCATCGGATGATCT;SOR=0.287;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=15;WE=17371160;WS=17371142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	17371494	rs9435745	C	T	54.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACATTACTGACACATAATCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=17371502;WS=17371484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	17380497	rs2746462	G	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=66;PP=1944;SC=TCAAGGAGAGGGCGACCACCG;SOR=1.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=106;WE=17380505;WS=17380487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	17395480	rs2076599	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=6.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=2;PP=1120;ReadPosRankSum=0.872;SC=GGCTCTGGGCGTGTGAGGGAG;SOR=1.127;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=84;TCR=5;TR=51;WE=17395488;WS=17395470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr1	17395521	rs2076598	G	A	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=45;PP=2037;ReadPosRankSum=1.176;SC=GGAGGCAAACGCCAGGGCCCC;SOR=0.491;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=250;TCF=172;TCR=78;TR=139;WE=17395529;WS=17395511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,141:0.56:254
chr1	17396498	rs2076596	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=364;ReadPosRankSum=-1.648;SC=GGCCTCCCCATTGGACAGCTT;SOR=0.876;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=19;WE=17396506;WS=17396488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	17396703	rs2076595	T	C	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=2295;ReadPosRankSum=1.300;SC=GGTTCCAGTCTAGGCAGCGCT;SOR=0.851;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=300;TCF=137;TCR=163;TR=140;WE=17396711;WS=17396693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,143:0.47:307
chr1	17398066	rs875219	G	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	17398069	rs875218	T	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	17401283	rs3818041	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTATCTGCCCCACCCTCCCGA;SOR=0.200;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=21;WE=17401291;WS=17401273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr1	17402116	rs3818035	G	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1342;ReadPosRankSum=0.304;SC=TGGCAGGGGCGGGTAATATAT;SOR=0.576;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=178;TCF=125;TCR=53;TR=90;WE=17402124;WS=17402106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chr1	17402135	rs3818034	T	C	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=38;PP=1713;ReadPosRankSum=1.200;SC=ATTGGTTTGCTGCTACCCCAT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=143;TCR=77;TR=112;WE=17402143;WS=17402125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr1	17402159	rs3818033	G	A	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=51;PP=2214;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CTCCAGCCTCGGGAGGCTAGC;SOR=1.081;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=264;TCF=158;TCR=106;TR=137;WE=17402167;WS=17402149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,143:0.51:280
chr1	17402255	rs3818032	C	T	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.273;SC=GCTCCACGGGCGCCTGCACCT;SOR=0.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=168;TCR=176;TR=202;WE=17402263;WS=17402245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,212:0.58:364
chr1	17402347	rs2647205	C	T	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=176;PP=2965;SC=GGAGTTTCAGCAAATTACCCA;SOR=1.156;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=122;TCR=177;TR=298;WE=17402355;WS=17402337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	17402418	rs3818031	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=2502;ReadPosRankSum=0.967;SC=ACCCAGAGTGACATCAGCAGA;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=21;TCR=78;TR=59;WE=17402428;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr1	17402420	rs2647204	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CCAGAGTGACATCAGCAGAGA;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=39;WE=17402428;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr1	17405809	rs2057096	G	A	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATGTCTTGCCGTTCACGGTCA;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=127;TCR=90;TR=107;WE=17405817;WS=17405799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,116:0.50:231
chr1	17405916	rs2057095	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GGGCCCTAGGCAGAGGGCACA;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=159;TCF=69;TCR=90;TR=80;WE=17405924;WS=17405906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,84:0.49:173
chr1	17405949	rs2057094	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=913;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TCTTCTGCAGCCAGGGTCCTC;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=58;WE=17405957;WS=17405939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr1	17406015	rs2057093	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=660;SC=TGTGGGCACCCAGTTTCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=17406023;WS=17406005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	17406045	rs2057092	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=1.081;SC=CACGGTCTTCCTATGATTAAC;SOR=2.636;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=17406053;WS=17406035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	17409017	rs2076617	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=483;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGCTCCACCCGCAAGTGGCCC;SOR=0.998;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=32;WE=17409025;WS=17409007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	17409241	rs2235925	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=818;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CACAAAGGAAGAAGAACGTCT;SOR=1.034;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=48;WE=17409249;WS=17409231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr1	17410364	rs1883913	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=637;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GAGAGGCCAGGAGAAAGGGTG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=41;WE=17410372;WS=17410354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr1	17418883	rs2647184	A	G	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=27;PP=1971;SC=TCTAGGCTGGACTGGGCTGGG;SOR=1.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=93;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	17418894	rs2273111	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=944;ReadPosRankSum=0.314;SC=CTGGGCTGGGATCACTCACTC;SOR=0.251;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=62;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr1	17419066	rs11203298	T	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GATCTATCTGTTGCTGGAGCC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=98;WE=17419074;WS=17419056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,106:0.53:201
chr1	17422226	rs2076609	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=584;ReadPosRankSum=0.673;SC=GCTCTGTTGCCGTCTCTAGGA;SOR=0.443;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=28;WE=17422234;WS=17422216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	17422302	rs2076608	T	C	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGTCTTGGGCTTTAGTCTCCT;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=145;TCR=80;TR=102;WE=17422310;WS=17422292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,112:0.47:239
chr1	17431618	rs11203300	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=609;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GAGGGGCTTCAAGAGGAGACT;SOR=0.456;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=38;WE=17431626;WS=17431608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr1	17431681	rs2647172	C	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=1.230;SC=TGAGCCCAGGCGTTTGAGACC;SOR=0.553;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=14;WE=17431689;WS=17431671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	17550121	rs2293912	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=789;ReadPosRankSum=1.258;SC=TGCAGGTGAGGGTCTCCTACT;SOR=0.441;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=57;WE=17550129;WS=17550111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr1	17550225	rs3003481	T	C	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=101;PP=2965;SC=TCTATCCCTTTGCCCCTCCAG;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=202;WE=17550233;WS=17550215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	17550314	rs2293914	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=0.508;SC=GAGGGGCTTGGATTCCTCGGG;SOR=0.471;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=47;WE=17550322;WS=17550304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr1	17550361	.	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr1	17563967	rs2977306	T	C	7923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=146;PP=2965;SC=CGTCCCCTCCTTCCCTGCCTG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=125;TCR=146;TR=271;WE=17563975;WS=17563957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	17564990	rs2977310	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=287;SC=GGCTGGGGTGTAGACCGAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=17564998;WS=17564980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	17566369	rs41265089	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.324;SC=GAGATTCAGCGCTGGAGCTCT;SOR=0.077;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=17566377;WS=17566359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	17570466	rs2293921	T	C	8505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=122;PP=2965;SC=ACAGCACTTATAGCCAGACAG;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=177;TCR=122;TR=298;WE=17570474;WS=17570456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	17575645	rs3763589	A	C	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1211;ReadPosRankSum=-2.899;SC=GTCGCTGCAGAGAATCGTGCG;SOR=0.642;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=201;TCF=128;TCR=73;TR=91;WE=17575653;WS=17575635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,94:0.44:212
chr1	17586010	rs45438395	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=940;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TTGAGCCAAAGCTCAAACATC;SOR=0.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=66;WE=17586018;WS=17586000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,68:0.41:166
chr1	17586134	rs3750300	A	G	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=1856;ReadPosRankSum=-1.605;SC=GGACATCTACATCTCTCCCAA;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=322;TCF=153;TCR=169;TR=147;WE=17586142;WS=17586124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,153:0.45:338
chr1	17592324	rs2272627	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=183;ReadPosRankSum=0.278;SC=TCCCAGCTGATGCCGAGACCA;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=20;WE=17592332;WS=17592314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	17593144	rs2272628	C	G	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=20;PP=1846;SC=AGGCCAGGCTCGGGTTCCTGG;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=85;WE=17593152;WS=17593134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	17593316	rs2272629	G	A	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1262;ReadPosRankSum=1.807;SC=TGACCAGCACGTGCACTGCCT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=89;WE=17593324;WS=17593306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr1	17594592	rs4339902	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GTGGCGGGTCGCAGTAAGAAC;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=17594600;WS=17594582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	17597655	rs2293916	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=59;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCGAGAACCGCAACGACCGCT;SOR=1.193;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=136;TCF=32;TCR=104;TR=73;WE=17597663;WS=17597645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr1	17597721	rs4595409	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CATCCTGGAGAGAGAGGCCTT;SOR=0.051;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=21;WE=17597729;WS=17597711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	17601083	rs2293917	C	T	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=53;PP=2181;ReadPosRankSum=-2.079;SC=TGGTTCAGGCCCTTCCTGGTA;SOR=0.987;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=276;TCF=166;TCR=110;TR=145;WE=17601091;WS=17601073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,150:0.51:292
chr1	17609448	rs2293920	G	T	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TGCTGGAGCCGCTGGGCCTCC;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=246;TCF=147;TCR=99;TR=119;WE=17609456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,123:0.49:252
chr1	17657534	rs11203366	G	A	10010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=181;PP=2965;SC=TATTGCCCACGGCCCTCCAGC;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=172;TCR=181;TR=352;WE=17657542;WS=17657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	17657616	rs11203367	T	C	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=122;PP=2965;SC=ACGATGAAAGTGGCCAGTGGT;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=224;WE=17657624;WS=17657606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	17660499	rs874881	G	C	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=80;PP=2757;SC=TACCTCACCGGGGTGGGTAAG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=17660507;WS=17660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	17660660	rs874882	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=820;SC=CTGGGAGTTCGAAATATTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=17660668;WS=17660650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	17660697	rs1548323	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=469;SC=CACAAAGAAATACAATGTGGC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=17660705;WS=17660687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	17661128	rs1555658	A	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=38;PP=1324;SC=TCAAATATCTATAACAAAAAG;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=17661136;WS=17661118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	17661659	rs71575828	C	CAT	141.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=1;PP=107;SC=TATACACACACATATATATAT;SOR=1.981;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=17661667;WS=17661649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	17661805	rs1635594	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=23;PP=844;SC=AATCCTTACAACAATCCAGTG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=17661813;WS=17661795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	17662541	rs1748034	A	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=609;SC=AGAGGGGCTCACACTATGGGT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=17662549;WS=17662531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17662639	rs2240340	T	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=59;PP=2965;SC=CTCCTCTTACTTGATGGGATT;SOR=1.526;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=127;TCR=59;TR=185;WE=17662647;WS=17662629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	17662662	rs1748033	T	C	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=101;PP=2965;SC=AGAAATCTCCTTGTGCGCAGA;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=138;TCR=101;TR=238;WE=17662670;WS=17662652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	17662751	rs1621005	C	G	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=135;PP=2965;SC=TCCTTTCCTACTTCTACTGGA;SOR=1.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=88;TCR=135;TR=222;WE=17662759;WS=17662741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	17662804	rs1748032	C	T	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=75;PP=2219;SC=CAAATGCTGGCCTGTCCCACG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=102;WE=17662812;WS=17662794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	17662907	rs1748031	A	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=5;PP=106;SC=CAAAATCAGAATTTCACCAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=17662915;WS=17662897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	17664329	rs1748025	C	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	17664770	rs1635586	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=569;SC=CTTGTTGGCAAATCTGTTTTA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=17664778;WS=17664760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17668270	rs1748021	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=481;SC=TCCCAGCTAGAACTTCAGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=17668278;WS=17668264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	17674402	rs2240336	C	T	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=50;PP=2965;SC=CCAGGCAGCACGCGCAACAGC;SOR=1.927;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=120;TCR=50;TR=170;WE=17674410;WS=17674392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	17674537	rs2240335	C	A	12331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.413;SC=CCATCAAACGCGTGATGGTAC;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=207;TCR=228;TR=431;WE=17674545;WS=17674527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,454:1.00:455
chr1	17707739	rs1204898	T	C	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=71;PP=2253;SC=TCCAGACTAATTTTCTCCACC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=17707747;WS=17707729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	17707798	rs10788668	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=876;SC=GCTGATCAAACCTTTTGTCCT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=17707806;WS=17707788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	17708349	rs7556072	G	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=6;PP=1801;SC=GCAAAAGGCAGGGGGTCCTTG;SOR=4.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=72;WE=17708357;WS=17708339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	17714864	rs6696295	T	C	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=22;PP=1470;SC=CCATCCCTTCTTTCTCTCCTA;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=17714872;WS=17714854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	17715081	rs2526842	C	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=59;PP=1843;SC=GATGGGTCCTCAGACTAGGAT;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=95;WE=17715089;WS=17715071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	17715135	rs2526841	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=27;PP=1176;SC=GGGCAGAGCTTGAGGTTTGCT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=17715143;WS=17715125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	17715475	rs2800688	T	C	352.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.7394;FS=5.898;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=419;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CTAGGACCTCTCACCAGGAGA;SOR=3.767;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=17715483;WS=17715464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr1	17718671	rs10709483	AG	A	7469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=100;PP=2951;SC=AGCAACAGCCAGGGTGGCATC;SOR=0.844;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=17;TCR=102;TR=117;WE=17718679;WS=17718661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	17718750	rs12737852	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=47;PP=1354;SC=ACCCACCTGTCGGGGAGGGGT;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=17718758;WS=17718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	17720439	rs6695849	T	C	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=49;PP=2854;SC=GATGTGTGACTGGCAAACAAT;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=152;WE=17720447;WS=17720429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	17720545	rs12073549	C	T	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=98;PP=2965;SC=CTCAGGCCGCCGATCTCGATG;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=201;WE=17720553;WS=17720535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	17720615	rs10458537	A	C	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=77;PP=2896;SC=AGCTCAGTCCAATCTCTCAGG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=127;WE=17720623;WS=17720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	17720686	rs34075690	AG	A	4370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=56;PP=2974;SC=GTGGCCTCTGAGGGGGGAGGG;SOR=0.980;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=100;WE=17720694;WS=17720676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	17721388	rs6691485	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=296;SC=CACCAAGTGGCGGGTGACCAG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=17721396;WS=17721382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	17721695	rs35197313	GT	G	830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=19;PP=333;SC=GCTTTTTCTTGTTTTTTTTTT;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=19;WE=17721715;WS=17721685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17721707	rs12239645	T	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.79;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	17725358	rs2244936	C	G	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=130;PP=2965;SC=GGGGCGACTGCGCATCCCTGG;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=72;TCR=130;TR=202;WE=17725366;WS=17725348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	17738570	rs71014950	AC	A	10107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=113;PP=2951;SC=GCCATGAGCCACCCTGACTGG;SOR=1.104;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=66;TCR=114;TR=177;WE=17738578;WS=17738560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	17739693	.	T	C	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1235;ReadPosRankSum=-2.933;SC=AGACAAAACATGTTCCCAGCG;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=255;TCF=140;TCR=115;TR=113;WE=17739701;WS=17739683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,120:0.45:266
chr1	17739820	rs1075535	T	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=71;PP=1823;SC=GTGGCGTGCCTGTGCAGTCCT;SOR=1.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=17739828;WS=17739810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	17740357	rs2003871	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=452;SC=AGCCGGGCACGGTGGTTCACA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=17740365;WS=17740347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	17914057	rs34417109	G	A	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=79;PP=2057;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GAGGACACCAGCGCAGCCCTG;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=384;TCF=191;TCR=193;TR=161;WE=17914074;WS=17914047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,166:0.42:394
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chr1	17991052	rs6695710	T	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=98;PP=2965;SC=CTGTGGGCCCTGGGTCACTGT;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=187;WE=17991060;WS=17991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	18017522	rs871087	T	C	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=105;PP=2965;SC=AACAATTTATTGCACTTCCTT;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=187;TCR=105;TR=292;WE=18017530;WS=18017512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	18017558	rs871088	A	G	12634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=195;PP=2965;SC=TTCCACTCGCATACTCGACTG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=271;TCR=198;TR=463;WE=18017566;WS=18017548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	18017704	rs871089	C	T	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=155;PP=2965;SC=TGAACACTGCCGCATTAAGTC;SOR=2.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=55;TCR=156;TR=210;WE=18017712;WS=18017694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	18021406	rs905389	T	C	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=89;PP=2965;SC=AATGCATCCGTATGGCAGCCC;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=217;WE=18021414;WS=18021396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	18021444	rs41267491	G	T	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1639;ReadPosRankSum=0.844;SC=AACTGAGGCTGGTTAGGGGAG;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=243;TCF=135;TCR=108;TR=112;WE=18021452;WS=18021434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,119:0.47:252
chr1	18023290	rs2270979	C	T	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=50;PP=2440;SC=CAGGTGCTTCCCTTAATGCGC;SOR=1.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=133;WE=18023298;WS=18023280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	18023365	rs2270978	C	T	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=102;PP=2965;SC=TCTCACTCAACGGGCACTGTG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=215;WE=18023373;WS=18023355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	18023509	rs2270977	T	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=68;PP=2965;SC=CCATGCCCGATAGCCACGTGG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=139;WE=18023528;WS=18023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	18023690	rs2270976	A	G	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.934;SC=CGACCCCGACATCTGGGTGCG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=128;TCR=109;TR=236;WE=18023698;WS=18023680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chr1	18023877	rs11589634	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=2.370;SC=ATGCTATAGCGCCTCCCCTCT;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=23;WE=18023885;WS=18023867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr1	18023997	rs3835471	G	GC	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=576;SC=AACTACTTGGGCAGAGCAAAG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=18024005;WS=18023987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	18149510	rs694214	G	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=1833;ReadPosRankSum=1.478;SC=CGCCATGGCTGCAAGAACCGT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=153;TCR=74;TR=113;WE=18149519;WS=18149500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,118:0.50:235
chr1	18149566	rs2296035	C	A	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.563;SC=GCACGGCCGGCTGGAATGAGC;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=451;TCF=266;TCR=185;TR=225;WE=18149574;WS=18149556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,234:0.50:470
chr1	18152582	rs478698	C	T	10922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=193;PP=2965;SC=AGGCCCTGGACTTTCGTGAGA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=184;TCR=195;TR=376;WE=18152590;WS=18152572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr1	18434518	rs9660391	G	C	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=2;PP=45;SC=CCACCGCCTCGGCCAGTGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=18434526;WS=18434514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	18554345	rs61762155	T	C	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCCCAGCCCCTCTGATCTGCT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=153;TCR=88;TR=104;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,110:0.44:252
chr1	18554354	rs188463660	C	T	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CTCTGATCTGCTCGTGCCCTT;SOR=0.521;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=268;TCF=169;TCR=99;TR=154;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,161:0.57:280
chr1	18554356	rs3738087	C	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTGATCTGCTCGTGCCCTTAC;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=170;TCR=105;TR=119;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,124:0.43:287
chr1	18661583	rs536540	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=711;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GCGCACAGAGTGGCCATCCTG;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=49;WE=18661591;WS=18661573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr1	18702988	rs10796450	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=40;PP=961;SC=ACTCTTCCTTTGATCCCCAGC;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=18702996;WS=18702978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	18704862	rs1043459	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TGACATCTCCACGACCGGTTT;SOR=0.998;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=73;WE=18704870;WS=18704852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,76:0.44:174
chr1	18807897	rs2992755	C	G	9333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=145;PP=2965;SC=CCTTGCTGCCCCAGCCAGGAA;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=202;TCR=145;TR=347;WE=18807905;WS=18807887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	18807953	rs11261022	C	A	11795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=187;PP=2965;SC=CCATTTCCCCCGCTTGGGCAG;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=236;TCR=187;TR=423;WE=18807961;WS=18807930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	18808292	rs2992753	C	A	12075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=223;NR=198;PP=2965;SC=AATGGAGGAGCATTTCATACA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=224;TCR=198;TR=421;WE=18808300;WS=18808282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr1	18808465	rs3007718	T	A	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=106;PP=2965;SC=GAACAGGGGCTGCCTCGGGAG;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=80;TCR=106;TR=186;WE=18808473;WS=18808455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	18808526	rs2992752	A	C	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.757;SC=CTCCCCGCAGACAGGGCCGTG;SOR=0.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=209;WE=18808534;WS=18808516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr1	18809896	rs2992745	A	T	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=52;PP=1492;SC=TTCTAGGCAAACAGGCAACCC;SOR=4.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=56;WE=18809904;WS=18809886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	18810344	rs2992740	G	T	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=15;PP=1419;SC=GGCCAGGAAGGAGCCGAGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=18810352;WS=18810334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	18960722	rs4920523	G	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=29;PP=1838;SC=ACTGGAGTCAGGGAGTGTACT;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=99;WE=18960730;WS=18960712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	19071153	rs142874250	C	CGGAT	92.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=30.79;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	19071183	rs71027398	A	AATGG	524.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;QD=30.87;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	19175846	rs28374389	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=627;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GTGTTGTTGATGGTGTGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=46;WE=19175854;WS=19175836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr1	19186129	rs9701796	G	C	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1587;ReadPosRankSum=0.899;SC=GAACAGGGAGGAGATGGTCTT;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=109;WE=19186137;WS=19186119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,115:0.49:236
chr1	19186260	rs9700646	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=578;ReadPosRankSum=0.791;SC=GTCCTGCCACCGACTGTGGGG;SOR=0.738;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=36;WE=19186268;WS=19186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr1	19186320	rs9701803	G	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.856;SC=GGAAAGGAGGGTGGAATTATG;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=19186328;WS=19186310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	19199473	rs28700162	T	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1097;ReadPosRankSum=3.445;SC=ACACTTCTGTTTTTCTCTGAA;SOR=0.769;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=91;WE=19199481;WS=19199463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr1	19200908	rs28529092	G	C	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=62;PP=2012;ReadPosRankSum=1.114;SC=AACATCTAGGGTCTCCCACCA;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=273;TCF=150;TCR=123;TR=135;WE=19200916;WS=19200898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,146:0.50:290
chr1	19201184	rs6665917	G	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=411;ReadPosRankSum=0.676;SC=AGGTTCAACAGGAGGCCGAGT;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=24;WE=19201192;WS=19201174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	19201928	rs2230709	C	T	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=71;PP=2485;ReadPosRankSum=0.688;SC=GTGCTGTCAACCAGCTGCAGC;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=325;TCF=185;TCR=140;TR=172;WE=19201936;WS=19201918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,192:0.54:354
chr1	19201956	rs2230708	A	G	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=85;PP=2183;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TGTACTTGTCATCCGGGTAGA;SOR=0.648;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=354;TCF=184;TCR=170;TR=167;WE=19201964;WS=19201946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,173:0.46:378
chr1	19202770	rs7550822	T	C	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=85;PP=2965;SC=TCCGGTGGGATTGTCCTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=179;WE=19202778;WS=19202760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	19202917	rs7550938	T	C	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr1	19202926	rs2230706	T	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr1	19203997	rs2230705	C	G	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=86;PP=2883;SC=GACGCGAGCACGCGGAACACT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=19204005;WS=19203987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	19204154	rs6426813	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=5;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TGGCTCCCCCGGTTGCCCAGG;SOR=0.184;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=19204162;WS=19204144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	19204173	rs6426814	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=0.441;SC=GGGGCCCAAAACACCACCTAC;SOR=1.911;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=19204181;WS=19204163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	19205672	rs28497538	T	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=39;PP=2066;SC=GCAGTGCTGGTGCCTGAAATG;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=19205680;WS=19205662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	19208145	rs112548638	G	GGGTTGCCT	6056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=23;PP=2978;SC=CAGGTGAGCAGGTGAACGTCC;SOR=2.434;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=71;WE=19208153;WS=19208135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	19208944	rs28566028	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=979;SC=GCTGGGCTGCACCTCCCCCAC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=19208952;WS=19208934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	19209543	rs6426611	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=17;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CAAGGGGCTCAGGGTGGCCTC;SOR=1.029;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=77;WE=19209551;WS=19209533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr1	19210018	rs28508407	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GCACTGAGCCGGGCCCCAGGA;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=23;WE=19210026;WS=19210008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr1	19215834	rs941495	T	C	12448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=249;NR=196;PP=2965;SC=GGGGCTGAGCTCTGCCCACCC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=445;TCF=249;TCR=196;TR=445;WE=19215842;WS=19215824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr1	19238001	.	T	TTTTA	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.03;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr1	19243589	rs3748586	A	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1116;ReadPosRankSum=0.909;SC=CTAGGATGGAAGGTAGGGGTG;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=68;TCR=121;TR=76;WE=19243597;WS=19243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,78:0.41:192
chr1	19246320	rs41273181	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=945;ReadPosRankSum=0.679;SC=TCTGGGGATAGGAGGGTCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=47;WE=19246328;WS=19246310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr1	19247509	rs35477144	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=658;ReadPosRankSum=2.278;SC=TGGCCACATGGCTCTCTGGCG;SOR=0.895;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=46;WE=19247517;WS=19247499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr1	19282944	rs4912132	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=303;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CGGCCGGCCGGGCGGTTCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=17;WE=19282952;WS=19282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	19282981	rs1886768	A	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=330;SC=GCCTCCGCAGAGACGGCAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=19282989;WS=19282971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19401405	rs2281748	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=92;PP=2455;ReadPosRankSum=0.578;SC=AAAGCACAACGGGCAGAGGTG;SOR=0.807;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=382;TCF=191;TCR=191;TR=176;WE=19401413;WS=19401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,181:0.46:394
chr1	19408294	rs67232976	G	GC	4955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.370;NF=16;NR=93;PP=2963;ReadPosRankSum=2.476;SC=TTCTTCCCTGGCCCCATGTCT;SOR=0.628;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=237;TCF=32;TCR=205;TR=109;WE=19408302;WS=19408284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,186:0.52:359
chr1	19408380	rs12164540	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.135;NF=11;NR=38;PP=954;ReadPosRankSum=0.403;SC=ACGTTCACAATCTCCCCAACA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=24;TCR=81;TR=49;WE=19408388;WS=19408370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr1	19411129	rs1043905	A	G	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=71;PP=1977;ReadPosRankSum=2.217;SC=GTTTGATGTCATGGATGTTGA;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=130;WE=19411137;WS=19411119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,134:0.50:268
chr1	19412464	rs2274009	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.947;SC=TTGAGTAAGCCTCCATCCCCC;SOR=0.178;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=5;WE=19412472;WS=19412461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	19413261	rs12584	T	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=931;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TTATTCTCCATCTCCTCCAAG;SOR=0.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=70;WE=19413269;WS=19413251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,76:0.48:157
chr1	19413420	rs2274008	T	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.183;SC=ATGCCTTGGGTTTCAGGTTGC;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=19413428;WS=19413410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	19415304	rs1043899	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=415;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGGCCATGCGCTTCTTCTCTG;SOR=1.129;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=31;WE=19415312;WS=19415294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr1	19420392	rs1106839	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=538;ReadPosRankSum=0.846;SC=GACCTAGTTCGGCGTTTTAGT;SOR=1.552;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=30;WE=19420400;WS=19420382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	19426199	rs2236377	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=710;ReadPosRankSum=1.252;SC=TGAAGCTGTTGTTCCAAATAA;SOR=1.565;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=36;WE=19426207;WS=19426189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	19433449	rs6426677	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGAGGGCCTCAACGGGGACAT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=19433457;WS=19433439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	19440107	rs9661719	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=1.030;SC=CTGGACTGCTAGATGAGAGAG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=19440115;WS=19440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	19447843	rs1044010	C	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=944;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TGCTGCCGCACAGAGCACAGG;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=56;WE=19447851;WS=19447833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr1	19448326	rs6681662	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=822;ReadPosRankSum=-0.315;SC=ATCTTGTTCACAGCTATATCT;SOR=1.237;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=52;WE=19448334;WS=19448316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr1	19474975	rs2296108	T	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1168;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTCTTTAGCTTCGAGGCCTCA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=82;WE=19474983;WS=19474965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,92:0.47:194
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chr1	19483209	rs10799710	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=350;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GGGGAGAGAAAATGACTAGAA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=21;WE=19483217;WS=19483199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	19486839	rs946419	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.440;NF=1;NR=13;PP=182;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GGATAATACTTGTAAAAATCA;SOR=0.340;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=14;WE=19486847;WS=19486829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	19487656	rs3748759	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=986;ReadPosRankSum=1.737;SC=GGACAGAAAATGTCAGAGTCC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=45;TCR=80;TR=72;WE=19487664;WS=19487646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr1	19491857	rs3748757	T	C	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GGAGGCAAGATGGGAGAAAAA;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=111;TCR=133;TR=122;WE=19491865;WS=19491847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,126:0.49:258
chr1	19499835	rs951908	G	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=2157;ReadPosRankSum=0.173;SC=TTTAGGAGATGACTATAGGCA;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=125;WE=19499843;WS=19499825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
chr1	19500729	rs6694521	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=487;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CAATAAACTGGTTACATTTCA;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=33;WE=19500737;WS=19500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr1	19510394	rs3762396	A	G	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=44;PP=2215;ReadPosRankSum=0.901;SC=GATGAACCTTAAAGACAAGTA;SOR=1.202;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=278;TCF=169;TCR=109;TR=127;WE=19510402;WS=19510384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,127:0.45:283
chr1	19513570	.	TTA	T	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=58;QD=10.6666666667;SC=CAAGAAAGTTTTATATATATA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=19513581;WS=19513560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,6:0.60:10
chr1	19518659	rs11588032	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=595;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CAAAATATAAGTTATAATCAA;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=47;WE=19518667;WS=19518649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr1	19519782	rs10799734	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=0;PP=525;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AAGCTGGATGCCTACCTCTTA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=59;TCR=0;TR=28;WE=19519790;WS=19519772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	19519887	rs72651403	G	C	4190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=82;PP=2879;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCCCTCATTTGAACAATCAAG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=392;TCF=216;TCR=176;TR=186;WE=19519895;WS=19519877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,201:0.48:419
chr1	19549343	rs2073106	G	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1081;ReadPosRankSum=0.089;SC=AGGGATAGGAGGTGGCAGCTC;SOR=0.795;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=223;TCF=100;TCR=123;TR=100;WE=19549351;WS=19549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,104:0.44:238
chr1	19549864	rs2073105	T	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=989;ReadPosRankSum=0.289;SC=TGGAGCTACCTTGGGTCCCTG;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=63;WE=19549872;WS=19549854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr1	19554099	rs7515397	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=0.841;SC=AGTGGCTCATTCTTGTAATCC;SOR=1.781;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=19554107;WS=19554089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	19557713	rs2275403	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=1.096;SC=GCCCCAAACCGGACTCCGCTA;SOR=0.024;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=19557721;WS=19557703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	19564650	rs2073104	C	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GTACAGACAGCACGTGTCAAC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=117;WE=19564658;WS=19564640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr1	19565344	rs709683	C	G	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.219;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1639;ReadPosRankSum=-0.031;SC=AGAACTGCTACTTTTCTGCTA;SOR=0.940;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=246;TCF=142;TCR=104;TR=109;WE=19565352;WS=19565334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,113:0.44:255
chr1	19566296	rs2273046	T	C	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1383;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TAGCAAACCATGTTGCCTGCA;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=115;WE=19566304;WS=19566286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,122:0.51:241
chr1	19568722	rs710866	G	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-1.458;SC=ACACTCCATGGAACACCAACA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=8;WE=19568730;WS=19568712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	19568972	rs710865	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=699;ReadPosRankSum=1.944;SC=TGGAAACTGAACACAAGTACA;SOR=0.607;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=42;WE=19568980;WS=19568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr1	19578192	rs2294942	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=9;PP=1413;SC=GCGGCGGCTTGGCAGGGAGAG;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=62;WE=19578200;WS=19578182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	19582563	rs1557133	G	A	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=71;PP=2199;SC=GGCAGGGGGAGGAAGGCCCTT;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=116;WE=19582571;WS=19582553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	19583400	rs1774075	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=20;PP=1380;SC=AAGGGACCCCAACGTGGGGAC;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=19583408;WS=19583390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	19583734	rs4912057	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=18;PP=1145;SC=TTGGCAGGCCGGAGGCTCAGG;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=19583742;WS=19583724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	19595137	rs2235795	C	T	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=81;PP=2965;SC=GCGCCATACGCGGCCTGCAGG;SOR=1.359;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=152;TCR=82;TR=232;WE=19595145;WS=19595127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	19595892	rs6665423	G	A	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=82;PP=2387;SC=ATCAGCCCCCGGGCCCAGAGT;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=105;WE=19595900;WS=19595876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	19596124	rs2235794	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=15;PP=1383;SC=GTGCCTGAGGCAGGGGAAGAG;SOR=2.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=19596132;WS=19596114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	19596156	rs6665756	G	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=33;PP=1961;SC=CCTGCCGGGTGGTGGCGCTGT;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=19596164;WS=19596146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	19597420	rs12046875	G	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=825;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GGCCTTGGTAGCAATTTTCAC;SOR=1.047;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=57;WE=19597428;WS=19597410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,61:0.41:147
chr1	19609254	rs1738025	T	C	10950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=197;PP=2965;SC=CATTCGTGAGTAACCAAATGC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=210;TCR=197;TR=407;WE=19609262;WS=19609244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	19609522	rs140599506	G	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.55;QD=28.57;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	19611241	rs1738023	T	C	10302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=220;PP=2965;SC=TGTTTCCCATTCTTGTCCTCA;SOR=1.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=120;TCR=220;TR=340;WE=19611249;WS=19611231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	19612477	rs2231198	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.330;NF=46;NR=41;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CCAAGCTCCACGAACTTGCCC;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=87;WE=19612485;WS=19612467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
chr1	19638309	rs2227295	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	19650982	rs41264065	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=0.028;SC=GGATCCCGCCCGTGGGGAGGA;SOR=0.029;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=13;WE=19650990;WS=19650972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr1	19651102	rs41264067	A	G	4145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=79;PP=2541;ReadPosRankSum=0.900;SC=CTGAGCATGCATCCCTTCCTC;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=446;TCF=256;TCR=190;TR=205;WE=19651110;WS=19651092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,215:0.46:464
chr1	19651277	rs41264069	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1064;ReadPosRankSum=1.550;SC=ACCCGGGCAAGGTGGCGCTAC;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=62;WE=19651285;WS=19651267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr1	19651300	rs41264071	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=646;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CTAACCCTGCTTCACCCTGCA;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=38;WE=19651308;WS=19651290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	19651330	rs41264073	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GAGGAGATGCCAGGCTCTTTG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=15;WE=19651338;WS=19651320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	19652063	rs11558390	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.094;NF=29;NR=30;PP=844;ReadPosRankSum=-0.150;SC=AGTTCAGGACGCGCCCCTCTC;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=59;WE=19652071;WS=19652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr1	19652127	rs199660210	AGTT	A	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=2.309;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	19652132	rs214315	T	G	465.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr1	19652133	.	G	GGT	350.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr1	19652135	.	G	GGT	1194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr1	19652684	rs41264077	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ACCCTCCCCCGACAACCGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=19652692;WS=19652674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	19653256	rs7553611	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGGCTTGGGCAAGTTAATCCA;SOR=0.165;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=19653264;WS=19653246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	19669235	rs12124843	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=586;ReadPosRankSum=0.360;SC=CGCGGCTCTCAGGCAGGGTAC;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=41;WE=19669243;WS=19669225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr1	19683301	rs169957	G	T	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=45;PP=1303;SC=AGTGGCCCCTGGAATTCAGGG;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=19683309;WS=19683291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	19775246	rs10442634	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1038;ReadPosRankSum=0.281;SC=TCTCCCTTCACCCTGGCAGTT;SOR=1.111;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=77;WE=19775254;WS=19775236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,78:0.37:213
chr1	19775492	rs10442635	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=-2.052;SC=TGACGTGACTAGGGACGCTGC;SOR=0.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=19775500;WS=19775482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	19923313	rs4912130	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=0.054;SC=CGCAAACCCATAGGCGCAGCC;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=19923321;WS=19923308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	19934900	rs61740466	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=75;PP=2367;ReadPosRankSum=2.371;SC=ATCCAACTCCGGGCCACAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=127;TCR=140;TR=144;WE=19934908;WS=19934890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,153:0.55:278
chr1	19935118	rs138778783	T	TA	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=0.032;SC=AAAAAATAAATAAAAAAAGTG;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=19935126;WS=19935108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	19972586	rs11810271	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GGGCTGGAAGATGCAGGCAGG;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=59;WE=19972594;WS=19972576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr1	19981451	rs3828101	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=388;SC=TAACACCACTACCCGGCCCCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=19981459;WS=19981441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	19981791	rs2294630	A	G	7110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=107;PP=2965;SC=ACAGTGACACAGGCATGGTGA;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=152;TCR=107;TR=259;WE=19981799;WS=19981781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	19992372	rs8192529	G	T	6125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.664;SC=TGACGGCGGCGGCCAACTCGC;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=539;TCF=317;TCR=222;TR=262;WE=19992380;WS=19992362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,278:0.49:566
chr1	20020993	rs4370779	AC	GT	11691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=119;PP=2947;SC=GGCCGGCGACACGGAGCTGCA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=235;WE=20021002;WS=20020983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	20027404	rs10799834	G	A	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=67;PP=1649;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGAAAAGGCCGTCAGTGTCCC;SOR=1.106;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=173;TCF=60;TCR=113;TR=97;WE=20027412;WS=20027394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,99:0.57:175
chr1	20027423	rs10737480	T	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1156;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCTGGCCACATTGGGTGCTGG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=64;WE=20027431;WS=20027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr1	20066485	rs6426824	G	A	5278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=2.198;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,139:0.52:267
chr1	20066490	rs6426825	T	C	5247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,137:0.53:260
chr1	20067186	rs12065466	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=469;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CCTGGGGGCTTTGGGCATGCA;SOR=0.419;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=28;WE=20067194;WS=20067176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr1	20073146	rs36067693	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=2.180;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	20216860	rs10799593	G	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GTCTTGACTCGTGTTGTTGTT;SOR=0.628;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=83;WE=20216868;WS=20216850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr1	20221013	rs372964689	TCTAAGTCAG	T	1073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AGCTCTTATTTCTAAGTCAGC;SOR=1.703;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=15;WE=20221037;WS=20221003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr1	20221029	rs199563201	G	GA	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TCAGCTTTGGGAATATCCGAA;SOR=1.449;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=15;WE=20221037;WS=20221003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	20246777	rs142945210	C	CG	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.368;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CCTCCAGGGACGGGGGGGAGG;SOR=1.904;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=14;WE=20246785;WS=20246767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	20304857	rs2307246	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=13;PP=649;SC=GGGTAGGGAGGGATAGGTGGC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=20304865;WS=20304847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	20304926	rs4744	G	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=31;PP=1357;SC=AGTGGCAGCCGTAGAAGCCAT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=20304934;WS=20304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	20395401	rs11573185	C	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=18;PP=1710;SC=CACACTCCCCCCTACGTCCTT;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=20395409;WS=20395391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	20411234	rs2020886	T	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=730;SC=TGGGGCCTGGTGGAGAGCCAG;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=20411242;WS=20411224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	20411332	rs2020887	C	T	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=64;PP=2591;SC=AGATGAAAGGCCTCCTCCCAC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=82;TCR=64;TR=146;WE=20411340;WS=20411322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	20442054	rs584367	T	C	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=87;PP=2502;SC=TTGTAGATGCTGCACCCCTGG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=168;WE=20442062;WS=20442044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	20446170	rs11298078	GT	G	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=29.21;SOR=2.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	20490518	rs6426616	T	C	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ACACCTGGGCTGGCTGGAGAA;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=141;TCR=143;TR=143;WE=20490526;WS=20490508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,145:0.50:292
chr1	20499168	rs2301475	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=442;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CTCAGGAATATCTCCTTCCAA;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=28;WE=20499176;WS=20499158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	20501362	rs6692902	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.291;SC=CTCCAAATCCCGTTCAGTTCT;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=20501370;WS=20501352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	20501582	rs12139100	G	A	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=983;ReadPosRankSum=-1.663;SC=AAGGCACTTCGCCCCGTGATG;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=76;WE=20501590;WS=20501572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr1	20517965	rs41307769	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=617;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TTGTGGCCTCTTAGGCAGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=31;WE=20517973;WS=20517955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr1	20637043	rs12726937	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CCTCTTCCCACTTCCTGCCCT;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=110;TCR=26;TR=61;WE=20637051;WS=20637033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	20637374	rs10916761	T	C	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=88;PP=2722;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTGCT;SOR=2.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=22;TCR=88;TR=110;WE=20637382;WS=20637364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	20643944	rs4654851	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=437;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GGAACTCATCGTCCTCTCCTT;SOR=1.079;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=25;WE=20643952;WS=20643934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr1	20649814	rs4655194	T	C	7243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=87;PP=2965;SC=CTCTTGACCCTGATTGCCCAA;SOR=1.427;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=164;TCR=88;TR=248;WE=20649822;WS=20649804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	20656824	rs2072752	A	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1238;ReadPosRankSum=0.959;SC=GGCGCTGTCAACAACACAGGG;SOR=1.102;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=150;TCF=52;TCR=98;TR=72;WE=20656832;WS=20656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr1	20657352	rs2072753	T	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=112;PP=2965;SC=CTCTTCTCCCTTTCCGCCAGG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=169;TCR=113;TR=280;WE=20657360;WS=20657342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	20662938	rs10916769	A	G	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,108:0.62:174
chr1	20664061	rs742056	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=590;ReadPosRankSum=1.448;SC=AGACACTTCCAAACAGGAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=61;TCR=2;TR=34;WE=20664069;WS=20664051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr1	20671833	rs10799629	C	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=18;PP=1392;SC=TTAAAGGCTTCTTTAATCCCA;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=20671841;WS=20671823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	20671961	rs11582960	G	A	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=101;PP=2965;SC=TCCAACCGCCGCTACCAAGTG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=203;WE=20671969;WS=20671951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	20672101	rs4655200	C	T	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=47;PP=1601;SC=GGCAGGCGAGCGGCCGGGGGC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=20672109;WS=20672091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	20676932	rs179471	T	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=678;SC=CACAGAGTACTCTGGTGACAG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=20676940;WS=20676922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	20677533	rs230184	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GACATTTAGGCAGGTGTCGTA;SOR=1.911;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=19;WE=20677541;WS=20677523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	20678551	rs230182	A	G	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=68;PP=1995;ReadPosRankSum=2.289;SC=TGCACAGGCTAAATCTCAACA;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=168;TCR=145;TR=148;WE=20678559;WS=20678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,157:0.47:337
chr1	20680718	rs2072751	G	A	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,88:0.52:170
chr1	20680760	rs230180	A	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	20827216	rs595980	C	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=1220;ReadPosRankSum=-2.828;SC=CCCGGGTGATCGCCTGTCTGC;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=110;TCR=33;TR=70;WE=20827224;WS=20827206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr1	20829560	rs2641114	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=0.585;SC=TAATCTTAGCGATCACAAAGC;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=13;WE=20829568;WS=20829550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	20829808	rs60519890	TA	T	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.808;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	20915531	rs602950	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=-1.755;SC=GACACACCCAAGGGGAGGAGC;SOR=0.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=21;WE=20915539;WS=20915521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr1	20915589	rs3215400	TC	T	3733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=26;PP=2831;SC=AGCTCCTGTTTCCCGCTGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=72;WE=20915597;WS=20915579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	20915701	rs2072671	A	C	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.627;NF=70;NR=68;PP=1923;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGAGGCCAAGAAGTCAGCCTA;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=277;TCF=144;TCR=133;TR=138;WE=20915709;WS=20915691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,142:0.50:286
chr1	20940258	rs488991	T	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=22;PP=1419;SC=ACAGACCGAGTCTCAGGGCCT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=20940266;WS=20940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	20940463	rs3738130	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CCACGCCAAGTTGCAGGCATG;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=20940471;WS=20940453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	20944889	rs77158575	G	A	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=59;PP=2965;SC=GACCCAGTCCGTCTCAGCCCC;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=105;TCR=59;TR=164;WE=20944897;WS=20944879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	20944909	rs61781969	G	A	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=82;PP=2965;SC=CCTCAGCCACGCTGTGTCTCT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=210;WE=20944930;WS=20944899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	20944922	rs61781970	C	T	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=90;PP=2965;SC=GTGTCTCTCACGCCAGCTTTG;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=137;TCR=90;TR=227;WE=20944930;WS=20944899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	20945055	rs1048977	C	T	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=123;PP=2965;SC=TGCAGAAGACCCAGTGACAGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=104;TCR=123;TR=227;WE=20945063;WS=20945045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	20964328	rs2298298	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=583;ReadPosRankSum=1.093;SC=TTCTTTTCTCATCACAGGCAA;SOR=0.132;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=37;WE=20964336;WS=20964318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr1	20972048	rs3131713	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.601;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=696;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TCCCCTCTCCGCCAGCTATCC;SOR=1.767;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=37;WE=20972056;WS=20972038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
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chr1	20978832	rs6893	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=0.134;SC=ACCCCCCTCCTTGCCCCGTCT;SOR=1.501;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=21;WE=20978840;WS=20978822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr1	20979573	rs36110575	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
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chr1	20981908	rs76266717	G	A	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=43;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GGTTTCTGCTGTCCTCTCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=106;WE=20981916;WS=20981898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,115:0.51:226
chr1	20982151	rs3738140	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AAACCTGGAAGGTGACAGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=81;WE=20982159;WS=20982141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr1	20982631	rs4704	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CACTGCCTCCGCCGTCAATAA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=114;TCR=85;TR=92;WE=20982639;WS=20982621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,99:0.46:216
chr1	20987873	rs537816	G	C	7591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=144;PP=2965;SC=GACCCAGCACGTGCACACCGG;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=268;WE=20987881;WS=20987863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	20992819	rs631357	G	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1234;ReadPosRankSum=0.691;SC=TGTAGCGGTCGTCCTCCTGCC;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=186;TCF=68;TCR=118;TR=80;WE=20992827;WS=20992809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,81:0.43:189
chr1	21016906	rs493018	G	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=594;SC=ATTCCTTTTTGGTTATTCAAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=21016914;WS=21016896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	21024860	rs41302005	C	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=2161;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TTCCCACCCGCTTGGGTCTCA;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=119;WE=21024868;WS=21024850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr1	21040079	rs10799661	C	A	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GAACCTAGACCTCAGAGCTCG;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=95;WE=21040087;WS=21040069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,101:0.50:200
chr1	21040151	rs10916851	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=1.062;SC=GGACATCATGGGAGGAGAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=23;WE=21040159;WS=21040141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	21042300	rs554111	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GGAGTTGACTCTCTGGTGGGG;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=21042308;WS=21042290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	21043913	rs604659	T	C	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CCCTGGGGACTCTCGGGGCGG;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=147;TCR=79;TR=115;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr1	21043926	rs604645	T	C	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CGGGGCGGCCTCATGCCCTGC;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=281;TCF=178;TCR=103;TR=139;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,146:0.51:287
chr1	21044161	rs601329	A	G	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=101;PP=2427;ReadPosRankSum=0.810;SC=GGTTCATGGGACGGCAGCGCA;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=369;TCF=150;TCR=219;TR=168;WE=21044169;WS=21044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,178:0.46:389
chr1	21044219	rs601392	A	C	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=80;PP=2452;SC=CCCAGGACCAACGGGACCAGA;SOR=1.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=117;WE=21044227;WS=21044209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	21050958	rs592060	C	T	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=113;PP=2965;SC=TCTGAGAGAGCTGATCACGGC;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=76;TCR=113;TR=189;WE=21050966;WS=21050948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	21091861	rs1985278	G	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=765;ReadPosRankSum=-1.438;SC=CCAGGCCAATGGCTCATACCT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=48;WE=21091869;WS=21091851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr1	21099846	rs589755	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=0.718;SC=AGGAAGCAGAACAAGATTTAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=21099854;WS=21099836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	21143774	rs12126757	A	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	21167404	rs2230573	A	G	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=43;PP=2712;SC=TGATAGAGTAATTGGCCCATG;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=136;WE=21167412;WS=21167394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	21175855	rs7525082	C	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=349;SC=CCAAGTTATTCTATACTATCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=21175863;WS=21175845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	21179969	rs7542882	G	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=1046;SC=CATAAGGATTGCTATCAAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=58;WE=21179977;WS=21179959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr1	21180250	rs7543140	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.679;SC=ATCCCTAGGTGAGGCCTGAGA;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=21180258;WS=21180240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	21188703	rs10916885	A	T	2324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=5.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,131:0.36:369
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chr1	21219050	rs6685306	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=-1.928;SC=ATAAAAAGAGCGTAACAGAAA;SOR=0.277;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=21;WE=21219058;WS=21219040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	21295864	rs2271115	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	21325360	rs885363	C	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	21327637	rs1395508	C	T	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=58;PP=2965;SC=GTCAAAAATACTAAGTGCCAG;SOR=1.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=165;WE=21327645;WS=21327627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	21377314	rs6426663	C	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=10;PP=761;SC=AAAATGATGCCTTTACAGGGA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=21377322;WS=21377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	21494634	rs61779121	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.852;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=21494642;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	21502766	.	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=998;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCGCTGCTGCCGCCGCCGGGT;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=64;WE=21502774;WS=21502756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr1	21554319	rs6426676	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=413;SC=CTGCAACCTGAAGCACTGGGG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=21554327;WS=21554309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	21554573	rs3026901	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=0.327;SC=CAGCACAGGGCGGGAGGCAGG;SOR=0.491;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=63;WE=21554581;WS=21554563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr1	21560253	rs28368029	G	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-2.369;SC=AGATTAATCTGCAGGCTGGAG;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=21;WE=21560261;WS=21560243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	21573603	rs212513	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=1.805;SC=CGTAAAAGCCCGCCCAGGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=21573611;WS=21573602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	21582425	rs212522	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=1032;ReadPosRankSum=0.460;SC=CCCTAGCAGCCGGCGCTCAAG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=94;TCR=27;TR=59;WE=21582433;WS=21582415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr1	21616932	rs142246501	G	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	21625145	rs10916958	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=785;ReadPosRankSum=0.782;SC=CGGTGGCACATGTCAGCTCCT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=47;WE=21625153;WS=21625135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr1	21671943	rs2072654	T	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCGGGTTCCCTGCTCCCAGCC;SOR=0.722;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=38;WE=21671951;WS=21671933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr1	21671973	rs114921587	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGACGGCTCGGCTGCCTGGCC;SOR=0.443;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=36;WE=21671981;WS=21671963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr1	21751116	rs200628132	G	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=25.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	21751142	rs150916531	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQRankSum=-4.132;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr1	21751214	rs72476501	G	A	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.275;NF=150;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.740;SC=CTGACGTCCTGTTCCTCAAAT;SOR=1.011;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=584;TCF=305;TCR=279;TR=271;WE=21751222;WS=21751204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,205:0.48:430
chr1	21752682	rs71512992	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQRankSum=-1.554;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr1	21752746	rs140646278	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQRankSum=0.118;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr1	21752766	rs144829292	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=7.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQRankSum=0.119;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr1	21752782	rs140348908	T	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=8.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQRankSum=-2.341;QD=7.55;ReadPosRankSum=3.026;SOR=1.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,28:0.24:115
chr1	21753562	rs146549873	A	C	215.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.57;QD=30.83;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	21754711	.	G	C	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.62;QD=30.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	21754920	rs183181907	G	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.979;NF=27;NR=21;PP=619;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GACTGAGCCTGGGCGCGCCCG;SOR=0.467;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=48;WE=21754928;WS=21754910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr1	21754981	rs148590544	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.823;NF=10;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GCCCGACCCCCACTACGAGAA;SOR=1.241;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=31;WE=21754989;WS=21754971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
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chr1	21755013	rs201191572	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.04;MQRankSum=-0.949;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr1	21755408	rs41312003	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQRankSum=-0.437;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
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chr1	21755539	rs3855556	C	A	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=28.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	21755756	rs56343055	G	C	6621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=130;PP=2965;SC=CAGTACAACAGCACGCGGGCG;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=275;TCF=144;TCR=131;TR=274;WE=21755764;WS=21755746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	21755867	rs7522332	A	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.04;QD=29.00;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	21755906	rs3738922	G	A	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.87;QD=28.17;SOR=1.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	21756008	rs3894725	G	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=27;PP=803;SC=GACTACATGAGCCACATCATT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=21756016;WS=21755998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	21756069	rs7532750	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=378;SC=TGGGGTGTGTGGGGGATAAAA;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=21756077;WS=21756059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	21795388	rs1827293	A	G	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=112;PP=2965;SC=CAAAATAATTACGGTAAGTTC;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=70;TCR=113;TR=182;WE=21795396;WS=21795378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	21799489	rs1971327	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=912;SC=CTGGCATCTATGATGGGCCGA;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=21799497;WS=21799479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	21799823	rs1971328	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=879;SC=CTGGTGTCCAATCCCTCTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=21799831;WS=21799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	21800185	rs7520015	T	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=45;PP=1358;SC=TCTATTATGGTATTCTTAACA;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=21800193;WS=21800175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	21801346	rs7531217	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=781;SC=GTCATATGTGGAGTGTGAATT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=21801354;WS=21801336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	21804815	rs7535654	T	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=35;PP=967;SC=GTACTCCATTTTGAAGGTGAT;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=21804823;WS=21804805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	21805730	rs2316504	A	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=873;SC=AAAGTCTCCTATTCTCACACT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=21805738;WS=21805720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	21807367	rs201117263	TA	T	75.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.00;QD=25.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	21807521	rs200206527	A	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.16;MQRankSum=-1.432;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	21808159	rs71512991	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.10;QD=26.22;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	21808207	rs146564096	A	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.62;QD=27.82;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21808223	rs145079058	T	C	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.05;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	21809590	rs150647738	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.48;MQRankSum=-0.724;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	21809750	rs202069483	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.28;QD=33.53;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	21880818	rs142935969	C	CATAT,CATATAT	423.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=10,10;PP=341,61;SC=ACTCTTTTCCCATATATATAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10,10;WE=21880826;WS=21880808;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr1	21887290	rs1767430	C	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=279;ReadPosRankSum=0.753;SC=TAGCTAGGAGCCCCGGGAGCC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=17;WE=21887298;WS=21887280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	21889506	rs1256336	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=590;ReadPosRankSum=0.532;SC=CCTCTCTGGTCCCTCACGCCC;SOR=1.067;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=33;WE=21889514;WS=21889496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr1	21889635	rs1780316	T	C	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=105;PP=2965;SC=TCCCTGACAGTGCCGGCACCG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=214;WE=21889643;WS=21889625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	21889784	rs35423948	CG	C	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.200;NF=0;NR=20;PP=576;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCTGGTGAGTCGGGGGAGCAG;SOR=0.741;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=20;WE=21889792;WS=21889774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	21890464	rs1767428	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.01;SOR=3.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	21900420	rs2275370	A	G	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=56;PP=1651;SC=TTAGGAGAATAGGTTGTGGAA;SOR=2.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=78;WE=21900428;WS=21900410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	21900459	rs35488260	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.365;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=212;ReadPosRankSum=1.985;SC=AGACACTCCCAGCCCAGCAAG;SOR=2.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=14;WE=21900467;WS=21900449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	21925108	rs2794278	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=10;PP=309;SC=ACCCGTACCCTCTGCGAGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=21925116;WS=21925098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	21925898	.	G	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=520;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GCCACGCCCAGGCTCGTGGTT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=34;WE=21925906;WS=21925888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	21926187	rs1767445	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=389;SC=CCTTGCCCTCCCCAACCCGGG;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=21926195;WS=21926177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	21928344	rs2275366	C	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1033;SC=TGGCATCAGGCGTAGCGTGAG;SOR=2.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=44;WE=21928352;WS=21928334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	21929260	rs829368	A	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=81;PP=2965;SC=AGGGATGGGGATGCAGGGGAA;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=135;TCR=81;TR=215;WE=21929268;WS=21929250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	21929456	rs3215988	GC	G	1525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=972;SC=GAGCCCCAGTGCCCCCCCCAC;SOR=3.215;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=43;WE=21929464;WS=21929446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	21932530	rs1767443	C	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=18;PP=1438;SC=AGGGAGGGGCCGGGGCCTGGG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=21932538;WS=21932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	21934667	rs829371	G	A	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=59;PP=2840;SC=CCCTAGCCACGTCCCTGCTCC;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=160;WE=21934675;WS=21934657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	21935433	rs861212	G	T	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=54;PP=1759;SC=CAGGCCCCTGGAAACTCCCAG;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=21935441;WS=21935423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	21938375	rs2275364	T	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;SC=CTGTCCCTACTTGGACCCAGA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=59;WE=21938383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	21939493	rs3767113	G	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=28;PP=1833;SC=CCTGGGGGAAGGCACAGGCCC;SOR=1.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=21939501;WS=21939483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	21940555	rs2275363	C	T	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.254;SC=CCGAGGGCAGCGTCCAGTGAG;SOR=0.484;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=68;TCR=105;TR=173;WE=21940563;WS=21940545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr1	21944352	rs748488	A	G	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=37;PP=2965;SC=AAGGAGGAGGACCTGGTATCC;SOR=2.331;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=126;TCR=37;TR=161;WE=21944360;WS=21944342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	21946415	rs1681255	G	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=7;PP=1952;SC=CTGTCCTCAGGGAGGTGAAGG;SOR=4.062;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=77;WE=21946423;WS=21946405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	21948936	rs829415	G	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=3;PP=72;SC=GGCCCCCGCCGGGGCGGCACT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=21948944;WS=21948926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	21953436	rs829412	A	G	13746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=265;PP=2965;SC=CCCACTTTACAGACAGGACCC;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=220;TCR=265;TR=485;WE=21953444;WS=21953426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr1	21961339	rs10799706	A	T	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=137;PP=2965;SC=CACCCCACCGAGGACTTCAGT;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=111;TCR=137;TR=248;WE=21961347;WS=21961329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	22005665	rs1059218	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTACTTGCCCCCTCCCACCCA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=22005673;WS=22005661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	22007443	rs72660363	C	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=113;SC=ACCTTTGTCACCTGTAATAAT;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=22007451;WS=22007433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	22013561	rs829420	C	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=464;SC=TCTACTGTAACAATATGTGGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=22013569;WS=22013551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22013771	rs10493008	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=944;ReadPosRankSum=0.611;SC=CCACAAGGGAGAGGGAGTCTG;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=64;WE=22013779;WS=22013761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr1	22032472	rs11426922	A	AT	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=792;SC=TATTCATTTAATTAATAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=19;WE=22032480;WS=22032462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22050649	rs2275668	C	A	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=68;PP=1965;SC=CTAAGTGATACATTCATTTTT;SOR=2.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=89;WE=22050657;WS=22050639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	22063149	rs10753517	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.781;SC=TAAAAGAAACGTTGGATAACA;SOR=1.314;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=28;WE=22063157;WS=22063139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr1	22082923	rs10458384	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=2.633;SC=GCAGTGAACCGAGATGGCGCC;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=22082931;WS=22082913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	22141206	rs10917051	A	C	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=94;PP=2788;ReadPosRankSum=2.094;SC=TGCGGCCTGAACATCCCGGTG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=145;TCR=189;TR=166;WE=22141214;WS=22141196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,170:0.49:344
chr1	22149935	rs897467	T	C	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=45;PP=1498;ReadPosRankSum=2.792;SC=CTGTGATGCCTGAGGAGAATC;SOR=1.028;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=114;WE=22149943;WS=22149925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,121:0.52:234
chr1	22150257	rs3736357	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=-0.285;SC=ACTTCCTGGTCCTCCCCGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=29;WE=22150265;WS=22150247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	22157689	rs3736355	G	A	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=92;PP=2449;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GCCAGGTGGTGTGTGGGGTGT;SOR=0.967;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=351;TCF=153;TCR=198;TR=154;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,160:0.44:364
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chr1	22161635	rs11338283	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
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chr1	22177119	rs61777200	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-2.012;SC=TGTCCTTCACATGGGGAAGGG;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=13;WE=22177127;WS=22177109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	22179673	rs12049614	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.311;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=647;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GGCCGACAGGTGGCCTTTCTG;SOR=1.393;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=42;WE=22179681;WS=22179663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr1	22180244	.	A	AAAAATAAAAT	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.326;NF=1;NR=0;PP=395;ReadPosRankSum=1.012;SC=TCTCTCTCAAAAAAATAAAAT;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=1;WE=22180252;WS=22180234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	22180548	rs12117402	T	C	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TCAACCTCCTTCTCTCTCTGA;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=103;WE=22180556;WS=22180538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,112:0.56:201
chr1	22183471	rs12024579	A	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=948;ReadPosRankSum=1.500;SC=TGGGGGAGAGACAGGAGGGGA;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=161;TCF=107;TCR=54;TR=67;WE=22183479;WS=22183461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr1	22183739	rs2305562	A	G	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=83;PP=2795;ReadPosRankSum=-1.001;SC=AGACCCCAGAAGACAGACTTC;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=387;TCF=197;TCR=190;TR=180;WE=22183747;WS=22183729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,188:0.48:391
chr1	22186234	rs10917056	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=45;PP=1720;SC=AGCCCCATGCACAAGGACAGC;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=22186242;WS=22186224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	22191454	rs897471	G	A	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=77;PP=2397;SC=GATGCTGGCCGCCAGCGGCAC;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=125;WE=22191462;WS=22191444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	22198605	.	GC	G	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=524;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCAGGTGCCTGCCTGCTGAGA;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=22198613;WS=22198595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	22199081	rs2501266	A	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=547;SC=AGGTGGCAACACCGCCTGGGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=22199089;WS=22199071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	22199245	rs2229482	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=868;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGAGGCCTTCCACCTGGGCCT;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=68;WE=22199253;WS=22199235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr1	22199821	rs2454290	G	A	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=64;PP=2965;SC=CTCCGCCCTAGGGACTCTGGG;SOR=1.191;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=168;WE=22199829;WS=22199811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	22200067	rs2247741	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AACTGGGCAGAGAAGAGCAGG;SOR=0.900;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=33;WE=22200075;WS=22200057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr1	22200082	rs2445136	T	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=868;SC=AGCAGGGACGTGCCCTGGACC;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=22200090;WS=22200072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	22200835	rs2445135	C	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=268;SC=CTGGATGAAGCGGGTGTGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=22200843;WS=22200829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	22201331	rs2290494	C	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=954;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GGAGAAGGAGCGGGAAGCACC;SOR=0.469;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=70;WE=22201339;WS=22201321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr1	22202109	rs2501265	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=22;PP=1982;SC=CCTCCTGCCCCGGCTCCAGAC;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=22202117;WS=22202099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	22203259	rs2454295	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=636;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AGCCACTGAAAGAGCACATGT;SOR=0.588;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=31;WE=22203267;WS=22203249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr1	22204630	rs7513608	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.303;SC=CCTCCCAGCTGTGGTGCTGGG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=22204638;WS=22204620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	22205408	rs2454294	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=303;SC=CCAAGTCTCCTGCCTCCCTGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=22205416;WS=22205404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	22205466	rs2454293	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=7;PP=765;SC=AAACCCCCCCTGACCCGGAGC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=22205474;WS=22205456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	22206649	rs989994	T	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=46;PP=2965;SC=GCCATTGCAATTGCAACCAGA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=147;WE=22206657;WS=22206639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	22206942	rs1874793	G	A	7672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=140;PP=2965;SC=GTCCCACGCTGGCCATCTTGG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=124;TCR=140;TR=264;WE=22206950;WS=22206932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	22207235	rs1874792	T	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=65;PP=1864;SC=CCGGCACCCATGAGGACCACG;SOR=1.397;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=22207243;WS=22207225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	22207804	rs139046040	ACCCAGGGTGGCAG	A	10618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=92;PP=2970;SC=TTCTTTCCCCACCCAGGGTGG;SOR=0.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=25;TCR=102;TR=112;WE=22207824;WS=22207794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	22208030	rs921847	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=384;SC=AGGGCTGCAGCCTGGGCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=22208038;WS=22208020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	22211217	rs2290493	G	A	4054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,183:0.58:318
chr1	22211222	rs4654994	T	C	12547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.91;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	22214127	rs2229478	A	G	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1123;ReadPosRankSum=0.938;SC=TCGTCTCCACAAGGAGAGAGA;SOR=0.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=81;WE=22214135;WS=22214117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chr1	22215088	rs2445140	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=46;PP=2169;SC=CGTGAGCCCCTGCACCCGGCC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=22215096;WS=22215078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	22216279	rs3767141	C	T	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=915;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TCGGGTCTAACGGGTATGTGC;SOR=0.930;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=57;WE=22216287;WS=22216269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr1	22216574	rs2254358	C	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1561;ReadPosRankSum=1.960;SC=GAATCTGAGCCCCATCCGCAT;SOR=0.851;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=254;TCF=131;TCR=123;TR=105;WE=22216582;WS=22216564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,109:0.41:267
chr1	22216604	rs2254357	C	G	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGCCCACATCCAGCTCCACAA;SOR=0.989;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=95;WE=22216612;WS=22216594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,102:0.42:241
chr1	22217108	rs2501260	G	A	9977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=169;PP=2965;SC=ACACCTCTCGGAACTCTCTGG;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=169;TCR=169;TR=337;WE=22217116;WS=22217098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	22303702	rs4415533	C	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=708;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCAGCTTGTACCCGGGGGCAT;SOR=0.552;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=45;WE=22303710;WS=22303692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr1	22304463	rs12058649	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=26.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	22307340	rs7528228	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.73;QD=30.95;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	22307358	rs7528300	C	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=5;PP=981;SC=TCTACCACACCTGTGGCGGTA;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=22307366;WS=22307348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	22307538	rs7528405	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=73;PP=2272;ReadPosRankSum=-1.396;SC=CAGGAGCTCCCGGACCTACCA;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=117;WE=22307546;WS=22307528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	22310080	rs10799723	G	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=785;SC=TTTGGAGGGTGAAGGAGCTGG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=22310088;WS=22310070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	22310139	rs10733031	T	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.13;QD=45.10;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	22310145	rs10733032	C	T	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.62;QD=44.13;SOR=1.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	22310262	rs10733033	G	C	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=152;PP=2965;SC=CACTCCCTCCGGCTGGTGACA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=158;TCR=152;TR=310;WE=22310270;WS=22310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	22310411	rs28468423	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.47;QD=44.33;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	22310411	.	AGA	GGG	2724	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=43.44;NF=5;NR=43;PP=2724;QD=20;SC=CACCAAGACCAGACCTTGTAC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=48;WE=22310421;WS=22310401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr1	22310413	rs7549398	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.47;QD=44.33;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	22310662	rs6426735	G	T	15533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CCCCTGACTCGGTGCTTTTTA;SOR=0.245;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=553;TCF=269;TCR=284;TR=552;WE=22310682;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,571:1.00:572
chr1	22310674	rs7538207	C	T	14510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=278;PP=2965;SC=TGCTTTTTATCGCTGCAGCCA;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=514;TCF=236;TCR=278;TR=514;WE=22310682;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr1	22310725	rs3820287	G	C	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=195;PP=2965;SC=CCCTGCTGCCGGTGGTGGACT;SOR=1.989;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=75;TCR=196;TR=270;WE=22310733;WS=22310715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	22310824	rs1803531	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=33;PP=765;SC=CCGGCTGCAATGTGAGTCAGC;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=22310832;WS=22310814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	22313161	rs1803530	T	C	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=125;PP=2965;SC=CCGCCTTCATTGACTGGATTG;SOR=1.079;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=92;TCR=129;TR=217;WE=22313169;WS=22313151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	22313197	rs34963341	C	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.151;NF=25;NR=48;PP=1186;ReadPosRankSum=1.579;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=73;WE=22313205;WS=22313187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr1	22313469	rs3806296	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQRankSum=-0.431;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr1	22329041	rs71016961	GC	G	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQRankSum=-8.791;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,59:0.31:189
chr1	22329062	rs143337942	CC	GT	6352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.556;NF=114;NR=48;PP=2944;ReadPosRankSum=0.163;SC=TCTCAAACTCCCGGGCTCAAG;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=238;TCR=99;TR=162;WE=22329071;WS=22329052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,163:0.53:308
chr1	22329220	rs55638883	G	A	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.319;NF=24;NR=74;PP=1485;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGGGCTCATCGAGGGCCAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=310;TCF=86;TCR=224;TR=98;WE=22329228;WS=22329210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,98:0.32:308
chr1	22329407	rs12756442	G	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.727;NF=30;NR=9;PP=1570;ReadPosRankSum=-1.408;SC=CACACAGCCAGTTGAAGGCAT;SOR=0.506;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=39;WE=22329422;WS=22329397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr1	22329414	rs10917107	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.433;NF=30;NR=5;PP=1251;ReadPosRankSum=0.681;SC=CCAGTTGAAGGCATGGCTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=35;WE=22329422;WS=22329397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr1	22329645	rs4543768	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.655;NF=2;NR=24;PP=434;ReadPosRankSum=0.314;SC=TCTAATGGCGTGGCATCCAGC;SOR=1.949;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=26;WE=22329653;WS=22329635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr1	22333595	rs3820290	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.327;NF=5;NR=30;PP=712;ReadPosRankSum=0.517;SC=CACCAAGACCGGACCTTGTAC;SOR=1.681;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=35;WE=22333603;WS=22333585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,33:0.39:84
chr1	22333688	rs3820289	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.263;NF=27;NR=4;PP=667;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TGTTTTGGTATCTTCTGTGTG;SOR=1.067;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=31;WE=22333696;WS=22333686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr1	22336277	rs3820285	C	G	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1641;ReadPosRankSum=1.395;SC=TTTGTTTCTGCCTTTGGCTGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=113;WE=22336285;WS=22336267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,125:0.45:278
chr1	22336305	rs9187	C	T	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=1.265;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,130:0.45:291
chr1	22336308	rs12908	G	A	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=1.037;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,130:0.45:291
chr1	22405202	rs75284716	T	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=643;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TTTAAAGATCTTGACTTCTCA;SOR=1.013;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=39;WE=22405210;WS=22405192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr1	22405398	.	G	A	158	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=18;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=16;MQ=56.32;NF=1;NR=9;PP=158;QD=19.2771212547;SC=TTTTTTTTTTGATATTTTGGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=22405406;WS=22405388;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,10:0.48:21
chr1	22408106	rs2501282	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=64;PP=2821;SC=GGATGGACTAGGGGACGATTA;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=151;WE=22408114;WS=22408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	22447148	rs12756110	G	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=359;SC=CCTCCTCTTAGGAATTACGCG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=22447156;WS=22447138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	22447645	rs41420150	C	CTG	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=429;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GTGGGAGAGTCTGGGGCCCTG;SOR=1.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=13;WE=22447653;WS=22447635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	22453842	rs6678992	T	C	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=37;PP=1424;ReadPosRankSum=0.101;SC=CATGGGGTCCTGAGTACCCAC;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=104;WE=22453850;WS=22453832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,115:0.59:196
chr1	22453975	rs2235527	C	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1623;ReadPosRankSum=0.288;SC=GCTTTGCCACCTGCCAAGAAA;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=105;WE=22453983;WS=22453965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,106:0.50:211
chr1	22454001	rs2235526	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=54;PP=1058;ReadPosRankSum=2.462;SC=CAATGAGCCATGAACCTTGCC;SOR=0.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=87;WE=22454009;WS=22453991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr1	22832743	rs209732	A	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=0.414;SC=AGGTATTAGTAAATTGTTGAC;SOR=2.303;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=15;WE=22832751;WS=22832733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	22835677	rs209729	A	G	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1477;ReadPosRankSum=0.443;SC=AAGATTGAGTACAAGCTCTTT;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=96;WE=22835685;WS=22835667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,102:0.54:190
chr1	22837586	.	CTT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.484;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr1	22852715	rs881646	G	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CCCCAGAGCCGGTGGCCCCGA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=98;WE=22852723;WS=22852705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,101:0.43:233
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chr1	22922546	rs209692	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=1641;ReadPosRankSum=-2.515;SC=TTGGGGTCAGGTCCCGGGCTA;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=41;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr1	22922560	rs209691	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=1641;ReadPosRankSum=0.517;SC=CGGGCTAGGGGTGGCCTGGCC;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=51;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr1	22924464	rs12404556	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.392;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCCTGTCCTCTTGGTTCAGGT;SOR=2.399;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=27;WE=22924472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	22925292	rs664340	C	G	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=61;PP=2965;SC=CAGGCGCCTCCCCGGGCTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=117;TCR=61;TR=178;WE=22925300;WS=22925282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	22927314	rs209702	A	G	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.064;SC=GTGAGTGCCAAGCCCTGGCAG;SOR=0.703;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=306;TCF=160;TCR=146;TR=151;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,159:0.49:324
chr1	22927326	rs209701	T	G	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.063;SC=CCCTGGCAGGTCCGCGGGCGG;SOR=0.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=146;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,155:0.50:312
chr1	22927672	rs12126436	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1201;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCTGACACTAGGACCAGGCCC;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=66;WE=22927680;WS=22927662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr1	22928265	rs209700	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=44;PP=1310;SC=GGCAGCCACCAAGCCCACCCC;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=22928273;WS=22928255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	22928349	rs209699	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.723;SC=CCCTCCTCTCAGGTGCTGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=22928357;WS=22928339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	22965438	rs172378	A	G	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GCCCCCTCGGAGCCCGTGGCA;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=361;TCF=199;TCR=162;TR=180;WE=22965446;WS=22965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,191:0.51:371
chr1	22970828	rs666656	G	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CAGGGCAGAGGTGGACTCTCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=22970836;WS=22970818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	22974297	rs9434	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.127;NF=2;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TGCGCTCGAGCCCCACGGGCC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=14;WE=22974305;WS=22974287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	22987958	rs10580	A	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1490;SC=CCCTTGCCCAACCAATGCACA;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=22987966;WS=22987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	23107832	rs3738296	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-2.361;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr1	23189503	rs6679387	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=668;ReadPosRankSum=0.565;SC=CCAGTTTCCTGGTGACTCTCC;SOR=0.839;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=45;WE=23189511;WS=23189493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr1	23208925	rs2229872	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1558;ReadPosRankSum=0.852;SC=GGTCCCAGCCGGACCAGCCCA;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=96;TCR=69;TR=99;WE=23208933;WS=23208915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,103:0.58:179
chr1	23216712	rs309474	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=580;ReadPosRankSum=0.758;SC=GAGCCTCAGCTGGAAGTTGAG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=40;WE=23216720;WS=23216702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr1	23219187	rs116119	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CTCTGCCTACCTTTGTGGGCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=9;WE=23219195;WS=23219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	23219493	rs309472	T	C	10506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=158;PP=2965;SC=CCGTGGCAGGTTACGGGCGCT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=193;TCR=158;TR=351;WE=23219501;WS=23219483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	23223116	rs309466	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=64;PP=1262;ReadPosRankSum=0.989;SC=AGCTCACTCTCACCTCTAGGC;SOR=1.071;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=201;TCF=63;TCR=138;TR=90;WE=23223124;WS=23223106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr1	23232400	rs309502	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=247;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TTTCCCTCCACGGAGGGACTG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=12;WE=23232408;WS=23232390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	23236826	rs309497	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=7;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.501;SC=AGAGGGTAGACGCCCTCAGCC;SOR=1.432;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=108;TCF=90;TCR=18;TR=57;WE=23236834;WS=23236816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr1	23342362	rs681648	A	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=0.345;SC=TGTTTAATGTATACAGAATTT;SOR=0.893;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=40;WE=23342370;WS=23342352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr1	23356864	rs10799788	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=1.779;SC=CCCTTAAAATGTGAGGTTAAC;SOR=0.242;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=23356872;WS=23356856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	23380198	rs579785	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=0.103;SC=TTTTAAAGATAGTCAAATAAC;SOR=1.349;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=21;WE=23380206;WS=23380188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
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chr1	23399932	rs967605	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=926;ReadPosRankSum=-0.273;SC=ATTGCACATGCCTTTGAGAGG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=58;WE=23399940;WS=23399922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr1	23405794	rs2072945	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTGTGACATCAGGGCTGAGGC;SOR=0.416;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=23405802;WS=23405784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	23418153	rs10799790	C	T	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TCTGGCCTGTCCTTCAGGGGC;SOR=0.554;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=121;WE=23418161;WS=23418143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,129:0.53:242
chr1	23419261	rs477717	G	A	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1503;ReadPosRankSum=0.098;SC=CCTTCAGTCCGCTCTCGGTGC;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=114;WE=23419269;WS=23419251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,119:0.49:241
chr1	23419374	rs3765407	G	T	5365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.57;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,140:0.48:289
chr1	23419383	rs477830	C	T	5409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,146:0.47:311
chr1	23419855	rs1983965	T	C	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=863;ReadPosRankSum=0.752;SC=GTTTGATTTGTGTCTTAAGTT;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=61;WE=23419863;WS=23419845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr1	23519477	rs623988	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-2.099;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	23519508	rs113803399	T	TA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=3.013;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr1	23640112	rs34061540	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	23664511	rs11586100	T	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=0.137;SC=GTGCCAGAGATTGGAGCAGAC;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=23664519;WS=23664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	23688933	rs2849028	A	G	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=109;PP=2965;SC=TCTGACTGAAATTCTTCCCAC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=234;WE=23688941;WS=23688923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	23693422	rs2849025	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1072;SC=GTCAAGCCAATATCCAATTAA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=23693430;WS=23693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	23696152	rs665977	G	A	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=52;PP=1586;SC=GAGGCTGGCCGAGAAACCACC;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=23696160;WS=23696142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	23710805	rs605468	A	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=42;PP=2680;SC=GTATGTGGATAACAGGGAAGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=131;WE=23710813;WS=23710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	23713952	rs676363	T	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=63;PP=2006;SC=CTGAGGAGTTTCAGGGGCCCT;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=23713960;WS=23713942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	23720260	rs2486078	T	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=629;SC=GAGGCTGGTTTGAAAAGCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=23720268;WS=23720250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	23724183	rs2275355	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=40;PP=1712;SC=TGTTCCTGTACCATCCCTTGG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=23724191;WS=23724173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	23735241	rs1198423	G	T	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=52;PP=1777;SC=AAATTGGCAAGGAGACTGCTT;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=23735249;WS=23735231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	23743581	rs2156087	C	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=506;SC=AGTCTAACATCTGGTTGAGCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=23743589;WS=23743571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	23751140	rs71514235	G	T	13525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr1	23755513	rs1198430	T	C	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=75;PP=2069;SC=CCATCAACCCTGACTATTCCT;SOR=1.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=121;WE=23755521;WS=23755503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	23758134	rs1198434	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=234;SC=AAATCAATGGATGCTCAGAGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=23758142;WS=23758130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	23758499	rs72661455	T	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=19;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=8;PP=70;SC=CCTCTAGGATTTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=23758507;WS=23758487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	23765472	rs1767148	A	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=1009;SC=CAAGGATGTGAAGTGTAGACT;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=51;WE=23765480;WS=23765462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	23810658	rs71514236	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	23836364	rs2075993	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=38;PP=1400;ReadPosRankSum=1.943;SC=GGGGGCAGGCAGGGCCACTCA;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=180;TCF=117;TCR=63;TR=101;WE=23836372;WS=23836354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,106:0.55:193
chr1	23847464	rs2075995	C	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=953;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TCTGGATGAGCTGGTCCAAGG;SOR=0.902;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=70;WE=23847472;WS=23847454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr1	23885498	rs11574	T	C	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=1848;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGTTCCGGAGTGAGCTCGGCT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=312;TCF=176;TCR=136;TR=153;WE=23885506;WS=23885488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,159:0.49:322
chr1	23908176	rs78293958	G	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=978;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AAGGTAAGGAGGTGGCGCGTG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=61;WE=23908184;WS=23908166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr1	23954126	rs34020220	T	TAC	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=948;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CTTCCAATTGTACACACACAC;SOR=1.880;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=21;WE=23954134;WS=23954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr1	23955186	rs139494227	T	TTTATTATTATTATTA,TTTATTATTATTATTATTATTATTATTA	726.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.95;QD=80.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,4:0.56,0.44:9
chr1	24018277	rs10917413	C	G	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=126;PP=2965;SC=ATAAGGCCCTCGGCCGGAAGC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=257;WE=24018285;WS=24018267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	24022437	rs2280437	A	G	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=64;PP=1762;ReadPosRankSum=1.823;SC=GTGGAATGTGATGTTGGTGAA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=115;TCR=119;TR=126;WE=24022445;WS=24022427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,138:0.55:252
chr1	24077554	rs35397069	T	C	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,90:0.45:202
chr1	24078234	rs34394004	T	C	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=1762;ReadPosRankSum=-0.146;SC=AAAACTAATTTGGATAGAAAG;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=262;TCF=145;TCR=117;TR=131;WE=24078242;WS=24078224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,138:0.51:268
chr1	24082269	.	CAA	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr1	24083649	rs2076346	T	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=868;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CAAATATTATTTCAGCACTAG;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=55;WE=24083657;WS=24083639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr1	24106510	rs3831910	A	AT	1775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=39;PP=1664;SC=GAATAGTATCATTTTCTTCTT;SOR=2.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=42;WE=24106518;WS=24106500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	24119473	rs2232981	C	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GCCTTCCTGTCTCCCCATTTC;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=108;TCR=62;TR=86;WE=24119481;WS=24119463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr1	24129126	rs2076343	A	G	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1683;ReadPosRankSum=0.331;SC=ATCAGCATGGACAGACAACTG;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=112;TCR=150;TR=116;WE=24129134;WS=24129116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,124:0.45:273
chr1	24134721	rs719400	T	C	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=109;PP=2965;SC=TGACAGCAGATAGCATGTCTT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=115;TCR=109;TR=224;WE=24134729;WS=24134711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	24143932	rs2076344	A	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=35;PP=1732;SC=TTTCATCCCTAGAGAAAGGCC;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=24143940;WS=24143922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	24151858	rs115611440	C	T	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=86;PP=2546;ReadPosRankSum=0.893;SC=CCCGGAGGGACGCCAAGCCCA;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=144;TCR=155;TR=166;WE=24151866;WS=24151848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,174:0.56:312
chr1	24151964	rs188188846	T	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.971;SC=ATGGCTCGTCTGGTGGGCGCG;SOR=0.623;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=39;TCR=94;TR=71;WE=24151972;WS=24151954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr1	24151996	rs6697805	C	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1848;ReadPosRankSum=0.306;SC=GCCCCTCCGCCGTGACTTCCG;SOR=2.588;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=81;WE=24152004;WS=24151986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr1	24164758	rs114627221	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=2.790;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr1	24175151	rs114490852	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=728;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TACAGATGTTGTGTTCTTTTC;SOR=0.383;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=69;TCR=15;TR=50;WE=24175159;WS=24175141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr1	24180962	rs13551	T	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1286;ReadPosRankSum=2.847;SC=TGGCAAGCTCTGTGGCTTGAA;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=92;WE=24180970;WS=24180952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
chr1	24192200	rs34902309	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=659;ReadPosRankSum=0.162;SC=CTTTTTAAATAGCTGAAAGAA;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=36;WE=24192208;WS=24192190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr1	24200921	rs2229585	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=0.275;SC=TGTCTAGGTGTCTGGGACTGG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=16;WE=24200929;WS=24200911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	24200969	rs2229584	T	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CCTCTCTCTCTTCCAGGGAGT;SOR=0.501;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=35;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr1	24200983	rs2229583	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGGGAGTGAACTGATTTCTGA;SOR=0.568;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=42;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr1	24201094	rs2229581	G	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=25;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CCTCTGTCTCGGTGACTGAGG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=174;TCF=118;TCR=56;TR=82;WE=24201102;WS=24201084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,90:0.48:189
chr1	24201109	rs2229580	C	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=25;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CTGAGGATCTCGGGGCTTCTT;SOR=0.956;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=178;TCF=121;TCR=57;TR=88;WE=24201117;WS=24201099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr1	24201262	rs2502993	A	G	5538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=TGGAGCAGAAAGCAAAGGCCT;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=498;TCF=251;TCR=247;TR=243;WE=24201270;WS=24201252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,257:0.49:520
chr1	24201357	rs4649124	A	G	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2737;ReadPosRankSum=1.003;SC=AGCACAGCCAACACTAGCCCT;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=142;TCR=171;TR=152;WE=24201365;WS=24201347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,156:0.48:324
chr1	24201448	rs3003336	C	T	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1732;ReadPosRankSum=0.415;SC=ACAAGCTGGCCACATGCTGAT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=118;WE=24201456;WS=24201438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,123:0.47:261
chr1	24201643	rs2501431	G	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1337;ReadPosRankSum=0.137;SC=CCCACATGATGCCCAGGGTCA;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=89;WE=24201651;WS=24201633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,97:0.55:176
chr1	24201919	rs2502992	TT	CC	6088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.282;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=77;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.299;SC=TCCGGCGGAGTTGGTGGGAGG;SOR=1.092;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=301;TCF=142;TCR=159;TR=135;WE=24201928;WS=24201909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,158:0.49:320
chr1	24383819	rs7540491	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=838;SC=CTGGTCCATGTAGACTAGACT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=24383827;WS=24383809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	24387557	rs16829050	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=52;PP=1680;ReadPosRankSum=0.885;SC=TACTCTTCTCGATGATGGCCA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=133;TCR=114;TR=114;WE=24387565;WS=24387547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,123:0.47:259
chr1	24387822	rs7553075	T	A	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.870;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CAGAGGAGAATGGGGGCCATC;SOR=1.283;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=62;WE=24387830;WS=24387812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	24388371	rs4649168	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=864;SC=ACTGACCCAGTGTGCCCAGAC;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=24388379;WS=24388361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	24389509	rs67138023	GAA	G	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=346;SC=TGGGGGACCAGAAACTCTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=24389518;WS=24389501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	24390731	rs7555384	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=603;ReadPosRankSum=-3.132;SC=GCCTGGGCTCCAGGCCTGCCC;SOR=0.970;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=39;WE=24390739;WS=24390721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr1	24393656	rs12026723	G	A	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.477;SC=AGGCAGTGCTGGGGGGAGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=95;TCR=140;TR=115;WE=24393664;WS=24393646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,124:0.50:249
chr1	24393729	rs11249090	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.549;NF=6;NR=28;PP=673;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGGTGAGGCAGGGGCGGTGCT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=34;WE=24393737;WS=24393719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr1	24395003	rs6660675	T	G	148.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AACCCTCTGCTGCTCCCCCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=24395011;WS=24394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	24400584	rs6660949	G	C	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=52;PP=2965;SC=TTGCTGACCTGTGTGGGCATT;SOR=1.501;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=113;TCR=54;TR=165;WE=24400592;WS=24400574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	24400633	rs10903083	C	G	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=115;PP=2965;SC=TGGCAGGGAGCGGGGTAGGTG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=137;TCR=116;TR=252;WE=24400641;WS=24400623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	24406647	rs4649175	G	A	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=2205;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCAGGGATGTGGCCCGCACCT;SOR=0.489;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=277;TCF=114;TCR=163;TR=144;WE=24406655;WS=24406637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,154:0.53:291
chr1	24408015	rs10903090	C	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=535;ReadPosRankSum=2.005;SC=AGCAGTGGTGCGGGAGGGACT;SOR=0.851;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=40;WE=24408023;WS=24408005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr1	24408765	rs4333801	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ACGAGCCTCCTCTAGTTGGTG;SOR=1.778;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=20;WE=24408773;WS=24408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr1	24409191	rs4320729	C	T	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1213;ReadPosRankSum=0.904;SC=GTCCTCAGCCCGGGAACTGTA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=129;TCR=119;TR=92;WE=24409199;WS=24409181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,98:0.38:261
chr1	24413159	rs6424152	T	C	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=2372;ReadPosRankSum=1.576;SC=AGGCGATGGGTTCGCTGGGCT;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=266;TCF=176;TCR=90;TR=139;WE=24413167;WS=24413149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,146:0.53:276
chr1	24413427	rs6686608	T	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-2.129;SC=TGATCCTCTATACTCAGCCCA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=15;WE=24413435;WS=24413417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	24416059	rs4393101	T	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=24;PP=2193;SC=TGGTGCTCTGTCCCGGGGGCT;SOR=2.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=86;WE=24416078;WS=24416048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	24416070	rs7533060	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=889;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CCCGGGGGCTGGGCTCCTCCC;SOR=0.604;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=59;WE=24416078;WS=24416048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr1	24434595	rs11249170	T	C	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=129;PP=2965;SC=TAAATGGCTCTTGCAGGATTG;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=100;TCR=129;TR=229;WE=24434603;WS=24434585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	24447214	rs3795300	G	A	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=39;PP=2559;SC=AGTGTGTGGCGTGGGCAGGCA;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=123;WE=24447222;WS=24447204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	24447943	rs34967816	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1357;ReadPosRankSum=0.207;SC=ATGGGGGCCCGACCTCAGGGG;SOR=0.590;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=79;WE=24447951;WS=24447933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr1	24449953	rs115083106	G	C	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=95;PP=2430;ReadPosRankSum=0.468;SC=GCGTGAGGCTGGGCTCTGCCT;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=387;TCF=192;TCR=195;TR=195;WE=24449961;WS=24449943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,204:0.51:398
chr1	24460797	rs17852649	T	G	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=67;PP=2958;SC=CTGCACGGATTGGCGTGGGGG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=154;WE=24460805;WS=24460787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	24463563	rs4486393	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=438;ReadPosRankSum=-1.679;SC=CATCCCACCCCGCAAACACCT;SOR=0.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=23;WE=24463571;WS=24463553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	24484441	rs946671	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=41;PP=1311;SC=CATAATTATCATCATCTGAAT;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=24484449;WS=24484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	24485518	rs10751769	T	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=9;PP=1810;SC=CCCCACCTGCTGCACACCCCC;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=71;WE=24485526;WS=24485508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	24485813	rs4649194	T	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=35;PP=906;SC=AACCAAGGTTTGGGGCATTAT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=24485821;WS=24485803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	24485941	rs4649195	T	C	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=41;PP=2475;SC=AAAGTTTCTCTTTCTGCACCA;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=128;WE=24485949;WS=24485931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	24486216	rs34545094	GT	G	169.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.126;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr1	24496085	rs34654982	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=695;ReadPosRankSum=0.984;SC=GTCTACGGGTGGGAGAGCTGG;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=47;WE=24496093;WS=24496075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr1	24513608	rs12094257	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=400;SC=CCAGGAGCTCCGGGTCCGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=24513616;WS=24513598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	24513768	rs4090311	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.83;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr1	24649416	rs1324663	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.327;SC=GGACCCAGACCTGGTTCAGGC;SOR=0.191;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=24649424;WS=24649406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	24657860	rs2486669	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=487;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GCGGCTGCCCATTCACGGACC;SOR=0.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=37;WE=24657868;WS=24657850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr1	24658063	rs2486668	C	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=828;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GAGATGATGACAGTGTTGCGG;SOR=1.017;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=50;WE=24658071;WS=24658053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr1	24668842	rs4648974	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=441;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TCCTCCTAGCTTCTCTGGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=23;WE=24668850;WS=24668832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	24671464	.	ACCCTCCACACCTGTGCC	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-3.268;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	24673866	rs6691722	A	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.801;SC=AGCAGAAGTCAATCTTCAAGT;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=117;TCR=53;TR=83;WE=24673874;WS=24673856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,82:0.47:173
chr1	24680915	rs12030057	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=981;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GCAACCACGTCGCCTTCCTGC;SOR=0.568;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=73;WE=24680923;WS=24680905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,82:0.43:189
chr1	24684101	rs56095151	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=1.533;SC=GCTTTGTAACCTCTCGGTATC;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=24684109;WS=24684091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	24687653	rs532147	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=494;SC=GTCACGGCACTGGGGCAGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=24687661;WS=24687643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	24690764	rs545809	T	A	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GTGAGGAACATGGGTTTTGGA;SOR=0.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=88;TCR=111;TR=196;WE=24690784;WS=24690754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr1	24706329	rs41307808	C	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=981;ReadPosRankSum=0.206;SC=AGGAGACAACCAAAGGAATCA;SOR=0.954;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=56;WE=24706337;WS=24706319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr1	24706384	.	A	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr1	24718079	rs560219	C	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CTTGGCTTGACTATTGAATCC;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=101;TCR=107;TR=97;WE=24718087;WS=24718069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,99:0.46:214
chr1	24727678	rs2078445	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=403;SC=CCTAAAGCCACCTATTTGGTA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=24727686;WS=24727668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	24768778	rs4648863	G	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-2.443;SC=CAGAGTGCCAGCGCCAGGATC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=24768786;WS=24768768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr1	24784139	rs10903089	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=316;ReadPosRankSum=0.374;SC=AAGAGGCTAGAAAGTGGCGGA;SOR=0.544;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=18;WE=24784147;WS=24784129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr1	24784197	rs195718	T	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=475;ReadPosRankSum=-1.241;SC=ATGCCCTCACTGCTCTGCTCT;SOR=0.476;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=38;WE=24784205;WS=24784187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr1	24785393	rs2272935	C	T	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1567;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGAGTCAAGCCTCACAGATGT;SOR=0.452;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=102;WE=24785401;WS=24785383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,108:0.51:210
chr1	24792617	rs195725	T	A	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1422;ReadPosRankSum=1.934;SC=AAAAATGAGATCGAGAAACAG;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=252;TCF=120;TCR=132;TR=107;WE=24792625;WS=24792607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,116:0.43:270
chr1	24840768	rs196403	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=1.408;SC=TTTGGTCTTCGGAGTTTTACC;SOR=1.721;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=18;WE=24840776;WS=24840758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	24859617	rs196429	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=440;ReadPosRankSum=-0.191;SC=ATCTCCTGCCGCCCCAGCCTG;SOR=0.379;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=27;WE=24859625;WS=24859607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr1	24859665	rs196430	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr1	24861704	rs196432	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=855;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TTGCCCAGACGAGGCGCCCCG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=64;WE=24861712;WS=24861694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr1	24922056	rs12353957	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=620;ReadPosRankSum=-1.632;SC=ACCAGTGTCATGGTCATAGTG;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=46;WE=24922064;WS=24922046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr1	24922129	rs10903095	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GTTCTGCCACGTGCCAACTGC;SOR=0.483;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=24922137;WS=24922119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	24927561	rs4553122	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr1	24989762	rs4649011	G	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=62;PP=2021;SC=GTCAAAAATTGTAGTGACTTA;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=24989770;WS=24989752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	25098245	rs9332415	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=0.182;SC=ATTGGGGTTTTGTAACTAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=19;WE=25098253;WS=25098235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	25098341	rs7548438	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GGTTCAAGTCCTATGTGTATC;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=76;WE=25098349;WS=25098331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr1	25140825	rs3890756	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ACTCTCTTCTATGTTTCTTAT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=8;WE=25140833;WS=25140815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	25153692	rs4649022	G	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=58;PP=1947;SC=TTATAAATGAGTACTTTAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=25153700;WS=25153682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	25234062	rs34878696	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CACAGAGGTTTTCAAAAGACT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=25234070;WS=25234052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	25254317	rs7517302	C	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=56;PP=1498;ReadPosRankSum=1.538;SC=GCAGCTCCCCCAGGTCCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=63;WE=25254325;WS=25254307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr1	25256444	rs71514255	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=693;SC=CTCGGCCGCCGCTGCCGCGAG;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=25256452;WS=25256434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	25291010	rs6672420	A	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=857;ReadPosRankSum=0.160;SC=CTCACCGCGGATGAAGGTCGG;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=62;WE=25291018;WS=25291000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr1	25350186	rs416365	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.854;SC=CCTAGGCCATGTGATGCCAGA;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=25350194;WS=25350176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	25570550	rs5773124	A	AT	332.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=0.067;SC=TAGATACAGCATTTTTTTTTT;SOR=1.426;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=25570558;WS=25570540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr1	25611035	rs2301153	G	C	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=61;PP=2965;SC=CTTCCCCCTCGTCCTTCTCGC;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=117;TCR=61;TR=178;WE=25611043;WS=25611025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	25678002	rs66744254	TA	T	311.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;MQRankSum=0.514;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.558;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr1	25678238	rs3093616	T	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=48;PP=1440;SC=TTAAGATGAGTATTTCACATG;SOR=2.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=61;WE=25678246;WS=25678228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	25683092	rs3093653	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TATTTGTTAAGTGAACTAAGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=8;WE=25683100;WS=25683082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	25717365	rs609320	C	G	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.251;NF=49;NR=66;PP=1737;ReadPosRankSum=1.969;SC=CTCAGCAGAGCAGAGTTGACA;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=122;TCR=163;TR=115;WE=25717373;WS=25717355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,119:0.40:294
chr1	25780668	rs34006994	C	T	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1164;SC=AAGTTACTGTCGTCAAATTAG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=25780676;WS=25780658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	25780889	rs141203814	A	ATG	1600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=32;PP=1116;SC=TATTACATAAATGTATGTGTG;SOR=3.467;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=32;WE=25780901;WS=25780879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	25780893	rs61775167	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=39;PP=1192;SC=ACATAAATGTATGTGTGTGTG;SOR=3.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=43;WE=25780901;WS=25780879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	25785451	rs35530120	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=45;PP=1268;SC=ACATACTCCCATATGGGCCTG;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=25785459;WS=25785441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	25893221	rs4523506	G	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1078;SC=CCCCTGCACCGGGGGCTTCCT;SOR=4.362;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=25893229;WS=25893211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	25893242	rs4418583	TG	CA	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=2755;SC=TCTTGGGCCATGTGCCCTGCT;SOR=2.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=63;WE=25893251;WS=25893232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	26085048	rs11321223	AG	A	4799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=16;PP=2974;SC=GCCTGGCCAAAGGGGGGATGA;SOR=4.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=156;TCF=133;TCR=23;TR=130;WE=26085056;WS=26085038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	26090072	rs807270	A	G	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=35;PP=1662;SC=GTTGGGTGGGATAGGAGTCGG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=26090080;WS=26090062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	26098107	rs2072747	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=17;PP=2034;SC=GAGAGCCGGCGGCAGATGGAG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=92;WE=26098115;WS=26098097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	26098333	rs807264	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=52;PP=1726;SC=GCCGAGCGAGGGTGCTGCGGG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=26098341;WS=26098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	26107688	rs807273	C	A	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=92;PP=2965;SC=TGGCTTGGGCCTGGAGTGGAA;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=208;WE=26107696;WS=26107678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	26109237	rs12567324	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=101;PP=2845;SC=TGGGAGGTTGAGGGTAGGGGT;SOR=3.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=19;TCR=101;TR=120;WE=26109245;WS=26109227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	26110065	rs3820514	A	G	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=58;PP=2965;SC=GCCTATCACAAAGGCCCTGAG;SOR=1.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=146;TCR=59;TR=203;WE=26110073;WS=26110055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	26110143	rs3767877	G	A	12627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=257;NR=192;PP=2965;SC=CCTGCCCTGCGTGGGGCACAG;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=450;TCF=257;TCR=193;TR=449;WE=26110151;WS=26110133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	26127020	rs13373825	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	26127425	rs6659086	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=598;ReadPosRankSum=0.596;SC=CACTGGGAGAGCTCAGGAAGA;SOR=0.208;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=30;WE=26127433;WS=26127415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr1	26131654	rs7349185	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=469;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCGGCCAGCTGCGAGGAGGAG;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=34;WE=26131662;WS=26131644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr1	26136282	rs147587542	C	T	7935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CCCACGTCCGCGACTTCCGGC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=830;TCF=369;TCR=461;TR=381;WE=26136290;WS=26136272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:467,391:0.46:858
chr1	26138136	rs760598	C	A	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2317;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CCTGAGGATTCTTGCCCATCT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=382;TCF=207;TCR=175;TR=168;WE=26138144;WS=26138126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,177:0.45:395
chr1	26138262	rs760597	T	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1417;ReadPosRankSum=-1.910;SC=GCCACCTGCCTTCAGGGGAGC;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=70;TCR=124;TR=85;WE=26138270;WS=26138252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,88:0.43:203
chr1	26139137	rs10902685	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GGACCCTGGCCGCTTTGATGA;SOR=0.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=16;WE=26139145;WS=26139127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	26139392	rs3738451	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TGAGGGCCTCAGGGACTGCCC;SOR=0.343;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=21;WE=26139400;WS=26139382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	26139444	rs10751726	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	26139919	rs6676509	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=1.680;SC=AGTACAAGCACGGTGAGTGTT;SOR=0.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=26139927;WS=26139909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	26140573	rs2294228	C	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=62;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CACAGAACAACCAGGAGAACT;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=130;WE=26140581;WS=26140563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,135:0.48:281
chr1	26146884	rs984412	C	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=628;ReadPosRankSum=-0.308;SC=AGGCGGCGAGCACTTGGCCGA;SOR=1.104;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=38;WE=26146892;WS=26146874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr1	26150023	rs11247758	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TAGAGAGTGCCCTGTCCCTAG;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=60;WE=26150031;WS=26150013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr1	26150100	rs180868781	C	T	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GATTCATTCTCTGGGGTTGTA;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=232;TCF=137;TCR=95;TR=115;WE=26150108;WS=26150090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,122:0.49:249
chr1	26152666	rs6598923	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=538;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGGAACCTTCTTCTGCCCCCT;SOR=0.344;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=34;WE=26152674;WS=26152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr1	26152758	rs6598924	A	G	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1412;ReadPosRankSum=1.511;SC=TCATCATGGCATCTGTAAATG;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=230;TCF=133;TCR=97;TR=104;WE=26152766;WS=26152748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,110:0.46:241
chr1	26231350	.	C	CT	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.822;NF=0;NR=16;PP=615;ReadPosRankSum=0.745;SC=ATAAAGACGTCTAAATTAACC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=16;WE=26231358;WS=26231340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	26310394	rs2275102	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=561;ReadPosRankSum=2.456;SC=GTAGGGAGAGAACAGGCTCAT;SOR=1.161;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=32;WE=26310402;WS=26310384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr1	26314564	rs2245979	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=326;ReadPosRankSum=0.438;SC=AAAGGCCTTCTGGGGAAGGTG;SOR=0.193;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=17;WE=26314572;WS=26314554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	26314625	rs2257255	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=551;ReadPosRankSum=0.730;SC=GCTAGCAGATGGAAATGTCTT;SOR=1.556;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=38;WE=26314633;WS=26314615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr1	26349967	rs1938405	C	T	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=53;PP=1667;SC=CTGGAATAGACGCAAGCCCAA;SOR=1.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=26349975;WS=26349957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	26357656	rs2736831	C	A	15357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=279;NR=270;PP=2965;SC=AACATCAGCTCACCCCTCACT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=551;TCF=279;TCR=272;TR=549;WE=26357664;WS=26357646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr1	26357855	rs2802321	A	G	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=109;PP=2965;SC=TCCAAGCCCTAACATTTTTCC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=134;TCR=109;TR=243;WE=26357863;WS=26357845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	26358752	rs5773143	T	TA	5913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=22;PP=2936;SC=TGGATCCAACTAACCCTTCTC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=111;TCR=25;TR=127;WE=26358760;WS=26358742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	26365374	rs4659404	T	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=1005;SC=TGGTAGAACATTTGCTGAGGA;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=26365382;WS=26365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	26365549	rs2997452	C	T	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=70;PP=2656;SC=ACCTGGTTTACAACACAGCTG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=149;WE=26365557;WS=26365539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	26372144	rs6686190	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=941;SC=CAGGGGTCAGAATCTGGGCTG;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=26372152;WS=26372134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	26387625	rs41311276	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.449;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=2.012;SC=CAGCAGGCCCAGGCTGGGGGT;SOR=2.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=15;WE=26387633;WS=26387615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr1	26440718	rs56134135	A	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=595;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TAAATCATACATAAGAAGAAA;SOR=0.118;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=41;WE=26440726;WS=26440708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr1	26448447	rs17257107	A	G	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=62;PP=2185;ReadPosRankSum=0.117;SC=TGTCCAGGAAACCCAATCGTA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=143;WE=26448455;WS=26448437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,149:0.52:287
chr1	26448849	rs17356867	T	C	3925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=92;PP=2392;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TGGGGAGTTATGTAAAACAAG;SOR=0.713;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=328;TCF=166;TCR=162;TR=177;WE=26448857;WS=26448839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,184:0.54:343
chr1	26488019	rs3748857	G	A	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=2471;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GGCGGCTGCCGAGGCCTGATT;SOR=0.468;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=294;TCF=118;TCR=176;TR=143;WE=26488027;WS=26488009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,152:0.49:308
chr1	26496651	rs7087	T	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=131;PP=2965;SC=CAGGGGGCGGTCTGCACCGCT;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=72;TCR=132;TR=203;WE=26496659;WS=26496641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	26496870	rs2232654	A	G	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=29;PP=2352;SC=TTGGGAGACTATCACCTCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=108;WE=26496878;WS=26496860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	26504036	rs17356937	G	A	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=78;PP=2949;SC=GCAGAGCTGGGCCATGGAACC;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=185;WE=26504044;WS=26504026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	26504196	rs2783707	C	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=729;SC=ACTGGGTGCGCTGGTTCACAC;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=26504204;WS=26504186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	26517267	rs41284333	A	G	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=73;PP=2547;SC=AGTACCATTCACGAGTCCTAC;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=144;WE=26517275;WS=26517257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	26517667	rs11247864	T	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=19;PP=1481;SC=TCTCAGATGATTTCCCCCCTC;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=26517675;WS=26517657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	26517773	rs11247865	T	C	11196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=112;PP=2965;SC=CCTGCCCTCTTCCAGGACGCC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=134;TCR=112;TR=246;WE=26517781;WS=26517763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	26517794	rs11247866	A	G	11396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=111;PP=2965;SC=TGGGACATGCAGGAGTTCATC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=140;TCR=111;TR=251;WE=26517802;WS=26517784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	26517891	rs11247867	C	T	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=97;PP=2965;SC=CCATCACCATCGCTCTCCGTA;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=179;WE=26517899;WS=26517881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	26524401	rs57653638	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=13;PP=1227;SC=TGAGGAGGGAAGGGGCTGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=52;WE=26524409;WS=26524391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	26524520	rs61776651	G	A	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=109;PP=2965;SC=TCCTGCAGTCGGTGCCTGACA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=240;WE=26524528;WS=26524510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	26524706	rs9970046	A	G	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=66;PP=2965;SC=GCGTTCATTTACATGACATTT;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=143;WE=26524714;WS=26524696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	26526348	rs17257148	G	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=9;PP=849;SC=CCAGGGAAATGATGGGGCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=26526356;WS=26526338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	26526439	rs17257155	A	G	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1946;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CTTCATCACCATCGGTGCCTT;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=104;WE=26526447;WS=26526429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr1	26597435	rs4659419	G	A	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	26601385	rs3795685	G	A	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=36;PP=2184;SC=GTCCAAGCCAGCGGTGATATT;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=113;WE=26601393;WS=26601375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	26606291	rs61775082	C	T	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=82;PP=2965;SC=TTCTGCCAGACCCTCTCCCGG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=165;WE=26606299;WS=26606281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	26608811	.	TCCAGGACAGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGA	T,TCCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGA	490.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.075;NF=11;NR=10;PP=413;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TGGGACTGGGTCCAGGACAGG;SOR=0.284;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=21;WE=26608860;WS=26608801;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.14:160
chr1	26608814	rs6672357	A	G	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.47;MQRankSum=2.733;QD=29.40;ReadPosRankSum=0.077;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr1	26608825	.	TGGGGCCG	T	2864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=6.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.07;MQRankSum=2.456;QD=29.23;ReadPosRankSum=-1.862;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,76:0.78:98
chr1	26608835	.	ACCGGGACCGGGACTGGG	A	2895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.02;MQRankSum=2.424;QD=28.67;ReadPosRankSum=-2.043;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,79:0.78:101
chr1	26609259	rs7522905	C	T	11686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=219;PP=2965;SC=GGGGTGCCGGCGTGTTGGGTG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=431;TCF=211;TCR=220;TR=430;WE=26609267;WS=26609249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr1	26609307	rs6598952	G	T	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=156;PP=2965;SC=CCATCAGCACGCGGTGACCCA;SOR=0.913;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=131;TCR=156;TR=286;WE=26609315;WS=26609297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	26610891	rs4332350	A	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=94;PP=2965;SC=CTTGTGCATCAGCTGCCTGCC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=204;WE=26610899;WS=26610881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	26612042	rs11247898	A	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=51;PP=1551;SC=GCTGCAAGGGAAGAGGAAAAG;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=26612050;WS=26612032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	26620846	rs3832184	C	CA	5890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=103;PP=2966;SC=GGGGGAGATGCGGGGCACCGT;SOR=2.182;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=5;TCR=106;TR=108;WE=26620854;WS=26620836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	26627478	rs2276712	T	C	23377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=895;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=450;NR=404;PP=2965;SC=TCTTTTCTTCTGAGCCACACC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=857;TCF=451;TCR=406;TR=854;WE=26627486;WS=26627468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,891:1.00:891
chr1	26629465	rs11803933	G	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=465;SC=CCAAGCCCAGGGGGTAGCCTG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=26629473;WS=26629455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	26646726	rs1071849	A	G	15548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=3.763;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.17;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,351:1.00:352
chr1	26646730	rs17645	A	G	15457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.42;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,347:1.00:348
chr1	26648551	rs11247913	G	C	14192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=235;PP=2965;SC=CGGCCTCCTGGGGGTGGGATG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=503;TCF=268;TCR=235;TR=503;WE=26648559;WS=26648527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr1	26650550	rs11247915	C	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=29;PP=2150;SC=CTGTGTGCATCCCTCTGTGTT;SOR=1.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=111;WE=26650558;WS=26650540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	26654937	rs11589684	G	C	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=115;PP=2965;SC=TTCTCCCATGGAGGGATTCCT;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=65;TCR=116;TR=180;WE=26654945;WS=26654927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	26655208	rs11247916	C	T	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=25;PP=2820;SC=GCACCCATGCCTCCCCTCAGC;SOR=2.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=103;TCR=25;TR=128;WE=26655216;WS=26655198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	26655462	rs12057290	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=67;PP=1780;SC=ATCTGTATGTCAGGCCTTCTT;SOR=3.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=76;WE=26655470;WS=26655452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	26655507	rs11247917	C	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=838;SC=GCCACTGATTCTTGGACGCTG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=26655515;WS=26655497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	26662774	rs7517559	C	T	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=121;PP=2965;SC=GGGAAAGGTCCGAAATGAGGG;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=189;TCR=121;TR=310;WE=26662782;WS=26662764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	26663362	rs10751735	C	T	6780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=101;PP=2965;SC=GGCCTGTGTGCTGGGGCCGTG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=136;TCR=101;TR=236;WE=26663370;WS=26663352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	26664968	rs11247919	C	T	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=81;PP=2670;SC=ACAGTAGCCACCTAGGGGAAA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=154;WE=26664976;WS=26664958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	26671522	.	GAAATGAGGCATCA	G	5326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.85;QD=43.66;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	26671538	.	AGCAC	A	5497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=44.70;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	26671544	.	GGGGCCCTTCACGACCTCTTTCCAGGTGGGGAACA	G	5327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=42.62;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	26700795	rs7520030	T	C	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=109;PP=2965;SC=CCAGCTGTGCTCCCTCCTGGC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=199;WE=26700803;WS=26700785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	26752992	rs4659441	T	C	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=94;PP=2350;SC=CAGGAAGTTTTGAGGAGCAGG;SOR=2.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=33;TCR=94;TR=127;WE=26753000;WS=26752982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	26786627	rs3816539	G	A	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=98;PP=2965;SC=GAACCATAGCGTGCTTCAGGT;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=179;WE=26786635;WS=26786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	26856462	rs11800553	T	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=10;PP=388;SC=AGCTAGTGCCTCTGGACCCGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=26856470;WS=26856452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	26869610	rs921893	G	A	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=206;NR=116;PP=2965;SC=AGCAGAAGTAGGAAGAGTAAC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=206;TCR=116;TR=322;WE=26869618;WS=26869600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	26870730	rs1466286	C	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=91;PP=2965;SC=CTGCCTACCTCTGTCTGTGGT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=160;WE=26870738;WS=26870720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	26872554	rs12723936	A	G	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=73;PP=2511;SC=TCTGGTCCTGACCTGGCTGTG;SOR=1.027;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=26872562;WS=26872544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	26879376	rs7543005	T	C	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCCCCTCTATTCCCATCTATA;SOR=0.328;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=185;TCR=146;TR=330;WE=26879384;WS=26879366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr1	26879792	rs4970489	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=525;SC=CCAGGGTGGCTCTTCAGGACC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=26879800;WS=26879791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	26879920	rs4970490	T	C	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=89;PP=2965;SC=TTTACCTGGCTGAGCTGGCTC;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=228;WE=26879928;WS=26879910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	26880989	rs873151	T	C	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=8;PP=1539;SC=ATGGGGGTGATGCCTTCTGGC;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=60;WE=26880997;WS=26880979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	26881806	rs897641	C	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=74;PP=2557;SC=CCTGCCTCAGCTACCCTCTCT;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=116;WE=26881814;WS=26881796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	26887150	rs34062688	A	G	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=24;PP=2613;SC=CCAAGACCTTAGGTCCTGGGG;SOR=2.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=113;WE=26887158;WS=26887140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	26887592	rs1064196	T	C	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=57;PP=2039;SC=TTCTGCGGTATGGCCAGCACC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=26887600;WS=26887582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	26898142	rs188158	A	G	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=105;PP=2965;SC=GTGAGGGGGAATTGGAGGCCT;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=176;WE=26898150;WS=26898132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	26898956	rs282176	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=176;SC=ACCACCTCCGTACCTTGTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=26898964;WS=26898946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	26899687	rs282178	C	A	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=41;PP=2965;SC=CAGCCCTCCCCCAACCCCCTT;SOR=2.422;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=137;TCR=43;TR=178;WE=26899695;WS=26899677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	26900735	rs282179	C	G	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=82;PP=2965;SC=TAGCTTGACACAGTCAGCATG;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=26900743;WS=26900725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	26901090	rs11113	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=587;SC=GGGACCCCCACGATTGGCCAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=26901098;WS=26901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	27153443	.	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=218;ReadPosRankSum=-3.088;SC=GCGCTGGAGCAGCAGCGGCAG;SOR=0.619;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=22;WE=27153451;WS=27153433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr1	27179062	rs10902645	G	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.855;SC=CCTCTTTGGGGCCTCCTGATC;SOR=0.090;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=13;WE=27179070;WS=27179052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	27210721	rs3170660	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=602;ReadPosRankSum=0.758;SC=TCTTGGGCTCTGAAACAGTAT;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=53;WE=27210729;WS=27210711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr1	27320356	rs6689941	T	C	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=120;NR=80;PP=2965;SC=GCCGCCGCCCTGGGATCCCAT;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=120;TCR=80;TR=200;WE=27320364;WS=27320346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	27339103	rs4970471	G	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GGCCGCAGCCGTCCCCACCTG;SOR=1.008;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=28;WE=27339111;WS=27339093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr1	27426796	rs4266911	T	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=28;PP=1515;SC=CTGGCCCTGGTGTTACTGCCC;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=86;WE=27426804;WS=27426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	27427041	rs4418629	T	C	13245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=218;NR=251;PP=2965;SC=CCTTCAGCTCTTCATTCACCA;SOR=0.889;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=469;TCF=218;TCR=251;TR=469;WE=27427049;WS=27427015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr1	27609980	rs6670124	T	G	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=146;PP=2965;SC=AAGCCACAGATCAAGCACAAG;SOR=1.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=91;TCR=146;TR=237;WE=27609988;WS=27609970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	27660340	rs12758154	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=0.590;SC=TTACTGTACATCTCAGCACCC;SOR=2.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=12;WE=27660348;WS=27660333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	27660568	rs35771571	G	A	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.290;SC=GGGCGGCACCGGCACTCCCCA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=222;TCR=131;TR=182;WE=27660576;WS=27660558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,188:0.52:362
chr1	27661037	rs12565684	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=775;ReadPosRankSum=0.226;SC=TGGTCTCTCTTAGCCACAGCT;SOR=1.187;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=37;WE=27661045;WS=27661027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr1	27661755	rs71294466	T	TGTA	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=826;ReadPosRankSum=2.102;SC=AGGGGGTGGTTGGGTTTTCCT;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=20;WE=27661763;WS=27661745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	27676289	.	G	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1232;ReadPosRankSum=1.189;SC=CGGGCGGCCGGGGGGTGGACC;SOR=0.533;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=215;TCF=81;TCR=134;TR=96;WE=27676297;WS=27676279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,97:0.45:214
chr1	27676925	rs6702341	G	A	6078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=2.863;SC=GCAAGCGCAAGACGGCGGTGA;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=618;TCF=305;TCR=313;TR=280;WE=27676933;WS=27676915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,289:0.45:638
chr1	27677066	rs41291092	A	C	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CAGTAACGTCATTGCCCGGAG;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=29;TCR=99;TR=68;WE=27677074;WS=27677056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr1	27679692	rs11247639	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=712;ReadPosRankSum=-1.552;SC=CATATGTGAGAGAGAATGAGT;SOR=0.498;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=37;WE=27679700;WS=27679682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr1	27679797	rs3813795	A	G	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=75;PP=2416;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GATGACAGCCAGGCCAGCCGC;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=365;TCF=205;TCR=160;TR=179;WE=27679805;WS=27679787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,186:0.50:373
chr1	27679954	rs1128918	G	A	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=60;PP=1497;ReadPosRankSum=1.300;SC=GCCAGCTGGGGGGCACACGCC;SOR=0.517;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=82;WE=27679962;WS=27679944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,88:0.61:145
chr1	27680292	rs8533	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=840;ReadPosRankSum=-0.929;SC=AGCCGTGCGAATGGGTGGATG;SOR=0.588;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=55;WE=27680300;WS=27680282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr1	27682126	rs12742921	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TGAGGCCATATGCATGGTTCA;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=18;WE=27682134;WS=27682116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	27684396	rs4970520	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=0.941;SC=TGCTGATTGAGGACGGGCAGC;SOR=0.193;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=27684404;WS=27684386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	27686063	rs7521552	G	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1259;SC=GCCAGCAGAAGTAGACCCTCT;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=49;WE=27686071;WS=27686053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	27687366	rs35733093	C	G	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=99;PP=2881;ReadPosRankSum=0.220;SC=TTCAGCAGGGCCCGCGGCCCC;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=347;TCF=158;TCR=189;TR=176;WE=27687374;WS=27687356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,184:0.51:359
chr1	27688633	rs1138294	G	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1655;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CACCACCTGGGTGGGGTCATT;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=130;TCR=143;TR=118;WE=27688641;WS=27688623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,127:0.44:290
chr1	27696011	rs10218730	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=53;PP=1522;SC=CCCAGCACCACGCCTGGCACC;SOR=3.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=27696019;WS=27696001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	27720353	rs11586015	C	A	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=38;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CTGGCTCAGGCAACGTGAATG;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=213;TCF=130;TCR=83;TR=112;WE=27720361;WS=27720343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,117:0.52:223
chr1	27875824	rs4908364	C	T	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=95;PP=2965;SC=CAGTCTGAAGCGGCTGGAGTT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=202;WE=27875832;WS=27875814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	27876482	rs2076457	C	A	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=130;PP=2965;SC=CAGTAAGGCCCGGGCCCCCGA;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=106;TCR=130;TR=236;WE=27876490;WS=27876472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	27995077	rs56015130	G	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.323;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=72;PP=2193;ReadPosRankSum=1.190;SC=CGTAGTGGGGGTGTTGGGGTG;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=103;WE=27995085;WS=27995067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr1	28071059	rs144322764	A	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=1.368;SC=CACAGCACATAAGTTTCAGAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=28071067;WS=28071049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	28086955	rs10902671	C	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=524;ReadPosRankSum=-1.817;SC=TGAAAAATAGCTTATATCCTG;SOR=0.628;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=34;WE=28086963;WS=28086945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr1	28206588	rs12568383	T	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGCAGATGGATGCGCGCTGCT;SOR=0.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=169;TCF=54;TCR=115;TR=83;WE=28206596;WS=28206578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr1	28209305	rs3766398	A	G	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1318;ReadPosRankSum=1.427;SC=TGGTGAGCCTAGACTCTGAGC;SOR=0.658;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=92;WE=28209313;WS=28209295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,101:0.50:204
chr1	28209362	rs3766399	T	C	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=-1.987;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
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chr1	28261593	rs3737809	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=2.071;QD=15.52;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr1	28261600	rs3737808	A	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.120;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
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chr1	28261902	rs3737807	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=0.601;SC=AGCTAGTGGGCCTTAGCAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=15;WE=28261910;WS=28261892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	28268573	rs10902678	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=240;SC=CACCCTTCAGCAGTATGTGCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=28268581;WS=28268567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	28268706	rs4908341	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=861;ReadPosRankSum=0.495;SC=ACGTCAAAGGGGCCAAACTGC;SOR=1.010;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=52;WE=28268714;WS=28268696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr1	28268829	rs138466566	T	TC	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.944;NF=15;NR=56;PP=970;ReadPosRankSum=1.398;SC=GCAAAGGGCCTCCCCCAACAT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=71;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr1	28268833	rs11386058	C	CG	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.000;NF=15;NR=56;PP=811;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AGGGCCTCCCCCAACATCCAT;SOR=0.749;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=71;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr1	28268835	rs5018921	A	C	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=59;PP=2428;SC=GGCCTCCCCCAACATCCATCC;SOR=0.993;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=100;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	28280012	rs11577165	G	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=599;ReadPosRankSum=0.841;SC=GCTTAGAAAAGGCAGTCTTGG;SOR=0.965;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=39;WE=28280020;WS=28280002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr1	28282206	rs3813804	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=538;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGTACATTGTCGGCCACGTGC;SOR=0.899;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=34;WE=28282214;WS=28282196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr1	28282819	rs4908381	T	C	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=64;PP=2060;SC=CTGTCACAGCTTCATACCTGG;SOR=3.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=77;WE=28282827;WS=28282809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	28290231	rs4373781	C	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=614;SC=GGCTGGCCCCCCTGTCGTGGC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=23;WE=28290239;WS=28290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	28422967	.	CT	C	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.905;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,45:0.19:236
chr1	28527011	rs1049504	A	G	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TTTGGGGTTCAGCCAAGCCAG;SOR=0.680;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=85;WE=28527019;WS=28527001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
chr1	28536707	rs56208699	T	C	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=881;ReadPosRankSum=2.018;SC=GTCGTTAAACTAAGTTAAAAA;SOR=0.955;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=24;TCR=85;TR=48;WE=28536715;WS=28536697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr1	28537245	rs41311280	C	T	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TAAGGTCCTACGGCAAAAAGA;SOR=0.845;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=242;TCF=88;TCR=154;TR=113;WE=28537253;WS=28537235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,113:0.46:245
chr1	28555426	rs567086	G	A	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=106;SC=AACATCAATCGGCTCACCTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=28555434;WS=28555416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	28564252	rs8559	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=894;ReadPosRankSum=1.509;SC=ATGGAATTGGAACTCCTATTC;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=52;WE=28564260;WS=28564242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr1	28802873	rs143744638	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=1.491;SC=ATCTTAGCAAGTGTCAAAAGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=28802881;WS=28802863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	28843271	rs139141175	CAG	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,10:0.14:71
chr1	29016716	rs6678913	T	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=3.777;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr1	29018316	rs10538696	TTTTA	T	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACTATATCAGTTTTATTTATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=6;WE=29018327;WS=29018306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	29063559	rs6697540	A	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=22;PP=1369;SC=GCTCCCGCAGACGGGGCTCAT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=29063567;WS=29063549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	29064036	rs61787567	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1159;ReadPosRankSum=0.503;SC=CAGCCTCTTCCTCACTACCAT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=77;WE=29064044;WS=29064026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,76:0.44:171
chr1	29189597	rs2234918	C	T	17643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=358;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TCGCGCTGGGCTACGCCAATA;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=634;TCF=358;TCR=276;TR=632;WE=29189605;WS=29189587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,652:1.00:653
chr1	29345009	rs5773229	C	CTT	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=903;SC=AGTTTAAACACAACATGGTAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=29345017;WS=29344999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	29345027	rs2985334	T	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=218;SC=TATTGGTTCATTGTTTGCCTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=29345035;WS=29345017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr1	29439016	rs4654390	T	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=676;ReadPosRankSum=0.324;SC=GGAAGACCGATGAATACAGGA;SOR=0.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=47;WE=29439024;WS=29439006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr1	29475341	rs2230678	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=612;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CTCTTCCTGCCCTTCCTCTTG;SOR=0.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=31;WE=29475349;WS=29475331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr1	29475394	rs2230677	C	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=603;ReadPosRankSum=0.620;SC=CCTGCTGCCCCCTTTGCTCCT;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=38;WE=29475402;WS=29475384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr1	29475648	rs2230679	T	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=831;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TGCGGCTCTTTTCCTTGCTGG;SOR=0.532;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=60;WE=29475656;WS=29475638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr1	29529699	rs1062924	T	C	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=1972;ReadPosRankSum=-3.143;SC=TCTGGATGACTGCTTGCCCCA;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=333;TCF=184;TCR=149;TR=151;WE=29529707;WS=29529689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,149:0.44:340
chr1	29542435	rs2640469	C	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=20;PP=1906;SC=CAGGTACACTCGGCCAATCAG;SOR=2.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=29542443;WS=29542425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	29542637	rs1128400	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=826;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TCAGGAAGGAATCCGTAGTTT;SOR=1.061;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=61;WE=29542645;WS=29542627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,64:0.42:151
chr1	29557224	rs2640466	C	T	4812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CCTTCCCCGGCTTCGGCGCCG;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=456;TCF=239;TCR=217;TR=224;WE=29557232;WS=29557214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,230:0.49:472
chr1	29563059	rs75011501	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=0.052;SC=CGCGCCGCTCCGCTCCGGCTC;SOR=0.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=20;WE=29563067;WS=29563049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	29616318	rs2076620	C	A	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=81;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCTCGCTGCACCCAGCCTGGC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=81;TCR=160;TR=120;WE=29616326;WS=29616308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,119:0.49:242
chr1	29631236	rs3831903	C	CTA	10705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=116;PP=2927;ReadPosRankSum=1.445;SC=GGAAGGGGCCCTCAGTGAGGG;SOR=0.755;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=391;TCF=85;TCR=306;TR=149;WE=29631244;WS=29631226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,280:0.44:640
chr1	29696060	rs56203706	T	C	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=63;PP=2764;ReadPosRankSum=0.599;SC=CCCGGGGCCATGGAGCCCTGT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=167;WE=29696068;WS=29696050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,170:0.98:173
chr1	29842261	rs10915168	A	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=7;PP=381;SC=ATCCTCCTCCACTTCCTCCCC;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=29842269;WS=29842251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	29842303	rs140458694	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	31186254	rs1188405	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ACACATGCACACATACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=13;WE=31186262;WS=31186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	31186387	rs1746059	C	T	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=49;PP=1412;ReadPosRankSum=0.209;SC=ACGGCGGACACGTGCAGGACG;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=112;WE=31186395;WS=31186377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr1	31188901	rs20566	A	G	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GAGCAGCCCCAGTCATTGTGC;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=305;TCF=154;TCR=151;TR=133;WE=31188909;WS=31188891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,140:0.44:318
chr1	31196255	rs45601237	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=0.292;SC=CAGTGCTGAGGGTCAGGGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=14;WE=31196263;WS=31196245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	31210667	rs1188355	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=0.482;SC=TGGCACAGCCGTCACCTTGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=31210675;WS=31210657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	31409726	rs56387244	CCT	C	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.319;NF=0;NR=13;PP=476;ReadPosRankSum=-0.460;SC=AAGAGAGGCCCCTGTTAGTGA;SOR=0.555;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=13;WE=31409735;WS=31409716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr1	31415040	rs4949187	A	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	31418119	rs12142833	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=504;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GAGAACATGCCACAAATCCTA;SOR=0.714;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=35;WE=31418127;WS=31418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr1	31426815	rs2275741	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=536;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TTCCACTGCCATTCGTGAGTC;SOR=0.439;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=39;WE=31426823;WS=31426805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr1	31440921	rs4317854	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=1.325;SC=ATCTATCCCTGATTCTGAAAC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=31440929;WS=31440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	31445932	rs2491135	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=1.097;SC=CGTCTCAAAACAAATTTATTT;SOR=0.437;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=9;WE=31445940;WS=31445922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr1	31446071	rs368200818	T	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=9;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=2.840;SC=TCAAGACCTGTTTTTTTTTTC;SOR=1.085;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=6;WE=31446079;WS=31446059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	31465631	rs72657295	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CTATTTCTATAAAATAACCAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=31465639;WS=31465621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	31478638	rs10580059	AAGAGAG	A	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr1	31479005	rs1337046	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AACCTCCTATCATGTCCCTCA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=31479013;WS=31478995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	31501755	rs4949331	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=1050;ReadPosRankSum=-2.574;SC=AGTCAGCATCTTGAATTTTAC;SOR=1.091;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=51;WE=31501763;WS=31501745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr1	31501827	rs185424859	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=0.296;SC=GGCAAAGACAATAGCAATGAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=31501835;WS=31501817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	31654940	rs2297959	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	31712314	rs12025507	C	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CCACCCTGCCCCGACTGCCTG;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=110;WE=31712322;WS=31712304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,122:0.53:229
chr1	31732390	rs6425725	G	A	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	31732892	rs2292165	G	A	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1281;ReadPosRankSum=0.394;SC=AAAGACAAGCGGCCTTGGAGT;SOR=0.517;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=75;WE=31732900;WS=31732882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr1	31733926	rs12121460	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.808;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATCC;SOR=0.197;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=31733934;WS=31733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr1	31740706	rs3753373	A	G	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=55;PP=1830;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CTTTGCACCCACTAATCCTTA;SOR=0.885;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=325;TCF=193;TCR=132;TR=142;WE=31740714;WS=31740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,148:0.44:335
chr1	31744505	rs113021667	A	AT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.684;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	31754367	rs7513215	T	C	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=69;PP=2185;ReadPosRankSum=0.635;SC=CAAGACAGTCTATCAGCAACA;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=142;WE=31754375;WS=31754357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,151:0.52:291
chr1	31761989	rs1532859	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=10;PP=1035;SC=TGTTATGGGAGATGACTGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=31761997;WS=31761979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	31762374	rs1532858	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.431;SC=CACTGACCTGCTGTGCTACGC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=31762382;WS=31762364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	31764930	rs10733007	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=33;PP=999;SC=AGTTCTCAGGTCAGGCACGGT;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=31764938;WS=31764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	31819407	rs34746219	A	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	31882582	rs4012494	G	GGCCTCA	3221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=17;PP=2361;SC=CATAAGGGATGGCCCTGCTCT;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=36;WE=31882590;WS=31882572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	31883295	rs6701521	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=788;SC=GAGTTATGCCTTCCATGCTGG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=31883303;WS=31883285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	31886163	rs12042883	C	T	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=92;PP=2543;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGAGTCCCGACCCCGGCGCCC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=463;TCF=256;TCR=207;TR=204;WE=31886171;WS=31886153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,203:0.44:464
chr1	31886750	rs142597528	G	GTCCC	2333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.548;NF=6;NR=22;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.166;SC=CCGCCCGTCCGTCCCTCAGTC;SOR=0.397;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=28;WE=31886758;WS=31886740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr1	31886833	rs10914377	T	C	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=73;PP=2763;SC=TCGCCCCGGATCATCTGGGCC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=160;WE=31886846;WS=31886823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	31897493	rs1320585	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=3;PP=1343;SC=GTTCTGTGAGAGGTGGGGCTT;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=47;WE=31897501;WS=31897483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	31897773	rs12145995	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=0.618;SC=GTGCCTTGCCCGCTCCTCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=19;WE=31897781;WS=31897763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	31899684	rs10454445	A	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.466;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=63;PP=1860;ReadPosRankSum=-0.309;SC=AGCCTGCCTGACCCCCCCTGG;SOR=3.458;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=77;WE=31899692;WS=31899673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
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chr1	31902418	rs10047085	A	G	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=125;PP=2965;SC=GGGAAGGATCATGATTGAGGG;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=75;TCR=126;TR=200;WE=31902426;WS=31902408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	31905889	rs3050461	A	ACAG	5998.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.623;NF=60;NR=64;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TAGACGCCACACAGCAGCAGC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=80;TCR=86;TR=124;WE=31905897;WS=31905879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,229:0.93:246
chr1	31906882	rs11587589	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=68;PP=2965;SC=ACTGGGCACCAGGCTCATGGG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=164;WE=31906890;WS=31906872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	31907102	rs7417775	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=1003;SC=CTCTCGGCTCAGTGACAGCCA;SOR=2.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=31907110;WS=31907092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	31971675	rs201052102	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=8.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr1	31971684	rs1316427	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=-1.285;SC=TGTTTCCGCTCTTTGTTTCTG;SOR=0.382;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=12;WE=31971692;WS=31971674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	31971701	rs201612393	GC	G	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.737;NF=13;NR=1;PP=772;ReadPosRankSum=0.530;SC=TCTGCATTTGGCCCCAGTGGC;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=14;WE=31971715;WS=31971691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr1	31971707	rs35567548	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.804;NF=14;NR=1;PP=771;ReadPosRankSum=0.621;SC=TTTGGCCCCAGTGGCTTCATG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=15;WE=31971715;WS=31971691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	31973122	rs112889748	GTGGAGTCTGTC	G	1719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=2962;ReadPosRankSum=0.810;SC=CTGCTTCTATGTGGAGTCTGT;SOR=0.934;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=22;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr1	31973138	rs56235358	T	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr1	31973215	rs1320577	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGGTGGGGATGCCACTGTCCA;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=32;WE=31973223;WS=31973205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr1	31973266	rs10753250	G	A	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=936;ReadPosRankSum=0.495;SC=GCAGAGGGTTGGGCTCTGTCC;SOR=1.091;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=61;WE=31973274;WS=31973256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr1	31973348	rs1574106	A	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.110;SC=ATTATCTCAAAGATGGCCACT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=223;TCF=124;TCR=99;TR=102;WE=31973356;WS=31973338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,110:0.48:230
chr1	31973409	rs1574105	G	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GGTTCCCATCGTGGTGAAGGT;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=95;WE=31973417;WS=31973399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,100:0.45:220
chr1	31973440	rs1574104	G	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1115;ReadPosRankSum=0.336;SC=CTCCAGCCCCGAGTCTAGTCC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=70;WE=31973448;WS=31973430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,72:0.42:170
chr1	31973481	rs1573837	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=742;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GCCTCCCCTACTGGGAACAGT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=49;WE=31973489;WS=31973471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr1	32044641	rs12753402	G	A	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5796;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=357;SC=TTCAGTTATAGTTTAATTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=32044649;WS=32044631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	32084904	rs1056526	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=84;PP=2310;ReadPosRankSum=0.925;SC=ATCTGTGGCGCGATTATCTGT;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=174;TCR=178;TR=158;WE=32084912;WS=32084894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,162:0.44:365
chr1	32086912	rs2280386	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AGGAGGGACAACCCAAGTTGG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=32086920;WS=32086910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	32092525	rs2271933	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CCGATGCTCCATCTCCAAAAT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=87;TCR=107;TR=94;WE=32092533;WS=32092515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr1	32092735	rs2176807	T	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=402;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TTGTGTCCCCTAAGCAGGGTT;SOR=0.954;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=25;WE=32092743;WS=32092725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr1	32092918	rs141988488	T	TTCC	7518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.898;NF=22;NR=73;PP=2921;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TCCTACCCAATTACAGGCCTT;SOR=0.809;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=47;TCR=162;TR=95;WE=32092926;WS=32092908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,192:0.53:363
chr1	32096265	rs1061770	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=350;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AGCTGAGCCGAATGTTGCCTT;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=32096273;WS=32096255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr1	32100551	rs3835520	GA	G	2435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=62;PP=2161;ReadPosRankSum=1.622;SC=ATCCCTGAATGAAAAAGACAC;SOR=0.596;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=12;TCR=114;TR=68;WE=32100559;WS=32100541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,98:0.58:169
chr1	32118160	rs1061392	C	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
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chr1	32127953	rs2271928	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=69;PP=1821;ReadPosRankSum=-1.769;SC=CAGGCTTGCCGTCCTTCCCAT;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=102;TCR=137;TR=122;WE=32127961;WS=32127943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,131:0.53:245
chr1	32128283	rs1568396	C	G	245.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr1	32131163	rs1356803	C	G	4553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.351;SC=ACAGAGCTGGCTTTGTGTCTT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=448;TCF=205;TCR=243;TR=212;WE=32131171;WS=32131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,221:0.47:468
chr1	32133737	rs2292988	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=894;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ACCTGGCACCCACTCCCCAGC;SOR=0.920;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=53;WE=32133745;WS=32133727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr1	32134491	rs2271929	C	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=2.433;SC=CTGCAGGAGCCGGCGGTCCCC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=48;WE=32134499;WS=32134481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr1	32136168	rs2292990	G	T,C	4598.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=55,64;NR=26,44;PP=1035,1414;SC=TGGCTGACGGGGGGGAGGGGA;SOR=1.196;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=81,108;WE=32136176;WS=32136158;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.42:197
chr1	32136398	rs1474182	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=753;ReadPosRankSum=1.558;SC=GAAAGTCTTGGCTCAAAAGAC;SOR=0.983;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=48;WE=32136406;WS=32136388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr1	32140733	rs2292993	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=782;ReadPosRankSum=0.279;SC=CGTCATGCACCTTCCAGCCTC;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=46;WE=32140741;WS=32140723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr1	32145009	rs4949461	C	T	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=26;PP=2075;SC=TGACAGCTGACGCAACAGTGC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=101;WE=32145017;WS=32144999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	32146425	rs11590964	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=682;ReadPosRankSum=0.078;SC=CTGCTAATCCCCCAGAGTACG;SOR=0.661;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=40;WE=32146433;WS=32146415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr1	32148571	rs10737358	A	G	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=63;PP=2566;SC=GAGGTCCCACAGGTCCGGTGG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=141;WE=32148586;WS=32148561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	32149982	rs10914466	A	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTAGCAGAGGAGAAGCCCCGA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=32149990;WS=32149972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	32154165	rs34093635	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=971;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AAGGCTCCCCGGGTCCCAGTG;SOR=0.507;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=66;WE=32154173;WS=32154155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr1	32155284	rs2297682	T	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=96;PP=2965;SC=TATGATCATGTCCCCAGGTTT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=111;TCR=96;TR=207;WE=32155292;WS=32155274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	32155911	rs6425780	G	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=920;SC=TCACTGTCATGTGCAGAAAGG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=32155919;WS=32155901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	32155929	rs2297681	G	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=11;PP=1203;SC=AGGGGGTCCCGTTCCCACCCC;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=32155937;WS=32155919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	32156722	rs10914467	G	A	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=47;PP=2965;SC=AAGCTGCCCCGGCCCCTTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=123;TCR=47;TR=169;WE=32156730;WS=32156712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	32156869	rs10798884	A	T	15571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=280;NR=270;PP=2965;SC=TCCAGGGACCACTCGCTACAG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=552;TCF=280;TCR=272;TR=550;WE=32156877;WS=32156859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr1	32157531	rs2297676	T	C	7824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=173;NR=118;PP=2965;SC=GGGGGCTGGATTCCCGAAGGT;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=174;TCR=118;TR=291;WE=32157540;WS=32157521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	32158374	rs3818788	T	C	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=158;PP=2965;SC=TTACCTGAAGTGGGGCATCCG;SOR=1.332;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=98;TCR=158;TR=256;WE=32158382;WS=32158353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	32159588	rs2275097	A	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=895;ReadPosRankSum=0.350;SC=ACACACACAAACCCCTGCTTT;SOR=0.757;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=58;WE=32159596;WS=32159578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr1	32160918	rs6656079	A	G	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=56;PP=1269;ReadPosRankSum=2.688;SC=CATCACACATATCTTGAGTGG;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=95;TCR=121;TR=98;WE=32160926;WS=32160908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,100:0.44:226
chr1	32167526	rs1815465	G	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=680;SC=CGAAGACACAGGCACACACAC;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=32167534;WS=32167516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	32194404	.	AAC	A	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=88;QD=45.5;SC=GGCCTCACTGAACACACACAC;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=2;WE=32194413;WS=32194394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr1	32279629	rs6669563	G	A	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=61;PP=2605;SC=TCTGTGCCCCGGTCTTGGGCA;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=151;WE=32279637;WS=32279619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	32280610	rs6664445	T	C	8955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=155;PP=2965;SC=CTCCCCTGAGTAGGCACCGAG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=142;TCR=156;TR=297;WE=32280618;WS=32280600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	32541440	.	GGT	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.842;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	32658062	rs79952364	G	GGT	990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.501;NF=3;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTGGGGTGGGGGTGGGAGGAG;SOR=0.454;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=21;WE=32658070;WS=32658052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr1	32677588	.	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=725;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CAGTGTTATGGTTATTGCTGG;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=54;WE=32677596;WS=32677578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr1	32782245	rs143436449	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=397;ReadPosRankSum=1.544;SC=TAACTTGCCCTTTCTCCCTTC;SOR=0.411;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=21;WE=32782253;WS=32782235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	32860161	rs547329	T	C	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=109;PP=2965;SC=CATCATTAGGTCCCGCCTCCC;SOR=3.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=16;TCR=109;TR=125;WE=32860169;WS=32860151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	33065947	rs704886	G	C	9570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=169;PP=2965;SC=GATGGGTCTGGTGATCTGGTC;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=162;TCR=171;TR=331;WE=33065955;WS=33065937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	33099798	rs704877	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=1.288;SC=TCAATTTAACAGCACTGCAAC;SOR=0.324;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=33099806;WS=33099788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	33117071	rs583114	T	G	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=62;PP=1977;SC=CCGCGGGGCGTGCTAACGGCT;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=114;WE=33117079;WS=33117061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	33127730	rs1085416	T	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=54;SC=TGCGATCTGCTAGCCTTGGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=33127738;WS=33127720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	33133968	rs2762904	T	C	6706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=108;PP=2965;SC=ATGTTCTTGTTTTTGACTATA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=225;WE=33133976;WS=33133958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	33134774	rs359955	A	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.531;SC=ATCTTGTCTAAGTTTTATGTT;SOR=0.602;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=19;WE=33134782;WS=33134764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	33134989	rs359956	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=57;SC=TAGAAAACATAATTTCTCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=33134997;WS=33134979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	33160878	rs360042	C	T	10127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=159;PP=2965;SC=CAGCACTTCCCGGAAATCGGC;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=188;TCR=159;TR=347;WE=33160886;WS=33160868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	33161212	rs360041	T	C	20978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=441;NR=323;PP=2965;SC=TTCTCCTCCATGCTGGGGCTC;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=766;TCF=441;TCR=325;TR=764;WE=33161220;WS=33161202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,780:1.00:780
chr1	33233323	rs360523	A	G	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=37;PP=2965;SC=CCTTGCCGTGAGACCTGTGCC;SOR=2.242;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=111;TCR=37;TR=148;WE=33233331;WS=33233313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	33234136	rs360522	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=484;SC=GCGGAGGTTGTGGTGAGCCAA;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=33234144;WS=33234126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	33234153	rs3737993	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=604;SC=CCAAGATTTCGCTACTGCACT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=33234161;WS=33234143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	33235626	rs3737995	G	A	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=2371;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGGCGGAGGCGGAGGCTGGCG;SOR=0.932;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=251;TCF=123;TCR=128;TR=137;WE=33235634;WS=33235616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,145:0.55:266
chr1	33252762	.	TCTC	T	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGTTTTTTCTTCTCTGTCACC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=33252772;WS=33252752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	33276424	rs4951787	G	A	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=83;PP=2965;SC=CCTCCAACCTGTCTCCTCCAG;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=184;WE=33276432;WS=33276414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	33293748	rs10753266	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=589;SC=TCTTCCCCTCTCCAGTTTCCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=33293756;WS=33293738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	33299816	rs4951773	A	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TTGTTTATTGATAATTTATAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=33299824;WS=33299806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	33318561	rs702836	T	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=6;PP=1270;SC=TTGTGATAATTGTAAGTATAT;SOR=3.300;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=53;WE=33318569;WS=33318551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	33318634	rs785274	G	A	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=75;PP=2965;SC=GTTGGCTGACGTAGTTCACTC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=196;WE=33318642;WS=33318624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	33330432	rs1284368	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1424;ReadPosRankSum=0.891;SC=CAGAGGCCAGAGCCTGGGTTC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=71;WE=33330440;WS=33330422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr1	33430102	rs113840389	T	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=245;SC=GGGCGGCGGCTGCGCAGCCGG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=33430110;WS=33430092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr1	33560338	rs804428	A	G	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=2.477;SC=TGGGAGTGTCATGCTGGGCTC;SOR=1.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=89;TCR=146;TR=233;WE=33560346;WS=33560328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr1	33625275	rs35622844	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.061;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=570;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCACT;SOR=1.445;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=41;WE=33625283;WS=33625265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr1	33631069	rs2306257	C	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=465;ReadPosRankSum=2.905;SC=CGGCCAGGCTCACCTTGGTCT;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=31;WE=33631077;WS=33631059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr1	33641932	rs604941	A	G	6911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CCAGAGCCGAAATTTGAACCT;SOR=0.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=240;WE=33641940;WS=33641922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr1	33642152	rs643402	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=579;ReadPosRankSum=0.829;SC=GAACCTGAGACGGCCAGAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=33;WE=33642160;WS=33642142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr1	33646950	rs622407	A	G	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1802;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GGCAGAAGTAATGCTCGCAGC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=123;WE=33646958;WS=33646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,127:0.52:244
chr1	33741787	rs12743549	G	A	8514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=180;PP=2965;SC=TCGCCCCTCCGGCTGCCCTAC;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=122;TCR=181;TR=302;WE=33741795;WS=33741777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	33741895	rs12743740	G	A	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=59;PP=2965;SC=GCGGGCCTGGGCAAGGGGCGG;SOR=1.489;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=164;WE=33741903;WS=33741885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	33742228	rs4475712	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=453;SC=GCGGGGCCGGTGAGGACTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=33742236;WS=33742218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	33746163	rs10914676	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=532;SC=CCCTTAGGGCTGAGGGGCAGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=33746171;WS=33746153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	33777524	rs6679416	T	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=21;PP=2076;SC=GCAAGAAGTGTTGTCTTTGCT;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=33777532;WS=33777514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	33778591	rs6664593	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=12;PP=279;SC=TCCAGCCAGCTGGTTCTTCTG;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=33778599;WS=33778581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	33790496	rs11554674	G	A	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=40;PP=2306;SC=TGATGCGGGCGTAGATCTTCA;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=122;WE=33790504;WS=33790486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	33799548	rs12044118	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=255;SC=AAAGAAATGGCTCTATATTCT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=33799556;WS=33799538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	33799900	rs12734630	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=1221;SC=GTCTCTGCACGAGAGAGAGTA;SOR=3.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=33799908;WS=33799890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	33820134	rs12026290	C	T	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=60;PP=2238;SC=CCTGGTGCCACTTCTTTCCAG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=33820142;WS=33820124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	33832865	rs6425816	A	G	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=119;PP=2965;SC=TGGCACCTGCAGGGGAAGCCT;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=224;WE=33832873;WS=33832855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	33836796	rs7545416	C	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1106;SC=GTGTTAAGGACAACAGCCTCT;SOR=2.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=47;WE=33836804;WS=33836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	33945192	rs16835507	T	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=806;ReadPosRankSum=0.070;SC=AGTTCCTGACTATCTTGCCTA;SOR=1.005;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=54;WE=33945200;WS=33945182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr1	33957130	rs3795419	C	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAGGAGAGGCCGTGGCACTTC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=115;TCR=123;TR=136;WE=33957138;WS=33957120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,141:0.57:247
chr1	33957152	rs4403594	T	G	7885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=130;PP=2965;SC=CAGGCTCGGGTATAGTGACGC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=267;WE=33957160;WS=33957142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	33960062	rs9943259	A	G	9926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=169;PP=2965;SC=TGTACCTTGCAGAGAAACCCT;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=189;TCR=169;TR=356;WE=33960070;WS=33960052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	33961147	rs3795420	T	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=1021;SC=ATGCTAGAGATAAACTTTCCA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=33961155;WS=33961137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	33985353	rs2641959	C	G	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2374;ReadPosRankSum=0.800;SC=TGCGGGGGGCCCTGGAGGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=176;TCR=180;TR=174;WE=33985361;WS=33985343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,184:0.49:374
chr1	33987234	rs71647937	C	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CGCTGCCCAGCAGGTCACCCA;SOR=1.109;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=38;WE=33987242;WS=33987224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
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chr1	34008297	rs1000418	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=522;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGGCCATGGAACCCGTAGGGC;SOR=0.214;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=29;WE=34008305;WS=34008287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	34024928	rs16835591	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=868;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGTCACTCCATTGCCCGCTGG;SOR=0.483;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=63;WE=34024936;WS=34024918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr1	34025030	rs16835593	A	G	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1297;ReadPosRankSum=-3.928;SC=GGTTACCCTGAGTGAGGCCGT;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=85;WE=34025038;WS=34025020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,88:0.47:188
chr1	34033512	rs6703172	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CTCTCCCTGAGAGTAGCAATC;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=10;WE=34033520;WS=34033502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	34043169	rs11291100	TC	T	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=43;PP=1266;SC=CCCTTTCGTCTCCCCCCCATC;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=45;WE=34043177;WS=34043159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	34052305	rs12727575	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.583;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=694;ReadPosRankSum=0.645;SC=TAATCAGAGGCGGGTCATGTT;SOR=0.227;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=47;WE=34052313;WS=34052295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr1	34052605	rs7526990	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=249;SC=GATAAGGTCCACTGGCCCGAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=34052613;WS=34052595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	34070826	rs12733436	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=0.921;SC=GATTGCTCTGGACCAGTCTCC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=34070834;WS=34070823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	34071434	rs1874044	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=0.826;SC=ACCAGCCTAACTCCTTTCATG;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=25;WE=34071442;WS=34071424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr1	34071525	rs1874045	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=641;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TGAGTTGGTTCTTTCCAACTC;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=52;WE=34071533;WS=34071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr1	34076550	rs6672528	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=460;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGGTGTTCTGTTTTCCCCCAC;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=25;WE=34076558;WS=34076540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr1	34180397	rs370366326	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=0.008;SC=GCAGGAGATCCGGGCTCAGAG;SOR=0.207;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=32;WE=34180405;WS=34180387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	34189957	rs11346874	AG	A	1909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=1738;SC=AGAGGGCCTCAGGGGAGCACC;SOR=1.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=45;WE=34189965;WS=34189947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	34238146	rs76405888	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=0.881;SC=AGACCCTGGCGTGGCCTCCTC;SOR=0.395;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=22;WE=34238154;WS=34238136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	34238283	rs474474	T	C	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=57;PP=1917;SC=GTCACCGTGGTGAAACCGGGA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=34238291;WS=34238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	34254108	.	CAA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=24.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.810;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	34270498	rs10737374	G	A	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=173;PP=2965;SC=GTCTCCTCCCGCCTGGATCAG;SOR=1.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=91;TCR=173;TR=264;WE=34270506;WS=34270488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	34285342	rs17342512	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=925;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GGTCGCTCCAGGCCGCAAACA;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=62;WE=34285350;WS=34285332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr1	34285381	rs11578857	C	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1579;ReadPosRankSum=2.072;SC=AGGTGATCCGCTTGGACCCTT;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=125;TCR=95;TR=109;WE=34285399;WS=34285371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr1	34285995	rs3795414	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CCTGCAGGAAGGCCAGCCCCT;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=34286003;WS=34285985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	34329897	rs911218	T	C	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=75;PP=2965;SC=CAAATACCTATGTTGGCTTTA;SOR=1.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=141;TCR=76;TR=216;WE=34329905;WS=34329887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	34330067	rs10379	A	C	8950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=161;PP=2965;SC=GATCCCCAGGAACCCAGACGG;SOR=0.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=147;TCR=161;TR=308;WE=34330075;WS=34330057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	34643837	rs750572	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGCCCCCTCCATGGTCCTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=34643845;WS=34643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	34663208	rs1382602	C	G	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=71;PP=2210;ReadPosRankSum=0.264;SC=CTCCAACTTGCAAGTCAGCAA;SOR=0.997;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=266;TCF=122;TCR=144;TR=121;WE=34663216;WS=34663198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,119:0.45:263
chr1	34673586	rs58789216	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=632;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TTCCTGTGTGATGTGAGTCCT;SOR=0.895;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=35;WE=34673594;WS=34673576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr1	34673701	rs41266413	A	C	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=1944;ReadPosRankSum=1.013;SC=TGAGTAGCTGATGCCTTCTGG;SOR=0.509;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=282;TCF=155;TCR=127;TR=137;WE=34673709;WS=34673691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,147:0.49:300
chr1	34677815	rs61741807	T	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=16;PP=1109;ReadPosRankSum=1.782;SC=GTGCAGGTGATGCCATACAAC;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=176;TCF=135;TCR=41;TR=75;WE=34677823;WS=34677805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr1	34684463	rs705207	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=920;SC=GGAAAAGCAAGGTTCTGACCA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=34684471;WS=34684453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	35135315	rs2147385	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GTAGTATATTCGACTATTACA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=35135323;WS=35135305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	35183838	rs683589	A	C	2244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=22;PP=1441;SC=CAGGAAAAAAAAAACAAACAA;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=35183846;WS=35183828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	35184033	rs693582	C	T	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=83;PP=2841;SC=AAAGGGAGCACGGAGGGACAA;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=140;WE=35184041;WS=35184023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	35184084	rs693852	C	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=50;PP=1409;SC=CCACTACTCACAACTTAACAC;SOR=1.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=73;WE=35184092;WS=35184074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	35251161	rs35983826	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=874;ReadPosRankSum=0.366;SC=CAGCACCCAACCTGACCCCCA;SOR=0.985;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=56;WE=35251169;WS=35251151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr1	35251229	rs476220	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.297;SC=CATGCAGGGCGGTGTGGCAGG;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=35251237;WS=35251219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	35259961	rs1764390	A	G	13996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=284;NR=205;PP=2965;SC=GTGACGAGCAATCAGATTTCG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=285;TCR=207;TR=489;WE=35259969;WS=35259937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	35260769	rs1764391	C	T	4806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGGCCAAAAACCCCCAAGTCG;SOR=0.480;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=426;TCF=190;TCR=236;TR=216;WE=35260777;WS=35260753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,225:0.51:444
chr1	35260929	rs3543	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=40;PP=1294;SC=GGGGAAGCAGGTGCTTGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=35260937;WS=35260919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	35332926	rs1001616	G	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=390;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGGGAGACAGGGGGACAAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=25;WE=35332934;WS=35332916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr1	35350573	rs34565935	CT	C	3531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=2338;ReadPosRankSum=0.364;SC=CCCACCGTGACTTTACCTCTT;SOR=0.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=66;WE=35350581;WS=35350563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,118:0.55:214
chr1	35561510	rs2101973	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	35562965	rs2971408	G	A	8307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=130;PP=2965;SC=ATCATCTGGCGTGAATAAAAT;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=168;TCR=130;TR=297;WE=35562973;WS=35562955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	35563206	rs6658571	C	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=71;PP=2028;SC=TATTTCCCTACCTTGTTCTTG;SOR=2.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=18;TCR=71;TR=89;WE=35563214;WS=35563196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	35576145	rs2935955	C	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=164;SC=CAAATTAAACCGACTTTTAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=35576153;WS=35576135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	35656027	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.107;SC=AAGCAAAATTGGAAAATCACT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=9;WE=35656035;WS=35656017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	35851826	rs61776874	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CTTCAGTCAGTGAGTCACCTA;SOR=1.147;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=34;WE=35851834;WS=35851816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr1	35925861	rs2819002	C	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=31;PP=1911;SC=CCACGAGAGGCAAAAAAATGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=35925869;WS=35925851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	35928179	rs144028651	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=564;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CAGAGTACACGGTGAATGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=37;WE=35928187;WS=35928169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr1	36019913	.	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.972;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	36031277	rs75817414	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=1.822;SC=GGTGTCCACCGGGGACAGACC;SOR=0.588;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=33;WE=36031285;WS=36031267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	36205166	rs577483	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=40;PP=1127;SC=AAATGCAACAATGAATATACT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=36205174;WS=36205156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	36213712	rs516992	G	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=42;PP=1282;SC=ACAAATGTCAGTCATTGTCAT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=36213720;WS=36213702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	36216835	rs535638	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=449;SC=AACAAAACAACGTAATTGCCA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=36216843;WS=36216825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	36282417	rs2791960	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=15.513;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.33;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,48:0.89:54
chr1	36307120	rs41308341	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1239;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGCCCCTAGGAGTCTGAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=68;WE=36307128;WS=36307110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr1	36307412	rs5773512	CAT	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=0.728;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	36316418	rs11403763	C	CA	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=0.069;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr1	36316571	rs4652895	A	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=98;PP=2801;SC=GCACTCGCTCAGTCTCTATTC;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=36316579;WS=36316561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	36367733	.	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GTTGTATAGCCAGGGGCTTTT;SOR=0.734;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=105;WE=36367741;WS=36367723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,109:0.53:205
chr1	36553673	rs399393	A	G	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=115;PP=2965;SC=GCATGGACACACGGCGCAAGC;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=150;TCR=115;TR=265;WE=36553681;WS=36553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	36556779	rs67749899	CA	C	1818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.760;QD=11.02;ReadPosRankSum=2.097;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr1	36563158	rs3738360	C	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=840;SC=GCAGCAGGACCCCCCCCGCGG;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=36563166;WS=36563148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	36565584	rs274753	C	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1318;SC=TCTGATGGCTCTCAGGGAGGC;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=36565592;WS=36565574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	36565617	rs274754	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=39;PP=1767;SC=GGCTGGGAGCGATTTGAGGCA;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=36565625;WS=36565607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	36602943	rs2231318	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=44;PP=1256;SC=AGTGGGAAAACGAAGGGGTAG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=36602951;WS=36602933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	36641729	rs2296263	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=7;PP=414;SC=GGTGCCTGGTCTGCTCCCTTG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=36641737;WS=36641719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	36642420	rs475591	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=84;PP=2028;ReadPosRankSum=1.967;SC=CCCGCCTCTCTGCCAGCACCG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=122;WE=36642428;WS=36642410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	36752152	rs2242428	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.108;SC=ATGGAAACTACCGCTCAAATT;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=90;WE=36752160;WS=36752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,97:0.51:192
chr1	36752433	rs6425977	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.240;NF=33;NR=46;PP=1243;ReadPosRankSum=1.512;SC=GGAGATGAGGCCAAGGAGCAG;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=79;WE=36752441;WS=36752423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr1	36762396	rs1566589	C	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=849;SC=GTTACCCCTTCCAGACTCTTA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=36762404;WS=36762386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	36767400	rs882799	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=406;ReadPosRankSum=-2.471;SC=ATTAAATGTACGTGCAGGATT;SOR=1.267;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=25;WE=36767408;WS=36767390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr1	36773074	rs138016197	CTT	C	1751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.957;NF=27;NR=13;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCTAGGGACTCTTGGGGCAGA;SOR=0.138;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=40;WE=36773083;WS=36773064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr1	36773819	rs11263871	C	G	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	36785894	.	G	C	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1693;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TCCTTCCTCAGAGAGGTGCCT;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=119;TCR=131;TR=115;WE=36785902;WS=36785884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,121:0.47:258
chr1	36787888	rs58971913	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=366;ReadPosRankSum=1.661;SC=AGCGGGAGCCGGGGCCCATCA;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=26;WE=36787896;WS=36787878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr1	36788356	rs7536394	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=642;SC=GGTCACGGAGAGGCCCGGACG;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=36788364;WS=36788346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	36814473	rs55703317	C	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.012;SC=AGGCACAAGACACGCAGGCAG;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=86;WE=36814481;WS=36814463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr1	36820927	rs11263875	G	A	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=1937;ReadPosRankSum=-1.344;SC=CGGTCTTATCGCTGAAGTCAT;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=124;TCR=109;TR=131;WE=36820935;WS=36820917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,134:0.57:236
chr1	36881871	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.120;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	36883946	rs16822888	T	C	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=63;PP=1701;SC=TTTTGTCCCATGACTGATATG;SOR=2.250;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=85;WE=36883954;WS=36883936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	36884473	rs57413616	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	36884530	rs72663495	G	A	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	36886117	rs2275477	C	T	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=49;PP=2420;SC=AACCGGAATCCGGGCTCAGGG;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=122;WE=36886125;WS=36886107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	36886364	rs2275478	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=629;SC=TAGAAAGCAGCCTTAACCAAA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=36886372;WS=36886354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	36887702	rs2236565	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=25;PP=1665;SC=TGTAGACTTCCGTATCTAGAG;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=36887710;WS=36887692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	36888302	.	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.081;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	36889197	rs11263892	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=185;SC=AGGGAGAGGCTGGGCGCAGTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=36889205;WS=36889187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	36898067	rs34409118	T	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=19;PP=1929;SC=TGCAGGATGGTTGGGGAGTCT;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=36898075;WS=36898057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	36898332	rs61772386	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=822;SC=TCACTTATCACCCAAACCAAG;SOR=4.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=32;WE=36898340;WS=36898322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	36927733	rs7065	G	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=31;PP=1730;SC=GCAGCGTAGAGGGAGGTGGGT;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=36927741;WS=36927723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	36929673	rs2275473	C	T	12375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=265;NR=170;PP=2965;SC=TCCCCTACTCCTGTGCTTCCT;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=265;TCR=170;TR=435;WE=36929681;WS=36929663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr1	36931829	rs374816810	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=647;ReadPosRankSum=1.587;SC=AGAGGGAGATGCTGGTGACTG;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=38;WE=36931837;WS=36931819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr1	36937059	rs3917981	A	G	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AGACCACCGGAGTGGGACGAG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=224;WE=36937067;WS=36937048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr1	36938235	rs3918017	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCTGGGGAGGGGCCGCTTCAG;SOR=1.721;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=36938243;WS=36938225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	36945307	rs3832027	AG	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=1.829;SC=ATGCAAGTCAAGGGCTTTTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=36945315;WS=36945297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	37282884	rs3012032	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AGACCCTGGGCGAAGAGAGGA;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=78;WE=37282892;WS=37282874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr1	37285555	rs61769768	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCCGCCTCAGCGTCAATATCC;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=37285563;WS=37285545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	37307281	rs553882	T	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=801;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGCAGACAGTTCTAGGCCAAG;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=79;TCR=20;TR=47;WE=37307289;WS=37307271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr1	37335458	rs577094	A	G	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=47;PP=1442;SC=AGCCCTCCCCACATCCCCACC;SOR=1.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=37335466;WS=37335448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	37335485	rs509284	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.19;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	37335494	rs577813	G	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	37626981	rs215756	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.049;SC=TGGTTTAGTCTAGTGCCCCTG;SOR=0.180;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=37626989;WS=37626971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	37959450	rs215210	T	C	8086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=166;PP=2965;SC=AGCAACTTGCTGGGATTACAA;SOR=1.029;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=128;TCR=167;TR=294;WE=37959458;WS=37959440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	37959470	rs215211	C	G	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=149;PP=2965;SC=ACATTGTCTTCATCTTCCTGC;SOR=1.279;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=93;TCR=149;TR=242;WE=37959478;WS=37959460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	37959504	.	A	C	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1360;ReadPosRankSum=0.155;SC=AAAATGACATAAAGTAAGACC;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=39;TCR=102;TR=78;WE=37959512;WS=37959494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr1	37967649	rs41306601	C	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=45;PP=1244;SC=ACTCCTCAGGCAATCTGTCCA;SOR=2.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=60;WE=37967657;WS=37967639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	37967707	.	ATTGACAGAGAAGATACATG	A	1510	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=1510;QD=316.303974492;SC=CTATCCTCTAATTGACAGAGA;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=37967733;WS=37967697;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,5:0.36:14
chr1	37975279	rs215214	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=549;SC=ATGCTGAACACAGAAAGCAAC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=37975287;WS=37975269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	37975312	rs2036637	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=434;SC=ATGGTACATGTCCCACTGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=37975320;WS=37975302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	38006359	rs2174769	A	G	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=72;PP=2318;SC=TCACGCTCCTAAAATTCAAAC;SOR=1.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=101;WE=38006367;WS=38006349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	38022452	rs2273014	C	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=759;SC=ATGAAACTTGCCGGCTGTTGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=38022460;WS=38022442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	38030696	rs6619	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=991;SC=AACAAGACACTTGGGAGTTAT;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=38030704;WS=38030686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	38046920	rs2360010	G	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=37;PP=2584;SC=TAACTAAATAGACAAATTCAA;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=94;TCR=37;TR=131;WE=38046928;WS=38046910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	38049373	rs3753372	C	T	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=44;PP=2398;SC=CTGTACTCTGCGCAACAGAGC;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=130;WE=38049381;WS=38049363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	38049552	rs6426024	C	G	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=96;PP=2952;SC=AGAAAGCACCCCAAATGAGCA;SOR=1.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=38049560;WS=38049542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	38052895	rs367923987	CA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=2.291;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,16:0.16:102
chr1	38061572	rs6697632	G	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=900;SC=CGTCCCTCTCGGCCTCAGAGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=38061580;WS=38061562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	38078300	rs4652964	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=11;PP=1463;SC=TCTTGTGTCTATGTATGCATG;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=38078308;WS=38078290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	38148765	rs684260	A	G	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CAACTGTGGTACCCGTGGTCT;SOR=0.513;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=72;WE=38148773;WS=38148755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr1	38181503	rs7512242	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=584;ReadPosRankSum=-0.337;SC=ACATCTTTCACGGCAGGAGCA;SOR=0.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=33;WE=38181511;WS=38181493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr1	38220109	rs11584465	G	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GACTGGCCTGGTTAGGGCAGC;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=30;WE=38220117;WS=38220099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr1	38227086	rs4653328	A	T	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=92;PP=2517;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CCTTCGCAGAAGTCACCACGC;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=205;TCR=200;TR=184;WE=38227094;WS=38227076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,187:0.44:426
chr1	38260503	rs2306627	C	T	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=88;PP=2573;SC=CCCTTTGGTCCCACTTATCCG;SOR=4.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=97;WE=38260511;WS=38260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	38293992	rs9329568	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=735;SC=TTCTTTTGTTCTGAGACAGAG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=38294000;WS=38293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	38301220	rs28378413	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=673;SC=GTAAGGCTGAGCTAATTATGC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=38301228;WS=38301217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	38301250	rs3912368	A	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=1094;SC=TATATACAGGATCTATATCTC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=38301258;WS=38301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	38301476	rs3762359	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=45;PP=1240;SC=TATCCTGAACGTCTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=74;WE=38301486;WS=38301466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	38327935	rs140670679	CAG	C	1766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=1669;SC=TGAGCTGAAACAGGTGGGGCT;SOR=4.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=37;WE=38327944;WS=38327925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	38327982	rs3843	G	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=29;PP=1969;SC=GGAGGAGAGAGAGGCTCAGAG;SOR=1.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=100;WE=38327990;WS=38327972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	38332078	.	T	TCACACACACACACA,TCACACACACACA	2167.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=8.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.973;NF=7,7;NR=4,4;PP=152,256;ReadPosRankSum=1.757;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=2.800;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=11,11;WE=38332086;WS=38332066;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:61
chr1	38334317	rs2306425	TC	AA	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=31;PP=1819;SC=TGACAGAACTTCTGCCAGGCT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=47;WE=38334326;WS=38334307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	38338795	rs11488569	A	G	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=170;PP=2965;SC=TGTAGCTGTCATCTTATTTAC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=159;TCR=170;TR=329;WE=38338803;WS=38338785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	38345896	rs2306427	A	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1312;ReadPosRankSum=1.729;SC=AAAAAAAAATATCAGAATAAA;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=69;WE=38345904;WS=38345886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr1	38352849	rs2279261	G	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=1073;SC=CCTACGAGTGGCGAGACCCTG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=38352857;WS=38352839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	38397341	rs34655914	G	A	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1898;ReadPosRankSum=0.520;SC=GCCGCCCGCCGAACCTGCAGT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=152;TCR=124;TR=117;WE=38397349;WS=38397331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,119:0.41:287
chr1	38397369	rs35267671	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=60;PP=2206;ReadPosRankSum=0.183;SC=TCCCGAGAGCCGGCGGCGGCA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=194;TCR=138;TR=145;WE=38397377;WS=38397359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,148:0.43:342
chr1	38397823	.	GC	G	697.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=-3.167;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	38397825	.	GCAC	G	697.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=-3.411;SOR=2.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	38411350	rs11485595	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=1680;ReadPosRankSum=1.079;SC=CCTGGAGGGACAGTTGAAGTT;SOR=0.962;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=200;TCF=132;TCR=68;TR=108;WE=38411358;WS=38411340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,111:0.54:206
chr1	38411445	rs871524	G	A	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=87;PP=2728;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CCTGGCCGCCGTGCTCCAGGC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=311;TCF=164;TCR=147;TR=179;WE=38411453;WS=38411435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,184:0.57:321
chr1	38423853	rs9293	G	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=4;PP=1662;SC=CTACATCCCTGAACACTAGAG;SOR=4.277;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=60;WE=38423861;WS=38423843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	38425724	rs17531342	T	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=28;PP=1549;SC=TTTCACCTCCTTTCTACATGG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=38425732;WS=38425714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	38425895	rs28675056	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=50;PP=1414;SC=GAACATCTGTTGGGTATCCAG;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=38425903;WS=38425885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	38442547	rs10890216	G	A	7653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=140;PP=2965;SC=TCAGCAGTCAGTCACTTACCC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=129;TCR=140;TR=269;WE=38442555;WS=38442537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	38444749	rs7555461	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=474;ReadPosRankSum=0.102;SC=AGAGAAAAATTACAATATTAC;SOR=0.105;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=33;WE=38444757;WS=38444739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr1	38447615	rs7533079	G	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=200;SC=GCTAATTTTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=38447623;WS=38447605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	38450367	rs6680796	A	G	8408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=154;PP=2965;SC=TGAAATTTTCACCCCTACTTA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=152;TCR=157;TR=306;WE=38450375;WS=38450357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	38455389	rs3935867	C	T	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=55;PP=1696;SC=CTCTGGGGCTCCGGACCCCGG;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=79;WE=38455397;WS=38455379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	38462898	rs4274021	T	A	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=43.90;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	38462905	rs12724533	C	G	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=42.77;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	38463504	rs7366048	C	T	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.980;SC=CTCGATGCCACGGCTGATCAC;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=185;TCR=208;TR=199;WE=38463512;WS=38463494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,205:0.50:410
chr1	38464639	rs4570384	C	G	10962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=214;NR=162;PP=2965;SC=AGCCCCTGAACACATACCAGG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=214;TCR=164;TR=376;WE=38464647;WS=38464629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	39325063	rs1925678	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NR=22;ReadPosRankSum=2.315;SC=GGCGGGGGACTGGGCGCAGCC;SOR=0.843;Source=Platypus;TCR=45;WE=39325071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr1	39339449	rs12127091	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=806;ReadPosRankSum=0.208;SC=TTGCAGTAGCCGAGGAGGGTG;SOR=1.123;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=55;WE=39339457;WS=39339439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr1	39340282	rs880303	C	T	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=66;PP=2162;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AGGGACACTACGTGATTTGGA;SOR=0.996;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=358;TCF=193;TCR=165;TR=159;WE=39340290;WS=39340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,166:0.45:366
chr1	39352271	rs2147914	G	T	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=46;PP=1844;ReadPosRankSum=0.553;SC=GGATCTTTCAGCAGTGCTTTA;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=157;TCR=100;TR=123;WE=39352279;WS=39352261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,135:0.50:272
chr1	39352492	rs3790441	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=0.518;SC=CTAGGGGTAAGGCAAAAGAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=15;WE=39352500;WS=39352482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	39361615	rs9438984	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=903;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TAAGAGACTCGTGGACTCCAT;SOR=0.847;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=65;WE=39361623;WS=39361605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr1	39381448	rs35338149	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=-0.369;SC=ATCCAAGCCCGTGGGCAGTAA;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=27;WE=39381456;WS=39381438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	39384826	rs147715012	A	G	6381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,322:0.50:642
chr1	39385086	rs7522863	A	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1378;SC=AAAGTTTTCTATGTAATTGTT;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=39385094;WS=39385076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	39457006	rs12043492	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GCCTCTTGGGCCGCACTTACC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=9;WE=39457024;WS=39456996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	39457016	rs11547138	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	39457293	rs111311750	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.903;SC=CTGCTCTGGGTTTGGCAGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=39457301;WS=39457283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	39466626	rs11205525	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=538;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GCCCAAACTCACTTTTTCTTT;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=39;WE=39466634;WS=39466616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr1	39466786	rs10888613	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1469;ReadPosRankSum=1.043;SC=CAGGTAGGCCCAGGCAGTGAC;SOR=0.867;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=94;WE=39466794;WS=39466776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,98:0.50:196
chr1	39550210	rs260972	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=870;SC=CTCACCAGGGCCTCTGACAAA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=39550218;WS=39550200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	39568249	rs6667815	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=346;SC=ATAACACATTAGAGGCGCTGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=39568257;WS=39568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	39568765	rs2282232	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=935;SC=TTAGAGAAGCTCTCTAGCCAC;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=39568773;WS=39568755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	39571211	rs13374459	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GCACAAAGGGTCGAGGCTGGG;SOR=1.911;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=14;WE=39571219;WS=39571201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	39717566	rs2490948	T	C	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=32;PP=1173;SC=GCCCTCCTGGTGCCATACAAA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=39717574;WS=39717556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	39748921	rs2275188	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=40;PP=2016;SC=ATCTGGAACAGGCTTTTGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=105;WE=39748945;WS=39748911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	39758993	rs6688708	C	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=652;SC=TTGTACAAAACTTGAATCCAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=39759001;WS=39758986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	39763242	rs2275187	G	A	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=70;PP=2965;SC=TTAATATTCCGGTGTTCTAAT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=124;TCR=70;TR=194;WE=39763250;WS=39763232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	39766055	rs2275186	C	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=45;PP=1308;SC=AGAAAGGGTACCTCTGGGCCA;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=39766063;WS=39766045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	39802338	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	39806610	rs3116396	C	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=82;PP=2597;SC=TGAACCTCTGCCTCCAACAGT;SOR=1.574;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=126;WE=39806618;WS=39806600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	39812620	rs2490944	G	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=17;PP=1590;SC=GGTTTTTTGTGTTTTGTTTCC;SOR=2.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=75;WE=39812628;WS=39812610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	39812822	rs2761764	C	A	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=66;PP=2361;SC=AACAGACTGCCGCTCAGGTGG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=39812830;WS=39812812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	39894839	rs645061	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=450;SC=TTTAAATTTGATCTCTTAAAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=39894847;WS=39894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	39914363	rs668556	G	C	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=120;PP=2965;SC=CCCGAAGATAGTCAGAAACTT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=249;WE=39914371;WS=39914353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	39927507	rs783820	G	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=17;PP=1400;SC=ACCGCCAACCGAACAAGTACC;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=39927515;WS=39927497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	39929240	rs7554206	T	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=63;PP=2965;SC=AATAGGAAGTTTTGCTCTACC;SOR=1.358;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=123;TCR=63;TR=182;WE=39929248;WS=39929230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	39950234	.	TACCAAGTAAAATGTG	T	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.976;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,31:0.21:150
chr1	39957913	rs4660269	A	G	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=26;PP=1159;SC=GTACCACGCCATGGCTGGCGA;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=39957921;WS=39957903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	39958080	rs10888798	C	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=34;PP=972;SC=GTGCCGGGCCCTGGCCGAACG;SOR=1.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=47;WE=39958088;WS=39958070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	39981596	rs199956449	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.93;MQRankSum=-0.566;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.240;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	39988145	rs6524	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-12.906;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,25:0.12:208
chr1	39988231	rs150437571	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.547;NF=15;NR=33;PP=592;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GGGAGGACATAGAATCATGGT;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=45;TCR=103;TR=48;WE=39988239;WS=39988221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr1	39988708	rs2889739	A	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.478;NF=35;NR=14;PP=656;ReadPosRankSum=-1.817;SC=AAGGCTACTCAGCCTATTACT;SOR=1.016;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=49;WE=39988716;WS=39988698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr1	39988967	rs41270827	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=468;ReadPosRankSum=1.945;SC=GGTCCTCATACAGCCACACTA;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=31;WE=39988975;WS=39988957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr1	39991474	rs11583829	AG	CA	5811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.023;NF=68;NR=60;PP=2944;ReadPosRankSum=1.104;SC=CCACTGAGTCAGCCCGCCCAG;SOR=0.682;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=290;TCF=147;TCR=143;TR=128;WE=39991487;WS=39991464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,151:0.49:307
chr1	39991588	rs3738676	G	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=766;ReadPosRankSum=1.931;SC=CCTCACTCTCGGTGCCTACTT;SOR=0.419;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=51;WE=39991596;WS=39991578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr1	40030823	rs12127094	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=733;ReadPosRankSum=1.541;SC=CAGGCTGGAACTGATTTAAGA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=49;WE=40030831;WS=40030813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr1	40092089	rs2695320	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=14;PP=1094;SC=AGCCAGTCCATGAAGCAAAGC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=40092097;WS=40092079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	40096053	rs1148945	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=382;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CAGCACTCACTGTCTCGATTT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=25;WE=40096061;WS=40096043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	40098328	rs784625	T	C	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=71;PP=2694;SC=CACCCCTCTGTGTTTCTTCCT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=159;WE=40098336;WS=40098318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	40137754	rs2871601	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=54;PP=1430;SC=CGGCGGCGTAGACGCGGAGGT;SOR=5.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=56;WE=40137762;WS=40137744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	40149515	rs784633	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1050;SC=GGGGAGCAGCAGGGAGGCCCC;SOR=2.256;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=40149523;WS=40149513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	40149551	rs11206617	G	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=921;ReadPosRankSum=0.106;SC=CGCGGAGGCAGGGGCGGGGAT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=76;TCR=25;TR=57;WE=40149559;WS=40149541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr1	40149642	rs784634	G	T	9480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=113;PP=2965;SC=GGCGCGTGATGCGCCCGTCGC;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=202;TCR=113;TR=315;WE=40149650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	40149870	rs113763288	C	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.645;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.283;NF=3;NR=54;PP=1478;ReadPosRankSum=1.016;SC=GCCCCGCCCACCCCGCCCCCA;SOR=4.761;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=57;WE=40149878;WS=40149860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr1	40149926	.	C	CCCCGGGTGCCTCGCCTCCTCCCAT	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.54;QD=45.51;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr1	40204802	rs140607790	ACTT	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-1.876;SC=AAAAGTGCAGACTTCTTAGCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=40204812;WS=40204792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr1	40235277	rs374340047	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.935;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.674;SC=GGAGGCCAGTAGCAAACCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=40235285;WS=40235267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	40236074	rs230321	A	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.843;NF=68;NR=23;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.722;SC=TTCCTCTTTCAGGATCGTTAA;SOR=1.601;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=261;TCF=165;TCR=96;TR=91;WE=40236082;WS=40236064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,84:0.35:243
chr1	40253726	rs230328	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQRankSum=-4.342;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	40253768	rs60164088	C	CA	1280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.053;NF=6;NR=13;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CGGATGCGCGCCCCTCCCCTG;SOR=0.580;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=19;WE=40253778;WS=40253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr1	40253770	rs4068800	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.423;NF=16;NR=13;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GATGCGCGCCCCTCCCCTGCA;SOR=0.612;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=29;WE=40253778;WS=40253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr1	40253786	rs230329	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.762;NF=18;NR=14;PP=459;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CTGCAGCCAGCTTACTCCGAG;SOR=0.495;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=32;WE=40253794;WS=40253776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr1	40319587	rs2294814	A	C	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1503;ReadPosRankSum=2.689;SC=CTGAAATTAGACAGCAAGAAA;SOR=0.347;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=102;WE=40319595;WS=40319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,103:0.49:212
chr1	40363054	rs3134614	G	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=25;PP=1556;SC=TTAGTAGCCAGTGAGGTATGC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=40363062;WS=40363044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	40367592	rs804719	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	40421617	rs140696582	TG	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=1.718;SC=TCCCCAGCCCTGGGGACTTAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=40421625;WS=40421607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	40526003	rs3122419	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=609;SC=GAGTTCAGTCTAGCCACAGAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=40526011;WS=40525993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	40528311	rs111666613	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	40533266	rs11207440	T	G	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=35;PP=1698;SC=TGCCGGATCATGTCCTCCTCC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=40533274;WS=40533256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	40533287	rs6665926	T	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=39;PP=1644;SC=CCCTCCACCATGCCCCCCTCC;SOR=0.843;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=86;WE=40533295;WS=40533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	40533315	rs6665933	T	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=43.81;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	40533320	rs6665936	T	G	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=47.15;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	40533326	rs6665937	T	G	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=45.01;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	40533347	rs6665944	T	G	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=46;PP=1672;SC=TTCCCGCTCATCACTGTTCGC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=84;WE=40533366;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	40533358	rs34763876	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.322;NF=18;NR=23;PP=524;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CACTGTTCGCGCAGATTAATC;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=41;WE=40533366;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr1	40536074	rs58190778	C	CT	7438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=94;PP=2965;SC=TAAAGTTACACGTTGACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=27;TCR=98;TR=120;WE=40536082;WS=40536064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	40545938	.	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=546;ReadPosRankSum=0.133;SC=CTGCCTCCCAAAAAAAACAGA;SOR=0.374;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=32;WE=40545946;WS=40545928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	40545964	rs3122428	T	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=29;PP=2058;SC=TCTTTCCTAGTGTCTGCCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=101;WE=40545972;WS=40545954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	40555274	rs6689837	C	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.410;SC=ACAAAATGAACAGGACCAAAC;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=19;WE=40555282;WS=40555264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	40555321	rs3131651	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.293;SC=GAAAATAAAGCGCAGAGAACT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=40555329;WS=40555311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	40556922	rs3122439	T	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=34;PP=2743;SC=TGTGCAAATATAGTTCCTAGA;SOR=1.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=94;TCR=34;TR=128;WE=40556940;WS=40556912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	40557656	rs6672053	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=17;PP=1623;SC=GGATTTATCTGAATAAAAGAA;SOR=2.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=40557664;WS=40557646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	40558256	rs4481840	C	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=909;SC=AGGCCTCAAACAGCATTATCA;SOR=3.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=38;WE=40558264;WS=40558246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	40737516	rs6677717	T	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=547;SC=ATAAAGAATGTTTTTTCTTTA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=40737524;WS=40737506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	40737589	rs2076697	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=555;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TCTATGCTGATTATATTGCCC;SOR=0.326;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=43;WE=40737597;WS=40737579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr1	40777138	.	CTG	C	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.099;NF=15;NR=10;PP=982;ReadPosRankSum=0.246;SC=CCCCGCCCCCCTGTGTTAGCC;SOR=1.373;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=25;WE=40777147;WS=40777122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr1	40840249	.	T	TTGCG	146	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=59.44;NF=8;NR=2;PP=146;QD=15.8;SC=ATGAACTGCATTGCGTGCGTG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=10;WE=40840257;WS=40840239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,10:0.42:24
chr1	40840270	rs10645094	T	TGC	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=1.241;SC=CGTGCGTGCGTGTGTGTGTGT;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=16;WE=40840278;WS=40840258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	40840296	rs3048086	T	TGA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.618;SOR=1.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr1	40879808	rs209605	G	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=40;PP=1541;ReadPosRankSum=0.062;SC=CTTATTTCTTGCTATAACATA;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=239;TCF=150;TCR=89;TR=111;WE=40879816;WS=40879798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,113:0.46:244
chr1	40881041	rs209606	C	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CTTCTTCTTCCGGTTCCAGAA;SOR=0.873;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=80;WE=40881049;WS=40881031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,88:0.45:197
chr1	40923191	rs11589777	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GTGGGGAAGACTGAGGCCATG;SOR=0.128;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=17;WE=40923199;WS=40923181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	40955156	rs10789144	A	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=436;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TGGTTCTTAGACATCAGCATA;SOR=1.448;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=25;WE=40955164;WS=40955146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	40980826	rs41268067	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CAGGCGCCCTATGCTCCCTCT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=69;WE=40980834;WS=40980816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr1	41094320	rs2076334	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=1.337;SC=TATGAATCAACTGGGGACAGT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=41094328;WS=41094310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	41095171	rs2076333	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GATGGCACCAACCACATGGGC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=41095179;WS=41095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	41101572	rs2253835	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=24;PP=1238;SC=GGACCACAGCACGGGGCTGCA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=41101580;WS=41101562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	41107239	rs7535398	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=550;ReadPosRankSum=-0.741;SC=ACTGGACCTAGAACAGCACCT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=26;WE=41107247;WS=41107229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr1	41107360	rs491619	T	C	11975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=243;NR=196;PP=2965;SC=CTCTACCCCGTGATGTCCCAT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=439;TCF=243;TCR=196;TR=439;WE=41107368;WS=41107350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr1	41107612	rs2076332	C	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=590;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CCCGGGGTGGCAGGGCCTCAG;SOR=0.283;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=38;WE=41107620;WS=41107602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr1	41204569	rs1057925	C	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=36;PP=1330;SC=CCCAGCAAAGCCTACAGTCGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=41204577;WS=41204559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	41228898	.	G	A	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=55.11;NF=3;NR=1;PP=75;QD=27.4428031368;SC=ATATATGTATGTCTCTATATA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=41228906;WS=41228888;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	41229180	rs4660455	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=231;SC=CACTATGCCCGGCTGATTTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=41229188;WS=41229170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	41235177	rs10889608	G	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=0.483;SC=TAGGGCAACTGTCCTGTCCTC;SOR=1.379;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=35;WE=41235185;WS=41235167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr1	41235946	rs3754176	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.349;SC=CAGATATTCTGAGAAAAGAAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=41235954;WS=41235936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	41284366	rs2361660	G	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=59;PP=1839;SC=AGGCCTGCAAGCCGCGCGCGG;SOR=1.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=41284374;WS=41284356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	41284406	rs2361659	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=30;PP=883;SC=GGGCACGACCAGAGCGGGCAG;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=41284414;WS=41284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	41285087	rs4660468	T	C	13093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=230;PP=2965;SC=TCTACCTGGCTGAGAAGGACG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=483;TCF=251;TCR=232;TR=480;WE=41285095;WS=41285077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr1	41288105	rs148218398	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr1	41298652	rs913378	T	C	10771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=233;NR=135;PP=2965;SC=GTGGCCCCTTTGGTGGGCCAC;SOR=1.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=369;TCF=234;TCR=135;TR=368;WE=41298660;WS=41298642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	41327407	rs116373577	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CGGCGTCCATGCCGCCCAGGG;SOR=0.567;Source=Platypus;TCF=62;WE=41327415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,102:0.51:201
chr1	41327627	rs116868841	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	41327630	rs118006907	C	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	41327705	rs117660625	A	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=0.462;SC=GTACGGCGGCAGAGTCCGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=16;WE=41327713;WS=41327695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	41327871	rs117112421	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	41327871	.	CTG	ATC	155	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=155;QD=18.9516249875;SC=GGGCCAGCGGCTGCTCTGCGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=41327881;WS=41327861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,11:0.61:18
chr1	41327873	rs12081504	G	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.13;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	41453286	rs5773721	GT	G	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=64;PP=2675;SC=TAAGGGCACAGTTAACAGTCA;SOR=3.098;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=65;WE=41453294;WS=41453276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	41461513	rs12047657	G	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.062;SC=ATTTTTACAAGGTCACGTAGC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=5;WE=41461521;WS=41461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	41462986	rs12047078	T	C	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=564;ReadPosRankSum=2.369;SC=TGGTTTTTTTTCCCTTGAAAT;SOR=0.619;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=32;WE=41462994;WS=41462976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr1	41466550	rs12735455	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.967;SC=ATATATTAAGTTGATCACTTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=41466558;WS=41466540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	41466803	rs12718433	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AGTAGAGTTCGCTGCCTTGGG;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=18;WE=41466811;WS=41466793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	41474400	rs35044078	C	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1471;ReadPosRankSum=1.087;SC=AGGATTCCAGCTTGCTGGTAC;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=96;WE=41474408;WS=41474390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,98:0.58:168
chr1	41475085	rs12144160	A	G	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1019;ReadPosRankSum=0.573;SC=AACCTTCACAATGAAGCTGTT;SOR=1.117;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=63;WE=41475093;WS=41475075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr1	41486408	rs3738369	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGTTCTCAGTGTGGCTTAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=7;WE=41486416;WS=41486398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	41493811	rs1140227	C	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1947;ReadPosRankSum=0.358;SC=CCCCTCATTCCTAGAAGAATG;SOR=0.766;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=229;TCF=141;TCR=88;TR=124;WE=41493819;WS=41493801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,126:0.54:232
chr1	41494222	rs11578697	G	T	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=62;PP=2247;ReadPosRankSum=2.193;SC=TCTCCACACAGGTTCCTACTG;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=315;TCF=183;TCR=132;TR=156;WE=41494230;WS=41494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,159:0.50:319
chr1	41540853	rs2011981	A	T	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.44;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	41540861	rs2011982	T	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	41579151	rs145760355	T	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1460;ReadPosRankSum=-1.435;SC=CCACAGCTTCTAGCTTCATTC;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=88;WE=41579159;WS=41579141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,89:0.55:161
chr1	41582429	rs34477858	T	TA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=1.718;SC=CCTTATAGTCTAATATATTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=41582437;WS=41582419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	41618442	rs213768	A	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=45;PP=1290;SC=CACTGAATGAAGAAATCTAAA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=41618450;WS=41618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	41651952	rs12408956	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=387;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GGAGGAAGGAGAAGAACATTT;SOR=0.201;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=21;WE=41651960;WS=41651942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	41848060	rs12092825	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;ReadPosRankSum=0.180;SC=CCTGGCACCGCCGGGCCACGC;SOR=1.055;SbPval=0.63;Source=Platypus;TCF=29;WE=41848068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr1	41848296	rs4359027	G	A	4744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=121;PP=2945;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCCTGCCTCCGCCGCCGCCGG;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=422;TCF=178;TCR=244;TR=215;WE=41848304;WS=41848286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,224:0.52:429
chr1	41949595	rs2759256	G	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=8;PP=1373;SC=ATATTAGCCAGTGCCTCCATC;SOR=3.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=41949603;WS=41949585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	41949628	rs2759257	A	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=25;PP=2291;SC=GAGAGATGGAATGTGTCAACG;SOR=2.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=83;TCR=25;TR=107;WE=41949636;WS=41949618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	41950312	rs2984691	T	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=64;PP=1688;SC=GAGCAGGGAGTGCCTGTTGCC;SOR=1.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=110;WE=41950320;WS=41950302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	41976328	rs9439043	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=878;SC=TCGGGGTTGGTCGGTGCACGC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=41976336;WS=41976318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	41978566	rs2991344	T	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=1001;ReadPosRankSum=1.640;SC=AACCCGTGGGTCCAGCCCCAA;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=57;WE=41978574;WS=41978556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr1	41978825	rs2483689	C	G	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=140;NR=103;PP=2965;SC=CAAGGGAGAGCGCCCATGCCC;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=140;TCR=103;TR=243;WE=41978833;WS=41978815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	41983912	rs2810547	C	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=27;PP=2191;SC=TTGTCTGATACTTGGGAGAAC;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=99;WE=41983920;WS=41983902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	42041479	rs1815257	A	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=568;SC=TGCAATCTTCACACTCCCCCA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=42041487;WS=42041469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	42046812	rs2810565	C	T	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=87;PP=2965;SC=AGGAAGGGGGCTGCCTGAAGG;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=149;WE=42046820;WS=42046802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	42048745	rs2810566	T	C	6572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=121;PP=2965;SC=GTGACTGCTGTGGCTCAGGGC;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=115;TCR=122;TR=236;WE=42048753;WS=42048735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	42049032	rs2984694	G	A	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=68;PP=2469;SC=TGTCGATCTCGCTGGTGTCCA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=42049040;WS=42049022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	42049140	rs2475842	C	G	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=63;PP=2965;SC=CTTCGGTGGACAGGGGCAGGA;SOR=1.475;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=121;TCR=63;TR=184;WE=42049148;WS=42049130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	42629040	rs2232224	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=808;SC=GTATTCCCGAACCCCACCAAT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=42629048;WS=42629030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	42630364	rs2071499	G	A	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=31;PP=1462;SC=GCACAGTGCGGAGAGCAGGAA;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=42630372;WS=42630354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	42654364	rs554500	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=562;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AATTTCGTACGAATGAGAAAA;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=36;WE=42654372;WS=42654354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr1	42656868	rs1085252	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AGCAAGGAAACAGATGTAAAG;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=42656876;WS=42656858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	42693597	rs343376	A	G	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1469;ReadPosRankSum=-1.658;SC=AGTAGGCAGCACATCTTCCTT;SOR=0.912;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=111;WE=42693605;WS=42693587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,113:0.48:237
chr1	42846786	rs11210626	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=427;ReadPosRankSum=0.244;SC=AGGCGGGCCCGGGGAGGGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=39;WE=42846794;WS=42846776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr1	42880516	rs1055055	T	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1188;ReadPosRankSum=0.953;SC=CTACCTCTAGTGAAAGTGAGC;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=81;WE=42880524;WS=42880506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr1	42898843	rs1034268	A	G	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=85;PP=2965;SC=AGGTAGTAAAACATGACCAGG;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=222;WE=42898851;WS=42898833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	42915527	rs12142723	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=277;SC=ACAGTTCGAGCCTTGTCTTGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=42915535;WS=42915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	43002199	rs372826618	AAG	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=4.281;QD=0.27;ReadPosRankSum=-2.302;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,26:0.10:255
chr1	43055243	rs10789417	C	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=390;SC=TTTACTAAACCTAATCCTTTA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=43055251;WS=43055233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	43110276	rs7523056	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=539;SC=TCTAAGATCCGGGGCCAGTGG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=43110284;WS=43110266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	43124701	rs6600419	A	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=58;PP=2168;SC=TGATTCCTCCATGCATTGCTC;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=43124709;WS=43124691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	43124859	rs3738494	C	T	7392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=109;PP=2965;SC=ACGACTGTGACATCATAGTGA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=150;TCR=110;TR=259;WE=43124867;WS=43124849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	43126733	rs3768025	G	A	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=88;PP=2820;SC=GGAAGTTCTTGAAAGTGGCTG;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=150;WE=43126741;WS=43126723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	43126766	rs3768026	C	A	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=66;PP=1994;SC=TGTAGATAACCGACTTTAGCA;SOR=2.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=90;WE=43126774;WS=43126756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	43132393	rs35844708	G	GA	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1155;SC=AAAGGGAAGAGAACCACCTAA;SOR=2.476;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=43132401;WS=43132383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	43201576	rs116804195	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=409;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GGGTCCAGGCCGATAGGGCTG;SOR=0.617;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=32;WE=43201584;WS=43201566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr1	43212431	rs4660662	A	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=50;PP=2877;SC=GTTCGGGGGGACCCTGCTGGG;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=136;WE=43212439;WS=43212421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	43213499	rs3738499	C	T	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=67;PP=1950;SC=CTCATCATGGCCCTTCCCTGC;SOR=2.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=87;WE=43213507;WS=43213489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	43228189	rs2816593	T	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=51;PP=1482;SC=TCACATCCAATCTCTGAACGT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=43228197;WS=43228179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	43239395	rs2760075	G	A	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=53;PP=1455;SC=GTTTATAATCGTTGTGACTTT;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=64;WE=43239403;WS=43239385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	43255049	rs148997141	G	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=51;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGGCTTCCTGGCACTACTTCT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=128;TCR=97;TR=121;WE=43255057;WS=43255039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,122:0.52:236
chr1	43273064	rs12402142	A	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=760;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCAGGATCCCATCTGGTTTGA;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=50;WE=43273072;WS=43273054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr1	43296173	rs33950227	C	T	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.714;SC=TCATCCCTCTCGTCTTCCTCC;SOR=0.231;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=98;TCR=94;TR=192;WE=43296181;WS=43296163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr1	43296195	rs33953680	C	T	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=94;PP=2965;SC=GCTGTCTGTGCATGTGTCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=101;TCR=94;TR=195;WE=43296203;WS=43296185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	43300663	rs4660672	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=763;SC=TGCCAGAAGCTCTTAGACATC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=43300671;WS=43300653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	43300921	rs4660673	C	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1065;SC=CCTGACACTTCTCCATAGGTT;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=43300929;WS=43300911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	43393245	rs11282849	G	GGGTGAGAAAT	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	43418026	rs2297972	C	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=47;PP=2003;SC=CACTCAGGCCCACACTCAGCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=43418034;WS=43418016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	43652369	rs6413971	T	C	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=86;PP=2965;SC=TGTTTTGCATTTTGGGCAGAT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=196;WE=43652377;WS=43652359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	43663376	rs513009	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=75;PP=2247;SC=AAGGAATGAAAGGCTTGCCTA;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=114;WE=43663384;WS=43663366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	43672636	rs11210812	T	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=920;SC=TCTGGGCTGGTGCACGGATCT;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=43672644;WS=43672626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	43675467	rs2453412	G	A	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=91;PP=2965;SC=TTGTCATCTCGCATTCTGGAC;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=217;WE=43675475;WS=43675457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	43680855	rs4233492	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=574;SC=GAAGCCTTGCGCAACAGCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=43680863;WS=43680845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	43681184	rs612626	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=37;PP=1106;SC=CCTGGCTACACCCTATGCCCA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=43681192;WS=43681174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	43699813	rs3820588	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=1.077;SC=TATGCCCAGTATGGCCCCTGG;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=15;WE=43699821;WS=43699803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	43699935	rs2477561	C	T	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=82;PP=2965;SC=CAGAAGGAAACGTCTCTGATT;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=142;TCR=82;TR=224;WE=43699943;WS=43699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	43700140	rs2483688	A	G	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=179;PP=2965;SC=CCTCTCCCTCACTGAGAATCT;SOR=0.902;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=338;TCF=157;TCR=181;TR=336;WE=43700148;WS=43700130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	43738340	rs10890247	A	C	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=20;PP=1068;SC=CTGTGATCTGAACCCTCTGAC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=43738348;WS=43738330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	43749061	.	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.443;SC=CATAGGTATGGGTGTCAGGGA;SOR=0.126;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=43749069;WS=43749051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	43771016	rs3831248	TA	T	8616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=133;PP=2951;SC=AGAGCAACGGTAAAGAGGGGC;SOR=1.251;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=21;TCR=144;TR=154;WE=43771024;WS=43771006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	43771090	rs3120044	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=60;PP=1762;SC=TGACCCATGGGACCCTCAGCT;SOR=2.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=76;WE=43771098;WS=43771080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	43773033	rs2275180	A	G	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=64;SC=CTTGGAGGGTAAGGGCGACAG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=100;WE=43773041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	43774437	rs1467809	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=437;SC=GCAGGTATTAGACGGTATCGG;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=43774445;WS=43774427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	43774495	rs2282225	G	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=7;PP=1157;SC=GATGGGATGTGGGGCTGGGAC;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=43774503;WS=43774485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	43777567	rs61478604	G	C	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=2202;ReadPosRankSum=-1.412;SC=CAGTGAGCAGGAGAGGGAGGG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=249;TCF=134;TCR=115;TR=126;WE=43777575;WS=43777557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr1	43777852	rs1999595	C	T	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=65;PP=2859;SC=GTTACTTTCCCGTCGACCCCA;SOR=1.158;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=43777860;WS=43777842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	43779564	rs3120276	T	C	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=143;NR=106;PP=2965;SC=CCATCCTGGCTGCCCTTTTAA;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=144;TCR=106;TR=249;WE=43779572;WS=43779554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	43779724	rs138876276	TTG	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,19:0.17:110
chr1	43779869	rs2991990	T	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=332;SC=AAATATTTAATATTCCCATTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=43779877;WS=43779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	43782846	rs1198982	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=16;PP=1065;SC=TGGACCGTCTGCCCTCTTGTC;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=43782854;WS=43782836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr1	43913168	rs76814299	G	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=1194;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AGACCAGTGTGTCTGTCCTAG;SOR=0.470;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=146;TCF=106;TCR=40;TR=78;WE=43913176;WS=43913158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr1	43916642	rs6954	T	C	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=109;PP=2707;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GAAGCACTTGTGGCCACCGTC;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=370;TCF=170;TCR=200;TR=194;WE=43916650;WS=43916632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,196:0.52:376
chr1	43917098	rs79439514	C	G	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.999;SC=CTGATACTCACAGCCCACGAA;SOR=0.710;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=367;TCF=193;TCR=174;TR=180;WE=43917106;WS=43917088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,182:0.47:385
chr1	43917411	rs74069990	C	T	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=69;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.847;SC=ATACTACATTCCGAGACCCCG;SOR=1.093;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=222;TCF=93;TCR=129;TR=109;WE=43917419;WS=43917401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,115:0.49:233
chr1	43918078	rs74069991	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.457;SC=GCCCTCGTCCGTCTCCCCAGG;SOR=0.283;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=19;WE=43918086;WS=43918068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	43919413	rs6692611	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	43998397	rs11350891	GT	G	1546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=37;PP=1071;SC=GAAAATCCCTGTTTTTTTACT;SOR=2.387;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=38;WE=43998405;WS=43998387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr1	44072420	rs539096	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=853;ReadPosRankSum=0.647;SC=CTCCAGGATTAATAGGCAGAG;SOR=0.947;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=58;WE=44072428;WS=44072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr1	44075227	rs517622	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=54;PP=1349;SC=CCTGTGGGTCTGTTCTGCAGG;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=63;WE=44075235;WS=44075217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	44083110	rs571862	C	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TCTCCATTCTCTGCAGTCCAT;SOR=0.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=109;TCR=36;TR=64;WE=44083118;WS=44083100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,68:0.45:150
chr1	44083507	rs641365	T	C	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AGACCATGGGTGATTTCTGGA;SOR=0.868;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=292;TCF=128;TCR=164;TR=143;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,143:0.47:302
chr1	44083519	rs641351	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.502;SC=ATTTCTGGAGGATGGTGTGGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=114;TCR=155;TR=128;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,129:0.46:281
chr1	44084739	rs1143701	C	T	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=74;PP=2058;ReadPosRankSum=2.123;SC=GTGAGAAGCGCGAGCTGCGTC;SOR=0.752;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=309;TCF=159;TCR=150;TR=146;WE=44084747;WS=44084729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,152:0.47:321
chr1	44086080	rs568639	T	C	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.470;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.014;SC=ACCCCTCCCCTATTCCTTCTC;SOR=1.051;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=338;TCF=194;TCR=144;TR=125;WE=44086088;WS=44086070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,129:0.37:348
chr1	44086296	rs72877547	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=561;ReadPosRankSum=1.005;SC=CTGTCCACACGCTGGGTGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=33;WE=44086304;WS=44086286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr1	44086831	rs1143702	C	T	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=94;PP=2484;ReadPosRankSum=1.085;SC=GCATGCGCTACGAGGGCGTGG;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=392;TCF=182;TCR=210;TR=178;WE=44086839;WS=44086821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,184:0.45:407
chr1	44087496	rs673485	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=13;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GGGTCCAGCACCTGCTCTTGG;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=175;TCF=139;TCR=36;TR=72;WE=44087504;WS=44087486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,78:0.43:183
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chr1	44125962	rs3215843	CA	C	1060.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.321;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=929;ReadPosRankSum=0.716;SC=TTTTTACTTTCAAAAAGGTAC;SOR=0.284;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=31;WE=44125970;WS=44125952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
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chr1	44280425	rs3791064	T	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TTTATGTATTTAGTTACGTTC;SOR=1.065;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=61;WE=44280433;WS=44280415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr1	44323736	rs2906465	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=718;ReadPosRankSum=-2.167;SC=AACAGGTTTTTGAAGTGAATA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=50;WE=44323744;WS=44323726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr1	44363710	rs61770289	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=600;ReadPosRankSum=1.122;SC=GATATGCCTGTCTGTTTCCTG;SOR=1.034;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=30;WE=44363718;WS=44363700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr1	44363900	rs114112844	T	C	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2886;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CTCTCCTCTGTCTGCAGACAA;SOR=0.500;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=367;TCF=171;TCR=196;TR=187;WE=44363908;WS=44363890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,201:0.53:381
chr1	44365457	rs783304	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr1	44365465	rs75600536	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr1	44386305	rs3120802	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=1060;SC=GTGGGTGGGGCAGTGCTTCTG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=44386313;WS=44386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	44386615	rs3120803	A	G	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=76;PP=2390;SC=GGGGCTGGGTATGGGGGCAAT;SOR=1.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=120;WE=44386623;WS=44386605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	44386642	rs3764833	G	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=671;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GTGGGGATGAGGGGGAGGTGC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=46;WE=44386650;WS=44386632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr1	44395786	rs2108202	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=922;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CAACTGATCACTTCATCTCTC;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=63;WE=44395794;WS=44395776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr1	44401225	rs113785268	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=420;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGCAGGCCGGTCCCCCACAAA;SOR=0.319;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=27;WE=44401233;WS=44401215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr1	44401384	rs2242637	A	G	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=100;PP=2965;SC=TGGCCTAGGCAGCAGGTGAGT;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=199;WE=44401392;WS=44401374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	44415415	rs2240447	C	T	5528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.778;SC=TGATGCCTGACGCTTGGCCAT;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=501;TCF=258;TCR=243;TR=250;WE=44415423;WS=44415405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,258:0.50:519
chr1	44426025	rs2301993	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=709;ReadPosRankSum=-2.028;SC=CTTGCCCTCCGCTCCCATAGT;SOR=1.292;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=52;WE=44426033;WS=44426015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr1	44426948	rs2906596	G	A	11253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GGTCCTGACCGGGGTCTCTGC;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=145;TCR=250;TR=394;WE=44426964;WS=44426938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,407:1.00:408
chr1	44430108	rs145121469	AG	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TTTTCTGTTCAGTTGAATAGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=44430116;WS=44430098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	44432500	rs4660759	C	G	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CCAGTGCCCTCCCCTGCCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=65;WE=44432508;WS=44432490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr1	44433361	rs115978839	C	A	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.620;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1127;ReadPosRankSum=0.865;SC=CTGAGGGGTGCCCCCATCCCA;SOR=0.983;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=87;WE=44433369;WS=44433351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,93:0.43:217
chr1	44442521	rs12410334	A	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GTATGAATGCAAAATGCTGGG;SOR=0.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=29;WE=44442529;WS=44442511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr1	44442930	rs2428954	A	G	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1904;ReadPosRankSum=0.388;SC=CTTGTCCCCAACCTAGCCTTA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=161;TCR=122;TR=115;WE=44442938;WS=44442920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,115:0.39:294
chr1	44443459	rs2428953	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=397;ReadPosRankSum=0.358;SC=ACTTCTCTCCGTCTGTCCCAC;SOR=0.868;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=23;WE=44443467;WS=44443449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr1	44443709	rs56842927	C	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=629;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CCGTGCCTCACTTTTATTTAT;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=44;WE=44443717;WS=44443699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr1	44451115	.	AG	GG	270	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9996,0.5000;HP=16;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=14;MQ=58.71;NF=17,10;NR=1,6;PP=232,270;QD=14.0555555556;SC=TGGGGGGGGGAGGGGGGGTGC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=18,16;WE=44451123;WS=44451105;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
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chr1	44457739	rs11376967	T	TC	1173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=1275;SC=ATTTCCCACCTCTGCGGGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=28;WE=44457747;WS=44457729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr1	44467038	rs116712387	C	T	4559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.600;SC=CCCAAGCCTCCGGTCCACGTC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=446;TCF=213;TCR=233;TR=202;WE=44467046;WS=44467028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,214:0.47:459
chr1	44467895	rs60779739	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=668;ReadPosRankSum=1.881;SC=GGGAAAGGAGGCCTCGTGGGC;SOR=1.220;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=115;TCF=86;TCR=29;TR=42;WE=44467903;WS=44467885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr1	44489786	rs113608254	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=354;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CTACCTGCCCAGGCCGGGGTC;SOR=1.585;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=26;WE=44489794;WS=44489776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	44594966	rs2485653	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=815;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGGGGATGAAGAGGAGGAACA;SOR=0.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=78;TCR=24;TR=50;WE=44594974;WS=44594956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr1	44595113	rs2429051	G	C	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.011;SC=GGCCTACCAAGCATTCAGCAC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=195;TCR=184;TR=191;WE=44595121;WS=44595103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,188:0.48:388
chr1	44595410	rs2485652	A	G	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2777;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ATGCCCCCCAATGGGCTGCCA;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=142;TCR=139;TR=157;WE=44595418;WS=44595400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,160:0.55:289
chr1	44595426	rs2429050	G	A	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=74;PP=2711;ReadPosRankSum=1.723;SC=TGCCAGTCTCGGCTTCCACTG;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=277;TCF=146;TCR=131;TR=153;WE=44595434;WS=44595416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,154:0.54:284
chr1	44595995	rs35084281	G	GC	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.093;NF=1;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AGCTAGACTGGCCCCCCGACT;SOR=0.582;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=22;WE=44596003;WS=44595985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	44679556	rs803369	A	G	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=92;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GAAAGCGTTGACTAGGGGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=355;TCF=158;TCR=197;TR=165;WE=44679564;WS=44679546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,170:0.47:360
chr1	44681113	rs1291169	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=1.280;SC=GGATCGTCCTTGACTTAGTCT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=44681121;WS=44681103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	44684995	rs2799480	T	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=1111;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GTTCTGAGAGTACCCAGTGCT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=63;WE=44685003;WS=44684985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr1	44749640	rs114597981	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CTTCTCTAAGCCCCCTGGGAG;SOR=1.532;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=18;WE=44749648;WS=44749630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr1	44788398	rs161721	A	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=21;PP=988;SC=ACTTCTTACCATCCCATATTG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=44788406;WS=44788388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	45110557	rs41269055	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1375;ReadPosRankSum=0.691;SC=ACCTGCACCACCCCCCGGGCC;SOR=0.554;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=164;TCF=115;TCR=49;TR=74;WE=45110565;WS=45110546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,80:0.47:172
chr1	45170012	rs12088087	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCTTGCGTCAACCACAGGGTG;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=45170020;WS=45170002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	45206495	rs3795712	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTTCCTTCAGGTTAACTCCAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=45206503;WS=45206485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	45223901	rs111920953	TATTAGCTG	T	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GCCAAAAACCTATTAGCTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=16;WE=45223916;WS=45223891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	45241113	rs11211031	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=546;ReadPosRankSum=0.228;SC=GAGACCCTCCTAGGCTCGTGG;SOR=0.157;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=31;WE=45241121;WS=45241103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr1	45241374	rs3806398	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=0.741;SC=CCCGACCCCCGGCCAGGGACA;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=31;WE=45241382;WS=45241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	45250007	rs59895800	C	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr1	45252015	rs41269079	T	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=0.270;SC=GACTCGCGGTTCCGCGTTCCT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=18;WE=45252023;WS=45252005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
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chr1	45271828	rs17885815	T	C	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=94;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CCACACTGCATACCAGCTTGT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=181;TCR=225;TR=171;WE=45271836;WS=45271818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,181:0.43:425
chr1	45278094	rs4073112	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-1.220;SC=GAAGTCAAGCTGGGTCAGGCA;SOR=0.420;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=33;WE=45278102;WS=45278084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	45292866	rs2295996	G	A	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=2010;ReadPosRankSum=0.184;SC=GCTCCTGGGCGTCTCCAGTCT;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=133;WE=45292874;WS=45292856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,140:0.58:241
chr1	45293518	rs7525308	A	G	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=1926;ReadPosRankSum=0.186;SC=GTCTTACCTTAGCATGTGACT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=156;TCR=109;TR=126;WE=45293526;WS=45293508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,132:0.48:274
chr1	45294156	rs2273940	T	C	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1148;ReadPosRankSum=0.077;SC=CACCCTGAGCTGCCCCGTGTG;SOR=0.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=87;WE=45294164;WS=45294146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr1	45307506	rs3795720	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=49;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TATGGCCAGTGTCCACAACTT;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=112;WE=45307514;WS=45307496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,117:0.55:214
chr1	45308409	rs6696675	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.770;SC=TTGCGGTGCTGGCTCTCACTT;SOR=0.926;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=99;TCR=66;TR=90;WE=45308417;WS=45308399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,94:0.54:175
chr1	45316741	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.138;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.308;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr1	45340282	rs9988451	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=808;ReadPosRankSum=0.985;SC=TAAAATTAACCTTCCTTCAGA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=41;WE=45340290;WS=45340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr1	45345446	rs3738248	T	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=197;ReadPosRankSum=-1.752;SC=GCTCAGTCTGTTTCTAGGACA;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=12;WE=45345454;WS=45345442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	45362992	rs263978	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=525;ReadPosRankSum=0.728;SC=GCTTGTTAAGTACTGTAGGTT;SOR=1.048;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=36;WE=45363000;WS=45362982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr1	45469155	rs11548990	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=793;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CCACAGCCGGCGGCACGCCTC;SOR=1.465;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=45;WE=45469163;WS=45469145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr1	45469586	rs41312020	G	A	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=2037;ReadPosRankSum=1.568;SC=CCGTGACAAAGCGCAGGAAGC;SOR=0.547;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=252;TCF=115;TCR=137;TR=131;WE=45469594;WS=45469576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,135:0.52:259
chr1	45470130	rs7528534	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TGTGGCCTTTTAGCAGCAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=15;WE=45470138;WS=45470120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	45472798	rs147908761	TTGTGTGTG	T,TTG	1447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=8,8;NR=15,15;PP=507,701;SC=CCTCGAGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23,23;WE=45472815;WS=45472788;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.61,0.39:38
chr1	45474157	rs2298006	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=801;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AGACACACAAGGCTCAATGTT;SOR=0.723;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=42;WE=45474165;WS=45474147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr1	45475566	rs6429552	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=914;SC=ACCCTGTTTTAGTCCTGGCCT;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=45475574;WS=45475556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	45475615	rs372411923	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=972;ReadPosRankSum=0.634;SC=CTTGAGGGGTGTGACTATATC;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=89;TCR=32;TR=62;WE=45475623;WS=45475605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr1	45479499	rs2234480	G	C	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=75;PP=2334;ReadPosRankSum=1.690;SC=GGGGCGCGGGGAGATCACTCT;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=318;TCF=168;TCR=150;TR=151;WE=45479507;WS=45479489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,151:0.47:323
chr1	45479709	rs2228084	A	G	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1667;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CTCTGGTCCCATATCTGGTAG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=110;WE=45479717;WS=45479699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,119:0.49:242
chr1	45479874	rs6698485	G	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=1329;SC=GTGATCTAGCGGAGCAGCCAA;SOR=2.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=45479882;WS=45479864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	45485710	rs3831961	TG	T	2858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.456;NF=34;NR=40;PP=2274;ReadPosRankSum=1.934;SC=TCCTTTCCCCTGGGGGTAGAG;SOR=0.526;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=74;WE=45485718;WS=45485700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,110:0.49:225
chr1	45504720	rs7551698	G	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=931;ReadPosRankSum=-2.018;SC=GGTTTGTGATGGTTGTGGTTC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=70;WE=45504728;WS=45504710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr1	45504806	rs72684426	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=822;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCTGTCCCTGCCTGGGTCTTC;SOR=1.033;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=54;WE=45504814;WS=45504796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr1	45524213	rs3738246	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=1.485;SC=ATGGCAAGGGCTCATAAACAC;SOR=0.463;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=21;WE=45524221;WS=45524203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	45554025	rs346703	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	45671966	rs4454584	A	G	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=76;PP=1971;ReadPosRankSum=0.388;SC=ACTGCCGCTTAGCCGGAGAGA;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=256;TCF=110;TCR=146;TR=126;WE=45671974;WS=45671956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,130:0.49:263
chr1	45796269	rs3219493	G	C	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=80;PP=2639;SC=GGCACTTTTTGCAAAAGAGAT;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=45796277;WS=45796259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	45798555	rs3219487	T	C	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=215;PP=2965;SC=GTCCCTCTATTGTTCCTATTT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=416;TCF=201;TCR=215;TR=414;WE=45798563;WS=45798545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr1	45805566	rs3219468	G	C	10879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr1	45961955	rs937290	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=1006;SC=TCATGGGCTCAGGTGGAACCA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=45961963;WS=45961945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	45965307	rs12568144	G	A	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGCGGCAGGGGTCTGGCTCCC;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=73;TCR=175;TR=247;WE=45965315;WS=45965297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr1	45965340	rs7546268	T	C	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=106;PP=2965;SC=CTTGCTCTCCTAGCGGGGGAT;SOR=2.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=25;TCR=106;TR=131;WE=45965348;WS=45965330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	45973928	rs2275276	G	A	14558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=284;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=1.570;SC=ACTACGAGGTGCACCCCAACC;SOR=0.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=519;TCF=284;TCR=235;TR=518;WE=45973936;WS=45973918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,543:1.00:544
chr1	45981512	rs2356559	T	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=111;PP=2965;SC=GGTTAGCATTTGACACAGACT;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=202;WE=45981520;WS=45981502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	46027355	rs512083	T	C	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=43;PP=2589;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACT;SOR=1.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=135;WE=46027363;WS=46027345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	46050004	rs57257530	TTCGG	T	2561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=40;PP=2265;SC=GCTGTCGCTGTTCGGGAAGGC;SOR=2.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=46050015;WS=46049994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	46057144	rs2991981	A	G	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=23;SC=TCCCACTTCAACCTCCTGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=46057152;WS=46057134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	46065998	rs3014211	T	C	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=86;PP=2965;SC=AGATAATGAGTATTTTCATCA;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=136;TCR=86;TR=222;WE=46066006;WS=46065988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	46073489	rs2230657	G	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=54;PP=2141;SC=CTTTAGACCCGACAGTCAAGC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=46073497;WS=46073479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	46078630	rs2050376	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=174;SC=TGAAGGTCTGACCCATAGACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=46078638;WS=46078620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	46078854	rs2230658	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=1111;SC=CTGAAGGCTCAGAAGAGGATG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=46078862;WS=46078844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	46078884	rs2230659	C	T	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=29;PP=1212;SC=ATGATAAGACCGAAGAAATGC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=46078892;WS=46078874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	46080530	rs2991985	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=419;SC=TTAAAAGTCATTTTGACTTTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=46080538;WS=46080520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	46080947	rs1972410	A	C	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=110;PP=2965;SC=TTCTTTTTTGAGCCATTACTA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=128;TCR=111;TR=238;WE=46080955;WS=46080937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	46081940	rs2356581	T	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=20;PP=1714;SC=GGTGATGGGTTCCTGTTACAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=46081948;WS=46081930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	46081960	rs2253862	C	T	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=39;PP=2226;SC=AGGCTGTGGGCGGCCTGGGTT;SOR=1.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=114;WE=46081968;WS=46081950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	46082431	rs2991988	C	A	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=101;PP=2896;SC=CATTTTTAATCCCTTTCCTAT;SOR=1.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=152;WE=46082439;WS=46082421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	46085852	rs2275085	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=644;SC=TGCTTCTAGACCCAATGTCAG;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=46085860;WS=46085844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	46085879	rs2275086	C	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=15;PP=1296;SC=GAGTAGTAAACCTGTAGGTCT;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=58;WE=46085887;WS=46085869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	46086077	rs3014246	C	T	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=91;PP=2965;SC=GGTGAGGAAGCTGGCTTCCAG;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=156;WE=46086085;WS=46086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	46086913	rs3014245	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=624;SC=TAAGCCTCAACTGTGGCAGAG;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=46086921;WS=46086903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	46087577	rs3014242	G	A	11701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=225;PP=2965;SC=TGGTGGCAGCGGTGGTGCCAC;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=185;TCR=225;TR=410;WE=46087585;WS=46087567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr1	46087879	rs3014241	A	G	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=87;PP=2965;SC=GGGAGAGATAAGTGGGATGGG;SOR=1.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=153;TCR=87;TR=240;WE=46087887;WS=46087869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	46089225	rs3014240	C	G	8022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=108;PP=2965;SC=GTAGGTAGCTCTACCTCCTCT;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=159;TCR=109;TR=266;WE=46089233;WS=46089215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	46347875	rs56242896	A	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=47.38;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	46347878	rs201525530	AT	A	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=41.57;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	46347910	rs6665193	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=15;PP=1327;SC=AGAAAAAGTTGTTATTTAGAA;SOR=2.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=63;WE=46347918;WS=46347900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	46379518	rs4256763	A	G	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.483;SC=AAACGGAGGCAAGAGAGACTG;SOR=0.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=89;TCR=127;TR=215;WE=46379526;WS=46379508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr1	46424964	rs4460582	G	A	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=25;PP=2106;SC=GCGGCCCGTGGAATGGTGTCC;SOR=2.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=100;WE=46424972;WS=46424954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	46466721	rs11589562	T	C	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr1	46476587	rs11211247	T	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=61;PP=2209;SC=AACTTCAAGATAATTTGGAGA;SOR=1.104;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=46476595;WS=46476577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	46485548	rs946529	G	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=341;SC=CAAATGTATGGTCCTGAGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	46485562	rs946528	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=246;SC=TGAGGGGATGCGGCAGGGAGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	46487552	rs2275426	G	A	7560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.20;ReadPosRankSum=0.961;SOR=1.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr1	46487560	rs946524	A	G	8264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.12;ReadPosRankSum=0.446;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr1	46491635	rs785478	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=1010;SC=AGTTCTCTAGCCCCCCGACCA;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=46491643;WS=46491625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	46493460	rs1707336	T	G	6695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=TGTCCAAAATTGGCCTCATGA;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=130;TCR=94;TR=223;WE=46493468;WS=46493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	46495434	rs2236560	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=555;SC=CTGGCTTCTTGCTAGATTTGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=46495442;WS=46495424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	46496709	rs925524	A	G	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=65;PP=2509;SC=TGTCTGAGTCATCCCACACAG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=148;WE=46496717;WS=46496699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	46498375	rs1622208	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=70;PP=2277;SC=CGGAGGTGGTAGAGCTGATCC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=46498383;WS=46498365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	46500993	rs1052610	A	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CCGTCCAGAGACCCTAGGAGC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=77;WE=46501001;WS=46500983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,83:0.44:188
chr1	46511487	rs2297883	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=938;SC=ATGGGTCCTCGTTACTGTACA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=46511495;WS=46511477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	46521517	rs785468	G	A	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=87;PP=2965;SC=CAGGTTTGATGCTATTCATTT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=94;TCR=87;TR=181;WE=46521525;WS=46521507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	46521559	rs785467	A	T	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=90;PP=2965;SC=CCAAAGCTTGATTCTTCAAAT;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=188;WE=46521567;WS=46521549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	46546208	rs1768803	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=3;PP=1189;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=47;WE=46546216;WS=46546198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	46598269	rs1707304	C	A	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	46598273	rs1707303	A	C	7122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	46641741	rs11211261	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=506;SC=TAGAGATGGGATTTCACCGTG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=46641749;WS=46641738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	46641837	rs12752892	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.436;SC=ATGAGCCACCGCACCCAGCCT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=61;WE=46641845;WS=46641827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,59:0.53:112
chr1	46655158	rs6659553	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=63;PP=2597;SC=ACCCCCACCATCAGGAAGTGG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=46655166;WS=46655148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	46810530	rs3737744	A	G	7107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=2.363;SC=TTTTGACATGACTTACAGTGT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=137;TCR=106;TR=242;WE=46810538;WS=46810520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr1	46827214	rs324414	A	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=485;SC=GCTCACTAGTAACTGCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=46827222;WS=46827204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	46871986	rs324419	T	C	10240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=161;PP=2965;SC=CCCTGCTGTGTGAGGACATGT;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=210;TCR=161;TR=371;WE=46871994;WS=46871976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
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chr1	46976837	rs1886116	C	T	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=2120;ReadPosRankSum=-1.284;SC=AGTCAGCCCCCGAGGATCAGC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=149;TCR=161;TR=146;WE=46976845;WS=46976827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,155:0.48:326
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chr1	47013180	rs10890404	A	G	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=182;PP=2965;SC=GCGTCCGGCGACACCTTGCTC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=174;TCR=182;TR=356;WE=47013188;WS=47013170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	47013364	rs1258041	T	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=60;PP=1742;SC=GCAGGCAGGATGGGAGGGCAG;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=98;WE=47013372;WS=47013354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	47014821	.	A	AAAAAG	2912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.02;QD=42.21;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr1	47046465	rs60914701	AC	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CCACCTGAGGACCCAGTTTCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=47046473;WS=47046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr1	47060078	rs7556307	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.841;SC=TATACACGCAGCAATCACAGG;SOR=0.093;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=8;WE=47060086;WS=47060068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	47075932	rs3818323	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=419;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AAGCTCTGCTCAACTTTTCCC;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=31;WE=47075940;WS=47075922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	47078637	rs4660947	T	C	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=102;ReadPosRankSum=1.268;SC=CCATGAGCAATGCCATATAGC;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=223;TR=215;WE=47078645;WS=47078627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,226:0.51:442
chr1	47080665	rs11211328	C	T	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TCATCTCATCCATCCCGACTC;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=266;TCF=126;TCR=140;TR=132;WE=47080687;WS=47080655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,148:0.51:289
chr1	47080679	rs6671527	G	A	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.703;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=1.046;SC=CCGACTCTTCGACTTCTCACC;SOR=1.027;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=246;TCF=112;TCR=134;TR=120;WE=47080687;WS=47080655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,136:0.51:268
chr1	47080741	rs12029680	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=856;ReadPosRankSum=1.131;SC=GAGATTTCTGCGCTTCATTTG;SOR=1.149;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=55;WE=47080749;WS=47080731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	47099346	rs723333	C	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=422;ReadPosRankSum=-0.024;SC=ACACATTTATCCATGGACACA;SOR=0.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=31;WE=47099354;WS=47099336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr1	47108828	rs736188	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=511;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TTCAGTGCCATGAGGTAAATC;SOR=1.028;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=35;WE=47108836;WS=47108818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr1	47109089	rs1745377	A	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=843;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TTGGGTGGCTAGTGAGTTGGA;SOR=0.381;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=43;WE=47109097;WS=47109079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr1	47110668	rs1258054	G	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	47110712	rs1258053	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	47110766	rs3215990	G	GC	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=513;ReadPosRankSum=0.048;SC=TTGAGCCTCAGCAAGGGTTTC;SOR=1.702;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=14;WE=47110774;WS=47110756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	47118067	rs620913	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TACAATCAACGTGTGAGCATC;SOR=0.507;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=12;WE=47118075;WS=47118057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	47118189	rs620431	G	T	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=60;PP=1943;ReadPosRankSum=0.039;SC=ATGACGTGATGGGCTGGAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=188;TCR=131;TR=144;WE=47118197;WS=47118179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,150:0.44:343
chr1	47119348	rs604264	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGCTCAGGGCATAATAAAAA;SOR=0.471;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=30;WE=47119356;WS=47119338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	47123898	rs199652843	TAAA	T	169.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.97;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	47124204	rs34308534	C	CA	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=492;ReadPosRankSum=0.943;SC=GTCAAGGACACAAAGTTCATA;SOR=1.179;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=15;WE=47124212;WS=47124194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	47124479	rs611468	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGCTAGGTGAAGTACCCAATC;SOR=1.781;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=21;WE=47124487;WS=47124469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	47124554	rs611919	T	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TGTTCTAAAATTTTAACACTA;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=47124562;WS=47124544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr1	47131248	rs596794	G	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1134;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TCCTCAAGGGGCCTGTGTAAC;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=79;WE=47131256;WS=47131238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,83:0.52:161
chr1	47131319	rs597221	A	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1210;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGGTACTTACATTCAGGGTAC;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=79;WE=47131327;WS=47131309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr1	47133811	rs11211337	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=-1.573;SC=ACCCCGCTGCTGTCGGCGCCC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=24;WE=47133819;WS=47133801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr1	47137313	rs57495753	T	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=335;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CCATAAGGGGTAGGTACAGAC;SOR=0.487;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=19;WE=47137321;WS=47137303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	47138444	rs616249	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=630;SC=GTGGATGGAGCGATTGATGCA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=47138452;WS=47138434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	47138819	rs614486	T	G	6681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TTCTGTGGGATTTGGACATCC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=639;TCF=311;TCR=328;TR=301;WE=47138827;WS=47138809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,315:0.48:651
chr1	47144083	rs9094	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=390;ReadPosRankSum=-1.802;SC=TGTTTTGTTGTTAGGTAAATA;SOR=1.296;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=22;WE=47144091;WS=47144073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr1	47150039	rs2241864	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=2.823;SC=AGCTTCATCTCGGTGCGTTCA;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=47150047;WS=47150030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	47152630	rs3766223	C	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TAAACAAATTCGTCAAACTTA;SOR=0.160;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=13;WE=47152638;WS=47152620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	47155462	rs2241862	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CCCCCAGAATGCATCCACAGA;SOR=0.277;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=12;WE=47155470;WS=47155452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	47276728	rs2297812	G	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1477;ReadPosRankSum=0.808;SC=TAAGTCTGCGGAGCTGAGGTT;SOR=0.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=91;WE=47276736;WS=47276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,101:0.47:213
chr1	47279789	rs2297811	C	T	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=51;PP=2042;ReadPosRankSum=-1.455;SC=CTCCTCCTGGCCCCTCTATGC;SOR=0.854;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=124;WE=47279797;WS=47279779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,124:0.52:238
chr1	47280746	rs3215983	GAT	G	3566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.991;NF=22;NR=38;PP=2361;ReadPosRankSum=-1.513;SC=CCTAACCCAGGATGAAGATGA;SOR=0.783;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=143;TCF=43;TCR=100;TR=60;WE=47280755;WS=47280736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,96:0.43:221
chr1	47280859	rs2297810	G	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=1034;ReadPosRankSum=1.073;SC=TCTACTGCATGGCCCTGTACC;SOR=0.825;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=64;WE=47280867;WS=47280849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr1	47280884	rs4646491	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=962;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GCACCAGCATCGTTGTAGAGA;SOR=1.014;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=55;WE=47280892;WS=47280874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr1	47282772	rs2297809	C	T	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=87;PP=2000;ReadPosRankSum=1.983;SC=GGAGAGCTTCCGCCTCTACCC;SOR=0.995;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=350;TCF=160;TCR=190;TR=150;WE=47282780;WS=47282762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,159:0.44:363
chr1	47282888	rs35333582	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=370;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GAAAAGGAGTCCCTGCATGCT;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=26;WE=47282896;WS=47282878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr1	47283505	rs4646495	G	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=353;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGTCATGAACGCTCTGTCACT;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=19;WE=47283513;WS=47283495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	47351052	.	A	T	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=55.33;NF=5;NR=0;PP=39;QD=14.7542425094;SC=CTGAGGGAACACAGAGTCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=5;WE=47351060;WS=47351042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr1	47395973	rs1126743	G	A	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=71;PP=1604;ReadPosRankSum=0.666;SC=ATTGTTTCCCGATGCAGTTCC;SOR=1.024;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=76;TCR=146;TR=104;WE=47395981;WS=47395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr1	47398496	rs1126742	A	G	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.222;NF=57;NR=63;PP=2241;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TGCAAAACGGAAAGGGTCAAA;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=277;TCF=137;TCR=140;TR=120;WE=47398504;WS=47398486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,118:0.42:281
chr1	47398743	rs3890011	G	C	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.264;NF=53;NR=59;PP=1729;ReadPosRankSum=0.086;SC=TGGAAACAGAGAGAAGACCAA;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=112;WE=47398751;WS=47398733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,118:0.44:268
chr1	47398913	rs3890010	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=2.023;SC=GAATAGACAACCATTTATGCA;SOR=0.118;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=18;WE=47398921;WS=47398903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	47399810	rs9333013	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQRankSum=0.841;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr1	47399967	rs28451040	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQRankSum=0.589;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr1	47400059	rs71500102	A	G	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.64;QD=31.51;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr1	47496983	rs12041262	C	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=782;ReadPosRankSum=0.437;SC=AGGAAGTAAGCCCTGGGCTCT;SOR=0.812;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=45;WE=47496991;WS=47496973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr1	47515563	rs11448645	G	GA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=0.608;SC=GCATTTGGTGGAAAAATATCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=47515571;WS=47515553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	47515596	rs1393659	A	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=317;ReadPosRankSum=0.395;SC=CTTCAGACTTATTGTACTAGT;SOR=1.420;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=18;WE=47515604;WS=47515586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	47550246	rs201981953	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-2.325;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.356;SOR=1.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,11:0.15:75
chr1	47571902	rs4926802	C	T	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-10.740;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,94:0.44:215
chr1	47571905	rs28463559	C	T	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQRankSum=-10.577;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,94:0.45:211
chr1	47571943	rs149137568	CTTT	C	1690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=6.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-3.249;QD=19.89;ReadPosRankSum=3.011;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr1	47571996	rs4926804	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.544;NF=9;NR=36;PP=874;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TGTCTTAACATACTCATGTCT;SOR=0.264;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=96;TCF=14;TCR=82;TR=45;WE=47572004;WS=47571986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr1	47572046	rs4926805	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.601;NF=0;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=1.735;SC=GAACCTAGGGCCATTCTTATT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=17;WE=47572054;WS=47572036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	47581122	rs7547893	A	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.258;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	47582195	rs10890464	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.354;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.636;NF=11;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=1.803;SC=TCCAGACATTGTAAGTTCCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=11;WE=47582203;WS=47582185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	47582242	rs145561171	ATTTCGT	A	816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.829;NF=13;NR=4;PP=745;ReadPosRankSum=0.536;SC=ATATCTATGGATTTCGTTTTT;SOR=1.062;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=17;WE=47582255;WS=47582232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr1	47582292	rs10890465	T	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.331;NF=27;NR=11;PP=666;ReadPosRankSum=-1.286;SC=GCTGGAGGGATTAGGACTGGG;SOR=0.720;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=38;WE=47582300;WS=47582282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr1	47583415	rs6664496	G	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=0.615;SC=TAGATGCCATGTTTTCTTTCT;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=24;WE=47583423;WS=47583405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr1	47607281	rs12564525	C	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.891;NF=46;NR=76;PP=1901;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CCTGGCTCCACGGATTGGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=96;TCR=154;TR=122;WE=47607289;WS=47607271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,128:0.48:264
chr1	47607641	rs11211465	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=7;PP=960;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCTTTTCCTGCATTTGCCCAT;SOR=1.639;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=140;TCF=114;TCR=26;TR=57;WE=47607649;WS=47607631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,58:0.40:144
chr1	47607762	rs2056901	T	C	4913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CACATACACATATTCGTGTCT;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=204;TCR=211;TR=214;WE=47607770;WS=47607752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,224:0.51:438
chr1	47607785	rs2056900	G	A	4421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.331;NF=96;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CTTAGGGTACGGCTTGCTCCT;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=396;TCF=188;TCR=208;TR=197;WE=47607793;WS=47607775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,204:0.49:417
chr1	47607851	rs2056899	A	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.117;NF=45;NR=70;PP=1628;ReadPosRankSum=1.303;SC=AGCCTTCCACAATGACATCCT;SOR=0.857;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=252;TCF=103;TCR=149;TR=115;WE=47607859;WS=47607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,119:0.46:261
chr1	47608983	rs113777592	G	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQRankSum=-2.609;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr1	47609407	rs10890469	C	T	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.187;NF=82;NR=31;PP=1731;ReadPosRankSum=0.148;SC=ACCCCTACTGCGGTCTCTTCT;SOR=1.276;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=269;TCF=178;TCR=91;TR=113;WE=47609415;WS=47609397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,110:0.41:269
chr1	47609489	rs10789501	T	C	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=89;PP=2367;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GGTTTTTTGCTGTATGAGGAA;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=428;TCF=232;TCR=196;TR=190;WE=47609497;WS=47609479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,195:0.44:443
chr1	47609668	rs911909	T	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.961;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=62;PP=1554;ReadPosRankSum=1.181;SC=GCAGAGAAGGTCCCTAGTAAT;SOR=0.896;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=238;TCF=93;TCR=145;TR=95;WE=47609676;WS=47609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,99:0.39:251
chr1	47610436	rs147000658	G	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.592;NF=29;NR=38;PP=1068;ReadPosRankSum=0.708;SC=CAAAAGATGGGGTTCCCTGCC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=67;WE=47610444;WS=47610426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,59:0.38:154
chr1	47611598	rs2405599	T	C	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.159;NF=51;ReadPosRankSum=0.523;SC=TGGCCCAACCTAGAGGTATGT;SOR=0.833;Source=Platypus;TCF=111;WE=47611606;WS=47611588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,108:0.51:212
chr1	47614185	rs760440	G	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.442;NF=17;NR=3;PP=380;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGAATGTCCAGCTCAGGGCTG;SOR=0.088;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=20;WE=47614193;WS=47614180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	47614382	rs2758714	G	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.623;NF=53;NR=54;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CCATCCCCATGGCACGACTTG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=147;TCR=154;TR=107;WE=47614390;WS=47614372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,96:0.32:297
chr1	47652870	rs10549554	CCTTGAG	CAG,C	2913.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=2159;ReadPosRankSum=1.657;SC=GTTTCCCTTCCCTTGAGCCTC;SOR=3.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=47652887;WS=47652860;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:68
chr1	47652875	rs10549555	AGC	A	3012.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=7.597;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.66;ReadPosRankSum=1.483;SOR=3.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr1	47652877	.	CCT	ACA	2212	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=36;NR=6;PP=2212;QD=53.9397113062;SC=TTCCCTTGAGCCTCAGGGGGA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=42;WE=47652887;WS=47652860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,42:0.66:64
chr1	47652879	rs60327556	T	A	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.97;ReadPosRankSum=0.963;SOR=3.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr1	47655816	rs2248907	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=601;SC=GAGCTGCCAGACCTGGCCTCC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=47655824;WS=47655806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	47685455	rs927462	T	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=90;PP=2965;SC=GGGCCGTGTGTTTGGGCGCGG;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=163;WE=47685463;WS=47685445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	47689842	rs34087210	C	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=761;SC=CTTAGGGATCCTCCCCACATG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=47689850;WS=47689832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	47691568	rs145295250	GCAGA	G	7477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.21;NF=13;NR=88;PP=2980;SC=CATCCTGTGGGCAGACAGACA;SOR=1.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=16;TCR=104;TR=101;WE=47691579;WS=47691558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	47717189	rs2758735	A	G	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=1806;ReadPosRankSum=0.509;SC=CAAGCTGTTCAGGTATGGACC;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=336;TCF=172;TCR=164;TR=143;WE=47717197;WS=47717179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,148:0.42:350
chr1	47726087	rs13376679	T	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TCTTGAATGATGTGTTTTTTT;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=94;WE=47726095;WS=47726077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,96:0.54:178
chr1	47735280	rs2742104	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=320;ReadPosRankSum=0.091;SC=GAAAGTAGGATGAAAGACTAA;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=21;WE=47735288;WS=47735270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	47753405	rs12125261	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.520;SC=TAGATGAAAAGTAGCTCTGAA;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=9;WE=47753413;WS=47753395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	47767141	rs6689687	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=0.263;SC=TATTGTAAATCATTCTCAAAT;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=47767149;WS=47767131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	47767914	rs3125630	G	A	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=42;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ACCTTCGTCTGCTGTCAGAGA;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=136;TCR=87;TR=110;WE=47767922;WS=47767904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr1	47770786	rs6692734	T	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTTGTAATTTTCAAAGAGTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=47770794;WS=47770776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	47770806	rs12129594	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	47799639	rs7543016	G	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=625;ReadPosRankSum=0.870;SC=CTGCCGCAGCGGGCTGCTCCA;SOR=1.193;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=43;WE=47799647;WS=47799629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr1	47841038	rs3214951	G	GA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.133;SC=GGGTAAGCAGGAAAAAAAGAA;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=47841046;WS=47841028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	47841109	rs2253511	T	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=129;SC=TGGCTCATGCTTGTAATCCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=47841117;WS=47841099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	47842431	rs3125648	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=11;PP=679;SC=TAAACCTGAAGGCATCCTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=47842439;WS=47842421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	47882497	rs34082359	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=3.266;SC=TCAAGCGCGCCGAGCTGCCCG;SOR=0.457;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=50;WE=47882505;WS=47882487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr1	47883019	rs6666370	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	47883024	rs2820969	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	4714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=2230;SC=CGGCCCCGCATCCGCACCCGC;SOR=0.888;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=39;WE=47904676;WS=47904658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	47904909	rs2405913	G	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=37;PP=1629;SC=AGCCTTCTACGCGGCGTCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=47904917;WS=47904899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	48695081	rs212989	G	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=0.081;SC=GAGGATCCAGGTGTACATGTC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=76;WE=48695089;WS=48695071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr1	48697733	rs212991	T	G	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=136;PP=2965;SC=CTTTCCACATTCTTCGGGACC;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=116;TCR=137;TR=251;WE=48697741;WS=48697723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	48697928	rs1004833	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=0.012;SC=CATTCTGGGATTGTGACTGGA;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=48697936;WS=48697920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	48701567	rs6694372	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1632;ReadPosRankSum=-2.714;SC=CCGGCCCCTCCTTCCCTCCTT;SOR=0.450;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=173;TCF=51;TCR=122;TR=97;WE=48701575;WS=48701557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,100:0.57:176
chr1	48707838	rs705430	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=45;PP=1231;SC=GTCCAGCCTCATTTGCCTCAG;SOR=3.690;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=52;WE=48707846;WS=48707828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	48708228	rs850763	G	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=920;ReadPosRankSum=1.202;SC=GCCAGCCGGGGAGTGCCCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=60;WE=48708236;WS=48708218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr1	48764668	rs17104343	C	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=1.259;SC=CTATTTAATTCTCTGCTGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=48764676;WS=48764658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	48902977	rs2261674	G	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=62;PP=1828;SC=GTACAAATACGAGAATTATAC;SOR=4.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=72;WE=48902985;WS=48902967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	49052933	rs2803277	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=732;SC=TCAGCTTCACTGTCTGAAGAG;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=49052941;WS=49052923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	49056695	rs7543402	T	C	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=65;PP=1624;SC=AAGTCTGGGCTGTAGAGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=102;WE=49056703;WS=49056685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	49100332	rs319983	C	T	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=45;PP=1398;SC=AGCTTCTCACCTGTCAAAATA;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=49100340;WS=49100322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	49113319	rs319953	T	C	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=83;PP=2728;SC=TTCATATTGTTGTACGGAGAT;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=179;WE=49113327;WS=49113309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	49128720	rs320007	C	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=26;PP=1393;SC=CATTAAATTTCCATTTAAGAT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=49128728;WS=49128710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	49193394	rs1385152	G	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=546;SC=GCCATCTGTCGTCTTTGGAGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=49193402;WS=49193384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	49224584	rs1128934	G	T	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=46;PP=2515;SC=CTGCCAAGCCGCAGGAGCAGC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=49224592;WS=49224574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	49332724	rs6703833	A	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GGGGAGGAGAAGAATCATTCA;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=89;WE=49332732;WS=49332714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,91:0.49:184
chr1	49332969	rs61785986	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTAGCAGGTCAGGGCGGACAA;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=16;WE=49332977;WS=49332959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	49511424	rs3934240	A	G	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1169;ReadPosRankSum=3.195;SC=AGTTCTTCCTATGGTCCGGGC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=80;WE=49511432;WS=49511414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,86:0.46:185
chr1	49711281	rs7528510	C	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=112;SC=TAAGTCTGATCCCCAGCTGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=49711289;WS=49711271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	50331725	rs10788920	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1426;SC=GGAGACAAGATTAGAGAAAGA;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=50331733;WS=50331715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	50572096	rs12138061	C	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CTGGCAGCCCCACAGTGCTGG;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=93;WE=50572104;WS=50572086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr1	50575675	rs148666401	CTG	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr1	50661411	rs2480683	C	T	8403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=164;PP=2965;SC=ACCAGTCCCCCAACCGGCGCT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=144;TCR=164;TR=308;WE=50661419;WS=50661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	50666515	rs2494876	C	T	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=49;PP=2965;SC=TTCTGCTTGTCCCCCCAGGTT;SOR=1.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=119;TCR=49;TR=168;WE=50666523;WS=50666505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	50884773	.	CCGG	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr1	50884778	rs2746610	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr1	50885460	.	AC	A	2957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.096;NF=1;NR=50;PP=1962;ReadPosRankSum=-1.790;SC=GACAGCAGTCACAGCACCTCG;SOR=0.913;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=94;TCF=4;TCR=90;TR=51;WE=50885468;WS=50885450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr1	50956163	rs143167159	AAAGG	A	2851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.53;SOR=4.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	50956212	rs149582773	C	CAAATACAGTGG	8310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=26;PP=2900;SC=GCTTCAGTATCAAATACAACC;SOR=2.288;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=73;WE=50956220;WS=50956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	50957509	rs1149790	A	T	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=73;PP=1937;SC=TTTGACATATAACTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=94;WE=50957517;WS=50957499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	51078089	rs17387761	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=2.038;SC=GAGAGCTACTGTATTAATCAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=41;WE=51078097;WS=51078079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr1	51180660	rs17384533	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	51425293	rs144699454	CCA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,11:0.13:86
chr1	51439456	rs3176471	A	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=0.957;SC=TTCCGCAAGAACTCCATCAAA;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=51439464;WS=51439446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	51753904	rs17392930	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=985;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGGCTGCCTGGATTCGAAAGT;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=71;WE=51753912;WS=51753894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr1	51767912	rs375305601	GC	G	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=24.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.543;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chr1	51831744	.	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.122;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,12:0.16:73
chr1	51873951	rs1065754	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.762;SC=ATTCTTCTTCGTAAGTGGAGA;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=51;TCR=108;TR=77;WE=51873959;WS=51873941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr1	51931124	rs17397993	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-0.502;SC=ACAGGACACTATTTTACATTT;SOR=0.299;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=51931132;WS=51931114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	52215419	rs79304353	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TGTGCATGTAGTGCCAGCTAC;SOR=1.276;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=17;WE=52215427;WS=52215409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	52264064	rs1770791	A	G	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,103:0.58:177
chr1	52266242	rs8375	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CCAAAGTCTCGGGCTTGATGA;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=88;WE=52266250;WS=52266232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,93:0.47:197
chr1	52279650	rs2982846	T	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=51;PP=2039;SC=GAACAATGTCTACACCAGCTT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=117;WE=52279658;WS=52279640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	52289220	rs67976949	TGTATTAAGGTCAA	T	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=2738;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TCCTTTACTTTGTATTAAGGT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=52289240;WS=52289210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	52290984	rs11205896	T	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=-2.082;SC=CCATAGGATGTCCAGGTCTAG;SOR=0.840;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=19;WE=52290992;WS=52290974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	52293570	rs2077725	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1281;ReadPosRankSum=0.155;SC=TGGCATTTCCGTTTTTGTTCA;SOR=0.432;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=52;TCR=106;TR=84;WE=52293578;WS=52293560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,86:0.53:161
chr1	52293638	rs706495	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=788;SC=TGGAGATTTAGTTCACAATCC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=52293646;WS=52293628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	52306063	rs35723519	ATCT	A	1421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.382;NF=7;NR=20;PP=937;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CTTCATCATCATCTTCTTCTT;SOR=0.177;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=27;WE=52306073;WS=52306053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr1	52344414	rs736756	A	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCCTCCCCCAACCCAGTCTCC;SOR=0.199;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=15;WE=52344422;WS=52344404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	52402856	rs10888741	T	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=270;SC=CTGAGGCCAGTAACCATGTCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=52402864;WS=52402846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	52402956	rs10888742	G	A	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=49;PP=2810;SC=AATGAATATGGGTCTCATACC;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=148;WE=52402964;WS=52402946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	52489322	rs2783178	G	A	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=100;PP=2965;SC=CTGGTACATCGGGCCCTCTGG;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=66;TCR=100;TR=166;WE=52489330;WS=52489312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	52490418	rs4926906	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=849;SC=TGTCCTACCCCTTGTTAAGTC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=52490426;WS=52490408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	52517412	rs7529324	A	G	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=87;PP=2965;SC=TTCTTAATGAAAACAGTAGAG;SOR=1.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=139;TCR=87;TR=226;WE=52517420;WS=52517402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	52729432	rs3833531	C	G	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=15.774;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.54;ReadPosRankSum=2.213;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,145:0.97:149
chr1	52820226	rs2820334	G	A	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=133;PP=2965;SC=CATTCAGTGCGTATTGGCTCT;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=286;WE=52820234;WS=52820216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	52828539	rs113048903	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=513;ReadPosRankSum=0.717;SC=GAGGCCCAATGTGCAGAAAGA;SOR=2.139;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=25;WE=52828547;WS=52828529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	52854961	rs3087476	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=528;ReadPosRankSum=2.471;SC=AGTAGAGGTCGCTTCATTCTG;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=45;WE=52854969;WS=52854951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr1	52897150	.	AT	A	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr1	53072454	rs1970951	T	C	10366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=142;PP=2965;SC=CCCACCACTTTAACGTGCTCG;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=215;TCR=143;TR=357;WE=53072462;WS=53072444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	53192187	rs269298	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=170;SC=CTGCTACGCTCCTAGCTTGAG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=53192195;WS=53192177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	53237526	rs1571979	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=1.164;SC=ATGAATGTCTGTAATATATGG;SOR=1.241;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=16;WE=53237534;WS=53237516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	53245472	rs9661082	A	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.974;SC=ACACATGATAATTAGATAGAG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=110;TCR=55;TR=79;WE=53245480;WS=53245462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,83:0.48:174
chr1	53250650	rs6588443	G	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1155;ReadPosRankSum=-1.670;SC=TTGCTGCAGGGATGCCTGTCC;SOR=0.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=74;WE=53250658;WS=53250640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr1	53271225	rs487453	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=90;ReadPosRankSum=1.004;SC=ATTTGTGGGTTGGGTGCAGTG;SOR=1.314;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=12;WE=53271233;WS=53271215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr1	53308665	rs532242	C	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GGGGTGCGGGCGGCGACGCGG;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=82;WE=53308673;WS=53308655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,89:0.41:215
chr1	53320274	rs480299	G	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1087;ReadPosRankSum=0.187;SC=AAGTAGCCGAGCGATTTCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=79;WE=53320282;WS=53320264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,84:0.42:201
chr1	53323492	rs10788945	C	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=0.650;SC=ATAGACCAGACTTTTTACTAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=18;WE=53323500;WS=53323482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	53333116	rs557847	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=352;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GACTGTTTTCATTATAGGATT;SOR=1.488;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=23;WE=53333124;WS=53333106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	53364976	rs576891	A	G	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=48;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GCTTTGTTTTAAAGGAGGGAG;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=27;TCR=88;TR=62;WE=53364984;WS=53364966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr1	53387379	rs7552139	G	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=427;ReadPosRankSum=1.807;SC=GTGCTTCTCCGGCCCTGCACC;SOR=1.675;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=25;WE=53387387;WS=53387369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	53407406	.	C	CA	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5032;HP=15;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=58;QD=10.1666666667;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=53407414;WS=53407396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,6:0.35:17
chr1	53543112	rs946590	C	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=63;PP=1993;SC=GCCCACATGGCCACAGGTGCT;SOR=4.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=72;WE=53543120;WS=53543102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	53544439	rs1288388	G	A	21019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=317;NR=453;PP=2965;SC=TCACCAGCCCGCAGGTGCACC;SOR=1.113;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=772;TCF=317;TCR=455;TR=770;WE=53544447;WS=53544429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,785:1.00:785
chr1	53544597	rs1288389	T	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=72;PP=1988;SC=GGGGCGCTGGTGGGCATGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=117;WE=53544605;WS=53544587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	53553702	rs1288400	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=26;PP=1240;SC=TCTCCAGCTCACTGATCTGGA;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=53553710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	53553754	rs1288401	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=30;PP=1951;SC=CTCCTCATCCTGCTCCACTTG;SOR=1.544;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=96;WE=53553762;WS=53553744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	53555783	rs1288403	A	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=54;PP=1866;SC=CACAGTCCTGAAGCCCCATGG;SOR=1.289;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=53555791;WS=53555773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	53558270	rs1288406	A	G	8704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=204;NR=120;PP=2965;SC=GCAGGATGCCACGGATGAAGA;SOR=1.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=204;TCR=121;TR=324;WE=53558278;WS=53558260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	53559310	rs11206091	T	C	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=52;PP=1711;SC=ATGGCTGGCTTCCCAGCAGCC;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=53559318;WS=53559300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	53571288	rs1288422	C	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=575;SC=CCACCTCCAGCAGACAGCGTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=53571296;WS=53571278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	53574123	rs1769289	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=786;SC=CCTTCCTTAACAGAAGTCCTA;SOR=5.353;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=53574131;WS=53574113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	53600078	rs3737989	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=746;ReadPosRankSum=-1.955;SC=GGAGCTCTCCAGGGAACTGGA;SOR=0.980;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=57;WE=53600086;WS=53600068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr1	53676448	rs1799821	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=720;ReadPosRankSum=-1.312;SC=CTCTACTGCCGTCCACTTTGA;SOR=1.318;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=44;WE=53676456;WS=53676438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr1	53683921	rs12140585	C	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=727;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCCATACCCTCGCCCCAGCCA;SOR=1.169;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=46;WE=53683929;WS=53683911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr1	53684324	rs3736118	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.242;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TGAGGAAAATAAAAAAAGGGC;SOR=0.120;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=15;WE=53684332;WS=53684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	53684525	rs436887	C	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=48;PP=2132;SC=GGGGGTTGGGCGGGGAACAGT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=122;WE=53684533;WS=53684514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	53686383	rs1679913	C	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=195;SC=TTCTGCGCGCCGCTGCTCGCC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=53686391;WS=53686373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	53694388	rs2275087	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TCCTCAAAAATAATTTGGGGT;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=53694396;WS=53694378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	53712727	rs5174	C	T	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1254;ReadPosRankSum=0.573;SC=TAATGCCACTCGCTGGGGAGA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=82;WE=53712735;WS=53712717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,89:0.53:169
chr1	53716416	rs3737983	G	A	3666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=88;PP=2267;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GCTCATCTTCGTCTTCTTCTT;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=307;TCF=149;TCR=158;TR=161;WE=53716424;WS=53716406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,175:0.54:327
chr1	53723190	rs869987	G	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=1.017;SC=GTTGCCTAAGGTATTGCCTCT;SOR=1.577;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=30;WE=53723198;WS=53723180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr1	53732315	rs2297660	G	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=1.281;SC=ATGGGCTCTTGCCAGCTGTCA;SOR=1.140;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=34;WE=53732323;WS=53732305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	53736613	rs7542607	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=-2.433;SC=GTGTGCGCACATGTACACGCC;SOR=0.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=53736621;WS=53736610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	53738183	rs7546246	A	G	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=8;PP=1225;ReadPosRankSum=-2.059;SC=GGCCATGCATATAGCTGGTCT;SOR=1.116;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=118;TCF=98;TCR=20;TR=61;WE=53738191;WS=53738173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr1	53738386	rs41294756	G	A	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=91;PP=2133;ReadPosRankSum=0.264;SC=CCAGCCCTGGGAAGCCTCAGA;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=286;TCF=97;TCR=189;TR=143;WE=53738394;WS=53738376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,148:0.50:297
chr1	53738419	rs41294758	C	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=59;PP=1297;ReadPosRankSum=1.017;SC=GGCTGAGCCACGGCAGCTCCC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=34;TCR=124;TR=74;WE=53738427;WS=53738409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr1	53742506	rs56300220	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=375;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CGGGGCCCGGACGGCCGCAGA;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=25;WE=53742514;WS=53742496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	53746473	rs2297658	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=713;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GTTCCAGCCATCTGGTCCAAG;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=49;WE=53746481;WS=53746463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr1	53755151	rs12035577	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1015;ReadPosRankSum=0.196;SC=TTCAACTGGTTACCTCTCCTG;SOR=0.954;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=65;WE=53755159;WS=53755141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr1	53792651	rs3820198	A	C	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=157;PP=2965;SC=CCTTTTCGCAATCCTTGGCCG;SOR=1.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=90;TCR=158;TR=247;WE=53792659;WS=53792641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	53793510	.	CTG	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr1	53793511	rs4926972	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1161;ReadPosRankSum=0.388;SC=ATGCTGGAGCTGCAGCAGCAG;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=62;WE=53793522;WS=53793498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr1	53793513	.	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr1	53925373	.	G	GCCGCCC	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=2.703;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	53932181	rs78070589	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr1	53972205	rs2296758	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CTGGCACTCCTGCTAGGTGCA;SOR=0.561;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=21;WE=53972213;WS=53972195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr1	53974987	rs10749691	G	T	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=59;PP=1965;SC=CAGGGGCCGCGTTCACAAAGG;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=53974995;WS=53974977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	53990321	rs541224	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=636;SC=AACGGACGAACGGATGGACGA;SOR=3.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=53990329;WS=53990311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	54331763	rs1883453	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=1.083;SC=GTGAGCCAACATGCCCAGCCC;SOR=1.214;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=16;WE=54331771;WS=54331753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr1	54344282	rs2272928	C	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=31;PP=1781;SC=TCTCCTTTACCCGTAAAAGGA;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=54344290;WS=54344272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	54354658	rs2294508	T	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=779;ReadPosRankSum=0.657;SC=ATTTGCAGGGTTCTAAAAGAA;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=51;WE=54354666;WS=54354648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr1	54356002	rs6702862	G	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=0.528;SC=TCCCCAAGATGATCATGATCA;SOR=3.150;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=54356010;WS=54355992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	54356106	rs6656722	G	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=955;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GAGGCTTAGAGCATGTGCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=69;WE=54356114;WS=54356096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,77:0.42:183
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chr1	54483694	rs34764952	C	T	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=31;PP=1638;SC=GGACAGCTCTCACCTGGGGAC;SOR=1.420;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=87;WE=54483702;WS=54483684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	54561916	rs7555099	C	T	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=56;PP=2965;SC=TTAATCCTTACGCAATGTAAG;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=120;TCR=56;TR=176;WE=54561924;WS=54561906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	54605095	rs625370	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=736;ReadPosRankSum=0.591;SC=ACCATATTTTGTCTATTTCCC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=14;WE=54605115;WS=54605085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	54605107	rs636426	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=736;ReadPosRankSum=1.133;SC=CTATTTCCCCTGGATACAGGG;SOR=0.116;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=21;WE=54605115;WS=54605085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	54605177	rs636533	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.737;SC=ATGGGGAGGGGTGAGGACTCA;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=67;WE=54605185;WS=54605167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr1	54605319	rs36013100	G	GC	3716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.617;NF=23;NR=45;PP=1308;ReadPosRankSum=0.875;SC=GACCATTCATGGGGGGGGCAG;SOR=0.658;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=68;WE=54605327;WS=54605309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,114:0.58:197
chr1	54605520	rs648573	T	C	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=1826;ReadPosRankSum=0.117;SC=TCACGGGTGGTGGCAGGTGGT;SOR=0.876;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=260;TCF=145;TCR=115;TR=125;WE=54605528;WS=54605510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,134:0.48:279
chr1	54606756	rs74549030	G	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=23;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.414;SC=AGGGTGGAGCGCCAGCCCCTC;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=122;TCR=55;TR=79;WE=54606764;WS=54606746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,81:0.45:181
chr1	54606804	rs3766465	C	T	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=67;PP=2433;ReadPosRankSum=2.781;SC=CCACGGCCTCCGATGTTGAAG;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=198;TCR=128;TR=169;WE=54606812;WS=54606794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,171:0.52:331
chr1	54607051	rs671103	A	G	10390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=212;PP=2965;SC=AGTTGTTGGGATACTCAGGAC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=157;TCR=213;TR=368;WE=54607059;WS=54607041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	54607157	rs671539	G	A	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=91;PP=2565;SC=GTGGCTCCCAGTTTCCTCCCT;SOR=1.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=42;TCR=92;TR=133;WE=54607165;WS=54607147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	54607180	rs3766461	A	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=877;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GGAACAAGACACTCCAACATG;SOR=0.785;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=51;WE=54607188;WS=54607170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr1	54618435	rs7528345	A	T	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=116;PP=2965;SC=CTGGCTTCCCATGTAGAAACT;SOR=1.164;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=183;TCR=116;TR=299;WE=54618443;WS=54618425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	54636689	rs7552121	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=415;ReadPosRankSum=0.159;SC=TAGGGGTACAATGGGCCGGCC;SOR=0.701;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=29;WE=54636697;WS=54636679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr1	54637167	rs625643	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=1074;SC=GAAGTGACGTTGGTAAACATG;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=54637175;WS=54637157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	54681920	rs13571	G	C	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=73;PP=2739;SC=GACCTGGACTGTAACGAGGGT;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=138;WE=54681928;WS=54681910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	54690954	rs3088379	T	C	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=80;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GAACACAGAATTTGCAGGCCC;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=319;TCF=155;TCR=164;TR=160;WE=54690962;WS=54690944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,171:0.51:334
chr1	54692859	rs141516563	G	GGC	1739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=14.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.479;QD=22.30;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr1	54703801	rs41294794	C	T	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.153;SC=ACCCTGGCAACGGAGGCAGGC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=124;TCR=85;TR=121;WE=54703809;WS=54703791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,127:0.57:221
chr1	54871709	.	TCGC	T	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.030;NF=4;NR=17;PP=820;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GCGCCGAGCCTCGCCGCCGCC;SOR=1.101;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=21;WE=54871719;WS=54871699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	55013860	rs116826850	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGTGGGCGGGCGGGAGCTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=22;WE=55013868;WS=55013850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	55014099	rs299874	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	55014099	.	CGCT	TGCC,TGCT	365	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=11,22;NR=15,29;PP=365,257;QD=16.0949182639;SC=TTAACTCAGACGCTCTGCATC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=26,51;WE=55014110;WS=55014089;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:51
chr1	55014102	rs12133271	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	55014125	.	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=0.119;SC=ACACTCTCCACGGGCCATTTT;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=18;WE=55014133;WS=55014115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	55014160	rs299872	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=13;PP=363;SC=AAGGAGAAATCGCAGAACCCC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=55014168;WS=55014150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	55066789	.	CAT	C	232	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=232;QD=36.1428571429;SC=TGTGTGCATACATGTGTGTGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=55066798;WS=55066779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	55066813	.	C	CAT	374	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=374;QD=43.0;SC=TGTGTGCATACGTGTGTGTGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=9;WE=55066821;WS=55066803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,9:0.45:20
chr1	55069986	rs746503	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=581;ReadPosRankSum=0.352;SC=AGGAAGGGGGTGGGGTAGTGG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=45;WE=55069994;WS=55069976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr1	55072726	rs1616691	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=-2.035;SC=GGCACTGCAGTGTGGCAGGGC;SOR=0.175;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=15;WE=55072734;WS=55072716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	55074840	rs1617287	T	A	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CCCCAAGGACTCACATACAGT;SOR=0.598;Source=Platypus;TCF=53;WE=55074848;WS=55074830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,102:0.47:216
chr1	55074922	rs2289016	G	A	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=41;PP=1612;ReadPosRankSum=-1.644;SC=AGGTCCGCTGGCCCACCACCC;SOR=0.642;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=185;TCF=119;TCR=66;TR=107;WE=55074930;WS=55074912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,109:0.56:195
chr1	55075452	rs1368883	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TGCGGGCTCCGCTATTTGCAA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=92;WE=55075460;WS=55075442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,97:0.61:159
chr1	55078046	rs1655528	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=645;SC=GCATGAGCACTGGCAGGGGTT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=55078054;WS=55078036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	55080612	rs147772009	GGTGT	G,GGTGTGTGTGT	1796.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=-2.695;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,41,19:0.60,0.28:68
chr1	55080627	.	GCA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,8:0.12:68
chr1	55080629	rs1702015	A	G	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.10;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,60:0.88:68
chr1	55080635	rs1655525	G	A	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr1	55118566	rs1655520	C	G	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=86;PP=2965;SC=TGGAGAGAAGCGGGCACTGGC;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=194;WE=55118574;WS=55118556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	55119289	rs9332417	G	C	14052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=249;PP=2965;SC=AGCTGAACCTGAATGTAGCTC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=228;TCR=249;TR=477;WE=55119297;WS=55119279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr1	55119534	rs17399810	C	T	17516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=326;NR=290;PP=2965;SC=AGCCTGCACTCCAGCACCCAT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=617;TCF=326;TCR=291;TR=616;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr1	55119546	rs1655518	A	G	17672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=332;NR=311;PP=2965;SC=AGCACCCATGAGCCCAACTCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=645;TCF=332;TCR=313;TR=643;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr1	55167773	rs646356	T	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=41;PP=1496;SC=GCACGAGAGGTCGTGCGCTCC;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=55167781;WS=55167763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	55223744	rs35201073	G	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CAGTAGGCTGGGCCAGCGGAC;SOR=0.758;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=86;WE=55223752;WS=55223734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,86:0.44:194
chr1	55251689	rs586462	T	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=32;PP=2139;SC=GCCAGTTGAGTTCTGGATCTC;SOR=1.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=107;WE=55251697;WS=55251679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	55253394	rs142120104	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=1.288;SC=CTCGGTGGCGGGGGTCCTCGG;SOR=0.632;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=62;WE=55253402;WS=55253384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr1	55253575	rs665118	T	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=48;PP=1567;SC=TGCCCAGGCCTGTGGTGGTGG;SOR=1.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=82;WE=55253583;WS=55253565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	55266797	rs671108	G	C	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=103;PP=2018;ReadPosRankSum=1.699;SC=TCGTCGATGAGGGCGTCTAGA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=184;TCR=222;TR=187;WE=55266805;WS=55266787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,193:0.46:421
chr1	55266845	rs1147984	C	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1419;ReadPosRankSum=0.373;SC=ATGACTGCTCCCTCTGCTCCC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=87;WE=55266853;WS=55266835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr1	55271774	rs757581	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=530;ReadPosRankSum=0.267;SC=GGAGGCGGGCAGCGCGCAGGC;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=39;WE=55271782;WS=55271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr1	55273422	rs671022	A	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=549;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TGTCCATTGCAGCTGCTCTGT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=28;WE=55273430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr1	55273580	rs9782980	G	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=924;ReadPosRankSum=-1.579;SC=GCTGGGCCCCGGCTCCTACAA;SOR=0.790;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=80;WE=55273588;WS=55273562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,89:0.44:200
chr1	55277430	rs10788986	T	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=315;ReadPosRankSum=0.071;SC=CAAGGAGTGGTTCTGACAGCC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=22;WE=55277438;WS=55277420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	55277452	.	A	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=31.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=3.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr1	55277599	rs600499	T	C	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=160;NR=126;PP=2965;SC=CCCCCGGCCTTATCAGGTACC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=161;TCR=126;TR=286;WE=55277607;WS=55277589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	55279345	rs149536795	CCCGGCCT	C	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=2;PP=700;SC=TTGAGGCTGGCCCGGCCTCCG;SOR=3.528;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=55279359;WS=55279335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	55279688	rs602458	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CTCTCGGAGGGCAGCTCTCCT;SOR=0.169;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=22;WE=55279696;WS=55279678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	55282556	rs733168	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=348;ReadPosRankSum=0.245;SC=ACACAATTCAACTCATAACAG;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=16;WE=55282564;WS=55282546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	55307501	rs41297871	A	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=60;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTACTAAGGGAAAGTGCCCTC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=154;TCR=139;TR=126;WE=55307509;WS=55307491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,130:0.42:307
chr1	55307640	rs59138759	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=0.066;SC=AGTGGGGTGTCTTAGAGAAAG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=37;WE=55307648;WS=55307630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr1	55318108	rs667222	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ACACGGAACGCGAGGCGTGAG;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=41;TCR=97;TR=72;WE=55318116;WS=55318098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr1	55319008	rs631749	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=1.285;SC=GTTGATAGGCTTGGGGCTCCT;SOR=1.091;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=21;WE=55319016;WS=55318998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	55319902	rs718265	A	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=1959;ReadPosRankSum=1.083;SC=CAAAGGGGATAATGTCCTGGA;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=264;TCF=117;TCR=147;TR=131;WE=55319910;WS=55319892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,131:0.49:270
chr1	55330966	rs611057	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=8;PP=1383;SC=TACAGAAACCTAAGCCTCACC;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=55330974;WS=55330956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	55336950	rs608458	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GGTCAGGATACGGGAACCGGC;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=12;WE=55336958;WS=55336940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	55446664	rs2253467	G	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=2.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	55446671	rs2253466	C	T	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=2.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	55446697	rs2253465	G	A	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=43;PP=2965;SC=ACCTGCGCCCGGCTCCCTGCG;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=102;TCR=43;TR=144;WE=55446705;WS=55446687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	55457710	rs2500326	G	A	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=96;PP=2965;SC=CCGTTTCTGCGGAGACGACAC;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=81;TCR=96;TR=177;WE=55457718;WS=55457700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	55457815	rs2495513	C	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=46;PP=1431;SC=ACAAAAATGCCGTGCCTTCTC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=55457823;WS=55457805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	55464743	rs2500340	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=8;PP=1238;SC=CTTGAAGCCTTGAGTTGCAGC;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=55464751;WS=55464733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	55464790	rs2500341	C	G	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=42;PP=2870;SC=AAGCCTGTCTCGGTGTTTAGG;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=138;WE=55464798;WS=55464780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	55470811	rs41297877	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GCCCTCTCGGGAGGGGAGGAG;SOR=0.318;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=152;TCF=41;TCR=111;TR=67;WE=55470819;WS=55470801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr1	55473043	rs6687801	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=1.634;SC=GGACACTGGGGGTAAGGAGAG;SOR=0.345;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=31;WE=55473051;WS=55473033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr1	55474262	rs33938617	G	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.768;SC=ACCTCCTCCCGGACAAGGAGC;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=111;TCR=125;TR=111;WE=55474270;WS=55474252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,113:0.47:243
chr1	55474325	rs6682884	A	C	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1465;ReadPosRankSum=1.619;SC=CGTAGCTTCTAGTCTGGAACT;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=250;TCF=123;TCR=127;TR=113;WE=55474333;WS=55474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,116:0.45:260
chr1	55474341	rs375969225	T	C	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1331;ReadPosRankSum=0.691;SC=GAACTGCTGCTGACCCCTGTG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=229;TCF=106;TCR=123;TR=104;WE=55474349;WS=55474331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr1	55474476	rs4339899	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TTAGTGGACTCTTGTTTTTCC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=14;WE=55474484;WS=55474466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	55505732	rs2495482	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=48;PP=1509;SC=GGGTGTAGGGATGGGAGGCCG;SOR=1.156;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=55505740;WS=55505722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	55516781	rs599037	G	T	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=58;PP=2862;SC=GGGAATTTGTGACCGAAGCCA;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=157;WE=55516789;WS=55516771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	55518166	rs625619	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=33;PP=1173;SC=ACCCCAGAGCGTTGCAGCTGT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=55518174;WS=55518156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	55518198	rs7552350	C	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=21;PP=976;SC=GCACCCCCCCCAGCTGTCACT;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=55518206;WS=55518188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	55518316	rs2483205	C	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=42;PP=1935;SC=TTGTGTTCGTCGAGCAGGCCA;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=105;WE=55518324;WS=55518306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	55518528	rs494198	C	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=38;PP=1020;SC=GTGGCTTGGGCTGGGCCCAGG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=55518536;WS=55518518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	55521899	.	GGGGCGGA	G	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=104;QD=39.3333333333;SC=GCGCGGGTAGGGGGCGGAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=55521913;WS=55521889;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,3:0.30:10
chr1	55521914	rs147282475	GGGC	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.84;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	55523033	rs509504	A	G	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=CCAATGCCCAAGACCAGCCGG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=172;WE=55523041;WS=55523023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	55524116	rs585131	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=172;SC=CTAAAGATTTCTGTGGAGGTC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=55524124;WS=55524106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	55524197	rs540796	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	55524237	rs562556	G	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	55524387	.	T	C	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=186;MMLQ=29;MQ=48.99;NF=0;NR=4;PP=54;QD=22.1928031368;SC=TGTGTGTGTGTGTGTCAGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=55524395;WS=55524377;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	55525400	rs483462	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=132;SC=CCCACTGCCCGCGAGGCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=55525408;WS=55525390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	55527323	rs630431	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1071;SC=ATACCGCCATGCATCAGGGTG;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=55527331;WS=55527313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	55529187	rs505151	G	A	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=80;PP=2812;SC=ACCAGCGAAGGGGCCGTGACA;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=142;WE=55529195;WS=55529177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	55538385	rs654674	T	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1318;SC=TATTCAGTTCTAGAGATTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=55538393;WS=55538375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	55541174	rs487230	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=44;PP=1285;SC=GACTCGCTCTACTTGTATAGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=55541182;WS=55541164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	55546895	rs683880	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=569;SC=TAGCAAGTAGTCGAATGAGAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=55546903;WS=55546886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	55555285	rs548852	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=773;SC=TTAATTAAAAGACTCCAACAC;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=55555293;WS=55555275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	55557859	rs34673217	A	ATT	445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.98;NF=0;NR=8;PP=364;SC=ATTATTACACAGTTACGAACT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	55557864	rs3736992	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=7;PP=163;SC=TACACAGTTACGAACTAAATT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	55558661	rs585203	A	G	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=120;SC=ATTTCTAATGATATGTAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=55558669;WS=55558651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	55560796	rs503495	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=722;SC=GGATTTATTTTCTTTTTGGAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=55560804;WS=55560788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	55562125	rs580485	G	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=310;SC=TATAGAAAACGATAAATAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=55562133;WS=55562115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	55566411	rs67540253	TTAGTC	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=910;SC=TGGCAAGAGATTAGTCTAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=55566423;WS=55566401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	55567143	rs1165282	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=441;SC=ACTAAAGAATTGCAAGTTATG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=55567151;WS=55567133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	55567410	rs615652	A	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=66;PP=2213;SC=AGCAGAGGAGAAGAATGAGCA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=55567418;WS=55567400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	55572867	rs594226	G	A	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=1912;SC=GGCAATAACCGAGCACTGAAG;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=98;WE=55572875;WS=55572857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	55575670	rs534741	A	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=ATGACTGGTTATGTAACAGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=55575678;WS=55575661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	55604692	.	TA	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr1	55614036	rs34030121	CAT	C	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=13;NR=0;PP=577;SC=CATCAATAAACATAAAGATAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=55614045;WS=55614026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	55619422	rs1165230	G	A	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=106;SC=TAGACATCAAGTTTAATATGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=55619430;WS=55619416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	55622669	.	C	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr1	55638075	rs1165222	G	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=56;PP=2508;SC=CAGGAGACCAGTGGGAATTGG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=136;WE=55638083;WS=55638065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	55643837	rs11350615	TA	T	1390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=38;PP=1485;SC=AAAAAGCAAATAAAACTAATT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=38;WE=55643845;WS=55643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr1	57185818	rs857141	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=554;ReadPosRankSum=0.919;SC=AGAATGAAATATTATGAAAGA;SOR=0.283;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=33;WE=57185826;WS=57185808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr1	57216631	rs12046225	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=0.291;SC=TCAATAAATATTGGTAAAATA;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=17;WE=57216639;WS=57216621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	57219631	rs11404547	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=2.071;SC=GAGATACCAGGAAAAAAATGA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=57219639;WS=57219621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	57221553	rs1774808	GA	TG	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=1610;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CTTTTCTTTTGAAAGATAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=43;WE=57221562;WS=57221543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr1	57224460	rs857103	G	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=593;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CAAGGCAGCTGATCCACCCAT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=39;WE=57224468;WS=57224450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr1	57252615	rs2275733	A	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GTGTAATAAAAAAAGGACCTC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=57252623;WS=57252614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	57257817	rs2298130	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=830;ReadPosRankSum=1.248;SC=TTTCCCAGCTTTTTCTGATAT;SOR=0.665;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=54;WE=57257825;WS=57257807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr1	57340727	rs652785	C	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=55;PP=1973;SC=TTGTGTAAGGCAAGCACAGTG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=57340735;WS=57340717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	57372591	rs619545	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=703;SC=ACTGCATAGACGCTAAATACC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=57372599;WS=57372581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	57373500	rs10562652	GAGA	G	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=0.786;SC=TAACCAAGAAGAGAAGAAGAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=57373510;WS=57373490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	57383358	rs17300936	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=902;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GCCTCGTGTCCAGGGCGGAAA;SOR=0.348;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=73;WE=57383366;WS=57383348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr1	57395020	rs2795	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	57395251	rs605648	T	C	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=89;NR=72;PP=2965;SC=AGAAGGTCAATAAGCATCAAT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=161;WE=57395259;WS=57395241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	57397301	rs683824	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=2.278;SC=ATAATGAAATGCATAACAATC;SOR=1.692;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=9;WE=57397309;WS=57397291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	57406392	rs6669836	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TATTTTCTACTATCGTATATG;SOR=1.845;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=20;WE=57406400;WS=57406382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	57422484	rs1013579	C	T	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=172;PP=2965;SC=ACTTGACTTCCGCATGGTCTG;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=153;TCR=173;TR=325;WE=57422492;WS=57422474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr1	57528772	rs1261611	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1211;SC=GAAAGTATCAAGCCAGGCTCC;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=57528780;WS=57528762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	57535235	.	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-2.086;SC=AAAGACACAACTAAATTATTG;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=16;WE=57535243;WS=57535225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	58939502	rs12118488	C	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=866;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AAGCACACTTCCCAAGACTGG;SOR=0.264;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=49;WE=58939510;WS=58939492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr1	58939634	rs12407003	G	A	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=73;PP=1963;ReadPosRankSum=0.440;SC=TTCTCTTCCCGGACAAGCTGT;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=313;TCF=157;TCR=156;TR=143;WE=58939642;WS=58939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,148:0.45:330
chr1	58946861	rs12144759	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	58971831	rs3087585	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1543;ReadPosRankSum=1.156;SC=GGCTATCAACGAACTCCATTT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=110;WE=58971839;WS=58971821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,115:0.50:230
chr1	58971940	rs11207245	C	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTTTTAAAAACTACTACTTTA;SOR=0.375;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=58971948;WS=58971930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	59004979	rs902925	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=35;PP=937;SC=TTTCACTTGACTACCTGAAAC;SOR=2.256;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=49;WE=59004987;WS=59004969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	59134565	.	T	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.291;NF=20;NR=34;PP=801;ReadPosRankSum=0.394;SC=TTTATACATATGCCTTGCACA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=54;WE=59134573;WS=59134555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr1	59134607	rs57822474	C	CAG	5891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=58;PP=2974;SC=TCCTGTTTGACGGGGAAGCGG;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=66;WE=59134615;WS=59134597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	59160735	rs2473746	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	59160742	rs2064373	A	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.35;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	59160885	rs2064374	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=29;PP=1066;SC=CACTTCTGTAATAATTAAGAA;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=59160893;WS=59160875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	59160982	rs5774423	ATACT	A	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=919;SC=AACTAAGCAAATACTTAGTTC;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=59160993;WS=59160972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	59248813	rs2760499	G	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=78;PP=2348;SC=CAACAGGGCTGTGGCAAGCGG;SOR=3.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=13;TCR=78;TR=91;WE=59248821;WS=59248803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	59787350	rs835409	T	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=856;ReadPosRankSum=0.215;SC=CAATTAAGAATTGGGAGCCCC;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=63;WE=59787358;WS=59787340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr1	59844471	rs835435	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=2056;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTGATCTCCCGGACTTCTTAT;SOR=0.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=308;TCF=168;TCR=140;TR=133;WE=59844479;WS=59844461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,141:0.43:327
chr1	60019853	rs62623594	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CAGCCAGTGACGTCACGGCTG;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=71;WE=60019861;WS=60019843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr1	60228310	rs10626387	T	TTC	5602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=60;PP=2930;SC=CATTAAAGACTTGTCATTTGA;SOR=1.161;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=6;TCR=63;TR=65;WE=60228318;WS=60228300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	60280749	rs113730234	GT	G	5029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.181;NF=14;NR=90;PP=2970;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTAGGAGGGAGTGTGAAGGTG;SOR=0.861;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=16;TCR=92;TR=104;WE=60280757;WS=60280738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr1	60280962	rs41287714	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	60299820	rs618716	C	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=95;PP=2965;SC=GGCTTTAATCCGTTTCGGTGG;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=195;WE=60299828;WS=60299810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	60392271	rs11572191	G	A	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=2096;ReadPosRankSum=-0.339;SC=AGGAAGGGCAGGCGCCAGGGC;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=146;WE=60392279;WS=60392261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,152:0.57:267
chr1	60466814	rs626251	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.982;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	60466840	.	TAA	T	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=10.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	60466911	rs67112814	ACAG	A	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=629;ReadPosRankSum=0.088;SC=GGCAACAACAACAGCAACAAC;SOR=1.329;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=19;WE=60466921;WS=60466901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	60474375	rs17119974	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=55;PP=1586;ReadPosRankSum=1.580;SC=GCCCTAGCCACGTGTGAAACC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=261;TCF=143;TCR=118;TR=125;WE=60474383;WS=60474365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,135:0.49:277
chr1	60475930	rs616949	C	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=844;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TTTTCCTTCACTGGGGAGCTA;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=49;WE=60475938;WS=60475920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr1	60503594	rs72669614	C	T	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1184;ReadPosRankSum=1.902;SC=GTTTATGGTACTTTTTTATAG;SOR=0.496;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=184;TCF=118;TCR=66;TR=92;WE=60503602;WS=60503584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr1	60505578	rs680390	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=9;PP=1072;SC=CCAATAGTACAATTGCCATAC;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=60505586;WS=60505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	60505783	rs12737449	G	C	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1658;ReadPosRankSum=0.702;SC=CGTGACTTGAGTTCTCTTCTG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=102;WE=60505791;WS=60505773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,109:0.50:220
chr1	60505965	rs12723322	T	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CTCGCAGTCCTGGCCTGGAGC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=60505973;WS=60505955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	60506744	rs10493277	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=809;ReadPosRankSum=1.868;SC=CATGCACATAGGATAAGGACT;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=53;WE=60506752;WS=60506734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,54:0.44:123
chr1	61548344	rs113913435	TTC	T	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=4.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.891;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,36:0.25:142
chr1	61818422	rs7528918	A	G	390.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	61818428	rs200638269	T	TAC	320.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.74;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	61869783	rs2236059	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=714;ReadPosRankSum=0.197;SC=CAGCAAGTCCGCATGCAACAC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=54;WE=61869791;WS=61869773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr1	61872228	rs28641100	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	61872503	.	A	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=49;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AAAGAGGCACAGATCCCCAGT;SOR=0.339;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=73;WE=61872511;WS=61872493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr1	61892301	rs5774558	T	TG	8326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=105;PP=2966;SC=ACTTGTCTTTTGCACAAAAGG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=53;TCR=115;TR=154;WE=61892309;WS=61892291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	62149237	rs12134205	C	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=20;PP=840;SC=GACAAAATTTCAAAATTATTC;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=62149245;WS=62149227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	62160525	rs149200386	T	TTA,TTATA	424.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=0,0;NR=7,7;PP=110,155;SC=TAAACCATTATTATATATATA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7,7;WE=62160533;WS=62160515;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.55:11
chr1	62160542	rs1151765	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=199;SC=TATATATCACACTCTTTATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=62160550;WS=62160532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62232031	rs1286835	C	T	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=61;PP=2683;SC=ATGGTTCCATCACTAATGGAA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=154;WE=62232039;WS=62232021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	62261168	rs7516332	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1627;ReadPosRankSum=1.281;SC=TGTGAAAAGTATAATACCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=120;WE=62261176;WS=62261158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,134:0.53:254
chr1	62261188	rs200494762	G	A	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1566;ReadPosRankSum=0.034;SC=GCAGTGCTGCGTACCACAATG;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=121;TCR=109;TR=118;WE=62261196;WS=62261178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,131:0.53:249
chr1	62329885	rs35853578	AT	A	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=299;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GTAACTTCACATTTTTTTGCA;SOR=0.330;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=62329893;WS=62329875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	62330080	rs2799627	T	G	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=80;PP=2965;SC=AAAGAGAAATTCTTGTTGATG;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=168;WE=62330088;WS=62330070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	62330353	rs2275859	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=912;ReadPosRankSum=0.042;SC=TGCTCTCCTCGCCTGTCCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=78;WE=62330361;WS=62330343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,88:0.47:187
chr1	62365217	rs1412622	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=896;ReadPosRankSum=0.704;SC=TGAGTATGCCCTAAAATTGTG;SOR=1.105;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=47;WE=62365225;WS=62365207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr1	62365428	rs5774578	G	GA	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.974;NF=0;NR=17;PP=597;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TAATGATTGAGAATTGCGATA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=17;WE=62365436;WS=62365418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	62365461	rs10889269	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=1.469;SC=GCTGGCCTACGTTTTGGTTTC;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=62365469;WS=62365451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	62374267	rs2151122	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=270;SC=CCAAACTATATTTAAAGTATG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=62374275;WS=62374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62380124	rs4915789	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=683;SC=GCGAATCTCCATCTCAGAAAA;SOR=4.235;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=35;WE=62380132;WS=62380114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	62380195	rs2482858	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=972;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GTCAAGAGAAAAAAAAGGAAT;SOR=0.921;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=111;TCR=45;TR=61;WE=62380203;WS=62380185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr1	62380223	rs11585422	G	T	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=1328;ReadPosRankSum=-1.263;SC=TCGTTTAAACGTTTTCTTCCC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=160;TCR=91;TR=100;WE=62380231;WS=62380213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,100:0.40:250
chr1	62380270	rs1134766	C	T	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TCATTCCTAACGTACATAACA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=183;TCR=162;TR=157;WE=62380278;WS=62380260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,162:0.46:353
chr1	62393394	rs2251182	A	G	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=58;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CAAATTTTGCATCTTCAGAGG;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=302;TCF=182;TCR=120;TR=151;WE=62393402;WS=62393384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,161:0.50:323
chr1	62417925	.	T	TGAGAGAGAGA	2061	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=20;MQ=58.34;NF=9;NR=0;PP=2061;QD=229.444444444;SC=GAACAAAATCTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=9;WE=62417933;WS=62417915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	62417951	.	A	AG	164.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	62417952	.	A	G	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=28;MQ=58.88;NF=15;NR=1;PP=331;QD=22.8607007842;SC=GAGAGAGAGAAAAATAGGCCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=16;WE=62417960;WS=62417942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	62417952	.	A	AGAGAGAGAG	164.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	62579672	rs1475564	A	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=756;SC=GCAGACAGAGAAGGCAGAGAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=62579680;WS=62579662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	62579823	rs1475563	G	A	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=52;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.814;SC=ATAGAGATGAGGCACACTACC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=175;TCR=121;TR=130;WE=62579831;WS=62579813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,137:0.45:306
chr1	62579907	rs7418709	C	T	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1562;ReadPosRankSum=0.490;SC=GCCTGAGCATCGTTGGGAAAC;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=124;TCR=154;TR=122;WE=62579915;WS=62579895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,127:0.44:291
chr1	62587014	rs4019806	T	TA,TAAA	863.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.510;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,30,9:0.64,0.19:47
chr1	62593893	rs2481664	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	62594593	rs2476194	C	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGCTGAAGAACGCCTACGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=88;WE=62594601;WS=62594583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,93:0.48:193
chr1	62628722	rs201339302	AT	A	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=668;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CACAGTAATTATCAAAATTTA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=11;WE=62628733;WS=62628712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	62628725	.	A	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=676;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGTAATTATCAAAATTTAATG;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=62628733;WS=62628712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	62644118	rs2481703	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=28;PP=708;SC=TGCCCAATGGATTCACCTTGC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=62644126;WS=62644108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr1	62673037	rs7542665	T	C	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1241;ReadPosRankSum=0.307;SC=CTTACCCTGGTAGCCGACCTT;SOR=0.664;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=203;TCF=102;TCR=101;TR=89;WE=62673045;WS=62673027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,99:0.46:215
chr1	62673225	rs7533274	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr1	62675385	rs7516863	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGAAATTGAAATTTTAATTCT;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=62675393;WS=62675375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	62675709	rs7551777	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=476;ReadPosRankSum=0.201;SC=AAGAAGAGGCTTCAGGGTTGG;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=27;WE=62675717;WS=62675699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr1	62675892	rs2481694	A	G	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,140:0.51:277
chr1	62676091	rs11207933	C	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AACTGGCACACCCTGTCTGAC;SOR=1.567;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=62676099;WS=62676081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	62676205	rs150779448	A	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=946;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CACCAAACTTAAGAAAACAGA;SOR=0.528;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=61;WE=62676213;WS=62676195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr1	62676991	rs147257684	T	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=507;ReadPosRankSum=0.305;SC=ATTTAGAGATTATGTTTTGCA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=31;WE=62676999;WS=62676981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	62703977	rs34591898	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=650;ReadPosRankSum=0.712;SC=GCCCTGCTCCGCGTGGGCTCT;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=50;WE=62703985;WS=62703967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr1	62713224	rs2941679	C	G	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=74;PP=2958;SC=TGACAGGCCACCATGAGGGCC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=156;WE=62713232;WS=62713214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	62728784	rs2666472	A	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=23;PP=1165;SC=CAGCAGCTTCACGATGGAGAA;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=62728792;WS=62728774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	62728838	rs2258470	T	C	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=49;PP=2717;SC=GTTCCCGTTGTGATCGGCCAA;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=147;WE=62728846;WS=62728828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	62728861	rs2260581	T	C	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=60;PP=2965;SC=TGACAAGCAGTTTCAGGAAGT;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=122;TCR=60;TR=182;WE=62728869;WS=62728851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	62728918	rs2262110	G	A	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=126;PP=2965;SC=CCACCACGGCGGGGCTAGACG;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=161;TCR=126;TR=287;WE=62728926;WS=62728908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	62729015	rs2262106	G	A	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=147;PP=2965;SC=ATTCCAAGAGGTTCCCCGGCC;SOR=1.220;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=98;TCR=147;TR=245;WE=62729023;WS=62729005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	62732421	rs11207949	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=587;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGGTCTGTGGTGGTCCCAGTT;SOR=0.837;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=46;WE=62732429;WS=62732411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr1	62738904	rs7516290	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AGGAGGCCGGTGGCTCCTTGG;SOR=0.475;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=21;WE=62738912;WS=62738894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	62740446	rs2666506	T	C	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,88:0.46:191
chr1	62740449	rs2666507	T	C	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,85:0.45:187
chr1	62939634	rs1168007	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=12;PP=1164;SC=AAGATCTTTACGCAGAAAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=62939642;WS=62939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	62943264	rs1168008	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=514;SC=GAGTAGTTTACTTGGCAAGAT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=62943272;WS=62943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	62945418	rs1183260	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=588;SC=ACAGTGGTGCAACCACAGCTC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=62945426;WS=62945408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	62953183	rs1168025	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=623;SC=TCTCCACAAACAGAAGACAGC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=62953191;WS=62953173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	62960250	rs1168041	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=248;SC=GTGCACAACCTACTTAGTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=62960258;WS=62960240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62961928	rs1168038	T	C	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=108;SC=CCAGCAAAAATCAACTTTTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=62961936;WS=62961918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	62970184	rs1168027	T	C	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=124;SC=AGATAGCCTATGATTAGACTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=62970192;WS=62970179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	62973795	rs1184865	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=318;SC=AAAAGACTTAAGGATGCATAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=62973803;WS=62973785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	62976472	rs1168043	T	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=388;SC=CAGTACAAGTTGAAAAACCTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=62976480;WS=62976462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	63001120	rs1168018	A	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.89;NF=49;NR=16;PP=1403;SC=TCCACTGTTCAAAATCAAACT;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=63001128;WS=63001110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	63027411	rs5774610	AG	A	2130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=1391;SC=CAGATGCTTAAGTAGATTATG;SOR=1.835;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=63027419;WS=63027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	63052344	rs56200511	CTA	C	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=673;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTAAGAAACACTATGTATCAC;SOR=2.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=17;WE=63052353;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	63085483	rs34571440	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	63113511	rs746735	C	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=837;SC=TTATCTTTTTCAGAACTTACT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=63113519;WS=63113501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	63113689	rs1168088	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=287;SC=TGCTTTATCCTCTACATTTTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=63113697;WS=63113682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	63113719	rs1168089	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=750;SC=ATATCAATCATAATCCCAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=63113727;WS=63113709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	63306960	rs12743698	C	T	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	63307303	rs3737892	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.67;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	63788951	rs2274187	C	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CTCAGCCGCCCCACCAGCAGC;SOR=1.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=29;WE=63788959;WS=63788941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr1	63836513	rs34542411	C	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=475;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTCTCAAACTCCTAATTGCGA;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=20;WE=63836521;WS=63836503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	63871881	rs1012872	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=1.125;SC=TAGTAGGGCAAGAACCTTGTG;SOR=0.663;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=9;WE=63871889;WS=63871871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	63872600	rs12755065	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	63872871	rs6588028	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=412;SC=CATTGCTGTCATCTAGTAATG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=63872879;WS=63872861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	63881552	rs4630153	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=869;SC=AGCTTTTGTTCTACGTTTTTG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=63881560;WS=63881542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	63912546	rs12760364	G	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.269;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	63912563	rs3838450	ACAATT	A	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=536;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTTTCAGAAAACAATTCAAAG;SOR=0.172;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=63912575;WS=63912553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	63975830	rs6588047	T	C	171.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	63991140	rs9436686	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=265;SC=TTTTCTTCTATGTATAAAATC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=63991148;WS=63991130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	63991267	rs217478	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=531;ReadPosRankSum=1.532;SC=CACGAAGCGATGCAACTTTCT;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=48;WE=63991275;WS=63991257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr1	63997633	rs9804078	A	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TACTAAAATCATTTAAGCAAT;SOR=0.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=24;WE=63997641;WS=63997623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	63999087	rs217454	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=754;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGTGTATGATTGAATGTTTT;SOR=0.998;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=38;WE=63999095;WS=63999077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr1	63999826	rs6693255	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GTTTCCTTCACAGTTACCATG;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=83;WE=63999834;WS=63999816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr1	63999868	rs6657480	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=536;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TCAAAGTTAATGGAGCCAAAT;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=45;WE=63999876;WS=63999858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr1	63999891	rs6657559	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=-1.991;SC=AATAAAGGTATAGTATTTTAA;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=31;WE=63999899;WS=63999881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	64015217	rs217485	G	A	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=43;PP=1510;SC=GTTATTTCTCGTTGAATACTA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=64015225;WS=64015207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	64021096	rs2273367	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.049;SC=ACTGGCTGTAGGCTGAGGAAA;SOR=0.542;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=84;WE=64021104;WS=64021086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr1	64036838	rs4915903	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TTTGTTTTATGTCTTTGAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=13;WE=64036846;WS=64036828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr1	64095111	rs855314	A	G	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1710;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCGCTTGGTTATCGGACAGAA;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=140;TCR=138;TR=124;WE=64095119;WS=64095101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,129:0.45:288
chr1	64097432	rs1126728	C	T	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1688;ReadPosRankSum=1.312;SC=ACTGAAGATCCGTATTGATGC;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=148;TCR=145;TR=123;WE=64097440;WS=64097422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,130:0.42:306
chr1	64100478	rs6588052	A	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=0.331;SC=TTCTGCATACATTTATTCCAT;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=24;WE=64100486;WS=64100468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	64102114	rs2269248	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.186;SC=AGTCTTCACCATACCCTTCAC;SOR=0.090;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=64102122;WS=64102104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	64114301	rs11208257	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=47;PP=1522;SC=TTGGCAAAAGTATGGCCGGAA;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=64114309;WS=64114291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	64117537	rs2269238	G	T	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=121;PP=2965;SC=GAAACAGACCGGTGTGTAAGT;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=85;TCR=121;TR=205;WE=64117545;WS=64117527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	64125234	rs11208265	G	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=38;PP=1899;SC=TGATGGAAAAGCTTCTCTCTA;SOR=1.253;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=102;WE=64125242;WS=64125224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	64125368	rs8294	C	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=58;PP=2261;SC=TGATGTGGTACGTCCCTCCAC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=117;WE=64125376;WS=64125358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	64125439	rs4643	A	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=44;PP=1211;SC=GTATTCACCAAGCATTTTAGG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=64125447;WS=64125429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	64515379	rs1772626	C	T	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=48;PP=2965;SC=ACCTGACCCTCGATGAACCAA;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=109;TCR=48;TR=157;WE=64515387;WS=64515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	64603231	rs3738151	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=819;SC=TATTTTTCTCGCCAAAAGTTT;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=64603239;WS=64603221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	64608329	rs2762833	G	T	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=94;PP=2965;SC=ACATCCCAGCGTGCGGTAAAT;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=177;WE=64608337;WS=64608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	64608423	rs11208364	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TATAAGGGGGGCAAAGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=51;WE=64608431;WS=64608413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr1	64624612	rs4362024	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=648;SC=GTAATATTATGCATGTTACTT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=64624620;WS=64624602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	64624842	rs6668545	A	G	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=81;PP=2289;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GTCAAAATGTAGAGATGTCAA;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=122;TCR=152;TR=147;WE=64624850;WS=64624832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,153:0.52:292
chr1	64643277	rs7527017	C	T	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=1978;ReadPosRankSum=0.745;SC=CAGCAATGGACGGAATTTCAA;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=144;WE=64643285;WS=64643267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,157:0.48:324
chr1	64669567	rs2806529	A	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TCATTGTTATATCCCAACTTT;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=11;WE=64669575;WS=64669557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	65016349	rs2164571	A	T	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=88;PP=2965;SC=GGTAAGAGGCAATGAGTACTT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=191;WE=65016357;WS=65016339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	65045602	rs5774708	TA	T	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr1	65068638	rs6665437	T	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=34;PP=782;SC=TGTATTCTACTGCATTCAAGT;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=65068646;WS=65068628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	65099978	rs2118102	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=809;SC=TAGAGGCATAGTAGATAAAGA;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=65099986;WS=65099968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	65107372	rs6664905	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=16;PP=1413;SC=CAGCATCAAACAGGAGGGACT;SOR=2.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=65107380;WS=65107362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	65113351	rs7534210	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=319;SC=GTCCAGAGTCTATGTGGTCTC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=65113359;WS=65113341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	65113568	rs6588100	T	C	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=102;PP=2965;SC=CCAGACCGGATGGCCTTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=209;WE=65113576;WS=65113558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	65141676	rs202029689	TTAATAA	T	317.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=498;SC=GGTAAAATAATTAATAATAAT;SOR=2.833;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=9;WE=65141689;WS=65141666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	65234249	.	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	65247394	rs2478151	T	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=56;SC=CTTTTCCTTTTTTTTAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=65247402;WS=65247384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	65255018	rs2500232	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=919;SC=CTTTGAAATTGTGTCTTTGTA;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=65255026;WS=65255008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	65270549	rs12134044	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=13;PP=1000;SC=TTTTCTTTTAAAATCAGTTCA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=65270557;WS=65270539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	65301669	rs2254002	C	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=219;SC=GTGACATTTTCCATTATAATA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=65301677;WS=65301659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	65303659	rs12129819	C	T	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=79;PP=2965;SC=TGTAATACTCCTTATCGGTTT;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=206;WE=65303674;WS=65303649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	65310489	rs2230588	T	C	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=76;PP=2965;SC=GCTTGATGAATGGGCCACACT;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=197;WE=65310497;WS=65310479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	65311116	rs2780821	GC	CT	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=1127;SC=TAGCTGCTTGGCTAGCACCTC;SOR=2.910;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=24;WE=65311125;WS=65311106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	65313414	rs12739954	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=525;SC=GTGATGGACCGTCTGGGAATG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=65313422;WS=65313404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	65316675	rs310216	G	A	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=84;PP=2464;SC=AGCCGGGGCCGTGGGACCGGT;SOR=1.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=122;WE=65316683;WS=65316665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	65321388	rs310229	G	A	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=2560;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CCTGCTATTCGGGAAATGACC;SOR=0.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=138;WE=65321396;WS=65321378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr1	65325970	rs310224	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=50;PP=1425;SC=GAAATTCCCACGGTTACATCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=65325978;WS=65325960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	65326095	rs200014012	TTGCA	T	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=134;SC=AATATACCCCTTGCATGCATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=65326106;WS=65326085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	65330682	rs2256298	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=244;SC=AAGGGACAGGGTTAAGTTGCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=65330690;WS=65330672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	65335062	rs45598436	A	G	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=117;PP=2965;SC=TGGCCAGGACAGCCATCCCTA;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=73;TCR=117;TR=190;WE=65335070;WS=65335052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	65684425	rs11208611	C	T	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1449;ReadPosRankSum=0.051;SC=TTGTTTTGTTCTTTGCATTTA;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=104;WE=65684433;WS=65684415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,111:0.49:226
chr1	65690461	rs4915685	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.459;NF=12;NR=1;PP=255;ReadPosRankSum=1.876;SC=CTGGTGAACCGTTAGTCCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=65690469;WS=65690451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	65832014	rs35329755	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.593;SC=TCTGTTCACAAAATATTTATT;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=13;WE=65832022;WS=65832004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	65844963	rs3818449	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=15;PP=1403;SC=TGTTCCCACTATTCCTATCTA;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=65844971;WS=65844953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	65845042	rs2296480	A	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=617;ReadPosRankSum=0.154;SC=TATGAAGAGGAAGTTGCTGGA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=52;WE=65845050;WS=65845032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr1	65845076	rs2296481	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=790;ReadPosRankSum=-1.815;SC=TTTTGCTGTGCTCCCTTAGGT;SOR=0.684;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=59;WE=65845084;WS=65845066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,65:0.40:163
chr1	65858088	rs6588144	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=11;PP=568;SC=GCAACTAATCTCTTATGGTAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=65858096;WS=65858078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	65858145	rs4325172	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=26;PP=1281;SC=TCTGTGAGGAGGACCACGCTG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=65858153;WS=65858135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	65860687	rs4582839	A	C	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=136;PP=2965;SC=TTCTCCAGCCAACAAGAAGTC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=116;TCR=136;TR=252;WE=65860695;WS=65860677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	65867391	rs4592284	C	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=26;PP=1751;SC=CTGAATTTCACAATTCAGCCT;SOR=1.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=65867399;WS=65867381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	65878567	rs189499800	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=496;ReadPosRankSum=1.654;SC=ATGAAATTTTGGTCTGTGGTA;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=33;WE=65878575;WS=65878557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr1	65886398	rs3790435	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GCGGCCCCAGTTCGGGAGACA;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=68;WE=65886406;WS=65886388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
chr1	65886448	rs3790434	T	C	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CCGGCTCGCTTGTCGTGTGGT;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=282;TCF=153;TCR=129;TR=118;WE=65886456;WS=65886438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,126:0.42:300
chr1	65887013	rs12145690	A	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1208;ReadPosRankSum=1.230;SC=ATGGACAGAGAAGAAACCAGT;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=79;WE=65887021;WS=65887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,87:0.48:183
chr1	66036441	rs1137100	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=441;ReadPosRankSum=-0.961;SC=ATTGAAGGAAAGACATTTGTT;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=28;WE=66036449;WS=66036431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr1	66036501	rs2186248	G	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=377;SC=CATTAGCTATGTTTTAAATGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=66036509;WS=66036491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr1	66067403	.	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=1.182;SC=TGTTCCACAACTTGAATTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=20;WE=66067411;WS=66067393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	66618300	rs114287158	T	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr1	66618303	rs115304639	T	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr1	66731886	rs6588193	G	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=298;SC=GCTCTCAAAAGTATGTCTCTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=66731894;WS=66731876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	66732386	rs6588194	G	A	6175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=111;PP=2965;SC=GGTGTGTTGAGAGCTGCAGAG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=117;TCR=111;TR=227;WE=66732394;WS=66732376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	66732529	rs6701329	A	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=848;SC=TTCCCTACTAATGTAGCAGTA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=66732537;WS=66732519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	66829262	rs783039	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=861;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GACGTGAGTAATTATGACCTG;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=59;WE=66829270;WS=66829252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr1	66831256	rs144339850	C	CA	878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.578;NF=20;NR=5;PP=908;ReadPosRankSum=-0.092;SC=ATCCCTCTCCCAACAAGAATA;SOR=1.236;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=25;WE=66831264;WS=66831246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	66831370	rs783036	G	A	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=122;NR=105;PP=2965;SC=CAGATTTGGAGATCCTGGCTG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=227;WE=66831378;WS=66831360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	67000103	rs1445578	A	G	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1815;ReadPosRankSum=0.871;SC=TTTGGGCAGAACAGCATTAAA;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=112;WE=67000111;WS=67000093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,122:0.53:230
chr1	67000162	rs1445579	T	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=831;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TGGTTGCCAATGTTTTGCAAG;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=50;WE=67000170;WS=67000152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr1	67094288	rs72669450	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.548;SC=TGACTGCACCAGAGATTTCTG;SOR=1.139;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=19;WE=67094296;WS=67094278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	67101802	rs7546825	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CATTTACTCCATTTAAGAAAA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=67101810;WS=67101792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	67126114	rs12094526	A	G	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1701;ReadPosRankSum=-1.597;SC=GTTATCCTGAACCTTGACCTG;SOR=0.996;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=141;TCR=99;TR=112;WE=67126122;WS=67126104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,111:0.45:247
chr1	67142675	rs11208943	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.171;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=635;ReadPosRankSum=0.251;SC=AAATCTTCTTTTTTGTTTCCA;SOR=1.191;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=40;WE=67142683;WS=67142665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr1	67145322	rs10889644	C	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=43;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ACTTAGGAAGCACATGACCAA;SOR=1.129;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=335;TCF=211;TCR=124;TR=135;WE=67145330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,141:0.41:344
chr1	67149706	rs10749764	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=0.241;SC=AGCCCTAAATGCTTTTTGGCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=67149714;WS=67149696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	67154730	rs35898963	CA	C	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.660;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr1	67155862	rs71660869	TCTC	T	4488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.823;NF=26;NR=43;PP=2828;ReadPosRankSum=0.137;SC=TCTCTTTTCTTCTCCTTACAG;SOR=0.832;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=69;WE=67155872;WS=67155852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,118:0.48:247
chr1	67160336	rs2146904	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=-0.845;SC=ACTGTTCATCATGGAACTCGT;SOR=0.605;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=26;WE=67160344;WS=67160326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr1	67160981	rs1325268	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1192;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTCCCTTTTTCCTGCACGCTA;SOR=0.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=66;WE=67160989;WS=67160971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
chr1	67194911	rs3078564	TTC	T	2071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.495;NF=19;NR=21;PP=1608;ReadPosRankSum=0.697;SC=GACATGGATTTTCTCTCTCTT;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=40;WE=67194920;WS=67194901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr1	67195184	rs1032635	C	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr1	67195192	rs1032634	C	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.697;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr1	67242200	rs7541120	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=396;ReadPosRankSum=0.331;SC=GTTAAAATGCGTATTTATAAT;SOR=1.005;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=28;WE=67242208;WS=67242190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr1	67242243	rs148639880	G	GGT	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	67243024	rs2133173	C	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCAGAGCATACTTATTGGAAG;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=96;TCR=100;TR=107;WE=67243032;WS=67243014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,114:0.55:208
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chr1	67288045	rs482082	C	T	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.424;SC=GAGTCTTACCCGGCCAGTTTC;SOR=0.862;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=89;WE=67288053;WS=67288035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr1	67292473	rs34718535	A	AT	1346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.942;NF=22;NR=5;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TGCTTCTACTAAAATTTATGC;SOR=1.381;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=27;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr1	67292478	rs36067642	T	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.335;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=1641;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTACTAAAATTTATGCAAGAA;SOR=1.075;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=32;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr1	67303303	rs6698076	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=407;ReadPosRankSum=0.251;SC=AATTTTCTAGACTTTATTTAA;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=23;WE=67303311;WS=67303293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	67306054	rs11208966	C	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=0.258;SC=ATTTAAATTCCTTGTGCCATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=67306062;WS=67306044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	67359195	rs3008881	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GAAAAAAGATTAGTATAATGC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=67359203;WS=67359185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	67390416	rs3008858	G	C	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=104;PP=2820;ReadPosRankSum=-1.826;SC=GGGGAGTGGTGCACCACCCCT;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=362;TCF=167;TCR=195;TR=184;WE=67390424;WS=67390406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,194:0.51:383
chr1	67390468	rs1886686	C	G	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=69;PP=1682;ReadPosRankSum=0.462;SC=CCAAGCTCCTCCGTTAGCGGC;SOR=1.074;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=225;TCF=90;TCR=135;TR=108;WE=67390476;WS=67390458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,108:0.46:235
chr1	67396222	rs3008861	T	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=466;SC=AACAGGCCATTCTCTGGGCGG;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=67396230;WS=67396212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	67425311	rs2985794	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	67437150	rs6661866	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TACATATTTAAAGGTAGTTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=67437158;WS=67437140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	67438535	rs12131222	A	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=683;ReadPosRankSum=0.525;SC=ATATGCAATAATTGGGGGAAT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=48;WE=67438543;WS=67438525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr1	67442275	rs11208979	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=388;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TTGTTTCTTACAGGTCCGAAC;SOR=1.308;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=28;WE=67442283;WS=67442265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	67447450	rs12039172	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr1	67452322	rs17497828	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.121;SC=CCCAAACAGTGTTAAAAGCCA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=67452330;WS=67452312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	67487119	rs2065002	C	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=544;ReadPosRankSum=1.591;SC=TAGGCTGACACACTCAGGAGA;SOR=0.351;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=32;WE=67487127;WS=67487109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr1	67487374	rs146592108	TCCAACACAGACACAGACACAGACA	T	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-2.137;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr1	67508080	rs10546548	CCACT	C	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=1043;ReadPosRankSum=0.109;SC=GTACAAAATACCACTCAAACT;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=23;WE=67508091;WS=67508070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr1	67512903	rs1024229	G	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=543;ReadPosRankSum=1.161;SC=GAATTGACATGCCAACATCAG;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=38;WE=67512911;WS=67512893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr1	67512920	rs1024230	A	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=595;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCAGTACACAACTGTTAAAGC;SOR=0.466;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=37;WE=67512928;WS=67512910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr1	67519435	rs145865907	C	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr1	67558739	rs6588237	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=1119;SC=TATCCAGTGGCGTTACATTAT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=67558747;WS=67558729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	67560897	rs10889653	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=876;SC=TTTACTTAACAATAGATGATA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=67560905;WS=67560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	67560956	rs11208997	C	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=36;PP=1736;SC=CTAACGTTGACTATCTTGGCA;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=95;WE=67560964;WS=67560946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	67562106	rs6670381	G	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=275;SC=CATATGGAAAGTACCTAGTAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=67562114;WS=67562096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr1	67579245	rs2144655	G	A	98.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.876;SC=ACAGGGTTTCGCCATGTTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=67579253;WS=67579235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr1	67705726	rs10889671	A	G	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=230;SC=TGTGGCCTAAAGTAAAGGTTA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=67705734;WS=67705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	67852335	rs2228420	G	A	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=103;PP=2965;SC=TTTTCTCAACGCATTACTTCC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=90;TCR=103;TR=193;WE=67852343;WS=67852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	67861520	rs2229546	C	A	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=181;NR=141;PP=2965;SC=ACCCAAAGCCCGAAAACCCAG;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=181;TCR=142;TR=322;WE=67861528;WS=67861510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	67890526	rs6702742	A	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=57;SC=GTATGGATTAACCTCTAGTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=67890534;WS=67890516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr1	68152363	rs3783468	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTGGTAGGTGGGGGTCAGGAG;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=68152371;WS=68152353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
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chr1	68603432	rs1430754	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTATCCTGACTTAAGCTGTT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=13;WE=68603440;WS=68603422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	68603586	rs983034	C	T	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1324;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGGACTGTGACGCCGCCCCAT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=88;WE=68603594;WS=68603576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,94:0.53:178
chr1	68603731	rs1831297	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=1.079;SC=TGTGGGAAACATGAAGGGCCA;SOR=0.409;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=19;WE=68603739;WS=68603721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	68613933	rs2303949	C	T	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ACAAAGGCAACGGGAACTTTC;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=82;WE=68613941;WS=68613923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,92:0.44:207
chr1	68614013	rs2566789	A	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=52;PP=1654;SC=ACATTACAGAAATCCTAAAGA;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=75;WE=68614021;WS=68614003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	68620762	rs3762371	G	A	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=68;PP=2313;ReadPosRankSum=0.628;SC=CACATGTCAAGATCAATTACA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=233;TCR=161;TR=166;WE=68620770;WS=68620752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,172:0.42:408
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chr1	68652184	rs5774920	T	TA	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.101;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	68943436	rs1924542	G	A	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,77:0.56:137
chr1	68943442	rs3790476	A	G	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.72;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr1	68944633	rs12759438	A	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=863;ReadPosRankSum=0.697;SC=ACACAGGATCAACACAGAAAT;SOR=0.886;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=62;WE=68944641;WS=68944623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr1	68947318	rs3833522	C	CA	10214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=144;PP=2979;SC=AATACCCCCCCAAAAATCATC;SOR=0.977;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=22;TCR=159;TR=165;WE=68947326;WS=68947308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	68952564	rs138180992	AAC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	68960476	rs4926345	T	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTAATTCACATCTGATTATAT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=68960484;WS=68960466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	70034370	rs11280966	C	CCAGCCGCGTG	9374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.79;QD=42.81;SOR=2.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	70225832	rs17397812	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=397;SC=CAAGGGCACTGGATAAGCTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=70225840;WS=70225823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	70304758	rs12735430	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=23;PP=1002;SC=TATTGAGTACAGTGAATAATT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=70304766;WS=70304748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	70397087	rs7530457	T	C	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=1.008;NF=70;NR=48;PP=1840;ReadPosRankSum=0.311;SC=CAGTTTTGTGTACTACGCAAT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=140;TCR=92;TR=118;WE=70397095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr1	70488751	rs141248264	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=880;ReadPosRankSum=-1.672;SC=TGATAAAGTGAAAGTATTGCT;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=52;WE=70488759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr1	70587360	rs641909	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=491;SC=TAAAAACTGACAACTTTTTGT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=70587368;WS=70587350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	70904523	rs112004441	T	TTGTG,TTGTGTG	1829.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.329;QD=44.63;ReadPosRankSum=1.416;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,22:0.44,0.54:41
chr1	70904800	rs1021737	G	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1325;ReadPosRankSum=-1.524;SC=CCAAGTGGAAGTCACAGCTAG;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=95;WE=70904808;WS=70904790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,102:0.44:232
chr1	71327936	rs112423301	T	TA	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=-1.338;SC=ACATACTAAGTAAAAAAAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=21;WE=71327944;WS=71327926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr1	71328234	rs7533733	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.235;SC=TGACTTAGAAAGCTCAAGGAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=71328242;WS=71328224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	71331430	rs5702	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr1	71331498	rs1409986	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=808;ReadPosRankSum=2.933;SC=ATCACAGTAGAGGTGGGAAGA;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=54;WE=71331506;WS=71331488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr1	71349613	rs1854150	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	71419499	rs571705	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=283;SC=ACAGTATAAGCTTGCTATAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=71419507;WS=71419489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	71440217	rs2072947	C	T	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=142;SC=CTCATTTCTACTTCCATGCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71440225;WS=71440207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	71533287	rs66461782	A	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	71536574	rs11583800	G	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=659;ReadPosRankSum=1.328;SC=TGTGAAGATCGAGACTTTGAG;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=45;WE=71536582;WS=71536564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr1	71537943	rs11209745	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	72058367	rs1334004	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=705;SC=GTAAGGATTGCGTGATGTATA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=72058375;WS=72058357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	72058405	rs1334005	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GGTTGAGTTTTAAAATGAACG;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=72058413;WS=72058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr1	72058552	rs1413368	G	A	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=48;PP=1939;SC=CAGCCACACAGGTATAATTGC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=100;WE=72058560;WS=72058542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	72242039	rs6424448	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=445;SC=GTTGAAGTACGTATGATTAAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=72242047;WS=72242029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	72747844	rs3101341	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=0.733;SC=CGGGCCGGGGCTCCGGGAAGA;SOR=0.650;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=12;WE=72747852;WS=72747834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr1	74507711	rs7538410	T	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=162;SC=ATAAGAACCTTTTATTTACTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=74507719;WS=74507701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	74575182	rs1340472	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=10;PP=512;SC=ATCCATTTTGCTTCATATCCT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=74575190;WS=74575172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	74646514	rs6701961	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1250;SC=AATAAATATTCTTCAAAAAGG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=74646522;WS=74646504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	74648182	rs1047127	A	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=584;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TTTCCCTTTTATACATTTAAT;SOR=0.735;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=32;WE=74648190;WS=74648172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr1	74664149	rs4422957	T	C	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1178;ReadPosRankSum=0.136;SC=TTCTCATCTGTAGGCCTATGA;SOR=1.133;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=76;WE=74664157;WS=74664139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,78:0.52:149
chr1	74665296	rs375572507	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=737;ReadPosRankSum=-1.164;SC=ACCTGTGGCAACTAGAAAATT;SOR=0.556;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=40;WE=74665304;WS=74665286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr1	74665493	rs792310	G	A	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=70;PP=1853;ReadPosRankSum=2.036;SC=ACGTTTTTGTGGATCCTGCTG;SOR=0.998;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=118;WE=74665501;WS=74665483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,128:0.52:246
chr1	74666344	rs35329584	A	AC	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GACTGCCACCAGCCTGGCTAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=74666352;WS=74666334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	74666507	rs9804006	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=0.882;SC=TCTGAGGTACTCAAGAGTTAA;SOR=1.159;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=30;WE=74666515;WS=74666497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr1	74666833	rs17591703	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	74669973	rs9425024	T	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=87;SC=TATCGTTAAATATATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=74669981;WS=74669963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	74670172	rs12046751	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=774;ReadPosRankSum=0.635;SC=TAGAATTAAAACTAGCCATGT;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=53;WE=74670180;WS=74670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr1	74671519	rs571848	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TGATGTAGAGATATTTTAAAT;SOR=0.416;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=8;WE=74671527;WS=74671509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	74701295	.	T	A	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=48;QD=27.5904041824;SC=GCAGCATGTTTTGTGAAAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=74701303;WS=74701285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	74705494	rs41289182	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.617;SC=AAGACAGAAAGAGCTAAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=15;WE=74705502;WS=74705484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	74716515	rs67159904	CT	C	1345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-2.381;QD=32.04;ReadPosRankSum=3.312;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr1	74716524	.	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-2.450;QD=31.90;ReadPosRankSum=3.166;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr1	74818872	rs59924195	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=0.499;SC=ATGATTTTTCGAGGTGTAGGG;SOR=0.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=74818880;WS=74818862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	74819077	rs6424586	T	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=836;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ACTAGTTCTATATGCTTATCA;SOR=0.587;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=70;WE=74819085;WS=74819067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,74:0.45:164
chr1	74836154	rs6698326	T	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=948;ReadPosRankSum=-1.392;SC=GAAGATACATTTTAGACTTAT;SOR=1.041;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=57;WE=74836162;WS=74836144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr1	74841173	rs2880795	A	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=818;SC=CTGAAAGATTAGAAACCTCCC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=74841181;WS=74841163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	74841190	rs1569093	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TCCCCAGATTGCTTCTGGGGA;SOR=1.550;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=18;WE=74841198;WS=74841180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr1	74901829	rs45589143	A	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr1	74902244	rs41289200	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=1.549;SC=ATAATTATAAACCAATTAAAA;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=15;WE=74902252;WS=74902234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	74936374	rs596204	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=23;PP=1301;SC=ATTTGATGTGATATTTGGGGT;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=74936382;WS=74936364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	74936454	rs491922	G	C	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=51;PP=2683;SC=GTGTTGTAAGGCTTCATTTTG;SOR=1.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=132;WE=74936462;WS=74936444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	74937749	rs3765674	A	G	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=92;PP=2965;SC=GTCTTTGCCTATGAGGGTGTA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=222;WE=74937757;WS=74937739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	74941210	rs648614	C	T	10977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=165;PP=2965;SC=CTAAATGATCCGTCAAGGGTT;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=202;TCR=166;TR=366;WE=74941218;WS=74941200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr1	74941293	rs649058	G	A	11524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=206;NR=195;PP=2965;SC=GGACCCCACAGTGGACATGAC;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=206;TCR=195;TR=401;WE=74941301;WS=74941283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	75005776	rs6656785	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTCTTCCCCAACTAGTTACTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=75005784;WS=75005774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	75006076	rs3845348	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=698;ReadPosRankSum=0.490;SC=AAGGGAGAAAGCATTGCATAT;SOR=1.048;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=44;WE=75006084;WS=75006066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr1	75036783	rs9326115	T	C	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=30;PP=2224;SC=TTAAACTCACTGTCTGCCAGC;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=85;TCR=30;TR=115;WE=75036791;WS=75036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	75036812	rs9326116	C	T	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TAGACCTGCACGTTGTTGGGG;SOR=1.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=161;WE=75036820;WS=75036802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
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chr1	75097426	rs11210490	G	C	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=44;PP=2002;SC=AAGCCATTTGGAGCAGTGGTT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=106;WE=75097434;WS=75097416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	75108863	rs623171	A	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=891;SC=ATTCCAACAGATAACTATATT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=75108871;WS=75108853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	75132103	rs72675368	T	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.512;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr1	75132462	rs5775255	T	TA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr1	75172001	rs7527057	T	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1164;ReadPosRankSum=0.808;SC=GAATCATTTTTCCAGTAGCCC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=80;WE=75172009;WS=75171991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr1	75172652	rs17552114	T	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=828;ReadPosRankSum=0.735;SC=GTGGGTTTATTTCAATAGTAC;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=59;WE=75172660;WS=75172642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr1	75172756	rs71695861	TAA	T,TA	811.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;QD=23.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,22,12:0.65,0.35:34
chr1	75176051	rs61790696	G	A	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=138;SC=ACTTAAGAGTGTAAATGAAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=75176059;WS=75176041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	75190452	rs1051122	C	T	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=55;PP=2346;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GGACTTCTGGCCCACCAAATT;SOR=0.314;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=134;WE=75190460;WS=75190442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr1	75199152	rs277373	C	T	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=69;PP=1860;SC=TGCGAAACTTCAGGAGCCCTG;SOR=3.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=80;WE=75199160;WS=75199142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	75214390	rs749690	G	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=25;PP=1142;SC=CAGATGATCTGGTTACCCACA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=75214398;WS=75214380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	75602384	rs71500673	G	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGTGAGTGCGGAGGGGCTCGC;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=33;WE=75602392;WS=75602374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr1	75603055	rs1526503	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=41;PP=1212;SC=GTTCTGGGTGAAGGTTGTAGG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=75603063;WS=75603045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	75603101	rs6695423	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=1.784;SC=AGGGCAACTCATGCGGTGGGA;SOR=4.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=75603109;WS=75603091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr1	75609049	rs12041465	A	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AATACTTTTGAGTCTTTTGAG;SOR=0.264;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=75609057;WS=75609039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	75614380	rs35220110	CT	C	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=2.259;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	75626420	rs2462955	A	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=15;PP=2370;SC=GATGAAAACAATGCCTTGGAT;SOR=3.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=86;TCR=15;TR=101;WE=75626428;WS=75626410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	75626631	rs41301265	A	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=909;ReadPosRankSum=-2.201;SC=GTCATTTATTATGTATAAAAT;SOR=1.110;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=109;TCF=22;TCR=87;TR=52;WE=75626639;WS=75626621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr1	75679569	rs3831898	C	CTT	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.293;NF=2;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=-0.593;SC=ATCTTTTAAACTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=75679577;WS=75679559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	75680433	rs687715	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=588;ReadPosRankSum=0.809;SC=ACAATCCAATGACAGGAAGGT;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=39;WE=75680441;WS=75680423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	75680545	rs688513	T	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CAACTCTCAGTGTCATTGACA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=75680553;WS=75680535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	75681351	rs594470	A	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.098;SC=AACTGCATGAAGTAAAAGTAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=4;WE=75681359;WS=75681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	75681511	rs595009	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr1	75685403	rs600734	T	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=45;PP=1876;ReadPosRankSum=1.320;SC=TTCCCAGGGATAGAAAACACT;SOR=0.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=252;TCF=157;TCR=95;TR=126;WE=75685411;WS=75685393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,128:0.49:261
chr1	75699646	rs10493564	T	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1073;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGATATTTGATAATTTGAAGA;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=65;WE=75699654;WS=75699636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
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chr1	75704070	rs147152873	CATATATATATATAT	C	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=2997;SC=ACGTATATTTCATATATATAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=75704091;WS=75704060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr1	75716925	rs588098	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GGTTTAGCAACACGGAGGGAC;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=78;WE=75716933;WS=75716915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,84:0.42:202
chr1	75766186	rs623850	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	75823084	rs1249833	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=191;SC=TCTCTGAGCACTGAGTAGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=75823092;WS=75823074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	76007232	rs211744	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AAGATAGTTACCTAAAGCAAA;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=76007240;WS=76007222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	76143443	rs7513363	A	G	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.068;NF=43;NR=61;PP=1451;ReadPosRankSum=0.821;SC=CAAGGGAGGAACCAAGATGGC;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=93;TCR=129;TR=104;WE=76143451;WS=76143433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,106:0.46:231
chr1	76143458	rs7516122	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.183;NF=31;NR=51;PP=1257;ReadPosRankSum=1.012;SC=GATGGCCGAATAGGAACAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=82;WE=76143466;WS=76143448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr1	76143505	rs1746748	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=56;PP=1397;SC=ACGCAGAAGATGGGTGATTTC;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=76143513;WS=76143495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	76190568	rs116034618	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=663;ReadPosRankSum=-1.039;SC=AGCAGGGGGCCCTGGGCCAAA;SOR=1.011;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=16;WE=76190577;WS=76190558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	76190569	rs1251075	C	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=1371;ReadPosRankSum=1.905;SC=GCAGGGGGCCCTGGGCCAAAA;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=30;WE=76190577;WS=76190558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr1	76194054	rs7524467	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TTTAACTTATCAAATTTATTT;SOR=0.145;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=19;WE=76194062;WS=76194044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	76194229	rs11316888	GT	G	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=985;SC=AGCTTTATATGTTTTGTTTGG;SOR=2.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=76194237;WS=76194219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	76194306	rs1146572	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=136;SC=TCCACAGATAATTTACAATAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=76194314;WS=76194296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	76198436	rs2275378	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=-2.075;SC=AGTAGGTATATACATTTTAAA;SOR=1.174;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=34;WE=76198444;WS=76198426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr1	76198785	rs3818855	G	A	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=2102;ReadPosRankSum=1.384;SC=ACCTAGATGCGTTTTTCCTTC;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=162;TCR=172;TR=155;WE=76198793;WS=76198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,163:0.47:350
chr1	76199345	rs2153126	C	G	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=71;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CTACCTAACTCAGCTCTTGTT;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=60;TCR=138;TR=103;WE=76199353;WS=76199335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr1	76205643	rs12127402	C	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AATTTCATTTCTCTTGTTTTT;SOR=1.086;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=21;WE=76205651;WS=76205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	76216330	rs11161521	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CAATTTCTACTTTGATAGCAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=76216338;WS=76216320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	76227022	rs1061337	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=-1.483;SC=AATATCCTGTAGAAAAACTAA;SOR=0.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=39;WE=76227030;WS=76227012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr1	76234886	rs1146593	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=20;PP=665;SC=TCACCTTCCAACATCATTGAA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=76234894;WS=76234876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	76252011	rs1146634	G	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=39;PP=1508;SC=CAGACAGGGTGGAGTAGGGTT;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=76252019;WS=76252001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	76252687	rs1146636	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=465;SC=TGATATTCTATGGTGTTTATT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=76252695;WS=76252677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	76253045	rs3831900	T	TA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCTAGTTAGTTACAATTTTTA;SOR=0.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=3;WE=76253053;WS=76253035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	76255228	rs11161620	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.139;SC=ATTACACTGAGACCTTGGAGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=76255236;WS=76255218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	76255613	rs11588643	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.318;SC=AGGGACATTTACCTAATACTT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=76255621;WS=76255603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	76257892	rs12703	A	T	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=32;PP=1771;SC=GATTTCTGGCAATTACAAGTC;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=76257900;WS=76257882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	76260837	.	C	T	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5064;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=39;QD=24.5904041824;SC=AATCTACCATCTTAAAATGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=76260845;WS=76260827;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	76269372	rs5745323	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=496;SC=CATCATTGCATAATTCAAATC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=76269380;WS=76269362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	76269460	rs5745325	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=425;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AAACACAGTTGCATCAAATTT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=32;WE=76269468;WS=76269450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr1	76276353	rs12122939	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AAGCTTTATTTAAGAAATTGT;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=76276361;WS=76276343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	76280543	rs1144339	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=87;SC=ACTTAGCAAGAATAATCATTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=76280551;WS=76280533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	76333163	rs5745433	T	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TAAATATTTATGGTGTCCATC;SOR=0.803;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=24;WE=76333171;WS=76333153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	76344011	rs1493367	C	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=402;ReadPosRankSum=1.182;SC=CAGGTAATTTCTTTATTTGAT;SOR=1.453;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=25;WE=76344019;WS=76344001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	76344711	rs5745449	A	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=467;ReadPosRankSum=-1.532;SC=AATATAGTCTACCTTTAAGGA;SOR=0.358;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=35;WE=76344719;WS=76344701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr1	76344920	rs5745453	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=279;SC=TGAATGTTCTGTATCTTCTCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=76344928;WS=76344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	76345640	rs2307077	G	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AGAGTAAAATGATTAACCTAA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=76345648;WS=76345630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	76346920	rs5745466	C	CAT	2334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=11;PP=1633;SC=TCTTACCAAACGTGTTTTCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=33;WE=76346928;WS=76346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	76349534	rs5745485	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TTATAATGACCAGTTTTACAC;SOR=0.235;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=18;WE=76349542;WS=76349524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr1	76363505	rs2029680	A	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=-0.876;SC=AGAAAATTAAACTAAAATTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=9;WE=76363513;WS=76363495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	76378275	rs5745547	G	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.959;NF=13;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=-0.893;SC=TAACCCTTGAGTTCCATATGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=76378283;WS=76378265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	76378357	rs71690142	ATAT	A	625.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=2.083;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr1	76378360	.	T	TA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=-1.238;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.475;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr1	76378362	rs2881857	T	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.99;MQRankSum=-1.728;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.797;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr1	76608491	rs289686	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.984;NF=28;NR=8;PP=486;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCCCGCTTCCTTGTCTTGAAT;SOR=0.737;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=36;WE=76608499;WS=76608481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	76608507	rs172333	C	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.027;QD=20.75;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr1	76608508	rs71071986	CT	C	1563.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.058;QD=19.07;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr1	76608532	rs597362	T	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.018;QD=16.73;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr1	76608691	rs12064337	G	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=821;ReadPosRankSum=1.707;SC=GCAAAGGAGGGATTACTTTCT;SOR=0.492;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=46;WE=76608699;WS=76608681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr1	76771475	rs10782610	G	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=568;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ATCAGTTAGAGAATTATTTAT;SOR=1.739;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=32;WE=76771483;WS=76771465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr1	76773440	rs76783328	T	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=-1.139;SC=ATTTTGTGGTTAAAGACTACT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=76773448;WS=76773430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	76878156	rs17098942	C	T	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=72;PP=2137;SC=TATGCTAAATCTTCGCCAATT;SOR=2.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=94;WE=76878164;WS=76878146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	77093010	rs680442	CT	TG	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=677;ReadPosRankSum=0.150;SC=AGTTTCTCAACTCTTTTTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=15;WE=77093019;WS=77093000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	77093180	rs1184626	C	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GTTTACCTTCCTTCTGGCCAT;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=75;WE=77093188;WS=77093170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,80:0.48:167
chr1	77558057	rs1048575	G	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=284;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCATCATCAAGTCTAAAAAAT;SOR=0.997;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=19;WE=77558065;WS=77558047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	77627096	rs839825	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=17;PP=818;SC=TGATGCTATGGAAAGGGGGAA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=77627104;WS=77627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	77627450	rs17099983	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-1.812;SC=AATCATACACTAATATTTCTA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=77627458;WS=77627440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	77629444	rs2293253	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	77634948	rs1779199	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=31;PP=1932;SC=AATTTACCTCGTAACTTCTAT;SOR=1.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=77634956;WS=77634938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	77635175	rs150380534	TCTC	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=0.381;SC=TGTTCATTTTTCTCCTCCTTA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=77635185;WS=77635165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	77672452	rs201620183	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TTTTTATGCATCAAGGCTAAC;SOR=0.296;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=35;WE=77672460;WS=77672442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	77752921	.	TG	T	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=34.5;SC=TATAAATGCCTGAAGTCATTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=77752929;WS=77752911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr1	77763542	rs1167206	G	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=39;PP=1334;SC=CAGAGATAAAGCAAAAATTGA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=77763550;WS=77763532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	77949123	rs7515509	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.037;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	77949129	rs7528932	A	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=0.917;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	78001881	rs10873948	T	C	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.53;NF=2;NR=5;PP=138;SC=CACAGTGGCTTATGCCTGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=78001889;WS=78001871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	78024284	rs6675743	T	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=15;PP=728;SC=CTTTTAAATATAGATAAATGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=78024292;WS=78024274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	78024345	rs79671213	C	CTAT	3123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=26;PP=2093;SC=GCTATTGACTCTATTTTCTGA;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=41;WE=78024353;WS=78024335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	78031994	rs7552291	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=20;PP=492;SC=GGACAGTAATATAACACACAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=78032002;WS=78031984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	78033981	rs145860524	AAAATG	A	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=677;SC=ATAAATAAATAAAATGAAATG;SOR=1.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=12;WE=78033993;WS=78033971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	78045369	rs1565852	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=1074;SC=TTAAATATTGGATTTCTAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=78045377;WS=78045359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	78179032	rs71075758	AT	A	144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=121;SC=CATTAAACTCATTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=78179040;WS=78179022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	78184433	rs1963170	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=287;SC=TGGCAAACATGGTGAAATCCC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=78184441;WS=78184423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	78281002	rs11162386	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=641;SC=GTCTGTCTTATGTAATAATAG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=78281010;WS=78280992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	78383467	rs1749913	G	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=39;PP=1221;SC=CTTTATTCTCGTGAAAATATT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=78383475;WS=78383457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	78399207	rs4483454	C	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=436;SC=ATTTATTAAGCTAAATATTTT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=78399215;WS=78399197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	78430689	rs11409017	A	AG	5964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=83;PP=2967;SC=TATTAACAAAAGAAGTGGACA;SOR=0.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=46;TCR=89;TR=124;WE=78430697;WS=78430679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	78435701	rs202224025	TA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	78444764	rs140681455	C	CGGCCG	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	78471060	rs11384806	T	TC	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	78478675	rs3790586	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=484;SC=TACAGTTTTTGAAAGTTTAAC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=78478683;WS=78478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	78481640	rs1039863	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=347;SC=GGTAAAATTTGTGCTTAGATT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=78481648;WS=78481630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	79001967	rs35093399	A	AC	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=335;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TTCTGTCAGTATTTTAAACAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=79001975;WS=79001957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	79094593	rs273257	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=24;PP=871;SC=CATTTAACCAAACAAGTTTTA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=79094601;WS=79094583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr1	79392756	rs12754818	C	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.940;SC=TTATAATATACAAATGCAACT;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=79392764;WS=79392746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr1	79403751	rs985277	T	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=620;ReadPosRankSum=2.323;SC=AATTCAAAGCTCAATTATATT;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=47;WE=79403759;WS=79403741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr1	79411888	rs723898	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.701;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=419;ReadPosRankSum=0.737;SC=TTGGTTTGAATATGTTTAACC;SOR=3.076;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=20;WE=79411896;WS=79411878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	79472141	rs1571992	C	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=848;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TTGGAATATTCAACTTTAGAG;SOR=0.934;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=50;WE=79472149;WS=79472131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr1	81967509	.	C	CA	1463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.032;NF=14;NR=15;PP=1101;ReadPosRankSum=0.746;SC=GCAGCAGCAACAGAAGCAGCC;SOR=1.167;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=29;WE=81967517;WS=81967499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr1	82302600	rs12064537	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr1	82402364	rs142993868	TAATC	T	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=4;PP=513;SC=TAAGTGAAAATAATCAAATAA;SOR=2.200;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=82402375;WS=82402354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	82415814	rs9438715	T	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=9;PP=1654;SC=CATGTGTGCATGACTGTATGT;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=82415822;WS=82415804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	82421596	rs11163397	C	T	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=77;PP=2965;SC=TTCTGAGACCCGAAGCTTTGG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=187;WE=82421604;WS=82421586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	82456930	rs7536425	T	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.015;SC=AAGAGATGACTCTTGACCTGT;SOR=0.436;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=18;WE=82456938;WS=82456920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	82459781	rs61773977	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr1	84355734	rs71826512	AAGAACTTCAAGGAT	A	2210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.299;NF=2;NR=32;PP=2966;ReadPosRankSum=0.520;SC=GCGACTGCAGAAGAACTTCAA;SOR=0.619;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=8;TCR=94;TR=34;WE=84355755;WS=84355724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,61:0.38:162
chr1	84365788	rs17534299	C	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=0.984;SC=TTAATCATCCCATCAATGTTT;SOR=0.399;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=18;WE=84365796;WS=84365778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr1	84383079	rs17534614	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACTGTCATCAGGAAAATAACC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=84383087;WS=84383069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	84394792	rs12094835	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GGAGATAAATGTCCAAAAGAT;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=21;WE=84394800;WS=84394782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	84543875	.	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=14;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CGCGCCCGGACTCCTGGCGCC;SOR=1.279;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=154;TCF=119;TCR=35;TR=72;WE=84543883;WS=84543865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,76:0.48:157
chr1	84640691	rs582201	T	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=19;PP=695;SC=TTTAATCATTTTCTAATTTAT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=84640699;WS=84640681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	84640834	rs12132002	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	84647502	rs41300528	CTT	C	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.617;NF=2;NR=16;PP=726;ReadPosRankSum=1.751;SC=TTCTATGACTCTTTGTCAGTA;SOR=0.256;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=18;WE=84647511;WS=84647492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr1	84765340	.	G	GTATATA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.464;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	84791239	rs315555	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=2;PP=200;SC=GAAAGGCCTGTCCCAGAAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=84791247;WS=84791229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	84810396	rs315528	A	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=694;SC=GTGTGCCTCAAAATGCTTCCT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=84810404;WS=84810386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	84810815	rs315527	A	G	11325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=205;PP=2965;SC=TGTAAGCAGCAGACTGAGAAA;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=205;TCR=206;TR=410;WE=84810823;WS=84810805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	84853957	rs665074	A	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=18;PP=1195;SC=AAATTTTGCAATAAAGGATAA;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=84853965;WS=84853947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr1	84867610	rs3754274	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=737;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TTACCTAAAAGACAAAACAAG;SOR=0.938;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=45;WE=84867618;WS=84867600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr1	84874242	rs3116406	C	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=905;ReadPosRankSum=0.335;SC=TACTGGAAATCAACAATTTCT;SOR=0.506;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=116;TCF=29;TCR=87;TR=55;WE=84874250;WS=84874232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr1	84876711	rs3216015	C	CA	1557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=1129;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGAAAAAAAACGATAACTATG;SOR=1.102;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=30;WE=84876719;WS=84876701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr1	84876731	rs1506700	T	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=472;ReadPosRankSum=0.166;SC=GTTGAAGAAATGATTTGGAAA;SOR=1.038;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=26;WE=84876739;WS=84876721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	84880380	rs3768250	T	C	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2955;ReadPosRankSum=0.322;SC=ATCAAGATCATGCCAAGTGGT;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=366;TCF=176;TCR=190;TR=199;WE=84880401;WS=84880370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,210:0.55:380
chr1	84944989	rs2292191	A	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=34;PP=1890;ReadPosRankSum=1.186;SC=GGATAAGAGCAGCAGCAGCGG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=99;WE=84944997;WS=84944979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr1	84946745	rs7413066	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=10;PP=257;SC=TAGGGAATCCCTCCTGATATT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=84946753;WS=84946735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	84956161	.	CT	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.284;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,28:0.20:139
chr1	84986213	rs5775789	AT	A	193.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=159;SC=ACATCAATTGATTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=84986221;WS=84986203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	85113203	rs2994949	T	C	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=96;PP=2965;SC=CAGGTCTTGATGCCACACTCC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=198;WE=85113211;WS=85113193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	85113229	rs1057746	A	G	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=98;PP=2965;SC=TGATTTGTACATTCTCCTCCA;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=183;WE=85113237;WS=85113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	85121255	rs4537578	A	G	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=71;PP=2408;SC=TAAAACACTTAGCAGGAGAAA;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=127;WE=85121263;WS=85121245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	85128262	rs2911563	A	G	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=60;PP=1766;SC=ATGCTTAAGCATCTAAAACTC;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=85128270;WS=85128252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	85128280	rs2994437	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=40;PP=1255;SC=CTCTAATGCATTCTATACACG;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=85128288;WS=85128270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	85128305	rs11164033	G	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=833;SC=TGGTGAAAGTGAACCTGGTAT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=85128313;WS=85128295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	85131641	rs2911566	G	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=181;SC=GGGTTCCTGAGCTTCCAGTTA;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=85131649;WS=85131631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	85131982	rs3096445	T	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=907;SC=ATCCTTAAAATATCAGTAACA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=85131990;WS=85131972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	85279394	rs41289033	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGAAAAAAAATTTTTTAAAGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=85279402;WS=85279384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	85331808	rs146269415	G	GAGA	3343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=51;PP=2773;SC=ATTCATTGTGGAGAAGTGAAC;SOR=2.272;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=52;WE=85331816;WS=85331798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	85392324	rs6681025	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=873;ReadPosRankSum=1.393;SC=TCTGCTCAGCCGCTGGATAAG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=66;WE=85392332;WS=85392314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,73:0.41:177
chr1	85488030	rs2028304	G	A	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=CAAGCCACACGAGCATGGTAG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=166;WE=85488038;WS=85488020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	85488154	rs2039814	G	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=662;SC=ATTGAGGTAAGTATGAGTAAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=85488162;WS=85488144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	85537502	rs4907131	T	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CCAGGGTAAATCTTAGAAAAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=85537510;WS=85537492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	85537522	rs4907132	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.555;SC=CATATTCTTATGTTTATTAAA;SOR=0.141;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=85537530;WS=85537512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	85547945	rs7534574	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=1.892;SC=TGAATGACCATTGAACATTAA;SOR=2.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=12;WE=85547953;WS=85547935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	85550156	rs146215625	A	AAT	71.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=88;SC=TTTGTTGCAAAATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=85550164;WS=85550146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	85551468	rs111823967	A	ATCAGTTTTTCT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=2967;SC=TTGCCTACACATCAGGGACTT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=85551476;WS=85551458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	85555672	rs1417351	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr1	85598527	rs36118758	TC	T	2093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=13;PP=1236;SC=TTGTTTTTCTTCCCCCCCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=56;WE=85598535;WS=85598517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	85598758	rs140226768	CAT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,8:0.12:69
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chr1	85624549	rs709786	C	T	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=19;PP=1498;SC=GTAGACTCAACTGTCTGCATT;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=85624557;WS=85624539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	85624864	rs817412	G	A	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=130;PP=2965;SC=TTCTGCCTCAGATAATTCAGA;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=71;TCR=130;TR=201;WE=85624872;WS=85624854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	85647713	rs817444	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=536;SC=ACCTTGAATTTCTTCCCCCAA;SOR=1.942;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=85647721;WS=85647703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	85648620	rs817443	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=63;PP=2348;SC=GTATGATGAACTTCTCGGCAG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=85648628;WS=85648610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	85648905	rs11161539	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=970;SC=GAAAGAAAAATACGTTATAAA;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=85648913;WS=85648895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	85723318	rs17382844	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TACAGATTGGATAAGAATGTG;SOR=1.314;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=24;WE=85723326;WS=85723308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	85725353	rs112918702	GCCGGAAA	G	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.927;NF=0;NR=15;PP=774;ReadPosRankSum=0.537;SC=TCCGCCGGAAGCCGGAAACCG;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=15;WE=85725367;WS=85725343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	85741921	rs2735594	G	C	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=96;NR=77;PP=2939;SC=TTCCGCTTTCGTCTCCCGCTG;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=173;WE=85741929;WS=85741911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	85742012	rs11576939	G	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1231;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCTCCTCGGTGAGGGACGGTG;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=80;WE=85742020;WS=85742002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,87:0.50:174
chr1	85742155	rs78416998	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GGAGCGGGTCGGGAGAAAGAC;SOR=0.129;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=85742163;WS=85742145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	85787114	rs233116	A	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.08;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	85787114	.	AACCG	TACCC,TACCG	421	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=22,42;NR=7,12;PP=421,315;QD=16.3609612021;SC=TCTTGCCGGCAACCGGGGGGG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=29,54;WE=85787126;WS=85787104;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:54
chr1	85787118	rs3087894	G	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr1	85787323	rs1498375	T	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=0.280;SC=GGAGAATCAATTTGATTTGTA;SOR=0.342;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=28;WE=85787342;WS=85787313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr1	85787334	rs1498374	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TTGATTTGTACATCTAGGCTT;SOR=0.453;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=27;WE=85787342;WS=85787313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr1	85790633	rs1498373	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=1.036;SC=AAGGAAGGCAGTGTGGTAGGA;SOR=1.839;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=21;WE=85790641;WS=85790623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	85816134	rs2230820	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TAGACCCAATTGCGATCAGGT;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=81;WE=85816142;WS=85816124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,86:0.55:156
chr1	85816224	rs41301261	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AGTCCTACGTGGACAATAGAA;SOR=1.028;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=72;WE=85816232;WS=85816214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr1	85817295	rs2076699	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=70;PP=1612;ReadPosRankSum=0.594;SC=TAGTGAGCAGGTGGCACCAGT;SOR=0.998;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=250;TCF=98;TCR=152;TR=108;WE=85817303;WS=85817285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,110:0.42:260
chr1	85930272	.	GACAC	G,GAC	1222.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;QD=33.05;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,30:0.19,0.81:37
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chr1	86046924	rs2297141	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.093;SC=CGAGGTGGCCGGGCTGGACGA;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=24;WE=86046932;WS=86046914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	86119898	rs2274738	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=539;SC=ACAGGGACACACAAACCGCGT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=86119906;WS=86119888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	86167957	rs1764298	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	86173298	rs1539444	C	T	5934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=69;PP=2965;SC=TAAATGGAATCCCCCATGCCC;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=139;TCR=69;TR=208;WE=86173306;WS=86173288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	86202016	rs1481200	C	T	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=89;PP=2965;SC=GTCATGGAAACAACTAGAGTC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=213;WE=86202024;WS=86202006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	86203249	rs111790983	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=107;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CTTATAATTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=11;WE=86203269;WS=86203239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	86210241	rs11387251	G	GT	1105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=2;PP=1210;SC=TTCTGCCAGGGTTTTATCAAA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=86210249;WS=86210231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	86210546	rs7547023	G	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=47;PP=1216;SC=AATTATATAAGCAAAAAAATC;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=86210554;WS=86210536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	86211325	rs10747324	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=345;SC=TAACTCTTACGGTTAGACAGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=86211333;WS=86211315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	86246849	rs313722	A	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=10;PP=849;SC=ATATTCTAGAAATAGAATTAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=86246857;WS=86246839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	86249063	rs313724	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=9;PP=1676;SC=TGAGTTTCTACCTTAAAAGTC;SOR=3.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=71;WE=86249071;WS=86249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	86249911	rs313725	A	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=54;PP=2294;SC=TGTAGAATAAATGCTTGGTGA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=86249919;WS=86249901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	86252025	rs12746325	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr1	86308225	rs1010058	C	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AAAAATAACCCCCCAACTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=86308233;WS=86308215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	86334070	rs313775	T	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TCCTTCTCTCTAGCCACAGTT;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=18;WE=86334078;WS=86334060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	86334316	rs17411495	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTCCCTGTAATGCAATAAAAA;SOR=1.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=86334324;WS=86334306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	86334675	rs11161693	T	C	37.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	86340193	rs11161696	G	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=136;SC=GCTTTTGAAAGTATGAAATGA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=86340201;WS=86340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	86340262	rs12136023	C	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TTGAGTGTTTCGAATAATAAG;SOR=0.319;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=18;WE=86340270;WS=86340252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	86340523	rs1564518	T	C	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	86340794	rs1564516	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=0;PP=700;SC=CCAAATAGGTTGGGGACTGCT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=86340802;WS=86340784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	86340880	rs1564515	A	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.254;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=2180;ReadPosRankSum=1.884;SC=GTTAGCAAATATAGGGGATTC;SOR=0.393;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=66;WE=86340900;WS=86340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr1	86340892	rs7536101	A	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.896;SC=AGGGGATTCAATGGTAGCAAA;SOR=1.000;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=80;WE=86340900;WS=86340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr1	86341153	rs12122234	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=0.393;SC=TAGCATAAGAGCAGATTCTTT;SOR=0.214;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=86341161;WS=86341143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	86361802	rs7541806	C	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=621;SC=TATGGTCTTACTATGCTAGCA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=86361810;WS=86361792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	86362184	.	A	AT	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=58.58;NF=0;NR=4;PP=34;QD=10.0;SC=CATGTTGATGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=86362192;WS=86362174;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	86375654	rs1502657	C	G	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=100;PP=2965;SC=TTTCTCCCTGCGGACCTAGTG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=212;WE=86375662;WS=86375644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	86375840	rs41306625	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.289;SC=CAAATTTGGCGCTTTATCTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=86375848;WS=86375830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	86435850	rs7538391	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr1	86435957	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.133;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
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chr1	86487914	rs11161721	C	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.771;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,112:0.43:260
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chr1	86487992	rs5775882	A	AACAG	4275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=59;PP=2918;SC=AGAAGAGAATAACAGAAGAGA;SOR=1.732;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=63;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	86488232	rs641712	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=612;ReadPosRankSum=1.663;SC=TTGTCTCCAGGATACCCGGGT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=46;WE=86488240;WS=86488222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr1	86497417	rs145877277	TG	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CATATCTGGTTGAAAAAAATA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=86497425;WS=86497407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	86497769	rs582141	C	G	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=119;SC=TCCTGAGAAGCACAAACCTAT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=86497777;WS=86497759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	86515958	rs17415366	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=1.617;SC=TGTAGTAGTACGAAATTACAA;SOR=0.152;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=18;WE=86515966;WS=86515948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	86529390	rs12742014	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TATAAAGGAAGTACCTACTTG;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=92;WE=86529398;WS=86529380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,91:0.46:198
chr1	86557967	rs11161732	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	86578449	rs2039602	A	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=0.588;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	86578453	rs11161738	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=0.588;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	86590915	rs2174767	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=55;PP=2677;SC=TTAGGAGAGAGCTAAATTTCT;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=136;WE=86590923;WS=86590905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	86590948	rs11161746	A	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTTTTGCCTCACTGATGCGAT;SOR=0.588;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=88;WE=86590956;WS=86590938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,91:0.51:178
chr1	86591837	rs11161747	G	A	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1329;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TACAGCAGTCGCTGGTGATGA;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=64;TCR=108;TR=87;WE=86591845;WS=86591827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr1	86621992	rs1999747	C	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=421;ReadPosRankSum=0.315;SC=GTTGGTCTAACCCCTACCCTA;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=24;WE=86622000;WS=86621982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr1	86814688	rs272491	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=57.71;NF=1;NR=6;PP=105;SC=AAATAATACTCACATCTGATG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=86814696;WS=86814678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	86818572	rs272496	T	C	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=45;PP=1840;SC=GTTGATTTTGTTCTTCATTTT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=86818580;WS=86818562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	86820267	rs1182098	C	T	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=70;PP=2781;SC=ATGCTGTATACTCTGCAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=147;WE=86820275;WS=86820257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	86821194	rs10676142	A	ACT	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=166;SC=AGGAATTTAAACTAAAATTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=86821202;WS=86821184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	86821910	rs68126437	CTAAAA	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=76;SC=CATGAATAAACTAAAATAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=86821922;WS=86821900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	86838158	rs421105	C	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=341;SC=TTTTTTCTATCACAATTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=86838166;WS=86838148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	86847955	rs272516	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=347;SC=TATCGTTCTCGGCTTCCCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=86847963;WS=86847945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	86939130	rs2145412	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=20;PP=865;SC=TCTGTATCTGCTTGAAGCTAC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=86939138;WS=86939120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	86939390	rs2180762	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=28;PP=1701;SC=TGTGATGATAGAAACTTTTTC;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=86939398;WS=86939380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	86951348	rs5742003	A	ATCT	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=488;ReadPosRankSum=2.119;SC=GAGGGCCAGAATAGTTATAAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=11;WE=86951356;WS=86951338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	86952324	rs2734705	A	G	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=46;PP=1964;SC=CATGTACAAAATGAACTCATA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=105;WE=86952332;WS=86952314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	86956785	rs2753342	C	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=57;SC=TAAAAAAATACTATCAAATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=86956793;WS=86956775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	86959173	rs2791494	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=730;ReadPosRankSum=-0.810;SC=ACCTGGACAATGCAGCCTCCC;SOR=0.817;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=56;WE=86959181;WS=86959163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
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chr1	87046169	rs17416766	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr1	87101245	rs2292831	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TCATTTCACTATGAAATTATT;SOR=0.362;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=87101253;WS=87101235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	87101375	rs2292830	C	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=581;ReadPosRankSum=0.459;SC=CAATGACCTACAAATCAAAAT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=44;WE=87101383;WS=87101365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr1	87170606	rs150324653	G	A	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,201:0.54:373
chr1	87200729	rs263483	C	G	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=61;PP=2376;ReadPosRankSum=0.975;SC=GTTGACTATACAGCTAAGAAC;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=298;TCF=176;TCR=122;TR=144;WE=87200737;WS=87200719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,154:0.50:311
chr1	87458695	rs10873810	G	A	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=15;PP=1097;SC=CTCCCAGTGTGGGGAGGGTAC;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=87458703;WS=87458685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	87538182	rs34124612	TTG	T	2862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=25;PP=1660;SC=CATGCAATCTTTGTGTGTTTG;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=87538191;WS=87538172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	87538200	rs10782592	G	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=31;PP=1130;SC=TTGAGAATTAGTTCAGGCTGT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=87538208;WS=87538190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	87549858	rs2798675	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=10;PP=549;SC=TATATAATGAATGTGTTCTCC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=87549877;WS=87549848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	87563668	rs1199677	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=667;SC=TATTATCTCTGTAATCTGTGT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=87563676;WS=87563658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	87570398	rs1621247	G	A	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=102;PP=2965;SC=TGTGACTATTGGATTCTTGAA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=43;TCR=102;TR=145;WE=87570406;WS=87570388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	87598117	rs6686259	T	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=38;PP=2298;SC=CGCGGCGGCCTCGGGAGGCCC;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=87598125;WS=87598107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	87599697	rs6576865	G	A	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=131;PP=2965;SC=CTCTGGCCACGCTTGCACCCT;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=69;TCR=131;TR=200;WE=87599705;WS=87599687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	87633761	rs10782593	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=581;SC=CAGTCCCAAACGCCAGCAGCT;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=87633769;WS=87633751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	87805863	.	A	G	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1446;ReadPosRankSum=0.459;SC=CTTCAGAGCAATCCACTACTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=78;TCR=104;TR=101;WE=87805871;WS=87805853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,108:0.57:190
chr1	89206774	rs200490316	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=658;ReadPosRankSum=-0.864;SC=ATCAAGGATCGAATTAAGAGA;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=46;WE=89206782;WS=89206764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr1	89225976	rs430600	T	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	89236029	rs7541301	T	A	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=38;PP=2234;SC=CTTATTTTTTTAATAGGATCG;SOR=1.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=122;WE=89236037;WS=89236019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	89271574	rs786906	T	C	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=89;PP=2965;SC=CTTCTATAAGTGATTCTACAG;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=129;TCR=89;TR=218;WE=89271582;WS=89271564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	89280965	rs786918	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=12;PP=674;SC=CAAGAATACAATGCTGCATTA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=89280973;WS=89280955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	89322982	rs2794318	G	A	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=80;PP=2965;SC=ACCAAGTCCAGTTCCACAGCT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=182;WE=89322990;WS=89322972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	89329806	.	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=708;ReadPosRankSum=0.895;SC=ACCTAAGAATATAAGCACATA;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=50;WE=89329814;WS=89329796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr1	89478854	rs4656076	C	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=465;SC=GGAAGTACTACGAAGGGGACT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=89478862;WS=89478848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	89479063	rs4656077	G	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=44;PP=1614;SC=AAGAACTTCCGGATACAGAGT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	89479074	rs4656078	C	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=39;PP=1372;SC=GATACAGAGTCGGGGCAGATT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	89479758	rs3795543	T	C	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=83;PP=2965;SC=ATGGTACGTCTCTGTTACCTT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=120;TCR=83;TR=203;WE=89479766;WS=89479748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	89486037	rs7555039	C	T	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=23;PP=1468;SC=ACTCACTACCCTCAGAACAGC;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=69;WE=89486045;WS=89486027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	89520329	rs72054220	GAAAAAC	G	2695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=18;PP=2468;SC=AGAGAAAACAGAAAAACAGAA;SOR=1.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=48;WE=89520342;WS=89520319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	89520574	rs10922554	C	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=29.28;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	89520636	rs10922555	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;QD=41.43;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	89520643	rs10922556	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.90;QD=46.64;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	89522512	rs4376712	C	T	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=86;PP=2965;SC=GACCCTAAACCGTATACATTT;SOR=1.474;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=164;TCR=87;TR=250;WE=89522520;WS=89522502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	89522646	rs1048425	G	C	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=65;NR=123;PP=2965;SC=CTCCTGGAGGGTTTCTGTGGG;SOR=1.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=65;TCR=123;TR=188;WE=89522654;WS=89522636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	89574026	rs1329119	G	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=579;SC=ATTTCCACCAGATTAGTTCCC;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=89574034;WS=89574016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	89575677	rs2026043	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=229;SC=AATTTTGCCTTGGGTAACCAG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=89575685;WS=89575667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	89579941	rs2230338	T	C	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.211;NF=151;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TCCCCACTGCTGATGGCATTG;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=152;TCR=119;TR=269;WE=89579949;WS=89579931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,277:0.99:279
chr1	89582690	rs1803632	G	C	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=60;PP=2793;SC=CCATTGACTGGAATGCCACCT;SOR=0.980;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=145;WE=89582698;WS=89582680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	89583544	rs2209956	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=391;SC=ATTTGGTTTCTTTTTATTAGC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=89583552;WS=89583534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	89597755	rs942442	T	C	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=136;SC=ATTTTAAACTTTTCTTAAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=89597763;WS=89597745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	89599037	rs72728707	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-11.927;QD=1.00;ReadPosRankSum=3.990;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,50:0.15:326
chr1	89607479	rs6666846	G	T	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.34;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	89607486	rs6658235	T	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	89615979	rs586609	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=703;SC=TACAGTAGGCCTCAGTAAACA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=89615987;WS=89615969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	89637578	rs676913	G	A	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=166;PP=2965;SC=AGTGTTCTCAGTGAGGCACAC;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=142;TCR=166;TR=308;WE=89637586;WS=89637568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	89650850	rs623134	A	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=287;SC=GCTATAACACATATACTTACA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=89650858;WS=89650840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	89652071	rs561042	TC	CT	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.38;QD=44.77;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	89652078	rs608339	A	T	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.45;QD=46.30;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	89652087	rs1142890	CC	TG	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.77;QD=48.73;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	89652090	rs1142888	T	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.03;QD=46.30;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	89652094	rs1142887	G	A	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.97;QD=45.53;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	89652097	rs1142886	C	T	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.84;QD=46.66;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	89652102	rs655260	A	T	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.70;QD=44.95;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	89652317	rs149621032	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.814;SC=AGGTGAGGGATTGGGAATCTC;SOR=1.230;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=89652325;WS=89652307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	89661228	rs650448	T	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=24;PP=666;SC=GTTGTTTCCATCTCAGGCAGG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=89661236;WS=89661218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	89726592	rs535351	G	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=41;PP=1110;SC=TACAGTAGCAGTAAACAGTTC;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=89726600;WS=89726582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	89730723	rs9628688	C	T	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=57;PP=1592;SC=TTTCTGAGAACGTACATTTAA;SOR=1.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=89730731;WS=89730713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	89731959	rs12729209	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=808;SC=ACAATGCAAGGATAATCTTAT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=89731967;WS=89731949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	89733273	rs6690597	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=48;PP=1468;SC=TATTTAAAAATAGGCTCTTGT;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=89733281;WS=89733263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	89845926	rs11361992	GT	G	4667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.188;NF=48;NR=57;PP=2082;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TATATTCTCTGTTTTTTTTTA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=105;WE=89845934;WS=89845916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr1	89847372	rs4658359	G	T	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=1769;ReadPosRankSum=0.608;SC=GCAGAGGGCAGCTGACTACTA;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=151;TCR=143;TR=128;WE=89847380;WS=89847362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,138:0.44:313
chr1	89847411	rs4658360	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.538;NF=46;NR=57;PP=1624;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GCGAGTGAAGCTCCCCACAGA;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=102;TCR=126;TR=103;WE=89847419;WS=89847401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,112:0.46:245
chr1	89847444	rs4658146	A	G	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.459;NF=41;NR=54;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GCTGCTGGACATGCATGCGGC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=95;WE=89847452;WS=89847434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,101:0.48:209
chr1	89849201	rs928652	C	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=44;NR=17;PP=1268;SC=GCTTTTTCTTCCTTCCATAGG;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=89849209;WS=89849191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	89849350	rs928653	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=43;PP=1382;SC=GGAGGGGTACGTTTATACAAT;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=89849358;WS=89849340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	89849441	rs928654	T	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=302;SC=TGCTAAATCTTAAAATAACAA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=89849449;WS=89849431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	89849574	rs928655	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=434;SC=TTCAGATTTGGTTTAGTCTCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=89849582;WS=89849564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	89849742	rs959460	A	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=54;PP=2005;SC=GAGGCTCAAGATAAGAGTCGC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=89849750;WS=89849732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	89885854	rs6673154	G	A	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=708;SC=GCTGGACACCGAGGGTCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=89885862;WS=89885844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	89888530	rs4261099	C	T	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=30;PP=2474;SC=ATCATCAGATCGTTGCTCAGC;SOR=2.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=90;TCR=31;TR=120;WE=89888538;WS=89888520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	89888552	rs4282800	T	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.814;NF=114;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=0.712;SC=TTACTTCAGGTCATTTTCAGT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=115;TCR=59;TR=173;WE=89888560;WS=89888542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr1	89888585	rs4415545	C	G	14091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.63;QD=45.31;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	89888588	rs4506445	G	T	14133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.81;QD=43.62;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	90048248	rs12130207	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=804;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TAGCAGATGCCCAGTCATCTT;SOR=0.974;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=53;WE=90048256;WS=90048238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,53:0.34:155
chr1	90171835	rs6657969	C	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=14;PP=1332;SC=AAGCTGCCTTCGTTTATATGT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=90171843;WS=90171825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	90178743	rs474536	A	G	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=79;PP=2965;SC=GGTCCAGAAGACAGCCTGGTC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=161;WE=90178751;WS=90178733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	90470915	rs11808927	T	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=724;SC=TGTTTGCTATTGAATCATCAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=90470923;WS=90470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	90486412	rs2816881	T	G	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=45;PP=1550;SC=CTTGCAGTGTTTATATCCCTG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=90486420;WS=90486402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	90493026	rs10922744	G	A	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=93;PP=2965;SC=ATGAAGATGAGGAAGAAGAAG;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=170;WE=90493034;WS=90493016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	91182804	.	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	91447985	rs358691	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=22;PP=584;SC=CATGAATAACCATAGCTACAA;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=91447993;WS=91447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	91728053	rs585898	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=31;PP=1179;SC=CTGCATTTCCGGCTTGTTGAG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=91728061;WS=91728043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	91728202	rs555432	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=300;SC=AAAAACCATTTTAATTTGGAT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=91728210;WS=91728192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	91739208	rs281964	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=270;SC=TAACACTACTCGTCAATTCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=91739216;WS=91739198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	91739414	rs281963	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=292;SC=AGAAAATATGGAAATTAATCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=91739422;WS=91739404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	91781304	rs281991	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=42;SC=TATTTTTTTTTCAGTAGAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=91781312;WS=91781294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	91781413	rs281992	T	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=13;PP=801;SC=CTGCGTCACCTATGATTAAGG;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=91781421;WS=91781403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	91793877	rs281972	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=7;PP=774;SC=CAACCCTGAATCAAGCTTTAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=91793885;WS=91793867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	91813184	rs281936	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=125;SC=TAAATATCCACAGAAACAATG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=91813192;WS=91813174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	91818302	.	A	G	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=29.3856062736;SC=AATGTAATAAAAACTCATACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=91818310;WS=91818292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr1	91846374	rs282033	C	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=232;SC=TGTGGCAGTGCAGACATAAAG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=91846382;WS=91846364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	91846595	rs5776097	T	TA	212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=231;SC=TAGTTACTTTTATTTTAAAAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=91846603;WS=91846585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	91846654	rs282032	A	T	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	91851193	rs12144808	G	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=13;PP=548;SC=TGCCTTCTCCGATTTCAGAAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=91851201;WS=91851183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	91851253	rs282026	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=13;PP=635;SC=ACTGAAATTTTTGCTTACTAT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=91851261;WS=91851243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	91859795	rs282009	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=33;PP=1206;SC=TTGCCAGCAATATGTGATAAG;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=65;WE=91859803;WS=91859785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	91973557	rs553606	T	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=574;SC=TTTTCCTTTTTTAGTCTTGGT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=91973565;WS=91973547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	91974034	rs1876264	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.803;SC=AGGGATGAGGGGATTATATGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=91974042;WS=91974024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	91978963	rs13447511	T	TAA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACTTATAATTTAAAAAACTTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=91978971;WS=91978953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	91980447	rs483532	A	G	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=94;PP=2965;SC=CTATTTCTACAAAAGTTATGA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=229;WE=91980455;WS=91980437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	91980649	rs10874758	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CAAGGGATCAGTTCAGATCAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=14;WE=91980657;WS=91980639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	91989572	rs488126	T	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=18;PP=1792;SC=TTTTTCTGTTTTTGTTTTTTC;SOR=2.448;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=80;WE=91989580;WS=91989562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	92108899	rs2493202	C	T	5004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.061;NF=99;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.247;SC=TCTCCTCCATCTGTTGAACGA;SOR=1.015;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=480;TCF=231;TCR=249;TR=223;WE=92108907;WS=92108889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,237:0.47:506
chr1	92174260	rs284878	A	G	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CAAGGGGCTTAGTGAACGTCT;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=167;WE=92174268;WS=92174250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr1	92174415	rs2038931	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTGCACAGCTGTCCTGTGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=16;WE=92174423;WS=92174405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	92177938	rs1805113	A	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1745;ReadPosRankSum=0.421;SC=GCGGGATAGGAAAGTGCACTC;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=120;WE=92177946;WS=92177928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,122:0.44:276
chr1	92200593	rs11165376	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=2578;ReadPosRankSum=1.526;SC=GTACTTCTCAAATCGAAGTGC;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=66;WE=92200605;WS=92200583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr1	92200597	rs12124904	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=2085;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TTCTCAAATCGAAGTGCTTGT;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=52;WE=92200605;WS=92200583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr1	92200627	rs10874913	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.84;SOR=3.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	92200627	.	TGTTATAC	CGTTATAC,CGTTATAT	455	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8,4;NR=48,20;PP=455,394;QD=8.74591450977;SC=CTCTTCCCTTTGTTATACAAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56,24;WE=92200642;WS=92200617;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:56
chr1	92200634	rs11165377	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	92262874	rs2810904	T	C	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=32;PP=1849;SC=GCCCCTGGCCTGCAGTGCGGA;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=106;WE=92262882;WS=92262864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	92428495	rs10783071	C	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=40;PP=1236;SC=TGTGAAACTACAGTTGCCTGT;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=92428503;WS=92428485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	92445257	rs3088232	C	G	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1520;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CTGAAGGGAACTCTTCTGATG;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=110;WE=92445265;WS=92445247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,119:0.52:228
chr1	92446112	rs11165911	T	C	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=50;SC=ACAAAAGACATTCTTGACTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=92446120;WS=92446102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	92446398	rs2303967	T	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=877;SC=TATGATAGCTTATTAAGACAA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=92446406;WS=92446388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	92446961	rs148496128	T	TTGTA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.666;NF=3;NR=5;PP=317;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TTTTGTTTGTTTGTATGTATG;SOR=0.951;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=8;WE=92446969;WS=92446951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	92447004	rs10875104	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=522;SC=GTCTTGTGATATTGCCCAGGC;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=92447012;WS=92446994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	92457843	rs10747493	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr1	92647223	rs560389	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=898;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AAGCAAAGTAATAATGATCTT;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=54;WE=92647231;WS=92647213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr1	92647532	rs565156	C	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=44;PP=2057;SC=TTTTCTGCAACTAAAAAGTTT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=92647540;WS=92647522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	92649335	rs569593	A	G	49.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr1	92711067	rs3131827	A	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=313;ReadPosRankSum=-1.015;SC=ATTTCTGTAAATAATGCTGCA;SOR=0.215;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=24;WE=92711075;WS=92711057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr1	92712266	rs974924	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=23;PP=656;SC=AAGCAAAACACAGAAAAGATT;SOR=1.225;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=92712274;WS=92712256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	92712598	rs35752451	GAA	G	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
chr1	92735359	rs1487540	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-1.474;SC=AACAAATATATATATTATACA;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=28;WE=92735367;WS=92735349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	92755943	rs3103178	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAGAAGGCATGTATCGACAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=92755951;WS=92755933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	92764828	rs10875348	T	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1176;SC=CCAGGTAGAGTAGGCCGAAAG;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=92764836;WS=92764818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	92765848	rs1542685	A	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	92799151	rs1487537	C	T	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	92852504	rs10747411	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=312;SC=TCCTGACCTCATGATCTGCCT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=92852512;WS=92852494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	92946479	rs11164605	G	A	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=37;PP=1846;SC=GGGCGGGTTCGCAGAAGAGGC;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=93;WE=92946487;WS=92946469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	92979354	rs6603979	A	G	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=115;PP=2965;SC=AAGACATCGAACCAGATTTTC;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=102;TCR=115;TR=217;WE=92979362;WS=92979344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	93029453	rs6656432	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=247;SC=ACAATTCATAATGAACTATGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=93029461;WS=93029443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	93029479	rs68039687	A	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	93071048	rs2050597	G	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=53;PP=1531;SC=TAAACCATACGTTAAGTATTA;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=93071056;WS=93071038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	93089823	rs7514716	T	C	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=73;PP=2792;SC=TCAGTTCATCTTGTAACTCAT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=153;WE=93089831;WS=93089813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	93128854	rs10747450	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=11;PP=487;SC=ACCACCCAAAAAATTATTTCT;SOR=1.121;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=93128862;WS=93128844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	93160902	rs2391199	T	C	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=90;PP=2965;SC=CTTGTTGCAATTGGTAGTGGA;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=164;WE=93160910;WS=93160892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	93163385	rs7418336	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=23;PP=1128;SC=ATATAAAGGCAATATGCCTTT;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=93163393;WS=93163375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	93163633	rs1017008	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=318;SC=CAGCCAACCACAAACATTGTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=93163641;WS=93163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	93167610	rs10218567	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TATCCACTTACATTTAATAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=93167618;WS=93167600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	93167854	rs10218670	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=25;PP=747;SC=GGCAAGACAGACAGATTAAAA;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=93167862;WS=93167844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	93306317	rs10874744	G	A	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2919;ReadPosRankSum=0.220;SC=TGGCAGAAGCGAAGGGAACCA;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=152;WE=93306325;WS=93306307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr1	93426866	rs945629	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=2.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	93426869	rs1415069	G	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	93545157	rs2815419	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	93580581	rs2815427	G	C	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=35;PP=1449;SC=CATATTGATTGCAGTGTGATT;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=85;WE=93580589;WS=93580571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	93580992	rs566843	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=25;PP=1885;SC=AAATTTTAGCCTTCACTCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=93581014;WS=93580982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	93581024	rs2295423	T	C	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=58;PP=2952;SC=CCCTCTAATGTAGAGGGGTGG;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=104;TCR=58;TR=162;WE=93581032;WS=93581014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	93602194	rs2281524	C	T	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=37;PP=2350;SC=TAAAAAAGCTCAGTAGACAAT;SOR=1.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=119;WE=93602202;WS=93602184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	93620393	rs1060622	G	A	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=144;PP=2965;SC=TCTAAGCAGAGTTTGTATGTG;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=106;TCR=145;TR=250;WE=93620401;WS=93620383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	93621483	rs1057257	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=240;SC=ACCACAAAATAGTTGTGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=93621491;WS=93621473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	93646207	rs2297707	T	C	9029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=140;PP=2965;SC=CCCCGCGCCTTCGGCGGCGCC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=160;TCR=141;TR=299;WE=93646215;WS=93646197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	93649732	rs6682670	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1023;SC=ATCTAGTTAAAAGAAGTTTTG;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=93649740;WS=93649722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	93659350	rs2815411	A	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=18;PP=425;SC=AATAAAAGGAAATATTACCTA;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=93659358;WS=93659340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	93672723	rs2815413	A	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=17;PP=1331;SC=GCAGTGAAAAATTCAGAAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=93672731;WS=93672713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	93676314	rs555161	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=373;SC=AAGCAAATGCATCTCATTTAC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=93676322;WS=93676304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	93676578	rs797676	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=492;SC=TCATGCCTGTAATCCCAACAC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=93676586;WS=93676568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	93711782	rs3754186	T	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=967;ReadPosRankSum=0.253;SC=CTTGATTATATTTTAATGGAG;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=75;WE=93711790;WS=93711772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,81:0.45:180
chr1	93998640	rs34814765	AT	A	1933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=38;PP=1709;SC=GTGCTAAATAATTATCTTTGA;SOR=2.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=42;WE=93998648;WS=93998630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	94012287	rs237425	G	A	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=157;SC=TTAAAAAGATGTGACTCTACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=94012295;WS=94012277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	94041787	rs25569	G	GAC	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=32;PP=1628;SC=CGATGGCGTGGACACTTTATG;SOR=3.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=32;WE=94041795;WS=94041777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	94312482	rs5776191	T	TC	27339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=152;PP=2969;SC=ACCCCGTTTTTCGAACCCCGC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=121;TCR=156;TR=270;WE=94312490;WS=94312472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,731:1.00:731
chr1	94312528	rs147446599	G	GC	21871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=43.48;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr1	94312533	rs202198870	G	GC	20819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=74;PP=2973;SC=ACGTCGCGCGGCGGCGCTCGC;SOR=1.837;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=16;TCR=78;TR=90;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr1	94312542	.	G	GC	19402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=46.53;SOR=2.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr1	94312543	.	C	CCG	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=25;MQ=59.06;NF=10;NR=68;PP=2971;QD=20;SC=GCGGCGCTCGCGCGCAGGTCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=78;WE=94312592;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr1	94312544	.	G	C	2161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=25;MQ=59.3;NF=30;NR=64;PP=2161;QD=23.3592682186;SC=CGGCGCTCGCGCGCAGGTCCA;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=171;TCF=31;TCR=140;TR=94;WE=94312592;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:77,94:0.55:171
chr1	94312544	.	G	GC	18907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=47.75;SOR=2.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	94312554	.	A	AG	16567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=56;PP=2957;SC=GCGCAGGTCCAGCCGCGGCTG;SOR=2.183;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	94312558	.	G	GC	4785.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=14.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.558;NF=7;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=0.408;SC=AGGTCCAGCCGCGGCTGGGTC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=94312592;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,136:0.44:307
chr1	94312559	.	CGGCTGGGTCGGGCG	C	6105.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.387;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=17.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.506;QD=19.38;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,172:0.55:315
chr1	94312566	rs2391318	G	T	4835.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=16.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-3.602;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=1.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,132:0.43:304
chr1	94312567	rs2391319	T	C	4805.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=18.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-3.611;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=1.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,131:0.43:303
chr1	94312571	.	G	GC	4573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.613;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=21.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-3.963;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=1.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,122:0.41:294
chr1	94312572	.	CGCGGCGGCCGGG	C	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=25;MQ=58.6;NF=6;NR=51;PP=2971;QD=20;SC=CTGGGTCGGGCGCGGCGGCCG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=94312592;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	94312573	.	G	GC	4422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.193;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=23.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-4.013;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,118:0.41:290
chr1	94312576	.	G	GC	13777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=46.55;SOR=2.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	94312579	.	G	GT,GC	12174.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;QD=44.60;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,172,101:0.63,0.37:273
chr1	94312584	rs200230769	G	GC	11669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=46.13;SOR=2.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	94341137	rs2273166	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AGTCTTTTACCAAGGACTAAT;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=10;WE=94341145;WS=94341127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr1	94343233	rs3789457	T	C	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=94;PP=2965;SC=CCTCAGAGGTTTCTCCATCCG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=198;WE=94343241;WS=94343223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	94344580	rs6675820	C	A	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=19;PP=2347;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GCCCCGCCTGCCTGAGCGCGG;SOR=1.400;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=227;TCF=180;TCR=47;TR=119;WE=94344588;WS=94344570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,123:0.52:236
chr1	94344716	rs2235971	C	T	11258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=263;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TTTCCGGCTCCCTCGCGACCA;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1110;TCF=552;TCR=558;TR=527;WE=94344724;WS=94344706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:591,538:0.48:1129
chr1	94344840	rs6681078	A	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=90;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AGTTCAGGCCAGGGCGGTCAG;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=30;TCR=174;TR=104;WE=94344848;WS=94344830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,108:0.51:213
chr1	94360107	rs769211	C	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=0.072;SC=TATGTATCAACAAATACCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=94360115;WS=94360097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	94367097	rs7515191	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=467;ReadPosRankSum=0.870;SC=AAAATCTATCGCTTCCGCTAT;SOR=0.354;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=33;WE=94367105;WS=94367087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	94471075	rs1762114	A	G	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=134;PP=2965;SC=GCAGCTCATCAATTGCATCAA;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=111;TCR=135;TR=245;WE=94471083;WS=94471065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	94476555	rs537831	G	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=46;PP=1441;SC=CCACAGCACAGGGCCCACTAG;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=94476563;WS=94476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	94480037	rs2275033	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=1020;SC=TGGCTCTGCTCGACCAACACA;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=42;WE=94480045;WS=94480027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	94487354	rs472908	G	A	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1277;ReadPosRankSum=1.424;SC=ATTCATGGTAGTTAAGCAAGT;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=99;WE=94487362;WS=94487344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,102:0.48:212
chr1	94495930	rs547806	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=16;PP=1402;SC=AACCCACCGTTGGGTCCTCCC;SOR=2.173;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=94495938;WS=94495920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	94496253	rs2297671	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=930;SC=CTGAACACTCGCAGTGGTCTG;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=94496261;WS=94496243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	94511533	rs3789398	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=350;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGAGAGATCCGCGCAGAGCCC;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=25;WE=94511541;WS=94511523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr1	94544135	rs4147887	A	AC	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=650;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CCATCCTCCAACCCCCCTTAC;SOR=0.242;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=25;WE=94544143;WS=94544125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	94544276	rs4147830	G	A	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.521;NF=70;NR=67;PP=2009;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AAACCAGACAGAGATCAAGAC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=291;TCF=145;TCR=146;TR=137;WE=94544284;WS=94544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,144:0.47:309
chr1	94544326	rs3215952	GT	G	3121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.21;MQRankSum=1.970;NF=5;NR=58;PP=2173;ReadPosRankSum=0.979;SC=AGAACTTTTGGTTGTGTCTTT;SOR=0.735;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=126;TCF=12;TCR=114;TR=63;WE=94544334;WS=94544316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,102:0.51:199
chr1	94544805	.	TCA	T	174	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=4;NR=2;PP=174;QD=29.6666666667;SC=CACATCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=6;WE=94544814;WS=94544795;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	94548795	.	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.326;SC=ATGGAAAGATCAAATGTACTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=94548803;WS=94548790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	94549083	rs574741	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=0.279;SC=CTCCTATATGTTTGAAAACTC;SOR=0.465;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=11;WE=94549091;WS=94549073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	94568491	rs4847278	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=34;NR=6;PP=1016;SC=AAGAAGAAAAAAGCCAATATA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=94568499;WS=94568481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	94578548	rs4847281	T	C	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=101;PP=2965;SC=GGCTGTAGAGTGGGTTGGCAT;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=152;TCR=101;TR=253;WE=94578556;WS=94578538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	94639337	rs1330858	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=6;PP=1225;SC=TATACAAAAGAGGCCCTGTCA;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=94639345;WS=94639327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	94639447	rs1999272	C	T	9398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=187;NR=138;PP=2965;SC=TGGAATTTCACCTTCGAGGTC;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=187;TCR=138;TR=325;WE=94639455;WS=94639437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	94643531	rs1048854	T	C	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1615;ReadPosRankSum=-2.572;SC=CATCTTGTGGTTGTAGGGACC;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=107;WE=94643539;WS=94643521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr1	94667430	rs5776210	G	GA	248.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=206;SC=AAATATCACAGAAAAAAAAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=94667438;WS=94667420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	94667970	rs1541098	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGAGAAACTCTGGGGGATGGG;SOR=0.340;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=34;WE=94667978;WS=94667960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr1	94668046	rs1541099	C	T	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=73;PP=2965;SC=ACACCAAACTCCTGGCAGATT;SOR=1.221;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=203;WE=94668054;WS=94668036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	94670784	rs10443184	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.185;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	94674723	rs6684237	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=609;SC=TTAATACTTCGTTTCCCATGT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=94674731;WS=94674713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	94924046	rs2147794	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TCTCACTATGATGTGAAAAAG;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=94924054;WS=94924036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr1	94930345	rs16946	G	A	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.140;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AGGGGAAAAAGGAGCGAGCTG;SOR=0.938;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=225;TCF=126;TCR=99;TR=97;WE=94930353;WS=94930335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,101:0.42:243
chr1	94941376	rs681187	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.834;SC=AATTGATTTTGTGGACATAAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=94941384;WS=94941366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	94980671	rs3118109	C	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	94982785	rs662813	A	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.09;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	94982810	rs337592	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GCAACAAATTAACTAGATACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=94982818;WS=94982800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	95001600	rs698946	A	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=50;PP=1672;SC=CATTCCCTGCAGGGTAGGAGA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=104;WE=95001608;WS=95001590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	95211285	rs6541364	C	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=8;PP=1028;SC=TTAGGGGACTCTGGCATAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=95211293;WS=95211275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	95211525	rs1333953	G	A	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=42;PP=1660;SC=CTGGAAGCCAGCAGGTTTTAC;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=95211533;WS=95211515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	95286094	rs10782992	G	T	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=80;PP=2847;SC=CGAGTCCCCCGCCTTCACGCA;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=95286102;WS=95286084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	95286658	rs6676991	C	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=52;PP=1604;SC=TGTGTGTGCACGTCTGGAAAT;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=95286666;WS=95286648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	95286675	rs11274910	GTCCCAAATGTAAA	G	3133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=32;PP=2957;SC=AAATAACTCTGTCCCAAATGT;SOR=1.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=35;WE=95286695;WS=95286665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	95290003	rs6687749	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=20;PP=1154;SC=GGGCACTGTGCGCTCAGCCCT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=95290011;WS=95289993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	95290305	rs6541372	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=574;SC=CAGCCTATTTTATAAAAAGGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=95290313;WS=95290295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	95291366	rs10874894	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=23;PP=1826;SC=CTAATTACGGAGCATTTTCTC;SOR=1.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=95291374;WS=95291356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	95330372	rs859098	G	A	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1428;ReadPosRankSum=0.979;SC=TCAAGGAACCGTTGTGAAAGG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=114;TCR=89;TR=95;WE=95330380;WS=95330362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,102:0.47:216
chr1	95332864	rs12137650	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=495;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGACTCTGTTCCTTTGTTCTC;SOR=0.775;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=31;WE=95332872;WS=95332854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr1	95333068	rs859096	G	T	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=55;PP=1814;SC=TCTCTAAGGGGCTAAATTGTG;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=95333076;WS=95333058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	95358096	rs859063	A	G	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=33;PP=948;SC=TTCATTTCCAATTGCAATCTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=95358104;WS=95358086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	95367108	rs10605235	ACC	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=98;SC=TATAAACTACACCCCCCCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=95367117;WS=95367105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	95367136	rs859059	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=264;SC=TAGTACTTCTGTCTATTCTTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=95367144;WS=95367126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	95367649	rs859058	T	C	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=52;PP=2495;SC=GGGAATCTGTTAACCAGCCAT;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=130;WE=95367657;WS=95367639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	95367894	rs859057	A	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=626;SC=GTCTTCATAAACAGTTATAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=95367902;WS=95367884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	95369188	.	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=814;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGCTGTGAAGTGTAGTAAATG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=59;WE=95369196;WS=95369178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr1	95369211	rs859054	T	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=59;PP=1725;SC=ACTCAATAGATCTCAATGGCA;SOR=2.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=73;WE=95369219;WS=95369201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr1	95705615	rs640527	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=50;PP=1433;SC=CCTCCTTATAGGGACCCTTGT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=95705623;WS=95705605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	95709821	rs259358	T	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=85;PP=2965;SC=TTTATGGATGTGGATATACCT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=201;WE=95709829;WS=95709811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	95709939	rs2296308	T	G	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=TGAAAGAGAATTTACTTGAGC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=192;WE=95709947;WS=95709929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	97189091	rs3762411	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=548;ReadPosRankSum=-0.390;SC=AATAACAGGAGGTTGAAACTA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=41;WE=97189099;WS=97189081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr1	97189288	rs3762410	T	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ATTTGTAAAGTTGGACCATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=97189296;WS=97189278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	97236130	rs3762409	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	97278804	rs273886	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=349;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TGTATGAAGTGTCTAATTTTA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=20;WE=97278812;WS=97278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	97547831	rs290854	G	A	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=17;PP=1863;SC=GCTTTCTGCCGTAAAAACAAG;SOR=2.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=83;WE=97547839;WS=97547821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	97771947	rs7556439	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=-0.358;SC=ACGTGCAAGACAAATCCAACT;SOR=0.909;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=15;WE=97771955;WS=97771937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	97839016	rs1890138	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr1	97981242	rs2811178	TG	CA	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=234;ReadPosRankSum=1.412;SC=TTAAAATATATGATAGACATT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=97981251;WS=97981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	97981395	rs1801159	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1136;ReadPosRankSum=0.754;SC=AAAGGATTTATAAACTTCAAT;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=79;WE=97981403;WS=97981385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,84:0.44:193
chr1	98348885	rs1801265	G	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1192;ReadPosRankSum=1.132;SC=GAAGTGGAACGCAGAGTTGCA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=92;WE=98348893;WS=98348875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,94:0.43:217
chr1	98349390	rs111231337	C	CA	588.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.623;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr1	98386585	.	C	A	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1414;ReadPosRankSum=0.618;SC=CGAAAACAGGCAGACTAGGGC;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=85;WE=98386593;WS=98386575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr1	98511733	.	G	GCCGCTGCCGCTGCTACCGCTGCCGCTGCTA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=12.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.332;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	99127205	rs12723363	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=130;SC=GGGGAGGTGCAGGAGACGTGG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=99127213;WS=99127195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	99127392	rs9728148	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=29;PP=1218;SC=CGGGCAGCAGTGGCTCTTCCG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=99127400;WS=99127382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	99150635	rs9433747	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=26;PP=895;SC=TAAACATTTGGTGAATATTTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=99150643;WS=99150625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	99225627	rs2019213	G	A	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=83;PP=2965;SC=CTACGTGGGAGTCATTCCTTA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=179;WE=99225635;WS=99225617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	99387628	rs34854879	T	TA	1095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=591;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AAACATTCAATAAAAAAAATG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=31;WE=99387636;WS=99387618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr1	99418911	rs146451020	TTGTGTGTGTGTG	T	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=0.752;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	100152443	rs1338576	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.927;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=392;ReadPosRankSum=-1.716;SC=TAGATTCTATTTTTTAAACTG;SOR=0.877;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=24;WE=100152451;WS=100152433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	100316589	rs2307130	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=397;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CAAATCCTCTAGAAGCCAAAA;SOR=0.416;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=28;WE=100316597;WS=100316579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	100316765	rs663848	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TTTTAAAGCTCTAAGATAAAT;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=100316773;WS=100316755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	100329889	rs535461	G	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1325;ReadPosRankSum=1.702;SC=TTCATTTTAGGCTGGTTTTGT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=123;TCR=63;TR=93;WE=100329897;WS=100329879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,98:0.51:194
chr1	100335883	rs903126	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=1.690;SC=ATTTTATTTCACCTCTAAACT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=11;WE=100335891;WS=100335873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	100336361	rs2230306	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=422;ReadPosRankSum=0.337;SC=AGCTTAAACTCTGGGAATTTT;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=31;WE=100336369;WS=100336351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr1	100340225	rs634880	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1060;ReadPosRankSum=0.731;SC=TTAAGGTATCGTCTTTTCTTT;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=69;WE=100340233;WS=100340215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,70:0.59:119
chr1	100342227	rs3736295	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=941;ReadPosRankSum=-0.291;SC=ATCTGCTTTACTGATTTTCTT;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=21;TCR=79;TR=50;WE=100342235;WS=100342217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr1	100343153	rs2291638	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=485;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AATTGTTTTCATTTTATTTCT;SOR=0.320;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=36;WE=100343161;WS=100343143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr1	100345409	rs2392077	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=472;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTGTCTCTTTCCTTCCTCCTA;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=27;WE=100345417;WS=100345399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	100346741	rs3736296	T	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CAGGTTTGTTTATATGTTGTT;SOR=0.602;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=60;WE=100346749;WS=100346731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr1	100350383	rs2234707	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AGGACCAGCAGTGTCAGCATC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=100350391;WS=100350373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	100353675	rs555929	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1471;ReadPosRankSum=0.008;SC=GTAAGCAAATGGAAGGATAGC;SOR=0.937;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=101;WE=100353683;WS=100353665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,107:0.51:208
chr1	100357141	rs2035961	T	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=0.411;SC=AAATTAACTTTCAAATTTATT;SOR=0.966;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=24;WE=100357149;WS=100357131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	100358200	rs594249	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=608;ReadPosRankSum=0.254;SC=TATGTAAATCGATAGTATTCG;SOR=1.134;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=33;WE=100358208;WS=100358190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	100376448	rs2274570	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr1	100376456	rs1541041	T	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr1	100533960	rs6687189	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=310;ReadPosRankSum=1.225;SC=GAATCTCTGCGTATTCTTAAG;SOR=1.485;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=17;WE=100533968;WS=100533950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	100575933	rs13375867	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=424;ReadPosRankSum=0.046;SC=TTTATTAGCCGCTTCTAACTC;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=35;WE=100575941;WS=100575923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr1	100598866	rs472498	GC	AT	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=100;PP=2947;SC=CGCTGGAGCCGCGGAGGTGTG;SOR=1.893;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=39;TCR=102;TR=139;WE=100598875;WS=100598856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	100606479	.	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGTTTGGAGCGGGAAAGGGAA;SOR=0.491;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=42;WE=100606495;WS=100606469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,48:0.34:143
chr1	100617887	rs2784177	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=9;PP=1133;SC=GTTAGTGATACACACATTACT;SOR=3.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=100617895;WS=100617877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	100672060	rs12021720	T	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=CTGAGCTGACTCACAGAGCCC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=185;WE=100672068;WS=100672050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	100715454	rs3806235	G	A	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=145;PP=2965;SC=TGGGAAACGCGCCTCCCCCTG;SOR=2.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=49;TCR=145;TR=193;WE=100715462;WS=100715444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	100733207	rs60634058	G	GT	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-2.168;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	100733552	rs4298755	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=1;PP=1139;SC=TCTAGGTGCATAAAAACCCAA;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=41;WE=100733560;WS=100733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	100750733	rs58046505	AGTTTT	A	3121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=17;PP=2033;SC=CTTAGTAATTAGTTTTGTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=42;WE=100750745;WS=100750723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	100817529	.	A	AGT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=2.189;SOR=3.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	100817561	.	C	T	132	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=24;MQ=59.07;NF=0;NR=6;PP=132;QD=27.7952020912;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=100817569;WS=100817551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	100818464	rs594529	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=29;PP=1959;SC=GGCGAGTGACTTCAGCTGGCC;SOR=1.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=100818472;WS=100818454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr1	101342497	rs2295280	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=759;SC=ATAGTGTCTATATAGATCATT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=101342505;WS=101342487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr1	101438051	rs17408707	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TTTCTTTGTTATTGCCTTGGG;SOR=0.136;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=101438059;WS=101438041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr1	101476800	rs35409691	CA	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=605;ReadPosRankSum=-0.568;SC=AAAAACTGTACAAAAATGAAT;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=7;WE=101476822;WS=101476776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	101476814	rs17123612	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr1	101491108	rs7521668	C	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=762;ReadPosRankSum=1.121;SC=ACCAAAGTAGCACAAGAGAAG;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=48;WE=101491116;WS=101491098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr1	102271774	rs4907955	G	A	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=130;PP=2965;SC=TTAGGTGAACGCAGCCAATGA;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=112;TCR=131;TR=242;WE=102271782;WS=102271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	102462446	rs67744758	GTCAGT	G	1953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.065;NF=1;NR=33;PP=1591;ReadPosRankSum=0.470;SC=CCTTTCCCTCGTCAGTTGCAC;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=34;WE=102462458;WS=102462436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr1	103343470	rs1031820	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=0.613;SC=TATATGCAGCGTTGTTTTCTA;SOR=0.631;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=12;WE=103343478;WS=103343460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	103352451	rs2229783	A	G	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1446;ReadPosRankSum=0.123;SC=TCATATGCTCAATGTCTTGTT;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=95;WE=103352459;WS=103352441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr1	103353991	rs2783570	T	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.023;SC=GTAGATTTGATTACTTAAATG;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=103353999;WS=103353981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	103354138	rs1676486	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=38;PP=1821;SC=CTTACTGGAGACCCAGGAGGC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=103354146;WS=103354128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	103354428	rs1763347	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=46;PP=1624;SC=TTACTGGTAAACCTGGAGGAC;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=103354436;WS=103354418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	103354939	rs113226085	C	CTGTGTGTGTG	976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=46.51;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	103356168	rs1085	A	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=421;SC=TACGGAGTTGAAAATAGTAAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=103356176;WS=103356158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	103379918	rs3753841	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=72;PP=2586;SC=TGCAGGGCCAGGTTCCCCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=137;WE=103379929;WS=103379908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	103400491	rs11164641	GA	AT	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=737;SC=ATTTAAATTTGATTTAATGTC;SOR=2.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=37;WE=103400500;WS=103400481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	103405793	rs2126642	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.824;NF=13;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=1.595;SC=TTCACCTGGCGCCTAATCATA;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=17;WE=103405801;WS=103405783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr1	103427381	rs1012282	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=0.331;SC=GCTGTAATTCACAACCATGAT;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=32;WE=103427389;WS=103427371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr1	103428389	rs1841834	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=33;PP=903;SC=CTCAAAAACAGTATTATTACA;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=103428397;WS=103428379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	103435626	rs2061710	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	103444497	rs1903787	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=765;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGATGAACCCAAACTAATGCC;SOR=0.382;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=43;WE=103444505;WS=103444487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr1	103444679	rs11164649	T	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GACAGTTCAATTTCAATATGC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=109;WE=103444687;WS=103444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,119:0.54:219
chr1	103445223	rs2622846	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AACCTTCTGAGTAAATGAATT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=10;WE=103445231;WS=103445213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	103449598	rs2615978	G	C	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=147;SC=AAGTACTCATGATAATATAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=103449606;WS=103449588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	103455217	rs1463034	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=333;SC=GTGCTGATAACGAGGGAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=103455225;WS=103455207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	103461508	rs2622867	T	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=795;SC=AACATTTCACTTTGAAAGTAA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=103461516;WS=103461498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	103462473	rs2786125	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=498;SC=ACATAGTCTAATTTCTAAAAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=103462481;WS=103462463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	103463976	rs2622870	G	T	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=113;SC=AAGCTTTAACGTGTACATATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=103463984;WS=103463966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	103467596	rs12135531	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=395;ReadPosRankSum=-1.432;SC=ACAGCAAATTATTAGCTCACT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=24;WE=103467604;WS=103467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	103467615	rs2929162	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=665;SC=CTATAGTACACAGTGAGTTAT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=103467623;WS=103467605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	103468609	rs2251895	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	103468767	rs12136577	A	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=794;ReadPosRankSum=1.265;SC=CCAGCAATACATACAGGCTGC;SOR=0.443;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=53;WE=103468775;WS=103468757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr1	103471456	rs71752747	CCAT	C	4794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.237;NF=23;NR=53;PP=2995;ReadPosRankSum=0.270;SC=CCCTGTAAAACCATCATCATC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=76;WE=103471469;WS=103471446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr1	103471734	rs71592255	A	AAAATAAATAAAT	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.265;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr1	103483514	rs945748	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTAGTCCTATCGAAGAGTTCG;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=103483522;WS=103483504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	103487394	rs35291481	CT	C	1154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=10.645;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.369;QD=19.91;ReadPosRankSum=1.473;SOR=6.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,53:0.91:58
chr1	103496620	rs7523441	G	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	103496805	rs36076089	GA	G	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=266;ReadPosRankSum=0.080;SC=GTCCCCCTGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=22;WE=103496826;WS=103496795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr1	103540489	rs34822172	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGTTAACAGATGACTACTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=103540497;WS=103540479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	103544191	rs6668897	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=909;ReadPosRankSum=1.000;SC=ATAGCTAAAACATTGTATTAT;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=58;WE=103544199;WS=103544176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr1	103544434	rs12136865	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CCACCTGAGAAGAAAAGGCCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=103544442;WS=103544424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	103548319	rs11164662	C	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGTGTAATAACTTTTAGTAAT;SOR=0.540;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=103548327;WS=103548309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	103573547	rs6691654	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=8;PP=604;SC=AGAGCGGGGAGGAAGGGTAAA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=31;WE=103573567;WS=103573531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	104076462	rs6697444	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=2.068;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	104076495	rs6702220	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAGATCAGTAAATCATACATT;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=15;WE=104076503;WS=104076485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	104076537	rs6702324	A	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GTGTTTTTTTAAATCAGTTAT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=104076545;WS=104076527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	104080169	rs10736038	G	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=1.104;SC=AGAGACTCTTGCTCTCCCTAG;SOR=0.340;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=20;WE=104080177;WS=104080159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	104084226	rs10881232	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=1.295;SC=CTTCCTAGTTACCAAATTTAC;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=10;WE=104084234;WS=104084216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	104086145	rs10785725	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=568;SC=ATAATGTTTCATATTTTAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=104086153;WS=104086135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	104089773	rs7529928	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGAAAAAGTTCGTCTATTCTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=104089781;WS=104089763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	104116312	rs12132040	A	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1113;ReadPosRankSum=1.731;SC=ATCAATCATAACATTTTTACC;SOR=0.513;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=74;WE=104116320;WS=104116302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr1	107599258	rs2232015	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.510;SC=AGCGCGCACTACAAGTCCCAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=107599266;WS=107599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	107979396	rs480392	A	C	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=105;PP=2965;SC=GTCTGCCGGGAAATTCCTGGC;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=164;WE=107979404;WS=107979386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	108116051	rs17236099	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=866;ReadPosRankSum=1.275;SC=CACTTCAAAGGATTCTACAAA;SOR=0.321;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=52;WE=108116059;WS=108116041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr1	108160260	rs5776894	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.436;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,15:0.15:102
chr1	108292260	rs6672483	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=939;SC=TGGTTTAGAAACATGGGTTAT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=108292268;WS=108292250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	108299775	rs71865426	ATGTG	A,ATG	699.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.32;ReadPosRankSum=0.521;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,12:0.38,0.57:21
chr1	108299809	rs12138353	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=307;ReadPosRankSum=0.489;SC=GTGTGTGTGTGTATGCAATTT;SOR=0.297;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=20;WE=108299817;WS=108299799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	108307642	rs7514025	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=845;SC=TAAAGAGGAACACATTGCTTT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=108307650;WS=108307632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	108307727	rs7528153	T	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1051;ReadPosRankSum=0.478;SC=TCTTCTTTTGTCTTAGAAATG;SOR=0.936;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=173;TCF=106;TCR=67;TR=79;WE=108307735;WS=108307717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,87:0.46:188
chr1	108313258	rs6583048	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	108315256	rs7416884	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=293;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AGCAAGCAAAGGTTAAAAAAA;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=14;WE=108315264;WS=108315246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	108315305	rs4611048	C	T	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=10;PP=1775;SC=TGTTAATTAGCCTTTCCTAAT;SOR=3.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=72;TCR=10;TR=82;WE=108315313;WS=108315295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	108507541	rs71796067	GGCC	G	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GCAAGGATGCGGCCGCCGCCG;SOR=0.231;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=11;WE=108507551;WS=108507531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	108679532	rs17513812	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=0.193;SC=CAATTATGACCCAGAATGATA;SOR=1.568;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=19;WE=108679540;WS=108679522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	108681600	rs34563977	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-2.375;SC=ACAGTCTGCATCTTAGTAGAA;SOR=0.746;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=13;WE=108681608;WS=108681590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	108700316	rs829002	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=1.494;SC=TTTTAGAGAAGAATCATGTTA;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=108700324;WS=108700306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	108724518	rs490680	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TCTAATGCAGAATATTAAAGT;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=83;WE=108724526;WS=108724508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr1	108724693	rs491785	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=1.569;SC=CTCAGAACTGGTAAGAACCAC;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=24;WE=108724701;WS=108724683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	108728347	rs694667	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.008;SC=AAATAATAATTATCATCTAAA;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=108728355;WS=108728337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	108728484	rs862493	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr1	108766424	rs3879436	A	G	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.298;NF=40;NR=58;PP=1551;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GGTCCACCTGATGGCTGAGTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=91;TCR=129;TR=98;WE=108766432;WS=108766414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,97:0.47:207
chr1	108771524	rs200205508	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.32;MQRankSum=0.957;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	108771721	rs79996376	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.646;NF=54;NR=80;PP=1437;ReadPosRankSum=1.025;SC=CACCTCTGACTGGTGGTGGCT;SOR=0.809;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=445;TCF=213;TCR=232;TR=134;WE=108771730;WS=108771710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,93:0.23:405
chr1	109013094	.	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.186;NF=19;NR=0;PP=365;ReadPosRankSum=0.667;SC=GACTCACCCTCCAGCTCATCC;SOR=3.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=19;WE=109013102;WS=109013084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	109013340	rs9440563	C	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.911;NF=19;NR=47;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AAACACAATACTGCAGGGGTC;SOR=0.387;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=133;TCF=33;TCR=100;TR=66;WE=109013348;WS=109013330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr1	109170746	rs2133198	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=1024;SC=TGACCATTAACTTTTTGGCAA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=109170754;WS=109170736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	109171220	rs77306348	T	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=519;ReadPosRankSum=0.173;SC=TCCTTTTAGTTTAAAGAATAA;SOR=0.486;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=29;WE=109171228;WS=109171210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr1	109255513	rs3006864	G	T	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=54;PP=2965;SC=AAGAGGACCCGGATTGCTTTG;SOR=1.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=156;WE=109255521;WS=109255503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	109260357	rs4970804	G	A	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=73;PP=2965;SC=AGTCATCCTCGTAGGTATCTT;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=148;TCR=73;TR=221;WE=109260365;WS=109260347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	109265029	rs4423040	G	T	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=58;PP=2716;SC=TCCTGGGCACGGGCAGAAGGA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=143;WE=109265037;WS=109265019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	109268573	rs4494160	T	C	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=88;PP=2918;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGTGTTTTTGTCTATAACAAG;SOR=1.011;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=150;WE=109268581;WS=109268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr1	109273456	rs4970809	A	G	7699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=141;PP=2965;SC=GCCTCCTAGGATGCATCACAT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=126;TCR=143;TR=266;WE=109273464;WS=109273446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	109273610	rs4970810	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=42;PP=1240;SC=ATCCAGGCATGAGCCTTTCCT;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=109273618;WS=109273600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	109289236	rs1124426	C	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=353;SC=CCGGAGGGCGCGGTCTGCTAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=109289244;WS=109289226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	109289353	rs1124427	C	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=41;PP=1640;SC=TCCGCAGTGTCGGGAAGATGG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91;WE=109289361;WS=109289343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	109289487	rs6604120	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=26;PP=714;SC=AGCCCCAACCCAGCGGTCTGT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=109289495;WS=109289477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	109299391	rs371427837	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	109299453	rs1277044	C	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=240;SC=GGTTTACTAACAGAAAATTCA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=109299461;WS=109299443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	109301059	rs144903335	TAGTC	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=300;SC=AAAATAATCTTAGTCATTTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=109301070;WS=109301049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109301250	rs1277042	G	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	109321824	rs1759481	G	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=5;PP=1337;SC=TTAGGAAAAGGGTGCTTTGTA;SOR=4.332;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=54;WE=109321832;WS=109321814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	109340877	rs140899387	G	GT	1680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=979;SC=TCATTAAAATGTTTTTTTCTA;SOR=1.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=34;WE=109340885;WS=109340867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	109365781	rs61797355	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=776;SC=TTGGTCACTGCGATTTCATAT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=109365789;WS=109365771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	109369797	rs11102506	T	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=12;PP=1030;SC=CACTGAAAAATGAGCACCCAG;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=109369805;WS=109369787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	109369915	rs7551421	G	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=57;PP=1828;SC=TTTTCTCCACGTTTTGCTTCC;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=113;WE=109369923;WS=109369905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	109377157	rs5776950	TA	T	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.474;NF=29;NR=54;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GTAACTAATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=83;WE=109377166;WS=109377144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,102:0.97:105
chr1	109391486	rs1149142	G	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=24;PP=1179;SC=TTTCTCATGTGTGAATTTGGT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=109391494;WS=109391476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	109395105	rs1277207	C	T	9036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=1.367;SC=ACAAGTCTCACTATGCATAGC;SOR=0.263;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=306;TCF=146;TCR=160;TR=304;WE=109395113;WS=109395095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr1	109486196	rs338466	A	G	9106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=184;NR=142;PP=2965;SC=TCCACAGCTCAGTAGCCACTA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=184;TCR=144;TR=326;WE=109486204;WS=109486186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	109486240	rs3215062	TA	T	8347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.179;NF=29;NR=166;PP=2966;ReadPosRankSum=1.261;SC=AGAAGTACCTTAAAACAGAGA;SOR=0.891;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=206;TCF=29;TCR=177;TR=195;WE=109486248;WS=109486228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr1	109490457	rs839543	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=33;PP=1005;SC=TTTGATCAAGTTTGCATTTAT;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=109490465;WS=109490447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	109493134	rs34131552	G	GTTA	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=366;SC=TGGGTTTTGGGTTATTATTAT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=109493142;WS=109493124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	109524584	rs487901	C	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=525;SC=GTGGCTCATGCCTATAATCCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=109524592;WS=109524574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	109525421	.	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.270;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr1	109529322	rs61696019	T	TAA	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1234;SC=GAATGAATATTAGTTATCCTA;SOR=3.477;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=25;WE=109529330;WS=109529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	109545046	rs184606	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=403;SC=TAGAAAAAAACATATATATTT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=109545054;WS=109545036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	109547483	rs12135936	G	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=195;SC=CGCAATCTCCGCTCACTGCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=109547491;WS=109547473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	109704390	rs643197	C	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=6;PP=1175;SC=GCTCCCTGCCCGGGGTCCCAG;SOR=3.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=55;WE=109704398;WS=109704380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	109704618	rs678238	A	G	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=113;PP=2965;SC=GCCTGACCCCATCAAGGGCAC;SOR=1.845;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=53;TCR=114;TR=166;WE=109704626;WS=109704608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	109714635	rs34364548	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1042;ReadPosRankSum=1.946;SC=TTGAGTTTTTCGTAAGCCCCT;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=68;WE=109714643;WS=109714625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr1	109727475	rs649531	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=397;SC=AAAGGGAAGCTTGAGCAGGGT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=109727483;WS=109727465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	109734157	rs606066	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=864;SC=ATCTGCCCCATTGGTGTGTCC;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=109734165;WS=109734147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	109734225	rs643785	G	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=314;SC=AGACTGACCAGCAGGGACTTC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=109734233;WS=109734222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	109734541	rs645128	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=51;PP=1560;SC=CCCAGGAGGACTCCTAGCATT;SOR=2.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=109734549;WS=109734531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	109735298	rs658779	T	C	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=91;PP=2965;SC=TTATGAATGGTGTGGCCTCCT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=190;WE=109735306;WS=109735288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	109735416	rs659543	A	C	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=78;PP=2542;SC=CTCCTGCCCCACTAACACAAT;SOR=1.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=109735424;WS=109735406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	109735504	rs659659	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=842;SC=AAGGTACCTGTAGTCTGGCAT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=109735512;WS=109735494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	109737063	rs2359246	C	T	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=30;PP=2164;SC=TGTGCTACAACGATTGCACCT;SOR=1.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=108;WE=109737071;WS=109737053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	109737090	rs2359245	G	A	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=63;PP=2965;SC=GCAACACTCCGACCAGGACTT;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=115;TCR=63;TR=178;WE=109737098;WS=109737080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	109737132	rs2359244	T	C	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr1	109737172	rs2359243	C	T	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=111;PP=2965;SC=TTCCAAAGGGCTGAAATACTT;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=91;TCR=111;TR=202;WE=109737180;WS=109737162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	109737314	rs2359242	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	109737320	rs2359241	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.60;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	109740310	rs10573144	AGT	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-3.670;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	109742452	rs913178	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=383;SC=AGTGAGAGCTCAGGTCTCTTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=109742460;WS=109742442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	109742485	rs913179	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=662;SC=GAACGTGCTCGGATGGGACCT;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=109742493;WS=109742475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	109743622	rs3736956	C	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1250;SC=GGATGGGCACCCTGCTCCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=109743630;WS=109743612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	109745618	rs1052878	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=102;PP=2965;SC=TCAGGAGGCCTAGACATGGAC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=47;TCR=102;TR=149;WE=109745626;WS=109745608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	109771063	rs683182	T	C	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=63;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CTGTAAGTTATAGTTCTTTTC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=91;TCR=130;TR=107;WE=109771071;WS=109771053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,111:0.47:236
chr1	109771881	rs657511	G	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=269;SC=GTGTGTGAAGGAAATCTCAGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=109771889;WS=109771871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	109773427	.	CA	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	109773690	.	AAT	A	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.9992;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=60.1;NF=0;NR=6;PP=135;QD=24.0;SC=AAAGAAACAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=109773699;WS=109773680;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	109778577	rs658092	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=877;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CTGTCACCGTTTCCTTGGGTC;SOR=0.283;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=56;WE=109778585;WS=109778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr1	109779556	rs631927	T	A	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=85;PP=2800;SC=CCAAGTCAGGTGCTTGAAAGG;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=138;WE=109779564;WS=109779546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	109779621	rs11439617	T	TC	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=520;ReadPosRankSum=1.178;SC=AGGGCCCAACTCTCAGAATAC;SOR=0.534;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=15;WE=109779629;WS=109779611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr1	109792735	rs144034706	A	ACGC	2027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.777;NF=18;NR=12;PP=1199;ReadPosRankSum=0.683;SC=CCCCCTCCCAACGCCGCCGCC;SOR=0.746;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=30;WE=109792743;WS=109792725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr1	109794252	rs454107	T	C	15846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=335;PP=2965;SC=TCCTGGAGAGTGTCCCCTTAG;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=579;TCF=244;TCR=335;TR=579;WE=109794260;WS=109794242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr1	109795026	rs413380	T	C	8743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=148;PP=2965;SC=AGCTGGACTATGAAGACCAAG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=158;TCR=148;TR=306;WE=109795034;WS=109795016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	109795608	rs437444	T	C	9843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=162;PP=2965;SC=CTGAGGTCTTTCAGCTGGACA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=185;TCR=163;TR=346;WE=109795616;WS=109795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	109796053	rs2359414	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=367;ReadPosRankSum=1.316;SC=GGGTAGCTCGCGGGGATGGTC;SOR=1.127;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=28;WE=109796061;WS=109796043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr1	109801121	rs684138	C	T	5312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.731;SC=AGATGCTCACCCACAGCATCA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=483;TCF=300;TCR=183;TR=237;WE=109801129;WS=109801111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,246:0.50:495
chr1	109806313	rs653635	T	C	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CCAACCCTGGTACCTCAGCCT;SOR=0.994;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=456;TCF=195;TCR=261;TR=200;WE=109806321;WS=109806303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,205:0.44:461
chr1	109810544	rs2281894	C	A	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1788;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TGCTCCTGCGCAACGCCACGC;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=124;TCR=126;TR=126;WE=109810552;WS=109810534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,124:0.50:250
chr1	109814721	rs614174	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=532;ReadPosRankSum=1.741;SC=CACAGCTGTGGCAGAGCTGTG;SOR=0.883;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=23;WE=109814729;WS=109814711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	109815252	rs611917	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=777;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GCATGGTCTCATCTTCCTAGG;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=91;TCR=38;TR=59;WE=109815260;WS=109815242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr1	109816176	rs441853	A	C	8474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=173;PP=2965;SC=GCAGCCGGGGAGGCCCCCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=120;TCR=173;TR=293;WE=109816184;WS=109816166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	109825360	rs643457	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=413;SC=AGATCTGAGCCGGAGAGAAAC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=109825368;WS=109825350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	109836835	rs3738777	A	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.498;SC=TACCTTTGTCAGAGTACCATG;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=120;TCR=136;TR=130;WE=109836850;WS=109836825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,138:0.51:269
chr1	109836842	rs646335	C	G	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.098;SC=GTCAGAGTACCATGCCTTCTT;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=256;TCF=117;TCR=139;TR=121;WE=109836850;WS=109836825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,127:0.47:270
chr1	109838833	rs616899	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=616;SC=CTCAGCACAGTGCCCCCCAGA;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=109838841;WS=109838823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	109838918	rs629001	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=37;PP=2113;SC=GTAGTGCAGTCGGCCAGAGGC;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=115;WE=109838926;WS=109838908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	109839392	rs604349	A	G	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=111;NR=50;PP=2880;SC=CATGATCCCCATGCCTCCCTT;SOR=1.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=111;TCR=50;TR=161;WE=109839400;WS=109839382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	109839433	rs1278285	A	G	7715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=114;PP=2965;SC=CGAGGTCCGTAGTGATGGGGG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=268;WE=109839441;WS=109839423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	109839954	rs603624	G	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=26;PP=1001;SC=GAGCCTTGCCGCAGCTTCCCC;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=109839962;WS=109839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	109856842	rs372331171	TG	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr1	109883576	rs3217347	C	CAT	3292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=50;PP=2704;SC=TAACCACACACGATTACCTGC;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=53;WE=109883584;WS=109883566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	109884775	rs2228604	T	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=38;PP=1076;SC=TCCTTCTTGTTGTATCCTAGA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=109884783;WS=109884765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	109897103	rs11142	A	G	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=60;PP=2375;SC=CTGATGATCTAAAGATTCTTC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=136;WE=109897111;WS=109897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	109958035	rs1465607	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=46;PP=1367;SC=ATAACTGTCTTACATACTCAC;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=109958043;WS=109958025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	110009434	rs2787015	A	C	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=19;PP=2477;SC=GAGCCAAGCCACCACGCCGCG;SOR=2.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=82;TCR=19;TR=101;WE=110009442;WS=110009424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	110009654	rs138525393	AC	A	6772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=122;PP=2975;SC=CACCGCCCTGACCCCCCGGCC;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=26;TCR=135;TR=145;WE=110009662;WS=110009643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	110018148	rs530565	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=10;PP=1693;SC=GGTTAGTTCTCGACTTTGGCC;SOR=3.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=110018156;WS=110018138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	110031188	rs12049330	T	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.913;SC=AAGGTCCAGCTTAAGGGAGGG;SOR=0.018;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=15;WE=110031196;WS=110031178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	110148974	rs1799875	C	T	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=121;PP=2965;SC=CAATGATGCCCGTGGTTTTGA;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=165;TCR=121;TR=285;WE=110148982;WS=110148964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	110163076	rs6669802	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=648;SC=GGAAAAATCCAAAGAGGCTAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=110163084;WS=110163066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	110168888	rs493972	C	G	10690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TGCGGAGCTGCAGCCTGCCCT;SOR=0.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=186;TCR=182;TR=367;WE=110168896;WS=110168878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr1	110169957	rs524998	A	G	7107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=96;PP=2965;SC=GGTGTGGTGCATGTTGGGGGG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=166;TCR=96;TR=262;WE=110169965;WS=110169947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	110170896	rs863978	T	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=84;PP=2965;SC=TGGATGTGCATGCGGTCTGTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=174;WE=110170904;WS=110170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	110171705	rs523786	A	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=50;PP=2965;SC=TGACTTGCACATACCTGCATG;SOR=1.537;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=156;WE=110171713;WS=110171695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	110172346	rs5776989	T	TG	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=1118;SC=GCGTGCTGGGTGGGGGTCAGG;SOR=2.419;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=30;WE=110172354;WS=110172336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	110172362	rs2269341	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=16;PP=1142;SC=TCAGGGGCTCCGGTGAGCCCA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=110172370;WS=110172352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	110199172	rs71577010	C	CTGTGTGTG	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	110199617	rs140934911	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.132;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTGGGTTGGGTGTCCCTCAGA;SOR=0.041;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=110199625;WS=110199607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	110201580	rs650985	C	T	9444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=2.419;SC=ATACATCCTACGTTACAGAGA;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=154;TCR=179;TR=330;WE=110201588;WS=110201570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr1	110201699	rs506008	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=68;PP=2634;SC=TGGACGCCTTTCCAAATCTGA;SOR=1.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=104;WE=110201707;WS=110201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	110201809	rs562996	G	T	10083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.18;QD=44.62;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	110201812	rs563003	A	G	10134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;QD=44.06;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	110210780	rs530021	C	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	110210818	rs2073483	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=620;ReadPosRankSum=1.259;SC=TGCGTGGGGGCGGGGAAGTGT;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=44;WE=110210826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr1	110212293	rs3819350	C	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.434;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=625;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CTGGTGAGTTCTTGGTCTTGC;SOR=0.035;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=32;WE=110212301;WS=110212283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr1	110252010	rs1292098	T	C	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=96;PP=2965;SC=CTCTGTTCTGTTTTTTGCCCC;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=212;WE=110252025;WS=110252000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	110256075	rs2479390	A	G	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.786;NF=54;NR=15;PP=1325;ReadPosRankSum=0.736;SC=TGGTGGCCCAACTGAGCTTCC;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=94;TCR=26;TR=69;WE=110256083;WS=110256065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr1	110294577	rs2274536	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=-1.874;SC=AGCTCCCACCAACCACCACCT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=55;WE=110294585;WS=110294567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chr1	110295643	rs1887546	G	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=407;ReadPosRankSum=1.159;SC=CCAGTGTTAGGTCACACTAGT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=24;WE=110295651;WS=110295633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr1	110295772	rs1887547	T	C	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=71;PP=1896;ReadPosRankSum=-1.333;SC=GCCAGTCATCTGAGAATGTGG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=153;TCR=130;TR=154;WE=110295780;WS=110295762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,162:0.55:295
chr1	110295890	rs1887548	C	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=784;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GGGACGCGGACAGGGAGGGGA;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=43;WE=110295898;WS=110295880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr1	110299550	rs2094469	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=470;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CTGGTTTGTGACAACATAGAG;SOR=0.245;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=29;WE=110299558;WS=110299540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	110300504	rs10776700	A	G	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=124;PP=2965;SC=AGGGGCCAAGACGGTGGGCCA;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=259;WE=110300512;WS=110300494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	110301260	rs6693815	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=668;ReadPosRankSum=1.743;SC=CTGTCCTGGCCTGGCTGAAGG;SOR=0.994;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=41;WE=110301268;WS=110301250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr1	110301766	rs146917181	AGTGTGTGT	A,AGTGTGT	1312.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.349;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,31,11:0.70,0.25:44
chr1	110304537	rs6676659	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=512;ReadPosRankSum=0.397;SC=GGCCCTTTCCGGAGCCATCTG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=25;WE=110304545;WS=110304527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	110466338	rs333970	C	A	9320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TAACTGGTACCGCCTTGCCCA;SOR=0.865;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=754;TCF=351;TCR=403;TR=400;WE=110466346;WS=110466328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,414:0.53:784
chr1	110466466	rs1058885	T	C	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=134;PP=2950;ReadPosRankSum=0.374;SC=ATCTCATCACTGCGCCCCCAG;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=491;TCF=211;TCR=280;TR=225;WE=110466474;WS=110466456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,227:0.45:501
chr1	110466709	rs333971	T	C	9065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=189;PP=2965;SC=GAGGGATCCTTCAGCCCGCAG;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=137;TCR=189;TR=326;WE=110466717;WS=110466699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	110467745	rs333972	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=16;PP=1457;SC=GATGTCTAATACCAGCCCTGT;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=110467753;WS=110467735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	110468009	rs3138072	C	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CCTCAGCTATCCCCCTGCCCC;SOR=0.481;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=110468017;WS=110467999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	110558276	rs11384766	A	AC	2520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1913;SC=ATTAGATAAAATTTTGAGTTT;SOR=1.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=110558284;WS=110558266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	110560915	rs186724	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=867;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AGCCTCTGGTCTCCTATGTTC;SOR=0.362;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=100;TCF=76;TCR=24;TR=52;WE=110560923;WS=110560905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr1	110603286	rs144523285	A	AGGTGCTTCCTCCGTGGTGTCCAGGCAGG	2244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=25.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.83;MQRankSum=7.662;QD=20.22;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=4.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr1	110612925	rs2274568	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.590;SC=AGAGAGGGTCGGGCTGCGCGC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=110612933;WS=110612915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	110709719	rs7527375	TG	CA	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=2431;ReadPosRankSum=0.136;SC=AGGAGCTGGATGCAGAGGACC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=70;WE=110709728;WS=110709709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr1	110716511	rs12747833	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=1.546;SC=ATGGCGCTGCCGACGTGCTGG;SOR=2.066;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=23;WE=110716519;WS=110716501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	110735037	rs2603583	T	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=1;PP=1042;SC=ACCCATGAGGTTCCCACCTGG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=110735045;WS=110735032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	110738296	rs2784140	G	A	7641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=124;PP=2965;SC=ATGACTACTCGGCCACCCTGC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=150;TCR=124;TR=274;WE=110738304;WS=110738286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	110740273	rs2603581	G	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=46;PP=1264;SC=CTCAGGCCTTGAATGCAACCA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=110740281;WS=110740263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	110740688	rs2761445	C	T	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=55;PP=2965;SC=TTAAGGCAGCCCACCCGCAGG;SOR=1.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=141;TCR=55;TR=196;WE=110740696;WS=110740678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	110740918	rs41313405	A	G	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ATCCTCAGCAAGGTGCCCAGT;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=506;TCF=245;TCR=261;TR=222;WE=110740926;WS=110740908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,231:0.44:525
chr1	110765535	rs611587	C	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=8;PP=1281;SC=CCAGCTGGGCCCATCCATCCC;SOR=3.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=110765543;WS=110765525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	110882103	rs148173521	A	G	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1174;ReadPosRankSum=0.117;SC=GTGTGAAACGAGCGCGGGGCG;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=75;WE=110882111;WS=110882093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr1	110882444	rs814771	A	G	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GCGGGGGCGAATCGCGCAGCA;SOR=0.328;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=158;WE=110882452;WS=110882434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr1	110888948	rs61787373	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.191;NF=43;NR=40;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GTTGAACAGCGGATGAAGATA;SOR=0.453;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=83;WE=110888956;WS=110888938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,88:0.58:151
chr1	110921715	rs2271885	T	G	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TTAGGCCCATTGTAGAACTCT;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=233;TCF=137;TCR=96;TR=108;WE=110921723;WS=110921705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,115:0.47:247
chr1	110949566	rs12408631	G	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AACACTGCGTGAAAAACATCT;SOR=0.184;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=110949574;WS=110949556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	110949720	rs6671673	C	T	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=40;PP=1184;SC=GTACCCTTTACACTTTTCCAG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=110949728;WS=110949710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	110949810	rs35836705	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.517;SC=AGTAACTGATAGGTTACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=110949818;WS=110949800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	110949857	rs6684395	A	T	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=171;SC=AGGGCTCGACACTGCACAACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=110949865;WS=110949847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	110950439	rs6674775	C	T	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=102;PP=2691;ReadPosRankSum=1.001;SC=CTGACGAAGGCTTGGGCTCCC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=404;TCF=192;TCR=212;TR=189;WE=110950447;WS=110950429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,199:0.47:421
chr1	110950462	rs11102099	G	A	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=105;PP=2579;ReadPosRankSum=0.864;SC=CGCGGTGACCGTCGAGGTGAC;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=350;TCF=157;TCR=193;TR=185;WE=110950470;WS=110950452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,190:0.52:364
chr1	110993739	rs3806451	C	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=6;PP=1326;SC=GCGGGGGATGCAGGAGAGCCT;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=52;WE=110993747;WS=110993729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	111059812	rs3841846	C	CGA	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.028;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr1	111060669	rs1281175	T	C	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=100;PP=2965;SC=TGACCACCTTTAGCTCCCTAT;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=196;WE=111060677;WS=111060659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	111061062	rs1281174	T	C	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=84;PP=2965;SC=GCATCCTTTTTTCCCGGTCTC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=178;WE=111061070;WS=111061052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	111144526	rs4839071	T	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=293;SC=AAATTGCCCTTTGTCAAAAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=111144534;WS=111144516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr1	111437129	rs1343817	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=0.605;SC=TAGAGATAGAAATGAAGTGGA;SOR=1.508;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=16;WE=111437137;WS=111437119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	111437176	rs5777031	G	GA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TAATTGGGGGGAAAATTTGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=111437184;WS=111437166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	111441829	rs1803259	C	T	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1159;ReadPosRankSum=0.187;SC=CTGCAGTAGTCCTGTGGTGAA;SOR=0.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=84;WE=111441837;WS=111441819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,94:0.44:215
chr1	111661413	rs325916	T	C	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.452;SC=AAATCTAATATTGTGCCTTCT;SOR=0.413;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=77;WE=111661421;WS=111661403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,84:0.56:151
chr1	111661528	rs325917	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=404;ReadPosRankSum=-2.022;SC=CCCTGAGTGATGGGAAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=36;WE=111661536;WS=111661518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr1	111662723	rs325918	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CACAGCAGTGGTACTGTAAAA;SOR=0.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=7;WE=111662731;WS=111662713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	111726026	rs2243393	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=-0.826;SC=ATGATTTACTGTGTAGTTCAC;SOR=0.307;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=16;WE=111726034;WS=111726016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	111726213	rs694180	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGCCCTGGTAAGTATTGTACT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=16;WE=111726221;WS=111726203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr1	111726288	rs2275122	T	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.466;SC=GACCCAGTCATGAAAGATCGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=111726296;WS=111726278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	111737183	rs660173	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=1.589;SC=GGTGAGCCGTCCAGGGGCTGG;SOR=0.910;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=111737191;WS=111737173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	111739771	rs3833538	G	GCAGGACAAA	4682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=2897;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGGAATATGGGCAGGCCCTGA;SOR=0.601;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=127;TCF=30;TCR=97;TR=45;WE=111739779;WS=111739761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,117:0.47:251
chr1	111742838	rs639306	G	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=545;SC=ACTAGCCCCAGAGAGGGCATG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=111742846;WS=111742828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	111770423	rs755467	T	G	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=38;PP=1693;SC=CAGCAGGAAATTTGGTGAGGA;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=111770431;WS=111770413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	111773568	rs2255089	G	C	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=144;PP=2965;SC=AAAACCAAGTGAGTAAGATGG;SOR=1.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=80;TCR=145;TR=224;WE=111773576;WS=111773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	111773830	rs2147789	A	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CAGCCAGAAAATAAATAATCA;SOR=0.309;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=86;WE=111773838;WS=111773820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr1	111777512	rs145589851	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=720;ReadPosRankSum=1.541;SC=AAAGACACTCGTATTGCTTCT;SOR=1.322;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=42;WE=111777520;WS=111777502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr1	111778187	rs2251715	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=333;SC=GAAACCTCATAGATTCCAGGC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=111778195;WS=111778177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	111778241	rs2764544	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=9;PP=1043;SC=TATTGCACCTCGTTTCTTTGT;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=111778249;WS=111778231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	111778824	rs2251608	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=576;SC=GGGGTGGGGCTGGGGAGAGTC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=111778832;WS=111778814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	111783982	rs13721	C	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=61;PP=2755;SC=CAAGATCACGCGGCTCCAGGA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=142;WE=111784004;WS=111783972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	111783996	rs2494007	A	G	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=77;PP=2965;SC=TCCAGGATCAACAGGTTCCCT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=111784004;WS=111783972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	111784138	rs942694	T	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	111784148	rs2764551	T	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	111784158	rs942693	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	111784227	rs2182114	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=273;SC=CTCTATGTCACACCCGCGAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=111784235;WS=111784217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	111785930	rs1056825	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=911;SC=CTTGCCAGGCTGGCCTTTGGA;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=111785938;WS=111785920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	111825883	rs4406629	T	C	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=88;PP=2965;SC=ATCAGAATGATTTTAAATCCT;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=157;TCR=88;TR=245;WE=111825891;WS=111825873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	111826007	rs58982671	C	T	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.45;QD=28.45;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	111826106	rs146591607	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=0.887;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	111833441	rs11102235	G	A	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=CAAACAACTCGTTACAAAAAC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=191;WE=111833449;WS=111833431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	111833488	rs34698010	C	CCT	11179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=98;PP=2969;SC=CTTCATGAAACCTCCTCGTCT;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=27;TCR=105;TR=125;WE=111833496;WS=111833478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	111833517	rs12026825	G	A	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=92;PP=2965;SC=ACAGGTGGCCGACTCTGGAGC;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=153;WE=111833525;WS=111833507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	111853174	rs56387509	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CTCTCACAGGCTCTGAAAATC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=66;WE=111853182;WS=111853164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr1	111854207	rs4839122	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=736;ReadPosRankSum=0.976;SC=CTCACTGAGGTTGTAACAATT;SOR=1.142;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=43;WE=111854215;WS=111854197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr1	111854223	rs6537695	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=666;ReadPosRankSum=0.623;SC=CAATTTATGGCAAATTGGAAG;SOR=1.337;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=46;WE=111854231;WS=111854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr1	111854755	rs4423003	A	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=793;SC=CAAAACTCACAGCACACTTCA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=111854763;WS=111854750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	111857087	rs2786151	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-1.788;SC=CCAGATCCAACACTAAAGCAA;SOR=2.584;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=14;WE=111857095;WS=111857077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr1	111857107	rs56003810	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.981;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=964;ReadPosRankSum=-1.133;SC=ATGTATTTTAAATGGAGGGAG;SOR=1.318;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=24;WE=111857128;WS=111857097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr1	111857120	rs3818820	C	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.280;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=964;ReadPosRankSum=0.739;SC=GGAGGGAGTCCTGACTTTTGA;SOR=1.242;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=30;WE=111857128;WS=111857097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr1	111857154	rs2786152	T	C	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=37;PP=2264;SC=CTATCCTTTGTTTTACAGGAA;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=111857162;WS=111857144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	111857208	rs3818822	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=1011;ReadPosRankSum=0.732;SC=CTGGAACTTCGGGACTGCCCC;SOR=0.861;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=67;WE=111857216;WS=111857198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr1	111857276	rs41391244	T	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=GTTAGCCCCATGTGATCACTG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=212;WE=111857284;WS=111857256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	111857951	rs61756687	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=-1.394;SC=TCAGTCATCAAATTCCTGCGC;SOR=0.511;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=20;WE=111857959;WS=111857941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	111858200	rs41282500	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TATATCGTGCGTTCATTAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=111858208;WS=111858190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	111858291	rs2786155	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=291;ReadPosRankSum=1.192;SC=GAACCATAACTCATTTCATCT;SOR=0.409;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=16;WE=111858299;WS=111858281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	111858444	rs2786156	C	T	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=100;PP=2965;SC=GCAGTTTGGCCACAGAGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=212;WE=111858452;WS=111858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	111858499	rs6661725	A	G	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.525;NF=25;NR=36;PP=931;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TACTGAGTACATATTCTGTGG;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=61;WE=111858507;WS=111858489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr1	111858525	rs371155945	TAAATATAAGAATAAGA	T	1876.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=8.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.32;MQRankSum=4.130;QD=18.22;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr1	111858526	.	AAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	CAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	2912	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=62.26;NF=2,6;NR=11,12;PP=2912,1573;QD=20;SC=TTGTCAGGCTAAATATAAGAA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=13,18;WE=111858563;WS=111858516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr1	111858526	.	AAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	A	2912	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=62.26;NF=2,6;NR=11,12;PP=2912,1573;QD=20;SC=TTGTCAGGCTAAATATAAGAA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=13,18;WE=111858563;WS=111858516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr1	111858542	rs376128132	CACTATCCTTGGCTT	C	1899.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.61;MQRankSum=3.751;QD=20.43;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr1	111858589	rs2786157	G	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.653;NF=3;NR=22;PP=676;ReadPosRankSum=0.553;SC=AAGACTGAAAGAATATGAACA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=25;WE=111858611;WS=111858579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	111858603	rs2786158	G	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.079;NF=2;NR=23;PP=676;ReadPosRankSum=-0.096;SC=ATGAACAATGGCAATGCATTG;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=25;WE=111858611;WS=111858579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	111861714	rs2786161	T	A	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=34;PP=2073;SC=TAACATTTAATAGATTTGAAT;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=106;WE=111861722;WS=111861703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	111861841	rs2275253	A	G	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=CTATGACAACATCAAGAGCTT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=196;WE=111861849;WS=111861831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	111861974	rs2275254	T	C	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1421;ReadPosRankSum=0.349;SC=CACAACAAATTTGGAGGCGCC;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=92;WE=111861982;WS=111861964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,101:0.48:212
chr1	111862074	rs2820092	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=699;ReadPosRankSum=-1.181;SC=AGAAGGCCCTCGGCCTGCAGA;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=40;WE=111862082;WS=111862064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr1	111862952	rs2256721	T	G	6458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=133;NR=82;PP=2965;SC=TTCTGTGCTGTCAGAGCCAAC;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=133;TCR=82;TR=215;WE=111862960;WS=111862942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	111890240	.	C	CT	130	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=30;MQ=48.38;NF=3;NR=0;PP=130;QD=51.6666666667;SC=GTTGTTTTTTCTTTCTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=111890248;WS=111890230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	111957097	rs7825	C	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=910;ReadPosRankSum=0.261;SC=TAGGCTTCTTCATCCACAGCA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=51;WE=111957105;WS=111957087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr1	111957245	rs9629	G	A	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.734;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GCTGGATGACGGGGCTGGAGG;SOR=0.756;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=254;TCF=130;TCR=124;TR=119;WE=111957253;WS=111957235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,124:0.47:264
chr1	111957501	rs201350653	CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG	C	3103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.437;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,94:0.47:199
chr1	111957547	.	GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA	G	3320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.264;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.673;QD=14.31;ReadPosRankSum=3.081;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,92:0.40:232
chr1	111957570	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.19;NF=20;NR=22;PP=2962;QD=20;SC=TTCCCCAGGGGTCACAGACTG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=42;WE=111957600;WS=111957553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr1	111957693	rs2485319	A	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1351;ReadPosRankSum=0.491;SC=AGTCATGGTCATTGCCCCAGT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=97;WE=111957701;WS=111957683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr1	111969042	.	A	ACCTC	2114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=2954;ReadPosRankSum=1.893;SC=CAACCCCCACATCCAATATGA;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=28;WE=111969060;WS=111969028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr1	111969046	.	A	T	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=2.848;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,58:0.38:154
chr1	111969047	.	A	T	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=2.803;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,58:0.38:154
chr1	111969049	.	A	AGTTTGT	2190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=2962;ReadPosRankSum=3.039;SC=CACATCCAATATGAACACACC;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=26;WE=111969060;WS=111969028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
chr1	111970382	rs115872070	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=776;ReadPosRankSum=0.655;SC=AGATGCAGCCCTTTATAGGAG;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=55;WE=111970390;WS=111970372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr1	111970479	.	CA	C	167	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	111970481	.	CA	C	167	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	111970482	.	A	C	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5005;HP=5;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=58.21;NF=0;NR=5;PP=107;QD=28.3542425094;SC=ACACACACACACCCCAGTGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=111970490;WS=111970472;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	111992019	rs2298187	T	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1569;ReadPosRankSum=0.915;SC=TAATTTTTTTTAAAAATCTCC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=100;WE=111992027;WS=111992009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,102:0.48:211
chr1	112020222	rs3831358	GC	G	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=1214;SC=CTTCCGCCCTGCCCCCCACCC;SOR=2.786;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=32;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	112020224	rs115634476	C	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.921;NF=13;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=0.428;SC=TCCGCCCTGCCCCCCACCCAC;SOR=1.473;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=15;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	112020238	rs2211494	A	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=13;PP=1648;SC=CACCCACCTGACAACACCTCC;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	112026449	rs17027794	G	A	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1416;ReadPosRankSum=0.810;SC=TGTTTCTGCAGCAAAAGTTCC;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=258;TCF=118;TCR=140;TR=106;WE=112026457;WS=112026439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,115:0.42:274
chr1	112028577	rs2275796	A	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=839;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ACCCAGTTACAGTAGCTTCTG;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=47;WE=112028585;WS=112028567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr1	112029193	rs2252739	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=18;PP=867;SC=TTCATCCGCCAAGACTATGAC;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=112029201;WS=112029183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	112029325	rs2800906	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=44;PP=1468;SC=GCCAGGTCCTACCTCTGCCTC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=112029333;WS=112029315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	112031654	rs10602160	AACACAC	A	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.016;NF=0;NR=22;PP=906;ReadPosRankSum=-2.135;SC=CATCTGTGAAAACACACACAC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=22;WE=112031667;WS=112031644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr1	112032126	rs58712964	T	C	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,51:0.37:137
chr1	112032131	rs61002431	T	G	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr1	112032205	rs7544118	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.382;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=648;ReadPosRankSum=0.050;SC=TGGAGAAGTCCTTTTCCCTGG;SOR=1.035;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=53;WE=112032213;WS=112032195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,55:0.31:175
chr1	112032347	rs2789539	G	A	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=71;PP=1985;ReadPosRankSum=-5.224;SC=GAAAGAAAGTGATGTTTGGAG;SOR=0.435;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=216;TCF=112;TCR=104;TR=130;WE=112032355;WS=112032337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,134:0.62:215
chr1	112033285	rs2275797	G	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=692;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TACCTGAAATGAGAGCCAAGG;SOR=1.063;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=48;WE=112033293;WS=112033275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr1	112033456	rs3831359	G	GA	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.126;NF=1;NR=24;PP=869;ReadPosRankSum=-1.958;SC=AGTGAAAAGGGAAACAACCAG;SOR=0.964;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=25;WE=112033464;WS=112033446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr1	112033515	rs2252198	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.227;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	112033519	rs2252197	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.193;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.245;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	112042632	rs2229155	A	G	3835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=70;PP=2780;ReadPosRankSum=0.262;SC=AGACCACACAAGCTTTGAGGA;SOR=0.915;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=340;TCF=183;TCR=157;TR=162;WE=112042640;WS=112042622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,169:0.48:353
chr1	112106342	rs1591711	C	T	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=29;PP=2243;SC=CTATTTTACACGCTAGGACAA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=109;WE=112106350;WS=112106332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	112106444	rs1591712	G	A	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=132;PP=2965;SC=CCTCCCAGCAGCTATATTTTC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=269;WE=112106452;WS=112106434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	112237915	rs7525307	A	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.054;SC=TAACATTCAAAGGAGTTTTCC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=112237923;WS=112237905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	112240038	.	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.655;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	112251983	rs3738300	C	G	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=66;PP=1579;ReadPosRankSum=2.207;SC=TATGGTATTTCTAAGCTTCTG;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=62;TCR=132;TR=97;WE=112251991;WS=112251973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,105:0.50:208
chr1	112269485	rs79913188	G	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=0.598;SC=AAAGGAACTTGGAGTTGGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=10;WE=112269493;WS=112269475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	112269872	rs197434	G	A	10910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=135;PP=2965;SC=CTGTCAGGGCGAACCTGCGGC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=230;TCR=136;TR=365;WE=112269880;WS=112269862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	112298582	rs197392	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=834;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GAGCCTTAGCAGCAGTGGCGA;SOR=0.747;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=64;WE=112298590;WS=112298572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,70:0.46:151
chr1	112298829	rs197393	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	112303260	rs169093	A	G	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=909;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CGAAGTATCTATCTTTAGCTT;SOR=1.110;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=52;WE=112303268;WS=112303250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr1	112305228	rs519155	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=403;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TACTGGAAGAATATAATATGC;SOR=1.341;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=20;WE=112305236;WS=112305218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr1	112305406	.	TA	T	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.285;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr1	112308953	rs197412	T	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1496;ReadPosRankSum=2.210;SC=AATAAAGTTATTGAACAGAGA;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=90;WE=112308961;WS=112308943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,96:0.49:196
chr1	112308972	rs197413	G	A	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GAGTCCCTGTGTTGGCAAGTA;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=99;WE=112308980;WS=112308962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,107:0.53:202
chr1	112309123	rs197414	C	A	4416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TGTGGATGATCGTATTTCTTT;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=237;TCR=198;TR=202;WE=112309131;WS=112309113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,209:0.46:453
chr1	112309331	rs85276	T	C	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=76;PP=2320;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CATAGGGAAATACGTCTGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=290;TCF=150;TCR=140;TR=148;WE=112309339;WS=112309321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,153:0.49:313
chr1	112321032	rs640029	T	A	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=1587;ReadPosRankSum=1.022;SC=GAGAAAAACATCAATTGAATT;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=134;TCR=85;TR=112;WE=112321040;WS=112321022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,115:0.51:224
chr1	112533728	rs59747755	G	A	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=76;PP=2965;SC=TCGGCCTGGCGCTCCGGAAGC;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=174;WE=112533736;WS=112533718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	112991698	rs2256883	T	C	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=TCTGCACAAATCCACTCTCTA;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=170;WE=112991706;WS=112991688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	112999227	rs1175641	G	A	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;PP=2965;SC=TAGAAAACCAGGTGCCTCCAC;SOR=0.930;Source=Platypus;TCF=112;WE=112999235;WS=112999217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	113052155	rs3790605	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=0.182;SC=CGGGACCAGGCTGTTGCTTCG;SOR=0.248;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=18;WE=113052163;WS=113052145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	113052186	rs3790606	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=1.269;SC=GACGATTCGGGCAGGACTGTC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=9;WE=113052194;WS=113052176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	113063125	rs910697	A	G	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGCTGGACCAAACCTGAACAC;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=114;TCR=127;TR=125;WE=113063133;WS=113063115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,130:0.52:249
chr1	113083439	rs10745330	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=283;ReadPosRankSum=0.832;SC=TCAGTGTTTTCATTTTTGGGA;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=23;WE=113083447;WS=113083429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr1	113098534	rs6658555	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1368;ReadPosRankSum=1.000;SC=ACCTTCTATTCGTTTCCAGTG;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=95;WE=113098542;WS=113098524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,98:0.47:209
chr1	113113167	rs71584748	GTATATATATATATA	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=1938;ReadPosRankSum=1.174;SC=AATAAAAGATGTATATATATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=113113188;WS=113113157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	113162494	rs41283062	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TCGTGTGTCGGATGAGGAGAA;SOR=0.930;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=80;WE=113162502;WS=113162484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,84:0.46:183
chr1	113202417	rs2932536	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=-0.947;SC=ATTCCAACATGTTTATAGACT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=42;WE=113202425;WS=113202407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr1	113234456	rs2932532	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=1733;ReadPosRankSum=0.452;SC=GCACTCTCCCGTCTTTTACCT;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=235;TCF=102;TCR=133;TR=125;WE=113234464;WS=113234446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,134:0.55:244
chr1	113239478	rs2999158	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=832;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GGTATTCCCATGCCCTTGCCT;SOR=1.122;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=61;WE=113239486;WS=113239468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr1	113242488	rs3013431	C	T	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2128;ReadPosRankSum=0.438;SC=CTCTTCCCTCCCATGACCACA;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=169;TCR=151;TR=147;WE=113242496;WS=113242478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,149:0.45:332
chr1	113244433	rs2279500	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=738;ReadPosRankSum=0.728;SC=AATGCCTCCTTCTCCAGCCCT;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=49;WE=113244441;WS=113244423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr1	113246229	rs937053	T	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.044;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=471;ReadPosRankSum=1.982;SC=GGGGGCGGGGTCTCAGGGTGG;SOR=1.308;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=30;WE=113246237;WS=113246219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr1	113248365	rs954679	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCTGTTTTGTAAAGATGGGCT;SOR=2.862;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=12;WE=113248373;WS=113248355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	113252614	rs41310100	C	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AATACAGACACACACCTTTAT;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=113252622;WS=113252612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	113253600	rs41283076	C	G	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=67;PP=2009;ReadPosRankSum=0.745;SC=AGGTCCTCCTCCCCTCTCCCA;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=309;TCF=164;TCR=145;TR=139;WE=113253608;WS=113253590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,150:0.45:333
chr1	113254484	rs4839258	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=233;SC=TTCCCAGTAAAGTGCTTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=113254492;WS=113254474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	113255389	rs10857971	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=390;SC=GCATTCTCAACGGCCCCCACT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=113255397;WS=113255379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	113456546	rs1049434	A	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=24;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TGGGCCCTCCATCTGTGTCTT;SOR=0.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=78;WE=113456554;WS=113456536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr1	113459676	rs71659381	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=319;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CAGCATCAAGGGTACATAAAT;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=17;WE=113459684;WS=113459666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	113460679	.	T	TAAAG	115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5164;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=63.93;NF=0;NR=4;PP=115;QD=29.75;SC=GTGAAGACAATAAATAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=113460687;WS=113460669;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr1	113616382	rs56062000	G	GA	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=364;ReadPosRankSum=0.598;SC=CCTAAGCTCTGAAGGAAACTG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=11;WE=113616390;WS=113616372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	113636924	rs1216802	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=681;SC=TTTATTTTACTAAATTTTTTC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=113636932;WS=113636914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	113657092	rs1216793	A	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	113658887	rs1216791	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=629;ReadPosRankSum=0.532;SC=ACCTTTGAGAGTTAAAAATGT;SOR=1.302;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=37;WE=113658895;WS=113658877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	113659065	rs10541977	ACT	A	4114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.177;NF=10;NR=54;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GACGGTAATGACTCTGTTGTT;SOR=0.794;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=130;TCF=19;TCR=111;TR=64;WE=113659074;WS=113659055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,108:0.52:208
chr1	113662249	rs12568813	G	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=199;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GCAAGCAGATGGGTATATAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=13;WE=113662257;WS=113662239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	113666351	rs1728222	G	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	113666353	rs1728223	G	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	114092306	rs10858004	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=0.966;SC=TTTCTTAACTAATTAAACATC;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=21;WE=114092314;WS=114092296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	114137013	rs3834733	C	CAT	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=1000;SC=GTTCAAACATCATGTCTTTTA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=20;WE=114137021;WS=114137003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	114161116	rs1217200	C	A	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=45;SC=ACTCATATCACCTCTTTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=114161124;WS=114161106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	114191994	rs1743594	G	A	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.970;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,120:0.52:231
chr1	114196364	rs2359174	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AAACTGAATTTTTCTGTGAGA;SOR=0.144;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=114196372;WS=114196354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	114196495	rs2359173	A	G	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1295;ReadPosRankSum=0.686;SC=TCATTTCAACACAGAATGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=98;WE=114196503;WS=114196485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,100:0.50:200
chr1	114234690	rs12138638	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=-1.912;SC=GAAACCTGTGCAGATGTTGTG;SOR=0.479;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=114234698;WS=114234680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	114240319	rs3835263	T	TA	6806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=71;PP=2583;SC=TCCAGGCATTTACTCAGCTTA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=93;WE=114240328;WS=114240309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	114242122	rs3752954	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=277;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCACTCTTTGTCCTTAATCTT;SOR=2.049;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=16;WE=114242130;WS=114242112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	114247446	rs56275921	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-1.076;SC=AAAAATCACAGTGAAATGTAT;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=114247454;WS=114247436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	114249382	rs6698586	C	T	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=97;PP=2910;SC=TATCCATGCCCTCTTGCCTCC;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=25;TCR=97;TR=122;WE=114249390;WS=114249372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	114267347	rs1230640	C	T	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=60;PP=2965;SC=GTAAACACTACGTGAATACAA;SOR=1.447;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=117;TCR=60;TR=177;WE=114267355;WS=114267337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	114280717	rs2273758	A	C	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=16;PP=1872;SC=TGCTTATTCCAATTTCTCCAA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=114280725;WS=114280707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	114339956	rs34169583	C	CTAAA	1516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=1312;SC=ATCGTATTTACTAATTTTTAA;SOR=4.174;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=25;WE=114339964;WS=114339946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	114357750	rs1217413	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	114372332	rs57877024	TA	T	225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=12;PP=205;SC=CTGCATACCTTAAAAAAAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=114372340;WS=114372322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	114377093	rs1599971	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=40;PP=1202;SC=TCGGTTCTTAAGAATAGTATT;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=114377101;WS=114377083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	114377148	rs1970559	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.145;SC=CATAAAACATTGAAAGGACCT;SOR=0.148;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=114377156;WS=114377138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	114377568	rs2476601	A	G	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TCAGGTGTCCATACAGGAAGT;SOR=0.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=113;TCR=106;TR=217;WE=114377576;WS=114377558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr1	114400195	rs11386228	G	GA	328.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=265;ReadPosRankSum=1.280;SC=ATTCTTAGGAGAAAAAAAAAA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=114400203;WS=114400185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr1	114401231	rs1217418	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=209;SC=GGTGACTACAAATAATACCCT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=114401239;WS=114401221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	114401904	rs1217419	T	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=370;SC=CAGTAAGCAATGGGTACAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=114401912;WS=114401894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	114423653	rs1217382	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.917;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=590;ReadPosRankSum=0.225;SC=GAAAAAAGTGCTTTTTTATTT;SOR=1.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=38;WE=114423661;WS=114423643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr1	114424601	rs1217381	C	T	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=60;PP=1989;SC=TCCACAGTGTCCTGGAGTATA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=104;WE=114424609;WS=114424591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	114429340	rs1746860	T	C	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=917;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CCCAGGAATCTGGGCAATGAG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=80;WE=114429348;WS=114429330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr1	114438951	rs1217401	A	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=45;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AAGGCGCAGCAAAGCAGTGAG;SOR=0.871;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=246;TCF=149;TCR=97;TR=124;WE=114438959;WS=114438941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,129:0.50:260
chr1	114444444	rs34751342	T	G	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1627;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TCCTGACATATGAAGCCTTAT;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=125;TCR=87;TR=108;WE=114444452;WS=114444434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,112:0.50:223
chr1	114472218	rs1217441	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=-1.338;SC=GGGTTGAGGGACGGCCGCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=114472226;WS=114472208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	114512939	rs3811018	A	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=1.257;SC=TCTTAAAGAGACCTTAATTCA;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=30;WE=114512947;WS=114512929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr1	114515717	rs2358996	G	A	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=78;PP=2642;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GGCAGCAGGCGTTTGTGGCCC;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=180;TCR=148;TR=171;WE=114515725;WS=114515707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,169:0.52:323
chr1	114523465	rs3789614	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=275;ReadPosRankSum=1.296;SC=GGAGGCAACCACTGGGCAAAT;SOR=2.115;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=18;WE=114523473;WS=114523455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	114641685	rs2774285	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=549;ReadPosRankSum=0.615;SC=AGTGAGGGGTAGAATTACGTC;SOR=0.484;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=34;WE=114641693;WS=114641675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr1	114680310	rs41274114	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=1914;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CTCATCAAAGGTGGGGTTCAG;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=156;TCR=115;TR=123;WE=114680318;WS=114680300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,128:0.45:283
chr1	114682286	rs144510124	G	A	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=63;PP=2014;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CGGGTGTGACGCATGATGTGC;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=257;TCF=149;TCR=108;TR=145;WE=114682294;WS=114682276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,157:0.58:272
chr1	114940632	rs5777192	CA	C	664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.530;NF=1;NR=33;PP=432;ReadPosRankSum=1.284;SC=ATACCAGAGTCAAAAAAAAAA;SOR=1.501;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=34;WE=114940641;WS=114940622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr1	114942296	rs73003383	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-1.558;SC=AATTTGAAAATGCATAGCATA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=114942304;WS=114942286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	114948281	rs6537825	A	G	7495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=130;PP=2965;SC=TGCAGGTTCAATTTTCACATG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=128;TCR=130;TR=258;WE=114948289;WS=114948271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	114949820	.	T	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=37;QD=17.9428031368;SC=GTGAAGACAATAGACAATTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=114949828;WS=114949810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr1	114951220	rs6672519	C	T	31.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	114973429	rs12083584	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=495;ReadPosRankSum=0.429;SC=CCTCTAGCTGTTGTAAGAGAG;SOR=0.999;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=31;WE=114973437;WS=114973419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr1	115128087	rs222493	A	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=118;SC=ATCCTCCTCTAACAGCCTGAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=115128095;WS=115128077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	115144304	rs12730318	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=1.359;SC=CTCTTTAGTACGGAGCAGTAA;SOR=0.157;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=13;WE=115144312;WS=115144294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	115144703	rs28398	A	G	11933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=195;PP=2965;SC=TGACTCAATTATTCCTTGACC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=424;TCF=229;TCR=195;TR=423;WE=115144711;WS=115144693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr1	115165472	rs222502	T	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=125;SC=AAACAAAAATTAAAAAAACTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=115165480;WS=115165462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	115166350	rs148413143	ATTGT	A	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=826;SC=TATTTGTTTGATTGTTTGTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=115166361;WS=115166340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	115168600	rs7541738	A	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=708;ReadPosRankSum=-1.021;SC=AAAAACCAACATCCATGTTCC;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=44;WE=115168608;WS=115168590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr1	115218413	rs2070986	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CAAACATAAAGAGATAAGCAC;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=16;WE=115218421;WS=115218403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	115222434	rs761755	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=359;SC=GGAAATAATTGTTGGAACAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=115222442;WS=115222424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	115256669	rs969273	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CACAGGGAATGCAATGCTATT;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=115256677;WS=115256659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	115276978	rs57342611	GA	G	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr1	115279947	.	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=-0.798;SC=ATTTTTTGATTATGCTGCATT;SOR=0.314;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=17;WE=115279955;WS=115279937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	115284056	rs7537232	G	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1065;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAGGTGAGTCGGCAAGATATT;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=80;WE=115284064;WS=115284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,86:0.43:201
chr1	115398044	rs60659641	GC	G	2620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=27;PP=1419;SC=TTCCCCTCCCGCCCCCCCGGG;SOR=1.637;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=52;WE=115398052;WS=115398034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	115399940	rs360614	T	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GTTTAGGTAATGAACTGCTTA;SOR=1.057;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=19;WE=115399948;WS=115399930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	115401136	rs360615	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=227;SC=TAGAATTTTGGACAATTAATT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=115401144;WS=115401126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	115428299	.	C	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr1	115452848	rs12117860	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGAATTGTCTGTCATCATGTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=115452856;WS=115452838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	115524216	rs12026343	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.981;SC=TCTGGCATCACGCACACATAT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=115524224;WS=115524206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	115576023	rs10776792	A	G	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=93;PP=2965;SC=TTTTGGCCTTACATGTGGGCA;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=213;WE=115576031;WS=115576013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	115576175	rs12732821	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=635;ReadPosRankSum=0.850;SC=TCTTTTGGCTGTAAATTATAT;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=48;WE=115576183;WS=115576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr1	115576482	rs28566771	C	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=455;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CAATTCTTTCCCAGTTGTATT;SOR=0.150;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=27;WE=115576490;WS=115576472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr1	115601615	rs7523818	A	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=100;PP=2965;SC=GAAGAAATACAAGGAAAAATG;SOR=1.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=41;TCR=100;TR=140;WE=115601623;WS=115601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	115615358	rs753189	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.159;SC=AGCAGACAACTCGGAGGGCTA;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=115615366;WS=115615354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	115631924	rs4240540	C	T	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=63;PP=2965;SC=TCGGGGACCCCGGCCCCGCGC;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=121;TCR=63;TR=184;WE=115631932;WS=115631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	115829313	rs6330	G	A	4727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.635;SC=AGTCCAGTGGGCTTGGGGGAT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=423;TCF=205;TCR=218;TR=212;WE=115829321;WS=115829303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,217:0.50:430
chr1	116224925	rs10923176	G	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=12;PP=1999;SC=AGGATTTTTCGTTTAGGACCT;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=72;TCR=12;TR=84;WE=116224933;WS=116224915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	116224940	rs10754330	C	A	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=24;PP=2879;SC=GGACCTGCTTCTTCAGTGAAA;SOR=2.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=105;TCR=24;TR=129;WE=116224948;WS=116224930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	116225180	rs10923177	A	C	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=85;PP=2543;SC=ACTATTTAAGATTCATGGTAC;SOR=3.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=103;WE=116225188;WS=116225170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	116228220	rs12145661	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=1233;SC=TGAATTATAGCGTGTTACTAG;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=47;WE=116228228;WS=116228210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	116234083	rs3811013	T	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	116243877	rs7413162	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=431;ReadPosRankSum=1.347;SC=CATCATCATCGTCATCACTGT;SOR=1.755;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=24;WE=116243885;WS=116243867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr1	116245655	rs12402684	G	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=745;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AGCAGGCAGAGGGCATTCTCT;SOR=1.003;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=61;WE=116245663;WS=116245645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr1	116245809	rs6667224	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.888;SC=AAAGATGACACAGCATAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=116245817;WS=116245799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	116260532	rs2997741	A	T	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=2421;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GAGAAAAGTAACAAAAGTTAC;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=75;WE=116260552;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr1	116260544	rs3811001	C	T	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=2421;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AAAAGTTACACTTCCAGCTGG;SOR=0.948;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=75;WE=116260552;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr1	116260604	rs2997742	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=1.315;SC=GCTGGAATGGGAATAGGAGAG;SOR=0.930;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=32;WE=116260612;WS=116260594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr1	116283343	rs9428083	A	G	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1598;ReadPosRankSum=-1.790;SC=GTGTATAAATACTTACATCCA;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=115;TCR=76;TR=91;WE=116283351;WS=116283333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,94:0.49:191
chr1	116283526	rs7538337	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AGGTCTGGCTGAGGGTTTCTG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=40;WE=116283534;WS=116283516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr1	116287682	rs9428211	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-0.330;SC=AAAGGAAATGTATTCTTGTCC;SOR=1.244;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=116287690;WS=116287672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	116311198	rs4074537	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=36;PP=875;SC=CCAAATATGCTGTGTGCAGAA;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=116311206;WS=116311188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	116569530	rs2488429	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-1.893;SC=TTGGCGGCCTGTTCTTTGCAG;SOR=0.443;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=18;WE=116569538;WS=116569520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	116577747	rs17035158	A	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1031;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GCAAATTCTTATGTACTTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=79;WE=116577755;WS=116577737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr1	116577919	rs41275548	T	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=769;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CATCTTACCCTCTCTGTATCT;SOR=1.392;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=41;TCR=81;TR=55;WE=116577927;WS=116577909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr1	116577981	rs1935828	G	A	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=40;PP=1076;SC=GAAGTGCACCGTAGAGAATGC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=116577989;WS=116577971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	116605423	rs3748743	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1408;ReadPosRankSum=1.224;SC=ATTCCTTGTCCTTGCTGGGGA;SOR=0.509;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=88;WE=116605431;WS=116605413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,95:0.56:170
chr1	116605641	rs17035236	G	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=0.606;SC=GCAGTTTAGGGTGAGAGCTTG;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=21;WE=116605649;WS=116605631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	116607254	rs1281748	G	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=497;SC=GTGAACCTTGGCCCTTTTAGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=116607262;WS=116607244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	116655381	rs139021400	GACACATAAAA	G	4561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.087;NF=11;NR=59;PP=2964;ReadPosRankSum=0.422;SC=TCTTTCTAAAGACACATAAAA;SOR=0.655;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=168;TCF=17;TCR=151;TR=70;WE=116655398;WS=116655371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,124:0.43:289
chr1	116655492	rs1146356	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.441;NF=6;NR=36;PP=1029;ReadPosRankSum=0.825;SC=AGACATGCTGAGTATAGAATA;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=116655500;WS=116655482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr1	116663724	rs41275550	C	T	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=111;PP=2965;SC=CTAAGTGCCACCAACAGAGCC;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=187;WE=116663732;WS=116663714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	116666569	rs960675	T	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=1;PP=1310;SC=ATCTGGTCACTCTGCTGAGGG;SOR=6.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=116666577;WS=116666559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	116670774	rs10754431	A	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=68;PP=2965;SC=AGTCGTTTGGATTTAACTTGT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=160;WE=116670782;WS=116670764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	116676035	rs10802159	A	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=673;SC=CTGGCTTAACATTGTTCTTTG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=116676043;WS=116676025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	116948551	rs114408157	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.483;SC=ACTAAAAGATCATGGGATTAG;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=116948559;WS=116948541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	117121865	rs12066192	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=548;ReadPosRankSum=0.549;SC=GAACTAATATGTCCAATCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=30;WE=117121873;WS=117121855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr1	117122285	.	G	GTCC	2393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.264;NF=34;NR=64;PP=2986;ReadPosRankSum=5.185;SC=CGTCGTCGTCGTCGTCCTCCT;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=89;TCR=169;TR=98;WE=117122298;WS=117122275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,120:0.36:332
chr1	117122288	rs647711	G	C	5635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.964;NF=74;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=5.478;SC=CGTCGTCGTCGTCCTCCTCCT;SOR=0.588;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=350;TCF=184;TCR=166;TR=152;WE=117122298;WS=117122275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,165:0.45:365
chr1	117142531	rs631461	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.064;NF=20;NR=5;PP=380;ReadPosRankSum=0.437;SC=CAGGCAGCATGGGCACATAGC;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=25;WE=117142539;WS=117142521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	117236970	rs614477	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=959;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGACAGTGCTGCTGCCATGTG;SOR=1.366;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=47;WE=117236978;WS=117236960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr1	117487270	rs56209138	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.358;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	117487710	rs10159095	AT	GA	8320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=103;PP=2947;SC=TGATCCAGCCATCAGGTGAGC;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=64;TCR=104;TR=162;WE=117487719;WS=117487700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	117529458	rs10801922	G	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=2202;ReadPosRankSum=0.225;SC=GCTGATCGGCGTCGGTCTGTC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=313;TCF=186;TCR=127;TR=151;WE=117529466;WS=117529448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,158:0.48:331
chr1	117555898	rs2764849	G	A	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=192;SC=TTTACCTACCGCTATAGAATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=117555906;WS=117555894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	117559726	rs2249265	A	G	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=77;PP=2965;SC=AAGTGTGGTCATGTCTACCAA;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=123;TCR=77;TR=200;WE=117559734;WS=117559716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	117560818	rs3736908	A	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=817;ReadPosRankSum=0.609;SC=GTCAGCCGCAAGTGATGTTAA;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=50;WE=117560826;WS=117560808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr1	117560929	rs3736907	C	A	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1514;ReadPosRankSum=0.085;SC=GCTCTCACATCTTCCACCAGC;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=110;WE=117560937;WS=117560919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,113:0.44:254
chr1	117568093	rs41276566	G	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=427;ReadPosRankSum=-1.483;SC=AAATCTGAAAGTCTGCATTCT;SOR=0.717;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=30;WE=117568101;WS=117568083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	117602960	rs2244501	C	A	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=34;PP=2471;SC=ACTTGGGGGACCCAGCGAAAT;SOR=1.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=120;WE=117602968;WS=117602950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	117603188	rs2244406	G	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=39;PP=1061;SC=GAGTAGGTCTGGAGCTGGGCC;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=117603196;WS=117603178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	117617705	rs998532	A	G	8486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=154;NR=130;PP=2965;SC=CGATCAAAAGAAAGAACAGAA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=154;TCR=130;TR=284;WE=117617713;WS=117617695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	117618067	rs1289673	C	T	6578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=111;PP=2965;SC=AGTACACGAACTGGGAGGCTA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=226;WE=117618075;WS=117618057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	117618722	rs1289672	T	C	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=104;SC=AGAGTTTGGGTGTTTCAGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=117618730;WS=117618712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	117622286	rs2801939	A	G	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=151;PP=2965;SC=GTGTGGTATTATAAGAGTCAG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=82;TCR=151;TR=232;WE=117622294;WS=117622276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	117628869	.	ATG	A	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=87;QD=30.3333333333;SC=TACCTCCAAAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=3;WE=117628878;WS=117628868;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,3:0.16:19
chr1	117631391	rs1555792	T	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=52;PP=2790;SC=TTTTCCCATATTGTGGCTGGA;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=146;WE=117631399;WS=117631381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	117639828	rs11330257	TA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.122;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	117656088	rs1289658	A	G	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=886;ReadPosRankSum=1.117;SC=TCTCCTCACCATCACAGTGAA;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=73;WE=117656096;WS=117656078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr1	117656276	rs1290530	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.773;SC=AGCTGAGAGGAGGCAGACACA;SOR=0.275;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=117656284;WS=117656266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	117660608	rs1289655	C	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=413;SC=TCACACACCACCTCCCTGTCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=117660616;WS=117660598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	117660754	rs749902	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CTCCTGAGGACAGAAGCGTAT;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=112;TCR=69;TR=80;WE=117660762;WS=117660744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,87:0.45:195
chr1	117663913	rs3795655	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=-1.321;SC=AAGAGAAAGTCTCCAGAACTT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=14;WE=117663921;WS=117663903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	117690272	rs10754339	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=463;ReadPosRankSum=-1.484;SC=TTTTGTGGCCGAGGCACATTA;SOR=0.109;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=34;WE=117690280;WS=117690262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	117696037	rs2051047	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr1	117715026	rs6657810	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=777;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TCCTCTTTTCCCACACCTCAG;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=60;WE=117715034;WS=117715016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr1	117715987	rs140251705	A	AAC	342.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.35;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=422;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GACACAGATGAACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=117715996;WS=117715977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	117957288	rs1289948	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=343;SC=GAGAACAGGAACCTAAAGGGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=117957296;WS=117957278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	117957505	rs7546882	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=604;ReadPosRankSum=-1.694;SC=AAAAGACACAATGTCTAACTG;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=42;WE=117957513;WS=117957495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr1	117984776	rs2306444	A	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TGTGCTATGTATACTATGAGA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=117984784;WS=117984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	117985030	rs34782879	AT	A	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.077;NF=0;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TCACCCCCACATTTTTTTTAA;SOR=0.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=117985038;WS=117985020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	118057278	rs78560755	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=333;SC=GTCCATAAAACATCAATAGTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=118057286;WS=118057268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	118065541	rs41296190	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=830;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GTTACATTTAGCCAACACCAC;SOR=0.704;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=57;WE=118065549;WS=118065531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,59:0.53:112
chr1	118165328	rs844108	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=453;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGAGTCCTCATGGCAACACTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=22;WE=118165336;WS=118165318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	118165973	rs1627787	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1413;ReadPosRankSum=-2.413;SC=CCAACAAGAACGGGAAGAACG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=83;WE=118165981;WS=118165963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
chr1	118166096	rs2884587	C	T	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=67;PP=2392;ReadPosRankSum=-1.655;SC=ATAATCCCATCTCTGAGCACT;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=168;TCR=128;TR=153;WE=118166104;WS=118166086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,157:0.50:311
chr1	118320644	rs1780028	A	G	120.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=89;SC=ATTCCCTAGCAAATTTGTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=118320652;WS=118320634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	118320859	rs1775749	T	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.86;MQRankSum=-1.319;QD=28.96;ReadPosRankSum=0.907;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr1	118321119	rs114485606	T	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=66;PP=2222;SC=TACCTCTCTCTACCACCCATC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=118321127;WS=118321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	118424269	rs10923444	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=140;SC=CCCACAAAGGCGCTGGAGTCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=118424277;WS=118424259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	118429438	rs3054231	G	GACA	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.46;NF=0;NR=16;PP=753;SC=CTACTCTGCAGACAACACCTA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=118429446;WS=118429428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	118481351	rs114779328	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CAGCCATTGGAGCAGATACTG;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=118481359;WS=118481341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	118526592	rs4347199	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=208;SC=TTCAACTGTCGCAAATATGTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=118526600;WS=118526582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	118530966	.	C	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=0.751;SC=ACTTACATGACCAAGCTGTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=118530974;WS=118530956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	118565953	rs10923472	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=458;ReadPosRankSum=2.155;SC=AATCTCAGATGGTATCGTTTC;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=36;WE=118565961;WS=118565943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr1	118583408	rs10923477	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=915;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AAGGATACAGGTAGTAATTTG;SOR=0.445;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=70;WE=118583416;WS=118583398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr1	118617274	rs1935993	C	T	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=174;PP=2965;SC=TTGTTCTTGCCCTGCTGGTTA;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=143;TCR=174;TR=317;WE=118617282;WS=118617264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	118623681	rs56768861	TACACAC	T	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;QD=38.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	118644430	rs10754367	A	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=34;PP=1933;SC=TCACTGGTGCATTTGCCTCAG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=118644438;WS=118644420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	119466275	rs4659129	A	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=34;PP=956;SC=AGGAACCTACATTTTGTTCTC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=119466283;WS=119466265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	119683063	rs3934789	G	A	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1313;ReadPosRankSum=1.766;SC=CCTTAGGCGAGGGAAGGCATG;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=67;WE=119683071;WS=119683053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr1	119683390	rs12096448	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=807;SC=AGCCGCTATCGGGCGGACTGC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=119683398;WS=119683380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	119923531	rs2224995	A	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=0.908;SC=TTACTCTCTGACTTCTGGCTT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=25;WE=119923539;WS=119923521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr1	119923724	rs2275607	T	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CTTGGTGTGTTTGACAGACTT;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=189;TCF=113;TCR=76;TR=92;WE=119923732;WS=119923714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,98:0.49:199
chr1	119925403	rs1341007	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=341;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TCTCAGCCAACTGAACCCACC;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=17;WE=119925411;WS=119925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	119925464	rs2298027	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=798;ReadPosRankSum=3.148;SC=GAATCAGGGGGGTCCACCCCA;SOR=0.491;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=44;WE=119925472;WS=119925454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr1	119927680	rs6667679	A	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=77;PP=1965;ReadPosRankSum=0.092;SC=TAAAAAGGTAAGAAAGATACC;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=108;TCR=153;TR=132;WE=119927688;WS=119927670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,141:0.51:277
chr1	119935507	rs10802092	A	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-1.378;SC=AAGATCATTGACAGCTCTGGG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=119935515;WS=119935497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	119936263	rs3765949	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=625;ReadPosRankSum=-0.996;SC=ACAGAATTACGTTATTCATTC;SOR=1.312;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=36;WE=119936271;WS=119936253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr1	120057246	rs1047303	C	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.222;NF=6;NR=35;PP=680;ReadPosRankSum=1.416;SC=CACAAGGAGACCCTGAAGTCC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=41;WE=120057254;WS=120057236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr1	120165826	rs12076924	C	T	4954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.707;SC=CACAGCCGTGCGGCTTCTCGC;SOR=0.435;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=448;TCF=200;TCR=248;TR=225;WE=120165834;WS=120165816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,233:0.50:465
chr1	120166681	rs12067843	G	A	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=89;PP=2746;ReadPosRankSum=1.336;SC=CAGCTACACCGGATTGGTCAT;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=174;TCR=174;TR=182;WE=120166689;WS=120166671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,184:0.52:357
chr1	120263643	rs550174	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CTAGTGAGTATACCAAAGATA;SOR=1.112;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=21;WE=120263665;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	120263657	rs894079	A	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=1469;ReadPosRankSum=2.462;SC=AAAGATATCTATGAACTGGCA;SOR=0.504;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=40;WE=120263665;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr1	120267544	rs1886736	C	T	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.929;NF=49;NR=75;PP=1983;ReadPosRankSum=0.825;SC=GGAAGGAATGCGTTCGTTTCA;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=92;TCR=136;TR=124;WE=120267552;WS=120267534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,132:0.54:244
chr1	120267597	rs3838425	GC	G	1571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.047;NF=3;NR=33;PP=1249;ReadPosRankSum=0.212;SC=GAGTGTGGGTGCCTATATGTA;SOR=1.090;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=36;WE=120267605;WS=120267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr1	120269567	rs2236398	G	C	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=28;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TGGGCTCAGGGCCCGGGGTCC;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=121;TCR=56;TR=94;WE=120269575;WS=120269557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,100:0.53:189
chr1	120285546	rs543703	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1281;ReadPosRankSum=0.514;SC=AAGGCACTACGCCTGTACTGC;SOR=0.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=83;WE=120285554;WS=120285536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr1	120293352	rs667226	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=960;ReadPosRankSum=0.713;SC=CCACCTTCTCTCTCTGTGTTG;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=169;TCF=106;TCR=63;TR=67;WE=120293360;WS=120293342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,73:0.41:178
chr1	120293367	rs667246	T	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GTGTTGTTACTCAGAGGAAGA;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=89;WE=120293375;WS=120293357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,99:0.43:231
chr1	120293568	rs668156	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=0.278;SC=CTCACAAAGAGTTATATGAGT;SOR=0.269;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=17;WE=120293576;WS=120293558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	120336785	rs1052972	C	T	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=98;PP=2965;SC=TAAACCTTCCCATGGCCAAAG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=195;WE=120336793;WS=120336775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	120378678	rs3009182	C	T	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=74;PP=2965;SC=TGGCTACATCCTGAGCAGAGC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=182;WE=120378686;WS=120378668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	120380008	rs3009184	T	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=38;PP=1007;SC=GAAGAGCAGGTCATATTATGC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=120380016;WS=120379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	120381686	rs5777416	G	GT,GTGTGAGTCA	1614.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.79;NF=17;NR=0;PP=2900;SC=GTGATTATATGGAGCACCTAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=120381695;WS=120381682;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:27
chr1	120381687	.	G	C	486	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=59.87;NF=19;NR=0;PP=486;QD=27.4090111867;SC=TGATTATATGGAGCACCTAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=19;WE=120381695;WS=120381682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,19:0.53:36
chr1	120381687	rs34302627	G	GTGAGTCAC	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=57.67;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	120384205	rs2994820	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=662;SC=CCTGAGAGTGAACCAGGACTT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=120384213;WS=120384195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	120387120	rs12405228	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=546;SC=TGGCAGAAGAGGTGGAGCCAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=120387128;WS=120387110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	120436751	rs35273427	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=598;ReadPosRankSum=0.339;SC=ACAGTTTTTGTTTTAGATTCT;SOR=0.416;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=34;WE=120436759;WS=120436741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr1	120437718	rs2793823	G	A	5359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.822;SC=TGGAACCACAGTCACATTCCT;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=487;TCF=256;TCR=231;TR=241;WE=120437726;WS=120437708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,249:0.49:505
chr1	120437884	rs2641348	A	G	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=92;PP=2852;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GATGCAATTAAGCCTACCCCT;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=417;TCF=212;TCR=205;TR=182;WE=120437892;WS=120437874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,178:0.42:424
chr1	120458004	rs6685892	A	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=427;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTCCTCCAGCACCCCCAGGGG;SOR=0.501;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=32;WE=120458012;WS=120457994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	120461253	rs2793829	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr1	120464165	rs835573	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=0.592;SC=AGGTCATTTACGTCCTAAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=16;WE=120464173;WS=120464155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	120469077	rs17258579	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ACAGATTGTATGGAAGAGACA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=20;WE=120469085;WS=120469067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	120471857	rs2493392	C	T	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=86;PP=1877;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AGAAGAGGTACAGAATTATGA;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=96;TCR=160;TR=137;WE=120471865;WS=120471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,145:0.53:275
chr1	120477998	rs2453056	C	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=875;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AGCTAGTCTTCCTATCTTTAA;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=57;WE=120478006;WS=120477988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr1	120478285	rs5025718	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=482;ReadPosRankSum=0.712;SC=AAACAGACCATGAGAGCTAGT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=36;WE=120478293;WS=120478275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr1	120480394	rs2453057	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=664;SC=TCCCTCTTATTCCACAAAAAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=120480402;WS=120480391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	120480709	rs2453058	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=457;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TATTGTGTTACAAGAAATCAA;SOR=0.387;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=30;WE=120480717;WS=120480699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	120484421	rs2493420	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=793;ReadPosRankSum=1.460;SC=AGTAGCATCAGTTTAATCTTA;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=49;WE=120484429;WS=120484397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr1	120496119	rs7534585	A	T	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr1	120496127	rs7534586	A	C	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,83:0.50:165
chr1	120506108	rs2934381	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=0.799;SC=TTAGGTATCTGAGCATATGCC;SOR=0.352;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=19;WE=120506116;WS=120506098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	120512104	rs2493409	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=9;PP=1253;SC=GCCCCTTCCCTGTTTCTAGAT;SOR=3.056;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=54;WE=120512112;WS=120512094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	120529750	rs2453040	A	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=309;ReadPosRankSum=0.736;SC=CTCATACAGAAGAAACGACCT;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=27;WE=120529758;WS=120529740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr1	120539213	rs2691745	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-8.726;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr1	120539331	rs2124109	C	T	7095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.727;NF=185;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.754;SC=CTTGCCTGTCCCTTTCCCAGA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=746;TCF=391;TCR=355;TR=349;WE=120539339;WS=120539311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,345:0.46:745
chr1	120611496	rs138685616	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQRankSum=-5.795;QD=5.74;ReadPosRankSum=-5.062;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr1	120611498	rs2489097	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQRankSum=-3.222;QD=1.43;ReadPosRankSum=-3.159;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,14:0.14:97
chr1	120611554	rs75248693	T	C	4984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQRankSum=-13.612;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,156:0.37:420
chr1	120611555	rs77254078	T	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQRankSum=-9.544;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,113:0.26:429
chr1	120611715	rs2794167	A	G	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.323;NF=48;NR=93;PP=2679;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GGAGGCGTGTAAGGGGTCCCG;SOR=0.595;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=77;TCR=142;TR=141;WE=120611723;WS=120611705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,114:0.58:198
chr1	120611758	rs61790276	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.182;NF=28;NR=54;PP=1485;ReadPosRankSum=1.864;SC=GGGGAACCCCGGCGGTTGGCG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=57;TCR=110;TR=82;WE=120611766;WS=120611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,80:0.48:166
chr1	120611830	rs61790277	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.082;NF=26;NR=41;PP=887;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GAGTGGCCTCGCTCCGCGCCG;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=67;WE=120611838;WS=120611820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr1	120611876	rs11801062	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQRankSum=-2.771;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr1	120611964	rs11810554	G	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.521;NF=30;NR=23;PP=678;ReadPosRankSum=1.668;SC=CGGGGGCCGCGCAGCACAGCC;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=53;WE=120611972;WS=120611954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr1	120612002	.	CGG	C	1324	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=64;MMLQ=25;MQ=46.26;NF=7;NR=18;PP=1324;QD=54.32;SC=CACAGCAGAGCGGGGCGCAGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=25;WE=120612014;WS=120611992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,25:0.32:77
chr1	120612006	rs4021006	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-0.166;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr1	120612037	.	TCCTCCGCCG	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQRankSum=-3.827;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.152;SOR=1.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,12:0.12:104
chr1	120612154	rs56375229	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-0.217;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,14:0.14:97
chr1	120612163	rs55899574	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-0.625;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,15:0.15:100
chr1	120612168	rs11801102	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-2.301;QD=4.51;ReadPosRankSum=2.979;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr1	120612194	rs79247096	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-2.768;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.330;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr1	120612223	rs372622310	AGCC	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=7.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=-2.032;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.264;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
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chr1	120612297	rs138452656	C	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.01;MQRankSum=1.368;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	121115761	rs150166046	T	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQRankSum=-1.124;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.081;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr1	121115786	rs199825051	C	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQRankSum=-3.995;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr1	121116121	rs201302047	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQRankSum=-3.169;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	121116647	rs2772072	T	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.111;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.742;NF=19;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AGCCCCCCTTTAAAAAAAAAG;SOR=0.137;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=94;TCF=80;TCR=14;TR=25;WE=121116655;WS=121116637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr1	121116733	rs61806691	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=8.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-8.654;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,41:0.14:303
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chr1	144013865	rs6600696	T	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=4.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.351;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,125:0.28:442
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chr1	144854598	rs3863691	C	T	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=5.057;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,96:0.40:243
chr1	144854608	rs2798855	T	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=3.248;QD=2.68;ReadPosRankSum=-2.820;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,46:0.22:209
chr1	144859720	rs678786	G	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.850;NF=23;NR=12;PP=538;ReadPosRankSum=1.594;SC=GTGATCTCCCGACTGGCCAAG;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=35;WE=144859728;WS=144859710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr1	144860026	rs1699819	G	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.223;NF=14;NR=33;PP=807;ReadPosRankSum=-3.212;SC=TGGTAACATTGACCCAAGTAT;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=47;WE=144860034;WS=144860016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr1	144865850	rs1613780	G	T	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=-1.493;NF=63;NR=77;PP=2041;ReadPosRankSum=1.896;SC=GTCTTCGATTGTCTTCCCTGA;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=296;TCF=135;TCR=161;TR=140;WE=144865860;WS=144865840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,145:0.47:307
chr1	144866509	rs924667	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=19;PP=1283;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CATAAGGAGCGAGTGAAGTAA;SOR=0.251;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=178;TCF=144;TCR=34;TR=82;WE=144866517;WS=144866499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,84:0.47:180
chr1	144866643	rs1620560	G	A	6071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TCCCGTAGGCGGTCATTGATG;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=635;TCF=302;TCR=333;TR=288;WE=144866651;WS=144866633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,301:0.46:652
chr1	144866662	rs1064044	T	C	5854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGCAGATGGATTCCTCCAGGC;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=585;TCF=262;TCR=323;TR=269;WE=144866670;WS=144866652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,280:0.47:596
chr1	144868170	rs1628310	C	T	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=76;PP=1655;ReadPosRankSum=1.083;SC=ACAGTGCTGGCACCTGGGCAG;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=42;TCR=139;TR=99;WE=144868178;WS=144868160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,99:0.53:187
chr1	144868204	rs1747951	A	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=44;PP=1028;ReadPosRankSum=0.339;SC=TAAGAAGCAAATGGGGTGTCA;SOR=0.427;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=6;TCR=80;TR=48;WE=144868212;WS=144868194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr1	144871738	rs1698605	C	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.221;NF=20;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=0.084;SC=TCCTGCTGAGCCTCAGCCAAG;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=26;WE=144871746;WS=144871728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	144871755	rs1778159	A	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.326;NF=24;NR=9;PP=541;ReadPosRankSum=0.612;SC=CAAGGAGACCACTGGTGTCTC;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=33;WE=144871763;WS=144871745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr1	144871782	rs1778158	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.973;NF=37;NR=17;PP=862;ReadPosRankSum=-2.455;SC=GCCAAGGAGGAGAGGGCCAGT;SOR=0.407;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=54;WE=144871790;WS=144871772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr1	144871829	rs111761861	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,45:0.22:204
chr1	144871889	rs1698606	A	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1367;ReadPosRankSum=-2.779;SC=AGCCTAGGAAAAGAAAGTTAA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=100;TCR=119;TR=101;WE=144871897;WS=144871879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,105:0.46:229
chr1	144873811	rs147417095	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr1	144873818	rs1610566	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=8.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.314;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr1	144873840	rs1627335	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=2;PP=779;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GCAGAGAAAGAGGAGATGAAG;SOR=1.891;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=98;TCF=87;TCR=11;TR=39;WE=144873848;WS=144873830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr1	144873887	rs1699787	C	T	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=29;PP=1728;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CTGAATGGGCCTGGTTGGCCT;SOR=0.749;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=284;TCF=205;TCR=79;TR=114;WE=144873895;WS=144873877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,116:0.41:286
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chr1	144874088	rs1419158	G	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=873;ReadPosRankSum=1.686;SC=TGGAATCCTGGCCTTATGTTT;SOR=0.310;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=5;TCR=89;TR=42;WE=144874096;WS=144874078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr1	144874641	rs1610771	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=732;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TCTCCACTCAGCCTAGACAAA;SOR=0.253;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=43;WE=144874649;WS=144874631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr1	144874760	rs1610774	T	C	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.794;NF=88;NR=77;PP=2434;ReadPosRankSum=-1.267;SC=AGGCTTCCAGTTCATCAGACA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=187;TCR=168;TR=165;WE=144874768;WS=144874750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,170:0.46:368
chr1	144874815	rs1778155	T	C	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.412;NF=57;NR=72;PP=1622;ReadPosRankSum=3.064;SC=AGACAAGGCATGGCTGCTGGA;SOR=0.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=115;TCR=142;TR=129;WE=144874823;WS=144874805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,129:0.50:260
chr1	144874950	rs1747957	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GGTCACCGAAGCCAACCTGTC;SOR=0.358;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=41;WE=144874958;WS=144874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	144877176	rs2762875	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.786;NF=65;NR=11;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TTTTGCATGCCGGGTGATAAG;SOR=1.235;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=160;TCF=130;TCR=30;TR=76;WE=144877184;WS=144877166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,80:0.48:166
chr1	144877366	rs1807092	A	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.569;NF=28;NR=80;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CTATGAGAACATCTCTAAGGA;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=62;TCR=172;TR=108;WE=144877374;WS=144877356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,111:0.46:241
chr1	144877390	rs1807093	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.462;NF=10;NR=56;PP=1242;ReadPosRankSum=0.782;SC=CCCCCAAGCTGAATTCTGGCA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=23;TCR=125;TR=66;WE=144877398;WS=144877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr1	144879264	rs2798901	A	G	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=122;PP=2965;SC=CTCAGCTTCCAGGGTCTTTCC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=139;TCR=122;TR=261;WE=144879272;WS=144879254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	144879339	rs145959230	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,53:0.26:202
chr1	144879375	rs1747958	T	C	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1634;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TTCAGATCTTTGATGTCCTTT;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=116;WE=144879383;WS=144879365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,120:0.54:223
chr1	144879485	rs113467089	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,54:0.19:287
chr1	144880832	rs12568796	T	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.608;SC=TGGATCTGCTTGCTGTCCTGC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=97;WE=144880840;WS=144880822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr1	144882581	rs1699836	A	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.436;NF=27;NR=20;PP=911;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TTATTCTTTCAATGGTGCTGG;SOR=0.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=47;WE=144882589;WS=144882571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr1	144882823	rs1698647	C	T	8101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=0.805;SC=TCAGACATTGCTTCTCCCATC;SOR=0.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=735;TCF=302;TCR=433;TR=370;WE=144882831;WS=144882813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,378:0.50:753
chr1	144886063	rs1625285	T	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=717;ReadPosRankSum=1.345;SC=CCTCATGACCTGCAAGCTCCC;SOR=0.713;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=45;WE=144886071;WS=144886053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr1	144886092	rs1343472	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1163;ReadPosRankSum=0.186;SC=GGAAGAATGTCCTACCTGATG;SOR=1.009;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=71;WE=144886100;WS=144886082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,75:0.51:148
chr1	144886197	rs1698624	A	T	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.240;SC=TGCTGGTGGAACTCAGCCCTC;SOR=0.762;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=233;TCF=117;TCR=116;TR=110;WE=144886205;WS=144886187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,114:0.47:243
chr1	144886409	rs1620507	A	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGGCAGTTTTAAATGAGAACA;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=10;WE=144886417;WS=144886399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	144890833	rs11447	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.446;NF=26;NR=5;PP=480;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTTGTTAACTTATAATTACAC;SOR=0.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=31;WE=144890841;WS=144890823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr1	144892089	rs1614098	G	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.131;NF=29;NR=8;PP=610;ReadPosRankSum=1.071;SC=TCCCAAGCAGGTCCTCCGCCC;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=37;WE=144892097;WS=144892079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr1	144892149	rs1698709	G	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.552;NF=58;NR=43;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.770;SC=TCTGTGGTGCGTTTCAGTTAC;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=105;TCR=74;TR=101;WE=144892157;WS=144892139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,100:0.56:179
chr1	144892368	rs1698708	A	T	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1554;ReadPosRankSum=0.012;SC=GGAGAACAGGAAGATGACTGA;SOR=0.543;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=197;TCF=131;TCR=66;TR=90;WE=144892376;WS=144892358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr1	144895439	rs3738654	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
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chr1	144912153	rs1628172	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=401;ReadPosRankSum=0.531;SC=TTTCCAAGACAGCCAGTGGGG;SOR=1.186;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=23;WE=144912161;WS=144912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	144912233	rs1629011	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=614;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TAAATATTGGCGCAGGGCCTG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=47;WE=144912241;WS=144912223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr1	144915412	rs1698684	T	C	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=22;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ATGCACTACATGACACTTGTC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=104;TCR=38;TR=81;WE=144915420;WS=144915402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr1	144915561	rs1778111	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.774;NF=23;NR=53;PP=1068;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTTTCCTTTCGCTGTAGACGC;SOR=1.159;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=188;TCF=66;TCR=122;TR=76;WE=144915569;WS=144915551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,78:0.41:192
chr1	144915624	rs1778112	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.783;NF=3;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=0.226;SC=TTGCAGAGCAGTGTTGCACTA;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=26;WE=144915632;WS=144915614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	144916748	rs1747930	C	G	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=85;PP=2014;ReadPosRankSum=0.180;SC=ACTCTCCATACTCTACAGCCA;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=99;TCR=169;TR=132;WE=144916767;WS=144916738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,138:0.50:278
chr1	144917546	rs1698682	A	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1173;ReadPosRankSum=0.670;SC=AGTCTCTCTAAGTCATGATCT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=69;WE=144917554;WS=144917536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
chr1	144917841	rs1698681	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.579;NF=31;NR=8;PP=691;ReadPosRankSum=-1.170;SC=AGCTTTATCATGTATTCGCTG;SOR=1.359;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=39;WE=144917849;WS=144917831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr1	144918957	rs1061308	T	A	4345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.596;NF=97;NR=94;PP=2576;ReadPosRankSum=-0.470;SC=ATTCTGCAATTCTTCTTGTAG;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=176;TCR=161;TR=191;WE=144918965;WS=144918947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,206:0.57:361
chr1	144919094	rs1698680	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=331;ReadPosRankSum=1.162;SC=GAAAGAGGAGCAGAGGGTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=21;WE=144919102;WS=144919084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	144922109	rs1343469	A	G	6668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CACAAAGACTAAAAATAAAAT;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=707;TCF=365;TCR=342;TR=310;WE=144922117;WS=144922099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,319:0.44:727
chr1	144922171	rs1343470	C	T	7310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.982;SC=TCCTGTCCTACGTGACCCTCA;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=742;TCF=348;TCR=394;TR=337;WE=144922179;WS=144922161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,345:0.45:759
chr1	144922583	rs1359300	G	A	5652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.280;SC=CTTTTGAGACGACTCCTGAGC;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=531;TCF=241;TCR=290;TR=270;WE=144922591;WS=144922561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,277:0.51:547
chr1	144923823	rs11268079	TAGGAAGAAACGGCA	T	7193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.182;NF=5;NR=90;PP=2954;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGTCATGGGCTAGGAAGAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=202;TCF=15;TCR=187;TR=95;WE=144923844;WS=144923813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,183:0.63:289
chr1	144923916	rs112658326	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.560;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr1	144930571	rs2762866	C	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1229;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CACTATGTAGCCGTTTTGTAT;SOR=0.701;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=77;WE=144930579;WS=144930561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr1	144930596	rs2762867	C	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1497;ReadPosRankSum=0.487;SC=GGACCCGGAGCGGCAAATAAT;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=175;TCF=112;TCR=63;TR=91;WE=144930604;WS=144930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr1	144930940	rs2147326	T	C	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.084;SC=TCCTCATCTTTCTGTTGTGGA;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=387;TCF=165;TCR=222;TR=190;WE=144930948;WS=144930930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,197:0.50:396
chr1	144931087	rs41315684	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=3.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,65:0.26:251
chr1	144931330	rs2762745	C	T	6933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=0.479;SC=TGGAGCAGTGCAGAGTATCTC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=773;TCF=373;TCR=400;TR=329;WE=144931338;WS=144931320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,336:0.43:784
chr1	144931392	rs2798893	G	A	5642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.359;SC=CTTGATCTCCGCGCCAGAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=553;TCF=236;TCR=317;TR=256;WE=144931400;WS=144931382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,258:0.46:555
chr1	144931461	rs41315685	A	T	5925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CTTCTCCAGTAGCAGCTTTTG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=253;TCR=254;TR=257;WE=144931469;WS=144931451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,263:0.50:525
chr1	144946510	rs2488977	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=14;PP=1698;SC=TTTAAACTGCCAAGTTTGTAG;SOR=2.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=144946518;WS=144946500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr1	144946876	rs2798887	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr1	144952003	rs373048093	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=1.166;QD=0.08;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:760,100:0.12:860
chr1	144952078	rs71220421	C	A	8279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.842;NF=204;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.242;SC=CGGTTGTGGGCCCATAAAGTC;SOR=0.938;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=949;TCF=466;TCR=483;TR=444;WE=144952086;WS=144952068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,399:0.47:846
chr1	144952207	rs3121544	C	T	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=3.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQRankSum=-11.079;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,118:0.38:310
chr1	144952220	rs139438772	C	T	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=5.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=-13.049;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,127:0.48:263
chr1	144952255	rs148545794	G	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-5.259;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.803;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,40:0.25:163
chr1	144994658	rs1664022	C	A	7873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GAAGTAGATGCGCAGCTTGAG;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=788;TCF=478;TCR=310;TR=375;WE=144994666;WS=144994648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,379:0.47:801
chr1	144994861	rs2442640	C	T	11580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=232;PP=2962;ReadPosRankSum=2.012;SC=GCTGGGGCTACGGCGACATGG;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=645;TCF=322;TCR=323;TR=462;WE=144994869;WS=144994851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,464:0.72:642
chr1	145014053	rs548602	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr1	145014103	rs1778711	G	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=8.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr1	145014186	rs67011214	GA	G	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,45:0.22:202
chr1	145014210	rs1778710	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,65:0.17:376
chr1	145014263	rs1778708	C	T	7136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CACAGCTGTTCGGAGGTTTAG;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=703;TCF=363;TCR=340;TR=355;WE=145014273;WS=145014253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,344:0.51:670
chr1	145014324	.	AC	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.09;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,64:0.11:571
chr1	145014394	rs1107089	C	T	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.031;NF=18;NR=73;PP=1698;ReadPosRankSum=0.921;SC=CTTAGGCACACGTTATATGGT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=188;TCF=40;TCR=148;TR=91;WE=145014402;WS=145014384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,94:0.49:192
chr1	145014411	rs1778707	T	C	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.08;MQRankSum=1.039;NF=9;NR=52;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TGGTGCATATTCTTTGCCCAC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=19;TCR=106;TR=61;WE=145014419;WS=145014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr1	145016020	rs657162	T	G	17638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.114;NF=203;NR=428;PP=2965;ReadPosRankSum=0.568;SC=AGCTGTCAATTAAACAGAACA;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=643;TCF=203;TCR=440;TR=631;WE=145016042;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,626:1.00:628
chr1	145016032	rs112952246	C	CA	1819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.689;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,121:0.29:417
chr1	145017784	rs11300211	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=2.515;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	145017789	.	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=2.515;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	145018023	rs2799192	G	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.455;NF=34;NR=59;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AGAAAAAATTGGAAGACAGGG;SOR=0.958;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=93;WE=145018031;WS=145018013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,94:0.49:192
chr1	145018102	.	G	GAGAA	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.827;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	145021024	rs1778692	G	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,65:0.32:205
chr1	145021034	rs674066	C	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,46:0.17:265
chr1	145021089	rs1613515	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-2.532;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:547,146:0.21:693
chr1	145021265	rs673110	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,50:0.15:343
chr1	145038686	rs67176560	AG	A	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.902;NF=24;NR=1;PP=800;ReadPosRankSum=-2.423;SC=ATCAACTAAAAGCACCCAAGT;SOR=1.297;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=76;TCF=69;TCR=7;TR=25;WE=145038694;WS=145038676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
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chr1	145038815	rs2442664	A	G	17179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=367;NR=290;PP=2965;SC=AGATGGAAGCATATCTGTTAT;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=659;TCF=369;TCR=290;TR=657;WE=145038823;WS=145038805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,654:1.00:654
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chr1	145075208	rs6424335	T	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CGATCCTTCATCTTTCATGCC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=58;TCR=149;TR=78;WE=145075216;WS=145075198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,79:0.37:215
chr1	145075234	rs9424815	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.360;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr1	145075506	rs56301438	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr1	145075519	rs2596337	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
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chr1	145075854	rs1663853	G	C	6920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CGCTGTCTGTGCCCTTCATGG;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=662;TCF=344;TCR=318;TR=324;WE=145075862;WS=145075844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,325:0.49:658
chr1	145075923	rs6656135	C	T	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=112;PP=2587;ReadPosRankSum=0.400;SC=TTCCTGGTGTCTTCCGGGACT;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=468;TCF=186;TCR=282;TR=185;WE=145075931;WS=145075913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,187:0.39:478
chr1	145103844	rs2590144	G	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=29;PP=1367;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TCATAATATGGTGCTTCTCAC;SOR=0.478;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=279;TCF=202;TCR=77;TR=97;WE=145103852;WS=145103834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,95:0.34:279
chr1	145103947	rs2794062	T	C	4434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.395;NF=111;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.066;SC=TCAGGCTAAGTAACTCTTTCG;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=673;TCF=327;TCR=346;TR=229;WE=145103955;WS=145103937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,235:0.34:690
chr1	145104035	rs368277598	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=5.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.437;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.981;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,47:0.17:283
chr1	145104052	.	AGT	A	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.906;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,35:0.19:181
chr1	145104075	rs4145928	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.464;QD=2.76;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,22:0.19:115
chr1	145109430	rs2442653	A	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,13:0.12:107
chr1	145109456	rs7553975	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,29:0.14:204
chr1	145109468	rs2442652	A	G	9303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=72;PP=2962;SC=GCTTTAAACTATTGTCAGTGC;SOR=2.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=208;TCR=72;TR=279;WE=145109476;WS=145109446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	145109493	rs2442651	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,56:0.13:441
chr1	145109549	rs2596331	G	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:622,216:0.26:838
chr1	145109583	rs2794053	C	A	6713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.137;SC=TTCCCTAAGACGTTGGCTTTT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=969;TCF=530;TCR=439;TR=342;WE=145109597;WS=145109573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:625,342:0.35:967
chr1	145109661	rs2655551	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1069;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.04;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:946,118:0.11:1064
chr1	145109809	rs2596327	T	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=447;ReadPosRankSum=-1.201;SC=TAGCTTCTGCTTCCTTTTCCA;SOR=1.768;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=25;WE=145109817;WS=145109799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr1	145112284	.	CCG	C	723.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=6.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.567;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.187;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr1	145112287	rs2794042	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.919;QD=3.45;ReadPosRankSum=-2.163;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,22:0.21:105
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chr1	145112313	rs2596302	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=7.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.236;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.929;SOR=1.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,33:0.17:200
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chr1	145477223	rs113404160	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=338;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GGCACTCTCCGAGCGCTGCGG;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=28;WE=145477231;WS=145477213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr1	145507826	rs872786	A	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=64;PP=2010;SC=GGTCGTAAGGATGGGAATCGA;SOR=1.374;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=145507834;WS=145507816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	145510376	rs147038428	A	G	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.34;QD=16.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	145531980	rs4384171	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=675;SC=GGCAAGATGCTTGACCTCAGG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=145531988;WS=145531970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	145532549	rs1328584	T	C	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=112;PP=2965;SC=AGCGATTCTTTTTCAATGTCA;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=224;WE=145532557;WS=145532539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	145555653	rs6424379	C	T	11965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CACACTACCCCCATGCCCTAT;SOR=0.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=225;TCR=203;TR=425;WE=145555661;WS=145555643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,447:1.00:448
chr1	145558565	rs11801520	C	G	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=53;PP=1609;SC=GGCTGCTGCTCTCTCTCAGCT;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=145558573;WS=145558555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	145561008	rs41315699	G	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=706;ReadPosRankSum=1.720;SC=GGTCCTTGGGGTGTCAAGACA;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=38;WE=145561016;WS=145560998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr1	145561594	rs6670984	C	T	5950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.367;SC=ACAGGGGCCACCCCAGAGCCC;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=604;TCF=315;TCR=289;TR=283;WE=145561602;WS=145561584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,290:0.46:625
chr1	145562087	rs41315701	G	A	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=58;PP=1958;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCTGGGGCTCGAGGAGAGCCT;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=128;TCR=116;TR=123;WE=145562095;WS=145562077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,129:0.51:253
chr1	145562293	rs11579366	G	C	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2486;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GCCCAAGCCAGAGGCGCAGGT;SOR=0.585;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=333;TCF=165;TCR=168;TR=162;WE=145562301;WS=145562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,172:0.49:349
chr1	145562881	rs10910824	T	C	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1500;ReadPosRankSum=1.666;SC=AAAGGCTCTGTTGGAAAAGTA;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=94;WE=145562889;WS=145562871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr1	145566535	rs1819347	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=386;ReadPosRankSum=0.819;SC=TAGTGAACACCACACAGAAGA;SOR=1.066;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=23;WE=145566543;WS=145566525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr1	145585317	rs4128488	A	G	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=54;PP=2808;SC=TGGGGAAGTCAGGATTGAGAT;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=153;WE=145585325;WS=145585307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	145586780	rs10910829	T	C	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.631;SC=ACTGTGGAGCTCTCCAGTCCT;SOR=0.815;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=106;TCR=127;TR=114;WE=145586788;WS=145586770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,122:0.50:245
chr1	145588536	rs9286836	C	T	10215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=143;PP=2965;SC=TTTGCTTGCCCCTCCCTCAGC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=199;TCR=143;TR=342;WE=145588544;WS=145588526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr1	145597116	rs9728311	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=57;PP=1513;SC=TTCCCAGTCACAGATGGGGTG;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=69;WE=145597124;WS=145597106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	145598459	rs9729715	T	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=30;PP=2234;SC=AGGAGGATGATACTAGGTATC;SOR=1.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=95;WE=145598467;WS=145598449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	145601861	rs9286837	G	A	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=88;PP=2779;SC=GGCTGAGGAAGAGATTTAGAG;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=47;TCR=88;TR=135;WE=145601869;WS=145601851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	145826770	rs34955113	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.184;NF=12;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-1.321;SC=CAGAGTGACTGGCGCAGGACG;SOR=0.077;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=15;WE=145826778;WS=145826760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	146514576	rs34026136	T	C	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.834;NF=76;NR=70;PP=2155;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TAAGGCCTCATTGAGCCGACT;SOR=0.620;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=297;TCF=148;TCR=149;TR=146;WE=146514584;WS=146514566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,149:0.50:300
chr1	146633933	rs1036852	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=419;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CACCTCTGTAGTAATCCTAAC;SOR=0.663;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=35;WE=146633941;WS=146633923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr1	146643555	rs1348316	A	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=818;ReadPosRankSum=1.838;SC=AACTGCGGGCATGGGACGCTT;SOR=0.635;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=68;WE=146643563;WS=146643545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,74:0.49:151
chr1	146650058	rs1816802	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=606;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GGACTGCTGATGGAATTGTCA;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=37;WE=146650066;WS=146650048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr1	146656292	rs4950385	A	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=25;PP=743;SC=CATACTATCAATGTGACTTAT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=146656300;WS=146656282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	146672906	rs894469	C	T	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=111;PP=2965;SC=CTTCCAGAAACGGAAAGTCAA;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=100;TCR=111;TR=211;WE=146672914;WS=146672896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	146673178	rs6683215	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=791;SC=AGGTAAACAGAATGCCAATAA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=146673186;WS=146673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	146680262	rs2354433	A	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=7;PP=1039;SC=CCGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=146680270;WS=146680252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	146684131	rs2297753	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=0.670;SC=ATAATTATTGGGTAATGGTTT;SOR=1.154;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=22;WE=146684139;WS=146684121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	146685121	rs1530336	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=575;SC=GATATCACAGGCACTATCACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=146685129;WS=146685111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	146687250	rs1822312	A	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=626;SC=AAGTAAACATAGGTAACTGAA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=146687258;WS=146687240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	146714255	rs1890040	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=153;SC=CGCCTCGCTCATAGGTGGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=146714263;WS=146714245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	146714392	rs1890042	G	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=27;PP=1144;SC=GGGGCCAAGCGCCTGGCTTCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=146714400;WS=146714382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	146714588	rs1890043	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=250;SC=GTTTACCCGCCCGCGCCAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=146714596;WS=146714578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	146723941	rs1890038	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=583;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TGTTAAGTTGCATCAGTAATG;SOR=0.964;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=47;WE=146723949;WS=146723931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr1	146724093	rs1890037	A	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=16;PP=994;SC=GAATAAGTCTACTCAAAAAGT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=146724115;WS=146724083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	146727593	rs3737846	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=0.053;SC=GTATTCATTCGTTTCTCTATA;SOR=0.671;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=34;WE=146727601;WS=146727583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	146728149	rs12119390	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=477;ReadPosRankSum=-2.120;SC=GAGTTTATCAATGCCAGCCTT;SOR=1.402;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=28;WE=146728170;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr1	146728162	rs61409326	T	TA	2900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=20;PP=2455;SC=CCAGCCTTTATACGTGTCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=50;WE=146728170;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	146739068	rs11239963	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1037;ReadPosRankSum=1.638;SC=GTCTCTCTCTTTTTTTTTAAA;SOR=1.102;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=130;TCF=101;TCR=29;TR=60;WE=146739076;WS=146739058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr1	146739277	rs4143738	T	C	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=78;PP=2375;SC=CTTACTTTGTTTACTTTGTTT;SOR=2.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=105;WE=146739285;WS=146739267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	146740576	rs11576360	G	A	7733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=136;PP=2965;SC=TGAGCTAATGGCTGTTAAAAC;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=265;WE=146740584;WS=146740566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	146747153	rs6680778	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=97;PP=2883;SC=TTTTCTGCTTTCTTGGCTTGC;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=150;WE=146747161;WS=146747143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	146747232	rs6672850	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CACTGGGAGCCGAGAGACCAC;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=10;WE=146747240;WS=146747222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	146748008	rs3831929	CAGCCA	C	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.004;NF=0;NR=10;PP=482;ReadPosRankSum=0.818;SC=CAGCACTCACCAGCCACTCTC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=146748020;WS=146747998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	146748072	rs7534963	A	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=161;SC=AGTGCTGGCTATGTGCAGGGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=146748080;WS=146748062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	146751782	rs7547279	A	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=47;PP=1925;SC=TGGAGTCCATACTGGGAGAAA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=146751790;WS=146751772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	146756222	rs146052781	AAAAC	A	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.621;NF=0;NR=22;PP=849;ReadPosRankSum=0.744;SC=CTCTCATTCTAAAACAAACAA;SOR=0.968;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=22;WE=146756233;WS=146756212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr1	146759528	rs12755465	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ACCAGTTGGGAACTGAATTCT;SOR=0.148;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=146759536;WS=146759518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	146762984	rs6665723	AG	CA	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ATAAAAATTCAGGAGTGAAGC;SOR=0.053;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=146762993;WS=146762983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	146763089	rs10900333	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=35;PP=2139;SC=AATTTGAAGAGGGCGAGATAC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=146763097;WS=146763079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	146763415	rs3737854	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=434;SC=TTCTGGAGGCTGAAAGTCCAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=146763423;WS=146763405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	146766069	rs71083827	C	CAT	5267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=20;PP=2965;SC=TGAGTGAAGACGTGTTCTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=76;WE=146766077;WS=146766059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	146767149	rs4950394	G	T	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=26;PP=1490;SC=TGTCCTTCATGCACAGTCTTC;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=146767157;WS=146767139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	146767320	rs6537	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=479;SC=CTGAGTTTCAATTTGGTTCTC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=146767328;WS=146767310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	146767353	rs6538	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTCTGTTTTGGTACCTGTAAT;SOR=0.069;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=146767361;WS=146767343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	147083744	rs677977	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=735;ReadPosRankSum=0.054;SC=CATAGGCACACCATGAACACT;SOR=0.842;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=46;WE=147083752;WS=147083734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr1	147087721	rs3737843	T	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1333;ReadPosRankSum=-2.763;SC=TTTCAGAAACTGAGTAATGGT;SOR=1.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=67;WE=147087729;WS=147087711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr1	147091689	rs61751617	G	A	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1835;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGGAAGGGCCGAATGTCCCCA;SOR=0.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=257;TCF=130;TCR=127;TR=121;WE=147091697;WS=147091679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,124:0.47:263
chr1	147091972	rs3820129	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=919;ReadPosRankSum=-1.757;SC=CCACATGGAGCCTGGGAATAA;SOR=0.334;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=62;WE=147091980;WS=147091962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr1	147096794	rs867270	A	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=53;PP=1592;SC=TCCTTGTCAAAATGAGATTCC;SOR=2.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=147096802;WS=147096784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr1	147119273	rs1344	G	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1273;ReadPosRankSum=0.295;SC=AGCAGAGTGCGTGGTATTTTT;SOR=0.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=92;WE=147119281;WS=147119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,96:0.42:228
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chr1	147131465	rs6674938	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TATCCTCATGTTCAAGACCTT;SOR=0.302;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=23;WE=147131473;WS=147131455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr1	147131501	rs34675044	A	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=730;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TCCCCTTTCAAGTGACTCACA;SOR=0.461;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=57;WE=147131509;WS=147131491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr1	147131945	rs2275552	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=0.898;SC=TTGAAATGTATAGCATTAACA;SOR=0.250;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=147131953;WS=147131935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	147230217	rs1692141	T	C	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=29;PP=2737;SC=CACGTCTTTCTTCTCTGAGCC;SOR=1.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=95;TCR=29;TR=124;WE=147230225;WS=147230207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	147381397	rs150194431	GA	G	553.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.598;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr1	147381444	rs1532399	A	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=764;ReadPosRankSum=0.222;SC=ATGAAAGGAAAAGGTGCCAAC;SOR=1.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=34;WE=147381452;WS=147381434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	147806559	rs10752439	C	T	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=56;PP=2965;SC=ACTTAGCTTGCGTTAAGCAAG;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=125;TCR=56;TR=181;WE=147806567;WS=147806549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	147806874	rs2999607	G	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	147806880	rs537191	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	149290881	rs144019609	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=6.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQRankSum=1.511;QD=6.73;ReadPosRankSum=-2.955;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,39:0.36:109
chr1	149376972	rs199868473	C	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.34;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	149676401	rs146138154	A	G	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.376;NF=42;NR=119;PP=2940;ReadPosRankSum=-2.171;SC=GCAGACAACCAGAGGGAGAGC;SOR=2.048;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=308;TCF=107;TCR=201;TR=161;WE=149676409;WS=149676391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,122:0.47:258
chr1	149676508	rs142083788	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQRankSum=0.039;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	149676532	rs138339323	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	149764685	rs188275404	G	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.343;NF=17;NR=15;PP=445;ReadPosRankSum=0.902;SC=AGGTGCGCCCGGCCGAGCCTC;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=32;WE=149764693;WS=149764675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr1	149878407	rs149735232	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1293;ReadPosRankSum=-1.563;SC=ACTCGAACAGGTCTGTGGGCA;SOR=1.092;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=78;WE=149878415;WS=149878397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr1	149881221	rs138866201	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.058;SC=TGGGAGGCAGGAGGTGGATAT;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=15;WE=149881229;WS=149881211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	149906413	rs11205303	T	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=931;ReadPosRankSum=0.564;SC=ACAATGGCCATGGTCACCTGC;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=75;WE=149906421;WS=149906403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,79:0.48:164
chr1	150122493	rs4553237	T	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=59;PP=1606;SC=TGCGCTTGCCTGCCCTGCGGC;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=150122501;WS=150122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	150128425	rs1545762	C	T	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=54;PP=1576;SC=CCACCTTGGCCGCTGGAACAT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=66;WE=150128433;WS=150128415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	150129267	rs10749675	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=971;SC=AACAGCTGTGGCCCACTGAAG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=150129275;WS=150129257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	150199039	rs68136184	CTCCTCT	C	2403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.880;NF=10;NR=23;PP=1556;ReadPosRankSum=0.547;SC=CATCCTCATCCTCCTCTTCCT;SOR=0.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=33;WE=150199052;WS=150199029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr1	150199123	rs7522034	G	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.65;MQRankSum=3.580;NF=32;NR=30;PP=829;ReadPosRankSum=0.553;SC=CATCTTCATCGCCATCTTTAA;SOR=0.539;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=62;WE=150199131;WS=150199113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr1	150203984	rs113913866	AT	A	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=8;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AAAATCCTATATAACTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=150203992;WS=150203974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	150230422	.	GCT	G	96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=96;QD=25.75;SC=GAGCTCGCTCGCTCTCTCTCT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=150230431;WS=150230412;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr1	150236107	rs41304255	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=701;ReadPosRankSum=0.501;SC=ATAATGCGGGGAGGGGAGGTG;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=46;WE=150236115;WS=150236097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr1	150246363	.	G	GGA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	150249101	rs11205354	C	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=0.328;SC=ACGTGGAATACATAGAGGGCT;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=26;WE=150249109;WS=150249091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	150255587	rs2147324	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=0.385;SC=CCTTAAACTCTGGTTTCAAAC;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=14;WE=150255595;WS=150255577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	150256413	rs371824014	TTTA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.004;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	150280550	rs4845	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1591;ReadPosRankSum=1.560;SC=CCATGCCGCCGGCGACAGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=98;WE=150280558;WS=150280540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,98:0.59:165
chr1	150281202	rs580060	A	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=532;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ACTGGGGAGGAAGAGGTTGCA;SOR=0.228;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=32;WE=150281210;WS=150281192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr1	150281343	rs71622690	C	T	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1427;ReadPosRankSum=1.478;SC=CTTAATGCCACTGAACTATAC;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=107;TCR=110;TR=108;WE=150281351;WS=150281333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,116:0.50:230
chr1	150300727	rs834225	T	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=18;PP=1169;SC=TAATTCTTCCTTTCTCCCCAC;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=150300735;WS=150300717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	150307270	rs1260408	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=584;SC=TAACTCCTGGTCTCAAGTGAT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=150307278;WS=150307260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	150310827	rs11806171	A	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=584;ReadPosRankSum=1.328;SC=GTACCTTTTTAAAAAAACAGT;SOR=0.991;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=37;WE=150310835;WS=150310817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr1	150319081	rs16836143	T	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.356;SC=TAGATAGTGTTCAGGAATTTT;SOR=0.169;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=150319089;WS=150319071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	150321486	rs1625468	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.267;SC=GTCTAATTTGGGGAAAATAAA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=5;WE=150321494;WS=150321476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	150321568	rs16836186	C	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=0.025;SC=TTTGGGTAGACTTGAATATTA;SOR=0.929;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=18;WE=150321576;WS=150321558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	150389964	.	GA	G	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=517;ReadPosRankSum=0.058;SC=ATCCATGTAAGAAAAAAAAAA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=29;WE=150389972;WS=150389954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr1	150415631	rs3862206	T	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=0.164;SC=TATCTTTAACTATAGAGCTAA;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=17;WE=150415639;WS=150415621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	150416621	rs74124686	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=1.827;SC=TAAGCTTTAGGGTGTTTGTTT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=9;WE=150416629;WS=150416611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	150416913	rs16836940	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=0.391;SC=TCATTTTTCCAGTAATCATAC;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=22;WE=150416921;WS=150416903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	150432802	rs12029359	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=481;ReadPosRankSum=1.770;SC=TGGTAAGTAAGCCCAGTAAGG;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=33;WE=150432810;WS=150432792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr1	150432870	.	GGTT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr1	150437215	rs66513313	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=603;ReadPosRankSum=0.111;SC=TAACTGACATATGCCAGAGGG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=42;WE=150437223;WS=150437205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr1	150445819	rs7002	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GATGGAAACCAAGGGAAAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=7;WE=150445827;WS=150445809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	150459715	rs34001546	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.206;NF=10;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=0.182;SC=GTGTTACATTTTCGGTCTTCC;SOR=0.242;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=12;WE=150459723;WS=150459705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	150468842	rs1343965	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=1.444;SC=TACTGGTGGGATTGTTGTCAA;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=19;WE=150468850;WS=150468832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	150470296	rs11588874	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GGCCGGGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=20;WE=150470304;WS=150470286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr1	150470322	rs11590324	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.74;MQRankSum=1.167;NF=3;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AATCCCAACACTTTGGGAGGC;SOR=0.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=17;WE=150470330;WS=150470312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	150471156	rs34542152	C	T	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CTTTCCCTGGCTCCACCAAAG;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=352;TCF=172;TCR=180;TR=162;WE=150471165;WS=150471146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,171:0.46:371
chr1	150471157	rs12023021	T	A	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.988;SC=TTTCCCTGGCTCCACCAAAGC;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=349;TCF=171;TCR=178;TR=183;WE=150471165;WS=150471146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,196:0.53:371
chr1	150471848	rs34802685	A	AT	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr1	150476707	rs75108820	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=1.913;SC=GTAGTAGCCCGGGATGAGGGT;SOR=0.122;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=150476715;WS=150476699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr1	150483236	rs9661040	A	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=6;PP=1154;SC=TCTCATTTCCACTATATCCTC;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=150483244;WS=150483233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	150483355	rs3737240	C	T	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1222;ReadPosRankSum=-1.061;SC=ATTCCAGGAACGCCAGCTCCA;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=84;WE=150483363;WS=150483345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,91:0.44:206
chr1	150483840	rs4970979	C	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=1183;SC=CAACCACTGTCTCTTCTTTAT;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=150483848;WS=150483830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	150484004	rs11801190	G	A	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=2181;ReadPosRankSum=0.580;SC=GGTGCTGCACGCGGCAGGGGG;SOR=0.577;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=259;TCF=150;TCR=109;TR=141;WE=150484012;WS=150483994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,145:0.53:272
chr1	150484395	rs149815479	ACC	A	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.34;NF=1;NR=22;PP=720;SC=CCATCCATGTACCCCCCCTGC;SOR=5.058;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=23;WE=150484404;WS=150484385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	150484987	rs13294	G	A	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=106;PP=2879;ReadPosRankSum=2.426;SC=CATTGACATCGGTCGAGTCAC;SOR=1.010;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=371;TCF=160;TCR=211;TR=178;WE=150484995;WS=150484977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,183:0.48:382
chr1	150485566	rs12031973	T	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	150485571	rs12031974	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	150522471	rs10668635	C	CTG	3377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.861;NF=17;NR=25;PP=1784;ReadPosRankSum=-1.306;SC=GTGGAGGGCTCTGAGGGCCCG;SOR=0.509;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=42;WE=150522479;WS=150522461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr1	150526044	rs41317515	G	C	5677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=1.770;SC=AGGGGAAGAGGCTATTCCGTC;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=481;TCF=237;TCR=244;TR=243;WE=150526052;WS=150526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,253:0.50:503
chr1	150526406	rs6681639	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1534;ReadPosRankSum=1.403;SC=GCCAGCAGGGCCAAGGGCCTT;SOR=0.894;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=97;WE=150526414;WS=150526396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,98:0.46:215
chr1	150528090	rs146160043	G	GACAC	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=429;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TATGCACACAGACACATGCCC;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=9;WE=150528098;WS=150528080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr1	150528118	rs149100901	T	TACAC	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=2.191;SC=CATACACATGTACACACATAT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=5;WE=150528126;WS=150528108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr1	150529322	rs34379037	T	TAA	3761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=28;PP=2926;SC=CTGTTCCCTCTGGGCAGAGCT;SOR=1.497;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=67;WE=150529330;WS=150529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	150531008	rs10888382	T	C	7932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=109;PP=2965;SC=TTGGGAACAATGGTGATGAAG;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=183;TCR=109;TR=292;WE=150531016;WS=150530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	150531050	rs10749657	G	A	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=70;PP=2304;ReadPosRankSum=1.558;SC=CAGGCCCCCCGCAGCCCCCCA;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=328;TCF=193;TCR=135;TR=161;WE=150531058;WS=150531033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,159:0.48:332
chr1	150531170	rs10749658	C	T	9333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=186;PP=2965;SC=TGGGTAACCACGCCCAGGACA;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=146;TCR=186;TR=332;WE=150531178;WS=150531160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	150531380	rs11204664	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=1.345;SC=GCCCCCCTACTGTCCCTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=9;WE=150531388;WS=150531370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	150550019	rs11428742	T	TA	3113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=48;PP=2244;SC=TCTGCTCTCTTACAACACTAC;SOR=1.900;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=50;WE=150550027;WS=150550009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	150600181	rs2280078	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=33;PP=1050;SC=CTTGTAAATACGCTATCTCTA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=150600189;WS=150600171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	150676485	rs12403609	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	150686633	rs34593358	A	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.188;SC=TTTAGACTGAATGCATTTCCA;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=19;WE=150686641;WS=150686623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	150687296	rs10888388	C	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=82;SC=GGGTCTCACTCTATCACCCAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=150687304;WS=150687286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	150737220	rs41271951	A	G	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1489;ReadPosRankSum=1.075;SC=CACCAAGAGCACACAAACCAG;SOR=0.920;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=107;WE=150737228;WS=150737210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,110:0.45:247
chr1	150771703	rs10788796	T	C	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=123;PP=2965;SC=CTGCCAAAACTGCATGGTTCA;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=160;TCR=123;TR=283;WE=150771711;WS=150771693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	150779755	rs6587522	C	T	6177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.93;NF=118;NR=103;PP=2965;SC=TAAGTTTTGCCTCCTGATCAT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=118;TCR=103;TR=221;WE=150779763;WS=150779745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	150801466	rs3738483	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=15;PP=1203;SC=CTCTTTTTCTTAACTGAGGTT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=150801474;WS=150801456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	150833805	.	CA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr1	150849071	rs66776757	ACC	A,AC	785.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;QD=27.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,12:0.59,0.41:29
chr1	150938616	rs267739	G	A	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=33;PP=1844;SC=GGCAGCTGGAGTAATGGTTCA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=95;WE=150938624;WS=150938606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	150940625	rs267738	T	G	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1356;ReadPosRankSum=0.593;SC=GAACCAACGCTCTACCTGGCG;SOR=0.940;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=94;WE=150940633;WS=150940615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,97:0.43:223
chr1	150944541	rs267737	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=344;SC=TGCCTGCAAAACAGGGGGTGG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=150944549;WS=150944531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	150969992	rs2925740	T	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=2578;ReadPosRankSum=1.164;SC=GGGGAAGGACTCTGAGAGAAG;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=350;TCF=179;TCR=171;TR=157;WE=150970000;WS=150969982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,164:0.46:358
chr1	150970577	rs2925741	G	T	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=32;PP=2702;SC=CTGCAGCTGCGTTTCTGGGGA;SOR=2.161;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=95;TCR=32;TR=126;WE=150970585;WS=150970567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	150970836	rs1673160	T	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=0.597;SC=GCATGTGGACTTTTTTTTTCT;SOR=0.306;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=24;WE=150970844;WS=150970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	150972538	rs708909	G	A	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.19;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	150972538	.	GT	AG,AT	326	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=6,16;NR=18,33;PP=323,326;QD=15.6861614526;SC=CTACAACCCTGTGATGAATGG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=24,49;WE=150972547;WS=150972528;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:53
chr1	150972539	rs12079970	T	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	150974081	rs12096801	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCCATAGACCCTTACCCTCCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=13;WE=150974089;WS=150974071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	150974162	rs771204	G	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=58;PP=2336;SC=TAGCTCTGGAGCCCCTTGGGT;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=133;WE=150974170;WS=150974152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	150974971	rs41310885	T	A	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1805;ReadPosRankSum=1.956;SC=CATCAGCATCTCTTGCATCTG;SOR=0.879;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=125;WE=150974979;WS=150974961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,135:0.49:273
chr1	150975108	rs771205	T	C	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=69;PP=2091;SC=AAAAGGGACTTGGCTGAGGGG;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=150975116;WS=150975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	150990825	rs3738480	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTGGGTACTTATGGCTTTGAG;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=150990833;WS=150990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	150990913	rs7526955	G	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=-1.700;SC=ATAAAACCTTGTGATACCTTC;SOR=1.146;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=32;WE=150990921;WS=150990903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr1	150991221	rs11204758	A	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=697;ReadPosRankSum=0.533;SC=AAAGAGAGGAAGAAAGAGTTT;SOR=0.472;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=45;WE=150991229;WS=150991211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	150991285	rs6664220	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=772;SC=TTGGGAGGCCAAGGCGGGCGG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=150991293;WS=150991275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	150997940	rs3738478	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=701;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TTCTGGTGGTTGTGTGTGAAG;SOR=0.319;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=67;TCR=8;TR=38;WE=150997948;WS=150997930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr1	150998221	rs55774303	AT	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.208;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	150999737	rs11204762	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=641;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TGCTGAGAAAAGACCAGAAGA;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=46;WE=150999745;WS=150999727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr1	150999863	rs55717234	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=642;ReadPosRankSum=2.068;SC=CATGTTATGCATGTGGCCTTG;SOR=0.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=49;WE=150999871;WS=150999853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr1	151006539	rs3738476	C	A	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.95;MQRankSum=-1.454;NF=85;NR=62;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGATTTCTGGCCTGAGTCAAG;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=292;TCF=162;TCR=130;TR=147;WE=151006547;WS=151006529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,150:0.49:309
chr1	151009984	rs12070288	C	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTCTTCATTTCAATTATTCTT;SOR=0.569;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=28;WE=151009992;WS=151009974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr1	151011543	rs955955	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.978;SC=AGAAGTAGAGGCTAGAGCTAA;SOR=0.831;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=86;WE=151011551;WS=151011533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr1	151015868	rs12068365	G	A	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=77;PP=1907;ReadPosRankSum=-2.008;SC=CTACCCAGAAGCAGCATCCCC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=124;TCR=143;TR=141;WE=151015876;WS=151015858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,144:0.52:275
chr1	151019180	rs6587553	A	G	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=88;PP=2965;SC=ACTGGATAAAAGGCCTTAGAA;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=157;WE=151019188;WS=151019170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	151026815	rs2902810	C	T	8461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=172;PP=2965;SC=AAAACAGATGCGAGACACCTT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=128;TCR=172;TR=300;WE=151026823;WS=151026805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	151028234	rs11204767	G	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=109;PP=2965;SC=GCTTCACTCCGCTGTCTGAGG;SOR=1.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=57;TCR=109;TR=166;WE=151028242;WS=151028224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	151039609	rs3738481	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=2;PP=421;SC=CCTTTTTACCAGTATGTGGAG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=151039617;WS=151039599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	151062957	rs11204774	G	A	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=97;PP=2610;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TCGAGCAGGTGTTAGCAGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=325;TCF=144;TCR=181;TR=167;WE=151062965;WS=151062947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,169:0.51:330
chr1	151104598	rs4971005	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=238;SC=CCAGACCCAGAAGGCCCGAGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=151104606;WS=151104590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	151104950	rs10788800	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=960;ReadPosRankSum=-2.879;SC=GAGGCCGTGGGCCGCTCCCTT;SOR=0.626;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=65;WE=151104958;WS=151104940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr1	151105824	rs4971006	C	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=29;PP=1108;SC=GCGGGAGCCCCGGAGTCTCGA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=151105832;WS=151105814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	151108137	rs4971007	T	G	12199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=247;NR=182;PP=2965;SC=CCACCTGGGGTCAGCACCTTC;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=248;TCR=182;TR=429;WE=151108145;WS=151108127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr1	151114882	rs11464219	C	CT	3566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=41;NR=22;PP=2845;SC=TGTTAGCTTCCTGAGGCTGGG;SOR=1.735;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=63;WE=151114890;WS=151114872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	151115017	rs74949844	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1299;ReadPosRankSum=-2.401;SC=GGGGGTCCTGGGGAAAGGCGG;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=101;WE=151115025;WS=151115007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,109:0.45:240
chr1	151140888	rs373666513	CT	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	151143166	rs6689566	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=377;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CAAAAGCTGACAGTCACCCTC;SOR=1.833;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=21;WE=151143174;WS=151143156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr1	151146186	rs7552226	C	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=891;SC=TAGAATGCTGCGTCACGAAGG;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=151146194;WS=151146176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	151146276	rs7521416	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=117;SC=AGTGCGGGGCTGGGCGCTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=151146284;WS=151146266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	151149601	rs6656261	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=401;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATTC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=151149609;WS=151149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	151205303	rs7544947	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=1.482;SC=CAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=0.080;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=11;WE=151205311;WS=151205293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	151209063	rs12407426	C	T	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.088;NF=115;NR=83;PP=2873;ReadPosRankSum=1.520;SC=TAATGGATTACAGCCTCTTGA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=208;TCR=154;TR=198;WE=151209071;WS=151209053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,207:0.54:382
chr1	151210789	rs7532935	C	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=93;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.270;SC=ATACAGATAACCAGTCACGTT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=208;TCR=191;TR=192;WE=151210797;WS=151210779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,199:0.47:424
chr1	151212399	rs141190258	C	CCTT	3258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=11;PP=2418;SC=TGCCGGGCCTCCTAACTCTAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=51;WE=151212407;WS=151212389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	151227371	rs3811405	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.404;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=473;ReadPosRankSum=1.415;SC=GGTGGGGGCCAGGGGCTCATG;SOR=3.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=151227379;WS=151227361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	151237589	rs3216063	TC	T	1370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.461;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.936;NF=8;NR=26;PP=724;ReadPosRankSum=1.798;SC=GCGGGTCCTTTCCCCCCCTCG;SOR=0.650;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=34;WE=151237597;WS=151237579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr1	151238222	rs2275900	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=625;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TCCTTTTGCCGCCTCTTCCCT;SOR=1.036;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=33;WE=151238230;WS=151238212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	151239051	rs7489	T	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=677;ReadPosRankSum=0.648;SC=TGGACACATCTGAGCCAGCCA;SOR=0.405;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=62;WE=151239059;WS=151239041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr1	151239570	rs10888408	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1124;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CCTCTGGCAGCGGCATGCTCC;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=65;WE=151239578;WS=151239560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr1	151254023	rs59912932	A	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=516;ReadPosRankSum=0.134;SC=CCCAACCTTTAGGTCCCGATT;SOR=0.997;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=41;WE=151254031;WS=151254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr1	151254041	rs3811406	T	C	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=29;PP=1627;ReadPosRankSum=-0.244;SC=ATTCCTTCCATGCTCCAAATC;SOR=1.472;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=102;WE=151254049;WS=151254031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr1	151259043	rs2298265	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CTGTGTGTCCCGAGCAGTCTG;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=92;WE=151259051;WS=151259033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,95:0.43:223
chr1	151259543	rs3748545	G	A	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=70;PP=2594;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CCAGTTGCTGGGGTGCCCTTC;SOR=0.935;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=318;TCF=170;TCR=148;TR=162;WE=151259551;WS=151259533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,170:0.52:328
chr1	151263782	rs10788803	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ATTAACATTAATATTTTGTTA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=151263790;WS=151263772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	151280400	rs1536617	C	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=376;SC=TCCAGGAAAGCAGCTGCTTTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=151280408;WS=151280390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	151282841	rs1752388	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=1.099;SC=TTCTCTAGTGAAGTTCTACCT;SOR=0.859;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=9;WE=151282849;WS=151282831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	151288172	rs1056847	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=692;ReadPosRankSum=-1.797;SC=ACAGCCCTGTGTCAGGGGCCG;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=45;WE=151288180;WS=151288162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr1	151288391	rs1752379	A	G	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=80;PP=2954;SC=CATCACCCACATCCTCATCCA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=159;WE=151288399;WS=151288381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	151314379	rs1752387	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=333;SC=CTAACCTATATATTCATCATA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=151314387;WS=151314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	151316161	rs1752386	G	A	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=65;PP=2693;SC=ACACACCAGCGAGCCCCATGG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=151;WE=151316169;WS=151316151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	151337788	rs10788804	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=772;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TATAAGGAGGACCATAGTGGG;SOR=1.188;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=41;WE=151337796;WS=151337778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr1	151341703	rs55906289	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCCAGGCCACGCCTCTGTCCA;SOR=1.426;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=15;WE=151341711;WS=151341693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	151341728	rs35093538	G	GC	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=1.334;SC=TGGAAGAGGCGCCCTGTGGAC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=151341736;WS=151341718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	151372138	rs7172	G	A	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=60;PP=2113;SC=ACCGCATTCCGTCCACTCCCG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=151372146;WS=151372128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	151372770	rs2495390	A	G	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1452;SC=GGGGGACTGGAAGAGTTGTTG;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=151372778;WS=151372760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	151373200	rs2495391	T	C	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=69;PP=2746;SC=CTAAGATGAATCTAAGGTGAA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=137;WE=151373208;WS=151373190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	151377248	rs6667714	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	151379250	rs2274535	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=667;SC=ACTTCAGGTCGGAAGGTTTCT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=151379258;WS=151379240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	151380505	.	AAAG	A	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	151381320	rs3831142	GA	G	2763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=27.92;SOR=2.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	151384711	rs1887545	A	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=31;PP=2237;SC=TTCATTAGTAAATTCTTTGTA;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=107;WE=151384719;WS=151384701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	151384733	rs3748550	G	A	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=47;PP=2787;SC=TCTTCCTGAGGGCAAAACTGC;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=140;WE=151384741;WS=151384723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	151395782	rs2274533	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=754;SC=GTTACCCACATGTAAATAAAT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=151395790;WS=151395772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	151396037	rs2274534	A	C	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=79;PP=2107;SC=TCTGTAATAAAGCACAAAGAG;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=128;WE=151396045;WS=151396027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	151400942	rs11204811	A	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=55;PP=1645;SC=CACCTATAACACATTCTCCCT;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=70;WE=151400950;WS=151400932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	151402045	rs6587577	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=23;PP=1778;SC=TCTGGATGCCAGTTTATTCCA;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=95;WE=151402053;WS=151402035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	151499635	rs2298168	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=728;SC=GAACACCTGCCTTACCTCTCC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=151499643;WS=151499625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	151501698	rs2096232	A	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=540;SC=AGAAACTGCCAAACTACTTTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=151501706;WS=151501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	151501737	rs6678068	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=7;PP=1035;SC=TTTTATTCCCTTGGCAGTGTA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=151501745;WS=151501727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr1	151508061	rs11204842	A	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=321;ReadPosRankSum=1.808;SC=TGGTCCTCTCACCCATCCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=16;WE=151508069;WS=151508051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	151512787	rs369678728	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=930;ReadPosRankSum=1.085;SC=GCCCGCCCAGTTGGAGCCAGA;SOR=0.219;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=51;WE=151512795;WS=151512777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr1	151518484	rs71580387	T	TTC	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=1.332;QD=29.64;ReadPosRankSum=1.017;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	151534142	rs4132646	A	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=616;ReadPosRankSum=1.408;SC=TAGTTCAGGAAGAATATGCTA;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=44;WE=151534150;WS=151534132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr1	151534573	rs147244422	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=458;ReadPosRankSum=0.823;SC=TTAGGGCAGCGTGGACATTCT;SOR=0.607;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=33;WE=151534581;WS=151534563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr1	151535020	rs143684177	A	ATC	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TGTCTGAGCCATCTCTCTCTC;SOR=0.765;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=151535028;WS=151535010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	151536448	.	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=655;ReadPosRankSum=0.902;SC=TGAAGAGTGAGGTCCAGTACA;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=41;WE=151536456;WS=151536438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr1	151538507	rs11405272	T	TC	184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	151538784	rs201554325	TTC	T	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.54;MQRankSum=1.996;NF=1;NR=13;PP=576;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GTTTATTGCTTTCTCTCTCTC;SOR=1.091;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=14;WE=151538793;WS=151538774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	151542099	rs3748610	G	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=30;PP=1927;SC=AGAAACTTGAGGGCTTCCCCT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=151542107;WS=151542089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	151546931	rs6660238	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=1111;SC=AGGGGCCTGCAGGTGGATCGA;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=151546939;WS=151546921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	151551320	rs3748608	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=49;PP=1697;SC=GGGCTGGTTTGTAACCTGCCC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=151551328;WS=151551310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	151552301	rs3833527	TG	T	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=559;SC=GTCTTTGTCATGTCTTGCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=151552309;WS=151552291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	151553918	rs10494267	C	T	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=131;SC=ACCCTTGCTACAAGACACATG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=151553926;WS=151553911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	151554503	rs1891592	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=21;PP=1812;SC=ACTCTGGCTGTGCCATAAGCC;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=88;WE=151554511;WS=151554493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	151634512	rs3831367	A	AT	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=804;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AAATGTATTGATTTTTTTCCC;SOR=0.598;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=33;WE=151634520;WS=151634502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr1	151634803	rs11808761	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=646;ReadPosRankSum=-0.777;SC=AAGGAAGATAGATTAAATAAG;SOR=1.659;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=74;TCF=5;TCR=69;TR=31;WE=151634811;WS=151634793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr1	151666826	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=6.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.250;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,16:0.17:95
chr1	151675618	rs1308150	T	C	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=50;PP=2739;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AAACGCTGGGTACAGAAGGCC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=138;WE=151675626;WS=151675607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr1	151679441	rs1308152	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTCGCTTCACTGCTCTACACC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=151679449;WS=151679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	151679900	rs10888428	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=850;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TCCCAGACCCCGAGGCTTCCC;SOR=0.949;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=51;WE=151679908;WS=151679890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr1	151679963	rs2280473	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1361;ReadPosRankSum=0.963;SC=CTCCCTTGCCCGGCCTTGCCC;SOR=0.636;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=85;WE=151679971;WS=151679953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,86:0.52:166
chr1	151681635	rs2280475	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GCCTAGGGAGTCTTGGGGGTG;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=107;WE=151681643;WS=151681625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,116:0.48:240
chr1	151686983	rs939592	T	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=820;ReadPosRankSum=-1.308;SC=GAGGTGGAAATTATGCTCAGT;SOR=0.619;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=61;WE=151686991;WS=151686973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr1	151700189	rs72506285	C	CCTG	2883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.335;NF=0;NR=48;PP=2274;ReadPosRankSum=1.080;SC=CAGGATTCTCCCAGAGTCTGG;SOR=2.103;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=48;WE=151700197;WS=151700179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr1	151700214	rs2275920	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.140;HP=2;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=699;ReadPosRankSum=0.662;SC=CTCCTTCACCTGATGTCCCCA;SOR=0.075;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=20;WE=151700235;WS=151700204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	151700227	rs2275921	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=699;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TGTCCCCAAAGGGAGCTTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=151700235;WS=151700204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	151701345	rs2298294	A	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CTGTTGGGAGAGACCAGACGG;SOR=0.855;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=78;WE=151701353;WS=151701335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr1	151732700	rs10888433	A	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=74;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CAGTCAGGTAAGTAAGATTTA;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=105;TCR=151;TR=125;WE=151732708;WS=151732690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,133:0.49:272
chr1	151733335	rs8480	T	G	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=64;PP=1739;ReadPosRankSum=1.604;SC=GATAGGCTCTTCTGGTAACTT;SOR=0.669;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=268;TCF=117;TCR=151;TR=122;WE=151733343;WS=151733325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,123:0.52:236
chr1	151740479	rs1196457	C	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=451;SC=GACACACCCCCATCTGCCTGA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=151740487;WS=151740476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	151740666	rs2495397	T	C	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=104;PP=2965;SC=TCGACTCTTCTTGGATATCCC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=94;TCR=105;TR=198;WE=151740674;WS=151740656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	151742550	.	GGAGAGA	G	2917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.214;QD=26.29;ReadPosRankSum=1.300;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr1	151742553	.	GAGAGAGGGAGAGGGAGACCATGGGGAGAC	G	2972	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.35;NF=27;NR=3;PP=2972;QD=20;SC=AGACCGTGGAGAGAGAGGGAG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=30;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr1	151742565	rs140076465	GGGAGACCATGGGGAGACGGAGAC	G	3073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=2.859;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,88:0.49:180
chr1	151742588	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.47;NF=48;NR=17;PP=2962;QD=20;SC=GAGACGGAGACGGAGAGGGAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=111;TCR=41;TR=65;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr1	151742798	rs3748612	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=921;ReadPosRankSum=0.781;SC=TTTTCCTTTATAGGAGACCCT;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=40;WE=151742806;WS=151742788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr1	151747043	rs1123855	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;ReadPosRankSum=0.328;SC=GCAATGCCAGCGAGGCTCAAA;SOR=0.917;SbPval=0.74;Source=Platypus;TCF=109;TR=76;WE=151747051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,79:0.36:218
chr1	151747733	rs1781421	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-1.996;SC=ACTTTAAAGACATTCCTTTGG;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=151747741;WS=151747723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	151747799	rs1781419	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=-0.891;SC=GGTTTCTGAGGAAGAAAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=18;WE=151747807;WS=151747789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	151747970	rs11204885	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=682;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AGTCAGCACAATGAGTGAGTC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=56;WE=151747978;WS=151747960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,61:0.44:140
chr1	151748425	rs3923394	C	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=715;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TTGCTGCTTTCAGAAAGAACC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=39;WE=151748433;WS=151748415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr1	151751081	rs1996729	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=487;ReadPosRankSum=0.991;SC=AGACTGAGAAGGCATTCCTTC;SOR=0.130;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=35;WE=151751089;WS=151751071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr1	151754112	rs35077383	T	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CACCCAAAGCTAGTATAACTA;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=61;TCR=105;TR=80;WE=151754120;WS=151754102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,82:0.48:172
chr1	151783688	rs939595	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-1.807;SC=TCTAACAGAGAGTGGTACTCC;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=151783696;WS=151783678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	151789588	rs151171878	C	CTGTGTG,CTGTGTGTG	1091.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=15,15;NR=1,1;PP=50,303;SC=TAAGGAGACACTGTGTGTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16,16;WE=151789596;WS=151789578;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.53:17
chr1	151789609	rs56273334	C	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.03;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	151789609	.	CGC	TGC,TGT	306	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=59.2;NF=28,12;NR=4,3;PP=120,306;QD=4.8366003921;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=32,15;WE=151789619;WS=151789597;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:36
chr1	151789611	rs55841824	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	151789647	rs12144914	T	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=932;ReadPosRankSum=0.598;SC=CACACATGCATGCATACACAT;SOR=0.612;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=87;TCR=25;TR=51;WE=151789655;WS=151789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr1	151803449	rs80223568	G	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGAGCTTGGTGGCTCTGGCCC;SOR=0.886;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=70;WE=151803457;WS=151803439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr1	151811226	rs6673556	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=712;SC=GAGGCAGCGAGCAGGTCGCGG;SOR=1.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=151811234;WS=151811216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	151819521	rs150272532	T	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=636;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGTGGGTATGTGAGATGCCCT;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=40;WE=151819529;WS=151819511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr1	151820298	rs6587624	G	C	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=80;PP=2965;SC=ATCTTGTCCAGTTCTACGTCC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=178;WE=151820306;WS=151820288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	151820324	rs6587625	T	C	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=AACCAGAGAGTCCACGGGGAT;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=180;WE=151820332;WS=151820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	151825991	rs7556386	G	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=58;PP=1885;SC=CCTCAAGAAGGCCTCTGTGGT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=151825999;WS=151825981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	151862661	rs1060870	G	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=30;PP=1799;SC=GATTATAGGCGTGAGCCACAG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=92;WE=151862669;WS=151862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	151867560	rs3762427	G	A	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=20;PP=1340;SC=TCCAGGAGCCGTCTTCACATT;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=151867568;WS=151867550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	151881885	rs3748805	A	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=44;PP=1125;SC=TACTGGCGGCAGGCACAGAGC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=151881893;WS=151881875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	152005327	rs35135981	TA	T	2585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=47;PP=1934;ReadPosRankSum=2.800;SC=ATTACACCTTTATATCGCATC;SOR=0.684;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=9;TCR=101;TR=51;WE=152005335;WS=152005317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr1	152009530	rs3811422	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=314;SC=CTCAGACAGCTTCCGCGCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=152009538;WS=152009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	152083325	rs11803731	A	T	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=59;PP=2078;ReadPosRankSum=-2.312;SC=TGCTCCCGCAATGGGGGCCTG;SOR=0.943;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=314;TCF=179;TCR=135;TR=146;WE=152083333;WS=152083315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,152:0.46:327
chr1	152085505	rs2515663	A	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=97;PP=2901;SC=ATTACTGTCAAGATCCAGAAG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=179;WE=152085513;WS=152085495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	152191404	rs142336181	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=10.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-6.755;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,51:0.17:303
chr1	152191709	rs6662450	C	G	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=159;PP=2965;SC=GGAAGAACAACTTGTGCCAGA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=115;TCR=159;TR=274;WE=152191717;WS=152191699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	152191879	rs10788828	G	A	8908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=126;PP=2965;SC=AGCTAGATCCGTGTTGTTCAC;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=178;TCR=126;TR=303;WE=152191887;WS=152191869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	152192114	rs7520249	C	T	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=39.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=14.249;NF=74;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=4.433;SC=GGACCCATGTCGGCCGCGACT;SOR=0.960;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=201;TCF=89;TCR=112;TR=185;WE=152192122;WS=152192104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,194:0.95:204
chr1	152192163	rs61814943	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-11.082;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,26:0.16:167
chr1	152192293	rs7520375	C	T	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=39;PP=1962;SC=AGGAATGACCCGAGCTAGATC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=152192301;WS=152192283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	152192631	rs6587647	C	T	13174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=246;NR=211;PP=2965;SC=CCGTGTTGTCCGTGGCCGGAG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=457;TCF=246;TCR=211;TR=457;WE=152192639;WS=152192621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr1	152192687	rs6587648	T	C	13414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=227;NR=240;PP=2965;SC=AGAGGAATGCTCTGAGCTAGA;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=228;TCR=240;TR=467;WE=152192695;WS=152192677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr1	152192825	rs6666097	C	T	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=117;PP=2965;SC=CCCACGCTGGCCGTGGCCTGG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=235;WE=152192833;WS=152192815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	152192978	rs6587649	T	C	12311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AGATCCATGTTGTCCCTGGCT;SOR=0.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=446;TCF=224;TCR=222;TR=443;WE=152192986;WS=152192968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr1	152193052	rs6587650	A	G	10962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=229;PP=2965;SC=AGCCAGACTCATGTTGCCCAA;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=164;TCR=230;TR=393;WE=152193060;WS=152193042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	152193121	rs6587651	G	T	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=125;PP=2965;SC=AGTAACTTGAGCCAGACCCGT;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=96;TCR=125;TR=221;WE=152193129;WS=152193111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	152193286	rs7545406	G	T	15335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=42.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	152193291	rs6587652	G	T	16348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=43.95;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	152193544	rs7535536	A	G	11918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	152193547	rs6587653	G	A	11865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	152193851	rs11204937	C	T	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=121;PP=2965;SC=GATTTTATTACGAGCCTGAAC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=104;TCR=122;TR=225;WE=152193859;WS=152193841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	152193990	rs11204938	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=828;SC=AGGTACAAAGAGTAGCTCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=152193998;WS=152193980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	152195728	rs34061715	AT	A	1679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=49;PP=815;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GAGTTTAGGCATTTTTTTTTT;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=52;WE=152195737;WS=152195718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,75:0.94:80
chr1	152277280	rs202056848	G	T	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-21.413;NF=137;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.323;SC=ATGGGGCCCAGCCTGTCCATG;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=573;TCF=292;TCR=281;TR=263;WE=152277288;WS=152277270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,258:0.44:580
chr1	152483959	rs56406499	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=2;PP=782;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TAAGGGCAAGGAAGTGACCTT;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=80;TCR=6;TR=40;WE=152483967;WS=152483949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr1	152484129	rs2105117	G	A	6869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.756;SC=CCTCCCCAGTGTTCAGCCCCA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=620;TCF=300;TCR=320;TR=311;WE=152484137;WS=152484119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,336:0.52:644
chr1	152487979	rs2282296	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=887;ReadPosRankSum=1.913;SC=CCTCCTGCTGCGGCTCCGGCA;SOR=0.953;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=52;WE=152487987;WS=152487969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr1	152488063	rs1053588	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=910;ReadPosRankSum=0.588;SC=GGAGACGCCGCCGACAGCGGA;SOR=0.850;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=65;WE=152488071;WS=152488053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr1	152538358	rs17659359	G	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=27;PP=1583;SC=GGCCTCTTGGGATTCTTGTTT;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=152538366;WS=152538348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	152552461	rs4845313	C	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ATTTGTTAGTCCAAAATCTAC;SOR=1.042;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=83;WE=152552469;WS=152552451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr1	152681543	rs1332496	T	C	9896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.105;NF=223;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TTATCGAAATTCCACCAAGAT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=225;TCR=124;TR=344;WE=152681551;WS=152681533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr1	152681680	rs6143428	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT	12468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=73;PP=2900;SC=GCTGTGGCTCCAGCTCTGGGG;SOR=1.972;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=201;TCF=17;TCR=184;TR=83;WE=152681688;WS=152681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	152732106	rs17612167	A	T	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=80;PP=2965;SC=TGCCGCTCCAACAGTGCTGCG;SOR=1.266;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=137;TCR=82;TR=217;WE=152732114;WS=152732096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	152749091	rs41268480	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=31;PP=1272;SC=CCACCACAGACGGCGTAGGTC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=152749099;WS=152749081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	152760106	rs56313719	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.526;NF=13;NR=13;PP=362;ReadPosRankSum=-0.799;SC=AGGGGGCAGCGGCCAGCACTC;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=26;WE=152760114;WS=152760096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	152944594	rs3170863	C	T	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=85;PP=1898;ReadPosRankSum=1.599;SC=CCTCCAAGAGCAAACAGAAGT;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=101;TCR=192;TR=128;WE=152944602;WS=152944584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,131:0.44:301
chr1	152957573	rs1611760	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=293;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AATGGGGGAGTTAAGGGAGAT;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=16;WE=152957581;WS=152957563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	152957832	rs1611762	C	A	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1391;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AGCCCTGCCACCCCAAGGTGC;SOR=0.845;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=92;WE=152957840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,91:0.52:174
chr1	152957887	rs1611764	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.093;NF=42;NR=38;PP=1412;ReadPosRankSum=1.384;SC=CCAGCCCAAGGTTCCAGAGCC;SOR=0.300;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=80;WE=152957903;WS=152957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
chr1	152975495	rs2075739	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=40;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.982;SC=ATCCTTTGAAGCATGAGTTCT;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=149;TCR=95;TR=109;WE=152975503;WS=152975485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,108:0.44:246
chr1	152975658	rs67156933	AGAGCCAGGCTGTACCAAGGTCCCT	A	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=7.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.03;MQRankSum=4.959;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.113;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	152975763	rs1977734	C	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.419;NF=17;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CTGAGCCAGGCTGTACCAAGG;SOR=0.260;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=28;WE=152975771;WS=152975753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr1	152975829	rs1970328	A	G	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=923;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AGGTCCCTGAACCAGGCAGCA;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=105;TCR=59;TR=64;WE=152975837;WS=152975819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,67:0.39:174
chr1	152975941	rs1055935	C	G	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1801;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTACACAAAGCTACCAGAGCC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=218;TCF=109;TCR=109;TR=116;WE=152975949;WS=152975931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,120:0.52:232
chr1	153004721	rs1334848	A	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=348;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GAAAGAACATAGCTTTTTAAG;SOR=0.156;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=22;WE=153004729;WS=153004711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	153004778	rs3820141	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=621;ReadPosRankSum=-1.329;SC=TTATTCTCTGCTTAAATCATC;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=47;WE=153004786;WS=153004768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr1	153004809	rs3181787	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=940;ReadPosRankSum=0.597;SC=CCAGGACCAGTCACTGTTGCA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=68;WE=153004817;WS=153004799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,72:0.39:186
chr1	153004848	rs3795381	T	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=1.410;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,86:0.39:218
chr1	153004853	rs3795382	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=1.616;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,89:0.39:228
chr1	153004941	.	CTGCCACCCCAAGGTGCCTGAGCCCTGCCACCCCAAAGTGCCCGAGCCCTGCCAGCCCAAGGTTCCAGAGCCA	C	3231.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=1.530;QD=10.96;ReadPosRankSum=-5.921;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,149:0.51:295
chr1	153004983	rs12195	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.777;NF=46;NR=32;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.576;SC=CCAAAGTGCCCGAGCCCTGCC;SOR=1.066;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=78;WE=153004991;WS=153004973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,76:0.34:223
chr1	153005013	.	A	C	980	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=55.28;NF=35;NR=21;PP=980;QD=18.1209145098;SC=TTCCAGAGCCATGCCACCCCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=56;WE=153005021;WS=153005003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:99,56:0.36:155
chr1	153005156	rs2711	C	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1591;ReadPosRankSum=0.377;SC=TCCCATTCTGCGTATGAGTCC;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=255;TCF=107;TCR=148;TR=114;WE=153005164;WS=153005146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,120:0.45:268
chr1	153122310	rs510277	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=283;ReadPosRankSum=-1.288;SC=AGTCCTGGGAGTAAGAAGAGC;SOR=0.873;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=17;WE=153122318;WS=153122300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	153233510	rs6661601	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=579;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TGGCGGCGGCAGCGGCGGTGG;SOR=0.498;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=40;WE=153233518;WS=153233500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr1	153233991	rs11275959	A	ACTCTGGCGGCGG	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.740;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	153270362	rs2771110	C	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=587;SC=TGCTGAGCCACCTTGGCTGGT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=153270370;WS=153270356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	153271524	rs821431	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=11;PP=1229;SC=TCCCGCCATGCTTCCCAGACA;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=153271532;WS=153271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	153277423	rs843971	C	T	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=37;PP=2425;SC=TGACCCTTACCTATCTTATTG;SOR=1.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=115;WE=153277431;WS=153277413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	153277660	rs2771112	A	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1065;SC=TCCAATAACAAAACAATAGGA;SOR=2.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=153277668;WS=153277650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	153279462	rs66966700	TAAG	T	5503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=29;PP=2948;SC=GCGCAGAAAATAAGAGCCACA;SOR=2.284;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=89;WE=153279472;WS=153279452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	153282892	rs821424	C	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=888;SC=AATTGAATAACTTGTTGAAGA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=153282900;WS=153282882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	153283004	rs821423	C	T	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=72;PP=2965;SC=TGAAAGCACTCGGATGGGTTT;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=162;WE=153283012;WS=153282994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	153314153	rs3006448	C	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=9;PP=410;SC=CTCGCCTTTCCCAAGAAGTGG;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=153314161;WS=153314143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	153314347	rs3006449	C	T	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=127;SC=AGCCCCTGCACAGCTGATGGA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=153314355;WS=153314337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	153315467	rs5777858	T	TAAG	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=671;SC=ATGAGAAGGATAAGACAGCAG;SOR=2.636;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15;WE=153315475;WS=153315457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	153315579	rs3014863	A	G	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=44;PP=2426;SC=TCTTAGTGCCAAAGAAGGCAA;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=130;WE=153315587;WS=153315569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	153315784	rs1865234	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=43;PP=1268;SC=GGACTGAAGCTATGTTCACTA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=153315792;WS=153315774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	153320334	rs3006457	T	C	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=61;PP=2965;SC=CTCGGTTGCTTTTTGGCCCAG;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=153;WE=153320342;WS=153320324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	153320372	rs3006458	T	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=66;PP=2965;SC=CAGGCCTGGATACCCAGAGCA;SOR=1.013;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=161;WE=153320380;WS=153320362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	153320581	rs3006459	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=23;PP=655;SC=CAGCACCTGCTTCAGTCTTCT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=153320589;WS=153320571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	153346263	rs4772	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AAAGACCCTCATTGAGGACAT;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=26;WE=153346271;WS=153346253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr1	153362507	rs3006488	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=316;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGAGAGAGGCATGAGGTATTG;SOR=1.302;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=19;WE=153362515;WS=153362497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	153362788	rs41264638	T	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;ReadPosRankSum=0.014;SC=TAGCCATCTATGAAGGGTGGC;SOR=0.982;Source=Platypus;TCF=40;WE=153362796;WS=153362778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr1	153363105	rs3795391	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=515;ReadPosRankSum=-0.966;SC=ACGCAGAGGATTCATGCCCCA;SOR=1.066;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=27;WE=153363113;WS=153363095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr1	153410822	rs10888561	C	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=42;PP=1250;SC=TTTCAAAAAGCCTTCAGGAAA;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=153410830;WS=153410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	153412392	rs3006428	T	G	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=139;PP=2965;SC=AAAAGGCAAATAGGCAGGTGA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=88;TCR=139;TR=227;WE=153412400;WS=153412382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	153431406	rs3014837	C	G	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=46;PP=2694;SC=GGCTTGGCTTCTCAATCTTGT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=153431414;WS=153431396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	153431561	rs12132927	T	C	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1320;ReadPosRankSum=2.439;SC=AGGGTCTCTATTTGGGAGTGC;SOR=0.956;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=92;WE=153431569;WS=153431551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,100:0.48:207
chr1	153587256	rs11548102	A	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGCAGAGATGAGGACAGGTGC;SOR=3.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=153587264;WS=153587246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	153587308	rs11548104	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=807;ReadPosRankSum=-1.874;SC=CAAGTTTTATCTCCAGGCCCA;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=45;WE=153587316;WS=153587298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr1	153588208	rs9792963	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=1.709;SC=TGCAGGGCAAGGCCAAGGTGA;SOR=0.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=18;WE=153588216;WS=153588198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr1	153588279	rs9792967	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TGTGGGAGCAGAAAGGCCAGG;SOR=0.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=171;TCF=117;TCR=54;TR=69;WE=153588287;WS=153588269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr1	153588340	rs11548103	C	T	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=2034;ReadPosRankSum=0.307;SC=CCCATGGTGCCCACTGTGTCT;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=299;TCF=161;TCR=138;TR=142;WE=153588348;WS=153588330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,146:0.48:307
chr1	153604029	rs1046379	C	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CCCTCAAGACCTTTGAGGAGG;SOR=0.683;Source=Platypus;TCF=114;WE=153604037;WS=153604019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,103:0.44:233
chr1	153642372	rs79913857	G	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr1	153642835	rs6663046	G	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=68;PP=2033;SC=ACTTACACTTGTCCCCATTCC;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=88;WE=153642843;WS=153642825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	153658480	rs11264236	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=414;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GGGCCCTGGGGGTGGGCTATT;SOR=0.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=24;WE=153658488;WS=153658470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	153701376	rs12074957	G	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=5;PP=118;SC=CAAGTTTTTTGTGAAGTAACA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=153701384;WS=153701366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	153743234	rs6675978	T	C	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=56;PP=2899;SC=TGGGGCTCTTTAGCCCTCAAT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=135;WE=153743242;WS=153743224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	153750207	rs139720425	C	CCTT	5916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=2921;ReadPosRankSum=0.253;SC=AATCTTACCTCCCTTCTTCCC;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=89;TCR=108;TR=93;WE=153750222;WS=153750192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,146:0.50:291
chr1	153750214	rs374974027	TC	T	6102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.018;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,163:0.50:327
chr1	153800931	rs144104082	TACACACAC	T	100.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=480;SC=CTCTCACACATACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=153800946;WS=153800921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	153907278	.	CCTG	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,13:0.10:134
chr1	153914261	rs72694260	C	G	37.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=1.282;SC=GCCCTCCCCCCACCCACATCT;SOR=1.981;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=153914269;WS=153914251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	153920980	.	C	T	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.847;ClippingRankSum=0.000;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.823;SC=AACAGTGGGTCAAGTTCTGGT;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=492;TCF=224;TCR=268;TR=246;WE=153920988;WS=153920970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,250:0.49:507
chr1	153921808	.	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GCTGTATGGGTATGGGGGTAA;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=15;WE=153921816;WS=153921798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr1	153932810	.	A	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1247;ReadPosRankSum=0.501;SC=GTCATGCATGAGAAGAGGATC;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=101;WE=153932818;WS=153932800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr1	154061855	rs2066135	T	G	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=28;PP=1579;SC=AAGCACGGAATATAAAAGTGC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=154061863;WS=154061845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	154072601	rs139838869	G	A	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=75;PP=1876;ReadPosRankSum=0.481;SC=ACAATGCATTGGTCCAGGTCT;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=251;TCF=106;TCR=145;TR=127;WE=154072609;WS=154072591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,132:0.50:265
chr1	154076366	rs7521047	T	C	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=107;SC=TAGACTATAATTGGTAGTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=154076374;WS=154076360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	154108387	rs3001361	G	A	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=94;PP=2965;SC=AATGAGACCCGTTAAGTGCAA;SOR=1.273;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=61;TCR=95;TR=155;WE=154108395;WS=154108377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	154112167	rs2500223	A	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=24.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	154112499	.	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.920;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCCTAAGAGACTTTAAACATA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=14;WE=154112507;WS=154112489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	154186918	rs12408458	G	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGCATTCCAAGAGCTTGCCAC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=77;WE=154186926;WS=154186908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
chr1	154192143	rs9803862	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=318;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GCACTGAGCAGGTAAGCCAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=16;WE=154192151;WS=154192133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	154192463	rs34176728	G	GT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.921;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	154208877	rs3762339	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.792;SC=GTTTTGCTCTATTGCCTAGGC;SOR=0.160;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=154208885;WS=154208867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	154218639	rs4040743	TTCAG	T	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr1	154243115	rs1044013	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=0.258;SC=GACCCCCAAACATATATCAGC;SOR=0.126;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=154243123;WS=154243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	154246463	rs142104485	T	A	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=84;PP=2175;ReadPosRankSum=0.741;SC=GGTCCTGAAGTGAGAGCTTGT;SOR=0.860;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=69;TCR=141;TR=123;WE=154246471;WS=154246453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,127:0.58:218
chr1	154285078	rs11581043	T	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr1	154294560	rs41308403	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.504;NF=34;NR=30;PP=843;ReadPosRankSum=0.247;SC=GTCTGGTCATCAGAGCACGTG;SOR=0.539;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=64;WE=154294568;WS=154294550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
chr1	154294656	rs1194607	T	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=594;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TTGAACAGTGTCCCAGACTGA;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=48;WE=154294664;WS=154294646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr1	154296076	rs1194610	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TTCTGGGCACTGGGATGCTGA;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=105;TCR=52;TR=75;WE=154296084;WS=154296066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr1	154305010	rs1209264	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CTCCAGCCTGAGCAGCAGAGC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=11;WE=154305018;WS=154305000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr1	154310048	rs1760795	C	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1415;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CCTGGGGTCTCTCCAGGGAGT;SOR=0.559;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=98;TCR=98;TR=102;WE=154310056;WS=154310038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr1	154313232	rs1194588	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=659;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TCTCCGTTCTTGTCTCTCCCC;SOR=2.788;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=154313240;WS=154313222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr1	154316434	rs2274988	C	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AAGAGTACTACGAGGAGTGGG;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=75;WE=154316442;WS=154316424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr1	154317153	rs1194587	C	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=81;PP=2339;ReadPosRankSum=0.977;SC=CATCCCGCTCCGTAGGCAACG;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=157;WE=154317161;WS=154317143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,163:0.57:287
chr1	154317418	rs1194586	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=-1.657;SC=CTGGAAAGACTGGCTCTCTCA;SOR=0.402;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=25;WE=154317426;WS=154317408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	154320942	rs2297607	A	G	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TGCTCACCACAGTCGTCTGCA;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=239;TCF=110;TCR=129;TR=114;WE=154320950;WS=154320932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,119:0.47:251
chr1	154321072	rs1194591	A	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=43;PP=1369;SC=GAAAGGCCTCATGTGAACACT;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=154321092;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	154321084	rs2297606	G	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.196;SC=GTGAACACTGGGGGGCTCTGT;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=20;WE=154321092;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	154401679	rs2228144	G	A	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CAGAGGTGGCGAGAGGCGTGC;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=138;TCR=90;TR=116;WE=154401687;WS=154401669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,116:0.49:236
chr1	154401972	rs6694817	T	C	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=113;PP=2965;SC=AAATGAGGCTTTGTGCATTCC;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=68;TCR=113;TR=181;WE=154401980;WS=154401962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	154407419	rs7518199	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=0.665;SC=GGGCTTCTCTACACTATATTT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=13;WE=154407427;WS=154407409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	154407713	rs7521458	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=304;ReadPosRankSum=-1.523;SC=AGGCCAGGCATGGTGGCTCAC;SOR=1.497;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=19;WE=154407721;WS=154407703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	154408340	rs4845371	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=285;SC=TAGAGGCCTCTGCCAGCTGAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=154408348;WS=154408337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	154420402	rs7512646	G	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	154420754	rs74601996	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.431;SC=GTCACTAGTAGAAATGTGGTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=154420762;WS=154420744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	154426947	rs4845374	T	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=613;ReadPosRankSum=1.698;SC=CTATCTTCAATTTTTTTTTTA;SOR=0.913;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=44;WE=154426955;WS=154426934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	154426970	rs2228145	A	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=722;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CTAGTGCAAGATTCTTCTTCA;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=51;WE=154426978;WS=154426960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr1	154437896	rs2229238	T	C	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=132;PP=2965;SC=CTGTGGATGATAAAACACAAA;SOR=2.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=34;TCR=132;TR=166;WE=154437904;WS=154437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	154442960	rs11265621	G	A	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=87;PP=2623;SC=TACAGGGCAGGGGCAGGAAAC;SOR=1.523;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=44;TCR=87;TR=131;WE=154442968;WS=154442950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	154459197	rs4845633	C	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=40;PP=1232;SC=CAGGCCACTGCGGTGACCCAT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=154459205;WS=154459187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	154474131	rs4845635	C	G	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=127;PP=2965;SC=CCTCCGTGGCCCGGGAGTTTT;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=94;TCR=127;TR=221;WE=154474139;WS=154474121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	154474557	rs6703672	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=240;SC=GGCTGCTCCGTGCGCCCCCGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=154474565;WS=154474547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	154479657	rs10654618	C	CAT	3321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=24;PP=2265;SC=ATGCCTGACACGTTTCCTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=51;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	154479670	rs6664608	C	T	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=26;PP=1614;SC=TTCCTTTTGTCGGAGTCTGAG;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=81;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	154492702	rs10908842	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=10;PP=1184;SC=CAGACTAGCTGGCTGGGGATC;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=154492710;WS=154492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	154493721	rs6684225	T	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=15;PP=1239;SC=CCTTCCAGCTTGGGCTTGGTG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=154493729;WS=154493711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	154514331	rs4845647	C	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=569;SC=CTCAGGATGCCGTGAGGATGG;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=30;WE=154514339;WS=154514321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	154516477	rs12750774	G	A	12603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=1.433;SC=GAATGCTTCCGAGACCTGAGC;SOR=0.497;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=444;TCF=217;TCR=227;TR=441;WE=154516485;WS=154516467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,461:0.99:464
chr1	154516571	rs6678164	T	C	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=182;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCTATGCACGTCA;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=133;TCR=183;TR=314;WE=154516579;WS=154516561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	154523215	rs4520411	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=5;PP=694;SC=ATCGGTGATACGATCATTTTG;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=154523223;WS=154523205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	154523588	rs10908849	T	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=516;SC=CTCCCAGCACTGTGGTCTAGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=154523596;WS=154523578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	154524973	rs12144146	A	G	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=68;PP=2431;SC=TGTTAGTAGAATGGTCCAGGT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=138;WE=154524981;WS=154524963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	154528086	rs4078519	T	C	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=35;PP=954;SC=GCTCTTAGTTTGGGCCCCACA;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=154528094;WS=154528076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	154557685	rs9427094	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1135;ReadPosRankSum=0.081;SC=GCTCTCCTGTCTCCTTACCCA;SOR=0.270;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=70;WE=154557693;WS=154557675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr1	154561261	rs9427095	G	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=502;SC=TGTTGCAGACGTTTCACAGTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=154561269;WS=154561251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	154561925	rs1127309	C	T	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1307;ReadPosRankSum=-1.693;SC=AATCTCCTTTCACACAGCGAT;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=96;WE=154561933;WS=154561915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,106:0.52:205
chr1	154562624	rs201932953	CG	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	154562625	rs7532276	G	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	154562629	rs60407842	C	A	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=9.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=2.525;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr1	154571174	rs143817514	T	TGGA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=829;SC=TTTTCACTTGTGGAGATGAAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=154571182;WS=154571164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	154573967	rs2229857	T	C	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.993;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=96;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TGCGTTTCTTTTGGTCTCAGG;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=349;TCF=163;TCR=186;TR=171;WE=154573975;WS=154573957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,174:0.48:363
chr1	154574820	rs1466731	T	C	7439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=112;PP=2965;SC=CCCTGACTTCTGAGATGCACG;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=146;TCR=112;TR=258;WE=154574828;WS=154574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	154575040	rs1802645	C	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=74;PP=2637;SC=GCTGCTGGTACCTGAGCTGTC;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=124;WE=154575048;WS=154575030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	154580348	rs71586026	G	GAC	7503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.150;NF=58;NR=82;PP=2989;ReadPosRankSum=-3.282;SC=TTGGCAAGACGACACACACAC;SOR=0.721;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=396;TCF=142;TCR=254;TR=140;WE=154580359;WS=154580338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,259:0.43:608
chr1	154600372	rs6426859	A	G	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=52;PP=2965;SC=ACACCCGGAGACTGCCAGTGC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=144;WE=154600380;WS=154600362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	154709682	rs35539682	TG	T	371.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.671;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr1	154744807	rs1051614	C	G	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=114;PP=2965;SC=GGCTGATGTACAGGATGCGCT;SOR=1.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=71;TCR=114;TR=185;WE=154744815;WS=154744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	154744852	rs1131820	A	G	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=64;PP=2037;SC=CATCCGCGCCATTGTCGATCA;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=103;WE=154744860;WS=154744842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	154744937	rs11589471	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=517;SC=CCAGGCAGGACAGGTGGGGCA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=154744945;WS=154744927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	154832290	rs1061122	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=935;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TCAGTCCCTGCAAGGAGTGTC;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=33;TCR=84;TR=62;WE=154832298;WS=154832280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr1	154832322	rs1218586	A	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=619;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CTTTCCTGTTAATTTGACACT;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=31;WE=154832330;WS=154832312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	154842199	.	G	GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-2.169;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	154917701	rs906594	A	G	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=77;PP=2362;ReadPosRankSum=1.246;SC=AGCAGGCACCACCAAGCATAT;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=122;WE=154917709;WS=154917691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr1	154924015	rs116114495	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1252;ReadPosRankSum=0.866;SC=AGCGTCCCTGCGGTAGGAGAA;SOR=0.506;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=165;TCF=52;TCR=113;TR=82;WE=154924023;WS=154924005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,87:0.50:174
chr1	154925989	rs1218593	T	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=967;ReadPosRankSum=0.753;SC=TGGGGCCTGATCTACTTCTTC;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=56;WE=154925997;WS=154925979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr1	154948327	rs12087657	G	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1014;ReadPosRankSum=0.689;SC=TAAACTACGCGTGTTTTCATT;SOR=0.887;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=58;WE=154948335;WS=154948317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr1	154996815	rs112745976	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=855;ReadPosRankSum=2.157;SC=CTTTCACAGCGTTAAGGGTAT;SOR=1.051;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=83;TCR=12;TR=45;WE=154996823;WS=154996805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr1	155006450	rs74520550	CC	AG	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CTCACCAGAACCTTGTGTCCA;SOR=0.682;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=32;WE=155006459;WS=155006440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr1	155014426	rs55668940	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.494;SC=AGCAACAGATGAGGAGGGTTT;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=155014434;WS=155014416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	155026114	rs6660884	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=962;SC=ATTGTCCTCACTTTATACATG;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=155026122;WS=155026104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	155026942	rs6427128	A	C	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=102;PP=2965;SC=CACACTCAGAAGCCACCAGAG;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=195;WE=155026950;WS=155026932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	155028522	rs11264302	G	A	12584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=261;NR=189;PP=2965;SC=CCTGACCATGGCAACCCCTCT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=261;TCR=189;TR=450;WE=155028530;WS=155028512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr1	155030557	rs11264303	A	C	13916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=254;NR=247;PP=2965;SC=GCCTCCAGACAGCTAATACTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=502;TCF=255;TCR=247;TR=501;WE=155030565;WS=155030547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr1	155033032	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=0.323;SC=GATTGCTAGGGCCATTTCTCC;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=155033040;WS=155033022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	155033317	rs11264304	T	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=72;PP=1858;SC=AGGTGAGTCCTGGATGCCAGA;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=103;WE=155033325;WS=155033307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	155033918	rs41264285	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=938;ReadPosRankSum=0.234;SC=CTTCCCGGCCCCCCCTTCCAG;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=64;WE=155033926;WS=155033908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr1	155057499	rs3766918	A	G	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=33;PP=2657;SC=GGGGCTGCGGAGCGGTCAGAT;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=89;TCR=33;TR=122;WE=155057507;WS=155057489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	155058816	rs182820721	T	C	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.517;NF=39;NR=17;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CCTGGCTCCATTGCTGCTGCC;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=118;TCR=51;TR=56;WE=155058832;WS=155058806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr1	155058820	rs112260947	T	TGCTGCC	1831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.559;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,77:0.46:169
chr1	155059035	rs11449003	T	TG	2045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=58;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CCCCCTCCCCTGGGGGGGGAG;SOR=0.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=8;TCR=173;TR=61;WE=155059051;WS=155059025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr1	155105882	rs4971066	T	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=999;ReadPosRankSum=1.079;SC=AGAATGAAATTGAGTAGGGAG;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=63;WE=155105890;WS=155105872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr1	155106550	rs9297	A	G	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=97;PP=2230;ReadPosRankSum=1.670;SC=GTGAAGGTGTATGCCACACCT;SOR=0.897;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=310;TCF=128;TCR=182;TR=160;WE=155106558;WS=155106540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,169:0.52:327
chr1	155108287	rs11264333	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=396;ReadPosRankSum=2.347;SC=GGAGCCGAGTGCGCGGGGCGG;SOR=0.509;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=24;WE=155108295;WS=155108277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr1	155142210	rs4421576	A	G	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=58;PP=2965;SC=CATCACAGTAAGATCCAATGC;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=137;WE=155142218;WS=155142200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	155142229	rs4276914	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=66;PP=2965;SC=GCCAAAAAACGGAATGCTACA;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=152;WE=155142237;WS=155142219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	155148781	rs4971059	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CTGGCATTGTGGGTTTCCAAA;SOR=0.275;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=24;WE=155148789;WS=155148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	155149718	rs3814316	G	A	7903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.003;NF=130;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=2.180;SC=ACCAGGACACGGTACAGACCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=674;TCF=264;TCR=410;TR=340;WE=155149726;WS=155149708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,353:0.50:702
chr1	155159265	.	G	A	4159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=86;PP=2712;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AGCCTTTCTCGGTCTACCCTC;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=407;TCF=215;TCR=192;TR=189;WE=155159273;WS=155159255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,200:0.47:426
chr1	155162067	rs4072037	C	T	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=2.110;SC=GACCAGAACCCGTAACAACTG;SOR=0.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=214;WE=155162075;WS=155162057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr1	155167786	rs41264915	A	G	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=60;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CCCCCGTCCCAGTAGCCCTGT;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=295;TCF=172;TCR=123;TR=151;WE=155167794;WS=155167776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,157:0.52:301
chr1	155172725	rs35154152	T	C	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=80;PP=2038;ReadPosRankSum=-1.517;SC=GGATTGGGGCTGCAGTGGGAA;SOR=0.772;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=342;TCF=173;TCR=169;TR=156;WE=155172733;WS=155172715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,163:0.46:355
chr1	155173527	rs67579710	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-2.260;SC=GCCCTCTAAGGGAGTTGCTTC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=155173535;WS=155173517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	155178782	rs760077	A	T	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCGCCGTGACACTCCGAGGCG;SOR=0.386;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=82;TCR=109;TR=189;WE=155178790;WS=155178772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr1	155181843	rs2974935	G	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=16;PP=1520;SC=GGGGGTACCAGACAGGACTCC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=155181851;WS=155181833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	155182164	rs2075570	C	T	8840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=126;PP=2965;SC=TCTTCCTGCCCACCCAATCCA;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=189;TCR=126;TR=315;WE=155182172;WS=155182154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	155184975	rs140081212	A	G	13493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=239;NR=258;PP=2965;SC=ACAAAGGCAAAGAGACAAAGG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=498;TCF=240;TCR=258;TR=497;WE=155184983;WS=155184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr1	155186729	rs28445596	T	C	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=58;PP=2749;SC=CCCCGCTCCCTTGGTCTTGAG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=130;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	155186742	rs1057941	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.758;NF=29;NR=29;PP=867;ReadPosRankSum=1.192;SC=GTCTTGAGCCGAGTGGGTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=58;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr1	155202689	rs10796940	A	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=936;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AGGGGACGGGAACACACAGAC;SOR=0.487;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=47;WE=155202697;WS=155202679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr1	155203060	rs56310840	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.924;NF=39;NR=36;PP=996;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GCTTAGGTGCGGAGGTGGCAC;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=75;WE=155203068;WS=155203050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,79:0.43:182
chr1	155205669	rs28559737	G	T	10036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=188;PP=2965;SC=AGACAAAGGCGCAACACTGGG;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=190;TCR=188;TR=378;WE=155205677;WS=155205659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	155206341	rs9628662	T	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=985;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AATCCTGGAGTTGGGTGACGG;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=45;TCR=95;TR=68;WE=155206349;WS=155206331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr1	155209360	rs2075569	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.596;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=463;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AAAAGAAAAACGAAAAGTTTC;SOR=0.086;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=24;WE=155209368;WS=155209350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	155217435	.	AGG	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	155217436	.	GGA	ATT	597	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=9;PP=597;QD=50.8052211432;SC=CCCAGAGGTAGGAGGGAAAGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=13;WE=155217446;WS=155217426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,13:0.30:43
chr1	155217438	rs199735676	A	ATT	463.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	155218168	rs2075568	T	C	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.938;SC=CCAATCCCCATCCCTGGGGCG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=426;TCF=212;TCR=214;TR=204;WE=155218176;WS=155218158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,205:0.47:436
chr1	155218365	rs734073	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTTTCACAGCTCCCACGCTCC;SOR=0.701;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=24;WE=155218373;WS=155218355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	155221837	rs2072647	C	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=631;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCTCCCTCACCCAAAATCAGC;SOR=1.000;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=42;WE=155221845;WS=155221827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr1	155224091	rs2075566	C	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=836;ReadPosRankSum=-0.581;SC=ACCCGGCTGGCACCAACTGGG;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=42;WE=155224099;WS=155224081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr1	155224301	rs2242577	C	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CCTGAGTGAGCCCCTCACCAC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=48;TCR=93;TR=59;WE=155224309;WS=155224291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,59:0.41:144
chr1	155230131	rs1142287	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TAGCTGTGCCCCCCAGGGCAG;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=76;WE=155230139;WS=155230121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,81:0.45:182
chr1	155231545	rs2242576	T	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1162;ReadPosRankSum=2.324;SC=GAGACCCGGGTCTCAGCTGGC;SOR=0.260;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=134;TCF=31;TCR=103;TR=72;WE=155231553;WS=155231535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr1	155237669	rs4971071	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TCTACTACTCTAAGATGATGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=155237677;WS=155237659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	155239624	rs2361543	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=1.757;SC=ACTGTTCTCAGACACTTGTTG;SOR=2.494;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=155239632;WS=155239614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	155255837	rs11264352	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GGTCCCTGCCTCAGTACGCTG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=18;WE=155255845;WS=155255827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	155257492	rs11264355	C	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=542;ReadPosRankSum=0.920;SC=CATCCTGATACTCTCATACTC;SOR=0.145;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=43;WE=155257500;WS=155257482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr1	155260350	rs1052177	A	G	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,110:0.48:231
chr1	155260383	rs1052176	G	T	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=67;PP=2270;ReadPosRankSum=1.847;SC=CTTAGCACCCGCATGATGTTG;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=314;TCF=178;TCR=136;TR=152;WE=155260391;WS=155260373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,151:0.47:321
chr1	155263113	.	C	T	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=81;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TGGTACACTGCGGCCTCTGCC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=167;TCR=155;TR=167;WE=155263121;WS=155263103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,172:0.51:334
chr1	155265177	rs2071053	A	G	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=1929;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CCAACCCTACAGGCGCCGCCT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=243;TCF=120;TCR=123;TR=134;WE=155265185;WS=155265167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,137:0.54:256
chr1	155269776	rs3020781	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=416;ReadPosRankSum=0.418;SC=AATTTTTGTTAAATGAATGAC;SOR=1.112;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=25;WE=155269784;WS=155269766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	155289545	rs11264361	T	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CCCAGGAACCTCATCCTTCCT;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=73;WE=155289553;WS=155289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,74:0.41:181
chr1	155290231	rs41314549	T	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=548;ReadPosRankSum=0.318;SC=GCTGAGAAAGTGGCCCGGGTG;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=45;WE=155290239;WS=155290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr1	155294274	rs914616	A	G	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=128;PP=2965;SC=GCGCTGGGCTACACCTCCCTC;SOR=1.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=61;TCR=128;TR=189;WE=155294282;WS=155294264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	155294772	rs4971075	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=45;PP=2457;SC=GCTTCCGAATAAACTGCCCTT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=155294780;WS=155294762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	155313047	rs4971051	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=12;PP=1612;SC=GCTGGGATTATCAGCGTGAGC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=155313055;WS=155313037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	155408635	rs4971053	T	C	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.459;SC=GAGTCACTTGTGACTGCAGGC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=109;TCR=124;TR=231;WE=155408643;WS=155408625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr1	155429490	rs10796946	A	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=333;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CATATATGATACAGTCCCCAT;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=18;WE=155429498;WS=155429480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	155429725	rs10908466	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.445;SC=TCATAGGAAAATTCAACTTTA;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=14;WE=155429733;WS=155429715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	155491413	rs17377506	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TCTTTCTCTGCAGAACAGATC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=155491421;WS=155491403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	155532316	rs12403379	T	C	12522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=45.05;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	155532325	rs12403380	T	C	13439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=46.18;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	155532332	rs34869594	T	C	14028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=46.30;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	155532341	rs61812107	T	C	14357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=42.73;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	155581311	rs141265144	T	C	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQRankSum=-8.712;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.659;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,121:0.55:219
chr1	155581757	rs145150302	A	G	59.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=19.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	155583937	rs147713038	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.62;MQRankSum=-0.717;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	155618415	rs5777949	CT	C	8276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=130;PP=2966;SC=ACTCATGCGCCTTTTCAGATG;SOR=0.790;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=177;TCF=41;TCR=136;TR=170;WE=155618423;WS=155618405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	155630240	rs142902174	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.941;NF=63;NR=37;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TGGCCTCAGGGGGCATAGCAG;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=141;TCR=81;TR=100;WE=155630248;WS=155630230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,93:0.47:197
chr1	155630752	rs3738590	A	G	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1394;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AGAATTTGGGAAAAAGAATAG;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=97;WE=155630760;WS=155630742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,103:0.44:234
chr1	155631307	.	AACACACAC	A,AACACACACACACACACAC	715	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=17;MQ=55.52;NF=0,0;NR=4,4;PP=225,715;QD=57.0;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4,4;WE=155631322;WS=155631297;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:11
chr1	155658085	rs2666826	T	C	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=62;PP=2131;ReadPosRankSum=1.508;SC=CTGGGATCGTTTCCCCTCGCA;SOR=0.629;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=264;TCF=132;TCR=132;TR=135;WE=155658093;WS=155658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,147:0.51:286
chr1	155691191	rs71862030	GTA	G	44.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATGTATGTATGTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=155691200;WS=155691181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	155699118	rs4933	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TCAATGCTCTTTGGGGAAGAA;SOR=0.747;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=69;WE=155699126;WS=155699108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr1	155701055	.	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=8.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr1	155707818	rs41264969	A	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=1000;ReadPosRankSum=0.286;SC=TCTAGAAGTAAGATCTCTTGG;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=62;WE=155707826;WS=155707808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr1	155715529	rs682020	T	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AAGTCGCCAGTATAACACCCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=155715537;WS=155715519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	155715948	.	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.05;MQRankSum=-2.362;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	155719111	rs2002356	A	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.449;NF=20;NR=15;PP=520;ReadPosRankSum=1.665;SC=TGGCTTTGTTATGGCAGCCAG;SOR=0.493;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=35;WE=155719119;WS=155719101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr1	155735012	rs2297775	T	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1407;ReadPosRankSum=0.316;SC=TCAGGATCCATTGAGGACAAA;SOR=0.936;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=91;WE=155735020;WS=155735002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr1	155737385	rs849712	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=26.52;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	155737425	.	AAC	A	208	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=16;MQ=47.32;NF=0;NR=6;PP=208;QD=35.1666666667;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=155737434;WS=155737415;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr1	155743077	rs59791187	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=661;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GAATGCATTTTTGCATTTAGG;SOR=0.605;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=43;WE=155743085;WS=155743067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr1	155745034	rs113013702	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=789;ReadPosRankSum=-1.574;SC=CTTCAGAATCTAAATGAGAAG;SOR=0.351;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=43;WE=155745042;WS=155745024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr1	155746340	rs60525991	CT	C	174.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=65;ReadPosRankSum=0.970;SC=CCAGAGAGATCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=155746348;WS=155746330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	155755097	rs822021	G	A	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=102;PP=2965;SC=TTAAAATCCCGTGTTCTCACT;SOR=1.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=169;WE=155755105;WS=155755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	155785578	rs148569012	CAACT	C	2467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.654;NF=17;NR=26;PP=1826;ReadPosRankSum=0.374;SC=CAAATATTACCAACTAACATT;SOR=0.770;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=43;WE=155785589;WS=155785568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr1	155791075	rs7537110	T	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	155823002	rs822491	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=6;PP=1409;SC=TGTAAAGGTATCCAGAAATAG;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=155823010;WS=155822992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	155829360	rs1749412	C	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=266;SC=CTTAGCTCAGCGCATCCCCGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=155829368;WS=155829353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	155829511	rs3820594	C	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1207;ReadPosRankSum=0.757;SC=AGAGCTGTCTCACCATTGCAA;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=91;WE=155829519;WS=155829501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,97:0.53:182
chr1	155837865	rs822522	G	C	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=140;PP=2965;SC=AGAAGAAGCAGAAGAACCCAC;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=172;TCR=140;TR=312;WE=155837873;WS=155837855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	155838267	rs822521	T	C	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=127;PP=2965;SC=AGGAGGCCCATGGGCTGCCAG;SOR=1.077;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=178;TCR=127;TR=305;WE=155838275;WS=155838257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	155870416	rs1749409	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=55;PP=1394;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGACCTTTAAGGGCAAAATGT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=60;TCR=111;TR=82;WE=155870424;WS=155870406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr1	155880159	rs867549	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=655;ReadPosRankSum=0.713;SC=AGCCTCAAAATATAAATAGTT;SOR=0.678;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=41;WE=155880167;WS=155880149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr1	155880391	rs867550	T	C	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=59;PP=2025;ReadPosRankSum=-2.374;SC=GTATCCCATCTGGTCATTTAA;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=147;TCR=112;TR=138;WE=155880399;WS=155880381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,142:0.54:265
chr1	155880573	rs493446	C	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=93;PP=2429;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGGCCTTCCTCGGTTGCCCCG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=102;TCR=191;TR=143;WE=155880581;WS=155880563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,146:0.49:298
chr1	155880760	rs5777961	C	CA	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.486;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=526;ReadPosRankSum=1.285;SC=AGAAACCCCCCCATCTTCACC;SOR=4.062;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=14;WE=155880768;WS=155880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	155886302	rs78579033	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CATATTTGATTCAAAGATTTC;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=155886310;WS=155886292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	155891877	.	C	CAG	921	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=58.7;NF=0;NR=20;PP=921;QD=48.2;SC=TTTTTTGAGACAGTCTTGCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=155891885;WS=155891867;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,20:0.87:23
chr1	155903310	rs4661150	T	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=1208;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCACC;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=155903318;WS=155903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	155904177	rs2275079	T	C	7652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=1.626;SC=CGACCGCTTCTACTCAACCAC;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=813;TCF=421;TCR=392;TR=363;WE=155904185;WS=155904167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,372:0.45:825
chr1	155904392	rs2275081	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GATGGCTGCTGTGCCTACTAT;SOR=0.096;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=14;WE=155904400;WS=155904382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	155912486	rs2152051	T	C	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=171;PP=2965;SC=GATCTGCGGTTGAGGCTGTGG;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=117;TCR=174;TR=287;WE=155912494;WS=155912476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	155917880	rs1010033	T	A	8192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=181;PP=2965;SC=GACTAATGCCTCCCCATCTGC;SOR=1.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=294;TCF=113;TCR=181;TR=294;WE=155917888;WS=155917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	155927752	rs2364403	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=758;SC=CCTTCTGGACGAGGACTGAAA;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=155927760;WS=155927742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	155928232	rs2364404	T	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.70;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	155928242	rs2886069	C	T	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	155935244	rs2297649	C	A	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=90;PP=2965;SC=CCCAGTCGGGCAAAAGATCCC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=80;TCR=90;TR=169;WE=155935252;WS=155935234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	155955076	rs4661216	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=33;PP=1943;SC=GCAACAAGATATATAGGGGAA;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=155955084;WS=155955066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	156035717	rs61751627	A	G	4253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=87;PP=2598;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CTGATCGGCGAATCAGGTGTG;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=378;TCF=200;TCR=178;TR=191;WE=156035725;WS=156035707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,207:0.52:399
chr1	156107534	rs4641	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=29;PP=834;SC=ATCACCACCACGTGAGTGGTA;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=156107542;WS=156107524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	156131095	rs201004039	C	CGGGGCGG	1392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=793;SC=GCTGGGGGGTCGGGGCGCCCG;SOR=4.003;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=156131103;WS=156131085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	156133038	rs7555253	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=453;SC=TAGCTGCCTATATTCCACATG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=156133046;WS=156133028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	156146218	rs12401573	C	T	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TGGCTGTCCCCAACTCCATCC;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=172;TCR=79;TR=249;WE=156146226;WS=156146208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr1	156169610	rs2072499	A	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=14;PP=1929;SC=ATCCCTCCATACTGCTCAAAT;SOR=2.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=77;WE=156169618;WS=156169600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	156182710	rs2241107	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=615;SC=GACGTTCTACTGCTTCCAATC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=156182718;WS=156182700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	156202173	rs1052053	A	G	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=103;PP=2965;SC=ATGACACAGCAAATCTATGAC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=231;WE=156202181;WS=156202163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	156206121	rs1052067	G	A	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=108;PP=2965;SC=ACAGTGTTATGGCACCCTACT;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=247;WE=156206129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	156206155	rs140410413	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=53;PP=1979;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGACACCCTGCGGCGCCATGT;SOR=1.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=289;TCF=165;TCR=124;TR=135;WE=156206163;WS=156206145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,137:0.47:292
chr1	156214733	rs115617321	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=460;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTGCTGGGGAGGGACTCGGGA;SOR=0.235;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=24;WE=156214741;WS=156214723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	156215562	rs2075166	G	A	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1791;ReadPosRankSum=3.910;SC=TCCCGCGCCTGTCCGGCTCAC;SOR=0.595;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=239;TCF=144;TCR=95;TR=118;WE=156215570;WS=156215552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,118:0.49:241
chr1	156215899	rs2075165	G	A	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GGCCTGGGGCGGAGCCTCCCC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=142;TCR=108;TR=122;WE=156215907;WS=156215889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,130:0.48:269
chr1	156220056	rs1043165	T	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.768;NF=42;NR=4;PP=861;ReadPosRankSum=1.503;SC=CAAGAACCCATTCCAGTGAAA;SOR=1.681;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=104;TCF=88;TCR=16;TR=46;WE=156220064;WS=156220046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr1	156230429	rs12139321	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=-1.608;SC=TGGGCAGAAGAAGGACACATA;SOR=0.525;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=31;WE=156230437;WS=156230419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	156233143	rs2273832	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=609;ReadPosRankSum=0.939;SC=CCCTCCTCCAAGACCCTGGGA;SOR=0.555;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=34;WE=156233151;WS=156233133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr1	156233189	rs2273833	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GACACACCTGCGCACACACGA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=109;TCR=55;TR=80;WE=156233197;WS=156233179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,84:0.51:166
chr1	156236592	rs370875877	CT	C	52.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	156244559	rs12122180	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=646;ReadPosRankSum=1.428;SC=CCGAGATGTAGAGACTAAGAA;SOR=0.969;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=45;WE=156244567;WS=156244549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr1	156246792	rs2277870	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CTGGCTGGGTCGCAAGCTACA;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=156246800;WS=156246782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	156247907	rs2248273	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.832;SC=GAACTGAGGGCAAGGAGTCAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=156247915;WS=156247897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	156248609	rs10752615	T	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1013;ReadPosRankSum=0.822;SC=TCAGAGACCATTAAGGTACCA;SOR=1.020;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=69;WE=156248617;WS=156248599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr1	156252291	rs3806409	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTCCTTCCTCACCCGCACCTC;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=23;WE=156252299;WS=156252281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr1	156255456	rs6684514	G	A	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=108;PP=2933;ReadPosRankSum=2.054;SC=AGACCTTATCGTGCGCTGTGA;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=410;TCF=189;TCR=221;TR=205;WE=156255464;WS=156255446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,215:0.51:424
chr1	156255833	rs2842883	G	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1187;SC=GCAGGGCCTGGCTGGTGTGGG;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=156255841;WS=156255823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	156263097	rs10908494	A	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.797;NF=44;NR=40;PP=1277;ReadPosRankSum=0.068;SC=CCCGGCCCAAACCCTGGCTCT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=84;WE=156263105;WS=156263087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,87:0.39:221
chr1	156263940	rs10908495	T	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=831;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GAGGCTCCAATCAGGGCCACC;SOR=0.420;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=56;WE=156263948;WS=156263930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr1	156264000	rs10908496	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1383;ReadPosRankSum=-1.515;SC=GGTTGGGCTGGTCGGCTGGAC;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=118;TCR=84;TR=96;WE=156264008;WS=156263990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,99:0.48:205
chr1	156279176	rs10908499	G	C	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TCACCTAGATGCTACTATGGA;SOR=0.357;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=158;TCF=54;TCR=104;TR=79;WE=156279184;WS=156279166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr1	156279210	rs3001784	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=64;PP=1913;SC=CTGAAATCTATCTTTTCAGTC;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=77;WE=156279218;WS=156279200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	156280296	rs72414608	GATAA	G	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	156280671	rs10908500	A	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=534;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TAGCCAGATAAGAATCTTCCC;SOR=2.111;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=26;WE=156280679;WS=156280661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	156281020	rs12132794	G	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGAAGCCAAAGCTTGATGACT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=65;WE=156281028;WS=156281010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr1	156287360	rs2249790	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=-1.139;SC=AGAAAAGACACTGATTTTAAA;SOR=0.469;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=37;WE=156287368;WS=156287350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr1	156287403	rs2296374	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=554;ReadPosRankSum=0.802;SC=AAGGGTCATATTATACTCCTT;SOR=1.659;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=30;WE=156287411;WS=156287393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	156303527	rs2764402	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.169;SC=TGCTTCTATACGTACTTACTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=20;WE=156303535;WS=156303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	156304782	rs3762281	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-0.999;SC=AGTAATAGGGAAAAGGGGCAT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=156304790;WS=156304772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	156308031	rs139949895	GGA	G	2061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.540;NF=0;NR=48;PP=1933;ReadPosRankSum=0.509;SC=AGAACCTTCTGGAGAGAGAGA;SOR=1.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=122;TCF=5;TCR=117;TR=48;WE=156308040;WS=156308021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	156347131	rs2245623	G	A	3994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=83;PP=2496;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GTGGGCTTTGGCTTCCTCATG;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=423;TCF=234;TCR=189;TR=193;WE=156347139;WS=156347121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,198:0.46:431
chr1	156347834	rs11586833	T	A	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;PP=1583;ReadPosRankSum=0.912;SC=TTTGGTGCCGTCCTGGGCAAG;SOR=0.396;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=222;TCF=123;TCR=99;TR=117;WE=156347842;WS=156347824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,126:0.53:236
chr1	156351066	rs942679	C	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GATTTGCCTGCAGTTATACAA;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=109;TCR=51;TR=88;WE=156351074;WS=156351056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,88:0.55:160
chr1	156351699	rs3748569	G	A	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=2072;ReadPosRankSum=0.847;SC=CTTCTTGGCTGGGACTGTCTC;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=152;TCR=130;TR=134;WE=156351707;WS=156351689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,144:0.48:300
chr1	156351792	rs3748568	G	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1529;ReadPosRankSum=0.397;SC=CTTTCCTCCCGCCTCTCCAAC;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=104;TCR=112;TR=97;WE=156351800;WS=156351782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,100:0.43:232
chr1	156352447	rs954916	G	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=0.226;SC=CTGTTCCCCAGTGTGAGTTCC;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=21;WE=156352455;WS=156352437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	156354367	rs6668857	A	G	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=87;PP=2124;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GACTCCCAGCACTACGAGGAC;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=388;TCF=179;TCR=209;TR=164;WE=156354375;WS=156354357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,168:0.43:393
chr1	156376680	rs6662064	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=356;SC=GGGGCACAGAAGGGGAATTTC;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=156376688;WS=156376675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	156446242	rs2274316	C	A	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=48;PP=2889;SC=CAGAGCAATACCCAGAATTCA;SOR=1.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=154;WE=156446250;WS=156446232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	156446450	rs12131289	C	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1157;SC=AGCTCTCCACCGTCCTGACTC;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=156446458;WS=156446440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	156446903	rs2274317	T	C	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=69;PP=2965;SC=TAGGTGGGGGTGGAGACTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=120;TCR=69;TR=188;WE=156446911;WS=156446893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	156450740	rs1925950	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=76;PP=2593;SC=TGTCGCAGCCGTTGAAGCCCT;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=145;WE=156450748;WS=156450730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	156452870	rs2282286	G	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=9;PP=1755;SC=CAAGAGCTGCGAAGAGGTTGG;SOR=3.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=71;WE=156452878;WS=156452860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	156496188	rs6427315	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=979;SC=CCTGAGCTCTAGGTGTCTGCA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=156496196;WS=156496178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	156498673	rs1171564	T	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GAGAAGTCACTCGTAACCTTC;SOR=1.107;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=170;TCF=114;TCR=56;TR=78;WE=156498681;WS=156498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,82:0.47:175
chr1	156499969	rs1171566	T	C	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.938;NF=58;NR=80;PP=2189;ReadPosRankSum=0.943;SC=CAAGTCGGCGTAGGTTCCGCA;SOR=0.459;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=288;TCF=114;TCR=174;TR=138;WE=156499977;WS=156499959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,140:0.47:297
chr1	156500128	rs746505	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=170;ReadPosRankSum=-2.515;SC=ACACAGACGCTGGAGGGGTCT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=156500136;WS=156500118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	156502991	rs1609666	A	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=690;ReadPosRankSum=-0.941;SC=ATGGGGTCACATTAAATCAGC;SOR=0.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=34;WE=156502999;WS=156502981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr1	156503541	rs6699212	T	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=8;PP=832;SC=CTAGCTGGCCTCAGCTGCTAA;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=156503549;WS=156503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	156505061	rs942965	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=834;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GAAACAGGTGCGCGTGGCTGT;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=59;WE=156505069;WS=156505051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr1	156509552	rs1171570	C	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=9;PP=1343;SC=TGGTGCCAAACGCACAGACAA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=156509560;WS=156509542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	156518379	rs744224	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTACCTGGACGCTGTTTCTTT;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=74;WE=156518387;WS=156518369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr1	156520173	rs1778819	T	A	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=55;PP=2035;SC=AAAAAAGATGTGACCCCAAGC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=156520181;WS=156520163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	156520320	rs1778818	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=0.990;SC=TTCCCTGGGACGCGGCCAGGC;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=156520328;WS=156520310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	156524221	rs6694580	G	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=673;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CAAGTGGGCAGGTGAAGGGTC;SOR=0.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=39;WE=156524229;WS=156524211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr1	156526234	rs2489139	C	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=32;PP=1995;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CATCTCATATCGCACTCACAA;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=97;WE=156526242;WS=156526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr1	156526387	rs11264498	C	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1350;ReadPosRankSum=0.277;SC=ACAGGGTACACTGGAGGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=95;WE=156526395;WS=156526377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,100:0.47:213
chr1	156526444	rs2488269	T	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=79;PP=2682;SC=GCCGCCACTCTCCTCCGGATG;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=127;WE=156526452;WS=156526434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	156526564	rs2489138	C	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=1.116;SC=CTAGGCTCCGCCGGGGGATCT;SOR=0.105;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=156526572;WS=156526554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	156531871	rs1171545	A	G	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=101;PP=2965;SC=CTAGGAATCTACCCTCTTCTT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=62;TCR=101;TR=163;WE=156531879;WS=156531861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	156532344	rs7548309	T	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=589;ReadPosRankSum=0.664;SC=TACCCTGAGGTCACCCCCAAA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=31;WE=156532352;WS=156532334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr1	156532908	rs16837492	C	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GTCCCTGCAACCCAAGACTAC;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=77;WE=156532916;WS=156532898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr1	156532977	rs1171547	T	C	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=66;PP=2963;SC=CCAGCATCTCTTGGTAGACGG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=150;WE=156532985;WS=156532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	156534525	rs4661184	A	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=524;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GGGAACCTTTAAGCACCACCA;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=18;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	156534539	rs4661185	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=524;ReadPosRankSum=0.104;SC=ACCACCAAATGCGGAGAGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	156536123	rs2066378	T	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.40;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	156536133	rs4382715	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	156536221	rs2066377	G	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=45;PP=2562;SC=TCTTCTTCAAGGGAACCACGG;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=137;WE=156536229;WS=156536211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	156536251	rs947662	T	C	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=AACAGTGGCCTAGCTTGGCCA;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=173;WE=156536259;WS=156536241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	156536353	rs947663	A	G	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=133;PP=2965;SC=GAACATGAGAACACCTTCTCA;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=106;TCR=133;TR=239;WE=156536361;WS=156536343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	156536480	rs947664	T	C	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=42;PP=1329;SC=TCCAACTCCCTTCTCTGCCCA;SOR=2.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=156536488;WS=156536470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	156539154	rs6427319	T	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=23;PP=1356;SC=TCCATCTTCCTGGACTCCGCT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=156539162;WS=156539144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	156551248	rs192869620	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1111;ReadPosRankSum=0.024;SC=AAGTGGCTGCGGCAAGAAGCC;SOR=0.519;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=74;WE=156551256;WS=156551238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
chr1	156551848	rs6682716	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=740;ReadPosRankSum=-1.307;SC=AGGAGCACTGAGAGGCGACTG;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=44;WE=156551856;WS=156551838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr1	156553102	rs34924172	AG	A	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.873;NF=17;NR=15;PP=1011;ReadPosRankSum=0.712;SC=AAGTCATGAAAGGACCTTCCA;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=32;WE=156553110;WS=156553092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr1	156553762	rs11264502	A	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=851;SC=GTAAGCAGAGACGCTGTTCCC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=156553770;WS=156553752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	156556321	rs10796961	G	A	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=69;PP=2965;SC=CCATGGAGTCGGGCATCTGCA;SOR=1.202;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=187;WE=156556329;WS=156556311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	156561414	rs6698493	T	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=69;SC=GAATCCCAAGTGGAAGGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=156561422;WS=156561404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	156561557	rs149629319	G	GGGGCCGGGCC,GGGGTCGGGCC	2255.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=14,20;NR=11,11;PP=325,279;SC=CACATGCGCCGGGGCCGGGCC;SOR=2.400;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=25,31;WE=156561565;WS=156561547;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.42:48
chr1	156561651	rs7516274	G	C	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=62;PP=2833;SC=GGGCTCGCGCGTGCCGCGGAT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=151;WE=156561659;WS=156561641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	156562008	rs1925949	G	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1186;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CAAGGTCAGTGGCACAACTCT;SOR=1.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=57;WE=156562016;WS=156561998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr1	156562143	rs942959	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=391;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AACCACCCTTGACTCTGCCTT;SOR=1.519;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=23;WE=156562151;WS=156562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr1	156563375	rs6427321	G	A	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=116;PP=2965;SC=GTGGGGTGGGGGAGATTGGGG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=236;WE=156563383;WS=156563365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	156563726	rs6427322	A	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=53;PP=2243;SC=ACTTGCTCATATCCCTCACAG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=156563734;WS=156563716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	156563813	rs6668178	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=45;PP=1563;SC=CTGCTCTGGAGAAGAAGTACC;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=156563821;WS=156563803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	156563852	rs942963	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=960;SC=ACCCTGACACCGAGTGTGTCT;SOR=1.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=156563860;WS=156563842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	156563898	rs1270	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=16;PP=497;SC=TGGGTATTCTTCCCAATAAAG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=156563906;WS=156563888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr1	156564922	rs3795733	C	T	3997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=73;PP=2715;ReadPosRankSum=-2.218;SC=CTAGCCCCGCCATCCTTCTCA;SOR=1.057;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=347;TCF=187;TCR=160;TR=174;WE=156564930;WS=156564912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,177:0.51:349
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chr1	156566111	rs6666910	T	C	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1681;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GCATTAGATTTAGCCCTTTCT;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=106;WE=156566119;WS=156566101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,113:0.52:218
chr1	156567496	rs879461	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCAGATAATCTCTCAGGTCT;SOR=0.036;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=156567504;WS=156567486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	156594364	rs12405992	T	C	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TGACGCCTCTTATCCCCGACC;SOR=0.891;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=108;TCR=114;TR=116;WE=156594372;WS=156594354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,122:0.53:229
chr1	156594656	rs12567958	C	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGCTTGAGATCAGGGCAGGGT;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=22;WE=156594664;WS=156594646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	156617968	rs2277873	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=0.463;SC=AGGTCCTCCCGGGGCCTCTGC;SOR=0.989;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=23;WE=156617976;WS=156617958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr1	156618768	rs4661209	T	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=1033;SC=TTGCCTGAAGTGGTCGTGGGT;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=156618776;WS=156618758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	156622252	rs1056695	G	A	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1293;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGCCCAGGAGGAGTCACTCTC;SOR=0.959;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=77;WE=156622260;WS=156622242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,78:0.43:181
chr1	156626358	rs6700323	C	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=475;SC=AGTGAAACCACAATGCCTCTC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=156626366;WS=156626348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	156626920	rs7524611	T	C	14458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=305;PP=2965;SC=GAGGGGCCCCTGCCATATGCT;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=529;TCF=224;TCR=305;TR=529;WE=156626928;WS=156626910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr1	156627069	rs2236602	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ACGCTTAGGCAGTGGCCTTCG;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=18;WE=156627077;WS=156627059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	156628717	rs951964	C	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=46;PP=2239;SC=ACATGCAGCCCCATTCTGGGC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=111;WE=156628725;WS=156628707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	156629037	rs11360	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=265;SC=GAGGGGTGGTACTGGAGTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=156629045;WS=156629027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	156641537	rs951781	C	T	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=110;PP=2965;SC=ACTGCCTCTACGCTCTCTTCT;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=107;TCR=110;TR=217;WE=156641545;WS=156641527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	156646668	rs4278369	A	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=102;PP=2965;SC=CAGCTCTGCCACCTGGCTACT;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=151;TCR=102;TR=251;WE=156646676;WS=156646658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	156670545	rs4661213	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=252;SC=CCCCCACCACCACCTAGGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=156670553;WS=156670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	156705593	rs4311877	G	C	8197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=130;PP=2965;SC=TCAGGCCCACGTGGCCCAGGA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=154;TCR=130;TR=284;WE=156705601;WS=156705583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	156706285	rs3934562	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=173;ReadPosRankSum=0.458;SC=GAACCCGTGTTCCTTATGGAG;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=10;WE=156706293;WS=156706275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	156706559	rs8658	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=791;SC=AGCCTGAGGAAACATCTCAGA;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=156706567;WS=156706549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	156707775	rs6670122	T	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=18;PP=1893;SC=ACAGCACTTTTTGGACCCAGA;SOR=2.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=156707783;WS=156707765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	156708244	rs28697076	C	T	5211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.204;SC=TGGGAAGATACGAAGGTTAGG;SOR=0.713;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=518;TCF=262;TCR=256;TR=241;WE=156708252;WS=156708234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,243:0.46:527
chr1	156713512	rs4437869	C	T	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	156713558	rs4399146	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=852;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GGGCTCAGAGGGGGTGCTATT;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=50;WE=156713566;WS=156713548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr1	156737969	rs11264542	C	T	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GCTGGGGCTTCCCAAGCCAAA;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=455;TCF=260;TCR=195;TR=226;WE=156737977;WS=156737959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,235:0.50:474
chr1	156752048	rs2274503	C	G	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=58;PP=2310;SC=AACAGTGAGGCCTTACTTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=156752056;WS=156752038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	156752231	rs367770256	AT	A	319.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=343;SC=AAACACAGATATTTGAGGACT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=156752239;WS=156752221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	156760887	rs11264554	C	A	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1348;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GGCCACTCGCCTCTAAGGGGA;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=114;TCR=67;TR=92;WE=156760895;WS=156760877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,93:0.49:191
chr1	156784982	rs926103	T	C	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=48;PP=1892;SC=ATTCCCTGTGTTGGAGGCAGC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=156784990;WS=156784972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	156785617	rs1800601	G	A	7930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=136;PP=2965;SC=TGGGCAACTCGGCGCATGAAG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=152;TCR=136;TR=288;WE=156785625;WS=156785607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	156785762	rs11325907	AG	A	8367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=100;PP=2974;SC=GAGATGAGGGAGCTGCACCAC;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=36;TCR=101;TR=134;WE=156785787;WS=156785752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	156785771	rs7546838	A	G	8569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=47.09;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	156785779	rs1800600	G	A	8083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=44.17;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	156810798	rs146201749	A	G	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2377;ReadPosRankSum=-2.053;SC=GAGGAGGCGGAAGGAGGGCCG;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=257;TCF=122;TCR=135;TR=136;WE=156810806;WS=156810788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,138:0.54:256
chr1	156814027	rs56252149	G	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1156;ReadPosRankSum=0.804;SC=GAGCCCCACAGGGGTGGCAGT;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=194;TCF=91;TCR=103;TR=84;WE=156814035;WS=156814017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,93:0.45:207
chr1	156814478	rs41267423	G	A	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1701;ReadPosRankSum=0.427;SC=GGGCTGGGACGGGGGTCCCAC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=107;WE=156814486;WS=156814468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,110:0.47:232
chr1	156818647	rs11590051	T	C	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=31;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTCACCTGCCTGTGGTCCCGA;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=131;TCR=63;TR=95;WE=156818655;WS=156818637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,95:0.48:197
chr1	156837847	rs16837724	T	C	6074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.02;MQRankSum=1.019;NF=153;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TCCCCTGTGATCCCTCAGGCC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=572;TCF=303;TCR=269;TR=286;WE=156837855;WS=156837837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,290:0.49:589
chr1	156845492	rs144271100	A	AGTGT	1752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=7.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=30.22;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr1	156848995	rs6337	C	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=43;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AGCTGCTGGCCGTGGCTAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=123;TCR=43;TR=165;WE=156849003;WS=156848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr1	156875092	rs4661074	G	A	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.12;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	156875097	rs4661075	G	A	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	156875107	rs2644590	C	A	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	156875377	rs2644591	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	156875985	rs2644593	G	A	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=53;PP=2838;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGGTTTTGGAGGAAGGTGGGG;SOR=0.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=150;WE=156875993;WS=156875975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr1	156877457	rs1952294	T	C	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=158;PP=2965;SC=CAGCACCCATTCTTGCCAAAA;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=133;TCR=158;TR=291;WE=156877465;WS=156877447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	156883493	rs11264581	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=712;ReadPosRankSum=1.494;SC=GGGAGCAGCCGCCTGGACCGA;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=47;WE=156883501;WS=156883483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr1	156883546	rs12137505	A	G	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1289;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CCCATTCTACAATAAAGGTAT;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=118;TCR=57;TR=86;WE=156883554;WS=156883536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,92:0.49:187
chr1	156884365	rs749256	T	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AGGAGAGGAGTGCAGTGGGAG;SOR=0.130;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=116;TCF=90;TCR=26;TR=63;WE=156884373;WS=156884355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr1	156894006	rs822438	C	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=0.537;SC=TGTGAGTCGGCGGTATTCGAC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=156894014;WS=156893996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	156902259	rs822430	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=813;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TCCTCGCCACGGTGCAGTATC;SOR=0.386;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=56;WE=156902267;WS=156902249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr1	156907081	rs945508	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=750;ReadPosRankSum=-1.875;SC=CTCAATGGTATGGAAGATCAT;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=63;WE=156907089;WS=156907071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr1	156907115	rs868188	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=885;ReadPosRankSum=1.600;SC=AGGGCCAGGCTTGGAGGAGAG;SOR=0.645;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=58;WE=156907123;WS=156907105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr1	156914240	rs5778015	CCATT	C	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=609;ReadPosRankSum=0.685;SC=TAAGGAGACACCATTCATTCA;SOR=0.331;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=14;WE=156914251;WS=156914230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
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chr1	156939175	rs1336149	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=303;ReadPosRankSum=1.579;SC=GTTTCTATAACACAGAAGGAG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=26;WE=156939183;WS=156939165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr1	156948956	rs3831270	CCCT	C	2094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.118;NF=19;NR=13;PP=1464;ReadPosRankSum=1.229;SC=GACCTTTCCTCCCTCCTTTCC;SOR=0.919;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=32;WE=156948966;WS=156948946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr1	156954267	rs6427339	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1051;ReadPosRankSum=0.437;SC=CGCAGTGTCACTGGGAGGTTA;SOR=0.540;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=75;WE=156954275;WS=156954257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
chr1	156954384	rs6427340	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=242;ReadPosRankSum=0.952;SC=TAAACACTATTGCAATGACAC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=16;WE=156954392;WS=156954374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	156956057	rs3737599	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGCCCTGAGTCTTGGATAAT;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=14;WE=156956065;WS=156956047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	157062364	rs1176536	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=0.181;SC=AGGGGAAGGGGCTAACCCAGA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=12;WE=157062372;WS=157062354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	157062696	rs1176537	G	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.298;SC=AGGCCCCTGGGAGGCTCCTAG;SOR=0.478;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=209;TCF=97;TCR=112;TR=105;WE=157062704;WS=157062686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,111:0.50:224
chr1	157485561	rs3811035	G	A	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=60;PP=2040;SC=AACCCTAGGAGGCAAGAGCAC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=106;WE=157485569;WS=157485551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	157485720	rs1002967	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=198;SC=TCTTCCCTTGTGCCTGCGCTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=157485728;WS=157485710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	157491173	rs6427383	T	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=33;PP=870;SC=AAAAGTCATATCTCAATCTTG;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=157491181;WS=157491163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	157497263	rs3761961	T	C	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=13;PP=2210;SC=ATACAAAACTTAGAGATGGAG;SOR=3.083;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=88;WE=157497271;WS=157497253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	157508882	rs6427384	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=866;SC=TTACCAGTGACGGAGAGGCTC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=157508890;WS=157508872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	157509025	rs2012199	C	T	7812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=134;PP=2965;SC=CAGGGCAGCACCCTCATGATG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=143;TCR=134;TR=277;WE=157509033;WS=157509015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	157514097	rs6679793	A	G	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=47;PP=2821;SC=ATGACGCTGTAAGGCATTGTT;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=140;WE=157514105;WS=157514087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	157550066	rs10489673	T	C	7482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=124;PP=2965;SC=TTGCATATTGTGTACTCGGGA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=148;TCR=125;TR=272;WE=157550074;WS=157550056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	157557701	rs2777962	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=7;PP=1022;SC=CATCATTCTCGTCTCCATATC;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=157557709;WS=157557691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	157559122	rs11582663	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1251;ReadPosRankSum=2.057;SC=CCAGTAGTGCCGATGATACCA;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=85;WE=157559130;WS=157559112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,89:0.43:205
chr1	157567751	rs1361889	A	G	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=81;PP=2755;SC=CTGCTCCAGGATTGGAGAAGG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=160;WE=157567759;WS=157567741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	157651023	rs200555375	C	CT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=1.414;SC=CTGCTTGGGTCTTTTTTTTTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=157651031;WS=157651013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	157718283	rs6696643	A	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=773;ReadPosRankSum=-1.917;SC=CTCTATTGCAAACAATGCATC;SOR=0.822;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=52;WE=157718291;WS=157718273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr1	157771880	rs4971154	C	T	9839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=166;PP=2965;SC=AGTACAGGATCGGAGGAGAGC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=173;TCR=167;TR=337;WE=157771888;WS=157771870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	157802877	rs2765500	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=408;SC=AGCAGCTTCATGGCGCTTGTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=157802885;WS=157802874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	157802979	rs2261295	C	T	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=31;PP=1871;SC=CTGTAGGACTCACCTGAGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=157802987;WS=157802969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	157806006	rs2765503	G	A	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=102;PP=2965;SC=CCTTAGGCATGTACTCAGTCA;SOR=1.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=166;WE=157806014;WS=157805996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	157811392	rs2260040	G	A	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=48;PP=2797;SC=CCAGGTTGGCGGGGAGAAAGT;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=147;WE=157811400;WS=157811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	158056299	rs7367384	C	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=636;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CCCCTCCAGCCCAAGCCCATC;SOR=1.299;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=42;WE=158056307;WS=158056289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr1	158057420	rs7514301	A	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=-1.891;SC=ACTGGAGCCGATACACTGCAA;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=22;WE=158057428;WS=158057410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr1	158057633	rs36008419	C	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=879;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CAGCCAACCCCGAGATCTTGG;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=60;WE=158057641;WS=158057623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr1	158057691	rs3820676	A	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GGGAGTGATAAGGAAGAGTTC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=37;WE=158057699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr1	158058109	rs6427419	C	A	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=27;PP=1265;ReadPosRankSum=0.790;SC=CTTCTTTCTCCCTCACAGTTG;SOR=1.079;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=191;TCF=119;TCR=72;TR=82;WE=158058117;WS=158058099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,86:0.43:200
chr1	158059625	rs372126342	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=618;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GGCGGACCTGCCTGCGGACAG;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=34;WE=158059633;WS=158059615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	158066834	rs6427420	A	G	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=80;PP=2769;SC=TTTTAACTTCACAGGAAGTCT;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=154;WE=158066842;WS=158066824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	158067047	rs874844	A	C	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=120;SC=ATTTTCACAAAAACCAGAAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=158067068;WS=158067037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	158067060	rs11339854	TG	T	61.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=80;SC=CCAGAAACCATGGGGGAATCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=158067068;WS=158067037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	158146946	rs3021477	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.460;NF=32;NR=26;PP=985;ReadPosRankSum=-2.722;SC=CCTGTATGGCTTCTGAGAGAC;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=58;WE=158146954;WS=158146936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr1	158153996	rs426336	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=48;PP=1457;SC=CTCAGGTTCCTAAGACTTCAG;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=158154004;WS=158153986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	158224575	rs72153350	CTGTGTGTG	C,CTG	1447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=0,0;NR=50,50;PP=712,1204;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=121;TCF=4;TCR=117;TR=50,50;WE=158224592;WS=158224565;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:37
chr1	158227654	rs41273479	C	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=508;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AATATAAGCTCAATTTAATTT;SOR=0.098;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=34;WE=158227662;WS=158227644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	158260878	.	CTT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr1	158297960	rs16840096	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.738;SC=ATAAGATTGACTTTTGGGCTG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=82;WE=158297968;WS=158297950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,90:0.57:159
chr1	158300306	rs962879	G	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=550;ReadPosRankSum=-2.129;SC=GGTAGGAGAAGTAAGGGCCCT;SOR=1.215;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=34;WE=158300314;WS=158300296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr1	158324425	rs1065457	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.900;SC=AGTTTTATCCAGATAGTGCAA;SOR=0.877;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=61;WE=158324433;WS=158324415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr1	158368309	rs10489826	T	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTATTATTTTTTGTTAGCTCA;SOR=0.921;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=19;WE=158368317;WS=158368299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr1	158368541	rs34465440	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.458;SC=GGCACAGGTGACAAAGGCCTT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=146;WE=158368549;WS=158368531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr1	158368846	rs6662382	T	C	7591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=138;PP=2965;SC=GCCTTTTGTTTATGATGAGTG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=124;TCR=138;TR=262;WE=158368854;WS=158368836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	158368964	rs61818749	C	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr1	158368974	rs61818750	A	G	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr1	158369064	rs41488350	A	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=976;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GAAAGGATGAATAGAAAGCCA;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=68;WE=158369072;WS=158369054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr1	158369319	rs6696357	C	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=295;SC=CTTTGTAATACGAACATTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=158369327;WS=158369309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	158389208	rs34276698	G	GA	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.132;NF=0;NR=22;PP=360;ReadPosRankSum=1.515;SC=TTAATCAATTGAAAAAAAACC;SOR=0.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=22;WE=158389216;WS=158389198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	158389630	rs57525598	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTGAAGTCCTGACCTCAGGTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=158389638;WS=158389620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	158389659	rs58605957	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=0.031;SC=GTCTCAGCCTTCCAAAATGCT;SOR=1.204;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=158389667;WS=158389649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	158390252	rs12239443	T	G	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.049;NF=48;NR=43;PP=1598;ReadPosRankSum=0.859;SC=CATGTCCCATTAGCACTGAGT;SOR=0.387;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=91;WE=158390260;WS=158390242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,102:0.49:208
chr1	158390501	rs34616883	G	A	5356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.793;NF=108;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.693;SC=GAAGGGCCCTGTCCAGGACAA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=418;TCF=198;TCR=220;TR=230;WE=158390509;WS=158390491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,245:0.56:441
chr1	158435250	rs1002599	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=841;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AAATGCCTGCCACCTGCAAAC;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=55;WE=158435258;WS=158435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr1	158435278	rs1573519	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GAAATTTCCCGTACATTTCCA;SOR=1.105;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=156;TCF=108;TCR=48;TR=85;WE=158435286;WS=158435268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr1	158436299	rs4657080	T	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.939;NF=19;NR=44;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GTTAAAGAGCTATTTTTTAAA;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=63;WE=158436307;WS=158436289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr1	158436354	rs67123344	AT	A	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.905;NF=0;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=0.993;SC=TGTTTTATACATTTTTTTTCA;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=14;WE=158436362;WS=158436344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	158450238	rs3820678	G	A	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=72;PP=2231;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TTTTTGTAGCGCCAACAAAGT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=345;TCF=185;TCR=160;TR=158;WE=158450246;WS=158450228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,166:0.47:354
chr1	158450314	rs6679056	A	G	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=2204;ReadPosRankSum=0.299;SC=GATGTTAACGAATTTGTGATA;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=143;TCR=160;TR=136;WE=158450322;WS=158450304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,140:0.45:311
chr1	158450382	rs1418843	C	T	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1886;ReadPosRankSum=0.593;SC=TGTTTCTTATCTCTGCATTCT;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=95;TCR=124;TR=113;WE=158450390;WS=158450372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,119:0.52:231
chr1	158507157	rs2051665	A	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr1	158507160	rs2051666	T	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=-1.805;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr1	158507184	rs2051068	A	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
chr1	158507222	rs5778082	GA	G	2378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.000;NF=24;NR=44;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CCAGGGTTATGAAAAAAAATC;SOR=0.926;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=68;WE=158507231;WS=158507212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,114:0.51:224
chr1	158507398	rs2051067	G	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=628;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTCAGGCTCTGAATGTAGGCA;SOR=1.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=33;WE=158507406;WS=158507388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	158532405	rs7526514	T	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CTATTAAGATTCTGCTATTTT;SOR=0.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=158532413;WS=158532395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	158533140	rs12080815	A	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1397;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CCTGGGTAAGAAAGGCTGCCA;SOR=0.936;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=89;WE=158533148;WS=158533130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,99:0.46:215
chr1	158533224	rs12081915	A	G	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1479;ReadPosRankSum=1.632;SC=AGTACATGGGACGATGAAGGC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=106;TCR=127;TR=99;WE=158533232;WS=158533214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,108:0.44:245
chr1	158549264	rs863360	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GAGGGTTACAGATGGCCAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=100;WE=158549272;WS=158549254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,100:0.60:168
chr1	158549420	rs863361	C	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=980;ReadPosRankSum=0.150;SC=CGATGGTCAGCGTATAGCAGG;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=64;WE=158549428;WS=158549410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr1	158549492	rs863362	C	T	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=935;ReadPosRankSum=-0.991;SC=ACCTGTCCACCCAAGTTAGAC;SOR=1.032;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=65;WE=158549500;WS=158549482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr1	158549511	rs863363	A	G	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=988;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ACCCATGATGATCAGATTACC;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=70;WE=158549519;WS=158549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr1	158580887	rs3768535	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTTTTAAGATCCTACAATAA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=158580895;WS=158580877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	158580921	rs66981873	GCA	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	158582646	rs2251969	T	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=949;ReadPosRankSum=-1.434;SC=ACTTGCCCTCTGCCAGGGCTT;SOR=0.949;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=85;WE=158582654;WS=158582636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,87:0.42:209
chr1	158584091	rs952094	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	158587390	rs857716	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TAGTTAAGAACCGAAGGAAAT;SOR=0.898;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=199;TCF=132;TCR=67;TR=79;WE=158587398;WS=158587380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,84:0.39:217
chr1	158587784	rs857717	T	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=14;PP=1000;SC=AATTCTTCCATAATAATATAA;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=158587792;WS=158587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	158587858	rs28525570	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=651;ReadPosRankSum=-1.415;SC=TGGACATGGAGGTCCGGAACA;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=57;WE=158587866;WS=158587848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
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chr1	158592935	rs3753068	G	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1117;ReadPosRankSum=0.351;SC=CAGTGATCTCGGGAAGTCTCT;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=76;WE=158592943;WS=158592925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr1	158595824	rs56954229	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=-1.712;SC=GAAGGGAAAATCTTACAGAGG;SOR=0.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=20;WE=158595832;WS=158595814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	158595842	rs11265038	C	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=361;ReadPosRankSum=0.708;SC=AGGCTACAGACAATAAAATCC;SOR=0.276;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=26;WE=158595850;WS=158595832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	158596524	rs12088990	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=1.019;SC=TAGTGATGGAAACACCTCCTT;SOR=0.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=12;WE=158596532;WS=158596514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	158597309	rs12044097	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=-0.470;SC=AAAGTTCTGCATATGATCTTA;SOR=0.612;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=32;WE=158597317;WS=158597299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr1	158597507	rs3737515	G	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TGCTTCATTAGCAAGCTCTGC;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=76;WE=158597515;WS=158597497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr1	158606449	rs3738791	G	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=897;ReadPosRankSum=2.087;SC=CAGGCTCATGGGCCACCAGCT;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=63;WE=158606457;WS=158606439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr1	158607788	rs2518492	T	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=672;ReadPosRankSum=0.136;SC=TACTCGCTTGTATTATCCACA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=158607796;WS=158607778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr1	158609300	rs17635857	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=441;ReadPosRankSum=2.301;SC=AAATGGTCTCCTAACATGGGA;SOR=0.404;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=37;WE=158609308;WS=158609290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	158612236	rs863931	A	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1190;ReadPosRankSum=-1.539;SC=CAAGCGCTACACTCAATCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=84;WE=158612244;WS=158612226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr1	158614198	rs6702040	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=695;ReadPosRankSum=1.035;SC=TATGAGGAATCAAATGAGAGG;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=53;WE=158614206;WS=158614188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr1	158618223	rs857677	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=447;ReadPosRankSum=0.159;SC=AAAAAGAGAACCAAAGAAGAG;SOR=0.462;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=28;WE=158618231;WS=158618213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	158618480	rs11265044	A	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=0.153;SC=AAAAGTAAGGATATGTACCAG;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=25;WE=158618488;WS=158618470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr1	158619728	rs2482965	A	C	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=2366;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CCCCAGCGGGAATTCAATTCC;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=127;WE=158619736;WS=158619718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr1	158631257	rs12039268	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AAGTAGCATACCTCACTTTTT;SOR=0.125;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=29;WE=158631265;WS=158631247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	158639601	rs2298801	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=781;ReadPosRankSum=-0.449;SC=ATAAAAATGAATGCTTTTCCT;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=49;WE=158639609;WS=158639591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr1	158644105	rs703116	T	A	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1355;ReadPosRankSum=0.486;SC=ACAAACTCTGTTAAACTAGAT;SOR=0.971;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=86;WE=158644113;WS=158644095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr1	158647495	rs325996	A	T	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=120;PP=2965;SC=CACTCATGACAGCAAGATTTC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=248;WE=158647503;WS=158647485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	158647522	rs703121	A	G	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GTCCCTTGTGACTGTGAAACA;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=209;TCF=95;TCR=114;TR=125;WE=158647530;WS=158647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,129:0.58:223
chr1	158647631	rs325995	T	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=43;PP=1179;SC=ATCCCTGCAGTCATTAACAAG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=158647639;WS=158647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	158647669	rs703122	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=1.133;SC=ATAGCAAGCATTACAGGGCAA;SOR=0.346;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=14;WE=158647677;WS=158647659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	158654786	rs385096	C	T	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=219;SC=TGTTTCTAAACGGAATCTAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=158654794;WS=158654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	158654852	rs857937	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=480;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTCCTTCTCTAGAGATCTTAG;SOR=0.312;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=31;WE=158654860;WS=158654842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr1	158655036	rs435080	G	A	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=143;PP=2965;SC=CCCTCTCAGCGACCCGCTCCT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=154;TCR=143;TR=297;WE=158655044;WS=158655026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	158655162	rs2564859	C	A	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=88;PP=2465;SC=GATTCTGTTACTTGCTAGTTC;SOR=1.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=126;WE=158655170;WS=158655152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	158656281	rs2564858	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=407;SC=AATATGTACTTACGGTTTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=158656289;WS=158656271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	158656347	rs111674514	C	CAG,CAGAG	966.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.392;QD=33.34;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,21:0.24,0.72:29
chr1	158687163	rs28568406	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1870;ReadPosRankSum=0.520;SC=AAAGAATATCGGGAAGACCAT;SOR=0.699;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=262;TCF=136;TCR=126;TR=117;WE=158687171;WS=158687153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,125:0.44:284
chr1	158687224	rs857703	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TCAGAAGAGGGAATCCTCAAT;SOR=0.731;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=258;TCF=129;TCR=129;TR=110;WE=158687232;WS=158687214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,119:0.44:272
chr1	158687896	rs857705	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GATTGGTTTCCGCTCTCCATA;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=84;WE=158687904;WS=158687886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr1	158725080	rs16841001	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1595;ReadPosRankSum=1.484;SC=CAATCCACTCCGTTACCCAAC;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=103;WE=158725088;WS=158725070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,113:0.47:238
chr1	158735595	rs857824	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1106;ReadPosRankSum=0.139;SC=CTCCTTGTTGCGCAAGCTGTA;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=78;WE=158735603;WS=158735585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr1	158735691	rs857825	T	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CTTCTTCAGCTGCACATACAT;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=77;WE=158735699;WS=158735681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,80:0.42:189
chr1	158735740	rs857826	A	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1310;ReadPosRankSum=0.392;SC=ACCACAGTGAAGTGGGAGGCA;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=89;WE=158735748;WS=158735730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,91:0.50:183
chr1	158735892	rs857827	A	G	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1524;ReadPosRankSum=1.737;SC=TAGGACATTTATAGACGTATC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=101;WE=158735900;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,108:0.55:198
chr1	158736215	rs6666753	G	A	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=76;PP=2965;SC=TTTTCTCACTGAGCAAGTTTG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=152;WE=158736223;WS=158736205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	158747506	rs11805711	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	158813819	rs857870	A	G	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=123;PP=2965;SC=GTAAGCCCCCAGGTCCCTCAG;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=159;TCR=123;TR=282;WE=158813827;WS=158813809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	158817474	rs2261107	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=1.153;SC=TCTATATGATACTAACAATCC;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=158817482;WS=158817464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	158906555	rs1633280	A	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=403;SC=AAACTGGAAGAATTCCCTTTG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=158906563;WS=158906545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	158913525	rs856082	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1175;SC=AGACTTTCCTATATGCACGGT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=158913533;WS=158913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	158943295	rs144676333	T	TCA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.871;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	158986477	rs866484	G	C	8435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=161;NR=140;PP=2965;SC=CCACCCAACAGTTCTTCAACT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=161;TCR=141;TR=301;WE=158986485;WS=158986467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	158987941	rs856046	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=972;SC=GCCCTGTGTTATACTGAGGTC;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=158987949;WS=158987931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	159002222	rs861318	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=1;PP=1003;SC=AGACCTATTAAAATCTAATAA;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=159002230;WS=159002212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	159002301	rs2518553	T	C	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=109;NR=63;PP=2965;SC=AAACAGAAAATGAATACTTTC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=172;WE=159002309;WS=159002291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	159002377	rs1057027	C	A	8975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=158;PP=2965;SC=CCAGGAACAGCGTCAGCTTCC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=159;TCR=159;TR=317;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	159002389	rs1057028	T	A	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=161;PP=2965;SC=TCAGCTTCCATATCCTTCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=151;TCR=162;TR=311;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	159043407	rs182333900	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-1.448;SC=AAAGAAAAATAAAATATTTGC;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=11;WE=159043415;WS=159043397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	159169641	rs862999	T	C	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=52;PP=1782;SC=TCATCTTCCTTGGCCACTACT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=159169649;WS=159169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	159170533	rs34710501	C	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=803;ReadPosRankSum=-0.766;SC=AGAAAGTGGGCAGGGTGGACT;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=55;WE=159170541;WS=159170523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr1	159170649	rs35256099	G	A	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=60;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ACGCGGACACGGCCATCATCA;SOR=0.577;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=126;WE=159170657;WS=159170639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,136:0.51:266
chr1	159174824	rs863001	G	C	15878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=289;NR=270;PP=2965;SC=CTCATTTCCCGTGCTGTTTGC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=560;TCF=289;TCR=271;TR=559;WE=159174832;WS=159174814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr1	159175004	rs17838198	CT	C	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=599;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTCTTGGTGCCTTTTCCTTCT;SOR=0.442;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=159175012;WS=159174994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	159320979	rs10908710	G	A	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.293;SC=GGTCTTTCTCGCCCTCTACAT;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=462;TCF=241;TCR=221;TR=228;WE=159320987;WS=159320969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,232:0.49:475
chr1	159402584	rs11419544	G	GT	2647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=49;PP=2503;SC=CTATCAAGGAGTTATTACTTT;SOR=1.936;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=58;WE=159402592;WS=159402574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	159402630	rs146980188	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=598;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CTGCCCATGGTATTGATCTTC;SOR=0.197;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=30;WE=159402638;WS=159402620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr1	159409196	rs6691297	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=38;PP=2274;SC=TGAGAACCTCTGAGTGTAATA;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=122;WE=159409204;WS=159409186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	159409533	rs10908721	G	A	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=31;PP=2552;SC=TGCTTTACTGGGACTATGTGA;SOR=1.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=87;TCR=31;TR=118;WE=159409541;WS=159409523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	159409734	rs10908722	G	T	14214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=253;PP=2965;SC=TCATCCGAATGGATCTTCATC;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=506;TCF=253;TCR=253;TR=506;WE=159409742;WS=159409724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr1	159409857	rs12048482	A	G	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.805;SC=GCCAGCCCATATCATTGGCAG;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=105;TCR=132;TR=236;WE=159409865;WS=159409847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr1	159505297	rs4656837	C	T	8100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=128;PP=2965;SC=TGCCACAGAACGGCAAATTGA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=153;TCR=128;TR=281;WE=159505305;WS=159505287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	159557721	rs11545897	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=1.544;SC=TATGAACAAGCCGCTGCTTTG;SOR=0.995;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=18;WE=159557729;WS=159557711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	159558258	rs2808661	A	G	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;ReadPosRankSum=-1.648;SC=GTTACTTTGTAGAAGCTCAGC;SOR=0.808;Source=Platypus;TCF=110;WE=159558266;WS=159558248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,108:0.48:225
chr1	159684047	.	CCA	C	257	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MMLQ=15;MQ=59.51;NF=2;NR=9;PP=257;QD=23.6363636364;SC=CAGTTACACACCACACACACA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=11;WE=159684058;WS=159684037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	159776243	rs12094789	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=1.177;SC=GGTTGGATGGCTGTGTGGATG;SOR=1.664;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=21;WE=159776251;WS=159776233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr1	159777848	rs11585055	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=269;ReadPosRankSum=0.635;SC=CAGTGACACCATACCAGTGCC;SOR=1.577;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=159777856;WS=159777838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	159778396	rs60197485	C	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=1.383;SC=TCTCAATACCCCCCTCTCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=159778404;WS=159778386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	159778622	rs73030816	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=5.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=365;ReadPosRankSum=0.332;SC=GACGGGTCCTAGGGATGAAAC;SOR=0.169;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=17;WE=159778630;WS=159778618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	159778662	rs73030817	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=485;ReadPosRankSum=0.680;SC=CGGGCTGCAGCCTGAGATGAG;SOR=1.347;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=28;WE=159778670;WS=159778652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr1	159778758	rs60865130	T	C	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=66;PP=2523;ReadPosRankSum=0.670;SC=CAGAGCTGTTTCCACCTCCTG;SOR=0.858;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=345;TCF=191;TCR=154;TR=162;WE=159778766;WS=159778748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,171:0.48:358
chr1	159778983	rs12083967	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.354;NF=10;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGGTGGCCCCTGAGGGTGGCC;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=27;WE=159778991;WS=159778973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr1	159779138	rs12087590	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=0.442;SC=AGGAGAGGAGGGAGCCAGGGT;SOR=2.147;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=159779146;WS=159779128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	159779460	rs113926240	G	A	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.52;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,116:0.53:217
chr1	159779464	rs115855950	TC	CT	4404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr1	159779985	rs73030822	G	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1022;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TCTGGTTTATGTGAGATCCTG;SOR=0.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=68;WE=159779993;WS=159779969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,73:0.62:117
chr1	159785284	rs4411129	C	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=1802;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CTCACCCTCTCTCTTACATTT;SOR=0.491;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=237;TCF=142;TCR=95;TR=120;WE=159785292;WS=159785260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,125:0.51:245
chr1	159799599	rs11422063	C	CA	1484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CAGATGCATGCAAAGAAGGAT;SOR=0.752;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=42;WE=159799607;WS=159799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr1	159803002	rs10157127	G	A	5033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.072;SC=CAGTGGTTGAGGGCTTATGAA;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=447;TCF=215;TCR=232;TR=228;WE=159803010;WS=159802992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,230:0.51:449
chr1	159807969	rs2494491	A	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.158;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CCTCATTTTTAAAAAAACTGC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=159807977;WS=159807959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr1	159824967	rs2501340	G	C	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	159825061	rs2501339	G	C	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=116;PP=2965;SC=CGTATCTGGAGAGCCCTGCAG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=103;TCR=116;TR=219;WE=159825069;WS=159825051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	159826561	rs111861505	C	CCA	849.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.436;QD=27.42;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr1	159827416	rs4477268	C	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=256;SC=GAGGGAGGGTCTCCCACAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=159827424;WS=159827415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	159827456	rs2494503	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=690;SC=GGCACTGATAACCCAAGGAAA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=159827464;WS=159827446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	159827475	rs11584200	G	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=4;PP=1142;SC=AACCCCAACAGGTCCCAGAGT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=159827483;WS=159827465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	159828128	rs2494504	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=51;PP=1614;SC=CAGAGCCAAGAAGGGCCATGT;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=159828136;WS=159828118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	159828746	rs2501337	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=460;SC=AGCAGAAGCAGGGCTTCAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=159828754;WS=159828736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	159832425	rs2494507	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=727;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CACTGCCTGGGGTGGCAGGAA;SOR=1.201;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=37;WE=159832433;WS=159832415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr1	159842088	rs2494518	T	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=333;SC=GTTCCCCCCATCCTATTTTAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=159842096;WS=159842078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	159842103	rs11265289	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.703;SC=TTTTACTCCACCTTCAGTACC;SOR=0.340;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=159842111;WS=159842093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	159842684	rs79596930	C	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.795;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1807;ReadPosRankSum=1.047;SC=GTGGTGCCATCTCTTTGCGGG;SOR=1.152;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=53;WE=159842699;WS=159842674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr1	159842691	rs4460634	C	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.446;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=2092;ReadPosRankSum=-2.119;SC=CATCTCTTTGCGGGAGGGAAG;SOR=0.405;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=59;WE=159842699;WS=159842674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr1	159854392	rs2501325	C	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=867;SC=TTAGAAACCCCGGGTCCACAT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=159854400;WS=159854382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	159856403	rs35975416	T	C	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1375;ReadPosRankSum=0.764;SC=CTCTTCTGTGTCCAGTTCTTT;SOR=0.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=68;TCR=95;TR=88;WE=159856411;WS=159856393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr1	159858290	rs3795334	T	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=841;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGGAACACTGTCACAAGAATA;SOR=0.623;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=63;WE=159858298;WS=159858280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr1	159860259	rs2501320	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=562;ReadPosRankSum=0.195;SC=GGCAGGGGACGGTGTACTCAC;SOR=1.045;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=38;WE=159860267;WS=159860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr1	159869601	rs112059504	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TTTGGTCCACAGAGGCCCCGC;SOR=1.089;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=22;WE=159869609;WS=159869591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	159889686	rs2252815	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=773;ReadPosRankSum=0.231;SC=AGCTCAGCGTGCACCACCCTC;SOR=0.456;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=56;WE=159889694;WS=159889676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr1	159897126	rs13052	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=1.529;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	159897132	rs2153209	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.143;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	159897327	rs2153208	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTGCAAGAGGCGGGCAGGACA;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=85;WE=159897335;WS=159897317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,98:0.46:213
chr1	159897638	rs77570237	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.958;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr1	159897754	rs80070763	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CTGAATTCAGCGACCGCAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=18;WE=159897762;WS=159897744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	159898913	rs7543462	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=916;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CAGAGCTAGGAAGAACAAGCG;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=44;WE=159898921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr1	159902526	rs3827531	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=885;ReadPosRankSum=0.301;SC=GGGGGCAGGATGAGAAACCCA;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=66;WE=159902534;WS=159902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr1	159906156	rs10908750	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TGCATAGGTAACCCTGGACCC;SOR=0.639;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=83;WE=159906164;WS=159906146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,85:0.41:206
chr1	159906849	rs10797055	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.140;SC=CACCCTGTCTACTGCACCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=159906857;WS=159906839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr1	160085868	rs2854244	A	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=466;SC=TCTCCTCTGCACGCCCCAGCC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=160085876;WS=160085858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	160090674	rs2854246	T	C	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=42;PP=2669;SC=CCTGACTCTCTGGCTCTCCCT;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=127;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	160090681	rs67915591	CCCTT	C	2479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.201;NF=26;NR=18;PP=1991;ReadPosRankSum=0.489;SC=CTCTGGCTCTCCCTTCCTCCC;SOR=1.013;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=44;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr1	160093222	rs2820581	C	T	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=125;PP=2965;SC=CCCACACGCCCGACCCGGGAA;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=91;TCR=125;TR=216;WE=160093230;WS=160093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	160093911	rs2820582	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=45;PP=1380;SC=AGCTCATCTTTTGTCAGCTCC;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=160093919;WS=160093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	160093927	rs2854248	T	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=583;ReadPosRankSum=1.298;SC=GCTCCCAGGCTCTAAGATAGA;SOR=0.890;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=36;WE=160093935;WS=160093917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	160093942	rs17846707	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GATAGAGATGGACAGAAAAGA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=13;WE=160093950;WS=160093932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	160095127	rs7548116	T	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=-0.673;SC=AGTACTTACCTGGCAAAAGCT;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=32;WE=160095135;WS=160095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr1	160097666	rs6695366	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=850;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TCTTTCCTCAGAGTGATAGAG;SOR=1.121;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=54;WE=160097674;WS=160097656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr1	160098543	rs1063125	G	A	13596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=287;NR=205;PP=2965;SC=CCATCTGCTCGGACAAGACGG;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=492;TCF=287;TCR=205;TR=492;WE=160098551;WS=160098533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr1	160098927	rs5778151	A	AG	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=1051;SC=GTGTCTCCAAAGCCTCTTGCT;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=160098935;WS=160098917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	160100264	rs17846714	C	T	5674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCTTCAAATTCGACACGGATG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=457;TCF=229;TCR=228;TR=251;WE=160100272;WS=160100254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,260:0.55:472
chr1	160106111	rs140646289	G	A	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2411;ReadPosRankSum=0.114;SC=ACTCCCAGACGGACAAGCTGG;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=309;TCF=135;TCR=174;TR=160;WE=160106119;WS=160106101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,167:0.52:322
chr1	160110965	rs114964592	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CACTTCCCCCAGTGCCCTTCA;SOR=1.863;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=16;WE=160110973;WS=160110955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	160121746	rs746362	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCCCCTTGCCCGCGCGCCCTC;SOR=0.461;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=9;WE=160121754;WS=160121736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	160122826	rs11265335	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=588;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTCAAAAAAAGAATTGCAGGG;SOR=0.613;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=28;WE=160122834;WS=160122808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr1	160124875	rs6427504	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=670;ReadPosRankSum=0.904;SC=CTGACTCGAGGTGGACCCAAT;SOR=1.004;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=37;WE=160124883;WS=160124865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr1	160128994	rs10908764	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=588;SC=ACACCTGGGCCGTTAGAGAAA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=160129002;WS=160128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	160136350	rs7529215	G	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.525;NF=59;NR=18;PP=1240;ReadPosRankSum=1.323;SC=AGCGCATGGCGCGGAAGAACT;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=131;TCR=42;TR=77;WE=160136358;WS=160136340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,71:0.43:164
chr1	160137300	rs4656889	A	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=580;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CACCTCGGAGAAGCAGAGGAG;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=29;WE=160137308;WS=160137290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr1	160141196	rs625549	C	T	8976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=169;NR=147;PP=2965;SC=AAAATGCCTACTTAGAACTGG;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=169;TCR=147;TR=316;WE=160141204;WS=160141186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	160141268	rs12058214	T	C	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;PP=2437;ReadPosRankSum=0.142;SC=AAGAATGGCATCAAAATGGTT;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=303;TCF=143;TCR=160;TR=151;WE=160141276;WS=160141258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,150:0.49:307
chr1	160141286	rs625129	C	G	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=2097;ReadPosRankSum=0.635;SC=GTTATTATCCCTGGGGTGAGA;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=273;TCF=125;TCR=148;TR=138;WE=160141294;WS=160141276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,139:0.50:277
chr1	160141636	rs1891265	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=991;SC=TGCTTAATACCCTTAGTTTAA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=160141644;WS=160141626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	160146173	rs881291	T	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=48;PP=2275;SC=CAAGATGGATTGAGGCTGCGT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=108;WE=160146181;WS=160146163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	160147502	rs731852	T	G	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	160147510	rs731853	G	A	6915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	160151421	rs11265350	G	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=23;PP=1869;SC=AGAAGCCTTAGGGTGTACAGA;SOR=1.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=91;WE=160151429;WS=160151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	160151450	rs7519748	T	C	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=42;PP=2512;SC=CTGACACTGTTTCCTCTCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=131;WE=160151458;WS=160151440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	160151624	rs36097870	G	GC	21716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=204;PP=2936;SC=TCACAAAACAGCCCAGCACTC;SOR=0.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=342;TCF=127;TCR=215;TR=321;WE=160151632;WS=160151614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr1	160156027	rs12131640	C	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=24;PP=2075;SC=TCTGGCATCTCTCTCTCCTGC;SOR=1.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=93;WE=160156035;WS=160156017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	160163446	rs3747621	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=596;SC=GATTATCAAACGGGCTGTGGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=160163454;WS=160163436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	160163509	rs3747623	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=25;PP=1342;SC=GCTCACTACCCCACCCCTGCG;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=160163517;WS=160163499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	160164668	rs1186693	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=391;SC=GCACATGCAATCCCCCACACA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=160164676;WS=160164658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	160168368	rs822450	G	A	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=40;PP=2540;SC=ACAAAATTGAGGTTCAATGAA;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=123;WE=160168376;WS=160168358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	160169473	rs959166	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=669;SC=TCCTCTTTTGTTGTTTAGTTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=160169481;WS=160169463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	160178356	rs667306	A	G	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=52;PP=2499;SC=TTTCTCCACGAGCCCTAAGGA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=132;WE=160178364;WS=160178346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	160275434	rs2066320	A	G	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=117;PP=2965;SC=ATCGGGGTGGAAGGGAATGGT;SOR=1.128;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=204;WE=160275442;WS=160275424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	160318940	rs6669689	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CTGCTGGGAAAACATCCATAG;SOR=0.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=66;WE=160318948;WS=160318930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,68:0.46:148
chr1	160340734	rs368145612	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,59:0.24:246
chr1	160460127	rs41266907	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=17;PP=458;SC=GGGGACCCAAAAGGAAGGGCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=160460135;WS=160460117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	160461060	rs16832061	C	T	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=57;PP=2721;SC=TTCCCAAGGCCTCCCATCTGA;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=153;WE=160461068;WS=160461050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	160461186	rs111565716	C	T	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=70;PP=2015;SC=GTCCTGTTTGCAGAAAAAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=160461196;WS=160461176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	160461250	rs16832062	T	C	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=41;PP=1245;SC=AAAAATATCCTTCACCTCAAT;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=160461258;WS=160461240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	160466322	rs3838979	T	TA	1674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=33;PP=1506;SC=TAGGAAAGGGTAGGAGATGTT;SOR=2.935;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=33;WE=160466330;WS=160466312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	160519812	rs3832278	C	CA	3051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=2184;SC=AGCCCAGGCCCATCTACAAGT;SOR=2.704;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=47;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	160519815	rs58960001	C	CT	3082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=2200;SC=CCAGGCCCATCTACAAGTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=47;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	160582200	rs200238058	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=2.348;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr1	160585554	rs149160	C	G	8810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=182;NR=136;PP=2965;SC=CTGATGATGACTGTCCTTATA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=182;TCR=136;TR=318;WE=160585562;WS=160585544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	160616703	rs2295612	G	T	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=114;PP=2656;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GAAACAGCACGAAGGTCAAGG;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=391;TCF=175;TCR=216;TR=198;WE=160616711;WS=160616693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,210:0.50:416
chr1	160650913	rs4656926	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=685;SC=AGGAGGCTGAATAGGACCCCC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=160650921;WS=160650903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr1	160717872	rs527733	T	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=55;SC=TCCAGGAGGTTGTTGTGTTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=160717880;WS=160717862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	160721217	rs149365956	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-2.455;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr1	160722064	rs527342	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=1.016;SC=GCTTAACTTCATCTTAATGGT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=160722072;WS=160722054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	160765806	rs111919549	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=0.871;SC=ACCTGCCTGCGCAGATGGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=160765814;WS=160765796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	160788131	rs3817407	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=225;ReadPosRankSum=1.062;SC=AGATCAATGTTGTCCGCCAGT;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=19;WE=160788139;WS=160788121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	160789196	rs537540	A	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=74;PP=2383;SC=GCTATGGGGTATCTGGTCCAA;SOR=2.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=102;WE=160789204;WS=160789186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	160793442	rs474131	A	G	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=2126;ReadPosRankSum=1.667;SC=GATATGAGGTATTTGACCAGG;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=288;TCF=151;TCR=137;TR=134;WE=160793450;WS=160793432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,145:0.47:306
chr1	160793560	rs509749	A	G	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGAGAACACCATGTATGCACA;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=220;TCF=91;TCR=129;TR=108;WE=160793568;WS=160793550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,111:0.48:230
chr1	160793962	rs506081	G	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=749;ReadPosRankSum=0.785;SC=TGCTGTTGGTGTGTTACAGGG;SOR=0.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=51;WE=160793970;WS=160793952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr1	160797323	rs577453	T	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=0.558;SC=TCTTGTGTTGTCCTTGCAGAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=160797331;WS=160797313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	160797350	rs12060017	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=1.001;SC=GCCCACAGCCTTTCCTATTAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=11;WE=160797358;WS=160797340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	160797514	rs576334	C	G	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1523;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TAACCATATTCTTTTGTGGAT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=110;WE=160797522;WS=160797504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,114:0.50:230
chr1	160797684	rs574610	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=315;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CCTGGGGCTCACAGACAGAAG;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=14;WE=160797692;WS=160797674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	160803802	rs11265493	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=510;ReadPosRankSum=1.287;SC=ACACATCTACATCAACAACAC;SOR=0.855;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=42;WE=160803810;WS=160803792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr1	160809003	rs6682654	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TTGCTCATTTGGTTAACCTCC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=160809011;WS=160808993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	160811488	rs34846692	T	C	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1300;ReadPosRankSum=1.002;SC=AGACTCAAGTTCTTGACTATA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=78;WE=160811496;WS=160811478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,84:0.50:167
chr1	160832212	rs11265500	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr1	160832528	rs16832486	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=0.188;SC=TGCCGTGCACGGGCTCAGCAG;SOR=1.204;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=18;WE=160832536;WS=160832518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	160849030	rs3766358	T	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=-2.291;SC=CTCAACACACTCACACATACC;SOR=0.142;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=16;WE=160849038;WS=160849020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	160849060	rs3766359	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=630;ReadPosRankSum=0.013;SC=GGACAAACTCGACCTTACTCA;SOR=0.754;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=37;WE=160849068;WS=160849050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr1	160849082	rs3820094	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=820;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGGTCCCTGCAGTCCCCACAG;SOR=0.940;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=99;TCR=25;TR=58;WE=160849090;WS=160849072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr1	160849367	rs2274905	G	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTACATCCTGGCCTCAAACTT;SOR=0.392;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=160849375;WS=160849357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	160850280	rs4656957	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=0.203;SC=AACATTACAGGAGAGAACCAA;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=14;WE=160850288;WS=160850270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	160850936	rs2236515	T	C	5854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCCAGCAGCCTTCTGTACCTG;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=612;TCF=334;TCR=278;TR=273;WE=160850944;WS=160850926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,285:0.45:633
chr1	160851826	rs2274907	A	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.491;NF=31;NR=34;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.105;SC=CTCTGGGTAGACTGCTTTGCT;SOR=0.481;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=65;WE=160851834;WS=160851816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
chr1	160851894	rs2274908	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.684;NF=33;NR=31;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.171;SC=TGTCATTCTCGTGCACGCTGG;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=64;WE=160851902;WS=160851884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr1	160852022	rs2274909	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1308;ReadPosRankSum=0.997;SC=CCAGAGCCTCCCTGTCTGAGA;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=96;TCR=106;TR=97;WE=160852030;WS=160852012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,105:0.48:217
chr1	160852046	rs2274910	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GAGGGTTCATTTCAGCCCCAT;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=76;WE=160852054;WS=160852036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr1	160854526	rs2297559	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGCATCTCAAGGACATGCTCT;SOR=0.255;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=16;WE=160854534;WS=160854516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	160920813	rs790059	A	G	7450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=144;NR=113;PP=2965;SC=TCACCCAAGTAGGAGAGAAGT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=257;WE=160920821;WS=160920803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	160922607	rs41267945	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-1.897;SC=TGTATCAACTCATCACTCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=16;WE=160922615;WS=160922597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	160968609	rs41269993	G	A	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=63;PP=2965;SC=GCCAGAGTCCGGTAGCACCTG;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=157;WE=160968617;WS=160968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	160969008	rs3831190	T	TG	1526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=1778;ReadPosRankSum=0.901;SC=CAGGTATGGGTGGGGTAACAG;SOR=1.010;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=45;WE=160969016;WS=160968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr1	160969110	rs2297222	T	C	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=54;PP=2811;SC=CCCATTCCCCTAGGCCCACTT;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=146;WE=160969118;WS=160969100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	160969585	rs790056	C	T	10795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=175;PP=2965;SC=TCACTCACGGCACCTACAGTA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=205;TCR=176;TR=380;WE=160969593;WS=160969575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	160969930	rs869985	A	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=33;PP=2129;SC=ACCACCCCATACATACCAGCT;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=160969938;WS=160969920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	160970968	rs2297221	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GCAAATACACGAGATGGGGAA;SOR=0.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=160970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	160971015	rs2297220	G	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=889;SC=GTGCTCTCTAGATCCCCAGGC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=160971023;WS=160971005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	160971146	rs790055	A	G	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	160971155	rs2297219	G	C	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	160990906	rs2481085	G	A	7647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=161;PP=2965;SC=AGGACTCCTGGGAACAGACAC;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=91;TCR=161;TR=251;WE=160990914;WS=160990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	161010762	rs2073658	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=577;SC=ATTAGGACCACTTATGGTAGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	161010774	rs2516841	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=430;SC=TATGGTAGCTAGGTGTGGTGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	161010791	rs2073657	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=308;SC=GTGTCTCACACCTGTAATCCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=161010799;WS=161010781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	161011716	rs2774276	G	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=33;PP=1039;SC=GCTTCTATCCGTTGGGGTGGT;SOR=1.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=47;WE=161011724;WS=161011706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	161012590	rs2073655	G	A	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=40;PP=2752;SC=GCCATGATGGGTTCTTAGTCT;SOR=1.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=129;WE=161012598;WS=161012580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	161013121	rs2516839	C	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=55;PP=1720;SC=GTCTTTGTATCTCCTGATTCA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=92;WE=161013129;WS=161013111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	161019040	rs3813609	G	C	11103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=185;PP=2965;SC=GCGGAGTCCAGGGAACAGCAG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=396;TCF=211;TCR=185;TR=396;WE=161019048;WS=161019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	161022380	rs4396136	G	A	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=99;PP=2965;SC=CATGAAGGTCGGTGCAGGGGA;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=162;WE=161022388;WS=161022370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	161022639	rs3813610	C	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=101;SC=AGAGAGGGACCTCAGGCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=161022647;WS=161022629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	161030059	.	CA	C	57	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=57;QD=15.5;SC=GACCCTGTTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=161030067;WS=161030049;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	161043735	rs4656285	A	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=815;SC=GGTGGCAGTGAGGCTGAAGAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=161043743;WS=161043725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	161043764	rs4656978	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=650;SC=TGCTGTGTGCGTGTGCATACT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=161043772;WS=161043754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	161047125	rs60601836	CTATA	C	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=722;SC=CTGTCACATACTATATATAGC;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=161047136;WS=161047118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	161049358	rs3820097	G	A	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=69;NR=46;PP=2081;SC=GGCTCAGACCGTACCCAGAGA;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=161049366;WS=161049348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	161093045	.	A	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=497;ReadPosRankSum=0.641;SC=AAAACACAGTAGGGTAAAGGC;SOR=1.536;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=35;WE=161093053;WS=161093035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr1	161093137	rs78180560	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=266;ReadPosRankSum=1.444;SC=GTGACTTGAAAAGACATGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=161093145;WS=161093127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	161184059	.	CTG	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	161192845	.	CCA	C	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.795;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr1	161208254	.	AAG	A	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.906;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr1	161253657	rs4255401	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTTGGAACTACAGTACTATAT;SOR=1.154;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=15;WE=161253665;WS=161253647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	161254280	rs4477295	G	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GAATGGCCAGGCTTGCCCTTC;SOR=0.472;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=36;WE=161254288;WS=161254270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr1	161276376	rs6685495	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=645;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTCTGCCCACGCTCCCAGAGC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=44;WE=161276384;WS=161276366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr1	161276434	rs6674383	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=28;PP=1163;SC=CCCCCAACCTATCAGTCCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=161276442;WS=161276424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	161309239	rs115605940	C	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=833;ReadPosRankSum=0.937;SC=TCCCAAAGTACTAGGATTACA;SOR=1.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=50;WE=161309247;WS=161309229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr1	161326722	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.025;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	161479745	rs1801274	A	G	11223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=192;PP=2965;SC=AAATTCTCCCATTTGGATCCC;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=222;TCR=192;TR=414;WE=161479753;WS=161479735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr1	161495477	rs72633678	A	T	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.525;NF=177;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=1.455;SC=GGGGCTCCACACGCATCCCCA;SOR=0.424;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=177;TCR=148;TR=324;WE=161495485;WS=161495467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr1	161495885	rs404508	T	C	8754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=152;PP=2965;SC=TAGAGGTGACTTTTGACATTG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=154;TCR=153;TR=306;WE=161495893;WS=161495875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	161518172	rs147342954	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=10.314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.12;MQRankSum=1.765;QD=30.62;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=4.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr1	161559327	rs3933769	A	G	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=47;PP=2965;SC=TCTTCCTCACACTACCTCCTC;SOR=1.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=128;TCR=47;TR=175;WE=161559335;WS=161559317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	161561236	rs143998157	C	T	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=112;PP=2965;SC=AGGGGATGGACAAGGGCTGAG;SOR=1.424;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=71;TCR=113;TR=183;WE=161561244;WS=161561226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	161561287	rs151302833	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.15;QD=31.59;SOR=3.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	161565324	rs61801822	C	T	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=80;PP=2965;SC=CTGGCTAATCCTTTTCTTTTT;SOR=2.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=192;TCR=81;TR=272;WE=161565332;WS=161565314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	161577204	rs200837054	G	T	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=7.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.42;MQRankSum=-0.058;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.450;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr1	161577669	rs61802307	G	A	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.056;NF=52;NR=48;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GGCTGAGGATGAGGCCCAGAG;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=100;WE=161577677;WS=161577659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,98:0.48:204
chr1	161594226	rs61803008	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=27;PP=2343;SC=CTCTTATTACCCCCATGGGAT;SOR=2.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=106;WE=161594234;WS=161594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	161594246	rs61803009	G	T	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=39;PP=2965;SC=TGGGGGTCATGTGTCTTGAGG;SOR=2.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=101;TCR=39;TR=140;WE=161594254;WS=161594236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	161594525	rs61803010	GT	CG	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.39;QD=42.56;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	161596283	rs418215	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=50;PP=1324;SC=AGATCCTGAGGCATAAGGGAA;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=161596291;WS=161596273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	161599693	rs76714703	T	C	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.76;QD=30.10;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	161599778	rs375357751	C	T	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.019;NF=60;NR=81;PP=1937;ReadPosRankSum=0.635;SC=TTCTCAAGCACGCTGTACCAT;SOR=0.632;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=349;TCF=154;TCR=195;TR=141;WE=161599786;WS=161599768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,119:0.39:308
chr1	161600109	rs149686267	C	T	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.235;NF=61;NR=38;PP=1487;ReadPosRankSum=0.322;SC=TGGCCATTGTCCCCATATGTG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=120;TCR=77;TR=99;WE=161600117;WS=161600099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,97:0.50:194
chr1	161600287	rs143868437	AT	A	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=977;SC=CAGGAGCCCAATTTTCCCAAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=161600295;WS=161600277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	161601133	rs61803027	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=683;SC=CCCTTTACTCTCCCAAAGGTC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=161601141;WS=161601123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	161641384	rs6665610	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.53;MQRankSum=-0.347;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr1	161645259	rs1674759	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=237;SC=GGTCAGCTCTTAGTCTAACTC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=161645267;WS=161645249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	161676904	rs1340977	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=408;SC=CAAATCTGAATGATGAAAGCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=161676912;WS=161676894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	161676970	rs1340978	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=14;PP=1002;SC=GAGACAGTTAAATTTACTTCC;SOR=1.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=161676978;WS=161676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	161680258	rs6427618	G	A	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=65;PP=2965;SC=CTGGTTTCCCGTACCAGCAGC;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=168;WE=161680266;WS=161680248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	161683136	rs11746	G	A	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1677;ReadPosRankSum=0.875;SC=TCTGGCCACCGGAAGCCTGGG;SOR=0.542;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=226;TCF=123;TCR=103;TR=104;WE=161683144;WS=161683126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,105:0.46:229
chr1	161695639	rs7520519	G	T	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=105;PP=2965;SC=TGCCCTATGCGCCAGTGTTCG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=125;TCR=105;TR=230;WE=161695647;WS=161695629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	161696088	rs1417582	T	C	12101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=196;NR=222;PP=2965;SC=CCGACGCACATCCTGGCTTCT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=197;TCR=222;TR=418;WE=161696096;WS=161696078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr1	161696782	rs11585450	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=457;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TCCCGGGGCCGGGTGAGTGCC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=43;WE=161696790;WS=161696772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr1	161696998	rs1875763	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CGAGAAGAACCATGCAAGCCG;SOR=1.414;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=14;WE=161697006;WS=161696988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	161697319	rs34868416	G	A	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=90;PP=2517;ReadPosRankSum=0.369;SC=CTGCTCAAAGGCCTTCTGAGC;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=359;TCF=182;TCR=177;TR=186;WE=161697327;WS=161697309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,183:0.50:365
chr1	161722272	rs10917852	C	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=22;PP=729;SC=ATTTTATATCCTTTGGATATT;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=161722280;WS=161722262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	161722779	rs35439833	C	CAAA	750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.92;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	161736035	rs2298019	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=730;SC=TCGTGCGGCAAAAGTAGTTTG;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=161736043;WS=161736025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	161822959	rs2340717	C	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=228;SC=GGTGAAACATCCATTTCTATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=161822967;WS=161822949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	161823011	rs2257107	T	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=8;PP=1032;SC=CTATATTTTATAGGTTAAATC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=161823019;WS=161823001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	161823197	rs3215134	G	GT	8097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=96;PP=2936;SC=TCCCTAGAAGGTTGGTAAACT;SOR=0.939;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=12;TCR=97;TR=107;WE=161823205;WS=161823187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	161833233	rs3767632	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=728;SC=TATGTGAGTGGAACAGTCTAA;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=161833241;WS=161833223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	161928327	rs9482	A	G	5252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=90;PP=2965;SC=AAAGTTCGTCAGTTCCTCCTT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=187;WE=161928335;WS=161928317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	161954448	rs12726227	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=407;SC=GAAGGGGGACCGCTCTCCAAG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=161954456;WS=161954438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	161967681	rs2499836	A	G	7932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=157;NR=130;PP=2965;SC=GTTGTTCCCCACCCAGCAGGA;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=157;TCR=130;TR=287;WE=161967689;WS=161967671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	161976234	rs12022536	A	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.25;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	161976272	rs34863451	G	GA	2083	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.678;HP=10;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.412;NF=15;NR=47;PP=801;ReadPosRankSum=0.247;SC=TCCTGAGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.357;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=62;WE=161976280;WS=161976262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,92:0.87:106
chr1	161990107	.	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CACAGAGCCAATAGGTCACTG;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=19;WE=161990115;WS=161990097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	162302635	rs347306	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TTGTGGAATCTGTTGAAAGTG;SOR=1.519;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=16;WE=162302643;WS=162302625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	162302689	rs347307	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1084;ReadPosRankSum=0.233;SC=AGAAGACTTTCTGTAATAACT;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=72;WE=162302697;WS=162302679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr1	162313518	rs3751285	A	G	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1205;ReadPosRankSum=0.251;SC=GCATATCTGAACAACTTTAGA;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=71;WE=162313526;WS=162313508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr1	162313597	rs347278	T	C	7864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=123;PP=2965;SC=TCCTCACCCATCCTGTTCTTC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=156;TCR=123;TR=279;WE=162313605;WS=162313587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	162313735	rs3751284	C	T	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=67;PP=1918;ReadPosRankSum=1.741;SC=ATGGAGAGAGCGAGAGGAACA;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=227;TCF=100;TCR=127;TR=123;WE=162313743;WS=162313725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,134:0.56:239
chr1	162335052	rs905721	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=374;ReadPosRankSum=0.679;SC=CCCAGATGCCCATGCTGCCCG;SOR=0.391;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=27;WE=162335060;WS=162335042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr1	162335256	rs348624	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1264;ReadPosRankSum=0.198;SC=CCCAGGCTCGCGTGCATCAGC;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=91;WE=162335264;WS=162335246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,96:0.51:187
chr1	162335424	rs1964052	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GTCACTTTCCTTAAGTTTTTG;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=162335432;WS=162335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	162343774	rs7512126	A	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=31;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TGGGAAGGACAGCAGGCTGTG;SOR=0.654;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=199;TCF=138;TCR=61;TR=96;WE=162343782;WS=162343764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr1	162344069	rs13823	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=1843;ReadPosRankSum=1.449;SC=AGCAGGCCACGCACTTGTAGC;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=124;WE=162344077;WS=162344059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,131:0.53:247
chr1	162344102	rs2282397	C	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CTGGGTGCCACCTGGAAGCCA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=256;TCF=137;TCR=119;TR=128;WE=162344110;WS=162344092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,130:0.49:267
chr1	162344390	rs164159	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=111;PP=2965;SC=CGTGCTGGGTATCCCCCAAGC;SOR=2.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=40;TCR=111;TR=151;WE=162344398;WS=162344380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	162345091	rs164181	G	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=15;PP=1179;SC=TGGTGAGAGCGCTGTGTTCTG;SOR=1.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=162345099;WS=162345081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	162346433	rs150155141	CA	C	1619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.261;NF=12;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=1.080;SC=TTAAAAGCTTCAAAAAAAACC;SOR=0.505;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=44;WE=162346441;WS=162346423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr1	162348662	rs164188	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=374;SC=CACCACTCCTCGTAGCAGGTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=162348670;WS=162348652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	162367071	rs17852003	C	T	10734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=227;NR=160;PP=2965;SC=GCCTTATCTTCAAGGCAAGAC;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=389;TCF=228;TCR=161;TR=387;WE=162367079;WS=162367061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	162467014	rs10919549	C	G	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=44;PP=2637;SC=CCTCCAGGTACCAGGCTTCCA;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=126;WE=162467022;WS=162467004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	162470961	rs5778280	A	AT	30.95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6253;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATTTATGATGATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=162470969;WS=162470951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	162560360	.	TTC	T	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=2.092;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,16:0.18:90
chr1	162722846	rs1632311	C	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=15;PP=1215;SC=AAAAATAAAACCATGTCCTCT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=162722854;WS=162722836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	162725655	rs1115570	A	C	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=147;SC=TCAACCAATCAGTATTTATTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=162725663;WS=162725645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	162740327	rs1780003	T	C	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=146;PP=2965;SC=GTGGGCAGGGTGTCAAGGGAG;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=120;TCR=147;TR=266;WE=162740335;WS=162740317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	162742180	rs1704762	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=911;SC=CCTCTGGATTTCAGTATTGGG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=162742188;WS=162742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	162743418	rs1355287	G	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=70;PP=2122;SC=TTTTCCTTTAGGTATTTCATC;SOR=1.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=100;WE=162743426;WS=162743408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	162748588	rs907074	C	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=601;SC=GCAAGTCCTGCCTTAGCAGGA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=162748596;WS=162748578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	162754049	rs11338	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.36;NF=45;NR=14;PP=1259;SC=TTCCAAGGAAGTATGCTGAAA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=162754057;WS=162754039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	162754244	rs61812969	T	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.04;QD=32.59;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	162760551	rs1704754	C	T	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.96;QD=45.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	162760554	rs71519246	T	C	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.04;QD=43.70;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	162765475	rs2684884	G	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.95;QD=28.11;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	162766476	rs1780019	C	T	9982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=212;PP=2965;SC=AGGTAATTTTCGTTTTATGGA;SOR=1.321;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=343;TCF=129;TCR=214;TR=341;WE=162766484;WS=162766466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	162774236	rs77482353	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.455;NF=0;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=0.530;SC=TGAATAATTGAGGTCCCGTTT;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=162774244;WS=162774226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	162775267	rs12563263	C	T	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.354;NF=46;NR=45;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GAAGAAATTACATTATGACCC;SOR=0.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=91;WE=162775275;WS=162775257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,97:0.51:189
chr1	162787243	rs2803865	T	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.99;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	162787358	rs145485448	C	T	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.062;NF=57;NR=53;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.434;SC=ATCCATGTTTCTTGTCTGCCA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=110;WE=162787366;WS=162787348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,106:0.58:182
chr1	162822771	rs2684878	A	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=987;SC=ATGCCTATTCATGTTGGCCCA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=162822779;WS=162822761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	162825258	rs12036026	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;ReadPosRankSum=2.252;SC=CAAGGTAATATAGGTGGGAAT;SOR=0.340;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=20;WE=162825266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr1	163038613	rs7515900	C	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=574;SC=CCAGCTATTTCTCTCCACCTT;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=163038621;WS=163038603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	163038853	rs10917671	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1047;SC=TTTTTTACAGGCATATGAATA;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=163038861;WS=163038843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	163142537	rs10917691	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=1.862;SC=GGAGTTCATTGTTCAGGGAAT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=163142545;WS=163142527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	163172574	rs2292270	G	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=0.574;SC=AAATAACTTGGTTCTCACCTT;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=38;WE=163172582;WS=163172564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr1	163187263	rs2814368	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=518;SC=AGTCTTTCCTGTAAATTATAA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=163187271;WS=163187253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	163298037	rs149980165	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr1	163307944	rs2175015	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.900;SC=GAATTGTAAGTAGTATTTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=163307952;WS=163307934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	163309219	rs1509022	A	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr1	163309302	rs2999852	C	T	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=63;PP=1820;SC=CTTTAAAAAACAAAATTTGTT;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=163309310;WS=163309292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	163315350	rs10753611	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TAATTGTTCCGTGCTCTTAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=163315358;WS=163315340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	164532325	rs4657364	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGACTCTGTATATTAAGTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=13;WE=164532333;WS=164532315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	164559536	rs1780335	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=647;SC=AAAGGGGAACACTTTCTTGAT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=164559544;WS=164559526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	164761715	rs139680846	C	CTT	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GCTCCCTTCCCTGTCTTTTTC;SOR=1.148;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=164761723;WS=164761705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	164769139	rs74118205	T	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GAGTCTCCCATGGGGCTGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=25;WE=164769147;WS=164769129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	164789444	rs1538488	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=37;PP=1068;SC=CCAATATGTCACCAGGTGAAT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=164789452;WS=164789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	164818494	rs111698027	C	T	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=16;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGCAGTTTCTCTCCGGGCCGT;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=143;TCR=32;TR=92;WE=164818502;WS=164818484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,94:0.54:175
chr1	164853903	rs12128036	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1156;ReadPosRankSum=-1.413;SC=ACACATACTGACTTTTGAAGA;SOR=1.357;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=67;WE=164853911;WS=164853893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,65:0.41:160
chr1	165173216	rs1354509	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=80;PP=2567;SC=CTAGGAAACAATCACCCAGGT;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=165173224;WS=165173206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	165175374	rs4656435	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=568;SC=GGGATGAGGTGACATCAGTGG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=165175382;WS=165175364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	165180089	rs1532815	T	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=36;PP=989;SC=TATATAATACTTGAGGAGGCC;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=165180097;WS=165180079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	165218792	rs10753668	G	A	5532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.108;SC=AAGCAGCTCAGGTGGTATACA;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=519;TCF=249;TCR=270;TR=262;WE=165218800;WS=165218782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,269:0.50:539
chr1	165370367	rs3215856	T	TA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.601;SC=TAGAAAGGTTTTCTTTATTAT;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=165370375;WS=165370357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	165375895	rs283697	A	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=335;SC=CCGCTAGCCCAATGGAATTAA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=165375903;WS=165375885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	165376043	rs283696	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=29;PP=1483;SC=GCCAGCACTGTCTCACCTGCC;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=165376051;WS=165376033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	165376227	rs111545739	C	CCG	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	165376231	.	CTG	C	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	165377389	rs283692	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=644;SC=GGAGGACCAATAACATGGGAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=165377397;WS=165377379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	165378729	rs202161632	TACACAC	T,TAC	3964.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=22,22;NR=30,30;PP=2158,208;SC=CACATGTGTATACACACACAC;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=52,52;WE=165378744;WS=165378719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:103
chr1	165386567	rs2281986	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ATCACTTGGGCATTGGGACAG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=165386575;WS=165386557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	165389285	rs157870	C	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=56;PP=1448;ReadPosRankSum=-1.635;SC=AAGCACAGAGCCAGAGTAAAT;SOR=0.924;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=95;WE=165389293;WS=165389275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,99:0.43:229
chr1	165398115	rs113471	T	C	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1215;ReadPosRankSum=0.023;SC=CTGGGGTATCTGTGTAGCTGG;SOR=0.418;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=95;WE=165398123;WS=165398105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr1	165414131	rs57955749	G	A	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TTCCATACATGTTTACTCGTC;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=112;WE=165414139;WS=165414121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,122:0.58:210
chr1	165513439	rs285446	A	C	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=156;SC=TTCTTTCCAGAGCCCCTCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=165513447;WS=165513429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	165513456	rs285445	A	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	165513463	rs285444	C	G	356.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	165601365	rs4147596	T	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1773;ReadPosRankSum=1.730;SC=AGCTACATAATAGCGTCGGGG;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=97;WE=165601373;WS=165601355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr1	165601466	rs9333378	G	A	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=52;PP=2248;SC=TTCCTTCCCTGGGGACAGGAG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=165601474;WS=165601456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	165621129	rs58194137	C	CAAAAAAAAA	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=115.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr1	165623411	rs4147605	C	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=425;ReadPosRankSum=-1.224;SC=GCCAAATCATCAAATTGTTAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=19;WE=165623419;WS=165623401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	165623451	rs4147606	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=1;PP=967;ReadPosRankSum=0.302;SC=GTAATCAACCCTAGGTGTTAA;SOR=3.311;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=84;TCF=77;TCR=7;TR=46;WE=165623459;WS=165623441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr1	165623693	rs4147607	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.200;NF=1;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=1.198;SC=TTTGGGAGGCGAAGGCAGGCA;SOR=1.077;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=15;WE=165623701;WS=165623683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	165624799	rs8133	G	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.705;SC=TTTATTTCCAGTTACATTTTT;SOR=0.540;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=165624807;WS=165624789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	165630475	rs7544840	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=505;SC=TGAAAAGATACATAATTTTAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=165630483;WS=165630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	165630495	rs7511691	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=608;SC=TATATAGGCATAAAATATCAC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=165630503;WS=165630485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	165630698	rs6667681	A	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=842;SC=CCTGGGCCACACTGGAAGAAG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=165630706;WS=165630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	165634336	rs61757686	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,94:0.47:201
chr1	165634425	rs3820362	C	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ACTACTTTAACAGGAAAAGTT;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=27;WE=165634433;WS=165634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr1	165636749	rs2176151	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=1.723;SC=CACCACCCCCAGCTAATTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=26;WE=165636757;WS=165636739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	165648559	rs4646897	T	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=0.900;SC=GAATTCTTTGTACTATTTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=30;WE=165648567;WS=165648549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	165648886	rs4646896	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-2.206;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	165648894	rs4646895	C	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=-1.921;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	165651153	rs2882006	T	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.352;SC=TGTACAACCTTAACTATAAGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=165651161;WS=165651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	165651502	rs1913844	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=1.057;SC=AGGAGTAAAGGAGGATGCAGG;SOR=1.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=12;WE=165651510;WS=165651492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	165652273	rs1143659	A	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AGGAAATGTCAATGTCCAAGC;SOR=0.913;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=104;WE=165652281;WS=165652263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,111:0.50:223
chr1	165652445	rs4233407	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.811;NF=2;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=-2.692;SC=TTTAAAACTAAAAATAGCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=28;WE=165652453;WS=165652435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	165721488	.	CAT	C	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5068;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=68.12;NF=0;NR=4;PP=63;QD=26.5;SC=GGTTTCATGTCATTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=165721497;WS=165721478;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,4:1.00:4
chr1	165721489	rs72699929	A	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.66;QD=25.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	165737704	rs2790053	C	G	10524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=219;NR=170;PP=2965;SC=CCACAAATACCCAAGTGAAAT;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=219;TCR=170;TR=389;WE=165737712;WS=165737694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr1	165859630	rs477033	C	G	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=120;NR=133;PP=2965;SC=GGGTATGTATCTGTATTGGTG;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=120;TCR=134;TR=253;WE=165859638;WS=165859620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	165865478	rs11553301	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=944;ReadPosRankSum=-2.614;SC=TCTTTGAAGGGATCCTGGCCT;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=69;WE=165865486;WS=165865468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr1	166124134	rs896402	A	G	8104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=162;PP=2965;SC=TGTAAGTTAAAAATGATTCTG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=127;TCR=162;TR=289;WE=166124142;WS=166124124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	166591043	rs530513	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=644;ReadPosRankSum=0.481;SC=TACTCAGACTTATGGGGTTTT;SOR=0.273;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=30;WE=166591051;WS=166591033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	166591271	rs17472444	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=689;ReadPosRankSum=0.192;SC=CCTTCCCAGGTATGTCGCTAA;SOR=1.269;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=39;WE=166591279;WS=166591261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr1	166829522	rs2272792	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1090;ReadPosRankSum=0.881;SC=ATCTCGTAACCGATAAGCTTT;SOR=0.620;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=81;WE=166829530;WS=166829512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,92:0.51:182
chr1	166926999	rs34175991	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=514;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AATAGGGGCATTATTACCATG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=36;WE=166927007;WS=166926989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr1	166944273	rs67253020	TCACA	T	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=0.284;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=5;WE=166944284;WS=166944263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	166961857	rs7511933	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CAACTAAAGAGGCTTTTGTGG;SOR=0.110;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=15;WE=166961865;WS=166961847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	166963234	rs3736988	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TTTAAAATTTTTGCTTCTCAA;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=21;WE=166963242;WS=166963224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr1	167032796	rs12742013	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=462;SC=GTGGGGAGCCCGCCTTCCCTA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=167032804;WS=167032786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	167042590	rs12139875	C	T	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=47;PP=2965;SC=ATAATCATTCCCATGTTGCCT;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=146;WE=167042598;WS=167042580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	167059336	rs2281964	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=1;PP=897;SC=GGCACTGGTCCGGAATGTGTA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=167059344;WS=167059334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	167059462	rs2281963	G	C	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=193;NR=130;PP=2965;SC=GGGCACTGGAGAGAAAAGGGG;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=193;TCR=131;TR=323;WE=167059470;WS=167059452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	167059575	rs28384507	G	T	8036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=171;PP=2965;SC=GCAGCCTCCAGACAGGTCTGA;SOR=1.175;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=121;TCR=171;TR=292;WE=167059583;WS=167059565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	167082869	rs12122365	G	A	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=27;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TAAAATCAAAGCCAGGTTTCT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=148;TCR=58;TR=97;WE=167082877;WS=167082859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,99:0.48:207
chr1	167094908	rs12118751	G	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=104;SC=CAGAGGCAAAGTAAACACCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=167094916;WS=167094898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	167190251	.	G	GC	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GGCTCCCGCTGCCCCCCCCCG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=8;WE=167190259;WS=167190241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	167272512	rs16858893	A	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	167345218	rs2273963	A	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=804;ReadPosRankSum=0.920;SC=AATTAAGCGAACTTTTATTTC;SOR=0.970;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=47;WE=167345226;WS=167345208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	167353258	rs35617253	AT	A	1524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.319;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;MQRankSum=0.605;QD=22.42;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,64:0.94:68
chr1	167367193	rs7524019	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=559;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TCACTGTGCTCAGCTAATTTT;SOR=0.853;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=43;WE=167367201;WS=167367183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr1	167382374	rs10753757	A	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.03;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	167382399	rs67647055	AGTGTGT	AGT,A	1262.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=25,25;PP=95,757;SC=CGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.382;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25,25;WE=167382412;WS=167382389;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:33
chr1	167403212	rs952963	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=766;ReadPosRankSum=0.267;SC=GTGTCTGGAGGACCAAGAGGA;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=51;WE=167403220;WS=167403202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr1	167403504	rs952962	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CACCCCCCTCATCCTCAGCCC;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=167403512;WS=167403494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	167404078	rs3108156	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=354;ReadPosRankSum=0.673;SC=GACATTACTCGATCCAAGAAG;SOR=0.991;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=28;WE=167404086;WS=167404068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr1	167404202	.	CGG	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-0.315;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
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chr1	167667112	rs199701365	CA	C	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.025;NF=0;NR=20;PP=774;ReadPosRankSum=0.157;SC=ATGCAGAAGGCAGTGCCAGGG;SOR=1.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=20;WE=167667120;WS=167667102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	167741309	rs113375030	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.847;NF=17;NR=2;PP=311;ReadPosRankSum=1.065;SC=GCAGCGAGCCAAGATCACGGC;SOR=0.129;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=19;WE=167741317;WS=167741308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	167815610	rs2269679	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GTTCTTGTTGCAAGAAACTCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=15;WE=167815618;WS=167815600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	167817639	rs203795	A	G	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1093;ReadPosRankSum=0.838;SC=TCAGTCTGACACCACTTGTGA;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=84;WE=167817647;WS=167817629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,94:0.61:155
chr1	167823512	rs3738236	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=360;ReadPosRankSum=0.322;SC=GTGGAATAGCTCATTTTTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=21;WE=167823520;WS=167823502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr1	167844553	rs203826	C	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CCCTGACTCACGGGTCGCAAA;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=20;WE=167844561;WS=167844543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	167844582	rs203827	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=0.224;SC=GAAGGAGAAACGAGAAGGTCT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=167844590;WS=167844572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	167849318	rs203847	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.92;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=2.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	167849327	rs203848	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.188;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	167849414	rs203849	A	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=50;PP=2037;SC=CACTGGCAACACCGATGGATA;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=167849422;WS=167849404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	167849658	rs76779157	C	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=465;ReadPosRankSum=0.610;SC=TTTCCTGTTCCCTGCATGCCC;SOR=1.008;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=39;WE=167849666;WS=167849648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr1	167865740	rs57419373	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1235;ReadPosRankSum=0.784;SC=GTGTTGAGGAGCCCACCCACC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=81;WE=167865748;WS=167865730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr1	167865871	rs16859886	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=965;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CATGAAGGTCGTACACTTTGT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=51;TCR=76;TR=65;WE=167865879;WS=167865861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr1	167887416	rs1050037	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-0.093;SC=AAGTTTGCTGCATTTTTCTAT;SOR=0.905;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=16;WE=167887424;WS=167887406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	167887436	rs1050036	A	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=402;ReadPosRankSum=0.416;SC=TTGAATCAAGAACTAGCTACC;SOR=1.287;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=24;WE=167887444;WS=167887426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	167887642	rs10918798	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TAATAATAGACAAATTTATGG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=167887650;WS=167887632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	167889145	rs199537893	CA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr1	167893759	rs9618	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-1.852;SC=GAGCCCAGAAGAAAACTGTTC;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=27;WE=167893767;WS=167893749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	167906239	rs203788	A	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=973;SC=TGCGGAGTCGATACCTGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=167906247;WS=167906229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	167921190	rs73024140	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=2.230;SC=AGAAAGGATTGTGACTATAAT;SOR=0.188;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=167921198;WS=167921180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	167971979	rs436256	GC	TG	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=239;SC=GTGGAATGGCGCAGTCACTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=167971988;WS=167971969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	167973648	rs60142550	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=0.858;SC=CCAGTAGTTATTATCACTGAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=167973656;WS=167973638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	167984917	.	G	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=23;QD=19.2570708491;SC=TATGAGACATGTGTTTTGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=167984925;WS=167984907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr1	167985326	rs3831959	TG	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=0.979;SC=TCCTTGCATATGGGTGGTATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=167985334;WS=167985316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr1	167992344	rs201541	T	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=505;ReadPosRankSum=0.569;SC=GCAATGCATATACTAAGCTCT;SOR=1.193;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=28;WE=167992352;WS=167992334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	168014204	rs41271647	T	A	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1315;ReadPosRankSum=0.145;SC=GACCTCAATCTTGATCGCTCT;SOR=0.890;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=94;WE=168014212;WS=168014194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,100:0.37:270
chr1	168035104	rs380095	G	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=342;SC=TGACTAGGCAGCAGTAGAGTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=168035112;WS=168035094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	168056724	rs275143	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=10;PP=993;ReadPosRankSum=0.758;SC=TGGAGCCCTGATATATTCCGG;SOR=1.321;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=132;TCF=98;TCR=34;TR=58;WE=168056732;WS=168056714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,65:0.47:139
chr1	168057030	rs11351983	CT	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=338;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TTCCACCCCTCTTCTCCCGTT;SOR=0.257;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=168057038;WS=168057020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	168059866	rs275149	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.997;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GGGGCTGTCCACCTGCCATGA;SOR=0.970;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=90;WE=168059874;WS=168059856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,91:0.45:203
chr1	168073601	rs2294817	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=1.447;SC=TGGTCATCCTCCCCCAGCAAG;SOR=0.264;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=10;WE=168073609;WS=168073591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	168074145	rs6427119	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=491;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGAAAGATAAGGCAGGACCAG;SOR=0.400;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=38;WE=168074153;WS=168074135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr1	168105496	rs73030230	T	A	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2434;ReadPosRankSum=0.738;SC=GCTGCTCACCTGGTCCTCACG;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=177;TCR=124;TR=158;WE=168105504;WS=168105486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,167:0.54:312
chr1	168106716	rs6664903	T	C	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=106;PP=2965;SC=AGTGAATTCGTCCCGAAGCCA;SOR=1.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=151;WE=168106724;WS=168106706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	168160781	rs2023424	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	168165888	rs16860183	T	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GAGGTATTTATTGTTGTTTAA;SOR=0.922;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=36;WE=168165896;WS=168165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr1	168200733	rs11588504	T	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr1	168206118	rs55947108	GTTTAA	G	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=508;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CACAGAAGCTGTTTAATTTAA;SOR=0.313;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=12;WE=168206130;WS=168206108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr1	168208308	rs12142742	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=0.120;SC=AAGCCCATTCTGCTGGATAAT;SOR=0.511;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=49;WE=168208316;WS=168208298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr1	168262289	rs7543224	A	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.521;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr1	168262299	rs7520743	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=7.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr1	168262527	rs12096093	G	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=812;ReadPosRankSum=1.608;SC=GTAAGAGTGTGTGTGTGTGTG;SOR=0.833;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=45;WE=168262535;WS=168262512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr1	168274201	rs4656579	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=448;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TTTGGTGTGGGAGTTCACAGA;SOR=1.246;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=28;WE=168274209;WS=168274191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr1	168278264	rs1883148	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TGGCAACAGGGTGGAGTTCTT;SOR=0.090;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=168278272;WS=168278254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	168282261	rs3885717	T	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=892;ReadPosRankSum=1.449;SC=AGGAGCCTCTTTGCACAGCGA;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=63;WE=168282269;WS=168282251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,65:0.47:137
chr1	168510122	rs470733	T	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=5;PP=1121;SC=GTGAGTATAATCTCAGTCCAT;SOR=3.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=168510130;WS=168510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	168511155	rs76400946	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=5;PP=1038;SC=TTCCTGAGGATGGCAGCATTT;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=168511163;WS=168511145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	168513067	rs61801330	C	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.709;NF=47;NR=23;PP=1129;ReadPosRankSum=3.778;SC=AGTCAAAACCCGAGTCAAACC;SOR=0.955;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=70;WE=168513075;WS=168513057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,64:0.41:155
chr1	168513109	rs3820404	A	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.065;NF=39;NR=39;PP=1074;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTGCCTCCCTATTCTTTATCT;SOR=0.851;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=112;TCR=104;TR=78;WE=168513117;WS=168513099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,70:0.33:210
chr1	168513228	rs3820407	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=9.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-9.378;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=2.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,13:0.13:101
chr1	168545949	rs34933908	G	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=6.746;NF=130;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.921;SC=AAGTGGAGAAGCTGTCTGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=151;TCR=154;TR=259;WE=168545957;WS=168545939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,271:0.91:298
chr1	168549422	rs6427130	C	T	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.634;NF=45;NR=56;PP=1531;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TAATGTGAGTCTGCCTCCTCA;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=101;WE=168549430;WS=168549412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,106:0.55:193
chr1	168550512	rs200980747	G	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.049;NF=6;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=-1.815;SC=CACTTTACACGCTCATGGACT;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=39;WE=168550520;WS=168550502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr1	168665747	rs78760104	C	CT	3487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.193;NF=26;NR=39;PP=2568;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CTCCTGTCCCCGGCCCCTTTC;SOR=0.978;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=65;WE=168665755;WS=168665737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,108:0.42:257
chr1	168665974	rs524705	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.620;SC=GGACACTTAATCTCACTTTGC;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=11;WE=168665982;WS=168665964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	168670140	rs113747482	TGTGTGG	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.532;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	168698173	rs1052591	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.787;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=36;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GGCTCTGTGGCGTGGGCATGC;SOR=1.169;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=212;TCF=137;TCR=75;TR=115;WE=168698181;WS=168698163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,117:0.53:222
chr1	169076212	rs1200128	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=0.449;SC=GATCTTTCCCGGGCGGCGCAT;SOR=1.092;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=27;WE=169076220;WS=169076202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr1	169080837	rs1200138	C	T	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=54;PP=1644;SC=ATAATGTAGTCTTAAAGCAAC;SOR=1.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=169080845;WS=169080827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	169094100	rs968304	T	A	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=42;PP=2130;SC=CCTACTAATGTTTTTCTCTCT;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=116;WE=169094108;WS=169094090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	169099037	rs10919070	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	169099061	rs1200157	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=198;SC=TTTCATTTCAGCAAAATCACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=169099069;WS=169099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	169101269	rs199593766	T	TG	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.22;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr1	169101273	rs1779796	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.79;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,27:0.90:30
chr1	169102223	rs61803315	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=0.558;SC=GCTCCAGTTTGAAGTTCCATT;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=32;WE=169102231;WS=169102213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr1	169138027	rs10919082	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=399;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GTATCTATATATATGTTATGC;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=26;WE=169138035;WS=169138017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr1	169138307	rs4656656	C	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr1	169138318	rs4656657	T	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=448;ReadPosRankSum=0.448;SC=CAGAAAAAAATATCTAAATTC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=20;WE=169138326;WS=169138297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr1	169138868	rs3737681	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=0.184;SC=CTATATGAAACGCTAACTTAT;SOR=1.089;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=21;WE=169138876;WS=169138858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	169159866	rs7526721	G	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=13;PP=818;SC=AAAAATGTTTGATTTTAATAC;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=169159874;WS=169159856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	169200111	rs10800420	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TTAACTCTCCCCTTTTAATTG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=19;WE=169200119;WS=169200098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	169216412	rs2040445	C	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=45;PP=1261;SC=AAATAAAGTACGGTACTGAGT;SOR=3.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=169216420;WS=169216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	169256501	rs4589164	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=653;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CATTGCTCTCCTATTAACAAA;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=42;WE=169256509;WS=169256491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr1	169272299	rs10919130	A	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=7.682;NF=31;NR=17;PP=718;ReadPosRankSum=2.308;SC=ATTATTCTCAAGTAATAAATT;SOR=0.301;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=169272307;WS=169272289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr1	169272451	rs10800427	A	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	169272451	.	AGG	TGA	511	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=7;PP=511;QD=51.3152613511;SC=ATAATCAAAAAGGCAATAGTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=169272461;WS=169272441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	169272453	rs10800428	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	169279196	rs34054662	T	TA	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=514;SC=CTGAAAATGATAAAAAAATTA;SOR=2.376;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=18;WE=169279204;WS=169279186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	169293721	rs1140523	G	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=68;PP=2101;SC=CAATGAAAACGAATCTTTCAC;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=102;WE=169293729;WS=169293711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	169345704	rs12563090	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=14;PP=1205;SC=TTGAATATAGGGTATAGCATG;SOR=2.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=169345712;WS=169345694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	169349608	rs3830533	C	CTA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=546;SC=AGTAACTATACTGTTAAATCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=169349616;WS=169349600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	169391154	rs3820059	A	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=39;PP=1527;SC=ATAATTTTTAAAAGTAGTAGT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=169391162;WS=169391144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	169394226	rs10919168	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=25;PP=822;SC=TGTTATGCCCACTCTAGAGGA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=169394234;WS=169394216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	169435027	rs2678166	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=7;PP=1398;SC=AAAAATCAAACACATCCAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=61;WE=169435035;WS=169435017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	169455435	rs2056926	G	C	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1364;ReadPosRankSum=2.044;SC=TCTCTCTAGTGAGGCGGCCAG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=96;WE=169455443;WS=169455425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,103:0.49:209
chr1	169483561	rs6027	T	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1607;ReadPosRankSum=1.599;SC=CTAGTAAATATCACAGCCAAA;SOR=0.511;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=275;TCF=158;TCR=117;TR=119;WE=169483569;WS=169483551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,134:0.45:298
chr1	169483762	rs2227243	T	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=2.035;SC=TTGTTTTTGTTTTTTTTTAGA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=17;WE=169483770;WS=169483752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	169484552	rs3820060	T	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=2;PP=1178;SC=CCAGGCACCTTAAGAACTAAG;SOR=5.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=169484560;WS=169484542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	169487821	rs6013	G	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=0.606;SC=GAAAAGTAACGTGATTAATTA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=43;WE=169487829;WS=169487811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr1	169492676	rs9332643	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.611;SC=CAGCTTTCTTCAGAACTAAAG;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=169492684;WS=169492666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	169493895	rs9332639	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=306;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AGCTCCTACCATAGTGTTCCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=17;WE=169493903;WS=169493885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	169494196	rs2301515	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=1032;SC=AAAATATATACAATAAAGTAA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=169494204;WS=169494186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	169498834	rs6009	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=10;PP=1067;SC=GATCAAAGTCTGAGGAAAATA;SOR=2.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=169498842;WS=169498824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	169498975	rs6030	T	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=81;PP=2965;SC=CTCATGTCCATAGGCATGTTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=165;WE=169498983;WS=169498965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	169499190	rs2157581	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=303;SC=AATGAATGGCATAATAAGCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=169499198;WS=169499180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	169499951	rs9332620	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GAAATAACCCCGACTCTTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=24;WE=169499959;WS=169499941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr1	169509483	rs9332609	T	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=525;ReadPosRankSum=1.005;SC=GCTACTTTTTTCAGCAGTAAT;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=31;WE=169509498;WS=169509473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr1	169510348	rs1800595	T	C	4981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.112;NF=132;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.605;SC=AAGGGTTGTATGGCTGAGGTC;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=453;TCF=244;TCR=209;TR=240;WE=169510356;WS=169510338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,237:0.53:450
chr1	169510380	rs9287090	G	A	4628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.129;NF=117;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.174;SC=GCATCTGACCGAGGGCTGGGG;SOR=0.513;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=508;TCF=273;TCR=235;TR=233;WE=169510388;WS=169510370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,230:0.45:506
chr1	169510524	rs1800594	A	G	11613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=219;PP=2965;SC=CGAGGGCTGGAGAAAGGTTTG;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=199;TCR=222;TR=417;WE=169510532;WS=169510513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	169511555	rs6032	T	C	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=75;PP=2499;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GGAGGGTCCTTCCAGGGCCTC;SOR=0.585;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=276;TCF=147;TCR=129;TR=144;WE=169511563;WS=169511545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,148:0.52:284
chr1	169511734	rs4525	T	C	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=95;PP=2111;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GGGTCCCTTATGCTTAGCATG;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=349;TCF=158;TCR=191;TR=170;WE=169511742;WS=169511724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,179:0.49:364
chr1	169511755	rs4524	T	C	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=84;PP=2380;ReadPosRankSum=-1.760;SC=TTCTTGACTTTTGAATTCTCC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=137;TCR=179;TR=146;WE=169511763;WS=169511745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,152:0.46:327
chr1	169511878	rs6018	T	G	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1652;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GAGAACTGAGTTCTTGCCAAT;SOR=0.746;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=115;WE=169511886;WS=169511868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,122:0.54:227
chr1	169512027	rs6021	T	C	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=0.322;SC=TATCTGTGTTTGAAGAAACGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=178;TCR=131;TR=130;WE=169512047;WS=169512017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,133:0.42:320
chr1	169512039	rs6024	T	C	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AAGAAACGAATTCAGTGCCAT;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=197;TCR=148;TR=202;WE=169512047;WS=169512017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,212:0.59:362
chr1	169512093	rs6017	A	G	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=1843;ReadPosRankSum=-1.230;SC=CTTCTTCCTGATTCAATGATG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=176;TCR=178;TR=142;WE=169512101;WS=169512083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,157:0.42:378
chr1	169512120	rs6016	G	A	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=1796;ReadPosRankSum=0.973;SC=GGAATGACCTGATTCCTAATG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=311;TCF=143;TCR=168;TR=121;WE=169512128;WS=169512110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,135:0.40:335
chr1	169513436	rs9287092	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=1.622;SC=CAGGGAGATACATAGAGGAGC;SOR=0.275;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=8;WE=169513444;WS=169513426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	169513583	rs6037	G	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=824;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TGGGGAAGAGGGTCAAGGTGT;SOR=0.723;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=55;WE=169513591;WS=169513573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr1	169515726	rs6036	C	T	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CACGTTTCACCTCATCAGGAT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=283;TCF=166;TCR=117;TR=129;WE=169515734;WS=169515716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,131:0.45:289
chr1	169515874	rs13306345	T	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=878;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AACAGACGCATAGACCAATGG;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=47;WE=169515882;WS=169515864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr1	169515916	rs13306344	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=0.155;SC=ATAAGGCTGCGCACCTACAAC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=18;WE=169515924;WS=169515906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	169519049	rs6025	T	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=43;PP=2053;SC=CTGTATTCCTTGCCTGTCCAG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=169519057;WS=169519039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	169519894	rs6015	G	A	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1644;ReadPosRankSum=1.310;SC=TGAAAGAAGAGTTGACTTCAT;SOR=0.800;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=110;WE=169519902;WS=169519884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,116:0.47:247
chr1	169521853	rs6033	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-2.122;SC=ATCTTCTTTCATATTGGGATT;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=17;WE=169521861;WS=169521843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	169528384	rs6023	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=864;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CACAGCCCTCGTGTTACCTGG;SOR=0.530;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=61;WE=169528392;WS=169528374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr1	169541657	rs187676349	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GAAAAACAAACAGATGATACC;SOR=0.191;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=169541665;WS=169541647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	169559326	rs3917853	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=1568;ReadPosRankSum=1.284;SC=AAGCTTTATAGTCTTCCATTT;SOR=1.450;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=29;WE=169559341;WS=169559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr1	169559333	rs3917852	AT	A	1406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.489;NF=24;NR=4;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.419;SC=ATAGTCTTCCATTTTTCCCTA;SOR=1.283;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=28;WE=169559341;WS=169559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr1	169559635	rs3917851	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=367;ReadPosRankSum=0.696;SC=CATTGCATTTTGCACCCACAC;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=20;WE=169559643;WS=169559625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr1	169563062	rs17522707	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=2.495;SC=TAAGATGTGCGATCAAGTAGG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=13;WE=169563070;WS=169563052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr1	169564130	rs1569471	T	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.737;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGAAAAGAAATAATGCAAGAG;SOR=1.506;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=32;WE=169564138;WS=169564120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr1	169566313	rs6127	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.322;SC=AAGCCGTTGTCACAAGAGAAA;SOR=0.895;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=90;WE=169566321;WS=169566303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,97:0.54:178
chr1	169580717	rs3917731	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=471;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AGGTTGCTAATGAAAAATCCT;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=32;WE=169580725;WS=169580707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr1	169580885	rs6131	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.447;NF=27;NR=40;PP=981;ReadPosRankSum=0.082;SC=GGTTCCTTCACTGGGGGCTTC;SOR=0.945;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=67;WE=169580893;WS=169580875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr1	169580972	rs3917730	C	CAT	3438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.06;NF=7;NR=40;PP=2317;SC=AAAAGCCACACAGAGAGCAAT;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=47;WE=169580980;WS=169580962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	169599254	rs732314	T	C	7323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=97;PP=2965;SC=CTGACTTTACTCCATACCACT;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=158;TCR=97;TR=255;WE=169599262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	169660781	rs12938	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=468;ReadPosRankSum=0.410;SC=ACTGTTGGTCAGGTAGAAATC;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=45;WE=169660789;WS=169660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr1	169665551	rs4987358	G	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.338;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=-1.927;SC=CTGGTCATTTGGATGAGGACC;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=26;WE=169665559;WS=169665541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr1	169665632	rs2223286	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=2.067;SC=AAGTAGAGAATGAATCAGCAG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=45;WE=169665640;WS=169665622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr1	169670940	rs4987327	TT	AA	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TAGTAGCCCATTTGATGCCAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=169670949;WS=169670930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	169676486	rs1131498	A	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=920;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GACTTACCAAACTGACACTGG;SOR=0.832;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=71;WE=169676494;WS=169676476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr1	169677709	rs1051091	A	G	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=2198;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CTTCTTCAGTAAGAGATTTGT;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=307;TCF=163;TCR=144;TR=142;WE=169677717;WS=169677699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,151:0.48:317
chr1	169678024	rs4987285	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CAGGCTGAGCTAGACACTTAG;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=20;WE=169678032;WS=169678014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	169679472	rs4987281	G	GCT	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=459;ReadPosRankSum=-0.436;SC=AGAATTAACAGCTCTGTGAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=11;WE=169679480;WS=169679462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	169679553	rs4987280	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1259;ReadPosRankSum=0.577;SC=ATAGACTTAGCGATATATAAA;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=161;TCF=106;TCR=55;TR=89;WE=169679561;WS=169679543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,99:0.56:176
chr1	169696033	rs3917427	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-2.162;SC=TTTTTTCTGTACATTCATTAC;SOR=1.300;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=26;WE=169696041;WS=169696023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr1	169696754	rs3917425	A	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=611;ReadPosRankSum=1.066;SC=ATGAATGTAAAGTGTAAGCGC;SOR=1.414;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=35;WE=169696762;WS=169696744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr1	169697076	rs5367	A	G	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=75;PP=2038;ReadPosRankSum=0.692;SC=CAGCTGGAACACACGAGAGAG;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=163;TCR=153;TR=153;WE=169697084;WS=169697066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,160:0.49:326
chr1	169697166	rs3917424	T	C	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TAGTTCTTTTTATCTTAAAAT;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=254;TCF=124;TCR=130;TR=116;WE=169697174;WS=169697156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,124:0.48:261
chr1	169698789	rs5363	A	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.785;SC=CATTGGCTGGATTTGTCACAG;SOR=0.691;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=90;WE=169698797;WS=169698779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,96:0.41:233
chr1	169698825	rs1534904	T	G	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=CTGAGGATTTTAAAGAGCACC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=209;WE=169698833;WS=169698815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	169698921	rs2076059	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=-1.938;SC=AAGGGTAGATCCCAAAGTCCT;SOR=0.968;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=23;WE=169698929;WS=169698911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	169699819	rs3917419	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=-0.544;SC=AAGAACACTGGAAACTAGAAC;SOR=1.563;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=26;WE=169699827;WS=169699809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	169700961	rs5362	A	G	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1724;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AGAAAGAGGCAAGAACCAGAC;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=152;TCR=109;TR=128;WE=169700969;WS=169700951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,135:0.50:272
chr1	169701060	rs5361	T	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CCGTGGCCACTGCAGGATGTA;SOR=0.509;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=84;TCR=115;TR=83;WE=169701068;WS=169701050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,90:0.43:210
chr1	169701108	rs3917410	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=685;ReadPosRankSum=0.684;SC=AAGCATGATGAGGAGGACTAT;SOR=0.427;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=130;TCF=42;TCR=88;TR=51;WE=169701116;WS=169701098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr1	169701901	rs1800016	T	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=7.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr1	169701904	rs1800015	T	C	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=8.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr1	169702508	rs371244340	A	AT	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=436;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GAAATAGGTCATTATGATCCA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=13;WE=169702516;WS=169702507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	169702587	rs3917402	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=700;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGGAAGAACACATTGCAGGTA;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=47;WE=169702595;WS=169702577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr1	169702617	rs3917453	G	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GATGCTGCCAGATATCCTGTG;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=102;TCR=51;TR=73;WE=169702625;WS=169702607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr1	169702705	rs932307	G	A	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=63;PP=1890;ReadPosRankSum=0.429;SC=TGGTCTAATGGCACTGACTTA;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=165;TCR=124;TR=145;WE=169702726;WS=169702695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,151:0.49:307
chr1	169702772	rs1805193	C	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GAGTTCTTTTCACCCAAAGGT;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=224;TCF=98;TCR=126;TR=99;WE=169702780;WS=169702762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,103:0.43:240
chr1	169702899	rs3917400	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.442;SC=CTAAGATTTTGGGCAAAGGAC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=169702907;WS=169702889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	169764420	rs41304562	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=763;ReadPosRankSum=1.076;SC=CCTTTCTCTTCTGTCCCTTCA;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=45;WE=169764428;WS=169764410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
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chr1	169768080	rs6668114	C	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=447;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AACATTCTGACAGTTGGATTG;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=31;WE=169768088;WS=169768070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr1	169772285	rs76475485	G	T	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1272;ReadPosRankSum=0.857;SC=TATATTCTAAGTGAAATTTCC;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=86;WE=169772293;WS=169772275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr1	169792642	rs12121443	A	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=1.537;SC=GATTATTAAGATACAACAATG;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=32;WE=169792650;WS=169792632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr1	169792692	rs3766141	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=170;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TACCATTTTATGATAAAACAG;SOR=0.518;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=17;WE=169792700;WS=169792682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	169795130	rs17601414	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.955;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	169795214	rs57068023	CT	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=0.581;SC=TTTAAAACAACTTTTTTTTTC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=169795222;WS=169795204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	169795276	rs6682137	A	C	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=57;SC=TGCAATGGCGAAATCTCGGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=169795284;WS=169795266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	169799572	rs3215498	C	CTA	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=451;ReadPosRankSum=0.187;SC=TATAGAAAAACTGTTTCAATA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=169799580;WS=169799562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	169799880	rs2272920	G	T	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1558;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CACCATAGTGGCTCATCTGGT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=109;WE=169799888;WS=169799870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,118:0.48:248
chr1	169816662	rs41272481	T	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=0.239;SC=CATAGGATTGTCTTATTTAAA;SOR=0.343;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=19;WE=169816670;WS=169816652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	169819605	rs6664099	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=0.186;SC=TGCTGAGCACAGTGCTGACGA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=12;WE=169819613;WS=169819595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	169819670	rs12131444	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.789;SC=CAGGCGCGGCGGCTCATGCCT;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=169819678;WS=169819660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	169823660	rs1062976	C	T	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=81;PP=2426;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CTTGTGATGACACTTTTGGCG;SOR=0.781;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=280;TCF=141;TCR=139;TR=160;WE=169823668;WS=169823650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,165:0.58:285
chr1	169823718	rs4656197	T	C	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=2002;ReadPosRankSum=-1.230;SC=GCTAATCTTTTGGGGTAAGCT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=132;TCR=125;TR=138;WE=169823726;WS=169823708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,142:0.55:259
chr1	169823790	rs12143301	C	G	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1167;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTTCTGCTCCCCTGAGGTAAC;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=80;WE=169823798;WS=169823780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,82:0.40:205
chr1	169824068	rs12132384	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=813;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CTGAGAGTCCATTTATGGGAA;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=56;WE=169824076;WS=169824058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr1	169824104	rs12135726	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=515;ReadPosRankSum=-0.387;SC=AAAATGGATCGCCTGTAGGGA;SOR=0.365;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=32;WE=169824112;WS=169824094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr1	169828098	rs17543370	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=275;ReadPosRankSum=0.034;SC=ATTTGACTGAATATGACCCTC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=169828106;WS=169828088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	169828327	rs17602701	G	A	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=945;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CAATGGAATCGCTAGTATCAC;SOR=0.619;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=78;WE=169828335;WS=169828317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr1	169831690	rs5778632	CTCTT	C	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.003;NF=7;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=0.343;SC=ACCTCCAAAACTCTTTCTTTC;SOR=0.416;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=169831701;WS=169831680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	169831993	rs7525259	A	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=38;PP=1236;SC=TTTCAGTGAAAAGTATTAAGC;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=169832001;WS=169831983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	169835950	rs12133843	A	C	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=58;SC=AACCAAATATATGACTCATCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=169835958;WS=169835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	169836175	rs17543611	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=-2.409;SC=AATATTGAGGTCATAATCACA;SOR=0.473;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=20;WE=169836183;WS=169836165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	169838278	rs17603022	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=826;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ACCTGTAAAAGCCCAAACAAA;SOR=0.944;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=51;WE=169838286;WS=169838268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr1	169843017	rs12122419	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=1.123;SC=AAATCAATGCCGCATATTAGA;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=12;WE=169843025;WS=169843007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr1	169891056	rs3838393	CT	C	51.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.253;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.524;SC=ATATCATTAACTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=169891064;WS=169891046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr1	169952385	rs2057249	G	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=481;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CAGTCTATTTGAATAGAAAGC;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=26;WE=169952393;WS=169952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr1	169993762	rs16862956	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TATATGAGAGATAAAGAATTA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=169993770;WS=169993752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	170004508	rs12750962	A	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AACTGAGAGAACAAGTGATCT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=170004516;WS=170004498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	170043389	rs12141428	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=258;ReadPosRankSum=0.616;SC=GTCAAAGGACTTTGAAACCCC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=14;WE=170043397;WS=170043379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	170135608	rs61825691	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=301;ReadPosRankSum=0.198;SC=AAGGATGGGTCTCTGTACTTG;SOR=0.067;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=17;WE=170135616;WS=170135598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	170135669	rs6427234	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=899;ReadPosRankSum=1.024;SC=GAACAGACTGCGCCTTGGACT;SOR=1.024;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=58;WE=170135677;WS=170135659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr1	170135760	rs6427235	T	C	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=4.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,81:0.46:177
chr1	170135765	rs6669514	T	C	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,82:0.47:175
chr1	170501385	rs7531125	A	C	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=35;PP=1535;SC=GTTGGGCAGGATTCTCTGAGG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=84;WE=170501393;WS=170501375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	170501456	rs11578119	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-1.524;SC=TGGTTTAATTCTTGGGTCTTA;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=38;WE=170501464;WS=170501446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr1	170502517	rs1412892	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=346;SC=AGGCTAAGCTATGTAGTTAAC;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=170502525;WS=170502507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	170508755	rs141412003	G	GT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	170511604	rs7538037	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=744;ReadPosRankSum=1.732;SC=TTTCATAAACTCATTTTTATG;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=46;WE=170511612;WS=170511594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr1	170521376	rs913257	G	A	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1604;ReadPosRankSum=0.947;SC=ATTGCTACACGAACAAGAAGT;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=104;WE=170521384;WS=170521358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,108:0.44:245
chr1	170633186	rs11286665	AT	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	171061990	rs2064074	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=448;SC=ATAAGAGCACACTGTGTGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=171061998;WS=171061980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	171070472	rs12404455	G	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=566;SC=GCAGCCACAAGAAACTAATAC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=171070480;WS=171070462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	171072862	rs28363536	G	T	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=13;PP=1973;SC=CTTGGAACCAGCCCTGACCAT;SOR=3.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=84;WE=171072870;WS=171072852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	171076966	rs2266782	G	A	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.694;SC=CCTACCAAAAGAGTCCTTTCC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=123;TCR=128;TR=248;WE=171076974;WS=171076956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr1	171077165	rs2066529	G	A	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=22;PP=1249;SC=TTCTGTTAAAGTCTTTGTTTA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=171077173;WS=171077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	171077198	rs1920149	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=46;PP=2187;ReadPosRankSum=1.359;SC=AAACTGCCATGTATTTCTCAC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=118;WE=171077206;WS=171077188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	171077502	rs28363550	TC	T	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=618;SC=TAGCTGAGCTTCCCCAAGTAA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=171077510;WS=171077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	171083174	rs909530	C	T	7591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=106;PP=2965;SC=CTGTATTTAACGATGAGCTCC;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=158;TCR=106;TR=264;WE=171083182;WS=171083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	171083242	rs2266780	A	G	9815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=165;PP=2965;SC=GAATTCACAGAGACCTCGGCC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=183;TCR=165;TR=348;WE=171083250;WS=171083232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	171083537	rs909531	T	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=25;PP=565;SC=ATTGCGAAGATGAATGCCAGT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=171083545;WS=171083527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	171085314	rs2066528	A	AT	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=762;SC=TGCCAGACTCATTAATTACCA;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=17;WE=171085322;WS=171085304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	171112490	rs1736565	C	T	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=59;PP=1531;SC=AAGATACATACAGTTTGAGGT;SOR=2.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=78;WE=171112498;WS=171112480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	171115483	rs72712685	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=606;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TAAATTTTCTAGTTTTCTTAA;SOR=0.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=40;WE=171115491;WS=171115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr1	171115567	rs11812044	G	A	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TTACTGAAAAGGATGGGAAAC;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=127;TCR=120;TR=128;WE=171115575;WS=171115557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,135:0.52:262
chr1	171115645	rs11812061	G	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=802;ReadPosRankSum=-1.267;SC=ATCTGCCAACGGATTCCTTTC;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=63;WE=171115653;WS=171115635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr1	171116760	rs7063044	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=1027;ReadPosRankSum=0.216;SC=CCATGTTCCACTTAGGCCTGG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=70;WE=171116768;WS=171116750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,75:0.45:168
chr1	171118642	rs41272511	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=485;ReadPosRankSum=0.061;SC=GAAGTGTGTTGTGTTTGCTTA;SOR=0.502;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=32;WE=171118650;WS=171118632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr1	171118840	rs2272797	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=550;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTGGTTATATGTCCAGAAGAT;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=32;WE=171118848;WS=171118830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr1	171121173	rs7889839	A	G	4385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=90;PP=2904;ReadPosRankSum=0.797;SC=GGATGGGACCATGTTTGAGGC;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=385;TCF=218;TCR=167;TR=204;WE=171121181;WS=171121163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,209:0.53:397
chr1	171121268	rs7886938	G	A	4939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GAAACAATGAGGTTACCTTGT;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=441;TCF=214;TCR=227;TR=220;WE=171121276;WS=171121258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,229:0.49:469
chr1	171121421	rs7887142	G	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1118;ReadPosRankSum=0.574;SC=GGGCCATTCTGTCTTTCATTC;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=71;WE=171121429;WS=171121411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr1	171121571	rs11406277	T	TG	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=2.189;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	171130598	rs145126383	CACACA	C	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=2.316;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	171155103	rs6657314	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=1.368;SC=TTTATTTCTACTTATTGATGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=171155111;WS=171155093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	171168379	rs5778696	CA	C	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.921;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=1.356;SC=AGAGGCAAAACAAATTATTAA;SOR=0.054;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=5;WE=171168387;WS=171168369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	171168545	rs2307492	T	C	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1393;ReadPosRankSum=0.371;SC=CCAGATGGATTTGAGGGAAAA;SOR=0.489;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=212;TCF=103;TCR=109;TR=96;WE=171168553;WS=171168535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,108:0.47:228
chr1	171168585	rs2020861	A	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1160;ReadPosRankSum=-1.896;SC=TGGGAAACTCAGGCTCAGATA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=46;TCR=99;TR=73;WE=171168593;WS=171168575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr1	171178152	rs2020869	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=0.609;SC=TCACCCAGAAACAAAGAATAC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=22;WE=171178160;WS=171178142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	171491264	rs3736679	T	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	171496875	rs139849492	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=-1.812;SC=AGCATGGGCAACAGAGCAAGA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=171496883;WS=171496865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	171496895	rs10753126	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-0.881;SC=ACTGTCTCCAAAATAATAAGA;SOR=0.412;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=10;WE=171496903;WS=171496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	171509327	rs760644	G	A	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.431;SC=GACCTTATCCGCTCCTCAAGA;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=102;WE=171509335;WS=171509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,111:0.43:260
chr1	171511039	rs1687064	C	G	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=-0.862;NF=80;NR=53;PP=1835;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGGATATTTCCGGGAATAAGA;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=310;TCF=180;TCR=130;TR=133;WE=171511047;WS=171511029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,138:0.43:321
chr1	171511442	rs2272810	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TGGTTGAATTATGCAAAGAGC;SOR=1.075;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=11;WE=171511450;WS=171511432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	171514731	rs235468	C	G	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,121:0.52:232
chr1	171514848	rs144272003	T	TTTTA	215.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=329;SC=GTTTCTTTCATTTTATTTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=8;WE=171514856;WS=171514838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	171519487	rs235470	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=2.092;SC=TCATTATTCAAGTGTTAAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=171519495;WS=171519477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	171526570	rs1687057	G	A	7672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.126;SC=CTCCACTTCCGGCAACCTTAA;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=664;TCF=315;TCR=349;TR=350;WE=171526578;WS=171526560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,363:0.53:686
chr1	171527322	rs235482	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=0.226;SC=GGAATGGCATAGGAATACTGA;SOR=1.467;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=23;WE=171527330;WS=171527312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr1	171546833	rs6685179	C	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.705;NF=9;NR=31;PP=703;ReadPosRankSum=0.329;SC=TACTAAAATGCTTATTTTTGT;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=40;WE=171546841;WS=171546823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr1	171548868	rs235489	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TAGTATTAATTTTACTCTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=171548876;WS=171548858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	171556165	rs235501	G	C	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=53;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TACCAGCATCGCAGCTTTCCT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=158;TCR=120;TR=125;WE=171556173;WS=171556155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,133:0.46:287
chr1	171558516	rs235503	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr1	171607569	rs144871239	CAG	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.917;NF=4;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.746;SC=GACAAGGGAACAGAGAGAGAG;SOR=0.202;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=5;WE=171607578;WS=171607559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	172038079	rs12760234	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=443;ReadPosRankSum=0.475;SC=GGCAGGGAGATTGTGGGAGGT;SOR=0.233;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=35;WE=172038087;WS=172038069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr1	172222629	rs145316116	TCTCTCCTCTCCTCTC	T	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	172277845	rs200321314	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr1	172308238	rs6697844	C	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=34;PP=1350;SC=GAACATCTCACTGTGAAATAT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=172308246;WS=172308228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	172308333	rs77687231	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GTCTACCTCTAACTAAATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=13;WE=172308341;WS=172308323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	172356437	rs6688654	A	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=73;PP=2185;SC=ACATCAGCACAGCCACCGTGT;SOR=1.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=112;WE=172356445;WS=172356427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	172387535	rs79899182	G	A	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=90;PP=1957;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGCACTATATGTCGTATGTAC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=85;TCR=193;TR=129;WE=172387543;WS=172387525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,126:0.45:280
chr1	172410967	rs1063412	G	A	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=51;PP=1860;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AGGTAGAATGGACACAGACAT;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=249;TCF=152;TCR=97;TR=127;WE=172410975;WS=172410957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,137:0.51:269
chr1	172411087	rs34001453	G	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ACATAGCTCCGGGGAGTACAT;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=125;TCR=124;TR=113;WE=172411095;WS=172411077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,116:0.45:256
chr1	172411496	rs2230471	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.94;MQRankSum=1.273;NF=6;NR=14;PP=383;ReadPosRankSum=0.747;SC=AAGAAGCCAGACCAGTCCCTA;SOR=1.492;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=20;WE=172411504;WS=172411486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	172417781	rs2157451	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TACACCATCAATGTTCAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=172417789;WS=172417771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	172425529	rs2285170	C	G	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2500;ReadPosRankSum=0.376;SC=ATTTCCTCACCTCTCTCTGTC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=442;TCF=221;TCR=221;TR=197;WE=172425546;WS=172425519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,201:0.43:463
chr1	172431210	rs4916261	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.494;SC=AAGGATGTATGAAGGACTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=172431218;WS=172431200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	172431435	rs12134818	A	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=778;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GTTATGTCTGAGGACACAGGA;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=54;WE=172431443;WS=172431425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr1	172434309	rs9425328	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=1.465;SC=GGCAACAAGCGCAAAAACTCC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=172434317;WS=172434299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	172434375	rs2901655	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=946;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ATGTATAAAGGCACATTTCTT;SOR=0.400;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=62;WE=172434383;WS=172434365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr1	172434812	rs2901656	C	T	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.373;SC=ATAAAAGTTCCCCTATTGGCA;SOR=0.599;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=101;WE=172434820;WS=172434802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,106:0.46:231
chr1	172437592	rs1129942	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=926;ReadPosRankSum=0.895;SC=CATCCAGAAAGCATTCACTAC;SOR=1.381;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=55;WE=172437600;WS=172437582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
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chr1	172502340	rs2285143	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.017;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
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chr1	172502727	rs55696309	TA	T	1831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.528;NF=2;NR=38;PP=1496;ReadPosRankSum=0.011;SC=TTTTGGCTTTTAGGGTCCGGG;SOR=0.408;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=40;WE=172502735;WS=172502717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr1	172522602	rs1159378	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.068;SC=TGTGTGTATTGTTAGTTTTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=172522610;WS=172522592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	172547465	rs2285664	A	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=51;PP=1779;ReadPosRankSum=-1.645;SC=TGGTGGAAGAATATGAAGAAA;SOR=0.894;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=133;TCR=114;TR=117;WE=172547473;WS=172547455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,121:0.47:259
chr1	172554867	rs10752995	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-1.550;SC=CTTTGATTTTTTAAGAAAAAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=172554875;WS=172554860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	172633350	rs5030772	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGATTAGTATATGTTAGACTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=172633358;WS=172633341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	172634734	rs2639653	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=18;PP=1862;SC=CTATTCCTTGTTGAAAGCTCC;SOR=2.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=69;TCR=18;TR=87;WE=172634742;WS=172634724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	173157764	rs10489270	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=396;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AATGAAATTCGCAAGTCATAT;SOR=0.724;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=28;WE=173157772;WS=173157754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr1	173472551	rs10912625	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=35;PP=876;SC=AATATCTATTTGCTTTCTCCC;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=173472559;WS=173472541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	173474262	rs6687872	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=540;SC=TGGGCCCAAGGATGGGGACTA;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=173474270;WS=173474258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	173474429	rs12026637	T	C	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=113;PP=2965;SC=GCTCAGATGCTTGGATTATCA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=236;WE=173474437;WS=173474419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	173478648	rs10737303	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=317;SC=GAAATGCATTTTGTAAAAAAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=173478656;WS=173478638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	173490616	rs146332693	CTATATA	C	139	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	173493312	rs10912633	A	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=142;SC=AAGGAAATCTAAATAAACTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=173493320;WS=173493302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	173503864	rs10798285	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=55;SC=TTAAAAGTATAATTAGCAGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=173503872;WS=173503854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	173516871	rs16846206	G	C	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=108;PP=2965;SC=CTCCATTAAAGCTTCATCTGT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=99;TCR=108;TR=207;WE=173516879;WS=173516861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	173516903	rs10494490	A	G	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=97;PP=2958;SC=TCTTCATATCATTATGTGAAA;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=168;WE=173516911;WS=173516893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	173552529	rs7541082	A	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=62;SC=TTCATATATCATTGTAATCAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=173552537;WS=173552523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	173552783	rs12032386	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	173556699	rs301698	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	173569176	rs17350830	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.449;SC=AAACATTCCATGCATTCAGGG;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=173569184;WS=173569166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	173606207	rs12067170	T	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=0.285;SC=GCTTAGTCAATTATAGATATC;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=20;WE=173606215;WS=173606197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	173615965	rs7539322	C	T	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=76;PP=2760;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AGTTTGCTAACCCCTTGTGAG;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=349;TCF=207;TCR=142;TR=183;WE=173615973;WS=173615955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,189:0.52:365
chr1	173626609	.	GA	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=2.063;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	173636845	rs200555170	TA	T	1301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=630;ReadPosRankSum=3.296;SC=GACCCCATCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.475;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=52;WE=173636853;WS=173636835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr1	173638537	rs58611776	CA	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.530;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	173794546	rs202160561	T	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=0.561;SC=GCCTGTTATCTACGGCCGGAG;SOR=0.416;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=17;WE=173794554;WS=173794536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	173794587	rs140240732	CATTATT	C	172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=96;SC=TTTTTTCCCCCATTATTATTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=173794600;WS=173794577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr1	173834605	rs2235095	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AATAAAACATGTACCTTTAAA;SOR=0.674;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=13;WE=173834613;WS=173834595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	173834632	rs6790	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GACAGGAACTGTCTTCATGTC;SOR=2.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=17;WE=173834640;WS=173834622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	173835188	rs200757519	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=826;ReadPosRankSum=0.224;SC=AACTTTCTTATTAATCATAAC;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=48;WE=173835196;WS=173835178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr1	173842467	rs9286895	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTAACTCCACAAAACTATTCC;SOR=0.048;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=173842475;WS=173842457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	173855298	rs1322775	A	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CTCTTCCCCTATGAGCCATAA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=37;WE=173855306;WS=173855288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr1	173876705	rs2759328	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TTGGCTTCAACCCACAGATGG;SOR=0.887;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=203;TCF=95;TCR=108;TR=95;WE=173876713;WS=173876695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr1	173878832	rs5878	T	C	4393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.725;SC=CCAGCCACTCTTGCAGCACCT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=410;TCF=208;TCR=202;TR=206;WE=173878840;WS=173878822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,208:0.49:422
chr1	173878862	rs5877	T	C	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=98;PP=2912;ReadPosRankSum=-1.762;SC=GTTCCTTCTCTACCTTGGCCA;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=167;TCR=193;TR=184;WE=173878870;WS=173878852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,185:0.50:368
chr1	173886216	rs2227589	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=1.091;SC=CTTGAAATGACGTCTTCCAAA;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=10;WE=173886224;WS=173886206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	173947571	rs78576697	T	C	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1325;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TAAAGAATCATTGAGCAGCAC;SOR=0.895;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=80;WE=173947579;WS=173947561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr1	173952539	rs6686083	T	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1286;ReadPosRankSum=2.439;SC=AATAAATACCTAAAGTTAATT;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=91;WE=173952547;WS=173952529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,96:0.49:197
chr1	173961807	rs377599781	AAC	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=-0.837;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	173961835	rs10635556	C	CAG	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.899;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr1	173961837	rs6425268	C	G	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=2.327;QD=10.34;ReadPosRankSum=2.530;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	174417231	rs7516240	G	A	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=28;SC=GTCTGCAGGTGTCTTTAAATT;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=100;WE=174417239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	174927388	rs10798329	G	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=262;SC=TGATATTTGAGTTAAAGTATG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=174927396;WS=174927378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	174945171	rs142125254	CTGTATGACTGTGA	C	4243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.632;NF=14;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TCTTTACCCTCTGTATGACTG;SOR=0.929;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=46;TCR=134;TR=53;WE=174945191;WS=174945161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,118:0.37:320
chr1	174969271	rs1046439	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1204;ReadPosRankSum=0.806;SC=TCCTGTTCCTCCTTCTGCGCG;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=122;TCR=57;TR=77;WE=174969279;WS=174969261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,85:0.45:191
chr1	174984074	rs7540740	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	175092674	rs2285215	C	T	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=54;PP=2078;ReadPosRankSum=-1.126;SC=AGGGAGGTTCCGGTGGGGAAG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=121;WE=175092689;WS=175092664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,123:0.52:237
chr1	175092840	rs2072041	T	C	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=77;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CTCACACTTATCAGGAGAGAA;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=265;TCF=101;TCR=164;TR=127;WE=175092848;WS=175092830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,129:0.48:268
chr1	175096333	rs2072040	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=1000;SC=ATCTTTACTGATCACATTGCT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=175096341;WS=175096323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	175097331	rs10912891	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=904;ReadPosRankSum=0.954;SC=CTGAACGACCGTGCAATGAGA;SOR=0.455;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=60;WE=175097339;WS=175097321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr1	175097349	rs7547567	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=733;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AGAACCAGCACCGGAAAGCCT;SOR=1.082;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=23;WE=175097365;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	175097357	rs2269652	C	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.445;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=1695;ReadPosRankSum=0.629;SC=CACCGGAAAGCCTAGCAAAGG;SOR=0.270;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=49;WE=175097365;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr1	175097864	rs12022593	G	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ACATGGAAACGGACGGAGGTG;SOR=0.928;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=57;TCR=100;TR=69;WE=175097872;WS=175097854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,70:0.42:166
chr1	175104790	rs4651323	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	175104796	rs4651324	G	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.81;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	175105880	rs2072037	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=756;SC=GGTTCTGAAAGCCTCAGACAC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=175105888;WS=175105870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	175105942	rs4650703	G	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=35;PP=2225;SC=TTGGAATTCCGTTTTTTATTT;SOR=1.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=175105950;WS=175105932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	175113578	rs10912897	T	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.08;NF=71;NR=49;PP=1946;SC=ACAGAGACAATGATATCGCAC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=175113586;WS=175113568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	175116252	rs4651335	C	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=1049;SC=CCAGCTGTGGCAGCTTGGGGC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=175116260;WS=175116242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	175129945	rs60195884	TC	T	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.862;QD=20.78;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr1	175129946	rs2072035	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.784;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	175129947	.	TTCTTCTTG	T	1077.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.902;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr1	175130204	rs1057239	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=1.217;SC=GCAGGTCCTGGGCTCAAAAGG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=175130212;WS=175130194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	175348723	rs859427	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=15;PP=1092;SC=ACCAATGCCCCTGGGGACCAG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=175348731;WS=175348713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	175355128	rs859436	C	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.94;SOR=1.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	175355152	rs72723450	C	T	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=80;PP=2965;SC=GCGTCTCTCCCCCACCGCAGC;SOR=1.288;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=131;TCR=82;TR=211;WE=175355160;WS=175355142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	175355391	rs859437	A	G	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=102;PP=2965;SC=CAAAAGCCACAGTGTCCGAGA;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=176;WE=175355399;WS=175355381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	175360690	rs859444	C	T	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1031;SC=AAAATGGGGGCGATGTCTCTT;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=175360698;WS=175360680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	175362736	rs3752517	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=456;SC=TCAGCAGGTCGTTACCACATA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=175362744;WS=175362734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	175375683	rs859399	T	C	9164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CTTTGCTGGATGTGTTGTAGT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=168;TCR=148;TR=313;WE=175375691;WS=175375673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr1	175375802	rs859398	T	C	11309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=212;PP=2965;SC=ATCAGGTTGATGCCAATGAGC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=211;TCR=212;TR=423;WE=175375810;WS=175375792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr1	175916267	rs6674353	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=1184;SC=GGTGTATTTCTATAATCCTGT;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=175916275;WS=175916257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	175937540	rs4534339	C	T	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=32;PP=1930;SC=AAAGGCTGTACGGAGGGGAAC;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=175937548;WS=175937530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	175951347	rs10798430	T	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=1;PP=1072;SC=TAAAATTAGGTTACAGAAAAA;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=175951355;WS=175951337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	175956198	.	A	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=-1.922;SC=AAAGTCTTAGAAAGTCCTTTA;SOR=0.464;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=18;WE=175956206;WS=175956188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr1	176012807	rs4233165	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=292;SC=CAAACCAAATGTATGATTCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=176012815;WS=176012797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	176103053	rs34010407	TAC	T	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=1311;SC=GATAACAATATACACAGACCA;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=28;WE=176103062;WS=176103043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	176118219	rs3748618	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=22;PP=671;SC=TCCTACAATAGAAAATTATAA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=176118227;WS=176118209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	176153658	rs791744	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=342;SC=AAAAAAAATATGACTGTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=176153666;WS=176153648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	176665102	.	ATG	A	102	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=102;QD=35.0;SC=ATGTATGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=176665111;WS=176665092;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,3:0.30:10
chr1	176681165	rs66731142	ATG	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GTGTAAGCATATGTGTGTGTG;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=10;WE=176681174;WS=176681155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	176769358	rs10913256	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=690;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TAGGACCTGGTCCCTCTCCTA;SOR=0.322;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=47;WE=176769366;WS=176769348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
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chr1	176845528	rs2076341	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=743;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GGAAAGGCAACGCTCCTGTAC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=176845536;WS=176845518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr1	176852074	rs151246825	T	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr1	176857347	rs2072935	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=24;PP=776;SC=AGAGCTGCATAAGAGAACAGG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=176857355;WS=176857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	176863836	rs2281180	G	C	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=84;PP=2965;SC=GTCCCTTGCTGTGGCACTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=185;WE=176863844;WS=176863826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr1	176903282	rs376533414	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=682;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CAAGCATGCCACTCACCTTTA;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=49;WE=176903290;WS=176903272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr1	176913215	rs35968661	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	176992553	rs172917	A	G	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1376;ReadPosRankSum=0.587;SC=TTTCGGGGTCACATTGGTGTT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=102;WE=176992561;WS=176992543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,111:0.48:231
chr1	176992676	rs10798496	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=698;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TGGCATCCAGCTGGCTCCCCT;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=41;WE=176992684;WS=176992666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr1	177198998	rs3176441	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AAGAAACCAATCGCCCGGGAG;SOR=0.660;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=34;WE=177199006;WS=177198988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr1	177250670	rs1045736	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GCTAATGGGCGGCCCACTTCA;SOR=0.631;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=18;WE=177250678;WS=177250660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	177899121	rs545608	G	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=226;ReadPosRankSum=1.838;SC=ACTCTGCCCGGGGTTGATTGG;SOR=1.218;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=20;WE=177899129;WS=177899111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	177901713	rs522367	T	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ACCTGGAAAGTAATGAGGCAG;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=173;TCR=152;TR=155;WE=177901721;WS=177901703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,163:0.47:347
chr1	177901741	rs684227	A	G	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=1947;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TCCTCTGCTCAGGACTGGGGG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=280;TCF=134;TCR=146;TR=138;WE=177901749;WS=177901731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,143:0.49:294
chr1	177902753	rs591120	G	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ATACTTCGTGGTCTAGCAGCC;SOR=0.629;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=114;WE=177902761;WS=177902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,118:0.50:236
chr1	177906657	rs6676302	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=1002;ReadPosRankSum=1.461;SC=TTCTAAGGACGTGGAACAAAG;SOR=0.903;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=33;WE=177906666;WS=177906647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr1	177906658	rs149848156	T	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.749;SC=TCTAAGGACGTGGAACAAAGG;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=36;WE=177906666;WS=177906647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr1	177913980	rs532842	T	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=162;SC=AGTGTTTCACTTCCTCTCCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=177913988;WS=177913970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	177915474	rs842192	A	C	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=75;PP=2882;SC=AAAATGAAAAATGGATCCATA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=147;WE=177915482;WS=177915464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	177916889	.	AA	GG	218	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=28;MQ=58.56;NF=4;NR=0;PP=218;QD=67.8669687156;SC=GGAGGTGAGGAAAGGGACAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=4;WE=177916898;WS=177916879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	177916890	.	A	AAGGGACAGGGAGGGGAGGTGAGGGG	320.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=64.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	177923440	rs12129817	T	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=1006;ReadPosRankSum=0.410;SC=TGTAGGTCTGTGGGTCCATCT;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=57;WE=177923448;WS=177923430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr1	177929554	rs10913472	C	T	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=116;PP=2965;SC=ATAAAACAATCAGATTTTGTG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=211;WE=177929562;WS=177929544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	177929987	rs12040910	T	C	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=77;PP=2965;SC=GGGACCTACATGCACCAGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=180;WE=177929995;WS=177929977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	177930096	rs867275	T	C	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=900;ReadPosRankSum=0.830;SC=CAGACACAGATGGACATTGTT;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=202;TCF=80;TCR=122;TR=88;WE=177930104;WS=177930086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,93:0.43:216
chr1	177930642	rs945640	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=223;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ATGATCCATCGTAAGGCTGAC;SOR=0.990;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=17;WE=177930650;WS=177930632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	177930894	rs945641	C	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1071;SC=CAAAAACACACAGGAAGAAGT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=177930902;WS=177930884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	177933443	rs3813651	G	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1541;ReadPosRankSum=0.162;SC=AGCAGTGAGCGGGGTCCTGGG;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=91;TCR=119;TR=100;WE=177933451;WS=177933433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,104:0.47:219
chr1	177933505	rs3813652	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=542;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGCTCCAAAGCGTGGGCAGGT;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=33;WE=177933513;WS=177933495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr1	177934351	rs72703030	G	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=909;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCCTGTTTCTGAAAGTTCTTA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=73;WE=177934359;WS=177934341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,79:0.48:163
chr1	177935050	rs1889981	T	A	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1026;ReadPosRankSum=-1.958;SC=GCAGCCACTGTGGGTGTCCAT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=67;WE=177935058;WS=177935040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr1	177935203	rs954502	A	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GAAACCAATGAAGAACTTGAC;SOR=1.068;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=48;WE=177935211;WS=177935193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr1	177935275	rs1415085	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=516;SC=TGAAAGCCACAGTTAATTCTA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=177935283;WS=177935265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	178494428	rs6664493	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=995;SC=GAGGAGTGTACGAAAGGGCCT;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=178494436;WS=178494418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	178499068	rs6675811	T	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=568;SC=AATAAACAAATGACTTACAGT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=178499076;WS=178499058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	178514165	rs12141152	C	T	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=76;PP=2452;SC=GGGTTCCAGGCGAGATGAGAC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=121;WE=178514173;WS=178514155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	178514560	rs34632529	A	AT	13028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.105;NF=52;NR=194;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TTGAAGGTTGATTTTGACTAC;SOR=1.038;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=269;TCF=55;TCR=214;TR=246;WE=178514568;WS=178514550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,407:1.00:409
chr1	178515135	rs4650992	A	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=682;SC=GAAAACTAAGACCTTCCCACT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=178515143;WS=178515125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	178745798	rs11323887	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	178745914	rs61747558	C	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr1	178776985	rs6690324	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TTTCATAGTCGTTGTGCTCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=178776993;WS=178776981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	179012947	rs72707294	C	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AATACATGAGCAAGAGTGGGT;SOR=0.384;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=12;WE=179012955;WS=179012943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	179023601	rs2147769	G	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=761;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TAATTTTTAAGACTGTTACTT;SOR=1.029;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=52;WE=179023609;WS=179023591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr1	179023879	rs12735672	T	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=-2.081;SC=AAGAACTCAGTGGAATACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=179023887;WS=179023869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	179040930	rs10913689	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AAAGCAAAAATTATTTAGTTA;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=18;WE=179040938;WS=179040920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	179041011	rs3820163	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=40;PP=2080;SC=GATAATGAGAAGTTTTATGTA;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=110;WE=179041019;WS=179041001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	179051300	rs2296377	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=16;PP=1231;SC=TTGGCTCTTTTTCCTGCTGCT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=179051308;WS=179051290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	179051733	rs78417185	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.593;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=409;ReadPosRankSum=0.800;SC=TGCGCACCCCCCTGGCGCCCG;SOR=2.200;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=20;WE=179051741;WS=179051723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	179052002	rs2274228	T	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=2371;ReadPosRankSum=0.112;SC=TGACAAGTTGTGTGGCAAGGT;SOR=0.556;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=61;WE=179052014;WS=179051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr1	179052006	rs2274227	G	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=2585;ReadPosRankSum=0.003;SC=AAGTTGTGTGGCAAGGTTGCC;SOR=0.785;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=71;WE=179052014;WS=179051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr1	179054692	rs912758	T	G	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=107;PP=2965;SC=CTTGGTTTCTTGGCTGTTGGC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=158;TCR=107;TR=265;WE=179054700;WS=179054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	179066907	rs79003648	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-2.031;SC=CAATTACTCCTGAAGGTTAAC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=17;WE=179066915;WS=179066897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	179067071	rs10913690	C	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=1.665;SC=ATTCCCCATGCTTTTACTCAC;SOR=0.777;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=46;WE=179067079;WS=179067061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr1	179084080	rs2274230	T	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.905;SC=ATCCTTTTTCTAGTAGGTCAT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=82;WE=179084088;WS=179084070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,84:0.51:165
chr1	179086419	rs56346584	T	TA	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
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chr1	179089213	rs1858551	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=0.213;SC=GACAACAGAGCGAGACCCTGT;SOR=0.293;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=15;WE=179089221;WS=179089203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	179089475	rs9726961	C	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=666;ReadPosRankSum=0.687;SC=AAAATCATTTCATTCATCTCA;SOR=0.483;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=37;WE=179089483;WS=179089465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr1	179089491	rs9728480	A	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=523;ReadPosRankSum=0.032;SC=TCTCACAATCATAAAGCTTCA;SOR=0.386;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=29;WE=179089499;WS=179089481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr1	179089518	rs9727252	C	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=1.431;SC=AAAGTAAAAACTATCTTTTGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=179089526;WS=179089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	179100710	rs17277358	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=793;ReadPosRankSum=1.442;SC=CAGCTGCTGGCTCCAGAGTAG;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=50;WE=179100718;WS=179100700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr1	179292442	rs2902277	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	179304892	rs1034269	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=1.292;SC=CACCCTGGTGTCACTTTCTAT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=179304900;WS=179304882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	179310262	rs11576517	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=49;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TTTCAGTTCCCTATTTTCTGT;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=169;TCR=115;TR=117;WE=179310270;WS=179310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,118:0.41:290
chr1	179312102	rs4651024	T	C	7507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=143;PP=2965;SC=GAACCAGAAATGTGGTAAACA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=134;TCR=144;TR=277;WE=179312110;WS=179312092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	179312249	rs11350945	AT	A	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=623;SC=GTCTAATTTGATTATAGTAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=179312257;WS=179312239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	179316687	rs13306729	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=559;ReadPosRankSum=0.558;SC=GTTGCTTGGTATGTGAGCTAT;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=30;WE=179316695;WS=179316677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	179317895	rs200924427	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.62;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr1	179319580	rs3753527	T	C	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=165;PP=2965;SC=AGTATCTTGGTATGCTGTGAG;SOR=1.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=95;TCR=166;TR=260;WE=179319588;WS=179319570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	179320665	rs13306732	A	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1030;ReadPosRankSum=0.195;SC=GTTGGTGGGCAATGTTGAGGA;SOR=0.672;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=34;TCR=100;TR=62;WE=179320673;WS=179320655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr1	179339334	rs6666358	G	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=213;SC=AAAATTTACAGTATCTTTGAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=179339342;WS=179339324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	179347679	rs144872008	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=0.644;SC=GGACCATCTTACCCATTAGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=179347687;WS=179347669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	179347832	rs10798674	T	C	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AGAAGGCAGTTTGTCCCCCAC;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=100;WE=179347840;WS=179347822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,104:0.42:245
chr1	179351606	rs4625243	G	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=25;SC=GCCATGTCCCGATGATTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=179351614;WS=179351602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	179354304	rs7541905	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CATTCAAGGTATTAACCTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=179354312;WS=179354294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	179364391	rs61173288	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=0.819;SC=AGAAGCTTATATAGCTTCTGA;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=19;WE=179364399;WS=179364381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	179380472	rs5779024	GT	G	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.953;NF=1;NR=14;PP=215;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TTTAAAATTTGTTTTTTTTGT;SOR=0.316;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=15;WE=179380480;WS=179380462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	179398563	rs4652382	C	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.842;SC=TTAATGATTCCATGAAAAATC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=179398571;WS=179398553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	179401537	rs148375054	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.384;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,88:0.46:190
chr1	179401564	.	CTT	C,CT	2290.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.240;HP=12;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.755;NF=13;NR=72;PP=1047;ReadPosRankSum=-2.392;SC=ACATCCCATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.515;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=16;TCR=92;TR=85;WE=179401584;WS=179401554;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.77:112
chr1	179437827	rs7514278	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=CTAAAGGTTTGTTGCAATACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=179437835;WS=179437817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	179452194	rs6668035	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.818;SC=AACTCTTTCTCATAGCTGATA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=179452202;WS=179452184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	179452520	rs76901676	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=592;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TTTTTTAAAGCAGAATGTTTC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=18;WE=179452530;WS=179452510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	179452522	rs12407885	G	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=666;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TTTTAAAGCAGAATGTTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=16;WE=179452530;WS=179452510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	179461975	rs59377201	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr1	179462149	rs7549194	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=521;SC=AGATTTTTGAAGTTCAATTGA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=179462157;WS=179462139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	179494612	rs35486954	CTACA	C	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTTTTTCCTCCTACATACATA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=7;WE=179494623;WS=179494602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	179494665	rs4620484	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=317;SC=AGGGTCCTGCCCTGTCACCCA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=179494673;WS=179494655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	179497359	rs6698201	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=836;SC=AAATGGAAAATGTAAGCTTCC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=179497367;WS=179497349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	179503806	rs6425572	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=1.029;SC=AATGAGTTTCGAAATCAAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=179503814;WS=179503796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	179504025	rs141228272	AAAG	A	2393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.313;QD=21.00;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr1	179504043	rs6658180	C	G	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.389;NF=43;NR=21;PP=1002;ReadPosRankSum=1.828;SC=AGAAGAACAACAAGAAGAAGA;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=64;WE=179504051;WS=179504033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr1	179504130	rs6425574	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=745;ReadPosRankSum=0.303;SC=CTTTATTCAGGTTGTATTTAT;SOR=0.812;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=52;WE=179504138;WS=179504120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr1	179520254	rs1410591	C	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=1149;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTCCCTCAGGCATGTGACTTT;SOR=0.423;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=106;TCF=80;TCR=26;TR=62;WE=179520262;WS=179520244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr1	179520422	rs3818587	T	C	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGCAATTCAGTAGGTCAAATG;SOR=0.720;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=91;WE=179520430;WS=179520412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,101:0.49:205
chr1	179520506	rs1410592	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=965;ReadPosRankSum=0.488;SC=GAAGCTGAACGGCAGCAGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=52;WE=179520514;WS=179520496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr1	179521932	rs2274626	G	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.285;SC=CAAATTTGGAGTGACCAGAGT;SOR=0.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=72;WE=179521940;WS=179521922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,76:0.50:152
chr1	179526052	rs73051834	A	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TCCCAAAGGGATGGCCCCTAA;SOR=0.165;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=11;WE=179526060;WS=179526047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	179533915	rs3738423	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=1.169;SC=CCCCTAAGCCGGAGGATTTGG;SOR=0.275;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=46;WE=179533923;WS=179533905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr1	179544898	rs1079292	T	C	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GCCCGCGGCCTCCGCCGCTCC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=209;WE=179544906;WS=179544887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr1	179561645	rs4652418	A	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=0;PP=601;SC=TTAAAACTGGAGTCTCAGTTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=179561653;WS=179561635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	179561683	rs4652419	A	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	179562520	rs78183476	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=0.756;SC=TAAAAACTGTATAAACACAGA;SOR=0.116;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=14;WE=179562528;WS=179562510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	179562740	rs61310274	G	C	9934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=174;PP=2965;SC=ACCGAGGAAGGGTTGCCCCTA;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=175;TCR=174;TR=349;WE=179562748;WS=179562730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr1	179587765	rs114144991	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr1	179604864	rs4628468	C	T	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=152;NR=130;PP=2965;SC=TCCCGCCAGACGCTGTGCCGA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=152;TCR=130;TR=282;WE=179604872;WS=179604854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	179605058	rs4483370	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=389;SC=TTTTTCACATGTCTCTTAAAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=179605066;WS=179605048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr1	179632347	rs7547484	A	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=607;SC=AGGAAAGTCAAACTGATATAG;SOR=4.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=179632355;WS=179632337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr1	180010702	rs4652461	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.536;SC=TTTTTTACTATGAATAAGACA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=180010710;WS=180010692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	180013103	.	CT	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=37;QD=36.0;SC=AAGATTTTATCTCATATTACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=180013111;WS=180013093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr1	180013139	rs78991201	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=0.861;SC=AAATCTTTCTGTTATTAGAGA;SOR=0.346;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=180013147;WS=180013129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	180022853	rs78685936	A	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGGTTAGATGATGATAAACAA;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=21;WE=180022861;WS=180022843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	180023807	rs142244801	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.342;SC=TTGGTAATCTACTGTATTTCT;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=180023815;WS=180023797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	180124379	rs35481032	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=385;SC=GTGGGCAGCCTCCTACTCCGG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=180124387;WS=180124369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	180145088	rs2298206	A	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=71;PP=2573;SC=ACGTGCAGACACTGCGGGAGA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=151;WE=180145096;WS=180145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	180152878	rs3795506	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AGGGTTACAGCGAGGCCTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=180152886;WS=180152868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	180155376	rs2298207	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=370;ReadPosRankSum=2.030;SC=AGTGTGCGTTCCTGTAAGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	180155382	rs3216058	AG	A	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=438;ReadPosRankSum=1.329;SC=CGTTCCTGTAAGGCTGGGCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	180159797	rs3215795	TC	T	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GCAGGGAAGCTCCCTTGAATT;SOR=0.144;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=180159805;WS=180159787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	180165699	rs3738115	A	C	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GTCCCCCACAAACACCACCCC;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=476;TCF=244;TCR=232;TR=229;WE=180165707;WS=180165689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,237:0.48:490
chr1	180167414	rs3738112	C	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GAGCTCCTGCCTCAGTGCCCT;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=121;TCR=142;TR=143;WE=180167422;WS=180167404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,149:0.56:268
chr1	180167644	rs7544147	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=655;ReadPosRankSum=0.271;SC=CCGATTTGGTTTTCTCTTTGA;SOR=0.919;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=35;WE=180167652;WS=180167634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr1	180180669	rs164980	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr1	180217656	rs35619850	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=0.221;SC=CAGTGAGGGGGAAGTTTGCAG;SOR=1.708;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=18;WE=180217664;WS=180217646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	180240752	rs3845397	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=1.634;SC=CATCAGCTCACGGGTGGTTGG;SOR=0.190;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=14;WE=180240760;WS=180240742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	180243524	rs7536561	A	G	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=75;PP=2284;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CCTTTGCTCAATGGGCTGGAT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=143;TCR=153;TR=142;WE=180243532;WS=180243514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,152:0.48:319
chr1	180257692	rs2254465	A	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=374;SC=AAGTTTACCAAGAGACAGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=180257700;WS=180257682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	180283659	rs2764433	T	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=2;PP=68;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=180283667;WS=180283649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	180757056	rs3761904	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=1.018;SC=ATCATTGTTTAAACTTCTGAT;SOR=0.398;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=31;WE=180757064;WS=180757046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr1	180757117	rs34984251	G	GT	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=380;SC=CACTTAAGAGGATTTTCTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=180757125;WS=180757107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	180772414	rs3002117	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.303;SC=TACATGTAACGGTTTTCTTCT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=180772422;WS=180772404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	180803922	rs2271669	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=0.252;SC=TCAACTAAAGTAATCATGCTG;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=14;WE=180803930;WS=180803912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	180849494	rs10914123	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=1.086;SC=TTGGGTAGCATGTAAGCTAAA;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=180849502;WS=180849484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	180885430	rs10732273	T	C	9782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=154;PP=2965;SC=ACATCCAGCCTGATGGCCCCC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=187;TCR=154;TR=341;WE=180885438;WS=180885420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	180897521	rs7544551	C	T	9358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=189;NR=147;PP=2965;SC=CGTTATTTTCCTCTAATCCCT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=189;TCR=148;TR=336;WE=180897529;WS=180897511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr1	180897569	rs3747958	C	T	9034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=159;NR=166;PP=2965;SC=GCTGCAGGACCGTTGGTCCCA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=159;TCR=166;TR=325;WE=180897577;WS=180897559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	180897792	rs35197779	ATGC	A	1078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=995;SC=ATCTAGCCAAATGCTGCTGCT;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=19;WE=180897802;WS=180897782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	180905352	rs3795505	C	T	12509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=261;NR=179;PP=2965;SC=TTACAGAAAGCCACGAGTCCC;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=440;TCF=261;TCR=179;TR=440;WE=180905360;WS=180905342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr1	180905448	rs3795504	G	T	15893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=283;NR=281;PP=2965;SC=CAGCTTCCTTGTGTCCTGAAG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=565;TCF=284;TCR=281;TR=564;WE=180905456;WS=180905438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr1	180913597	rs2331995	A	G	10752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=178;PP=2965;SC=CAGCAAGGGGAACCGGTCCAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=192;TCR=178;TR=370;WE=180913605;WS=180913587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	180913701	rs182324253	C	T	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.696;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=73;PP=1859;ReadPosRankSum=0.482;SC=GAGTGACCAGCGGAGCCAAAA;SOR=0.432;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=219;TCF=83;TCR=136;TR=122;WE=180913709;WS=180913691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,124:0.55:224
chr1	180953853	rs3747957	A	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TCTTCATCACATTGTCCAGCC;SOR=0.757;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=86;WE=180953861;WS=180953843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,88:0.44:198
chr1	180962282	rs1411478	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=0.917;SC=GAGCCCAGAGAAGAAGACCAG;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=180962290;WS=180962272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	180962526	rs34036241	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.581;SC=CAGCTAATGCCTGCACAGATG;SOR=1.038;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=12;WE=180962534;WS=180962516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	181003340	rs61482628	A	AG	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.300;NF=1;NR=18;PP=723;ReadPosRankSum=0.977;SC=TATTACACTCAGACTCCAGGA;SOR=0.874;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=181003348;WS=181003330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	181018180	rs2236411	C	G	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.772;NF=93;NR=88;PP=2367;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TCTTTGCCTCCTTTCCAGGGA;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=345;TCF=169;TCR=176;TR=181;WE=181018188;WS=181018170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,186:0.52:355
chr1	181022895	rs2275469	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.812;SC=CTGCTGCTCCCTCCTCCATTC;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=181022903;WS=181022885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	181024404	rs3747956	G	A	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=101;PP=2793;ReadPosRankSum=0.100;SC=ATCGATGATTGCAGATCCCTC;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=441;TCF=224;TCR=217;TR=210;WE=181024412;WS=181024394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,219:0.47:465
chr1	181058540	rs3747954	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=1.314;SC=CTTCCCCGAGGTATCTCGTGC;SOR=1.148;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=14;WE=181058548;WS=181058530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	181058643	rs1361365	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=5;PP=665;SC=TGCGCGCCGCAACCAGCGGAG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=181058651;WS=181058633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	181058891	rs3747951	C	T	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=84;PP=2233;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ACGGAAAAGCCCCGGGGGCGG;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=135;TCR=176;TR=149;WE=181058899;WS=181058881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,149:0.47:320
chr1	181684605	rs12407563	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=33;PP=989;SC=ATTCAAAAGGAGAGAAAGAAA;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=181684613;WS=181684595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	181686216	rs7540850	T	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=27.37;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	181719679	rs704332	C	T	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=90;PP=2689;SC=GTTGGAGGAGCGAGAAAGTAT;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=56;TCR=90;TR=146;WE=181719687;WS=181719669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	181726413	rs704330	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=103;SC=CATTAAATAAGCATTTTCCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=181726421;WS=181726403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	181727273	rs704329	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=34;PP=964;SC=CACAAGAGCCGACTGAGCCCC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=181727281;WS=181727263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	181750469	rs704328	G	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=588;SC=TCTCCTATCTGTCTGCATCCT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=181750477;WS=181750465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	181752923	rs36163765	AAGCTT	A	5085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=2974;SC=TGCCAAAGGTAAGCTTAGCTT;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=66;WE=181752935;WS=181752913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	181759657	rs704326	G	A	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=104;PP=2965;SC=TATGGACCCCGCCGATGACGG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=210;WE=181759665;WS=181759647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	182355046	rs2296519	A	G	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=AGGACAAAACACTAAGAGTCA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=182355054;WS=182355036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	182356399	rs1058111	A	G	8826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.994;SC=GTAAAGTACTAGAGCCATCGA;SOR=0.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=318;WE=182356407;WS=182356389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,329:1.00:330
chr1	182369078	rs6698722	G	A	5351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=75;PP=2965;SC=AGCCAGAGACGGGTCTGTATA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=178;WE=182369086;WS=182369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	182369233	rs6674281	A	G	11664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=1.909;SC=AGCAGAGAATAAACGTGCAGC;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=213;TCR=189;TR=402;WE=182369241;WS=182369223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,417:1.00:418
chr1	182429295	rs10572829	CTG	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=10;PP=271;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ATGCGTGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=10;WE=182429306;WS=182429285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	182429363	.	A	ATG	120	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=120;QD=42.3333333333;SC=TTATGCCTGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=182429371;WS=182429353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr1	182429728	rs266508	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=727;ReadPosRankSum=1.301;SC=AATTTGTCTCTTTGCTTTTGC;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=51;WE=182429736;WS=182429718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr1	182443462	rs649437	T	C	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=2153;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CTGGCAGGACTTGCAGCATTT;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=286;TCF=158;TCR=128;TR=135;WE=182443470;WS=182443452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,144:0.47:306
chr1	182491107	rs607269	A	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.28;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	182491107	.	AGTGT	CGTGC,CGTGT	148	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10,16;NR=0,1;PP=148,82;QD=20.1467874862;SC=CTTATAATATAGTGTTCTCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10,17;WE=182491119;WS=182491097;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:17
chr1	182491111	rs12142736	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	182496829	rs7535533	A	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1377;ReadPosRankSum=0.799;SC=GAAGATCAGTATAGAGACCAA;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=168;TCF=67;TCR=101;TR=96;WE=182496837;WS=182496819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,101:0.57:177
chr1	182501933	rs266534	C	A	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=69;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GAAAGTAAGTCATTTCTGTAT;SOR=0.785;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=276;TCF=136;TCR=140;TR=133;WE=182501941;WS=182501923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,138:0.48:288
chr1	182502033	rs266535	G	T	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=65;PP=2087;SC=GCAGCCTGGAGTCTAGCAAAA;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=102;WE=182502041;WS=182502023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	182509269	rs266531	G	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=1461;SC=GACTATTTCAGTAGGCCAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=182509277;WS=182509259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	182509292	rs3856115	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=16;PP=1966;SC=ATGGATCCACAGTCTCCTTTC;SOR=2.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=81;TCR=16;TR=96;WE=182509300;WS=182509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	182509617	rs3911280	C	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=23;PP=645;SC=TAGGACTGCCCAGCAGAAACT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=182509625;WS=182509607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	182517357	rs6657620	G	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=593;SC=CTGGCCTTGCGTTTTTTGGGC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=21;WE=182517365;WS=182517356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	182544815	rs11807829	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=-2.181;SC=TGATTTCTATTGCAGAATGAA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=18;WE=182544823;WS=182544805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	182549019	rs533259	A	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=31;PP=1744;SC=TCACAGCTTCATGTAGTGGTG;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=182549027;WS=182549009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	182551337	rs627928	A	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1504;ReadPosRankSum=-1.637;SC=GAGCTTTCAGATCCTCAAATG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=104;WE=182551345;WS=182551327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,110:0.50:220
chr1	182554557	rs486907	C	T	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=91;PP=2824;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CAGGACATTTCGGGCAAATTC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=191;TCR=164;TR=197;WE=182554565;WS=182554547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,196:0.54:362
chr1	182569626	rs1144566	T	C	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=153;PP=2965;SC=CGTCAGCTCGTGGGTCTCATG;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=108;TCR=153;TR=261;WE=182569634;WS=182569616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	182571003	rs610367	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=0.627;SC=GGCCCTTCTACCTCTACACCT;SOR=0.257;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=17;WE=182571011;WS=182570993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	182571277	rs569790	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=947;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TCTGGGGTTGCGGGAAAGAAG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=63;WE=182571285;WS=182571267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr1	182573227	rs509476	T	C	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	182778367	rs971040	G	A	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=90;PP=2965;SC=CAAAGTAGACGGAGTAGCTTT;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=162;WE=182778375;WS=182778357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	182784022	rs2275171	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=-1.045;SC=ATGCATGGCATCTCACATGGT;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=44;WE=182784030;WS=182784012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr1	182835944	.	T	G	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=46;QD=11.5387446496;SC=AAACTATATTTCATAGTACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=182835952;WS=182835934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,7:0.41:17
chr1	182850727	rs6677840	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=790;SC=TAAGAATGACTTGGGAAGCCA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=182850735;WS=182850717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr1	182993025	rs10911194	C	T	6531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=0.773;SC=TCAACGCCGCCTTCAACGTGA;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=618;TCF=315;TCR=303;TR=296;WE=182993033;WS=182993015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,302:0.48:624
chr1	183072590	rs2296288	T	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1461;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GTGGTTCCTGTGAGAACACCT;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=113;WE=183072598;WS=183072580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,118:0.48:245
chr1	183077296	rs3835273	A	AG	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=580;ReadPosRankSum=0.078;SC=ATTTAGTGCTAAAGAGGGCGT;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=17;WE=183077304;WS=183077286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	183077615	rs3765521	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	183077618	rs3765522	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	183079509	rs2296291	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=2.089;SC=GCTCAGTTCCCCAGTTTACAC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=10;WE=183079517;WS=183079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	183079853	rs6672093	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=377;ReadPosRankSum=1.715;SC=GAAGAAGGAATGGGTGACTTT;SOR=2.239;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=21;WE=183079861;WS=183079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	183084607	rs3736888	AC	GA	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=1592;ReadPosRankSum=0.721;SC=GATTTTACTTACGTATCTGGC;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=45;WE=183084616;WS=183084597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr1	183085611	rs10689020	C	CA	122.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	183085696	rs6424888	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.232;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=993;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TGTTTTATCCATTTTTCATTG;SOR=0.178;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=72;WE=183085704;WS=183085686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,66:0.64:103
chr1	183085755	rs20563	A	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1508;ReadPosRankSum=0.539;SC=TGAATGTAATATTGAAACAGG;SOR=0.749;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=97;WE=183085763;WS=183085745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,98:0.52:189
chr1	183086757	rs2296292	A	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=748;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GCCTCTCTGCAGAAGACCTTG;SOR=0.480;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=60;WE=183086765;WS=183086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr1	183093875	rs20557	T	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TCGATCCCAATGCAGTTGGAA;SOR=1.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=56;WE=183093883;WS=183093865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,57:0.40:144
chr1	183094547	rs20558	T	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1202;ReadPosRankSum=0.821;SC=AATTGCAATCTGTATGGGACC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=114;TCR=64;TR=89;WE=183094555;WS=183094537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr1	183094802	rs10797850	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-1.317;SC=GCCTAATGTAGGCAAGGCATC;SOR=0.392;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=183094810;WS=183094792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	183095185	rs55856623	TAA	T	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=24.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.630;QD=16.46;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=1.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr1	183095234	rs1886501	A	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.910;NF=54;NR=31;PP=1246;ReadPosRankSum=1.127;SC=TGCCTGAGAAATGTCCTGTGT;SOR=0.886;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=85;WE=183095242;WS=183095224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr1	183095477	rs2296293	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=992;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GACTTTGACAGCCTCAGTCTA;SOR=1.155;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=60;WE=183095485;WS=183095467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr1	183096634	rs1413390	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.288;SC=GGTGAACAAGGTAGATGTGGT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=183096642;WS=183096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	183096668	rs1413389	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	183097956	rs34133998	G	GTTA	2503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.508;NF=1;NR=25;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.836;SC=CTAAAGCAAGGTTAGTATAGT;SOR=0.689;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=26;WE=183097964;WS=183097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,68:0.58:118
chr1	183098001	rs10797851	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=1.016;SC=TAAACTACTCATAGATTATAA;SOR=0.437;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=22;WE=183098009;WS=183097991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr1	183099701	rs2296300	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=1.482;SC=GATTGCAAACGTCTGAGGTGG;SOR=1.282;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=24;WE=183099709;WS=183099691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	183100555	rs2333620	T	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr1	183100563	rs4997370	G	T,GGT	1941.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.83;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,45,12:0.74,0.20:61
chr1	183100596	.	ATT	GTG	1081	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=57.37;NF=0;NR=22;PP=1081;QD=51.5667215846;SC=GTGTGTGTGTATTGTCTTATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=22;WE=183100606;WS=183100586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	183101427	.	AAAT	A	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=66;QD=36.5;SC=ACTCCATTTCAAATAATAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=2;WE=183101437;WS=183101423;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr1	183101444	rs12071514	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-2.125;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	183101451	rs12066735	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-2.722;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	183101471	rs12061219	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.836;SC=AGCATTACCTGAATTTTACTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=9;WE=183101479;WS=183101461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr1	183104013	rs2296299	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=876;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGTCTGTGATGATGCCGTACT;SOR=1.239;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=48;WE=183104021;WS=183104003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,50:0.42:119
chr1	183104340	rs35182436	AT	A	1576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.120;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.016;NF=7;NR=52;PP=659;ReadPosRankSum=2.220;SC=CACTAGAGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.107;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=11;TCR=95;TR=59;WE=183104349;WS=183104330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,82:0.57:144
chr1	183105399	rs2296296	C	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=253;ReadPosRankSum=-0.916;SC=AGCCCATGCTCTCTTCCATTT;SOR=0.084;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=14;WE=183105407;WS=183105389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	183105534	rs20560	T	C	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TTGATAGGCGTGTGAACGATA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=160;TCR=109;TR=143;WE=183105542;WS=183105524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,152:0.53:286
chr1	183105705	rs20561	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=909;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AGAGGATCGCGAGCGCTGTCC;SOR=0.296;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=57;WE=183105713;WS=183105695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr1	183106739	rs10797854	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=0.216;SC=TATAAAAGGAGCGGGAGCATA;SOR=0.208;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=183106747;WS=183106729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr1	183155482	rs684527	C	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=496;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCGGCCCGGCCCCGCCATGCC;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=34;WE=183155490;WS=183155472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr1	183155700	rs6678888	C	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=880;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CCTTCTCCTCCCCTATCTGGG;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=68;WE=183155708;WS=183155690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr1	183155715	rs60707856	CT	C	1980.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=2029;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TCTGGGGCTCCTCCAGAGACG;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=33;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr1	183155717	rs61418038	C	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=2025;ReadPosRankSum=0.208;SC=TGGGGCTCCTCCAGAGACGGA;SOR=0.507;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=44;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr1	183155778	rs6703054	A	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AAATAGTAAGACAATAAGCTG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=183155786;WS=183155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	183177218	rs647347	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=400;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GCTGAAAAGGACGGAAAGAGG;SOR=1.167;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=19;WE=183177226;WS=183177208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	183441977	rs3905118	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-2.059;SC=CCCTACCGCCCGGGCTGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=183441985;WS=183441967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	183471295	rs789193	G	T	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=219;SC=CCTTTCACATGAAGTCATTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=183471303;WS=183471285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	183486859	rs789169	G	A	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=117;PP=2965;SC=TCACAACACTGCAAGGCCAGG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=236;WE=183486867;WS=183486849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	183496658	rs2877978	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTAATATTGCAATAGGAATGA;SOR=0.576;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=15;WE=183496666;WS=183496648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	183516100	rs699246	G	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=0.899;SC=ATTTCAGAGCGTTTTTTCTCT;SOR=0.352;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=183516108;WS=183516090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	183516440	rs2702182	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=1.277;SC=CTGCTTCTCTGAGATACTGTA;SOR=1.426;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=10;WE=183516448;WS=183516430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	183525452	rs699244	T	G	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=114;PP=2965;SC=ATTTGTTATCTGTCACCCTTC;SOR=1.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=54;TCR=114;TR=168;WE=183525460;WS=183525442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	183529339	rs55761650	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=945;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TTAAGCTGAGGTTCTGTTGTC;SOR=0.595;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=69;WE=183529347;WS=183529329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,76:0.50:152
chr1	183532580	rs17849502	G	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TCAGCTTAGTGTGTTCCAGCC;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=84;WE=183532588;WS=183532570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr1	183534935	rs2296164	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=617;ReadPosRankSum=-1.901;SC=CAGGGAGCGACGGTCAGAACC;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=50;WE=183534943;WS=183534925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr1	183542323	rs17849501	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=0.349;SC=CACCTACCGTCGCCTTGCCTA;SOR=0.813;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=22;WE=183542331;WS=183542313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr1	183542387	rs2274064	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=823;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TCGAAACAGCTTGCCCACAGG;SOR=0.691;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=63;WE=183542395;WS=183542377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,69:0.43:160
chr1	183592416	rs2761573	G	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=12;PP=1091;SC=TATTTATGTTGATTACTCTTA;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=183592424;WS=183592406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	183592570	rs17488675	C	T	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=87;PP=2965;SC=GTGGGCTTCCCGGGCCTCCTC;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=167;WE=183592578;WS=183592560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	183604905	rs2767305	A	G	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=130;PP=2965;SC=TTCCGCTCTGAGGCGTCGCCG;SOR=4.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=10;TCR=130;TR=140;WE=183604913;WS=183604895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	183616926	rs1174657	T	C	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=111;PP=2965;SC=CCAAGGTCCTTGGTTTCCTGG;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=204;WE=183616934;WS=183616916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	183617105	rs1174658	A	G	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=83;PP=2965;SC=CATTTGAAAAAACTGTCCAGG;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=202;WE=183617113;WS=183617095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	183775638	rs11579867	A	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,83:0.48:173
chr1	183817016	rs3010054	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=1.880;SC=AGATATGTGAGGAAAGATTAA;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=16;WE=183817024;WS=183817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	183861021	rs75352181	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=1.094;SC=TGGCCAAGTCCACCTTAAAAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=183861029;WS=183861011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	183867080	rs150661515	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GAGAAGGGCCGTGTGCGTCTG;SOR=0.655;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=26;WE=183867088;WS=183867070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr1	183895435	rs4382680	A	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=692;ReadPosRankSum=1.801;SC=GAAGGGAGGGACCAGTGGCCC;SOR=1.363;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=31;WE=183895443;WS=183895425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr1	183908222	rs3010040	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AGGAGACTTACGGAACAGGGA;SOR=0.307;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=31;WE=183908230;WS=183908212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr1	183909717	rs2296713	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1131;ReadPosRankSum=0.135;SC=AGACTCACACGGGATGCTTGT;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=74;WE=183909725;WS=183909707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr1	183909934	rs1887278	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=466;ReadPosRankSum=0.988;SC=GTAAGGAAATGGCAGAGGAGA;SOR=0.131;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=35;WE=183909942;WS=183909924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr1	183942950	rs2296714	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=0.212;SC=GAGAATAACCCAGCCCTTCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=183942958;WS=183942940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	183944089	rs2077202	A	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CAAAAATTTCATTGTGCCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=183944097;WS=183944083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	183944444	rs2378795	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.153;SC=TTCTATCAATCCCAGGAAGTA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=183944452;WS=183944434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	183947633	rs11579482	C	A	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1376;ReadPosRankSum=1.611;SC=TTGTATTATCCACATTGTGAT;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=80;TCR=116;TR=94;WE=183947641;WS=183947623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr1	183947757	rs3833521	G	GA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=3.157;SC=GCTACTCCTGGAAAAAAAATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=183947765;WS=183947747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	184476621	rs9633308	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=1.097;SC=AGGCCACAGGTGAAAGGGTCT;SOR=0.197;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=14;WE=184476629;WS=184476611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	184702008	rs41264582	G	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1036;ReadPosRankSum=1.594;SC=GTTGAAAGCCGGTAAAAGTTT;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=75;WE=184702016;WS=184701998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr1	184863330	rs78908040	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1018;ReadPosRankSum=-2.020;SC=AGTTCCAGGCGCCAATGGTGG;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=66;WE=184863338;WS=184863320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr1	185108460	rs1208531	T	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=620;ReadPosRankSum=-1.390;SC=TTTTATCAAATACTGAAACAC;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=40;WE=185108468;WS=185108450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr1	185119794	rs1544051	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTAATTGTTGCAGCACATGAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=185119802;WS=185119784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	185159620	.	A	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=977;ReadPosRankSum=0.522;SC=AGCCTAGATTATTTCTGTGTC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=60;WE=185159628;WS=185159610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr1	185984517	rs6665753	T	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1037;ReadPosRankSum=0.087;SC=ATACGTGTCATGTAGCCAATG;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=76;WE=185984525;WS=185984507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr1	185988567	rs11290212	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr1	186026474	rs12129650	T	C	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1679;ReadPosRankSum=-1.713;SC=CTGCCTTCCATAACCTGGTTC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=110;WE=186026482;WS=186026464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,121:0.49:247
chr1	186030902	rs10737266	G	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AATTTTTACCGAAATTGAGCA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=12;WE=186030910;WS=186030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	186031041	rs7522627	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1417;ReadPosRankSum=0.510;SC=AATATACTTGCGTTGTAAGGA;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=132;TCR=134;TR=109;WE=186031049;WS=186031031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,118:0.41:285
chr1	186039006	rs761905	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TTTATACTCACCATTAAAGAC;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=186039014;WS=186038996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	186050417	rs10798035	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1046;ReadPosRankSum=0.432;SC=GCACTGATAGAGTGTTTATCC;SOR=0.870;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=74;WE=186050425;WS=186050407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,80:0.50:160
chr1	186055371	rs6425017	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=794;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TATATTTACTATTATAGTTCC;SOR=1.009;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=49;WE=186055379;WS=186055361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr1	186057181	rs10911816	T	C	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1856;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTTTTTCCCCTAGATATGCAA;SOR=0.653;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=244;TCF=116;TCR=128;TR=106;WE=186057189;WS=186057171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,115:0.45:257
chr1	186064760	rs1022671	A	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.854;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	186076224	.	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr1	186077463	rs1555495	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=0.047;SC=GTTTGTAATTATCTAGGCTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=186077471;WS=186077455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	186081918	rs7555520	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=35;PP=1364;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ATTTTAACGGCAAATTTCTTT;SOR=1.104;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=229;TCF=139;TCR=90;TR=102;WE=186081926;WS=186081908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,101:0.43:234
chr1	186086578	rs10157742	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr1	186105796	rs41317497	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=961;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCTTTTTTCCGTAGGTCCTCC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=60;WE=186105804;WS=186105786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr1	186113852	rs17531405	G	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=81;PP=2281;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GTTGGAAATAGTGAGTCAACA;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=110;TCR=150;TR=143;WE=186113860;WS=186113842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,144:0.54:268
chr1	186121995	rs114364265	AC	TT	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TGCTGAAGTCACTGTAAAGGT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=100;TCR=129;TR=107;WE=186122004;WS=186121985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,120:0.50:241
chr1	186135236	rs6425021	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=330;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCTATAAGCAGTTATTTTTAC;SOR=0.951;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=23;WE=186135244;WS=186135226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr1	186141301	rs4651302	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1085;ReadPosRankSum=0.659;SC=AGATCAGTTTGCCGTCAACAA;SOR=0.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=171;TCF=61;TCR=110;TR=78;WE=186141309;WS=186141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,83:0.45:185
chr1	186151493	rs16825040	C	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=748;ReadPosRankSum=0.620;SC=AGTTTTTTTTCAATAATCATT;SOR=0.404;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=120;TCF=33;TCR=87;TR=50;WE=186151501;WS=186151483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr1	186265948	rs1293987	T	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=753;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATGAAAGAGCTGTTTTCTGAT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=48;WE=186265956;WS=186265938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr1	186270894	rs1547084	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=1.308;SC=AGATCTGTGCACCTACCTTAG;SOR=0.413;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=42;WE=186270902;WS=186270884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr1	186273994	rs2273779	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=656;ReadPosRankSum=-2.323;SC=TTCAACAATTCGGAAAATCAA;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=54;WE=186274002;WS=186273984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr1	186275460	rs139300692	CAAG	C	4764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.763;NF=37;NR=42;PP=2968;ReadPosRankSum=-2.148;SC=TAAAAGATAACAAGAAGAACA;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=79;WE=186275470;WS=186275450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,130:0.49:265
chr1	186276661	rs61831150	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.809;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,103:0.52:199
chr1	186277088	rs68069719	G	C	18957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.566;NF=294;NR=368;PP=2965;ReadPosRankSum=1.331;SC=TCCACCACCTGTGACAAGCCC;SOR=0.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=665;TCF=294;TCR=371;TR=662;WE=186277096;WS=186277078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,672:1.00:673
chr1	186277989	rs3737940	A	G	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.255;SC=TGAGAAAACCAAAGACGACAC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=526;TCF=252;TCR=274;TR=255;WE=186277997;WS=186277979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,268:0.48:553
chr1	186305914	rs12085497	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=0.842;SC=TAACTTATTAATTTGCTTTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=186305922;WS=186305904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	186313249	rs2950829	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=0.866;NF=16;NR=50;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TATCAGAATAACAGATTTTCC;SOR=1.488;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=66;WE=186313257;WS=186313239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr1	186316656	rs3753564	G	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=445;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CTGTTATAAAGAGCTTATGAA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=25;WE=186316664;WS=186316646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	186329869	rs2026187	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	186330643	rs10494586	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=14;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=1.803;SC=TACCTAATTCTGTCCCAAATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=14;WE=186330651;WS=186330633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	186330695	.	TA	T	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr1	186352347	rs4651309	A	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GCTAGAATCAAGAAGATTTAG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=186352355;WS=186352337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	186357523	rs1290390	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.711;SC=TCAACACTCATCTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	186358588	rs1003127	A	G	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=42;SC=ATATGTACGCATATCTTTAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=186358596;WS=186358578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	186363119	rs12084264	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=244;ReadPosRankSum=-0.205;SC=ACTAGTCATTCTTTTGATGTC;SOR=0.448;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=22;WE=186363127;WS=186363109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr1	186413714	rs11812050	G	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.688;SC=ATTCTCAACCGAAGGAGTGTA;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=186413722;WS=186413704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	186649221	rs2745557	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=19;PP=1278;SC=AGTTCTTTCGAACTCTAGCGG;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=65;WE=186649229;WS=186649211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	186862419	rs7519192	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=221;ReadPosRankSum=0.950;SC=AGCTTGGTAGACTAGAATCTA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=186862427;WS=186862409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	186863385	rs2307193	TAA	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TTATGTTAGATAAAGTCTATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=186863394;WS=186863375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	186901738	rs12720584	TTCTTCTTTTAAAA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=1256;ReadPosRankSum=0.120;SC=CGGCCTTATTTTCTTCTTTTA;SOR=0.551;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=3;WE=186901758;WS=186901728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	186919732	rs4650709	A	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.13;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	186919993	rs969357	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=61;PP=1745;SC=GTAGCTTTCTGTTGAGAGAGA;SOR=2.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=186920001;WS=186919983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	186925168	rs5007825	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=358;SC=CACCGTGCCCAGCCCAAAGAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=186925176;WS=186925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	186925194	rs5007824	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=657;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TTTAAACATGTATTTTGGAGT;SOR=5.211;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=25;WE=186925202;WS=186925184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr1	186925552	rs2307199	T	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=54;PP=1763;SC=GCATTTTAATTATTATTAACA;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=186925560;WS=186925542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	186946638	rs2891262	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.34;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	186946641	rs2891263	C	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	186946912	rs2307198	G	A	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=89;PP=2850;SC=AGAAAGTACAGGGCTCCAGGT;SOR=1.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=52;TCR=89;TR=141;WE=186946920;WS=186946902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	187610852	rs10159182	A	T	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=88;PP=2460;ReadPosRankSum=2.183;SC=CCATGTGCCCATGGAATCTCC;SOR=0.744;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=169;WE=187610860;WS=187610842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,179:0.54:330
chr1	187611003	rs12076164	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=1.067;SC=CAATATCAGCATTTAAGTTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=10;WE=187611011;WS=187610993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	192128183	rs4454527	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=651;SC=AAACATTTTCGTATGTTACCC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=192128191;WS=192128173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	192129370	rs4329489	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=232;SC=TAATGTAAATGCAATTTTCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=192129378;WS=192129360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	192129667	rs143042454	CTGAT	C	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.540;NF=0;NR=11;PP=428;ReadPosRankSum=0.415;SC=AAATTTTTGTCTGATTGTTAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=11;WE=192129678;WS=192129657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	192335271	rs59139714	C	CTAAT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=239;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAAAAGTTAACTAATCACTAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=6;WE=192335279;WS=192335261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	192544795	rs2984920	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=652;SC=CACCAAGAAAAGGGGAACTTC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=192544803;WS=192544785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	192545099	rs7535818	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=72;PP=2071;SC=ATTTTAACAAGTTATCTTTAA;SOR=2.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=90;WE=192545107;WS=192545089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	192548229	rs2816307	G	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=750;ReadPosRankSum=0.336;SC=TTGCAGTAAAGAAAAGTATAT;SOR=1.274;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=46;WE=192548237;WS=192548219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr1	192548543	rs1323291	T	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-1.854;SC=TTGGCCTTTTTTGGGTGTCTT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=22;WE=192548551;WS=192548533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr1	192548559	rs2816308	G	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=242;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTCTTGACAGGCCAAGAAGAA;SOR=1.034;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=192548567;WS=192548549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	192779227	rs2746073	T	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=423;ReadPosRankSum=0.505;SC=TTGGTAAAAATGCGTTCAGCT;SOR=0.811;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=19;WE=192779235;WS=192779217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	192780088	rs5779653	GCT	G	5636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.452;NF=34;NR=64;PP=2966;ReadPosRankSum=0.313;SC=CATTCTGCATGCTCTCTTTTC;SOR=0.825;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=196;TCF=63;TCR=133;TR=98;WE=192780107;WS=192780078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,157:0.49:321
chr1	192780337	rs10607546	CAA	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	193046073	rs200326552	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=915;ReadPosRankSum=0.197;SC=TATTTTGATCGCATTAGAAAC;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=72;WE=193046081;WS=193046063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr1	193051685	rs2275444	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CTTTTGTTCCGAATTAGATCC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=33;WE=193051693;WS=193051675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr1	193054154	rs10921309	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TGAATAATACGTGTGTACCTA;SOR=0.976;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=27;WE=193054162;WS=193054144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	193074371	rs10801175	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.578;SC=ACGCCGCGGCACTCCTGCCCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=193074379;WS=193074361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	193074651	rs10921310	T	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.523;SC=GGTCACCTCCTCGCAGCTGAG;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=98;TCR=92;TR=93;WE=193074659;WS=193074641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,93:0.52:179
chr1	193090865	rs10737621	C	A	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=89;PP=2528;ReadPosRankSum=-1.497;SC=GGTACGCGCGCACCTGACGCC;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=348;TCF=173;TCR=175;TR=172;WE=193090873;WS=193090855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,180:0.50:360
chr1	193094368	rs71945947	TTATC	T	1496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.850;NF=1;NR=23;PP=1090;ReadPosRankSum=0.320;SC=TTCATTTTACTTATCTATCTA;SOR=0.572;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=24;WE=193094383;WS=193094358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr1	193094375	rs4466634	T	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.34;MQRankSum=-1.801;NF=13;NR=31;PP=1877;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TACTTATCTATCTATTTATCA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=44;WE=193094383;WS=193094358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr1	193107338	rs191498906	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=602;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GTAGGTAGTTTAGATATATGT;SOR=0.181;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=36;WE=193107346;WS=193107328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr1	193111228	rs147167392	TGA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr1	193205272	rs3738244	T	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=603;ReadPosRankSum=-2.433;SC=ATAAGACTCTTTCACATGAAT;SOR=0.626;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=35;WE=193205280;WS=193205262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr1	196227526	rs977157	A	G	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=77;PP=2800;SC=GGTCCGACTGATCACTGGATG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=139;WE=196227534;WS=196227516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	196242764	rs558895	T	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=771;SC=ATTTCTCGTATGGCTTTTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=196242772;WS=196242754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	196251522	rs2477357	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	196254970	rs2477360	C	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=59;PP=1724;SC=TGTTGACATACGTAAAAAGTT;SOR=3.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=196254978;WS=196254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	196303319	rs12410633	G	A	149.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=1.465;SC=ATATTTATGCGTGTGGTGTAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=196303327;WS=196303309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	196311513	rs6658788	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=0.971;SC=GTCTGAAGATGACATTATATG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=196311521;WS=196311503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	196342444	.	A	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=20;QD=13.6928031368;SC=TGTAAAAAATAAAACAAAATG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=196342452;WS=196342434;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr1	196438293	rs12746984	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=1.887;SC=TAGCAATAAGGATGCTTCCAT;SOR=1.206;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=16;WE=196438301;WS=196438283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	196461513	rs4607811	C	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=83;SC=ATGCAAGCAACCATATCTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=196461521;WS=196461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	196654324	rs1061147	A	C	10583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GAAATACAGCAAAATGCACAA;SOR=0.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=191;TCR=191;TR=381;WE=196654332;WS=196654314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,396:1.00:397
chr1	196658497	rs482934	G	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=739;SC=TCTAATATGAGTGTTTATTAC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=196658505;WS=196658487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	196658905	rs12029785	G	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=221;SC=TATTATGAGGGTTTCTTCTTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=196658913;WS=196658895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	196659237	rs1061170	C	T	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=48;PP=2122;SC=TAATCAAAATCATGGAAGAAA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=118;WE=196659245;WS=196659227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	196682947	rs2274700	G	A	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=0.021;SC=AAGAAAAAGCGAAATATCAAT;SOR=0.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=106;TCR=68;TR=174;WE=196682955;WS=196682937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr1	196684574	rs6664877	CA	TG	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=363;SC=TTTACGACAACAAATTCTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=196684583;WS=196684568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	196684625	rs203674	G	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=333;SC=TTTATTAGTAGATCTAATCAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=196684633;WS=196684615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	196705926	rs375046	C	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	196710916	rs16840522	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=412;SC=ATTGATTCTATATATCGCTAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=196710924;WS=196710912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	196874356	rs10801578	G	T	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=83;PP=2965;SC=CAACAGCAGAGGGAAATTCTT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=202;WE=196874364;WS=196874346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	196887181	rs1971579	T	G	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=82;SC=TATTATATTTTTGAAATGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=196887189;WS=196887171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	196920178	rs3828032	C	T	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=80;PP=2584;SC=ATGTTGTTCTCTCAGATGCTG;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=140;WE=196920186;WS=196920168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	196926956	rs3748556	C	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=13;PP=1434;SC=GCCTTGTTTGCATTTGCCTTA;SOR=2.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=196926964;WS=196926946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	196926973	rs3748555	C	A	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=22;PP=1947;SC=CTTATTTGAACTTGTATTTTT;SOR=2.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=87;WE=196926981;WS=196926963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	196946775	rs9427662	T	C	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=78;PP=2965;SC=TTTAGTTATATACGATTGAGA;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=178;WE=196946783;WS=196946765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	196964863	.	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.960;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=241;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TACGATCATGTGGTCCACCTC;SOR=2.472;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=13;WE=196964871;WS=196964853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	197070901	rs964201	A	G	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=71;PP=2940;SC=TATGTTCTGTACATCCTGAAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=161;WE=197070909;WS=197070891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	197141261	rs45512792	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CTATATATATATATCTATGAA;SOR=0.442;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=11;WE=197141269;WS=197141251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	197316435	rs1337167	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=30;PP=2048;SC=TCAATATGACTAAGAGTTGAC;SOR=1.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=197316443;WS=197316425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	197325908	rs2786098	T	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=43;PP=2435;SC=AGGCAAATGCTCTATAATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=197325916;WS=197325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	197390368	rs3902057	A	G	6657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=123;PP=2965;SC=TCAGCTGCCTATGTCCATCTG;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=110;TCR=123;TR=233;WE=197390376;WS=197390358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	197407942	rs980371	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=359;SC=TTCAGACAGAATGAAACAATA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=197407950;WS=197407932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	197482167	rs2013617	C	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=408;SC=AATGTGATTTCATAAGAAACA;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=197482175;WS=197482157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	197510025	rs3902061	G	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=213;SC=TTCTAATTTGGAAGTATAAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=197510033;WS=197510015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	197510299	rs3850628	G	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=232;SC=TCAGGGATACGCATATCACTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=197510307;WS=197510289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	197515777	rs4316386	A	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=690;SC=TCAAATAAACAGCATAAGTAT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=197515785;WS=197515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	197576307	rs11411505	A	AT	365.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=0.974;SC=TTCACTCTCTATAAAAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=197576315;WS=197576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr1	197741951	rs2477067	C	A	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.958;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=841;ReadPosRankSum=0.645;SC=GATCTTGTCCCAAAAAAAAGA;SOR=1.278;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=64;WE=197741959;WS=197741938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,63:0.94:67
chr1	197742171	rs2488396	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=336;SC=ATACATTTCACGTGACTGTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=197742179;WS=197742161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	197744098	rs117405403	G	C	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=166;SC=GCCTAGCGCCGTCCCGCCGGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=197744106;WS=197744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	197872019	rs4539165	G	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=787;ReadPosRankSum=0.423;SC=GACAGATCGCGGAGCTGCACG;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=54;WE=197872027;WS=197872009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr1	197874949	rs2270763	T	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1051;ReadPosRankSum=0.435;SC=ACTATGTGGATCCAGCTACTG;SOR=0.912;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=72;WE=197874957;WS=197874939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr1	197876533	rs1546244	C	A	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=203;SC=GCACATTGATCGTTATTTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=197876541;WS=197876523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	197890422	rs12122995	C	G	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=24;PP=2520;SC=TGACTCAACTCTTTCCTTCCA;SOR=2.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=86;TCR=24;TR=110;WE=197890430;WS=197890412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	197890802	rs13376365	T	C	3586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=87;PP=2497;ReadPosRankSum=0.407;SC=GTGCCTCCTATCCTCACCCCC;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=156;TCR=181;TR=164;WE=197890810;WS=197890792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,172:0.50:345
chr1	197898023	.	C	CA	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.9991;HP=12;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=22;MQ=56.57;NF=4;NR=0;PP=70;QD=19.0;SC=AAACCTATATCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=197898031;WS=197898013;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,4:0.36:11
chr1	198225478	rs72731918	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TACCTGTATGGGAAAGAAGAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=48;WE=198225486;WS=198225468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr1	198225658	rs6688481	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=234;SC=TGAAATTCTCTGTACCAACTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=198225666;WS=198225648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	198288709	rs6679100	A	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=76;PP=2198;SC=TGTGCAAGTCATACCTCCCCA;SOR=2.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=106;WE=198288717;WS=198288699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	198498325	rs199666384	AATAT	A,AATATAT	519.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.65;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,6:0.60,0.40:15
chr1	198505830	rs3736930	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-2.455;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr1	198663346	rs78958674	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.380;SC=ACGAGAGAAAGATGAAGACCA;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=198663354;WS=198663336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	198701289	rs1932433	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-1.447;SC=ATCTTAATTTTGATTACTCTA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=198701297;WS=198701287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	200080463	rs3828110	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr1	200089872	rs10494808	C	T	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=21;PP=1903;ReadPosRankSum=-1.962;SC=ATAGTTCTTACGACTCAGGTG;SOR=0.231;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=134;TCF=111;TCR=23;TR=101;WE=200089880;WS=200089862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,102:0.76:135
chr1	200090120	rs3762398	G	A	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=87;PP=2162;ReadPosRankSum=0.602;SC=CTCAACCAACGATTGCTAAAT;SOR=0.758;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=33;TCR=113;TR=113;WE=200090128;WS=200090110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,122:0.79:155
chr1	200143281	rs1060060	C	T	6663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGCACCTGAACGGGGATGTGC;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=382;TCF=187;TCR=195;TR=280;WE=200143289;WS=200143271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,289:0.73:397
chr1	200182654	rs6427805	T	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=875;ReadPosRankSum=1.739;SC=TCTCCTTCCGTCGGAACGACC;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=62;WE=200182662;WS=200182644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr1	200311868	rs2790109	C	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=105;PP=2965;SC=CTTCTCTTCTCCTGTCTCAAA;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=207;WE=200311876;WS=200311858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	200311910	rs2225986	T	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,36:0.24:151
chr1	200342046	rs6677545	A	C	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=31;PP=2325;ReadPosRankSum=0.208;SC=GATTGGGTTAAATTCAAATCA;SOR=0.697;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=137;TCR=40;TR=128;WE=200342054;WS=200342036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,132:0.71:185
chr1	200544650	rs35571944	TAC	T	3468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.616;NF=62;NR=9;PP=2797;ReadPosRankSum=1.076;SC=ATATACAATTTACACACACAC;SOR=2.987;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=108;TCF=85;TCR=23;TR=71;WE=200544661;WS=200544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,112:0.95:118
chr1	200567596	rs2809358	T	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=252;SC=CAGTATGAAATTGTTAAATTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=200567604;WS=200567586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	200574959	rs2808238	T	C	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=943;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATGCTCTTTCTATCTAGTGAA;SOR=0.733;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=59;WE=200574967;WS=200574949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr1	200575744	rs10577607	CTAAA	C	1397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=1191;ReadPosRankSum=1.254;SC=GGGTAGAAGGCTAAATAAATA;SOR=0.332;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=27;WE=200575755;WS=200575734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr1	200575794	rs2794410	A	G	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=27;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CAATGAGAATACAATAAAGAT;SOR=1.239;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=161;TCF=119;TCR=42;TR=118;WE=200575802;WS=200575784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,119:0.73:164
chr1	200578093	rs2794409	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.898;SC=AATTTATTTTGATGTTTTGCA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=59;WE=200578101;WS=200578083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,65:0.76:85
chr1	200583380	rs2808241	T	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=798;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TGGCCATGACTGATTTGAACT;SOR=1.412;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=54;WE=200583388;WS=200583370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr1	200594005	rs2808257	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=5.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.617;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr1	200594240	rs2809350	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=76;PP=2158;SC=GAGGTATTAGGTGATCTCAAT;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=17;TCR=76;TR=93;WE=200594248;WS=200594230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	200618238	rs6665604	T	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=61;PP=2562;SC=GCGACTTCTCTGAATGTATAG;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=159;WE=200618246;WS=200618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	200619530	rs2809365	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=7;PP=1291;SC=CCATAAAACATAGTTAACTGC;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=53;WE=200619538;WS=200619520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	200776641	rs7552353	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:607,125:0.17:732
chr1	200816521	rs2172666	G	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.51;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,64:0.94:68
chr1	200816658	rs2131834	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=576;SC=TATGTACCTATTTAATTTGTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=200816666;WS=200816648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	200819424	rs150601775	AT	A	2775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.712;NF=8;NR=86;PP=1414;ReadPosRankSum=0.078;SC=TGTGTTGGATATTTTTTTTTT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=11;TCR=125;TR=94;WE=200819433;WS=200819414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,126:0.86:146
chr1	200843307	rs34290042	T	TCCCG	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.864;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,15:0.11:136
chr1	200868493	rs72225687	GTGTGTGTGCA	G	4653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.637;NF=48;NR=48;PP=2989;ReadPosRankSum=0.616;SC=AGATGTGTGTGTGTGTGTGCA;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=96;WE=200868510;WS=200868481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,140:0.89:158
chr1	200876788	.	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	200880978	rs296520	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.18;QD=30.48;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	200881172	rs296521	C	A	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=105;PP=2965;SC=GGAGCACCCGCCCCCACTCAC;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=144;TCR=105;TR=248;WE=200881180;WS=200881162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	200943793	rs71991687	CAGGA	C	18541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=175;NR=110;PP=2970;SC=CTGCCCACACCAGGAAGGAGA;SOR=2.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=207;TCR=133;TR=285;WE=200943804;WS=200943783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	200944057	rs296565	G	A	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=160;PP=2965;SC=AGAGGATCAGGGCTGGTGAGG;SOR=4.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=14;TCR=160;TR=174;WE=200944065;WS=200944047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	200944840	rs296563	T	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=55;PP=1694;SC=AGTGGGAGGATGGAAGGCAGG;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=200944848;WS=200944830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	200945778	rs296561	G	C	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=34;PP=2480;SC=CCTTCTTTGGGGTGATTTCTT;SOR=2.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=94;TCR=34;TR=128;WE=200945786;WS=200945768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	201009897	rs6427875	T	C	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=98;PP=2436;SC=CCAGGAGCCCTGAGTCAACAG;SOR=1.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=46;TCR=98;TR=144;WE=201009905;WS=201009887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	201020105	rs6702590	A	G	6027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=79;PP=2965;SC=GGCCCTCAGCATCTCACCAGG;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=146;TCR=79;TR=223;WE=201020113;WS=201020095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	201028299	rs56021911	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=5.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,60:0.19:310
chr1	201031307	rs2297903	A	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=63;PP=1936;SC=GGGGAGTGTGAAGGAGAAATG;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=75;WE=201031315;WS=201031297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	201038687	rs7415038	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:669,110:0.14:779
chr1	201044748	rs1998721	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,82:0.15:539
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chr1	201081283	.	A	AC	2779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=-2.372;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,122:0.67:183
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chr1	201113118	rs3738266	A	G	9277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CCATTATCTGAGGCCAGGGCT;SOR=0.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=137;TCR=207;TR=342;WE=201113126;WS=201113108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr1	201115822	rs3752978	A	G	10064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.623;SC=GCGATTGGAGAATGGCGTGTG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=254;TCR=238;TR=392;WE=201115830;WS=201115812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,409:0.80:510
chr1	201116018	rs3752979	C	G	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=119;PP=2965;SC=AGGGCCACCACGTCTTAGAGC;SOR=1.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=63;TCR=120;TR=182;WE=201116026;WS=201116008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	201120730	rs2068152	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.742;SC=AGACAGTTGACAACTATGAAA;SOR=0.157;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=201120738;WS=201120721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	201122784	rs6684980	C	T	8963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=217;NR=87;PP=2965;SC=CTCTGTGCCCCACCCTTCCTC;SOR=1.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=217;TCR=87;TR=304;WE=201122792;WS=201122774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	201122947	rs1925361	T	G	18111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=298;NR=354;PP=2965;SC=GGCCGTGCACTGTGGTCGTGA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=653;TCF=298;TCR=355;TR=652;WE=201122955;WS=201122937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr1	201162411	rs12089471	G	A	5534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.929;SC=AGTCAAAGAGGAGGCAGAACT;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=268;TCF=162;TCR=106;TR=221;WE=201162419;WS=201162401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,230:0.82:280
chr1	201162643	rs10800761	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-1.602;SC=ACAGTGACGCGATCTCAGCTC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=201162651;WS=201162633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr1	201163191	rs1107128	G	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,39:0.21:187
chr1	201166281	rs7533096	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,100:0.15:685
chr1	201166383	rs4915221	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:685,111:0.14:796
chr1	201166435	rs11589317	T	C	17341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=370;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TGAGACTCACTGTCATCGAAG;SOR=0.361;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=657;TCF=286;TCR=371;TR=655;WE=201166443;WS=201166425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,661:1.00:662
chr1	201169601	rs35998091	C	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=88;PP=2170;ReadPosRankSum=-0.595;SC=ACCATAGGTGCCTCACACCTG;SOR=0.101;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=121;TCF=15;TCR=106;TR=103;WE=201169609;WS=201169591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,108:0.86:125
chr1	201170772	rs10157730	A	G	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=37;PP=2965;SC=ATGGTACCAGAGCCTATGAGG;SOR=2.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=134;TCR=37;TR=170;WE=201170780;WS=201170762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	201170824	rs10158976	C	G	11712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.893;SC=AGCTCTCCTGCTGGGTGTTTG;SOR=1.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=263;TCR=163;TR=423;WE=201170832;WS=201170814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,429:1.00:431
chr1	201171007	rs10800762	T	G	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=127;PP=2965;SC=CAGGGATGCTTCAGGTCTAGT;SOR=2.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=31;TCR=127;TR=158;WE=201171015;WS=201170997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	201173104	rs832160	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,42:0.15:286
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chr1	201175227	rs832156	C	A	9726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.084;SC=AGGATAAAGACCTTCAGTCCA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=482;TCF=286;TCR=196;TR=403;WE=201175235;WS=201175217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,408:0.84:486
chr1	201175274	rs9651057	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,103:0.17:596
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chr1	201176018	rs10753895	A	G	4630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GAAGCTGGAGACAGCAATGGG;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=96;TCR=133;TR=175;WE=201176026;WS=201176008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,180:0.77:234
chr1	201176108	rs12094334	G	A	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.555;SC=GAATCCTGGGGTTCTCAGGGA;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=180;WE=201176116;WS=201176098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,186:0.80:233
chr1	201176968	rs12063867	A	G	7425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCCAGGAGAAATGGGGTCCGG;SOR=0.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=173;TCR=180;TR=293;WE=201176976;WS=201176958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,301:0.83:361
chr1	201177246	rs72751165	T	C	14290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=315;NR=287;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.359;SC=ATTCAGATGGTGGCCTAGGGA;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=745;TCF=393;TCR=352;TR=602;WE=201177254;WS=201177236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,591:0.81:732
chr1	201177278	rs7551098	C	T	16631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=356;NR=337;PP=2962;ReadPosRankSum=0.457;SC=ACAGGGTCTGCGGGTAGAGGT;SOR=0.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=860;TCF=448;TCR=412;TR=693;WE=201177286;WS=201177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,690:0.81:851
chr1	201177538	rs7551538	G	T	15764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=370;NR=280;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.015;SC=ATGCCCTGGTGCTAAGGCCTC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=772;TCF=438;TCR=334;TR=650;WE=201177546;WS=201177527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,651:0.84:773
chr1	201178470	rs12757706	G	A	10892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=0.213;SC=GTGGTTTAAGGGGTTCTGGGG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=562;TCF=290;TCR=272;TR=452;WE=201178478;WS=201178446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,458:0.81:567
chr1	201178788	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=15;MQ=54.04;NF=518;NR=408;PP=2962;QD=20;SC=ATGGTTTAGGAGGTTCTGGAG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=1883;TCF=992;TCR=891;TR=926;WE=201178796;WS=201178778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:957,926:0.49:1883
chr1	201178819	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=16;MQ=54.39;NF=337;NR=411;PP=2962;QD=20;SC=AGTGAATGAAGCAGGTTATAG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1681;TCF=787;TCR=894;TR=748;WE=201178827;WS=201178809;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:933,748:0.44:1681
chr1	201178866	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=55.25;NF=178;NR=299;PP=2962;QD=20;SC=TAGGTTCAGGAAGTAAGGCAG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=1044;TCF=423;TCR=621;TR=477;WE=201178874;WS=201178856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:567,477:0.46:1044
chr1	201178904	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=27;MQ=47.55;NF=195;NR=235;PP=2962;QD=20;SC=GGGGGTTCTGAAGAAATGGGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=803;TCF=333;TCR=470;TR=430;WE=201178912;WS=201178894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:373,430:0.54:803
chr1	201178924	.	AAG	GAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=42.89;NF=207;NR=219;PP=2944;QD=20;SC=GTCAGTGAATAAGGCAGGTTA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=745;TCF=328;TCR=417;TR=426;WE=201178934;WS=201178913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:319,426:0.57:745
chr1	201181217	rs12070918	A	G	24735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.46;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,1027:0.81:1271
chr1	201181223	rs12070919	A	G	51440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.38;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1243:1.00:1243
chr1	201181920	rs12060924	G	T	14461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=314;NR=308;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AAAACCAGGGGTTTAGCCAAG;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=774;TCF=396;TCR=378;TR=622;WE=201181928;WS=201181905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,631:0.81:782
chr1	201182779	rs2282413	A	G	13127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=365;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GCTGGCTCCCATGGGCTAGAG;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=637;TCF=193;TCR=444;TR=526;WE=201182787;WS=201182769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,530:0.82:643
chr1	201183363	rs2282415	C	T	12309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=306;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CGGGGGAGGCCGCCACACTCT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=630;TCF=376;TCR=254;TR=510;WE=201183371;WS=201183343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,515:0.81:639
chr1	201183402	rs1568810	T	C	14315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=313;NR=316;PP=2962;ReadPosRankSum=0.090;SC=ACCTGGGACCTGGCACCTGGT;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=782;TCF=393;TCR=389;TR=629;WE=201183410;WS=201183392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,633:0.80:787
chr1	201184097	rs4915496	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,103:0.19:554
chr1	201184275	rs2275673	C	T	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCACCCTGACCGTCCAGGGTA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=61;TCR=143;TR=161;WE=201184283;WS=201184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,168:0.80:209
chr1	201187764	rs10920144	T	C	15809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=297;NR=301;PP=2965;SC=CATCGGATGCTGTCTTTGCTC;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=600;TCF=299;TCR=301;TR=598;WE=201187772;WS=201187754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr1	201187828	rs3738268	T	C	9902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=223;PP=2965;SC=GAGGTGAGCATGGGATAGCCC;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=151;TCR=224;TR=374;WE=201187836;WS=201187818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr1	201187954	rs6667020	C	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=43;PP=1326;SC=TGAGCCACATCTTAGGGGCCC;SOR=3.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=201187962;WS=201187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	201190732	rs3738269	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:549,116:0.17:665
chr1	201193668	rs6687494	G	T	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=9;PP=2160;SC=TTTTCTTGTCGACGTTGTGTT;SOR=3.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=79;TCR=9;TR=88;WE=201193676;WS=201193665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr1	201197471	rs3753973	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1000;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:854,143:0.14:997
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chr1	201285759	rs1779297	A	G	9437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=170;PP=2965;SC=AGGATGAGAAATACCAGGCCA;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=160;TCR=171;TR=330;WE=201285767;WS=201285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
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chr1	201286614	rs11336457	GA	G	7033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.562;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.349;NF=95;NR=86;PP=2988;ReadPosRankSum=0.588;SC=TTTTTGGTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.254;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=249;TCF=128;TCR=121;TR=181;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,274:0.99:277
chr1	201286628	rs1772823	C	G	15183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=240;NR=137;PP=2965;SC=AAAAAAATCACCTTTGAGTAG;SOR=1.373;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=244;TCR=137;TR=377;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	201288007	rs1794868	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=13;PP=328;SC=ACATTCAGCCGGTGCATAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=201288015;WS=201287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	201288898	rs1722759	A	C	13814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=289;NR=190;PP=2965;SC=CCACCCCCAGATCCACTTCTG;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=481;TCF=290;TCR=191;TR=479;WE=201288906;WS=201288888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	201290968	rs1779292	T	G	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=36;PP=2965;SC=CCCAGGCTGATAGTGTGGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=154;TCR=36;TR=187;WE=201290976;WS=201290958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	201291066	rs2071960	C	T	25736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=582;NR=323;PP=2965;SC=CCTGTCGGGCCGGGCAGAGGC;SOR=1.431;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=908;TCF=585;TCR=323;TR=905;WE=201291074;WS=201291056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,903:1.00:903
chr1	201292110	rs1779288	T	C	10854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=260;NR=134;PP=2965;SC=AGGCTCCCCATTGACCCCCCT;SOR=1.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=261;TCR=134;TR=394;WE=201292118;WS=201292100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	201293512	rs36076398	TG	T	7086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=61;PP=2951;SC=CCATGGTGCCTGGGAAGCCAC;SOR=1.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=139;WE=201293520;WS=201293502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	201293970	rs1620046	C	T	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=8;PP=1726;SC=GCTCAGAGCCCGGCAGAAGGC;SOR=3.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=66;WE=201293978;WS=201293960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	201293985	rs854505	G	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=11;PP=2167;SC=GAAGGCTATCGAAGAGTGTGG;SOR=3.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=77;TCR=11;TR=88;WE=201293993;WS=201293975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	201331554	rs1104859	T	G	17103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=59.96;NF=344;NR=279;PP=2965;SC=GAGAGGCCCATAGAAAAAGAC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=623;TCF=344;TCR=279;TR=623;WE=201331562;WS=201331529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr1	201331664	rs2365652	C	A	7975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=188;PP=2965;SC=GCCGGGTTTACTAGGACGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=87;TCR=188;TR=275;WE=201331672;WS=201331654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	201334382	rs3729547	G	A	21593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=344;NR=443;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.162;SC=AGTGAGCCTCGATCAGCGCCT;SOR=0.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=789;TCF=344;TCR=445;TR=787;WE=201334390;WS=201334372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,802:1.00:803
chr1	201335899	rs1573230	C	T	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=14;PP=2965;SC=TACTGCACCCCGTTCCATCAT;SOR=4.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=138;TCR=14;TR=152;WE=201335907;WS=201335889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	201336984	rs3729843	C	T	14907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=337;PP=2965;ReadPosRankSum=1.132;SC=GAGCTCAAGTCCCCCCCTCCG;SOR=1.044;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=553;TCF=212;TCR=341;TR=548;WE=201336992;WS=201336974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,559:1.00:560
chr1	201337170	rs3729842	A	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=14;PP=2548;SC=AATCTTAGTCAATAGGAGAGT;SOR=3.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=90;TCR=14;TR=104;WE=201337178;WS=201337169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	201338553	rs10800776	T	C	9291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=250;PP=2965;SC=CCCTGCTTGGTGCTGTCCAGC;SOR=2.408;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=80;TCR=250;TR=330;WE=201338561;WS=201338543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	201338586	rs10920183	A	G	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=143;PP=2965;SC=CCCAGCATGGAACACTGGGGT;SOR=3.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=25;TCR=143;TR=168;WE=201338594;WS=201338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	201338896	rs10920184	T	C	18691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=386;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AGGCTGCACTTGGGACAGCAG;SOR=0.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=678;TCF=387;TCR=291;TR=676;WE=201338904;WS=201338886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,685:1.00:686
chr1	201339043	rs12049476	C	T	8482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=206;PP=2965;SC=AGAGAGCCCGCGGCAGGAGCA;SOR=1.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=83;TCR=207;TR=289;WE=201339051;WS=201339033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	201341175	rs45533739	CAGAAG	C	27006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=209;PP=2971;SC=TGCTTCTGCTCAGAAGAGAAG;SOR=1.506;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=416;TCF=175;TCR=241;TR=368;WE=201341187;WS=201341165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr1	201341341	rs868407	C	T	13582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=329;PP=2965;SC=CAAACACACACGCCTGCACAC;SOR=1.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=475;TCF=145;TCR=330;TR=474;WE=201341349;WS=201341331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr1	201353827	rs10920189	G	C	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=78;PP=2965;SC=GTGCCCTACCGCACAGCCTGG;SOR=1.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=162;TCR=78;TR=239;WE=201353835;WS=201353817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	201356428	rs4915230	C	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=51;PP=1461;SC=AGGCCCTGGCCTCCCCGGCTC;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=201356436;WS=201356418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	201383616	rs2026593	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=9;PP=1757;SC=CTCCAGCCCCACCCTGCCCCG;SOR=3.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=73;TCR=9;TR=80;WE=201383624;WS=201383606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	201383643	rs2026594	A	C	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=28;PP=2965;SC=CTGCCAGGCTAACCTGCAGGG;SOR=2.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=129;TCR=28;TR=157;WE=201383651;WS=201383633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	201437477	rs1256930	A	T	9460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.096;SC=ACCTGCCTTGACCTCAGCACT;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=462;TCF=323;TCR=139;TR=385;WE=201437485;WS=201437467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,388:0.84:463
chr1	201437832	rs35383942	C	T	10677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.517;SC=GCAGCGCTTCCGCTTCCACAG;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=500;TCF=172;TCR=328;TR=414;WE=201437840;WS=201437822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,426:0.83:512
chr1	201453289	rs576697	T	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=49;PP=986;ReadPosRankSum=0.286;SC=CCTAGGACCCTGCCTGCATGC;SOR=0.638;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=54;WE=201453297;WS=201453279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,55:0.87:63
chr1	201687406	rs11588142	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=0.789;SC=AGGTGGGGAGGAGGTGACAGG;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=143;TCR=27;TR=145;WE=201687414;WS=201687396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,146:0.87:168
chr1	201687451	rs11576721	A	G	11673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=317;NR=115;PP=2965;SC=GCTGGGGTGCATGTGAGGGGA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=317;TCR=116;TR=432;WE=201687459;WS=201687441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	201688515	rs9662744	T	A	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=16;PP=2222;ReadPosRankSum=0.017;SC=TGCAACTTCCTAATCCCTACC;SOR=1.097;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=102;TCR=19;TR=104;WE=201688523;WS=201688505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,105:0.87:121
chr1	201688832	rs67974334	T	C	4835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ACTGCCACTTTCACTCTCCCT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=74;TCR=152;TR=193;WE=201688840;WS=201688822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,196:0.86:229
chr1	201749520	rs529581	G	C	22858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=503;NR=292;PP=2965;SC=CTGTTTTAACGATTGACCTTC;SOR=1.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=798;TCF=505;TCR=293;TR=795;WE=201749528;WS=201749510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,806:1.00:806
chr1	201749778	rs116041086	C	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,15:0.14:107
chr1	201752429	rs527725	A	C	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=15;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CTCTGTGCTTAGCAAATAGGC;SOR=3.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=192;TCR=15;TR=205;WE=201752437;WS=201752419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr1	201754396	rs199798576	T	TTC	190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=15.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	201772863	rs34105833	T	TG	18006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=360;PP=2936;SC=GTTTGGGGGGTGGGAAGTAGG;SOR=2.095;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=420;TCF=25;TCR=395;TR=381;WE=201772871;WS=201772853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr1	201773566	.	CT	C	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=1028;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=4.303;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:724,128:0.15:852
chr1	201788804	rs11803449	G	A	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=5;PP=2319;SC=GTAGAGTCAGGGTCTCTCTTT;SOR=4.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=82;TCR=5;TR=86;WE=201788812;WS=201788794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	201824390	rs11576508	G	A	12083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=253;PP=2965;SC=GCGGGAAACAGTAACTTGAGA;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=425;TCF=172;TCR=253;TR=425;WE=201824398;WS=201824380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	201837934	rs34353605	CGT	C	12605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;MQRankSum=0.736;QD=21.81;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:66,512:0.89:578
chr1	201837956	.	TGA	T	2994	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.58;NF=51;NR=316;PP=2994;QD=20;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGATC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=475;TCF=71;TCR=404;TR=367;WE=201837965;WS=201837946;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:108,367:0.77:475
chr1	201840059	rs150361248	GTTATT	G	9186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=114;PP=2976;SC=TTGGTCCTGAGTTATTTTATT;SOR=2.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=16;TCR=149;TR=126;WE=201840071;WS=201840049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	201840464	rs2644124	T	C	6878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=149;PP=2965;SC=AGGTAGAACCTCATCTTTCTT;SOR=1.407;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=251;TCF=82;TCR=169;TR=231;WE=201840472;WS=201840454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	201844128	rs2678203	G	A	13756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=1.650;SC=GATCCCAACAGTGGGGTACCC;SOR=0.450;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=514;TCF=237;TCR=277;TR=510;WE=201844136;WS=201844118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,505:1.00:506
chr1	201860626	rs2250377	A	G	28949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=1079;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=483;NR=593;PP=2965;SC=CTGGCTTCATATACCCACCTA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1080;TCF=484;TCR=596;TR=1076;WE=201860634;WS=201860616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1077:1.00:1077
chr1	201861016	rs2279681	C	G	21644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=569;PP=2965;SC=TGATGCCAACCTTGGGAGATG;SOR=2.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=733;TCF=164;TCR=569;TR=733;WE=201861024;WS=201861006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr1	201865763	rs8028	A	G	25352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=931;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=375;NR=535;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GTGCAGTGGGACTGACAGTGA;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=915;TCF=378;TCR=537;TR=910;WE=201865771;WS=201865752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,927:1.00:929
chr1	201924504	rs3806355	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,63:0.12:541
chr1	201938482	rs58623305	C	T	1342.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=0;PP=1080;ReadPosRankSum=0.445;SC=AGGGTTATAGCTTTAATTTAG;SOR=6.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=50;TCR=1;TR=46;WE=201938490;WS=201938477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,48:0.92:52
chr1	201952294	rs73074403	C	G	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=68;PP=2006;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TTCCGGCCCCCAGCCGCCCTG;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=96;WE=201952302;WS=201952284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,102:0.84:121
chr1	201952310	rs112370844	T	G	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=61;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCCTGCACCCTCACCTACCCC;SOR=1.241;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=83;WE=201952318;WS=201952300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,88:0.83:106
chr1	201952574	rs4950806	T	C	9056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.600;SC=TTTCTAACATTTTCCGTGGCT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=263;TCR=152;TR=355;WE=201952582;WS=201952564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,369:0.85:433
chr1	201952755	rs4950807	T	A	8099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GTTAAAGCTCTTATCTTTGTT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=384;TCF=144;TCR=240;TR=325;WE=201952763;WS=201952745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,333:0.85:391
chr1	201969082	rs1130790	G	A	13196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=317;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGCTGCGTCAGCACATGGACA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=638;TCF=374;TCR=264;TR=538;WE=201969090;WS=201969072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,547:0.84:650
chr1	201970562	rs4332408	T	C	37295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=1353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=636;NR=712;PP=2965;SC=TCTGCTTTGTTTCATACCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1351;TCF=636;TCR=715;TR=1348;WE=201970570;WS=201970552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1347:1.00:1347
chr1	201970748	rs4131469	G	A	10727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=263;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.599;SC=CACTCCCCACGGGGCCAGAGA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=467;TCF=300;TCR=167;TR=410;WE=201970756;WS=201970738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,414:0.88:470
chr1	201980119	rs2819361	C	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr1	201981005	.	CA	C	164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.282;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.674;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr1	201983242	rs2819365	C	T	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=89;PP=2186;ReadPosRankSum=0.415;SC=TGCCACTTGGCTTCTTGCAAC;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=14;TCR=123;TR=98;WE=201983250;WS=201983232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,96:0.72:133
chr1	202092046	rs3795593	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=198;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGGCCCCCTGCACTCACCTGC;SOR=1.109;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=18;WE=202092054;WS=202092036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr1	202092332	rs3795594	C	G	5647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.108;SC=GCCAACCAAGCCCTTGGTGGC;SOR=0.469;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=313;TCF=199;TCR=114;TR=232;WE=202092340;WS=202092322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,227:0.73:313
chr1	202092360	rs3795595	G	A	11237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CCTAACCCCGGCAAGGATGGG;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=405;TCF=249;TCR=156;TR=402;WE=202092375;WS=202092350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,400:1.00:402
chr1	202092415	rs3795596	A	G	16625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=343;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=0.488;SC=ATCTGACAGGAGCACCAGGGC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=613;TCF=343;TCR=270;TR=612;WE=202092423;WS=202092405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,604:1.00:606
chr1	202092580	rs7516762	T	C	15809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=322;PP=2965;SC=ACCTGAAGAGTGCCTGGAACT;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=581;TCF=258;TCR=323;TR=580;WE=202092588;WS=202092570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr1	202096815	rs3820380	G	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=46;PP=1296;ReadPosRankSum=1.583;SC=GTCCTTCCTTGTCCCCATAGA;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=412;TCF=263;TCR=149;TR=123;WE=202096823;WS=202096805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,123:0.29:418
chr1	202107422	rs10531175	AACAC	A	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.724;NF=34;NR=3;PP=771;ReadPosRankSum=0.098;SC=TGCCCTCCCCAACACACACAC;SOR=0.735;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=37;WE=202107437;WS=202107412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr1	202113835	rs4989100	T	G	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.011;SC=CGAGCGCGGCTGCCGACGACT;SOR=0.471;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=215;TCF=15;TCR=200;TR=147;WE=202113843;WS=202113825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,152:0.71:215
chr1	202119308	rs7551879	T	C	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=36;PP=2144;ReadPosRankSum=0.540;SC=AATAAACAGCTCTAAGCAGAA;SOR=0.900;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=115;WE=202119316;WS=202119298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,117:0.80:147
chr1	202121643	rs10920337	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=13;PP=1613;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACAGTCCACAGGCTGCAGTGA;SOR=0.322;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=88;TCR=15;TR=79;WE=202121651;WS=202121633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,83:0.79:105
chr1	202122840	rs35407093	G	A	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1561;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GCCTGGCTCCGGGGGGGTGGT;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=96;WE=202122848;WS=202122830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,101:0.70:144
chr1	202128768	rs59879043	C	G	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=75;PP=2103;ReadPosRankSum=1.171;SC=AAGGCAGTCTCGGGGTAGAGT;SOR=0.469;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=46;TCR=109;TR=109;WE=202128776;WS=202128758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,109:0.70:155
chr1	202129826	rs4309039	T	C	7583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.614;SC=TCTGCCCTCCTGTGCCTGCTG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=427;TCF=221;TCR=206;TR=316;WE=202129834;WS=202129816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,326:0.75:436
chr1	202129895	rs3935295	G	A	8542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCAAGGCCCCGTTCCCTGGGA;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=492;TCF=254;TCR=238;TR=365;WE=202129903;WS=202129885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,371:0.75:497
chr1	202130754	rs3934648	T	C	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=136;PP=2965;SC=GCCCCCAACATGCACAATCCA;SOR=1.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=73;TCR=136;TR=209;WE=202130762;WS=202130744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	202155543	rs2993432	A	C	11830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.413;SC=ATCCTGGTGCACTGCAGGAGG;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=174;TCR=221;TR=392;WE=202155551;WS=202155533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,406:0.99:409
chr1	202156135	rs139095833	C	CCCTCGCT,CCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCT	3292.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=3,3;NR=11,11;PP=1093,2333;SC=CTGCAGGCCCCCCTCGCTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=14,14;WE=202156143;WS=202156125;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:63
chr1	202156482	rs3010088	G	A	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=70;PP=2965;SC=GAAGGAGTACGAGGTACACTT;SOR=1.949;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=189;TCR=70;TR=258;WE=202156490;WS=202156472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	202156628	rs3010089	A	C	10677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=229;PP=2965;SC=GCTGGCTCTTACGCACCCCTG;SOR=1.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=136;TCR=230;TR=365;WE=202156636;WS=202156618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	202163063	rs2361431	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=33;PP=1621;SC=GCTGCGGCCATCGCGCCGTGC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=84;WE=202163071;WS=202163053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	202163364	rs2077598	C	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=32;PP=1147;SC=CCTGGTCCTGCGGGCTGCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=202163372;WS=202163354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	202163516	rs1812761	C	A	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=52;PP=2965;SC=AAATACCAGGCGAGCAGGGAG;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=160;WE=202163524;WS=202163506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	202163621	rs3120747	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,88:0.26:344
chr1	202183308	rs10920362	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,46:0.27:169
chr1	202194441	rs3010067	G	C	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.723;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=10;PP=2132;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGCCTGGTGGGGGGTACTGTG;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=137;TCF=125;TCR=12;TR=95;WE=202194449;WS=202194431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,93:0.68:137
chr1	202196931	rs1452070	G	A	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=61;PP=2965;SC=AGTATTAAACGCATCGTAGAT;SOR=1.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=130;TCR=62;TR=191;WE=202196939;WS=202196921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	202197161	rs3795598	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,37:0.24:154
chr1	202266547	rs788827	C	T	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=50;PP=2965;SC=TCTCCCTGGCCAAGCCCAGAG;SOR=1.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=133;TCR=50;TR=183;WE=202266555;WS=202266537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	202266607	rs788826	C	T	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=152;PP=2965;SC=AAGCCTTTGCCCTAATGACTG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=196;TCR=152;TR=348;WE=202266615;WS=202266597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	202274936	rs705762	T	C	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.589;SC=GCAAGTCCTGTAGGGAGGTGT;SOR=0.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=230;WE=202274957;WS=202274926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr1	202276494	rs896551	C	T	11423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=0.291;SC=CCATCCACCCCGAGGCCTTCT;SOR=0.335;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=399;TCF=185;TCR=214;TR=398;WE=202276502;WS=202276484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,423:1.00:424
chr1	202287206	rs788795	T	C	14453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GGCGGGCCTGTCCCCCTGCCC;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=506;TCF=253;TCR=253;TR=501;WE=202287214;WS=202287196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,513:1.00:515
chr1	202287537	rs788794	G	A	11417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=161;PP=2965;SC=TGGCCGCCGCGCTGCCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=398;TCF=236;TCR=162;TR=397;WE=202287545;WS=202287527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	202287813	rs788793	T	C	15954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=300;NR=264;PP=2965;SC=TCCTCAGCTTTGCCTCCATGC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=565;TCF=301;TCR=264;TR=564;WE=202287821;WS=202287803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr1	202302232	rs17490864	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,65:0.21:307
chr1	202318316	rs930734	A	C	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=168;PP=2965;SC=CCTACAGATGAGCCTTTGACC;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=69;TCR=168;TR=237;WE=202318324;WS=202318306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	202386075	rs2843413	T	C	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.207;NF=77;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.750;SC=TGTGGCTTTGTAGTATTTGTA;SOR=1.504;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=79;TCR=165;TR=241;WE=202386083;WS=202386065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr1	202404058	rs12741420	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.394;SC=GGCTTAAACAACAGACATTTA;SOR=0.180;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=8;WE=202404066;WS=202404048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	202457784	rs3820374	T	A	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=98;PP=2941;SC=TGTCATTTTGTGTATCTACCC;SOR=1.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=45;TCR=98;TR=143;WE=202457792;WS=202457774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	202531741	rs2249811	C	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=22;PP=1786;SC=GCCCTGAGGTCTGGGAACGCT;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=85;WE=202531749;WS=202531731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	202536848	rs2292489	C	T	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=48;PP=2889;SC=CTAGACTGGGCGTTCTACTGG;SOR=1.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=105;TCR=48;TR=153;WE=202536856;WS=202536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	202572105	rs55968420	GCC	G	27188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.274;NF=109;NR=339;PP=2974;ReadPosRankSum=2.099;SC=CCCCCACTCTGCCCCCCCACA;SOR=0.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=504;TCF=126;TCR=378;TR=448;WE=202572120;WS=202572093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,662:1.00:664
chr1	202574784	rs1968583	G	A	14181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=229;PP=2965;SC=TGTCCTCCTGGCTCTCCCCAG;SOR=0.967;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=229;WE=202574792;WS=202574774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr1	202703053	rs4310498	G	A	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=152;PP=2965;SC=TGTCCGAGATGGCTTGGCCTT;SOR=1.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=67;TCR=152;TR=219;WE=202703061;WS=202703043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	202731986	rs140328663	C	CCTCAA	2882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=58;PP=2912;SC=TTCTCCACTTCCTCATCATCT;SOR=6.123;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=0;TCR=73;TR=58;WE=202731994;WS=202731976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	202743973	rs11337395	AT	A	491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=24.59;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	202777105	rs112577603	C	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=1;PP=798;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TAGGCAGCCCCAAACTTGACG;SOR=3.209;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=202777113;WS=202777096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr1	202795176	.	A	G	10253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=0.587;SC=AGCAGGGTGCAAGTGATGACG;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=546;TCF=237;TCR=309;TR=418;WE=202795184;WS=202795166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,431:0.77:561
chr1	202827191	rs6663182	G	A	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=36;PP=2930;SC=TCAGCCTCCCGACCAGAGACC;SOR=2.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=101;TCR=36;TR=137;WE=202827199;WS=202827181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	202827398	rs6687459	A	G	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=2.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	202887295	rs2275734	G	A	19327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=331;NR=368;PP=2965;SC=AGACAAATCCGTACCTGAATT;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=699;TCF=331;TCR=368;TR=699;WE=202887303;WS=202887285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,716:1.00:716
chr1	202889207	rs7520522	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=299;SC=TTTGAGAGGCTAAGGCAGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=202889215;WS=202889197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	202897431	rs10800882	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.91;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	202931839	rs2232854	G	A	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=117;PP=2965;SC=TGAAGTATGGGGAGAAGAAAG;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=70;TCR=117;TR=187;WE=202931847;WS=202931829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	202931958	rs2232853	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=813;SC=AGCTGGGAATGGGTATACTCA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=202931966;WS=202931948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	202931998	rs2232852	C	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=6;PP=1266;SC=TTAGCAGCACCGCCATCCCTG;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=202932006;WS=202931989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	202933657	rs2232847	T	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=726;SC=TGGCTATGGTTACCAGTCTTC;SOR=4.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=202933665;WS=202933647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	202933992	rs1418445	G	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=53;PP=1567;SC=CAATAATATAGTTGAGGGACA;SOR=4.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=57;WE=202934000;WS=202933982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	202934765	rs12125832	C	T	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	202936456	rs12137082	G	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=570;SC=CTCGCGGCTGGGGGGGCAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=202936464;WS=202936446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	203003641	rs10920550	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=857;ReadPosRankSum=0.599;SC=ACGAGGGCTCCGAAGAGTGTC;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=231;TCF=153;TCR=78;TR=69;WE=203003649;WS=203003631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,70:0.30:237
chr1	203003870	rs782800	G	A	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=161;PP=2965;SC=AGGGAAGGCCGAGGGGAGCTG;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=147;TCR=162;TR=307;WE=203003878;WS=203003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	203004627	rs5780134	A	AC	3897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=31.95;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	203006243	rs782805	A	G	23554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=500;NR=396;PP=2965;SC=AACTTTCCTCAGATCTAGACC;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=898;TCF=501;TCR=397;TR=896;WE=203006251;WS=203006233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,906:1.00:906
chr1	203008174	rs61821060	G	C	17524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=307;NR=313;PP=2965;SC=GAGGGGGACCGCCTGGGTCCC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=623;TCF=308;TCR=315;TR=620;WE=203008182;WS=203008164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr1	203008286	rs10920553	C	G	8662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=1.675;SC=GTCAGGAGACCTTGGCGGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=505;TCF=232;TCR=273;TR=375;WE=203008294;WS=203008276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,387:0.74:520
chr1	203012705	rs7547566	C	G	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=88;PP=2352;ReadPosRankSum=0.241;SC=ACACCTTGACCAAGAGAGCAG;SOR=1.183;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=62;TCR=119;TR=129;WE=203012713;WS=203012695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,133:0.72:184
chr1	203012906	rs4950908	G	A	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=19;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CAGTTGGGGCGGGAGCTCTGT;SOR=0.485;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=104;TCR=25;TR=91;WE=203012914;WS=203012896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,96:0.71:135
chr1	203040673	rs9803710	A	G	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=9;PP=1818;SC=AGCAGCTTCAAAAAGGTGTGT;SOR=3.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=71;WE=203040681;WS=203040663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	203053768	rs903356	T	C	10639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=195;PP=2965;SC=AGTCAGGCCTTACTTACCCCC;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=172;TCR=195;TR=367;WE=203053776;WS=203053758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	203054980	rs115855025	C	T	26906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=478;NR=595;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GAGCTCCGTCCGCTCGTAGCC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1288;TCF=574;TCR=714;TR=1073;WE=203054988;WS=203054970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,1092:0.83:1311
chr1	203055101	rs4950877	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:500,117:0.19:617
chr1	203098275	rs2228079	T	G	22400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=389;NR=560;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TGGCAATTGCTGTGGACCGCT;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1167;TCF=486;TCR=681;TR=949;WE=203098283;WS=203098265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,953:0.81:1175
chr1	203098455	rs10920569	T	C	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.196;SC=ACTCTGCCTTTCCGTGCTCCG;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=20;TCR=131;TR=133;WE=203098463;WS=203098445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,136:0.87:157
chr1	203137784	rs35823777	A	ACT	35457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=185;NR=226;PP=2957;SC=TCCTCCCGTGACTTCAGTGTG;SOR=1.089;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=440;TCF=194;TCR=246;TR=411;WE=203137792;WS=203137774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,777:1.00:777
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chr1	203174921	rs2486951	A	G	4950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GTGGGCACAGATAAGCCACAT;SOR=1.073;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=149;TCR=99;TR=197;WE=203174929;WS=203174911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,210:0.80:262
chr1	203175107	rs2494296	A	C	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5028;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=63;PP=1811;ReadPosRankSum=0.813;SC=GTTTGGGTGGACTGGCTCCCC;SOR=1.052;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=87;WE=203175115;WS=203175097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,93:0.85:110
chr1	203186950	rs150192398	C	CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT	5786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=13.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,135:0.70:194
chr1	203187341	rs142759151	T	TGGTCAA	5746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.504;NF=8;NR=113;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TATTGTATGCTGGTCAAGGTC;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=14;TCR=205;TR=121;WE=203187359;WS=203187331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,223:0.90:249
chr1	203188692	rs2486958	A	C	5606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.504;SC=ATTCTCTGCAATTGGCATCCT;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=179;TCR=82;TR=224;WE=203188700;WS=203188682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,228:0.85:268
chr1	203191262	rs2244385	C	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CCTCGGGGCTCAAAAGAAGCC;SOR=0.160;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=48;WE=203191270;WS=203191252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr1	203192448	rs3216011	GC	G	3076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.717;NF=8;NR=78;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GCCCCTGTGAGCCCCAGGTAG;SOR=0.541;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=12;TCR=109;TR=86;WE=203192456;WS=203192438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,102:0.80:127
chr1	203311736	rs1891180	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,26:0.13:205
chr1	203317162	rs7543148	C	T	13034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=216;PP=2965;SC=GGCAGTCGCACTCCTGGGGGC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=245;TCR=216;TR=461;WE=203317170;WS=203317152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr1	203652444	rs1419114	A	G	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=66;PP=2779;SC=AGCTGCGTTCAAGGGATGCAC;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=152;WE=203652452;WS=203652434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	203667409	rs2228445	T	C	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=118;PP=2965;SC=ATGTCACGCTTATCATCCTGG;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=98;TCR=119;TR=216;WE=203667417;WS=203667399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	203667536	rs6676272	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=572;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TTCCACCACCACCACCAAGCG;SOR=0.946;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=39;WE=203667544;WS=203667526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr1	203667577	rs139986068	TA	T	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.891;NF=0;NR=20;PP=629;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GGTTATAGCTTAAAACATTTC;SOR=0.813;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=20;WE=203667585;WS=203667567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	203670128	rs3820197	A	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=0.157;SC=GCAGATCTGGATAGAAAGCAT;SOR=1.641;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=203670136;WS=203670118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	203670179	rs3766752	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.480;SC=CAGATATCCAAACTCCTTGCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=203670187;WS=203670169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	203677250	rs3753036	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=1540;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTTCCTTTGCGTAGACACTTA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=91;TCR=123;TR=107;WE=203677258;WS=203677240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,113:0.51:222
chr1	203679934	rs2032018	A	G	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=36;PP=2254;SC=TTGCCAAAATACCTGTCAATG;SOR=1.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=116;WE=203679942;WS=203679924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	203689936	rs4951112	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=1.353;SC=GGAGTGAAGACTACGGTGTGT;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=10;WE=203689944;WS=203689926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	203740615	rs3737976	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GGTAGGTTTTTCCTTCTAATC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=74;WE=203740623;WS=203740605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr1	203741368	rs3737973	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TCACTGCAAACAAACAGCATG;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=19;WE=203741376;WS=203741358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr1	203743653	rs3766748	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.837;SC=ATTATGCAGACTTTCAGCCAT;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=80;WE=203743661;WS=203743643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,83:0.51:164
chr1	203766827	rs872032	T	C	4404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=99;PP=2658;ReadPosRankSum=0.512;SC=CAAAACAGCCTGCTAAAAAGA;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=191;TCR=177;TR=204;WE=203766835;WS=203766817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,213:0.55:386
chr1	203787700	rs4951260	T	C	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=29;PP=1336;SC=GTTTACAGGGTGACAGCTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=203787708;WS=203787690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	203803016	rs6694647	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=1118;ReadPosRankSum=1.341;SC=TTTCTTTTCTACTTGTTTGTG;SOR=0.606;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=203803024;WS=203803006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr1	203818973	rs41299639	C	A	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.188;NF=47;NR=60;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GAGATGTAGCCTCTTGCAATA;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=250;TCF=115;TCR=135;TR=107;WE=203818981;WS=203818963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,119:0.44:270
chr1	203819177	rs11808915	T	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1325;ReadPosRankSum=-1.533;SC=ATACTGTGTATTGCTTTAGGT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=92;WE=203819185;WS=203819167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,100:0.57:175
chr1	203821200	rs7512877	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=14;PP=963;SC=CTTTGTGTCCGTGAGACTAGG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=203821208;WS=203821190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	203821314	rs41264265	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.246;NF=57;NR=43;PP=1484;ReadPosRankSum=0.494;SC=CCTCACCCCCGGAGGTGTCTG;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=100;WE=203821322;WS=203821304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,97:0.48:202
chr1	203831022	rs150883455	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GTGGTCTTGGGGGGACCCCTG;SOR=0.156;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=203831030;WS=203831012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	204006538	rs4951291	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=354;SC=ATCACCTTCCTCTCATGCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=204006546;WS=204006528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	204006597	rs4951039	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=8;PP=943;SC=ACAAGCCCGCGCGATGGGAGT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=204006605;WS=204006587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	204009613	rs6683614	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AGGCATGGTGGCTTACACCTG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=204009621;WS=204009603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	204010389	rs10437107	G	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=87;PP=2543;SC=GGAATCGGGCGGAGTGATTAG;SOR=3.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=107;WE=204010397;WS=204010379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	204081655	rs940653	A	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=637;SC=ACACACACACACTTTCTCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=29;WE=204081663;WS=204081645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	204082002	rs2293336	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=908;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CAGAAGTTTACGACTGGGGAC;SOR=0.227;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=96;TCF=80;TCR=16;TR=58;WE=204082010;WS=204081992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr1	204103618	rs2293335	G	A	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=31;PP=2072;SC=TTTTCTCCACGTCCCACCATC;SOR=1.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=107;WE=204103626;WS=204103608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	204108961	rs11799485	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-1.394;SC=GCATGTTACTATACTGAATAC;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=204108969;WS=204108959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	204110334	rs10793755	A	G	8076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GACCTAAATCAAGGTCTAACT;SOR=0.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=171;TCR=129;TR=298;WE=204110342;WS=204110324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr1	204130376	rs2272237	G	C	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=49;PP=2877;SC=ATGCACAGTAGGGCAGGGGGA;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=159;WE=204130384;WS=204130366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	204214932	rs150373298	G	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.888;NF=31;NR=56;PP=1328;ReadPosRankSum=1.457;SC=AGACCCCTTGGAACCCACATC;SOR=0.870;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=62;TCR=106;TR=87;WE=204214940;WS=204214922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,90:0.57:159
chr1	204214975	rs66602475	TACACAC	T	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.853;NF=0;NR=32;PP=2000;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GCACCCTGTGTACACACACAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=32;WE=204214992;WS=204214965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	204379617	rs3014626	T	C	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=97;PP=2965;SC=TTGCCCCTTGTTAGCCTGTTG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=201;WE=204379625;WS=204379607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	204409281	rs3014631	C	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=18;PP=2907;SC=ATAAGCAAAGCGGTCCCCTCC;SOR=3.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=94;TCR=18;TR=111;WE=204409289;WS=204409271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	204413297	rs2292459	C	T	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	204413297	.	CGG	TGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=78;NR=62;PP=2947;QD=20;SC=GGGCCTGTTTCGGAGAAAGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=140;WE=204413307;WS=204413287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,140:0.97:145
chr1	204413299	rs2292460	G	A	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	204418889	rs2999492	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=442;SC=TCTCCCAAGGCGCACTGGCCA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=204418897;WS=204418879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	204418939	rs3014637	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=13;PP=793;SC=CCCTCCTCCCCTTCCAAGGCC;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=204418947;WS=204418929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	204426052	.	A	C	169	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=25;MQ=64.19;NF=8;NR=1;PP=169;QD=22.6412458386;SC=ACACACACACACCAGCCGAAC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=204426060;WS=204426042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	204429212	rs5013460	AT	TG	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	204429215	rs5013458	TA	AG	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	204429285	rs2999485	A	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=210;SC=AGAGGGAAGAAATGAAACATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=204429293;WS=204429275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	204429838	rs2271414	C	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=54;PP=2046;SC=GACTCAGTGGCAAGGGAGATA;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=96;WE=204429846;WS=204429828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	204433093	rs2271415	A	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=13;PP=1131;SC=CCCCCTCACAATCTTACTACC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=204433101;WS=204433083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	204433511	rs11455991	T	TC	1136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=1365;SC=GGAAATCGAGTCAAAACACAG;SOR=5.486;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=204433519;WS=204433501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	204434277	rs2942149	T	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=12;PP=1258;SC=AAAGAAAGTTTGGAAATGGAT;SOR=2.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=204434285;WS=204434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	204434438	rs45492196	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1395;ReadPosRankSum=1.036;SC=GTGTGGGGCCGGGAGCCCACC;SOR=1.289;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=87;WE=204434446;WS=204434428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,91:0.49:186
chr1	204438334	rs1124777	C	T	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=97;PP=2965;SC=GCAGTTTGCCCGGCAATTGTT;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=180;WE=204438342;WS=204438324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	204438643	rs1553921	G	T	6725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=99;PP=2965;SC=CCTGTGGGGAGAGTGAGTTGT;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=233;WE=204438651;WS=204438633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	204505976	rs35493922	GA	G	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=287;SC=ATAAGACAATGAAAAAAATTA;SOR=2.049;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=204505984;WS=204505966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	204506107	rs4245738	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=28;PP=1200;SC=ATCCAGATTTCAAGATCCCAT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=204506115;WS=204506097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	204512100	rs4252717	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=698;SC=AGGGAAGTGGTTTTTTTTCTT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=204512108;WS=204512090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	204515863	rs2290855	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=8;PP=837;SC=TTTTTGCTTTCAGTTAATTAG;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=204515871;WS=204515853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	204516025	rs2290854	A	G	10649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TTTAGCAAGAACTATTTTGCA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=212;TCR=158;TR=368;WE=204516033;WS=204516015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr1	204518842	rs4245739	C	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=46;PP=1354;SC=GCATTTATTCCGTTCACTTAC;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=204518850;WS=204518832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	204587240	rs3747632	G	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1032;ReadPosRankSum=1.315;SC=GCCCAGGACGGTCCCCTAAGG;SOR=0.614;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=70;WE=204587248;WS=204587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr1	204588140	rs3747630	G	A	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=50;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.458;SC=AGGCGCGGGGGTGGATGAAGG;SOR=0.698;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=280;TCF=163;TCR=117;TR=124;WE=204588148;WS=204588130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,132:0.46:289
chr1	204913271	rs12061847	C	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=1.491;SC=GGGGGCTCTTCGGTCCTCCAA;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=9;WE=204913279;WS=204913261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr1	204915393	rs2595960	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=37;PP=1799;SC=ATGCACCAGGAAGTGAGCTAA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=204915401;WS=204915383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	204917680	rs2068667	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=796;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTGGCTCGCTCACCTCTCTGG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=60;WE=204917688;WS=204917670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr1	204921258	rs12141283	A	G	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=104;PP=2619;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGTGAAGGGGAAAAAGAGTGC;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=383;TCF=161;TCR=222;TR=176;WE=204921266;WS=204921247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,165:0.45:370
chr1	204926980	rs7519658	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=856;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TGTCCCGGGGCTGGGGGCCAA;SOR=0.881;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=49;WE=204926988;WS=204926970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr1	204931077	rs12740109	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=389;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TTCACTGAGCGTATTGCCTTT;SOR=1.584;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=19;WE=204931085;WS=204931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	204943285	rs2595945	A	T	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=60;PP=2965;SC=GGCACTCGAGATTGCTTCTCT;SOR=1.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=166;WE=204943293;WS=204943275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	204943992	rs2794861	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=43;PP=1420;SC=GGAGAGGGACAAGGAGGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=204944000;WS=204943982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr1	204954993	rs2278795	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.298;SC=CAACTAACCCAGCCCTGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=204955001;WS=204954983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr1	204966428	rs2802808	C	G	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.897;SC=CTACCACCATCGCCACCACCA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=204;TCR=201;TR=207;WE=204966439;WS=204966418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,215:0.52:412
chr1	204966690	rs2794858	G	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=85;PP=2682;SC=ACCCGTGACTGGATGCTCAGT;SOR=1.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=143;WE=204966698;WS=204966680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	204966749	rs2595944	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=614;ReadPosRankSum=1.174;SC=TGACACACACACACTCCTTGG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=41;WE=204966757;WS=204966739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr1	204970148	rs10716288	TC	T	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=1.261;SC=TTTCTGACTCTCCCCTTTCCT;SOR=2.093;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=204970156;WS=204970138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	204970243	rs4950976	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=566;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GTGTCTCCATATCTCTGGTGC;SOR=0.489;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=37;WE=204970251;WS=204970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr1	204970302	rs4951151	T	C	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=949;ReadPosRankSum=-2.239;SC=CACCAGCCCCTGATGAGCAGT;SOR=0.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=73;WE=204970310;WS=204970292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr1	204970495	rs4951152	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=1.687;SC=CATTAAAGAGCTCCTGTGAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=204970503;WS=204970485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	204978533	rs1530745	A	G	12453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=227;PP=2965;SC=GTCCTTTAGCAGGGTAGTTTG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=451;TCF=224;TCR=227;TR=450;WE=204978541;WS=204978523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	204978643	rs1530744	C	A	17109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=317;NR=281;PP=2965;SC=CCATCTCCCCCATGAAATCAT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=600;TCF=318;TCR=282;TR=598;WE=204978651;WS=204978633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr1	205027561	rs9787409	G	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AAAGGATAAGGGACACCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=7;WE=205027569;WS=205027556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	205027737	rs2275697	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=680;ReadPosRankSum=0.413;SC=CCCAGTGAAAGCTCATGAAGG;SOR=1.345;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=46;WE=205027745;WS=205027727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr1	205028152	rs57918586	A	AC	1829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.420;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=1753;ReadPosRankSum=0.568;SC=CTGGGGTCCCACCCAGAGTGG;SOR=1.412;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=48;WE=205028160;WS=205028142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,70:0.41:169
chr1	205028823	rs5780262	A	AG	1498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.517;NF=2;NR=43;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GAGTGTGAAGAGGGAGGGGAA;SOR=0.736;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=5;TCR=80;TR=45;WE=205028831;WS=205028813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr1	205028883	rs35182846	CAG	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TGAGGGCAGGCAGAGTCAGGG;SOR=1.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=25;WE=205028892;WS=205028873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	205031116	rs2229866	C	T	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=78;PP=2541;ReadPosRankSum=0.155;SC=AACGGGGAGCCTCTGGCCTCC;SOR=0.475;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=320;TCF=179;TCR=141;TR=166;WE=205031124;WS=205031106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,172:0.52:331
chr1	205033283	rs1470637	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=2.230;SC=TAGTCCAGGCGGGAGATTTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=205033291;WS=205033273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	205033374	rs2305277	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=826;ReadPosRankSum=1.242;SC=ATGGCGTGGCTTCAAAGGGCA;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=101;TCR=41;TR=59;WE=205033382;WS=205033364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr1	205034434	rs3901740	G	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=73;PP=1613;ReadPosRankSum=0.245;SC=CCTCCTTCTAGAGAGACAGGG;SOR=1.135;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=174;TCF=43;TCR=131;TR=92;WE=205034442;WS=205034424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,94:0.51:186
chr1	205034488	rs4460698	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=488;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGAAACCCATAGCCTAAGCGC;SOR=0.904;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=28;WE=205034496;WS=205034478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr1	205034852	rs143128501	A	ATGGCCTGCTGCACTGGTCAGGGCCGGTGGTC	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.48;MQRankSum=4.726;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	205038731	rs2305275	C	T	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=62;PP=1805;SC=CCTCCCTGACCCCTCTCCCGC;SOR=2.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=78;WE=205038739;WS=205038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	205039288	rs12134724	T	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=66;PP=2153;SC=CTCAGTTCCATAGGAGGAGGT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=205039296;WS=205039278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	205040943	rs12117194	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=741;SC=ATGATCTAGTCTCCAGGTTCT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=205040951;WS=205040933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	205041015	rs11240349	G	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=28;PP=1748;SC=TGTGGGGGCCGGGGCAGCCCT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=205041023;WS=205041005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	205052939	rs4950979	G	A	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=73;PP=2965;SC=GCCTCTTGACGAGTCTCAAGT;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=205052947;WS=205052929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	205053219	rs4951168	C	T	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=76;PP=2965;SC=TTCTAAGCGCCGAGTCTGACA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=112;TCR=76;TR=188;WE=205053227;WS=205053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	205063949	rs3738154	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCAAGGGCTACACAAAGCAAG;SOR=0.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=10;WE=205063957;WS=205063939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	205065733	rs11577406	G	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=533;SC=CGCTCAAACAGGAAATTACCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=205065741;WS=205065723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	205074424	rs3738155	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=309;SC=TTTTGTTCCACGTATACTCAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=205074432;WS=205074414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	205083865	rs11240360	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=666;SC=TGCAAATATATAGTCATCATT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=205083873;WS=205083855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	205084120	rs7515178	G	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=47;PP=1179;SC=AAGAATAGAGGCAACAATAGC;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=205084128;WS=205084110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	205090885	rs61822619	C	G	13284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=281;NR=190;PP=2965;SC=CATAGCCGAACAGTGTCCCTA;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=472;TCF=282;TCR=190;TR=471;WE=205090893;WS=205090875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr1	205130413	rs3851294	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=33;PP=1459;SC=TGTAAAGAACAGCTTTCCAGA;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=205130421;WS=205130403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	205225457	rs1172147	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=15;PP=1453;SC=ATTGTCCTCAGCTGTGGACCT;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=205225465;WS=205225447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	205238275	rs1768586	A	G	13605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=246;NR=238;PP=2965;SC=ACAATGTGGCAGAGTATCTGA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=484;TCF=246;TCR=238;TR=484;WE=205238283;WS=205238265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr1	205238530	rs1779411	C	T	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=94;PP=2965;SC=GCTTTGGGGGCGGCGTGGTGG;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=203;WE=205238538;WS=205238520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	205239031	rs1668870	C	G	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=50;PP=1399;SC=CTGCCCACCCCCTCCTGCAGC;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=205239039;WS=205239021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	205240251	rs1668867	C	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=474;SC=CCGCCAGGTACGAGCGGCTGG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=205240259;WS=205240241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	205240913	rs9659978	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=587;SC=TCCTGAGCGCACACATGCCAG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=205240921;WS=205240903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	205272926	rs1106201	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CCGCGAGCTCCAAGGCTGTCT;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=136;TCR=94;TR=102;WE=205272934;WS=205272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,106:0.45:236
chr1	205272983	rs1106202	C	G	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=64;PP=2099;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GATGGAGGAGCAGCCCTGAAG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=159;TCR=138;TR=138;WE=205272991;WS=205272973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,146:0.47:313
chr1	205274174	rs10793728	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CAGAGGTCTCAACATTGGACA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=205274182;WS=205274166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	205275206	rs4951195	AG	TT	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=23;PP=2761;SC=GAGGCTTGAGAGTTGTGCTCT;SOR=1.501;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=73;WE=205275215;WS=205275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	205275421	rs4951197	A	G	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=53;PP=1883;SC=GGTTGGAGAGACCGAAGTCAG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=101;WE=205275429;WS=205275411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	205277671	rs41264883	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=405;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CCTGGGGACCACCCACTGAGA;SOR=1.465;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=26;WE=205277679;WS=205277661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr1	205290794	rs3738746	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=698;ReadPosRankSum=-2.281;SC=AGGGGAATCAGTAGGCTGTGC;SOR=0.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=51;WE=205290802;WS=205290784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
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chr1	205308368	rs1105387	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1130;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACTTGGGCTGCCGGTAGAGGC;SOR=0.459;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=133;TCR=44;TR=73;WE=205308376;WS=205308358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr1	205308591	rs1105388	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=54;PP=1262;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTGAGGACAGCGACAGTGAAA;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=32;TCR=96;TR=71;WE=205308599;WS=205308581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr1	205312280	rs7549293	C	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=381;ReadPosRankSum=0.842;SC=CAGCAAATGCCTGTTGGTTTC;SOR=2.454;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=24;WE=205312288;WS=205312270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	205312767	rs7526603	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=689;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GCCGGGAGAGGTGCGAGCGCG;SOR=0.226;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=40;WE=205312775;WS=205312757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr1	205325609	rs2298250	C	A	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=49;PP=1419;ReadPosRankSum=2.918;SC=ACCAGCAGGCCCTCAGAATGC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=112;WE=205325617;WS=205325599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,119:0.47:253
chr1	205353492	rs2274702	A	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=696;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GCCTCAGGCCACTGATAAACA;SOR=0.946;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=46;WE=205353500;WS=205353482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr1	205385498	rs6688045	C	T	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=93;PP=2965;SC=ACATCAATCACCAGGGTGAAT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=189;WE=205385506;WS=205385488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	205389460	rs16855560	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCTTTGTGGTTTTCTGTTTTC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=205389468;WS=205389450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	205492756	rs7529442	A	G	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=134;PP=2965;SC=CCATGGAGGTAAGGGCCTCTG;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=81;TCR=135;TR=215;WE=205492764;WS=205492746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	205495392	rs2297837	A	G	6902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=121;PP=2965;SC=AGCTGGGGGTAGAGGATCATT;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=228;WE=205495400;WS=205495382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	205495976	rs1544154	A	G	9024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=178;PP=2965;SC=GTGAGGCCTCAGGGGCAGGGT;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=139;TCR=178;TR=317;WE=205495984;WS=205495966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	205498021	rs7531230	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=1.539;SC=AGAGCCACGATCCCTGCAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=205498029;WS=205498011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	205549122	rs77822322	T	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GGGGAGGGCATGGGAGCTCCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=24;WE=205549130;WS=205549112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	205554085	rs7526132	G	C	5575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=3.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,159:0.41:384
chr1	205554095	rs7515820	A	C	5373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,148:0.42:355
chr1	205561494	.	CTCT	C	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=16;MQ=60.9;NF=0;NR=6;PP=65;QD=16.6666666667;SC=TCTCTCTGTGCTCTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=6;WE=205561504;WS=205561484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	205568213	rs2282449	C	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=2882;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ACACCTTCCACGTGAAGTTTT;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=154;TCF=105;TCR=49;TR=80;WE=205568224;WS=205568203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr1	205568216	rs41308411	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.710;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=2772;ReadPosRankSum=0.140;SC=CCTTCCACGTGAAGTTTTAAT;SOR=1.034;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=167;TCF=110;TCR=57;TR=80;WE=205568224;WS=205568203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,80:0.47:171
chr1	205568390	rs2282450	T	A	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=84;PP=2550;SC=GTAAGGAAAGTATCTGTTTCT;SOR=1.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=124;WE=205568398;WS=205568380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	205568438	rs2282451	G	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=369;ReadPosRankSum=1.036;SC=GTCGGGGAGCGGGGGAGCAGG;SOR=0.384;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=28;WE=205568446;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	205589574	rs1064406	C	T	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CAGGTTCAACCGGTGGCTTTT;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=413;TCF=198;TCR=215;TR=201;WE=205589582;WS=205589564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,209:0.49:427
chr1	205589975	.	T	TA	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-3.326;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr1	205600977	rs7417466	C	A	89.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	205615946	.	AC	A	393	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=59.28;NF=0;NR=9;PP=393;QD=45.0;SC=TAAAAAAAAAACACCTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=9;WE=205615955;WS=205615926;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:29,9:0.24:38
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chr1	205633573	rs56927917	T	C	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=53;PP=2073;ReadPosRankSum=1.183;SC=CCAGGTGGCATGTATCTGGAA;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=298;TCF=192;TCR=106;TR=145;WE=205633581;WS=205633563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,149:0.49:304
chr1	205696671	rs1772147	G	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=333;SC=TTGTATACTCGAGCACAGCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=205696679;WS=205696661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	205739396	rs823139	T	G	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=54;PP=2617;SC=TTAATAAAATTGTCAGGTGGG;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=140;WE=205739404;WS=205739386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	205744218	rs1572931	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=582;ReadPosRankSum=1.671;SC=GTCTGGGCTGCTCTGACGAGA;SOR=0.945;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=35;WE=205744226;WS=205744208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	205764640	rs823156	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=689;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GACACAGACAGAGGTCAGAGG;SOR=0.994;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=47;WE=205764648;WS=205764630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr1	205766159	rs5780304	CA	C	2773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.842;NF=15;NR=44;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CAAAATGACGCAAAGACCACT;SOR=0.645;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=132;TCF=29;TCR=103;TR=59;WE=205766167;WS=205766149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,97:0.47:205
chr1	205779231	rs11240569	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CAGCAGCCACGGTCCCAAAGC;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=104;TCR=48;TR=76;WE=205779239;WS=205779221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr1	205801872	rs1361754	A	G	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=78;PP=1888;ReadPosRankSum=-1.604;SC=ATCAGCCACAATGTTCTTCGT;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=282;TCF=136;TCR=146;TR=148;WE=205801880;WS=205801862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,149:0.51:293
chr1	205809642	rs10900525	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=0.928;SC=GAGCTGAAGGGGTGTCTCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=205809650;WS=205809632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	205811828	rs4951025	A	T	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=149;PP=2965;SC=GCTGCAATACAGTCACCACTG;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=157;TCR=149;TR=306;WE=205811836;WS=205811818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	205814497	rs1891460	T	C	10005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=179;PP=2965;SC=CCATAGATGATGCCATCACGC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=182;TCR=179;TR=360;WE=205814505;WS=205814487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	205814695	rs71633564	A	G	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.877;SC=ACTAGAAGCAAAAAGGGCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=69;WE=205814703;WS=205814685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr1	205817018	rs11540015	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.776;NF=9;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=0.328;SC=CTGACCTTTATGAATGTATTT;SOR=3.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=205817026;WS=205817008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	205884062	rs9438438	T	C	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=84;PP=2080;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCGAGCCGTGTGGGCTCTGGG;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=191;TCR=169;TR=177;WE=205884070;WS=205884052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,184:0.49:373
chr1	205884274	rs6669481	T	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTCTCACTCCTGTAAGGGTAG;SOR=0.578;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=87;WE=205884282;WS=205884264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr1	205886258	.	A	AG	363	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=16;MQ=59.52;NF=16;NR=1;PP=363;QD=22.3529411765;SC=GAAAAGAAAAAAAACAAAGAT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=17;WE=205886266;WS=205886248;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	205886376	rs35694044	T	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.085;NF=69;NR=50;PP=1697;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CTCTTCGCCCTGCTCCCACCC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=148;TCR=104;TR=119;WE=205886384;WS=205886366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,128:0.48:265
chr1	205887981	rs16856462	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=655;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TTGGAAGTTGTGTCCTGGGGT;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=43;WE=205887989;WS=205887971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	205889329	rs16856470	C	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=840;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AGAAGACCTTCACGCCGATCT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=63;WE=205889337;WS=205889319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr1	205889532	rs16856473	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.744;SC=CTGGAGTGTTGGCTGACGGTT;SOR=1.426;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=205889540;WS=205889522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	205890679	rs12759719	T	C	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=65;PP=2965;SC=TGCTTGCTGTTCCCGAGGGCC;SOR=1.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=160;WE=205890687;WS=205890669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	205893753	rs34907090	AT	A	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TTTAAATAGCATTTTTTGCAA;SOR=0.831;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=19;WE=205893761;WS=205893743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr1	205896235	rs11240594	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=0.791;SC=GAGACTAAGTGTGACAACAGT;SOR=1.012;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=18;WE=205896243;WS=205896225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	205896475	rs7366204	C	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=50;PP=1971;SC=TCTTGATTTACTTCCAATCCA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=205896490;WS=205896465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	205896647	rs34803033	A	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=59;PP=1603;ReadPosRankSum=1.465;SC=CTCCATCCACAGCCAGAGTGA;SOR=0.623;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=126;WE=205896655;WS=205896637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,130:0.51:255
chr1	205896948	rs3811424	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=0.414;SC=CCTCAGCCCAATGATCTCCCC;SOR=0.208;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=17;WE=205896956;WS=205896938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr1	206328647	rs28694519	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.751;SC=CATTTGAGAGGCCAAAAAAGA;SOR=0.100;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=12;WE=206328655;WS=206328637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	206328803	rs41302235	T	C	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2142;ReadPosRankSum=0.495;SC=TCACTGGCCCTTCCGACAAGA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=346;TCF=194;TCR=152;TR=151;WE=206328811;WS=206328793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,160:0.44:363
chr1	206516159	rs199928990	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.19;MQRankSum=0.674;QD=9.35;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr1	206566860	rs11361942	TA	T	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQRankSum=-7.444;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr1	206566904	rs2919105	T	C	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.443;NF=129;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=0.891;SC=CTTTTCAGCGTCAAGCCAAGT;SOR=1.053;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=302;TCF=213;TCR=89;TR=179;WE=206566912;WS=206566894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,168:0.58:289
chr1	206567084	rs75573336	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=-5.941;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,78:0.16:483
chr1	206567100	rs2480377	C	T	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.389;NF=40;NR=88;PP=1727;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGACATTCCCCGATACTATTG;SOR=0.510;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=361;TCF=103;TCR=258;TR=128;WE=206567108;WS=206567090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,128:0.35:364
chr1	206574682	rs12146010	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQRankSum=-1.428;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	206603535	rs2297539	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=814;ReadPosRankSum=-1.624;SC=CAATTCCTCTGGTGGTGGAAA;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=61;WE=206603543;WS=206603525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr1	206623685	rs12725078	G	T	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=55;PP=2626;SC=GACAAGAATTGTATGAGCACA;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=129;WE=206623693;WS=206623675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	206623866	rs11809494	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.094;SC=CAGAAGGAAGCGATTATATAT;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=12;WE=206623874;WS=206623856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	206626607	rs11120575	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1291;ReadPosRankSum=2.119;SC=CCCGAGAGCTGTCCTTTAAGA;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=96;WE=206626615;WS=206626597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,99:0.49:201
chr1	206626779	rs2483059	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=49;PP=1313;SC=CTCTATGGGAATGAGACTTCA;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=206626787;WS=206626769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	206626828	rs2483058	C	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=0.839;SC=GCCAACCCCTCGGGGGTCCAG;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=206626836;WS=206626818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	206631518	rs10864212	G	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.699;SC=GTTACAGTCTGTTTGGAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=206631526;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	206634429	rs17018890	A	G	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1318;ReadPosRankSum=0.170;SC=TACGGGAACTAGAACGGCAGA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=94;WE=206634437;WS=206634419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr1	206646427	rs1930437	C	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=541;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TGTGGAATGGCCACATGGAGC;SOR=1.091;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=30;WE=206646435;WS=206646417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr1	206647742	rs1539242	A	G	7739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=152;NR=111;PP=2965;SC=GCGAGGTGCAAGTGAGGGAGT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=152;TCR=111;TR=263;WE=206647750;WS=206647732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	206647787	rs1539243	T	C	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=135;PP=2965;SC=ACCAGAACATTGTCAAGCTCT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=139;TCR=136;TR=274;WE=206647795;WS=206647777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	206648037	rs2297546	C	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CCTGGAATAACTGACTTTGGA;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=206648045;WS=206648034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	206648378	rs1059704	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=0.233;SC=TCAGACCAGCGGCAGGCCTGG;SOR=1.646;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=16;WE=206648386;WS=206648368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	206651107	rs2297545	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=858;ReadPosRankSum=1.520;SC=GGATCACCACGGAGAAGCCGG;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=60;WE=206651115;WS=206651097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr1	206651350	rs2297543	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=0.304;SC=GTTGCTGGAACGAGTTCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=17;WE=206651358;WS=206651340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	206665896	rs2336940	C	G	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=92;PP=2965;SC=CGAGGGCTGACCTCCAACCCC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=184;WE=206665904;WS=206665886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	206666734	rs12026566	T	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1085;ReadPosRankSum=1.038;SC=GAGAAAGCGGTTGTGTATCTG;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=77;WE=206666742;WS=206666724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr1	206667441	rs2184030	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=876;ReadPosRankSum=1.324;SC=GTCCATTTTCGAAGAAGCCCT;SOR=0.848;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=51;WE=206667449;WS=206667431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr1	206669465	rs3748022	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=946;ReadPosRankSum=0.286;SC=GTCCCAGCACCTCCTGATGTC;SOR=0.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=71;WE=206669473;WS=206669455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr1	206670827	rs12754274	G	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=910;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGTGTGCTTCGAAGCGTGAAG;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=70;WE=206670835;WS=206670817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr1	206680983	rs2095124	A	C	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	206758077	rs4418597	T	A	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=104;PP=2954;SC=AAGCCCACCCTCTAAAACTCC;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=54;TCR=104;TR=158;WE=206758085;WS=206758067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	206766799	.	GGAGAGA	G	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	206766819	rs138574590	AGAGC	A	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	206766841	.	AGAGAGTGTGTGTGTGC	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	206766845	.	AGTGTGTGTGTGCGTGT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.484;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	206769047	rs11584983	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=504;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TCCTTGAACATTGTGTCTTTC;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=32;WE=206769055;WS=206769037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	206770283	rs11284613	AC	A	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TGTTCCAAAGACCCCCCCAAA;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=10;WE=206770291;WS=206770273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	206772194	rs373767533	ACT	A	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.001;NF=14;NR=1;PP=623;ReadPosRankSum=1.145;SC=CCAGACAATAACTCTGAGTGT;SOR=2.964;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=15;WE=206772203;WS=206772184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	206772753	rs4845116	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=697;SC=CACTACTCAGATTGAGAGGAA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=206772761;WS=206772743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	206773659	rs6662929	A	G	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=101;PP=2965;SC=GTCGTCCTTCAGGGCTGATGG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=195;WE=206773667;WS=206773649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	206776200	rs6668054	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	206776203	rs6675741	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	206778642	rs4077413	A	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.282;SC=TGGGCTTAGCAACTTGCTTAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=206778650;WS=206778632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	206810946	rs17013271	C	T	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=1;PP=1516;SC=ACATAGGATTCTATATTCTTC;SOR=6.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=53;WE=206810954;WS=206810936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	206904464	rs10863805	C	T	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1132;ReadPosRankSum=-2.273;SC=CTCCCACTTCCTTCCTCCTGT;SOR=1.006;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=80;WE=206904472;WS=206904454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,90:0.54:167
chr1	206904644	rs58152125	C	CGT	1009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.014;NF=1;NR=28;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GGGAAGAGCCCGTGTGTGTGT;SOR=1.027;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=3;TCR=76;TR=29;WE=206904653;WS=206904634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr1	206905043	rs4073250	C	T	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=39;PP=2075;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGACCATCACCGAGTTTATGA;SOR=0.922;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=306;TCF=205;TCR=101;TR=131;WE=206905051;WS=206905033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,135:0.42:319
chr1	206943297	rs3024509	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TGTCCATCACACTTAGGGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=25;WE=206943305;WS=206943287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	206943351	rs3024494	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=303;SC=CCAAATGCCTTGCCTCACAGC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=206943359;WS=206943341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	206944233	rs1554286	A	G	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GCAAGGGAAAAAACTGATCTG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=102;WE=206944241;WS=206944223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,107:0.56:190
chr1	206944645	rs1518111	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=528;ReadPosRankSum=1.075;SC=GGAAGCAGAGTCTCCCTTCCC;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=25;WE=206944653;WS=206944635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	206944861	rs1518110	A	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.262;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-2.380;SC=TTTTTTAAATAAAATTGGCTC;SOR=2.066;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=206944869;WS=206944851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	207009910	rs2243170	T	C	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=109;SC=TCCTCCCGGCTTGCCTTCGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=207009918;WS=207009905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	207014472	rs2243188	A	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=740;ReadPosRankSum=1.151;SC=GAGGTAGATCAGGAGGGTGCC;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=55;WE=207014480;WS=207014462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr1	207015957	rs2243191	T	C	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GAAGTAATGTTCTCAGCTTGA;SOR=0.604;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=75;WE=207015965;WS=207015947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr1	207016125	rs1798	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTGAAAATAGCCAAAAAGTCT;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=207016133;WS=207016115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	207040659	rs2232360	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=484;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TAGAGTTTCTGCCTGCTTCAT;SOR=1.362;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=26;WE=207040667;WS=207040649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr1	207072959	rs1150255	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=680;SC=GAGTCCTTCACAGCTTGCTAA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=207072967;WS=207072949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	207074905	rs1150258	T	C	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=65;PP=2965;SC=TTTCAAAAACTACCACAATAG;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=102;TCR=65;TR=167;WE=207074913;WS=207074895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	207075171	rs291107	T	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=1012;SC=TTAAAGGAGGTAGCCCCTTTC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=207075179;WS=207075161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	207086969	rs291083	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=372;SC=TTTCATATGGATCTCAATCAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=207086977;WS=207086959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	207087435	rs167082	C	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=51;PP=1726;SC=TCAGGGCCCCCGATACTGCAG;SOR=1.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=207087443;WS=207087425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	207108191	rs72570603	CAT	C	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=23;PP=1199;SC=ATGTCATATACATATATATAT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=24;WE=207108200;WS=207108181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	207109116	rs2275531	C	T	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=112;PP=2965;SC=GCCACAGAGCCTCCTGCCACC;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=97;TCR=112;TR=209;WE=207109124;WS=207109106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	207109167	rs6695632	G	A	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=67;PP=2072;SC=GTGGACTCTGGAAGCACAGAC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=99;WE=207109175;WS=207109157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	207110363	rs748140	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=12;PP=1397;SC=ATTGATGAATACACTCAGAGG;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=207110371;WS=207110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	207110936	rs291096	T	C	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=AGTTGGGATTTACATAACCAC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=168;WE=207110944;WS=207110926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	207111257	rs291095	G	T	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=136;SC=GCTTGACAGCGGTCTTCTCCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=207111265;WS=207111247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	207113755	rs2007272	G	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=338;SC=TCTGATTTTAGTGTCCCCAGG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=207113763;WS=207113745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	207132345	rs7556372	A	G	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=98;PP=2965;SC=GGGCTTTGCCAAAGGGGGAAA;SOR=1.128;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=174;WE=207132353;WS=207132335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	207135389	rs12121714	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.673;SC=TTGAAGGCAGCCTTCTTCTGA;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=207135397;WS=207135388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	207135546	rs1572808	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1183;ReadPosRankSum=0.403;SC=CCCATCAGCCGTCAGCTCATA;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=81;WE=207135554;WS=207135536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,83:0.50:166
chr1	207135991	rs11119925	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=1.016;SC=AATTAGGGGTCAAGTCAGAAA;SOR=0.045;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=207135999;WS=207135981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	207143422	rs1856746	A	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=45;PP=1881;SC=AGGAGAAAGCATCATTTCACC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=207143430;WS=207143412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	207195779	rs2842726	A	G	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=101;PP=2965;SC=TTAGGGATAGAAATTGGCATA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=208;WE=207195787;WS=207195769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	207235954	rs2075863	G	A	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=1465;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGATTTGGGTGTCTTCTACAG;SOR=0.724;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=274;TCF=160;TCR=114;TR=124;WE=207235962;WS=207235944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,141:0.48:295
chr1	207237233	.	G	GGGGTGTGTGTGTGTGTGT	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=15.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.26;MQRankSum=5.315;QD=7.88;ReadPosRankSum=-4.080;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr1	207241440	rs113179854	A	AGTGTGTGTGT	1142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr1	207243851	rs923109	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=0.263;SC=CCCTGTCTCCACTCAAATTAG;SOR=0.184;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=25;WE=207243859;WS=207243841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	207269919	rs8942	C	T	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AAGGAAATAACTTCACCTTAG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=87;WE=207269927;WS=207269909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr1	207288897	rs12031629	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
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chr1	207297680	rs1126618	T	C	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1407;ReadPosRankSum=1.718;SC=AAACAATAGGTGTTTGGAGAC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=256;TCF=126;TCR=130;TR=122;WE=207297688;WS=207297670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,130:0.48:271
chr1	207500293	rs4844591	C	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=862;SC=GCAAACCCACCTTTCAATATA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=207500301;WS=207500283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	207504669	rs2184476	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=38;PP=1125;SC=TTATATTTTTGCTTTATTCTT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=207504677;WS=207504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	207510289	rs2490257	T	C	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.345;SC=ACCAACACCTTAGAAACCCAC;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=83;TCR=202;TR=284;WE=207510297;WS=207510279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,292:1.00:293
chr1	207510548	rs10746462	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=6;PP=1390;SC=ACAGCCCAAAAATTCACCACA;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=207510556;WS=207510538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	207510596	rs10746463	G	A	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=48;PP=2965;SC=TCAGCAGCACGTAAGTCCACT;SOR=2.175;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=138;TCR=48;TR=186;WE=207510604;WS=207510586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	207512577	rs10641442	T	TTAA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=356;SC=CTTGATTAAGTTAATGTGTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=207512585;WS=207512567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	207520376	rs2404781	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=491;ReadPosRankSum=-0.555;SC=CTTGCTTCTGTCTCCTTCCTT;SOR=0.247;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=37;WE=207520384;WS=207520366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr1	207527285	rs11120753	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TATGATATAAGCAAGAACAAA;SOR=0.337;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=23;WE=207527293;WS=207527275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr1	207627693	rs3813946	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TGCTCCAGCCTTGCCCTCCCA;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=8;WE=207627701;WS=207627683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	207641840	rs2063143	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=419;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CATCATCTGACGGCTTTTTTT;SOR=0.246;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=21;WE=207641848;WS=207641830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	207642295	rs1507764	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=615;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TTGTGTGTGCGTGGTGTGGAC;SOR=1.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=42;WE=207642303;WS=207642285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr1	207646322	rs1048971	G	A	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CTGCTCCCCTGTGTAAACTTT;SOR=0.629;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=92;WE=207646330;WS=207646312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,95:0.47:202
chr1	207646462	rs17615	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TTGAAGGGCAGTAGTCAGATT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=88;WE=207646470;WS=207646452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,91:0.46:199
chr1	207646898	rs4308977	T	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AGGCTGCCAGTCACCTCCTGG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=60;WE=207646906;WS=207646888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,61:0.58:106
chr1	207646923	rs17616	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1118;ReadPosRankSum=0.490;SC=CACCATGGTCGTCATACAGGT;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=72;WE=207646931;WS=207646913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr1	207653178	rs12032512	C	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=624;ReadPosRankSum=0.880;SC=TATGATTATTCAGGAATTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=33;WE=207653186;WS=207653168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr1	207653395	rs17617	C	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AAACACAGAGCACGGTAAGTT;SOR=0.613;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=231;TCF=117;TCR=114;TR=85;WE=207653403;WS=207653385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,95:0.38:247
chr1	207653444	rs17258996	T	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=730;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GCACAAGTGGTTTCGGCTTCT;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=70;WE=207653452;WS=207653434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,80:0.37:217
chr1	207679307	rs4844600	A	G	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.369;NF=80;NR=78;PP=2414;ReadPosRankSum=-1.775;SC=TAACTGATGAATTTGAGTTTC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=185;TCR=182;TR=158;WE=207679315;WS=207679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,170:0.44:389
chr1	207782916	rs4844609	A	T	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=100;PP=2965;SC=GAGTTTCTTTACCCTCACTGA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=170;WE=207782924;WS=207782906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	207784968	rs3818361	A	G	5208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.576;SC=ATAAGATATAACAAAGGAAAT;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=518;TCF=255;TCR=263;TR=235;WE=207784976;WS=207784958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,246:0.46:533
chr1	207795320	rs2296160	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=304;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CCTTTTAGGTACACATGATGC;SOR=0.645;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=26;WE=207795328;WS=207795310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr1	207818658	rs115047031	T	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=805;ReadPosRankSum=1.188;SC=CTGGTGTTGCTGCTGTCCTCC;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=58;WE=207818666;WS=207818648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,59:0.37:158
chr1	207818719	rs11118237	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=838;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CGAGGCTAGAGCTCTGCTCAG;SOR=0.899;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=62;WE=207818727;WS=207818709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,65:0.38:169
chr1	207850938	rs114626298	C	T	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.287;NF=88;NR=110;PP=2893;ReadPosRankSum=1.494;SC=AGTGGGAACCCCTCTGTTAGT;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=160;TCR=207;TR=198;WE=207850946;WS=207850928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,212:0.55:388
chr1	207851611	rs2296158	A	G	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.873;NF=74;NR=90;PP=2243;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CATCCAGTTCAGATCCCAAAT;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=362;TCF=165;TCR=197;TR=164;WE=207851619;WS=207851601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,179:0.46:388
chr1	207857158	rs12411037	T	C	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.451;NF=75;NR=20;PP=1594;ReadPosRankSum=-1.731;SC=AAGTAGTAATTTAATTGGGTA;SOR=0.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=138;TCR=39;TR=95;WE=207857166;WS=207857148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,104:0.56:186
chr1	207888739	rs7553211	G	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.347;NF=19;NR=34;PP=680;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TCCAGTGTGTGAACGTGAGTA;SOR=1.123;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=53;WE=207888747;WS=207888729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,56:0.39:143
chr1	207941191	rs2724374	G	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=37;PP=1080;SC=CCTGCTTATAGTTTTTCAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=207941199;WS=207941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	207943547	rs111875396	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.751;SC=GGAATTGCAAAGTTTGTAAAG;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=207943555;WS=207943537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	207958929	rs111259499	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TTAGTTTTCAGAATTATATGT;SOR=1.038;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=14;WE=207958937;WS=207958919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	207959122	.	CTTTT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	207959136	rs373519619	T	TAA	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	208062260	rs2745952	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=58;PP=1884;SC=GCTCCAGCCCTCTGTGTGTGA;SOR=1.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=208062268;WS=208062250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	208062973	rs2745953	A	T	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1576;ReadPosRankSum=0.316;SC=CCGCCTGGGAAGACAGAGAAA;SOR=0.635;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=309;TCF=147;TCR=162;TR=123;WE=208062981;WS=208062963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,127:0.40:314
chr1	208063067	rs2179634	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=5.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-1.394;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr1	208063100	rs5780411	G	GA	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.49;MQRankSum=1.343;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	208207839	rs3736963	G	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=36;PP=2075;SC=GGTTCTCACCGTATCTGCTGA;SOR=1.397;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=109;WE=208207847;WS=208207829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	208208034	rs12128144	G	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=61;PP=1469;SC=AGATAGCTGTGGGGTAGAGAG;SOR=2.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=78;WE=208208042;WS=208208024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	208208124	rs6540448	C	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=168;SC=ATAACCCAATCAAATAGCTAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=208208132;WS=208208114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	208211887	rs905100	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=471;SC=TGTCTCCCGATTGCACCTTCT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=208211895;WS=208211877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	208213125	rs1751580	A	G	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=125;PP=2965;SC=GTGGGCACAGACAGGGCAGGA;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=249;WE=208213133;WS=208213115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	208219164	rs1536471	A	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=6;PP=1646;SC=GCCAGGAGCGAGGGGCGCCCT;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=64;WE=208219172;WS=208219154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	208252489	rs2274445	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=4;PP=392;SC=CCCCCCACATTAAACTCACTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=208252497;WS=208252481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	208255877	rs6540453	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=47;PP=1193;SC=GGCAGAGGCATGGGGCTCATG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=208255885;WS=208255867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	208276399	rs10654695	C	CCTCT	8438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=36;PP=2973;SC=GAGGACAATTCCTCTCTCTGC;SOR=1.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=99;WE=208276407;WS=208276389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	208390086	rs1664227	G	C	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1644;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TTACCGCCTTGGTGCACTGGA;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=143;TCR=96;TR=118;WE=208390094;WS=208390076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,118:0.48:247
chr1	208390469	rs3748735	C	T	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GAGTTGATGGCCACACCCTCA;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=476;TCF=253;TCR=223;TR=233;WE=208390477;WS=208390459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,245:0.49:496
chr1	208391085	rs12120681	G	A	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.031;SC=CCACATAGACGGCCCCCGTCC;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=223;TCR=208;TR=220;WE=208391094;WS=208391075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,221:0.50:441
chr1	208391254	rs2782948	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1624;ReadPosRankSum=0.320;SC=GGGCCAGGGCCGCCTCTGTTC;SOR=0.491;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=108;WE=208391262;WS=208391244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,109:0.54:202
chr1	209605636	rs3842530	TAGCAGCAGCAGC	T	1804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=2997;SC=GCCACCACCGTAGCAGCAGCA;SOR=1.347;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=15;WE=209605655;WS=209605626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	209779029	.	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=-2.347;SC=GGTGTCAAGGCGGGAGTCCTG;SOR=0.620;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=50;WE=209779037;WS=209779019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr1	209779805	rs880783	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=523;ReadPosRankSum=1.632;SC=CTGGGAGCAGGAGGAAGGTTG;SOR=0.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=30;WE=209779813;WS=209779795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr1	209781417	rs143460578	TACAC	T	152.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	209782343	rs11119314	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=424;ReadPosRankSum=0.738;SC=GATACCCCCCATTCTATGAAG;SOR=1.042;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=33;WE=209782351;WS=209782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr1	209783330	rs55853242	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=1740;ReadPosRankSum=-1.892;SC=CCAAAACCATGCTGACTCATT;SOR=0.895;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=121;WE=209783338;WS=209783320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,133:0.53:252
chr1	209784663	rs10746421	A	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CACAGAGGAGACCTGCTTGCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=11;WE=209784671;WS=209784653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	209785957	rs2272879	T	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=0.170;SC=CAGAAGGAAGTGTAGGGGGGC;SOR=1.296;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=209785965;WS=209785947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	209786078	rs2272880	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.271;SC=CTGCCCCATCGACTCTTCTTC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=77;WE=209786086;WS=209786068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr1	209788514	rs2566	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=444;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ACTTTAGGCTGCATGAAAGTC;SOR=0.931;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=34;WE=209788522;WS=209788504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr1	209792015	rs5780528	A	AC	6403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=88;PP=2967;SC=CTGGAAGACAACACGCATTTG;SOR=1.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=7;TCR=95;TR=95;WE=209792023;WS=209792005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	209797094	rs140439614	G	A	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.902;SC=CATGAGGAATGGAGATGGAGG;SOR=0.748;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=429;TCF=215;TCR=214;TR=209;WE=209797102;WS=209797084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,215:0.49:443
chr1	209799253	rs2179402	A	G	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1665;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GGTAGCGATTACAGTAGCCTC;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=106;WE=209799261;WS=209799243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,114:0.50:229
chr1	209801351	rs75181751	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=745;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GCCCACCCCACGTCATGCTGG;SOR=0.489;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=52;WE=209801359;WS=209801341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr1	209804095	rs4844863	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1466;SC=GAGGGGGACCGTCAGCCATCA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=209804103;WS=209804085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	209807972	rs1130667	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=72;PP=1741;ReadPosRankSum=0.965;SC=GCATGCCGGCGGGCATGGGCC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=90;TCR=149;TR=114;WE=209807980;WS=209807962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,119:0.48:249
chr1	209811886	rs2076356	T	G	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=55;PP=2545;SC=CACCATTCTGTGACTGCCACC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=140;WE=209811894;WS=209811876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	209812063	rs2076357	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=500;SC=CGTCCTGAGATCCCAGCATAT;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=209812071;WS=209812053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	209849002	rs3817870	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CTGCAGGTCATTCCCGCCTCC;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=85;WE=209849010;WS=209848992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,89:0.52:170
chr1	209849399	rs3830766	AG	A	1706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=1479;ReadPosRankSum=1.409;SC=ACAGACCGAGAGAGGAATGGA;SOR=0.848;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=98;TCF=7;TCR=91;TR=39;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,54:0.37:146
chr1	209849406	rs1473683	T	G	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=90;PP=2962;SC=GAGAGAGGAATGGAGAGACAG;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=139;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	209950681	rs649275	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=21;PP=982;SC=ATATTGGCCCTTCCTCCTCCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=209950689;WS=209950671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	209950760	rs669694	C	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=32;PP=1215;SC=TGAGCACCAGCAACTGCAGGC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=209950768;WS=209950750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	209951400	rs41303303	C	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1206;ReadPosRankSum=-2.632;SC=ATCCTAAGTACTGAGTTCATT;SOR=1.138;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=109;TCR=58;TR=75;WE=209951408;WS=209951390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,75:0.43:175
chr1	209952865	rs623360	C	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=49;PP=1389;SC=TTTTTAAGGACTGATCATTGG;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=209952873;WS=209952855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	210001586	rs616227	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1387;SC=CTGGTCTCCCAGATAGTGCTG;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=210001594;WS=210001576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	210003388	rs599663	A	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=10;PP=906;SC=TTAACATCTCATTTGACCTTT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	210003402	rs599649	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=14;PP=964;SC=GACCTTTTCCTAATTTCTACA;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	210004199	rs585627	C	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=43;PP=2317;SC=GAGTGAACCACAACAAGTTTC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=117;WE=210004207;WS=210004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	210006437	rs655712	GC	AT	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=859;SC=ATCAATGAACGCTATTGTTGG;SOR=2.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=18;WE=210006446;WS=210006427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	210006603	rs656566	C	T	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=82;PP=2965;SC=AAACATCCCCCGAAGAGTTCA;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=195;WE=210006611;WS=210006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	210008367	rs685248	C	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=4;PP=1305;SC=GGGAAGACCACAAAACCCCTC;SOR=3.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=210008375;WS=210008357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	210008673	rs686582	T	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1010;SC=TGGGGCACAGTTGTAGCTAGA;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=210008681;WS=210008663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	210012102	rs1962735	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=558;SC=TGTTGAGCCAAGCCCTGCGCA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=210012110;WS=210012092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	210015568	rs10570454	GCT	G	3459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=2175;SC=ACATGTAAATGCTCTCAGTCA;SOR=1.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=46;WE=210015577;WS=210015558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	210407339	rs34824193	T	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	210522233	rs17015999	C	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=603;ReadPosRankSum=0.258;SC=ATGCTGTTCTCTAGTGTCATG;SOR=0.717;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=53;WE=210522241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
chr1	210536025	rs7527939	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=417;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GAACTTAGGTCACAGAACACT;SOR=1.863;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=22;WE=210536033;WS=210536015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr1	210536078	rs2294848	C	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CGTGCCTGCACCTTAGTCCAC;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=149;TCF=97;TCR=52;TR=62;WE=210536086;WS=210536068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,65:0.41:158
chr1	210536178	.	CT	C	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,36:0.19:187
chr1	210577873	rs2066721	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=0.496;SC=TTCGCTGCCTGTACTACACCA;SOR=0.486;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=17;WE=210577881;WS=210577863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	210686570	rs4545340	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	210761462	rs4297293	G	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=55;PP=1616;SC=GATCCTTGCTGCTGTGTTAGG;SOR=3.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=65;WE=210761470;WS=210761452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	210847514	rs1934615	A	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=679;SC=CAGACTTTCCAGGAGGCCTTT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=210847522;WS=210847504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	210856585	rs3135473	G	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=15;PP=1183;SC=GGCAGGGTTGGAGGTATCTGT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=210856593;WS=210856575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	210857457	rs1135317	A	G	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=68;PP=1964;SC=CACGTTTCACATCGCTGATCT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=107;WE=210857465;WS=210857447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	210970823	rs142798110	T	TG	2122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.239;NF=23;NR=17;PP=1449;ReadPosRankSum=0.125;SC=CAGATACCTTTGCCCATCCAG;SOR=0.564;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=40;WE=210970831;WS=210970813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr1	211264140	rs79802694	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=224;ReadPosRankSum=2.304;SC=CATTTTTTAAATGGTCTTATT;SOR=0.320;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=211264148;WS=211264130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	211276828	rs3762452	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=0.908;SC=AGAATGGTCTCAATACTCACT;SOR=0.577;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=37;WE=211276836;WS=211276818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr1	211447435	rs5780634	CT	C	40.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=0;PP=45;SC=GTGCCTTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=211447443;WS=211447433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	211447625	rs11580084	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=-2.082;SC=AAACACTTCAGTAGTAAGGCT;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=28;WE=211447633;WS=211447615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr1	211451393	rs72088513	TATC	T	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=380;ReadPosRankSum=2.109;SC=ATAGTAAAGATATCATCAAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=9;WE=211451403;WS=211451383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	211451467	rs11577985	T	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=735;ReadPosRankSum=0.299;SC=AGCTTCCAGATAAGACAATTG;SOR=0.370;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=43;WE=211451475;WS=211451457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr1	211452529	rs10708960	TA	T	90.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=15.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	211452678	rs3767377	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=0.671;SC=ATCACTAGAAGTACTTGTGAT;SOR=0.588;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=28;WE=211452686;WS=211452668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr1	211452728	rs3767378	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=-0.515;SC=ACAGTACTTCGTATTAAGAAA;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=211452736;WS=211452718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	211527609	rs7530570	C	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=532;SC=TACAGGAGGCCCCTTCTGGGT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=211527617;WS=211527599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	211652755	rs11119749	T	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GGGCTGCCCGTGCATCCTCAT;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=211652763;WS=211652745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
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chr1	212209367	rs3215984	T	TC	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.248;NF=2;NR=16;PP=591;ReadPosRankSum=1.397;SC=CAGGGCCGACTCCAATTCTGA;SOR=0.638;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=18;WE=212209375;WS=212209357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
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chr1	212220847	rs2970592	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCTTTCCCCTGTCAAAGTTAC;SOR=0.053;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=16;WE=212220855;WS=212220837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	212236157	rs4951436	G	T	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=17;PP=1308;SC=TCTACAAAATGTAAACTGAAA;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=212236165;WS=212236147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	212240063	rs3738449	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGTCAGTCTGGGGAGAAAAGT;SOR=1.131;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=21;WE=212240083;WS=212240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	212240075	.	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.983;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=1055;ReadPosRankSum=0.108;SC=GAGAAAAGTCGTTTTTTAGCA;SOR=0.805;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=29;WE=212240083;WS=212240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr1	212251103	rs6658972	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=619;SC=ATCTGAAGATATATATGCTGT;SOR=2.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=212251111;WS=212251093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	212251367	rs5780675	GT	G	1064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.436;NF=27;NR=5;PP=552;ReadPosRankSum=2.242;SC=GAAATCTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.532;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=32;WE=212251375;WS=212251357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr1	212273639	rs3135474	C	T	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=106;PP=2965;SC=GCCCCCAGGGCAAAGTGCAAT;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=138;TCR=106;TR=243;WE=212273647;WS=212273629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	212274413	rs6540718	A	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=52;PP=1559;SC=AGCGGAAAGAAATTGCCAAGC;SOR=1.759;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=77;WE=212274421;WS=212274403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	212475573	rs2298114	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=0.486;SC=CTACAAATTATCTTACTGTAT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=19;WE=212475581;WS=212475563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	212506790	rs11119917	A	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1180;ReadPosRankSum=0.635;SC=GAATTGTCCAATTCAATTACA;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=90;TCR=26;TR=64;WE=212506798;WS=212506780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr1	212515613	rs1774249	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.217;SC=ATCAGAAATTCGTACAACAGG;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=33;WE=212515621;WS=212515603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr1	212521639	rs701908	T	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=57;PP=2965;SC=GATTGAAGCATAGCACTGTTC;SOR=1.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=106;TCR=57;TR=163;WE=212521647;WS=212521629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	212526288	rs792442	C	T	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=119;PP=2965;SC=TGGGAAAATACCATTCCATTG;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=114;TCR=119;TR=233;WE=212526296;WS=212526278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	212530182	rs12068496	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	212530192	rs792439	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;SC=ATTTTTTTGCTTATTGTATAC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=212530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	212530659	.	C	CT	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=20;MQ=59.68;NF=0;NR=4;PP=49;QD=13.5;SC=GTATTTTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=212530667;WS=212530649;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	212538572	rs12087727	C	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=1519;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TTATGTGGCTCGTTGCCTGAC;SOR=1.001;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=280;TCF=149;TCR=131;TR=117;WE=212538580;WS=212538562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,121:0.41:292
chr1	212550855	rs6664170	G	A	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=52;PP=2127;ReadPosRankSum=2.337;SC=CCTCAGACTCGAATGTGGAAA;SOR=0.871;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=301;TCF=185;TCR=116;TR=146;WE=212550863;WS=212550845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,155:0.49:317
chr1	212551115	rs6691835	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=599;ReadPosRankSum=-1.128;SC=TCGAAGCCCCCACTGCAAGCT;SOR=1.299;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=37;WE=212551123;WS=212551105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr1	212560327	rs792449	A	G	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=181;PP=2965;SC=GGTAGACCAGAAAGACGGCCA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=143;TCR=182;TR=324;WE=212560335;WS=212560317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	212791288	rs3839030	CGT	C	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	212799870	rs3122713	A	G	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=102;PP=2965;SC=CAGAGATGTGAACGTCATGGC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=137;TCR=103;TR=239;WE=212799878;WS=212799860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	212799949	rs3795842	C	T	8540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=133;PP=2965;SC=GGGCTGGAGACGGTTGGTTCT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=167;TCR=133;TR=300;WE=212799957;WS=212799939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	212900434	rs3835160	C	CG	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=508;SC=CTTCATCTTGCCAGTTCACCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=212900442;WS=212900424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	212900487	rs2244935	A	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=21;PP=1381;SC=TTCTCTCCTAAACTGCCCCTA;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=212900495;WS=212900477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	212911836	rs15702	T	C	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=65;PP=2861;SC=TTCAGTACCATGTCAGAGGTT;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=176;WE=212911844;WS=212911826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	212939491	rs10863991	C	A	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.47;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	212955454	rs11120026	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1096;ReadPosRankSum=0.188;SC=TTAGAGATGGGTATGTGTTAT;SOR=0.478;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=73;WE=212955462;WS=212955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,77:0.47:163
chr1	212970375	rs1284800	A	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=13;PP=1501;SC=ACCATGCCCGACCTCTACTTA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=212970383;WS=212970365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	212985466	rs12130945	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=339;SC=TGAGCCACCGCGCCCAGCCTA;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=212985474;WS=212985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	213009469	rs10864004	A	G	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=65;PP=1822;SC=CATTATTTCAATGGTTCTGTT;SOR=2.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=213009477;WS=213009459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	213031709	rs2201603	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGAGGTGGGGCCCCAGGAGGA;SOR=0.197;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=213031717;WS=213031704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	213031948	rs11120047	G	C	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1534;ReadPosRankSum=0.432;SC=GGTGAATGGGGCCCCCCGGGA;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=106;WE=213031956;WS=213031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,109:0.65:168
chr1	213032568	rs12023052	T	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GTCAGATCCTTAAAAGACCGG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=95;WE=213032576;WS=213032558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,98:0.57:173
chr1	213056819	rs2644547	A	G	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=39;PP=1594;SC=GCCTGGCCAAAAATTTTTCTT;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=213056827;WS=213056809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	213056892	rs12125982	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=446;ReadPosRankSum=2.692;SC=TTGCTATCAAATATTTACATT;SOR=0.436;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=27;WE=213056900;WS=213056882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr1	213058852	rs7536716	T	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AAGATACGGATTCTAAACACT;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=12;WE=213058860;WS=213058842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	213061308	rs17677416	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=406;ReadPosRankSum=1.211;SC=ACCTTAGATATATTATCATCG;SOR=0.809;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=33;WE=213061316;WS=213061298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr1	213062017	rs112024320	T	TTTG	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CATGGTTTTATTTGTTGTTGT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=10;WE=213062025;WS=213062007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	213068192	rs2792558	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=572;SC=TATTATTTTTTAGGCTGTTGG;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=213068200;WS=213068182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	213068233	rs12408694	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=1.586;SC=CACTACAGTGCATTAAATTTG;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=26;WE=213068241;WS=213068223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	213068595	rs3207090	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1238;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GAACCAAAAACGGTTATGTTG;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=86;WE=213068603;WS=213068585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,88:0.45:196
chr1	213124871	rs3123305	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.930;SC=CTCGCTCCCCGCCCAGGCCCC;SOR=0.340;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=213124879;WS=213124861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	213139748	rs3738805	T	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=500;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CAATGGGGCTTGTTGTGCCTT;SOR=1.385;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=28;WE=213139756;WS=213139738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	213140362	rs10779597	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=341;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GTTGAGATTAGAGGCAGGAGC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=22;WE=213140370;WS=213140352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	213140398	rs10779598	A	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=542;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GCCAGGGAAAATTCTAAGAGT;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=36;WE=213140406;WS=213140388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr1	213146944	rs7511930	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTGGTTTCTGAGGCAATAGAG;SOR=0.512;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=213146952;WS=213146934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	213173457	rs3738806	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GAAACTGAACCTCAGAGATGT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=213173465;WS=213173447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	213178340	rs11120076	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=0.522;SC=GAGCAACTATGTCCACTCCCT;SOR=0.142;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=17;WE=213178348;WS=213178330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	213178898	.	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=2.200;SC=AACTGTATTCTGCAAAACATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=213178906;WS=213178888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	213224719	rs4951476	T	C	916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr1	213405414	rs11271079	GGCAACTGAGGAT	G	1511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.463;NF=5;NR=12;PP=2934;ReadPosRankSum=1.122;SC=AGGCTCCAAAGGCAACTGAGG;SOR=0.363;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=17;WE=213405433;WS=213405404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr1	214478459	rs6540819	G	A	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=89;PP=2965;SC=GGCTTTTGTTGTTGCATGATA;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=127;TCR=89;TR=215;WE=214478467;WS=214478449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	214492106	rs34932055	C	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=321;ReadPosRankSum=0.593;SC=TTTTTTTTCGCCCGTTCCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=18;WE=214492114;WS=214492096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	214492286	rs1134647	G	A	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=123;PP=2965;SC=AAGCATCTCGGATTCCCTGAC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=109;TCR=123;TR=232;WE=214492294;WS=214492276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	214503489	rs2291830	T	G	8795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=0.059;SC=AGACTGAAGCTTTATCTTTTT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=190;TCR=138;TR=325;WE=214503497;WS=214503479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,345:0.99:348
chr1	214504604	rs2270704	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=38;PP=1196;SC=GTTGTATGATTTTATTTCCCC;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=214504612;WS=214504594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	214505596	rs1874804	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=584;ReadPosRankSum=-2.330;SC=AGAATGTATACGATAGTGTCA;SOR=1.009;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=35;WE=214505604;WS=214505586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr1	214505640	rs35345210	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TGCCTAGCGCAGCTGCCTCTT;SOR=0.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=17;WE=214505648;WS=214505630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	214531239	rs2291831	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=0.232;SC=AGCTGGGTCCCTCCTCCAGGA;SOR=0.160;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=214531247;WS=214531229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	214542668	rs3002311	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=447;SC=AAGGAATATATATTTCAATAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=214542676;WS=214542658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	214542819	rs1135352	T	C	7551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTTGGACATCTTCTGGACAGC;SOR=0.263;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=139;TCR=121;TR=259;WE=214542827;WS=214542809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr1	214549501	rs1125452	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TTCTTCTCCCCGCATTTTTCC;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15;WE=214549509;WS=214549491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	214551276	rs3013451	G	A	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=21;PP=2091;SC=CAGAGAATGAGTCACATTGAC;SOR=2.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=96;WE=214551284;WS=214551266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	214558228	rs3013446	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=23;SC=ATTTAAACAAATCATAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=214558236;WS=214558218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	214564177	rs12748350	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=2238;ReadPosRankSum=0.615;SC=GGGGACAAAACGGGTGTCCAT;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=59;WE=214564199;WS=214564167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr1	214564191	rs12729692	A	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=2238;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TGTCCATCGCATCTGCTTGAC;SOR=0.927;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=175;TCF=116;TCR=59;TR=77;WE=214564199;WS=214564167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,82:0.45:181
chr1	214564340	rs7550799	T	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=110;PP=2965;SC=CCAGAGAGGATCGGCTCCAGG;SOR=1.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=51;TCR=110;TR=161;WE=214564348;WS=214564330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	214564442	rs11120307	C	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-1.644;SC=TATAAAAAGACCAGATAGACA;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=18;WE=214564450;WS=214564432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	214566845	rs7355212	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=259;SC=TTCTCTCTCTAGGCATATGCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=214566853;WS=214566835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	214566952	rs4655342	A	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=26;PP=1504;SC=AAGAGTGAATAGGAAAAGAGA;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=214566960;WS=214566942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	214567013	rs11322819	CG	C	3628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=50;PP=1965;SC=GCCATCAAGTCGGGGGGGATT;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=69;WE=214567021;WS=214567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	214575122	rs17022807	T	C	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=91;PP=2965;SC=TCCACTAAAATCAAAATAGCA;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=176;WE=214575130;WS=214575112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	214575195	.	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=775;ReadPosRankSum=1.512;SC=GGCAAATTCCAGAGCTGTGGT;SOR=1.360;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=46;WE=214575203;WS=214575185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr1	214576241	rs55801232	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=517;ReadPosRankSum=-1.418;SC=GGCTTTGTGTTCTTGGGCTAC;SOR=0.548;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=38;WE=214576249;WS=214576231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr1	214576354	rs55788513	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=805;ReadPosRankSum=-1.583;SC=GCTATTTTGCTTGCAAATCTT;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=57;WE=214576362;WS=214576344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr1	214576454	rs72757974	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATTTTTAGAACTGAGTTATGA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=214576462;WS=214576444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
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chr1	214788427	rs41303281	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.598;SC=TAATCAGATGCGTTTGTCTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=214788435;WS=214788417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	214804041	rs2292379	C	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=815;ReadPosRankSum=1.169;SC=CCTTAATCATCCCCTCTTGTT;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=67;WE=214804049;WS=214804031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr1	214806072	rs146826898	GAAGT	G	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=392;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CTATTCACCAGAAGTAAGTAT;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=10;WE=214806083;WS=214806062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	214811174	rs2280049	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=925;ReadPosRankSum=1.422;SC=TTGAGCATTCGTTTTGGCTAT;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=95;TCR=44;TR=61;WE=214811182;WS=214811164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr1	214811244	rs2070065	C	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=52;PP=1508;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTAAGAGTCACTCTGAGCAAA;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=105;WE=214811252;WS=214811234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,110:0.43:257
chr1	214813487	rs2070066	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=281;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TGAGTGCTTTAGAGTTAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=20;WE=214813495;WS=214813477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr1	214813782	rs3795524	A	G	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1755;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ACTAGCTTATATGGAGCTACA;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=108;WE=214813790;WS=214813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,112:0.58:194
chr1	214813941	rs3795523	C	G	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=87;PP=2531;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCGGTGTTACCAAGACTTGCA;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=319;TCF=158;TCR=161;TR=167;WE=214813949;WS=214813931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,173:0.51:337
chr1	214814125	rs3795522	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=941;ReadPosRankSum=-1.662;SC=AGTGAATGTCGTTTAGAAGCA;SOR=0.811;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=68;WE=214814133;WS=214814115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,77:0.39:197
chr1	214814571	rs3795521	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=1048;ReadPosRankSum=-2.020;SC=CATCATTTCTCTAAATAAAAG;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=31;WE=214814590;WS=214814561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	214814582	rs3795520	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=1087;ReadPosRankSum=0.798;SC=TAAATAAAAGGGAAATTGAAG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=32;WE=214814590;WS=214814561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr1	214814733	rs3795519	T	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=652;ReadPosRankSum=-1.177;SC=ATCTGATCAGTACAAGCAAGA;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=41;WE=214814741;WS=214814723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr1	214814778	rs3795518	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=429;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGAAGAAACCGGAAATGCATA;SOR=0.471;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=26;WE=214814786;WS=214814768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	214814995	rs12067133	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1419;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAGTTGGAGACAGTGCAGCAA;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=100;WE=214815003;WS=214814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,102:0.47:216
chr1	214815916	rs3795517	T	C	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GAGAAATTCTTATCTTTACAA;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=69;WE=214815924;WS=214815906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr1	214816142	rs3795516	T	G	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GCTCTAGTCTTAGCAGTTTGG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=77;WE=214816150;WS=214816132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr1	214816224	rs2666839	G	A	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TTTAGAAGGGGCTGTTTCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=131;WE=214816232;WS=214816214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,139:0.51:273
chr1	214816297	rs3795514	A	G	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=1963;ReadPosRankSum=0.297;SC=CTGACCAGGAAAGAAACCCCT;SOR=0.545;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=114;TCR=131;TR=120;WE=214816305;WS=214816287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
chr1	214816715	rs17023338	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=412;ReadPosRankSum=0.246;SC=CATGACTAGTGGACACTCAGT;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=30;WE=214816723;WS=214816705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr1	214818215	rs3748692	G	A	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.70;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr1	214818223	rs3748693	T	A	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,77:0.49:158
chr1	214818846	rs3790646	A	G	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=1839;ReadPosRankSum=1.421;SC=ACGGCACTGGATCAGTTGTCT;SOR=0.768;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=305;TCF=144;TCR=161;TR=128;WE=214818854;WS=214818836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,132:0.41:319
chr1	214818945	rs3790647	A	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.387;SC=GAGGTGAAGGAAAAGACGGAA;SOR=0.559;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=107;WE=214818953;WS=214818935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,106:0.50:214
chr1	214819328	rs3748695	G	A	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1501;ReadPosRankSum=0.641;SC=GCTGCACATCGCAGAGAAACT;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=255;TCF=145;TCR=110;TR=108;WE=214819336;WS=214819318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,116:0.43:271
chr1	214819587	rs12058704	A	G	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=1051;ReadPosRankSum=2.476;SC=AAACAAGGTCAGTTGTCAGAA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=56;WE=214819595;WS=214819577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr1	214819980	rs3748696	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1903;ReadPosRankSum=1.715;SC=GAGCATGCAGCTCTTGAGGCA;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=244;TCF=109;TCR=135;TR=115;WE=214819988;WS=214819970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,121:0.47:258
chr1	214820099	rs3748697	A	G	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=1059;ReadPosRankSum=-1.285;SC=AGAAAAAGAAAATCTGACAAA;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=60;WE=214820107;WS=214820089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr1	214820299	rs3748698	A	G	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ATGACCAAGAAGCCTGTAAGG;SOR=0.895;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=114;WE=214820307;WS=214820289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,121:0.56:218
chr1	214820494	rs3790648	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.258;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=68;PP=2053;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TCAGTAGACTGAAAAATCAAA;SOR=0.467;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=290;TCF=163;TCR=127;TR=144;WE=214820502;WS=214820484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,149:0.49:302
chr1	214820524	rs3790649	T	C	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=1992;ReadPosRankSum=0.470;SC=AAGAGCAGCTTGTCTCTAAAC;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=293;TCF=151;TCR=142;TR=147;WE=214820532;WS=214820514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,155:0.50:309
chr1	214821415	rs17023384	A	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TGATTTTGTCACACTTAATTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=214821423;WS=214821405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	214821959	rs11120372	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1071;ReadPosRankSum=1.098;SC=TATCAGAGTGGTCGATCTGAT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=66;WE=214821967;WS=214821949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr1	214825289	rs71679696	CT	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.484;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.128;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr1	214826196	rs335524	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=299;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CAGACATACCGAGAGAAATTG;SOR=1.154;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=24;WE=214826204;WS=214826186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	214826364	rs335523	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=0.746;SC=TCATGATTTCGAATGGTTTAT;SOR=1.638;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=16;WE=214826372;WS=214826354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	214826810	.	CTT	C,CT	1658.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.414;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,28,60:0.28,0.59:101
chr1	214828812	rs435043	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=903;ReadPosRankSum=0.347;SC=AACATATGGTATGCGTGCATA;SOR=0.799;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=47;TCR=92;TR=63;WE=214828820;WS=214828802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr1	214830617	rs438034	A	G	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=86;PP=2704;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GGAGAATGGTAGAGGACCAAC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=156;TCR=151;TR=172;WE=214830625;WS=214830607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,175:0.55:319
chr1	214837110	rs7289	C	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=955;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGGAGTCCAACGGCAGTGAGA;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=22;TCR=75;TR=52;WE=214837118;WS=214837100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr1	215256544	.	C	CT	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=8;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=0.680;SC=CGCTCCCCCCCCCGCCCCCTC;SOR=1.561;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=10;WE=215256552;WS=215256527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	215260152	rs11586565	A	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTGCCTTAACATATAGCTCTT;SOR=0.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=215260160;WS=215260142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	215342573	rs17024342	C	T	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=47;PP=1760;ReadPosRankSum=0.959;SC=GCACAGAAGGCGGCAAAATAT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=144;TCR=95;TR=119;WE=215342581;WS=215342563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,124:0.49:253
chr1	215345263	rs3834061	GTCTCTC	G	976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.426;QD=36.18;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr1	215368514	rs1556907	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=0.284;SC=TTATGTTTACATTTAAAATAT;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=12;WE=215368522;WS=215368504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	215408057	rs11120527	G	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.955;SC=TGCTGTAAAAGACTACTCCAC;SOR=1.230;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=215408065;WS=215408047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	215741053	rs2275768	T	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=824;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CTGCGGCAGCTTCCCCGCGGC;SOR=1.042;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=63;WE=215741061;WS=215741043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr1	215753355	rs11803705	T	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.889;SC=AGTGTATAATTAATAATGCTT;SOR=0.738;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=70;WE=215753363;WS=215753345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,74:0.51:146
chr1	215781574	rs3767255	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=0.958;SC=GAAGAAGCATATCAACTAATA;SOR=0.213;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=22;WE=215781582;WS=215781564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	215793834	rs14137	G	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=937;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CCTATCTGGCGTCATCACCAA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=59;WE=215793842;WS=215793824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr1	215814142	rs371387260	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	215848062	rs2009923	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=986;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CAGCAAGGGACTCTTTATTAT;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=60;WE=215848070;WS=215848052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr1	215848641	rs2797235	T	C	10983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=190;PP=2965;SC=CGGCCTGGATTGTCTGATTTC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=400;TCF=209;TCR=191;TR=399;WE=215848649;WS=215848631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr1	215849044	rs4443864	C	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CCTTCACCCCCTTGTTCCTTA;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=17;WE=215849052;WS=215849034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	215853748	rs5780842	GT	G	1129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.455;HP=14;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.547;NF=5;NR=39;PP=516;ReadPosRankSum=0.708;SC=TTAAGTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.078;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=44;WE=215853757;WS=215853738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr1	215901492	rs2820718	C	T	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1099;ReadPosRankSum=0.399;SC=TCCAATTCAACAGAACTGAAT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=78;WE=215901500;WS=215901482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,80:0.45:176
chr1	215914646	rs6694510	T	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=286;ReadPosRankSum=1.008;SC=TATAAAATGCTCTTGATTCTG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=16;WE=215914654;WS=215914636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	215914826	rs35309576	T	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TTAAGATCCATTGGGGCTGCT;SOR=1.057;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=60;WE=215914834;WS=215914816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
chr1	215914883	.	G	GA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=2.822;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr1	215916563	rs11120616	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=59;PP=1697;ReadPosRankSum=0.865;SC=TGTGAATGGAGTCAAATTTTC;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=279;TCF=148;TCR=131;TR=133;WE=215916573;WS=215916553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,145:0.48:299
chr1	215916713	.	C	CATATAT	183.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.79;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	215916750	.	G	GTATATATA	99.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.05;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	215931928	rs12095085	T	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.309;SC=ACTTCTTTTTTTTTTTTACCT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=12;WE=215931936;WS=215931912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	215932957	rs17025373	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=481;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CCAGAGAAATGTACAAATCCT;SOR=1.855;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=27;WE=215932965;WS=215932947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr1	215956304	rs7518466	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=36;PP=1109;SC=TAGACAGGGAAGTTTCTCTTA;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=215956312;WS=215956294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	215960167	rs10864198	T	G	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=85;PP=2517;SC=GCCACAATGTTCTGTGGCTTC;SOR=2.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=26;TCR=85;TR=111;WE=215960175;WS=215960157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	215963374	rs11120629	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=291;ReadPosRankSum=1.580;SC=TCAAATCAGCGCCTCCGAGAG;SOR=0.128;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=17;WE=215963382;WS=215963364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	216011442	rs56056328	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=503;ReadPosRankSum=0.166;SC=GTGCAGACTTCAACCTGCAAA;SOR=0.664;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=35;WE=216011450;WS=216011432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr1	216019462	.	GA	G	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=0.184;SC=TCTAGAATGAGAAAAAAAGAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=10;WE=216019470;WS=216019452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	216040210	.	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.101;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.741;SC=GACAGCCCTGTCAATCTGCAA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=216040218;WS=216040200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	216219781	rs6657250	A	G	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=48;PP=2667;SC=ACCTGTGACTATGTAGTTCTC;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=89;TCR=48;TR=137;WE=216219789;WS=216219771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	216246671	.	A	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.938;NF=17;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TTAGTATCGCATAAAGGGCTT;SOR=0.222;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=51;WE=216246683;WS=216246661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr1	216246675	rs35944387	AG	A	2847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=48;PP=2027;SC=TATCGCATAAAGGGCTTGAGT;SOR=2.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=49;WE=216246683;WS=216246661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	216258194	rs56110889	G	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CCTTGAGACAGCCCACAAAAC;SOR=1.214;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=39;WE=216258202;WS=216258184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr1	216348764	rs1805049	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=1.097;SC=TGGAAACCACCTAAGATGGAT;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=42;WE=216348772;WS=216348754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr1	216370108	rs447102	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=581;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CAATGAATGTCGTCCCTATAT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=34;WE=216370116;WS=216370098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr1	216370130	rs386851	T	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=967;SC=TTTTTAAATTTAATTCACACA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=216370138;WS=216370120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr1	216495400	rs2089947	A	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1309;ReadPosRankSum=0.234;SC=TATATGCATTATGTGAATTTA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=51;TCR=94;TR=86;WE=216495408;WS=216495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,88:0.60:147
chr1	216496947	rs1805050	G	A	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=74;PP=2155;ReadPosRankSum=0.937;SC=GAAGAGATGGGGTATTATAGA;SOR=0.784;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=265;TCF=133;TCR=132;TR=143;WE=216496955;WS=216496937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,151:0.54:279
chr1	216500830	rs1339963	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=311;ReadPosRankSum=0.948;SC=TTGCCAAATGGTATAAAGATA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=16;WE=216500838;WS=216500820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	216592003	rs4253963	T	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=969;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCCCATCTACTGTCTTTTCTA;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=219;TCF=124;TCR=95;TR=91;WE=216592011;WS=216591993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,96:0.41:237
chr1	216595306	rs10779261	C	T	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1540;ReadPosRankSum=1.014;SC=ATAAAACTTGCAGAATTGCTA;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=136;TCR=137;TR=120;WE=216595314;WS=216595296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,124:0.43:288
chr1	216679858	rs144848582	A	AT	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.391;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.189;NF=15;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGAAGGGAGGATTTTTTTTTA;SOR=1.534;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=17;WE=216679866;WS=216679848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	216692669	rs945453	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=36;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CATCCTCAAACGAAAGAGACC;SOR=0.930;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=92;WE=216692677;WS=216692659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
chr1	216737861	rs11117622	G	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.071;SC=GGCTCAATAGGTATATATTAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=216737869;WS=216737851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	216824505	rs10863261	C	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=-1.413;SC=AAGGCAATGTCAACTCTATTA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=21;WE=216824513;WS=216824495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr1	216880662	rs11572672	G	A	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=44;PP=2248;ReadPosRankSum=-1.434;SC=TGGCAACTTTGGTGATCAAGT;SOR=0.983;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=282;TCF=186;TCR=96;TR=142;WE=216880670;WS=216880652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,144:0.50:290
chr1	217604777	rs7520483	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=518;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CTATGAAAACGATGTTCTCCT;SOR=0.215;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=34;WE=217604785;WS=217604767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr1	217671771	rs724803	C	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=815;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TTAGAGGGAACCTAACTAAAA;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=76;TCR=58;TR=62;WE=217671779;WS=217671761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,73:0.50:146
chr1	217793938	rs111668135	T	TTAA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=1.100;SC=TCGACAAAAATTAATGATTAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=217793946;WS=217793928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	217804325	rs944730	G	A	7729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.307;SC=AACGACACCCGGGAGCCTGGC;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=649;TCF=327;TCR=322;TR=352;WE=217804333;WS=217804315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,361:0.55:660
chr1	217822135	rs12140261	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TATCATCTTGGAAGAAATTAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=217822143;WS=217822125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	217856626	rs12068167	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=320;ReadPosRankSum=0.678;SC=GAGGCTATAGGGTTCGGAAGT;SOR=0.770;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=25;WE=217856634;WS=217856616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr1	217856803	rs12073566	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TTGTTTTAGATGGAGTCTTGC;SOR=0.573;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=13;WE=217856811;WS=217856793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	217915324	rs34347452	C	T	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=79;PP=2603;ReadPosRankSum=0.562;SC=CAGGAAGGCACTGGAGGAGTT;SOR=0.523;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=398;TCF=238;TCR=160;TR=184;WE=217915332;WS=217915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,189:0.46:408
chr1	217947738	rs6604561	G	A	6897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=96;PP=2965;SC=TGCAATTACAGAAGGCAAAGC;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=236;WE=217947746;WS=217947728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	218036237	rs6658846	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.167;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AAAAGTATATTAAATAACACT;SOR=2.584;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6;WE=218036245;WS=218036227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	218475533	rs2251169	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=0.795;SC=ACCCCCCTTGCAAAAATGGGG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=22;WE=218475541;WS=218475523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	218578685	rs10482769	T	TTTGTTG	2219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.266;NF=7;NR=33;PP=1873;ReadPosRankSum=0.529;SC=GTAATGTTCATTTGTTGTTGT;SOR=0.807;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=136;TCF=15;TCR=121;TR=40;WE=218578695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr1	219366400	rs35359058	T	TG	371.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.41;MQRankSum=1.128;QD=18.59;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	219383848	rs5781096	A	ACTTTTT	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=737;SC=TATGTATTCTACTTTTAAGTA;SOR=2.215;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=12;WE=219383856;WS=219383838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	219383867	rs940571	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=698;SC=TATGTTTTTGTTTTTAGGAGG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=219383875;WS=219383857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	219383905	rs940570	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	219706428	rs10746385	T	C	10123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=166;PP=2965;SC=TGGGTTTTTATGCATAGAAGG;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=209;TCR=166;TR=375;WE=219706436;WS=219706418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	219783279	rs79789352	T	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=5.299;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.43;MQRankSum=-1.802;QD=27.60;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=1.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr1	220089352	rs2231734	A	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=-0.800;SC=ATGGAACTACAGGAGGGATAT;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=21;WE=220089360;WS=220089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	220142023	rs1061248	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AATAATTGTCCTGTGTGACTT;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=220142031;WS=220142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	220142070	rs1061242	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=247;ReadPosRankSum=0.971;SC=AATCATAAAACGGTCTGTATC;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=22;WE=220142078;WS=220142060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr1	220145371	rs2795315	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.365;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	220145584	rs1982986	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=438;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AAAAGACAACCTGGGAGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=26;WE=220145592;WS=220145574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr1	220145655	rs1982984	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=0.908;SC=ATCAGAGTTACCTTATCATTG;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=220145663;WS=220145645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	220151808	rs3215088	C	CAA	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=714;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGAGAAACCTCGTTTTATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=16;WE=220151816;WS=220151798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	220153332	rs34917248	T	TAA	1562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.215;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.27;MQRankSum=1.388;NF=17;NR=8;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.487;SC=ACTTATTTTTTAAGAGTCTAC;SOR=0.287;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=25;WE=220153340;WS=220153322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	220154246	rs35193743	AT	A	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.224;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.806;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	220156090	rs2647462	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GAGCATTCTCTTGCACTCCAA;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=93;WE=220156098;WS=220156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,95:0.52:183
chr1	220156427	rs1391566	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AACTTTTTAATAAAAATGGCT;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=220156435;WS=220156420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	220160360	rs2647435	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.751;SC=ATCTGCTGACATTGTAGCTTT;SOR=0.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=7;WE=220160368;WS=220160350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	220160433	rs2647434	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=661;ReadPosRankSum=0.939;SC=ACTATTAAGAATTGAATTAAT;SOR=1.096;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=45;WE=220160441;WS=220160423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr1	220162195	rs2254494	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=-2.781;SC=GAGATATTTATAAAACTTTGG;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=15;WE=220162203;WS=220162185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	220178717	rs5781162	T	TA	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.252;NF=3;NR=11;PP=436;ReadPosRankSum=-1.945;SC=AAAGATGATATAAACCAAAGT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=14;WE=220178725;WS=220178707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	220184164	.	A	AAAAG	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.431;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	220192192	.	TAA	T	48.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	220192495	rs2245457	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.080;SC=GATACTTAATCAATAATAAAT;SOR=0.075;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=24;WE=220192503;WS=220192485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	220197545	rs2577159	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=387;ReadPosRankSum=-1.471;SC=AAAGAAATCACGTTCTACTAA;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=21;WE=220197553;WS=220197535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	220197625	rs2230301	G	T	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=39;PP=1871;ReadPosRankSum=0.945;SC=TATGTTTAGAGTCTATCCTCT;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=131;TCR=72;TR=114;WE=220197633;WS=220197615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,115:0.55:208
chr1	220205943	rs2789816	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=1.996;SC=GTGACTAATTGAAGTAATTGA;SOR=1.586;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=17;WE=220205951;WS=220205933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	220205980	rs2577138	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCTTCTAAAGAAAATGAAATG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=220205988;WS=220205970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	220207017	rs2647456	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ACATAAAAGACAGAAAAGAAA;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=11;WE=220207025;WS=220207007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	220208154	rs2789817	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=248;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTGTTAATATCCTTAAGTAGA;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=17;WE=220208162;WS=220208144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	220231180	rs34887640	CT	C	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TTTAAAATTACTGTGAAAAAC;SOR=1.037;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=220231188;WS=220231170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	220233219	rs41274790	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=3.243;SC=GATAAGAAAAACTGCTTGTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13;WE=220233227;WS=220233209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	220239448	rs1146773	T	C	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=89;PP=2786;SC=TTAACTGCTGTTTTTCATTGT;SOR=2.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=32;TCR=89;TR=121;WE=220239456;WS=220239438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	220239565	rs41274794	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	220267581	rs149324758	G	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=763;ReadPosRankSum=-1.793;SC=CTGCGCCCTCGCGGGCCGGGC;SOR=0.505;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=84;TCR=15;TR=45;WE=220267589;WS=220267571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr1	220319007	rs75519000	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TAAGAAGGAGATGAAAGTAAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=32;WE=220319015;WS=220318997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	220330672	rs11547779	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1121;ReadPosRankSum=-3.151;SC=TGACTGCATACAAGATGGAGC;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=89;WE=220330680;WS=220330662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,95:0.47:203
chr1	220331205	rs2289189	C	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1258;ReadPosRankSum=0.827;SC=TGCTGTGTCACTCATTCCCAC;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=84;WE=220331213;WS=220331195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,89:0.47:191
chr1	220331298	rs3767655	C	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=878;ReadPosRankSum=0.689;SC=AACCAGGATACAATACACTGG;SOR=0.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=53;WE=220331306;WS=220331288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr1	220332552	rs2789792	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TAAATTAAAACTGGCCATAGT;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=220332560;WS=220332542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	220345878	rs41303055	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=686;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGTTTTGTACACTACAGACTC;SOR=3.611;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=40;WE=220345886;WS=220345868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr1	220355433	rs11343960	CT	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=17;NR=0;PP=436;ReadPosRankSum=0.566;SC=AATAATATTACTTCTATTAAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=17;WE=220355441;WS=220355423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	220366497	rs78010602	T	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=296;ReadPosRankSum=-0.980;SC=AGAGTTATCATCCAGAAGCTG;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=15;WE=220366505;WS=220366487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	220373857	rs74948809	C	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	220406291	rs10863538	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TCATAGAACCAACCCCTGTAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=14;WE=220406299;WS=220406281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	220445488	rs2292418	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=-1.538;SC=AGGCGCAGAGCGAGTAGGAGA;SOR=0.973;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=14;WE=220445496;WS=220445478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	220603310	rs10553491	TGTGA	T	1256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=1979;ReadPosRankSum=1.453;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=0.114;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=51;WE=220603332;WS=220603298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr1	220603324	rs12402904	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=2.940;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr1	220603516	rs34808456	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=902;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GTTGAGTGTGGTTATTGGGAA;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=29;TCR=88;TR=58;WE=220603524;WS=220603506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr1	220607685	rs1361256	G	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=79;PP=2863;SC=GGTACTACCCGAAGAAGAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=166;WE=220607693;WS=220607671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	220607891	rs1338767	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=10;PP=903;SC=TTAGCCCTTTAAGAAAAAAGT;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=220607899;WS=220607881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	220608142	rs12032166	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=-0.021;SC=AAATCACGAGCCTGGACTTTC;SOR=0.214;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=15;WE=220608150;WS=220608132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	220789236	rs2786599	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=16;PP=656;SC=GGGAAAATTGCGTTTTTTTAA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=220789244;WS=220789226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	220789362	rs12137627	T	A	564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.72;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr1	220808921	rs10746403	T	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1096;ReadPosRankSum=0.722;SC=TCTTCCCAAATTTGTGTTTTT;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=69;WE=220808929;WS=220808911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr1	220824115	rs12123306	G	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.689;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1013;ReadPosRankSum=0.336;SC=CTGTGTTAGTGCCCTTGCTGA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=69;WE=220824123;WS=220824105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,73:0.43:169
chr1	220825523	rs3737296	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=39;PP=1152;SC=CATTTTGTTCATTAAGAGTTT;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=220825531;WS=220825513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	220825543	rs3737297	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=405;ReadPosRankSum=1.185;SC=TCTAAAAATATAGCACCATGT;SOR=0.493;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=22;WE=220825551;WS=220825533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	220955347	rs2279637	T	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=557;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TAATTTTTTTTATGTTATGCT;SOR=1.149;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=28;WE=220955355;WS=220955337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr1	220970028	rs2642438	A	G	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=82;PP=2965;SC=TGGCGAGGCCACCGCCCAGTG;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=134;TCR=82;TR=216;WE=220970036;WS=220970018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	220986516	rs12144830	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGAGCTTTGACGGGATGGTGC;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=12;WE=220986524;WS=220986506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	221507141	rs7555947	C	T	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=13;PP=1485;SC=TGTGAACATACTTTCATAGGC;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=69;WE=221507149;WS=221507131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	221509335	rs72746037	A	C	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=54;PP=1616;ReadPosRankSum=0.705;SC=CAGGGTAGACAGAGAAACAAA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=150;TCR=114;TR=126;WE=221509343;WS=221509325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,131:0.48:274
chr1	221912361	rs1141714	T	C	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=54;PP=2726;SC=CTCGGCTTGGTTCATTGGTAT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=136;WE=221912369;WS=221912351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	221912808	rs1136448	T	C	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=92;PP=2965;SC=TGGCTTGGGTTTGGGCCTGAT;SOR=0.817;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=202;WE=221912816;WS=221912798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	222697088	rs3748662	G	A	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=2098;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGATGCAACCGGAAAATCAAG;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=132;WE=222697096;WS=222697078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,141:0.47:301
chr1	222700416	rs1487523	C	T	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1606;ReadPosRankSum=1.685;SC=AATAGACAGGCAATAATGGGA;SOR=0.605;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=270;TCF=136;TCR=134;TR=117;WE=222700424;WS=222700406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,125:0.44:284
chr1	222705270	rs4846373	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=712;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ATCCGAGTTCTAGTAAGCAGA;SOR=0.875;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=51;WE=222705278;WS=222705260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr1	222705546	rs17163175	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.294;SC=TGAGTACTAGGACTGAGTCCC;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=222705554;WS=222705536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	222713503	rs3748664	C	G	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=77;PP=2448;ReadPosRankSum=1.628;SC=GGCCCTGGCGCGTGATGGGGT;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=114;TCR=147;TR=141;WE=222713511;WS=222713493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,144:0.54:269
chr1	222713631	rs3748666	G	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1351;ReadPosRankSum=0.359;SC=CGCTTGCCATGTGAGCCTGCC;SOR=0.940;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=84;WE=222713639;WS=222713621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,92:0.48:191
chr1	222713750	rs3828079	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-1.216;SC=GGAAGAGATCGCCCAGAAGGG;SOR=1.646;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=13;WE=222713758;WS=222713740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	222721288	rs4846382	C	T	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=70;PP=2507;SC=CCACCTGGCCCAACAAGAATA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=136;WE=222721296;WS=222721278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	222734628	rs10495195	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=478;ReadPosRankSum=0.211;SC=GTTAGGTAAGCTCTAAATGAA;SOR=0.208;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=26;WE=222734636;WS=222734618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr1	222734803	rs1134898	G	C	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=1703;ReadPosRankSum=0.430;SC=TGAAATGAAAGCCTGGCCACC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=130;TCR=143;TR=124;WE=222734811;WS=222734784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,130:0.45:286
chr1	222737265	rs35877231	G	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	222737481	rs17464254	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	222737568	rs3008640	C	T	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=80;SC=TAATATGCTCCCTTTAAATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=222737576;WS=222737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	222742676	rs4846766	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=1.635;SC=CAGGGGATAGTGTGGATGATA;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=222742684;WS=222742666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	222751034	rs2936033	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=552;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TAGATAACCATTAGTCAAAAA;SOR=0.099;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=34;WE=222751042;WS=222751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr1	222798106	rs3008617	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=35;PP=1138;SC=ATTCTTTTGTGTAGGTTGGAC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=222798114;WS=222798096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	222802006	rs2936053	A	G	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=100;PP=2965;SC=GGTACAAGATAAGACAGAATT;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=214;WE=222802014;WS=222801996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	222802803	rs3748626	T	G	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=106;PP=2965;SC=AAAAAAACCCTGGGAATCAGG;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=117;TCR=107;TR=223;WE=222802811;WS=222802793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	222802926	rs3008620	C	T	7781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=131;PP=2965;SC=TTTTGGATAGCGAAAAAACAA;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=144;TCR=132;TR=275;WE=222802934;WS=222802916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	222821211	rs61824282	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=0.022;SC=ATTCCTATAACAATGGTATTA;SOR=0.697;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=15;WE=222821219;WS=222821201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	222823529	rs17465637	A	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=574;SC=CTGAGAAGTTATTTTTTGTCA;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=222823537;WS=222823519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	222823743	rs67180937	T	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	222825403	rs3002150	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=17;PP=468;SC=AAAGCTGACTGTAATTCCTGC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=222825411;WS=222825393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	222825717	rs10495198	T	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=119;PP=2965;SC=AATAGAGAACTCAGTATCATA;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=82;TCR=119;TR=201;WE=222825725;WS=222825707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	222825761	rs2936019	G	A	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=64;PP=1934;SC=TCTATTTTTAGGGTAATATAT;SOR=2.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=86;WE=222825769;WS=222825751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	222826481	rs2291832	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=36;PP=1692;SC=ATGTAAGTGCGTTCATGAATA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=222826489;WS=222826471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	222832295	rs2291834	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=351;SC=AAAAACTAAATTTTAAGTTAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=222832303;WS=222832285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	222833538	rs2291835	C	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1348;ReadPosRankSum=0.891;SC=GCCAGAATGGCTCTTTTGGCC;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=98;WE=222833546;WS=222833528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,99:0.56:177
chr1	222833601	rs3002153	T	C	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=78;PP=2042;SC=TGGAGCCACCTGTGAGACCTC;SOR=1.589;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=118;WE=222833609;WS=222833591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	222837594	rs2270707	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=843;SC=CAATGCAGCAGTGAAGCTGAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=222837602;WS=222837584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	222838216	rs2936026	C	T	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=53;PP=1701;SC=ATCTATCTCTCTTTTTCAGAT;SOR=1.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=222838224;WS=222838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	222846882	rs12138316	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=746;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=222846890;WS=222846872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	222860734	rs3008638	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=74;SC=GATAGCGCCACTGCATGCCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=222860742;WS=222860724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	222886119	rs3811465	A	G	9986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=176;PP=2965;SC=CTCGGTAGCTATCATGGCCGC;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=159;TCR=176;TR=335;WE=222886127;WS=222886109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	222919895	rs2378607	T	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=17;PP=1331;SC=ATTATGGAGATTGACGGTTTC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=222919903;WS=222919885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	222923001	rs2068814	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=50;PP=1357;SC=CCACCTGGTCATATGTACTAT;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=222923009;WS=222922991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	222923351	rs6683071	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=39;PP=1229;SC=GCTGGGGTCCAAGAGTATGGA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=222923359;WS=222923341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	223152868	rs1815607	G	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=2;PP=1229;SC=GGTGAATTATGTGGTATATGA;SOR=5.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=223152876;WS=223152858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	223156382	rs2926159	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.88;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	223178561	rs9441941	A	C	12628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=201;PP=2965;SC=GTAGCTGCCCAGATGCCTACA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=245;TCR=202;TR=446;WE=223178569;WS=223178551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr1	223283910	rs7512943	A	G	9474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=144;PP=2965;SC=ACATCCTGGAAATCCTCAGGC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=187;TCR=144;TR=330;WE=223283922;WS=223283900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	223284528	rs5744174	A	G	7515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.955;SC=ACCCCAGAGAACGAGTCAGGG;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=255;TCF=116;TCR=139;TR=254;WE=223284536;WS=223284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr1	223397037	rs851149	T	C	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=88;PP=2888;SC=AGGCCACCCATACTCCCTCCT;SOR=1.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=129;WE=223397045;WS=223397027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	223532570	rs1547788	T	C	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=93;PP=2965;SC=TCAGAACCCCTATTGGAGCTT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=57;TCR=93;TR=150;WE=223532578;WS=223532560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	223567803	rs10907376	G	A	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=103;PP=2965;SC=GAGCAGCGCGGCCTGCGGCGG;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=201;WE=223567811;WS=223567793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	223715248	rs36108579	GT	G	2858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=39;PP=1992;SC=ACAAGATTGAGTTCTTGGCTT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=223715256;WS=223715238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	223716349	rs4072246	G	A	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=40;PP=2965;SC=GCCACAGAACGTGCATGGTAT;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=114;TCR=40;TR=154;WE=223716357;WS=223716339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	223717379	rs61823524	A	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=15;PP=1275;SC=CCCTGCCCCAACTTGCACCTT;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=223717387;WS=223717357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	223717484	rs34158997	G	A	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=69;PP=2922;SC=AGTTGATGCCGAGCTTGCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=155;WE=223717492;WS=223717474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	223717961	.	A	G	92.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGAATCGAGCAATATTCTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=223717969;WS=223717951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	223718462	rs61823525	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=12;PP=1166;SC=TTGTTCCTTCGTGACCAATGT;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=223718470;WS=223718452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	223718518	rs61823552	C	A	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=39;PP=1927;SC=TGTGGTCAGACTACAATGGAC;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=107;WE=223718526;WS=223718508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	223718651	rs61823553	G	A	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=86;PP=2932;SC=CAAAGTGCCCGTTCCATTGCT;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=168;WE=223718659;WS=223718641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	223718670	rs61823554	G	A	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=84;PP=2957;SC=CTCTAGGCACGTTAAAGACCA;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=223718678;WS=223718660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	223722646	rs34630115	T	TA	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.447;QD=22.03;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	223722780	rs34606532	G	A	6376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=90;PP=2965;SC=AGTGGGAATCGGATCATTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=129;TCR=90;TR=219;WE=223722788;WS=223722770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	223799857	rs34786756	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=2924;ReadPosRankSum=3.100;SC=CCAGCTTCTACCACAGGAAAC;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=86;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,90:0.49:182
chr1	223799871	rs35116708	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=2924;ReadPosRankSum=1.084;SC=AGGAAACAGACGCTGCTGGCT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=91;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr1	223810318	rs61825177	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AGCCAGAATCGAAGACTACAG;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=223810326;WS=223810312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	223813586	rs35539373	G	T	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=81;PP=2382;SC=GGCTGCACTGGAGACCTGCGT;SOR=1.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=126;WE=223813594;WS=223813576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	223814671	rs61825208	A	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=14;PP=895;SC=GTGGGGCAGTAGAGAAGCCAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=223814679;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	223815575	rs34187970	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=831;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CTCTCTCTCCGGCTCATGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=35;WE=223815583;WS=223815565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr1	223816322	rs66602040	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=45;PP=2562;SC=AGCCCTAAGAATACGGAAAAC;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=135;WE=223816330;WS=223816312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	223816347	rs61825210	A	G	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=79;PP=2965;SC=ACAAAGGGCCAGAGCAGAGCA;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=122;TCR=80;TR=201;WE=223816355;WS=223816337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	223841836	rs2105405	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GAGGTAGTTCCAGCATTTGGA;SOR=0.416;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=13;WE=223841844;WS=223841826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	223841877	rs2105406	C	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=759;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TTTGGACTCACAGTGAAGAAT;SOR=1.045;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=39;WE=223841885;WS=223841867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr1	223842126	rs187522196	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=889;ReadPosRankSum=-1.782;SC=GAACAAAACACAAGTCACAAG;SOR=0.299;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=56;WE=223842134;WS=223842116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,64:0.57:112
chr1	223900408	rs25655	C	G	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=205;PP=2965;SC=GCTCCCACGACAGGGCCATCA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=255;TCR=205;TR=460;WE=223900416;WS=223900398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr1	223905532	rs17596	G	A	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1482;ReadPosRankSum=1.208;SC=AAGGAGCCCTGGGTAAGTGAT;SOR=0.994;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=89;TCR=107;TR=94;WE=223905540;WS=223905522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,107:0.49:218
chr1	223931648	rs1222137	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=318;SC=CCAAACCCTCTGACCCAACCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=223931656;WS=223931638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	223934720	rs17600	G	A	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=65;PP=2965;SC=GCTATGAAGCGCTATCAGGGG;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=161;WE=223934728;WS=223934710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	223938565	rs1153968	A	C	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1597;ReadPosRankSum=0.644;SC=TCAACCTCTTACTCCTCCCTT;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=109;TCR=80;TR=107;WE=223938573;WS=223938555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,120:0.57:212
chr1	223949158	rs6687003	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=210;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TCCCCCCACCGCAGCCCTGCC;SOR=0.257;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=12;WE=223949166;WS=223949148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	223951985	rs737066	C	A	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1447;ReadPosRankSum=2.442;SC=AATCTTTCCCCCTCCATGTCT;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=193;TCF=79;TCR=114;TR=105;WE=223951993;WS=223951975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,109:0.55:199
chr1	223959796	rs1153950	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1020;ReadPosRankSum=1.391;SC=ATGGTGGTCAGTGAAGTCAGT;SOR=0.674;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=68;WE=223959804;WS=223959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
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chr1	223959959	rs1153949	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.099;SC=AGCAGGCCCCGCCTTGCTTCT;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=36;WE=223959967;WS=223959948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr1	223980207	rs1153936	G	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CATCATTGGGGAGGCTTGGGT;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=70;WE=223980215;WS=223980197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr1	223989966	rs1153933	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1070;ReadPosRankSum=-2.270;SC=GCATAGTAGACGACTGGATAT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=117;TCR=129;TR=91;WE=223989974;WS=223989956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,97:0.38:256
chr1	223998054	.	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=2.074;SC=TGAATAACAAAGTAATAATGA;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=223998062;WS=223998044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	224008913	rs3738370	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=444;ReadPosRankSum=1.104;SC=GGCTGTCAGCGTCTCTCACCA;SOR=0.124;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=29;WE=224008921;WS=224008903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	224301749	rs6690695	C	T	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=85;SC=TACCCCTTCCCCGGCGGCTGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=224301757;WS=224301746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	224302154	rs3066024	T	TGAG	3338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=58;PP=2965;SC=GTCTGGGAGATGAGAAGGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=61;WE=224302162;WS=224302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	224318151	rs3065998	T	TTTG	2889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=14;PP=2113;SC=GTTATTGATTTTTGTTCTTTT;SOR=2.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=41;WE=224318159;WS=224318141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	224321984	rs1472167	C	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=28;PP=803;SC=TTATGAATTTCTGATTTTAGA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=224321992;WS=224321974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	224345012	rs7543762	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=583;SC=CTGGTAGAGAGACATTTTAAG;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=224345020;WS=224345002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	224415342	rs41271483	A	G	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CGGCTGAGGGACTCCTGCAAA;SOR=1.034;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=193;TCF=120;TCR=73;TR=101;WE=224415350;WS=224415332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,105:0.51:204
chr1	224444628	rs10799556	C	T	8167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=108;PP=2965;SC=ATTCAGATTCCTTCTACATCC;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=177;TCR=108;TR=285;WE=224444636;WS=224444618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	224444901	rs2897055	G	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=263;SC=AAGAGAAAGTGCATTCACTCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=224444909;WS=224444891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	224468986	rs34156240	C	CGTGT	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=376;SC=ACTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=224468994;WS=224468976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	224482216	rs2404783	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=445;SC=TTACAGATTTTGACAGCAACA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=224482224;WS=224482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	224492381	rs7522125	C	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=10;PP=932;SC=TAGGCTTTTTCCTCATAACTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=224492389;WS=224492371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	224492746	rs3754090	C	T	13338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=246;PP=2965;SC=CTTTCTTTTGCAGGACAGCTT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=476;TCF=230;TCR=246;TR=476;WE=224492754;WS=224492736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr1	224495852	rs7534447	C	T	7645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=124;PP=2965;SC=TGGAACTTATCCGTGGTGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=257;WE=224495860;WS=224495842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	224500881	.	A	G	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.9991;HP=21;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=49.14;NF=0;NR=5;PP=97;QD=26.3542425094;SC=AAAAAAAAAAAACAAGCAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=224500889;WS=224500871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr1	224505570	rs3066969	T	TAA	2097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=1292;SC=GCTCTAACAATAAGACTCACC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=224505578;WS=224505560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	224505719	rs4436353	T	G	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=112;SC=AAATAAATTTTCATGAATATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=224505727;WS=224505709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	224514275	rs4653578	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=274;SC=TAAACTCTTCGTTAATAAAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=224514283;WS=224514265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	224517842	rs2896990	C	T	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=107;PP=2965;SC=CGTCGGTCTTCCAAGCCACAG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=204;WE=224517850;WS=224517832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	224517907	rs4146965	A	T	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=63;PP=1944;SC=GCCCGCCGCGATCGCCGGGCC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=224517915;WS=224517897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	224585958	rs7522956	A	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=46;PP=1404;SC=CAGATATTTAATCTGCCTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=70;WE=224585966;WS=224585948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	224588825	rs7518109	T	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=21;PP=600;SC=TCTAAAGGAATTATGTGAGAA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=224588841;WS=224588815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	224600910	rs10916612	C	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr1	224600920	rs10916613	C	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr1	224606249	rs10495219	C	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=142;SC=AGAAGTTCTGCGTTATGCGAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=224606257;WS=224606239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	224621368	rs2405033	G	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=20;PP=1184;SC=TCACCAGCTGGCGGTAAGGGA;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=61;WE=224621376;WS=224621358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	224868596	rs7525096	A	C	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=49;PP=1476;ReadPosRankSum=0.237;SC=AATCCACAGAAGCTTTGGACA;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=289;TCF=168;TCR=121;TR=122;WE=224868604;WS=224868586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,132:0.43:304
chr1	224872443	rs3738364	A	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1395;ReadPosRankSum=1.429;SC=TTCTCATGCTATTTTAGCAGA;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=91;WE=224872451;WS=224872433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,95:0.51:185
chr1	224872473	rs3738363	A	G	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,132:0.54:244
chr1	225111228	rs16858299	T	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TTTGCTCTTCTGTTTTAGAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=225111236;WS=225111218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	225117561	rs2501078	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CGTCTTCCTGTCAGCGGTCGG;SOR=1.214;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=225117569;WS=225117551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	225230425	rs74146615	C	T	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=107;SC=CAGTGTTACTCGGTTATACTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=225230433;WS=225230415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	225230608	rs2501107	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=35;PP=1474;SC=TAAATCTATGCTTGAGAATTC;SOR=0.959;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=225230616;WS=225230598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	225237850	rs2501086	A	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=203;SC=GTCATGGATAATTTTGAAGTG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=225237858;WS=225237840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	225266966	rs3105559	C	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=13;PP=847;SC=AGAAGAATTTCTGGAGCATTT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=225266974;WS=225266956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	225268343	rs3128651	A	G	7547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	225268346	rs3128652	G	A	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	225270409	rs3128655	A	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=40;PP=1179;SC=GCTTGATAAAAACTGTAAAGT;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=225270417;WS=225270399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	225273248	rs3128658	G	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=638;SC=CATTTTAGATGTTTCAGTATG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=225273256;WS=225273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	225273633	rs3105565	T	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TATTTACTAGTTTGAATACCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=225273641;WS=225273623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	225285006	rs60266138	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=1.364;SC=ATTTTCTTTAATTCTTGAGAA;SOR=0.459;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=17;WE=225285014;WS=225284996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	225305681	rs74147113	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=866;ReadPosRankSum=1.589;SC=CTGCTGAAGGGGAAGGTCTCG;SOR=0.681;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=60;WE=225305689;WS=225305671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr1	225311154	rs74147114	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-3.006;SC=CCTGTGACCTCGTCATGCTTG;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=13;WE=225311162;WS=225311144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	225446838	rs41303311	G	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TCTGGTGTTGGGAAAACTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=80;WE=225446846;WS=225446824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
chr1	225477491	rs12024361	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GGTATTTTTACATCAAAATTT;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=225477499;WS=225477481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	225477546	rs12042076	A	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=-1.416;SC=AAAGATTCCCAGAAAATGTAT;SOR=0.826;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=17;WE=225477554;WS=225477536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	225477793	rs12042900	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.979;SC=AAGTAAGTACTTTTTGTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=10;WE=225477801;WS=225477783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	225492545	rs1995482	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CTAAGTGTTCAACTTTCTCTT;SOR=0.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=225492553;WS=225492535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	225492845	rs12034925	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TTTTTGTTTGCGAAAAGAGAC;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=22;WE=225492853;WS=225492835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	225506262	rs4653418	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.238;SC=ATATGTGTTTGGGGACCTATA;SOR=1.255;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=73;WE=225506270;WS=225506252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr1	225512402	rs75859387	GT	G	2442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.453;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.672;NF=35;NR=35;PP=2166;ReadPosRankSum=0.760;SC=TAAACCCGACGTTTTTGACAC;SOR=0.987;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=70;WE=225512410;WS=225512392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,107:0.42:255
chr1	225528183	rs3856145	C	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=669;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CAGAAATAGACAACCCCCATT;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=54;WE=225528191;WS=225528173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
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chr1	225534348	rs7535953	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=1.404;SC=TCCCAGTCTAGACTTACTAGT;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=225534356;WS=225534338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	225539665	rs3856150	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.084;SC=ATGTCGTACATTATCTTACAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=225539673;WS=225539655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	225541372	rs6676935	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	225545301	rs142111235	A	AATATGTGATAT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.35;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	225545580	rs12745950	A	C	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr1	225545588	rs34993311	A	G	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.04;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr1	225546172	rs9659299	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TTAATTTTACCTTATCTTCCA;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=225546180;WS=225546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	225548350	rs111692785	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=20;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AATGAGCTTACAGTTTTATAT;SOR=1.181;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=168;TCF=117;TCR=51;TR=82;WE=225548358;WS=225548340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr1	225552624	rs10495239	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=0.579;SC=CAGATTTAATGTTGACTGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=9;WE=225552632;WS=225552614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	225552650	rs12563830	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	225555512	rs11578981	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=500;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TCAAGATTGCCGTGGAATCTC;SOR=0.691;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=40;WE=225555520;WS=225555502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr1	225555602	rs12737248	T	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TATTTGAAAATCCTGACTGTG;SOR=0.479;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=39;WE=225555610;WS=225555592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr1	225562385	rs10915816	C	T	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=64;PP=2965;SC=ATGGGTTTTCCAAAGGTTGCC;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=113;TCR=64;TR=177;WE=225562393;WS=225562375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	225567813	rs61615439	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=40;PP=2025;SC=CTCCCCATCTCCCCACTTCCT;SOR=1.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=114;WE=225567821;WS=225567803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	225579918	rs41268717	A	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=382;SC=TCTCCATGAGACATCATTGTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=225579926;WS=225579909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	225586737	.	AT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=10.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr1	225602823	rs6666171	A	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=410;SC=GGCATAATTTATACAAGTTGG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=225602831;WS=225602813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	225603103	rs6702433	C	T	120.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=106;SC=TACACACACACATATATATAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=225603111;WS=225603093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	225607144	rs2230419	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=477;SC=TTGTGACAAACTGAATTTTTC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=225607152;WS=225607134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	225609763	rs12410357	G	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=18;PP=1200;SC=GGCTGTATAAGGATAAACACA;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=225609771;WS=225609753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	225609884	rs1056608	A	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=54;PP=1862;SC=GTGGTCGACCAGGGGATCGGG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=225609892;WS=225609874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	225699681	rs2184778	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=1.327;SC=CTCTTTCATCGGTCTTCTCTC;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=15;WE=225699689;WS=225699671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	226016633	rs3738047	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CTTGGGCCGGGCCGGGCTGGG;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=29;WE=226016641;WS=226016623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr1	226019653	rs1131873	G	A	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1645;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TCAAGACTAAGATTGAAGGTA;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=107;WE=226019661;WS=226019643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,116:0.53:220
chr1	226019774	rs2260863	G	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=45;PP=1344;SC=AATTATAGGTGACTGAGATGT;SOR=2.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=226019782;WS=226019764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	226026406	rs2234922	A	G	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=58;PP=2323;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CCCGCAGGCCATACCCCGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=205;TCR=127;TR=151;WE=226026414;WS=226026396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,151:0.45:338
chr1	226027067	.	GGTGT	G	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;QD=36.71;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
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chr1	226032018	rs56301120	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=2.502;SC=AAATCCATGCGCTCCAGTCTA;SOR=0.324;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=13;WE=226032026;WS=226032015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
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chr1	226034774	rs2292559	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=862;ReadPosRankSum=0.486;SC=CCACACTGCCCGTGGCGCTCT;SOR=0.279;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=60;WE=226034782;WS=226034764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr1	226036309	rs360063	A	G	8307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=145;PP=2965;SC=CTCTGTGAACAAACACCCTCC;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=167;TCR=145;TR=312;WE=226036317;WS=226036299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	226041438	rs2292556	C	T	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=73;PP=2019;ReadPosRankSum=0.644;SC=CGATGAAGGCCGAGGCGATGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=152;TCR=148;TR=149;WE=226041446;WS=226041428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,156:0.50:314
chr1	226043474	rs3738051	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ATGCCTGTTCAGAAGCATAGG;SOR=0.070;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=226043482;WS=226043464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	226043855	rs3766936	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGCCTTCCCTAAGTGGAAGGT;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=19;WE=226043863;WS=226043845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	226044489	rs60955535	G	GC	1739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=1669;SC=TGCTCTATGTGCCCCAGTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=41;WE=226044508;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	226044500	rs3215220	GC	G	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=560;ReadPosRankSum=0.994;SC=CCCCAGTGAGGCCCCTGCCAT;SOR=0.877;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=39;WE=226044508;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr1	226044591	rs2292560	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGCAGGGCCTCGGGGCTCCCG;SOR=0.786;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=71;WE=226044599;WS=226044581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,77:0.51:150
chr1	226046974	rs2292561	T	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1018;ReadPosRankSum=1.131;SC=TCAGGAAAAATAGCCCCAGGA;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=69;WE=226046982;WS=226046964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr1	226048744	rs34700682	CA	C	1310.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=973;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CTCAGGTTACCAAGCACACAT;SOR=0.454;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=27;WE=226048754;WS=226048734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr1	226048746	rs74150534	A	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=1465;ReadPosRankSum=1.014;SC=CAGGTTACCAAGCACACATGT;SOR=1.008;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=51;WE=226048754;WS=226048734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr1	226049909	rs74150536	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=542;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TGGATGTGCCTACACTCACTA;SOR=0.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=81;TCR=13;TR=34;WE=226049917;WS=226049899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr1	226050678	rs74229306	G	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1243;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTGTGCCAGCGGAGACCTCTC;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=75;WE=226050686;WS=226050668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,76:0.53:144
chr1	226054681	rs360085	T	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=895;SC=GCTCAACAACTCACTAGCTGC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=226054689;WS=226054671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	226059794	.	GA	G	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	226061868	rs138295106	GAC	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=0.636;SC=CCATTCCAGGGACACACACAC;SOR=0.287;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=226061877;WS=226061858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	226061956	rs2271544	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.893;NF=30;NR=15;PP=638;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GTACGCACACGCATGCTCACA;SOR=0.538;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=45;WE=226061964;WS=226061946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr1	226074373	rs3766941	C	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=779;ReadPosRankSum=0.275;SC=CTGGTACCCTCGAACACTTCA;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=53;WE=226074381;WS=226074363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr1	226074563	rs360057	T	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.209;NF=39;NR=34;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GGGCAGCGAGTCAGTCTCCGA;SOR=0.777;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=73;WE=226074571;WS=226074553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr1	226074985	rs2236143	T	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=722;ReadPosRankSum=0.824;SC=AGAGGAAGAATTGTATACATT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=37;WE=226074993;WS=226074975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr1	226075410	rs57114136	GC	G	2791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.912;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.004;NF=5;NR=82;PP=1831;ReadPosRankSum=1.996;SC=ACCCCGCACCGCCCCCCCGCG;SOR=1.086;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=216;TCF=23;TCR=193;TR=87;WE=226075425;WS=226075400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,115:0.47:246
chr1	226075473	rs77296604	C	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.504;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.020;NF=8;NR=52;PP=1261;ReadPosRankSum=1.538;SC=CTGCGCGCCCCCGCGACCCCC;SOR=2.200;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=107;TCF=22;TCR=85;TR=60;WE=226075481;WS=226075463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr1	226075558	rs191758097	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.479;NF=2;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-2.031;SC=CACCCGGGCCCGGGCGCTGCG;SOR=3.198;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=16;WE=226075566;WS=226075548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	226076669	rs41310561	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CTGCAGCTGCCGCAGCAGGCT;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=79;WE=226076677;WS=226076659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr1	226076919	rs360058	G	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGGGAAGGAGGGAGGGAGGTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=226076927;WS=226076909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	226108894	rs10915897	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=801;ReadPosRankSum=0.437;SC=CAGAAGTCCGCGGGATGGACT;SOR=0.973;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=59;WE=226108902;WS=226108884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr1	226111718	rs138311498	G	GCCGCCTC	7769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=3.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.620;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,201:0.47:428
chr1	226125543	rs60825997	G	GA	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=1058;SC=GGTCATCTGGGAGGCTGAAGT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=226125551;WS=226125533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	226127746	rs428237	C	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=55.07;MQRankSum=-5.387;NF=4;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=1.256;SC=CGGACTCCAGCGGAGCTCTGA;SOR=0.937;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=226127754;WS=226127736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	226127789	rs201495449	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQRankSum=-2.744;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	226180026	rs72757014	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GCTCTTTGTGCGTAGTGTAGA;SOR=1.232;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=19;WE=226180034;WS=226180016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr1	226252232	rs2036870	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=28;PP=813;SC=TATGTATCCACATAATTTAAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=226252240;WS=226252222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	226253316	rs1849032	G	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=25;PP=1065;SC=TTTTGTGCTAGTTATGTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=226253324;WS=226253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	226334578	rs1219666	G	A	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=90;PP=2733;SC=ACTTGCATCAGGCAATTAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=33;TCR=90;TR=123;WE=226334586;WS=226334568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	226352498	rs2306120	T	G	9633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=150;PP=2965;SC=ACCTTTTTTTTTCTTGCTCTT;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=195;TCR=150;TR=345;WE=226352506;WS=226352488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	226353521	rs2306121	T	A	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=51;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTGCCAACATTATCCTCATTA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=195;TCR=114;TR=139;WE=226353529;WS=226353511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,147:0.46:320
chr1	226411317	rs10915962	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr1	226438449	rs6678137	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=4;PP=299;SC=AAGGTTTCCTTCCATAGATAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=226438457;WS=226438439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	226465693	.	C	CT	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5032;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=33;QD=15.0;SC=AACTTAAAATCTTTTTTTTTT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=226465701;WS=226465683;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	226474132	rs10799347	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=31;PP=988;SC=GACATACACAGAAGTCATTAT;SOR=1.316;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=226474140;WS=226474122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	226485327	rs11390947	A	AT	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.873;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=741;ReadPosRankSum=0.282;SC=AAACTTGTAAATTTTTTACTG;SOR=1.577;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=22;WE=226485335;WS=226485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr1	226488826	rs11577454	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TTAATTTAACAAATTAGACTT;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=13;WE=226488834;WS=226488816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	226550741	rs747659	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=762;ReadPosRankSum=0.302;SC=AGCAAGCCCCCGGCTTCTGTG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=57;WE=226550749;WS=226550731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr1	226555302	rs1136410	A	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1126;ReadPosRankSum=2.186;SC=AAGCATTTCCACCTTGGCCTG;SOR=0.523;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=80;WE=226555310;WS=226555292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr1	226556094	rs1805400	T	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=65;PP=2137;SC=GCTTTCTCTTTTAGCAGGTGG;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=226556102;WS=226556084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	226566726	rs907190	A	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=1.668;SC=CTCTGTGATTAGATTTCATTC;SOR=0.124;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=226566734;WS=226566716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	226567008	rs732284	C	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1258;ReadPosRankSum=1.252;SC=ACAGTTTTCTCTCCCCTTGAG;SOR=0.748;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=92;TCR=102;TR=93;WE=226567016;WS=226566998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,99:0.48:206
chr1	226567563	rs2271343	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=0.660;SC=CCGTGGACAACAACCTGGCCA;SOR=0.154;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=226567571;WS=226567553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	226570840	rs1805415	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TACGGTCCTGTTTTTTAACCT;SOR=1.255;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=26;WE=226570848;WS=226570830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	226573274	rs61750984	G	A	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=57;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGGCAGTGACGTCCCCAGTGC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=151;TCR=107;TR=136;WE=226573282;WS=226573264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,143:0.53:268
chr1	226573364	rs1805414	A	G	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=145;PP=2965;SC=CCATGCCATCAGCTACTCGGT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=145;TCR=145;TR=290;WE=226573372;WS=226573354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr1	226576270	rs2255403	A	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1136;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AATAAGTGGGACACAACTCCT;SOR=0.419;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=68;WE=226576278;WS=226576260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr1	226576296	rs2293464	G	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1448;ReadPosRankSum=-2.205;SC=TGTCTTCCCAGAATGAGAAAG;SOR=0.978;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=85;WE=226576304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,89:0.48:185
chr1	226580021	rs1805405	G	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=966;ReadPosRankSum=1.183;SC=TTTGCCTGGAGAATCAAACAG;SOR=0.548;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=60;WE=226580029;WS=226580011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr1	226580093	rs2280712	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CCTCTTCTACCTCCCCAGGAT;SOR=0.364;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=25;WE=226580101;WS=226580083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	226589709	rs2666428	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=18;PP=1131;SC=ATTCCAAGCACCTGGAAAAAC;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=226589717;WS=226589699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	226589833	rs1805407	T	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=709;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGGGGGAGGTTTGCTTTGCTC;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=49;WE=226589841;WS=226589823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr1	226589958	rs1805404	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=435;ReadPosRankSum=0.622;SC=CTTTCTGCTGGTCATCCCACC;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=28;WE=226589966;WS=226589948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr1	226595647	rs907187	C	G	6740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.020;SC=CTAGCTGCCGCCAAAGCTCCG;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=645;TCF=310;TCR=335;TR=326;WE=226595655;WS=226595637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,326:0.50:655
chr1	226836590	rs2298169	A	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=84;PP=2717;SC=AGGGCCCTTGACGGGCTCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=131;WE=226836598;WS=226836580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	226923146	rs11337528	GT	G	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=1486;SC=TGTGTAGAAAGTTAAGAAAAA;SOR=1.217;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=36;WE=226923154;WS=226923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	226923264	rs708775	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;SC=TATGCAGGAAGGCTGAGTTGG;SOR=0.747;Source=Platypus;TCF=58;WE=226923272;WS=226923254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	226923505	rs708776	G	T	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=127;PP=2965;SC=AGGCTTGTCCGGATCTTGGGG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=126;TCR=127;TR=253;WE=226923513;WS=226923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	226923938	rs6667260	A	C	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=92;PP=2965;SC=CAGCTCAGGGAATCAGAGGAC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=114;TCR=93;TR=206;WE=226923946;WS=226923928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	226924875	rs147889095	ACTGCCGCTG	A	5367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=61;PP=2979;SC=TGCTCACGCTACTGCCGCTGC;SOR=1.407;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=72;WE=226924891;WS=226924865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	227069677	rs11405	T	C	9150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=162;NR=181;PP=2965;SC=TAATGTCGGCTGAGAGCCCCA;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=163;TCR=182;TR=343;WE=227069685;WS=227069667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr1	227069737	rs6759	C	T	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=99;PP=2874;SC=ATGGAGAGAACACTGCCCAGT;SOR=1.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=52;TCR=99;TR=151;WE=227069745;WS=227069727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	227071364	rs1295643	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=627;SC=ATAGGCTGCCGTGGGGGACAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	227071377	rs1295644	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=805;SC=GGGGACATTCTGCGGCCCTCA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	227071525	rs1046240	C	T	5735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=GAGCGAAGCACGTGATCATGC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=200;WE=227071533;WS=227071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	227073410	rs2236910	G	C	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=124;PP=2965;SC=CTCCAGCCACGCTTCTCTCCG;SOR=1.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=60;TCR=125;TR=184;WE=227073418;WS=227073400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	227078955	rs2802267	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=21;PP=1384;SC=CCGCCTGAGATGTGAACCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=227078963;WS=227078945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	227079222	rs2236915	C	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=22;PP=981;SC=CTTGAAGATTCAGCAAGTGTT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=227079230;WS=227079212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	227081622	rs10753428	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=20;PP=1254;SC=GGGCAAGAGCAGCTGGGCCTT;SOR=1.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=227081630;WS=227081612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	227081850	rs2855562	G	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=53;PP=1453;SC=GATGCGTCCAGCTGCCTCGTG;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=227081858;WS=227081840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	227085155	rs11802358	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1048;SC=TTAGGGTGAAGTGTTAAGACT;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=227085163;WS=227085145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	227165097	rs3806263	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=25;PP=1318;SC=GTGGGCGAGCGGGTGGCCCCA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=227165105;WS=227165087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	227171739	rs1574185	G	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=18;PP=1946;SC=TGTGTGTGGGGGGGGGGACGG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=78;TCR=19;TR=96;WE=227171747;WS=227171729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr1	227182575	rs1045247	A	G	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=58;PP=2831;SC=CCATGCCTCCAGAGGACAAAG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=157;WE=227182583;WS=227182565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	227204774	.	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=625;ReadPosRankSum=1.416;SC=AAATACAAACGATAATGATGT;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=37;WE=227204782;WS=227204764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr1	227216662	rs1929861	T	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;ReadPosRankSum=0.117;SC=CTTGAATTTCTTTAAATTTTC;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=99;WE=227216670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr1	227216775	rs1929860	C	T	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1758;ReadPosRankSum=2.675;SC=CCAGAAGTTACGGTTTGACAC;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=110;WE=227216783;WS=227216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,115:0.52:222
chr1	227218069	rs5781458	C	CAT	1554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=13;PP=1201;SC=TTTTTTAACACGATTTAAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=227218077;WS=227218059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	227219314	rs1319103	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=1.016;SC=CCAATAAAATAAGCATTCATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=227219322;WS=227219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	227221251	rs12031609	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=-0.538;SC=AAAAATTAATTTTCCCCCATT;SOR=1.598;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=15;WE=227221259;WS=227221241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	227222515	rs113874316	G	GACAA	6995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=85;PP=2972;SC=GTTTTAGACAGACAAACAGCC;SOR=1.506;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=108;TCF=6;TCR=102;TR=89;WE=227222523;WS=227222505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	227227740	rs12026688	A	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=1.441;SC=TGATTAAGTAAAACAAACATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=9;WE=227227748;WS=227227730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	227235510	rs114098136	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=376;ReadPosRankSum=-1.903;SC=AATTTATTTTATAAGTTTTTC;SOR=0.468;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=227235518;WS=227235500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	227239702	rs56176301	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AAAATAAGTCGGGAAAAATAA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=44;WE=227239710;WS=227239692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr1	227239746	rs10799381	G	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=827;SC=CAATGTGCAGGCTTAGCAAAT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=227239754;WS=227239736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	227246890	rs59693176	C	CA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=2.257;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	227247160	rs10495265	A	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=599;ReadPosRankSum=0.330;SC=ATTTACACACATAAGACTCTC;SOR=0.434;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=48;WE=227247168;WS=227247150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr1	227268488	rs1929853	T	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=942;ReadPosRankSum=-1.014;SC=ATTTATCACATCTGACAAATG;SOR=0.618;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=51;WE=227268496;WS=227268478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr1	227288655	rs2104863	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=227;SC=CAGGTACTCAGTAAGTATTTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=227288663;WS=227288645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	227299978	rs2458521	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=788;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AGAAGAAAATCAATTAAGCTT;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=57;WE=227299986;WS=227299968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr1	227300277	rs488104	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=548;SC=AATAACTTTAGAAATATTTTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=227300285;WS=227300267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	227327502	rs41268741	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=637;ReadPosRankSum=1.311;SC=GAAGAAAAACGTTAACATTTT;SOR=1.501;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=37;WE=227327510;WS=227327492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr1	227327527	rs41268743	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AAATTGTTTTTAACTGACTCC;SOR=1.209;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=23;WE=227327535;WS=227327517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	227330759	rs12139502	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,83:0.48:173
chr1	227335329	rs6685954	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTACTTAAGATACACAATAGA;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=227335337;WS=227335319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	227381326	rs6696485	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=0.502;SC=CAAATAATAACAACAACAAAG;SOR=0.346;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=227381334;WS=227381324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	227381373	rs3768436	G	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=8;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=478;ReadPosRankSum=0.571;SC=AATTTTTTTTGGTTGACGATA;SOR=0.949;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=30;WE=227381381;WS=227381354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr1	227381674	rs35780410	TA	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGTAAACTAATAAGGGTGAAA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=227381682;WS=227381664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	227387143	rs3768435	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	227387361	rs3768434	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TGTCTGAAACACAAAAAGAAA;SOR=0.166;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=22;WE=227387369;WS=227387351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
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chr1	227504794	rs11804613	T	C	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1560;ReadPosRankSum=0.276;SC=TATCCAGTAATGTCTCCACAC;SOR=0.464;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=269;TCF=162;TCR=107;TR=128;WE=227504802;WS=227504784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,136:0.47:287
chr1	227923057	.	C	G	7518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=2.633;SC=AACCAGAAGACGCAGGGCGCC;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=772;TCF=367;TCR=405;TR=357;WE=227923065;WS=227923047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,367:0.46:796
chr1	227923081	rs7419238	G	A	22128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=266;NR=342;PP=2965;SC=TTTCTGCCCCGCCAGCGCCTG;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=608;TCF=266;TCR=342;TR=608;WE=227923089;WS=227923071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr1	228003967	rs12121588	G	A	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1033;ReadPosRankSum=1.770;SC=AGCGGGCGCCGGCCTGGGATG;SOR=0.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=65;WE=228003975;WS=228003957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr1	228033197	rs9426581	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1101;ReadPosRankSum=0.225;SC=GCTGCAGGAGATGCAGCTCCC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=71;WE=228033205;WS=228033187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr1	228129197	rs631768	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=911;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGAGACTCCATGGGGACCCTC;SOR=0.475;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=79;WE=228129205;WS=228129187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr1	228294300	rs12564763	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=2;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CACTGAGCTCTCTCTGTGCTT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=49;WE=228294308;WS=228294291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr1	228345912	.	CGAG	C	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=35;QD=11.5;SC=TGGGCCTGGGCGAGGAGGAGG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=4;WE=228345925;WS=228345902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,4:0.20:20
chr1	228352160	rs4348717	T	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=64;PP=1776;SC=TAGCAGTGTGTGGTTCCTGCC;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=100;WE=228352168;WS=228352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	228353651	rs55873785	G	C	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=20;PP=2027;SC=CCAACGGCCGGAGCGGCCTGG;SOR=2.277;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=87;WE=228353659;WS=228353641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	228391591	rs12022917	G	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=527;ReadPosRankSum=1.070;SC=ATGGTAGAGTGACTGTAGGTA;SOR=1.578;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=27;WE=228391599;WS=228391581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	228391808	rs11800309	G	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=756;ReadPosRankSum=1.855;SC=ACAGATTTTGGTATATGCGGG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=50;WE=228391816;WS=228391798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr1	228399482	rs11804508	C	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=653;SC=CGCCGCCACCCTCATGGATCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=228399490;WS=228399472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	228399766	rs55971985	T	C	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=100;PP=2964;SC=CCTTCGCTGCTGTGGGCCTGC;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=182;WE=228399774;WS=228399756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	228400646	rs3121192	T	C	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	228400653	rs3121191	A	T	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	228402047	rs1620111	A	G	10445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=195;PP=2965;SC=GCCACACACTAACCATCTCCC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=174;TCR=195;TR=369;WE=228402055;WS=228402037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr1	228402121	rs1771487	A	G	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=133;PP=2965;SC=ACGTCCACCCAGTTCTGCGTG;SOR=1.256;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=228;WE=228402129;WS=228402111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	228405118	rs5781507	G	GA	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=17;PP=331;SC=AGTGTCAACTGAAAAAAAAAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=228405126;WS=228405108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	228431095	rs1771455	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CAGGCAAGACAGATGCCGGGG;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=80;WE=228431103;WS=228431085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr1	228431930	rs10916293	C	T	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=-1.016;NF=106;NR=71;PP=2429;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GAATCTTCAGCGCCTGTGAAA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=365;TCF=216;TCR=149;TR=177;WE=228431938;WS=228431920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,182:0.49:372
chr1	228433217	rs2487384	A	G	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.308;NF=55;NR=48;PP=1630;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGCCCCAGACAGAGGTGACGT;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=103;WE=228433225;WS=228433207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,107:0.54:199
chr1	228434395	rs7517088	T	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=1612;ReadPosRankSum=0.979;SC=GCATAGAGGCTGCGGGCTGCA;SOR=0.548;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=296;TCF=159;TCR=137;TR=132;WE=228434403;WS=228434385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,137:0.45:306
chr1	228434467	rs7517108	T	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1339;ReadPosRankSum=0.185;SC=CCTGTGAGGCTGGGGGCCAGC;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=274;TCF=127;TCR=147;TR=121;WE=228434475;WS=228434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,129:0.45:288
chr1	228437603	rs6426494	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=943;ReadPosRankSum=0.784;SC=GGCCTTGTCTTCCCAGTGCTG;SOR=0.850;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=58;WE=228437611;WS=228437593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr1	228438045	rs12737540	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=435;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TTCATGTCTCGGGCTTCCCAT;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=27;WE=228438053;WS=228438035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	228444318	rs7532144	T	G	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GACCTAGATGTTGGTGGTCAC;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=120;TCR=70;TR=95;WE=228444326;WS=228444308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,98:0.51:194
chr1	228444565	rs7532342	T	A	9389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=162;PP=2965;SC=GGCCAGGCGGTCGCCGGGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=162;TCR=162;TR=324;WE=228444573;WS=228444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	228444741	rs3795780	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=344;ReadPosRankSum=0.957;SC=TCCACTTCTCCATGCCCTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=20;WE=228444749;WS=228444731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	228451826	rs453140	C	T	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=69;PP=2220;ReadPosRankSum=2.525;SC=GAGCCCAAGGCGGTGTTTGCC;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=313;TCF=164;TCR=149;TR=155;WE=228451834;WS=228451816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,163:0.50:326
chr1	228456147	rs878388	T	C	3967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=94;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CCTACTTTCTTGTCTAGGCCC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=405;TCF=205;TCR=200;TR=194;WE=228456155;WS=228456137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,196:0.47:414
chr1	228461129	rs1188724	A	G	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1740;ReadPosRankSum=0.107;SC=TCAAAAGTGCACATGGAGGCC;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=124;WE=228461137;WS=228461119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,127:0.57:221
chr1	228461408	rs11398292	A	AG	2509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=28;PP=2417;SC=GTGGCCCTGAAGGGAGCGGGG;SOR=1.270;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=59;WE=228461416;WS=228461398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	228463433	rs510931	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-2.626;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	228464248	rs1188721	T	G	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CGGACGTGGATGGCAGCTGGA;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=183;TCF=113;TCR=70;TR=89;WE=228464256;WS=228464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr1	228464276	rs1188722	T	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=1665;ReadPosRankSum=1.065;SC=CGGTCTGCGGTTCCAGCAGGG;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=114;WE=228464284;WS=228464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,117:0.49:237
chr1	228464842	rs936885	C	G	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1976;ReadPosRankSum=1.450;SC=GTGCCTGACTCGGCCTCTGCC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=140;TCR=101;TR=118;WE=228464850;WS=228464832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,124:0.50:248
chr1	228465370	rs867599	T	G	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CCAGGAAGGTTCGAGGACAGG;SOR=0.995;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=220;TCF=106;TCR=114;TR=102;WE=228465378;WS=228465360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,111:0.49:227
chr1	228468458	rs1188697	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=951;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CACCTGCCACGTGGGCTCCGA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=71;WE=228468466;WS=228468448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr1	228470995	rs1150906	G	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GGTAAATGCCGCAGGAGCCCC;SOR=0.363;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=36;WE=228471003;WS=228470985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr1	228475848	rs437129	G	A	4922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GCTGAGCAAGGCAGCCCCTGT;SOR=0.740;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=493;TCF=230;TCR=263;TR=235;WE=228475856;WS=228475838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,238:0.48:500
chr1	228480282	rs1150908	A	G	3996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=80;PP=2741;ReadPosRankSum=0.375;SC=AAGGGGCCACAGCTGTGCTGC;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=391;TCF=205;TCR=186;TR=181;WE=228480290;WS=228480272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,192:0.47:412
chr1	228482010	rs449133	C	T	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TGAGGCAGGACGGGTCCAGGT;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=451;TCF=238;TCR=213;TR=236;WE=228482018;WS=228482000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,250:0.54:467
chr1	228482285	rs1150909	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=549;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CAGGAGGTGTTCTCATGCTCA;SOR=0.430;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=26;WE=228482293;WS=228482275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr1	228492044	rs1150910	G	A	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.624;SC=CAAACCAGGAGGCCAGAGAAG;SOR=0.608;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=430;TCF=217;TCR=213;TR=217;WE=228492052;WS=228492034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,227:0.50:455
chr1	228494382	rs1150911	T	G	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=66;PP=1568;ReadPosRankSum=-1.007;SC=AGCGCAGTTCTTGTGCTTTGG;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=48;TCR=115;TR=92;WE=228494390;WS=228494372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr1	228494790	rs435776	G	A	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1509;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GCTGGTACGCGGAGTGGAGCA;SOR=0.626;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=102;WE=228494798;WS=228494780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,107:0.48:225
chr1	228495696	rs419173	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=422;ReadPosRankSum=0.930;SC=ACAGATGGGCTATGGCAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=23;WE=228495704;WS=228495686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	228497053	rs379620	A	G	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1740;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CTCCATTCAGAAAGGCCTTCC;SOR=0.736;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=97;WE=228497061;WS=228497043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,104:0.44:234
chr1	228503677	rs1150912	A	G	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=70;PP=2415;ReadPosRankSum=3.095;SC=GAACCCGTGCACACCTCGGAG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=219;TCR=137;TR=181;WE=228503685;WS=228503667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,191:0.51:373
chr1	228504472	rs1188732	T	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1104;ReadPosRankSum=0.352;SC=CGCACAGGCATGCTTCACCTG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=90;WE=228504480;WS=228504462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,93:0.42:223
chr1	228504670	rs11810627	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=1.280;SC=GGCCTCTGCGCGGCTCACCGT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=37;WE=228504678;WS=228504660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr1	228504701	rs111792077	G	GCTCC	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=722;ReadPosRankSum=2.132;SC=TGGTGGGCGAGCTTTTCCCTC;SOR=0.171;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=228504709;WS=228504691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr1	228505668	rs1188729	C	G	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1846;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GAAGATGTCTCTCTGGAGCTT;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=243;TCF=142;TCR=101;TR=117;WE=228505676;WS=228505658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,125:0.50:248
chr1	228505699	rs1188728	T	C	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=51;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CTGAGGCTGGTGAGGTCATCT;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=284;TCF=164;TCR=120;TR=129;WE=228505707;WS=228505689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,142:0.48:298
chr1	228509427	rs373610	A	G	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=91;PP=2721;ReadPosRankSum=0.053;SC=ACTGGCCTGGACCGTGCTGAT;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=372;TCF=193;TCR=179;TR=180;WE=228509435;WS=228509417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,181:0.48:379
chr1	228520763	rs384553	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CCTTCCTCCAGGCCCTGGCGG;SOR=0.839;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=228520771;WS=228520753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	228520880	rs416564	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TTATGGCTGACCCCTTTTCTG;SOR=0.813;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=16;WE=228520888;WS=228520870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	228520973	rs369909	C	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=26;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCTGAGAGACCTCCAGGTGGC;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=168;TCF=108;TCR=60;TR=80;WE=228520981;WS=228520963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
chr1	228522029	rs57891072	TA	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=1.011;SC=CCTGAGTGTGTAGAGTTCCAG;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=228522037;WS=228522023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	228522047	rs520552	A	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=0.151;SC=CAGGGCTCCAAGGCCCAGGTT;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=15;WE=228522055;WS=228522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	228523005	.	T	TG	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=28.5;SC=GGGCCGTGAGTGGGGGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=228523013;WS=228522995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr1	228523442	rs1684868	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.73;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr1	228523447	rs10799473	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1097;SC=TCAGATGTGCTGGGGTTGGGA;SOR=1.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=65;WE=228523456;WS=228523432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	228523448	rs1757161	G	A	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr1	228523618	rs1757160	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=743;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AGGAGTGGGGGACAGGACAGC;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=40;WE=228523626;WS=228523608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr1	228524919	rs3795807	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1679;ReadPosRankSum=0.273;SC=AGGCAGGCCAGGGTGTCATGA;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=127;TCR=97;TR=109;WE=228524927;WS=228524909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,116:0.49:236
chr1	228524961	rs3795808	C	A	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=1880;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGCAGGTGCCCGGAGGTGACA;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=148;TCR=136;TR=131;WE=228524969;WS=228524951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,137:0.46:295
chr1	228525627	rs1757127	C	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=881;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CACTTCAGCACCCCCATCCCT;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=117;TCR=74;TR=73;WE=228525635;WS=228525605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,78:0.38:204
chr1	228525898	rs1188717	C	G	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1170;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AGGCCCCTAGCAGGGTCGTCC;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=69;WE=228525906;WS=228525888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
chr1	228526486	rs58480216	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=0.173;SC=TGGGGGCCTCGTGGCCCACAG;SOR=0.375;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=32;WE=228526494;WS=228526476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr1	228526665	rs505629	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=595;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TGCCCATAGCTGTGGCCGGCC;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=57;WE=228526673;WS=228526655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr1	228526742	.	CCACA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTGGGTGGGGCCACACACACA;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=228526753;WS=228526732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr1	228528412	rs1150916	G	A	3551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=78;PP=2080;ReadPosRankSum=0.625;SC=CCTGACCTTCGCCCCGGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=328;TCF=170;TCR=158;TR=166;WE=228528420;WS=228528402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,175:0.51:342
chr1	228528563	rs1188710	C	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1514;ReadPosRankSum=-1.756;SC=AGGCACCCTGCAGGCCCTGGG;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=100;WE=228528571;WS=228528553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,103:0.42:246
chr1	228529429	rs141828109	A	AGACGGCTCAGCCAGCCTGTGGCATGG	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	228547901	rs12035900	C	T	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=2012;ReadPosRankSum=-1.018;SC=AAGACGGAGACGCCTTTGTGA;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=139;TCR=115;TR=122;WE=228547909;WS=228547891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,128:0.48:268
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chr1	228560139	rs498382	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=818;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TGTCCCAGTCAGAGGAGGAGG;SOR=0.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=48;WE=228560147;WS=228560129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr1	228560700	rs512253	T	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1000;ReadPosRankSum=0.622;SC=TGCCGCTGGATGAGCCTGCAG;SOR=0.405;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=94;WE=228560708;WS=228560690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,99:0.49:202
chr1	228612838	rs2230656	G	T	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=113;PP=2965;SC=GCAACTTGCGGATTAGCAGCT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=243;WE=228612846;WS=228612828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	228613052	rs1188474	T	C	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=96;PP=2647;SC=GGCCCCGCGGTGTCCTCTGCC;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=69;TCR=96;TR=165;WE=228613060;WS=228613042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	228645063	rs10916317	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=625;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TTCTCGAGATAGTAGGTGGCT;SOR=0.453;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=40;WE=228645071;WS=228645053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr1	228646356	rs144766104	CGT	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.309;NF=0;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=-2.503;SC=GAATCTGAGCCGTGTGTGTGT;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=10;WE=228646365;WS=228646346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	228681749	rs3795817	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TCCTTCACCCCGAGGCGTGTT;SOR=0.165;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=228681757;WS=228681739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	228699477	rs6665115	T	C	5200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CCTGGCCACGTGGTCACTCAT;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=520;TCF=283;TCR=237;TR=245;WE=228699485;WS=228699467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,252:0.48:528
chr1	228785805	rs10916348	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGACTTTTCTCTAAAGGCATC;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=228785813;WS=228785795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	228873640	rs3215603	GT	G	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CAGGGGCCAGGTTATTGGCCG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=228873648;WS=228873630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	229422193	rs237764	T	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=1.103;SC=TTCACAGCACTATTTTGAAGT;SOR=0.346;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=25;WE=229422201;WS=229422183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr1	229438828	rs237787	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.940;SC=TGAAAAAGAGGGGATCCCAGC;SOR=0.588;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=16;WE=229438836;WS=229438818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	229461024	rs2282083	C	T	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1547;ReadPosRankSum=0.644;SC=CTGTCATCCACGGGTTCTCTG;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=262;TCF=142;TCR=120;TR=109;WE=229461032;WS=229461014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,113:0.41:277
chr1	229477725	.	GA	G	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr1	229567663	rs6673359	C	G	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GGGACCGCGGCGGGGAGCGTG;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=66;WE=229567671;WS=229567653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr1	229568231	rs527621	T	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;SC=GAGGCTAGGCTCTCAGCGCTA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=229568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	229568632	rs11803533	A	G	5946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.324;SC=GACGCCCTGCAGAGCCGAGAC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=548;TCF=265;TCR=283;TR=281;WE=229568640;WS=229568622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,294:0.51:574
chr1	229568934	rs57214022	AG	A	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.229;NF=0;NR=28;PP=480;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TCTCAGCGGCAGGGGGGGGTA;SOR=1.017;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=28;WE=229568942;WS=229568924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	229586196	rs79029719	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=0.413;SC=ATTTTCATGATTGACTAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=10;WE=229586204;WS=229586186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	229594221	rs16849782	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.055;SC=ACACAGCAAAATATCAACCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=229594229;WS=229594211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	229599439	rs16849788	A	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GGAATGAGAAAAGATGGGAAA;SOR=1.218;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=41;WE=229599447;WS=229599429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr1	229611318	rs11800554	A	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=701;ReadPosRankSum=1.475;SC=TAGAGAGAAGAGACTTCCCAC;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=48;WE=229611326;WS=229611308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr1	229611555	rs11805314	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=2.566;SC=TGGCTAACTGCTATTAAAATA;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=21;WE=229611563;WS=229611545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	229622162	rs1065675	A	G	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2202;ReadPosRankSum=0.480;SC=GACCCTTCCAAGTCTTCTGCC;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=360;TCF=204;TCR=156;TR=158;WE=229622170;WS=229622152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,171:0.44:385
chr1	229623137	rs4925493	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=675;ReadPosRankSum=0.918;SC=TGAAGTGACATTCAGGGAAAG;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=37;WE=229623145;WS=229623127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr1	229623338	rs1065674	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=795;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GACCGTCAACTGACACAAAAT;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=54;TCR=94;TR=63;WE=229623346;WS=229623328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,66:0.43:152
chr1	229663064	rs113712941	GAGGAA	G	7863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=62;PP=2981;SC=TCCTTGTTGAGAGGAAAGGAA;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=88;WE=229663076;WS=229663054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	229683264	rs3738187	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=245;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TGATGCCTACGGAAGCCTGGG;SOR=0.582;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=229683272;WS=229683254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	229693846	rs4148757	A	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	229730452	rs2295625	G	A	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=85;PP=2595;ReadPosRankSum=0.583;SC=CCTGCTGAGCGCTCCACAGCC;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=363;TCF=206;TCR=157;TR=189;WE=229730460;WS=229730442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,200:0.53:377
chr1	229738170	rs3753886	T	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CATCCTTGACTCGCTTAATGC;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=77;WE=229738178;WS=229738160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr1	229738236	rs4925500	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1278;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TGGGCATGTCGGGGGGCTCCA;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=84;WE=229738244;WS=229738226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,92:0.59:155
chr1	229746019	rs2273573	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TAACCCAGTACGTGGCAGGAT;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=84;WE=229746027;WS=229746009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,90:0.65:139
chr1	229768297	rs1473719	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=1.602;SC=ATAGGAAATACTAAGGTAGGA;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=229768305;WS=229768287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	229772693	rs3811473	T	G	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GCCCAGGAAGTCTCAATAGAT;SOR=0.723;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=76;WE=229772701;WS=229772683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,80:0.43:184
chr1	229781532	rs881694	T	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=1.219;SC=CAGAGAGCAGTCTTCTTCCCC;SOR=0.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=229781540;WS=229781522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	229781744	rs2274994	T	C	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=859;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ATGTGTCCTCTAGCTCCTCCC;SOR=0.601;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=70;WE=229781752;WS=229781734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr1	229783236	rs6587349	T	C	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.39;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	229783236	.	TTATT	CTATC,CTATT	908	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=35,77;NR=19,37;PP=802,908;QD=15.8419976826;SC=CATTTTTCCTTTATTTTATTT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=54,114;WE=229783248;WS=229783226;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.46:118
chr1	229783240	rs2274995	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr1	229790048	rs7521953	A	G	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1297;ReadPosRankSum=-1.494;SC=TGGTTGAAAGAATGTACAGCC;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=84;WE=229790056;WS=229790038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr1	229795070	rs1048306	T	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=516;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GTGCCGCCAGTGACACTGTCC;SOR=0.442;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=40;WE=229795078;WS=229795060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr1	230371883	rs3811488	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=859;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TGCATTACCTGTCAGGGGTGT;SOR=1.109;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=50;WE=230371891;WS=230371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr1	230386341	rs2273966	T	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-2.067;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr1	230415025	rs6698963	A	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1673;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCCACACTCTAAGGCACTCTC;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=275;TCF=153;TCR=122;TR=118;WE=230415033;WS=230415015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,130:0.45:292
chr1	230451935	rs144363709	C	CAT	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TACACATGTGCATGTGTATAC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=6;WE=230451943;WS=230451925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	230451978	rs11122492	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=0.574;SC=ATGTGTATACGTACATATGTG;SOR=1.073;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=17;WE=230451986;WS=230451968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	230459433	rs35048134	GC	G	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATCCCAAAGGCCCCCCCTCA;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=13;WE=230459441;WS=230459415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	230497940	rs828479	G	T	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=31;PP=2952;SC=GCACGAGAGGGTGGGGGAGGA;SOR=2.403;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=106;TCR=31;TR=137;WE=230497948;WS=230497930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	230498232	rs2820384	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=981;SC=GGAAGCCCTCCTGGGGCTCCA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=230498240;WS=230498222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	230503684	rs2632571	C	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=957;SC=CTCAAGGTCACGCAAGCTGGC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=230503692;WS=230503674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	230513128	rs828463	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=388;SC=ACATCAACACGTGATAAATCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=230513136;WS=230513124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr1	230795177	rs1359866	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=783;ReadPosRankSum=-2.883;SC=ATATCATTGCTATAATTTTTT;SOR=1.058;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=47;WE=230795185;WS=230795167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr1	230796326	rs3736983	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=2.093;SC=TTCACATTCTATCAGCAATAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=230796334;WS=230796325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	230820763	rs150768186	C	CACATT	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=861;ReadPosRankSum=1.060;SC=TCGGAAGTCTCACATTAGACT;SOR=1.584;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=18;WE=230820771;WS=230820753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	230822607	rs1536591	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=824;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTATTGACGCGCACATATGTA;SOR=0.352;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=63;TCR=8;TR=44;WE=230822615;WS=230822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr1	230822903	rs2493147	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=0.669;SC=CAGAATAATTCCAGGTGCTTG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=16;WE=230822911;WS=230822893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	230825942	rs3000064	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=341;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGCTTAGAAGAGTCTGCGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=26;WE=230825950;WS=230825932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr1	230828979	.	T	TC	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.105;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr1	230828987	rs2478534	C	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-2.948;NF=42;NR=21;PP=1303;ReadPosRankSum=-1.761;SC=TTTCCCCCCCCATATTCAGCT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=63;WE=230828995;WS=230828969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr1	230841687	rs7080	T	C	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=63;PP=2395;ReadPosRankSum=-0.176;SC=ACCGGGGAGATAGTTTCTTCA;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=332;TCF=199;TCR=133;TR=163;WE=230841695;WS=230841677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,166:0.49:338
chr1	230845794	rs699	A	G	4759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=1.371;SC=ACTGGCTCCCATCAGGGAGCA;SOR=0.621;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=438;TCF=264;TCR=174;TR=222;WE=230845802;WS=230845784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,235:0.51:458
chr1	230883466	rs12143120	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=70;PP=1584;ReadPosRankSum=2.635;SC=GTGAGTGGGGCGAGCAGGGGA;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=84;TCR=139;TR=112;WE=230883474;WS=230883456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,115:0.50:230
chr1	230883484	rs6690251	T	C	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=100;PP=2965;SC=GGAAGGAGCATAGATGAGGCC;SOR=1.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=48;TCR=100;TR=148;WE=230883492;WS=230883474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	230883499	rs6690254	T	C	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=76;PP=2495;SC=GAGGCCGAGGTTCAGCAGCCC;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=108;WE=230883507;WS=230883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	230895340	rs28359608	C	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AGGACCAAAGCTTTGGCCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=34;WE=230895348;WS=230895330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr1	230903234	rs11122590	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGGGTGCCCCAGTGGCCTCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=9;WE=230903242;WS=230903224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	230914729	rs1933631	A	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr1	230928351	rs2282321	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=0.118;SC=GAATTGTATTCGGACAGGGGA;SOR=0.324;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=18;WE=230928359;WS=230928341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	230928512	rs7522057	C	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.631;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=800;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GTAGCTCCCCCGGGCTGGCTG;SOR=1.366;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=54;WE=230928520;WS=230928502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr1	230975454	rs1202550	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=289;SC=AAATCTGGCAATATTGACCAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=230975462;WS=230975444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	230979657	rs41314280	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=825;ReadPosRankSum=0.817;SC=GGTGGGACATGAGAAAGGACA;SOR=1.002;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=62;WE=230979665;WS=230979647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,63:0.37:171
chr1	231047143	rs6699285	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=1.905;SC=ACCTATATCCATAACAGGAAG;SOR=1.508;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=19;WE=231047151;WS=231047133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	231047310	rs10580953	TAC	T	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=1.466;SC=AAAAAAAAGATACAGACTCAT;SOR=0.765;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=231047319;WS=231047300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	231047392	rs2153049	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACATCAAGAAGAGGATTGTTT;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=231047400;WS=231047382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	231057247	rs2275333	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TGATCACCTGACCCCTATAAG;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=14;WE=231057255;WS=231057237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	231057287	rs9432260	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.179;SC=GAATATTTTTATAGAAGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=231057295;WS=231057277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr1	231059784	rs3748774	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GCTAGTCCATCATATCTAAAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=231059792;WS=231059774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	231064578	rs5781609	T	TCTC	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=341;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CCCAGGCAATTCTACCTCACC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=231064586;WS=231064568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	231069340	rs12749386	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=323;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TCATGACATCCTCTGGTACAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=231069356;WS=231069330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	231069348	rs9431601	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.921;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.405;SC=TCCTCTGGTACAATTTATTTT;SOR=0.022;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=231069356;WS=231069330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	231069652	rs1890351	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.944;SC=ATAATTGTTAAAATTGAGATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=231069660;WS=231069642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	231071876	rs12131329	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TAGGTGGAGACGCCCAGGGGG;SOR=0.239;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=22;WE=231071884;WS=231071866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr1	231092180	rs11122161	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.15;MQRankSum=1.460;NF=11;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=0.601;SC=CCGTGTGATCGTGGGGACCTC;SOR=1.109;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=16;WE=231092188;WS=231092170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr1	231092211	rs34436246	T	TG	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.379;NF=3;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=0.043;SC=CATAACTGTCTGGTCTTGCTT;SOR=0.623;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=9;WE=231092219;WS=231092201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	231093785	rs59207624	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	231114465	rs76376323	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=1.070;SC=GGCCGCAGCCCGGCGGACAGG;SOR=1.272;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=14;WE=231114473;WS=231114455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	231114595	rs11122174	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=621;SC=AAGGCGCATGCGCGACAGCCC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=231114603;WS=231114585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	231124055	rs10779804	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=503;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TATTATCTTGTATTATTTCAG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=33;WE=231124063;WS=231124045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	231161817	.	TAAA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	231480507	rs1009227	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	231486989	rs2474633	A	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=407;SC=TGCTTATGTAAATTGTTTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=231486997;WS=231486979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	231487017	rs2474634	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=889;SC=GTTAACTTGCTTATTGAATAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=231487025;WS=231487007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	231488524	rs2437150	C	T	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=63;PP=2965;SC=GCTGTAAGACCTAATTCTAAA;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=155;WE=231488532;WS=231488514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	231502243	.	AAT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr1	231502245	rs1435167	T	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr1	231502310	rs1435166	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=807;SC=CCTAAGAGTATGGACAATATT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=231502318;WS=231502300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	231506557	rs2256908	G	A	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=451;SC=TCACAAATACGTCTCAATAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=231506565;WS=231506547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	231664607	rs41303127	C	T	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=53;PP=2155;SC=GTTATTTATCCGGAGGGGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=130;WE=231664615;WS=231664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	231830295	rs3738401	G	A	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=89;PP=2903;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TGTCTCTCTCGGCCCTTCAGT;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=327;TCF=170;TCR=157;TR=178;WE=231830303;WS=231830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,180:0.55:330
chr1	231906589	rs2492367	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1199;ReadPosRankSum=1.815;SC=AGAAAGAAATCGAAGCTCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=85;WE=231906597;WS=231906579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,86:0.43:202
chr1	231936016	rs2759354	A	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=121;PP=2965;SC=AGCTACCAGCACATCGTGTTT;SOR=1.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=62;TCR=121;TR=183;WE=231936024;WS=231936006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	231954145	rs12133766	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=737;ReadPosRankSum=0.486;SC=GAGAAGGGCTGGAGGGACTCC;SOR=0.920;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=94;TCR=27;TR=48;WE=231954153;WS=231954135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr1	231955906	rs12135059	G	A	101.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGATTTACACGTGCTTAATTT;SOR=1.872;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=231955914;WS=231955899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	231956086	rs11122343	A	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr1	232098435	rs61835561	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGGAGAAATAACAGTGGATGT;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=17;WE=232098443;WS=232098425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	232535030	rs629939	C	T	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=CTGGTCAGAGCAGAAATAAAC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=185;WE=232535038;WS=232535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	232568293	rs1547741	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=52;PP=1546;SC=ATTCAGAGCCACAAGGCTTTA;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=232568301;WS=232568283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	232577281	rs573140	T	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CCAATGGATATGTCACAAAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=232577289;WS=232577271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	232597919	rs78044234	C	T	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.354;SC=ACCACTAATGCAGCCCTCAAA;SOR=1.009;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=215;TCF=130;TCR=85;TR=101;WE=232597927;WS=232597909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,105:0.46:226
chr1	232650750	rs3795366	A	G	9295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=144;PP=2965;SC=TCTGCAGGACAGAAGTGATGC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=184;TCR=144;TR=328;WE=232650758;WS=232650740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	232650867	rs4649383	C	T	11978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=213;PP=2965;SC=TCACACCCATCTTGGGCACAG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=432;TCF=218;TCR=214;TR=431;WE=232650875;WS=232650857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr1	232941153	rs12409898	C	T	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.918;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=56;PP=2088;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GCTTCAGCTTCTCGTTTGCGG;SOR=0.189;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=98;WE=232941161;WS=232941143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr1	233086456	rs13381	T	C	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=958;ReadPosRankSum=0.938;SC=CGCCCACCAGTATGGCCCGGC;SOR=0.677;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=180;TCF=103;TCR=77;TR=76;WE=233086464;WS=233086446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,81:0.43:187
chr1	233113827	rs1045158	G	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=885;ReadPosRankSum=0.999;SC=CCTTCCAGGCGTTTCTTTTAG;SOR=1.043;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=98;TCR=37;TR=56;WE=233113835;WS=233113817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr1	233120266	rs112315831	T	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=795;ReadPosRankSum=0.180;SC=TCAGCAAACGTTCACTACCCA;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=63;WE=233120274;WS=233120256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr1	233137225	rs140788891	CATAA	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.776;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	233150270	rs6424263	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	233150275	rs149306413	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	233152910	rs11271054	A	AAAAGCAAGATTTTGAGTCCTCACAGCTATTCT	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.234;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	233160772	rs17355937	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=505;ReadPosRankSum=-1.048;SC=GATGGCTGGGTTTCCAATTCG;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=30;WE=233160780;WS=233160762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr1	233189946	rs16858557	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=263;ReadPosRankSum=1.103;SC=ACTTCTTCCTAAAGTTTTGCT;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=11;WE=233189954;WS=233189937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	233225848	rs12059884	T	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TGACATATGATGTGATGAAAA;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=106;WE=233225856;WS=233225838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,110:0.49:225
chr1	233296891	rs2296515	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=465;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TCCCTAAGCCTCTCAGCGGGC;SOR=1.040;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=27;WE=233296899;WS=233296881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr1	233296908	rs2296516	T	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=593;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GGGCATTTTGTTTTCTTTCTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=34;WE=233296916;WS=233296898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr1	233344151	rs7523507	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=345;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CAAGAGGAAAGTGCACATCTC;SOR=1.201;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=17;WE=233344159;WS=233344141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	233344492	rs7523785	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=-1.679;SC=AATGAAAAAAGCCTCATAGTC;SOR=1.426;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=233344500;WS=233344482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	233344516	rs7537135	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-1.831;SC=AATTTACACTATATCATATAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=233344524;WS=233344506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	233397267	rs10489808	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=693;SC=ACATTCAACCGAGACAACTGT;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=233397275;WS=233397257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	233397752	rs6701073	T	C	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=40;PP=2471;SC=AACATCGAAATCACATGAAGA;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=127;WE=233397760;WS=233397742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	233398670	rs12132556	C	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=1087;SC=AAAACATTTACATTTTGAAGT;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=233398678;WS=233398660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	233398713	rs1033325	C	T	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=24;PP=1989;SC=CCTTGGATTTCTGTGATTAGT;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=94;WE=233398721;WS=233398703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr1	233398931	rs5781734	G	GC	1559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=22;PP=1008;SC=AAAAGACAGAGAAAAATCATT;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=233398939;WS=233398917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	233398993	rs1033323	C	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=354;SC=TTTAGACTATCTATTGAATAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=233399001;WS=233398983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	233489499	rs7539016	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=0.085;SC=TAAGTGTGTCATAAGGAAAAG;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=19;WE=233489507;WS=233489489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	233489529	rs7549137	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=414;ReadPosRankSum=-0.010;SC=AGCCCATTGAGCATATGAAAT;SOR=1.688;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=25;WE=233489537;WS=233489519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr1	233489707	rs7551511	G	T	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1439;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAAAGGTATTGTGTGTGTGTG;SOR=0.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=95;WE=233489715;WS=233489695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,93:0.57:162
chr1	233490536	rs137943316	A	AATGTCTTGGGGATAATCTG	1321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=10.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr1	233490543	rs2049182	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.406;NF=25;NR=6;PP=1794;ReadPosRankSum=0.795;SC=TCTAAACTGCGTTGAGAGATG;SOR=1.335;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=31;WE=233490551;WS=233490526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr1	233498026	rs56052041	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=0.719;SC=GACATCGAATCAGTTTACCTT;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=44;WE=233498034;WS=233498016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr1	233749855	rs2795294	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=273;SC=CGGGGCCAGAAGAGGCGGCGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=233749863;WS=233749847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	233749896	rs140745317	C	CTTGGCTTTGGCT	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.15;MQRankSum=3.167;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr1	233759918	rs701213	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=715;ReadPosRankSum=0.488;SC=GGGGCTTATTTAGACAATGGT;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=52;WE=233759926;WS=233759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr1	233767008	rs701224	T	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=904;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CAGGTGCGGGTTTCTGACAAC;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=72;WE=233767016;WS=233766998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr1	233767023	rs701225	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1008;ReadPosRankSum=1.520;SC=GACAACATCAAGATATGAAAG;SOR=0.553;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=72;WE=233767031;WS=233767013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr1	233767059	rs701226	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=854;ReadPosRankSum=0.802;SC=ACCCCTAATGTGTGTTTAACT;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=64;WE=233767067;WS=233767049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr1	233785716	rs17814096	T	G	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=93;PP=2965;SC=CTGATTTGGTTAGAAGATTGT;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=200;WE=233785724;WS=233785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	234509259	rs10910420	G	C	8023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=101;PP=2965;SC=CGCCGCGTGAGTTGCTTTTTG;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=163;TCR=101;TR=264;WE=234509267;WS=234509249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	234510262	rs4300255	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=582;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCGCAGAGAAAACCTTGCCTG;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=34;WE=234510270;WS=234510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr1	234519452	rs58896934	C	CT	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.043;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.817;NF=9;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=0.426;SC=ATTTCAAATCCTTTTTTTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=13;WE=234519460;WS=234519442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr1	234527575	rs3862040	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=0.072;SC=TTTGTTTATTCACTTATTTTT;SOR=0.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=234527583;WS=234527565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	234528006	rs3754317	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=0;PP=669;SC=TGCTTGAGCCAATGAGGCAGA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=234528014;WS=234528003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	234528087	.	C	CA	1505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.236;NF=37;NR=16;PP=686;ReadPosRankSum=1.794;SC=GTCTCAAAAACAAAAAAAAAC;SOR=0.775;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=53;WE=234528095;WS=234528077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr1	234529552	rs2175594	C	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=651;ReadPosRankSum=-1.513;SC=CGGTCCACTCCGCTTGGTTAT;SOR=1.031;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=52;WE=234529560;WS=234529542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr1	234529570	rs2175593	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=523;ReadPosRankSum=1.643;SC=TATCTGCTTCGACCAAATTAG;SOR=1.035;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=39;WE=234529578;WS=234529560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr1	234541622	rs2271444	G	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=639;ReadPosRankSum=0.617;SC=GAGAGTGAGGGCGATGAGGTT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=36;WE=234541630;WS=234541612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr1	234546245	rs1141264	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=469;ReadPosRankSum=0.782;SC=CTGCTAAAAACGTACAAATGC;SOR=0.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=34;WE=234546253;WS=234546235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr1	234546354	rs41266235	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCGTGCTGGACTCTATGAGGG;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=42;WE=234546362;WS=234546344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
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chr1	234563060	rs443685	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr1	234565078	.	G	GA	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.312;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr1	234565176	rs111283864	C	T	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=1.593;NF=96;NR=75;PP=2543;ReadPosRankSum=0.031;SC=GGAACCAACACTTTCAAGCAA;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=400;TCF=215;TCR=185;TR=171;WE=234565184;WS=234565166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,181:0.44:409
chr1	234566085	rs2236587	A	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=57;PP=1342;ReadPosRankSum=0.566;SC=TTTAATATGCACAAGTCTTAA;SOR=1.005;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=173;TCF=65;TCR=108;TR=88;WE=234566093;WS=234566075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,92:0.51:179
chr1	234569192	rs3754311	T	C	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1340;ReadPosRankSum=0.599;SC=GCTGAATGGATGCATTTTTCA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=130;TCR=88;TR=102;WE=234569200;WS=234569182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,107:0.47:227
chr1	234582457	rs270527	C	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=5;PP=1044;SC=AAAGTTTTCTCTTTGTTTTAA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=234582465;WS=234582447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	234582720	rs139816698	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=1.502;SC=CTCTGCTTTCCGCTAGACATT;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=38;WE=234582728;WS=234582710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr1	234584176	rs115691704	T	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=16;PP=970;ReadPosRankSum=1.804;SC=ATCATAATTCTCATCAGGATT;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=123;TCR=34;TR=70;WE=234584184;WS=234584166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,69:0.43:160
chr1	234584288	rs114916639	G	A	4219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=102;PP=2846;ReadPosRankSum=1.446;SC=AAACAAGCTTGGCTTCAAACC;SOR=0.645;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=180;TCR=206;TR=192;WE=234584296;WS=234584278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,199:0.50:399
chr1	234584446	rs270526	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-1.211;SC=AAATACAACCGAGATGAACTA;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=18;WE=234584454;WS=234584436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	234596202	rs270511	T	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.252;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=665;ReadPosRankSum=0.534;SC=AGAAGCTCAATACCATTAGGT;SOR=0.159;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=38;WE=234596210;WS=234596192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr1	234601586	rs270504	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr1	234603386	rs270502	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.888;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ATGGGTGAAAGAGCCAACATC;SOR=0.155;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=22;WE=234603394;WS=234603376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	234608725	rs34245359	A	AT	114.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.8338;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCAGAGGGAGATTTTTTTTTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=234608733;WS=234608715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	234614921	rs517558	G	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=0.084;SC=GTGCGCACAGGACCGGCCGGC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=234614929;WS=234614911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	234744250	rs8722	G	A	4549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.426;SC=CCTGCAGTCAGGGCCGGCTCC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=324;TCF=169;TCR=155;TR=196;WE=234744258;WS=234744240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,206:0.62:333
chr1	234744413	rs4636	C	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=61;PP=1954;SC=CGGCCCCGGCCGCGGTGGACA;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=234744421;WS=234744403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	234744889	rs148187914	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=0.251;SC=GCCGCCAACGGGTAGCGCTCC;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=26;WE=234744897;WS=234744879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr1	234745009	rs7545855	A	G	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	235285740	rs4659823	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr1	235324047	rs66533903	A	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=383;ReadPosRankSum=0.784;SC=TCTAAATGAGAATCTCTTCTC;SOR=1.167;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=18;WE=235324055;WS=235324037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	235324298	rs2295815	T	C	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=55;PP=2342;ReadPosRankSum=1.803;SC=TGGAATGGTGTTCGCCGCGAA;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=172;TCR=114;TR=138;WE=235324306;WS=235324288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,142:0.49:292
chr1	235324545	rs66929873	T	A	8967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGGCCATTCTTACTCCAAAGA;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCF=436;WE=235324553;WS=235324535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,448:0.47:957
chr1	235341346	rs7534107	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.775;SC=TTATGACATTTATAAGTTGTC;SOR=0.352;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=235341354;WS=235341336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	235357303	rs34768226	A	ATG	1922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=6;PP=1660;SC=AAATACTTGCACAACAGAACG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	235357314	rs35180803	AT	A	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.843;NF=18;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=2.438;SC=CAACAGAACGATTGTTATGTT;SOR=0.869;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=26;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	235357543	rs10802438	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TAAGAAAAAAAGTATGTCGTA;SOR=2.566;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=235357551;WS=235357533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	235383188	rs4659654	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=37;PP=1166;SC=CATCTTTGTCATCCAGATTTT;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=235383196;WS=235383178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	235392546	rs12731746	T	C	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=40;PP=2374;SC=TTTCACTTACTTCTTCTTCAC;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=235392554;WS=235392536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	235394510	rs11321831	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.930;NF=2;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAGTACTATATATTTTTTTTA;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=235394518;WS=235394495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	235394541	rs7518225	A	C	340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=238;SC=AAGAAAAAAAACCCAAAATAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=235394549;WS=235394531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	235397937	rs35818300	GCA	G	470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=473;SC=GGGTAAACAGGCACACACACA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=235397946;WS=235397927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	235403595	rs11581220	G	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=377;ReadPosRankSum=0.346;SC=TATAAAGTTTGAAATTAAACT;SOR=0.232;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=27;WE=235403603;WS=235403585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	235490391	rs3840452	CA	C	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=651;SC=GAAAGAGCCGCAACCAGGCGC;SOR=2.124;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=235490399;WS=235490381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	235498671	.	A	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=772;ReadPosRankSum=-1.437;SC=CTTACAGTCCATATAGGGTCA;SOR=0.729;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=51;WE=235498679;WS=235498661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr1	235505313	rs3841735	A	AT	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.305;NF=24;NR=4;PP=621;ReadPosRankSum=0.240;SC=GAAATTTTCAATTTTTTTATT;SOR=1.242;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=28;WE=235505321;WS=235505303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr1	235543476	rs10524346	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.064;QD=24.58;ReadPosRankSum=2.580;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr1	235590559	rs12757197	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=824;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGTCAGGTATGAACTCTTGGT;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=63;WE=235590567;WS=235590549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr1	235594182	rs2291687	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GGTTTAATAGAGAATTGTTAG;SOR=1.230;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=17;WE=235594190;WS=235594172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	235601958	rs3819974	G	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GTGAAAACTAGATCTTGTCCC;SOR=0.608;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=14;WE=235601966;WS=235601948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	235612219	rs7537	T	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=684;ReadPosRankSum=1.384;SC=ATGTATTTTTTGTTGGGAAGT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=39;WE=235612227;WS=235612209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr1	235616309	rs6702967	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ATACTTCTGGTCCCAGGCATT;SOR=0.286;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=147;TCF=105;TCR=42;TR=79;WE=235616317;WS=235616299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr1	235628908	rs1305556	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=410;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AAGATTAAGTGTAAGACATTC;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=32;WE=235628916;WS=235628898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr1	235647631	rs291387	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TACAGAGCAGGGCATACCTCT;SOR=1.931;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=17;WE=235647639;WS=235647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	235652513	rs291396	T	C	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=46;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AATAAGGATCTTCCCTGTCTT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=165;TCR=94;TR=130;WE=235652521;WS=235652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,137:0.51:267
chr1	235667690	rs291348	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CGACGTCTGGAGGGCTCCTCG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=22;WE=235667698;WS=235667680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	235715523	rs14326	A	G	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=110;PP=2965;SC=GGAGGTCCGCAGCTGCCTGGG;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=67;TCR=110;TR=177;WE=235715531;WS=235715513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	235715556	rs423026	C	G	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=70;PP=2136;SC=GCACAGAGCACAGGTGCTCAG;SOR=2.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=97;WE=235715564;WS=235715546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	235715601	rs400948	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=888;SC=TCCAGGGAAGAGGTGTCCACG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=235715609;WS=235715591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	235747005	rs2774335	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=2.059;SC=AGCTGAGCTTCGGGCGGAGGG;SOR=0.072;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=24;WE=235747013;WS=235746995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	235747154	rs2774336	A	G	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1525;ReadPosRankSum=0.264;SC=TGCCCCTAGAAGTAACCAAAG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=111;TCR=135;TR=108;WE=235747162;WS=235747144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,113:0.45:252
chr1	235826382	rs36014994	TA	T	1024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.292;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr1	235827443	rs3819013	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=509;SC=TTAAAAATCATGTGGAAGGAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=235827451;WS=235827433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	235827641	rs12092604	C	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=276;SC=AGAACCTACACCCCAAGGTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=235827649;WS=235827640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	235856901	rs3754232	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=212;SC=ATCATTTGGTGCAAGACCATC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=235856909;WS=235856891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	235860340	rs7541057	C	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=15;PP=1251;SC=TCAAATCTCACGAAAGATATA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=235860348;WS=235860330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	235887276	rs6667717	G	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=321;SC=TATAGTTACAGTGGCCCATGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=235887284;WS=235887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	235896726	rs6429275	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=16;PP=1285;SC=GTCTGAATTCCGGAATACAAA;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=235896734;WS=235896716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	235910392	rs6676149	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=1046;SC=TTGGAATTCAATGCTACAAAA;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=51;WE=235910400;WS=235910382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	235910542	rs3754234	C	T	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=62;PP=2298;SC=TTTAATGGACCGAAGGAGAAG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=133;WE=235910550;WS=235910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	235918688	rs149138177	CAAAAG	C	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=3;PP=1162;SC=GACTCCGTCTCAAAAGAAAAG;SOR=3.816;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=17;WE=235918700;WS=235918678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	235922228	rs3738519	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=681;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CTTTAAAGAATAGTAAAATAA;SOR=2.419;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=38;WE=235922236;WS=235922218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr1	235938388	.	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr1	235940450	rs2273584	C	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=40;PP=1804;SC=GTTGGAGATTCTTTAGATGAT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=235940458;WS=235940440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	235945186	rs72763416	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TCACTCTGTCGCCCAGGCTGA;SOR=0.489;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=11;WE=235945194;WS=235945176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	235945294	rs6696123	T	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=58;PP=2295;SC=CTTGGGATGATAAACAATGGC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=235945302;WS=235945284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	235955150	rs11583387	G	A	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=60;PP=2145;ReadPosRankSum=0.018;SC=GTGGCCAGCAGTTTTGCCCCA;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=163;TCR=126;TR=135;WE=235955158;WS=235955140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,140:0.47:295
chr1	235971763	rs3768066	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=841;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACCTGGATTTAAGCAGGATAG;SOR=0.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=57;WE=235971771;WS=235971753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr1	235972435	rs3820553	T	C	8873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=146;PP=2965;SC=AAGCCTGCTGTAGTAAGCGCA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=151;TCR=146;TR=297;WE=235972443;WS=235972425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	235972867	rs1063128	T	C	8549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=136;PP=2965;SC=AAGCTGCACTTTGAAGACAAC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=151;TCR=137;TR=287;WE=235972875;WS=235972857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	236142565	rs1536132	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=35;PP=1090;SC=CTGGGGTGGGTCAAGCCTGCA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=236142573;WS=236142555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	236175153	.	T	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=57.07;NF=3;NR=0;PP=37;QD=23.9237375157;SC=GACAGGGCAATGGGCCATGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=3;WE=236175161;WS=236175143;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr1	236175339	rs2031487	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=910;ReadPosRankSum=0.114;SC=GGCATTCATCTACATCTGTAA;SOR=1.041;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=59;WE=236175347;WS=236175329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr1	236176990	rs10803217	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	236205121	rs4297282	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CACCATGTAATGCTCACAACT;SOR=0.129;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=17;WE=236205129;WS=236205111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	236208688	rs10733131	AT	GA	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=718;ReadPosRankSum=-1.134;SC=ATGATCTATAATACACATTAC;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=16;WE=236208697;WS=236208678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	236208773	rs10733133	C	T	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=47;PP=2010;ReadPosRankSum=-1.118;SC=AAATTTTCAACTGATTCCCTG;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=273;TCF=174;TCR=99;TR=137;WE=236208781;WS=236208763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,141:0.50:280
chr1	236209024	rs3768088	C	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=657;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GGAAAAATATCGATAGATTTT;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=25;TCR=77;TR=45;WE=236209032;WS=236209014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr1	236209081	rs3768089	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=111;ReadPosRankSum=-1.920;SC=CAGTGCTATAGAGCGATGGCA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=9;WE=236209089;WS=236209071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	236305885	rs7522547	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=0.840;SC=CGCGATGCGCGGAGACCCCCG;SOR=0.853;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=13;WE=236305893;WS=236305875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	236381825	rs1055851	G	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=-0.376;SC=ATTACCTACTGTGTTGTAATA;SOR=0.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=20;WE=236381833;WS=236381815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	236381897	rs1615601	T	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.102;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	236381917	rs1614938	T	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.355;SC=GGCTAACATGTTGCATACTGT;SOR=0.412;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=236381925;WS=236381907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	236381987	rs1749598	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	236381987	.	ACC	GCA	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=118;QD=57.1559582874;SC=AAAATAAAAAACCTCAAACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=236381997;WS=236381977;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	236381989	rs1749599	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	236384022	.	A	ATTTT,ATTT	78.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-1.351;SC=ACAATATAAAATTTTTTTTTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=236384030;WS=236384012;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.33:15
chr1	236384278	rs1405624	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAAGAAAATAGCAATAAACTC;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=18;WE=236384286;WS=236384268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	236385116	rs2463190	C	T	122.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCTGCCTATTCCTAAATTCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=236385124;WS=236385106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	236385165	rs2463189	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=364;ReadPosRankSum=-0.610;SC=AAAAAGCTTGGACTCAGTGGA;SOR=1.167;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=23;WE=236385173;WS=236385155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	236385360	rs2477587	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=0.321;SC=AAAATTGAACCGCATTTGGCT;SOR=0.416;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=21;WE=236385368;WS=236385350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr1	236385379	rs2463188	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=1.096;SC=CTAAACGATAAGTAAGTTTTG;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=14;WE=236385387;WS=236385369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	236388346	rs3768092	G	A	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=101;PP=2817;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCCCAACCCCGTGTCCCAATC;SOR=0.542;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=400;TCF=209;TCR=191;TR=194;WE=236388360;WS=236388336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,196:0.47:415
chr1	236393654	rs2812471	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=493;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=236393662;WS=236393644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236413230	rs2477599	T	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=1.840;SC=TTGCTCACAATCTTCTAATTC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=40;WE=236413238;WS=236413220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr1	236416923	rs10082203	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=1.228;SC=TTCCTATCCTCGTGGCACCTA;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=28;WE=236416931;WS=236416913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr1	236433135	rs3834089	AT	A	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=0.513;SC=GTCACATATAATACCTTTGAT;SOR=0.356;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=10;WE=236433143;WS=236433125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	236444879	rs11281666	G	GGCCCGGCCCT	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=1098;ReadPosRankSum=0.461;SC=CCTCTTTTCTGGCCCGGCCCT;SOR=1.241;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=5;WE=236444887;WS=236444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	236557771	rs966365	G	A	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=84;PP=2965;SC=CTAAACAGATGGGGAGAGGCA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=179;WE=236557779;WS=236557761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	236557928	rs966364	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=998;SC=TTTTCGACCCGACTTTTATCT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=236557936;WS=236557918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	236572389	rs659901	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=193;SC=AAAAAAAAAGGAGTAAGGTTT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=236572397;WS=236572379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	236572475	rs669710	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=22;PP=1076;SC=TTTAAATTAAAGCAAACCCGC;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=236572483;WS=236572465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	236577761	rs625444	TC	CT	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236590497	rs1759388	C	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=206;SC=TCTTGATAAGCAGCATTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=236590505;WS=236590487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236590563	rs1778861	C	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=469;SC=GTAGTCCAGCCCTTCTGATTT;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=236590571;WS=236590553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	236590629	rs636378	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=13;PP=527;SC=TCTTACACCACGGAGTGTGTG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=236590637;WS=236590619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236590659	rs636048	G	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=15;PP=730;SC=ATCACACTTTGTTTCTTTCTT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=236590667;WS=236590649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236590675	.	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.261;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr1	236590816	rs635487	T	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236700673	rs62670060	GAGC	G	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=751;SC=GCTGGATTCTGAGCAGATTTA;SOR=3.716;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=236700683;WS=236700667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	236700807	rs1126407	T	A	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=72;PP=2965;SC=GTAATCCCGTTTGTTGGCACC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=128;TCR=72;TR=200;WE=236700815;WS=236700797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	236700823	rs1041934	T	C	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=84;PP=2965;SC=GCACCATTCCTGATCAGCTGG;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=139;TCR=85;TR=223;WE=236700831;WS=236700813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	236700857	rs1041935	C	T	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=116;PP=2965;SC=GATTGTGATACGTGGGCATGT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=163;TCR=116;TR=279;WE=236700865;WS=236700847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	236700982	rs2737706	T	C	5291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=115;PP=2965;SC=ATTTGATACTTTGAGGCCCAA;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=174;WE=236700990;WS=236700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	236702153	rs2244808	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=171;SC=AGCACTCATGGGGCCCCTGTG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=236702161;WS=236702143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236702209	rs1041936	CA	TG	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=8;PP=1547;SC=ATGGCAGCAGCATGAAACCTC;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=236702218;WS=236702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	236702374	rs2472126	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=38;PP=1404;SC=TTATGGTGCTGAAGGACAAAT;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=236702382;WS=236702364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	236702447	rs12744425	T	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.87;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	236702450	rs12744427	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236702475	rs11807205	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=451;SC=GCCCAGCCTTATATTTCCTAC;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=236702483;WS=236702465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236702497	rs111502141	AGTTT	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=422;SC=CCTGAGATATAGTTTGTTTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=236702508;WS=236702487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236702517	rs11807542	T	C	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=161;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=255;SC=GCTTTGTAGTTTTTCTCCATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=236702525;WS=236702507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	236703700	rs2244659	A	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=0;PP=128;SC=AAGCACTGCTAGTGTTTTGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=236703708;WS=236703695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	236703734	rs2243405	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=326;SC=CATTTGGTCATGTGTGTGGAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=236703742;WS=236703724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	236703767	rs2758994	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=687;SC=AGGTATAAAACTGGACGCAAG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=236703775;WS=236703757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	236703832	rs34818366	CG	C	2445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.058;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.234;NF=24;NR=28;PP=1170;ReadPosRankSum=1.444;SC=TTTTTGGTGGCGGGGGGGGCT;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=52;WE=236703841;WS=236703822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr1	236704888	.	A	AACAGGT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236704891	.	TAAA	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236704897	.	ATT	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236706352	rs2758174	A	C	6628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TTTGAAGAGCACCAAATTTTC;SOR=0.529;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=88;TCR=146;TR=231;WE=236706360;WS=236706342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr1	236706371	rs2758175	A	G	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=116;PP=2965;SC=TCTTAACTCTATATAAAAATT;SOR=1.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=52;TCR=116;TR=168;WE=236706379;WS=236706361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	236706425	rs2244267	G	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1155;SC=CCACAATAGAGGCCCAAAGCA;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=236706433;WS=236706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	236706671	rs2243530	T	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=161;SC=TGTAATCATGTGTGTTTGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=236706679;WS=236706666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236706780	rs2243527	C	T	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=27;PP=2215;SC=TGAAACATTCCGTAGTGTTCT;SOR=2.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=236706788;WS=236706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	236706862	rs2243525	G	C	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=96;PP=2965;SC=CTTTTCAGAGGCTGCCATTCG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=198;WE=236706870;WS=236706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	236707007	rs2799410	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=1198;SC=TACCGCCTTCCACCCGTGAAC;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=236707015;WS=236706997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236707036	rs2794786	A	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236707045	rs2799409	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236708022	rs5781896	GT	G	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=4;PP=391;SC=GTTAATTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=26;WE=236708041;WS=236708012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	236708224	rs2244063	A	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=63;PP=2197;SC=AGGTGAGGTTACAGTTTTTGA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=236708232;WS=236708214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	236708316	rs2758181	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=499;SC=AGTATGTGGAAGTTGTGTATG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=236708324;WS=236708306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236708357	rs60495052	C	CCCTT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=506;SC=TGTAATTTGCCCCTTTTTATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=236708365;WS=236708347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	236711297	rs2254823	A	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=655;SC=AATGGCATGTATCCTTTCCTT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=236711305;WS=236711287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	236711323	rs15701	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=925;ReadPosRankSum=0.098;SC=TGATAATTTATTGTGATGTTA;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=236711331;WS=236711313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr1	236711586	rs1160	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=878;SC=GCACCATTAGGTCCTGCTGGG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=236711594;WS=236711576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236714064	rs6989	A	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=349;SC=GATTTTGTAAAGAAGTGATAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=236714072;WS=236714058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	236714335	rs2254487	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=755;SC=TGAGTCAGTCCGCCTGCCTCG;SOR=5.211;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=236714343;WS=236714325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	236716741	rs1475132	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=616;SC=ACAAAAGACCGGACCTCTAGT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=236716749;WS=236716731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236716959	rs2275685	C	T	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=97;PP=2965;SC=CCATGGCCACCGAAAACTGTG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=173;WE=236716967;WS=236716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	236717104	rs2275686	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=193;SC=TTGAAAAAATATCCAACATAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=236717112;WS=236717094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236717926	rs2275687	T	C	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=73;PP=2799;SC=CATCAAGGCTTCTGCTCTCTC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=141;WE=236717934;WS=236717916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	236718524	rs6668848	G	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=737;SC=CAAGCACTAGGTTGTGTCTTA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=236718532;WS=236718514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236718561	rs6668926	G	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=9;PP=1379;SC=GGCACACAGGGCAAGGGTGAC;SOR=3.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=236718569;WS=236718551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236718620	rs1126627	T	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=58;PP=2965;SC=TTCACCTGGTTCAAGGTGTCA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=153;WE=236718628;WS=236718610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	236719135	rs1885532	T	C	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=35;PP=2763;SC=AGTCCAGGGCTTCCAGGAAAA;SOR=1.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=127;WE=236719143;WS=236719125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	236719193	rs1885533	A	G	7649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=119;PP=2965;SC=CTTCTTCATCACCCCAATATG;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=170;TCR=119;TR=289;WE=236719201;WS=236719183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	236719259	rs1885534	G	A	8847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=169;PP=2965;SC=ACACAGGAAAGAGATGTGCCA;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=153;TCR=170;TR=321;WE=236719267;WS=236719248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	236720761	rs2799404	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=433;SC=CGCTATCTGCTTCATAGCCTA;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=236720769;WS=236720751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236721610	rs2275688	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=31;PP=2267;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCGCTTCCCAGGACATTCTTC;SOR=0.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=114;WE=236721618;WS=236721600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr1	236721660	rs2275689	T	C	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=85;PP=2965;SC=CACAGCAGTGTTCAGCACTGG;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=208;WE=236721668;WS=236721650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	236721731	rs819431	T	C	7287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=AGGTATACAATGCTGTCTGTC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=245;WE=236721739;WS=236721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	236722182	rs819432	A	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=678;SC=TATATTCAGAAAATAATATAC;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=236722190;WS=236722172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	236722489	rs2146122	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=240;SC=AAAAAAAAAACCAACTTCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=236722497;WS=236722479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236723177	rs10754576	GC	AA	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=37;PP=2512;SC=GCAGCTGAAGGCACTCAGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=69;WE=236723186;WS=236723167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	236724504	rs1077439	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=10;PP=630;SC=ATAAAAAGTAGAAAAAGAAAA;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=236724512;WS=236724494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	236724605	rs1077438	G	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=42;PP=1483;SC=TAGAACGGTAGGGAAGTCAAT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=236724613;WS=236724595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	236724715	rs1077437	T	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=17;PP=418;SC=CAGGTTCATATCATCTTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=236724723;WS=236724705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236724766	rs1077436	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=237;SC=ATTTTAATTACATTCTACTGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=236724774;WS=236724756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	236729867	rs2758172	C	T	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=20;PP=1879;SC=ATCATCAGCCCCATGTTTAAA;SOR=2.184;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=89;WE=236729875;WS=236729857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	236735939	rs2853602	T	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=43;PP=2257;SC=TATAGCAAATTGATGAGTATC;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=236735947;WS=236735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	236739416	rs2115740	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=636;SC=CTCTTCTGAGCGCACACATGC;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=236739424;WS=236739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	236740039	rs6658793	G	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=20;PP=1935;SC=CCAGTACACAGAGGCATGAAC;SOR=2.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=236740047;WS=236740029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	236744424	rs35257076	A	AT	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=250;SC=GCCCTCTGCTATTTTTTTTTA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=236744432;WS=236744414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236744712	rs4518892	C	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.96;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	236746275	rs2794769	G	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=70;PP=2606;SC=CAGTTTTGCAGAGTATCACAT;SOR=1.466;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=236746283;WS=236746265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	236746443	rs2794768	C	T	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=39;PP=1174;SC=CCCACAGCTCCACTGGGATCC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=236746451;WS=236746433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	236748505	rs1006456	T	C	13988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=219;NR=271;PP=2965;SC=CCACGCTTATTAAATCCTCCA;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=490;TCF=219;TCR=271;TR=490;WE=236748513;WS=236748495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	236748630	rs1006455	C	T	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=7.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236748636	rs1006454	G	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236749022	rs10925166	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	236749026	rs10925167	T	A	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236749348	rs2794764	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=201;SC=GGTTTGCTTTCTATTTTTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=236749356;WS=236749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	236749649	rs2794763	T	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=33;PP=1534;SC=TTGATAACCATAAATGGCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=236749657;WS=236749639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	236749817	rs2799420	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=585;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGCAAAAATTCATCATTACAT;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=236749825;WS=236749807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	236751519	rs34200005	GA	G	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=595;SC=AGGGCCTTTTGAGATTAATAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=236751527;WS=236751509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236755170	rs2794760	G	T	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=37;PP=2583;SC=GCAAACTGTAGAAGGTTATCT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=127;WE=236755178;WS=236755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	236755427	rs2794759	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=843;SC=AGCAATTAAAAAGTGAATTCA;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=236755435;WS=236755417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	236755814	rs2794757	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.64;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236755837	rs2564739	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=41.77;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236755937	rs67239913	TA	T	169.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=21.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236757200	rs2564738	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=444;SC=AATGATACAGACAAAACAAGA;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=236757208;WS=236757190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	236757229	rs2794754	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=736;SC=AAAAAGGAATGCTGGGAAATT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=236757237;WS=236757219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	236757507	rs2794753	A	G	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=108;SC=CGTTCTCAGAATAAAACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=236757515;WS=236757497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236758887	rs2794751	T	C	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.739;SC=AAGCATGTAATGCAGAAGAGG;SOR=0.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=133;TCR=123;TR=255;WE=236758895;WS=236758877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr1	236759060	rs2794750	T	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=32;PP=1923;SC=TCACTTATCTTACAAAAAAAA;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=92;WE=236759068;WS=236759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	236767072	rs1529540	A	G	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=118;SC=CTACTCATAAACATTTCAAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=236767080;WS=236767066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	236767176	rs1529541	C	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.62;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr1	236767178	rs375752396	AG	A	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr1	236767181	.	GGA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=2.639;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr1	236767330	rs10802551	A	G	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=46;PP=1793;SC=CTTCATCTCTAGATAAGAGGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=236767338;WS=236767320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	236881403	rs2275399	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=450;SC=CCAAAGAAAACCTTTCCAAAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=236881411;WS=236881393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	236882110	rs1341865	G	A	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=30;PP=1691;SC=TTAAGGAAAAGATGGATGCTT;SOR=1.434;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=236882118;WS=236882100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	236882303	rs1341864	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=33;PP=918;SC=TGGTGTCCATTGGCGCTGAAG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=236882311;WS=236882293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	236883240	rs1768053	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	236883421	rs1341863	C	T	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=52;PP=2194;SC=TTGATGGCAACGTGAAAATGA;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=236883429;WS=236883411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	236883564	rs1341862	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=562;SC=TGAGCAAGATGTTTTAAAGTC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=236883572;WS=236883554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236890781	rs1768056	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=206;SC=CAAGGAAGTCAAAAGGAGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=236890789;WS=236890775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	236897633	rs707203	A	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=23;PP=2637;SC=ATGGGGGCGAAGGGGGAGGAT;SOR=2.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=94;TCR=23;TR=117;WE=236897641;WS=236897623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	236899899	rs11355106	TC	T	2737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=49;PP=2263;SC=TGTGGAAGGATCCCCCTCCAG;SOR=1.302;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=61;WE=236899907;WS=236899889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	236900018	rs7542508	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=390;SC=ATTTCCAAAGGCTAATGTTAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=236900026;WS=236900008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236900598	rs7521191	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236902532	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr1	236902560	rs7527525	C	T	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=35;PP=2725;SC=GGGGAGGGGGCTTGCTGGTGT;SOR=1.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=103;TCR=35;TR=137;WE=236902568;WS=236902550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	236902594	rs2288601	C	G	6997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=155;NR=104;PP=2965;SC=TTTGTGTTTGCGGAGCAGCTT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=155;TCR=106;TR=259;WE=236902602;WS=236902584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	236902865	rs2288602	A	C	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=112;PP=2965;SC=TCCTGGCGCCACGGGAAGCCC;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=195;WE=236902873;WS=236902855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	236902955	rs7544174	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=1500;SC=GTGAATATCATTTTGGCCCTG;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=236902963;WS=236902945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	236914610	rs3738545	G	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=543;SC=CTTGACTTCTGTGTACCTAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=236914618;WS=236914600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236924506	rs2282366	A	G	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=102;PP=2965;SC=CTGCTTTAGCAGGAGTCCACT;SOR=1.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=162;WE=236924514;WS=236924496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	236958803	rs111840642	C	G	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=1871;ReadPosRankSum=1.229;SC=CCGCGCCCAGCCCCGAGAGAG;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=264;TCF=131;TCR=133;TR=129;WE=236958811;WS=236958793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,143:0.50:288
chr1	236972186	rs12759827	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=488;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TACGAGTAACACTGCAGAGAC;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=24;WE=236972194;WS=236972176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	236978992	rs5781924	T	TTCTG	1809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.195;NF=1;NR=36;PP=1667;ReadPosRankSum=0.437;SC=GCACAATACATTCTTTTATTA;SOR=1.611;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=104;TCF=6;TCR=98;TR=37;WE=236979000;WS=236978982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr1	237023333	rs10925254	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CCACTGATTCTCAACCTGGGG;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=237023341;WS=237023323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	237038161	rs1770449	T	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=592;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GTTATACTAATGAGCTTTGTC;SOR=1.137;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=47;WE=237038173;WS=237038151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr1	237048500	rs1805087	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=-1.239;SC=ATTAGACAGGACCATTATGAG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=39;WE=237048508;WS=237048490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr1	237048562	rs2275566	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=2.180;SC=TAATGTGACTGTTTTTTATGA;SOR=2.215;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=237048570;WS=237048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	237057608	rs2297965	G	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1381;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTGGCGCCACGTTCTTGCTAA;SOR=0.915;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=169;TCF=130;TCR=39;TR=78;WE=237057616;WS=237057598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
chr1	237058828	rs1131449	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=1.256;SC=TGTGGAGACTCGCAGACATCG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=51;WE=237058836;WS=237058818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr1	237058996	rs75739277	C	CTATT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.272;SC=TCACTCGTAGCTATTCTGCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=237059017;WS=237058986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	237059009	rs111685080	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TTCTGCATTTTACTTCAGTAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=237059017;WS=237058986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	237060433	rs3820571	G	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=1.106;SC=GCTAGCTGTTGCATTATATGT;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=60;WE=237060441;WS=237060423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr1	237060945	rs67705775	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.065;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	237061056	.	A	C	140	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=140;QD=24.9673160782;SC=GCTGACACTTACCTGCTTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=237061064;WS=237061046;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	237063335	rs1050996	G	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1328;ReadPosRankSum=0.308;SC=ATTTGCAGACGTTATGATCTT;SOR=0.419;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=92;WE=237063343;WS=237063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,96:0.48:199
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chr1	237580606	rs6673182	G	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	237580612	rs6673187	G	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.254;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	237586242	rs41267513	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.664;SC=TTTGTTATTTGTGAAATGAAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=237586250;WS=237586232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	237617757	rs3765097	C	T	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.904;SC=AGTCCGTAAGCCTAAGTCTGC;SOR=0.517;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=97;WE=237617765;WS=237617747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,102:0.48:213
chr1	237619875	rs60132900	AT	A	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=11.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	237656185	rs139196633	A	AAGGGAGGG	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.10;QD=50.62;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	237670140	rs2618702	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=979;ReadPosRankSum=0.438;SC=ATTTATTTTCAGATTCTGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=64;WE=237670148;WS=237670130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr1	237693610	.	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=7.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=1.736;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.746;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr1	237693921	rs2779365	A	G	176.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTAAAATTCAGATTCAAGGC;SOR=2.526;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=237693929;WS=237693911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	237711644	rs2618661	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=614;SC=GGAAGAACAGTAATGAGGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=237711652;WS=237711634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	237711797	rs2253273	A	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=68;PP=2396;SC=TCACCCCATCACAAGAAGCAA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=237711805;WS=237711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	237730124	rs2805390	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=49;PP=1397;SC=CTGGAGGCTCATCTCCTCTGC;SOR=6.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=50;WE=237730132;WS=237730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	237730169	rs2779401	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=626;SC=ACCAGTGTTTCCCACAGCACA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=237730177;WS=237730159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	237732395	rs2805396	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGGTGGGTGCGATTTTCCTGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=237732403;WS=237732388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	237753074	rs11331089	AT	A	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.884;NF=32;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTAAAACTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=51;WE=237753082;WS=237753064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr1	237755151	.	A	G	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=87;PP=2008;ReadPosRankSum=0.590;SC=GCAAACGTCCACGGTATGAGG;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=318;TCF=131;TCR=187;TR=152;WE=237755159;WS=237755141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,154:0.47:325
chr1	237794603	rs1759123	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=1074;SC=GTGGCTTATTAAATACTGTGA;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=237794611;WS=237794593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	237801770	rs707189	T	C	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=70;PP=2245;SC=TTGACTTTCTTAGATTTGCTG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=114;WE=237801778;WS=237801760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	237802559	rs530109	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	237824332	rs471647	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=652;SC=TTTTTCTAAAGAATAATCTGA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=237824340;WS=237824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	237831103	rs477245	C	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=154;SC=TATTCCTTTACGGTATCTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=237831111;WS=237831093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	237862164	rs1521745	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=0.292;SC=AAATATTACTGTTGTGTCATT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=15;WE=237862172;WS=237862154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	237863439	rs12754190	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=471;ReadPosRankSum=0.412;SC=TAGAGTAATGGAGAAATAAAC;SOR=0.200;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=26;WE=237863447;WS=237863429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr1	237863718	rs2797436	T	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.07;NF=62;NR=72;PP=2239;SC=CAATGCTGTCTTCATTATTTG;SOR=0.967;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=134;WE=237863726;WS=237863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	237865203	rs939699	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=640;SC=CTGAATAGTACATAGCTTAAG;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=237865211;WS=237865193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	237872714	rs35261418	GT	G	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.436;QD=21.55;ReadPosRankSum=0.501;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr1	237881770	rs2797441	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=38;PP=1217;SC=AGAAAGATACCGAGGATGAAG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=237881778;WS=237881760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr1	237893674	rs2797445	C	T	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=83;PP=2833;SC=TTTAGTGGGGCTCTAAGATGA;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=163;WE=237893682;WS=237893664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	237905568	.	T	TC	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=76;MMLQ=27;MQ=59.14;NF=3;NR=1;PP=86;QD=30.25;SC=TATTCCTGTCTCCTTTTTTTT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=237905578;WS=237905558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr1	237923053	rs2253831	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=813;ReadPosRankSum=-1.813;SC=TCAGTGGCCACGTGGTTTCTA;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=56;WE=237923061;WS=237923043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,59:0.40:148
chr1	237946964	rs790889	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=0.741;SC=ATGCAACTGCTTTACCACCAG;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=19;WE=237946972;WS=237946954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	237951451	rs2256242	A	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=64;PP=1815;SC=ATGTTTTAGAATGAATATTGT;SOR=2.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=237951459;WS=237951441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	237951482	rs16835818	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=1.619;SC=GTGCAATACCGTAATAATTTA;SOR=1.148;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=21;WE=237951490;WS=237951472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	237957146	rs790902	G	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=20;PP=1650;SC=TAATTTTAACGTATTTATTTT;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=237957154;WS=237957136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	237957161	rs790901	A	G	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=32;PP=2253;SC=TATTTTTCCTATGTAGGTCCC;SOR=1.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=110;WE=237957169;WS=237957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	237957309	rs790900	A	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=77;PP=2541;SC=TGAGTAAATAATTATATGAGA;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=137;WE=237957317;WS=237957299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	237965035	rs2790346	C	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	237965043	rs2790347	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr1	237965094	rs2794820	G	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=574;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TCAGGCTCTCGCAAGCCTATG;SOR=1.102;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=41;WE=237965102;WS=237965084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr1	237965131	rs9428384	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.989;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	237965133	rs35563566	A	AT	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.924;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr1	237969638	rs790879	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=0.800;SC=AACAAATAAAACAAAGAAAAA;SOR=0.759;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=34;WE=237969646;WS=237969628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr1	238045995	rs2275694	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=706;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TTGCTTTGATTAGTAATTTAG;SOR=0.539;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=44;WE=238046003;WS=238045985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr1	238046253	rs2794814	T	C	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=188;SC=CTTGGTTCTATGCCTTACAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=238046261;WS=238046243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	238048325	rs2298100	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=395;SC=TCATGTAATTAGTAACAAGGG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=238048333;WS=238048315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	238051933	rs2236595	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=435;SC=TAGGTGTCTACTCCATATTGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=238051941;WS=238051923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	238053524	rs538499	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=0.088;SC=CAGTCTCCAGTGCCAGAAAGG;SOR=1.739;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=238053532;WS=238053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	240070603	rs3738435	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=0;PP=453;SC=AGAATGAACTTGATGTTTGGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=240070611;WS=240070599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	240255203	rs12727981	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=0.311;SC=CCGCAGCGACGGCAGCCACGG;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=14;WE=240255211;WS=240255193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	240255568	rs140531536	GGGC	G	1542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.211;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr1	240256822	rs10926124	C	A	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.006;NF=22;NR=58;PP=1516;ReadPosRankSum=1.355;SC=AGCACCGGGCCGACGGCGGCC;SOR=0.454;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=38;TCR=115;TR=80;WE=240256830;WS=240256812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,82:0.51:161
chr1	240351628	rs4659948	T	C	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=51;PP=1480;ReadPosRankSum=0.032;SC=TGTGACAGACTCTGCGATTTA;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=89;TCR=108;TR=92;WE=240351636;WS=240351618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,100:0.47:215
chr1	240370629	rs10926166	C	G	6476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.048;SC=AGTTTCAAACCAGCCACGAAC;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=660;TCF=332;TCR=328;TR=314;WE=240370637;WS=240370619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,319:0.47:678
chr1	240421383	rs10926181	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTTGGGCTGAGGGATATGATG;SOR=0.293;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=240421391;WS=240421373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	240421437	rs10926182	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr1	240635491	rs2210861	G	C	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=128;SC=ATAAATTAGCGTCTGTAGCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=240635499;WS=240635483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	240643167	rs11578184	A	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=0.664;SC=CAAAGGGGACATTCACCCCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=240643175;WS=240643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	240643184	rs9442211	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=1.026;SC=CCCTTCTCTCCCAAAAATCAT;SOR=2.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=240643192;WS=240643174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	240643435	rs12748248	A	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=523;ReadPosRankSum=0.097;SC=GTGAAACCATACCCTTGGGAG;SOR=0.383;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=38;WE=240643443;WS=240643425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr1	240655330	rs9287248	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=2.048;SC=TTCTGAGTAAGACACCTTCTG;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=240655338;WS=240655320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	240656824	rs10926280	C	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	240976963	.	T	C	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CAGCCATGGGTTAGAAGGGTC;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=226;TCF=99;TCR=127;TR=109;WE=240976971;WS=240976953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,112:0.48:234
chr1	240979803	rs3738068	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=-1.894;SC=CATAAATTCAGTAAGGTCTCT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=13;WE=240979811;WS=240979793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	241100122	rs261857	G	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CCTCTTGAAAGATTTAATTTC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=241100130;WS=241100112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	241519098	rs4659599	T	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=53;PP=1579;SC=CTTGGTCCACTCTCAAGATAC;SOR=1.440;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=85;WE=241519106;WS=241519088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	241667233	rs4660099	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=1927;ReadPosRankSum=2.279;SC=GTGCGCCTTGCGCATCCAGCT;SOR=0.955;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=70;TCR=10;TR=40;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr1	241667244	rs4659607	G	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=1927;ReadPosRankSum=0.858;SC=GCATCCAGCTGCGGGATAACT;SOR=0.741;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=81;TCR=16;TR=48;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr1	241675119	rs6673988	G	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=333;ReadPosRankSum=-1.529;SC=ATAAAACCAAGATTCCTTCAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=16;WE=241675127;WS=241675109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	241676758	rs10926500	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=475;ReadPosRankSum=-0.096;SC=ATTAATATCACCACTAAAAAT;SOR=0.917;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=26;WE=241676766;WS=241676748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr1	241712110	rs143977547	A	AT	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,50:0.34:147
chr1	241712134	rs11556464	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1329;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCTAGGTTGGCTCATTACAAG;SOR=0.931;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=239;TCF=152;TCR=87;TR=94;WE=241712142;WS=241712124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,97:0.39:246
chr1	241729687	rs140702304	AAGCTCCCTGGTCAC	A	1427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.241;NF=13;NR=8;PP=2963;ReadPosRankSum=0.505;SC=TTCCTTCCAAAAGCTCCCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=21;WE=241729708;WS=241729677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr1	241750062	rs16841866	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.218;SC=ATTTCTCAACTGGACATGTAC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=22;WE=241750070;WS=241750052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr1	241752265	rs138644331	C	CAT	967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.034;NF=1;NR=18;PP=843;ReadPosRankSum=1.012;SC=AGAAAACACACACACACATAG;SOR=0.678;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=19;WE=241752273;WS=241752255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr1	241755348	rs1053230	C	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1314;ReadPosRankSum=-1.349;SC=ATCTTTCCTCCGCTTGAGAAG;SOR=1.010;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=215;TCF=121;TCR=94;TR=94;WE=241755356;WS=241755338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,105:0.46:228
chr1	241761349	rs45572340	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=452;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AAAGAAGGGTTTCTTTTGTTG;SOR=0.232;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=28;WE=241761357;WS=241761339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	241767708	rs2273712	C	T	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=54;PP=1721;ReadPosRankSum=-2.241;SC=AGTCCGTGTACGTCCAGGATG;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=123;WE=241767716;WS=241767698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,138:0.53:258
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chr1	241779251	rs56176170	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=0.004;SC=AGAGGCAAACGGACATTAACA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=37;WE=241779259;WS=241779241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
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chr1	241875241	rs76454190	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1290;ReadPosRankSum=0.057;SC=TCGTTCTCTTCGAGTTTTGGT;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=80;WE=241875249;WS=241875231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr1	241886430	rs12748037	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=0.355;SC=GCAGCAGATCCAAACCAAGGC;SOR=0.090;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=241886438;WS=241886420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	241886754	rs10926548	T	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr1	241886764	rs10926549	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	241886790	rs56403213	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=204;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GAAAATTATCTGTTGGAAGGC;SOR=0.965;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=17;WE=241886798;WS=241886780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	241907691	rs7418599	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=712;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GTTCTTTCCCATAGGTATGGG;SOR=0.855;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=58;WE=241907699;WS=241907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr1	241907817	rs10802990	T	C	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1417;ReadPosRankSum=0.234;SC=GAGCGTATAATGGTCAGACTA;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=111;TCR=108;TR=106;WE=241907825;WS=241907807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,111:0.48:231
chr1	241913062	rs11432682	C	CT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.381;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGCAGGTGCCCTTTTTGGGAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=241913070;WS=241913052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	241933876	rs11809239	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGAGTATGGTAGCATATCTTA;SOR=0.412;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=18;WE=241933884;WS=241933866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	241935987	rs35632793	AC	A	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.146;NF=12;NR=1;PP=436;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CTGATCTGGAACTCCTGACCT;SOR=0.153;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=13;WE=241935995;WS=241935977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	241943271	rs41308208	C	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AACATGATATCTAATTAAAGA;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=241943279;WS=241943261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	241946766	rs953597	A	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=636;ReadPosRankSum=0.048;SC=TGAAGTATATAGTTCAAATGC;SOR=0.407;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=46;WE=241946774;WS=241946756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr1	241951034	rs6429312	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGTCTTGAACCCAAGTAAAAA;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=241951042;WS=241951024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	241951106	rs6429313	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=1506;ReadPosRankSum=0.312;SC=AACTTTGACCAAATTTTCCAG;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=44;WE=241951115;WS=241951096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr1	241951107	rs12021981	A	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=1268;ReadPosRankSum=0.570;SC=ACTTTGACCAAATTTTCCAGT;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=40;WE=241951115;WS=241951096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr1	241958401	rs146518112	C	CTTGT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=589;ReadPosRankSum=1.909;SC=AGGGAAGTCCCTTAAGATCAC;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=241958417;WS=241958391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	241958409	rs55865277	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=625;ReadPosRankSum=2.239;SC=CCCTTAAGATCACACATCTAA;SOR=0.321;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=11;WE=241958417;WS=241958391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	241964559	rs4658661	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=2007;ReadPosRankSum=-2.542;SC=AAAATGGCAACGTTTGGATGA;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=144;TCR=153;TR=131;WE=241964567;WS=241964549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,137:0.45:303
chr1	242020464	.	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTTAATGGCTATATAATTAGT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=242020472;WS=242020454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	242020495	rs2995544	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTAAAACTTACAGTAGAAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=242020503;WS=242020485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	242030151	rs735943	A	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCAAGAAGTCATAGTTGGGAT;SOR=0.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=91;WE=242030159;WS=242030141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr1	242042301	rs1047840	G	A	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=86;PP=2733;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTACTCTTTTGAGAGCAGCAA;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=344;TCF=168;TCR=176;TR=168;WE=242042309;WS=242042291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,174:0.48:360
chr1	242042545	rs1776148	A	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1390;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTACGAGAAGAGGCATGTTCT;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=83;WE=242042553;WS=242042535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,83:0.57:146
chr1	242042690	rs1418760	A	G	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1255;SC=TATATGTAAGAAAAAATAGAT;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=242042698;WS=242042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	242045275	rs1635498	C	T	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=45;PP=1559;SC=CTCCAAGCTACGTTTATCTCA;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=242045283;WS=242045265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	242053042	rs851797	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=544;SC=TTTGTATATTAACTTTATAAT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=242053050;WS=242053032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	242264091	rs372385373	GA	G	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.940;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr1	242383170	rs5782230	T	TAC	1642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=1177;SC=CTCTTAAAACTACAGTTAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=25;WE=242383178;WS=242383160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	242383201	rs1973498	T	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=21;PP=1467;SC=CTGTAGGTTTTAGGATCCTTA;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=242383209;WS=242383191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	242383510	rs7547029	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=959;SC=TGGTTCACCATTTGTCCCAAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=242383518;WS=242383500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	242511556	rs112478548	AACAAAG	A	2291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.313;NF=3;NR=39;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TGAAAGAGGAAACAAAGACAA;SOR=0.811;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=114;TCF=4;TCR=110;TR=42;WE=242511569;WS=242511546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,64:0.38:168
chr1	242687390	rs2810008	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TCGCCCTTACGTGCTCCAGCT;SOR=0.396;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=79;WE=242687398;WS=242687380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr1	243291379	rs142085698	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.084;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ATTTTTATACTGGGTTTAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=243291387;WS=243291371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	243299436	rs146160146	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQRankSum=1.303;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	243327520	rs1815604	A	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-1.141;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	243332884	rs140816120	AAG	A	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.64;MQRankSum=-1.118;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.483;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	243362331	rs2789172	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.816;NF=47;NR=1;PP=971;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AAAATATCCACTTAATGTCAC;SOR=2.896;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=106;TCF=96;TCR=10;TR=48;WE=243362339;WS=243362321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr1	243388370	rs10926973	A	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGCTAAAAGGAGAGAAAGTTC;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=17;WE=243388378;WS=243388360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	243433654	rs2275154	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTCTGCTGCTATGATGTTATT;SOR=0.593;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=243433662;WS=243433644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	243481431	rs2783972	A	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=872;ReadPosRankSum=0.020;SC=GACAGATTGTATAAAGAAAAT;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=69;WE=243481439;WS=243481421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,72:0.47:152
chr1	243493907	rs2275155	A	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr1	243579112	rs10927011	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=0.444;SC=AGCAAATGGAGGCCCAGCATG;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=29;WE=243579120;WS=243579102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	244579519	rs3123696	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=234;SC=GTTAGGATTATATTTTAAAGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=244579527;WS=244579509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	244773784	rs6698173	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=499;SC=ATTTTTAAAATGCTTCATCTT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=244773792;WS=244773774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	244773803	rs6698180	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=287;SC=TTAATTTCTGTGTGATCTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=244773811;WS=244773793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	244803205	.	CTTT	C,CT	893.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.408;QD=28.83;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,12,17:0.39,0.55:31
chr1	244869110	rs190342818	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-1.287;SC=AAAGTCACACATTCAGAACTG;SOR=0.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=29;WE=244869118;WS=244869100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr1	245021291	rs11299108	TA	T	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr1	245133489	rs7545078	T	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1201;SC=GGGGGCCGGGTGGCAGACGGG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=59;WE=245133497;WS=245133479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	245133539	rs7542813	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=27;PP=1346;SC=GTGGCGCGAAACGGGGACAGG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	2402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=1938;SC=ACGGGGACAGGGCGCGCGCTC;SOR=0.922;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=45;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	245133623	rs145835471	T	TCCTCC	5996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=51;PP=2971;SC=GAGCGGCCCCTCCTCCAGGCC;SOR=0.724;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=82;WE=245133631;WS=245133613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	245133662	rs61844237	G	C	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=90;PP=2965;SC=TGAGCAGGCCGGGACACCGCG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=195;WE=245133670;WS=245133652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	245178937	.	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	245179171	rs1196365	C	T	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=120;PP=2965;SC=CCAAAGTGATCAGCAGACCGC;SOR=2.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=44;TCR=121;TR=164;WE=245179179;WS=245179161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	245179188	rs1196366	G	T	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=90;PP=2643;SC=CCGCATCACTGTGCTGCCTGG;SOR=3.452;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=15;TCR=91;TR=105;WE=245179196;WS=245179178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	245222634	rs694793	C	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=3;PP=698;SC=TTGGAGAAACCTGGCCTTTTC;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=245222642;WS=245222624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	245222839	rs579269	G	T	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=90;PP=2803;SC=AATCCTTACCGGAAACTAAAA;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=149;WE=245222853;WS=245222829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	245530177	rs201717788	C	T	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2153;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AACTCCAGGTCCCCAACACCA;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=345;TCF=186;TCR=159;TR=154;WE=245530185;WS=245530167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,163:0.45:359
chr1	245530744	rs115418061	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CACTTCCTTCCGCTGCCTCCT;SOR=0.336;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=13;WE=245530752;WS=245530734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	245703819	rs7551348	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=683;ReadPosRankSum=-0.357;SC=ACATCATTCTTTGTAAATCGT;SOR=0.664;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=64;TCR=10;TR=38;WE=245703827;WS=245703809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr1	245703990	rs9919234	G	T	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2448;ReadPosRankSum=-1.919;SC=ACGAGGGGTTGTTTAAGAGAA;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=153;WE=245703998;WS=245703980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,155:0.52:299
chr1	245704130	rs61754898	G	C	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=163;PP=2965;SC=CACTTCTTCCGCTGCCGAACC;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=284;WE=245704138;WS=245704120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	245765800	rs7541927	T	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=522;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TGCATGTATATCGCAGAGTAT;SOR=1.321;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=28;WE=245765808;WS=245765790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr1	245772529	rs7555351	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=831;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGATGCCTGGACACTGAACCT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=49;WE=245772537;WS=245772519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr1	245775405	.	TGT	AGA	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=57;MMLQ=26;MQ=52.79;NF=0;NR=3;PP=48;QD=33.8226249541;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=245775415;WS=245775395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr1	245849969	rs116468848	C	T	7024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.713;SC=GCTCGCGGCCCGTCAGCATCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=666;TCF=381;TCR=285;TR=314;WE=245849977;WS=245849959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,329:0.47:693
chr1	245851304	rs6701084	A	G	8514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCAGGGCGACAGTCAGCCACT;SOR=0.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=153;TCR=166;TR=315;WE=245851312;WS=245851294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr1	245861571	rs3205034	C	T	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=62;PP=1421;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AAATCGATGACGTGGAGCGCC;SOR=1.236;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=165;TCF=57;TCR=108;TR=87;WE=245861579;WS=245861561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr1	245912840	rs8025	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=0.137;SC=AGACACACGCCGTATTTCCCT;SOR=0.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=19;WE=245912848;WS=245912830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr1	246021941	rs2362587	T	C	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=97;PP=2965;SC=TGCTTATGATTGCCTGGCACA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=192;WE=246021949;WS=246021931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	246022071	rs2185370	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=902;SC=AGCACAGGAGCGAGGGAAGCA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=246022079;WS=246022061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	246027024	rs12123124	A	G	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=2.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	246027029	rs61830203	A	T	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.96;SOR=2.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	246027034	rs2153404	G	C	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	246091457	rs6669768	T	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=67;PP=1728;SC=GTTGACAGGATGCCAGGGGTT;SOR=1.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=95;WE=246091465;WS=246091447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	246091515	rs2275318	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=717;SC=ACACCTCCCACGAAGTGCAAT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=246091523;WS=246091505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	246091531	rs6669866	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=555;SC=GCAATTCTCCTCAAGATGCAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=246091539;WS=246091521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	246093465	rs11295264	GA	G	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr1	246110573	rs10802300	A	G	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=84;PP=2965;SC=AAGAGCAAGTAGCTAAAGGAA;SOR=1.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=171;TCR=85;TR=254;WE=246110581;WS=246110563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	246489706	rs57404221	GA	G	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.853;HP=13;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.224;NF=5;NR=62;PP=999;ReadPosRankSum=0.429;SC=GGCTAGTGAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=67;WE=246489725;WS=246489695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr1	246489769	rs367922653	TA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.956;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	246490438	rs3737245	T	C	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=1.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	246490438	.	TAACAACAAAATAAG	CAACGACAAAATAAA,CAACGACAAAATAAG	1028	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=35,72;NR=13,29;PP=1023,1028;QD=22.634747393;SC=TTTTTGTAACTAACAACAAAA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=48,101;WE=246490460;WS=246490428;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:103
chr1	246490442	rs3737246	A	G	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	246490452	rs3737247	G	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.130;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,69:0.46:151
chr1	246498866	rs10159376	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATAAACATTAAATTTTAATAG;SOR=0.208;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=13;WE=246498874;WS=246498856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	246670281	rs6671418	G	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=14;PP=1555;SC=GCGGCTGCCGGCCGCCCGACG;SOR=1.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=71;WE=246670289;WS=246670271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	246670297	rs201911211	CCCT	C	270.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr1	246670298	rs150603688	CCT	C	779.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.110;HP=7;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=632;ReadPosRankSum=-1.208;SC=GACGCCCCCCCCTCCCCAGCA;SOR=0.143;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=55;WE=246670307;WS=246670286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr1	246670333	rs6426303	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=92;NR=53;PP=2886;SC=CGACTCAGGTAGGCGAGGGCG;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=145;WE=246670341;WS=246670323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	246670481	rs7520453	C	G	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=138;PP=2965;SC=CGTTTCCCCTCTTGGCGGTTG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=135;TCR=138;TR=273;WE=246670489;WS=246670471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	246711816	rs5782396	GA	G	2777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=25;PP=1934;SC=CACGTAGGGAGAAAAAGGAAA;SOR=1.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=51;WE=246711824;WS=246711806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	246712033	rs1890160	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=565;SC=TTGGATTTAAAAGAAACATGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=246712041;WS=246712023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	246714587	rs10754526	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=17;PP=632;SC=CTGGATTTCCGGGATCTGCCA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=246714595;WS=246714577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	246714631	rs80342781	TG	AA	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	246714636	rs34850511	T	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	246714728	rs9426201	G	A	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=83;SC=ACTAGAATTAGATGCAAAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=246714736;WS=246714718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	246714740	rs10754527	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	246720174	rs3120710	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=120;SC=CCTTGGCATGAAACTTGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=246720182;WS=246720164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	246720798	rs3124071	G	A	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=72;PP=2390;SC=AGTCACAGTGGATCACTCGTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=246720806;WS=246720788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	246727558	rs3120713	G	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=12;PP=767;SC=GATATTCTATGTAAAACACTG;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=246727566;WS=246727548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	246754778	rs35302997	G	GA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GCAAAGGTTAGAAAATGAAGT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=5;WE=246754786;WS=246754773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	246755124	rs6702823	T	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=66;PP=2435;SC=GGTGAGAACTTGCAAAACACC;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=147;WE=246755132;WS=246755114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	246797710	rs35650980	G	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTAACTGTTTGTTTGTTTTTT;SOR=0.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=246797722;WS=246797700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	246797714	rs11396823	G	GT	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CTGTTTGTTTGTTTTTTTGCT;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=246797722;WS=246797700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	246797974	rs6680646	T	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTCTTTGTTTTATGTTTTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=246797982;WS=246797964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	246804824	rs12401692	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.191;SC=GTTGCTTCTTTGGGGGTTTCC;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=246804832;WS=246804814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	246930564	rs7779	G	C	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=878;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CAACAAACACGGTATTGAGTT;SOR=0.835;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=80;WE=246930572;WS=246930554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,90:0.48:189
chr1	246939513	rs3795467	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=595;ReadPosRankSum=1.012;SC=TGGCAGTTGCGCAGTCATCCC;SOR=0.300;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=39;WE=246939521;WS=246939503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr1	246942159	rs7512440	G	A	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1552;ReadPosRankSum=0.494;SC=TCCAGTTGACGCCAAGGCACC;SOR=0.959;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=205;TCF=125;TCR=80;TR=102;WE=246942167;WS=246942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,104:0.50:210
chr1	246943547	rs41267531	A	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=1.557;SC=TCTGGATTTTATGTGTGTGAC;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=16;WE=246943555;WS=246943537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	247004392	rs12031687	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=0.041;SC=ACCTTAGGGACTGCTTAGTGC;SOR=0.569;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=247004400;WS=247004382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	247006051	rs12410563	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=0.047;SC=GGCTTTCCCAGAGTTTCTACT;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=20;WE=247006059;WS=247006041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	247006160	rs5021094	G	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=350;ReadPosRankSum=0.703;SC=AGGAATACTAGAGCCAAACAC;SOR=0.385;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=10;WE=247006177;WS=247006150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	247006169	rs34402133	A	ACTG	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=1.599;SC=AGAGCCAAACACTGATGAATT;SOR=0.207;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=247006177;WS=247006150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	247021138	rs41310593	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.426;SC=ACAAATAAGAATATTATTTAT;SOR=0.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=13;WE=247021146;WS=247021128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	247024326	rs41304151	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.776;NF=15;NR=15;PP=442;ReadPosRankSum=0.429;SC=CTTAGAGGCCGTGAAAACAGT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=30;WE=247024334;WS=247024316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	247031186	.	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	247031237	.	C	G	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=47;QD=20.4428031368;SC=CGTGGTAATACTAGCTAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=247031245;WS=247031227;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	247048834	rs2642990	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-0.598;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	247109014	rs2642982	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=0.304;SC=TCGGGCTGACGCAGCTGGACC;SOR=0.238;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=247109022;WS=247109004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	247109168	rs6426191	G	A	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TTAAGGTTCCGAGTAGCTCCT;SOR=0.521;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=109;WE=247109176;WS=247109158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,115:0.45:258
chr1	247109267	rs2642983	A	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=969;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TGCCATTTCAAATTCACGCAG;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=61;WE=247109275;WS=247109257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr1	247129945	rs1779985	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTAATCAGCTAGGTATGGGGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=247129953;WS=247129941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	247130577	rs4971282	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TATTAAAAAGCCACTGGATTG;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=16;WE=247130585;WS=247130572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr1	247150740	rs3749427	T	C	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=63;PP=2702;SC=GGTTAAAGGCTTTTCCACATT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=247150748;WS=247150730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	247151557	rs2642992	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=86;PP=2468;SC=AGAAGACAAAACTGGAAAAAA;SOR=2.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=23;TCR=86;TR=109;WE=247151565;WS=247151547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	247162658	rs2642973	C	T	12148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=236;PP=2965;SC=ACCTGAGTGTCTGGCTGTCTT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=189;TCR=236;TR=425;WE=247162666;WS=247162648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr1	247241850	rs41305955	G	C	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=57;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCGCTTCCTGGCGGTTCCCTT;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=194;TCR=125;TR=146;WE=247241858;WS=247241840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,155:0.46:337
chr1	247242032	rs3806269	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=914;ReadPosRankSum=-0.357;SC=ACGCACCGAGCTCGCCACATT;SOR=1.124;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=54;WE=247242040;WS=247242022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr1	247267274	rs4925692	C	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=646;ReadPosRankSum=-3.187;SC=CCCGACAGGGCTCCGGCCGGC;SOR=0.576;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=41;WE=247267282;WS=247267264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	247274899	rs73135916	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	247287256	rs12058911	T	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=8.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-1.164;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,61:0.19:317
chr1	247287260	rs3901383	A	G	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-4.949;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,107:0.35:306
chr1	247287269	rs78802037	T	C	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=6.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-5.204;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.183;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,153:0.52:292
chr1	247322298	rs6675536	G	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.876;NF=25;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTCTTGTGAGGGCAAATTACC;SOR=0.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=41;WE=247322306;WS=247322288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr1	247323260	rs9793102	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GTCTACACTTCCTTTCTCCCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=12;WE=247323268;WS=247323250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	247337159	rs10924931	A	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.033;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.627;NF=27;NR=51;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GATGAGGTTTATATAACTTTC;SOR=1.152;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=231;TCF=98;TCR=133;TR=78;WE=247337167;WS=247337149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,76:0.33:227
chr1	247365430	rs10754539	A	G	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1229;ReadPosRankSum=1.343;SC=AAAGGTGTCAACACAACCCTT;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=74;WE=247365438;WS=247365420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr1	247419509	rs1778540	T	C	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=85;PP=2965;SC=TATTACCATATAAATCTTCTT;SOR=1.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=163;TCR=85;TR=246;WE=247419525;WS=247419499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	247419664	rs1778541	C	T	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=193;PP=2965;SC=TGCTCTTCACCCAGGCAATAT;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=123;TCR=193;TR=316;WE=247419672;WS=247419654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	247473889	rs61838684	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=455;SC=CTGTTCCTCACAGTTCTGGAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=247473897;WS=247473879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	247485932	rs10924984	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=834;SC=TCCTCAGAGCACCCGAGTAAG;SOR=2.687;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=247485940;WS=247485922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	247486213	rs41268345	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=30;PP=958;SC=TCCTGCTATCGTCTGCACAAA;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=247486221;WS=247486203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	247486421	rs6692645	G	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=723;SC=GAGGCAAACAGGGGATTTTCA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=247486429;WS=247486411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	247582461	rs368835809	TATA	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=43.04;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	247582466	rs4998423	A	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=43.51;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	247587477	rs3806268	G	A	8484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.709;SC=TGGACTGGGCGTCGGGGACAC;SOR=0.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=150;TCR=138;TR=287;WE=247587485;WS=247587467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr1	247587531	rs4925543	A	G	10946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=161;PP=2965;SC=TCCACTGTCGAGAGGTGAGCC;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=380;TCF=219;TCR=161;TR=378;WE=247587539;WS=247587521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	247593100	.	TGA	T	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=60;QD=34.5;SC=CAAGTTCATATGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=2;WE=247593109;WS=247593090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr1	247597329	rs12124866	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=75;SC=TCAGGTGTGTCCTGATGCTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=5;WE=247597337;WS=247597326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	247597364	.	G	GAT	2469.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=154.36;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	247597365	.	G	A	1459	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.52;NF=59;NR=1;PP=1459;QD=24.8961868758;SC=CTCTGGTCAGGTGTGTTCTGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=60;TCR=1;TR=60;WE=247597373;WS=247597355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr1	247597365	.	G	GTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCAGAGCTCTCTGGTCAGA	2465.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=136.99;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	247597656	rs3835304	TG	T	4008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=88;PP=2966;SC=CCCGGTGGGCTGGGGTTTGAG;SOR=2.853;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=98;TCF=2;TCR=96;TR=89;WE=247597664;WS=247597646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	247599232	rs10754557	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=595;SC=GTGGAGCGTGGGTGAGAGACA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=247599240;WS=247599222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	247611514	rs112819557	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=0.755;SC=GCCATCTTGGTCTCGGCGGCG;SOR=1.075;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=10;WE=247611522;WS=247611504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	247614386	rs12070953	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=385;ReadPosRankSum=0.276;SC=CCCCTTCATATCTTTATTTCT;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=24;WE=247614394;WS=247614376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	247614407	rs12065526	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=605;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CAGGGTGTAGGTGAAGGGATT;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=38;WE=247614415;WS=247614397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr1	247614553	rs12086048	C	T	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=50;PP=1991;ReadPosRankSum=1.085;SC=GGGAGGAACACGTCCCAAAGG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=156;TCR=102;TR=126;WE=247614561;WS=247614543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,131:0.49:269
chr1	247614693	rs6695302	C	T	10423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=186;PP=2965;SC=GTGTCATTCACAGCGGTGTCA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=180;TCR=186;TR=366;WE=247614701;WS=247614683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	247614896	rs11583410	A	C	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=2240;ReadPosRankSum=1.259;SC=GGGCTTGCAGATGGCCACGTA;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=226;TCF=108;TCR=118;TR=120;WE=247614904;WS=247614886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,123:0.53:231
chr1	247615340	rs55889481	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.265;SC=TGAATAATACCTGAGAAGAGG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=76;WE=247615348;WS=247615330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr1	247615358	rs10925030	C	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=979;ReadPosRankSum=1.450;SC=AGGAATTGATCACTTTCCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=55;WE=247615366;WS=247615348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr1	247654498	rs61070846	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1033;ReadPosRankSum=1.652;SC=GGCCTGGACTGGAGAAAATTC;SOR=0.768;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=68;WE=247654506;WS=247654488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr1	247690417	rs12404733	T	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1076;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCATTTTCTGTTAAGCATTTA;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=176;TCF=75;TCR=101;TR=72;WE=247690425;WS=247690407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,77:0.40:191
chr1	247694949	rs6702693	G	C	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,90:0.42:216
chr1	247694958	rs6702695	G	A	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-1.891;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,97:0.44:221
chr1	247695612	rs6657127	G	A	8475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=153;PP=2965;SC=TCCAGGAAGGGGAGGTTGGCA;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=145;TCR=153;TR=298;WE=247695620;WS=247695602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	247695756	rs6697472	T	C	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=116;PP=2965;SC=GAGGGTCGTGTGGAGAAGCCC;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=67;TCR=116;TR=183;WE=247695764;WS=247695746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	247712303	rs41315846	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.93;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	247752650	rs35280339	AT	A	1031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=717;SC=ACTGTGATGAATTTTTTTTTT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=35;WE=247752659;WS=247752640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	247835352	rs1151641	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=730;SC=GTATGAAAAACCAGTAAAATC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=247835360;WS=247835342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	247835674	rs28446289	G	A	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=136;PP=2965;SC=GTGCGGATACGGAGAATAGCA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=161;TCR=136;TR=296;WE=247835693;WS=247835664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	247835908	rs28556931	T	A	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=107;PP=2965;SC=GCAATAGCCATGACCATGCTG;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=171;WE=247835916;WS=247835898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	247836008	rs28555391	G	A	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=50;PP=2487;SC=CCATGGTGGTGAAGAGAACCA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=129;WE=247836016;WS=247835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	247836207	rs28711149	T	A	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=113;PP=2965;SC=GTTATAGATTTTGGCAATGAT;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=124;TCR=114;TR=237;WE=247836215;WS=247836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	247875415	rs2282316	A	G	9777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=155;PP=2965;SC=TAGGAGACAAAGGTGATGAGG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=176;TCR=156;TR=330;WE=247875423;WS=247875405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr1	247875608	rs6587382	C	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=CGAAACCACACACCCAGGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=188;WE=247875616;WS=247875598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	247875689	rs7512807	A	G	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=AGATGGCAAGACAGCGGTCAT;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=192;WE=247875697;WS=247875679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	247921352	rs1552813	C	T	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ATCTATCATACGCCATCACAC;SOR=0.413;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=230;WE=247921360;WS=247921342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr1	247921717	rs10888359	C	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=34;PP=1021;SC=ATATTCCCAACAAATCTAGAA;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=247921725;WS=247921707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	247921789	.	AGT	A	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=150;SC=AGAGAGAGACAGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=247921798;WS=247921779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	247978087	rs10888248	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=9;PP=877;SC=ATTGAAAGAAGAAAAGCAACA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=247978095;WS=247978077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	247978319	rs6695283	A	G	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=99;PP=2965;SC=TGGAAGGCAAATAGAGTAGGC;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=95;TCR=99;TR=194;WE=247978327;WS=247978309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	11150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=123;PP=2948;SC=ACAGTAGGATAAGGAGAAGGT;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=24;TCR=126;TR=146;WE=247978551;WS=247978531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	247978996	rs10888249	A	G	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=52;PP=1662;SC=AAAACCCCATAAGGATAAATT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=247979004;WS=247978986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	248004614	rs6667389	G	A	8214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=119;PP=2965;SC=TGGTCACCTCGGTGATATAAA;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=162;TCR=119;TR=281;WE=248004622;WS=248004604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	248004687	rs10888255	C	G	10846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=192;NR=188;PP=2965;SC=AATCTGATTGCGCCCACAGAA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=196;TCR=188;TR=380;WE=248004695;WS=248004677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	248004775	rs10888256	C	T	9974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=187;PP=2965;SC=ACCAACCTGGCACAGAGCCCA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=164;TCR=188;TR=351;WE=248004783;WS=248004765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	248004848	rs4607924	G	C	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=118;PP=2965;SC=CATAGGCCATGAAGGCCAGGA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=216;WE=248004856;WS=248004838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	248004877	rs10888257	C	T	10034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	248004884	rs1339845	T	C	9998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	248005213	rs7522811	G	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TGTGGGGGATGAAAAACATTC;SOR=0.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=88;WE=248005221;WS=248005203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr1	248020448	rs10749636	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=323;SC=GACACCACCCGTCGGCGCCTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=248020456;WS=248020438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	248020556	rs11204523	G	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=32;PP=2965;SC=GTCATGGCCTGGGCGCCGCCC;SOR=2.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=112;TCR=32;TR=144;WE=248020564;WS=248020546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	248028219	rs946696	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=18;PP=528;SC=GCCAGCGCCCGGCCCTGGGTC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=248028227;WS=248028209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	248058755	rs1337876	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=227;SC=GCAACTCCATATAACTGTTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=248058763;WS=248058745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	248058797	rs1856248	T	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=3;PP=1019;SC=ATAAAAAGCATAGAAGAATGC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=248058805;WS=248058787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr1	248058879	rs6587387	A	T	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=75;PP=2965;SC=TCTGTTCAGCAGCAGTAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=165;TCR=75;TR=240;WE=248058887;WS=248058869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	248059423	rs10888267	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CCACTTCCTGCGTGAGATGCC;SOR=1.043;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=105;WE=248059431;WS=248059413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,107:0.50:212
chr1	248059456	rs12135078	G	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1441;ReadPosRankSum=0.758;SC=GATGGCCTGCGTCAGCACTGT;SOR=0.875;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=84;WE=248059464;WS=248059446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr1	248059476	rs12139390	A	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1285;ReadPosRankSum=-1.443;SC=TGGCCATCGAAGGCACCGTCT;SOR=0.702;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=82;WE=248059484;WS=248059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,84:0.49:170
chr1	248059703	rs11204545	T	A	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,100:0.46:218
chr1	248059712	rs11204546	T	C	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,95:0.47:204
chr1	248059856	rs10888268	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=479;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTGACTTCACTTCCATCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=31;WE=248059864;WS=248059846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	248084434	rs11204563	G	A	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.991;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.721;NF=50;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CTCCCTGTTTGGCAATTCCCT;SOR=1.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=146;WE=248084442;WS=248084424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr1	248084464	rs11204564	T	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=37.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.39;MQRankSum=0.160;QD=24.43;ReadPosRankSum=0.972;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,83:0.81:102
chr1	248084471	rs149623571	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=23.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.22;MQRankSum=-1.386;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.055;SOR=4.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr1	248084473	rs143274587	C	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=23.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.24;MQRankSum=-1.395;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr1	248085108	rs4625315	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=4;PP=807;SC=CCAAATCCCACAGGTCCACTA;SOR=4.548;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=248085116;WS=248085098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	248085341	rs4925773	T	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=47;PP=1322;SC=ACACTTTTATTTCTACATCTG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=248085349;WS=248085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	248097697	rs186074991	C	G	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=1926;ReadPosRankSum=0.526;SC=TCCTGCTGATCCCTTTCTCCT;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=138;TCR=129;TR=138;WE=248097705;WS=248097687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,146:0.53:278
chr1	248112627	rs4925787	T	C	4285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.110;NF=91;NR=122;PP=2714;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TCAATGCTTGTGCTCACACTG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=467;TCF=200;TCR=267;TR=213;WE=248112635;WS=248112617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,218:0.44:491
chr1	248112745	rs4925788	G	T	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=99;PP=2965;SC=GGTCTATGAGGGCACAGTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=133;TCR=99;TR=232;WE=248112753;WS=248112735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	248112762	rs4925789	TG	CA	11057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.59;QD=46.07;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	248112771	rs4925791	C	T	11223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.21;QD=43.34;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	248112809	rs4925583	A	G	10251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=158;PP=2965;SC=TCATGTTCCTATGGCCAGGTT;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=204;TCR=158;TR=361;WE=248112817;WS=248112799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	248112836	rs4925792	A	G	10707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=185;PP=2965;SC=GCTGTCTACCACATGAAATCT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=390;TCF=204;TCR=186;TR=388;WE=248112844;WS=248112826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	248112915	rs10888280	A	G	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.013;NF=66;NR=82;PP=2129;ReadPosRankSum=0.634;SC=TCTACTATGCACCTTTTGTCT;SOR=0.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=152;TCR=188;TR=148;WE=248112923;WS=248112905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,145:0.43:337
chr1	248128929	rs6664332	G	A	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=78;PP=2259;ReadPosRankSum=0.619;SC=ATGGCAGTCAGCTTCCTCTCA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=291;TCF=135;TCR=156;TR=142;WE=248128937;WS=248128919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,143:0.49:292
chr1	248129240	rs4478844	G	A	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=1938;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ACTATCATTGGTGTGTCAGGA;SOR=0.826;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=220;TCF=111;TCR=109;TR=122;WE=248129248;WS=248129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,121:0.55:222
chr1	248201550	rs192540203	A	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TCCCTTCAGGATGGATTGTAG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=121;TCR=58;TR=80;WE=248201558;WS=248201540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,81:0.44:184
chr1	248262644	rs78385124	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.705;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=391;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TTTTGTTTCTATTTCTCTTTC;SOR=1.785;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=20;WE=248262652;WS=248262634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	248343543	rs9435919	C	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=46;PP=2423;SC=CTTCAACTACCTGTCTGGCAG;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=248343551;WS=248343533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	248344442	rs4916105	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=53;SC=AATAAGGACACTAAAGTATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=248344450;WS=248344432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	248366702	rs4916112	G	A	15048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=313;NR=217;PP=2965;SC=TTGGCTCTGAGTGCTTTCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=531;TCF=313;TCR=218;TR=530;WE=248366710;WS=248366692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr1	248367415	rs4916082	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=31;PP=783;SC=CATAAATCTGCAATGACATAT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=248367423;WS=248367405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	248402758	rs6666148	C	T	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AAATTCATCACTTTTTCTGTG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=253;WE=248402766;WS=248402747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr1	248457979	rs6667171	C	A	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=159;NR=159;PP=2965;SC=CCCCAGCCACCGTTTCAGGGC;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=159;TCR=159;TR=318;WE=248457987;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	248458676	rs6678138	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.87;QD=29.97;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	248458689	rs6674940	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=25;PP=1873;SC=CCATGAGGGAAAGTTGGCTCA;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	248458717	rs12745228	C	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=46;PP=2397;SC=GTACATGGGCCTGTGGAGCCG;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=128;WE=248458725;WS=248458707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	248486895	rs4244184	G	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=39;PP=2055;SC=AAAAGAAGACGTTAGCAGACA;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=107;WE=248486903;WS=248486885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	248486913	rs4244185	A	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=53;PP=2283;SC=ACAGCAAAACATGAAATTTAT;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=137;WE=248486921;WS=248486903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	248487638	rs7555310	A	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=73;PP=2775;SC=CATCTTGGGTACAGTGGTGCA;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=248487646;WS=248487628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	248487768	rs7555424	A	G	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=86;PP=2965;SC=GCCACTGAAAAGATGGCCAGG;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=138;TCR=86;TR=224;WE=248487781;WS=248487758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	248512064	rs28372410	T	G	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=68;PP=2965;SC=GGTCCAAGCTTCATCATCCAC;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=248512072;WS=248512054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	248512094	rs28728105	C	T	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=88;PP=2965;SC=ATTCAACCACCGTGATGGAAT;SOR=1.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=128;TCR=88;TR=216;WE=248512102;WS=248512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	248512637	rs2039824	C	T	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=74;PP=2696;SC=AGCTCTCTTGCTCTGACACCT;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=136;WE=248512645;WS=248512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	248512749	rs28377739	G	A	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=47;PP=2109;SC=GACCGTGCTCGGGTTTCCAAG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=96;WE=248512757;WS=248512739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	248512767	rs28545014	G	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=39;PP=1890;SC=AAGAGGAGCAGACAGAACAAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=248512775;WS=248512757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	248513023	rs28607995	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=384;SC=TAAGAAACCCGAGAGGCTCAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=248513031;WS=248513013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	248513088	rs28481429	G	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=8;PP=208;SC=ATAATTGATTGTGGTTATTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=248513096;WS=248513078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	248525638	rs34079073	CA	C	6648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.723;NF=37;NR=95;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.676;SC=CCTATTTACTCATCCTCCTCA;SOR=0.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=86;TCR=210;TR=132;WE=248525646;WS=248525628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,199:0.45:439
chr1	248550976	rs6587467	T	G	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TCACAATAAATGCTCAGGATT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=399;TCF=211;TCR=188;TR=203;WE=248550984;WS=248550966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,206:0.50:414
chr1	248569282	rs28667896	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=0.264;SC=AGTAAATGCTAGATATCAGTC;SOR=0.890;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=26;WE=248569290;WS=248569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr1	248569369	rs28599722	A	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.753;SC=ATTAATTCACATGTTGTTATT;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=76;WE=248569377;WS=248569359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr1	248570440	rs6695780	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=966;SC=GGTAAATGGGGGACTCTGTGG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=248570448;WS=248570430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	248604452	rs78822516	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=7.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-3.663;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=1.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr1	248604454	rs113331655	CAT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=0.074;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr1	248604465	rs76925977	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.61;MQRankSum=-2.898;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=1.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr1	248604542	rs61834485	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQRankSum=-3.301;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.396;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	248604559	rs150497047	T	TTC	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.11;QD=67.41;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	248604614	rs201226597	A	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.65;MQRankSum=-0.493;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr1	248604765	rs144165631	T	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=6.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.10;MQRankSum=0.289;QD=19.17;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,91:0.81:112
chr1	248604845	rs138819139	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQRankSum=6.332;QD=12.00;ReadPosRankSum=4.290;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
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chr1	248604971	rs200863194	T	C	544.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.171;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.81;MQRankSum=1.202;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.984;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
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chr1	248617173	rs78428672	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-5.367;QD=2.75;ReadPosRankSum=-2.889;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,10:0.15:66
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chr1	248685719	rs9330305	A	T	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CATCATATTCATGTACCTTCA;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=370;TCF=189;TCR=181;TR=188;WE=248685727;WS=248685709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,192:0.50:385
chr1	248722507	rs199706827	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr1	248722624	rs200919674	C	T	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.52;QD=44.10;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	248722659	rs201896684	C	T	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.62;QD=27.35;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	248722671	rs140437806	T	A	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.57;QD=27.11;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	248722777	rs77589892	T	A	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.916;NF=51;NR=75;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TTGGCCATCCTGGTGATGTTG;SOR=1.170;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=66;TCR=94;TR=126;WE=248722785;WS=248722767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,135:0.94:143
chr1	248722883	rs78125102	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.93;QD=42.32;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	248722888	rs78981094	C	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.93;QD=45.34;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	248737230	rs199863869	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.96;MQRankSum=1.231;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	248737259	rs189248971	C	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.16;QD=28.45;SOR=7.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	248737293	rs200427293	GC	AG	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=4.049;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.59;MQRankSum=-5.094;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.393;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,66:0.34:197
chr1	248737319	rs77940099	G	A	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-3.554;NF=92;NR=34;PP=1909;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CATGTGGGAGGAGCAGGTGGC;SOR=0.957;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=392;TCF=276;TCR=116;TR=126;WE=248737327;WS=248737309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,104:0.31:333
chr1	248737348	rs61833442	G	A	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.733;NF=113;NR=71;PP=2521;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TCCTGCGGCCGGCGGCAGAAT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=582;TCF=351;TCR=231;TR=184;WE=248737356;WS=248737338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,163:0.30:536
chr1	248737511	rs150608839	A	G	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.399;NF=84;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AGTCTCACAGAAAAAACTCAG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=552;TCF=216;TCR=336;TR=205;WE=248737519;WS=248737501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,191:0.36:527
chr1	248737595	rs150601708	A	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.68;MQRankSum=1.421;QD=10.16;ReadPosRankSum=1.629;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr1	248789454	rs1892441	G	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TCCTTAGGAAGCCTTATCCTC;SOR=0.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=157;WE=248789462;WS=248789444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr1	248789504	rs1892442	T	C	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=99;PP=2965;SC=TGCTACTTTCTGAGCAGATGA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=132;TCR=99;TR=231;WE=248789512;WS=248789494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	248790075	rs1892443	A	G	10612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=201;PP=2965;SC=GCCACGTAGCAGTCATAGGCC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=170;TCR=201;TR=371;WE=248790083;WS=248790065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	248801480	.	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=18.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.07;MQRankSum=-2.619;QD=25.10;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	248801488	.	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=24.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.83;MQRankSum=-1.958;QD=30.28;ReadPosRankSum=-2.661;SOR=4.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr1	248801505	.	T	TCA	1896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.338;NF=20;NR=10;PP=2954;ReadPosRankSum=-4.162;SC=TCCTTCCTGATCAGTCACCAC;SOR=1.454;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=30;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr1	248801511	.	A	G	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQRankSum=0.044;QD=34.13;ReadPosRankSum=-3.677;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr1	248801514	.	AC	A	2358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.562;HP=6;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.277;NF=20;NR=12;PP=2966;ReadPosRankSum=-3.435;SC=ATCAGTCACCACCCCTGATGC;SOR=1.841;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=32;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr1	248801528	.	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.73;MQRankSum=0.843;QD=37.19;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,71:0.85:84
chr1	248801538	.	G	A	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQRankSum=1.884;QD=36.56;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,86:0.89:97
chr1	248801542	rs372631772	A	G	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQRankSum=1.983;QD=37.94;ReadPosRankSum=0.890;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,87:0.89:98
chr1	248801550	rs374446105	C	T	4056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=7.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQRankSum=1.680;QD=39.01;ReadPosRankSum=2.272;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,94:0.90:104
chr1	248801556	rs79649486	C	T	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=8.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=1.486;QD=41.05;ReadPosRankSum=2.572;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,99:0.93:107
chr1	248801566	rs74154510	T	G	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=6.012;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.60;MQRankSum=2.468;QD=40.09;ReadPosRankSum=2.884;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,118:0.94:125
chr1	248801592	rs78622116	C	T	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5338;FS=7.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=112;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=2.247;NF=73;NR=49;PP=2963;ReadPosRankSum=1.836;SC=TCCCTGCTAGCCCTTCCTGAT;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=122;WE=248801619;WS=248801582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
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chr1	248801610	rs150878651	G	A	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.082;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.76;MQRankSum=1.752;QD=45.42;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr1	248801611	rs143981271	C	T	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.63;MQRankSum=1.753;QD=45.81;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr1	248801633	rs74901534	A	G	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.17;MQRankSum=1.768;QD=42.77;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr1	248801778	rs201643849	A	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=31.21;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	248801944	rs143010547	TCAGCACG	T	10662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.14;QD=44.06;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	248802249	rs201931676	T	TAGA	432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.77;QD=61.82;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	248813135	rs4916153	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=0;PP=782;SC=GGTGGCATGTGGGTCACTTGT;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=34;WE=248813143;WS=248813125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	248813547	rs201161767	G	C	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.01;QD=30.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	248813901	rs144600224	A	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	248814052	rs28533004	T	A	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-2.824;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,151:0.79:190
chr1	248814080	rs1782242	A	C	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.74;MQRankSum=-3.287;QD=25.08;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr1	248814126	rs28418327	G	A	5891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.557;NF=129;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GGAAACGGGCGTTGCTGAACA;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=396;TCF=157;TCR=239;TR=318;WE=248814134;WS=248814116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,264:0.81:324
chr1	248814209	rs148876159	GAT	G	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.019;NF=0;NR=25;PP=1252;ReadPosRankSum=-2.430;SC=ACACAAAAGAGATATGACAAA;SOR=1.447;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=0;TCR=71;TR=25;WE=248814224;WS=248814199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr1	248814216	rs202080638	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.638;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.483;NF=0;NR=23;PP=1251;ReadPosRankSum=-1.554;SC=AGAGATATGACAAAGTTGGAA;SOR=2.006;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=23;WE=248814224;WS=248814199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr1	248845097	rs2000390	C	T	9975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=168;PP=2965;SC=GTGGATCACACTGGATCTGCA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=179;TCR=168;TR=346;WE=248845105;WS=248845087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	248845411	rs11485825	G	A	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=111;PP=2965;SC=GATCCAAAACGGAGAGGTTCT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=117;TCR=111;TR=228;WE=248845419;WS=248845401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	248845458	rs4509608	C	T	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=91;PP=2965;SC=AGATGCTGATCGAGAGTGATG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=172;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	248845471	rs4575113	T	C	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=83;PP=2851;SC=GAGTGATGACTGCAATGATGA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=161;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	248845499	rs4462184	A	G	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=83;PP=2965;SC=CCCCACCAGCACTGCCAGATA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=155;WE=248845507;WS=248845489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	249107414	rs11205412	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=1.775;SC=GTCTCTGGCATCTGCCCCAGG;SOR=0.190;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=249107422;WS=249107404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	249108640	rs12031808	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=433;ReadPosRankSum=1.374;SC=TGGCACCGCCCGGCTCACCTT;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=32;WE=249108648;WS=249108630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr1	249109034	rs10888590	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=817;SC=TGGAGGGTAGATGTGTGAAAT;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=249109042;WS=249109024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	249120684	rs11205415	T	G	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=119;PP=2965;SC=GGCTCCGATGTGTAAATCCCA;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=99;TCR=119;TR=218;WE=249120692;WS=249120674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	249120794	rs11205416	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=0.223;SC=CATTAACTCAGTTAATTCACT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=18;WE=249120802;WS=249120784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	249145072	rs11434456	C	CA	2153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=15;NR=25;PP=1550;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CAGAGTGCACCGTATTGGAGG;SOR=0.505;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=40;WE=249145080;WS=249145062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr1	249148399	rs12022223	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ATGGCCTGCTCGTTTCCTTGA;SOR=2.584;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=14;WE=249148407;WS=249148389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	249149486	rs12135449	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=1.090;SC=TGGTTCTGAATCCTCCCATGC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=249149494;WS=249149476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	45895	rs4241318	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=26;PP=1583;SC=GGTCTCGGGGATTGCGGGGTC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=45903;WS=45885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr2	224970	rs2290912	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=1.414;SC=TAGTATATATCATACAAAATA;SOR=0.815;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=22;WE=224978;WS=224960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr2	230912	rs2306060	A	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=664;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GAAGTCAGTGAAACTACGAAG;SOR=0.934;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=36;WE=230920;WS=230902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr2	242732	rs113405432	T	TAAC	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=2.151;QD=23.99;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	242800	rs10181051	T	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.069;NF=41;NR=28;PP=1038;ReadPosRankSum=1.305;SC=AAAGTTACCATTAGATTGACA;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=69;WE=242808;WS=242790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr2	243567	rs11383620	T	TA	1764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.893;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,86:0.59:145
chr2	262553	rs7596678	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=835;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGGGATCTTCTCAGAGAAAAT;SOR=1.356;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=49;WE=262561;WS=262543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr2	264019	rs7595075	C	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=575;ReadPosRankSum=1.446;SC=CGTCCCGAGGCTGCCCAGGAA;SOR=0.242;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=34;WE=264027;WS=264009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	264895	rs4854300	G	C	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=22;PP=2156;SC=GGGCAAGAGGGTGGCAGTGCG;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=94;WE=264903;WS=264885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	271797	rs59937473	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GGTGTGTAAAGAAGGGGAGCT;SOR=0.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=271805;WS=271787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	271998	.	CAA	C,CA	1250.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.315;QD=18.67;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,19,44:0.28,0.66:67
chr2	272203	rs11553746	C	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1380;ReadPosRankSum=0.173;SC=GGGTCATTGACAGCGGTGCTG;SOR=0.855;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=96;WE=272211;WS=272193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,107:0.69:155
chr2	272840	rs12714401	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=354;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TTTATATTATGAATTAGAAGC;SOR=2.935;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=17;WE=272848;WS=272830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	272926	rs12714402	A	G	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1031;ReadPosRankSum=1.742;SC=TGGAATCTTCATTGGTCAGGT;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=78;WE=272934;WS=272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,90:0.68:132
chr2	273070	rs12714403	A	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=55;PP=1806;SC=GGGGCTGTGAAGTCCTTCTTG;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=93;WE=273078;WS=273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	277003	rs79716074	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-1.357;SC=AAAAGTAATCAAGTTAAAACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=277011;WS=276993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	283231	rs368562757	A	AT	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.794;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.559;NF=0;NR=32;PP=923;ReadPosRankSum=-1.422;SC=AATAAATCGCATTTTTTTGCA;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=32;WE=283239;WS=283221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr2	672740	rs192923284	C	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	672745	rs34848618	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	675831	rs2293084	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGAGGATGGAAACAGGATT;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=10;WE=675839;WS=675821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	676177	rs2293083	C	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=642;ReadPosRankSum=-1.237;SC=CTGCAATACACTGAACTCTCC;SOR=0.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=200;TCF=80;TCR=120;TR=58;WE=676185;WS=676167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,58:0.27:213
chr2	676457	rs2293082	G	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr2	676478	rs3215297	T	TGTAA	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,47:0.27:177
chr2	677213	rs3749138	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.486;SC=GCCACAGGCCGGGTGCTCTGT;SOR=0.437;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=677221;WS=677203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	1079130	rs4971429	G	A	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	1079130	.	GCG	ACA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=71;NR=24;PP=2947;QD=20;SC=TGAGCAGGAGGCGTGCGTCAC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=95;WE=1079151;WS=1079120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,95:0.90:106
chr2	1079132	rs4971430	G	A	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	1079143	rs4971431	A	G	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=35;PP=2608;SC=TGCGTCACCTATCCCCACCCC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=89;TCR=36;TR=124;WE=1079151;WS=1079120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	1079320	rs4971432	C	T	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=104;PP=2965;SC=TCTGTGTGGGCGGAAGCCACC;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=54;TCR=104;TR=158;WE=1079328;WS=1079310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	1168756	rs4597564	G	A	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=33;PP=1290;SC=AATTGGAAGGGACTTCTCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=1168764;WS=1168746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	1168982	rs7560649	T	A	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=165;SC=GATAATTGTGTTAGTTTCAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=1168990;WS=1168972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	1442476	rs1969248	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.556;NF=11;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GGGGAATCCCTGAGCAAAGCC;SOR=1.082;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=12;WE=1442484;WS=1442466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	1442551	rs3036132	ATTTT	A	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=10.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.274;SOR=2.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
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chr2	1459806	rs4927610	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=484;SC=CTGCTACCACAGGGTCCTCCT;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=1459814;WS=1459796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr2	1460140	rs4927612	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-1.200;SC=ACAAAATGTGAAAGTCTGTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=1460148;WS=1460130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr2	1481231	rs2175977	G	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=424;ReadPosRankSum=2.285;SC=GGCCGCGCCAGCGAGGTCCCC;SOR=0.976;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=31;WE=1481239;WS=1481221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr2	1488668	rs6715129	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CATGAACTCTTCCTTCTTTTT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=24;WE=1488676;WS=1488658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr2	1491497	rs6727192	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
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chr2	1497803	rs1126797	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=55;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CTCTGCGGGACGGTGACTGGT;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=82;WE=1497811;WS=1497793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,86:0.63:136
chr2	1499728	rs2276704	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.536;SC=TCTCCATGCACTGTGACCTTA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=1499736;WS=1499718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	1499899	rs732608	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.763;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=911;ReadPosRankSum=0.553;SC=GCAAATTCCCCGAAGACTTTG;SOR=0.712;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=67;WE=1499907;WS=1499889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr2	1499927	rs732609	A	C	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=965;ReadPosRankSum=-1.584;SC=TGACAGCATCACTGGCATGAA;SOR=0.498;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=68;WE=1499935;WS=1499917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr2	1520676	rs1126799	T	C	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=897;ReadPosRankSum=0.421;SC=CTCCCTCGGGTGACTTGGATC;SOR=1.155;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=58;WE=1520684;WS=1520666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr2	1544617	rs12615819	G	A	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1883;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCCTAGTCCGTTCTGCACCT;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=127;WE=1544625;WS=1544607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,136:0.71:191
chr2	1546327	rs1042589	C	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1227;ReadPosRankSum=0.973;SC=CAGGCAAATCCGAAATCAGCA;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=370;TCF=187;TCR=183;TR=117;WE=1546335;WS=1546317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,124:0.32:391
chr2	1639122	rs2241457	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=0.958;SC=AGTGGTCACATGGGACTCTCG;SOR=0.430;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=14;WE=1639130;WS=1639112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	1642537	rs6729142	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	1642539	rs6742040	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	1642545	rs6742039	C	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.11;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	1642803	.	CGGGTCTCATTTCAAGGTTTCCTGGGTGTGCACCGCCCCTGATGCTCTGAGCT	C	197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=9.42;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	1647171	rs6730800	T	C	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=59;PP=2938;SC=CCCGGAGGTCTACCCTGGGGA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=156;WE=1647179;WS=1647161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	1652822	rs1863135	T	G	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=103;PP=2965;SC=TGGATGCGTCTATGTAGGAGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=230;WE=1652830;WS=1652812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	1664654	rs17841813	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	1667310	rs12475392	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=-2.980;SC=TGTCAGCTGCGGAATTCTGTG;SOR=0.908;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=36;WE=1667318;WS=1667300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr2	1926437	rs1529667	G	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1065;ReadPosRankSum=0.362;SC=GCGTCCTTCCGGGGAAGTCCT;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=79;WE=1926445;WS=1926427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,81:0.30:274
chr2	3193040	rs17682	G	A	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=62;PP=2965;SC=AAAGAGCTGCGACTGTTTGAG;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=112;TCR=62;TR=174;WE=3193048;WS=3193030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	3200948	rs1037467	C	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=231;SC=CCTTAAATGGCAAAAATGAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=3200956;WS=3200938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	3212481	rs17327576	C	T	9564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=165;PP=2965;SC=CTCGGCGGGTCCTTCTTCCAT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=152;TCR=166;TR=317;WE=3212489;WS=3212471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr2	3212704	rs7595702	C	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1750;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GTGCACGCTCCTTCAGAATGT;SOR=1.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=80;WE=3212712;WS=3212692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr2	3212817	rs12467123	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=167;SC=CCATCTTTTCCGGGACGCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=3212830;WS=3212807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	3217777	rs11127386	A	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=325;SC=CCGCTCCCCCAACCCCACGAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=3217785;WS=3217767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	3217794	rs10865535	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=496;SC=CGACAGGCCCTGGTGTGTGAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=3217802;WS=3217784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	3217908	rs11682452	G	C	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=59;PP=2965;SC=CTGTGTTGTTGCTTTTACTTA;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=154;WE=3217916;WS=3217898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	3341629	.	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TTCTGCAAACATCTACTCACA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=3341637;WS=3341619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	3356849	rs4854122	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=315;SC=TATAACTTTCATAACTAATAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=3356857;WS=3356839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	3356953	rs2875394	A	T	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=47;PP=2652;SC=AAAAAGCATGATATGTTTAGG;SOR=1.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=138;WE=3356961;WS=3356943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	3358458	rs146001084	ATTATGAAGTTAGAT	A	2538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=2974;SC=TTTAATAGAGATTATGAAGTT;SOR=1.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=3358479;WS=3358448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	3392075	rs10865541	T	C	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=74;PP=2292;ReadPosRankSum=0.341;SC=TCGACTCCTTTACTACCTCCG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=472;TCF=244;TCR=228;TR=155;WE=3392083;WS=3392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,156:0.33:476
chr2	3392513	rs12999423	TT	CA	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=2000;ReadPosRankSum=1.154;SC=CAGTGCCCCTTTAGGGATGGA;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=67;WE=3392522;WS=3392503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,74:0.33:224
chr2	3393565	rs71396985	C	CAA	1031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.559;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,35:0.24:143
chr2	3425514	rs7558487	G	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr2	3425948	rs10206964	T	C	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=39;SC=CCCGTCAGGATGCCTGTGCGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=3425956;WS=3425938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	3428508	rs10166880	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-1.849;SC=ATACATAATTTCGTAGCCTCA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=10;WE=3428516;WS=3428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	3470254	rs11677515	T	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGTTAAGTGATATCCAGCTAC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=55;WE=3470262;WS=3470244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr2	3523324	rs10179340	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=37;PP=1089;SC=GCCGCGCTTTATCTTATAGGG;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=3523332;WS=3523314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	3579760	rs1071625	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=355;ReadPosRankSum=0.880;SC=GCTAACACTTTGAGCAGCCAG;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=30;WE=3579768;WS=3579750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr2	3597974	rs10186193	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=1.080;SC=AAGGATGGCCTGGCCCCCAGT;SOR=1.552;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=18;WE=3597982;WS=3597964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr2	3605468	rs12711976	A	G	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=69;PP=2003;ReadPosRankSum=0.895;SC=CACAGGGTTTATTAGGCCACC;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=130;WE=3605476;WS=3605458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,134:0.68:196
chr2	3605528	rs62106013	T	G	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.139;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr2	3605538	rs34613047	A	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=0.878;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr2	3624303	rs80103345	G	A	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=79;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GGTAGTTGGAGTCATGAAAAC;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=64;TCR=120;TR=123;WE=3624311;WS=3624293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,127:0.67:190
chr2	3627648	rs7576238	G	C	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr2	3652616	rs3769507	G	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=52;PP=2043;SC=TTCTGCAGGTGAGGCATGGGT;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=3652624;WS=3652606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	3653576	rs7604806	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=878;SC=TGATAAATGTACCTGCTTTAG;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=3653584;WS=3653566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	3653844	rs3739147	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=63;PP=1695;SC=GTCAGTAGCCTGCACTGGTGG;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=3653852;WS=3653834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	3660752	rs3811531	T	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=3;PP=1063;SC=GCGGCTGGGCTGCAGGCGGGG;SOR=3.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=3660760;WS=3660742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	3685046	rs3811528	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=915;SC=GGTCGGGTTATCCGTGCACGT;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=3685054;WS=3685036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	3685074	rs3811527	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1228;SC=GGAGGAGGCCACGGTGTCACC;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=3685082;WS=3685064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	3721729	rs12105179	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=480;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TTGTAAATTGACATTCTGCAA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=37;WE=3721737;WS=3721719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr2	3726163	rs2043080	T	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=36;PP=1272;SC=CAACGGTTCGTTCATCGAAGT;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=3726171;WS=3726153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	3729254	rs13426642	C	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=51;PP=1753;SC=GAAAGAGGAACCAGGACAGGA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=3729262;WS=3729244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	3748971	rs6730148	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TTCATACCTTTGCTTTTGCTC;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=15;WE=3748979;WS=3748961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	3749084	rs11689171	T	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1038;ReadPosRankSum=0.217;SC=AAAATCACGCTGTGTTTTGCT;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=86;WE=3749092;WS=3749074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,95:0.60:158
chr2	3749151	rs66473381	GGAA	G	4913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=52;PP=2950;SC=TGACAACTCAGGAAGAAGAAG;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=62;WE=3749161;WS=3749141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	3749267	rs11681270	G	A	411.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5350;FS=6.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.964;SC=CTCAGACTGTGCTATTTCCCT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=3749275;WS=3749257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr2	3751606	rs56104311	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-1.753;SC=GGCGGCGGGCCGCGAGCGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=6;WE=3751614;WS=3751596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	3774436	rs357940	C	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=978;SC=TGGTCTGCCTCTCTCTGCATC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=3774456;WS=3774426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	3774448	rs12711970	T	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1063;SC=CTCTGCATCCTTCCTGGACCC;SOR=3.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=46;WE=3774456;WS=3774426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	3774519	rs357941	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=57;PP=2073;SC=AGGGCAGTGCTGTGCACACTG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=129;WE=3774527;WS=3774509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	3800095	rs56857953	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=1.690;SC=TAACATGGTTCTCAAGAGCCT;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=18;WE=3800103;WS=3800085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr2	3800383	rs357969	C	T	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=85;PP=2965;SC=ATCTTTTGGGCGACTCAAAGG;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=3800391;WS=3800373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	3800496	rs357968	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=64;PP=2051;SC=CAACAGTGAGCATGCTTCGTA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=3800504;WS=3800486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	3815250	rs10180257	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=9;PP=911;SC=TCTCTGAGGAACTTGTGTCTT;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=3815258;WS=3815240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	4135981	rs1024026	C	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	4672834	rs71906919	CTG	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTCCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=4672843;WS=4672824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	7001233	rs3085147	ACG	A	2107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.77;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	7001247	.	ACACACACACACC	A	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr2	7001249	rs202012587	ACACACACACC	A	679.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=1.197;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	7001259	.	C	A	1003	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43;NR=20;PP=1003;QD=16.4725589293;SC=ACACACACACCCACACACTTA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=63;WE=7001267;WS=7001249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr2	7003879	rs2712039	G	A	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=50;SC=GGACTGGAGTGTTTTATTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=7003887;WS=7003869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	7005069	rs2595172	C	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=53;PP=2965;SC=AGAACCGGCTCTACAGACCAG;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=154;WE=7005077;WS=7005059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	7005369	rs11678810	A	G	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=73;PP=2563;SC=GTGCCTCCTGACAGGCGCCCA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=7005377;WS=7005359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	7005992	rs4669108	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=10;PP=1161;SC=GGCAGGAGCCCTGGGGCTGGG;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=7006000;WS=7005982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	7017903	rs10182815	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=15;PP=1004;SC=TGGCATACAGAGACTGCTCTG;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=7017911;WS=7017893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	7019079	rs6704746	A	G	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=51;PP=2331;SC=GATGAATTTCACAAAGCAATC;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=128;WE=7019087;WS=7019069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	7026958	rs10197837	T	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=246;ReadPosRankSum=0.221;SC=TAAGGAAAAGTGTCTTTTTAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=7026966;WS=7026948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	7027323	rs9917321	T	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=0.252;SC=CTTTTGCTGATTTCCTTCAAG;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=36;WE=7027331;WS=7027313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr2	7030541	rs2305258	C	T	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=74;SC=AAGGACCCCACACATTGTTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=7030549;WS=7030531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	7050426	rs6725201	G	C	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.129;NF=76;NR=83;PP=1937;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGGCCGTCAAGGTGTGGGGAT;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=124;TCR=140;TR=159;WE=7050434;WS=7050416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,167:0.61:272
chr2	7050483	.	A	ATGTGTG	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.716;QD=8.36;ReadPosRankSum=-3.113;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	7076975	.	A	AGT	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.717;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	7137067	rs364891	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=485;SC=GATGACCACAACAAGGTACCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=7137075;WS=7137057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	7137317	rs378548	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TTCTTGTTGAGGCCTTCACAC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=7137325;WS=7137307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	7154632	rs309325	T	C	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=GATTAGAAACTGCAATTAGCT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=126;TCR=101;TR=227;WE=7154640;WS=7154622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	7164578	rs376219	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=680;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AGCGAGACGAAGGCTGCGCGC;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=58;WE=7164586;WS=7164568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,63:0.32:198
chr2	7164746	rs392709	C	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-0.217;SC=AGCTTGGTGCCTACTCCTGTG;SOR=0.933;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=17;WE=7164754;WS=7164736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr2	7164812	rs392409	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-2.961;SC=AACATTAACTCATGAGCGCCA;SOR=0.096;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=7164820;WS=7164802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	7243449	rs10617957	AGTGTGT	A,AGT	5775.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=52,52;NR=34,34;PP=2615,1504;SC=TGCATGAGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.957;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=86,86;WE=7243464;WS=7243435;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:149
chr2	7386160	rs35913686	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=671;ReadPosRankSum=0.287;SC=TGTGCACGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.211;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=40;WE=7386168;WS=7386145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr2	7386192	rs72770055	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=412;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGCGCATGTGTGTGTGCGTGT;SOR=1.398;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=31;WE=7386200;WS=7386182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,33:0.28:119
chr2	7403641	rs111726098	T	TACAC,TACACAC	1881.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=12,12;PP=599,140;ReadPosRankSum=0.788;SC=CAGGTATAGATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=23,23;WE=7403649;WS=7403631;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.73:48
chr2	7421569	rs142314951	C	CTG	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=333;ReadPosRankSum=0.042;SC=AGATGCACGTCTGTGTGTGTG;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=9;WE=7421578;WS=7421559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	7471732	rs6732990	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TCTGGAATGAGCTGTTCACAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=7471740;WS=7471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	7540646	rs5829105	C	CA	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=25;PP=1381;SC=GAAGGTCAAGCAAGCATTCGA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=7540654;WS=7540636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	7540695	rs2163257	C	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=24;PP=812;SC=ACAAACACTTCATGGACAGAT;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=7540703;WS=7540685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr2	7594516	rs1466671	G	A	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1050;ReadPosRankSum=0.797;SC=TCTGGTTTGCGCCGCATCTTG;SOR=0.638;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=301;TCF=188;TCR=113;TR=91;WE=7594524;WS=7594506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,96:0.31:312
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chr2	9083250	rs74859783	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	9083423	rs16866854	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TATTAGAAGAGGGATGCCAAG;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=4;WE=9083431;WS=9083413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
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chr2	9419411	rs10193043	G	A	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=47;PP=2483;SC=TCTCAGCACAGACACGGTTTA;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=9419419;WS=9419401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	9458460	rs3811599	A	G	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=62;SC=TAGACTTTTCATTAGCCCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=9458468;WS=9458450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	9460234	rs17522163	G	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=114;SC=GAGAAAGAAAGGAAATGCCAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=9460242;WS=9460224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	9467815	rs7569295	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=402;SC=GGAATCCAGGCGATACTAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=9467823;WS=9467805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	9475337	rs4392227	A	G	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=107;PP=2965;SC=GAAAGATTGCAGTTTTCACCC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=198;WE=9475345;WS=9475327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	9484542	rs6724103	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=997;SC=AGGGAAATTTCTCCAATTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=9484550;WS=9484532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	9484561	rs79044067	TAAAA	T	2438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=1135;SC=TTGTTGTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=2.564;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=40;WE=9484572;WS=9484551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	9491017	rs4669385	C	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=50;PP=1290;SC=GCTTTGACCTCATTTCACGTA;SOR=4.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=9491025;WS=9491007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	9496291	rs2709591	T	C	7985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=122;PP=2965;SC=AACACAGCGTTGCTCTTGTTT;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=161;TCR=122;TR=283;WE=9496299;WS=9496281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	9528536	rs2715860	G	C	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=73;PP=2965;SC=TTGCCAAGGAGAAGCAGAGGG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=185;WE=9528544;WS=9528526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	9547171	rs10929579	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=83;PP=2405;SC=GCCTGGGTCAGTGGAACCCAT;SOR=1.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=121;WE=9547179;WS=9547161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	9552379	rs10929581	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.450;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr2	9552383	rs112462761	A	AT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.483;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr2	9554255	rs10208358	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=0;PP=960;SC=GTAAAACCACGTGAACATCAA;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=9554263;WS=9554245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	9554280	rs12474647	A	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=2.128;SC=AAGCGCAGACAATCAATGATC;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=16;WE=9554288;WS=9554270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr2	9554461	rs10185646	C	A	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=115;PP=2965;SC=AACCCATTCACATCATTTATT;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=74;TCR=115;TR=189;WE=9554469;WS=9554451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	9569972	rs7589401	A	T	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=28;PP=2260;SC=GGGTGATGGAACTAGAATTAT;SOR=2.113;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=83;TCR=28;TR=111;WE=9569980;WS=9569962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	9571054	rs2002044	C	T	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=156;SC=CTCTATATGGCATGTATGGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=9571062;WS=9571044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	9576553	rs6432003	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=444;SC=AAGATAATAATGTGGTCTTGG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=9576561;WS=9576543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	9580540	rs111411247	G	GT	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=536;SC=ATCATTTCTTGTTCTGTGTGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=9580548;WS=9580530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	9583822	rs34762720	A	AG	3324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.542;NF=7;NR=53;PP=2138;ReadPosRankSum=-1.378;SC=ATTGTATTAAAGGGAAAAAAA;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=11;TCR=85;TR=60;WE=9583830;WS=9583812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,120:0.70:171
chr2	9583922	rs11681316	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=788;SC=AGCCTTTCACATGCACTCGGA;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=9583930;WS=9583912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	9613289	rs2001658	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=85;SC=ACTGCTAAATTGCTAATTAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=9613297;WS=9613279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	9614667	.	G	GGCCCC	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=851;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CGTGGCTGGCGGCCCCGCCCC;SOR=1.356;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=15;WE=9614675;WS=9614657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr2	9615556	rs6432007	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=351;SC=AGTGAGGCGGTGTGGCCTTCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=9615564;WS=9615546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	9616035	rs7591166	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=232;SC=CCGAGAAAACAGAAGTTGCCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=9616043;WS=9616025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	9616301	rs3831465	TAGG	T	386.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=359;SC=AATCAGTATATAGGAGAAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=9616311;WS=9616291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	9630231	rs6705408	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=336;SC=TCACAAAATACAAGCTGTGAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	9630244	rs3833563	AT	A	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=587;SC=GCTGTGATTGATTTGTAGGTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	9631340	rs10495562	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=816;SC=GTGAGTACTATTTCATCACAG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=9631348;WS=9631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	9633137	rs4622692	T	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=33;PP=1216;SC=TCCAAACAGTTAATGTCTTGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=9633145;WS=9633127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	9634856	rs1048610	A	G	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=83;PP=2965;SC=CACAGCGGCCAGAAAGGTCCC;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=165;WE=9634864;WS=9634846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	9637403	rs41264175	A	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AGTCATAACAAAAAGAATGAG;SOR=1.130;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=75;WE=9637411;WS=9637393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr2	9642478	rs34367192	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=448;SC=GCTACAGTTACGTTACAGTGA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=9642486;WS=9642468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	9642521	rs13031491	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTCCTGGCTCCGTCACCCACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=9642529;WS=9642511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	9650350	rs35431407	C	CATAA	1625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=1310;SC=TAAATAGAGCCTTATAATCAG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=31;WE=9650358;WS=9650340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	9661184	rs4328603	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=860;SC=TGCTGCTACATGGGATGGGGT;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=9661192;WS=9661174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	9662410	rs35744046	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=1.367;SC=GACATATACATACACTATACC;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=9662418;WS=9662400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	9667751	rs17525468	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCTTACATTATAAACAAAAGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=9667759;WS=9667743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	9695888	rs55790676	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AGATTCTACCGCCAGGCTCGA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=9695896;WS=9695878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	9695906	rs12692386	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=225;SC=CGACGCCCCCAGAAGTGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=9695914;WS=9695896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	9983591	rs35818430	A	AG	6355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=69;PP=2936;SC=TCCGGCCGGAAGCTTCTCCAG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=91;WE=9983599;WS=9983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	9983686	rs2303914	G	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1150;SC=CCTCGAGGAGGCGGTAAGGAG;SOR=1.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=9983694;WS=9983676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	9983716	rs385513	A	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=713;SC=CTGGCGGGCCACGATCGCCGG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=9983724;WS=9983706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	9991556	rs287991	G	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=140;SC=TGGGTTAATTGAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=9991564;WS=9991546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	10044951	rs2052948	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=9;PP=1055;SC=GTTTTGTTGCAAAAATTGCAA;SOR=3.300;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=50;WE=10044959;WS=10044941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	10045014	rs400917	C	T	6839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	10045024	rs396190	G	A	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	10045147	rs448327	A	G	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=76;PP=2537;SC=TAAGTGTGTGACATATATTGT;SOR=1.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=10045155;WS=10045137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	10059097	rs2303921	A	C	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=79;PP=2965;SC=GAAATCTCAGATAGTGCTTCA;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=132;TCR=79;TR=211;WE=10059105;WS=10059087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	10059844	rs16867245	C	T	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2635;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ACTGATAGAACGTGTTTCCAT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=141;WE=10059852;WS=10059834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr2	10094992	rs2303918	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1057;SC=AGCTTATGATACCTTGCAGTA;SOR=3.109;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=48;WE=10095000;WS=10094982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	10095374	rs13401891	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=410;SC=CTTTGACTTACTGTGATTCGA;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=10095382;WS=10095364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	10105584	rs111854908	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=13.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.827;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr2	10126416	rs16867274	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=36;PP=1040;SC=ACAAGGTAAGATCGGCAGGGA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=10126424;WS=10126406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	10132118	.	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.306;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,23:0.20:117
chr2	10133728	rs6711126	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=48;PP=1872;SC=CAAATATTTTTGAAGATTACA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=112;WE=10133736;WS=10133718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	10133820	rs6750565	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=44;PP=1422;SC=GCAGGGATGTCATAGAGGCCA;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=10133828;WS=10133810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	10135855	rs11674576	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=1038;SC=GATCTTCCTTTAGCCTGATTT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=10135863;WS=10135845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	10135956	rs41264205	G	A	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=94;PP=2965;SC=CCTTAATGTTGATGCAGCTGG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=128;TCR=94;TR=222;WE=10135964;WS=10135946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	10138988	.	A	ATG	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=62;MMLQ=28;MQ=54.16;NF=2;NR=0;PP=117;QD=70.0;SC=ACACATATATATACGTATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=10139000;WS=10138978;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	10138991	.	CGT	C	107	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=54.16;NF=2;NR=0;PP=107;QD=65.0;SC=CATATATATACGTATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=10139000;WS=10138978;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	10139015	.	T	TATAC	421	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5131;HP=2;HapScore=3;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=421;QD=62.7142857143;SC=CACATATATATACATATATAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,7:1.00:7
chr2	10139017	.	C	T	296	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.7566;HP=2;HapScore=3;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=58.47;NF=7;NR=1;PP=296;QD=41.3464015684;SC=CATATATATACATATATATAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr2	10140651	rs2163338	A	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=36;PP=1791;SC=GAGAGCTAACAGGTCAATCTA;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=97;WE=10140659;WS=10140641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	10188649	rs11687357	A	T	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=104;PP=2965;SC=GGAACTATGTATGCAGCTTCC;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=186;WE=10188657;WS=10188639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	10225241	rs6432058	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=6;PP=953;SC=CTGAGTAAGACGATGTTTGTG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=10225249;WS=10225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	10226306	rs34098251	G	GC	4127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=57;PP=2818;SC=GAATAGACCAGCGAGCTCTGA;SOR=1.209;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=64;WE=10226314;WS=10226296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	10262920	rs1130609	T	G	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1610;ReadPosRankSum=0.866;SC=TCGCTGCGCCTCCACTATGCT;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=75;TCR=92;TR=107;WE=10262928;WS=10262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,116:0.64:180
chr2	10264057	rs6432065	T	C	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCGTCTTGTATGTTTTTCCAT;SOR=0.870;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=124;WE=10264065;WS=10264047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,136:0.70:195
chr2	10267211	rs61754180	T	C	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=57;PP=1691;ReadPosRankSum=0.034;SC=AACTCCTAAATAGGTGAACGT;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=100;WE=10267219;WS=10267201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,103:0.72:143
chr2	10281903	rs5829249	G	GC	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=1032;SC=GGTGGCCATGGCCTGGGGCTG;SOR=2.694;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=25;WE=10281911;WS=10281898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	10332876	rs56228505	AC	A	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=489;SC=CTGCCACTCCACCCCCCCCTG;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=22;WE=10332884;WS=10332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	10350599	rs7423163	G	C	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1210;ReadPosRankSum=0.362;SC=TTATCTGGGTGGGAACTCACC;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=94;WE=10350607;WS=10350589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,103:0.72:143
chr2	10563236	rs55737425	G	A	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=78;PP=2335;SC=TGGGGGCGGGGCTGCATGTGT;SOR=1.097;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=138;WE=10563244;WS=10563226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	10566792	rs2270306	C	G	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=54;PP=2511;SC=CCCATCCTCTCTGGAAGCATA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=142;WE=10566812;WS=10566782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	10566804	rs2270307	A	G	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	10595534	rs6721235	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CTGGATTCTTTTCCTGTTTTT;SOR=0.585;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=97;WE=10595547;WS=10595524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,105:0.79:133
chr2	10717806	rs2287059	C	T	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=74;PP=2595;SC=ACGGTGGTGTCGGATACACTC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=138;WE=10717814;WS=10717796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	10762302	rs70953325	TA	T	6602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=107;PP=2951;SC=GGTAAACAGTTAACACAGGAA;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=8;TCR=108;TR=115;WE=10762310;WS=10762292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	10774531	rs77767350	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=221;SC=AACAAGGCTTCAGCTGAAATG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=10774539;WS=10774521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	10808776	rs55925118	C	CAA	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=851;SC=ATTACTAAAACTACTCACGCA;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=10808784;WS=10808766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	10813782	rs6748766	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=389;SC=AGAAATTATATACATACCAGT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=10813790;WS=10813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	10911891	rs1198850	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=-0.117;SC=AGTGCCCGGGTGTGGGTGTGT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=26;WE=10911899;WS=10911881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr2	10912092	rs12999992	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=899;ReadPosRankSum=1.183;SC=CGAAGGAAACCGGCCCTGCCC;SOR=1.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=57;WE=10912100;WS=10912082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr2	10912153	rs2171773	T	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TGGACGAGGATGCTCCCTGCC;SOR=0.484;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=10;WE=10912161;WS=10912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	10912634	rs189760105	C	A	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=71;PP=2337;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCCTTTTCTGCAAAAAATCAC;SOR=0.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=148;TCR=114;TR=161;WE=10912642;WS=10912624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,174:0.63:275
chr2	10915090	rs58188788	T	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AACCCATGATTTGCTTGTTTT;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=57;WE=10915098;WS=10915080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,65:0.34:194
chr2	10922516	rs1686482	A	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GTATCCAGAAACAGCAGTATT;SOR=1.186;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=10922524;WS=10922506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	10924524	rs1198873	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=310;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TCTCATTTTATGGAAGAGCGA;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=23;WE=10924532;WS=10924514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr2	10927345	rs1686510	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=489;ReadPosRankSum=0.680;SC=GTTCCAAATATAAACCTACAA;SOR=1.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=26;WE=10927353;WS=10927335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr2	10928694	rs11409434	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.589;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	10928710	rs1734433	A	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.663;NF=23;NR=5;PP=556;ReadPosRankSum=2.355;SC=AAAAAAAAACATATAGCAGAG;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=28;WE=10928718;WS=10928700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr2	10928777	rs2952626	A	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.776;NF=59;NR=43;PP=1531;ReadPosRankSum=-1.852;SC=GAAAGCCTATAATCAGCTGTT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=102;WE=10928785;WS=10928767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,103:0.63:163
chr2	10928906	rs1734432	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.596;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1679;ReadPosRankSum=2.283;SC=CTGATTTAAATAGACAAAGTT;SOR=0.268;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=94;WE=10928914;WS=10928896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr2	10928962	rs1734431	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.472;SC=ATCCATTTAGAAAGTATTCTC;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=79;WE=10928970;WS=10928952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr2	10929133	rs1734430	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GACAAGGGACAATCAGGAGGC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=10929141;WS=10929123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	10929867	rs11904084	T	C	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,69:0.63:109
chr2	10929938	rs138712410	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.493;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr2	10930050	rs1686514	A	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AAATCCAATTAACACTTAATG;SOR=0.055;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=13;WE=10930058;WS=10930040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	10930903	rs4807	T	C	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=105;PP=2916;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CAGTTTCACTTTTCCTTTCGT;SOR=0.985;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=246;TCF=95;TCR=151;TR=165;WE=10930911;WS=10930893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,174:0.67:259
chr2	10931001	rs1614107	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=0.258;SC=TTTGAGACACAGTCTCTCTCT;SOR=1.418;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=21;WE=10931009;WS=10930991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	10932082	rs1734421	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CATCAAACAATTGGGCCAAGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=30;WE=10932090;WS=10932072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
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chr2	10937409	rs1686444	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.513;SC=ATCTGCTTCACATAGACTCAG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=16;WE=10937417;WS=10937399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	10938043	rs56346617	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGGCACGGTGTCTCACGCCTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=10938051;WS=10938033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	10942567	rs1686434	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=2.362;SC=TTTATACAGCGTTTTCTCCAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=10942575;WS=10942557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	10942687	rs4758	C	T	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=61;PP=2506;ReadPosRankSum=2.234;SC=GGTTGAAATTCGATGGAGTTA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=137;TCR=89;TR=155;WE=10942695;WS=10942677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,160:0.68:237
chr2	10950284	rs1734449	G	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=688;ReadPosRankSum=1.239;SC=CATATATTAAGTCATTTAAGA;SOR=1.662;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=36;WE=10950292;WS=10950274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr2	10952790	rs6726687	T	C	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTCCCTCCGCTGGCCCGCACC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=120;WE=10952798;WS=10952780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,127:0.67:190
chr2	10994418	rs1198852	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=712;SC=TGAGCCACTGTGTCCGGCCTC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=10994426;WS=10994410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	11053020	rs3732104	A	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=905;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GCGTGGACGCAGCCGAGGGCC;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=223;TCF=94;TCR=129;TR=71;WE=11053028;WS=11053010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,72:0.32:227
chr2	11053740	rs3732105	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=909;ReadPosRankSum=0.054;SC=GTGGTGTCATCGCCATCGCCC;SOR=1.321;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=220;TCF=103;TCR=117;TR=70;WE=11053748;WS=11053730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,73:0.32:228
chr2	11264830	rs7560331	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=80;PP=2756;ReadPosRankSum=-1.326;SC=CGTGGACCTGGCAACCTGCTC;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=159;TCR=119;TR=184;WE=11264838;WS=11264820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,193:0.67:289
chr2	11273407	.	GTC	G	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=502;ReadPosRankSum=1.184;SC=TCAGGCACAGGTCTCTCTCTC;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=30;WE=11273418;WS=11273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
chr2	11295226	rs148805827	C	CG	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	11295867	rs7598570	G	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=570;ReadPosRankSum=-1.879;SC=AGCTGCTGCCGGCTGGGAGCC;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=47;WE=11295875;WS=11295857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr2	11300732	rs2271622	C	T	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CCCCCTCACTCGGAGCCTCTC;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=280;TCF=149;TCR=131;TR=194;WE=11300740;WS=11300722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,197:0.70:281
chr2	11300869	rs6432182	T	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.665;NF=38;NR=76;PP=1525;ReadPosRankSum=0.292;SC=ATGTTATTTGTGAATGGTATG;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=58;TCR=118;TR=114;WE=11300877;WS=11300859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,113:0.70:161
chr2	11304453	.	T	TTA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	11312181	rs12987956	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=1015;ReadPosRankSum=2.637;SC=AGTAAGAACCGGACTCACATG;SOR=1.146;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=51;WE=11312189;WS=11312171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr2	11312224	rs3732103	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=0.380;SC=CAAGTGTCTACGTAGTAGGGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=26;WE=11312232;WS=11312214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr2	11348364	rs141148984	C	CTAACT	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ATGAATAAACCTATTAATTCA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=11348372;WS=11348354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	11348609	rs5829297	CAAAT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr2	11356190	rs726843	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.825;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	11359031	rs9808228	G	T	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=1.150;SC=AAAACATGGGGATTACTAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=11359039;WS=11359021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	11359120	rs2230774	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=0.495;SC=TATGGAATCAGTTTCTCTACA;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=11359128;WS=11359110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	11680896	rs34137466	CAA	C	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.028;NF=1;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GGAGGACCGTCAAAGAGTTTA;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=8;WE=11680905;WS=11680886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr2	11725179	rs55893544	G	GA	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr2	11725241	rs12470971	G	A	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=73;PP=2965;SC=TTTTATTGGAGCCCTGTCCTG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=160;WE=11725249;WS=11725231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	11727507	rs13394619	G	A	8675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=182;PP=2965;SC=GCCCACTGCAGTATTTGTAAA;SOR=1.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=126;TCR=183;TR=308;WE=11727515;WS=11727497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	11731774	rs2358040	T	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.191;SC=TGGGAAGCAATCTGATGATAT;SOR=0.346;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=11731782;WS=11731764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	11738091	rs1435547	T	C	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CTCTGCTCCATGTGTGGCATT;SOR=0.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=203;WE=11738099;WS=11738081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr2	11738765	rs1865575	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=595;SC=AAACCCAGTGCGCATGTTTGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=11738773;WS=11738755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	11741193	rs11681838	C	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=792;SC=CATTTAGTAACAGCCTTGACC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=11741201;WS=11741183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	11742458	rs72772088	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=629;SC=GGTCATCCGCAGGCCTGGCAC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=11742466;WS=11742448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	11752635	rs2304399	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=23;PP=622;SC=GGCAGAAAATTGAGGATGTGG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=11752643;WS=11752625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	11755443	rs2252958	T	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=518;SC=CTCAGCCTACTTGTCCCTGTC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=11755451;WS=11755433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	11757009	rs6735957	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=650;SC=GAGAGTAAATATTGTGGTCAA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	11757023	rs892868	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=406;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TGGTCAACTTCGGATCGGAGA;SOR=2.636;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=18;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	11758325	.	TG	CC	1028	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=57.55;NF=19;NR=1;PP=1028;QD=54.0733937431;SC=CTGGGATGGGTGACTCCTGGG;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=20;WE=11758334;WS=11758315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,20:0.53:38
chr2	11774324	rs2304402	G	A	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2558;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGCGGCCCCCGACATCATGCA;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=172;WE=11774332;WS=11774314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,182:0.67:270
chr2	11778907	rs138273238	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1232;ReadPosRankSum=1.464;SC=TGGGAGCTAGCTTTTTGAAAA;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=80;WE=11778915;WS=11778897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr2	11810095	rs6432225	G	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=53;PP=2102;SC=CACCACGTGCGCGGACAGCGC;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=11810103;WS=11810085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	11817812	rs4669769	G	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CCAGCTGGGAGACCTCGCAGG;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=40;WE=11817820;WS=11817802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,43:0.34:128
chr2	11853774	rs12465629	T	C	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=104;SC=ATGTTCAAAATGTAGAGTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=11853782;WS=11853764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	11853988	rs12465630	A	T	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=987;ReadPosRankSum=-0.472;SC=ACATTTTAAGATTAGAGAAAA;SOR=0.682;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=72;WE=11853996;WS=11853978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr2	11854099	rs4668739	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=308;ReadPosRankSum=0.819;SC=CCGCAGCACTTGCTGGATGCT;SOR=3.086;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=18;WE=11854107;WS=11854089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	11905636	rs3214670	GT	G	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr2	11907842	rs45509591	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=464;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GGTCTCCTGTCCTGGTGAAGG;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=42;WE=11907850;WS=11907832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr2	11911761	rs11538448	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=284;ReadPosRankSum=0.987;SC=TGTTCCCCATCGAGATGAGCT;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=27;WE=11911769;WS=11911751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr2	11924950	rs3795974	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=1.500;SC=CACTGGATGGTGATGTAGGAC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=48;WE=11924958;WS=11924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
chr2	11928423	rs17603350	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=829;ReadPosRankSum=0.244;SC=GCTGGAGTCCCGAGCTTTCCT;SOR=1.140;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=45;WE=11928431;WS=11928413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr2	11932173	rs7561070	G	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr2	11936798	rs2577264	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AAGAAAGAATAGGAAGGCACC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=10;WE=11936806;WS=11936788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	11944746	.	TG	T	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=22;QD=26.5;SC=TGCTTCACCGTGGGGGTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=11944754;WS=11944736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr2	12864613	rs6432324	T	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=0.076;SC=AGTTCCTGAATGAGGCCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=12864621;WS=12864607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	12877501	rs5829384	G	GA	6492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=41;PP=2974;SC=GTGAGAATGGGTAGAGGAAGC;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=89;WE=12877509;WS=12877491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	12877609	rs7604252	C	T	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.157;NF=54;NR=70;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CGTCACATCTCGACAGCTAGT;SOR=0.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=124;WE=12877617;WS=12877599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,135:0.65:209
chr2	12877695	rs7564991	A	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=453;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GTTTTTAATCAGCTCCATTCC;SOR=1.802;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=25;WE=12877703;WS=12877685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr2	15319070	rs5829492	TA	T	795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.548;QD=14.74;ReadPosRankSum=2.342;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr2	15372731	rs10929352	T	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGCTGGATTTTGGCACAGTAT;SOR=0.432;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=21;WE=15372739;WS=15372721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	15374887	rs34561027	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=0.787;SC=AAGACATGGTAATCAGCACTT;SOR=0.950;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=21;WE=15374895;WS=15374877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr2	15378822	rs140225141	G	GAATT	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=357;SC=TTAAAAAAAAGAATAGTGAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=15378830;WS=15378812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	15415525	rs3755127	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=622;SC=AGAAAGGAAACAAAAATAAAA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=15415533;WS=15415515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	15417280	rs3214432	ATT	A	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=481;SC=TATTAAAGTGATTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=15417293;WS=15417270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	15417285	rs75287593	T	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=310;SC=AAGTGATTTTTTTTTTAACCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=15417293;WS=15417270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	15427173	rs4668892	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=32;PP=1537;SC=TGGAAACAAACGTACATATGA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=15427181;WS=15427163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	15448311	rs1318102	A	T	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=52;PP=2700;SC=ACTCTGCTCAATAATAAGCTG;SOR=1.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=153;WE=15448319;WS=15448301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	15468025	rs2042145	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CACTATCTAGTAGGGTGCCTT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=38;WE=15468033;WS=15468015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,40:0.34:119
chr2	15491994	rs10605991	GCACACACACA	G,GCACACA	4514.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39,39;NR=41,41;PP=2007,2446;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGGTCTGCATGCACACACACA;SOR=1.898;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=80,80;WE=15492013;WS=15491984;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.46:155
chr2	15493881	rs2277915	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=304;ReadPosRankSum=0.096;SC=GAAGAAGAATATTCAATCTAA;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=23;WE=15493889;WS=15493871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr2	15519992	rs2058866	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=166;ReadPosRankSum=0.105;SC=GTTATAGAGAGGGAAGATTCA;SOR=0.777;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=16;WE=15520000;WS=15519982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr2	15523266	rs6756934	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATGGTCATCAATCTTGTATCC;SOR=1.112;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=15523274;WS=15523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	15523307	rs3834149	TA	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.425;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	15523549	rs3755129	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=0.795;SC=CACCACTCTATATCCACATCA;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=15523557;WS=15523539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	15533689	rs2380650	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=1.445;SC=AACTATTCACTTACCAAATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=15533697;WS=15533679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	15533734	rs139494535	G	GAAATGAAAGCGTATGTCTACAC	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	15533779	rs9710889	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=381;ReadPosRankSum=-1.976;SC=ATGAAAAGTCGTAGCAACTTT;SOR=0.727;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=26;WE=15533787;WS=15533769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr2	15533884	rs9710962	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=671;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AATACCATTCCGCAAACAAAA;SOR=1.318;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=14;WE=15533907;WS=15533874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	15533895	rs13417550	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	15533899	rs11689153	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	15564718	rs10929367	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr2	15567649	rs3796002	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TCCTTTGTAGTATTTAATTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=15567657;WS=15567639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr2	15608013	rs4668910	C	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr2	15615910	rs1990754	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.833;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,53:0.26:200
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chr2	15616030	rs1990756	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=146;ReadPosRankSum=-2.040;SC=CAAATCAATACAAATGCATCT;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=17;WE=15616038;WS=15616020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr2	15623608	rs10201564	C	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	15644107	rs3732002	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	15644111	rs3732003	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	15644401	rs2287265	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TAAAATGTCCCTTTATAATGA;SOR=0.089;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=20;WE=15644409;WS=15644391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr2	15674686	rs13029846	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=449;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GGGTGGTAAATAGCTGTGTTG;SOR=0.837;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=44;WE=15674694;WS=15674676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr2	15676686	rs10208972	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr2	15678482	rs2380657	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.887;SC=CGTTTTTAGTTTCTCCACTCA;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=15;WE=15678490;WS=15678472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr2	15678501	rs66736557	GA	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr2	15691791	rs55977282	G	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=577;ReadPosRankSum=2.814;SC=ACATGGTTTTGTGGCTCAATT;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=38;WE=15691799;WS=15691781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr2	15694164	rs34789730	T	TA	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=698;ReadPosRankSum=0.231;SC=CAGAAAAACATTGAATTTCAC;SOR=0.950;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=23;WE=15694172;WS=15694154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,37:0.27:139
chr2	15731998	rs10221770	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr2	15735419	rs2302928	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-1.783;SC=AGTTGGGTAAGTGAAAATCAG;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=15735427;WS=15735409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	15744484	rs35195784	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GAAACACATACTTTTGATGCA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=15744492;WS=15744474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	15747393	rs10929378	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=490;ReadPosRankSum=-0.521;SC=AAACTTTGAACAACATCAAGC;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=47;WE=15747401;WS=15747383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr2	15768876	rs11900266	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-2.490;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr2	15840505	rs4668460	C	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=26;PP=1690;SC=ATGTTTGGATCTATTGCAGCC;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=15840513;WS=15840495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	15840522	rs4668461	G	T	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=29;PP=1891;SC=AGCCATACTGGGAACATCAGG;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=96;WE=15840530;WS=15840512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	15840645	rs4668962	T	C	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=72;PP=2355;SC=ACTGCCCCACTTCTGGACTTA;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=117;WE=15840653;WS=15840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	15841230	rs1421610	T	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=103;SC=CTAAAGTGTTTATTGCTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=15841238;WS=15841220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	15841288	rs1421609	G	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=735;SC=CATTGATGTGGCTATCTGTGT;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=15841296;WS=15841278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	16734295	rs114377299	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=1.874;SC=GGTAGAGGTTAGCGGCAAACA;SOR=0.577;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=39;WE=16734303;WS=16734285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr2	16743453	rs6751062	A	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGTGGCCCACAGAGGTCCTTC;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=25;WE=16743461;WS=16743443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr2	17696573	rs834514	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=559;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CATATTAGGACCTGCTATAGT;SOR=0.727;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=37;WE=17696581;WS=17696563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr2	17698678	rs665312	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr2	17773524	rs2680827	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=655;SC=TTTCAACCTTGTTTTTATTCC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=17773532;WS=17773514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	17913266	rs2052746	A	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=387;SC=TGCAAATTAGATTTACATCAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=17913274;WS=17913256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	17941423	rs2555072	T	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=31;PP=980;SC=ACAGTCTTGGTATCTTGATTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=47;WE=17941431;WS=17941413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	17942775	rs1812152	T	A	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=71;PP=2920;SC=GAGGAATCAGTCTCGGTATGG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=162;WE=17942787;WS=17942765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	17954027	rs300175	G	A	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=50;PP=1635;SC=AGGCAACTCAGTGAAGTAGAG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=85;WE=17954035;WS=17954017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	17954140	rs300176	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=248;SC=CTTTCCCCATATCTAGATTAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=17954148;WS=17954130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	17954421	rs300177	C	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=6;PP=255;SC=TAATTCAACTCTATTAATTTT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=17954429;WS=17954411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	17954647	rs300178	T	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=26;SC=TGATTGGTCTTAGAGGAGGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=17954655;WS=17954637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	17959420	rs10535305	TAC	T	123	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=7;PP=220;SC=TATATATATATACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=17959429;WS=17959410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	17959443	.	A	G	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=62;QD=24.1928031368;SC=AGATATGTGTATATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=17959451;WS=17959433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	17962450	rs300168	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=40;PP=1496;SC=TTAGTCCTGAAGAGCATCTAC;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=17962458;WS=17962440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	17962518	rs300169	C	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=30;PP=1232;SC=CGAATATTTACAAAATTATCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=17962526;WS=17962508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	17998025	rs34069439	A	T	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=50;PP=2142;SC=GGGGCAGCGAAGGCTGCAGTG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=17998033;WS=17998015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	17998095	rs35858730	C	T	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=59;PP=2965;SC=CCAGCCCACCCACCTTCAGGG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=158;WE=17998103;WS=17998085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	17998331	rs13001625	T	C	13499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=250;PP=2965;SC=CAGACCTCCTTAACCGCGGCA;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=211;TCR=250;TR=461;WE=17998339;WS=17998321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr2	18112473	rs4240213	G	A	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=78;PP=2965;SC=CCGATAAGGAGTACTACTTTG;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=191;WE=18112481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	18113623	rs4832524	A	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=83;PP=2884;SC=GCGGATGCACACCTTCATTAC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=143;WE=18113631;WS=18113613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	18113789	rs3747515	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=464;SC=ATCCTTTCCCGACATTAGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=18113797;WS=18113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	18765728	rs35590292	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GGCGGCTGGAAGAGGCTGCAA;SOR=0.116;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=8;WE=18765736;WS=18765718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	20131079	rs1191778	T	C	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=29;PP=1612;SC=CTTCATCTGTTCATGGTATTG;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=20131087;WS=20131069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	20131184	rs1191779	C	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=908;SC=AAACATTTTTCAAAATTGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=20131192;WS=20131174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	20147834	rs75933926	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	20233929	rs936509	C	T	186.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=145;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATGTTGAATCCTGTGGATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=20233937;WS=20233919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	20302490	.	G	GAGA	1784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.99;MQRankSum=3.520;QD=30.25;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr2	20403794	rs10205485	A	T	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=59;PP=2364;SC=CGTTGAGGCCAGATGAGTGGT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=126;WE=20403802;WS=20403784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	20405050	rs6531225	A	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=5;PP=640;SC=ACCACTGCCCACAGGCATGAC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=20405058;WS=20405040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	20405078	rs74334882	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=489;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CGTCTTGGGTGGGGGGGGCCC;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=29;WE=20405086;WS=20405068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr2	20423154	rs4666375	A	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=61;PP=1893;SC=AGCAGTGGAGAACCCGAGTGC;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=20423162;WS=20423144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	20424062	rs138986173	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=20;PP=537;SC=CTCCCGCGCCGGCCGCGCTGC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=20424070;WS=20424052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	20462852	rs3796066	G	C	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=136;SC=GCTCTTAAAAGCTTCCAACTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=20462860;WS=20462851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr2	20700900	rs342088	A	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=34;PP=1527;SC=CTTCTTTGCTAGCCTTGGGCA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=20700908;WS=20700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr2	20798171	rs146783713	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=0.776;SC=GCTGATCTGACAGGAGGTGAA;SOR=2.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=20798179;WS=20798161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr2	20818454	rs3732152	T	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=682;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGGGCTGGGCTTCTGGTTGGC;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=51;WE=20818462;WS=20818444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr2	20818517	rs3732150	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=857;ReadPosRankSum=0.433;SC=ATAAGACACATTGGGCTCTGG;SOR=0.504;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=205;TCF=117;TCR=88;TR=66;WE=20818525;WS=20818507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,70:0.32:220
chr2	20818764	rs3732149	C	T	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.547;SC=AGGCTGGGGGCGGCCTGGGCT;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=131;TCR=132;TR=197;WE=20818772;WS=20818754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,203:0.74:273
chr2	20818883	rs35579164	G	C	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1727;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCCCGCTTTGGGGGGAACAGC;SOR=0.979;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=188;TCF=91;TCR=97;TR=124;WE=20818891;WS=20818873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,139:0.68:204
chr2	20822218	rs4666444	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=485;SC=CACCACAGAGTGGGGGGCCCA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=20822226;WS=20822208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	20823612	rs13030108	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr2	20823724	rs6531248	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=21;PP=754;SC=CACAGGCGGCTGGCAGCAGGA;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=20823732;WS=20823714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	20823850	rs6733419	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.40;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	20823850	.	TGCTCTCTC	CGCTCTCTC,CGCTCTCTT	247	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10,3;NR=16,6;PP=247,97;QD=10.8373543287;SC=ATGCCATGGCTGCTCTCTCTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26,9;WE=20823866;WS=20823840;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:26
chr2	20823858	rs2305459	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	20824498	rs2305458	C	T	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=45;PP=1882;SC=TTACGGTCCACGGATGACACG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=20824506;WS=20824488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	20824691	rs17663045	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.865;SC=GAGGATTTCCCACAAGTGTCC;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=17;WE=20824699;WS=20824681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr2	20838222	rs3796065	C	T	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=80;PP=2885;ReadPosRankSum=2.101;SC=GGTCCAGCGCCTCCTCCTCCT;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=131;TCR=123;TR=170;WE=20838240;WS=20838212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,173:0.66:264
chr2	20841059	rs4666449	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=454;SC=GGTACGCCCGCCTGCTGCCCC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=20841067;WS=20841049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	20845273	rs2304423	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=48;PP=1496;SC=CGCCTGCCAGGGGAAAAGAAG;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=20845281;WS=20845263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	20867122	.	G	GGGCGGCGGC,GGGCGGC	255.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5163;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0;NR=1;PP=51;SC=GGAGCCCAGGGGGCGGCGGCG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=1;WE=20867130;WS=20867112;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr2	20870579	rs13013489	G	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=38;PP=1433;SC=CACTGCGGCGGCTGGGCTTCG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=20870587;WS=20870569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	20871190	rs4666457	A	C	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=103;PP=2540;SC=AGGTAGCGCGAGGGCCGGGGA;SOR=2.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=24;TCR=103;TR=127;WE=20871198;WS=20871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	20884546	rs10171934	A	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=362;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ACTTTCACAAAGACCATCCAT;SOR=0.356;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=37;WE=20884554;WS=20884536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr2	20884586	rs10182643	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=1.908;SC=AGGCAGAGCTGCTTCTGGAAA;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=47;WE=20884594;WS=20884576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,55:0.36:151
chr2	20939706	rs2046325	T	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr2	20939706	.	TAC	CAT	1158	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=27;NR=7;PP=1158;QD=35.6314080842;SC=AGAATAAACATACACATTTTA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=34;WE=20939716;WS=20939696;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:78,34:0.30:112
chr2	20939708	rs653347	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr2	21225281	rs1042034	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=30;PP=1157;SC=GATATAATCACTGAAGATTGT;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=21225289;WS=21225271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr2	21227383	rs1800479	C	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1373;ReadPosRankSum=-1.566;SC=AAGAAAATCACAATGAGTTTT;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=73;WE=21227391;WS=21227373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,76:0.69:110
chr2	21228827	rs1801701	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=1.085;SC=AGAATGAATCCGGACTTCATT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=40;WE=21228835;WS=21228817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,44:0.33:133
chr2	21231278	rs72653095	G	A	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=61;PP=2369;ReadPosRankSum=1.537;SC=CAGAGCCAGCGGATTAATCTT;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=132;WE=21231286;WS=21231268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,138:0.73:188
chr2	21232195	rs693	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=4.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,75:0.26:293
chr2	21232803	rs584542	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.12;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	21232803	.	TG	CA,CG	1089	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=22,53;NR=20,64;PP=589,1089;QD=15.2968541634;SC=TGCTCAAGAATGTCATTTATT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=42,117;WE=21232812;WS=21232793;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:119
chr2	21232804	rs1041968	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr2	21235475	rs568413	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=785;SC=AGACCCATCATATGATAGTGT;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=21235483;WS=21235465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	21236482	rs488329	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=414;SC=GACCTTCACAACAATATTGTA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=21236490;WS=21236472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	21237238	rs3749054	A	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TTAAAAATTTAAAAAAATGTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=21237246;WS=21237228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	21241744	rs12720828	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=580;ReadPosRankSum=0.599;SC=ATAGGCCTGCCGCTTAGTGGG;SOR=1.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=33;WE=21241752;WS=21241734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr2	21250914	rs679899	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=0.295;SC=TTCTTTCAGAGCTTCTTTCAC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=43;WE=21250922;WS=21250904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr2	21252365	rs67556837	GAGGA	G	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=11.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.265;QD=25.14;ReadPosRankSum=0.855;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	21255573	rs10701091	C	CCATCT	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=1051;SC=TCAAATCTAACTTCAAAACCC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=21255581;WS=21255563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	21263900	rs1367117	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTCTTTCAGGGTGCACTGGCT;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=20;WE=21263908;WS=21263890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr2	21266751	.	CCAG	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr2	21266774	rs17240441	GGCAGCGCCA	G	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CAGCAGCGCAGGCAGCGCCAG;SOR=0.754;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=21266790;WS=21266764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	21360583	rs312966	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=958;ReadPosRankSum=0.491;SC=AGGAAGAGTCATGGAAAAGAA;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=66;WE=21360591;WS=21360573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr2	23860168	rs2288697	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=943;ReadPosRankSum=0.664;SC=CCTTCAGACAGGGCACTCGTT;SOR=1.341;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=64;WE=23860176;WS=23860158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr2	23860216	rs2288698	C	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.839;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=656;ReadPosRankSum=-2.448;SC=AAAAACCATGCTATTGTTCCC;SOR=1.301;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=49;WE=23860224;WS=23860206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr2	23860259	rs2288699	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TAAGTCCCCAACCCCCTCTCC;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=21;WE=23860267;WS=23860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr2	23865085	rs4665623	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=587;ReadPosRankSum=0.381;SC=AATCGGTCAGTTCCTGGACGC;SOR=1.521;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=27;WE=23865093;WS=23865075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr2	23865109	rs3806508	C	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=783;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TGTCTCGTTCCCCTCTGTGAC;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=46;WE=23865117;WS=23865099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr2	23865139	rs3806509	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AGTGCAGGGCCGGGGATGGTC;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=73;WE=23865147;WS=23865129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr2	23865176	rs3806510	G	A	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=2015;ReadPosRankSum=0.017;SC=AAATGTAACCGGCAGATGACG;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=118;WE=23865184;WS=23865166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,121:0.67:181
chr2	23865260	rs642931	T	C	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=2164;ReadPosRankSum=0.665;SC=CCACCCTGATTGCACACTCCT;SOR=0.746;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=149;WE=23865268;WS=23865250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,152:0.66:230
chr2	23866082	rs3731615	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.961;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.955;NF=3;NR=18;PP=1077;ReadPosRankSum=1.592;SC=CCACTCCTCTCAGGGCACCGC;SOR=2.110;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=21;WE=23866098;WS=23866072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
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chr2	23919375	rs3795942	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=1.239;SC=ACGTGGACCACGTGGAGAGGT;SOR=1.670;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=9;WE=23919383;WS=23919365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr2	23926350	rs79860558	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=0.553;SC=AGCCCAACAGCTCTGCAGACC;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=6;WE=23926358;WS=23926340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	23926506	rs77064076	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GAGCTTCCTTCCCTGGAGGGT;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=8;WE=23926514;WS=23926496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	23929321	rs143608596	C	CCTAA	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=589;ReadPosRankSum=0.270;SC=AAGTGAAATGCCTAACTCTGT;SOR=0.419;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=14;WE=23929329;WS=23929311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr2	24042550	rs2879639	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=408;SC=AAAAATATACCATAATTCTAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=24042558;WS=24042540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	24055058	rs10432637	G	C	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=135;PP=2965;SC=ACACCCCACTGTCTTTAGTTT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=145;TCR=135;TR=280;WE=24055066;WS=24055048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	24108652	rs7579201	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=51;PP=1710;SC=TCGACGATTCTGTCGGATGTT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=24108660;WS=24108642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	24110657	rs75512051	A	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=0.693;SC=ACTGTCTTAAAAACCAAATAA;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=6;WE=24110665;WS=24110647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	24194314	rs1533440	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TTTTCTTTTTCTTTCAGTGTT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=11;WE=24194322;WS=24194304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	24194390	rs138973358	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=0.516;SC=ACAAGGTCTTTCTCTGTCACC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=24194398;WS=24194380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	24246175	rs12989842	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=633;ReadPosRankSum=1.275;SC=GTAAACCTGCCGTCCCAGGCC;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=41;WE=24246183;WS=24246165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr2	24246679	rs925228	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=1.429;SC=TACCAAGCTCAGGGCATCCAT;SOR=0.723;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=22;WE=24246687;WS=24246669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	24255862	rs10179142	C	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=37;PP=1487;SC=CAGAAGTAATCGAGTTAACAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=24255870;WS=24255852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	24262060	rs3731620	G	A	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1894;ReadPosRankSum=0.157;SC=AGTCTGAGACGTCAGCCATTT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=111;WE=24262068;WS=24262050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,118:0.70:168
chr2	24272657	rs111634163	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=0.575;SC=GGGCTGGGGCCGGAGCCGAGC;SOR=0.950;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=23;WE=24272665;WS=24272647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr2	24276736	rs11125393	T	C	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1537;ReadPosRankSum=1.052;SC=TTTTCCAATATCCTACTCCTT;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=102;WE=24276744;WS=24276726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,113:0.62:183
chr2	24277104	rs12469126	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TGTTGCAGGTATGGTGGAGCC;SOR=0.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=71;WE=24277112;WS=24277094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr2	24283853	rs13016301	A	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=785;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TGGGATCAGCACTCTGCCCTC;SOR=0.301;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=38;WE=24283861;WS=24283843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr2	24300563	rs10209238	T	C	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=2340;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCAGCAGACGTTGGGGGCCCT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=139;WE=24300571;WS=24300553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,146:0.72:204
chr2	24300740	rs10194831	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=1.231;SC=TGAAAAAGCACACAGGGACAC;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=24300748;WS=24300730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	24306107	rs70944712	C	CT	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.808;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=277;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AAGATCCCCTCTTTTTTTTTT;SOR=0.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=18;WE=24306115;WS=24306097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	24307250	rs36207095	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.156;NF=14;NR=38;PP=2505;ReadPosRankSum=0.648;SC=GCAGGGCAGGGCAGGACAGGA;SOR=2.494;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=52;WE=24307268;WS=24307240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	24307260	.	A	ACAGGGCAGGG	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.312;NF=0;NR=27;PP=2976;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GCAGGACAGGACAGGGCAGGG;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=27;WE=24307268;WS=24307240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr2	24338428	rs1056123	T	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=394;ReadPosRankSum=1.734;SC=AATAATAAAATTGTCTTTCAT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=23;WE=24338436;WS=24338418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
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chr2	24384424	rs4665667	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=818;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ATTTGAAACCTTTGGCAAGAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=54;WE=24384432;WS=24384414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr2	24386925	rs35664527	C	CA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TATTTTCACACAAAAAAAGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=24386933;WS=24386915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	24387178	rs113322110	G	GC	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.930;NF=0;NR=19;PP=743;ReadPosRankSum=0.486;SC=TTGAGCCTCAGCAGGAACGGG;SOR=1.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=19;WE=24387186;WS=24387168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr2	24388096	rs4665668	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=0.647;SC=AGCTGGCACCGATGTCTCCAG;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=24388104;WS=24388086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	24395269	rs918802	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AGCCTTTCCTTCGTTCAAGTA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=24395277;WS=24395259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	24395294	rs918803	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=0.526;SC=TAGAAATTTCTTAAGTTTTCT;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=24395302;WS=24395284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	24395506	rs889830	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=0.994;SC=CGGACTCAAGTGATCCTCCCA;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=25;WE=24395514;WS=24395496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	24398281	rs2042467	T	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=423;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CCCAAAGGCCTGGCTCTCAAC;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=29;WE=24398289;WS=24398271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	24400769	rs55661701	A	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1527;ReadPosRankSum=1.608;SC=TGCATTCTACATATGTTCTAG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=104;WE=24400777;WS=24400759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,115:0.63:183
chr2	24402127	rs61193015	C	CAA	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=526;ReadPosRankSum=0.033;SC=TAAAATGAAACGAGAATGTTG;SOR=1.270;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=24402135;WS=24402117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	24413298	rs2288073	A	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1351;ReadPosRankSum=1.106;SC=AAGCTCATCTATGCAGACAAG;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=88;WE=24413306;WS=24413288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr2	24431184	rs2303291	C	T	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TGCACCCAGGCGGTCCTACGG;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=91;WE=24431192;WS=24431174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,95:0.71:134
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chr2	24432211	rs2303293	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=623;ReadPosRankSum=0.452;SC=AGGGGTCTAGCGTCTAAGGTC;SOR=1.106;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=35;WE=24432219;WS=24432201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr2	24432667	rs2303295	C	G	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=1031;ReadPosRankSum=0.387;SC=TGATGCTACCCCCAGACGCGT;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=66;WE=24432675;WS=24432657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr2	24432839	rs2303296	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1174;ReadPosRankSum=1.889;SC=GTCTTGTATAATTTCCCACTG;SOR=1.048;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=68;WE=24432847;WS=24432829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr2	24432937	rs2303297	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=1.529;SC=TTTTAAATCCCGGCACAAACC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=24432945;WS=24432927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	24435599	rs41281481	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1538;ReadPosRankSum=1.011;SC=CCTTTACACCGCGGGTCAGAT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=119;WE=24435607;WS=24435589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,127:0.64:197
chr2	24439048	rs3731625	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
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chr2	24475205	rs4450560	T	C	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=34;PP=2405;SC=GATTTTAATATCAAAATACCT;SOR=1.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=120;WE=24475213;WS=24475195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	24484150	rs4665680	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=706;SC=TATAAGTATATTTATTTGTTT;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=30;WE=24484158;WS=24484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	24498839	rs4411652	T	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	24521493	rs7559133	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=23;PP=1296;SC=CAGGTAGCTCCATCATCATTC;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=24521501;WS=24521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	24521766	rs6707600	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=349;SC=CAATAAAAGTCAGGCAGAGTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=24521774;WS=24521756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	24524725	rs72793213	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CTTTTCAAGTATAACTTGTTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=14;WE=24524733;WS=24524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	24524958	rs7603997	C	T	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=60;PP=1759;SC=TCACCATCAACGTCAGCCAGA;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=24524966;WS=24524948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	24549477	rs141237068	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=1.658;SC=AATTGTCTGTGGCATCAATGT;SOR=1.158;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=11;WE=24549485;WS=24549467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	24550867	.	CAA	C,CA	1371.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.32;MQRankSum=0.918;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,21,49:0.27,0.64:77
chr2	24896389	rs4665712	T	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=597;SC=GCCAGTTTGGTTTTTTCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=24896397;WS=24896379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	24905927	rs11125744	G	C	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=71;PP=2696;SC=TAATGAATACGAGCGTCTACA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=144;WE=24905935;WS=24905917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	24933689	rs7593430	A	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=375;SC=TTTCTTCATTATCTCAAAGTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=24933697;WS=24933679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	24952740	rs11439247	C	CT	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=941;SC=CGAAGTCTCACCTGTCACCAG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=24952748;WS=24952730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	24974945	rs11125763	T	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=29;PP=1180;SC=AGAGTTCTCTTCTCCAGCAAA;SOR=0.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=72;WE=24974953;WS=24974935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	25022442	rs34475213	TA	T	60.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr2	25022598	rs1550116	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=0.812;SC=TCCCGTAAACAGTCTGAAGAG;SOR=0.321;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=28;WE=25022606;WS=25022588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr2	25037042	rs1003064	G	A	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=GACCTGTACAGTCTCCACTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=25037050;WS=25037041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	25039804	rs2099505	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=360;SC=TTTATATACTGTACATTACTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=25039812;WS=25039794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	25046090	rs1127568	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=11;PP=830;SC=AGTCAAAATCTGAGATGATTT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=25046098;WS=25046080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	25046355	rs4665273	T	C	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	25047408	rs7604576	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=750;ReadPosRankSum=-0.720;SC=TTTTCTACCTACAGACACAGA;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=65;WE=25047416;WS=25047398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,66:0.36:181
chr2	25047484	rs1814391	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.692;NF=13;NR=31;PP=748;ReadPosRankSum=-0.640;SC=ATGGCCAGGCGTGGCGGTTCA;SOR=0.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=44;WE=25047492;WS=25047474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr2	25048847	rs2289090	A	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=17;PP=1721;SC=CTTAGGTCCCAGGGCTGCTTC;SOR=2.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=84;WE=25048855;WS=25048837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	25050977	rs7566416	T	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=1585;SC=TGCCCTCCGTTTCCATCCCTG;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=25050985;WS=25050967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	25053828	rs1056074	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-0.929;SC=GGGAGTCACCTGACAGCTGAC;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=23;WE=25053836;WS=25053818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr2	25057579	.	C	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=543;ReadPosRankSum=1.002;SC=GCAGGGGGGCCGTATTTGGGA;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=33;WE=25057587;WS=25057569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr2	25059745	rs77760734	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	25064157	rs2241758	G	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=-1.837;SC=CCAGCCCCATGAGGATGGAGC;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=24;WE=25064165;WS=25064147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
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chr2	25100738	rs10865315	C	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=22;PP=1015;SC=AGGGCAACAGCTGTACCTGGG;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=25100746;WS=25100728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	25100902	rs2033656	C	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=35;PP=1103;SC=TGACAGAGGTCCACAGCCCCT;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=25100910;WS=25100892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	25141434	rs61732745	G	A	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=51;PP=2360;ReadPosRankSum=0.323;SC=GCCACAGCACGTAGGGCAGCA;SOR=0.958;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=213;TCF=134;TCR=79;TR=141;WE=25141442;WS=25141414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,140:0.64:218
chr2	25141538	rs11676272	A	G	14532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=271;NR=236;PP=2965;SC=ACGGCGAGGGAAGCCAGCTTG;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=510;TCF=273;TCR=237;TR=507;WE=25141546;WS=25141528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr2	25194741	rs7593864	G	A	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.123;SC=GAGACCTGCCGGGCTCCTTCC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=121;TCR=173;TR=185;WE=25194749;WS=25194731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,193:0.64:300
chr2	25359422	rs3731631	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1020;ReadPosRankSum=0.172;SC=TCCTGAAGCTGAAAGTGGACA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=68;WE=25359430;WS=25359412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr2	25360186	rs112767688	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=340;ReadPosRankSum=1.692;SC=CCGACCCTGGCCTTCTGCCCG;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=29;WE=25360194;WS=25360176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,28:0.27:103
chr2	25376681	rs113389176	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=727;ReadPosRankSum=2.858;SC=CCCAGTATTGGGGTTCCTCAT;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=60;WE=25376689;WS=25376671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,67:0.34:197
chr2	25377176	rs2164808	T	C	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=108;PP=2965;SC=TCCCCGTCTATGAAATGAAGT;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=195;WE=25377184;WS=25377166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	25458546	rs2304429	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1013;ReadPosRankSum=2.193;SC=ACAGCCACACCGCAGCCAGAT;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=72;WE=25458554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr2	25463483	rs2289195	G	A	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=32;PP=1607;SC=CAGCTGAGAAGGTGGAGGGGA;SOR=1.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=89;WE=25463491;WS=25463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	25466888	rs2289093	G	T	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1329;SC=TGCAGGCCCAGCGGTGTCCCA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=25466896;WS=25466878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	25469502	rs2276598	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=0.341;SC=CTGGTGGCTCCAGGCCCTTAG;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=49;WE=25469510;WS=25469492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,55:0.30:183
chr2	25469913	rs2276599	C	T	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=22;PP=2260;SC=CCAGCAGGGACACTCACCTGC;SOR=2.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=88;TCR=22;TR=110;WE=25469921;WS=25469903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	25472784	rs11681447	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=436;SC=GCTGCGAATGCAAACCCATCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=25472792;WS=25472774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	25602142	rs2304426	G	A	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=46;PP=2965;SC=GGGAGGCAGAGGACTCTTTGT;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=114;TCR=46;TR=159;WE=25602150;WS=25602132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	25602310	rs2304427	C	T	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=2.042;SC=TTGCTTCTCCCGTTACTCGTT;SOR=1.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=71;TCR=133;TR=204;WE=25602318;WS=25602300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr2	25610287	rs66917623	G	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=24;PP=868;SC=CAGGGTGGGTGAGCGTGGAGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=25610295;WS=25610277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	25650329	rs75591229	A	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=505;ReadPosRankSum=0.696;SC=CTATTCTGACATCACAGGGAG;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=23;WE=25650337;WS=25650319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr2	25650631	rs34648410	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.726;NF=7;NR=26;PP=511;ReadPosRankSum=1.024;SC=TTAGCATCCAATACCTCATAA;SOR=0.889;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=33;WE=25650639;WS=25650621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr2	25650668	rs3832082	C	CT	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.585;NF=0;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GTTTTGCCTACTTCCTGGACT;SOR=0.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=15;WE=25650676;WS=25650658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr2	25656880	rs1395949	C	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=57;PP=1839;SC=GTGGGGAAGTCGGGAGAAAGT;SOR=1.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=89;WE=25656897;WS=25656870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	25973060	rs33994557	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=709;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGGAGAAGTTCGGCTGCACTT;SOR=0.627;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=57;WE=25973068;WS=25973050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,56:0.28:200
chr2	25973309	rs10178552	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
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chr2	26022277	rs34816614	T	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
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chr2	26203678	rs1465878	T	C	8746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=138;PP=2965;SC=CTCGTTCACCTGGGGCTTGTT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=171;TCR=138;TR=309;WE=26203686;WS=26203668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr2	26204640	rs6721440	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,108:0.33:330
chr2	26321526	rs11678157	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=398;SC=TTTTCTGCATTGTAGGAATAG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=26321534;WS=26321516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	26350136	rs2289022	G	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=24;PP=754;SC=ACTCTGCTCTGTCTTTGTAAA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=26350144;WS=26350126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	26357748	rs2243834	G	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=31;PP=1945;SC=CTGTTGAATCGTGATTTTATC;SOR=1.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	26399214	rs4665830	G	A	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=124;PP=2965;SC=CCTTCCCAGGGGAGTACGCCG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=263;WE=26399222;WS=26399204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	26405985	rs10779956	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=38;PP=1179;SC=CTCCCTCACCAGGTGTGGTGT;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=26405993;WS=26405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	26407937	rs181971256	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	26408064	rs4665833	T	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=18;PP=649;SC=CAGGGCTCGATCTCATCTCCT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=26408072;WS=26408054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	26415429	rs5001914	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=343;SC=GCCGAGGCGGAGGATCATTTG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=26415437;WS=26415419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	26416301	rs7582341	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=12;PP=852;SC=CCTGACTCATAAAATCATTTT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=26416309;WS=26416291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	26417533	rs1865324	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=425;SC=ACATGAGCTCCCTGGCCCTGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=26417541;WS=26417523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	26420708	rs13387855	T	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=48;PP=1725;SC=AGAGGCCACATCAAAGCTAAT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=26420716;WS=26420698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	26420809	rs2289019	G	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=637;SC=CACCTAGGGGGTTTTGTGTCG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=26420817;WS=26420799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	26454996	rs7593175	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=400;SC=TAAAGAGGGCATATAGCTTCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=26455004;WS=26454986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	26477125	rs147970487	G	GACT	1079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=715;SC=ATTCCAGAATGACTATCTTGA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=26477133;WS=26477115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	26512957	rs1056471	G	C	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=117;SC=CTATTAAATAGTTTGCACTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=26512965;WS=26512947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	26532491	rs2007556	G	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=484;ReadPosRankSum=0.948;SC=GCAGTTATTAGTATTGTCAAC;SOR=0.572;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=26;WE=26532499;WS=26532481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr2	26532735	rs3856397	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=422;ReadPosRankSum=0.126;SC=TGACTGCTCTGACCAGGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=23;WE=26532743;WS=26532725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr2	26533023	rs3851967	C	T	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=1958;ReadPosRankSum=0.722;SC=CCCCGGCCTGCGGGCTGCAAG;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=137;WE=26533031;WS=26533013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,153:0.68:224
chr2	26534801	rs7568529	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=762;ReadPosRankSum=-1.503;SC=GCGAAGGGGTGGTCCTGTGGG;SOR=0.952;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=45;WE=26534809;WS=26534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr2	26536299	rs11886746	C	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=597;ReadPosRankSum=-1.278;SC=TGCTGTGGACCGGCCCCCAGA;SOR=0.977;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=51;WE=26536307;WS=26536289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr2	26536694	rs2052937	C	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1430;ReadPosRankSum=0.707;SC=AGGTCACAAGCGTACGTGGTG;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=103;WE=26536702;WS=26536684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,112:0.61:184
chr2	26537499	rs10187359	A	C	6390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=133;PP=2965;SC=CACCTGCAGAAACGTGTGTGC;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=82;TCR=133;TR=215;WE=26537507;WS=26537489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	26587076	rs11674089	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-1.492;SC=GCGCCACTGCGCCTGGCTTTA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=9;WE=26587084;WS=26587066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr2	26590084	rs6748996	T	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-1.568;SC=TAGCCTACACTCTAGGTAAGG;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=25;WE=26590092;WS=26590074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr2	26590118	rs6731447	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr2	26606347	rs13030294	T	A	496.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=366;ReadPosRankSum=0.251;SC=TTTTAAATCTTTAATGGGGTA;SOR=1.376;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=21;WE=26606355;WS=26606337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr2	26607992	rs934280	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=42;PP=1225;SC=TTGGAACAGCTTTTGCCAACA;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=63;WE=26608000;WS=26607982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	26609469	rs7585892	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AAATGCCTCCGAGTAGAAAGG;SOR=1.292;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=14;WE=26609477;WS=26609459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr2	26625042	rs13003230	C	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGGCGGGATCCGCGCCGCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=19;WE=26625050;WS=26625032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	26647277	rs7423300	T	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=898;SC=TGCACTGTGCTGGACTCTTAG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=26647285;WS=26647267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	26652671	rs4356622	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=31;PP=920;SC=CTGCTCTTGGAGGGCCCCTGG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=26652679;WS=26652661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	26653457	rs4450561	G	A	6421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=86;PP=2965;SC=TTGGAGTATCGTCTTCATAAT;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=135;TCR=86;TR=221;WE=26653465;WS=26653447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	26663187	rs138497746	T	TTG,TTGTG	519.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.57;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,9:0.47,0.53:17
chr2	26663215	rs56218945	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=2.261;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SOR=0.963;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=26;WE=26663223;WS=26663205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	26667615	rs939820	T	C	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=67;NR=41;PP=1682;SC=TGAGAAGTTTTGGGAGATTTG;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=108;WE=26667623;WS=26667605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	26671544	rs4072407	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=517;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TCTCCTCCCCATGACCCAACT;SOR=0.635;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=41;WE=26671552;WS=26671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr2	26676322	rs1402962	A	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	26677810	rs2280516	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=2.365;SC=CATGTGGGGCAGTTGGCTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=17;WE=26677818;WS=26677800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	26698682	rs6712188	G	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=0.305;SC=GTGGCTCCAGGCCCCACAGGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=11;WE=26698690;WS=26698672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr2	26699126	rs4335905	C	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=0.437;SC=GCCACAGGTACAGCTCCACCT;SOR=0.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=29;WE=26699143;WS=26699116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr2	26699855	rs2272069	G	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGGCATAGGCGACACGCTTGT;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=59;WE=26699863;WS=26699845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,64:0.30:212
chr2	26700700	rs4665855	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=641;ReadPosRankSum=1.379;SC=GTTGATCAGGGGAGTGAGGGA;SOR=0.684;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=43;WE=26700708;WS=26700690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr2	26700819	rs55806442	TGG	T	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=0.141;SC=TTGGTGTTCATGGGGGTTCTT;SOR=0.084;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=26700828;WS=26700809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	26702057	rs10714255	GT	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=0.629;SC=AGCTTTGTGTGTTCCAGGGAA;SOR=0.301;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=26702065;WS=26702047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	26724725	rs6547079	T	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GACTGCTTGTTGGGGAGGAGG;SOR=0.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=26724733;WS=26724715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	26726752	rs884390	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1172;ReadPosRankSum=2.119;SC=CAGGGAGAGGGACGCATGGAG;SOR=1.003;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=321;TCF=155;TCR=166;TR=97;WE=26726760;WS=26726742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,97:0.29:340
chr2	26733500	rs939817	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=269;ReadPosRankSum=-1.690;SC=ATCCCGCCCTCCACAGCCTGT;SOR=0.388;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=19;WE=26733508;WS=26733490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr2	26739247	rs7575020	T	A	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=872;ReadPosRankSum=0.201;SC=TCCCCGTGTCTTGGGAGCAGT;SOR=0.157;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=59;WE=26739255;WS=26739237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr2	26739423	rs11687696	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,46:0.31:147
chr2	26741961	rs13031859	G	A	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=93;PP=2488;ReadPosRankSum=-2.944;SC=AGCACCATGCGGAAGGTCCCG;SOR=0.901;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=84;TCR=139;TR=145;WE=26741969;WS=26741951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,152:0.66:231
chr2	26750557	rs10865425	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=941;SC=CAGCCCAAGATTTCTTCGGTC;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=26750565;WS=26750547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	26750645	rs1879760	G	A	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1421;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCAAGGAGAAGAGCAGGCTCC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=92;WE=26750653;WS=26750635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,100:0.65:153
chr2	26781247	rs4665880	G	C	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=47;PP=2126;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CCCAGCCCCTGCTAGAACTTT;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=126;WE=26781255;WS=26781237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,131:0.64:206
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chr2	26801586	rs1148956	G	A	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=28;PP=1885;SC=GCCAGGATCTGCCCCCCATCC;SOR=1.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=105;WE=26801594;WS=26801576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr2	26804143	rs744540	T	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=26;PP=1747;ReadPosRankSum=0.733;SC=TACAAAGTCATACTTCAAACC;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=113;TCR=40;TR=98;WE=26804151;WS=26804133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,102:0.64:160
chr2	26804218	rs935171	G	A	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=146;PP=2965;SC=CATGTCAGGTGTTTGCCGCTA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=166;TCR=146;TR=312;WE=26804226;WS=26804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	26818006	rs1148962	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=31;PP=1355;SC=CTCTATGGCCTTTCCACCCCT;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=26818014;WS=26817996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	26818021	rs1148963	C	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=31;PP=1352;SC=ACCCCTCACCCCTCAGTCCCC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=86;WE=26818029;WS=26818011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	26846282	rs1615551	T	C	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1346;ReadPosRankSum=2.164;SC=CCCCACCTACTTTTAGGATTT;SOR=0.793;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=75;WE=26846290;WS=26846272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr2	26951449	rs1663002	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=916;SC=GCCCCGAGGGGCCTGGAGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=26951457;WS=26951439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	27014980	rs12992046	T	C	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=1687;ReadPosRankSum=-2.287;SC=TCCACTGAACTTACCTTTCTT;SOR=0.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=111;WE=27014988;WS=27014970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,123:0.72:172
chr2	27015118	rs13014800	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=1.194;SC=GGTAAGCTCCGGGAGCTTCCC;SOR=1.259;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=43;WE=27015126;WS=27015108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr2	27015141	rs35344721	G	GC	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=843;ReadPosRankSum=0.419;SC=CAACCCCTATGCCACCCTCCT;SOR=0.843;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=23;WE=27015149;WS=27015131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr2	27015903	rs2289017	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=544;ReadPosRankSum=-0.393;SC=ATTCTGTGAATAGTTTCCTAC;SOR=0.678;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=33;WE=27015911;WS=27015893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr2	27015969	rs2289018	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.098;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AAAGCAGCCCGTGGCCCTTCA;SOR=1.090;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=80;WE=27015977;WS=27015959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr2	27157400	rs920436	A	G	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=1;PP=102;SC=GCGATCGCTCAGGTTCGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=27157408;WS=27157390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	27163044	rs3739085	T	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1006;SC=AGGAGTGGTATGTTTCCTAGA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=27163052;WS=27163034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	27164806	rs3820823	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=22;PP=1244;SC=GACACTTTCTGCAACATTTCA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=69;WE=27164814;WS=27164796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	27169637	rs3835821	TC	T	1530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=1345;SC=TGAGCCTCTGTCTCCTCATCT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=27169645;WS=27169627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	27169842	rs11126784	C	A	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=98;PP=2965;SC=CTCCCGGAGGCAGGTCGAGTG;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=173;WE=27169850;WS=27169832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	27246285	rs10865456	C	T	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=51;PP=2837;SC=AACTAGAGCACGAATACATCC;SOR=1.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=145;WE=27246293;WS=27246275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	27249245	rs3754733	A	G	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=105;PP=2965;SC=CTGACTGCACAGCTTCCCCGT;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=190;WE=27249253;WS=27249235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	27259794	rs13021112	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=431;SC=AGAATGTGATGGTGAGGAAGG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=27259802;WS=27259784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	27261329	rs11690454	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=21;PP=1087;SC=CCACCTGACTAGGGGGTTGTG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=27261337;WS=27261319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	27262763	rs146244277	GGGA	G	5791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=87;PP=2971;SC=CTGGGTGTCAGGGAGGAGGCG;SOR=2.035;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=12;TCR=94;TR=97;WE=27262773;WS=27262753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	27263122	rs1866654	T	C	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=94;PP=2965;SC=AGCAGAATTCTGGGAAAGGAG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=142;TCR=95;TR=235;WE=27263130;WS=27263112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	27276202	rs3806520	G	A	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=40;PP=2478;SC=GGCTGGCTCCGGCTCTCCCAC;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=115;WE=27276210;WS=27276192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	27279416	rs2384570	A	G	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=35;PP=2085;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TCACATGGTCACATACTTGCT;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=111;WE=27279424;WS=27279406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr2	27280092	rs6711384	T	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1016;SC=TTGCCTCCTTTGACCACCTAA;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=27280100;WS=27280082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	27280127	rs6721395	G	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=24;PP=1580;SC=TTCTGTCCTGGTATCTGTTCA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=27280135;WS=27280117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	27290525	rs11681145	A	G	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=99;PP=2965;SC=GTCTGTACCCACTGCCACTGA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=81;TCR=99;TR=180;WE=27290533;WS=27290515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	27291661	rs7575465	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=813;SC=AACCCAGCAAGGCACTGTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=27291669;WS=27291651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	27292651	rs10865461	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=720;SC=TTCAGAATAATTTTCTGCTTC;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=27292659;WS=27292641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	27293150	rs1053609	G	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=81;PP=2431;SC=TTATGTTCAAGCCCAGGATAT;SOR=1.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=137;WE=27293158;WS=27293140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	27302165	rs2289360	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=32;NR=76;PP=1927;SC=ATGCCACCTCTGCCTGGCTCT;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=108;WE=27302173;WS=27302155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	27303755	rs2736976	A	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=63;PP=1855;SC=CCCCTGGCCCAGCCTGCCCGC;SOR=2.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=76;WE=27303763;WS=27303745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	27307769	rs2304682	G	C	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=80;PP=2965;SC=ACGTAGCACCGAGCACAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=175;WE=27307777;WS=27307759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	27319826	rs9677784	A	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=497;SC=TTCAGGTGAGAAAACTAAGGC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=27319834;WS=27319816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	27323468	rs4665371	A	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=56;PP=1828;SC=GACCTGGATTAAAATCTGCCA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=27323476;WS=27323458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	27324036	rs1057394	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=374;SC=CTGGGACCAGGCAGGGGGCAC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=27324044;WS=27324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	27324340	.	G	A	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=29;MQ=53.16;NF=2;NR=4;PP=50;QD=14.1285354245;SC=CTCTGGGCCCGGGGGCATCTC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=6;WE=27324348;WS=27324330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,6:0.22:27
chr2	27324724	rs2384571	G	C	6637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TCAGGTCCTGGGTCTCGAGCA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=134;TCR=101;TR=232;WE=27324732;WS=27324714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr2	27324751	rs2384572	G	T	8100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CCACTATCAAGATCACCTGTG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=286;WE=27324759;WS=27324741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr2	27327272	rs3769142	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=966;ReadPosRankSum=0.706;SC=AATCAGGGGTCGGGGGAAAGA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=73;WE=27327280;WS=27327262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,76:0.35:218
chr2	27351279	rs1866561	G	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=6;PP=1205;SC=AAAAGTCAGGGAAGTGGGGCA;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=27351287;WS=27351269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	27351948	rs6715286	T	G	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=102;PP=2965;SC=GTAGCCAGGATACATACGTCT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=98;TCR=102;TR=200;WE=27351956;WS=27351938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	27354173	rs11126874	C	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=389;SC=ATCTTGTCAGCGGCAACCTCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=27354181;WS=27354163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	27355454	rs4665948	A	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=770;SC=TTCAGCCACCACCCAAAGTCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=27355462;WS=27355444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	27359887	rs11121	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=814;SC=CGGGGACTCCCCGAGATCTGG;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=27359895;WS=27359877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	27423913	rs61737373	G	A	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=73;PP=2596;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GACAACGGAAGGAGGGACAGG;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=174;WE=27423921;WS=27423903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,185:0.64:287
chr2	27424496	rs1006898	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=349;ReadPosRankSum=0.694;SC=TCAAAGGAGGGCTTTGAGAAA;SOR=1.711;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=25;WE=27424504;WS=27424486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr2	27424636	rs1395	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=858;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TGGCATGCTGGAGCCCATGCT;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=59;WE=27424644;WS=27424626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,62:0.31:201
chr2	27426514	rs1275521	G	C	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=52;PP=2965;SC=CCCTTGTCATGCACACAGATG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=111;TCR=53;TR=163;WE=27426522;WS=27426504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	27428147	rs1298361	A	G	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=6;PP=1805;SC=TACTATAGCCAAGACCAGCCT;SOR=4.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=74;TCR=6;TR=79;WE=27428155;WS=27428137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	27428295	rs1275524	A	G	13329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=236;PP=2965;SC=CTGACCCCACAATGATAACTG;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=238;TCR=237;TR=473;WE=27428303;WS=27428285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr2	27428702	rs1275525	A	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=636;SC=CCCTGTTGACATCATTCCCAT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=27428710;WS=27428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	27428815	rs1275526	C	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=50;PP=2317;SC=CTCAGCTTATCTCTTCTTTTC;SOR=0.906;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=118;WE=27428823;WS=27428805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	27428877	rs1275527	C	G	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=1.521;SC=CCCCACACCACGGCTTACTGC;SOR=0.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=168;WE=27428885;WS=27428867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,177:0.99:178
chr2	27435250	rs1275533	A	G	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=49;PP=2381;SC=GCGCCTCACGACCCGGGTAGT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=124;WE=27435258;WS=27435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	27435374	rs11608	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=70;PP=2034;SC=AAGCAGGGTCGCTGGCCAGCC;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=118;WE=27435382;WS=27435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	27439372	rs116902722	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=623;ReadPosRankSum=0.134;SC=GATGTTCTCTATTTCTCTCTG;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=52;WE=27439380;WS=27439362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,57:0.39:145
chr2	27440785	rs1275536	C	T	8052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGGCCCTCACCGATCCCTCCT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=163;TCR=122;TR=282;WE=27440793;WS=27440775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr2	27448171	.	C	T	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=24;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=15;MQ=53.57;NF=0;NR=5;PP=72;QD=21.3542425094;SC=GTGTTATTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=5;WE=27448179;WS=27448161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	27535311	rs5830041	T	TG	8187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=81;PP=2936;SC=CTTCTTCCCCTGGCTGTCAGC;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=120;WE=27535319;WS=27535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	27549932	.	TGGA	T	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=27;QD=15.0;SC=TGTCATGCTCTGGAGGAGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=3;WE=27549942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr2	27558252	rs11684134	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,28:0.24:115
chr2	27591804	rs80051818	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=0.618;SC=AGAGCTGTTTTACTATTGGGC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=32;WE=27591812;WS=27591794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr2	27598097	rs4665972	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=606;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GCTCTGCCTCTCAGATTCATG;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=28;WE=27598105;WS=27598087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr2	27606098	rs2384629	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=342;SC=TATTTCACAGAAATATAAGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=27606106;WS=27606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	27730940	rs1260326	T	C	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1521;ReadPosRankSum=-2.318;SC=CAGACCTTGCTGGTGAGAGTC;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=99;WE=27730948;WS=27730930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,105:0.66:159
chr2	27731212	rs3817588	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGCAGAAAGTTTGGAGACCTC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=27731220;WS=27731202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	27789861	rs965813	T	A	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;PP=2759;ReadPosRankSum=0.178;SC=ATCCTCTGTGTTCAGGAACCA;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=164;WE=27789869;WS=27789851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,179:0.71:252
chr2	27801403	rs1919125	C	G	10074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=100;PP=2965;SC=AGTCCATGTACTCAAGTGAAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=216;WE=27801411;WS=27801393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	27801418	rs1919126	C	A	10388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=104;PP=2965;SC=GTGAAGTCTGCAGAATTAACC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=228;WE=27801426;WS=27801408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	27801493	rs1919127	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=760;ReadPosRankSum=1.887;SC=CTTCAGGCTGTGAAATCTACA;SOR=0.849;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=70;WE=27801501;WS=27801483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,74:0.33:226
chr2	27801759	rs1919128	A	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.860;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1453;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TGGGACAGATATTTTGCAGCC;SOR=0.504;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=110;WE=27801767;WS=27801749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,121:0.40:304
chr2	27802805	rs3811644	A	G	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=2211;ReadPosRankSum=0.239;SC=CTATCTGCCTACAGTGTGGCC;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=128;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,133:0.65:206
chr2	27803007	rs201989358	C	T	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1644;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACCCGTCATACGGAGAAGCCC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=100;WE=27803015;WS=27802997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,106:0.65:162
chr2	27804432	rs28381983	T	C	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=113;PP=2965;SC=CCATCGCAGTTCCTCTGAGAG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=239;WE=27804440;WS=27804422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	27824168	rs56725354	G	C	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=50;PP=2245;ReadPosRankSum=0.311;SC=CGGACTTCATGACATTCTGTT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=138;TCR=83;TR=134;WE=27824176;WS=27824158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,143:0.61:233
chr2	27830990	rs6547734	G	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=625;SC=TGCACTTGAGGAAGTACGTGA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=27830998;WS=27830980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	27838058	rs11127071	C	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=46;PP=1581;SC=GTCCAGGGCTCCCTACCTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=27838066;WS=27838048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	27839107	rs6737921	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=59;PP=2219;SC=ATAGTCTTCATACTATTTCTT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=125;WE=27839115;WS=27839097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	27851120	rs12615690	T	C	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=256;SC=GAACACTGTTTGCAGCTACAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=27851128;WS=27851110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	27851918	rs3749147	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GGTGGGGCCAGGAGGAAGATG;SOR=0.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=34;WE=27851926;WS=27851908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr2	27852117	rs60089768	A	AGGTCTT	4070.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=34;PP=2575;SC=AAAGGGAGGGAAGAGGATTTG;SOR=1.533;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=44;WE=27852126;WS=27852107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr2	27852637	rs6547738	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=458;SC=TCTAAGTGCAATATTCTTAAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=27852645;WS=27852628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	27854524	rs34502053	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
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chr2	27857992	rs4666009	T	A	6011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=97;PP=2965;SC=GGCTTTGATTTTTTTGTGGCT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=210;WE=27858000;WS=27857982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	27884878	rs1569152	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=106;SC=TGCCTTCTAACTGGTATCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=27884886;WS=27884868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	27892023	rs2272406	A	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AAGGCCATCTAAAAAAAAAAT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=8;WE=27892031;WS=27892012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	27910706	rs13023094	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.452;SC=ATGATTATGTACTTAGCTTCT;SOR=1.207;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=7;WE=27910714;WS=27910696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr2	27930837	rs4665385	C	T	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1743;ReadPosRankSum=0.816;SC=ACCTGTCTCCCACCCTGGCTG;SOR=0.478;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=104;WE=27930845;WS=27930827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,107:0.68:158
chr2	28066122	rs74446114	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=0.650;SC=CCACCTATTATATTAAAACTA;SOR=0.358;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=23;WE=28066130;WS=28066112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr2	28069713	rs11901133	T	G	43.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	28084541	.	T	G	167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=56.42;NF=1;NR=8;PP=167;QD=22.4190236164;SC=GGGGGGGGGGTGGAGTCTCAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=28084549;WS=28084531;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,9:0.69:13
chr2	28239394	rs56056592	C	T	4282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=103;PP=2777;ReadPosRankSum=-1.752;SC=GAAACTGGGCCGGAGAGATGG;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=114;TCR=162;TR=177;WE=28239402;WS=28239384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,188:0.65:291
chr2	28268467	rs6738887	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTTGCCTAACGTTAGGAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=28268475;WS=28268457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	28464435	rs6737817	T	C	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=13;PP=316;SC=GATCTTGGCTTACTGCAACCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=28464443;WS=28464425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	28615812	.	GGAGAGA	G	2624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.35;MQRankSum=2.668;QD=25.24;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,78:0.75:104
chr2	28626860	rs11900743	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=497;ReadPosRankSum=1.285;SC=CTTGCCCTTCGAACACTGACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=23;WE=28626868;WS=28626850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr2	28634790	rs12624279	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr2	28748857	rs4666085	T	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=919;ReadPosRankSum=1.051;SC=GCCCCTCTCCTTCCCAACACA;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=64;WE=28748865;WS=28748837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,68:0.37:186
chr2	28748916	rs10181687	A	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=564;ReadPosRankSum=0.285;SC=CCACTTTATCACTGGAGCCCA;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=38;WE=28748924;WS=28748906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr2	28752498	rs6728486	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=781;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGATAAAGCTTAGAGACTGAC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=58;WE=28752506;WS=28752488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,58:0.32:181
chr2	28752555	rs4473343	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1228;ReadPosRankSum=0.541;SC=AACAAAATAATATTTAGCCAA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=154;TCR=114;TR=95;WE=28752563;WS=28752545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,96:0.34:281
chr2	28752727	rs6710800	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=627;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TGATGACCCTCGTACCATTTT;SOR=0.826;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=17;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	28752741	rs6725577	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=627;ReadPosRankSum=0.545;SC=CCATTTTACCATGAACTCGGC;SOR=0.475;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=13;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr2	28761257	rs7589169	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.700;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AGGTGAGGCCACGGGCCTAGG;SOR=1.759;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=21;WE=28761265;WS=28761247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr2	28761282	rs7589254	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CCCCAAGGGCAGTGGGGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=8;WE=28761290;WS=28761272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	28763374	rs11127162	G	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
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chr2	28795962	rs13005854	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TAGGGGCTGCGGAGTGGGGAC;SOR=0.380;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=19;WE=28795970;WS=28795952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr2	28800894	rs877832	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-2.338;SC=CTCCACCATACATTTGATTGC;SOR=0.986;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=16;WE=28800902;WS=28800884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	28802355	rs12466173	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=342;ReadPosRankSum=2.435;SC=GACCCTAAAAGCAAGGAACAG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=27;WE=28802363;WS=28802345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr2	28804835	rs5830085	GA	G	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr2	28805410	rs4666102	C	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.372;SC=ACTAAGAATCCTCACTGCTAA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=24;WE=28805418;WS=28805400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr2	28812285	rs12468715	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=435;ReadPosRankSum=0.572;SC=CAGAGAGGACTGCCTGACATC;SOR=0.249;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=75;TCF=69;TCR=6;TR=28;WE=28812293;WS=28812275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr2	28812982	rs4666105	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr2	28814033	rs11681826	A	G	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=72;PP=1541;ReadPosRankSum=-1.792;SC=CAAGAACAGCATGCAGGTACC;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=417;TCF=201;TCR=216;TR=135;WE=28814041;WS=28814023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,144:0.34:422
chr2	28814548	rs12464271	A	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.615;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=1.450;SC=AGATTCTGGGATTTGTTCTAT;SOR=1.317;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=53;WE=28814556;WS=28814538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr2	28814683	rs11127176	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=420;ReadPosRankSum=0.011;SC=GCTGCTATGCTGGTGAGTCCT;SOR=1.981;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=30;WE=28814691;WS=28814673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr2	28816425	rs10176136	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=424;SC=GGCTCCTGGTTCCATGTCTGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=28816433;WS=28816415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	28816948	rs4665429	C	T	7760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=146;NR=143;PP=2965;SC=TGCATGTATACGTGTACACGT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=146;TCR=143;TR=289;WE=28816956;WS=28816938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr2	28821613	rs35746006	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=80;PP=2428;SC=AAGCTGTTCCCGGAGCAAAGG;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=131;WE=28821621;WS=28821603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	28821662	rs7557359	C	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1056;SC=GCCTGCAGAGCAGGGAGTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=28821670;WS=28821652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	28824793	rs7601771	C	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=59;PP=2290;SC=CAACTTTGTTCACCATCTCCG;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=28824801;WS=28824783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	28825607	rs67964454	G	A	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=40;PP=2538;SC=GATTGCTAAAGGAACCCATTC;SOR=1.452;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=123;WE=28825615;WS=28825597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	28827026	rs7573051	T	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=70;PP=1910;ReadPosRankSum=1.174;SC=TCAGGGATTGTGGGGAGACGG;SOR=0.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=120;WE=28827034;WS=28827016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr2	28827625	rs34289907	C	T	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=59;PP=2072;SC=CCTGTCCTGGCGGTATGTCCC;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=115;WE=28827633;WS=28827615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	28827644	rs36116681	A	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=58;PP=1897;SC=CCCTGCCCTCACCCATGGTAC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=28827652;WS=28827634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	28836901	rs115147925	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,95:0.30:314
chr2	28841021	rs1881256	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=496;SC=GATAGCCATGGAACCCATTCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=28841029;WS=28841011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	28843871	rs35800423	G	C	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=34;PP=1043;SC=ACAGGAGGGCGAGTGGAAGGC;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=28843879;WS=28843861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	28843909	rs35166577	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=523;SC=GTGGGAAACCGGAGGAGAGGA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=28843917;WS=28843899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	28849473	rs899149	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=691;SC=CCGAGCTCCTTGCTCATGGGA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=28849481;WS=28849463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	28853352	rs6713038	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=610;SC=GGCTGCAGGCCCCTGGGGTAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=28853360;WS=28853342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	28853377	rs6731155	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=952;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTGCTCTGTGTGTCAGAGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=28853385;WS=28853367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr2	28855918	rs34314459	A	AG	6874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=83;PP=2974;SC=TGAGCAGCCAAGGCCTGGTGG;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=108;WE=28855926;WS=28855908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	28865760	rs2272387	T	C	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=126;PP=2965;SC=GAACAGCCGATTGCTCCCAGA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=229;WE=28865768;WS=28865750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	28865968	rs57817040	T	C	293.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	28865977	rs1052358	C	T	230.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	29045323	rs4436918	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=590;SC=CTATTATATACATTACACCTT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=29045331;WS=29045313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	29052256	rs12998251	T	C	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=138;SC=TGTTTTTTAATGTGCTTCTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=29052264;WS=29052246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	29087814	rs55785599	C	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=9;PP=926;SC=ATCTTTATACCTTTCTGTTAT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=29087822;WS=29087804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	29092679	rs4233729	T	C	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=87;PP=2965;SC=CTAAAATCAGTTCCCCAGCCT;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=170;WE=29092687;WS=29092669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	29092850	rs4666122	G	T	7696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=111;PP=2965;SC=GCTCTCGAGGGGATGACTCTT;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=160;TCR=112;TR=271;WE=29092858;WS=29092840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	29129300	rs36066576	AT	A	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	29135468	rs6715296	C	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1521;ReadPosRankSum=1.137;SC=AATGGAAAGGCGACAATAGCA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=100;WE=29135476;WS=29135458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,100:0.64:156
chr2	29145725	rs9653591	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=415;ReadPosRankSum=1.406;SC=TTTTCATAAGGTAGATTGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=23;WE=29145733;WS=29145715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	29152384	rs34113296	T	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TTATTTTTTTTGTCTCCAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=18;WE=29152392;WS=29152374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr2	29152456	rs1140697	A	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=64;PP=2764;SC=TTAGCATTGAAGAACGTCTGG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=158;WE=29152464;WS=29152446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	29161010	rs4233731	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=576;SC=GTTTTACCCCGGGTGCAATGA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=29161018;WS=29161000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	29169612	rs3087649	T	C	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=71;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GAGATTCTGATTTAGATCCTG;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=126;WE=29169620;WS=29169602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,130:0.70:187
chr2	29221040	rs72786173	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1092;ReadPosRankSum=0.465;SC=CCGTGTACTGCGGGAGCATCC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=72;WE=29221048;WS=29221030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr2	29222070	rs13009279	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TGAGCCAAGAGCCCTGCTGAA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=34;WE=29222078;WS=29222060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr2	29222388	rs57018089	G	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GTCAAGGGCCGCAGGCCTCCA;SOR=0.720;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=22;WE=29222396;WS=29222378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr2	29226498	rs12613325	G	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	29226512	rs12623297	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=78;PP=2369;SC=CCTCCAGGCCAGGGAGTCCTC;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=119;WE=29226520;WS=29226477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	29226559	rs12619829	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=45;PP=1283;SC=GTAAGAGCTCCAAGTCAAACC;SOR=3.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=29226567;WS=29226549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	29239942	rs11685375	T	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=566;ReadPosRankSum=1.636;SC=TGGCACACAGTAGAAACATTT;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=40;WE=29239950;WS=29239932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr2	29240005	rs13409097	T	C	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1683;ReadPosRankSum=1.174;SC=AGAGTTTGCCTTGACCTTGTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=112;WE=29240013;WS=29239995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,119:0.58:206
chr2	29240060	rs11127202	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=829;ReadPosRankSum=0.150;SC=GAGAAGATGCAGCTGAAGCAG;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=60;WE=29240068;WS=29240050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr2	29240582	rs66482868	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr2	29240673	rs35166194	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,49:0.28:172
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chr2	29255811	.	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TTTTATGGCCGGAAGATGGTG;SOR=0.713;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=55;WE=29255819;WS=29255801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,57:0.30:192
chr2	29256374	rs60403047	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGCCAAAGGCCGCAAGGTGTT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=28;WE=29256382;WS=29256364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr2	29258674	rs6752579	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=90;ReadPosRankSum=-1.633;SC=AGTGGCTGAGTGGGCAAGGGC;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=9;WE=29258682;WS=29258664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	29274720	rs895591	A	G	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=5.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.023;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,93:0.34:277
chr2	29274730	rs7577483	G	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=4.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,86:0.33:264
chr2	29287708	rs10182566	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	29287926	rs139768554	C	CGCT	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=781;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GGGCTCTCCTCGCTGCTGCTG;SOR=0.618;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=17;WE=29287934;WS=29287916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr2	29294629	rs34253433	C	T	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=82;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CTTCCATAGGCGGTGGAGGGA;SOR=0.808;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=257;TCF=130;TCR=127;TR=156;WE=29294637;WS=29294619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,163:0.59:275
chr2	29294754	rs17744093	G	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CCCATTTTGAGAGATTCTCTG;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=83;WE=29294762;WS=29294744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,88:0.63:139
chr2	29295016	rs10200693	A	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.160;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1412;ReadPosRankSum=0.860;SC=ATGGGATGGCATTTGGAAGCT;SOR=1.047;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=90;WE=29295024;WS=29295006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,97:0.66:146
chr2	29295676	rs13385188	G	A	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1620;ReadPosRankSum=-1.745;SC=TGCTGTCCTCGCTGTCACTAA;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=100;WE=29295684;WS=29295666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,102:0.63:161
chr2	29296870	rs62132765	C	T	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CCATATCTTTCCTTTTGCCTG;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=100;WE=29296878;WS=29296860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr2	29297068	rs35929540	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1197;ReadPosRankSum=0.429;SC=TTTTCAAGAACTGAATGCCAC;SOR=0.613;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=72;WE=29297076;WS=29297058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,78:0.63:124
chr2	29356567	rs17749904	G	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=1.365;SC=TTATTGACCTGGGAGCAGACA;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=29;WE=29356575;WS=29356557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr2	29356669	rs3100232	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TTTTGAAAACATCGAAACCAA;SOR=1.106;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=45;WE=29356677;WS=29356659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr2	29366875	rs3217572	C	CACAG	1644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=1303;ReadPosRankSum=0.739;SC=TGTTCAAGGACACAGTATGGT;SOR=1.067;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=22;WE=29366883;WS=29366865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr2	29383256	rs3100246	G	T	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1743;ReadPosRankSum=0.012;SC=GGGGAACTCCGCCTCGGAGAG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=109;WE=29383264;WS=29383246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,113:0.74:153
chr2	29383374	rs2305450	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=890;SC=ATTCTTTAGAGTACAAAAGGT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=29383382;WS=29383364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	29390299	rs11364047	AG	A	1521.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.739;NF=7;NR=17;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TTAAACCTGAAGACCAGCTAC;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=24;WE=29390309;WS=29390289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr2	29390301	rs72790253	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.16;MQRankSum=-0.675;NF=11;NR=9;PP=769;ReadPosRankSum=0.715;SC=AAACCTGAAGACCAGCTACTT;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=20;WE=29390309;WS=29390289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr2	29416572	rs1670283	T	C	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=93;PP=2965;SC=CGAACAGAGATCTCTGCAGCT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=200;WE=29416580;WS=29416562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	29419591	rs1670284	G	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=23;PP=1764;SC=CTTTAAGACTGTTTCATATAG;SOR=1.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=86;WE=29419599;WS=29419581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr2	29449819	rs2293563	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1125;ReadPosRankSum=0.324;SC=CAGCCAGCACCGTCCCGTGGT;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=76;WE=29449827;WS=29449809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr2	29455267	rs2256740	A	G	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=99;PP=2965;SC=AGGCCCTGCCACCACCTCCGG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=123;TCR=99;TR=222;WE=29455275;WS=29455257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	29498210	rs4589708	A	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=14;PP=909;SC=GGAGGGGACAATGAGGCCATG;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=29498218;WS=29498200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	29519622	rs2272409	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=5;PP=758;SC=TGCGTGCACGCGCACATATCG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=29519630;WS=29519612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr2	29541104	rs2276549	C	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=23;PP=1181;SC=CTTTCTTAATCTGGGTTCCGG;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=29541112;WS=29541094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	29543663	rs2293564	T	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=21;PP=1479;SC=TGACCTGCCATTGAGGAGTGT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=29543671;WS=29543653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	29551161	rs62130643	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=398;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TGGGGACAACGGGGTTATGAG;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=34;WE=29551169;WS=29551151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr2	29917940	rs2256376	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CTTTTCAGCCCCCTCCACTCC;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=10;WE=29917948;WS=29917930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	29940529	rs2246745	A	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=691;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GAGAAGGAGAAGGCATGTTTG;SOR=0.770;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=213;TCF=115;TCR=98;TR=61;WE=29940537;WS=29940519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,71:0.30:234
chr2	30143499	rs4358080	G	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=962;SC=GCAGCGGCAGGAGCCACAGGA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=30143507;WS=30143489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	30682360	rs829574	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=12;PP=875;SC=TGATGAGCCCGGTGCACTGTT;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=30682368;WS=30682350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	30682630	rs829573	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GTTTTTGTCTTGCTTCATATA;SOR=1.251;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=10;WE=30682638;WS=30682620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	30748733	rs766880	G	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=0.461;SC=ACATATCCTAGGCACATCCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=7;WE=30748741;WS=30748723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	30775299	rs12053428	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=426;SC=GTTTGTTAGAGTATTATGTAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=30775307;WS=30775289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	30791152	rs6749074	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=403;SC=TTGTCTCAAGAAATGAGATAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=30791160;WS=30791142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	30828792	rs2248777	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=861;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TAAGGAGCGCGCAACCTAGAT;SOR=0.442;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=52;WE=30828800;WS=30828782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,53:0.84:63
chr2	30862842	rs150564049	AG	A	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-1.100;SC=CAGGAACACCAGTATCTCTAA;SOR=0.484;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=30862850;WS=30862832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	30862980	rs12466818	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,61:0.28:216
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chr2	30863108	rs12471868	A	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=6.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,43:0.24:179
chr2	30955528	rs2276567	C	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	30959232	rs147982270	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CCAAACAACATGTGAGCTCTC;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=14;WE=30959240;WS=30959222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	30959262	rs509380	G	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=25;PP=1612;SC=AGGGGTGAGAGTTCCTCTTCT;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=30959270;WS=30959252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	30961400	rs35032002	AG	A	1196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=845;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GCCGTGTAAAAGCACTCAGAT;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=22;WE=30961408;WS=30961390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr2	30968014	rs7567387	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=0.315;SC=CTCTCAGCCATGGGCAGAGAG;SOR=0.275;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=26;WE=30968022;WS=30968004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr2	30976058	rs2926304	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=596;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AATCTTGACACGACATCCTGT;SOR=0.974;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=52;WE=30976066;WS=30976048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,55:0.33:167
chr2	30976168	rs7580416	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=0.187;SC=CAGAGGCCAGTGTCTGATCCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=31;WE=30976176;WS=30976158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
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chr2	30980940	rs508405	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=18;PP=1264;SC=CTCCATTCGGCCTCGCCCCAG;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=30980948;WS=30980930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	30986989	rs579016	G	T	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=57;PP=2965;SC=GGGCTCCCCAGTGACTTACCC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=153;WE=30986997;WS=30986979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	31009977	rs1915125	G	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=284;SC=GGGTATGCTCGTGTGGGGCTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=31009985;WS=31009967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	31133939	rs2278079	G	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=423;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GTAAGACAAAGAAGAGAGTGA;SOR=0.940;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=34;WE=31133947;WS=31133929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,39:0.31:126
chr2	31135055	rs2364443	T	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.390;SC=CATTACGGAGTTGGCCACATC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=96;WE=31135063;WS=31135045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,103:0.70:147
chr2	31135184	rs2288101	G	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=0.539;SC=TGGAGGATCTGCTGGGTGTAT;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=30;WE=31135192;WS=31135174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr2	31188957	rs889896	C	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=976;SC=GTGCCTGGCACGTAGTTAGAT;SOR=5.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=38;WE=31188965;WS=31188947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	31189236	rs2303324	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=1090;SC=GGCTAGAACCGAGGGCATCTG;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=31189244;WS=31189226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	31189304	rs2303323	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=329;SC=AGCTGCAGAGTACTAGGTAAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=31189312;WS=31189294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	31397696	rs10168043	G	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GCCAGAGGGAGCATATCATCC;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=17;WE=31397704;WS=31397686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	31397727	rs10180369	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.592;SC=ATAAATCAACTTGAAATATAA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=31397735;WS=31397717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	31399358	rs7570373	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CAGAATAAAGTGTCCCCAGAG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=11;WE=31399366;WS=31399348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	31399414	rs7556787	G	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=826;ReadPosRankSum=0.324;SC=CCACCTCTACGTAAGATGACA;SOR=1.106;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=52;WE=31399422;WS=31399404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr2	31399659	rs6720151	T	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1145;ReadPosRankSum=0.128;SC=CGCAGCCACATCTATGATAAG;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=66;WE=31399667;WS=31399649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr2	31399751	rs6720254	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=413;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CACAGGCACTTGGCTGGAGGT;SOR=1.003;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=20;WE=31399759;WS=31399741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	31399988	rs4592896	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGCTGACAGACGTCATCACTG;SOR=0.969;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=64;WE=31399996;WS=31399978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr2	31400039	rs4516476	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.612;SC=TGCTGTGGGTATTGGGGGCTT;SOR=2.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=20;WE=31400047;WS=31400029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	31401290	rs4952052	A	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=26;PP=1732;SC=TAAAGGGCTGAAGGGGACAGA;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=86;WE=31401298;WS=31401280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	31410708	rs1822496	C	T	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=107;PP=2965;SC=CAGAAAGACACAATTATTCAC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=190;WE=31410716;WS=31410698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	31412642	rs80126995	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=709;ReadPosRankSum=1.667;SC=TGCCTTCCATTTTATGGCTGA;SOR=0.531;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=62;TCR=96;TR=51;WE=31412650;WS=31412632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,55:0.34:164
chr2	31414807	rs1562022	C	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=15;PP=940;SC=CTACCCTATACAGGTAGAAGC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=31414815;WS=31414797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	31415967	rs7591444	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=242;ReadPosRankSum=-1.896;SC=AACCTCACCCTGAGAGCCCTG;SOR=0.040;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=18;WE=31415975;WS=31415957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
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chr2	31416305	rs11124249	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.592;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr2	31483890	rs13028669	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CAGTGCATCATGTGTGTGACA;SOR=0.346;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=31483898;WS=31483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr2	31484334	rs654650	G	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=17;PP=1967;SC=GTAGGGGAAGGAATGATGCAA;SOR=2.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=84;WE=31484342;WS=31484324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	31488965	rs619002	C	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=833;SC=CATTCTGGTGCTCATAGGAGG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=31488973;WS=31488955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	31567743	rs566224	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=32;PP=1011;SC=TACCTTACCTTACATTGTCAC;SOR=1.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=31567751;WS=31567733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	31569471	rs7599175	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=674;SC=ACCCAGCCAGAATGAGCATTT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=31569479;WS=31569461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	31570376	rs1366813	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=10;PP=798;SC=CGGGATCCCATGGGCTCCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=31570384;WS=31570366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	31570626	rs4952083	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	31570631	rs4952084	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	31571241	rs13415401	G	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=41;PP=1519;SC=TAGGGAAAGAGAAGGATGCCA;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=31571249;WS=31571231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	31571786	rs1884725	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=38;PP=1280;SC=AAGGAACTGTAAAGCTTATTC;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=31571794;WS=31571776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	31572482	rs11408029	T	TG	3098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=26;PP=2237;SC=GCTTCCTATATGGGGTCAGCA;SOR=1.511;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=56;WE=31572490;WS=31572472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	31572732	rs13419410	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GCCTTGTTGGCGGCAAGAGAC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=13;WE=31572740;WS=31572722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	31587235	rs1018505	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.203;SC=ACATCATCCCGTGAAAAAAAG;SOR=0.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=16;WE=31587243;WS=31587225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr2	31588288	rs2365842	T	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=872;ReadPosRankSum=0.250;SC=ACAAAATGGCTCATCCCGCCC;SOR=0.564;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=99;TCR=66;TR=65;WE=31588296;WS=31588278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,68:0.40:170
chr2	31589847	rs2295475	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,45:0.25:179
chr2	31590785	rs761926	C	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=0.951;SC=AATTTGCAAACCAGGGCCACC;SOR=0.471;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=30;WE=31590793;WS=31590775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr2	31600146	rs10187719	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCTTGCTCTGTAGGGGCTGCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=31600154;WS=31600136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	31609448	rs477626	A	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=66;PP=2355;SC=TCTTACTACAATGTCTCCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=124;WE=31609456;WS=31609438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	31611367	rs206847	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=1.064;SC=AAACAACTCATGGATAAACAA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=31611375;WS=31611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	31621598	rs10175754	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=531;ReadPosRankSum=0.528;SC=ACACCTGGGATGGCAGAACCC;SOR=3.282;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=28;WE=31621606;WS=31621588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr2	31626045	rs1346644	G	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=594;ReadPosRankSum=0.720;SC=ATGAACTCAGGGAGAGGAGTC;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=46;WE=31626053;WS=31626035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr2	31628705	rs1366814	T	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TAGGAAACAATGTAAGGCCTA;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=72;WE=31628717;WS=31628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr2	31805619	rs619857	T	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=698;SC=GTGCGCGCTCTACGCTGCGCT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=31805627;WS=31805609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	31805675	rs522638	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=551;ReadPosRankSum=0.676;SC=GGCGCCCGCAAGGGAAAAACG;SOR=0.339;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=42;WE=31805683;WS=31805665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr2	31805706	rs523349	G	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
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chr2	32118246	rs115767562	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=803;ReadPosRankSum=2.337;SC=CCAAATAAATGTTAGCCCAGC;SOR=0.426;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=59;WE=32118254;WS=32118236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,66:0.65:101
chr2	32248466	.	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TTGGTAGAACAGGATTTGAAT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=18;WE=32248474;WS=32248456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	32312700	rs7561519	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-2.294;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr2	32361482	rs11392886	T	TC	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr2	32362079	rs10627985	G	GTATA	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=0.109;SC=CAGCATTTTAGTATATTTTCC;SOR=0.620;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=8;WE=32362087;WS=32362069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr2	32369901	rs2365556	T	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=379;SC=CACAGTGAGCTGAGATCATGC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=32369909;WS=32369891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	32396320	rs79234407	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GATGATTAAATATCTAAATGC;SOR=0.314;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=22;WE=32396328;WS=32396310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	32402636	rs4258846	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=371;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GCTGGGATAACAGGCGTGAGC;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=28;WE=32402644;WS=32402626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr2	32418808	rs212751	T	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=1.013;SC=ATGGGGCTAGTAACTAAGTTC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=23;WE=32418816;WS=32418798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	32434701	rs212685	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.869;SC=CTGAAAAAAAATATTTCCTTA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=32434709;WS=32434691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	32449871	rs376045897	ATTTT	A	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr2	32449879	rs199998217	T	TAAA	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	32460348	rs212714	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TTCATTAGACATATTTATATT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=32460356;WS=32460338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	32466029	rs212721	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=431;ReadPosRankSum=1.083;SC=GACACAGCCAATGTCAGAGCC;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=35;WE=32466037;WS=32466019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr2	32475109	rs455060	G	A	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=64;PP=2241;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGAAGTCCAGGGCACTTGCAC;SOR=0.660;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=138;WE=32475117;WS=32475099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,151:0.64:235
chr2	32476390	rs408813	T	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GCATGGCAATTCGCTGCAGCA;SOR=0.554;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=108;WE=32476398;WS=32476380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,117:0.72:163
chr2	32481793	rs11295492	AT	A	1503.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AATCACCAGTATTTGGTAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=25;WE=32481803;WS=32481783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	32481795	rs59966205	T	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TCACCAGTATTTGGTAGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=35;WE=32481803;WS=32481783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	32667058	rs55734616	C	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	32667061	rs60955793	T	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	32667182	rs60197615	G	C	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=57;PP=2965;SC=TGAGAAGCTTGTTAATACTCT;SOR=1.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=168;WE=32667190;WS=32667172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	32667562	rs2276592	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CTTTCTAGGTACACCTGCAAT;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=20;WE=32667570;WS=32667552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr2	32706579	rs9646977	T	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=556;SC=TCATGCCTGTTATCCCAGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=32706587;WS=32706569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	32712875	rs2366891	A	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1413;SC=TCAGGTATGAATTCAGGAGAA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=32712883;WS=32712865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	32713706	rs2366894	A	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-1.407;SC=TTCTAGTTCAACTGGAAACAA;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=32713714;WS=32713696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	32724590	rs145668508	GTC	G	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.388;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr2	32749880	rs2710609	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	32749890	rs2710610	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	32749893	rs2710611	A	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	32749903	rs2710612	T	C	274.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	32822729	rs2583713	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=0.133;SC=TCTCCAGTTGAGTGGGAGAAG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=32822737;WS=32822725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	32822957	rs2710625	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=807;ReadPosRankSum=1.183;SC=AAGCTGTGACGCTTTCAACCT;SOR=0.964;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=61;WE=32822965;WS=32822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr2	32855522	rs138590010	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	32855615	rs2710623	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=8;PP=294;SC=TACAATTGCTACTGGAAGGGA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=32855623;WS=32855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	32860415	rs11124286	C	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=29;PP=1006;SC=ATCCAGAACTCGTGCAGCAAA;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=32860423;WS=32860405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	32865434	rs77321087	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TTATTAGCACGCATTATCCTA;SOR=1.049;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=80;WE=32865442;WS=32865424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr2	32875084	rs34549288	T	C	280.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GGTAATCTTATTGAGGAATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=32875092;WS=32875079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr2	32959024	rs1551177	T	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=92;PP=2965;SC=GTATGGAAATTACTTGGCATT;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=156;WE=32959032;WS=32959014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	32961691	rs17497801	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGATTAGGTACACCTGCAAGT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=32961699;WS=32961681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	32961745	rs10200333	T	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=24;PP=1661;SC=TAATTATTTTTACTTGATTTT;SOR=1.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=32961753;WS=32961735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	32983299	rs71407470	TA	T	293.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.560;NF=13;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-1.539;SC=GTATATGTGCTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=32983308;WS=32983289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr2	32983526	rs2273665	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=746;ReadPosRankSum=1.615;SC=ATCTTCGGAACAAGGAGTTTC;SOR=1.106;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=53;WE=32983534;WS=32983516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
chr2	33036324	rs3731578	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=1.774;SC=CTTGCCTTTCGTTTGAACATG;SOR=0.078;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=33036332;WS=33036314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	33174072	rs150654	A	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=880;SC=AGGTGTCCACATGGGGGCATC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=33174080;WS=33174062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	33335847	rs218226	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,34:0.25:135
chr2	33359457	rs12620839	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=12;PP=921;SC=GTTTATTCACCGCTAGGTGCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=33359465;WS=33359447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	33392911	rs6728094	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=755;ReadPosRankSum=0.187;SC=ATCAAGGAGAGCCCTTCTGCC;SOR=0.955;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=69;WE=33392919;WS=33392901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,75:0.38:199
chr2	33407186	rs6759943	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=-3.303;SC=TACTGGACTTTTATTGGTTGA;SOR=0.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=10;WE=33407194;WS=33407176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	33407285	rs2367619	G	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1005;ReadPosRankSum=0.542;SC=CACGTATGCTGGTATAGTCCT;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=133;TCR=93;TR=80;WE=33407293;WS=33407275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,83:0.35:236
chr2	33412077	rs1065324	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr2	33413640	rs6712473	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.568;SC=CCAATCTGTTGTAGTGAAATT;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=9;WE=33413648;WS=33413630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr2	33413949	rs4542826	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr2	33414009	rs3922572	T	A	242.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=287;SC=AATGCTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=33414017;WS=33413999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	33442549	rs2290449	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GGCTGTGAGGGACAGCAGTGC;SOR=0.132;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=33442557;WS=33442539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr2	33447202	rs2290448	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,61:0.29:213
chr2	33498691	rs367614814	GT	G	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.856;NF=13;NR=4;PP=445;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTTCTGTGGGTTTTTTCACA;SOR=0.826;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=33498699;WS=33498681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	33500734	rs1814548	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=231;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CTGGGCAACAAGAGCGAAACT;SOR=0.765;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=12;WE=33500742;WS=33500724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	33525382	rs935996	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	33540138	rs2276591	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=1.730;SC=AGATTTATTTGCCATCTGTTT;SOR=0.582;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=33540146;WS=33540128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr2	33540248	rs1058840	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TCTGTGGTCCGCAAGGGGAGT;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=39;WE=33540256;WS=33540238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr2	33568191	rs5024712	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-1.238;SC=CTATGTTGGCTGGGTGCATGG;SOR=0.340;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=33568199;WS=33568181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	33572555	rs6706620	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=451;ReadPosRankSum=1.152;SC=TGACTGGGCAGTGCCGCTCCC;SOR=1.473;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=33;WE=33572563;WS=33572545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr2	33585796	rs4422143	T	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.304;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.740;SC=ACATCAGGCGTGGGATGGGGA;SOR=0.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=95;TCR=95;TR=189;WE=33585804;WS=33585786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr2	33614187	rs642472	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=561;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CTCTGAGCTGCGAGGGGGTGG;SOR=2.461;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=32;WE=33614195;WS=33614177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr2	33623387	rs624060	AT	GC	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=29;PP=2947;SC=TCCTCACAGAATAATATCCAA;SOR=1.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=102;WE=33623396;WS=33623377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	33623734	rs622716	A	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=221;SC=ACAGCATGGAATTGCAAGTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=33623742;WS=33623724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	33744958	rs7597095	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-1.324;SC=ATTGAGGGCACAGCTGCAGGG;SOR=3.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=8;WE=33744966;WS=33744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	33745208	rs2305576	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=472;ReadPosRankSum=0.450;SC=CCACCAACTTTGTTAAAATTG;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=44;WE=33745216;WS=33745198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr2	33748913	rs6735997	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=324;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGGCTCTATTATAATTCAGAG;SOR=1.207;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=16;WE=33748921;WS=33748903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	33787976	rs10572554	CCTAA	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=20;PP=1002;SC=GAGAATTGACCCTAACTAACT;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=33787987;WS=33787966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	33787994	.	A	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=80;ReadPosRankSum=0.338;SC=ACTAACTATGAACTATTTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=10;WE=33788002;WS=33787984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	33952413	rs4477896	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=647;ReadPosRankSum=1.598;SC=CTCAGCAGGATAGTGAGGGCC;SOR=0.654;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=46;WE=33952421;WS=33952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,49:0.32:152
chr2	33952456	rs2367810	C	G	4656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=77;PP=2965;SC=ACACCGCCACCCACCACTCCA;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=167;WE=33952464;WS=33952446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	33952621	rs11684598	G	A	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1396;ReadPosRankSum=0.492;SC=CTTCGGTGGCGTAAGCCACAC;SOR=0.642;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=351;TCF=200;TCR=151;TR=111;WE=33952642;WS=33952611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,112:0.30:377
chr2	36704144	rs848547	C	T	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=63;PP=2455;SC=TCTGCTTCACCGCCCAGTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=136;WE=36704152;WS=36704134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	36739553	rs848526	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=423;ReadPosRankSum=0.021;SC=TGTGTACACATGGCCCTTCCC;SOR=0.264;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=24;WE=36739561;WS=36739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	36740643	rs2293254	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=309;ReadPosRankSum=0.256;SC=GACTCTGTAGCCTGTTTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=15;WE=36740651;WS=36740633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	36756288	rs711247	T	C	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCTCTTATTTTGGTCCAGGAG;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=135;WE=36756296;WS=36756278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,141:0.71:199
chr2	36775315	rs2270333	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=0.431;SC=AGAAGTCATCCCTTTGTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=36775323;WS=36775305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	36779144	rs10180760	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=481;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ATGGGAGGGGTCTGCATGGCT;SOR=0.801;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=28;WE=36779152;WS=36779134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr2	36781401	rs1533946	T	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=708;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TTCACAATTATAGTCCTAGGT;SOR=1.095;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=44;WE=36781409;WS=36781391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr2	36782656	rs10178965	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=593;ReadPosRankSum=0.547;SC=ATAAAACCATGATATATAATG;SOR=0.523;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=34;WE=36782664;WS=36782646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr2	36783127	rs10194100	T	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=983;ReadPosRankSum=0.355;SC=TACCTGAGAGTTGCTTCCCTG;SOR=1.281;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=60;WE=36783135;WS=36783117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr2	36783215	rs10181664	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TGTAATAATACCGGAAAGTGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=80;WE=36783223;WS=36783205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,84:0.69:122
chr2	36805676	rs2075226	A	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=832;ReadPosRankSum=0.681;SC=CACCAGCCCCAAAGGCTGGGA;SOR=0.395;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=50;WE=36805684;WS=36805666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr2	36806021	rs2072534	G	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=1097;ReadPosRankSum=0.172;SC=GTGACCAAAAGCAAAATACAG;SOR=0.529;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=68;WE=36806029;WS=36806011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,76:0.70:108
chr2	36806051	rs2072533	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=702;ReadPosRankSum=0.120;SC=AGACAAAAACATTTCAAGGAA;SOR=0.346;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=38;WE=36806059;WS=36806041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr2	36808350	rs848638	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=800;ReadPosRankSum=0.007;SC=AGGATGAAATCAAAGCTTTCT;SOR=0.642;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=41;WE=36808358;WS=36808340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr2	36808732	rs848637	T	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=811;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TCAAAATTTTTACTGTAGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=48;WE=36808740;WS=36808722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr2	36810473	rs11691767	G	T	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1273;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CTTTCCTTGCGTTGCTGAGGA;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=92;WE=36810481;WS=36810463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,100:0.57:175
chr2	36810586	rs14291	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=0.087;SC=CATCATCTGATGTATCAAAGA;SOR=0.434;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=24;WE=36810594;WS=36810576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr2	36824956	rs5830430	G	GC	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=406;SC=CGGCCGTAGGGCTGCCGGTCG;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=36824964;WS=36824946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	36825137	rs1544655	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=1.312;SC=GCTGCAGGCCGGGGCCGGGAA;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=23;WE=36825145;WS=36825127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr2	36825170	rs2287104	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-2.176;SC=CCCACCCGCCTCGGCCCCCGC;SOR=0.738;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=13;WE=36825178;WS=36825160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	36825321	.	GGCCCAGCCC	G	263.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=667;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CGCCCAGGCCGGCCCAGCCCG;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=36825338;WS=36825311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	36825330	rs11441122	C	CG	109.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=1.074;SC=CGGCCCAGCCCGCCCAGCCCG;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=36825338;WS=36825311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	36943338	rs4670597	C	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=467;SC=AGGCCAGCCACTGACATCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=36943346;WS=36943328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	36943419	rs4670598	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=23;PP=1378;SC=TGATGCAGTCTATCCCCACAC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=36943427;WS=36943409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	36965582	rs35608380	TC	T	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=1.465;SC=TATATTAGGGTCCTTTGTAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=36965590;WS=36965572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	36994439	rs11124542	A	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=633;SC=GTCAGTAGGTAGACCATGTGT;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=36994447;WS=36994429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	37001386	rs201437662	CTATGCCA	C	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=12;PP=1717;SC=CTGAGTAATTCTATGCCACGG;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=37001412;WS=37001376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	37001399	.	G	T	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.87;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	37001401	rs202045170	C	CT	2707.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=12;PP=1149;SC=CCACGGGGGACAGAAACACAT;SOR=1.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=37001412;WS=37001376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	37001402	.	A	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	37001404	.	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	37001570	rs974964	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=51;PP=1485;SC=CAGGGTTTGACGGTTTCCACA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=37001578;WS=37001560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	37010574	rs3821147	G	A	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=96;PP=2965;SC=AGAAACCCACGGTGTCTTTGA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=114;TCR=96;TR=210;WE=37010582;WS=37010564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	37077015	rs723674	C	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=870;SC=CTACCATGTCCTGCTGGTTTC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=37077023;WS=37077005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	37078095	.	A	AT	149	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=0.9998;HP=12;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=9;NR=3;PP=149;QD=12.9166666667;SC=TGTGGTAGGGATTTTTTTTTT;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=37078103;WS=37078085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,12:0.71:17
chr2	37094945	rs2540923	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	37096970	rs2160379	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=240;SC=TGTCAATAAACGATCACTTTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=37096978;WS=37096960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	37111045	rs2691106	T	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=14;PP=924;SC=CCAAGTGCATTTTGTGCTCCA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=37111053;WS=37111035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	37129618	rs148671880	A	ATAAT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	37302556	rs34545380	GA	G	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=2.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	37306343	rs6743906	G	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=13;PP=543;SC=GAAAAACTGTGAAAGTATCCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=37306351;WS=37306333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	37317869	rs4670654	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=488;SC=AAAACAGGTACGTAATTATTT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=37317877;WS=37317859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	37318041	rs4670655	A	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=54;SC=TAGTGAGTATAAAATAAAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=37318049;WS=37318031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	37319467	.	TTA	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=20;QD=30.0;SC=CGTTTATTTATTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=1;WE=37319476;WS=37319457;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,1:0.12:8
chr2	37373982	rs2307475	A	AT	2018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=11;PP=1367;SC=TTAGGAAAAAAGGCAATCACT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=37373990;WS=37373972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	37402270	rs11569755	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=0.378;SC=CAATAATAATCTCACCTCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=37402278;WS=37402260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	37402373	rs11569758	A	G	642.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.775;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=339;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAAGAAACTAAAAACACAGGG;SOR=0.102;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=24;WE=37402381;WS=37402363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr2	37406644	rs10182091	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,49:0.27:182
chr2	37406680	rs10205833	C	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,39:0.25:155
chr2	37406761	rs4459710	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=0.579;SC=TTTATTTGGGTCTATGTTTTG;SOR=0.653;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=11;WE=37406769;WS=37406751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	37410537	rs6544061	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=672;ReadPosRankSum=0.284;SC=ATAGAAATTTCAAAGAATTAT;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=44;WE=37410545;WS=37410527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr2	37414431	rs6724820	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AAAACTAAAGAATCTCCAAAC;SOR=0.039;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=17;WE=37414439;WS=37414421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	37415496	rs11124566	G	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=793;SC=CCTGCAATGAGGAACCGCCTT;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=37415504;WS=37415486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	37428247	rs189383448	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=0.931;SC=TATGTTTTTCCTTAAGTAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=17;WE=37428255;WS=37428237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	37428743	rs2540973	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=77;SC=TTTAACAATGCTTCCACATGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=37428751;WS=37428733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	37438993	rs1137437	G	A	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=38;PP=1787;ReadPosRankSum=1.923;SC=TACCTGGAACGCTCTCACTTT;SOR=1.033;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=102;TCR=57;TR=113;WE=37439001;WS=37438983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,118:0.71:166
chr2	37447627	rs35462755	C	CA	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=36;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CTAGGAATAACAAAAAAAATA;SOR=1.539;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=5;WE=37447635;WS=37447617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	37456032	rs2098386	C	T	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=36;PP=2060;SC=TCTTCTTCAACTAAGGAAGCT;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=37456040;WS=37456022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	37458711	rs3213745	G	A	5531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.699;SC=CTGCGGCCATGGCGGGCAAAG;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=161;TCR=158;TR=227;WE=37458719;WS=37458701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,234:0.71:328
chr2	37480249	rs1056021	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GACAATCTACAAAGAACAAGT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=37480257;WS=37480239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	37494591	rs2302650	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TAGCCACTTCATTACGGAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=37494599;WS=37494581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	37499289	rs11124574	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ACCAGTCTTATCACTTTGTAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=37499297;WS=37499286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	37499406	rs2160394	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr2	37518045	rs10177176	G	C	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1678;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CCAATCCCCAGAGCATCTCAC;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=113;WE=37518053;WS=37518035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,123:0.61:201
chr2	37543371	rs6544066	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=401;ReadPosRankSum=-0.960;SC=ATAATAGCACACACAGTACCT;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=31;WE=37543379;WS=37543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr2	37595604	rs3770747	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=0.151;SC=CCCTCCCTGACGCTCACCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=16;WE=37595612;WS=37595594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr2	37595696	rs1468816	A	C	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=79;PP=2965;SC=CTATAAAAGTACAAATGGTCA;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=196;WE=37595704;WS=37595686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	37599680	rs10490448	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GGAGTACAACGGTGGGATATG;SOR=1.559;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=43;WE=37599688;WS=37599670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr2	38177525	rs11687301	A	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=12;PP=1262;SC=GGTGAGCTACAGAACAGTTCT;SOR=2.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=60;WE=38177533;WS=38177515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	38178406	rs4670799	A	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=52;PP=2102;SC=GCTTCCAACGATGTTCTCCAG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=120;WE=38178414;WS=38178396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	38179134	rs4670800	G	A	11129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;PP=2965;SC=TACAGCACAGGTCATTCTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;WE=38179149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr2	38179414	rs72332368	CTG	C	5718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=69;PP=2950;SC=CTTTCATAGCCTGTAGAATTC;SOR=1.703;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=71;WE=38179423;WS=38179404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	38297793	.	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=409;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GAGGAACTGGAAAAAAACTGA;SOR=2.007;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=20;WE=38297801;WS=38297783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr2	38298139	rs1800440	T	C	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.554;SC=CAGGTCCTTGTTGATGAGGCC;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=97;WE=38298158;WS=38298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr2	38298150	rs1056837	A	G	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.188;SC=TGATGAGGCCATCCTTGTCCA;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=99;WE=38298158;WS=38298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,106:0.72:148
chr2	38298203	rs1056836	C	G	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=48;PP=1902;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GGCCACTTCACTGGGTCATGA;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=110;WE=38298211;WS=38298193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,118:0.74:159
chr2	38526324	rs3816370	A	T	284.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=40.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	38526333	.	AT	A	300.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=37.59;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	38526547	rs3765052	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AATAAGTTATGTACAATAAAC;SOR=0.053;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=11;WE=38526555;WS=38526537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	38536626	rs2305243	T	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr2	38537626	rs2305245	A	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TTGTAAACAGAAGAAAGAAAA;SOR=1.483;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=24;WE=38537634;WS=38537616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	38542573	rs12712583	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TTATTTTGTATCTCAGCGCAA;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=38542581;WS=38542563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	38604219	rs180888623	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	38604351	rs3731847	A	G	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1158;ReadPosRankSum=0.811;SC=CGCCGGCGCCACAGCCCCTGG;SOR=0.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=77;WE=38604359;WS=38604341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
chr2	38604505	.	TCTCCGCCTGTATCTCCTCGCC	T	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.80;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	38830131	rs115855885	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,22:0.22:99
chr2	38956947	rs2272445	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1298;SC=CTATGCTACAAGTGACCCAAT;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=38956955;WS=38956937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	38977371	rs3112183	C	T	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=97;PP=2879;SC=ATGCACGTTACGCAAAATCTG;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=146;WE=38977379;WS=38977361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	38977402	rs3134630	T	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=62;PP=1860;SC=CAATTACTTATTTGCCTTAAA;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=38977410;WS=38977392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	39006603	rs3112201	T	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=35;PP=1270;SC=AAACTCCTGATCTCCAAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=81;WE=39006611;WS=39006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	39008949	rs1056104	G	A	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1902;ReadPosRankSum=1.059;SC=CCACCATATGGTCCAGAAAAT;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=115;WE=39008957;WS=39008939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,122:0.66:185
chr2	39025555	rs1530853	G	A	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=GATCAAGTTCGCAACGAAGCT;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=39025563;WS=39025545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	39025632	rs1530852	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1292;SC=AACAGGCAGGATAGGTTATTG;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=39025640;WS=39025622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	39030074	rs13029406	C	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=57;PP=1590;SC=CAAAAAACCTCAGATGATGAC;SOR=1.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=39030082;WS=39030064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	39042639	rs3112138	G	A	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=78;PP=2965;SC=AAAGAGAAATGAGAACCAACT;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=137;TCR=79;TR=215;WE=39042647;WS=39042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	39045885	rs10176932	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=586;SC=CCATTTTACACGGCTGGTAAG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=39045893;WS=39045884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	39050019	rs3112146	G	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=375;SC=AAAATTCACAGCTAACATACA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=39050027;WS=39050009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	39050061	rs34582261	AT	A	1771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=1515;SC=CATGCCCTTGATTTCCCCCAT;SOR=3.014;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=39;WE=39050069;WS=39050051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	39050141	rs3770681	A	C	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=89;PP=2965;SC=TTACAAACGGAGACTTAAAAG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=128;TCR=89;TR=217;WE=39050149;WS=39050131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	39065729	rs17494315	C	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1112;SC=CAAAATTCAACGTCAAATACA;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=44;WE=39065737;WS=39065719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	39075356	rs11124651	A	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=218;SC=CAAACTTTAAAATAATTATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=39075364;WS=39075346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	39082344	rs7598922	T	C	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=91;PP=2965;SC=AGGTGGTCCATTCAGAGAATC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=165;WE=39082352;WS=39082334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	39090696	rs3099999	T	C	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=83;PP=2502;SC=TACACACATATCTTCAATCAG;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=111;WE=39090704;WS=39090686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	39117117	rs7565111	G	A	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=57;PP=2448;SC=AACCACCGCAGGCAACATGGG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=39117125;WS=39117107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	39162819	.	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=413;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CCATGAAACTACAATCTCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=25;WE=39162827;WS=39162809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr2	39164465	rs72916841	C	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=1.381;SC=CCCCTCCCCCCACCCCACCAG;SOR=1.230;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=8;WE=39164473;WS=39164455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	39164785	rs112960581	G	A	86.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.524;SC=AATCCTTGCCGTTTAGATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=39164793;WS=39164775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	39201073	.	C	CTA	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=62;QD=35.5;SC=ATATCTATATCTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=39201081;WS=39201063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr2	39250386	rs112906251	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=61;PP=1814;SC=AGAAAAAGACATTATTAGTAC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=39250394;WS=39250376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	39479122	rs3770678	G	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=AAACATGATCGCTAAAAATGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=39479130;WS=39479112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	39494197	rs2302749	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=3;PP=298;SC=AGAGATGAAACAGCCAAGAAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=39494205;WS=39494187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	39494469	rs10865149	C	G	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=177;SC=GATCAGTGCACAAAGGATGAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=39494477;WS=39494459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	39507417	rs3755176	T	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=31;PP=1322;SC=TACTACCTCTTGTATCTGGGT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=39507425;WS=39507407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	39514136	rs3755172	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=241;SC=TGAAAATGATTAATCTTCATG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=39514144;WS=39514126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	39514204	rs3755171	G	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	39515257	rs56309850	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr2	39526842	rs2111382	A	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=405;SC=GCAACTTAATAATTCTTGAAT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=39526850;WS=39526832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	39552635	rs113059583	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GTTATATATGCCCGCTGGTAA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=39552643;WS=39552625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	39553271	rs3815594	A	G	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=36;PP=2403;SC=AGATTCTTCAATGATGATGCA;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=114;WE=39553279;WS=39553261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	39564620	rs1125839	C	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=369;SC=GTAAGTAAAGCCTTAGTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=39564628;WS=39564610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	39570427	rs3732053	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=635;SC=CAATAAAACATAGCTTGCTTT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=39570435;WS=39570417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	39583446	rs8545	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=933;ReadPosRankSum=0.710;SC=CTTTCATCATAATAATTTCTT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=49;WE=39583454;WS=39583436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr2	39944055	rs2540229	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=786;SC=GACTGCCTCAGTGGTTGATCT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=39944063;WS=39944045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	39982898	rs10688564	G	GAGTAT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=1.204;SC=CATCTATTTTGAGTAAATAAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=39982906;WS=39982888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	39993167	rs4670959	T	C	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,77:0.71:109
chr2	40006430	rs12620957	A	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.711;NF=3;NR=19;PP=749;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CTCGGGCGCGAGCGGCTCGCT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=22;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	40006442	rs35761077	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.072;NF=1;NR=15;PP=779;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CGGCTCGCTCCTGGAGGCGGC;SOR=1.426;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	40392313	rs434725	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=786;SC=ATCACTGTGAGAGCAAGTGAT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=40392321;WS=40392303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr2	42396722	rs7233	A	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=31;PP=2115;SC=CCGCCCCTCTAAGCCCGGAGC;SOR=1.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=105;WE=42396730;WS=42396712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	42472894	rs17671409	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GTTGAAGCTGGAAATATAAAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=42472902;WS=42472884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	42510018	rs6736913	A	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=78;NR=48;PP=2240;SC=TCCGACCGGGAAAATAGTTTA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=42510026;WS=42510008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	42515388	rs10202624	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=20;PP=814;SC=TCATTTATGTATTATTGATGA;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=42515396;WS=42515378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	42552284	rs56315033	G	C	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=954;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GGGGACACCAGTGACGTGAAA;SOR=0.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=54;WE=42552292;WS=42552274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,56:0.55:101
chr2	42560975	rs7572231	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=673;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AGTCTCCAGCAGCCACAGAAA;SOR=0.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=48;WE=42560983;WS=42560965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr2	42579743	rs56851715	T	C	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1743;ReadPosRankSum=1.675;SC=TGGACTACTTTTGAGGAGGGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=108;WE=42579751;WS=42579733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,112:0.71:158
chr2	42719847	rs113015907	T	TG	4340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=24;PP=2560;SC=TGGCCGCGCCTGGGCCTCGCT;SOR=2.069;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=62;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	42719860	rs112592817	G	GC	5879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=35;PP=2975;SC=GCCTCGCTGGGCGCGCACCCC;SOR=1.414;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=80;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	42795794	.	G	A	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=3;PP=67;QD=16.9618687579;SC=CAGCGACGGCGGCGGCGGCAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=42795802;WS=42795784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,6:0.38:16
chr2	42795954	rs78106475	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	42806445	rs113469576	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.690;SC=TTGTCCATTTATCTTCTTTGT;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=5;WE=42806453;WS=42806435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	42836516	rs6720277	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=686;SC=AATATTGAATAAAATGTTGAT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=42836524;WS=42836506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	42922888	rs66547039	AT	A	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.026;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr2	42931217	rs2304658	A	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=228;SC=TCTTCTTCACACATTTTAAAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=42931225;WS=42931207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	42935961	rs4953577	C	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=10;PP=907;SC=CAAACAGTAACGTGTTTGGGC;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=42935969;WS=42935951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	42935979	rs4953578	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=11;PP=1144;SC=GGCAAGTTCACTTCCTTGAGT;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=42935987;WS=42935969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	42990025	rs113066186	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=611;ReadPosRankSum=-1.151;SC=ACCCCCACAGCGCTGCAGCCC;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=115;TCR=42;TR=48;WE=42990033;WS=42990015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,47:0.31:154
chr2	42990336	rs1992286	T	G	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=74;PP=2965;SC=GGTCCAGGGATCGGCAGGCGG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=153;WE=42990344;WS=42990326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	42996709	rs10535570	ATGTGTGTGTG	ATG,A	1158.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=23,23;NR=4,4;PP=383,973;SC=AACCTCTGAAATGTGTGTGTG;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27,27;WE=42996726;WS=42996699;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr2	42996759	rs34567167	AAGAG	A	2536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=16;PP=1613;SC=GTGTGTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=2.080;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=38;WE=42996770;WS=42996746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	43010130	rs34837864	AC	A	902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=915;SC=GGCAAAACAAACTTTTAAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=43010138;WS=43010120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	43011169	rs4953660	G	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1456;SC=TGTCTCCCCGGTGCATGCCAT;SOR=1.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=43011177;WS=43011159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr2	43015719	rs3816183	T	C	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGGCCTCCGATGAACATGACT;SOR=0.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=243;WE=43015727;WS=43015709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr2	43015757	rs3816184	G	A	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=99;PP=2965;SC=CCTGCAATGCGCAAAGTGGGG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=172;WE=43015765;WS=43015747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	43015902	rs3816185	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=481;SC=TCTCATCCCCGGTTCATGCCT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=43015910;WS=43015892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	43019730	rs2304656	A	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=46;PP=1317;SC=GGAGGCCCGCAGCTCCGCCCA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=43019738;WS=43019720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	43452183	rs7933	A	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CTGTGGTGCAACTTGGGCCGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=89;WE=43452191;WS=43452173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,96:0.59:164
chr2	43514036	rs11900952	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=619;ReadPosRankSum=0.181;SC=CTTCCGTCTCGGCGCACTTAC;SOR=0.934;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=41;WE=43514044;WS=43514026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr2	43657510	rs35340152	T	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GCCTTTTTTTTAAAAAAAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=43657518;WS=43657500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	43799070	rs3752355	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ACTTGAATTGCTTACTTACAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=43799078;WS=43799060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	43802261	rs970175	C	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=221;SC=ATTAAATACACAGAATGACCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=43802269;WS=43802251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	43871983	rs12105773	T	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.970;SC=CTATTTAGGGTCTGCTTCATT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=59;WE=43871991;WS=43871973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
chr2	43872032	rs4450661	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.447;SC=GTTTGATTTAATTTTTGTCAA;SOR=0.286;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=19;WE=43872040;WS=43872022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr2	43902511	rs755862	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=551;ReadPosRankSum=0.715;SC=TATTCTCCAGGCCTCAGTCAT;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=32;WE=43902519;WS=43902501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr2	43903066	rs3828297	A	G	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=2047;ReadPosRankSum=1.603;SC=TGTAGTTGTCACCATACTTTT;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=131;WE=43903074;WS=43903056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,134:0.55:243
chr2	43903354	rs4952675	T	C	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=67;PP=2681;ReadPosRankSum=1.594;SC=GGTCTTGAGTTTGACCTCTGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=127;TCR=101;TR=154;WE=43903362;WS=43903344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,162:0.67:243
chr2	43903483	rs4952995	T	C	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TAGGACAGTGTGCCAGGGTCA;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=65;WE=43903491;WS=43903473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr2	43905898	rs142175341	G	GAGGTGGAGGTGC	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTGGAGGTGGAGGTGGAGGT;SOR=0.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=43905906;WS=43905888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr2	43921489	rs12616572	A	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=0.594;SC=TTAAGTGGATATGCCTTGTAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=43921497;WS=43921479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	43926943	rs7606783	T	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTGGGGCTCCTGTGAGTGACT;SOR=1.460;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=71;WE=43926951;WS=43926933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr2	43931176	rs4953002	T	C	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,131:0.72:181
chr2	43931321	rs4953003	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=458;ReadPosRankSum=0.927;SC=TAAAGGAGGTGTTTAAAGGGT;SOR=0.192;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=25;WE=43931329;WS=43931311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	43937093	rs116524206	T	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=530;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCCCCAGTATTAAATACTGAC;SOR=0.627;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=25;WE=43937101;WS=43937083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr2	43991357	rs7565517	A	C	246.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=1.648;SC=ACTTTTTCTTATCTTTAAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=43991365;WS=43991347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	44004010	rs2288709	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=577;ReadPosRankSum=1.345;SC=GCAGAAAAATTTGTTTTCTTC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=37;WE=44004018;WS=44004000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr2	44066174	rs3806471	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CAGCCCAGGGTCACAGACCTG;SOR=1.244;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=13;WE=44066182;WS=44066164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	44071625	rs4148209	C	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=1802;ReadPosRankSum=0.165;SC=AGGAGCCCCTCATCTCTCCTG;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=58;WE=44071647;WS=44071615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,61:0.34:180
chr2	44071639	rs4148210	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=1802;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TCTCCTGTCTCCCACAGGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=61;WE=44071647;WS=44071615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,67:0.34:200
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chr2	44071833	rs4148212	A	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.128;SC=GGTGGGCCCAACTTGCAGGCC;SOR=0.606;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=6;WE=44071841;WS=44071823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr2	44079004	rs4148214	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=0.748;SC=TCCAAGAAGCTACAGTGTCCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=34;WE=44079012;WS=44078994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr2	44099433	rs4148217	C	A	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=89;PP=2458;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CAGCAGTTTACGACGCTGATC;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=92;TCR=145;TR=146;WE=44099441;WS=44099423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,151:0.62:243
chr2	44099582	rs4148218	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=1.104;SC=GCATCCAGCAGGGCGTTGGTG;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=44099590;WS=44099572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	44101214	rs10709506	CA	C	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=694;SC=GGTTTGATTTCATTGTGATTG;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=44101222;WS=44101204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	44101430	rs4952689	T	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-1.507;SC=AAAAAAAAATTAGAGACTTGG;SOR=0.112;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12;WE=44101438;WS=44101407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	44101538	rs28517482	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.920;NF=42;NR=25;PP=817;ReadPosRankSum=-1.743;SC=CTTTCCCTTACTTTTTAGGTT;SOR=0.903;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=185;TCF=110;TCR=75;TR=67;WE=44101546;WS=44101528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,72:0.35:203
chr2	44101649	.	G	GCCC	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.941;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.004;NF=0;NR=21;PP=657;ReadPosRankSum=1.186;SC=GAGAGCAAGTGCCCCCCACCC;SOR=1.553;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=21;WE=44101657;WS=44101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr2	44101711	rs13405698	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=348;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AAGGCTTTTCTGAACCATGGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=44101719;WS=44101701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	44102235	rs4148220	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TTTATAATAATGGCAGTGAAG;SOR=1.075;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=12;WE=44102243;WS=44102225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	44104610	rs10609687	ACT	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATATGGGGAGACTCTGTGAAT;SOR=0.116;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=44104619;WS=44104608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	44104925	rs6544718	T	C	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=2.400;SC=ATCCTCAGTGTCATGGAGCTG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=158;WE=44104933;WS=44104915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr2	44116836	rs2955280	C	T	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=38;PP=1978;SC=CATAAATCTGCAGAGGTATTT;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=44116844;WS=44116826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	44123672	rs3839036	TC	T	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=1072;SC=TATAGTATTCTCAAATAAGGT;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=44123680;WS=44123662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	44123759	rs3795859	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.123;NF=32;NR=21;PP=673;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TTGTAAGCAGGTAAAGCACAG;SOR=0.704;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=53;WE=44123767;WS=44123749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr2	44145374	rs7568481	G	T	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=41;PP=2204;SC=AATCTGTTACGATTATGCCAA;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=44145382;WS=44145364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	44152180	rs4952694	G	A	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=73;PP=2449;SC=ATAAATGAAAGCGTGAAGAAT;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=142;WE=44152188;WS=44152170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	44161854	rs143170527	G	GA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.878;NF=9;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=2.638;SC=AGCAAGAAGGGAAAAAAAAAC;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=14;WE=44161862;WS=44161844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	44172444	rs28394191	A	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=40;PP=2116;SC=CTTGCATCACATATTTCCTTT;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=108;WE=44172452;WS=44172434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	44173422	rs7594526	T	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=641;SC=GAAATCAGTGTGAAGGTAAAA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=44173430;WS=44173412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	44175366	rs72877186	A	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=941;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGGGGGGAAAAAACCTGAGTT;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=61;WE=44175374;WS=44175356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr2	44177560	rs59338949	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTAAAAGACACACATAACTAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=44177568;WS=44177550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	44177701	rs58811869	G	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=707;ReadPosRankSum=0.195;SC=TGCAATATTAGAGGGACTTAC;SOR=0.520;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=50;WE=44177709;WS=44177691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr2	44186498	rs11893433	A	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-1.890;SC=ACAATATTACAACAAATATTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=44186506;WS=44186488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	44187829	rs10190161	A	C	367.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TATTTTGATAAGCCAAAGATC;SOR=1.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=44187837;WS=44187819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
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chr2	44201376	rs4953042	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=932;ReadPosRankSum=1.211;SC=CTAGTAAAATTTGCAACGCTA;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=116;TCR=117;TR=68;WE=44201384;WS=44201366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,71:0.28:251
chr2	44202426	rs17031786	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AAACTAAAACATATGCTTATT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=25;WE=44202434;WS=44202416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	44209477	rs6741066	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=779;ReadPosRankSum=1.368;SC=CCCAATCAAACTGATTGGAAA;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=55;WE=44209485;WS=44209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr2	44471313	.	GA	G	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5338;HP=13;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=28;QD=12.3333333333;SC=AATCCTGCAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=44471321;WS=44471303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	44502788	rs3738985	A	C	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=103;PP=2965;SC=CGGATCCAGGAAGCTCAACAG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=118;TCR=103;TR=220;WE=44502796;WS=44502778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	44508835	rs11124986	G	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=269;SC=GTTTCCAGTTGTTATTTACTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=44508843;WS=44508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	44512971	rs3768919	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=754;SC=GTAAAAATACGTTGCAACCAT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=44512979;WS=44512961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	44531484	rs3738984	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=38;PP=1112;SC=GATGGTAAGTCCTCATGACAG;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=47;WE=44531492;WS=44531474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	44547574	rs698761	G	A	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=72;PP=2965;SC=CCGCTAAAATGAGAATAAGGT;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=161;WE=44547582;WS=44547564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	44547909	rs8886	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=330;SC=TGAATGTAACTGCTTTAAGAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=44547917;WS=44547899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	44548374	rs74690519	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGAGAAGCACATTTTAAAAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=44548382;WS=44548364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	44548613	rs2241871	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=30;PP=987;SC=AAAAATTAAATAGAAGGCCTT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=44548621;WS=44548603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	44556298	rs2033951	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=592;SC=TCTTTTATAATAACTGTTTTA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=44556306;WS=44556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	44565447	rs2289463	A	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=3;PP=164;SC=AAACTGCATAAATATTTTGAT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=44565455;WS=44565437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	44569474	rs2304769	G	A	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=135;SC=CAAAATAAACGTTTTAAGTCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=44569482;WS=44569464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	44569700	rs61004197	AAAT	A	323.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=162;SC=TTCTGAAAGAAAATAATGAGA;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=44569710;WS=44569690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	44570776	rs17580226	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=334;SC=CATAGGGATACATGAATCAGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=44570784;WS=44570766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	44570804	rs12053381	C	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=7;PP=661;SC=CTTCTCCCTCCCTCACATGCG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=44570812;WS=44570794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	44573624	rs698763	G	A	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=113;SC=TAGACTTAACGTTGTACAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=44573632;WS=44573614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	44617324	rs1085486	T	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=681;SC=CTTTTTTGAATACTAAAAATG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=44617332;WS=44617314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	44858596	rs145937282	GA	G	53.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTTTAAATAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=44858604;WS=44858589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	44858687	rs10191477	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=18;PP=1033;SC=AAGCAATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=1.316;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=44858695;WS=44858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	44931520	rs343989	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TAGCCCATCACGGATATTGAA;SOR=0.517;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=15;WE=44931528;WS=44931510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr2	44942384	rs343957	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=665;SC=TTTTTGGTCACTTCACAATCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=44942392;WS=44942374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	44993487	rs11679997	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=422;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GAGAGCAGTACATTAAATGCT;SOR=0.243;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=22;WE=44993495;WS=44993477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr2	44993542	rs343937	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTTTTAAAATATGTGAATTTC;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=21;WE=44993550;WS=44993532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr2	45170153	rs4953152	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=62;ReadPosRankSum=-1.524;SC=CAGGGAAGCCGTGACTCCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=9;WE=45170161;WS=45170143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
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chr2	45647043	rs3213788	C	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.229;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=883;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GCTGAAAAGACAAAGATCAAA;SOR=1.218;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=44;WE=45647051;WS=45647033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr2	45773816	rs2276657	C	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=0.775;SC=ATCACAAAAGCAACTTTAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=45773824;WS=45773806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr2	45774050	rs6708810	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=890;ReadPosRankSum=-1.322;SC=AAAATGTACAGAATGCACAAA;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=51;WE=45774058;WS=45774040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr2	45774548	rs1865685	A	C	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=31;PP=1623;SC=TATATGGTTTATTGTCTCTCA;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=45774556;WS=45774538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	45780962	rs3816107	C	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AATACAGAAGCGGGGAAAACC;SOR=0.496;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=41;WE=45780970;WS=45780952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr2	45826526	rs35501868	CT	C	2181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.715;NF=32;NR=16;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AGTACAACCCCTATGCTAGTC;SOR=0.632;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=48;WE=45826534;WS=45826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr2	45829286	rs12998864	A	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGTAAAAAAGAGATGCAAGAT;SOR=1.855;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=45829294;WS=45829276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	45879610	rs637909	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CCTCCCCGTCATTCCGGGAAC;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=19;WE=45879618;WS=45879600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	46237446	rs1987070	C	A	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=39;PP=2058;SC=TTATTCCATACATGCATAGAT;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=114;WE=46237454;WS=46237436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	46583235	rs6743991	C	A	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=83;SC=TGTGCCAGTCCCATCTGTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=46583243;WS=46583225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	46583277	.	C	CCG	647	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=4;PP=647;QD=59.9090909091;SC=GTCCCACCCCCCCCCCTTTCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=46583289;WS=46583267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr2	46583278	rs61586942	C	CG	550.74	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.34;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr2	46583279	rs142684263	C	CT	647	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.13;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr2	46583281	rs75984373	C	T	656.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.53;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr2	46583593	rs2278753	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CTCAGGCCACGCTCCCACCCC;SOR=1.293;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=30;WE=46583601;WS=46583583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr2	46602722	rs7567582	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=378;SC=CGCCCTGTTCTGTCTGTTCCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=46602730;WS=46602712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	46603671	rs7557402	C	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=47;PP=2097;SC=TCTTTCCCCCCCATTAGTGAG;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=46603679;WS=46603661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	46605659	rs7571218	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=264;SC=GTTAATTAGCAGCCCCTCTAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=46605667;WS=46605649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	46605954	rs7598371	G	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=1085;SC=GCTGTCTGGTGGACAGCAAAG;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=46605962;WS=46605944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	46608542	rs13006131	C	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=551;SC=CCTTCAGCATCTTATAGCTGA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=46608550;WS=46608537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	46771134	rs6714484	G	C	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AACAAACAGAGCCGGATAAGC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=31;WE=46771142;WS=46771124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	46987139	rs17771838	G	A	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1214;ReadPosRankSum=2.084;SC=TCTGTCGCGCGGTAATCTGCA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=78;WE=46987147;WS=46987129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,86:0.63:137
chr2	46987300	rs3768720	T	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=712;ReadPosRankSum=-1.930;SC=TCCCCAAAGGTTGTTAACTAG;SOR=0.457;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=49;WE=46987308;WS=46987290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr2	47081092	rs11687883	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=7;PP=421;SC=AAGGATGATACGGTTTGGCTG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=47081100;WS=47081082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	47081196	rs61507430	C	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=1.281;SC=TTATGGGGGCCGTTCTTTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=15;WE=47081204;WS=47081186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr2	47083030	rs3835756	ATG	A	264.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	47083041	rs200683836	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;MQRankSum=-0.668;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	47083044	rs1079	A	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.24;QD=39.11;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	47083252	rs11691225	G	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=730;ReadPosRankSum=0.598;SC=TCCCTTTTCTGTTATTGGCAA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=42;WE=47083260;WS=47083242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr2	47085398	rs2278711	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=722;SC=TGCGTGAGTCCGTCTGAACGA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=47085406;WS=47085388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	47132945	rs7600882	G	T	88.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TAGATATATAGAGAGAGAATA;SOR=0.223;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=47132953;WS=47132935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	47133055	rs11890177	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=9;PP=1247;SC=TGTTTCATTATGGCTCATTCT;SOR=2.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=61;WE=47133063;WS=47133045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	47177617	rs61738825	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=690;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CGAAGATGAGCGAAGCCAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=64;WE=47177625;WS=47177607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,70:0.31:228
chr2	47201797	rs6745836	A	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr2	47201988	rs72888545	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=0.609;SC=CGCAGACCTCCGCCTCCTCCT;SOR=0.959;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=13;WE=47201996;WS=47201978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	47250819	rs12988535	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	47251555	rs72872958	G	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1075;ReadPosRankSum=0.106;SC=TCTTCTCCTGGAAACCCAGCT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=89;WE=47251563;WS=47251545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,91:0.37:245
chr2	47251634	rs6713052	T	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=784;ReadPosRankSum=2.606;SC=GTCATGTAAGTCCTTTGAGCC;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=50;WE=47251642;WS=47251623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr2	47314052	rs1474394	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=357;SC=CAATCATGTTTTGTGGCCAGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=47314060;WS=47314045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	47317250	rs28679288	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=480;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TCACTCCTGATTGCCTTGACA;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=23;WE=47317258;WS=47317240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	47348347	rs1880583	C	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=41;PP=1461;SC=CTCCCCTCACCCCTAGCTGTC;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=47348355;WS=47348337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	47357458	rs58184321	A	G	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=107;PP=2965;SC=TCACTTCGTTATCTGTCATTC;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=182;WE=47357466;WS=47357448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	47357564	rs59073987	A	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=0.100;SC=GTGGAGCTTCAAAACATTTAA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=10;WE=47357572;WS=47357554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	47380203	rs815809	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=16;PP=526;SC=GGTGATCCCTTGAAATTAAAT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=47380211;WS=47380193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	47382214	rs815806	C	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=18;PP=1619;SC=GGAACGAGAGCGGCACGAAGG;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=47382222;WS=47382204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	47382342	rs815804	G	T	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=73;PP=2373;ReadPosRankSum=0.026;SC=CCACCCACCAGGTCTTCCCTT;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=156;WE=47382350;WS=47382332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,167:0.69:242
chr2	47596200	rs78212572	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=1.591;SC=GCCACCAAAGATCCCTAACGC;SOR=0.599;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=48;WE=47596208;WS=47596190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,51:0.30:170
chr2	47596694	rs116429842	C	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.528;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr2	47596763	.	T	TGGGCG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.464;NF=6;NR=10;PP=619;ReadPosRankSum=1.734;SC=TGGGCTGGGCTGGGGGGCAGC;SOR=0.803;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=16;WE=47596771;WS=47596753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr2	47601106	rs1126497	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=764;ReadPosRankSum=-2.040;SC=GGCACCTCCATGTGCTGGTGT;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=71;WE=47601114;WS=47601096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,72:0.39:183
chr2	47604118	rs141632294	A	AT	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.496;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr2	47604278	rs115536548	A	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=996;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TTTTGAGTATAAGGACAGCCA;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=74;WE=47604286;WS=47604268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,84:0.37:230
chr2	47604866	rs58450758	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TTGGTAAATACAGTTTTGGTG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=47604874;WS=47604856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	47630550	rs2303426	C	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr2	47656801	rs2347794	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=1.108;SC=AGCTGATTTAGTTGAGACTTA;SOR=0.188;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=47656809;WS=47656791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	47672569	rs1981929	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTGGAGACCTGCTGTACTATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=47672577;WS=47672559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	47739551	rs2303424	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-1.067;SC=AGACAGAACCAGGGCAGTGGT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=22;WE=47739559;WS=47739541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr2	47748292	rs2278139	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=658;ReadPosRankSum=-2.152;SC=CGGGGTCGGCACCGAGCGCGG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=51;WE=47748300;WS=47748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
chr2	48010558	rs1042820	C	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCTTGGCGCGCTCCGCGTCAC;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=64;WE=48010566;WS=48010548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr2	48010654	rs55927047	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=1.002;SC=GGGGTGGGGTCGAAGGCGGGG;SOR=1.318;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=48010662;WS=48010644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	48018081	rs1800932	A	G	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1132;ReadPosRankSum=1.239;SC=ACTTCTCACCAGGAGATTTGG;SOR=0.455;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=82;WE=48018089;WS=48018071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,93:0.67:139
chr2	48018314	rs3136282	T	A	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAAACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=11;WE=48018322;WS=48018304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	48022900	rs3136316	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=161;SC=GTGAGCCACCACACCTGGCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=48022908;WS=48022890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	48023115	rs1800935	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1046;ReadPosRankSum=1.574;SC=AACGTGCAGATGAAGCCTTAA;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=78;WE=48023123;WS=48023105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,82:0.68:120
chr2	48025694	rs1800936	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AACTGTCTTACATTATGGTTT;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=48025702;WS=48025684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	48030458	rs2072447	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=0.657;SC=TGAAAGTTATGTCTTATAATG;SOR=0.929;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=48030466;WS=48030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	48030838	rs2020911	A	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1019;ReadPosRankSum=0.149;SC=ACTGATTCTTAAAGTTTTGTT;SOR=0.951;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=67;WE=48030846;WS=48030828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr2	48032874	rs2234731	ACTAT	A	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=783;SC=TCATTTGAAGACTATCTATCT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=48032885;WS=48032864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	48032937	rs3136359	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGAAGTACATTTAAACAATAT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=48032945;WS=48032927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	48033551	rs3136367	C	G	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=83;PP=2965;SC=GGGCACTTCTCTTGCTAGCAC;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=188;WE=48033559;WS=48033541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	48040904	rs373765859	G	GA	3234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=32;PP=2510;SC=TATTAACACAGAAAAAAGATG;SOR=1.544;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=76;WE=48040912;WS=48040894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	48059870	.	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr2	48573895	rs79073127	G	C	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1326;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGCAAGGTCAGTGTTTATGAA;SOR=0.692;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=78;WE=48573903;WS=48573885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,83:0.66:125
chr2	48681849	rs143554082	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=468;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GATGAACTAGCTCTAAGTGAA;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=47;WE=48681857;WS=48681839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,50:0.28:178
chr2	48713729	rs72822226	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ATGTGACTTATATATAGATAA;SOR=0.084;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=13;WE=48713737;WS=48713719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	48722755	rs4443044	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=507;ReadPosRankSum=0.994;SC=TTTGTGTATGTTGGATGCAGG;SOR=0.540;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=27;WE=48722763;WS=48722745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	48725610	rs3811519	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=309;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CTCTAAGATACAACACTCTGT;SOR=0.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=21;WE=48725618;WS=48725600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	48732570	rs201179407	TC	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TAAAAGACAGTCCAAGGATGA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=7;WE=48732578;WS=48732560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	48732898	rs13389546	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=1.076;SC=GTATGGATCCATGTAGCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=48732906;WS=48732888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	48734576	rs6716341	G	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=1180;SC=CCCTGCAGGAGTTAGGACACT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=48734584;WS=48734566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	48738687	rs4528813	G	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1044;SC=ATTTCAGGAGGAAGAGGACAT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=48738695;WS=48738677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	48822381	rs2140551	G	A	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=27;PP=1712;SC=AAATAGAAAAGAAGTGGATTA;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=48822389;WS=48822371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	48844968	rs2293269	C	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=40;PP=1905;SC=TCCGAGGGCACTGCGTGCCGC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=48844976;WS=48844958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	48873978	rs10432667	A	G	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=84;PP=2965;SC=AACAAATTCTAATGTGGAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=185;WE=48873986;WS=48873968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	48898798	rs3920390	T	A	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=41;PP=1258;SC=CGGATAATGTTATTGTCTGTC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=48898806;WS=48898788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	48906625	rs1965508	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=21;PP=748;SC=ATCAGTTGGATTATATTGCAT;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=48906633;WS=48906615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	48915871	rs11125179	A	G	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=92;PP=2965;SC=AGCCCATAATATCTTCACAGG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=160;WE=48915879;WS=48915861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	48921375	rs2293275	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=21;PP=766;SC=TGTTTTGTTATTCACTTTCCT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=42;WE=48921383;WS=48921365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	48925746	rs6755901	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr2	48925986	rs70946824	AT	A	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.332;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	48948802	rs4490239	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=686;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TCCTCTGAGATGATCTCTTCT;SOR=0.293;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=38;WE=48948810;WS=48948792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr2	48948856	rs4637173	A	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1164;ReadPosRankSum=0.108;SC=ATTCCAATCCATGTTTTCTCT;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=79;WE=48948864;WS=48948846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,85:0.68:125
chr2	48952701	rs6545063	C	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=367;SC=GAGGAACATGCAAATAGTGCC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=48952709;WS=48952691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	48956431	rs11892719	T	A	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=45;PP=1457;SC=TCTGCATGATTATGAGCTATG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=48956439;WS=48956421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	48956475	rs11887058	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=36;PP=1089;SC=ACCACTGTGTCCCCCTGAAAA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=48956483;WS=48956465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	48956512	rs11897846	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=647;SC=GTTGTCCCCAAATCATACAGT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=48956520;WS=48956502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	48960032	rs10495960	G	A	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=85;PP=2965;SC=ATTCCCGAAGGCATTCCCAAG;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=124;TCR=85;TR=209;WE=48960040;WS=48960022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	48982485	rs4073367	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=101;SC=AACCACCAAGTTTTGGGTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=48982493;WS=48982475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	48982622	rs4073366	C	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=624;SC=GCATCAAGGGCGCCGCGACGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=48982630;WS=48982612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	49189921	rs6166	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=676;ReadPosRankSum=-1.170;SC=AGTGGAACCACTGGTGACTCT;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=54;WE=49189929;WS=49189911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr2	49191041	rs6165	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr2	49215977	rs2072488	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=332;SC=AGATGAGAGAGGAACGCAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=49215985;WS=49215967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	49216284	rs2072487	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=168;SC=ATGCGGTCTTCAGCTGAGGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=49216292;WS=49216274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	49217916	rs2072486	T	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=239;SC=ATACGTGAATTAGGCTCATGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=49217924;WS=49217906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	49241849	rs6708637	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=360;SC=TTTCCAATCCGCATTTTCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=49241857;WS=49241839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	49244559	rs2091787	A	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=11;PP=1219;SC=AGTATCAAGTAGGCCTTTTAG;SOR=2.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=49244567;WS=49244549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	49381253	rs7589810	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=1.810;SC=GGCAGGAGGGTTGGGCTGGGG;SOR=0.153;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=49381261;WS=49381243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	49381585	rs1394205	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=0.844;SC=CTGATTTCTTCCTGCATTTGC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=49381593;WS=49381575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	49510173	rs7578654	A	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CTGCTATATAACTTGATCTCT;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=84;TCR=106;TR=188;WE=49510181;WS=49510163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr2	50201110	rs9636391	A	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=22;PP=1224;SC=AGCTACCTGCAAGTTTTCACA;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=50201118;WS=50201100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	50201383	rs4971883	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AATGGCTGACGCACTACGGCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=50201391;WS=50201373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	50280283	rs1363050	T	C	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=209;SC=TTAAGCTAGTTTCAAAGGAAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=50280291;WS=50280273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	50280338	rs1363049	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=412;SC=TAGAAAAGACGCATATGCAGA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=50280346;WS=50280328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	50434741	rs17040210	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TACTATGTGACGGAACTTGAC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=50434749;WS=50434731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
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chr2	51254901	rs1045874	G	A	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ACCGAGGCCAGGGTGAGCTTG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=198;TCR=192;TR=250;WE=51254909;WS=51254891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,261:0.65:403
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chr2	52929780	rs6726935	T	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CTTCCACTCATGGCAGAAGGC;SOR=0.906;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=23;WE=52929788;WS=52929770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr2	52929844	rs6545299	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CAGAGAGAGAGGATGTACCAG;SOR=1.140;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=10;WE=52929852;WS=52929834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
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chr2	53920931	rs7563054	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=0.357;SC=TGTGTTCACCGATGAATCTTA;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=53920939;WS=53920921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	53927313	rs112093661	T	TAC	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=545;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AAAACACAGATACCCTTCTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=14;WE=53927321;WS=53927303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	53990532	rs13397311	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=1022;ReadPosRankSum=0.008;SC=TCTGTATCCACGGGTTTTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=53;WE=53990540;WS=53990522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr2	54014303	rs10181752	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.083;NF=30;NR=6;PP=662;ReadPosRankSum=0.990;SC=CTCCTCCTGGAGCAGAGGAGG;SOR=0.358;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=36;WE=54014311;WS=54014293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr2	54023247	rs72502136	GT	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=3.424;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=1.614;SC=GTTGTGTCAGGTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=54023255;WS=54023237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	54035508	rs2287345	G	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1076;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTCTCAGCCAGTGCTCACTGT;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=78;WE=54035516;WS=54035498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr2	54081923	rs72799239	T	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=522;ReadPosRankSum=0.239;SC=CTTCTTCTGCTCCCCAAAAAT;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=29;WE=54081931;WS=54081913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr2	54115845	rs72799248	T	A	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=1054;ReadPosRankSum=2.884;SC=ATAGGTTTTTTAAAAAAATTT;SOR=0.718;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=65;WE=54115853;WS=54115835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr2	54120185	rs1547980	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CATTACTAACGTGCTTAAAAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=54120193;WS=54120175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	54120820	rs805412	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=0.957;SC=CCTTAAAGAGGCAAAAACGTC;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=17;WE=54120828;WS=54120810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr2	54127041	rs805423	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=826;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CATTCTTTTCCTGTTGGCGTT;SOR=0.566;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=56;WE=54127049;WS=54127031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr2	54131154	rs17045370	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1506;ReadPosRankSum=1.034;SC=AGGAAAAAAACCCTATACCTT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=92;WE=54131162;WS=54131144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,105:0.65:161
chr2	54150237	rs3213775	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=651;ReadPosRankSum=0.259;SC=AAGAGCTTCAAAGATTCTTCT;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=42;WE=54150245;WS=54150227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr2	54153284	.	A	G	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=51;QD=21.4428031368;SC=GTACTATGAGAAACAGCACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=54153292;WS=54153274;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	54159999	rs3731973	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=788;ReadPosRankSum=1.218;SC=ACAGTTTATAGTCAACTTGCT;SOR=0.235;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=44;WE=54160007;WS=54159989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr2	54160059	rs3731972	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-1.191;SC=AATTCCCTGATGAACTTCATG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=54160067;WS=54160049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	54197829	rs78645734	C	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr2	54343012	rs7573491	C	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=1.096;SC=ACTTCCGCTCCGCCATGACAC;SOR=1.410;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=30;WE=54343020;WS=54343002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr2	54369120	.	T	TTGTGTGTG	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.849;NF=0;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCTGGCTAATTTGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=54369128;WS=54369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	54369154	rs10611682	TTTGTTG	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=0.725;SC=GTGTGTATATTTTGTTGTTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=54369167;WS=54369144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	54483272	rs61736715	C	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1591;ReadPosRankSum=0.711;SC=GCTGTGAGGACTCTCCGGGAG;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=96;WE=54483280;WS=54483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,103:0.68:152
chr2	54494370	rs865816	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=532;SC=GGCACAAAGAAGCTCCCAATA;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=54494378;WS=54494360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	54557360	rs59595339	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=371;ReadPosRankSum=0.545;SC=AGTGCTACACATACAAGCCCC;SOR=0.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=31;WE=54557368;WS=54557350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr2	54587596	rs2280718	C	T	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=50;PP=1831;SC=CCCAGCACTCCTGAGAGCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=54587604;WS=54587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	54587659	rs13184	G	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=612;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CTTTTCACTAGGCACAAGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=46;WE=54587667;WS=54587649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr2	54608883	rs11677654	C	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ACTTTTCCATCATGGGCACAT;SOR=1.154;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=8;WE=54608891;WS=54608873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	54839276	rs3796014	A	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=69;PP=2965;SC=ATGTGTCTCTACCTCTGCTCT;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=168;WE=54839284;WS=54839266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	54844926	rs7569127	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=723;SC=CTTAACTGTCTCACCGTGGTG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=54844934;WS=54844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	54848728	rs12713274	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=718;SC=CACTCATAAAATTTGCCAATA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=54848736;WS=54848718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	54855137	rs2971887	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=11;PP=1274;SC=AGGGAAGGCATAGCTTCATTG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=54855145;WS=54855127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	54855454	rs17046036	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=255;SC=GAAACACAGTGGGGCTTTTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=54855462;WS=54855444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	54858664	rs2229503	C	T	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=116;PP=2965;SC=TGTGGGAGAACAGACAAAATC;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=208;WE=54858672;WS=54858654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	54877146	rs3739109	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=517;SC=GCAGCCACCCAGGGGTGCTGG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=54877154;WS=54877136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	54882381	rs2271329	G	A	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=68;PP=2026;SC=TGCAGCTGGCGTCAAGATGTA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=54882389;WS=54882371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	54884870	rs966003	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=248;SC=TTAGAGTAGACGATAGACTGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=54884878;WS=54884860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	55040426	rs2631840	A	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=70;PP=2146;SC=GGAAGGAGCCATATATATGCA;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=126;WE=55040434;WS=55040416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	55091029	rs2358155	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-0.960;SC=ATCGCCAGGTCGGTAAGCAGG;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=35;WE=55091037;WS=55091019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr2	55093784	rs17417731	T	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	55118318	rs182524751	T	A	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=68;PP=2369;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTATCATTTATGTGATTGAGA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=149;WE=55118326;WS=55118308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,155:0.65:239
chr2	55121930	rs998230	C	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=621;SC=AGTTTTCCATCTCATATATTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=55121938;WS=55121920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	55180965	rs4671998	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	55186229	rs12623902	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=18;PP=974;SC=GAAGATGTTGTTTTGTTTACA;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=55186237;WS=55186219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	55186394	rs17346629	A	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=32;PP=1154;SC=CGGAAAAGAGAGGCCGTAAGC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=55186402;WS=55186384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	55187297	rs58866010	A	AG	3343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=2447;SC=AGAGGGCCGGAGGGGTAGTGG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=61;WE=55187305;WS=55187287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	55200800	rs2255112	T	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=559;SC=TGCTAAAGAATCTTATTAACC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=55200808;WS=55200790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	55201038	rs2255026	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=936;SC=TCAAAAAGAACGGAATGATTT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=55201046;WS=55201028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	55214618	rs2580769	A	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=12;PP=813;SC=TGTTTTCCAGACATCTCACCT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=55214626;WS=55214608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	55214912	rs2580770	C	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=435;SC=AAAACAAAAACGCTACTACAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=55214920;WS=55214902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	55277143	.	G	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGCGACGGGGGGAGCGGCCG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=32;WE=55277151;WS=55277133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr2	55404794	rs14026	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=620;SC=TTTCATGTCTGCAGAGAACAG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=55404802;WS=55404784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	55407754	rs6716066	C	T	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=109;PP=2965;SC=TCACTGTAGACAATCTGAGCT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=110;TCR=109;TR=219;WE=55407762;WS=55407744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	55407935	rs10183953	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=482;SC=AGCACAGTAGGACTGGATTTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=55407943;WS=55407925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	55439963	rs2118283	C	A	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=32;PP=987;SC=GAAAGGCTTTCTTATGTCTTT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=55439971;WS=55439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	55470115	rs11357	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=687;SC=TTTGCACTTACATCACCCACT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=55470123;WS=55470105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	55471407	rs2589083	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=485;SC=AATGTCATAATGTACTTTAAG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=55471415;WS=55471397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	55473371	rs2576724	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=11;PP=1309;SC=AATATTGTTCATGAACTAACA;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=55473379;WS=55473361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	55473386	rs3833559	CAT	C	3857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.12;NF=44;NR=17;PP=2972;SC=CTAACAATAACATGTAACAAA;SOR=2.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=61;WE=55473395;WS=55473376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	55473681	rs2589081	A	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=542;ReadPosRankSum=0.692;SC=GTCACATAATACTTGCAAGTT;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=55473689;WS=55473671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr2	55489629	rs2589093	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=467;SC=TTTAGATTTATTCTCAAATAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=55489637;WS=55489619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	55490819	rs1056445	G	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=29;PP=1729;SC=AGCAGCCCCAGTGAGCACATC;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=55490827;WS=55490809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	55518742	rs2249856	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=8;PP=729;SC=TGTGCACTTGTTTCACACTTA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=55518750;WS=55518732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	55522422	rs2589110	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=59;PP=2625;SC=TTATTCTGATAACTGGCCTAG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=124;WE=55522430;WS=55522412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	55527108	rs1545121	G	A	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=74;PP=2366;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGATGATGCTGATGAGCTTTT;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=125;WE=55527116;WS=55527098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr2	55528257	rs2576699	A	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=530;SC=GCTGGCAATGACGCATTCACC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=55528265;WS=55528247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	55599655	rs3111411	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	55760940	rs4671248	G	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=6;PP=1108;SC=CTTAAGGAACGAGAACAGTGA;SOR=3.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=55760948;WS=55760930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	55762957	rs3762513	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=381;SC=ATTAAGTTTACACCTAGATCT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=55762965;WS=55762947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	55764754	rs11280083	AATATGAATAC	A	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=2971;SC=TTTCTCTAATAATATGAATAC;SOR=2.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=55764771;WS=55764744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	55771050	rs3816489	C	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=5;PP=1261;SC=ATTCTAATTGCTCTTATTGTC;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=50;WE=55771058;WS=55771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr2	55812073	rs7594279	T	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=7;PP=1135;ReadPosRankSum=1.155;SC=GTCAGAAATCTATTATTTTGC;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=53;WE=55812081;WS=55812063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr2	55844445	rs782594	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=57;PP=1699;SC=TCCACCGCTCTAGCCGCCGCC;SOR=4.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=62;WE=55844453;WS=55844435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	55863360	rs35916020	T	TA	334.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.92;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr2	55873301	rs2627776	T	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=185;SC=TTCCACTTTTTAAAGCAATAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=55873309;WS=55873291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	55883317	rs2627765	G	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	55889062	rs782604	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=327;SC=ATCATAAAACGTAACAAACAT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=55889070;WS=55889052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	55894247	rs782637	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=35;PP=1355;SC=ATATAGGAAATAAGTACATTA;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=55894255;WS=55894237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	55898290	rs782632	C	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=54;SC=CATTCTAGGTCTAGGGAACAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=55898298;WS=55898280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	55898929	rs2627771	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	55898929	.	AC	GT	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=49;QD=34.1559582874;SC=GCCACTGCACACCAGCCTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=55898938;WS=55898919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	55898930	rs2627772	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	55899228	rs782631	A	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=441;SC=TCTGGAAACAAGAGGCAGTTT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=55899236;WS=55899218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	55900283	rs782629	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=2;PP=25;SC=ATTTTCAAATACCATGACATG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=55900291;WS=55900273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	55912120	rs782572	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=12;PP=359;SC=GAAGTACCAATCTCTCTTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=55912128;WS=55912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	55914621	rs809732	T	C	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=169;SC=TGGACTCTGGTTGTCTGGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=55914629;WS=55914611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	56216052	rs10865292	G	A	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=65;PP=2743;SC=GAAATTTGGTGTTTAATTTTG;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=56216060;WS=56216042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	56411817	rs35587531	C	T	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=17;PP=1065;SC=AAGTTGTTCCCCAGCCCCGGC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=56411825;WS=56411807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	56603118	rs72803075	C	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=0.899;SC=GTTGTGTCGTCGCTTGTTCGC;SOR=0.691;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=28;WE=56603126;WS=56603108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr2	56611543	rs34920355	C	CAAG	1613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.410;NF=3;NR=26;PP=1147;ReadPosRankSum=1.280;SC=TGATAGAAGACAAGAAGAAAA;SOR=0.510;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=106;TCF=8;TCR=98;TR=29;WE=56611551;WS=56611533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,47:0.35:136
chr2	58275666	rs986512	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CTTAAGGTGTGTCCTGCACTG;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=23;WE=58275674;WS=58275656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr2	58381785	rs848294	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=0.970;SC=TGGGGTCTCTTTGACCCATTT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=58381793;WS=58381775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	58387000	rs3732136	C	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=112;SC=TTGCTTTGTACTAGAAATAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=58387008;WS=58386990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	58388696	rs848291	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	58390679	rs12624152	T	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=255;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TTAAATCTTTTAGAAGTAGAA;SOR=0.287;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=22;WE=58390687;WS=58390669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr2	58392789	rs848288	T	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=2962;ReadPosRankSum=0.893;SC=CCAACTGTCATTGTTAGATTT;SOR=0.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=80;WE=58392807;WS=58392779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,85:0.73:116
chr2	58392797	rs148383677	TTTA	T	3656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=2967;ReadPosRankSum=1.125;SC=CATTGTTAGATTTATTTTCAT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=56;WE=58392807;WS=58392779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,91:0.71:129
chr2	58431410	rs1404459	G	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GAGAGCTGGAGAGGGGAACTG;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=29;WE=58431418;WS=58431400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr2	58453843	.	G	GA	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=0.494;SC=AACAGTGTCAGAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=58453851;WS=58453833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	58478722	rs61746304	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.650;NF=2;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-1.362;SC=TCCAGCCTCATCCTCAGACCC;SOR=1.577;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=7;WE=58478730;WS=58478712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr2	60614572	rs243080	G	A	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=40;PP=1775;SC=GAACGGCTCTGCAAGATGCCT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=60614580;WS=60614562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	60687959	rs7569946	A	G	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AGAAGCGCAAACTCCCGTTCT;SOR=0.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=213;WE=60687967;WS=60687949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr2	60768978	rs2665668	G	A	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	61007782	rs10496089	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=9;PP=909;ReadPosRankSum=0.416;SC=ATAATTATAAAGTTTCATGTA;SOR=0.696;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=55;WE=61007790;WS=61007772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr2	61008036	rs3845814	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=518;SC=ACTATAGTCCCCTTCCTCCTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=61008044;WS=61008026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	61014952	rs4672404	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=1.313;SC=TTTGGGAGGCAGAGGCGGGCA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=61014960;WS=61014942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	61119005	rs62149422	A	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=0.141;SC=TAGTTGCTTCATATACTAGCT;SOR=0.280;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=28;WE=61119013;WS=61118995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr2	61121492	rs842644	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	61175312	rs12479056	T	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TCTGGTCGATTTTTAAGTCCT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=83;WE=61175320;WS=61175302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,89:0.35:256
chr2	61180288	rs76770165	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr2	61191995	rs55776317	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ATGTTTGTGTGCTACAACTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=61192003;WS=61191991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	61235855	rs1182688	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.349;SC=GACTGAAAATCTCTACATAAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=61235863;WS=61235845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	61272779	rs112402825	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	61298684	.	CAA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	61304271	rs1729659	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=0.348;SC=AGGAGAATAAAGATTGTGAGA;SOR=0.366;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=37;WE=61304279;WS=61304261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr2	61308517	rs1177295	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	61319728	.	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.529;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	61348463	.	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=-0.502;SC=AGTGAATTTTTTTTTTAAGAT;SOR=1.460;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=21;WE=61348471;WS=61348453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr2	61384906	rs7558954	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CTGTGTCCACTGCCCCTAGTT;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=61384914;WS=61384896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	61385100	rs1665258	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr2	61385105	rs1729671	G	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr2	61385248	rs1177309	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CCTTGCTCCAAAGAGAACCCC;SOR=0.223;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=61385256;WS=61385238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	61389737	rs1729674	T	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GGTTTTTTTATATAAATGGTA;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=21;WE=61389745;WS=61389727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr2	61389799	rs1729673	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TAGCAAATGTGTATAGAAATA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=61389807;WS=61389789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	61404514	rs112583316	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.431;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	61404844	rs200589701	CCAGGGGGT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=421;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GGCCGCGGGGCCAGGGGGTCA;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=61404859;WS=61404834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	61412559	rs777585	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TGATGTTTTACTGAGAAGACT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=61412567;WS=61412549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	61413037	rs140026987	TATTA	T	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-2.052;SC=TTTTAAACCATATTAATTGTT;SOR=0.845;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=3;WE=61413048;WS=61413027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	61413723	rs1809028	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
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chr2	61417617	rs777591	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=288;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTAACTAATTAGAAATGACAC;SOR=0.440;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=24;WE=61417625;WS=61417607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr2	61420140	rs11897723	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=177;ReadPosRankSum=-1.850;SC=GAAATCAGAATAGGTTATAAT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=18;WE=61420148;WS=61420130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr2	61448493	rs11889205	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.022;SC=AGACTAGCTAGGAACTCTTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=61448501;WS=61448486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	61448776	rs2290324	A	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=753;ReadPosRankSum=1.123;SC=TATTTAGATCAATCTGAACCC;SOR=0.931;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=37;WE=61448784;WS=61448766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr2	61450454	rs2123111	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ATTAGTGGAAATAAGTTTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=61450462;WS=61450444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	61468761	rs72884996	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.491;SC=GTTCCATGCGTTTGTAAAACA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=20;WE=61468769;WS=61468751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr2	61483715	rs68101593	A	T	95.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	61484556	rs2060824	T	C	149.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=119;SC=TCAATGAACATATAACAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=61484564;WS=61484546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	61493225	rs113399084	T	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=637;ReadPosRankSum=0.914;SC=TTGAAGAATGTGATTTGCACT;SOR=0.913;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=52;WE=61493233;WS=61493215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,57:0.30:191
chr2	61522047	rs35292974	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-1.196;SC=AGATAAATTATTTTTATCAAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=61522055;WS=61522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	61522123	rs13014347	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=15;PP=841;SC=CCACTTGATCTTCACTTGAAT;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=61522131;WS=61522113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	61528299	rs11428092	T	TA	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=766;ReadPosRankSum=0.290;SC=ATACCATCTATAAAAAACAGG;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=27;WE=61528307;WS=61528289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr2	61538602	rs141750762	G	GAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAA	826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;QD=91.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	61552484	rs2593624	T	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	61566536	rs17008405	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.516;SC=TCATTCGAATTTGTCTATCTG;SOR=1.283;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=24;WE=61566544;WS=61566526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr2	61570886	rs72381726	AAAGT	A	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=1174;ReadPosRankSum=1.378;SC=TCCTTTCAACAAAGTAAGATA;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=25;WE=61570897;WS=61570876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
chr2	61575308	rs6722430	A	G	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=73;PP=2965;SC=TCTTTCTGACATGCCTTGGGA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=157;WE=61575316;WS=61575298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	61576517	rs811378	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=28;PP=848;SC=TCAACAAGATGTAAGTGGAGA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=61576525;WS=61576507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	61605614	rs10208769	T	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=1.188;SC=ATTCTTGCATTTGTCAGCAAA;SOR=1.356;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=29;WE=61605622;WS=61605604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr2	61622016	.	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr2	61647901	rs778155	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=367;ReadPosRankSum=-1.609;SC=AGGAATTGATATAAGTAAATA;SOR=0.941;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=23;WE=61647909;WS=61647891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr2	61648932	rs778156	A	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=2.655;SC=ACACACACACACGCGCGCGCG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=61648940;WS=61648922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	61713209	rs35844473	GGAAAATC	G	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=5;PP=431;ReadPosRankSum=-1.102;SC=ACTGAAAACAGGAAAATCTTG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=61713228;WS=61713199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	61713218	rs60155512	T	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.83;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	61713218	.	TGT	AGG	404	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=404;QD=114.366968716;SC=AGGAAAATCTTGTGTTTGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=61713228;WS=61713199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	61713220	rs61235340	T	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	61715159	rs111674543	GACT	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr2	61722519	rs74392163	G	GA	211.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=2.362;SC=ATACATTTTAGAAAAAGGCAC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=61722527;WS=61722509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	61729258	rs2305155	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	61729268	rs2305156	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr2	61749690	rs3732171	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CAGTCAACTACAATAAAAATG;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=15;WE=61749698;WS=61749680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr2	61749716	rs3732170	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=0.147;SC=AAAAACAAAACTCTGAATTTA;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=15;WE=61749724;WS=61749706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr2	61761169	rs1446532	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TTTAATTACAGAAAACTGAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=61761177;WS=61761159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	62053878	rs11392751	G	GA	33.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	62065851	rs17513666	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=820;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CTGAGGGTAACAAACTAAGGC;SOR=0.952;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=48;WE=62065859;WS=62065841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr2	62066927	rs4672457	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1723;ReadPosRankSum=0.811;SC=TCCTGCATCCACAAGCTGACC;SOR=0.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=91;WE=62066935;WS=62066917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr2	62067433	rs17513722	T	C	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=78;PP=2485;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGTACTGTAATTGTGGGCACC;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=252;TCF=134;TCR=118;TR=158;WE=62067441;WS=62067423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,165:0.63:261
chr2	62069358	rs11125895	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=690;ReadPosRankSum=0.970;SC=CCATAGTTTCTATGTGGGCAG;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=49;WE=62069366;WS=62069348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr2	62073918	rs58256183	C	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=104;SC=CCTCTGACTGCTTCCTGTCGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=62073926;WS=62073908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	62074140	rs113296637	A	AAC	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=139;SC=CTCTACTAAAAACAAAACTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=62074162;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	62074154	rs62149863	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	62081012	rs4270331	A	C	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=89;PP=2965;SC=CAGCGGGCTGAGCCACTTTCT;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=228;WE=62081020;WS=62081002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	62081217	rs1881616	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=1076;SC=CTGGCCCGGGACGGGAAAGCT;SOR=4.271;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=62081225;WS=62081207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	62095994	rs4672463	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=260;SC=AAACTTGGCCAGGCACGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=62096002;WS=62095984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	62096020	rs186144100	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCCTGTAATCCCAGCACTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=62096028;WS=62096010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	62096790	rs149499966	TTCTG	T	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.549;NF=3;NR=18;PP=912;ReadPosRankSum=0.917;SC=CTAGTTTTCTTTCTGTCTAAG;SOR=0.516;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=21;WE=62096801;WS=62096780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr2	62104343	rs7571143	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=402;SC=TCCACTGCTGCCTTACTATCA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=62104351;WS=62104333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	62107376	rs5831625	T	TC	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=7;PP=588;SC=TAAAGTTTGTTTTTTAAACTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=62107384;WS=62107366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	62107632	rs2272429	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	62112221	rs11429418	G	GA	1454.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=39;PP=637;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CAGATGGGGGGGAAAAAAAAG;SOR=0.754;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=45;WE=62112230;WS=62112204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,55:0.95:58
chr2	62112222	rs67059162	G	A	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	62112246	rs57035931	C	CT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	62228013	rs55677935	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TAGCGGGCTTCGGGGCCTGAG;SOR=0.860;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=42;WE=62228021;WS=62228003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr2	62228180	rs55785307	C	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=0.402;SC=GTTAGCTTGTCTATTCAGCTT;SOR=1.545;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=18;WE=62228188;WS=62228170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	62448855	rs10189468	G	A	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=192;SC=CACACAATGCGTCACACATGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=62448863;WS=62448845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	62450631	rs3811616	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=742;SC=AGTAATTTCTATATTAAACCA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=62450639;WS=62450621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	62729674	rs4672527	T	C	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=56;PP=1907;SC=AGTAGTCAGGTAAGATTGAAT;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=62729682;WS=62729664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	62729747	rs11443505	G	GA	1981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=1280;SC=ATTTAAGATAGAAAAAATTAT;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=37;WE=62729755;WS=62729737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	62739135	rs4405748	A	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=405;SC=AAAATATTTTATATATTACAC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=62739143;WS=62739125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	63058145	rs10210251	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=516;ReadPosRankSum=1.486;SC=TTTTGAATCATTGATGTAGAG;SOR=0.413;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=37;WE=63058153;WS=63058135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr2	63176075	rs111706386	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=786;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GTAACTTGGAGAAAGAAAAAT;SOR=0.457;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=44;WE=63176083;WS=63176065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr2	63176179	rs140508263	A	G	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1418;ReadPosRankSum=0.347;SC=GGATACTCATATAGTAGAGAT;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=92;WE=63176187;WS=63176169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,102:0.64:160
chr2	63283531	rs75938487	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=688;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GCTGCACCGCCCGCCTTTGCC;SOR=1.214;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=32;WE=63283539;WS=63283521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	63380809	rs7595595	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ATATTTTAAAGTTTCTGGGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=63380817;WS=63380799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	63486429	rs992214	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=23;PP=1122;SC=TTAAAAATAGCGTTAATTCTT;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=63486437;WS=63486419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	63540523	rs1517402	A	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=731;SC=TTTAACATATATCTGTGATAC;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=63540531;WS=63540513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	63605772	rs2292794	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=115;SC=CAGGAAAGATAAAATTAAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=63605780;WS=63605762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	63719887	rs17617855	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=0.571;SC=AAAGAAAGAATGCAACTCCAG;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=63719895;WS=63719877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	63720210	rs7563623	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=201;SC=GAATAAACATACTCTAGTGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=63720218;WS=63720200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	63798333	rs4671068	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=370;SC=GCATAAGCCACCGCGCCTGGT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=63798341;WS=63798323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	63815206	rs1109027	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-1.336;SC=TACTCCGCTCAGAAAAGGGAC;SOR=0.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=14;WE=63815214;WS=63815196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr2	63816672	rs10469944	C	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=175;SC=GCGTTTGCAGCAGACGTGTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=63816680;WS=63816662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	63822785	rs2305157	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=236;SC=ACTACCACTGTTTATTAACTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=63822793;WS=63822775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	63826528	rs7606045	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	63831734	rs9309355	C	T	87.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATTTCAGAAGCTTTTTATCTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=63831742;WS=63831724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	63850011	rs10200556	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=1.455;SC=ATCAGGGGTGCGGAGCCTGGG;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=35;WE=63850019;WS=63850001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr2	64069311	rs4671534	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.267;NF=23;NR=20;PP=606;ReadPosRankSum=0.700;SC=ATTTTACTAAGCCCCTAAAAT;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=43;WE=64069319;WS=64069301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr2	64069732	rs6546029	G	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=49;PP=1410;SC=GAGAAAAGCCGGGTGGGTTTT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=64069740;WS=64069722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	64084005	rs35253921	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=156;ReadPosRankSum=0.235;SC=TTTTTTACTTGTAAATCAATA;SOR=0.481;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=17;WE=64084013;WS=64083995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	64085114	rs10183479	G	A	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=54;PP=1624;SC=GTAATCTTGGGCACTGGTTTT;SOR=1.287;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=95;WE=64085122;WS=64085104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	64118158	rs368306965	TA	T	206	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7386;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TACTTCACTGTAAAAAAAAAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=64118166;WS=64118148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	64126765	rs3815616	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr2	64139901	rs2302809	A	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=349;SC=CTTATAAAGAACCAGTTTATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=64139909;WS=64139891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	64140301	rs10207847	A	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=428;SC=ACATGATGAGAACAGTGACAT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=64140309;WS=64140291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	64160716	rs143443338	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.229;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.667;SC=AATTTACATGGTTTTTCAATA;SOR=0.039;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=64160724;WS=64160706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	64323751	rs368871090	GA	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.515;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,28:0.20:141
chr2	64752493	rs11899438	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=0.359;SC=TAATGGGGATAGCAAGGTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=24;WE=64752501;WS=64752483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	64779509	rs3770740	G	A	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1934;ReadPosRankSum=-1.128;SC=TTGTGTTTCAGAAATAAGCAT;SOR=0.661;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=120;WE=64779517;WS=64779499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,126:0.63:200
chr2	64779793	rs374912539	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=975;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ATTTCCAAAGCCCAAACATTG;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=61;WE=64779801;WS=64779783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
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chr2	65216798	rs73934898	C	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=10.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
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chr2	65315880	rs1420184	G	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=45;PP=1381;SC=CTAATTCTTAGTGCATTTCTA;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=65315888;WS=65315870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	65315903	rs1420185	G	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=954;SC=ATCCATAATGGAGCGTGAGGA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=65315911;WS=65315893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	65473930	rs58944514	AAAATTTTC	A	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TGTTAAATCAAAAATTTTCTT;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=12;WE=65473945;WS=65473920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr2	65473971	rs28735109	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=269;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GAATAAAAATAATTGTTTTCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=65473979;WS=65473961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	65478371	rs7574628	T	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=270;SC=TTGAAATATTTTCAGTTTTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=65478379;WS=65478361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	65481008	rs268871	A	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGTAAGTGAAAGGAAAATATC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=27;WE=65481016;WS=65480998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr2	65482729	rs148755282	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.368;NF=42;NR=28;PP=1109;ReadPosRankSum=0.521;SC=ATTTTGAAACGGTTCGCATGA;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=70;WE=65482737;WS=65482719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr2	65482990	.	TTTAA	T	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.671;NF=0;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TAAGTTTCTATTTAATTATTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=65483001;WS=65482980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	65488538	rs268862	G	A	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=32;NR=49;PP=1569;SC=TACATTAGAAGTGGTGATTTC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=65488546;WS=65488528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	65495570	rs55843720	A	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	65495570	.	AT	CC	678	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=22;NR=7;PP=678;QD=25.2230301677;SC=GGTACCAAATATTACGTTCTA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=29;WE=65495581;WS=65495560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr2	65495571	rs60931828	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	65495573	rs72536103	A	AC	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=1095;SC=ACCAAATATTACGTTCTACTT;SOR=2.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=24;WE=65495581;WS=65495560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	65495887	rs268875	G	A	7859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=139;PP=2965;SC=GCTTGTTCCCGTCATACCCGT;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=272;WE=65495895;WS=65495877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	65496018	rs11424	C	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=845;SC=CTTGGGGAAGCTTTGTTAAAT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=65496026;WS=65496008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	65540905	rs8827	C	G	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1628;ReadPosRankSum=1.839;SC=CGGAGTCGGGCGCGTCCTGGC;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=329;TCF=160;TCR=169;TR=120;WE=65540913;WS=65540895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,125:0.37:338
chr2	65559027	rs2271198	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=530;ReadPosRankSum=1.205;SC=AACAGCAAACACTGCATTGCA;SOR=0.563;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=49;WE=65559035;WS=65559017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,53:0.32:165
chr2	65561392	rs4671658	C	T	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=66;PP=1861;ReadPosRankSum=-2.255;SC=AGAATCCATTCTCTACTTCTG;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=401;TCF=218;TCR=183;TR=145;WE=65561400;WS=65561382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,153:0.36:422
chr2	65604914	rs268120	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=696;SC=TCAAAGCGGCAGTCCTCAGCA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=65604922;WS=65604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	66665146	rs2280334	T	C	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.272;SC=CGCTTCCCTCTTTCTCTGTGC;SOR=0.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=197;WE=66665154;WS=66665136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr2	66667186	rs2271856	C	T	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=22.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	66667200	rs9309387	A	AACACACACACAC	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=35.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	66794834	rs1000756	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTTGGAGAAGGTGGAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=66794842;WS=66794824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	66795906	rs112723259	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TTTGTTTTTGTGGTAGTTCCT;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=133;TCR=160;TR=102;WE=66795914;WS=66795896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,103:0.33:309
chr2	66798282	rs2861108	G	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=213;SC=TTAATCACAGGGTTCTCTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=66798290;WS=66798272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	67637196	rs1569	G	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=58;PP=1700;SC=AAGACTTCACGAAGACTGCTG;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=67637204;WS=67637186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	68272883	.	G	A	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=25;QD=29.8856062736;SC=TAATATGTAAGTTATAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=68272891;WS=68272879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr2	68511584	rs735815	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.835;SC=CATATGTAAGAGAGATCTCTT;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=14;WE=68511592;WS=68511574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	68546304	rs4671897	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTCAGTCCTCTGCCTGTACCC;SOR=1.402;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=68546312;WS=68546294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	68546374	rs4671898	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr2	68546449	rs13025842	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=2.080;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	68592584	rs880668	T	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=84;PP=2815;SC=AGACTTGGGTTCAGCTCCACC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=141;WE=68592592;WS=68592574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	68613710	rs2070171	G	A	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=39;PP=1978;SC=TTGCTTCATCGCTGCTCAATG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=68613718;WS=68613700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	68615654	rs2241946	T	C	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=112;PP=2965;SC=CCATCTAGCCTTTTCCCTTTA;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=198;WE=68615662;WS=68615644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	68620410	rs17602092	T	A	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=88;PP=2893;SC=TCCATTCAAATAAATAAATCC;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=161;WE=68620418;WS=68620400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	68621338	rs17530191	G	T	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=65;PP=2076;SC=GAGAGAGGTGGGTCTGCTCAG;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=105;WE=68621346;WS=68621328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	68621427	rs34196827	G	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=647;SC=GAATGGGGCAGGCATGGTGGC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=68621435;WS=68621417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	68622658	rs1373200	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=141;SC=AATGAATTATCCTATAATCAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=68622666;WS=68622656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	68622914	rs1063479	G	A	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=80;PP=2791;SC=GAGTGGATCAGAGCCATCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=137;WE=68622922;WS=68622904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	68622952	rs1050181	G	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=63;PP=2087;SC=GAAGTAAAGAGACTCCTGCAT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=68622960;WS=68622942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	68753240	rs35002937	T	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CAAAGATAAATCCCAGCTAAA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=77;WE=68753248;WS=68753230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,86:0.75:114
chr2	68762501	rs13413327	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=594;ReadPosRankSum=-1.981;SC=ACCTCATTGCGTTACTAATTT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=38;WE=68762509;WS=68762491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr2	68765205	rs13404469	C	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=42;PP=1924;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GGGCGACTCACTTCAGGATGA;SOR=0.824;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=118;WE=68765213;WS=68765195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,125:0.66:188
chr2	68794528	rs6751531	G	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=0.148;SC=AGGTAAGTAAGTTTACTTCAG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=16;WE=68794536;WS=68794518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	68881938	rs140852128	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.251;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	69002281	rs11685672	C	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=617;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GGGTTCCTCTCTCCTCTCCGC;SOR=0.454;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=45;WE=69002289;WS=69002271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr2	69009304	rs2271834	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=312;ReadPosRankSum=0.889;SC=TGTTGTCCAACCCAATTTTAG;SOR=0.552;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=25;WE=69009312;WS=69009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr2	69043264	rs67399232	CT	C	1289.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=607;ReadPosRankSum=-2.053;SC=AGTTATTTCCCTTTTTTTTTT;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=23;WE=69043283;WS=69043254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr2	69043266	rs78107572	T	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-2.234;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr2	69043539	rs2271832	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=542;SC=AACCCCATCAGAAAGAAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=69043547;WS=69043529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	69045158	rs10197806	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.748;SC=AAGCAGGTACCCAGGAAATAA;SOR=0.871;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=69045166;WS=69045148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	69049941	rs10177248	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=642;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TTGCAGAGGATGGTCCAAGAG;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=219;TCF=101;TCR=118;TR=67;WE=69049949;WS=69049931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,71:0.30:235
chr2	69173324	rs78488637	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=255;ReadPosRankSum=0.717;SC=AAAGCAAACTGAACTGAGTAC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=12;WE=69173332;WS=69173314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	69173570	rs1128272	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1203;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GGTGTATTTGCTGGAGAACAT;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=73;WE=69173578;WS=69173560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,80:0.74:108
chr2	69180161	rs7561266	T	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=1.643;SC=AGAATTGAGATCCAACCACAT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=69180169;WS=69180151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr2	69267328	rs4527236	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=0.091;SC=TCTATTAATTACTACATACTT;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=15;WE=69267336;WS=69267318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr2	69271782	rs62135617	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=0.485;SC=TCTGGCAGCCGTGATAGAAAG;SOR=0.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=18;WE=69271790;WS=69271772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr2	69297622	rs4591376	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=252;SC=TGACCCTGAACGGATAATATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=69297630;WS=69297616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	69298817	rs13030844	T	C	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CAGAGCCCATTATCCACTATG;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=78;WE=69298825;WS=69298807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr2	69300087	rs57008189	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	69300088	rs67110959	GGAC	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	69300093	.	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	69300243	rs10202939	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=1.112;SC=GGTAAGCAACGGCCTGGCTGT;SOR=0.878;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=26;WE=69300251;WS=69300233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr2	69304719	rs7424907	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=436;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CTGGTGTTTTTCTGCTTAAGA;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=34;WE=69304727;WS=69304709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr2	69304779	rs13419465	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.633;SC=CCATCTCTCCCTTCTGCCTTT;SOR=0.090;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=15;WE=69304787;WS=69304769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr2	69317925	rs4854546	G	A	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GCTAAAAGCAGAACCCTGATT;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=208;WE=69317933;WS=69317915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr2	69318129	rs4241348	T	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=699;SC=TACTTCATTGTTGGTGGGGTG;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=69318137;WS=69318119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	69318161	rs13412636	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.608;SC=CAGGAAGGGGTAGGGTGAAAA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=69318169;WS=69318151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	69330118	rs6710260	A	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-0.935;SC=AGTGGCTTCAAGGAAGGGAAT;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=31;WE=69330126;WS=69330108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr2	69330284	.	G	A	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5103;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=57;QD=22.9428031368;SC=TGGGTGTCCAGCTTGGTAAGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=69330292;WS=69330274;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr2	69409029	rs6749826	C	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=2.103;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr2	69420574	.	GTC	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr2	69553375	rs201330278	GA	G	313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5261;FS=0.000;HP=18;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=176;ReadPosRankSum=0.458;SC=CCTGCAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=18;WE=69553384;WS=69553358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr2	69565563	rs113734896	TA	T	3199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=22;PP=2774;SC=TTTAAGTCTTTAAAATTAACA;SOR=2.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=74;WE=69565571;WS=69565553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	69565842	rs11296709	TA	T	651.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.73;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	69565844	rs116730412	A	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.24;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	69573029	rs6722492	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=23;PP=1039;SC=AATTCATATGTAATTACCAGT;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=69573037;WS=69573019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	69577419	rs199986900	CA	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.431;NF=0;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=2.093;SC=CATAGCAACACAAAACAATTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=69577427;WS=69577409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	69581850	rs61401084	T	TA	53.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=69;SC=AAGAATTTTTTAAAAAAATCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=69581858;WS=69581840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	69586293	rs6546505	A	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=16;PP=772;SC=CAAGAAATTAATTGATGACAC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=69586301;WS=69586283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	69614161	rs6720415	A	G	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=73;PP=2466;SC=CCCCAGCGCCACCCGGCAACA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=140;WE=69614169;WS=69614151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	69633382	rs6546513	A	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GATGACAGAAACATTCATTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=69633390;WS=69633372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	69646504	rs7605572	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=243;SC=AGCATATTTCGCTTGATTCTT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=69646512;WS=69646494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	69693747	rs57171084	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=289;SC=GAACATTTAATGGTCAACCCG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=69693755;WS=69693737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	69709919	rs6721259	A	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=56;PP=1900;SC=AAGTGTCAGGAGATTTGAGTC;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=69709927;WS=69709909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	69741801	rs6757825	C	T	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=35;PP=1780;SC=TCTGCATTAGCTGCTGTTGAG;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=69741809;WS=69741791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	69741854	rs6715776	T	G	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=63;PP=2918;SC=ATTGCTGGTTTCTGGGTTGCT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=69741862;WS=69741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	69746296	rs7603932	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=27;PP=1169;SC=CCTGAGTTTGCGGCAGAGGCT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=69746304;WS=69746286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	69759415	rs2276687	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=849;SC=TGTGCACAGGGAAGTTATTCC;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=69759423;WS=69759405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	69771484	rs3771544	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=922;ReadPosRankSum=0.599;SC=GAGTGCAGTGCACATTAAGTG;SOR=0.255;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=56;WE=69771492;WS=69771474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr2	69784278	rs3821277	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=16;PP=357;SC=TCTCAGAACTTGGAGATATTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=69784286;WS=69784268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	70188676	rs3796097	T	C	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=85;PP=1887;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CGAAGCAGAGTGGGGATGACT;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=83;TCR=135;TR=140;WE=70188684;WS=70188666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,140:0.65:217
chr2	70458050	.	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=3.449;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	70508835	rs201805621	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GAGAAAAATAAATTTGAAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=13;WE=70508843;WS=70508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	70676639	rs538118	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=12;PP=1206;SC=GGCAGGCCCCATGGGTCAGAT;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=70676647;WS=70676629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	70905099	rs2902577	T	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=517;SC=GGGCCCAACATCCTGCATGGA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=70905107;WS=70905089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	70906115	rs2074815	C	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1496;ReadPosRankSum=-1.568;SC=AAAAATAGAACCACTTATGGG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=100;WE=70906123;WS=70906105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr2	70915134	rs2074820	C	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=540;ReadPosRankSum=1.736;SC=CCTGGGCCCACTTTCCAGGAG;SOR=1.633;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=28;WE=70915142;WS=70915124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr2	70915320	rs7340254	T	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.01;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr2	70915323	rs7340145	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr2	70915347	rs7340146	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TCAACTTCCACAACCAATCCC;SOR=0.121;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=28;WE=70915355;WS=70915337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	70917768	rs12691192	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TTGGGGTACACAGCAAAATCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=70917776;WS=70917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	70917812	rs10084293	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr2	70933636	rs2287096	T	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=913;ReadPosRankSum=2.216;SC=TACACGTTTCTCAGAGCACAG;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=49;WE=70933644;WS=70933626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr2	70933659	rs11682965	T	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
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chr2	70995217	rs2287098	A	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=1.647;SC=GGCGGCGGGGATGACTGGCCA;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=70995225;WS=70995207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	71004413	.	C	CA	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.9996;HP=16;HapScore=2;MGOF=97;MMLQ=16;MQ=57.45;NF=2;NR=2;PP=47;QD=12.5;SC=AACTCTATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=71004421;WS=71004403;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr2	71012604	rs7566541	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=618;ReadPosRankSum=0.370;SC=GGCGACAAGCGTGTGCTGGCT;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=41;WE=71012612;WS=71012594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr2	71012734	rs7566476	C	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=668;ReadPosRankSum=1.094;SC=TGATTCAGAACTGTTGTTACT;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=48;WE=71012742;WS=71012724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
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chr2	71044211	rs2075221	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
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chr2	71062833	rs11450450	G	GC	5931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=69;PP=2957;SC=GATGTGGCTTGCTCGGGGCCA;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=89;WE=71062841;WS=71062823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	71160421	rs2270262	G	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=608;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AGGCCCCGGAGAGGAGGGGCT;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=37;TCR=83;TR=42;WE=71160429;WS=71160411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr2	71162930	rs55655347	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-2.095;SC=TTTACTGTCAACCTAGAGGAG;SOR=1.942;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=11;WE=71162938;WS=71162920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr2	71163086	rs11681642	T	C	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1499;ReadPosRankSum=1.379;SC=GACTGCTCCATGGCCATGGAG;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=116;WE=71163094;WS=71163076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,128:0.70:182
chr2	71163173	rs17720303	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=747;ReadPosRankSum=0.443;SC=CAGGCGGTCACCCGAAACTAC;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=65;WE=71163181;WS=71163163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,69:0.35:199
chr2	71163225	rs759219	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=0.009;SC=TCCACCGTGACGGGTGAGGTC;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=52;WE=71163233;WS=71163215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr2	71175645	rs11126312	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=743;ReadPosRankSum=-0.667;SC=AAATAATGAGGCAGGGCCCGT;SOR=1.150;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=47;WE=71175653;WS=71175635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr2	71205976	rs1115049	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=871;SC=TCCCGGCTGCAGGGAGCGAGA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=71205984;WS=71205966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	71206058	rs1115050	A	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=230;SC=CCGAGAAGCCAGCAGAGACAG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=71206066;WS=71206048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	71206626	rs3771383	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=593;SC=GGGCAGGGAGGTTGGGTGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=71206634;WS=71206616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	71211417	rs72832792	C	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=58;PP=1596;SC=GGGACTGTGTCTCCCATGTCA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=82;WE=71211425;WS=71211407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	71211815	rs3796098	G	A	9405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=144;PP=2965;SC=GCCACTCTCTGGTCTCCAATA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=196;TCR=145;TR=340;WE=71211823;WS=71211805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	71211989	rs3796099	A	G	12348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=228;NR=236;PP=2965;SC=AGCGGCCCACAATGTGGAATG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=466;TCF=229;TCR=237;TR=464;WE=71211997;WS=71211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr2	71212129	rs3796100	A	T	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=101;PP=2965;SC=CCTGATGGGCACGGCGGTGCG;SOR=0.868;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=190;WE=71212137;WS=71212119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	71212405	rs61732279	T	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=1362;SC=CTCCCCACCCTGCCCTCCCCA;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=71212413;WS=71212395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	71216246	rs2286980	A	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1296;SC=AGGGGGCCACACCTGATCTCC;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=71216254;WS=71216236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	71220793	rs2276684	T	G	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=27;PP=1446;SC=GGCAAAAGAGTGAGGAGGACT;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=75;WE=71220801;WS=71220783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	71221822	rs2302561	A	G	8557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=168;NR=151;PP=2965;SC=TCTCACCGACAGCCAGCGTGA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=168;TCR=151;TR=319;WE=71221830;WS=71221812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	71304538	rs147845543	C	CT	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.644;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr2	71351403	rs6748672	C	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1425;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGGACTGTCACGTCCCAATGG;SOR=0.792;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=86;WE=71351411;WS=71351393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,90:0.63:143
chr2	71357417	rs2012479	C	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.184;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1052;ReadPosRankSum=2.221;SC=GAGGGCGGGGCGGGAGGCAGA;SOR=1.018;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=221;TCF=86;TCR=135;TR=72;WE=71357425;WS=71357407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,75:0.33:224
chr2	71357634	rs1813348	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=0.888;SC=TGCGAAAGCGCTCGCGCTGCC;SOR=1.206;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=14;WE=71357642;WS=71357624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	71357710	rs981947	G	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=666;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TGAAATCCAAGTTGCGCTGGG;SOR=0.475;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=49;WE=71357718;WS=71357700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr2	71360144	rs10199088	A	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=883;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTGTGATAGAAAATTTTGAT;SOR=0.968;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=69;WE=71360152;WS=71360134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,71:0.31:226
chr2	71360282	rs13010513	G	A	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=82;PP=2615;ReadPosRankSum=0.129;SC=GAACAGGAACGTGAAGAGGAT;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=287;TCF=149;TCR=138;TR=174;WE=71360290;WS=71360272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,183:0.61:300
chr2	71360625	rs1813160	G	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=663;ReadPosRankSum=1.214;SC=ATAATGATGAGGAGGAGGAAG;SOR=0.642;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=211;TCF=98;TCR=113;TR=62;WE=71360633;WS=71360615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,67:0.30:227
chr2	71360723	rs1813159	A	G	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=51;PP=1467;SC=TTTTGAGAGAAGAGAGAGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=76;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	71360735	rs138856662	T	TTCC	3277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.28;NF=1;NR=29;PP=1591;SC=AGAGAGCACTTTCCTCCTCAA;SOR=1.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=30;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	71361332	rs9941620	T	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr2	71365509	rs357757	C	T	43.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	71365676	rs357756	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=0.044;SC=AGCCGTGGCAGCTTCAGGGGG;SOR=0.345;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=20;WE=71365684;WS=71365666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr2	71367198	rs17655204	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CCTGAGAGGAGCAAGAAGCCA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=71367206;WS=71367188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	71375065	rs357744	A	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=0.774;SC=ATAGGTTCACAGTTCACACAT;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=16;WE=71375073;WS=71375055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr2	71376999	rs6574	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	71415479	rs357780	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=376;SC=GTCACAGTATTGTGAGACCAC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=71415487;WS=71415469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	71417065	rs357777	G	T	5824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=119;PP=2965;SC=GGTCTCGTGAGGGAATAAACC;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=80;TCR=119;TR=199;WE=71417073;WS=71417055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	71429687	rs13001756	C	G	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=1742;ReadPosRankSum=0.658;SC=ATTTTACACTCGGTGATGTAT;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=84;TCR=118;TR=114;WE=71429695;WS=71429677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,123:0.59:210
chr2	71503874	rs2542538	T	C	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,114:0.62:185
chr2	71503978	rs59596777	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CGGCAGGGCGTCGCACGTTGG;SOR=0.235;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=23;WE=71503986;WS=71503968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr2	71607539	rs17693408	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=0.191;SC=TATCACTCCAGTTGAATTATT;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=4;WE=71607547;WS=71607529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	71615571	rs2542529	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=1;PP=1109;SC=GGGGCAACAACTACCCACAGA;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=42;WE=71615579;WS=71615561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	71620818	rs6741436	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=44;PP=1271;SC=GCTCTCGCTTCCCCTGCAACC;SOR=1.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=71620826;WS=71620808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	71627539	rs3771371	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=0.036;SC=TACTGTTTAACCTATTGTGGA;SOR=0.660;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=15;WE=71627547;WS=71627529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr2	71633275	rs3732233	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TAGATACAATTTATGATCGAT;SOR=1.427;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=16;WE=71633283;WS=71633265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr2	71633389	rs6714975	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=2.556;SC=GTAATAGAAACAAGGTAACAA;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=13;WE=71633397;WS=71633379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr2	71635931	rs12466025	G	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=572;SC=GACCTTATATGTGGTGTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=71635939;WS=71635921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	71636036	rs12474072	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	71645628	.	G	GTT	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=22;QD=15.5;SC=CATTTTTAAGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=71645636;WS=71645618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr2	71645828	rs4852783	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.483;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	71645854	rs71402979	TGTA	T	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.577;NF=1;NR=11;PP=521;ReadPosRankSum=-0.168;SC=ATGGCTCACATGTAGTGAAAA;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=71645864;WS=71645844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	71645890	rs4852784	G	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=326;SC=TTTATTTTGTGTACATATGGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=71645898;WS=71645880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	71651939	rs12613800	T	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=0.603;SC=ACAATGTTAGTGACTAAGAGT;SOR=2.027;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=24;WE=71651947;WS=71651929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
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chr2	71708825	rs71402983	T	TATCC,TATCCATCCATCC	676.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=10,10;NR=2,2;PP=173,647;SC=GGTCTTCATCTATCCATCCAT;SOR=2.985;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=12,12;WE=71708833;WS=71708815;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
chr2	71747235	rs11675897	A	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=51;PP=2407;SC=TAATGGAATCATATAATGCAC;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=137;WE=71747243;WS=71747225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	71747432	rs11687223	G	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=37;PP=1057;SC=CCTCCTGGGGGTTTTAGAATC;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=71747440;WS=71747422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	71747851	rs12713755	T	C	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=14;PP=1406;SC=CCATCCTGGGTTCCCGGATGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=71747859;WS=71747841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	71747899	rs12713756	G	A	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=49;PP=2316;SC=GGGATCACCAGAGGATGTTGT;SOR=1.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=126;WE=71747907;WS=71747889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	71753487	rs35982795	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.040;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GTGCGTGGGGCGCGCCCTTGG;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=24;WE=71753495;WS=71753477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr2	71755380	rs4852800	A	G	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=37;PP=2298;SC=TCAGGGTTTTAGAGGAGAGAC;SOR=1.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=112;WE=71755388;WS=71755370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	71762232	rs4852801	C	T	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GAGCCTCCTGCCCCCAGCAAA;SOR=1.077;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=315;TCF=120;TCR=195;TR=199;WE=71762240;WS=71762222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,206:0.63:326
chr2	71762310	rs4852802	A	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1360;ReadPosRankSum=0.410;SC=GCATCCTGCCAGTATCCCAGA;SOR=1.041;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=68;WE=71762318;WS=71762300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr2	71766487	rs7609409	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=353;ReadPosRankSum=1.824;SC=TAAGGCCTCTGTTGCCCATTT;SOR=0.395;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=22;WE=71766495;WS=71766477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	71776345	rs736096	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr2	71776345	.	CA	TG	758	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=36;NR=13;PP=758;QD=16.5605688747;SC=GGCCTCGGGCCACATCTGTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=49;WE=71776354;WS=71776335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr2	71776346	rs934061	A	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.28;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr2	71780215	rs2303596	T	C	9066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=177;PP=2965;SC=ATGTGGATGATGCCATCCAGT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=154;TCR=177;TR=331;WE=71780223;WS=71780205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr2	71780821	rs2303597	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=184;SC=GTGTGGTCCCTTTCCCAGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=71780829;WS=71780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	71781161	rs5832058	GAC	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGCACACACTGACACACGGCT;SOR=0.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=5;WE=71781170;WS=71781151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	71795152	rs2288355	A	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1381;ReadPosRankSum=1.726;SC=TTGGGCTCTCAGTGGATGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=195;TCR=185;TR=121;WE=71795160;WS=71795142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,124:0.31:404
chr2	71796865	rs10205023	C	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=715;SC=GGCTGACATACGCAGGGGTGC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=71796873;WS=71796855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	71797176	rs10183967	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;ReadPosRankSum=0.186;SC=ACCTCCGGAGACTTCATGCTT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=17;WE=71797184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr2	71797712	rs3764971	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=506;ReadPosRankSum=1.652;SC=ATGAGTGACCGGTTCCCCCTC;SOR=0.712;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=30;WE=71797720;WS=71797702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	71801334	.	C	CAGGCGG	2113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.845;NF=18;NR=19;PP=1978;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GCAGCACAGGCAGGCGGAGGC;SOR=0.833;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=37;WE=71801351;WS=71801324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr2	71817003	rs1473228	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=549;SC=GTCCGTGCCTATCTGTGTGGT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=71817011;WS=71816993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	71817571	rs720541	A	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=1.222;SC=CGTCAGGTGCAGCAAACTCTT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=26;WE=71817579;WS=71817561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	71828423	rs2303604	A	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=365;SC=AACCCGAATAAGTAGACTGAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=71828431;WS=71828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr2	71838597	rs2303606	C	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=0.063;SC=GTGCTTAGATCCTGGCATGGG;SOR=0.640;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=55;WE=71838605;WS=71838587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,63:0.35:182
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chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	4513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=25;PP=2506;SC=AGGACAAAGTAAGCAACTGCC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=55;WE=72692280;WS=72692262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	72707874	rs653220	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=0.964;SC=TAATAATCTGAACAAGCTAGA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=25;WE=72707882;WS=72707864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr2	72742083	rs57089571	GAC	G	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=0.882;QD=23.35;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
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chr2	73151231	rs1561247	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.421;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=1025;ReadPosRankSum=1.819;SC=CTCTCGAGTGCGGGGAGGTGT;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=50;WE=73151239;WS=73151221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr2	73339430	rs4143146	T	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.204;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=496;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AGCCCCGCCCTGTTAGGCCTT;SOR=0.362;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=165;TCF=102;TCR=63;TR=50;WE=73339438;WS=73339420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,53:0.31:172
chr2	73339708	rs1864488	G	A	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=1566;ReadPosRankSum=1.331;SC=GCCACTCGGGGCAGCCGTGCG;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=425;TCF=231;TCR=194;TR=135;WE=73339716;WS=73339698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,145:0.32:451
chr2	73429742	rs60009779	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=0.928;SC=TGCAGAATCTTCTCACTTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=73429750;WS=73429739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	73430234	rs13432787	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=371;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AGAGCCTAGGTCGCCACTGCC;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=19;WE=73430242;WS=73430224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	73441385	rs55857338	C	G	7208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.828;SC=AAGGCGGAGGCGCGCCCAAGA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=253;TCR=192;TR=303;WE=73441393;WS=73441375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,321:0.69:464
chr2	73441513	rs55833912	C	T	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=91;PP=2137;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CGGGTCCTGCCGGGAGCCTCT;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=52;TCR=136;TR=124;WE=73441521;WS=73441503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,126:0.65:195
chr2	73447736	rs2303905	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=565;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GCAGTTAGAGGAGGTGATTCT;SOR=0.355;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=35;WE=73447744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr2	73447775	rs2303904	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=0.434;SC=ACTGACCTCTATCCCACCTAA;SOR=0.345;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=43;WE=73447783;WS=73447765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr2	73450139	rs17008885	A	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=910;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TGTAATGAGCACTCATCTCTT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=60;WE=73450147;WS=73450129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr2	73452127	rs58429816	AG	A	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GGTGGGCAGTAGGCCTTGGAA;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=73452135;WS=73452117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	73455747	rs2288631	C	T	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=91;PP=2852;ReadPosRankSum=1.147;SC=TTTCTTGGTACCCCATCATGC;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=355;TCF=186;TCR=169;TR=197;WE=73455755;WS=73455737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,214:0.57:376
chr2	73460293	rs70965722	AGGGCC	A	2221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.024;NF=1;NR=30;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GACCATCTCCAGGGCCGGGCC;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=31;WE=73460305;WS=73460283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr2	73461483	rs1053329	C	A	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=2073;ReadPosRankSum=0.658;SC=GGGAGAGTGGCGGGCCGCTGA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=133;WE=73461491;WS=73461473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,138:0.68:202
chr2	73467676	rs3835072	GAA	G	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.580;NF=7;NR=35;PP=1527;ReadPosRankSum=0.532;SC=GCTGAGGTAGGAAAATAGTTG;SOR=0.846;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=42;WE=73467685;WS=73467666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr2	73471653	rs1018342	T	G	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=39;PP=2183;ReadPosRankSum=-3.120;SC=CTGATGCAGATTCTGCCCTTG;SOR=1.068;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=125;WE=73471661;WS=73471643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,129:0.75:171
chr2	73477351	rs909065	T	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=688;ReadPosRankSum=-2.032;SC=CTGCTGAGTGTTGGGGGGGCT;SOR=0.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=46;WE=73477359;WS=73477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
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chr2	73490412	rs34363861	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=838;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAATGACCTCATGGCCCACGG;SOR=0.394;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=59;WE=73490420;WS=73490402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr2	73513046	.	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=0.148;SC=ATGAAGACGCTAAAATTCAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=73513054;WS=73513036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	73613031	rs193922695	T	TGGA	426.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=462;ReadPosRankSum=0.673;SC=CCGGGCGAGCTGGAGGAGGAG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=73613039;WS=73613021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr2	73650122	rs1881246	T	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=75;PP=2292;SC=TTTATTTGCATGTAACCTTTC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=108;WE=73650130;WS=73650112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	73675019	rs66492706	CT	C	235.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=175;SC=TCAAAGCTGGCTTTTTTTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=73675027;WS=73675009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	73675110	rs73945001	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TAAAGGAGGCATAGCTAAAGT;SOR=0.960;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=22;WE=73675118;WS=73675100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr2	73675227	rs34628045	T	TCTC	5658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=2967;ReadPosRankSum=0.643;SC=GGCTGTAAGTTCTCTAGAAAC;SOR=1.131;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=103;WE=73675236;WS=73675217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr2	73675669	rs2037814	T	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=36;PP=2253;SC=CACTCACATGTAGAGGACCTC;SOR=1.222;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=95;WE=73675677;WS=73675659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	73675844	rs7598901	C	T	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=106;PP=2965;SC=AACAAGAGTTCGCAGACAGTC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=113;TCR=106;TR=219;WE=73675852;WS=73675834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	73762205	rs73947814	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	73828310	rs1320374	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=17;PP=1894;SC=TTCTAAAAACTGTTTCCTGTA;SOR=2.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=90;WE=73828318;WS=73828300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	73828538	rs1052161	G	A	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=106;PP=2965;SC=GACCTACTGAGGCCATTTGTG;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=71;TCR=106;TR=177;WE=73828546;WS=73828528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	73898118	rs7570683	C	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=12;PP=1348;SC=GTGACATTGACTGCAGGTAAT;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=73898126;WS=73898108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	73898359	rs4341964	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=740;SC=CTCAATCATAGTAAAGGACAT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=73898367;WS=73898349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	73899613	rs2421585	T	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=31;PP=930;SC=CAAGAAGAATTCCCATGAAGG;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=73899621;WS=73899603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	73899955	rs6725284	G	T	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=60;PP=2965;SC=GTTTGTTCCTGTGGAAAATGT;SOR=1.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=127;TCR=60;TR=187;WE=73899963;WS=73899945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	73900210	rs4637150	A	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1188;SC=TTAGCCCTACATGTAGGGAGA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=73900218;WS=73900200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	73927931	rs4852974	A	G	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=67;PP=2965;SC=CTGTAGCCCTAGTCCCGGGCA;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=161;WE=73927939;WS=73927921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	73928098	rs2001490	C	G	11848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=207;NR=200;PP=2965;SC=TTCAGATTCACCCACCCAGAA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=207;TCR=200;TR=407;WE=73928106;WS=73928088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr2	73928366	rs2012574	G	C	8725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=157;PP=2965;SC=GCCATCCCCCGGGAGAGCAAG;SOR=0.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=312;WE=73928374;WS=73928356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	73957124	rs7210	A	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=16;PP=604;SC=ATAATGTCCCAATACTTTCTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=73957132;WS=73957114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	73957227	rs13003035	T	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=359;SC=TATACAAACATGTGTAAGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=73957235;WS=73957217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	73994074	rs2567599	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=1026;SC=ACAAAAAGCAGATCTTTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=73994082;WS=73994064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	74000701	rs2116367	C	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=213;SC=AAAGATGAGCCAGTTCAGTTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=74000709;WS=74000691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	74007136	rs2272051	T	C	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=124;PP=2965;SC=CAATGCCAAGTCGGCCAAAAG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=130;TCR=124;TR=254;WE=74007144;WS=74007126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr2	74128369	rs1632564	G	A	4717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,124:0.63:196
chr2	74128391	rs1721241	G	C	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=100;PP=2965;SC=CTCTTCTCCCGCAAATCCCAA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=154;TCR=100;TR=254;WE=74128399;WS=74128381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	74128433	rs1050146	C	T	9191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=158;PP=2965;SC=CTCAGCCACACACACCATGTG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=166;TCR=158;TR=324;WE=74128441;WS=74128423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	74128660	.	TG	T	234	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=59.09;NF=0;NR=7;PP=234;QD=33.8571428571;SC=GGGAAGGAAATGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=7;WE=74128668;WS=74128650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	74129664	rs1653256	A	G	7085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.457;SC=ATCACCCATCATCATGACCCT;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=265;TR=322;WE=74129672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,329:0.66:495
chr2	74129712	rs1721243	C	G	7339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.805;SC=AACTCTCCCTCTAAAATGCTT;SOR=0.689;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=486;TCF=246;TCR=240;TR=311;WE=74129720;WS=74129702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,322:0.64:505
chr2	74129895	rs1721244	G	A	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1417;ReadPosRankSum=1.086;SC=CTAAACACAGGTCAGCTCATG;SOR=0.550;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=52;TCR=106;TR=89;WE=74129903;WS=74129885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr2	74135380	rs756127	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=986;ReadPosRankSum=0.592;SC=ATTGTCAGGAGATAGACCCTG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=63;WE=74135388;WS=74135370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
chr2	74135797	rs702461	T	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=535;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TTGTCTCCACTAGATCTGGCA;SOR=1.182;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=31;WE=74135805;WS=74135787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr2	74135898	rs756128	A	G	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCAACAGGGAAAAGATGACCC;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=90;WE=74135906;WS=74135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,100:0.78:129
chr2	74140581	rs891699	A	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=661;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AAGAATGAGAATTTTATAAGC;SOR=0.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=38;WE=74140589;WS=74140571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr2	74140789	rs891698	T	C	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CAGCCCCTTTTCTGATTCTGA;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=107;WE=74140797;WS=74140779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,116:0.65:179
chr2	74140888	rs891697	A	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=1.955;SC=CTCTCCTGAGATAGACTGAGA;SOR=1.095;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=26;WE=74140896;WS=74140878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr2	74153905	rs831526	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=821;SC=GCGCACCCCGCCGCATGTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=74153913;WS=74153895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	74185876	rs4777	A	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=787;ReadPosRankSum=1.513;SC=AATACCATGAAGTTCAGGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=212;TCF=103;TCR=109;TR=61;WE=74185884;WS=74185866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,69:0.31:225
chr2	74273383	rs11426743	T	TC	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.554;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr2	74274329	rs61741171	C	T	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=76;PP=1824;ReadPosRankSum=0.226;SC=TCCAGCAACTCCTAGAACTGA;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=447;TCF=218;TCR=229;TR=143;WE=74274337;WS=74274319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,146:0.31:464
chr2	74300717	rs7560668	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TTATACTCACTTGGGATCTGG;SOR=0.738;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=36;WE=74300725;WS=74300707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,37:0.27:137
chr2	74320262	rs12713810	C	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=225;ReadPosRankSum=0.688;SC=TGATGTGGTTCTTTGATAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=19;WE=74320270;WS=74320252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr2	74327453	rs6738709	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=0.593;SC=CCCCAGTCCCCGACCCAGGGC;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=19;WE=74327461;WS=74327443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr2	74362090	rs828879	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=504;SC=AGTCTGGAATATCTGCCTGTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=74362098;WS=74362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	74425947	rs13001449	G	T	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=91;PP=2627;SC=GCCCCCGAGGGACACCGAGGG;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=74425955;WS=74425937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	74450058	rs36081793	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	74466594	rs4853018	G	A	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=109;PP=2965;SC=GCAGGCGCCCGCCGTAGCTCA;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=77;TCR=110;TR=186;WE=74466602;WS=74466584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	74596527	rs17721059	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTCACGAACCCGCGCGCCTGC;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=86;WE=74596535;WS=74596517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,88:0.33:267
chr2	74649921	rs11685929	C	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.01;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr2	74687218	rs188999654	C	T	10074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.214;SC=AGTGGCCCTCCCCAAACCAGA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=670;TCF=344;TCR=326;TR=422;WE=74687226;WS=74687208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,439:0.63:694
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chr2	74725144	rs6546908	T	C	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=60;PP=2710;SC=CTGGAGCGCCTTCGGGCAGTG;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=139;WE=74725152;WS=74725134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr2	74763805	rs139301764	T	C	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=1375;ReadPosRankSum=0.938;SC=CCACCTGGGGTGGGAAAGGTC;SOR=0.462;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=98;WE=74763813;WS=74763795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,99:0.69:144
chr2	75061873	rs663504	C	G	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=70;PP=2165;SC=CTCCCTACTCCGGGCCTGGGA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=99;WE=75061881;WS=75061863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr2	75101454	rs2229622	T	C	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.226;NF=89;NR=37;PP=2117;ReadPosRankSum=1.180;SC=TGGAAGGCGATGAGGGGCGGA;SOR=0.266;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=174;TCF=129;TCR=45;TR=126;WE=75101462;WS=75101444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,134:0.73:184
chr2	75104570	rs3771760	A	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.50;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr2	75104575	rs3771759	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr2	75105798	rs604112	A	G	8496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=145;PP=2965;SC=CCCACATGCTATCTTTCTGTT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=150;TCR=145;TR=295;WE=75105806;WS=75105788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr2	75107367	rs1807090	T	G	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=67;PP=2057;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GACACCTGTCTCTTACCCGCC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=123;TCR=110;TR=144;WE=75107387;WS=75107357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,145:0.60:242
chr2	75113572	rs2306806	G	A	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=78;PP=2764;SC=CTTGGGTGTGGAGGGGTTGGT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=75113580;WS=75113562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	75113657	rs2229626	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AGATGCGCAACGTGGAACTGG;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=28;WE=75113665;WS=75113647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr2	75113789	rs2229627	C	G	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=151;NR=142;PP=2965;SC=CACTCAACCCCGGCAAGCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=151;TCR=142;TR=293;WE=75113797;WS=75113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	75113903	rs17741356	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GGTTCTCGTGAGATGTTAATA;SOR=0.438;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=59;WE=75113911;WS=75113893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr2	75115108	rs10194657	A	G	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=24;PP=1471;SC=AGCGTGGACTACTCTTCCGAG;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=75115116;WS=75115098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	75116627	rs4853069	C	T	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=77;PP=2407;SC=ATCCCAGCCCCCCCTGCCTAC;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=130;WE=75116635;WS=75116617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	75187573	rs3771799	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=-0.892;SC=ATCCCTAAATGTCAGGCTTGC;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=11;WE=75187581;WS=75187563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	75425623	rs2024512	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CAGCAATGCCGTGGTCCTCTA;SOR=3.486;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=15;WE=75425631;WS=75425613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	75425728	rs6715729	A	G	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1226;ReadPosRankSum=0.615;SC=CGGCGATGGGAAAGAAGTTGT;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=81;WE=75425736;WS=75425718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr2	75919272	.	AAT	A	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=37;QD=41.0;SC=TCGATAATGAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=1;WE=75919281;WS=75919262;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,1:0.20:5
chr2	77748604	rs113233659	TA	T	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.735;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr2	79253028	rs3816371	G	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=359;SC=GTACTGGGAGGTCTCAGGGAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=79253036;WS=79253018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	79253987	.	ATAGGGGAAAGT	A	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.94;QD=45.58;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	79254000	.	CATGCA	C	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.13;QD=50.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	79254029	rs34088535	C	CA	1810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=1779;SC=GGAGGGTCTCCTTCAGGAGAG;SOR=5.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=79254037;WS=79254019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	79254065	rs431912	C	T	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.657;NF=128;NR=33;PP=2965;ReadPosRankSum=0.729;SC=GATGAACACGCTTATCTTTCA;SOR=1.069;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=129;TCR=34;TR=161;WE=79254073;WS=79254055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr2	79254101	rs396461	T	G	9994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.289;NF=217;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.089;SC=ACCTACCTTTTCCCTGCCCTC;SOR=0.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=220;TCR=114;TR=329;WE=79254109;WS=79254091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,358:0.99:362
chr2	79254261	rs452267	T	C	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=155;PP=2965;SC=GTAACAGCTATTCATACATCT;SOR=1.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=72;TCR=155;TR=227;WE=79254269;WS=79254251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	79254771	rs77260235	G	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=1.664;SC=GCAATGAGGAGTTAAGGAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=79254779;WS=79254761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	79255426	rs383969	G	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=31;PP=955;SC=TCAGCAGCCTGAGCTTGGCGT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=79255434;WS=79255416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	79312414	rs3739144	G	A	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=51;PP=2048;SC=TGAATCCTATGGTACAATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=114;WE=79312422;WS=79312404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	79313815	rs2073445	G	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=9;PP=746;SC=TGGGAAGTTTGGGACCAGTGG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=79313823;WS=79313805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	79314062	rs111936697	GA	G	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
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chr2	79314094	rs6723688	G	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=31;PP=1006;SC=AGAAAGAATCGCAGGGCAAGG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=79314102;WS=79314071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	79348129	rs11339710	GA	G	354.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr2	79349372	rs283891	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GTTTACAGATCCTCTAATGTC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=79349380;WS=79349362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	79350186	rs3739142	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TAAGGAAATGGATGTTTGGTT;SOR=0.741;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=23;WE=79350194;WS=79350176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr2	79350256	rs283892	C	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AGTTGTAACTCTTCTCATTGA;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=64;WE=79350264;WS=79350246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr2	79350347	rs12228	A	G	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=99;PP=2965;SC=ACTAGAGGCAACTGGAAAATA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=128;TCR=99;TR=227;WE=79350355;WS=79350337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	79350505	rs12072	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,25:0.26:95
chr2	79385758	rs80188986	A	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-5.735;NF=19;NR=27;PP=1318;ReadPosRankSum=2.260;SC=CACCTCCAACACCACATCTAA;SOR=0.753;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=46;WE=79385766;WS=79385756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,88:0.45:195
chr2	79385786	rs76653007	TG	CA	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-5.880;NF=10;NR=24;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CATCTGCATCTGTCCAGGATT;SOR=0.913;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=34;WE=79385795;WS=79385776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr2	79385823	rs201139260	T	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.455;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.079;NF=5;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=-3.361;SC=GGCATAGCAGTGGGAGCCATA;SOR=1.489;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=20;WE=79385831;WS=79385813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr2	79750282	rs72921161	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=19;PP=1142;SC=GTTTTTGTGTAACATTGCATT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=79750290;WS=79750272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	79750543	rs10205858	C	T	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=113;SC=TCCACACTGGCTCAAAAACAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=79750551;WS=79750533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	80772972	rs2276659	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=315;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GTCTTTGACCGGCTTATTCCT;SOR=0.302;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=22;WE=80772980;WS=80772962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr2	80809027	rs17019401	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AAACTCCAGACACGTGGTACC;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=80809035;WS=80809017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	84518438	rs1968722	T	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=49;PP=1538;SC=TTTTTTCCAGTCAGCAGCCTC;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=84518446;WS=84518428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	84650707	rs2832	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=675;SC=TGGTGAAAACATCTTAATTCA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=84650715;WS=84650697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	84668337	rs200415851	T	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=779;ReadPosRankSum=-1.904;SC=GTGAGAGGCTTAATCTGAGTT;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=62;WE=84668345;WS=84668327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,67:0.40:167
chr2	84676163	rs10202632	C	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=20;PP=587;SC=TTTACACTTACACAAAATCTA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=84676171;WS=84676153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	84755996	rs35980296	A	ATT	299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=27.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	84756049	rs4832089	G	A	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=42;PP=2323;SC=CTATGTTGAGGTGTTCTCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=84756057;WS=84756039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	84756341	rs4832090	T	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=AAATAAGATTTCACATATTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=84756349;WS=84756331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	84771480	rs1037863	G	A	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=28;PP=1285;SC=AGGAATATCTGTATCACAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=84771488;WS=84771470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr2	84897361	rs12470102	T	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TCTCTTTTTATCCTGTTTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=84897369;WS=84897351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr2	85108252	rs34667238	G	GC	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=34.05;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr2	85531447	rs374821654	C	T	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=80;PP=2012;ReadPosRankSum=0.599;SC=TCGCCATGAACGCCTCGATGT;SOR=0.601;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=195;TCF=60;TCR=135;TR=119;WE=85531455;WS=85531437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,130:0.61:212
chr2	85532205	rs6741339	C	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=526;SC=GAAGGAAGAGCCATTAAGCAT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=85532213;WS=85532195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr2	85553784	rs1044973	C	T	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1624;ReadPosRankSum=0.580;SC=CCGAAAGTGTCCCTTCACGGT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=92;WE=85553792;WS=85553774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,98:0.64:152
chr2	85554080	rs4247303	G	A	7053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.283;SC=TGGTCTTTCCGGGAAGGCTGC;SOR=1.031;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=423;TCF=271;TCR=152;TR=286;WE=85554088;WS=85554070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,296:0.67:441
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chr2	85571710	rs4832171	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.377;NF=31;NR=6;PP=593;ReadPosRankSum=1.579;SC=ACACACGTGCACCTTACGCCT;SOR=0.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=37;WE=85571718;WS=85571700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr2	85573033	rs908302	G	A	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=2246;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ACACGGAGCAGGTTGGCTCCA;SOR=0.556;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=134;WE=85573041;WS=85573023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,141:0.64:219
chr2	85573049	rs908304	G	A	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=2088;ReadPosRankSum=-1.357;SC=CTCCAGAAGGGGACACATTGG;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=91;TCR=109;TR=125;WE=85573057;WS=85573039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,129:0.63:206
chr2	85595704	.	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	85622059	rs6886	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr2	85662636	rs7589663	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=879;ReadPosRankSum=1.220;SC=AGCCACGGACCCCGGGTCTTC;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=53;WE=85662658;WS=85662626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
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chr2	85769246	rs1078005	G	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=706;SC=ATTGTTTGGTGTGATGTTCTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=85769254;WS=85769236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr2	85843348	rs11544042	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GGGAGTCTCGCGGTTCCACTC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=23;WE=85843356;WS=85843338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr2	85843713	.	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-1.394;SC=GTGGAGAAGAGGAGGGATCCA;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=85843721;WS=85843703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	85848747	rs35865728	CT	C	300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	85890753	rs762548	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=382;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GGAGGAGAGCAGGCATTGGGC;SOR=1.136;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=30;WE=85890761;WS=85890743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr2	85890771	rs893159	T	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=47;PP=2021;SC=GGCTAAGGAGTGGGCAGTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=90;WE=85890779;WS=85890761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	85893616	rs147140768	CTG	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=2.012;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	85893741	rs1130866	G	A	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=54;PP=1901;ReadPosRankSum=-1.049;SC=AGCCCTCACAGTCTGGTTCTG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=125;WE=85893749;WS=85893731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,140:0.62:225
chr2	85894308	rs3024798	G	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=799;ReadPosRankSum=-0.393;SC=ATCCTGGGGAGGGAGGGGCCC;SOR=0.623;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=61;WE=85894316;WS=85894298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr2	85895338	rs2077079	T	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCCTGCTTGGTGCATGGCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=85895346;WS=85895328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	85921353	rs1866140	G	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=1.260;SC=TGGGAGTGGGGTGTGGCATGG;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=18;WE=85921361;WS=85921343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr2	85921389	rs1866139	G	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=410;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ACTGCCCTGAGCTGCTTCTTC;SOR=1.863;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=24;WE=85921397;WS=85921379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
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chr2	85924729	rs11127	C	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TCTAGAGTTACCCAGGGCCTC;SOR=0.525;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=98;WE=85924737;WS=85924719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,102:0.69:147
chr2	85924899	rs1437742	T	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=0.989;SC=ATCTCCCAGCTTGGGAAAGTG;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=13;WE=85924907;WS=85924889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	85925529	rs4240200	A	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=37;PP=1763;ReadPosRankSum=1.297;SC=AGGCCCCACAACCTGCTCAGG;SOR=1.020;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=104;WE=85925537;WS=85925519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,104:0.60:174
chr2	85925667	rs4240201	G	A	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.229;SC=GCCCACAGCTGGCTGTTCTCT;SOR=0.764;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=289;TCF=145;TCR=144;TR=182;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,191:0.63:302
chr2	85925680	rs4240202	T	G	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=2.141;SC=TGTTCTCTCCTCTCCAGGTCC;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=267;TCF=128;TCR=139;TR=165;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,175:0.63:276
chr2	85925756	rs7908	C	G	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1766;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCCCGGGAACCTCAGCAACCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=117;WE=85925764;WS=85925746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,127:0.63:203
chr2	85925848	rs12845	C	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=687;ReadPosRankSum=0.875;SC=TCCCCTCTCACGAGAATAAAG;SOR=0.323;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=44;WE=85925856;WS=85925838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr2	85981761	rs17851881	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=781;ReadPosRankSum=1.912;SC=GAGCCGGGTCTGCGTCCTCGC;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=54;WE=85981769;WS=85981751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr2	86107951	rs34410645	GA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	86107987	rs11127009	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=196;ReadPosRankSum=0.117;SC=TTTTAAAAAATAGACAAGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=13;WE=86107995;WS=86107977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr2	86116168	rs28364795	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
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chr2	86255912	rs371260580	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr2	86258784	rs2278536	T	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=600;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCACAGGCTGTGTCACTTGGG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=36;WE=86258792;WS=86258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	86259443	rs2276626	C	T	7947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CATCGGCGTCCCCCTCCTCAG;SOR=0.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=154;TCR=143;TR=293;WE=86259451;WS=86259433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,300:0.99:303
chr2	86272191	rs7572386	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TCAGAACACAGAGCCCTTGGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=86272199;WS=86272184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	86272758	rs1561328	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGATGCCGGTGAGGAACCTGC;SOR=0.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=21;WE=86272766;WS=86272748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr2	86275985	rs2289239	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=937;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTGGGGATAAATGCATGCAAT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=54;WE=86275993;WS=86275975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr2	86292499	rs72934521	G	C	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1179;ReadPosRankSum=-1.616;SC=GCTCCATATAGTGCTCCCGGG;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=308;TCF=173;TCR=135;TR=97;WE=86292507;WS=86292489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,104:0.32:324
chr2	86292656	rs311563	C	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=93;PP=2835;SC=AATCCCTAATCGCCTGCCTGG;SOR=1.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=138;WE=86292664;WS=86292646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	86302103	rs3815840	A	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=0;PP=58;SC=CAATCACCAGAATCCGAACAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=86302111;WS=86302093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	86304932	.	GCGCACACACACA	G	1149	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=79;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=1149;QD=233.4;SC=GCACGCGCGCGCGCACACACA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=86304951;WS=86304924;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	86305123	rs2288117	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=29;PP=2280;SC=AGAAAAAAGGTCATAAAAAAC;SOR=1.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=104;WE=86305131;WS=86305113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	86305404	rs35239368	T	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=944;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAAGAGTCTTTTTCCTGGAAG;SOR=0.678;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=199;TCF=86;TCR=113;TR=72;WE=86305412;WS=86305394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,81:0.38:213
chr2	86310110	rs2288118	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=938;SC=GCTACAATCACTACAACTTAA;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=86310118;WS=86310100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	86315741	rs2288120	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=21;PP=1460;SC=TGGCTGGAAACGTGATAGTCA;SOR=1.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=86315749;WS=86315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	86317037	rs4832242	G	C	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	86332809	rs4832245	G	A	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=149;NR=93;PP=2965;SC=CACGCTACCCGACCAACTCCT;SOR=1.206;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=149;TCR=93;TR=242;WE=86332817;WS=86332799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	86334199	rs2367201	G	A	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=34;PP=2510;SC=TATAAGTGGGGTATGTAATTT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=123;WE=86334207;WS=86334189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	86343476	rs4832022	C	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=66;SC=TTGGGTGACACAGCAAGACAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=86343484;WS=86343466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	86343494	rs4832248	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=260;SC=CACCCTCTCTGCAAAAAATTT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=86343502;WS=86343484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	86344367	rs2059353	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.83;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	86344367	.	TATTTGA	CATTTGA,CATTTGG	107	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3,1;NR=16,6;PP=107,87;QD=7.46164276564;SC=TTTCAGTAGCTATTTGAATAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19,7;WE=86344381;WS=86344357;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:19
chr2	86344373	rs377317111	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	86346308	rs6715623	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=353;SC=TATATTTTTAGTAGTTTATTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=86346316;WS=86346298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr2	86352785	rs4618054	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=1.376;SC=GAGATCCAGAGAGGAGAGTAG;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=33;WE=86352793;WS=86352775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr2	86352825	rs6740228	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=23;SC=TGTGATTAGTCAAGGGACACA;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=86352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	86359405	rs1559515	G	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=31;PP=1602;SC=GGCTGACAGGGTATCAGAGTG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=86359413;WS=86359395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	86362204	rs7606421	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=525;SC=CATTTGGCCACATAACACGTA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=86362212;WS=86362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	86363074	rs3770069	A	G	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=50;PP=2223;SC=TTTGTCCTGCATGTGGCAGGC;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=125;WE=86363082;WS=86363064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	86363855	rs7558040	G	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=208;SC=TATCTGTGTTGACGGATCATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=86363863;WS=86363845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	86364706	rs56274257	TG	T	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=594;SC=GGAGCAGCAATGGGTCTCACC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=86364714;WS=86364696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	86371883	rs8244	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TGGCCTCAACTGCACTACCCA;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=25;WE=86371891;WS=86371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	86385668	rs1057893	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=661;SC=ATTCATTGATTAGTGGTTAAA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=86385690;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	86385682	rs34945759	TC	T	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.942;NF=11;NR=3;PP=458;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GGTTAAAACATCAAAAAAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=14;WE=86385690;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	86385886	rs6739460	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=62;PP=1772;SC=TGAACAAAAAATACCATAAAC;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=106;WE=86385894;WS=86385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	86398291	rs2288113	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=103;SC=TCTGATGAGTGTATCATGTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=86398299;WS=86398281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	86406438	rs6547663	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=119;SC=TTGTATCCACAGGAGGTCCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=86406446;WS=86406428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	86408385	rs6731995	A	G	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=41;PP=2273;SC=AGCAGCACACAGTGAAAAGCC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=126;WE=86408393;WS=86408375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	86420022	rs77547392	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=223;ReadPosRankSum=1.240;SC=AGTGAGGCAGTAGAAAAATGA;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=12;WE=86420030;WS=86420012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	86420255	rs11897696	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=376;SC=GGCTGGGCACGGTGGCTCGTG;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=86420263;WS=86420245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	86422416	rs17551822	T	C	9450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	86422421	rs17551815	T	G	9539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.78;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr2	86433240	rs10901	C	T	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1573;ReadPosRankSum=0.892;SC=AATCCTACGGCCCCTGAATAT;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=103;WE=86433248;WS=86433230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,115:0.67:172
chr2	86433479	rs138551687	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.566;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr2	86434569	rs9309634	T	C	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=234;SC=CAAGACCAGCTTGGCCAACAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=86434577;WS=86434559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	86437551	rs7565645	T	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=16;PP=904;SC=TGAAGATACCTGTTGTTTCAT;SOR=1.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=86437559;WS=86437541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	86440754	rs59150256	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr2	86481835	rs2276625	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr2	86507135	rs58029983	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=703;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GCAGAGAAGGACGACAGACCT;SOR=0.679;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=51;WE=86507143;WS=86507125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,55:0.33:166
chr2	86507205	rs57412282	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CTGGGTGGGGCGTGGGTGTGG;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=33;WE=86507213;WS=86507195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr2	86509388	rs1863059	T	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.291;SC=GAGACAAAAATAAATACGATT;SOR=0.433;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=25;WE=86509396;WS=86509378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr2	86564490	rs145022978	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.320;SC=TTAGCTGCGCCGGGTATTAAT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=86564498;WS=86564480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	86565371	rs6547675	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CTTCCCTGTCAGTACACGCCA;SOR=0.373;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=14;WE=86565379;WS=86565361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	86683642	rs2030259	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.967;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	86691250	rs12714187	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=320;ReadPosRankSum=0.992;SC=GCTGTACTGCGGCAACTCCAC;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=27;WE=86691258;WS=86691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr2	86705319	rs199927808	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,58:0.28:206
chr2	86707504	rs4832290	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=317;ReadPosRankSum=1.701;SC=TTCCTGCTTTTGTGTTTGTTC;SOR=1.386;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=27;WE=86707512;WS=86707494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr2	86709230	rs193921056	GTGTT	G	1563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.490;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr2	86719151	rs11883727	A	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=663;ReadPosRankSum=-0.214;SC=ATTTTCTCCTACTATTTTTAG;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=46;WE=86719159;WS=86719141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr2	86737649	rs966477	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr2	86947783	rs76239019	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=406;SC=AGCGCCGCCGCCTCCGGCATG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=86947791;WS=86947773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	86978895	rs4832311	G	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=129;SC=CTTCCTTTGGGACGCTATAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=86978903;WS=86978885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	86979093	rs10186663	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=23;PP=766;SC=TTCTCAATGAGGTGATGGTGG;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=86979101;WS=86979083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	86992337	rs3840984	T	TAA	2262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=1770;SC=AGTCAGATGTTATTAATGTTT;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=35;WE=86992345;WS=86992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	87015633	rs71378806	T	TGA	3213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=2442;SC=GTGAGCAGGCTGAGTTCAAAA;SOR=1.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=47;WE=87015641;WS=87015623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	87017556	rs79392961	G	A	1866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1358;ReadPosRankSum=0.849;SC=CTCAGGGTGAGGACGAAGGTG;SOR=0.572;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=307;TCF=166;TCR=141;TR=97;WE=87017566;WS=87017546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,101:0.32:318
chr2	87042866	rs56761572	T	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=0.549;SC=AACAAGAGAGTCTCAATACAT;SOR=0.616;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=25;WE=87042874;WS=87042856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr2	87048676	rs115165079	CA	TG	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=394;ReadPosRankSum=0.889;SC=GGCCCTGGGCCAAGTTGGGGC;SOR=0.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=8;WE=87048685;WS=87048666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr2	87048702	rs13001400	T	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=8;PP=1390;SC=CCGAGTTCGGTTGTTGCTGTA;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=87048710;WS=87048692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	87069379	rs4322832	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.06;MQRankSum=-0.130;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr2	87069431	rs4514875	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.58;MQRankSum=0.395;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr2	87073743	rs4971887	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQRankSum=-6.053;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,10:0.12:85
chr2	87303060	rs79162177	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-1.365;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr2	87355912	rs201336213	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=14.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQRankSum=-8.310;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=1.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,50:0.23:218
chr2	87356024	rs3101261	C	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.159;NF=3;NR=29;PP=1173;ReadPosRankSum=0.511;SC=CTTGTAAATACGTTTCTGAAA;SOR=0.267;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=32;WE=87356046;WS=87356014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr2	87356038	rs201869954	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.976;NF=0;NR=21;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.817;SC=TCTGAAATCTGCCTTCTCAGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=21;WE=87356046;WS=87356014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr2	88272798	rs201020598	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.30;MQRankSum=-2.055;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.936;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	88328208	.	G	A	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=57.69;NF=1;NR=3;PP=76;QD=27.6928031368;SC=TCGCCCTGTCGCCCAGACTAG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=88328216;WS=88328198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	88384084	rs920578	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TAACAACATTCCCAGATCTAA;SOR=1.071;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=88384092;WS=88384074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	88387403	rs1542088	C	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CATCATGTGGCGGGTGGAGAG;SOR=0.733;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=16;WE=88387411;WS=88387393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	88387557	rs1542087	A	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=693;ReadPosRankSum=2.054;SC=CAGAGCCAGCAGTTCAGCATG;SOR=0.515;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=69;WE=88387565;WS=88387547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,75:0.35:217
chr2	88396080	rs2919883	A	C	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=8;PP=836;SC=GTAGGCCTGGATTCGATTCAC;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=88396088;WS=88396070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	88396120	rs2919882	G	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.83;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	88396123	rs2970912	C	G	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	88396174	rs2919881	T	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=41;PP=2011;SC=TGTCCTATATTGACTTCCTCA;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=88396182;WS=88396164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr2	88402560	rs894197	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.409;SC=CTAGCTCAATGTGTCTCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=10;WE=88402568;WS=88402550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr2	88407959	rs2970918	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=799;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CCAACTGGCATGCTGGTAACA;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=78;WE=88407967;WS=88407949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,80:0.32:247
chr2	88409717	rs200741830	T	TGA	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=47.20;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	88410102	rs2289497	C	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=41;PP=1154;SC=GTGGGTCTCTCGGGAGACCCC;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=49;WE=88410110;WS=88410092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	88411605	rs2919865	A	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,56:0.27:208
chr2	88411793	rs2970888	C	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=79;PP=2230;SC=CTGCTAAGCCCCTGGTCATTT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=15;TCR=79;TR=94;WE=88411801;WS=88411783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	88424066	rs2241883	T	C	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1072;ReadPosRankSum=0.617;SC=TTTTTGAAAGTTGTCACCAGT;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=74;WE=88424074;WS=88424056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,79:0.56:142
chr2	88470593	rs79892776	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AATCCCAGGGGACACGTAGTC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=88470601;WS=88470583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	88472791	rs4129190	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=14;PP=807;SC=TTGGACAGAGGGACCCTGTGC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=88472799;WS=88472781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	88474370	rs2139100	A	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=51;PP=1593;SC=TTTGGGGCACAAACGCAGAAT;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=88474378;WS=88474360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	88482258	rs35051888	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCATCCGTCTGGTCGTGGCAG;SOR=0.515;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=126;WE=88482266;WS=88482248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,135:0.72:188
chr2	88485392	rs1878810	G	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=739;SC=TGTCCTCCGGGTGCCACCTGC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=88485400;WS=88485382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	88751751	rs11456039	A	AG	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=265;SC=GAGCAGCCGAAGTGCCGGCGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=88751759;WS=88751741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	88826184	.	A	AT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=12.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	88870632	rs4972221	A	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=392;SC=ATTATTTAAAAGACTACAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=88870640;WS=88870622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	88874891	rs1805165	C	A	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=77;PP=2845;SC=TCTTTTGTAGCGAAAGGATCC;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=88874899;WS=88874881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	88879131	rs1805164	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1398;ReadPosRankSum=0.788;SC=GTCCCAGGCATTGAATTGGCT;SOR=0.962;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=85;WE=88879139;WS=88879121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,90:0.60:151
chr2	88882942	rs6750998	T	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr2	88895123	rs13045	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=74;PP=2251;SC=TTCACGGTCTTGGTCCCACTG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=148;WE=88895131;WS=88895113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	88895351	rs7571971	T	C	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=45;PP=1574;SC=CATGAAGCAGTGCAGTCCATC;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=100;WE=88895359;WS=88895341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	88926729	rs72416210	CCAG	C	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=317;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GCCGCGAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=0.446;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=88926739;WS=88926719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	88997878	rs908277	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=417;ReadPosRankSum=1.058;SC=GGCACAGTACCTGTCTTGTAC;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=19;WE=88997886;WS=88997868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr2	88999476	rs1158603	G	A	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1733;ReadPosRankSum=0.951;SC=ATGACAAGAAGAATAAAGTAA;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=110;WE=88999484;WS=88999466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,120:0.66:182
chr2	89160889	rs232224	G	T	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=76;PP=2329;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ACAAGCTAGCGTCCTGTGGAA;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=97;TCR=112;TR=142;WE=89160897;WS=89160879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,151:0.69:220
chr2	89161322	rs232223	C	G	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2062;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGCAGAGTCACCTTATAGATC;SOR=0.395;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=205;TCF=128;TCR=77;TR=133;WE=89161330;WS=89161312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,137:0.63:216
chr2	89161547	rs232222	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=918;SC=AGGTGTGGAAACCCTGAGGCT;SOR=3.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=89161555;WS=89161537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	89512775	rs145409842	T	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.979;NF=24;NR=1;PP=541;ReadPosRankSum=0.946;SC=AACTTCCCAGTGAGCTTCAAA;SOR=0.337;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=25;WE=89512783;WS=89512769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr2	90008208	rs138920656	T	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.45;QD=27.66;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr2	91767507	rs2580541	T	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,45:0.25:180
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chr2	91809385	rs55812636	C	G	5267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-22.080;NF=131;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=3.918;SC=CCTGGCCATGCCTTTTTCTAT;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=843;TCF=370;TCR=473;TR=305;WE=91809393;WS=91809375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:536,169:0.24:705
chr2	91809404	rs55918232	G	C	5402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-21.232;NF=125;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.107;SC=ATTTTCTATGGAATGCACGCA;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=733;TCF=328;TCR=405;TR=275;WE=91809412;WS=91809394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,167:0.27:622
chr2	91809456	rs2191971	T	G	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-16.737;NF=58;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.323;SC=TATAGTCTGGTTCCACAAGAG;SOR=0.330;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=422;TCF=148;TCR=274;TR=147;WE=91809480;WS=91809446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,111:0.30:368
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chr2	91925022	rs28577290	C	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.03;MQRankSum=-1.238;QD=11.95;ReadPosRankSum=-3.106;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	95537245	rs4854234	C	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=1.316;SC=GGAGCTGCCCCGCTGACCGCA;SOR=1.501;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=19;WE=95537253;WS=95537235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	95537572	rs4854235	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,32:0.18:173
chr2	95537622	rs11164112	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=4.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.533;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.839;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,38:0.21:179
chr2	95537871	rs377160464	GC	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	95541465	.	TGCC	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=6.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-14.572;QD=0.18;ReadPosRankSum=4.057;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,19:0.08:245
chr2	95541471	.	G	GGCA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=6.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-14.687;QD=0.21;ReadPosRankSum=5.913;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,19:0.08:238
chr2	95541473	rs112108710	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-14.464;QD=0.32;ReadPosRankSum=4.055;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,18:0.08:232
chr2	95541573	.	GCA	G	1235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.815;NF=0;NR=29;PP=1250;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CCAACACCCCGCACACACATC;SOR=0.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=29;WE=95541582;WS=95541563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr2	95830737	rs11395151	C	CA	1707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=14;PP=1094;SC=TGTGTACCCACAAAAACTTAA;SOR=1.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=27;WE=95830745;WS=95830727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	95846158	rs3112230	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=257;SC=CAATAGCTTTTATTTTTTTCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=95846166;WS=95846148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	95847040	rs10578519	TGCG	T	7569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.55;NF=40;NR=73;PP=2973;SC=GACAAAGGCTTGCGGCGGCGA;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=113;WE=95847050;WS=95847030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	95943170	rs73625087	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr2	95944902	rs61086044	A	AC	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.43;NF=3;NR=13;PP=640;SC=GGTGCTGGGCACCGCAGGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=16;WE=95944910;WS=95944892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr2	95952177	rs7602232	C	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=23;PP=1050;SC=GGCTGGGTGACGGGTAGATGG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=95952185;WS=95952167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	95963242	rs2248415	C	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=5.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr2	96048859	rs200310184	GCCCACCCGCCCATCCA	G	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=2611;ReadPosRankSum=1.416;SC=AGTGGAGGGAGCCCACCCGCC;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=8;WE=96048882;WS=96048849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	96076409	rs6577014	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=847;SC=AGTTCTGACCCCACTCACCAA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=96076417;WS=96076399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	96504594	rs11676926	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1513;ReadPosRankSum=0.022;SC=TTCGTTTGGGCTTTCTGGATC;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=97;WE=96504602;WS=96504584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,108:0.60:180
chr2	96514492	.	C	T	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5102;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=20;MQ=42.49;NF=3;NR=0;PP=21;QD=18.5904041824;SC=ACTCGGGAGGCTGAGGCAGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=96514500;WS=96514482;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr2	96601109	.	C	T	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=43.75;NF=4;NR=0;PP=27;QD=15.4428031368;SC=TTCTATCTTACTGGGGTAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=96601117;WS=96601099;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	96601240	rs199988716	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=-3.762;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr2	96601296	rs145876416	A	ATGATTAAT	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQRankSum=-5.413;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.022;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
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chr2	96601345	rs149389865	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-3.601;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
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chr2	96604516	rs62154560	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.566;NF=51;NR=18;PP=1091;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CAAAAAACTACGAGCATTTTC;SOR=0.442;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=142;TCF=107;TCR=35;TR=69;WE=96604524;WS=96604506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr2	96604591	rs62154561	A	G	4246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-12.278;NF=85;NR=84;PP=2364;ReadPosRankSum=1.969;SC=ACTGGAAGTTAGTGAATCCAT;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=340;TCF=169;TCR=171;TR=169;WE=96604599;WS=96604581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,159:0.48:330
chr2	96604606	rs80350011	C	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-7.150;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,60:0.18:328
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chr2	96610410	rs77220524	T	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-13.404;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.896;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,26:0.14:182
chr2	96610413	rs74491979	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-13.329;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,26:0.14:180
chr2	96610420	rs78473403	G	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-13.371;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,25:0.14:181
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chr2	96610809	rs369841640	AAG	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=22.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQRankSum=-7.719;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=4.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,17:0.16:104
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chr2	96610899	rs62154593	T	C	7022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.712;NF=110;NR=90;PP=2686;ReadPosRankSum=3.773;SC=TCCTTCTGTTTGTAAAGTATG;SOR=0.653;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=372;TCF=211;TCR=161;TR=200;WE=96610907;WS=96610889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,189:0.51:371
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chr2	96610952	rs62154595	T	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.210;NF=46;NR=91;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GGTTTAAGAATAACATGCAGC;SOR=1.036;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=248;TCF=95;TCR=153;TR=137;WE=96610960;WS=96610942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,137:0.55:251
chr2	96611018	rs62154596	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.929;NF=0;NR=36;PP=833;ReadPosRankSum=0.366;SC=CAAAAAGGATGGACTTTGAAG;SOR=2.253;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=36;WE=96611026;WS=96611008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr2	96614212	rs4907288	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=440;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GCTAAGTTTTAGAAGAAAATA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=21;WE=96614220;WS=96614202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr2	96616348	rs62154609	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-5.059;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	96616354	rs78161475	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=7.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-6.183;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.279;SOR=2.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	96616378	rs62154611	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.479;NF=19;NR=3;PP=284;ReadPosRankSum=-3.597;SC=CATGACATGACAAATGTTAAG;SOR=1.139;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=22;WE=96616386;WS=96616368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr2	96616442	rs74960926	C	A	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-9.229;QD=14.74;ReadPosRankSum=1.704;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr2	96616448	rs76503749	G	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=-8.334;QD=14.19;ReadPosRankSum=2.514;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
chr2	96616485	rs78218362	C	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.700;NF=26;NR=31;PP=652;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TAAAAAATCTCTGAAATCATA;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=57;WE=96616493;WS=96616475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr2	96616501	.	C	CAA	1381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQRankSum=-3.311;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr2	96616505	rs373114066	AGC	A	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQRankSum=-3.530;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr2	96616532	rs112676430	T	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=21.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=-4.301;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.075;SOR=4.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr2	96616571	rs146478446	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.78;MQRankSum=-2.857;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.955;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr2	96616576	rs143490798	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQRankSum=-2.710;QD=4.45;ReadPosRankSum=-3.038;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr2	96616580	rs201649771	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.65;MQRankSum=-2.611;QD=3.25;ReadPosRankSum=-3.200;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr2	96616997	.	T	G	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=126;MMLQ=29;MQ=46.33;NF=2;NR=0;PP=46;QD=40.3856062736;SC=CTCCAGCCTGTGCTGCAGACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=2;WE=96617005;WS=96616987;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr2	96617069	rs72935831	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=7.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-5.692;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.506;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr2	96617090	rs72935833	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.761;NF=20;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=-2.130;SC=GCTTCAAATAACTTACCATCT;SOR=0.868;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=35;WE=96617098;WS=96617080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr2	96617106	rs76943414	A	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-7.448;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,34:0.26:131
chr2	96617111	rs76474100	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-7.436;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,33:0.25:134
chr2	96617113	rs80297803	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-7.392;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr2	96617125	rs75585230	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-7.821;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,34:0.24:139
chr2	96617132	rs75695780	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-8.121;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr2	96617155	rs76752473	A	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.876;NF=18;NR=22;PP=366;ReadPosRankSum=0.119;SC=TTTTGAAATAATCTAGAAGAA;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=40;WE=96617163;WS=96617145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,40:0.28:144
chr2	96617194	.	A	G	335	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=25;MQ=50.42;NF=10;NR=16;PP=335;QD=14.2219697134;SC=AATAACATGGAGCAAGTTAAA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=26;WE=96617202;WS=96617172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr2	96617209	.	G	T	228	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=26;MQ=51.27;NF=6;NR=14;PP=228;QD=13.1385606274;SC=GTTAAAATAAGGATAATACCC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=20;WE=96617217;WS=96617199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr2	96617231	.	G	A	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=50.27;NF=4;NR=7;PP=82;QD=10.615564777;SC=CCATTACTACGTGATCTAACA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=11;WE=96617270;WS=96617221;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,11:0.29:38
chr2	96617237	rs143988021	TAACAGG	T	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=1.649;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	96619687	rs199947548	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=7.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQRankSum=-7.357;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.264;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,24:0.12:195
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chr2	96646293	rs12613703	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.324;NF=12;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=0.137;SC=TGAAAACTACTTGAATCAAAC;SOR=0.823;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=12;WE=96646301;WS=96646283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	96685307	rs59878168	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.094;NF=43;NR=32;PP=956;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CATGGCCCACGTGGCCGGCTT;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=241;TCF=142;TCR=99;TR=75;WE=96685315;WS=96685297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,74:0.29:252
chr2	96688990	rs2278564	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-0.188;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr2	96689817	rs77642907	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.117;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGCCAAAGACCGGGCAAGGCC;SOR=1.387;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=7;WE=96689825;WS=96689807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	96690478	rs142519133	A	AC	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.099;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr2	96698126	rs200882167	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.59;QD=24.62;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	96780716	rs2229169	T	G	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=76;PP=2242;ReadPosRankSum=0.424;SC=GGCAGATGGCTCCCAGGCTGT;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=400;TCF=222;TCR=178;TR=163;WE=96780724;WS=96780706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,169:0.40:427
chr2	96780986	rs29000568	C	CTCCTCCTCT	3411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=7.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=5.030;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,102:0.31:328
chr2	96781853	rs9333567	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=542;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CTATGGCCGCTGTGGCCTGCA;SOR=0.779;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=55;WE=96781861;WS=96781843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,61:0.32:191
chr2	96789787	rs893173	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=78;PP=2831;SC=GGGAGGAAGCTAGGGTCTGAG;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=141;WE=96789795;WS=96789777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	96795608	rs1657502	T	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=9;PP=631;SC=CCGTAGAGTTTGAGGACCCGG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=96795616;WS=96795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	96795714	rs749459	G	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=29;PP=1318;SC=GGCTGAAGGCGAGCCTGGAAC;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=96795722;WS=96795704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	96795857	rs749458	T	C	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=47;PP=1699;SC=GTTGCTGCTCTGAGACTTGAT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=96795865;WS=96795847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	96795944	rs749457	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=43;PP=1325;SC=AAGAAAGGGCAGGCAATGGCT;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=96795952;WS=96795934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	96798305	rs41320144	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=554;ReadPosRankSum=0.355;SC=CCAGTTGACACGGATATAGCG;SOR=0.684;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=44;WE=96798313;WS=96798295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,47:0.37:128
chr2	96798510	rs1168966	G	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=44;PP=1378;SC=AGATCCCTCCGGACATACAGA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=96798518;WS=96798500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	96804107	rs72825845	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=5.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,52:0.27:191
chr2	96861041	rs17119362	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGCACCTGTGCAACTATGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=96861049;WS=96861032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	96874590	rs6725867	TT	CC	4961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.187;SC=CGCACCCTACTTTTTCTCCGC;SOR=0.816;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=421;TCF=203;TCR=218;TR=125;WE=96874599;WS=96874580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,142:0.31:454
chr2	96874626	rs80229301	C	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=5.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.326;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,89:0.27:330
chr2	96934504	rs62153033	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr2	96943473	rs3214063	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,53:0.26:202
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chr2	96962859	rs17479466	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-2.037;SC=TCCTTGAGCAAAACGTTATTG;SOR=1.508;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=10;WE=96962867;WS=96962849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	96966661	rs3731930	G	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TAGAGAGCTTGTTTACACTAG;SOR=0.481;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=22;WE=96966669;WS=96966651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
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chr2	96991807	rs145965706	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AAGCAGCTGGCGGCACTGTGC;SOR=1.656;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=9;WE=96991815;WS=96991798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	96993757	rs2279105	C	T	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=1675;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CTGCCCCTCACGGACTGGGCC;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=333;TCF=165;TCR=168;TR=129;WE=96993765;WS=96993747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,136:0.39:346
chr2	96993884	rs1048675	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TGACCATCCCAATCCCTAAGA;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=74;WE=96993892;WS=96993874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,75:0.32:233
chr2	97026576	rs62153915	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AGCGTGTTGCCAGGAAATCAA;SOR=0.132;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=11;WE=97026584;WS=97026566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	97030247	rs2305935	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,53:0.32:167
chr2	97166204	rs3731938	A	G	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.507;SC=TAGTGGTCCCATACACGTCCA;SOR=0.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=132;TCR=131;TR=263;WE=97166212;WS=97166194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr2	97217389	rs375642531	C	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=395;ReadPosRankSum=0.232;SC=TTGGGGCCTCCTGGCAAAGAG;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=38;WE=97217397;WS=97217379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr2	97267260	rs6759099	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=1.122;SC=ATACAGATTTGAATTTGAATC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=97267268;WS=97267250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr2	97267644	rs62154845	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-2.339;SC=GGTCATCTATGCCCTATCAGT;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=4;WE=97267652;WS=97267634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr2	97313450	rs60959055	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=368;ReadPosRankSum=0.246;SC=AAAGCCCTGCCCGGGAGAGAA;SOR=0.315;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=30;WE=97313458;WS=97313440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr2	97326286	rs4907246	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.606;SC=TTTTACCTTATTTTTTAATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=97326294;WS=97326276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	97351840	rs7599598	A	G	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=60;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCGCCTCAACACCGTGCTCCC;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=107;WE=97351848;WS=97351830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,113:0.63:180
chr2	97353725	rs868168	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GCAGGCACGCGGGGGTGGGGG;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=61;WE=97353733;WS=97353715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr2	97355026	rs61732269	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=885;ReadPosRankSum=1.126;SC=TCGGATGTCATGGGGAACAAG;SOR=0.764;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=82;WE=97355034;WS=97355016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,87:0.33:266
chr2	97357761	rs148267236	G	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.982;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1234;ReadPosRankSum=1.985;SC=GAGGGCGGGGGGGGGGGACAG;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=83;WE=97357769;WS=97357741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,86:0.87:99
chr2	97360079	rs72809820	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=487;ReadPosRankSum=-1.357;SC=GGGCCTCATGCTCCCTGCCCT;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=42;WE=97360087;WS=97360069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,43:0.32:134
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chr2	97403110	rs58361269	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=0.472;SC=CTCTCAACCAGGACCGGTGGC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=97403118;WS=97403100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr2	97595109	rs6725927	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=41;PP=1124;SC=GAGGGCAGGGTGCACCACTCC;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=97595117;WS=97595099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	97613616	rs1624844	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.77;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	97613748	rs1623881	C	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=658;SC=CCATTTAATTCTCATAAGTCT;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=97613756;WS=97613738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	97617140	rs1257019	T	C	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=94;PP=2965;SC=GGAGCAGGGATACCGGGCAGT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=202;WE=97617148;WS=97617130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	97617227	rs1257018	A	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=57;PP=2035;SC=GGGAGCTGGGAGGCAGAGGGC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=97617235;WS=97617217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	97637516	rs6714860	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=1092;SC=ATGGTCAAGGTGAAGTGTCCG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=97637524;WS=97637506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr2	97638038	rs1730120	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=835;SC=GAGGATGGGCACGGTGGCGGC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=97638046;WS=97638028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	97643576	rs1796048	T	C	7482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=155;PP=2965;SC=TACTCCAGCGTTGACGGTTTT;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=106;TCR=156;TR=261;WE=97643584;WS=97643566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	97747978	rs1257094	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.13;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	97751782	rs62155549	TG	CA	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.84;QD=45.08;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	97751786	rs62155551	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.69;QD=42.43;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	97757509	rs1257084	C	T	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=81;PP=2567;SC=ATCAGCATCCCTGATATTCCT;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=133;WE=97757517;WS=97757499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	97814956	rs4386368	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=464;SC=GTGGACATACGTGTATAGACT;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=97814964;WS=97814946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	97817564	rs33971912	C	CT	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.05;QD=37.04;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr2	97818161	rs74715701	C	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQRankSum=-2.838;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	97818169	rs76008235	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQRankSum=-3.638;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr2	97818188	rs141129874	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQRankSum=-3.638;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr2	97818192	rs202154783	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQRankSum=-3.638;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr2	97818197	rs200340181	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.41;MQRankSum=-3.638;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.890;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr2	97818236	rs112647905	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQRankSum=-4.151;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	97818260	.	GGC	G	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQRankSum=-3.843;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.429;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr2	97818264	.	G	GTT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.08;MQRankSum=-3.870;QD=4.09;ReadPosRankSum=2.465;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
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chr2	98276014	rs150112418	CCCTCACCTGCCCTGACCAGAA	C	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.967;NF=0;NR=10;PP=2923;ReadPosRankSum=-2.633;SC=TGGAAGCTGACCCTCACCTGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=10;WE=98276042;WS=98276004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	98351654	rs34532595	TG	T	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.558;NF=35;NR=4;PP=1280;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGTGGGGGTGTGGGGCCGAGC;SOR=0.844;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=39;WE=98351662;WS=98351644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr2	98353847	rs11686881	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TCACCTGGCTCATGCCCAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=14;WE=98353855;WS=98353839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	98354139	rs17488834	G	T	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GTAAGCCTCTGCCCCTGTGAT;SOR=0.870;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=429;TCF=206;TCR=223;TR=269;WE=98354147;WS=98354129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,283:0.63:448
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chr2	98355990	rs11678558	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=0.247;SC=AGCCCTCCACGCCGGCTCTTC;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=21;WE=98355998;WS=98355980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr2	98449796	rs6721250	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	98611833	rs2279825	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CGCCCAACTTTGCGCCGGAGC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=98611841;WS=98611823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	98611994	rs2279824	G	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=760;ReadPosRankSum=1.270;SC=GGTGCAGCGCGCCTAGGAGGC;SOR=0.837;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=48;WE=98612002;WS=98611984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr2	98709684	rs298917	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TTCAACTGCATGGGCTTAAGA;SOR=0.797;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=94;WE=98709692;WS=98709674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,103:0.38:274
chr2	98795792	rs4851884	C	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.26;MQRankSum=0.817;NF=41;NR=39;PP=1068;ReadPosRankSum=1.472;SC=TAACATAACACAGTCTTCTCA;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=113;TCR=114;TR=80;WE=98795800;WS=98795782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,87:0.34:253
chr2	98795873	rs11419620	T	TG	6211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=89;PP=2965;SC=ATTGGCATTGTGGTTATTCTT;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=7;TCR=92;TR=96;WE=98795881;WS=98795863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	98797744	rs4851890	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=267;SC=AGGCCTCCATCGGGTCAGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=98797752;WS=98797734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	98804314	rs1466156	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=1;PP=231;SC=ACTAACAAAGGAATGATTGAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=98804322;WS=98804304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	98811075	rs7579916	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=258;SC=AAGTGGCTTAACATGTAGACT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=98811083;WS=98811065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	98833446	rs67163987	C	CCA	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=206;SC=ATTGTAAGCACCCGCCCCGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=98833457;WS=98833436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	98833449	rs62156666	G	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=1;NR=10;PP=297;SC=GTAAGCACCCGCCCCGCACCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=98833457;WS=98833436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	98844575	rs7606220	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=0.785;SC=AACATAGTGAACCTCTTGTCT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=98844583;WS=98844565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	98844674	rs7601049	C	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=389;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GAATGAAGATCTGACTCTTTT;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=35;WE=98844682;WS=98844664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,39:0.34:116
chr2	98853173	rs11889349	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=665;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CAAGCATGTCGTGTCTAAGGT;SOR=0.786;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=98;TCR=98;TR=56;WE=98853181;WS=98853163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,60:0.29:210
chr2	98862014	.	G	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,48:0.27:175
chr2	98862097	rs4851121	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=64;PP=1970;SC=TTTTTCTTAAATACATTAAGT;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=98862105;WS=98862087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	98872662	rs113487988	C	CT	158.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.126;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr2	98887116	rs4851955	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.485;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=533;ReadPosRankSum=0.053;SC=TTCTTCCTCTGTTTGTTTGTT;SOR=3.337;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=24;WE=98887124;WS=98887106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	98928494	rs7587534	G	A	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=72;PP=2965;SC=CCCGAGCCCAGGGTTTGGGTG;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=164;WE=98928514;WS=98928484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	98928929	rs1466944	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CGCGCCGCCTATGCCTGCCCT;SOR=0.082;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=98928937;WS=98928919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr2	98949621	rs17428990	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGCCAGAGCGTGTCTCACTC;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=98949629;WS=98949611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chr2	99725223	rs6542864	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CAGTCTCATAAAACTCAAAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=99725231;WS=99725213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	99725479	rs11396964	A	AT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GGAATTTGAAATCTTCTTTGA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=99725487;WS=99725469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	99726043	rs6733624	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=284;SC=AAAAAATTAGACCATTATTTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=99726051;WS=99726033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	99771533	rs2516834	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1507;ReadPosRankSum=0.781;SC=AGCGGAAACGCTTCAAACCGG;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=98;WE=99771541;WS=99771523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,109:0.77:141
chr2	99771590	rs2632260	G	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=825;ReadPosRankSum=1.027;SC=TCTTGGGCGCGCGCGGTGTTT;SOR=1.487;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=37;WE=99771598;WS=99771580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr2	99772008	rs79192111	G	GT	2098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.691;NF=3;NR=32;PP=1440;ReadPosRankSum=0.377;SC=AACATGGAAGGTAAGGAAGTC;SOR=1.156;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=35;WE=99772016;WS=99771998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
chr2	99778735	rs3791211	A	G	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1950;ReadPosRankSum=1.176;SC=GAGGAGGAACAGTCTACCATG;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=115;WE=99778743;WS=99778725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,120:0.67:179
chr2	99778985	rs2632277	T	C	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=2363;ReadPosRankSum=-2.694;SC=TGGGACGTTCTTGTCTTCTTT;SOR=0.882;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=127;WE=99778993;WS=99778975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr2	99802191	rs116519747	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=1.930;SC=TTTATTGATAGCTGGATGCAC;SOR=0.872;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=25;WE=99802199;WS=99802181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr2	99802820	rs6757661	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=1.883;SC=TTTTGAGACGAAGTCTCTCTC;SOR=3.160;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=18;WE=99802828;WS=99802810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	99804642	rs10865030	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=14;PP=539;SC=TATTTTAGACTGTGACAAAAG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=99804650;WS=99804632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	99811894	rs7605843	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=439;ReadPosRankSum=0.828;SC=CAGACATTTACCATTTCTTCA;SOR=0.903;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=22;WE=99811902;WS=99811884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr2	99812070	rs1044575	G	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=-0.661;NF=33;NR=48;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AGGACTTCCAGCAGAGGAGAA;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=81;WE=99812078;WS=99812060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,87:0.69:127
chr2	99859863	rs17760953	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=0.322;SC=CTGAAGTCCCGAAAATACTCA;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=33;WE=99859871;WS=99859853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr2	99859954	rs374944243	CAGATAGAT	C,CAGATAGATAGAT	467.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,4:0.67,0.33:12
chr2	99870872	rs138844118	AAGATAGTATTCTCACAGGCTC	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	99918077	rs74177686	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	99923088	rs13003899	T	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=52.46;NF=4;NR=1;PP=111;SC=AAGTACTTATTGATGTAGACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=99923096;WS=99923082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	99938942	rs12464785	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=797;SC=GCTTTAAGTCATAAAGGAAGT;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=99938950;WS=99938932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	99939031	rs17022564	A	G	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=67;PP=2965;SC=TACAAGAATCAGAAGTGCACA;SOR=1.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=167;WE=99939039;WS=99939021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	99954636	rs11326784	GT	G	279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=166;SC=CTTCCGGCCTGTTTTTTTTTG;SOR=2.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=99954644;WS=99954626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	99976564	rs3828162	A	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=86;SC=CTTGTGTTGTAATGAAAGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=99976572;WS=99976556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	99978048	rs12233086	G	A	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=3.736;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr2	99992822	rs7558074	A	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=478;SC=GAAGGAAACAAAGTTCATATA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=99992830;WS=99992812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	99995517	rs11896520	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr2	99995804	rs1376443	T	C	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=85;PP=2685;SC=ATGTACAAGATGGTGAAGCAG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=185;WE=99995812;WS=99995794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	99998561	rs2290256	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=144;SC=AAGGATTGTTCTGTAAAGAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=99998569;WS=99998551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	100006620	rs10187843	G	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=12;PP=1168;SC=TTCTAGTGAGGCACACCTATT;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=100006628;WS=100006610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	100010685	rs2242036	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=489;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ACTGCTGAGGATAGAGGTGTG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=30;WE=100010693;WS=100010675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr2	100017906	.	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	100019496	rs2305354	A	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=78;PP=2739;SC=TTGGTGAACCAATGGTTTTTT;SOR=1.088;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=138;WE=100019504;WS=100019486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	100019612	rs3087397	TG	T	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=982;SC=AATGATAGTATGGATAGTCTG;SOR=1.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=100019620;WS=100019602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	100021184	rs2290261	A	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=63;PP=1798;SC=AAGCATGCTCAGAGATGAGGT;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=100021192;WS=100021174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	100022270	rs1053544	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=253;SC=TTGGTTAAACGGATGAAGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=100022278;WS=100022260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	100022772	rs717454	T	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=47;PP=2648;SC=AAGAACCACATTGATGACCAC;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=141;WE=100022780;WS=100022762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	100055506	rs3087386	A	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=33;PP=1602;SC=CTCCTGGGAAAAGGCTGGAGA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=100055514;WS=100055496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	100058870	rs3087403	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
chr2	100068069	rs4851206	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=302;SC=TTGTTTAACTTCTTTAGGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=100068077;WS=100068059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	100081323	rs28369943	C	T	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=19;PP=1262;SC=CACATTATAACAGAAGAATGA;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=100081331;WS=100081313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	100081561	rs28369942	A	AAAGTC	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=408;SC=CCAACTGATGAAAGTATACAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=100081569;WS=100081551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	100176775	rs13008878	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=250;ReadPosRankSum=1.124;SC=TGGTTTGCCAATGATGGCATG;SOR=0.576;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=21;WE=100176783;WS=100176765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr2	100218080	rs4851214	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-0.186;SC=GCTGGACCACGGCGCTGCCAG;SOR=3.908;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=6;WE=100218088;WS=100218070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	100288931	rs4851222	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=20;PP=1191;ReadPosRankSum=0.719;SC=GTTAACACCCGGCACAGTCCA;SOR=1.000;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=74;WE=100288939;WS=100288921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr2	100343557	rs4851223	C	T	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=73;PP=2680;SC=CGATGTGCCACTGTCTGGACT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=100343565;WS=100343547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	100454072	rs5832886	C	CT	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.925;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=1129;ReadPosRankSum=0.874;SC=TTAGTCCCCCCCAACAAAAAA;SOR=1.845;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=88;TCF=9;TCR=79;TR=23;WE=100454093;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,30:0.22:135
chr2	100454085	rs1864273	T	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.190;SC=ACAAAAAAATTCAGCGAGTTA;SOR=0.333;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=85;WE=100454093;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,90:0.79:114
chr2	100910578	rs4850925	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=740;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GACTTTGTTACGTAACGGGAG;SOR=0.333;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=43;WE=100910586;WS=100910568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr2	100915629	rs4851286	T	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TACACTTTGGTATACATTTCA;SOR=0.414;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=73;WE=100915637;WS=100915619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,85:0.68:125
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chr2	100916051	rs2033749	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTCTATAATCTTAGAGCTGAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=100916059;WS=100916041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	100916306	rs2033748	A	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1207;ReadPosRankSum=0.542;SC=TATCCTCTTCAAAGTGTAGAC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=75;WE=100916314;WS=100916296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr2	100986964	rs1437971	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=1.020;SC=GCACTGGGCAAACTTCTGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=24;WE=100986972;WS=100986954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	101014247	rs4149517	C	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=387;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CCTGTCTGGACGGCCACCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=19;WE=101014255;WS=101014241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	101019237	rs78422497	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=509;ReadPosRankSum=0.363;SC=TTTGACAAAGCCATAAAAGCC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=29;WE=101019245;WS=101019227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	101022963	rs7571659	A	G	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=26;PP=1946;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GAAGTCATCTATGCATGTACC;SOR=0.975;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=162;TCF=118;TCR=44;TR=105;WE=101022971;WS=101022953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,107:0.64:166
chr2	101126124	rs1829479	T	A	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=67;PP=1974;SC=TTTCTCCTTATTATGTTACTT;SOR=2.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=89;WE=101126132;WS=101126114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	101437561	rs6542989	G	A	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=70;PP=2486;ReadPosRankSum=-2.027;SC=TGACCTTTCTGAAGAGCTGGG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=151;WE=101437569;WS=101437551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,152:0.61:251
chr2	101437601	rs6542990	C	G	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=2015;ReadPosRankSum=3.586;SC=GGGACAGGCACCACCCGGCTA;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=241;TCF=118;TCR=123;TR=129;WE=101437609;WS=101437591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,129:0.52:246
chr2	101437762	rs13390078	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=536;ReadPosRankSum=0.547;SC=GCACTTCCACAAAGTCTAAAC;SOR=0.342;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=27;WE=101437770;WS=101437752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr2	101520972	rs5832941	A	AT	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=247;SC=GCCCAATGAAAGAGTGCCTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=101520993;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	101520985	rs10168430	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=1.440;SC=GTGCCTGTGCATTTAAACATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=101520993;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	101541798	rs356651	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CACCCTGCCCCGTCCATGTGG;SOR=0.250;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=14;WE=101541806;WS=101541788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	101564628	rs10207725	A	C,G	1480.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.404;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26,16;NR=12,3;PP=629,282;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TGAATGTTCAATTTTTGTTTT;SOR=1.894;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=38,19;WE=101564636;WS=101564618;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.34:59
chr2	101566070	rs3739005	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=304;SC=TTTGAATTTTCGAGTTCCCAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=101566078;WS=101566060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	101581246	rs7581886	C	T	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	101581495	rs60563199	CT	C	1431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.817;NF=4;NR=22;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.019;SC=AGAGTCGGCCCTGGTCCATTG;SOR=0.733;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=26;WE=101581516;WS=101581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr2	101581508	rs17025086	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=1648;ReadPosRankSum=0.243;SC=GTCCATTGAAAGAGGAGGACT;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=33;WE=101581516;WS=101581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr2	101581976	rs4851392	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=265;SC=AGCCTCTCTGATTTTGACCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=101581984;WS=101581972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	101582245	rs3841571	AGCCCAGGCATGGGG	A	1382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.898;NF=2;NR=18;PP=2969;ReadPosRankSum=0.723;SC=ACCACTGCCCAGCCCAGGCAT;SOR=0.628;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=20;WE=101582266;WS=101582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr2	101584895	rs2289950	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=859;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GGTCAGGTACCGCGCACGGGC;SOR=1.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=43;WE=101584903;WS=101584885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr2	101584951	rs35503589	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GGGGTGCAGGATGGCGTGGCC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=101584959;WS=101584941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	101587642	rs75107839	A	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-1.699;SC=GAAGGGTACAACCAAGCTATT;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=22;WE=101587650;WS=101587632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr2	101591304	rs2305160	A	G	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=85;PP=2965;SC=GCACTTTAACACACTCGACGT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=198;WE=101591312;WS=101591294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	101591443	rs2305159	A	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGGATGTCCACATCAGACCA;SOR=0.399;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=57;WE=101591451;WS=101591433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
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chr2	101622728	rs10934	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AAATAGAATGCCCAGACCCGT;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=22;WE=101622736;WS=101622718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr2	101624471	rs746924	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=790;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GTCCAGTCCCTTTCTGCCGCC;SOR=1.029;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=66;WE=101624479;WS=101624461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,68:0.31:218
chr2	101635538	rs13007048	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=0.539;SC=CCTTGGGTCTCGGCTCTTCAT;SOR=3.890;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=12;WE=101635546;WS=101635528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr2	101638888	rs3739014	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=427;ReadPosRankSum=-0.849;SC=ACTGCCGGGCATCTATGCGGT;SOR=0.620;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=41;WE=101638896;WS=101638878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr2	101644855	rs11683877	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.564;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,46:0.26:177
chr2	101646359	rs12472882	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=0.811;SC=CCAGAAAAGCGTCCATGCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=10;WE=101646367;WS=101646349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr2	101652732	rs4850957	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CCCTGCTCTCCGAGGGGCCAA;SOR=0.114;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=13;WE=101652740;WS=101652722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr2	101656726	rs2289953	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,50:0.26:196
chr2	101675808	rs7572457	A	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=30;PP=2509;SC=AACTGTTAGTATGCTACAGTG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=113;WE=101675816;WS=101675798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	101869588	rs2272320	G	T	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,156:0.73:213
chr2	101874442	rs6757365	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=953;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GTGTTTTGGGCATTTCTGTGT;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=66;WE=101874450;WS=101874432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr2	101881549	rs3768995	A	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=2.197;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr2	101883027	rs3736586	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TCAATGCAGATAGTTTTGTAG;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=8;WE=101883035;WS=101883017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr2	101883046	rs1660694	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=-1.651;SC=AGCTTTTTGTATAAAATGCTT;SOR=0.047;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=13;WE=101883054;WS=101883036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr2	101889306	rs750783	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=649;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ACAATCACCTATTCCTGAAGG;SOR=0.804;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=34;WE=101889314;WS=101889296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr2	101898412	rs13151	G	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=27;PP=1478;SC=GTGGACTGCTGTCATCACTTC;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=101898420;WS=101898402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	101911385	rs3828194	A	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=24;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AGAGTTATCCATCATTACCTG;SOR=1.342;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=87;WE=101911393;WS=101911375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,92:0.74:125
chr2	101925026	rs11123868	T	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,77:0.31:252
chr2	101967346	rs6543032	C	T	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=58;PP=2965;SC=AAAAGGTTTTCATTTAAGTGC;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=106;TCR=58;TR=164;WE=101967354;WS=101967336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	101971618	rs6753727	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=406;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGGAGACCAATCACTTATTGC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=18;WE=101971626;WS=101971608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	102000210	rs11694978	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr2	102003962	rs116287156	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=0.575;SC=CCAGCAGCGCTAGTGCCGGGG;SOR=0.261;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=14;WE=102003970;WS=102003952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	102018878	rs11123876	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr2	102018908	rs2175968	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=619;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTTATTGCCCATGGCAGTGTC;SOR=0.804;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=41;WE=102018916;WS=102018898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr2	102026879	rs72825067	A	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.19;MQRankSum=1.803;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.992;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	102026879	.	A	ACACT	289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=18;MQ=64.19;NF=8;NR=1;PP=289;QD=32.4444444444;SC=ACACACACACACTTATGTGAT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=102026887;WS=102026869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,9:0.69:13
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chr2	102029273	rs11689348	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.400;SC=ATCGGAGTTATAAAGTTCTAC;SOR=0.036;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=5;WE=102029281;WS=102029263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr2	102031176	rs4851434	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1015;SC=TCCTCTGCCAATGGCCAGGCA;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=102031184;WS=102031166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	102031489	rs4851435	C	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=32;PP=1008;SC=TAAACTGCAACTTCCCCCACC;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=102031497;WS=102031479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	102035192	rs6709913	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=237;SC=TCCATACACCCCACTATTCAC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=102035200;WS=102035182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	102038849	rs4851436	T	A	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=160;PP=2965;SC=TTTCTTTGCCTGTTCTTGCTC;SOR=1.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=110;TCR=160;TR=270;WE=102038857;WS=102038839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr2	102045328	rs6543047	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=266;ReadPosRankSum=1.352;SC=CAGAAGAGTACGCACAGAAAA;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=12;WE=102045336;WS=102045318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	102066878	rs4851448	A	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=100;SC=AGAGATGGAGATTTGCCATGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=102066886;WS=102066871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	102067083	rs7585228	T	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	102068872	rs4851449	T	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr2	102069002	rs4851450	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr2	102083183	rs4851455	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=372;ReadPosRankSum=-1.350;SC=CTCCAATAACTTGCTTCCCTT;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=19;WE=102083191;WS=102083173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	102083393	rs11680478	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=0.848;SC=GAGGAGGAAATTGGCATTTGT;SOR=0.534;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=18;WE=102083401;WS=102083383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr2	102314437	rs13430711	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CCGGGCCGGCTCGGCTGCCGC;SOR=0.443;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=24;WE=102314445;WS=102314427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr2	102314633	.	G	GGGCAGCC	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.803;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr2	102315057	rs1567385	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr2	102477453	rs56378209	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=0.588;SC=CCACAGGTAGCGACAGCCAGC;SOR=0.155;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=10;WE=102477461;WS=102477443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	102483883	rs17745869	T	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-2.071;SC=CCCTCACAGATTTGAGGAATT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=9;WE=102483891;WS=102483873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	102773999	rs2287048	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=0.250;SC=TTGTTCCCCACCCCATTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=102774007;WS=102773989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	102774054	rs2287047	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=405;ReadPosRankSum=1.243;SC=AGAAAAACCAGTTCATCAGTG;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=24;WE=102774062;WS=102774044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	102785158	rs3213735	G	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.628;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	102788409	rs2041747	G	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1174;SC=TCACATTTTGGTGTTAAATCC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=102788417;WS=102788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	102792760	rs3917318	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=0.751;SC=GGTTCAGGAGAGAATGATGAT;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=102792768;WS=102792750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	102804538	rs144678772	A	AACC	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAAACAGAGAACCAGCTCCA;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=4;WE=102804546;WS=102804528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	102817954	rs2302623	A	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TTACCTAAATACTAGGGATCA;SOR=0.610;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=13;WE=102817962;WS=102817944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	102828378	rs138145179	A	ATT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	102851496	rs35960329	C	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1588;ReadPosRankSum=1.639;SC=TGATCCAGGACGGGATGAAGG;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=98;WE=102851504;WS=102851486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr2	102954653	rs13431828	C	T	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CCTTCACTGTCGTATGCCAGT;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=62;WE=102954661;WS=102954643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr2	102955468	rs1041973	C	A	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=1873;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTACCAGCTGCAGTTGCTGAT;SOR=0.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=113;WE=102955476;WS=102955458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,118:0.78:151
chr2	102957348	rs10173081	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=944;ReadPosRankSum=0.659;SC=GTGGGAACAGCGGTGCCCTTC;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=62;WE=102957356;WS=102957338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr2	102967928	rs4988955	A	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=1031;SC=AGACTTTTAAATGTTCAGGAT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=102967936;WS=102967918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	102968007	rs4988956	G	A	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=56;PP=2965;SC=TGTAGTCACTGCAGTGGAAAC;SOR=1.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=129;TCR=56;TR=185;WE=102968015;WS=102967997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	102968075	rs4988957	T	C	8814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=149;PP=2965;SC=TCACTCACAATAAGGAGTTTG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=163;TCR=149;TR=312;WE=102968083;WS=102968065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr2	102968211	rs10192036	CA	AG	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=91;PP=2947;SC=GGACTCCCTCCAGCATCTTAT;SOR=1.154;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=157;WE=102968220;WS=102968201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	102968285	rs4988958	T	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=44;PP=1478;SC=CCCTGAATTCTAAATTCTGGA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=66;WE=102968293;WS=102968275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	102968356	rs10192157	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	102968362	rs10206753	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	102984624	rs1362348	C	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=641;SC=CAGATAATCACCACATCCTTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=102984632;WS=102984614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	102998279	rs3213732	A	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=57;SC=AAAACTAAGAAAAGAGTGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=102998287;WS=102998269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	103006448	rs6749014	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=18;PP=1198;SC=TGGACAAGCACGTGATGATGG;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=103006456;WS=103006438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	103010912	rs1420096	C	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=52;PP=2724;ReadPosRankSum=0.219;SC=ATTAAAAGAGCCAATCTTACC;SOR=0.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=144;WE=103010920;WS=103010902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr2	103039584	rs3817465	A	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=929;SC=CCTGTGTGAGATGCACTTTGT;SOR=4.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=103039592;WS=103039574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	103039873	rs2272127	C	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=741;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GATGGATAACCTGATATATCA;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=37;WE=103039881;WS=103039863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr2	103040247	rs11377261	T	TG	1834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=1480;SC=TGTTTCCATGTGCTTTGTTTA;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	103040249	rs2272129	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=872;SC=TTTCCATGTGCTTTGTTTATT;SOR=3.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=39;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	103048738	rs62154972	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-0.279;SC=TTGAGTCGCTGGCTGAGCTCT;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=11;WE=103048746;WS=103048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	103057668	rs11465700	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.260;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr2	103057892	rs11465702	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=805;ReadPosRankSum=-0.950;SC=AGCAGGTCTAAGTGTGATAGA;SOR=1.057;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=45;WE=103057900;WS=103057882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr2	103059613	rs1558651	A	G	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=53;PP=2620;SC=AGGACAAAGTATTCTCACCAG;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=135;WE=103059621;WS=103059603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	103063520	rs11465723	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=734;ReadPosRankSum=1.179;SC=TACTGGCCCTGTCTCCACAGT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=47;WE=103063528;WS=103063510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr2	103095531	rs61731286	T	C	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.637;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.448;SC=GTGGGCAGTATTGGGGGCCCT;SOR=0.959;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=104;WE=103095539;WS=103095521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,116:0.65:178
chr2	103120179	rs7575867	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,35:0.18:197
chr2	103120232	rs2075188	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=68;PP=2144;SC=CATCACATGAGCCAGGCATCT;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=109;WE=103120240;WS=103120222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	103120311	rs2075187	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=612;SC=AAACTTTTATGAAACCTGATT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=103120319;WS=103120301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	103125182	rs6724322	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=51;SC=GCAGCATTTACTCTGTAATAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=103125190;WS=103125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	103125457	rs6739301	A	G	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	103125466	rs6742381	T	C	7326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	103128866	rs4851609	T	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=559;SC=CTACAGGAAGTGGTTGAAATT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=103128874;WS=103128856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	103136309	rs1403550	T	C	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=56;PP=1926;SC=TCTCCAATAATGATTCCAGGG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=103136317;WS=103136299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr2	103149100	rs1014286	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=595;ReadPosRankSum=-2.048;SC=CCATGGACACGGCAGGGACCA;SOR=0.666;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=34;WE=103149108;WS=103149090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr2	103149162	rs2008159	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=0.714;SC=ATTGTCCACAAGATTGTTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=15;WE=103149170;WS=103149152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	103149182	rs2008157	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.743;SC=GGTGTTTCTCAAGAGTCTGTC;SOR=1.244;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=103149190;WS=103149172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	103149210	rs74560841	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AACTGTGAAAGGAGGATTTCT;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=103149218;WS=103149200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	103300506	rs6757258	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=327;ReadPosRankSum=-1.271;SC=CTTTGTCCCCATCGCAGAAGC;SOR=1.198;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=26;WE=103300514;WS=103300496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr2	103375056	rs2732838	T	G	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=45;PP=1512;SC=GCTTAACAAGTACCAAGCTGG;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=103375064;WS=103375046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	103378857	rs2540298	C	G	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=72;PP=2272;SC=TATGAAGATACCCTTATGTAT;SOR=2.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=92;WE=103378865;WS=103378847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	103380998	rs2540296	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=0.436;SC=CCTGTAATTTCAATATTTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=103381006;WS=103380988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	103414593	rs140870577	CACTA	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.77;MQRankSum=0.736;NF=0;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=-0.069;SC=ACTTCTTGAACACTAACTAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=103414604;WS=103414583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	103431404	rs887987	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=40;PP=996;SC=GGTTGTTGGATGGCATATTCA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=103431412;WS=103431394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	105472055	rs186512421	T	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	105654716	rs3739160	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AAGCGGCTTACCTCTGCCGCG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=102;WE=105654724;WS=105654706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,112:0.72:155
chr2	105654830	rs3739159	G	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.963;SC=AGGTTGGGGGGGAGGAGGTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=105654838;WS=105654820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	105709023	rs6543282	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=524;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TTAGCAAAAGTGAAGGTAATG;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=39;WE=105709031;WS=105709013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr2	105885961	rs2241797	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=21;PP=1076;SC=GGGGCCAGCATGCAGGTAGAT;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=56;WE=105885969;WS=105885951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	105889349	rs11676273	G	A	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=83;PP=2476;ReadPosRankSum=3.040;SC=CAGATTTCTGGAGCAGCCGCC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=120;TCR=121;TR=164;WE=105889357;WS=105889339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,173:0.67:257
chr2	105897003	rs2241799	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TGCGGACCTCGTTCAGGTAGC;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=37;WE=105897011;WS=105896993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr2	105897261	rs2679833	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=44;PP=1316;SC=TGGAGGGGAGCGCACGGTGGC;SOR=1.483;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=69;WE=105897269;WS=105897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	105924017	rs67600221	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AGTTTCAACACGCAGTCACCG;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=105924025;WS=105924007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	105924510	rs2241801	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,55:0.27:201
chr2	105953909	rs2033727	G	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=-0.231;SC=ACCCGAACCAGCAGCGAGAGA;SOR=0.419;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=13;WE=105953917;WS=105953899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	2806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=18;PP=2148;SC=GGCATGCGGCGACTCAGAGTG;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=105953946;WS=105953928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	105961703	rs2679842	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TTGGTTGTTTGAAATGTTCAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=6;WE=105961711;WS=105961693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	105977761	rs11124029	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=663;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TCCCACAGTCGGGGCACAGGA;SOR=0.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=45;WE=105977769;WS=105977751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
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chr2	105994564	rs144051497	C	CATCAA	1624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.225;NF=12;NR=14;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GGAAAGAGCACATCAGCATGC;SOR=1.196;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=26;WE=105994572;WS=105994554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr2	106013147	rs34179780	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,130:0.28:465
chr2	106013216	rs11891016	T	C	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=84;PP=1785;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CTCAGTATAATGCAACTTGAG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=46;TCR=115;TR=118;WE=106013224;WS=106013206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,124:0.74:167
chr2	106013248	rs11884297	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=53;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ATAAATGTGGCTTTGATCAAA;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=57;WE=106013256;WS=106013238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr2	106471393	rs6543345	T	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=815;SC=AGGAGAAAACTGGTTGCAGAG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=106471401;WS=106471383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	106687456	rs13014521	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr2	106710668	rs11268588	C	CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.89;ReadPosRankSum=0.737;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	106715342	rs3820891	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=63;PP=1714;SC=ACCTCCCTGCGCTGCTTCAGC;SOR=2.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=77;WE=106715350;WS=106715332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	106717274	rs3739136	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TCTTAGACCCAGGCCCTTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=106717282;WS=106717264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	106717656	rs10177888	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=0.975;SC=CCTCCCAGAAGAAAAATTACC;SOR=0.172;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=16;WE=106717664;WS=106717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr2	106742139	rs4851925	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=45;PP=1672;SC=GCCAGCCCTACAGAAAGCAAT;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=100;WE=106742147;WS=106742129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	106742177	rs3739137	T	A	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=57;PP=1881;SC=TGAATTTACATGTGCAGGCAC;SOR=1.190;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=106742185;WS=106742167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	106780015	rs3910716	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=160;SC=AATGCGTATACAGACATTTAT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=106780023;WS=106780005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	106780055	rs10631203	C	CTG	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=441;SC=AGCAAACAAACAGAATTAATT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=106780063;WS=106780045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	106782398	rs4851115	C	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=674;SC=CAAGAACCCACTTTTGTTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=106782406;WS=106782388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	106810727	rs7604916	A	G	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=130;PP=2965;SC=CCAGGGCCCTACCGCGCGGGG;SOR=1.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=80;TCR=130;TR=210;WE=106810735;WS=106810717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	106992952	rs4641931	A	G	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.222;NF=35;NR=23;PP=2843;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CATCTGACCTATGTGGGCAAA;SOR=0.923;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=58;WE=106992980;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr2	106992963	rs11464214	A	AG	3168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.512;NF=16;NR=29;PP=2844;ReadPosRankSum=1.348;SC=TGTGGGCAAAATTCCTGTGCT;SOR=0.766;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=45;WE=106992980;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr2	107007576	rs60043380	A	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=1057;SC=ACCAAAATCCATGCTTCTCAA;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=107007584;WS=107007566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	107103773	.	GC	G	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=41.09;NF=1;NR=1;PP=29;QD=23.0;SC=CCTCCCCACTGCCCCCCCCAG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=107103781;WS=107103763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr2	107107694	rs6543414	A	G	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.26;QD=29.67;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	107107765	rs6543415	C	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1147;SC=GACCACCAGGCTTCAGTGTGC;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=107107773;WS=107107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	107118896	rs4340514	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=818;SC=AAAAATGTTCTGTGTTGAACA;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=107118904;WS=107118886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	107119136	rs4365459	G	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=922;SC=ATTTGCCTCAGAGAACCTGCG;SOR=2.409;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=43;WE=107119144;WS=107119126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	107121040	rs146000492	T	TA	2894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.563;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-2.010;NF=37;NR=24;PP=1087;ReadPosRankSum=1.006;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAT;SOR=1.211;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=61;WE=107121048;WS=107121030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,109:0.93:117
chr2	107429801	rs6739022	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=185;SC=AGATAATTATCAAACCATTTA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=107429809;WS=107429791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	107446396	rs877693	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=573;SC=AAATCAGAAATACTTCTGGTT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=107446404;WS=107446386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	107446430	rs935565	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=867;ReadPosRankSum=0.517;SC=ATAAGGTATTTTCAACCTGTA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=37;WE=107446438;WS=107446420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
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chr2	109087645	rs139691316	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-2.194;SC=GTGAAAGGGAAGAAAGATTGA;SOR=0.692;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=20;WE=109087653;WS=109087635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr2	109089404	rs2243888	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=0.367;SC=ACAGATTCTTCTTAGTGTTAG;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=109089412;WS=109089394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr2	109109325	rs143344405	TAAGA	T	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=577;ReadPosRankSum=1.086;SC=CACAAATTCATAAGAAAGAAA;SOR=0.274;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=14;WE=109109336;WS=109109315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr2	109150984	rs143715745	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.162;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr2	109151155	rs368878460	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.345;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	109292280	rs7584953	T	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=33;PP=2402;SC=CTAGCCCCATTGGTTGGCCAC;SOR=1.817;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=115;WE=109292288;WS=109292270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	109388846	rs700876	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=323;SC=CTGCAATTCAGATGTGGAGAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=109388854;WS=109388836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	109389124	rs700875	A	T	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=114;SC=TTCTATAATTATCGATTTTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=109389132;WS=109389114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	109389463	rs826580	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=47;PP=1558;SC=GAAATGGGGAGGACTTTCAAT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=109389471;WS=109389453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	109393522	rs58272304	TG	T	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=18;NR=3;PP=763;SC=CTCTAGGTCCTGGGGTAAAGC;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=109393530;WS=109393512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	109393766	rs56132830	A	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	109393767	rs367802106	TATAAC	T	1901.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	109393774	rs371189636	A	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.51;SOR=4.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	109393779	rs375449172	A	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	109393780	rs367803624	G	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.05;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	109393781	rs371705935	A	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.14;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	109393786	rs371246549	TC	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	109393789	.	TCCCTTACCCCCC	T	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	109393803	.	GT	G	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	109393807	rs199740075	G	GTTTAGT	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	109408208	rs6740879	G	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=879;SC=AATGATTATAGAGTTAGTACC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=109408216;WS=109408198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	109490104	rs6737810	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=146;SC=TGATCATTTAAACCAGGGGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=109490112;WS=109490094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	109513321	rs7607563	C	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=911;SC=CCCTCGTTGGCTCCTTGGCTT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=109513329;WS=109513311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	109513654	rs12623957	G	A	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=126;PP=2965;SC=TCTTCTCGAGGCAATCAAATG;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=99;TCR=126;TR=224;WE=109513662;WS=109513644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	109513786	rs3789738	A	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr2	109522720	rs260639	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=866;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCTTCATGTCGGTGGGGTGGG;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=57;WE=109522728;WS=109522710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr2	109522747	rs3833574	CT	C	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=1.187;SC=CTCTCCCAGGCTTTTTTTTCA;SOR=0.737;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=25;WE=109522755;WS=109522737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,46:0.33:140
chr2	109526969	rs260632	G	A	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=46;PP=2186;SC=CATCCTTCTCGGAGAACATCA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=111;WE=109526977;WS=109526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	109527087	rs260631	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=773;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AGAGCTGCCCGGTGTCTGTGT;SOR=1.795;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=39;WE=109527095;WS=109527077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	109527373	rs260630	A	G	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=40;PP=1909;SC=GAGTCCAGGAAGCAGGGCACC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=109527381;WS=109527363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	109539653	rs260643	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGTGGCAAACATCCCTCCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=109539661;WS=109539643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	109745782	rs200435574	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	2562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=2928;SC=CGGGCTCGGCTGGCCGGTCCC;SOR=0.906;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=30;WE=109745808;WS=109745772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	109745929	rs1367274	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr2	109929958	rs6748434	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=-1.622;SC=TTGCTGGGTGAGCGCTGTACC;SOR=0.608;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=25;WE=109929966;WS=109929948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr2	109964431	rs6725756	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GGGTGGGCCCCGCCAGCCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=20;WE=109964439;WS=109964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr2	109988215	rs11680644	C	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=359;SC=ACCTGACCTTCAAGCCCCTTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=109988223;WS=109988205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	110302945	rs201179663	C	CT	1492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=806;ReadPosRankSum=-0.734;SC=ACTTGGGTAACTGATTTTAAC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=23;WE=110302953;WS=110302935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr2	110325590	.	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.923;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	110372192	rs6594048	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=32;PP=1841;SC=GGGGCGCCCTAGGCGGCGAAC;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=98;WE=110372200;WS=110372182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	110552183	.	G	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQRankSum=-0.566;QD=28.82;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	110552184	rs368194978	GC	G	192.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.76;MQRankSum=-0.566;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	110855123	rs2004273	G	T	8235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=133;PP=2965;SC=AGGGGCTGCTGCAGGGGCCGG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=153;TCR=133;TR=286;WE=110855131;WS=110855113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr2	110855270	rs5833366	TG	T	2454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,84:0.71:118
chr2	110882699	rs2048243	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=416;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AAAGCCAAGAAGATTTTCCAT;SOR=0.307;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=36;WE=110882707;WS=110882689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr2	110886686	rs3838315	A	AGACCAGAT	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,29:0.24:119
chr2	110889108	rs11240790	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	110905664	rs1509417	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGGGTTTGATGTGGTTTGAAT;SOR=0.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=110905672;WS=110905654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	110919041	rs3817140	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=0.623;SC=AGTTATAAAAATATCGCTATT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=110919049;WS=110919031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	110919321	rs2271244	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=0.325;SC=AAAGAAACTCCAAATCAAAAA;SOR=0.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=10;WE=110919329;WS=110919311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	110922703	rs11675767	C	T	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=1552;ReadPosRankSum=-2.670;SC=CTTCACTTGACTCTTGGCCTT;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=412;TCF=198;TCR=214;TR=135;WE=110922711;WS=110922693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,148:0.34:441
chr2	110959898	rs11240794	C	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr2	111058854	rs190352639	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.05;QD=23.99;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	111526090	.	TGA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.526;NF=0;NR=9;PP=86;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=9;WE=111526099;WS=111526080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr2	111644475	rs10188079	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.336;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.020;NF=10;NR=32;PP=752;ReadPosRankSum=0.787;SC=TACGCTTGCTCGTGAAATCAG;SOR=1.895;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=42;WE=111644483;WS=111644465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr2	111644491	rs66815319	TA	T	1079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.950;NF=0;NR=28;PP=994;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ATCAGCCACTTAACTGTTCTG;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=28;WE=111644499;WS=111644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr2	111721142	rs138591222	ATGTGTGTG	A,ATG	2620.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.44;QD=40.32;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,55:0.15,0.85:65
chr2	111886332	rs13429049	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	111907691	rs724710	T	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=805;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TGCGGCGTATTGGAGACGAGT;SOR=0.613;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=63;WE=111907699;WS=111907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr2	111909247	rs3789068	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GTTCTTCAGTATGGAATTTCT;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=111909255;WS=111909246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	111909610	rs79493742	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.143;SC=ATTGACTAGGAAGAACTGGTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=111909618;WS=111909600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	112526866	rs137999262	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.13;MQRankSum=1.068;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	112528623	.	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.41;MQRankSum=0.524;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.179;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	112536264	rs76115652	G	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.47;QD=27.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	112551673	rs200630962	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=26.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	112582523	rs74602614	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.309;NF=20;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CTAGTTAGGAGGTAACAAAGA;SOR=0.443;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=35;WE=112582531;WS=112582513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr2	112582766	rs60136848	CTT	C	2312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.301;NF=5;NR=36;PP=1457;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CAAAATGAAACTTAATTTTGA;SOR=0.580;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=41;WE=112582775;WS=112582756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr2	112583476	rs12614297	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=803;ReadPosRankSum=-2.073;SC=TTTTCAGAGACAGCATCTCAC;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=46;WE=112583484;WS=112583466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr2	112590989	rs3761697	A	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=594;SC=AAAAACTTACATATGAGAAAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=112590997;WS=112590979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	112605302	rs4848197	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.91;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	112605465	rs4848800	T	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=519;SC=GTAAATACGATACAAATGAAT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=112605473;WS=112605455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	112625575	rs6742515	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=40;PP=1299;SC=AGAGCTTATCTAAAAGAATAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=75;WE=112625583;WS=112625565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	112630412	rs141064868	A	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.51;QD=29.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	112630997	rs149879544	G	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.476;NF=24;NR=53;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TGAAAAGAAAGGGTACAACAA;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=77;WE=112631005;WS=112630987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr2	112641111	.	CAAA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=15.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.316;QD=1.10;ReadPosRankSum=2.456;SOR=1.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr2	112641149	rs17835589	G	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.590;NF=21;NR=43;PP=1356;ReadPosRankSum=1.855;SC=ACACTAACGGGAGCTTAAGTC;SOR=1.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=64;WE=112641157;WS=112641139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr2	112641256	rs2037198	GAAAGCTGAGG	AGAAGCTGAGG,AGAAGCTGAGC	2131.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2,6;NR=24,40;PP=548,263;SC=AGGCCAGTCTGAAAGCTGAGG;SOR=3.657;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=26,46;WE=112641274;WS=112641246;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:48
chr2	112641266	rs71414610	G	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	112641283	rs12233011	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=813;SC=ATGGGATGCTACGCACAGCTC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=112641291;WS=112641273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	112687157	rs138909702	A	ATATTTATTTATT	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=2.951;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.008;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	112704862	rs7601798	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-1.569;SC=CCCGCCCCCCACAAAAAAAGA;SOR=1.352;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=16;WE=112704870;WS=112704852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	112705157	rs3761701	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=0.842;SC=AAGTCCGAGCTGTGGGCTTAT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=18;WE=112705165;WS=112705147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	112705185	rs3761700	G	T	276.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TTCTCTAATAGCGGACAGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=112705193;WS=112705175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	112725684	rs113538397	A	ATGTGTG	1882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.28;MQRankSum=2.856;QD=23.24;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
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chr2	112751928	rs7604639	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1211;ReadPosRankSum=0.887;SC=GCCGTCACCAGAGGGGGAGTT;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=74;WE=112751936;WS=112751918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr2	112752142	rs7592909	A	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GAGTTTGAGAACAACCTGGGC;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=112752150;WS=112752132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	112752880	rs6739294	G	A	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1537;ReadPosRankSum=1.071;SC=AGTGAACCAAGTGCTGTGCTC;SOR=0.537;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=93;WE=112752888;WS=112752870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,94:0.71:133
chr2	112753020	rs77702371	A	G	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=2550;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GTTTTTGCCAAACATGACCTT;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=149;WE=112753028;WS=112753010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,155:0.61:256
chr2	112753097	rs6726639	A	C	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TCCCAGTGACACTGAAACTTG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=74;TCR=103;TR=110;WE=112753105;WS=112753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,118:0.62:190
chr2	112753781	rs34346510	TA	T	3378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.077;NF=8;NR=54;PP=2230;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TTACCACAGTTAAATAACACC;SOR=0.913;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=15;TCR=86;TR=62;WE=112753789;WS=112753771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,111:0.64:174
chr2	112753883	rs10173553	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=542;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GCTCTTCAGGCCACCAACCAT;SOR=1.751;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=24;WE=112753891;WS=112753873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr2	112754828	rs3811632	G	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=795;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTGACTATTTGTTCTTCCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=43;WE=112754836;WS=112754818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr2	112755001	rs2230515	A	G	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1802;ReadPosRankSum=0.581;SC=GATTGGGTTGATTTTATACAT;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=123;WE=112755009;WS=112754991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,131:0.73:180
chr2	112758691	rs141952124	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=512;ReadPosRankSum=2.175;SC=ATTGAAAAGCGGAAGCTCTGT;SOR=0.480;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=43;WE=112758699;WS=112758681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr2	112761653	rs4848933	C	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=578;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AATCTCAGTTCCCAGTGGGCC;SOR=0.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=28;WE=112761661;WS=112761643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr2	112765973	rs1131244	A	G	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1107;ReadPosRankSum=1.444;SC=ACAACTCTTCACAGCGGGAGA;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=76;WE=112765981;WS=112765963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,82:0.66:124
chr2	112766262	rs10210692	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=988;ReadPosRankSum=0.943;SC=GGACGCTGATAGGCTCAGGAA;SOR=0.923;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=65;WE=112766270;WS=112766252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,72:0.62:116
chr2	112766304	rs55766181	G	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1157;ReadPosRankSum=0.016;SC=TTCTAGGAGAGTGTGAATTAA;SOR=1.051;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=69;WE=112766312;WS=112766294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr2	112766319	rs55799805	T	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AATTAAATTGTCCTCAGTTAC;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=69;WE=112766327;WS=112766309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,76:0.61:125
chr2	112767406	rs11884641	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=738;ReadPosRankSum=2.847;SC=GGCGCTCTTGATTTTTTCAAA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=39;WE=112767414;WS=112767396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr2	112767483	rs11884693	A	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TGGTCACAGTAACAAGGACTC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=83;WE=112767491;WS=112767473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,90:0.70:129
chr2	112767739	rs75313362	A	G	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1648;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGAAGCCAGGAAGGAGAGGAC;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=96;WE=112767747;WS=112767729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr2	112767824	rs77781750	A	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=899;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GGCCTGCTCCAGGTATTATTA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=55;WE=112767832;WS=112767814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr2	112767941	rs77306155	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CACAACCCTCATGGCCGCATA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=112767949;WS=112767931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	112770798	rs4500955	TG	CA	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.347;SC=AGGCTGCAGCTGCATCACACA;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=63;WE=112770807;WS=112770788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr2	112773366	rs6710591	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TCTAAAGATTATGTTCTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=17;WE=112773374;WS=112773356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	112773500	rs6710733	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.779;NF=14;NR=17;PP=447;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TAATCCATGAAAAGACTGTCC;SOR=0.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=31;WE=112773508;WS=112773490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr2	112773528	rs111619827	TCTTGTAC	T	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.025;NF=2;NR=10;PP=581;ReadPosRankSum=0.222;SC=ATTGAGTTGCTCTTGTACCTT;SOR=1.236;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=112773542;WS=112773518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr2	112776913	rs3841094	T	TC	1953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.308;NF=26;NR=30;PP=1093;ReadPosRankSum=-2.120;SC=AAGCATCCTTTCCCCCCCCGG;SOR=0.692;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=56;WE=112776921;WS=112776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,87:0.54:160
chr2	112776979	rs3811640	C	A	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.047;NF=62;NR=68;PP=1900;ReadPosRankSum=1.513;SC=CTTGTTTCCTCTATCATCTAG;SOR=0.900;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=130;WE=112776987;WS=112776969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,143:0.65:220
chr2	112779286	rs10667527	A	ATC	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.053;NF=0;NR=14;PP=531;ReadPosRankSum=1.866;SC=GCTTGCTCAGATCTCTTTTAT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=14;WE=112779294;WS=112779276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	112779734	rs12989808	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	112785770	rs6738237	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	112786523	rs147500027	A	AT	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.936;NF=1;NR=16;PP=575;ReadPosRankSum=0.842;SC=TGTTTTTGGTATTTGTCTTCC;SOR=0.533;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=17;WE=112786531;WS=112786513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr2	112813391	rs9308665	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GGCCGTCGTGCGGCTTCGCTT;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=36;WE=112813399;WS=112813381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr2	112817458	rs58182983	A	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr2	112832535	rs71385858	CAAT	C	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=0.101;SC=CAGGAAAGATCAATGGTAAGC;SOR=0.742;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=9;WE=112832545;WS=112832525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr2	112832684	rs6542026	G	A	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=133;SC=ATTTAAAACCGTATGTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=112832692;WS=112832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	112847164	rs11123128	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,47:0.27:172
chr2	112856165	rs4849007	C	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AATTGTCCTTCTTTTAGGATT;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=16;WE=112856173;WS=112856155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr2	112856334	rs41278938	C	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=1.201;SC=TCTATAGTGTCAAGAACACGT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=11;WE=112856342;WS=112856324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	112858122	rs4848272	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	112865517	rs7562848	G	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	112896367	.	T	C	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=57.64;NF=0;NR=6;PP=73;QD=17.9618687579;SC=TCCAGGCCAGTGTCCCTCCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=112896375;WS=112896357;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,6:0.27:22
chr2	112917102	rs1320360	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	112945220	rs11123130	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.289;SC=CTAGGGCAGCGTTGCACGGCG;SOR=0.024;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=112945228;WS=112945210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	112995810	rs2254860	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-1.087;SC=TAAAGTGCAAAGAAAAATCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=112995818;WS=112995800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	113007757	rs17781007	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=0.478;SC=CAGTGGTCAACTTAATCTTAC;SOR=1.314;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=16;WE=113007765;WS=113007747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	113033471	rs192866966	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=0.344;SC=GGCGGCGGCCGGGAGCAGGTT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=113033479;WS=113033461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	113082250	rs59100751	CT	C	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.424;QD=3.97;ReadPosRankSum=2.151;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr2	113089267	rs7601200	T	C	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1319;ReadPosRankSum=1.166;SC=TTCATCAAAATACAGTGTCCA;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=88;WE=113089275;WS=113089257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,89:0.40:224
chr2	113090047	rs4578863	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=330;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TTGATCCAACTGCTTCACCAT;SOR=1.116;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=33;WE=113090055;WS=113090037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr2	113239833	rs13424690	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	113240183	rs3811038	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	113300330	rs4849071	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=476;SC=TATGACCCCAGATGCATGTGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=113300338;WS=113300320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	113305150	rs11123139	G	C	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=73;PP=2402;SC=CAGAGGTAATGACGGGCGTCC;SOR=1.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=109;WE=113305158;WS=113305140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	113308516	rs2304555	T	A	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=87;PP=2890;SC=AAAATGGCACTGTTATGTTGA;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=162;WE=113308524;WS=113308506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	113308622	rs3816140	C	T	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=967;SC=AAGAAATTCACTGGGGGTAGT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=113308630;WS=113308612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	113309473	rs1545133	C	T	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=GAGGGTTGTTCGACACAAAAA;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=233;WE=113309481;WS=113309463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	113310197	rs11351307	CT	C	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.541;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TTGTTTTAAGCTTTTTTTTTT;SOR=3.528;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=16;WE=113310217;WS=113310187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr2	113326281	rs6746874	C	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=639;SC=AAATGTGTAACCAGTTGCAGT;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=113326289;WS=113326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	113326502	rs13010814	C	T	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=99;PP=2855;SC=GATGATGTTACAGTCACAATC;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=113326510;WS=113326492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	113344047	rs752992	T	C	7408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=125;PP=2965;SC=CCCCACCCCATCACCACACAG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=256;WE=113344055;WS=113344037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr2	113344176	rs12988699	T	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1360;SC=GCCTTCTCCCTGGTCTCCCTT;SOR=3.461;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=55;WE=113344184;WS=113344166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	113346512	rs1047652	A	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=32;PP=1432;SC=GACTGCCCCCACGCCCCTCCC;SOR=0.864;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=74;WE=113346520;WS=113346502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	113404708	rs4849091	G	A	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1490;ReadPosRankSum=0.359;SC=CTCAAGGGCTGCTGATGGCCG;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=97;WE=113404716;WS=113404698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,109:0.75:145
chr2	113479614	rs13386452	G	A	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1456;ReadPosRankSum=1.205;SC=CTGCTGGAGCGCCTGGTGTGC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=171;TCR=143;TR=121;WE=113479622;WS=113479604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,125:0.39:323
chr2	113479745	rs34781106	AC	A	4632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=68;PP=2976;SC=GTGCCCCCCGACCCCCCGTCT;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=96;WE=113479753;WS=113479735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	113480556	rs34912983	GC	G	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.124;NF=24;NR=3;PP=869;ReadPosRankSum=-1.124;SC=CCCAGTGAAGGCCCCAGTGTG;SOR=1.204;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=27;WE=113480564;WS=113480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr2	113480938	.	G	GCACACACACACACA	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=49.84;ReadPosRankSum=0.248;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr2	113481439	rs13384583	T	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=966;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GGGGACACAGTGGCACTGCAA;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=72;TCR=134;TR=70;WE=113481447;WS=113481429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr2	113481547	rs2063919	A	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=32;PP=1825;SC=AGGCCTCAGAAGAATGAGCAA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=113481555;WS=113481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	113482779	rs4849116	A	C	7118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=126;PP=2965;SC=GTGGGCACCTACACAGGGCCC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=249;WE=113482787;WS=113482769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	113484319	rs2138604	G	A	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=156;PP=2965;SC=GATCCAGGTGGGAGCTGGGTG;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=103;TCR=156;TR=259;WE=113484327;WS=113484309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	113484353	rs2138605	A	G	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=104;PP=2965;SC=CAGGCCCAGCAGGGGCGGAGC;SOR=1.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=148;WE=113484361;WS=113484343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	113498566	rs3811040	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=676;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTCAGCAACTAAAGAGTCAGA;SOR=0.873;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=40;WE=113498574;WS=113498556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr2	113513825	rs6731822	T	C	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=121;PP=2965;SC=CTCTGGCTTATGGCTTTTGAC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=128;TCR=121;TR=249;WE=113513833;WS=113513815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	113514883	rs11311327	AT	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GCTAAAAAAAATAATCATTTT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=113514891;WS=113514873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	113532885	rs3783550	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chr2	113535395	rs2071376	G	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TTCTCATAGAGCCTGCCTAGG;SOR=0.188;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=113535403;WS=113535385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	113540205	rs1609682	G	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,24:0.22:108
chr2	113588302	rs1143643	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CCCAACTTTCCGTGTGATTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=113588310;WS=113588292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	113590467	rs1143633	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=1.123;SC=TGAGGCGAGGCGGCAAAATTT;SOR=0.228;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=18;WE=113590475;WS=113590457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	113671303	rs3811045	T	C	9007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=139;PP=2965;SC=TTAAATGGTCTTTGATACCCC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=172;TCR=139;TR=311;WE=113671311;WS=113671293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	113671378	rs3811046	G	T	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=142;NR=157;PP=2965;SC=GACCCGGCTGGAAGCCCCCTG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=143;TCR=159;TR=299;WE=113671386;WS=113671368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	113671410	rs3811047	A	G	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=129;PP=2965;SC=AAGCCTCCCCACCATGAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=90;TCR=130;TR=219;WE=113671418;WS=113671400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	113671518	rs3811048	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=905;SC=TTACAGGGTGGGAGAATTGTA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=113671526;WS=113671508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	113763463	rs2305152	A	C	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=1658;ReadPosRankSum=-2.151;SC=AAAAAGGTAAAGATCCTCGTG;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=131;WE=113763471;WS=113763453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,149:0.62:241
chr2	113763575	rs895497	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1291;ReadPosRankSum=1.074;SC=ACACCTCAGCAGGGGAGCATT;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=83;WE=113763583;WS=113763565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,96:0.67:143
chr2	113783570	rs13030063	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CTTAGACCTGCCATGGGTGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=11;WE=113783578;WS=113783560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	113783909	rs6744874	A	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.669;SC=AAAGGCCTGCATACAGCATGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=113783917;WS=113783899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	113785020	rs12711747	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TTAGGATTAGAAAGACATGCA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=113785028;WS=113785010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	113785202	rs11673918	G	A	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=83;PP=2537;ReadPosRankSum=0.303;SC=TTGGGGGGTTGACTAAACTGG;SOR=0.632;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=171;WE=113785210;WS=113785183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,174:0.68:255
chr2	113785727	rs1562304	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	113786833	rs3948121	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CCCCAGTTGTCACCAGGACAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=113786841;WS=113786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	113789316	rs2305150	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=0.841;SC=GTGAAGAGAACAAGATAGATC;SOR=0.742;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=33;WE=113789324;WS=113789306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr2	113816940	rs2278716	C	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.765;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr2	113816940	.	CCA	GCC	984	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=20;NR=8;PP=984;QD=37.0524241022;SC=CAGACCCCAGCCAACTCAGCC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=28;WE=113816950;WS=113816930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr2	113816942	rs2278717	A	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.686;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr2	113818632	rs2251872	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCCAGGCATTGGGGCAGCACA;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=23;WE=113818640;WS=113818622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr2	113818702	rs2515395	G	C	73.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.842;SC=TGAAGACACAGGCTCTGGGGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=113818710;WS=113818692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	113819614	rs2252007	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=729;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CAGGCCGTCTTACAGCAGTCC;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=38;WE=113819622;WS=113819604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr2	113830201	rs3811051	T	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CGTGCAGCCCTTGGCTGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=15;WE=113830209;WS=113830191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr2	113830563	rs12469822	G	A	298.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CAAAAAGTCTGTAAGTGGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=113830571;WS=113830553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	113830582	rs4849150	A	C	146.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTGTTATTAAACCCATTTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=113830590;WS=113830572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	113832312	rs6761276	T	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=36;PP=1300;SC=AAGATCTGCATACTTCCTAAC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=113832320;WS=113832302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	113832333	rs6743376	C	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=893;SC=AGAGGCTTGGCCCGCACCAAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=113832341;WS=113832323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	113832981	rs13005572	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1005;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCCCCCAAACCAAGCTCATCC;SOR=0.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=70;WE=113832989;WS=113832971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,71:0.75:95
chr2	113875509	rs2234677	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=1.227;SC=CCCAGGTACTGCCCGGGTGCT;SOR=1.802;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=113875517;WS=113875499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	113875565	rs2234678	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=-2.443;SC=GGAAGACCTCAGAAGACCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=21;WE=113875573;WS=113875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr2	113875584	rs2234679	G	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=468;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CCTGTCCTATGAGGCCCTCCC;SOR=0.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=29;WE=113875592;WS=113875574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
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chr2	113875753	rs4251969	C	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=497;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TCTGGGGGATCTGGGCACGGG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=30;WE=113875761;WS=113875743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr2	113875773	rs4251970	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.8508;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GGAGGCATCCATGGGAGACCA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=24;WE=113875781;WS=113875763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr2	113877495	rs928940	G	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=508;SC=GTGCATACTCGGACTGGAAAC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=113877503;WS=113877485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	113877538	rs4251986	G	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=418;ReadPosRankSum=0.751;SC=AAAGGATAGAGATGGAACCAT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=24;WE=113877546;WS=113877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	113877713	rs878972	A	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=438;ReadPosRankSum=0.701;SC=AGGGTAAATTATTTTTAGGAT;SOR=0.440;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=25;WE=113877721;WS=113877703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	113887207	rs419598	T	C	5627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AACTAGTTGCTGGATACTTGC;SOR=0.493;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=341;TCF=166;TCR=175;TR=243;WE=113887215;WS=113887197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,257:0.71:360
chr2	113887262	rs423904	C	T	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.010;SC=GCCAGGAAAGCCAATGTATGT;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=56;TCR=128;TR=126;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,131:0.68:193
chr2	113887273	rs446433	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CAATGTATGTGGGCATCACGT;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=48;TCR=114;TR=113;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,119:0.70:171
chr2	113887294	rs495282	G	C	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=59;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CACTTTGCCCGTCTGTCTGCA;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=77;WE=113887302;WS=113887284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,81:0.73:111
chr2	113887338	rs495410	A	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=703;ReadPosRankSum=0.962;SC=CCCTAGGTGCAATGTCCTAAT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=29;WE=113887346;WS=113887328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr2	113888557	rs451578	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=414;ReadPosRankSum=0.311;SC=AAAAATACCCGGGGTCTCTTC;SOR=1.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=26;WE=113888565;WS=113888547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr2	113888579	rs432014	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=731;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TTATTGCTGCTTCCTCTTCTA;SOR=1.152;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=43;WE=113888587;WS=113888569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	113888793	rs454078	A	T	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=65;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AAACAACCAAAATTTTTTCTT;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=112;WE=113888801;WS=113888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,122:0.73:167
chr2	113888900	rs380092	T	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=478;SC=GCAGAGTGCCTGGCTTGCGCT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=113888908;WS=113888890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	113940681	rs3748914	T	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=50;PP=2245;SC=AAGACAGCAGTGAGCCTGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=113940689;WS=113940671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	113940839	rs4849167	G	C	8884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=149;PP=2965;SC=TTTTCCTGGGGGGCTTCAGAC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=167;TCR=149;TR=316;WE=113940847;WS=113940829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	113942903	rs1975535	A	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=19;PP=1016;SC=CTCTCTGTGTATCCAGGGCTC;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=113942911;WS=113942893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	113943096	rs111317174	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=600;ReadPosRankSum=-2.104;SC=GATCATTCTTGGATCCATGGT;SOR=0.336;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=37;WE=113943104;WS=113943086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr2	113943470	rs2241976	A	G	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=109;NR=68;PP=2965;SC=GGGAGGGTGGACACCCCCAGG;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=177;WE=113943478;WS=113943460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	113953401	rs923693	A	G	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=102;PP=2965;SC=CTGTCTTTGGACTGTCCTCCC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=195;WE=113953409;WS=113953391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	113953657	rs4849169	A	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,61:0.29:211
chr2	113953952	rs4848318	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	113953973	rs71385890	A	AT	244.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=579;ReadPosRankSum=0.251;SC=GTGTGCAGAGAGACAGCCCGC;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=7;WE=113953984;WS=113953963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	113953974	rs10579377	GACA	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=579;ReadPosRankSum=0.112;SC=TGTGCAGAGAGACAGCCCGCG;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=7;WE=113953984;WS=113953963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	113955074	rs902695	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr2	113956371	rs2276561	G	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=907;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTGCGGCCACGCACTCCGCGC;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=126;TCR=117;TR=78;WE=113956379;WS=113956361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,82:0.32:256
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chr2	113999023	rs4322837	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=862;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CCTGAGCCCATTGATGCAACT;SOR=0.428;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=61;WE=113999031;WS=113999013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr2	113999775	rs116441771	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr2	114000458	rs902691	C	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=18;PP=527;SC=TGGGTATCTCCAAGGCACTTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=114000466;WS=114000448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	114035923	rs1867763	A	G	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=81;PP=2143;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGGCTCGGGGATCCTGACCAC;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=577;TCF=323;TCR=254;TR=181;WE=114035931;WS=114035913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,192:0.32:602
chr2	114387907	rs1964835	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.721;NF=11;NR=32;PP=640;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GACTCAAGAACTACTGCCAAT;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=24;TCR=79;TR=43;WE=114387915;WS=114387897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr2	114387950	rs1040646	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.603;NF=0;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.413;SC=ATCTAAACTCGGTTGGGCTAA;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=16;WE=114387958;WS=114387940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	114391721	rs793079	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.04;MQRankSum=0.058;QD=6.83;ReadPosRankSum=-2.705;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,55:0.38:144
chr2	114392716	rs146907164	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=8.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.59;MQRankSum=-6.588;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.712;SOR=1.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr2	114425585	rs61339327	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.566;NF=6;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=1.614;SC=GCTGTCTTTGCACATGAGAGG;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=21;WE=114425593;WS=114425575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr2	114426090	rs80162835	C	T	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.875;NF=76;NR=42;PP=1938;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CAGGATACCCCGCGCACACAT;SOR=0.970;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=110;TCR=67;TR=118;WE=114426098;WS=114426080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,125:0.67:187
chr2	114476582	rs6741521	C	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.155;NF=16;NR=4;PP=416;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AGATCTAAACCAATTATTTTA;SOR=0.380;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=20;WE=114476590;WS=114476572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	114480812	rs3835109	A	AAAC	1194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=918;SC=TTAAAAAATTAAACCAAAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=18;WE=114480820;WS=114480802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	114486907	rs4849269	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CTATTCCCTCTGAAAAACAAA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=114486915;WS=114486897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	114492135	rs2305254	C	T	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.421;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=999;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TTAAGCAGAGCAAACTAGCTA;SOR=0.336;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=71;WE=114492143;WS=114492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr2	114493260	rs12624301	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=1.180;SC=GTAAGAAGCTATAACAAGATA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=114493268;WS=114493250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	114493509	rs142249018	CT	C	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.576;NF=0;NR=22;PP=427;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TCAGAATTCCCTTTTTTGTTC;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=22;WE=114493517;WS=114493499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr2	114493524	rs10199704	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.435;NF=27;NR=44;PP=1134;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTGTTCTCCTCCTAAATACCG;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=71;WE=114493532;WS=114493514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr2	114500473	rs3748905	T	C	6303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.254;SC=AGGAAGAGCATAATATGAAAT;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=314;TCF=116;TCR=198;TR=247;WE=114500481;WS=114500463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,263:0.80:330
chr2	114501112	rs3748906	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr2	114503630	rs58673639	T	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.341;SC=CTGAACCAGTTTTCCCTTCCC;SOR=0.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=10;WE=114503638;WS=114503627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	114513386	rs7578249	C	T	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=60;PP=2383;ReadPosRankSum=2.445;SC=AGTTAACTACCAGAAAATAGC;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=136;TCR=87;TR=158;WE=114513394;WS=114513376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,161:0.69:235
chr2	114513787	rs4538208	C	G	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=49;PP=2965;SC=CGCAGGGCTCCGGCGCCCCTG;SOR=1.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=128;TCR=49;TR=177;WE=114513795;WS=114513777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	114513901	rs4321376	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=4.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.492;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,84:0.21:391
chr2	114514098	rs7592689	A	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=536;ReadPosRankSum=-2.838;SC=GCTCCTGAAGACGCGGTGCCC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=27;WE=114514106;WS=114514088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr2	115919677	rs7557011	CT	GC	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	116066984	rs975453	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=820;SC=TGATAATTTCGCATTCAAATG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=116066992;WS=116066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	116099725	rs843403	A	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=33;PP=892;SC=CAAACTCATTAAGCACTCTCT;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=116099733;WS=116099715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	116497479	rs1550854	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=55;PP=1639;SC=GGTAAGTAACATGGAAGTACT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=86;WE=116497487;WS=116497469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	116497528	rs1550853	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=25;PP=705;SC=GTGACTTGACAGATGGTATTC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=116497536;WS=116497518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	116510817	rs2053724	G	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=39;PP=1453;SC=GTTAAACCGAGCTCAGAACAT;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=89;WE=116510825;WS=116510807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	116525960	rs1446495	G	A	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=55;PP=1794;SC=ATTTCACCACGTAGCTATGTT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=116525968;WS=116525950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	116548526	rs6735355	A	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=116;SC=TAGTAATTCAAAAGAGAAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=116548534;WS=116548516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	116548820	rs3738879	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=29;PP=901;SC=GTTTTACCTGCAAATGACTCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=116548828;WS=116548810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	116593675	rs10549769	ATG	A	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.07;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	116593695	rs34212292	GAT	G	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	116594221	rs736335	G	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=891;SC=TAGATCTATAGATACAGATAT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=116594229;WS=116594211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	116598546	rs272011	G	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=199;SC=CTCTGTTCCTGATTACACCGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=116598554;WS=116598536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	116599659	rs272010	A	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=318;SC=AACTTAGAGTAGAATTAGGTT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=116599667;WS=116599649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	116599927	rs272009	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=933;SC=AATAATGGACTGTATTTATAC;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=116599935;WS=116599917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	118572471	rs3755492	A	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,50:0.29:171
chr2	118575414	rs72834313	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CCTGTACTCACCAGTATGTTA;SOR=0.507;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=14;WE=118575422;WS=118575404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	118582682	rs141313148	GTGA	G	4580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.175;SC=ATTCATGTAAGTGATGATGAT;SOR=0.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=63;WE=118582692;WS=118582672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,114:0.69:165
chr2	118582817	rs72834319	G	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=633;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CCTGTGTGGGGGAGCGCTGCT;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=34;WE=118582825;WS=118582807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr2	118583100	rs1052639	G	A	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TATTGTGTACGGATGTGGCAG;SOR=0.865;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=85;WE=118583108;WS=118583090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
chr2	118583940	rs2303348	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=468;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GTTTTCTTCGCTACTTGAAAC;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=38;WE=118583948;WS=118583930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr2	118677813	rs17569222	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=1026;ReadPosRankSum=0.802;SC=GAAATCATCACAACTGCATCT;SOR=0.314;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=62;WE=118677821;WS=118677803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,70:0.75:93
chr2	118688754	rs971754	T	C	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=61;PP=1743;SC=GAAATGGTGATGAAAAGACAT;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=118688762;WS=118688744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	118693249	rs72834384	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GATTATGACTCTTAGGAGAGG;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=18;WE=118693257;WS=118693239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr2	118694379	rs55993432	C	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=987;ReadPosRankSum=-0.612;SC=ACTACTGCAACTGCTGCAAGC;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=61;WE=118694387;WS=118694369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr2	118704478	rs7580124	T	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=59;PP=1750;SC=TGACATGAACTTTTACAAAAT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=118704486;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	118704503	rs2303329	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ACAAGGAGTAATTAGACGCAA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=21;WE=118704511;WS=118704493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr2	118705570	rs10186396	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=20;PP=1397;SC=GCGCCTGGCCAAATCTGCTTT;SOR=1.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=71;WE=118705578;WS=118705560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr2	118706879	rs1035598	A	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=48;PP=1821;SC=AAAAATAAGCACATGCTGAAA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=104;WE=118706887;WS=118706869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	118706990	rs17511331	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GAGAATGAAGACATGGTTGCT;SOR=0.921;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=21;WE=118706998;WS=118706980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr2	118731573	rs748767	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=536;ReadPosRankSum=-0.437;SC=AGACGGCTCTGCAAGTATATG;SOR=0.589;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=54;WE=118731581;WS=118731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,58:0.32:181
chr2	118732831	rs17512204	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=938;ReadPosRankSum=0.977;SC=CAGCCCTGCTGGAAGTGCCGT;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=62;WE=118732839;WS=118732821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr2	118732975	rs6722547	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=679;SC=AGCAGCAGCATCCTGAGAGAG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=118732983;WS=118732965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	118735395	rs889899	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=139;SC=TTGCTCCCCAGTCTGTAGAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=118735403;WS=118735385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	118735502	rs141349995	TAGTC	T	2048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.198;NF=9;NR=18;PP=1226;ReadPosRankSum=0.034;SC=TTGTGAGTGTTAGTCAGAGGT;SOR=0.640;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=27;WE=118735513;WS=118735492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr2	118753097	rs17584619	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.601;NF=12;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-2.511;SC=CAAAACAGAGCGATTAAACAA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=25;WE=118753105;WS=118753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr2	118753148	rs10633675	A	ATC	1749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=1323;SC=CCACTCAGATATGTCTTATAA;SOR=1.788;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=27;WE=118753156;WS=118753138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	118764242	rs34609704	C	CA	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ACACAGTAGACACTCAAAAGT;SOR=0.929;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=9;WE=118764250;WS=118764232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	118764427	rs41279764	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=268;ReadPosRankSum=0.501;SC=GTTTTCTCTTTTTAGTTTGGG;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=17;WE=118764435;WS=118764417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	118766024	rs10864966	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=1010;SC=CAGACATGGAAGAAGTTAAAA;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=118766032;WS=118766014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	118771663	rs12477588	A	G	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=47;PP=1694;SC=GGGGTGGAGTACAAAGCGGAA;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=118771672;WS=118771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	118866033	rs11407321	G	GA	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=1054;SC=TGTATATATGGATAAATATAT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=22;WE=118866045;WS=118866023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	118866037	.	A	AAT	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=513;ReadPosRankSum=1.404;SC=TATATGGATAAATATATATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=118866045;WS=118866023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	119591683	rs7588093	C	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=26;PP=786;SC=CCAGAGCATACCTGGTTCCCT;SOR=1.345;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=119591691;WS=119591673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	119748135	rs3835093	TC	T	8635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=73;PP=2988;SC=TATTATCTCCTCCCCCCCCCC;SOR=0.972;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=102;WE=119748151;WS=119748125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	119748143	rs116412702	C	G	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=42.81;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	119749477	rs2304708	T	G	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=CTGATTCCTTTGTTCTTAGGA;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=222;WE=119749485;WS=119749467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	119749858	rs3765035	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=263;SC=CCCGCAGGACATCCCATCCCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=119749866;WS=119749851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	119751867	rs11678719	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GTCGGCAGTCCACCTCAGATG;SOR=0.327;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=18;WE=119751875;WS=119751857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr2	119915132	rs11308896	CG	C	1476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=1442;SC=CGAGGGTTTACGGGGGCCGGT;SOR=3.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=39;WE=119915140;WS=119915122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	119915249	rs7556873	T	C	8132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.07;NF=165;NR=127;PP=2965;SC=AGATGCCGCGTACCTGGCAGC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=165;TCR=127;TR=292;WE=119915257;WS=119915239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	119988565	rs838100	G	A	7296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TGACCTGAGAGCCTCAGACCC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=135;TCR=136;TR=269;WE=119988573;WS=119988555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr2	120003642	rs838083	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=13;PP=348;SC=CCAGCATGCTCTTTTTGATAT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=120003650;WS=120003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120005840	rs67985074	TC	T	3568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.260;NF=7;NR=77;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GTCCAGCACCTCCCCCCCCCA;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=8;TCR=91;TR=84;WE=120005849;WS=120005830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr2	120014985	rs838072	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=661;SC=GGCTCTGGCAATCTATTTTTG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=120014993;WS=120014984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr2	120059988	rs1890	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.855;NF=21;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=-1.729;SC=ATTTCAAAAATTCAGCAGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=31;WE=120059996;WS=120059978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr2	120060082	rs1052500	T	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=650;ReadPosRankSum=0.486;SC=TTTGTAGTTCTTATAATCTTC;SOR=0.190;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=42;WE=120060090;WS=120060072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr2	120078778	rs1132267	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.923;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	120125029	rs2084202	A	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.908;NF=38;NR=18;PP=1114;ReadPosRankSum=1.876;SC=TCCGTGGCCGAGAGCTTGGAG;SOR=0.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=56;WE=120125037;WS=120125019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr2	120125053	rs3731608	C	G	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.852;QD=23.99;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr2	120125058	rs3731607	C	T	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.846;QD=22.06;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr2	120125363	rs3091405	C	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=375;ReadPosRankSum=0.342;SC=GGCTTCGCTGCAGCCCCGGCC;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=17;WE=120125371;WS=120125353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	120125384	rs3091406	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=439;ReadPosRankSum=-0.505;SC=ACTCCCTAGTGCCTGGCCCGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=21;WE=120125392;WS=120125374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr2	120125689	rs8192503	A	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=430;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CTGGGCTGTCATCAGGCCACA;SOR=1.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=20;WE=120125697;WS=120125679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	120125910	rs2276596	C	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GGAAGGGCATCTGCTCATCAA;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=38;WE=120125918;WS=120125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr2	120125936	rs2244135	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=0.582;SC=GCTCAGCAGCTCAGACTGGAA;SOR=0.770;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=29;WE=120125944;WS=120125926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	120128482	rs956309	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=-1.440;SC=CAATGGGGCACGTGTGGGAAA;SOR=0.067;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=29;WE=120128490;WS=120128472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr2	120129841	rs8192506	A	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1223;ReadPosRankSum=1.083;SC=GGAAGATGCCATGAAAGCTTA;SOR=0.933;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=90;WE=120129849;WS=120129831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,98:0.68:145
chr2	120187344	rs11123523	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CCTCCTTATTATTCTTAAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=120187352;WS=120187334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	120189300	rs2043867	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCGAGCCGCGGAGGGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=120189308;WS=120189290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	120189404	rs4340531	A	G	116.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	120189433	rs4599130	G	C	109.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	120194651	rs3217464	A	AGTGTGC	3581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.346;NF=18;NR=35;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.737;SC=CACCAACCAGACGATCTGCTT;SOR=0.708;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=53;WE=120194659;WS=120194641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,91:0.53:172
chr2	120197670	rs1042656	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=546;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GTCTCTGTCCGTGGGTGACCC;SOR=0.204;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=39;WE=120197678;WS=120197660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr2	120199140	rs1126839	A	G	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=106;PP=2866;ReadPosRankSum=1.357;SC=TCACCTCCCCATTGAGGAAGC;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=314;TCF=147;TCR=167;TR=197;WE=120199148;WS=120199130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,204:0.63:326
chr2	120209689	rs2587692	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GGTTATGAGCAGGAGCTGTGG;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=77;WE=120209697;WS=120209679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr2	120221585	rs2253870	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=585;ReadPosRankSum=1.504;SC=TTGGTATTAAGTGCAGCCTCA;SOR=2.235;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=25;WE=120221593;WS=120221575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	120221984	rs2579647	A	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TGAATGAGGAACTGGGTCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=120221992;WS=120221974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	120230998	rs2579641	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	120231165	rs2587701	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGTGAGCCATGGGCCCAGGC;SOR=0.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=41;WE=120231173;WS=120231155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr2	120231303	rs2587702	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.433;SC=AGGGGGAAAGTGATTTGAACC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=120231311;WS=120231293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	120303820	rs2579624	A	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr2	120344873	rs6726971	T	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CAAACACATATCAGTGATGAA;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=20;WE=120344881;WS=120344863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr2	120362407	rs1568540	C	T	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=93;PP=2965;SC=GAAAGGGTGACAGAGGGGCAG;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=172;WE=120362415;WS=120362397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	120362897	rs1521914	T	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1109;SC=GTATCAAGTGTCAGTACAGTT;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=120362905;WS=120362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	120369300	rs10864986	T	C	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=82;PP=2453;SC=ATAAACGGGTTGTTCGCAATC;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=159;WE=120369308;WS=120369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	120385094	rs71966516	GATATAT	G	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.85;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	120387637	rs12711931	G	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=107;SC=TGGTAGATTAGACTGTGTGGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=120387648;WS=120387627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	120388412	rs2272058	G	A	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=103;PP=2965;SC=CAAAACATCAGTCTTGAGCAT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=185;WE=120388420;WS=120388402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	120404629	.	ATT	A,AT	1450.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.383;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,16,54:0.22,0.73:74
chr2	120409430	rs1521912	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=268;SC=ACAAAAGTAGATGGAACTAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=120409438;WS=120409420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	120409616	rs11686014	G	T	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.322;SC=AATTCCCTATGTTGAACTACA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=79;WE=120409624;WS=120409606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr2	120414083	rs6761357	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=1.679;SC=ATTTGCTTTCCGTGGGCCACT;SOR=0.576;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=5;WE=120414091;WS=120414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr2	120438523	rs13011768	A	G	7539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=108;PP=2965;SC=TGGAGTTCCAATCTCGTACCA;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=254;WE=120438531;WS=120438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	120438696	rs939777	A	G	9473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=148;PP=2965;SC=TCACCTTCCAACCTGTGAGTG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=172;TCR=148;TR=320;WE=120438704;WS=120438686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr2	120439230	rs1983406	C	G	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=125;NR=114;PP=2965;SC=TGGGCAAAGACGGGGAGAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=239;WE=120439238;WS=120439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	120443443	rs939778	A	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1281;SC=GTTAGAAGTAACTTTTTCAGG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=120443451;WS=120443433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	120620092	.	AT	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.885;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr2	120635205	rs3768914	G	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=AGAAATTACTGTGGTGTAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=120635213;WS=120635195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	120643280	rs74866537	G	GT	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=179;SC=AGACTGCTCAGTTTTTTCAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=120643288;WS=120643270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	120718672	rs6737776	T	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AATCATCATGTTTAAGTGCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=120718680;WS=120718662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	120725704	rs10194955	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=104;SC=ACTACTGCCCACTAGTCAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=120725712;WS=120725694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	120734737	rs3832049	C	CA	75.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	120776972	rs3216703	TG	T	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=0.360;SC=GATCAGGCACTGTAACATTCA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=120776980;WS=120776962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	120830627	rs72841604	T	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	120830815	rs3738970	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.230;SC=AGACAAAATTATTTGTGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=120830823;WS=120830805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	120900736	rs75582263	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=0.212;SC=ATAGCCCTGGTGAAGTGAAAT;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=61;WE=120900744;WS=120900726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr2	120979463	rs76403228	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=1.285;SC=GCGAAGGCCAAGTGGAGTCTG;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=5;WE=120979471;WS=120979453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	120997856	.	TA	AT	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,10:0.14:72
chr2	120997869	rs6746072	A	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-2.124;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr2	121036025	rs76447955	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-1.606;SC=TGGGGTAAGTGACTTCCAGAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=121036033;WS=121036015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	121036333	rs11545293	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=-0.878;SC=CAGCCCTGACGCTTCAGTTCA;SOR=1.016;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=31;WE=121036341;WS=121036323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr2	121036385	rs12711939	TT	GA	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=520;ReadPosRankSum=0.307;SC=ACCACCTTCCTTTGGCATTGG;SOR=1.016;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=15;WE=121036394;WS=121036375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr2	121708663	rs10864866	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=537;SC=TGTAATTCACAGATGACCAGG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=121708671;WS=121708660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	121713022	rs6718382	C	G	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	121713030	rs12614482	G	A	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	121713041	rs12617878	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=34;PP=969;SC=AGGATGGGGCTAGCAGATCTC;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=121713049;WS=121713012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	121726447	rs2592595	G	A	11673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=237;PP=2965;SC=GAAGCAGCTCGGCGGCCAGCG;SOR=1.135;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=400;TCF=163;TCR=237;TR=400;WE=121726455;WS=121726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr2	121729323	rs2677507	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=327;SC=TGGCATGCCCAGGTCTGGGTG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=121729331;WS=121729316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	121729360	rs2592592	T	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=2;PP=779;SC=CATGTGCCCCTGGCAGGACTG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=121729368;WS=121729350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	121729490	rs2592591	C	T	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=78;PP=2886;SC=CCCTGAGTAACAGACTGTCCT;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=175;WE=121729498;WS=121729480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	121729686	rs2592590	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=852;SC=AGGACCAGGCTTGTGGGCTGC;SOR=3.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=121729694;WS=121729676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	121730138	rs3106962	C	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=514;SC=GGGGTCACTTCAGGGCATGTG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=121730146;WS=121730128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	121740190	rs1968619	C	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	121740194	rs1530580	T	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.00;SOR=4.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	121740505	rs280196	C	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=48;PP=1279;SC=GCCCCACTGACGCCCCATGGC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=121740513;WS=121740495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	121744225	rs2276553	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=42;PP=1445;SC=GATGGGGCAGAAGAGAGTCTG;SOR=1.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=121744233;WS=121744215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	121746956	rs3738880	G	T	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=115;PP=2965;SC=CACCGTAGACGCCCTGGCCAG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=117;TCR=115;TR=232;WE=121746964;WS=121746946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	121747406	rs12711538	G	A	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=TGGGGTCCCCGATTCAGCCCT;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=204;WE=121747414;WS=121747396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	121747429	rs10167980	A	G	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=100;PP=2965;SC=CTGGAGTGCCACCACCTCACC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=197;WE=121747437;WS=121747419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	121982011	rs4384798	T	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=33;PP=1270;SC=AAAGGTGCAGTGCCACAGTAT;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=121982019;WS=121982001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	121989489	rs2304667	G	A	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=88;PP=2965;SC=ACAGGTTGGCGATCTTCTCAA;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=123;TCR=88;TR=211;WE=121989497;WS=121989479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	121989683	.	TTTTTGTTTTG	T	1760	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.33;NF=0;NR=8;PP=1760;QD=221.125;SC=ACTGCCACTCTTTTTGTTTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=8;WE=121989700;WS=121989673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,8:0.27:30
chr2	122007378	rs2119021	A	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=24;PP=684;SC=AGCTCAGCTCACTCTCTGGAC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=122007386;WS=122007368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	122042750	rs13415738	A	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=847;ReadPosRankSum=0.367;SC=CGCGCCGAGGACCCAGCGGCG;SOR=1.025;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=48;WE=122042758;WS=122042740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr2	125405302	rs924802	C	T	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=37;PP=1939;SC=TTGCTTCTAACGTCTCTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=100;WE=125405310;WS=125405292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	125547797	rs200210522	ACT	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TGATACTCACACTCTGAGACA;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=125547806;WS=125547787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	125622970	rs146169394	A	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=886;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AGAAGGATGCACCACTTGAAG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=76;WE=125622978;WS=125622960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,78:0.38:204
chr2	125671601	rs150781145	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CATCTGGAGGGAATCCACTCT;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=5;WE=125671609;WS=125671591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	127447763	rs6709803	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=16;PP=1407;SC=GATGCAGCTTGGGCCAAGGTG;SOR=2.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=127447771;WS=127447753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	127453479	rs4538146	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=0.776;SC=AGGCCCCAGAGCCCCTGCCTC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=9;WE=127453487;WS=127453469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	127453664	rs1050967	A	C	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=78;PP=2708;ReadPosRankSum=-0.908;SC=CCCTGCAGGGAGACCCTGCCC;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=169;WE=127453672;WS=127453654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr2	127656810	rs938017	G	A	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=89;PP=2690;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CCATTTGGAAGAAGAAACAGC;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=288;TCF=141;TCR=147;TR=173;WE=127656818;WS=127656800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,181:0.61:298
chr2	127657221	rs3795873	C	T	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=34;PP=1301;SC=GCACACGGCCCAGCCCTCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=127657229;WS=127657211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	127816846	rs140171337	CTG	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.960;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	127944781	rs11384285	A	AC	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=1.031;SC=GTGATCAGCGAACACAAATAC;SOR=0.798;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=6;WE=127944789;WS=127944771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	127950904	rs885276	A	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	127951458	rs2089109	GC	AT	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1759;ReadPosRankSum=0.125;SC=AAAAGAGCCAGCGGGGACGGG;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=56;WE=127951467;WS=127951448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,66:0.31:211
chr2	128015367	rs4662718	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=1.790;SC=TTTTATAATACTTATAATCAC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=10;WE=128015375;WS=128015357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	128028792	rs4150499	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TTTGGGATTCTCTCCCTCCAG;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=11;WE=128028800;WS=128028782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	128047575	.	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	128050134	rs4150402	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CACCTATGCCTATTGTTACAT;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=128050142;WS=128050124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	128076022	rs9636237	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AAAATTATGATTATCCAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=128076030;WS=128076012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	128079806	rs3732209	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=617;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GGGTCCTTCTAGCTCTTGGAA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=34;WE=128079814;WS=128079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr2	128081682	rs12622436	C	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr2	128087651	rs61422716	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=468;ReadPosRankSum=2.899;SC=ATCCTCTCCCCTACCAAGTAC;SOR=0.869;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=35;WE=128087659;WS=128087641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr2	128176040	rs1799810	A	T	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=141;PP=2965;SC=CAGGACGGCGAACTTGCAGTA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=105;TCR=141;TR=246;WE=128176048;WS=128176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr2	128176195	rs2854700	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=533;SC=AGCTTGGGGTGAAAGGACACA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=128176203;WS=128176185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	128180872	rs5936	G	T	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=44;PP=2139;SC=TCAATTGCTCGCTGGACAACG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=118;WE=128180880;WS=128180862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	128181028	rs1878844	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=58;PP=2223;SC=CGCTGGGTGCAGGGTGGGCAG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=128181036;WS=128181018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	128181234	rs2069922	GC	G	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=968;SC=TCCTCCGGGCGCCCCCTGCGC;SOR=2.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=27;WE=128181242;WS=128181224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	128184770	rs5937	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=527;ReadPosRankSum=0.255;SC=ACTGCATGGATGAGTCCAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=38;WE=128184778;WS=128184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr2	128253571	rs334151	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CGACCCAGCTCACCTCAGCAG;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=85;WE=128253579;WS=128253561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,87:0.60:145
chr2	128321770	rs2404991	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=755;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CCACAAGACCGGCGTGGCCAT;SOR=0.724;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=51;WE=128321778;WS=128321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,53:0.35:153
chr2	128350578	rs58867441	T	TG	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=1.424;NF=1;NR=29;PP=975;ReadPosRankSum=0.320;SC=CCCTCGGCCTTGGCACCTCCA;SOR=0.956;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=4;TCR=92;TR=30;WE=128350586;WS=128350568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr2	128351346	rs7558838	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=1.162;SC=CAGCTCAAAGTGTGGTCCCCA;SOR=0.040;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=15;WE=128351354;WS=128351336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr2	128363530	rs11382004	G	GC	2265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=45;PP=2026;SC=GGGCGGCTGGGCCGCGGGACC;SOR=2.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=47;WE=128363538;WS=128363520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	128366272	rs17261971	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.815;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=335;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CTTCCTCCACGGGGTATGCAG;SOR=0.151;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=29;WE=128366280;WS=128366262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr2	128367092	rs777432	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.205;SC=ATCTGGAATCGAAGACCCAGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=380;TCF=203;TCR=177;TR=120;WE=128367100;WS=128367082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,123:0.32:389
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chr2	128369896	rs777435	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CCCGGATCACAGGCCAGGTGA;SOR=0.820;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=239;TCF=142;TCR=97;TR=82;WE=128369904;WS=128369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,89:0.35:257
chr2	128377833	rs2248519	C	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr2	128377842	rs77159371	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr2	128379563	rs61744148	C	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=748;ReadPosRankSum=0.554;SC=CCAGTATCTACTGAACTTCAT;SOR=0.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=67;WE=128379571;WS=128379553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,73:0.30:246
chr2	128381808	rs13422424	C	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=3.134;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,109:0.36:303
chr2	128385224	rs10164978	C	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GAACTGGTGGCCTGGAGGGTA;SOR=0.629;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=98;WE=128385232;WS=128385214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,104:0.39:269
chr2	128385244	rs58961411	T	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ACAGGTTGTCTGGGAAGGCGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=116;TCR=128;TR=90;WE=128385252;WS=128385234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,94:0.38:249
chr2	128389343	rs10208043	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=580;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GCTGGGGCGGCGGCCAGCCCA;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=43;WE=128389351;WS=128389333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr2	128389422	rs10183797	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=125;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CACCGCAGCTGGTGGCGGCAG;SOR=0.120;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=128389430;WS=128389412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	128392688	rs13391954	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=26;PP=1187;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGCTGGCCCTCGCCCAGGGGC;SOR=1.062;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=260;TCF=169;TCR=91;TR=85;WE=128392705;WS=128392678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,86:0.32:269
chr2	128393261	rs2255178	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GGGCCGCAGCTGGAGACCCAG;SOR=0.598;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=24;WE=128393269;WS=128393251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	128394244	rs376457783	C	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=878;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GCCACCAGGTCCAGGGACCTG;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=43;TCR=109;TR=59;WE=128394252;WS=128394234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,60:0.38:158
chr2	128394758	rs2255039	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr2	128394877	rs3217355	C	CT	2546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=4.263;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,89:0.31:286
chr2	128396807	rs891515	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=1.167;SC=CATGGACAGCAGGAGGGGAGA;SOR=0.470;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=20;WE=128396815;WS=128396797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr2	128400608	rs4662751	C	T	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=62;PP=2089;SC=TGCCCAGGCCCTTGGCCTTCT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=128400616;WS=128400598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	128400992	rs2244513	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,41:0.26:157
chr2	128401091	rs2244507	A	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GGGGTTTGCCAGATGAAGAAG;SOR=0.620;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=67;WE=128401099;WS=128401081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,66:0.30:218
chr2	128401553	rs2288658	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,60:0.25:236
chr2	128411934	rs6707277	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=1116;SC=CACACAGGAGAGGTGGCAGGT;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=128411942;WS=128411924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	128411950	rs6707282	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=17;PP=1338;SC=CAGGTGTGCCAGGAAGGGCTG;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=68;WE=128411958;WS=128411940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	128421829	rs79110686	G	A	422.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr2	128431188	rs6430942	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CCAGCCCCGCACCCTTCACGG;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=22;WE=128431196;WS=128431178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr2	128432511	rs140650322	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=2.395;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	128432620	.	TGGGTTGCCG	T	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=3.741;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr2	128459039	rs1048211	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CGAAGACCGAACCGCTTCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=10;WE=128459047;WS=128459029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	128459214	rs10206957	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GCCCGGGGACCGGCCGGCGGA;SOR=1.162;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=14;WE=128459222;WS=128459204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	128464116	rs34550770	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAGGTCCTGGGCCCCCTCGGC;SOR=0.494;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=75;WE=128464124;WS=128464106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,77:0.36:212
chr2	128467473	rs72846240	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AGAGAACACCTTGCCACTCTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=128467481;WS=128467463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	128474887	rs3771293	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GCTTGAGCTACATAAATAGTG;SOR=0.483;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=10;WE=128474895;WS=128474877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	128495645	rs6754215	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=0.595;SC=AAACAAGAAGGGTGCATGAAC;SOR=0.471;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=53;WE=128495653;WS=128495635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,59:0.31:193
chr2	128520547	rs6731093	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=1.262;SC=TTGAATGGAGGTGTAAGCCAG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=128520555;WS=128520537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	128522189	rs62621432	T	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1268;ReadPosRankSum=-1.926;SC=ATCTCTAACATATTGCAAAGG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=177;TCR=145;TR=104;WE=128522197;WS=128522179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,109:0.32:337
chr2	128608184	rs11556864	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.551;NF=6;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GAGCCTTGGACTCCTCAGCAG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=9;WE=128608192;WS=128608174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	128608290	.	T	C	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=19;MQ=60.47;NF=1;NR=4;PP=30;QD=12.9542425094;SC=AAAATCAAAATAATCAAAAAC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=128608298;WS=128608280;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
chr2	128615577	rs74857120	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.181;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GTGGCGCGGGGGAGTCTGGCA;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=278;TCF=147;TCR=131;TR=91;WE=128615585;WS=128615567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,96:0.34:283
chr2	128699833	rs1370229	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=487;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CATGTTGAGGCTTCCACAACA;SOR=0.105;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=23;WE=128699841;WS=128699823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	128708063	rs2461463	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=970;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCAACAAAGATGATTAAGAAG;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=53;WE=128708071;WS=128708053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr2	128744580	rs2948068	A	G	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=87;PP=2847;SC=AGAGAGGGAAACAAAATGCCA;SOR=1.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=139;WE=128744588;WS=128744570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	128747490	rs115985093	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=72;ReadPosRankSum=0.025;SC=TCATTTCACACAGTCCACATA;SOR=0.169;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=8;WE=128747498;WS=128747480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	128753854	rs1550174	T	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=17;PP=1083;SC=TGGGACACTTTGTTTTATGCT;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=128753862;WS=128753844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	128757804	rs10928793	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TCGGTATCACCAGGCCCTCAG;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=61;WE=128757812;WS=128757794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr2	128772310	rs35312230	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=-2.022;SC=TTCTGTGTTACGTATTTTACC;SOR=1.114;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=23;WE=128772318;WS=128772300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr2	128849114	rs4476299	T	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=82;PP=2807;SC=TCTGGTGTCCTATCCCTTCCC;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=156;WE=128849122;WS=128849104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	128854948	.	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.002;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.543;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr2	128860835	rs7355336	A	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=32;PP=851;SC=CAATTACTACATGCATTTCCT;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=128860843;WS=128860825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	128870808	rs4662775	T	C	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=46;PP=1539;SC=GCAAAATCAATTATGTATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=73;WE=128870816;WS=128870798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	128874061	rs10210598	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=283;SC=CCTACGTGGAGAGTCAACCAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=128874069;WS=128874051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	128877837	rs4662593	G	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=0;PP=383;SC=AGGGTTGGGAGAGGAAAACCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=128877845;WS=128877827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	128878014	rs4662594	G	A	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=129;PP=2965;SC=CACCTTTAAAGGTTTGGCAGT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=110;TCR=129;TR=239;WE=128878022;WS=128878004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	128878667	rs6430990	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=239;SC=CATTCGAAGATATTCTTAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=128878675;WS=128878657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	128880899	rs4480941	T	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=108;SC=ATCAGCAGCATTTAACAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=128880907;WS=128880889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	128880993	rs4633871	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CAGTATGCACATAACTGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=128881001;WS=128880983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	128890878	rs34066685	T	TG	5014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.16;NF=10;NR=64;PP=2936;SC=GTTTCTCCCTTGCCTAGTCCC;SOR=1.170;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=74;WE=128890886;WS=128890868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	129025705	rs112636716	C	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQRankSum=-1.173;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	129075877	rs200979099	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQRankSum=-1.198;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr2	129075961	rs61732881	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.304;NF=23;NR=30;PP=763;ReadPosRankSum=0.392;SC=GGGGGTCGGGTGTGGGGAACA;SOR=1.220;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=53;WE=129075969;WS=129075951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr2	129076016	rs201154532	C	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.065;NF=28;NR=31;PP=910;ReadPosRankSum=-2.203;SC=CGCGCCCAGGCTCAGTCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=59;WE=129076024;WS=129076006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr2	130737578	rs4233601	G	A	332.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.820;NF=20;NR=2;PP=401;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTGCAGGGGCGCAGAGAGCTC;SOR=0.793;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=22;WE=130737586;WS=130737568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr2	130738163	rs144773989	G	A	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.32;QD=27.40;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	130750446	rs199529770	C	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.26;MQRankSum=-3.451;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	130897055	rs28751929	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.383;NF=9;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=0.809;SC=TAGCGGAAGTGTCAGGAAATG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=14;WE=130897063;WS=130897045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	130897234	rs3177472	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=1.270;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.632;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr2	130900188	rs28743163	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-8.965;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,35:0.24:143
chr2	130902067	rs60089935	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-7.567;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,17:0.15:115
chr2	130902194	rs60152285	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQRankSum=0.462;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr2	130910847	rs4511676	G	A	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1468;ReadPosRankSum=-1.378;SC=AGCTGGGGACGGGTCAGGGCC;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=257;TCF=135;TCR=122;TR=100;WE=130910855;WS=130910837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,106:0.39:272
chr2	130925088	rs10909567	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.057;NF=16;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=-1.508;SC=CATTCACAGACGTCTGATGAG;SOR=0.775;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=23;WE=130925096;WS=130925078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr2	130930819	rs60309319	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-4.779;NF=29;NR=12;PP=1164;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCCACTGCCCCGAGCACCACT;SOR=0.769;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=41;WE=130930841;WS=130930809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr2	130930833	.	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-4.949;NF=29;NR=15;PP=1164;ReadPosRankSum=2.189;SC=CACCACTCTCGCCACTGTGGT;SOR=0.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=44;WE=130930841;WS=130930809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr2	130939288	rs1968676	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=0.213;SC=GGCGGGGAAGAGAAATGGCGA;SOR=0.449;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=46;WE=130939296;WS=130939278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,49:0.31:157
chr2	130939348	rs1817097	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=0.803;SC=CGCCTGCGTTGTGGCGGCCTC;SOR=0.343;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=23;WE=130939356;WS=130939338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr2	130940090	rs1968675	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTCCGGGTACGCCCGGCCCGC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=11;WE=130940098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	130941034	rs34409208	T	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.39;MQRankSum=-2.261;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr2	130941065	rs6737226	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=25;PP=1682;SC=GTGGAGCCTCTGTCCCTGCTC;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=130941073;WS=130941055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	130948303	rs12612244	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CCAGGTCAGATGTTGTCTACC;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=130948311;WS=130948293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	130948314	.	GTTTTTT	G	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	130949411	rs10208844	G	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=33;PP=2652;SC=CCCTCAGTATGCTTCGCCTTC;SOR=1.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=89;TCR=33;TR=121;WE=130949419;WS=130949401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	130949491	rs60154251	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=17.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=-5.565;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.579;SOR=1.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,35:0.16:214
chr2	130951548	rs1052319	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=59;PP=2093;SC=TGGTGATCTCGGCCACAGACA;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=130951556;WS=130951538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	130951566	rs7340193	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=53;PP=1949;SC=ACAGCTGCTCGTGGTAGGCCT;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=130951574;WS=130951556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	130951581	rs1052312	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-6.174;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr2	130951584	rs7340507	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQRankSum=-6.099;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr2	130952540	rs56151061	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.430;NF=7;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=0.452;SC=TGTGAGCCACCGCGCCCGGCC;SOR=0.086;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=8;WE=130952548;WS=130952530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr2	130960023	rs4663031	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.930;NF=33;NR=38;PP=709;ReadPosRankSum=-3.324;SC=GTAGGCAGTTTGGTTCTGGGT;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=71;WE=130960031;WS=130960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,69:0.28:243
chr2	130961729	rs201980950	A	AT	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.10;MQRankSum=-0.335;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.271;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	130987792	rs12992461	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,61:0.27:224
chr2	130988203	rs79048658	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=4.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-9.049;QD=1.45;ReadPosRankSum=2.321;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,33:0.17:200
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chr2	131520663	rs1905235	T	C	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=113;PP=2965;SC=CAGGGACCAATCCCGGCTGGA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=234;WE=131520671;WS=131520653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	131672950	rs12464119	A	G	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=144;PP=2965;SC=AAGGCACCCAACTCGCACCAA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=150;TCR=144;TR=294;WE=131672958;WS=131672940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	131673316	rs3739129	C	T	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=127;PP=2965;SC=ACTGCGGCCCCGGGGCTGAGG;SOR=1.089;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=97;TCR=130;TR=224;WE=131673324;WS=131673306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	131673954	.	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GAGAGCCCAGGAGGGGTCCCG;SOR=1.069;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=42;WE=131673962;WS=131673944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr2	131674285	rs3739127	A	G	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=76;PP=2965;SC=TTATTGAGTCAATAGTTCTAG;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=183;WE=131674293;WS=131674275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	131769237	rs13023338	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=13;PP=817;SC=AGAGCCCATCGGAGCTGATGG;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=131769245;WS=131769227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	132120501	rs146351322	C	CT	4077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.563;NF=52;NR=35;PP=2589;ReadPosRankSum=1.371;SC=AAGACGCTGACTTTTTTTGTG;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=87;WE=132120509;WS=132120491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr2	132121350	rs371054387	G	C	114.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.39;QD=28.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	132200256	rs71345553	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-6.825;NF=12;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GCTCATCCTCTGGCCCCTGGG;SOR=0.287;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=17;WE=132200264;WS=132200246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr2	132200307	rs71345554	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.428;NF=25;NR=12;PP=457;ReadPosRankSum=2.598;SC=CCGCCTCTGCGTCTGGGTCTC;SOR=0.494;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=37;WE=132200315;WS=132200297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr2	132200345	rs71428578	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.398;NF=27;NR=18;PP=493;ReadPosRankSum=0.702;SC=CTGTCCTCCTCGCCCTCCTCC;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=45;WE=132200353;WS=132200335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr2	132200529	rs71345555	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.642;NF=24;NR=20;PP=538;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TGATCTCAGGAAAGTTCAGGT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=44;WE=132200537;WS=132200519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,31:0.22:141
chr2	132200568	rs62176150	C	T	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.819;NF=53;NR=40;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CACTGATCTCCAGCTGGATCT;SOR=0.694;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=93;WE=132200576;WS=132200558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,97:0.71:137
chr2	132201395	rs146766088	TG	AA	5252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.039;NF=66;NR=56;PP=2944;ReadPosRankSum=0.965;SC=ATGAAACTGATGAAGGGGAGG;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=122;WE=132201404;WS=132201385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,129:0.68:191
chr2	132201466	rs112041013	G	A	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=4.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-2.138;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,83:0.34:245
chr2	132201466	.	GGG	AGA	2244	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=55.44;NF=39;NR=29;PP=2244;QD=33.7862922774;SC=CTTGAGGACGGGGCCAAGGAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=68;WE=132201476;WS=132201456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:162,68:0.30:230
chr2	132201468	rs4522649	G	A	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=4.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-2.182;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.485;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,82:0.34:243
chr2	132201582	rs1806886	A	G	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=8.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.730;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,82:0.27:306
chr2	132201663	rs1317139	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=4.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-3.424;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,61:0.26:238
chr2	132201718	rs2001215	T	C	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.222;NF=46;NR=31;PP=910;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GATGTCCACATGGAGCTTCCC;SOR=1.113;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=77;WE=132201726;WS=132201708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,79:0.31:251
chr2	132201736	rs2076798	C	G	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.866;NF=45;NR=36;PP=970;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CCCCCAGAGCCGGCTGCTGGA;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=132;TCR=107;TR=81;WE=132201744;WS=132201726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,83:0.34:246
chr2	132201862	rs1806887	C	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.284;NF=38;NR=48;PP=980;ReadPosRankSum=0.390;SC=AGCACTGTCCCTGACCTGGAA;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=275;TCF=125;TCR=150;TR=86;WE=132201870;WS=132201852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,90:0.31:288
chr2	132201889	rs2007096	C	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.147;NF=27;NR=41;PP=855;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GGCCTCAGCACTTTCCTGGTC;SOR=0.882;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=224;TCF=96;TCR=128;TR=68;WE=132201897;WS=132201879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,68:0.29:232
chr2	132201930	rs13411254	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-10.356;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
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chr2	132229720	rs3101998	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-6.663;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.588;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,20:0.19:104
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chr2	132248379	rs12469517	T	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.007;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-4.984;NF=15;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=0.743;SC=CTGTGGAGCATAACCAGAGAG;SOR=1.029;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=33;WE=132248387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr2	132248584	rs10182785	T	C	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=58;PP=2965;SC=CCCTGGCACTTCCCCCATGAA;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=146;WE=132248592;WS=132248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	132248876	rs6709245	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-2.682;QD=2.34;ReadPosRankSum=-2.035;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr2	132249372	rs6706952	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=181;SC=AGGGCCACGCCGCCGCTGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=132249380;WS=132249362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	132249600	rs2272357	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQRankSum=-0.427;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	132249605	rs2272358	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-0.071;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	132254681	rs6711982	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.159;SC=GTGCTGCCGCATGCCAGCCTG;SOR=0.394;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=11;WE=132254689;WS=132254671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	132257830	rs13035779	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.163;NF=25;NR=18;PP=524;ReadPosRankSum=0.636;SC=GCAGCCTAGACGGTGTCCTCG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=43;WE=132257838;WS=132257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr2	132258031	rs3108473	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.151;NF=26;NR=19;PP=481;ReadPosRankSum=0.700;SC=AAGATAATTCACAGTTCATTT;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=45;WE=132258039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,37:0.26:145
chr2	132258484	rs139623617	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.537;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=1.825;SC=ACTGCGTATCGGGCACTACGC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=5;WE=132258492;WS=132258474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	132258593	rs13415770	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.330;NF=24;NR=11;PP=499;ReadPosRankSum=1.014;SC=CTGTACCACAACAAGGTCCAG;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=35;WE=132258601;WS=132258583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr2	132258815	rs12691986	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.884;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.766;NF=13;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=-0.779;SC=AGGTAAGGAAGGGATGCCTTT;SOR=1.152;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=36;WE=132258823;WS=132258805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr2	132266015	rs12477848	T	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.409;NF=20;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TGGAATGAGTTCCCAGCTCTG;SOR=0.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=27;WE=132266023;WS=132266005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr2	132266142	rs12691988	G	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.104;NF=44;NR=46;PP=1183;ReadPosRankSum=0.385;SC=ATCACTATTCGTTGGAGATGT;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=122;TCR=126;TR=90;WE=132266150;WS=132266132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,87:0.33:262
chr2	132266281	rs35012291	TG	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.687;NF=1;NR=5;PP=129;ReadPosRankSum=0.434;SC=GGCTGGATGGTGGGAAGCAGA;SOR=0.188;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=6;WE=132266289;WS=132266271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr2	132272158	rs13031436	T	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	132272160	rs12995918	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	132272235	rs36013871	GA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.528;QD=3.32;ReadPosRankSum=2.120;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr2	132272326	rs12477742	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-5.625;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr2	132273092	rs2950565	T	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=2.651;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	132273797	.	C	CA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.969;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr2	132273798	.	C	CT	268.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.886;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr2	132273801	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.975;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr2	132273802	rs201262646	C	CATTAG	255.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.109;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr2	132273988	rs199565961	GC	G	1481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.055;NF=3;NR=22;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTGAGTGTTGGCCCCGTCACA;SOR=1.143;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=25;WE=132274002;WS=132273978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr2	132273994	rs372388255	T	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.171;NF=13;NR=21;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GTTGGCCCCGTCACACGTGTG;SOR=1.197;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=34;WE=132274002;WS=132273978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	132274113	rs4493309	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.876;NF=1;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGAGGGCCACATTGTTCTTTC;SOR=0.346;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=132274121;WS=132274103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr2	132275343	rs12691998	G	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=59;PP=1873;ReadPosRankSum=2.063;SC=CACCAAGTTGGTTGTGGGCTT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=388;TCF=227;TCR=161;TR=141;WE=132275351;WS=132275333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,143:0.36:398
chr2	132275396	rs2277878	T	C	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.252;SC=GCCCCAAGCATGCGCTCCTGG;SOR=1.057;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=419;TCF=200;TCR=219;TR=144;WE=132275404;WS=132275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,150:0.35:433
chr2	132275838	rs12692001	C	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.150;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.732;SC=TTCTGTCGATCCTCCTGTTGT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=132275846;WS=132275828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	132276039	rs28681469	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.213;NF=15;NR=18;PP=412;ReadPosRankSum=-2.384;SC=TACTCTGCCCCGGGGAAGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=33;WE=132276047;WS=132276029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr2	132276254	rs28621583	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQRankSum=-3.643;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	132276650	rs28712373	G	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.400;NF=9;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GCTCATCACAGAGGCCAAACA;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=11;WE=132276658;WS=132276640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr2	132277686	rs9287520	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=1.993;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,28:0.22:126
chr2	132277962	rs7560296	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-9.886;NF=19;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=0.790;SC=TCTGCCATGATACTGCTGACC;SOR=0.556;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=35;WE=132277970;WS=132277952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr2	132277984	rs10209980	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.824;NF=12;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=1.676;SC=AGCGGGGGAAGCTGCACCAGC;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=26;WE=132277992;WS=132277974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,30:0.26:114
chr2	132286046	rs3101992	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-7.149;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,16:0.13:121
chr2	132286061	rs60469601	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-5.299;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.795;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,20:0.16:123
chr2	132286155	rs10174409	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-3.015;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	132287824	rs10187823	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.345;NF=28;NR=22;PP=589;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GGATCCTGGGCTGTGGTCTCA;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=50;WE=132287832;WS=132287814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,50:0.29:171
chr2	132290399	rs57007130	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.645;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.304;NF=9;NR=7;PP=192;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GTCTGGCACCGCCACAGGCCC;SOR=1.211;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=16;WE=132290407;WS=132290389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr2	132491544	rs7599401	C	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=26;PP=783;SC=TTATTTTTCTCTCTGTGTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=132491552;WS=132491534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	132494171	rs4850247	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQRankSum=-0.407;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr2	132494182	rs11690978	G	C	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.093;NF=40;NR=41;PP=2486;ReadPosRankSum=0.201;SC=TGGTCAACTTGGTGCCGTGTA;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=81;WE=132494190;WS=132494161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr2	132494272	rs4850248	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=844;SC=AGTAATAACTATAATTTTATA;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=132494280;WS=132494262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	132586836	rs199980894	A	AG	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.831;NF=1;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=1.472;SC=CTGGGGCAGTAGGCGTCGAAG;SOR=1.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=5;WE=132586844;WS=132586826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	132586854	rs4558626	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.356;NF=2;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=0.706;SC=AAGGTTGGACCGGGACTGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=6;WE=132586874;WS=132586844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	132586866	rs186960073	C	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.122;NF=2;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GGACTGGCCGCAAAGCTGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=6;WE=132586874;WS=132586844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	132591808	rs55998054	T	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.747;NF=26;NR=19;PP=578;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GATGCCTCGCTCTCAAAGTCG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=45;WE=132591816;WS=132591798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
chr2	132592178	rs9751367	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-6.656;NF=12;NR=8;PP=245;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGCTGGGGAGTTGGGGCAGGG;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=20;WE=132592198;WS=132592168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr2	132593636	rs59199382	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.771;QD=2.76;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr2	133014491	.	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=-4.897;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,21:0.13:166
chr2	133014497	.	G	C	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=21.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=-1.082;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,75:0.40:189
chr2	133014504	rs79813268	G	T	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=20.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-1.397;QD=13.90;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,86:0.40:213
chr2	133014510	rs9287404	T	C	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-7.310;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,151:0.65:234
chr2	133014511	rs76230250	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=8.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-2.069;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,22:0.09:246
chr2	133014518	rs78879023	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=-1.923;QD=0.32;ReadPosRankSum=2.327;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,21:0.08:274
chr2	133014602	rs75245503	G	C	19261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=3.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-8.988;QD=27.75;ReadPosRankSum=1.925;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,475:0.68:694
chr2	133014612	rs74853538	A	C	19854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-8.147;QD=27.16;ReadPosRankSum=2.489;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,507:0.69:731
chr2	133014619	rs78327226	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FS=11.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-17.191;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=1.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:689,87:0.11:776
chr2	133014640	rs78867621	C	T	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FS=8.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-16.124;QD=3.61;ReadPosRankSum=-2.551;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:697,125:0.15:822
chr2	133014651	rs111708138	A	AC	21604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.840;NF=115;NR=229;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GGCCCTCGGCACCACCGAGAC;SOR=0.790;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=530;TCF=168;TCR=362;TR=344;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,643:0.76:842
chr2	133014657	rs113237573	G	A	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FS=3.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-13.028;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:719,148:0.17:867
chr2	133014678	rs72869462	A	G	27020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.603;NF=321;NR=302;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=CATGAGCCCCAGGTCCCGCCA;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=834;TCF=425;TCR=409;TR=623;WE=133014686;WS=133014668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,700:0.79:890
chr2	133014703	rs72869464	T	C	27237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.494;NF=287;NR=324;PP=2962;ReadPosRankSum=3.205;SC=GACCCCGAGGTGACCTCAGCC;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=792;TCF=370;TCR=422;TR=611;WE=133014729;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,657:0.79:830
chr2	133014721	rs72869465	T	C	25662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.744;NF=259;NR=329;PP=2962;ReadPosRankSum=0.538;SC=GCCACAAACCTAACGCCAGGG;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=743;TCF=321;TCR=422;TR=588;WE=133014729;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,637:0.81:786
chr2	133014751	rs75204936	T	C	12229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.255;NF=137;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.776;SC=TCGTTTCTCATCCATCCTCCA;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=607;TCF=232;TCR=375;TR=342;WE=133014796;WS=133014741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,355:0.59:604
chr2	133014776	rs72869466	CA	TG	10479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.484;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.434;NF=74;NR=154;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GGTCAAGCTCCAGGAGACCGG;SOR=0.426;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=418;TCF=130;TCR=288;TR=228;WE=133014796;WS=133014741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,257:0.59:433
chr2	133014786	rs72869468	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.848;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,74:0.19:387
chr2	133075726	rs2598810	A	G	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.055;NF=54;NR=59;PP=2000;ReadPosRankSum=-1.825;SC=CACACTGGAGAGAAGCCCTAC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=113;WE=133075734;WS=133075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,121:0.60:203
chr2	133075904	rs113311843	C	CA	8219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.266;NF=41;NR=97;PP=2968;ReadPosRankSum=0.137;SC=AGAAACAATACAATGCAATGT;SOR=0.581;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=226;TCF=72;TCR=154;TR=138;WE=133075912;WS=133075894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,265:0.70:377
chr2	133174764	rs2241764	C	T	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1880;ReadPosRankSum=1.701;SC=GGGAACAGCGCCACCATTCGG;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=111;WE=133174772;WS=133174754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,114:0.69:165
chr2	133174999	rs2241763	A	G	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.605;SC=ACGTGCTGACACTCAGCTTTG;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=190;WE=133175007;WS=133174989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,198:0.74:267
chr2	133402607	rs1131671	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=6;PP=946;SC=TGGTTTTATTCATTTACTGTG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=133402615;WS=133402597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	133539460	rs6717116	A	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=2.489;SC=CAACTCTTTTAAAGGTGGTGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=8;WE=133539468;WS=133539450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	133539566	rs6730282	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=1.379;SC=CAACAGGGCTGTGTCTATTCC;SOR=0.481;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=47;WE=133539574;WS=133539556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,48:0.28:171
chr2	133540605	rs13016342	G	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,68:0.27:249
chr2	133541444	rs12691829	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chr2	133541454	rs12691830	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,39:0.28:141
chr2	133541575	rs12611515	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.350;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=539;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGCAGGGAGACGGACCTGCCT;SOR=0.824;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=39;WE=133541583;WS=133541565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr2	133542014	rs12616282	T	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=668;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TGCCCATGGGTGCCGAAGACC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=55;WE=133542022;WS=133542004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,58:0.32:180
chr2	133542545	rs10191147	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=860;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GGTTCTCCACGGACTTATCGG;SOR=0.740;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=62;WE=133542553;WS=133542535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,64:0.35:185
chr2	133554288	rs1868076	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=534;ReadPosRankSum=1.108;SC=GATCCAAGAGACGTGAGTGAA;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=180;TCF=72;TCR=108;TR=52;WE=133554296;WS=133554278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,53:0.29:185
chr2	133636209	.	ACACACACACACACACACACG	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=2.732;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.121;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr2	133683658	rs2577634	G	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=11;PP=589;SC=ACACACTTTAGGTCCATGTGT;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=133683666;WS=133683648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr2	134274912	rs77487705	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGGGATGTTGCTAATGGTGTA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=134274920;WS=134274902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	135076111	rs4954134	C	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=56;SC=GTTCTTTAGGCCACAGCTTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=135076119;WS=135076101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	135096097	rs7598410	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=724;SC=AATGATATTCTCTCAGGGTGA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=135096105;WS=135096087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	135160755	rs3748900	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=257;ReadPosRankSum=0.776;SC=GCCATTGGCTGTGAAAATGGG;SOR=0.880;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=24;WE=135160763;WS=135160745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,25:0.26:95
chr2	135170699	rs2289464	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GGGTGAGGGTATAGAGGCTCA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=135170707;WS=135170689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	135180521	rs2289465	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=2.340;SC=TTTCCCTCCTTTCTAATGTGA;SOR=1.347;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=31;WE=135180529;WS=135180511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	135199564	rs2289468	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GTGAGAGGTACAGGTTTCCTC;SOR=0.242;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=19;WE=135199572;WS=135199554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	135214259	rs2289470	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=951;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TCCTCATCTCGATGGTCTCAT;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=63;WE=135214267;WS=135214249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr2	135260628	rs80237714	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=4.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-6.604;QD=2.65;ReadPosRankSum=2.220;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,53:0.22:237
chr2	135260665	rs201742966	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-3.803;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.651;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,29:0.22:132
chr2	135260672	rs199988367	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-3.463;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
chr2	135602601	rs6430545	T	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.616;SC=GAGATAACAGTATTTTCTTCT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=135602609;WS=135602591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	135625399	.	CTA	C	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=51;QD=30.0;SC=TGGATTAATGCTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=2;WE=135625408;WS=135625389;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr2	135694379	rs1374289	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=1.308;SC=TGTATTTGTTCTTAAATGACC;SOR=0.248;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=10;WE=135694387;WS=135694369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	135705558	rs1979033	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-2.114;SC=TACACTATCAGATGAACAGAA;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=135705566;WS=135705548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr2	135710322	rs10166142	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=1.812;SC=TCAGTCTTTTATGTAACATTT;SOR=0.852;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=17;WE=135710330;WS=135710312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr2	135711516	rs3814355	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.759;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=1.384;SC=ACATGGCAGACAAAAAGGAAA;SOR=0.898;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=45;WE=135711524;WS=135711506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr2	135711657	rs3814354	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,69:0.25:271
chr2	135745129	rs16831235	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=0.359;SC=TTTAAGTACAGTACACTCTTC;SOR=0.889;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=30;WE=135745137;WS=135745119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr2	135781035	rs16831256	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,77:0.25:310
chr2	135890608	rs2305594	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.505;SC=TGAATTTCTAGAGGTTCTATA;SOR=0.141;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=135890616;WS=135890598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	135911422	rs17261772	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,46:0.28:164
chr2	135965376	rs7578111	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=591;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GATTTAGAAATGGGACACAGG;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=57;WE=135965384;WS=135965366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,62:0.39:160
chr2	135988127	rs59900519	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.947;SC=ATAAGGTAACTCTGAATTATT;SOR=1.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=24;WE=135988135;WS=135988117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr2	135988186	rs58917764	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=408;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GAAAGGCTGGGGTGGTTAACT;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=30;WE=135988194;WS=135988176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr2	135988416	rs935615	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=298;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CTCTTTGATTCGTCACAGGAG;SOR=1.034;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=25;WE=135988424;WS=135988406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr2	136107777	rs61744510	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr2	136107839	rs10496734	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr2	136396300	rs2278731	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,48:0.32:152
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chr2	136407479	rs1446585	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-3.286;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr2	136467119	rs2304366	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,32:0.21:153
chr2	136467164	rs2304367	C	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=44;PP=1270;SC=AGTTCGATTACTTTCCTTAGG;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=136467172;WS=136467154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	136511874	rs16831997	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=421;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTGTTGTTTCCGTAAATGGTA;SOR=0.658;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=31;WE=136511882;WS=136511864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr2	136511898	rs200764961	A	AT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	136527443	rs113881162	G	GTGAT	2484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.529;NF=6;NR=17;PP=1186;ReadPosRankSum=0.206;SC=AACTGAGGTTGTGATTGATTA;SOR=0.399;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=23;WE=136527451;WS=136527433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr2	136530248	rs58968019	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=0.953;SC=TAATTTGACAGCTCCCAATGG;SOR=1.071;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=136530256;WS=136530238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	136545844	rs1042712	C	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=571;SC=GGCCGGTAAACATAGATGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=136545852;WS=136545834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	136546110	rs2278544	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.405;SC=TGGTGGGTCCAGCATCTAGGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=136546118;WS=136546100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	136548169	rs892716	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=176;SC=CACTCCTGCAAATAGCAGATG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=136548177;WS=136548159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	136548192	rs1808756	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=318;SC=TCCAACAGGGGAAGGTGCACG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=136548200;WS=136548182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	136555659	rs2322659	T	C	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1881;ReadPosRankSum=0.384;SC=CATCACCTCATTGTAATCTCC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=118;WE=136555667;WS=136555649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,130:0.68:190
chr2	136558157	rs748841	C	T	233.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TAAGAACAAGCGCCCAGAGGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=136558165;WS=136558147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	136561557	rs2304371	G	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=49;PP=1841;SC=GGCTCATTCAGCGTGATCCAA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=136561565;WS=136561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	136562472	rs3739022	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr2	136565028	rs10928549	C	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=425;SC=CCTCCATGCACCCAACCCACT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=136565036;WS=136565018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	136569848	rs12988076	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=353;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTACCACCCACCTTCCAATCA;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=17;WE=136569856;WS=136569838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	136570613	rs3769011	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CAAGTCAACAACAATGTCAAC;SOR=0.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=136570621;WS=136570603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	136575199	rs6719488	G	T	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=86;PP=2914;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AGTAGGCAACGCCTGGGAGGC;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=177;WE=136575207;WS=136575189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,191:0.67:283
chr2	136575534	rs4954449	T	C	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=75;PP=2965;SC=GCTTCCCAGATTCTCTGATAG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=136575542;WS=136575524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	136594158	rs2236783	G	A	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=33;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CATCACTGAGGGTCTGGAGTT;SOR=1.015;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=106;TCR=56;TR=100;WE=136594166;WS=136594148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,101:0.60:168
chr2	136610598	rs4988226	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TACCACTTAAAGAAGTATTAA;SOR=0.047;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=136610606;WS=136610588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	136614255	rs309180	G	A	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=827;ReadPosRankSum=1.004;SC=TGTCTCACTCGATTACTCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=57;WE=136614263;WS=136614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr2	136622825	rs309177	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=49;PP=1286;SC=ACAACATAGCATGGGAAGTCA;SOR=3.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=59;WE=136622833;WS=136622815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	136633771	rs191079	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=0.718;SC=CGGCACCGCCTGGCCCAGACG;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=136633779;WS=136633761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	136740900	rs687670	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TTACTTAAAATTTCATTTAGA;SOR=1.136;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=14;WE=136740908;WS=136740890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	136873549	rs2680880	A	T	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=0.672;SC=GTTAAAAAAAATTTTTAAAGC;SOR=1.096;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=22;WE=136873557;WS=136873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr2	137639616	rs1465612	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=418;SC=TAATGAAAAACTTGCAATACC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=137639624;WS=137639609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	137640006	rs72026622	CTTT	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=52;SC=AAAATAGACTCTTTTTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=137640016;WS=137639996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	137814477	rs17727482	C	G	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=70;PP=2965;SC=TCATAGCTCCCCCTCTCTTTG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=158;WE=137814485;WS=137814467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	137917922	rs4954474	T	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,65:0.27:240
chr2	138000226	rs7605259	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	138030271	rs10182152	G	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=736;SC=TAGACCTACTGTAAATTATAA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=138030279;WS=138030261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	138163391	rs1551281	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=1011;SC=TAGTGTGCATTTTACTCTTTA;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=138163399;WS=138163381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	138169158	rs1463285	T	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=12;PP=1136;SC=TTTAATATCTTAATGTCTCTT;SOR=2.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=138169166;WS=138169148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	138208631	rs1453302	G	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=724;SC=AGCTAAAAAAGCTATCCTCAT;SOR=3.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=138208639;WS=138208621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	138237038	rs1584435	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=20;PP=849;SC=CTTCAGGTCCCTGTCAGAATG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=138237046;WS=138237028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	138237225	rs191454105	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=0.037;SC=TAGTGGGGGTTGCTGCCAATG;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=20;WE=138237233;WS=138237215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	138378351	rs58339575	AG	A	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=302;ReadPosRankSum=2.424;SC=AATATCATTCAGTATGCCATA;SOR=0.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=138378359;WS=138378341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	138378388	rs1448922	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAGGTATGGGACCCAGCTGAA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=138378396;WS=138378378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	138420996	rs10206850	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr2	138727607	rs3100702	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ATATAATTGGGACATTTCATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=138727615;WS=138727597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	138759649	rs11558538	C	T	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GTAGCCAAGACATCGAACCTC;SOR=0.368;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=82;WE=138759657;WS=138759639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,92:0.66:140
chr2	138762873	rs3842548	C	CTT	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.675;NF=0;NR=9;PP=287;ReadPosRankSum=0.185;SC=TTGAAAGAAGCTTATATATTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=138762881;WS=138762863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	138771219	rs12475006	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGTACTCCTTGAAATATGAGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=138771227;WS=138771209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	138771760	rs1050891	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCACTCATTTATTTCCATATT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=138771768;WS=138771750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	139045852	rs35211371	A	G	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=76;PP=2749;ReadPosRankSum=-2.176;SC=AGCAAGACCTAAGCGAATAGG;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=150;WE=139045860;WS=139045842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,160:0.72:222
chr2	139045972	rs6733578	T	C	6578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=115;NR=107;PP=2965;SC=TTCTGCCAGATACCTGTGGTA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=115;TCR=107;TR=222;WE=139045980;WS=139045962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	139046301	rs12691943	A	G	9811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=181;PP=2965;SC=CCACCATTTCATCGTATCACT;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=167;TCR=181;TR=347;WE=139046309;WS=139046291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr2	139046385	rs13382964	G	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=90;PP=2734;SC=CTCCAGCAGGGTCTGCGTGAC;SOR=2.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=112;WE=139046393;WS=139046375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	139308397	rs148464901	T	TTCTCTC	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=34.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	139316911	rs138753667	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAAAAAGGTAAACATGGCTTA;SOR=0.155;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=16;WE=139316919;WS=139316901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	139429068	rs10803570	G	A	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=120;PP=2965;SC=TGCTGTCTGCGTACGCCATGG;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=110;TCR=121;TR=230;WE=139429076;WS=139429058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	139429286	rs60855564	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=0.563;SC=GCCGTGACTGCGCACTCAAAC;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=20;WE=139429294;WS=139429276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr2	140992337	rs13387241	C	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,68:0.30:229
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chr2	141032088	rs1386356	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=861;ReadPosRankSum=0.192;SC=CTTCATAGCGCGTTGGACAGA;SOR=0.898;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=71;WE=141032096;WS=141032078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,73:0.31:237
chr2	141130501	rs77729177	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CACTGTTTTCTGCATATTGCT;SOR=0.245;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=17;WE=141130509;WS=141130491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr2	141199904	rs1878741	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=0.424;SC=CTCCAGGCTTCTTGTAAAGTA;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=141199912;WS=141199894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	141259283	rs35296183	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=430;ReadPosRankSum=0.761;SC=GGTCTTGACAGTCTTGAGAAC;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=33;WE=141259291;WS=141259273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr2	141259376	rs35164907	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,85:0.32:262
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chr2	141260668	rs4444457	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=669;ReadPosRankSum=1.202;SC=CACACTGTCGATATCCTAGAG;SOR=0.455;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=206;TCF=81;TCR=125;TR=64;WE=141260676;WS=141260658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,71:0.32:225
chr2	141260754	rs76928339	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-2.243;SC=ACACTACACCGGATTAATGTG;SOR=0.023;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=6;WE=141260762;WS=141260744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	141267744	rs1948051	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=61;SC=AGGAGGCGATTGTAGTTATTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=141267752;WS=141267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	141274576	rs4954672	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=35;PP=1144;SC=TGTGTTTGTTTTGAACTGTGA;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=141274584;WS=141274566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	141283603	rs1352047	T	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1102;SC=TACCTCATTTTCAAAGATTAT;SOR=2.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=141283611;WS=141283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	141284041	rs7562323	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=14;PP=373;SC=AACTCTGGGAAGCCAAACTTG;SOR=3.383;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=141284049;WS=141284031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	141298467	rs6729619	A	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=759;SC=TCATGAATACACTAACACAAT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=141298475;WS=141298457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	141298674	rs13013854	T	C	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	141298682	rs11694934	G	C	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	141298749	rs11694970	G	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=833;SC=TAAACTATTAGACTGCCTCAA;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=141298757;WS=141298739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	141299317	rs9287535	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=777;SC=TATACAATGAAAAAACACATT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=141299325;WS=141299307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	141457985	rs13431727	T	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.779;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.793;SC=ATGGCCTTATTGGGGAATTTA;SOR=0.353;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=22;WE=141457993;WS=141457975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr2	141459964	rs16844555	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,53:0.26:207
chr2	141460213	rs1372253	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=-1.112;SC=AACAGCAGTAGCATTCACACT;SOR=0.404;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=5;WE=141460221;WS=141460203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	141473409	rs10716305	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=1.368;SC=TGAATATAAACATTTTTTTCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=141473417;WS=141473399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	141473505	rs4954852	A	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=364;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GAAAACTCACATAAAACTTGG;SOR=0.917;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=24;WE=141473513;WS=141473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr2	141474402	rs5834770	G	GA	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=591;ReadPosRankSum=0.331;SC=ATAAGACACAGAAAAAAAATA;SOR=0.290;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=28;WE=141474410;WS=141474392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr2	141474456	rs1372255	C	T	354.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5191;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GTGTTAGGATCATATTGCAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=141474464;WS=141474446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	141527013	rs13002947	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=463;SC=ATCTTAATTTATGTTAACAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=141527021;WS=141527003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	141528592	rs7599219	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=871;SC=AGAATGAAAATGAAACAAATT;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=141528600;WS=141528582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	141533662	rs996361	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=11;PP=568;SC=ATTAGTGTGATTTACCTTGCT;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=141533670;WS=141533652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr2	141571440	rs17575847	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCACCTAGCACCACTGGATTT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=141571448;WS=141571430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	141571456	rs60071104	G	GA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=1.068;SC=GATTTGAGGGGAAAAAAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=141571464;WS=141571446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	141571480	rs17575875	A	G	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GAAAGTTCAGATTTTTGTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=141571488;WS=141571470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	141598473	rs35745624	A	AT	2526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=1558;SC=TTTAAAAAAAAAATCATACTT;SOR=1.793;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=39;WE=141598481;WS=141598463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	141625410	rs12987572	A	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TGACCTACAGAAAGATAAATA;SOR=0.646;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=10;WE=141625418;WS=141625400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr2	141707694	rs1980343	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	141709419	rs1429348	T	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=58;PP=2334;SC=AGTGAGCATTTGGTACTTGCC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=141709427;WS=141709409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	141762830	rs13413663	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=550;SC=CATTTTAATTCCTTTAGTTTC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=141762838;WS=141762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	141771058	rs3791766	T	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=277;SC=AAGATAAATCTTTTATAACTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=141771066;WS=141771048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	141816621	rs1525579	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=180;SC=AAAGATGTCTAACCTATAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=141816629;WS=141816611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	141945949	rs1249434	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=809;SC=TCTTTTTAAACGCAAACTTTT;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=141945957;WS=141945939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	142012027	rs431809	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AAAGATGTCTGCTTACATTTC;SOR=0.632;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=11;WE=142012044;WS=142012017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	142012036	rs9973397	T	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=871;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGCTTACATTTCTGTTAACTA;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=30;WE=142012044;WS=142012017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr2	142237868	rs4264514	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=335;SC=TGATATGCTTGTAGTTGAAAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=142237876;WS=142237858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	142567734	.	G	GA	310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	142567737	.	G	GAAAGAAAGAAAGAAA	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	142567910	rs12990449	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CAGCCAGCTCTGGGAGACACA;SOR=0.927;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=36;WE=142567918;WS=142567900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr2	142888376	rs1375610	G	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=79;PP=2104;SC=GCGGCGGCAGGGGCCGCTTGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=111;WE=142888384;WS=142888366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	143718161	.	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=417;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATTATTATCGATATGACCTAA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=20;WE=143718169;WS=143718151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr2	143746494	rs10496935	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.823;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr2	143787161	rs6429999	C	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.002;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	143787274	rs6430000	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	143791014	rs2304700	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=186;ReadPosRankSum=-1.593;SC=ATGAACAAGGGACAGAAGGCA;SOR=0.656;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=16;WE=143791022;WS=143791004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr2	143798189	rs9013	A	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=406;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TGTTCCAAACAAAGATGTTTT;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=39;WE=143798197;WS=143798179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,43:0.28:151
chr2	143913004	rs2580857	T	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=685;SC=TCATGGAAAATTGTATGTTTA;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=27;WE=143913012;WS=143912994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	143959863	rs62171700	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=1.535;SC=GTTATTATCTCATTTTTCTGT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=18;WE=143959871;WS=143959853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr2	143959892	rs34183792	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AATCAGGGCACCACTTAGTAG;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=18;WE=143959900;WS=143959882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
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chr2	143986002	rs12691671	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.059;SC=TCCATACCACTTATAGATTTT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=143986010;WS=143985992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr2	148680427	rs2303392	G	C	96.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACGCTATAGTGTGTATACCTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=148680435;WS=148680425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	148701099	.	GAA	GA,G	90	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5024,0.4976;HP=15;HapScore=3;MGOF=69;MMLQ=15;MQ=55.66;NF=1,1;NR=8,8;PP=90,17;QD=10.3333333333;SC=ATACTAAAAGGAAAAAAAAAA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9,9;WE=148701108;WS=148701089;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:12
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chr2	148730367	rs2307397	G	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCTCCATGGAGAGCAGTTCTT;SOR=0.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=25;WE=148730375;WS=148730357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr2	148733548	rs2307399	T	TA	966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=549;SC=TCAAATCCTTTAAAAAAATTG;SOR=1.284;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=148733556;WS=148733538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	149240657	rs5835195	GT	G	492.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
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chr2	149449185	rs6724787	G	A	4413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=81;PP=2766;ReadPosRankSum=0.397;SC=ATTTGTTTCTGCCAGGCATTT;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=288;TCF=155;TCR=133;TR=181;WE=149449193;WS=149449175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,196:0.64:307
chr2	149520214	rs10193313	C	A	227.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.8127;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GCAATGTTTTCTTATATTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=149520222;WS=149520204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr2	149853960	rs6738277	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=0.114;SC=GTATATGGCAAGGGACAGGGG;SOR=0.285;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=13;WE=149853968;WS=149853950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	150305703	rs11681264	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=0.038;SC=TGGGCTGTCCGTGAGTGAACA;SOR=0.687;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=30;WE=150305711;WS=150305693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr2	150320627	rs34341723	TA	T	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.728;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr2	150427516	rs4500908	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=300;SC=AAGTCTTAATCTATTACCAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=150427524;WS=150427506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	150432377	rs12232959	C	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	150432469	rs10932467	G	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=50;SC=TAAAATTACTGTGGTATTAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=150432477;WS=150432459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	150432976	rs11545261	C	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1064;SC=CTGGACATGTCTGTATTGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=150432984;WS=150432966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	150433128	rs11680630	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=745;SC=TGTTATAAACCTGTCTTCCTT;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=150433136;WS=150433118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	150443689	rs4667420	C	G	6188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=94;PP=2965;SC=ACAAAACAGACGAGTGATCGA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=114;TCR=95;TR=208;WE=150443697;WS=150443679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	150443813	rs4667419	C	T	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=44;PP=1251;SC=CCAGAACTCGCCCCCATGCCA;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=150443821;WS=150443803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	151328284	rs11338446	GA	G	1397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.639;HP=15;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=52;PP=678;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CACTATGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.204;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=56;WE=151328293;WS=151328273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr2	151900223	rs7589036	T	C	9001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=136;PP=2965;SC=GGAACTAGATTGGTTACCACA;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=195;TCR=136;TR=330;WE=151900231;WS=151900213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr2	151900390	rs150701043	TAAAAACAAAAAC	T	1912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=28;PP=2990;SC=ATTGTGAGCTTAAAAACAAAA;SOR=5.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=28;WE=151900409;WS=151900380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	152109159	rs289885	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=1;PP=659;SC=TTGCATTTTCCTTCCTAGAAG;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=152109167;WS=152109149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	152117957	rs2271813	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=355;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AGCCTAGTCCTGAGCCTCTGG;SOR=1.683;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=35;WE=152117965;WS=152117947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr2	152118338	rs35240993	G	GT	2675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=46;PP=1431;ReadPosRankSum=0.438;SC=TTTTGGTTTCGTTTTTTGTTC;SOR=0.796;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=9;TCR=80;TR=50;WE=152118346;WS=152118328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,103:0.70:148
chr2	152132130	rs289834	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=701;ReadPosRankSum=0.321;SC=TCTTCACGCAATGTGTCAGGA;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=48;WE=152132138;WS=152132120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr2	152135335	rs72856970	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=0.470;SC=TTTAACATTAGTCATACCTTC;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=21;WE=152135343;WS=152135325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	152135514	rs289831	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=0.586;SC=TCTAATCCAAATGAAAATGTT;SOR=1.276;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=152135522;WS=152135504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	152138522	rs3771886	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCTTCTTTAGTTGAATATTTT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=30;WE=152138530;WS=152138512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr2	152139271	rs10169816	C	T	85.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	152139493	rs10182245	A	G	237.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AATAAATATTATAAGCATAGC;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=152139501;WS=152139483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr2	152226570	rs1046668	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=749;ReadPosRankSum=1.200;SC=GATCCAAAGCAAATTTTTAAA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=65;WE=152226578;WS=152226560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,67:0.35:190
chr2	152266473	rs2290368	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=952;ReadPosRankSum=0.955;SC=CAGCCGGAGCTGGGAAAGTCG;SOR=0.397;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=69;WE=152266481;WS=152266463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr2	152266731	rs2290367	T	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.771;SC=GAATGTGGCGTGGGCTCAGGT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=152266739;WS=152266721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	152267061	rs73004072	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,86:0.56:154
chr2	152267072	rs4664045	T	G	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=2659;ReadPosRankSum=0.712;SC=TAGCGGAGAGTGGGGCGCTCT;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=75;WE=152267080;WS=152267051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr2	152267672	rs7585604	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=155;SC=TTCATTTGCAGGAGTTAGAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=152267680;WS=152267662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	152273503	rs6735771	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=212;SC=ATGAGAGACAGACATTAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=152273511;WS=152273493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	152350735	.	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr2	152369117	rs13023600	T	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=1;PP=1066;SC=CGTGAGCCACTGCACCTGGTG;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=152369125;WS=152369107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	152419392	rs74684819	A	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTCTTTTAGATCCTTATTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=152419400;WS=152419382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	152422076	rs2288210	C	G	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=49;PP=1975;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CACCACACTTCTAAAGTTAGG;SOR=1.026;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=128;WE=152422084;WS=152422066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,133:0.66:201
chr2	152425306	rs79849542	G	T	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=-0.294;SC=ACTAAATTTAGAGTCCTTCTC;SOR=0.338;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=32;WE=152425314;WS=152425296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr2	152427249	rs7568873	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AAGAGCATAGATGAGAATCAT;SOR=0.092;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=16;WE=152427257;WS=152427239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	152432311	rs33988153	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=0.742;SC=CTCTGTACTTTGGCTGTGGAA;SOR=0.603;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=18;WE=152432319;WS=152432301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr2	152473911	rs149025191	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr2	152475938	rs10186656	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=0.842;SC=GCTTTTAACATGCAGAGCTAA;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=152475946;WS=152475929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	152476028	rs10172023	C	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GCAGGCAGATCCATTCATGCA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=69;WE=152476036;WS=152476018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,72:0.70:103
chr2	152481977	rs10186482	A	G	47.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=0.319;SC=GATTAATTTCATAATTCTCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=152481985;WS=152481967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	152490219	rs6709886	A	G	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1341;ReadPosRankSum=0.928;SC=CGCTCTGGTCAGGCAGGCATG;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=87;WE=152490227;WS=152490209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,98:0.67:147
chr2	152490458	rs6710212	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=62;PP=1978;SC=AGTTGCTTGCAGTAACCATCT;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=117;WE=152490466;WS=152490448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	152500449	rs13013209	C	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.007;NF=16;NR=23;PP=603;ReadPosRankSum=0.941;SC=TCTGGCACTTCTTGGCCAACA;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=39;WE=152500457;WS=152500439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr2	152527572	rs7426114	C	T	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=102;PP=2965;SC=TGAGCCAACACCATGCCCATG;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=232;WE=152527580;WS=152527562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	152531077	rs6711382	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=80;PP=2965;SC=ATTAAGTCATACCAATCCCGT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=154;WE=152531099;WS=152531067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	152536498	rs6735208	T	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=65;PP=2036;SC=GCAGGTTGTATTTGTGAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=152536506;WS=152536488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	152552062	rs6433569	A	C	8038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=105;PP=2965;SC=TTGTCAGTACATCACATGGTA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=165;TCR=106;TR=270;WE=152552070;WS=152552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	152554216	rs114323121	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=0.733;SC=CCCACGCTGATTATAACACTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=152554224;WS=152554206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	152566433	rs12464543	A	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=606;SC=TACCATTACAAAAATGATTAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=152566441;WS=152566423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	152573902	rs34733773	A	AGGC	6125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=39;PP=2924;SC=TCTTCAAGGGAGGCAATGTCC;SOR=1.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=82;WE=152573910;WS=152573892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	152573981	rs4611637	A	G	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=105;PP=2965;SC=CTGGAGGATCAGCCAGAGGCG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=186;WE=152573989;WS=152573971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	152581866	rs4300824	T	C	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=76;PP=2965;SC=CTCATAGTAATTCAACTGCTC;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=147;TCR=76;TR=222;WE=152581874;WS=152581856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	152584153	rs4664499	A	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=375;SC=GAGTTGAGATAAGTAATTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=152584161;WS=152584143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	152684704	rs150910136	A	AC	2590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,109:0.83:131
chr2	152709810	rs13397345	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TACAAGCAACATAACAGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=152709818;WS=152709805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	152717071	rs12693154	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CAAGACTCTGCTGCCTTCTTG;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=152717079;WS=152717061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	152725937	rs3768652	C	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=0.183;SC=CTAATTTCCACCCCCCTTGGT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=152725945;WS=152725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	152729138	rs770609	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=408;SC=CTATAAAGAATTTCAAGAATC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=152729146;WS=152729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	152827973	rs7567588	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=23;PP=1278;SC=GACTGCAGCTAGCCATCTGAG;SOR=1.263;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=64;WE=152827981;WS=152827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	152828281	rs7607341	C	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=861;SC=GAACATCTCTCTCTTCCCCTG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=152828289;WS=152828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	153000337	rs12617139	T	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GATTTAAAACTTACCTGTCAT;SOR=1.314;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=25;WE=153000345;WS=153000327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	153004736	rs72864741	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr2	153192324	rs2003332	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=0.298;SC=CACCCCGTGCCGGGAGCGAGC;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=8;WE=153192332;WS=153192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr2	153378459	rs4664114	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr2	153378574	rs4664592	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTATGAAAAAAGTAATGAAAG;SOR=0.435;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=11;WE=153378582;WS=153378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr2	153378652	rs4664593	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.405;SC=TTGCTTCTGCGACAGAGATAG;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=153378660;WS=153378642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	153405594	rs1155779	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=195;ReadPosRankSum=0.749;SC=AAATTTCTTTGAGAACTAACC;SOR=1.221;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=21;WE=153405602;WS=153405584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr2	153405684	rs12468789	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TCATACCCAAAGAATTGAGCT;SOR=0.039;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=153405692;WS=153405674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	153415170	rs6705427	A	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=650;SC=CTGGTGGAAAAAACAAAACTT;SOR=5.058;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=153415178;WS=153415160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	153415234	rs200953857	T	TG	2320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.882;NF=28;NR=15;PP=670;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CAATGATTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.454;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=43;WE=153415252;WS=153415224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,72:0.85:85
chr2	153415244	rs72868279	T	C	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=34;PP=2483;SC=TTTTTTTTTTTCCCCAACAGA;SOR=1.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=99;WE=153415252;WS=153415224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	153415376	rs6434098	T	G	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GAATTTTATGTGGTCACAGCA;SOR=0.376;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=73;TCR=100;TR=171;WE=153415384;WS=153415366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr2	153417325	rs6713836	A	G	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=15;PP=1882;SC=AGGAACAGCAAGTTATACATG;SOR=2.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=81;WE=153417333;WS=153417315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	153435288	rs12693407	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=168;SC=ATTTATAATGGTGTAAGTTTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=153435296;WS=153435278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	153463984	rs72210499	TACAC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	153471255	rs70974877	T	TCAAAA	395.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=96;SC=AAACTCCATCTCAAAACAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=2;WE=153471263;WS=153471245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	153473435	rs7596408	G	A	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=140;SC=CCTGGTAGAAGCAAATATGTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=153473443;WS=153473425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	153473492	rs13417781	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AACAACTTGCGGAACACATGC;SOR=0.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=26;WE=153473500;WS=153473482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	153473521	rs12693415	A	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1239;SC=GGTCCCTAATAATCTTGGAGC;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=153473529;WS=153473511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	153473794	rs2304556	T	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=701;SC=TACCTTCATTTCAGAGGAATG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=153473802;WS=153473784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	153475263	rs10617862	GTA	G	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=0.446;SC=ATTCATATGAGTATCTTTTTT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=153475272;WS=153475253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	153476066	rs5835439	G	GCCA	1302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=12;PP=471;SC=CGCCGCCGCCGCCCCCTCCTC;SOR=1.839;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=20;WE=153476074;WS=153476056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	153478931	rs7609122	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=546;SC=TGTGCCGCCTTGTGAAATGTG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=153478939;WS=153478921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	153481943	rs2346532	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1261;SC=TTCTCTTTGATGTCTTTAGCT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=65;WE=153481951;WS=153481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	153482128	rs12478681	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,54:0.28:194
chr2	153492910	rs1561267	G	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=0.250;SC=TCCCCATTGAGTTTCACTGGG;SOR=0.837;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=17;WE=153492918;WS=153492900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr2	153497168	rs1465818	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=243;SC=TTCTCTGCAACTGAGCAGAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=153497176;WS=153497163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	153504552	rs12693429	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-2.228;SC=TAGCAAACACGGAAGAATTTT;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=14;WE=153504560;WS=153504542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr2	153514583	rs6713779	G	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.031;SC=AGATACCATTGTTATATAGGT;SOR=1.071;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=153514591;WS=153514573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	153514610	rs12999331	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TAAGAACATCTATGTGTAACA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=153514618;WS=153514600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	153519524	rs1036526	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GAATTCCATTAGAAAAAAATA;SOR=0.370;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=20;WE=153519533;WS=153519514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	153519768	rs16831529	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTAGGAATCACGCATTGTTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=153519776;WS=153519758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	153520782	rs3762507	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	153529361	rs2304559	T	C	58.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TTATTAGACATAAAACAACTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=153529369;WS=153529351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	153533260	rs11544718	G	A	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1442;ReadPosRankSum=1.171;SC=TAGGGACTGGGGCTGTTGATG;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=107;WE=153533268;WS=153533250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,122:0.63:193
chr2	153535670	rs10166987	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=15;PP=563;SC=TTAAAATCTACAGAACTGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=153535678;WS=153535660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	153549814	rs10172024	G	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr2	153549819	rs13003670	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,41:0.30:135
chr2	153572438	rs2346548	C	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=5;PP=1129;SC=GACCTAGATTCTGAAATCTTG;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=153572446;WS=153572428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	153576548	.	G	GTCAGTCTTAAATGATTGGCTGCCAATGTTTCATTTCTTTATCATTCCCCTCCCCCCTTTTTTACCCTTTTTTGAATGTGCATGGAATGTAAATTA	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr2	153577013	rs9646744	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=439;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TTATAGTATTGCTTTCCTACC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=45;WE=153577021;WS=153577003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,50:0.32:158
chr2	155265623	rs1405936	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=36;PP=1150;SC=TCAGCTTCATGTTTTAGAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=155265631;WS=155265613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	155306885	rs697648	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=11;PP=874;SC=AAGCTAAAGACGAAATAAGCT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=155306893;WS=155306875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	155555195	rs5835535	T	TC	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	157183211	rs35479735	TC	T	3254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=32;PP=2265;SC=CTGGATTGTCTCCCTCCCTCC;SOR=1.095;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=56;WE=157183219;WS=157183201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	157189011	rs834836	G	C	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=65;PP=2196;SC=CTCCGCGTCTGTCTTCATTCA;SOR=1.188;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=157189019;WS=157189001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	157427593	rs1469652	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=9;PP=559;SC=GCTTTATTTCTCATTTTCTAA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=157427601;WS=157427583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	157467040	rs11892929	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=278;SC=ACCCTGTATTATTTAACAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=157467048;WS=157467030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	157467106	rs11894134	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	158115780	rs147848386	A	G	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1084;ReadPosRankSum=2.573;SC=AAAAATCAACATAACTGCCAA;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=89;WE=158115788;WS=158115770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,91:0.35:263
chr2	158157361	rs3214040	C	T	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=85;PP=2965;SC=TCTATGGCCACGGAGACCACC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=181;WE=158157369;WS=158157351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	158162475	rs3214039	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=497;SC=AGAGAGTCCACCACTAAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=158162483;WS=158162465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	158162521	rs3816595	T	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=187;SC=GTGTGGGTCCTGCAGTCAACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=158162529;WS=158162511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	158165004	rs6728956	C	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=212;SC=TTAACTGTTGCTAACAAAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=158165012;WS=158164994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	158184121	rs143310506	A	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr2	158283710	rs155614	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TATTCCTCCAAAGGTAATTGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=158283718;WS=158283707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	158284056	rs155613	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.328;SC=AAACGAAATACAAATGTTACA;SOR=0.446;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=158284064;WS=158284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	158291107	rs70987792	T	TAG	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TGTGTGTGCGTAGAGAGAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=2;WE=158291115;WS=158291097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	158291188	rs11904180	A	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=515;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GGGAGAGACAAAAAATAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=27;WE=158291196;WS=158291178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr2	158412542	rs13010956	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=12;PP=1345;SC=TGTTAAAAAGTTTTTATTTAC;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=158412550;WS=158412532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	158443889	rs4556933	G	A	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=TTTGGCAGGTGAAGTTTGAAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=166;WE=158443897;WS=158443879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	158485075	rs114245489	G	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGAGAAACCAGCACCGTACCT;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=312;TCF=153;TCR=159;TR=110;WE=158485083;WS=158485065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,112:0.34:325
chr2	158626980	rs1146031	C	T	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=57;PP=2267;SC=CGGCAACATTCTCCCCTTGCC;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=127;WE=158626988;WS=158626970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	158636910	rs2227861	G	A	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=69;PP=2965;SC=AGCACTCCACGGCTTGGCCAG;SOR=1.212;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=125;TCR=69;TR=193;WE=158636918;WS=158636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	158637137	rs1866885	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=1.673;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr2	158655883	rs111834201	C	CAA	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.207;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TATAGTAAGCCAAAAAAAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=158655891;WS=158655873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr2	158958551	rs11368509	G	GA	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=309;ReadPosRankSum=-0.008;SC=ATCAATTTAAGGTGACTTTTC;SOR=1.047;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=11;WE=158958559;WS=158958541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr2	158958605	rs6710480	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr2	158958679	rs6760699	T	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=1.914;SC=GATCAGATGGTTGCTCCTTGG;SOR=1.018;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=11;WE=158958687;WS=158958669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr2	159028800	rs2222390	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=347;SC=AATTTAAATAACAATTCATTG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=159028808;WS=159028790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	159077019	rs958671	A	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=686;SC=TATAGAAAAAAGTTCCCTCTG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=159077027;WS=159077009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	159166069	rs7559772	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=56;PP=1689;SC=AAAGTCTTTCTTATTTTTATT;SOR=2.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=159166077;WS=159166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	159195225	rs11686762	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	159312733	rs1111212	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.501;NF=22;NR=4;PP=460;ReadPosRankSum=-0.656;SC=ACCTCGTTCCCTTACCAAAAT;SOR=0.843;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=26;WE=159312741;WS=159312723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr2	159312776	rs3796107	GA	TT	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.722;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr2	159389762	rs35112233	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.031;SC=AGGAAGCTGCCTCCACTGGCC;SOR=0.442;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=13;WE=159389770;WS=159389752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr2	159434492	rs2356188	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.32;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	159434492	.	GAATAGTTA	AAATAGTTA,AAATAGTTG	120	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=11,6;NR=3,2;PP=63,120;QD=6.98365803909;SC=TACATGTTCCGAATAGTTAAA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14,8;WE=159434508;WS=159434482;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:14
chr2	159434500	rs2356189	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	159434727	rs10933494	T	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=0.953;SC=TGAATAGAATTCTGTCTGTTG;SOR=0.576;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=14;WE=159434735;WS=159434717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	159434802	rs72184107	ATC	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TGAATTTTTCATCTCTCTTAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=159434811;WS=159434792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr2	159477439	rs147357610	CTT	C	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=-1.455;SC=ACATCTGAACCTTTTTTAGCA;SOR=0.366;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=12;WE=159477448;WS=159477429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr2	159520085	rs3771679	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTTAGCTTGTGTGTGAAGGGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=159520093;WS=159520075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	159522879	rs2248854	C	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACATATGAGACTGGAACTCTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=159522887;WS=159522869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	159530651	rs2711034	A	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=860;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TTCTGTAGGAATCACACACCA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=49;WE=159530659;WS=159530641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr2	159534863	rs2356505	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=0.135;SC=GGAAACACACACAGCCTGTTT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	159534874	rs2356506	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=787;SC=CAGCCTGTTTCTGCCATAGTT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	159534889	rs2711040	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=330;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ATAGTTTTGCCATTAGCCCCC;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=18;WE=159534897;WS=159534879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr2	159651973	rs1356173	G	A	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=107;PP=2965;SC=AGTCCTGCAGGCTGTTGCTGC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=234;WE=159651981;WS=159651963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	159663616	rs12535	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=82;PP=2714;SC=CCTGAATGACGCACTGGAGAA;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=146;WE=159663624;WS=159663606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	159672442	rs10016	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=1180;SC=GGTAAATTAAGCAGCTTTTGT;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=159672450;WS=159672432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	159992572	.	C	T	219	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=11;NR=1;PP=219;QD=21.1476010456;SC=CGCGCGCGCGCGTTTAAGGGA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=159992580;WS=159992562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	159992572	rs141297015	C	CGT	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.89;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	160005983	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-0.175;SC=AGAAGCAGAACGTAAGAAAAT;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=14;WE=160005991;WS=160005973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr2	160019863	rs12466551	A	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=53;PP=1842;SC=AAAGATGGAAACCTAAGATTA;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=160019871;WS=160019853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	160033174	rs759034	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=286;SC=CCAGAGAGCCAGACTTGGGTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=160033182;WS=160033164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr2	160055448	rs13430891	T	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=972;ReadPosRankSum=1.086;SC=CACCTCTTGCTAAGAGAACTC;SOR=1.752;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=54;WE=160055456;WS=160055438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr2	160073881	rs1035058	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=989;ReadPosRankSum=0.478;SC=ACAGAGCCCCCGCAGGTTCAA;SOR=2.115;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=18;WE=160073903;WS=160073871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	160073895	rs4665042	G	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=412;ReadPosRankSum=1.377;SC=GGTTCAAAGGGGGAGGACATA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=15;WE=160073903;WS=160073871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr2	160074181	rs2288107	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=0.207;SC=AGCAATGAGTGGGGATGGAGT;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=160074189;WS=160074171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	160075886	rs146371641	G	GC	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.588;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,65:0.29:227
chr2	160076026	rs2303334	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr2	160076077	rs2303335	T	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=1.712;SC=ATCCGGCCAGTGTCACCCTTC;SOR=1.108;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=7;WE=160076085;WS=160076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr2	160076262	rs201218896	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr2	160082354	rs12692544	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-2.310;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr2	160082364	rs34344829	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr2	160082384	rs13419975	T	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr2	160084224	rs2042494	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-1.902;SC=ATGTTCTGTCGTGGGTTTGCA;SOR=1.449;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=12;WE=160084232;WS=160084214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr2	160084263	rs2042495	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=361;ReadPosRankSum=0.817;SC=ACGGTGTTCCAGGTGTGGGAG;SOR=1.288;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=29;WE=160084271;WS=160084253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr2	160087535	rs3821301	T	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.450;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=929;ReadPosRankSum=1.805;SC=CCTTAAGAAATCCCCATTTGT;SOR=0.410;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=61;WE=160087543;WS=160087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr2	160092703	.	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.246;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	160104896	rs73004952	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=654;ReadPosRankSum=0.994;SC=ATGCGATGACCGGATCTTTCA;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=39;WE=160104904;WS=160104886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr2	160112881	rs7591849	G	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=39;PP=1195;SC=TGTTCTGTGCGCCTTGCTTAA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=160112889;WS=160112871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	160114437	rs3213715	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.230;SC=ATTAATACAAGGTGAGGTTAA;SOR=0.141;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=15;WE=160114445;WS=160114427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr2	160116281	rs4665052	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCTAATAAACATAACTTTCAT;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=16;WE=160116289;WS=160116271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr2	160128202	rs11891627	A	C	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=67;PP=2382;ReadPosRankSum=0.169;SC=AAATTAAACCAACTAGCTTAC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=157;WE=160128210;WS=160128192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,171:0.70:246
chr2	160128343	rs11902271	C	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=949;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGAAAGCTGACCATGCTTAGA;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=55;WE=160128351;WS=160128333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr2	160132089	rs16843852	T	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.474;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr2	160132196	rs35620648	A	AC	1351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=21;PP=636;SC=AAACACTGAAACCCCCCCAAA;SOR=1.203;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=160132204;WS=160132186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	160136337	rs174264	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=16;PP=777;SC=TTCACTATGCGGACACCTCAT;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=160136345;WS=160136327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	160176943	rs174229	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=660;SC=AAAGAAAACAAATAATTAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=160176951;WS=160176933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr2	160203934	rs965163	A	C,T	621.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=5,13;NR=2,2;PP=47,251;SC=ATATTAGGCAAGTAATAAACA;SOR=2.494;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7,15;WE=160203942;WS=160203924;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:24
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chr2	160231108	rs6742788	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CCAAAAGCCTATTTTTGCTTA;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=160231116;WS=160231098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	160231317	rs73967854	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TTATTTATTCAATCAGTAAAT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=160231325;WS=160231307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	160231354	rs17577396	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTATAGGCACTGCGGAAAGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=160231362;WS=160231344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	160239112	rs967997	T	C	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=58;PP=2094;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TTTTGTCTTCTTTATCTTCTT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=132;WE=160239120;WS=160239102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,132:0.73:182
chr2	160243183	rs918351	TA	AT	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=1225;SC=CATGATTTCGTATCTTCTAAA;SOR=3.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=160243192;WS=160243173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	160261721	rs35567166	T	C	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	160289911	rs10187471	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=0.788;SC=AACAAAATGTACCACAAAACA;SOR=0.159;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=33;WE=160289919;WS=160289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr2	160294779	rs3213791	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTTTCTCTAATAGTAAAATTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=160294787;WS=160294769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	160294842	rs3213790	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=1.475;SC=ACTGGTCAATAAACTAGATTC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=29;WE=160294850;WS=160294832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr2	160295297	rs2302923	C	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.270;SC=CGGGTACTTTCAAAGTGTTCT;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=160295305;WS=160295287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	160295732	rs13417010	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=670;ReadPosRankSum=-1.682;SC=TTCTGGATAACGACAAGGTAG;SOR=0.237;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=45;WE=160295740;WS=160295722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr2	160310246	rs10202670	A	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1022;ReadPosRankSum=1.135;SC=GTGGCTGACCATTGGGAAGGC;SOR=0.821;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=71;WE=160310254;WS=160310236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,75:0.64:117
chr2	160604812	rs1427329	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=1.262;SC=CTGAAGTTCCCGATAATAGGG;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=35;WE=160604820;WS=160604802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,42:0.31:135
chr2	160604936	rs13024801	G	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AGAATCTGAAGGTAGAAATAC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=84;TCR=72;TR=100;WE=160604944;WS=160604926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,107:0.64:167
chr2	160605268	rs1365803	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=23;PP=977;SC=TTGCAGTCCCTCCAGCACTTG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=160605276;WS=160605258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	160609162	rs1365802	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AATTTATAGATTGTTGAATTT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=160609170;WS=160609152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	160637324	rs2303551	A	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=36;PP=1937;SC=GAGAATTGAAAAGCCATCAGT;SOR=1.361;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=160637332;WS=160637314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	160639970	rs2114626	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TCCAAGTAGATGAAGGACAGT;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=7;WE=160639978;WS=160639960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	160654524	rs2556106	G	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=307;SC=GGGCGGGATGGCCGGCCGGGT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=160654532;WS=160654514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	160663678	rs7566887	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=87;ReadPosRankSum=0.562;SC=AATACAACTATGTCTACTGCC;SOR=0.902;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=12;WE=160663686;WS=160663668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr2	160667004	rs35590513	G	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=13;PP=1496;ReadPosRankSum=0.193;SC=AAAAATTATTGAGTCATAAGA;SOR=1.032;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=92;TCR=21;TR=79;WE=160667012;WS=160666994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr2	160676350	rs17827158	T	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AGCCAAAAACTTCTCATTTTT;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=71;WE=160676358;WS=160676340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr2	160676427	rs12692566	C	A	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=39;PP=1217;SC=ACATAAGAGACTTATCTAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=160676435;WS=160676417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr2	160729134	rs1397705	A	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AATTTGTTTTATGGTATTATC;SOR=0.956;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=43;WE=160729142;WS=160729124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr2	160729186	rs10168271	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CTGTCACATGTGTGGGCCCCT;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=160729194;WS=160729176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	160734722	rs2292387	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=0.169;SC=GACTCCAATCCTGAAGATCAT;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=18;WE=160734730;WS=160734712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr2	160735008	rs2292388	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=869;ReadPosRankSum=0.138;SC=CTCAAATCTACAAAAGGAGAA;SOR=0.540;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=54;WE=160735016;WS=160734998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr2	160737495	rs2729712	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.626;SC=CTTACCTTTTATTTTCCAGCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=160737503;WS=160737485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	160737560	rs2729711	G	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=447;ReadPosRankSum=-2.123;SC=GGTAAAACAGGAAGAATATAA;SOR=0.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=29;WE=160737568;WS=160737550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr2	160737621	rs11675155	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=781;ReadPosRankSum=1.373;SC=CACAGTTGGGCGTCTTATTGT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=60;WE=160737629;WS=160737611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr2	160738677	rs16822581	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1070;ReadPosRankSum=0.118;SC=ACATCTGCTAGAGAATGAATG;SOR=0.300;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=65;WE=160738685;WS=160738667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr2	160742862	rs2271383	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=642;ReadPosRankSum=0.712;SC=CTAAGCTATTGGTGAGTGAGA;SOR=0.426;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=38;WE=160742870;WS=160742852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr2	160761082	rs6760195	T	G	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=56;PP=1963;ReadPosRankSum=0.764;SC=ACTGCGGGGCTGGCGTGCCCG;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=225;TCF=133;TCR=92;TR=143;WE=160761090;WS=160761072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,148:0.64:232
chr2	160805993	rs6726923	C	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=279;SC=CATCACCAACCAGACCAGAGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=160806001;WS=160805983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	160807742	rs952184	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=1.412;SC=ATATTTATTAATATTTTTGGG;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=21;WE=160807750;WS=160807732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr2	160813249	rs3749113	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.436;SC=AATTTTCTTGGGCAGAAAGAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=160813257;WS=160813239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	160825953	rs2175414	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=302;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TCTGAGGTAGGGATTGAAGAT;SOR=0.991;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=22;WE=160825961;WS=160825943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr2	160826637	rs2136972	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AAAATTAAATGCAAATGAATC;SOR=0.693;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=19;WE=160826645;WS=160826627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr2	160833188	rs2715918	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=789;SC=TGCCAGAGTCATTCTTACCGT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=160833196;WS=160833178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	160843623	rs6757188	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=0.730;SC=CAAATTAAAATAGTGTTGGTC;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=27;WE=160843631;WS=160843613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr2	160872982	rs34121457	A	AG	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.23;ReadPosRankSum=0.217;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr2	160872991	rs34555459	T	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.66;ReadPosRankSum=0.434;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr2	160873021	rs2715939	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	160873270	rs2667040	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=1014;SC=CTGTGCTGATACCGATGGGCA;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=160873278;WS=160873260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	160873294	rs3833577	T	TA	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=483;SC=GCAATTCTTATAAAAAAAATA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=20;WE=160873302;WS=160873284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr2	160876827	rs1511213	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=380;SC=TGCAAAGGAGATAACACCCTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=160876835;WS=160876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	160901517	rs4665143	A	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1520;ReadPosRankSum=0.256;SC=CCAGGCAACCACTGCCTCCTA;SOR=0.427;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=94;WE=160901525;WS=160901507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,95:0.66:144
chr2	160919040	rs11285500	AC	A	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=670;SC=TCCGCGCCCCACCCCCTCCGG;SOR=2.400;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=160919048;WS=160919030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	160958349	rs34330288	GA	G	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=-1.179;SC=TGGTTCCCTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=160958358;WS=160958339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	160964057	rs13009231	G	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.82;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	160964057	.	GGA	TGG	1744	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=29;NR=2;PP=1744;QD=57.982834673;SC=CAAAGCTGTTGGAGTCATGGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=160964067;WS=160964047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr2	160964059	rs13008664	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.02;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	160968743	rs66470452	CA	C	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=637;SC=TTAGGTTAAACAAGATTCCAA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=160968751;WS=160968733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	161028992	rs1037694	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	161797329	rs1524626	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=0.102;SC=AAACCCTGCCCAGGGACTCTC;SOR=1.127;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=161797337;WS=161797319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	161797513	rs1524625	A	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TCATGTTTCAAAACACCAGAG;SOR=0.601;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=65;WE=161797521;WS=161797503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr2	162017474	rs78713741	C	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=749;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TTGCACAATTCCCCTCTGCCT;SOR=0.841;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=42;WE=162017482;WS=162017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr2	162059969	rs11884495	A	T	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=36;PP=2223;SC=ATCAGTGAATATCAGGCTAAC;SOR=1.452;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=119;WE=162059977;WS=162059959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	162091836	rs3754970	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=10;PP=1068;SC=ACAGATATTTTTGTTTGTTTC;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=162091844;WS=162091826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	162175290	rs1116165	T	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=29;PP=1524;SC=TGAATAAACATTTTTGTGCTT;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=162175298;WS=162175280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	162224193	rs58162668	G	GT	2669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=27;PP=2142;SC=TATAAAAGGAGTTTTTATTTT;SOR=1.286;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=56;WE=162224201;WS=162224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	162247772	rs1921674	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=281;SC=GATTTAAATTCGAATTTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=162247780;WS=162247762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	162274607	.	A	ATG,ATGTG	83.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.489;NF=7,7;NR=1,1;PP=217,85;ReadPosRankSum=-1.930;SC=AGGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8,8;WE=162274615;WS=162274597;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.62:8
chr2	162279850	rs139857158	GCT	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,28:0.10:284
chr2	162280748	rs890076	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	162730312	rs35292746	T	C	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=152;SC=AGAATCCCTCTGACAATGCCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=162730320;WS=162730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	162757676	rs6754546	A	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=111;SC=CTCTGAAGTTACTAATGATTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=162757684;WS=162757666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	162813807	rs10221808	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.250;SC=CATCATTTAAAATTTTCATTT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=162813815;WS=162813797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	162815262	rs12466127	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=1.769;SC=TCTTATGGTACTTTTCTTTAT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=162815270;WS=162815252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	162821515	rs4233647	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.291;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=532;ReadPosRankSum=1.797;SC=TACACCTCTCGTTTTAATTTT;SOR=2.376;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=26;WE=162821523;WS=162821505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr2	162875933	rs201561326	AC	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CGTGTCCCTCACCCCCGAGAA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=162875941;WS=162875923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	162879452	rs2302873	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TATGTTAGTATTTTTCAAGTC;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=162879460;WS=162879442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	162891848	rs6432708	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=315;ReadPosRankSum=0.454;SC=AAAAAAGACACAAATTGTTCT;SOR=0.635;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=30;WE=162891856;WS=162891838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
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chr2	162903410	rs138191868	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=632;ReadPosRankSum=0.138;SC=GAATTAATTACGTGATTAAAC;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=40;WE=162903418;WS=162903400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr2	163051415	rs1468916	C	T	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=111;SC=AACATCACTTCTAAGTCACAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=163051423;WS=163051405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	163124051	rs1990760	C	T	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=48;PP=1556;SC=TTTTGCAGTGCTTTGTTTTCT;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=163124059;WS=163124041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	163128824	rs3747517	T	C	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=35;PP=1791;SC=AACTGTCTCATGTTCGATAAC;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=163128832;WS=163128814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	163134090	rs35744605	C	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=785;ReadPosRankSum=0.224;SC=TAGAAAGTTTCAAGATGAGTA;SOR=0.978;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=46;WE=163134098;WS=163134080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr2	163694878	rs4667768	C	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr2	163694886	rs4667769	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr2	164466039	rs3833554	AT	A	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr2	165349459	rs1051160	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=338;ReadPosRankSum=0.542;SC=TTTTCACATGGTAATGTTTTC;SOR=2.726;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=16;WE=165349467;WS=165349449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	165353712	rs8192673	C	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=85;PP=2461;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TGACTATGAACAGACATACCC;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=113;TCR=134;TR=154;WE=165353720;WS=165353702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,163:0.61:266
chr2	165358655	rs7584035	T	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	165358672	rs4667463	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=267;SC=AGAAAATAACATAAATTATTA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=165358680;WS=165358662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	165424772	.	G	GA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.982;SC=AGTAACAGGGGAAAAAAAGCA;SOR=0.117;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=4;WE=165424780;WS=165424762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	165424837	rs17437781	A	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=26;PP=1434;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TTTTCTGTAGAATTATTGGCG;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=81;WE=165424845;WS=165424827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr2	165476253	rs61748245	A	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=782;ReadPosRankSum=1.777;SC=ACAGATGTAAATGGAGAACAG;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=69;WE=165476261;WS=165476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,70:0.29:239
chr2	165477903	rs62173895	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CGAGGTGCCGGCTAGGCAGCC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=165477911;WS=165477893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	165542531	.	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=401;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TTGTATTTGATGGAATGGTAA;SOR=0.867;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=38;WE=165542539;WS=165542521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr2	165578581	rs6414069	A	G	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=41;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ACAAAACTACACACCTTATCT;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=110;WE=165578589;WS=165578571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,120:0.70:171
chr2	165584407	rs12692743	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AACACCTTCACACAAACACAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=165584415;WS=165584397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	165630460	rs355865	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=0.202;SC=ATGTGCTTTATGCAATAAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=165630468;WS=165630450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	165636332	rs355897	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=617;ReadPosRankSum=0.301;SC=GATAGCACTCTGCAAATTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=48;WE=165636340;WS=165636322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr2	165657185	rs355915	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=0.850;SC=TGGGTGAATGGATAAAGAAAC;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=165657193;WS=165657175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	165698715	rs71028447	A	AG	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=640;SC=TCCCACCGCTAGGCTGCGCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=165698723;WS=165698705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	165755071	.	T	C	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.351;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1811;ReadPosRankSum=1.025;SC=ATGGGTGCAGTCTTGAGTATT;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=109;WE=165755079;WS=165755061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,123:0.59:209
chr2	165793968	rs17353624	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GGATATTGCCGGTTTAGGACA;SOR=1.230;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=26;WE=165793976;WS=165793958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr2	165809138	rs71393655	A	ATG	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CAGTTGCAGCATGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=165809146;WS=165809128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	165811554	.	GAA	G	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
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chr2	165996107	rs1946892	T	A	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CTTCCGTTTCTGTGGTGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=98;WE=165996115;WS=165996097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,109:0.78:140
chr2	166012203	rs3731760	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=8;PP=1226;SC=GCCACCACACCCAGCCTATGC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=166012211;WS=166012193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	166018901	rs11887309	C	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-1.359;SC=CAAAAAAAAACCCATTTTATT;SOR=1.506;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=4;WE=166018909;WS=166018891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	166018990	rs11887343	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGTGGCTGTACACCCACAGTC;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=166018998;WS=166018980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	166019384	rs9333576	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,54:0.27:200
chr2	166020295	rs2304710	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,81:0.27:301
chr2	166020893	rs7579000	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=469;ReadPosRankSum=1.806;SC=AATTTTCAAAGTTACTCACGC;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=41;WE=166020901;WS=166020883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,49:0.32:151
chr2	166025174	rs4667795	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.574;SC=CATAAGTCAGGCTATACCCAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=166025182;WS=166025164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	166025417	rs4667796	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=0.879;SC=AAAGTTTATCGATGCAAAAAC;SOR=1.565;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=166025425;WS=166025407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	166032775	rs72471101	CATT	C	2406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.408;NF=15;NR=23;PP=1442;ReadPosRankSum=1.636;SC=TTCTCATCATCATTATCTTGT;SOR=0.951;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=38;WE=166032785;WS=166032765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,70:0.38:182
chr2	166153499	rs7593568	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	166164215	rs3214603	CA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.712;SC=ATAGAAATGGCAAAAAAAAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=166164223;WS=166164205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	166170073	rs13025009	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.043;SC=AAACAGGAAAACCAATTAGCA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=14;WE=166170081;WS=166170063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	166170127	rs2121371	T	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=869;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AACCTAATTATAGCCAGTGTC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=57;WE=166170135;WS=166170117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr2	166172317	rs1838846	A	G	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TTTTTTAAAAAAATATGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=52;WE=166172325;WS=166172307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr2	166179650	rs1867864	C	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=27;PP=1557;ReadPosRankSum=-1.824;SC=TTTGTTTCTTCTCTTGTTATT;SOR=0.787;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=97;TCR=45;TR=90;WE=166179658;WS=166179640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,96:0.64:150
chr2	166221569	rs3835933	TG	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.480;SC=ATACAGAAGATGGGGGGGGGG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=166221577;WS=166221559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	166221883	.	G	GTATC	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=352;SC=CTATCTATCTGTATCTATCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=166221891;WS=166221873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	166229922	rs6432821	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=305;SC=CTTTGTACCATGGAAATGTCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=166229930;WS=166229912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	166245230	rs2060198	T	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.822;NF=25;NR=20;PP=670;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GAATCCTACGTCTGATCAAAG;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=45;WE=166245238;WS=166245220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr2	166514165	rs12620509	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=233;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCCTAGCCAACAAGGGTTGGC;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=14;WE=166514173;WS=166514155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	166621354	rs2113840	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=614;SC=TACCACAATATGGATTTGGGA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=166621362;WS=166621344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	166626606	rs4667836	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=6;PP=708;SC=CCTTAGAGTAGCTAAAAAACA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=166626614;WS=166626596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	166758447	rs111488473	TA	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.081;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr2	166788336	rs7592429	T	C	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=64;PP=2266;SC=GCATCCAATGTATTTCCCAAG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=166788344;WS=166788326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	166797646	rs1432273	C	T	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=76;PP=2867;SC=ATCTGGTTCACAGTCTCCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=173;WE=166797654;WS=166797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	166799596	rs13000534	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=416;SC=AATGCCAGTCTACCTTACAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=166799604;WS=166799587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	166799893	rs10930190	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1291;SC=TTAGAAATGAGAGAAATAAAT;SOR=2.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=166799901;WS=166799883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	166810161	.	G	GCCCGCTCA	3504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=22;PP=1154;SC=CCGCCCGCCCGCCCGCTCACC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=40;WE=166810181;WS=166810151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr2	166810373	rs1347041	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1563;SC=TCGGAGGGAGAGGCGGGCCTG;SOR=2.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=166810381;WS=166810363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	166810433	rs5836068	GT	G	1175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=941;SC=GGACCCGGAGGTGAGGGCTGC;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=166810441;WS=166810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	166896178	rs490317	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=213;SC=GCTCTTAGAACATAATGCTTA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=166896186;WS=166896168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	166903188	rs538921	A	C	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=37;PP=2320;SC=TTCCTCATACAACCACCTGCT;SOR=1.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=120;WE=166903196;WS=166903178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	166930214	rs566839	T	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=254;SC=TTTTAAAGAGTGGACTAAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=166930222;WS=166930204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	167060449	rs10180721	A	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=8;PP=518;SC=AAAATCTGAAAAATAAATATT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=167060457;WS=167060439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	167085124	rs10199799	T	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.99;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	167085141	rs58519838	CTT	C	2142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=1547;SC=TAAAGAATAACTTATATCCTT;SOR=4.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=37;WE=167085150;WS=167085131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	167090042	rs722204	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=258;SC=AGTCAATTCTGAAACTCACTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=167090050;WS=167090032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	167099158	rs6746030	A	G	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=124;PP=2965;SC=GAGAACCTCCATACACAACCT;SOR=1.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=67;TCR=124;TR=191;WE=167099166;WS=167099148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	167129497	rs13395140	A	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=-0.059;SC=ACCAGCAACGAAGATTTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=167129505;WS=167129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	167137119	rs6432893	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGAGAAAAAAGCAGAGAACAT;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=40;WE=167137127;WS=167137109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr2	167144974	rs6747673	A	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=592;ReadPosRankSum=0.171;SC=CTTTTTTAAGACGGTCTAACA;SOR=1.067;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=34;WE=167144982;WS=167144964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr2	167144995	rs13402180	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=860;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TCTGTTGAAATTCTAATTCTT;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=50;WE=167145003;WS=167144985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr2	167145142	rs13414203	A	G	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.663;SC=TTTTGCCAGCAGCACGCAGCG;SOR=0.923;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=81;WE=167145150;WS=167145132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr2	167149693	rs7588632	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=572;ReadPosRankSum=-1.490;SC=CATACACCAGGTACATATGCC;SOR=0.184;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=34;WE=167149701;WS=167149683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr2	167162277	rs4429487	G	A	5988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=89;PP=2965;SC=TAAATTTGCCGTTTCAAAAAG;SOR=0.989;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=208;WE=167162285;WS=167162267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	167163043	rs9646771	T	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=27;PP=1161;SC=TCCAGTCCGGTGGGTTATTCA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=167163054;WS=167163033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	167163199	rs9646772	A	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=608;SC=AACTTTTCCTAAGAAAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=167163207;WS=167163189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	167163372	rs4583483	TC	CA	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=506;SC=CCAGAGTCTTTCAAGGTGCAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=167163381;WS=167163362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	167163663	rs4447616	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=259;SC=GTTTACCTTTCTACATGGCAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=167163671;WS=167163653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	167168093	rs6432901	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=482;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGAAGGGCAGCTGTTTGCCAG;SOR=0.982;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=36;WE=167168101;WS=167168083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr2	167279922	rs6738031	C	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=202;SC=TTCTCTGATCCATATATATAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=167279930;WS=167279912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	167284520	rs3748895	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=238;SC=ACTGAAACTTTCTACTATGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=167284528;WS=167284510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	167313313	rs67265532	AATAT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=57.66;NF=3;NR=0;PP=471;SC=TCAAGACTAAAATATATATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=167313345;WS=167313303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	167313329	rs71428927	T	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.14;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	167313333	.	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	167313337	rs7593207	T	G	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.68;QD=38.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	167322522	rs7593452	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1158;SC=ATTTGTTTTCGAAATAATGTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=167322530;WS=167322512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	167327064	rs12992062	A	G	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=131;SC=GGGAAGTTCAAGTGAATACAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=167327072;WS=167327054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	167328750	rs2293567	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AAAATCTTTGCAGACGTCAAT;SOR=0.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=14;WE=167328758;WS=167328740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr2	167334085	rs7565062	G	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=33;PP=1221;SC=CAAATCAGGAGTTGGCTTTAA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=167334093;WS=167334075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	168096268	rs77160941	A	AT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.803;SC=AAAGAATCTCATTTTTTTTCA;SOR=0.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=3;WE=168096276;WS=168096258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	168098199	rs76201476	A	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GGATTACAGGAATGAGCCACC;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=168098207;WS=168098189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	168099738	rs10497323	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TTGCTGGTGGTGATGTGAAAT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=45;WE=168099746;WS=168099728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,47:0.27:172
chr2	168099775	rs16853305	C	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,49:0.23:213
chr2	168099796	rs16853306	T	C	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,52:0.23:225
chr2	168103304	rs16853309	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,62:0.27:231
chr2	168103863	rs7581012	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=573;ReadPosRankSum=0.312;SC=TTGAGCCAGCGGCCAAGTGGC;SOR=0.470;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=41;WE=168103871;WS=168103853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr2	168103925	rs7607246	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=570;ReadPosRankSum=0.372;SC=TGCCATGGCAATTTAGTAGAA;SOR=0.465;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=40;WE=168103933;WS=168103915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr2	168104183	rs151053139	C	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=911;ReadPosRankSum=1.511;SC=AATAATCTAACAACTAAAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=53;WE=168104191;WS=168104173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr2	168104199	rs7581190	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AAGAATCAGACAGGGCAGTGA;SOR=0.835;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=34;WE=168104207;WS=168104189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr2	168104370	rs61748715	A	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=558;ReadPosRankSum=-1.734;SC=TAACTGATACACAAAGCTCCA;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=48;WE=168104378;WS=168104360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,52:0.31:169
chr2	168104627	rs61750760	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AACAAAAAGCGGGAGACTGAT;SOR=0.496;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=253;TCF=145;TCR=108;TR=81;WE=168104635;WS=168104617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,81:0.31:264
chr2	168104988	rs59889092	G	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=586;ReadPosRankSum=0.272;SC=GTTCATCGATGTTTCTGCCGC;SOR=0.673;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=53;WE=168104996;WS=168104978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,56:0.33:170
chr2	168106085	rs16853328	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=1.124;SC=ACAGACCACAGCTATGAAAGT;SOR=0.808;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=30;WE=168106093;WS=168106075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr2	168106246	rs16853330	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,47:0.29:162
chr2	168107155	rs16853331	G	A	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=35;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GCACCAAGTAGCAGCTCATCA;SOR=0.766;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=289;TCF=177;TCR=112;TR=97;WE=168107163;WS=168107145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,99:0.33:298
chr2	168107491	rs3749004	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr2	168108357	rs1842233	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1008;ReadPosRankSum=0.676;SC=AGACGTGGCAAGAGAGTGGAA;SOR=0.937;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=237;TCF=115;TCR=122;TR=79;WE=168108365;WS=168108347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,85:0.33:258
chr2	168115710	rs3749006	T	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,44:0.24:181
chr2	168115769	rs16853344	G	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=902;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TCTGAGCCATGAATGTACAGC;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=243;TCF=139;TCR=104;TR=70;WE=168115777;WS=168115759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,73:0.28:257
chr2	168115797	rs75758327	G	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=934;ReadPosRankSum=0.177;SC=TTGTTTCCCAGAGTGGAGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=260;TCF=142;TCR=118;TR=75;WE=168115805;WS=168115787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,80:0.29:275
chr2	168873763	rs16854564	A	G	33.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr2	168986154	rs925846	A	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=71;PP=2170;SC=AACATCAAATATGATACACAT;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=168986162;WS=168986144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	169103796	.	C	CGCCGGG	282.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=2;PP=120;SC=CAGCCTGTGCCGCCGGGGCCG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=169103804;WS=169103786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	169439286	rs7583332	A	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=0.274;SC=GCATACATACAACAGCTTTAG;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=20;WE=169439294;WS=169439276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr2	169487610	.	GT	G	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=17.5;SC=CTATATCCTGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=169487618;WS=169487600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
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chr2	169674663	rs830025	A	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	169674764	rs830024	C	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=7;PP=293;SC=CCTGTGCTCGCGAACTCCTCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=169674772;WS=169674754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	169681278	rs11374385	T	TTTTGTTTGTTTG	2068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=44.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	169690729	rs522893	T	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=38;PP=1750;SC=GTATGTTTTTTACTCTAGGCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=169690737;WS=169690719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	169707428	rs540652	C	T	7600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=129;PP=2965;SC=TACCAAGACACATTCCTTCCT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=264;WE=169707436;WS=169707418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr2	169707552	rs488621	A	G	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.896;SC=TCCATTTTGCATAACAACTGG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=166;WE=169707560;WS=169707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr2	169713084	rs11385898	T	TA	1483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr2	169717541	rs2632372	T	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=929;SC=ATATTTCCATTGGGACCGATT;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=169717549;WS=169717531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	169721377	rs479661	G	A	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	169727879	rs61598834	G	GA	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=548;SC=ATAAAAACAAGAAAAAAAGAG;SOR=3.014;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=19;WE=169727887;WS=169727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	169728069	.	GAAA	G	1467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=38.62;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	169763148	rs560887	T	C	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=93;PP=2869;SC=TTGCTTTTTATGCTTGTATCT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=193;WE=169763156;WS=169763138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	169764176	rs492594	G	C	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=CCTGTTTGCAGTTGGCTTTTA;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=168;WE=169764184;WS=169764166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	169780366	rs579275	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GATGCAAAGATGCATGATTGC;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=169780374;WS=169780356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	169789016	rs497692	T	C	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1004;ReadPosRankSum=1.669;SC=CAAGAGCTGTTGCACTCAGTA;SOR=0.767;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=75;WE=169789024;WS=169789006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr2	169801488	rs853789	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=0.881;SC=AAGATAGTAAACAAGAAAGTA;SOR=0.068;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=18;WE=169801496;WS=169801478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	169814655	rs853772	G	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.585;SC=CAGAGAGAGGGTTATATTAAT;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=16;WE=169814663;WS=169814645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	169820618	rs4148796	AT	GC	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=867;ReadPosRankSum=2.166;SC=ACTGCTAGATATATACCTAGA;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=19;WE=169820627;WS=169820608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	169824739	rs4148789	T	TA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=200;SC=GATGAGAAGCTAACCAAAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=169824757;WS=169824729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	169824743	rs2389613	C	A	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	169824749	rs28405534	C	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	169826877	rs2193831	C	T	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=78;PP=2294;SC=CTTCCCCAGACGGGTTATTGT;SOR=1.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=133;WE=169826885;WS=169826867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	169828325	rs2241340	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=760;SC=ATGACCTCTTAGTTTCTCCCA;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=169828333;WS=169828315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	169830051	rs2389605	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=479;SC=TGGTTATTCACTGAACACTGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=169830059;WS=169830048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	169830155	rs2287623	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=57;PP=2380;SC=ACACCTTTCTGTTTGATCAAT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=169830163;WS=169830145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	169830328	rs2287622	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=55;PP=1785;SC=TGGTTTAATGACCATGTTGAG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=169830336;WS=169830318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	169842809	rs2287618	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=534;SC=GAAGACAAAATGCTTGAGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=169842817;WS=169842799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	169994021	rs369228824	AAG	A	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr2	169995581	rs35472707	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.098;SC=TAGAGAAGCACTTGACTAAGA;SOR=0.120;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=169995589;WS=169995573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	169997051	rs990626	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=0.768;SC=TAGGCAGTTCGATGGCTGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=25;WE=169997059;WS=169997041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
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chr2	170038612	rs112070606	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CATGAACAGCCTTCTCGGTAA;SOR=1.123;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=15;WE=170038620;WS=170038602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	170059516	rs111811756	C	G	186.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.8362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATGCAGCCACCGTTCACATTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=170059524;WS=170059506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	170063783	rs13417389	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TGAAAGTGCATGCTGATCAAT;SOR=0.620;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=10;WE=170063791;WS=170063773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	170070348	rs11886219	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-2.274;SC=CCAGGATCATTCGATCTGTTC;SOR=0.714;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=17;WE=170070356;WS=170070338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr2	170073073	rs13417486	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=453;ReadPosRankSum=0.850;SC=ATCAATATCTCGTTGCATACA;SOR=0.195;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=170073095;WS=170073063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	170073087	rs13431061	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GCATACAACGTGGAGGGGTAC;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=170073095;WS=170073063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	170077165	rs3815572	C	T	170.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6272;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAACAAATTCCAAAGCACGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=170077173;WS=170077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	170082013	rs2075246	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=52;PP=1508;SC=CATGGCTCCTACAAAAGAACC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=170082021;WS=170082003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	170088351	rs2302694	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=-0.817;SC=ATGGATTCACGGCTGCATGAG;SOR=0.979;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=19;WE=170088359;WS=170088341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr2	170088477	rs2302693	T	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=724;SC=CGTTGTTACCTCTGTTGTTTT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=170088485;WS=170088467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	170088506	rs2302692	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=0.448;SC=TTGTTTTCACTGAACTACTCA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=170088514;WS=170088496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	170089824	rs2239596	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=824;ReadPosRankSum=0.016;SC=AAATGTATTGTCCAAACAAAT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=41;WE=170089832;WS=170089814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr2	170092395	rs2229267	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=652;ReadPosRankSum=1.530;SC=CATTATAATCACAAAAGTCCA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=61;WE=170092403;WS=170092385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,69:0.31:220
chr2	170096018	rs830973	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=950;ReadPosRankSum=0.812;SC=AAACTGGCTCGGGTTAGTTCA;SOR=1.277;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=53;WE=170096026;WS=170096008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr2	170099446	rs831041	T	G	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=73;PP=2965;SC=TCTGAAACATTCTGGGTATGT;SOR=1.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=131;TCR=73;TR=203;WE=170099454;WS=170099436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	170099473	rs831042	T	C	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.527;SC=TACGACAGCCTGCTTCATCCG;SOR=0.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=228;WE=170099481;WS=170099463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr2	170099895	rs2075255	A	C	8098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=47.09;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr2	170099899	rs2075254	G	A	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	170103336	rs831043	T	C	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=107;PP=2965;SC=CACACTGCTCTGTGGGTGGTT;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=96;TCR=107;TR=203;WE=170103344;WS=170103326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	170103351	rs2075249	G	T	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=100;PP=2965;SC=GTGGTTCATTGGTTGGGTCCC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=93;TCR=101;TR=193;WE=170103359;WS=170103341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	170104104	rs13027608	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=-0.729;SC=ATGCAATAGGCTTGAAATGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=10;WE=170104112;WS=170104094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	170115588	rs2241190	T	C	8321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=135;PP=2965;SC=ACTGAACTACTGTGCGTCTCG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=152;TCR=136;TR=285;WE=170115596;WS=170115578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	170115672	rs33954745	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,47:0.25:189
chr2	170129636	rs830995	A	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=356;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TATCCAAGACATGAAGCCACT;SOR=0.312;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=35;WE=170129644;WS=170129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr2	170134191	rs831003	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=-0.421;SC=ATATTTCTCTGCAGCCATTTT;SOR=0.098;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=170134199;WS=170134181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	170150671	rs2229266	G	A	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=1818;ReadPosRankSum=0.917;SC=AAGCATGTTCGTCACTGCCGT;SOR=0.853;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=444;TCF=226;TCR=218;TR=154;WE=170150679;WS=170150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,158:0.34:468
chr2	170218816	rs1559013	T	C	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1385;SC=CGAGAGGCTCTGGCTGGGCTC;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=170218824;WS=170218806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	170218847	rs1559014	C	G	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=27;PP=2033;SC=CACTGGCCGGCGCTAGGCAGG;SOR=1.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=97;WE=170218855;WS=170218837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	170336024	rs1879466	G	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=3.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,68:0.28:241
chr2	170339003	rs2353187	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=-0.728;SC=AAACAGAAGACAGGATAGGTA;SOR=2.833;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=170339011;WS=170338993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	170355944	rs12692909	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	170394487	rs2290005	T	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.358;SC=TACTTTAGAATCAAACTTTGC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=11;WE=170394495;WS=170394477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	170403030	rs2253680	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TCCAAATACATGTGATCATGC;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=31;WE=170403038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr2	170411693	rs2683455	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=246;ReadPosRankSum=0.910;SC=GCAGAAAAGTTAATTCTTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=19;WE=170411701;WS=170411683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr2	170413601	rs2592824	A	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTCAAAACAACTGGTAGATT;SOR=0.206;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=11;WE=170413609;WS=170413591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr2	170413897	rs56157235	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	170462753	rs140041748	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=0.309;SC=ATTCTTGTCACTCTCACTCCA;SOR=1.508;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=11;WE=170462761;WS=170462743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	170463551	rs2592813	T	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	170488454	rs3754921	A	G	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1167;ReadPosRankSum=0.122;SC=GTATGTGAATATGTATATTTT;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=99;TCR=150;TR=88;WE=170488462;WS=170488444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,90:0.35:259
chr2	170492567	rs2290007	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CTATACTTCTATACATTAATT;SOR=0.144;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=11;WE=170492575;WS=170492557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	170492584	rs2290008	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AATTTTTCCCTATTTTAATTT;SOR=0.141;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=15;WE=170492592;WS=170492574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr2	170493103	rs1050354	T	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,41:0.30:136
chr2	170493863	rs8207	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=2.232;SC=CAGTCAGGACAATGAATTAAA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=8;WE=170493871;WS=170493853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	170502401	rs17544587	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=739;ReadPosRankSum=0.863;SC=TTATATTTTGGTCCCTGAGAG;SOR=0.925;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=219;TCF=144;TCR=75;TR=66;WE=170502409;WS=170502391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,70:0.31:227
chr2	170505684	rs3213946	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.666;NF=17;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=0.249;SC=ACATTCAGGAGTAATTACCAT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=22;WE=170505692;WS=170505674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr2	170531572	rs11682248	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.027;SC=CAAACACAATTTTTTGTTTTC;SOR=1.524;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=8;WE=170531580;WS=170531562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	170531614	rs11688600	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	170550839	rs3820952	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,55:0.28:200
chr2	170550956	rs1446901	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-1.958;SC=CGCCAGCCGTAGCCGAGGAAC;SOR=0.202;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=10;WE=170550964;WS=170550946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	170558231	rs11685651	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GAAAAGTGTATCACTTAAGAT;SOR=0.321;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=8;WE=170558239;WS=170558221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	170605981	rs4667607	C	T	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=63;PP=2965;SC=ATCTAGTCGGCGGACAAACTA;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=125;TCR=63;TR=188;WE=170605989;WS=170605971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	170606438	rs10611184	TATAC	T	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=623;SC=TATATATATATATACACACAC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=170606458;WS=170606428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	170606450	rs79825047	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=619;SC=TACACACACACATATATGTGT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=170606458;WS=170606428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	170606476	.	CAT	C	430	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=128;MMLQ=27;MQ=59.16;NF=0;NR=10;PP=430;QD=45.7;SC=TATATGTATACATATATATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=170606485;WS=170606466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	170606478	.	T	TATATGTGTATATATACGCATGTATGTATAC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.07;QD=40.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	170606496	rs144201291	C	CGCAT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=171;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=57.16;NF=1;NR=8;PP=439;SC=TGTATATATACGTATGTATAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=170606504;WS=170606486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	170606553	.	A	AC	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=144;MMLQ=25;MQ=50.99;NF=1;NR=2;PP=118;QD=47.0;SC=GTGTATATATAGTATGTATGT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=170606561;WS=170606545;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	170606570	.	G	A	101	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=117;MMLQ=26;MQ=57.15;NF=5;NR=0;PP=101;QD=27.1542425094;SC=ATGTATACATGTATGTGTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=170606578;WS=170606560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr2	170606588	.	A	G	265	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=95;MMLQ=24;MQ=58.31;NF=10;NR=0;PP=265;QD=29.9771212547;SC=ATATATACGTATGTATGTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=170606596;WS=170606578;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	170606658	rs1469355	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=473;SC=GTATATATGTGTATATATATA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=170606666;WS=170606648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	170606724	rs10164599	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=759;SC=AAGGTAATATAGAATATTTGA;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=170606732;WS=170606714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	170632960	rs150673586	C	CA	1491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=6.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-2.383;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,79:0.52:151
chr2	170632969	rs55969365	C	A	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=7.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.57;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,98:0.55:178
chr2	170633023	rs11422611	T	TA	3803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=2909;ReadPosRankSum=0.681;SC=CCACAGAAAATAGGAACCTGC;SOR=0.728;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=77;WE=170633031;WS=170633008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,119:0.60:199
chr2	170633067	rs6745191	G	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TTCAAGGCCTGGAACCTGGAT;SOR=0.497;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=100;WE=170633075;WS=170633057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,115:0.61:187
chr2	170633103	rs11325477	GA	G	2620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=45;PP=1904;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GTCTAAGAATGAATCACCTTA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=52;WE=170633111;WS=170633093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr2	170668106	rs2246149	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=538;ReadPosRankSum=1.681;SC=ATCATTATTAGTAATTGTGCT;SOR=1.542;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=27;WE=170668114;WS=170668096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	170668813	rs3731674	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=2;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.663;SC=TTCAGTGGGGCAATCTCAGCT;SOR=1.481;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=67;TCR=3;TR=52;WE=170668821;WS=170668803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr2	170676227	rs1541776	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=811;SC=GATTTAGAAATATTTTCTTCC;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=170676235;WS=170676217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	170677855	rs34089373	G	GT	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	170680879	rs3769767	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.764;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr2	170681271	.	C	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.259;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=2.050;SC=ACGCAGGGCACGGGGCGAGCC;SOR=3.126;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=30;WE=170681279;WS=170681261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr2	170684224	rs2303555	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CCGCGGCTGCCGGCGGCGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=25;WE=170684232;WS=170684214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr2	170762487	rs10171268	C	T	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=37;PP=2965;SC=TGATATTTAACATGAATGTGT;SOR=2.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=142;TCR=37;TR=179;WE=170762495;WS=170762477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	170782037	rs1461958	C	T	484.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=407;ReadPosRankSum=1.487;SC=ATACTATGATCACATCATTAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=170782045;WS=170782027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr2	170782338	rs13016918	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGGTGACTGCGTGATGACAT;SOR=1.749;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=19;WE=170782346;WS=170782328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	170784004	rs6723655	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=185;ReadPosRankSum=0.964;SC=TTTTGATTAATTTTTTTTCAA;SOR=0.188;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=14;WE=170784012;WS=170783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr2	170784049	rs898851	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=328;SC=AAGAACACCAGTTGTGTGCTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=170784057;WS=170784039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	170785484	rs10165565	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr2	170821289	rs17556553	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.145;SC=TAAGTGCAAAGTTATTGACTC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=5;WE=170821297;WS=170821279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr2	170850738	rs1461959	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=1;PP=908;SC=TGAAATAATTTGAGTTGCTTG;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=170850746;WS=170850728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	170870595	rs10497357	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=951;ReadPosRankSum=1.531;SC=AGCTGGAACGTTATCGGTGTT;SOR=0.326;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=50;WE=170870603;WS=170870585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr2	170917648	rs10203212	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
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chr2	171055942	rs35521414	T	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
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chr2	171070850	rs13423313	G	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TTCACATGTGGTCTCCTGCTC;SOR=1.362;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=32;WE=171070858;WS=171070840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr2	171070912	rs13385825	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=0.373;SC=GCTCAGTCACTGAGCTTGTCA;SOR=0.602;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=43;WE=171070920;WS=171070902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr2	171071369	rs4667626	C	T	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=59;PP=1728;SC=GTTTTCTTGACGTGTGCAGTT;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=171071377;WS=171071359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	171073887	rs2161916	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.637;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1056;ReadPosRankSum=0.832;SC=TTGGCACCCCGTTCTGGATGG;SOR=0.784;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=81;WE=171073895;WS=171073877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,85:0.36:235
chr2	171074008	rs6713360	G	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=1047;ReadPosRankSum=1.074;SC=TTAGGGAGAAGAAAGTCCATT;SOR=0.415;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=60;WE=171074016;WS=171073998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,65:0.76:85
chr2	171192084	rs12466203	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=209;ReadPosRankSum=0.142;SC=GTTATGACTCGGGGTTTGTTC;SOR=0.536;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=19;WE=171192092;WS=171192074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr2	171225841	rs4668246	A	G	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=117;PP=2965;SC=ACAGCTGGCCAAGGTTCTCCA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=107;TCR=117;TR=224;WE=171225849;WS=171225831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	171239560	rs12471568	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=529;SC=TATTTACCTCAATACCATTTA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=171239568;WS=171239550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	171240249	rs11675394	C	T	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=42;PP=2153;SC=GGGTGAAACGCGCCTCCAATC;SOR=1.158;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=171240257;WS=171240239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	171242695	.	C	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.961;SC=ATTTTCTGTGCCAGTGCATTG;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=65;WE=171242703;WS=171242685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr2	171242865	rs9646733	G	T	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=36;PP=1192;SC=GAAGTGCTGGGTTTTTTTTAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=171242886;WS=171242855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	171242878	rs9646782	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=1030;SC=TTTTTTATTAAGGCTTACATA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=171242886;WS=171242855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	171249093	rs2013102	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=424;SC=TGGGATAAGACACTTGCTTTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=171249101;WS=171249083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	171256597	rs7561268	A	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=300;SC=AAGAGGGAGAATGGACTTTGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=171256605;WS=171256591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	171256930	.	T	A	251	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=17;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=15;MQ=49.52;NF=0;NR=13;PP=251;QD=21.9824009652;SC=TTTTTTTTTTTATCGAGATGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=171256938;WS=171256920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr2	171257945	rs7568041	A	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=26;PP=1537;SC=GACTGACTGAATGAAGGTCTG;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=77;WE=171257953;WS=171257935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	171260708	rs10930425	C	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=12;PP=958;SC=TCCTGGTGGTCCCAAGGCTAG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=171260716;WS=171260698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	171260787	rs6736609	G	A	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	171260797	rs33962844	A	G	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	171260820	rs6751520	T	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=53;PP=2446;SC=CCGCCCGCTCTTGGACATGTT;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=122;WE=171260828;WS=171260810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	171261021	rs6751781	T	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=474;SC=TATATGGTGGTTTGTAAGAAT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=171261029;WS=171261011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	171264091	rs138990294	T	TGCTCTGGATATGAAA	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=2973;SC=CTTTATCTGGTGCTCTGGATA;SOR=4.332;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=171264099;WS=171264081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	171319997	rs12477518	A	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=68;PP=2418;SC=GCTTCCAAAAAGGACTGTCTA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=149;WE=171320005;WS=171319987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	171355198	rs6761297	A	G	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.412;SC=ATCACTGGGTACTGGGAAAAA;SOR=0.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=181;WE=171355206;WS=171355188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr2	171355329	rs6733198	G	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=42;PP=1294;SC=AGACTCCAACGTAACAATGGT;SOR=1.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=171355337;WS=171355319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	171356274	rs10185178	G	A	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=33;PP=1442;SC=AGATACAAAAGGGTCAGAGAG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=171356282;WS=171356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	171356423	rs9752383	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr2	171358474	rs7608168	T	A	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=130;SC=TCAGGAGCACTGGAATGAGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=171358482;WS=171358464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	171508490	rs10718459	CA	C	1278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=6;PP=765;SC=GCCCTTTGATCAAAAAAAATT;SOR=3.080;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=34;WE=171508498;WS=171508480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	171570151	rs72885464	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=883;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTAGGCTAACCTCTGACGCTG;SOR=0.684;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=87;WE=171570159;WS=171570141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,98:0.32:311
chr2	171570488	rs7563812	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCGATCCCCGCGTCCGCAGTG;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=24;WE=171570496;WS=171570478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr2	171573185	rs1134626	G	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=0.599;SC=CCGCGCTGCCGCCAGGCTACT;SOR=0.435;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=47;WE=171573193;WS=171573175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,49:0.34:145
chr2	171627676	rs1861462	T	G	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=141;NR=119;PP=2965;SC=TCGGATGGTCTGCTGAAGAGG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=260;WE=171627684;WS=171627666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	171632225	rs17694506	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=24;SC=AGACTTTAGTCCTCTGTGAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=171632233;WS=171632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	171632385	rs10626619	C	CTT	1276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=684;SC=AAAATAAAAACAATACGAAAT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=171632393;WS=171632375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	171634104	rs55923006	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AAGTGTATGTCAGGGACATCA;SOR=1.577;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=12;WE=171634112;WS=171634094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	171634347	rs11334749	TA	T	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.125;NF=1;NR=15;PP=520;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CAATTGTTACTATAGATAGAA;SOR=0.426;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=16;WE=171634355;WS=171634337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr2	171634395	rs1065651	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=0.596;SC=GATAAAAATGCAGAAGTATAG;SOR=0.068;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=9;WE=171634403;WS=171634385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	171654663	rs2287111	A	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=325;ReadPosRankSum=0.643;SC=TCATAGAACTATAAGCAGTCA;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=171654671;WS=171654653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	171678379	rs2241165	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr2	171678625	rs769404	T	C	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,164:0.28:582
chr2	171705157	rs35403424	AT	A	806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.696;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr2	171786169	rs2676158	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=362;SC=CGACTCGGCCAGGGGGCGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=171786177;WS=171786159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	171818289	rs2557804	G	A	13562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=303;PP=2965;SC=AGATGTGGCTGATAATAACAG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=174;TCR=303;TR=477;WE=171818297;WS=171818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr2	171822466	rs4668356	C	T	24788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=393;NR=494;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.428;SC=ACGCACCCTCCGACCCTGCCA;SOR=0.337;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=892;TCF=394;TCR=498;TR=887;WE=171822474;WS=171822456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,902:1.00:903
chr2	171913207	rs200719254	CAA	C	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=11;PP=193;SC=GGGTCCAGAACAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=171913216;WS=171913197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	171916495	rs3821087	C	A	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=76;PP=2783;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GGTTGGGGAACCCTGCAGAAG;SOR=0.536;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=270;TCF=162;TCR=108;TR=182;WE=171916503;WS=171916485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,187:0.68:274
chr2	171916664	rs2676130	A	T	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=85;PP=2398;SC=AATCAGACAAATCTGTAGATG;SOR=3.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=18;TCR=85;TR=103;WE=171916672;WS=171916654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	172180771	rs10205459	A	G	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=ATCCACACTCAGTGCATTTTC;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=185;WE=172180779;WS=172180761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	172188368	rs13023973	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=419;ReadPosRankSum=1.213;SC=GAAAGGACTCCGGAGAGTTCC;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=27;TCR=91;TR=34;WE=172188376;WS=172188358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr2	172193808	rs3731987	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.194;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr2	172216969	rs3731986	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.654;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr2	172291616	rs6751956	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=800;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TTAAGAATGTCTGGACAACTC;SOR=0.475;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=52;WE=172291624;WS=172291606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
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chr2	172309506	rs3731985	T	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=801;ReadPosRankSum=-0.661;SC=AGATAGATGGTTGTTTTCATA;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=38;WE=172309514;WS=172309496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr2	172314644	rs58636477	AT	A	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=303;ReadPosRankSum=0.103;SC=CTAAAGTATGATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=26;WE=172314652;WS=172314634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr2	172329458	rs36112363	G	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=865;ReadPosRankSum=-0.529;SC=AGTGCTTCTGGATATAAGGTA;SOR=1.091;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=68;WE=172329466;WS=172329448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr2	172330393	rs3731983	A	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=956;ReadPosRankSum=0.109;SC=ATGGGATCCAAGAAATGGATT;SOR=0.417;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=59;WE=172330401;WS=172330383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr2	172333295	rs4668387	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TTGAGTTTTACTTCAGTACTT;SOR=1.201;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=19;WE=172333303;WS=172333285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	172336541	rs3731981	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=586;ReadPosRankSum=0.711;SC=ATCTATCTATCCCAAAGACTT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=34;WE=172336549;WS=172336531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr2	172378818	rs868106	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=67;PP=1237;ReadPosRankSum=0.725;SC=CCACCAGGCAATGAGCGCCCT;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=345;TCF=133;TCR=212;TR=104;WE=172378826;WS=172378808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,105:0.30:350
chr2	172378889	rs2356782	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr2	172378893	rs3731976	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr2	172379686	rs960750	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=897;ReadPosRankSum=0.080;SC=GAGCCTGCGCGATCGGGGGCG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=136;TCR=53;TR=62;WE=172379694;WS=172379676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,61:0.33:186
chr2	172379781	rs960749	G	A	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,166:0.29:573
chr2	172379936	rs960748	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=662;ReadPosRankSum=1.213;SC=AGTGTGTTTCGCCGCCCTGCC;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=32;TCR=104;TR=45;WE=172379944;WS=172379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,47:0.34:138
chr2	172398311	rs7586144	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=0.020;SC=CAGGTCAGTATTTCAGTGTAT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=21;WE=172398319;WS=172398301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr2	172411273	rs10455	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=650;ReadPosRankSum=1.302;SC=GAGTTAAACAGTGAAGTAGCA;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=47;WE=172411281;WS=172411263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr2	172549248	rs6433311	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=373;SC=AATTTTTCATACTATATGTAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=172549256;WS=172549238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	172582281	rs139032813	A	ATTAC	1710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=1389;SC=GATTCCTTTTATTATGTATTA;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=172582289;WS=172582271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	172600716	rs12619041	C	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.862;NF=13;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-1.843;SC=AGGAAAATAACAAAAATTGCA;SOR=0.834;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=30;WE=172600724;WS=172600706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr2	172644229	rs2292813	T	C	6640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTGGTAAAGATAGCCACTGAG;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=178;TCR=168;TR=256;WE=172644237;WS=172644213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,261:0.75:349
chr2	172648185	.	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.668;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.332;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=436;ReadPosRankSum=-2.823;SC=TTGTCAGTGACAAGCTTGAGG;SOR=0.269;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=30;WE=172648193;WS=172648175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr2	172690418	rs3736499	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=-0.108;SC=ACCACTGCTTCACATTTTAGA;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=26;WE=172690426;WS=172690408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	172693780	rs3765166	G	A	6163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=1.428;SC=TGCAGCTCCTGTGAGGAAATT;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=392;TCF=177;TCR=215;TR=265;WE=172693788;WS=172693770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,274:0.67:409
chr2	172693944	rs3765167	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTCAAAAAGCATGAGCTTTCT;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=172693952;WS=172693934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	172709215	rs3770444	G	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=649;ReadPosRankSum=1.003;SC=AAATAAACTCGAAGTTAATTA;SOR=0.715;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=39;WE=172709223;WS=172709205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr2	172712480	rs2056202	T	C	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=105;PP=2818;ReadPosRankSum=1.357;SC=ATATAAAACGTCATTGGCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=59;TCR=158;TR=142;WE=172712488;WS=172712470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,148:0.66:224
chr2	172725301	rs1878583	A	G	6110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CTGGGGTCATATAACGCTCTC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=154;TCR=217;TR=255;WE=172725309;WS=172725291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,272:0.69:394
chr2	172779122	rs28372952	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=741;ReadPosRankSum=1.305;SC=GGGCTGTAGCCTGGGTTCCAG;SOR=0.605;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=47;WE=172779130;WS=172779112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,49:0.39:125
chr2	172864845	rs6730085	C	A	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=1369;ReadPosRankSum=-2.250;SC=GGGCGGCGAGCGAGTGCTCGC;SOR=1.004;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=77;WE=172864853;WS=172864835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,80:0.70:115
chr2	172865009	rs62183782	T	A	5540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.944;SC=GCGCTCAGACTTCTCGGCGCA;SOR=0.674;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=325;TCF=164;TCR=161;TR=239;WE=172865017;WS=172864999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,243:0.73:331
chr2	172926211	rs62183852	T	G	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=15;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AAAATATGTCTGTTTCTGCTC;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=103;TCR=25;TR=81;WE=172926219;WS=172926201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,83:0.63:131
chr2	172942448	rs3796058	A	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.741;SC=AGAATATTTTAAAGTGACTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=172942456;WS=172942438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	172943922	rs144403781	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,130:0.22:579
chr2	172967302	rs743605	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,17:0.16:104
chr2	173292526	rs201418157	G	A	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=53;PP=2089;ReadPosRankSum=1.598;SC=CATGGCCGCCGCCGGGCAGCT;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=488;TCF=324;TCR=164;TR=154;WE=173292534;WS=173292516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,156:0.31:504
chr2	173292709	rs6744873	A	G	19070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=1.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr2	173292713	rs6716540	C	T	18334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr2	173292728	rs6731763	T	C	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=241;PP=2965;SC=CCACCCCCACTGGGGCGCCGG;SOR=2.811;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=308;TCF=66;TCR=242;TR=307;WE=173292736;WS=173292718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	173332115	rs2272499	G	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=23;PP=1614;SC=ACTCAGAGTCGAGGCCATTTG;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=81;WE=173332123;WS=173332105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	173333720	rs17676773	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-1.230;SC=TCTGGGATCCGGTCCCAAGAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=5;WE=173333728;WS=173333710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	173334161	rs147116420	T	TATGATTTAGTACC	479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=2634;SC=ATTTCTGTAATATGATTTAGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=173334169;WS=173334151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	173339808	rs11895564	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=79;PP=1882;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GTTTGGCATTGCAGTAAAAAA;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=31;TCR=112;TR=101;WE=173339816;WS=173339798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr2	173340200	rs11464370	C	CA	203.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.109;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	173344288	rs148330286	A	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=3.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,62:0.26:240
chr2	173344474	rs1920979	A	G	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=68;PP=1709;ReadPosRankSum=2.630;SC=TATGGTGAGCATCCCTCTGTC;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=103;WE=173344482;WS=173344464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,112:0.68:165
chr2	173349768	rs115202773	A	G	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1781;ReadPosRankSum=0.165;SC=GCAACCTCTTAATCAATACAA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=93;WE=173349776;WS=173349758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,97:0.72:135
chr2	173352103	rs2293649	C	T	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ATGGCGATGACGCCCATGAGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=168;TCR=136;TR=124;WE=173352111;WS=173352093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,132:0.41:322
chr2	173353060	rs1319059	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=332;SC=AATAAGCATTGTAAGTAAATC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=173353068;WS=173353050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	173369000	rs61499296	A	AT	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=640;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAAAAAAAAAAGCTTCACAGT;SOR=0.952;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=26;WE=173369008;WS=173368979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr2	173427053	rs10176813	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr2	173428874	rs6433368	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,70:0.23:305
chr2	173429496	rs10531054	TTAGG	T	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=-2.104;SC=AAAGTTCCATTTAGGTAGGAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=173429507;WS=173429486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	173435374	rs13417334	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=413;ReadPosRankSum=0.664;SC=TAAAACTTCAAATAGTGCATA;SOR=0.668;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=79;TCR=12;TR=26;WE=173435382;WS=173435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr2	173435578	.	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.116;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	173435658	rs141130222	CAG	C	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.84;ReadPosRankSum=0.185;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	173460640	rs12693005	T	C	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,138:0.35:389
chr2	173460803	rs1530864	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=613;ReadPosRankSum=2.122;SC=TCGTTTTCACAAAACTATTTG;SOR=1.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=29;WE=173460811;WS=173460793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	173600783	rs34574292	C	CG	8201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5057;FS=2.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=120;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AAAGGTAGCTCGCCGGGGGCC;SOR=0.683;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=27;TCR=131;TR=146;WE=173600803;WS=173600773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,260:0.99:263
chr2	173659913	rs7585729	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=560;SC=ATGCAACTCTTGTAGTATATT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=173659921;WS=173659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	173662354	rs6433382	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=529;ReadPosRankSum=1.381;SC=AATATGGTCTATTTTTTTGAA;SOR=1.067;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=40;WE=173662362;WS=173662344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr2	173679371	rs3754766	C	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCTCAATTTTCTGTAGTTTGA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=173679379;WS=173679361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	173686663	rs2258180	G	T	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GGATGTCTGAGAACTTTGAGA;SOR=0.785;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=468;TCF=239;TCR=229;TR=146;WE=173686671;WS=173686653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,147:0.31:480
chr2	173686798	rs2258175	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=567;ReadPosRankSum=2.741;SC=GCTCAAAAACATCTCTGGCTT;SOR=1.445;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=32;WE=173686806;WS=173686788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr2	173793096	rs3835838	GA	G	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=1169;SC=GCATTTTTAGGAATGACGTGT;SOR=5.486;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=29;WE=173793104;WS=173793086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	173848200	rs59582070	C	CT	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr2	173861456	rs5010643	G	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=68;PP=2019;SC=TCTGACTGTCGTCTTCCCTCC;SOR=2.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=84;WE=173861464;WS=173861446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	173865976	rs3214814	G	GT	6863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.706;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,316:0.67:469
chr2	173866203	rs2028934	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=48;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CCTCATCACACTGAAATGTGT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=54;WE=173866211;WS=173866193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr2	173879028	rs73017529	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=1.631;SC=GCATGCATTCGGCACAGACAC;SOR=0.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=13;WE=173879036;WS=173879020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	173882350	rs2305461	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=0.736;SC=TGCCCTCCAGATGGTTTGCTT;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=173882358;WS=173882340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	173883549	rs2242079	A	G	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=74;PP=1932;ReadPosRankSum=0.409;SC=CTTAATTCATATTTTAGGCTC;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=105;WE=173883557;WS=173883539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,105:0.80:132
chr2	173885187	rs75013622	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=328;ReadPosRankSum=1.463;SC=CATGAATGCCGTCTTTTTTAT;SOR=0.139;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=89;TCF=79;TCR=10;TR=26;WE=173885195;WS=173885177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr2	173885204	rs78878804	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=0.421;SC=TTATTCCGTGGATCCCTTCAG;SOR=0.205;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=124;TCF=101;TCR=23;TR=36;WE=173885212;WS=173885194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,36:0.30:120
chr2	174055646	rs35853276	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr2	174068513	rs11899707	G	C	9353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=149;PP=2965;SC=GTTTCCCTCTGTCTATTGTAG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=190;TCR=149;TR=338;WE=174068521;WS=174068503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	174074353	rs2289398	T	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=-1.149;SC=TTTATTTTGTTATGGTGGGTT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=174074361;WS=174074351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	174074407	rs2289396	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=625;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TCTCTTAAATATCTCCTTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=29;WE=174074415;WS=174074397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr2	174094345	rs10193498	A	T	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=101;PP=2965;SC=AAAGAGTGAGACAAGAGGATG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=122;TCR=103;TR=222;WE=174094353;WS=174094334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	174094500	rs16861404	G	A	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=122;PP=2965;SC=GACTTGAGCAGGTATTTCATA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=66;TCR=122;TR=188;WE=174094508;WS=174094490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	174123399	rs820008	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=939;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CACTTTCTCAAATTCTGTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=22;WE=174123421;WS=174123389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr2	174123408	rs150855284	ATTTTGT	A	1147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.561;NF=13;NR=4;PP=1007;ReadPosRankSum=0.066;SC=AAATTCTGTAATTTTGTTTTT;SOR=2.143;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=174123421;WS=174123389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr2	174125960	rs6761224	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=561;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TTGGGAGATATACCCAGAGCA;SOR=0.951;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=31;WE=174125968;WS=174125950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr2	174227876	rs767074	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=19;PP=1512;SC=CAAGTGTCTCATTGAAAAGGG;SOR=2.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=174227884;WS=174227866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	174228418	rs4972555	C	T	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=0;PP=1227;SC=ATCAGAAACTCTGAATGTGTC;SOR=6.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=174228426;WS=174228408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr2	174230153	rs2288993	C	G	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=68;PP=2965;SC=TTTTGAAGTTCTGTGTTTTGT;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=181;WE=174230161;WS=174230143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	174230983	rs35959156	G	GT	1522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	174232076	rs3816061	G	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=43;PP=1285;SC=GTCTTAATGAGAAGATGATAG;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=174232084;WS=174232066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	174821094	rs16862219	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
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chr2	174943876	rs3754812	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ATTGTAAGCACAGAGTTTCTT;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=22;WE=174943884;WS=174943866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr2	175199869	rs56000618	G	T	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=86;PP=2350;ReadPosRankSum=0.211;SC=CAACGCATTTGCTTGTTTTAA;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=415;TCF=196;TCR=219;TR=173;WE=175199877;WS=175199859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,179:0.42:429
chr2	175200014	rs34372833	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=570;ReadPosRankSum=0.448;SC=TTGGAACCCAGAAAGATGCCT;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=32;WE=175200022;WS=175200004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr2	175200851	.	G	C	4909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,262:0.40:651
chr2	175200903	rs35548534	G	C	5649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.578;SC=TCGGCAACACGAGCCCGCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=719;TCF=336;TCR=383;TR=281;WE=175200911;WS=175200893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,287:0.39:740
chr2	175202174	.	GGGCGGCGGCAGCGGC	G	3176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.563;NF=14;NR=38;PP=2970;ReadPosRankSum=2.621;SC=AGTGCCGCCCGGGCGGCGGCA;SOR=0.609;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=128;TCF=31;TCR=97;TR=52;WE=175202196;WS=175202164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr2	175223296	rs4972650	T	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATGACTTATATGTAATTACTT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=175223304;WS=175223286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	175244756	rs2358666	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=182;SC=CAGCCTGATTTCTGTCTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=175244764;WS=175244746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	175318396	.	G	A	482	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=22;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=27;MQ=52.68;NF=9;NR=7;PP=482;QD=32.2982007842;SC=TCAAAAAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=16;WE=175318404;WS=175318386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr2	175326258	rs72910819	G	T	8330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=150;PP=2965;SC=AAAAAGAAAGGATGAATAGTA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=154;TCR=150;TR=303;WE=175326266;WS=175326248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr2	175335076	rs2358637	G	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=2;PP=968;SC=AATTTTTTTCGACTAAACACA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=175335084;WS=175335066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	175335365	rs56101059	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=42;PP=933;ReadPosRankSum=1.316;SC=TGAATTTGGCATCAGGTTCTC;SOR=0.408;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=46;WE=175335373;WS=175335355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr2	175431990	rs143689509	AAGAG	A	2290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.17;NF=1;NR=41;PP=2278;SC=CACAGAATGAAAGAGAGAGAG;SOR=3.830;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=42;WE=175432001;WS=175431980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	175436940	rs4972450	G	A	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=106;PP=2965;SC=CCGGTTGTGCGGACTTGATTG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=122;TCR=106;TR=228;WE=175436948;WS=175436925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	175439512	rs1367218	T	C	8037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TTCCACAAGATGTGCTCCATC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=177;TCR=113;TR=288;WE=175439520;WS=175439502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr2	175439681	.	TA	T	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.490;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr2	175613059	rs3816448	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=-1.954;SC=CTTTGCATCAACTATGGGCCC;SOR=1.075;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=175613067;WS=175613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	175614908	.	CAAA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	175622788	rs2646164	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1347;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TAGTGTGAACGTTTTTCTCAA;SOR=0.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=175622796;WS=175622778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr2	175622825	rs114345657	C	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=0.231;SC=TTAAAAAGTACCATATATTTT;SOR=0.081;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=25;WE=175622833;WS=175622815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	175622907	rs2600687	T	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=165;SC=GAGGCTGAGGTGGGTGGATCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=175622915;WS=175622897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	175628885	rs77703594	G	C	445.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=386;ReadPosRankSum=0.147;SC=ATTTTAATTAGATAAGGCAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=175628893;WS=175628878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr2	175665033	rs2646152	A	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ATGCAAGTACAGGAATAAATG;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=70;WE=175665041;WS=175665023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr2	175666656	rs2646153	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=304;SC=ATGCTTTCTCGTAATTCCTTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=175666664;WS=175666646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr2	175817072	rs169857	T	G	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr2	176804220	rs148648399	T	TAC	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=1.640;SC=ATCTAGTGTGTACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=13;WE=176804229;WS=176804210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr2	176844508	rs77165351	A	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	176844644	rs12373766	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr2	176957822	rs2518053	G	A	4537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CGGCGGCGGCGGCGGCAGCCT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=167;TCR=134;TR=197;WE=176957830;WS=176957800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,204:0.64:317
chr2	176964853	rs140276133	G	A	6230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.838;SC=CGGCCGCTGGGCCAGAGGAGC;SOR=0.944;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=401;TCF=174;TCR=227;TR=254;WE=176964861;WS=176964843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,268:0.64:416
chr2	176983621	rs59469371	CAA	C	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr2	176983635	rs57933444	C	A	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.504;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr2	176988412	rs698258	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr2	176989023	rs711822	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.05;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	176995145	.	T	TGCG	7769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.126;NF=74;NR=114;PP=2984;ReadPosRankSum=0.141;SC=AGGCGGCGGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.797;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=444;TCF=157;TCR=287;TR=188;WE=176995161;WS=176995135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,355:0.65:548
chr2	176996023	rs4972804	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,70:0.76:92
chr2	177016728	rs34727427	T	C	9960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GCAGCCGCCCTCCGGGACGGC;SOR=0.886;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=637;TCF=351;TCR=286;TR=421;WE=177016736;WS=177016718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,432:0.66:650
chr2	177033779	rs72927183	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=7;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GCCTGGGGGCCGGCCCAGCTC;SOR=1.564;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=59;WE=177033787;WS=177033769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr2	177034121	rs34729309	G	T	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.663;SC=GCATGCGGCCGGGCACTGGGA;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=265;TCF=145;TCR=120;TR=190;WE=177034129;WS=177034111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,193:0.72:267
chr2	177036754	rs1051929	T	C	15175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=304;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAGCGCCAACTTGCAGGGCAG;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=905;TCF=465;TCR=440;TR=615;WE=177036762;WS=177036744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,628:0.68:921
chr2	177054411	rs13390932	T	C	6730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.136;SC=CTTCTCCTGGTACAAATTCTG;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=232;TCR=194;TR=285;WE=177054419;WS=177054401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,289:0.67:434
chr2	177054769	rs6710142	G	A	7594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.327;SC=TCTGGCCACGGCCATTCCTGT;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=455;TCF=233;TCR=222;TR=309;WE=177054777;WS=177054759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,320:0.68:468
chr2	178085137	rs9068	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr2	178129390	rs143406266	TGGC	T	3525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=65;PP=2985;SC=GCGGCTCTGGTGGCGGCGGCG;SOR=3.401;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=4;TCR=81;TR=69;WE=178129400;WS=178129380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	178284966	rs149405436	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TTTAGCATTGGTCTCACTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=178284974;WS=178284956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	178301428	rs3754989	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=24;SC=GTCATTCTCTCTAACTGAAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=178301436;WS=178301418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	178326838	rs1979059	C	G	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=210;SC=AAGAGTTGGGCCTGGGCGCGG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=178326846;WS=178326828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	178358072	rs1348849	C	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=448;SC=TAGACAATTACATAAATGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=178358080;WS=178358062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	178362572	rs12468046	G	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=337;SC=TGCACCTATTGTAAGGGTGTT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=178362580;WS=178362562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	178370380	rs16865316	T	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GTGAATGCAATTGTCTTCCCT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=178370388;WS=178370370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	178378452	rs2364854	T	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	178417010	rs191681344	C	T	8578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.064;NF=183;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.775;SC=GAGCAAACAACCCAGGTTGAT;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=584;TCF=280;TCR=304;TR=378;WE=178417018;WS=178417000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,393:0.64:616
chr2	178417142	rs11694988	C	T	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=23;NR=72;PP=2179;SC=AGCTTGCAGGCGGAGGACCCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=95;WE=178417150;WS=178417132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	178417225	rs11695035	C	T	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=16;PP=1895;SC=AGGCCTTGTACAGGGCCTGGG;SOR=2.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=178417233;WS=178417223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	178481818	rs10497497	G	T	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=126;PP=2965;SC=TACATTTTCCGATTTGGGTCA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=281;WE=178481826;WS=178481808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	178482094	rs28630685	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.40;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	178494173	rs3830637	G	GGGA	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=474;ReadPosRankSum=0.352;SC=ACACTGGCAGGGGAGGATGAG;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=12;WE=178494181;WS=178494163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr2	178528703	rs13025391	C	T	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=77;PP=2484;SC=GGAAGAACCTCGCTTTATTAC;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=124;WE=178528711;WS=178528693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	178528789	rs13025904	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=763;SC=TGAACCCTTCGCAAATCACAA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=178528797;WS=178528779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	178528834	rs75461311	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.409;SC=TCCTTTATCTATGATGAGAAA;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=178528842;WS=178528824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	178534110	rs2222711	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TTTCAGGAGTGCTTCCTTAAA;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=178534118;WS=178534100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	178534324	rs6433687	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=55;PP=1786;SC=TTAATCTGTGATTATGTGTAG;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=92;WE=178534332;WS=178534314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	178540293	rs3770016	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CTTTTGTTGCATTCCTAAACA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=28;WE=178540301;WS=178540283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr2	178545660	rs11304036	GA	G	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	178545713	rs4538242	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.65;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	178545736	rs9677333	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.270;SC=ATAAGACCACTTGAACCAAGT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=17;WE=178545744;WS=178545726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	178561947	rs2886424	G	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=994;SC=AAGTTTAGCTGGTTTACACAT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=178561955;WS=178561937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	178565815	rs10201180	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1040;ReadPosRankSum=0.505;SC=TTTTGGTTTCTGTTAAGGGGA;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=68;WE=178565823;WS=178565805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr2	178681447	rs6433697	C	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=674;ReadPosRankSum=0.113;SC=TGATTAAGGCCCAATGAATAA;SOR=0.451;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=38;WE=178681455;WS=178681437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr2	178681534	rs6433698	C	T	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=66;PP=2393;ReadPosRankSum=0.654;SC=GCATACAAACCTGACATAAAC;SOR=0.592;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=236;TCF=139;TCR=97;TR=154;WE=178681542;WS=178681524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,163:0.65:251
chr2	178681716	rs1438059	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=235;ReadPosRankSum=0.046;SC=TATGAAAGCAGGCAGCCACCA;SOR=0.169;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=24;WE=178681724;WS=178681706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	178682558	rs3841879	A	ATATAAAC	1494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGATGACTCCACTTGGTTTAT;SOR=0.687;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=16;WE=178682566;WS=178682548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr2	178682603	rs6720891	T	C	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=890;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GTCGTTGATCTGCATCATCAA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=60;WE=178682611;WS=178682593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr2	178682655	rs3821010	A	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGCCACTCCTATGGGGAAAGA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=78;WE=178682663;WS=178682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr2	178684820	rs41440047	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-3.008;SC=TTATACGAGAGTGTGAGACAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=178684828;WS=178684810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr2	178684879	rs58796031	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=633;ReadPosRankSum=1.754;SC=AAAAAAGATATGGGAATATTT;SOR=1.755;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=13;WE=178684887;WS=178684868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	178684921	rs13386827	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=0.116;SC=TATTCAAGAAGTTTAACTATT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=24;WE=178684929;WS=178684911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	178685129	rs13386870	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=53;SC=CTTTTTAAAGCTATTTTATAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=178685137;WS=178685119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	178764364	.	A	AAT	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=73;QD=40.5;SC=CAGATTCTTAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=178764372;WS=178764354;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr2	178769992	rs2695096	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=1053;SC=TGCACACTTCTTCTATATGCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=178770000;WS=178769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	178936373	rs1435573	T	G	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.300;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=1.953;SC=GCAGCAGAGGTGTTCCTGCAT;SOR=0.452;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=176;WE=178936381;WS=178936363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr2	178936614	rs6433711	C	T	8533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=140;PP=2965;SC=AGGGGGATACCGAGGCAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=290;WE=178936622;WS=178936604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	178977620	rs2276622	C	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=1.417;SC=GAGTGGGCCTCTTGGACCTCC;SOR=0.386;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=15;WE=178977628;WS=178977610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	178990386	rs78473264	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=333;ReadPosRankSum=0.839;SC=GCTGCTGAGGGGACTTTTAGG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=25;WE=178990394;WS=178990376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chr2	179203797	rs1434087	G	A	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=107;PP=2965;SC=GAACTCAGTCGGCACCTAACT;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=68;TCR=107;TR=175;WE=179203805;WS=179203787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	179236831	rs6433724	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr2	179238507	rs7595571	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr2	179238841	rs10190530	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.236;SC=CTTTTTGGTGATTACTTTCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=179238849;WS=179238831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	179250397	rs2276617	A	G	61.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTGAGAAATCAAAATTCCTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=179250405;WS=179250387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	179259228	.	T	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=1.790;SC=CATGAGAAACTCCAGTTAAAT;SOR=0.784;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=10;WE=179259236;WS=179259218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	179260382	rs2304340	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TTTCTGGGTCAACTGAAAACC;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=20;WE=179260390;WS=179260372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	179260653	rs34253857	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=261;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ACAACAACATAGAAACCACAC;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=18;WE=179260661;WS=179260643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	179363909	rs371719002	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	179432185	rs12463674	A	G	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=2023;ReadPosRankSum=0.818;SC=TAACCACTCAATGGTAGGTAG;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=116;TCR=79;TR=111;WE=179432193;WS=179432175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,121:0.57:212
chr2	179440029	rs12464787	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1562;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TTCTCCCCGCGCTGTTCACTG;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=106;WE=179440037;WS=179440019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,114:0.65:175
chr2	179444768	rs4145333	C	G	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=130;PP=2965;SC=TCCAAATTAGCTACTCTGAAG;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=231;WE=179444776;WS=179444758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	179460214	rs376680679	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	179462494	rs35833641	A	G	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=1701;ReadPosRankSum=2.419;SC=CCCCTCCAGCATGGACAACAA;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=213;TCF=122;TCR=91;TR=129;WE=179462502;WS=179462484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,137:0.61:224
chr2	179477267	rs36043230	T	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr2	179545859	rs36051007	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=490;ReadPosRankSum=0.273;SC=AATTGAAATACGTATTTTTTC;SOR=1.161;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=31;WE=179545867;WS=179545849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr2	179554305	rs2244492	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=970;ReadPosRankSum=-1.739;SC=GTCACAACTCCCTTCTGTACT;SOR=1.009;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=55;WE=179554313;WS=179554295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr2	179566146	rs2251987	T	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=1.692;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr2	179585266	rs2562831	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=43;PP=1583;SC=TGTTTCTAACCTGCTTTCGAT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=179585274;WS=179585256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	179600563	rs2742348	G	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=106;PP=2965;SC=CAAACTTGTTGGAAGCCTTAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=192;WE=179600571;WS=179600553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	179614952	rs10803917	A	G	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=87;PP=2965;SC=ACCAATGCTAACTCTTCTTCC;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=162;WE=179614960;WS=179614942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	179615887	rs922984	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=16;PP=965;SC=GATTTTCATGTCCTCTCTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=179615895;WS=179615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	179615931	rs922985	C	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=19;PP=1032;SC=CTTCACTTCTCAAAGTTCTTG;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=179615939;WS=179615921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	179615994	rs922986	T	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=47;PP=1717;SC=TCTCCATTAATGTTTTTCTAG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=179616002;WS=179615984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	179618019	rs3754953	T	A	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=84;SC=AACAGAAAACTACATTCCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=179618027;WS=179618009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	179620951	rs7585334	C	T	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=47;PP=2624;SC=CAATTAACCACCTTCTACACT;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=136;WE=179620959;WS=179620941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	179621477	rs6433728	C	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=70;PP=2227;SC=TGGGACTTGGCGGACTCTCTT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=179621485;WS=179621467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	179623758	rs2291310	C	T	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=54;PP=2941;SC=TACAGCATTACTAGCAACAAA;SOR=1.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=155;WE=179623766;WS=179623748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	179623939	rs6705594	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=62;PP=1711;SC=ACCACAAAAATGAGTGGATTT;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=92;WE=179623947;WS=179623929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	179629363	rs4894043	T	C	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=70;PP=2599;SC=AAAGCGTGTATTCTTGCCCAT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=179629371;WS=179629353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	179629461	rs2291311	C	T	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=46;PP=1493;SC=CCGGATATCACGGCACAGAAG;SOR=1.457;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=72;WE=179629469;WS=179629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	179632710	rs2291313	T	C	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AACTGGGAATTACTGGAATGT;SOR=0.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=219;WE=179632718;WS=179632700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr2	179633298	rs4471922	G	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=334;SC=CCCATCGTATGGCTATCCCAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=179633306;WS=179633288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	179634376	.	GTATA	G,GTA	714.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9808;FS=4.949;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.600;NF=9;NR=3;PP=488;ReadPosRankSum=-1.598;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=1.670;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=179634387;WS=179634366;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.76:25
chr2	179635882	rs4894047	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=307;SC=TCTTTTAAAACGATAACGATC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=179635890;WS=179635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	179639297	rs3816781	C	T	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=208;SC=TTATCTCCCCCATACTATCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=179639305;WS=179639287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	179642425	rs719201	G	A	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=35;PP=2221;SC=AACTTATCACGCTTACCATCA;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=121;WE=179642433;WS=179642415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	179643886	rs2291302	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=41;PP=1581;SC=AATTTACATCAAATAGTTATA;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=179643894;WS=179643876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	179643934	rs2291301	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=34;PP=1593;SC=GCAAGGAGCTATGATAAATGT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=179643942;WS=179643924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	179644035	rs1552280	G	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=46;PP=1677;SC=CTTGATTCTTGAATCAAATCC;SOR=0.901;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=89;WE=179644043;WS=179644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	179644855	rs10497520	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=29;PP=1286;SC=TCTCCAACTTTAGGTTCTTGA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=179644863;WS=179644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	179650408	rs35813871	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AGGGCTAGCTGTGCGGGGGCG;SOR=0.376;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=31;WE=179650416;WS=179650398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr2	179650701	rs6715406	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1154;ReadPosRankSum=-2.072;SC=GTTGGGGAGGCTCAGCTACCT;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=71;WE=179650709;WS=179650691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr2	179650954	rs6715901	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=250;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GGCAGATGGCGTCCACATTAT;SOR=0.374;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=15;WE=179650962;WS=179650944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	179667090	rs3816849	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=484;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAACAATTCACCTTTATGTTT;SOR=0.318;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=31;WE=179667098;WS=179667080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr2	179702268	rs1032283	A	G	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=86;PP=2965;SC=ATGGTGCAAGAGGGGACTCAG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=200;WE=179702276;WS=179702258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	179702577	rs3045731	A	AGG	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=742;SC=ACAACCTACAAGGTTAAAATT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=179702585;WS=179702567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	179702610	rs2078403	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=254;SC=GCAAGAATTACGGATGAGAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=179702618;WS=179702600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	179719966	rs1872203	A	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=403;SC=AAGGAGCATGATACATGAATA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=179719974;WS=179719956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	179732980	rs10165177	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=540;ReadPosRankSum=1.852;SC=TATGAAGACAAATTTTTTTTT;SOR=2.225;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=25;WE=179732988;WS=179732970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr2	179732997	rs10165253	A	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=434;SC=TTTTAAGCCTAATTTCTATAG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=179733005;WS=179732987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	179753245	rs7573293	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=10;PP=873;SC=TTTTAGTTTACGAAACTACCT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=179753253;WS=179753235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	179753549	rs1873164	G	A	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=8;PP=201;SC=GGCATAGCAGGAAGCAAAAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=179753557;WS=179753539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	179809500	rs9677932	C	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=88;SC=TTATATAAACCATCTCATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=179809508;WS=179809490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	179839833	rs10930846	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=571;SC=AGGACTCAGCACTCTCAAACT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=179839841;WS=179839823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	180039068	rs13013868	C	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=16;PP=1627;SC=AATCCAAAAGCTGTTAAAATA;SOR=2.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=180039076;WS=180039058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	180047746	rs1446673	G	C	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=14;PP=1120;SC=ACAATAGAAAGAATCATTAGT;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=180047754;WS=180047736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	180047908	rs6757681	T	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=62;PP=1946;SC=TCCGTCTGTCTTTTCCTCCTA;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=180047916;WS=180047898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	180308335	rs10171283	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=1.960;SC=GTCAAGAAATCATTATTTTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=180308343;WS=180308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	180311207	rs2271760	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr2	180383498	rs4567894	C	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=102;SC=AAAGAGTCTCCTTCAACAGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=180383506;WS=180383488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	180409496	rs80000888	C	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=679;ReadPosRankSum=0.095;SC=TGACTATTCACAAATGTAATG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=32;WE=180409504;WS=180409486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr2	180725481	rs259816	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=24;PP=1088;SC=CGGCTAAACATAGCGGGGCAC;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=59;WE=180725489;WS=180725471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	180810202	rs1046356	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=691;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GTAGTTATTTCGTTCAGAAGG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=49;WE=180810210;WS=180810192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,51:0.31:163
chr2	180810264	rs6433818	A	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1187;ReadPosRankSum=1.424;SC=AATTTGAACCACTTGAATTTT;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=88;WE=180810272;WS=180810254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,94:0.33:288
chr2	180835589	rs4894140	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=28;PP=1635;SC=TATAGCTAAAAGTTAACAGAA;SOR=1.134;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=180835597;WS=180835579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	180837776	rs72960679	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.469;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	180837806	rs6433821	T	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=-2.195;SC=CATCCAACATTTTTATCCCAA;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=23;WE=180837814;WS=180837796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr2	180843126	rs2367990	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CTACATAGTGCTCCTTAATTT;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=180843134;WS=180843116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	181851996	rs79974548	TT	GA	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=1860;SC=TTTGTATTTATTGAGAATTGT;SOR=2.448;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=41;WE=181852005;WS=181851986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	181854692	rs61080739	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=14;PP=351;SC=TCTTCCCTATCAATATGAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=21;WE=181854700;WS=181854682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	182350743	rs155103	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TCAAATTGGTACTTGATTTCT;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=26;WE=182350751;WS=182350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr2	182359613	rs165419	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=190;SC=AGTGAAGTACGTAAAACTGGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=182359621;WS=182359603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	182374534	rs1143674	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1204;SC=TGAAAAAAACAGTAGGAATAT;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=182374542;WS=182374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	182376546	rs1466109	T	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=907;SC=ATCGAGAGGGTGTAATGAGTG;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=182376554;WS=182376536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	182387133	rs7602504	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=590;SC=TTAAAAGTAAATGGTAGAATT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=182387141;WS=182387123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	182395345	rs1143676	G	A	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=95;PP=2965;SC=GGCATAGTCCGGTTCTTGTCC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=208;WE=182395353;WS=182395335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	182399097	rs7562325	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=39;PP=1245;SC=ATGTTGCGCATGTAAGATTAC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=182399105;WS=182399087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	182399638	rs2124443	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=19;PP=552;SC=TTGTACTTCTATTGATCTCAT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=182399646;WS=182399628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	182402790	rs6747500	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	182403792	rs57234957	A	AT	4175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=22;PP=2674;SC=ACTGGTTGACAATAAGCGGTG;SOR=2.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=65;WE=182403800;WS=182403782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	182403851	rs10180793	G	A	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=CTTCCATTAAGTCACCATCTA;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=182403859;WS=182403841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	182412633	rs139036113	G	GACACACACACAC,GACACACACACACAC	1814.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.9592;FS=3.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.148;NF=1;NR=33;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CAGACACACAGACACACACAA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=34;WE=182412641;WS=182412623;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.79:72
chr2	182412723	rs34890422	C	CGT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=269;SC=TAAGTAAAAACGTACAATTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=182412731;WS=182412713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	182413259	rs12997453	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=9;PP=492;SC=TATTACATTGAGTTTTTACCT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=182413267;WS=182413249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	182413602	rs13003064	A	T	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=53;PP=1858;SC=ATTACATTAAATATTAATCAG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=182413610;WS=182413592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	182430120	rs7604902	C	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=470;ReadPosRankSum=-1.563;SC=AATTGGTTCACCTAATTTTAA;SOR=0.466;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=38;WE=182430128;WS=182430110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr2	182438716	rs10427195	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=306;SC=ATGCATTTAAATAGTATTTGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=182438724;WS=182438706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	182468818	rs6433923	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	182468855	rs6433924	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	182521578	rs1473295	G	A	9857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=180;NR=165;PP=2965;SC=TCCCGATCTCGAAGATGCCCC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=180;TCR=165;TR=345;WE=182521586;WS=182521568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr2	182543455	rs1801262	T	C	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=75;PP=2754;SC=GCGTTCATGGTTTCGAGGTCG;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=182543463;WS=182543445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	182774711	rs74479474	G	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=601;ReadPosRankSum=0.358;SC=AAGTGGACCAGTATCCACTAG;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=40;WE=182774719;WS=182774701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr2	182780874	rs17647806	C	T	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CGGCTTGCTCCACCACCAATG;SOR=0.673;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=84;WE=182780882;WS=182780864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,85:0.61:140
chr2	182928555	rs1196161	G	C	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=88;PP=2965;SC=GTCATGAGTGGTGAATCATGG;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=155;WE=182928563;WS=182928545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	183088584	rs3754929	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=742;SC=TACTTTTTCAGACTTACCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=183088592;WS=183088574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	183106758	rs2568667	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=514;SC=TCAGATACAGTGTAGGTAGAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=183106766;WS=183106748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	183584755	rs6729801	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=586;SC=TGCACATGGCGATTTTTTAAA;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=183584763;WS=183584745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	183593451	rs3832045	AT	A	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=366;SC=ATATGTTAGAATTTTTTTTTC;SOR=1.460;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=19;WE=183593459;WS=183593441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	183593697	rs288280	C	T	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=83;PP=2664;SC=GCTATCCCAGCCTCTTCATTT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=134;WE=183593705;WS=183593687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	183597063	rs288282	T	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.69;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	183597318	rs825660	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=43;PP=1241;SC=AAAGAAACACATTTAGAAATT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=183597326;WS=183597308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	183616592	rs3098359	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1369;SC=CTAGATAACTCTGAATCATTA;SOR=1.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=183616600;WS=183616582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	183616748	rs3115425	G	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=44;PP=2117;SC=ATGATGGGGGGGTTTTTTGTG;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=183616756;WS=183616738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	183616913	rs61748254	A	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=670;ReadPosRankSum=-0.996;SC=ACTCTGTAACATGGTAAGGCA;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=38;WE=183616921;WS=183616903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr2	183622319	rs141152570	AATAAT	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=81;SC=GTCACTGATAAATAATATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=183622331;WS=183622309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	183627619	rs190830	C	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=819;SC=TCTGTTTTCTCATCCTTGTCA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=183627627;WS=183627609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr2	183799558	rs9288088	G	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	183806893	rs140820523	TA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr2	183827018	rs2271671	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TGTGAAGGCAGAATAATAATA;SOR=0.404;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=31;WE=183827026;WS=183827008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr2	183848114	rs1400130	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=867;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGAACCACTATGGGGAAAGAC;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=68;WE=183848122;WS=183848104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr2	183860298	rs10497617	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=1.180;SC=GACTTAAGTAGTGAACATTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=183860306;WS=183860290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	183902651	rs2944358	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1015;ReadPosRankSum=0.730;SC=CCCACCCCACGGCCTCCCTTG;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=60;WE=183902659;WS=183902641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr2	183960522	rs13399265	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=331;SC=GGAGGTCAATTTGATTGTCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=183960530;WS=183960512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	183988984	rs2705719	C	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=329;SC=CTTCCCGGTGCAAAAACCCTT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=183988992;WS=183988974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	183995565	.	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=1.235;SC=GTAGAATGTGACTATGGTTTA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=183995573;WS=183995555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	183995742	rs925803	A	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=24;PP=775;SC=CAGGGTCCTGATCAGTTGCCC;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=183995750;WS=183995732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	184022015	rs3791249	G	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=269;SC=GTCACTGACAGAATTAGCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=184022023;WS=184022005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	185463815	rs147358574	C	CCT	1668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.930;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.628;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr2	185798504	rs4667000	A	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.597;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=899;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AACATGACCAAAAAAGGGGTA;SOR=1.562;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=52;WE=185798512;WS=185798494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr2	185800905	rs12476147	A	T	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1438;ReadPosRankSum=0.467;SC=CATCTTCAACAATCTTCACCA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=94;WE=185800913;WS=185800895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
chr2	185801747	rs4667001	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr2	185801755	rs4667002	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.11;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	185802211	rs5836928	C	CACA	1535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.220;NF=8;NR=17;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GTAAAAAGAACACAATACTTT;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=25;WE=185802219;WS=185802201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr2	185802243	rs1366842	C	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.038;NF=16;NR=14;PP=515;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCAAATGCAACAATGATACAT;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=30;WE=185802251;WS=185802233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	185802363	rs12477430	A	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=825;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GATATGAAACACATGAGTCAG;SOR=0.684;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=58;WE=185802371;WS=185802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr2	185803445	rs112183442	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GCAGCACGCTGCAGCTGCTGC;SOR=0.877;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=73;WE=185803453;WS=185803435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,77:0.32:244
chr2	186603605	rs35617283	A	AG	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr2	186610344	rs11884004	T	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=908;ReadPosRankSum=1.492;SC=TGGACCCAAATAAGCTGGAAA;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=48;WE=186610352;WS=186610334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr2	186610388	rs17813736	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=0.064;SC=TTTAAGTACTGGACACCATTC;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=20;WE=186610396;WS=186610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	186611566	rs6758484	C	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=76;PP=2217;SC=AAAATATTAACAGAAAAATTG;SOR=2.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=19;TCR=76;TR=95;WE=186611574;WS=186611556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr2	186627943	rs17228441	T	C	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=936;ReadPosRankSum=0.742;SC=GGTTCAATTATTTCAGCGCAG;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=56;WE=186627951;WS=186627933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr2	186629191	rs12998112	T	G	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.338;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=345;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AAATTTTTTTTTGTGGATCTA;SOR=2.442;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=20;WE=186629199;WS=186629181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr2	186629349	rs1986166	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.319;NF=10;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=0.145;SC=TCTTTCAACTGACATTTACTG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=26;WE=186629357;WS=186629339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr2	186654592	rs992822	A	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=552;ReadPosRankSum=0.433;SC=GAAGCAATCAATGCTATACTA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=34;WE=186654600;WS=186654582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr2	186655726	rs10931199	G	A	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=24;PP=951;SC=TCTTCATTACGATCTCAACTT;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=186655734;WS=186655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	186656657	rs10173807	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=758;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GGTTTGCCAACGGACATTTAG;SOR=1.271;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=44;WE=186656665;WS=186656647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr2	186656956	rs17229201	T	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=993;ReadPosRankSum=-1.018;SC=TTTAATGAAATGGAATCTGAA;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=72;WE=186656964;WS=186656946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr2	186657089	rs17229222	C	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=677;ReadPosRankSum=-1.194;SC=ATGAGAGATCCCCACAAAGAG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=41;WE=186657097;WS=186657079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr2	186658056	rs60029104	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=586;ReadPosRankSum=0.790;SC=CAAAGAGATCGATTTAGATCA;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=42;WE=186658064;WS=186658046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr2	186658438	rs10490391	C	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1025;ReadPosRankSum=1.826;SC=TTTTGTGATACGTTTCCAAAA;SOR=0.915;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=69;WE=186658446;WS=186658428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr2	186658565	rs10490392	G	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr2	186659184	rs77937204	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=0.225;SC=AAGTACCAAACAATCTCTATT;SOR=0.911;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=24;WE=186659192;WS=186659174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr2	186659359	rs2161036	G	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=748;ReadPosRankSum=0.109;SC=CAAAGAGTAAGGGAAGTCACA;SOR=1.063;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=41;WE=186659367;WS=186659349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr2	186660810	rs142675481	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr2	186661673	rs55938253	A	G	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=66;PP=2056;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GCAGTTTCTTACAAAAGCTGC;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=121;WE=186661681;WS=186661663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,123:0.62:197
chr2	186664473	rs11686997	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=0.721;SC=GGAAAAAATATGAATCAAAAC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=23;WE=186664481;WS=186664463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	186664963	rs10931200	C	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=441;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TAGTGTACCCCTTTGCAACAA;SOR=0.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=30;WE=186664971;WS=186664953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr2	186665432	rs36004074	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=517;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GTAGAAGATGGAAAATCTGAT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=31;WE=186665440;WS=186665422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr2	186665824	rs11695215	A	G	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AGCACCATTTAACAAGCATTG;SOR=0.692;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=81;WE=186665832;WS=186665814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr2	186667121	rs7605884	T	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=703;ReadPosRankSum=0.230;SC=CAGGCTTTCTTTTCTTTCAAT;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=43;WE=186667129;WS=186667111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr2	186668714	rs17826419	A	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=367;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CCTGTTTCAAAAATAGCGAGT;SOR=0.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=25;WE=186668722;WS=186668704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr2	186668935	rs13003744	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.509;SC=TTCACATAACATGTTGGTTAC;SOR=0.478;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=13;WE=186668943;WS=186668925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr2	186670104	rs7576532	A	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=45;PP=1690;SC=TTGTATATGAACAGTTCATAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=186670112;WS=186670094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	186670780	rs16827154	T	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=741;ReadPosRankSum=1.560;SC=TGATGAGATATACACACATTT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=43;WE=186670788;WS=186670770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
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chr2	186671357	rs17826534	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=667;ReadPosRankSum=-1.928;SC=CAAAACCAACGAGAAAGTAAA;SOR=0.256;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=44;WE=186671365;WS=186671347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr2	186671912	rs1862066	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=886;ReadPosRankSum=0.654;SC=ATTTTCCAACGTCAGGTTAAC;SOR=0.871;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=56;WE=186671920;WS=186671902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr2	186672897	rs4666690	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-1.210;SC=TAGGCTTTTTAATGGTGAATG;SOR=0.871;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=14;WE=186672905;WS=186672887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr2	186678887	rs2161035	T	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=467;ReadPosRankSum=-1.540;SC=ATCTCAAGCCTGGTGATATTT;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=33;WE=186678895;WS=186678877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr2	186680041	rs2287606	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.037;SC=ATGCCATAAGGTAAGAAAATA;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=186680049;WS=186680031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	186697876	rs1468999	A	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=81;PP=2830;SC=AATGTCTTCAACTTTGTCAAA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=186697884;WS=186697866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	187364811	rs4144786	G	A	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=98;SC=GGTAAGGACTGTAAATATGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=187364819;WS=187364801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	187364878	rs4144785	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=347;SC=TAAACAATCAAATTTACATTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=187364886;WS=187364868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	187455278	rs9333287	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=37;PP=1047;SC=GAACTGGAGCCGGCCCCCTCC;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=187455286;WS=187455268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	187487160	rs9333288	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=66;PP=2190;SC=AAATTTTGGTGAGTCTTCTGG;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=187487168;WS=187487150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	187490371	rs2197787	T	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=36;PP=1062;SC=CCTAGTTTGTTAAAAATATGT;SOR=4.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=39;WE=187490379;WS=187490361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	187490389	rs28633327	G	T	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;QD=42.42;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	187497988	rs56088351	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TATGTTTTTCATTGATTTCTA;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=9;WE=187497996;WS=187497978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	187498254	rs4667107	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CAGTGTTTTTTAAAAGAATAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=187498262;WS=187498244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	187501648	rs13430921	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=0.912;SC=TGTCATATATATATGAATCTG;SOR=0.066;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=12;WE=187501656;WS=187501638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	187501682	rs56136540	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=982;ReadPosRankSum=0.338;SC=ACAAAATATTGCATAAGTAAA;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=57;WE=187501690;WS=187501672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr2	187503226	rs4667108	T	C	34.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr2	187532010	rs41265951	G	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr2	187532373	rs2595391	T	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,26:0.22:116
chr2	187532417	rs2230616	G	A	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=70;PP=2957;SC=TCCTGATCATGTCTTTCTTCC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=178;WE=187532425;WS=187532407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	187558960	rs2276562	G	A	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.16;MQRankSum=-1.922;NF=109;NR=72;PP=2777;ReadPosRankSum=1.337;SC=CCGTGGTGCTGCTGAAAGCGC;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=266;TCF=153;TCR=113;TR=181;WE=187558968;WS=187558950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,191:0.69:276
chr2	187559047	rs144403657	G	GCAA	11290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.436;NF=48;NR=108;PP=2988;ReadPosRankSum=0.612;SC=AGCAGCAGCAGCAACAACAAC;SOR=0.373;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=58;TCR=132;TR=156;WE=187559055;WS=187559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,307:0.97:315
chr2	187608102	rs200281950	T	TC	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.483;SOR=1.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr2	187611748	rs2247924	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=647;SC=TTTAAAGTAAGACATCCTGAC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=187611756;WS=187611738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	187627567	rs2595381	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=555;ReadPosRankSum=0.257;SC=TGGGGATTGTGTGTCTGCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=47;WE=187627575;WS=187627557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,51:0.34:151
chr2	187698037	rs7609183	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=16;PP=422;SC=AGTTGGTTGCGTATCAATAAT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=187698045;WS=187698027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	187698751	rs7559533	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=-2.531;SC=CTATGCATTCGGTACACCTAA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=35;WE=187698759;WS=187698741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr2	188211112	rs3771095	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=491;ReadPosRankSum=0.276;SC=AGTTTCTTCTCAGAATTGCTT;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=38;WE=188211120;WS=188211102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,38:0.30:125
chr2	188216807	rs858745	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=787;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AATTCCAAACTTCTCAAGCTG;SOR=1.042;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=44;WE=188216815;WS=188216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr2	188243633	rs3771084	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	188245640	rs1511877	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=313;SC=GACATTATATGAAAATCTATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=188245648;WS=188245630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	188250301	rs698577	T	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=798;SC=ACCAGAAAATTCAGGGTACAC;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=188250319;WS=188250291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	189448896	rs2048138	A	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=840;SC=TGCAACTGAAATTGTTGTTTA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=189448904;WS=189448886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	189849520	rs141241764	C	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=783;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TTGGTCAGTCCTATGCGGATA;SOR=0.555;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=251;TCF=142;TCR=109;TR=73;WE=189849528;WS=189849510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,77:0.28:271
chr2	189849773	rs3106796	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=0.743;SC=CTAAAAGGGAATGAAAGTCAT;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=15;WE=189849781;WS=189849763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	189855674	rs2203601	T	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=-1.827;SC=ACTTTATCAATCATTCTAGAT;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=19;WE=189855682;WS=189855664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr2	189857993	rs12693525	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CTACTCCAACTTTTGGGAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=9;WE=189858001;WS=189857983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	189861031	rs141685938	T	TAC	100.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCTATATATATACACACACAC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=1;WE=189861039;WS=189861021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	189862203	rs3134654	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=190;SC=TCTCTGACACCATGTTGTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=189862211;WS=189862193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	189863389	rs13306272	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=0.278;SC=CATATAATGCCAATCTCCCAG;SOR=0.572;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=21;WE=189863397;WS=189863379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr2	189864080	rs1800255	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=0.881;SC=TAGAGGTGGAGCTGGTCCCCC;SOR=1.215;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=23;WE=189864088;WS=189864070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr2	189866199	rs2271682	T	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=46;PP=2215;SC=ACTACCTGGATATAAAAAGAA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=189866207;WS=189866189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	189867205	rs3106801	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TAGGATTATTGTACCCCTATT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=189867213;WS=189867195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	189867844	rs3736489	T	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=502;SC=ATCTATTGATTATCTGTCTAT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=189867852;WS=189867834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	189867882	rs3736490	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=260;SC=CCTCTCCCCCCTCTGTAAGTC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=189867890;WS=189867872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	189875421	rs1516446	T	G	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=TTGATGTGCATCTGGCATTCC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=187;WE=189875429;WS=189875411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	189875695	rs3768660	T	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=623;SC=TTGAATAGAATAAATAAAATT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=189875703;WS=189875685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	189899541	rs4666770	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=330;SC=TATGCTCATATACAAGGTAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=189899549;WS=189899539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	189899572	rs7420715	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=540;SC=GTTCTAGTGCTGTAATAGTAT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=189899580;WS=189899562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	189901295	rs12693526	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=225;SC=TATGTAATAAGTAGTAAAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=189901303;WS=189901285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	189907937	rs6434312	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=19;PP=654;SC=GACCTCTGTCACCTCGGTCTC;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=189907945;WS=189907927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	189918337	rs6750027	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=250;SC=TTAAGGAAGGTCCTTAAGGAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=189918345;WS=189918327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	189918787	rs6738371	C	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;PP=567;SC=AATGATCTTGCTCAGATACCA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=189918795;WS=189918777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	189923104	rs7556733	A	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=34;PP=2369;SC=TGCGTTTATTAAGCAGTAATT;SOR=1.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=112;WE=189923112;WS=189923094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	189923434	rs12989558	A	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=737;SC=TCATAGCACAAAATATTTCTC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=189923442;WS=189923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	189923630	rs5837121	AT	A	3658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.941;NF=17;NR=96;PP=1394;ReadPosRankSum=1.241;SC=CTATAAACACATTTTTTTTTT;SOR=0.673;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=20;TCR=129;TR=113;WE=189923639;WS=189923620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,182:0.91:201
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chr2	189925548	rs6414122	T	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=45;PP=1366;SC=TGAATCTGTGTAAGTTTAACA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=189925556;WS=189925538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	189927506	rs7424947	C	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=257;SC=TGAAACTTACCCATAAGTCTT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=189927514;WS=189927496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	189931657	rs375799551	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	189932831	rs2229495	T	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=45;PP=1415;SC=CAGAGGTACCTGGAGAGCCCT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=189932839;WS=189932821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	189936687	rs6434317	T	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=328;SC=ACTTTTCAATTAATTAAATGT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=189936695;WS=189936677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	189940142	rs76148000	T	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr2	189943121	rs5837122	GA	G	153.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.45;MQRankSum=0.999;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	189974958	rs4128539	G	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=520;SC=TACCAAAATTGGTATTGCCAC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=189974966;WS=189974948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	190313396	rs6738193	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TGCCTATAGCATATTCTGTGA;SOR=0.595;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=7;WE=190313404;WS=190313386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	190319966	rs5837143	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	190319990	rs1224958	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=7;PP=1484;SC=TAAATTCCTTACACATGTTTG;SOR=2.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=60;WE=190319998;WS=190319980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	190322196	rs10497700	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCAAAGCTATTCCTAGTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=190322204;WS=190322186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	190323530	rs1157910	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,52:0.28:186
chr2	190327126	rs2304702	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-1.708;SC=AGTACGGTAGCAAAAACAAAA;SOR=1.105;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=8;WE=190327134;WS=190327116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	190339632	rs72916214	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-2.638;SC=TGTATTTCTTTTTATTTCATA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=190339640;WS=190339622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	190430177	rs2304704	A	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=53;PP=2335;SC=TCCAGAGCAGAACGTACTCCA;SOR=0.840;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=131;WE=190430185;WS=190430167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	190443304	rs1439815	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=150;ReadPosRankSum=1.190;SC=AGATACTATTCCCATCACATG;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=13;WE=190443312;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr2	190444630	rs1439816	C	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=0.335;SC=GGCGGGGTGACAAAAAGCGAT;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=53;WE=190444638;WS=190444620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr2	190445076	rs4287798	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=210;ReadPosRankSum=-1.311;SC=CCAGAACTCGTGTAGAGTTGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=190445084;WS=190445066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	190448047	rs987028	T	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=87;NR=50;PP=2578;SC=TTTTAAGTTGTCTTTTCACTT;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=137;WE=190448055;WS=190448037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	190448542	.	CACACACATAT	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=1;NR=26;PP=525;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CACACACACACACACACATAT;SOR=1.127;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=190448560;WS=190448528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	190448548	rs368151678	CATAT	C,CAT	358.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.778;NF=1;NR=26;PP=871;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CACACACACACATATACACAG;SOR=0.392;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=190448560;WS=190448528;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.42:26
chr2	190448552	.	T	C	836	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.35;NF=0;NR=10;PP=836;QD=87.0771212547;SC=CACACACATATACACAGTAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=10;WE=190448560;WS=190448528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,10:0.32:31
chr2	190531426	rs1437880	G	A	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=49;PP=2448;SC=TGTCATTTCCGGATGCATTAT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=190531434;WS=190531416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	190541842	.	ATTT	A	88.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.135;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	190570001	rs11319823	TA	T	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=216;SC=TAGGCAATAATAAAAAAAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=190570009;WS=190569991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	190593311	rs1225087	C	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=17;PP=1267;SC=TTACAAGTGTCAGCCACCGTG;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=190593319;WS=190593301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	190595258	rs1225090	G	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	190602513	rs1225099	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=275;SC=TATCTATTTTTGAACGTTTTC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=190602521;WS=190602503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	190603201	rs56352098	T	TA	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	190611084	rs13002216	T	C	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=137;SC=AGGAGAGACATTTAATTGTGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=190611092;WS=190611074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	190611414	rs2254166	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1252;SC=TTATTTTTAATAATGGTAATA;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=190611422;WS=190611404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	190611459	rs2254167	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=505;SC=TTTTTGAATGAAAGTTCTTGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=190611467;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	190617643	rs2243876	A	G	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=1910;SC=ACTGTGTTGCATTTGTTAAAA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=190617651;WS=190617633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	190636411	rs6942	C	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=455;SC=CACATTATCACAGAAACAGTG;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=190636419;WS=190636401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	190640475	rs3816196	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=652;SC=TAAATGATCAATATTAAATAC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=190640483;WS=190640465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	190643257	rs7591929	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=40;PP=1398;SC=TGGGAGTTGTGTAGATTCCTG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=190643265;WS=190643247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	190647108	rs10168387	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=9;PP=1528;SC=ACCACTAAACTTAAAACTTTT;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=190647116;WS=190647098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	191064753	rs6753459	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,56:0.30:189
chr2	191109448	rs7582209	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=2.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr2	191109533	rs11883568	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr2	191111045	rs17736581	A	G	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr2	191114229	rs2244076	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr2	191114235	rs2244075	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr2	191116355	rs3791792	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=-1.814;SC=CTATCTATATATTCTTTTCCA;SOR=1.532;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=20;WE=191116363;WS=191116345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr2	191159232	rs188339	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CAGTTCTAGTAGGGGGAAAGA;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=191159240;WS=191159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	191161622	rs1058180	T	C	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.866;NF=58;NR=63;PP=1521;ReadPosRankSum=-2.059;SC=ATGACTCCCGTGCAACCTTTT;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=121;WE=191161636;WS=191161612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,128:0.58:222
chr2	191175639	rs36074132	GT	G	1243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=887;SC=AGAACAAAAAGTTTTAAAAGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=24;WE=191175647;WS=191175629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	191184475	rs291466	A	G	4344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=89;PP=2718;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GCGCTGCCCCATCGCCAAACA;SOR=0.636;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=310;TCF=160;TCR=150;TR=193;WE=191184483;WS=191184465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,205:0.62:331
chr2	191184524	rs3749022	C	T	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=111;PP=2965;SC=TCTCCCGGACCGTTCCAGCGC;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=75;TCR=111;TR=186;WE=191184532;WS=191184514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	191208795	rs760307	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=652;ReadPosRankSum=0.501;SC=CGTCGCCTCTCCGCGGGTAGG;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=150;TCF=50;TCR=100;TR=45;WE=191208803;WS=191208785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr2	191224981	rs4656	G	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,34:0.22:155
chr2	191227197	rs2067420	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGTTGACTTCGTTTTTTTATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=191227205;WS=191227187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	191227235	rs2067421	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.998;SC=AATTGGAAATTTTGGAATTTC;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=191227243;WS=191227225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	191227492	rs972689	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.441;SC=ACCATGAACTAAATGTTTGGA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=191227500;WS=191227482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	191231458	rs11544940	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=40;PP=1926;SC=CAACAGAGGAGGAAACAGCAG;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=191231466;WS=191231448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	191231503	rs10931450	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=0.441;SC=GTAACAAGGTGGCATCTGAAG;SOR=0.602;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=26;WE=191231511;WS=191231493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr2	191235901	rs1882891	A	C	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=69;PP=2172;SC=TGCCATACTGAGGGCCATGGG;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=133;WE=191235909;WS=191235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	191334459	rs145257711	A	ATTTTTAT	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=55.84;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	191354658	rs59123011	C	CCT	3321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=2230;SC=ACAAATGCCCCGAGAAGCCTA;SOR=1.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=43;WE=191354666;WS=191354648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	191364708	rs72907168	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1228;ReadPosRankSum=0.394;SC=TGCTATCACTGATCATGGGGC;SOR=1.067;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=68;WE=191364716;WS=191364698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
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chr2	191390126	rs10931458	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.464;SC=AAAAGGGAATGCATTTTCTAA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=13;WE=191390134;WS=191390116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chr2	191523845	.	A	T	124.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.180;NF=5;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GTTTGAAGCAAGTATGATGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=191523853;WS=191523835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	191535311	rs2109957	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCTATGAAACTAAACAATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=191535319;WS=191535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	191545821	rs12618075	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.625;SC=AAACAGAGCTATAATTTCTGT;SOR=1.230;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=15;WE=191545829;WS=191545811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr2	191552148	rs6716415	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.262;NF=0;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AAAAAAAAGTCATTACTGACA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=12;WE=191552156;WS=191552138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	191765206	rs3771313	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	191777768	rs11363248	AT	A	118.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=60;SC=GCTATTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=191777776;WS=191777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	191839976	rs1914408	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=0.445;SC=GACAATGCCTCGTGGCTTACC;SOR=0.156;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=18;WE=191839984;WS=191839966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr2	191841759	rs2066804	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=-1.250;SC=GTTCTAAAAAGGAGAAAAGCT;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=30;WE=191841767;WS=191841743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr2	191843830	rs2280235	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr2	191848312	rs12477076	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=9;PP=1296;SC=GATGCAGCAGTGAGAGCGTGG;SOR=3.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=55;WE=191848320;WS=191848302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	191851646	rs41270237	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=763;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CTTTTGTGTGCGTGCCCAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=56;WE=191851654;WS=191851636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr2	191922307	rs56816363	CT	C	37.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=18;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=48;SC=AATTTCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=191922315;WS=191922297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	191922841	rs3024866	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TCGGTTGCTGGAGAGGAAATC;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=70;WE=191922849;WS=191922831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr2	191996394	rs13010679	G	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=0.377;SC=CAAAGGTAATGGTAACATCTG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=191996402;WS=191996384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	191996518	rs1551443	T	C	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=963;ReadPosRankSum=0.734;SC=TAGTATCATCTGAATGTCCCA;SOR=0.548;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=69;WE=191996526;WS=191996508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr2	192161058	rs11397643	G	GT	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=333;SC=GTTTTTGTCAGTTTTTTTTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=192161066;WS=192161048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	192214833	rs67146186	A	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=764;SC=TAAGAAGTACACTGAGTTAAC;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=192214841;WS=192214823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	192214966	rs59642822	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=23;PP=730;SC=GTATTTTTCTTCAGTCCTTGT;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=41;WE=192214974;WS=192214956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	192225294	rs2138913	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=815;SC=TGAGAAGGAAAAAAAGCATGG;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=192225302;WS=192225284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	192225477	rs10692524	G	GTGTTGT,GTGTTGTTGT	1061.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=14,14;PP=290,279;SC=TTTCTATGTGGTGTTGTTGTT;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=14,14;WE=192225485;WS=192225467;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.48,0.52:23
chr2	192226908	rs2271769	G	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=505;SC=CCATGTTACCGATGTGAACAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=192226916;WS=192226901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	192227230	rs12988758	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=0.943;SC=ACAAGAATTCTATTTTTGTTA;SOR=1.942;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=21;WE=192227238;WS=192227220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	192247808	rs34460997	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=175;SC=GTTTGCTTCAATCAGATTATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=192247816;WS=192247804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	192247836	rs4641883	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=268;SC=TAGGCAGCTGCATTGAGAAAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=192247844;WS=192247826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	192250543	rs13000398	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=15;PP=1646;SC=TGATGGTGTAATTAGGAATAA;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=192250551;WS=192250533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	192250568	rs13026888	T	C	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=37;PP=2541;SC=TAAAACAATATAGTGAGGAAG;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=121;WE=192250576;WS=192250558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	192250726	rs13018796	G	A	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=105;PP=2965;SC=AGCATTTTGAGAGCAGGATGA;SOR=0.967;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=93;TCR=107;TR=198;WE=192250734;WS=192250716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	192279327	rs2271767	T	C	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=AGAGGTTCCATTGGTGGATGT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=172;WE=192279335;WS=192279317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	192700742	.	A	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,121:0.26:469
chr2	192701393	rs10167187	A	G	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1113;ReadPosRankSum=1.527;SC=CTTCCACGGCACCGGAAACGG;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=62;WE=192701401;WS=192701383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,69:0.78:88
chr2	192711162	rs4471838	A	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=93;PP=2965;SC=GCATAGGGGGAACTGACCTGG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=109;TCR=94;TR=202;WE=192711170;WS=192711152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	192820898	rs7606017	T	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=424;SC=GAAGAATGTCTACCAATTTTC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=192820906;WS=192820888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	193056737	rs3768702	C	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=339;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGAGAACACTCCAGTCATTAA;SOR=1.195;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=23;WE=193056745;WS=193056727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr2	196582816	rs842736	T	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=238;SC=CTTATTATACTCCACTATATG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=196582824;WS=196582806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	196602582	rs75708451	A	AAAT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TTAAGTAGTAAAATATGCTTT;SOR=0.250;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=196602590;WS=196602572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	196636662	rs1145939	C	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=265;ReadPosRankSum=1.704;SC=AAAGGTCTAACAATAGCTGAA;SOR=1.122;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=21;WE=196636670;WS=196636652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr2	196659034	rs17442764	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TTACAGGGCCGAGGTAACAAG;SOR=0.124;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=16;WE=196659042;WS=196659024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	196663995	rs375106169	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=2044;ReadPosRankSum=3.590;SC=AATAATATCCGATAACTTCAT;SOR=0.857;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=57;WE=196664005;WS=196663985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr2	196663997	rs7567285	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=949;ReadPosRankSum=-2.887;SC=TAATATCCGATAACTTCATCT;SOR=0.477;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=32;WE=196664005;WS=196663985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr2	196673533	rs13411834	A	G	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=74;PP=2937;SC=CCATGTACAAAGGTTGGCATA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=160;WE=196673541;WS=196673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	196681284	rs2280452	A	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.029;SC=ACAACAATAGAGGTCACAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=196681292;WS=196681274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	196756535	rs11292337	GA	G	1058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.298;NF=0;NR=38;PP=601;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GCCCCTTAATGAAAAAAAAAA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=38;WE=196756543;WS=196756525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr2	196791276	rs1489802	T	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=49;PP=1428;SC=AGGCAAAAGTTGCATCTCCAG;SOR=1.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=196791284;WS=196791266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	196851911	rs10931715	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=755;SC=ATTCCTAAACGAATAGTCTGC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=196851919;WS=196851901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	196866420	rs6434811	C	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=63;PP=2621;SC=CAATTAAGTCCGTGAAATCTT;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=157;WE=196866428;WS=196866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	196891449	rs1072600	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=369;SC=GAGACACATATTTGAATTAAA;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=196891457;WS=196891439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	196912067	rs4850381	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=595;SC=GTTAGCCTATACAACTTACAT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=196912075;WS=196912057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	196915991	rs10174065	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	196933188	rs13028754	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=612;SC=GGCGCGCCGCTAGGCGGCTAG;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=196933196;WS=196933178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	196935811	rs12693777	T	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	197004439	rs1054537	A	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=17;PP=762;SC=TAACTTGAGAAATATTGAGGT;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=197004447;WS=197004429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	197008529	rs1568368	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	197010823	rs2271888	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=11;PP=377;SC=ATTCATTCACCTAAACACTTT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=21;WE=197010831;WS=197010813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	197021141	rs6712829	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=573;SC=ACTAAAATAGGTACTATTTAG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=197021149;WS=197021131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	197021276	rs10931726	T	C	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=79;PP=2883;SC=AAATTTCTGCTCGACAATCCT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=163;WE=197021284;WS=197021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	197021372	rs12478353	T	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1145;SC=CAGCAAATTTTCCTCTGGGGG;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=197021380;WS=197021362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	197065889	rs3795921	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=0;PP=330;SC=ACAACAGCACATAGCTTTATC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=197065897;WS=197065885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	197065964	rs3820908	C	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1148;ReadPosRankSum=0.209;SC=AGCTTCTGAACCTGCCTGTCC;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=65;WE=197065972;WS=197065954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr2	197066175	rs4566380	T	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr2	197084672	rs112491032	T	C	216.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=0.589;SC=GTCCAAGTGCTGTTGCCTGTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=197084680;WS=197084662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	197084982	rs2305568	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=849;SC=GAATAATATGTGTGTACCTTG;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=197084990;WS=197084972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	197092767	rs3748873	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=622;SC=TGGGTTCTATAAAAAAACTAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=197092775;WS=197092757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	197106759	rs2045277	T	C	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=44;PP=2027;SC=AACTGTGCCCTCTCCTTTCAC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=197106767;WS=197106749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	197118729	rs4850690	C	T	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=71;PP=2965;SC=GAGGCACATACGACATTATCT;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=175;WE=197118737;WS=197118719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	197122493	rs6731238	T	G	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAATGTTCCATGATATCTGAT;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=85;WE=197122501;WS=197122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,91:0.59:155
chr2	197135806	rs4850693	T	C	165.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CAAGATGTTTTGCAAAGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=197135814;WS=197135796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	197138653	rs72923327	GC	AA	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=691;ReadPosRankSum=-1.513;SC=GCAAAAAGTAGCAGGCTAACA;SOR=0.520;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=23;WE=197138662;WS=197138643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr2	197171104	rs6729640	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.089;SC=AACACACTAAGTGCTCTGGAA;SOR=0.260;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=197171112;WS=197171094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	197171175	rs4241189	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.178;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,8:0.16:50
chr2	197171183	rs12468199	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	197172816	rs2305567	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CAGTCTAAATGGCAGTGAGGC;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=197172824;WS=197172806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	197172856	rs41510048	A	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AGGAGCTGAGATGATTAATAG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=197172864;WS=197172846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	197184321	rs1531111	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=0.632;SC=TCGCTGTCCCCGGCCTGGAGT;SOR=0.818;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=29;WE=197184329;WS=197184311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr2	197208531	rs6716054	T	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=696;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATTATAACCTTTCTCTCCGTA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=45;WE=197208539;WS=197208521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr2	197504545	rs1879128	C	G	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TGGTCGGAGGCTCGCGAGGCT;SOR=0.367;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=103;WE=197504553;WS=197504535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr2	197534692	rs7590083	C	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=67;PP=2181;SC=GTGCTTCTTACTCTCATCAAA;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=111;WE=197534700;WS=197534682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	197584504	rs2680970	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=522;SC=AAAAAAATTGCAAAATGATAT;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=197584512;WS=197584494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	197593787	rs2460436	C	T	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=137;SC=CTTAATCAGACATTATTATTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=197593795;WS=197593777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	197594203	rs2577580	G	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=49;PP=1595;SC=TAGAACCCTAGCAGCCCCATG;SOR=2.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=197594211;WS=197594193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	197595762	rs2680967	G	A	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=68;PP=2151;SC=CTTCATTAACGTAGTTGTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=197595770;WS=197595752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	197645180	rs721491	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=332;ReadPosRankSum=0.624;SC=TTGGTTATTAAGAAATGTGAA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=197645188;WS=197645170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	197735782	rs78400369	C	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGCACTTATGCATATCTCTAA;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=197735790;WS=197735772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr2	197777589	rs12693800	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=16;PP=1454;SC=GGTTAATGTTCATGTAACAGT;SOR=2.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=66;WE=197777597;WS=197777579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	197854233	rs144034091	T	TAC	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.625;NF=16;NR=0;PP=599;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GCTGATGAACTACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=16;WE=197854241;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	197863214	rs1966703	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=652;SC=GAAGTTACTACAAACACAATA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=197863222;WS=197863204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	197863851	rs4850742	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=321;SC=AAGAAACATGCACAAGGTGTT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=197863859;WS=197863841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	197864996	rs6434897	A	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=139;SC=AGGGAAATTTATTTTAATTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=197865004;WS=197864986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	197865047	rs2305251	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=-1.197;SC=ATCCATTATTCTTTCAATTAA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=23;WE=197865055;WS=197865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr2	197866470	rs12478175	T	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=959;SC=TCAGCGTTTCTACTTACATTG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=197866478;WS=197866460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	197872727	rs57048274	T	TTCTC	1658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=27;PP=1510;SC=GACATTCTCTTTCTCCCATTC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=27;WE=197872735;WS=197872717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	197943382	rs139294990	ATG	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.173;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,21:0.12:175
chr2	197953372	rs146161383	TAAGTC	T	2826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=2001;SC=ACAGACAACTTAAGTCAAGTC;SOR=2.412;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=37;WE=197953384;WS=197953362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	197954780	rs4300850	A	G	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=79;PP=2640;SC=AAACAGAGCAACTCACGGCAA;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=43;TCR=80;TR=122;WE=197954788;WS=197954770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	197986048	rs2697270	T	C	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=20;PP=1577;SC=AGACTAAGAGTGTCATACCTG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=82;WE=197986056;WS=197986038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	197989945	rs2579395	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=0;PP=690;SC=CCGACTGGAGTGCACTATGCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=197989953;WS=197989935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	197990909	rs2918628	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=280;SC=GTAATATTTGGTAAAGATCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=197990917;WS=197990899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	198001443	rs2579387	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=51;PP=1452;SC=GCCCTGCCGACGTTAAATCAA;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=60;WE=198001451;WS=198001433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	198011904	rs2249470	G	A	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=70;PP=2110;SC=ATAGTAAGACGTGTCACTCAC;SOR=1.549;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=198011912;WS=198011894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	198175297	rs10931780	G	C	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=47;PP=2249;ReadPosRankSum=0.703;SC=GCCGCCGCCCGCTACCTGGTC;SOR=0.513;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=147;TCR=68;TR=147;WE=198175305;WS=198175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,159:0.70:228
chr2	198257652	rs11380582	T	TA	101.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.366;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	198257795	rs4685	T	C	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=78;PP=2965;SC=ATGTCTCAAATACATTGGGCC;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=117;TCR=78;TR=195;WE=198257803;WS=198257785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	198264918	rs143923700	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=419;ReadPosRankSum=-0.273;SC=ATGTTAAAATGTTACTATTTA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=30;WE=198264926;WS=198264908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr2	198265173	rs788017	T	A	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	198265526	rs788018	A	G	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	198266943	rs788019	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=656;SC=ATCAACTATTCAGCCAAACTG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=198266951;WS=198266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	198267770	rs3217350	G	GAA	2142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=27;PP=1311;SC=CTGAAAAAGAGAAAAGAGAAG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=198267778;WS=198267760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	198281743	rs699318	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=11;PP=298;SC=GCTCATTCTCTTTTCTATGTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=198281751;WS=198281733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	198283305	rs788023	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=44;PP=1441;SC=GATCAGGGGTTTTCCCTCCTG;SOR=1.193;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=76;WE=198283313;WS=198283295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	198355135	rs148517124	T	TTG	1051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.84;QD=38.95;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	198362018	rs8539	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1602;SC=CTCCAATGTTTTTGTATTTAT;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=198362026;WS=198362008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	198365043	rs1116734	C	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=210;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=580;SC=TAGCGGCGACCGCTGGGGCGA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=198365051;WS=198365033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	198508951	rs10497806	G	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=50;PP=2134;SC=CCTCAATCACGAGCCTTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=198508959;WS=198508941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	198511086	rs16866970	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=859;SC=GCTGGAAAATGTGCTTTAAAC;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=198511094;WS=198511076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	198643631	rs700655	G	A	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.07;NF=78;NR=67;PP=2682;SC=GTAAACTGGCGTACAAAACCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=145;WE=198643639;WS=198643621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	198643651	rs72918816	A	G	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=0.808;NF=42;NR=47;PP=1404;ReadPosRankSum=1.402;SC=TAGTCATCCAATGAAAATAGA;SOR=0.825;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=89;WE=198643659;WS=198643641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,92:0.61:150
chr2	198669754	rs770659	G	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=6;PP=186;SC=GGAGCGCACCGGTGCCTAGCG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=198669762;WS=198669744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	198669871	rs770658	G	C	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	198950240	rs1064213	G	A	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=107;PP=2965;SC=CTGTCAGATTGTAGCAATGAA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=217;WE=198950248;WS=198950230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	200173684	rs10153730	T	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=97;PP=2965;SC=GCCAGCCCTGTAGAGAGAGGA;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=171;WE=200173692;WS=200173674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	200246318	rs2305262	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=17;PP=1356;SC=GTCCAATGTCCAGAAATTAAT;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=200246326;WS=200246308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	200298313	rs7596597	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=47;PP=1447;SC=GAAGGGAAGCAACAGTTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=200298321;WS=200298303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	200625581	rs2346586	T	C	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1852;ReadPosRankSum=0.057;SC=GAAGGAGAGATTAGTATTTGG;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=111;WE=200625589;WS=200625571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr2	200677625	rs2030653	C	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=GGCCTGATGTCTTCCTGACAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=200677633;WS=200677615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	200710706	rs769960	T	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=471;SC=GGAGTATTCATATTTACAGAG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=200710714;WS=200710696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	200820505	rs281766	T	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=25;PP=1639;SC=CAGGCACCGGTGTGAAGGGTC;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=200820513;WS=200820495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	200823868	rs34998043	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-2.450;SC=ATAAATTAATATTTGATGTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=200823876;WS=200823858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	200873144	rs113489455	AATACAAAAAAAACTTG	A	4542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=2932;SC=AGAATGATGCAATACAAAAAA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=200873167;WS=200873134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	201253956	rs842823	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr2	201254049	rs3820881	G	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,65:0.30:219
chr2	201254171	rs4674015	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr2	201277181	rs6706953	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-2.613;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr2	201354935	rs3795969	C	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGAGGGCAGGCAAGGCGCGGT;SOR=0.848;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=42;WE=201354943;WS=201354925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
chr2	201371768	rs3739116	G	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=57;PP=1844;SC=AATTTTTGCCGCCCAACACTT;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=201371776;WS=201371758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	201397569	rs842940	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	201397647	rs842939	A	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=268;SC=TATCAGTTATACTTTTTCTTT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=201397655;WS=201397637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	201399917	rs10497848	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.566;SC=TATTGTTTTTGAATTCTAATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=201399925;WS=201399907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	201400685	rs10497849	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	201436555	rs17448235	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GGAGAAAAGAATAACAAATGA;SOR=0.650;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=23;WE=201436563;WS=201436545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr2	201437048	rs17532665	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=412;ReadPosRankSum=-0.642;SC=ATCTCTGAAAACATAGAAGTT;SOR=0.260;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=31;WE=201437056;WS=201437038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr2	201437328	rs35987478	C	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr2	201437334	rs12052989	T	C	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.66;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	201451006	rs4470327	C	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=639;SC=GGCTTTCTCCCGTAACAGCGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=201451014;WS=201450996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	201464295	rs10179964	T	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=18;PP=1459;SC=TCATTAGGCCTGGGATGGGGC;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=201464303;WS=201464285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	201466954	rs2248130	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.720;NF=27;NR=12;PP=561;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TCTTGGTAGACTGTGCCTCTA;SOR=0.996;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=39;WE=201466962;WS=201466944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,41:0.33:124
chr2	201467231	rs2293524	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=0.852;SC=AGGGCACTTAACCTCATTCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=201467239;WS=201467221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	201470233	.	ATTTT	A,AT	81	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.4999,0.5001;HP=15;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=6,6;NR=2,2;PP=31,81;QD=4.25;SC=AGTCTTATTGATTTTTTTTTT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8,8;WE=201470244;WS=201470223;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:9
chr2	201473674	rs2470902	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=799;SC=AGCAGTGATCGCACTGTGTTA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=201473682;WS=201473664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	201474179	rs17593811	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.322;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr2	201474237	rs4672858	A	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=761;ReadPosRankSum=-1.341;SC=ACTTTTCCCTATAATATCAAT;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=44;WE=201474245;WS=201474227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	201485572	rs4672865	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=0.873;SC=CTCAATGGGCATAAATGATTG;SOR=0.263;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=36;WE=201485580;WS=201485562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr2	201485649	rs4672866	T	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=57.97;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTTGGTGATATCCAATGCAGA;SOR=2.202;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=201485657;WS=201485639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	201488758	rs2348021	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=643;ReadPosRankSum=2.118;SC=AACAAATATCAGTTAAAATGC;SOR=0.438;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=44;WE=201488766;WS=201488748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr2	201515939	rs868810	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=605;SC=GTTCTCCAAATGCACATGAGG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=201515947;WS=201515929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	201677454	rs2270281	C	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=944;SC=CAGGCATGACCTAGGGTAGGA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=201677462;WS=201677444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	201677791	rs2270280	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=854;SC=TTTGTGCCTGTATCGGGTATA;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=201677799;WS=201677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	201683695	rs2881880	T	C	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=38;PP=1374;SC=TGTGACTATATTTTTCTAAGA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=201683703;WS=201683685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	201686122	rs3815501	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=26;PP=792;SC=TCTGATGCCATTTTGTACCTG;SOR=1.201;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=43;WE=201686130;WS=201686112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	201686666	rs6705053	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=436;SC=GTGGTGGGCGCCTGTAGTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=201686674;WS=201686656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	202025131	rs2518142	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=902;ReadPosRankSum=0.755;SC=GTTGTTTTCCGTGTTTGTTTT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=73;WE=202025139;WS=202025121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr2	202073781	.	G	T	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=21;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=26;MQ=55.35;NF=4;NR=0;PP=41;QD=18.9428031368;SC=TTTTTTTTTTGTTTTTAAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=4;WE=202073789;WS=202073771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr2	202154174	rs182918274	C	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=985;ReadPosRankSum=-1.624;SC=TCAGCAGCAGCCGCACTTCAG;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=221;TCF=131;TCR=90;TR=81;WE=202154182;WS=202154164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,91:0.37:243
chr2	202245244	rs3795966	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=406;ReadPosRankSum=-2.664;SC=ACTTGTATAAAAGGTCAGTTA;SOR=0.653;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=26;WE=202245252;WS=202245234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr2	202245944	rs3832088	TAA	T	1506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=976;ReadPosRankSum=0.365;SC=ACCCAGAGCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=22;WE=202245963;WS=202245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr2	202245955	rs72937131	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.48;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr2	202246034	rs3731709	G	C	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=100;SC=AGTTATCCTTGGTAAATATAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=202246042;WS=202246024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	202248788	rs7579617	T	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=584;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CATGAAAATATAGCTGAGGAA;SOR=0.947;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=36;WE=202248796;WS=202248778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	202248979	rs7579853	T	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=882;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGATTGAAAGTCTAGATTAAT;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=57;WE=202248987;WS=202248969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr2	202252539	rs2244438	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AAGGCTCTCTGTCGGGGTGAC;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=25;WE=202252547;WS=202252529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr2	202252856	rs2540330	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ACCTGGAATATAGAAGTAATA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=6;WE=202252864;WS=202252846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	202252873	rs2540331	A	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATAACAACAAACCAAAATCA;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=4;WE=202252881;WS=202252863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
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chr2	202272032	rs11691865	T	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=111;SC=CACTGAACAATGGCTACTAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=202272040;WS=202272022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	202284236	rs113582398	C	CTTAAT	2582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.871;NF=8;NR=24;PP=1646;ReadPosRankSum=0.546;SC=AACAAGCAAACTTAAAGTGGC;SOR=0.465;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=32;WE=202284244;WS=202284226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,62:0.58:107
chr2	202285100	rs4507084	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=419;ReadPosRankSum=1.208;SC=ATTTTCTCCTATAAGCGATAG;SOR=0.462;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=24;WE=202285108;WS=202285090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	202319770	rs77225221	G	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=221;SC=AGAACTTCTCGTATACTTCAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=202319778;WS=202319760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	202337730	rs1019299	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.259;NF=19;NR=18;PP=489;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ATACTCCCACAGGAACACTGG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=37;WE=202337738;WS=202337720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr2	202342402	rs12990557	G	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.360;NF=13;NR=2;PP=325;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TCTCTGGCCTGTCCCATCTGC;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=15;WE=202342410;WS=202342392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	202342802	rs2243791	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ATTAATTGTGTCCTACAGGAT;SOR=0.129;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=16;WE=202342810;WS=202342792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr2	202344179	rs34469362	GT	G	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=273;SC=TAATATAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=202344187;WS=202344169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	202352649	rs2714481	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=0.532;SC=TAAAAGATCCAATTGGTAAAT;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=202352657;WS=202352639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	202357949	rs2714482	A	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=27;PP=1347;SC=TTGTCTTTACAAAGCCTCTGA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=202357957;WS=202357939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	202402250	rs3083390	AAC	A	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=358;SC=AAAAACAATAAACACATATGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=202402259;WS=202402240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	202410300	rs10804117	A	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr2	202447009	rs13425990	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	202468136	rs10205247	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
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chr2	202489109	rs17384203	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CAGAGTTGTATAGCTTATTTA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=202489117;WS=202489099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	202499683	rs56162425	C	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=0.642;SC=AATAGGAGAGCACTAATCTCC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=29;WE=202499691;WS=202499673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr2	202501448	rs1208081	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=739;SC=CTATCACAACTTAACCTTGGT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=202501456;WS=202501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	202505740	rs2540424	T	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=57.88;MQRankSum=-0.319;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTTGAGATGGTGTATTGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=202505748;WS=202505730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	202507277	rs2241134	C	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=5.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,93:0.29:324
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chr2	202507982	rs6723016	T	C	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr2	202508005	.	A	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=51.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.104;SOR=4.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,25:0.12:203
chr2	202508135	rs113186360	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,46:0.28:164
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chr2	202514201	rs10194353	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=1.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
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chr2	202526353	rs12052740	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=366;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TAATGCCCGCTAACACTTGTG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=202526374;WS=202526343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	202526366	rs62193397	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CACTTGTGTAGCACTTCCTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=202526374;WS=202526343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	202528830	rs74887695	A	AT	1622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.790;NF=18;NR=16;PP=1151;ReadPosRankSum=0.807;SC=TTCATCTATGATTTTTCATGG;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=34;WE=202528838;WS=202528820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr2	202531136	rs17384314	G	C	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=980;ReadPosRankSum=0.070;SC=AATTTAAAATGTGTCTGCATT;SOR=1.791;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=42;WE=202531144;WS=202531126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	202534303	rs145833090	TATAGGAAGAGCTTAA	T	143.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	202538300	rs11375204	G	GA	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=15;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=1.171;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAG;SOR=1.341;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=19;WE=202538308;WS=202538290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr2	202546113	rs1208073	T	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=10;PP=1075;SC=CAGTCTTGAATCCAGGTCCAA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=202546121;WS=202546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	202547528	rs16838004	A	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CCAAGTCATTAACAAAAAGGC;SOR=0.394;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=78;WE=202547536;WS=202547518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr2	202555132	rs2287050	T	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=903;ReadPosRankSum=0.798;SC=GTGTGGTTGGTGTTTAGTAAG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=68;WE=202555140;WS=202555122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr2	202557702	rs6725443	C	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=67;PP=2043;SC=ACATCTCTGCCGTAGAACAGA;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=202557710;WS=202557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	202566741	rs7603563	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=176;SC=ACAGATTTAATTGATTTCACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=202566749;WS=202566731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	202569992	rs3219171	A	T	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=55;PP=2165;SC=AATGATACTGATGTCAGAGTG;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=105;WE=202570000;WS=202569982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	202570232	rs3219170	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=401;SC=ACTTATGGTAAACAAAATCCC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=202570240;WS=202570222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	202571562	rs3219169	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=0.560;SC=GTAACTACTACACTTACCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=43;WE=202571570;WS=202571552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,45:0.33:137
chr2	202574825	rs1210940	C	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=210;SC=AATCCATCAACAAGAAACAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=202574833;WS=202574815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	202575821	rs3219168	G	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=38;PP=1274;SC=GAACGACTCAGTATTTCTGGA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=202575829;WS=202575811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	202575907	rs2882231	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=0.833;SC=CACATGAAACACAATCACTAG;SOR=0.407;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=23;WE=202575915;WS=202575897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	202580370	rs3219167	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=6;PP=1672;SC=ATGCTCTGCTGTATGTTGAGC;SOR=4.499;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=63;TCR=6;TR=69;WE=202580378;WS=202580360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	202587653	rs7572898	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATCACTGAAACGTGCACTTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=202587661;WS=202587643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	202589257	rs3219163	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=0.351;SC=GTTTAGAAAATCCAAAACCAT;SOR=0.986;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=14;WE=202589265;WS=202589247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	202598113	rs2276615	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TTTCGTCATTCACTTCTGACA;SOR=1.058;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=20;WE=202598121;WS=202598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr2	202606639	rs3731703	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=722;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TTATTATGATGTGATTATGAT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=42;WE=202606647;WS=202606629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	202608877	rs4673207	C	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=309;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CAGTGCATAGCAAGAAGTAAA;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=15;WE=202608885;WS=202608867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr2	202614632	rs41308828	T	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=4.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ATTAAGTACTTATATTAGTCT;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=16;WE=202614640;WS=202614622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	202622509	rs28729117	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	202625615	rs3219156	C	T	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=57;PP=2720;SC=TGAGATGGCACTGGCTTTTCA;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=140;WE=202625623;WS=202625605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	202626625	rs2075194	A	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.278;SC=TTAGTCCCCTATAGATTTAAC;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=202626633;WS=202626615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	202633582	rs3219153	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGAAGAAATGATTTTACCTTC;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=34;WE=202633590;WS=202633572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,35:0.31:112
chr2	202671381	rs2192672	C	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr2	202672143	rs3214362	G	GA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=0.108;SC=GGCAAATAAAGAAAAAATGGT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=4;WE=202672151;WS=202672133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	202688293	rs4675229	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=688;SC=TGTACTTCGTAATACCTTCTG;SOR=3.690;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=202688301;WS=202688283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	202712095	rs917958	A	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=35;PP=1581;SC=CTCTTATTTCATTTGCTAGGG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=202712103;WS=202712085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	202741064	rs2072504	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=650;SC=TTGTTTTCCCGGGACTCTTTC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=202741072;WS=202741054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	202741256	rs4675235	A	T	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=66;PP=2334;SC=GGAGGAAGAGACTTCACTTGC;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=131;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	202741269	rs4675236	G	A	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=62;PP=2151;SC=TCACTTGCCCGCTTTGCCCTG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=125;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	202955454	rs1568535	G	C	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=59;PP=2965;SC=TGGCTCAGGGGTCAGCAGCTG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=159;WE=202955462;WS=202955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	202962259	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.232;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=0.058;SC=CTTGCCACCACGCAGGAAGCA;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=31;WE=202962267;WS=202962249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr2	202964380	rs2882486	G	A	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=23;PP=1099;SC=CTTCAAAGGAGAGCTACAATG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=202964388;WS=202964370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	202964528	rs2350722	T	C	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=43;PP=1732;SC=CGGTAAGAACTCAAATGTCTT;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=202964536;WS=202964518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	202964986	rs6755174	C	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=21;PP=1372;SC=GTTCATCCCCCTACCTGCAAT;SOR=1.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=65;WE=202964994;WS=202964976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	202965222	rs6726731	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	202989742	rs56243480	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCAGTGAGCCGAGATCGTGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=202989750;WS=202989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	203000730	rs9679591	A	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr2	203000810	rs35537724	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GAATGAAGCCGCAGACCTTCG;SOR=0.936;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=8;WE=203000818;WS=203000800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	203003066	rs3043926	G	GGTGT	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.603;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr2	203139738	rs11397579	A	AC	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=294;SC=AATAGCTTCTACACCTTCATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=203139746;WS=203139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	203139844	rs80282360	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=908;SC=AGGTTCTAAATGAGAAGAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=203139852;WS=203139834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	203152355	rs7572505	G	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=23;PP=1578;SC=ATGCTATCTTGCTAATTTATT;SOR=1.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=203152363;WS=203152345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	203154918	rs1474002	A	C	141.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=57;SC=ACTTCGTGATATGCCTGTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=203154926;WS=203154908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203154953	rs1474001	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=277;SC=ATGAGCCACCGTGCCCAGCCT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=203154961;WS=203154943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	203155015	rs11310035	GT	G	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=824;SC=ATCCCTTTAAGTTTTGTTTGT;SOR=1.121;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=22;WE=203155023;WS=203155005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	203155936	rs3731700	A	C	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=82;PP=2965;SC=CAGAGATATCAATGGGAACAG;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=164;WE=203155944;WS=203155926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	203162791	rs138860976	A	AAATGTGCACATTGAGG	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=1;PP=381;SC=TTGTTTTGGAAAATGTGCACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=1;WE=203162799;WS=203162781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	203421199	rs1061157	G	A	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=94;PP=2965;SC=GAGCACAGAGGCCTAATTCTC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=179;WE=203421207;WS=203421189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	203651278	rs55689177	CA	C	1191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=15;PP=486;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.659;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=28;WE=203651286;WS=203651268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	203651475	rs57934594	A	AT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.431;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	203661779	rs6704822	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=4;PP=100;SC=CAAGTGTTCAATTGACCAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=203661787;WS=203661769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203690387	rs1344959	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=499;SC=TTTAAATGGGGATTATCAGAT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=203690395;WS=203690377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	203693559	rs4675296	C	G	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=72;PP=2965;SC=TACATAGAATCCTCAAATTTA;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=113;TCR=72;TR=184;WE=203693567;WS=203693549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	203748544	rs34788166	A	AT	1377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=493;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATTTGTAGAAATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=37;WE=203748552;WS=203748534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr2	203748594	rs10196719	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=21;PP=528;SC=GGAGTGCAGTAGTGCAATCTT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=203748602;WS=203748584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	203749392	rs3050865	C	CTTT	338.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQ=62.36;NF=0;NR=8;PP=345;SC=CTTATTTCTTCCTTTACAATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=203749400;WS=203749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	203806867	rs180708468	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=1.253;SC=GAGGCTGAGGCGGGCGTATCA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=6;WE=203806875;WS=203806857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	203817257	.	AT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr2	203820275	rs3731695	T	C	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=215;SC=TCTGTAGTTATTGTTAAAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=203820283;WS=203820265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	203820405	.	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr2	203880992	rs2351524	T	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=472;SC=TTTTGCTTTCTTTACTGCTAT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=203881000;WS=203880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	203921270	rs4673241	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=42;PP=1288;SC=TTTACTGAGAACAACTAGGTT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=203921278;WS=203921260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	203996870	rs6748898	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=48;PP=1514;SC=GAATAAGGCTAATAAAGCTAA;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=203996878;WS=203996860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	204002809	rs10180815	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=420;SC=CTCTCAAGCTATTTTGTTTTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=204002817;WS=204002799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	204009855	.	A	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr2	204054834	.	G	A	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=56.64;NF=6;NR=0;PP=115;QD=24.9618687579;SC=ACTCCAGCCTGGGCAACAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=204054842;WS=204054824;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	204054882	.	TACACACACACACACACACAC	T	1055	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5064;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=58.55;NF=1;NR=1;PP=1055;QD=529.0;SC=AAGATGTGTGTACACACACAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=2;WE=204054909;WS=204054872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr2	204062061	rs4675323	A	G	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AAAGGCCACCATCCCCAAAAA;SOR=0.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=181;WE=204062069;WS=204062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr2	204090887	rs2351773	C	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=42;PP=1672;SC=TGAACCTTTACCTACTAGCAC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=204090895;WS=204090877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	204110748	rs56317341	G	A	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=114;SC=AAGATCGCTTGAGGCCAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=204110756;WS=204110738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	204111394	rs13015873	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=472;SC=CATTTATTGATACAGTTAATT;SOR=3.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=22;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	204111398	rs10586509	GTTAA	G	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=871;SC=TATTGATACAGTTAATTCAGA;SOR=3.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=17;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	204111443	rs6435176	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=13;PP=1132;SC=TCCAAATTAAATTGATTATTT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=204111451;WS=204111433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	204111705	rs6751894	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=500;SC=ATGTTTAGGCTGGGCACGGTG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=204111713;WS=204111695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	204116660	rs3731694	A	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=16;PP=1215;SC=GATTATTTTGATACAGAAATA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=204116668;WS=204116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	204116690	rs2043449	C	T	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=35;PP=2051;SC=TCTGTTTCAGCGGACCCTTTT;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=204116698;WS=204116680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	204116887	rs2351771	T	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=30;PP=866;SC=ATAGTATTTATTTTTTGAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=204116895;WS=204116877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	204154552	rs1048013	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=34;PP=1283;SC=TTCTGCCCAGCTTCAAGATAT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=204154560;WS=204154542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	204154663	.	GTA	G	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=64;QD=24.6666666667;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=3;WE=204154672;WS=204154653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr2	204154686	rs10170454	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=310;SC=TATTTTAGACAGAGGTTTGCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=204154694;WS=204154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	204206977	rs4675333	C	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=20;PP=578;SC=GGACCAAGTCCAGTTCTGTTA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=204206985;WS=204206967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	204261723	rs3731652	G	C	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=90;PP=2952;SC=GCAGGCAGATGCAGTCATCTG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=159;WE=204261731;WS=204261713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	204267413	rs140793695	T	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=679;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CAAACAAGCCTTCAGAATCAG;SOR=0.867;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=49;WE=204267421;WS=204267403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr2	204305093	rs3814365	T	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	204322298	rs2469953	T	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=63;PP=2567;SC=CAGCTGTTTCTTTTTTCCCCA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=148;WE=204322306;WS=204322288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	204324464	.	TCAG	T	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=58;QD=34.5;SC=ACTTTCCACCTCAGCAGCAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=2;WE=204324474;WS=204324454;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr2	204355822	rs2469962	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=301;SC=GAACTTGGTCGAGTTATGCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=204355830;WS=204355812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	204732850	rs231776	A	G	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=75;PP=2363;SC=CAGCAGTCAAAGGCAGTGATT;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=120;WE=204732858;WS=204732840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	204822670	rs5837889	A	AT	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.077;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr2	204824178	rs146016344	AGT	A	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.720;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr2	204824283	rs10172036	T	G	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.971;NF=74;NR=59;PP=2200;ReadPosRankSum=-1.801;SC=AGCATTTAGATAATTTATGCT;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=133;WE=204824291;WS=204824273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,145:0.68:212
chr2	205829991	rs236843	C	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=51;PP=1966;SC=CCCAACTGGCCGCATTTAAGC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=109;WE=205829999;WS=205829981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	205912210	rs7563474	C	A	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	205912403	rs1510765	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=17;PP=503;SC=AGTCTGAAACTGGTTGTTCCA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=205912411;WS=205912393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	205969023	rs2289024	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=463;SC=TCCAGTTTTCAAAGAAATTAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=205969031;WS=205969013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	205978114	.	A	G	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=4;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=76;QD=18.4618687579;SC=AATCCTGAGCAGGGGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=205978125;WS=205978104;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr2	206036918	rs736320	C	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=32;PP=2297;SC=ATATTGTTTTCCTTTCTTCTG;SOR=1.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=206036926;WS=206036908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	206050355	rs62172732	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=521;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TCAGTTCTGTATGAGAACTTA;SOR=0.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=26;WE=206050363;WS=206050345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr2	206364487	rs11687914	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=208;SC=ATTTCACCATTTTCCTGGCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=206364495;WS=206364477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	206364791	rs11683289	C	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=24;PP=757;SC=TTGAATTCATCTTTTCTAAGA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=206364799;WS=206364781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	206418032	rs6730102	G	A	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=54;PP=2106;SC=ATCTCTAATTGCTTTTCTCTC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=206418040;WS=206418022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	206480054	rs13387277	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	206480393	rs17682782	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=9.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,91:0.29:309
chr2	206481612	rs35710107	TGA	T	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=579;ReadPosRankSum=0.360;SC=TGGAAGTGAATGAGAGAGAGA;SOR=1.995;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=15;WE=206481623;WS=206481602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr2	206481804	rs10804149	T	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=593;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TAAAGTCAGGTCAGGGCAGGG;SOR=0.570;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=58;WE=206481812;WS=206481794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,62:0.30:208
chr2	206562250	rs849558	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	206565500	rs3771051	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=52;PP=1261;ReadPosRankSum=1.297;SC=TCCAAGGCCACCATCTCTGGT;SOR=0.979;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=67;WE=206565508;WS=206565490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr2	206581033	rs849541	G	A	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=58;PP=1757;SC=CTCTACATCAGGTTCACCTCC;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=206581041;WS=206581023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr2	206592534	rs2241157	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=1.408;SC=CAAAGTCTAATGATTGTGTCC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=206592542;WS=206592525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	206605180	rs849575	T	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=738;ReadPosRankSum=-1.831;SC=CTTCAAAGACTGCTCAAGTGG;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=102;TCR=60;TR=59;WE=206605188;WS=206605170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr2	206608039	rs849568	T	C	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=59;PP=2369;SC=CCCGCCTGGTTAGCAGCCGCT;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=108;WE=206608047;WS=206608029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	206610502	rs849563	T	G	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,129:0.30:436
chr2	206630073	rs35659576	A	AAC	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=690;ReadPosRankSum=1.511;SC=CAGGTGCAATAACACACACAC;SOR=1.786;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=19;WE=206630081;WS=206630063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr2	206995010	rs4147725	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CAGTATTTTCAATGTAAAAAA;SOR=0.457;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=10;WE=206995018;WS=206995000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr2	207003438	rs4147729	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=0.484;SC=TACAAAATGTTAAAAGCACAG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=207003446;WS=207003428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	207006676	rs1801318	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=624;ReadPosRankSum=0.175;SC=TCTTTCGAATTCTAGCATTAA;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=45;WE=207006684;WS=207006666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,48:0.30:159
chr2	207006825	rs4147718	C	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TGCAAATTTACTTTAAAATTA;SOR=0.275;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=24;WE=207006833;WS=207006815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr2	207008675	rs35409448	C	CT	4615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=26;PP=2979;SC=TACATCCCCCCCTTCATGGCA;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=79;WE=207008683;WS=207008665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	207008763	rs1127566	C	A	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.344;NF=108;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CGCGAGAGAGCGCATCCTCCC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=211;WE=207008771;WS=207008753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr2	207012483	rs11548670	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=720;ReadPosRankSum=-2.884;SC=ATACCTGCAGATCACATTCAC;SOR=0.336;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=49;WE=207012491;WS=207012473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr2	207023595	rs4147709	C	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=444;SC=GTCAATGGACCAAACAAACAA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=207023603;WS=207023585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	207023620	rs4147708	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=567;SC=AACAAACAGAAGCGTGAGCCA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=207023628;WS=207023610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	207024886	rs113729178	G	GC	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.00;QD=30.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	207025444	rs11689362	T	C	10857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=221;NR=161;PP=2965;SC=GGTAAAATCATCTTTGTATAG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=221;TCR=161;TR=382;WE=207025452;WS=207025434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr2	207027407	rs35430253	C	CT	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=1080;SC=TTCAACCTTTCCTACAAGACT;SOR=1.151;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=25;WE=207027415;WS=207027397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	207041053	rs3732083	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=61;PP=2636;SC=TTCTTACTAATTAGGACATAA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=139;WE=207041061;WS=207041043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	207041441	rs3732082	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=631;ReadPosRankSum=0.828;SC=ACTCCACAGTGTCCCGGAAGT;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=54;WE=207041449;WS=207041431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,57:0.32:176
chr2	207169731	rs10932150	G	A	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2213;ReadPosRankSum=1.049;SC=GCCAGTGTGAGAAAATGTAAC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=112;TCR=102;TR=142;WE=207169739;WS=207169721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,151:0.66:229
chr2	207170026	rs77622365	T	C	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1612;ReadPosRankSum=2.033;SC=AAGAATCAAATAGGAAATCTT;SOR=0.747;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=90;WE=207170034;WS=207170016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,96:0.70:138
chr2	207170242	rs112075178	T	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=956;ReadPosRankSum=1.372;SC=CAAAGAACCATGAGGAATTCT;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=65;WE=207170250;WS=207170232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr2	207172889	rs146428765	C	T	3576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=69;PP=2379;ReadPosRankSum=1.970;SC=AGTGGCTGACCGGCTGAGAGA;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=132;TCR=106;TR=149;WE=207172897;WS=207172879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,156:0.62:251
chr2	207174316	rs3732084	T	C	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1821;ReadPosRankSum=-1.540;SC=AAGAAGCCAGTCTTCGGAAGG;SOR=0.542;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=104;WE=207174324;WS=207174306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,107:0.57:189
chr2	207174559	rs13408088	A	G	4391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.719;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CTGTTAAGAAAAGACACCCTT;SOR=0.575;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=179;WE=207174567;WS=207174549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,184:0.65:281
chr2	207395829	rs2269181	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-1.509;SC=ATTAAAATATACAAATGTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=207395837;WS=207395819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr2	207570705	rs16838632	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.688;SC=ATATGGTGCTATAAGTTCCAA;SOR=1.524;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=7;WE=207570713;WS=207570695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	207572341	rs16838641	T	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GTCGCTATTTTCTTTTAAGGG;SOR=0.048;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=207572349;WS=207572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	207583169	rs16838693	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=848;SC=GTGTTCAAGGTGACTGAAATA;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=207583177;WS=207583159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	207603221	rs2287632	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	207603234	rs2287631	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=0.269;SC=TGCCTTCAAATTCTGTAAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=9;WE=207603242;WS=207603211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	207604130	rs6722033	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr2	207605610	rs10173497	A	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TTTAAAAAAAAGTTGACATTT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=207605618;WS=207605600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	207605733	rs10197325	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=874;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ATATGAGTCACGACTATTAGC;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=62;WE=207605741;WS=207605723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,65:0.76:85
chr2	207605882	rs10173707	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=752;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CCAACAACCTAACTAGGTCAT;SOR=1.524;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=41;WE=207605890;WS=207605872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr2	207605976	rs10209871	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=182;ReadPosRankSum=0.759;SC=GTCCAATGTGTACATTTGTGT;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=11;WE=207605984;WS=207605966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	207610047	rs4675635	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=726;ReadPosRankSum=-1.111;SC=AAGTAAATTTCTGTTGTTTTT;SOR=0.468;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=53;WE=207610055;WS=207610037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,59:0.78:76
chr2	207621759	rs1990849	A	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=50;PP=1489;SC=TGACATCATAATAAAGCTAAA;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=76;WE=207621767;WS=207621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	207625567	rs1862087	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	207629795	rs16838834	T	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=785;SC=TTTCCCTCCATTGCATCCCCA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=207629803;WS=207629785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	207629821	rs28365798	T	TGCAA	2906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=4;PP=2659;SC=CCACAATGCTTGGCGCACCGT;SOR=3.682;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=47;WE=207629829;WS=207629811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	207629846	rs28365797	A	T	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=29;PP=2211;SC=GTCCAGTAAAAAACTTTGAAT;SOR=2.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=109;WE=207629854;WS=207629836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	207629904	rs3828294	G	A	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=103;PP=2965;SC=CTGCCAAGCCGAGCGGCCATG;SOR=1.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=177;TCR=103;TR=280;WE=207629912;WS=207629894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	207636985	rs149493338	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=858;ReadPosRankSum=-1.958;SC=TAATTTGGATCTCTTCAAGGG;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=58;WE=207636993;WS=207636975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr2	207647981	rs2241347	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=346;SC=ACCCAGTCTCCGGTGCAGCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=207647989;WS=207647971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	207653653	rs76270461	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TTCATTTGCTGGGCTTTCTGA;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=11;WE=207653661;WS=207653643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	207820276	rs13420911	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,48:0.32:152
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chr2	207824384	rs11903403	T	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=440;ReadPosRankSum=0.470;SC=ACAACTCAAGTATACGCAAGC;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=34;WE=207824392;WS=207824374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
chr2	207824548	rs1453168	G	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=40;PP=1199;SC=TATCCATTCCGGCTCTAAAAA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=207824556;WS=207824538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	207825656	rs13397039	A	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=859;ReadPosRankSum=-0.003;SC=ATTTCAATGCATCTTGGTGTA;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=63;WE=207825664;WS=207825646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,67:0.36:185
chr2	207833848	rs7582092	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=21;PP=1075;SC=ATAGAAATCCATTCTTCCAAA;SOR=1.318;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=65;WE=207833856;WS=207833838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	207833983	rs7582305	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=45;PP=2027;SC=ACAGTGGAACATATGGGTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=207833991;WS=207833973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	207911256	rs144515507	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-1.466;SC=TCATGTTTCTTATCATTTTAC;SOR=0.682;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=21;WE=207911264;WS=207911246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr2	207946141	rs2287507	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=435;ReadPosRankSum=-1.918;SC=AGTTTAAGGGACAAAATGTTT;SOR=0.619;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=32;WE=207946149;WS=207946131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr2	207946164	rs2287506	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=307;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GTTTAAATCCTATCTCTTCCA;SOR=2.072;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=18;WE=207946172;WS=207946154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr2	207953406	rs2302870	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=502;ReadPosRankSum=0.692;SC=GAAAGGGCTGTTTAACTCATT;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=99;TCF=17;TCR=82;TR=36;WE=207953414;WS=207953396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr2	207974818	rs2244923	C	T	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=59;NR=80;PP=2509;SC=TTTCTATGCACGTGAATGTAG;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=207974826;WS=207974808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	207974875	rs2244918	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=46;PP=1293;SC=AAATGCAGACATAAAGTATGT;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=207974883;WS=207974865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	207988613	rs2700166	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=13;PP=695;SC=CTTCAGCCCCCAGCCCTCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=207988621;WS=207988603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	208031796	rs2037893	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=493;ReadPosRankSum=0.544;SC=TAGAGGGAGCCTAGGTAGACG;SOR=1.134;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=33;WE=208031804;WS=208031786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr2	208031992	rs1269424	T	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=79;PP=2195;SC=CCTGCACAATTCACGTTAGGG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=116;WE=208032000;WS=208031982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	208133995	rs10173558	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=24;SC=TAAAGGTGCCTGAGAAAATAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=208134003;WS=208133985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	208442095	rs2709387	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=3;PP=1734;SC=TTCTTTCAACGCTTTAGCCAG;SOR=5.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=65;WE=208442103;WS=208442085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	208447632	.	AAC	A	1197	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.01;MQRankSum=0.938;QD=26.02;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr2	208447640	.	A	ATAT	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.28;MQRankSum=-1.507;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.564;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr2	208447642	rs12478868	A	T,ATAT	2235.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.32;QD=46.58;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,31:0.35,0.65:48
chr2	208576731	rs61747448	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=0.273;SC=AGGCGGTGTCCGGGGACGCGG;SOR=0.431;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=23;WE=208576739;WS=208576721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr2	208591702	rs2551957	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=36;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TGTTAGTATGAGCCTCTTTTT;SOR=0.395;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=7;WE=208591710;WS=208591692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	208602105	rs62189195	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=556;ReadPosRankSum=1.720;SC=TAAATCAGTTGTTAAAAATAA;SOR=0.899;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=43;WE=208602123;WS=208602095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr2	208633413	rs4675711	T	C	10614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=218;PP=2965;SC=CCAGCTGCGCTAGGAGCAGCA;SOR=1.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=144;TCR=220;TR=362;WE=208633421;WS=208633403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr2	208693261	rs720632	C	G	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=197;PP=2965;SC=AAGACTGAAGCCAGCAAGACA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=153;TCR=197;TR=350;WE=208693269;WS=208693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	208693307	rs720631	T	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=132;PP=2965;SC=GTGCAGCTGGTGGCACAATCT;SOR=2.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=50;TCR=133;TR=182;WE=208693315;WS=208693297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	208717440	rs10932211	A	G	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=94;NR=65;PP=2876;SC=AGGCAGGGAAAGGCTGAAAAA;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=159;WE=208717448;WS=208717430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	208811097	rs10932215	C	T	6885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=89;PP=2965;SC=CTACCTTATACTTTGAAGTAT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=146;TCR=89;TR=235;WE=208811105;WS=208811087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
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chr2	209032987	rs62194831	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.436;SC=TGGGACAGGGGTGTGAAGAAG;SOR=0.061;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=209032995;WS=209032977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr2	209035658	rs6748431	C	T	11725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=1.411;SC=AATTTACAATCTCACACCTAC;SOR=0.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=206;TCR=206;TR=409;WE=209035666;WS=209035648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,423:1.00:424
chr2	209035849	rs4292037	A	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=51;PP=1488;SC=TGTCCATCCAAAGTTTCATTT;SOR=4.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=209035857;WS=209035839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	209036605	rs10932244	T	C	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=66;PP=2965;SC=CAACCAGACATAGAAATCTAA;SOR=1.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=150;TCR=66;TR=216;WE=209036613;WS=209036595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	209036712	rs10804166	T	C	10889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=212;PP=2965;SC=CCAGGCTTACTCTGTTTGCGG;SOR=0.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=391;TCF=179;TCR=212;TR=390;WE=209036720;WS=209036702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr2	209036778	rs6435421	A	G	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=155;PP=2965;SC=AAGGAGAGGCAGAGAGATGAA;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=102;TCR=155;TR=257;WE=209036786;WS=209036768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	209045657	rs10208685	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=719;ReadPosRankSum=-0.821;SC=ATCATAAGTATTAAATACAGT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=30;WE=209045665;WS=209045647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr2	209046100	rs6751157	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=0.946;SC=AGGTTGTGATGATAATCGATA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=45;WE=209046108;WS=209046090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr2	209046162	rs6435425	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	209046162	.	GTA	ATG	305	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=12;PP=305;QD=27.5744519125;SC=AATAAAATTGGTATGATTGTT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=209046172;WS=209046152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	209046164	rs6435426	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209049596	rs80047823	G	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.058;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr2	209049830	rs60533219	T	TC	5880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=6.313;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,255:0.94:271
chr2	209049899	rs10497896	G	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=82;PP=2026;SC=GTTAATATTCGGTTTTGGTTT;SOR=3.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=94;WE=209049907;WS=209049889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	209051586	rs7572263	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=634;SC=ATTTTTACCCACTGCCAATAC;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=209051594;WS=209051576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	209101905	rs57383668	GA	G	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=40;PP=1033;SC=TAACGGGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=54;WE=209101913;WS=209101895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	209113113	.	G	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.736;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=12;PP=1342;ReadPosRankSum=1.685;SC=TAAGCATGACGACCTATGATG;SOR=1.141;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=82;TCR=21;TR=65;WE=209113121;WS=209113103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,66:0.64:103
chr2	209138946	rs6705163	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=981;SC=GCTGAATAAGCTGAGCTCCTC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=209138954;WS=209138936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	209163556	rs7569723	C	T	10052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=0.103;NF=133;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGAGAATGTTCATGTGACTGA;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=133;TCR=230;TR=362;WE=209163577;WS=209163546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr2	209168853	rs893256	C	T	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=86;PP=2965;SC=ACATTGTTGCCATTGAAGGCC;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=143;TCR=86;TR=229;WE=209168861;WS=209168843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	209176807	rs12624141	T	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=390;SC=GAGGCATTTTTACCCAAAGCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=209176815;WS=209176797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	209184844	rs934712	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=104;SC=CTAAATGAGAATATATTAATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=209184852;WS=209184834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	209184980	rs10932258	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=21;PP=888;SC=TTGTAGATGAGTTCTTGTATT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=209184988;WS=209184970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	209184999	rs10932259	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=22;PP=935;SC=TTAAAAACCCCAAAATTCTTC;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=209185007;WS=209184989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	209189912	rs893255	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=24;PP=1287;SC=TTTTACAGATATTAAGAGAGT;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=209189920;WS=209189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	209190330	rs2363468	T	C	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=150;PP=2965;SC=TTGCTGGAATTGAGGATTGTG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=193;TCR=150;TR=343;WE=209190338;WS=209190320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	209190519	rs893254	A	T	16714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr2	209190528	rs893253	C	G	17445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr2	209191082	rs1529979	C	A	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=140;PP=2965;SC=TTCAAGTGGCCAATCAGGAAG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=258;WE=209191090;WS=209191072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	209191099	rs1529978	T	C	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=133;PP=2965;SC=GAAGCAAAAATGAGGGTGATG;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=236;WE=209191107;WS=209191089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	209194696	rs1437414	G	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=38;PP=1300;SC=AAAATTTCAAGCTAAAACGTA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=67;WE=209194704;WS=209194686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	209195099	rs1866045	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=791;SC=AACTATCACCGTGCTGTAGCT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=209195107;WS=209195089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	209195133	rs12694109	T	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=6;PP=1701;SC=AGCTGCAGGCTCAGAGCAGCA;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=61;TCR=6;TR=67;WE=209195141;WS=209195123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	209199945	rs2363469	A	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=2;PP=1904;SC=TGCCTCATAGAATATAGTTGA;SOR=6.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=66;TCR=2;TR=68;WE=209199953;WS=209199935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	209201054	rs6744236	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=452;SC=TTTTGTTTCCTGTCACTCTCC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=209201062;WS=209201044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	209201739	rs7596571	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=680;SC=TAGTTTAATATGTACTTTAGT;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=209201747;WS=209201729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	209203122	rs4675756	C	G	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=237;SC=AATTTTTTAACGGTATAAATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=209203130;WS=209203112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	209204714	rs2289171	G	A	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=37;PP=2146;ReadPosRankSum=-1.689;SC=TAATATATAAGTAGACTATTT;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=173;TCF=124;TCR=49;TR=123;WE=209204722;WS=209204704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,130:0.72:181
chr2	209209827	rs2304544	G	A	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=82;PP=2965;SC=ACCTATTTCTGCCCTAAGTTG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=131;TCR=82;TR=213;WE=209209835;WS=209209817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	209209997	rs2043718	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=44;PP=1201;SC=AGTTTTATTACAGCATTTATC;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=209210005;WS=209209987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	209212707	rs2304545	G	A	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=112;PP=2965;SC=TTGGGCAGACGGGCAAGGAGG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=98;TCR=112;TR=210;WE=209212715;WS=209212697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	209214770	rs2118297	A	G	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=106;PP=2965;SC=GAGGAGATACACAAAAGAAGC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=223;WE=209214778;WS=209214760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	209215448	rs994696	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=1006;SC=GAGGAAAGATATTTTCTGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=209215456;WS=209215438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	209215586	rs994697	A	G	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=70;PP=2661;SC=ACAGCAGTGAAGAAGATTTCA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=209215594;WS=209215576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	209219190	rs6435453	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=4;PP=1230;SC=AGCACTCAATAAAAGTTAACT;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=209219198;WS=209219180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	209220157	rs10208191	G	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=1200;SC=CAGTTCTGTGGCTGTTTAGAC;SOR=5.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=209220165;WS=209220147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	209224874	rs11357589	CA	C	4345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=38;PP=2951;SC=AGCAGTTTGTCAACCAGCATA;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=79;WE=209224882;WS=209224864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	209293168	rs962595	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=47;PP=1321;SC=TGCAGCAGAACAACAACACTC;SOR=4.575;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=50;WE=209293176;WS=209293158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr2	209358027	rs3820900	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1060;ReadPosRankSum=1.110;SC=GTCGGTGGAACCTCTCCGTGG;SOR=0.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=72;WE=209358035;WS=209358017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr2	210517785	rs2254169	C	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=809;SC=CGGTTTGCTACAAATTTTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=210517793;WS=210517775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	210594540	rs4673486	A	G	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=70;PP=2965;SC=CGAATGCAAGATATAGTTAAA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=173;WE=210594548;WS=210594530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	210594717	rs11389149	C	CT	1286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1346;SC=CCAATCTTGTCTTTTTAAAAA;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=37;WE=210594725;WS=210594707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	210594768	rs7594601	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=354;SC=AGGTCCCAGATTGTAGACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=210594776;WS=210594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	210659434	rs7603924	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=0.332;SC=CTCGATAGTGAGTAAATCTCA;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=9;WE=210659442;WS=210659424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	210678691	rs2159745	T	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=57;PP=1749;SC=TTACACTGTTTCTATTATCTT;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=76;WE=210678699;WS=210678681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	210745681	rs2370838	C	A	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=83;PP=2965;SC=CTTTCATTTCCTAGGTACTGT;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=112;TCR=84;TR=195;WE=210745689;WS=210745671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	210786137	rs9288415	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=701;SC=AAACTACTACGTTTGTGTCAT;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=210786145;WS=210786127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	210834736	rs35262014	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GAAAACAGACGGCTCAGGTGA;SOR=1.426;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=210834744;WS=210834726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	210843383	rs2075117	G	A	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=76;PP=2874;SC=AGCCATCCCAGCAGGCTTCGC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=169;WE=210843391;WS=210843373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	210874246	rs3738934	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=456;SC=TTTAGTATTATTTAATACTGA;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=210874254;WS=210874236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	210880893	rs7570090	C	T	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=93;PP=2754;SC=GGAAGATTTGCGGGAAACAGG;SOR=1.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=155;WE=210880901;WS=210880883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	210882456	rs2243769	G	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=191;SC=AAGTGGATATGCTTTTTTTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=210882464;WS=210882446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	210882677	rs2723213	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	210889759	rs6435550	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=8;PP=1181;SC=GTCTCACCCAAAATTCATGCA;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=210889767;WS=210889749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	211060050	rs2286963	T	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=43;PP=1292;SC=TCTGCTAATTTATGTTGCACT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=211060058;WS=211060040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	211069438	rs263677	G	A	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=67;PP=2045;SC=GTAGAGAATGGTCTCATTTAA;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=211069446;WS=211069428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	211074909	rs3764913	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=35;PP=1215;SC=TAGAAGTCCTTTTTTACACAC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=211074917;WS=211074899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	211302627	rs41272663	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=1.242;SC=ATTAGTTCTGCTGAAGCAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=15;WE=211302635;WS=211302617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr2	211340937	rs3214410	A	AT	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CGAATCATGTATTTTTTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=8;WE=211340945;WS=211340927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr2	211341204	rs56033100	G	GC	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.63;NF=1;NR=16;PP=756;SC=GAGGGCGGCGGCGGCGCCCAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=211341212;WS=211341194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	211421452	rs3835047	A	ATCT	4067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=19;PP=2378;SC=GCCACAAATCATCAAAATGAC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=51;WE=211421460;WS=211421442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	211444533	.	GGT	G	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr2	211452598	rs149496892	TAC	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=-1.257;SC=ATAAAAAAGATACAGTCTGTG;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=211452607;WS=211452593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	211456637	rs1047883	A	G	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	211456637	.	ACC	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=66;NR=50;PP=2947;QD=20;SC=CTTGGACAACACCCTCCCTGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=116;WE=211456647;WS=211456627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,116:0.95:122
chr2	211456639	rs2229589	C	T	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	211481257	rs2287599	C	G	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=69;PP=2781;SC=CACTGAAAGGCCTCAACAGGT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=156;WE=211481265;WS=211481247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	211504065	rs13409110	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GGCCGGGCGCGGTGGCTCACG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=211504073;WS=211504055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	211513118	rs4673540	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=809;SC=GGCTACCACTCGAGCTAATGA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=211513126;WS=211513108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	211514995	rs34449727	G	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1063;ReadPosRankSum=1.206;SC=AGCCCCGACTGGAACTATAGG;SOR=1.099;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=60;WE=211515003;WS=211514985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,67:0.68:99
chr2	211515058	rs3213784	A	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=573;ReadPosRankSum=0.687;SC=CATAAACCTGACCTGCTTTTT;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=45;WE=211515066;WS=211515048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,50:0.28:179
chr2	211523457	rs6435580	C	T	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CACTGTGTTACGTCATGTTGG;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=107;WE=211523465;WS=211523447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,114:0.66:172
chr2	211527827	rs5838215	GT	G	1390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.933;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.488;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,67:0.92:73
chr2	211532800	.	A	ATG	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=124;QD=31.75;SC=TTGTGCGTGCATGTGTGTGTG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=211532808;WS=211532796;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	211533070	rs10932347	A	G	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=70;PP=2115;SC=GAGGGGCAGGATAGAATGTTA;SOR=1.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=106;WE=211533078;WS=211533060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	211542525	rs17832175	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-0.861;SC=AAAACTGGGGACAGACACTTG;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=11;WE=211542533;WS=211542515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	212251864	rs3748962	T	C	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=44;PP=1309;SC=CATCTCGGTATACAAACTGGT;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=212251872;WS=212251854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	212252604	rs142532239	G	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=30;PP=1890;ReadPosRankSum=1.123;SC=GCAGAGACGAGAGAGGAAACA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=127;TCR=48;TR=109;WE=212252612;WS=212252594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,111:0.62:180
chr2	212252809	rs934607	G	A	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=170;PP=2965;SC=AAGCCACATGGGTCGTATGAA;SOR=2.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=49;TCR=170;TR=219;WE=212252817;WS=212252799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	212488870	rs3215298	G	GC	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=945;SC=TTCTTACAAAGAAAAACACAC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=20;WE=212488878;WS=212488860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	212543924	rs4673628	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	212544024	rs10169970	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=199;SC=TATGGCAAATGACTTTGGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=212544032;WS=212544014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	212569983	rs6723705	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=17;PP=1001;SC=AGTCAATCTTGTGTAATTTTT;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=212569991;WS=212569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	212587321	rs13002712	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=62;PP=1621;SC=TTAATGAAACGCTGCCAAAAC;SOR=2.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=212587329;WS=212587311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	212615516	rs6757068	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=62;PP=1631;SC=GAAATACTCCTGCTCCTTTAT;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=93;WE=212615524;WS=212615506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	213291226	rs34480397	C	CTCTT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=0.706;SC=AAACCTCAATCTCTTTATCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=213291234;WS=213291216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	213886454	rs2291241	A	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=36;PP=1108;SC=TCTGGTTAGAAAAATGAAAAA;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=213886462;WS=213886444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	213886647	rs141472671	A	ATTTTATCT	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=574;SC=ACAGCATAAGATTTTATCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=213886655;WS=213886637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	213914343	rs2165444	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=389;SC=TGGTCATTACCGACTACATAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=213914351;WS=213914333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	214012405	rs6738070	A	C	4484.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=3.568;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,188:0.92:204
chr2	214142631	rs13000409	G	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=799;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CAGGGCATGTGAGAGGTCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=52;WE=214142639;WS=214142621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr2	214228792	rs12469417	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=226;SC=TTGAATTTTACTTTTTAGATT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=214228800;WS=214228782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	214228959	rs4146048	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=408;SC=GATATTTAAAGGTGAGTAAGT;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=214228967;WS=214228949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	214233812	rs6752347	C	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=529;SC=AGTGTGGAAACAATTTTAATT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=214233820;WS=214233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	214261534	rs339815	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=0.365;SC=ACCCTTTATCTGTGTTCTTTA;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=214261542;WS=214261524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	215102929	rs1912207	T	A	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=44;PP=2315;SC=TGTTACCTCATATTGAAGTTG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=123;WE=215102937;WS=215102919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	215595765	rs6435849	C	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;PP=1026;SC=AACAGCGCTTCCTAAAATAAA;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=59;WE=215595773;WS=215595755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	215595861	rs34664471	G	GA	292.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=41.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	215595872	rs28685662	G	A	301.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=AAAAAAAAAAGCATTCTTTTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=215595880;WS=215595851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	215632256	rs2070093	A	G	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=73;PP=2825;SC=CTATATCCACATGCCCATTCT;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=165;WE=215632264;WS=215632246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	215645545	rs2070096	C	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1197;ReadPosRankSum=1.824;SC=CTGAGGGCACCGTTTGCTTAA;SOR=0.340;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=74;WE=215645553;WS=215645535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr2	215674090	rs35933323	T	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1115;ReadPosRankSum=0.648;SC=CCAGAAACTGTGCGACCCGTG;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=163;TCR=127;TR=92;WE=215674098;WS=215674080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,100:0.33:301
chr2	215674323	rs1129804	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AGGCTCCTCGCAGAGCGGGAA;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=4;WE=215674331;WS=215674313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr2	215674341	rs17489363	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr2	215797332	rs17426207	C	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=23;PP=1421;SC=ATTGGTCACACGCTGAGATTG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=215797340;WS=215797322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	215797527	rs10532785	AATTC	A	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=331;ReadPosRankSum=1.633;SC=AAATAAAGTTAATTCATTCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=215797542;WS=215797517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	215802112	rs3738884	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.26;NF=5;NR=3;PP=139;SC=TTGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=215802120;WS=215802102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	215812297	rs2274412	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	215814013	.	T	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.216;SC=GATAGTGTAATGCTCTTGATA;SOR=0.148;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=215814021;WS=215814003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	215820013	rs10498027	G	A	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=110;PP=2965;SC=TGACACAGACGTAAGTGATGA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=109;TCR=112;TR=219;WE=215820021;WS=215820003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	215821580	rs17492577	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=240;SC=CCCATCTAGTTTAAAACTGCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=215821588;WS=215821570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	215833415	rs4673925	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=852;SC=TCATTTGTATAACATTCCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=215833423;WS=215833405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	215833622	rs6756540	G	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=542;SC=TCAACTTTTTGTTTCTGTTAG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=215833630;WS=215833612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	215840414	rs17493319	C	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=288;SC=CTTCTAAGTACTTTATTCTCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=215840422;WS=215840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	215840829	rs7594021	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=510;SC=AACTTCAGAAACTATATATAA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=215840837;WS=215840819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	215848034	rs7608150	T	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	215851246	rs7559069	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=4;PP=991;SC=ATGGCAATAAATGTCAAAAAG;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=215851254;WS=215851236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	215855780	rs4533467	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1044;ReadPosRankSum=0.764;SC=AATGTGAGGCGCTTGTTATGC;SOR=1.105;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=62;WE=215855788;WS=215855770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr2	215862383	rs1980844	G	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=8;PP=1153;SC=TCTATGAACAGGACTTATTCA;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=215862391;WS=215862373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	215862633	rs1326748	C	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=505;SC=TTACATTGAACTTATGATCGT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=215862641;WS=215862623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	215872334	rs940279	G	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=18;PP=1711;SC=CTGGAAGAGAGGCAATTTAAT;SOR=2.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=215872342;WS=215872324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	215874965	rs6733264	G	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=356;SC=AAGATAGAAAGAAATCAGTCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=215874973;WS=215874955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	215875251	rs1409607	A	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=1040;SC=ATCCATTTCCACATGGCAAAT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=215875259;WS=215875241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	215876166	rs7560008	A	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=544;SC=TACTCACTGGAATTTATGGGA;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=215876174;WS=215876156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	215878240	rs7594353	G	A	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.08;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	215878246	rs10192100	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	215880108	rs6753310	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=314;SC=TTCCAAAAGCCGAATAAATGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=215880116;WS=215880098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	215890312	rs2177423	A	G	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=51;SC=AAATATTATGAGAAGTGTTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=215890332;WS=215890305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	215890324	.	G	GT	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=41.05;NF=2;NR=0;PP=30;QD=21.0;SC=AAGTGTTAAGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=215890332;WS=215890305;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	215901592	rs1474331	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	215901774	rs17501837	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=520;ReadPosRankSum=0.825;SC=AAACCTTCTGCACAACCAGCA;SOR=0.494;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=52;WE=215901782;WS=215901764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,55:0.31:177
chr2	215919166	rs10194592	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
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chr2	215928972	rs1523721	G	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=888;SC=CATTACATCAGTATGGCACAT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=215928980;WS=215928962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	215940242	rs6711179	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.504;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,46:0.31:148
chr2	215940283	.	GA	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,26:0.17:151
chr2	215976231	rs2948978	A	T	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=67;SC=ACAAAAAAAAATTTTTGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=215976239;WS=215976221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	216176807	rs4535042	T	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	216182769	rs4672766	A	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.24;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	216182769	.	AC	TC,TT	598	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=31,7;NR=2,0;PP=598,51;QD=19.1748852287;SC=CAGAATTTTCACGTTGAATTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=33,7;WE=216182778;WS=216182759;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:34
chr2	216182770	rs75285060	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	216184482	rs16853782	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr2	216189825	rs3772077	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=1.117;SC=GAATTCTAAAATGTCAGGCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=216189833;WS=216189818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	216189845	rs3772078	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=2.000;SC=CACAGTTTATATATTAGTTCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=216189853;WS=216189835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	216190020	rs2372536	C	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=920;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CCAGGTGTAACTGTTGAGGAG;SOR=0.549;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=66;WE=216190028;WS=216190010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,77:0.61:127
chr2	216190691	rs2177737	A	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=35;PP=1603;SC=AAAATCAATAAGTCTTTTGTT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=216190699;WS=216190681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	216191533	rs78562722	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-1.501;SC=ACAAAACTTACGCTTTTTGTA;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=14;WE=216191541;WS=216191523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr2	216199525	rs12466139	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.697;SC=TAAAATCTTATGTAAACAGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=216199533;WS=216199515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	216199551	rs10932608	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=1.070;SC=AGCTTTAGAGTAATGAATTTT;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=216199559;WS=216199541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	216200907	rs13002576	C	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=58;PP=1733;SC=CTCTTTCTCCCTTGTTTACTC;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=216200915;WS=216200897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	216209472	rs13010249	A	G	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.653;SC=AAAAGGCCCCATGCAATTTAC;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=90;WE=216209480;WS=216209462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,103:0.59:175
chr2	216211712	rs10932609	A	T	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=73;PP=2234;SC=ATTCAGTTCAACCCTTTATGT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=108;WE=216211720;WS=216211702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	216212279	rs4673992	G	C	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=58;PP=2822;SC=AAAACAGAAGGCTGCTAATCA;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=143;WE=216212287;WS=216212269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	216212339	rs4673993	T	C	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1677;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CAGTTTTTTATTCAGGAGCAG;SOR=0.435;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=101;WE=216212347;WS=216212329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,106:0.65:163
chr2	216214124	rs4672768	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=490;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGTGGATGGAGAACCCAAATC;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=21;WE=216214132;WS=216214114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	216214492	rs10498036	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=-1.214;SC=ACTGGATCCATAGTTTTTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=11;WE=216214500;WS=216214482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	216229692	rs11651	A	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TCCCATCATCATAACACGTTG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=120;WE=216229700;WS=216229682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,129:0.65:199
chr2	216235089	rs1250209	C	T	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=TCCACTATGACGTTGTAGGTG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=105;TCR=104;TR=208;WE=216235097;WS=216235079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
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chr2	216248305	rs1250203	G	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TCGAATGATCGCTTACATGAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=216248313;WS=216248295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr2	216249819	rs1250201	C	T	119.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=1.383;SC=GTAAATACTACGTGTAATTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=216249827;WS=216249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	216253039	rs1250215	G	C	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1172;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGGGGCAAATGGGGCTTATTT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=81;WE=216253047;WS=216253029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr2	216256344	rs10498038	C	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1194;ReadPosRankSum=2.624;SC=CAGATACATTCAACTGCTTAC;SOR=1.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=66;WE=216256352;WS=216256334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,67:0.69:97
chr2	216257949	rs113798880	GA	G	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.427;NF=0;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=0.093;SC=AAAGCAAAGGGAGGGGGAGGC;SOR=0.848;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=8;WE=216257957;WS=216257939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,9:0.15:60
chr2	216259479	rs71428382	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=2.277;SC=TTGCACAGAGGATCTGTGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=21;WE=216259487;WS=216259469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr2	216269095	rs13306359	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-3.588;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr2	216269209	rs1053238	T	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.302;SC=GATTCCTCAGTGGGTACTTGG;SOR=0.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=76;WE=216269217;WS=216269199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr2	216269254	rs7589580	T	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=926;ReadPosRankSum=1.454;SC=GCCTGGGCTGTCCTCTTCGGG;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=66;WE=216269262;WS=216269244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr2	216271812	rs7592898	A	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=340;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AACAATCCTGATAAGATAACA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=16;WE=216271820;WS=216271802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	216272900	rs2577301	T	G	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.97;NF=87;NR=59;PP=2675;SC=TCCACAGTCGTGTCAGGAGGG;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=216272908;WS=216272890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	216274853	rs5838510	A	AAC	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AATTTAAATTAACACACACAC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=6;WE=216274861;WS=216274843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	216288841	rs56137176	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=1.942;SC=TTTTTCTCACTTCTGTGGCTC;SOR=1.138;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=14;WE=216288849;WS=216288831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr2	216296730	.	AT	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,20:0.14:140
chr2	216299629	rs1250247	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=0.367;SC=TGAATATTGACGTACATATTT;SOR=0.096;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=216299637;WS=216299619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	216300482	rs1250259	T	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=1.081;SC=CCCCAGGCACTGGACGGCCAG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=25;WE=216300499;WS=216300472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr2	216878008	rs1864253	C	G	6651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=133;PP=2965;SC=CACTCGCACCCGCAGCAGCAG;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=94;TCR=135;TR=227;WE=216878016;WS=216877998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	216908679	rs2303842	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=954;ReadPosRankSum=0.344;SC=CCACATCCACCGACTGTCCAG;SOR=0.895;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=61;WE=216908687;WS=216908669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr2	216982370	rs3815855	C	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TCACATAGTTCAGTGTCCACA;SOR=0.283;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=17;WE=216982378;WS=216982360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr2	217001882	rs17819382	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,58:0.30:193
chr2	217012901	rs207906	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=54;PP=1766;SC=AGGTGACAACAAAAAGTCAGA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=103;WE=217012909;WS=217012891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	217055171	rs12470053	A	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=56;PP=1696;SC=CATTCTCAATATGAATAGCAG;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=217055179;WS=217055161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	217069151	rs1438162	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=61;PP=1967;SC=CTGGTGTTCTATGATTGAAGT;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=217069159;WS=217069141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	217123958	rs169616	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=667;ReadPosRankSum=0.386;SC=CTGTTGGCTCTGGGGGTGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=27;WE=217123966;WS=217123948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	217148417	rs876771	C	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=78;PP=2487;SC=TGCACTTGACCGAGCCATCAC;SOR=1.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=117;WE=217148425;WS=217148407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	217281150	rs3214962	AC	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTTTCAGGGCACCCCCCCCAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=217281158;WS=217281140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	217364452	rs284573	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=257;ReadPosRankSum=-2.077;SC=GTCTGTGCATCTAATACCATT;SOR=0.283;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=217364460;WS=217364442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	217364539	rs284572	C	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=33;PP=1478;SC=ACAGCAATCCCTGTTTTGTTT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=217364547;WS=217364529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	217498290	rs5838590	C	CGCCGCTGCT	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=678;SC=CTGCCGCCGCCGCCGCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=217498298;WS=217498280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	217541582	rs2160549	T	C	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=117;PP=2965;SC=AGATGCCACGTTTGCGGCCAC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=123;TCR=117;TR=240;WE=217541590;WS=217541572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr2	217724544	rs62180545	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-2.131;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,50:0.26:191
chr2	217736131	rs2241191	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=248;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TGAAAAACACGTGGGTTCTTG;SOR=0.215;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=22;WE=217736139;WS=217736121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr2	218577575	rs1835333	T	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=362;SC=AGTTTGCATCTGTCACCCACC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=218577583;WS=218577565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	218604247	rs4672848	A	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=20;PP=1522;SC=GCATAAGTAGAACTGGGGCAG;SOR=1.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=72;WE=218604255;WS=218604237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	218604302	rs11336139	GA	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr2	218604356	rs4294980	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=73;PP=2601;SC=GCCAGGGAGAGGCAACTTGCA;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=132;WE=218604364;WS=218604346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	218673230	rs143914712	GCA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr2	218694510	rs55877504	CT	C	2666.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=20;PP=1526;SC=TCAAGCCCTGCTTTGAAAAGC;SOR=1.123;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=35;WE=218694533;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	218694512	rs55694913	T	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=20;PP=969;SC=AAGCCCTGCTTTGAAAAGCCA;SOR=1.197;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=59;WE=218694533;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	218694691	rs10188605	A	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.83;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr2	218695102	rs3796028	G	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=52;PP=1904;SC=GGCTGGATCCGTCTTCTGGTA;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=218695110;WS=218695092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	218706723	rs918951	G	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=677;SC=AGGGGCCACAGGAGTGGCCAA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=218706731;WS=218706713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	218706857	rs918952	T	C	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=42;PP=1887;SC=ATGTGGGAGGTTCCAGGACTC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=218706865;WS=218706847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	218707083	rs60916851	A	AC	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.34;NF=0;NR=6;PP=199;SC=TTCCCCTGAAACTGCTCTTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=218707091;WS=218707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	218712102	rs55763335	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=603;SC=TGGCTAGCATATAGGCTCCTG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=218712110;WS=218712101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	218712306	rs1004814	C	T	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=72;PP=2665;SC=GGTCTGAAGTCGCTTCCTTTG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=139;WE=218712314;WS=218712296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	218712606	rs1364641	G	A	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=68;PP=2965;SC=GGGACTGACGGGAGGATCCAG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=139;WE=218712614;WS=218712596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	218712726	rs1364642	A	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=92;PP=2965;SC=GCATCAGCATATTGAGTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=194;WE=218712734;WS=218712716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	218712918	rs3796031	C	T	8438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=80;PP=2965;SC=GCTGCTGCCACGAATTCAGTC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=182;WE=218712926;WS=218712908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	218712936	rs3796032	C	T	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=95;PP=2965;SC=GTCCCCTTTGCACAGCCTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=201;WE=218712944;WS=218712926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	218713282	rs3796033	G	A	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=119;PP=2965;SC=CCCCTCACTGGTGTTGGTGAC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=138;TCR=120;TR=257;WE=218713290;WS=218713272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	218745685	rs10199795	G	A	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=82;PP=2468;ReadPosRankSum=1.058;SC=TGAGGGGGTCGGAGGTGTTAT;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=103;TCR=132;TR=148;WE=218745693;WS=218745675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,155:0.64:243
chr2	218750453	rs35040165	A	AG	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=434;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTTGACACAGAGGACAGCACT;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=15;WE=218750461;WS=218750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr2	218758070	rs56217129	C	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.469;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CAGGTACACACAATCATCCAA;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=218758078;WS=218758060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
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chr2	219082119	rs2271541	G	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=467;ReadPosRankSum=1.555;SC=CAGCAGGGCCGCTCCCTCCGT;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=136;TCF=96;TCR=40;TR=40;WE=219082127;WS=219082109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
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chr2	219093278	rs60528331	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=217;SC=GCAAAGAAACAAGTGCTCAGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=219093286;WS=219093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	219099260	rs1018288	G	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=420;SC=TTTCAACTCCGTCCATAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=219099268;WS=219099250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	219099484	rs10932765	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TAATTCTGCATACTACATATT;SOR=1.095;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=10;WE=219099492;WS=219099474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr2	219103580	rs10169718	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=188;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CCATGTGAGTATAGAATTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=16;WE=219103588;WS=219103570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr2	219128506	rs2292549	C	T	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=53;PP=1450;SC=CTGTCTCTACCGGGCCCCACT;SOR=2.239;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=71;WE=219128514;WS=219128496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	219138940	rs4791	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=341;ReadPosRankSum=0.633;SC=TAGACATAAACTTTATTACAT;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=31;WE=219138948;WS=219138930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr2	219139573	rs6734242	G	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=192;SC=TGCTCGTTCTGTTATCTGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=219139581;WS=219139563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	219140288	rs2292550	G	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=934;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TGTAGTCCTCGGGGCTGATGG;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=87;WE=219140296;WS=219140278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,90:0.61:147
chr2	219142023	rs2168703	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=530;SC=TCCCTAGTGTGCCGGGGTCCG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=219142031;WS=219142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	219142491	rs2271543	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=2899;ReadPosRankSum=-0.953;SC=AGCTGGGGAACGCCACCAAGT;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=73;WE=219142500;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,72:0.64:113
chr2	219142492	rs2168704	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=1370;ReadPosRankSum=0.989;SC=GCTGGGGAACGCCACCAAGTT;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=40;WE=219142500;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr2	219142594	rs3817266	C	T	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GGTCCCCATCCCTTCCCTGGG;SOR=0.860;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=215;TCF=116;TCR=99;TR=134;WE=219142602;WS=219142584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,140:0.61:231
chr2	219142773	rs6707559	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CAGAAGGAAGCGCTTGGCTCC;SOR=0.402;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=28;WE=219142781;WS=219142763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr2	219143229	rs2292551	G	A	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=88;PP=2896;ReadPosRankSum=0.296;SC=TTAAGTCTCTGGGACTCACCT;SOR=0.515;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=186;WE=219143237;WS=219143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,193:0.71:270
chr2	219143327	rs2292552	T	C	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=89;PP=2563;ReadPosRankSum=0.242;SC=CAGGCCCAAATCTGCCCCGCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=155;WE=219143335;WS=219143317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,160:0.67:239
chr2	219144089	rs12987180	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GGACACAGACGGCCGGGCATG;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=77;WE=219144097;WS=219144079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,84:0.76:110
chr2	219144149	rs12987219	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=2.353;SC=CCAGCCCCCAGTACTTTCCTC;SOR=1.207;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=27;WE=219144157;WS=219144139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr2	219144815	rs2045435	T	C	10200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=198;PP=2965;SC=TATCACTCACTGCTCTCTCCT;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=181;TCR=198;TR=378;WE=219144833;WS=219144805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
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chr2	219146803	rs2292553	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CCCAGGGGGCGGAGGGCCTGG;SOR=1.247;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=9;WE=219146811;WS=219146793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr2	219153983	rs10707182	GA	G	350.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=203;SC=GTGGGGACCTGAAGTTCTTGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	219187901	rs1870125	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=0.400;SC=ACGTCCAGAGCCGGCAGGCAG;SOR=0.257;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=12;WE=219187909;WS=219187891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	219206919	rs3816562	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.606;SC=GAGACAGAAGCCAGGGCAGCC;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=13;WE=219206927;WS=219206909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	219209393	rs1350336	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=824;SC=CCTCCCCAAAACTCTGACCTC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=219209401;WS=219209383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	219221846	rs4324314	G	A	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=73;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.182;SC=ACCAGCCCTCGGGTCCGGAGT;SOR=0.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=122;TCR=118;TR=153;WE=219221854;WS=219221836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,165:0.65:252
chr2	219227756	rs6723716	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=325;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CAGGTGGGAATGGGGCTTTCA;SOR=1.122;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=23;WE=219227764;WS=219227746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr2	219231807	rs3845833	C	T	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=67;PP=1973;SC=CCAAGATGCCCATCTTGAGGG;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=118;WE=219231815;WS=219231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	219232354	rs7608923	C	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=0.238;SC=AAGGCTCCAGCGCCCCTTAGC;SOR=1.652;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=18;WE=219232362;WS=219232344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr2	219249013	rs2276631	C	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=38;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GGCCTGGCTTCCTCATGAGCA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=103;WE=219249021;WS=219249003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,106:0.63:168
chr2	219249771	rs6734861	C	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTCTCCCACCCCCTCCCCGAG;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=219249779;WS=219249769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	219250003	rs3731865	G	C	4503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=87;PP=2952;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AGCTTGGGGGGCCTGGACAGG;SOR=0.568;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=139;TCR=121;TR=182;WE=219250011;WS=219249993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,196:0.70:281
chr2	219252208	rs3731863	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,63:0.38:167
chr2	219252377	rs2290708	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GTGCTGCAACCCCACTGTGGA;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=65;WE=219252385;WS=219252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,65:0.78:83
chr2	219254622	rs2695342	A	G	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=93;PP=2965;SC=CCCGCCGAGCAGACATCAGAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=102;TCR=94;TR=195;WE=219254630;WS=219254612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	219254842	rs3816560	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGCTGAGCCCTTCTGAGTCTC;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=219254850;WS=219254832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	219257688	rs2045433	T	C	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=41;PP=2117;SC=CACCAAGGAGTTCACCCCCAC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=107;WE=219257696;WS=219257678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	219259270	rs2279015	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1043;ReadPosRankSum=2.146;SC=CCCACCCCCAGTGTGGGCGCT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=61;WE=219259278;WS=219259260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr2	219263277	rs2695344	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=567;SC=CTTCTGGCAGACGCCGCTCCC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=219263285;WS=219263267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	219265094	rs2579958	T	C	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=81;PP=2965;SC=GCGCTCCTGTTCGCTCGAGGT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=167;WE=219265102;WS=219265084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	219265136	rs11463820	T	TC	7685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=94;PP=2965;SC=GAGAGGGAACTCTTCGGGGGT;SOR=1.125;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=11;TCR=96;TR=105;WE=219265144;WS=219265126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	219266204	rs2252235	T	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TCCTCCTGGCTCAGGGGTTCA;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=96;TCR=38;TR=66;WE=219266212;WS=219266194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr2	219266423	rs2227251	C	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1208;ReadPosRankSum=0.287;SC=AGGAGAATGGCGCCATCCCTA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=70;WE=219266431;WS=219266413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
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chr2	219267913	rs2227258	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,82:0.28:292
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chr2	219294258	rs6720403	A	C	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2402;ReadPosRankSum=0.426;SC=TCCCTGGGAGAAGGTGCCCTG;SOR=0.687;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=137;WE=219294266;WS=219294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,140:0.74:190
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chr2	219296545	rs17572485	G	A	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=39;PP=1715;ReadPosRankSum=-1.822;SC=GACCTCAGCTGGTGACAGTTG;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=111;TCR=62;TR=108;WE=219296553;WS=219296535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,112:0.63:177
chr2	219296837	rs35716557	C	T	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TCTATGGGGGCGACTGCTACC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=76;WE=219296845;WS=219296827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,85:0.56:151
chr2	219300026	rs142048006	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr2	219305404	rs2305833	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=764;ReadPosRankSum=1.178;SC=AGGTAGCTGTGCACCAGCTAA;SOR=0.515;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=51;WE=219305412;WS=219305394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr2	219319657	rs6436058	A	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=43;PP=1862;SC=TGTTCCTCACAAGGCCTGACG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=219319665;WS=219319647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	219320233	.	GAAAAAA	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	219321692	rs5838699	CA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.376;SC=GACTGGATCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=9;WE=219321700;WS=219321682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	219324423	rs199821589	AGTG	A	1178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.609;NF=25;NR=1;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.184;SC=ATGAACCTGCAGTGGACACTG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=26;WE=219324433;WS=219324413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	219339283	rs549026	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=1.546;SC=ATTTGGAGGTTATTTGTCACT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=10;WE=219339291;WS=219339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	219353195	rs10932782	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=115;ReadPosRankSum=1.028;SC=ACACAAGAAACACAAATATAC;SOR=0.247;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=13;WE=219353203;WS=219353185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr2	219399525	.	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=1.803;SC=CATTTAAAGTGCCAAATTCAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=219399533;WS=219399515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	219433597	rs526897	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GCGGCTCATTGTTTTCCGCTG;SOR=1.147;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=18;WE=219433605;WS=219433587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	219433888	rs689116	C	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=0.051;SC=CCTTGCCGGACGCCTCTCGCG;SOR=1.323;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=13;TCR=71;TR=28;WE=219433896;WS=219433878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr2	219445860	rs34214861	GAA	G	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTATGGAAAAGAAATGGGTTT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=9;WE=219445869;WS=219445850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	219447912	rs2952825	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=53;PP=2004;SC=GAGAGAGAGAACGTTTGTGTG;SOR=2.256;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=68;WE=219447931;WS=219447900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	219480804	rs485765	G	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=538;ReadPosRankSum=1.275;SC=CCTGGATAGTGGGGGGTGGAT;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=44;WE=219480812;WS=219480794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr2	219487299	rs1850169	A	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr2	219492924	rs612874	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,74:0.32:234
chr2	219498022	rs181002295	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TCACCCAGGATATAACATAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=11;WE=219498030;WS=219498012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	219498759	rs7574429	T	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=0.223;SC=AGAGTAGGCATGGTCCTTGGG;SOR=0.738;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=34;WE=219498767;WS=219498749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr2	219501133	rs2278530	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=833;ReadPosRankSum=1.883;SC=AGCCCCTTTGGCCCCTGGCCA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=247;TCF=123;TCR=124;TR=85;WE=219501141;WS=219501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,94:0.35:268
chr2	219501328	rs1055816	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AAGGGTTGGTGTGCTGGCTTT;SOR=0.955;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=11;WE=219501336;WS=219501318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr2	219508372	rs3770213	A	T	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GACTGTGGCAAGAGGCTCTTC;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=125;WE=219508380;WS=219508362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,127:0.59:214
chr2	219508988	rs3770214	T	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=866;ReadPosRankSum=0.803;SC=TCTTCAGCACTCAAGTCAGAA;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=56;WE=219508996;WS=219508978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,61:0.35:172
chr2	219509618	rs2230115	C	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=848;ReadPosRankSum=-1.982;SC=TAGAGTGGGGCCGGTGTGCCA;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=65;WE=219509626;WS=219509608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,68:0.36:190
chr2	219513782	rs4674322	T	C	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1444;ReadPosRankSum=-1.767;SC=GAAGGGGTAATGGCTCTGCTG;SOR=0.761;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=96;WE=219513790;WS=219513772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
chr2	219517088	rs4674323	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=0.915;SC=TAGGAGTTAGTTACTAGTAGA;SOR=0.442;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=24;WE=219517096;WS=219517078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr2	219525582	rs6722185	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=470;SC=CCACACAGTAATGCTGACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=20;WE=219525590;WS=219525572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219527005	rs2303561	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AAATTTCTCTCAACTTGGCAA;SOR=0.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=90;WE=219527013;WS=219526995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr2	219529348	rs2243911	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1205;ReadPosRankSum=0.139;SC=GGGCTGACCACGATCAGCCTA;SOR=0.362;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=64;WE=219529356;WS=219529338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr2	219532903	rs2556384	C	T	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=-2.632;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,106:0.61:173
chr2	219532903	.	CGG	TGA	2921	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=47;NR=45;PP=2921;QD=20;SC=ACTGCTGAAGCGGTCCACCCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=92;WE=219532913;WS=219532893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:69,92:0.57:161
chr2	219532905	rs2556385	G	A	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=-2.887;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,106:0.62:172
chr2	219541056	rs2556388	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=0.420;SC=TCTCCCTCTATCTCTGTTCCT;SOR=0.392;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=25;WE=219541064;WS=219541046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	219545309	rs2303565	T	C	8442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GTTCTACCCCTTGGCTTCCTC;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=246;TCR=230;TR=348;WE=219545317;WS=219545299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,364:0.73:500
chr2	219555262	rs1344642	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1145;ReadPosRankSum=1.141;SC=CAGACTTTGCGGAGGGACAGC;SOR=0.451;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=72;WE=219555270;WS=219555252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr2	219558193	rs55996799	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=0.048;SC=ATTTGAGACACCCCCTTGGAA;SOR=1.708;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=18;WE=219558201;WS=219558183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	219562675	rs1863704	G	A	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=80;PP=1973;ReadPosRankSum=-2.423;SC=CTCCTTATAGGTGTCTTGGCC;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=89;TCR=121;TR=132;WE=219562683;WS=219562665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,133:0.62:215
chr2	219602499	rs3731877	G	C	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.713;SC=CACGCCACCTGAGAAACCCTC;SOR=0.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=80;WE=219602507;WS=219602489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,91:0.66:138
chr2	219602819	rs3731876	G	A	5437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GTTCGAGCCCGTCAGAAAAAA;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=387;TCF=188;TCR=199;TR=234;WE=219602827;WS=219602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,238:0.60:395
chr2	219605118	rs7562426	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCAAAGCAGCGGGGTGGTGCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=25;WE=219605126;WS=219605108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr2	219609776	rs2272191	G	A	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=34;PP=2306;ReadPosRankSum=1.358;SC=TAGTAACGACGCTTCAGGGCT;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=146;TCR=51;TR=131;WE=219609784;WS=219609766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,139:0.67:209
chr2	219609995	rs2272190	G	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=58;PP=1095;ReadPosRankSum=0.034;SC=AAGAGCCCCCGGGGAGAAGGT;SOR=1.077;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=71;WE=219610003;WS=219609985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,74:0.63:118
chr2	219610322	rs2272189	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=0.842;SC=GCCCAGGGAAGAATGGGCAGC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=219610330;WS=219610312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	219610433	rs586194	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=622;ReadPosRankSum=0.193;SC=TTCCCTGGGAACAGAGGAAGT;SOR=0.463;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=47;WE=219610441;WS=219610423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr2	219612282	rs2272188	A	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=605;ReadPosRankSum=0.577;SC=GAGCCCCATCATCTGGCTGTA;SOR=0.478;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=44;WE=219612290;WS=219612272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr2	219618237	rs6436073	A	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=424;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GCTGGAGGGTACCAAGACCCC;SOR=0.904;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=21;WE=219618245;WS=219618227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr2	219618497	rs6757772	T	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=-0.586;SC=ATTCTCCAGCTGGGGGTTGGT;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=219618505;WS=219618487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	219618708	rs55900247	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GTAAATAGAATTTTTTTTATG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=15;WE=219618716;WS=219618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	219691566	rs1467320	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=579;SC=GGATGGCATGAGAAACCCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=219691574;WS=219691556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	219692527	rs11385903	G	GC	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=18;PP=1642;SC=ATCACCAACAGCCCTTTCCGG;SOR=1.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=39;WE=219692535;WS=219692517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	219692790	rs5838710	A	AG	2938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=39;PP=1910;SC=GCATCCCTGCAGGGAGGGGCG;SOR=0.965;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=45;WE=219692798;WS=219692780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	219696014	rs650898	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=23;PP=1205;SC=GGGACAAGGAGGTGGGGGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=219696022;WS=219696004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	219736369	rs141494427	C	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=0.838;SC=CCCGGACCCCCTGGCCCCGCG;SOR=0.703;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=31;WE=219736377;WS=219736359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr2	219736472	rs13417214	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=1.644;SC=TTATGGACGCGCGGCACAAGC;SOR=0.953;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=26;WE=219736480;WS=219736462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr2	219892233	rs61749573	T	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=43;PP=2487;SC=CTCATAGGGGTCACTGTCCAG;SOR=1.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=125;WE=219892241;WS=219892223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	219903258	rs6736922	T	G	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GTGAGCATCATGTCCTTGGGA;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=185;WE=219903266;WS=219903248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr2	219903723	rs4674354	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=28;PP=1004;SC=ATGGATTCTCCACCTTCTGGG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=219903731;WS=219903713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	219903787	rs4672910	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr2	219905247	rs3736403	T	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1248;ReadPosRankSum=1.194;SC=CTACCTCCAATTGTGAACTGG;SOR=0.842;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=82;WE=219905255;WS=219905237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,92:0.68:135
chr2	219906066	rs11674400	C	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-1.807;SC=AAGACTCAGTCCCATGGGGCT;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=219906074;WS=219906065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	219920037	rs394452	A	G	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=80;PP=2965;SC=CCTCCCCCGGAGTCCAGCTGC;SOR=1.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=128;TCR=80;TR=208;WE=219920045;WS=219920027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	219920412	rs3731881	A	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;ReadPosRankSum=-2.172;SC=TCAGCCTGTGAGGCTCGCGGT;SOR=0.667;Source=Platypus;TCF=114;TR=78;WE=219920420;WS=219920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,84:0.38:219
chr2	219920565	rs3731878	C	T	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AGCAGCCGCCCGTCTTGGCTG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=91;WE=219920573;WS=219920555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,106:0.62:170
chr2	219922073	rs34694069	G	GC	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=343;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CCCCGGGCGGGCTCTTCACCT;SOR=0.296;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=9;WE=219922081;WS=219922063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr2	219923410	rs71974827	G	GAGA	1751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,50:0.30:167
chr2	219941063	rs897477	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=37;PP=1711;SC=CTTGGAAGCTGTTCTCCAAGT;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=219941071;WS=219941053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	220012576	rs7585742	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=0.395;SC=TTCCAATTCAGTATTAGGTAC;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=19;WE=220012584;WS=220012566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr2	220022176	rs6436120	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=419;SC=CCCAACCCCACATTCGAATTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=220022184;WS=220022166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220022435	rs2030452	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr2	220028900	rs6753739	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=19;PP=1458;SC=AGAACTGATCAGGCCACACTG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=65;WE=220028908;WS=220028889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220033830	rs3795986	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=489;ReadPosRankSum=-1.544;SC=GGAGGCTAGGAAAAGTTTGGG;SOR=0.623;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=41;WE=220033838;WS=220033820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr2	220033956	rs6436121	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATCTCAATTCTGCACCCACCT;SOR=1.473;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=13;WE=220033964;WS=220033946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr2	220037393	rs4674361	A	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=82;PP=2965;SC=AAGTGAAAGGAGCACCGGGCT;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=170;WE=220037401;WS=220037383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	220037444	rs17655123	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.295;SC=ATGGTACCAGGGGCTGGACAG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=84;WE=220037452;WS=220037434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,88:0.71:124
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chr2	220037756	rs1043160	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=535;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGGTGTAGGGATGCAGGACAG;SOR=0.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=45;WE=220037764;WS=220037746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,50:0.31:161
chr2	220040330	rs1127101	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=869;ReadPosRankSum=-2.264;SC=CATGAGCTACATATTTCTTCT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=79;WE=220040338;WS=220040320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,82:0.36:229
chr2	220041091	rs6436123	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.058;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
chr2	220041433	rs6436124	C	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr2	220041455	rs6436125	C	T	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=41;PP=2769;SC=GCCGGGAGGCCGGGGAGGGGG;SOR=1.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=130;WE=220041463;WS=220041445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	220045035	rs7577690	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=0.556;SC=GGGGATGGGAGTGGAGTGATA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=32;WE=220045043;WS=220045025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr2	220046349	rs2272017	G	C	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1162;ReadPosRankSum=0.931;SC=GTTCATCCTGGTTCTCCTGCC;SOR=0.376;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=86;WE=220046357;WS=220046339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,88:0.43:205
chr2	220046840	rs3210652	G	A	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2061;ReadPosRankSum=1.198;SC=CTACTAGGCCGTCCTCAAGCT;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=137;WE=220046848;WS=220046830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,146:0.64:227
chr2	220046975	rs3731900	C	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=980;ReadPosRankSum=1.125;SC=GGGTCCCCCCCAGATGGAGTG;SOR=0.713;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=95;TCR=115;TR=69;WE=220046983;WS=220046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,69:0.33:212
chr2	220047393	rs3731901	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GTAGGGCTTCCTGGCTAGGAG;SOR=1.755;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=14;WE=220047401;WS=220047383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	220071803	rs6714820	C	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1311;SC=GCCCAGCGGACAGGGACTTTG;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=220071811;WS=220071793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	220071879	rs66491679	TG	T	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=5;SC=GGCTTGAAGCTGGGGGGGGGT;SOR=3.611;Source=Platypus;TR=19;WE=220071887;WS=220071868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	220072766	rs4674366	G	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=36;PP=1200;SC=GCAGGGTAATGGCAGCCAAGT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=220072774;WS=220072756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	220078496	rs2139823	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=46;PP=2889;SC=GACACAGGCCTCAGGCCCCCT;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=143;WE=220078504;WS=220078486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	220083279	rs1109866	C	T	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=CCAGAGTCCCCAGAGCCATCC;SOR=1.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=166;WE=220083287;WS=220083269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	220083453	rs1109867	G	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=253;SC=GGCCGGGACTGGTCACTCGGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=220083461;WS=220083443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	220085845	rs2276633	A	G	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=146;PP=2965;SC=CATGCAGGGCAGTGGTCTCAG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=148;TCR=147;TR=294;WE=220085853;WS=220085835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr2	220088248	rs908196	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=574;SC=CGGTTTTCCCAAAGACACTGT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=220088256;WS=220088238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	220089590	rs3216709	T	TG	1794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=38;PP=1633;SC=CGGGGTGGGGTGGGGAAGAGA;SOR=2.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=40;WE=220089598;WS=220089580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	220089685	rs2276637	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=425;SC=TTAAGAGACAGTTCCTGATTT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=220089693;WS=220089675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220100787	rs2293079	C	T	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=171;PP=2965;SC=CCTACCTCTCCAATCCCTGAC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=123;TCR=172;TR=294;WE=220100795;WS=220100777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr2	220108423	rs35328001	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=451;SC=GCCTGGACTTCCTCTCCAGCC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=220108431;WS=220108413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	220113242	rs7601549	T	G	8636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=164;PP=2965;SC=TGGAGGCGCTTCAGCCCCCAG;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=123;TCR=167;TR=286;WE=220113250;WS=220113232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	220118531	rs939574	G	C	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.287;SC=CCCCAAAGGAGAGGGGCAATT;SOR=0.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=190;WE=220118539;WS=220118521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr2	220135208	rs2891733	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=912;SC=GCACTCTGATCGGGGGGCCAA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=220135216;WS=220135198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	220136155	rs7594971	T	C	13644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=295;NR=248;PP=2965;SC=CATCTGCCACTGCAACCTAGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=543;TCF=295;TCR=248;TR=543;WE=220136163;WS=220136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr2	220136351	rs3731892	G	A	7595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=138;PP=2965;SC=CTGCAGAAAAGGTATACCACG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=117;TCR=139;TR=253;WE=220136359;WS=220136341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	220136371	rs3731894	T	C	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.224;NF=122;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.747;SC=GAGCAGCTGTTGGTGGCAGAG;SOR=0.271;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=248;WE=220136379;WS=220136361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr2	220147808	rs140419734	GTCT	G	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.620;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr2	220156146	rs1983297	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=43;PP=1631;SC=CACAGGAGACGCACACAGGGA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=220156154;WS=220156136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	220162015	rs17847406	C	G	7674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=161;PP=2965;SC=CGCACCAGGACGGGGTGCTGC;SOR=1.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=106;TCR=161;TR=267;WE=220162023;WS=220162005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr2	220162959	rs12105638	G	A	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=145;SC=GGGGTATGGTGGTACAGCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=220162967;WS=220162949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	220165763	rs2292606	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=39;PP=929;SC=ACAACACAAGTGGGAGAAAGG;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=220165771;WS=220165753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	220168616	rs2271594	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=89;PP=2707;SC=ACGGGGACCACTGGGGATCAG;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=134;WE=220168624;WS=220168606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	220172576	rs7591986	A	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=33;PP=1228;SC=TGTAGAGGAAAAGGTGAGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=220172584;WS=220172566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	220172731	rs2292601	A	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=173;SC=CTTAAAAGGAAGCATGGGATC;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=220172739;WS=220172721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	220173905	rs57623838	C	T	9727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.413;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGCTCCCCGCCCCCCACCACC;SOR=0.727;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=389;TCF=173;TCR=216;TR=375;WE=220173913;WS=220173894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,375:0.99:378
chr2	220174056	rs6736979	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=56;PP=1759;SC=GCGCCGCATCTTTCCGAGCTC;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=220174064;WS=220174046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	220194247	rs3832109	A	AATT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.044;NF=2;NR=7;PP=292;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGGACCTCTGAATTCTCACAG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=220194255;WS=220194237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	220195446	rs6707009	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.810;SC=TTCCCCCCTCCCCATCTCTAA;SOR=0.124;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=4;WE=220195454;WS=220195436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	220195738	rs34019246	GTCT	G	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.780;NF=1;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=1.263;SC=TCCACTTCAAGTCTTCTTTAA;SOR=0.193;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=7;WE=220195748;WS=220195728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	220197207	rs2048737	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	220197321	rs2385405	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=484;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGGAGCCCCTCGGAGCTCCCA;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=35;WE=220197329;WS=220197311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr2	220197388	rs2385404	C	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr2	220197492	rs2385402	C	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=0.116;SC=TTCAGCCAATCGTGAGCGGGC;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=31;WE=220197500;WS=220197482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr2	220197821	rs5838736	CTA	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=1.273;SC=GTTCGATCTGCTATATATATA;SOR=0.941;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=220197830;WS=220197811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	220239534	rs3731904	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=556;ReadPosRankSum=0.557;SC=GCACTAGAGGGGAAGCAGCCC;SOR=2.052;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=29;WE=220239542;WS=220239524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr2	220239561	rs3731905	C	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=860;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CAGAGAGGGTCTGGGGTGGGT;SOR=1.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=45;WE=220239569;WS=220239551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr2	220246218	rs6436148	T	C	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.224;SC=GAGTCGGCGCTCGGAACAGCC;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=239;WE=220246226;WS=220246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr2	220249299	rs5838737	C	CT	2079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=73;PP=1286;ReadPosRankSum=0.167;SC=TTTGTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=99;TCF=1;TCR=98;TR=73;WE=220249307;WS=220249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr2	220249329	rs2002892	C	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=44;PP=1279;SC=TCGCTCTTGTCGCCCAGTCTG;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=220249337;WS=220249319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	220250147	rs907679	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=39;PP=1716;SC=AGTCCTCACCACAGGCTGGGT;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=95;WE=220250155;WS=220250137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	220250322	rs878437	C	A	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=114;PP=2965;SC=GGGACTCTGCCGCCCTCCCCA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=94;TCR=114;TR=208;WE=220250330;WS=220250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	220250826	rs2271456	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1153;SC=GGGCACTGCAGCCAGCCAGGC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=220250834;WS=220250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	220250897	rs11352428	AG	A	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=484;SC=CAGACTAAGCAGGGTGGTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=220250905;WS=220250887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220251178	rs2271457	T	C	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=73;PP=2111;SC=CATGACGATATGTGGAGATGA;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=220251186;WS=220251168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	220251208	rs1040009	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=61;PP=1948;SC=TACTCATAAGTAACAGACAGC;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=220251216;WS=220251198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	220252287	rs138394024	CTCG	C	4369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=33;PP=2921;SC=TGACTCCTCTCTCGCACCCAC;SOR=1.237;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=58;WE=220252297;WS=220252277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	220264412	rs13018645	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=17;PP=771;SC=GATGAGTATTATTCTGTTAAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=220264420;WS=220264402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	220264543	rs58721028	C	CAT	6213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=43;PP=2965;SC=TGCCTAGGAACGTGTCTGCAC;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=75;WE=220264551;WS=220264533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	220283259	rs1318299	A	G	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=91;NR=66;PP=2506;SC=CGGGCTTCCCACTCGGCTCCC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=157;WE=220283267;WS=220283249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	220283277	rs2017800	T	C	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=CCCCGCTGAGTTCGCCCGTGT;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=220283285;WS=220283267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	220283826	rs907677	T	G	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=66;PP=2273;SC=AGGCCTGGGGTCTGGGGTCCC;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=115;WE=220283834;WS=220283816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	220284779	rs12991025	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=15;PP=1116;SC=CCAGCTTTATCACCCGCAACT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=220284787;WS=220284769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	220306413	rs4674398	G	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CATGTGCCTAGGGCTCCGGAG;SOR=0.404;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=72;WE=220306421;WS=220306403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr2	220308581	rs10932805	A	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=544;SC=GGGGGTCCCCAGTGCTGGGCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=220308589;WS=220308571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	220315970	rs10932806	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=75;PP=2363;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGCTGCTCAAGTGTATCATCA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=110;WE=220315978;WS=220315960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr2	220316579	rs4674399	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=38;PP=1185;SC=CCGTGACTCTCCCCTGGCCCA;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=220316587;WS=220316569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	220330646	rs1976618	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1260;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGTGC;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=50;WE=220330654;WS=220330636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	220330661	rs1976617	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=13;PP=1679;SC=GTGTGCGTGCACGTGTGCGTG;SOR=3.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=78;WE=220330669;WS=220330651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	220330724	rs1567488	C	T	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=106;PP=2965;SC=CGCGTGCGTGCGCGTATGCTG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=135;TCR=106;TR=240;WE=220330732;WS=220330714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	220330804	rs1567487	T	C	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=125;PP=2965;SC=GGGCCACCTGTGCTCCCCCCG;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=233;WE=220330812;WS=220330794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	220333950	rs10167209	T	C	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=90;PP=2965;SC=TGTCCATTCCTGACTTCCTGC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=202;WE=220333958;WS=220333940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	220336517	rs73991563	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=0.441;SC=GGACCAGGCCCGGGATGGCAT;SOR=1.230;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=220336525;WS=220336507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr2	220341935	rs201853159	A	AG	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	220341938	.	C	CGGGGCCTGGTACAGCGGCT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=10.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	220348751	rs10755037	C	T	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=70;PP=2464;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CCCAGTACCCCTAAGTCTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=157;TCR=128;TR=160;WE=220348759;WS=220348741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,178:0.57:313
chr2	220353013	rs875098	G	A	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=64;PP=1750;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GCCCTGCACCGCACATCTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=105;WE=220353021;WS=220353003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,110:0.66:167
chr2	220353104	rs875097	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGGAGGGGCTAGGCCGGAGTG;SOR=0.671;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=24;WE=220353112;WS=220353094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr2	220353440	rs62191888	G	T	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1245;ReadPosRankSum=0.927;SC=GTGGGACAGGGCTTGAGGGGT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=76;WE=220353448;WS=220353430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,81:0.51:160
chr2	220354108	rs55760516	A	G	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=2213;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGTCACCTCAAGGCCAGCCAG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=130;WE=220354116;WS=220354098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,126:0.69:183
chr2	220354365	rs56132883	C	T	7949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCAAGCCTTTCGTCCTTGACA;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=517;TCF=229;TCR=288;TR=352;WE=220354373;WS=220354355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,359:0.68:529
chr2	220354757	rs6742231	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=0.100;SC=TCCTGGCTGGGGTGGGGGGAG;SOR=1.139;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=18;WE=220354765;WS=220354747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	220355529	rs12464085	A	G	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTCCACGGCCACCACGTGCTC;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=347;TCF=171;TCR=176;TR=231;WE=220355537;WS=220355519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,234:0.65:361
chr2	220356449	rs6747041	G	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=843;ReadPosRankSum=-0.492;SC=AGCACCCAGGGACCTCCCCCG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=49;WE=220356457;WS=220356439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr2	220356520	rs12473286	G	T	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=49;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TGTCAGCTCCGGAGATGGTGA;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=122;WE=220356528;WS=220356510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,133:0.61:219
chr2	220356806	rs907146	C	T	9302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=134;PP=2965;SC=GGTCTGCATACGTCAATCAAG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=187;TCR=134;TR=321;WE=220356814;WS=220356796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	220357594	rs1078212	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=0.042;SC=CTGAGCCAGGCGGGCCTGGGG;SOR=0.608;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=220357602;WS=220357590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	220358198	rs1050816	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1101;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TCCATGGCCTCTGGCCTTCTT;SOR=0.224;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=67;WE=220358206;WS=220358188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,70:0.79:89
chr2	220361265	rs2385541	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=489;SC=ACTCTTGAGTAGGGTTTGAGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=220361273;WS=220361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	220361486	rs2010592	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=555;ReadPosRankSum=1.738;SC=GGCTGTGGCCGGGCCTGTCTT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=28;WE=220361494;WS=220361479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr2	220361520	rs16859986	C	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=5;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCTGACTCGGCCCGCGGGTAG;SOR=0.322;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=50;WE=220361528;WS=220361510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr2	220362283	rs2010528	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=396;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GTCCCTTTAACAGCCAAGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=20;WE=220362291;WS=220362273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	220362557	rs12474050	C	T	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=56;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GGACCAAGGACGGGGAGGACA;SOR=0.506;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=101;WE=220362565;WS=220362547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr2	220362899	rs2029251	C	G	10493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=208;PP=2965;SC=TCGCTCGCGTCGACGTGGCCT;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=172;TCR=208;TR=380;WE=220362907;WS=220362889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr2	220366953	rs2385539	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AAGTAGGGAGGGGGAGGGCAG;SOR=0.226;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=14;WE=220366961;WS=220366943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr2	220371181	rs10932808	T	A	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=62;PP=1699;SC=GGGGAACCCCTCAGCTGATGG;SOR=1.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=89;WE=220371189;WS=220371171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	220379560	rs3731909	C	G	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=80;PP=2243;ReadPosRankSum=0.240;SC=CTGGAGCAGCCCCCCGAGACC;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=465;TCF=239;TCR=226;TR=170;WE=220379568;WS=220379536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,175:0.37:472
chr2	220380125	rs1872858	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=2.024;SC=TCCTCAACAGGGCTTCCCTTC;SOR=0.648;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=220380133;WS=220380115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	220397811	rs6731344	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=37;PP=849;SC=TCAGTGGGGTTGGGGAGAGGT;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=220397819;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	220401751	rs2385538	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=708;ReadPosRankSum=0.855;SC=CTCAGGAAGAGAGGCCCACAC;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=116;TCR=58;TR=60;WE=220401759;WS=220401741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,62:0.34:182
chr2	220402624	rs11689270	G	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=946;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GAGCTCTCCCGGTCCCACTCT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=220402632;WS=220402614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr2	220402671	rs11689281	G	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.37;ReadPosRankSum=2.024;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr2	220402680	rs11695248	T	C	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.74;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,80:0.75:107
chr2	220404381	rs1976616	A	G	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=GGGCTGCCACATAGTCGGAGT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=171;WE=220404389;WS=220404371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	220404648	rs1043833	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=884;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCATGAGGCGCAGTGGTGAGG;SOR=0.574;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=71;WE=220404656;WS=220404638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,72:0.35:206
chr2	220404726	rs1043832	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=678;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GCTCTGCCACGTGGGCCTTGA;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=51;WE=220404734;WS=220404716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr2	220405230	rs6436154	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=704;ReadPosRankSum=0.770;SC=AGGAGAAAGCGTGCTGCTCCG;SOR=0.643;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=194;TCF=94;TCR=100;TR=55;WE=220405238;WS=220405220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,56:0.29:196
chr2	220405321	rs6436155	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=86;PP=2965;SC=AGCAGCTGCCTGGTCCCCATC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=109;TCR=86;TR=195;WE=220405329;WS=220405311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	220406239	rs13004994	T	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=591;ReadPosRankSum=0.198;SC=ATGTCCGAATTGGCATGGAAA;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=39;WE=220406247;WS=220406229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr2	220406722	rs3731912	T	C	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCTCCTCGCCTAGCGTCACCA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=143;TR=170;WE=220406730;WS=220406712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,183:0.58:313
chr2	220406944	rs7581251	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr2	220412256	rs8179770	T	C	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=92;PP=2965;SC=CAGTGCTCTTTCTCACTGGGT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=197;WE=220412264;WS=220412246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	220413658	rs56198734	CA	C	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=696;ReadPosRankSum=0.684;SC=GGAAGCCTAGCAACCTTCCAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=20;WE=220413669;WS=220413648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr2	220413661	rs12996466	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=886;SC=AGCCTAGCAACCTTCCATAAA;SOR=5.486;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=28;WE=220413669;WS=220413648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	220414016	rs6436156	C	T	5767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.13;SOR=1.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	220414016	.	CCCT	TCCC,TCCT	1599	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=20,53;NR=39,108;PP=752,1599;QD=13.651997879;SC=GGCCACCAGACCCTGCTTATC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=53;TCR=111;TR=59,161;WE=220414027;WS=220414005;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:164
chr2	220414019	rs13023533	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,64:0.39:163
chr2	220415595	rs146790993	GGA	G	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.103;NF=5;NR=19;PP=838;ReadPosRankSum=-0.855;SC=ATGGGGCTGGGGAGAGAAGGG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=18;TCR=71;TR=24;WE=220415604;WS=220415585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr2	220415646	rs1043582	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.562;NF=7;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TGGACACCAGTACACAAAGAG;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=21;WE=220415654;WS=220415636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr2	220415717	rs3731918	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.782;NF=3;NR=16;PP=393;ReadPosRankSum=0.234;SC=CTTGGCGGCAGGAAGGTGGGG;SOR=0.379;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=19;WE=220415725;WS=220415707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr2	220415752	rs6745782	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=330;SC=GGGCACAGCGCGGCACCTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=220415760;WS=220415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220416164	rs6761575	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=301;SC=CACCCCAAGTTCTGGAAAGCC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=220416172;WS=220416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220416570	rs4672931	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=38;PP=1205;SC=GCATGGCCCCCAGGAGGAGAG;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=62;WE=220416578;WS=220416560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220416591	rs4672932	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=26;PP=875;SC=ATGCATCTTCCCTCCCTGAAG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=220416599;WS=220416581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	220416803	rs4672933	A	T	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=85;PP=2965;SC=CAGGATGTACACTCTCTGTCG;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=211;WE=220416811;WS=220416793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	220416942	rs34490902	G	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=552;ReadPosRankSum=-1.286;SC=TTCTTCCCTGGGGGTGAGGGG;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=51;WE=220416950;WS=220416932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,52:0.38:136
chr2	220416967	rs4672934	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=732;ReadPosRankSum=0.997;SC=CTAGCGAGGCCGGAGCCACCT;SOR=0.590;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=46;WE=220416975;WS=220416957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr2	220417228	rs60549465	G	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GGGCAGCGAGGGGCCCGAAAG;SOR=0.830;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=30;WE=220417236;WS=220417218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr2	220417266	rs59332477	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=495;ReadPosRankSum=-0.953;SC=ACCTTCCTGTCGGATGCGGAC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=52;WE=220417274;WS=220417256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,60:0.33:180
chr2	220419236	rs10932813	T	C	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=66;PP=2808;SC=GGGAATCCGCTGTGAAGGAGA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=154;WE=220419244;WS=220419226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	220419339	rs10932814	T	C	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=89;PP=2907;SC=TGGATACAGCTGTACTCCACC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=179;WE=220419347;WS=220419329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	220420785	rs3087971	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=737;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GGTGGCTCTCGCAGCCGTAGG;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=68;WE=220420793;WS=220420775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,71:0.30:240
chr2	220420956	rs10932816	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1308;SC=CGAGACACACATCCTGGCCTT;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=220420964;WS=220420946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220421417	rs1983210	C	G	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=73;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GTGGTGTCAGCTCCGAGACCA;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=72;TCR=109;TR=119;WE=220421425;WS=220421407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,127:0.65:195
chr2	220421479	rs13010015	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGCTGGGCTGAGTCTTTTCTT;SOR=0.945;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=26;WE=220421487;WS=220421469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr2	220422400	rs2278200	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=368;ReadPosRankSum=0.654;SC=GAGGAGGGCACGGGGAGGCAT;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=19;WE=220422408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	220422774	rs2278201	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=734;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CTGGCTCCCCAGGGGCCACAC;SOR=0.583;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=205;TCF=121;TCR=84;TR=63;WE=220422782;WS=220422764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,67:0.30:226
chr2	220427347	rs10804275	G	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=0.823;SC=CCAGGCGCACGGCTGCCACAT;SOR=0.559;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=57;WE=220427355;WS=220427337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,63:0.33:190
chr2	220427395	rs3183099	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=640;ReadPosRankSum=-0.969;SC=ACGAGGAGACGTCTGGAGGAC;SOR=1.040;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=53;WE=220427403;WS=220427385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr2	220427428	rs55904205	GA	G	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=778;ReadPosRankSum=0.505;SC=TGCCGGGCATGAGGGGTGTGC;SOR=1.250;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=22;WE=220427436;WS=220427418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr2	220427996	rs11904583	T	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=3;PP=1091;SC=AACAGTGGCCTGGGAGTGAAG;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=220428004;WS=220427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	220428381	rs2303543	A	T	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=99;PP=2824;ReadPosRankSum=0.254;SC=CATTGCACAGACACCCCCGCA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=272;TCF=121;TCR=151;TR=173;WE=220428389;WS=220428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,175:0.62:281
chr2	220430203	rs1039898	C	T	9337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=192;PP=2965;SC=CAACGACACCCTGTCCTGGGG;SOR=1.241;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=133;TCR=193;TR=323;WE=220430211;WS=220430193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	220431919	rs4674412	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=764;SC=GCGGATGGCAAGCCTGTGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=220431927;WS=220431909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	220432709	rs2292360	A	T	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.113;SC=GCGGACAGGAATCCATCAACC;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=167;TCR=180;TR=200;WE=220432717;WS=220432699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,206:0.57:359
chr2	220435034	rs10180675	A	G	16410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=290;NR=278;PP=2965;SC=CCTGGCAGTAAAGCACCTTGA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=568;TCF=290;TCR=278;TR=568;WE=220435042;WS=220435024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr2	220435375	rs1061399	G	A	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=1882;ReadPosRankSum=-1.463;SC=AGGATGCGCAGTGCCAGGCTC;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=105;TCR=56;TR=113;WE=220435383;WS=220435365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,122:0.71:171
chr2	220437081	rs35118453	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=-2.465;SC=TCCCCACTAGCAGGGCCAGGT;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=18;WE=220437089;WS=220437071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr2	220439678	rs12720063	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1162;ReadPosRankSum=1.089;SC=CTCACTGGGCCGTGCTGCACC;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=86;WE=220439686;WS=220439668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,87:0.36:244
chr2	220462640	rs681747	G	T	6949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=107;PP=2965;SC=CAGACGGGGAGGTTCGGTATG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=242;WE=220462648;WS=220462630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	220466199	rs620698	G	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=48;PP=2342;SC=TGTGCAAGGAGCCCAAGAGAA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=220466207;WS=220466189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	220471116	rs633200	C	G	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=111;PP=2965;SC=GGACCTGGACCCTGCTTACTG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=206;WE=220471124;WS=220471106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	220473355	rs673951	G	A	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=77;PP=2836;SC=GCCTGAGGGCGTACGGGGCAG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=166;WE=220473363;WS=220473345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	220476443	rs627530	C	T	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=113;PP=2965;SC=CCTTCTCCGTCTGCCAGCCCT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=246;WE=220476451;WS=220476433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	220476645	rs581547	T	C	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=75;PP=2965;SC=GGGGCTGCCATGGGCAGGCTG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=158;WE=220476653;WS=220476635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	220479312	rs624773	T	C	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=66;PP=2642;SC=CTCTGTACCCTACCTTGTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=142;WE=220479320;WS=220479302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	220480639	rs640807	T	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=45;PP=1227;SC=GGGAGTGACATGGGCCTGGGG;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=220480647;WS=220480629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	220480693	rs665845	G	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=19;PP=876;SC=TGAGGCCTTCGCAGAGACCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=220480701;WS=220480683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220494118	rs597306	A	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=33;PP=1280;SC=GAGCCCCCCCACTCAGGGACC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=58;WE=220494126;WS=220494100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	220495167	rs612078	A	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=850;SC=GTCCCCTGCTAAGGGCTGAGT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=220495175;WS=220495157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	220500423	rs589767	A	G	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	220500426	rs639214	A	G	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	220502137	rs621515	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=933;SC=TGTGTGTGTTCTGTGTGTTCT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=220502145;WS=220502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	220502367	rs635311	A	C	11495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=203;PP=2965;SC=GGGTCCCTGGATGCTGGTCTG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=197;TCR=203;TR=400;WE=220502375;WS=220502357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr2	220505265	rs684428	T	C	9812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=171;PP=2965;SC=GTCCCAGCGTTTGTTGCTCAT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=169;TCR=172;TR=340;WE=220505273;WS=220505255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	220586367	.	AAG	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=46;QD=25.0;SC=CATCTAGAAAAAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=2;WE=220586376;WS=220586357;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr2	220771223	rs4674470	C	T	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=72;PP=2276;SC=AAGATGCCCCCAGGTGACATC;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=220771231;WS=220771213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	220771290	rs4674471	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1093;SC=TGTGCATTTTGCCAGGGAAAC;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=220771298;WS=220771280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	220771310	rs4674472	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=664;SC=CCAGAGTTGCACGATTTCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=220771318;WS=220771300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	220771378	rs4674473	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=337;SC=GCATATGTGTATGGCATGCCT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=220771386;WS=220771368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	222290902	rs2303901	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=529;ReadPosRankSum=0.164;SC=AAGAAGTCACAGGGACTGACA;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=29;WE=222290910;WS=222290892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	222301357	rs3213844	T	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=69;PP=2153;SC=AGGAACAATCTCATTAGCATT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=222301365;WS=222301347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	222301713	rs2303900	C	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.322;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1339;ReadPosRankSum=1.719;SC=ACACAACAAACACAAGGACTC;SOR=1.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=90;WE=222301721;WS=222301703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr2	222301912	rs2303897	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAATGGGCTGCGCACAATTTT;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=35;WE=222301920;WS=222301902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr2	222307534	rs2288628	G	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TTTGTAAAGGGGGTGACCCAC;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=94;WE=222307542;WS=222307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr2	222307778	rs67269206	CAAGATGA	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.791;NF=0;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=-2.217;SC=GAAACACATTCAAGATGAAAG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=222307792;WS=222307768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	222320427	rs2288627	G	A	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=93;PP=2890;ReadPosRankSum=0.382;SC=GTCTTAGGAGGTAGAACTTCT;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=165;WE=222320435;WS=222320417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,179:0.98:182
chr2	222321225	rs6718949	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.712;SC=AGCAAAATGTCTGCTGAACCA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=2;WE=222321233;WS=222321215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	222367483	rs61623527	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=1.274;SC=CTTACTAACTGAAGTTGTTTA;SOR=1.938;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=13;WE=222367491;WS=222367473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	222431732	rs34726328	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=0.913;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr2	222434898	rs11687492	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr2	222435035	rs200647532	TCC	T	85.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.7510;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;NF=0;NR=2;PP=82;SC=CAAGTTTTTCTCCCCCCCCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:0,3:1.00:3
chr2	222435048	rs2710504	A	G	94.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCCCCCCCCAAAAAAAGAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	222437136	rs11381414	A	AG	213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=220;SC=AGGGCGGCCGAGCCCCGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=222437144;WS=222437126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	223065753	.	TAC	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr2	223065870	rs3731858	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr2	223066536	.	C	CA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	223066919	rs2855268	C	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=0.307;SC=CCTAAAAAAACAGCCAGATTG;SOR=0.317;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=27;WE=223066927;WS=223066909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr2	223159119	rs2303948	C	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.987;SC=CAGCCAGGGCCCTAGAGCCGC;SOR=0.132;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=14;WE=223159127;WS=223159109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	223161624	rs12694578	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	223161889	rs12623857	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=48;PP=1665;SC=TGATAAAAACACCGCCGAGCT;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=85;WE=223161897;WS=223161879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	223162024	rs6754024	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=447;SC=CAGTCTTCTGTCCTATCCTCA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=223162032;WS=223162014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	223423362	rs4674664	A	G	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=99;PP=2965;SC=ACATCCCACCACTCACCACCT;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=207;WE=223423370;WS=223423352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
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chr2	223493440	rs34167083	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.67;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr2	223498173	.	C	A	94.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQRankSum=-1.150;QD=23.71;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	223498189	.	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	223498189	.	GTT	ATC	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5003;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=25;MQ=50.78;NF=1;NR=2;PP=42;QD=31.8226249541;SC=ATCACCTGAGGTTGGGAGTTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=223498199;WS=223498179;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,3:0.75:4
chr2	223498191	.	T	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	223499077	rs13410038	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=0.401;SC=ATGATTTTTGCAAAGCTGCTG;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=13;WE=223499085;WS=223499067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	223520647	.	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=431;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCTTCAGGAAGGCATGAATGT;SOR=0.267;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=23;WE=223520655;WS=223520637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr2	223520905	rs2166652	G	C	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1459;ReadPosRankSum=0.828;SC=CATTCTGCTGGCAACAGTTCC;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=83;WE=223520913;WS=223520895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,89:0.71:125
chr2	223520978	rs2044537	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ATGTATCTTTATGAGACTAAT;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=26;WE=223520986;WS=223520968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	223781017	rs60362808	AT	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.451;NF=6;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CATTAAAAAAATTTTTTTTTG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=223781025;WS=223781007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	223785504	rs6739824	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=0.145;SC=GCCACTTGACTATTGTTTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=223785512;WS=223785494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	223785740	rs6756323	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=813;ReadPosRankSum=1.158;SC=TCCAAATAGCATCTATTGTCA;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=256;TCF=100;TCR=156;TR=75;WE=223785748;WS=223785730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,79:0.29:274
chr2	223785846	rs6728234	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GACTTGATCTGTTTTGTTGAT;SOR=0.825;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=12;WE=223785854;WS=223785836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	223787559	rs11891410	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr2	223787691	rs10932978	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TTCTTAGACTGTAAGTACATT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=223787699;WS=223787681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	223793471	rs1550419	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	223793480	rs1550420	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	223799207	rs935030	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=344;SC=CAACACAGTTCACCATTTTGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=223799215;WS=223799197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	223917629	rs3795886	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GTGCGGCCGGCGGCGGCAGCG;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=48;WE=223917637;WS=223917619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,47:0.30:157
chr2	223917812	rs10201907	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=56;PP=1849;SC=AGCCGCTGCCTGTGGTGTCGG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=223917820;WS=223917802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	223917983	rs12621643	T	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1130;ReadPosRankSum=0.180;SC=GGGCAGACGATGAGCTGGAGG;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=86;WE=223917991;WS=223917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,88:0.37:235
chr2	223918080	rs10189762	C	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1108;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGACCCCTGCCGGTGGCTCCA;SOR=0.896;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=268;TCF=135;TCR=133;TR=87;WE=223918088;WS=223918070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,91:0.32:282
chr2	224463164	rs16864975	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TCATCTCATCGTTGATTTGTT;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=156;TCR=169;TR=104;WE=224463184;WS=224463154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,105:0.32:332
chr2	224637967	rs16865186	A	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=691;ReadPosRankSum=1.390;SC=CTAGGAAAATACAACAGGTCA;SOR=0.856;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=53;WE=224637975;WS=224637957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr2	224640497	rs76026027	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGTGATCTTCGGTTCAAGTTC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=10;WE=224640505;WS=224640490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	224640803	rs59118867	C	CAA	6882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.467;NF=23;NR=64;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CACGAATATGCAGTCACCTCC;SOR=0.695;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=168;TCF=40;TCR=128;TR=87;WE=224640811;WS=224640793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,175:0.59:299
chr2	224702305	rs3738961	G	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=-0.326;SC=ACAATGCCCTGGCACTGAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=15;WE=224702313;WS=224702295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr2	224743591	rs602675	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=848;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CATAACACCTCCTTAAGATTT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=45;WE=224743599;WS=224743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr2	224743652	rs547234	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TGTAATCCCAACACTTTGGGA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=224743660;WS=224743642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	224744701	rs516849	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GAGGCAAGCAATTTGTTACTC;SOR=0.498;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=18;WE=224744709;WS=224744691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr2	224758906	rs625150	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1171;ReadPosRankSum=1.884;SC=AGCCAGGTTCCTGGGGGTCTC;SOR=0.840;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=74;TCR=22;TR=68;WE=224758914;WS=224758896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr2	224760359	rs150347314	TGA	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.724;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,12:0.12:99
chr2	224760494	rs597349	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=1.054;SC=GGTGTACAACGGGTCATTCAA;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=24;WE=224760502;WS=224760484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr2	224763816	rs530065	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=663;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGATGTAGAACAGAAATCACC;SOR=0.350;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=41;WE=224763824;WS=224763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr2	224765894	rs604990	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=865;ReadPosRankSum=0.309;SC=TGGCTCTGAAGGATACTGCAG;SOR=0.333;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=55;WE=224765902;WS=224765884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr2	224770780	rs622896	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACAACAGAAACTTGACTTTCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=224770788;WS=224770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	224777094	rs541712	T	C	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.965;NF=28;NR=54;PP=2412;ReadPosRankSum=1.063;SC=CACTTTAAGTTGTTCTTCAAA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=82;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,94:0.77:122
chr2	224777105	rs113054269	G	GTGAT	2828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.968;NF=0;NR=39;PP=2954;ReadPosRankSum=0.982;SC=GTTCTTCAAAGTGATTAAGAA;SOR=0.707;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=39;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr2	224862821	rs3795879	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.629;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,68:0.25:275
chr2	224866576	rs12436	C	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=994;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TGGAAGGCAGCGTCACAGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=68;TCR=143;TR=74;WE=224866584;WS=224866566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,79:0.36:217
chr2	224866694	rs10706128	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	224866712	rs10545713	CAGAT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	225376032	rs6743816	G	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=685;ReadPosRankSum=-2.951;SC=CGATAAGGCAGAGTAAGGATT;SOR=0.649;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=40;WE=225376040;WS=225376022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr2	225378382	rs3830376	ATAAT	A	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=317;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTATCACTTGATAATTAAATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=225378393;WS=225378372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	225434527	rs56004047	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr2	225665074	rs1560859	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=900;SC=TTCAAAGTTTGCTGGCATTTT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=225665082;WS=225665064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	225668717	rs141021252	ATG	A	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.809;QD=4.80;ReadPosRankSum=-2.694;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,37:0.28:131
chr2	225719781	rs145044043	G	GAC,GACACAC	1202.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-2.626;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,23,20:0.47,0.41:49
chr2	225781670	rs13013616	T	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=63;PP=1508;SC=AGAGAAGATGTGGACATTTAT;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=71;WE=225781678;WS=225781660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	225796151	rs9808089	C	A	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=14;PP=1581;SC=GCTGCAGAGACTGAGATGTAG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=72;WE=225796159;WS=225796141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	225848390	rs412120	T	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=237;ReadPosRankSum=-1.136;SC=AATTGCTCAGTAATCTGTCAC;SOR=0.014;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=15;WE=225848398;WS=225848380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	225848579	rs375205	T	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1407;ReadPosRankSum=0.774;SC=GTCCCCTAACTCCCTCTGGAC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=379;TCF=198;TCR=181;TR=112;WE=225848587;WS=225848569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,116:0.30:391
chr2	225875158	rs590233	A	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=732;ReadPosRankSum=-0.592;SC=ACCTAGAGGAAAATATAAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=36;WE=225875166;WS=225875148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	225907150	rs397052	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=59;PP=1498;ReadPosRankSum=1.140;SC=GTCTTCCCCGCGCCAACCTTC;SOR=0.992;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=100;WE=225907158;WS=225907140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
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chr2	226447844	rs6436570	G	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=46;PP=1308;SC=CACAGAGTACGGGGTCTTGAG;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=48;WE=226447852;WS=226447834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	226491770	rs3748993	A	C	12126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=245;PP=2965;SC=AACACCAGGGACACCTGTGGT;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=175;TCR=245;TR=420;WE=226491778;WS=226491760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr2	226593875	rs114514101	G	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=869;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTCTTCTTCAGTGTGTTTGTA;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=106;TCR=25;TR=51;WE=226593883;WS=226593865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr2	227892498	rs7580776	A	G	350.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5576;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=1.366;SC=TACTCTTAATATAAGAAAAGG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=227892506;WS=227892488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	227914975	rs2251223	T	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=-1.012;SC=AACGAAAGTTTAAATGCATGC;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=21;WE=227914983;WS=227914965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	227922104	rs7567789	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.41;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	227922109	rs7567796	T	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.29;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr2	227922454	rs2141829	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=895;ReadPosRankSum=0.250;SC=AAGTCTTTGAGTGGATTTTCT;SOR=1.871;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=42;WE=227922462;WS=227922444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr2	227925097	rs6436650	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=629;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTGCCTATCCCGATTTACAAA;SOR=0.375;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=30;WE=227925105;WS=227925087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	227927189	rs35717623	GT	G	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
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chr2	227966148	rs16823202	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=5;PP=888;SC=GGCAATACTTCTAAAAATAAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=227966156;WS=227966138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	227966298	rs59443812	T	TA	3931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.631;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=111;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AAACATGCCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.450;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=30;TCR=153;TR=131;WE=227966308;WS=227966287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,180:0.85:211
chr2	227967601	rs11274738	ACAATATTTCAGCAATAGGGAAAG	A	7895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=73;PP=2974;SC=GGTTCAAGCAACAATATTTCA;SOR=1.836;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=161;TCF=10;TCR=151;TR=75;WE=227967631;WS=227967591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	227967830	rs10707643	GA	G	1415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=0.699;SC=TCACACAAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.477;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=41;WE=227967838;WS=227967820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr2	227968553	rs7602059	A	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=883;SC=CAACAGTAGTACCAACTTATT;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=33;WE=227968561;WS=227968543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	227973095	rs7600536	A	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=919;SC=TTAACCCGAAAGTAGTGTTAA;SOR=3.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=227973103;WS=227973085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	227973410	rs55741079	C	A	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=60;PP=2965;SC=ATTAAGACTTCTGGCTACACA;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=142;WE=227973418;WS=227973400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	227973623	rs12475686	A	G	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=112;PP=2965;SC=CAATCATCAGACATAGAAATC;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=198;WE=227973631;WS=227973613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	227974113	rs6436654	A	G	12374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=237;PP=2965;SC=AATCACAGCCACCAGCACATC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=463;TCF=226;TCR=237;TR=463;WE=227974121;WS=227974103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr2	227974191	rs6436655	A	G	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=105;PP=2965;SC=CAGTCCGGGCACGGTGGTTCA;SOR=1.843;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=47;TCR=106;TR=152;WE=227974199;WS=227974181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	228102723	rs13424243	G	C	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=167;PP=2965;SC=CTTCTGTGACGGGGCCAAAGG;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=126;TCR=168;TR=293;WE=228102731;WS=228102713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	228104760	rs7579991	C	T	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=43;PP=2265;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CAAAGAGTCACCATGAAGTCA;SOR=0.588;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=180;TCF=125;TCR=55;TR=136;WE=228104768;WS=228104750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,137:0.74:186
chr2	228109626	rs113428834	T	TG	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr2	228109784	rs6750210	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=798;ReadPosRankSum=-1.596;SC=TTAAAACAGTCGTGCAAGAAA;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=45;WE=228109792;WS=228109774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
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chr2	228118403	rs12621551	T	G	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=84;PP=2089;ReadPosRankSum=-2.100;SC=GTGTCTAGGATGAAGTCCTTG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=39;TCR=115;TR=113;WE=228118411;WS=228118393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,117:0.75:157
chr2	228118949	rs7559693	C	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.094;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr2	228120800	rs55928538	T	C	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=1315;ReadPosRankSum=-1.372;SC=TAGAGTTGATTTGGCCTATGG;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=104;WE=228120808;WS=228120790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,111:0.38:294
chr2	228124702	rs4332918	A	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=1071;ReadPosRankSum=0.941;SC=GAAAGGGAACAGAGATCTCTT;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=61;WE=228124710;WS=228124692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr2	228128540	rs10205042	C	T	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.034;SC=ATGGCCAGGCCTGAAAGGAAG;SOR=0.434;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=369;TCF=222;TCR=147;TR=247;WE=228128548;WS=228128530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,247:0.67:371
chr2	228131912	rs10933174	C	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1253;ReadPosRankSum=0.648;SC=TTTAGATGAACTTGGAGGGAG;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=70;WE=228131920;WS=228131902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr2	228135631	rs28381984	C	T	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=105;PP=2965;SC=CCTGGAACTCCGGGAGTGAAA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=95;TCR=105;TR=199;WE=228135639;WS=228135621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	228144706	rs6729152	G	T	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=87;PP=2465;SC=ATGTAGAAATGATCAATATAT;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=138;WE=228144714;WS=228144696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	228145543	rs6436671	C	T	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=75;PP=2965;SC=AGAAGAATGACTGGTACAGCA;SOR=1.219;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=195;WE=228145551;WS=228145533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	228146991	rs111486503	AATAT	A,AAT	326.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.77;QD=29.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,6:0.45,0.55:11
chr2	228149107	rs6436672	A	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=58;PP=1777;SC=GCTGATTCTCAGGCTAATAAA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=228149115;WS=228149097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	228154095	rs7593281	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=338;SC=CAGAAATTTGCTACTAAATTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=228154103;WS=228154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	228158418	rs7569636	T	C	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=42;PP=2222;SC=GGCTGAGAAGTGATTAGGTGG;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=121;WE=228158426;WS=228158408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	228158648	rs7608999	G	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=633;SC=TTAATTACCTGTTTACCAGCC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=228158656;WS=228158638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	228159063	rs6436675	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=0;PP=898;SC=CTGGACAAAATCATGGGGTGA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=228159071;WS=228159053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	228169632	rs11680670	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=6;PP=657;SC=CCTGGGTTAACGGGATGGTTG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=228169640;WS=228169622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	228172594	rs200302125	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=471;ReadPosRankSum=1.183;SC=TTTTCTTTTCTTTTTGTACAA;SOR=0.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=38;TCR=89;TR=36;WE=228172602;WS=228172584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr2	228174175	rs34134749	TACAA	T	389.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.78;NF=1;NR=8;PP=365;SC=CTTGAAAATCTACAAACAGAC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=228174186;WS=228174165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	228194480	rs3211097	AG	TT	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=57;PP=2947;SC=AGGAACAAGCAGTGACACATC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=131;WE=228194489;WS=228194470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	228194570	rs6706656	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=56;PP=1574;SC=GCTTACTGCCGTAGGCTAACC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=96;WE=228194578;WS=228194560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	228194639	rs11393500	T	TAA	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	228194653	rs34828267	C	T	126.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.01;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	228197368	rs4500938	A	G	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.200;SC=AGAGAAGAGCAAAGAGGCTTT;SOR=2.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=39;TCR=104;TR=139;WE=228197376;WS=228197358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,140:0.97:144
chr2	228204929	rs4420693	C	T	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=46;PP=2443;SC=AGCCTTGTATCGAGGTTCTTT;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=132;WE=228204937;WS=228204919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	228204982	rs4442987	C	T	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=90;PP=2965;SC=ATTTCTATTTCCTTCCCTCTC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=204;WE=228204990;WS=228204972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	228207625	rs6738078	G	A	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=61;PP=1675;SC=GGTAATTGACGTATGCTATCC;SOR=2.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=80;WE=228207633;WS=228207615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	228336979	rs184637570	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=120;ReadPosRankSum=1.073;SC=GCCGCGTCGAGCCCAGTACAG;SOR=0.820;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=15;WE=228336987;WS=228336969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr2	228373404	rs11464376	A	AT	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr2	228384735	rs1135969	A	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1271;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GGGATCCACAAAAAGTGAAAG;SOR=0.861;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=72;WE=228384743;WS=228384725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr2	228396028	rs75511074	C	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=46;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CTGTAATTATCTGACTTTAAA;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=46;WE=228396036;WS=228396018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr2	228399480	rs7588620	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TAAGTTTACCTGTGTTTCATG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=55;WE=228399488;WS=228399470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr2	228401306	rs113750157	GA	G	2582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,112:0.76:148
chr2	228416498	rs7598597	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=462;SC=CTACAAGTTACGTTAAACTGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=228416506;WS=228416496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	228416712	rs13426457	A	G	23328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=883;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=497;NR=355;PP=2965;SC=GCATGCCCACAGGATTCGGCA;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=855;TCF=499;TCR=356;TR=852;WE=228416720;WS=228416702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,881:1.00:881
chr2	228476253	rs2138402	C	G	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=77;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GCTGAAGCCTCTGCAGTTGGA;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=138;WE=228476261;WS=228476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,147:0.67:218
chr2	228477814	rs7586824	G	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.463;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,46:0.27:171
chr2	228493211	rs28739019	G	A	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=172;PP=2965;SC=GGCTTTTGGCGAGGGCTTTGC;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=200;TCR=172;TR=371;WE=228493219;WS=228493201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr2	228493338	rs6755667	CA	TG	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr2	228560800	rs11334205	GA	G	10130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=198;PP=2983;SC=CACAGCCCCTGAAAAAAAACA;SOR=0.905;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=39;TCR=223;TR=233;WE=228560808;WS=228560790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr2	228565656	rs11694828	G	A	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=35;PP=2391;SC=TGAGGTTGCTGGAGAAAGCAG;SOR=1.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=228565664;WS=228565646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	228567111	.	ATT	A,AT	268.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=22.39;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,6:0.50,0.50:12
chr2	228736313	rs12478068	G	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=25;PP=2570;SC=AGGACCGCGCGGTGCAACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=82;TCR=25;TR=107;WE=228736321;WS=228736303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	228736527	rs12470042	A	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=101;PP=2942;SC=AGGAGGGCGCAGCCACTGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=21;TCR=101;TR=122;WE=228736535;WS=228736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	228736608	rs10933219	C	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=699;SC=CCTTCAGATGCTGGACTCTTC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=228736616;WS=228736598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	228740927	rs4972994	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=58.12;NF=22;NR=1;PP=577;SC=TAGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=228740935;WS=228740921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	228741250	rs7571353	T	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1341;SC=TAGGAAAAATTATTCCACTGA;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=228741258;WS=228741240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	228750239	rs4973445	G	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=96;PP=2908;SC=AATACATTATGTTTTAAAAAT;SOR=1.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=141;WE=228750247;WS=228750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	228758456	rs35758334	C	A	8570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=106;PP=2965;SC=AACATGAAGTCTTTATTAACA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=195;TCR=106;TR=301;WE=228758464;WS=228758446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	228767618	rs2949014	T	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=1;PP=1371;SC=AAGAATTAGATGGAATCTGGT;SOR=6.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=228767626;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	228771819	rs370563385	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr2	228776996	rs3748862	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=490;ReadPosRankSum=0.851;SC=TCGCCCAGGCTGGAGTGCAGT;SOR=0.518;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=76;TCR=3;TR=28;WE=228777004;WS=228776986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr2	228783479	rs1533960	C	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,169:0.29:578
chr2	228855684	rs72973313	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=19;PP=1800;ReadPosRankSum=-1.051;SC=AAACACAAAGCTTTCTTGTTT;SOR=0.326;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=119;TCR=26;TR=102;WE=228855692;WS=228855674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr2	228883029	rs3811515	A	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TCTCACTGTGATGAGGGCTTT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=168;TCR=149;TR=106;WE=228883037;WS=228883019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,111:0.33:339
chr2	228883721	rs3811514	T	C	8345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=153;PP=2965;SC=AGCAATCCCTTGGCAATGGCT;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=127;TCR=154;TR=280;WE=228883729;WS=228883711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr2	228886413	rs11292511	TG	T	4633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=32;PP=2951;SC=AGGCACTAATTGGAAAGTTCT;SOR=1.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=86;WE=228886421;WS=228886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	228973383	rs67714256	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=548;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATTAGCTCTGAATGCTATTTT;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=25;WE=228973391;WS=228973373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	228973660	rs7561798	A	G	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=114;PP=2965;SC=AAGAACCTGGAGGAACCCAGA;SOR=1.974;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=46;TCR=118;TR=160;WE=228973668;WS=228973650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	228973723	.	C	CT	236	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5592;HP=13;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=16;MQ=60.15;NF=0;NR=17;PP=236;QD=14.2352941176;SC=AGCTCTCTCTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=17;WE=228973731;WS=228973713;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	228992763	rs6719186	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TGATCAAGGTGGTGGACGCTG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=228992771;WS=228992753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	228992850	rs6734166	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=806;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TCTATTTTCATGAAAGATTTC;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=62;WE=228992858;WS=228992840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr2	228996637	rs4479423	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=2748;ReadPosRankSum=-1.710;SC=TTAAAATTTCGAATTAAATGA;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=71;WE=228996658;WS=228996627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr2	228996650	rs4353646	A	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.010;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=2748;ReadPosRankSum=-1.573;SC=TTAAATGAATATTCAAGTTCA;SOR=1.122;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=84;WE=228996658;WS=228996627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr2	228996672	rs4585022	G	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.431;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1808;ReadPosRankSum=-1.973;SC=CTGACAAGAAGAAAGTGGCGT;SOR=1.044;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=108;WE=228996680;WS=228996662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,114:0.61:187
chr2	229035351	rs12618108	T	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	229035357	rs4630759	T	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=964;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ATAGTTTTTTTAAATTAAGAT;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=30;WE=229035365;WS=229035341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr2	229035442	rs4334483	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=1.465;SC=ATAACTTTTGAATCCCTTGGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=229035450;WS=229035432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	229890660	rs34351298	A	G	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:461,141:0.23:602
chr2	230092889	rs1419944	C	T	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=65;PP=1863;SC=CAAATAAAACCGATACAAGCA;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=230092897;WS=230092879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	230092950	rs1419945	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=753;SC=CCTACTTGTTCATATGACTAT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=230092958;WS=230092940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	230096587	rs1226982	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=14;PP=789;SC=GCTGCTATAACGAAATACCAC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=230096595;WS=230096577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	230135527	rs1227013	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=308;SC=AACGCCTGAACCCGTGCGTTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=230135535;WS=230135517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	230135711	rs67686611	G	GC	3190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=36;PP=2306;SC=CTGGCCCCCGGCTCCCGGGTG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=49;WE=230135719;WS=230135701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	230223451	rs57056068	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=509;ReadPosRankSum=1.651;SC=TAATTTATATGCATGAATTAA;SOR=1.390;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=28;WE=230223459;WS=230223441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	230231889	rs2302769	A	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TTTGAGAATGAGAAGGCCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=27;WE=230231897;WS=230231879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	230271780	rs7562609	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AGGCTCACACAATGGGTTGTT;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=7;WE=230271788;WS=230271770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	230282624	rs6760224	G	A	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=69;SC=GACAGGAAAGGGGGTTGTTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=230282632;WS=230282623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	230377392	rs6717730	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AACTTACTCATGTAACCAAGT;SOR=0.070;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=6;WE=230377400;WS=230377382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	230453211	rs200803349	A	AG	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.846;NF=10;NR=28;PP=800;ReadPosRankSum=1.377;SC=TCACCTGGGAAGGGAAAAAAA;SOR=0.474;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=38;WE=230453222;WS=230453201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr2	230655733	rs722268	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=764;SC=TATTTCTCAACTATATTCAAA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=230655741;WS=230655723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	230668858	rs13018957	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=551;ReadPosRankSum=2.170;SC=CACCAAATAATGTCTTAATAA;SOR=1.024;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=48;WE=230668866;WS=230668848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
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chr2	230841074	rs499449	C	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=963;ReadPosRankSum=-1.055;SC=AGGTAAGGAACGGAACATATT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=65;WE=230841082;WS=230841064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr2	230914766	rs6748654	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=420;SC=ATGCCAAACATTTTTAGCATG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=230914774;WS=230914756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	231036311	rs12988385	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=1.896;SC=GCCCTTCTCTTCTGTTCTCCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=25;WE=231036319;WS=231036301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr2	231036754	rs34897866	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=932;ReadPosRankSum=1.369;SC=AGGGAAAAGTATAGGTTTGGG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=28;WE=231036776;WS=231036744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,27:0.25:107
chr2	231036768	rs34034766	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=932;ReadPosRankSum=0.698;SC=GTTTGGGGTTTGCATCCAACT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=34;WE=231036776;WS=231036744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,34:0.26:129
chr2	231036866	rs13018234	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
chr2	231037481	rs12995739	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.839;SC=CACACCCTCGTCCCCGACGCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=7;WE=231037489;WS=231037472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	231042276	rs1135791	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.623;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,95:0.28:345
chr2	231050569	rs2114591	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=477;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAACAGATCCGTGCTCTGTCT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=22;WE=231050577;WS=231050559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr2	231050715	rs3948464	A	G	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=70;PP=2428;ReadPosRankSum=-1.666;SC=CTTACCTTTCAATCTGGACTT;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=159;WE=231050723;WS=231050705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,168:0.66:256
chr2	231072709	rs1365776	C	T	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1652;ReadPosRankSum=0.251;SC=ATCTTACCTCCTGGGAGGCTT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=108;WE=231072717;WS=231072699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr2	231076032	rs3769837	G	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=140;SC=TCTCCTGCCTGTTCAAGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=231076040;WS=231076028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	231076289	rs3820974	T	G	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1807;ReadPosRankSum=0.776;SC=GAAGAAAAAGTTTTAGATCTC;SOR=0.443;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=112;WE=231076297;WS=231076279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,120:0.71:169
chr2	231077725	rs1129411	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=709;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CTGCTCTGCCATTCATAGGAA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=50;WE=231077733;WS=231077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr2	231077868	rs7601176	A	G	164.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCCAGGTGCAGAGAACTGAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=231077876;WS=231077858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	231081405	rs7580912	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=0.499;SC=TTCCAAACTCTGGAAGCCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=231081413;WS=231081395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	231103185	rs2278197	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TTTGACAAATATTTGACTGAG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=18;WE=231103193;WS=231103175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	231106244	rs2288328	G	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TTAAAGTTTTGCTTCCTTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=26;WE=231106252;WS=231106234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr2	231110582	rs28445040	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CTGCAGTGTCCTGTAAACTTG;SOR=0.873;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=70;WE=231110590;WS=231110572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,75:0.74:102
chr2	231110737	rs3813464	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-1.408;SC=CCCATTCCCCCATCTATTCAT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=231110745;WS=231110727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	231115603	rs9989792	T	C	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GCCTGGGTGATGGACAGCCCC;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=119;WE=231115611;WS=231115593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,133:0.70:189
chr2	231115630	rs9989835	A	T	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1829;ReadPosRankSum=1.308;SC=GAGATACTTCAGCTTCCCACG;SOR=0.763;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=122;WE=231115638;WS=231115620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,135:0.70:193
chr2	231120255	rs55829350	CG	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-1.960;SC=CAGGTAAGGACGGGGGGGGGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=231120263;WS=231120245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	231134078	rs66745970	AGCGTG	A	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACATGGGGAGAGCGTGGCTCT;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=21;WE=231134090;WS=231134068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	231149108	rs4972946	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.647;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=445;ReadPosRankSum=1.065;SC=GAGAAGGCAGGAAAACAGCCA;SOR=0.113;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=29;WE=231149116;WS=231149098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr2	231175763	rs78116662	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.129;NF=36;NR=18;PP=872;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGCCACACATGTTAGAGAAAC;SOR=0.642;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=54;WE=231175771;WS=231175753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr2	231177200	rs3086614	CTT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=4.260;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.703;SC=ACTTACAGTACTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=231177209;WS=231177190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	231253434	rs7586155	T	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=2.262;SC=ATAAACCTATTTCTTTAATTG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=14;WE=231253442;WS=231253424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	231256755	rs10184953	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,56:0.28:198
chr2	231258150	rs7590429	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=2.718;SC=ACCTAATCCTCCAAGAATATA;SOR=1.274;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=14;WE=231258158;WS=231258140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr2	231261397	.	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.651;NF=43;NR=18;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AAAGATGACTATTTAAATTTA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=61;WE=231261405;WS=231261387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr2	231327291	rs1649863	A	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=49;PP=1718;SC=AAGAGCTACTATTTCCTGAGG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=231327299;WS=231327281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	231327430	rs17333468	G	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=228;SC=TTATTTTTGAGAATTAGCCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=231327438;WS=231327420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	231328696	rs2306274	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=8;PP=1056;SC=CAAGGTTTTCCAGGTTTTCTT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=231328704;WS=231328686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	231328720	rs2306275	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr2	231328728	rs2306276	C	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.59;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	231330826	.	G	A	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=CTGGAACCTGGGAGGCAGAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=231330834;WS=231330816;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	231331694	rs1678159	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	231331701	rs3214547	A	AG	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	231331706	rs2303609	C	T	273.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	231331799	rs1649869	T	C	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=33;PP=2243;SC=TTATCATACATTGAGAGCTCC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=112;WE=231331807;WS=231331789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	231331896	rs1050224	G	A	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=96;PP=2965;SC=CAGAAGCCTCGAGCGGGGCAC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=187;WE=231331904;WS=231331886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	231333763	rs12724	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	231333834	rs1649873	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	231333852	rs1649874	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=19;PP=638;SC=AAATGTCTTTATTTGCTGCAA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=231333860;WS=231333842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	231333890	rs1649875	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=449;SC=TATGTTATATCCTTTAAAATA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=231333898;WS=231333880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	231334010	rs1649877	CA	TG	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=14;PP=1490;SC=ACAAGTGCAACATAAGTTTAT;SOR=1.154;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=231334019;WS=231334000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	231334216	rs1051579	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=806;SC=GAAACAACGTTGTCCTAGGAT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=231334224;WS=231334206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	231334299	rs1051580	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=257;SC=AGGAGAAAACGATGGAAGGAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=231334307;WS=231334289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	231334421	rs1051581	A	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=384;SC=TATGACAAGCATATATTGCTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=231334429;WS=231334411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	231334504	rs139756804	AAAAG	A	679.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.490;NF=14;NR=22;PP=377;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TTAAAAAAAAAAAAGAAGAAG;SOR=0.544;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=36;WE=231334515;WS=231334493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr2	231334679	rs1678162	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=27;PP=1059;SC=TTCCCTGCTGATTCCTAAGAC;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=231334687;WS=231334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	231337960	rs1615190	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=13;PP=1163;SC=GGGGAGTGGGCAGTCACTAAT;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=231337968;WS=231337950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	231338211	rs1678169	T	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1200;SC=TCACAGACACTGGGTAGGGAT;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=231338219;WS=231338201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	231359098	rs836230	T	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=23;PP=1358;SC=TTTATAGTTCTAAAGGATTAT;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=231359106;WS=231359088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	231380275	.	A	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=1.073;SC=CAAGGCTGAAAAAAGCAAGAA;SOR=0.918;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=14;WE=231380283;WS=231380265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr2	231405572	rs4973329	T	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=16;PP=941;SC=CATTGCTCACTTTATGCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=231405580;WS=231405562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	231406194	rs866270	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=506;SC=TGAGTTTTTAGTTCAGGCTAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=231406202;WS=231406184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	231406680	rs836237	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=48;PP=2020;SC=AATGAGCAGATGTACACCCGA;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=231406688;WS=231406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	231407519	rs6717269	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=688;SC=CATTGCATAACTGCTATATTG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=231407527;WS=231407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	231742711	rs60237566	T	G	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=68;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GGGTTTTTCTTTTTCCTCCCA;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=148;WE=231742719;WS=231742701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,149:0.62:239
chr2	231742864	rs62195287	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TCTTCTTTCCGGCTGCTCTCT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=12;WE=231742872;WS=231742854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	231775297	rs1992186	T	G	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=92;PP=2965;SC=GGCTCACCAGTAGCGGGTAAC;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=217;WE=231775305;WS=231775287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	231860838	rs2271369	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	231860848	rs6722863	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	231861032	rs72362780	TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA	T	4390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.33;MQRankSum=15.335;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.422;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,146:0.26:566
chr2	231864289	rs2136474	A	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=582;SC=TGTCAAGAAGACGCAGGGCTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=231864297;WS=231864279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	231864529	rs6436986	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=65;PP=2559;SC=TCCTGAGGTGAGCAGTCACCT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=131;WE=231864537;WS=231864519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	231864600	rs7573039	T	C	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=56;PP=1863;SC=CCAACTTCTGTAATCTACTCC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=90;WE=231864608;WS=231864590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	231864646	rs11684067	A	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=1104;SC=GCTGAGCCTCAGTTTCCTTAT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=231864654;WS=231864636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	231865018	rs13406394	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=522;SC=TGTGTTCCAGACTCCCCCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=231865026;WS=231865008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	231865047	rs3817173	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=693;SC=CCAGGGCAGGTGCCTCCCTCA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=231865055;WS=231865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	231865090	rs2271376	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=26;PP=1528;SC=GGGCCTCTGATTCGCGCCGGC;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=231865098;WS=231865080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	231865263	rs113515269	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr2	231865269	rs2271375	G	T	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=75;PP=1204;SC=AGCGCGAGGGGCTGGAGCCTC;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=122;WE=231865277;WS=231865253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	231867220	rs10933364	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=289;SC=GGGGTCTTTCAGTAGGGACTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=231867228;WS=231867213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	231902316	rs186173488	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	231902471	rs190787545	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	231902926	rs116101137	C	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=23;SC=TGAGACTGCGCGGGGCCCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=231902934;WS=231902916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	231921586	rs12469096	G	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=350;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GCGGGGTCCTGGCGAGAAGCG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=23;WE=231921594;WS=231921576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	231921660	.	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr2	231943505	.	C	T	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=25;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=52.7;NF=0;NR=8;PP=110;QD=18.0964015684;SC=AAATCTTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=8;WE=231943513;WS=231943495;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	231944373	rs2303353	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=0.200;SC=AAAAGAAGTAATTTTTCTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=231944381;WS=231944363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	231949946	rs2303357	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=0.242;SC=GTCTTAGGTTGTGATTCTCAT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=25;WE=231949954;WS=231949936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr2	232029738	.	TTATATATATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	T	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=42.93;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	232030510	rs2303351	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=2.213;SC=GCTGCTCAGTCAACTTCAGAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=232030518;WS=232030500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	232030555	rs2303350	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=432;ReadPosRankSum=-1.696;SC=ATGAACTTCTGTTGAACTTTT;SOR=0.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=26;WE=232030563;WS=232030545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr2	232030861	rs2303349	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAATTATTTAACAAAAGAGAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=232030869;WS=232030851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	232035429	rs6749	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=0.060;SC=ATGATTAAGGGCCAGAGGTGC;SOR=1.209;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=27;WE=232035437;WS=232035419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	232072796	rs112353881	ATTTG	A	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.030;NF=9;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TAATTGGATTATTTGTTTGTT;SOR=0.324;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=232072807;WS=232072786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	232072912	rs11558174	T	C	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.100;NF=51;NR=26;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.215;SC=AGGAAAACCATTGTGTAAAAC;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=77;WE=232072920;WS=232072902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr2	232073106	rs12465438	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=1.367;SC=GTTTATAGATGAACTAATAAT;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=232073114;WS=232073096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	232087474	rs1626450	AT	GA	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=952;SC=GTTGAAGTTGATAAAGTTTCT;SOR=1.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=26;WE=232087483;WS=232087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	232104566	rs16827884	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=12;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GAAAGCTGTTGAGAGACCACT;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=84;TCR=17;TR=67;WE=232104574;WS=232104556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
chr2	232142887	rs78831993	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=2.177;SC=ATCACCTTTTGAGGTAGGTAT;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=232142895;WS=232142877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	232146872	rs3731773	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TGAGAAACATGTGAGCTTCCT;SOR=1.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=60;WE=232146880;WS=232146862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr2	232153207	rs17620062	T	G	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=21;PP=1395;ReadPosRankSum=0.275;SC=TTGAAGACCTTTAGTGATAGA;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=90;TCR=31;TR=79;WE=232153215;WS=232153197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,84:0.66:128
chr2	232196472	rs1729082	T	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=373;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TGTCAGGGTGTCCATGGCATT;SOR=0.625;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=25;WE=232196480;WS=232196462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr2	232196564	rs1669083	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=793;ReadPosRankSum=0.159;SC=AGCCCCAGCTCGGAGAACTCT;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=73;WE=232196572;WS=232196554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,78:0.35:222
chr2	232196597	rs1669084	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=727;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TTCTGACCACGGAGTACCTGG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=64;WE=232196605;WS=232196587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,69:0.32:215
chr2	232225535	rs35889244	C	CG	3682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=46;PP=2638;SC=CCAGCCCCCACGGGACCCCCC;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=62;WE=232225543;WS=232225525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	232235950	rs16828017	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=0.079;SC=CGGTGTGGACAGCTCAGCCAG;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=11;WE=232235958;WS=232235940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr2	232236068	rs75457429	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GGAAAGAGCCGGCCCGCCAGT;SOR=0.567;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=17;WE=232236076;WS=232236058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr2	232260537	rs4972989	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=2.260;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	232326801	rs2595514	A	T	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=131;PP=2965;SC=TCCCAATGAGATGTTAGACTC;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=87;TCR=131;TR=217;WE=232326809;WS=232326791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	232458443	rs10933378	T	C	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=GCCCCTGGACTCCAGCCTGTA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=245;WE=232458451;WS=232458423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr2	232572381	rs6737601	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.407;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,51:0.24:210
chr2	232577421	rs75345231	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=943;ReadPosRankSum=0.074;SC=AGCTGGGGGTCCCTGGTTCTT;SOR=1.130;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=57;WE=232577429;WS=232577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr2	232653481	rs3830626	A	ACT	948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=608;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TTATTCTAAGACTCTGTAATT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=15;WE=232653489;WS=232653471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr2	232790053	rs5268	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=-1.556;SC=CTCCGAAGGCCGGCTGGGCGG;SOR=0.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=232790061;WS=232790043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	232790491	rs11900720	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCTGATGCTCCAGCCCCACGC;SOR=1.492;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=232790499;WS=232790481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr2	233244586	rs2853374	C	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.898;NF=14;NR=17;PP=482;ReadPosRankSum=-1.520;SC=TGCCTGCCTCCGCCCGCCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=31;WE=233244594;WS=233244576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr2	233244703	rs12620827	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.434;NF=9;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GAGGGGGCACTAGCTCAGACC;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=20;WE=233244711;WS=233244693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr2	233244777	rs12620832	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.503;NF=9;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=1.597;SC=GCGTAGAAGGTGCAGCCCAGG;SOR=0.773;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=14;WE=233244785;WS=233244767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	233244843	rs55977653	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.519;NF=27;NR=7;PP=530;ReadPosRankSum=0.316;SC=ATGAGGAGGGGGCACGGGGCC;SOR=1.611;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=34;WE=233244851;WS=233244833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,33:0.26:125
chr2	233245026	rs2853378	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.255;NF=15;NR=27;PP=563;ReadPosRankSum=0.308;SC=CTGGCGAAGCGCCAGGTGATG;SOR=0.669;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=42;WE=233245034;WS=233245016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr2	233245045	rs28733638	C	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.408;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-6.584;NF=14;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=2.754;SC=TGGGGGCTGGCGGGTGCAGGG;SOR=0.343;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=29;WE=233245053;WS=233245035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr2	233245090	rs2260307	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.332;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.400;NF=12;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=0.970;SC=TGTGGGGCTCAGGGCTGTGGG;SOR=0.701;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=22;WE=233245098;WS=233245080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr2	233245141	rs2260309	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.605;NF=20;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GTGCCCGGTATGTGTGGAACC;SOR=0.877;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=34;WE=233245149;WS=233245131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr2	233271687	rs200991140	C	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-11.074;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,12:0.10:124
chr2	233271697	.	T	TACAC	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.348;NF=5;NR=20;PP=584;ReadPosRankSum=0.169;SC=CAGCTGCCCCTACACACACAC;SOR=0.551;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=25;WE=233271710;WS=233271687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr2	233271702	.	AC	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-11.249;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,15:0.12:128
chr2	233271763	rs111524519	C	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=1.933;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,38:0.28:136
chr2	233272146	rs2945420	G	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.458;NF=28;NR=30;PP=886;ReadPosRankSum=0.552;SC=CCTCCAAGCAGAGAAGGGGAA;SOR=0.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=58;WE=233272154;WS=233272136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,55:0.36:154
chr2	233273244	rs17416141	C	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=16.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-5.127;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.865;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,29:0.18:164
chr2	233274145	rs2090543	G	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=19.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-6.709;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=2.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,21:0.14:152
chr2	233274475	rs56080708	C	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.517;NF=19;NR=31;PP=690;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CCTGGCGCCCCGCGCCGGCAC;SOR=1.054;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=50;WE=233274483;WS=233274457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,50:0.36:137
chr2	233310297	rs796887	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.334;NF=11;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=1.606;SC=TGCAGGAGAGTGGCCCCCTGG;SOR=1.277;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=24;WE=233310305;WS=233310287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr2	233310369	rs790045	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.089;NF=8;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=0.915;SC=TGCTGCGCTATGGCGTGCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=20;WE=233310377;WS=233310359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr2	233310423	rs814220	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.838;NF=7;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AGCCCGGGGGCGGGCGGGGCA;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=17;WE=233310431;WS=233310413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	233320885	rs3762519	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCCCCACTTCGCCTCCCTCCT;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=9;WE=233320893;WS=233320875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr2	233321641	rs61732032	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TGCCAGACAGCGCAGCCACAG;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=130;TR=87;WE=233321649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,89:0.30:294
chr2	233321836	rs2272422	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTCGGTCACCGATCCTGACCT;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=44;WE=233321844;WS=233321826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,46:0.27:173
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chr2	233322958	rs41265121	T	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,68:0.34:198
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chr2	233323205	rs2741269	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CAAAAGTGTGCAATGCTGGCA;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=13;WE=233323213;WS=233323195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	233344991	rs2741279	T	G	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CACACAGTGTTGGGCCCTGCA;SOR=1.088;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=181;WE=233344999;WS=233344979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr2	233345249	rs1190432	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=0.925;SC=GCCCCCTTGCCCCCCACCCAG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=21;WE=233345257;WS=233345239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr2	233346027	rs746379	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTCCCAACCCCCTTGTCCTCC;SOR=2.165;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=233346035;WS=233346017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	233346662	rs909432	A	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=930;SC=AGGAGGTGGCACAGGGAGGCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=233346670;WS=233346652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	233348647	rs2241755	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=720;ReadPosRankSum=0.174;SC=TTAGGACCATGGCCTCGGGAG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=139;TCR=70;TR=60;WE=233348655;WS=233348637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,64:0.30:215
chr2	233349588	rs1529874	G	A	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=103;PP=2965;SC=AGGTCGTCATGCTCTGACACA;SOR=1.104;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=166;TCR=103;TR=268;WE=233349596;WS=233349578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	233350000	rs2573246	C	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=0.370;SC=ACAGGGGCCACAGGTCAGAGG;SOR=0.093;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=21;WE=233350008;WS=233349990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr2	233350548	rs113660447	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=0.629;SC=ATCCGCGGCCGCTGGCAGGGC;SOR=0.628;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=26;WE=233350556;WS=233350538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr2	233385396	rs1550094	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=27;PP=788;SC=GCCCCCCAGCGCCCTGCAAGG;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=48;WE=233385404;WS=233385386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	233385432	rs116445642	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.459;SC=CCGAGAGCCGCGGGGTTGGGA;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=9;WE=233385440;WS=233385422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr2	233386229	rs2853444	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=48;PP=1422;SC=GTCTTCACTCTCCTCTTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=233386237;WS=233386219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	233386583	rs2853445	T	C	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=87;PP=2965;SC=CCAGGTGAGGTTGAAAAGGCT;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=214;WE=233386591;WS=233386573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	233387635	rs733603	A	G	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	233388686	rs79792358	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=10.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,27:0.21:130
chr2	233388813	rs2741299	T	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=36;PP=1472;SC=TGCTCGGGCCTCGTCCGGGAC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=233388821;WS=233388803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	233389918	rs2853447	A	G	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=63;PP=2528;SC=CCACTCCTCCATCTGTAGGTC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=155;WE=233389926;WS=233389908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	233390705	.	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	233395974	.	GGGACCCTCTAGGACCGGTGCCCCAAGGTCACAGCT	G	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.633;NF=11;NR=3;PP=1595;ReadPosRankSum=0.915;SC=GGGCCACAGCGGGACCCTCTA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=233396016;WS=233395969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	233396375	rs3762528	T	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=476;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGGTGAGTACTTGGCCCGGCG;SOR=0.762;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=44;WE=233396383;WS=233396365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
chr2	233400074	rs2767	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GAGGAGCCACAGTCCCTAATG;SOR=0.507;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=25;WE=233400082;WS=233400064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr2	233404590	rs12996322	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=0.978;SC=GGTCTGAGGGGTATTGGGGCC;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=11;WE=233404598;WS=233404580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	233408190	rs34697564	A	ACC,ACCC	1087.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.19;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,17,21:0.43,0.52:40
chr2	233408220	rs10714586	AG	A	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=32;PP=1986;SC=AGGAGGCCTGAGGGGGGGCAG;SOR=1.997;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=78;WE=233408228;WS=233408209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	233408239	rs2573206	C	G	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=46;PP=2965;SC=AGCCACTAAGCGTGGGGGTGG;SOR=1.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=140;WE=233408247;WS=233408229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	233408514	rs72991926	A	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1024;SC=CAGCACACCCATCCTGGGCGT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=233408522;WS=233408504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	233410294	rs2099489	C	T	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=50;PP=2677;SC=TGCTGGACCGCGTCTGCTTCC;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=144;WE=233410302;WS=233410284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	233412820	rs4973539	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=649;SC=CTGATTATCAATCTGAGCCTT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=233412828;WS=233412810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	233413648	rs72991949	G	A	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=132;SC=TAATCTCCTCGTATATCTCCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=233413656;WS=233413638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	233414341	rs4973540	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=332;SC=CCACTAAAACCTTCTCCATAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=233414349;WS=233414331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	233415978	rs11899983	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,88:0.44:202
chr2	233421284	rs3830645	CT	C	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=1202;ReadPosRankSum=0.477;SC=GAACTTGAGACTTTTATTATC;SOR=0.932;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=12;TCR=98;TR=40;WE=233421292;WS=233421274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,67:0.39:170
chr2	233429144	rs10603391	GTATTT	G	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.293;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr2	233438786	rs2293338	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=425;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GCCCTGAAAGGGTAGGCTGCT;SOR=3.816;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=20;WE=233438794;WS=233438776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	233470843	rs7571133	G	A	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=77;PP=2965;SC=GCCAAGATCTGTAACGCTGAC;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=184;WE=233470851;WS=233470833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	233470900	rs55750809	TC	T	7437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.19;NF=26;NR=111;PP=2966;SC=GCTCTTTAAATCCCCTTTCAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=28;TCR=115;TR=137;WE=233470908;WS=233470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	233470931	rs10171498	C	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=110;PP=2965;SC=CTACGATTTTCGACGTTTTCC;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=197;WE=233470939;WS=233470921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	233536926	rs11684420	T	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=453;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CTTTCTTAAGTGATTGGCAGA;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=35;WE=233536934;WS=233536916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr2	233537125	rs11550699	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=589;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GAGGGTGTCAAAGGTGCCAAG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=50;WE=233537133;WS=233537115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,56:0.35:162
chr2	233641010	rs41266951	A	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=749;SC=AAAAGAATATAGAAACCTTAC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=233641018;WS=233641000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	233641083	rs737027	G	C	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=46;PP=2285;SC=TAGCTCTGTTGCTATTTGCCA;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=123;WE=233641091;WS=233641073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	233652137	rs3217559	T	TG	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=38;PP=1807;SC=GCTTAAAAAATGTGGGGGTGG;SOR=2.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=39;WE=233652145;WS=233652127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	233660704	rs2305139	T	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1061;SC=GGGCAGGCACTGTTATTATGT;SOR=3.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=233660712;WS=233660694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	233684833	rs11689661	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=217;SC=CTAACTGGCTCTTATTACTTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=233684841;WS=233684823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	233708806	rs3816334	A	G	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.405;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=192;WE=233708814;WS=233708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr2	233710713	rs4973054	G	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=358;SC=GAGGTCAACTGCTGCACCTGC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=233710721;WS=233710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	233711987	rs12328140	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=244;SC=ATTAAAAATGGAAACTGATTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=233711995;WS=233711977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	233712049	rs2305137	G	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=13;PP=956;SC=CTCCCCTCCCGTTTTGCAGTT;SOR=1.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=233712057;WS=233712039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	233712226	rs10555297	CACA	C	2634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=33;PP=1754;SC=CAGCAGCTGCCACAGCAGCAG;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=233712236;WS=233712216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	233712248	rs12328151	G	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=34;PP=947;SC=AGCAGCAGCCGCCACAGCAGC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=233712256;WS=233712238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	233721455	rs1947105	G	A	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=60;PP=2965;SC=AATTTGAGCCGCTTGGTTGCC;SOR=1.254;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=104;TCR=60;TR=164;WE=233721463;WS=233721445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	233721525	rs34424361	G	A	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.107;SC=ATGCATCATCGGAGCGACTCA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=127;WE=233721533;WS=233721515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,138:0.64:217
chr2	233723182	rs1284	G	A	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=50;PP=2108;SC=ACCATTAAAAGTTGGGGCTCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=233723190;WS=233723172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	233740055	rs35523521	AAGAG	A	11634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=104;PP=2990;SC=CTGTTTCAAAAAGAGAGAGAG;SOR=1.136;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=161;TCF=50;TCR=111;TR=153;WE=233740066;WS=233740045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	233740227	rs778338	A	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=107;PP=2965;SC=CCAGGGTTGGAGTGGTGGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=183;WE=233740235;WS=233740217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	233744130	rs67252740	GCCC	G	1787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=39;NR=2;PP=544;SC=GCTTCCCAGAGCCCCCCCCCC;SOR=5.136;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=41;WE=233744141;WS=233744120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	233750074	rs2292725	C	T	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=157;PP=2965;SC=TGCATGCCTTCACCACCTGGG;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=116;TCR=157;TR=273;WE=233750082;WS=233750064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr2	233750118	rs2292726	G	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=106;PP=2965;SC=CACCAAAGCCGGCTGTCCCGG;SOR=1.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=41;TCR=106;TR=147;WE=233750126;WS=233750108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	233752639	rs2250665	A	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=547;SC=AAATTTGCATATTCTAAAAAG;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=233752647;WS=233752635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	233757697	rs895432	A	G	11321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=0.667;SC=AACGGTACACAATGTCACACA;SOR=0.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=425;TCF=199;TCR=226;TR=422;WE=233757705;WS=233757687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,426:1.00:427
chr2	233757860	rs6721903	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ACATTGGACATAGCAGTGTGC;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=233757868;WS=233757850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	233785015	rs778354	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=20;PP=1296;SC=TAATCTCCTCGGGCTGTAGGA;SOR=1.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=233785023;WS=233785005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	233834975	rs4973588	A	G	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=31;PP=1711;SC=GCAAGGAGGCATTCTGCTCCA;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=233834983;WS=233834965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	233880271	rs60652209	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=32;PP=2743;SC=CCACCCAGCCATCCACCCATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=113;TCR=34;TR=145;WE=233880279;WS=233880261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	233899126	rs2233391	C	A	17060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=300;NR=319;PP=2965;SC=TTTGCAGCTTCACGACAGGGC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=619;TCF=300;TCR=319;TR=619;WE=233899134;WS=233899116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr2	233925166	rs1141328	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=775;ReadPosRankSum=0.714;SC=CTGCCGGCCCGGCCGAGGAGG;SOR=0.378;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=49;WE=233925174;WS=233925156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr2	233925406	rs34218488	T	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=998;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GTTGTTCTTATGTCACAGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=63;WE=233925414;WS=233925396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr2	233925491	rs4246649	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=664;SC=AGCTGGTCTCATGGCAGGTTT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=233925499;WS=233925481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	233990412	rs55913569	C	T	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=50;PP=2965;SC=CCGGGTTGTGCGCACAGTGTC;SOR=2.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=144;TCR=50;TR=193;WE=233990420;WS=233990402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	234054873	rs1135173	G	A	21119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=351;NR=395;PP=2965;SC=GCCTGTTGTCGTCCATTGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=749;TCF=353;TCR=396;TR=746;WE=234054881;WS=234054863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,776:1.00:776
chr2	234070171	rs28605534	G	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=478;SC=CTTTGTTAAAGTCGCACCTTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=234070179;WS=234070161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	234070190	rs28609111	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=947;SC=TTGCAGGGGAGTGTCTAGGCC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=234070198;WS=234070180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	234070233	rs28576692	T	C	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=30;PP=2167;SC=TGGACACATGTTTCCAGGTTG;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=99;WE=234070241;WS=234070223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	234072626	rs141642539	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=532;SC=GAGGCAAGGGTGGGCTCAGCC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=234072634;WS=234072616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	234078056	rs11386687	AC	A	8854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=115;PP=2951;SC=AGGTAATGGAACTCCTTCCCC;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=25;TCR=116;TR=140;WE=234078068;WS=234078046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	234078582	rs10754947	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=23;PP=1651;SC=TATGCTCCTCGCCCCACACCT;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=84;WE=234078590;WS=234078572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	234085792	rs13007032	A	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=0.266;SC=GAAATTCTATAAAAAGCCAAC;SOR=1.911;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=234085800;WS=234085782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	234107070	rs7569827	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=939;ReadPosRankSum=-1.856;SC=TTATGAAAGCGCCCTGGGCTT;SOR=1.059;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=151;TCF=38;TCR=113;TR=62;WE=234107078;WS=234107060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,63:0.40:156
chr2	234112649	rs7609436	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CAATGTTACATGTCTCTATCT;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=27;WE=234112657;WS=234112639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr2	234113396	rs33926881	T	TTG	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=5.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.690;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
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chr2	234160669	rs10199278	C	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AACCTGAGGCCGAGTCCCTGG;SOR=0.924;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=25;WE=234160677;WS=234160659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
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chr2	234182240	rs2289472	C	T	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=14;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TTGGGTTTCTCTTGGCTGGGG;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=114;TCR=27;TR=77;WE=234182248;WS=234182230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr2	234183368	rs2241880	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1294;ReadPosRankSum=0.977;SC=CAATGTGGATACTCATCCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=80;WE=234183376;WS=234183358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr2	234183468	rs2241879	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=0.701;SC=TTGATATGGTGACAGAGCCTG;SOR=0.950;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=234183476;WS=234183458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	234184417	rs3792109	G	A	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=92;PP=2951;ReadPosRankSum=0.943;SC=TGAATGTCACGGTCCCTTTGT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=194;WE=234184425;WS=234184407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,196:0.51:386
chr2	234197717	rs4663136	C	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=690;SC=AGCAGCATGGCGCAACATCGA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=234197725;WS=234197707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	234201767	rs78930461	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=502;ReadPosRankSum=0.188;SC=CATGACTAGCACACATTCTGA;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=38;WE=234201775;WS=234201757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr2	234227523	rs2304777	A	G	8404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=155;PP=2965;SC=GGGCATTTACATGGAAGGAGA;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=133;TCR=155;TR=288;WE=234227531;WS=234227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	234227693	rs2304776	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=731;ReadPosRankSum=-0.931;SC=AGATGGTAGACGGAGCCCAGG;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=38;WE=234227701;WS=234227683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr2	234235749	rs2304774	G	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=36;PP=1671;ReadPosRankSum=0.603;SC=CTGCCTGTCTGCTCTCTCTCC;SOR=0.347;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=175;TCF=119;TCR=56;TR=103;WE=234235757;WS=234235739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,109:0.60:183
chr2	234235820	rs2304773	C	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GCACCGATGCCGAAGAGGACA;SOR=0.718;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=325;TCF=168;TCR=157;TR=112;WE=234235842;WS=234235810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,115:0.34:340
chr2	234238254	rs745498	T	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=78;PP=2658;SC=GTAGAGGGCATAGTCTTCTAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=140;WE=234238262;WS=234238244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	234247508	rs13427703	C	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=812;ReadPosRankSum=0.879;SC=AGGCCCATAGCTTCTACCAAG;SOR=0.834;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=55;WE=234247516;WS=234247498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr2	234247627	rs2241874	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=847;SC=AATGTGTGCATTCTTAGCGCC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=234247635;WS=234247617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	234294561	rs3075537	T	TTC	15247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=131;PP=2965;SC=AGCACTCTTGTTATAAATAAA;SOR=0.723;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=45;TCR=140;TR=176;WE=234294569;WS=234294551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	234294791	rs838716	G	C	440.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=-2.372;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr2	234294805	.	CTT	C	167.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	234347044	rs59458664	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=710;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTTGTAAAATATATCTTTCTT;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=53;WE=234347052;WS=234347034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr2	234347091	rs3214826	TA	T	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=213;ReadPosRankSum=0.484;SC=GTGTGCTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.779;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=18;WE=234347099;WS=234347081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	234354245	rs2305542	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=857;ReadPosRankSum=0.921;SC=GTTTGCCTGCGCATCGTCCCC;SOR=0.678;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=54;WE=234354253;WS=234354235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr2	234354320	rs2305541	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GGCCCGAGTACTGGGCTGGGG;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=317;TCF=184;TCR=133;TR=124;WE=234354328;WS=234354310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,121:0.38:318
chr2	234359774	rs73117559	C	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GAGATGGGCTCGCTGCCCTCG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=7;WE=234359782;WS=234359764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	234367112	rs28588417	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=283;ReadPosRankSum=0.162;SC=CTGGGGCAGTGCATGGAGCCT;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=16;WE=234367120;WS=234367102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr2	234372767	rs2924811	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=24;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TGATCAGCAGTGCACACTCTC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=171;TCR=68;TR=84;WE=234372775;WS=234372757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,89:0.37:242
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chr2	234394487	rs1048603	G	A	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=109;PP=2702;ReadPosRankSum=1.476;SC=ACGGGAAGACGATAGAAATCG;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=462;TCF=189;TCR=273;TR=191;WE=234394495;WS=234394477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,198:0.42:474
chr2	234394569	rs2603547	A	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=888;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GGGCAGGGGCATAGGTCCTCT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=34;TCR=97;TR=57;WE=234394577;WS=234394559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr2	234396542	rs2167885	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=0.927;SC=GGGGCAGAGCGACGGGAGCAA;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=45;WE=234396550;WS=234396532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr2	234397006	rs145883223	AT	A	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.304;NF=0;NR=17;PP=236;ReadPosRankSum=0.452;SC=ATTTTCTTGAATTTTTTTTCC;SOR=0.471;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=17;WE=234397014;WS=234396996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr2	234398195	rs112451786	G	GA	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.33;MQRankSum=1.894;NF=3;NR=14;PP=201;ReadPosRankSum=-1.838;SC=TACTGTTTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.370;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=17;WE=234398203;WS=234398185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr2	234405374	rs2602386	A	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=217;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTATTACTTAAGAGTTGTCTA;SOR=0.132;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=234405382;WS=234405364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	234407160	rs2603546	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=340;ReadPosRankSum=0.627;SC=TAAATGTAATCATACGAAAGT;SOR=0.948;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=22;WE=234407168;WS=234407150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr2	234421283	rs143258246	A	AATATTATTTTTCTTAGT	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr2	234429739	rs141501074	T	TTTC	1806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=877;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TAGTGACCCATTTCTCTTCCT;SOR=0.858;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=21;WE=234429747;WS=234429729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr2	234432017	rs838543	A	G	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=73;PP=2333;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AGCTGGAAAGACATGTGGAGA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=203;TCR=177;TR=153;WE=234432025;WS=234432007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,166:0.41:404
chr2	234433124	rs838549	G	A	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=86;PP=2519;ReadPosRankSum=1.496;SC=TATTTCTTCAGTAATTTTTTT;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=532;TCF=308;TCR=224;TR=193;WE=234433132;WS=234433114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,198:0.36:551
chr2	234438246	rs56828432	C	CT	3295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.602;NF=7;NR=56;PP=2585;ReadPosRankSum=-1.661;SC=AAGGACTGTCCTAGGAGCTAG;SOR=0.782;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=113;TCF=16;TCR=97;TR=63;WE=234438254;WS=234438236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,104:0.62:169
chr2	234438354	rs12692193	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=0.571;SC=GAAAAGTAAACATTTCTTTAA;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=234438362;WS=234438344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	234442437	rs11332355	CA	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=119;ReadPosRankSum=0.227;SC=TACACAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=234442445;WS=234442427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	234449316	rs2167884	G	A	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1640;ReadPosRankSum=-2.039;SC=ACCTTCCGCAGTGGTCCATGC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=115;WE=234449324;WS=234449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,122:0.59:207
chr2	234449462	rs1545525	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGAGAAATAATTGCATACTTA;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=19;WE=234449470;WS=234449452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	234457900	rs3965793	T	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-0.982;SC=AACAAAAATATTGATATAGTT;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=20;WE=234457908;WS=234457890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	234469664	rs6753062	T	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=748;ReadPosRankSum=-2.991;SC=CCATAGGGTATAGGCCAAGTC;SOR=1.217;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=43;WE=234469672;WS=234469654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr2	234527091	.	C	A	5020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.790;NF=104;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.166;SC=ATCTCTACAGCCACACATCAA;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=606;TCF=277;TCR=329;TR=233;WE=234527099;WS=234527081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,240:0.38:628
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chr2	234590527	rs7586110	T	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CTTCTTCCACTTACTATATTA;SOR=1.428;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=38;WE=234590535;WS=234590517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
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chr2	234599234	rs144486213	GA	G	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=11.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.225;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,32:0.16:198
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chr2	234601669	rs6759892	T	G	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCTCCTTCGCTCATTTCAGAG;SOR=0.720;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=188;TCF=120;TCR=68;TR=88;WE=234601677;WS=234601659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,89:0.46:194
chr2	234601965	rs1105880	A	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GATCATTCCTAACTGCTCCTC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=113;TCR=142;TR=108;WE=234601973;WS=234601955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,114:0.43:263
chr2	234602191	rs2070959	A	G	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=1.847;SC=CCTGGAGCATACATTCAGCAG;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=355;TCF=199;TCR=156;TR=152;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,155:0.42:365
chr2	234602202	rs1105879	A	C	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=1.750;SC=CATTCAGCAGAAGCCCAGACC;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=368;TCF=204;TCR=164;TR=158;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,161:0.42:379
chr2	234626287	rs869283	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=-0.015;SC=ATCCTGGGGCGACCAGGACAA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=18;WE=234626295;WS=234626277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr2	234627937	rs2011404	T	C	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.910;NF=75;NR=69;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TTAACCTCTGTGGGGCGGTGC;SOR=0.525;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=407;TCF=220;TCR=187;TR=144;WE=234627945;WS=234627927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,149:0.35:421
chr2	234637803	rs3821242	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.029;NF=17;NR=20;PP=380;ReadPosRankSum=-2.091;SC=TCCCCTGCCGTGGCTGGCCAC;SOR=0.647;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=37;WE=234637811;WS=234637793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr2	234637853	rs6706232	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.255;NF=24;NR=23;PP=605;ReadPosRankSum=0.189;SC=CCTGGGCTGAGAGTGGAAAGG;SOR=0.685;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=47;WE=234637861;WS=234637843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr2	234637912	rs6431625	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.467;NF=32;NR=16;PP=677;ReadPosRankSum=-1.044;SC=ATGCGGGAGGTCTTGCGGGAG;SOR=1.183;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=48;WE=234637920;WS=234637902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr2	234638249	rs7574296	A	G	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.215;NF=100;NR=94;PP=2474;ReadPosRankSum=0.285;SC=TCTGCGCGGCAGTGCTGGCTA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=529;TCF=277;TCR=252;TR=194;WE=234638257;WS=234638239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,197:0.36:554
chr2	234652347	rs13009407	C	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=1982;ReadPosRankSum=0.586;SC=CGCCCTCCGCCCCCGCCTCGC;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=177;TCR=149;TR=129;WE=234652355;WS=234652337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,130:0.40:328
chr2	234663649	rs10929301	C	G	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=84;PP=2098;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AGCTGAAGACCTACTCGAAGG;SOR=0.488;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=391;TCF=157;TCR=234;TR=150;WE=234663657;WS=234663639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,160:0.39:409
chr2	234668879	rs34983651	C	CAT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	234675978	rs34743975	A	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=2.102;SC=GGTTGTTGTCATTGTTTTCAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=234675986;WS=234675968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	234688036	rs6431631	C	A	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=72;PP=2322;SC=GCAGCAGTAGCCTCAAGTGAG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=234688044;WS=234688026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	234698097	rs12468017	T	C	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGACTTGTGCTGGGGGCAGGG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=74;WE=234698105;WS=234698087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,76:0.62:123
chr2	234704150	rs2885297	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=2;PP=724;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TCAGCAGGACTGGGGTAGGGC;SOR=0.433;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=86;TCR=5;TR=39;WE=234704158;WS=234704140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr2	234704607	rs1076454	C	T	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=70;PP=1823;ReadPosRankSum=1.346;SC=GCACGTCCCTCACCAGGTGTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=425;TCF=226;TCR=199;TR=149;WE=234704615;WS=234704597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,154:0.35:443
chr2	234704690	rs759173	T	C	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TCGTAGCCCTTGGTGAGGCTC;SOR=0.480;SbPval=0.36;Source=Platypus;TCR=182;TR=117;WE=234704698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,120:0.34:350
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chr2	234707341	rs1500479	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=649;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AGACAGAACGTGAGGCCCTGA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=48;WE=234707349;WS=234707331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,49:0.32:152
chr2	234708428	rs13013882	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=564;ReadPosRankSum=1.102;SC=CCCCTCAGGTGAGGATGGCTA;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=41;WE=234708436;WS=234708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr2	234708570	rs11563069	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=562;ReadPosRankSum=-1.624;SC=TACGCAGACCGCAGAGCAGCT;SOR=0.912;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=52;WE=234708578;WS=234708560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,56:0.30:188
chr2	234708629	rs13018934	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr2	234708720	rs2041652	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=1.311;SC=CCTAGATATATGCACAGCTCT;SOR=1.290;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=21;WE=234708728;WS=234708710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr2	234713812	rs2041651	G	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCAGGGGTGAGGGAGTGGAGA;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=92;TCR=136;TR=90;WE=234713820;WS=234713802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,92:0.40:232
chr2	234717669	rs10803663	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=411;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AAGCACCGCCAGCTGACTCAA;SOR=0.518;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=60;TCR=3;TR=27;WE=234717677;WS=234717659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	234720734	rs988344	A	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=236;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCTCACTTGGAGGCTCCCCAG;SOR=1.162;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=234720742;WS=234720724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr2	234725502	rs726016	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=47;PP=1774;SC=CTATCTCATGTGGATTTATGT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=234725510;WS=234725492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	234727250	rs719419	T	G	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=38;PP=2275;SC=GGGGGGTGGCTGGGCCTTTTG;SOR=1.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=126;WE=234727258;WS=234727240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	234727478	rs6759919	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=708;ReadPosRankSum=1.914;SC=GCCGTCTCTCAGGGAGGGAGG;SOR=1.445;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=36;WE=234727486;WS=234727468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr2	234727986	rs6754859	C	T	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=117;PP=2965;SC=AGTTTAGCTGCGATGAGGTGG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=133;TCR=119;TR=250;WE=234727994;WS=234727976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr2	234728078	rs1500480	T	C	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=93;PP=2965;SC=TGGATAGCCTTCTTCCTCCAG;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=153;WE=234728086;WS=234728068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	234728158	rs142217338	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.652;SC=GGGGCTGGGGCTGCCTGGTGT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=18;WE=234728166;WS=234728148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr2	234732317	rs11676792	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=701;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CTGCGTGGAAATGAGGCACCG;SOR=0.429;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=54;WE=234732325;WS=234732307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr2	234750542	rs3732215	G	C	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=127;PP=2965;SC=CCTCCTCCTGGAGTTCCAGTT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=111;TCR=127;TR=238;WE=234750550;WS=234750532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	234750831	rs3806589	T	C	6000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=121;PP=2965;SC=GGACTCTTTCTGGAGATACGA;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=211;WE=234750839;WS=234750821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	234752638	rs7583713	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=442;SC=AGCTAGTAAACTGGAATAAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=234752646;WS=234752628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	234752745	.	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.395;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr2	234753008	rs169925	G	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=47;PP=1394;SC=CTCCCCTGACGATGCGGACTG;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=234753016;WS=234752998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	234754273	rs2302156	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=510;SC=ATGCTCTTTATGGGTTCTGTA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=234754281;WS=234754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	234754506	rs2302155	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AAGAGCTTCTGAGTATAGCTG;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=256;TCF=120;TCR=136;TR=100;WE=234754514;WS=234754496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,103:0.39:266
chr2	234756240	rs2286431	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TGCACCCACTGGAGCCATCTA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=47;TCR=110;TR=72;WE=234756248;WS=234756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,77:0.46:166
chr2	234758500	rs529963	G	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1201;ReadPosRankSum=0.430;SC=GCTTCATGGAGGAGTCCTCCA;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=91;WE=234758508;WS=234758490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,100:0.63:159
chr2	234758614	rs693637	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=699;ReadPosRankSum=0.176;SC=GGAGACAGCAAGAGCCTGCCA;SOR=0.986;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=46;WE=234758622;WS=234758604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
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chr2	234888643	rs6745987	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=811;SC=GCCAGTGTGCTACCTACTTTC;SOR=2.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=234888651;WS=234888633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	234888721	rs6736916	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TAAACAAACACGTCATTGGCT;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=86;WE=234888729;WS=234888711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,88:0.55:160
chr2	234890391	rs6708995	G	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=432;ReadPosRankSum=0.575;SC=AATATCTCATGAATTCTGTTC;SOR=0.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=35;WE=234890399;WS=234890381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr2	234892127	rs4663995	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=22;PP=537;SC=CAATTAACAATGTGGCAATTG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=234892135;WS=234892117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	234915540	rs11563071	C	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1227;ReadPosRankSum=0.543;SC=GGGAGGGTGTCATGAAGGAAA;SOR=0.466;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=249;TCF=154;TCR=95;TR=90;WE=234915548;WS=234915530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,94:0.35:265
chr2	234916831	rs6734618	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	234923124	rs3732214	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TCTGTTTCTTAGAAAAGGCAC;SOR=0.663;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=234923132;WS=234923114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	234923170	rs11562948	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
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chr2	235951819	rs3795962	A	G	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=130;PP=2965;SC=CGTCCGTCCTAGAAAAGCTGA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=108;TCR=130;TR=238;WE=235951827;WS=235951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	235961953	rs28403580	G	A	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=132;NR=108;PP=2965;SC=AAATGGCACAGAGAGAAAGTG;SOR=0.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=132;TCR=110;TR=240;WE=235961961;WS=235961943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	236403607	rs3738998	C	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=42;PP=1195;SC=CACGCGGCTGCTCCGCCGAGG;SOR=3.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=236403615;WS=236403597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	236433161	rs62191529	G	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=61;PP=1626;ReadPosRankSum=0.956;SC=GACAGGCCACGGGGCTGCACC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=157;TCR=158;TR=122;WE=236433169;WS=236433151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,126:0.39:325
chr2	236433331	rs11689907	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=46;PP=1202;SC=GAAGGGACCCTGTGTCCAAGA;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=236433339;WS=236433321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	236433390	rs10207027	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=420;SC=TAGGGACCTCGTCCCTTTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=236433398;WS=236433380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	236578649	rs10201486	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=360;ReadPosRankSum=0.587;SC=GGGGCGTGGGCCACACTCCCG;SOR=0.323;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=21;WE=236578657;WS=236578640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	236761396	rs13006916	C	T	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=58;PP=2106;SC=AGCCCGTGCCCGTCAGTCCTC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=108;WE=236761404;WS=236761386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	236817336	rs57795387	CT	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.292;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr2	236923361	rs35361765	C	CT	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=2.194;SC=CTACTTTGACCTTTTTTTTTC;SOR=0.549;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=26;WE=236923369;WS=236923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr2	237029104	rs2278884	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=0.511;SC=AGGTGGTCGGCACGCCTGGCA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=15;WE=237029112;WS=237029094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	237032607	rs11895915	T	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=666;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GGAACACAGCTCTGGCCTACG;SOR=0.533;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=91;TCR=14;TR=46;WE=237032615;WS=237032597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr2	237032703	rs8178994	T	C	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=94;PP=2768;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGGCCACCCCTAACCTGTCCA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=482;TCF=258;TCR=224;TR=201;WE=237032711;WS=237032693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,206:0.42:493
chr2	237032837	rs11899677	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=807;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CTCAGAAGTCGCAGCACGTGA;SOR=0.308;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=103;TCF=19;TCR=84;TR=53;WE=237032845;WS=237032827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr2	237123104	rs7588748	G	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
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chr2	238166147	rs4377288	G	A	5259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=88;PP=2965;SC=AGCTATACCCGGTCTGGCTGC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=186;WE=238166155;WS=238166137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	238233483	rs13032404	G	A	4635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,197:0.65:304
chr2	238243292	rs1131296	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=831;ReadPosRankSum=-1.910;SC=TCCGTGGTAGGTGGCTCTGAC;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=53;WE=238243300;WS=238243282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr2	238243464	rs2270669	C	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1339;ReadPosRankSum=0.893;SC=GGGGGCTCAGCCCTCTCCCAG;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=93;WE=238243472;WS=238243454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,101:0.55:183
chr2	238244963	rs6728818	A	G	4403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=78;PP=2863;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AACAGTGGCCATCTTTGTGGC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=187;TCR=118;TR=198;WE=238244971;WS=238244953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,202:0.65:310
chr2	238249630	rs4433949	C	T	6511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TGACCAGGTACGCTATGTACT;SOR=0.739;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=506;TCF=259;TCR=247;TR=288;WE=238249638;WS=238249620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,298:0.57:521
chr2	238258814	rs3790993	C	G	6058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGCCCCGGTTCCCGATTCCTC;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=402;TCF=205;TCR=197;TR=262;WE=238258822;WS=238258804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,273:0.65:420
chr2	238259675	rs3790995	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=16;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CAGTAGTACTGAAGAGGAGGG;SOR=0.450;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=90;TCR=22;TR=74;WE=238259683;WS=238259665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr2	238261112	rs4663726	GC	AA	5437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.475;SC=AGCCTGCTTGGCAATGTGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=134;TCR=92;TR=126;WE=238261121;WS=238261102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,137:0.58:235
chr2	238266633	rs4663730	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=568;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GCAAGGCTTCGAGGGACAAGC;SOR=1.685;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=29;WE=238266641;WS=238266623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr2	238267058	rs4663731	G	A	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=51;PP=2247;ReadPosRankSum=0.074;SC=TTTTATCAACGTGTTTTAAAG;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=265;TCF=171;TCR=94;TR=150;WE=238267066;WS=238267048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,157:0.58:272
chr2	238271786	rs11287247	GC	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.118;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	238305211	rs1553032	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TCTGAAAAGGCCTATAAATCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=238305219;WS=238305210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	238419543	rs71887544	CGT	C	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.308;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,21:0.16:134
chr2	238449023	rs3817363	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr2	238449107	rs2271809	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=1.453;SC=AGGAGGAGGAAGCCAAGGACG;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=34;WE=238449115;WS=238449097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr2	238454152	rs139727526	ACC	A	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.809;QD=7.32;ReadPosRankSum=2.270;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr2	238457684	rs10173589	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGCATTTCATGCTTAATTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=238457692;WS=238457674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	238475826	rs112601669	C	A	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGACAGCCAGCTTGTCAAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=126;WE=238475834;WS=238475816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,134:0.59:227
chr2	238483164	rs6766	T	C	6693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CACCAAGATGTGGAAATCCTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=497;TCF=247;TCR=250;TR=298;WE=238483178;WS=238483154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,304:0.60:503
chr2	238484222	rs10202062	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=881;ReadPosRankSum=-0.225;SC=AGCTGCAGCCGTGGAGCCCGC;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=58;WE=238484230;WS=238484212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr2	238485256	rs75983679	T	C	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=57;PP=2342;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GAGTTGGGTCTTCCCCTGCGC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=170;TCR=109;TR=150;WE=238485264;WS=238485246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,151:0.54:282
chr2	238485481	rs75901095	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=815;ReadPosRankSum=0.437;SC=AACAGAGTAGGGAAGGGAGCC;SOR=0.471;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=49;WE=238485489;WS=238485471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr2	238486767	rs11542159	A	G	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.029;SC=GAGAGGTGGCACCCACATCCA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=222;TCR=239;TR=253;WE=238486775;WS=238486757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,257:0.55:466
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chr2	238494494	rs75483841	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=2;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GACCTCACCCCCTCCCCTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=60;TCR=3;TR=47;WE=238494502;WS=238494490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr2	238494742	rs3751112	A	G	5840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CAGCTTGAACACACGGGGCTG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=146;TCR=261;TR=246;WE=238494750;WS=238494732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,251:0.60:416
chr2	238499863	rs146534321	A	AAATTCTTCAGGAGACTCT	1059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=2897;ReadPosRankSum=1.403;SC=TGGTCTTCCCAAGCCATGAAA;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=9;WE=238499874;WS=238499853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr2	238499866	rs114742872	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.895;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr2	238499969	rs80043020	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=842;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTGAGGCTGAGGAGATGGAAA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=56;WE=238499977;WS=238499959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr2	238500642	rs10084167	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=458;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GAATCCCAGCACTTTGGAAGG;SOR=0.286;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=24;WE=238500650;WS=238500632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr2	238536255	rs10170083	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr2	238536392	rs10184871	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=0.923;SC=AGGTGAGCGCTCCGGGAGGGC;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=21;WE=238536400;WS=238536382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr2	238632377	rs3769085	A	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=878;SC=CTTACCCTGCAGAGTGAGCAG;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=238632385;WS=238632367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	238658030	rs200556733	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	238680678	rs56219137	A	G	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TTTCGGTCTCATTCAGAGTAG;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=218;TCF=129;TCR=89;TR=102;WE=238680686;WS=238680668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,106:0.47:227
chr2	238688244	rs1151798	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=757;SC=TCTCTGTCCTATCTGGGAGCG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=238688252;WS=238688234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	238820048	rs7582777	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=-2.122;SC=CCTCGGCGTCGGGGCTTCTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=8;WE=238820056;WS=238820041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	238896495	.	T	A	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=78;QD=37.5904041824;SC=CAGTTCATCCTTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=238896503;WS=238896485;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr2	238898863	rs80351960	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=1.749;SC=AAATAACTGTGGGGGGGCAGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=238898871;WS=238898853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	238903310	rs10203101	C	T	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=52;PP=2439;SC=TAACTTTACACGTGTTCAAAG;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=141;WE=238903318;WS=238903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	238912120	rs10929262	A	C	7591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=125;PP=2965;SC=CCCCTGCCTTAAATGTAACTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=130;TCR=125;TR=255;WE=238912128;WS=238912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	238939370	rs11679080	C	T	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=82;PP=2553;SC=CACCAGTGGCCGGACACACCC;SOR=1.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=122;WE=238939378;WS=238939360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	238972827	rs821480	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=614;SC=ATAAGTAGTGTAGATCTGTAG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=238972835;WS=238972823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	238990388	rs3210400	G	A	7218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=127;PP=2965;SC=GAGCGGGCAGGCAGAGGTGGA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=122;TCR=128;TR=249;WE=238990396;WS=238990378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	238991796	rs2278742	C	T	11186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=163;PP=2965;SC=CATTGCAGAGCATTTCTCCTG;SOR=1.036;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=230;TCR=163;TR=392;WE=238991804;WS=238991786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr2	239002480	rs72316729	CTTG	C	10747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=106;PP=2969;SC=TGTGCATCCACTTGTTGTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=39;TCR=115;TR=144;WE=239002490;WS=239002470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	239007022	rs74695332	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=657;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCCCACCCCGCTTCTGGGAAG;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=36;WE=239007030;WS=239007012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	239007755	rs68159827	CATT	C	3035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=2426;SC=CCCTTTTGATCATTATTAACT;SOR=2.269;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=51;WE=239007765;WS=239007745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	239007806	rs1054640	A	G	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.170;NF=102;NR=49;PP=2726;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GTGCAGCTCCAGGTCATTCCT;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=151;WE=239007814;WS=239007796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr2	239007850	rs1054641	T	A	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=105;PP=2965;SC=GACTCAGCTTTTACCTTAATT;SOR=0.878;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=132;TCR=105;TR=236;WE=239007858;WS=239007840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	239007991	rs15787	T	A	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=65;PP=1859;SC=AAGGAACTACTTGATGATTTT;SOR=2.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=88;WE=239007999;WS=239007981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	239009336	rs61744770	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=802;SC=TGGTCCGCGAGGGGGGCTGCG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=239009344;WS=239009326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	239009384	rs62196013	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=330;SC=CCTGGCTCCACGAAGCTGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=239009392;WS=239009374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	239010455	rs5839683	GGAA	G	1254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=963;SC=GAGGGAAGGAGGAAGGAGCTG;SOR=2.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=239010465;WS=239010454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	239010577	rs1562333	G	C	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=108;NR=76;PP=2965;SC=CCCGGGGCTTGGTAGGACCAA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=184;WE=239010585;WS=239010567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	239010719	rs36066915	T	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=81;PP=2218;SC=TGCACCACGCTGCCGTCAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=146;WE=239010727;WS=239010709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	239016539	rs935415	C	G	14231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=246;NR=250;PP=2965;SC=GACTCCTGCTCATGGGTACCC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=498;TCF=247;TCR=251;TR=496;WE=239016547;WS=239016529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr2	239025523	rs11903074	T	C	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=98;PP=2965;SC=GTGGGTCACATGTGTGCCCTC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=129;TCR=98;TR=227;WE=239025531;WS=239025513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	239036416	rs12692214	T	C	13489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr2	239036423	rs62197371	C	A	12718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	239037273	rs72989009	C	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=15;PP=1003;SC=CAACCCCCCACGTCCTCTCGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=239037281;WS=239037263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	239051550	rs935411	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=0.310;SC=TTGGGAACTTTGCCTTCTACA;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=47;WE=239051558;WS=239051540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr2	239051639	rs748218	T	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=464;ReadPosRankSum=0.592;SC=CGCTGTGTCCTCCTTGCAGGT;SOR=0.333;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=38;WE=239051647;WS=239051629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr2	239056373	.	C	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=510;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GGAGCCCACCCCACCTCCCAC;SOR=1.193;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=25;WE=239056381;WS=239056363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr2	239079542	rs2278737	A	G	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=53;PP=2167;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GAAAACTAAGACACAATTGGG;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=237;TCF=146;TCR=91;TR=136;WE=239079550;WS=239079532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,143:0.57:251
chr2	239079798	rs112719715	T	C	63.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	239082166	rs3832064	G	GC	2946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=2040;ReadPosRankSum=0.024;SC=CTCTTATAGGGCCTTTTACCT;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=56;WE=239082174;WS=239082156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr2	239092618	rs3217566	C	CCACA	2986.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=2258;ReadPosRankSum=0.908;SC=TAGGAAAACACCACACACAGT;SOR=1.124;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=47;WE=239092626;WS=239092608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr2	239093788	rs6431588	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=486;ReadPosRankSum=1.206;SC=CAATAACCAATTTGAGTATCA;SOR=1.312;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=29;WE=239093796;WS=239093778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr2	239133641	rs72992741	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGCCTGGCCCAGGACTTCCTC;SOR=2.262;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=14;WE=239133649;WS=239133640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	239133980	rs7558525	C	T	3601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=65;PP=2506;ReadPosRankSum=-1.740;SC=CGAGAGGGCCCGGCTGTGCCC;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=139;WE=239133988;WS=239133970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,146:0.62:235
chr2	239134056	rs7572285	A	G	9563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.03;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,245:0.62:398
chr2	239134063	rs7584376	G	T	9621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,244:0.61:400
chr2	239134138	rs7572392	A	C	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.803;SC=ACCATCAGGGACTCTGGAAAC;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=124;TCR=179;TR=193;WE=239134146;WS=239134128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,195:0.63:308
chr2	239136143	rs3795902	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=450;ReadPosRankSum=1.914;SC=TGACTCTGTCCCCACCTCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=23;WE=239136151;WS=239136133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr2	239139883	rs13425452	G	C	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ACACATTCGCGAGGGGAGCGC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=141;TCR=171;TR=198;WE=239139891;WS=239139873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,206:0.63:326
chr2	239140403	rs35825433	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=580;ReadPosRankSum=1.106;SC=CCTCAACTTGTGGTGGCCTCT;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=25;WE=239140411;WS=239140393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr2	239140426	.	A	AC	2110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=13.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=2.034;QD=25.74;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=2.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr2	239140434	rs111384196	C	A	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=11.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=2.356;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=1.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr2	239140728	rs11689033	A	G	3921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=74;PP=2630;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTGGCTGGAGAAATCCGGTGT;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=264;TCF=152;TCR=112;TR=168;WE=239140736;WS=239140718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,177:0.64:275
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chr2	239181904	rs2304674	A	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=58;PP=1510;ReadPosRankSum=-1.304;SC=TAGCTCTTACAAACTGAGGGC;SOR=0.853;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=82;WE=239181912;WS=239181894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,81:0.61:132
chr2	239184581	rs10462023	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=758;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TAGCTTCCTAGGTGTCCTTTC;SOR=1.219;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=201;TCF=85;TCR=116;TR=57;WE=239184589;WS=239184571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,60:0.28:212
chr2	239185922	rs2304673	T	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=536;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GATAACAGGCTAGATAATACC;SOR=0.207;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=24;WE=239185930;WS=239185912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr2	239229372	rs13398676	C	A	9470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=164;PP=2965;SC=CGCCGCTGACCGAGAAGCTGC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=181;TCR=164;TR=345;WE=239229380;WS=239229362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr2	239237953	rs12464423	G	T	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=163;PP=2965;SC=ACAGGGAGAAGAACAGAGAGC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=134;TCR=163;TR=297;WE=239237961;WS=239237943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	239247174	rs73090911	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=80;SC=GTAGTTATACATTGTTAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=239247182;WS=239247164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	239307245	rs571820	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=237;SC=TTTTGGTTGTAGCAGGGGTTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=239307253;WS=239307235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	239974614	rs183605622	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=6;PP=1537;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CGTGCATGTGCGTCTCGAGAC;SOR=1.131;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=119;TCF=108;TCR=11;TR=75;WE=239974622;WS=239974604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,76:0.62:122
chr2	240003870	rs1063639	G	A	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=89;PP=2553;ReadPosRankSum=0.281;SC=ACAGGACGCTGGGGTCGCTGT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=132;TCR=149;TR=169;WE=240003878;WS=240003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,179:0.61:294
chr2	240016488	rs62189551	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.538;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=370;ReadPosRankSum=0.127;SC=AGCCCCAGCCACCTGCGCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=20;WE=240016496;WS=240016485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr2	240029736	rs7585225	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=323;SC=CCTGCCCCGGTCGGCGTTACC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=240029744;WS=240029726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	240048481	rs35504237	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=477;ReadPosRankSum=0.961;SC=GAGACAACTGCGCCCTGTGCC;SOR=0.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=34;WE=240048489;WS=240048471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr2	240048505	rs3828206	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=1.555;SC=CAGCCCAGGCGTTCTGCCCTG;SOR=1.321;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=31;WE=240048513;WS=240048495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	240048544	rs3791448	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=0.612;SC=GCTAACTGGGCCCCTTCCAGC;SOR=1.201;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=240048552;WS=240048534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	240048568	rs12998494	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.168;SC=GGCTGGGGGCCGTGAGCTGGT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=240048576;WS=240048558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	240055873	rs10204440	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=0.925;SC=AGGCAGGCGAAGGCGGGGCAC;SOR=2.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=240055881;WS=240055868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr2	240055931	rs10207474	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=775;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CCAGGCCCATTTGTGCTCACC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=50;WE=240055939;WS=240055921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr2	240061399	rs144813118	A	G	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1909;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GATGCTGGGGACGGCGGGCGC;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=241;TCF=118;TCR=123;TR=125;WE=240061407;WS=240061388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,131:0.52:253
chr2	240066417	rs2290087	A	G	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=123;PP=2965;SC=GAAGCTGCACAAAAAGGAGAT;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=143;TCR=123;TR=266;WE=240066425;WS=240066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	240078488	rs76103770	C	G	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=-0.696;NF=62;NR=110;PP=2566;ReadPosRankSum=0.083;SC=AAGGCAAAGACAGATGGTTTA;SOR=1.154;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=522;TCF=224;TCR=298;TR=172;WE=240078496;WS=240078478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,179:0.33:544
chr2	240078587	rs5839723	GAC	G	2177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.12;MQRankSum=0.701;NF=0;NR=47;PP=1988;ReadPosRankSum=0.104;SC=CACCTCAACAGACACACCTTT;SOR=1.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=0;TCR=78;TR=47;WE=240078596;WS=240078577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
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chr2	240083634	rs74003737	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=768;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCTTTCCTTGGGCCTGCTGC;SOR=0.486;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=36;WE=240083642;WS=240083624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
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chr2	240084053	rs3791516	T	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=494;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TGGCTCCTCATCCTGCCCTTT;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=33;WE=240084061;WS=240084043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr2	240085403	rs11124182	C	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=530;SC=TCCCTGCCTCCGGTGAAGAGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=240085411;WS=240085393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	240098068	rs56211861	G	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;MQRankSum=4.743;QD=24.29;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr2	240098068	.	GG	AG	1655	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=58.29;NF=65,1;NR=39,0;PP=1655,133;QD=16.2478001206;SC=CCCTCTGCCCGGCCTCCCTCC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=104,1;WE=240098076;WS=240098058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,104:0.94:111
chr2	240098068	.	GG	GGCCTCCCTCCCTCTGCCCAG	1655	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=58.29;NF=65,1;NR=39,0;PP=1655,133;QD=16.2478001206;SC=CCCTCTGCCCGGCCTCCCTCC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=104,1;WE=240098076;WS=240098058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:81,1:0.01:82
chr2	240111477	rs531993	A	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AGTCACCGGGAGTTGAGGGTG;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=26;WE=240111485;WS=240111467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr2	240111521	rs2290092	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=534;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CCCCGCACCGCGCCTCACCTT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=36;WE=240111529;WS=240111511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr2	240111870	rs74761897	CG	C	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,11:0.79:14
chr2	240158529	rs3842554	A	AAGAAAATCAAAGATCCTT	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GTATTTGCCAATGTAGAATAA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=240158537;WS=240158519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	240273360	rs62182143	C	T	5708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CAGACAAAGACGATTCCACCC;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=452;TCF=255;TCR=197;TR=264;WE=240273368;WS=240273350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,267:0.58:460
chr2	240323661	rs1709851	C	A	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=91;PP=2965;SC=TGTTGAGTTACAGGTCGGCCC;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=150;TCR=91;TR=241;WE=240323669;WS=240323651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	240323905	rs3215239	T	TG	9168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=116;PP=2967;SC=CTGGCGGAGATGCGCGTTCGC;SOR=0.939;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=41;TCR=121;TR=153;WE=240323913;WS=240323895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	240500170	rs35846411	G	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=0.023;SC=ACACCCTGTCGTCTGCAAGCT;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=113;WE=240500181;WS=240500160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,113:0.59:190
chr2	240500173	rs10187580	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=2437;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CCCTGTCGTCTGCAAGCTGGA;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=188;TCF=126;TCR=62;TR=75;WE=240500181;WS=240500160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,78:0.41:191
chr2	240500249	rs59626274	C	T	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=70;PP=2179;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGCACGCCGACGACAGCACAC;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=408;TCF=237;TCR=171;TR=163;WE=240500257;WS=240500239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,168:0.40:415
chr2	240500294	rs11683242	A	C	6577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TCAGTGTTCCAGCTCCAGCAG;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=490;TCF=256;TCR=234;TR=297;WE=240500302;WS=240500284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,301:0.60:500
chr2	240500413	rs6543554	A	G	11662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=204;PP=2965;SC=TGAATCCACCATCGTACCTGC;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=204;TCR=204;TR=408;WE=240500421;WS=240500403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr2	240500437	rs10180205	C	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TCTTGGATGCCGTCCGATTGC;SOR=0.831;Source=Platypus;TCF=194;WE=240500445;WS=240500427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,148:0.34:432
chr2	240504878	rs6719279	C	T	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=116;PP=2965;SC=GGTAGCCATTCTAGTCATAGT;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=204;WE=240504886;WS=240504868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	240504931	rs13021357	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.480;SC=CAAGTAGACCAGCATGACTAT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=62;WE=240504939;WS=240504921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr2	240721384	rs2898872	C	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=35;PP=1755;SC=TGAATTGACTCCTGCTTGGCC;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=103;WE=240721392;WS=240721374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	240721598	rs12613844	T	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1702;ReadPosRankSum=-1.755;SC=GACACAGTGATGATTCATACA;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=101;WE=240721606;WS=240721588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,111:0.66:167
chr2	240900607	rs138479490	TG	T	6188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.080;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.090;NF=19;NR=124;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CCGGCAGCTGTGGGGGAAAAA;SOR=0.883;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=249;TCF=49;TCR=200;TR=143;WE=240900615;WS=240900597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,227:0.62:366
chr2	240909304	rs34036698	CAG	C	3735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.254;NF=3;NR=60;PP=2710;ReadPosRankSum=1.140;SC=AACAAATGGACAGAGTCACAG;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=123;TCF=7;TCR=116;TR=63;WE=240909313;WS=240909294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,96:0.56:170
chr2	240921463	rs4149551	C	T	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=4;PP=1112;ReadPosRankSum=1.122;SC=CTAATAGTCACACGTTCTGTG;SOR=0.248;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=76;TCR=5;TR=54;WE=240921471;WS=240921453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr2	240922822	rs958960	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=1.725;SC=CTATGAATTTCCAGAAATGGT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=240922830;WS=240922812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr2	240961852	rs7596788	A	G	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=69;PP=1777;ReadPosRankSum=1.127;SC=GAAACCTCTTAGTGATAAAAA;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=47;TCR=110;TR=97;WE=240961860;WS=240961842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,99:0.61:161
chr2	240969312	rs10187574	A	G	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQRankSum=-1.942;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,114:0.62:184
chr2	240969483	rs145620667	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.59;MQRankSum=0.514;QD=17.99;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr2	240981262	rs6728493	A	C	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TACATGTTAGAAACAAGAAGA;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=283;TCF=185;TCR=98;TR=120;WE=240981270;WS=240981252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,122:0.41:294
chr2	240981375	rs6732185	T	A	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=116;PP=2851;ReadPosRankSum=1.316;SC=ATGAAGAGACTTGGATGAAGA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=679;TCF=344;TCR=335;TR=235;WE=240981383;WS=240981365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:449,235:0.34:684
chr2	240981487	rs60617721	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.344;NF=14;NR=43;PP=841;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTGAAGAGGCATGGACGAAGG;SOR=0.594;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=49;TCR=126;TR=57;WE=240981495;WS=240981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr2	240982271	.	G	A	1683	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=58.08;NF=29;NR=13;PP=1683;QD=40.8993145845;SC=GTGAAGAGCCGTGGATGAAGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=42;WE=240982279;WS=240982237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:93,42:0.31:135
chr2	240982443	rs34596708	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.384;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr2	240982449	rs35318485	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr2	240984789	rs12465491	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.905;NF=37;NR=32;PP=1004;ReadPosRankSum=1.064;SC=GGCTCTCCAGCAGCCGGTGGC;SOR=0.409;SbPval=0.33;Source=Platypus;TCR=63;TR=69;WE=240984797;WS=240984779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr2	240984827	rs72993519	G	A	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.779;NF=88;NR=56;PP=2434;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CAGCCAGGGTGATGTGCGCAT;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=144;WE=240984835;WS=240984817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,150:0.62:243
chr2	240985099	rs150098707	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	240985511	rs10933560	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.726;NF=7;NR=22;PP=485;ReadPosRankSum=0.742;SC=TGGGAGCTGCAGGCCTACAAA;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=29;WE=240985519;WS=240985501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr2	241066280	rs4292120	C	T	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.800;NF=69;NR=105;PP=2789;ReadPosRankSum=0.995;SC=ACATTAGCGCCTCCGCCCCCT;SOR=0.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=107;TCR=177;TR=174;WE=241066288;WS=241066270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,178:0.61:290
chr2	241073170	rs747741	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=598;ReadPosRankSum=0.395;SC=AATAAGGCTGCCTGCCAGTGG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=28;WE=241073178;WS=241073160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	241073450	rs3749078	C	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=930;ReadPosRankSum=-0.467;SC=AAGGTTATGTCAGGTGCGTTT;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=51;WE=241073458;WS=241073429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr2	241075809	rs13406410	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=852;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GGTGCCCGCCCGCTGGGGTGC;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=49;WE=241075817;WS=241075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr2	241079884	rs508944	A	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=523;ReadPosRankSum=0.737;SC=GCATGGATTTAAAAAAAAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=42;WE=241079892;WS=241079873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
chr2	241375527	rs2352823	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr2	241390516	rs3828336	C	T	9603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=144;PP=2965;SC=GGTGAGCGGCCGAGTTCCTTT;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=180;TCR=144;TR=324;WE=241390524;WS=241390506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	241392491	rs4268920	A	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=847;ReadPosRankSum=0.215;SC=CCTCTCCCGCAGCGCCACCGT;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=57;WE=241392499;WS=241392481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr2	241395353	rs12695019	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=289;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GGCCGCCTCGATCCAGCCTGC;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=241395361;WS=241395343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	241395503	rs2292832	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	241401566	rs35971355	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=684;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CTGCCACGGCGGGGGAAACAT;SOR=1.367;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=40;WE=241401574;WS=241401556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr2	241401741	rs1042829	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1158;ReadPosRankSum=0.268;SC=TGTACTACCGCGGTGCCAACC;SOR=0.769;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=92;WE=241401749;WS=241401731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,100:0.43:233
chr2	241403014	rs881029	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=2.260;SC=GTCCCTAGCTTAGAGCTTGGA;SOR=1.198;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=28;WE=241403022;WS=241403004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr2	241403955	rs3830536	GTGACGCCTGCGTGTGCGTGTCAACGCCTGTGTGCGCGCGT	G	6509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=9.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.41;MQRankSum=7.451;QD=18.23;ReadPosRankSum=1.527;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,176:0.49:357
chr2	241404213	rs41266965	T	C	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.081;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=107;PP=2839;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GTCCTGGATGTGGCCCCATTG;SOR=0.938;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=327;TCF=157;TCR=170;TR=198;WE=241404221;WS=241404203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,199:0.60:330
chr2	241404317	rs2229458	C	T	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.887;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1921;ReadPosRankSum=-1.320;SC=CCCAGGGCCCCGGGCCTGAGG;SOR=0.396;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=117;WE=241404325;WS=241404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,123:0.59:207
chr2	241405400	rs10700206	C	CGTG	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=522;ReadPosRankSum=0.768;SC=TCACCTGGCACGGGCCCTTAC;SOR=0.430;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=241405408;WS=241405399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr2	241405485	rs2228330	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.061;NF=47;NR=23;PP=1021;ReadPosRankSum=1.770;SC=GTGACGACGGCAGCGGCTCGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=70;WE=241405493;WS=241405475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr2	241405528	rs2228331	A	G	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=54;PP=1747;ReadPosRankSum=1.137;SC=TGACCTCTGCAGCCGGAAGGT;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=124;WE=241405536;WS=241405518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,129:0.61:212
chr2	241439809	rs78414006	C	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.659;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=4;PP=864;ReadPosRankSum=-0.606;SC=ATGCCCCAGCCGGGGGCCCTG;SOR=1.475;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=123;TCF=106;TCR=17;TR=48;WE=241439817;WS=241439799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr2	241448660	rs59967171	G	GGATA	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.784;NF=12;NR=2;PP=607;ReadPosRankSum=0.434;SC=ATGGATGGATGGATAAATGGC;SOR=0.163;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=14;WE=241448668;WS=241448650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	241451350	rs10427348	C	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1108;ReadPosRankSum=0.619;SC=GGGCTGTGTCCGTGCTGTAGT;SOR=0.416;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=80;WE=241451358;WS=241451340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr2	241452198	rs12695025	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,97:0.36:269
chr2	241452212	rs12695026	T	C	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGTCGCGAGGTACACACCTTG;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=332;TCF=197;TCR=135;TR=126;WE=241452220;WS=241452188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,128:0.38:340
chr2	241500674	rs4676426	C	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=658;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCCACTCTTACAGCTGGGCCC;SOR=1.264;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=36;WE=241500682;WS=241500664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr2	241512470	rs2001823	G	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=613;ReadPosRankSum=0.947;SC=CTCCCCGGCCGGGGCTATGGG;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=38;WE=241512478;WS=241512460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr2	241531737	rs2975762	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=0.256;SC=ACCTTCCCCTACTGTCCTCTT;SOR=0.993;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=20;WE=241531745;WS=241531727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr2	241533845	rs2975763	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=-1.103;SC=GGCACGGGGTTGCTGGCAGGA;SOR=0.976;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=21;WE=241533853;WS=241533835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr2	241537421	rs3749166	G	A	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,112:0.44:253
chr2	241537617	rs58715822	TC	T	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.15;MQRankSum=1.415;NF=7;NR=11;PP=499;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CCCCTATCTGTCCTGGCAGAC;SOR=0.540;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=18;WE=241537625;WS=241537607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr2	241538074	rs2975766	A	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1061;ReadPosRankSum=0.424;SC=GCAGGTCTCCATCATGGCAGT;SOR=0.552;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=288;TCF=144;TCR=144;TR=107;WE=241538082;WS=241538064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,115:0.38:303
chr2	241538229	rs2975767	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CCCTGCCAGGAGGCTGCGGCC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=18;WE=241538237;WS=241538219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	241555784	rs12052926	G	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=380;ReadPosRankSum=0.631;SC=TTCCTCCTCCGTCTCTCTATT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=20;WE=241555792;WS=241555774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr2	241558397	rs6437353	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=576;ReadPosRankSum=-0.424;SC=ACTCCACACCGTGGCAGTGAA;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=140;TCF=88;TCR=52;TR=49;WE=241558405;WS=241558387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,49:0.34:145
chr2	241558547	rs7582275	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGGGGTTTGTGCCACCTTAGA;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=48;WE=241558555;WS=241558537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr2	241569329	rs2975785	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=736;ReadPosRankSum=0.629;SC=CCCCCTGCTCACTCTCTGCTG;SOR=0.937;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=63;WE=241569337;WS=241569319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,65:0.34:190
chr2	241570249	rs3749172	A	C	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=98;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CGTGGCTCCCAGTGCTAAGGC;SOR=0.951;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=407;TCF=146;TCR=261;TR=143;WE=241570257;WS=241570239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,153:0.36:420
chr2	241570391	rs2975786	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AAGGAGCCCGAGATCAGCCCT;SOR=0.122;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=241570399;WS=241570381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr2	241619708	rs138708092	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQRankSum=0.524;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	241621869	rs74882485	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.336;NF=17;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GCAGAGGCGCGTCAGGGTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=23;WE=241621877;WS=241621859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr2	241622209	rs4081908	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.552;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.452;NF=49;NR=35;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TCACAGAGGGTGAAGGTGGCA;SOR=0.875;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=84;WE=241622217;WS=241622199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr2	241627928	rs1560619	A	G	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=2222;ReadPosRankSum=-0.001;SC=TGCACAGGACAGGTAGGCAGA;SOR=0.707;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=244;TCF=126;TCR=118;TR=147;WE=241627936;WS=241627918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,151:0.61:248
chr2	241631267	rs71428453	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.000;NF=33;NR=8;PP=652;ReadPosRankSum=0.294;SC=TGTGGGAACCAGCCAGCTCCT;SOR=0.955;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=41;WE=241631275;WS=241631257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr2	241631413	rs71428454	T	G	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1689;ReadPosRankSum=-1.727;SC=TCCAAGGCCCTGCTCCCAGTG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=98;WE=241631421;WS=241631403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,101:0.61:165
chr2	241631476	rs4328629	C	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.292;NF=37;NR=39;PP=1327;ReadPosRankSum=1.252;SC=GCAGCTCGGGCCCTGCTGCCT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=76;WE=241631484;WS=241631466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,74:0.62:120
chr2	241631798	rs142225246	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQRankSum=-1.988;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	241631839	rs202017172	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.70;MQRankSum=0.842;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	241659368	rs6437368	C	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1128;SC=GAAGTGCTGCCCACTGCAGGC;SOR=2.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=241659376;WS=241659358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	241663019	rs2043252	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.025;SC=TGATGGGTGGCTGCTCCTCCC;SOR=2.124;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=21;WE=241663027;WS=241663009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	241674222	rs3755533	T	C	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=89;PP=2246;SC=GGGAGCGGGGTGGGGGACAGG;SOR=2.457;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=27;TCR=91;TR=116;WE=241674230;WS=241674212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	241680644	rs1013225	G	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1119;ReadPosRankSum=2.006;SC=CGCACCCCCCGACACACACTC;SOR=0.741;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=65;WE=241680652;WS=241680634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr2	241680802	rs56024577	G	A	4095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2625;ReadPosRankSum=0.829;SC=GCACTGTAGGGACAGGAGGGA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=129;TCR=136;TR=172;WE=241680810;WS=241680792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,186:0.66:282
chr2	241684660	rs1529665	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=11;PP=1081;SC=CAGCTGTAAATCCATCAAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=241684668;WS=241684650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	241696840	.	ATCCTCC	A,ATCC	6777.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.514;QD=26.68;ReadPosRankSum=0.167;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,24,225:0.09,0.89:254
chr2	241700676	rs35945835	G	A	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TGATGGCATTGGCCTCCTTGA;SOR=0.979;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=289;TCF=183;TCR=106;TR=188;WE=241700684;WS=241700666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,192:0.66:291
chr2	241702561	rs11688298	T	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=53;PP=2965;SC=CAGCAGGCAGTTGGGGGTGGC;SOR=1.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=115;TCR=53;TR=168;WE=241702569;WS=241702551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	241708675	rs2288753	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=77;PP=2248;SC=GCTTCCAGCACTGGCCTCAGC;SOR=3.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=15;TCR=78;TR=92;WE=241708683;WS=241708665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	241713429	rs2288751	T	C	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=7;PP=1632;SC=GAACAGGGCCTATGCAGGCCC;SOR=3.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=63;WE=241713437;WS=241713419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	241713646	rs1063353	A	G	16896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=249;NR=358;PP=2965;SC=GCAGGACTCAAGGCTGCCACC;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=608;TCF=250;TCR=358;TR=607;WE=241713654;WS=241713636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr2	241722445	rs2288750	G	A	8970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=1.793;SC=TATGGAAGCCGGGCCGGGCCA;SOR=0.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=191;TCR=137;TR=327;WE=241722453;WS=241722435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr2	241722613	rs2288749	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=66;PP=1964;SC=GGACCTGTGCAGTGTGGAGTG;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=88;WE=241722621;WS=241722603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	241723427	rs2288748	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=984;SC=AGCTCTCCCAAGGCCCTGCCC;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=241723435;WS=241723417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr2	241728843	rs2288745	C	T	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=67;PP=1973;SC=CCAGACAAGCCAGGCCCCCAA;SOR=2.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=93;WE=241728851;WS=241728833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	241737017	rs10167412	C	A	7474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=83;PP=2965;SC=GACCATGGCCCCCAGCAACCC;SOR=1.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=176;TCR=83;TR=259;WE=241737025;WS=241737007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	241808825	rs140694338	AGGCCTCCCT	A	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	241810957	rs10196315	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr2	241812566	rs12997245	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=0.168;SC=CCGATGCTGCGGATTCGGCCC;SOR=0.235;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=22;WE=241812574;WS=241812556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr2	241815308	rs12464426	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,103:0.24:437
chr2	241815473	rs12695032	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,47:0.24:196
chr2	241816545	rs6732985	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,74:0.29:253
chr2	241818279	rs4273214	C	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=78;PP=1701;ReadPosRankSum=1.795;SC=ACACACCTGTCCCATGCCCAC;SOR=0.510;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=522;TCF=241;TCR=281;TR=156;WE=241818287;WS=241818257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,159:0.30:535
chr2	241827696	rs4675869	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-1.245;SC=AGGCCCCCGCAGCCAGCACCC;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=10;WE=241827704;WS=241827686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr2	241828012	rs6708304	T	C	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CGCCCTGCAGTTCTGCCCAGT;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=382;TCF=148;TCR=234;TR=116;WE=241828020;WS=241828002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,119:0.30:397
chr2	241828034	rs6707568	A	G	10317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.892;SC=CTCGGGCGCCAGGAAGAGCAC;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=120;TCR=187;TR=307;WE=241828042;WS=241828024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr2	241830944	rs10171053	G	T	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,79:0.25:313
chr2	241830969	rs10171067	G	A	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,86:0.24:362
chr2	241831005	rs10195453	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,128:0.25:505
chr2	241831264	rs6737320	G	A	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,159:0.28:576
chr2	241831296	rs6709469	C	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=2.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,139:0.28:495
chr2	241831471	rs6709742	CA	TG	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr2	241834770	rs4293565	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CACACACAGAAGACAGTCGCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=241834778;WS=241834760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	241834944	rs4468809	T	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,113:0.26:432
chr2	241835379	rs12105122	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=1.133;SC=GCACCTGCACGGCCATGGCTG;SOR=0.456;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=20;WE=241835387;WS=241835369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr2	241835421	rs13426919	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GCATCCCTTCAACAGTGGCAG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=15;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr2	241835432	rs10933514	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=486;ReadPosRankSum=0.529;SC=ACAGTGGCAGGTGAGGGCCAG;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=13;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	241859255	rs4675790	T	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=634;ReadPosRankSum=-1.250;SC=CGGGCTCAGATCTGGGACCCC;SOR=0.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=30;WE=241859263;WS=241859245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr2	241861904	rs4514870	G	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,37:0.26:145
chr2	241865156	rs4675847	T	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,85:0.25:346
chr2	241868956	rs4407242	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ACTCCGCTCCGTTACAGCCTA;SOR=0.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=15;WE=241868964;WS=241868946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	241869378	rs6756731	A	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr2	241871956	rs12472087	G	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=460;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GGTCCCTGCAGTGCACTTTGA;SOR=0.152;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=24;WE=241871964;WS=241871946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
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chr2	241904001	rs11688859	G	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
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chr2	241905779	rs12466789	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-2.240;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,91:0.27:334
chr2	241925219	.	C	T	641	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=27;MQ=59.42;NF=24;NR=0;PP=641;QD=28.1571338561;SC=ACCCACTCCACACACACCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=24;WE=241925227;WS=241925210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr2	241925343	rs4675835	T	C	9497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=116;PP=2965;SC=AGTGGGCACATGGCCCCAGCC;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=223;TCR=116;TR=339;WE=241925351;WS=241925333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	241929228	rs10200024	A	G	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=91;PP=2965;SC=CACCAGCAGCAGGTAAAGGTG;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=175;WE=241929236;WS=241929218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	242004219	rs11464431	T	TG	28190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=206;PP=2957;SC=CAGGGACCCCTGCCACGCCCC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=205;TCR=221;TR=395;WE=242004227;WS=242004196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,746:1.00:746
chr2	242007465	rs5839780	AC	A	1755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.151;NF=1;NR=44;PP=1627;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TGTGGACTGTACCACCTGCCG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=45;WE=242007473;WS=242007455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr2	242011151	rs6760731	A	G	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TGCCCCACCCATCGGCCCCAT;SOR=0.343;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=264;TCF=129;TCR=135;TR=242;WE=242011159;WS=242011141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr2	242011330	rs6746124	C	A	12497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=0.052;SC=CTTGGTGGCCCACCCTCGTCC;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=739;TCF=361;TCR=378;TR=525;WE=242011338;WS=242011320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,546:0.71:766
chr2	242079532	.	G	C	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.647;NF=60;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.042;SC=CAGCTGCCCAGAACAGCCCAG;SOR=0.303;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=286;TCF=78;TCR=208;TR=201;WE=242079540;WS=242079522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,210:0.71:296
chr2	242088921	rs3806599	A	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=14;PP=1716;SC=CACAGCGACTAGCACCGATTG;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=74;WE=242088929;WS=242088911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	242099961	rs2017989	C	T	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=82;PP=2522;SC=AGCTAGCGGGCTGTGTGTGGA;SOR=1.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=124;WE=242099969;WS=242099951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	242129487	rs11695874	G	T	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=99;PP=2965;SC=GGATGCTGCGGCGACGGGCCC;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=147;TCR=99;TR=245;WE=242129495;WS=242129477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	242138912	rs34107209	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=223;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CTGCCAGTGCCGACAGCCTCA;SOR=0.201;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=23;WE=242138920;WS=242138902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr2	242139491	rs2013250	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=6.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,100:0.29:342
chr2	242140785	rs78154103	C	G	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1003;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.632;SC=GTGGGGGTTCCCTGCCGCGGG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=985;TCF=422;TCR=563;TR=314;WE=242140793;WS=242140775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:679,318:0.32:997
chr2	242141719	rs2074840	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,68:0.23:297
chr2	242142737	rs1179530	T	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=15;PP=1515;SC=CCACAGGCCGTTCGCCCCCAG;SOR=2.173;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=66;WE=242142745;WS=242142727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	242142921	rs77640154	C	T	5375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCGGTGAGTCCCCCCCGCTGC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=144;TCR=136;TR=215;WE=242142929;WS=242142909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,234:0.77:303
chr2	242143012	rs190698845	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=64;PP=1710;ReadPosRankSum=0.555;SC=GGCAGCGTGCGTGGGGGCCTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=103;WE=242143020;WS=242143002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,99:0.80:123
chr2	242149073	rs10192730	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=180;SC=CCTGCCCTCCGCTCACGCCTC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=242149081;WS=242149063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	242151585	rs7593101	C	T	13962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=319;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=1.414;SC=TCAACTTCTACTCCTCACCCG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=864;TCF=466;TCR=398;TR=595;WE=242151593;WS=242151575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,609:0.69:881
chr2	242157228	rs78605785	G	T	7657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=0.501;SC=ACCGGCGCCCGGTGGCCGAGC;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=485;TCF=198;TCR=287;TR=334;WE=242157236;WS=242157218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,351:0.70:504
chr2	242157565	.	CG	C	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5004;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=43;QD=22.0;SC=AGGGGCGGGGCGGGGGGGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=242157573;WS=242157555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr2	242163359	rs7590653	G	A	10991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TGAGCAGCCCGAGGGCTCAGA;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=617;TCF=287;TCR=330;TR=452;WE=242163367;WS=242163345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,462:0.73:633
chr2	242176019	rs2305073	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,43:0.21:203
chr2	242179134	rs10153800	G	A	11282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=0.992;SC=CCATCACCCCGCCATACTCTT;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=620;TCF=321;TCR=299;TR=474;WE=242179142;WS=242179124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,480:0.76:629
chr2	242188628	rs77791862	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr2	242189231	rs12475607	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.163;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr2	242192848	rs7578199	T	C	8483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTGGGCCACATTGACATCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=515;TCF=255;TCR=260;TR=352;WE=242192856;WS=242192838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,364:0.69:529
chr2	242196324	rs11693403	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGCTTATTCCTGCCCAGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=10;WE=242196332;WS=242196314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	242203916	rs11891776	A	C	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=43;PP=1962;SC=CAGGCTCCAGAGGGTTCCTGG;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=113;WE=242203924;WS=242203906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	242206956	rs35334418	C	T	12009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=270;NR=159;PP=2965;SC=CTCCTAACAGCGACCTTGGTT;SOR=1.301;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=429;TCF=270;TCR=159;TR=429;WE=242206964;WS=242206946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr2	242255771	.	G	GCCCGACAAACACTTAGAGCTTGTGTGGCCATCTTGTCTTT	1873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=6.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,28:0.13:210
chr2	242255830	rs13006939	C	T	7168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GCCATTTCCTCCCTGAGGCGT;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=404;TCF=220;TCR=184;TR=304;WE=242255838;WS=242255820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,311:0.73:427
chr2	242259614	rs6745662	G	A	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=75;PP=2965;SC=CCTTTTCTCTGTAGAGGCTTG;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=124;TCR=75;TR=199;WE=242259622;WS=242259604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	242265313	rs12477089	C	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=0.822;SC=TTTGTGAAAACTGATAACCTA;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=7;WE=242265321;WS=242265305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	242283071	rs6750169	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=8;PP=1302;SC=TTGTAGTCAACAGCAATGTGT;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=242283079;WS=242283061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	242283094	rs6707518	A	G	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=18;PP=2234;SC=AGTCTGTGCTAATGTTCTCGT;SOR=2.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=76;TCR=18;TR=93;WE=242283102;WS=242283084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	242285545	rs11683764	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,32:0.24:134
chr2	242289663	rs3217007	C	CATT	3219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=46;PP=2472;SC=CAGTTACTAACATTGTGTCAG;SOR=2.211;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=49;WE=242289671;WS=242289653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	242312572	rs61739702	G	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1328;ReadPosRankSum=1.014;SC=GCAGGGATGCGCTTGGGTGCC;SOR=0.904;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=83;WE=242312580;WS=242312562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,86:0.83:103
chr2	242343404	rs3732276	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.836;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr2	242344333	rs11681497	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=2.106;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr2	242352633	rs141753202	A	AT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr2	242371101	rs757978	C	T	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FS=2.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,160:0.23:704
chr2	242374215	rs35614125	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-1.902;SC=CACGCCACTGCACTCCACCCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=242374223;WS=242374205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	242374519	rs34882686	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	242375813	rs7601738	A	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=6.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,63:0.21:300
chr2	242405021	rs2240482	C	T	15431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=342;NR=295;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CAGTGCAGGTCGTGCATTGAC;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=874;TCF=474;TCR=400;TR=637;WE=242405029;WS=242405011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,640:0.73:878
chr2	242407588	rs41342147	G	A	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=93;PP=2131;ReadPosRankSum=-1.865;SC=ACATGACGAGGTCCTAACAGA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=640;TCF=341;TCR=299;TR=197;WE=242407596;WS=242407578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,200:0.30:656
chr2	242415523	rs73006397	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CACAGTGGCTCATACCTGTAA;SOR=2.584;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=21;WE=242415531;WS=242415513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
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chr2	242542298	rs6437269	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=3;PP=933;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TCAGCAGGGTTGCACATGGGC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=40;WE=242542306;WS=242542288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr2	242556695	rs142708184	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=0;PP=734;ReadPosRankSum=0.386;SC=ACAGGCTTTTCTAGGCATTTC;SOR=0.960;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=31;WE=242556703;WS=242556685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr2	242556732	rs7580021	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=10;PP=1116;ReadPosRankSum=0.005;SC=TTCTTTTATTGAAATCTCAAC;SOR=0.973;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=78;TCR=16;TR=64;WE=242556740;WS=242556722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr2	242557019	rs7580246	G	A	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr2	242557028	rs36043566	G	C	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.396;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr2	242572846	rs3208142	A	G	11421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GGGTGTGCTTAGAGGAGAAAC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=644;TCF=328;TCR=316;TR=465;WE=242572854;WS=242572836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,474:0.73:653
chr2	242577022	rs4675796	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.848;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,69:0.23:295
chr2	242590237	rs4464318	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=321;ReadPosRankSum=1.714;SC=AGGGCCTCCTTCTCTTTCCTA;SOR=0.722;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=19;WE=242590245;WS=242590236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr2	242590338	rs35731596	A	G	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGTTCTCTTCAGCACAGAAAT;SOR=1.115;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=305;TCF=212;TCR=93;TR=201;WE=242590346;WS=242590328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,206:0.66:314
chr2	242593114	rs4567973	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=79;PP=2068;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AGAGCAGACCACAGGTAAAAC;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=125;WE=242593122;WS=242593104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,127:0.69:183
chr2	242594622	rs6712888	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=628;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CCTGGCACCACGTGCCACCAG;SOR=0.597;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=129;TCR=62;TR=57;WE=242594630;WS=242594612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,63:0.31:200
chr2	242606036	rs6709768	G	C	8935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.309;SC=TGCTTGGTTAGTGAAAGCATG;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=557;TCF=276;TCR=281;TR=369;WE=242606044;WS=242606026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,389:0.66:585
chr2	242607483	rs7565540	GC	TT	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.517;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=1;PP=2297;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AGGCCCTTGGGCCCCCTATGG;SOR=3.160;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=80;TCF=76;TCR=4;TR=48;WE=242607492;WS=242607473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr2	242610253	rs35454903	T	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=65;PP=1417;ReadPosRankSum=-2.448;SC=AGACAGGCAGTGGGGCGTGCA;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=93;WE=242610261;WS=242610243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,97:0.80:122
chr2	242610773	rs7601000	T	A	9044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=1.820;SC=CTGGTGGAGCTGCAGCCTTCA;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=483;TCF=282;TCR=201;TR=365;WE=242610781;WS=242610763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,375:0.76:493
chr2	242611050	rs1130910	C	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=905;ReadPosRankSum=1.875;SC=GCTGCCTGCCCGGGCGCTGTG;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=43;WE=242611058;WS=242611040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr2	242612909	rs1130906	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TCGGGGAGCCAGAGATCCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=242612917;WS=242612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	242613089	rs7943	A	G	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=829;ReadPosRankSum=0.601;SC=CTTGGGCTCCACGTCCGAGTT;SOR=0.625;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=62;WE=242613097;WS=242613079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr2	242613133	rs7740	T	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr2	242615462	rs5860	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=455;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GTCTGGACTCTGCTGGGGACG;SOR=2.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=20;WE=242615470;WS=242615452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr2	242617792	rs4076640	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=1;PP=762;ReadPosRankSum=0.750;SC=TTGCTGACACAACTGTGCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=40;WE=242617800;WS=242617784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	242618050	rs1131195	A	G	4640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GTTTACACCAATCTAGGGAAA;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=106;TCR=151;TR=186;WE=242618058;WS=242618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,190:0.72:263
chr2	242622192	rs35052478	A	AG	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=357;ReadPosRankSum=0.764;SC=TAGAAAAATTAGCCGGGCGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=242622200;WS=242622182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	242622326	rs4347866	T	C	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.919;NF=42;NR=41;PP=1052;ReadPosRankSum=2.065;SC=GCGACAAGAATGAAACTGTCT;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=83;WE=242622334;WS=242622316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr2	242658779	rs71351113	A	T	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=17;PP=2033;SC=GCCGCCCCCAACCCCCCAACA;SOR=2.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=78;TCR=17;TR=95;WE=242658787;WS=242658769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	242659554	rs34766121	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=235;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GTCGGTTGGACCCAAAGCCTG;SOR=0.411;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=26;WE=242659562;WS=242659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr2	242662761	rs7572153	T	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=76;PP=1917;SC=CAGGAGAAGGTGCTCCATGGC;SOR=2.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=100;WE=242662769;WS=242662737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	242674959	rs62191977	T	G	8005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=195;PP=2965;SC=AGCTGCGGCGTTTCCGCGTCC;SOR=1.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=89;TCR=196;TR=283;WE=242674967;WS=242674949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	242680366	rs4073890	A	G	6770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=4.163;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=-0.051;QD=26.35;ReadPosRankSum=1.625;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr2	242680430	rs4073889	A	G	11741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GTCTCATAGGATCTTCTTCCT;SOR=0.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=449;TCF=228;TCR=221;TR=448;WE=242680438;WS=242680420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,443:1.00:444
chr2	242684115	rs4234097	T	C	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=59;PP=2965;SC=TGCTTCTCTTTGCCCCAAGGT;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=134;TCR=59;TR=193;WE=242684123;WS=242684105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	242684387	.	A	ACC	1781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.63;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr2	242684394	rs4675884	G	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=69;PP=1173;SC=GGGACCCCCCGCCAAGGACAG;SOR=2.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=76;WE=242684402;WS=242684376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	242688203	rs34519321	C	T	14764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=320;NR=200;PP=2965;SC=ACTCTCTGGGCGGCAGTGCCA;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=521;TCF=320;TCR=201;TR=520;WE=242688211;WS=242688193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr2	242688292	rs34767042	C	T	19753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=302;NR=404;PP=2965;SC=ACCTGTGTGCCGCCCGCCTGT;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=706;TCF=302;TCR=404;TR=706;WE=242688300;WS=242688282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,718:1.00:718
chr2	242688366	rs35386923	C	T	8299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=205;PP=2965;SC=AGGTCTCAGACAGGAGTCACT;SOR=2.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=81;TCR=205;TR=286;WE=242688383;WS=242688356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr2	242688434	rs34077392	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GTGAGGATGGTCCTGGTGTCC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=26;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr2	242688442	rs35249772	T	TC	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GGTCCTGGTGTCCCTCGTGCT;SOR=0.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=19;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr2	242688672	rs78280775	C	T	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=84;PP=2965;SC=ACATGGTGCTCGGGTCACAGG;SOR=1.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=197;TCR=84;TR=281;WE=242688680;WS=242688662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	242688870	rs113047262	T	C	7444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=187;PP=2965;SC=CCTGCAGACATCTCCACTCAG;SOR=2.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=53;TCR=188;TR=240;WE=242688878;WS=242688860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	242690745	rs1105273	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=3.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,60:0.23:256
chr2	242694388	rs112429441	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,105:0.25:418
chr2	242694399	rs112802682	C	G	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,155:0.28:558
chr2	242695497	rs62192024	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-6.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.343;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=420;ReadPosRankSum=1.178;SC=ACCGTCACCCTGCCAGGCTTC;SOR=0.053;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=134;TCF=14;TCR=120;TR=41;WE=242695505;WS=242695487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr2	242707101	rs6756901	A	G	9601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=134;PP=2965;SC=GCCCAGCCTGACCCATGTGCC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=213;TCR=134;TR=345;WE=242707109;WS=242707091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr2	242742653	rs78145032	T	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.457;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=463;ReadPosRankSum=1.973;SC=GATGTGAGGATGGGGGTGCTC;SOR=0.037;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=65;TCF=64;TCR=1;TR=24;WE=242742661;WS=242742643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr2	242742875	rs62620233	C	T	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=103;PP=2582;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TTCCGGGGCGCCCCGAGCCTG;SOR=0.540;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=589;TCF=267;TCR=322;TR=199;WE=242742883;WS=242742865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,205:0.34:601
chr2	242743651	rs744986	G	A	195.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=1.645;SC=GGGGAGGCCGGGGATCCTTGC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=242743659;WS=242743641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	242750460	rs34748986	T	C	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.246;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.391;SC=ACAGCCTGTCTGGGCTGTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=79;TCR=120;TR=198;WE=242750468;WS=242750450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr2	242755100	.	G	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.9863;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=42.46;NF=3;NR=0;PP=34;QD=22.9237375157;SC=AGAGAGCCCCGTGACTCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=242755108;WS=242755090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr2	242755465	rs34241734	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=404;SC=ATTTGGGGTGCAGTGGGTGCG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=242755473;WS=242755455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr2	242757820	rs11545301	G	A	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2552;ReadPosRankSum=-0.944;SC=AGTGGGCCCCGGGAGTCCCCT;SOR=0.651;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=163;WE=242757828;WS=242757810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,173:0.65:267
chr2	242758179	rs2293764	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=822;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GCGGCTACTCCGACCTGGCGT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=116;TCR=93;TR=62;WE=242758187;WS=242758169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,62:0.29:214
chr2	242758203	rs2293763	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=829;ReadPosRankSum=0.277;SC=TCGGGCCGGCTCCTGAGGGGG;SOR=0.700;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=229;TCF=122;TCR=107;TR=66;WE=242758211;WS=242758193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,68:0.28:241
chr2	242758326	rs2293761	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=508;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CCAGCCCCAAGCCGCCCAACC;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=41;WE=242758334;WS=242758316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,44:0.32:138
chr2	242758447	rs2293760	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=603;ReadPosRankSum=0.997;SC=GGTGCCCCACGATAGCTGTGG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=38;WE=242758455;WS=242758437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr2	242758475	rs2293759	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TCTTAGTGCAAGATCCTGTGG;SOR=0.929;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=8;WE=242758483;WS=242758465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr2	242793273	rs2227981	A	G	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=31;PP=2092;SC=GAGGGCCGTCAGCTGAGCCCC;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=109;WE=242793281;WS=242793263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	242793559	rs6705653	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=605;SC=CCCCCCACTATGAGCTGCTTA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=242793567;WS=242793549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	242793912	rs11568821	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.631;SC=CCCCGGAGACCGCAGGTGGGC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=5;WE=242793920;WS=242793902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr2	242811935	rs199781019	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=783;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CAGACATGTGGGCCAGCACCT;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=49;WE=242811943;WS=242811925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr2	242813124	rs13016102	T	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=70;PP=2896;SC=AACTGAATCATAGCCTCTCAC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=158;WE=242813132;WS=242813114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	242813241	rs28392509	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=32;PP=910;SC=TCTCCCCAAACCTCTCCTCGC;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=242813249;WS=242813231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	242813276	rs62193136	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=23;PP=654;SC=CAGGGCTGCCCGGGCCATGAC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=242813284;WS=242813266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	242814009	rs7420371	G	A	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=66;PP=2547;SC=CCCGCACCCGGGGACTGCCAG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=242814017;WS=242813999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	242839363	rs4973668	G	C	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=53;PP=2965;SC=TGCGAACCCTGATGTCCTCGT;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=166;WE=242839371;WS=242839353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	242839614	rs13025557	T	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=49;PP=1399;SC=CCTTCCTGGTTCGTGGGGGAT;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=242839622;WS=242839604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	242842568	rs3934497	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGTCCTCAGCCTGTCCTCTCC;SOR=0.287;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=32;WE=242842576;WS=242842558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,33:0.39:84
chr3	367757	rs162734	G	C	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=59;PP=2857;SC=CGTGAGTATTGTTTCAAACGA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=149;WE=367765;WS=367747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	367898	rs9843977	A	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=43;PP=1132;SC=CAAACAAAAAAAAAATTTGGT;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=367906;WS=367888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	386520	rs1499046	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=760;SC=TAAATTCTGCCGGGCACTGCA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=386528;WS=386510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	391100	rs13060847	A	G	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	403288	rs9824311	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.25;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	403297	rs9839027	C	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.21;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	403308	rs9824442	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=602;SC=GTATGACTAGGACATAGAAAA;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=23;WE=403316;WS=403278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	403345	rs9846775	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=12;PP=1311;SC=TTTCTTCCACAAAAGTTTAAA;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=67;WE=403353;WS=403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	404771	rs4684390	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=922;SC=ATGAAACCCACTGGAACATTT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=404779;WS=404761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	417994	rs930237	A	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=17;PP=1456;SC=TGATTTTGACATGTGACAGAA;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=79;WE=418002;WS=417984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	439963	rs6442827	A	G	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=85;PP=2965;SC=GACTCACCCAATAGAGGTATT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=181;WE=439971;WS=439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	440028	rs6771714	T	C	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=101;PP=2937;SC=GGGGCGATAATGATAGCATTT;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=188;WE=440036;WS=440018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	440088	rs6771803	T	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=57;PP=1733;SC=GAGATTATATTTGGGGAAGTC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=440096;WS=440078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	447069	rs11705894	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=477;SC=TCAATGCTAACACAAATGTCC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=447077;WS=447059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	1337203	rs565499	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=720;SC=TGGGGAAGTAAGACAAAGAAT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=1337211;WS=1337196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	1424850	rs2291100	T	G	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=118;PP=2965;SC=TTGTCTACTCTGGGGAAGATG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=118;TCR=118;TR=236;WE=1424858;WS=1424840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	2777622	rs1554198	A	G	10513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=189;NR=188;PP=2965;SC=AATACATAGAAGAGAGAAAGG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=189;TCR=189;TR=377;WE=2777630;WS=2777612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr3	2925030	rs17646346	A	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1501;SC=GAGGTGACGGAAAAGCAAGTG;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=2925038;WS=2925020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	3076218	rs9845519	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=12;PP=1193;SC=TGAATGGGTAGATAAATGAAT;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=3076226;WS=3076208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	3076284	rs6765545	G	C	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=54;PP=2965;SC=TGAATACACTGCTCCAATTCT;SOR=1.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=119;TCR=54;TR=173;WE=3076292;WS=3076274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	3076401	rs6790908	C	T	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GGCCTGACAACCACAGCCCCA;SOR=0.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=129;TCR=158;TR=286;WE=3076409;WS=3076391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr3	3076443	rs6803232	A	G	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CCAGGACTCCATTCTCCGTGG;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=74;TCR=125;TR=198;WE=3076451;WS=3076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr3	3080527	rs163543	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=682;SC=AGAGTACTCACTGAAAGTGAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=3080535;WS=3080517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	3081750	rs6802588	A	T	7071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=117;PP=2965;SC=AGAATGGTCGAGGCTTTGGTT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=130;TCR=117;TR=247;WE=3081758;WS=3081740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	3081825	rs339285	T	C	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=109;PP=2965;SC=CCTCAGCTGATGCCTCTAGAT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=108;TCR=109;TR=217;WE=3081833;WS=3081815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	3116438	rs2290611	G	A	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GGACACATACGGCATATCATA;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=101;TCR=138;TR=238;WE=3116446;WS=3116428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr3	3118142	rs17878995	G	T	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=54;PP=2726;SC=TCTGCCTACCGGATGCATGGT;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=3118150;WS=3118132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	3137155	rs11389765	A	AT	830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.442;NF=1;NR=27;PP=542;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AAGATCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.425;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=28;WE=3137163;WS=3137145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr3	3139383	rs334802	C	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=230;SC=TCCAGCAAAACTCACTGGTGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=3139391;WS=3139375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	3143267	rs6771148	G	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=12;PP=637;SC=GAGTACTTGAGAAGAACGGGT;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=3143275;WS=3143257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	3170792	rs334773	C	T	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=45;PP=1515;SC=CTGTGCCTTCCGAAGCAGTAT;SOR=1.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=3170800;WS=3170782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	3170910	rs334772	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	3171460	rs334769	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=20;PP=1354;SC=TGACCTGTTACGTGAAAAAGG;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=3171468;WS=3171450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	3171502	rs334768	C	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=45;PP=2455;SC=AAGTGCTTTGCCTGTGTTTCT;SOR=1.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=127;WE=3171510;WS=3171492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	3171713	rs113671187	G	GCCTGACT	3600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=893;SC=TTAGCTAAGTGCCAGTAGCTT;SOR=1.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=38;WE=3171721;WS=3171701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	3179262	rs334767	A	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=262;SC=TATGCCCGTCATAAACCCTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=3179270;WS=3179252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	3189059	rs1621648	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=164;SC=GATACTAAAATGGTGGCAAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=3189067;WS=3189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	3189279	rs1705805	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=28;PP=932;SC=TGAAGATCGCAAAAGAGGAGA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=3189287;WS=3189269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	3189398	rs1669348	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	3192524	rs4183	A	ATAAC	2140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=1397;SC=AATTTGTTAGATAACTTTATC;SOR=2.935;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=25;WE=3192532;WS=3192514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	3193957	rs1705800	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=371;SC=GTGCCTCAGCATCCCGAGCAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=3193965;WS=3193955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	3196273	rs11300080	AT	A	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=282;SC=TAAAATACTCATTTTTTTTCA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=3196281;WS=3196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3197871	rs1705789	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=633;SC=TGGCCTACCATATATAAAGTA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=3197879;WS=3197861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	3215954	rs1669321	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=78;PP=2389;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TACTATATAAAAACATATATA;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=107;WE=3215962;WS=3215944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr3	3217128	rs11332452	AT	A	87.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=5;PP=75;SC=GTCAGTAGCTATTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=3217136;WS=3217118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	3886580	rs4685689	A	G	7367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=123;PP=2965;SC=ATAACATCGCAAAGACTGTGG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=132;TCR=123;TR=255;WE=3886588;WS=3886570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	3887876	rs2120609	T	C	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=99;PP=2965;SC=TTAAGGTTAATGGGACCCTTC;SOR=0.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=131;TCR=101;TR=230;WE=3887884;WS=3887866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	4354697	rs6801634	G	A	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=112;PP=2965;SC=TCCTGTCTCCGCCATGGAGAG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=215;WE=4354705;WS=4354687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	4358210	rs7647539	A	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=23;PP=2036;SC=CGGTCGTTCGACATTTGAAGC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=4358218;WS=4358200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	4403767	rs2819561	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=204;SC=AAGTTCTGAGAAAAGCCCAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=4403775;WS=4403757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	4403817	rs2633851	TT	AC	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=625;SC=GGGGAAGACTTTCCTTGGTTG;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=4403826;WS=4403807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	4403837	rs2633852	A	G	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=11;PP=853;SC=GTCAGTCCATAGTGGGCAGGC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=4403845;WS=4403827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	4404087	rs2819560	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=458;SC=TAAAAAGGGCAGCACATTCAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=4404095;WS=4404077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	4452737	rs813811	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=57;PP=1590;SC=CAGAAATGCAGCAAGAGCTTT;SOR=3.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=68;WE=4452745;WS=4452727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	4461569	rs711667	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=353;SC=TGAGCAAGGTGCAGTGTTTGG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=4461577;WS=4461559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	4461698	rs711666	C	T	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=51;PP=2281;SC=GCAAAGGGTACCTATTTTGCA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=128;WE=4461706;WS=4461688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	4508742	rs2819590	C	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1357;SC=GGCTGCCGAACTGCCATGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=4508750;WS=4508732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	4687470	rs5846330	G	GCT	1714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.419;NF=3;NR=35;PP=1751;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTGTATATAGGCTCTCTCTCT;SOR=0.990;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=38;WE=4687478;WS=4687460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,52:0.88:59
chr3	4687548	rs4271897	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	4687577	rs4303850	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=221;SC=ATGTGTGTGTATATATATAAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=4687585;WS=4687567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	4693656	rs6442894	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=13;PP=1688;SC=GGATGCTACACGTGACACTGG;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=76;WE=4693664;WS=4693646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	4693937	rs6442895	G	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=1326;SC=CTCTTTCAAGGCTGACGCACC;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=4693945;WS=4693927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	4694010	rs6442896	A	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=340;SC=AAATACACTCAGTCACCTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=4694018;WS=4694000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	4712413	rs2306875	G	A	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=29;PP=1648;SC=TGTTTTCTAGGTTGGTTCTTT;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=4712421;WS=4712403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	4725619	rs3215005	CA	C	1932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=44;PP=1883;SC=ACCAAGATCACAAGCTGTTTG;SOR=5.097;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=44;WE=4725627;WS=4725609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	4738999	rs149795767	G	GGTGT,GGTGTGT	952.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;QD=47.64;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,14:0.30,0.70:20
chr3	4767262	rs7613447	T	C	7613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGAACGCCACTGAGGTGTGTT;SOR=0.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=128;TCR=156;TR=283;WE=4767270;WS=4767252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr3	4776784	rs11920001	A	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=17;PP=1420;SC=GGTGCGTAGTAAGTATGCAGC;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=4776792;WS=4776774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	4817057	rs6442905	T	C	7763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=147;PP=2965;SC=ATGAAAAGAATGTAGCGCTTA;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=132;TCR=147;TR=279;WE=4817065;WS=4817047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	4856180	rs711631	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.08;NF=62;NR=56;PP=1956;SC=GCATTGTCACTGTGCTGAGTC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=4856188;WS=4856170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	4856650	rs2304820	T	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=27;PP=2287;SC=CCCAAGTAGATGAGGTCTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=4856658;WS=4856640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	4856993	rs6442911	C	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=752;SC=GGCGGGGTGCCTGCCCAGTTA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=4857001;WS=4856983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	4859725	rs9844268	G	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=24;PP=1946;SC=CTTTACCAAGGCTGCTCAGCT;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=95;WE=4859733;WS=4859715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	4872790	.	GTCTCTC	G	306	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=15;MQ=58.39;NF=0;NR=3;PP=306;QD=103.333333333;SC=GTCTGTCTTTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=3;WE=4872803;WS=4872780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,3:0.17:18
chr3	4872809	.	T	TCACACACACACACA	115.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=28.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	4872811	rs200839867	T	A	127.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=31.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	4872813	rs5018278	T	A	127.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.70;QD=31.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	4872815	rs5018277	T	A	166.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.59;QD=33.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	4927281	rs4685841	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=917;SC=ACCATCACAATTTAAAAGGCC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=4927289;WS=4927271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	4927308	rs6794077	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=17;PP=1313;SC=GGTTGCTCACAGAACAAAACA;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=4927316;WS=4927298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	4942300	rs3762783	T	C	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=126;PP=2965;SC=GTGAACTTTTTTTGCAAAGGA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=129;TCR=127;TR=255;WE=4942308;WS=4942290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	4942430	rs3762784	G	A	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=48;PP=1288;SC=ATCAGCTGGGGCCTGGATTTC;SOR=2.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=62;WE=4942438;WS=4942420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	5021403	rs2271566	C	T	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=21;PP=2601;SC=CTCGCCGCGCCATGGAGCGGA;SOR=2.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=89;TCR=21;TR=110;WE=5021411;WS=5021393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	5022961	rs13076468	A	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=489;SC=TAAAACAGCCAACCAGGAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=5022969;WS=5022951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	5022981	rs34085319	CT	C	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=558;SC=CACTATTCCACTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=30;WE=5022989;WS=5022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	5024771	rs908078	T	C	14522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=277;NR=223;PP=2965;SC=CGGCCAAAGGTTCGGAAGGTC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=278;TCR=223;TR=500;WE=5024779;WS=5024761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr3	5241223	rs377120	C	T	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=36;PP=2125;SC=TGTGATGATACAGCCTCAGTT;SOR=1.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=112;WE=5241231;WS=5241213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	5241309	rs410509	C	A	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=98;PP=2965;SC=TCCAGAAAGCCGTCAAGTTAG;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=187;WE=5241317;WS=5241299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	6903297	rs3749380	C	T	13060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=256;NR=211;PP=2965;SC=AGAGGGAAAACGGGATCCACA;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=257;TCR=211;TR=467;WE=6903305;WS=6903282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr3	6903601	rs342034	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=102;PP=2965;SC=CCAGGTAGGGATGCGCTCCCT;SOR=2.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=35;TCR=102;TR=137;WE=6903609;WS=6903591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	7188116	rs3749448	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=486;SC=GCACTCTCACGTGGTGCTTTC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=7188124;WS=7188106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	7456675	rs712774	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=731;SC=AGCAGTGCCCCGCAAGCAATG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=7456683;WS=7456665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	7494245	.	TTGTG	T,TTG	1100.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;QD=31.45;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,27:0.23,0.77:35
chr3	7620789	rs1485175	T	C	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.614;SC=TCATAGACTATGATGAACACA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=208;WE=7620797;WS=7620779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,219:0.99:222
chr3	7649591	rs2139187	C	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=20;PP=1251;SC=CCCAAGTAGGCCCCAGTGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=7649599;WS=7649581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	7649747	rs146667493	A	AT	3633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=50;PP=2448;SC=AAAAGACATGACTCATGCTTT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=53;WE=7649755;WS=7649737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	7649819	rs115155482	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=463;SC=CACTCTGTCACTGATGGGCAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=7649827;WS=7649809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	7732726	rs5846531	AT	A	240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=162;SC=AACTTTGCAGATTTTTTTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=7732734;WS=7732716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	7781997	rs376718782	C	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=35;PP=2009;SC=TCTACCTTTGCAAACAGGGTT;SOR=1.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=7782005;WS=7781987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	8299404	.	A	AGAAG	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	8299606	rs201757824	AAAGGAAGGAAGG	A	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=41.82;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	8543713	rs5846598	G	GT	5646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=74;PP=2973;SC=ACTTTTTCTTGTTCCCCTTCC;SOR=1.072;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=84;WE=8543721;WS=8543703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	8543757	rs2324625	A	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=49;PP=1269;SC=AAAGGTAATGAGAAGGGAACT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=8543765;WS=8543747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	8556617	rs12715649	A	G	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=43;PP=1971;SC=CTAGATGGTGATCACATGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=108;WE=8556625;WS=8556607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	8556784	rs12715650	A	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1007;SC=GTGAGGCCAAAGCATGGAAAG;SOR=1.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=68;WE=8556792;WS=8556774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	8667896	rs355058	T	C	18866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=348;NR=321;PP=2965;SC=TGCCACAGCATTGAGACACTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=671;TCF=349;TCR=322;TR=669;WE=8667904;WS=8667886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr3	8669367	rs5846608	TG	T	10319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.17;NF=30;NR=156;PP=2966;SC=ACCGCGGTGCTGGGGAGATGC;SOR=0.959;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=200;TCF=31;TCR=169;TR=186;WE=8669375;WS=8669357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr3	8675778	rs11131140	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=685;SC=TAGAGAGGAATTGTACCATTT;SOR=4.332;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=8675786;WS=8675768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	8676204	rs3774210	A	G	9077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=155;PP=2965;SC=GCACACTTGTATCTCCAGCAT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=154;TCR=156;TR=309;WE=8676212;WS=8676194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	8676945	rs3816911	T	C	6390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=89;PP=2965;SC=AATAGTGACATAGGAAATGCA;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=222;WE=8676953;WS=8676935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	8705555	rs34054872	T	C	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=101;PP=2965;SC=CAAGACAATGTTGTTTTCTTC;SOR=1.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=48;TCR=101;TR=149;WE=8705563;WS=8705545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	8757311	rs17049469	G	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=23;PP=1362;SC=TCATGGTGGCGATCCAGTGAC;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=8757319;WS=8757301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	8775589	rs1974763	C	T	13880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=296;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.694;SC=ACACAGATCTCGAGGCCCAGA;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=489;TCF=298;TCR=191;TR=486;WE=8775597;WS=8775579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,508:0.99:511
chr3	8787123	rs13060135	G	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=232;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1231;SC=CTGACCTCTAGGGGATTCTGA;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=8787131;WS=8787113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	8787164	rs139242554	AAGCGGGTGGCTTCTGTG	A	4984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=26;PP=2965;SC=AAAGCTTGAGAAGCGGGTGGC;SOR=1.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=53;WE=8787188;WS=8787154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	8787220	rs13087941	T	C	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=78;PP=2965;SC=AGGTGGATTTTGAAGACGTGA;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=118;TCR=78;TR=196;WE=8787228;WS=8787210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	9027704	rs341785	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=45;PP=1364;SC=CTTCGTAGGCAGGTTCCCCAG;SOR=2.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=9027712;WS=9027694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	9074617	rs9839715	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=577;SC=TTTTAGGGGACCTTAATTTAC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=9074625;WS=9074607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	9122948	rs2664089	A	G	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=ACCATTGCCTAGATCCTGACA;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=96;TCR=92;TR=188;WE=9122956;WS=9122938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	9166281	rs735253	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=451;SC=AACCTGCAGAGCCAGGGCCCT;SOR=3.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=9166289;WS=9166277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	9425944	rs1046788	G	C	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=36;PP=2306;SC=CTTGCCTACGGGAGATGAGCC;SOR=1.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=116;WE=9425952;WS=9425934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	9426224	rs1129174	G	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=42;PP=1917;SC=TCTGGAATGCGACACGTATGG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=9426232;WS=9426214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	9487148	rs2290164	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=797;SC=TTTTACAAAGTCAAAAACATC;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=9487156;WS=9487138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	9489334	rs3217597	A	ATTTC	4247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=26;PP=2586;SC=CTGATAAAACATTTCTGGTAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=45;WE=9489348;WS=9489324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	9489340	rs200418836	G	A	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=29;PP=1556;SC=AAACATTTCTGGTAAGCATCT;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=9489348;WS=9489324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	9489767	rs2258735	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=72;PP=2111;SC=CTATAATCCCTAGAAGAAACT;SOR=2.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=92;WE=9489775;WS=9489757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	9514856	rs3915844	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=864;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCCTGTTGCTGGTGATCCACT;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=9514864;WS=9514846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	9520152	rs56821826	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=266;SC=TGGGCTTATGGTGATTAGAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=9520160;WS=9520145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	9548004	rs17815563	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=38;PP=1165;SC=ACCCAACCACGTGCTTGTTAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=9548012;WS=9547994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	9730529	.	GT	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr3	9757086	rs697820	C	G	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=118;PP=2965;SC=CCCAGGCCCTCCATCCCAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=133;TCR=118;TR=251;WE=9757094;WS=9757076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	9757754	rs708571	G	A	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=43;PP=1524;SC=CTGAAAGCCCGGCAATAAATT;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=9757762;WS=9757744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	9783147	rs696513	A	G	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1173;SC=GGCCAGCCCTATTTTATAAAA;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=9783155;WS=9783137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	9803126	rs17252807	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=786;SC=ACAGCCTACCATGGCCAAGCC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=9803134;WS=9803116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	9822275	rs3868897	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=749;SC=CAGCCCACCTCCAGAGAACAA;SOR=5.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=9822283;WS=9822265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	9829171	rs2290309	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=697;SC=AAAGTACAACGAAGATAAAAC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=9829179;WS=9829161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	9829226	rs293786	A	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=10;PP=1313;SC=AAAAAGAACTAAGACACACAC;SOR=2.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=9829234;WS=9829216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	9841989	rs6443266	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=43;PP=1325;SC=AGGTAAGTTCACCATGGAGGA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=9841997;WS=9841979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	9852059	rs34761997	C	CGAT	2133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=1348;SC=CCCCGGTCCTCGACCCCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=26;WE=9852067;WS=9852049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	9852148	rs9827444	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=7;PP=449;SC=TGGGGTGGAGGGACTGGGGGT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=9852156;WS=9852138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	9859456	rs3806672	C	G	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=76;PP=2625;SC=AAGGAGACCCCCAGCCCTATG;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=141;WE=9859464;WS=9859446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	9867625	rs3732527	C	T	12984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=262;PP=2965;SC=CCAAGTCCCGCGGACGAGGTG;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=465;TCF=202;TCR=263;TR=464;WE=9867633;WS=9867615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr3	9868577	rs12490900	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=243;SC=AGCCTTACCCACTCAGCCCTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=9868585;WS=9868576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	9870857	rs2290303	G	A	9140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=171;PP=2965;SC=ACACCGTGCAGTGTCGGAAGG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=153;TCR=171;TR=324;WE=9870865;WS=9870847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr3	9871030	rs2290305	T	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=52;PP=1772;SC=ATTGACCGGATGCTGGACCGC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=9871038;WS=9871020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	9874670	rs7622954	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=7;PP=1188;SC=GCTCAGAAACGCCTCTTTGAC;SOR=3.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=51;WE=9874678;WS=9874660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	9876301	rs13088594	G	T	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=56;PP=2965;SC=ACACGTACCTGTTAGGGCAGC;SOR=1.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=163;WE=9876309;WS=9876291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	9885022	rs3846165	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=3;PP=939;SC=TTAGGTGGCTTGTCCCAGCTC;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=9885030;WS=9885016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	9896351	rs279563	A	G	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=125;PP=2965;SC=ACAGAAAACAAAAGGTGCGAG;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=76;TCR=125;TR=201;WE=9896359;WS=9896341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	9932337	rs279558	G	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=12;PP=1352;SC=AATAGGGTCAGTGGGCCGCTT;SOR=2.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=58;WE=9932345;WS=9932327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	9934605	rs279553	T	C	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=105;PP=2965;SC=ACAGTGTGACTCTCAAGTATG;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=142;TCR=105;TR=247;WE=9934613;WS=9934595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	9934753	rs35365817	A	G	6174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=117;PP=2965;SC=TTTGCTGAGCATTTTGCCCTC;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=223;WE=9934761;WS=9934743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	9944167	rs279589	G	A	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=17;PP=1472;SC=CCAGTGCTGAGTAGTGCTTAA;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=9944175;WS=9944157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	9944937	rs279588	G	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=17;PP=826;SC=GAGCTGGGAAGATAAGAGCCA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=9944945;WS=9944927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	9945059	rs114351845	C	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=33;PP=1327;SC=CTTTCTTTTCCCTACTGGGCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=9945067;WS=9945049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	9947864	rs279583	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=169;SC=ACTTGGGAGGTGGAGGCTGCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=9947872;WS=9947854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	9947898	rs279582	T	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=249;SC=GCGCCATTGCTCTCCAGCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=9947906;WS=9947888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	9947997	rs279581	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=26;PP=1517;SC=CATCTCCAGGCAGGGGAGGGG;SOR=1.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=9948005;WS=9947987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	9951038	rs142612801	TAC	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.392;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,22:0.17:128
chr3	9952706	rs279572	A	G	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CGAATGCCACAGCTCGAGAGT;SOR=0.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=146;TCR=124;TR=265;WE=9952714;WS=9952696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,282:0.98:287
chr3	9952788	rs279571	T	C	7294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=110;PP=2965;SC=TTCTCCCTGATGAACTCTCCT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=140;TCR=110;TR=250;WE=9952796;WS=9952778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	9956279	rs455863	G	A	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=105;PP=2965;SC=TCTTGTGTCCGGATGGTGAGT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=230;WE=9956287;WS=9956269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	9956894	rs693802	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=281;SC=CTGAGCAGTCCCTCAGCCGCC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=9956902;WS=9956884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	9957455	rs1056286	C	T	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=98;PP=2965;SC=GCAGCCGGCTCGAACGAGAGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=201;WE=9957463;WS=9957445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	9960070	rs708567	C	T	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=32;PP=1440;SC=GCAGCTGACTCAGGGGTGGAG;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=9960078;WS=9960060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	9962157	rs783494	T	C	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=71;PP=2965;SC=CCAGCCTTCCTCACCCCTCTC;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=183;WE=9962165;WS=9962147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	9962767	rs34198416	TATTC	T	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=17;PP=836;SC=TCACAGAACATATTCATTCAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=17;WE=9962778;WS=9962757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	9970031	rs279549	A	G	8685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=143;PP=2965;SC=GCCCGACTGCAACTGCTGACC;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=167;TCR=143;TR=309;WE=9970039;WS=9970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	9970442	rs279547	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=730;SC=GTTCCACTGCCTACTTTAGTA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=9970450;WS=9970432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	9972493	rs279545	G	A	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=29;PP=2221;SC=TTGATGCTGGGAATTTGGAGA;SOR=1.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=105;WE=9972501;WS=9972483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	9975247	rs183956	C	G	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=116;PP=2965;SC=TGGGACCAGGCGCGGGACCTG;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=53;TCR=116;TR=169;WE=9975269;WS=9975237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	9976159	rs279552	A	G	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=61;PP=2965;SC=AGTCCCAGCTATGCTCTGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=165;WE=9976167;WS=9976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	9991388	rs279601	G	C	9973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=183;PP=2965;SC=GCTTCTTGCTGCAGAAGCTCT;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=153;TCR=183;TR=336;WE=9991396;WS=9991378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr3	10088223	rs200221245	T	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.565;NF=23;NR=5;PP=531;ReadPosRankSum=-3.057;SC=TGTACTGATTTGTTAACTGTT;SOR=0.572;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=28;WE=10088231;WS=10088213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr3	10088239	rs201770712	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-4.738;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr3	10088242	rs199726231	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-4.642;QD=14.35;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr3	10088266	rs72492997	G	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.463;NF=50;NR=20;PP=1277;ReadPosRankSum=0.602;SC=GACAATAGGTGTTTGACCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=167;TCF=115;TCR=52;TR=70;WE=10088274;WS=10088256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,82:0.45:183
chr3	10088299	rs112887807	C	T	5343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-4.769;QD=20.01;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,137:0.51:267
chr3	10088308	rs72492998	T	C	5350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=-4.380;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.629;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,141:0.51:278
chr3	10088343	rs73126218	A	G	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.130;NF=77;NR=59;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GTGCTAAGAAATAAGATTCGA;SOR=0.624;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=283;TCF=149;TCR=134;TR=136;WE=10088351;WS=10088333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,135:0.50:271
chr3	10088404	.	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQRankSum=-6.081;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr3	10088407	.	AG	A	1881.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-6.283;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr3	10088409	rs375350046	TAAG	T	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQRankSum=-6.340;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr3	10088422	rs144167368	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQRankSum=-3.921;QD=17.72;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr3	10088443	rs145517746	C	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQRankSum=-1.917;QD=15.29;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	10088444	rs142624538	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.78;MQRankSum=-1.743;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr3	10088461	rs150415982	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQRankSum=-2.018;QD=11.16;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr3	10089723	rs12330369	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.959;NF=49;NR=39;PP=1242;ReadPosRankSum=0.215;SC=TTTTTGACACGTACTGCCAGC;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=191;TCF=110;TCR=81;TR=88;WE=10089731;WS=10089713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,96:0.46:210
chr3	10089738	rs62245508	A	G	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.224;NF=53;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GCCAGCAGGTATGTTGAAACA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=114;TCR=94;TR=98;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,109:0.47:233
chr3	10089749	rs12330599	T	C	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.962;NF=49;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGTTGAAACATTTATTTTGGC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=94;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,105:0.46:230
chr3	10089772	rs79830642	CA	GG	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.806;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-7.055;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chr3	10089775	rs75389047	A	G	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-6.980;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr3	10089815	rs77169020	A	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-7.057;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr3	10089818	rs78988497	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-7.092;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr3	10089828	rs77263972	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-7.524;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr3	10089834	rs74351786	A	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-7.026;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.557;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr3	10089841	rs74509181	C	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-6.843;QD=16.73;ReadPosRankSum=1.426;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr3	10089852	rs75274508	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.323;NF=4;NR=20;PP=1831;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CTGGGTCTCAAGAAAGCTCAA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=24;WE=10089860;WS=10089805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr3	10089886	rs73811818	G	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-3.502;NF=0;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTTGATGAAAGGAAGAGACTT;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=10089894;WS=10089876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	10091035	rs10222446	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=14.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-12.452;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=2.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,22:0.11:199
chr3	10091252	rs77076948	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQRankSum=-1.921;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr3	10091261	rs80128604	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.47;MQRankSum=-1.592;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr3	10105661	rs369470214	CT	C	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=53.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-13.392;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=3.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,49:0.18:269
chr3	10219729	rs1681663	A	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=436;SC=GCCCTCCTTGAGTGGGGCCCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=10219737;WS=10219719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	10241987	rs263410	A	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=8;PP=467;SC=GACTTCCAGAACCAGTCTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=10241995;WS=10241977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	10242243	rs263411	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=554;SC=TTTTATTTAAGGAAATGAAGA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=10242251;WS=10242233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	10251196	rs459864	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=2;PP=1328;SC=AGACTGGCATAGTCTGAGGAC;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=50;WE=10251204;WS=10251186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	10258493	rs2302862	T	C	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=3;PP=1249;SC=GGGGTCAGAGTATGTGGTACC;SOR=4.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=47;WE=10258501;WS=10258483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	10258514	rs2302861	T	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1516;SC=TGGGAGGTTATTGGTGGCGTT;SOR=3.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=10258522;WS=10258504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	10258762	rs2302860	G	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=60;PP=1493;SC=TCAGAGAATGGGACCAGGCTG;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=10258770;WS=10258752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	10261237	rs3895949	A	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=516;SC=CTCCTGAACTAGTGATCTGCC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	10261248	rs3895948	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=565;ReadPosRankSum=0.815;SC=GTGATCTGCCTGCCTGGGCCT;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr3	10261294	rs3895947	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=19;PP=1137;SC=GAGCCACCGCACCTGGCTGCC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=10261302;WS=10261284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	10261594	rs11465911	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	10264480	rs3844283	C	G	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=110;PP=2965;SC=GGTGGGGCAGCTGACAAAGCG;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=34;TCR=110;TR=144;WE=10264488;WS=10264470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	10276163	rs708035	T	A	9209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=172;NR=146;PP=2965;SC=TCCTCAGTGATATTCCAAGCA;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=172;TCR=147;TR=318;WE=10276171;WS=10276153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr3	10280753	rs11465932	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=934;SC=GCATTTGGATGCTCATGTGTG;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=10280761;WS=10280743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	10283716	rs796552	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=899;SC=CCTGATTCAGAAACCTGATTT;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=36;WE=10283724;WS=10283706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	10290839	rs2072577	G	A	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=47;PP=2965;SC=GGGTCGCCAGGAAGGGTGGTG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=105;TCR=48;TR=151;WE=10290847;WS=10290829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	10302172	rs394558	G	A	10316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=202;PP=2965;SC=AACCCCAGAGGTCAGCATGGA;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=153;TCR=202;TR=355;WE=10302180;WS=10302162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	10302369	rs451952	T	C	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=96;PP=2965;SC=GTAAAGCTTGTACCAGGCATC;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=174;WE=10302377;WS=10302359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	10302395	rs439483	G	C	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=72;PP=2286;SC=TTTTAGTTCTGTTGATGAAAT;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=117;WE=10302403;WS=10302385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	10302479	rs402330	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=490;SC=GGCCTCCAGGGAACAAACTGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=10302487;WS=10302469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	10318230	rs3217211	A	AT	3155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.73;NF=8;NR=47;PP=2454;SC=TGTCAAGTTGATGAGGACAGC;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=55;WE=10318238;WS=10318220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	10320586	.	C	T	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=39;PP=2944;SC=AAAGCCTTTGCCAGTATGCCC;SOR=1.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=142;WE=10320594;WS=10320576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	10328250	rs35683	A	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=5;PP=1041;SC=GCCAACCACTATCCTGCAGAT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=10328258;WS=10328240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	10334448	.	TA	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.286;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,35:0.17:208
chr3	10346996	rs200033116	T	TA	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	10353550	rs35670	T	C	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=55;PP=2633;SC=CGGCCCACTGTCCAGCGGGGA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=139;WE=10353558;WS=10353540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	10353626	rs35671	C	T	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=97;PP=2965;SC=TCTCACTGCACGAAAGGCAGG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=197;WE=10353634;WS=10353616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	10379923	rs35678	C	T	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GCTCCCGCTCCGCGTGGTCGA;SOR=0.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=287;WE=10379931;WS=10379913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr3	10382111	rs171337	T	C	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=65;PP=2965;SC=GCTCTCAGGGTCCTGCCCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=165;WE=10382119;WS=10382101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	10382148	rs154242	G	A	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=98;PP=2965;SC=TGCCCACCCCGGGCCTGGTTA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=129;TCR=99;TR=227;WE=10382156;WS=10382138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	10387059	rs241509	C	A	7979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=96;PP=2965;SC=TGGTCTCCTGCGGACCCACCT;SOR=1.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=179;TCR=96;TR=274;WE=10387067;WS=10387049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	10400643	rs28113	G	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=61;PP=1948;SC=GGGGAGCCCAGGGAATGCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=10400651;WS=10400633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	10401856	rs2278554	G	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=453;SC=CCTGTGTCGGGAGCCTCTGCC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=10401864;WS=10401846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	10419856	rs56113011	C	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=449;SC=GATGAGGTAACTGAGGCCGAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=10419864;WS=10419846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	10420087	rs751122	T	C	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=67;PP=2318;SC=CCCCGTCCTGTTGTTTGGCTG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=10420095;WS=10420077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	10420875	rs4684686	G	A	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=32;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TGTCAGAGCCGGTGGGGAGGG;SOR=1.059;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=137;TCR=32;TR=166;WE=10420883;WS=10420865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr3	10421107	rs7616000	A	G	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=142;PP=2965;SC=GTGTGGGGATACGGGTTGGGG;SOR=2.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=35;TCR=142;TR=177;WE=10421115;WS=10421097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	10427190	rs725027	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=475;SC=ATAGAGATGCCGCAGAGGTTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=10427198;WS=10427180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	10442541	rs56233521	C	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=4;PP=1323;SC=AGCCAAGGATCAAAGTCTCTG;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=52;WE=10442549;WS=10442531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	10452231	rs34907	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=11;PP=748;SC=TGTGTGAGCCGTGAGTGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=10452245;WS=10452221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	10967739	rs2272395	T	C	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.093;SC=CCATGATGCCTCTCTCCCCGC;SOR=0.559;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=529;TCF=251;TCR=278;TR=236;WE=10967747;WS=10967729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,240:0.45:537
chr3	10976876	rs2245532	A	G	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=125;PP=2965;SC=CGGAGGGGACACTGCCCGAGG;SOR=3.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=20;TCR=125;TR=145;WE=10976884;WS=10976866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	11070542	rs11290120	GC	G	1731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.808;NF=6;NR=48;PP=984;ReadPosRankSum=0.218;SC=AGGTGAGGGCGCCCCCCCCGC;SOR=1.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=10;TCR=77;TR=54;WE=11070550;WS=11070532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr3	11075448	rs200922468	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=993;ReadPosRankSum=0.083;SC=CCTGACTAGCCCTGTTAGGAT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=39;TCR=94;TR=65;WE=11075456;WS=11075438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,67:0.50:135
chr3	11075503	rs2246543	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=512;ReadPosRankSum=-1.216;SC=AGGGAGAAACTTCTAGAGGCA;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=23;WE=11075511;WS=11075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	11300707	rs901865	T	C	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=50;PP=2965;SC=CCATAACTGGTGGCTGCTCTT;SOR=1.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=127;TCR=50;TR=177;WE=11300715;WS=11300697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	11350553	rs2305686	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,87:0.28:310
chr3	11518755	rs4684782	T	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=71;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AGATGAACAATGATGATAAAA;SOR=0.971;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=26;TCR=95;TR=89;WE=11518763;WS=11518745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,92:0.74:125
chr3	11596302	rs8154	T	C	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:506,216:0.30:722
chr3	11596348	rs14016	C	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,142:0.29:484
chr3	11643465	rs2276749	T	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=61;PP=1858;SC=GCAGGGTCTGTATTCTGGGTT;SOR=3.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=73;WE=11643473;WS=11643455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	11667714	rs3856802	C	T	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=14;PP=1618;SC=TAACCAAATACGGAAGCTGAA;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=68;WE=11667722;WS=11667704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	11712926	rs185071805	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=253;ReadPosRankSum=-3.169;SC=CTCAGTATTCGCCGGGGATTG;SOR=4.093;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=18;WE=11712934;WS=11712916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr3	11744544	rs11411195	G	GA	2164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.980;NF=2;NR=47;PP=1396;ReadPosRankSum=1.729;SC=AATAAAAGGGGAAAAAATAAT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=49;WE=11744552;WS=11744534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr3	11744584	rs6781438	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=817;ReadPosRankSum=0.172;SC=CTCTTAGAATCCTAGTCATTA;SOR=0.082;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=41;WE=11744592;WS=11744574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr3	11871439	rs115734443	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=111;ReadPosRankSum=0.152;SC=CTCTTCCCACTGAAGATCTTG;SOR=0.313;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=11871447;WS=11871429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	11880816	rs303862	C	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TGGCACAAAACGGAGTAAAAT;SOR=0.865;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=16;WE=11880824;WS=11880806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr3	11886365	rs392621	T	C	4606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=67;PP=2910;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATGTACTAACTGCACTCAGCA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=183;TCR=99;TR=190;WE=11886373;WS=11886355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,199:0.68:294
chr3	11886451	rs380999	G	A	6109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=2.099;SC=GGACACGTGAGTTAAACAGAC;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=392;TCF=190;TCR=202;TR=262;WE=11886459;WS=11886441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,269:0.67:402
chr3	11887991	rs408600	C	G	6946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GGTCTGAACTCGGCCCTGCCT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=409;TCF=249;TCR=160;TR=293;WE=11887999;WS=11887981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,297:0.72:414
chr3	11912681	rs28417897	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.426;NF=9;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.369;SC=TTTAACAAAGAAGAGATTGGA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=9;WE=11912689;WS=11912671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr3	11912797	rs62246062	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.13;QD=31.41;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	11912965	rs2287437	A	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQRankSum=-1.190;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	11912974	rs2287436	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQRankSum=-1.645;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	11924613	rs369394286	AG	A	2954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.32;QD=33.58;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	11924678	rs11919713	C	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.467;NF=28;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TTCAAGTCTTCTGTTGCAGTG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=54;WE=11924686;WS=11924668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,51:0.29:177
chr3	11925136	rs423051	T	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.83;QD=25.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	11925489	rs2470561	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.932;NF=40;NR=31;PP=1298;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGGATGGGATCGCCATAAACC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=71;WE=11925497;WS=11925479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
chr3	11925610	rs421090	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.870;NF=22;NR=39;PP=998;ReadPosRankSum=1.095;SC=TGTTAGTGTTCTGAATGTTCA;SOR=0.192;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=61;WE=11925618;WS=11925600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr3	12045891	rs79624759	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.74;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	12045899	rs77368781	C	T	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=4.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12045923	rs73135622	A	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=6;PP=2049;SC=GGCTAAGCCGACGCCTCAGCC;SOR=4.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=71;TCR=6;TR=77;WE=12045931;WS=12045913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	12045986	rs67270413	G	A	6529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=94;PP=2965;SC=CCGCGCCACCGGACCCCGTAG;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=138;TCR=95;TR=232;WE=12045994;WS=12045976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	12046013	rs72624441	A	C	10058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=189;NR=177;PP=2965;SC=GCGCCCCCAGACCTTTAAGCC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=189;TCR=177;TR=366;WE=12046021;WS=12046003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr3	12046076	rs2618395	T	C	12564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr3	12046124	rs76272937	AG	GC	10488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	12046131	rs74213196	A	C	9331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.60;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	12046148	rs2623874	C	T	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.39;SOR=1.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	12046168	rs2623875	A	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1109;SC=GCCTCGGCCTAGGCGGCGCCC;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=12046176;WS=12046158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	12046196	rs2600233	A	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=357;SC=CCTCGCCGGGACCGGAGCGGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=12046204;WS=12046186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12046207	rs2600234	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	12046215	rs2623876	G	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	12046222	rs71624921	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	12046235	.	GTAAGA	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	12046241	.	CGCGCCGA	C	862.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.75;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	12046251	.	A	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.09;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	12046256	.	GCCCCCCCCC	G	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.29;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	12046268	.	GCGCGA	G	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.91;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	12046276	rs71624922	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.06;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	12046297	rs71624923	A	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	12046318	rs2923854	G	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	12046321	rs2923855	A	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	12046362	rs2923856	G	C	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.90;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	12046364	rs2923857	G	C	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	12046372	rs2623877	G	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	12046445	rs2600235	TT	GC	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=29;PP=887;SC=GCCGGGCGCCTTCGCCCTCGG;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=50;WE=12046454;WS=12046435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	12202866	rs308950	C	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=3;PP=1274;SC=CTAATATGCTCTGTGACCCTG;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12208652	rs795008	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=22;PP=1734;SC=GCAACAGTGAACTAAAATTCT;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=12208660;WS=12208642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	12208671	rs795009	G	T	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=33;PP=2379;SC=CTGGAAAGTTGCATGCCCTCC;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=112;WE=12208679;WS=12208661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	12229015	rs794999	A	G	25262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=975;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=485;NR=476;PP=2965;SC=CGGCCCCACCACCCACGGAGA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=967;TCF=489;TCR=478;TR=961;WE=12229023;WS=12229005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,970:1.00:970
chr3	12232074	rs310764	A	G	11411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=210;PP=2965;SC=AAGCCAAAGCAGAGACCATCC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=224;TCR=210;TR=434;WE=12232082;WS=12232064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr3	12232208	rs310765	T	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=74;PP=2321;SC=GCTTGGTGGTTATGTCCCATG;SOR=3.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=13;TCR=74;TR=87;WE=12232216;WS=12232198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	12317739	rs151229409	GAAGGGAGGAAGGA	G	9415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=8.979;QD=20.42;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,246:0.53:461
chr3	12537955	rs299651	T	A	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=42;PP=1963;SC=TTTCCTAGATTTTTAGTGTTT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=12537963;WS=12537945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	12557941	.	ATATATGTG	A,ATG	124.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AACAAACAAAATATATGTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=12557956;WS=12557931;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:6
chr3	12560763	rs1618545	A	T	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=187;PP=2965;SC=AGAATATCAAATTGATCTTGT;SOR=1.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=95;TCR=187;TR=282;WE=12560771;WS=12560753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr3	12570572	rs299632	C	T	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=134;PP=2965;SC=CCTCCTTACACACTAATGTCA;SOR=1.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=74;TCR=134;TR=208;WE=12570580;WS=12570562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	12573998	rs167257	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=789;ReadPosRankSum=0.761;SC=AAGGTTTATATTGTTACATTC;SOR=0.164;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=43;WE=12574006;WS=12573988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr3	12584747	rs111958878	G	GT	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr3	12598525	.	G	GCGGCGTGCGC	1625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr3	12598783	rs112706793	A	G	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=83;PP=2029;ReadPosRankSum=0.234;SC=GGGACTCGGAAAGTTACTCGG;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=42;TCR=159;TR=105;WE=12598791;WS=12598773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,106:0.51:206
chr3	12598839	rs2255655	C	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=59;PP=1795;SC=GCTGCCGCCACAGCCGGGGAT;SOR=5.353;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=62;WE=12598847;WS=12598829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	12613866	rs2648307	T	C	9453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.920;SC=GGAAGGCTCATGAAAAGGTAA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=162;TCR=183;TR=343;WE=12613874;WS=12613856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr3	12617996	rs1542848	G	A	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=39;PP=2965;SC=TTGGATGATTGTGATTTCATC;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=115;TCR=39;TR=154;WE=12618004;WS=12617986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	12618262	rs9855183	C	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=99;PP=2447;ReadPosRankSum=0.380;SC=TGAGTTTCGACGTGCCCCTGC;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=304;TCF=110;TCR=194;TR=158;WE=12618270;WS=12618252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,161:0.52:308
chr3	12626516	rs3729931	G	A	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=84;PP=2645;ReadPosRankSum=2.020;SC=AATGGGGGGTGAATGAACAAC;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=174;TCR=178;TR=166;WE=12626524;WS=12626506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,171:0.47:363
chr3	12628920	rs2290159	G	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=4;PP=915;ReadPosRankSum=0.291;SC=AAGCTGCTGAGGGACAGGCCA;SOR=1.174;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=96;TCF=85;TCR=11;TR=49;WE=12628928;WS=12628910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr3	12633424	.	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.179;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	12641425	rs5746223	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GATAAACATATTAACCATACT;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=12641433;WS=12641415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	12647547	rs3214791	T	TG	1588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=1511;SC=TTCTACCTTTTCTGTACCACC;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=12647555;WS=12647542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	12650482	rs2454440	T	A	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=111;PP=2965;SC=AAAAGACAACTTCATTTCTTG;SOR=1.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=49;TCR=111;TR=160;WE=12650490;WS=12650472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	12660291	rs3729926	C	T	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=109;PP=2965;SC=CAAAAGTATTCAACCCAAGAA;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=47;TCR=109;TR=156;WE=12660299;WS=12660281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	12778198	rs111237179	G	A	7297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=1.277;SC=AGGTCTTGACGCCCCTGCCCC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=584;TCF=307;TCR=277;TR=326;WE=12778206;WS=12778188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,330:0.56:590
chr3	12779409	rs2271209	A	G	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=83;PP=2841;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGATGGGGGTACTGTCCTTGG;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=125;WE=12779417;WS=12779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr3	12791172	rs937915	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=16;PP=1701;SC=GCAACGTGAGTTGAGCAGGGT;SOR=2.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=76;WE=12791180;WS=12791162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	12810629	rs112818257	CCGGGACTGG	C	4380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=2941;SC=CCCTCACTGCCCGGGACTGGC;SOR=1.384;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=49;WE=12810645;WS=12810619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	12810755	rs7641959	G	C	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=43;PP=1319;SC=CATACCTCCCGGAAGGCTGAG;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=12810763;WS=12810745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	12810783	rs61606491	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GCTCCGGCCTCGGCCATCCCA;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=28;WE=12810791;WS=12810773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr3	12810837	rs7619736	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AGGGCTCCTCAAGTGCGGCCA;SOR=1.276;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=12810845;WS=12810827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr3	12838293	rs12631514	G	C	20982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=342;NR=410;PP=2965;SC=TTCAGGTGCAGCCCGCCGCCG;SOR=0.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=753;TCF=342;TCR=411;TR=752;WE=12838301;WS=12838283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr3	12845158	rs9835677	G	A	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=118;PP=2965;SC=TGGAGCAGGAGAGGGGGCCCT;SOR=1.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=53;TCR=119;TR=171;WE=12845166;WS=12845148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	12848822	rs11718898	T	C	13123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=269;NR=202;PP=2965;SC=CCTCTGGTGGTCAAAGTGAAG;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=269;TCR=202;TR=471;WE=12848830;WS=12848812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr3	12849011	rs34529773	TA	T	2088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=27.48;SOR=2.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	12849031	rs59302336	C	CA	952.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,41:0.87:47
chr3	12854441	.	T	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=341;ReadPosRankSum=1.265;SC=CTGGGGGAACTCCGGGAGAGT;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=28;WE=12854449;WS=12854431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr3	12856856	rs2305398	A	G	10435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=220;PP=2965;SC=CGGCAAACACAGCCCCCGAAG;SOR=1.187;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=152;TCR=221;TR=372;WE=12856864;WS=12856846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr3	12857493	rs2305397	C	T	12273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=225;NR=214;PP=2965;SC=GAGCATATGCCTGTGCTGGTA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=440;TCF=225;TCR=215;TR=439;WE=12857501;WS=12857483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr3	12857823	rs731646	C	T	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=84;PP=2965;SC=CAGGGAGGGCCGTGTTGCATC;SOR=1.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=177;TCR=84;TR=261;WE=12857831;WS=12857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	12858028	rs3732675	T	C	11344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=174;PP=2965;SC=TGTGGCTGACTCTTTCTACAA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=376;TCF=201;TCR=175;TR=375;WE=12858036;WS=12858018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr3	12859004	rs3732678	A	C	10438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.239;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGGCCAGGCCACCAGCGGGAG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=224;TCR=186;TR=406;WE=12859012;WS=12858993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,396:0.99:399
chr3	12872877	rs9814191	T	G	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=61;PP=2668;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CAGGTTTCAGTTGTGGGGCCT;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=393;TCF=255;TCR=138;TR=179;WE=12872885;WS=12872867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,187:0.45:411
chr3	12872901	rs58996323	G	A	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTCTTTCCCAGGGCTGGCTGC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=534;TCF=307;TCR=227;TR=241;WE=12872909;WS=12872891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,251:0.46:550
chr3	12873121	rs145605538	CCTCGGCCAGTCGTT	C	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=2932;ReadPosRankSum=0.615;SC=CCTATGGAGTCCTCGGCCAGT;SOR=0.456;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=28;WE=12873142;WS=12873111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr3	12877830	rs56204642	G	GT	2524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.964;NF=5;NR=50;PP=2213;ReadPosRankSum=0.783;SC=GGGCTGCTTGGTAAGTGGCTG;SOR=0.522;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=9;TCR=122;TR=55;WE=12877838;WS=12877820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,85:0.45:188
chr3	12880818	rs2290312	A	C	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=104;PP=2837;ReadPosRankSum=0.268;SC=ACTTCTGATCACTGAAAACTA;SOR=0.782;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=468;TCF=242;TCR=226;TR=207;WE=12880828;WS=12880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,222:0.46:487
chr3	12881233	rs3901334	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=-0.698;SC=AGGCACCCCCACCATTGCCAC;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=29;WE=12881241;WS=12881223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr3	12881757	rs7627602	C	T	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.129;NF=79;NR=71;PP=2165;ReadPosRankSum=1.244;SC=GGGGAAGAAGCGGCCCCAGGT;SOR=0.659;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=314;TCF=159;TCR=155;TR=150;WE=12881765;WS=12881747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,151:0.47:321
chr3	12892035	rs143622059	GGGGAGA	G	1798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.671;NF=27;NR=4;PP=1432;ReadPosRankSum=1.127;SC=GGGAGACCGTGGGGAGAGGGA;SOR=0.455;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=97;TCF=78;TCR=19;TR=31;WE=12892048;WS=12892025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr3	12941094	rs3773308	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=95;PP=2067;ReadPosRankSum=0.812;SC=GGCAGCGGGGGCTCCGCCGGG;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=248;TCF=68;TCR=180;TR=138;WE=12941102;WS=12941084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,139:0.56:249
chr3	12942408	rs9818523	G	A	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=88;PP=2693;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TTTGGTGTGCGGCTGGCGACC;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=416;TCF=238;TCR=178;TR=195;WE=12942416;WS=12942398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,199:0.47:425
chr3	12942850	rs56387830	GC	G	5997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=58;PP=2974;SC=TGGGGGGGTGGCCAGGGCTGG;SOR=1.777;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=142;WE=12942858;WS=12942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	12954868	rs2600322	A	G	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=64;PP=2720;ReadPosRankSum=-1.104;SC=ACAGCCAGACATGGACCCTGG;SOR=0.854;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=418;TCF=275;TCR=143;TR=196;WE=12954876;WS=12954858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,197:0.47:422
chr3	12956531	rs2255964	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=917;ReadPosRankSum=0.787;SC=CTGGGGAGCCGGCGGACTGGC;SOR=0.427;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=140;TCF=114;TCR=26;TR=60;WE=12956539;WS=12956521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr3	12962074	rs35319679	G	A	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=114;PP=2765;ReadPosRankSum=0.338;SC=ACCACCCCAGGGTTGCAGATG;SOR=0.944;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=369;TCF=128;TCR=241;TR=166;WE=12962082;WS=12962064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,168:0.45:375
chr3	12962101	rs115632343	G	A	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=95;PP=2369;ReadPosRankSum=0.924;SC=CGCTGGCTGCGGGCCGGGAGG;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=44;TCR=171;TR=120;WE=12962109;WS=12962091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,121:0.56:215
chr3	12976863	rs2600206	T	C	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=11;PP=1236;SC=TCAAGCTCCGTGCTTGGAAGG;SOR=2.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=58;WE=12976871;WS=12976853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	13114691	rs74753289	G	A	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=71;PP=2208;SC=CGGGAGCGGGGGGCGGCGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=18;TCR=71;TR=89;WE=13114699;WS=13114681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	13368892	rs2271509	G	A	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=61;PP=1877;SC=TGCGGACAACGCAGGTGTTGT;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=13368900;WS=13368882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	13379400	rs3773302	C	T	8514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=137;PP=2965;SC=GCAGCAGCACCTCCACCTGCA;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=162;TCR=138;TR=299;WE=13379408;WS=13379390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	13383540	rs2271504	A	G	11264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=191;PP=2965;SC=TCAGGTCCATAAAGGGGAAGT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=197;TR=388;WE=13383548;WS=13383530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr3	13393166	rs11292029	CT	C	279.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=0.914;SC=TTTGATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=13393185;WS=13393157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr3	13395579	rs2280084	C	A	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=130;PP=2965;SC=CAGGTCCAGCCGGGGGTTGCG;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=105;TCR=130;TR=235;WE=13395587;WS=13395569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	13399786	rs6795271	G	A	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=32;PP=2079;SC=GTAGACAGGCGCGAGGGTGAG;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=13399794;WS=13399776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	13399948	rs6807718	T	C	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=132;PP=2965;SC=CTCACTCCTCTCTGAGCTATG;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=105;TCR=134;TR=234;WE=13399956;WS=13399938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr3	13407556	rs3732671	T	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=97;PP=2639;SC=TTTACCCGGATGCCGCTGCAG;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=160;WE=13407564;WS=13407546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	13415146	rs6810356	G	T	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=24;PP=2823;SC=TGAAGTCGAGGCTTGCTCAGA;SOR=2.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=100;TCR=24;TR=123;WE=13415154;WS=13415136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	13418086	rs6442377	C	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=884;SC=GACGGGTGGGCTGGGCCCTGG;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=13418094;WS=13418076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	13419123	rs35998066	T	TG	1594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=1555;SC=TGGAGGAGGATGGGACCACCA;SOR=2.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=38;WE=13419131;WS=13419113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	13420624	rs6442378	G	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=77;PP=2371;SC=CTTAGGCCACGTAGAGCAAAG;SOR=2.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=22;TCR=77;TR=99;WE=13420632;WS=13420614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	13421150	rs7628051	C	T	10196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=148;PP=2965;SC=ACCGGCCGGGCTGGGTCTCCT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=212;TCR=148;TR=360;WE=13421158;WS=13421140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr3	13421320	rs7625586	T	C	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=107;PP=2965;SC=ATCTCTGCACTCTGCTCTCAG;SOR=2.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=30;TCR=107;TR=137;WE=13421328;WS=13421310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	13438830	rs13066607	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=13;PP=1460;SC=GGGCTGCAGAAGACAAACAGG;SOR=2.340;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=63;WE=13438838;WS=13438820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	13574068	rs35913726	AC	A	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=36;PP=1119;SC=CTTCCCCATAACCCCCCCATC;SOR=1.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=41;WE=13574076;WS=13574058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	13670508	rs41283996	G	A	10157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=194;PP=2965;SC=TGATCTGCGCGCGCGGCTACC;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=165;TCR=194;TR=359;WE=13670516;WS=13670498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr3	13678173	rs2290188	G	T	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=79;PP=2326;SC=CCTCCCTCTCGTCCCAGCCCC;SOR=4.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=10;TCR=79;TR=89;WE=13678181;WS=13678163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	13679829	rs7820	C	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=53;PP=1585;SC=TTTTGTTTAACTATAAAGTAG;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=13679837;WS=13679819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	13679850	rs71773469	TTA	T	1519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1639;SC=TACATGTACATTATATAAAAA;SOR=4.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=36;WE=13679859;WS=13679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	13860957	rs79020924	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=50;PP=1438;SC=AGCACAGGTCACTGCACGCCA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=13860965;WS=13860947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	14105882	rs4684179	C	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=539;SC=AGCAGCAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=14105904;WS=14105872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	14105885	.	GCAGCAGCAGCCC	G	603.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.679;NF=0;NR=12;PP=1413;ReadPosRankSum=2.335;SC=AGCAGCCCCAGCAGCAGCAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=14105904;WS=14105872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr3	14106310	.	T	TCCAGCACCAGCAGTC	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=6;PP=1293;SC=CAGCAGCAGCTCCAGCACCAG;SOR=2.368;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=17;WE=14106318;WS=14106300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	14106499	rs2607779	G	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=48;PP=1585;SC=GAGAGGCCCCGTGGGTATTCT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=14106507;WS=14106489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	14154231	rs2731316	T	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=559;SC=TATGTCAAGATGTCAAGACCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=14154239;WS=14154221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	14157890	rs2607747	C	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=16;PP=1471;SC=CCCCAGTGCCCTGGTGTGGGT;SOR=2.362;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=74;WE=14157898;WS=14157880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	14157913	rs2731314	A	G	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=31;PP=1998;SC=CTGGGAGGCCACATGTCACTC;SOR=1.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=108;WE=14157921;WS=14157903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	14158220	rs2731313	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=20;PP=629;SC=GGCAGGAAAAGAAGCACTGAA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=14158228;WS=14158210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	14166835	rs2733579	C	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=587;SC=TCTCCCTCTGCTCGCCGTGTC;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=14166843;WS=14166825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	14175149	rs2733585	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=7;PP=1497;SC=GAACCCCCGGGTGGGGACCCT;SOR=3.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=61;WE=14175157;WS=14175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	14180633	rs2731320	C	T	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=17;PP=1712;SC=CGACTGGGTACGCCACTGGCC;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=79;WE=14180641;WS=14180623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	14187449	rs2228001	G	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1234;SC=GCTCACAGCTGCTCAAATGGG;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=14187457;WS=14187439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	14187699	rs2733532	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=628;SC=AGGCGAGGGTTAGTAATCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=14187707;WS=14187689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	14188700	rs2733533	C	A	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=39;PP=2965;SC=TGACTTGAGGCTGGGGCAGAA;SOR=2.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=122;TCR=39;TR=161;WE=14188708;WS=14188690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	14188762	rs2733534	G	C	11241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=222;NR=156;PP=2965;SC=CCCTGAGCTTGTCTTCTCTGC;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=223;TCR=157;TR=378;WE=14188770;WS=14188752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr3	14189340	rs2607749	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=27;PP=1594;SC=GGCCTGGGGAAGGAAGAGGCC;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=14189348;WS=14189330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	14190237	rs2279017	T	G	9525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=163;PP=2965;SC=GGCACCTGTGTCGGGTGAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=160;TCR=163;TR=323;WE=14190245;WS=14190227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr3	14190268	rs2470353	G	C	7876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=137;PP=2965;SC=TGGCCAGCAGGGGAACAAGGC;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=137;TCR=138;TR=273;WE=14190276;WS=14190258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	14197987	rs2958057	A	T	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=84;PP=2965;SC=CCATGTGTTTAGCCTGAAACT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=179;WE=14197995;WS=14197977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	14199887	rs2228000	G	A	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=127;PP=2965;SC=TGAGGATGCCGCTGGCAAGCT;SOR=1.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=70;TCR=127;TR=197;WE=14199895;WS=14199877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	14220095	rs2607775	C	G	24744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=915;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=445;NR=429;PP=2965;SC=AATTCCACTTCGCGAGTGACG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=874;TCF=445;TCR=429;TR=874;WE=14220103;WS=14220085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,910:1.00:910
chr3	14489107	rs62233560	G	A	4727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.257;SC=CTATGCCTCCGTTGTAATTGT;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=291;TCF=164;TCR=127;TR=192;WE=14489115;WS=14489097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,205:0.66:310
chr3	14513521	rs41284015	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=-1.868;SC=TGCTAAAACCGGGCCCCTCCT;SOR=0.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=11;WE=14513529;WS=14513511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	14526612	rs35363110	AT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr3	14526667	rs138405130	C	CGTGT	140	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=13;PP=509;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=13;WE=14526675;WS=14526657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	14535047	rs73031847	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=1.580;SC=CAAGCATCATCCCAGGCTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=14535055;WS=14535045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	14537819	rs62233584	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=595;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TTGTGGTGGAGGAGACTAAAG;SOR=0.476;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=27;WE=14537827;WS=14537814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr3	14537867	rs11918344	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr3	14547182	rs61731938	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,119:0.26:459
chr3	14551444	rs9845816	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,63:0.15:429
chr3	14552994	rs4685168	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=1.240;SC=GCCGCTGGAGAAAAAGAGGCC;SOR=0.458;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=25;WE=14553002;WS=14552984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr3	14554476	rs4516597	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=716;ReadPosRankSum=1.355;SC=AAGTCACAGTTCTAATCTCAT;SOR=0.458;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=197;TCF=65;TCR=132;TR=57;WE=14554484;WS=14554466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,59:0.28:210
chr3	14555216	rs4685171	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=2.080;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,99:0.29:347
chr3	14555758	rs138623401	C	CAGTT	1158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,36:0.21:172
chr3	14555811	rs4613440	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.221;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,66:0.29:227
chr3	14561627	rs5846840	A	AG	3067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=41;NR=19;PP=2584;SC=CCTGCCTCTGAGGCCTCAGTG;SOR=2.196;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=60;WE=14561635;WS=14561617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	14702982	rs2276754	C	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GCTTCTTGTCCATTCCATGTG;SOR=1.056;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=256;TCF=160;TCR=96;TR=82;WE=14702990;WS=14702972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,84:0.32:264
chr3	14703297	rs9840626	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=3.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,99:0.28:358
chr3	14706745	rs142447115	T	TATTG	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=322;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGTAAGGAGATATTGATTGAT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=7;WE=14706753;WS=14706735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	14708918	rs2280383	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,40:0.19:211
chr3	14712473	rs1901	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.570;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=942;ReadPosRankSum=-0.797;SC=AGTTTGCCCCGCCGTCAGATT;SOR=0.590;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=255;TCF=140;TCR=115;TR=77;WE=14712481;WS=14712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,77:0.30:255
chr3	14724413	rs9821143	G	A	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,170:0.28:610
chr3	14725668	rs12488352	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CTTCTTTCCTGGGCCATTTAC;SOR=0.734;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=23;WE=14725676;WS=14725658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr3	14745857	rs17040196	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,49:0.26:192
chr3	14755572	rs6765537	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,39:0.23:166
chr3	14755617	rs6790129	C	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,27:0.21:130
chr3	14756730	rs9869372	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=27;PP=1432;SC=TCTGCCCATAACCTGCGGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=14756738;WS=14756720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	14763954	rs12486391	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1940;ReadPosRankSum=0.789;SC=CAAAGGATAAGGCAGAAGAGT;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=130;WE=14763962;WS=14763944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,135:0.65:207
chr3	14768534	rs7636830	A	G	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1194;ReadPosRankSum=0.462;SC=GGCCGCAGGTAAGGAGGCTGA;SOR=0.338;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=84;WE=14768542;WS=14768524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,95:0.68:140
chr3	14768554	rs17255247	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=-0.834;SC=AAAGGTGGGCGAAGGCCTATC;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=29;WE=14768562;WS=14768544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr3	14801550	rs2729697	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=319;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CACCCCAGCCGCAGCCACCTC;SOR=1.528;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=20;WE=14801558;WS=14801540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr3	14813825	rs294624	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=1.343;SC=TCCAACCATCGCTGACATCTA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=14;WE=14813833;WS=14813815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	14905513	rs172429	T	G	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=27;PP=2715;SC=GAAGTAGGAATTTTGTGCCTG;SOR=2.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=91;TCR=27;TR=118;WE=14905521;WS=14905503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	14939198	rs2117775	G	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=37;PP=1178;SC=CTGGACCCCCGGGTTCCACTT;SOR=1.394;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=14939206;WS=14939188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	14939364	rs2117774	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1180;SC=ACCCAGGGATGTGACTCCAGG;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=14939372;WS=14939354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	14939479	rs2164356	G	T	12678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=277;NR=163;PP=2965;SC=ACGTCTTCCTGGCCCGGGAGC;SOR=1.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=441;TCF=278;TCR=163;TR=440;WE=14939487;WS=14939469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr3	14939679	rs2307090	G	A	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=89;PP=2654;SC=ATGCAAATCAGTGGGACATCT;SOR=3.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=19;TCR=89;TR=108;WE=14939687;WS=14939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	14942024	rs2307088	T	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=57;PP=1422;SC=CGCCAAAGCCTGGACCCTGCC;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=14942032;WS=14942014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	14942675	rs293906	G	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=72;PP=2023;SC=GCAGGCAACCGTCTCTCTTGT;SOR=4.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=78;WE=14942683;WS=14942665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	14949268	rs9818644	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=67;PP=1910;SC=GGCGAGGCTCCGATAAGCCCC;SOR=3.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=79;WE=14949276;WS=14949258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	14960170	rs293916	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=7;PP=1357;SC=TAGGTGGACATGGTCCCTCTG;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=59;WE=14960178;WS=14960160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	14960204	rs2117776	G	T	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=29;PP=2505;SC=AGGAGAAGCCGGTCTACACTT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=117;WE=14960212;WS=14960194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	14963337	rs13060887	C	T	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=152;NR=94;PP=2965;SC=GCTCAAGGGGCATCTGAGTGA;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=152;TCR=94;TR=246;WE=14963345;WS=14963327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	14965507	rs4685235	A	G	7808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=94;PP=2965;SC=GGCTTCTTTCAGTTACAGAGC;SOR=1.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=193;TCR=94;TR=287;WE=14965515;WS=14965497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	15076143	rs62240391	C	T	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,143:0.27:529
chr3	15080696	rs2230444	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.243;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,86:0.27:316
chr3	15115270	rs3831	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr3	15127522	rs72400013	CTAG	C	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=767;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CTGAGGGAGCCTAGTCTCTAC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=18;WE=15127532;WS=15127512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr3	15133088	rs9869512	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=499;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCAGGTACAACGCAAAGTGCT;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=44;WE=15133096;WS=15133078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,47:0.29:163
chr3	15301363	rs2291853	G	A	6379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AGTGACCACAGTCAACTCCAC;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=396;TCF=200;TCR=196;TR=269;WE=15301371;WS=15301353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,282:0.68:414
chr3	15311325	rs1287467	A	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=89;PP=2939;SC=CCTTGGCGGCACGGAGCACCT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=151;WE=15311333;WS=15311315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	15311464	rs1287468	G	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=678;SC=CAAAAAATAAGCATCCCAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=15311472;WS=15311454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	15371819	rs3773464	C	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=546;SC=ACAACATGTGCAATTGGATCC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=15371827;WS=15371818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	15371938	rs149825084	G	T	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=60;PP=1935;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CAGCTATGAAGACAAAATTAA;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=233;TCF=135;TCR=98;TR=139;WE=15371946;WS=15371928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,147:0.60:244
chr3	15455717	rs2290537	A	G	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=86;PP=2626;SC=ACCCTGTCAAAATAAAACCTG;SOR=1.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=125;WE=15455725;WS=15455707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	15456550	rs148072600	A	AAAAC	2105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=1654;SC=GTCTCTTAAAAAAACAAACAA;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=34;WE=15456558;WS=15456540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	15495386	rs55866379	G	A	4751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.854;SC=AGCCGTCACAGTCCTCCACAC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=153;TCR=156;TR=202;WE=15495394;WS=15495376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,210:0.65:322
chr3	15497608	rs28538922	A	G	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.001;SC=GTTTTGGTCCAAAGGCACTGC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=271;TCF=116;TCR=155;TR=187;WE=15497616;WS=15497598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,188:0.68:275
chr3	15498261	rs11128745	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	15507761	rs3732722	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.315;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr3	15509212	rs878946	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-1.577;SC=GAGCAGTGATTGACACTTGCC;SOR=0.035;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=17;WE=15509220;WS=15509202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr3	15509327	rs878945	C	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,94:0.28:339
chr3	15512276	rs2305618	G	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=845;ReadPosRankSum=2.048;SC=AGCAGAGTGAGGAAGTCATGA;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=44;WE=15512284;WS=15512266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr3	15515695	rs2305616	C	T	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=71;PP=2965;SC=GCTACTTGCACTGACATTTAT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=134;WE=15515703;WS=15515685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	15515918	rs28632773	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=376;SC=CAGGTGACTTCTCCAGGGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=15515926;WS=15515908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	15516481	rs924812	T	C	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=1686;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGAAGGTACATTTACAATCAG;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=415;TCF=229;TCR=186;TR=131;WE=15516489;WS=15516471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,138:0.32:427
chr3	15516910	rs3816526	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TCTGGGAACGTCCATTTGGAC;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=17;WE=15516918;WS=15516900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr3	15517025	rs2305615	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=49;PP=1933;SC=AAAGACCCACGGTGATATTTT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=15517033;WS=15517015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	15517208	rs75395973	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=0.599;SC=AAAATGAAAACGCCCAAAGTG;SOR=0.343;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=19;WE=15517216;WS=15517198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr3	15518731	rs2305612	G	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CAAAAGTCAGGGCAACTGGGT;SOR=0.991;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=347;TCF=167;TCR=180;TR=107;WE=15518739;WS=15518721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,113:0.31:368
chr3	15518841	rs13095087	G	A	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=81;PP=2491;SC=CCCACTCTCCGAAGACTGATG;SOR=1.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=119;WE=15518849;WS=15518831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	15518889	rs13074638	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TATCATCAAATAAGACCTTAT;SOR=0.751;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=10;WE=15518897;WS=15518879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr3	15520639	rs2290538	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TCACGGCCCCTCTGCCATGTC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=17;WE=15520647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr3	15520677	rs2255897	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TACACCAGTGGTATCCCATAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=16;WE=15520685;WS=15520667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr3	15520838	rs750387	T	C	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2441;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AAAGTAGTGGTCCATACCTTT;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=152;WE=15520846;WS=15520828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,158:0.67:235
chr3	15529543	rs1983085	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=648;SC=AGAATTTACCTAGCAAAGAGT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=15529551;WS=15529533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	15537992	rs9847828	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=0.522;SC=GACTGTCTCTATAGAATTGTG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=15538000;WS=15537982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	15539976	rs141810796	C	CCACACA	6634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=2989;ReadPosRankSum=1.074;SC=GCATGTGCATCCACACACACA;SOR=1.059;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=218;TCF=87;TCR=131;TR=105;WE=15539985;WS=15539965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,231:0.61:376
chr3	15642844	rs41284037	C	T	7423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.895;SC=TCGCGGTCCCCGCCAGCTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=454;TCF=292;TCR=162;TR=304;WE=15642852;WS=15642834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,309:0.67:461
chr3	15643043	rs2019160	A	G	22236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=367;NR=429;PP=2965;ReadPosRankSum=1.152;SC=CAAACGCGAAATCGGCAGCAC;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=798;TCF=368;TCR=430;TR=796;WE=15643051;WS=15643033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,803:1.00:805
chr3	15717614	rs17041435	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,38:0.25:154
chr3	15717641	rs78957730	G	A	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TAACAAAGATGGGGGCAGGGA;SOR=1.432;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=59;WE=15717649;WS=15717631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr3	15717693	rs2246960	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=0.592;SC=CCTTGTCAACGTGTAGCTCGG;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=8;WE=15717701;WS=15717683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr3	15736385	rs2455814	A	T	10739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TCTCCCACCCACCCAGTTCAA;SOR=0.413;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=390;TCF=162;TCR=228;TR=386;WE=15736393;WS=15736375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr3	15737610	rs2470547	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,45:0.25:177
chr3	15737689	rs2470548	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,79:0.27:289
chr3	15737698	rs2470549	T	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,78:0.28:279
chr3	15752830	rs2455833	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=0.062;SC=TATTTTACACTAAAGAATTGT;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=14;WE=15752838;WS=15752820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr3	15753641	rs2455834	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,65:0.25:264
chr3	15756215	rs924754	A	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,30:0.23:129
chr3	15776909	rs202016048	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AATTTAAAAAGTACATACCCA;SOR=0.501;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=80;WE=15776917;WS=15776899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,90:0.70:129
chr3	15807725	rs6789076	T	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TTCTTATTACTCAGAGGTTAC;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=42;WE=15807733;WS=15807715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr3	15836723	rs149384714	G	GT	1063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.086;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.725;NF=12;NR=11;PP=843;ReadPosRankSum=0.049;SC=TGAATTAACTGTTTTACCTGA;SOR=1.335;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=23;WE=15836731;WS=15836713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr3	15900950	.	C	CGCCGCT	3115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=5.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.901;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,94:0.29:324
chr3	15900973	rs62243667	A	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=3.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.861;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,79:0.27:290
chr3	15901053	rs71064238	CT	C	3606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=66;PP=2951;SC=CTGAGAAGACCTGCGGGCAGG;SOR=2.226;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=76;WE=15901061;WS=15901043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	15901087	.	C	CCCG	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	16242101	rs3796301	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1187;ReadPosRankSum=1.307;SC=TGTCATTCCACTGACCACAAC;SOR=1.535;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=74;WE=16242109;WS=16242091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr3	16249998	rs1505609	A	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TTAATTCCACAATTCTTTCCA;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=58;WE=16250006;WS=16249988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr3	16253972	rs34031379	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TGAGTGCTCACGATTTCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=15;WE=16253980;WS=16253962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr3	16254172	rs17851238	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=495;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CGACCAGGAGGCCACCCTGAG;SOR=0.614;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=41;WE=16254180;WS=16254162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr3	16268769	rs1394908	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.660;SC=CTGTTATTCTCTTAATGATTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=16268777;WS=16268759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	16268974	rs15767	T	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-2.350;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,54:0.25:217
chr3	16268986	rs14576	C	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.918;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,56:0.25:225
chr3	16305674	rs14080	C	G	10123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TGTCATAAATCACTTTTATAA;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=625;TCF=294;TCR=331;TR=410;WE=16305682;WS=16305664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,428:0.66:648
chr3	16310857	rs842258	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=0.257;SC=GAAAAACTACGTTTAGTGGTC;SOR=0.582;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=12;WE=16310865;WS=16310847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr3	16312564	rs842259	C	T	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1337;ReadPosRankSum=-2.564;SC=CTTTGCGCCACCTTACTCTAA;SOR=1.149;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=80;WE=16312572;WS=16312554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr3	16312716	.	GT	G	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=34;QD=17.0;SC=GTTGTTAACCGTTTTTTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=16312724;WS=16312706;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr3	16313878	rs842260	G	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.811;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-0.648;SC=ATTTGATTTTGCTTTTTTGAA;SOR=1.765;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=23;WE=16313886;WS=16313868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr3	16327855	rs842274	T	G	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=98;PP=2826;ReadPosRankSum=-2.263;SC=TTAGATTGTGTCAGCAGCTAA;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=117;TCR=143;TR=176;WE=16327863;WS=16327845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,184:0.68:270
chr3	16343092	rs842283	T	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=841;ReadPosRankSum=2.541;SC=TTTAAGACCTTTGCTACAAAA;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=46;WE=16343100;WS=16343082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr3	16358584	rs690241	T	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=1.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-2.252;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,96:0.28:344
chr3	16364919	rs690216	A	C	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=3.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,73:0.30:246
chr3	16450775	rs62236343	G	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=415;ReadPosRankSum=0.588;SC=CACAGCTCTTGCATGGCCTCT;SOR=1.110;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=28;WE=16450783;WS=16450765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr3	16450872	rs1546650	T	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=884;ReadPosRankSum=-0.527;SC=ACCCTGACTGTAGCGCTCACC;SOR=0.654;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=67;WE=16450880;WS=16450862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,70:0.30:235
chr3	16457700	rs62236345	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=12.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr3	16475256	rs2303851	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=291;ReadPosRankSum=0.752;SC=TGAGGACAGCATGCAAATTTC;SOR=0.307;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=20;WE=16475264;WS=16475248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr3	16633664	rs57842038	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTCTGAAACACAGAAGTTTTC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=16633672;WS=16633654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	16636785	rs2303590	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	16638467	rs2303591	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=1.491;SC=TTTTATGTTTAAAAAGAACAA;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=26;WE=16638475;WS=16638457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr3	16638963	rs74208885	T	G	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=37;PP=1535;ReadPosRankSum=-1.163;SC=TTGTATCAATTAAACAAATGA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=96;WE=16638971;WS=16638953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,99:0.42:238
chr3	16639146	rs74193997	T	C	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=1531;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AAAATATGAATAATATACTAT;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=164;TCF=54;TCR=110;TR=94;WE=16639154;WS=16639136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,96:0.57:167
chr3	16645871	rs77110037	G	C	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=67;PP=1874;ReadPosRankSum=1.272;SC=AAAGGATCCTGGTTTATCGAG;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=348;TCF=200;TCR=148;TR=162;WE=16645879;WS=16645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,165:0.46:358
chr3	16646745	rs9847342	C	G	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=163;PP=2965;SC=CGACCGGCTCCAGGAGGAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=161;TCR=163;TR=324;WE=16646753;WS=16646735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	16926445	rs138820460	A	AG	680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=355;SC=GGAGGAGAGGAGAGGGGCCGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=16926453;WS=16926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	16926491	rs6442654	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=185;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=407;SC=GGACGCGGGGGCGCGAGGACG;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=16926499;WS=16926481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	16926521	rs200478663	CT	C	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=1182;SC=GCAGGCGGGTCTGCTGGGGCG;SOR=1.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	16926524	.	CT	C	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=1182;SC=GGCGGGTCTGCTGGGGCGCCC;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	16926539	.	CT	C	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=952;SC=GCGCCCATGGCTGGATTGCGT;SOR=2.393;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=16926575;WS=16926529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	16926544	rs368284573	T	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	16926548	.	GT	G	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	16926551	.	CGT	CT,C	2482.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=6;PP=1012;SC=GGATTGCGTGCGTGGGTGGGC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=16926575;WS=16926529;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:49
chr3	16926553	.	T	C	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.64;SOR=2.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	16926557	rs372006934	T	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.06;SOR=3.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	16926561	.	CT	C	2945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=1172;SC=CGTGGGTGGGCTGCCGTCGGC;SOR=2.797;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=26;WE=16926575;WS=16926529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	16926567	rs373958057	T	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=8;PP=1036;SC=TGGGCTGCCGTCGGCGGGGCC;SOR=2.770;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=42;WE=16926575;WS=16926529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	16926599	rs7626446	T	G	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	16926607	rs7626448	T	C	5688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	16926642	rs6442655	A	G	10294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.22;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	16926648	rs6442656	T	G	10726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.04;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	16926666	rs7626542	T	G	12295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=115;PP=2965;SC=GGTCGCCTCGTCCACGGGCGG;SOR=1.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=175;TCR=115;TR=290;WE=16926674;WS=16926656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	16974610	rs9880307	C	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=1442;ReadPosRankSum=0.410;SC=ATTGGACAGCCGGAGTATTTT;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=216;TCF=135;TCR=81;TR=102;WE=16974618;WS=16974600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,106:0.46:229
chr3	16974628	rs9825009	T	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1590;ReadPosRankSum=1.168;SC=TTTACAGTGGTTGCTGCTCAG;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=153;TCR=102;TR=112;WE=16974636;WS=16974618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,118:0.44:267
chr3	17051328	rs7653834	T	C	5922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.050;SC=TAGGTACTTTTTACTGGATGC;SOR=0.600;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=488;TCF=256;TCR=232;TR=243;WE=17051336;WS=17051318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,258:0.50:513
chr3	17053499	rs4602367	A	G	4095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.141;SC=GAGGAGGAGGAAAGCCTCATA;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=386;TCF=195;TCR=191;TR=189;WE=17053507;WS=17053489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,193:0.49:393
chr3	17077268	rs17272796	C	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=42;PP=1498;ReadPosRankSum=0.393;SC=TTCTCTAATACGAGTTGAGGT;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=236;TCF=143;TCR=93;TR=110;WE=17077276;WS=17077258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,114:0.46:246
chr3	18308478	rs9820982	T	C	7601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AACGGAATTCTGAAGGAATCC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=547;TCF=337;TCR=210;TR=333;WE=18308486;WS=18308468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,342:0.61:559
chr3	18392819	rs116044839	C	T	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=53;PP=2550;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GGAGCAGCACCGAGCCATGGT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=276;TCF=172;TCR=104;TR=149;WE=18392827;WS=18392809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,151:0.53:285
chr3	19190241	rs34370450	G	C	4404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.077;SC=TACTGGCGCCGCAAAACACCT;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=760;TCF=400;TCR=360;TR=250;WE=19190249;WS=19190230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:511,246:0.32:757
chr3	19479634	.	T	C	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1078;ReadPosRankSum=0.775;SC=TTCTCTCATTTGCTTTATTTC;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=83;WE=19479642;WS=19479624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr3	19554593	rs115216381	G	A	5603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.480;SC=GATCTTCTTCGCGCAACAAGA;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=652;TCF=354;TCR=298;TR=267;WE=19554601;WS=19554583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,269:0.41:657
chr3	19556990	rs56353870	AT	A	393.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.128;HP=13;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.559;NF=0;NR=27;PP=319;ReadPosRankSum=2.213;SC=TGTTATGGGCATTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=27;WE=19556999;WS=19556979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr3	19925807	rs9882578	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=799;SC=GGGAAACTTAATCTAACGGAG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=19925815;WS=19925798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	19930130	rs76305623	A	T	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=69;PP=2292;SC=TTTATCTATCATCCCATCTCC;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=128;WE=19930138;WS=19930120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	19940877	rs2931385	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=410;SC=GTATTTTTTAAATTCTATGCA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=19940885;WS=19940867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	19941074	rs2931386	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=35;PP=1082;SC=AAATATACATAAGGCGAAGAA;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=19941082;WS=19941064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	19946992	rs2931394	G	A	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=54;SC=TTTTTTTCTAGTCATCTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=19947000;WS=19946982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	19947296	rs2929377	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=695;SC=AACCTTATCATGCAAGATGCA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=19947304;WS=19947286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	19959707	.	AT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,21:0.15:137
chr3	19959756	rs2929366	G	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=22.10;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	19961330	rs2931403	CT	TC	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=23;PP=2547;SC=CTTACCAGTACTGAAATTTTA;SOR=1.477;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=74;WE=19961339;WS=19961320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	19961562	rs73819048	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=456;SC=ACCTTAAGTGCATGTATGTAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=19961570;WS=19961552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	19962199	rs2931404	G	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=768;SC=AGAACAAATAGTAAATGTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=19962207;WS=19962189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	19974700	rs2929350	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=785;SC=TTAGTTCCTATGGAAAGTGGA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=19974708;WS=19974690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	19975215	rs17795400	C	A	11336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=190;PP=2965;SC=AGGTTTTGTTCCCTGTGAAGC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=204;TCR=190;TR=392;WE=19975223;WS=19975205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr3	19975582	rs2929349	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=662;SC=CTGGCTACAAAGACGCCTCCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=19975590;WS=19975572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	19992432	rs6773437	G	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=961;SC=GGCCAAATACGGGAAATAAAA;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=19992440;WS=19992422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	20017489	rs4858122	GG	CC	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=339;SC=AAAGATGCTTGGTAACCATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=20017498;WS=20017479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	20025665	rs34961993	G	GA	134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	20027708	rs11128931	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=647;SC=AGAAATTTTTATCCTAGAGAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=20027716;WS=20027698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	20042462	rs13093485	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=20;PP=1582;SC=AGCATGAGGGGTTTTGCTGCA;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=20042470;WS=20042452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	20042834	rs4103004	C	T	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=103;PP=2965;SC=TCTATTGCTGCGTATTCTTCT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=195;WE=20042842;WS=20042824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	20053581	rs2686326	C	T	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=43;PP=1805;SC=TTGGAATTACCTTTCTTTGCC;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=20053589;WS=20053571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	20179033	.	CT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.160;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr3	20189528	.	AT	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=5.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=5.293;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,40:0.14:289
chr3	21462754	rs451242	A	G	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=30;PP=1918;SC=GAATGGGTCCAGGAGCTGGCC;SOR=1.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=102;WE=21462762;WS=21462744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	21462787	rs427233	G	A	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=68;PP=2965;SC=GAGGAAGCGCGGAAGTCTGGA;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=175;WE=21462795;WS=21462777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	21465659	rs78275561	A	C	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=136;SC=ATTTCATGCAAGTTTCAGAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=21465667;WS=21465649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	21606027	rs66546661	AT	A	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.408;QD=18.96;ReadPosRankSum=-1.853;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr3	23986983	rs7644275	C	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=539;SC=TGCTTCCAGCCCGGGGCGGCG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=23986991;WS=23986973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	23996371	rs4858095	T	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=474;SC=TTCATTTAGGTGGCCATTATG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=23996379;WS=23996361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	24006477	rs4858097	T	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1080;SC=GGTTTGTCCATTGAGTAAGTC;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=24006485;WS=24006467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	24169313	rs2278802	A	T	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=92;PP=2764;SC=AACAACATACAGTATCTTAAA;SOR=1.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=43;TCR=92;TR=135;WE=24169321;WS=24169303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	24184892	rs200705081	G	GAT	1454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=984;SC=TCAGTAAAATGAGGCAATAAC;SOR=3.477;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=21;WE=24184904;WS=24184882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	24184896	rs192651649	C	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=654;SC=TAAAATGAGGCAATAACACCA;SOR=2.649;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=28;WE=24184904;WS=24184882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	24184995	rs3752874	G	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=52;PP=2965;SC=GCCTTACCAGGAATTTCCGTT;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=114;TCR=52;TR=166;WE=24185003;WS=24184985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	24562877	rs11714172	G	T	14434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=242;NR=277;PP=2965;SC=GGCCCCACCCGCCCTGTTCTT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=520;TCF=242;TCR=278;TR=519;WE=24562885;WS=24562867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr3	25542571	rs2116703	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=506;SC=CCATCACTTCGTTACTCAAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=25542579;WS=25542564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	25611472	rs67669779	GAC	G	162.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	25775253	rs1488992	T	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=560;SC=AATATTCTTGTTTATAAAACA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=25775261;WS=25775249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	25775356	rs6550987	A	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=113;NR=59;PP=2965;SC=AGATAGCCACACCATACCTGC;SOR=1.350;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=175;TCF=116;TCR=59;TR=172;WE=25775364;WS=25775346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	25805879	rs11129208	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=19;PP=433;SC=CACACAGAAATGTATAATGAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=25805887;WS=25805869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	25836023	rs9831075	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=576;SC=TTTTTAAATGCTATATGTGAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=25836031;WS=25836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	25902401	rs4681082	G	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=187;SC=TGTAGGAATTGAAGATGAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=25902409;WS=25902391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	25904394	rs6550999	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=10;PP=596;SC=TATAGACTACTCTAGACATTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=25904402;WS=25904384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	27213416	rs2017568	TA	AG	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=1332;SC=GCAAATCTTTTATTTTTTATG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=27213425;WS=27213406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	27242887	rs66472045	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=974;SC=TCTAGATTTGGATTATGTAGG;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=27242895;WS=27242877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	27297816	rs3213930	G	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=36;PP=1590;SC=CAACCACAGAGGTGAGTTTAC;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=27297824;WS=27297806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	27332177	rs674303	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=36;PP=1380;SC=TCTTATCCTTTCCAAATGCTG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=27332185;WS=27332167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	27332302	rs674798	G	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.30;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	27332674	rs864241	T	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1802;SC=AGAGTTCTAATTCAATTGAAT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=27332682;WS=27332664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	27335350	rs633157	A	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=TGTAGAATGCAGGGAATATTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=27335358;WS=27335340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	27343376	rs6551192	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=706;SC=TCCCTTCACCGTCAGTCCTTT;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=27343384;WS=27343366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	27353716	rs552647	C	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=68;PP=2075;SC=CCAAAAGCACCCAAGGAAGCA;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=110;WE=27353724;WS=27353706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	27363637	rs11393122	T	TA	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.373;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.335;QD=22.66;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr3	27363937	rs640065	T	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=524;SC=AACTATCTTTTTCAGTGTGGA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=27363945;WS=27363927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	27385616	rs7635958	A	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=451;SC=TTTTAATGAGATCATCTGTAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=27385624;WS=27385612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	27424718	rs1472256	A	G	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=144;PP=2965;SC=TATCATCATCATCTTGAAGCA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=137;TCR=145;TR=281;WE=27424726;WS=27424708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr3	27424799	rs17019721	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=71;PP=2040;SC=AAGAGAATTGACTAATTTATA;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=97;WE=27424807;WS=27424789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	27427601	rs34916422	TA	T	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=513;SC=TTAAATCTTATAAAAAATGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=27427609;WS=27427591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	27427618	rs13075550	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=483;SC=TGCTTCATATAGTTTAAAAAT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=27427626;WS=27427608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	27431898	rs13068734	G	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=476;SC=TGCTATAATTGAATGCACAAG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=27431906;WS=27431888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	27442336	rs3736312	G	A	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	27446285	rs13063291	T	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=880;SC=ATTTCATATATAACACATGTG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=27446293;WS=27446275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	27450720	.	C	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=510;SC=GGAAAGTCTGCTTTGGGTCAC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=27450728;WS=27450710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	27472936	rs3755652	C	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1629;ReadPosRankSum=1.559;SC=CGCTGACTCTCTTGGGAACTT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=83;WE=27472944;WS=27472926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr3	27473066	rs13077400	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=45;PP=1694;SC=GAAGATGACCAAGAAGAAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=27473074;WS=27473056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	27490194	rs13096477	T	C	10497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=205;NR=165;PP=2965;SC=TATCTTTTCTTCTCCGGTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=205;TCR=165;TR=370;WE=27490202;WS=27490184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr3	27494589	rs2371065	A	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=244;SC=TCCCACCTTCATAATTTTGTT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=27494597;WS=27494579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	27763427	rs368178421	G	GCGC,GCGGCGC	2991.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.379;NF=16,16;NR=28,28;PP=36,1468;ReadPosRankSum=-1.293;SC=GGCGGCGGCGGCTGCAGCGGC;SOR=0.324;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=44,44;WE=27763435;WS=27763417;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.10,0.89:63
chr3	29529907	rs2371695	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=718;SC=AATAACATGGGTTTTTTTCTC;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=36;WE=29529922;WS=29529897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	29529913	rs5847572	TTC	T	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=10;PP=1196;SC=ATGGGTTTTTTTCTCTCTCTC;SOR=1.775;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=26;WE=29529922;WS=29529897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	29804300	rs7340719	C	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=187;SC=GGGTACAATTCTCAAATCAAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=29804308;WS=29804290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	29804487	rs1371839	A	T	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=41;PP=1769;SC=CCAGGTAAGAAATTCACTAAT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=104;WE=29804495;WS=29804477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	29804509	rs1371840	T	C	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=49;PP=1676;SC=AGTGACTGAATGATGCCGAGG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=29804517;WS=29804499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	29977739	rs1449287	T	C	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=62;PP=2095;SC=TCAGATGTGATATTCTCCATT;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=29977747;WS=29977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	30686414	rs1155705	A	G	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=78;PP=2651;SC=TATGGTAAGCAAGCCTTTTAA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=132;WE=30686422;WS=30686404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	30769819	rs62636628	C	T	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=79;PP=2447;SC=CACCACCTGGCGGAAGAAGTT;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=131;WE=30769827;WS=30769809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	30769931	rs12054099	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.53;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	30842346	rs10553550	AAGAG	A	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=34.17;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	30842597	rs59931065	A	AT	903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=960;SC=AAAAGAAAAGATTACAAGACT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=30842605;WS=30842587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	31621228	rs58289734	T	TAAA	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=718;SC=AATGTAATGATGAAGAGTACA;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=31621236;WS=31621218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	31638362	rs76400963	T	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=33;PP=1107;SC=TATGGTAAGATTTCATATTTG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=31638370;WS=31638352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	31663515	rs10662891	A	AGTGTG	1188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.42;NF=17;NR=4;PP=1207;SC=TTGGTTTTATAGTTTTAAGTA;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=31663523;WS=31663505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	31677395	rs11129457	T	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=405;SC=TCATCATAGTTCAGTAAACCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=31677403;WS=31677385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	31703464	rs11058	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=26;PP=1378;SC=TGGATGCTAATACAAGGTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=31703472;WS=31703454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	31712176	rs3749406	G	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=816;SC=ACCTTAACAAGTTTATCTTGA;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=34;WE=31712184;WS=31712166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	31712393	rs3749405	C	T	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=176;PP=2965;SC=GCTCCACCCACGGGATGGTGA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=144;TCR=178;TR=320;WE=31712401;WS=31712383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr3	31725316	rs2278959	G	A	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.880;SC=TTGGGTGTTCGTGACAGCTGG;SOR=0.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=116;TCR=99;TR=214;WE=31725324;WS=31725306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr3	31725691	rs2278960	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=67;PP=2239;SC=CAACCACTGTTAAGCAAATTC;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=31725699;WS=31725681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	31774971	rs3813824	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=53;PP=1420;SC=ATGAAATATTTGTACTCACTG;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=31774979;WS=31774961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	31839135	rs7653447	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=429;SC=GCAAAAGGTCACAGCTATTTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=31839143;WS=31839125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	31839242	rs7643025	T	C	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=57;PP=2333;SC=CACAATACAATGTACCAGAAA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=142;WE=31839250;WS=31839232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	32022680	rs76150980	G	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=26;PP=705;SC=ATGGTCCGTGGGCGCCCGGGA;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=32022688;WS=32022670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	32022771	rs62244394	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=10;PP=262;SC=GCCGCGCGTGCCTGCTCCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=32022779;WS=32022761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	32031962	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=52.27;NF=124;NR=145;PP=2965;QD=20;SC=AAGACCTTCCATCACAATTCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=125;TCR=146;TR=269;WE=32031970;WS=32031952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr3	32188006	rs9839702	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=835;SC=ATCCTATCATGAACATGTTAC;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=32188014;WS=32187996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	32200233	rs2305362	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=493;SC=CAAGAGCAGAGCCCGGCATTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=32200241;WS=32200223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	32200322	rs2305361	T	C	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=44;PP=2364;SC=TCCATACCCGTGGTGGGTGCT;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=135;WE=32200330;WS=32200312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	32207606	rs6799559	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=738;SC=ACATGCAAACATGTGAATGGT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=32207614;WS=32207596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	32493682	rs342745	A	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=74;PP=2298;ReadPosRankSum=1.170;SC=CCCAACCTGGAGGACTGGGGC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=21;TCR=75;TR=94;WE=32493690;WS=32493672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr3	32568145	.	CCACA	C,CCA	1297.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.90;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,34:0.17,0.81:42
chr3	32746522	rs7429569	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	32758763	rs11129531	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=21;PP=620;SC=TTTTCAATTTGTGTCTTTCTT;SOR=1.387;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=36;WE=32758771;WS=32758753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	32774782	rs9798936	A	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=57;SC=TGTTTCCATTATCACCAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=32774790;WS=32774772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	32815231	rs2396631	A	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=541;SC=TACCCCTGACATTTGGCCAAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=32815239;WS=32815221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	32915214	rs6799979	C	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=40;PP=2965;SC=GGAAGCTGGTCGTTCGGTTGT;SOR=2.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=129;TCR=40;TR=169;WE=32915222;WS=32915204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	32927509	rs6774703	G	T	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AAGCCGTGACGGCGAGGCATA;SOR=0.543;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=185;WE=32927517;WS=32927499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr3	32933360	.	C	CTT	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr3	33055721	rs4302331	A	G	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=81;PP=2965;SC=AGGTGGCTGCACACTGCATCC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=169;WE=33055729;WS=33055711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	33093190	rs12632196	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=13;PP=1765;SC=ACACCCCTCCTCAAATTAATC;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=77;WE=33093198;WS=33093180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	33099880	rs7637435	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=684;SC=TAATGACTGCTGGAAAAATTT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=33099888;WS=33099870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	33138544	rs7614776	A	G	22552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr3	33138549	rs7637099	G	A	22368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr3	33165436	rs6777433	T	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=592;SC=ATTGAGGTACTATTTATATAC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=33165444;WS=33165426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	33171659	rs4392367	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=1083;SC=AGAGTTCATCAAGGTCCACTG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=33171667;WS=33171649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	33174156	rs1135127	T	G	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=95;PP=2956;SC=ACAGGGACACTTGGGGCCTCT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=33;TCR=95;TR=128;WE=33174176;WS=33174146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	33174168	rs1135128	G	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=78;PP=2409;SC=GGGGCCTCTCGGATGAGCACT;SOR=2.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=97;WE=33174176;WS=33174146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	33175793	rs4234239	C	A	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=79;PP=2460;SC=CTGGTGGCTACGAGAAAATAT;SOR=1.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=113;WE=33175801;WS=33175783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	33175854	rs58617854	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=1024;SC=CCCTGAAGTAAGAAACAGAGG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=33175862;WS=33175844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	33216357	rs57072412	G	A	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=39;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CGCGAAGGTGGCCCATCCCTG;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=112;TCR=39;TR=150;WE=33216365;WS=33216347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr3	33434128	rs62252101	G	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=53;PP=1566;SC=AAGTAAATGCGTAAGTACAAT;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=33434136;WS=33434118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	33444286	rs623244	T	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=36;PP=1410;SC=TCACACAAACTAGATACCTGT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=33444294;WS=33444276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	33618551	rs11391504	G	GA	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	33725814	rs111738010	GA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr3	33877500	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	33879770	rs3203777	G	A	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=41;PP=1407;SC=AGCCGATTTGGTTAACAGATC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=84;WE=33879778;WS=33879760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	36527872	rs11926471	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=578;SC=GGCACCTGCCAAAGAGAAACC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=36527880;WS=36527862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	36779707	rs3796187	G	A	13545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=250;NR=219;PP=2965;SC=GGCTCTGCTGGAGCTCCCTCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=471;TCF=251;TCR=220;TR=469;WE=36779719;WS=36779697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr3	36896653	rs9818599	G	C	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=33;PP=2506;SC=AAACCCAAGAGCTGGACTTAC;SOR=2.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=117;WE=36896661;WS=36896643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	36902425	.	C	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,80:0.26:306
chr3	36934343	.	CAT	C	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=33;QD=10.0;SC=CAAAACAAAACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=4;WE=36934352;WS=36934333;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr3	37048633	rs4234259	A	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=59;PP=1760;SC=AATTGCTTCTAAGTTTTCAGG;SOR=3.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=37048641;WS=37048623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	37053568	rs1799977	A	G	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=137;PP=2965;SC=TATTCGCTCCATCTTTGGAAA;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=97;TCR=137;TR=234;WE=37053576;WS=37053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	37083740	rs9876116	A	G	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=68;PP=2289;SC=CCTTAAAGTCACTTCATTTTT;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=125;WE=37083748;WS=37083730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	37096109	rs113420512	T	TAAC	1888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=1962;SC=CCAAGTAATCTACTAACAAGT;SOR=3.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=35;WE=37096117;WS=37096099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	37107022	rs7639375	C	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=20;PP=2448;SC=CTTTGCAGAACAGTTTGTAGT;SOR=2.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=102;WE=37107030;WS=37107012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	37107470	rs2302503	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=1299;SC=CAAAAGGCCCGTATGGAAGCT;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=37107478;WS=37107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	37116386	rs2302504	G	T	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=18;PP=1966;SC=TTGAAAATTTGTAGTGTACAG;SOR=2.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=91;WE=37116394;WS=37116376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	37133124	rs2302506	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=617;SC=ACTTTTGTATATTCCAGACTA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=37133132;WS=37133114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	37144535	rs2302507	C	A	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=AAGATGCTTTCAAGGTTAAGA;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=70;TCR=137;TR=205;WE=37144543;WS=37144525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr3	37150988	rs6806252	C	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=29;PP=1980;SC=CCCACCAGCACTGCACACACT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=99;WE=37150996;WS=37150978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	37163039	rs336595	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=21;PP=1237;SC=TGATAAAAATGAAAATAAACA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=37163047;WS=37163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	37170717	rs3733030	T	C	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=77;PP=1970;SC=AAATAAAGAATGGGACATTAC;SOR=1.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=109;WE=37170725;WS=37170707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	37170750	rs3733029	G	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1167;SC=GTGGGCAGGAGAAGATATTAT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=37170758;WS=37170740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	37285152	rs2271548	C	T	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=52;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GTTCCGAATACCTCTTGAACC;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=58;WE=37285160;WS=37285142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr3	37308262	rs73059487	A	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=13;PP=913;SC=ACTTTGCAACATGCCATTATG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=37308270;WS=37308252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	37308532	rs1040073	C	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=537;SC=TACCATCTCTCAAAGTATCTT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=37308540;WS=37308522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	37366459	rs11718848	C	A	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=130;PP=2965;SC=CCAAAAAGAACAAATAGAAAG;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=114;TCR=130;TR=244;WE=37366467;WS=37366440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	37368755	rs62241896	T	A	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=55;PP=2607;SC=GATCAAAGTATGATAGGTCAT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=123;WE=37368763;WS=37368745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	37369771	rs5847960	ACTCT	A	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=4;PP=1705;SC=TCACTCTCACACTCTCTCTCT;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=30;WE=37369782;WS=37369761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	37376500	rs11396224	C	CT	1564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=16;PP=866;SC=ACTAATGCTTCTTTTTTTTCT;SOR=1.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=38;WE=37376508;WS=37376490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	37388577	rs3832257	C	CA	298.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=286;SC=AATATAAAAGCATGCCTCTCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=37388585;WS=37388567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	37407489	rs17266090	A	G	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=45;PP=2716;SC=ACTTGAAAAAACAAATATCCC;SOR=1.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=140;WE=37407497;WS=37407479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	37407664	rs62241901	G	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=60;PP=1725;SC=GAATGAAGTTGTCATTCAGGG;SOR=2.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=37407672;WS=37407654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	37458926	rs150550724	G	A	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.831;SC=AGAGCAGATGGGCCTGCAGGG;SOR=0.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=268;WE=37458934;WS=37458916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr3	37512646	rs11713408	TG	CC	13333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=162;PP=2947;SC=ATTACTGCTGTGGTGGAAATG;SOR=1.202;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=284;TCF=115;TCR=169;TR=276;WE=37512655;WS=37512636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	37567762	rs79181427	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=476;SC=GCTTGCAGGTATGAGATGATA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=37567770;WS=37567752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	37627112	rs1155741	T	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=77;PP=2965;SC=CCATATTACATTCCAAGAAGG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=156;WE=37627120;WS=37627102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	37627149	rs1155742	G	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=2350;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TGTGGCTAAAGAAGTCTCAAC;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=122;WE=37627157;WS=37627139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr3	37627286	rs140414819	G	GCC	278.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=27.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	37627287	rs2364183	G	C	406.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=40.67;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	37695260	rs57547208	A	G	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=CTGCAGCTTCAGGGTAAACTG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=170;WE=37695268;WS=37695250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	37774304	rs58228096	C	T	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=117;PP=2965;SC=GGGACACAGACGGGACCCTTC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=229;WE=37774312;WS=37774294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	37778481	rs1118148	G	C	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=109;PP=2965;SC=AGAGGTAAGGGGGGGGTTTAA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=210;WE=37778489;WS=37778471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	37778615	rs2276866	A	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=979;SC=CTTGAGCCGCAAAGTGGAATT;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=37778623;WS=37778605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	37819040	rs76424398	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1048;SC=GGGGTAACACGGGTGGTCCTC;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=37819048;WS=37819030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	37821607	rs11716463	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=1055;SC=AGGAAAGCATTTGAATTGGTG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=37821615;WS=37821597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38080952	rs7625806	T	G	9919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=167;PP=2965;SC=GAGCCTCAGCTGCTTCGTCTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=196;TCR=167;TR=363;WE=38080960;WS=38080942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr3	38081031	rs7616776	A	T	13739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=1.296;SC=ACTTGTACTCAGCCGAGGTCA;SOR=0.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=249;TCR=243;TR=489;WE=38081039;WS=38081021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,506:1.00:507
chr3	38104303	rs76374685	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=54;PP=1618;SC=GTATGTCTTTCTCTGGCTTGA;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=38104311;WS=38104293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	38104353	rs3752614	G	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=789;SC=AACCTAGATGGTCCTCCGTTT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=38104361;WS=38104343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	38125705	rs7652276	G	A	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=187;PP=2965;SC=GAGTCCTCCCGCCTTCCACGC;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=143;TCR=189;TR=330;WE=38125713;WS=38125695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr3	38125844	rs62240733	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=849;SC=TAGTAGTAGTGGTGGTGGTAG;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=38125852;WS=38125834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	38125880	rs374790897	GGTA	G	332.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=322;SC=TGGTAGTAGTGGTAGTAGTAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=38125890;WS=38125870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	38134438	rs11129778	A	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=72;PP=2127;SC=GCCACTGACCACAGTAGCATT;SOR=2.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=92;WE=38134446;WS=38134428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	38151731	rs12630114	T	C	14164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=281;PP=2965;SC=AGTTTGAGTATTTCGGGAGCC;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=211;TCR=281;TR=492;WE=38151739;WS=38151721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr3	38170810	rs156265	C	G	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=136;PP=2965;SC=CTCTGGCCTTCTCCTTCTCCA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=102;TCR=136;TR=238;WE=38170818;WS=38170800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	38348949	rs818823	G	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=640;SC=TGAGGGTAGGGGTTCTCCAGG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=38348957;WS=38348939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	38350479	rs818819	T	C	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=66;PP=2965;SC=ACCGGGCCCATGCCATTATCC;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=183;WE=38350487;WS=38350469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	38350519	rs818818	G	A	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=109;PP=2965;SC=TGTTGGGGCCGTGTTGCTGAC;SOR=0.918;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=149;TCR=109;TR=256;WE=38350527;WS=38350509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr3	38350543	rs818817	A	G	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=129;PP=2965;SC=GATCGCCTACAGTCTTCCCCA;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=158;TCR=129;TR=286;WE=38350556;WS=38350533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr3	38350630	rs704929	C	A	8619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=157;PP=2965;SC=AAGCGAGTACCGGGCATGTAC;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=142;TCR=157;TR=299;WE=38350638;WS=38350620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	38355176	.	T	TGTGCGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC,TGC,TGTGCGCG	3040.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.51;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=0;NF=8,9;NR=6,6;PP=113,199;SC=TCCGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=14,15;WE=38355184;WS=38355166;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:36
chr3	38355225	rs73064822	G	A	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=46;PP=2557;SC=CAGGTTTACCGTCAGTTACAC;SOR=1.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=138;WE=38355233;WS=38355215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	38355509	rs696253	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=687;SC=CCGCCTGCCACGGCCGGCCAC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=38355517;WS=38355499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	38357817	rs2070492	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=22;PP=1516;SC=ACTTTCAGGGCGACAGGTCTG;SOR=1.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=78;WE=38357825;WS=38357807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	38390020	rs2615631	C	A	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=85;PP=2965;SC=TCTACACTTCCTTTTTTAAAA;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=134;TCR=85;TR=219;WE=38390028;WS=38390010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	38401677	rs818851	C	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=724;SC=TTGCAGCCCTCGTGCCTGTTC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=38401685;WS=38401667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	38401839	rs818850	T	C	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=58;PP=1688;SC=GGACTCAGGGTGGTGTTCATG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=38401847;WS=38401829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	38401918	rs818849	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=917;SC=AGGGATTCCTATTCTCCTTCT;SOR=2.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=45;WE=38401926;WS=38401908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38402007	rs818848	T	A	81.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=GCATCTGTTGTCACCAGGTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=38402015;WS=38401997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	38404472	rs17118	C	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=56;PP=1829;SC=CGGGCTTCGACTTCTCTCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=38404480;WS=38404462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	38406648	rs704942	T	C	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=54;PP=2031;SC=GCTGTGACACTGGTGTGTGGT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=133;WE=38406656;WS=38406638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	38406773	rs704943	G	T	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=54;PP=1840;SC=ACCAGCAGCTGCAGGTAACTG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=38406781;WS=38406763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	38406793	rs2234608	T	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=48;PP=1592;SC=GTGGCTACGTTGTGTGAGTGT;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=38406801;WS=38406783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	38408248	rs704946	G	A	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=24;PP=2215;SC=GGAGGTAATTGTTCATTCTGT;SOR=2.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=105;WE=38408256;WS=38408238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	38408361	rs843890	G	A	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=134;PP=2965;SC=ACTCACATACGGAGGTTGGTT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=249;WE=38408369;WS=38408351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	38408459	rs2234617	A	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=46;PP=1285;SC=GACTGAAAACATTGATAAGCA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=53;WE=38408467;WS=38408449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	38409600	rs704947	T	G	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=64;PP=2860;SC=TTTTCATGCTTTGTGTGTGTC;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=154;WE=38409608;WS=38409590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	38411731	.	G	GCACACACA	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.000;QD=35.55;ReadPosRankSum=1.465;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr3	38442490	rs2070488	G	A	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=101;PP=2965;SC=AGAGACCATCGGAATTTGTTT;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=121;TCR=102;TR=222;WE=38442498;WS=38442480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	38519424	rs2070489	A	G	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=93;PP=2965;SC=TCTGCAACGAACGCTTCACTC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=97;TCR=93;TR=190;WE=38519432;WS=38519414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	38521156	rs13097628	T	C	9907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=136;PP=2965;SC=AGTTCTGTGCTGTCTTCTCTC;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=213;TCR=136;TR=349;WE=38521164;WS=38521146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr3	38524742	rs1046048	C	T	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=117;PP=2965;SC=GGTCGGTCAACGGCACTACCT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=229;WE=38524750;WS=38524732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	38592406	rs1805126	A	G	11166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=203;PP=2965;SC=CAGACAGGGCATCGGCAAAGT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=189;TCR=203;TR=392;WE=38592414;WS=38592396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr3	38593128	rs34532982	T	TG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=1.277;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.966;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr3	38598606	rs41312391	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=10;PP=875;SC=CAGAGTGACACGAGATCTTGC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=38598614;WS=38598596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38601556	rs6799868	T	C	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=69;NR=5;PP=1982;SC=CACTGCCCCCTCTTCCTGCCC;SOR=4.587;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=69;TCR=5;TR=74;WE=38601564;WS=38601546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	38622467	rs7430407	T	C	7903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.956;SC=TCTCCTCATCTTCTTCTTGGT;SOR=0.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=172;TCR=108;TR=276;WE=38622475;WS=38622457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr3	38627629	rs7645173	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=54;PP=1737;SC=TGAAAGCCCAAGGAGCCCTTG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=38627637;WS=38627619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	38627658	rs112524625	T	TC	512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=1.118;SC=TGACACCTATTCCCCCCCCGC;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=19;WE=38627666;WS=38627648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	38645420	rs1805124	T	C	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=119;PP=2965;SC=CAGTGATGTGTGGTGGCTCTC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=154;TCR=120;TR=273;WE=38645428;WS=38645410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	38646423	rs7428779	C	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=45;PP=1316;SC=GAGGAACGGACGTTTCCATCA;SOR=1.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=38646431;WS=38646413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	38647642	rs41312433	G	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=31;PP=825;SC=CTGAGGGTCTGGGGGAGCAAG;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=38647650;WS=38647632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	38648062	rs6599222	C	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=654;SC=TCCAAAGCTCCCACCAGTGGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=38648070;WS=38648052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	38674712	rs6599230	T	C	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=71;PP=2504;SC=CTTGCTTCTCTGCCATGCGCT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=143;WE=38674720;WS=38674702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	38739574	rs6599241	T	C	13159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=213;PP=2965;SC=ATGTTGACCATGATGAGGAAG;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=481;TCF=268;TCR=213;TR=481;WE=38739582;WS=38739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr3	38739845	rs6599242	A	G	9431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=170;PP=2965;SC=TACCGAAGATAGAGTAGATGA;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=159;TCR=170;TR=328;WE=38739853;WS=38739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr3	38749026	rs6599248	T	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=55;PP=1562;SC=TCTTGCCACATCCAGTGTCGG;SOR=3.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=38749034;WS=38749016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	38753977	rs6781740	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=39;PP=1115;SC=TCCCAATGCCCCACCCCCTCT;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=40;WE=38753985;WS=38753967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	38763863	rs6771157	G	C	10937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.518;SC=ATGGACTCTTGGTGGTATCCA;SOR=0.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=388;TCF=194;TCR=194;TR=387;WE=38763871;WS=38763853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,406:1.00:407
chr3	38764071	rs61487238	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=291;SC=GGGAGTCCCTCAATCCAGACC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=38764079;WS=38764061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	38764782	rs4076737	G	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=8;PP=1389;SC=TGTCTGATGCGGGCGCCCTCA;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=57;WE=38764790;WS=38764772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	38764998	rs12632942	A	G	10454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=201;PP=2965;SC=CTCAGGATCTAGGCAGTCCAC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=154;TCR=201;TR=354;WE=38765006;WS=38764988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr3	38766675	rs6795970	A	G	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=39;PP=2203;SC=CTCAGCAGGGACCTGAGGAAC;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=112;WE=38766683;WS=38766665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	38768247	rs59468016	G	A	8188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=145;PP=2965;SC=CATCCCTGGGGCCTCTGGGAG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=143;TCR=145;TR=287;WE=38768255;WS=38768237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	38768300	rs57326399	T	C	6669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=118;PP=2965;SC=TTGGCAGCAATGTGGTTCTCA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=119;TCR=118;TR=237;WE=38768308;WS=38768290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	38784029	rs6599250	T	C	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=65;PP=1978;SC=TTCTGCATTATAGTGTGGTCA;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=38784037;WS=38784019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	38793989	rs7617919	G	A	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=99;PP=2965;SC=TTCCAGAGGCGAGGCCTAGAA;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=160;WE=38793997;WS=38793979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	38798171	rs62244070	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=9;PP=997;SC=AAACCTCCTGCTCCTTCCGGA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=38798179;WS=38798161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	38802251	rs7641844	A	G	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.65;SOR=2.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	38813009	rs62244081	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=609;SC=AGAAAAAACATGCAAAGAATA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=38813017;WS=38812999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	38945560	rs4073113	A	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=79;PP=2537;SC=GGTTTTCTCCACAAGGGAGAC;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=128;WE=38945568;WS=38945550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	38946872	rs4514993	A	T	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=31;PP=1107;SC=TCAAAACTTAACAAACTACTT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=38946880;WS=38946862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	38949363	rs6599267	A	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=9;PP=1139;SC=TAAATGAATTATTTCAATTTG;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=38949371;WS=38949353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	38951753	rs7429404	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=1;NR=14;PP=422;SC=CCAAGCTTCTTTTTCCTTCCA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=38951761;WS=38951743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	38961537	rs6779297	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=532;SC=AAAAAAACATTGAAAGGAAAG;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=38961545;WS=38961527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	38967103	rs4676474	C	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=849;SC=GGCCTGTGACCTCCAAGGTGA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=38967111;WS=38967093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	38988264	.	T	A	8944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=131;PP=2965;SC=TAGTAAAAGGTGCAATGAAAG;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=176;TCR=131;TR=306;WE=38988272;WS=38988254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	39149092	rs6786764	A	G	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=137;PP=2965;SC=GACCGACCCGACGCCAGTAGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=282;WE=39149100;WS=39149082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	39166484	rs784508	C	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=23;PP=1208;SC=TTATCCATGCCCCTTGACCTG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=39166492;WS=39166474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	39166509	rs784507	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=32;PP=1417;SC=GCTGCTGGCTATGCTTCAGTG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=39166517;WS=39166499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	39166743	rs2669852	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=9;PP=481;SC=TGCAAGGTGGTCTGGACCTTC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=39166751;WS=39166733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	39167905	rs784506	G	A	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=59;PP=1851;SC=CCTGACAGCCGGGTGGGGCCT;SOR=1.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=89;WE=39167913;WS=39167895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	39169693	rs1298712	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=6;PP=737;SC=AGCAGAACAAAACTGGCTAAA;SOR=2.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=39169701;WS=39169683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	39169712	rs1274969	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=841;SC=AAATACTCAATTTTGTATATT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=39169720;WS=39169702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	39175576	rs784492	G	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=17;PP=1133;SC=GGACGTTCACGTGGGGAATTC;SOR=1.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=58;WE=39175584;WS=39175566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	39178899	rs784495	C	T	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=83;PP=2965;SC=TGGGGACTGGCGGGCATGGGC;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=155;WE=39178907;WS=39178889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	39179909	rs784497	G	A	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=58;PP=2520;SC=GCACGTGAATGGACGTGGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=105;WE=39179917;WS=39179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	39180099	rs784498	T	C	8965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=150;PP=2965;SC=TGGAGGCCATTGAAATCTGCA;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=174;TCR=151;TR=324;WE=39180107;WS=39180089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr3	39180162	rs811969	A	C	10195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=184;NR=185;PP=2965;SC=TGGTGGGGAAACCTGCATGAT;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=184;TCR=185;TR=369;WE=39180170;WS=39180152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	39180263	rs704959	G	A	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=129;PP=2965;SC=AAGGCCCGAAGGTCCCTGAGG;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=73;TCR=129;TR=202;WE=39180271;WS=39180253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	39184959	rs1274958	C	T	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=99;PP=2965;SC=TCATCCAGGACGCCTGATGTG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=141;TCR=99;TR=240;WE=39184967;WS=39184949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	39185077	rs1274957	G	A	11171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=214;NR=195;PP=2965;SC=GGTTCCCCACGCTCCCTTCCT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=410;TCF=214;TCR=196;TR=409;WE=39185085;WS=39185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr3	39185248	rs784519	A	G	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=102;PP=2965;SC=AAGATGCTGTAGAAGAATCAG;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=191;WE=39185256;WS=39185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	39185968	rs810743	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=499;SC=AGAGGGATGTAAGAAGCACAG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=39185976;WS=39185958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	39186728	rs784517	C	T	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=84;PP=2869;SC=CCCGGCGAGCCCGCTTCAGGA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=155;WE=39186736;WS=39186718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	39229900	rs6805248	T	C	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=122;PP=2965;SC=AAACAGATGCTGCTGCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=248;WE=39229908;WS=39229890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	39307256	rs3732379	C	T	9162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=133;PP=2965;SC=AAAATCATAACGTTGTAGGGT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=176;TCR=133;TR=309;WE=39307264;WS=39307229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr3	39308279	rs200620288	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	39323163	rs11715522	A	C	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=99;PP=2965;SC=CTGCCAACTTAAACGCCTCCA;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=182;WE=39323171;WS=39323153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	39431081	rs2270770	G	A	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=AAACACGCCTGCAAACCCTCC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=176;WE=39431089;WS=39431071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	39433147	rs1995236	G	A	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=130;PP=2965;SC=AGGATAGTTCGGCTTAGCCAC;SOR=1.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=104;TCR=130;TR=234;WE=39433155;WS=39433137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	39437800	rs9877539	A	G	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=56;PP=2965;SC=TAAACATGGGATAACAGAGAC;SOR=1.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=116;TCR=56;TR=170;WE=39437808;WS=39437790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	39452123	rs2077797	G	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	39452129	rs2077799	G	T	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	39453610	rs2723	C	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=53;PP=2469;SC=CAGTTTTATTCTAACTTTAAT;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=39453618;WS=39453600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	40204178	rs1714414	T	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1072;SC=TGAAGACCTTTGATAATCATA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=40204186;WS=40204168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	40231883	rs1317317	C	T	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.212;SC=AAGAGCCCGACTGGGCTCAGA;SOR=0.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=107;TCR=116;TR=220;WE=40231891;WS=40231873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr3	40251188	rs35424380	TA	T	874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=847;SC=AAGGTAAAACTAAAAGTCCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=23;WE=40251196;WS=40251178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	40251282	rs2679798	G	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=53;PP=2926;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GGGTTATTGGGAACAAGAAGC;SOR=0.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=150;WE=40251290;WS=40251272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr3	40251392	rs1799418	T	C	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=116;PP=2965;SC=AGGCTCGGGATCCCCAGACTC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=229;WE=40251400;WS=40251382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	40251628	rs1799419	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=280;SC=AGCTTCTGCAGTGGGGTGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=40251636;WS=40251618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	40353259	rs1470937	T	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=244;SC=GATCATTTCTTTATATACACA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=40353267;WS=40353249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	40498845	rs2276868	C	T	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.616;SC=CGCCTAACGCCGCCAACATGG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=111;TCR=90;TR=200;WE=40498853;WS=40498835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr3	40498933	rs4973904	A	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=68;PP=2540;SC=CTGAGGCGCCAAACGGCTCCC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=128;WE=40498941;WS=40498923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	40503520	.	A	ACTGCTGCTGCTG,ACTGCTGCTGCTGCTG	3810.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.795;NF=12,12;NR=20,20;PP=86,965;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=0.984;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=32,32;WE=40503528;WS=40503510;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.12,0.86:78
chr3	40503809	rs11539046	G	A	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=80;PP=2282;SC=TGTTGAGGCTGGAGTTAGGAG;SOR=3.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=95;WE=40503817;WS=40503799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	40505886	rs11129881	C	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=12;PP=1681;SC=TGGATGATTTCGGATTACCTG;SOR=3.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=40505894;WS=40505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	41274764	rs2691680	C	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=658;SC=AAGGCTAGAACAGATATTTAG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=41274772;WS=41274754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	41277040	rs11564465	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=159;SC=ATTAGTGCTGCCAGGAGGCCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=41277048;WS=41277039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	41291081	rs2293304	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=94;PP=2965;SC=AGGGCAGGAGGAAGAAGACAG;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=83;TCR=95;TR=176;WE=41291089;WS=41291071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	41497165	rs9841301	G	A	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=45;PP=1384;SC=CCACTCCATCGGGCAGACACA;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=41497173;WS=41497155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	41607701	rs1565957	C	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=34;PP=1032;SC=CAAATGATGTCCACTGCTTCA;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=41607709;WS=41607691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	41795841	rs9867627	A	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.224;NF=48;NR=31;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AAACCATCAGAGAAAATCTTA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=79;WE=41795849;WS=41795831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr3	41831203	rs17215589	C	T	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=71;PP=2965;SC=AACATGGCAGCGAATAAGGTC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=171;WE=41831211;WS=41831193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	41841716	rs4973986	A	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=55;PP=1948;SC=AAGCCCTGGGACTGAGCAGAA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=106;WE=41841724;WS=41841706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	41841811	rs149544106	T	TATTA	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=1059;SC=ATTAAAATAATATTAGTGTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=41841819;WS=41841801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	41861013	rs59543183	GA	G	3513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.328;QD=25.46;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr3	41877414	rs3774372	T	C	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=75;PP=2547;SC=CTGTTTTAATTTGCTGTTCCT;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=135;WE=41877422;WS=41877404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	41923513	rs59960840	GAGGCC	GGGCC,G	1324.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=978;SC=CCAGTAGAATGAGGCCATCAC;SOR=2.621;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=41923527;WS=41923503;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr3	41923515	rs61575884	GGCCA	G	1324.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	41923519	.	A	G	524	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=21;NR=1;PP=524;QD=25.3986914794;SC=GAATGAGGCCATCACATCACC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=22;WE=41923527;WS=41923503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,22:0.71:31
chr3	41925260	rs113374533	CAGAGAAAAAACAAGTGA	C	1122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=0;PP=2973;SC=CACAATCCCACAGAGAAAAAA;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=41925284;WS=41925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	41925301	rs1716685	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=2;PP=1260;SC=CTGCAGGTTCTAAATTACAGA;SOR=5.630;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=50;WE=41925309;WS=41925291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	41925398	rs1052501	C	T	8067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.98;NF=162;NR=124;PP=2965;SC=TGGAGCTCAGCTGTGTGCGAA;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=162;TCR=124;TR=286;WE=41925406;WS=41925388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr3	41925423	rs1716687	T	C	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=159;NR=151;PP=2965;SC=GTAAACCAATTACGTGAGCAA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=311;TCF=159;TCR=152;TR=310;WE=41925431;WS=41925413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr3	41937000	rs1717003	C	T	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=107;SC=AAAATATAAACGTTACTTACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=41937008;WS=41936990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	41938500	rs1717005	G	C	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=57;PP=1783;SC=TATCCACTGCGATGGAAAGAA;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=92;WE=41938508;WS=41938490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	41939993	rs1625226	T	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,67:0.93:72
chr3	41942199	rs1717007	T	C	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=ACTCAGTTGTTAGAGTGTCTT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=188;WE=41942207;WS=41942189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	41952781	rs1716991	C	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=43;PP=2516;SC=TTGTCTTGCACTGATCCCTCT;SOR=1.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=124;WE=41952789;WS=41952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	41957466	rs1716698	T	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=27;PP=1126;SC=CTACTGTCCCTACCTTTTCTG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=41957474;WS=41957456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	41960006	rs1716975	T	C	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=17;PP=606;SC=AATTCTGAAATACTTTCTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=37;WE=41960014;WS=41959996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	41961168	rs1716979	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=1077;SC=ACCTGGTTTTTAGTCCAGCTC;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=41961176;WS=41961158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	41977214	rs3934103	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=288;SC=AAATTTTATCCAAAAATAACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=41977222;WS=41977204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	41977488	rs58069203	CCT	C	8385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=101;PP=2966;SC=ACAGAGTGCCCCTGAGAGGTT;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=8;TCR=102;TR=109;WE=41977497;WS=41977478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	41996136	rs2272007	T	C	12969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=227;PP=2965;SC=TTCAGGCCTTTTGCACTTATC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=459;TCF=232;TCR=227;TR=458;WE=41996144;WS=41996126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr3	41996275	rs7651623	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=96;PP=2965;SC=TCTCACATACAATAGAATAAC;SOR=1.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=152;WE=41996283;WS=41996265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	42230746	rs62257336	C	T	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=209;SC=ACCAGGCGCTCGGCAGATGTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=42230754;WS=42230736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	42305131	rs754635	C	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1175;SC=ATGGCTGTAGCGAGCAAAGGA;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=42305139;WS=42305121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	42438754	rs13054	T	C	5979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=95;PP=2965;SC=GCCATGCAGGTGGCTACAGCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=207;WE=42438762;WS=42438744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	42445679	rs40416	C	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=40;PP=1150;SC=AGAGTGATGTCAGGGAAGGTA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=42445687;WS=42445669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	42448296	rs33518	T	C	9242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=143;PP=2965;SC=CACAGCACCATAGCCTCCAGT;SOR=0.962;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=187;TCR=143;TR=329;WE=42448304;WS=42448286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr3	42555524	rs2278215	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=382;SC=CCCACCCCAGGTCTGGGGAGC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=42555532;WS=42555514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	42569069	rs2276831	C	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=963;SC=GTGGCCCAGGCGTGCCCCGAC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=42569077;WS=42569059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	42599049	.	TA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.991;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr3	42605402	rs9311324	A	C	5330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.358;SC=ACAGCCTGTGATCACTCTTAT;SOR=0.858;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=542;TCF=213;TCR=329;TR=240;WE=42605410;WS=42605392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,246:0.44:554
chr3	42610374	rs2271186	A	G	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1414;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TAAAGTCACAACCTTCTGCAG;SOR=1.212;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=217;TCF=135;TCR=82;TR=83;WE=42610382;WS=42610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,86:0.38:224
chr3	42610515	rs2271187	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1180;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCCGTACCACGCAGGCAAAAA;SOR=1.239;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=166;TCF=68;TCR=98;TR=77;WE=42610523;WS=42610505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,83:0.49:170
chr3	42700456	rs339724	C	T	3752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=77;PP=2770;ReadPosRankSum=0.864;SC=CCGGTGGGCCCCCAGCCAGCT;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=346;TCF=180;TCR=166;TR=165;WE=42700464;WS=42700440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,167:0.47:356
chr3	42700630	rs339723	A	G	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GGCCAAGCCCAGCCACCGTGG;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=101;TCR=152;TR=121;WE=42700638;WS=42700620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
chr3	42728144	rs6805421	A	G	11757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=210;PP=2965;SC=TCCCTCTCCAACCAGGTCCCC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=214;TCR=211;TR=424;WE=42728152;WS=42728134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr3	42733468	rs123509	T	C	4421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=127;PP=2694;ReadPosRankSum=0.641;SC=CAATGTGCTGTGCCTGACTAA;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=410;TCF=169;TCR=241;TR=210;WE=42733476;WS=42733458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,218:0.51:425
chr3	42735150	rs11079	T	C	3551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=71;PP=2351;ReadPosRankSum=1.043;SC=AGTTTTTGCATCCAGAGCTCA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=203;TCR=156;TR=166;WE=42735158;WS=42735140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,173:0.47:372
chr3	42735274	rs339697	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CTGGGATCACAGCGGAATGCT;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=40;TCR=110;TR=66;WE=42735282;WS=42735264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,66:0.43:152
chr3	42738297	rs2290973	G	A	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=52;PP=2554;ReadPosRankSum=2.529;SC=ACACCTGGCAGGATGGCTGTG;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=166;TCR=97;TR=144;WE=42738305;WS=42738287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,147:0.55:269
chr3	42754912	rs3895740	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TTACATTGGTAGTGATGGGAC;SOR=0.193;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=15;WE=42754920;WS=42754902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr3	42772180	rs10865921	C	T	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=92;PP=2221;ReadPosRankSum=-0.143;SC=ACATTCAGGGCGAATGTCAGC;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=109;TCR=164;TR=154;WE=42772188;WS=42772170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,163:0.57:285
chr3	42774475	rs17074778	G	A	3511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=81;PP=2328;ReadPosRankSum=1.152;SC=GTGTAAAGGCGGAAGGGGCCC;SOR=0.605;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=295;TCF=134;TCR=161;TR=153;WE=42774483;WS=42774465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,162:0.52:314
chr3	42781276	rs62246603	G	T	4433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=115;PP=2737;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GCTCTCTCTGGAGGACATCCC;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=360;TCF=151;TCR=209;TR=205;WE=42781284;WS=42781266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,213:0.58:370
chr3	42781316	rs11709500	G	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.548;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1866;ReadPosRankSum=2.232;SC=TAATTAGAAAGTGAGGGCATG;SOR=0.294;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=188;TCF=63;TCR=125;TR=115;WE=42781324;WS=42781306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,122:0.62:198
chr3	42784630	rs12635736	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=1091;ReadPosRankSum=0.870;SC=GAGACCCCACAGACTGAAGAT;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=30;TCR=84;TR=65;WE=42784638;WS=42784620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr3	42787469	rs2240859	A	G	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1024;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCCCTGGCGAAGATAGGAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=75;WE=42787477;WS=42787459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,79:0.47:168
chr3	42793337	rs11929390	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=637;ReadPosRankSum=0.330;SC=GGGGTGGACCTCGGGTAGAGG;SOR=0.598;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=40;WE=42793345;WS=42793327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr3	42794333	rs55904344	G	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=707;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CTCATAAAGGGGCACTAACTT;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=13;TCR=77;TR=47;WE=42794341;WS=42794323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr3	42799765	rs17238798	G	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TTCTGTAACCGTTTGTGCTGC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=94;WE=42799773;WS=42799755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,96:0.52:183
chr3	42799858	rs339678	T	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=44;PP=1365;SC=GCATCAGAAATGAAGCCTCAG;SOR=2.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=56;WE=42799866;WS=42799848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	42835889	rs6764909	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=808;SC=CCATAATCCTAAAGTTAAAAA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=42835897;WS=42835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	42906116	rs2228467	T	C	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=57;PP=1846;ReadPosRankSum=0.212;SC=AAGGATGCAGTGGTGTCCTTT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=281;TCF=164;TCR=117;TR=140;WE=42906124;WS=42906106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,145:0.49:294
chr3	42915878	rs735320	C	T	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=50;PP=1930;ReadPosRankSum=-1.906;SC=CCCAGCGCTGCGGGTCAACAT;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=179;TCR=113;TR=133;WE=42915886;WS=42915868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,140:0.46:302
chr3	42917047	rs9865715	A	G	13116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=222;NR=237;PP=2965;SC=TTGAGGATGGAGCCAAAGGAG;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=461;TCF=224;TCR=237;TR=459;WE=42917055;WS=42917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
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chr3	42947793	rs9832875	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ACCCCAACAGCCTCTGGTCCG;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=42947801;WS=42947783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr3	43021007	rs6773223	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.324;SC=GAAACCCGCCCCAGCCGAGTA;SOR=1.302;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=43021015;WS=43020997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
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chr3	43021383	rs6775999	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=0.409;SC=TACTAATCTGCACTCCTTGAC;SOR=0.516;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=26;WE=43021391;WS=43021373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr3	43073761	rs658958	G	A	5320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.935;SC=TCTCTCAGGCGTCTTGGCTCC;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=424;TCF=248;TCR=176;TR=227;WE=43073769;WS=43073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,240:0.54:441
chr3	43074430	rs2948619	A	G	7093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,183:0.54:339
chr3	43074434	rs2936817	C	T	7078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,182:0.54:340
chr3	43074871	rs588335	A	G	13625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=252;NR=255;PP=2965;SC=TCTGGTGGGCACCCGATGTGC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=510;TCF=253;TCR=257;TR=507;WE=43074879;WS=43074861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr3	43095101	rs536119	A	G	13713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=222;PP=2965;SC=GAGAAATGCCAGAACCCAGCC;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=493;TCF=271;TCR=222;TR=493;WE=43095109;WS=43095091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr3	43097710	rs664628	A	G	5681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CAGGGTGTCTACAGAACATGC;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=537;TCF=288;TCR=249;TR=261;WE=43097718;WS=43097700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,265:0.48:547
chr3	43121559	rs604033	C	T	18884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=351;NR=323;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GAATGAGGGACGGGATGTCCA;SOR=0.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=678;TCF=352;TCR=326;TR=674;WE=43121567;WS=43121549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,693:1.00:694
chr3	43122966	rs2936818	G	A	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CGGCCACTGGGAAGCACCACA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=111;WE=43122974;WS=43122956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
chr3	43414318	rs6441771	A	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=61;PP=2373;SC=CGTGGAAGAGAGACCAGCTTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=43414326;WS=43414308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	43591142	rs12638282	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=502;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GACAGCCCGAGACAGCACTGC;SOR=0.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=27;WE=43591150;WS=43591132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr3	43592906	rs9829081	T	C	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=22;PP=2379;ReadPosRankSum=-1.069;SC=AATTTACATATAATAAACTGC;SOR=1.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=265;TCF=208;TCR=57;TR=125;WE=43592914;WS=43592896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,130:0.48:273
chr3	43602803	rs3772165	C	T	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=1637;ReadPosRankSum=1.455;SC=CCTCTTCACCCGCACACCATG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=311;TCF=165;TCR=146;TR=139;WE=43602811;WS=43602793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,149:0.45:330
chr3	43607119	rs143897042	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr3	43607136	rs7616708	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr3	43642126	rs6441785	C	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.244;NF=18;NR=33;PP=711;ReadPosRankSum=0.820;SC=AGTTTCAAAACTAAAAACTTT;SOR=0.740;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=51;WE=43642134;WS=43642116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr3	43756577	rs10662733	C	CTG,CTGTG	2425.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.212;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:30,51,48:0.40,0.37:129
chr3	44283525	rs9850927	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=375;SC=GAGGGGCCCCAGCGGGCCGGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=44283533;WS=44283515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	44283672	rs9833423	T	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=58;PP=2727;SC=GGCCGGGGGGTGCCGGGAAAA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=44283680;WS=44283662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	44283808	rs7645375	C	A	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=99;PP=2965;SC=CGCAGGGGCCCGGTGAGCCCG;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=193;WE=44283816;WS=44283798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	44284584	rs9284879	G	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=40;PP=1463;SC=AAATATTAAGGTTGAATTCCA;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=44284592;WS=44284574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	44296403	rs4682960	T	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=13;PP=1370;SC=TTTAGAGAAGTGGATAGTTCT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=44296411;WS=44296393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	44310592	rs5004668	T	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=216;SC=GTGAACTGAATATGAATATTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=44310600;WS=44310582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	44329394	rs11294162	TG	T	1830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=1015;SC=ATTGTTTCCATGGGGGGGTAC;SOR=1.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=36;WE=44329402;WS=44329384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	44332176	rs1488637	T	C	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=31;PP=2123;SC=CTTCTTCCATTAGTGTCTTAG;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=44332184;WS=44332166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	44362408	rs9857957	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=104;SC=GAGTACATATGTTTAAGTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=44362416;WS=44362406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	44399668	rs4682970	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=3;PP=1248;SC=CTTGAGACCTTTATTATCATG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=62;WE=44399676;WS=44399658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	44408864	rs372993721	G	GT	293.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=265;SC=GTAATAGAATGTTTAAAAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=44408872;WS=44408854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	44437870	rs6441838	A	C	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.175;SC=TGTTAACATGAGTGTGTGCTC;SOR=0.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=71;WE=44437878;WS=44437860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr3	44540791	rs36046723	TTC	T	8196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=100;PP=2969;SC=CATAAGGTTTTTCTCTCCAGT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=25;TCR=111;TR=120;WE=44540800;WS=44540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	44599103	rs2293600	T	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=323;SC=AGAGGGAAAATAGTTTTGTGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=44599111;WS=44599093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	44612050	rs9873604	C	T	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=149;NR=120;PP=2965;SC=TCCCGACTCACTGACCACCAG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=149;TCR=120;TR=269;WE=44612058;WS=44612040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr3	44635461	rs13319803	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=17;PP=1292;SC=CCTTCCTCTGGTACAGAGAAT;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=44635469;WS=44635451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	44762830	rs56084453	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=77;PP=2863;SC=ACCCAACATCAGAGAACTCAT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=144;WE=44762838;WS=44762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	44763037	rs7640654	A	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=972;SC=AAATGCAATGAATGTGGGAAT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=44763045;WS=44763027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	44775962	rs4682752	A	G	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GAGAGTTAACATGCAGAAGAA;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=128;TCR=74;TR=201;WE=44775970;WS=44775952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr3	44803108	rs56236286	AAAGACAG	A	12275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.263;NF=37;NR=208;PP=2974;ReadPosRankSum=1.115;SC=AGCTCTGGGTAAAGACAGAAG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=43;TCR=231;TR=245;WE=44803122;WS=44803098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,448:1.00:450
chr3	44816952	rs10574346	CTT	C	917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.408;QD=29.60;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr3	44826315	rs56895721	G	GT	188.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.126;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	44827793	rs7642843	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=408;SC=ATAGGAAATTTACATCTTGTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=44827801;WS=44827783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	44840612	rs5848711	A	AT	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=1358;SC=GTCTTTGGAGATATAGAACTG;SOR=5.486;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=30;WE=44840620;WS=44840602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	44854563	rs3762636	A	G	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=36;PP=1962;SC=CTTTTTTCCCAAAGCTTTTCT;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=44854571;WS=44854553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	44869026	rs4682999	A	T	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=85;PP=2965;SC=AGCAGGTAAAATTCCTGTTAC;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=157;WE=44869034;WS=44869016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	44884647	rs3804583	C	A	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=94;PP=2965;SC=AAACCTACGCCTGGAAAGTCA;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=212;WE=44884655;WS=44884637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	44906746	rs10429	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=82;PP=2456;SC=GTGGGACTGTATCCTAGGGCG;SOR=2.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=108;WE=44906754;WS=44906736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	44938487	.	C	T	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=56.24;NF=0;NR=5;PP=111;QD=29.1542425094;SC=CGCAGGTTTTCTTTTCTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=44938500;WS=44938477;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	45030597	rs181824918	GG	CT	15699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=143;PP=2947;SC=TTGTTGATCTGGGGTGACTAT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=189;TCR=151;TR=327;WE=45030606;WS=45030587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	45127515	rs9874077	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=83;PP=2965;SC=ATTGATGTTGTCATTGTAGAT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=147;WE=45127523;WS=45127505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	45153708	rs35501071	G	A	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=81;PP=2965;SC=AGAAGGTTCCGATCCTGACCA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=186;WE=45153716;WS=45153698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	45187671	rs1863837	C	T	9644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.94;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr3	45435849	rs704923	A	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=380;SC=AGAACACTGGACTGTGCCAAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=45435857;WS=45435839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	45461102	rs11383389	G	GT	5754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=40;PP=2973;SC=TCAAAGTGTAGTTGTGTATGG;SOR=1.363;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=89;WE=45461110;WS=45461092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	45500174	rs745551	C	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	45500178	.	CA	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr3	45527099	rs7640603	C	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=38;PP=1868;SC=CTAGTGCTTACTTTTCTCACT;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=101;WE=45527107;WS=45527089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	45559519	rs2170549	T	C	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=89;PP=2784;SC=AGGAGAAAGCTGAGGCCAGGA;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=160;WE=45559527;WS=45559509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	45565554	rs267220	A	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=88;PP=2965;SC=CCCTGATGGTAATGGCTGCTC;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=159;WE=45565562;WS=45565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	45583298	rs111807780	G	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=16;PP=1354;SC=GTGACCCCACGCTTCTGTGCC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=45583306;WS=45583288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	45637253	rs267237	C	T	7049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.338;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.785;SC=AGCCCAGGACCCCTTCTGTGT;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=113;TCR=126;TR=238;WE=45637261;WS=45637243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr3	45637439	rs267236	T	C	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=114;PP=2965;SC=CGCCAGCTGGTCTGGACGGTT;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=105;TCR=114;TR=219;WE=45637447;WS=45637429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	45677635	rs11379880	C	CT	11053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	45677637	.	GCA	TGC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=59.89;NF=108;NR=98;PP=2937;QD=20;SC=CTCTTGTCCTGCAAGGAGCCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=115;TCR=109;TR=206;WE=45677647;WS=45677627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,206:0.92:224
chr3	45677638	rs5848762	CA	C	11053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	45677782	rs36136468	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.15;NF=19;NR=51;PP=1464;SC=TGGGGGATGCGTAAGGAACAT;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=45677790;WS=45677772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	45677815	rs10662872	G	GAGA	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=1284;SC=AGGGAGGAGAGAGATCATCTT;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=24;WE=45677823;WS=45677805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	45746836	rs1969626	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=408;SC=TTAAGTATTTATCATTAATTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=45746844;WS=45746826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	45748429	rs2742441	G	A	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	45748435	rs2673039	A	G	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	45754487	rs2742369	C	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=0;PP=185;SC=TACAGATTTGCGGGGGAGATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=45754495;WS=45754477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	45754749	rs2248991	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=821;SC=TTCAATGCATGCTATAAAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=45754757;WS=45754739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	45755729	.	GTTT	G	85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=26;MQ=66.83;NF=0;NR=3;PP=85;QD=36.0;SC=TTGCTATTTTGTTTGTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=45755739;WS=45755719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	45761115	rs2064062	G	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=65;PP=2326;SC=GTCAGCATGGGTCATATCTGT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=127;WE=45761123;WS=45761105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	45763635	rs2673062	A	G	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=153;PP=2965;SC=TTGGATTATAATTTTCTGTCA;SOR=1.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=90;TCR=153;TR=243;WE=45763643;WS=45763625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	45764246	rs2742448	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=321;SC=TTGTCGGTAGATTGTATTAGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=45764254;WS=45764236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	45764544	rs2742449	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=38;PP=890;SC=CATAAATCAATGTTCAACATC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=45764552;WS=45764534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	45772742	rs2531755	T	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=12;PP=1419;SC=TCTGATACCATTCTCTCCTTT;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=45772750;WS=45772732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	45772772	rs2673055	G	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=36;PP=2090;SC=TGGAAACTATGGTGTTTGAAA;SOR=1.449;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=108;WE=45772780;WS=45772762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	45773732	rs11709306	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=662;SC=AGACTTACAAGTACAGTTCAC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=45773740;WS=45773722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	45776875	rs111484566	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.753;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr3	45776900	rs1468543	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.464;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.49;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr3	45779136	rs1468542	A	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=16;PP=896;SC=GAGAAGATTTACAAAAATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=45779144;WS=45779126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	45784963	rs9821974	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=422;SC=GCTAAACAGCTGAAAACTGGG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	45784972	rs10575376	GGT	G	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=942;SC=CTGAAAACTGGGTCTGATATC;SOR=2.019;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	45799871	rs2251347	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=1.007;SC=CTGGACCCACCGTCAGAGACC;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=42;WE=45799879;WS=45799861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr3	45817328	rs13314717	C	T	10197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=148;PP=2965;SC=ACAGCGCCGGCTCCCACTGCA;SOR=1.130;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=215;TCR=148;TR=363;WE=45817336;WS=45817318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	45817418	rs758386	A	G	11233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=214;PP=2965;SC=ACGCCTTCTCACACTCCTCAT;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=192;TCR=214;TR=406;WE=45817426;WS=45817408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr3	45883575	rs141398338	A	C	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=111;PP=2965;SC=TGGACCACAGAAAATGGGGAA;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=90;TCR=112;TR=201;WE=45883583;WS=45883565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	45936505	rs6782398	G	C	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=85;PP=2489;SC=CCCTTTTTAGGGGGTGTGGGA;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=140;WE=45936513;WS=45936495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	45936559	rs6782429	G	T	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=52;PP=1473;SC=GGTTTCCCAGGGTAAGATCTC;SOR=2.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=70;WE=45936567;WS=45936549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	45963105	rs375472333	CA	C	248.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=334;SC=GTGCTGAGCACAAAGTCCTCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=45963113;WS=45963102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	45977899	rs1873002	T	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1418;SC=CTCCTCCCAATGCCACACCTG;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=45977907;WS=45977889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	46008647	rs36014492	G	T	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=AGCTCTCTGTGCCGGGCTTCT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=186;WE=46008655;WS=46008637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	46010077	rs4683158	C	T	9593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=163;PP=2965;SC=CATGCGCTCCCGTAGCTGCTT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=173;TCR=163;TR=336;WE=46010085;WS=46010067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	46063329	rs2230322	T	C	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=112;PP=2965;SC=CCAGGCAGTATAGGACAGTGG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=208;WE=46063337;WS=46063319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	46306130	rs3091250	G	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=83;SC=ATAATGAATGGCTCATCATTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=46306138;WS=46306120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	46449978	rs11266744	A	C	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=61;PP=2965;SC=TGCACAAGGGAAACTTTTTCT;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=46449986;WS=46449968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	46450070	rs3204849	T	A	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=126;PP=2965;SC=TTGCCTGAATTCGTGGTTTAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=180;TCR=126;TR=306;WE=46450078;WS=46450060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr3	46480801	rs9110	A	G	10030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=160;PP=2965;SC=TGGTGGAGCAACACCTGTTTC;SOR=0.860;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=201;TCR=161;TR=361;WE=46480809;WS=46480791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr3	46482861	rs34000233	G	A	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=93;PP=2965;SC=GTGTTGTGATGCCAAAGACTC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=136;TCR=93;TR=229;WE=46482869;WS=46482851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	46484898	rs7615975	T	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=12;PP=1177;SC=ATGAGGTAAGTCCCCATCCTG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=46484906;WS=46484888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	46484964	rs1042073	G	A	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=40;PP=2103;SC=AGTATCTCTCGTTGCTGTTGG;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=110;WE=46484972;WS=46484954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	46487003	rs2269435	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=65;PP=1857;SC=GGAGCTGTCTACAGCCCAGGC;SOR=3.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=78;WE=46487011;WS=46486993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	46487750	rs6776504	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=781;SC=GTGAAGGTCAATATAAACATT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=46487758;WS=46487740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	46489015	rs743659	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=44;PP=1228;SC=GAGATGGACTATTCAAACTGA;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=46489023;WS=46489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	46490250	rs1475967	A	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=46;PP=2114;SC=TGCCTCACCCAGGCCCCCGTG;SOR=1.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=121;WE=46490258;WS=46490240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	46491267	rs17141154	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=313;SC=AGGAGTGACCGCCACAAAGTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=46491275;WS=46491257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	46491290	rs2269443	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=539;SC=GCCACCTGCTGGGAAGTAGAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=46491298;WS=46491280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	46495726	rs5848797	CA	C	9503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=105;PP=2951;SC=CTAATTAGCTCAAAGGTCAGA;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=49;TCR=114;TR=149;WE=46495734;WS=46495716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	46500978	rs17078876	C	T	150.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=2;PP=110;SC=TAAGCTCCTTCCTTTCTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=46500986;WS=46500969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	46501213	rs1126478	T	C	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=69;PP=2519;SC=GCCACGCACTTTTCTCATATT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=133;WE=46501221;WS=46501203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	46501268	rs1126477	C	T	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.420;NF=33;NR=54;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGGGATACGGCGCACCACTGA;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=87;WE=46501276;WS=46501258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr3	46501284	rs10662431	C	CCTT	3395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=2280;SC=ACTGAACACTCCTCCTACGGC;SOR=1.700;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=47;WE=46501292;WS=46501274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	46501842	rs4234463	G	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=1;PP=676;SC=ATATACCTGAGTCGGTTGGTA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=46501850;WS=46501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	46509712	rs72900270	A	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=74;PP=2788;SC=GGCCATGCCAAAGCCTGTGTA;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=133;WE=46509720;WS=46509702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	46539864	rs11130092	C	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=136;SC=CATTAAAGATCGTTTTTTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=46539872;WS=46539854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	46560497	.	A	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=18;PP=1175;SC=CAGTCTTCTGATGGATATCAA;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=46560505;WS=46560487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	46654132	rs2139637	G	A	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=61;PP=2965;SC=GGTCAAGTGCGACACATTTGG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=152;WE=46654140;WS=46654122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	46658737	rs9832679	A	G	10041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=182;PP=2965;SC=GATCTCAAGCATTTCTGGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=190;TCR=183;TR=372;WE=46658745;WS=46658727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr3	46658872	rs9870935	G	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=74;PP=2223;SC=AAAATACATCGTATAATTTAG;SOR=1.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=46658880;WS=46658862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	46713351	rs79199647	C	A	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=103;PP=2965;SC=CTGCCCTGCACCCCCAGCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=213;WE=46713359;WS=46713341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	46717931	rs6808525	T	C	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=80;PP=2107;SC=GACTAAGCACTGGGGTCTGGA;SOR=2.415;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=105;WE=46717939;WS=46717921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	46718298	rs6806400	A	G	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=158;NR=117;PP=2965;SC=AGCCCTCCCCAGCCCACCCTA;SOR=0.945;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=282;TCF=165;TCR=117;TR=275;WE=46718306;WS=46718288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	46727909	rs34935085	C	A	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=CGTTCACCACCAGCTCCCGGG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=46727917;WS=46727899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	46728659	rs7633016	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=483;SC=AGAGGGCCACGCACCACCTTC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=46728667;WS=46728649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	46729289	rs78350137	A	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=63;PP=1840;SC=CTGAGGGCCCACACAGTGGCC;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=79;WE=46729297;WS=46729279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	46729757	rs7642448	C	G	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2143;SC=CGCAGGCACTCTCTGCCCCAG;SOR=1.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=46729765;WS=46729747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	46730749	rs4076927	A	G	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=108;PP=2965;SC=GTGGCTCAGCAAGTCCAACAA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=170;TCR=108;TR=278;WE=46730757;WS=46730739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr3	46742747	rs192733532	GC	AA	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=914;SC=GAAGGTGGGGGCAGGGAGGGG;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=36;WE=46742756;WS=46742737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	46751073	rs10578999	TAAG	T	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.505;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,34:0.14:241
chr3	46751229	rs56002857	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=680;SC=AAGCCGTGGCCGGGGTCCAGG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=46751237;WS=46751219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	46753970	rs35759696	C	T	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=164;PP=2965;SC=CTCCAGTTAGCTCCTGTGGGA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=122;TCR=164;TR=286;WE=46753978;WS=46753950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr3	46755708	rs144678242	C	T	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=59;PP=2965;SC=TTTGACTCACCGTCAGCCTTG;SOR=1.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=166;WE=46755716;WS=46755698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	46755937	rs12492868	C	T	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=74;PP=2388;SC=AGGCGGTCTGCGTCATCTGGT;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=120;WE=46755945;WS=46755927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	46759228	rs143449678	A	AAGC	2394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=1655;SC=TCAGCAACAGAAGCAGCAGCA;SOR=1.118;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=29;WE=46759236;WS=46759218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	46761603	rs57987061	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=305;SC=ACTGGACCACGCCAGCCTCTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=46761611;WS=46761593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	46775322	rs12489661	A	G	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1936;ReadPosRankSum=1.907;SC=GCGGGAGCTGAGTGCTATTTT;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=101;WE=46775330;WS=46775312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr3	46775383	rs12489663	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=35;PP=1120;SC=GAGGTCCTTGAATCTGCAGGA;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=46775391;WS=46775373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	46775410	rs12496832	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=848;SC=GTAGGAGGCAGGTCGCCAATG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=46775418;WS=46775400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	46775608	rs68175547	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1552;ReadPosRankSum=1.698;SC=TGAGGGAGCCACTGCAGATGT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=90;WE=46775616;WS=46775598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr3	46775766	rs56375912	A	G	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=104;PP=2965;SC=GCAAAGGGCAACCCTCACACC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=211;WE=46775774;WS=46775756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	46777881	rs6793535	C	G	7374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.43;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr3	46777885	rs6808303	T	C	7473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.71;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr3	46778008	rs6793661	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=39;PP=1291;SC=AGTAGGCATCCGCCCCAAGGT;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=46778016;WS=46777998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	46783664	rs112576071	C	CCCAAGG	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=710;SC=CTCCTGCTCACCCAAGGCCTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=14;WE=46783672;WS=46783654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	46783757	rs57661142	T	G	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=39;PP=2370;SC=CCTGACTCTTTTTGAAGATGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=123;WE=46783765;WS=46783747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	46783959	rs58830807	T	C	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=98;PP=2915;SC=TATTTGGTGATGCGGGTGTAC;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=168;WE=46783967;WS=46783949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	46784133	rs58263848	T	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=189;SC=CTGGGCCCTGTGGACCCATGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=46784141;WS=46784123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	46784318	rs60223148	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=7;PP=704;SC=GAGGGAGGCCGGGCCAACCCC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=46784337;WS=46784308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	46784329	rs59859985	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=754;SC=GGCCAACCCCGCCCCAGGGAA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=46784337;WS=46784308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	46784352	rs61298367	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=11;PP=930;SC=GCCTCCACCCAGGAGTGGTTC;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=49;WE=46784360;WS=46784342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	46784467	rs58943210	G	A	4812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=70;PP=2965;SC=GGGGACAACTGGGGGGAAGAA;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=161;WE=46784475;WS=46784457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	46784580	rs62246251	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=49;PP=1512;SC=AGCCTAGCAGGGTGAGCAGTG;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=46784588;WS=46784570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	46785355	rs4075012	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=10;PP=1815;SC=ATCCTGCTCATCTGAAAAGCG;SOR=3.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=65;TCR=10;TR=75;WE=46785363;WS=46785345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	46795236	.	T	TG	7135.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.22;QD=44.88;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	46795237	rs76850244	T	C	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=68;PP=2756;SC=GAGGAAGTCTTTGAATTCAAA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=133;WE=46795245;WS=46795226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	46795339	rs377626764	TG	CA	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=44.45;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	46850942	rs189668768	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.63;QD=29.10;SOR=2.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	46852457	rs75169503	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=458;SC=TCCCAGGCAGCATCTACTGCA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=46852465;WS=46852447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	46852679	rs7647507	A	G	6725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=100;PP=2965;SC=GAGGCACACAAGCTGGATGTG;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=216;WE=46852687;WS=46852669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	46933960	rs1001284	C	G	8109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=143;PP=2965;SC=TGCGCTGCCACTCGCGCGCGC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=140;TCR=143;TR=283;WE=46933968;WS=46933950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	46943028	rs1531137	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=47;PP=1420;SC=CTGCGTCCCCTGGAACCAGCC;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=46943036;WS=46943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	46944274	rs1138518	T	C	8333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GTTTCTGCAATGGCGAGGTAA;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=167;TCR=135;TR=301;WE=46944282;WS=46944264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr3	46963502	rs4587	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=27;PP=1898;SC=AAGACCATCCTCTGCAGGACA;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=46963510;WS=46963492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	46965197	rs2290546	C	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=69;PP=2101;SC=CTGTGGAAAACGCGCTGCCAC;SOR=1.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=101;WE=46965205;WS=46965187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	46967040	rs2290545	G	A	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=66;PP=2014;SC=AAGAATAGAGGGAACAAGCAG;SOR=1.819;Source=Platypus;TCF=31;TR=97;WE=46967048;WS=46967030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	46982365	rs6804732	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=22;PP=1179;SC=AGGACAGCCATGGGCAGAAAG;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=46982373;WS=46982355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	47018214	rs936181	T	C	9602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=0.906;SC=CAGCCGTAGTTGCCTCCATCT;SOR=0.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=175;TCR=185;TR=358;WE=47018222;WS=47018204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr3	47021509	rs113932344	CGCGCGCGCGG	C	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=2694;SC=GCCGCGTAGCCGCGCGCGCGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=47021526;WS=47021499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	47029661	rs12152493	G	A	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=67;PP=2097;SC=AATGGTACACGTGTGTCCTGG;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=114;WE=47029669;WS=47029651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	47033937	rs13066214	C	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=44;PP=2277;SC=TTGCCTCCTCCACCCTGTGCC;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=123;WE=47033945;WS=47033927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	47035625	rs936185	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=77;PP=2326;SC=GAGCAAAGCAGGCGAGCTGGG;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=19;TCR=77;TR=96;WE=47035633;WS=47035615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	47038135	rs11396344	C	CA	5696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=63;PP=2975;SC=GCTAGGGGTCCGGGGGGAGAA;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=86;WE=47038143;WS=47038125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	47043538	rs2305634	C	T	7540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.216;SC=ACACCTCTTCCTTGGAGTCAG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=132;TCR=132;TR=262;WE=47043546;WS=47043528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr3	47044122	rs11928558	A	T	9993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=158;NR=197;PP=2965;SC=CTGACCTATTACCCCCACCCC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=158;TCR=197;TR=355;WE=47044130;WS=47044112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr3	47045739	rs1079276	C	G	16325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=324;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.319;SC=GCCAGACTCCCAGACCCCAGC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=256;TCR=326;TR=579;WE=47045747;WS=47045729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,597:1.00:600
chr3	47046842	rs2305638	G	C	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=75;PP=1954;SC=GGCAGACTAGGGGGCAGATAA;SOR=2.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=100;WE=47046850;WS=47046832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	47047176	rs5848810	A	AG	6237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.153;NF=38;NR=99;PP=2969;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGGAGTGGCCAGGGGGCAGTC;SOR=0.539;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=164;TCF=43;TCR=121;TR=137;WE=47047184;WS=47047166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,227:0.99:230
chr3	47047358	rs13081418	A	C	6876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=108;PP=2965;SC=AACCACAGGCAAACGGCAGGC;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=227;WE=47047366;WS=47047348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	47050908	rs3214838	AG	A	4798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=116;PP=2975;SC=TGGGCAGCCCAGGGGGGTGAG;SOR=2.910;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=9;TCR=126;TR=125;WE=47050916;WS=47050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	47059029	.	GA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.264;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,16:0.17:96
chr3	47059323	rs2385867	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=589;SC=GTGAGTAAAGCCAGCCAATCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=47059331;WS=47059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	47079112	rs6768722	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=14;PP=1007;SC=GGTCTTGGACGGACTCCCAAA;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=47079120;WS=47079102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	47087837	rs13063578	T	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	47103861	rs10589946	GTT	G	1066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.37;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr3	47125385	rs4082155	G	A	8417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=156;NR=129;PP=2965;SC=GCTCTCTTTGGGCTCTATTTC;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=156;TCR=129;TR=285;WE=47125393;WS=47125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr3	47142907	rs60548476	TCC	T	5868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=40;PP=2966;SC=ACAGCCTATTTCCCCATCAGA;SOR=1.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=86;WE=47142916;WS=47142897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	47143087	.	AGT	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.839;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr3	47161214	rs11923706	T	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=10;PP=726;SC=CAGTCTCGGGTATGTCTTTAT;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=47161222;WS=47161204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	47162661	rs6767907	A	G	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=121;PP=2965;SC=CAGGCAGGCGATTATCTATTT;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=88;TCR=121;TR=209;WE=47162669;WS=47162651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	47187075	rs6442059	C	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=22;PP=869;SC=CCCCTCACATCAGGTCATGTG;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=47187083;WS=47187065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	47198826	rs11708451	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=278;SC=TTGAGCCCAGGAGTTCAGTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=47198834;WS=47198816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	47205502	.	CGCGGCGGCG	C	1776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=27;PP=2995;SC=CAGGTCCGACCGCGGCGGCGG;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=27;WE=47205518;WS=47205492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	47276968	rs2276854	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=38;PP=1810;SC=TCACTGAGGCCCCCATCCTCC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=47276976;WS=47276958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	47277458	rs1874264	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=515;SC=GAGAACAGACATCAAGGGGCA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=47277466;WS=47277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	47277885	rs13094438	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=231;SC=GCCTCTCCCTGAGTCTCCTTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=47277893;WS=47277875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	47282303	rs2276853	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=9;PP=1421;SC=TGCTTCTCCCGTAGTGACTTC;SOR=3.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=47282311;WS=47282293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	47286227	rs6772449	G	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=256;SC=ATCCTCCCATGCACCCACCGA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=47286235;WS=47286217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	47287603	rs35871850	A	AT	2920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=12;PP=1753;SC=CAAGAAGAGGAGCTCTTGGAG;SOR=1.547;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=38;WE=47287611;WS=47287593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	47316725	rs903538	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=980;SC=AAATGATAGTGAGTGAGCTTT;SOR=4.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=47316733;WS=47316715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	47318747	rs924009	T	G	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=117;PP=2965;SC=GCCCAGTCAGTTGAAGGCAAA;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=142;TCR=117;TR=258;WE=47318755;WS=47318737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr3	47322496	rs807936	C	T	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=79;PP=2965;SC=GGTTTCAGTTCCCAAAATTAA;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=184;WE=47322504;WS=47322486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	47376095	rs295450	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=34;PP=2267;SC=TTGGCAGTGGAGAGCCAGGCT;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=111;WE=47376103;WS=47376085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	47449058	rs900688	T	C	10777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=222;PP=2965;SC=CATTGGACACTCTTCAGCCTG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=166;TCR=223;TR=388;WE=47449066;WS=47449048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr3	47452087	rs900689	G	A	12307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr3	47452786	rs1531875	G	A	7580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=131;PP=2965;SC=ACCCCTATGAGCATCCTGAGA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=270;TCF=138;TCR=132;TR=269;WE=47452794;WS=47452776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	47454399	rs6789730	G	A	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.75;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,242:0.99:245
chr3	47456225	rs6442066	T	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=43;PP=1892;SC=CTGTTCTTCATCAGGACTCTT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=85;WE=47456233;WS=47456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	47459564	rs148152356	CG	C	277.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=291;SC=TACGTGGCGGCGGGGGGTGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=47459572;WS=47459554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	47462200	rs900690	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=21;PP=651;SC=GCGTTGGCTGTCCCACTGGCT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=47462208;WS=47462190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	47462587	rs900691	A	G	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=118;PP=2965;SC=GAGGAGCAGTACCCGGACTGC;SOR=1.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=56;TCR=118;TR=174;WE=47462595;WS=47462577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	47464122	rs1038394	A	G	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=109;PP=2965;SC=GAGGCATGGCAAGGCCCCCCA;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=180;WE=47464130;WS=47464112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	47539751	rs2170814	T	C	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2724;SC=GCAAGAAGCCTGTTGCCCAGG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=47539759;WS=47539741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	47539969	rs13059519	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2237;SC=GGAAAGGACACCCAGAGTCAG;SOR=1.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=110;WE=47539977;WS=47539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	47543389	rs3816779	G	A	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=149;PP=2965;SC=CTCTACAGATGTTTATCAAGG;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=80;TCR=149;TR=229;WE=47543397;WS=47543379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	47555142	rs2291298	C	A	12916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=190;NR=269;PP=2965;SC=ACGACGGAGGCTGGAGAGCAA;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=462;TCF=192;TCR=270;TR=459;WE=47555150;WS=47555132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr3	47603926	rs11456803	A	AT	322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=334;SC=TATTTTAAGTATTTTTTTGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=47603934;WS=47603916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	47604299	rs4858839	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=316;SC=CATACAGCAACCAAATAATAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=47604307;WS=47604289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	47614413	rs2280567	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=828;SC=GGCAGCCACGGCCACAGTAAG;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=47614421;WS=47614403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	47618953	rs3732530	C	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=133;PP=2965;SC=CAGCTCTGGCCCTTGAGGGTC;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=100;TCR=134;TR=233;WE=47618961;WS=47618943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	47645933	rs62262079	A	T	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=117;PP=2965;SC=CTCCCAATGTAAGCTGTGGCC;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=36;TCR=118;TR=152;WE=47645941;WS=47645922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	47676902	rs3216712	C	CA	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=439;SC=TCCTTACCTCCACCACTATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=47676910;WS=47676892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	47680066	rs12633923	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=4;PP=1286;SC=ATATTATATCCTGTGAGAACT;SOR=4.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=47680074;WS=47680056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	47680119	rs12636863	T	C	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=50;PP=2808;SC=TAGAATTATTTAGAGTCCCCT;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=141;WE=47680127;WS=47680109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	47762030	rs12495204	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=779;SC=AAAAGACTCCATAAGTGAGAA;SOR=4.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=47762038;WS=47762020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	47770380	rs6442081	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=309;SC=CAGCCTGGGCGACAGACTCCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=47770388;WS=47770370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	47807225	.	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	48019232	rs6770467	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=881;SC=CTCCAACAAGAACACTACCAC;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=48019240;WS=48019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	48019258	rs6770477	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1223;SC=GAAATAATTCATATGCTTCCA;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=48019266;WS=48019248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	48206102	rs3731555	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=662;SC=TATCTCAATGGAGCTTTGTGG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=48206110;WS=48206092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	48209486	rs3731539	C	T	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=74;PP=2337;SC=ATGGAACTTCCGAAAACATTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=48209494;WS=48209476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	48219320	rs3731514	AAC	A	12943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.188;NF=42;NR=159;PP=2993;ReadPosRankSum=-0.018;SC=AACAAATAGGAACACACACAC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=49;TCR=181;TR=201;WE=48219333;WS=48219310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,367:0.99:369
chr3	48219537	rs3731513	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=793;SC=CATTTCCTTGAATGGGTCACT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=48219545;WS=48219527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	48282494	rs9830016	T	C	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=23;PP=2965;SC=AAGCCGCATTTCGCCCCGAGA;SOR=2.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=98;TCR=23;TR=121;WE=48282502;WS=48282484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	48282651	rs35806621	TGCGC	T	13215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=138;PP=2980;SC=CGTGCGTGCGTGCGCGCGCAG;SOR=0.966;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=45;TCR=154;TR=180;WE=48282662;WS=48282641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	48282695	rs9847953	A	G	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=111;PP=2965;SC=ACTGGGCTGGACTGCGGAAGG;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=210;WE=48282703;WS=48282685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	48299439	rs6787500	T	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=42;PP=1223;SC=TCAAGTATTGTGGTGATCAAA;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=48299447;WS=48299429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	48309828	rs11718329	C	G	9299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=138;PP=2965;SC=GGAGCAGTCACGTTTGGGGAG;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=183;TCR=138;TR=320;WE=48309836;WS=48309818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr3	48327729	rs9853804	T	C	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=38;PP=2769;SC=AATTTCTTTTTTCACAGTTCT;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=127;WE=48327737;WS=48327719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	48327751	rs9834095	G	A	8568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=80;PP=2965;SC=GAACTGGGAAGTCCAAGATCA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=139;TCR=80;TR=219;WE=48327759;WS=48327741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	48338173	rs4479622	C	T	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=17;PP=1844;SC=CTTATGGCCTCTTGGGATTGA;SOR=2.409;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=84;WE=48338181;WS=48338163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	48340045	rs13085251	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=553;SC=AGGAACCCTTCAGGACGGCAC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=48340053;WS=48340035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	48342669	rs34523942	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=11;PP=814;SC=CCCCTACCCCCGTGGCCACGC;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=48342677;WS=48342659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	48342882	rs35297395	C	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=48;PP=1537;SC=AGGCGCCACGCTGGATAGCCT;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=48342890;WS=48342872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	48348564	rs79089926	A	C	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=87;PP=2920;SC=ACACTGGTAAACACAACCATA;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=155;WE=48348572;WS=48348554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	48351560	rs6793150	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=112;SC=ATGAATTCTTGGCAAATATTT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=48351568;WS=48351550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	48360992	rs11718350	T	G	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=47;PP=2965;SC=CTTACAGAATTTTGGAGCACA;SOR=1.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=146;WE=48361000;WS=48360982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	48362369	rs7645425	A	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=608;SC=TGTGCTACACATACTTGGTGA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=48362377;WS=48362359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	48414197	rs9852211	A	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=28;PP=1714;SC=GGCAAAGCCTATAAATTCAGA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=48414205;WS=48414187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	48414215	rs9815103	G	A	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=42;PP=2143;SC=AGAGCAGCCCGGAGAGGAGAA;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=112;WE=48414223;WS=48414205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	48415352	rs145271872	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1098;SC=CATGTGATATCTCCCTGCTTC;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=48415360;WS=48415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	48419723	rs7630741	G	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=468;SC=TTTGGAAGAGGCTTCCAAATA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=48419731;WS=48419713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	48422235	rs6784322	T	A	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=34;PP=2673;SC=GAAGGCAGTGTTCCTCTGTCT;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=125;WE=48422243;WS=48422225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	48450706	rs3217706	TC	T	1470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=5;PP=1027;SC=CCCTCACCCATCCCCCCCGTG;SOR=3.702;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=37;WE=48450714;WS=48450696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	48451300	rs3214871	AG	A	5668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=66;PP=2951;SC=CTACCTTGGCAGGCCCCACCC;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=114;WE=48451308;WS=48451290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	48454468	rs3214041	C	T	9327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=149;NR=170;PP=2965;SC=GCCCATTCTCCCAGCCACACC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=149;TCR=170;TR=319;WE=48454476;WS=48454458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr3	48455626	rs6794875	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=858;SC=CCAGTCACACAGTGTCCTCCA;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=33;WE=48455634;WS=48455616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	48461313	rs2362450	C	G	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=65;NR=30;PP=2152;SC=CTACCTCTGACGGTGACAGCG;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=95;WE=48461321;WS=48461303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	48462461	rs11130171	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1117;SC=AAGAGGACCCAGGATGAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=48462469;WS=48462451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	48463618	rs9883759	T	A	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=115;PP=2965;SC=TCAGAAGCTGTGACAGCAAAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=245;WE=48463626;WS=48463608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	48463711	rs9883927	T	C	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=113;PP=2965;SC=CTCCCAGCAGTCATGCCCTGG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=109;TCR=113;TR=222;WE=48463719;WS=48463701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	48474249	rs2279077	A	G	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=91;PP=2965;SC=AGGCCCCTCAAGTCCACCATG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=175;WE=48474257;WS=48474239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	48476431	rs13062723	C	G	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=106;PP=2965;SC=CTGGGCTGCACAGAGTCCTGG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=204;WE=48476439;WS=48476421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	48481647	rs3774808	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=17;PP=1024;SC=GTCTACGACAGAGGGTGGGGC;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=48481655;WS=48481637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	48505302	rs6442124	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=1048;SC=TGGGGCGGGCATCTAGACTGC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=48505310;WS=48505292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	48505964	rs2242150	C	A	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=67;PP=2664;SC=GATGGAACCACTCTGTTCTTG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=142;WE=48505972;WS=48505954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	48508585	rs11797	C	T	11298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.625;SC=GGAAGAGCTACAGCCTAGGCA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=210;TCR=177;TR=385;WE=48508593;WS=48508575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,406:1.00:408
chr3	48576483	rs7615170	C	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=1084;SC=GGTTACGAGGCGGAGGTGGGG;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=44;WE=48576491;WS=48576473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	48602523	rs138595277	G	GGGC	12447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=91;PP=2924;SC=AGACCCCGCTGGCAGCCCCCC;SOR=0.890;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=141;WE=48602531;WS=48602512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	48606065	rs2532848	G	T	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=43;PP=1594;SC=AGCGGCCAGGGCCCAGGCCAC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=48606073;WS=48606055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	48608375	rs34360255	G	T	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=69;PP=2965;SC=CAGGAGCACCGGGCAGGCCAG;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=120;TCR=69;TR=189;WE=48608383;WS=48608365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	48612471	rs76140443	G	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=24;PP=1347;SC=CTAGTCACAGGACTAAGGCAG;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=61;WE=48612479;WS=48612461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	48625266	rs1264194	T	C	8300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=150;PP=2965;SC=CTTCTCCAGCTGGCCCTAGGA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=151;TCR=150;TR=301;WE=48625274;WS=48625256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	48667790	rs191891169	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=557;SC=TTGTGTCCCCACCCCTCGCCT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=48667798;WS=48667788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	48677895	rs1264195	A	T	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=1897;SC=CAGCTGGCACAGCACGGTGGC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=48677903;WS=48677885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	48681765	rs147930066	CAG	C	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=0.448;SC=CCGGGCAGGGCAGAGAGAGAG;SOR=0.713;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=17;WE=48681776;WS=48681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr3	48700090	.	C	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=692;SC=TGCACGGCCTCCACCGCCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=48700098;WS=48700080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	48719638	rs7633840	T	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=74;PP=2394;SC=ATCTAGAGCGTCAGCGAGGCT;SOR=1.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=110;WE=48719646;WS=48719628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	48723302	rs6792510	G	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1001;SC=ACGCCAGGCCGGGAGCGCCGA;SOR=2.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=57;WE=48723310;WS=48723292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	48727112	rs4858798	G	A	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=89;NR=108;PP=2965;SC=AAGGCACCTCGTAGCGGGAAG;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=89;TCR=108;TR=197;WE=48727120;WS=48727102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	48845251	rs9311430	C	T	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=83;PP=2423;SC=CATAGTCTTCCACACTCAATC;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=48845259;WS=48845241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	48897078	rs6414612	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=77;PP=2457;SC=TGGCAAGAAAAAGGTGAATTA;SOR=1.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=115;WE=48897086;WS=48897068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	48982732	rs9864243	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=215;SC=GAGAGCTTCAGCCAGCTAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=48982740;WS=48982722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	48986399	rs13315711	A	T	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=120;PP=2965;SC=GTTGAGGGACATTGGGTTGTT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=155;TCR=120;TR=274;WE=48986407;WS=48986389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	48986546	rs371516194	CATTTATTT	C	1079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=2986;SC=GTATGTTTAACATTTATTTAT;SOR=3.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=19;WE=48986561;WS=48986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	49004723	rs6446196	A	G	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=62;PP=2161;SC=GTCTGCCACAAAACTTATAAA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=49004731;WS=49004713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	49040189	rs147426449	T	C	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=96;PP=2965;SC=GCCTTGCTTTTTACCCCTGGG;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=172;WE=49040197;WS=49040179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	49068050	rs146971607	G	A	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=60;PP=2263;SC=GGTAAAAGGTGTCATTCCGGC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=49068058;WS=49068040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	49463926	rs6762593	A	G	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.90;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	49548008	rs2131107	C	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=14;PP=1689;SC=CTGCCCCTCTCGGGGAGGACC;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=71;WE=49548016;WS=49547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	49548294	rs2329024	T	C	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=90;PP=2965;SC=GAGTTCTCATTTTCCATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=138;WE=49548302;WS=49548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	49568095	rs2311801	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=341;SC=TCTCTAGGGGGGAGGAATCAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=49568103;WS=49568085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	49713753	rs6778597	T	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=33;PP=2426;ReadPosRankSum=1.166;SC=GCACTAGCTTTTAGGAAGCAG;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=100;WE=49713761;WS=49713743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr3	49723735	rs184629099	C	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.522;HP=11;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.090;NF=5;NR=15;PP=233;ReadPosRankSum=3.036;SC=CGCCCCCCCCCCCCACCTCAC;SOR=2.082;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=20;WE=49723743;WS=49723725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr3	49723823	rs7431215	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.480;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.956;NF=22;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=0.614;SC=GTACGCCCGCAGTGGTGGTAT;SOR=1.868;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=32;WE=49723831;WS=49723813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr3	49724048	rs10711993	TC	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.443;NF=1;NR=8;PP=246;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CCCTCTTACCTCCCCGGCCAA;SOR=0.374;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=49724056;WS=49724038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	49725948	rs141881740	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.697;NF=18;NR=1;PP=332;ReadPosRankSum=2.136;SC=TCTGGCTCCCCGACTTTTTTC;SOR=1.371;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=19;WE=49725956;WS=49725938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
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chr3	49726070	rs62262686	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=7.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQRankSum=-3.725;QD=6.20;ReadPosRankSum=-3.755;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr3	49760039	rs1466685	T	C	8734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=135;PP=2965;SC=CTGGATGCGCTGCAGCACTGC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=173;TCR=136;TR=308;WE=49760047;WS=49760029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr3	49832261	rs6802890	A	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=64;PP=2134;SC=ACTGCAACACAGGTTGGCTCG;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=49832269;WS=49832251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	49834571	rs6809879	A	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=966;SC=GCACCTGCCTACACCCAATTT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=49834579;WS=49834561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	49842625	rs2234391	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=7;PP=1009;SC=TCTATCGTCCATCCTCTCTGC;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=49842633;WS=49842615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	49842881	rs11400401	T	TG	4524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=79;PP=2970;SC=CTGGTAGGGGTGGGTTTAGGG;SOR=1.575;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=6;TCR=89;TR=84;WE=49842889;WS=49842871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	49843723	rs3819325	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.21;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	49847642	rs1799844	G	A	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=139;PP=2965;SC=TGGGTCAGAAGTGGGACTGGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=302;WE=49847650;WS=49847632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr3	49848414	rs28535523	C	T	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=95;PP=2965;SC=CCCAGGCTCTCACCAGGGCAC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=114;TCR=95;TR=209;WE=49848422;WS=49848404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	49866584	rs35129566	T	G	9688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=165;PP=2965;SC=GAGAAGGCACTGTCTTCACCC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=195;TCR=165;TR=359;WE=49866592;WS=49866574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr3	49878264	rs1996663	C	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=268;SC=AGGCCAATGCCCAGTAAGGAC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=49878272;WS=49878254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	49878395	rs1996664	A	G	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=55;PP=2666;SC=TTCTCCTTCAACCTCTGTTCA;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=141;WE=49878403;WS=49878385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	49881134	rs2246832	A	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=45;PP=2843;SC=AACCAAGGTGATGACTGGAGC;SOR=1.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=111;TCR=47;TR=156;WE=49881142;WS=49881124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	49884852	rs146175744	AAAGAG	A	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.26;QD=41.54;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	49897830	rs2681780	C	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=10;PP=1174;SC=GCACCCCTTCCAGGCCTCAAA;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=49897838;WS=49897820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	49898000	rs2777888	A	G	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=143;PP=2965;SC=CAAAACCAAGAAGGGGATAGT;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=127;TCR=143;TR=270;WE=49898008;WS=49897990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	49898273	rs2681781	A	G	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=91;PP=2965;SC=AGAAAGGTGGATTGCCTGAAA;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=123;TCR=91;TR=213;WE=49898281;WS=49898263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	49898318	rs62260755	C	G	8517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=129;PP=2965;SC=AGAAAGGCCACAGACACATGC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=173;TCR=129;TR=302;WE=49898326;WS=49898308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	49899795	rs3796386	G	A	8249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=134;NR=162;PP=2965;SC=TCTTCTTGTCGCCCAGAGTCA;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=135;TCR=163;TR=296;WE=49899803;WS=49899785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	49924940	rs1062633	T	C	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=131;PP=2965;SC=ACTAGTACTCTGAAGGTGGGT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=117;TCR=131;TR=248;WE=49924948;WS=49924930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	49928691	rs7433231	T	C	7664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=130;PP=2965;SC=TACTCCATGCTGCGGGCTACC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=142;TCR=130;TR=272;WE=49928699;WS=49928681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	49936102	rs2230590	T	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=98;PP=2878;SC=GCCAGGGCCTTGGATAGGTAC;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=170;WE=49936110;WS=49936092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	49940078	rs2230593	C	T	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=129;PP=2965;SC=GTGGGCCACCCGCAGCACAGG;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=120;TCR=129;TR=248;WE=49940086;WS=49940068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	49949071	rs868891	A	G	8132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=1.309;SC=GGGAGTACACAGGCTTCCCTG;SOR=0.297;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=150;TCR=138;TR=287;WE=49949079;WS=49949061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr3	49978069	rs6772095	C	T	9518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=207;PP=2965;SC=TAGCACGTAGCCTCGTCCTCA;SOR=1.296;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=336;TCF=129;TCR=207;TR=336;WE=49978077;WS=49978059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr3	50129374	rs5848907	T	TA	1899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1768;SC=ACTATTTGGATTATCTTATAA;SOR=3.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=50129382;WS=50129364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	50155887	rs112672304	TGA	T	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.462;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,21:0.18:115
chr3	50192760	rs2526390	C	T	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=3;PP=40;SC=CGGCCCCGAGCGCCCCTGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=50192768;WS=50192750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	50212512	rs2624833	G	T	14190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.96;NF=294;NR=243;PP=2965;SC=TCTAACCCCTGTTCCTCGTCT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=295;TCR=244;TR=537;WE=50212520;WS=50212502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr3	50225607	rs148259784	G	GAT	63.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	50251833	rs5848902	A	AG	9430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=98;PP=2936;SC=CTGTGCCTACAGGTCGAGGAC;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=166;WE=50251841;WS=50251823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	50255663	rs35926495	C	T	14507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr3	50255666	rs56048629	C	T	14590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr3	50296330	rs71688940	GA	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.871;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr3	50306752	rs67324803	G	GC	2055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=44;PP=1729;SC=GCCGCCCCCAGCCCCCACGCC;SOR=2.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=45;WE=50306760;WS=50306742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	50308040	rs55689339	C	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=497;SC=GCAGGGAGGTCGAGGTGGCTG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=50308048;WS=50308030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	50308718	rs4688739	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=19;PP=1588;SC=AACCTCACTCACTCCCAGAGC;SOR=2.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=50308726;WS=50308708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	50329826	rs1076872	A	G	10558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=242;NR=137;PP=2965;SC=GCCACACGCCACGCGCGCCAC;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=244;TCR=138;TR=379;WE=50329834;WS=50329816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr3	50332697	rs13100173	G	A	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGGCTGTGGTGGATCTGGTAG;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=155;WE=50332705;WS=50332687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr3	50357869	rs709210	A	C	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=76;PP=2381;SC=ATGGCCCATGACACCGCCAGC;SOR=1.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=50357877;WS=50357859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	50596927	.	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=22;PP=2699;SC=CTTAGAGTCTAAAGTCAGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=89;TCR=23;TR=111;WE=50596935;WS=50596917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	50597092	rs1034405	G	A	10251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=185;PP=2965;SC=GGCCACTCACGCATGGATGGC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=176;TCR=185;TR=361;WE=50597100;WS=50597082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	50598396	rs41291736	G	A	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=90;PP=2965;SC=CAGAGGCGGCGTCCCGCCCAT;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=211;WE=50598404;WS=50598386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	50609123	rs636168	T	C	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=84;PP=2965;SC=CAGCCACTTATATTCTCTGTG;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=156;TCR=84;TR=240;WE=50609131;WS=50609113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	50609624	rs2232248	T	G	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=136;PP=2965;SC=TGTTTATTCCTCGGCCAGAAA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=122;TCR=137;TR=257;WE=50609632;WS=50609614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	50645635	rs621975	T	G	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=132;PP=2965;SC=ACCAATCCAGTGCAAGTCAAG;SOR=1.135;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=91;TCR=132;TR=223;WE=50645643;WS=50645625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	50645793	rs622502	C	G	7348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=114;PP=2965;SC=TGCCTCCCCCCTCAGACTCAC;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=156;TCR=115;TR=270;WE=50645801;WS=50645783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr3	50678001	rs608961	C	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=36;PP=1002;SC=CTCCCTGCCACGCTTCTAGGG;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=50678009;WS=50677991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	50683809	rs876105	T	C	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=52;PP=1724;SC=TCCCCCTCTTTCCAGCTATGG;SOR=1.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=50683817;WS=50683799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	50684489	rs4468971	A	G	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=62;PP=2647;SC=AGGATGGAGTAGGGGGAACCA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=144;WE=50684497;WS=50684479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	51246360	rs4301044	A	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=55;PP=1585;SC=CAGCACTTAGATTGGTTGGTG;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=51246368;WS=51246350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	51266880	.	T	TA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.666;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr3	51273711	rs1480362	A	G	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=27;PP=1985;SC=AAATTCATTGATTTATGGAAG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=93;WE=51273719;WS=51273701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	51273773	rs1480361	T	C	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=104;PP=2965;SC=TATGTTGTTTTAGTTTCTGCA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=123;TCR=104;TR=227;WE=51273781;WS=51273763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	51274902	rs11386090	T	TA	6066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=50;PP=2936;SC=CCTGATGGCTTACTCTCCATA;SOR=1.377;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=96;WE=51274910;WS=51274892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	51393706	rs35251332	C	CAG	5808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=75;PP=2930;SC=TCTAGGAAAACGGGCAGTACA;SOR=1.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=102;WE=51393714;WS=51393696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	51395571	rs1542574	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=447;SC=TCCAGACCTACGCCACAAACC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=51395579;WS=51395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	51418348	rs2241784	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=10;PP=1162;SC=GGAGCTTGCTGCTGAAGAAAC;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=51418356;WS=51418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	51422766	rs13091931	G	T	899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	51460031	rs55798953	G	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=567;SC=TCAAGCTGTCGCATCAAGAGA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=51460039;WS=51460021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	51469107	rs4611808	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	51469248	rs35971989	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	51517625	.	T	TTG	132	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=132;QD=45.0;SC=TTAAACTAGTTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=51517633;WS=51517615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	51679658	.	TG	T	1380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=6.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.192;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,61:0.23:266
chr3	51697493	rs904145	A	G	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=102;PP=2965;SC=CACCAAGCTGAAAGGCAGTGA;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=171;WE=51697501;WS=51697483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	51743096	rs200623206	G	A	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=73;PP=2965;SC=GGGAGACTTGGTGCTGGGTGG;SOR=1.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=130;TCR=73;TR=203;WE=51743104;WS=51743086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	51895850	rs986539	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=28;PP=1316;SC=CATTTATGTACTTCCCATTTA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=51895858;WS=51895840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	51907736	rs7635409	A	G	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=46;PP=2763;SC=GGACACAGATATAGCAGACCT;SOR=1.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=139;WE=51907744;WS=51907726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	51908226	rs1505403	T	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=40;PP=1581;SC=CAGGGTATGCTAGGAAGGGGC;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=51908234;WS=51908216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	51908430	rs6794320	T	C	9340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=166;PP=2965;SC=GCTACCTCATTCCATTTTCCA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=173;TCR=166;TR=338;WE=51908438;WS=51908420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr3	51911103	rs201734789	TTTTTC	T	343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	51929360	rs34574240	GA	G	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=47;PP=1295;SC=GGGCTTTCAAGAAAAAAAGAG;SOR=5.097;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=47;WE=51929368;WS=51929350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	51936949	rs7635125	T	C	10386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=153;PP=2965;SC=AGACACTAGCTACTAGCACTA;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=209;TCR=153;TR=362;WE=51936957;WS=51936939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr3	51978220	rs28547534	A	G	10410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=210;PP=2965;SC=TGCTGGAACCACTGGGGCCGT;SOR=0.984;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=168;TCR=210;TR=378;WE=51978228;WS=51978210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr3	51990119	rs28587738	A	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=17;PP=639;SC=CCTGCTCGGCACGCCGCCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=51990127;WS=51990109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	51990315	rs28651222	A	G	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=87;PP=2965;SC=TCCCGACTCCACTCGGACTCT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=189;WE=51990323;WS=51990305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	52018149	rs34017492	C	G	11354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TGCGTATCCGCACTGTCCAGC;SOR=0.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=415;TCF=227;TCR=188;TR=414;WE=52018157;WS=52018139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr3	52232979	rs3216487	A	ATTTAC	10947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.33;NF=20;NR=109;PP=2912;SC=TACTGTCAGTATTCATTTGGT;SOR=1.279;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=21;TCR=128;TR=129;WE=52232987;WS=52232969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	52236762	rs352169	G	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1677;ReadPosRankSum=0.415;SC=TAAGAGATGAGTTGTGAACCA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=91;WE=52236770;WS=52236752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr3	52237970	rs352168	C	T	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=97;PP=2965;SC=TCCAGGACATCATGCAAAAGC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=170;WE=52237978;WS=52237960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	52238656	rs352167	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=0;PP=1085;SC=TTCACCAAAATGCAGCTGTGT;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=40;WE=52238664;WS=52238647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	52238677	rs352166	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=0;PP=1429;SC=TTCACAACCACCATTCTGTAC;SOR=8.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=56;TCR=0;TR=55;WE=52238685;WS=52238667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	52255618	rs376675219	C	T	19973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=364;NR=353;PP=2965;SC=CAGGCACAGGCGGAGTGCCCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=719;TCF=365;TCR=354;TR=717;WE=52255626;WS=52255608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr3	52256697	rs352140	C	T	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=107;PP=2965;SC=CCTCCAGTCGCGGTAGCTCCG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=219;WE=52256705;WS=52256687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	52258372	rs352139	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=273;SC=CCCCCAGCTCTACCTCCACCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=52258380;WS=52258362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	52272945	rs11441245	C	CG	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=393;ReadPosRankSum=0.859;SC=GGCCGAGAGCCGGGGGGGGGC;SOR=0.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=29;WE=52272953;WS=52272935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,45:0.92:49
chr3	52325759	rs2276834	A	G	8257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.119;SC=CATTGTCTTGAGAGGTGGGGG;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=164;TCR=127;TR=288;WE=52325767;WS=52325749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr3	52407041	rs1546737	C	T	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=129;PP=2965;SC=GGATGGACCACGGCGGCTGGT;SOR=2.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=46;TCR=130;TR=175;WE=52407049;WS=52407031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	52415865	rs770284	A	G	844.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=885;ReadPosRankSum=-1.441;SC=GAGCGCCTCCAGGGCGTGCTG;SOR=2.985;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=30;WE=52415873;WS=52415854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr3	52430698	rs365048	A	G	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=162;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCATAAGTTTGGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=177;TCR=162;TR=339;WE=52430706;WS=52430688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr3	52453893	rs498778	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=21;PP=1099;SC=CCAACAGAGGCTTCCATGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=52453901;WS=52453883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	52456973	rs2272088	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;SC=GAAAGGAGGAAGACATCCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=52456981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	52471942	rs82825	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1234;SC=GGCCACAGGGGTGAGTTCCAG;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=52471950;WS=52471932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	52477080	rs2016575	T	C	7227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=144;PP=2965;SC=TTTCGGACCATGGCTCCTGGG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=123;TCR=145;TR=267;WE=52477088;WS=52477063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	52488202	rs1035002	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=325;SC=TGAGTCCCCACGTCCTCTGCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=52488210;WS=52488192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	52489564	rs968588	A	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	52492085	rs4687614	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=636;SC=ATATAACTGCGTTCATTAATA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=52492093;WS=52492075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	52492707	rs1541495	T	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=83;PP=2746;SC=TTGATAAAAATCTGCTTCCGC;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=52492715;WS=52492697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	52505758	rs3065763	G	GAT	5443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=27;PP=2930;SC=TGACAGAAAAGGTGGAAATCC;SOR=1.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=68;WE=52505766;WS=52505748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	52506282	rs4312651	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=24;PP=1385;SC=TGGGCATGCGACACTGTTCCC;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=52506290;WS=52506272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	52506426	rs6784615	C	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=51;PP=1953;SC=TAAGGCCCAGCGCTGCACAGC;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=52506434;WS=52506416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	52506491	rs6445486	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=35;PP=1192;SC=TGGGTGTCCTAATTTAATCAT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=52506499;WS=52506481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	52507719	rs13094915	G	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=65;PP=2880;SC=CAAGGATTCTGTTTCTGAGAT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=52507727;WS=52507709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	52510592	rs9856575	G	A	9562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=215;PP=2965;SC=CCACAACAGCGTCTCCGAGAT;SOR=1.482;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=336;TCF=120;TCR=216;TR=335;WE=52510600;WS=52510582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr3	52512318	rs2109559	A	G	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=63;PP=2646;SC=AGGACCTCACAGTTTTGGGAT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=52512326;WS=52512308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	52513940	rs4687618	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=441;SC=GGAGCCAGTTTGGGGGGCTTG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=52513948;WS=52513930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	52518786	rs4687619	T	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=82;PP=1964;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CTCTGCTTTGTGCCACGGTCT;SOR=1.420;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=106;WE=52518794;WS=52518776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr3	52523405	rs887515	C	T	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=2431;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CCGGCCCCAGCGGAAGTCCCA;SOR=0.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=118;WE=52523413;WS=52523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr3	52524974	rs4687621	A	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=584;SC=CCACTTCTTAACCGGGGTGGG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=52524982;WS=52524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	52536308	rs758801	A	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=767;SC=CAGATGCAGTACCTACAACCA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=52536316;WS=52536298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	52536514	rs731831	G	A	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=34;PP=2111;SC=CTGTGGTCCCGCATCACAGCT;SOR=1.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=52536522;WS=52536504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	52537969	rs4687545	T	C	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.276;SC=AAGCGTGCCCTCTGCGGGAAG;SOR=0.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=128;TCR=176;TR=302;WE=52538003;WS=52537959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr3	52544470	rs9835659	A	G	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=134;PP=2965;SC=TGAGCTGGACATGAGAGGTGG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=238;WE=52544478;WS=52544460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	52546487	rs7644763	C	T	8137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=166;PP=2965;SC=CTGTCTTCCCCGTGCTTGGGA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=130;TCR=166;TR=296;WE=52546495;WS=52546471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	52546820	rs2015971	C	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=72;PP=2728;SC=GCTCCTCCCGCCCCTGCTCCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=152;WE=52546828;WS=52546810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	52551265	rs66824127	T	C	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=65;PP=2787;SC=GTGGGACAGATGAAGGTACAA;SOR=1.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=155;WE=52551273;WS=52551255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	52551284	rs67409736	G	T	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=9.965;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.97;ReadPosRankSum=1.847;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr3	52552935	.	CTGCGCGCCATT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=2.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr3	52553625	rs112646045	TGTAA	T	8780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=117;PP=2965;SC=CACATGCACGTGTAAGTGTGT;SOR=1.746;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=14;TCR=122;TR=131;WE=52553636;WS=52553615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	52554304	rs7630214	G	C	13128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=264;PP=2965;SC=CCGAACGCGGGCCGTGAGTCT;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=464;TCF=199;TCR=265;TR=461;WE=52554312;WS=52554294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr3	52555316	rs13081028	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=496;SC=CTGGAGGTACGTATATGGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=52555324;WS=52555306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52555957	rs9853056	T	C	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=142;PP=2965;SC=GGGATGGCCGTGTGTGTACAG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=167;TCR=143;TR=309;WE=52555965;WS=52555947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr3	52556890	rs4434138	A	G	7215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=129;PP=2965;SC=TCGGGTGGGCATAGTCAGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=128;TCR=129;TR=257;WE=52556898;WS=52556880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	52557038	rs4234633	C	T	7408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=132;PP=2965;SC=GCTTTTCCTGCAGATGTGGCC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=137;TCR=133;TR=268;WE=52557046;WS=52557028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	52558008	rs13303	T	C	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=72;PP=2965;SC=GGCAAGCCCATGGGCTTTGGC;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=154;TCR=72;TR=226;WE=52558016;WS=52557998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	52558133	rs13621	T	C	22135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=431;NR=381;PP=2965;ReadPosRankSum=0.557;SC=ATGATGCTGATGACGACTTCT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=814;TCF=432;TCR=382;TR=812;WE=52558147;WS=52558123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,833:1.00:835
chr3	52558904	rs34005367	A	T	7466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=114;PP=2965;SC=AGGTCTGGGGACACAAAGTGT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=261;WE=52558912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	52559167	rs72449664	CGGGG	C	5885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=55;PP=2362;SC=TTGCTGGGGGCGGGGGGGGGG;SOR=1.364;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=99;WE=52559188;WS=52559157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,144:0.98:147
chr3	52561779	rs11711421	C	T	8354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=133;PP=2965;SC=AGGGCGGCTCCGTGCCTGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=150;TCR=133;TR=282;WE=52561787;WS=52561769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr3	52567617	rs66782572	A	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=75;PP=2227;SC=GGAGCGCGGGACGCCGGGGCA;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=121;WE=52567625;WS=52567607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	52584431	rs34372721	T	TCTC	3669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=26;PP=2109;SC=TTAGAAGGAATCTTACCTGCC;SOR=1.165;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=46;WE=52584439;WS=52584421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	52584715	rs2878628	A	G	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=108;PP=2965;SC=TCTGAGAAGGATAACTCGAAT;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=99;TCR=108;TR=206;WE=52584723;WS=52584705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	52584787	rs2251219	T	C	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=70;PP=2088;SC=GACTTCCACCTGGTGCTGGAG;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=114;WE=52584795;WS=52584777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	52610651	rs17264436	T	A	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=66;PP=2148;SC=CTGTTTCTTCTGGGTGAATGA;SOR=0.973;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=124;WE=52610659;WS=52610641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	52637486	rs2276824	C	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=295;SC=TATGAGAACACCTAGAAGACA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=52637494;WS=52637476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	52643307	rs3733045	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=29;PP=1566;SC=TCCTCAAAATAAAAATGGCTT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=52643315;WS=52643297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	52643685	rs3755806	T	C	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=97;PP=2965;SC=GCTCATTGTATGTACAGGCAT;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=169;WE=52643693;WS=52643675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	52659124	rs34215106	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=292;SC=GCAGAAAGAATGCACCCCCAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=52659132;WS=52659114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	52676064	rs371540287	AC	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr3	52676065	rs11719685	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	52676066	.	A	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.780;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	52692124	rs2336149	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=555;SC=TCTTCCTTTTGAACTTACTTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=52692132;WS=52692114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52692359	rs2590846	C	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=58;PP=1640;SC=AAAGTACTTTCTAAGAGAAAT;SOR=1.923;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=80;WE=52692367;WS=52692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	52696310	.	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.337;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr3	52720080	rs1108842	A	C	14092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=271;NR=221;PP=2965;SC=AGGCAGGTTGATGTGTTTGTG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=271;TCR=221;TR=492;WE=52720088;WS=52720070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr3	52721305	rs11177	G	A	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=75;PP=2965;SC=GCTAAAAAGCGGGGTCACAAG;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=134;TCR=75;TR=209;WE=52721313;WS=52721295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	52722266	rs3836492	AT	A	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.941;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.590;NF=0;NR=19;PP=310;ReadPosRankSum=0.771;SC=GACTCAAGTCATTTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=19;WE=52722274;WS=52722256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr3	52722335	rs3774349	A	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=134;SC=CTTGCGTCATAGGGGTTTGCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=52722343;WS=52722325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	52726695	rs6762813	C	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=10;PP=1776;SC=AATATATAAGCTATAACATGT;SOR=3.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=72;WE=52726703;WS=52726685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	52727189	.	G	GT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=4.072;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,16:0.15:107
chr3	52727257	rs2289247	G	A	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=67;PP=2965;SC=ATTTTTTACTGTGCTTGCTCA;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=160;WE=52727265;WS=52727247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	52728804	rs6976	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=63;PP=2965;SC=TTACTTCCCACGCATGCTATC;SOR=1.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=110;TCR=63;TR=173;WE=52728812;WS=52728794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	52740182	rs6617	C	G	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=84;PP=2965;SC=CCAGACCTTACCCCTCACGGT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=183;WE=52740190;WS=52740161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	52741581	rs34636695	AT	A	421	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=0.175;SC=AGGAATATGGATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=20;WE=52741601;WS=52741571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr3	52778347	rs2268026	T	C	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=95;PP=2965;SC=ACAGAGTCACTTCCATTCCTA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=155;WE=52778355;WS=52778337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	52797634	rs1029871	G	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=561;SC=CTTGGCATTGGTGGCAGCTAC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=52797642;WS=52797624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	52800284	rs2230535	T	C	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=85;PP=2965;SC=AGTGGTTCTCTAACACTCGGG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=165;WE=52800292;WS=52800274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	52802402	rs2230534	A	C	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CCTGATTCTCAGGCAGAAGCT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=130;TCR=88;TR=215;WE=52802410;WS=52802392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr3	52804487	rs13071584	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=24;PP=2572;SC=AACAAAGAAGTAGAAGTAGTT;SOR=2.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=88;TCR=24;TR=112;WE=52804495;WS=52804477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	52812231	rs62255400	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=34;SC=GGTCTTCCTGCGGTCTGTTCT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=52812239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	52814255	rs76203017	TT	AA	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.71;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,69:0.96:72
chr3	52815905	rs2710323	T	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=1;PP=1073;SC=TGCAAACATCTTGTTTGTGGT;SOR=5.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=39;WE=52815913;WS=52815895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	52816933	.	C	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr3	52818579	rs2239551	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=60;PP=1639;SC=GCCTAGAGGAGCAGATAAAGC;SOR=4.943;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=64;WE=52818587;WS=52818569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	52819327	rs2268023	T	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=686;SC=ATTCCTGCCATCCCCCAGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=52819335;WS=52819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	52820981	rs678	A	T	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=60;SC=GACAGGGAGGAGAGGGCCAAC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=141;WE=52820989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	52821011	rs1042779	A	G	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=69;PP=2586;SC=CAGGCCCTGCAGATGTCGCTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=153;WE=52821019;WS=52821001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	52821177	rs2286798	A	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=50;PP=1825;SC=TGGGGCTCTAATTATTTTCTC;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=52821185;WS=52821167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	52821992	rs68094128	CT	C	8700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=148;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GCCACTCCCCCTCCCATCAGC;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=50;TCR=165;TR=194;WE=52822000;WS=52821981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,307:0.95:323
chr3	52824610	rs6778329	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1275;SC=AACATGTGGGGAGGGGCGTGG;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=59;WE=52824618;WS=52824600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	52825462	rs1076425	A	G	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=100;PP=2965;SC=CCCCGCAGTGAGCACCTGCTG;SOR=1.091;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=244;WE=52825470;WS=52825452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	52825528	rs1075653	T	C	11226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=217;NR=181;PP=2965;SC=AATGTGCCTTTCTAGGGCAAT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=398;TCF=217;TCR=181;TR=398;WE=52825536;WS=52825518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr3	52825585	rs9324	T	C	9931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ACCCAGGCTCTGACCCCACAA;SOR=0.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=179;TCR=180;TR=357;WE=52825593;WS=52825575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,375:1.00:376
chr3	52825912	rs7549	C	A	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=63;PP=1730;SC=ATTATATCGTCCCCGACATCT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=101;WE=52825920;WS=52825902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	52831701	rs2240919	C	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=709;SC=GTGGGAGACACCAGGCTTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=52831709;WS=52831691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	52833219	rs2535629	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=675;SC=CTGTTTTCCTGCAGGATGTGG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=52833227;WS=52833209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52833805	rs3617	C	A	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=51;PP=2190;SC=GGAAGATATGCAAGAGGAAGA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=127;WE=52833813;WS=52833795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	52837793	rs4481150	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=3;PP=568;SC=TCCCCAGCTGTGTCCACTGCT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=52837801;WS=52837783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52837855	rs2710331	T	C	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=20;PP=2213;SC=TCCTCCTGACTGGCCCCTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=85;TCR=21;TR=105;WE=52837863;WS=52837845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	52847601	rs2071044	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=76;PP=2081;SC=ACATGGAGGGCAGGGAGTCCT;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=110;WE=52847609;WS=52847591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	52853340	rs7620907	G	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=10;PP=948;SC=ACCCCACCCCGCTCTATGGGG;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=52853348;WS=52853330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	52853401	rs3821831	C	T	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=41;PP=2598;SC=GGCCGGAAGGCAGCTTACAGA;SOR=1.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=137;WE=52853409;WS=52853391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	52867288	rs4687661	A	T	10848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=180;PP=2965;SC=AGTTCCTGGGAAAGGCTCCTG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=393;TCF=213;TCR=180;TR=392;WE=52867296;WS=52867278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr3	52867595	rs60332615	C	A	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=48;PP=2273;SC=CACACCTGCACCCCCATCCCC;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=134;WE=52867603;WS=52867585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	52867715	rs6787916	G	C	8358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=127;PP=2965;SC=TCAGGTCCTCGTCCTTCACAG;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=166;TCR=128;TR=293;WE=52867723;WS=52867705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	52867811	rs6776876	A	T	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=145;PP=2965;SC=GCCTCGGTAGAAAGGCACACC;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=119;TCR=145;TR=264;WE=52867819;WS=52867801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	52868610	rs11922961	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=2;PP=913;SC=GCCGGGCCCATAGCTACAAAT;SOR=4.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=52868618;WS=52868600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52868668	rs142854055	G	GCACACA,GCACACACA	3898.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=55,55;NR=31,31;PP=1456,366;SC=ACACACAGATGCGCACACACA;SOR=1.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=86,86;WE=52868686;WS=52868654;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:87
chr3	52868670	rs62255421	G	A	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	52868716	rs77032405	GC	G	11656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=179;PP=2983;SC=ATCTATCTAGGCCCCCCCCAC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=101;TCR=199;TR=268;WE=52868732;WS=52868704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr3	52870729	rs11431693	C	CA	7040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=37.06;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	52874446	rs6769789	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=1055;SC=AACGATGCTGCGGGATGACCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=52874454;WS=52874436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	52874753	.	T	C	336	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=15;MQ=57.75;NF=1;NR=13;PP=336;QD=26.4836580391;SC=TCTCACCCTGTCACCCAGGCT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=52874761;WS=52874743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	52877647	rs55829187	C	CA	5858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=33;PP=2729;SC=CTGAGGGCTACAGGTGAGCTT;SOR=1.234;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=63;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	52877649	rs56008508	G	A	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=34;PP=1838;SC=GAGGGCTACAGGTGAGCTTTC;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=93;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	52877720	rs4687668	T	C	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=79;PP=2957;SC=GGGATAAAAATGCAACATGGC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=179;WE=52877728;WS=52877710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	52878721	rs7650966	G	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=1;PP=795;SC=CAGACCAAATGCAGGACACAT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=52878729;WS=52878711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	52878746	rs10663469	C	CAG	2602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=3;PP=2222;SC=AGAGTTAAAACAAGTTTGGTT;SOR=4.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=47;WE=52878754;WS=52878736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	52878825	rs7629528	C	A	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=75;PP=2965;SC=AGGAGCTGCTCATGCAGGGAC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=122;TCR=75;TR=197;WE=52878833;WS=52878815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	52881634	rs5848962	T	TG	5417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=66;PP=2965;SC=AAGAGAGCTGTGGTACCTCTT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=85;WE=52881642;WS=52881624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	52883654	rs3216716	CT	C	964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=1020;SC=GGAGGGTGTGCTCAAACCCAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=52883662;WS=52883644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52886914	rs4687675	A	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=886;SC=GCCTTTGAAAACCCTAAAAGG;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=52886922;WS=52886904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	52960013	rs11360013	GC	G	3776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=29;PP=2974;SC=CTGCAGCCCTGCCATAGTGGC;SOR=1.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=73;WE=52960021;WS=52960003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	52960256	rs34584015	AG	A	3668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=57;PP=2462;SC=ATCATTTTAGAGGGGCGAAAA;SOR=2.698;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=63;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	52960261	rs34585187	C	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=57;PP=1870;SC=TTTAGAGGGGCGAAAAGCATT;SOR=2.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=73;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	52968726	rs2257216	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=15;PP=1111;SC=TCTCTAATAATAACGTTTATT;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=52968734;WS=52968716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	52968801	rs2710315	T	C	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=51;PP=1892;SC=GGGTTTTCCATGCTGATGTGG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=118;WE=52968809;WS=52968791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	53003021	rs2245424	G	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=932;SC=ACTTCAAAGAGCTTCCAGTTC;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=53003029;WS=53003011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	53126672	rs141077598	TTGCCCTGGACAAGGC	T	3151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=29;PP=2933;SC=AGTGGTGACCTTGCCCTGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=31;WE=53126694;WS=53126662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	53154132	rs373476566	ATTAACTGCAC	AGCAC,A	277.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=2533;SC=AACTCTCTTGATTAACTGCAC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=53154151;WS=53154122;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr3	53154139	rs199819350	GCACT	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	53154143	.	T	G	172	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=172;QD=34.4618687579;SC=TTAACTGCACTTTCTATTCAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=53154151;WS=53154122;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	53212574	rs2306571	C	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	53213538	rs2035451	C	G	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=65;PP=2965;SC=TGGAGGTCTACGAGGGAGGGA;SOR=1.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=147;TCR=65;TR=212;WE=53213546;WS=53213528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	53213815	rs3830263	C	CGTGT,CGT	850	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.4998,0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.756;NF=0,0;NR=24,24;PP=23,919;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CGAGCCGTGCCGTGTGTGTGT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=24,24;WE=53213823;WS=53213805;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:23
chr3	53215875	rs11130350	A	C	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=101;PP=2965;SC=CCCAGTGTAGATACAGCAGCT;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=102;TCR=101;TR=203;WE=53215883;WS=53215865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	53216051	rs6445568	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=15;PP=414;SC=CCTCTTTTCCTCGGAGAGGCA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=53216059;WS=53216041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	53220444	rs6793352	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=1074;SC=GTGTCTCCCCTTCAGGCCACT;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=53220452;WS=53220434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	53222761	rs2306574	C	T	11355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=213;NR=199;PP=2965;SC=CAATGTGCTGCTGGACCGGGA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=213;TCR=199;TR=412;WE=53222769;WS=53222751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr3	53223291	rs7630600	T	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=58;PP=1723;SC=GCTGGGCTGGTCTGGGCTGGG;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=53223299;WS=53223281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	53223927	rs1075865	C	G	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=125;PP=2965;SC=TGGGAGTGACCGGAAACATCA;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=188;TCR=126;TR=313;WE=53223935;WS=53223917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr3	53224002	rs900495	T	C	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=154;PP=2965;SC=TGGAGCCACCTTTCAGGCCCA;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=122;TCR=154;TR=276;WE=53224010;WS=53223992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	53259996	rs3816767	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=247;SC=AGGGTGAGCAGTGGTGGGCCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=53260004;WS=53259986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	53260716	rs2279322	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1203;SC=GCACGTCCAACGCTCGGCTCT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=53260724;WS=53260706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	53263279	rs3736156	A	G	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=166;PP=2965;SC=AGGTGTAAACACCCTGGCTAA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=157;TCR=166;TR=322;WE=53263287;WS=53263269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	53265581	rs17234092	C	T	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=53;PP=1609;SC=AGACCCAACACGGGAGGACAG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=53265589;WS=53265571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	53267133	rs6445573	G	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=38;PP=2421;SC=GTGTCTGGGCGAGGGGTGAAG;SOR=1.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=53267141;WS=53267123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	53267155	rs2242301	G	A	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=63;PP=2965;SC=TGGGGAGGGCGGCTTGTGCAT;SOR=1.192;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=170;WE=53267163;WS=53267145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	53274986	rs62255989	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=536;SC=GGGTTGAATACGTGTCCCCAA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=53274994;WS=53274981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	53321631	rs9628	A	C	5291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=93;PP=2965;SC=TCTTGGTCAGAACCTGCAAGT;SOR=0.913;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=174;WE=53321639;WS=53321621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	53324819	rs201612547	ATGGCAC	A	2680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=21;PP=2371;SC=CCTTACCGGGATGGCACTGGC;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=40;WE=53324832;WS=53324809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	53324915	rs3732834	A	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.26;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	53529013	rs312479	T	A	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=0;PP=77;SC=GTTTTTTTTTTAAATCAATTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=53529021;WS=53529003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	53529140	rs312480	T	C	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.206;NF=69;NR=39;PP=2215;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CGCCCCCGCCTCAACGCCCAG;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=108;WE=53529148;WS=53529130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr3	53685000	rs140398062	T	TG	2640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.18;MQRankSum=0.355;NF=10;NR=39;PP=909;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGGTGGAGGTTGGGGGGGGTG;SOR=0.631;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=49;WE=53685008;WS=53684990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,101:0.95:106
chr3	53700550	rs2250736	T	C	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=97;PP=2729;SC=GCTGGACAGATGTGCTCTACT;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=88;TCR=97;TR=185;WE=53700558;WS=53700540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	53766026	rs2612033	T	C	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=91;PP=2965;SC=CCTCCCAAGATGTCTTTGTCA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=190;WE=53766034;WS=53766016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	53776995	rs2612026	T	C	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=28;PP=2060;SC=TTCTTTTCCTTTGGAGACAAA;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=53777003;WS=53776985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	53777176	rs2680648	T	C	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=78;PP=2723;SC=CCCAGAATTGTTGGGCTGAAT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=140;WE=53777184;WS=53777166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	53778875	rs2253795	G	T	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTCTCCTCCCGGCTGGGCTGG;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=73;WE=53778883;WS=53778865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr3	53806803	rs2278517	G	C	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=31;PP=2466;SC=TCAGGCTGTGGCGGGCCGTCA;SOR=1.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=112;WE=53806825;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	53806817	rs35146621	G	A	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=41;PP=2965;SC=GCCGTCACGGGGACAGCCGGC;SOR=1.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=145;WE=53806825;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	53814197	rs1829423	G	A	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=56;PP=1667;SC=CAGGAAAGGAGAGAGACATCA;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=53814205;WS=53814187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	53857676	rs17053532	C	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=44;PP=1925;SC=GTGGCCAGTACAGCACGCGGC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=53857684;WS=53857666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	53880789	rs2232332	A	G	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=95;PP=2965;SC=CTGCCGGCTCAAGGGGCATGC;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=137;WE=53880797;WS=53880779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	53882661	rs2232333	A	G	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=121;PP=2965;SC=GCCGGCTTCAACGTGACGCTT;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=248;WE=53882687;WS=53882651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	53882673	rs5849009	G	GT	9541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=107;PP=2975;SC=GTGACGCTTGGTTTTTTCTCT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=50;TCR=129;TR=149;WE=53882687;WS=53882651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr3	53910919	rs11419180	G	GT	121.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=19;PP=325;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATGCTCAAGTGTTTTTTTTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=19;WE=53910927;WS=53910909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	54604188	rs2251788	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=51;PP=1228;SC=CTTTTGGTAGTGACTGGTTAA;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=54604196;WS=54604178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	54919272	rs1405330	A	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=31;PP=2481;SC=TGGGGGAGTGATACTTATTCA;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=112;WE=54919280;WS=54919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	54928496	rs1526595	T	C	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=53;PP=2843;SC=TGAATGTCACTGCCTTAAGTG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=103;TCR=53;TR=156;WE=54928504;WS=54928486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	54953022	rs3832225	CTT	C	387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.70;ReadPosRankSum=1.743;SOR=4.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr3	54961949	rs4245920	C	T	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=98;PP=2965;SC=GACTGAGTCTCCTTGGGCGTC;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=173;WE=54961957;WS=54961939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	54962013	rs56327704	A	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=43;PP=1470;SC=CACGAAGGGCATGGCAGACTC;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=54962021;WS=54962003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	55003733	rs881820	G	T	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=84;PP=2965;SC=GACTTGGATAGCTTGTCCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=181;WE=55003741;WS=55003723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	55018520	rs2360664	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=287;SC=AAACAATTGCTTTCCAAAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=55018528;WS=55018510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	55018619	rs56055307	T	TG	2384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.48;QD=36.69;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	55021556	rs2280186	G	C	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=25;PP=2413;SC=AATCCCATGAGTTCTCATGAC;SOR=2.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=87;TCR=25;TR=112;WE=55021564;WS=55021546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	55038898	rs4955827	A	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=80;PP=2423;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GAAAACAGCCACACATTTCTG;SOR=0.556;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=134;WE=55038906;WS=55038888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr3	55041723	rs2280187	G	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=905;SC=AATCTCTCTAGAAGAATAACA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=55041731;WS=55041713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	55108055	rs358076	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=594;SC=TCGTTCTTACGTTAGAGAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=55108063;WS=55108045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	55733390	rs4955865	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=539;SC=TGGAGGTAAGCAGCGATGAAA;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=55733398;WS=55733386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	56037025	rs5849124	C	CAT	6235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=40;PP=2974;SC=GGAAGAAACTCAAATATTTTC;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=82;WE=56037033;WS=56037015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	56037241	rs35658351	CA	C	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=1233;SC=ATTAGCTCAACAAAATCCATG;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=32;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	56037249	rs34984094	A	AG	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=1415;SC=AACAAAATCCATGCATTCGCA;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=30;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	56591278	rs150150392	T	TGGGGTAAGCA	7526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=54;PP=2979;SC=GCCATGAACTTGGGGTAAGCA;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=67;WE=56591286;WS=56591268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	56593543	rs12486047	C	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=8;PP=583;SC=TCTTGCATTACCACCTTAGTA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=56593551;WS=56593533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	56593680	rs11130525	T	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=33;PP=1240;SC=GTTTTATTTATAGTGGTTAGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=56593688;WS=56593670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	56595059	.	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1191;SC=GATCAGAACAATTCCACAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=56595067;WS=56595049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	56597954	rs6769055	C	T	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.130;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=2637;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CACCTGCAACCCCTAATATGC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=126;WE=56597962;WS=56597944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr3	56599258	rs10687224	G	GTATT	860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=724;SC=CAAGATATTTGTATTCCCCTT;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=56599266;WS=56599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	56605404	.	T	TA	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=68;QD=19.25;SC=TAAAGCTTATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56605412;WS=56605394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	56627048	rs1388256	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=20;PP=609;SC=AAGAACTGCAAAGAAAATGGA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=56627056;WS=56627038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	56627598	rs1491170	A	G	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=80;PP=2965;SC=CTGTTCTCTCAGTCAACACAC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=181;WE=56627606;WS=56627588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	56650051	rs77152637	A	ACTT	2664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=26;PP=1839;SC=GAATTCTACGACTTCTAAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=35;WE=56650059;WS=56650041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	56650178	rs9833926	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=448;SC=AAAAATTAACAAAACTTGAGG;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=56650186;WS=56650168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	56653609	rs10534869	CGT	C	8155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=92;PP=2966;SC=ATGTAAACCCCGTCAACAACT;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=10;TCR=92;TR=102;WE=56653618;WS=56653599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	56654002	rs145212077	GTTTGT	G	3544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=51;PP=2832;SC=CTGTTGAACGGTTTGTTTTAA;SOR=2.484;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=54;WE=56654014;WS=56653992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	56658481	rs2291499	G	C	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=64;PP=2965;SC=CTGCGTTAAAGAAAATGAAAA;SOR=1.185;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=167;WE=56658489;WS=56658471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	56661909	rs143894847	AAAT	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=449;SC=AAAGCCACACAAATAATATTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=56661919;WS=56661899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	56667682	rs9835332	G	C	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=107;PP=2965;SC=TGTGGAAACTGTACTGACATA;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=245;WE=56667690;WS=56667672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	56672608	rs4681945	G	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=527;SC=AATAAATATGGTACTGTCCAA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=56672616;WS=56672598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	56674190	rs1489949	A	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=26;PP=759;SC=GAATAGCTTTATTTCCAATTC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=56674198;WS=56674180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	56694664	rs9820759	C	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=185;SC=ATGGTACTTTCAGAGGCAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=56694672;WS=56694654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	56694877	rs9858728	A	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=48;PP=1734;SC=CATAAGAAAAATACATAGTAA;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=96;WE=56694885;WS=56694867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	56695060	rs7619465	T	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=393;SC=AAGAAAATTTTAAAAACATGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=56695068;WS=56695050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	56703746	rs13094666	A	C	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=33;PP=1630;SC=TTTTAAAAATAACAACATCAC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=56703754;WS=56703736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	56716922	rs958755	T	G	11389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GCCATTTTGTTGGGAGGACTC;SOR=0.320;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=404;TCF=188;TCR=216;TR=402;WE=56716930;WS=56716912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,419:1.00:420
chr3	56763316	rs1565376	G	A	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=38;PP=2965;SC=TACTTTCACCGTGCCTGCTGT;SOR=2.017;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=114;TCR=38;TR=152;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	56763328	rs1565377	T	C	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=1.882;SC=GCCTGCTGTTTCCACAGGAAG;SOR=1.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=130;TCR=50;TR=177;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr3	56771251	rs3772219	A	C	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=66;PP=2335;ReadPosRankSum=1.317;SC=TGACAACACAAGACTCGAGAG;SOR=0.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=146;WE=56771259;WS=56771241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr3	56785556	rs6792241	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1093;SC=TCCCATAAAGCTGCAGAAACA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=56785564;WS=56785546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	56787451	rs3821412	C	T	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	56787692	rs2276720	A	G	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=89;SC=CCAAATTTACATATTTAAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=56787700;WS=56787682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	56807711	rs144595534	C	T	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=59;PP=2303;SC=TTTTCTGCAACCACAGGCCCT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=130;WE=56807719;WS=56807701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	56808957	rs12330845	A	C	1784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	56932708	rs7633179	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=42;PP=1154;SC=AAGGAGGGAAGCCAATAAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=56932716;WS=56932698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	57011234	rs13080107	T	C	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=134;NR=99;PP=2965;SC=TTTTTCTGGCTGCCTAATCCA;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=134;TCR=100;TR=233;WE=57011242;WS=57011224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	57131529	rs6764188	A	C	10640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=159;PP=2965;SC=ATTGCCCAATAAGTTGGCACC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=204;TCR=159;TR=363;WE=57131537;WS=57131519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr3	57132200	rs2291462	A	G	8674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=155;PP=2965;SC=CGGGAGTGCAAGTGGGAACAG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=141;TCR=155;TR=296;WE=57132208;WS=57132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr3	57137090	rs2247656	A	G	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AGTAGTCTAGAGCCAAATTTC;SOR=0.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=134;TCR=79;TR=212;WE=57137098;WS=57137080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr3	57138419	rs6780995	G	A	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=78;PP=2965;SC=GCAGCTGGTCGTCTCTGTAGT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=177;WE=57138427;WS=57138409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	57139833	rs1545982	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=640;SC=CCAGTGGCCTGGGGGTCGCTT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=57139841;WS=57139823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	57139972	rs1545981	A	G	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=44;PP=2306;SC=TGTGCGGTGCATGGTCGAAGG;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=118;WE=57139980;WS=57139962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	57140108	rs2035654	G	A	7949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.048;SC=GATACTTTGAGACTTGATAGA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=136;TCR=153;TR=286;WE=57140116;WS=57140097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr3	57148968	rs11916303	C	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=326;SC=AAAGATGTGTCCCTCAAAAGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=57148976;WS=57148958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	57335705	rs71921409	TACAC	T	1015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	57414071	rs4681982	G	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=318;SC=CTCACTAAATGTACATTGAGT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=57414079;WS=57414061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	57414117	rs17050836	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=500;SC=TTTGAAATACGGAAAGTAATT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=57414125;WS=57414107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	57414200	rs4681732	T	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=23;PP=1264;SC=CCCTGAGTTATGCAGCTATAA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=57414208;WS=57414190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	57422876	rs78888096	TA	T	254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=186;SC=ATTTACTAGTTAAAAAAAAAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=57422884;WS=57422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	57431721	rs374553614	AAAAT	A	827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=769;SC=TCAAAAACATAAAATAAATAA;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=16;WE=57431732;WS=57431711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	57443467	rs151214809	A	T	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=122;PP=2965;SC=TGCAGCGATCACATCGTGAAC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=279;WE=57443475;WS=57443457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	57443817	rs6768661	T	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=39;PP=1840;SC=AATTGATTATTTATCATACCG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=57443825;WS=57443807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	57456371	rs9871422	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=518;SC=ATACTGAAAGTAAATAAGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=57456379;WS=57456361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	57457123	rs6445886	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=11;PP=1057;SC=TTTTTCTATACTTTTAAATTT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=57457131;WS=57457113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	57469053	rs9826084	A	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=726;SC=CCATGAAAATAATATTTCACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=57469074;WS=57469043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	57469097	rs9863860	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=26;PP=1380;SC=AATTAAAATTCCTTACCTGGA;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=57469105;WS=57469087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	57469272	rs9864150	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=657;SC=AGACTTATGGCAATTAATGTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=57469280;WS=57469262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	57475351	rs6806444	T	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	57488279	rs10662782	T	TTTC	1394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=770;SC=ATGTAGATCTTTTTTTTTTTC;SOR=3.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=27;WE=57488287;WS=57488269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	57494138	rs6445902	A	C	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=18;PP=1234;SC=ACAAAACTGTATCAGCAAATG;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=57494146;WS=57494128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	57528503	rs9311651	A	G	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=TGGTGTATCAACGCCTATGTT;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=190;WE=57528511;WS=57528493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	57545169	.	G	GC	3306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=37;PP=2365;SC=GTTGTTTAAAGTGTTTTACAC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=57545177;WS=57545159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	57582630	rs9877985	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=468;SC=GGGCGGGGGGGATCGCTCACC;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=57582638;WS=57582620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	57627500	rs9873675	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=38;PP=1199;SC=CAAAACAAAATAAAAAAGGTG;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=57627508;WS=57627490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	57627580	rs9816093	A	C	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=8;PP=208;SC=ACACAGATTGATTTTTCCTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=57627588;WS=57627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	57647363	rs17058428	C	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=24;PP=664;SC=CTAAATTCAGCAAAAAGTGTG;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=39;WE=57647371;WS=57647353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	57649473	rs150409338	T	TG	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=697;SC=TAAGTGTGTGTGGGGGGGTAC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=22;WE=57649481;WS=57649463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	57678638	rs61737717	T	C	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.884;SC=CTGGCGCGCCTCCCGCCGCCA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=132;TCR=160;TR=291;WE=57678646;WS=57678628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,280:0.99:282
chr3	57846577	.	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GTATTTCAATCAAAAAAAAAA;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=57846585;WS=57846567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	57994719	rs1658338	T	A	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=91;PP=2563;SC=CAGGGGTGGGTTATAGGGGGC;SOR=6.229;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=3;TCR=91;TR=94;WE=57994727;WS=57994709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	58080505	rs7644723	G	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=11;PP=1946;SC=TGCAGTGGGCGATGGCTCATG;SOR=3.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=69;TCR=11;TR=80;WE=58080513;WS=58080495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	58081888	rs1522384	T	C	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=75;PP=2397;SC=CCCCTGACAGTGACAAGAACA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=156;WE=58081896;WS=58081878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	58083446	rs939882	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=599;SC=ATCATGGGAGGGTAGGAGAGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=58083454;WS=58083436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	58089516	rs6445945	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=303;SC=TAGCTTTGAAATAATCTCCCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=58089524;WS=58089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	58089585	rs6445946	T	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1101;SC=TATGTATGGTTTATGTTTTGT;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=58089593;WS=58089575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	58089877	rs1522386	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=838;SC=ACTCATGGGTAGTTGCTTCCC;SOR=2.073;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=39;WE=58089885;WS=58089867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	58094157	rs2259091	A	G	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=59;PP=2488;SC=TTACACAGAAAGAGACTTACT;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=136;WE=58094165;WS=58094147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	58094852	rs7634236	C	T	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=45;PP=2965;SC=GTGACCCTGTCTGATAGAGAC;SOR=2.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=123;TCR=45;TR=168;WE=58094860;WS=58094842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	58095466	rs2708318	G	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=45;PP=1314;SC=TCATTGCTCCGTGGGGAAGGC;SOR=3.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=58095474;WS=58095456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	58095500	rs2686635	G	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=677;SC=ACGTTTCAATGCCTTTTGAAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=58095508;WS=58095490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	58109162	rs1131356	G	A	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=125;PP=2965;SC=CCTTAGCGTCGACTGCTCGGA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=134;TCR=125;TR=259;WE=58109170;WS=58109152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	58111285	rs3732633	T	G	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=2.200;SC=CAAATATGCGTTTCTGTTTGT;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=120;TCR=62;TR=180;WE=58111293;WS=58111275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr3	58112440	rs2362903	A	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=45;PP=1786;SC=TTCCTTTCGCACCGGGGGATT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=58112448;WS=58112430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	58112488	rs2362904	C	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=46;PP=1580;SC=CCCACATCCCCGGTGAGCTAT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=58112496;WS=58112478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	58112556	rs2362905	G	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=26;PP=943;SC=TTTGATTTTGGTTATCTCTCT;SOR=1.390;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=58112564;WS=58112546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	58116316	rs1573890	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=556;SC=AACAATGAGTAGGCACATGAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=58116324;WS=58116306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	58116358	rs4475005	C	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=926;SC=GGGAGCTGACCGAGGCCTGCA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=58116377;WS=58116348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	58116369	rs1882692	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=960;SC=GAGGCCTGCATGGCCGAGGTC;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=58116377;WS=58116348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	58118555	rs12632456	G	A	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=38;PP=1993;SC=GCCAGTGAACGTGGTGGACAA;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=117;WE=58118563;WS=58118545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	58118700	rs12638356	A	G	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=62;PP=1941;SC=CCATCAGTCTATCTGTCCACC;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=99;WE=58118708;WS=58118690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	58121626	rs6445948	T	A	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=15;PP=2023;SC=AGGCACTAATTGGAAAATATG;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=74;TCR=15;TR=89;WE=58121634;WS=58121616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	58131598	rs143795134	G	A	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=63;PP=2965;SC=CAGGGTCTTCGTTCACCCCTT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=100;TCR=63;TR=163;WE=58131606;WS=58131588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	58145263	rs12634123	G	A	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=70;PP=2896;SC=TAACCTGTCTGATGTATTAAA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=152;WE=58145271;WS=58145253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	58154327	rs8640	C	T	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=81;PP=2504;SC=ACCTGATCAGCGTCAAATACG;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=121;WE=58154335;WS=58154317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	58156176	rs4681660	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=691;SC=TAATTGCCACGCTCTCCCACC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=58156184;WS=58156166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	58179028	rs3732630	T	C	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=70;PP=2965;SC=CTAACTCATCTTTCCAGGACA;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=128;TCR=70;TR=198;WE=58179036;WS=58179018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	58179318	rs9812109	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=398;SC=CCTGTGACCCCAAAGGACAGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=58179326;WS=58179308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	58186911	rs4234389	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=67;PP=2073;SC=GAGGGAAACCAGCTGTCCCCT;SOR=1.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=58186919;WS=58186901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	58191266	rs2070117	C	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=1.475;SC=CATAGTTGTACGTTATGCCTC;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=181;WE=58191274;WS=58191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr3	58191433	rs9311671	G	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=69;PP=2073;SC=TCCAATGAGAGGAGCCACCAT;SOR=2.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=96;WE=58191441;WS=58191423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	58244136	.	C	T	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=45;PP=2729;SC=AAAGCATGAGCAGCGTGAAAG;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=105;TCR=45;TR=150;WE=58244144;WS=58244126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	58270963	rs6774235	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1766;SC=TGAATGTCTCTTTGGGCCCCT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=58270971;WS=58270953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	58395891	rs4681851	C	G	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=110;PP=2965;SC=ATTCAGGTAACTGGTTATAGA;SOR=1.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=56;TCR=110;TR=166;WE=58395899;WS=58395881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	58406262	rs145463454	G	C	8808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=137;PP=2965;SC=GCTGTTTTCAGTAGAGCATGC;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=173;TCR=137;TR=310;WE=58406270;WS=58406252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	58409173	rs4681852	A	T	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=22;PP=1687;SC=TATTTGTGTGATTCTTTAATT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=58409181;WS=58409163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	58416538	rs4264746	T	C	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=59;PP=2965;SC=CATTGGGCCCTCTGAAGACTA;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=150;WE=58416546;WS=58416528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	58494546	rs11716125	G	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=13;PP=1177;SC=AATTAAAATGGGAGAACATGA;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=58494554;WS=58494536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	58508500	rs35559313	C	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=571;SC=AGGGCAGGCACCCCCCAGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=58508508;WS=58508490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	58512237	rs1127745	A	G	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=69;PP=2938;SC=CCTCGTAGGTACAGGAGGCCG;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=157;WE=58512245;WS=58512227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	58512285	rs13097249	T	C	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=76;PP=2364;SC=CACTCAGCTTTGAGTAGCCAT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=154;WE=58512293;WS=58512275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	58552997	rs1043942	C	A	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=81;PP=2938;SC=AGCCGCTTGGCTTCCAGCTCC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=167;WE=58553005;WS=58552987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	58555343	rs7632668	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=5;PP=882;SC=GCTCTGCTTTCCTCCAGGGTC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=58555351;WS=58555333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	58555386	rs7609991	G	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=21;PP=1539;SC=CCAGGTGCTTGCGGGGCCCAG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=58555394;WS=58555376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	58612624	rs76988038	C	T	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.95;NF=120;NR=88;PP=2965;SC=GTAGGTGGGTCGGGGCTCCCA;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=120;TCR=88;TR=208;WE=58612632;WS=58612614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	58621935	rs6791782	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=3;PP=333;SC=TTTAAGGCCCCTGGGAGGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=58621943;WS=58621933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	58625975	rs3749287	C	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=50;PP=1556;SC=GCTGAAAATGCCTAATCTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=58625983;WS=58625965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	58631184	.	G	GAAATAAAATA,GAAATA	1398.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005,0.4995;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6,6;NR=4,4;PP=379,13;SC=ATGAATGAATGAAATAAAATA;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10,10;WE=58631192;WS=58631174;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr3	58635197	rs9811989	G	A	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	59996927	rs4679626	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=1;PP=721;SC=GGAAACATATTGTTTGGCAGA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=59996935;WS=59996917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	59996969	rs4679627	C	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=16;PP=1586;SC=GGCTCTAACACTGAGGGTCTC;SOR=2.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=59996977;WS=59996959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	59999690	rs13067835	T	C	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=30;PP=1458;SC=TGCCGGGATATGAAAGGGAAG;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=59999698;WS=59999680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	62063713	rs143340876	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	62153605	rs61078615	G	GT	134.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.157;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	62189437	rs17634074	G	C	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=83;PP=2612;SC=CAGACCAGACGGGCGGAAGGA;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=146;WE=62189445;WS=62189427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	62229553	rs1352882	C	T	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=116;PP=2965;SC=ATGAAAGTATCCCTATTATTC;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=93;TCR=116;TR=209;WE=62229561;WS=62229543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	62431415	rs6791296	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=15;PP=957;SC=AAAAACCCCATGAGAAACAAT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=62431423;WS=62431405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	62477233	rs35911391	A	AACAC	315.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	62498378	rs1376917	G	A	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=33;PP=1926;SC=AAAACTGAATGTAACTCAACA;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=101;WE=62498386;WS=62498368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	62556622	rs833663	A	G	11351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=189;PP=2965;SC=ACCTAAGGGAAAGGAGAAAGA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=201;TCR=189;TR=390;WE=62556630;WS=62556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr3	62612013	rs2248008	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=589;SC=CAAGCTGGCACGGATTTACTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=62612021;WS=62612003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	62612145	rs2248013	C	A	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=115;PP=2965;SC=TGTGACTCTTCAAGCACAAAT;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=156;TCR=115;TR=271;WE=62612153;WS=62612135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	62612195	rs2248019	G	T	9534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=170;PP=2965;SC=CACAAAGACGGGACATCAAAT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=167;TCR=170;TR=337;WE=62612203;WS=62612185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr3	62612280	rs2367310	C	T	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=104;PP=2965;SC=GAAGGAAGAACGTCTTAAATT;SOR=1.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=57;TCR=104;TR=161;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	62612294	rs2367311	T	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=89;PP=2762;SC=TTAAATTTGCTAAGCCTTTTT;SOR=2.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=32;TCR=89;TR=121;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	62612309	rs2367312	G	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=76;PP=2286;SC=CTTTTTTGTTGTACAAAGAAG;SOR=2.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=62612317;WS=62612299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	62612342	rs2248023	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=44;PP=1262;SC=ACGTTTGGAGTTCCTTCTGCA;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=62612350;WS=62612332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	62612385	rs1349591	G	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=391;SC=TTACTAACATGGTTTTTACTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=62612393;WS=62612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	62631553	rs4588354	G	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=72;PP=2223;SC=GAGGTTATTGGCAAGGCCCCT;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=62631561;WS=62631543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	62636826	rs4688302	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=823;SC=GGTCTTTGTCCCATGGCCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=62636834;WS=62636816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	62647928	rs6770658	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=3;PP=1072;SC=TCAATAATCAATGTGCTTCCT;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=62647936;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	62648142	rs1354781	T	C	7196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CATTCCATTTTATACCCCCTT;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=259;WE=62648150;WS=62648132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr3	63437977	rs6793874	C	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=427;SC=TTTAAAAATCCCTCAAAAGTG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=63437985;WS=63437967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	63596277	rs6445369	A	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=67;PP=2108;SC=GTCTCACAATAATTTTTATTC;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=96;WE=63596285;WS=63596267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	63649259	rs7612738	G	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=381;SC=CTTGGGGGTGGTGAGTGAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=63649267;WS=63649249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	63649492	rs7634688	A	G	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=32;PP=1351;SC=TTTCTTTATAAATCACTCAGT;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=63649500;WS=63649482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	63817430	rs2291533	G	C	7640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=134;PP=2965;SC=AGCTTCAACAGTGTGAGTTTC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=137;TCR=136;TR=271;WE=63817438;WS=63817420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	63821914	rs2637982	C	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=11;PP=582;SC=GAAATGCCTACGGTAGTTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=63821922;WS=63821904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	63825249	rs138554894	TTTGA	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=49;SC=TGAGTGAAAATTTGATCTACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=63825260;WS=63825239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	63849473	.	CGCG	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CCATGGCGTGCGCGGCGGCGG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=63849483;WS=63849463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	63898360	.	G	GGCAGCA	1866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=1563;SC=GCGGCCGCCCGGCAGCAGCAG;SOR=1.127;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=33;WE=63898368;WS=63898350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	63967900	rs1053338	A	G	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=90;PP=2965;SC=ATTCATCCGAAAATGGATGGC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=204;WE=63967908;WS=63967890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	63968469	rs142586136	CGTT	C	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=423;SC=AGCACTCACACGTTGTATATT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=63968479;WS=63968459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	63976145	rs2241821	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=406;SC=ATGCCCGTATGTGTGGGACGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=63976153;WS=63976135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	63982082	rs3774729	G	A	6556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=137;PP=2965;SC=AGTGCCAGCCGTGAACAATGT;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=98;TCR=137;TR=235;WE=63982090;WS=63982072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	63985316	rs77203794	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=39;PP=1114;SC=CCCTGAAGCTATGTCTCTAGC;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=63985324;WS=63985306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	63996262	rs1046025	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=211;SC=TTTTATACAGCTGACCTGGGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=63996270;WS=63996252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	64005226	rs2888013	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=62;PP=1792;SC=TAGGAGTAGAAGTACAACAAG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=64005234;WS=64005216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	64008510	rs3846221	T	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=40;PP=1354;SC=TATACACACATACTCACATAC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=64008518;WS=64008500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	64009432	rs3836531	AT	A	1304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=1053;SC=GGAGCTTAAAATTTTTTGAAA;SOR=2.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=33;WE=64009440;WS=64009422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	64133350	rs27673	A	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=AGTGTTGGCCATCATAGGTCA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=168;WE=64133358;WS=64133340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	64142859	rs17720698	C	T	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=67;PP=2965;SC=CAGCACAGCGCGGCTTCAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=109;TCR=67;TR=176;WE=64142867;WS=64142849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	64145510	rs76720468	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=295;SC=GTTCACTACTGTATCTCAGGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=64145518;WS=64145506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	64145759	rs2306380	T	C	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=CGAACCTGAATAGACACAGAC;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=180;WE=64145767;WS=64145749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	64518994	rs1017537	T	C	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=147;PP=2965;SC=TGTGATGTCCTCAAAAAAGCA;SOR=1.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=77;TCR=147;TR=224;WE=64519002;WS=64518984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	64525171	rs11130968	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	64525177	rs11130969	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	64526610	rs11130970	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=364;SC=GACTATCCTCGCTGCACTGTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=64526618;WS=64526604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	64526651	rs3841969	CCAATGTG	C	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=923;SC=TCCATACTAGCCAATGTGCAA;SOR=5.058;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=64526665;WS=64526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	64526717	rs3796384	G	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=25;PP=1963;SC=CATGCTTGCTGTCTGAATGGA;SOR=1.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=64526725;WS=64526707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	64526942	rs3796383	A	C	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=51;PP=2223;SC=AGGATGGGAAAGCATTTCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=64526950;WS=64526932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	64527321	rs1373163	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=933;SC=TCACAAAAAATAGGGTGTGAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=64527329;WS=64527311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	64527336	rs1036919	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=791;SC=TGTGATGATCCGAGATGTGAA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=64527344;WS=64527326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	64527378	rs1036918	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=599;SC=GACATTGTTCGCACTAAAACT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=64527386;WS=64527368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	64527465	rs1036917	C	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=27;PP=2304;SC=TGAACAAAGACATCCTGTTCT;SOR=2.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=84;TCR=27;TR=111;WE=64527473;WS=64527455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	64554254	rs7635677	T	C	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=103;PP=2965;SC=GTTTTTTAATTACACGGAGTT;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=73;TCR=103;TR=176;WE=64554262;WS=64554244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	64640206	rs11326156	TA	T	7651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=75;PP=2967;SC=AAACATGTAGTAAAACGGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=104;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	64640212	rs59517147	G	T	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=79;PP=2965;SC=GTAGTAAAACGGTTTTAGCCA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=158;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	64641150	rs6768305	C	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1217;SC=AGTGCCTAAGCTGAGAAACCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=64641158;WS=64641140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	65350251	.	G	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=313;SC=TTAAATTAAAGGTGCTTCAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=65350259;WS=65350241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	65351389	rs55943050	T	G	48.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=36;SC=CATTATAAGATTCACCTGTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=65351397;WS=65351379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	65353228	rs11715156	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=213;SC=TTAAGGATGGTTTAAACGTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=65353236;WS=65353218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	65353448	rs7634490	G	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=45;PP=1429;SC=TTTGGTTTACGTAGGAATCAT;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=65353456;WS=65353438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	65353545	rs9835216	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=318;SC=TACTACCAACCTCACCAAGCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=65353553;WS=65353535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	65355479	rs9845952	C	T	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=45;PP=2173;SC=CTACCATGCCCGGCCCCAGAC;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=114;WE=65355487;WS=65355469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	65361369	rs202007900	CAGAG	C	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.917;NF=17;NR=2;PP=797;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AAGACAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=19;WE=65361393;WS=65361359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr3	65361376	.	AGAG	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.30;MQRankSum=-0.843;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr3	65361382	.	AAAG	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.798;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,5:0.14:36
chr3	65415253	rs61754217	C	T	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=67;PP=2965;SC=CCAGCATATCCACCACTTGGT;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=174;WE=65415261;WS=65415243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	65416648	rs4688566	C	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1234;SC=TAATTCTTCACGCTTATGCCC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=65416656;WS=65416638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	65464522	rs11409972	G	GT	973.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.913;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,42:0.88:48
chr3	65464625	rs7636096	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=208;SC=TGGGTTAGAAGAGATATCTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=65464633;WS=65464615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	65479068	rs7641222	A	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=143;SC=AGGTGAACTGAAATCTCCTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=65479076;WS=65479058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	65595659	.	A	AATAGACCATTCTGAGGTAGAAGGAAAGGAAGGAAAGAGAGAAGGGGAAGGAACTGGGAGAAGAGAAGGGGAGAGGGAGAGAGGAAGGGAAAGAG	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=24.123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;MQRankSum=-0.387;QD=51.78;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=3.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,15:0.79:19
chr3	65607592	rs112243102	T	TCACACACACA	174.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=1;PP=880;SC=CCTGGACTTTTCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=65607600;WS=65607582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	65607637	rs3749455	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=504;SC=GCCAAAGTCCAACTACTTACA;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=65607645;WS=65607627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	66023592	rs28696109	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=6;PP=1413;SC=GGAGGGAAGCAGGAAATCGAG;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=63;WE=66023600;WS=66023582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	66293688	rs3772197	A	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=40;PP=1361;SC=ATTCATCTTCATATTTGACAC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=66293696;WS=66293678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	66354911	rs813636	G	C	8089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=109;PP=2965;SC=GGGGAGGCTTGTGAGCTTCTG;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=159;TCR=109;TR=268;WE=66354919;WS=66354901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	66396845	rs332354	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=124;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=13;PP=419;SC=AAGTTTCTCAGTCTTCACATA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=66396853;WS=66396835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	66396898	rs71616220	G	GAAGAGTAGA	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=2900;SC=TTTGAGTGTGGAAGAGTAGAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=66396906;WS=66396888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	66406415	rs783129	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=614;SC=ATTTTACTACATGTATAAAAA;SOR=1.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=66406423;WS=66406405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	66413111	rs332387	G	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=227;SC=TCTCATTTCTGTGACTTATTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=66413119;WS=66413101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	66413130	rs332386	T	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=360;SC=TTTAGAAAGCTGTTAAGTCTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=66413138;WS=66413120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	66419883	rs2293193	T	C	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.121;SC=CACTTGGGTGTTGGGTATTAT;SOR=0.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=116;TCR=69;TR=183;WE=66419891;WS=66419873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr3	66419956	rs13874	C	T	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=116;PP=2965;SC=ACAAGAATTACGCTGGCAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=115;TCR=116;TR=231;WE=66419964;WS=66419946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	66432680	rs332371	A	G	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=107;PP=2965;SC=TCTGCTTCACAGTTACTGAGG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=141;TCR=107;TR=248;WE=66432688;WS=66432670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	66433312	rs900172	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=451;SC=AACACAGTGCAATTCTTTCAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=66433320;WS=66433302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	66433676	rs900171	A	G	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=122;PP=2965;SC=TCAGGGGTCAAGTGGTGCCGC;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=86;TCR=122;TR=208;WE=66433684;WS=66433666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	66434372	rs3830215	T	TCACACACA,TCACACACACA	1331.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=11,11;NR=5,5;PP=65,336;SC=TCTCTCTCGCTCACACACACA;SOR=2.200;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16,16;WE=66434380;WS=66434362;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr3	66434643	rs2306272	T	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=99;PP=2925;SC=AGGCGGGCCATGGTGGTGGTC;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=185;WE=66434651;WS=66434633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	66463251	rs4856924	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1295;SC=ACACCACACCGCACAGCAATC;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=66463259;WS=66463241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	66465259	rs4856928	T	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=384;SC=AAGGAAAGGGTGGCGTTTGGT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=66465267;WS=66465249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	66550756	rs1403625	G	C	11837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr3	66550762	rs1403626	G	C	12154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	67048762	rs4856833	T	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	67276059	rs9868022	G	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=101;SC=GGGAAATGGAGAGTAACCACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=67276067;WS=67276049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	67426125	rs1065399	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=56.72;NF=5;NR=1;PP=109;SC=TCCCTTTTTACGGAAAAATGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=67426133;WS=67426123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	67426281	rs35494829	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=40;PP=1847;SC=TGGACGTTGGTTCCTAGAAGG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=67426289;WS=67426271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	67459492	rs9824745	G	T	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=46;PP=1327;SC=AAGATATCTTGTATAGGTTTG;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=67459500;WS=67459482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	67548852	rs7630024	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=290;SC=AGGCAGGAGAGGCTGCTTTGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=67548860;WS=67548842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	67660040	rs2290174	G	A	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=43.65;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	67660049	rs2290175	A	G	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=42.30;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	67660149	rs11286754	GA	G	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=23.58;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	68606548	rs7616164	G	T	7424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=153;PP=2965;SC=TATTGTGCCTGTTGAGAACCA;SOR=1.162;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=106;TCR=154;TR=259;WE=68606556;WS=68606538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	68782213	rs6549143	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=49;PP=2965;SC=ATTTTCTGCAAAGGGGCCATG;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=143;WE=68782221;WS=68782203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	68788363	rs1504301	G	T	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=124;PP=2965;SC=GGAAAACAAAGGCCAAATAAT;SOR=1.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=66;TCR=125;TR=190;WE=68788371;WS=68788353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	68788465	rs1504300	G	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=677;SC=TTAAATTTACGGTTGGTAAAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=68788473;WS=68788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	68801921	rs9835691	T	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=0;PP=856;SC=CAACCCTAGGTTTCTTTGGGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=68801929;WS=68801911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	69036524	rs11331317	GA	G	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=21.07;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	69036678	rs4855540	G	C	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	69036683	rs4855541	G	A	6254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	69036782	rs4855350	G	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=433;SC=TACATTAATAGAACTCTTCTT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=69036790;WS=69036772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	69047141	rs4855544	G	A	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=138;PP=2965;SC=GTACTGAAGCGGAGAGCACAT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=179;TCR=139;TR=317;WE=69047149;WS=69047131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr3	69054212	rs375408376	CAA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.792;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	69054266	rs11417320	A	AT	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=11;PP=2384;SC=TTTATACTAGATGTTAACATT;SOR=2.338;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=51;WE=69054274;WS=69054256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	69054341	rs6781612	T	C	8292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.133;NF=182;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.515;SC=GATTGGTTGCTCTGCAGTACT;SOR=1.160;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=283;TCF=184;TCR=99;TR=281;WE=69054349;WS=69054331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr3	69058783	rs56761230	C	T	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=53;PP=2445;SC=AGAAATAATACCTACCTTATA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=69058791;WS=69058773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	69082657	rs937859	T	C	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=39;PP=2249;SC=ATAAACAAGATGGAAGAGCTT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=93;TCR=39;TR=132;WE=69082665;WS=69082647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	69082873	rs937858	G	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=54;PP=1490;SC=ATGAAATTCTGAAGTCATTAC;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=69082881;WS=69082863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	69084062	rs2055685	G	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=1;PP=813;SC=GCAAATGCTAGGTGTGACAGT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=69084070;WS=69084052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	69084161	rs2271121	C	A	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=79;PP=2965;SC=GTTTTGGAAACCTGTGACAGT;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=116;TCR=79;TR=195;WE=69084169;WS=69084151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	69091640	rs9985501	C	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=20;PP=869;SC=CCCAGAGTTACACACTTTGAA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=69091648;WS=69091630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	69093598	rs2271118	T	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=109;SC=AGTATACAGGTTTCCAGAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=69093606;WS=69093588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	69096614	rs2292199	G	A	7556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=127;PP=2965;SC=TTATTGGTGTGGAAGAAACCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=137;TCR=127;TR=264;WE=69096622;WS=69096604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr3	69104695	rs6549179	T	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=29;PP=952;SC=GAAAAAATATTATTAATACAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=69104703;WS=69104685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	69104752	rs6549180	C	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=461;SC=AAACAAACTACAGAGTATTAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=69104760;WS=69104742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	69106304	rs59405823	CC	TG	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=16;PP=2947;SC=AGTTACACAACCCATCCAAGA;SOR=2.245;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=67;WE=69106313;WS=69106294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	69112049	rs2289245	C	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=929;SC=AATTAACAATCCTAAATATTA;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=69112057;WS=69112039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	69225588	rs11128118	T	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=15;PP=1150;SC=ACCCCTGAACTAGATTATCTG;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=69225596;WS=69225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	69225875	rs9872199	T	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=565;SC=TTAAGGTCATTCAGAGGTACA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=69225883;WS=69225865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69225911	rs9868107	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=280;SC=TCAGAGGAGAAATTTAAGAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=69225919;WS=69225901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	69229976	rs12054011	G	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=910;SC=CATGATCCGTGAGGCGGTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=69229984;WS=69229966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	69230026	rs9818314	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=33;PP=1616;SC=ATCCAGGTGTTGCGTGTTTTT;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=99;WE=69230034;WS=69230016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	69230061	rs9831516	G	A	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=47;PP=2335;SC=TGAAGAGTACGAGGATGCACG;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=125;WE=69230069;WS=69230051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	69230801	rs9836305	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=80;PP=2392;SC=CGGAGAGCAGGTGGGACTGGG;SOR=2.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=112;WE=69230809;WS=69230791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	69242770	rs11310698	CA	C	2697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.359;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.18;MQRankSum=0.299;NF=41;NR=31;PP=1096;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GTAGGGGACTCAAAAAAAAAA;SOR=1.919;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=72;WE=69242779;WS=69242760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,114:0.97:118
chr3	69244162	rs9853587	G	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=18;PP=1324;SC=GCTCAGAGGCGTTGTTCATAC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=69244170;WS=69244152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	69245454	rs9310141	T	C	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=114;PP=2965;SC=TGACTTTTCGTCTCCAGTGTC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=225;WE=69245462;WS=69245444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	69245949	rs9860235	G	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=524;SC=AAATCTCAGAGAGCAAAAATA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=69245957;WS=69245947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	69246152	rs13059488	A	G	7673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=124;PP=2965;SC=TGCACAAACAAGCCACTTTGC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=260;WE=69246160;WS=69246142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr3	69246274	rs13059687	A	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=89;PP=2743;ReadPosRankSum=1.528;SC=ATTGTAACAAAGCATGTTCCT;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=142;WE=69246282;WS=69246264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr3	69265291	rs7643175	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=779;SC=GGCGACAAAGTGAGACTCCAT;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	69265304	rs77475566	C	CA	982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=680;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAACC;SOR=5.784;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=28;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	69265371	rs62254460	G	C	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.05;NF=124;NR=73;PP=2965;SC=TGATTAACATGTTTTGAACAG;SOR=1.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=125;TCR=73;TR=197;WE=69265379;WS=69265361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	69267578	rs4855301	A	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=15;PP=398;SC=TAGTTAGAGGACCCTTTTGGG;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=69267586;WS=69267568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	69271206	rs6549189	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=42;PP=1356;SC=GTAGATAGAGTTTGGCTTTTG;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=69271214;WS=69271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	69273656	rs9848940	G	T	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=35;PP=2965;SC=GATTGGCAATGTGATATTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=106;TCR=35;TR=140;WE=69273664;WS=69273646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	69336695	rs4855380	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=605;SC=CAGGATTCCCGTGCAGATGGT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=69336703;WS=69336685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69336740	rs4855381	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=5;PP=933;SC=AAAAGATACCATTTGTGTATG;SOR=4.271;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=50;WE=69336748;WS=69336730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	69351460	rs34523072	AAG	A	6885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=61;PP=2979;SC=ACAGCAAAAAAAGAGGGATGC;SOR=1.118;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=103;WE=69351469;WS=69351450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	69359732	.	CAGAG	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.67;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,15:0.94:16
chr3	69359736	rs62254067	G	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	69359738	rs62254068	G	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.42;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr3	69359738	.	GAG	CAC	389	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=57.05;NF=0;NR=20;PP=389;QD=22.1233937431;SC=CACACAGAGAGAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=20;WE=69359750;WS=69359722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:25,20:0.44:45
chr3	69359740	rs62254069	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr3	69359742	.	G	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr3	69362706	rs1483895	C	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=86;PP=2965;SC=GTCAGGGCCACGGCTGGCAAG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=159;WE=69362714;WS=69362696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	71025935	rs13068094	C	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=900;SC=ACCACAATGGCACTATTTTCC;SOR=4.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=37;WE=71025943;WS=71025925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	71247304	rs2037474	A	G	13440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;PP=2965;SC=ATTCAGCAGTAAAATTCGCAC;SOR=0.706;Source=Platypus;TCF=228;WE=71247312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr3	71247576	rs9855825	A	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	72495777	rs13066407	C	G	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=166;NR=113;PP=2965;SC=TTTGGCCTTCCGAGGAGTGGA;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=166;TCR=113;TR=279;WE=72495785;WS=72495767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	72495945	rs13088771	A	G	10493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ACTGGAAGAGAGAGCGAGGAA;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=148;TCR=230;TR=377;WE=72495953;WS=72495935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr3	72957734	rs11283456	C	CAGTGTTTA	6578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=70;PP=2965;SC=AATCATGGCACAGTGTTTACT;SOR=1.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=13;TCR=96;TR=80;WE=72957742;WS=72957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	72971341	rs1502755	C	T	9786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=134;PP=2965;SC=TCCCTTGCTTCCCATGTTTTT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=197;TCR=134;TR=331;WE=72971354;WS=72971331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr3	73004580	rs17742733	T	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=351;SC=AGTGTCAATATGCTGATTTTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=73004588;WS=73004570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	73016640	rs3732441	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=550;SC=TCGTGCCACATGTGCATGAGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=73016648;WS=73016638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	73016974	rs3821379	A	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1173;SC=CCCAAAGCATAGAGTTATACC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=73016982;WS=73016964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	73433369	rs3205537	G	A	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=94;PP=2965;SC=GATGCCCTCCGCCGCTCTCCT;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=181;WE=73433377;WS=73433359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	73433494	rs13091636	T	C	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=97;PP=2965;SC=CGGTGATATCTGAGAGCTCGT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=217;WE=73433502;WS=73433484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	73437112	rs6549532	A	G	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=46;PP=1607;SC=GTAGGAAGCCAATTTACCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=73437120;WS=73437102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	73437225	rs3830251	T	TA	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=25.99;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	73440108	rs35427155	G	GA	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.593;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,48:0.89:54
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chr3	74315580	rs615824	C	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=53;PP=2965;SC=CTCACTATGGCGGATAGTAAC;SOR=1.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=165;WE=74315588;WS=74315570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	74344134	rs1352475	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=582;SC=ATGGAACATCAGATGAAACAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=74344142;WS=74344124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	74474166	rs7619184	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=472;SC=AGACCTTCCTTTCTTTTAGAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=74474174;WS=74474156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	75386380	rs4677501	T	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=39;PP=1349;SC=ATGACTTCAGTGGGTGGATTC;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=75386388;WS=75386370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	75679893	rs200917196	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.73;MQRankSum=-3.201;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
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chr3	75679973	rs183720508	A	G	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-7.388;NF=72;NR=58;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CCCTCTGGGTACCAGACAGAA;SOR=0.466;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=400;TCF=240;TCR=160;TR=130;WE=75679981;WS=75679963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,94:0.29:320
chr3	75680010	rs75174508	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQRankSum=-7.641;QD=2.68;ReadPosRankSum=2.961;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,84:0.23:368
chr3	75680122	.	C	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.02;MQRankSum=-1.434;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr3	75786662	rs202184453	A	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.74;QD=55.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	75786672	rs200017345	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.08;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	75786681	rs111677009	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.45;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	75786684	rs201345045	G	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.45;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	75786737	rs78297221	A	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=9;PP=475;SC=GTTTTTCCACATTCATTACAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75786748	rs112332186	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=438;SC=TTCATTACATCCATACGGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	75786760	rs145576551	TC	T	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=9;PP=594;SC=ATACGGTTTTTCCCCGTGTGA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75786833	rs139448820	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=224;SC=CATTACATACGTAAGGTTTCT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=75786853;WS=75786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	75786845	rs62250105	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=7;PP=272;SC=AAGGTTTCTCTCCTGTGTGAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=75786853;WS=75786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	75786888	rs1615736	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=228;SC=TGACTTCTGACGAAAGGTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=75786902;WS=75786878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	75786894	rs144168413	GT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=228;SC=CTGACGAAAGGTTTTTCCACA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=75786902;WS=75786878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	75787049	rs201485350	C	A	140.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.51;QD=35.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75787057	rs145650973	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	75790797	rs147946451	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.44;QD=48.43;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	75790810	.	G	GT	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=43.57;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	75790811	rs199577560	G	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=43.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	75790814	rs200578600	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=45.64;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	75790838	rs140982339	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.46;QD=43.99;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	75790860	rs150203551	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.54;QD=49.27;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	75790879	rs116016107	CA	TG	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.28;QD=45.88;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	75790899	.	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.86;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	75790909	rs199770852	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.83;QD=46.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	75790912	rs200581032	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.83;QD=42.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	75790927	rs201353748	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.58;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75790929	rs115781515	T	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.09;QD=50.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	75986663	rs12171318	C	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.681;NF=19;NR=4;PP=451;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AAGACATGAACGTGTCACTAG;SOR=0.415;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=23;WE=75986671;WS=75986653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	75986686	rs62269817	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=10.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQRankSum=-4.374;QD=16.00;ReadPosRankSum=-3.374;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
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chr3	75986719	rs62269818	G	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.893;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-6.224;NF=56;NR=37;PP=1305;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGACTGTGGTGTTTTGGGGTC;SOR=0.322;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=93;WE=75986727;WS=75986709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,76:0.57:134
chr3	75986794	rs80235520	G	A	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.464;NF=49;NR=66;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AGTTGGATGCGAATTTCACTT;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=115;WE=75986802;WS=75986784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,99:0.46:214
chr3	75986813	rs77101234	T	A	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.587;NF=26;NR=54;PP=1161;ReadPosRankSum=-3.520;SC=TTTATGATGATATTATGTGAG;SOR=1.097;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=80;WE=75986821;WS=75986803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,65:0.37:176
chr3	75986833	rs73123284	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.248;NF=12;NR=36;PP=705;ReadPosRankSum=-5.212;SC=GTCTTTGGTTCGACGTTTAAG;SOR=1.393;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=48;WE=75986841;WS=75986823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,37:0.28:131
chr3	75986858	rs75670471	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=8.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-8.745;QD=2.20;ReadPosRankSum=-3.243;SOR=2.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,5:0.06:78
chr3	75986874	rs7610755	G	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=31;PP=870;SC=CCAGGTTTTTGTTACACGGTA;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=47;WE=75986882;WS=75986864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	77147039	rs9873691	C	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=639;SC=ATACACAAAACGAAACATAAA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=77147047;WS=77147029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	77147112	rs9874095	G	A	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=39;PP=1971;SC=GTGAAACCGAGGGTTTAGATA;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=77147120;WS=77147102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	77607070	rs5850333	A	AC	4611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=35;PP=2936;SC=ATGTTAAAATACCTGAAAAGA;SOR=1.241;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=73;WE=77607078;WS=77607060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	77645946	rs35328861	CT	C	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=19.94;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	77645984	rs775718	A	G	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	77671721	rs2272163	C	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=400;SC=ATATTAAATACAAAATTCAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=77671729;WS=77671711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	77681865	rs1451617	T	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=238;SC=TTGGACACTGTCCTCTTTTCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=77681873;WS=77681855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	78666765	rs9839790	T	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=8;PP=1055;SC=CCCAGCTTGGTGAAAAGTGTT;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=78666773;WS=78666755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	78676405	rs7625555	T	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1047;SC=GGATAGCATTTGGTAACTTCC;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=78676413;WS=78676395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	78676467	rs7636043	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=35;PP=2291;SC=TAGTGACAACATACCTCCTGT;SOR=1.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=127;WE=78676475;WS=78676457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	78700779	rs3925684	C	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=666;SC=TATATTAAAACAAGTTTTAGA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=78700787;WS=78700769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	78700901	rs6795556	G	T	8055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=111;PP=2965;SC=TACCCGCGTAGGTACTAGTAA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=172;TCR=111;TR=282;WE=78700909;WS=78700891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	78706519	rs9818170	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=896;SC=GAGTACTAAACTGTCATGCAC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=78706527;WS=78706509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	78706553	rs3832208	AT	A	368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=450;SC=TTCCAAAGTCATTTTTTCCCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=78706561;WS=78706543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	78708810	rs10662787	A	AATAT	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=431;SC=TCAGGACATTAATATATATAT;SOR=1.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=78708818;WS=78708800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	78709044	rs9829907	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=21;PP=544;SC=AATAATAGATGTATTAATACT;SOR=2.753;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=26;WE=78709052;WS=78709034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	78717343	rs2271151	C	T	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=116;PP=2965;SC=TTGGTTGCCACGATAATGTGA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=138;TCR=116;TR=253;WE=78717351;WS=78717333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	78719577	rs9309810	C	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=671;ReadPosRankSum=0.143;SC=ATTAAAGTAGCAGACATGCAT;SOR=3.690;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=78719585;WS=78719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	81548209	rs34988523	T	TAAG	3108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=14;PP=1990;SC=AACATTACTATAATAAAAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=46;WE=81548217;WS=81548199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	81643167	rs2172397	T	C	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=104;PP=2965;SC=AATCTTAAAATTTCCCAGCTA;SOR=1.436;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=58;TCR=105;TR=162;WE=81643175;WS=81643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	81698130	rs2229519	T	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=26;PP=845;SC=TTCTTTGGTCTGGAATGCTTA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=81698138;WS=81698120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	81792592	rs3772889	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=15;PP=1934;SC=TGAACACACATACACCCCCAC;SOR=2.993;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=71;TCR=15;TR=85;WE=81792600;WS=81792582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	81810702	rs11391701	A	AG	2402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=1859;SC=GAGGCCCGAGAGGTCGAGTGG;SOR=2.644;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=43;WE=81810710;WS=81810692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	81810725	rs2290081	C	T	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=844;SC=CCTGAGCGGGCGCTGGAGCTC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=81810733;WS=81810715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	85984830	rs36080783	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	87100309	rs2575753	T	C	11679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.331;NF=284;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.606;SC=ACCACCTTTCTATCTTGAAAC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=511;TCF=286;TCR=225;TR=507;WE=87100317;WS=87100299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,446:1.00:448
chr3	87100434	rs7619398	G	A	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.57;MQRankSum=1.740;QD=29.59;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr3	87100893	rs2256481	G	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=33;PP=1154;SC=TTCCCTGCATGAGCAAGAGCA;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=87100901;WS=87100883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	87295049	rs11540913	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=456;SC=CAATGTCTACTACAGCAAAAG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=87295057;WS=87295039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	88188420	rs9813894	G	A	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1122;SC=ACAGCTCTCAGTACTTCCAAA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=88188428;WS=88188410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	88189341	rs7653652	T	C	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=AGTCACAGGATATTTCAGGCT;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=88189349;WS=88189331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	88190768	rs7432826	C	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=60;PP=2062;SC=ATAAAACTTGCATTAACAGAT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=131;WE=88190776;WS=88190758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	88190809	rs7432838	C	T	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=55;PP=1725;SC=CTGATGAAAACGGTTCAGAAA;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=100;WE=88190817;WS=88190799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	88199179	rs6551277	T	C	8203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.116;NF=169;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TTGTTGCCGTTGTCTTTCCCC;SOR=0.654;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=250;TCF=173;TCR=77;TR=239;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr3	88199185	rs11374933	T	TC	9987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=86;PP=2979;SC=CCGTTGTCTTTCCCCCCCAGT;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=176;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	88199298	rs6551278	T	C	13749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=217;NR=280;PP=2965;SC=TATGCGACACTGTCACCAACC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=497;TCF=217;TCR=280;TR=497;WE=88199306;WS=88199288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr3	89498619	rs1028011	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=517;SC=CTCCTGGTTTATAACACTGAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=89498627;WS=89498609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	90264768	rs6803112	A	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=48;PP=2018;SC=TTCACTTTCCACTTTCTGAGG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=122;WE=90264776;WS=90264758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	90276511	rs9815264	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=34;NR=19;PP=994;SC=AAGTATCTAGGATCTCTCATT;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=90276519;WS=90276486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	90276661	rs9815542	G	A	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=26.37;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	90276701	rs150608014	GCA	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-3.994;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr3	94225786	rs1906643	G	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=744;SC=TTCTTTATATGCTGAAATAGC;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=94225794;WS=94225776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	96713028	rs371915281	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=17;PP=483;SC=ATATTAAGCATGTTTGCTAAA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=96713036;WS=96713018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	97194422	rs7624823	T	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=295;SC=AGGGATCCCATAAGAATCCAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=97194430;WS=97194412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	97364939	rs12488895	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=491;SC=GGCATTTTCCATTAAAATGAC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=97364947;WS=97364929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	97365038	rs301948	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=30;PP=1718;SC=TGAGCAGTGCGAGTCCAGCTC;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=97365046;WS=97365028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	97365074	rs301949	A	G	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=37;PP=1566;SC=ACTGGTCCTCATGTGGAAGAG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=86;WE=97365082;WS=97365064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	97367230	rs3214668	C	CA	3844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=39;PP=2149;SC=CTACACCCAACTGGAGATAAT;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=97367238;WS=97367220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	97466432	rs79617067	T	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1137;SC=TGATACTAGGTTTATTACTGT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=97466440;WS=97466422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	97467361	rs138837886	ATCTC	A	3909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=19;PP=2651;SC=CATATTCTGTATCTCTCTCTC;SOR=2.250;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=56;WE=97467374;WS=97467351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	97499654	rs10935082	T	A	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=4;PP=72;SC=ACATTTCCTATTTTAAAAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=97499662;WS=97499644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	97541018	rs974572	C	T	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=6;PP=1309;SC=CCGTTCCCTTCAGACAGCCCC;SOR=3.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=97541026;WS=97541008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	97605677	rs831902	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=740;SC=AATAGATGACATACATTTTTC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=97605685;WS=97605667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	97611916	rs1506441	A	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=392;SC=GCAAAGCAAAAATGATTTGTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=97611924;WS=97611906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	97619250	rs5851085	C	CAACTA	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=8;PP=920;SC=TTCAAAAAGACAGATTATGTG;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=15;WE=97619258;WS=97619240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	97651884	rs4857298	A	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=13;PP=1157;SC=AATTCCCCAGACACAAGGATA;SOR=1.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=97651892;WS=97651874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	97660106	rs4857302	A	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=49;PP=1915;SC=TAGTGGAAAGAATACTCAGAT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=97660114;WS=97660096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	97660198	rs832089	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=777;SC=TCTGTTTTTTATTTTGAAAAC;SOR=2.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=97660206;WS=97660188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	97664725	rs2172257	C	T	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=121;PP=2965;SC=TTTTCTTGAGCTTCATCCTTT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=112;TCR=121;TR=232;WE=97664733;WS=97664715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	97673268	rs832079	A	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=48;PP=2108;SC=TCACGTGAGTAGAGTGGGCCA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=128;WE=97673276;WS=97673258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	97726747	rs832032	T	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=44;PP=1274;SC=CATTGTAGGCTTCTAAAACAT;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=97726755;WS=97726737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	97727727	rs832030	G	C	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=9;PP=1363;SC=TTAAGAGCATGCTTATTTACA;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=58;WE=97727735;WS=97727717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	97727753	rs832029	G	A	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=28;PP=2284;SC=GTATGTGATGGTGTGTTCAAA;SOR=2.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=112;WE=97727761;WS=97727743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	97731434	rs11426005	C	CA	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=558;SC=AAAAAGAGACCAAAAAAACCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=97731442;WS=97731424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	97736673	rs183356048	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=723;SC=AATTACTGTTAAAGTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=97736681;WS=97736663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	97744611	rs832041	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=393;SC=GCTCAACATAACATGTTCTGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=97744619;WS=97744601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	97753931	rs832070	T	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=44;PP=1284;SC=AAACAGCATGTCAGGGGAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=97753939;WS=97753921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	97753954	rs832069	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=926;SC=ATTAGGGGAAAAAGAAAGACA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=97753962;WS=97753944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	97806999	rs6439602	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=1015;SC=TTTGCATAAATAAGTCAACAA;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=97807007;WS=97806989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	98073313	rs9822460	A	G	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=64;PP=2965;SC=TTCAATACCAATTCAAATCTT;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=145;WE=98073321;WS=98073303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	98109489	rs13069360	C	T	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=18;PP=1200;SC=CCTCATTCATCTCTCAACAGA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=98109497;WS=98109479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	98109640	rs13068323	G	A	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=69;PP=2965;SC=GGGAACATTGGTTTGGTGGCA;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=188;WE=98109648;WS=98109630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	98281349	rs9850648	G	T	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=81;PP=2665;SC=TCTAATAGCTGGTATCAAAAT;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=145;WE=98281369;WS=98281339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	98304467	rs1729995	T	C	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=69;NR=56;PP=2166;SC=TGCCCCGCCGTTCTCCACGAT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=125;WE=98304475;WS=98304457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	98475083	rs893832	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	98487121	rs3217579	TAGTG	T	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=949;SC=TCTGCACGTTTAGTGAGTATT;SOR=3.912;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=18;WE=98487132;WS=98487111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	98489686	rs1440153	A	G	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=51;PP=2965;SC=AGGGTGCCCGATTCTGGTTTC;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=154;WE=98489694;WS=98489676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	98489915	rs1440152	C	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=32;PP=1212;SC=AAGTGGACACCCCATATTTAA;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=55;WE=98489923;WS=98489905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	98491619	rs2334230	G	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=8;PP=1210;SC=AAATATAGTAGGTATTTGGCA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=98491627;WS=98491609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	98501128	rs3772101	A	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=48;PP=1661;SC=CTGTTTTCCCAGTCACTTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=96;WE=98501136;WS=98501118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	98503776	rs999147	A	G	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=71;PP=2491;SC=TCACTTGTCCATCTGTCCAAC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=157;WE=98503784;WS=98503766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	98503941	rs62278486	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=152;SC=ATGGTTTCTTGCCTTAATACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=98503949;WS=98503931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	98518160	rs62821060	T	TA	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.62;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr3	98520602	rs9860216	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=608;SC=TCCTGTGTCCAAGTGTTCTCA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=98520610;WS=98520592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	98531342	rs9814819	A	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=53;PP=1545;SC=AAAAAACAACAAAAAATTGGT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=98531350;WS=98531332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	98536571	rs1440150	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=13;PP=825;SC=CAACCACCCATTTAAAAAATG;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=98536579;WS=98536561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	98540931	rs9843214	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=444;SC=AGCACACTAATGTGAGTGCTT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=98540939;WS=98540921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	98541012	rs866873	G	A	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=24;PP=1846;SC=TCTTAGCCCAGTGCTACCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=88;WE=98541020;WS=98541002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	98542485	rs142035943	G	GAAGAA	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=606;SC=ATTCTGCTATGAAGTCATGCT;SOR=1.493;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=98542493;WS=98542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	98542536	rs9845558	A	G	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=128;SC=AAGTAACACAATAATTCAGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=98542544;WS=98542526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	98544353	rs828622	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=652;SC=TAAAAACTTTGCCAACTTTTG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=98544361;WS=98544343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	99904783	rs12629505	G	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=171;SC=GGCACCATACGTGAGAATGGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=99904791;WS=99904773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	100015146	rs3772698	G	T	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=53;PP=1745;SC=GACCAACTATGTTGTATTTCA;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=100015154;WS=100015136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	100034849	rs4928169	A	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=593;SC=GTAAGGAATAATTACATTTTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=100034857;WS=100034839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	100053684	rs3830303	C	CG	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=5;PP=437;SC=GTTCGGGCCGCGGGGGAGGCT;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=11;WE=100053692;WS=100053674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	100067468	rs277649	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=684;SC=CTTACGTGTTCGTATTAAAGG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=100067476;WS=100067458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	100086861	rs277640	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=763;SC=AGCTACCATATATTTCCTAAC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=100086869;WS=100086851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	100092526	rs11384494	A	AG	2510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=44.05;SOR=2.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	100092527	.	G	GGTGC	1699	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.37;NF=1;NR=27;PP=1699;QD=62.2142857143;SC=AATTCAACTAGTCCAGTTAAG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=28;WE=100092536;WS=100092517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,28:0.70:40
chr3	100092528	.	T	A	742	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=27;PP=742;QD=25.8923737516;SC=ATTCAACTAGTCCAGTTAAGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=30;WE=100092536;WS=100092517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr3	100092528	rs3832198	T	TGCA	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	100170553	rs7641299	G	A	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=1779;SC=TTTTCATTCTGTATTCTCAGC;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=98;WE=100170561;WS=100170543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	100354683	rs1520652	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=52;PP=1449;SC=AAAACTCACAGAGCTTTAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=100354691;WS=100354673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	100354698	rs1718281	T	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=0.974;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr3	100368425	rs7622958	A	G	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=146;SC=TACAAAAGGAAGATATATCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=100368433;WS=100368415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	100368692	rs1144118	A	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=58;PP=1704;SC=AGAAATTGCTATCTTGATATA;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=100368700;WS=100368682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	100374740	rs9866111	T	C	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=46;PP=2398;SC=CTTTATCACATAGGAGTCCCA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=100374748;WS=100374730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	100467018	rs11353	T	C	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=37;PP=2965;SC=AGACTGGACCTCAACAACCTC;SOR=2.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=106;TCR=37;TR=143;WE=100467026;WS=100467008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	100473505	rs10936352	C	T	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=93;PP=2965;SC=CTTCACCAAGCGGGTTTTTGG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=183;WE=100473513;WS=100473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	100493422	rs9846590	G	A	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=27;PP=1170;SC=CTTTTCAAATGTGAGATTCAC;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=100493430;WS=100493412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	100497098	rs9877951	C	T	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=46;PP=1938;SC=GAAATCATGGCGGGAAAAGGA;SOR=0.973;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=111;WE=100497106;WS=100497088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	100511379	rs989794	G	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=178;SC=ATATTCATATGAGTATTCAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=100511387;WS=100511369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	100511428	rs989793	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=579;SC=GACAAAAAAAGTCAAGTAATC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=100511436;WS=100511418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	100511446	rs989795	T	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=900;SC=ATCCACTGTGTTGAGAAATGA;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=100511454;WS=100511436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	100539887	rs7615467	C	T	8935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=163;PP=2965;SC=AGGATTGCAACGTGCTATTAC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=150;TCR=163;TR=313;WE=100539895;WS=100539877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr3	100542463	rs61061653	C	CAAAA	52.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=7;PP=219;SC=TCCAGAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=100542471;WS=100542453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	100543944	rs13069634	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=248;SC=TCATTTTATCATTGATGGTAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=100543952;WS=100543934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	100551066	rs9845149	G	T	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=49;PP=2965;SC=CCCAACCGTGGTAGACTGCTT;SOR=1.475;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=101;TCR=49;TR=149;WE=100551074;WS=100551056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	100581261	rs10567225	AT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.618;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr3	100583651	rs10711419	GA	G	1179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=368;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TGTTTTTTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.296;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=25;WE=100583660;WS=100583641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr3	100585694	rs3732899	C	G	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=55;PP=2965;SC=TTTCTTTTCTCAAGGTCAACA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=151;WE=100585702;WS=100585684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	100605206	rs1987384	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=440;SC=AAAATCACAGAGGGATTCAGA;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=100605214;WS=100605196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	100621426	rs2576365	C	A	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=55;PP=2649;SC=GTTCAAAGTTCATAAAAGAAA;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=148;WE=100621434;WS=100621416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	100944932	rs75852013	A	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	100946742	rs521661	T	G	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=87;PP=2807;SC=AAGGGGCAGGTGTTCCACTCA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=159;WE=100946750;WS=100946732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	100949842	rs348867	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GGTGTGCTTGGAGAGTCCTGA;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=92;WE=100949850;WS=100949832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr3	100976755	rs7613046	G	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=1216;SC=TCTCTGAAAAGCCTGGACAAC;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=100976763;WS=100976745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	100994377	rs2271972	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=611;SC=GTACTGGTTTTAGGATCCATG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=100994385;WS=100994367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	101066992	rs2553421	A	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=74;SC=TACTTTTTTTAAAAAAAAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=101067000;WS=101066982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	101085208	rs75513564	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1258;SC=TTGTTCAAGAAGAATAAAAAA;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=101085216;WS=101085198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	101085683	rs58636547	TAAAAA	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=123;SC=TTTAAATTCCTAAAAAAAAGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=101085695;WS=101085673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	101177901	rs151020849	GA	G	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=83;PP=1582;SC=TTCCCACTAGGAAAAAAAAAA;SOR=2.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=1;TCR=106;TR=84;WE=101177909;WS=101177889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	101232093	rs55749605	C	A	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.03;QD=28.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	101283792	rs3762735	C	G	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.072;SC=GAGAGTACACCCCCTTCTGAA;SOR=0.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=114;TCR=88;TR=201;WE=101283800;WS=101283782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr3	101308846	rs6441614	G	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=113;SC=TTTTTCAGCAGTTTTTTTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=101308854;WS=101308843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	101370551	.	T	C	783	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=25;MQ=60.01;NF=0;NR=30;PP=783;QD=27.2590404182;SC=AAAAAAAGCATGTGTAGTGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=101370559;WS=101370541;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	101373480	rs34508490	A	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=15;PP=1501;SC=TTATCTTCAAATATTTTTTTG;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=101373488;WS=101373470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	101373724	.	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.295;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	101389864	rs9837549	T	C	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=16;PP=2601;ReadPosRankSum=1.070;SC=CTACTGTTGTTAGTGGGCTTC;SOR=3.100;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=87;TCR=17;TR=103;WE=101389872;WS=101389854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr3	101443461	rs994573	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=974;SC=CTCCTTCAGATTACAAGCTCC;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=42;WE=101443469;WS=101443451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	101484335	rs2625282	G	A	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=127;PP=2965;SC=CAGAAGTTCAGGGGCAGCAGC;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=94;TCR=127;TR=221;WE=101484343;WS=101484325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	101504624	rs2625289	A	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=385;SC=TTATCGGAAGATTATCGTAGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=101504632;WS=101504614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	101573345	rs11309019	AT	A	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr3	101575902	rs7628891	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.38;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	105238890	rs11291806	CT	C	7458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.303;QD=24.45;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,301:0.99:305
chr3	105238901	rs2291376	T	C	9854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.224;NF=181;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TTTTTTTTTTTCCCCCAAAGG;SOR=0.923;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=190;TCR=144;TR=322;WE=105238913;WS=105238880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr3	105260518	rs579565	G	A	7103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=CTTACACACTGACGGATGTGA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=245;WE=105260526;WS=105260508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	105260596	rs599278	T	C	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=86;PP=2762;SC=CTTCAACAGCTATCACAGTTC;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=47;TCR=86;TR=133;WE=105260604;WS=105260586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	105404031	rs16851440	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=435;SC=GGAAATGGTATAATAGGAAGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=105404039;WS=105404021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	105412286	rs10635036	C	CTT	1541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=13;PP=1219;SC=CAAAACCACTCTACCATATCT;SOR=1.547;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=25;WE=105412294;WS=105412276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	105422844	rs2305037	C	T	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=22;PP=1079;SC=TTGGTGAACCCGTTGGGCTGC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=105422852;WS=105422834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	105438806	rs7624400	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=10;PP=935;SC=ACTCAAATACGCTGAGTCATA;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=105438814;WS=105438796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	105452751	rs1992520	C	T	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=108;SC=TCATTTCAAACAAAGCACTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=105452759;WS=105452741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	105453034	rs6768096	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=26;PP=779;SC=TTTCCAGCACAAATTGTTAGT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=105453042;WS=105453024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	105455955	rs2289746	T	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=836;SC=GAGAGTCTTATTTATTTCAAG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=105455963;WS=105455945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	105468330	rs1443098	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TGTCCACATACTAAATAGCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=105468338;WS=105468329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	105495432	rs9809911	G	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=65;PP=1677;SC=TAAACACCTAGATGCATGCAA;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=84;WE=105495440;WS=105495422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	105586538	rs2221379	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=514;SC=TTCCTCCATCGATTAGAGCAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=105586546;WS=105586528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	105588069	rs11711088	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=28;PP=1701;SC=CTCGCAGCACGTCAGAAAGGA;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=105588077;WS=105588059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	107097346	rs3811061	C	A	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.805;SC=TGAGCTTGACCACAATCTGTC;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=185;WE=107097354;WS=107097322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr3	107451907	rs4855764	C	T	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=102;PP=2965;SC=TCTGCTCATACTGTGGGTTGG;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=104;TCR=102;TR=206;WE=107451915;WS=107451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	107519843	rs1532325	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=2;PP=1152;SC=TGGTAGAGAATGTTAGCTCTT;SOR=4.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=107519851;WS=107519833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	107524110	rs35374854	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=950;SC=TAAGTAACAGCAGTAACTGTT;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=36;WE=107524118;WS=107524100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	107776511	rs709436	C	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=50;SC=GTTATTCTAACGATCAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=107776519;WS=107776501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	107777400	rs191520950	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=206;SC=AGTTCATTGTTTGACGGTAGA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=107777408;WS=107777390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	107809798	rs445541	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	107882643	rs327168	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=244;SC=TGAATTATGTGTTAAGAAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=107882651;WS=107882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	107884211	rs327167	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=697;SC=GTTAAACCATTTGTAGGTTCT;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=107884219;WS=107884201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	107937231	rs1289761	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=328;SC=TCTAATTTTGTCTATACTGGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=107937239;WS=107937221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	107937286	rs1289760	A	G	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=22;PP=1236;SC=ATAGTCAAAAAGAATAATTCT;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=107937294;WS=107937276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	107937571	rs1289759	G	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=142;SC=TTTAAGCAAAGAACTGCTGAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=107937579;WS=107937561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	107937602	rs1289758	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=78;SC=ACTTTTCTTTCAAATGATTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=107937610;WS=107937592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	107938240	rs1289754	G	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1152;SC=GGAAAAAGAAGGGTCGTTTAC;SOR=3.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=49;WE=107938248;WS=107938230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	108070544	rs75377690	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=0;PP=754;SC=TAATGGCCACAAAACAATTAT;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=108070552;WS=108070534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	108081175	.	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.352;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,17:0.16:109
chr3	108081277	rs6779094	C	A	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.70;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	108095365	rs2124736	G	A	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=111;NR=107;PP=2965;SC=CTCCTGGTGAGCGCTGTCCCA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=113;TCR=108;TR=218;WE=108095373;WS=108095355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	108096098	rs1463426	C	G	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=56;PP=2965;SC=ATTTTTCTTGCTTCTAGCCTC;SOR=1.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=167;WE=108096106;WS=108096088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	108096227	rs1463425	G	C	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=104;PP=2965;SC=GCCTGTCGGAGCAGACAATTC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=164;WE=108096235;WS=108096217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	108107951	rs1456714	C	T	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=113;PP=2965;SC=TCAGACCAGACGCTGCCACCA;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=62;TCR=113;TR=175;WE=108107959;WS=108107941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	108135606	rs56933265	TAA	T	3016.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=10;PP=2127;SC=CACTATTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=43;WE=108135617;WS=108135596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	108135609	rs116262927	A	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=43.85;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	108140148	rs4593038	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=656;SC=GAGTGGCTCCAGGGATCCGCA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=108140156;WS=108140138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	108147295	rs1350235	C	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=6;PP=410;SC=CCCCTCCCTACTTCCATGTTC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=108147303;WS=108147285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	108156633	rs113832514	A	AAAAG	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=868;SC=ACCTTCTGGAAAAAGAAAGAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=108156641;WS=108156623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	108158574	rs3996040	C	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=29;PP=1849;SC=CCAGATACACCGTTACTGACC;SOR=1.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=108158582;WS=108158564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	108172817	rs6437783	C	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=34;PP=1834;SC=CACACTATTACCCTAGCAGTT;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=108172825;WS=108172807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	108179219	rs11303627	CA	C	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;MQRankSum=0.436;QD=21.03;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr3	108182168	rs373219290	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.714;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	108188993	rs9868484	G	A	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=79;PP=2233;SC=ACAAACATGTGCCAATTGAAG;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=116;WE=108189001;WS=108188983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	108189750	rs12495639	C	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=50;PP=1469;SC=ATTTTAATCCCGGGCATTCTC;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=108189758;WS=108189740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	108211869	rs140450152	A	AAAGG	2829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=47.16;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	108214537	rs2603140	T	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=221;SC=TGGTGTTCTATAATTTTTTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=108214545;WS=108214528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	108229171	rs2249886	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=777;SC=AGGCTGATCATACCCTAAGCA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=108229179;WS=108229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	108229437	rs150536264	G	GA	856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.057;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr3	108272414	rs76336584	T	TA	404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=271;SC=AAGTAGAAAATAAAAAAGCAA;SOR=5.283;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=108272422;WS=108272404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	108295067	rs16854713	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=489;SC=TAAAAGTTTCGGCATTTTGCA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=108295075;WS=108295057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	108324365	rs41267019	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=506;SC=GGTGGGGGTGCGGGGAATGGT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=108324373;WS=108324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	108327050	rs10684119	T	TAAC	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=42.91;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	108355423	rs10711079	AT	A	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=520;SC=CACATCAGTGATTTTTTTCTA;SOR=1.942;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=20;WE=108355431;WS=108355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	108355575	rs10711080	CT	C	419.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr3	108356501	rs143129590	T	TTTAAGGTAGTA	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=825;SC=TGCATTAAATTTTAAGGTATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=108356509;WS=108356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	108393134	rs41267025	T	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=64;PP=1922;SC=GACATCAGAGTTCTTAAAGAA;SOR=2.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=80;WE=108393142;WS=108393124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	108394771	rs12486790	G	A	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=76;PP=2356;SC=TATAGGTGGTGTAAAGTTAGA;SOR=1.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=114;WE=108394779;WS=108394761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	108403086	rs9856097	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	108475808	rs1107337	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=30;PP=1552;SC=GTTGGGCTTGGTTGGGATCTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=108475816;WS=108475798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	108557820	rs7651205	T	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=29;PP=1203;SC=ACCAGGTATGTTGTGATTCAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=108557828;WS=108557810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	108565815	rs2593831	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=13;PP=546;SC=TAACCAAGAATAGGCAATAGT;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=108565823;WS=108565805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	108567923	rs2715716	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=770;SC=GTTTATATTTGCAGCCAAATG;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=108567931;WS=108567913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108634973	rs10933973	C	A	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=96;NR=47;PP=2819;SC=AGCTCCATTACCATCATTGTT;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=143;WE=108634981;WS=108634963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	108639119	rs2715688	A	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=143;SC=GCTGTTGCCCATTCAGTAATC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=108639127;WS=108639109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	108639423	rs2715687	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=16;PP=429;SC=AAAAAGTCAACAAATCCATCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=108639431;WS=108639413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	108677821	rs2197737	C	A	142.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=3;PP=73;SC=CTTAATTTTCCGAAGTCTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=108677829;WS=108677811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	108678002	rs2197738	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=13;PP=386;SC=ACCAGGGAAAGAAGCTGCAGA;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=108678010;WS=108677992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	108682218	rs2715755	A	G	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=34;PP=2112;SC=TTCTCGTTCCATAGAGTCTAC;SOR=1.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=120;WE=108682226;WS=108682208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	108690221	rs2593943	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=97;PP=2965;SC=GGTAGCTGATGCTCAGGAAAA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=212;WE=108690229;WS=108690211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	108698627	rs2953338	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=374;SC=ACAAGAACATGCGTGTAATGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=108698635;WS=108698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	108703422	rs1868195	A	G	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=110;SC=ATTCTTTCACATCTCTGTTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=108703430;WS=108703412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	108703518	rs2593958	G	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=25;PP=1289;SC=TTTTCAGCAGGATAATTGCAC;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=108703526;WS=108703508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	108703548	rs2593959	C	T	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=39;PP=1776;SC=ATTTGTATAACTGTAGTACAC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=103;WE=108703556;WS=108703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	108703702	rs2593960	A	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=597;SC=AAATGTTAGCAGTTCATTAAC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=108703710;WS=108703692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	108705715	rs11433147	A	AT	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	108724202	rs13072610	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1438;SC=TTTGGTAGATAGCCTATTTAT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=108724210;WS=108724192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	108724279	rs2290058	T	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=259;SC=AAAAAGTTTTTAAATCAGAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=108724287;WS=108724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	108725694	rs2044586	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=192;SC=TTATATTTTACTTTCTAACTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=108725702;WS=108725693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	108725759	rs2044587	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=771;SC=TTAAAATCTACTAGTGCTTCA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=108725767;WS=108725749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	108725848	rs5851630	ATTGC	A	6182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=40;PP=2947;SC=CATGACACAAATTGCTTAATC;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=71;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	108725862	rs2044589	T	C	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=55;PP=2729;SC=CTTAATCCTATATTAATTACT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=139;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	108725984	rs2044590	G	C	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=69;PP=2249;SC=GTAAAAATAAGCTTCAACTGG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=114;WE=108725992;WS=108725974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	108754146	rs9821261	G	A	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=10;PP=516;SC=ATATTTAAGAGCCCTTAACAT;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=108754154;WS=108754136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	108754214	rs3762697	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	108754238	rs4855576	A	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	108754260	rs3762696	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	108754320	rs11438791	T	TA	32.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	108754374	rs3762695	T	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=ATCAAAACAATTGGCAAAGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=108754382;WS=108754364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	108776343	rs1031252	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=47;PP=1429;SC=TCTAGAGTTACATTTAAAAAG;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=108776351;WS=108776333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	108781952	rs13060344	G	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=36;PP=1762;SC=ATTAACATTTGCTGAATGACT;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=108781960;WS=108781942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	108788701	rs35996834	C	CT	1256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1330;SC=ATTATTGTTACTACAAGAAGC;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=108788709;WS=108788691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	108855774	rs1356071	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=14;PP=487;SC=TATTTATCATATCTCCTACAG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=108855782;WS=108855764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	109019130	rs144859048	C	CA	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=373;SC=AGGGGGAAGGCAGAGAGTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=109019138;WS=109019123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	109019168	rs79494928	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=584;SC=TTCAATTGCCTTCAAATCAAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=109019176;WS=109019158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	109049720	rs112463757	C	CTAAGGGT	186.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=179;SC=CAAAAATGGCCTAAGGAGCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=109049728;WS=109049710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	109050980	rs1163438	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=276;SC=GACAGAATCTTGCTCTGTCGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=109050988;WS=109050970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	109052732	rs3762648	T	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=74;PP=2965;SC=CTGCCTTTGATAGACATTTTT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=158;WE=109052740;WS=109052722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	109052934	rs7642495	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=20;PP=505;SC=AGGCACCAACGCAGTTACTGG;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=109052942;WS=109052924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	109056183	rs9836011	A	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.560;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr3	109178707	rs769534	C	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=41;PP=1322;SC=TTCCCTAATTCCATCCTTTTT;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=109178715;WS=109178697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	109178758	rs769533	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=756;SC=GTTTTCTTCACAATTTCACCA;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=109178766;WS=109178748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	110611137	rs1381838	G	A	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=83;PP=2965;SC=AAGCTCTATCGATTTCAAGTG;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=195;WE=110611145;WS=110611127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	110791113	rs4682228	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=26;PP=913;SC=CGTTCTCTGGAGCAGCGAGGC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=110791121;WS=110791103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	110792906	rs2399372	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=256;SC=GGTAGACACTGGTTTTGTATT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=110792914;WS=110792896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	110793050	rs2399373	G	A	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=53;PP=2016;SC=GGGCACAGATGTTGTGACTTA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=110793058;WS=110793040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	110830746	rs113902748	ATGTGTGTG	A	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=3;PP=1538;SC=GTGTGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=110830761;WS=110830736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	110866195	.	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	110866437	rs62273799	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=913;SC=TATGCATTAAGTGTTGTTTAG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=110866445;WS=110866427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	111356083	rs1533270	G	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=37;PP=1656;SC=GTTCATCCCCGTCAGGTGCAG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=111356091;WS=111356073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	111432805	rs17423699	G	A	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=65;PP=2965;SC=AGATTCCAGCGCCCTGGGCAA;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=122;TCR=65;TR=186;WE=111432813;WS=111432795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	111451383	rs13085147	A	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=59;PP=2887;SC=CAGGAAAGGAAATGGAAAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=149;WE=111451391;WS=111451373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	111603962	rs34300089	C	T	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=74;PP=2965;SC=TGGCCTCCACCTCCTCCTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=148;WE=111603970;WS=111603952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	111658290	rs712509	T	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=13;PP=1226;SC=GTTATCTCAGTGTGTCTTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=111658298;WS=111658280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	111658486	rs712510	T	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=59;PP=1740;SC=AGGTACTTTTTCCAGGTGTCA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=111658494;WS=111658476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	111659377	rs698358	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=43;PP=2058;SC=TCTCTTTTCCTCCAGGAAAAA;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=107;WE=111659385;WS=111659366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	111664064	rs17426817	A	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=17;PP=1179;SC=CATGCTTCTCAGTTGCATCGA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=111664072;WS=111664054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	111685328	rs774859	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=493;SC=TGGATTTTGTTATGCACCTCC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=111685336;WS=111685322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	111685348	rs774858	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=23;NR=1;PP=603;ReadPosRankSum=0.701;SC=CCTTGACCCCATGTGTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=24;WE=111685356;WS=111685337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr3	111685371	rs3217516	T	TGG	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.495;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.934;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr3	111685374	.	G	GGGGT	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=0.818;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr3	111686738	rs799570	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1046;SC=GAAGACAGCTGTTCTGTGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=48;WE=111686746;WS=111686728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	111692693	rs2895388	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=772;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AATTCCTACAATTTGAATGCA;SOR=0.223;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=44;WE=111692701;WS=111692683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr3	111692829	rs774852	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=171;SC=TGGCCGTTCTCTTTGAGGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=111692837;WS=111692819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	111697867	rs2289598	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=1080;SC=GCGTAGCGTGTCCCTCAGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=111697875;WS=111697857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	111705275	rs150902974	G	GTTTGTTTTGT	1628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=2986;SC=TATTTAAGCTGTTTGTTTTGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=21;WE=111705283;WS=111705265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	111709664	rs7637202	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=545;ReadPosRankSum=0.981;SC=TGTTTGATTCTTTCTCTTCTT;SOR=0.507;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=111709672;WS=111709654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr3	111710206	rs6795538	T	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.87;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	111710398	rs17429033	A	G	10121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=193;PP=2965;SC=GAAGGATGACATTGTACCTTG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=165;TCR=195;TR=357;WE=111710406;WS=111710388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	111710682	rs3749308	A	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=196;SC=TTGTAAATATAAGATGAGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=111710690;WS=111710672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	111719493	rs774764	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=1;PP=385;SC=GTGCCTTCCTAGGGCCCATGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=111719501;WS=111719483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	111757212	rs7625876	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=329;SC=GGCTTATGGTATGAGTCCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=111757220;WS=111757202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	111760771	rs774774	A	G	6962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=102;PP=2965;SC=TTACAGGTAAAACAGAAAGCA;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=230;WE=111760779;WS=111760761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	111763085	rs4682350	C	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=9;PP=1314;SC=TCAGATACCTCAACTATTCTT;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=111763093;WS=111763075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	111763278	rs7650559	G	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=80;PP=2402;SC=CTTGGAAGTGGTTGGGGATTC;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=115;WE=111763286;WS=111763268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	111765834	rs1561911	G	A	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=139;PP=2965;SC=GGCTTCGGTCGGATTACTCGT;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=167;TCR=139;TR=306;WE=111765842;WS=111765824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	111766215	rs1318554	A	G	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=77;PP=2965;SC=CTAAACCATGATGAAAACCAC;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=137;TCR=77;TR=214;WE=111766223;WS=111766205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	111766559	rs1688304	T	G	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=27;PP=1568;SC=AAAAAGAAAATAAAGGAAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=81;WE=111766567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	111799845	rs340151	A	T	9078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=154;PP=2965;SC=GGGACATGGAAGTGGACGACC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=155;TCR=154;TR=308;WE=111799853;WS=111799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	111828384	rs5851818	G	GT	8201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=98;PP=2972;SC=GCTTCTGTTTGTTTAGCTCAC;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=39;TCR=100;TR=134;WE=111828392;WS=111828374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	111828423	rs340167	G	A	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.545;SC=GCCCTCTCTGGGTCGTTATTT;SOR=0.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=178;WE=111828431;WS=111828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr3	111828476	rs2120095	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=79;PP=2417;SC=AGTGTGGAACATTACATTTTG;SOR=1.537;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=123;WE=111828484;WS=111828466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	111832120	rs340165	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=544;SC=TCATTTATTCACTCATCCCCT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=111832128;WS=111832110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	111866148	rs56364691	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=763;SC=AGATTCATATTGATATGTAAT;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=111866156;WS=111866138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	111885896	rs4682084	A	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=116;SC=TAATTTAAAAATGTAACTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=111885904;WS=111885886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	111926950	rs17505536	G	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=11;PP=564;SC=TCTGTTGCTGGTGTTGAAAAA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=111926958;WS=111926940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	111936207	rs6779306	T	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=8;PP=730;SC=TAACAAAAAATTCAAGATACC;SOR=1.923;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=37;WE=111936215;WS=111936196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	111950367	rs55735606	C	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=641;SC=ACAAAAAATACATGAATATTA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=111950375;WS=111950357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	111983157	rs62276974	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=21;PP=614;SC=TAAACACCATGAGAAAAGCAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=111983165;WS=111983147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	111984970	rs4682098	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=51;SC=TTTAGTTGGGTAGTTTTCAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=111984978;WS=111984969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	112052173	rs9883527	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=39;PP=1219;SC=CTTCGGCTCTTGCCACAATCT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=112052181;WS=112052163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	112059768	rs1131199	C	G	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=40;PP=2043;SC=ATGCCCTTCTCTCATCTGTCT;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=111;WE=112059776;WS=112059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	112066360	rs7612748	C	T	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.239;SC=AGGACTCAGACCAGGTGCTTA;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=132;TCR=69;TR=199;WE=112066368;WS=112066350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr3	112184927	rs2171513	A	G	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=39;PP=2188;SC=TGATCATTCAATGGTCCCTGT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=112184935;WS=112184917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	112185025	rs9288952	G	A	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=120;PP=2965;SC=TCTTGAGTTCGGTCCAATGAC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=257;WE=112185033;WS=112185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	112190137	rs2931761	G	T	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=93;PP=2965;SC=GGAAGTAAACGATACAGGAGC;SOR=1.053;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=135;TCR=93;TR=228;WE=112190145;WS=112190127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	112253058	rs35560667	C	CA	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.770;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.519;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,90:0.89:101
chr3	112267523	rs9809247	G	A	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=86;PP=2463;SC=TAACTAGCACGTAATCTGCTA;SOR=2.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=121;WE=112267531;WS=112267513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	112280218	rs2279532	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=28;PP=1623;SC=TTGCCCCGCCGGAGAAAGCGG;SOR=1.557;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=86;WE=112280226;WS=112280208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	112289320	rs9869455	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=6;PP=490;SC=GTAATCAAGTGCAGTGTAATT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=112289328;WS=112289310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	112289372	rs9869579	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=854;SC=CATTTACACCGTGTTTCTTTC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=112289380;WS=112289362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	112301458	rs5851844	C	CCTTAGTAAT	2436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=2900;SC=TAAGGTTTTCCCTTTAAAAAT;SOR=2.935;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=24;WE=112301466;WS=112301448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	112338027	rs13084615	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=29;PP=849;SC=GGTGAAGGCTTTGGGCCTAAT;SOR=3.321;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=112338035;WS=112338017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	112415652	rs10934180	G	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=1;PP=391;SC=ATCAGGAGCTGAAAGAGGACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=112415660;WS=112415642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	112538571	rs35585943	CT	C	975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=577;SC=TACAATGATACTTTTTTTTTT;SOR=2.362;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=29;WE=112538579;WS=112538561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	112546473	rs1997281	G	A	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=82;PP=2965;SC=TTCTTAATGCGATAGGAGGGC;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=197;WE=112546481;WS=112546463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	112642568	rs9865242	C	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=32;PP=1552;SC=TGTAATGCCTCAGATGCCTTC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=112642576;WS=112642558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	112647613	rs1466872	T	C	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=122;SC=TTCTTAACTCTTTTAAAAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=112647621;WS=112647603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	112647832	rs9826308	A	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=37;PP=1441;SC=TCCAGGAGATATGCGCAGCTG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=112647840;WS=112647822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	112647988	rs9868053	C	T	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=16;PP=1793;SC=CATTTGTTTCCGTCACAAATC;SOR=2.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=112647996;WS=112647978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	112648125	rs6438117	G	T	16114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=44.52;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr3	112648125	.	GGT	TGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=59.88;NF=162;NR=171;PP=2947;QD=20;SC=TGATGGCCACGGTACGAATCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=164;TCR=178;TR=333;WE=112648135;WS=112648115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,333:0.97:342
chr3	112648127	rs4596117	T	G	16114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=44.89;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr3	112648222	rs2171509	T	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=80;PP=2787;SC=TGTTTCTTTCTTGTAGGCTTT;SOR=1.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=120;WE=112648230;WS=112648212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	112666859	rs2133946	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1147;SC=TTTTCACATTCTTCAGACTAT;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=112666867;WS=112666849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	112709828	rs2272393	C	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=836;SC=TCTCTCTGCCCGTCTTCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=112709836;WS=112709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	112727184	rs2306857	A	T	7495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=148;PP=2965;SC=CTTTGCACAAAACTTTTGGCA;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=108;TCR=149;TR=256;WE=112727192;WS=112727174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	112738318	rs2293560	C	T	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=66;PP=2965;SC=CACCCCCGCCCACATGCGCCG;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=179;TCR=66;TR=244;WE=112738326;WS=112738308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	112738625	rs7633507	C	T	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=47;PP=1365;SC=AGGAGCCCGGCGGGAGGCTGC;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=112738633;WS=112738615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	112935138	rs4682130	C	G	7234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=133;PP=2965;SC=GAGGTTTTCTCTTCAGTCTGA;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=114;TCR=133;TR=247;WE=112935146;WS=112935128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr3	113010303	rs17321330	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=9;PP=651;SC=ACTTTCAGGCGAGTTCAGTTT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=113010311;WS=113010293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	113010466	rs2291905	T	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=46;PP=1265;SC=AGGATAAGACTGCCTTTCCTA;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=113010474;WS=113010456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	113012797	rs810209	G	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=39;PP=2221;SC=CTTAGCACCTGCATTTTAAAC;SOR=1.463;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=118;WE=113012805;WS=113012787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	113012974	rs775217	A	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=1098;SC=TAGAGTTTGGAATATGCTATA;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=113012982;WS=113012964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	113013848	rs11398178	A	AT	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=584;SC=TTGATTAAAGATAAGAATATA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=113013856;WS=113013838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	113015436	rs808949	G	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=2;PP=1378;SC=CAAGGCCTAAGATCCTGGGGC;SOR=5.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=51;WE=113015444;WS=113015427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	113015553	rs808950	A	C	13229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=273;NR=208;PP=2965;SC=CCAAAGATCAACCCCCTTCTC;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=486;TCF=276;TCR=210;TR=481;WE=113015561;WS=113015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr3	113022870	rs4682484	T	C	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=120;PP=2965;SC=CTGGAGCTCATGGATTCGTTC;SOR=1.012;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=97;TCR=122;TR=217;WE=113022878;WS=113022860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	113022996	rs2270782	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=894;SC=AAAGAAAATAGACAAAAACAC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=113023004;WS=113022986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	113027214	rs775231	A	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=308;SC=TAGTCACTAGAAAAATAACTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=113027222;WS=113027204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	113334752	rs2271498	A	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=0;PP=590;SC=TGTAATGCACAGATATGGCAT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=27;WE=113334760;WS=113334747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	113373930	rs930818	A	G	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=136;PP=2965;SC=ATCAGGAAGCACTGTGGCTAT;SOR=1.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=191;TCR=136;TR=327;WE=113373938;WS=113373920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr3	113378441	rs75490047	G	A	9657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=157;PP=2965;SC=TTGGATCTTCGCTGGTGGTGG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=182;TCR=157;TR=339;WE=113378449;WS=113378431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr3	113499458	rs1430944	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=14;PP=528;SC=CTTTAGGTCTGTCTCTCAAAG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=113499466;WS=113499448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	113557787	rs66781755	AGCC	A	11046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=92;PP=2948;SC=CCGTCAGGTAAGCCGCGGGCC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=55;TCR=98;TR=143;WE=113557797;WS=113557777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	113595156	rs2712350	C	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=34;PP=976;SC=AAGAAAATCTCCCTCATACTC;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=113595164;WS=113595146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	113601761	rs62265406	T	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=351;SC=TTCTTATTTTTCTTAACTAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=113601769;WS=113601751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	113609403	rs9862440	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1064;SC=ACCGTGGGGTGCTCTATTCTA;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=113609411;WS=113609393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	113619872	rs2632244	C	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=20;PP=1294;SC=TTTTCTGTCACTTTAGAGCCT;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=113619880;WS=113619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	113631884	rs2712341	A	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=28;PP=1888;SC=TAACATAGAGACTGCTTTATT;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=94;WE=113631892;WS=113631874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	113632108	rs2712340	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=680;SC=GTGGTGGCGCGCGCTTGTAAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=113632116;WS=113632098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	113720624	rs6438178	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=88;PP=2588;SC=GATAGTCAAGCGTCTACCAAA;SOR=2.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=24;TCR=88;TR=112;WE=113720632;WS=113720614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	113804615	rs200489158	A	G	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=109;PP=2965;SC=CTGGTGACCAATGAGCTGCTG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=128;TCR=109;TR=237;WE=113804623;WS=113804605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	113858350	rs2251177	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1096;SC=TACTTACTTGCTGGGGGAAGC;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=113858358;WS=113858340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	113890815	rs6280	C	T	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=47;PP=1383;SC=TTCAGGTGGCCACTCAGCTGG;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=113890823;WS=113890805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	114026673	rs11714612	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=920;SC=GAAGAGAGAGATGTCATATTG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=114026681;WS=114026663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	114027065	rs35641088	C	CGTGT,CGT	660.37	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.028;NF=1,1;NR=18,18;PP=90,629;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ATCAGTGCTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=19,19;WE=114027073;WS=114027055;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.85:20
chr3	115529092	.	G	GTCTC	305.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=43.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	115529360	rs2289269	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	115529370	rs2289268	A	G	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	116163634	rs138580275	GAC	G	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=1.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AAGGAGATCAGACACACACAC;SOR=1.308;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=36;WE=116163647;WS=116163624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr3	116163655	.	AC	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.590;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr3	116163657	.	AAAC	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.583;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,10:0.14:69
chr3	118269774	rs9816586	A	G	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.248;NF=73;NR=87;PP=2768;ReadPosRankSum=1.505;SC=CAGGATGGCTATAAAAGAGAA;SOR=1.004;SbPval=0.45;Source=Platypus;TCF=74;TR=160;WE=118269782;WS=118269764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr3	118269825	rs57227846	GT	G	954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.478;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;MQRankSum=0.380;QD=23.87;ReadPosRankSum=1.518;SOR=2.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr3	118621500	rs34908332	C	T	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.438;SC=TGAGCCATTGCTCCTGGACAT;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=157;TCR=117;TR=273;WE=118621508;WS=118621490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr3	118624369	rs62275716	C	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=854;SC=TCAGCAGAACCCTTCATTTTC;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=118624377;WS=118624359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	118753542	rs73185835	G	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=500;SC=CACACCCAGCGCCGGGCCGCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=118753550;WS=118753532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	118865970	rs4077930	G	A	9424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=148;PP=2965;SC=CCAAGTGTACGGCCAAGCCAC;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=183;TCR=148;TR=330;WE=118865978;WS=118865960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	118866515	rs9864127	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=997;SC=AGGGGTACAACGGAAGGGCAC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=118866523;WS=118866505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	118878789	rs13077000	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=26;PP=960;SC=CTACAAAGAACGAGCCTCTCT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=51;WE=118878797;WS=118878779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	118906905	rs62273513	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=63;PP=1926;SC=ATGCTTTGGCTTTCAGTGGGG;SOR=2.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=118906913;WS=118906895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	118909159	rs9840317	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=23;PP=1031;SC=GCAACACAACAAGACTTTGTG;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=118909167;WS=118909149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	118909962	rs3796356	T	C	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=74;PP=1856;SC=GTAAGACCTGTGGTCTTGGGG;SOR=2.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=96;WE=118909970;WS=118909952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	118909987	rs3796357	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=44;PP=1230;SC=GCCATTTTTACTTACTGGTGG;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=118909995;WS=118909977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	118912961	rs62263545	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=1;PP=990;SC=ATGTAAGATATGGTACACTTT;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=118912969;WS=118912951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	118913337	rs7628485	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=566;SC=GTCTTTCAGTAAGGAATTCTA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=118913345;WS=118913327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	118922654	rs12186112	A	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=561;SC=AACAAACAAAAAAATCTGTTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=118922662;WS=118922645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	118930791	rs5868	G	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=1;PP=1613;SC=GCTATCAGCAGCTGCAACCAG;SOR=6.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=57;TCR=1;TR=58;WE=118930799;WS=118930781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	118931389	rs6784208	C	T	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=106;PP=2965;SC=CACCAAAAGACCCAGGGTCAT;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=133;TCR=106;TR=239;WE=118931397;WS=118931379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr3	118935284	.	CACGCACAT	C	743	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=743;QD=127.333333333;SC=TATACACACACACGCACATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=118935308;WS=118935274;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr3	119013928	rs3732412	A	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=52;PP=1589;SC=TCGAGTTGTGATAGAGTCGGT;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=83;WE=119013936;WS=119013918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	119013987	rs10707359	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.765;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	119112559	rs935616	A	G	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=214;SC=TAAATTAACTAGGGGAAGAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=119112567;WS=119112549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	119118104	rs4688001	A	G	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=91;PP=2965;SC=CAGTGCCTGTAGAAGGTAAGA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=128;TCR=92;TR=219;WE=119118112;WS=119118094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	119128628	rs1463139	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	119128634	rs1463138	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	119133183	rs3732413	G	A	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=103;PP=2965;SC=TTCAAAGGGCGGCCCGGAAAG;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=197;WE=119133191;WS=119133173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	119133554	rs61740281	G	A	8378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.660;SC=TGAAAGACGCGCACAAGGCCC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=144;TCR=140;TR=280;WE=119133562;WS=119133544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,301:0.99:303
chr3	119171280	rs1919586	C	G	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=108;PP=2965;SC=AGAATATAGTCAATGAACTGT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=123;TCR=108;TR=231;WE=119171288;WS=119171270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	119188895	rs6438531	C	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=43;PP=1310;SC=AAAATGCTCTCGCATGGGAAA;SOR=2.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=119188903;WS=119188885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	119196334	rs3732419	G	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=839;ReadPosRankSum=0.746;SC=ATGGAGAGTGGTCCTCTAGGA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=119196342;WS=119196324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr3	119197285	rs4688005	A	G	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=101;PP=2965;SC=ATTGTTTGTCATGAAACTCAC;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=196;WE=119197293;WS=119197275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	119198873	rs4688007	G	A	8395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=148;PP=2965;SC=ACTGATTTAGGACGACCTGTC;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=142;TCR=148;TR=289;WE=119198881;WS=119198863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr3	119211384	rs11556604	T	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=47;PP=1400;SC=CTTGAATATCTGCTATCAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=119211392;WS=119211374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	119276377	rs66604554	A	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=17;PP=1360;SC=GGTTCCTTCCAGCTTATAGGA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=68;WE=119276385;WS=119276367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	119305379	rs25676	T	A	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=114;PP=2965;SC=CAGCCTATGCTGTGAATAGCA;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=193;WE=119305387;WS=119305369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	119348345	.	AT	A	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=2.370;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	119367390	rs2688643	T	C	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=AGAGCTTCTCTGAGATGTCAT;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=169;WE=119367398;WS=119367380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	119373301	rs2688630	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=531;SC=GGATATTGCTGGGCTACAGTG;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	119373315	rs2688629	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=578;SC=TACAGTGGGATGGGGTGAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	119395662	rs523476	C	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=36;PP=2028;SC=ATGTCTACATCTTCGGACCTA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=119395670;WS=119395652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	119422204	rs7624672	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=424;SC=ACGGTTGTCCTTGGTCGGGTG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=119422212;WS=119422194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	119426307	rs9848716	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=27;PP=1460;SC=ATCCAAGATATTCTCTATATT;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=119426315;WS=119426297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	119434527	rs6438544	G	C	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=66;PP=2573;SC=TCCATACTCTGCAGAATATGT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=138;WE=119434535;WS=119434517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	119501780	rs2472668	G	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=49;PP=1598;SC=AGTGCCACCAGGTCCTTCTTC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=119501788;WS=119501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	119501798	rs2461831	T	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=45;PP=1369;SC=TTCTCTCCACTTTACAGCCCA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=119501806;WS=119501788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	119529113	rs3732356	G	T	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=102;PP=2965;SC=CGTGGGTGTGGGCATGCTTGT;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=138;WE=119529121;WS=119529103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	119533773	rs6797879	T	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=9;PP=1378;SC=CTGGTGCCGGTCTGTGGGCTG;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=119533781;WS=119533763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	119533910	rs4058490	T	C	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=127;PP=2965;SC=CAGTGTTCAATGCGGAGACTG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=138;TCR=127;TR=265;WE=119533918;WS=119533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr3	119534153	rs2276707	C	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1466;ReadPosRankSum=1.300;SC=GCCCCTCCATCCTGTTACCAT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=76;WE=119534161;WS=119534143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr3	119595503	rs1719895	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=50;SC=CATGATTTGAATATGTCCCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=119595511;WS=119595493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	119721171	rs12108149	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=829;SC=AGGTAAACTATATTCTTTATT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=119721179;WS=119721161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	119886548	rs9858566	G	C	9802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GGCTAAAGCCGAGCTCCTTGG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=181;TCR=153;TR=333;WE=119886556;WS=119886524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr3	119886776	rs902790	T	A	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=149;PP=2965;SC=AGCCGCCTCTTTCTGGTAGGA;SOR=1.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=93;TCR=149;TR=242;WE=119886784;WS=119886766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	119892121	rs13064815	C	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=913;SC=ATGATTGGATCCTTTACAGGG;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=119892129;WS=119892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	119900260	rs1488764	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=724;SC=AAGAGGTCAATGAGCAGTAGG;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=119900268;WS=119900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	119904125	rs902791	A	G	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=112;PP=2965;SC=GACAGAGACCATATCAGATGT;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=144;TCR=112;TR=256;WE=119904133;WS=119904115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr3	119904315	rs902792	G	C	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=45;PP=1428;SC=TTGTGAACATGCTGGAGCATG;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=119904323;WS=119904305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	119904413	rs75715741	C	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=160;SC=AGAGTGACTACGTGTTAGGAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=119904421;WS=119904403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	119905641	rs2319542	G	A	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=73;PP=2647;SC=CTGCAAAAGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=119905649;WS=119905631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	119911667	rs2319543	G	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=7;PP=1337;SC=ATGAGAAACAGGAACTTTGGA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=119911675;WS=119911657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	119962322	rs1492272	G	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=916;SC=GCACAATACCGACCTAGATCT;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=119962330;WS=119962312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	120068155	rs10048964	G	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=350;SC=CAGAGGCCGGGAGCTCTGCGG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=120068163;WS=120068145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	120114637	rs1700	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=665;SC=TACCAGCTCACTGAGGAAACT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=120114645;WS=120114627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	120123953	rs1147701	T	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=809;SC=TCAGAGGGCCTTGGCAACAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=120123961;WS=120123943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	120130897	.	CAT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=0.840;SC=CACACACACACATACATGCAC;SOR=0.072;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=7;WE=120130907;WS=120130887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr3	120130899	rs1259326	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CACACACACATACATGCACAC;SOR=2.670;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=23;WE=120130907;WS=120130887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr3	120169641	rs1147708	T	C	15161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=312;PP=2965;SC=GGCCCCGCGCTGACCTGGGAA;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=554;TCF=242;TCR=312;TR=554;WE=120169649;WS=120169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr3	120365010	rs1862942	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=751;SC=GAGAAAAGTGGAAGTTTGAGT;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=120365018;WS=120365000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	120389316	rs2255543	T	A	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=TGTGAGTGACTTGGCCTTCGT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=216;WE=120389324;WS=120389306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	120389491	rs17140269	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=17;PP=459;SC=AACGACCTGTAGGCTCTAATG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=120389499;WS=120389481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	120394521	rs17140396	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=695;SC=TTGGGAAACCTCTAGACAGTT;SOR=4.332;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=120394529;WS=120394511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	120409526	rs2288096	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=11;PP=250;SC=TCCATAAAAGCCTGCCTCATT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=120409534;WS=120409516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	120413158	rs7612975	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=23;PP=645;SC=GCATATTTCTGTAGGCATAAT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=120413166;WS=120413148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	120833994	rs17195251	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=391;SC=TATTTGATACGTCTATTACTA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=120834002;WS=120833984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	121100116	rs35624942	GT	G	885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=486;SC=AATTTGTGTGGTTTTTTTTTA;SOR=2.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=25;WE=121100124;WS=121100106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	121137976	rs6782025	C	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=22;PP=762;SC=CTTTGAGAAACCATATTCAGG;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=121137984;WS=121137966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	121138015	rs6782033	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=22;PP=654;SC=AGCATCACTACTCAACTGCTA;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=121138023;WS=121138005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	121154974	rs1381057	T	C	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=51;PP=2610;SC=CAAACCTGTTTGGTCACTTTG;SOR=1.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=150;WE=121154982;WS=121154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	121155198	rs2030531	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=63;PP=1784;SC=GTCCACAGTTCAGTGCTCACA;SOR=2.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=121155206;WS=121155188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	121186543	rs1381058	A	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=71;PP=2155;SC=ATATATGAAAAAGGTCTGATT;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=21;TCR=71;TR=92;WE=121186551;WS=121186533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	121195302	.	TACACAC	T,TAC	2611.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.1;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=26,26;NR=9,9;PP=271,1653;SC=TTCAGGTAAATACACACACAC;SOR=2.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=35,35;WE=121195315;WS=121195292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:66
chr3	121208833	rs3218649	G	C	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=64;PP=2606;SC=AATGGAACATGTCTGATGTTC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=121208841;WS=121208823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	121212277	rs11351457	AT	A	1486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=16;PP=693;SC=TAAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=1.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=38;WE=121212295;WS=121212267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	121228833	rs3732406	A	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=1052;SC=CAGTCATACAACCTCACTAAA;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=121228841;WS=121228823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	121238749	rs702018	G	A	8410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr3	121241058	rs13059229	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=32;PP=814;SC=GTGTATCTGTCTAAATCATAA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=121241066;WS=121241048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	121263720	rs702017	C	A	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=109;PP=2965;SC=TAGCTTGTCTCTTTCGTAGTC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=178;WE=121263728;WS=121263710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	121265176	rs3806614	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1216;SC=AGATTGAGAAGCATTATGCAA;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=121265184;WS=121265166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	121265522	rs11714774	A	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=65;PP=1930;SC=ACCAAGCAAAACTAGTAGGCC;SOR=2.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=94;WE=121265530;WS=121265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	121339354	rs7640859	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=13;PP=1160;SC=AACCTAACTGTTTTTCTTACT;SOR=2.019;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=55;WE=121339362;WS=121339344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	121350583	rs1128159	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=228;SC=AGAGGGAAGTCTGTCCAGAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=121350591;WS=121350574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	121350966	rs9869984	C	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=42;PP=1607;SC=TAATCATATACAGCCACAGCT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=121350974;WS=121350956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	121351338	rs2070180	C	T	7522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=149;PP=2965;SC=GGCTCTGCTTCGTACACTGGC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=118;TCR=149;TR=267;WE=121351346;WS=121351328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	121353254	rs2070179	T	C	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=108;PP=2965;SC=AGCCCACGGGTACCACTAGAA;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=91;TCR=109;TR=199;WE=121353262;WS=121353244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	121353291	rs34667636	G	A	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=80;PP=2597;SC=AGAAAAATTAGGGTTGTCTTG;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=138;WE=121353299;WS=121353281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	121354381	rs7620842	A	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=139;SC=CACTTTAGCCACCAAAGTGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=121354389;WS=121354373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	121388362	rs11363204	AT	A	94.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=86;SC=AAAAAGCATAATTTTTTTTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=121388370;WS=121388352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	121415610	rs33988592	G	A	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=87;PP=2965;SC=TCTGTGCTTGGGAGTTTTCCG;SOR=1.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=220;WE=121415618;WS=121415600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	121433926	rs9854052	T	A	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TAGTTTAGTTTCCTTAGTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=121433934;WS=121433916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	121435621	rs9832267	T	C	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	121435624	rs9812411	C	T	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	121447911	rs1919554	A	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=1069;SC=TAAGAAAAAAAAAAACAAAAC;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=121447919;WS=121447901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	121448675	rs28497949	T	A	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=24;PP=2071;SC=CTGTCCTTTATCAAATGCTCC;SOR=2.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=97;WE=121448683;WS=121448665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	121507371	rs141690316	CTTTTTA	C	3295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=49;PP=2573;SC=ATCTTGCATTCTTTTTATTTT;SOR=3.198;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=50;WE=121507384;WS=121507361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	121507415	rs4073474	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=798;SC=CCCAATTCTACTATTTTACCA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=121507423;WS=121507405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	121508830	rs6802815	A	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=877;SC=GTCCAAATTTAAAAAAAAATC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=121508838;WS=121508820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	121514458	rs141330650	TA	T	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=274;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GGAAGGTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=23;WE=121514467;WS=121514448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr3	121526152	rs5852278	TA	T	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=262;SC=ATGCTTCTGATAAAAAAAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=11;WE=121526161;WS=121526142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	121526204	rs4543051	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	121526381	rs35416411	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=79;SC=ATCAAAGCATGACCATCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=121526389;WS=121526371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	121547527	rs1920320	A	G	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=165;SC=TAATACATCCAGGAGCTATTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=121547535;WS=121547517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	121563271	rs11717089	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=10;PP=538;SC=TTACATTTTACAAAAATTGGT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=121563293;WS=121563261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	121563285	rs11721291	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=12;PP=701;SC=AATTGGTATTTGTATCTATTT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=121563293;WS=121563261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	121613205	rs4603998	G	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=555;SC=GAGTTAAACTGAGTTGCTGAA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=121613213;WS=121613195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	121630328	rs6438687	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=13;PP=838;SC=TCCTCCATTTATCCCCACACT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=121630336;WS=121630318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	121633964	rs2049331	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=861;SC=ATTGTGGAGGCAATATCTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=121633972;WS=121633954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	121634171	rs3215370	A	AT	4545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=77;PP=2888;SC=AGAGGTTAGGATTTTTTTGAG;SOR=1.036;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=109;TCF=19;TCR=90;TR=96;WE=121634179;WS=121634161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	121634410	rs9812515	T	A	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=52;PP=2965;SC=GAATAAAACATCAAATATTCA;SOR=1.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=125;TCR=52;TR=177;WE=121634418;WS=121634400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	121641528	rs7637569	G	A	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1273;ReadPosRankSum=1.363;SC=TAAGTCACTAGAAGTATGGTG;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=121641536;WS=121641518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr3	121641693	rs2293616	G	A	6430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=125;PP=2965;SC=TAGACTGGGCGGCTGAGAAAT;SOR=1.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=87;TCR=125;TR=212;WE=121641701;WS=121641683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	121641821	rs2293615	A	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=62;PP=2965;SC=GGACACTTCTACTTTAAGCAA;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=155;WE=121641829;WS=121641811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	121642048	rs3817601	A	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=68;PP=2530;SC=GATTTCTCATAACAGGATCTG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=137;WE=121642056;WS=121642038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	121643143	rs3215371	A	AT	2003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.510;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=864;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CTAGGCCAACATTTTTTTTTC;SOR=1.697;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=55;WE=121643151;WS=121643133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,75:0.96:78
chr3	121643170	rs2257109	A	T	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=41;PP=2444;SC=TCAGACATCAACTAAATTAAT;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=129;WE=121643178;WS=121643160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	121643303	rs2257115	T	A	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=113;PP=2965;SC=GTATTACGATTAACAACCATA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=210;WE=121643311;WS=121643293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	121643337	rs2257119	G	A	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=101;PP=2965;SC=CTCCTTGTACGCTGATAAGGG;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=61;TCR=101;TR=162;WE=121643345;WS=121643327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	121643372	rs2257120	C	T	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=61;PP=1837;SC=GAAAACATTCCCATTAAGCCC;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=121643380;WS=121643362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	121643427	rs2257123	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=41.97;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	121643436	rs2257124	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.01;QD=44.09;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	121643447	rs34567530	A	AT	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=61.53;NF=0;NR=15;PP=454;SC=TAAGCATTGGATTTTTTTCCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=15;WE=121643455;WS=121643417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	121643699	rs2257132	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=515;SC=GTGTGTAGATGTGAGACAGAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=121643707;WS=121643689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	121643804	rs2257212	C	T	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=64;PP=2754;SC=TCTAAATCCCCTTCTGGTTCT;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=121643812;WS=121643794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	121643893	rs2257214	T	C	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2220;SC=AAGTGTTCACTATGTCTGTAT;SOR=1.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=121643901;WS=121643883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	121646495	rs1882002	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=980;SC=TATTTCTTTACAGCAATGCAA;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=121646503;WS=121646485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	121646641	rs1143670	A	G	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=115;PP=2965;SC=TGATCCTAGCATGCCTGGCAT;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=224;WE=121646649;WS=121646631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	121646759	rs3762819	G	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=46;PP=1375;SC=GACTTGTTCAGTCATGATTCC;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=121646767;WS=121646749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	121647286	rs1143671	C	T	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=64;PP=2965;SC=CCCAGCCCAGCCAGGTCCCCA;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=170;WE=121647294;WS=121647276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	121647467	rs1316301	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=711;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TTTTCCTTAACATTAATTGTA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=121647475;WS=121647457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr3	121647782	rs1316397	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=456;SC=GTCCAATATGCAGTAGAAGGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=121647790;WS=121647772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	121648168	rs1143672	G	A	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=83;PP=2965;SC=ACAGAAAGCAGAACAACCAAT;SOR=0.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=205;WE=121648176;WS=121648158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	121658082	rs874741	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=689;SC=TTTCCTGAAAATGGCTGAAGA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=121658090;WS=121658072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	121659197	rs3817599	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=805;SC=CAGTGAAGGGGGTTTGTTTAC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=121659205;WS=121659187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	121712051	rs2877561	A	C	8121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=125;PP=2965;SC=GAGTGATATCAAGTGAGCGGT;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=157;TCR=125;TR=282;WE=121712059;WS=121712041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr3	121712980	rs3915060	C	T	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=124;PP=2965;SC=CCCATGTTCCCGCCCTTGCCC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=155;TCR=126;TR=279;WE=121712988;WS=121712970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	121720514	rs35657414	GT	G	151.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6246;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.475;SC=CTTATTTCTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=13;WE=121720526;WS=121720504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	121810427	rs57304749	CT	C	6318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.209;NF=20;NR=132;PP=2986;ReadPosRankSum=0.902;SC=CAAGTTTTACCTTTTTTTTTC;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=25;TCR=167;TR=152;WE=121810444;WS=121810417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr3	121825197	rs2681417	G	A	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=83;PP=2965;SC=GTATGATGGTGTTATGCAGAA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=139;TCR=83;TR=222;WE=121825205;WS=121825187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	121836966	rs10580127	TGA	T	7647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=75;PP=2974;SC=GAGACATTGATGAGAGAGAGG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=100;WE=121836975;WS=121836956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	121976253	rs9869985	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=734;SC=GCCTTCTCAGGCGGGGCACTG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=121976261;WS=121976243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	122000871	rs4678174	C	T	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=34;PP=1590;SC=TGCCCAAACTCCTCCCTCTTA;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=122000879;WS=122000861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	122003045	rs2036400	G	C	9809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=163;PP=2965;SC=CCGCGCCCCCGTCAAGCTACC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=170;TCR=163;TR=333;WE=122003053;WS=122003035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr3	122003757	rs1801725	G	T	13106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=221;NR=246;PP=2965;SC=TCAGAAGAACGCCATGGCCCA;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=467;TCF=221;TCR=246;TR=467;WE=122003765;WS=122003747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr3	122003832	rs1801726	G	C	8881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=169;PP=2965;SC=GACCCGACACGAGCCATTACT;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=124;TCR=169;TR=292;WE=122003840;WS=122003822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr3	122004098	rs4677948	A	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1129;SC=GTCCCAGGGAAGAGGAATCGC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=122004106;WS=122004088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	122060404	rs34173813	C	T	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=118;PP=2965;SC=GACGAGCTGACGGGCTTTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=241;WE=122060412;WS=122060394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	122081659	rs9857709	AA	GC	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=2903;SC=CCCTCCCCCCAACCCCAAAAG;SOR=0.728;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=47;WE=122081668;WS=122081649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	122103007	.	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	122121563	rs3838601	T	TTTTC	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=1164;ReadPosRankSum=0.289;SC=AAACATCACATTTTCTTTCTT;SOR=1.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=22;WE=122121571;WS=122121553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr3	122145810	rs4677950	T	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=804;SC=CTGACACAGGTACGTGAAAGC;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=122145818;WS=122145800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	122146660	.	T	TA	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.8326;HP=11;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=52;QD=15.25;SC=TGCAGAGACTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=122146668;WS=122146650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr3	122168341	rs3749209	C	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=7;PP=1411;SC=ATGTACAATCCATTAATATTT;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=57;WE=122168349;WS=122168331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	122180187	.	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr3	122186188	rs4678193	C	T	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=64;PP=2667;SC=CTCCATGTTACTAATCTGAGC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=159;WE=122186196;WS=122186178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	122215166	rs10625209	A	AAC	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.617;NF=10;NR=0;PP=440;ReadPosRankSum=0.915;SC=AGAAGGGGAAAACACACACAC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=122215174;WS=122215164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr3	122255708	rs2270859	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=14;PP=903;SC=CAGCAGGTGAGCTTTTCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=122255716;WS=122255698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	122259606	rs9851180	T	C	8551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=128;PP=2965;SC=GTGGGCCTCATACATCTCTTC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=156;TCR=128;TR=284;WE=122259614;WS=122259596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	122259640	rs28365795	T	C	8568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=167;PP=2965;SC=ATCAGATTGATGGCAGGAGAT;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=144;TCR=167;TR=311;WE=122259648;WS=122259630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	122259745	rs200685111	G	GT	872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.333;NF=0;NR=37;PP=408;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GCAGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=37;WE=122259753;WS=122259735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr3	122259782	rs9868934	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=24.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	122269380	rs1979853	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=ATGTTGCTGAATGAATGAATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=122269388;WS=122269376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	122277268	rs34006803	G	A	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=100;PP=2965;SC=GAGTGAGAGCGAGGTAATCCT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=218;WE=122277276;WS=122277258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	122285005	rs12485294	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=620;SC=CCCATGTGCTGGGCACGTACA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=122285013;WS=122284995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	122288210	rs2332285	G	A	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=87;PP=2965;SC=TCCAAGGACAGGCAGGTAGAT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=192;WE=122288218;WS=122288200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	122289005	rs55797836	A	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=78;PP=2445;SC=AGGGACTGAAATAGTGGTAAA;SOR=1.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=109;WE=122289013;WS=122288995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	122418750	rs11719086	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=72;PP=2965;SC=GTACAAGTCAGGGAGTTAATA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=97;TCR=72;TR=169;WE=122418758;WS=122418740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	122419292	rs7632072	A	G	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=88;PP=2965;SC=CTCCCCAAACACTGTAATCAT;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=167;WE=122419300;WS=122419282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	122432171	rs6770902	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=1.106;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr3	122437321	rs7645033	T	C	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=146;PP=2965;SC=GTGTGGAATATGCTATCTCCT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=150;TCR=146;TR=296;WE=122437329;WS=122437311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	122437901	rs115027980	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=48;PP=1304;SC=ATTGGAAAAAATTCATGTGAC;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=122437909;WS=122437891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	122439062	rs73856279	C	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=18;PP=1013;SC=CAGAGTGTACCGGGGATGTAT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=122439070;WS=122439052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	122439371	rs60507179	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=551;SC=TAATTAGTAGTTCTAGATTCT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=122439379;WS=122439361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	122439511	rs78443051	A	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=1372;SC=ATTCAAAGATATGGCTTTAAA;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=122439519;WS=122439501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	122439629	rs16833452	T	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=115;PP=2965;SC=GCTTCCTTGATAAAGCCAGCA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=234;WE=122439637;WS=122439619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	122439754	rs12492888	C	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=33;PP=928;SC=AGGAGTTTGACGCCAGTCTGG;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=122439762;WS=122439744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	122446642	rs2303883	C	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=23;PP=2109;SC=AGAATATTATCCTTTATTAAT;SOR=1.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=93;WE=122446650;WS=122446632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	122459290	rs16338	G	GAGA	5234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=16;PP=2957;SC=ATGAATGTTTGAGGAGTCGTA;SOR=2.259;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=65;WE=122459298;WS=122459280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	122459732	rs35887395	G	A	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CCTAAGGGAAGAGAAAAACCT;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=149;WE=122459740;WS=122459722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr3	122477743	.	C	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-1.150;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr3	122477767	rs76020932	C	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=37;PP=1202;SC=AAAAAAAGACCAAGCAGAGAG;SOR=2.030;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=44;WE=122477775;WS=122477757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	122478032	rs66939946	CCA	C	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	122512631	rs3806643	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=4;PP=112;SC=CCACAGGAAGGAGCCCCGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=122512639;WS=122512621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	122513964	rs891406	A	C	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=46;SC=CCTGCTGCTCAGGACTATTCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=122513972;WS=122513954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	122525555	.	G	GT	99	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=76;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=99;QD=17.3333333333;SC=AGGGTTCGTTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=122525563;WS=122525547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	122591230	rs147365074	G	A	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=64;PP=2965;SC=TGCCGCTAGTGTGAAACTAAA;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=180;WE=122591238;WS=122591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	122598291	rs2288677	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=716;SC=ACATTTGCTCAGAATTGCACA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=122598299;WS=122598281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	122630323	rs2303982	T	G	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=48;PP=1592;SC=ATGAGGTAGGTCCGGTTTCTT;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=82;WE=122630331;WS=122630313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	122630346	rs2303983	T	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1329;SC=ACCTGCACAGTCGGTGGCCTC;SOR=2.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=122630354;WS=122630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	122631896	rs2276782	A	T	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=64;PP=1980;SC=GCGCAGGAGGACCTCCACCAG;SOR=1.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=122631904;WS=122631886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	122642294	rs7619187	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=354;SC=CCCTCACAGTTGTAGAGGCTA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=122642302;WS=122642284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	122645277	rs2276777	C	T	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=97;PP=2965;SC=GGTCCTGCTCCGGCAAGTGGA;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=138;TCR=97;TR=235;WE=122645285;WS=122645267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	122645606	rs79543585	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=518;SC=CAACTACTTCGGTTTTCCCAG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=122645614;WS=122645596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	122646591	rs73856750	C	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=990;SC=GGCTGGTGGGCTCAAAACCAG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=122646599;WS=122646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	122646828	rs2276774	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=64;PP=1948;SC=GATCTTCTCAATAGTCCGGCT;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=106;WE=122646836;WS=122646818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	122646929	rs79679922	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=347;SC=GTTTTGTTTCCTCCTGTGCCC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=122646937;WS=122646919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	122647610	rs76653630	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=52;PP=1507;SC=GTCCGGGTCACGTCTGTGGAC;SOR=2.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=122647618;WS=122647600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	122807995	rs836860	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=11;PP=1156;SC=ACTCACAGTCGTTGGCTCCTT;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=122808003;WS=122807985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	122811042	rs836863	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1086;SC=CACAGGCCCTAGCACTGTTGA;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=122811050;WS=122811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	122821108	rs2717233	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=460;SC=CACCCTCTAGCTCTCACAGCC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=122821116;WS=122821098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	122821385	rs2241961	T	C	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=97;PP=2469;SC=AAGTGCCAAATGCTTTCATTG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=59;TCR=97;TR=156;WE=122821393;WS=122821375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	122821478	rs2241962	T	A	383.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr3	122821671	rs2241963	AT	GA	6189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	122834887	rs836839	A	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=652;SC=CCACTGATACAGTAAGCTCTT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=122834895;WS=122834877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	122835210	rs836840	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=728;SC=GAAGGGTGCCAGGGGTGGGGT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=122835218;WS=122835200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	122835232	rs2278668	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=475;SC=GGGACAGGTTTTGAAATGGTG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=122835240;WS=122835222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	122843110	rs861375	G	T	8991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=160;PP=2965;SC=GTTTCTCCACGTTTCACAGGA;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=130;TCR=160;TR=290;WE=122843118;WS=122843100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	122843212	rs2305051	C	T	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.547;SC=GTGTGTGTGTCAGTGGGCGTG;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=93;TCR=126;TR=218;WE=122843220;WS=122843189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,211:0.97:217
chr3	122864436	rs8739	G	A	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=89;PP=2965;SC=ATGGAGAAGCGGATGTAAGCT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=185;WE=122864444;WS=122864426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	122865136	rs2673345	T	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=69;PP=2269;SC=TAGCACATCCTAACTGCCAGC;SOR=1.377;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=110;WE=122865144;WS=122865126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	122873923	rs2717225	G	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=78;PP=2752;SC=TGATCTGCCTGCAGCTAATTC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=122873931;WS=122873913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	122880118	rs3828393	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=684;SC=TGGGGTCCAGGCCTCAGCCTG;SOR=3.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=122880126;WS=122880108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	122942358	rs1546605	A	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1031;SC=GCAGTGAATTACCTTGATTTA;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=122942366;WS=122942348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	122942402	rs1546604	G	A	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=31;PP=2001;SC=TTTTTACACTGTAGTTTTATT;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=106;WE=122942410;WS=122942392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	122964900	rs12493729	C	G	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=77;PP=2355;SC=GACTGTGCCTCTTCATTCTAC;SOR=1.420;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=124;WE=122964908;WS=122964890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	122978486	rs9289216	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=25;PP=720;SC=TGTTTACTTCGGGTATCAGTT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=122978494;WS=122978476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	122990291	rs9860349	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=754;SC=ACTCTCTGACCTGTTACAATT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=122990299;WS=122990281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	123008519	rs4677881	T	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=297;SC=GCGGATGCGGTATGGGGTATG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=123008527;WS=123008516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	123010363	rs56066738	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=53;PP=1493;SC=TGGCAAGTACCGCTGTCTCTC;SOR=4.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=57;WE=123010371;WS=123010353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	123015094	rs9882534	G	C	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=121;PP=2965;SC=GGCCTGAGACGGCCGTGGCTC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=197;WE=123015102;WS=123015084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	123021838	rs9877581	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=504;SC=GAGCAGCTGCAGTGACAGTGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=123021846;WS=123021828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	123021870	rs9844212	G	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=805;SC=GGACTCTTCAGCACTCCCTTC;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=123021878;WS=123021860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	123022740	.	G	GAAGAGAAGAGAAGAGAAGAA	964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.54;QD=37.11;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	123037047	rs4327330	A	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=361;SC=ACACCCAGGGAAGCCACTCAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=123037055;WS=123037037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	123066555	rs112525497	A	AAAGG	2925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=2115;SC=TGCCCACTTGAAAGGAAGTGG;SOR=2.546;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=42;WE=123066563;WS=123066545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	123086587	rs62263808	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	123167249	rs4678027	G	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=532;SC=CGCGGGCAGAGCCCCCGGGGG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=123167257;WS=123167239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	123218454	rs9820088	C	G	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=107;PP=2965;SC=TGATGCCATGCAATGAGGAGA;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=88;TCR=108;TR=195;WE=123218462;WS=123218444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	123247214	rs1563424	G	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=37;PP=1453;SC=ACATTATTTTGGTCTATATAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=123247222;WS=123247204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	123301024	rs3109649	G	A	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=23;PP=1964;SC=TCATACCAATGGAAATCAATA;SOR=2.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=95;WE=123301032;WS=123301014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	123301242	rs820469	C	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=95;PP=2965;SC=TAGGTTAACACACAGCTGTGG;SOR=2.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=132;WE=123301250;WS=123301232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	123303821	rs1271004	G	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CCCCGGCCCTGCCACCGCCGC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=100;WE=123303829;WS=123303811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr3	123303960	rs820468	C	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=26;PP=762;SC=GGACGAGGGGCAGGCGGGGCC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=123303968;WS=123303950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	123332875	rs35930843	GT	G	92.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.230;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.097;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	123337414	rs860224	C	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=7;PP=1253;SC=TTCTTGCCCACGGTGCATGGT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=123337422;WS=123337404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	123338956	rs820457	T	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;MQRankSum=0.000;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	123348179	rs820447	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=232;SC=TACCATGCCCACCCTCCCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=123348187;WS=123348169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	123357037	rs820463	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=34;PP=1130;SC=GAGACCCCGCATTCTCTGAAA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=123357045;WS=123357027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	123357062	rs820464	G	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=907;SC=GATGGAGAGGGATAAATTGCC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=123357070;WS=123357052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	123367716	rs1262182	C	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=412;SC=GGGGAGGAGGCAGGCCCCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=123367724;WS=123367706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	123368013	rs1254392	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=510;SC=ACTCACCATCATCTGACACCT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=123368021;WS=123368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	123368043	rs200371896	T	TG	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=308;SC=CCTTCGGCTCTGGGGGGGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=123368051;WS=123368033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	123376067	rs17298941	G	A	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ACTTATATTCGTGGTCAGGCA;SOR=0.227;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=111;TCR=108;TR=217;WE=123376075;WS=123376057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr3	123378319	rs7619172	C	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=802;SC=AAATTTGGGGCGAGGGACTTT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=123378327;WS=123378309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	123411589	rs40305	G	A	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=46;PP=2172;SC=TACCATCCACGGTGACTTGGC;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=117;WE=123411597;WS=123411579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	123418913	rs865358	G	A	12071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=236;PP=2965;SC=GGGTCTTTCCGTTCAGCGTCC;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=189;TCR=236;TR=425;WE=123418929;WS=123418903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr3	123440967	rs820355	G	A	7506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=131;PP=2965;SC=GTGCCCAGAGGCTCCTACCAT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=267;WE=123440975;WS=123440957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	123451773	rs9833275	G	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=20;PP=1294;SC=CTACAGGACAGCTGGCCTTGG;SOR=1.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=123451781;WS=123451763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	123452838	rs4678047	G	A	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=62;PP=2054;SC=GAAGGACCGGGGTCTGCGGGG;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=123452846;WS=123452828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	123456432	rs2168439	C	T	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=98;PP=2789;SC=CAAATCTGCTCACCTTCTGGC;SOR=2.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=30;TCR=98;TR=128;WE=123456440;WS=123456422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	123457711	rs2198766	C	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=6;PP=1485;SC=CTAATACAGGCTGGATCAGGG;SOR=4.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=60;WE=123457719;WS=123457701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	123457893	rs9840993	G	A	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=134;PP=2965;SC=TCCACTGCTGGAGCTGAAAAT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=258;WE=123457901;WS=123457883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	123633612	rs11551801	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=7;PP=894;SC=CACCTGATGAGTTTTCTTCTG;SOR=2.554;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=123633620;WS=123633602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	123634046	rs2700373	G	A	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=70;PP=2939;SC=CAGCAAGTCCGCTGTTGCTGA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=152;WE=123634054;WS=123634036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	123650432	rs2271969	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=5;PP=108;SC=ACAAACTTGGAAAATACCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=123650440;WS=123650422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	123652476	rs6784695	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=1041;SC=CAACATTTCCGGAGCCACAAA;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=123652484;WS=123652466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	123665902	rs17310144	T	G	8623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=162;PP=2965;SC=TCCAGATGCGTTTCTTTTCCA;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=140;TCR=163;TR=302;WE=123665910;WS=123665892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr3	123666192	rs17375977	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=518;SC=AACAAGTCTTCAGAAGTATGA;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=123666200;WS=123666182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	123688760	rs34337446	C	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=11;PP=1997;SC=TTCAGATCATCCATATTTCAT;SOR=3.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=80;WE=123688768;WS=123688750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	123694595	rs138944419	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.10;QD=20.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	123983604	rs2276739	C	T	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=98;PP=2717;SC=ACATTTCTCACGTCCTCTTCT;SOR=2.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=30;TCR=99;TR=128;WE=123983612;WS=123983594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	123988039	rs2272486	T	C	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=72;PP=2157;SC=AGATGTGGCATGTGCGCAAGC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=140;WE=123988047;WS=123988029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	124044949	rs2289778	C	T	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=136;NR=167;PP=2965;SC=GGAAGAGCTTCGCTGCTGCCC;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=136;TCR=167;TR=303;WE=124044957;WS=124044939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr3	124113929	rs482285	A	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=15;PP=1310;SC=CCCTCACCCCAGCCCTGGCCT;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=124113937;WS=124113919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	124128938	rs647010	A	G	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=32;PP=1885;SC=GAAACACCAGATACAGAATCC;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=124128946;WS=124128928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	124132263	rs2289846	A	T	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=20;PP=1618;SC=CCTTAACCTAACAATCTCTCG;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=124132271;WS=124132253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	124165763	rs200094624	C	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=1305;SC=TCCCCCAGATCCACCCAGAAC;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=124165771;WS=124165753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	124193286	rs10576467	CGAGA	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=1;PP=455;SC=GTGTTCACTCCGAGAGAAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=124193297;WS=124193281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	124195987	rs572145	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=723;SC=TAGACACTGGTGTCTGAGGGT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=124195995;WS=124195978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	124196094	rs2289843	A	T	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=65;PP=2965;SC=CTTTTTAGGCAGACAAATTTC;SOR=1.405;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=117;TCR=65;TR=182;WE=124196102;WS=124196084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	124196238	rs3214750	CT	C	5272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=100;PP=2973;SC=TGCTTCTCTGCTTTGGCATAA;SOR=1.842;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=10;TCR=102;TR=109;WE=124196246;WS=124196228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	124281604	rs2279784	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=61;PP=2759;SC=CACATCCTTCGTCCCCTCTCA;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=164;WE=124281612;WS=124281594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	124281980	rs2256831	T	C	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=31;PP=751;SC=AAGGAGGCCATGAGCGCTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=124281988;WS=124281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	124303599	.	C	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=14;PP=1726;SC=GCTGAAGTTTCCTTCCCGCCG;SOR=2.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=124303607;WS=124303589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	124351316	rs1708303	G	A	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=125;PP=2965;SC=CCGAGTCCGTGGCCAACCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=260;WE=124351324;WS=124351306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	124351424	rs1660038	T	C	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=108;PP=2965;SC=TGCGTCGGCTTAACAGCGGGA;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=214;WE=124351432;WS=124351414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	124352573	rs652046	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1151;SC=GGAAATTGCGACTGAACAGTT;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=124352581;WS=124352563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	124352728	rs652863	G	A	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=130;PP=2965;SC=AAGATGAGCCGGATGAAGAGT;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=149;TCR=131;TR=279;WE=124352736;WS=124352718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	124369640	rs11372663	T	TA	5389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=62;PP=2974;SC=TAAGCCTGTTTTTCTCTCTTT;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=83;WE=124369648;WS=124369630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	124377165	rs2175740	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=823;SC=GCCTTGGTGCGTCCCCAAGTG;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=124377173;WS=124377155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	124378386	rs333297	C	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=41;PP=1195;SC=GTAGAGCTAGCGGTTCTGTCT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=124378394;WS=124378376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	124379641	rs333291	C	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=802;SC=AGCTACTCTACACCATTGCCA;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=124379649;WS=124379631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	124379748	rs333290	G	C	8105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=104;PP=2965;SC=CCACACTCTTGCCTGCTTCCC;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=171;TCR=105;TR=275;WE=124379756;WS=124379738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	124379817	rs333289	T	C	9845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=183;PP=2965;SC=GTTCAGATATTGAGGTGAGTT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=173;TCR=183;TR=355;WE=124379825;WS=124379807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr3	124380793	rs665927	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=56;PP=1713;SC=TTTAAGAATGCGTCTAAGCCC;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=124380801;WS=124380783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	124393610	rs333354	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=463;SC=TTGAGTGCTGACACCATATGC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=124393618;WS=124393600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	124396338	rs333349	T	G	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=26;PP=2014;SC=CACACATTAGTTCTTGTCCCA;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=100;WE=124396346;WS=124396328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	124398571	rs821365	A	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=780;SC=AGATTTTTTTAAAAAACAAAA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=124398579;WS=124398561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	124398589	rs821364	A	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=573;SC=AAAACTTGTTATCTTGAATGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=124398597;WS=124398579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	124412634	rs333283	G	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=53;PP=1747;SC=AATTTTCTGTGTCTTTTTGTT;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=96;WE=124412642;WS=124412624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	124418846	rs2289427	C	T	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=117;PP=2965;SC=GCCTTCCCAGCGAGCCCTCGG;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=58;TCR=117;TR=175;WE=124418854;WS=124418836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	124449252	rs2279199	T	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=0;PP=961;SC=ACTTCGCGGGTGACGTCATCG;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=124449260;WS=124449246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	124449291	rs1139538	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=22;PP=2329;SC=GCGCCTGGGAATTTGAAGCAA;SOR=2.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=103;WE=124449299;WS=124449281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	124450258	rs4678146	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=289;SC=TAGCTGCCTCTCCCATTATCT;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=124450266;WS=124450248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	124450321	rs10934681	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=720;SC=AATCAATCGCTTGTGTTATTA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=124450329;WS=124450311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	124451284	rs16835925	T	C	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=58;PP=2965;SC=ATGAATTACCTGGGAATTTTG;SOR=1.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=141;TCR=59;TR=199;WE=124451292;WS=124451274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	124454174	rs3772804	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=270;SC=TCTGTGCACTAATGTTTTACC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=124454182;WS=124454164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	124458816	rs694897	C	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=22;PP=1579;SC=TTGGACAAGACGTTAGAGGTT;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=124458824;WS=124458806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	124462710	rs3772807	G	C	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=27;PP=2596;SC=TCATGTGACAGGTTTTCTGAT;SOR=2.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=99;TCR=27;TR=126;WE=124462718;WS=124462700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	124483089	rs2291079	C	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=7;PP=1230;SC=AATTCTCTCTCTCCAGAACTG;SOR=3.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=124483097;WS=124483079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	124605736	rs6438861	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	124629222	rs34208404	TA	T	3463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.280;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.337;NF=38;NR=61;PP=1351;ReadPosRankSum=0.187;SC=CATCTCTCTATAAAAAAAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=99;WE=124629231;WS=124629212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,164:0.92:179
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG	8960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=92;PP=2924;SC=AGCTGTTGGGAAAGGTGTATT;SOR=1.094;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=119;TCF=14;TCR=105;TR=106;WE=124646713;WS=124646695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	124653710	rs10934701	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1053;SC=AATACCATAGATCTCTTCCGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=124653718;WS=124653700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	124728472	rs6438868	C	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1262;SC=TTTTGGTTAGCAAGAAAAATA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=124728480;WS=124728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	124728626	rs6438869	A	G	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=102;PP=2965;SC=ATTGTTGCACATGGCTGTGGA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=195;WE=124728645;WS=124728616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	124729193	rs6784454	T	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=0;PP=1002;SC=AAACAGTGTATTTGTCCACAT;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=124729201;WS=124729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	124731485	rs10804567	C	G	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=GAAGAGGACACTGTTGTTGGT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=208;WE=124731493;WS=124731475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	124732618	rs6790837	A	G	7665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=125;PP=2965;SC=CTGAGCATGAAAAAAGGAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=252;WE=124732626;WS=124732608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	124732842	rs6438871	C	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1046;SC=CGACTGTAAACGGAAAAGCCA;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=47;WE=124732850;WS=124732832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	124733649	rs6438873	T	G	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=65;PP=2630;SC=TGTTTCTTGGTGCATGGCCGC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=148;WE=124733657;WS=124733639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	124738107	rs59232004	C	T	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=46;PP=2959;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AAAACTCACTCGAACGTTCTC;SOR=0.606;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=103;TCR=47;TR=148;WE=124738115;WS=124738097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr3	124739892	rs6438874	G	A	6535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.964;SC=TGAACACGGTGGCAACATGCA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=99;TCR=117;TR=214;WE=124739900;WS=124739882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr3	124746049	rs2981546	A	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=540;SC=TGGCACTCACATGAGGAAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=124746057;WS=124746039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	124746182	rs2333041	C	A	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=44;PP=2667;SC=GAAGAAAGGACGGGCTCCAAG;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=133;WE=124746190;WS=124746172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	124746347	rs4404487	T	C	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GAAGACTTTCTGAGGCTGAAA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=95;TCR=139;TR=233;WE=124746355;WS=124746337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr3	124748226	rs2860440	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=50;PP=1756;SC=GAACCATCACGCCCTCTTTGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=124748234;WS=124748216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	124774432	rs62265663	T	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	124774643	rs186106404	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	124802677	rs1574340	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=798;SC=GAAGGTCCTGAGCTTGGGTCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=124802685;WS=124802667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	124802881	rs2981483	A	G	11398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	124802888	rs2981482	C	T	11402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	124803043	rs2981481	G	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=30;PP=833;SC=TATATGTACAGGTATATATGA;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=124803051;WS=124803033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	124837684	rs621383	T	C	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=73;PP=2242;SC=AAGACGAAGATGATGTACAGA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=124837692;WS=124837674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	124839470	rs863642	G	A	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=210;PP=2965;SC=CAGGGAGCCCGGGGGAATGCT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=213;TCR=210;TR=422;WE=124839478;WS=124839460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr3	124854425	rs702048	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=510;SC=ATACCAAGAGTACCTGCAGGC;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=124854433;WS=124854415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	124896861	rs545103	C	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=49;PP=1492;SC=GGACAGAAAGCCATGGGCCCA;SOR=2.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=124896869;WS=124896851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	124912207	rs13322132	C	T	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=50;PP=2145;SC=GAGTGAGACCCTGTCTCAAAA;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=112;WE=124912221;WS=124912197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	124951171	.	CTT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.702;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	124951821	rs1053738	C	T	7160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=132;PP=2965;SC=CATTCTCTGACGGGGTGACCT;SOR=1.028;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=106;TCR=133;TR=238;WE=124951829;WS=124951811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	124998098	rs10665336	C	CAAA	191.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=23.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	125179732	rs112803860	C	CATAA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=143;SC=ACACACATTGCATAGAGTTAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=125179740;WS=125179722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	125223456	rs2076724	C	T	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.05;NF=107;NR=95;PP=2965;SC=GGTGTAATTTCTGTTACCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=202;WE=125223464;WS=125223445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	125238792	rs56381562	G	A	2271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=31;PP=2097;ReadPosRankSum=-1.565;SC=GGCCCGGCCCGGCCCAGCCCA;SOR=0.852;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=103;WE=125238800;WS=125238782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr3	125250610	rs62270201	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=815;SC=TTTAAAAATAAAGATGTATAA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=125250618;WS=125250600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	125270985	rs10541213	GTATA	G	2055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.6838;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=10;PP=1141;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=1.659;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=25;WE=125270998;WS=125270975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	125297715	rs2922184	A	G	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=115;SC=TTTACGGTATATGAATAGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=125297723;WS=125297705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	125301711	rs2979382	C	G	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=48;PP=2766;SC=CCTATTCCTGCTCTCTTAGGA;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=142;WE=125301719;WS=125301701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	125726048	rs2279819	G	C	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=56;PP=2148;SC=TCACTTCTGCGAGGTACAGCA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=111;WE=125726056;WS=125726038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	125735483	rs142928178	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=576;SC=CACTCCATTCCTGTCCCCCAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=125735491;WS=125735473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	125775228	rs7613944	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=43;PP=1774;SC=CCAGGCCGGCTGTCATCATGC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=125775236;WS=125775218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	125775428	rs6438964	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=42;PP=1210;SC=CCAGGAGCACGAAGTCAGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=125775436;WS=125775418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	125786695	rs4308225	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=24;PP=1431;SC=AGGACTGCCCGACAACCTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=125786703;WS=125786685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	125786760	rs4308226	G	A	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.07;NF=91;NR=48;PP=2560;SC=GCAGTGCCCCGCTCCCTGTCC;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=139;WE=125786768;WS=125786750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	125786879	rs4234270	T	C	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=100;PP=2965;SC=ATGGACCAGGTGGTCTCCCTG;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=195;WE=125786887;WS=125786869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	125825938	rs9282690	C	T	10225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=206;NR=166;PP=2965;SC=CCCAGTAACACGTGGGAGAGA;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=206;TCR=167;TR=372;WE=125825946;WS=125825928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr3	125826003	rs4646750	T	C	12637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=244;PP=2965;SC=AACCGAGAGATGATCATGACA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=465;TCF=221;TCR=244;TR=465;WE=125826011;WS=125825993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr3	125831572	rs4646744	GGC	G	2315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=1883;SC=CCTCCAGCCAGGCGCTGCTGT;SOR=2.259;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=125831581;WS=125831562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	125834176	rs11716254	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=746;SC=TAGGAGGCTCCACTGGGGAGG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=125834184;WS=125834166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	125836796	rs4646742	C	T	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.897;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.53;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr3	125836803	rs4646741	G	A	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.85;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr3	125836833	rs4646740	C	G	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=63;PP=2772;ReadPosRankSum=0.151;SC=CTCTGCTCCACCCCCAGCCAC;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=158;WE=125836841;WS=125836823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr3	125843400	rs3217578	A	AG	1230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=1330;SC=GCAAGCTGGGAGAGTAGCTGC;SOR=2.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=28;WE=125843408;WS=125843390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	125848911	rs1868125	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=315;SC=CCTTACAACAATGCCTGGCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=125848919;WS=125848901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	125848945	rs2365002	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=384;SC=AAGAAGCACATGGATGGCTGT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=125848953;WS=125848935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	125849031	rs873696	C	T	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=28;PP=1578;SC=TGGAAAGCACCGCGAGGCTGC;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=81;WE=125849039;WS=125849021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	125849238	rs2002287	G	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=45;PP=1391;SC=AAGTCAAAGCGACCAGCTTAG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=125849246;WS=125849228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	125850101	rs4646733	CA	TG	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=1399;SC=AAACAGGTGTCATTCCAAGCC;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=24;WE=125850110;WS=125850091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	125850169	rs3821451	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=55;PP=2526;SC=CTTGGAGTTCTCCTATATGGC;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=125850177;WS=125850159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	125850193	rs3816366	A	G	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=90;PP=2965;SC=GCCAGTCTGCATGTGCTCACA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=119;TCR=90;TR=209;WE=125850201;WS=125850183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	125850381	rs2305228	A	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=69;PP=2070;SC=TGCCAACCTGACCAGGGTGAG;SOR=2.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=93;WE=125850389;WS=125850371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	125854409	rs2276724	T	C	12767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=212;PP=2965;SC=TCCCGCGCACTGATCTTCCCC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=460;TCF=248;TCR=212;TR=460;WE=125854417;WS=125854399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr3	125855599	rs2305229	G	T	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=68;PP=2965;SC=TGCTGGGCCTGCACTCACACT;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=131;TCR=68;TR=199;WE=125855607;WS=125855589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	125856695	rs2305230	C	A	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=51;PP=2718;SC=CGTCCCCTCGCAGCTTCCTCA;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=136;WE=125856703;WS=125856685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	125856916	rs6799991	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=343;SC=CCCAGCACCGAGAGGTAGCCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=125856924;WS=125856906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	125865766	rs2886059	C	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1562;SC=CGCTGCCAAACACTCTGCAAA;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=125865774;WS=125865756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	125876450	rs41266449	C	G	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=147;PP=2965;SC=AGGAGGCCCTCTCTTCCCAGG;SOR=3.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=24;TCR=147;TR=171;WE=125876458;WS=125876440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	126133239	rs6775131	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=998;SC=TGTCACCACTCTTCTTGGGTC;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=126133247;WS=126133229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	126138778	rs2271630	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=40;PP=1689;SC=TGCTGAAGCTTGGCTGCAGCT;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=126138786;WS=126138768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	126142496	rs13064828	T	C	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=87;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATGTAGGTGCTATGCGGTGGC;SOR=0.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=59;TCR=88;TR=146;WE=126142504;WS=126142486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr3	126151797	rs35133442	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=521;SC=CCCATGATCCTTCAGCCCTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=126151805;WS=126151794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	126157464	rs11444454	T	TG	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=1770;SC=TGTTCTTTGATGAAAAATGAA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=126157472;WS=126157454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	126158622	rs1799404	A	C	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=95;PP=2765;SC=AGTGCAGCAAAGGTCCTCGTC;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=179;WE=126158630;WS=126158612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	126169091	rs777493	T	C	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=99;PP=2965;SC=CAACCTTGGATGCGTAAGGGT;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=158;TCR=101;TR=257;WE=126169099;WS=126169081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	126169230	rs777494	C	T	9502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=163;PP=2965;SC=TAGAGATCCACGCACCCTCCC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=168;TCR=163;TR=331;WE=126169238;WS=126169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr3	126169472	rs777495	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=32;PP=909;SC=CCTACCCGCATCTCCCTTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=126169480;WS=126169462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	126181071	rs6775965	A	C	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1593;SC=GATCTGAAAAAAAAAGGAATA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=126181079;WS=126181061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	126194357	rs7624748	G	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.59;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	126202147	rs79648980	G	A	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=74;PP=2965;SC=GACAGCAAACGTGGATGGGGA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=151;TCR=74;TR=225;WE=126202155;WS=126202137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	126215130	rs6797423	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=478;SC=AGCAGTGCCAGTGGCCCCATG;SOR=3.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=126215138;WS=126215120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	126218159	rs6771670	T	A	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=44;PP=2553;SC=ACACTAGATGTGGCAGCCGCC;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=135;WE=126218167;WS=126218149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	126218769	rs35907154	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=537;SC=AGAGGCACAGTGAAGCCTCGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=126218777;WS=126218765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	126218788	rs6774768	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=2;PP=779;SC=GGTCAGGATTTGCTGGGCCAC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=126218796;WS=126218778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	126218934	rs147353570	G	A	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=108;PP=2965;SC=AGGCATTGCCGTAGTCCCAGA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=134;TCR=109;TR=242;WE=126218942;WS=126218924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	126219030	rs13072404	T	C	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=115;PP=2965;SC=ACCACCGCTGTGAGGCCCTGG;SOR=1.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=67;TCR=116;TR=182;WE=126219038;WS=126219020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	126219086	rs13092625	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=1286;SC=CATGCTCCCCACCAACTTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=126219094;WS=126219076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	126219627	rs34025926	G	A	9064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=177;PP=2965;SC=GGTAGTAGCCGCCATTGAACG;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=135;TCR=177;TR=312;WE=126219635;WS=126219617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr3	126219750	rs201018413	A	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=988;SC=AGTGCAAGCCACACACAGCCT;SOR=3.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=35;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	126219752	rs139417364	ACACAGCCTGGGC	A	2146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=2973;SC=TGCAAGCCACACACAGCCTGG;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	126219973	rs1177565	T	C	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=23;PP=2392;SC=CTTTGTGTCCTGGCAGCTCCT;SOR=2.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=109;WE=126219981;WS=126219963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	126220539	rs9844797	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=13;PP=1209;SC=ATATTTTGGGAAACAGAAGAT;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=126220547;WS=126220529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	126220845	rs7643584	G	A	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=975;SC=TCCTCAGCTCGGGGGTTGCGG;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=126220853;WS=126220835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	126224648	rs150437149	C	G	14930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=208;NR=320;PP=2965;SC=GCCAAGTCCTCGATGCCCAGG;SOR=1.243;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=209;TCR=321;TR=528;WE=126224656;WS=126224638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr3	126226518	rs9784244	C	T	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=70;PP=2965;SC=AATATCACCACTTTGCTTTAT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=195;WE=126226526;WS=126226508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	126227185	rs16837531	G	A	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=43;PP=2214;SC=CTGTGGGTTTGTAAGCTCCTA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=118;WE=126227193;WS=126227175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	126228410	rs729456	G	A	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=65;PP=2677;SC=GCTGGGCCTCGGTTTCCCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=143;WE=126228418;WS=126228400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	126236348	rs1687480	T	C	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=62;NR=33;PP=1991;SC=CAGCTCCCACTAAGAGGGCAG;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=95;WE=126236356;WS=126236338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	126268953	rs869464	T	G	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=99;PP=2965;SC=ACGCCTGGCCTTCAGGACCCC;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=160;WE=126268961;WS=126268943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	126270757	rs13071443	G	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=21;PP=1855;SC=TAACATGAACGTCTGCATGCA;SOR=2.133;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=82;WE=126270765;WS=126270747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	126328101	rs9856833	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=75;PP=2606;SC=CAGTAAAAGCATACAATAGAT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=151;WE=126328109;WS=126328091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	126329910	rs777241	A	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=84;PP=2965;SC=TTATCTTTGCATAACAAGTGT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=188;WE=126329918;WS=126329900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	126340553	rs3732534	G	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=36;PP=2275;SC=ATCTTGATCAGGACATTATCT;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=126340561;WS=126340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	126341174	rs145206070	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=675;SC=AGAAATTGATTATAAAGAGCT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=126341182;WS=126341164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	126365127	rs11453652	C	CT	1695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=1581;SC=GTGAGTTAAACAAAGTGTTAC;SOR=2.356;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=126365135;WS=126365117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	126373994	rs3108755	A	G	6839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=127;PP=2965;SC=CCGCCCCCCAACACCGCCCCG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=231;WE=126374002;WS=126373984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	126384888	rs73197976	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=554;SC=GGGGTGAACCGCCCACAAAAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=126384896;WS=126384878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	126451805	rs2272488	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=20;PP=1785;SC=CTGACCAGCCGCTGGCTGGTT;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=83;WE=126451813;WS=126451795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	126451937	rs2272487	G	T	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=116;PP=2965;SC=ACAGGAGCATGCTGCTATCCA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=228;WE=126451945;WS=126451927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	126452133	rs6800807	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=425;SC=GGGGGCGGGCCCTGGCACCTG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=126452141;WS=126452123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	126571679	rs2166909	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=509;SC=ACCCAGTGCCCATTCGCCCAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=126571687;WS=126571669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	126708453	rs6773789	T	C	10517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.692;SC=TGCTGTTCACTGTGTTCGCCC;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=162;TCR=214;TR=375;WE=126708461;WS=126708443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr3	126723549	rs28710010	C	T	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=64;PP=1944;SC=GTGTCCTGCACAGCATGTGAG;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=126723557;WS=126723539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	126726705	rs9876615	A	G	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=115;PP=2965;SC=ACGTGTGCACACACAACGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=257;WE=126726713;WS=126726695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	126726803	rs9876778	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=GGTGGAGCAGAACTGGGTTGA;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=163;WE=126726811;WS=126726793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	126735453	rs9858521	C	T	22386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=441;NR=358;PP=2965;SC=CCCAGCTCACCAACCCTGAGG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=802;TCF=443;TCR=359;TR=799;WE=126735461;WS=126735443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,823:1.00:823
chr3	126739291	rs6439030	T	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=58;PP=1485;SC=GCAGCCTGTGTGGCCTGGGGG;SOR=2.391;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=77;WE=126739299;WS=126739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	126741267	rs78526574	G	A	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=83;PP=2478;SC=GCCCAGAGACGTTGCTGTGGC;SOR=2.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=26;TCR=83;TR=109;WE=126741275;WS=126741257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	126746690	rs9851451	A	G	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=137;PP=2965;SC=TCTCCTTGCCAGGAACACCAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=86;TCR=137;TR=223;WE=126746698;WS=126746680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	126746731	rs9833827	T	G	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=81;PP=2847;SC=AGGGGCAGGTTGGGGGTAGGC;SOR=1.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=132;WE=126746739;WS=126746721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	126747001	rs75736787	C	G	9811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=190;PP=2965;SC=TGACGCTGCCCCCTTGCTCCA;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=167;TCR=191;TR=357;WE=126747009;WS=126746991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	126749017	rs2241675	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1863;ReadPosRankSum=1.535;SC=GCCACTTGCCTAGTCACCCAG;SOR=0.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=71;WE=126749025;WS=126749007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr3	126749079	rs7625998	C	T	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=54;PP=2965;SC=CTGCCTGCCCCCCGCAGGGCA;SOR=1.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=164;WE=126749087;WS=126749070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	126751478	rs9840115	C	T	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=40;PP=2668;SC=GGCAGGGGCCCGGGGGCAGCC;SOR=1.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=113;WE=126751486;WS=126751468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	126751689	rs6439031	G	A	9871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=210;PP=2965;SC=GGTGAACACCGTGGGAGCCCA;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=140;TCR=210;TR=350;WE=126751697;WS=126751679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr3	126880488	rs7625800	T	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=13;PP=2965;SC=CCTGCCCCTCTCTCTGCCTGG;SOR=3.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=103;TCR=13;TR=116;WE=126880496;WS=126880478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	127106144	rs9856643	C	A	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.818;SC=GTCACTCACCCGGCAGTGTCA;SOR=0.674;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=260;TCF=125;TCR=135;TR=246;WE=127106163;WS=127106134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr3	127106259	rs9856935	C	T	15608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=318;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=1.810;SC=CAGTGTCATCCCCCACCAGTG;SOR=0.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=617;TCF=320;TCR=297;TR=612;WE=127106267;WS=127106249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,606:1.00:607
chr3	127329929	rs17497006	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=32;PP=893;SC=TTTTACATGCGAGGAAGACAG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=127329937;WS=127329919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	127434580	rs627498	G	A	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=61;PP=2965;SC=GGCAGGTCCCGCACCCAGATG;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=108;TCR=61;TR=169;WE=127434588;WS=127434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	127434856	rs477554	C	T	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=44;PP=1272;SC=TGAGACCCCCCGCACCTGCCC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=127434864;WS=127434846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	127774722	rs6802633	AA	GC	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=389;SC=AAGAATGTTAAAGTGCTGTGT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=127774731;WS=127774712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	127775480	rs9827668	G	T	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=24;PP=1502;SC=CAAATTTTGCGTATTCATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=127775488;WS=127775470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	127775499	rs9827421	C	T	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=41;PP=1723;SC=TTTAAAATAACGTACTACGTT;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=127775507;WS=127775489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	127775788	rs9847934	T	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	127779220	rs9848345	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=4;PP=316;SC=CTTTACTGACCGCTCTCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=127779228;WS=127779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	127779306	rs2304018	G	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=22;PP=1525;SC=AACCATGTCCGTGGGGAGCAG;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=127779314;WS=127779296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	127783698	rs1044843	A	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=669;SC=TCCTTCATATATGTCTCCTCC;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=127783706;WS=127783688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	127784118	rs13070488	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=53;PP=1595;SC=AATCATGTTCTTCTGGGTTGG;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=127784126;WS=127784108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	127786551	rs9858267	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=959;SC=GGTCTGTGACGTGTGCAGATA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=127786559;WS=127786541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	127786675	rs2276867	T	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=971;SC=GTTAGACTTTTTCATATGACT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=127786683;WS=127786665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	127799983	rs1057220	A	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=266;SC=AGCGCTGCAGACCACGCCTGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=127799991;WS=127799973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	127800071	rs1057156	A	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=14;PP=1372;SC=GGAGTCTCTTACTGCTGAAAA;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=127800079;WS=127800061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	127983495	rs2811544	T	C	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=86;PP=2965;SC=CAACGAGAGATCCCTCGGGAC;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=157;TCR=86;TR=241;WE=127983503;WS=127983485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	128181471	rs36034445	G	A	8163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CCACCTCCACGCGCTCCTGCC;SOR=0.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=153;TCR=140;TR=289;WE=128181479;WS=128181461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr3	128200072	rs34172218	C	T	17872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=343;NR=300;PP=2965;SC=CGAAGCACTCCGCCCCTTTCT;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=644;TCF=343;TCR=301;TR=643;WE=128200080;WS=128200062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,660:1.00:660
chr3	128205860	rs1573858	G	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=54;PP=1428;SC=GCGGCTGCTCGGGCGCCACCT;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=78;WE=128205868;WS=128205850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	128292213	rs2734046	A	G	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=92;PP=2965;SC=GCTGGAAACCAGAGCTTGATG;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=140;TCR=93;TR=232;WE=128292221;WS=128292203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	128348735	rs11453536	G	GA	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=10;PP=931;SC=ATAATTGAAAGAAAAAAATTC;SOR=2.078;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=32;WE=128348743;WS=128348725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	128350684	rs4857914	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=488;SC=GAACATCAGTCAACCCTAAAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=128350692;WS=128350680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	128351054	rs9868579	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1225;SC=AATGCACCATTAGTTTAAATC;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=128351062;WS=128351044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	128356852	rs1697	C	T	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=74;PP=2965;SC=GGGTTGGATACGGATGAAGCA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=169;WE=128356860;WS=128356842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	128363332	rs2811497	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=248;SC=ACTAAAAATACATACATATAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=128363340;WS=128363322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	128363499	.	GA	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.339;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	128532446	rs139417205	GCA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.085;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,20:0.10:204
chr3	128580574	rs789248	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.867;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=39;PP=2601;ReadPosRankSum=2.095;SC=CAGTTACCTGTGGCACCTCCA;SOR=1.529;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=130;WE=128580593;WS=128580564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr3	128580585	rs789247	C	A	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=1.004;SC=GGCACCTCCACGGCAGAAATG;SOR=0.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=141;WE=128580593;WS=128580564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr3	128612659	rs1680780	G	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=34;PP=795;SC=AAGTGTTCTCGGGTCCTGTGC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=128612667;WS=128612649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	128614075	rs11379527	G	GA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.754;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	128614133	rs1683791	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=27;PP=1782;SC=CTGTGATTGACGCTGGTCCAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=128614141;WS=128614123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	128614185	rs1680778	A	C	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=68;PP=2792;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CATGTACTCAAGACTAGGGGA;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=170;WE=128614198;WS=128614175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr3	128616325	rs1683804	C	T	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=12;PP=2265;SC=AGACATCCTGCAGCTTGGAAA;SOR=3.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=84;TCR=12;TR=96;WE=128616333;WS=128616315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	128616359	rs789213	C	G	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=71;PP=2965;SC=TCTGACCCTTCATTTTAAAAG;SOR=1.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=141;TCR=71;TR=212;WE=128616367;WS=128616349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	128622760	rs1683776	G	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=11;PP=1266;SC=GCAAGTGGGGGTGCCAGCTTC;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=128622768;WS=128622750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	128624880	rs1683777	T	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=8;PP=686;SC=CCCAAGCCCGTGTGCCTCCCA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=128624888;WS=128624870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	128626952	rs1683786	T	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=30;PP=2965;SC=AGTGGCCGGCTCTACCCAGCA;SOR=2.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=105;TCR=30;TR=135;WE=128626960;WS=128626942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	128627021	rs1683787	A	G	9613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=155;PP=2965;SC=TACACTACTGACCACAGGGAA;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=193;TCR=156;TR=346;WE=128627029;WS=128627011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr3	128627753	rs876754	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=21;PP=1458;SC=GAATGGGCCATGTTGCTGGAC;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=128627761;WS=128627743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	128627933	rs876755	C	T	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TTGTGCACCCCAGTCTTGCGG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=173;TCR=157;TR=328;WE=128627941;WS=128627923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr3	128629505	rs3830293	C	CTGAT	5628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=1849;SC=CCCAGTTTGGCTGATAGGCTG;SOR=1.217;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=64;WE=128629513;WS=128629495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	128653952	rs883602	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=725;SC=ACCACATGCGAGCTGCCACTG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=128653960;WS=128653942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	128697085	rs35203944	AT	A	2453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=59;PP=2468;SC=TATTTATTGAATTAACTACTA;SOR=3.849;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=59;WE=128697093;WS=128697075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	128720487	rs1871951	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=12;PP=1125;SC=GCCGGTCAGCACGGGCGCGGA;SOR=2.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=55;WE=128720495;WS=128720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	128721137	rs57803238	G	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=52;PP=1532;SC=CCGCGCTGCAGAGCAGTGATG;SOR=1.900;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=77;WE=128721145;WS=128721127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	128721234	rs59793454	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=311;SC=AGCTGGCTGGCTGCGGAGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=128721242;WS=128721224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	128722685	rs114656923	G	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=53;PP=1848;SC=GGGGCACGGCGGGCCGGAGGC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=128722693;WS=128722675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	128755814	rs3732429	T	C	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=92;PP=2965;SC=CCCCTTCTCTTCCCAGGCAGA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=191;WE=128755822;WS=128755804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	128780714	rs6069	G	A	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.399;SC=ACGGACTCACGGCCCTGCCTG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=182;TCR=77;TR=258;WE=128780722;WS=128780704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr3	128781123	rs115005114	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=683;SC=TTGAGCCAGGCCCCCAGAACC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=128781131;WS=128781113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	128853622	rs7646403	C	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=16;PP=1865;SC=TTTCAAAGGACACAACAGAAA;SOR=2.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=128853630;WS=128853612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	128859202	rs10664499	C	CTTAG	9231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=45;PP=2974;SC=CTGTCACAAACTTACTTACGT;SOR=2.006;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=124;WE=128859210;WS=128859192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	128864520	rs9842978	C	G	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=33;PP=1847;SC=CTGTATCAAGCGACTACTATG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=128864528;WS=128864510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	128864540	rs9880527	A	G	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=44;PP=2225;SC=GGCAAGAATGAGCTGGGAACT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=112;WE=128864548;WS=128864530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	128877521	rs4452346	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=50;PP=1367;SC=CATTCATATACAAATATTGTA;SOR=4.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=54;WE=128877529;WS=128877511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	128890350	rs4303883	G	A	10193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=179;PP=2965;SC=GATAACAAATGTCTGGAAGAG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=173;TCR=179;TR=352;WE=128890358;WS=128890340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr3	128975188	.	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=204;SC=CACTTGGGGCGCTTGGGTTAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=128975196;WS=128975178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	129100228	rs113169163	T	C	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.137;NF=150;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGACACTGATTGGCGTGCACT;SOR=0.322;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=151;TCR=173;TR=323;WE=129100236;WS=129100218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr3	129120743	rs6764765	A	G	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=81;PP=2561;SC=GACAGGCCAGAGCTGAGGCTT;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=120;WE=129120751;WS=129120733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	129127737	rs368030574	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=773;SC=GCCCTTCTCTCGCCTGTGTCC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=129127745;WS=129127727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	129130018	rs73202271	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=1128;SC=TGTCGCTGCCGCTCGCGGTAC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=129130026;WS=129130008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	129137025	rs56323212	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=10;PP=1496;SC=GGGAGGGGCGGGGGTGGCAAA;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=61;WE=129137033;WS=129137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	129140489	rs3774788	T	C	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=84;PP=2965;SC=GATTAAGGGGTGTCTGATCCT;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=195;WE=129140497;WS=129140479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	129140738	rs60414131	A	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=52;PP=1535;SC=AGGCTGGGCAACAGGGCCCTG;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=129140746;WS=129140728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	129151927	rs140697	G	A	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=65;PP=2965;SC=TCCTTTGGGTGTATAGGAAAA;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=136;TCR=66;TR=201;WE=129151935;WS=129151917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	129152089	rs140696	G	A	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=109;PP=2965;SC=TTGCCATTTTGCCTGGGAAGT;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=61;TCR=109;TR=170;WE=129152097;WS=129152079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	129152144	rs140695	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=48;PP=1144;SC=GCTGATTTCATGTTCAAGTAG;SOR=2.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=61;WE=129152152;WS=129152134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	129153036	rs140694	G	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=453;SC=AAGCAATATTGAGGGATGCAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=129153044;WS=129153026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	129155670	rs10342	C	T	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=121;PP=2965;SC=TCACTTTCAGCATCTGCTTTA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=240;WE=129155678;WS=129155660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	129156536	rs140692	A	G	10729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=150;PP=2965;SC=ATTTGGCTGTACTATCTTTAC;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=223;TCR=151;TR=373;WE=129156544;WS=129156526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr3	129168854	rs370254601	CTT	C	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.692;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr3	129177346	rs2285349	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=335;SC=CTAACACTTACTAGGTACCTT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=129177354;WS=129177336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	129179623	rs113240923	C	CTG	2843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=7;PP=2262;SC=AGGACTAAAACGGGTTGAGAC;SOR=4.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=55;WE=129179631;WS=129179613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	129182588	rs55860024	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=49;PP=1510;SC=TAGGCCCCTGTATTTCCTTTT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=129182596;WS=129182578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	129185641	rs6770233	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=442;SC=TCACTGCACCTGGCCCCCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=129185649;WS=129185631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	129185661	rs6805886	C	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=751;SC=GGGCTCCTTGCCAGGATTTTA;SOR=3.193;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=129185669;WS=129185651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	129185924	rs56379561	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=759;SC=GTGTGTCCCAGTGAGTGGGAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=129185932;WS=129185914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	129188023	rs2285350	T	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=413;SC=GTAAGACTGATTGATGGGTTG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=129188031;WS=129188013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	129188325	rs7612530	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=477;SC=CTGAGATTCTGTTACTATTAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=129188333;WS=129188315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	129197108	rs58550262	TC	T	1722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=48;PP=1087;SC=CCATTTGTGCTCCCCCCCCAG;SOR=4.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=48;WE=129197116;WS=129197098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	129202316	rs112066509	C	T	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=106;PP=2965;SC=CCCCACTGTCCCTGTTCCCCA;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=148;TCR=107;TR=254;WE=129202324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr3	129202644	rs7610149	G	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=608;SC=GCAGCTGTGAGGTCGTGGGAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=129202652;WS=129202634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	129207309	rs55991801	C	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=58;PP=1620;SC=AGATGGGGACCCAGGTGGCAC;SOR=5.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=129207317;WS=129207299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	129210977	rs2285354	G	C	12308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTATTTCTTCGCCACAGGCCT;SOR=0.384;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=457;TCF=238;TCR=219;TR=451;WE=129210985;WS=129210966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,460:0.99:463
chr3	129214302	rs111401191	G	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.046;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=5.052;NF=105;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.494;SC=AGGAAGAAGCGGGGAGAGACC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=108;TCR=59;TR=162;WE=129214310;WS=129214292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,168:0.98:172
chr3	129214511	rs66556397	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=35;PP=983;SC=TCTCACGTGCGGTGTCCAAGT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=129214519;WS=129214501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	129218944	rs6799876	G	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=127;PP=2965;SC=AGAAGCATTTGGCAGCATGTC;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=85;TCR=127;TR=212;WE=129218952;WS=129218934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	129247551	rs7984	A	G	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=68;NR=21;PP=1728;SC=GGGAGCAGCCACGGGTCAGCC;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=129247559;WS=129247541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	129251263	rs56340615	C	T	6968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=118;NR=140;PP=2965;SC=CAAGGAGGTACGGGCCGGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=260;TCF=118;TCR=142;TR=258;WE=129251271;WS=129251253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	129252604	rs2071093	C	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=55;PP=1427;SC=CGTCTCCCATCCCCTACACCT;SOR=3.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=64;WE=129252612;WS=129252594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	129262290	.	T	TCACCCAGCACC	1092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=2316;SC=CACCCAGCACTCACCCAGCAC;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=12;WE=129262298;WS=129262280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	129266162	rs2713617	C	G	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=39;PP=2041;SC=TCACCCACCCCCCACGGGCCA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=117;WE=129266170;WS=129266152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	129269961	rs3736170	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=1192;SC=TCAAGAATGGTGCTGCTTCCC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=129269969;WS=129269951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	129279597	rs2713627	C	T	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=143;NR=100;PP=2965;SC=TAAATAAACACGGGAGAGGAG;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=143;TCR=102;TR=243;WE=129279605;WS=129279587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	129281980	rs2713625	C	T	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=59;PP=2587;SC=CCACTCCTCACTGAGTGTGTA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=144;WE=129281988;WS=129281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	129282137	rs2713624	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=1309;SC=CCAGCCCCCATGCTTTGGGCC;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=81;WE=129282145;WS=129282127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	129284150	rs2285360	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=7;PP=1049;SC=CACGTCCCCCGCCTGGGCTCT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=129284158;WS=129284140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	129284637	rs2245469	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=667;SC=GGGGGTGTCAAGAGCCCCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=129284645;WS=129284627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	129285175	rs11925462	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=5;PP=1365;SC=CCTGGCCTGCGGGGGCAGCAC;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=129285183;WS=129285165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	129285577	rs2285363	A	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	129286413	rs2245285	G	C	7760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GCTCCTTGGTGAGATCTGTCA;SOR=0.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=147;TCR=111;TR=257;WE=129286421;WS=129286403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr3	129286531	rs2245281	C	A	10506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=175;PP=2965;SC=GCAGGGTCCCCGCCCACTACC;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=192;TCR=175;TR=367;WE=129286539;WS=129286521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr3	129289752	rs2285365	C	T	16701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=293;NR=313;PP=2965;SC=ACTCGTGACTCTGGAGCCCCA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=609;TCF=293;TCR=316;TR=606;WE=129289760;WS=129289742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,615:1.00:615
chr3	129289831	rs2244962	A	G	10618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=198;PP=2965;SC=CGAGGCCCACAGCTGAGGCTG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=171;TCR=198;TR=369;WE=129289839;WS=129289821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr3	129291499	rs2285368	G	A	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=78;PP=2965;SC=CCTGGAGCTCGGAGCCTACAT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=176;WE=129291507;WS=129291489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	129291751	rs2244708	T	C	10784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=212;PP=2965;SC=CACCTGAGAGTGGTCCTGGGG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=190;TCR=212;TR=401;WE=129291759;WS=129291741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr3	129293183	rs2625962	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=11;PP=1370;SC=GCTTACCGCGTGGATCTCGGG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=129293191;WS=129293173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	129293256	rs2255703	T	C	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=64;PP=2965;SC=TCACTCCACATGCACAGGTGA;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=120;TCR=65;TR=184;WE=129293264;WS=129293246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	129294294	rs11919862	G	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=18;PP=1625;SC=GCCATGTGGGGCGGGTGGGGG;SOR=2.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=129294302;WS=129294284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	129302455	rs2285370	G	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=55;PP=1863;SC=TGGAAACACAGGAGTGCTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=129302463;WS=129302445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	129303072	rs2285371	G	A	13153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=210;NR=264;PP=2965;SC=CAACAGTCACGTGGTCTGGAA;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=210;TCR=266;TR=474;WE=129303080;WS=129303062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr3	129303197	rs2811463	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=58;PP=1837;SC=TCTGCCCCTCTGGGGCTGTGC;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=129303205;WS=129303187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	129304797	rs2285372	G	A	9965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=197;NR=159;PP=2965;SC=GGACTCACTGGGTACTCCTGG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=197;TCR=159;TR=356;WE=129304805;WS=129304787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr3	129305460	rs2301572	C	T	8775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=147;PP=2965;SC=TAAAGGTAACCGGAGTCTGCT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=159;TCR=148;TR=306;WE=129305468;WS=129305450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr3	129308425	rs2251016	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=25;PP=645;SC=CCGGCTCCCCGCCCGCACAGC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=129308433;WS=129308415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	129308497	rs2251008	A	C	204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	129324193	rs7619850	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=300;SC=GCTTGCGCTCACAGGCCGGTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=129324201;WS=129324183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	129546729	rs784689	T	C	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=68;PP=2965;SC=ATAGCAGAGCTGGTAGGTGCA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=179;WE=129546737;WS=129546719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	129694681	rs5658	C	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=1;PP=836;SC=TTGGTTGCTGCTCGCTCTGGC;SOR=3.500;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=129694689;WS=129694671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	129694934	rs784705	C	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=1156;SC=GGAAACCTGCCGGCAAAGGGG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=129694942;WS=129694924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	129695538	rs784704	C	T	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=18;PP=1935;SC=CTTTCCTTCCCCAGCGTCCCA;SOR=2.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=85;WE=129695546;WS=129695528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	129695954	rs5662	T	C	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=75;PP=2589;SC=AAGCGGGCCTTCTGCTGGGGC;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=137;WE=129695962;WS=129695944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	129696041	rs5663	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=41;PP=1427;SC=CCTGGGTCAGAGAGCCCCTGG;SOR=1.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=71;WE=129696049;WS=129696031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	129762279	rs186890820	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=36;PP=2329;SC=TCCCCCTGTCGGGGCCCTATT;SOR=1.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=116;WE=129762287;WS=129762269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	130114408	rs5852594	AC	A	2578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=41;PP=1827;SC=TATATTTAGAACCATATATTT;SOR=1.512;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=44;WE=130114416;WS=130114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	130116696	rs12488457	A	C	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=92;PP=2965;SC=CAGTGGGCCAACTCATCTGAA;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=128;TCR=92;TR=220;WE=130116704;WS=130116686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	130122409	rs5852595	TG	T	5073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.241;NF=10;NR=93;PP=2001;ReadPosRankSum=0.679;SC=TTGACTTTATTGGGGGGGGGT;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=11;TCR=104;TR=103;WE=130122417;WS=130122399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,175:0.98:179
chr3	130122552	.	TAC	T	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=64;QD=35.0;SC=ACACACACTGTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=130122561;WS=130122542;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr3	130124270	rs1497313	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=8;PP=916;SC=AAAAACAGACATAAATGAGTG;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=130124278;WS=130124260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	130124491	rs10934940	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=62;PP=1797;SC=GTCCAGGGGCGTGGGGTCAGA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=90;WE=130124499;WS=130124481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	130124989	rs4688761	C	T	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=95;PP=2965;SC=GTCATGGAGACGATGGGATTG;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=176;WE=130124997;WS=130124974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	130125116	rs1497312	G	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=885;SC=TTTTAGGGCTGTCATGGATTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=130125124;WS=130125106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	130132302	rs11717623	T	A	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	130132302	.	TAG	AAT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=68;NR=45;PP=2947;QD=20;SC=TACTTATGTCTAGCAGAGAAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=113;WE=130132312;WS=130132292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,113:0.97:116
chr3	130132304	rs11713542	G	T	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	130132509	rs2219026	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=462;SC=AATCATATCAATGAGCATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=130132517;WS=130132499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	130132851	rs10512767	A	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=45;PP=2965;SC=ATAGTATGAAAAGAAAATCTA;SOR=1.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=108;TCR=45;TR=153;WE=130132859;WS=130132841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	130134492	rs16827497	T	C	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=36;PP=1668;SC=ACTAAAGGGGTCACAGGGAAA;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=130134500;WS=130134482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	130134563	rs7628563	G	A	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=50;PP=1710;SC=TGAGTGACTCGGAGACATTAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=130134571;WS=130134553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	130135456	rs6439233	T	C	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=754;SC=TGCCATCTGCTTCTCTCCTCC;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=130135464;WS=130135446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	130135575	rs4688798	A	T	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=55;PP=2130;SC=CGGTGCCAACATTTTAGTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=130135583;WS=130135565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	130137866	rs13062453	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=292;SC=CCCAATTATGGGGGGCATGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=130137874;WS=130137856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	130142587	rs35980322	AT	A	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=25.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	130144984	rs1874599	G	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=165;SC=TTTTTGTTTTGTCTTGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=130144992;WS=130144974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	130158343	rs2403340	C	T	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=30;PP=1936;SC=AGCAAACATGCGTTCACTTCT;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=97;WE=130158351;WS=130158333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	130162395	rs9883988	A	G	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=104;PP=2965;SC=GAGAATATTCAAAATGATGGT;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=82;TCR=104;TR=186;WE=130162403;WS=130162385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	130174334	rs819085	G	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=50;PP=2177;SC=TTTTTGGGAGGTAATGGCTTC;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=130174342;WS=130174324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	130187817	rs322113	T	C	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=ACTTTCACATTGCCCCCACTC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=190;WE=130187825;WS=130187807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	130189918	rs10668406	T	TTG	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	130190630	rs322117	G	A	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.07;NF=85;NR=58;PP=2747;SC=AATCATAGTAGTGGTTCTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=143;WE=130190638;WS=130190620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	130190720	rs11355796	AT	A	5333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=81;PP=2965;SC=GAAAAAGCACATTTAGAAGAA;SOR=1.076;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=18;TCR=83;TR=94;WE=130190728;WS=130190710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	130190777	rs322118	G	A	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=63;PP=2474;SC=GAAGGTAATCGTGAGTACCAT;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=130190785;WS=130190767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	130284284	rs9830253	G	A	15303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=256;NR=279;PP=2965;SC=CATAGAGGGCGCCAGCGACAC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=536;TCF=256;TCR=280;TR=535;WE=130284292;WS=130284274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr3	130286886	rs9836961	T	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=9;PP=1379;SC=GTTTTTCCTATGCAGCTTGCA;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=60;WE=130286894;WS=130286876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	130289617	rs10934949	T	C	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=68;PP=2965;SC=TCCCATGCTGTCCAAAGCTAA;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=132;TCR=68;TR=198;WE=130289625;WS=130289607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	130300650	rs6439249	T	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=ACTGAATAGCTTGAAGGATAT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=130300658;WS=130300640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	130308702	rs4515022	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=306;SC=GTTTGTTTACATGTGTTTTAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=130308710;WS=130308692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	130313017	rs1467015	T	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=56;SC=AAATAGCCTTTGTAGAAAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=130313025;WS=130313007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	130317341	rs4336088	G	A	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=121;PP=2965;SC=TTGGTAGAATGTGAAATGCTT;SOR=1.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=190;WE=130317349;WS=130317331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	130360600	.	TA	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.846;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr3	130368069	rs7614116	A	G	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GTGGGAGCGCACATCGCCATC;SOR=0.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=234;WE=130368077;WS=130368059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr3	130383973	rs59386806	G	A	11967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=194;NR=232;PP=2965;SC=TGATAAATGAGAATGCCCCCT;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=427;TCF=194;TCR=233;TR=426;WE=130383981;WS=130383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr3	130398468	rs12495186	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=146;SC=CACGAATACATTGAGCAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=130398476;WS=130398458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	130424390	rs75791598	C	A	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	130424393	rs7652761	C	T	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	130424650	rs4682629	G	A	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=137;SC=TATTTACGTCGTAAGCAAAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=130424658;WS=130424640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	130425653	rs2306688	C	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=351;SC=ATAAACCTGTCTTAGAAAGAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=130425661;WS=130425643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	130449222	rs2170990	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=27;PP=960;SC=TTTCCATATTAAGATTTTTTA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=130449230;WS=130449212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	130454884	rs111464199	T	TA	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=819;SC=AGAAAAGAGATAAAAAATATC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=130454892;WS=130454874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	130569557	rs1316658	T	G	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=24;PP=1727;SC=GGAGGGAAGTTGTCGAGCTAC;SOR=1.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=88;WE=130569565;WS=130569547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	130674022	rs218494	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=50;SC=ATTGAGAGCAATATTTTATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=130674030;WS=130674012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	130733046	.	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr3	130852185	rs2674613	TG	CA	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=24;PP=1407;SC=GGAATAAAAGTGTGCAACTAG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=130852194;WS=130852175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	130874017	rs1400012	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=589;SC=ATGTTAAATGTATTTGTCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=130874025;WS=130874007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	130884418	rs959073	A	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=23;PP=766;SC=CTTTAGATTCATGGCGATGAT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=130884426;WS=130884408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	130947435	rs3738000	A	T	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=72;PP=2805;SC=TCCTATTGTGAAGAGAGTGAT;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=165;WE=130947443;WS=130947425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	130962181	rs150346681	AT	A	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=506;SC=TTGGAACCAGATTTTTTTTTC;SOR=4.047;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=26;WE=130962189;WS=130962171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	131261662	rs10716194	TG	T	5965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=114;PP=2738;SC=CCCATGATGATGGGGGGGGGT;SOR=1.219;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=142;TCF=17;TCR=125;TR=128;WE=131261679;WS=131261652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	131404625	.	AAC	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,16:0.10:159
chr3	131756241	rs2141570	T	C	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=15;PP=2594;SC=AGAATTTACTTCCACCTCTTA;SOR=3.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=83;TCR=15;TR=98;WE=131756249;WS=131756231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	131756349	rs1569282	A	G	9930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=169;PP=2965;SC=CCCGCCAGCCACAGTCCCCTC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=188;TCR=169;TR=356;WE=131756357;WS=131756339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr3	131756375	rs1569281	A	G	10204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=187;PP=2965;SC=TTGTAACATCAAAATCCCCTT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=167;TCR=187;TR=354;WE=131756383;WS=131756365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr3	132166148	rs377096498	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.838;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.698;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,18:0.16:113
chr3	132360883	rs821572	C	T	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=46;PP=1996;SC=ATTCAAGGAACGTAACTGAGC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=132360891;WS=132360873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	132363752	.	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.169;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr3	133099245	rs1197314	G	A	12952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=224;PP=2965;SC=CTGTGGAACCGGAGCCCTCTA;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=222;TCR=224;TR=445;WE=133099253;WS=133099235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr3	133108978	rs1197296	A	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=16;PP=1666;SC=CCCAGGCACCATCCTTGCTGC;SOR=2.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=80;WE=133108986;WS=133108968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	133114513	rs1197301	A	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=326;SC=AAATATACACATACACACACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=133114521;WS=133114506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	133114893	rs1197300	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=328;SC=TATACAAATACATATATTATA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=133114901;WS=133114883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	133166403	rs7644197	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=294;SC=CCTCCTTGTAAACATAAAGTA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=133166411;WS=133166393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	133167363	rs2276737	G	A	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1144;SC=TTCGAAAGGCGGCAGAAGAGG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=133167371;WS=133167353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	133191093	rs899458	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=4;PP=962;SC=GGAATAGTCCAGGCTACCACC;SOR=3.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=133191101;WS=133191083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	133342218	rs4854738	C	T	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=95;PP=2965;SC=GGCCATCTTGCACTGCGCTGA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=197;WE=133342226;WS=133342208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	133375785	rs2718801	G	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=56;PP=1503;SC=AATACATTTTGCTGTTGACAG;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=133375793;WS=133375775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	133380130	rs2718805	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=357;SC=TTCTAAGAAATCCTGGAACTT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=133380138;WS=133380120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	133465201	rs8177186	G	T	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=96;NR=79;PP=2905;SC=CCCAGGCCGGGAATGGAATAA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=175;WE=133465209;WS=133465191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	133465283	rs1130459	A	G	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=74;PP=2497;SC=CGCACCCGGAAGATGAGGCTC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=128;WE=133465291;WS=133465273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	133483696	rs1880669	T	C	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=61;PP=2574;SC=TTAATGCCTTTTTCATTTTCT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=147;WE=133483704;WS=133483686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	133485133	rs2692696	A	G	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=80;PP=2965;SC=GTATTTTGCTATAGCAGTGGT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=196;WE=133485141;WS=133485123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	133485371	rs1525891	G	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=483;SC=GGTGCTGTGGGCTCTGGTTCT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=133485379;WS=133485361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	133486958	rs8649	G	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=53;PP=1956;SC=GCCTAAACCTGTGTGAACCCA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=133486966;WS=133486948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	133489583	rs1525890	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=492;SC=ACCTGAGTGCGCAGAATGATC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=133489591;WS=133489573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	133493705	rs35736766	GT	G	681.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=12.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=4.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr3	133493827	rs2715626	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	133553527	rs2280672	C	T	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=55;PP=1587;SC=CAACCCTGGCCCTCCCCTCTG;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=72;WE=133553535;WS=133553517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	133556964	rs139009223	ACCGTGCCGGGCC	A	3338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=12;PP=2965;SC=ACAGGGCTACACCGTGCCGGG;SOR=2.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=32;WE=133556983;WS=133556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	133560580	rs139160896	G	A	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=117;PP=2965;SC=AGCGACCACAGGTGGTGGCAT;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=78;TCR=118;TR=195;WE=133560588;WS=133560570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	133692497	rs4634113	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=780;SC=AGGGGTTGGAAGCCACTCACC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=133692505;WS=133692487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	133692743	rs4241362	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=75;PP=2215;SC=GACCCGATCACACTTCATCCA;SOR=1.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=119;WE=133692751;WS=133692733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	133698280	rs4640563	C	G	6324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=65;PP=2965;SC=TTGTGGTCAGCGTGGTGCACA;SOR=1.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=150;TCR=65;TR=214;WE=133698288;WS=133698270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	133941534	rs7611104	A	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=116;SC=TATGAAGCAAAAAAGACACGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=133941542;WS=133941524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	133969437	.	A	AG	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.53;NF=0;NR=6;PP=239;SC=CGGGGCCCTCAGCCGCGGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=133969445;WS=133969427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	133969487	.	G	GC	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=53;QD=43.0;SC=CAGCCGCGCCGCCCACGCATG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=133969495;WS=133969477;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	134080661	rs1077718	A	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=58;PP=2195;SC=TGTAGGGAGAAAGAGGCTTGA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=134080669;WS=134080651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	134085070	rs67655717	GAAGT	G	8082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=52;PP=2970;SC=TAGAACAAAAGAAGTAAGTCC;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=103;WE=134085081;WS=134085060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	134266124	rs12637751	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=21;PP=1654;SC=GATGAGCATTATTTTTGTTTG;SOR=1.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=82;WE=134266132;WS=134266114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	134266148	rs12632372	G	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=30;PP=2023;SC=AGATAAAGGCGTTAACAATCA;SOR=1.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=106;WE=134266156;WS=134266138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	134266321	rs11927068	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=57;PP=1771;SC=GCAGGTACATAATTATACACA;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=134266329;WS=134266311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	134277195	rs35934324	A	AT	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=778;SC=TTCAAGTAAAATTTTTTAAAA;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=134277203;WS=134277185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	134280395	rs6777283	T	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=51;PP=1450;SC=AAAAAATCACTATCTTGGAAA;SOR=2.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=134280403;WS=134280385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	134293619	rs4586863	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	134322814	rs2293294	G	C	6899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=120;PP=2965;SC=GGGCAAACTTGCCTGCATGGG;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=110;TCR=120;TR=230;WE=134322822;WS=134322804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	134323156	rs4955535	A	G	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=84;PP=2965;SC=TGCCCTTGGCAAAGATCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=158;WE=134323164;WS=134323146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	134331874	rs7626611	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=22;PP=1226;SC=CTGCCTAGAATGTCTGTGCAT;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=134331882;WS=134331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	134369716	rs13060869	C	A	10318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=136;PP=2965;SC=GGTCTGAGAGCGTACCCTGTG;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=223;TCR=137;TR=357;WE=134369724;WS=134369706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr3	134514579	rs9852662	T	C	11991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCGGCCGCCTTGGGACTGCTG;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=479;TCF=213;TCR=266;TR=476;WE=134514587;WS=134514567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,462:1.00:464
chr3	134697009	rs373709784	A	AC	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=756;SC=CCACTGAGTTACAAGTCCTAT;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=134697017;WS=134696999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	134884652	rs1159404	A	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=735;SC=TATAACTTAAAAATTGCTGTT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=134884660;WS=134884642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	134968465	rs4243397	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=521;SC=CAGGCCTGGATGGGGAGCACC;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=134968473;WS=134968455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	135720540	rs9814557	A	G	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=92;PP=2965;SC=AAAGATGCAGATCTGAACTCT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=180;WE=135720548;WS=135720530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	135720673	rs9872542	T	C	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=ACTTAAAGGATATTGCAGGAG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=135720681;WS=135720663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	135722264	rs17197552	A	G	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=132;PP=2965;SC=AGTCTGTAGAAGTCCTGTTGG;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=124;TCR=132;TR=256;WE=135722272;WS=135722254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	135768232	rs67039922	T	A	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=102;PP=2965;SC=TGAAAATGGGTTCTAATTTTG;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=160;WE=135768240;WS=135768222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	135824901	rs6792630	C	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=190;SC=TAGAAAATTACCTTAGGAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=135824909;WS=135824891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	135913665	rs1992952	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=641;SC=AAAGTCCCTCAGCAAGTTTCA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=135913673;WS=135913660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	136035737	rs9833162	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=7;PP=1038;SC=TACATCTTATACTTGTCTTTA;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=50;WE=136035745;WS=136035727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	136059537	rs503973	G	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=67;PP=2089;SC=TTCTAACCAAGTGAAGTATAC;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=88;WE=136059545;WS=136059527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	136088038	rs9860801	G	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=61;PP=2109;SC=TATCTGGATTGAACACCAAAG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=123;WE=136088046;WS=136088028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	136139878	rs9819496	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=8;PP=471;SC=CTCTCAAAGTGTTGGGGTTAC;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=136139886;WS=136139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	136196028	rs16843991	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=505;SC=AATTTCCACATGATTACAACT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=136196036;WS=136196018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	136196071	rs1394092	C	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=22;PP=1034;SC=TTTTGATTCCCAGCATTTTAG;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=136196079;WS=136196061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	136218930	rs900048	C	T	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	136573289	rs9865545	G	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=29;PP=1481;SC=AAATAGAATTGATTATCTGAA;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=136573297;WS=136573279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	136573440	rs9827648	A	G	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=150;NR=99;PP=2965;SC=AAGGCTATGGAAATTTTATGG;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=151;TCR=99;TR=249;WE=136573448;WS=136573430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	136574239	rs114566691	T	C	9381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.061;SC=CATCATCCCATTAGATGGAGA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=160;TCR=150;TR=307;WE=136574247;WS=136574229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr3	136574501	rs1052618	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=41;PP=1204;SC=AATTTAAGAAAGCAGGACTAC;SOR=2.381;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=55;WE=136574509;WS=136574491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	136574521	rs1052620	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=27;PP=785;SC=CCAGGAAATACTAGACTCTCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=136574529;WS=136574511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	136574578	rs3076229	T	TTAA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=293;SC=TGTTCAGTTATTATGTATACT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=136574586;WS=136574568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	136649463	rs7648817	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=548;SC=ATTAAATCCACTGTTTTCTTG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=136649471;WS=136649453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	137717991	rs6764398	G	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=50;PP=1513;SC=GAAACTGCAGGCTCTGTCTGG;SOR=5.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=52;WE=137717999;WS=137717981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	137743508	rs17204075	A	T	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=74;PP=2665;SC=TAACTTCTGGATGTCCACAGC;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=137743516;WS=137743498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	137748521	rs41265449	T	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=775;SC=AGGGGCATGGTCAGGGATGGA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=137748529;WS=137748511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	137748586	rs41265451	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=43;PP=2091;SC=TGCAGTGGGTGGAGCCTGGAG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=137748594;WS=137748576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	137748822	rs58607601	C	CA	620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.433;NF=1;NR=17;PP=208;ReadPosRankSum=-1.334;SC=AACTTGCAGCCAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=18;WE=137748830;WS=137748812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	137749839	rs16847742	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=28;PP=1295;SC=ATCATGCCTCAGGCCACAGTG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=137749847;WS=137749829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	137750056	rs55923693	T	C	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=146;SC=AGATCCCATCTAGATTTCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=137750064;WS=137750046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	137781923	rs329388	A	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=328;SC=AAATGGGGACAAATGCAGACT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=137781931;WS=137781913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	137786696	rs3856632	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=239;SC=CCCCTGGAGTGCAGCAGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=137786704;WS=137786686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	137787047	rs374045	C	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=17;PP=1013;SC=CAGTCCGGGGCGTGGAGCGGG;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=59;WE=137787055;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	137787192	rs446644	T	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=73;PP=2569;SC=GTGACCAGTGTGCTCTGCTGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=156;WE=137787200;WS=137787182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	137787282	rs419075	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=75;PP=2020;SC=AGGGAGAAAGTGGCTCCAACA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=137787290;WS=137787272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	137787355	rs446847	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=732;SC=TTCATGACTGTTGCCAAATCA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=137787363;WS=137787345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	137787935	rs382629	G	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=23;PP=1162;SC=CCACTTATACGTGGATTTTCT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=137787943;WS=137787925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	137787963	rs445025	T	G	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=34;PP=1601;SC=CTGCCACCCGTGAGACAGCAA;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=137787971;WS=137787953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	137788123	rs425938	T	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=328;SC=TTCTTTTCTCTAGCTTACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=137788131;WS=137788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	137958438	rs6778511	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=81;SC=AGTATTGATACTCATATTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=137958446;WS=137958428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	137982718	rs939453	T	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=64;PP=2035;SC=TTAACCTGTTTCCTTTCTGGT;SOR=1.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=137982726;WS=137982708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	138020677	rs6801411	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=825;SC=AGTCCTGATACGTGTTAGGGA;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=138020685;WS=138020667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	138116378	rs371472549	GCT	G	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.901;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,13:0.11:117
chr3	138193025	rs71878265	CT	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.052;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
chr3	138213849	rs10593783	ATTTGT	A	2203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=17;PP=1671;SC=AAATGATTTGATTTGTTTTCA;SOR=1.436;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=31;WE=138213861;WS=138213839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	138244400	rs9878436	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=31;PP=924;SC=ATTCATGCTGCGTAGGCCTGT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=138244408;WS=138244390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	138251302	rs7643973	G	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=170;SC=AGAAACTTCTGGTGTGAATAC;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=138251310;WS=138251292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	138251447	rs10549552	CGGTAT	C	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=17;PP=1077;SC=TTTCAAAATGCGGTATGGTAT;SOR=0.823;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=21;WE=138251459;WS=138251437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	138256252	rs542010	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=474;SC=TATCCTAACAGTATTGTACAC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=138256260;WS=138256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	138400782	rs145780817	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr3	138724757	rs11924188	C	G	11799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=223;PP=2965;SC=GCCCAGCAGACGAGTCGTCCT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=198;TCR=223;TR=421;WE=138724765;WS=138724747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr3	138738776	.	C	T	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=59;PP=2434;SC=CGCGTGGGGACCTGGACTCCC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=138738784;WS=138738766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	138739617	rs1720230	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	139065988	rs1610195	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=925;SC=TCCATAGGCACTAGTGAAAGG;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=36;WE=139065996;WS=139065978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	139066902	rs10755092	A	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=684;SC=CTTCTTTTCTATGCAGGTTTT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=139066910;WS=139066892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	139068008	rs11706615	T	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=518;SC=TGTTTTGTGATGCTTTAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=139068016;WS=139067998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	139068277	rs10935321	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=15;PP=395;SC=CATTAATCAGGTGTGTATCAA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=139068285;WS=139068267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	139075644	rs9878548	C	A	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=0;PP=54;SC=AATCTGAAAGCCCTTTTTAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=139075652;WS=139075634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	139075938	rs7833	C	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=99;SC=AAAAAATGGCCAGATTAAAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=139075946;WS=139075928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	139077527	rs150711068	GA	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=3.626;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr3	139081416	rs57549985	TTA	T	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.33;QD=30.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	139088481	rs11717119	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=149;SC=TTTCAGTAATTATGCAAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=139088489;WS=139088471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	139090736	rs7373116	G	A	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=105;PP=2965;SC=AGAAGTTAAGGAACAATAATT;SOR=2.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=40;TCR=105;TR=145;WE=139090744;WS=139090726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	139102120	rs7373302	C	A	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=64;PP=2965;SC=ATTTCTAATACAGTCCTGAAA;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=131;TCR=64;TR=195;WE=139102128;WS=139102110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	139108250	rs3215032	C	CTG	2088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=1650;SC=TGGAATCAAACGACCAAGACC;SOR=4.271;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=37;WE=139108258;WS=139108245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	139195137	rs2233816	G	A	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=15;PP=1229;SC=TTTGCCACAGGTCTGTTGAAC;SOR=2.080;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=57;WE=139195145;WS=139195127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	139236683	rs2071388	C	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=1749;SC=CTCTGCAGCACCCTACAGACA;SOR=3.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=139236691;WS=139236673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	139246382	rs295493	A	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=564;SC=GACCTTCCCCATGAAGGCTGA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=139246390;WS=139246372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	139257545	rs34662123	GC	G	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=1;PP=1625;SC=TCAGGCCCTTGCCCCCTCTCG;SOR=5.211;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=45;WE=139257553;WS=139257535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	139280328	rs35898558	G	GA	1786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=1548;SC=GCTTTTCTTGGATGTATCGAG;SOR=1.911;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=139280336;WS=139280318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	139318241	rs1846021	A	T	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ACTTTTGCCCATTTTCTTCTT;SOR=0.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=202;WE=139318249;WS=139318230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,198:0.99:201
chr3	140122341	rs4683494	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=268;SC=CTGCTGGCTCGTGGACCACAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=140122349;WS=140122331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	140167536	rs2081803	A	G	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=111;PP=2965;SC=AATCCCTTCAAAAGTTATGTG;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=189;WE=140167544;WS=140167526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	140178279	rs9836487	G	A	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=34;PP=2965;SC=AGTACACTGAGTAGTTCACCT;SOR=2.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=118;TCR=34;TR=152;WE=140178287;WS=140178269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	140178485	rs7632885	G	A	8344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=147;PP=2965;SC=GGGTGCCAAAGTCCCCGATGG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=138;TCR=147;TR=284;WE=140178493;WS=140178475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr3	140178638	rs10590825	CCCT	C	4749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=70;PP=2974;SC=GCCCTTCCACCCCTCCTACCC;SOR=1.959;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=8;TCR=76;TR=78;WE=140178648;WS=140178628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	140281723	rs11714465	C	T	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=GTCCGGCTTCCCTTGAGGCCC;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=140281731;WS=140281713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	140282084	rs4683509	C	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=32;PP=927;SC=GGACACAGGTCGTCATTGTGA;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=140282092;WS=140282074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	140282861	rs10804675	C	T	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=132;PP=2965;SC=TTGTGTTTGTCGTGGCCATGG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=132;TCR=132;TR=264;WE=140282869;WS=140282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	140285115	rs4683510	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	140401693	rs698673	A	G	9596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=167;PP=2965;SC=TGCCGCAACAAGCGCATCGCT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=154;TCR=167;TR=321;WE=140401701;WS=140401683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr3	140406947	rs28594654	G	A	13064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=227;NR=234;PP=2965;SC=AATAAACTACGTGCCCTTGGA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=463;TCF=229;TCR=234;TR=461;WE=140406955;WS=140406937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr3	140407260	rs9876490	C	A	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=AGTGCTGGAGCAGACAGCCAG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=193;WE=140407268;WS=140407250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	140419715	rs1540506	C	T	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=68;PP=2634;SC=CATGACTCTTCGCTTCTGATT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=155;WE=140419723;WS=140419705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	140692486	rs2555707	G	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=79;SC=TTTATTATTAGAATGACATAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=140692494;WS=140692476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	140979184	rs1511378	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=517;SC=TATAAATGAATGATGAGGCTG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=140979192;WS=140979174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	140998214	rs13087169	G	A	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=TGCTTCTCTCGCGCAGGTCAT;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=187;WE=140998222;WS=140998204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	141144863	.	T	A	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=79;PP=2965;SC=GGACACAGCTTGGATGACATA;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=195;WE=141144871;WS=141144853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	141299397	rs376343712	TAC	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	141625999	rs7622417	G	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=20;PP=817;SC=TCCCTTTTATGTCTTTATAGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=141626007;WS=141625989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	141641015	rs3765155	C	G	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=72;PP=2331;SC=TTAATTTGTGCGTCATCTATT;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=111;WE=141641023;WS=141641005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	141644274	rs1131029	G	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=362;SC=CTGGGCAACAGTCTCAAAAAG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=141644282;WS=141644264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	141812759	rs9877817	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=30;PP=1266;SC=ATATAGCACAGGATTTGGCAC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=141812767;WS=141812749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	141904474	rs6785098	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=169;SC=AACTAAATACCACTCAGAATT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=141904482;WS=141904464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	141904977	rs6440065	G	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=28;PP=1962;SC=TTTTCCCCACGAAACAAAATG;SOR=1.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=141904985;WS=141904967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	141905253	rs9837628	C	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	141905259	rs9857725	T	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.41;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	141905261	rs9857726	T	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	141917810	rs74836705	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1109;SC=GGAAAATGCATTTAGTAGTGT;SOR=2.208;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=49;WE=141917818;WS=141917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	142145480	rs114962950	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=408;SC=AGTAAATGGAACCCTAAGGCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=142145488;WS=142145470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	142168331	rs1802904	C	T	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=82;PP=2965;SC=CAGTAGCTTCCTGTATAAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=204;WE=142168339;WS=142168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	142212065	rs150339560	A	G	6163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=108;PP=2965;SC=ATGGATTAACATGTTCTTACC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=220;WE=142212073;WS=142212055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	142215233	.	G	A	598	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=29;NR=8;PP=598;QD=17.1019246634;SC=CCCTTTCCACGTACAGTTCAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=142215241;WS=142215223;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	142215365	.	AAAGGAAGT	A	2942	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=18;PP=2942;QD=20;SC=AATCTGGTCTAAAGGAAGTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=142215384;WS=142215355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr3	142215367	rs72371423	AGG	A	1713.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	142215370	rs72272981	AAGTAAC	A	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	142215376	.	C	A	535	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10;NR=18;PP=535;QD=20.3489718767;SC=AAGGAAGTAACAACACATTGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=28;WE=142215384;WS=142215355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr3	142218137	.	CT	C	71.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	142243089	rs112226233	G	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1076;SC=CTACAAACTAGTATGTTTTCC;SOR=5.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=37;WE=142243097;WS=142243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	142259691	rs112212979	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	142266778	rs76852171	A	T	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=485;SC=GTTAAAAAAAATTTTTTTCTT;SOR=4.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=21;WE=142266786;WS=142266768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	142268277	rs34213965	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	142268372	rs28910272	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=10;PP=693;SC=AAGAACAGACCAAATGAGAAA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=142268380;WS=142268362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	142268612	rs34678750	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=478;SC=AATGCCACACATATTTGGAGT;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=142268620;WS=142268602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	142269075	rs28910271	C	T	8557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=141;PP=2965;SC=TGTTTTCGCACGTCAGCATTC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=294;WE=142269083;WS=142269065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr3	142272275	.	AAC	A	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,13:0.19:70
chr3	142272314	rs9869842	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=48;PP=1446;SC=ACACACATATGTATCTCCAAT;SOR=2.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=142272322;WS=142272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	142275353	rs28910270	C	T	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=CTGTTCTCCACTCAAGGAATA;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=176;WE=142275361;WS=142275343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	142277398	.	A	AG	610.52	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.11;MQRankSum=0.452;QD=25.44;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr3	142277399	rs9990092	A	G,ATAGATAGATAG	3925.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=83;NR=3;PP=2286;SC=TAAATAAATAAATAGATAGAT;SOR=4.407;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=91;TCR=4;TR=86;WE=142277407;WS=142277381;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.81:27
chr3	142277575	rs2227930	A	T	23057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=358;NR=461;PP=2965;SC=GTGAGAGCATACCACATAAAT;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=820;TCF=358;TCR=462;TR=819;WE=142277583;WS=142277565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,849:1.00:849
chr3	142280108	rs28897765	T	C	8628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=1.651;SC=TTGGTGCTCTTTTAGAAGGGT;SOR=0.328;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=173;TCR=129;TR=299;WE=142280116;WS=142280089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr3	142280990	rs200229507	CTTA	C	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=857;SC=ATTCTATTTTCTTATTATTAC;SOR=3.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=19;WE=142281000;WS=142280980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	142281298	rs28897764	C	T	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=60;PP=1999;SC=TTTAAATAGACAGGTTCAATA;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=142281306;WS=142281288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	142281612	rs2227928	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=46;PP=2368;SC=AGTAAGAACCATTAATAAAGT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=117;WE=142281620;WS=142281602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	142281994	rs112718453	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=155;SC=CAAGTATATCCGAAGTGCTAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=142282002;WS=142281984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	142408606	rs6793735	G	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=26;PP=1039;SC=ACACATACCCGTGCCTGCACA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=142408614;WS=142408596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	142413407	rs6789958	C	T	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=55;PP=1771;SC=TTTTATTGTGCTTCAGCTTTA;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=142413415;WS=142413397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	142417056	rs78432147	G	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TTACAAGTTTGCTTTAATAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=142417064;WS=142417046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	142503605	rs7621642	G	A	10449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	142503608	.	T	C	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	142516826	rs16852615	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=27;PP=1711;SC=GCTGTTTCAGGTGTTTTGCAT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=142516834;WS=142516816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	142523349	rs3821647	G	A	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=78;PP=2965;SC=ACAAATGTACGTTACCTCCAC;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=192;WE=142523357;WS=142523339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	142523555	rs4259003	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=501;SC=TAAGTATGCAGGTTCCCTAAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=142523563;WS=142523545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	142524858	rs1132030	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=25;PP=1524;SC=AGGAATGGAGGAATTTGAAAC;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=142524866;WS=142524848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	142537071	rs7772	C	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=5;PP=885;SC=CTTTCGGAATCCTCTTTCAGA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=142537079;WS=142537061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	142548560	rs35692900	A	G	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=85;PP=2965;SC=TGTGGTGGTGACAGGCTGTTC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=186;WE=142548568;WS=142548550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	142567327	rs893883	G	A	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=111;PP=2965;SC=GCCAAGAAAAGCGCCAATTAG;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=81;TCR=111;TR=192;WE=142567335;WS=142567317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	142607487	rs1457684	C	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=519;SC=CCCGAAGTCCCGGGCTTAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=142607495;WS=142607477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	142985100	rs1046706	G	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=480;SC=TAAATAGCTGGGCATTCCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=142985108;WS=142985090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	143412268	rs12488981	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=832;SC=ATTGCCACCATCCTGCCAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=143412276;WS=143412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	143513975	rs56969315	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=706;SC=CTTAGTGCAAAAGAAAATAAA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=143513983;WS=143513965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	143515899	rs11718136	A	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=316;SC=AAAAATGAAAATTTGGAAATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=143515907;WS=143515889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	143567207	rs11714060	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=74;PP=2326;SC=ACCTGGATAAAGGCTATTTTA;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=105;WE=143567215;WS=143567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	143692018	rs2279856	C	G	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=60;PP=2965;SC=AGGGCGACCCCGCTGATGGAG;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=124;TCR=60;TR=184;WE=143692026;WS=143692008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	145796891	rs73010484	T	C	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=144;PP=2965;SC=AAGCCATCACTGCATATCTTA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=268;WE=145796899;WS=145796881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	145838895	rs4681297	C	T	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=68;PP=2965;SC=GGTGTTTCTCCTACCATTCAG;SOR=1.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=147;TCR=68;TR=215;WE=145838903;WS=145838885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	145840968	rs3804659	C	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=261;SC=TAATATACTACATACTCAAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=145840976;WS=145840958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	145878591	rs34803917	G	A	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=23;PP=1271;SC=CAGCCCCGCGGAAGGGCTGGT;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=145878599;WS=145878581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	145878621	rs76718163	C	T	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	145878629	rs116299517	C	T	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	145912299	rs1512902	C	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=108;SC=ATAATGCATGCGGTATTATCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=145912307;WS=145912289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	145917761	rs1061409	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=49;PP=1393;SC=TCGGTTACAATGTAAACCATC;SOR=1.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=145917769;WS=145917751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	145924632	rs3762688	C	T	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=167;SC=ATAGATCACACGACATCCACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=145924640;WS=145924622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	145938528	rs3762686	C	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=600;SC=TTAATTTGTTCGCTTAAAAAG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=145938536;WS=145938518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	145938619	rs3762685	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=42;PP=2390;SC=AAAATGAGAATTGTATTCAGG;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=145938627;WS=145938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	145938782	rs9850144	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=1017;SC=TATTCTTTTTCCTTTCTTATG;SOR=2.400;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=43;WE=145938790;WS=145938772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	145939691	rs3804648	C	T	74.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=45;SC=ACATAAATAACAAATATATAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=145939699;WS=145939681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	145939755	rs3840204	C	CA	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=2;PP=118;SC=AAATGTTAAACAAAAAAAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=145939763;WS=145939745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	145939776	rs3804647	T	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	145940051	rs9821768	A	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=57;SC=ACGAGGCACTAATACAGATGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=145940059;WS=145940041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	146113576	rs11340803	CT	C	2206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=18;PP=1518;SC=AGCATCAATGCTTTAATTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=38;WE=146113584;WS=146113566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	146176075	rs12494007	C	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=18;PP=716;SC=GACAGACATTCGTAAATAGTC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=146176083;WS=146176065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	146177815	rs6806535	C	T	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=71;PP=2803;SC=GGTGGTCAGCCTGTTTCCCAG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=142;WE=146177823;WS=146177805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	147121629	rs142316820	ATC	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	148459988	rs5186	A	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=60;PP=1469;ReadPosRankSum=-1.851;SC=CCAAATGAGCATTAGCTACTT;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=244;TCF=83;TCR=161;TR=93;WE=148459996;WS=148459978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,93:0.38:247
chr3	148552329	rs146944241	C	T	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1715;ReadPosRankSum=1.504;SC=TCAAACCTCACAGTACAGTTG;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=188;TCF=91;TCR=97;TR=119;WE=148552337;WS=148552319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,124:0.64:194
chr3	148562425	rs9835098	C	G	8868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.510;SC=ACCAACGCCTCTCTATTATAT;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=484;TCF=252;TCR=232;TR=352;WE=148562433;WS=148562415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,363:0.73:497
chr3	148562620	rs9873003	A	G	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=69;PP=1544;ReadPosRankSum=0.041;SC=ATATGAAAACACAACAGTATC;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=92;WE=148562628;WS=148562610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,91:0.75:121
chr3	148597482	rs1032465	T	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=494;ReadPosRankSum=0.601;SC=ACAGGGGAAATAATTGCTTTG;SOR=0.793;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=23;WE=148597490;WS=148597472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr3	148597612	rs12489516	C	T	8855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=192;NR=121;PP=2965;SC=GCTATTTTTACGGATTGTGGC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=192;TCR=121;TR=313;WE=148597620;WS=148597602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	148603859	rs41267865	C	A	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=49;PP=2373;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TTATTTCACTCTAACTTTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=142;TCR=70;TR=148;WE=148603867;WS=148603849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,156:0.69:225
chr3	148714841	rs140818906	TTGTG	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=0.047;SC=CTGGGAAATATTGTGTGTGTG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=148714852;WS=148714831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	148727133	rs4938	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=31;PP=1319;ReadPosRankSum=-1.247;SC=AACACCTGCCGTTTATTTATA;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=313;TCF=221;TCR=92;TR=102;WE=148727141;WS=148727123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,106:0.33:325
chr3	148756825	rs6764352	G	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=17;PP=1214;SC=AAAATTTACAGAACTACTTAC;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=148756833;WS=148756815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	148759325	rs2290725	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,23:0.14:164
chr3	148786108	rs812249	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=383;ReadPosRankSum=1.099;SC=CTGCAATGGCCGTAAGAGTTT;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=40;WE=148786116;WS=148786098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr3	148788941	rs4974388	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCCAAACTGGTACCAACATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=148788949;WS=148788931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	148863151	rs11718908	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr3	148863395	rs11715291	T	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
chr3	148868292	rs150286093	GC	G	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=449;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGTCACCCCTGCCCATTGCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=148868300;WS=148868283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr3	148868361	rs2689232	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TCACTTTGCTCAGCAGCCTGT;SOR=1.362;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=57;WE=148868369;WS=148868351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,59:0.83:71
chr3	148872987	rs6440589	G	A	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CACCAGTGCAGCTGTACAAAG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=98;WE=148872995;WS=148872977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,101:0.80:127
chr3	148879878	rs61615092	A	G	493.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=420;ReadPosRankSum=0.544;SC=GTATTTCTAAAATGGACAATC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=148879886;WS=148879868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr3	148881673	rs3732557	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=553;ReadPosRankSum=-1.505;SC=CATGGGTTCACGTCGTAATAT;SOR=0.624;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=36;WE=148881681;WS=148881663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr3	148885077	rs2681092	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=697;ReadPosRankSum=1.115;SC=ATAATCAGATCTGATAACCTC;SOR=2.441;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=33;WE=148885085;WS=148885067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr3	148885779	rs11426099	A	AT	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=2.046;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=-2.110;SC=AGGTAAAATGATTTTTTTTTT;SOR=0.333;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=148885787;WS=148885769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	148885851	rs2681096	G	A	158.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=148;SC=GTATTTTCATGTGATTCTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=148885859;WS=148885841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	148890105	.	T	TCACA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ATTTTATATATCACACACACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=148890113;WS=148890095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	148896430	rs16861582	A	G	4417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.331;SC=TGGAAACAAGAAAAATCTTCA;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=180;WE=148896438;WS=148896420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,188:0.78:241
chr3	148916235	rs701753	T	A	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=115;PP=2965;SC=CTTTAGTGGGTTCCACAGCAG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=121;TCR=116;TR=235;WE=148916243;WS=148916225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	149040024	rs74464774	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.039;SC=AGCTACAGGTGCCCATGAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=92;WE=149040032;WS=149040014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,99:0.79:126
chr3	149042910	rs2291602	A	G	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=189;SC=ACCCAAGCTCATGCAGTCTAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=149042918;WS=149042900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	149050925	rs1526786	T	C	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=51;PP=2965;SC=TCATTACTTCTACTAGTTACA;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=112;TCR=51;TR=163;WE=149050933;WS=149050915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	149051192	rs143785031	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.709;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,40:0.25:161
chr3	149051255	rs199549810	T	TTC	311.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;MQRankSum=3.753;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.269;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	149093238	rs4771	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,22:0.16:138
chr3	149192851	rs143312618	G	GC	9524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.588;NF=24;NR=149;PP=2954;ReadPosRankSum=1.264;SC=GAGTAGGGAAGCTTAAAATCC;SOR=0.808;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=227;TCF=26;TCR=201;TR=173;WE=149192859;WS=149192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,289:0.79:368
chr3	149193684	rs1802837	T	C	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=92;PP=2622;ReadPosRankSum=1.547;SC=ACGAGGGCTGTGGGAAGCGAT;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=129;TCR=119;TR=192;WE=149193692;WS=149193674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,199:0.76:261
chr3	149243694	rs9854499	G	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=10;PP=732;SC=TAAAATAAAAGTTGAAATTAT;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=149243702;WS=149243684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	149258970	rs5853413	CA	C	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=481;SC=CTTTTCTCCCCAAAAATGTAG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=149258978;WS=149258960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	149374572	.	T	TCACA	202	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=41;MMLQ=28;MQ=54.52;NF=14;NR=1;PP=202;QD=13.6666666667;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCTCACA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=149374586;WS=149374560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,15:0.68:22
chr3	149374574	.	T	TCACA	158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	149374576	rs145173717	T	A	183.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	149374578	rs151019600	T	A	529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	149459341	rs7633238	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=30;PP=2811;SC=TCCTACAGTGATTTGTCTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=95;TCR=30;TR=125;WE=149459349;WS=149459331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	149468110	rs190955590	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,41:0.24:168
chr3	149564075	rs6440641	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=20;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CTTGACATTGAGGTACCTTAT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=4;WE=149564083;WS=149564065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr3	149678534	rs6768054	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=2.327;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,51:0.17:295
chr3	149686366	rs35842204	AAC	A	192.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	149686367	rs61268501	AC	A	224.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	150128154	rs61734437	T	C	9474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.196;SC=TGTCCCTGCCTCCGCAGCCGG;SOR=0.977;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=473;TCF=277;TCR=196;TR=378;WE=150128162;WS=150128144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,391:0.79:495
chr3	150128484	rs3749400	C	A	4004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5423;FS=0.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=77;PP=2710;ReadPosRankSum=0.011;SC=GCGGGCAGGTCGCGCCTTGTC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=167;WE=150128492;WS=150128474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,169:0.87:194
chr3	150128994	rs34647320	T	G	10258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TGAAGCCGCCTGTTGCAGATT;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=570;TCF=275;TCR=295;TR=441;WE=150129002;WS=150128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,449:0.77:581
chr3	150129171	rs3840253	A	AT	2650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=65;PP=2854;SC=ACTTTGGGAGATTGTTGTCAA;SOR=3.669;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=65;WE=150129179;WS=150129161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	150155875	rs141976953	T	TA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TTTCATTTTTTAAAGTACAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=150155883;WS=150155865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	150270077	rs12330655	C	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=631;SC=TTTTAAAAAACACATTTGTGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=150270085;WS=150270067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	150276151	rs200333608	A	AT	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	150276153	.	C	T	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	150283050	rs73001341	C	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=64;PP=2026;SC=AGGTGATGTTCACTTCTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=107;WE=150283058;WS=150283040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	150285520	rs2293151	T	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=20;PP=1305;SC=AAATTAATGATTTTGTATTAT;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=150285528;WS=150285510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	150285664	rs2293150	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=75;PP=2965;SC=AAAATTAAGTAATGATTTATG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=173;WE=150285672;WS=150285654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	150286210	rs1915945	A	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=259;SC=TTAAGATAAAATTTTTCTTAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=150286218;WS=150286200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	150332199	rs1568586	T	G	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	150340114	rs2177148	A	G	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=113;SC=TTAACTAACTACAAAATAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=150340122;WS=150340104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	150342397	rs17440940	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=141;SC=CTCTCAAATTCTGTGTACATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=150342405;WS=150342387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	150384807	rs6440691	T	G	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=82;PP=2674;SC=TATACCCTGGTCAGGAAGGAA;SOR=1.406;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=135;WE=150384815;WS=150384797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	150420588	rs10663389	G	GTTAAA	5157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=43;PP=2912;SC=AGCACAGGATGTTAAACACAA;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=67;WE=150420596;WS=150420578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	150420606	rs9824030	T	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.10;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	150420607	rs201626113	TG	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr3	150420608	rs9879627	G	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr3	150420676	rs10663390	A	AGTGT	599.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.31;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr3	150420781	.	CAGAG	C,CAG	1563.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.66;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,8,41:0.16,0.80:51
chr3	150421527	.	C	CTCCTCCTCCTCCTCCACCTCT	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=123.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	150603248	rs57919280	G	GAAAAGC	2010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=8.280;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,75:0.16:460
chr3	150661842	rs11914988	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=46;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AATAGGGTAATGGGATTTTGA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=6;WE=150661850;WS=150661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr3	150690566	rs3796240	T	C	1066.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=915;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AGGGACTGCCTCTTTGACTGC;SOR=1.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=40;WE=150690574;WS=150690556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,38:0.90:42
chr3	150834015	rs4680158	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=692;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CCTTTCAAGAGTTCTCCTCTA;SOR=4.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=29;WE=150834023;WS=150834005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr3	150883600	rs2567322	C	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=59;PP=2545;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TATTTTTGGCCTCATTAACCA;SOR=0.356;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=188;TCF=120;TCR=68;TR=157;WE=150883622;WS=150883590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,165:0.84:197
chr3	150910640	rs1231520	G	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=368;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TCTGTAAATTGGAACACTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=22;WE=150910648;WS=150910630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr3	151011969	rs1048408	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,24:0.20:118
chr3	151012497	rs2242353	T	C	15106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=277;NR=235;PP=2965;SC=GACCATTTGTTAGGATGATGT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=513;TCF=277;TCR=236;TR=512;WE=151012505;WS=151012487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr3	151045661	rs1491980	G	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=465;SC=TTCTGTACACGAGGATAATAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=151045669;WS=151045658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	151046308	rs1466684	G	A	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=50;PP=2358;SC=GCTCAAGATCGTATTTGGCAG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=151046316;WS=151046298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	151056598	rs6809699	A	C	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=92;PP=2965;SC=GACTGGTGTTACCAGGCGCAG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=170;WE=151056606;WS=151056588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	151056616	rs6785930	G	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=1793;ReadPosRankSum=0.583;SC=CAGAGGTGAGGTTGTCGACGG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=109;WE=151056624;WS=151056606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,117:0.80:147
chr3	151073033	rs7615865	T	C	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=113;PP=2965;SC=CTCAGGTAGCTATTTAAAGCT;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=33;TCR=113;TR=145;WE=151073041;WS=151073023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	151073937	rs1994730	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1334;ReadPosRankSum=0.840;SC=CTTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=1.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=76;WE=151073945;WS=151073927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr3	151074925	rs3732759	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=860;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CAGTATATCTATGGTTTATAA;SOR=1.038;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=37;WE=151074933;WS=151074915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr3	151074941	rs3732760	A	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=1044;ReadPosRankSum=0.382;SC=TATAAAAATAAATGTTTTCTC;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=55;WE=151074949;WS=151074931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr3	151082923	rs1463725	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.493;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,29:0.14:200
chr3	151085578	rs3732764	C	A	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=139;PP=2965;SC=CATGAACATCCGTTGCTCTTT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=146;TCR=140;TR=285;WE=151085586;WS=151085568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	151085842	rs3841945	AAAT	A	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr3	151087137	rs3821662	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr3	151090424	rs3732765	G	A	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.986;SC=AGAGGTTTGCGATGTGATGGG;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=156;TCR=128;TR=230;WE=151090432;WS=151090414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,237:0.80:297
chr3	151096112	rs12497065	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=1.916;SC=CAAGGCTGTCTTATTCCTAAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=151096120;WS=151096102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr3	151100677	rs3821663	T	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=983;ReadPosRankSum=1.780;SC=CTTCCCTGTTTCTAAAGCCTT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=46;WE=151100685;WS=151100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr3	151101691	rs10935841	C	T	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=64;PP=1862;ReadPosRankSum=-1.034;SC=GTTTTTATCACTTCACATTGA;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=51;TCR=90;TR=100;WE=151101699;WS=151101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,109:0.72:151
chr3	151101746	rs12485508	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=826;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATACTGATGGCGATTTCTGCC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=39;WE=151101754;WS=151101736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr3	151105970	rs2276762	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,48:0.19:249
chr3	151108070	rs56194873	GT	G	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACACAGAAATGTTTTTTGTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=151108078;WS=151108060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	151131077	rs2276763	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,45:0.20:223
chr3	151131183	rs2276764	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=948;SC=TCAATTGCCAGATTCCAAGGA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=151131191;WS=151131173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	151143447	rs6440742	G	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,21:0.12:168
chr3	151154666	rs2172250	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr3	151155620	rs6781302	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,65:0.21:307
chr3	151158184	rs937126	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.268;SC=ATTAGAGAAAATTTTTTTTTC;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=6;WE=151158192;WS=151158174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	151158265	rs937125	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,19:0.15:128
chr3	151163301	rs201186884	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=8.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,55:0.19:292
chr3	151165678	rs9871952	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,49:0.28:178
chr3	151166422	rs6798252	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,73:0.19:378
chr3	151171439	rs7619322	A	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,49:0.16:315
chr3	151171542	rs7621591	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=2.219;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,21:0.17:124
chr3	151463421	rs1972977	G	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,49:0.18:275
chr3	151531894	rs2293004	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,56:0.21:270
chr3	151542408	rs148745568	AAAAC	A	802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=902;SC=CAGTCTAATCAAAACAAACAA;SOR=4.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=18;WE=151542419;WS=151542398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	151542737	rs13098550	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=353;SC=AGGAGATATTGATTTTTTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	151542749	rs151253803	CTATT	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=443;SC=TTTTTTGAAACTATTAAAGAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	151545318	rs2410837	A	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=423;SC=GGGATATTTTATTGTTTTAAA;SOR=3.500;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=18;WE=151545331;WS=151545308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	151545321	rs11306821	GT	G	891.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=565;SC=ATATTTTATTGTTTTAAATGA;SOR=3.056;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=151545331;WS=151545308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	151545323	rs62272918	T	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=361;SC=ATTTTATTGTTTTAAATGAAA;SOR=3.160;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=18;WE=151545331;WS=151545308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	151545601	rs1803155	G	A	8156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=130;PP=2965;SC=CTTCAAATTTGTTAATTGGAG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=166;TCR=130;TR=296;WE=151545609;WS=151545591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	151599393	rs13079080	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=71;ReadPosRankSum=0.501;SC=TACAGTTTGCCTTAACTCATA;SOR=0.070;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=9;WE=151599401;WS=151599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr3	151986434	rs61743371	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,72:0.18:410
chr3	152017897	rs368507124	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.988;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr3	152018223	rs17368446	T	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=719;ReadPosRankSum=1.148;SC=GACATACAGTTCTCTGCATAT;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=36;WE=152018231;WS=152018213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr3	152058449	rs13077912	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=3.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,77:0.17:442
chr3	152554357	rs701265	A	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,93:0.24:391
chr3	153839866	rs12493885	G	C	10018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=161;PP=2965;SC=GCCCCACCAGGTTCTGGGCCG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=184;TCR=162;TR=345;WE=153839874;WS=153839856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr3	153839959	rs59508481	CT	TC	14990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=153;PP=2947;SC=AGGGACGCTCCTCGCAGCGCA;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=153;TCR=157;TR=299;WE=153839968;WS=153839949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	153847582	rs1626280	T	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=1040;SC=GATTTGGCTTTTGTTCTTTTC;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=153847590;WS=153847572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	153870511	rs1727956	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=99;SC=GCTATATTTAGTTCTTTAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=153870519;WS=153870501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	153970704	rs2307750	CTT	C	1593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=1409;SC=CATTCAGACTCTTTTGACAAT;SOR=4.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=35;WE=153970713;WS=153970694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	153970796	rs355752	A	G	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=62;PP=2965;SC=ATACCTCTCTAGAGAATCTCT;SOR=1.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=136;TCR=63;TR=196;WE=153970804;WS=153970786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	153972500	rs355749	T	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=98;PP=2965;SC=TGTCCTCTTTTGGCCTCAGCA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=202;WE=153972508;WS=153972490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	153994502	rs355787	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=32;PP=1440;SC=CTGACTTACATGTAGATTTAA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=153994510;WS=153994492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	153995307	rs73160598	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=7.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=526;ReadPosRankSum=0.456;SC=AATTTTGTATATAATTGTTAA;SOR=4.450;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=22;WE=153995315;WS=153995297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr3	154007682	rs355758	G	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=1084;SC=TAGAACTGCAGAGAAAATACT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=154007690;WS=154007672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	154018887	rs9438	G	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=60;PP=1769;SC=CTTAAACTGGGATCTGTGTTC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=83;WE=154018895;WS=154018877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	154021063	rs355756	G	A	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=1;PP=171;SC=TTTGACATGAGAAAAGTGATA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=154021071;WS=154021053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	154024165	rs355754	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=25;PP=718;SC=TCTAGGACTGTTGAAAAATTG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=154024173;WS=154024155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	154146922	rs34792862	A	G	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=2288;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AGAGCAGCAGACTGGCTGCCC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=117;WE=154146930;WS=154146912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,122:0.82:149
chr3	154802742	rs28617565	T	G	109.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGTTCTTGCTTTAAGAAATTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=154802750;WS=154802732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	154802920	rs4607069	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr3	154807720	rs3773903	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=0.283;SC=CTGCACTCCAGCCTGGAAGAC;SOR=1.247;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=25;WE=154807728;WS=154807710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr3	154834379	.	GTA	G	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.934;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr3	154857897	rs10935999	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TTGTACCTATCCTATATTTTT;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=9;WE=154857905;WS=154857887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr3	154866453	rs1436633	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,40:0.20:197
chr3	154866545	rs1436632	A	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr3	154878158	rs35450782	GA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,11:0.13:86
chr3	154890512	.	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	154898407	rs701109	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr3	155212325	rs3214639	G	GA	3193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=59;PP=2092;SC=TTTTAATCGAGAAAAAAGGAA;SOR=1.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=3;TCR=66;TR=62;WE=155212333;WS=155212315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	155286277	rs73154261	G	A	315.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	155286285	rs16825099	T	C	320.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	155301479	rs67668024	G	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=403;SC=TTAGAAATAGGAAATTCAGTA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=155301487;WS=155301469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	155314034	rs359569	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=45;PP=2238;SC=TTGCCTTCTCACTCTTCCTAG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=127;WE=155314042;WS=155314024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	155314296	rs359570	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=401;SC=AATTTGGTAGAGGTAATCTGA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=155314304;WS=155314286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	155481609	rs7653384	G	A	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=2329;ReadPosRankSum=0.045;SC=GAACTGTCCAGTAGATTTTAG;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=135;WE=155481617;WS=155481599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,142:0.86:165
chr3	155485302	rs358733	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=17;PP=2329;ReadPosRankSum=0.806;SC=GCTTACCTTACTCACCAGAAG;SOR=0.312;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=91;TCR=17;TR=102;WE=155485310;WS=155485292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,108:0.95:114
chr3	155522044	rs63242260	ATAT	A	994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=495;ReadPosRankSum=-2.055;SC=ATTATTTGTAATATTATAACT;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=155522054;WS=155522034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr3	155523375	rs10563990	GCGCA	G	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=519;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CGATGGGGTAGCGCACGCAAC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=155523386;WS=155523365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	155551206	rs7649631	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=826;ReadPosRankSum=2.003;SC=AGCTGTCTTCCTTATTTTACA;SOR=0.980;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=49;WE=155551214;WS=155551196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr3	155551894	rs422497	A	G	651.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.7527;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CTCCATGCATATGTAAGTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=23;WE=155551902;WS=155551884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr3	155611557	rs6441026	T	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=438;SC=TTATTAATTTTCTTGAGCACT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=155611565;WS=155611547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	155628877	rs10936021	T	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=10;PP=1343;SC=GTTTTGCTCATTTTGATTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=155628885;WS=155628867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	155629183	.	ATG	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AAGGTTGAAAATGTTTTTTAT;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=4;WE=155629192;WS=155629173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr3	155637190	rs1356252	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=764;ReadPosRankSum=1.484;SC=AGAAAAATCAATTCAGACAAT;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=155637198;WS=155637180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	155639959	rs3772117	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=783;SC=AAATACTATTATTACTCCTAC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=155639967;WS=155639949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	155654432	rs3772113	T	A	187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=212;SC=CTTTTTTTTTTAAATTTTCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=155654440;WS=155654422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	155991348	rs1160221	G	T	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=94;PP=2803;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GCACACAGATGCTCTTTCCAT;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=176;WE=155991356;WS=155991338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,184:0.78:236
chr3	155991410	rs13093003	C	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=45;PP=1160;ReadPosRankSum=0.071;SC=GGCAATTCACCGCTGTCTTTC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=60;WE=155991418;WS=155991400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr3	156175109	rs34093583	C	CTT	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.044;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,25:0.18:139
chr3	156175167	rs2293194	GG	AA	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.441;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,51:0.20:250
chr3	156234268	rs4295133	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGTGTTGTCCAGGCCAGTGGC;SOR=1.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=7;WE=156234276;WS=156234258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	156249214	rs2280031	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,50:0.16:321
chr3	156249407	rs2280030	G	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=376;SC=GGGGAACAAAGGCAACAGAAC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=156249415;WS=156249397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	156261110	rs1983206	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr3	156262232	rs6792998	C	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr3	156266642	rs6809188	C	T	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=53;PP=2090;SC=TCAAAAAATTCTCTTCAAAGT;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=122;WE=156266650;WS=156266632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	156266880	rs3773716	C	T	147.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.6699;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACTCATATTTCGTACTGGCAA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=156266888;WS=156266870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr3	156395329	rs345986	G	T	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=259;SC=ACTAAATATAGTATAAGAGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=156395337;WS=156395319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	156411732	rs193197	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=3;PP=1171;SC=TTAATGTCCAATGATATTTTT;SOR=5.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=156411740;WS=156411722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	156431750	rs61733487	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=40;PP=2209;SC=TGTGGACTAAATACCTTCTTG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=156431758;WS=156431740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	156544584	rs344071	C	T	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=115;PP=2965;SC=GATGTGAACTCCCGCCTTCAC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=228;WE=156544592;WS=156544574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	156697097	rs6780427	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=32;PP=987;SC=ACTTATAACAGTGCTCTGTAG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=156697105;WS=156697087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	156864398	rs370594663	TAAAAAA	T	1827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.89;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	156864419	.	TA	T	1866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr3	156864551	rs6783595	T	A	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=45;PP=1331;SC=CAGAAATATCTATTTATAATT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=156864559;WS=156864541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	156867776	rs377312008	G	GAA	2365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=35;PP=920;SC=GCTGTTGGAGGAAAAAAAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=46;WE=156867784;WS=156867766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	156870059	rs73154633	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	156870816	rs41272613	A	G	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=103;PP=2965;SC=TCTGTACTCTACAACTCACCT;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=156;TCR=103;TR=258;WE=156870824;WS=156870806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	156876502	rs6441114	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=498;SC=ATTATTTTAAGTATCAGTGTT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=156876510;WS=156876492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	156876574	rs6441115	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=35;PP=1817;SC=ATTCACTTGAAAGGAAAGATG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=91;WE=156876582;WS=156876564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	156876803	rs6441116	T	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=34;PP=1151;SC=ATTGTTAGATTAAACTCACTT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=156876811;WS=156876793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	156877276	rs59715654	CAA	C	6919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=77;PP=2950;SC=CACCTGCAGACAAGAGAGGAG;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=88;WE=156877285;WS=156877266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	156877357	rs10936061	T	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=38;PP=1226;SC=ATCGCTTCCCTTTCCCCTCCC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=156877365;WS=156877347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	156877530	rs12635088	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=582;SC=CGGCGTAGGGGACGGAGGAGA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=156877538;WS=156877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	156978919	rs11398653	A	AT	12699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=102;PP=2936;SC=TGACTTATAAATCCCTACAGA;SOR=1.097;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=186;WE=156978927;WS=156978909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr3	156983273	rs3749214	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1052;SC=TGGAGATCAAAACCTTAAAAA;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=156983281;WS=156983263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	156983414	rs7652298	T	C	5290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=90;PP=2965;SC=TCTCTTTAAGTTTTCCTTCTA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=182;WE=156983422;WS=156983404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	157004323	rs4680353	A	C	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=90;PP=2965;SC=AATGGTTCTTAGCAGCAGGTA;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=111;TCR=90;TR=201;WE=157004331;WS=157004313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	157081324	rs11918974	A	G	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=66;PP=2734;SC=ACAGTTTCTGACAAATTCTCT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=157081332;WS=157081314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	157081604	rs55865575	A	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1006;SC=TTCACTGACAAGGAAAAGAAA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=157081612;WS=157081594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	157082082	rs3833585	C	CAA	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=7;PP=1115;SC=ACAAACCAAACGAGTTATACC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=157082090;WS=157082072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	157146005	rs9289983	G	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=197;SC=AAAAAAATGGGCATTTGTAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=157146013;WS=157146000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	157146307	rs1456099	A	T	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=75;PP=2408;SC=GGGAATGATGACTTTATCAGG;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=124;WE=157146315;WS=157146297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	157154861	rs2305619	A	G	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=125;PP=2965;SC=CCGTAAGTTCACTTTAACTGT;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=84;TCR=125;TR=209;WE=157154869;WS=157154851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	157155314	rs3816527	C	A	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=86;PP=2965;SC=ACGCCGTGCGCCTGCGGTCAG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=192;WE=157155322;WS=157155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	157188045	rs1456113	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=766;SC=CAGACATCACAGGTTCACCTA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=157188053;WS=157188035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	157817517	rs9833383	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=354;SC=GGTCCACTATATCATCTCAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=157817525;WS=157817507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	157820423	rs4462902	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1024;SC=CAACCCCAGGCTCTCTCTGCT;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=42;WE=157820431;WS=157820413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	157823909	rs75077515	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=48;PP=1562;SC=CCCCCAATAATAACACATCAA;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=157823917;WS=157823899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	157841531	rs6789448	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=535;SC=ATTTATCTCTGTTTGCTTCCA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=157841539;WS=157841521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	157849957	rs1609526	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=298;SC=GTATTTTTGGCGGAGATGGGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=157849965;WS=157849947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	158072623	.	AT	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr3	158187189	rs9815348	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=823;SC=TGATTCCCATGATGCATATAT;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=158187197;WS=158187179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	158289035	rs3817373	T	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=963;SC=CCGCGGCGAGTTAACATCGTT;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=158289043;WS=158289025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	158300732	rs2566341	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	158306627	rs1075551	A	G	11288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.44;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr3	158306630	rs2115942	T	G	11319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.57;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr3	158308875	rs2566339	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	158310153	rs6771248	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1124;SC=ATTATTTGTAATATTTACCTG;SOR=2.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=158310161;WS=158310143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	158318015	rs2639656	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=239;SC=AAATAACAGCCGTACTTGATG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=158318023;WS=158318005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	158320597	rs4875	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=260;SC=TTGACATAGGTGATGCTCATG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=158320605;WS=158320587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	158362441	rs1864507	T	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=29;PP=1575;SC=TCCTGGGAGCTGCAGCCGTCG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=158362449;WS=158362431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	158362526	rs1864506	A	G	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=78;PP=2965;SC=TAGAGAGGCTAAATCGGGACC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=192;WE=158362534;WS=158362516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	158362588	rs1864505	C	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=101;PP=2965;SC=GTGACACCCCCTGGGTCCTCA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=189;WE=158362596;WS=158362578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	158366900	rs2303909	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=30;PP=890;SC=TAAAGGTATTGTAGATCTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=158366908;WS=158366890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	158369798	rs9810874	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=625;SC=CTAAAAAAATATTTTAACCAT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=158369806;WS=158369788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	158372477	rs62286656	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=1012;ReadPosRankSum=2.155;SC=TACTTCTAGGCTTTATTCCTA;SOR=1.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=158372485;WS=158372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr3	158372502	rs9884039	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=593;SC=AGAATGACTCTGACTTTTATG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=158372510;WS=158372492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	158373550	rs73028934	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=5;PP=1316;SC=AATACTGATATATTATTATTA;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=53;WE=158373558;WS=158373540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	158378836	rs2291594	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=531;SC=AGTGCATTTAATACTTCAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=158378844;WS=158378826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	158384733	rs56321207	C	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=368;SC=ATTAATAAAGCATACTGTGGC;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=158384741;WS=158384723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	158384920	rs9875895	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	158386737	rs1492909	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=466;SC=ACAATACTTTCGATAAATATT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=158386745;WS=158386727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	158387487	rs6441215	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=347;SC=AAGCATAGGCTCCTAATGGTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=158387495;WS=158387477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	158388721	rs56093991	C	CAAAGAAA	655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=494;SC=GACCCTGTCTCAAAGAAAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=158388729;WS=158388711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	158388780	rs8455	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=14;PP=902;SC=AAATTTAAGGTGATACTTATG;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=158388788;WS=158388770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	158390395	rs9841	A	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=383;SC=TCCTTCAGTCAGTCTTCTTCC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=158390403;WS=158390385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	158399757	rs11436468	A	AT	1037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.655;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr3	158407930	rs34920045	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	158409093	rs145803239	C	CA	2837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=30.84;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	158409262	rs1047355	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=736;SC=ACTAACTTTGCTTACTGTGAG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=158409270;WS=158409252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	158422506	rs4680457	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=646;SC=TTAGAAGTTCGCATGAATTCA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=158422514;WS=158422496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	158428809	rs3830357	A	AAGGC	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1783;SC=TTCATTGTACAAGGCAGGCAG;SOR=6.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=32;WE=158428817;WS=158428799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	158449965	rs6441223	T	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr3	158450080	rs7621322	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GTCGTCGGGGTCCCCGGACCC;SOR=0.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=90;WE=158450088;WS=158450070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr3	158450151	rs7609656	C	T	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=45;PP=2010;SC=CGGTGGGGCGCGGGCCCCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=158450159;WS=158450141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	158450169	rs147016103	C	G	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	158450178	rs6786423	A	G	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	158450298	rs73015649	C	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=74;PP=2280;SC=GGGCCCCTCCCCTCCGCCCCC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=135;WE=158450306;WS=158450288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	158450417	rs6441224	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=329;SC=GGCTTAGTGCTAGGATGCGGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=158450425;WS=158450407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	158451654	rs73015654	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=804;SC=GATGGGCGTGGTGCCATCTCT;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=158451662;WS=158451644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	158451882	rs73015655	A	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=22;PP=734;SC=ATATTGGATGAAGTTACATGC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=158451890;WS=158451872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	158451932	rs73015657	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=555;SC=ATGGGGAGTTGGGAGGTGGTT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=158451940;WS=158451922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	158520483	rs2713736	A	G	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=78;PP=2447;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GTTCCTAAACAACTTTTGTTT;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=120;WE=158520491;WS=158520473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr3	158537415	rs146160361	CTTTTT	C	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.16;QD=43.35;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	158537443	rs3765083	A	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=36.03;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	158539294	rs1548092	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=157;SC=GAAAGAAGCTGATTAAACTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=158539302;WS=158539284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	158539486	rs1548093	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=339;SC=CATGTGAAGTATGGGTCTTTA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=158539494;WS=158539476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	158539961	rs6793618	G	A	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=66;PP=1958;SC=GGTGGGGTCAGGGCTTCAGCA;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=108;WE=158539969;WS=158539951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	158545195	rs6792827	G	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	159733600	rs589545	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=128;SC=TTCTAAATCTGAAAAATTGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=159733608;WS=159733597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	159733692	rs491966	T	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=30;PP=1580;SC=CTACACTTGATCCTGAGATCT;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=159733700;WS=159733682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	159736893	rs2647930	T	C	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=59;PP=2965;SC=TTAAACATCCTAAGTGGTCAA;SOR=1.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=137;TCR=59;TR=195;WE=159736901;WS=159736883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	159737076	rs2647931	G	A	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=105;PP=2965;SC=TCCTCTCGCCGCAAGCACATG;SOR=1.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=160;WE=159737084;WS=159737066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	159744277	rs2936300	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=319;SC=TCCACCACAGCGAAACCAGTT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=159744285;WS=159744267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	159744352	rs2279742	C	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=22;PP=1385;SC=CGAGACCTGACGGGAAGCGGG;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=159744360;WS=159744342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	159744438	rs2914119	C	T	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	159744438	.	CTC	TTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=92;NR=66;PP=2947;QD=20;SC=AGGACAGGCACTCGCATGGGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=158;WE=159744448;WS=159744428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,158:0.96:164
chr3	159744440	rs2936301	C	T	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	159976205	rs180992676	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=404;SC=CAAGTACTTATACTCGGTTAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=159976213;WS=159976195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	160142810	.	ATG	A	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	160233406	rs112603907	CT	C	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.572;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr3	160679744	rs7629001	A	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1046;SC=TGCAAAAAAAATTCATTATAA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=160679752;WS=160679734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	160739920	.	ATT	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	161147275	.	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQRankSum=-2.528;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,9:0.10:89
chr3	161147279	.	T	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=8.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQRankSum=-2.346;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,8:0.09:87
chr3	161214536	rs12630808	A	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=245;SC=TAGTCTTTTCATTTGGACCTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=161214544;WS=161214529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	164714532	rs4855271	C	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=719;SC=TTACATATGACATTCCAAACA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=164714540;WS=164714522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	164733721	rs2290738	G	A	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=40;PP=2736;SC=TAAGACTCAGGTAAACTCCAA;SOR=1.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=129;WE=164733729;WS=164733711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	164751319	rs7611384	T	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-2.589;SC=TTAAGAAATTTGAACAAACTA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=15;WE=164751327;WS=164751309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	164758630	rs13099130	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=655;SC=AGCAGCAGAAGTTTAATTGAT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=164758638;WS=164758620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	164760771	rs12381230	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;ReadPosRankSum=-1.328;SC=ATATACTCTATAGATTTAATT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=21;WE=164760779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr3	164764719	rs9838509	C	A	9519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=158;PP=2965;SC=CTAACCAATGCGCAGCATGTC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=177;TCR=158;TR=335;WE=164764727;WS=164764709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr3	164766807	rs200218470	T	TAA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=428;SC=AATATTATCTTTCTTTTTTCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=15;WE=164766824;WS=164766797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	164766808	rs67477789	TC	T	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=653;SC=ATATTATCTTTCTTTTTTCAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=164766824;WS=164766797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	164766816	rs9821196	C	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=594;SC=TTTCTTTTTTCAACTTTGCTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=164766824;WS=164766797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	164766835	rs9841237	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1017;SC=TATTTCCTAATTATGAATACA;SOR=3.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=164766843;WS=164766825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	164772957	rs9290256	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=15;PP=1288;SC=TTGACCAAAACCATTGGTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=164772965;WS=164772947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	164773057	rs9290257	G	A	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	164776913	rs60170840	C	CAT	13414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=143;PP=2965;SC=TTAACTTACACGTGTAAACAC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=62;TCR=149;TR=202;WE=164776921;WS=164776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	164777677	rs9290259	T	G	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=103;NR=54;PP=2775;SC=CACGGACCCTTTATTCTACTT;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=104;TCR=54;TR=157;WE=164777685;WS=164777667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	164781368	rs11718901	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=547;SC=TTTCAAATATGTTTAAAACAC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=164781376;WS=164781358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	164783165	rs9283633	T	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1651;SC=GGAAGACGGGTTGAGATCTGT;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=164783173;WS=164783155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	164785338	rs9865476	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=417;SC=TAATATTCCAGTTCTGAATTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=164785346;WS=164785328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	164786382	rs9758479	C	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=769;SC=AGGATGGTCTCCATCTCCTGA;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	164786396	rs9754967	T	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=1020;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCGCC;SOR=4.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	164786413	rs9756068	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=17;PP=1421;SC=CGCCCACGTCAGCTTCCCAAA;SOR=2.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=164786421;WS=164786403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	164786629	rs11313475	TA	T	2450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=73;PP=1708;SC=CCTTAAAGAATAAAAAAAAGC;SOR=2.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=1;TCR=81;TR=74;WE=164786637;WS=164786619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	164793541	rs7432386	G	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=153;SC=TAGAAAAAGTGGAAGTAATTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=164793549;WS=164793531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	165491280	rs1803274	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TCCCATTCTGCTTCATCAATA;SOR=0.891;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=45;WE=165491288;WS=165491270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr3	165495400	rs2686409	G	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1048;ReadPosRankSum=0.263;SC=TCTGTGTGCAGGGGCAAAGCA;SOR=1.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=82;TCR=23;TR=55;WE=165495408;WS=165495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr3	165495420	rs2686410	G	C	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=21;PP=1462;ReadPosRankSum=0.473;SC=AAATTTGCAAGTACAAATGTT;SOR=1.150;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=156;TCF=111;TCR=45;TR=82;WE=165495428;WS=165495410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr3	165496622	rs2686411	A	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=195;SC=TAAGATGTCCAGAAAACATTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=165496630;WS=165496612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	165555125	rs1126680	C	T	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=69;PP=1978;ReadPosRankSum=0.732;SC=ACAAAGATGGCAAAGTTTGCA;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=411;TCF=225;TCR=186;TR=156;WE=165555141;WS=165555115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,162:0.38:426
chr3	166966436	rs60512741	C	T	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=56;PP=2072;SC=CAGGCTGAGGCCCTAGAAAGA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=166966444;WS=166966426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	167000256	rs12638625	G	C	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=69;PP=2178;SC=TGGAAAATTTGCTGTTGAAGG;SOR=1.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=167000264;WS=167000246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	167006568	rs7625639	G	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=11;PP=1693;SC=AAACTAAATTGCAGGTGCCTA;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=71;WE=167006576;WS=167006558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	167006612	rs7625651	G	T	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=45;PP=2965;SC=ACTAAAGGAAGTAAGCTGCCA;SOR=1.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=124;TCR=47;TR=169;WE=167006620;WS=167006602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	167023493	rs35864545	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=468;SC=TTGCTCAATTCCAAGGATTCT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=167023501;WS=167023483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	167023624	rs35190925	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=20;PP=711;SC=TTCTAAACCTATATTTTTCTC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=167023632;WS=167023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	167035501	rs4580553	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=275;SC=TGATGAAACCGTAACTGTACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=167035509;WS=167035491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	167040185	rs12632964	A	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=183;SC=AAAGTATTAAATATTGGTAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=167040193;WS=167040175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	167051726	rs10936530	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=15;PP=421;SC=CATCCTTTATAAACTGATGGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=167051734;WS=167051716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	167077691	rs4257551	T	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=25;PP=910;SC=ACTGTCCACATACTTTCCCAT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=167077699;WS=167077681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	167078544	rs9834845	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=538;SC=ATTTGTCAGGTATATATTATC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=167078552;WS=167078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	167351418	rs9845725	T	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1428;SC=TTGCTACAAATTCTTAGTTTT;SOR=2.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=167351426;WS=167351408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	167413629	rs184532453	G	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=154;SC=AGATAATTAGGAAAGACAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=167413637;WS=167413619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	167508062	rs13090836	T	C	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=108;SC=GGTGCCTGTTTGGTTAATCTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=167508070;WS=167508057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	167745703	rs9861339	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=292;ReadPosRankSum=0.648;SC=AAAAGCCACCAGTGGACTTTT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=19;WE=167745711;WS=167745693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr3	167754573	rs6786410	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=561;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCTCTTGGCAACTTGACAGAG;SOR=1.702;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=21;WE=167754581;WS=167754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr3	168269756	rs6771018	A	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1227;ReadPosRankSum=0.498;SC=TAGAGGGAATACCATTTATGT;SOR=0.471;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=191;TCF=70;TCR=121;TR=91;WE=168269764;WS=168269746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr3	168269864	rs11321565	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.431;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	168538993	rs603638	A	G	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=38;PP=1687;ReadPosRankSum=0.147;SC=TGTCTCGAGGATGCCTACGGA;SOR=0.758;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=127;TCR=72;TR=103;WE=168539001;WS=168538983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,105:0.51:206
chr3	168542454	.	TCA	T	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.469;NF=12;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=1.717;SC=TGCAGCTCTGTCACACACACA;SOR=0.500;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=21;WE=168542465;WS=168542444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr3	168818560	rs9857376	C	T	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=107;SC=TATTCAGACACGCATAAAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=168818568;WS=168818550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	168819788	rs9290358	A	G	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=56;SC=AAACAGCAAGACCTTTTGAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=168819796;WS=168819787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	168825911	rs4955639	T	C	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=62;SC=GTTATAACTCTGTTGAATTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=168825919;WS=168825901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	168840571	rs3851380	A	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=56;PP=1568;SC=AAACGGAACAACATTTTATTG;SOR=2.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=70;WE=168840579;WS=168840561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	168840607	rs3851381	C	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=806;SC=ATTAAAGAAACAAGAAGGAAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=168840615;WS=168840597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	168862961	.	CACACACACACACACACAGAG	C	466.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.82;MQRankSum=0.996;QD=31.12;ReadPosRankSum=2.107;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr3	169098861	rs988398	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=1.379;SC=TTCTTAAAAACCTGTTGAAAA;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=9;WE=169098869;WS=169098851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	169485588	rs34273285	G	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1610;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CAAGAAAAGAGCTGGTCATGG;SOR=0.660;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=334;TCF=171;TCR=163;TR=106;WE=169485596;WS=169485578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,107:0.31:345
chr3	169485639	rs2068178	C	T	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,120:0.28:425
chr3	169486144	rs9822885	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=797;ReadPosRankSum=0.528;SC=GGTAACTGTAAGGAAAGCAAT;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=67;WE=169486152;WS=169486134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,73:0.35:211
chr3	169500397	rs35406871	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=630;ReadPosRankSum=0.003;SC=TTGCTGTCTCTAGTTCTCTTA;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=55;WE=169500405;WS=169500387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,60:0.30:197
chr3	169511639	rs150059224	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.801;SC=AGGATTTTTAGGAAAAAAACT;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=21;WE=169511647;WS=169511629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr3	169518455	rs6793295	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=1.432;SC=ACCTGTTCACTGTACAGTATA;SOR=0.679;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=20;WE=169518463;WS=169518445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr3	169526273	rs112944799	G	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.408;SC=TGTTGCTCGTGTACTTACTTA;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=6;WE=169526281;WS=169526263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	169526393	rs76322513	A	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,40:0.26:151
chr3	169539812	rs61738871	C	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGCCTCTAATCAGAGCTTGAC;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=340;TCF=194;TCR=146;TR=108;WE=169539820;WS=169539802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,110:0.31:352
chr3	169539990	rs61754874	G	A	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=69;PP=2670;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GGGCTGCTGAGCAGCCTGGAG;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=499;TCF=316;TCR=183;TR=185;WE=169539998;WS=169539980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,188:0.37:514
chr3	169540397	rs1920119	T	C	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=106;PP=2828;ReadPosRankSum=0.448;SC=GCCCGCGTCCTTGTGCCAGTG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=751;TCF=399;TCR=352;TR=225;WE=169540405;WS=169540387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:538,235:0.30:773
chr3	169540882	rs75794543	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TTGTATTACTCTCTTTTTCCC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=169540890;WS=169540872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	169555396	rs78013694	C	T	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=65;PP=1478;ReadPosRankSum=0.208;SC=AAAAGGAAAACCAGGAAAGGG;SOR=1.274;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=39;TCR=105;TR=85;WE=169555404;WS=169555386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr3	169587423	rs113189539	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=391;ReadPosRankSum=0.170;SC=CAGCTTACCAGTCTCTGAGGT;SOR=0.161;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=31;WE=169587431;WS=169587413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr3	169639050	rs61420799	C	T	8908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GACAGTTTTGCGTTCCTTCCC;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=599;TCF=313;TCR=286;TR=380;WE=169639058;WS=169639040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,398:0.64:622
chr3	169643757	rs1290671	G	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=0.733;SC=TTCAGCTATAGTACCCAGGAG;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=7;WE=169643765;WS=169643747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	169643861	rs77312716	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=829;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GTCCAATTGAGGACCAAAAAG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=139;TCR=82;TR=63;WE=169643869;WS=169643851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,67:0.29:230
chr3	169643955	rs1290670	C	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TTGAGACTTGCAATGTCTAAT;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=296;TCF=144;TCR=152;TR=96;WE=169643963;WS=169643945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,97:0.31:308
chr3	169644710	rs10513680	G	C	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=116;PP=2328;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CCTATGAAGAGGATCATTATG;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=678;TCF=333;TCR=345;TR=225;WE=169644718;WS=169644700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:462,229:0.33:691
chr3	169646430	.	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.290;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=893;ReadPosRankSum=1.396;SC=CCTGCATAATGAATTAGGTCA;SOR=0.144;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=45;WE=169646438;WS=169646420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr3	169654216	rs9836170	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,68:0.24:278
chr3	169684687	rs2072576	G	C	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=2.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,109:0.37:294
chr3	169703671	rs2287486	A	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GTGAGATGTTAATAGCTATAA;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=28;WE=169703679;WS=169703661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr3	169710363	rs2160898	G	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=456;ReadPosRankSum=1.420;SC=CTCAATTAGAGAAATTTTTCT;SOR=0.920;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=109;TCF=85;TCR=24;TR=33;WE=169710371;WS=169710353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,34:0.31:109
chr3	169801658	rs6444895	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TTCAAAATAGGTAACATTAAG;SOR=0.093;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=169801666;WS=169801648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	169889074	rs112896268	A	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=1.160;SC=AAATTATAATAACAGCTTCAT;SOR=1.463;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=16;WE=169889082;WS=169889064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr3	169889331	rs3772186	T	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=1081;ReadPosRankSum=1.950;SC=ACAATAAATGTCAAAAGGCCT;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=56;WE=169889339;WS=169889321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,61:0.75:81
chr3	169894680	rs1386333	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1140;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGGCTCAAGGGGATTATGTC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=75;WE=169894688;WS=169894670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr3	169988286	rs56257047	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-2.466;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr3	169998240	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr3	169999216	rs71277158	T	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.812;SC=GATATCAGTTTGATATTAGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=169999224;WS=169999206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	170013846	rs2454763	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GGTCAGTAGCGGTTTGGGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=170013854;WS=170013836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	170078232	rs3772173	C	T	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=95;PP=2067;ReadPosRankSum=1.191;SC=GACATTCATGCAAATGGAAAA;SOR=0.856;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=553;TCF=265;TCR=288;TR=173;WE=170078246;WS=170078222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,175:0.31:563
chr3	170099218	rs146524896	ATTAT	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.282;NF=0;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TGGGAATTTAATTATTTATTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=11;WE=170099229;WS=170099208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	170105233	rs6786374	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=337;ReadPosRankSum=0.255;SC=TGTGGCTTTTCATGTCTGGTC;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=22;WE=170105241;WS=170105223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	170105378	rs6786542	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CTTCGTCAGTCGGACATTTGC;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=41;WE=170105386;WS=170105368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
chr3	170197954	rs989997	T	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=0;PP=1310;SC=AACACAAGGGTCCATAGAACC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=170197962;WS=170197944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	170198967	rs1861939	G	A	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=87;PP=2558;SC=TGGAGGGGCCGGGCAAGCAGA;SOR=3.890;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=13;TCR=87;TR=99;WE=170198975;WS=170198957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	170218862	rs16855165	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=10.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.612;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr3	170425809	rs58704061	T	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1582;ReadPosRankSum=0.258;SC=TGTTAAAGGTTTTCATGCCTT;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=187;TCR=150;TR=124;WE=170425817;WS=170425799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,134:0.37:358
chr3	170715830	rs5398	G	A	7164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.915;SC=TAAAAAATGTGAACAGGGTAA;SOR=0.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=441;TCF=225;TCR=216;TR=307;WE=170715838;WS=170715820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,315:0.70:452
chr3	170723276	rs5406	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=0.055;SC=CCAAGAAAATGATCAGGTTGA;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=26;WE=170723284;WS=170723266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr3	170723664	rs2292622	A	G	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.42;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr3	170723668	rs2292621	C	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.31;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr3	170724883	rs8192675	T	C	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=39;PP=1467;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GTAGTGGTACTGTAGAGGATG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=97;TCR=56;TR=107;WE=170724891;WS=170724873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,113:0.69:163
chr3	170724955	rs5404	C	T	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=2151;ReadPosRankSum=0.038;SC=TAAGAATGCCCGTGACGATGG;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=128;WE=170724963;WS=170724945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,131:0.76:173
chr3	170727658	rs10513689	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=478;ReadPosRankSum=1.854;SC=ATATCCCTGAGTGCTACCACA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=22;WE=170727666;WS=170727654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr3	170727701	.	G	GGT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=18.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr3	170727702	rs58674412	GT	G	1898.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=20.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.62;ReadPosRankSum=0.285;SOR=3.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr3	170727704	.	GTGT	G	1629.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=17.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.97;ReadPosRankSum=0.158;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr3	170727739	rs5402	T	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TGTGTGTGTGTGACTTACCAC;SOR=1.319;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=71;WE=170727747;WS=170727729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,75:0.69:109
chr3	170732300	rs5400	G	A	6842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.819;SC=GAATGATGCAGTCATTCCACC;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=423;TCF=242;TCR=181;TR=285;WE=170732308;WS=170732290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,299:0.68:441
chr3	170732599	rs7356034	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=0.718;SC=TGTTTGTTACGTGTTTAAATA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=21;WE=170732607;WS=170732589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr3	170797252	rs10513691	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=429;ReadPosRankSum=-2.132;SC=ACCTAACTAAGTAAGTCTGAT;SOR=0.285;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=38;WE=170797260;WS=170797242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr3	170800202	rs12497854	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=4.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,102:0.28:361
chr3	170802836	rs45467595	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=541;ReadPosRankSum=0.211;SC=ACTGAGGATTAATTTCCTTAT;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=87;TCR=42;TR=41;WE=170802844;WS=170802826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr3	170802910	rs17857452	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=666;ReadPosRankSum=0.252;SC=TGCTTACCTGCGGCTGATGAT;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=118;TCR=103;TR=66;WE=170802918;WS=170802900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,68:0.30:228
chr3	170803095	rs78115753	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr3	170805336	rs45521834	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.664;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GAGAGGGGGGAAAAAGGCCAC;SOR=0.257;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=15;WE=170805344;WS=170805326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr3	170811531	rs55695221	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ATTCCCCATACTTAAAATACA;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=170811539;WS=170811521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr3	170811667	rs16855789	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,56:0.26:214
chr3	170825905	rs6444960	C	G	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=72;PP=2743;SC=GTTTCACCTTCGCAGGCTCAT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=170825913;WS=170825895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	170858406	rs2292006	T	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1060;ReadPosRankSum=0.861;SC=TTTAATGAGATATGCCTAAAT;SOR=1.153;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=175;TCF=61;TCR=114;TR=64;WE=170858414;WS=170858396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr3	170885097	rs2292005	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=682;SC=GATAAAACGGCGATCCAAAGA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=170885105;WS=170885087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	170893070	rs12637875	G	A	7294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=142;PP=2965;SC=GAGGCGCTGGGTTCCGGGGGA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=115;TCR=143;TR=257;WE=170893078;WS=170893060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
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chr3	170928797	rs6444972	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=443;SC=TGGGGGCTAATGGTTAAAGAA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=170928805;WS=170928787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr3	171064963	rs73171597	G	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,70:0.28:247
chr3	171065031	rs1389047	G	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=86;PP=2779;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATGACA;SOR=4.977;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=102;TCF=16;TCR=86;TR=92;WE=171065039;WS=171065021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	171087469	rs3796295	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=14.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,73:0.27:269
chr3	171431912	rs115713729	C	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=739;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TATGACAAGTCTTAAGTAATC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=34;WE=171431920;WS=171431902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr3	171574381	rs143748949	T	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=415;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TTTACATGGGTGCCCCTCCCA;SOR=0.403;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=29;WE=171574389;WS=171574371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr3	171844787	rs4894810	A	T	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.995;SC=ATGTGAATGCATTGGGAGGTG;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=500;TCF=244;TCR=256;TR=233;WE=171844795;WS=171844777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,240:0.47:507
chr3	171969077	rs7652177	C	G	4282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GGAATGTCAACCTACATCACC;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=421;TCF=250;TCR=171;TR=197;WE=171969085;WS=171969067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,202:0.47:430
chr3	172028460	rs10936720	A	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=666;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AAGTTAGTGTATGATGATGAT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=41;WE=172028468;WS=172028450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr3	172028521	rs12636516	C	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1178;ReadPosRankSum=0.154;SC=GGGGAGAGCACAGGACTATCA;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=78;WE=172028529;WS=172028511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,87:0.45:193
chr3	172034271	rs9837821	T	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=717;ReadPosRankSum=0.573;SC=TCTGTTTTAATGTTCCTAAAC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=68;WE=172034279;WS=172034261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr3	172034979	.	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=5.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.186;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.624;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,22:0.17:128
chr3	172046861	rs2270568	T	C	8353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=156;PP=2965;SC=ACGACATTGGTACCAGGTATG;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=141;TCR=156;TR=297;WE=172046869;WS=172046851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	172046933	rs6799133	A	G	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=104;PP=2965;SC=TCTTTTACATAGCTGGAAGGC;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=164;WE=172046941;WS=172046923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	172052914	rs200541978	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=17.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=4.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	172052918	.	TGATAGA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	172059121	rs570549	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=497;ReadPosRankSum=0.640;SC=ATGTATCTTGGTAATGCAACC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=32;WE=172059129;WS=172059111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr3	172099011	rs9853174	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=5.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=505;ReadPosRankSum=0.499;SC=CCTAACTTGTACTTATTGTAT;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=24;WE=172099019;WS=172099001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr3	172162829	rs482204	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=4.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	172162837	rs477251	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=3.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	172166033	rs495225	G	A	20963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=363;NR=390;PP=2965;SC=TGCCAGCGATGCCCACCACGA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=754;TCF=363;TCR=391;TR=753;WE=172166041;WS=172166023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr3	172224303	rs1131532	A	G	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=891;ReadPosRankSum=0.068;SC=AAAAGGCCCCAAAAAAACTGG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=62;WE=172224311;WS=172224293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr3	172224769	rs111284464	GC	G	3450.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=63;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.768;SC=AAAGCAAGGAGCTTTTTTGCA;SOR=1.042;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=3;TCR=132;TR=64;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr3	172224771	rs17848019	T	A	3458.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.669;SC=AGCAAGGAGCTTTTTTGCAGC;SOR=1.063;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=158;TCF=29;TCR=129;TR=73;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr3	172227199	rs3815496	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=653;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AATCAGCCATCGTAAGCATAC;SOR=0.986;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=36;WE=172227207;WS=172227189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr3	172236440	rs231983	T	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=0.912;SC=ACAGGCTATTTGTGAAGGTCC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=12;WE=172236448;WS=172236430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	172240999	rs2270418	T	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=747;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TAACCAGACATTTGCTAAGCG;SOR=0.943;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=72;TCR=15;TR=41;WE=172241007;WS=172240989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr3	172365832	rs2302815	T	G	5621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=2.427;SC=GCGCTTTTTTTGCCAAAAGAA;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=491;TCF=202;TCR=289;TR=254;WE=172365840;WS=172365822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,258:0.51:505
chr3	172428508	rs7629698	C	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=17;PP=1921;SC=TGGACCACCTCAAAAAGCGAC;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=94;WE=172428516;WS=172428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	172428782	rs2276805	T	C	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=105;PP=2568;ReadPosRankSum=0.678;SC=CATCTTGCCCTGGCTCGGCTC;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=409;TCF=198;TCR=211;TR=210;WE=172428790;WS=172428772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,217:0.51:424
chr3	172520818	rs7644191	G	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATTTTTGTAAGTTCCCTGAAT;SOR=0.227;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=19;WE=172520826;WS=172520808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr3	172766777	rs55724801	C	T	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=56;PP=1959;ReadPosRankSum=-0.277;SC=GTTTCCTCATCCGTAGATAAC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=283;TCF=165;TCR=118;TR=136;WE=172766785;WS=172766767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,149:0.49:306
chr3	172835392	rs146572379	A	T	4573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.406;SC=ATCTCTTGTGACATTTCCAGG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=529;TCF=272;TCR=257;TR=215;WE=172835400;WS=172835382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,220:0.40:544
chr3	173322248	rs3844523	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=624;ReadPosRankSum=0.400;SC=ATCTGCTGTCTGAAGATCTTT;SOR=1.828;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=31;WE=173322256;WS=173322238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr3	173322277	rs11718812	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=902;ReadPosRankSum=-1.692;SC=TTCTCGACAAGCTCCCCTGTA;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=88;TCR=23;TR=52;WE=173322285;WS=173322267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr3	173323278	rs3853390	A	G	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=45;PP=1995;ReadPosRankSum=0.303;SC=CCGGCGGTCTATGATGGAGCG;SOR=1.101;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=267;TCF=162;TCR=105;TR=125;WE=173323286;WS=173323268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,131:0.47:281
chr3	173507395	rs4499633	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GAGTTCAAACTAGAACCCAAG;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=173507403;WS=173507392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	173997153	rs7646919	G	A	15290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=278;NR=251;PP=2965;SC=CCAGAAGAAAGACATTACTGG;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=529;TCF=278;TCR=251;TR=529;WE=173997161;WS=173997143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr3	174581888	rs6445184	T	C	5516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.888;SC=AAGGTGAGTCTGACCTAAATG;SOR=0.515;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=371;TCF=196;TCR=175;TR=250;WE=174581896;WS=174581878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,256:0.67:384
chr3	174951756	rs4371530	T	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=41;PP=2144;SC=GAAGATGACATGGAAATTTCA;SOR=1.470;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=127;WE=174951764;WS=174951746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	175165079	rs6802937	C	T	9962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=174;PP=2965;SC=CATCTCTGCACCCCTCGTTGC;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=185;TCR=175;TR=359;WE=175165098;WS=175165069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr3	175165201	rs2161041	T	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=61;PP=1696;SC=TACAGTTTTTTTAAAGACCAT;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=74;WE=175165209;WS=175165191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	175189406	rs35213579	CT	C	2615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.198;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.484;NF=43;NR=27;PP=1503;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CAGATAGATCCTTTTTTTTTT;SOR=2.117;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=70;WE=175189425;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,100:0.96:104
chr3	175189417	rs79264590	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.430;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,16:0.14:117
chr3	175189447	rs9290555	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.483;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,27:0.13:209
chr3	175205148	rs7646041	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.956;SC=CAGGAGGACACTGAGGCATAG;SOR=0.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=8;WE=175205156;WS=175205138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	175345143	rs9866564	C	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	175473047	rs9826737	T	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=30;PP=2087;SC=GCCATGGCGTTACGCCTGCGG;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=175473055;WS=175473037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	175520736	rs12107944	T	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.869;NF=44;NR=6;PP=1017;ReadPosRankSum=0.976;SC=ATTCCAACGTTTGATAGAAAA;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=73;TCR=9;TR=50;WE=175520744;WS=175520726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr3	176765253	rs1201300	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=14;PP=584;SC=AACAAAGTAAGAAGGAAAATG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=176765261;WS=176765243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	176769608	rs1881979	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=902;ReadPosRankSum=1.075;SC=GAAAATCTTCGTTCCTAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=44;WE=176769616;WS=176769598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,50:0.83:60
chr3	176771833	rs138539758	CGTGT	C	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=1610;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGACGAAGGTCGTGTGTGTGT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=176771861;WS=176771823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr3	176771847	rs140181568	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.62;ReadPosRankSum=0.697;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr3	176771849	rs145749628	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.66;ReadPosRankSum=1.812;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr3	176771851	rs141727557	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.94;ReadPosRankSum=2.067;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr3	176771853	rs139405656	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.60;ReadPosRankSum=1.759;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr3	178785549	rs6772028	G	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=40;PP=1238;SC=ATTGGGTAGGGAAGCCTGGGG;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=54;WE=178785557;WS=178785539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	178921225	.	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.848;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-2.275;SC=ATAATGTTTAATTTTTTATCA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=5;WE=178921233;WS=178921215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr3	178968660	rs1170672	T	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=2418;ReadPosRankSum=1.846;SC=CTTGTGCACATCTAGTGGGTC;SOR=0.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=116;WE=178968668;WS=178968650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr3	179096508	rs7637065	C	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=43;PP=1950;SC=ATTGTATTTCCTTTTTCCCTG;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=179096516;WS=179096498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	179399570	rs13080037	C	T	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=2236;ReadPosRankSum=0.474;SC=TGCCAGGCCTCGTCTTCAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=123;WE=179399578;WS=179399560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr3	179448066	rs11309768	AT	A	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.154;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.422;NF=0;NR=22;PP=309;ReadPosRankSum=0.789;SC=CCAGATTTGTATTTTTTTTTT;SOR=2.381;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=22;WE=179448074;WS=179448056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr3	179448383	rs3213761	C	T	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=31;PP=2056;SC=CTTTTTGTTTCTGTTTCTCTG;SOR=1.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=101;WE=179448391;WS=179448373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	179463076	rs58527921	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	179463081	rs59131484	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	179472674	rs2287240	C	T	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.662;SC=ATATGCGCTACCCTCCCACCC;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=213;WE=179472682;WS=179472664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,222:0.98:226
chr3	179481971	rs71917525	CTG	C	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	179527459	.	G	GA	175	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=10;PP=175;QD=16.7272727273;SC=CTAAGCACCTGAAAAAAAAAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=179527467;WS=179527449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,11:0.52:21
chr3	179592053	rs1609981	G	A	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=20;PP=1308;SC=TGAAAATAAAGCATTTATGCT;SOR=1.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=179592061;WS=179592043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	179592240	rs2339914	C	T	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1836;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GGAAATTAAACGTACACTAGA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=93;WE=179592248;WS=179592230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr3	179593072	rs55664665	T	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=931;SC=GACTTAACTCTTTGGCTATTT;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=179593080;WS=179593062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	179593352	rs2302743	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=946;ReadPosRankSum=0.506;SC=GAGGGTGGAGCGTGTGGTGCA;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=45;WE=179593360;WS=179593342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr3	180369283	rs183413880	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=546;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CTTTAATTTTGTTTGTATTAT;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=38;WE=180369291;WS=180369273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr3	180372455	rs1401334	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=783;SC=AAACTAGAAGTAGTTTCTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=180372463;WS=180372445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	180396974	rs2292896	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=741;SC=GGAAGCACAGGATTAGGAAAG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=180396982;WS=180396964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	180679156	rs7428473	G	A	109.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	180688997	rs11368900	C	CA	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=866;SC=AAAAAAATGTCTATGTCTGCT;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=180689005;WS=180688987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	182546017	rs9814205	C	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	182559785	.	AC	A	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.4999;HP=19;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=18;MQ=54.02;NF=2;NR=0;PP=31;QD=17.0;SC=AAAAAAAAAAACAAAGGATGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=182559793;WS=182559775;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr3	182575631	rs661774	G	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=225;SC=TAATACATGAGTTGTATGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=182575639;WS=182575621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	182576923	rs645597	T	A	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=203;SC=ATTTTTTCTTTTCAAACAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=182576931;WS=182576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	182598863	rs796406	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=390;SC=ATTAAAGTACAGTATCAAATT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=182598871;WS=182598853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	182681740	rs4859146	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=25;PP=1057;SC=TGAACTTCCACGCAATAATCA;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=182681748;WS=182681730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	182681853	rs4859147	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=27;PP=847;SC=AAAATAACAATGCAATATTAA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=182681861;WS=182681843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	182735182	rs6786878	C	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=67;PP=1990;SC=TAGATATGTTCATCTGCTTCA;SOR=2.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=92;WE=182735190;WS=182735172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	182755209	rs2270968	T	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=69;PP=2270;SC=AATGTTGGTGTGCAGTCCAAC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=182755217;WS=182755199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	182757084	rs2270967	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=26;PP=749;SC=GAGGTTCAGAGGGCTTTGAAA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=182757092;WS=182757074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	182790249	rs7622479	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=49;PP=2076;SC=TGTTTTCTGAGAGAAAACCGC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=106;WE=182790257;WS=182790239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	182804385	rs6806083	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=18;PP=1312;SC=TAAAGATCTTGGGAAAGGCTA;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=182804393;WS=182804375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	182853670	rs482912	T	C	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=80;PP=2791;SC=CCTTGGTAAATTGTCTCTGAA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=138;WE=182853678;WS=182853660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	182858287	rs522235	C	T	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ACAGAAACAGCGTCATGGCTG;SOR=0.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=153;TCR=100;TR=248;WE=182858295;WS=182858277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,260:0.98:264
chr3	182858461	rs831256	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1139;SC=ACTTTGTTTAAGATTCCAGCT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=182858469;WS=182858451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	182870082	rs682396	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=622;SC=CTGAAGTGTGGGGTTGCACCA;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=182870090;WS=182870072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	182870436	rs514636	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=299;SC=AACACCTCTCGTTTTCAAACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=182870444;WS=182870426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	182871464	rs500288	A	G	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGTGGCCCCAACTTACCGACT;SOR=0.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=138;TCR=87;TR=218;WE=182871472;WS=182871454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,231:0.98:235
chr3	182871962	rs653316	C	T	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=79;PP=2965;SC=TTTTTGTAGTCGCTGGGGTAG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=196;WE=182871970;WS=182871952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	182880629	rs602762	A	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=716;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CCTACGGAGCAGGGAGGGGCG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=34;WE=182880637;WS=182880619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr3	182913092	rs577136	T	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=671;SC=TAAGCTAATTTGAATTGATTT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=182913100;WS=182913082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	182925404	rs6804951	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=22;PP=1592;SC=ACCTTCATGGTCTTCTTGAAG;SOR=1.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=182925412;WS=182925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	182946002	rs6803121	A	G	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=78;PP=2965;SC=TAGACCATTGATGTTTCCATT;SOR=1.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=137;TCR=78;TR=215;WE=182946010;WS=182945992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	183027542	rs7639705	T	G	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.132;SC=TCCTTAAGAATCTGCTCCACG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=100;TCR=127;TR=222;WE=183027550;WS=183027532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,238:0.98:244
chr3	183028303	rs57067370	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=356;SC=AAAAAAATTACCGGGTGTGAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=183028311;WS=183028293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	183028331	rs56662557	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=666;SC=CATGCCTGTAATTCCAGCTAC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=183028339;WS=183028321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	183028450	rs60284418	CA	C	2819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.329;NF=14;NR=53;PP=1168;ReadPosRankSum=0.573;SC=GACCCTGTTTCAAAAAAAAAA;SOR=0.565;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=67;WE=183028459;WS=183028440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,124:0.92:135
chr3	183028600	rs1105132	A	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1146;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGAAAGCTGGATTAGGGAAAA;SOR=0.589;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=67;WE=183028608;WS=183028590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,77:0.94:82
chr3	183029331	rs3732595	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1184;SC=TCCTTGGCCCCACCAAGACCC;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=183029339;WS=183029321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	183211906	rs1520101	A	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.153;SC=AGGTCTCCACATTGTTGATTC;SOR=0.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=141;TCR=106;TR=241;WE=183211914;WS=183211896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,257:0.99:260
chr3	183439972	rs3841649	A	AG	2911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=40;PP=2082;SC=GAAGGGAACTATATTTACTAA;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=44;WE=183439980;WS=183439962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	183476685	rs262993	G	A	7727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=122;PP=2965;SC=GGCTTCTCAGGTCTCCCAAGG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=265;WE=183476693;WS=183476675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr3	183480108	rs3830564	ATGT	A	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=689;SC=CATGTAAATGATGTTGTTTGC;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=183480118;WS=183480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	183491340	rs262961	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=733;SC=AAAATAAGAATTTATTGCCTT;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=183491348;WS=183491330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	183491720	rs262960	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=473;SC=TAGCATTTGCTCAGATGGATT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=183491728;WS=183491710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	183493743	rs146705467	CGGA	C	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	183493991	rs2606220	G	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=427;SC=TTACCTTTACGGCTCTGGGAT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=183493999;WS=183493981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	183510782	rs263022	T	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=1;PP=423;SC=AACTTGAAAGTTCAGTTTTGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=183510790;WS=183510772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	183521133	rs263042	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=24;PP=1115;SC=GGTAACCCACATCTGCCTGTC;SOR=1.131;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=66;WE=183521141;WS=183521123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	183524193	rs263034	T	C	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=60;PP=2354;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CCTGATTAGGTTTTGTATAAA;SOR=0.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=131;WE=183524201;WS=183524183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr3	183524349	rs263033	C	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=385;SC=AAAATCAGGTCAGTCCTTAAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=183524357;WS=183524339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	183524379	rs263032	A	G	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=7;PP=204;SC=GAGGGGGATGACCTGGTTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=183524387;WS=183524369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	183524948	rs263031	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=532;SC=GACGTTCAGCTTCACAGACCC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=183524956;WS=183524938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	183528442	rs263024	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=64;PP=1788;SC=CCCTGCTGCTCGGGAAGGAGG;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=81;WE=183528450;WS=183528432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	183535094	rs2582091	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=552;SC=GTCCTGAGGCCGCTCCCCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=183535102;WS=183535084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	183535763	rs897604	A	G	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=16;PP=2827;SC=CACCCCTGCTACACCAGCTTC;SOR=3.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=94;TCR=16;TR=110;WE=183535771;WS=183535753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	183536063	rs894000	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=36;PP=854;SC=GCAAGGCAAGTGCACTCCCGT;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=183536071;WS=183536053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	183543291	rs263006	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	183558402	rs3732581	C	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	183560195	rs13091	A	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=31;PP=1391;SC=ATAAGGAGAAATGACTGAATG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=183560203;WS=183560185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	183560292	rs7652031	A	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=42;PP=1514;SC=AATAAAAATTATCCATTTTAA;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=183560300;WS=183560282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	183562276	rs3811725	A	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=348;SC=GAATGCTTTTAAAGTATCAGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=183562284;WS=183562266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	183604723	rs1829515	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=48;PP=1643;SC=TAGCGGTAGCATGTCAAGGAA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=183604731;WS=183604713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	183604801	rs4420923	G	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=27;PP=779;SC=CTCTTGTGGAGGGCCTGACAT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=183604809;WS=183604791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	183695545	.	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr3	183754029	rs6792482	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=901;SC=AGAATATGATTATAGGTAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=183754037;WS=183754019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	183754278	rs73183412	C	G	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=44;PP=1597;SC=TTCTATTTCCCCTTCCATGGA;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=183754286;WS=183754268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	183754294	rs6443930	G	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1583;SC=ATGGACAGAGGTGAACGCTCT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=183754302;WS=183754284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	183755822	rs1000952	G	A	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=17;PP=1611;SC=GCCATCAGGCGCAGGTGCAGG;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=76;WE=183755830;WS=183755812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	183756426	rs6799766	T	C	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-1.206;NF=75;NR=74;PP=2584;ReadPosRankSum=1.656;SC=AGGGAAGTCATACTTCCTCTT;SOR=0.311;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=149;WE=183756434;WS=183756416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr3	183756702	rs6789754	G	A	10625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=167;PP=2965;SC=CTGCTCTTCCGCCTCTACCTG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=232;TCR=169;TR=399;WE=183756710;WS=183756692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr3	183756742	rs55674402	C	T	13437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.85;QD=25.79;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr3	183756780	rs6765152	A	C	11810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=225;PP=2965;SC=GCTCACCTGCAAACTTCAGTC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=169;TCR=226;TR=394;WE=183756788;WS=183756770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr3	183756808	rs6789882	G	A	8169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=156;PP=2965;SC=CTTTTTGCCAGAGAACTCCAG;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=91;TCR=157;TR=247;WE=183756816;WS=183756798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	183756836	rs11274156	A	AT,ATGTCAGTCCAAAT	6960.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=58;PP=2970;SC=TCAGGCTCTCAGTCAGCCTTG;SOR=2.215;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=4;TCR=90;TR=61;WE=183756845;WS=183756823;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:160
chr3	183756837	.	G	T	1409	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=7;NR=47;PP=1409;QD=26.7365039361;SC=CAGGCTCTCAGTCAGCCTTGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=54;WE=183756845;WS=183756823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,54:0.87:62
chr3	183756837	rs66883074	G	GTCAGTCCAAATT	6961.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=46.72;SOR=2.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	183772693	rs145827675	C	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=49;PP=1466;SC=TTAGTCCCTGCATCTTTTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=183772701;WS=183772683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	183774762	rs6766410	C	A	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=122;PP=2965;SC=GCATCTGTAACCTGGACATCT;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=154;TCR=122;TR=274;WE=183774770;WS=183774752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	183774872	rs11432832	G	GA	4633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=92;PP=2936;SC=AAGATTCAGGGAAGACATTTG;SOR=2.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=5;TCR=96;TR=97;WE=183774880;WS=183774862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	183776469	rs7617316	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=755;SC=AAAGAAGCTCCAGGCCGGGTG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=183776477;WS=183776459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	183777919	rs6807271	G	A	7609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=121;PP=2965;SC=CCATGACTGAGCCTCTGTCCT;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=159;TCR=121;TR=280;WE=183777927;WS=183777909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	183778010	rs6807362	G	C	11114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=221;NR=154;PP=2965;SC=GGGGGCTCAGGATGGACAAAG;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=221;TCR=155;TR=375;WE=183778018;WS=183778000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr3	183815439	rs6765267	A	G	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=34;PP=1032;SC=TCTCTCTAGTAGAACATCTAG;SOR=1.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=183815447;WS=183815429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	183818416	rs7627615	G	A	6342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=125;PP=2965;SC=CATCTCCTTCGCGATGTCTGC;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=92;TCR=125;TR=217;WE=183818424;WS=183818406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	183823576	rs4912524	T	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=27;PP=2414;SC=GCAGGCCCAGTCTCTATGTCA;SOR=1.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=106;WE=183823584;WS=183823566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	183861750	rs843357	A	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=306;SC=ACAACTCCCAAGTCCCTCTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=183861758;WS=183861740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	183884550	rs73185720	T	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=2211;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AACCCCCATATCTATCCTGTT;SOR=0.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=89;WE=183884558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,92:0.97:95
chr3	183899832	rs8478	C	T	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CTCAGAAGATCGAGGTGAGGA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=208;WE=183899840;WS=183899822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr3	183900729	rs843365	T	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=59;PP=2065;ReadPosRankSum=0.848;SC=TCCGATAAACTGCTGCACCTT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=137;WE=183900737;WS=183900719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,146:0.97:150
chr3	183900836	rs843364	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=930;ReadPosRankSum=1.351;SC=TACTATTTGTGATGAGGCAAA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=42;WE=183900844;WS=183900826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr3	183901281	rs2231224	G	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TGCCATTCGCGCCCTCTGGCC;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=90;WE=183901289;WS=183901271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr3	183903937	rs60293594	G	GC	4935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=39.17;SOR=2.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	183904226	rs56351888	C	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.91;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr3	183904232	rs1709624	T	A	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.01;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr3	183904520	rs55940723	T	C	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGGAGGAAGATCTGATGGCCA;SOR=0.504;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=202;WE=183904528;WS=183904510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr3	183906515	rs843345	T	C	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=29;PP=2356;SC=AGACTGCCCCTGCTTAGGCCA;SOR=1.934;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=115;WE=183906523;WS=183906505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	183907032	rs843344	G	C	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=2678;ReadPosRankSum=0.188;SC=GCCATGTATTGTTTTTCATAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=121;WE=183907040;WS=183907022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr3	183908761	rs7614381	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=704;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AGTAATAAATCTAGTCTACCT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=183908769;WS=183908751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr3	183909143	rs28673709	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=33;PP=879;SC=GACGAGGTCTGTGGAACAGGA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=183909151;WS=183909133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	183951135	rs729377	C	T	7763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.368;SC=CCCCGCTGGCCCCGCCAGGCC;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=172;TCR=114;TR=279;WE=183951143;WS=183951125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,285:0.98:291
chr3	183954203	rs61744881	G	A	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CGTGCTGGCTGCTCTGGACTG;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=108;TCR=106;TR=207;WE=183954211;WS=183954193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,214:0.98:219
chr3	183957095	rs843333	A	C	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=210;SC=GGGTTTCAGAAAAGGGGCATG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=183957103;WS=183957085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	183975365	rs7633387	C	T	6551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=131;PP=2965;SC=GCAGGCTCGCCATGCCCATGT;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=100;TCR=131;TR=231;WE=183975373;WS=183975355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	183994536	rs843371	A	G	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=2055;ReadPosRankSum=0.781;SC=AACAGACTCAAGGCTCAACTC;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=120;WE=183994544;WS=183994513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,134:0.97:138
chr3	183995341	rs1001817	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=1005;ReadPosRankSum=1.819;SC=AGGCAGTGTCCATGAATGAGG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=42;WE=183995349;WS=183995331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr3	183995854	rs2272471	G	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=33;PP=1841;SC=CCACTGAGCCGGTTGAGGGCA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=183995862;WS=183995844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	183996068	rs3752904	C	T	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=79;PP=2489;ReadPosRankSum=0.114;SC=ACATCAGTGCCGACTCTAAGA;SOR=1.045;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=145;WE=183996076;WS=183996058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,156:0.96:162
chr3	183996213	rs843372	C	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=11;PP=1246;SC=CCCCTACCCCCGCTCGGGAAT;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=183996221;WS=183996203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	183996484	rs140658066	CTTTCTTCT	C	1965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.99;QD=43.68;SOR=4.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	183996511	rs1387976	C	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.55;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	184003194	rs1687230	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=991;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CTTGCATGTTCCTGGGGGCTG;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=44;WE=184003202;WS=184003184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr3	184020100	rs71185698	C	CA	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=408;SC=TAAGTGAATTCATGGGGAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=184020108;WS=184020094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	184037533	rs13319149	A	G	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=89;PP=2965;SC=CGTGGCCCCCACCCCAGTTTT;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=135;TCR=90;TR=224;WE=184037547;WS=184037523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	184063205	.	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=581;SC=TGTGCAGTGCTTGATAGAATC;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=184063213;WS=184063195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	184094183	rs956732	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=621;SC=CCAAGGGTGAAGAATCTATCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=184094191;WS=184094173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	184098193	rs1920128	A	C	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GCGCCGGCCCAGAGCCCCCCG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=72;WE=184098201;WS=184098183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr3	184099206	rs3749229	C	T	9869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=0.393;SC=TACTAGGTCCCGGGCCACTTG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=200;TCR=146;TR=341;WE=184099214;WS=184099196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,352:0.99:357
chr3	184100338	rs73189656	G	A	8798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.420;SC=AAAGAGCCCCGGGCGTGAAGT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=185;TCR=139;TR=314;WE=184100346;WS=184100328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,326:0.97:337
chr3	184100961	rs3833587	G	GT	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.65;NF=9;NR=17;PP=650;SC=GGTGAGGCGGGGGGGGGGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=184100969;WS=184100951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	184102396	rs16858778	C	T	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.022;SC=TCTTCCTGAACGTGGGCACCA;SOR=0.409;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=132;TCR=84;TR=210;WE=184102404;WS=184102386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,216:0.97:223
chr3	184102579	rs58542381	A	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=51;PP=1617;SC=CTTTGTGCCTAAGCTCCGGTT;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=184102587;WS=184102569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	184103722	rs79419884	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=903;ReadPosRankSum=1.877;SC=CTTTGCTACCATGAAGACTTT;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=184103730;WS=184103712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr3	184103903	rs16858780	A	C	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=2797;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GGCCTCCCTGATGATCACCAC;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=154;WE=184103911;WS=184103893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,165:0.98:168
chr3	184402122	rs9290796	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=805;SC=ACCTGACTCTGGTGGCTCCTG;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=184402130;WS=184402112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	184616504	rs9845800	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=304;SC=TTCTCCTATTCTCCATTTGCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=184616512;WS=184616494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	184631103	rs9821657	G	A	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=183;SC=TCTATCTTAGGGTAGCTTATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=184631111;WS=184631093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	184633247	rs4686879	A	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=30;PP=999;SC=GAGAATTTCTAAATGTATTGG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=184633255;WS=184633237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	184646300	.	G	A	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=2125;ReadPosRankSum=0.045;SC=CGACTCATCCGGATGGCAGAA;SOR=0.309;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=128;WE=184646308;WS=184646290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,139:0.97:143
chr3	184647413	rs4643688	T	C	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=54;PP=1789;SC=ACCAATATGATAAAATTATTG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=184647421;WS=184647403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	184654166	rs6444004	A	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=59;PP=1829;SC=ATCTAGTGGAAAGACAATTAT;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=184654174;WS=184654156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	184675359	rs4501092	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=71;PP=2117;SC=CTTAACATTCTCCATTTGACA;SOR=2.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=94;WE=184675367;WS=184675349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	184682214	rs6799328	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=221;SC=ACTCCACAAATAAGATTGGTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=184682222;WS=184682204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	184684313	rs4470487	G	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=113;SC=AAACAGAAGAGTTTACTTCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=184684321;WS=184684303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	184700356	rs4572747	A	C	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=64;PP=2965;SC=CATTATAGGCACTTTGGTTTC;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=168;WE=184700364;WS=184700346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	184714014	rs9860814	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=571;SC=TCAATTTTAGCTGTTGGTAGT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=184714022;WS=184714004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	184717703	rs2291737	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=667;SC=CCAATGTCATTTGGGCCTGGT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=184717711;WS=184717693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	184801494	rs9845482	G	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=200;SC=ATTCAACATTGGTATAGTCAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=184801502;WS=184801484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	184935807	rs35531967	A	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=913;SC=CCCACCTCGGACTCCCAGAGT;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=184935815;WS=184935797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	185046975	rs9863304	T	C	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=58;PP=2183;SC=ACAGGTCCCGTGTGCACGAAA;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=131;WE=185046983;WS=185046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	185155430	rs113427759	C	CT	545.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.418;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.571;NF=3;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=1.075;SC=TAGGTCAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=0.799;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=20;WE=185155438;WS=185155420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr3	185212593	rs6798873	T	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=82;PP=2827;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGAAAGGGTCTCCAGGTGTTG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=137;WE=185212601;WS=185212583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,147:0.97:152
chr3	185229464	rs61730237	T	C	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2538;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTGGTGATATTTCTGAAATG;SOR=0.853;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=134;WE=185229472;WS=185229454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,146:0.98:149
chr3	185232169	rs1837882	G	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=17;PP=1724;SC=GGGAAATAGCGCACTGCAAAC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=84;WE=185232177;WS=185232159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	185327012	rs73175547	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=22;PP=1812;ReadPosRankSum=1.983;SC=TGGTACTTATCTAACATGCTT;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=84;WE=185327020;WS=185327002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr3	185330303	rs73175548	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=808;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AGAGGAATGTCTTGATGTTGT;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=185330311;WS=185330293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr3	185431283	rs17826758	A	G	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=ACAGGTAAGTAAGATAGACTC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=185431291;WS=185431273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	185635685	rs16860328	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=739;SC=GAAATGAGATAGCAATCTTAA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=185635693;WS=185635675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	185655454	rs1862904	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=2;PP=1169;SC=CTATCCACAAAGGCTTTTTTT;SOR=6.043;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=185655462;WS=185655445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	185879296	rs13073156	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=924;SC=ACAGTCCCTGTGACTCTGAGA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=185879304;WS=185879286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	185882643	rs4686741	C	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=35;PP=2078;SC=AATGTGTACGCAGGCGGGGAG;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=185882651;WS=185882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	185905876	rs13087397	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=497;SC=CAGCATATCCGCAGAGCATGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=185905884;WS=185905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	185960192	rs6799929	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=227;SC=CCAAGTCCCCAGCGGCCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=185960200;WS=185960182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	185960414	rs12489063	G	A	8251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.025;SC=AGTGCAGTGCGGAGGGAAGGG;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=150;TCR=162;TR=304;WE=185960422;WS=185960404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,317:0.97:326
chr3	185982955	rs3815620	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=660;SC=ATGCTTTTCTGTAGAACCCAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=185982963;WS=185982945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	185990096	rs2193587	C	T	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=1.475;SC=AGGAATGTTTCTGGACACACA;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=190;WE=185990104;WS=185990085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr3	186006566	rs710443	T	C	9369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.911;SC=CCTTCAGGTATACCACTGGGG;SOR=0.178;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=171;TCR=163;TR=332;WE=186006574;WS=186006556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr3	186287777	rs2889755	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=963;SC=ATACGCCCGATGATTTACCGA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=186287785;WS=186287767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	186288565	rs3806714	A	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=9;PP=1324;SC=CTGCGGACCAAGGAGACCCCC;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=186288573;WS=186288555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	186293820	rs2280390	T	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=57;PP=1561;ReadPosRankSum=0.433;SC=CAGAAACTTTTGATGAACAGT;SOR=0.888;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=74;WE=186293828;WS=186293810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr3	186302391	.	A	ATTGTGTGTGT,ATTGTGTGTGTGT	2652.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=3,3;NR=52,52;PP=792,386;SC=ATGGCATATTAGTGTGTGTGT;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=55,55;WE=186302399;WS=186302381;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:31
chr3	186336176	rs2070635	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=524;SC=CAACTGCCCTATGTAAGCCAT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=186336184;WS=186336166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	186337713	rs4917	T	C	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=96;PP=2965;SC=GTGACCTGCATGGTGTTCCAA;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=202;WE=186337721;WS=186337703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	186337746	rs149819140	T	C	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=103;PP=2965;SC=GCTCCGTGAATATTCTTGCCT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=203;WE=186337754;WS=186337736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	186337827	rs2518136	T	C	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=57;PP=1427;SC=TTTGCTCTCCTGTGCTTCTGA;SOR=1.994;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=81;WE=186337835;WS=186337817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	186338382	rs4918	G	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=25;PP=2059;SC=CAGCCCGTGAGCTCACAGCCC;SOR=1.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=97;WE=186338390;WS=186338372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	186338425	rs1071592	A	C	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=63;PP=2965;SC=CAGTCCCCACACCCGTGGTGG;SOR=1.285;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=117;TCR=63;TR=179;WE=186338433;WS=186338415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	186386664	rs5855108	T	TA	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=5.464;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=0.695;SC=CTTTAATACATAAAAAAAAAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=20;WE=186386672;WS=186386654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr3	186388028	rs2555515	T	C	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=26;SC=CTGGTACTGGTACACCTTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=186388036;WS=186388018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	186393073	rs370566711	GGT	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr3	186393097	rs7428891	T	A	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=15;PP=468;ReadPosRankSum=0.847;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=2.030;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=186393105;WS=186393087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	186395180	rs7629680	T	C	15214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=273;NR=284;PP=2965;SC=AGCATCCCCATGGACACCATC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=557;TCF=273;TCR=284;TR=557;WE=186395188;WS=186395170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr3	186571123	rs1501299	G	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=879;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CTATATGAAGGCATTCATTAT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=45;WE=186571131;WS=186571113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr3	186947410	rs850318	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=412;SC=TCCAGTCTAGCCGAGAACTCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=186947418;WS=186947400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	186954285	rs710452	A	G	11965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=213;PP=2965;SC=GGAAGAGGCCAGGCTCAGCAT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=437;TCF=224;TCR=213;TR=437;WE=186954293;WS=186954275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr3	186954324	rs3774268	G	A	10515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=0.588;SC=TCTTGACCAGGCTTGGCAGGG;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=181;TCR=209;TR=381;WE=186954332;WS=186954314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,390:0.98:396
chr3	186961478	rs710460	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=482;SC=TGATGGATCTATCTCATGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=186961486;WS=186961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	186969371	rs3214401	C	CG	1342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=1507;SC=GGGCAGGTTTCGAGAGTTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=186969379;WS=186969361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	186969634	rs698092	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=483;SC=ATGAAGGTGAATAAAACATGG;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=186969642;WS=186969624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	186980264	rs710468	C	T	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=4;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AAGGAGAGGTCACAAGGCAGT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=50;WE=186980272;WS=186980254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr3	187003495	rs698105	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=422;SC=AATTCATACCATTGTGATGTT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=187003503;WS=187003485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	187086081	rs5855133	TCAGA	T	1898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=1523;SC=TTCTGTGTACTCAGACAGTCT;SOR=3.417;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=29;WE=187086092;WS=187086071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	187088812	rs3821812	C	T	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GGAAATGGCACGAGGAAGTCT;SOR=0.363;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=173;WE=187088820;WS=187088802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,183:0.97:189
chr3	187088903	rs1533595	C	A	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.121;SC=CTTTGGGCATCTGTGGACAGG;SOR=0.428;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=185;WE=187088911;WS=187088893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,195:0.98:198
chr3	187088926	rs1533594	G	A	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TTAAAAAGCTGCATGACAAAG;SOR=0.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=179;WE=187088934;WS=187088916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,186:0.98:189
chr3	187089031	rs1003995	C	A	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AACCAGTCAGCTGAGGCAAAA;SOR=0.537;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=180;WE=187089039;WS=187089021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,195:0.98:198
chr3	187416666	rs11927120	C	T	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=61;PP=2833;SC=CGCGCCGTGCCGCACTCATAG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=187416674;WS=187416656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	187419661	rs113681515	G	GCCTGCC	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=1418;SC=ACCAGAATAAGCCCGCGACTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=29;WE=187419669;WS=187419651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	187419816	rs61754877	T	C	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=84;PP=2949;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GGGCTTGAGGTTGGGGTCTAT;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=152;WE=187419824;WS=187419806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,156:0.96:162
chr3	187420445	rs4389470	C	T	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=63;PP=1846;SC=TAGCACAAACCGCTTGACCTG;SOR=2.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=81;WE=187420453;WS=187420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	187443213	rs9755700	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=463;SC=CTCCTCCGCTTGCCTGCCCAC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=187443249;WS=187443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	187443249	.	TCGCC	T	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.09;QD=39.94;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	187443254	.	TGCCCGCTCCGCTC	T	1639.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=39.04;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	187443267	.	C	T	1017	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=24;MQ=63.26;NF=32;NR=6;PP=1017;QD=27.6781898039;SC=CCGCTCCGCTCGCCTGCCCAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=187443275;WS=187443257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	187450128	rs4417855	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=9;PP=932;SC=ATTGCATTTACACTTATTTTT;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=187450136;WS=187450118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	187451609	rs1880101	A	G	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=48;PP=1497;SC=GGTCCCTTGTATTTGATCTTT;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=187451617;WS=187451599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	187896912	rs13096262	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=0;PP=491;SC=GAGGTTTTGAGAGCATTGATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=21;WE=187896920;WS=187896904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	187897059	rs13096615	G	A	8134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=121;PP=2965;SC=CCCTGTCTTCGCAGCGGAGCT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=165;TCR=121;TR=286;WE=187897067;WS=187897049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	187897424	rs4577458	A	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=989;SC=TCCTGCCAGGAATCCAGCCGT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=187897432;WS=187897414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	188202550	rs2067078	A	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=789;SC=TCATGTTTATAAGCCATCCTA;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=188202558;WS=188202540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	188202582	rs1559814	G	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=418;SC=AATTTCATGAGTGTTTCTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=188202590;WS=188202572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	188242669	rs200398269	TTCCTTCCTTCCGTCCG	T	1634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	188242701	rs138209867	T	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	188242705	rs144299808	T	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	188426256	rs9877192	A	G	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=57;PP=1719;SC=TGGAACTATTATCAGCTCCAC;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=84;WE=188426264;WS=188426246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	188478197	.	G	GGTGTGTGTGT	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=40.84;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	188478227	rs9844848	T	C	272.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=45.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	188478235	rs9844854	T	C	182.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=36.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	188590358	rs4687001	C	T	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=GTTTCCACCTCTTCCTTTTAC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=188590366;WS=188590348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	188590446	rs1136644	A	G	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=118;PP=2965;SC=TTGCCCCGCGATGTTCTGTGT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=92;TCR=118;TR=210;WE=188590454;WS=188590436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	188933213	rs3821734	C	T	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=53;PP=1811;SC=GGAAATACAGCGTTTTCCTTG;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=188933221;WS=188933203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	189028117	rs11425320	A	AT	143.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	189028413	rs202013476	CAAAATAAAAT	C	54.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6177;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=438;SC=CTAAACAAAACAAAATAAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=189028430;WS=189028403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	189033292	rs6773831	C	G	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=107;PP=2965;SC=TATGCAGAGACTACTGCTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=155;TCR=107;TR=262;WE=189033300;WS=189033282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	189587274	rs6790167	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=49;PP=1390;SC=TCATCATCTCATTATCTGTGA;SOR=3.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=189587282;WS=189587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	189590871	rs111843185	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=715;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GAGCAATGTGGAACATAATGG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=189590879;WS=189590861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr3	189604149	rs1554131	T	G	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=71;PP=2965;SC=TCAGTGTCCCTTGCTCACCAT;SOR=1.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=128;TCR=71;TR=199;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	189604160	rs1345186	T	C	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=88;PP=2965;SC=TGCTCACCATTATTTCCATGT;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=137;TCR=88;TR=225;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	189689904	rs710543	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=35;PP=995;SC=GCAAATGGGCAGAGGCAGACA;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=189689912;WS=189689894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	189690826	rs200458285	A	AC	1872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=36;PP=508;SC=GAAAAAAAAAAACAAAACATG;SOR=2.348;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=37;WE=189690834;WS=189690816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	189690861	rs710545	T	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=514;SC=TCATTGGAGGTCGTAAGAAAA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=189690869;WS=189690851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	189691499	rs1815171	G	A	162.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.31;NF=7;NR=0;PP=141;SC=ATTTTTAGTAGAGACGGGGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=189691507;WS=189691489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	189692565	rs1985690	G	A	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=72;PP=2169;SC=TGCAATTCGAGTGAGTCCATT;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=107;WE=189692573;WS=189692555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	189702200	rs710558	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=0;PP=262;SC=GACCTGGATGTAGAGCTCCTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=189702208;WS=189702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	189702395	rs11311050	TA	T	1045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=22;PP=400;SC=TTGAATCGAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=24;WE=189702403;WS=189702385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	189705542	rs3114672	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=1288;SC=CGTGTCTACAAAGGTCAGCAT;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=189705550;WS=189705532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	189712089	rs1719599	GG	AA	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=46;PP=2863;SC=TGAAACAGACGGGAAAAAACA;SOR=2.082;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=61;WE=189712098;WS=189712079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	189713346	rs112063135	T	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	190025964	rs3172404	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=303;SC=TACCATACTTCAGATTACAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=190025972;WS=190025954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	190026383	rs12629166	C	T	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=127;SC=TCTGAACATACACGCCAAAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=190026391;WS=190026373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	190030680	rs9869263	A	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=46;PP=2726;SC=GAAATATCGCACCCCCAATGA;SOR=1.424;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=144;WE=190030688;WS=190030670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	190157898	rs6767754	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=866;SC=ACTCTCCTCAGTGCAGGCCTT;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=190157906;WS=190157888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	190167647	rs113512055	T	A	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.580;SC=CTGTGTTTATTTCCTTCTTTC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=154;WE=190167655;WS=190167637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr3	190333162	rs35429399	TG	T	2934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=42;PP=2114;SC=GTCCTTTTGTTGTTGCTTTTG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=190333170;WS=190333152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	190341241	rs4687160	C	A	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=71;PP=2043;SC=CACTTAGATTCTCTTAATTAC;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=190341249;WS=190341231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	190341292	rs4687161	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=765;SC=AGAAAATAGACGACTGTTGTA;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=190341300;WS=190341282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	190345098	rs34908328	GT	G	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=24.97;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	190347391	rs7611887	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=710;SC=GCACCTAGCCCGACGGCATCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=190347399;WS=190347381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	190580151	rs28716529	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=453;SC=TAATAACAGAAAGAGAGAGAG;SOR=2.584;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=18;WE=190580159;WS=190580147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	190580209	.	AAG	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=1.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,8:0.11:73
chr3	191107192	rs436393	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=8;PP=1493;SC=TTCATTTCACAAGAAAATGTT;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=61;TCR=8;TR=69;WE=191107200;WS=191107182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	192053274	rs4571187	G	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1055;SC=AAAAAGAAGGGCGGAAAGGAT;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=192053282;WS=192053264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	192444899	rs13060864	C	A	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=21;PP=1651;SC=GCACTGCAGTCCCCTCGCCGA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=192444907;WS=192444889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	192993762	rs13084990	C	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=260;SC=GCTATTTAAACAAACAGCATC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=192993770;WS=192993752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	192994543	rs2271791	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=822;ReadPosRankSum=0.335;SC=CTTTACCTCTACAAAGAAAGC;SOR=1.118;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=49;WE=192994551;WS=192994533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr3	193016895	rs1878716	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=8;PP=554;SC=AAAAACAATATAGTTTTCTTT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=193016903;WS=193016885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	193023255	rs10937578	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=4;PP=823;SC=TCTGTTGCAGCATTTATCACT;SOR=3.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=193023263;WS=193023245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	193024928	rs10804952	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=246;SC=CAGAAAGCATCGGAAGTGTCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=193024936;WS=193024918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	193036794	rs6788770	G	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=37;PP=1795;SC=CTAAGTGCTCGACTTCTGAAA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=103;WE=193036802;WS=193036784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	193039597	rs61753889	G	A	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=99;PP=2965;SC=ATGGAAACTGGCACAAGGTGA;SOR=1.224;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=170;WE=193039605;WS=193039587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	193042776	rs11926955	T	C	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=128;PP=2965;SC=CAGCCTGGCCTGAGGCAAAGC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=108;TCR=128;TR=236;WE=193042784;WS=193042766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	193042964	rs11715170	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=442;SC=CCTTAGCCTGGTATTCAAAGT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=193042972;WS=193042954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	193044923	rs1387700	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=537;SC=AAAACCCAAGTTTCTAAGATA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=193044931;WS=193044913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	193062906	rs6444706	G	A	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=50;PP=1389;SC=GATAGTTCATGTTCTGAAAAC;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=193062914;WS=193062896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	193062921	rs116545953	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=39;PP=926;SC=GAAAACCACATGATCTCATTA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=193062929;WS=193062911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	193069125	rs55658952	G	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=37;PP=1073;SC=AATTCACTTAGATCTCTATTG;SOR=4.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=193069133;WS=193069115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	193080344	rs12636830	C	T	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGTGACAAAACATTGTACTTA;SOR=0.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=257;WE=193080352;WS=193080334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr3	193081122	rs12637558	G	T	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=88;PP=2519;SC=CTTCAGTGTGGATAAGTAGAG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=142;WE=193081130;WS=193081112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	193081830	rs923496	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=521;SC=CCACAGAGTTATGCCACAGAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=193081838;WS=193081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	193081864	rs923495	G	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=14;PP=874;SC=CACGATCATGGCTTTCAAAAT;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=193081872;WS=193081854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	193090101	rs57458521	A	AGG,AAGG	1393.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=593;SC=AAAAAAAAAAAGGGGGAAGTT;SOR=1.214;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=21;WE=193090109;WS=193090091;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:31
chr3	193090255	rs2171848	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	193090260	rs6444712	T	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=2.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	193153562	rs1996735	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=68;PP=1679;SC=GATAAAGACATGAAAGTAATG;SOR=2.184;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=93;WE=193153570;WS=193153552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	193159449	rs12497916	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=348;SC=GCATATCTGAGAGAAGTTAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=193159457;WS=193159439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	193171979	rs35424709	T	A	6058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=120;PP=2965;SC=AAATCTGAAGTTCGCTAACAA;SOR=1.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=85;TCR=120;TR=205;WE=193171987;WS=193171969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	193180400	rs56312820	A	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=1;PP=1233;SC=TTGAAGAATTAAAGATGAGAA;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=193180408;WS=193180390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	193180510	rs62285744	G	T	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=2.135;SC=TGGAAAAAGAGACACTAGAAT;SOR=0.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=172;TCR=135;TR=304;WE=193180518;WS=193180500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr3	193180592	rs59451116	G	A	8131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=1.376;SC=GGTCCAAGCCGTCCCTTGTTA;SOR=0.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=118;TCR=181;TR=296;WE=193180600;WS=193180582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr3	193180661	rs60585505	C	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=52;PP=1460;SC=AGGCAAGGAGCGGTGGCTCAT;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=193180669;WS=193180651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	193183039	rs7617230	T	C	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	193183817	rs3796181	A	G	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=46;PP=2037;SC=AGCTTACCCCACTAAGCACAT;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=193183825;WS=193183807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	193201582	rs9842836	C	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=228;SC=AAAAAAAAAACTTAAGTTCCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=193201590;WS=193201576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	193209178	rs6788448	T	C	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=81;PP=2817;SC=TAGGCCCACATATTAACCTCC;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=137;WE=193209186;WS=193209168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	193210768	rs2130407	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=342;SC=TGGCAGAACTAAGCCAGTCTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=193210776;WS=193210758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	193272417	rs9883845	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=171;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=235;SC=AAATTTTAGAAAAGTCTGTGT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=193272425;WS=193272407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	193272442	rs10530570	CGTGTGTGTGTGTGT	CGT,C	831.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=6,6;NR=4,4;PP=57,456;SC=GTGATGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.493;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=10,10;WE=193272463;WS=193272432;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr3	193332420	rs145894722	C	CTGTG	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=1301;SC=ACGTATGGGGCTGTGTTTCCT;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=193332428;WS=193332419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	193334991	rs7624750	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=20;PP=906;SC=GCCCTTCCTAGTTCAGAAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=193334999;WS=193334981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	193336639	rs3772393	T	C	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=62;PP=2955;SC=ATGTAAAGGGTTGCATATTTA;SOR=0.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=154;WE=193336647;WS=193336629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	193355074	rs166850	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	193355102	rs10451941	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=30;PP=1001;SC=AACTTGCCAATTAGCAAAAAA;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=193355110;WS=193355092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	193363695	rs34222475	G	A	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=143;SC=GTTTAACATCGGATTTCTAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=193363703;WS=193363685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	193365974	rs9831900	T	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=983;SC=TTAATGTTGTTTGCTAACTAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=193365982;WS=193365964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	193374964	rs9851685	T	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=58;PP=2074;SC=TTAAAGAGGCTGTTAAGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=125;WE=193374972;WS=193374954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	193377173	rs34558265	T	C	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	193383973	rs10804957	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=571;SC=GGTAAATCTGAGTACTTTTTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=193383981;WS=193383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	193384203	rs10937595	T	A	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=68;PP=2319;SC=GACTGCAGTCTTATTTTGACA;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=130;WE=193384211;WS=193384193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
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chr3	194061826	rs11711157	C	T	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=29;PP=1517;SC=TCGATAGACACGGTGAGCCGC;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=194061834;WS=194061816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	194061906	rs4974538	T	C	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=52;PP=1766;SC=GGAGCCCTGCTGAGGAGAGAG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=111;WE=194061914;WS=194061896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	194062519	rs3732477	C	T	7560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=117;PP=2965;SC=GTGCCCTCAGCGACAGTCTCC;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=147;TCR=117;TR=264;WE=194062527;WS=194062509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	194062565	rs3732476	C	T	8445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=143;PP=2965;SC=CAACCAGGCACGGGGTGTGGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=299;WE=194062573;WS=194062555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	194063300	rs62288099	T	C	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=111;PP=2965;SC=GGATGTCCAGTGGGACGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=129;TCR=115;TR=240;WE=194063308;WS=194063290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	194118874	rs1223989	T	C	10035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=163;PP=2965;SC=TGGGCAGGCCTAGCGCGGAGA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=185;TCR=165;TR=348;WE=194118882;WS=194118864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr3	194309528	rs789837	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CTGTGTTTCTGGGACCTAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=194309536;WS=194309518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	194313832	rs1773184	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=75;PP=2008;SC=ACAGAAAAAGTGTTGGACAGA;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=119;WE=194313840;WS=194313822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	194325006	rs732124	A	G	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=29;PP=1807;SC=AGCAGGCAACAGCCGTGTACC;SOR=1.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=105;WE=194325014;WS=194324996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	194325325	rs708632	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=364;SC=GGCCATCCAGCTCTCCCCAGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=194325333;WS=194325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	194331875	rs789993	A	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=928;SC=TTTTAACGGCACGTCTCACTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=194331883;WS=194331865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	194337901	rs922282	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=17;PP=824;SC=CTCAGGGTGCTGGTCGTGGGC;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=194337909;WS=194337891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	194344526	rs709011	G	C	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=89;PP=2765;SC=ACATGATGCTGAAGCGGGTTC;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=123;WE=194344534;WS=194344516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	194346544	rs1773191	T	A	9933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.76;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,224:0.99:227
chr3	194346553	rs1773190	T	C	10782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.38;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,263:0.99:267
chr3	194346803	rs1773189	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=1204;ReadPosRankSum=0.816;SC=ACCCTGTATCACATGGGTTAC;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=51;WE=194346811;WS=194346793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr3	194349027	rs1318216	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=588;SC=CAACAAGACAAAAGCCACCAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=194349035;WS=194349017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	194353772	rs11273892	C	CCCGCCCGACAG	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=2967;ReadPosRankSum=0.067;SC=CGCCCGTTTCCCCGCCCGACA;SOR=2.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=194353780;WS=194353762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr3	194353875	rs1675955	G	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.15;NF=34;NR=30;PP=1031;SC=CAGACGCGGTGGCGGGCGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=194353883;WS=194353865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	194362721	rs1060827	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=GTCTTGGGACGGTTCCACAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=194362729;WS=194362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	194371496	rs1773206	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=209;SC=AACTTGTGCAGATCACTAGTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=194371504;WS=194371490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	194373832	rs1675953	TG	CA	14802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=161;PP=2947;ReadPosRankSum=-2.060;SC=TGTCCAAACTTGGTTGTGTTG;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=152;TCR=170;TR=303;WE=194373841;WS=194373822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,343:0.98:349
chr3	194379567	rs1675948	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.300;NF=44;NR=4;PP=1183;ReadPosRankSum=0.833;SC=CAGCACACAGAGGAAAAACTC;SOR=2.019;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=48;WE=194379575;WS=194379557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr3	194379596	rs1705971	C	A	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.210;NF=71;NR=8;PP=1973;ReadPosRankSum=-1.231;SC=ACAGATTTTCCATAAGAATAA;SOR=1.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=74;TCR=8;TR=79;WE=194379604;WS=194379586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr3	194379646	rs11438897	T	TC	8722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.507;NF=61;NR=68;PP=2936;ReadPosRankSum=0.940;SC=AAATCAAAATTCCCTCTTTGA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=129;WE=194379654;WS=194379636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,264:0.97:272
chr3	194379905	rs11357453	TA	T	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=595;SC=TTCAAACAAGTAAAAAAATGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=22;WE=194379913;WS=194379895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	194381530	rs1705969	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=763;SC=CGTATAAGAAAGTACAGCAAT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=194381538;WS=194381520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	194381680	rs1675947	G	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=40;PP=1297;SC=CTCTGTGCTAGATGTTATAAA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=194381688;WS=194381670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	194381716	rs1705968	G	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=722;SC=CCGCTGGGAGGACATAAGCTA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=194381724;WS=194381706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	194381742	rs1705967	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=440;SC=GCATGACTACCTCACGGCAGA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=194381750;WS=194381732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	194386136	rs1705966	C	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=-1.406;SC=ACAAAATATACGGTAGTATCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=25;WE=194386144;WS=194386126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr3	194386881	rs1675944	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=40;PP=2222;SC=CATGCCAAATATCTGAACTCA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=194386889;WS=194386871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	194387300	rs1675943	C	T	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=70;PP=2064;SC=TATTAAGTTTCTCTGTTCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=95;WE=194387308;WS=194387290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	194390617	rs1773230	G	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=9;PP=1444;SC=CTGATATCACGCCACTGCACT;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=59;WE=194390625;WS=194390607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	194390713	rs1675926	C	A	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.295;SC=ACAGTCTCACCTGCACTCAGC;SOR=0.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=158;TCR=109;TR=263;WE=194390721;WS=194390703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,273:0.99:277
chr3	194390869	rs36028600	G	GA	3177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.194;NF=1;NR=74;PP=2554;ReadPosRankSum=0.939;SC=GTGCAACTATGAAAAAACACA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=1;TCR=89;TR=75;WE=194390877;WS=194390859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr3	194392683	rs1773231	A	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.906;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TCATCCTTCAAAACCCGGCTG;SOR=1.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=109;TCR=46;TR=154;WE=194392691;WS=194392673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr3	194408704	rs4677673	A	G	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.753;SC=GCCTGCTGTCAGGCGACAGCA;SOR=0.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=269;WE=194408712;WS=194408694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,283:0.98:289
chr3	194790422	rs3796158	G	A	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=29;PP=2610;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TGGAGGCCCCGGGGGCAAGGC;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=98;TCR=29;TR=125;WE=194790442;WS=194790412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr3	194790434	rs3796159	C	G	4505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.546;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=44;PP=2965;ReadPosRankSum=0.028;SC=GGGCAAGGCACGGGGAGCGCC;SOR=0.291;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=116;TCR=44;TR=156;WE=194790442;WS=194790412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,161:0.98:164
chr3	194842877	rs58370605	A	G	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.375;SC=AAGGGGTGACAGAGCTCTTCA;SOR=1.207;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=81;TCR=117;TR=195;WE=194842885;WS=194842867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,203:0.98:207
chr3	194877126	rs59556963	G	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=928;SC=AAGAGAGAGGGTGAAGGGTGG;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=194877134;WS=194877116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	194896233	rs201558663	T	TGA	4777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=23;PP=2846;SC=CTGTGTTGCATGTTGACTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=56;WE=194896248;WS=194896223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	194896236	rs71988963	TGA	T	4867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=2.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	194896240	rs200404095	T	TGTG	5101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=23;PP=2706;SC=GCATGTTGACTTTGCTGCACC;SOR=2.036;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=54;WE=194896248;WS=194896223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	194928138	rs12495970	A	C	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.118;SC=GAAAACAGTGACTTTATTCTA;SOR=0.178;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=117;TCR=82;TR=197;WE=194928146;WS=194928128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr3	194991022	rs62285259	G	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=509;SC=ACTCTCCTGGGGGCTGCGCTT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=194991030;WS=194991012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	194991220	rs7640099	AA	GC	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=614;SC=CCGGGAGCGCAAACTGACCTC;SOR=2.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=16;WE=194991229;WS=194991210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	194999996	rs7610022	T	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=7;PP=340;SC=AAAATTGTGATTTTTTAGCTG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=195000004;WS=194999986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	195022534	rs2275519	G	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1170;SC=GTCCTCAACAGCTTTTACAAA;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=195022542;WS=195022524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	195029738	rs10636354	G	GAAAGT	316.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=290;SC=GAAAACTACTGAAAGAACAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=195029746;WS=195029728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	195053916	rs62287109	C	T	466.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGAAATATTACATATATATAT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=16;WE=195053924;WS=195053906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr3	195076877	rs6437374	C	G	11354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=206;PP=2965;SC=CCCATGCGCTCGTAGCAACCA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=204;TCR=206;TR=410;WE=195076885;WS=195076867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr3	195102787	rs2275518	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.42;NF=5;NR=19;PP=598;SC=AGGTTGAAGATAGTTTTACAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=195102795;WS=195102777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	195133474	rs57063250	G	A	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=613;SC=AATTAAAACCGTAACTGCCTT;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=26;WE=195133483;WS=195133464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	195133475	rs10645683	T	TAAC	1674.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=1172;SC=ATTAAAACCGTAACTGCCTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=23;WE=195133483;WS=195133464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr3	195306055	rs4677691	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=1;PP=1266;SC=TGCAGTCTTTATCTCAGCAGA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=45;WE=195306063;WS=195306045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	195345827	rs201267685	C	T	9528.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FS=8.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=-2.806;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,431:0.53:811
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chr3	195345953	rs145174488	C	T	17651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.47;MQRankSum=-6.721;QD=20.20;ReadPosRankSum=17.222;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:93,781:0.89:874
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chr3	195346477	rs7631117	C	T	4357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.028;NF=132;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTCATCCCCACGGAAGGGGTG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=667;TCF=366;TCR=301;TR=238;WE=195346485;WS=195346467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,234:0.35:673
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chr3	195395272	rs62287988	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQRankSum=0.841;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.372;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
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chr3	195395314	rs79206144	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.843;NF=45;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TGCCCTGTCCGTTCTGTGATC;SOR=0.557;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=69;WE=195395362;WS=195395304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr3	195395328	rs62287989	T	C	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=-4.574;QD=20.90;ReadPosRankSum=2.058;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
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chr3	195395347	rs78747381	G	A	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-0.480;QD=18.71;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr3	195395354	rs80181010	A	G	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQRankSum=-0.753;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,124:0.50:250
chr3	195395379	rs73216381	T	G	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.501;NF=100;NR=62;PP=2392;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TGCTCTCTGTTGTTTCCATAG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=217;TCR=132;TR=162;WE=195395387;WS=195395369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,163:0.52:315
chr3	195395533	rs9847770	C	T	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQRankSum=-2.286;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,219:0.32:695
chr3	195395549	rs58717446	C	CAT	19974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.146;NF=32;NR=258;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GCGTTCGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=0.821;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=358;TCF=32;TCR=326;TR=290;WE=195395557;WS=195395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,502:0.85:593
chr3	195395564	rs78351752	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.66;MQRankSum=-5.907;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,115:0.23:493
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chr3	195398250	rs80193871	C	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQRankSum=-5.772;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr3	195398271	rs142433257	A	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQRankSum=-4.361;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.315;SOR=2.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr3	195399599	rs2461859	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=6.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQRankSum=-6.796;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,63:0.26:246
chr3	195399620	rs9840981	C	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.255;NF=29;NR=43;PP=926;ReadPosRankSum=3.221;SC=TCGCAGTTGTCTCTTTAGATC;SOR=0.454;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=217;TCF=80;TCR=137;TR=72;WE=195399628;WS=195399610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,63:0.30:207
chr3	195399678	rs9874761	G	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.266;NF=5;NR=31;PP=639;ReadPosRankSum=1.170;SC=TGTATTGTTTGCTAAATTGCA;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=13;TCR=77;TR=36;WE=195399686;WS=195399668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr3	195400918	rs55992531	C	CT	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=9.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQRankSum=-0.687;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr3	195412859	rs79486430	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQRankSum=-0.665;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
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chr3	195426490	rs3107775	A	G	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=113;PP=2529;ReadPosRankSum=0.022;SC=TTTTTTCAATAAGTCAGCCTT;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=476;TCF=141;TCR=335;TR=163;WE=195426498;WS=195426480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,166:0.34:482
chr3	195447795	rs147994480	CCCT	C	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.729;NF=1;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=1.544;SC=AGGAGGCTGCCCCTCCTCCCT;SOR=0.340;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=9;WE=195447805;WS=195447785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr3	195447805	.	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-1.978;QD=1.91;ReadPosRankSum=-4.304;SOR=1.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
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chr3	195452005	rs145612981	C	T	4902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=68.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQRankSum=-11.976;QD=13.22;ReadPosRankSum=-17.141;SOR=2.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,199:0.54:371
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chr3	195452689	rs141077164	C	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=24.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.20;MQRankSum=-2.737;QD=22.66;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,80:0.84:95
chr3	195452770	rs2550231	G	A	4939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQRankSum=1.382;QD=37.14;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,121:0.91:133
chr3	195452799	rs2550232	C	T	6335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=10.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQRankSum=2.705;QD=31.52;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,187:0.93:201
chr3	195452951	rs2688542	G	C	12031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1059;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=7.041;NF=302;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=1.366;SC=AGCTGCACCTGATGCCACGGT;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=1060;TCF=600;TCR=460;TR=551;WE=195452959;WS=195452941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:505,549:0.52:1054
chr3	195453064	rs2550233	T	G	24497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;PP=2965;SC=GGAATCCCCTTGAAGAAACCT;SOR=1.085;Source=Platypus;WE=195453072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,869:1.00:869
chr3	195460236	rs712011	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=0.561;SC=CCAAGCCCCTGACCCCAGATG;SOR=0.213;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=53;WE=195460244;WS=195460226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr3	195461592	rs1809785	T	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	195475989	rs7621695	G	A	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=1857;ReadPosRankSum=0.007;SC=CACTAAATCAGTACCTTTTCA;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=135;TCR=158;TR=141;WE=195475997;WS=195475979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,148:0.49:304
chr3	195476085	rs2688497	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=55;PP=1538;SC=TCAGATCAGCATGGTGGATAA;SOR=4.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=60;WE=195476093;WS=195476075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	195477713	rs2291654	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.31;QD=45.65;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	195477713	.	GCC	ACA	863	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=48.25;NF=31;NR=2;PP=863;QD=27.7717537837;SC=CTGTTTGCCCGCCCCCCGCAG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=33;WE=195477723;WS=195477703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr3	195477715	rs2291653	C	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.13;QD=44.48;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	195477791	rs2291652	G	A	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.353;NF=69;NR=33;PP=2171;ReadPosRankSum=0.920;SC=CTTCCCCGGAGATGGGCTGGA;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=102;WE=195477799;WS=195477781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,109:0.97:112
chr3	195478012	rs2291651	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	195479256	rs2258447	T	C	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=55;PP=2965;SC=AGGCGTTGACTTCTGCCATGG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=153;WE=195479264;WS=195479246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	195480153	rs78765346	G	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=66;PP=2106;ReadPosRankSum=1.594;SC=GCAGAGGGACGGCCCAGCCCG;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=100;WE=195480161;WS=195480143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr3	195484244	rs2550270	G	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=39;PP=1277;SC=GAGACTCCTCGGCTCTGTGGT;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=195484252;WS=195484234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	195487737	rs2246771	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=710;SC=AGGCCTCCCCAGGCCTCGGGC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=195487745;WS=195487722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	195489009	rs2246901	C	A	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=86;PP=2965;SC=CTGGCGGAGGCGTGGAGGATG;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=194;WE=195489017;WS=195488999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	195489669	rs2550263	C	T	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=29;PP=2785;SC=ACGCGGCTTCCCGCCCACCTC;SOR=2.356;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=99;TCR=29;TR=127;WE=195489677;WS=195489659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	195490284	rs2550261	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=478;SC=GCAGGGAGGTTCCCGGCACCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=195490292;WS=195490274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	195490839	rs28406367	T	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=411;SC=CTACTCCTTATCCAGATGCCA;SOR=2.030;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=195490847;WS=195490829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	195492027	rs11926236	T	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=100;PP=2602;SC=AGGCCCAGGCTGGGGCTGCCA;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=165;WE=195492035;WS=195492017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	195495916	rs2550240	G	C	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=60;PP=2597;ReadPosRankSum=-1.420;SC=TGAGCACCGGGTTGCCTGAGC;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=144;WE=195495924;WS=195495906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,156:0.97:161
chr3	195496129	rs2688492	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=794;SC=ACGCACAGCACCTGTTCCTGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=195496137;WS=195496119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	195497174	rs2259102	C	G	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=67;PP=2965;SC=CGTTGTTTGTCATCTTTCTAA;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=160;WE=195497182;WS=195497164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	195497809	rs2259153	T	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.397;NF=29;NR=63;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CCGTCACCTGTAGGTCTTCTC;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=92;WE=195497817;WS=195497799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,92:0.96:96
chr3	195501258	rs2259331	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=20;PP=551;SC=GAGCGCTCCCTGCAGGCTGCC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=195501266;WS=195501248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	195505247	rs76650792	G	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=929;SC=TGGTGGAAATGATGGTCTGGG;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=195505255;WS=195505237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	195505664	rs2688513	G	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=68;PP=2965;SC=CAGCTACCTGGTGTTTCCATC;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=176;WE=195505672;WS=195505654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	195511993	.	A	G	577	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=51.89;NF=18;NR=7;PP=577;QD=24.4708485019;SC=ACCTGTGGATACTGAGGAAGT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	195512004	.	T	G	744	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=18;MQ=54.46;NF=21;NR=10;PP=744;QD=25.1216520177;SC=CTGAGGAAGTTTCGGTGACAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	195512042	.	T	C	1409	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=18;MQ=58.03;NF=42;NR=22;PP=1409;QD=22.558925196;SC=CCTGTGGATGTTGAGGAAGGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=195512050;WS=195512032;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	195512186	.	T	C	1098	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=57.17;NF=22;NR=26;PP=1098;QD=23.5994002614;SC=CCTGTGGATATTGAGGAAGCG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=195512194;WS=195512176;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr3	195515594	rs13095016	C	G	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=48;PP=2071;SC=GTGTGGGTCTCGGTTTGTGGA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=109;WE=195515602;WS=195515584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	195515617	rs2641776	G	C	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=54;PP=2147;SC=TGTAAGCCCAGTGGATGTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=118;WE=195515625;WS=195515607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	195516630	rs3103954	G	T	10181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=177;PP=2965;SC=TAATTTGTTGGGATGTGTGTC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=174;TCR=177;TR=351;WE=195516638;WS=195516620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr3	195516878	rs2177336	T	C	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=74;PP=2965;SC=GTGCCAGCTGTCCCTGTAGAT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=91;TCR=74;TR=165;WE=195516886;WS=195516868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	195517258	rs1106502	G	A	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=104;PP=2965;SC=GTCTCTGGAGGTTGGCATTCT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=110;TCR=104;TR=214;WE=195517266;WS=195517248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	195517321	rs1104760	G	A	7757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=108;PP=2965;SC=AGGGGATGAGGTGGTTGTTTC;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=151;TCR=109;TR=259;WE=195517329;WS=195517311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	195517553	rs882605	A	C	7236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=125;PP=2965;SC=TCTGGATCAAATGTTACTAAG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=111;TCR=125;TR=236;WE=195517561;WS=195517543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr3	195518112	rs142781032	T	TGTCTCCTGCGTAACA	9299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=58;PP=2957;SC=CTGGAGGAGCTGTCTCCATCA;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=72;WE=195518120;WS=195518102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	195518330	rs3107764	C	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=2003;ReadPosRankSum=-1.174;SC=ACTGGGGCAGCAGTTTTACTT;SOR=1.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=94;WE=195518338;WS=195518320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr3	195538501	rs143120396	TTC	T	649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr3	195595657	rs34049168	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=59;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GCACGTGGGAGAGAAAGCCAA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=83;WE=195595665;WS=195595647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr3	195595701	rs78292793	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=27;PP=738;SC=CCCAACTCCCCCCGAGGTCTG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=195595709;WS=195595691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	195596501	rs71637188	T	TAG	4162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=52;PP=2785;SC=GGGCAGAGTGTAGAGAGACGA;SOR=1.725;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=55;WE=195596509;WS=195596491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	195596636	rs13084875	C	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=137;SC=TGGAGGAGGCCCCAGGCAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=195596644;WS=195596626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	195596907	rs2278034	T	C	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=77;PP=2965;SC=ACAGCAGCCTTAGGGTGGCCT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=188;WE=195596915;WS=195596897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	195597288	rs2278033	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=73;PP=1798;SC=GACCCCAGGATGGAAAGCCTA;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=17;TCR=73;TR=90;WE=195597296;WS=195597278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	195599085	rs2241413	T	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=21;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.879;SC=ACGCGTGCCGTGCTGAGGGCC;SOR=0.981;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=81;WE=195599093;WS=195599075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr3	195603652	rs9815549	T	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=268;SC=CCCACAACCCTCCCAGGAGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=195603660;WS=195603642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	195612034	rs3747672	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=955;SC=TGCCAAACTGTCAGTGGGGCA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=195612042;WS=195612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	195615376	rs3747669	A	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1577;ReadPosRankSum=0.215;SC=CGTTGAGGTCATCTCGGAGCC;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=96;WE=195615384;WS=195615366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr3	195686832	rs201549703	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-0.812;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	195686868	rs147286278	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQRankSum=-3.876;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr3	195686891	rs201127123	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-1.608;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.575;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
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chr3	195690360	rs201250692	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQRankSum=-2.997;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr3	195690397	rs148308206	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.89;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr3	195692419	rs77887672	C	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=4.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-13.352;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,61:0.25:240
chr3	195701278	rs200131790	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=9.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQRankSum=-13.358;QD=3.54;ReadPosRankSum=-2.692;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:526,92:0.15:618
chr3	195701285	rs201085786	G	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=11.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQRankSum=-12.335;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=1.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:557,97:0.15:654
chr3	195701304	rs200047587	C	T	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FS=7.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQRankSum=-7.999;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:640,134:0.17:774
chr3	195701310	.	C	CAA	3994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=803;ExcessHet=3.0103;FS=8.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.83;MQRankSum=-7.564;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.997;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:662,141:0.18:803
chr3	195701331	rs78212497	G	A	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.34;MQRankSum=-5.487;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.233;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:675,176:0.21:851
chr3	195701472	.	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.172;NF=4;NR=20;PP=1115;ReadPosRankSum=0.056;SC=AAATGTCAAGATGCCCATTCC;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=24;WE=195701493;WS=195701462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr3	195701483	rs377526928	TCCA	T	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.033;NF=0;NR=16;PP=1117;ReadPosRankSum=0.437;SC=TGCCCATTCCTCCACAAGCCC;SOR=0.470;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=16;WE=195701493;WS=195701462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr3	195706589	rs146645407	T	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.28;QD=29.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	195710971	rs4927836	G	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.379;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.163;NF=59;NR=42;PP=1300;ReadPosRankSum=-2.069;SC=GGTGGACGGGGGGCGGCCTTA;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=275;TCF=147;TCR=128;TR=101;WE=195710979;WS=195710961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,88:0.35:255
chr3	195710989	rs2620604	G	A	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQRankSum=-10.743;QD=15.80;ReadPosRankSum=-1.865;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,113:0.43:265
chr3	195710993	rs4927692	A	G	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=4.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQRankSum=-9.980;QD=15.71;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,113:0.43:262
chr3	195711042	rs56383352	C	G	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.192;NF=44;NR=69;PP=1762;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CAGCAGCACCCATGGGCCTGC;SOR=1.067;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=237;TCF=96;TCR=141;TR=113;WE=195711050;WS=195711032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
chr3	195925419	rs56699931	T	C	8232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AGGGCTTAGCTCTGCAGGAAG;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=138;TCR=152;TR=289;WE=195925427;WS=195925409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr3	195926234	rs939892	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=264;SC=CAAGAGCCTTTGCTGTCATGT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=195926242;WS=195926232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	195935207	rs12497404	C	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=460;SC=CTCTGCAGCCCCCTCCTTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=195935215;WS=195935199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	195936446	rs4916502	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=569;SC=GCGGCGGGGGCAGCTCCACGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=195936454;WS=195936436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	195937678	rs12718059	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CCTGTGGCTTGCTCAGGTCAG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=195937686;WS=195937668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	195937977	rs13079891	A	G	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=43;PP=2764;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CCTCCATCCTATCATCTTCTG;SOR=0.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=141;WE=195937985;WS=195937967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr3	195938177	rs1522394	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=71;PP=2285;SC=GCATCCGTTAAGAGTGTCATG;SOR=2.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=99;WE=195938185;WS=195938167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	195955762	rs939885	G	A	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2886;ReadPosRankSum=1.703;SC=CCTGTTTCTCGTCCCCGACGG;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=159;WE=195955770;WS=195955752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr3	195956726	rs144375332	AAG	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=3.483;QD=2.55;ReadPosRankSum=-2.663;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr3	196051087	rs147354585	GTC	G	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.426;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,38:0.14:263
chr3	196158773	rs6583309	G	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1980;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GGCCGGGGAAGAAAGGAAAAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=99;WE=196158781;WS=196158763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr3	196215451	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.537;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr3	196236244	rs6803596	T	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=509;SC=CAAATTAATCTTTTTTTAAAA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=196236252;WS=196236234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	196281208	rs9311	T	C	8088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=157;NR=119;PP=2965;SC=TATTTAGCTTTGGTAAAATGT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=276;WE=196281216;WS=196281198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr3	196294104	rs9842616	C	G	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=127;PP=2965;SC=CTACAGGCTTCGGGTTTCTGA;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=228;WE=196294112;WS=196294094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	196386964	rs1798631	C	G	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=115;PP=2965;SC=ACATGGCAGCCCTCATGCTCC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=245;WE=196386972;WS=196386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	196443803	rs1906044	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr3	196460680	rs34830136	C	T	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.828;SC=CTGTACATACCTCTCTAGTAT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=178;WE=196460688;WS=196460670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr3	196533671	rs35013100	G	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=57;PP=1559;ReadPosRankSum=0.987;SC=GTTTAAAATCGTTTAGTATGG;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=69;WE=196533679;WS=196533661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr3	196541580	rs11185455	G	A	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=54;PP=1545;SC=CTCCATCTCCGTGCCATTTCA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=68;WE=196541588;WS=196541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	196547446	rs2084382	G	C	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2271;SC=AGGGTAAGATGAGTTAAACAC;SOR=1.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=196547454;WS=196547436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	196547538	rs2166799	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=348;SC=TAAAGTAGAAGGTTGATAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=196547546;WS=196547528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	196613075	rs34533379	C	T	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=73;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TTAGTTTAGACGAAGCATTCC;SOR=0.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=130;WE=196613083;WS=196613065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr3	196627088	rs9825635	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=340;SC=TTTGATTACTATTGGCAGTAA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=196627096;WS=196627078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	196627335	rs6764463	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=21;PP=530;SC=TGTATTAAAATGAGTAGTTTT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=196627343;WS=196627325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	196627356	rs9810317	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	196627361	rs6772870	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	196654536	rs2054200	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=631;SC=AATTGTTCCAGCTTCTTAATG;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=196654544;WS=196654526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	196656772	rs1602	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=275;SC=AAGTGTGGGTGTCATCCATGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=196656780;WS=196656762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	196657670	rs63736860	CT	C	2362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.407;NF=28;NR=34;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TTTCTGGGACCTTTTTTTTTG;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=62;WE=196657679;WS=196657660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr3	196666059	rs553783	A	G	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=43;PP=2834;SC=AGGGACGCTTATGAGCTACCA;SOR=1.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=137;WE=196666067;WS=196666049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	196669950	rs3732874	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=853;SC=TGGCATCAATGTGGAGGGGTC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=196669958;WS=196669940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	196674259	rs61179255	G	A	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=2.158;SC=CTGGTTGTCTGGTGAAGCTTT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=105;TCR=140;TR=242;WE=196674267;WS=196674249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,247:0.99:250
chr3	196674749	rs4916589	C	T	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=86;PP=2965;SC=GACTTGCAGCCGTTGCCACGC;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=204;WE=196674757;WS=196674739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	196674972	rs574365	CT	TC	14132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=171;PP=2947;ReadPosRankSum=0.820;SC=GCTGTGAGGGCTGCCCCAGGG;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=110;TCR=178;TR=274;WE=196674981;WS=196674962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr3	196749798	rs2288766	T	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=15;PP=870;SC=CTCCCTGCCCTCGGCCCCTCC;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=196749806;WS=196749788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	196750016	rs2288765	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=66;PP=2179;SC=GTCACTCAGCAGAACTTTCTT;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=121;WE=196750024;WS=196750006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	196750841	rs2280294	C	A	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=95;PP=2965;SC=ACACAGTGACCTGCGCCCGGT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=173;WE=196750849;WS=196750831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	196751474	rs2280296	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=679;SC=GCTGTACACACGGATGTGTGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=196751482;WS=196751464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	196754819	rs2276788	C	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=57;PP=1664;SC=CTCCCCCGCCCTGCCCAGCCC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=81;WE=196754827;WS=196754809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	196754856	rs12637442	C	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=1082;SC=GTGGCTCCAGCAGTTCTGTGT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=196754864;WS=196754846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	196795720	rs6804448	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=17;PP=540;SC=ATAAAGCTAATGATAATTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=196795728;WS=196795710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	196795879	rs57032552	A	ACT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=648;SC=CACAAATAATATTTTTATTTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=196795887;WS=196795869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr3	196869688	rs7628652	A	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1740;SC=TGTAAAATCCAAAATGGCAAG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=196869696;WS=196869678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	196876600	rs73210523	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=2406;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ATGTGGGGAGGAAATGGAACT;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=140;WE=196876608;WS=196876590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,150:0.97:155
chr3	196876775	rs149672384	T	TTA	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=267;SC=AGTTATAATCTTATATGAGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=196876783;WS=196876765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	196910315	rs36054755	GA	G	320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=356;SC=CGGATGGACAGAAAACATACA;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=196910323;WS=196910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	197023445	rs3852013	C	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=765;SC=TAAATAGTTCCGCAAATCCTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=197023453;WS=197023435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	197239266	rs9325394	C	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=52;PP=1597;SC=ACCTGCTAAGCCGTTACTGCC;SOR=1.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=197239274;WS=197239256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	197241286	rs35089738	G	C	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=137;PP=2965;SC=GGCCCCACATGCCTGGACAGG;SOR=1.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=74;TCR=137;TR=211;WE=197241294;WS=197241276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	197361995	rs56411292	A	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.058;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.524;NF=66;NR=20;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TTCTTCAGTTATGGTAGAAGA;SOR=1.378;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=230;TCF=161;TCR=69;TR=86;WE=197362003;WS=197361985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,87:0.36:240
chr3	197362030	rs2451791	C	T	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.346;NF=102;NR=64;PP=2145;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CTTCATCTCACGATAAAGACA;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=395;TCF=232;TCR=163;TR=166;WE=197362038;WS=197362020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,173:0.43:407
chr3	197362184	rs9867990	C	T	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=5.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.11;MQRankSum=-7.299;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.119;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr3	197362187	rs9867993	C	T	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQRankSum=-6.547;QD=19.75;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr3	197482760	rs13068986	C	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=73;PP=2726;SC=GGAAAATGGACGCTTCTGCGA;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=143;WE=197482768;WS=197482750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	197483279	rs6794391	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=23;PP=2444;SC=AAAATAATTGACATTTCCTCT;SOR=2.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=109;WE=197483287;WS=197483269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	197490285	.	CA	C	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=8.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.035;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.015;SOR=1.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	197495334	rs3205525	G	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=46;PP=2022;SC=AGTCTGAATCGTAGAGGAAGA;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=118;WE=197495342;WS=197495324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	197496984	rs1708460	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=9;PP=1017;SC=GATTAACATAATTTCTTGCCT;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=197496992;WS=197496974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	197500394	rs3830497	T	TTTTG	6069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.216;NF=13;NR=47;PP=2798;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TTGGCAGTGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.267;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=60;WE=197500402;WS=197500384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr3	197544200	rs55896070	C	CGTGTGTGTGTGT	836.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.38;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	197544201	.	A	ATTTTGTGTGTGTGTGCG	837.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.84;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	197547332	rs114109218	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=352;SC=AAACCATGAAATAATTGTTTT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=197547340;WS=197547322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	197557635	rs501101	C	T	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=85;PP=2965;SC=AGTCTCTTTTCGGCAGCCATG;SOR=1.228;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=226;WE=197557643;WS=197557625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	197574936	rs2306439	G	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=1001;SC=GACTGGCTAAGTGCTTATTTG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=197574944;WS=197574926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	197581147	rs9863587	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=17;PP=1916;SC=CTCTATGTCAACGTCTTCAAA;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=197581155;WS=197581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	53310	.	C	T	6160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=1054;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.966;SC=CAGCCTCTGCCTCCCGTTGCT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1037;TCF=523;TCR=514;TR=338;WE=53323;WS=53300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:707,342:0.33:1049
chr4	53428	rs2859214	G	A	8815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=226;PP=2965;SC=GGGAGGCCTCGTCGGAACCGG;SOR=2.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=59;TCR=226;TR=285;WE=53436;WS=53418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr4	60210	rs3908749	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=7.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,22:0.17:126
chr4	60303	rs3864127	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,50:0.32:154
chr4	60335	rs2780400	A	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.70;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,84:0.61:138
chr4	60345	rs4248885	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr4	60400	rs3864128	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=1.697;SC=TATTATTTTCGCATCATGCCT;SOR=1.214;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=35;WE=60408;WS=60390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
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chr4	86024	rs77715101	G	A	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;QD=47.95;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	86031	rs367720730	CA	C	3517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.64;QD=45.68;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr4	86040	rs17853557	G	T	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.50;QD=45.23;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	86042	rs17857099	A	G	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.06;QD=50.54;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr4	86101	rs58319295	G	GC	4762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=38;PP=2957;SC=ATGTGGCAAAGCTTTAGACGG;SOR=0.790;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=66;WE=86109;WS=86091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	86738	rs2353625	A	G	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TCCATTCTGGACAAAAACCTT;SOR=0.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=204;WE=86746;WS=86728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr4	87277	rs2006764	G	C	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=79;PP=2965;SC=TGTGGCAAAGGTTTTAATCGG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=161;WE=87285;WS=87267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	87313	rs60154095	G	GA	7493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=88;PP=2957;SC=GTACACAAGCGATTCATACTG;SOR=0.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=20;TCR=88;TR=107;WE=87321;WS=87303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	135694	rs12504142	G	A	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=172;SC=GTTATTTTCAGTGCATGTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=135702;WS=135684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	264558	rs17775145	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ACATTTGTAGGATTCATCTCC;SOR=1.700;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=16;WE=264566;WS=264548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr4	331658	rs3749520	T	C	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.868;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,46:0.30:154
chr4	331666	rs3749521	G	C	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,51:0.29:176
chr4	331675	rs3749522	C	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,58:0.30:191
chr4	331693	rs5855672	G	GC	8384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=82;PP=2957;SC=TTCGGCCACAGCTCAGCCTCC;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=125;WE=331701;WS=331683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	331740	rs3749523	G	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.286;NF=34;NR=32;PP=880;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ATGATTGGTAGCTAAGACTCC;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=114;TCR=115;TR=66;WE=331748;WS=331730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,79:0.29:271
chr4	337983	.	A	C	259	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=58.27;NF=4;NR=0;PP=259;QD=73.4428031368;SC=AAATATTCTAAAGATTCTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=338004;WS=337973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	337994	.	AGG	GGA	240	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=25;MQ=58.27;NF=4;NR=0;PP=240;QD=73.3669687156;SC=AGATTCTGTCAGGAAACAATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=338004;WS=337973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	338156	rs79227679	T	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-8.942;NF=32;NR=15;PP=555;ReadPosRankSum=-2.367;SC=CCTGGTCACCTGTCTGGAGCA;SOR=1.042;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=47;WE=338164;WS=338146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,52:0.31:168
chr4	338186	rs78725891	G	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-7.114;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,83:0.38:221
chr4	338197	.	T	TGA	3404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-6.773;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,90:0.40:226
chr4	338200	.	G	C	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-6.741;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,92:0.40:230
chr4	338201	.	ATC	A	3535.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-6.755;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,94:0.40:236
chr4	338205	rs80052234	T	C	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-6.688;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,97:0.40:241
chr4	338246	rs79348421	G	A	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-6.476;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,101:0.44:230
chr4	338252	rs76962477	G	A	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-6.084;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,91:0.43:211
chr4	338258	rs80241916	G	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-5.850;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,83:0.43:193
chr4	338260	rs76915575	A	G	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-5.299;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr4	338266	rs74323716	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-4.947;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr4	338289	rs77578216	A	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-4.072;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr4	338296	rs77544910	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-4.011;QD=12.07;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=1.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr4	338301	.	G	GA	840.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-4.190;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr4	338302	.	G	GA	840.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.664;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=20.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-3.934;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=4.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr4	338305	.	CCGGG	C	516.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=18.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-3.938;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=3.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
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chr4	420688	rs2280250	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=466;ReadPosRankSum=1.273;SC=GGTATGAGTTCCTCTACTTCG;SOR=0.669;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=40;WE=420696;WS=420678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,47:0.30:157
chr4	429720	rs894534	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=640;ReadPosRankSum=0.648;SC=GATAATGAGATGCTGATGAGT;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=57;WE=429728;WS=429710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,56:0.33:168
chr4	437831	rs72501950	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=2.005;SC=GTCTTTGCCACGTTCTTCACA;SOR=0.536;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=50;WE=437839;WS=437821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,55:0.33:169
chr4	466346	.	C	CAT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-12.543;QD=0.20;ReadPosRankSum=-3.626;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,14:0.08:172
chr4	466361	.	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-13.421;QD=1.88;ReadPosRankSum=-3.151;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,24:0.11:211
chr4	466365	.	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-13.747;QD=1.93;ReadPosRankSum=-3.490;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,27:0.12:218
chr4	466424	.	C	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=8.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-14.345;QD=1.29;ReadPosRankSum=3.564;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,31:0.10:308
chr4	466427	.	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=6.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-14.387;QD=1.26;ReadPosRankSum=3.832;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,30:0.10:314
chr4	466434	.	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=7.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-14.410;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.906;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,30:0.10:315
chr4	500631	rs4690182	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=33;PP=1177;SC=CAGCTTCATCATCCTGCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=500639;WS=500621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	509850	rs11726338	T	C	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=83;PP=2073;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CAAAAGACAGTGTAGGGAGCC;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=120;TCR=124;TR=158;WE=509858;WS=509840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,164:0.64:257
chr4	515489	rs13115344	G	A	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=28;PP=1667;SC=CAGGCACTGCGCAGAAAGGCT;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=94;WE=515497;WS=515479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	515844	rs13136656	C	A	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=74;PP=2393;SC=GTGTGTGCCACGTGCTGGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=515852;WS=515834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	517198	rs7678962	G	A	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1526;ReadPosRankSum=1.303;SC=GCAGCAAGATGTGTGTCGTTA;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=99;WE=517206;WS=517188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr4	517376	rs7666226	T	C	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=120;PP=2965;SC=GGTACTTCCTTGTGAACACCC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=249;WE=517384;WS=517366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	517461	rs7666425	T	C	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=117;PP=2965;SC=GTGTGGCCTCTGTGTGGAACA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=100;TCR=117;TR=217;WE=517469;WS=517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	517622	rs13150531	C	T	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=72;PP=2551;SC=TAATACTGGCCTGCTGCCGGC;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=125;WE=517630;WS=517612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	520853	rs13114026	G	A	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=54;PP=1926;SC=CGAGCTCTCTGTCCTGGCTGC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=520861;WS=520843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	527534	rs11931692	G	A	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=46;PP=2965;SC=CTAACATCGTGGCTCACGCTA;SOR=1.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=104;TCR=46;TR=150;WE=527542;WS=527524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	527677	rs34623004	T	C	7564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=152;PP=2965;SC=TACGTGGAAATCCCAGCCGTG;SOR=1.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=101;TCR=152;TR=253;WE=527685;WS=527667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr4	533001	rs1127410	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=820;SC=ATTCCAGTTTTCACGTACATC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=533009;WS=532991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	628493	rs115775983	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=41;PP=1679;ReadPosRankSum=-1.073;SC=ATTTGCTGACGAGCTCACTGA;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=105;WE=628501;WS=628483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,109:0.72:152
chr4	628693	rs72613106	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=0.585;SC=TTCTGTGCTGCGCATCCACCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=5;WE=628701;WS=628683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr4	647506	rs9992641	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=3;PP=348;SC=GGTCTGTGCCAGGCTCCACGG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=647514;WS=647501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr4	663916	rs61760239	C	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,82:0.59:138
chr4	666212	rs4463020	T	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr4	667076	rs80010815	C	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr4	671887	rs58227539	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.264;NF=7;NR=20;PP=400;ReadPosRankSum=-2.326;SC=TGTGTACATGCGCACAGACGA;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=27;WE=671903;WS=671877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
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chr4	673817	rs71602501	G	A	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=78;PP=2184;ReadPosRankSum=1.106;SC=GGTGAGCACCGGTGGGGCAGG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=135;WE=673825;WS=673807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,141:0.68:206
chr4	676992	rs10030136	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=678;ReadPosRankSum=1.587;SC=GGCAGATGGACACTCACCCCA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=63;WE=677000;WS=676982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,62:0.27:227
chr4	731125	rs149278327	A	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=145;ReadPosRankSum=1.279;SC=TTTCATGTGTAAACTAGAAGT;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=8;WE=731133;WS=731115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr4	755025	rs2242233	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=1042;ReadPosRankSum=1.788;SC=ACCGTCCGGGGGAACCCTCCT;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=53;WE=755033;WS=755015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr4	759709	rs6810428	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=815;ReadPosRankSum=0.984;SC=GCAGCCCTGCATGTGGACTGT;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=50;WE=759717;WS=759699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr4	759733	rs6816483	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=23;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TCACGGGACGTGATTCCTCAG;SOR=0.478;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=79;WE=759741;WS=759723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
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chr4	780552	rs80187089	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr4	843695	rs8093	A	G	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=92;PP=2965;SC=CGGGGTGCACAGCCAGCACCG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=171;WE=843703;WS=843685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	845772	rs10031922	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=46;PP=1170;SC=CCTGTGGAGATGGAGATCGGA;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=71;WE=845780;WS=845762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	858874	rs3214922	T	TC	3210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=37;PP=2448;SC=CAGCTGCACGTCTGGGAGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=53;WE=858882;WS=858864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	858941	rs1026738	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=30;PP=1406;SC=CCACTGCCGATGCTGCAGTCT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=858949;WS=858931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	860146	rs2306248	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=9;PP=718;SC=GGCGAGAGGCACTTACCCAGG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=860154;WS=860136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	860192	rs1064207	A	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	871624	rs1564281	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=48;PP=1421;SC=CGCGTCACCACGTGACGTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=77;WE=871632;WS=871614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	871675	rs1564280	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=842;SC=TTTCGAATAGAAGTTTTTCAT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=871683;WS=871665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	875887	rs2279186	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=52;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AAGGGCTCGCGGGGTCCTCGG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=64;WE=875895;WS=875877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr4	877709	rs3736083	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCTGTGAGTCTGTGGCCACAG;SOR=0.892;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=877717;WS=877699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr4	877919	rs41286653	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1019;ReadPosRankSum=0.529;SC=AGAAACACTCCGCAGTTAGGT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=73;WE=877927;WS=877909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr4	878048	rs899387	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CGGCTGTGTGCGTGCTGTGGA;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=878056;WS=878038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr4	882625	rs2279182	T	G	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTCTGGAGCCTCACACTCACT;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=299;TCF=174;TCR=125;TR=89;WE=882633;WS=882615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,93:0.30:311
chr4	882643	rs2279181	G	A	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1209;ReadPosRankSum=-1.764;SC=ACTTAGCGACGGACTGGATGA;SOR=0.725;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=334;TCF=180;TCR=154;TR=102;WE=882651;WS=882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,104:0.30:346
chr4	887513	rs33951409	AC	A	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.038;NF=8;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CTCTCTGGAAACCCCCCCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=13;WE=887521;WS=887504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr4	887868	rs11726912	A	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=241;ReadPosRankSum=0.876;SC=CTGCGGGGAGAGCAGGGGTGA;SOR=0.182;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=17;WE=887876;WS=887858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr4	898655	.	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CTTCCCAGAACTAAATGGAAA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=898663;WS=898645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	905400	rs3830208	AG	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.792;NF=7;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTGGGTTAGGAGGCATCAAGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=905408;WS=905390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	906131	rs11248057	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ACGAGAGGGGCGGCTGAGAAG;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=906139;WS=906121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr4	906647	rs2279178	A	G	8897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=158;PP=2965;SC=CACCCGATGCATCATCTCAGA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=161;TCR=158;TR=319;WE=906655;WS=906637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr4	942439	rs10516158	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-1.478;SC=GAGTTTCCACCTTGACTGTTT;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=942447;WS=942429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr4	946262	.	CTGTG	C	86.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.73;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr4	951947	rs34311866	T	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=705;ReadPosRankSum=-1.843;SC=CAGCTGGCCATGTGGACCACG;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=66;WE=951955;WS=951937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,66:0.32:207
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chr4	967191	rs17855876	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-2.890;SC=GCCCAGCACGGGGCTGCAGGC;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=967199;WS=967181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr4	983060	rs3796622	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,74:0.24:304
chr4	984870	rs2290401	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=1.649;SC=AAAACCTAAGGGGGGGTGCCC;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=984878;WS=984860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr4	985727	rs3822020	A	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,80:0.38:208
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chr4	996998	rs113289555	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=1.452;SC=GTCCCGGGGGGGTGGGGTCCG;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=997006;WS=996988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	1006200	rs34627176	G	A	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=1708;ReadPosRankSum=1.017;SC=GCCCGGGACCGGGGAGGGCGG;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=353;TCF=202;TCR=151;TR=134;WE=1006208;WS=1006190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,138:0.38:364
chr4	1006333	rs4647942	G	A	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=92;PP=2270;ReadPosRankSum=0.246;SC=GGGCCTTCCCGCCGGCCGCCG;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=79;TCR=134;TR=148;WE=1006341;WS=1006323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,152:0.71:214
chr4	1018705	rs4647930	C	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=0.155;SC=CCAAAACCGCCAGGGCCACCT;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=17;WE=1018713;WS=1018695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr4	1019054	rs145808953	CCA	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.535;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,37:0.14:272
chr4	1050437	rs7680608	C	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=83;SC=TCATAATTTTCGAAATTCACA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=1050445;WS=1050427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	1050653	rs3816474	G	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=13;PP=1523;SC=AGCAGGCTGGGGATGCTGATG;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=1050661;WS=1050643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	1050849	rs10003009	GT	AC	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=2458;SC=TGGTGACACGGTAGTTACAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=1050858;WS=1050839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	1050909	rs9992925	A	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=514;SC=CATCTCTGAGAACCTCGGAGC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=1050917;WS=1050899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	1052009	rs13114658	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=309;SC=TTTCCTTTAAAACGCTGTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=1052017;WS=1052002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	1052078	rs2290410	A	T	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=13;PP=933;SC=GTTAGAACGCAGTGAAGAAGG;SOR=1.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=1052086;WS=1052068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	1052125	rs11724371	T	C	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=38;PP=1695;SC=GGCTTTCCCATGCTCCTCTGA;SOR=1.125;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=104;WE=1052133;WS=1052115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	1052166	rs2248083	A	C	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=52;PP=2089;SC=CTCGGGGCCCAGGGAGGAGAC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=127;WE=1052174;WS=1052156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	1052206	rs2045069	T	C	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	1052212	rs2045068	G	A	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	1052355	rs2045067	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=543;SC=AGGTTGCGGGCAGCCCTGGTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=1052363;WS=1052345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	1067267	rs2290408	G	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=172;SC=CCCATGCACCGGGTGGAAGGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=1067275;WS=1067262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	1067638	rs6852155	T	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=48;PP=1368;SC=GTGGTAGAGGTGGTGTGGGTG;SOR=5.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=50;WE=1067646;WS=1067628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	1084723	rs658846	G	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=534;SC=ACTCTCAGGAGAGCTCACAGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=1084731;WS=1084713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	1087168	rs61648964	A	AAT	3984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=19;PP=2015;SC=TATTGTAACAAATGCCAATAT;SOR=1.694;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=43;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	1087171	rs59985183	G	T	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=20;PP=1298;SC=TGTAACAAATGCCAATATTTA;SOR=1.796;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=67;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	1087265	rs1670534	T	C	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=79;PP=2459;SC=GCGTTTGTGATGCTCACCTCC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=159;WE=1087273;WS=1087255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	1087327	rs138488801	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	5884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=24;PP=2965;SC=CAGAGCCTGTGACCTCCACGG;SOR=1.495;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=33;WE=1087346;WS=1087317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	1087329	rs118112880	C	T	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.77;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	1087338	rs11725984	C	T	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	1087401	rs56889100	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=598;ReadPosRankSum=0.211;SC=GGGCTGGCCGGGTCTGCTGGG;SOR=0.678;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=51;WE=1087409;WS=1087391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr4	1087487	rs60035268	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1374;ReadPosRankSum=0.380;SC=CTGTGGCTCTGATGTCTGTGA;SOR=0.533;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=80;WE=1087495;WS=1087477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr4	1087901	rs13106356	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=494;SC=AAGCCCATGAAGGAGAGTGCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=1087909;WS=1087891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	1090625	rs4045481	G	A	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=86;PP=2965;SC=TATCTGCGTCGGTCTGAAAGA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=178;WE=1090633;WS=1090615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	1102050	rs4974644	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=656;SC=TTAGACACCACAAATGACTAA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=1102058;WS=1102040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	1164277	rs2279279	C	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=45;PP=2023;SC=CGCAGCCGCACCAGTGTCACC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=1164285;WS=1164267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	1164508	rs13140868	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=836;ReadPosRankSum=1.063;SC=CTCCTCTCAGCCATCCCACGG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=70;WE=1164516;WS=1164498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,72:0.33:219
chr4	1164552	rs13115935	A	G	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=97;PP=2965;SC=AGGAAGGGGCAGCCTCCTCGG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=183;WE=1164560;WS=1164542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	1165130	rs11247975	G	T	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=36;PP=2176;SC=CGAAAACACCGCGTGCACGCT;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=103;WE=1165138;WS=1165120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	1165587	rs2242279	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=0.960;SC=CGGGGGGCTCCGGCGCCGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=11;WE=1165595;WS=1165577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr4	1165679	.	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,51:0.21:240
chr4	1165741	rs922697	A	G	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=GTATTTGGCCAGGGCTCTGGC;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=222;WE=1165749;WS=1165731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr4	1194594	rs13115903	A	T	4094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2746;ReadPosRankSum=0.640;SC=GCTGTGAGCAAGTGGAGAAAG;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=159;WE=1194602;WS=1194584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,171:0.73:235
chr4	1194630	rs56401136	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,66:0.21:313
chr4	1207517	rs11247979	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=337;SC=CCCACGGCCCTGCTCTGCTCG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=1207525;WS=1207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	1215585	rs1250088	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=669;ReadPosRankSum=0.699;SC=AACGTGCTGGTGGGTTCATGG;SOR=0.670;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=123;TCR=103;TR=68;WE=1215593;WS=1215575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,68:0.29:234
chr4	1217056	rs2004531	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-1.919;SC=GGGCAGAGGTGTGAGGAACAG;SOR=1.392;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=67;TCF=59;TCR=8;TR=17;WE=1217064;WS=1217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr4	1243329	rs79746330	C	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr4	1243404	rs1680033	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr4	1243573	rs1680032	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=6.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr4	1244416	rs1732115	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr4	1317192	rs2141656	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=355;ReadPosRankSum=-0.635;SC=ACTTTTCTGTCTTCTAAACTG;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=18;WE=1317200;WS=1317188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr4	1321516	rs2335937	C	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1306;ReadPosRankSum=-1.433;SC=CGTGCGTCTCCTCGAGGGAGG;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=95;WE=1321524;WS=1321506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,108:0.75:144
chr4	1330759	rs1128427	T	C	6033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CCCTGCAGGCTGGCCTCTCAG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=201;TCR=193;TR=269;WE=1330767;WS=1330749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,284:0.69:413
chr4	1332175	rs13147602	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=602;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GGCTGCCCTGAGTGGCCCCCA;SOR=0.767;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=27;WE=1332183;WS=1332165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
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chr4	1348806	rs3903127	A	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.392;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=1017;ReadPosRankSum=0.239;SC=TGTGCCAGGGACCCCCCGGGC;SOR=0.296;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=49;WE=1348814;WS=1348796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
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chr4	1369885	rs11724369	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1525;ReadPosRankSum=-2.527;SC=GGGCCCGGGCGCCTGTGGTGC;SOR=0.988;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=104;WE=1369893;WS=1369875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,107:0.70:153
chr4	1373699	rs112142388	C	CTTT	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.258;NF=11;NR=2;PP=865;ReadPosRankSum=1.614;SC=TGACCGTGTTCTCCCTGGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr4	1373701	rs56108910	C	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.246;NF=12;NR=2;PP=619;ReadPosRankSum=1.355;SC=ACCGTGTTCTCCCTGGGTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr4	1373751	rs35735964	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=1;PP=798;ReadPosRankSum=0.728;SC=GTGGTGTTTGGCCTTCCCCTG;SOR=3.509;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=37;WE=1373759;WS=1373741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr4	1374695	rs28614045	C	A	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.408;SC=GATTGTTCCACGGGACGACGA;SOR=1.037;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=281;TCF=110;TCR=171;TR=175;WE=1374703;WS=1374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,184:0.63:293
chr4	1374774	rs28522910	C	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1208;ReadPosRankSum=0.428;SC=CAGGAGCGCCCGGGTAGGTCT;SOR=0.381;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=66;WE=1374782;WS=1374764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr4	1374789	rs28733902	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=929;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AGGTCTGGGCAAGGCGGTCAC;SOR=0.274;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=46;WE=1374797;WS=1374779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr4	1377615	rs9996817	A	G	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=1647;ReadPosRankSum=0.518;SC=ATCTCGGCTCATCCAGGTACA;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=116;WE=1377623;WS=1377605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,118:0.63:186
chr4	1388350	.	G	GTGCCCATGTGGAGTGCCCGCCTGCTCACACA	4248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=10.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-2.083;QD=37.60;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr4	1388413	rs78309237	T	C	4242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=5.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-2.113;QD=26.85;ReadPosRankSum=2.910;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,111:0.70:158
chr4	1388429	rs79298048	G	A	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-1.886;QD=26.76;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,127:0.75:170
chr4	1388583	rs9328733	A	G	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=2.150;QD=20.01;ReadPosRankSum=2.216;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr4	1388593	.	ACACGTGCCCATGTGGAGTGCCCGCCTGCT	A	2405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=2.547;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr4	1389101	rs71614971	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.11;QD=29.01;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	1389156	rs71614972	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.17;QD=34.14;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	1389161	rs71614973	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.23;QD=40.16;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	1397297	rs11945310	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGGTGGGCCCTGGGCAACGGG;SOR=0.617;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=17;WE=1397305;WS=1397287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	1397611	rs13133264	A	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=971;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CGTCTGCGGGAGGGAGGGACA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=68;WE=1397619;WS=1397601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr4	1619865	rs11722375	T	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=834;ReadPosRankSum=2.001;SC=GGCAGGTGAGTGCTGCCTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=67;WE=1619873;WS=1619855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr4	1698183	rs798719	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=556;ReadPosRankSum=0.445;SC=TTAAATATTACAGATCACCAG;SOR=1.961;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=28;WE=1698191;WS=1698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr4	1701317	rs2247341	G	A	5483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TATAACGATCGTAGGCAATTG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=175;TCR=159;TR=228;WE=1701325;WS=1701307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,246:0.69:358
chr4	1714161	rs812821	T	C	37.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	1718883	rs2236787	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	1719294	rs2236786	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=593;ReadPosRankSum=-1.437;SC=GGGAGGCAAATGTCTCCAGGA;SOR=0.869;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=184;TCF=95;TCR=89;TR=54;WE=1719302;WS=1719284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,58:0.30:194
chr4	1719572	rs798751	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TGGGCACGGGACGGACCTAGG;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=1719580;WS=1719562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr4	1720757	rs798754	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=331;SC=CCAGAGCTGAAAAGTTATGTG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=1720765;WS=1720750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1720793	rs148117097	A	AG	832.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.08;MQRankSum=3.476;QD=33.31;ReadPosRankSum=1.262;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	1720794	rs61675353	T	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.35;MQRankSum=3.476;QD=33.67;ReadPosRankSum=1.039;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	1720794	.	TG	GG	735	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=29;MQ=67.73;NF=15,11;NR=4,4;PP=584,735;QD=32.5669059235;SC=TCTCAAAGAATGATGGGACAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=19,15;WE=1720802;WS=1720784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr4	1720794	.	TG	TGG	735	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=29;MQ=67.73;NF=15,11;NR=4,4;PP=584,735;QD=32.5669059235;SC=TCTCAAAGAATGATGGGACAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=19,15;WE=1720802;WS=1720784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr4	1720824	rs798755	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.282;NF=23;NR=10;PP=504;ReadPosRankSum=0.832;SC=ACACGGAGCCAGCTTCAGGGC;SOR=0.499;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=33;WE=1720832;WS=1720814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr4	1725651	rs3099555	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=610;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TGTCCGATGGTTCTTGCAGGA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=30;WE=1725659;WS=1725641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr4	1729887	rs139849008	G	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1487;ReadPosRankSum=-1.348;SC=TCGCCTCCTGGTGCAATCCCT;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=345;TCF=192;TCR=153;TR=110;WE=1729895;WS=1729877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,115:0.32:362
chr4	1732573	rs146419121	GGGGT	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.862;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr4	1737108	rs3752747	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1024;ReadPosRankSum=0.875;SC=AGAGCAGCCACGGCAGGTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=67;WE=1737116;WS=1737098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr4	1737404	rs34859791	C	CCT	4511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.838;NF=35;NR=34;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CCTTAGCCCCCGTGTGTGTTA;SOR=1.031;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=69;WE=1737412;WS=1737394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr4	1737502	rs11248073	C	T	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.408;NF=44;NR=63;PP=1859;ReadPosRankSum=0.497;SC=ACCTCAAGTTCGACCCCCTCC;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=107;WE=1737510;WS=1737492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,120:0.72:166
chr4	1737585	rs11729657	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=508;ReadPosRankSum=0.992;SC=CCCTCCCTCATGCATGAAGCC;SOR=1.300;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=36;WE=1737593;WS=1737575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr4	1739518	rs140693140	CGCCATCCCT	C	5018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.822;NF=12;NR=53;PP=2979;ReadPosRankSum=0.419;SC=CAGCCTGACCCGCCATCCCTG;SOR=0.774;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=129;TCF=29;TCR=100;TR=65;WE=1739534;WS=1739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,127:0.69:185
chr4	1739592	rs2305188	A	G	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.967;NF=50;NR=66;PP=1777;ReadPosRankSum=1.093;SC=GCCTGTCACTACTGCCCAGGT;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=84;TCR=103;TR=116;WE=1739600;WS=1739582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,123:0.62:200
chr4	1741485	rs150991238	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=569;ReadPosRankSum=0.488;SC=AGGAGCTCCACGGGAAGAACC;SOR=1.194;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=36;WE=1741493;WS=1741475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr4	1742779	rs1530588	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=1.486;SC=AAGCCAGCGGGGCTACAAGCT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=1742787;WS=1742769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	1746229	rs2290011	G	T	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1488;ReadPosRankSum=0.701;SC=CACAGCTAATGCCTGCCCCTT;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=96;WE=1746237;WS=1746219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,101:0.73:139
chr4	1746844	rs8389	A	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CAACTTTTTTAAAAACTAGAT;SOR=0.372;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=39;WE=1746852;WS=1746834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr4	1795333	rs17879199	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	1805296	rs3135883	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=571;SC=CAAGTTGGCGGTGGCTGAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=1805304;WS=1805288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	1806012	rs377096563	TG	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,11:0.14:77
chr4	1806834	rs4865476	G	C	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=91;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=142;SC=GTTCTGTGGAGATGCTCCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=1806842;WS=1806824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	1807894	rs7688609	G	A	9395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ACAAGAAGACGACCAACGTGA;SOR=0.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=154;TCR=170;TR=323;WE=1807902;WS=1807884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,340:1.00:341
chr4	1809127	rs34562534	CGT	C	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.41;QD=33.19;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	1818594	rs9328763	C	T	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=117;PP=2965;SC=CTTCCACGTACTTTTCTTCAC;SOR=1.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=66;TCR=117;TR=183;WE=1818602;WS=1818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	1843324	rs116753949	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=1.487;SC=CGAGTCATCGCGAACAGGGCG;SOR=0.653;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=70;WE=1843332;WS=1843314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,70:0.35:199
chr4	1954945	rs489550	A	G	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=92;PP=2965;SC=CTTTAGCAGCATGGCTGCCTC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=200;WE=1954953;WS=1954935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	1961137	rs474235	G	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=25;PP=1901;SC=AGTGGTGGGTGTGCAAGGGTA;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=1961145;WS=1961127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	1985257	rs553148	G	A	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTGCTGGGTGGGTGTCTGGGG;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=110;TCR=115;TR=222;WE=1985265;WS=1985247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr4	1988188	rs3034718	C	CCT	3425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=37;PP=2100;SC=TCCCCCACCCCGAGCTCAGAA;SOR=1.150;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=42;WE=1988201;WS=1988178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	1988193	rs1077020	T	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=37;PP=1208;SC=CACCCCGAGCTCAGAACGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=1988201;WS=1988178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	1988257	rs572770	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=489;SC=CCTGGCGGGCAGCGGGCAGGA;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=1988265;WS=1988247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	1992141	rs116445105	C	T	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2189;ReadPosRankSum=0.065;SC=GCTACGTGCCCCACCTGGAGA;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=151;WE=1992149;WS=1992131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,156:0.64:245
chr4	1994102	rs1116585	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=52;PP=2832;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CGTGGAGGAAGCAGGCGCACC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=155;WE=1994110;WS=1994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr4	2009095	rs382441	C	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1104;SC=TTTACAAGAGCACAAAAGCTA;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=2009103;WS=2009085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	2010831	rs231189	G	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=553;SC=GGGGCTTCCCGGGAGAGCGCT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=2010839;WS=2010821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	2044128	rs570712	C	T	400.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.09;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr4	2158102	rs200091082	CTT	C	44.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	2158273	rs3216822	GGA	G	2802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=1840;SC=CCTGCACACTGGAGTGCATGG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=41;WE=2158282;WS=2158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	2158408	rs428361	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=1036;SC=AGTATGAAGTCCCCTCTTGGA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=2158416;WS=2158398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	2275145	rs736455	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.357;SC=AGATCAGTCAGGGAGGGAGGA;SOR=1.547;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=2275153;WS=2275135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr4	2275718	rs2182682	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=527;ReadPosRankSum=0.334;SC=TACACGCCCCGCCTGACCTCC;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=42;WE=2275726;WS=2275708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr4	2275835	rs2051561	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=904;ReadPosRankSum=0.320;SC=GGCTGCCGTGGAACCTGGACC;SOR=0.770;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=237;TCF=121;TCR=116;TR=76;WE=2275843;WS=2275825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,79:0.32:245
chr4	2306053	rs661301	A	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=59;PP=2618;SC=TCGTGAGCCGAGGGGCTCCCA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=134;WE=2306061;WS=2306043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	2306259	rs17768776	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=926;ReadPosRankSum=0.055;SC=GGCCCTGTCGCTGGCCTTGGC;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=74;WE=2306267;WS=2306249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,77:0.32:237
chr4	2307011	rs141026999	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.228;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1022;ReadPosRankSum=1.905;SC=TCTCGTCCCCCGCCCTGTGGA;SOR=0.979;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=244;TCF=131;TCR=113;TR=89;WE=2307019;WS=2307001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,92:0.37:251
chr4	2322039	rs113929105	G	GC	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=631;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AGGCCCTGTGGCCCCCTGGGT;SOR=1.072;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=23;WE=2322047;WS=2322029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr4	2330923	rs60473075	G	C	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1741;ReadPosRankSum=-2.221;SC=AGAATCTGTAGATCACTTTAT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=99;WE=2330931;WS=2330913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,104:0.63:166
chr4	2332799	rs1887364	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=0.684;SC=CAGGGGTAGACGCTGGGATGG;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=11;WE=2332807;WS=2332789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	2337603	rs599642	GC	TT	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr4	2339330	rs73203396	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GGGCAAGGTGGGGGCGGGGGG;SOR=1.568;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=34;WE=2339338;WS=2339320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr4	2438492	rs1203763	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=441;SC=ACAGGCCCTTTGCAGCCCCGG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=2438500;WS=2438485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	2439670	rs1203762	A	G	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=11;PP=2070;SC=TCAGGTGGGCACCAATAGGGT;SOR=3.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=85;TCR=11;TR=96;WE=2439678;WS=2439660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	2439738	rs7688771	G	A	5597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.667;NF=124;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.375;SC=CTCCGGTCCCGCCGTGTGCCT;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=192;TCR=109;TR=196;WE=2439746;WS=2439728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,243:0.70:349
chr4	2439756	rs5855731	C	CT	11374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.544;NF=62;NR=100;PP=2933;ReadPosRankSum=0.357;SC=CCTGGTGCCCCGTGACGTCCC;SOR=0.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=252;TCF=100;TCR=152;TR=162;WE=2439764;WS=2439746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,323:0.71:458
chr4	2439900	rs7660914	C	A	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=108;PP=2427;ReadPosRankSum=0.504;SC=AGGTGAGCCACCCCTACCTGC;SOR=0.476;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=214;TCF=60;TCR=154;TR=154;WE=2439908;WS=2439890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,154:0.71:217
chr4	2439932	rs1308702	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
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chr4	2451694	rs3108494	T	C	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=60;PP=2803;ReadPosRankSum=1.487;SC=CGAGGAACTGTGCTGCGCCAT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=165;TCR=87;TR=174;WE=2451702;WS=2451684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,178:0.68:260
chr4	2452933	rs3888113	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1458;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGGATGGGCATTTGCTGCTCC;SOR=0.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=82;WE=2452941;WS=2452923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,85:0.60:142
chr4	2460571	rs73205493	C	T	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=970;ReadPosRankSum=-0.617;SC=ACGAAGCTCGCGAAGGGCCGA;SOR=0.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=69;WE=2460579;WS=2460561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr4	2460803	rs704346	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=21;PP=1247;SC=GCCACCCACCAGCCACCTCAG;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=2460811;WS=2460793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	2460955	rs80041146	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,75:0.32:238
chr4	2461888	rs3135152	A	G	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=137;PP=2965;SC=CAGGGCAAGCACACCAAGAGC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=128;TCR=138;TR=264;WE=2461896;WS=2461878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr4	2464179	rs3135150	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=4;PP=172;SC=GGTGGGAGGAAAAGAAGGCCC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=2464187;WS=2464169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	2492191	rs34742072	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTTCCTTTTCTGTAGGAAAGG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=19;WE=2492199;WS=2492181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr4	2502299	rs55745322	A	ATT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=504;SC=GTAAGCCTATAACATTAGCAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=2502307;WS=2502289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	2502518	rs35315554	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=769;ReadPosRankSum=2.673;SC=GTCCCTGGCCAGTGCCAGCAT;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=56;WE=2502526;WS=2502508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,63:0.72:87
chr4	2513615	rs1770823	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr4	2513620	rs3128839	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	2513624	rs4974709	A	G	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.25;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr4	2513842	rs2269490	A	G	75.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=68;SC=GGTCAGACCCACACAGCCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=2513850;WS=2513832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	2698364	rs3733215	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=864;ReadPosRankSum=0.789;SC=GGTCTGAGGGCATTTGAAGGT;SOR=0.910;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=51;WE=2698372;WS=2698354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr4	2702115	rs17681870	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,77:0.26:291
chr4	2717690	rs2295499	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=1;PP=850;ReadPosRankSum=0.871;SC=TGATTTCTTCCGTTCTGATAA;SOR=2.030;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=37;WE=2717698;WS=2717680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr4	2743999	rs232712	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=201;SC=GGCAGCACTCAGCCACATGCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=2744007;WS=2743989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	2744087	rs2269495	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=629;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GCCTCTCTGGGCCGCGCCAGG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=36;WE=2744095;WS=2744077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr4	2746285	rs13145281	A	C	7559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.43;ReadPosRankSum=0.658;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,282:0.99:286
chr4	2746285	.	AC	CA,CC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43,121;NR=47,167;SC=GAAGCGCCCCACCAGGCTTCT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=291;TCF=122;TCR=169;TR=90,288;WE=2746294;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.31:291
chr4	2746286	rs13135456	C	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=7.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,96:0.33:290
chr4	2746307	rs11728346	A	C	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=137;PP=2965;SC=CCACCCCCACAGTGACCACTG;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=93;TCR=138;TR=229;WE=2746315;WS=2746297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	2746567	rs116412781	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=762;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CTCATCAGCTCGGGCTCGTGG;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=68;WE=2746575;WS=2746557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,70:0.38:183
chr4	2757800	rs74548850	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCCCGGAAGCGCGCAACCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=2757808;WS=2757790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr4	2822289	rs2239727	C	A	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=52;PP=2838;SC=CCTGGCTCAGCCATCTCCTGC;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=153;WE=2822297;WS=2822279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	2822467	rs231402	G	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=80;PP=2382;SC=GTACCCAGCTGCAGCTGCTGA;SOR=2.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=23;TCR=80;TR=103;WE=2822475;WS=2822457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	2826218	rs34274570	C	CA	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=1;PP=1541;SC=AGGGCCCACCCGATCTGCCCT;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=2826226;WS=2826208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	2826400	rs3213501	T	C	9229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=159;PP=2965;SC=AGATCATCCATATCAGCAAGA;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=159;TCR=159;TR=318;WE=2826408;WS=2826390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr4	2828771	rs1794395	T	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=18;PP=1358;SC=TCTGTCAGCGTATCCGTGTGT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=2828779;WS=2828761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	2829077	rs2269485	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=48;PP=1285;SC=ACTGCCCGTTTGCCTCTCCCC;SOR=2.998;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=59;WE=2829085;WS=2829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	2829478	rs13137906	G	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=43;PP=1259;SC=GAGCCCCTCCGAGGCTGGGGA;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=2829486;WS=2829468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	2831383	rs231399	T	G	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.331;SC=TTGGCCTGGCTGCTGAGGACT;SOR=0.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=198;WE=2831391;WS=2831373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr4	2833966	rs231396	G	A	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=101;PP=2965;SC=ACAGCGAGAGGACAGAAAGCC;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=137;TCR=101;TR=238;WE=2833974;WS=2833956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	2916931	rs16843589	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=182;SC=AGTCACTCAGGCCAGAATGGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=2916939;WS=2916921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	2928125	rs1263345	C	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1360;SC=CTCCTCGTGCCGTGTTGTCAT;SOR=2.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=57;WE=2928133;WS=2928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	2928413	rs4964	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=44;PP=1253;SC=GTAAGTACCGTGCTGCCTCCG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=2928421;WS=2928403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	2928577	rs16843603	T	C	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=136;SC=GTCACCTGAGTGCTGTGCTGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=2928585;WS=2928567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	2933031	rs55754437	C	T	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=100;PP=2965;SC=AGGTGCCCGTCAGCCCAGGGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=228;WE=2933039;WS=2933021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	2934308	rs1263349	G	A	9449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GACCCCAAAGGCCCAGCCTGT;SOR=0.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=172;TCR=168;TR=338;WE=2934316;WS=2934298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr4	2935251	rs2301374	T	A	7874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=155;NR=120;PP=2965;SC=CCACCAAACATAGGACCGTAG;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=156;TCR=121;TR=275;WE=2935259;WS=2935241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr4	2943361	rs1054090	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1004;SC=GAGGAGGGCTTGGAGAGGCCC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=2943369;WS=2943351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	2951804	rs2515960	A	G	9689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=169;PP=2965;SC=TTCCAGGTCCAAGTGGCTATC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=198;TCR=169;TR=366;WE=2951812;WS=2951794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr4	2955145	rs1475977	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=419;SC=AGGAGACAGGTAGAAGAGCCG;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=2955153;WS=2955135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	2955192	rs1475976	C	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1196;SC=AAGTCGGTCACCCAAGCTCAG;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=2955200;WS=2955182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	2955465	rs1475975	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=879;SC=CACACAGTGATCACTCAGTTG;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=2955473;WS=2955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	2965611	rs13120295	G	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=16;PP=1657;SC=AGGGCCTGCGGAGGCGGCGGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=2965622;WS=2965601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	2965676	rs16843684	C	T	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=47;PP=2850;SC=GGATCGTGTCCGGAGCTCGAG;SOR=1.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=145;WE=2965684;WS=2965666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	2965695	rs10021191	G	A	6905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=2.027;SC=AGGAGAGGGTGGTGCCCGGCG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=165;WE=2965703;WS=2965685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr4	2965874	rs142156088	A	AC	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=2.034;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr4	2965914	rs10030130	C	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1278;SC=GGAACCCTGGCCCCCCTGAAG;SOR=5.486;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=54;WE=2965922;WS=2965904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	2988636	rs2488815	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;SC=TTGTTGTAACCCCCCCATTGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=2988644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	2988752	rs2471324	G	T	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=80;PP=2965;SC=TTAATATATTGAGTTGTGAAA;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=112;TCR=80;TR=192;WE=2988760;WS=2988742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	2990338	rs2051556	G	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=717;SC=AAAATAATACGGCAAATACTG;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=2990346;WS=2990331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	2990375	rs2051555	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1245;SC=TATCGAGTGAGAACTGTAAGG;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=2990383;WS=2990365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	2990499	rs2960306	G	T	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=128;PP=2965;SC=ATAGGAAGACGTCTCTTCAGG;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=163;TCR=128;TR=291;WE=2990507;WS=2990489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
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chr4	2994107	rs2471338	T	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=140;SC=ACGTAACATATGTTAAAAGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr4	3015553	rs1140085	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1332;ReadPosRankSum=1.098;SC=AAGTAGATTCGTAGTAAGTGT;SOR=0.567;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=91;WE=3015561;WS=3015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,101:0.59:171
chr4	3024044	rs2471325	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=545;SC=TGTTTTGCCGCGCTAGCCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=3024052;WS=3024034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	3029588	rs2857844	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1174;ReadPosRankSum=2.695;SC=TTGTTGTTACGGTGTCATTAC;SOR=0.556;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=73;WE=3029596;WS=3029578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,77:0.69:112
chr4	3076603	.	CCAGCAGCAGCAG	C,CCAG	211	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=17;MQ=59.45;NF=1,1;NR=9,9;PP=147,211;QD=15.0;SC=TCAAGTCCTTCCAGCAGCAGC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10,10;WE=3076622;WS=3076593;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:17
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chr4	3076659	.	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.886;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr4	3076672	rs76533208	A	G	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-0.000;QD=23.53;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr4	3118116	rs2071655	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=0.697;SC=GCGCTGCTCGTTTCCAACCCT;SOR=2.147;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=3118124;WS=3118106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	3129346	rs150583882	G	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=63;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.423;SC=GTGGGCAGAGGGGCCTGACAT;SOR=0.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=97;WE=3129365;WS=3129336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,108:0.62:175
chr4	3162056	rs363099	C	T	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1457;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GAGGGTTTCTCCGCTCAGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=95;WE=3162064;WS=3162046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,104:0.67:155
chr4	3174496	rs11276773	TGATTCACA	T	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=2264;ReadPosRankSum=0.509;SC=GTATTAATAGTGATTCACAGG;SOR=1.308;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=19;WE=3174511;WS=3174486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr4	3180021	rs363096	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=340;ReadPosRankSum=1.018;SC=GTTTTTGTTTTTAGGGAATCA;SOR=1.561;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=17;WE=3180029;WS=3180011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr4	3213832	rs362336	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=742;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGCCTGCAGAGCCGGCGGCCT;SOR=0.991;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=43;WE=3213840;WS=3213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr4	3215835	rs362331	T	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=939;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CTCCCTCATCTACTGTGTGCA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=65;WE=3215843;WS=3215825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr4	3216815	rs916171	C	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=938;ReadPosRankSum=0.678;SC=AAATTCTTCTCTTTGTTCTGT;SOR=0.954;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=54;WE=3216823;WS=3216805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr4	3219613	rs2857790	A	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=52;PP=1679;SC=CGCCATTGCTAAGGAACATCA;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=3219621;WS=3219603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	3225371	rs82334	A	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AGCAGCTTCAACCAGGCCGTT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=57;WE=3225379;WS=3225361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr4	3225389	rs82333	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=811;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTTTTCCTTCATTGCTAGAAT;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=40;WE=3225397;WS=3225379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr4	3227419	rs362273	A	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=808;ReadPosRankSum=0.958;SC=AGCTGCTGCTACAGATCAACC;SOR=0.934;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=56;WE=3227427;WS=3227409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr4	3227592	rs2276882	T	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=552;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TCCTTTTTTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=38;WE=3227600;WS=3227582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr4	3230804	rs2530598	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr4	3234980	rs362272	G	A	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=54;PP=2345;ReadPosRankSum=1.426;SC=CCTGCACGGCGTCCTCTATGT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=165;TCR=87;TR=153;WE=3234988;WS=3234970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,166:0.62:268
chr4	3235184	rs3216820	GC	G	1798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=48;PP=1777;ReadPosRankSum=1.565;SC=CAGATGGCAGGCCAGGTATCA;SOR=1.075;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=49;WE=3235192;WS=3235174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
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chr4	3240159	rs2071704	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=829;ReadPosRankSum=2.166;SC=CTCTGACCTGCGTCCCTCCTC;SOR=0.937;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=49;WE=3240167;WS=3240149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr4	3240526	rs2858081	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=687;SC=ACACTCAGGCACCTGCTTGCT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=3240534;WS=3240516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	3255258	rs2798227	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=69;PP=1675;ReadPosRankSum=0.718;SC=CTCAGCCCCCACCATTTAGAG;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=22;TCR=102;TR=83;WE=3255266;WS=3255248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,82:0.66:124
chr4	3255292	rs2798226	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=43;PP=957;ReadPosRankSum=0.317;SC=GTGGCAAGGCCGGCGGCGGCG;SOR=1.503;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=1;TCR=64;TR=43;WE=3255300;WS=3255282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr4	3257373	rs3135173	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=0.844;SC=CCAGTAGGATTGTCGGGAGGG;SOR=0.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=3257381;WS=3257363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	3257593	rs362287	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=868;ReadPosRankSum=1.263;SC=AGGTGCGCCGCGTGCTGGACC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=56;WE=3257601;WS=3257583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr4	3262960	.	CA	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=2.690;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr4	3263138	rs3095073	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1354;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCAGTTGCTCGGGCAGGACGT;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=81;WE=3263146;WS=3263128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,83:0.58:143
chr4	3265479	rs3095078	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=490;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CTTGTGTACACTAGTGAGTTT;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=34;WE=3265487;WS=3265469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr4	3265710	rs3095077	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=681;ReadPosRankSum=0.682;SC=GTGGATGTGTCGGGCCCGCTC;SOR=0.409;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=38;WE=3265718;WS=3265700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr4	3417845	rs3213507	G	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=906;ReadPosRankSum=0.555;SC=AGCAGCAGCTGCAGGTAACCG;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=72;WE=3417853;WS=3417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,77:0.34:228
chr4	3443931	rs13108218	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr4	3445745	rs4690097	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GCCCCTCACACCCCCTCCCGC;SOR=0.703;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=44;WE=3445753;WS=3445735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr4	3446132	rs1987546	C	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=534;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCGAGTGCTTCGGGGGCCGGA;SOR=0.425;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=133;TCF=47;TCR=86;TR=38;WE=3446140;WS=3446122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr4	3446751	rs3752439	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr4	3446883	rs3752442	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=1.163;SC=CTCTCTTCCCACTGCTCCAGG;SOR=0.728;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=21;WE=3446896;WS=3446873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr4	3447156	rs4690098	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=2.777;SC=CTAGCCCCTCCGCACACCTGG;SOR=0.779;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=29;WE=3447164;WS=3447146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr4	3451109	rs2498323	G	A	5110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.730;SC=ATCAACGACCGGATACGGCCT;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=339;TCF=176;TCR=163;TR=213;WE=3451117;WS=3451099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,235:0.64:370
chr4	3475107	rs2344208	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=428;ReadPosRankSum=0.419;SC=GTTGGCTGGCGTCCCTGACGG;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=25;WE=3475115;WS=3475097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr4	3475122	rs2344209	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=425;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGACGGCCACGCTCCTTGCAG;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=30;WE=3475130;WS=3475112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr4	3475252	rs4325970	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=27;PP=1086;SC=CTACGAGGGCTTGGTCCACAC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=3475260;WS=3475242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	3478000	.	A	G	708	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=52.52;NF=16;NR=6;PP=708;QD=33.7623278431;SC=ATGCCCTCTCACCCCACCCGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=22;WE=3478021;WS=3477990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr4	3478013	.	G	A	489	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=55.48;NF=19;NR=10;PP=489;QD=18.0610762947;SC=CCACCCGCCCGTGATGTCCTC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=29;WE=3478021;WS=3477990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr4	3478323	rs2699426	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=472;ReadPosRankSum=-2.170;SC=CCACTTCCCCTGAGAACTGCT;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=44;WE=3478331;WS=3478313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr4	3478391	rs2857987	C	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.394;SC=CCAGAATGCGCCGGCAGGTGG;SOR=1.473;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=3478399;WS=3478381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	3487099	rs28706421	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=2.350;SC=ACCCGGATTCACGGGGCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=20;WE=3487107;WS=3487089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr4	3487151	rs916189	A	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=37;PP=2163;SC=GGGGCCAGGCAGGGTGTCATT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=3487159;WS=3487141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr4	3494898	rs6850908	C	T	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.400;SC=CAGTCGAGTACCAGGTGCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=182;TCR=152;TR=222;WE=3494906;WS=3494888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,229:0.66:346
chr4	3495283	rs11733064	C	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=551;ReadPosRankSum=0.810;SC=CCCCAGATGGCAGAGGAAGTG;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=41;WE=3495291;WS=3495273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr4	3498448	rs3135164	T	C	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=45;PP=2717;ReadPosRankSum=0.937;SC=CCAGCCTGTGTCACTCTTGGG;SOR=1.207;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=247;TCF=163;TCR=84;TR=150;WE=3498456;WS=3498438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,151:0.60:251
chr4	3498624	rs13130443	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=489;ReadPosRankSum=-1.741;SC=AGAGCTCGGGGACAGGAAGGC;SOR=0.546;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=126;TCF=37;TCR=89;TR=40;WE=3498632;WS=3498614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr4	3501802	rs10805009	G	C	311.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.8387;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CTCAGGATGGGGCAGCGCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=3501810;WS=3501800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	3501835	rs2858035	C	A	641.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5335;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=522;ReadPosRankSum=0.209;SC=CGGTCAGGAACATGGAGCGGG;SOR=3.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=23;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr4	3501849	rs2699409	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=3;PP=917;SC=GAGCGGGAACTTCCAAGGTGC;SOR=4.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	3501873	rs2699408	T	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=865;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AGAGGCGGAGTGGGGAGGAGG;SOR=1.020;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=53;WE=3501881;WS=3501863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr4	3501924	rs2858036	A	G	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.179;SC=ACAATCTTTGAGATCTGTGCC;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=111;WE=3501932;WS=3501914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,112:0.73:153
chr4	3501959	rs13132186	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=591;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CCGGGGCTTCACAGCCGCTCC;SOR=0.757;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=56;WE=3501967;WS=3501949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,59:0.31:188
chr4	3502163	rs2858037	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=831;SC=GGCACTGACAATTGGGGGCTG;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=3502171;WS=3502153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	3502386	rs2071701	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=492;ReadPosRankSum=0.583;SC=TGGCTCGGGGCGCAGGCTGCC;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=36;WE=3502394;WS=3502376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr4	3502595	rs71608283	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.258;SC=GTGCGCTGTGCGGCCCCGTGG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=10;WE=3502603;WS=3502585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	3514938	rs1741553	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=259;SC=GCAGCTCAGTACTAACTAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=3514946;WS=3514928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	3516448	rs2285088	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=408;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGGGGAACTGTGGCCTCCCCG;SOR=0.302;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=21;WE=3516456;WS=3516438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr4	3516689	rs2515967	T	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=102;PP=2965;SC=AGTGTTCCCTTCCCGTGCTCG;SOR=1.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=49;TCR=102;TR=151;WE=3516697;WS=3516679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	3516742	rs1794442	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=1049;SC=AGGACGCCAAAGGACGGCGCC;SOR=3.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=3516750;WS=3516732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	3519762	rs13325	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=533;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GGCACTCACCAGCCTCAGTGC;SOR=0.370;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=130;TCF=97;TCR=33;TR=43;WE=3519770;WS=3519752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr4	3526786	rs1800485	C	T	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=71;PP=2355;ReadPosRankSum=0.054;SC=CAGCTGCGAACGAAGGGGAGG;SOR=0.384;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=144;WE=3526794;WS=3526776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,154:0.69:222
chr4	3589623	rs10937959	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.906;NF=14;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=0.010;SC=TGGTGCACCTGCACTTCCACA;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=17;WE=3589631;WS=3589613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr4	3589669	.	G	GACTTCCTGGTGCACCTGC	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.571;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,11:0.10:108
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chr4	3589719	rs59190481	CA	C	3542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.343;NF=38;NR=54;PP=2948;ReadPosRankSum=0.435;SC=GGTTCATCTGCAACTTCCTGG;SOR=0.610;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=92;WE=3589727;WS=3589709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,146:0.56:261
chr4	3589846	rs7672828	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.053;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=996;ReadPosRankSum=-3.092;SC=CTGGTGAGAATCCCTTGAGCA;SOR=0.409;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=212;TCF=81;TCR=131;TR=70;WE=3589854;WS=3589836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,78:0.35:224
chr4	3590537	rs73199384	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=281;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GGAGACCCTCGCTGGGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	3590549	rs73793633	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=281;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TGGGGAGGGCGCCAAGCAGTG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr4	3590577	rs73793634	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=684;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GGGTTGGGGCGTCAGCCAAGC;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=14;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr4	3590588	rs73199385	A	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=684;ReadPosRankSum=0.294;SC=TCAGCCAAGCATCAGCCCCTA;SOR=1.668;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=14;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr4	3590683	rs62272966	T	G	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,75:0.32:231
chr4	3590711	rs62272967	G	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=790;ReadPosRankSum=0.380;SC=AGGATGCTGGGTATCAGGCTA;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=106;TCR=110;TR=66;WE=3590719;WS=3590701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,68:0.30:229
chr4	3590730	rs62272968	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=756;ReadPosRankSum=0.669;SC=TACCTTTGCTGGACAGCTCCA;SOR=1.330;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=54;WE=3590738;WS=3590720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,56:0.28:200
chr4	3590817	rs62272969	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=484;ReadPosRankSum=2.693;SC=CACACACACATGCACAGACAC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=27;WE=3590836;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr4	3590823	.	GACAC	G	514	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=20;NR=27;PP=514;QD=11.0638297872;SC=CACATGCACAGACACACACAC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=47;WE=3590836;WS=3590807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:63,47:0.43:110
chr4	3590878	rs62272970	C	T	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.680;NF=47;NR=22;PP=880;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CACAGACACACACACACAGAG;SOR=1.030;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=214;TCF=135;TCR=79;TR=69;WE=3590886;WS=3590862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,69:0.32:214
chr4	3590911	rs34447251	A	C	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.721;NF=54;NR=33;PP=1094;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCTCACAAGTAGAGCTCTTCG;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=251;TCF=159;TCR=92;TR=87;WE=3590919;WS=3590901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr4	3591015	rs62272971	A	C	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-2.011;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:505,188:0.27:693
chr4	3591049	rs62272972	C	T	6009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,198:0.24:835
chr4	3591069	rs62272973	C	T	6155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:611,200:0.25:811
chr4	3769329	rs185354316	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=0.848;SC=AGTCGGGGGCGCTGACCGCCT;SOR=0.184;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=3769337;WS=3769319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr4	3769789	rs11269124	G	GGGGGAGCTTTCCCAGAGACCC	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr4	3769798	rs149519379	T	TTCCCAGAGACCCGGGGAGCTC	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=3.106;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr4	3770069	rs76337672	G	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=636;ReadPosRankSum=0.791;SC=GCCCCCCAAAGACACTACCAC;SOR=0.541;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=44;WE=3770077;WS=3770059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr4	4190507	.	C	CTTG	51.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-10.752;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,9:0.08:117
chr4	4190508	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-10.842;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.869;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,10:0.08:119
chr4	4190511	.	G	GTCACTTGTTA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-11.071;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,10:0.08:124
chr4	4190792	rs2920255	A	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=615;SC=TGGGAGCTGAACCTAATGCAC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=4190800;WS=4190782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	4198948	rs112623841	GCGTTGC	G	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.458;NF=14;NR=8;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TTTTCTCTTGGCGTTGCCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=22;WE=4198961;WS=4198938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr4	4199634	rs2916414	A	T	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;ReadPosRankSum=0.035;SC=CCATGACCCCATCAGACTTGA;SOR=0.723;Source=Platypus;TCF=99;WE=4199642;WS=4199624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,140:0.67:210
chr4	4199760	rs17697262	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=760;ReadPosRankSum=-1.502;SC=AGAGGTAGTAGATCCCGTGGG;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=49;WE=4199768;WS=4199750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr4	4204299	rs2920182	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=44;PP=1439;SC=AGTGGATCACTCCAAACCTGA;SOR=1.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=71;WE=4204307;WS=4204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	4228008	rs1811445	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-2.857;NF=6;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=3.162;SC=CGGCGACCCAAGCTTCAGAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=4228016;WS=4227998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr4	4228028	rs55839893	G	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-2.658;QD=21.95;ReadPosRankSum=0.123;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr4	4228029	rs36055674	A	AAAG	495.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-2.533;QD=20.66;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr4	4239516	rs62286913	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.565;NF=24;NR=12;PP=502;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ATTTTTCAAACGAGTTCATTT;SOR=0.281;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=36;WE=4239524;WS=4239506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr4	4239539	rs62286914	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=7.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-8.810;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,14:0.11:127
chr4	4249297	rs2916469	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,54:0.27:198
chr4	4249300	rs2916468	T	C	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,59:0.28:210
chr4	4249414	rs2980101	AT	GC	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=2541;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGTCGACCTGATGTGTCAGGT;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=282;TCF=128;TCR=154;TR=88;WE=4249423;WS=4249404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,93:0.31:298
chr4	4249483	rs2916466	C	T	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.66;SOR=2.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	4249483	.	CA	TA,TC	1346	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=29,9;NR=80,29;PP=1346,426;QD=12.6676258032;SC=CAGATATTTCCAGTAATTCGC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=109,38;WE=4249492;WS=4249473;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:109
chr4	4249484	rs2916465	A	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr4	4249884	rs6854167	G	T	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=27;PP=1629;ReadPosRankSum=0.024;SC=TCCGGCAGGAGGAGGAATCGC;SOR=1.118;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=98;WE=4249892;WS=4249874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,109:0.72:152
chr4	4249909	rs2272746	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,58:0.27:214
chr4	4249974	rs2272745	C	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,76:0.27:280
chr4	4250133	rs2272744	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=0.920;SC=ACTGAGCTTTGCCGGTGGAAG;SOR=0.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=11;WE=4250141;WS=4250123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr4	4275976	rs11723469	A	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.29;ReadPosRankSum=2.252;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr4	4275986	rs11723471	A	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.68;ReadPosRankSum=3.449;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr4	4276132	rs7376390	T	C	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=130;PP=2965;SC=TGCGCCCACGTGTGCCTCTTC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=166;TCR=130;TR=295;WE=4276140;WS=4276122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr4	4276475	rs2272739	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=958;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GGCCGTTGATCCTGTTCCTTA;SOR=0.541;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=56;WE=4276483;WS=4276465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr4	4283676	rs2272738	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=784;ReadPosRankSum=0.575;SC=AGTTGGAGGCGCTAATACCAG;SOR=0.913;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=188;TCF=85;TCR=103;TR=63;WE=4283684;WS=4283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,65:0.33:198
chr4	4285221	rs2980214	A	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=595;SC=AATCAATGGAACATACCAGTT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=4285229;WS=4285211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	4285265	rs4688927	T	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=-1.450;SC=AATTTGCCACTATTTTTCCAA;SOR=1.184;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=23;WE=4285273;WS=4285255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr4	4285545	rs2916439	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.108;SC=AGACAATTATAATTATAAACT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=4285553;WS=4285535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	4301535	rs60878128	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	4301535	.	TGT	AGA	151	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5013;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=151;QD=40.8935749724;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=4301545;WS=4301525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr4	4301537	rs60953649	T	A	227.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	4304337	rs2916382	C	T	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=82;PP=2965;SC=AGCCTTGTGCCGTCAGTCATT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=177;WE=4304345;WS=4304327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	4304522	rs2920217	A	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TCACAGAAATACGCAGAGCAA;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=81;WE=4304530;WS=4304512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,84:0.33:254
chr4	4315010	rs28458962	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=1.113;SC=ATGTGACACACGAGAGAATAA;SOR=0.074;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=4315018;WS=4315000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	4322275	rs873923	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=1.582;SC=GCTGAGGAAGAAGGATTGTTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=4;WE=4322283;WS=4322265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr4	4322624	rs34623124	C	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=735;ReadPosRankSum=0.972;SC=GACGCTGATGCCAGTGTCGGT;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=52;WE=4322632;WS=4322614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr4	4425422	rs10675705	C	CAG	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=668;SC=GTGGGAGAGACAGGGGGCACA;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=18;WE=4425430;WS=4425412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	4463664	rs114558801	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.460;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,24:0.19:128
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chr4	5017150	rs34659865	C	CATTTCA	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	5018702	rs11724788	G	A	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=60;PP=2418;SC=CTGGGAGTGGGCAATGGGGAG;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=108;WE=5018710;WS=5018692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	5128650	rs895679	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=907;SC=TATTTTTCAGTTCAATACTGA;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=5128658;WS=5128640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	5170214	rs3749567	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.502;SC=TGTGGGTTCCCCTGTGGGGAG;SOR=0.512;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=5170222;WS=5170204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	5418383	rs2301858	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=376;SC=ATATGCATAAGTTACCAAATG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=5418391;WS=5418373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	5418539	rs168985	C	T	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=74;PP=2899;SC=CTGCAGCCCACGCTAACTGGA;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=94;TCR=74;TR=168;WE=5418547;WS=5418529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	5469810	rs2301855	T	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=50;PP=1621;SC=AAGTCCTTCATACTGTCCCCC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=5469818;WS=5469800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	5469916	rs41268643	G	A	387.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GGAAGGTATCGCTGAGGTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=5469924;WS=5469906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	5500511	rs13116133	A	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=451;SC=CCATCTGGCTACAGTGCACAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=5500519;WS=5500501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	5577884	rs6840591	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=657;SC=CAGGTGGGTATGGGTGGGCTG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=5577892;WS=5577874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	5577986	rs112554914	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=-1.728;SC=TGTTGCTCCAGTAATGTCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=52;WE=5577994;WS=5577972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr4	5642161	rs751841	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=613;SC=AGGCAAATGGACAGATGAGTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=5642169;WS=5642155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	5642612	rs73198184	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GAAATTGCAACAGAAACCAAA;SOR=1.234;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=13;WE=5642620;WS=5642602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr4	5686924	rs957727	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=587;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTACTAAGGGAGCCCAGTTC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=32;WE=5686932;WS=5686914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr4	5686967	rs957726	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1039;ReadPosRankSum=0.857;SC=AGGGCCTATGCCCTTATCTGC;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=59;WE=5686975;WS=5686957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr4	5687263	rs998092	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=0.017;SC=CCCCGGCTGCACCCCACCACA;SOR=0.487;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=18;WE=5687271;WS=5687253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr4	5687281	rs960055	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=1.570;SC=ACACCCCAGACACATCCTGGC;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=13;WE=5687289;WS=5687271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr4	5743509	rs6446393	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	5743509	.	CTAT	TTAC,TTAT	120	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=10;MQ=60.0;NF=6,12;NR=5,11;PP=86,120;QD=12.6788977147;SC=AGATGATGAACTATACCAGAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=11,23;WE=5743520;WS=5743499;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:23
chr4	5743512	rs6414624	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=1.132;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr4	5747072	rs2286343	C	T	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=72;PP=2219;SC=CGATAATGTGCGTGCCAGACT;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=5747080;WS=5747062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	5750003	rs33929747	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=686;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCGAAGGGCTATTGTGCGATT;SOR=0.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=50;WE=5750011;WS=5749993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr4	5754544	rs899691	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,49:0.30:164
chr4	5755542	rs2302075	C	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GACCTGGTCACGGCGTCTCTG;SOR=0.928;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=28;WE=5755550;WS=5755532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr4	5757932	rs5855888	GA	G	2713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=15;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.551;NF=17;NR=28;PP=1271;ReadPosRankSum=1.100;SC=GAACCTTCTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.571;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=45;WE=5757952;WS=5757922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,68:0.92:74
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chr4	5759607	rs12505053	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGGAGGTTAGGGCTTCAACCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=5759615;WS=5759606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr4	5803829	rs3214940	AC	A	2637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=54;PP=1366;ReadPosRankSum=1.163;SC=AGGGTACGGGACCCCCCCTCA;SOR=0.579;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=107;TCF=8;TCR=99;TR=60;WE=5803838;WS=5803817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr4	5803903	rs2306399	A	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr4	5803903	.	AC	GT	577	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=8;NR=25;PP=577;QD=19.105087117;SC=GATGTCAGATACTGTGAATTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=33;WE=5803912;WS=5803893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
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chr4	5812195	rs2279250	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=52;PP=1638;SC=TGGGCCCCGGACCTGTTGCCT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=5812203;WS=5812185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	5812566	rs2279247	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=373;ReadPosRankSum=1.535;SC=CAAAGTAAAAATTGTTTTGAT;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=27;WE=5812588;WS=5812556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,28:0.27:103
chr4	5812778	rs2291151	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=914;SC=AAGACCAGTCGGTGGGACAAG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=5812786;WS=5812768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	5827503	rs10605297	GCA	G	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=6;PP=218;ReadPosRankSum=-1.529;SC=AAATGTGCATGCACACACACA;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=5827512;WS=5827493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	5830296	rs34611001	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=743;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CCCTTGTTGACGTTGATGTTT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=60;WE=5830304;WS=5830286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,62:0.31:200
chr4	5830393	rs61746000	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=854;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TGTACTCCACCGCCTGCACCA;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=72;WE=5830401;WS=5830383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,79:0.37:214
chr4	5830414	rs6818391	T	C	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=93;PP=2388;SC=ACAGCCTCAGTGTTACTTCCC;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=149;WE=5830422;WS=5830404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	5837871	rs3815264	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GAGGAGGGGCAGCTGGGCACA;SOR=0.173;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=8;WE=5837879;WS=5837861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr4	5838513	rs12331	C	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1074;ReadPosRankSum=0.260;SC=CCCAGACGACCGTCATCCGCT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=180;TCR=146;TR=96;WE=5838521;WS=5838503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,101:0.29:350
chr4	5841350	rs16837723	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TGCTCCAGTAATGGGTGCCAT;SOR=0.951;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=26;WE=5841358;WS=5841340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr4	5841423	rs71640227	T	TAAAC	1333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=781;ReadPosRankSum=0.625;SC=GGGGAAAACATAAGCCTGGTT;SOR=0.719;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=21;WE=5841431;WS=5841413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr4	5845068	rs116314406	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	5850926	.	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=1.416;SC=CCAGCTTCCATGTGCATTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=18;WE=5850934;WS=5850916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr4	5925186	rs4348041	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	5966618	rs6828891	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=341;SC=TCGGGAGTCGATTGTGTTCTA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=5966626;WS=5966608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr4	5966801	rs6839295	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
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chr4	5967001	rs11415729	C	CG	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTCCATGCCCCGGGGCAGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;WE=5967009;WS=5966991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr4	5969113	rs9997727	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=35;PP=1842;SC=GAGCACACAGGCTTTTCCTGA;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=5969121;WS=5969103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	5969235	rs7690750	A	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=51;PP=1663;SC=GGCACTGGAGAGACAGCCTTG;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=5969243;WS=5969225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	5969252	rs7690889	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=47;PP=1535;SC=CTTGCACAGAAGACTGCAATT;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=5969260;WS=5969242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	5969292	rs6446420	C	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=39;PP=1088;SC=CCCCTCCCCGCAAAAAACCGC;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	5969303	rs6446421	T	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=818;SC=AAAAAACCGCTTTCTGTGTAG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	5969364	rs6446422	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=261;SC=CTCTCCAGGATGCTCAAAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=5969372;WS=5969354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	5975378	rs4516655	G	A	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2572;ReadPosRankSum=0.180;SC=CCATCTCTGGGACTCTACCTC;SOR=0.496;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=281;TCF=155;TCR=126;TR=168;WE=5975386;WS=5975368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,178:0.60:295
chr4	5975538	rs16837960	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=1252;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TTCCTCTCCCGGCACTTCCGG;SOR=1.044;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=43;WE=5975555;WS=5975528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr4	5975547	rs115926780	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=2426;ReadPosRankSum=1.082;SC=CGGCACTTCCGGACGAGGGAA;SOR=0.361;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=57;WE=5975555;WS=5975528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr4	5977566	rs4689289	C	A	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=31;PP=1876;SC=AACAGGAAAACTACTAAACTC;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=100;WE=5977574;WS=5977556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	5981849	rs68010642	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=1.073;SC=CAAAACGCCCCGGGGTGTGGG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=8;WE=5981857;WS=5981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	5982108	rs6821688	T	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	5982135	rs6838551	G	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr4	5982158	rs58696068	GT	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr4	5990110	rs4689287	C	A	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=78;PP=2664;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GAGCTTGCCCCTGAGCCACAG;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=283;TCF=156;TCR=127;TR=168;WE=5990118;WS=5990100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,178:0.58:305
chr4	5990339	rs6845455	G	A	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=63;PP=2965;SC=ACAGGCTCTTGAAAGCAGCTG;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=155;WE=5990347;WS=5990329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	5990599	rs751240	T	C	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=105;PP=2965;SC=CCGAGATCAGTGTCTGGAGCT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=110;TCR=105;TR=215;WE=5990607;WS=5990589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	5990791	rs2016083	A	G	8236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=125;PP=2965;SC=GTAAATATTGATCCAGTTCTT;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=150;TCR=125;TR=275;WE=5990799;WS=5990781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr4	5991084	rs2003982	T	G	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=2309;ReadPosRankSum=2.109;SC=TGAGGCAGTGTCCCTGGGTTA;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=103;WE=5991092;WS=5991074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,105:0.72:145
chr4	5991384	rs4234711	T	C	8667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=155;PP=2965;SC=GCACACCTGTTGTGTCCTTTG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=153;TCR=155;TR=308;WE=5991392;WS=5991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr4	5991476	rs4266238	G	A	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=127;PP=2965;SC=TGGCAAACCTGTCTCTCCTGC;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=76;TCR=127;TR=203;WE=5991484;WS=5991466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	6031632	rs10461053	T	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=280;SC=GGCAGCCTGATGAGCTCTGAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=6031640;WS=6031622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	6087371	rs73196084	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=0.568;SC=AAAGGAGAAAGAATAAGCAGT;SOR=1.199;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=23;WE=6087379;WS=6087361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr4	6107765	rs10000296	T	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=321;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GGGTCACAGCTGGGGGAGCTG;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=18;WE=6107773;WS=6107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr4	6114420	rs1543965	GCC	TAA	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=5.349;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.146;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,76:0.24:313
chr4	6279047	rs10937714	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=515;SC=TACTGAGTGTCAGCGAGATCC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=6279055;WS=6279037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	6291003	rs4689394	C	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=11;PP=294;SC=TGGTGGCCTTCTCATTTTAGA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=6291011;WS=6290993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	6292751	.	G	GTGGCAGGGGCA	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=24;MQ=61.31;NF=12;NR=1;PP=2957;QD=20;SC=GAGAGTGGGCGTGGCGCGATG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr4	6292755	rs55640037	C	CAGGGGCATG	1369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=52.68;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	6292758	.	G	A	634	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=24;MQ=60.95;NF=24;NR=1;PP=634;QD=26.7508485019;SC=GGCGTGGCGCGATGTCCTCTT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	6292758	rs56102017	G	GCA	1369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.95;QD=42.80;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	6292799	rs5018647	A	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=99;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1108;SC=CTTCCCTGGTAACCAAGTCCT;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=6292807;WS=6292789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	6292818	rs5018648	C	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=22;PP=1624;SC=CTGACACCTTCTATGAGTCTC;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=77;WE=6292826;WS=6292808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	6292909	rs9998519	C	T	11562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=44.64;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr4	6292915	rs10010131	A	G	11914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=43.17;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr4	6293446	rs13101355	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=236;SC=CGCTACGTGGTGCTGAGTCCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=6293454;WS=6293436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	6293474	rs13147655	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=418;SC=TACTGGAGGTACAGAGGTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=6293482;WS=6293464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	6293696	rs1801213	C	G	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=70;PP=2507;SC=AGCAGAGGCGCATGCTGGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=141;WE=6293704;WS=6293686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	6302519	rs1801212	G	A	14109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CTTCTTCATCGTCAGCAACCT;SOR=0.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=489;TCF=254;TCR=235;TR=487;WE=6302527;WS=6302509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,518:1.00:519
chr4	6302707	rs1801206	C	T	13536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=249;NR=240;PP=2965;SC=AGGCCGAGGTCAACTTCGGCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=489;TCF=249;TCR=240;TR=489;WE=6302715;WS=6302697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr4	6303022	rs1801214	C	T	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=142;PP=2965;SC=TCGTCCTCAACGTCAGCGTCC;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=166;TCR=142;TR=308;WE=6303030;WS=6303012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr4	6303354	rs734312	G	A	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=102;PP=2965;SC=CTGCTGTTGCGCTGGTGGACC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=235;WE=6303362;WS=6303344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	6303955	rs1046314	G	A	6918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=118;PP=2965;SC=GCGAGTTCAAGAGCGTGCTGC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=106;TCR=118;TR=224;WE=6303963;WS=6303945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	6304087	rs1046316	A	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=81;PP=2778;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CCCAGCTCTCACCCACCAGGC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=145;WE=6304095;WS=6304077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr4	6304242	rs1046317	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=23;PP=667;SC=CCATGAGGCCTTTCCCCAGTG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=6304250;WS=6304232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	6325018	rs3796402	A	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=10;PP=1117;SC=GGGGCCGGGAACTGCACATAC;SOR=2.080;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=6325026;WS=6325008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	6325086	rs3796403	G	A	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=44;PP=2453;SC=TGGTGGCGGCGATGGCAATGA;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=131;WE=6325094;WS=6325076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	6335186	rs4689405	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=10;PP=913;SC=ACCTACATACCGGGCATATGA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=6335194;WS=6335176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	6374189	rs6837903	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=2.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	6374230	rs35520578	C	CA	4926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=33;PP=2971;SC=AGGCACTGGCCAGGCCACAGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=85;WE=6374238;WS=6374220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	6377530	rs4688997	C	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	6377534	rs4688998	A	G	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	6377713	rs4234738	G	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=23;PP=747;SC=CCGGATGGAAGAGAAGATCCA;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=6377721;WS=6377703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	6415558	rs4689437	CC	AG	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=30;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TGCCGGGGCTCCCACTCAGGG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=109;WE=6415567;WS=6415548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr4	6415585	rs10213664	T	C	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AGCTCCACGATGGGGACCCTC;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=120;TCR=70;TR=188;WE=6415593;WS=6415575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr4	6415618	rs4689000	G	A	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=ATGCCCCACAGCCCCTGCTCA;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=155;TCR=109;TR=260;WE=6415626;WS=6415608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr4	6415803	rs71599889	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	6536979	rs13141184	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=28;PP=1554;SC=CTGCCCGGCTGTGAGAACGGG;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=6536987;WS=6536969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	6594827	rs10937747	A	G	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1641;ReadPosRankSum=0.099;SC=CTGGGAGAACATGGCACTTGG;SOR=0.458;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=161;TCF=105;TCR=56;TR=114;WE=6594835;WS=6594817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,123:0.70:175
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chr4	6600012	rs2301790	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2755;SC=GATGCTGGGCATGCGCAAGCT;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=6600020;WS=6600002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	6602255	rs2301789	A	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1209;SC=CATCTCACCTACCTCAGTTTC;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=54;WE=6602263;WS=6602245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	6602516	rs12639813	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=24;PP=681;SC=GAGGGGCCTTAGCTGCTTGCT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=6602524;WS=6602506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	6606864	rs2301788	A	G	10351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=199;PP=2965;SC=CGGCACTACAACATCAGACCC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=164;TCR=201;TR=363;WE=6606872;WS=6606854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr4	6610775	rs56332079	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=0.009;SC=CTTGCCAGCCGGTGTCTGTAA;SOR=0.357;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=20;WE=6610783;WS=6610765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr4	6611813	rs4689487	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=92;PP=2233;SC=ACGCTCCCAATGGCGCCTTTC;SOR=2.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=22;TCR=92;TR=114;WE=6611821;WS=6611803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	6612537	rs112262212	C	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=34;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.833;SC=GCTGGGGTGGCCAGAGGGTGA;SOR=0.538;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=263;TCF=175;TCR=88;TR=93;WE=6612545;WS=6612527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,98:0.36:274
chr4	6619052	rs4689488	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=838;SC=TAGACCAGGGACATTGGGGTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=6619060;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	6619165	rs4689489	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=64;PP=2965;SC=TCTACCACCTATATGAAGTGG;SOR=1.249;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=175;WE=6619173;WS=6619155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	6619378	rs7698546	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TCTGGGTTTGTCAGGTATTAC;SOR=0.918;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=28;WE=6619386;WS=6619368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr4	6623032	rs4234768	G	T	9450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=178;PP=2965;SC=AGATGCCCCGGCCCCAGGGCT;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=155;TCR=179;TR=333;WE=6623040;WS=6623022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr4	6698500	rs113431497	C	CTGAGCCTGAA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=1;PP=1915;SC=GGCCCTGGCCCTGACAGCAAA;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=6698508;WS=6698492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	6698667	rs11734898	T	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=47;PP=1823;SC=AGGACCTGGATGCCAATGGAG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=6698675;WS=6698657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	6698706	rs11733989	A	C	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=55;PP=2039;SC=GTGAGTTCATAGTGTTCGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=6698714;WS=6698696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	6718775	rs3172604	G	T	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=170;SC=TGTCTTCCAAGTTTAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=6718783;WS=6718765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	6955922	rs4484301	C	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-1.126;SC=CCGAGTGCACCCATGGAGTTT;SOR=0.204;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=11;WE=6955930;WS=6955912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr4	6956086	rs56094305	C	T	4019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=83;PP=2586;ReadPosRankSum=1.806;SC=GCTTTCTTGCCTTTCTTGCTG;SOR=0.594;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=268;TCF=144;TCR=124;TR=170;WE=6956094;WS=6956076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,182:0.64:285
chr4	6956134	rs11732898	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,86:0.35:244
chr4	6968942	rs9291126	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=762;SC=CAGAGGAAAGCTGACTTGTTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=6968950;WS=6968932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	6996129	rs3892490	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CAGAAAAGGGGAGAAGAGTAA;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=19;WE=6996137;WS=6996119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr4	7002803	rs2301817	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=861;SC=TGGTTCGGGGCTAGGCACGCA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=7002811;WS=7002793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	7012338	rs55659111	G	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=857;ReadPosRankSum=1.345;SC=CGGTGACCCTGTGGCCACTGT;SOR=1.082;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=49;WE=7012346;WS=7012328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr4	7027041	rs6834102	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=891;SC=GCAAGTGGCGCGACTCAGGAA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=7027049;WS=7027031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	7032180	rs11546450	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=554;ReadPosRankSum=1.399;SC=CCCCTCTGTTGTTTCAGACTG;SOR=1.347;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=31;WE=7032188;WS=7032170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr4	7044357	rs871133	A	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;PP=1148;SC=CCTCAGCCCCAACCTCGGCCG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=7044365;WS=7044347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr4	7069901	rs3822269	T	C	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1028;ReadPosRankSum=0.505;SC=TCACCAATAATTGTGGGTCAC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=83;TCR=144;TR=76;WE=7069909;WS=7069891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,81:0.34:241
chr4	7312145	rs11942816	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
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chr4	7435194	rs12498567	G	A	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=68;PP=2720;ReadPosRankSum=-1.429;SC=GGGTCCTGGGGCCGTGGCAGG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=117;TCR=96;TR=150;WE=7435202;WS=7435184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,157:0.71:222
chr4	7435379	rs4689746	A	G	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=122;PP=2965;SC=TTGCTCTCCAAGTTGTGGGAG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=240;WE=7435387;WS=7435369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr4	7461769	rs12512664	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.173;NF=28;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=0.067;SC=CATTTAGGGTAACTGAGCTGC;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=46;WE=7461777;WS=7461759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,49:0.30:163
chr4	7461826	rs10655902	C	CCCA	7860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=64;PP=2970;SC=CCCAGCAGTCCCTCCCCCTGC;SOR=0.827;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=102;WE=7461834;WS=7461816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	7461915	rs12498272	T	A	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=96;PP=2965;SC=GCGTGCCAGCTAGTAGAATCC;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=174;WE=7461923;WS=7461905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	7462058	rs34961985	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGCACTAACCAGCCAACCCCA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=7462066;WS=7462048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr4	7655720	.	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=0.543;SC=ATCCCAGCATGAGCACAGCGC;SOR=0.382;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=19;WE=7655728;WS=7655710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr4	7655855	rs2285789	C	T	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1644;ReadPosRankSum=-1.543;SC=TTTTTCTGCCCTAAAGCTCTA;SOR=0.589;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=110;WE=7655863;WS=7655833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,115:0.60:192
chr4	7684641	rs4689820	C	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=522;SC=TCACATCACACACCATCCTTG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=7684649;WS=7684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	7684661	rs4689821	CT	AC	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=731;SC=GGCGTGGATGCTAGATATAAC;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=7684670;WS=7684651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	7691193	rs929264	G	C	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=53;PP=2365;ReadPosRankSum=2.101;SC=TGACAGTTGCGTCCTTTCTCT;SOR=1.116;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=205;TCF=123;TCR=82;TR=142;WE=7691201;WS=7691183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,142:0.69:205
chr4	7691419	rs2285785	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=773;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AGGCCATAGTATGTCCTTTAG;SOR=1.220;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=42;WE=7691427;WS=7691409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr4	7714490	rs4689833	T	C	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=101;PP=2965;SC=TCCGCTCCGATTGGGAGCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=198;WE=7714498;WS=7714480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	7714640	rs2285783	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=2.496;SC=CACAGGCCCACTCTGCCTGCC;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=9;WE=7714648;WS=7714630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr4	7717012	rs2285781	G	A	5679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.461;SC=ACTGTGCCCTGGGCCAGACCT;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=135;TCR=202;TR=234;WE=7717020;WS=7717002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,245:0.70:352
chr4	7725693	rs2285778	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=731;ReadPosRankSum=1.102;SC=AGGGAAGCCCCCGGGATTGCT;SOR=0.616;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=38;WE=7725701;WS=7725683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr4	7726847	rs2285777	A	G	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1248;ReadPosRankSum=-1.223;SC=ATGCCCTGATATCATCTAACC;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=306;TCF=169;TCR=137;TR=96;WE=7726855;WS=7726837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,98:0.30:325
chr4	7728472	rs2301746	C	T	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=41;PP=2662;SC=CTGCCTCACTCGGCCAGGCCC;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=131;WE=7728480;WS=7728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	7728658	rs2301745	C	T	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=98;PP=2965;SC=TCTGGCAGCACGGCCTCTGCA;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=186;WE=7728666;WS=7728648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	7730022	rs200900789	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=732;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACCCTGGAGCCGTCAGAGCCA;SOR=0.865;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=58;WE=7730030;WS=7730012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,59:0.37:160
chr4	7735215	rs2285775	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GAAGCCATGTCCCTGCAGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=27;WE=7735223;WS=7735205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr4	7737137	rs4689845	G	A	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=60;PP=1812;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TTTCATGTGTGCCCCCGTTCC;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=137;WE=7737145;WS=7737127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,146:0.64:229
chr4	7737269	rs11307451	TG	T	1570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.201;SC=AGAGCTGAACTGGAGAATCTG;SOR=0.943;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=32;WE=7737277;WS=7737259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr4	7737341	rs4689846	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=266;ReadPosRankSum=2.018;SC=AGGAGTCTGTGGGGCAAAGAA;SOR=3.116;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=7737349;WS=7737331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr4	7738775	rs75849760	G	A	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AAGCTGAGCCGCCCTTGCCTC;SOR=0.546;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=94;WE=7738783;WS=7738765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,96:0.64:150
chr4	7774510	.	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.119;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	7780582	rs41264705	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,35:0.24:144
chr4	7780663	.	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr4	7783163	rs28542374	G	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=52;PP=2310;SC=CAGACTGAGCGGAGGCAGGGT;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=123;WE=7783171;WS=7783153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	7802227	rs28406288	G	C	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AGGATGTTTAGAATCCAAACC;SOR=1.221;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=83;WE=7802235;WS=7802217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,86:0.62:138
chr4	7802292	rs11728778	G	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1069;ReadPosRankSum=0.355;SC=TCTTCAGGTCGGTCCTGTCCT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=78;WE=7802300;WS=7802282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,84:0.39:218
chr4	7817698	rs35907552	GT	G	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=8.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.981;QD=9.27;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr4	7820727	rs4447865	T	A	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=TTCTCAGAGATTGTTATCAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=7820735;WS=7820717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	7820795	rs35726835	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CAAGAGCAGCGCCCTTACCTT;SOR=0.354;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=12;WE=7820803;WS=7820785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr4	7844953	rs28669852	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=342;ReadPosRankSum=0.206;SC=AGATTTTGGCGTCCTTGACCA;SOR=0.441;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=30;WE=7844961;WS=7844943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr4	7940857	rs7695142	A	G	7705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=98;PP=2965;SC=GGTCCACGCAACAACCTATAG;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=169;TCR=99;TR=267;WE=7940865;WS=7940847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr4	7940903	rs7695170	A	G	16828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=180;PP=2965;SC=ATGCGGGGCCAAGAAAGAGCC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=197;TCR=182;TR=375;WE=7940923;WS=7940893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr4	7940915	rs7669645	C	T	17090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=187;PP=2965;SC=GAAAGAGCCCCCATCCAGAGT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=205;TCR=187;TR=391;WE=7940923;WS=7940893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr4	7941318	rs60272249	T	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=41;PP=1587;SC=CGCTCGGAGCTTCCACGCCCG;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=85;WE=7941326;WS=7941308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr4	7968953	rs28409515	G	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GTGGCCCTCAGCGTGCTCGGC;SOR=0.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=17;WE=7968961;WS=7968943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
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chr4	8000486	rs13108278	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=0.745;SC=CACCTCCTGCTGCTGGGTGGG;SOR=0.622;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=16;WE=8000494;WS=8000476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
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chr4	8006988	rs77249161	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr4	8009759	rs17180256	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=443;ReadPosRankSum=1.651;SC=TGCACATCACGGCTCCTTCTT;SOR=0.413;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=32;WE=8009767;WS=8009749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr4	8021592	rs13131680	A	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr4	8031471	rs2385904	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,60:0.31:195
chr4	8031590	rs11942146	T	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=2.027;SC=CATTTGGTGTTTGCCCTCCTG;SOR=0.223;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=26;WE=8031598;WS=8031580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr4	8062638	rs6853485	A	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
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chr4	8062830	rs16841624	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.460;SC=CCAGAAAGGTCGGCTGGGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=8;WE=8062838;WS=8062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr4	8062871	rs6853901	A	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GCATGCCCTGAGCACAGGTAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=8062879;WS=8062861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	8090028	rs11722016	C	T	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=95;PP=2965;SC=CAAGAGAGCTCGTTACCAGCC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=173;WE=8090036;WS=8090018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	8129382	rs13143332	A	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=45;PP=1130;ReadPosRankSum=0.109;SC=AGGATCGGGCAGGAGTGGACC;SOR=0.422;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=53;WE=8129390;WS=8129372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr4	8207083	rs2677605	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=30;PP=900;SC=CCAAGGCGCCAGTGAGAGGCG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=8207091;WS=8207073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	8207154	rs1298878	C	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=575;SC=ACCCCACCCGCCCCGTCCATC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=8207162;WS=8207144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	8211624	rs1712316	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=590;SC=TCCAAGAGTCCAACCCAGGGC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=8211632;WS=8211614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	8214636	rs1712287	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=14;PP=309;SC=TGTCTGAGACTGGGGACACAG;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=8214644;WS=8214626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	8216099	rs2291069	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=0.867;SC=GTCCCCCGCCGGGGCCACATC;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=8216107;WS=8216089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	8216391	rs1618403	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=0.019;SC=AGATTACAAACTGGTGCTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=30;WE=8216399;WS=8216381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr4	8221058	rs4696782	G	A	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=94;PP=2965;SC=GCTTTCTTCCGCAGCTGTGGG;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=142;TCR=94;TR=236;WE=8221066;WS=8221048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	8224414	rs113477900	T	TGTC	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=38.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	8227044	rs2279196	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=678;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CATTGGGTGCGGCTGTCACCC;SOR=0.391;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=34;WE=8227052;WS=8227034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr4	8228627	rs1678299	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
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chr4	8242466	rs1281103	A	G	8445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=121;PP=2965;SC=TGGCGCTGGCAGCCGCCGTGG;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=192;TCR=122;TR=312;WE=8242474;WS=8242456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr4	8242740	rs8153	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TGCCTCTCCTGGTGTCGCCGG;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=8242748;WS=8242730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	8284084	rs4696789	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=10;PP=1277;SC=GCCTCCTCCTTCTGCCCACTG;SOR=2.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=54;WE=8284092;WS=8284074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	8288521	rs7692567	G	A	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=88;PP=2762;SC=GTGGGTGGGCGTGGGTGGAGG;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=138;WE=8288529;WS=8288511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	8288581	rs7678398	A	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=988;SC=AGACGCCGGAACCCAGAGGCA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=8288589;WS=8288571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	8288612	rs7678420	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=551;SC=ACCTTCCATCAGCCAGGGGGA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=8288620;WS=8288602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	8293974	rs4235258	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=572;SC=TGGTTAGAGGCAGATCTGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=8293982;WS=8293964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	8294196	rs13130633	C	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=45;PP=1216;SC=TTTACACCAACAGTCGGGAGT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=8294204;WS=8294186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	8304038	rs4696797	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=3;PP=1497;SC=GCAGCTTTGCTGGACCGCAGG;SOR=4.332;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=58;WE=8304046;WS=8304031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	8304137	rs13144236	G	A	8464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=105;PP=2965;SC=CTGAGGGAGCGTGGTGGCTTT;SOR=1.423;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=191;TCR=105;TR=295;WE=8304145;WS=8304127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr4	8358361	rs3733532	G	A	6570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.654;SC=CAGGTGAGAGGAAGAAAGTGT;SOR=0.605;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=390;TCF=195;TCR=195;TR=261;WE=8358369;WS=8358351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,276:0.68:408
chr4	8368604	rs708244	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr4	8368869	rs827000	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=334;ReadPosRankSum=0.601;SC=GATTCCTAGACGGCTGAGTGT;SOR=0.216;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=27;WE=8368877;WS=8368859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr4	8368932	rs827001	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	8368944	rs12646666	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr4	8368949	rs827002	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	8376402	rs7700122	T	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=1.195;SC=TGGGACCTAGTGGGTGGGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=17;WE=8376410;WS=8376392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr4	8415982	rs2245515	C	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=2;PP=550;SC=GTCTCATATGCTCCAAACTCA;SOR=3.014;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=8415990;WS=8415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	8451656	.	A	ATTTTCTTTTC	226.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	8454639	rs1880024	A	G	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=69;PP=2625;SC=GGCTGAGAGGAGACTAACTGC;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=139;WE=8454647;WS=8454629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	8473050	rs2631768	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=715;SC=AGCAAGTTCCGCGGTGCCCCA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=8473058;WS=8473040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	8582742	rs17844776	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=529;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TGGCGGGTCTCCTGGTGATGG;SOR=0.890;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=35;WE=8582750;WS=8582732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr4	8582856	rs17844777	T	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGAATCTGTCTCTGGGCCACC;SOR=0.842;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=81;WE=8582864;WS=8582846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,88:0.73:121
chr4	8583042	.	A	G	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=1817;ReadPosRankSum=0.640;SC=TGGGCTTCCCACTGCGCTACG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=107;WE=8583050;WS=8583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,109:0.65:168
chr4	8583209	rs115973873	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=610;ReadPosRankSum=0.118;SC=CCTGAGCGTCCGCGCTTCGCA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=41;WE=8583217;WS=8583199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr4	8583312	rs17844778	A	C	4217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=93;PP=2922;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGGCACGCAGACACTGCCAGC;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=173;WE=8583320;WS=8583302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,181:0.66:274
chr4	8583475	rs4696848	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=-0.417;SC=ACCGTTACTCCGCCCAGAGTT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=21;WE=8583483;WS=8583465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr4	8584448	rs6824455	T	C	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=115;PP=2965;SC=CCTCTGAGGTTTCCCAGCAAG;SOR=2.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=39;TCR=115;TR=154;WE=8584456;WS=8584438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	8584472	rs9992205	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.069;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
chr4	8584493	rs6857501	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1161;ReadPosRankSum=2.237;SC=GAGGACCCTCCTCCACACCTG;SOR=0.069;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=56;WE=8584501;WS=8584483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr4	8584511	rs6857510	C	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=873;ReadPosRankSum=1.512;SC=CTGACGGGCTCAGGGCTGTGC;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=38;WE=8584519;WS=8584501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr4	8594574	rs2302583	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=18;PP=1085;SC=CCGCCCCCGCTGCCGCTGCTG;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=8594582;WS=8594564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	8594683	rs2302582	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,54:0.31:174
chr4	8594815	rs4411969	T	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1188;SC=GGACTGGTAGTGTGACCTCTC;SOR=2.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=8594823;WS=8594805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	8602793	rs4299567	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	8602798	rs2241069	G	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	8602816	rs4594711	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=801;SC=GGGCCACTGCAGGAGGGACTG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=8602824;WS=8602806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	8602884	rs4301095	T	C	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=40;PP=2486;SC=GGACCTGCAGTGATGCCGCCT;SOR=1.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=94;TCR=40;TR=134;WE=8602892;WS=8602874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	8602935	rs4431213	A	G	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=AGCACCGGTCATGGGAGGTGG;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=226;WE=8602943;WS=8602925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr4	8605933	rs41266531	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=1.905;SC=CCCTTGGGAGAGCCTGGCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=13;WE=8605941;WS=8605923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr4	8607587	rs4696703	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=1;PP=1052;SC=ATATACAGAGGTTCTTGAGTC;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=8607595;WS=8607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	8608634	rs2302580	C	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=50;PP=1294;ReadPosRankSum=0.678;SC=AGGTAGGAGCCGCCGCTGCCC;SOR=1.447;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=65;WE=8608642;WS=8608624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr4	8608934	rs2302579	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=549;SC=AAGCCCAGGGCATGGCTGCGG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=8608942;WS=8608924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	8608979	rs2302578	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=868;ReadPosRankSum=0.243;SC=GGGCGGCCTCGTCTGTCCTGG;SOR=2.086;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=47;WE=8608987;WS=8608969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr4	8609195	rs12643627	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=825;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GAGACAGTGTGCGCGGTCCCC;SOR=1.058;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=64;WE=8609205;WS=8609185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,62:0.37:169
chr4	8612734	rs201465210	CTCACTCAT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr4	8613912	rs145520245	C	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr4	8613917	rs12511563	C	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.89;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	8613917	.	CG	GG,GT	57	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=12;MQ=59.71;NF=4,3;NR=9,5;PP=46,57;QD=6.21317019594;SC=CGGGACTGGGCGGGGGGTGGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13,8;WE=8613926;WS=8613907;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.93:14
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chr4	8620153	rs12650877	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1045;ReadPosRankSum=0.351;SC=TTGGTCTCTTCAGGTGCACCG;SOR=0.868;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=288;TCF=171;TCR=117;TR=87;WE=8620161;WS=8620143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,88:0.30:294
chr4	8620325	rs4696872	A	G	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=73;PP=2146;SC=GGCAGCCGGCACCCTCAGGCA;SOR=2.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=91;WE=8620333;WS=8620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	8620873	rs13132404	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.210;SC=AGAGGCAAGTGCACATTTGGC;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=8620881;WS=8620863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	8621194	rs28514374	A	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=119;PP=2965;SC=CCCACGACCCACTGGGAGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=214;WE=8621202;WS=8621184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	8621386	rs1050464	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=1.521;SC=ACCGAGGCCCATCTCCGCATC;SOR=0.051;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=20;WE=8621394;WS=8621376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr4	8869347	rs182509379	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=2.012;SC=CCCCTGAGCCCTGCGCCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=8869355;WS=8869337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr4	8869587	rs13303225	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=530;SC=CAGCGGCGGCTGCGGCCGGGG;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=8869595;WS=8869577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8872977	rs61745347	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=2.452;SC=CCATAGCCACCGTGCGCCCGT;SOR=0.754;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=24;WE=8872985;WS=8872967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr4	9370690	rs10032245	G	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQRankSum=-0.695;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.846;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr4	9370897	rs6857841	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AATATCAGTGCCTAGTGCCTA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=9370916;WS=9370887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	9370908	rs11938651	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=650;ReadPosRankSum=1.042;SC=CTAGTGCCTACCCCCCAAAGA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=9370916;WS=9370887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	9784631	rs6283	C	T	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.236;NF=59;NR=37;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GTGGACACCCCGAAGGCCCTC;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=96;WE=9784639;WS=9784621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,100:0.71:140
chr4	9785134	rs1967551	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.596;NF=2;NR=15;PP=425;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CGCACAGACATTGACAAGCAC;SOR=0.337;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=17;WE=9785142;WS=9785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr4	9889448	rs6818572	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.268;SC=CACTCCATCTGCTTATTTTAT;SOR=2.930;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=8;WE=9889456;WS=9889438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr4	9892102	rs10939602	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGATGAGATGTCCCCGGGGAG;SOR=0.606;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=8;WE=9892110;WS=9892092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr4	9892311	rs121908321	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=994;ReadPosRankSum=-0.593;SC=AGGGGTCTCCGTCCCAGGTGC;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=73;WE=9892319;WS=9892301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr4	9909923	rs2280205	G	A	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1339;ReadPosRankSum=0.710;SC=GATCTTTGCCGGAGGGATCCC;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=82;WE=9909931;WS=9909913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr4	9982191	rs13115193	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=454;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AGAGCAGATGCGGTTGACCAG;SOR=0.342;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=30;WE=9982199;WS=9982181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr4	9982330	rs13125646	A	G	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=128;PP=2965;SC=AGATCTCACTAAGGTACATGG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=269;WE=9982338;WS=9982320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr4	9987226	rs3733590	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CCCCAAACACTTCTCACATTT;SOR=0.124;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=9;WE=9987234;WS=9987216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
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chr4	9998440	rs10939650	C	T	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1589;ReadPosRankSum=-2.291;SC=TCACAATTAACGTCCCCACAA;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=101;WE=9998448;WS=9998430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,110:0.65:169
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chr4	10020757	rs2240722	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=543;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GGCCGAGGGAAGACCTGGAAC;SOR=0.370;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=36;WE=10020765;WS=10020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr4	10022839	rs2276963	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACTGTCACACGGCTGCCACCC;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=10022847;WS=10022829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	10022981	rs2276961	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr4	10084616	rs149455738	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=1.051;SC=GAGGCTCATCCGGAACCCCCG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=10084624;WS=10084606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr4	10085249	rs147709942	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr4	10085949	rs2241473	G	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=869;SC=TCAGAAGAGCGTGTGGCTGTG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=10085957;WS=10085939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	10086015	rs2241474	T	C	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr4	10086188	rs2241475	T	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=37;PP=1114;SC=GGTAAGCTGATGACACACTGC;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=10086196;WS=10086178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	10089539	rs41268387	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.074;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr4	10089865	rs734122	G	A	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=147;SC=GGACTGACACGTGGACTCGGC;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=10089873;WS=10089855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	10090178	rs4235349	T	C	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=87;PP=2965;SC=GGGAGGGCGATGTCTAAGTTC;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=204;WE=10090186;WS=10090168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	10094698	rs3822246	G	A	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=82;PP=2641;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AAGCACTGAGGTCATAATTAA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=140;TCR=118;TR=177;WE=10094706;WS=10094688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,187:0.68:277
chr4	10094783	rs3822245	T	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=104;PP=2965;SC=AGCACACACATGCTCACTACC;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=81;TCR=104;TR=185;WE=10094791;WS=10094773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	10099277	rs41268389	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=1.700;SC=AACAGGCTCAGCCTCTGCTAG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=10099285;WS=10099267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr4	10099340	rs13441	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=1045;SC=CTTACGCCAATTGTGAACTTG;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=10099348;WS=10099330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	10100801	rs2241484	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=223;SC=GGGGAGGCGGTGGTGGGGTAA;SOR=3.056;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=10100820;WS=10100791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	10100812	.	A	G	139	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=59.01;NF=1;NR=6;PP=139;QD=24.8244589353;SC=GGTGGGGTAAAGGGCAGGGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=10100820;WS=10100791;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr4	10105739	rs3756224	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GTGAAGAAAACCGCAGAAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=11;WE=10105747;WS=10105729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	10444650	rs3217	C	T	584.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=466;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GTCTGTATTTCTTCTACTGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=18;WE=10444658;WS=10444644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr4	10446385	rs9291410	C	T	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=75;PP=2926;SC=CTGCTGTGAGCTACTGTGTAA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=156;WE=10446393;WS=10446375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	10446906	rs10016022	A	G	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=140;PP=2965;SC=CAACCTTCACATCTATCAACT;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=101;TCR=140;TR=241;WE=10446914;WS=10446896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	10447985	rs35177766	AT	A	2141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.966;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=47;PP=1846;ReadPosRankSum=0.077;SC=GCCAACTAAAATTCAGAAAGT;SOR=1.409;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=50;WE=10447993;WS=10447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr4	10502937	rs2903960	T	G	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=46;PP=2965;SC=CCAGGAAGCGTATTTTTACAT;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=144;WE=10502945;WS=10502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	10509699	rs2868941	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=60;PP=1572;SC=TTAGGGTCAATGGGAAGTATG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=10509707;WS=10509689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	10525711	rs148908322	A	AGAG	315.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.567;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr4	10527342	rs2108878	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=7;PP=821;SC=TCTTGAGCCTCATTATTGGGC;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=10527350;WS=10527332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	10542058	rs1962796	C	G	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,108:0.63:172
chr4	10669522	rs13136927	A	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.982;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GGTAAGAGGGATCTTCAATTC;SOR=0.621;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=81;WE=10669530;WS=10669512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,82:0.69:118
chr4	11370592	rs6448674	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=58.44;NF=5;NR=1;PP=79;SC=GCTCTCCCGCTGGGCCGGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=11370600;WS=11370582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	13548796	rs2080023	T	G	6945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=124;PP=2965;SC=GAGGTGGTTGTATGCCCAGAG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=248;WE=13548804;WS=13548786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr4	13571901	rs7661090	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GGAGCTACCTCGCGAAGAGCT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=13571909;WS=13571891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr4	13578405	rs2052159	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=1;PP=211;SC=ACCCAGAGCAATTTTCAGATG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=13578413;WS=13578395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	13578682	rs7695814	A	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AGAGAGAGTCATGGAGTTTAG;SOR=0.476;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=30;WE=13578690;WS=13578672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr4	13590438	rs142952587	G	GA	160.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATACAAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=13590446;WS=13590428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	13593336	rs758975	A	G	178.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=123;SC=AAAGTTCTTTATCAGTGGGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=13593344;WS=13593326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	13629437	rs34798341	G	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=20;PP=1249;SC=AGTTTCGACCGTCGCCGGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=13629445;WS=13629427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	13629682	rs13435267	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr4	15004655	rs7435318	G	A	6853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.345;SC=GAAACTCCCCGACCACCACCC;SOR=0.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=427;TCF=192;TCR=235;TR=284;WE=15004663;WS=15004645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,296:0.67:442
chr4	15005604	rs112476821	G	A	4470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=65;PP=2857;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GGCTCGCTCAGCGCCATGCCG;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=176;TCR=95;TR=189;WE=15005612;WS=15005594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,198:0.70:283
chr4	15009232	rs1874207	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=0.818;SC=ATGTAAATGACCTTATCTCTA;SOR=3.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=22;WE=15009240;WS=15009222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr4	15059987	rs987399	AA	GG	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=459;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATAGTACTGAAATTTGGAGTA;SOR=2.336;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=15059996;WS=15059977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr4	15443685	rs13108125	T	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=345;SC=CACTGTTAAATGTTGCCTGAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=15443693;WS=15443675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	15480225	rs9993580	A	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=198;SC=ACTGTCCCCCAACTCACACTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=15480233;WS=15480215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	15482477	rs10000250	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=45;PP=1606;SC=CCATTCAGCTACTGCTTGTTA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=15482485;WS=15482467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	15482809	rs6810461	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=844;SC=TTCTTGCTCTGTTCACTCACA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=15482817;WS=15482799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	15513147	rs1058412	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=594;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AACCTGCCACCACCAGGAGAA;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=15513155;WS=15513137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr4	15530124	rs4698395	C	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=7;PP=887;SC=GATGCTTGAACATCCGTTCCA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=15530132;WS=15530114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	15538744	rs1558572	T	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=1010;SC=GGCCAGGAAGTGTCTGGGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=15538752;WS=15538734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	15539498	rs1861044	A	G	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=CCTGTTTGATATCATGTTGCC;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=15539506;WS=15539488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	15568992	rs13121363	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=877;ReadPosRankSum=-0.784;SC=ATACATTTTCTCTCCTAGCAA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=57;WE=15569000;WS=15568982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr4	15569018	rs73125627	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=594;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGCAGCCGTCGAGGTCTTCAA;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=47;WE=15569026;WS=15569008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,52:0.38:138
chr4	15569146	rs13116304	A	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1137;ReadPosRankSum=2.390;SC=TTGCCCCTTAAGTTTTTAAGA;SOR=1.003;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=77;WE=15569154;WS=15569136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr4	15575718	rs4280723	C	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.712;SC=ACTTGCCTCTCAACTTCTGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=15575726;WS=15575708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	15575751	rs4280724	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-2.011;SC=AGGATGTTTACCAAGTCATAT;SOR=0.136;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=15575759;WS=15575741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr4	15587897	rs6832789	A	T	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=97;PP=2851;SC=ACAGATTTAGAAACTTGAGCT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=146;WE=15587905;WS=15587887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	15589345	rs28419165	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=0.132;SC=CACTTCAAGACACTAACCTCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=15589353;WS=15589335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	15602773	rs80080596	C	CTTA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=505;SC=ATCCAGAACACTTATCTTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=15602781;WS=15602763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	15603069	rs1134634	G	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=0.407;SC=TGTACTTTCTGTATCATGTAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=15603077;WS=15603059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	15657036	rs184805452	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.998;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr4	15689928	rs4235380	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.639;NF=7;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AATGAACTGAGTTTAAAACTA;SOR=1.271;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=18;WE=15689936;WS=15689918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr4	15690233	rs6449160	C	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=38;PP=1915;SC=TGCTTTTCGACACCCTGAATC;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=15690241;WS=15690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	15717321	rs3213710	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=659;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TTCAAGAAATGTTTCTCAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=43;WE=15717329;WS=15717311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr4	15733234	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.461;SC=GGTGTCACGGGAGACTTTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=7;WE=15733242;WS=15733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr4	15737559	rs33936701	GA	G	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CTCTTTACTTGAAAAAAATCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=15737567;WS=15737554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	15737722	rs28641514	C	T	5395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.10;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,137:0.71:192
chr4	15737732	rs28404156	G	A	5498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,140:0.71:197
chr4	15737882	rs4698413	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=985;ReadPosRankSum=1.137;SC=CTGAGTGCATCGTCCTCTTGC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=32;WE=15737898;WS=15737872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
chr4	15737890	rs4613561	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=2432;ReadPosRankSum=-0.477;SC=ATCGTCCTCTTGCTCAAAATC;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=71;WE=15737898;WS=15737872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr4	15739276	rs12646913	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=575;ReadPosRankSum=0.589;SC=ACCCCTGAGCACAAGGACTGG;SOR=1.350;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=38;WE=15739284;WS=15739266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr4	15739390	rs4263397	T	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1427;ReadPosRankSum=1.663;SC=GGTAACAAGGTACTTTCTGAA;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=90;WE=15739398;WS=15739380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr4	15739488	rs4283655	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.75;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	15739488	.	AAGGAAGCCGA	GAGGAAGCCGA,GAGGAAGCCGG	483	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=19,4;NR=46,21;PP=483,451;QD=7.96571096226;SC=CTCCCACAGCAAGGAAGCCGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65,25;WE=15739506;WS=15739478;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:65
chr4	15739498	rs997250	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr4	15780358	rs11574921	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=226;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCCCGGAACCGGGCATCTTCC;SOR=0.293;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=19;WE=15780366;WS=15780348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr4	15849986	rs3796863	G	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr4	15937731	rs2072313	T	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=71;PP=2965;SC=TCTCTTTGCCTTTGATGTGCT;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=161;WE=15937739;WS=15937721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	15964485	rs758329	G	A	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=55;PP=2551;SC=TTCCAGTAAGGTTTGGGGTCA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=126;WE=15964493;WS=15964475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	15964573	rs758328	A	G	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=82;PP=2965;SC=GGCAGTCGACACGAAGCCAGA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=200;WE=15964581;WS=15964563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	15977572	rs11734657	T	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=317;SC=ACCCTTGGAGTTCTACTATAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=15977580;WS=15977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	15977603	.	G	GA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=0.517;SC=ATAGAAAGTAGAAAAAAATTC;SOR=0.289;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=10;WE=15977611;WS=15977593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr4	15981874	rs73230219	A	C	74.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	15981885	rs3841512	G	GA	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	15982166	rs6449209	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=1.346;SC=AAATTCTAGGAAAAAAAAATC;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=18;WE=15982174;WS=15982156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr4	15985975	rs202029748	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=447;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ACTTTCTCACTGATCTAGGGG;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=43;WE=15985983;WS=15985965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr4	15986042	rs7675574	G	A	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=50;PP=1424;SC=GGAATGAGACGTGCCATTTAC;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=15986050;WS=15986032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	15986113	rs7659341	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=403;SC=CCCCAACTCCTGGGTCACAGA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=15986121;WS=15986103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	15987509	.	T	TTTAAG	409.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	15987512	.	T	TGCTTATTTAATCTGTATTAAATATTTAATACAGATAA	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=87.43;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	15989191	rs2191004	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=490;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CTTTTTTTTTCAACTTAAAGT;SOR=0.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=40;WE=15989199;WS=15989180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr4	15991275	rs2240685	G	A	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=33;PP=1981;SC=AGCATGTGTCGTGAGGCTAAA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=99;WE=15991283;WS=15991265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	15994019	rs55708318	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=716;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGTATGCTGCGAAAAAAGGAA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=45;WE=15994027;WS=15994009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr4	16002050	rs6449212	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=599;SC=CTTAAAGTAATGCACAATATA;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=16002058;WS=16002040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	16017898	rs2286458	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AAGACAAGGTTGTTACCTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=7;WE=16017906;WS=16017888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	16020162	rs2286455	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.873;SC=TCTCCTTGATCGCTATGGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=16020170;WS=16020152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	16024885	rs2013854	A	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=968;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AAGAGTGAGCAAGCCTGCCAA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=65;WE=16024893;WS=16024875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr4	16025853	rs16892822	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=537;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTCTTAGTCCATGTTTTATGG;SOR=0.970;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=37;WE=16025861;WS=16025843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr4	16168512	rs11724423	C	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GGTGGGGGGGCATGGGACGGT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=16168520;WS=16168502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr4	16189991	rs75841626	A	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr4	16190073	rs28645901	T	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.453;SC=AGATCTGTGTTTTAAATCCTA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=16190081;WS=16190063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	16192413	rs7666361	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=822;SC=GATTTTCATACGCTGAATGCT;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=16192421;WS=16192403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	16198378	rs10939652	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AAGAGAGAAGATTGTAATGTT;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=21;WE=16198386;WS=16198368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr4	16198439	rs10939653	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr4	16215537	rs12651110	T	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=744;ReadPosRankSum=0.158;SC=GAAAAGAAAATGACAGAAAAC;SOR=0.783;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=50;WE=16215545;WS=16215527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,54:0.35:156
chr4	16227781	rs3749543	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=128;SC=AGGCAACGGCAGCCGCGCGGC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=16227789;WS=16227771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	16227823	rs3749544	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=0.876;SC=CGCCCCCGCCGCCCTCGGTCC;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=11;WE=16227831;WS=16227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	16228538	rs13136055	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr4	16228800	.	G	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr4	16510131	rs9993371	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	16513748	rs6824949	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTCAAAGACATTGGCATTTCA;SOR=1.049;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=15;WE=16513756;WS=16513738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr4	16597280	rs1506462	T	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=133;SC=TCTTTAATGCTCTCAGAGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=16597288;WS=16597270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	16753863	rs283027	A	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCAGTGAACAAGATACAGAGC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=16753871;WS=16753853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	17489003	rs2597767	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.122;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr4	17492145	rs731437	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGATGTGCAATGCATCCTCAG;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=15;WE=17492153;WS=17492135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr4	17494054	rs2597772	A	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=61;PP=1871;SC=TCTATTCCCTAAAAACTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=82;WE=17494062;WS=17494044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr4	17503544	rs2597776	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=186;ReadPosRankSum=1.637;SC=GTGAGCTCAACTCATGCAGCC;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=20;WE=17503552;WS=17503534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr4	17511127	rs3733574	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.992;SC=TGTGGGAGGATCTCTTGAGGC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=17511135;WS=17511117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	17511595	rs10020171	A	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
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chr4	17511754	rs41268393	G	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=114;SC=ACCTGAAAATGTAAAACTATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=17511762;WS=17511744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	17513458	rs2244804	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.587;NF=22;NR=5;PP=419;ReadPosRankSum=1.139;SC=AAGCAACACGAGTCAGGGGGT;SOR=1.035;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=27;WE=17513466;WS=17513448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr4	17513498	rs3217604	GC	G	2873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.523;NF=36;NR=42;PP=2065;ReadPosRankSum=1.824;SC=CCTCTAGACTGCCCCCCGCCG;SOR=0.985;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=78;WE=17513506;WS=17513488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,108:0.64:169
chr4	17513724	rs2244788	G	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=170;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GCCTCGAGCCGGAGCGCCGCG;SOR=0.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=17;WE=17513732;WS=17513714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr4	17513757	rs67496406	CG	C	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=292;ReadPosRankSum=0.220;SC=CGGCCAACCCCGCCAAGAGGG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=9;WE=17513765;WS=17513747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	17517099	rs1551091	A	G	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=82;PP=2817;SC=GAGGGTGTAAAGTGCGGCAGT;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=17517107;WS=17517089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	17517242	rs28382333	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GCTGCCTCAACGTCAGGCATA;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=17517250;WS=17517232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	17581617	rs10939736	T	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=951;ReadPosRankSum=1.743;SC=CGAAACAGTATTTTTTCTTTC;SOR=0.405;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=61;WE=17581625;WS=17581607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr4	17581643	rs35153429	CAG	C	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1256;ReadPosRankSum=1.833;SC=TTTTTTGAAACAGAGTCTTGC;SOR=0.490;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=29;WE=17581652;WS=17581633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr4	17583200	rs5856433	TAA	T	130.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr4	17586703	rs3733576	T	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1147;ReadPosRankSum=1.792;SC=CCAGATTTGCTGAAATTATTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=83;WE=17586711;WS=17586693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr4	17590671	rs17499929	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.700;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr4	17590734	rs11737120	A	T	118.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCCAGGCTAGAGTGCAGTGGC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=17590742;WS=17590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	17599894	rs3775927	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGTGCTGGGGGATTATTAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=17599902;WS=17599891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	17608620	rs4698628	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=-1.762;SC=CAAAATAGCTATTTTCAATTT;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=22;WE=17608628;WS=17608610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	17608884	rs4698629	C	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=523;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TATTCTGAAACTGATATGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=21;WE=17608892;WS=17608874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr4	17634213	rs6825562	A	G	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=47;PP=1831;SC=TTTCTGCTGGACTTCTTTGGC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=17634221;WS=17634203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	17689974	rs4698646	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=367;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CAGCATGTGTTACTGGGGACA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=17689982;WS=17689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr4	17695206	rs3733581	C	G	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=664;SC=CACGTGTTAACGTCACAACAC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=17695214;WS=17695196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	17706928	rs13139898	T	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=460;SC=GTTTATACACTGTTTTTACAG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=17706936;WS=17706918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	17711076	rs3733583	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=51;PP=2041;SC=TCAGCCTCTTTTGCAGCTCCA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=17711084;WS=17711066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	17782705	rs35662238	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=558;ReadPosRankSum=1.463;SC=CGGGCCTCCCGGGAGGCGCAT;SOR=0.476;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=27;WE=17782713;WS=17782696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr4	17812615	rs2074974	A	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=0.270;SC=ATAGAAGACTACTCGGAGAGC;SOR=1.024;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=23;WE=17812623;WS=17812605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
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chr4	17844029	rs17585261	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,27:0.18:148
chr4	17875735	rs78581007	TCTC	T	2962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=1641;ReadPosRankSum=0.306;SC=ATCTTAAGTTTCTCCTTTTAG;SOR=0.735;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=141;TCF=26;TCR=115;TR=44;WE=17875745;WS=17875725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,83:0.34:243
chr4	17885296	rs139656197	A	AAC	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr4	20256804	rs813216	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.109;SC=GCCTCTTTGCCCCCGGGGTGT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=20256812;WS=20256794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	20482461	rs16869654	C	G	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1379;ReadPosRankSum=0.155;SC=TGTGTCTGGACAGGACTAATG;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=84;WE=20482469;WS=20482451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,88:0.62:142
chr4	20487975	rs76469534	C	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=287;ReadPosRankSum=0.132;SC=AAGCAAAGGACAGGACCACTG;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=20;WE=20487983;WS=20487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr4	20490710	rs543593	T	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=273;SC=TCACTAATGTTCAATTGTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=20490718;WS=20490700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	20492380	rs485909	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.961;SC=ACAGTTCGTTACTAACCACTT;SOR=0.593;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=14;WE=20492388;WS=20492370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr4	20520993	rs519813	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=733;SC=TCATTTAAAATATTTTTTTCA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=20521001;WS=20520983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	20526985	rs146437952	C	CAT	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=452;SC=TGATGTTAAACATATATTATT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=20526993;WS=20526975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	20533700	rs3215198	A	ATT	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=319;SC=CTTGTTAGCTATTTTTTTTAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=19;WE=20533708;WS=20533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	20535460	rs74466092	T	TTC	217.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=114;SC=CTCTTTCACATTCTCTGTTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=20535468;WS=20535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	20544184	rs7690492	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,62:0.25:250
chr4	20547838	rs2292439	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.510;SC=CAGTTAGATGCTTCCCTCCTT;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=20547846;WS=20547828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	20552624	rs55798019	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=1.459;SC=TCATAAGATGTAATTGGTTTC;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=29;WE=20552632;WS=20552614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr4	20620683	rs1379659	G	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=49;PP=1339;SC=CTTCTTGACCGTGTGGGACTA;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=20620691;WS=20620673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	20706067	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,12:0.17:71
chr4	20760683	rs17623902	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	20852166	rs3765121	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=1.468;SC=AAGTTCTTACATTCTTAAATC;SOR=1.545;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=14;WE=20852174;WS=20852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	20852244	rs3765122	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=2.195;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr4	21699106	.	CAAT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.583;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr4	21950259	rs6448102	A	G	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=112;NR=87;PP=2965;SC=ATTCATGTCTAGGGACGCAGG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=112;TCR=87;TR=199;WE=21950267;WS=21950249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	22390167	rs9002	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=943;ReadPosRankSum=-2.898;SC=TGGTGGACCACGAAGAACGCA;SOR=1.102;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=228;TCF=129;TCR=99;TR=74;WE=22390175;WS=22390157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,78:0.33:237
chr4	22416133	rs7658234	C	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=329;SC=AACAATTAACCATCTAAAAAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=22416141;WS=22416123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	22416195	rs13106386	C	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=730;SC=CTTCTAACCTCTCTTCTTCTA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=22416203;WS=22416185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	22439914	rs6823735	A	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	22444251	rs374500461	CA	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr4	22444692	rs10018144	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=27;PP=940;SC=AATTTCATAACCAGTTCTGAC;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=22444700;WS=22444682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	22457478	rs16872669	C	T	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=58;PP=1709;SC=GGACTTAGCCCTATGCAAGAA;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=22457486;WS=22457468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	22715639	rs1963996	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	22820504	rs358231	A	T	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=70;PP=2186;SC=CCAAGGAATAAGCCAAGATCA;SOR=1.089;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=126;WE=22820512;WS=22820494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	23815522	rs3755863	C	T	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;PP=2320;ReadPosRankSum=-1.981;SC=AATAGGATTGCGTGCCATCCC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=136;WE=23815530;WS=23815512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,142:0.65:217
chr4	23815662	rs8192678	C	T	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=84;PP=2559;ReadPosRankSum=0.256;SC=CTCAGTTCACCGGTCTTGTCT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=158;WE=23815670;WS=23815652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,164:0.69:237
chr4	23815924	rs2970847	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1019;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGAGTATTTCTGTTTTGGAAT;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=71;WE=23815932;WS=23815909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr4	24550431	rs35768649	T	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=364;ReadPosRankSum=0.079;SC=TTATATCTCATAAATCATTAT;SOR=0.301;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=21;WE=24550439;WS=24550421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr4	24801315	rs2536512	G	A	8166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=157;PP=2965;SC=CGACGACGGCGCGCTCCACGC;SOR=0.943;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=131;TCR=157;TR=288;WE=24801323;WS=24801305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	24801949	rs2695232	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=24;SC=AACAGACACCCTCCACTCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=24801957;WS=24801939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	24809884	rs1019229	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=373;SC=ACAGGATCAGTGCGTTTTCTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=24809892;WS=24809875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	24824076	.	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	25001439	rs7689760	T	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=676;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CCAGTGTGCTTCCTGAAGGCT;SOR=0.857;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=107;TCR=69;TR=53;WE=25001447;WS=25001429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,56:0.30:187
chr4	25001576	rs7665497	C	T	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,56:0.33:172
chr4	25001576	.	CTC	TTT	1801	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=24;NR=27;PP=1801;QD=36.3621151934;SC=CCTCAACATCCTCCCCATAGC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=51;WE=25001586;WS=25001566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:115,51:0.31:166
chr4	25001578	rs7665498	C	T	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,56:0.33:170
chr4	25001632	rs7690185	T	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=2.004;SC=TCCTCCTTAGTACAACAGAAA;SOR=0.503;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=34;WE=25001640;WS=25001622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr4	25001685	rs7670138	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-1.683;SC=TGGGGCCTTGAATGTAAAAAG;SOR=0.264;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=25001693;WS=25001675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr4	25005193	rs2232028	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCGCCTGCACGTAAATCTCCT;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=48;WE=25005201;WS=25005183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,51:0.31:162
chr4	25028592	rs73250693	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=460;ReadPosRankSum=0.129;SC=CCAATGGAGAGATGTAAAACT;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=26;WE=25028600;WS=25028582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr4	25236017	rs313549	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	25253995	rs313567	C	T	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1733;ReadPosRankSum=0.248;SC=CAGAATTTGCCGATATTATGC;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=118;TCR=92;TR=122;WE=25254003;WS=25253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,137:0.58:235
chr4	25270011	rs3115232	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GAAAAATGTAAGTCTAAATAA;SOR=2.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=25270019;WS=25270001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr4	25316886	rs316800	C	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr4	25353152	.	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GTTTTTCTACTGTAGCCTTCT;SOR=0.323;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=8;WE=25353160;WS=25353142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr4	25363901	rs315675	T	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=432;ReadPosRankSum=2.930;SC=CACTGTGAGCTCTGTAATTCT;SOR=0.495;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=44;WE=25363909;WS=25363891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr4	25366837	.	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GTGTTTTATACAGGATAATCC;SOR=1.008;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=21;WE=25366845;WS=25366827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr4	25370589	rs396393	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.317;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr4	25370589	.	CAA	TAG	180	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=180;QD=46.6935749724;SC=AATTAAACTTCAACATAATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=25370599;WS=25370579;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr4	25370591	rs414879	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	25370627	rs315690	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.498;SC=ATTCTGTGAAATAATTTAGCA;SOR=0.876;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=9;WE=25370635;WS=25370617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr4	25370962	rs315689	A	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=252;SC=CTCTGGAGACATGGGGAGTTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=25370970;WS=25370952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	25407356	rs3756202	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=509;ReadPosRankSum=0.142;SC=CAGGATGTAGACGTTAGATCC;SOR=0.233;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=41;WE=25407364;WS=25407346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr4	25674905	.	TCACA	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	25674911	.	G	GAGGGA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	25674913	rs62409436	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.21;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	25678199	rs6448389	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=630;ReadPosRankSum=1.261;SC=TTGCTGTGTGACTGCCCCAAG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=48;WE=25678207;WS=25678189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
chr4	25750261	rs3822215	C	G	42.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	25758580	rs4401441	G	A	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=46;PP=1399;SC=CAGTTTCTTAGGCTTTTTAAA;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=25758588;WS=25758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	25759077	.	AC	A	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=17;MQ=41.06;NF=4;NR=0;PP=104;QD=38.2577249675;SC=TTTCCAGTAGACCAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=25759085;WS=25759067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr4	25759109	.	CT	C	69	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9991;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=54.49;NF=3;NR=3;PP=69;QD=12.3333333333;SC=AAAATCCCTGCTTTTTTTTTT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=25759117;WS=25759099;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr4	25767133	rs6823220	A	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=799;SC=TGGCGCATTCACATGAATGCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=25767141;WS=25767123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	25767183	rs4697616	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=193;SC=ACATCTTTATGTTTCCCTGAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=25767191;WS=25767173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	25769135	rs2290577	T	C	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=45;PP=2965;SC=TGCACCGTTTTTCTATACATA;SOR=1.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=112;TCR=46;TR=157;WE=25769143;WS=25769125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	25769236	rs146637686	G	A	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.289;SC=CAGGTCCTAAGGGGTAAAGGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=148;TCR=135;TR=195;WE=25769244;WS=25769226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,203:0.68:298
chr4	25831678	rs35795408	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr4	25915826	rs6448414	G	A	5750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.669;SC=AGGCCCGGAAGCGAAAGCCTC;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=370;TCF=179;TCR=191;TR=256;WE=25915834;WS=25915816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,262:0.70:376
chr4	25915858	rs2305670	C	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,94:0.28:331
chr4	25930071	rs2309292	G	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=717;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TTGCCTTGGCGTGGAGAGTGG;SOR=0.431;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=140;TCF=54;TCR=86;TR=55;WE=25930079;WS=25930061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,56:0.41:138
chr4	26097298	rs139788486	GAAGGAAGGAAGGA	G	2444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.23;QD=42.89;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	26122858	rs6825116	G	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=215;SC=AAGCCAGTGGGCTGCCCTGCT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=26122866;WS=26122848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	26241366	rs200509512	G	GGGAGA	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.17;MQRankSum=4.040;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr4	26274274	rs7680528	T	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-2.443;SC=GCATTTTGTCTTCATTTTTTC;SOR=0.392;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=24;WE=26274282;WS=26274264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr4	26387959	rs56122711	AT	A	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr4	26407681	rs3109839	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TGTTTTTAAGATTTGCTTATT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=26407689;WS=26407671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	26407878	rs3113014	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGAAGTCATATGGAAATGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=26407886;WS=26407868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	26417136	rs2270226	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=0.378;SC=TTATGGGCAGTGGATGGAAGA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=26;WE=26417153;WS=26417126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr4	26431821	rs3214341	GA	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TTGATTTAAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=26431829;WS=26431811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	26491156	rs6850415	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=1055;ReadPosRankSum=0.780;SC=GATGACAGCAGAATGCTAAAA;SOR=1.288;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=54;WE=26491164;WS=26491146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr4	26491974	rs6448456	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GAAGCGTCTCGCAGATGCAAC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=26491982;WS=26491964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr4	26585881	rs4692549	C	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=1857;ReadPosRankSum=0.426;SC=TCAAGGGCTCCAATTTGTACT;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=111;TCR=110;TR=136;WE=26585889;WS=26585871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,140:0.61:229
chr4	26615982	rs260954	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=164;SC=TGTATGTTTACTTAAAAACTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=26615990;WS=26615972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	26673761	rs9997999	T	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	26673787	rs7691219	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	26721714	rs35621944	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr4	27000995	rs6822297	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=52;PP=1470;SC=CACTCAGAGGATGATGTAAAA;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=27001003;WS=27000985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	27004011	rs10028164	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=405;SC=TGGACTTACAGGAGAGGTAAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=27004019;WS=27004001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	27022800	rs10031905	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=324;SC=CCTACCGTAAACTTGCCACTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=27022808;WS=27022790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	28372419	rs73117862	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr4	28383260	rs7677693	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GTTGTGTCTGAGGAAAAGGAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=28383268;WS=28383258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	30132766	rs34540632	ATG	A	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=1.058;SC=TAACATATATATGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=11;WE=30132777;WS=30132756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr4	30222329	.	T	TGTGTATAG	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.431;NF=12;NR=1;PP=503;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGTGTGTGTGTAGACATATAT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=30222344;WS=30222319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	30279719	rs190265896	A	G	453.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.69;ReadPosRankSum=4.480;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr4	30279768	.	C	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=25;MQ=51.21;NF=1;NR=2;PP=20;QD=18.2570708491;SC=GATACCTATACACGCACGCGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=3;WE=30279776;WS=30279758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	30279789	rs61794115	A	C	152.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	30341486	.	G	GGTGTGTGT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGGAAACAGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=30341494;WS=30341476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	30341516	rs72354606	TGTGA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=2.128;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr4	30976765	.	TTGTGTGTGTG	T	584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.567;QD=36.55;ReadPosRankSum=1.194;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	31031755	rs139430988	T	TTGTGTGTGTGCA	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr4	36069805	rs7657166	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=0.126;SC=CCAGGCAGTGGGCCACCATGG;SOR=1.236;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=32;WE=36069813;WS=36069795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr4	36081878	rs4833069	C	T	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=84;PP=2965;SC=CGTCTGAGTTCGTGAACTATC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=192;WE=36081886;WS=36081868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	36109409	rs7688562	C	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=358;SC=CATTTGAAAACATCTGTAGGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=36109417;WS=36109399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	36123024	rs1397423	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=498;ReadPosRankSum=-1.855;SC=CAGTTTATCAATTTTTAAACA;SOR=1.586;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=25;WE=36123032;WS=36123014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr4	36130099	rs6148397	T	TACACAC,TAC	947.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17,17;NR=1,1;PP=517,186;ReadPosRankSum=1.360;SC=GTCTATATTATACACACACAC;SOR=2.584;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=18,18;WE=36130107;WS=36130089;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:25
chr4	36130375	rs5857473	TA	T	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=30;PP=591;SC=AACCTTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=32;WE=36130384;WS=36130365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	36149025	rs1567483	G	A	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=35;PP=1122;SC=TTAAAACACTGTAATAAACAC;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=36149033;WS=36149015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	36149113	rs1567484	C	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=13;PP=820;SC=AAGGCTATCACTATTGTATGC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=36149121;WS=36149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	36160340	rs1546495	G	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=14;PP=1064;SC=CTAAAAAGAAGAGAAAAAATA;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=36160348;WS=36160330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	36160603	rs17457286	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	36162273	rs11431961	C	CA	151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=114;SC=GCTGAATTGTCAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=36162281;WS=36162263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	36162923	rs2271330	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=281;SC=TTCTCAAAGAGTTACTACTAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=36162931;WS=36162918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	36211914	rs4394022	C	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=488;SC=GTGTGTGTGGCGGTGGAGTGG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=36211922;WS=36211904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	36230141	rs74530836	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-0.357;SC=AAATATAACTGTTAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=8;WE=36230149;WS=36230131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr4	36258197	rs7686575	T	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=22;PP=888;SC=CTCACTTCCTTGCTTGTTCGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=36258205;WS=36258187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	36261377	rs6833722	T	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CTTCATTTTTTAAAAAATATT;SOR=2.066;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=36261385;WS=36261367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr4	36292018	rs1995319	T	A	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=42;PP=1792;SC=CTGAGTGATGTTACTGGCCCC;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=36292026;WS=36292008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr4	36317970	rs9995922	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=435;ReadPosRankSum=-2.272;SC=GAAACTATAGTTGCCCTCATT;SOR=0.335;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=38;WE=36317978;WS=36317960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,45:0.35:127
chr4	36340891	rs56246836	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGAAAGTGACTTTCCAATCAA;SOR=1.473;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=12;WE=36340899;WS=36340881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr4	37247021	rs892825	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=312;SC=CCCTCGCTGGCCGGTTTTGCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=37247029;WS=37247011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	37590570	rs2279994	G	A	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=64;PP=2386;SC=TGTGATGAGCGTGGGGTCACT;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=37590578;WS=37590560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	37592128	rs2973275	G	A	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=78;PP=2965;SC=TGTGCTGCTGGCCTCAGAAGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=163;WE=37592136;WS=37592118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	37592674	rs937941	T	C	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1184;SC=AGCATGCAGATGCATTTGCTC;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=37592682;WS=37592664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	37666995	rs1221653	T	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=106;PP=2965;SC=CAGAAGTTTCTAGTTTGCAAA;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=51;TCR=106;TR=157;WE=37667003;WS=37666985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	37828175	rs2059484	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=416;SC=TCCCACCCCCTGCAGCGCACC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	37828186	rs2059483	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=584;SC=GCAGCGCACCCGCAAACGGCA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	37831850	rs2911907	C	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=101;SC=ACATGTCTTACCAGCTTGGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=37831858;WS=37831840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	37850312	rs35704131	TG	T	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=1356;SC=AATAATATTTTGAAATGTTCT;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=37850320;WS=37850302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	37857106	rs6531590	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=362;SC=ATTTCCTCCAGAATGTTTTTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=37857114;WS=37857096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	37857166	rs6842360	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=961;SC=CTTATGCAAGAGAAGATATTG;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=37857174;WS=37857156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	37863013	rs28402184	C	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=843;SC=CTTTTTTTTCCTATTTAGTCC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=37863021;WS=37863003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	37863045	rs3832307	AT	A	2688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=19;PP=2002;SC=TTATATTTTCATTGTCACTTG;SOR=1.810;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=49;WE=37863053;WS=37863035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	38053788	.	C	CTG	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.586;NF=0;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=1.386;SC=AGCAGAGCCACTGTGTGTGTG;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=12;WE=38053799;WS=38053778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	38117590	rs374118141	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=372;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AGAGTGTTCCTTATGTCTTTA;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=24;WE=38117598;WS=38117580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr4	38119885	rs623945	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CTGTCTCTCCGTGGTGATTCT;SOR=0.417;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=36;WE=38119893;WS=38119875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr4	38138856	rs13110318	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.078;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr4	38698924	rs36023504	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=2.842;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,77:0.28:273
chr4	38774785	rs10776482	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TTTATAGACAATCTGTTCTCA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=36;WE=38774793;WS=38774775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr4	38774889	rs4129009	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TTAACATTAATAGCAGCTCGA;SOR=0.837;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=69;WE=38774897;WS=38774879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,71:0.34:207
chr4	38775040	rs10776483	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=-0.594;SC=TAAGAATTATATGATCAGAAT;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=42;WE=38775048;WS=38775030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr4	38776107	rs11096955	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=-1.626;SC=GGCAGTTGGATAGTTCTTTTA;SOR=0.738;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=22;WE=38776115;WS=38776097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
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chr4	38776491	rs11096957	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-1.484;SC=GTCTTAGCATTTTCTAAACTA;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=17;WE=38776499;WS=38776481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr4	38798648	rs5743618	C	A	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=32;PP=2197;SC=ATCCAAGTAGCTGCAGAGGGA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=38798656;WS=38798638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	38798935	rs5743614	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQRankSum=-2.185;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr4	38799710	rs4833095	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TAAGGTAAGATTTGATAACTT;SOR=0.298;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=26;WE=38799718;WS=38799700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr4	38830350	rs5743810	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=23;PP=1010;SC=AGTAAGGTTGAACCTCTGGTG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=38830358;WS=38830340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	38916465	rs4563504	A	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=6;PP=411;SC=CAGTCCTCCCAACCTCCCCCA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=38916473;WS=38916455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	38930985	rs35369040	T	TAA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.162;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr4	38930995	rs58035134	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.664;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr4	38931097	rs13150445	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTTTGAGGTCAGTAATTAAGA;SOR=0.120;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=38931105;WS=38931087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	38932922	rs2291493	C	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TTATCTTTTTCGGGGGTTGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=38932930;WS=38932912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	38933726	rs4833106	A	G	293.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6604;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GCTTGTAATCATCAGGTTAAC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=38933734;WS=38933716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr4	38937372	rs2271031	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr4	38944976	rs34903665	A	AT	1133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=670;ReadPosRankSum=-0.151;SC=ATAATCCAATATGGGGGGTGG;SOR=0.232;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=17;WE=38944984;WS=38944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr4	38995374	rs10212770	T	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=34;PP=2022;SC=TATCCATCTCTAGGTGCAAAG;SOR=1.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=103;WE=38995382;WS=38995364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=452;SC=GCTGCCCGGACAGGGTCTAGG;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=39046594;WS=39046576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	39064126	rs2711942	G	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=-1.385;SC=AGTAATTGTAGATATATATAT;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=39064134;WS=39064116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr4	39064162	rs2711941	A	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=591;ReadPosRankSum=1.231;SC=TCCTTTACATATTTTTGTTGT;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=40;WE=39064170;WS=39064152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr4	39094738	rs2566149	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=926;ReadPosRankSum=-1.959;SC=CCATCAACTGGTGAATGGATA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=71;WE=39094746;WS=39094728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr4	39094954	rs2712007	G	C	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.419;SC=GTGCTTGGGAGAGAAGATGGG;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=91;WE=39094962;WS=39094944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr4	39109428	rs2711939	T	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.171;SC=AATTTAAAGATATACATAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=39109436;WS=39109418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr4	39187521	rs111449236	TG	T	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.32;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	39205365	rs1451817	C	T	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=104;PP=2965;SC=ATCAAATCCACGTGCAAATCA;SOR=1.334;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=64;TCR=106;TR=168;WE=39205373;WS=39205355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	39207318	rs17584431	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=0.251;SC=TTGCAGTATCACAGACTCTTA;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=37;WE=39207326;WS=39207308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr4	39216221	rs2167494	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=429;SC=TGTTTTTCAGCATTAAAATCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=39216229;WS=39216211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	39233977	rs11729098	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=795;SC=GGGTGCAGCCGCTCACGCCTC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=39233985;WS=39233967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	39257615	rs11272440	G	GCAGGAATAATTGTAGGAAATATACGTAAATGC	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	39259190	rs11096987	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=525;SC=TACGCTTTCAATGAAACTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=39259198;WS=39259180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	39271541	rs3733280	A	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=32;PP=2626;SC=GGGTCCATAGAATGTCCTCAG;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=92;TCR=32;TR=124;WE=39271549;WS=39271531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	39276623	rs11096989	A	AG	3070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=2004;SC=TATTTCTCAAAGTATTTCCAA;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=44;WE=39276631;WS=39276613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	39279724	rs12648082	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=21;PP=1684;SC=TAAAGATGAATTTAACTCTTA;SOR=1.893;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=78;WE=39279732;WS=39279714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	39297200	rs2306597	G	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1300;ReadPosRankSum=1.012;SC=ACACCAAATCGATAAAATACC;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=80;WE=39297208;WS=39297190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,83:0.58:144
chr4	39301605	rs2066788	G	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=759;SC=CTTAGTAAAAGCAGAGCCTGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=39301613;WS=39301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	39318706	rs2066790	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=724;SC=TTTAAAATACATATCTAGAAA;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=39318714;WS=39318696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	39329102	rs11096992	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=509;SC=TAGTGAATGGGTATAAATCCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=39329110;WS=39329092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	39353122	rs4975007	C	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=880;SC=AGGAGATTCACGAATAAACAT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=39353130;WS=39353112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	39368083	rs3736168	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CGAGGGCAGGCGGGCCGCTGA;SOR=0.302;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=21;WE=39368091;WS=39368073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr4	39448542	rs7685429	C	G	6357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=112;PP=2965;SC=AGTTCAGGCCCTCACAGCGCG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=116;TCR=113;TR=227;WE=39448550;WS=39448532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	39450229	rs4975017	C	A	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=54;PP=1998;SC=TTTTCAAAGGCAGAAGAGAAG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=39450237;WS=39450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	39456392	rs1463478	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=467;SC=AATTTAAAAAGCTAATCAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=39456400;WS=39456382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	39457870	rs3216720	T	TG	1294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=785;SC=CACCAACAGTTTAAGTGTAAT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=20;WE=39457878;WS=39457860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	39458051	rs2125313	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=21;PP=1474;SC=CCCTGCGGATATATTTTTCAC;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=39458059;WS=39458041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	39459724	rs2687958	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=28;PP=1221;SC=CACTGAACCTTAATTCGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=39459732;WS=39459714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	39460490	rs2276890	C	G	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=89;PP=2965;SC=AGTACCCCCACGAGCACAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=188;WE=39460498;WS=39460480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	39472842	rs2125314	T	A	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	39478946	rs11934814	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=GTCAGGAGTTCGAGACCAGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=39478954;WS=39478936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	39510122	rs11735116	G	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=655;ReadPosRankSum=0.462;SC=CTAAAGTGCTGCGATTACAGG;SOR=1.378;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=34;WE=39510130;WS=39510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr4	39515752	.	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr4	39528752	rs4975020	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AAGCCCCAAAGAGACGAAGGT;SOR=1.162;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=26;WE=39528760;WS=39528742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr4	39606533	rs73240622	A	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=0.670;SC=GCCCGGTCACATTTTAATCAT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=14;WE=39606541;WS=39606525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr4	39700173	rs1055582	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=332;SC=CGCCGCCTTCCCCTCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=39700181;WS=39700163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	39747536	rs302931	A	G	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=193;SC=AGCTTTATGAATTGCTTACTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=39747544;WS=39747526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	39757480	rs11389468	A	AT	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=335;SC=CAGTAACTTTAAAAGTCTCTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=39757488;WS=39757470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	39929902	rs36101858	TCA	T	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=277;ReadPosRankSum=-1.313;SC=ACCAGACAGTTCACAGTCAAC;SOR=0.072;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=39929911;WS=39929892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	39978005	rs35426579	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=529;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGGTAGCAGTATCACAGGAGA;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=43;WE=39978013;WS=39977995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr4	40044833	rs28550618	C	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=576;ReadPosRankSum=0.367;SC=AAGCCCTTCTCGTCCTGGGTC;SOR=1.012;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=31;WE=40044841;WS=40044823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr4	40045340	rs17439810	G	C	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=2831;ReadPosRankSum=0.040;SC=TCCTGCTCCTGCCGGAAATAC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=116;TCR=117;TR=169;WE=40045348;WS=40045330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,169:0.72:234
chr4	40045727	rs1704151	T	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1150;SC=CTGGATGGCGTTCGGCGTCTT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=40045735;WS=40045717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	40103767	rs17511668	G	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TCTTCACAAAGTTTCGTTGCT;SOR=1.197;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=16;WE=40103775;WS=40103757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr4	40115239	rs4974962	A	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=871;ReadPosRankSum=0.265;SC=TTGTAACTTAATTTCTATTGC;SOR=1.292;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=44;WE=40115247;WS=40115229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr4	40119501	rs1128372	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.222;SC=GTAACATTCATGGGGTAAGCA;SOR=1.042;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=14;WE=40119509;WS=40119491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr4	40121562	rs794001	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=307;SC=CCCAAGAGACGATGAAGATAT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=40121570;WS=40121552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	40337523	rs56241474	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-1.987;SC=TTTGCTGGATCTACTTTGCTG;SOR=0.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=18;WE=40337531;WS=40337513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr4	40337566	rs10015231	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=439;ReadPosRankSum=-1.754;SC=GCTGGTGACACGTAACCTATC;SOR=0.932;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=32;WE=40337574;WS=40337556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr4	40337908	rs10022491	T	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=53;PP=2004;SC=AAGATTATTCTAATGCTCTTC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=40337916;WS=40337898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	40337944	rs56159866	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr4	40356041	rs55633891	C	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1445;ReadPosRankSum=1.571;SC=GCCTCCACTGCGTTGACCATC;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=89;WE=40356049;WS=40356031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,90:0.62:145
chr4	40356422	rs10009228	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=565;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AAGGCCACCAATTCCAAGGGG;SOR=0.936;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=48;WE=40356430;WS=40356412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,50:0.35:142
chr4	40428010	rs278981	T	C	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=46;PP=1775;SC=CCTCCATACATGGCGGCCGCG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=105;WE=40428018;WS=40428000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	40438576	rs2307046	A	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,71:0.27:260
chr4	40438931	rs12503550	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr4	40440215	rs2291580	T	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.559;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,130:0.26:503
chr4	40440854	rs1052153	G	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=490;ReadPosRankSum=0.594;SC=GCACCTTGGCGGAGGACCCGG;SOR=0.716;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=38;WE=40440862;WS=40440844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr4	40778146	rs2465570	C	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=20;PP=837;SC=TCAATACAGGCTCATGGTACA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=40778154;WS=40778136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	40778162	rs2437323	T	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=21;PP=839;SC=GTACACAGTTTCCCACATGTC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=40778170;WS=40778152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	40788544	rs2953325	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=557;SC=CAAGATTTGAAGAACTCATTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=40788552;WS=40788534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	40809207	.	G	GA	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGGAGGTAAGGAAAAAAAATC;SOR=1.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=10;WE=40809215;WS=40809197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr4	40810663	rs4861066	A	G	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1794;ReadPosRankSum=1.323;SC=TGTGAAGAACACTTGTCCCTC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=110;WE=40810671;WS=40810653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr4	40810747	rs2261167	A	G	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=93;PP=2965;SC=GAAACCCATCAAGATTGTTCT;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=119;TCR=93;TR=212;WE=40810755;WS=40810737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	40810978	rs882733	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=553;ReadPosRankSum=0.937;SC=TTTTTATAGGGGCCAAAGAGC;SOR=0.875;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=40;WE=40810986;WS=40810968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr4	40832363	rs2437343	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.939;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	40844199	rs1865605	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=547;ReadPosRankSum=0.601;SC=GGAACGCAGATGCAATTCCAG;SOR=0.463;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=36;WE=40844207;WS=40844189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr4	40895552	rs6447505	G	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=791;SC=GCTTCATTATGTTCAATCATC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=40895560;WS=40895542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	40937219	rs5857759	GA	G	106.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.140;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	41015553	rs371248436	TAA	T	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=1.012;SC=GTTGAAAAGATAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=41015562;WS=41015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr4	41015742	rs11942640	T	C	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=60;PP=2324;ReadPosRankSum=1.325;SC=CCTTCTTGGTTTCTGGGCTGG;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=136;WE=41015750;WS=41015732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,144:0.69:210
chr4	41015823	rs2292234	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,62:0.26:241
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chr4	41016421	rs80120363	G	A	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GTCAGCTGGGGAAAAAAAAAG;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=67;WE=41016429;WS=41016407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
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chr4	41035358	.	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.418;SC=TTAAAACTCCAAATAACAAAG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=41035366;WS=41035348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr4	41607754	rs11943304	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=1.224;SC=TTAAAGTGATTTTACATTTAA;SOR=0.036;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=41607762;WS=41607747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	41611575	rs1105886	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=0.602;SC=AATGTTGAGCAGTAAAAGAGA;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=52;WE=41611583;WS=41611565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr4	41615249	rs66955637	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=1;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTATTTGGGGATTTTTTTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=41615257;WS=41615239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	41615690	rs13146318	T	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=190;ReadPosRankSum=0.213;SC=TAGGTTGGAGTCTTAATAAAC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=13;WE=41615698;WS=41615680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr4	41629036	rs5857808	G	GGTGT	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGGTGTGCATGGTGTGTGTGT;SOR=1.136;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=12;WE=41629047;WS=41629026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	41640878	rs6836918	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1156;ReadPosRankSum=0.055;SC=CCGGCAGTTTCTATTTCCAGC;SOR=0.450;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=72;WE=41640886;WS=41640868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
chr4	41646466	rs7670210	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-2.339;SC=GCGCGGAGACGCGACGGGCGC;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=41646474;WS=41646456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	41646651	rs2304647	G	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=893;ReadPosRankSum=0.296;SC=GATGTGAGTTGTGGCCAAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=64;WE=41646659;WS=41646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,68:0.57:119
chr4	41652293	rs2289338	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CCTCTTCCTTCATTGGACTCT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=41652301;WS=41652283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	41663621	rs17528897	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=748;SC=TGAGCCACAGGAAAGTAGTAA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=41663629;WS=41663611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	41663833	rs113749170	G	C	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	41668465	rs17444537	C	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=852;SC=TAAATGTTAACTGTTTGAACT;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=41668473;WS=41668455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	41673604	rs11734372	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	41683212	rs6816179	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=332;SC=CACGTCAGCTACTGTGTGGCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=41683220;WS=41683202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	41687911	rs2304652	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=684;SC=GTTAGAAGGGAGAAGAATGAA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=41687919;WS=41687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	41689974	rs1371297	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=37;PP=1169;SC=CTGCTTTGTTATGACTAGAGC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=41689982;WS=41689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	41691601	rs1061597	T	C	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.587;SC=GTAAAGGAGCTGCAATGATCA;SOR=0.492;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=217;WE=41691609;WS=41691591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,226:0.99:229
chr4	41941776	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chr4	41983787	rs2174728	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=226;ReadPosRankSum=0.077;SC=TTTCCTGTCACGAGGAACATT;SOR=0.290;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=22;WE=41983795;WS=41983777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr4	41984118	rs2660320	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=13.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,103:0.28:368
chr4	41985101	rs2660332	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=1.155;SC=CGTGTTGTATATAGATCGCAT;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=10;WE=41985109;WS=41985091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr4	41992677	rs2581434	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,33:0.22:149
chr4	41992752	rs16853872	G	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=744;ReadPosRankSum=-2.010;SC=GCAGGGCGGCGGCCTGTAATC;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=59;WE=41992760;WS=41992742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,68:0.72:94
chr4	42003671	rs1047626	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=588;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CTTTTCAAACATGGTTCCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=58;WE=42003679;WS=42003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
chr4	42003835	rs2581453	C	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=20;ReadPosRankSum=1.420;SC=TTTCTGTATACTGGAATAGTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=4;WE=42003843;WS=42003825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr4	42020142	rs2581423	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=361;SC=AGGTATAGGCACAGAACTCAA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=42020150;WS=42020132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr4	42025207	rs3213767	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=262;SC=ATGTTTCTCCAAAAGCACCTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=42025215;WS=42025197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	42025284	rs4861153	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=947;ReadPosRankSum=0.375;SC=AGTCATTAAAATTGTTCATTG;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=64;WE=42025292;WS=42025274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr4	42402992	rs66671329	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=354;ReadPosRankSum=0.462;SC=GGAGATCCTCATCTGAGCATC;SOR=0.553;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=29;WE=42403000;WS=42402982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr4	42403561	rs55934419	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=46;ReadPosRankSum=-2.153;SC=AAATTTCCCTTGTAACTGATC;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=42403569;WS=42403551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	42414945	rs78469447	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.787;SC=ACCATTCGTCGGGCCTCTGTT;SOR=0.439;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=71;WE=42414953;WS=42414935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr4	42425852	rs4324577	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=0.566;SC=AACTCTGAATTCGAACTTATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=42425860;WS=42425842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	42448789	rs35005173	T	TA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=117;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GAAATGAGATTAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=42448797;WS=42448779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	42466641	rs12647640	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=52;SC=GAAAACGTCTCCATAAAGAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=42466649;WS=42466631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	42526711	rs73235594	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=0.457;SC=TAATAAGGATCCTGCAAGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=42526719;WS=42526701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr4	42527036	rs3811768	T	C	66.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTAGTGACATTAATAAGTCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=42527044;WS=42527026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	42551164	rs3811769	T	C	363.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AAAATTTTACTGTAAAAAATG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=42551172;WS=42551154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr4	42554425	.	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=0.634;SC=TTTTATCTAAAAAACACTCAA;SOR=0.175;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=7;WE=42554433;WS=42554415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr4	42557859	rs73235601	C	A	98.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=AACTAACTAACTAAATAAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=42557867;WS=42557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	42571074	rs6845603	A	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	42576522	rs2290869	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=19;PP=1335;ReadPosRankSum=0.244;SC=GCTTTTCAGACTAAAAAAAAC;SOR=1.151;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=82;WE=42576531;WS=42576512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,89:0.63:141
chr4	42580442	rs2306007	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=0.013;SC=TTTACAGTTTTATATTTTATT;SOR=0.485;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=45;WE=42580450;WS=42580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr4	42582047	rs6447171	A	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ATGATTTAGCAATCTATACTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=42582055;WS=42582037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	42588301	rs3214048	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=637;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TCCAGACTTAGAAGACACAGC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=31;WE=42588309;WS=42588291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr4	42596461	rs77305935	TAC	T	141	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=159;SC=AAGCATAGAATACACAGTAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=42596470;WS=42596451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	42602606	rs6819419	A	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=375;SC=ATGAAATAATAATTTTAAACG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=42602614;WS=42602596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	42627805	rs1460358	A	C	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=207;SC=TCTGTTACTAACATATAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=42627813;WS=42627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42627836	rs2306004	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=80;SC=GAACATTTGCCGGCTGTTTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=42627844;WS=42627826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	42629038	rs16854624	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AGAATTTTGTCAGCTGGGGCT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=33;WE=42629046;WS=42629028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr4	42965159	rs10213360	A	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=7.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.342;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,71:0.29:245
chr4	43032612	rs4861050	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=1.807;SC=CAATACTTTGGTTTATATATA;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=17;WE=43032620;WS=43032602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr4	44652187	rs1113098	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=328;SC=TATTTACAAACATCAAATGAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=44652195;WS=44652177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	44682465	rs6447368	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=17;PP=908;SC=TAGGAAAAACTTGACATGTCT;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=44682473;WS=44682455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	44684455	rs13117025	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=697;SC=AACAGTGTTGCTATTTCACTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=44684463;WS=44684445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	44684507	rs9291245	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=290;SC=TTGTACTATTCATTATATGAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=44684515;WS=44684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	44685224	rs112232487	T	TA	855.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=548;SC=TTTATTATACTTCACATAATG;SOR=2.419;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=13;WE=44685244;WS=44685214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	44685225	rs58659516	T	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=6;PP=389;SC=TTATTATACTTCACATAATGG;SOR=1.721;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=20;WE=44685244;WS=44685214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	44690320	rs1491304	A	T	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=169;SC=GTTTATAATTACATATGTGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=44690328;WS=44690310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	44696538	rs12641137	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=331;SC=CAAGTAAGTTCAATAGAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=44696546;WS=44696528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	44699484	rs6851576	T	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=20;PP=677;SC=TTGTATTTATTCTACTTTATA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=44699492;WS=44699474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	44699506	rs6821295	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=19;PP=587;SC=CTTTTATGGGCTTTAAATCAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=44699514;WS=44699496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	44700453	rs1547526	G	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TCTGCCTTATGGATAATAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=44700461;WS=44700443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	44709695	rs1491302	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=203;SC=GAGATTTAACCCCACAGTCAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=44709703;WS=44709688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	44712908	rs3749582	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=837;SC=GCATCATAACTCCTCCAAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=44712916;WS=44712898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	44713235	rs1124828	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=227;SC=GAACAAAAAAAAAATCACCTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=44713243;WS=44713225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	44719048	rs1873522	A	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=240;SC=TACATTACACAATGGGAAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=44719056;WS=44719038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	44720248	rs3792705	T	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=349;SC=CAAATATACTTGTATTCTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=44720256;WS=44720238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	46042945	rs6447493	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GTTACTGAAGCACAAAAGATT;SOR=0.313;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=46042953;WS=46042935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr4	46086060	rs976156	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr4	46263862	rs35496835	A	AG	2164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=1600;SC=CTTTAATGTCAGTTTTTAGAA;SOR=4.271;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=35;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	46263864	rs10938435	T	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=6;PP=1172;SC=TTAATGTCAGTTTTTAGAAAC;SOR=3.788;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=50;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	46390865	rs11503014	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	46967279	rs2055943	C	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=539;ReadPosRankSum=0.219;SC=GACAAAACACCTTACCATCAT;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=49;TCR=99;TR=45;WE=46967287;WS=46967269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,46:0.30:152
chr4	46994972	rs3215202	GA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.587;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr4	46995366	rs2229940	G	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=724;ReadPosRankSum=1.089;SC=CAAACCGCCAGGCACAGGAAG;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=97;TCR=50;TR=58;WE=46995374;WS=46995356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,59:0.38:156
chr4	47033770	rs72416056	TCG	T	1894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=2287;ReadPosRankSum=1.787;SC=TTGTTGAATCTCGCTCTCTCT;SOR=0.590;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=50;WE=47033780;WS=47033757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr4	47034075	rs45460902	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CTCCTTTTCTGTCAAAGATAA;SOR=0.481;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=38;WE=47034083;WS=47034065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr4	47034104	rs6847977	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=18;PP=581;SC=AAAAAAAAAAGAAAAGGCATG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=20;WE=47034112;WS=47034094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	47034144	.	G	GACACAC	63.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr4	47034145	rs73247629	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5626;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=0.524;SC=TATACCCTGGGCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=47034153;WS=47034135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	47034626	rs41309288	C	G	3842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=76;PP=2626;ReadPosRankSum=1.872;SC=CACTCCGCACCCGCTCCCCGC;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=155;WE=47034634;WS=47034616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,163:0.78:208
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chr4	47560163	rs11729411	C	A	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=61;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TCCTACACATCCTGCCCTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=143;WE=47560171;WS=47560153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,151:0.62:244
chr4	47560403	rs62298023	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CTAATCACATTTGGTGAAGTA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=47560411;WS=47560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	47562802	rs34470690	G	GC	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=753;ReadPosRankSum=0.736;SC=AGTTTGGGAAGCTAGTGTCCA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=18;WE=47562810;WS=47562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr4	47565481	rs6842801	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GAGCAGCTGGGCAGTTTATGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=47565489;WS=47565471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr4	47565862	rs71951443	TA	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.319;NF=0;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-1.161;SC=ATGCAAGGATTAAAAAAAAAA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=47565870;WS=47565852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	47582387	rs2351791	A	C	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=1896;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TAATCTTACTACCTCCCCGTT;SOR=0.556;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=450;TCF=239;TCR=211;TR=141;WE=47582395;WS=47582377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,144:0.31:468
chr4	47584046	rs1058793	G	A	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1443;ReadPosRankSum=0.995;SC=TCTGTTCATCGTTCTCCTCCA;SOR=0.643;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=280;TCF=130;TCR=150;TR=109;WE=47584054;WS=47584036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,115:0.40:289
chr4	47597654	rs3749584	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TGCTTCTGTACAGCTCTCTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=47597662;WS=47597644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	47667064	rs11934749	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr4	47679928	rs2271036	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=279;ReadPosRankSum=0.097;SC=AGTAAAGGAATGTTCTGGGGT;SOR=0.829;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=29;WE=47679936;WS=47679918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr4	47680085	rs2271037	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr4	47682174	rs10517195	A	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,115:0.28:411
chr4	47839929	rs2289433	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr4	47853843	rs6822668	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGGCCACTAGTCTTTAAAATG;SOR=0.446;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=37;WE=47853851;WS=47853833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr4	47880494	rs2289435	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=1.067;SC=TTGAAAAAACGTTTCAAGAAT;SOR=0.323;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=7;WE=47880502;WS=47880484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr4	47881191	rs9997555	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AAAATAATACCTAAAGATGCT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=47881199;WS=47881181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr4	47887536	rs2053404	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,84:0.40:210
chr4	47887991	rs6818556	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TCACATCTACGGTTTCTGGGC;SOR=1.105;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=28;WE=47887999;WS=47887981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr4	47898491	rs6447592	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=0.052;SC=TCATTTGATACATTATGATAG;SOR=0.614;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=22;WE=47898499;WS=47898481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr4	47899903	.	T	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=251;ReadPosRankSum=0.050;SC=CACTTAAGTTTCCTGGAGGAC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=47899911;WS=47899893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr4	47901476	rs12651301	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=722;ReadPosRankSum=0.082;SC=CACAAGCCACGGATCTAAAGG;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=61;WE=47901484;WS=47901466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,62:0.33:188
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chr4	47951945	rs1972883	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=657;ReadPosRankSum=1.047;SC=TGAAATCACAGTAGTCACCAT;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=55;WE=47951953;WS=47951935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr4	47953515	rs3845160	A	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CAGAGAGAGAAGAGTTAATGT;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=21;WE=47953523;WS=47953505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr4	48037926	rs13116684	A	G	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=91;PP=2666;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TTGCTCTGCCATCTTATTCCA;SOR=0.799;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=143;TCR=142;TR=180;WE=48037934;WS=48037916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,196:0.64:306
chr4	48073501	rs906486	G	T	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=44;PP=2419;SC=TGCTGGGACTGCCAACCTTCA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=119;WE=48073509;WS=48073491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	48078593	rs6850108	C	A	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	48081896	rs11358014	CA	C	1147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.541;NF=27;NR=13;PP=456;ReadPosRankSum=1.933;SC=AGGTATGATACAAAAAAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=40;WE=48081915;WS=48081886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,55:0.80:69
chr4	48082208	rs2352590	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=778;SC=TGTTTGAACATAACTGGTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=48082216;WS=48082198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	48088419	rs6833403	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
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chr4	48139306	rs3062021	ATTAT	A	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr4	48139565	rs2661529	C	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=397;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ATCCATTCCACAAAACCTCTC;SOR=1.261;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=29;WE=48139573;WS=48139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr4	48147612	rs2661547	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr4	48158524	rs882715	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CTAGAAACTGGATTTGTCAGC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=48158532;WS=48158514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	48165834	rs13104849	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=427;ReadPosRankSum=0.748;SC=TGGGAGGTTATTGAAAGAAAG;SOR=0.741;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=8;WE=48165843;WS=48165824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr4	48165835	rs139629025	T	TGAAA	397.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=442;ReadPosRankSum=0.595;SC=GGGAGGTTATTGAAAGAAAGA;SOR=0.821;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=48165843;WS=48165824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr4	48165888	rs139950746	CTTA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TTGCTTAAAGCTTATTATAAG;SOR=0.301;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=48165898;WS=48165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	48169769	rs7689953	A	G	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=981;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CCCACTGCATATCACACACAT;SOR=0.658;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=285;TCF=158;TCR=127;TR=86;WE=48169777;WS=48169759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,91:0.31:298
chr4	48170669	rs2243840	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=298;ReadPosRankSum=0.787;SC=ACAAAAACAGATTAAAATGCT;SOR=0.598;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=23;WE=48170677;WS=48170659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr4	48172218	rs2271174	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=358;ReadPosRankSum=1.419;SC=ACCAATAATACGTTCATTCTA;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=23;WE=48172226;WS=48172208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr4	48172266	rs2271173	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=0.586;SC=AATACTTACTGCTCTCAAAAA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=29;WE=48172274;WS=48172256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr4	48173547	rs7669393	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TTGGTACTACAGACACCAATA;SOR=0.346;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=26;WE=48173555;WS=48173537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr4	48177954	rs7696271	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=0.463;SC=AAAGACTTAAACAGTTCATGA;SOR=0.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=8;WE=48177962;WS=48177944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr4	48178003	rs11282767	A	AAATCAGCC	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr4	48178064	rs45598338	C	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=1.471;NF=50;NR=34;PP=999;ReadPosRankSum=0.813;SC=TGACTAAGCCCAGCACTGCAC;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=84;WE=48178072;WS=48178054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,85:0.32:267
chr4	48372085	rs1466631	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr4	48384499	rs6816010	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTTTGAATTTTTCAGTGATAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=8;WE=48384507;WS=48384489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr4	48492434	rs10008444	G	C	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=45;PP=1638;SC=GCTGGCAGCAGCGCGGCAGGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=48492442;WS=48492424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	48492769	rs74929644	A	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=35;PP=1414;SC=TTCTCCCAGCAGCCATCCCGT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=82;WE=48492777;WS=48492759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	48493237	rs79858408	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=243;SC=TCGCCACGGAGCCCGGAGCTG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=48493245;WS=48493227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	48493388	rs7340880	T	C	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=135;SC=AAGCGTGGGCTACTTCCGTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=48493396;WS=48493378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	48516970	rs7434721	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=745;SC=TAAACTGAAACAGAGGGGCAC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=48516978;WS=48516960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	48529733	rs4695385	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=568;SC=TGCGTATGAGGTATCAGTACC;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=48529741;WS=48529723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	48533148	rs6855022	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=316;SC=AGTAGAGTAACTTCATCAATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=48533156;WS=48533138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	48537603	.	T	TACACAC,TAC	112	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5040,0.4960;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=63.17;NF=5,5;NR=0,0;PP=112,15;QD=23.0;SC=TATATACACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5,5;WE=48537611;WS=48537593;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.71:7
chr4	48537633	rs3838233	T	C	42.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=343;SC=CACACACACATATATATATAG;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=48537641;WS=48537623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	48541973	rs17656010	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=29;PP=1307;SC=ACCTTTCAGCATAACATTTGC;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=48541981;WS=48541963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	48558882	rs4694898	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=272;SC=GTCTTCATCCCGGCCCTTGCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=48558890;WS=48558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	48573028	rs1507865	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=37;PP=1139;SC=TCTGGGCTCATTGAAGTTATT;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=48573036;WS=48573018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	48577121	rs28558226	C	T	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=75;PP=2863;SC=AAAAAATGTACGAACATAGTT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=48577129;WS=48577111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	48582836	rs4695390	A	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=21;PP=1274;SC=TGTGTCTGTCATAAGTCTCAA;SOR=1.522;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=72;WE=48582844;WS=48582826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	48582909	rs4695391	G	A	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=58;PP=1909;SC=GATGTATGAAGCTCTCAAGAA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=48582917;WS=48582899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	48583323	.	C	T	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=63;QD=24.4428031368;SC=CAATTGAGAACGGTAGGTTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=48583331;WS=48583322;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	48596036	.	TA	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.879;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	48596195	rs78630567	TTATAAG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=202;SC=AAATACATGATTATAAGTATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=48596208;WS=48596185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	48607938	rs2940319	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=179;SC=GAACACTCTGTCATTTTACCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=48607946;WS=48607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	48610961	rs776604	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=16;PP=726;SC=TGAAGCATTCTAAAATGCAAA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=48610969;WS=48610951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	48611153	rs776603	A	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=306;SC=CCTAATACATATGAAAATTCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=48611161;WS=48611143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	48611929	rs776602	A	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=27;SC=ATCAATAATCAATCTTAATGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=48611937;WS=48611919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	48625213	rs776579	C	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=148;SC=TTAAAAAAAACAAACATTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=48625221;WS=48625202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	48636595	rs796555	C	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=131;SC=TGTAAGCTGCCTCTAACCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=48636603;WS=48636585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	48655635	rs776580	T	A	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=889;SC=AACAGCTTTTTATCTATTTGG;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=48655643;WS=48655625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	48834896	rs4694906	C	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	48988450	rs3747690	C	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=853;ReadPosRankSum=0.631;SC=CGCGGCGATGCCCTCGCTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=65;WE=48988458;WS=48988440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr4	48988705	rs2572344	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=316;SC=TCTGCGAGGCGCCCGCGAGAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=48988713;WS=48988695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	48990476	rs10537617	CT	C	921.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=10.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.423;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=2.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,51:0.88:58
chr4	48994138	rs28678278	G	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=35;PP=1094;SC=TTTTCTCTTTGCAGAGCTTAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=48994146;WS=48994128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	49019232	rs28610228	T	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=1.169;SC=TTATTTATTTTAAAAAAACCC;SOR=1.571;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=4;WE=49019240;WS=49019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr4	49063872	rs1051447	C	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	52744120	.	GGT	G	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=69;QD=19.25;SC=TTCAAATTTGGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=52744129;WS=52744110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr4	52896050	rs225170	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=814;ReadPosRankSum=0.707;SC=ACACAAGTCCACTGTTGGTAG;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=38;WE=52896058;WS=52896040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr4	52927113	rs999634	C	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=918;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGAGATAAAACGAATCAGAAA;SOR=0.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=58;WE=52927121;WS=52927103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr4	52927229	rs784944	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=472;SC=TTGAACAGGTAGAGATCAGAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=52927237;WS=52927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	52938243	rs3860707	T	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AGAAGCCATGTCCGATTATAA;SOR=1.116;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=66;WE=52938251;WS=52938233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr4	52942779	rs55839120	G	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CAGAAGTCTGGTACCAGATGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=52942787;WS=52942772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	52945799	rs7689145	C	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=517;SC=CTTTAACTTGCTTTGGCTCAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=52945807;WS=52945789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	52946161	rs7657148	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=615;SC=AAACAATTTAAGGAAAAGAAC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=52946169;WS=52946151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	52948834	rs35414474	C	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.476;SC=AGAACTGATTCTTTTCTTTGA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=52948842;WS=52948824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	52960908	rs3214049	T	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GCAGGTCCCATGGGTCATGTA;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=54;WE=52960916;WS=52960898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr4	54011424	rs4864727	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=851;SC=CCTCCTCTTCCCAAAACAGTA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=54011432;WS=54011414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	54232110	rs1351514	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=351;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGCGCTCATGGTTGGGGATTC;SOR=1.183;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=27;WE=54232118;WS=54232100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr4	54245476	rs1471596	A	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=48;SC=GGTTGTGTGAAACAATGGTTC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=54245484;WS=54245466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	54250189	rs10012853	T	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TCATCATGAATATACTTCTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=54250197;WS=54250179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	54255950	.	G	GT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.336;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr4	54310188	rs11722866	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=300;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGTACCAGACATAAAAATATA;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=24;WE=54310196;WS=54310178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr4	54310281	rs11723755	T	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=536;ReadPosRankSum=0.786;SC=GTAAGTAGTATTATTTAGATG;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=30;WE=54310289;WS=54310271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr4	54310340	rs59279367	TA	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TTTAAAGCAATAAAAACGTGT;SOR=0.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=54310348;WS=54310330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	54327235	rs3811785	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=1.793;SC=AAACAAGATATGATTAGTATT;SOR=0.616;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=24;WE=54327243;WS=54327225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr4	54327584	rs3765158	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=337;ReadPosRankSum=0.955;SC=AGTATTTTTGATTAGTCATTA;SOR=1.317;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=20;WE=54327592;WS=54327574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr4	54362150	rs6836800	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=0.799;SC=GCTCATGTCCGGGGTTTCTGA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=54362158;WS=54362140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	54362676	rs2271559	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTGCTCTCCCACCTCATCCTG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=11;WE=54362684;WS=54362666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr4	54373464	rs10021772	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=0.142;SC=TCCATCCAGCCTTATGGGGAG;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=13;WE=54373472;WS=54373454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr4	54852693	rs201460622	CTTTTA	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.82;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	54876132	rs4437313	C	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	54966667	rs3194383	C	T	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.796;SC=GCTGCCCGTCCCGCAAGAGCG;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=175;TCR=202;TR=122;WE=54966675;WS=54966657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,129:0.32:398
chr4	54966830	rs13144341	G	A	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=65;PP=2637;SC=TCTGCTTAAGGGCCAGTTCTC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=121;WE=54966838;WS=54966820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr4	55143577	rs10028020	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=322;ReadPosRankSum=0.392;SC=GGTCTGGAGCGTTTGGGAAGG;SOR=0.990;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=26;WE=55143585;WS=55143567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr4	55146406	rs6148442	T	TTGTAGGTCCCCCAG	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=2900;SC=ACCTGGCACATAATCATCATC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=55146414;WS=55146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	55146754	rs1547905	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=0.163;SC=GTGAACCTGGCAGCCCACGTG;SOR=1.739;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=13;WE=55146762;WS=55146744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr4	55151711	rs2412559	C	A	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=99;PP=2965;SC=GGAGTGTGGACGGAGATGCTA;SOR=1.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=160;WE=55151719;WS=55151701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	55151958	rs3830355	T	TA	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=744;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GGTGATGCTATTCAGCTACAG;SOR=2.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=20;WE=55151966;WS=55151948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr4	55152040	rs2228230	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=598;ReadPosRankSum=2.688;SC=CTCGCAACGTCCTCCTGGCAC;SOR=0.895;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=46;WE=55152048;WS=55152030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr4	55152284	rs4864872	T	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TTGCCCAGGTTTGAGTGCCAG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=55152292;WS=55152274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr4	55153837	rs7695657	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=30;PP=966;SC=TGCTGCAGCCACCTCAAACCA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=55153845;WS=55153827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	55154891	rs55732997	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=343;ReadPosRankSum=0.377;SC=TTTCTAACAGTGTTCTATCAT;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=35;WE=55154899;WS=55154881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr4	55156380	rs4864506	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=595;SC=GTAGTTTGGAGATATGTACAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=55156388;WS=55156370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	55156400	rs2276948	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=556;ReadPosRankSum=0.082;SC=GTTAAATAATAGTAAGTTCTG;SOR=1.488;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=25;WE=55156408;WS=55156390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr4	55161254	rs3733540	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=839;ReadPosRankSum=0.806;SC=TAGTTCTGTGCAGGAGTTGTA;SOR=1.426;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=49;WE=55161262;WS=55161244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr4	55161391	rs7685117	T	C	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=91;PP=2499;SC=ACATGATGGATGACATCGGCA;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=159;WE=55161399;WS=55161381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	55524304	rs999020	T	C	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=110;PP=2956;ReadPosRankSum=-0.015;SC=AGCCTGTGCCTGGGAGGGTGG;SOR=1.275;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=179;WE=55524312;WS=55524294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr4	55599436	rs1008658	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=674;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TTTCCTGTGATTTTCATAATG;SOR=0.465;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=40;WE=55599444;WS=55599426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr4	55946081	rs4421048	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=328;SC=TGTGATGTCCAGGAGTTGGGG;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=55946089;WS=55946071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr4	56290558	rs11732723	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=348;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CATTACACCTCTCATAAATTT;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=20;WE=56290566;WS=56290548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr4	56290573	rs6810483	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=1.312;SC=AAATTTATTATACACCTGCAT;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=21;WE=56290588;WS=56290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
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chr4	56447146	rs34437483	GA	G	77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=65.19;NF=0;NR=3;PP=63;SC=TCAATGTCTAGAAAAAAACCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=56447154;WS=56447136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	56465418	rs1387198	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=37;PP=1256;SC=AGAAACAGATTGATGATTTAG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=56465426;WS=56465408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	56466653	rs62310886	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=1.226;SC=AAATTTTGGTGTAGATTGATT;SOR=0.297;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=19;WE=56466661;WS=56466643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr4	56502225	rs191242404	G	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=354;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GCGTGGAAGCGGCCGGGTGCG;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=26;WE=56502233;WS=56502215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr4	56763170	rs10014018	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATATCTTATAATCTTTTTTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=56763178;WS=56763160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	56820412	rs77591659	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAATGTGCACGTGAAACAGCT;SOR=1.197;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=15;WE=56820420;WS=56820402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr4	56832173	rs71601610	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.401;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=396;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TCAGGGTTTTCTGAAGTGTTG;SOR=0.024;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=26;WE=56832181;WS=56832163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr4	56835413	rs1811473	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=164;SC=ATCAACATGGCGAAACCCCGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=56835421;WS=56835403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	56840846	rs2290014	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TATTAATATAATTTACTTGAC;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=56840854;WS=56840836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	56874517	rs3214045	A	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=441;ReadPosRankSum=0.867;SC=TCAAATGAAGATAATGATCTC;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=25;WE=56874525;WS=56874507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr4	56878193	rs11724411	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ATTTAGTGAAACAGAAAACAT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=56878201;WS=56878183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr4	56890930	rs79684519	A	G	198.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTTGGTGATAGTAGTTATGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=56890938;WS=56890920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	57167280	rs13124016	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GGCTTTGTTCATTCTTTGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=57167288;WS=57167270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
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chr4	57176832	rs79868722	T	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=37;PP=1604;ReadPosRankSum=-0.145;SC=ACTGTTCCAGTCCAGTGATAC;SOR=0.388;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=100;WE=57176840;WS=57176822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,99:0.58:172
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chr4	57181632	rs7672073	G	C	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=122;PP=2965;SC=GCTAAGCCCCGCCAGGAGTCT;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=154;TCR=122;TR=276;WE=57181640;WS=57181622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
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chr4	57190242	rs2292983	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=359;ReadPosRankSum=0.123;SC=TGAAAACATGTTTCCCATGAC;SOR=0.146;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=16;WE=57190250;WS=57190232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr4	57190356	rs7695701	G	A	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AAGAGAAGAGGCCCGAGACTG;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=151;TCR=108;TR=140;WE=57190364;WS=57190346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,148:0.53:277
chr4	57193762	rs6826795	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=413;SC=AAAATTTGTAGTGTGGCTGTG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=57193770;WS=57193752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	57194329	rs11733474	G	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=627;SC=GCCAACCTTTGGTAATGGTTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=57194337;WS=57194320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	57194460	rs6811153	A	G	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1286;ReadPosRankSum=0.876;SC=AAGAACACCCATTCTCCTGAA;SOR=0.568;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=217;TCF=128;TCR=89;TR=94;WE=57194468;WS=57194450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,100:0.43:232
chr4	57194525	rs6834736	C	G	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTGTGCCCATCTTAGTTTTCA;SOR=0.668;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=317;TCF=163;TCR=154;TR=143;WE=57194533;WS=57194515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,152:0.46:333
chr4	57208955	rs9996468	A	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	57215677	rs3796544	G	A	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=67;PP=2226;ReadPosRankSum=1.083;SC=AGTCCCTATCGCAGGTTTCCC;SOR=0.808;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=324;TCF=167;TCR=157;TR=150;WE=57215685;WS=57215667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,157:0.47:334
chr4	57215803	rs150162083	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1446;ReadPosRankSum=0.616;SC=AGAAGGACAGGCTGAAGAGCA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=115;TCR=129;TR=98;WE=57215811;WS=57215793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,104:0.40:258
chr4	57219523	rs6554347	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=0.803;SC=TATGAATACAATTAGTATTAT;SOR=0.336;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=18;WE=57219531;WS=57219513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr4	57219592	rs6554348	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATGGTAGAGAGTCGATCAATA;SOR=0.420;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=40;WE=57219600;WS=57219582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr4	57221348	rs3796543	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=678;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAACCCTTACTTGAGAGTAGA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=47;WE=57221356;WS=57221338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr4	57237683	rs6554354	G	A	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=74;PP=2336;ReadPosRankSum=0.854;SC=GCAACTTGACGGAAGTTGGTA;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=173;TCR=148;TR=160;WE=57237691;WS=57237673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,170:0.50:338
chr4	57248716	rs34228795	G	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=2.640;SC=TAATGACGGTGGTGAATCTGG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=29;WE=57248724;WS=57248706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr4	57250285	rs34543011	T	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=31;PP=1557;ReadPosRankSum=-1.684;SC=TAGAGACCAATTTCCCGAATT;SOR=0.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=91;WE=57250293;WS=57250275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr4	57261372	rs34605681	G	GA	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
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chr4	57325476	rs58975286	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=629;ReadPosRankSum=0.735;SC=AATTTTTTGTAAGGTTGTATT;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=36;WE=57325484;WS=57325466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr4	57336054	rs33985780	C	CT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr4	57367809	rs76774105	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=611;ReadPosRankSum=0.321;SC=CTCTTCCTTCGTTGAATATAT;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=51;WE=57367817;WS=57367799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr4	57377377	rs61732641	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1032;ReadPosRankSum=0.669;SC=TCCTAGTGCTGGGCCTGGATG;SOR=0.711;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=66;WE=57377385;WS=57377367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
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chr4	57458942	rs6858341	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.732;SC=AGCAGCAGTGCCGGCGGGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=57458950;WS=57458932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	57469510	.	C	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=72;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CCACAACAGTCAGACCCTGGT;SOR=0.894;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=97;TCR=151;TR=115;WE=57469518;WS=57469500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,119:0.46:257
chr4	57677780	.	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.106;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr4	57797414	rs3796529	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1110;ReadPosRankSum=3.045;SC=CAGAGGGAGCCACCTCCTCCC;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=74;WE=57797422;WS=57797404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,85:0.49:172
chr4	57798189	rs2227901	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=53;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CAGTCAAAGCGGCTAAGGGAG;SOR=0.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=122;TCR=119;TR=111;WE=57798197;WS=57798179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,117:0.46:252
chr4	57829718	rs148362007	G	A	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1651;ReadPosRankSum=2.122;SC=GTCCTTTGATGTTAACAATAT;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=121;WE=57829726;WS=57829708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,130:0.49:264
chr4	57830501	rs9996331	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=544;ReadPosRankSum=-1.567;SC=ACAAAGTGCTGGGATTACAGG;SOR=1.101;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=34;WE=57830509;WS=57830491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
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chr4	57857188	rs3733309	A	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=0.835;SC=TACTTACAGCACCGTCAATCA;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=21;WE=57857196;WS=57857178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr4	57883175	rs1718866	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=1.320;SC=TAAAATACTTGAGGAAGTAGA;SOR=1.154;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=13;WE=57883183;WS=57883165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr4	57889332	rs1718862	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	57889677	rs1056364	C	T	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=117;PP=2965;SC=TCAGAACTAGCGAGACGGGCA;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=94;TCR=117;TR=211;WE=57889685;WS=57889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	57976487	rs11573021	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=0.740;SC=GCGGCGCCGAGGAGCAGGGCG;SOR=0.510;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=57976495;WS=57976477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr4	62382943	rs335311	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=379;ReadPosRankSum=1.142;SC=GGCGGCAGAGAGCAGCCTTGG;SOR=1.420;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=19;WE=62382951;WS=62382933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr4	62445190	rs73215849	G	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=19;PP=1480;SC=ATTAAATGTTGAAATGCTATA;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=62445198;WS=62445180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	62449316	rs3075153	GTA	G	2884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=2183;SC=TTCACTAGCTGTATGTTTGAT;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=48;WE=62449325;WS=62449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	62542879	rs1391319	G	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=291;SC=ATATGAATACGTGTTCTAACA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=62542887;WS=62542869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	62598689	rs10434219	C	T	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=140;PP=2965;SC=AGCTCCCTCACAGGGTGGATG;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=134;TCR=141;TR=274;WE=62598697;WS=62598679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr4	62599289	rs9312082	G	A	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=58;PP=1560;SC=TCAACCTTTTGTGGTACTCTT;SOR=4.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=64;WE=62599297;WS=62599279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	62758251	rs7691112	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=694;SC=ATCAGGTTGAAGACTTCTAGA;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=62758259;WS=62758241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	62775483	rs12648576	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	62800554	rs2305339	G	A	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=48;PP=2100;SC=TCATCCTCTTGTAGGCAATGG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=62800562;WS=62800544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	62800728	rs734644	T	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=34;PP=1189;SC=TCAGGGAGAATACAGACAATA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=62800736;WS=62800718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	62845388	rs1397547	G	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=78;PP=2965;SC=GCTTTTTCCGGGGGCTCCAGA;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=121;TCR=78;TR=199;WE=62845396;WS=62845378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	62845490	rs1397548	A	G	7626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=144;PP=2965;SC=CTGACCAACCAGTAAGCAACC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=268;WE=62845498;WS=62845480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr4	65145955	rs1483711	T	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=267;SC=TTCTTTCTTATTTCTATGAAA;SOR=2.049;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	65145966	rs5858871	T	TAA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=478;SC=TTCTATGAAATGTTATATTAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	65146700	rs10012755	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=586;SC=TTTTCTCAGAAACCATTTATC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	65146711	rs1483709	T	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=640;SC=ACCATTTATCTTAAAGATGCA;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	65147404	rs10001161	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=GTATTTATAGTAACCTATTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=65147412;WS=65147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	65165661	rs11935568	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	65240805	rs6551827	A	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=ATACACTCTAACATATATTGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=65240813;WS=65240795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	65240822	rs7683730	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=116;SC=TTGCACTTATAGAAAAATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=65240830;WS=65240812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	65240967	rs72614757	A	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=4;PP=109;SC=AAATAGAGTTATTTTTAAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=65240975;WS=65240957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	66214043	rs2290254	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=0.925;SC=GTTTGACAGCGCGCAGTGTCT;SOR=0.124;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=66214051;WS=66214033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr4	66218728	rs3792649	C	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=664;ReadPosRankSum=-1.276;SC=ATAAATAACACCTTGAATAAC;SOR=0.381;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=46;WE=66218736;WS=66218718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr4	66218980	rs5858955	G	GAAAT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=92;SC=TTTATTAAATGAAAGATATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=66218988;WS=66218970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	66270241	rs3749525	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=893;ReadPosRankSum=0.176;SC=TAAAGTGATCACATGCATTCA;SOR=0.888;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=56;WE=66270257;WS=66270231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr4	66286088	rs6551921	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=0;PP=343;SC=TCTTCTGCAAGTTGGATAATT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=66286121;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	66286100	rs6551922	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	66286414	rs6551923	T	C	215.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=148;SC=ATTTTAGTTTTTCTATATAAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=66286422;WS=66286404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	66468046	rs5858973	TA	T	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=558;SC=AATAGAAAGATAAAAAAAATT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25;WE=66468054;WS=66468036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	66535284	rs55860557	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=660;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CCCTACCTTCGTTGCTGGGGC;SOR=0.438;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=50;WE=66535292;WS=66535274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr4	68214260	rs7659344	C	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=229;SC=AAGAAAAACACAGAGAGAGAG;SOR=3.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=68214278;WS=68214252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr4	68380215	rs11250	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=549;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CTACCTTGAAGGAGTGCAGTG;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=42;WE=68380223;WS=68380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr4	68384008	rs355510	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.875;SC=CTTGTCCTTCCGATGTTTTAT;SOR=0.946;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=3;WE=68384016;WS=68383998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr4	68396525	rs355477	G	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=452;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CATGGAGATGGCACCAACCTG;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=34;WE=68396533;WS=68396515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr4	68406626	rs3836713	TATTA	T	1759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=1085;ReadPosRankSum=0.209;SC=CTGCATTTGATATTAATTACC;SOR=0.438;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=24;WE=68406637;WS=68406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr4	68416393	.	TA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.524;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr4	68436883	rs13111555	T	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	68442968	rs11556614	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr4	68447200	rs2242331	A	G	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1434;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GTAAGTGCACAATGAACTGCA;SOR=0.502;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=102;WE=68447208;WS=68447190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,112:0.51:221
chr4	68447249	rs2242330	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=1042;ReadPosRankSum=0.113;SC=TTCTAATTATAAAGGAGAGTT;SOR=1.592;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=51;WE=68447257;WS=68447239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,56:0.55:101
chr4	68449269	rs144427229	G	GT	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.534;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=515;ReadPosRankSum=0.326;SC=AAACAATTCTGTTTTTTTATC;SOR=1.534;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=22;WE=68449277;WS=68449259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr4	68458937	rs3816821	G	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=419;SC=CTATACTTATGCAGGTGATGC;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=68458945;WS=68458927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	68489007	rs3830312	C	CA	1320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;MQRankSum=0.417;QD=25.90;ReadPosRankSum=0.704;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr4	68490044	rs10454252	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=16;PP=470;SC=ATCTATTCAACTTTCACGTTT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=68490052;WS=68490034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	68490122	rs12331690	G	A	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=135;SC=CTTATTACAGGTCTGTATACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=68490130;WS=68490112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	68496080	rs354866	G	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=700;SC=ATCAAAAAGAGTGATTCTTAT;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=68496088;WS=68496070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	68497389	rs72642357	T	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	68497597	rs77075932	C	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	68500171	rs10008910	A	G	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=48;PP=1776;SC=ACTGTATGGTATGTTCAATAG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=68500179;WS=68500161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	68510597	rs143223029	GA	G	155.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=104;SC=CTGTTTCAACGAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=68510605;WS=68510587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	68512252	rs17633426	T	C	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=57;SC=ATTTAAAACTTTGCATTCACT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=68512260;WS=68512248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	68515054	rs6840867	A	G	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=163;SC=CCCCTACTAAATATCTCTAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=68515062;WS=68515044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	68534392	rs10010188	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=502;SC=CCAGGATTTGCCTAAAAATAA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=68534400;WS=68534382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	68544318	rs28483797	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=607;SC=TCCAGTATTACTGACAATGTA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=68544326;WS=68544308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	68547157	rs200361645	A	AT	164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=133;SC=AATTTCCATGATTTTTTTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=68547165;WS=68547147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	68547809	rs34482936	A	ATAC	3275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=1992;SC=CAAAAGTGTCAAAAATTAGGA;SOR=2.030;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=68547817;WS=68547799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	68562176	rs10660788	T	TACAC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=345;SC=CACATATATATACATATACAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=68562184;WS=68562166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr4	68566891	rs34378415	TG	T	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.398;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.365;NF=3;NR=38;PP=985;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GGCGGGACCGTGGGGGGGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=41;WE=68566899;WS=68566880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr4	68567014	rs376361830	A	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=14;PP=1570;SC=GTGTGGCCGCATGGCGTGCTG;SOR=2.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=74;WE=68567042;WS=68567004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	68567025	rs28653581	T	G	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=19;PP=2190;SC=TGGCGTGCTGTGGTGCAGGTG;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=90;WE=68567042;WS=68567004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	68586267	rs17635222	G	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=72;PP=1840;SC=GCTACAAGCTGGACCCACTGC;SOR=2.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=100;WE=68586275;WS=68586257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	68700956	rs6824984	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=407;SC=TGGGGTTGGGAGGTGGTCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=68700964;WS=68700946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	68777000	rs28648375	T	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CACTAAATAGTTGAATTCTCA;SOR=0.325;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=24;WE=68777008;WS=68776990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr4	68777054	rs12646286	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TAACTTTTATCGTGAATTAGA;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=112;TCR=57;TR=92;WE=68777062;WS=68777044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,95:0.53:178
chr4	68780253	rs1371933	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=449;ReadPosRankSum=-1.466;SC=AATATATTCTGAGCCAGATAC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=25;WE=68780261;WS=68780243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr4	68780399	rs1371932	A	G	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=1630;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGCAGACATCATCACTTATGA;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=296;TCF=141;TCR=155;TR=129;WE=68780407;WS=68780389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,133:0.43:308
chr4	68780512	rs10025303	C	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.524;SC=GTGAAGTGAGCAGACTTTCCT;SOR=1.112;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=16;WE=68780520;WS=68780502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr4	68784774	rs353163	T	C	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=131;PP=2965;SC=CAAACAAATCTGGCGTATGTC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=258;WE=68784782;WS=68784764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr4	68788694	rs353159	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1058;SC=TGTAATTACAGGAAATGACCC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=68788702;WS=68788684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	68788719	rs2119382	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=205;ReadPosRankSum=0.569;SC=CTTACTTGCCTGAAGACATTT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=16;WE=68788727;WS=68788709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr4	68789693	rs149179048	GT	G	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CAGTCCATGAGTTAGAAAAAA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=68789701;WS=68789683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	68789778	rs6839279	G	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=0.200;SC=GCAAGTATGAGCAAATATTTG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=21;WE=68789786;WS=68789768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr4	68795815	rs17578509	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ATTGTCCTTCAGTCTTACCTG;SOR=1.775;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=34;WE=68795823;WS=68795805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr4	68795859	rs11929790	G	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CTCAGTTGCTGAGAGTGTCAA;SOR=0.124;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=68795867;WS=68795849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr4	68797827	rs73823321	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=800;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TATTTTATAATAGGAATATAT;SOR=1.188;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=40;WE=68797835;WS=68797817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr4	68812283	rs11930532	C	T	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=98;PP=2965;SC=TGCCAAATCCCACTGTCCTGA;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=173;WE=68812291;WS=68812273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	68812444	.	T	TA	45.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	68829207	rs6552134	G	A	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=64;PP=1840;SC=AGAAGTCTACGGCTCAAAGAA;SOR=4.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=70;WE=68829215;WS=68829197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	68904637	rs6552141	A	C	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=29.40;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	68904834	rs9999589	T	G	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=59;PP=2348;SC=TTGACAACCTTTTTATTGACA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=68904842;WS=68904824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	68919617	rs10018943	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=28;PP=2236;SC=TAACTCATGGGCAATCCACAC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=104;WE=68919625;WS=68919607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	68928740	rs1837215	G	A	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=90;PP=2621;SC=TTTCTGACACGCTCATTTGGG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=149;WE=68928748;WS=68928730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	68934306	rs10004522	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=1;PP=670;SC=ACTGTGAAAAGAAGGCTCACA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=68934314;WS=68934296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	68956422	rs57121360	T	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=527;ReadPosRankSum=1.219;SC=GTCCCCTACGTCTTGCCCACA;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=42;WE=68956430;WS=68956412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr4	68956498	rs13115830	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=449;SC=GAAGACACTTCTCAAATACTC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=68956506;WS=68956488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	68995529	rs10030708	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1144;ReadPosRankSum=0.801;SC=AATACTTACGCGTACATCATG;SOR=0.754;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=79;WE=68995537;WS=68995519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr4	69057073	rs4860284	G	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=18;PP=875;SC=TCAAATTCCAGTACTTATATT;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=69057081;WS=69057063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	69078113	rs4463136	T	C	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=84;PP=2965;SC=AGACCAATAGTTATTCCAAAG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=130;TCR=86;TR=214;WE=69078121;WS=69078103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	69083563	rs10008636	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=16;PP=943;SC=GGGAGTCATACTGGGGAGATA;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=69083571;WS=69083553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	69094507	rs2319797	T	A	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=48;PP=1872;SC=CATAACATTGTATCAGTCACA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=98;WE=69094515;WS=69094497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	69094575	rs2319796	T	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=36;PP=1089;SC=CTTCAAAAAGTCTTCTTGAAG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=69094583;WS=69094565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	69094926	rs63181060	TTAAA	T	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=771;SC=GATTGATTGATTAAATAGTTA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=69094937;WS=69094916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	69095197	rs12331141	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=31;PP=1113;SC=TTTACTACAATTCCAAAGTTG;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=69095205;WS=69095187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	69096810	rs10024748	G	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=114;SC=CTATGTGATTGTAAATTTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=69096818;WS=69096800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	69097150	rs5859125	TA	T	1012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=735;SC=TTACGCATTATAAAAAAATAT;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=26;WE=69097158;WS=69097140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	69111414	.	C	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1059;ReadPosRankSum=-2.074;SC=TTATGTGCTACATCCAGTGTT;SOR=0.898;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=177;TCF=64;TCR=113;TR=76;WE=69111422;WS=69111404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,79:0.42:186
chr4	69416353	rs62316988	T	A	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=72;PP=2965;SC=GTTGACAAAATAATTTGTAAG;SOR=1.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=170;TCR=72;TR=242;WE=69416361;WS=69416343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	69417570	rs28374627	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=579;SC=GTAACCACTTATACAGTCGAG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=69417578;WS=69417560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	69433714	rs34664906	C	T	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.940;NF=85;NR=78;PP=2337;ReadPosRankSum=1.825;SC=TGTTAAGTAGCTCAGCCAGCA;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=182;TCR=166;TR=163;WE=69433722;WS=69433704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,165:0.47:354
chr4	69434217	rs28672900	G	A	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=170;PP=2965;SC=GTCTTATGCAGTGCTTCTTTT;SOR=1.313;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=106;TCR=170;TR=276;WE=69434225;WS=69434207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr4	69886151	rs11730623	A	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=82;PP=2279;SC=TATACAGAGAAAAATCAATCA;SOR=2.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=21;TCR=82;TR=103;WE=69886159;WS=69886141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	69962966	rs138733571	A	AT	1493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.486;NF=3;NR=35;PP=921;ReadPosRankSum=-1.350;SC=CTAGGTAAGTATTTTTTTCAA;SOR=1.089;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=38;WE=69962974;WS=69962956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr4	69964180	rs7439326	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.400;NF=20;NR=0;PP=329;ReadPosRankSum=1.564;SC=TTTGCCTACATTATTCTAACC;SOR=0.960;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=20;WE=69964188;WS=69964170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr4	69964209	rs7438244	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=3.041;NF=28;NR=2;PP=437;ReadPosRankSum=0.105;SC=AAATTTACCTAAAGTAATTAT;SOR=2.683;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=30;WE=69964217;WS=69964199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr4	69964271	rs28365062	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.914;QD=5.65;ReadPosRankSum=-2.822;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,59:0.33:177
chr4	69964337	rs7438284	AT	TC	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.997;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=-1.964;NF=40;NR=40;PP=2854;ReadPosRankSum=1.511;SC=TTCAGTTTCCATATCCACTCT;SOR=0.426;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=197;TCF=90;TCR=107;TR=80;WE=69964346;WS=69964327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,84:0.41:203
chr4	69972777	rs5013211	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ATTAGTCTTTGAGTAGTTCTT;SOR=0.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=69972787;WS=69972767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr4	69972779	rs4257713	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=589;ReadPosRankSum=1.433;SC=TAGTCTTTGAGTAGTTCTTAT;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=69972787;WS=69972767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr4	69972949	rs4292394	C	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-2.626;QD=21.88;ReadPosRankSum=-3.105;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr4	69972952	rs4348159	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-2.699;QD=20.96;ReadPosRankSum=-2.461;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr4	70079838	rs4694697	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.379;NF=40;NR=16;PP=890;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TTTGATCACTTAATTTTGACA;SOR=1.424;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=56;WE=70079846;WS=70079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
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chr4	70146704	rs7689398	G	A	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=41;PP=1818;SC=TGCTGGCTGCGCTACTTAACA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=102;WE=70146712;WS=70146694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr4	70355211	rs1845555	T	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=18;PP=722;SC=TTTCTTCTGATGTGTTACTGA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=70355219;WS=70355201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr4	70359694	rs7441743	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=0.105;SC=ACATATATTCGTATATAGGCA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=4;WE=70359702;WS=70359684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr4	70391429	rs11732968	G	A	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=550;ReadPosRankSum=0.715;SC=GATGAGACATGTAAGAGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=44;WE=70391437;WS=70391419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr4	70391454	rs11732996	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=616;ReadPosRankSum=0.951;SC=ACATTATGATGTAGTCCCTGT;SOR=0.900;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=45;WE=70391462;WS=70391444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr4	70391536	rs66653481	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GAAAGGGCTCCAGGCTGGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=18;WE=70391544;WS=70391526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr4	70391561	rs68096061	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.02;MQRankSum=-0.623;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-2.352;SC=GGCTCACACCGTTAATCCCAG;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=70391569;WS=70391551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	70455231	rs41292305	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=571;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGAACCAGGTGAGGTCATGGG;SOR=0.559;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=43;WE=70455239;WS=70455221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr4	70455478	rs2288741	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.704;SC=ATAGTTACGTGGAGAAAATAT;SOR=0.066;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=70455486;WS=70455468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr4	70501451	rs6811810	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.823;SC=AGGCTGAGGCGGGAGAATCGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=70501459;WS=70501441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr4	70592790	rs2292092	G	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=786;ReadPosRankSum=-1.737;SC=TTCTTCAGATGTGTGATTTAG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=52;WE=70592798;WS=70592780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr4	70599073	rs1847366	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CAAATATCAACCCTTTTACAG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=26;WE=70599081;WS=70599063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr4	70615308	rs1503723	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TACGTACAACGTGAGTGGGTA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=13;WE=70615316;WS=70615298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr4	70620708	rs2134668	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ATTTAGAATGGTAATGATTTT;SOR=1.005;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=16;WE=70620716;WS=70620698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr4	70707945	rs1220724	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.447;SC=CTCAATTTTAAGAATCAAATG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=70707953;WS=70707935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	70805831	rs1220858	A	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	70811806	rs1237375	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=469;SC=CATTGTGAGCTTGTCTAATAC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=70811814;WS=70811796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	70898953	rs1136515	C	T	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr4	70921164	rs2271643	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.74;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	70921164	.	TT	CC,CT	175	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=8,17;NR=1,2;PP=123,175;QD=19.6075416514;SC=AACACTTGTATTGTCATTCTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9,19;WE=70921173;WS=70921154;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:20
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chr4	70921337	rs2271644	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=37;PP=1235;SC=GACTCTAGTTGCTTGTCTTTC;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=70921345;WS=70921327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr4	70944452	rs1399812	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=18;PP=668;SC=AAGATGTCTTGTCTTTTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=70944460;WS=70944442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr4	70947376	rs2063820	T	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=1106;SC=AAATGAAATTTAAAAAAGAAT;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=70947384;WS=70947366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	70948533	rs7675265	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=351;SC=TTAAATACTTTAGATAAATTC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=70948541;WS=70948523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	71005558	rs80069567	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=285;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCTATACATCTAAGAGGCAAT;SOR=0.410;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=18;WE=71005566;WS=71005548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr4	71008313	rs777398	G	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=19;PP=549;SC=ATAGTTATCTGTTGTGCTAAA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=71008321;WS=71008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	71008375	rs777399	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=223;SC=CAAGTAGAAGTTGAAACAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=71008383;WS=71008365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	71008910	rs3775758	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr4	71008940	rs3775759	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr4	71009033	rs777400	A	G	191.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.282;SC=TCATATTTTCATTTATAAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=71009041;WS=71009023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	71020205	rs1709273	C	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=19;PP=591;SC=TGTTTATAGGCATTTGTGCTT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=71020213;WS=71020195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	71021888	rs1709274	C	T	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=54;SC=TACAGTGAAACTTAATGACTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=71021896;WS=71021878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	71024010	rs111347259	T	TACAA	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=1049;SC=ACAGGACAAATACAATCAACT;SOR=3.611;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=19;WE=71024018;WS=71024000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	71024099	rs1612460	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=790;ReadPosRankSum=0.046;SC=TCCTTATGGCATACGGAATTT;SOR=0.857;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=62;WE=71024107;WS=71024089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr4	71027213	rs62305548	G	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TCTCAGAGAAGAAAGGTTATT;SOR=0.588;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=26;WE=71027221;WS=71027203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr4	71062256	rs3756132	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.580;SC=ATATATCATACGAAAATGAAA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=71062264;WS=71062246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	71062342	rs3756131	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=0.128;SC=ACTAGTCCCACTGTGTTAAAC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=32;WE=71062350;WS=71062332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr4	71062426	rs17704351	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr4	71063964	rs2306445	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=0.044;SC=AAATAGGCAGGGGTTTTTGAA;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=71063972;WS=71063954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr4	71065943	rs34093806	GA	G	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.085;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	71067010	rs62307377	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	71067317	rs4694273	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TGACCAGGAGCGCACCTCTAA;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=11;WE=71067325;WS=71067307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr4	71068489	rs3196714	T	C	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1217;ReadPosRankSum=0.108;SC=GGAGAAGAGATACCATATTTA;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=163;TCF=124;TCR=39;TR=70;WE=71068497;WS=71068479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr4	71110639	rs13103289	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr4	71110680	rs41292333	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ATACAATTATGCTTCATAGAA;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=11;WE=71110688;WS=71110670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr4	71113633	rs10518071	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AAAGGTCAATTGTATTATAGA;SOR=0.591;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=20;WE=71113641;WS=71113623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr4	71114676	rs3836687	TATA	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CATTTGGGTCTATAATAATAA;SOR=0.132;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=71114686;WS=71114675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr4	71232430	rs10024123	T	C	13564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=302;NR=176;PP=2965;SC=TCCTCCACCATGTTTTCCTTT;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=303;TCR=177;TR=478;WE=71232438;WS=71232420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr4	71232701	rs6853742	C	T	10140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=153;NR=190;PP=2965;SC=CTCCCTACTCCTGCACCCTAA;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=153;TCR=191;TR=343;WE=71232709;WS=71232691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr4	71250308	rs2233586	T	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.12;QD=29.03;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	71250399	rs7676909	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=564;SC=ATTAATCATCAATGAAACACT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=71250407;WS=71250389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	71255370	rs7674958	A	T	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=31;PP=2756;SC=TTTACTTCTTATTTCCACAGC;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=97;TCR=31;TR=128;WE=71255378;WS=71255360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	71255593	rs2988	G	A	10758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=201;PP=2965;SC=TGATGCCCCAGGTTATCCACA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=387;TCF=186;TCR=201;TR=384;WE=71255601;WS=71255583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr4	71255767	rs3733493	A	G	8029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=162;PP=2965;SC=TACTGCTTCTACTACCCAAAA;SOR=1.175;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=113;TCR=162;TR=274;WE=71255775;WS=71255757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr4	71275012	rs1352689	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=811;SC=AGTAGATATATTAATACATAG;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=71275020;WS=71275002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	71384488	rs28674149	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=20;PP=1744;SC=AGGTAGCAATCTGAAACATGA;SOR=2.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=84;WE=71384496;WS=71384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	71384537	rs35286445	C	T	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1564;ReadPosRankSum=1.144;SC=AGGATCAACTCGGTCATTACC;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=110;TCR=60;TR=102;WE=71384545;WS=71384527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,112:0.62:182
chr4	71384579	rs35692424	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=1539;ReadPosRankSum=0.612;SC=TTATATGCCAGCCAGTTTCAA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=136;TCR=122;TR=113;WE=71384587;WS=71384569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,118:0.43:274
chr4	71388379	rs28754427	A	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=1.045;SC=TAAAAGATAGACATGTTTGCA;SOR=0.954;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=37;WE=71388387;WS=71388369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr4	71388394	rs4123809	T	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=893;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TTTGCATTGGTGGCAACCTGG;SOR=0.993;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=52;WE=71388402;WS=71388384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr4	71390795	rs17733287	C	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=680;ReadPosRankSum=0.337;SC=TATTAACTGACGAATGTTCTG;SOR=0.545;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=35;WE=71390803;WS=71390785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr4	71396989	rs17676820	C	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=809;ReadPosRankSum=0.058;SC=CACATGCCATCGAGGAAGCCA;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=67;WE=71396997;WS=71396979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,73:0.43:170
chr4	71398064	rs3852099	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ACTAAAGAATGATATGGATGC;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=5;WE=71398072;WS=71398054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	71467593	rs28538959	A	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1039;ReadPosRankSum=0.768;SC=TCTAAAAGATACTGTGCCTAT;SOR=0.510;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=75;WE=71467601;WS=71467583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr4	71467710	rs13115627	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=598;ReadPosRankSum=0.242;SC=GTATTGGAAAAACTGAAAAAA;SOR=0.463;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=38;WE=71467718;WS=71467700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr4	71588498	rs28435678	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=0.636;SC=GCTAGTATTTCACCAGCATCC;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=37;WE=71588506;WS=71588488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr4	71656836	rs201456019	AT	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ATAATGACTTATCTCTTTGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=71656844;WS=71656835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	71691743	rs6814981	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=526;SC=AACGCAGAAACACTATATTTT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=71691751;WS=71691733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	71698183	rs4694081	C	A	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=138;PP=2965;SC=AAGAAAAAACCCAACAGGGAT;SOR=1.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=64;TCR=138;TR=202;WE=71698191;WS=71698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	71704965	rs3775728	C	T	15066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=282;NR=269;PP=2965;SC=CGACCAGAGACTCGAGGCGAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=552;TCF=282;TCR=270;TR=551;WE=71704973;WS=71704955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr4	71705262	rs6813092	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=23;PP=943;SC=CGGAGGGCAGAGTAGGACGCG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=71705270;WS=71705252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	71768079	rs1871048	C	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=32;PP=2054;SC=CGCCCCCTCCCCCTGCCATTG;SOR=2.004;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=110;WE=71768087;WS=71768069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	71864013	rs6446988	A	G	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=135;SC=CTTTAGGTATATATCTTCATC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71864021;WS=71864003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	71892513	rs1486271	A	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=23;PP=813;SC=TGTTTTTTCTAAAAAAGTGTA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=71892521;WS=71892503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	71894321	.	C	CTTTT	50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=50;QD=33.5;SC=AACAATATTTCTTTTTTTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=71894329;WS=71894311;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr4	71895260	rs4643786	C	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=78;SC=AACTTTTTGACCAGTTTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=71895268;WS=71895250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	72215509	rs200387637	C	CT	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=935;ReadPosRankSum=1.789;SC=GCTATTAATACTCCACAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=72215525;WS=72215499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr4	72215512	rs199800861	CACAAAA	C	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=943;ReadPosRankSum=1.103;SC=ATTAATACTCCACAAAAAGAG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=72215525;WS=72215499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr4	72316822	rs10022349	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=781;SC=ACTCCATCTCCCCATTAGCCA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=72316830;WS=72316812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	72397710	rs3775162	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=1.491;SC=GTTCTTCATTCAGTTCAAACA;SOR=1.493;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=14;WE=72397718;WS=72397700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr4	72397964	rs10446504	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=734;ReadPosRankSum=1.577;SC=TAATTTATTGTGTTTCTCTTT;SOR=1.183;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=53;WE=72397972;WS=72397954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr4	72411967	rs4694097	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=250;SC=CAAGCAAAGCAAGTCAGTTTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=72411975;WS=72411957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	72413281	rs2278893	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=484;ReadPosRankSum=1.279;SC=ATTTTGTCAATGTGTAGTTTT;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=27;WE=72413289;WS=72413271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr4	72423624	rs1453474	C	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=57;PP=1874;SC=TTTAATTGAACGTACCTGTGA;SOR=1.158;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=72423632;WS=72423614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	72425863	rs1453458	C	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=82;PP=2657;SC=TCTCCCAGCACGACCTCAGCT;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=155;WE=72425871;WS=72425853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	72429452	rs2290397	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=1;PP=1115;SC=GATGCTAGGAGATAGGAAGGG;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=41;WE=72429460;WS=72429442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	72432991	rs965606	A	C	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=202;SC=CCTAGTTACTATTACAAATAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=72432999;WS=72432981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	72618296	rs9016	T	C	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=52;PP=1923;SC=AAAGTCTGAGTGCTTGTTAAC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=72618304;WS=72618286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	72618334	rs7041	A	C	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=55;PP=2259;SC=TGGGTGTGGCATCAGGCAATT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=114;WE=72618342;WS=72618324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	72620865	rs71673486	C	CTATTTATT,CTATTTATTTATT	1207.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=16,16;PP=144,448;SC=TATATATTTCCTATTTATTTA;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=16,16;WE=72620873;WS=72620855;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.67,0.33:21
chr4	72622403	rs222033	A	C	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=39;PP=2463;SC=AAAATGGGAAAACGTTTTCAC;SOR=1.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=123;WE=72622411;WS=72622393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	72634975	rs222016	G	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=52;PP=2636;SC=TCCATGCTGAGTCAAAGTTAC;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=143;WE=72634983;WS=72634965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	72934578	.	C	CT	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.9998;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=43;QD=34.0;SC=TTTATCTTATCTTTTTTCCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=72934586;WS=72934568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr4	72934632	rs9884478	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=533;SC=ATTTCCAGGTCTCCTCAGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=72934640;WS=72934622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	73154640	rs74873938	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.75;MQRankSum=2.198;QD=12.13;ReadPosRankSum=3.091;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	73175093	rs10024487	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=22;PP=1684;SC=AATACTAAATCCATGAGAGAC;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=73175101;WS=73175083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	73185054	rs35584754	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=-1.781;SC=CATACTGGATATATCTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=15;WE=73185062;WS=73185044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr4	73414286	rs788908	C	T	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=96;PP=2965;SC=AGGCTCTGTTCTCCGGATTCT;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=217;WE=73414294;WS=73414276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	73433122	rs33925079	GA	G	4999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=58;PP=2975;SC=TACCAGCCTGGAAAGGAGGGG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=88;WE=73433130;WS=73433112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	73433315	rs6830556	G	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=758;SC=TTGGGGAAGGGAGTTGTTTGC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=73433323;WS=73433305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr4	73434535	rs34234669	CA	C	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=842;ReadPosRankSum=0.158;SC=AGAGCAAACCCACCCCCCCCG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=14;WE=73434549;WS=73434525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr4	73434541	.	C	G	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr4	73930552	rs3762883	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=586;ReadPosRankSum=0.482;SC=AAGTGGAGTCGGGTGCAGTGA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=43;WE=73930560;WS=73930542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr4	73933671	rs68113340	ATGTGTG	A,ATG	2527.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.60;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,22,46:0.31,0.65:71
chr4	73956736	rs6855349	G	A	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=83;PP=2376;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GATTGACACTGAGGACTGCAA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=96;TCR=144;TR=139;WE=73956744;WS=73956726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,144:0.57:251
chr4	73991006	rs6822576	T	C	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=99;PP=2600;SC=CAAGTGTTAGTGCCGTGTCAT;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=158;WE=73991014;WS=73990996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	74012462	rs13149759	A	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=642;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATTAAGATTTAAAAAGTAACA;SOR=0.479;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=47;WE=74012470;WS=74012452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr4	74014809	rs1534450	A	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-1.546;SC=AGCACCATTAAAAAAATCTTG;SOR=0.440;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=23;WE=74014817;WS=74014799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr4	74274864	.	GCA	G	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=73;QD=38.5;SC=AACCATTTATGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=2;WE=74274873;WS=74274854;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr4	74281012	rs6832260	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr4	74282092	rs35807836	A	AT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.374;SC=TTATTGACTGATTTTTTTTAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=74282100;WS=74282082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	74285239	rs962004	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr4	74285758	rs2236766	G	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=492;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ACTTAAAATTGCCCTTTATGG;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=32;WE=74285766;WS=74285748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr4	74285823	rs2236767	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=594;ReadPosRankSum=0.164;SC=GTGAGCTTCCGTCCAGAGATT;SOR=0.536;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=43;WE=74285831;WS=74285813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr4	74302071	rs3796678	T	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.724;SC=ATAGGTGAGATATTTTGTGTT;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=74302079;WS=74302061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	74302870	rs16849384	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=517;ReadPosRankSum=1.547;SC=TTTATTTTGCTTTCCAGCTTC;SOR=0.551;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=37;WE=74302878;WS=74302860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr4	74304118	rs6446932	T	A	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=257;SC=AATGCATTTATATATTTGAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=74304126;WS=74304108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	74310844	rs2298839	A	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GATGGGGTGAAGAGTCTTGCT;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=73;TCR=89;TR=81;WE=74310852;WS=74310834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,82:0.49:168
chr4	74313169	rs7667494	T	C	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=13;PP=640;SC=CTTTATTTTCTCTGTTGCAGG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=74313177;WS=74313159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	74318177	rs35920062	T	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TAAACCCTGGTGTTGGCCAGT;SOR=0.830;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=93;WE=74318185;WS=74318167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,96:0.46:208
chr4	74318330	rs4235117	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=816;SC=CGCTGCAAACAATGAAGCAAG;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=74318338;WS=74318320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	74349867	rs11939341	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=0.150;SC=TATAGCCATTACAATAGATAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=74349875;WS=74349866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	74352916	rs2071098	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=815;ReadPosRankSum=1.849;SC=CTTACCATATATGATGTTCTC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=46;WE=74352924;WS=74352906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr4	74354632	rs13107306	T	C	131.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.8338;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=1.383;SC=TAAACATTTTTATAAATAAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=74354640;WS=74354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr4	74361254	rs10212657	T	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=641;ReadPosRankSum=0.053;SC=GAAAATGTGATTGGCTAATCT;SOR=0.919;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=35;WE=74361262;WS=74361244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
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chr4	74451073	rs12507775	A	G	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=924;ReadPosRankSum=0.554;SC=CTGTGATAAGATAAATAGTCT;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=75;WE=74451081;WS=74451063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr4	74451092	rs12508661	T	G	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=876;ReadPosRankSum=-1.398;SC=CTGGGAAGAATAGATTATAAG;SOR=0.521;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=67;WE=74451100;WS=74451082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr4	74453656	rs10019146	G	A	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=91;PP=2413;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GTCATTCTGAGAAGTAATAAA;SOR=0.496;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=329;TCF=140;TCR=189;TR=166;WE=74453664;WS=74453646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,176:0.50:351
chr4	74453691	rs10011419	T	C	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=68;PP=1730;ReadPosRankSum=2.126;SC=CAGTTCCATTTATATTGAAGC;SOR=0.578;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=217;TCF=80;TCR=137;TR=111;WE=74453699;WS=74453681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,116:0.50:233
chr4	74453782	rs10009048	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=0.662;SC=CAAAGTTATAACAATTTTATG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=11;WE=74453790;WS=74453772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr4	74464285	rs10632092	T	TTG	1496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=902;ReadPosRankSum=0.490;SC=TCTTCCAGAATTGTGTGTGTG;SOR=1.431;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=21;WE=74464293;WS=74464275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,47:0.87:54
chr4	74464443	rs11368217	TA	T	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=426;SC=TCCCTAAAAATAAAAAAAAAT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=74464451;WS=74464433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	74486052	rs1247591	C	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=24;PP=1111;SC=CATCGTTGTTCGGCTGAACTT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=74486060;WS=74486042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	74486264	rs1247590	G	A	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=CAGCGATCCTGGAGCCCCAGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=194;WE=74486272;WS=74486254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	74607868	rs369603475	TA	T	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=64;SC=CCTTTTTGGTTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=74607876;WS=74607858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	74711842	rs34821794	C	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=36;PP=1356;SC=TATAGGTATACTTCTGTATCT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=77;WE=74711850;WS=74711832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	74713950	rs7658970	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=6;PP=1582;SC=AGAGGTACAATTACTGTCAAT;SOR=3.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=64;WE=74713958;WS=74713940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	74714098	rs2367288	G	A	10218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=203;PP=2965;SC=ATTCATCCCAGCAACATCATC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=176;TCR=203;TR=378;WE=74714106;WS=74714088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr4	74718941	rs941758	C	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=83;NR=35;PP=2409;SC=CGCTGTCCACCCCAGGCTTCC;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=118;WE=74718949;WS=74718931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	74719925	rs11723868	G	A	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=55;PP=1651;SC=TTATATTAACGAAATAAATCA;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=74719933;WS=74719915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	74735150	rs11547681	G	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=985;ReadPosRankSum=1.851;SC=CAGCTCTTCCGCTCCTCTCAC;SOR=0.348;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=68;WE=74735158;WS=74735140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr4	74735244	rs2071425	A	G	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.632;NF=37;NR=38;PP=1085;ReadPosRankSum=1.455;SC=TGCGAGTGGCACTGCTGCTCC;SOR=0.805;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=75;WE=74735252;WS=74735234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr4	74736144	rs4074	A	G	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=61;PP=1778;ReadPosRankSum=1.209;SC=TGCATTCGGAAAACTCTAGAG;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=267;TCF=142;TCR=125;TR=135;WE=74736152;WS=74736134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,148:0.50:295
chr4	74847292	rs352007	G	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	74863997	rs425535	T	C	10361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=170;PP=2965;SC=GATGAACTCCTTGCGTGGTCT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=182;TCR=171;TR=352;WE=74864005;WS=74863987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr4	74903134	.	T	C	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=44;QD=13.1285354245;SC=ACCCACTGCCTTCTATAGCAG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=74903142;WS=74903124;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,6:0.33:18
chr4	75023609	rs6840665	T	C	11446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=165;PP=2965;SC=CACTGCACGCTTCCACATCCT;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=228;TCR=165;TR=392;WE=75023617;WS=75023599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr4	75023709	rs2289443	C	T	16863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=309;NR=312;PP=2965;SC=CCGCTCTTTACCCCACTCTGC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=624;TCF=310;TCR=314;TR=621;WE=75023717;WS=75023699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,633:1.00:633
chr4	75040944	rs13116686	T	G	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=72;PP=2965;SC=ACACTATTGATGAAAAACCAT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=75040952;WS=75040934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	75046310	rs4694183	A	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=844;SC=GTTTCCATGCATCTCATTTGA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=75046318;WS=75046300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	75046372	rs561583	A	G	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=38;PP=2451;SC=TGGTACTGGGACTGTCACAAG;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=116;WE=75046380;WS=75046362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	75046465	rs561844	C	G	7047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=131;NR=116;PP=2965;SC=CAGGCTTGCTCTTTGTCCAGT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=247;WE=75046473;WS=75046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	75107255	rs4694184	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=39;PP=1616;SC=CACACCACCATGCGTAGCTAA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=75107263;WS=75107245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	75231244	rs1460006	C	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.42;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	75245343	rs7660209	T	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=550;SC=GATAATTTTTTAAAAAAGGGT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=75245351;WS=75245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	75246617	rs4694187	A	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=440;SC=TCTCCTTGACAGATTGGCATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=75246625;WS=75246610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	75248434	rs2367707	A	G	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=TAAGCAAAGAATATGTGGCTT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=180;WE=75248442;WS=75248424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	75248544	rs2367708	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=729;SC=TCTGCTTTTACAAATTACTTT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=75248552;WS=75248534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	75673363	rs4585380	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AAGAGGGCTTGGAAAATACGT;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=45;WE=75673371;WS=75673353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr4	75673455	rs7699847	T	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	75673533	rs62316277	T	C	59.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5182;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCGAGGCAGGTGGATCACAAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=75673541;WS=75673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	75675706	rs35926103	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GAGAATGTAAAGAGGAAGAAA;SOR=1.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=12;WE=75675714;WS=75675696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr4	75675841	rs11938093	A	T	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=64;PP=2295;ReadPosRankSum=-1.018;SC=ACTGCTATCAAACAAATCACC;SOR=0.887;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=330;TCF=198;TCR=132;TR=167;WE=75675849;WS=75675831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,179:0.50:356
chr4	75681217	rs11734944	A	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1011;ReadPosRankSum=0.412;SC=CAATAAATCAACTCTCTTTAA;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=68;WE=75681225;WS=75681207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr4	75719761	rs2278862	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GCCTCCTATTTATCCCCCCTC;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=75719769;WS=75719751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	75858518	rs75120017	G	C	6456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CCCGGGCTGGGCACCAAATAC;SOR=0.541;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=573;TCF=317;TCR=256;TR=292;WE=75858526;WS=75858508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,303:0.51:591
chr4	75937971	rs3822109	C	T	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GAACACAGCTCGGGCACTCCT;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=523;TCF=279;TCR=244;TR=216;WE=75937979;WS=75937961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,221:0.41:535
chr4	75938179	rs3775527	G	A	6145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CAGAGTCCCCGACAGAGGAGT;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=474;TCF=190;TCR=284;TR=260;WE=75938187;WS=75938169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,274:0.56:489
chr4	75938236	rs1062293	A	G	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=179;PP=2965;SC=CTGAGCCAGTACCCCAGGAGA;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=107;TCR=181;TR=286;WE=75938244;WS=75938226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr4	75938373	rs919052	C	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=47;PP=1444;SC=GAGTCTCTATCCAGTCCACTA;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=65;WE=75938381;WS=75938363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	75971289	rs3733467	C	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=807;ReadPosRankSum=1.688;SC=CCATAAGCATCCCCAGTTCAG;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=39;WE=75971297;WS=75971279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr4	76415985	rs6833496	G	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=849;SC=AGAAGATGCAGGCTAACTGCC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=76415993;WS=76415975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	76416779	rs2045863	G	A	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=27.33;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	76446921	rs112121251	G	GATT	4093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=21;PP=2875;SC=CTCACTTGATGATTATTATTA;SOR=1.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=57;WE=76446929;WS=76446911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr4	76649924	rs2280095	C	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=455;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GGGATTGGGGCCCAGGCCCTG;SOR=1.457;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=26;WE=76649932;WS=76649914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
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chr4	76678576	rs4859552	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=0.820;SC=TAAAATTGCTAAATAACTAAA;SOR=1.027;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=18;WE=76678584;WS=76678566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
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chr4	76711200	rs67037358	TA	T	89.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr4	76721459	rs4859409	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=666;ReadPosRankSum=0.603;SC=ATTGCAAAATGTACTAGATAT;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=47;WE=76721467;WS=76721449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr4	76721705	rs2271472	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-0.629;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr4	76722041	rs324727	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=414;SC=AGGTTATATGGTAACTCTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=76722049;WS=76722031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	76722353	rs324726	G	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=28;PP=1023;SC=TTCGAGAGCAGGTAAGTACTA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=76722361;WS=76722343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	76722422	rs13133472	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGGAGCCTTTTTTTCTGACAT;SOR=0.525;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=27;WE=76722430;WS=76722412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr4	76725245	rs381067	G	T	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=11;PP=1844;SC=TAATGCTAACGAGTATGACTT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=76;WE=76725253;WS=76725235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	76726528	.	T	C	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=134;QD=42.1928031368;SC=TTTTTTTTTTTCCTTGGATCT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=76726547;WS=76726518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr4	76726539	.	C	T	126	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=126;QD=40.1928031368;SC=CCTTGGATCTCTTAAGCCAGA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=76726547;WS=76726518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chr4	76727576	rs11312984	GT	G	258.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTACAGTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=76727584;WS=76727566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	76730004	rs324687	G	C	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=109;SC=GATTTTAAAAGTAGGAGGTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=76730012;WS=76729994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	76730061	rs324688	T	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=2;PP=269;SC=CCTTGATGAATTTAATACCAT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=76730069;WS=76730051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	76730195	rs324689	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TACAGAAAACAGAAGCGTTTG;SOR=0.654;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=18;WE=76730203;WS=76730185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr4	76730258	rs324690	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=92;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=431;SC=GTTGATGTATTATTTCTTAGC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=76730266;WS=76730248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	76730309	rs145662788	CTTTAGATTACTTACTAGCCGG	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=2627;SC=AGCACCTTCTCTTTAGATTAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=76730337;WS=76730299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	76734343	rs17284996	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=446;ReadPosRankSum=0.242;SC=ATATTAAATACGTCTTTTTCC;SOR=1.341;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=30;WE=76734351;WS=76734333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr4	76785716	rs1394913	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.31;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76785723	rs1394914	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.97;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	76785736	rs1394915	T	C	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	76787673	rs7654738	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=775;SC=GAAGCTAGGCTTGCCAGATAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=76787681;WS=76787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	76788692	rs2135234	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=850;SC=GCTCAGTTTTCGAGGGAGAGC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=76788700;WS=76788682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	76793228	rs1394916	A	G	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=52;PP=2201;SC=GATACTGCACAATATGTGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=76793236;WS=76793218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	76794345	rs6858658	T	G	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=64;PP=2965;SC=AGGAATTGCATGTTGTATTTT;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=154;WE=76794353;WS=76794335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	76797950	rs13132709	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=1.684;SC=CTCAAGCCCGGGAGTTCAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=76797958;WS=76797940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	76800729	rs13130621	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=413;SC=TTTTTTTGTCAGATTCTTCTG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=76800737;WS=76800719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	76800991	rs68095351	A	AT	159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr4	76805812	.	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.586;NF=16;NR=10;PP=290;ReadPosRankSum=0.005;SC=GGTAAACCAGCATGAAGGCAA;SOR=0.317;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=26;WE=76805828;WS=76805802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr4	76805902	rs1976518	C	T	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=81;PP=2616;SC=GTTCTGGCGACGGGAGGCCAT;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=76805910;WS=76805892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	76805962	rs1976517	G	A	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=52;PP=1651;SC=GAAGGAAATAGGAAATCAGGT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=76805970;WS=76805952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	76805978	rs1566975	C	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=41;PP=1302;SC=CAGGTTAAAACCAATAGGCAT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=76805986;WS=76805968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	76809319	rs7691712	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=981;SC=CAGGTAGAGCATTCTTCTTTG;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=76809327;WS=76809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	76809386	rs7691755	A	G	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=49;PP=2081;SC=TGATCTCCTCACTGTAACAGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=76809394;WS=76809376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	76811175	rs28436183	G	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=888;ReadPosRankSum=-2.531;SC=AAGGAGAGGCGTGGCCCCGTG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=57;WE=76811183;WS=76811165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr4	76812673	rs13116688	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.052;SC=GCCATTTACTCCTCAGCCCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=3;WE=76812681;WS=76812663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr4	76836137	rs6823734	A	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=60;PP=2016;SC=TAAATTGTGAAGCTGAAAATT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=116;WE=76836145;WS=76836127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	76839108	rs6819442	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=1660;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GAAATTCCTCCGGAGGATAAA;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=48;TCR=99;TR=92;WE=76839116;WS=76839098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,100:0.64:156
chr4	76841748	rs2280101	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=492;SC=CTCCCTTCCCAGCCAAGGCAC;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=76841756;WS=76841738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	76846755	rs937788	T	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=1007;SC=AAGATTTATATGCACTTTGCA;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=76846763;WS=76846745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	76857148	rs138725752	AT	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr4	76857150	rs200169565	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GGGGTGTGATTTTTTTGTGTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=5;WE=76857172;WS=76857144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr4	76857164	rs4859570	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr4	76857309	rs4859571	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=908;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTGCGTAAGACATTCCCAAAA;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=110;TCR=109;TR=71;WE=76857317;WS=76857299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,76:0.33:233
chr4	76857388	rs4859572	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,49:0.33:148
chr4	76857395	rs4859573	A	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,44:0.33:135
chr4	76861137	rs6847716	G	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=9;PP=1073;SC=TACTCCGCGCGGGCTTGGGGC;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=76861145;WS=76861127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	76861859	rs2292533	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=1032;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCCGCAGGGCCGGTGTCCCCG;SOR=1.164;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=52;WE=76861867;WS=76861849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr4	76878688	rs2242470	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CTTCATCACTGTCTATTTCAA;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=41;WE=76878696;WS=76878678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr4	76878716	rs2242471	G	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=1.340;NF=30;NR=26;PP=953;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCTCTTCTGGGATTTCCCGGG;SOR=0.625;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=56;WE=76878724;WS=76878706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr4	76878956	rs2242473	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=972;ReadPosRankSum=0.218;SC=AATAAATTACGTCTTAATAAA;SOR=1.061;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=60;WE=76878964;WS=76878946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr4	76878982	rs2242474	T	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=604;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GGTTATAAGATGAAATTTTCA;SOR=1.405;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=41;WE=76878990;WS=76878972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr4	76881401	rs4859577	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-1.780;SC=ACCTTAATCATGAAAGGTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=11;WE=76881409;WS=76881391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
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chr4	76911752	rs34740469	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
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chr4	76942943	rs3921	C	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=578;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TGGTGACCATCATTGGTCACC;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=41;WE=76942951;WS=76942933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,44:0.30:146
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chr4	76943235	rs4859586	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TTATGGATTATAGGGGTTGCT;SOR=0.078;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=76943243;WS=76943225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	76943677	rs4859588	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.478;NF=0;NR=8;PP=95;ReadPosRankSum=0.647;SC=GGCATACGCAGTTCTGAAGTC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=8;WE=76943685;WS=76943667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr4	76943764	.	CT	C	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=61.07;NF=1;NR=1;PP=20;QD=20.5;SC=CTTTACTGATCTTTTTTTATT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=2;WE=76943772;WS=76943754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr4	76944491	rs4241578	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.753;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr4	76955914	rs6532111	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=0.835;SC=TTTCAGATGCTCTTTTCCAGG;SOR=0.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=8;WE=76955922;WS=76955904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr4	76956179	rs12649185	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.699;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
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chr4	76956289	rs5859488	C	CAA	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=-1.619;SC=AAAGAACATACAAGAGTCTTA;SOR=2.006;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=11;WE=76956297;WS=76956279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr4	76956528	rs4859415	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=620;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TTAGTAATGCATCTGATTGCA;SOR=1.163;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=40;WE=76956536;WS=76956518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr4	76957171	rs6819597	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=584;ReadPosRankSum=-1.807;SC=GCTGGTGCTGCTGCTGCTACT;SOR=0.994;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=49;WE=76957179;WS=76957161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,57:0.32:180
chr4	76996958	rs6532172	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GAAAAAATACGCAGTGTCATC;SOR=0.346;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=11;WE=76996966;WS=76996948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr4	77029087	rs192767931	C	G	34.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr4	77036387	.	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATTTGTCAGTAAACTTCTCAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=77036395;WS=77036377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	77065476	rs33962347	TA	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.795;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr4	77172716	rs75886691	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=0.467;SC=CTCTCCCTTCCCTCGGCCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=6;WE=77172724;WS=77172706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr4	77189984	rs1876538	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=629;ReadPosRankSum=1.483;SC=AGTGGTAATATTTAAACCTAC;SOR=1.288;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=33;WE=77189992;WS=77189974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr4	77190069	rs1876539	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	77192688	rs3733253	G	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=904;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TTCACCGATTGCCCTCAATTC;SOR=0.395;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=51;WE=77192696;WS=77192678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr4	77192868	rs3733250	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1048;ReadPosRankSum=0.098;SC=TAAACTGCAGGAGACAGAGTT;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=63;WE=77192876;WS=77192858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr4	77199414	rs964051	C	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=460;ReadPosRankSum=1.001;SC=ATCTGAGCTTCAGATGATCAC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=21;WE=77199422;WS=77199404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr4	77201332	rs1036787	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=455;SC=TACTTTATAAGGAACTAAATG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=77201340;WS=77201322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	77201487	rs1036788	C	T	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=38;PP=1581;SC=GGCTACAGGACGCCACGTGTG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=77201495;WS=77201477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	77204398	rs74988469	CAT	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=0.636;SC=AGATTATTAACATGTGATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=77204407;WS=77204388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	77204500	rs1542096	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=509;ReadPosRankSum=1.653;SC=GTTTTGTTTGCCAATCTAATG;SOR=1.204;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=30;WE=77204508;WS=77204490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
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chr4	77303898	rs6844174	C	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=859;SC=TGGTGATTGTCATTTGATACA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=77303906;WS=77303888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	77305346	rs17001890	A	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=882;ReadPosRankSum=-1.398;SC=ACATGCTGTCATGTTCACATA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=203;TCF=123;TCR=80;TR=76;WE=77305354;WS=77305336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,82:0.38:213
chr4	77637502	rs344122	A	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=1853;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TTATTCCACGACTGAATATGA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=116;WE=77637510;WS=77637492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,119:0.55:215
chr4	77651971	.	C	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1026;ReadPosRankSum=0.889;SC=AGTGAGCCTGCAGGCCGACCT;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=65;WE=77651979;WS=77651961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr4	77660162	rs344140	G	C	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=97;PP=2892;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GGCATCTCTGGCCGGGAGCGT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=118;TCR=163;TR=168;WE=77660170;WS=77660152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,179:0.62:291
chr4	77660731	rs344141	C	G	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=1726;ReadPosRankSum=-1.714;SC=CAGCATCTACCCGGTACCTTC;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=122;WE=77660739;WS=77660721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,133:0.61:218
chr4	77661017	rs76656494	A	C	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TCAGTGCCTGAAAATGAGGAG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=188;TCR=138;TR=103;WE=77661025;WS=77661007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,108:0.32:342
chr4	77662248	rs344142	G	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.935;NF=28;NR=39;PP=1231;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CCGAGGCGTCGGCCTCCGCCT;SOR=0.961;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=67;WE=77662256;WS=77662238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr4	77662309	rs344143	C	T	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1717;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TGAGGGCGACCTGGCCAGGCC;SOR=0.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=104;WE=77662331;WS=77662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,112:0.64:175
chr4	77662361	rs147732653	C	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CGGCGCCTGACTCCCGAGCAG;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=281;TCF=161;TCR=120;TR=98;WE=77662369;WS=77662351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,104:0.35:301
chr4	77663262	rs344144	T	C	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.600;NF=29;NR=72;PP=1855;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GGTTTCCTTATAAAGATATAG;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=153;TCF=41;TCR=112;TR=101;WE=77663270;WS=77663252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,107:0.67:160
chr4	77663305	rs77384874	CTCTA	C	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.880;NF=0;NR=28;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TATACAGATTCTCTATCTATC;SOR=0.304;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=28;WE=77663316;WS=77663295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr4	77675505	rs3733242	C	T	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GAGATGCTGCCGCTCTTCCAC;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=344;TCF=171;TCR=173;TR=226;WE=77675513;WS=77675495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,234:0.64:364
chr4	77677557	rs11383067	T	TC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	77677558	rs11383066	T	TC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	77818132	rs13140552	G	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.390;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=380;ReadPosRankSum=-1.371;SC=AGGGAGCTGGGGGTCAGCAGC;SOR=0.927;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=39;WE=77818140;WS=77818122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr4	77818202	rs2645674	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,38:0.26:146
chr4	77818548	rs2703129	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CCTACGGGAGTCGCTGCCCGG;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=38;WE=77818556;WS=77818538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr4	77871016	rs873090	T	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=869;ReadPosRankSum=1.267;SC=GGAGTCGGCGTAAAGCACCCG;SOR=0.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=77871024;WS=77871006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr4	77871187	rs141562324	C	CGCG	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=762;SC=TGCTCGGCCCCGCGGCGGCGG;SOR=1.230;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=77871195;WS=77871177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	77916865	rs6532758	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	77917194	rs7356354	A	G	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=232;SC=TTTTTTCACTATGAGTTGACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=77917202;WS=77917184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	77917458	rs7685131	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=11;PP=1335;SC=GCAGCTGTGGAGGGTCTCCTT;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=77917466;WS=77917448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	77940160	rs3816965	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=248;SC=TTGGTTATAAGGGGGGTGGGA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=77940168;WS=77940150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	77969825	.	GA	G	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr4	77987351	rs4241602	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=532;SC=GTATGGCAGTAGTATGTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=77987359;WS=77987341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	78082563	rs72040769	TATTTAAAATC	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=508;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CCCTGGCAAATATTTAAAATC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=78082580;WS=78082553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	78086900	rs4150092	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=1.364;SC=TATAAAACATTTAAGTGTGTT;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=78086908;WS=78086890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	78106123	rs28503908	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TTGGATGTAACAGTGAGACTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=78106131;WS=78106113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	78669454	rs6855336	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=22;PP=817;SC=AAGGAAGAATAAGAAAAACTA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=78669462;WS=78669444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	78694075	.	T	TCAAA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGACTCCGTCTCAAACAAACA;SOR=1.329;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=78694083;WS=78694065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	78740066	rs6811439	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr4	78740132	rs6828302	G	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	78740160	rs77103397	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr4	78740229	.	C	CACACACACACA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	78830272	rs10551874	AAC	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.880;SC=AATGAATGTGAACACCAGGAA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=3;WE=78830281;WS=78830262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	78870940	rs4859513	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=371;ReadPosRankSum=-1.018;SC=ATGTATATTATTTTCTTTCAG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=28;WE=78870948;WS=78870930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr4	78873605	rs35979107	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=939;ReadPosRankSum=2.325;SC=TGGTATTGCGATATAAAAATC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=63;WE=78873613;WS=78873595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr4	78873629	rs17002849	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=983;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GTTGATTCTCGTTTTTGTTTC;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=68;WE=78873637;WS=78873619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr4	78979257	rs144106232	CGT	C	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,22:0.17:130
chr4	78987157	rs4859905	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=687;ReadPosRankSum=0.425;SC=GTCTATCAGGATTCCTTGTTG;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=64;WE=78987165;WS=78987147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,74:0.37:202
chr4	78987284	rs4859516	AC	CA	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTTTTCTTCAACGTTTGACAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=78987293;WS=78987274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	78989630	rs10016219	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.025;SC=CATGGAGGATGGCAAGAGATA;SOR=0.273;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=78989638;WS=78989620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr4	78989672	rs10016229	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=245;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TCAGAGCATGGTGAGCCTTGT;SOR=0.317;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=18;WE=78989680;WS=78989662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr4	78989716	rs10008489	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr4	78989842	rs10016432	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.148;SC=GACTCCATAGGGGTGAGTCAC;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=9;WE=78989850;WS=78989832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr4	79158843	rs10011303	G	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=0.508;SC=GATCATTTCAGACATCTGTTT;SOR=0.129;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=31;WE=79158851;WS=79158833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr4	79173515	rs34015316	C	CT	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.068;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr4	79176325	rs1017647	C	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=11;PP=1053;SC=ACTGGCTGCACGCCCATGCAG;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=79176333;WS=79176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	79176361	rs1017646	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=28;PP=1557;SC=ACAAATGCCATCCCCCTAGTA;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=79176369;WS=79176351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	79186047	rs6856362	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=431;ReadPosRankSum=-0.285;SC=ACTAAGAAATGTTAAATGAGA;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=34;WE=79186055;WS=79186037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr4	79186090	rs75643057	A	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=664;ReadPosRankSum=0.839;SC=TGGGGGCATGATTTAGTTGGC;SOR=0.604;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=52;WE=79186098;WS=79186080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,55:0.28:197
chr4	79186171	rs2867014	G	A	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=96;PP=2965;SC=CCTGTTCTGCGTGTTAAGGAT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=62;TCR=96;TR=158;WE=79186179;WS=79186161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	79187832	rs2008587	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=497;SC=TTTTCATAGAGGCTATTCCTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=79187840;WS=79187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr4	79188160	rs2008786	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=613;ReadPosRankSum=1.816;SC=CTTCTTATTCCGGTGTGTCCT;SOR=1.292;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=18;WE=79188169;WS=79188150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr4	79188161	rs2198635	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=483;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TTCTTATTCCGGTGTGTCCTT;SOR=0.255;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=10;WE=79188169;WS=79188150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr4	79202486	rs35419939	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=0.776;SC=TCCTAATGAAAAAATAAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=7;WE=79202494;WS=79202476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	79202779	rs34535077	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.743;SC=TCTTTAGCCAGTTGTTTTATG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=79202787;WS=79202769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr4	79205699	rs12504081	T	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=351;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CAGTCTCTGTTTAGGTATGGC;SOR=0.718;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=26;WE=79205707;WS=79205689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr4	79205747	rs6815945	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.672;SC=TGTGTGGGAGATAGACTCATC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=8;WE=79205755;WS=79205737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	79229435	rs41537644	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=0.953;SC=GTATTCAAATCATAGCACATT;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=79229443;WS=79229425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	79238448	rs345515	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=1.606;SC=CCCAGGCCCGTGAAGCCCAGC;SOR=0.955;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=12;WE=79238456;WS=79238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr4	79238649	rs345514	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=2.237;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr4	79240063	rs345513	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=1.284;SC=CAGCTGTCTGACGTGGGCATC;SOR=0.394;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=33;WE=79240071;WS=79240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr4	79240473	rs345511	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=261;ReadPosRankSum=-0.198;SC=ATTTATTATTCCTTCTAATTT;SOR=0.453;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=18;WE=79240481;WS=79240463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr4	79284694	rs6835769	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=403;ReadPosRankSum=0.419;SC=CAGCACTGTGCAGCTGATCTC;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=30;WE=79284702;WS=79284684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr4	79300993	rs12512164	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.515;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr4	79305148	rs7694602	C	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=1.634;SC=GTTTTTAAGCCTTTTCTGTGT;SOR=0.211;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=79305156;WS=79305138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr4	79305177	rs7677133	T	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=387;ReadPosRankSum=0.125;SC=ATGTAATGATTGTATTTTCTT;SOR=0.637;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=24;WE=79305185;WS=79305167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr4	79321770	rs144058401	A	ATC	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GAAGCTGTGAATCTCTCTGTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=6;WE=79321778;WS=79321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr4	79339950	rs12649596	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.592;SC=CAATGCAAGAGACCAGATCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=79339958;WS=79339940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	79345650	rs1471752	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.505;NF=1;NR=8;PP=412;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGTTCCCATCATCATTATTTT;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=9;WE=79345662;WS=79345640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	79345652	rs149695943	CATT	C	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.833;NF=0;NR=14;PP=1002;ReadPosRankSum=0.429;SC=TTCCCATCATCATTATTTTTA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=14;WE=79345662;WS=79345640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	79350200	rs112867538	C	CTGTG	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=493;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GTGCGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.748;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=17;WE=79350211;WS=79350190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr4	79359885	rs2170899	T	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-0.618;SC=ACATAATCACTTTGTATTATT;SOR=0.425;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=9;WE=79359893;WS=79359875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr4	79366655	rs3749489	G	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,60:0.35:170
chr4	79372856	rs10026662	A	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=612;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AATTGAATTCACACCTCTTGC;SOR=0.844;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=45;WE=79372864;WS=79372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,46:0.27:168
chr4	79372930	rs753752	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,71:0.25:286
chr4	79373254	rs753751	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	79385719	rs6851427	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.885;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,14:0.17:81
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chr4	79391424	rs6533688	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=278;SC=TGTGTAGGATCGGTTACGATT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=79391432;WS=79391414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	79393269	rs28566963	T	C	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=44;PP=2359;ReadPosRankSum=1.525;SC=TAAATCTGAGTCAGAGGGTCT;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=201;TCF=139;TCR=62;TR=137;WE=79393277;WS=79393259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,147:0.70:211
chr4	79400868	rs11098194	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=0.667;SC=TCAGTGAGGACGCAGGTAATG;SOR=1.545;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=15;WE=79400876;WS=79400858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr4	79403146	rs34505482	A	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=298;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GAGACTCCACAAAGTTGACAG;SOR=0.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=25;WE=79403154;WS=79403136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr4	79403747	rs924149	C	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=1.321;SC=TTTTCTTTAACGTCCACATAT;SOR=0.996;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=32;WE=79403755;WS=79403737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr4	79409997	rs1496603	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=160;SC=CTTCCACTAATGGTGCGTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=79410005;WS=79409987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	79417863	rs7674053	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGGACTTTTTGATGCAATAAA;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=79417871;WS=79417853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	79420864	rs7677541	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.99;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr4	79420870	rs7695038	C	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.88;ReadPosRankSum=0.246;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr4	79428447	rs13141571	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.664;SC=CAGCCACTGCGTTTATAGAAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=79428455;WS=79428441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	79428489	rs13118276	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=691;ReadPosRankSum=-1.802;SC=ATTTTAACATAATGTCTCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=31;WE=79428497;WS=79428479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr4	79428796	rs28739412	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=0.292;SC=TGCTGTTTTACGTCTCAGTGA;SOR=1.382;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=20;WE=79428804;WS=79428786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr4	79432455	rs3749488	A	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=617;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTTCAGCCGGAGGTTCCATGT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=44;WE=79432463;WS=79432445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr4	79440425	rs2903471	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GATGTGGTGATAGTATGTCTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=79440433;WS=79440415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	79442799	rs11360692	GT	G	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=0.348;SC=TATCAATGCCGTTTTTTTTTT;SOR=2.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=79442807;WS=79442789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr4	79443774	rs931604	T	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=750;SC=CACAAGTACATTAAATGCATG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=79443782;WS=79443764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	79443850	rs931606	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=32;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GAAATCTTTCGTATTGACTCC;SOR=0.974;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=91;WE=79443858;WS=79443840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr4	79444029	rs1496598	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CAGGAGCTTGGGAAATAGTGC;SOR=1.781;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=35;WE=79444037;WS=79444019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr4	79455714	rs4975070	C	G	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1664;ReadPosRankSum=0.128;SC=TAATGGATCCCAATACATCTG;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=104;WE=79455722;WS=79455704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,111:0.61:183
chr4	79455733	rs4975139	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TGATATGTCACTAGCAGAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=79;WE=79455741;WS=79455723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,85:0.59:145
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chr4	79503230	rs1472365	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=0.639;SC=GATGGACATGTTTTGTCTGAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=79503238;WS=79503220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr4	79793707	rs1061400	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TAAATAGATGCAGTGCTGACA;SOR=0.156;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=9;WE=79793715;WS=79793697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr4	79832706	rs12507099	C	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-1.497;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
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chr4	80945815	rs61744630	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACTCAGGAGGCTGAAGTAGGA;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=80945823;WS=80945805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr4	80976420	rs11730210	G	T	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,124:0.64:194
chr4	80977078	rs4594664	T	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=437;ReadPosRankSum=-2.111;SC=AAATGTAAAATAACTTACTAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=31;WE=80977086;WS=80977068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr4	81121524	rs11099079	T	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr4	81124596	rs12780	G	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1241;ReadPosRankSum=0.670;SC=TGGTGAAGCGGCGGCGAGAGG;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=91;WE=81124604;WS=81124586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,94:0.36:263
chr4	81222286	rs13119149	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	81529314	rs7693460	A	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=2.323;SC=TAGAGATATGAGCTATCTAAT;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=81529322;WS=81529304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr4	81529380	rs2903671	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=3.257;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr4	81529518	rs2867782	T	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=62;PP=2069;SC=GCTGCTCATATCTTGAAGAAG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=106;WE=81529526;WS=81529508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	81884610	rs11452353	A	AT	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;MQRankSum=0.556;QD=29.13;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr4	81884722	rs1052325	G	A	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=65;PP=2457;SC=AGAACTCTACGTACAAGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=81884730;WS=81884712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	81967150	rs3733549	G	A	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=1950;ReadPosRankSum=0.303;SC=AAATCTCATCGAGATATTATG;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=113;WE=81967158;WS=81967140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,116:0.68:170
chr4	81967188	rs6831040	C	T	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=71;PP=2965;SC=TATCACTCAACTCTTGAGGAA;SOR=0.707;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=140;WE=81967196;WS=81967178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	81973224	rs12647814	A	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	81973260	rs1390318	C	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	82065566	rs7687935	A	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=0.445;SC=CATAAAACACAAGCTGGTTAT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=15;WE=82065574;WS=82065556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr4	83347309	rs34583014	TAAGA	T	1839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=1084;ReadPosRankSum=1.732;SC=GAATTCTCATTAAGATAGTTT;SOR=0.639;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=24;WE=83347320;WS=83347299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr4	83352177	rs10646358	C	CTT	3998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=72;PP=2957;SC=GGCGGTGTGGCTGCCTCTTGT;SOR=4.011;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=0;TCR=80;TR=72;WE=83352185;WS=83352167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	83369287	rs4285076	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=38;PP=1159;SC=GATAGGGGATAGAAGTTGCAG;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=83369295;WS=83369277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	83375719	rs6853622	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=160;SC=TTGGGCAGTATGTTTATTAGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=83375727;WS=83375718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	83406549	.	A	ATG	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=83;QD=44.0;SC=GTGGCCATGAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=2;WE=83406557;WS=83406539;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr4	83411197	rs2276884	T	C	4036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=73;PP=2704;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AAGAAGCTTTTCACGTTCAAA;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=168;WE=83411205;WS=83411187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,180:0.64:282
chr4	83423844	rs77796544	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,40:0.26:154
chr4	83424089	.	T	TA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=7.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.954;SOR=2.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr4	83483562	rs35866205	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TTCTCCTCCACTCAGCGCTGT;SOR=0.155;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=13;WE=83483570;WS=83483552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr4	83552764	rs3733229	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=0.245;SC=ACCATGTGCAGGACATGGTGT;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=24;WE=83552772;WS=83552754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr4	83552809	rs3857138	A	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=801;SC=TTGGTTACTGACTCCAAAGGC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=83552817;WS=83552799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	83581931	rs147508295	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=0.277;SC=GCTCTGTCTATGCTTCACACC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=4;WE=83581939;WS=83581921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr4	83582211	rs3733227	C	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.606;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=680;ReadPosRankSum=-1.688;SC=GCTCTTCCTTCTTTCTGGATG;SOR=0.247;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=44;WE=83582219;WS=83582201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr4	83626429	rs3821972	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GGACCCTCCATCCTCACCTGG;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=32;WE=83626437;WS=83626419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr4	83626674	rs6853042	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=36;PP=1101;SC=GTGTCAGGGGGGAAAGCTGCA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=83626682;WS=83626664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	83740163	.	AT	A	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.474;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr4	83742336	rs4634209	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=587;SC=TCTCATTGCACTAAACCTTAT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=83742344;WS=83742326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	83778378	rs4235054	A	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=447;SC=ATATATATACATGAATGGAGA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=83778386;WS=83778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	83784337	rs7666917	G	A	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=83;SC=AAGAAAAAGGGAAAAAACGCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=83784345;WS=83784327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	83787845	rs7356522	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=650;SC=ATACCCACAAGTACATCTCAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=83787853;WS=83787835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	83788139	rs2290739	C	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=854;SC=ATAACATAAGCATCCGACCAT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=83788147;WS=83788129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	83788344	rs2045478	A	T	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=87;PP=2965;SC=CATCTGTGCTACCTCCCATGA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=126;TCR=87;TR=212;WE=83788352;WS=83788334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	83788562	rs2045479	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=1031;SC=ACAAGTATAGTTAAATTGAAT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=83788570;WS=83788552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	83791373	rs10015419	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=881;SC=TCCACATACTCTTCACATAGT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=83791381;WS=83791363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	83791649	rs3762902	G	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=1014;SC=TTCTGCCTAGGTTTTGTAGAT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=83791657;WS=83791639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	83792464	rs35679019	TAC	T	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=38.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	83792498	rs7685043	G	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=34.81;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	83792555	rs7686508	C	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=24.04;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	83793243	rs4693525	A	C	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=48;PP=1613;SC=AATGCATCTGAAGATAGTTAA;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=83793251;WS=83793233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	83793354	rs143845447	A	ATTTTG	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.82;NF=0;NR=10;PP=449;SC=GCTGTGGCTTATTTTATTTAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	83793368	rs11942312	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=169;SC=TATTTATGATCTATTTATTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr4	83827822	rs3214025	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=0.267;SC=AAAAATAGCTATTTTTCTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=20;WE=83827830;WS=83827812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr4	83838217	rs1031639	G	A	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=110;PP=2965;SC=TAAAAAGTATGCCTCTCAAGC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=239;WE=83838225;WS=83838207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
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chr4	83839799	rs6535411	A	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=1009;SC=TGGGCATATTAATCTTTTTGT;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=83839807;WS=83839789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	83849581	rs6535412	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=0.566;SC=GAGCATCACAATTTACACAGT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=83849589;WS=83849571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	83852065	rs985899	G	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=16;PP=1277;SC=TATTTGGGAAGTACTATAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=83852073;WS=83852055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	83857108	rs6535413	AT	GA	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=2385;ReadPosRankSum=0.768;SC=TTTAAAAGATATTATTTTCCG;SOR=0.824;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=214;TCF=137;TCR=77;TR=73;WE=83857117;WS=83857098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,93:0.40:232
chr4	83857402	rs6535415	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=21;PP=776;SC=TGGATATTTCTGTCAGTTAAA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=83857410;WS=83857392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	83900043	rs6535422	A	G	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=35;PP=2218;SC=AACCTGCAATAACTGGTGGTG;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=83900051;WS=83900033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	83900260	rs7674484	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=474;SC=ATGTAAAACCAGCTCACTTAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=83900268;WS=83900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	83905258	rs9994716	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=1.352;SC=AACTATGAATCAGTTAAATTT;SOR=0.351;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=13;WE=83905266;WS=83905248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr4	83977975	rs6535432	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=265;SC=GATTCCCTTACGGTACCAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=83977983;WS=83977969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	83986380	rs10555484	TATTTA	T	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.539;NF=1;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTGGATTGGATATTTAATTTA;SOR=1.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=7;WE=83986392;WS=83986370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr4	83989516	rs2868747	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=249;SC=AACCAGAAGCTTTCTGTTCTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=83989524;WS=83989506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	83989571	rs5859858	G	GT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.052;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	84188850	rs1129617	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=-1.888;SC=CACTGAAGCCGCTGAGCCACG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=29;WE=84188858;WS=84188840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr4	84189012	rs11448409	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=1.036;SC=CAGATTTAGTGTTTTTTTGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=84189020;WS=84189002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	84191031	rs6535454	A	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.084;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,71:0.33:215
chr4	84193366	rs6841889	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=2.363;SC=ATTACCACTACCTCTTAGAAA;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=13;WE=84193374;WS=84193356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr4	84205618	rs13113787	A	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=19;PP=1241;SC=GCCGACTCGGAGGCTGCTACT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=84205626;WS=84205608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	84205872	rs6818847	C	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=532;ReadPosRankSum=0.305;SC=GCCAGTGCCACAGCCCGCAGG;SOR=0.435;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=40;WE=84205880;WS=84205862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr4	84223461	rs4285078	G	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=62;PP=1987;SC=AAAAATAGATGTTTACTTATG;SOR=1.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=93;WE=84223469;WS=84223451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	84230619	rs11099592	T	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=35;PP=1443;SC=AAAATCTTCCTTGGTAGCAGT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=84230627;WS=84230609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	84232104	rs6535455	T	C	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=235;SC=AGCAAACATATAGCAGTATTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=84232112;WS=84232094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	84234190	rs6818355	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.30;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	84234229	rs6840520	G	A	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=15;PP=1571;SC=GCTAGTGGGGGATCTCCTTAT;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=84234237;WS=84234219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	84240654	rs12501123	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=662;SC=TAGAAGGTCTGTTTTCACAGT;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=84240662;WS=84240644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	84240680	rs12501124	G	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=555;SC=GACTGAAATCGCATATATTTA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=84240688;WS=84240670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	84347363	rs4693624	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=422;SC=CAAGATAAATATATTTGTAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=84347371;WS=84347353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	84352750	rs12645412	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=239;SC=TATAAAGTTATTGCATAACTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=84352758;WS=84352740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	84353154	rs2047210	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=247;SC=TTCTTAATCATATAGGAAAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=84353162;WS=84353144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	84362443	rs4693088	T	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=14;PP=535;SC=GGAATTTAAATGTTATCAATG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=84362451;WS=84362433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	84364751	rs7665103	A	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=841;SC=CACTCATACCAATAATTTGAG;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=84364759;WS=84364741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	84364808	rs6535473	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=473;SC=TTAAGGAAAATATGTTATTTA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=84364816;WS=84364798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	84367050	rs11099599	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=244;SC=TAAAACAAAGGCAAAAAGCTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=84367058;WS=84367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	84367286	rs11099600	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=29;PP=830;SC=TCTTCATATAGTGCTCATATA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=84367294;WS=84367276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	84367304	rs116634000	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=0.176;SC=ATAAAACATGCATATATTCAT;SOR=0.260;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=20;WE=84367312;WS=84367294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr4	84368225	rs11272773	GCATTGTGGCCAATGCCTGTAATCC	G	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=2922;SC=AATTGGCCAGGCATTGTGGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=84368256;WS=84368215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	84370091	rs13141136	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.243;QD=23.61;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr4	84370124	rs10718573	TA	T	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=0;NR=27;PP=485;SC=TCTGTGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=27;WE=84370133;WS=84370114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	84374480	rs1494961	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=29;PP=1295;SC=GATGACTCAACTGTTTTCTTA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=84374488;WS=84374470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	84376743	rs6831595	A	T	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=168;PP=2965;SC=ATCTCCGGGCACGAGCTCGGC;SOR=1.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=122;TCR=169;TR=290;WE=84376751;WS=84376733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr4	84377497	rs2279658	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=514;SC=AGTGTCGTCTAATCCACTCCT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=84377505;WS=84377487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	84380955	rs12505955	G	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=16;PP=544;SC=TTACAGGTATGTTCTTTTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=84380963;WS=84380945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	84381035	rs34365268	CA	C	212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=263;SC=CTCAAATTTTCAAATTGTGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=84381043;WS=84381025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	84382058	rs34734728	CA	C	93.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5338;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.180;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.792;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=84382066;WS=84382048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	84383810	rs12642536	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=745;SC=AAGTCTAAGGCTTTATGCTTA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=84383818;WS=84383800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	84393475	rs6535478	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=289;SC=ATTTCAAATACGCTAAAAATA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=84393483;WS=84393465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	84397590	rs17352803	A	C	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	84403491	rs35608460	A	AG	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=350;SC=TATGTATACAATATGTGCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=84403499;WS=84403481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	84509465	rs11394944	T	TG	7527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=70;PP=2936;SC=GAGTATCTGCTCCAATGTGCC;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=113;WE=84509473;WS=84509455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	84525707	rs4693634	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCTTTCCCTTATTTCATCCCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=84525715;WS=84525705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr4	85166020	rs348700	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.721;NF=29;NR=22;PP=931;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CCAAGGCCTTCCCTGGCATGT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=51;WE=85166028;WS=85166010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr4	85414741	rs13123447	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=1069;SC=GAGGCAAGGGCGAGGAATTAA;SOR=3.865;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=85414749;WS=85414731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	85416797	rs2278671	T	G	217.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=224;SC=GCGGTACCTATCCCTCCAGGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=85416805;WS=85416787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	85465390	.	ATT	A	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.442;QD=27.45;ReadPosRankSum=1.315;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr4	85530796	rs17009168	A	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GTCACAGAATATTTAGTTCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=85530804;WS=85530786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr4	85552882	rs41282379	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=0.533;SC=GCCTAGCTGTGATACAGCAAA;SOR=0.252;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=85552890;WS=85552872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr4	85555196	rs13102661	G	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=562;SC=TGTACTGTTTGTTGTTCTTAT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=85555204;WS=85555186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	85556386	rs7683338	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.068;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AACTTTTTTCTGCTGACTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=85556400;WS=85556376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	85556392	.	CT	C	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4997;HP=16;HapScore=4;MGOF=45;MMLQ=16;MQ=57.2;NF=3;NR=0;PP=30;QD=11.0;SC=TTTCTGCTGACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=85556400;WS=85556376;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr4	85560000	rs34754898	T	TTA	65.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=144;SC=AGGAAATAGTTTATATATATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=85560008;WS=85559990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	85612737	rs3747680	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=954;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGATAGCCAGACCACAAAAGA;SOR=0.348;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=70;WE=85612745;WS=85612727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr4	85625701	rs1838039	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=238;SC=TGATAACTGTAACACTAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=85625709;WS=85625691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	85634488	rs13108722	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=0.848;SC=ATTTTCATAGTTGCGTCTACC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=85634496;WS=85634478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	85647941	.	T	TA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5001;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=3;NR=0;PP=30;QD=14.0;SC=ACCATGCACTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=85647949;WS=85647931;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr4	85656350	rs6838727	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TTGAAATTAATGCTAAATAAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=85656358;WS=85656340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	85699579	rs12502409	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CATTTTAGAGATAAAATAGTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=85699587;WS=85699569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	85710824	rs13137042	C	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.88;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	85716195	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-1.447;SC=ACACTGTGCACTTACCACAGT;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=6;WE=85716203;WS=85716185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	85730914	rs6531775	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=0.894;SC=AGTGATACACTTCAAACAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=85730922;WS=85730904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	85762385	rs2046402	T	C	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=2092;ReadPosRankSum=1.092;SC=GATTAATCTCTAGGAACTGAA;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=124;WE=85762393;WS=85762375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,130:0.68:191
chr4	85765541	rs2869216	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-1.432;SC=AAAACAATATTAGAACTCACA;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=85765549;WS=85765531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	86642999	rs6816135	C	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1156;ReadPosRankSum=0.986;SC=GATGTTTGCTCTCTGATGATG;SOR=0.940;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=74;WE=86643007;WS=86642989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,77:0.62:125
chr4	86643742	rs17010705	C	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=59;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTCGTTTTTCCTAGTCATCTG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=34;TCR=88;TR=82;WE=86643750;WS=86643732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr4	86749306	rs17011016	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=276;ReadPosRankSum=0.134;SC=GGTGTCTACATTGTGGCAACA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=86749314;WS=86749296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr4	86844835	rs6824722	A	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=45;PP=1871;SC=CAAATCATGAAAGCTACCTCC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=86844843;WS=86844825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	86852207	rs60002814	AT	A	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=639;ReadPosRankSum=-1.002;SC=TAGGTAGATAATATGTTCATG;SOR=0.950;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=18;WE=86852215;WS=86852197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr4	86863206	rs11367691	CT	C	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.234;NF=10;NR=15;PP=372;ReadPosRankSum=1.014;SC=TACTGTGATCCTTTTTTTTTA;SOR=0.871;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=25;WE=86863214;WS=86863196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr4	86863467	rs11097083	T	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-0.189;SC=ACTGAGAAATTCAGACTCAAC;SOR=0.092;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=86863475;WS=86863457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr4	86915848	rs10003909	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=750;ReadPosRankSum=1.683;SC=GCAACAACAATGAAATTCAGA;SOR=0.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=245;TCF=117;TCR=128;TR=75;WE=86915856;WS=86915838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,76:0.30:257
chr4	86915923	rs11547776	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=4.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,53:0.28:189
chr4	86921612	rs12505097	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=15.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr4	86952590	rs13103861	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=758;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GGAGGCTGCCGAATAAAAACA;SOR=0.494;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=49;WE=86952598;WS=86952580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr4	86952648	rs10025882	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=1.631;SC=ACTCTTACAATGCACGAGAAT;SOR=0.601;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=35;WE=86952656;WS=86952638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
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chr4	86952751	rs10516763	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TGTAAACTTATGGAGGATTCA;SOR=3.014;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=86952759;WS=86952741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr4	87024409	rs28529458	T	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=42;PP=1064;SC=TGAAAGAGAGTGGAAGGGACA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=87024417;WS=87024399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	87463813	rs4529013	G	A	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=47;PP=1613;SC=CCTGTCAACCGTACCCTAGCT;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=87463821;WS=87463803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	87463933	rs72665744	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=274;SC=ACAGACACTGCTTGCTTTGCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=87463941;WS=87463923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	87679642	rs1420624	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=0.293;SC=AAGCCCATCAACCTACCCGCC;SOR=0.319;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=18;WE=87679650;WS=87679632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr4	87684031	rs710832	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CCTTTGGGCCATCTGGGGGCC;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=37;WE=87684039;WS=87684021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr4	87690998	rs2230600	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=724;ReadPosRankSum=1.447;SC=ATAATCTTATACCGGAGCAAA;SOR=1.082;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=49;WE=87691006;WS=87690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,50:0.35:142
chr4	87706506	rs989902	T	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=-1.197;SC=TGCAGCAGGATACTCCTGTGG;SOR=0.860;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=24;WE=87706522;WS=87706496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr4	87728676	rs17694112	A	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=1.523;SC=AAAATGCATGATATGGATGGC;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=29;WE=87728684;WS=87728666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr4	87731238	rs11930396	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TAACTTATGAGTTTATATGAC;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=87731246;WS=87731228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr4	87754419	rs10050311	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=0.781;SC=AGTATCATCACCATTACTGTT;SOR=0.719;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=20;WE=87754427;WS=87754409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr4	87754713	rs7678571	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.847;SC=TTTCTCTCCCGTTGTTTAACA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=87754721;WS=87754703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	87808810	rs3035472	G	GCA	1524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=945;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CCACCAGTGGGCATTCAAATA;SOR=1.919;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=22;WE=87808818;WS=87808800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr4	87809387	rs1550931	G	T	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=95;PP=2965;SC=TAGGTTTGTGGACCAGGTCTT;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=186;WE=87809395;WS=87809377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	87812564	rs10011798	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.839;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr4	87812586	rs55723875	TA	T	2795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.715;NF=27;NR=48;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TACCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.668;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=75;WE=87812595;WS=87812576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,126:0.95:133
chr4	87812810	rs35305216	G	GA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CCAAATAATAGAAAAAAATTC;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=5;WE=87812818;WS=87812800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr4	87957989	rs340629	T	C	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	87968798	rs6854749	A	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,48:0.23:205
chr4	88029482	rs3733377	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CGTGTTCCCCCTCGAGATGGC;SOR=1.127;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=15;WE=88029490;WS=88029472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr4	88048163	rs11448202	A	AT	1374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.460;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.043;NF=25;NR=17;PP=596;ReadPosRankSum=-2.633;SC=CTGTATATTGATTTTTTTTTT;SOR=1.227;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=42;WE=88048171;WS=88048153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr4	88048315	rs112686186	GC	G	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	88052219	rs342467	T	C	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=39;PP=1527;SC=ACAATGACCATGTTCTTCTCC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=88052227;WS=88052209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	88053085	rs342466	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=8;PP=200;SC=CAAAAAGATTCTGAAATTTGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=88053093;WS=88053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	88056719	rs56703224	GT	G	2233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=26.59;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	88056925	rs342464	A	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=49;PP=1399;SC=CAGTCCAGACATTTGTTTCAT;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=88056933;WS=88056915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	88116518	rs74604071	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CATAAAATCGAAGAAGAGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=88116526;WS=88116508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	88226231	rs11735092	T	C	73.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTAATCTTGTTCGTTTGACTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=88226239;WS=88226221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	88226322	rs78194430	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TGATTCGAAACTATTCATATC;SOR=1.061;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=17;WE=88226330;WS=88226312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr4	88231324	.	TAAA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr4	88231392	rs72613567	T	TA	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTGCTGTACTTACTTCTGTAG;SOR=1.012;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=10;WE=88231400;WS=88231382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr4	88234874	rs7698974	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=188;SC=ATTTTTCCTTCTTCATTTTCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=88234882;WS=88234864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	88238448	rs6531975	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=1245;SC=ATATAATCCAAAGATGAGAGT;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=88238456;WS=88238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	88239609	rs13118664	A	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr4	88258483	rs9991501	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=542;SC=ACTGATTTTTTGTTTTAAAAC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=88258491;WS=88258473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	88261828	rs7679024	A	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=758;ReadPosRankSum=1.137;SC=GGTGCTAACCAACAGCTTTAG;SOR=0.419;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=50;WE=88261836;WS=88261818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr4	88312293	rs28654511	A	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	88356111	rs28736552	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=670;SC=TTATGTAAAATGTTTTTCTTT;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=88356119;WS=88356101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	88362904	rs13104303	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=541;ReadPosRankSum=0.556;SC=CTTATGTTCTCTTCTTTTGGG;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=36;WE=88362912;WS=88362894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr4	88363217	rs35607673	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.955;SC=TCATGCATTGCTTAACAATGA;SOR=0.197;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=88363225;WS=88363207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	88403605	.	C	G	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TTTAGATAACCAGCGTGTTCA;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=93;WE=88403613;WS=88403595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,99:0.61:161
chr4	88532182	.	A	AGTGT	601.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=33.43;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr4	88533163	rs35939827	TTGTGTGTG	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=0;PP=912;SC=GGAAGAATATTTGTGTGTGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=88533178;WS=88533153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	88533441	rs13131929	T	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGATCATTGATACTTATAATT;SOR=0.358;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=67;WE=88533449;WS=88533431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr4	88534235	rs2736982	A	G	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1485;ReadPosRankSum=3.649;SC=GTCAAAATTCAGATAGTAAAG;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=92;WE=88534243;WS=88534225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr4	88535707	rs369769648	C	T	7470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=1.902;SC=AATCAGAGAGCGACAGCAGTG;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=514;TCF=244;TCR=270;TR=314;WE=88535715;WS=88535690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,337:0.61:549
chr4	88535785	rs116512524	C	T	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=79;PP=2101;ReadPosRankSum=-2.794;SC=GTGATAGCAGCGACAGCAGCA;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=95;TCR=138;TR=134;WE=88535793;WS=88535775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,144:0.57:251
chr4	88537737	rs2615489	G	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=67;PP=1988;SC=AGAAAAACCCGTAAGATTCCT;SOR=1.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=100;WE=88537745;WS=88537727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	88577573	rs2615480	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=24;PP=1934;SC=AAAAGTTGAAACTACTTTATT;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=91;WE=88577581;WS=88577563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	88577754	rs4693851	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=824;ReadPosRankSum=1.697;SC=AAACTCCACAATTTTGATTGG;SOR=1.123;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=45;WE=88577762;WS=88577744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr4	88578310	rs2615479	A	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=107;SC=CATTGCAAATATTGAAACTGC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=88578318;WS=88578300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	88583135	rs10019009	A	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=0.067;SC=CCCCAGTGACAGCACTCAGTC;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=32;WE=88583143;WS=88583125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr4	88732453	rs4693183	C	T	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=1;PP=219;SC=CATGAAATGACGGCCTTAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=88732461;WS=88732443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	88732531	rs4693878	T	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=12;PP=1379;SC=ATATAACAAATAAAGCTACAA;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=88732539;WS=88732521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	88732746	rs13144371	A	G	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=59;PP=2965;SC=AATGCAGAAGACACCACAGAG;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=88732754;WS=88732736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr4	88732911	rs1054628	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1345;ReadPosRankSum=0.714;SC=TACACGGGCGCCAATGAATAC;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=336;TCF=172;TCR=164;TR=105;WE=88732919;WS=88732901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,107:0.31:347
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chr4	88759690	rs6835632	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.531;SC=ATAATACAACTCAGTGAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=88759698;WS=88759680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	88761259	rs13130999	A	G	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1321;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GTGTTTTATAAGAAAGTTTTC;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=73;WE=88761267;WS=88761249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,77:0.73:106
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chr4	88813271	rs35753589	A	AATT	4194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-2.105;QD=11.85;ReadPosRankSum=3.105;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,115:0.32:354
chr4	88813503	rs6532031	T	C	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=99;PP=2965;SC=TGCATGCTGATCATGGTGAGC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=95;TCR=99;TR=194;WE=88813511;WS=88813493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	88813875	rs3828554	T	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,134:0.32:424
chr4	88815163	rs3061166	A	ATTAGG	2900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-18.817;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,93:0.21:446
chr4	88898941	rs11728697	C	T	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=102;PP=2965;SC=AGAATAAAGGCCAAAATAGAG;SOR=1.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=162;WE=88898949;WS=88898931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	88902692	rs4754	T	C	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=1909;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AAGATGATGATGACCATGTGG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=152;TCR=115;TR=151;WE=88902700;WS=88902682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,170:0.59:290
chr4	88903853	rs1126616	C	T	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGCGGAAAGCCAATGATGAGA;SOR=0.619;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=133;WE=88903861;WS=88903837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,142:0.61:233
chr4	88940594	rs62310565	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-2.513;SC=TTCTTTTCTTCATTATTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=25;WE=88940602;WS=88940584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr4	88959381	rs2725221	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=772;ReadPosRankSum=-1.455;SC=AACTTTTTCAGAGATGTTTCC;SOR=0.453;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=51;WE=88959389;WS=88959371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr4	89015619	rs2231165	G	A	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1079;ReadPosRankSum=0.211;SC=ACGTAGGCTCGGAAAAATTCA;SOR=0.920;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=75;WE=89015627;WS=89015609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr4	89015857	rs2231164	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=142;ReadPosRankSum=0.054;SC=TTTTAAATTTCAAGAAGTTTC;SOR=0.650;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=15;WE=89015865;WS=89015847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr4	89016782	rs2231162	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=1.041;SC=CAAATACTAAAAGTCAGGCCT;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=25;WE=89016790;WS=89016772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr4	89018565	rs2231157	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.929;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=432;ReadPosRankSum=-1.114;SC=ATGAAGGAAAAAAACAATTCC;SOR=0.294;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=35;WE=89018573;WS=89018555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr4	89022362	rs2231153	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=0.403;SC=GCCCCGTTCCCAGAACAAAGA;SOR=0.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=27;WE=89022370;WS=89022352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr4	89036353	rs2725261	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.360;NF=1;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CTTCTTCCCACGTAATTTTAC;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=9;WE=89036361;WS=89036343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr4	89036384	.	G	GTCTCTCTCTCTCTCTGTC	210	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9574;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=61.38;NF=0;NR=10;PP=210;QD=21.4;SC=TATATATTCAGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=89036392;WS=89036374;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	89053718	rs2231138	T	C	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=48;PP=1869;ReadPosRankSum=0.593;SC=TTATACTCTCTTATACTCACG;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=123;WE=89053726;WS=89053708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,133:0.70:190
chr4	89060909	rs4148152	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=513;ReadPosRankSum=0.500;SC=TGTAGGTAAATTAAAAAGCTG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=31;WE=89060917;WS=89060899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr4	89061114	rs2231137	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=0.207;SC=CCTTGTGACACTGGGATAAAA;SOR=0.345;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=27;WE=89061122;WS=89061104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr4	89389640	rs4585264	C	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.766;SC=TCTAGTATCCCAGTTTGGTGA;SOR=1.244;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=14;WE=89389648;WS=89389630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
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chr4	89415396	rs6857425	T	C	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=167;NR=123;PP=2965;SC=TTGCCAACCTTCCTTTCCCAC;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=168;TCR=123;TR=290;WE=89415404;WS=89415386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr4	89420956	rs3733446	G	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	89443162	rs3177413	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=-2.508;SC=TAATCAATTCGTTTGTTGATG;SOR=1.209;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=33;WE=89443170;WS=89443152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr4	89444528	rs67364668	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-1.501;SC=AGTCCAGAATGTGGCAGCGGA;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=89444536;WS=89444527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	89575321	.	A	G	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=73;PP=1989;ReadPosRankSum=1.310;SC=GGTGCTGGGGATATGATGGGT;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=128;WE=89575329;WS=89575311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,131:0.60:217
chr4	89599421	rs2604227	A	C	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=221;SC=TTAATCACCTACTTTTGTCAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=89599429;WS=89599411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	89689354	rs3756049	A	G	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=112;SC=TGTTTAAACTAGTAAAATTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=89689362;WS=89689344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	89702564	rs2290784	C	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=277;SC=GAATGATACTCTAACTACATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=89702572;WS=89702554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	89708850	rs11725153	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=458;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TTGGGTGTATATTTCTTTTAA;SOR=0.686;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=36;WE=89708858;WS=89708840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr4	89711849	rs2290782	T	C	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.95;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,81:0.56:145
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chr4	89726073	rs3822075	T	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1315;ReadPosRankSum=0.800;SC=AATGTTCTATTGAAAGAGATT;SOR=0.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=84;WE=89726081;WS=89726063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr4	89726283	rs2276936	A	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=1.177;SC=TTCTACCTGTAAAAAATGTTG;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=89726291;WS=89726273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	89827492	rs13132415	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=568;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCATGCTAAAGATTTCACATG;SOR=0.958;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=43;WE=89827500;WS=89827482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr4	89978281	rs11097210	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTTAGGAAGAGTGGTTTTGCT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=89978289;WS=89978271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	90034686	rs17015027	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=6.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,56:0.27:209
chr4	90168825	rs7672015	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGTGAATACTTGCTTTTTCTT;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=90168833;WS=90168815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr4	90169925	rs7653897	A	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1185;ReadPosRankSum=1.100;SC=CTCTTCCCTCACTGGAGTCAT;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=76;WE=90169933;WS=90169915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr4	90743317	rs3216147	T	TC	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=994;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AGTATCTTGCTCCTGCCTCCA;SOR=1.101;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=15;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr4	90743331	rs10005233	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.157;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.189;NF=21;NR=4;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GCCTCCAGGCCTCACATGAAA;SOR=1.592;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=25;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr4	90756550	rs7681440	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ATTCACCTACCTACACATACC;SOR=0.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=8;WE=90756558;WS=90756540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	90816023	rs1442140	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-1.501;SC=AACTGGCAAAACTCAGTCTTA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=90816031;WS=90816022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	90816790	rs2289515	T	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=1.495;SC=GTCTATCAGGTCTAGAAGATT;SOR=0.307;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=90816798;WS=90816780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	90855932	rs1038140	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=0.563;SC=TAATTAAAACTATGTATTATT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=90855940;WS=90855922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	90874095	rs3832297	A	AC	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.094;SC=ATAAGGAAAGAAAAATAAGAT;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=90874103;WS=90874085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	91234250	rs1466391	A	G	339.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=1.034;SC=TCTATATCCGACATGTTCATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=91234258;WS=91234240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr4	91246656	rs1870795	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=6;PP=463;SC=CTTAATTTTCCGTGAGAGGAC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=91246664;WS=91246646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	91246905	rs9284586	C	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=610;SC=TTATTTTATACTTATTTTATG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	91246916	rs9284587	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=528;SC=TTATTTTATGGTGTTGAAATT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	91549156	rs11303496	CT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr4	91584992	rs6842926	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=13;PP=489;SC=ATTGTTACTTATAGGTTCACT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=91585000;WS=91584982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	91585060	rs6843110	A	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	91701720	rs2271592	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=1.273;SC=AAGACTCTTTCCATCCAGTTC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=21;WE=91701728;WS=91701710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr4	91737018	rs3796673	C	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=64;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CAATGCTTGGCCCACGAGTGT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=88;TCR=108;TR=117;WE=91737026;WS=91737008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,121:0.59:204
chr4	92240080	rs9999885	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
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chr4	92240317	rs7683541	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.427;SC=AGATGATGCATAAGTTTACAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=92240325;WS=92240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	92240802	rs6532289	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=1.811;SC=CTACCTAATACAAAACCCAGT;SOR=0.393;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=12;WE=92240810;WS=92240792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr4	92240892	rs6816636	C	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.495;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr4	92240925	rs6532290	T	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.571;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr4	92241031	rs6817404	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CTTACTTGTGGTCACCCACAA;SOR=0.919;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=92241039;WS=92241021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	92241071	rs6816883	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.431;SC=AATTCCAGAAACAAACCAATC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=92241079;WS=92241061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	92246344	rs3762827	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,28:0.23:122
chr4	92246541	rs1528572	T	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CATCTATAGATGAAAGGGAGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=92246549;WS=92246531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	93218844	rs35863353	AT	A	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.883;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGCCTCCTTTATTTTTTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=93218852;WS=93218834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	93511481	rs2870639	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=409;ReadPosRankSum=1.397;SC=TTCAATTCAAGTGGCAATGAA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=21;WE=93511489;WS=93511471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr4	93511550	rs4142874	G	C	129.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5435;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GTTGATAATAGGGCATTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=93511558;WS=93511540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	94032125	rs2271385	G	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=642;ReadPosRankSum=-1.251;SC=ATTGTCTTGGGGTGAGAGTTG;SOR=1.387;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=47;WE=94032133;WS=94032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr4	94159770	rs13142615	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GCAGGGGGTGAGGGGAAATTA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=94159778;WS=94159760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr4	94180159	rs7687990	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr4	94316763	rs1385405	T	G	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=79;PP=2965;SC=TTCAGCTTGGTTGCTGGAATC;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=170;WE=94316771;WS=94316753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	94376675	rs6819866	A	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=0.053;SC=TAAGAAGTCTATGCAGTGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=94376683;WS=94376665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	94547357	rs11726506	C	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=326;ReadPosRankSum=1.075;SC=TTCATCCTGTCTATGTAAATT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=14;WE=94547365;WS=94547347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr4	94750058	rs10009502	C	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
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chr4	95134348	rs75021203	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=1.534;SC=ATAAAACCATATAATAGGGCA;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=95134356;WS=95134338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
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chr4	95170839	rs11722476	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
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chr4	95197520	rs6823404	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=479;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GTTCTGATGACCGTAGTCTGT;SOR=1.121;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=38;WE=95197528;WS=95197510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,43:0.32:135
chr4	95201723	.	G	GTGTTT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr4	95206252	rs67631469	TTATC	T	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=424;ReadPosRankSum=0.107;SC=ACTTCAATATTTATCTATATG;SOR=1.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=11;WE=95206263;WS=95206242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr4	95255637	rs2289186	T	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=525;SC=TTTATTATTTTTGCTACTTAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=95255645;WS=95255627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	95496882	rs2452600	C	T	6104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.896;SC=GGTTCTGTGTCTTCACCAAAA;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=200;TCR=169;TR=250;WE=95496890;WS=95496872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,269:0.69:388
chr4	95498617	rs35078286	GAT	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=476;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CTAAAGTTCTGATATATATAT;SOR=1.508;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=95498626;WS=95498607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	95503670	rs3857212	G	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=259;SC=TTCATTTTTTGGTCTGTGTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=95503678;WS=95503664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	95503902	rs5013417	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=566;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TAACCAATGATTCACTTTGTA;SOR=0.503;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=39;WE=95503910;WS=95503892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,40:0.31:131
chr4	95506214	rs2172448	G	A	781.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5591;FS=2.707;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=1.023;SC=TATAAGTGCAGTTTTTTACTT;SOR=0.191;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=30;WE=95506222;WS=95506204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr4	95529430	rs10033359	C	T	81.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=69;SC=GATTACAGAACGGACATCATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	95529444	.	C	A	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=CATCATTAACCTATAGACAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=95529452;WS=95529420;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	95531417	rs10017461	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=35;PP=1260;SC=TGAGCAGCGCAGCTGCTACTG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=95531425;WS=95531407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	95531562	rs10007050	T	C	179.98	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.00;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr4	95531562	.	TG	CA	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9997;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=86;QD=69.7339374311;SC=ATAGCTCTATTGTGAGCTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=95531571;WS=95531552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr4	95531563	rs74457440	G	A	179.98	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=36.00;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr4	95539267	rs966845	G	A	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=61;PP=2055;SC=CAGCCTCACAGCTGCAGCTGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=123;WE=95539275;WS=95539257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	95561459	rs7690296	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=727;ReadPosRankSum=1.194;SC=AAACAGCGCTACTTACTCAGG;SOR=0.975;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=44;WE=95561467;WS=95561449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr4	95575601	rs2280003	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1197;ReadPosRankSum=0.281;SC=GCCTCTTTTTCTTCTGTCAGA;SOR=0.526;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=74;WE=95575609;WS=95575591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr4	95578588	rs13107595	G	A	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=71;PP=2965;SC=GAAGTCATCAGTGCGTTGAAA;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=184;WE=95578596;WS=95578578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	95583827	rs10031423	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTGTAAATTTCGAAAGTTGTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=95583835;WS=95583817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	95585038	rs56921499	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=0.541;SC=CCATTGGGGGGAAAAATCACT;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=11;WE=95585046;WS=95585028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr4	96035796	rs10622489	G	GAC	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.717;NF=5;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=0.830;SC=TTTTCCCCTAGACACACACAC;SOR=0.330;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=96035804;WS=96035786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr4	96073956	rs1365691	A	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=893;ReadPosRankSum=0.240;SC=TGGCTGTGACAGACTTCTAAA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=68;WE=96073964;WS=96073946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr4	96075965	rs1434536	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=454;ReadPosRankSum=0.258;SC=GACCTCACCTCTCAGGGAGCG;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=23;WE=96075973;WS=96075955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
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chr4	96106322	rs2289043	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1129;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTGTCCTCCCATCTGTCTCTC;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=62;WE=96106330;WS=96106312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr4	96123981	rs3733212	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TGAGGCGCTTCGCAGCCGCTT;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=75;WE=96123989;WS=96123971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,79:0.63:126
chr4	96127869	rs2276322	T	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1006;ReadPosRankSum=0.538;SC=TGAGGACGACTGGGCGGGTGA;SOR=0.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=70;WE=96127877;WS=96127859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr4	96137512	rs995062	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=460;ReadPosRankSum=1.527;SC=CCTTCCTCATTGGCCTCCTTA;SOR=1.569;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=28;WE=96137520;WS=96137502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr4	96169733	rs13118653	G	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,82:0.40:204
chr4	96256673	rs1843018	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=81;PP=2881;SC=ACAGGTTCACGGGCTTATTCT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=147;WE=96256681;WS=96256663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	98761900	rs11735193	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=32;PP=1693;SC=TTCCTCATAGCTTTATAAGGA;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=98761908;WS=98761890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	98864859	rs28417716	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=206;SC=TCTCATATAGCAATTCTGGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=98864867;WS=98864849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	98893334	rs13147195	G	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=291;SC=ATAACTATTTGACATCCTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=98893342;WS=98893324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	98902278	rs35146453	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=272;SC=TTATAAAGCCAAAGAGTAGAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=98902286;WS=98902268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	99027137	rs2865979	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=643;SC=TTATTTCATATAGTCGTGGGA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=99027145;WS=99027127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	99027184	rs2903150	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=320;SC=TCTCTCTTGATGTTAACATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=99027192;WS=99027174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	99027218	rs2903151	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=3;NR=7;PP=210;SC=TCTTTTTCCTTCAGAAAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=99027226;WS=99027208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	99030211	rs10019087	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATATACATTACACCAAAATGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=99030219;WS=99030201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	99049593	rs17558193	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=445;SC=TGAGGTTTGTAGTATGCTGGA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=99049601;WS=99049583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	99055406	rs13328042	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=291;SC=AAGACAATATAAGCAGAAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=99055414;WS=99055396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	99055480	rs13328005	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=720;SC=AAGTCAATTATAGTAACTATA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=99055488;WS=99055470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	99055730	rs35399947	C	CTAA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=128;SC=ATTTTCAGAACTGTCTAGTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=99055738;WS=99055720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	99064379	rs4699605	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=406;SC=AAGTGTGGAGAAAAAGGAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=99064387;WS=99064369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	99363400	rs77609098	G	A	116.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTGAAGAACCGCTGTAGGTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=99363408;WS=99363390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	99408106	rs6838913	T	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=819;SC=TAAAGATTATTGCATTTGTCC;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=99408114;WS=99408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	99579160	rs13111424	C	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=409;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GCTGGAAAGGCGGAAGGCGAA;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=20;WE=99579168;WS=99579150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr4	99918661	rs10035037	A	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=20;PP=692;SC=GGGACCTGAAATTAAGAAACA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=99918669;WS=99918651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	99926965	rs2123782	T	C	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=49;PP=1578;SC=GAAGTAACTCTGGAATGGAAA;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=99926973;WS=99926955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	99952607	rs1037476	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=22;PP=1703;SC=TAATACTTTTCCTTCCACTCC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=99952615;WS=99952597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	99952710	rs1037475	A	G	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=100;PP=2965;SC=CTTTGTGACCATGGGTTATTC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=99;TCR=100;TR=199;WE=99952718;WS=99952700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	99966568	rs11721765	G	C	149.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=181;SC=GGTTGCCCCTGTTCTACCTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=99966576;WS=99966558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	100001247	rs1154412	T	C	217.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=208;SC=ATATTTACAGTAAGAGACACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=100001255;WS=100001237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	100003288	rs28730597	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.797;SC=ATTAAAACAACGAATGTGTAA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=101;WE=100003296;WS=100003278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,106:0.72:148
chr4	100006645	rs1154410	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=29;PP=1365;SC=GCATATGCAAAAGCAGGTTAA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=100006653;WS=100006635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	100009738	rs1154401	G	C	9861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=203;NR=143;PP=2965;SC=GCCAGATCCCGTCTTGGGCGC;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=203;TCR=143;TR=346;WE=100009746;WS=100009728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr4	100009952	rs11434442	T	TGG	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	100021124	rs2851279	T	C	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=27;SC=ACTGGAGCTGTTCCTATTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=100021132;WS=100021114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	100045500	rs1042365	T	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=278;SC=TTGTTTAAACTCATGGCTTTC;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=100045508;WS=100045490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	100045574	rs1042364	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=11;PP=505;SC=GATAGTATTCTGAATTGCTCC;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=100045582;WS=100045564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	100045616	rs1126673	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=13;PP=483;SC=ATTGTTCGGACGCTGTTAATA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=100045624;WS=100045606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	100045647	rs2602894	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=13;PP=401;SC=ATTAATAAGTATAATTTTCAT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=100045655;WS=100045637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	100047929	rs10009145	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CACTTGACACGAAGTAGTTTA;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=26;WE=100047937;WS=100047919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr4	100048327	rs9307234	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=13;PP=1149;SC=ACTAGGAAAAGAATTTAAAGC;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=100048335;WS=100048317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	100048414	rs1126671	T	C	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=73;PP=2965;SC=TCTGGAAAAATAGTCAATCCT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=177;WE=100048422;WS=100048404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	100048506	rs6836440	G	A	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=75;PP=2238;SC=CTGTGATGGAGCATAAAAGAA;SOR=1.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=118;WE=100048514;WS=100048496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	100052733	rs1126670	C	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=16;PP=1152;SC=CTTCCTGGATCGGTTTATGTA;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=100052741;WS=100052723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	100062819	rs2032349	A	G	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=71;PP=2367;SC=TATGGCACAGAGAGGTAGCAA;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=100062827;WS=100062809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	100064166	.	G	GA	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9998;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=30;QD=22.0;SC=TTTATTTCTTGAAAAAAAAAC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=100064174;WS=100064156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr4	100064247	rs2032348	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-1.891;SC=ATAGATTTATGGAGTTTGAAT;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=6;WE=100064255;WS=100064237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr4	100064305	rs4699715	C	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=19;PP=1412;SC=TTTGAAATCACCTCTGAATTA;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=100064313;WS=100064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	100065509	rs1800759	T	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=710;SC=TCCAATCACTTCCTTTTCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=100065517;WS=100065499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	100128753	rs4147545	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,46:0.29:161
chr4	100131163	rs6833176	G	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=530;ReadPosRankSum=0.394;SC=TATGATAAGAGATGACAAAGA;SOR=0.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=35;WE=100131171;WS=100131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr4	100134713	rs5860571	A	AT	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,23:0.22:104
chr4	100140306	rs4699735	A	T	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=70;PP=2571;SC=CCTGTAGTACACATGCTGATT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=141;WE=100140314;WS=100140296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	100200509	rs3819197	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.37;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=1.024;SC=CATCCTTCCACCTTTTCATTT;SOR=1.473;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=11;WE=100200517;WS=100200499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr4	100235053	rs1789882	A	G	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=5.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.148;NF=80;NR=75;PP=2393;ReadPosRankSum=0.276;SC=GCACTTCCTGAATGGGTTTCT;SOR=0.656;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=490;TCF=240;TCR=250;TR=155;WE=100235061;WS=100235043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,142:0.29:484
chr4	100239319	rs1229984	T	C	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=82;PP=2956;ReadPosRankSum=1.836;SC=GTCATCTGTGTGACAGATTCC;SOR=0.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=179;WE=100239327;WS=100239309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr4	100258007	rs1612735	T	C	5818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GTCCAAGGAGTATTTGAGGTG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=395;TCF=217;TCR=178;TR=250;WE=100258015;WS=100257997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,263:0.64:408
chr4	100258054	rs1693453	C	A	9131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=182;PP=2965;SC=CAGCCACTCCCTTCCCATCCC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=143;TCR=183;TR=325;WE=100258062;WS=100258044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr4	100258155	rs1614972	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=433;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TCAAAACCTCCTGAGTATGCC;SOR=1.308;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=23;WE=100258163;WS=100258145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr4	100260669	rs5860576	GCCC	G	320.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	100260681	rs1975438	C	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	100260789	rs698	T	C	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1690;ReadPosRankSum=0.446;SC=AAAGGTAAAATATTTGTTATT;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=114;WE=100260797;WS=100260779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,120:0.65:184
chr4	100261577	.	AT	A	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=32;QD=19.3333333333;SC=TCTCCAAAAAATAAAAAAGAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=100261586;WS=100261567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr4	100263834	rs1693481	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=-0.634;NF=28;NR=3;PP=573;ReadPosRankSum=-1.014;SC=AAAAAGATGACGGGAAATTTC;SOR=0.088;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=31;WE=100263842;WS=100263824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr4	100263942	rs1789912	C	T	6826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.794;NF=178;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.778;SC=GGGCATGTCACGGATCATACC;SOR=1.034;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=439;TCF=263;TCR=176;TR=284;WE=100263950;WS=100263932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,302:0.64:471
chr4	100263965	rs1693482	C	T	7539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.834;NF=185;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.772;SC=GGTGTCAAGCCGACCGATGAC;SOR=0.915;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=492;TCF=275;TCR=217;TR=321;WE=100263973;WS=100263955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,334:0.65:515
chr4	100266112	rs1693425	C	T	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.760;NF=80;NR=94;PP=2690;ReadPosRankSum=0.366;SC=CAATTTTGGCCACTGCATTCT;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=113;TCR=140;TR=174;WE=100266120;WS=100266102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,187:0.68:274
chr4	100266133	rs2241894	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.058;NF=25;NR=38;PP=604;ReadPosRankSum=2.077;SC=CATCCACCACTGTGTACTGGG;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=213;TCF=88;TCR=125;TR=63;WE=100266141;WS=100266123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,70:0.30:231
chr4	100266330	rs1693426	A	G	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.093;SC=AGCATCAGAAACTTACTCATT;SOR=0.371;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=63;WE=100266338;WS=100266320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr4	100266371	rs1789915	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.448;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=713;ReadPosRankSum=1.810;SC=CTGGGTTTTTACAAATTCTGC;SOR=1.117;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=41;WE=100266379;WS=100266361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr4	100266583	rs1662053	A	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.803;SC=CTGCCAAGGCATTGTTTTTTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=100266591;WS=100266573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	100268190	rs283413	A	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=20;PP=2106;SC=ACCCCTTCTCAAACACTTTCC;SOR=2.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=74;TCR=20;TR=94;WE=100268198;WS=100268180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	100269202	rs1789921	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AAGATAAACAGAGTTAAGTAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=20;WE=100269210;WS=100269192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr4	100341643	rs1154460	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-1.599;SC=CCTTGTGCATGTCTAATAACT;SOR=1.565;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=11;WE=100341651;WS=100341633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr4	100349793	rs72681953	T	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAAATCTGTGTTCAAAGACAA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=69;WE=100349801;WS=100349783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,74:0.63:117
chr4	100356179	rs1154469	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.599;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr4	100356337	rs1154470	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=0.708;SC=ACATCATTAGGTCATGATGAG;SOR=0.525;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=46;WE=100356345;WS=100356327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr4	100443561	rs13142939	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ATTTAATGATATTTGGTTGGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=100443569;WS=100443551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	100443720	rs13143848	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=844;ReadPosRankSum=-1.943;SC=ACATTGTGGGGAGTTGGCCAG;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=64;WE=100443728;WS=100443710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr4	100443782	rs13119384	T	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr4	100443782	.	TCC	CCG	1303	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=18;NR=21;PP=1303;QD=34.7812275606;SC=CAGTTACCCCTCCAGCACTGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=39;WE=100443792;WS=100443772;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,39:0.59:66
chr4	100443784	rs61732380	C	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr4	100443800	rs17029087	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGCAGTCCAGGAGAGCCCTGT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=28;WE=100443808;WS=100443790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr4	100445589	rs35080520	T	TC	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	100445763	rs61598233	GCTAT	G	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=1000;SC=GCTATTTACTGCTATCTATTT;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=18;WE=100445774;WS=100445753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	100451127	rs45440196	G	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=54;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TAAGTATCAGGTTTATCAAAT;SOR=0.955;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=73;WE=100451135;WS=100451117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr4	100451197	rs2089079	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=549;SC=ATCCTTAAAACTCTTAAATGA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=100451205;WS=100451187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	100457117	rs111869659	A	ACAGT	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=1020;SC=TTTTCTTCTAACAGGCCACTC;SOR=2.621;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=19;WE=100457125;WS=100457107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	100457344	rs10019266	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=363;SC=GGAGGTATTACCGGGTCAGGA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=100457352;WS=100457334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	100472229	rs11274750	GATTTATAGTTCAGAGA	G	54.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=716;SC=TTTTAGATAAGATTTATAGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=100472252;WS=100472219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	100477462	rs11935423	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=1.645;SC=ACTTATCTGACGATCAATGAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=100477470;WS=100477452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	100478624	rs3817083	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TGTCTATGGCCATTCTATGAT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=21;WE=100478632;WS=100478614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr4	100485128	.	C	T	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=74;PP=2034;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CTGGGTTGGCCTGGTTACGGC;SOR=0.949;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=124;WE=100485136;WS=100485118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,123:0.69:178
chr4	100485244	rs11944749	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=537;ReadPosRankSum=-1.309;SC=CGGCCATTTCGAACCCGCAAT;SOR=0.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=27;WE=100485263;WS=100485234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr4	100485255	rs11944752	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=847;SC=AACCCGCAATGGAAGAAAGGG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=34;WE=100485263;WS=100485234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	100491772	rs11933337	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=605;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CCAGAACCTGTGATAGTCTAA;SOR=2.100;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=29;WE=100491780;WS=100491762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr4	100495817	rs1800804	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=301;SC=AGTTTCCTCATTGGGTGAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=100495825;WS=100495807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	100504566	rs61733139	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=1.136;SC=TGAATCAGCAGAGAGGAGAGA;SOR=0.650;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=14;WE=100504574;WS=100504556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr4	100504664	rs3816873	T	C	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=49;PP=1874;SC=CTTCATCTAATCCATGGAAAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=100504672;WS=100504654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	100510859	rs991811	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr4	100516022	rs2306985	C	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=644;ReadPosRankSum=0.241;SC=TCCAGAGCCACTGTAAAGGAT;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=45;WE=100516030;WS=100516012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr4	100518283	rs17533489	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TTTCCAAGGCTGAGGCTGTCA;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=28;WE=100518291;WS=100518273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr4	100518483	rs79194015	A	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=1.139;SC=CTGCCCCACCACCAAAACAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=100518491;WS=100518473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr4	100522679	rs114681504	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.803;SC=ACTTTACCAAGTATGTGTTTA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=100522687;WS=100522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	100532222	rs5860586	AT	A	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	100532637	rs745075	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGATTTTGCTTAATAAAGTAT;SOR=0.200;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=18;WE=100532645;WS=100532627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr4	100533913	rs41275715	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TATTCAGGCACAGAGGTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=100533921;WS=100533903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	100534041	rs2718684	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=471;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GGGAGCTTGCGTCATGAACAT;SOR=1.244;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=29;WE=100534049;WS=100534031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr4	100542167	rs1491244	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-2.268;SC=TTAGTCCAATACCATTAAATA;SOR=0.069;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=100542175;WS=100542157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr4	100542482	rs881981	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=11.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	100543745	rs2255119	A	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=630;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGAACAGAAACTTCAAGTAC;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=36;WE=100543753;WS=100543735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr4	100570403	rs80025411	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=240;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GTTTTTCATTCCGCTTCCTGG;SOR=0.791;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=22;WE=100570411;WS=100570393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr4	100738035	rs715239	G	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=13;PP=922;SC=GAGCAGCCCAGTTGTGTCTCT;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=100738043;WS=100738025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	100757048	rs3733463	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=2.053;SC=AATGATGAGGGTGTAAAACAA;SOR=2.419;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=27;WE=100757056;WS=100757038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr4	100774532	rs144829888	GCT	G	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=675;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTGACCACAAGCTCTCTCCCT;SOR=0.593;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=18;WE=100774541;WS=100774522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr4	100784980	rs3737484	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr4	100787233	rs77036069	C	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GTGCAAAGACCGGAGTAGAAG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=27;WE=100787241;WS=100787223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr4	100789416	rs4699768	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,27:0.25:107
chr4	100805207	rs6532835	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.510;SC=TATTTAAGGTCATTAAACACA;SOR=1.075;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=14;WE=100805215;WS=100805197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr4	100825161	rs72684369	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AGTTAATATTGGTAATACAGG;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=100825169;WS=100825151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	100829746	rs7676564	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAAAAACCATTACAGGATCGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=100829754;WS=100829736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	100870182	rs61203457	T	C	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=90;PP=2437;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CAAACGCAGATCTACCAACTG;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=148;WE=100870190;WS=100870172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,157:0.67:236
chr4	100870375	rs2276939	T	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=1.935;SC=CCTTCCCTCTTGCCGCCTCCC;SOR=0.064;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=100870383;WS=100870373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr4	100871152	rs73832925	C	T	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=21;PP=1418;ReadPosRankSum=1.619;SC=CCGCCCGCCGCGAGATCCGAG;SOR=1.065;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=88;WE=100871160;WS=100871142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,94:0.64:146
chr4	101109385	rs3749603	A	C	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=932;SC=TAGAAAAAAAACACCAAGATA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=101109393;WS=101109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	101337150	rs4699401	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.421;SC=ATTAACACCACAGTAATCAGC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=8;WE=101337158;WS=101337140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr4	101338217	rs3733437	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=371;ReadPosRankSum=0.871;SC=AGAGTAACAATAATTTTCACT;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=28;WE=101338225;WS=101338207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr4	101368501	rs1157181	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=0.237;SC=GAACACTTAGACATGTCCTTA;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=101368509;WS=101368491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	101953322	rs2851060	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=0.019;SC=GAAGAAGAACCGAAGACCAAG;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=15;WE=101953330;WS=101953312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr4	101953593	.	A	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GACTGAAAGGAAAAAAAATGC;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=19;WE=101953601;WS=101953583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr4	102116994	rs2659542	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.835;SC=AAGACTCACTGGTAACTAGGA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=102117002;WS=102116984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	102117323	rs2850991	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=1.367;SC=TCAACAACAAACAATGCAATA;SOR=1.424;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=37;WE=102117331;WS=102117313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr4	102171591	rs2583404	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=315;SC=ATTTAATAGATTATTGTTATG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=102171599;WS=102171581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	102171606	rs2850958	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=216;SC=GTTATGTTACATAGAAAGGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=102171614;WS=102171596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	102251501	rs28664200	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=639;ReadPosRankSum=0.164;SC=GCAAAGAAGATAGTTTCTTTA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=32;WE=102251509;WS=102251491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr4	102267821	rs2850327	AA	CG	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=22;PP=2947;SC=GGAGGGGAGGAAAGGCGAGGC;SOR=3.155;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=105;TCR=26;TR=118;WE=102267830;WS=102267811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	102268034	rs3974660	A	ACGCCGC	1870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=25.28;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr4	102642453	rs10856962	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=846;SC=TTGAATTTTTTAATTGTCTTA;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=102642461;WS=102642443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	102642526	rs12506517	T	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=46;PP=2247;SC=TACAGTAGTCTCTGCTTATCC;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=124;WE=102642534;WS=102642516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	102750922	rs17266594	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TTTAACCTGCTGATAGCATTG;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=102750930;WS=102750912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr4	102751076	rs10516487	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=499;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTGTTATATCGCTTGGAGAAT;SOR=0.960;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=44;WE=102751084;WS=102751066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
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chr4	103174491	rs151370	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=52;PP=2198;SC=GGTCATAACTATGTCATATGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=103174499;WS=103174481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	103225513	rs11097773	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=0.074;SC=AATGGATATGTCCATTAGCTT;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=34;WE=103225521;WS=103225503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr4	103228734	rs35411892	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=-2.117;SC=GATTAATAATCGTCACTGACA;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=51;WE=103228742;WS=103228724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,54:0.32:171
chr4	103458888	rs3830689	TCA	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=408;ReadPosRankSum=0.456;SC=GAGCCCTCTTTCACAGTTTCA;SOR=0.990;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=103458897;WS=103458880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	103514658	rs1609993	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=34;PP=1176;SC=GTAGTGGTGCTGGAGCTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=103514666;WS=103514648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	103514741	rs4648050	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AAAATACTTATTCTTCCTAAA;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=20;WE=103514749;WS=103514731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr4	103534560	rs3817685	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr4	103553447	rs5860729	GA	G	1107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=35;PP=662;SC=GCCTGAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.364;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=40;WE=103553456;WS=103553436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	103553543	rs735403	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=12;PP=321;SC=AAGGAGTCCACTTCCCACAAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=103553551;WS=103553533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	103555992	rs2272697	A	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=24;PP=2483;SC=GGTGAGGACAAGAAGTGGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=104;WE=103556000;WS=103555982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	103556316	rs909349	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=440;SC=TAAGAGACTATGAAACCTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=103556324;WS=103556306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	103556367	rs11436517	G	GT	293.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.19;NF=0;NR=8;PP=314;SC=ATGTGACTAAGTAACTTCTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=103556375;WS=103556357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	103557077	rs2866413	G	A	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=45;PP=2116;SC=GATATAGAACGTGTTTTCATT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=115;WE=103557085;WS=103557067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	103557192	rs4547797	C	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=69;PP=2257;SC=TGTCAGGAGACGGCAAGGTCA;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=120;WE=103557200;WS=103557182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	103557219	rs2866414	C	T	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=51;PP=1660;SC=CAGAGAGGCACTGTCCAATGG;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=103557227;WS=103557209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	103557251	rs10027437	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1052;SC=GTGGCTCATCGGGGTTCTAAG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=103557259;WS=103557241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	103557311	rs4496586	G	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=435;SC=CCATGTTTGTGAAGCGCTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=103557319;WS=103557301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	103560817	rs150220143	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.846;SC=CTCAGTCCCTCTCCCCACAGT;SOR=1.821;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=10;WE=103560825;WS=103560807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr4	103594918	rs227276	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATATATAATTTTTAAAATCCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=103594926;WS=103594912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	103594938	rs227277	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TGTCCATTCTGAAGTTTCCAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=103594946;WS=103594928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	103610872	rs227365	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=1.840;SC=TCACTCTAATATGTCATATTT;SOR=0.818;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=16;WE=103610880;WS=103610862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr4	103611951	.	A	AAT	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=459;ReadPosRankSum=-0.869;SC=AAGAAAAAGAAATATATATAT;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=13;WE=103611960;WS=103611941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr4	103612018	rs227369	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.230;NF=0;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTGAAGGTAAGACTAAAGCAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=103612026;WS=103612008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	103719893	rs223437	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=429;ReadPosRankSum=0.483;SC=TTGCCATGCAGTACTTTCAAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=103719914;WS=103719883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	103719906	rs223436	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=429;ReadPosRankSum=0.045;SC=CTTTCAAGCAATAACGGCTAC;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=11;WE=103719914;WS=103719883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	103722873	rs57915035	CCT	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=-0.170;SC=ACCACAACCCCCTGCCTCCTC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=103722882;WS=103722863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	103732704	rs201561589	T	TG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	103732845	rs223414	A	C	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr4	103746753	rs3774997	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=329;ReadPosRankSum=0.146;SC=GTGGAGGTTCCGCTCACTCCC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=15;WE=103746761;WS=103746743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr4	103747541	rs2023532	G	A	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,197:0.60:330
chr4	103789782	rs2198199	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=-1.781;SC=ATACTCATGGGCGAGTATGCA;SOR=0.324;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=103789790;WS=103789772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	103789810	rs223333	C	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=451;ReadPosRankSum=1.144;SC=GGCCACAGCACCCAAACTGTA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=24;WE=103789818;WS=103789800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	103790186	rs223332	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GCGCAGGCGCGGCAGCTTGGC;SOR=0.211;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=18;WE=103790194;WS=103790176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr4	103806308	rs35282200	CTA	C	2351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.786;NF=25;NR=14;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AAGGATGAAACTAGACATGCT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=39;WE=103806317;WS=103806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr4	103866480	rs3974494	G	A	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=2062;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CTCAAAGCCTGAAACACAAAA;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=131;WE=103866488;WS=103866470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,143:0.70:205
chr4	103911069	rs2715591	C	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=15;PP=594;SC=TAGTTTCTTCCTGTGCAGTAT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=103911077;WS=103911059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	103911159	rs7672319	A	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TATGAATGAAATAAACCACCA;SOR=0.238;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=20;WE=103911167;WS=103911149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr4	103911222	rs6533051	C	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=113;SC=ATCACAGATACAAAAGAAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=103911230;WS=103911212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	103941410	.	G	GTTT	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5025;HP=14;HapScore=4;MGOF=39;MMLQ=16;MQ=58.95;NF=5;NR=0;PP=70;QD=14.8;SC=ACCTTTGTGAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=103941418;WS=103941400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	104004064	rs79460377	T	C	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.133;SC=TTCTTTCTTGTAGAGATGGCG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=90;WE=104004072;WS=104004054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,97:0.38:255
chr4	104119326	rs185238151	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	104510766	rs2765	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GACAGGACTGGTAAATAGGAG;SOR=0.540;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=12;WE=104510774;WS=104510756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr4	106154990	rs71971966	TATAGATAG	T	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=1863;SC=TTAGTATTTTTATAGATAGAT;SOR=2.235;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=14;WE=106155005;WS=106154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	106196951	rs2454206	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=929;ReadPosRankSum=-0.352;SC=ACCTTCTCACATAATCCATAA;SOR=0.806;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=68;WE=106196959;WS=106196941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,73:0.43:171
chr4	106290829	rs16345	A	ACTTGGGGAAAAAGAGT	5334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.255;NF=23;NR=17;PP=2954;ReadPosRankSum=0.641;SC=TGTCTCTAGCACTTGGAGTCC;SOR=1.058;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=40;WE=106290837;WS=106290819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,125:0.56:222
chr4	106292109	rs72665979	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	106292121	rs2726526	G	C	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=27;SC=AATTATAGAAGAAAGTTTACA;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=106292129;WS=106292111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	106317370	rs145622118	T	TATAAA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TACCAATTAATATAACATTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=106317378;WS=106317360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr4	106317429	rs13787	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.109;NF=5;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=1.686;SC=CTCCATTACACTTCTTCATAA;SOR=0.287;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=6;WE=106317437;WS=106317419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr4	106395181	rs4699179	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=464;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGGCACCCGTGCGCAGCAGCC;SOR=0.622;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=13;TCR=82;TR=31;WE=106395189;WS=106395171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr4	106474096	rs6533206	T	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=888;SC=CTGACAGGACTGAATACAACC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=106474104;WS=106474086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	106534425	rs3214769	CAGAA	C	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=341;ReadPosRankSum=-0.634;SC=AGAATGTTAACAGAAATGGTT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=106534436;WS=106534415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr4	106534691	rs2305212	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=799;ReadPosRankSum=-2.083;SC=CTCGAGTTCTACAATACAACA;SOR=1.238;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=44;WE=106534699;WS=106534681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr4	106575269	rs17036076	A	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=949;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TTAGAGCTTTAGAAAAGACTG;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=58;WE=106575277;WS=106575259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr4	106580340	rs13147012	A	G	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GCAGCGATCAACGGGAGAGGA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=102;WE=106580348;WS=106580330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,112:0.64:174
chr4	106588509	rs10019217	C	T	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=69;PP=2424;ReadPosRankSum=0.418;SC=AGAACTACCACTCTTCTTTAA;SOR=0.413;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=92;TCR=99;TR=137;WE=106588517;WS=106588499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,139:0.71:196
chr4	106604190	rs35370743	A	G	3925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=74;PP=2693;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TTAGAGGTGGAGGTGGTTTTA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=146;TCR=123;TR=161;WE=106604198;WS=106604180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,171:0.60:286
chr4	106604364	rs34072732	A	G	3848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=80;PP=2594;ReadPosRankSum=2.569;SC=TTGCTGTTGAAGGACCAGCAG;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=221;TCF=109;TCR=112;TR=153;WE=106604372;WS=106604354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,161:0.69:233
chr4	106620983	rs72671820	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AAACTCTCTCCAAGCTTTTTA;SOR=0.745;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=68;WE=106620991;WS=106620973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr4	106638697	rs72671840	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CTTTTATTTTAGCTTCTAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=106638705;WS=106638687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	106647679	rs72671858	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GTTACCTCAACACAGCTATTA;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=106647687;WS=106647669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	106761416	rs17036327	C	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=-0.430;SC=ACCATGAGGACAAAGTGCACA;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=26;WE=106761424;WS=106761406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr4	106766430	rs11722225	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.239;SC=ACCATCATCTTTCCACATTGA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=106766438;WS=106766421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	106766496	rs11726124	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=428;ReadPosRankSum=0.740;SC=AGCATGCTCCATAGTACTTGC;SOR=0.285;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=34;WE=106766504;WS=106766486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr4	106848314	rs4546247	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=304;SC=ACATACATAACACATGTGTGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=106848322;WS=106848313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	106848703	rs10856978	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=414;SC=TGTGAGCTGCCATTTTGCTGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=106848711;WS=106848693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	106859549	rs35132891	G	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=773;ReadPosRankSum=-2.368;SC=CTGGCCTGCAGCTGGCTCCTG;SOR=1.391;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=46;WE=106859557;WS=106859539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr4	106861557	rs4627867	A	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=766;SC=ATCTGCCAATATTATGTAGAT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=106861565;WS=106861553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	106861730	rs4340795	A	G	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=61;PP=2775;SC=ATGTTATAACATACGTGGGTC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=154;WE=106861738;WS=106861720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	106891531	rs6817700	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=1.243;SC=ATTTTCTGCTATTTTTGCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=12;WE=106891539;WS=106891521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr4	106892210	rs4449421	T	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=479;SC=TTTCTTCATGTTAAAGGTATA;SOR=3.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=106892218;WS=106892200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	106924931	rs17258724	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=475;ReadPosRankSum=-0.592;SC=ACAAGGTGTAGTTCTCCATGT;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=40;WE=106924939;WS=106924921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
chr4	107154273	rs13138528	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=898;SC=TAATCAGCAATAAACCCTTAA;SOR=3.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=34;WE=107154281;WS=107154263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	107156365	rs7668276	C	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=29;PP=1458;SC=GGAAAGCACTCTCCTTCTCCA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=107156386;WS=107156355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	107165685	rs58634260	TA	T	111.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=0;PP=117;SC=ACAACCAATTTAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=107165693;WS=107165675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	107168431	rs3775091	G	C	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=89;PP=2775;SC=TTCATTAATTGATCTGGGGTT;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=54;TCR=89;TR=143;WE=107168439;WS=107168421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	107172377	rs13113845	C	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=993;SC=ATTAACTGTACATATACCACA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=107172385;WS=107172367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	107258228	rs3737495	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=1.864;SC=TAATAGTTTCGGAATCAGTTC;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=18;WE=107258236;WS=107258218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr4	108048977	rs2158182	A	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=551;ReadPosRankSum=1.346;SC=GCAAGATGTAAGGCTGAAGGC;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=108048985;WS=108048967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr4	108581002	rs11291153	GC	G	1013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=483;SC=CAACATCTTTGCCCCCCCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=108581010;WS=108580992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	108608100	rs45502094	CTCTAACACT	C	2028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=8;PP=2965;SC=CTCCAAGTCACTCTAACACTT;SOR=2.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=108608116;WS=108608090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	108615226	rs371693146	CT	C	1763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=43;PP=866;SC=TGTAGTAATACTTTTTTTTTC;SOR=1.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=44;WE=108615234;WS=108615216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	108622241	rs17510783	C	T	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=37;PP=2631;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GAACAGAGCTCAAAATTTAAA;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=96;TCR=37;TR=131;WE=108622249;WS=108622231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr4	108622475	rs13110240	C	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=51;PP=1396;SC=TTCTAGTTTACATGAGTCCTT;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=108622483;WS=108622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	108641169	rs2074372	C	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=8;PP=1558;SC=CCTCCGCGCTCCTGGAAGGAT;SOR=3.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=59;WE=108641177;WS=108641159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	108641300	rs973126	T	C	8506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=152;PP=2965;SC=TATTGCTCAGTTTGACTTTCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=155;TCR=152;TR=307;WE=108641325;WS=108641290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr4	108641317	rs1127006	G	A	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=142;PP=2965;SC=TTCTTGCACAGGCTCCCGGGG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=132;TCR=142;TR=274;WE=108641325;WS=108641290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr4	108641437	rs2074374	C	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1321;SC=GGGGCCTCCTCGCGTCGGAGC;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=108641445;WS=108641427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	108641464	rs1319253	AA	GC	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=1527;SC=GCGCTGACTTAAGCACGCGCC;SOR=3.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=108641473;WS=108641454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	108820843	.	C	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=695;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CCAGTGTGCTCCAAAGGTCAG;SOR=0.699;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=105;TCR=109;TR=61;WE=108820852;WS=108820833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,63:0.28:223
chr4	108853384	rs6849089	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TCCGGCCGCCCGCGCCCCCAG;SOR=0.141;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=108853392;WS=108853374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	108866058	rs10002671	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-1.736;SC=AATGCACTCCGTGGTAGGTCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=108866066;WS=108866048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	108868515	rs6856745	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=615;ReadPosRankSum=-1.629;SC=CTGGTTTATTTTTCCCTTTTT;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=42;WE=108868523;WS=108868505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr4	108926170	rs3775973	T	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=609;SC=ATGTTTATTTTATACTGTAAC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=108926178;WS=108926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	108931039	rs4956145	T	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=32;PP=1030;SC=GCAGAAAACCTTAAGGTAATT;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=57;WE=108931047;WS=108931029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	108931137	.	T	C	102.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-0.210;QD=17.12;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	108935768	.	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.234;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr4	108935770	rs7677408	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr4	108935771	.	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.913;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr4	108935871	rs4956147	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=261;SC=ATATTGTGTAGTGGTGAAGTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=108935879;WS=108935861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	108944579	rs4956032	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=27;PP=1609;SC=ACCATTCTACCGAAGTTGCTT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=108944587;WS=108944569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	108944821	rs4956033	C	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=1143;SC=AAAGAAGGAGCATTGTATACT;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=108944829;WS=108944811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	108944846	rs4956034	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=23;PP=618;SC=GCTTGTCCACATGCTGTAAAG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=108944854;WS=108944836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	108969590	rs4245927	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=624;SC=CGCAGATATGAGGGGAGAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=108969598;WS=108969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	108985388	rs4613638	A	G	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=32;PP=2018;SC=AAAGCATCATAAGTTACAGTC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=108985396;WS=108985378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	108991979	rs2276335	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=624;SC=ATAGCAATAGCATATTTTATG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=108991987;WS=108991969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	108999300	rs4956156	G	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=21;PP=2073;SC=ACCTGATATGGGATTAAATTG;SOR=2.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=79;TCR=21;TR=100;WE=108999308;WS=108999290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	108999366	rs4956157	G	A	7028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=102;PP=2965;SC=CACATGACTCGGCTACTTACC;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=142;TCR=102;TR=244;WE=108999374;WS=108999356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr4	109000536	rs6819640	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=282;SC=CAGAGGTGCATTGAGTTTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=109000544;WS=109000526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	109002986	rs7681524	T	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=505;SC=TCCCCTTCCTTACCCTCCACC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=109002994;WS=109002976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	109010207	rs16996935	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=524;SC=GGCATCTGGAAGGTCACTCAG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=109010215;WS=109010197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	109576843	rs2851380	G	T	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=39;PP=1418;SC=ATGATTTGGTGGTGGGAAAGA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=109576851;WS=109576833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	109588238	rs2851374	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	109664819	rs6533381	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.28;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	109664819	.	TG	CC,CG	236	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6,21;NR=0,1;PP=58,236;QD=18.5779791437;SC=CAACAATAAGTGAACCTAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=6,22;WE=109664828;WS=109664809;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:22
chr4	109664820	rs7664898	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	109665016	rs10035050	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=0.181;SC=TCTAAAACTGAATCAAGGAAG;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=22;WE=109665024;WS=109665006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr4	109670701	.	CA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	109674116	rs1377210	A	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=970;ReadPosRankSum=0.660;SC=GCACTGGCTGAGTCTGCATGG;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=77;WE=109674124;WS=109674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,82:0.33:249
chr4	109677434	rs73840706	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AGCTTAATACATAATTTTTAA;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=109677442;WS=109677424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr4	109681267	rs61525227	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=606;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CAATTCCCCAAACAAAAATTA;SOR=0.878;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=42;WE=109681275;WS=109681257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,46:0.35:133
chr4	109683509	rs57603342	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=-1.231;SC=ACCCTTCATCACTTAACCAAG;SOR=0.504;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=33;WE=109683517;WS=109683499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr4	109683688	rs3733622	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=0.636;SC=CTGGAATGGTGTCTGCTAGGG;SOR=0.163;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=13;WE=109683696;WS=109683678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr4	109735133	rs2305436	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.743;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=569;ReadPosRankSum=-1.499;SC=TTAGTAGTCTTGAATTAAAAT;SOR=1.250;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=25;WE=109735154;WS=109735123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr4	109735146	rs2305435	T	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.61;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr4	109735209	rs11733727	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	109745336	rs7689008	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,58:0.25:236
chr4	109748227	rs13104307	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=870;ReadPosRankSum=1.426;SC=AAGGGTTAACCGTGTCAGTGA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=65;WE=109748235;WS=109748217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr4	109755320	rs144006942	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr4	109759469	rs4956063	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.469;SC=TTGTCTTGCACGAAACATTAA;SOR=2.200;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=109759477;WS=109759459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr4	109762918	rs11942576	C	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=1.485;SC=GAATTGATTCCCTGTTTCCCA;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=36;WE=109762926;WS=109762908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr4	109766177	rs10015534	G	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=356;SC=TATACTTTGTGTATCACTGTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=109766185;WS=109766173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	109766290	rs11098004	T	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=43;PP=2415;SC=GTAAGTAACATGTCAGTGTGT;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=109766298;WS=109766280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	109767453	rs5860952	C	CA	6264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=81;PP=2606;SC=AACAGAATTCCGATCAATTTC;SOR=1.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=12;TCR=85;TR=93;WE=109767461;WS=109767443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	109769844	rs13130308	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=867;SC=GACATTTTGGCTTCAAACCTA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=109769852;WS=109769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	109769899	rs13135591	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=34;PP=1645;SC=TAATAGTATACATCTTTGAAA;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=90;WE=109769907;WS=109769889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	109782249	rs13133634	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=0.046;SC=TGAAAAACAACAGCAACCACC;SOR=2.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=16;WE=109782257;WS=109782239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	109783755	rs146165021	ACAG	A	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=566;ReadPosRankSum=1.573;SC=AGAGATAAGAACAGAAAAATA;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=15;WE=109783765;WS=109783745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr4	109790346	.	C	CAATAAATA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	109790373	rs142515007	TAAATA	T	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.795;QD=24.86;ReadPosRankSum=1.778;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr4	109810573	rs34358532	ATTT	A	50.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	109811003	rs12641411	T	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=586;ReadPosRankSum=0.107;SC=ATGACTAATGTGCCTAACTAC;SOR=1.483;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=38;WE=109811011;WS=109810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr4	109817962	rs10856995	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ATGAACACTACATATTAAAAT;SOR=0.186;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=22;WE=109817970;WS=109817952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr4	109820141	.	A	ATATATCTC	231	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.7357;HP=2;HapScore=4;MGOF=41;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=231;QD=241.0;SC=ATCTATATCTATATATCTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=1;WE=109820149;WS=109820131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,1:0.10:10
chr4	109820167	.	A	C	288	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=2;PP=288;QD=21.5180808365;SC=ATATATCTATATACCTACCTA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=109820175;WS=109820157;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	109820446	rs6830868	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-1.550;SC=ATGCATGACATTTTCTATTTT;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=109820454;WS=109820436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	109841889	rs5860955	G	GA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=0.066;SC=CATATATCAGGAAAAAAAAAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=109841897;WS=109841879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	109842038	rs2030844	T	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=1.345;SC=ATTGTTTTTTTAAAAAATACC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=109842046;WS=109842028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	109895718	rs70949061	GA	G	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.402;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.822;NF=0;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GGAGGGCCCTGAAAAAAAGAA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=109895726;WS=109895708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr4	109971378	rs1863291	T	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=469;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TTTAATTCTTTTTCCTGGTTC;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=28;WE=109971386;WS=109971368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr4	110370867	rs13123618	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=370;SC=TCATGGTGGTCCTGCCTTCAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=110370875;WS=110370857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	110384047	rs70949082	G	GCTTTT	3537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=17;PP=2566;SC=GTAAATACTTGCTTTTTCAGG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=55;WE=110384055;WS=110384037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	110446454	rs6812906	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=372;SC=TGGACAAGTAAAATATTATTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=110446462;WS=110446444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	110580084	rs1543812	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GTATTAAAAAGAATCTTATGG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=110580092;WS=110580074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	110581324	rs34754720	A	AT	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=325;ReadPosRankSum=0.785;SC=AAATTTACTCATTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=20;WE=110581332;WS=110581314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr4	110581363	rs4698744	T	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr4	110602430	rs4698780	T	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=536;ReadPosRankSum=-1.600;SC=AAGGAAAAGGTCCTTGAGTCT;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=37;WE=110602438;WS=110602420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr4	110603784	rs3733611	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=927;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ACATGAAATCTTTGGTTCACA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=62;WE=110603792;WS=110603774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr4	110605744	rs13846	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CCAGTTACATACTTCATCACA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=7;WE=110605752;WS=110605734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr4	110606394	rs3214165	C	CT	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.40;MQRankSum=0.544;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr4	110608536	rs13151303	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-1.162;SC=ATATATATTTCAGCCATTTGC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=110608544;WS=110608526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	110619534	rs2301717	T	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=722;SC=AATTATTTTTTACTTATGGCA;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=110619542;WS=110619524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	110638810	rs2285714	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.633;NF=25;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=-2.792;SC=TGCCACAGGTCTCATAGCACC;SOR=0.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=39;WE=110638818;WS=110638800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,40:0.28:145
chr4	110661937	rs551	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110667345	rs9998151	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TTCCAACTCATGGCTTCTGAT;SOR=0.425;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=18;WE=110667353;WS=110667335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr4	110670807	rs7441380	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=517;SC=ACCCATTAGCGTTTTTAACAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=110670815;WS=110670797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110678819	rs5860990	CA	C	650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=505;SC=AAAATGTGGTCATATCATGCT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=110678827;WS=110678809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	110678925	rs11098044	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=263;SC=TTACCTTGAGTCACAGATGCA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=110678933;WS=110678915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	110678979	rs146158558	T	TTTTAA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=335;SC=AAAGGATAATTTTTGGAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=110678987;WS=110678969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	110679002	rs7437142	G	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=171;SC=GCACACTATAGCAATATACTA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=110679010;WS=110678992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	110681505	rs2298749	C	T	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=131;PP=2965;SC=TGCAAACACCCGATTTGCAAT;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=92;TCR=131;TR=222;WE=110681513;WS=110681495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	110681618	rs4382037	C	T	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=36;PP=1704;SC=AGTAAAGTTGCTTTTCCTCTT;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=78;WE=110681626;WS=110681608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	110737389	rs2276326	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=791;SC=TCAACCGAGGTGGCAGCAGCA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=110737397;WS=110737379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	110737549	rs6828254	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=48;PP=1418;SC=GCAGTCTTCAGTATTTAGCTT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=110737557;WS=110737539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	110745095	rs13109228	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=391;SC=AATACTTTGCGTTATTATTTA;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=110745103;WS=110745085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	110745472	rs202125712	CATT	C	1003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=438;ReadPosRankSum=1.392;SC=GTTTGCTAAACATTATTGGAA;SOR=0.266;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=13;WE=110745482;WS=110745462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr4	110754499	rs12513108	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr4	110757287	rs61744555	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CTGGTGCTACGTGTACCATAA;SOR=0.301;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=28;WE=110757295;WS=110757277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr4	110758551	rs4698750	G	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.444;SC=CCCCACTTAGGACATTAAATG;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=6;WE=110758559;WS=110758541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr4	110765361	rs7681770	T	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=71;PP=2288;SC=TGAAATAAGATAAAAGGACAC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	110765372	rs7657133	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.097;SC=AAAAGGACACACTATCAAAAC;SOR=0.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=58;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr4	110786290	rs7679048	C	T	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TAGAACGTTACGGCTGTAAAA;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=86;WE=110786298;WS=110786280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr4	110786517	rs7679303	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.311;SC=ACTAATACGTACAATAATGAC;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=21;WE=110786525;WS=110786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr4	110788739	rs2347130	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=2.047;SC=CAAGAGGCAGGATGTAAACTG;SOR=0.631;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=21;WE=110788747;WS=110788729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr4	110791361	rs2347131	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,48:0.24:203
chr4	110791413	rs2347132	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,42:0.20:215
chr4	110791543	rs2347133	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=327;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GCTTGGAACCCGGTGGGCAAT;SOR=0.695;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=29;WE=110791551;WS=110791533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr4	110880378	rs11568926	A	C	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.386;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=876;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CGTTGTAGGGAGGTAAGACCT;SOR=1.414;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=50;WE=110880386;WS=110880368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr4	110895923	rs41482245	A	G	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TAAGGAGAACATCTCTCAACC;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=102;WE=110895931;WS=110895913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,107:0.69:154
chr4	110901147	rs2302135	A	G	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=904;ReadPosRankSum=0.124;SC=TTGCTGTAGCAGTGTTTGAGG;SOR=0.344;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=71;WE=110901155;WS=110901137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr4	110901198	rs2237051	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1528;ReadPosRankSum=0.735;SC=CATCAGTAATGAGAGTAAACA;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=100;WE=110901206;WS=110901188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,102:0.57:180
chr4	110901857	rs7695064	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-1.665;SC=TATACCCTCTATTTAGATACA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=110901865;WS=110901847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr4	110904502	rs6825106	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.349;SC=ATGAATAGTCGTAAACATAAA;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=110904510;WS=110904492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	110908933	rs11569046	T	C	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=60;PP=1669;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GGATGCAGCATGTATGCTCGG;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=126;WE=110908948;WS=110908923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,133:0.67:199
chr4	110909048	rs6836311	A	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=955;ReadPosRankSum=-0.608;SC=ACATATTTGGACAATACTGAA;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=53;WE=110909056;WS=110909038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr4	110914427	rs4698803	A	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=16;PP=776;SC=CAACTGGGGGAGCACAGCTGT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=110914435;WS=110914417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	110929538	rs11569124	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTATTGAAATGCCATGGACCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=110929546;WS=110929528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	110929559	rs41464250	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr4	111398208	rs10004516	A	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=843;SC=GAGAACGGACAAGTCAAGTAA;SOR=2.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40;WE=111398216;WS=111398198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	111409705	rs1126483	T	C	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=100;PP=2965;SC=AGGAGCATAGTGGCCACCGAT;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=159;TCR=100;TR=259;WE=111409713;WS=111409695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr4	111437103	rs2348432	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=688;SC=ACTGGTTCCACCATAAGAGTC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=111437111;WS=111437093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	111437127	rs2348433	A	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=548;SC=GCCTCACGATATCATCTAAAT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=111437135;WS=111437117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	111454153	rs671841	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=388;SC=CTGGTAAAAGACATAATAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=111454161;WS=111454143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	111781650	rs10213399	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=197;SC=TGTGGTCTGTCGTTGACTGGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=111781658;WS=111781640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	113066831	rs10002700	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=7;PP=173;SC=GCAGGGACCGGGTGGGATCCC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=113066839;WS=113066821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	113178894	rs147158310	ATTTGT	A	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=1.940;SC=TAGCTAATGAATTTGTTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=113178906;WS=113178884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	113179077	rs4834247	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	113179080	rs4834248	A	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	113186849	rs138136155	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr4	113199075	rs701759	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1082;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGCAGAGCGAATAAGTGCCAT;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=61;WE=113199083;WS=113199065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr4	113199691	rs6834298	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GGCAATTTATCTGGACTTTAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=113199699;WS=113199681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	113344826	rs1989925	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=-1.441;SC=TACTCCTCAAACCCTGCTCTA;SOR=0.683;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=40;WE=113344834;WS=113344816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,45:0.31:146
chr4	113344962	rs7654378	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=250;ReadPosRankSum=2.546;SC=CATTGTTGATTTTAAATTATA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=16;WE=113344970;WS=113344952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr4	113345147	rs6533616	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.492;SC=AATAAGCAACAATGGAGCAAC;SOR=1.696;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=10;WE=113345155;WS=113345137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr4	113347496	rs9994944	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-0.135;SC=ATCTAAGCCTAAGTTTTCCTA;SOR=0.739;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=15;WE=113347504;WS=113347486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr4	113347609	rs35182774	C	CT	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,27:0.23:116
chr4	113349020	rs4834277	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=1.035;SC=AGCACTGTAACAGACACTCAG;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=113349028;WS=113349010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr4	113352628	rs13148353	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CATTCATTGCATTCACAGCTT;SOR=0.987;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=38;WE=113352636;WS=113352618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr4	113352899	rs2074379	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CCAAGAATATGGGCACACATC;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=36;WE=113352907;WS=113352889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr4	113353052	rs17044681	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CTAGTCCCTCCTGGGTTGACC;SOR=0.534;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=138;TCF=79;TCR=59;TR=43;WE=113353060;WS=113353042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
chr4	113353285	rs11726117	T	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=842;ReadPosRankSum=0.804;SC=CTCGACAGCATGGATGTTCCC;SOR=0.907;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=115;TCR=85;TR=73;WE=113353293;WS=113353275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,78:0.36:215
chr4	113353842	rs6841595	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AAGGTATAGAACCCTGGTATG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=113353850;WS=113353832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	113356495	rs11098156	G	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=253;ReadPosRankSum=0.890;SC=AATGTAAGATGAGCTAACCTT;SOR=0.436;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=22;WE=113356503;WS=113356485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr4	113359703	rs231247	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,70:0.25:275
chr4	113362316	rs1486868	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GATGCTCTCAAATATCTGGTG;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=78;WE=113362324;WS=113362306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,82:0.37:219
chr4	113362463	rs11730442	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCACTTTAAGTCCTGCATTTA;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=113362471;WS=113362453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr4	113436044	rs901474	T	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=20;PP=1205;SC=CGGCGCTGGCTCCTCCCGGGC;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=113436052;WS=113436034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	113482146	rs17605622	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=1.160;SC=TATAGTTGGCGAAGACCTAAT;SOR=1.170;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=10;WE=113482154;WS=113482136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr4	113483446	rs6838559	C	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=0.349;SC=CATTTATATACTGTACTTTTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=113483454;WS=113483439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	113524723	rs17669218	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=522;ReadPosRankSum=0.524;SC=TAACTCTGGTGTCTCTGTCAT;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=47;WE=113524731;WS=113524713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,51:0.33:154
chr4	113539969	rs7696816	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=989;ReadPosRankSum=0.358;SC=ACTGCTTTCATTGAATGAAGG;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=51;WE=113539977;WS=113539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr4	113545165	rs6853745	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=1.242;SC=GAACTTGGATTTGAAAATTCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=113545173;WS=113545155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	113549989	rs12054518	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=-0.522;SC=ATATCTACAAGATTTTAAAGA;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=20;WE=113549997;WS=113549979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr4	113554385	rs13104310	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=4.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=0.334;SC=GAAATATTCAACTATTTATAC;SOR=3.258;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=113554393;WS=113554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	113569135	rs13136737	G	T	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=38;PP=1439;SC=GGGCGTTAACGCAATTGCTGA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=113569143;WS=113569125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	113570639	rs4513633	C	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=136;SC=AGATATTTCCCTATTTACTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=113570647;WS=113570629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	113578326	.	TTG	T	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=78;QD=40.5;SC=AGTCATAGTTTTGTGTGTGTG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=113578335;WS=113578316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr4	114081490	rs436855	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=1.020;SC=TCAAAGTGCTAGGATTACAGG;SOR=0.497;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=15;WE=114081498;WS=114081480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr4	114254454	.	ATG	A	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=103;QD=10.6;SC=GTGTGTGTATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=114254463;WS=114254444;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,10:0.38:26
chr4	114257201	rs3736575	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.438;SC=AGCGGATCCGCGTAGGCCTGC;SOR=0.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=114257209;WS=114257191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr4	114260492	rs2272231	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr4	114260538	rs2272230	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.339;SC=AAAAACTGCCCTTTGTTTTAT;SOR=0.434;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=7;WE=114260546;WS=114260528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr4	114267023	rs9968405	G	A	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=102;NR=56;PP=2878;SC=CAAATCAAATGTGGGTGAAGC;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=158;WE=114267031;WS=114267013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	114269552	rs2272235	G	A	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=66;PP=2083;SC=GTTCTTAGACGGGGTAGGCGG;SOR=2.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=89;WE=114269560;WS=114269542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	114275243	rs33966911	C	T	7502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CAGGGTCTCCCTCCCCTAAAA;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=477;TCF=256;TCR=221;TR=307;WE=114275251;WS=114275233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,326:0.65:499
chr4	114276880	rs28377576	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr4	114276884	rs3733615	A	G	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.96;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	114278277	rs3733617	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,64:0.27:241
chr4	114279422	rs10013743	A	G	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=2345;ReadPosRankSum=-1.499;SC=CTACAAAAGAAGCTGTTAGTG;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=137;WE=114279430;WS=114279412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,146:0.71:205
chr4	114284645	rs35728190	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1221;ReadPosRankSum=0.473;SC=GAACTATATGCATATTGGGCT;SOR=0.350;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=85;WE=114284653;WS=114284635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,93:0.59:158
chr4	114286357	.	A	ATGTG	980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.72;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	114294308	rs2293324	T	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=92;PP=2705;SC=TTGATGAGCATGGACACACCG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=178;WE=114294316;WS=114294298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	114299187	rs34564840	ATTGT	A	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.161;NF=8;NR=4;PP=469;ReadPosRankSum=0.512;SC=AAAGCAATAGATTGTTTGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=12;WE=114299198;WS=114299177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr4	114299347	rs17483231	A	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=882;ReadPosRankSum=3.118;SC=GGTTTGGGTTAGCATGGGGTG;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=72;WE=114299355;WS=114299337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr4	114310106	.	CTG	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GCATGCATGCCTGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=114310115;WS=114310096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	114426315	rs4834348	G	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr4	115544714	rs6851610	A	G	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=1881;ReadPosRankSum=2.187;SC=ACCTGCTGCCAGAGAAGTCCA;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=117;WE=115544722;WS=115544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,129:0.62:207
chr4	115589159	rs6831964	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=0.507;SC=TACTGTAGTGCCGATTTTTAA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=115589167;WS=115589149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	115589302	rs11098261	A	G	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=2019;ReadPosRankSum=0.085;SC=TTGAAACTATATATCATGGTG;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=178;TCF=107;TCR=71;TR=123;WE=115589310;WS=115589292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,130:0.70:187
chr4	115748918	.	A	T	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=29;MQ=59.87;NF=3;NR=0;PP=30;QD=21.5904041824;SC=AGGTGGATTTATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=3;WE=115748926;WS=115748908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr4	115749005	rs6843860	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=1.296;SC=GTCTCAGCCACGATGGCAGAG;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=12;WE=115749013;WS=115748995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr4	115769330	rs10022934	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GTGATTGAGCATGTGTTAATA;SOR=0.760;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=115769338;WS=115769320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	119035948	rs5861378	T	TC	5718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.254;NF=34;NR=66;PP=2975;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GGATAATATTTCCCCCCCTAA;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=100;WE=119035956;WS=119035938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr4	119064668	rs3749506	G	A	181.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=1.016;SC=AAATTGATTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=119064676;WS=119064658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr4	119158388	.	C	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.186;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=698;ReadPosRankSum=0.746;SC=AAGGAAAATGCAAATAAAATC;SOR=0.971;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=48;WE=119158396;WS=119158378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,50:0.34:147
chr4	119161619	rs641962	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=467;SC=ACAAAGATTGATTTTTAATTA;SOR=2.400;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=119161627;WS=119161609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	119161795	rs617430	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=26;PP=1061;SC=GTTTGGTCCCGGGGTGGTATG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=119161803;WS=119161785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	119174563	rs609512	T	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=24;SC=TATGTATTGGTCACTATATCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=119174571;WS=119174553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	119174640	.	CT	C	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.6257;HP=13;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=62;QD=14.2;SC=TGTGTGTATTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=119174649;WS=119174630;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	119200274	rs658642	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=523;SC=CCCCGAGAACCGTCAGTTTGA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=119200282;WS=119200264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	119217114	rs788665	C	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=44;PP=1413;SC=ATGTCAAAATCCCTTTTCTCT;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=119217122;WS=119217104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	119273712	rs13119545	C	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=43;PP=2558;ReadPosRankSum=1.928;SC=CGGACGCGTCCTCGGGGGCCG;SOR=1.353;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=97;TCR=45;TR=140;WE=119273720;WS=119273702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
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chr4	119613045	rs6821350	T	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=390;ReadPosRankSum=0.200;SC=TTGATTGCATTTTATATCACC;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=17;WE=119613053;WS=119613035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr4	119615543	rs13111664	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=1.087;SC=ATTACTGATATTAACTTCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=119615551;WS=119615533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr4	119625000	rs3733517	A	G	71.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGAAACCTCTAGAAAGTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=119625008;WS=119624994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr4	119653822	rs2046779	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=1.139;SC=TATAACATACGGGAAAGCACA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=119653830;WS=119653812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr4	119659284	rs7653962	T	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=0.585;SC=GCATTCTTAATCTTCTCAGCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=119659292;WS=119659274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	119674051	rs71595318	G	GA	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.198;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
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chr4	119736598	rs6843524	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=716;SC=GCACCCTGTCCGCCTTACCCT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=119736606;WS=119736588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	119736796	rs2389688	A	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=712;ReadPosRankSum=0.510;SC=GCAAAATGGAAGGCTGTGGAG;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=70;WE=119736804;WS=119736786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,76:0.35:215
chr4	119737860	rs3775840	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=422;ReadPosRankSum=1.750;SC=ATAAATGGCCGACTGTGCTGT;SOR=1.311;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=29;WE=119737868;WS=119737850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr4	119737885	rs3775839	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=444;ReadPosRankSum=0.345;SC=ACAGTGGAGCTTTCCATGACT;SOR=1.099;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=39;WE=119737893;WS=119737875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,41:0.28:148
chr4	119944611	rs1459058	G	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=542;ReadPosRankSum=0.557;SC=AAGCCTCTGGGTCTGGGCTCT;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=49;WE=119944619;WS=119944601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr4	119948046	rs17263971	A	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=949;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTGACTCCCAAAGAGGACGCG;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=77;WE=119948054;WS=119948036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,81:0.34:241
chr4	119951647	rs7698598	A	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=52;PP=1950;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTTCAGTGGGACATCTGAGAC;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=393;TCF=236;TCR=157;TR=126;WE=119951655;WS=119951637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,128:0.31:413
chr4	120071926	rs6853794	T	C	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=173;SC=TACTTATGATTATGCAATTAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=120071934;WS=120071916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	120072233	rs6828875	G	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr4	120072238	rs6828349	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	120079159	rs11721566	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=371;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGCAGAGTTTACTTTTGATTA;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=25;WE=120079167;WS=120079149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr4	120107098	rs112369914	G	GT	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=0.889;SC=ATTGAGATCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=13;WE=120107106;WS=120107088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	120133549	rs12644283	T	G	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=1743;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGCAGAAATGTTCTATCTCTT;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=383;TCF=167;TCR=216;TR=140;WE=120133557;WS=120133539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,148:0.37:401
chr4	120133712	rs6851130	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=778;SC=AGCCCGCTCCGAGGGGCGGGC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=120133720;WS=120133702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	120177522	rs7668372	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=0.910;SC=CAGGTGAGATGGCTTGATTAT;SOR=0.661;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=25;WE=120177530;WS=120177512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr4	120177708	rs7668423	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.481;SC=TAATTATCAACGATATTAATA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=5;WE=120177716;WS=120177698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr4	120181724	rs35372126	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=860;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGATTGTTACAATTGGTTTAG;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=242;TCF=137;TCR=105;TR=76;WE=120181732;WS=120181714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,86:0.33:260
chr4	120194718	rs35610634	G	GT	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=820;ReadPosRankSum=1.740;SC=AACAAATGTTGTTTTTTTTTA;SOR=0.872;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=49;WE=120194726;WS=120194708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr4	120220085	rs111948904	A	AAAAC	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=1.764;SC=TCAGGTCATAAAAACACACAC;SOR=0.086;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=120220093;WS=120220075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	120221425	rs62328407	C	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=770;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GTCCCCTCCCCGCCCAAAAGC;SOR=0.501;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=188;TCF=130;TCR=58;TR=66;WE=120221433;WS=120221415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,69:0.35:195
chr4	120241849	rs4834770	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=-2.084;SC=CGTCTGCTAGATTGTAATTAA;SOR=0.511;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=120241857;WS=120241839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr4	120241902	rs1799883	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=1.086;SC=TTTCGAAAAGTGCTTGATTCT;SOR=0.614;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=15;WE=120241910;WS=120241892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr4	120243336	rs5861422	TA	T	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=564;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TTTCTTATCTTAGAACCAACT;SOR=0.375;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=17;WE=120243344;WS=120243326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr4	120243389	rs5861423	A	ACTACT	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AAATCACCTAACTATGTCAAG;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=120243397;WS=120243379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr4	120243417	rs5861424	T	TTC	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.992;SC=TTAATTCTTATTAATTAATTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=120243427;WS=120243407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	120243419	rs1973598	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=0.703;SC=AATTCTTATTAATTAATTCTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=120243427;WS=120243407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	120265438	rs4440203	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=273;ReadPosRankSum=0.051;SC=TAGTTTAGTTATGGGAATTTT;SOR=1.519;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=20;WE=120265446;WS=120265428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr4	120463856	rs2622497	A	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=991;SC=GACTTTAACAAACACACCCAA;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=120463864;WS=120463846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	120528327	rs3733526	G	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=39;PP=1568;SC=TGTTCCAGGGGCACTGTTATC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=120528335;WS=120528317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	120528524	rs10536068	ATCT	A	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1167;SC=GCTCCTAAACATCTTCTCATG;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=120528534;WS=120528514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	120550059	rs11342908	GC	G	2251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=30;PP=1041;SC=CAGCTGCTGCGCCCCCCCCAC;SOR=0.832;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=50;WE=120550067;WS=120550049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	120550125	rs10639733	A	AGGC	2932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=1556;SC=GGTTCCCAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=40;WE=120550133;WS=120550115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	120550144	rs2953291	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=37;PP=1252;SC=CGGCGGCGGCAGCGGCAGCGC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=120550152;WS=120550134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	120983259	rs2908989	T	C	9946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.037;NF=180;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.934;SC=ATCTGCAACATATAAAAAGGA;SOR=0.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=180;TCR=168;TR=347;WE=120983267;WS=120983249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr4	121631375	rs71597093	G	GAT	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	121631395	.	TAC	T	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr4	121957559	rs34766411	G	A	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=GCTTTCTGCAGGTTTTGACTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=235;WE=121957567;WS=121957549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	121957734	rs1397645	T	C	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=100;PP=2965;SC=CCACGGTGGCTGAGGAACAGG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=192;WE=121957742;WS=121957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	121958691	rs3733559	T	C	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=109;PP=2965;SC=CCAACTGATATAAACCGGATG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=202;WE=121958699;WS=121958681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	121960955	rs17353430	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=339;SC=CCTTATCTCCGTCTCATACCT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=121960963;WS=121960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	121961031	rs3775914	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=16;PP=739;SC=ATGTTTCACAAGCATTAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=34;WE=121961039;WS=121961021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	121961279	rs3775915	A	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=185;SC=CTTACCAGAAAAATCATTTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=121961287;WS=121961269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	121966807	rs2276959	C	T	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=50;PP=2339;SC=GAGAATACCTCTTAGGTGTAT;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=121966815;WS=121966797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	122137662	rs7663440	T	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=30;PP=1195;SC=GAATCTAAAATAAAAAAATAT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=122137670;WS=122137652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	122148787	rs2044970	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=297;SC=AAGATTCACAACCTATGTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=122148795;WS=122148777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	122255895	rs56351803	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=288;SC=TCACTTGAAAATTGATAAATA;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=122255903;WS=122255885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	122257942	rs4558890	A	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	122257950	rs2302309	A	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	122261495	rs2276956	C	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=609;SC=AAATTATATTCCAATGCCTAC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=122261503;WS=122261485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	122261785	rs2276955	C	T	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=71;PP=2059;SC=GGAAATAGGACAAATCATACA;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=113;WE=122261793;WS=122261775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	122301351	rs111833066	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=18.495;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.46;MQRankSum=-0.505;QD=24.63;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=4.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr4	122589615	rs200562990	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GCTCTTCCCCGTGACACGTTA;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=72;WE=122589623;WS=122589605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr4	122599249	rs3756281	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=446;SC=ACTATTTCACGTTATCATCAC;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=122599257;WS=122599239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	122599755	rs3733649	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=654;SC=ATAATTATATTTGGTTAACAT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=122599763;WS=122599745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	122681373	rs4342205	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=8;PP=1268;SC=AGATCCACCATCATCTTCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=122681381;WS=122681363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	122683007	rs4370153	G	A	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=50;PP=1450;SC=TAGTGCAACAGCCAAGATTGT;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=122683015;WS=122682997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	122687238	rs13108419	A	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=58;PP=2413;SC=GTGTCGGGTTACTCATGAGGC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=131;WE=122687246;WS=122687228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	122687491	rs4833772	G	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=486;SC=CGTGCCATCAGATCTGTAATA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=122687499;WS=122687481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	122722693	rs3811742	C	G	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=151;PP=2965;SC=GCGCTCGGGTCTCAAGGTGTG;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=93;TCR=151;TR=244;WE=122722701;WS=122722683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	122732899	rs4295291	A	G	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=97;SC=TTTTAGTATAAGCAAGCTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=122732907;WS=122732889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	122735225	rs141260260	C	CTTA	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=723;SC=TTATGGCACACTTACTATATA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=122735233;WS=122735215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	122739183	rs3217772	C	G	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=15;PP=1594;SC=GCTTCAATATCCAAGTTAATT;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=122739191;WS=122739173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	122742217	rs769242	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=48;PP=1667;SC=TCTTCTAATATAATTGACATG;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=122742225;WS=122742207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	122749436	rs2706793	G	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=35;PP=1626;SC=TATTTAAAATGAAAAACAGAA;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=122749444;WS=122749426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	122760968	rs12510839	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=509;SC=GGTGCTCAGCGCTTTTCAAAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=122760976;WS=122760958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	122776067	rs4833236	A	G	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=261;SC=TATCATTTTAAAAAGTACTAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=122776075;WS=122776057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	122791601	rs2271176	G	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=995;SC=CCGCGCCTAGGTCCTGGGCTG;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=122791609;WS=122791591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	122872719	rs1396082	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=967;ReadPosRankSum=0.496;SC=CGCCCCTCCAGCCCCGGCGGC;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=76;WE=122872727;WS=122872709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr4	122872901	rs114185873	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=333;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GCGGCAGTGCAGTCTTCCCGC;SOR=0.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=22;WE=122872909;WS=122872891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr4	123108762	rs7670081	G	A	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=220;SC=AAATTAAATAGTTTTGTGGAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=123108770;WS=123108752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	123130886	rs7656479	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr4	123140739	rs6534345	G	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=51;PP=1665;SC=GTTTACACATGAAAGTAGTCT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=123140747;WS=123140729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	123145751	rs7658836	T	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=0.297;SC=AAGGTCTTCCTTTGGGAAGCG;SOR=0.960;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=55;WE=123145759;WS=123145741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,55:0.28:200
chr4	123150286	rs6848868	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TTGAGTTGTATTCCTGGGCCT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=24;WE=123150294;WS=123150276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr4	123175900	rs66570627	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=475;ReadPosRankSum=0.371;SC=AGGTATGGGAGATTGTTTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=23;WE=123175908;WS=123175890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr4	123176566	rs45500303	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-0.731;SC=AATCCCAGCACTTTGGGAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=123176574;WS=123176556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	123185682	rs7664976	C	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=136;SC=TCTAGTGAGGCTATACCTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=123185690;WS=123185672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	123187869	rs7683061	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=352;ReadPosRankSum=0.249;SC=GCTGCATTTTCCTACATGTAA;SOR=0.831;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=18;WE=123187877;WS=123187859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr4	123192383	rs45574236	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=637;ReadPosRankSum=0.628;SC=AGCATGTAGATATGGCTTTGG;SOR=0.708;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=47;WE=123192391;WS=123192373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,51:0.34:149
chr4	123222417	rs10718670	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr4	123229132	rs7688384	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr4	123333671	rs2086346	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GCTGTTAGGTACAGGTAGATT;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=4;WE=123333679;WS=123333661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr4	123342616	rs1383043	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.171;SC=TTTTAAAATGGTTATCCTTAG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=123342624;WS=123342606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	123536963	rs4833837	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=26;PP=843;SC=CCTTCTGAAAGCAGGAAAAAG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=123536971;WS=123536953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	123662997	rs309368	A	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=955;ReadPosRankSum=0.460;SC=ATAACTATGAATTATACTGAA;SOR=0.851;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=57;WE=123663005;WS=123662987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr4	123663163	rs138036823	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=8.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,29:0.21:137
chr4	123664204	rs309370	G	A	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1845;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GATAGCATGCGGCTTCAAGAA;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=110;WE=123664212;WS=123664194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,124:0.65:190
chr4	123664427	rs13135766	G	C	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1670;ReadPosRankSum=-1.677;SC=TTACACAAGTGAATGAAGATT;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=88;WE=123664435;WS=123664417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr4	123664446	rs13135778	G	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTGTGTGGGCGACGGGGTCTG;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=93;WE=123664465;WS=123664436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,101:0.66:153
chr4	123664457	rs13135445	C	T	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=2.947;SC=ACGGGGTCTGCGTGACCTTCT;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=89;WE=123664465;WS=123664436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,97:0.63:154
chr4	123664919	rs13102440	A	G	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1306;ReadPosRankSum=0.262;SC=ATCATCTGCAAAATGCCACAG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=76;WE=123664927;WS=123664909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr4	123748616	rs2922979	C	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GACCCTAGCGCTCCGTGTGGT;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=35;WE=123748624;WS=123748606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr4	123797428	rs4554090	G	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=1228;ReadPosRankSum=1.218;SC=TGTGAAGAAGGCTCTTTCCTC;SOR=1.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=73;WE=123797436;WS=123797418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr4	123843716	rs13134412	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=87;PP=2190;ReadPosRankSum=0.919;SC=CCCAGCTCAGTGGCTGCCGCA;SOR=1.435;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=23;TCR=88;TR=110;WE=123843724;WS=123843706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr4	123843741	rs77088263	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CACGCCGCTTAATTCGTCCGT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=20;WE=123843749;WS=123843731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr4	123854495	rs1563706	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=245;SC=ATTCTTTTGATTAAGTCTATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=123854503;WS=123854485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	123868279	rs11098682	G	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=246;SC=GGACTTAGTAGCCTGGACAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=123868287;WS=123868272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	123949267	rs7665828	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.490;SC=CTGTTAATGATATGTTTTTTA;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=123949275;WS=123949257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr4	123949556	rs1472949	G	A	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=62;PP=1788;SC=TAAAGGTAGGGTGTTAAATTT;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=92;WE=123949564;WS=123949546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	124323738	rs300574	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=940;SC=TCCTGAACTTTTAGCTTTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=124323746;WS=124323728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	126315034	rs925243	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1556;ReadPosRankSum=0.983;SC=ACCAGAGTTTTACTGCTCAGG;SOR=0.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=81;WE=126315042;WS=126315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr4	126315282	rs925242	A	G	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TGCAGAAAACATGGAAGTGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=126315290;WS=126315272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	126329789	rs958415	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=42;PP=1460;SC=GAGCAGAAGATGGTGGGGGAC;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=126329797;WS=126329779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	126335978	rs4605670	G	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=640;SC=AAAAGTTTTGGTATAGCTTGT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=126335986;WS=126335968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	126336990	rs10010000	G	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=44;PP=1236;SC=AGCAAGTATTGTCTTAATTAT;SOR=6.229;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=126336998;WS=126336980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	126337555	rs7675556	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=988;SC=TTATTTCATGAGATGCATTGT;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=126337563;WS=126337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	126355609	rs7656135	T	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1064;SC=GTAAAGTTTGTCTGTTTTCTC;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=126355617;WS=126355599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	126369872	rs988863	G	C	8427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=132;PP=2965;SC=TCCCTAAAGTGAGAGCCAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=153;TCR=132;TR=284;WE=126369880;WS=126369862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr4	126373789	rs12650153	G	A	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=62;PP=2848;SC=CCTTGCCACAGTGGTGGAACC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=130;WE=126373797;WS=126373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	126384905	rs10010645	A	C	32.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr4	126389627	rs6814158	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=972;SC=TAAAATTTTCATGAAATTTTA;SOR=2.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=126389635;WS=126389617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	126390010	rs35304021	A	G	251.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGTATATCCAACTGGATCTTC;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=126390030;WS=126390000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	126390022	rs34927272	A	G	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=415;SC=TGGATCTTCAAATAAAGTATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=126390030;WS=126390000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	126397321	rs17009761	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1195;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCTCTTGCTTCGTAGGCAGCC;SOR=0.501;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=84;WE=126397329;WS=126397311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr4	126400825	rs1506361	G	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=0.171;SC=TAATAAAAGTGTATATTGAGT;SOR=2.368;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=126400833;WS=126400815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr4	126401082	rs17009769	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-2.062;SC=AAAATATATGCACCCAAGTAT;SOR=1.075;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=11;WE=126401090;WS=126401072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr4	126402890	rs6824160	G	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.237;SC=ACACTACTGTGAAGGTGAGAT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=78;WE=126402898;WS=126402880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr4	126412575	rs1014866	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1486;ReadPosRankSum=0.334;SC=ATACTTCCAGAATGCCCAAAT;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=91;WE=126412583;WS=126412565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,98:0.62:158
chr4	126412891	rs1014867	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=3.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,73:0.29:252
chr4	128544514	rs12650360	C	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=19;PP=1001;SC=GGGCTGGGACCTGGGTGACCT;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=128544522;WS=128544504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	128544696	rs4834207	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=53;PP=1983;SC=CTTGCCCCGGAAATGTTGGCG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=114;WE=128544704;WS=128544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	128554404	rs2255457	G	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=40;PP=1272;SC=TGGGCTGGGGGAACTGCAAGG;SOR=1.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=128554412;WS=128554394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	128565000	rs3749507	A	G	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=101;PP=2965;SC=TCCAACAGCGATACAAAGATG;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=122;TCR=101;TR=222;WE=128565008;WS=128564990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	128584580	rs4833380	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	128621272	rs12331481	A	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=19;PP=494;SC=ATTTTGTATAACAGTCATTAT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=128621280;WS=128621262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	128627050	rs7683627	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=671;SC=AGGGATGCAGCGGTAGGTAGG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=128627058;WS=128627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	128632023	rs2305956	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTTAAAATTTACTAAAATTTC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=22;WE=128632031;WS=128632013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr4	128635022	rs34240473	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=305;SC=ATTCAGATTACTCTGTGAAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=128635030;WS=128635012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	128665981	rs769293	T	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	128689936	rs2305958	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	128723042	rs1380154	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=25;PP=670;SC=TATCAGGTCTTGGTTTGTGCT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=128723050;WS=128723032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	128741710	rs35518193	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-1.254;SC=AACAGCTACATTGAAAATGAG;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=24;WE=128741718;WS=128741700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr4	128803159	rs3811741	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=222;SC=GAAACTCCTTGTCTACTAGCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=128803167;WS=128803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	128807219	rs3811740	T	A	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=72;PP=2965;SC=TGAAATGCCATCTTTTTTGTC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=128807227;WS=128807209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	128814964	rs17012739	G	T	7122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=104;PP=2965;SC=CAACGAGAGAGAGAGCATCTT;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=251;WE=128814972;WS=128814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr4	128815030	rs13129689	T	C	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=95;PP=2780;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CAATCCTTAATCCCTCTGTAA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=102;TCR=133;TR=168;WE=128815038;WS=128815020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,178:0.71:251
chr4	128923001	rs35200534	GT	G	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=34.39;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	128923007	rs368737647	T	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.83;MQRankSum=-0.869;NF=1;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=1.296;SC=TTTTGTTTTTTTTTTTAATTC;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=128923015;WS=128922991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	128995989	rs6534661	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=234;SC=CTGAATATAAATGATTATTTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=128995997;WS=128995979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	129012181	rs2306054	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=19;PP=828;SC=GAGAAAAAAGGGATGATCAAG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=129012189;WS=129012171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	129012638	rs1064205	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=683;SC=TGGAAGAAGCATTGCTTAAAG;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=129012646;WS=129012628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	129028679	rs11098950	T	C	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=103;SC=AGCTGTCTTATGTTTCTTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=129028687;WS=129028669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	129029009	rs34678812	G	GA	3329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=32;PP=1983;SC=TCCCTCTTGGGAAAAAATGTG;SOR=1.168;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=61;WE=129029017;WS=129028999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	129043204	rs12508837	C	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=707;SC=AAAAAACATCCTGGAGGAGAT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=129043212;WS=129043194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	129043286	rs3733320	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=38;PP=1502;SC=ATGGCTTATACTATTATGAAC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=129043294;WS=129043276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	129043601	rs3832282	T	TG	3627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=46.51;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	129043614	rs3733321	G	T	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=45.09;SOR=1.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	129043617	rs3733322	T	G	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=43.37;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	129043809	rs12509092	G	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=47;PP=1232;SC=AGTCTATGGTGCATGATCTAA;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=129043817;WS=129043799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	129100643	rs12645577	G	A	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=106;PP=2965;SC=TCCAGAGACCGTGGGCCAGGA;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=97;TCR=106;TR=203;WE=129100651;WS=129100633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	129776983	rs76983300	C	CT	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.375;NF=1;NR=30;PP=724;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GTTGTTTTTACTTTTTTTTAA;SOR=2.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=31;WE=129776991;WS=129776973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr4	129867280	rs10028124	T	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=987;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CTGTAATCACTCTCATTTCCT;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=75;WE=129867288;WS=129867270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,86:0.69:125
chr4	129873433	rs10857134	A	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=8;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TTATTCTCCTATAAGCAAGGT;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=75;TCR=11;TR=56;WE=129873441;WS=129873423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr4	129873636	rs72683673	A	G	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=69;PP=1995;ReadPosRankSum=1.372;SC=TTTCCCAGATAAACTCAGCAT;SOR=0.439;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=114;WE=129873644;WS=129873626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,121:0.68:179
chr4	129924852	rs3099900	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr4	129924977	rs3113487	C	A	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=56;PP=2274;SC=CCTCTGTGCCCAGGGGAAAGG;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=129;WE=129924985;WS=129924967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	129961179	rs3113489	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.35;NF=20;NR=10;PP=558;SC=GTGCTTCCTAAGCTAAAGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=129961187;WS=129961169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	130023759	rs1757935	A	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=39;PP=2158;SC=TCTTTTAGAGACTTCAGATGG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=130023767;WS=130023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	130030652	rs337277	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=52;PP=1903;SC=ATCGTTCAGAATGTCCAGAGG;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=102;WE=130030660;WS=130030642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	133357204	rs17494286	A	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=332;ReadPosRankSum=0.927;SC=CTGCAACTTAAGTGATCCTCA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=133357212;WS=133357194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr4	133367588	rs1827132	T	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=34;PP=1068;SC=AGTCCTGAATTGCAGGTGCCA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=133367596;WS=133367578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	133367655	rs1827133	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TGGGCACTGGGGGAAGGAGAA;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=17;WE=133367663;WS=133367645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr4	133368361	rs70948202	T	TC	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=20;PP=816;SC=TGGGTAAGGCTTGAGACTTGC;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=133368369;WS=133368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	135121066	rs11099273	T	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=357;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TCTTTCCTAGTGTCTCTGGGC;SOR=0.345;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=25;WE=135121074;WS=135121056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr4	135121368	rs2044116	G	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=976;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CCTGTCGCTCGACTTTCTTTT;SOR=0.682;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=303;TCF=147;TCR=156;TR=89;WE=135121376;WS=135121358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,100:0.31:322
chr4	135121601	rs10009368	C	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=966;ReadPosRankSum=1.699;SC=TTTATGTAAACATTGGTGAAT;SOR=0.824;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=253;TCF=127;TCR=126;TR=85;WE=135121609;WS=135121591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,96:0.36:269
chr4	138449683	rs10018837	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,96:0.28:339
chr4	138449812	rs10006580	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=709;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGATAAATCACAAAAAAAAAT;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=49;WE=138449820;WS=138449802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,49:0.32:152
chr4	139093228	rs4504306	T	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=56;SC=GCATTAAAAATAGCAAAATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=139093236;WS=139093218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	139100372	rs4479754	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=463;SC=AATTCTTACCCGACATTATTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=139100380;WS=139100362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	139103366	rs10016559	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=436;SC=AGAAAGTAAAATACTATCTAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=139103374;WS=139103356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	139104415	rs35701885	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=685;ReadPosRankSum=2.457;SC=CAACAAAGATCGGAACTGCTA;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=91;TCR=120;TR=60;WE=139104423;WS=139104405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,65:0.29:228
chr4	139140388	rs10025342	G	A	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=107;PP=2965;SC=AATGAACTACGCAAACCACCA;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=245;WE=139140396;WS=139140378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr4	139140494	rs6838248	G	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr4	139153317	rs6823642	T	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=1.224;SC=AAAAAGAACATGATGTGAGAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=139153325;WS=139153312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	139937071	rs3749515	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=78;SC=GACTCGGTGCCCTCGGCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=139937079;WS=139937061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	139964055	.	C	T	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9382;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=15;MQ=46.48;NF=3;NR=0;PP=30;QD=21.5904041824;SC=GCAACAAGAGCGAAACTCCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=139964063;WS=139964045;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	139965724	rs3805213	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.219;SC=TGAGTGATGCCAAACCTCCTG;SOR=0.160;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=139965732;WS=139965714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	139994863	rs17050688	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	140005294	rs4863628	A	G	12601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=211;PP=2965;SC=TACCGGCCCGAATGAGCAGAT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=238;TCR=211;TR=448;WE=140005302;WS=140005284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr4	140039162	rs34114214	CAACT	C	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=0.487;SC=TGATGGATACCAACTGTGATT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=140039173;WS=140039152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr4	140216412	rs6816703	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=320;ReadPosRankSum=0.377;SC=TCCCCCATCTCCCACTTAAAC;SOR=1.501;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=140216420;WS=140216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	140217010	rs71606834	G	C	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=76;PP=2205;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CCACCTGGCGGCCGGAAGTGC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=101;TCR=122;TR=140;WE=140217018;WS=140217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,148:0.63:235
chr4	140263849	rs11944434	G	A	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=135;SC=TGATCCACCCGCCTTAGCCTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=140263857;WS=140263839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	140270875	rs2044810	G	A	325.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.20;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	140308984	rs998310	C	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=0.354;SC=TAATAAATTCCCAGTAAGAAC;SOR=2.712;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=140309003;WS=140308974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	140375296	rs13128486	C	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=452;ReadPosRankSum=0.284;SC=GGCGTAATCTCTCAGCCTTTC;SOR=1.098;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=25;WE=140375304;WS=140375286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr4	140417471	rs4863655	G	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=11;PP=779;SC=GCCATTATCAGTAGGCAGAGT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=140417479;WS=140417461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	140417671	rs4863656	G	C	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=49;PP=1583;SC=TGATTCTTCTGGCCACTGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=140417679;WS=140417661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	140587259	rs72152182	TGC	T	984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQRankSum=1.882;QD=25.25;ReadPosRankSum=2.296;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr4	140587263	.	C	T	1399	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=61.56;NF=6;NR=17;PP=1399;QD=62.3378788064;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGCGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=23;WE=140587282;WS=140587253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr4	140587268	.	GTGCGTGT	G	1413	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=61.34;NF=1;NR=16;PP=1413;QD=84.3529411765;SC=GTGCGCGTGTGTGCGTGTGTG;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=17;WE=140587282;WS=140587253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr4	140587270	.	GCGTGT	G	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=1.782;QD=26.83;ReadPosRankSum=1.547;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr4	140625323	rs925424	A	G	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=83;PP=2682;SC=TCCCTTTAATACTTGCAGAAG;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=155;WE=140625331;WS=140625313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	140640703	rs61747885	G	T	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1527;ReadPosRankSum=1.439;SC=CTGTGCTGGGGGCTGGCTGAA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=96;WE=140640711;WS=140640693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,105:0.65:162
chr4	140651584	rs5862430	TCTG	T	5432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=50;PP=2993;SC=TCCGCCAAAATCTGCTGCTGC;SOR=0.831;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=61;WE=140651597;WS=140651574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr4	140809710	rs3775241	C	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=787;ReadPosRankSum=1.145;SC=GATGAAGAGACTGAAAAGCTT;SOR=0.744;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=55;WE=140809718;WS=140809700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,57:0.34:167
chr4	140810334	rs3733381	T	C	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=50;PP=2965;SC=CCTTTTCCATTTCTTAGGAGA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=154;WE=140810342;WS=140810324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	140810637	rs11100342	C	T	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=29;PP=1168;SC=GTGGAGGTGGCGGCTGCTGCT;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=140810645;WS=140810627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	140811063	.	TTGCTGCTGCTGC	T	1712	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=26;NF=6;NR=26;PP=1712;QD=53.59375;SC=TTGAGTGCTGTTGCTGCTGCT;Source=Platypus;TCF=13;TR=32;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:71,32:0.31:103
chr4	140811083	rs373804063	GC	G	2876.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.73;MQRankSum=1.540;QD=33.07;ReadPosRankSum=-2.755;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,82:0.94:87
chr4	140811085	rs58287721	TGCTGCTGCTGC	T	2875.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.73;MQRankSum=1.540;QD=33.05;ReadPosRankSum=-2.764;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,82:0.94:87
chr4	140811096	.	C	T	1685	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=62.98;NF=28;NR=33;PP=1685;QD=28.1929706975;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=61;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,61:0.76:80
chr4	140811135	rs3733382	T	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=37;PP=1357;SC=GCTGTTGCTGTTTCTGCTGCA;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=80;WE=140811143;WS=140811125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	141290574	rs2668577	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=18;PP=602;SC=GGAACATGTTCTGCAAATTAA;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=141290582;WS=141290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	141294814	rs2271430	G	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=559;ReadPosRankSum=0.741;SC=GTTGGTCCAAGTGTCCCGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=29;WE=141294822;WS=141294804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr4	141310226	rs3805317	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTTTTTCCTCTGAAATGAAGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=141310234;WS=141310216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	141311960	rs358329	T	C	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=137;SC=ATACAATAAATGGGATTTATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=141311968;WS=141311950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	141320081	rs114046582	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=5.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.521;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,41:0.25:167
chr4	141321425	rs2252427	A	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=118;SC=TGGGGTACACATTTGTTTTCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=141321433;WS=141321415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	141377690	rs67200893	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.997;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr4	141382963	rs141138404	AATT	A	337.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=372;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGGAAGAAGAAATTATAGGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=141382973;WS=141382953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	141383034	.	TACACAC	T,TAC	1210.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.61;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,19,14:0.56,0.41:34
chr4	141383121	rs12505221	A	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=880;ReadPosRankSum=-2.460;SC=GCATACAGCAACAAAATGCAA;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=58;WE=141383129;WS=141383111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr4	141395837	rs11933021	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TCCAAAAAAGGCATCTATGGG;SOR=1.162;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=141395845;WS=141395827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr4	141400567	rs79807066	T	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.15;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr4	141400570	rs12502712	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.79;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr4	141419274	rs2270564	G	T	6470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AGGAGGGCCCGCCGCTTACTG;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=419;TCF=248;TCR=171;TR=272;WE=141419282;WS=141419264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,286:0.65:443
chr4	141446510	rs3833618	C	CTAAT	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=627;SC=GTTGTATAAACTTTTTAAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=141446518;WS=141446500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	141446767	rs3828535	G	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=983;SC=AAAGTTTAACGGAGTGTTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=141446775;WS=141446757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	141448705	.	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr4	141543997	rs1560440	G	A	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=117;PP=2965;SC=CTGCCGTGGCGTGGTACAGCT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=90;TCR=117;TR=207;WE=141544005;WS=141543987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	141545397	rs2291713	A	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=988;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GTCAAGAAATAAGTGCTTACA;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=71;WE=141545405;WS=141545387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr4	141545564	rs5862491	G	GA	2395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=50;PP=1650;ReadPosRankSum=-2.298;SC=TGGTTCAGAAGAAAAAAGTAG;SOR=0.680;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=56;WE=141545572;WS=141545554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,90:0.77:117
chr4	141545653	rs5862492	GCAAA	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=0.110;SC=GCCTGATTTAGCAAACAAACA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=141545674;WS=141545643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	141548569	rs3816933	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr4	141549393	rs2291711	C	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,60:0.26:227
chr4	141549428	rs2291710	A	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=0.008;SC=TACAGACACAAGTACTGCTCC;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=69;WE=141549436;WS=141549418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,73:0.28:257
chr4	141555062	rs6851737	G	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=457;ReadPosRankSum=0.053;SC=CACAACTCCAGCATCCCATCC;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=41;WE=141555070;WS=141555052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr4	141560737	rs140437777	C	CCA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.403;SC=TGTTTTAAAGCCACCGAGCAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=5;WE=141560745;WS=141560727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	141592206	rs4956473	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=324;SC=ATTTTATTGAAGCAAAACTGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=141592214;WS=141592196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141600320	rs4956329	A	G	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=1147;SC=CATTCTTCTCAAGCTGAGTGA;SOR=1.503;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=59;WE=141600328;WS=141600310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	141607679	rs13112073	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=985;SC=AAAAACCAGGCTCACTTTTTC;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=141607687;WS=141607669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	141677006	rs70943501	A	AG	2162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=7;PP=1856;SC=CCTGCAGCCCAGGCCGCGGGC;SOR=3.370;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=45;WE=141677014;WS=141676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	141771715	rs374724826	GGT	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=2.036;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	141832180	rs17338203	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=0.802;SC=TAACTGATGAACCTAGCAATG;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=141832188;WS=141832170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	141847077	rs13138724	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1630;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TCCCTGCTTTGAGGGCAACGC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=110;WE=141847085;WS=141847067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,118:0.70:168
chr4	141847110	rs13120735	T	C	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1557;ReadPosRankSum=2.340;SC=ATTATAATGCTGTAGGCTGTG;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=116;WE=141847118;WS=141847100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,126:0.65:193
chr4	141847279	rs12503723	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GAGAATACCTGGTCCACCATG;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=29;WE=141847287;WS=141847269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr4	141866754	.	ATACATATATATAC	A	126	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=65.19;NF=0;NR=1;PP=126;QD=139.0;SC=ATATACATATATACATATATA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=141866774;WS=141866744;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr4	141868736	rs2321687	G	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=260;SC=CCAGCAGGTCGGGGCCAGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=141868744;WS=141868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	141869062	rs6857782	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=536;SC=CTTCCAACCTCTACTTCTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=141869070;WS=141869052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	141870648	rs4956494	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=240;SC=ATGAATGCTAGCAATGACGAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=141870656;WS=141870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	141924720	.	TACACACAC	T	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr4	141940074	rs4245936	T	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	141983473	rs28430438	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.480;SC=ATAAACATGCATCTTATATAT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=141983481;WS=141983463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	142150860	rs7684664	T	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,49:0.25:194
chr4	142150894	rs62327566	T	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=2.574;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr4	142151262	rs3756106	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	142153856	rs367794846	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.090;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr4	142155214	rs3822128	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=1.092;SC=TTGTGTGTGGTTGTTCAAAAG;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=19;WE=142155222;WS=142155204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr4	142949864	rs34280694	A	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr4	143003155	rs11446749	G	GA	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=11;PP=814;SC=GACCTTAAAAGAAAAAAACTT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=28;WE=143003163;WS=143003145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	143007197	rs336325	C	T	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=21;PP=1452;SC=TGACACCTGGCAACCCAAAGT;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=143007205;WS=143007187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	143007419	rs336324	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=569;SC=TCTGAAGGGGAAAAAACAAAG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=143007427;WS=143007409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	143007460	rs336323	T	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=301;SC=GTGTTCACATTAAGCTGCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=143007468;WS=143007450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	143044666	rs2645786	A	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=161;SC=AGATTCGATTATCAGGTATGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=143044674;WS=143044656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	143130034	rs1907123	A	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=27;PP=1419;SC=GTAAGTAGAGAAATTGCTTCC;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=143130042;WS=143130024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	143130219	rs1994217	T	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=374;SC=TATTTTTATCTTAAATCCATA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=143130227;WS=143130209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	143226768	rs2627808	G	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1089;SC=CAAACAAAATGAGTCTTTAGA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=143226776;WS=143226758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	143226784	rs2636640	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=813;SC=TTAGAAGAATGAAATATTAAA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=143226792;WS=143226774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	143268528	rs882004	T	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=0.884;SC=TCCAATTACCTGATTATTATT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=28;WE=143268536;WS=143268518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr4	143305189	rs11944462	A	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=464;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TGAACAGGTGACTGAGCAAGT;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=38;WE=143305197;WS=143305179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr4	143305343	rs11944503	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-0.034;SC=ATTCCAGTACATGTGGGTTAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=143305351;WS=143305333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	143324036	rs1982965	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=-2.070;SC=AAAAATCCAATCGTGTGGAAA;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=143324044;WS=143324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	143324094	rs1982966	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=930;ReadPosRankSum=1.240;SC=TACTTACGGTGTCATGAGACT;SOR=1.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=58;WE=143324102;WS=143324084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,61:0.75:81
chr4	143326312	rs138973882	AAGAG	A	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=512;ReadPosRankSum=0.870;SC=GCGAGCCAGCAAGAGAGAGAG;SOR=0.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=143326323;WS=143326302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr4	143344785	rs3775712	T	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-0.670;SC=ATTGTACCAGTACATATTGTT;SOR=0.180;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=143344793;WS=143344775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	143348680	rs3775718	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=480;ReadPosRankSum=0.382;SC=ACTTGGCTTTCTAAACAAACA;SOR=0.418;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=30;WE=143348688;WS=143348670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr4	144125633	.	C	T	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=58.41;NF=0;NR=8;PP=157;QD=23.9714015684;SC=GCCTCTACATCTTGAGCTCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=144125641;WS=144125623;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	144317039	rs2048408	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=316;SC=ATTGATGGACCGCCCCCCGCC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=144317047;WS=144317029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	144380399	rs13114896	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.712;SC=AACATTCATGGACCTCATTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=144380407;WS=144380389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	144381401	rs3795246	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=346;ReadPosRankSum=0.443;SC=ATGAATGATTATAAACATAAG;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=144381409;WS=144381395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	144438595	rs35601522	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=0.815;SC=ATGTTCTAGGCTTGTGAATAG;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=16;WE=144438603;WS=144438585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr4	144442735	rs11541117	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,34:0.23:146
chr4	144447630	rs7694156	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTCTAGTATTTCATTACATTT;SOR=0.178;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=17;WE=144447638;WS=144447620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr4	144456124	rs6818251	A	G	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=54;PP=1706;SC=AATGGTATGTATTCTCAGATG;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=144456132;WS=144456114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr4	144466050	rs7692376	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=0.340;SC=TGAAAATGTAATTTTTTTCAT;SOR=1.027;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=33;WE=144466058;WS=144466040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr4	144467104	rs13139128	T	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=21;PP=737;SC=AGCTGCCTAATGCAGCACAGG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=144467112;WS=144467094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	144469383	rs2088415	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=-2.378;SC=AAAAAAATCTATGAAGTAGAC;SOR=0.350;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=24;WE=144469391;WS=144469373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr4	144617842	rs1545437	G	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=61;PP=2936;SC=TGGCCTTGAGGATCCGATTTG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=151;WE=144617850;WS=144617832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	144618610	rs1034494	G	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=39;PP=2052;SC=ACTCCCCGACGAAGACCTTGG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=144618618;WS=144618600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	144620758	rs61427459	C	T	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=82;PP=2965;SC=CCTGTTGCCCCGGGTGCCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=178;WE=144620766;WS=144620748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	144621199	rs11100802	A	G	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=111;PP=2965;SC=GAAGTGGGGTAAGCCGGCACC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=226;WE=144621207;WS=144621189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	144621779	rs55935372	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=557;SC=GGCGAGCGCCACAAGGAGCTG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=144621787;WS=144621769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	144801662	rs1132785	C	T	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.677;NF=95;NR=121;PP=2602;ReadPosRankSum=0.545;SC=GCTCACAATTCCTGTATAAAA;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=698;TCF=292;TCR=406;TR=216;WE=144801670;WS=144801652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,192:0.32:599
chr4	144801728	rs201075956	CA	TG	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.469;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.078;NF=0;NR=54;PP=2586;ReadPosRankSum=-3.378;SC=TAAAGCATATCACAAAAGACA;SOR=4.351;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=157;TCF=13;TCR=144;TR=54;WE=144801737;WS=144801718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,59:0.35:167
chr4	144811428	rs4095436	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=478;SC=GCATATTCCAATCTGGTCACT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=144811436;WS=144811418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	144811470	rs4095435	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=48.98;NF=0;NR=13;PP=327;SC=AGAACAAAAGAGGATTTCACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=144811478;WS=144811460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	144824194	rs138724961	T	C	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-22.823;NF=117;NR=94;PP=2364;ReadPosRankSum=1.732;SC=CTGTCCTCTTTTCCCAGAATT;SOR=0.855;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=615;TCF=322;TCR=293;TR=211;WE=144824202;WS=144824184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,216:0.34:635
chr4	144824269	rs1899967	C	T	9482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.62;MQRankSum=-0.991;QD=33.87;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr4	144824269	.	CTCCC	TTCCC,TTCCT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=49.68;NF=108,50;NR=206,118;PP=1570,2944;QD=5.11073634569;SC=CAGAAAATAACTCCCTGCTAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=109;TCR=207;TR=314,168;WE=144824281;WS=144824258;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:316
chr4	144824273	rs6818201	C	T	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=9.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQRankSum=13.111;QD=13.72;ReadPosRankSum=1.887;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,163:0.58:280
chr4	144824308	rs202179013	TG	CC	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.063;NF=3;NR=27;PP=1289;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TCGGCATTCATGTTTATCATC;SOR=0.592;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=109;TCF=16;TCR=93;TR=30;WE=144824317;WS=144824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,36:0.31:117
chr4	144917514	rs1980037	A	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=50;PP=1623;SC=ATGAGCTAAGACTCCACTTCA;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=144917522;WS=144917504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	144918900	rs1849110	G	A	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=54;PP=1546;SC=ACAAAGTACAGTTAACATACT;SOR=2.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=144918908;WS=144918890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	144920480	rs7661933	A	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=24;PP=1382;SC=GTTTTAAGATAGACACATTTT;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=144920488;WS=144920470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	144920596	rs7683365	G	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=53;PP=1971;SC=AAGTTGTCCCGTTTCTCCTAT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=144920604;WS=144920586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	144920638	rs7662277	A	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=52;PP=1501;SC=TCCAAATAAGAAAGACATGTG;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=144920646;WS=144920628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	144921607	rs1849119	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=606;SC=ATGAGCTGGACATGTGTCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=144921615;WS=144921597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	144938033	rs5862681	A	AT	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.79;QD=32.70;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	144938081	rs28373876	C	T	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.32;QD=29.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	144938120	rs4561879	TG	CC	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.31;QD=40.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	145020647	rs13135548	C	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=750;SC=TGCAGCCAGTCTGCATAAGCA;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=145020666;WS=145020637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	145020658	rs13110331	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=17;PP=1109;SC=TGCATAAGCAAGAGAACAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=145020666;WS=145020637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	145035067	rs140265618	CAATA	C	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=363;ReadPosRankSum=0.602;SC=TAAAGGTTGACAATAAATATT;SOR=0.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=145035078;WS=145035057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr4	145035650	.	AAC	A	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=57;QD=24.0;SC=AACAAAACAAAACACTTTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=145035659;WS=145035645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr4	145039801	rs145195209	AT	A	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.485;NF=12;NR=9;PP=606;ReadPosRankSum=-1.128;SC=TTTCTTAGGCATTTGAAACAA;SOR=0.818;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=21;WE=145039809;WS=145039791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr4	145040962	rs6857144	CA	GT	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=793;SC=TGAGAAAGGGCACAAGAATGA;SOR=2.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=37;WE=145040971;WS=145040952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	145041686	rs4867	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.61;QD=29.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	145041707	rs7658293	CT	AC	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=42.22;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	145041720	rs7682260	A	G	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.24;QD=31.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	145041741	rs4449373	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQRankSum=2.215;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	145050148	rs192844961	A	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.058;NF=37;NR=1;PP=806;ReadPosRankSum=1.728;SC=AATGACCATGAAAACTACTTG;SOR=3.816;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=59;TCR=4;TR=38;WE=145050156;WS=145050138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr4	145050285	rs11931075	A	G	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.776;NF=68;NR=93;PP=2531;ReadPosRankSum=0.713;SC=GAATTAATGTATAAATGGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=262;TCF=116;TCR=146;TR=161;WE=145050293;WS=145050275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,175:0.62:282
chr4	145050369	rs11935365	G	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.163;NF=3;NR=33;PP=782;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GATTTTGTTTGGCTCTTGAAC;SOR=2.741;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=36;WE=145050377;WS=145050359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr4	145059392	rs141638999	G	A	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.123;NF=117;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GGTTGGCTCCGTCTCCTTGTT;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=369;TCF=171;TCR=198;TR=251;WE=145059400;WS=145059382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,258:0.68:381
chr4	145579907	rs6537301	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=820;ReadPosRankSum=1.002;SC=TATGACATTAGGTGCTTCTAA;SOR=1.306;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=39;WE=145579915;WS=145579897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr4	146046138	.	T	C	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=78;QD=28.1928031368;SC=TTTTTTTCTCTTAGTCCTCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=146046146;WS=146046128;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	146048554	rs4148234	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=0.137;SC=ACAGATGGTATGTGCAGAACA;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=26;WE=146048562;WS=146048544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr4	146048583	rs1378314	T	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=22;PP=906;SC=AGGCACTGTTTTAAGCACAGC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=146048591;WS=146048573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	146065006	rs9991890	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=671;SC=TATAAAATTTCGAAATTATTT;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=146065014;WS=146064996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	146073850	rs12501862	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	146076632	rs36225839	TA	T	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.268;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr4	146086269	rs17726651	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CCACTGGTTTCATTTTCTTTT;SOR=0.801;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=16;WE=146086277;WS=146086259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr4	146572140	rs11721510	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=439;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AAGTAGAATGGAAATGGTCAA;SOR=0.167;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=28;WE=146572148;WS=146572130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr4	146576418	rs2270655	G	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr4	146601349	rs17020528	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=1.148;SC=AGAGGCCGTTCGTAGTTATGT;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=117;TCR=68;TR=53;WE=146601357;WS=146601339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,54:0.28:190
chr4	146617907	rs11733094	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-0.450;SC=ATTGTAGGCCGGGCACTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=14;WE=146617915;WS=146617897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr4	146697205	rs4835257	A	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=573;ReadPosRankSum=0.617;SC=TCAAGGAAAGAATGGTTCAAG;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=32;WE=146697213;WS=146697195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr4	146806762	rs200461563	CAGAGAGAG	C	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=9.560;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.97;MQRankSum=0.839;QD=31.38;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr4	147104263	rs919483	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-1.729;SC=CAATAGGCCAAAAAAGTACTG;SOR=1.195;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=20;WE=147104271;WS=147104253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr4	147110652	rs17757715	C	T	60.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.150;SC=TTGAATGATACGAGAATTCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=147110660;WS=147110642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	147110891	rs7745	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TTGTGATACAATTTGTCCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=147110899;WS=147110881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr4	147177822	rs28406249	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.889;NF=4;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=0.769;SC=CTCTGGATACAAACAGATTTC;SOR=1.528;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=24;WE=147177830;WS=147177812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr4	147177868	rs34063596	T	TC	1457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=34;PP=1543;SC=CTTTGTCATTTCCCCTCCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=40;WE=147177876;WS=147177858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	147213912	rs4516736	T	C	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	147214029	rs12711434	C	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=1.410;SC=CCAAGTAGACCGCATGATTCC;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=20;WE=147214037;WS=147214019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr4	147364052	rs1344140	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=215;SC=TCATTCTCCCCTCCCCCACTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=147364060;WS=147364042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	147425114	rs7439061	A	T	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=69;PP=2108;SC=AAATAATTTTATAATCATAGA;SOR=1.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=99;WE=147425122;WS=147425104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	147431302	rs6816737	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=289;SC=CTTAATTTTGGGTTTTTTCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=147431310;WS=147431292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	147560199	rs35733768	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=965;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GCCCTTCCCAGCTCCAGCCCC;SOR=0.144;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=65;TCR=8;TR=47;WE=147560207;WS=147560189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr4	147560411	rs13152799	T	C	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.631;NF=36;NR=60;PP=1861;ReadPosRankSum=0.693;SC=TCGGCTCCCATCGCGCCCTCG;SOR=0.517;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=96;WE=147560419;WS=147560401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,103:0.66:156
chr4	147560457	rs67194443	TGGCGGCGGC	T,TGGCGGCGGCGGC	2569.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.590;NF=17,17;NR=26,26;PP=2992,1981;ReadPosRankSum=0.329;SC=ACGCTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.479;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=43,43;WE=147560476;WS=147560447;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.32:75
chr4	147560692	rs1504360	T	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=324;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TCCAACCAATTTTCCCCTCTC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=22;WE=147560700;WS=147560682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr4	147561654	rs3827594	C	G	6747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.485;SC=TCACACTGTCCCACAATAATA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=255;TCR=220;TR=301;WE=147561662;WS=147561644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,309:0.63:494
chr4	147561971	rs3810843	G	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=-1.424;SC=AAGACTCTTGGCCTCTCCAGA;SOR=1.149;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=42;WE=147561979;WS=147561961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr4	148441139	rs4835412	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=7.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,62:0.27:226
chr4	148457009	rs71594223	T	TTC	4837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.35;QD=43.98;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	148461037	rs5333	T	C	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=57;PP=2231;SC=TCCCTCTTCATTTAAGCCGTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=148461045;WS=148461027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	148461073	rs5334	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=56;PP=1830;SC=TGTATAACGAGATGGACAAGA;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=148461081;WS=148461063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	148461378	rs2292765	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=280;SC=TGAAACTGCCGTTTAAACAAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=148461386;WS=148461368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	148463840	rs5335	G	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=863;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GCAACTGTGAGTCCGGGAATC;SOR=0.514;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=210;TCF=83;TCR=127;TR=68;WE=148463848;WS=148463830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,70:0.31:225
chr4	148560357	rs2654935	C	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=99;SC=TAGTACTTGACAGAATGCTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=148560365;WS=148560347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	148578917	.	TA	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.317;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,19:0.16:119
chr4	148589677	rs2718454	C	T	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=33;PP=1727;SC=TGAAAATGGACTAATACACTT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=148589685;WS=148589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	148591769	rs2036502	G	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=39;PP=2315;SC=TTAATCAGTTGTAAGTATTTT;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=119;WE=148591777;WS=148591759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	148601729	rs7666065	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=267;SC=CACTATTGAACAATCACCTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=148601737;WS=148601719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	148778685	rs11410393	G	GT	341.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.224;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr4	148787669	rs4240341	G	A	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=135;SC=AGGGAAAAAAGCATCATTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=148787677;WS=148787665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	148796464	rs7663294	C	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=561;SC=TTAGGAGAAACACATTCCAGC;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=148796472;WS=148796454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	148800299	rs13147854	A	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=23;PP=1435;SC=CGTTTTAGACATTTCCTCTTT;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=148800307;WS=148800289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	148827697	rs35780665	T	TA	1219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=506;ReadPosRankSum=1.403;SC=CAGATAAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=27;WE=148827705;WS=148827687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr4	148827747	rs12509618	A	C	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=32;PP=1762;SC=CTTGCCTTTTAGTGGCCAAGG;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=98;WE=148827755;WS=148827737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	148827973	rs11099672	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=457;SC=GTTCCCTTCTATAACAGGTAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=148827981;WS=148827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	148831070	rs4627844	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=670;SC=ATAATCCTCTATTGCATGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=148831078;WS=148831060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	148985720	rs3775327	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=64;PP=1905;SC=GTCTGCAGCATGGAGTGAGCA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=148985728;WS=148985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	149002016	rs10708334	AT	A	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=595;SC=ATCTGTATATATTTTTTTATT;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=149002024;WS=149002006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	149035449	rs1879829	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=53;PP=1481;SC=ATTTCCAGGATGGAAAACAAC;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=149035457;WS=149035439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	149073555	rs2272089	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=324;SC=TTAGAAATTACTGAAAGAAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=149073563;WS=149073545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	149076195	rs7668847	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=176;SC=AAGAGAAAATATATAAAGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=149076203;WS=149076185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	149116035	rs4835500	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AATAAAAAATAACTGTTAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6;WE=149116043;WS=149116025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	149356516	rs5525	A	G	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=91;PP=2965;SC=AATAGCTCCCATCATCTGGTT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=188;WE=149356524;WS=149356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	149357475	rs5522	C	T	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=CTTTTAACAACGGCGCGCATG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=232;WE=149357483;WS=149357465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	151023972	rs377632376	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=796;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CAGGTAAGATGCTTCTAGCTC;SOR=0.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=48;WE=151023980;WS=151023962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr4	151119076	rs13435901	A	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGTTCTGGTCAGTAAACAATT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=11;WE=151119084;WS=151119066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr4	151161490	rs6838238	T	C	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.313;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AATACTCCAGTACCATGGAAG;SOR=0.364;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=103;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
chr4	151161502	rs6813035	G	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CCATGGAAGGGTCTTGGGAGC;SOR=0.407;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=116;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,119:0.57:210
chr4	151168711	rs12501888	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GAAAAATTCTACGGTGACTTT;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=42;WE=151168719;WS=151168701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr4	151177340	rs13152819	C	T	547.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.48;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr4	151177340	.	CC	TG	680	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5216;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=14;PP=680;QD=43.1451691095;SC=CACCCCCCACCCTCCTCCCGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=151177349;WS=151177330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr4	151177341	rs13152820	C	G	547.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.48;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr4	151177432	rs13101258	A	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.431;SC=CGCCTGCTGCAGCCCAGGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=151177440;WS=151177422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	151231371	rs1813134	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=587;SC=ATAAAGAAAATGAAAATTACC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=151231379;WS=151231361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	151408800	rs7674989	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=455;SC=TACAGATTAATGTTAATAAGA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=151408808;WS=151408790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	151502611	rs201870208	TC	T	649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.573;NF=0;NR=15;PP=476;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TTTCCCAGATTCCCCTTTCGC;SOR=0.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=151502619;WS=151502601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr4	151505322	rs13105060	T	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=885;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CACACAACTCTGCTATAAACA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=54;WE=151505330;WS=151505312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr4	151511715	rs4401437	T	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=0;PP=564;SC=AAGGAGAAACTGTAGAAGGGG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=151511723;WS=151511713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	151656589	rs1993109	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TCACTGCTTACGGTGGAGAGG;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=22;WE=151656597;WS=151656579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr4	151765243	rs186080	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=38;PP=1604;SC=AAGACATATTGTAACTTACTA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=151765251;WS=151765233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	151829659	rs1201207	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=390;SC=TCAATGATTTTTTTTCCAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=151829667;WS=151829649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	152020777	rs2280283	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-1.624;SC=ACTCCCACTTCCGCCCTTTTG;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=4;WE=152020785;WS=152020767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
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chr4	152048936	rs11099782	A	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=610;SC=AACATTTTTTAAAAAAAAACG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=152048944;WS=152048926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	152049296	rs77084366	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=0.556;SC=GTGAGGAGTCGCATTCATGTC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=152049304;WS=152049286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	152053408	rs7664483	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.880;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=570;ReadPosRankSum=-0.175;SC=ATATTCTCTTGAAAATTATGA;SOR=1.268;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=36;WE=152053416;WS=152053398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr4	152065197	rs3736502	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-2.177;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,48:0.25:190
chr4	152069406	rs150487703	TACACACACACACACAC	T	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=1537;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TGTCCTGTCTTACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=152069429;WS=152069396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr4	152070633	rs3792611	T	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1082;ReadPosRankSum=0.786;SC=TTTCTCTAACTTTTCCCACAT;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=81;WE=152070641;WS=152070623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr4	152086611	rs74439947	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TGAAAAAACAATTTGCTTTTA;SOR=1.096;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=7;WE=152086619;WS=152086601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr4	152201053	rs36097019	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=961;ReadPosRankSum=-1.037;SC=AACTTTATCTGTGGAGGTTCC;SOR=0.889;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=69;WE=152201061;WS=152201043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr4	152201204	rs1875308	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AAAGTGGTAAAATAGGCAGGG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=152201212;WS=152201194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	152212486	rs13126069	C	T	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=1926;ReadPosRankSum=0.750;SC=GGCTCTCCTGCGTCCCTCCTG;SOR=0.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=108;TCR=101;TR=137;WE=152212494;WS=152212476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,146:0.65:226
chr4	152212603	rs2407221	T	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1182;ReadPosRankSum=0.259;SC=CAGGGGCAGATAACTCACAGG;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=71;WE=152212611;WS=152212593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr4	152212704	rs13102005	T	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=1.375;SC=GGGGTTGGAATGTGAAGAGTT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=152212712;WS=152212694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr4	152487669	rs77392195	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr4	152498625	rs17275536	C	T	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1615;ReadPosRankSum=0.907;SC=TGGAGAAGCACGACCCCTTGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=104;WE=152498633;WS=152498615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,110:0.68:161
chr4	152507998	rs10683925	G	GCA	2421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=1647;ReadPosRankSum=1.808;SC=TTCATTCAGAGCACAAGCACT;SOR=0.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=36;WE=152508006;WS=152507988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr4	152508014	rs7664663	G	C	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=658;ReadPosRankSum=1.847;SC=GCACTGCAAAGGATTAATTTT;SOR=0.767;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=43;WE=152508022;WS=152508004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr4	152510130	rs2165789	A	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=1208;ReadPosRankSum=2.109;SC=AGTGATGGACACTGAGGAGGG;SOR=1.147;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=71;WE=152510138;WS=152510120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,77:0.63:122
chr4	152592469	rs112033226	A	ATTAC	2394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=1922;SC=AAGGACAGAAATTACTTACTT;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=33;WE=152592477;WS=152592459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	152601146	rs907237	T	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=171;SC=GGGGTAAATATCGGACCCACG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=152601154;WS=152601136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	152609694	rs6535814	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	152609700	rs6535815	A	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.23;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	152609920	rs11292952	TA	T	450.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.560;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr4	152609998	rs11390610	C	CA	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=1.093;SC=CTGAAACTGTCCCCTCTGCCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=152610006;WS=152609988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr4	152624972	rs28706249	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr4	152626515	.	TAA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	152643184	rs6817586	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=692;SC=ATAAGCATCAGTCATCACACG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=152643192;WS=152643174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	152679816	rs3828546	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.566;SC=CTCCCTAAATAAGTATTTCCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=152679824;WS=152679815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	152681952	rs1429559	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=442;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGTATGAAACAGAATACCCTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=25;WE=152681960;WS=152681942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr4	152682046	rs11556167	G	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr4	153252061	rs10033601	A	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=43;PP=1262;SC=CTTCACCAATAATAACAGTTA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=153252069;WS=153252051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	153253920	rs189568414	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	153267968	rs2714803	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=680;SC=TGATTTCAAAATTCATCCACA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=153267976;WS=153267958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	153410390	rs10021011	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=160;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GTGTTGCCCTCGAATTTGAAC;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=14;WE=153410398;WS=153410380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr4	153690842	rs4696354	T	C	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=50;PP=2648;SC=TTGGTGCATATGGAATCACCA;SOR=1.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=140;WE=153690850;WS=153690832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	153750918	rs10010297	G	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=1096;SC=AAGAATCATGGTAAGTCTTTA;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=153750926;WS=153750908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	153793489	rs35670437	CT	C	131.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=TTGTGGGAACCTTTTTTTCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=153793497;WS=153793479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	153793528	rs28473137	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=349;ReadPosRankSum=1.376;SC=TTTCAATTTGAACAATATCAG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=20;WE=153793536;WS=153793518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr4	153870276	.	TAAGAAGAAG	T	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.35;MQRankSum=1.869;QD=31.65;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	153870355	rs12651510	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.248;NF=32;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=1.559;SC=GGACCAGGCATGGTGGCTGAA;SOR=0.544;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=53;WE=153870363;WS=153870345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr4	153874666	rs61753649	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr4	153881835	rs3811834	C	T	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=70;PP=2165;SC=TTATTCTTCACGCAGTAAGAT;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=153881843;WS=153881825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	153884092	.	G	GGT	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr4	153889265	rs6535885	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=716;ReadPosRankSum=-1.078;SC=TAGGTGACTCAAGTCAGTCCC;SOR=0.810;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=52;WE=153889273;WS=153889255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
chr4	154091111	rs34284701	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.494;SC=TAACTTCATCCGCATCTAAAG;SOR=0.136;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=154091119;WS=154091101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	154197234	rs2289409	T	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,40:0.26:156
chr4	154216710	rs893805	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ACCTCGGGACGATCTTAACCA;SOR=0.828;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=310;TCF=153;TCR=157;TR=97;WE=154216718;WS=154216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,101:0.32:320
chr4	154315340	rs9999596	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr4	154330064	.	G	GTATA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr4	154478300	rs56981750	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=360;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GTGTGTGTATATTTTTAAAAA;SOR=0.268;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=28;WE=154478308;WS=154478290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr4	154479430	rs6848033	T	C	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1211;ReadPosRankSum=-2.090;SC=TTGGCACTCGTAGAATCTCTA;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=80;WE=154479438;WS=154479420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,87:0.66:131
chr4	154502741	rs79899824	A	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=1.441;SC=AAATTTTATTATATTTTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=154502749;WS=154502731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr4	154542814	rs7663417	G	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr4	154544267	rs2289319	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=876;SC=AGGCACTCTCGGTGGCCCTTC;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=154544275;WS=154544257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	154557383	rs142471814	ATG	A	2092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=1751;SC=GTATTCGCTGATGTGTATTCA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=154557392;WS=154557373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	154557405	rs3214684	CT	C	2089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=25;PP=1080;SC=CTTTCTAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.264;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=53;WE=154557423;WS=154557395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	154624656	rs3804099	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,45:0.29:155
chr4	154626317	rs5743708	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TGCAAGCTGCGGAAGATAATG;SOR=0.724;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=80;WE=154626325;WS=154626307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr4	154631543	rs2405432	A	T	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=69;PP=2965;SC=TAGTGAATAGATAATGCCTTG;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=175;WE=154631551;WS=154631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	154633580	rs33952548	GA	G	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.526;NF=22;NR=5;PP=916;ReadPosRankSum=-1.460;SC=TATATCCCCAGAAACATTCAA;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=27;WE=154633588;WS=154633570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr4	154641489	rs1439166	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=0.742;SC=GAAATAAGAATGTGGCATATT;SOR=1.251;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=13;WE=154641497;WS=154641479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr4	154644454	rs1456384	T	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=23;PP=1948;SC=CAGGTGAGTGTGCCAAGCAAG;SOR=2.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=93;WE=154644462;WS=154644444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	154709480	rs3810765	G	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=40;PP=1894;SC=AAGAGGGAAGGCTTACCTTCC;SOR=1.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=110;WE=154709488;WS=154709470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	154709854	rs4643790	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,62:0.35:175
chr4	154709854	.	GCA	ACC	557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=24;NR=27;PP=557;QD=11.9699583306;SC=CTGCAGGTTGGCAGGGATGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=51;WE=154709864;WS=154709844;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:105,51:0.33:156
chr4	154709856	rs6535952	A	C	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=79;PP=1570;SC=GCAGGTTGGCAGGGATGGGCT;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=148;WE=154709864;WS=154709844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	155155914	rs61746111	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr4	155156207	rs7655799	G	A	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=97;PP=2965;SC=CTTTTCTAACGTCAGCCAGGA;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=128;TCR=97;TR=224;WE=155156215;WS=155156197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	155161666	rs6535989	C	T	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=44;PP=2391;SC=GCTTTGGTTTCGGCATCTCTT;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=127;WE=155161674;WS=155161656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	155190927	.	T	TA	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=35;QD=20.0;SC=TAGGCTAGCTTAAAAAATTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=3;WE=155190935;WS=155190917;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr4	155225780	.	T	TAAAC	114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=114;QD=45.0;SC=GACTCTGTCTTAAAAAAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=155225792;WS=155225779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,3:1.00:3
chr4	155225783	.	A	AC	37.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr4	155225784	.	A	C	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=100;QD=67.3856062736;SC=CTGTCTTAAAAAAACAAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=155225792;WS=155225779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr4	155225784	rs70947158	AAAACAAAC	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	155226421	rs12507663	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCAATCATTTCTTTGAAATAC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=155226429;WS=155226411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	155241438	rs11935503	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=0.170;SC=ACAATGTATTGTACACTTAAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=155241446;WS=155241428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	155241572	rs11935573	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1487;ReadPosRankSum=0.187;SC=TTCATTTCCTGAGAGGATGCT;SOR=0.674;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=98;TCR=62;TR=99;WE=155241580;WS=155241562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,107:0.62:173
chr4	155242383	rs62331873	C	T	134.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.6694;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=1.465;SC=ACCTGAAATACGAATAAAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=155242391;WS=155242373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	155243573	rs13109747	C	T	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=68;PP=2383;SC=TATAATCATACGAAAGTATTG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=155243581;WS=155243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	155243604	rs1352714	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=56;PP=1815;SC=TATTTCACCATTGTTGGCGTC;SOR=1.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=155243612;WS=155243594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	155244401	rs140019361	TTTTG	T	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=338;SC=CAGGTCAGGATTTTGTTTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=155244412;WS=155244391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	155244475	rs12500437	G	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	155252934	rs4696548	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr4	155256177	rs6858157	A	G	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CTGTGAGCCCACCACCGTCTT;SOR=0.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=86;WE=155256185;WS=155256167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,89:0.64:139
chr4	155256205	rs6858712	G	A	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=56;PP=1855;SC=GACCATCAACGAAAGTGTGGT;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=155256213;WS=155256195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	155287317	rs10005849	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.076;SC=TAGTTAAGCAGAAACTTTATA;SOR=0.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=11;WE=155287325;WS=155287307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr4	155287535	rs10017772	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr4	155295076	rs11721758	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=6.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,57:0.27:214
chr4	155305491	rs34927139	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=998;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TATGGCCCTCCTCCTCATGCA;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=53;WE=155305499;WS=155305481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr4	155407407	rs4346631	A	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=791;SC=AGGTCTCGTCAGGGCATGAGA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=155407415;WS=155407397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	155407569	rs12501998	T	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=47;PP=1308;SC=TTTTATCAGATGACATGGTAT;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=83;WE=155407577;WS=155407559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	155407680	rs13151559	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=31;PP=1034;SC=AAGCTGTAAAAGAGGAAAACT;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=155407688;WS=155407670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	155410407	rs9999285	C	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=13;PP=1517;SC=ACAACCCTCTCCATCCCTTCC;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=155410415;WS=155410397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	155410822	rs4696593	G	A	6724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=107;PP=2965;SC=CATCGGAGGCGCTGACCCACA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=131;TCR=107;TR=237;WE=155410830;WS=155410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr4	155411065	rs7656522	T	C	12610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=187;PP=2965;SC=GGCCGCCGGGTAGCAACGCGA;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=247;TCR=187;TR=434;WE=155411073;WS=155411047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr4	155411104	rs6536016	A	C	14114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=240;PP=2965;SC=CCAAGGACAGAGAGATGCTCC;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=514;TCF=274;TCR=240;TR=514;WE=155411112;WS=155411094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr4	155458728	rs7668014	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GGGAATACTACGGTTATAAAA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=27;WE=155458736;WS=155458718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr4	155459194	rs7668818	A	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AAAGATTTTGAATGAAACTTC;SOR=0.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=19;WE=155459202;WS=155459184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr4	155461113	rs7671792	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=537;ReadPosRankSum=0.667;SC=CTGTAATAATTTGTGGTTCTG;SOR=0.427;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=40;WE=155461121;WS=155461103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr4	155461687	rs62330410	A	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=505;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TGAAACCGAAAGTGCACCCTA;SOR=2.165;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=26;WE=155461695;WS=155461677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr4	155462148	rs7700005	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=189;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AATTTTAGAAACCTGATTATT;SOR=0.420;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=155462156;WS=155462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr4	155465535	rs62330413	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=767;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TCTATTCTTCAGTGCTTGTCA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=51;WE=155465543;WS=155465525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr4	155466814	rs62330416	A	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GTAGACAAATAACAGAATTAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=155466822;WS=155466813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	155466869	rs62330417	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr4	155466935	rs11935584	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1000;ReadPosRankSum=3.203;SC=GAGGGAAATATGGCAACATGT;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=70;WE=155466943;WS=155466925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,75:0.69:108
chr4	155467187	rs11940724	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=483;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGAAAATGTCATATAATAGTT;SOR=1.014;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=27;WE=155467195;WS=155467177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr4	155469959	rs11451354	G	GA	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.601;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr4	155489095	rs2227412	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=0.456;SC=ATGACATTACAGTACATCATA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=155489103;WS=155489085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	155508627	rs2070018	G	A	8035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=122;PP=2965;SC=CCTCTACTCAGAAACAAGGAC;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=161;TCR=122;TR=282;WE=155508635;WS=155508617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr4	155510224	rs7656433	A	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=247;SC=TTCCTACCCTATCTCTTCCAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=155510232;WS=155510214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	155511897	rs2070011	T	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=970;SC=AAAGGATTGCTGCCACTCCTA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=155511905;WS=155511887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	155525970	rs1049636	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GTCAATAGAAGTTAGCAGTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=155525978;WS=155525960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	155719919	rs33918255	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=6.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.093;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr4	155720274	rs156502	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=-0.826;SC=AGCATCTTAATGGTCAGATTA;SOR=0.876;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=43;WE=155720282;WS=155720264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,48:0.29:163
chr4	156135312	.	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=535;ReadPosRankSum=0.456;SC=GTGATCCATGTGGTGATCAAA;SOR=0.844;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=54;WE=156135320;WS=156135302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,60:0.33:183
chr4	156135676	rs1047214	C	T	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=100;PP=2965;SC=TTGAGATCATCCCGGACTTTG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=208;WE=156135684;WS=156135666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr4	156136027	rs2880415	C	T	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=74;PP=2894;SC=TGTTCCACATCATCGCCATGT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=156136035;WS=156136017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	156273768	rs2305050	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=34;PP=1165;SC=TCATATTCATTAATAGCTTGT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=156273776;WS=156273758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	156276289	rs2341894	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=160;SC=CATGTAAATACACATTTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=156276297;WS=156276279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156276317	rs2880181	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=4;PP=86;SC=CCACTCCTATAAGAACAAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=156276325;WS=156276307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	156276433	rs2341893	C	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=CTATTCTACTCTAAAAAAGAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=156276441;WS=156276423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	156276742	rs34426198	ACT	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=301;SC=TTAAAAGGAAACTCTTTCTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=156276751;WS=156276732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	156276788	rs6857158	G	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=0;PP=512;SC=TTTCTATCAGGATTACTTTAT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=156276796;WS=156276778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	156276841	rs6834126	T	C	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=1199;SC=TCATTCTTCTTCTCTTAAAAA;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=156276849;WS=156276831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	156283302	rs6829123	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=15;PP=378;SC=TCCTGTTTTCGCAAAAAAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=156283310;WS=156283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	156289900	rs3733390	C	T	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=76;PP=2581;SC=TTTTCTTTTTCAACATACTCC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=144;WE=156289908;WS=156289890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	156289917	rs3733391	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=974;ReadPosRankSum=1.218;SC=CTCCTTGGCCGAGGTGATGGT;SOR=1.379;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=71;WE=156289925;WS=156289907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr4	156296910	rs41280485	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr4	156632391	rs11944673	A	G	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=84;PP=2645;SC=ACTCTGTGAAAAAATCTTCAA;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=138;WE=156632399;WS=156632381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	156643176	rs2306555	T	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=711;ReadPosRankSum=-2.195;SC=CATCATGTTATTTTTTGCTTT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=123;TCR=101;TR=71;WE=156643184;WS=156643166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,75:0.32:236
chr4	156706482	rs1459853	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=24;PP=839;SC=GTGCTGCAATGTAAGAGTTTA;SOR=1.067;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=156706490;WS=156706472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	156757789	rs113590442	G	GA	104.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=0;PP=162;SC=TTTCAATAAAGAAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=156757797;WS=156757779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	156757818	rs1399046	A	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=0;PP=373;SC=ATTATCAATAATTTAAAAGGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=156757826;WS=156757808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156784970	rs932081	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=310;SC=TAATGCTATCCGTAAAAAAAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=156784978;WS=156784960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	156787214	rs1399044	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=268;SC=TATATTACTTATATTGTGTTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=156787222;WS=156787208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	156787340	rs6848883	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=30;PP=1471;SC=TTTACTCACCGTTCTCAGCAT;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=156787348;WS=156787330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	156825349	.	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=762;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CTTTTTATGATTTTATTTCTT;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=51;WE=156825357;WS=156825339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr4	156826166	rs2137778	C	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=254;SC=TACTAAAGTTCATAAAAACCA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=156826174;WS=156826156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	156832841	rs12502494	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=199;SC=TTCTCTTAACCTTTTCTCTTT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=156832849;WS=156832831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	156839462	rs2292537	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=406;SC=TATACATTTGCTATCTAAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=156839470;WS=156839452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	156847230	rs1543108	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=25;PP=741;SC=TACCTAAGGGAAAAAAAAGGA;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=39;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	156847237	rs10714400	AG	A	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=1034;SC=GGGAAAAAAAAGGAATTATTA;SOR=2.049;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	157555832	rs1055400	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=685;SC=TGTCTGAGCTGCACTTCTTTG;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=157555840;WS=157555822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	157557726	rs11943855	A	G	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.87;NF=95;NR=39;PP=2691;SC=TTACTTTCAAATGGTAACATC;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=95;TCR=39;TR=134;WE=157557734;WS=157557716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	158041591	rs11932115	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=1.395;SC=AGAAGAAAAAGCCATACTATA;SOR=0.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=8;WE=158041599;WS=158041581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr4	158041896	rs3775724	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.624;SC=TATTTTATATGTATATGCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=158041904;WS=158041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	158043559	rs41280501	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGTAAGATTGCAATTAATTTA;SOR=0.804;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=11;WE=158043567;WS=158043549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
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chr4	158238830	rs4302506	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=10;PP=311;SC=TTGGAAAACATGTTAAAGGGT;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=21;WE=158238838;WS=158238820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	158242540	rs4475186	G	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=250;SC=ATGTTAAGTAGCATTTTGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=158242548;WS=158242530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr4	159076826	rs6830702	C	T	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=62;PP=2766;SC=CAGTACAACCCGATTCAGGCT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=139;WE=159076834;WS=159076816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	159514454	rs36045439	GA	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.641;SC=TACATTTGGAGAAACCACTGG;SOR=0.515;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=3;WE=159514474;WS=159514444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	159514466	rs11938976	C	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr4	159528464	rs67344334	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=1.430;SC=TTCTTCTAGTCCTGATTATTT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=159528472;WS=159528454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	159528479	rs11326047	GT	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTATTTTTATGTTTTTTTTCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=159528487;WS=159528469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	159529091	rs11393653	A	AT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.634;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr4	159548100	rs12108317	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AATAAAATTTAAAAACACCCA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=159548108;WS=159548090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	159567888	rs115235817	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=574;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TGCTTATTGATGATTTTATGA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=41;WE=159567896;WS=159567878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr4	159568383	rs13111939	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=494;SC=ATGTTCACAAATTTTTATTTC;SOR=3.816;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=159568391;WS=159568373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	159590922	.	TA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr4	159601676	rs11559290	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=798;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CTATGTGCTACAAGATGGTCT;SOR=0.749;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=59;WE=159601684;WS=159601666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr4	159603682	.	CTT	C	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5048;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=50.18;NF=0;NR=2;PP=21;QD=13.5;SC=GTAACTCTATCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=159603691;WS=159603672;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
chr4	159620354	rs78126162	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=1.181;SC=ATGTAACAAATTTAGATAAAG;SOR=1.055;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=12;WE=159620362;WS=159620344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr4	159640565	rs7666472	G	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=295;SC=CCTGTTTGTCGCTCCCCACCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=159640573;WS=159640555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	159690622	rs55960593	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=280;SC=AGCGTGGACGCGCCTGATCCG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=159690630;WS=159690612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	159690640	rs59971723	C	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=195;SC=CCGAGTGTGGCTCCGGACCCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=159690648;WS=159690630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	159858736	rs11737459	T	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=1011;ReadPosRankSum=1.610;SC=CATCCAACTGTTTAATCAAGA;SOR=1.026;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=56;WE=159858744;WS=159858726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr4	159881328	rs978297	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AAAACCTACATGAAATAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=159881336;WS=159881323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	159881479	rs9784569	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr4	159894199	rs1820511	T	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=1.513;SC=GAAAACAGTATACTATGAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=20;WE=159894207;WS=159894189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr4	159894250	rs619128	C	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=22;PP=1514;SC=AAAGCCACTCCCCAGTCTTGA;SOR=1.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=82;WE=159894258;WS=159894240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	159894305	rs662473	T	C	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	160107918	rs10014197	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=0.739;SC=TTGAAGCATGTAACAATTTAA;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=160107926;WS=160107908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	160114277	rs6834634	G	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=348;SC=GACTGTATGTGTCATTTAAGG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=160114285;WS=160114267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	160162298	rs11930477	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=0.638;SC=TGTATCTAATATTAATAGGAA;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=160162306;WS=160162288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr4	160162315	rs11944449	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=786;SC=GGAAATGTTGTGTTTGGAGAA;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=160162323;WS=160162305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	160225430	rs13103075	T	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.107;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=388;ReadPosRankSum=1.488;SC=ATTTTAATTTTAAAATGTCTT;SOR=2.246;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=26;WE=160225438;WS=160225420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr4	160251449	rs55734414	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=453;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GTGTGTGTGTATATATATGTA;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=27;WE=160251458;WS=160251437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	160259713	rs17304561	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TTCATTTGGCATGGATTATAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=160259721;WS=160259703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	160260209	rs13127789	G	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=578;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TTGCTTAATTGCATTGCCATA;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=40;WE=160260217;WS=160260199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr4	160265009	rs150533650	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr4	160271268	rs11320537	GT	G	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	160274180	rs10034898	G	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=14;PP=408;SC=GAATTTTTCTGCCATCCCAGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=160274188;WS=160274170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	160277276	rs1135004	C	T	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=54;PP=1952;SC=GCCTCGCCCCCTATCAGTCCC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=160277284;WS=160277266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	162459299	rs4691769	T	C	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=28;PP=1898;SC=TGTGTGCTGTTGGGTGGTTCT;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=98;WE=162459307;WS=162459289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	162463660	rs60655417	G	GA	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=364;ReadPosRankSum=1.062;SC=TCATTTAAGAGAAAAAAAAGC;SOR=0.836;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=20;WE=162463668;WS=162463650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr4	162841814	rs5863499	T	TA	2002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.837;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.272;NF=3;NR=38;PP=764;ReadPosRankSum=1.294;SC=CCTGAAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=41;WE=162841822;WS=162841804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr4	164048199	rs4691895	G	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,56:0.26:214
chr4	164085425	rs4691896	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCCTTCTCAATTTGTAAATCA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=14;WE=164085433;WS=164085415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr4	164087570	rs375012066	G	C	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GCCCGCGCAGGCTCTGCGGCT;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=70;WE=164087578;WS=164087560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr4	164087954	rs936562	A	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=45;PP=1211;SC=CCAGAAATAGAAAAACAACTT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=164087962;WS=164087944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	164272703	rs11946004	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TTCTATATGGGTTTCTTAATA;SOR=0.562;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=8;WE=164272711;WS=164272693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr4	164415561	rs141828690	T	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=1.491;SC=TCTGGAGTCGTGCTCTGGGAC;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=21;WE=164415569;WS=164415551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr4	164415734	rs2276979	A	G	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=71;PP=2679;SC=GTTGGGCTAGAGCTTAAAAGC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=146;WE=164415742;WS=164415724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	164435265	rs2304802	A	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.561;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.192;NF=49;NR=16;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTTGATCCCCAAAAAAAGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=65;WE=164435273;WS=164435254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr4	164438523	rs12643109	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=405;SC=ATTATTTGTTGTACATAAAAT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=164438531;WS=164438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	164438790	rs140868699	TACAA	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=107;SC=AAGTTGGGCGTACAAACAGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=164438801;WS=164438780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	164440581	rs1561736	T	C	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	164440743	rs4362779	T	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=381;SC=CTAATTGTCATGATACAAAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=164440751;WS=164440733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	164450255	rs372244193	A	AT	577.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=339;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GGATTTGGTCATTTTTTTTTT;SOR=1.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=26;WE=164450263;WS=164450245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr4	164466824	rs13130399	C	T	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=88;PP=2965;SC=CACAGGTGATCGCGATTACGT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=95;TCR=89;TR=183;WE=164466832;WS=164466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	164466970	rs11726828	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=901;SC=TTCCCAGACACAGATCATGAA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=164466978;WS=164466960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	164477252	rs33943246	A	AT	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.191;NF=2;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.638;SC=ACATTATTAGATTTTTTTTCG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=17;WE=164477260;WS=164477242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
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chr4	165118652	rs2288675	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,62:0.26:234
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chr4	165878609	rs3196673	T	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.691;NF=3;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GGTTTGGGTCTGCAGTGGGCT;SOR=0.722;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=17;WE=165878617;WS=165878599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr4	165891247	rs201936482	A	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQRankSum=-2.666;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr4	166021811	rs6536890	G	C	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1508;ReadPosRankSum=1.220;SC=CAAGTCTCTTGAGATGCCTTG;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=92;WE=166021819;WS=166021801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,103:0.69:150
chr4	166199345	rs55806488	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.169;NF=32;NR=26;PP=706;ReadPosRankSum=0.315;SC=TCAAACCGCTCCATCGTGACG;SOR=0.510;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=58;WE=166199353;WS=166199335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,62:0.37:166
chr4	166200622	.	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=6.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQRankSum=-2.554;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr4	166231868	rs28678193	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TAAATGGATTATTATACGCTG;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=166231876;WS=166231858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	166242523	rs145848491	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=0.264;SC=TCCCCTTAATGAATAGTAAAT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=41;WE=166242531;WS=166242513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr4	166242634	.	CAT	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=-0.657;SC=ACATACATAACATATATTACA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=166242643;WS=166242624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	166243082	rs60759634	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-1.059;SC=TGATTTGTACAGTTCCTCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=11;WE=166243090;WS=166243072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr4	166388825	.	CT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.265;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr4	166403574	rs2289230	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=785;ReadPosRankSum=0.091;SC=AGGTTTTATAAGATGATTTCT;SOR=1.220;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=42;WE=166403582;WS=166403564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr4	166408782	rs3822062	T	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=0.177;SC=TTCAAACCTGTCCTACAATGG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=33;WE=166408790;WS=166408772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr4	166928911	rs12649793	C	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=419;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TTCAATATTGCTTTTCAATAT;SOR=2.737;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=19;WE=166928919;WS=166928901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr4	166929276	rs3775321	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TATGCCTGACATTAGAACTAG;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=18;WE=166929284;WS=166929266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr4	166978539	rs59089153	CT	C	1936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=1184;SC=GTCTGTCTTCCTCTTTCTTTC;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=166978547;WS=166978529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	167012241	rs377180243	GTTT	G,GTT	508.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.13;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,5:0.62,0.38:13
chr4	167012250	rs33986267	T	TAA,A	617.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=41.18;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,5:0.67,0.33:15
chr4	167012381	rs2654492	G	A	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=70;PP=2652;SC=TTGGACGACTGTGTGGCAACA;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=157;WE=167012389;WS=167012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	167012480	rs2646914	T	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1545;ReadPosRankSum=0.900;SC=GCTTTCAAGCTACACATTCTA;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=79;WE=167012488;WS=167012470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr4	167012506	rs2254420	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=1135;SC=CAGCAAATTCAAGTCATGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=167012514;WS=167012496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	167012543	rs2654493	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=607;SC=ATCCAGGTTTTTCTTCTGGTG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=167012551;WS=167012533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	167833973	rs62354113	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	167932327	rs2558141	T	C	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=28;PP=2102;SC=TAAAATATAATACAAATTGAG;SOR=1.877;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=108;WE=167932335;WS=167932317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	169049106	rs10002305	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=0;PP=534;SC=AACTCCTGACTTCAGGTGATC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=169049114;WS=169049096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	169083694	rs6836994	A	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=24;PP=1456;SC=GATTGGGGATATGAGGGAGCA;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=169083702;WS=169083684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	169086441	rs4405979	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	169098914	rs477897	A	G	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1721;ReadPosRankSum=0.268;SC=AAGGATATACAGACCCTGCGA;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=119;WE=169098922;WS=169098904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,128:0.65:197
chr4	169102692	rs28721475	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTGTGGCTTATAGTGTTACCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=169102700;WS=169102682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	169105563	rs576690	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=430;ReadPosRankSum=0.504;SC=CAGGATCTGAACCACAGCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=21;WE=169105571;WS=169105553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr4	169169285	rs11731277	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=497;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TGTTTTACTACGCTATGGCCA;SOR=1.165;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=30;WE=169169293;WS=169169275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr4	169183789	rs6552581	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=589;SC=GTTTGTCAATATTATCATCCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=169183797;WS=169183779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	169188927	rs575601	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=0.372;SC=AAGATCAAGGCAATGGCAGAT;SOR=0.400;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=13;WE=169188935;WS=169188917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr4	169190129	rs33910888	CA	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=2.230;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr4	169206769	rs823282	A	G	58.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTATTTACATATATCAAGTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=169206777;WS=169206759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	169213139	rs11723321	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.283;SC=ACAAAAGCTGACAGCTACCTT;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=169213147;WS=169213129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr4	169279170	rs497151	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=86;SC=AGCAGAGCTGATATCTGAGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=169279178;WS=169279160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	169279364	rs11736382	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr4	169282112	rs2684346	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=281;SC=AAAAAAACAGCGTGACAGTGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=169282120;WS=169282102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	169282203	rs10517987	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=1.267;SC=TCAGAGTGCTCCTTCATGAGA;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=8;WE=169282211;WS=169282193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr4	169282232	rs2684347	G	A	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=17;PP=1051;SC=CTTACACAAAGGAAGAGCTAT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=169282240;WS=169282222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	169282355	rs2684348	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=0.737;SC=AGCTGTCCCATACGCATCCTA;SOR=1.333;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=38;WE=169282363;WS=169282331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr4	169292759	rs6829368	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=718;SC=ACCCATAAACTTACCCATTTT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=169292767;WS=169292749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	169299528	rs13110927	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AAACTTAAATTAGCATTTTGG;SOR=0.175;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=169299536;WS=169299518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	169299676	rs10517990	T	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=590;SC=TTGATTCCATTTATTTTCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=169299684;WS=169299666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	169300775	rs79652210	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=1.205;SC=ATAAGTAACATTATCATTGAA;SOR=0.530;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=7;WE=169300783;WS=169300765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr4	169301059	rs1489232	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=298;SC=ATAGTACACATACATACTATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=169301067;WS=169301049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	169311790	.	G	GT	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=30;QD=21.0;SC=ATTATTGTCAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=169311798;WS=169311780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	169312801	rs6840397	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.53;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr4	169315571	rs11337868	TA	T	1306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=1017;SC=TTCAGCATCATAATATGCACA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=169315579;WS=169315561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	169315760	rs3749499	C	A	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=78;PP=2424;SC=GTAATACCCTCTCCAAAGTCT;SOR=1.119;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=138;WE=169315768;WS=169315750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	169317081	rs1826028	C	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=2.066;SC=ACAACTGTAACGTATTATATT;SOR=1.027;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=19;WE=169317089;WS=169317071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr4	169317279	rs3857035	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr4	169327191	rs3762856	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TAATGACTATCTTATTCTTAA;SOR=0.999;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=17;WE=169327199;WS=169327181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr4	169336662	rs4692661	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=14;PP=462;SC=TCTCTCTCCATAGAGCACTAG;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=169336670;WS=169336652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	169337741	rs17054123	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=1.413;SC=TGAAAGTTATCATAGAAAAAA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=169337749;WS=169337731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	169337957	rs148899120	G	GA	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=334;ReadPosRankSum=0.363;SC=ACCTAGTAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.830;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=24;WE=169337965;WS=169337947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr4	169341435	rs2130145	A	G	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=56;PP=2345;SC=ACATTGTGACAATAATCTCTT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=138;WE=169341443;WS=169341425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	169343044	rs61740705	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.530;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,32:0.21:153
chr4	169348476	rs74346802	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=127;ReadPosRankSum=0.667;SC=TTGGTATTCTGCTCAATAATA;SOR=0.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=16;WE=169348484;WS=169348466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr4	169362557	rs13151700	C	G	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1506;ReadPosRankSum=0.344;SC=GACTTTCCAACGTTAAATTCT;SOR=1.321;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=95;WE=169362565;WS=169362547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr4	169369820	rs2712113	T	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=8;PP=459;SC=AGTAGAAGGCTATATTCTTTA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=169369828;WS=169369810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	169369853	rs2712114	A	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=667;SC=CATACAAGTCAGAAACATGAT;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=169369861;WS=169369843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	169369920	rs12507582	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=518;ReadPosRankSum=0.342;SC=GAAATATTCACACCACTTGTT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=32;WE=169369928;WS=169369910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr4	169374487	rs2634953	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=47;PP=1318;SC=GTGAAATGGCATTGAAATAGG;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=169374495;WS=169374477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	169382822	rs5863935	A	AC	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=1.699;SC=AGAAATCAGGAAAAAAATGAG;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=169382830;WS=169382812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr4	169382991	rs17612630	C	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,56:0.26:213
chr4	169392148	rs6838031	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=1.004;SC=ACGTGCATGCGTGTGTCAAAA;SOR=1.101;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=23;WE=169392156;WS=169392138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr4	169393179	rs12505232	T	G	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=200;SC=AGCTACTGTTTGTTGAGTACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=169393187;WS=169393169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	169393595	rs13149639	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=1058;ReadPosRankSum=0.730;SC=TTTTTACTTCACAGTACTTAC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=63;WE=169393603;WS=169393585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr4	169393972	rs113626526	G	GA	2449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=48;PP=1879;SC=TGTAATAAAAGAAAAAATAGA;SOR=1.497;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=53;WE=169393980;WS=169393962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	169432841	rs1806729	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,32:0.23:137
chr4	169433326	rs7655494	TG	CA	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,67:0.36:184
chr4	169433333	rs7673220	C	T	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,65:0.36:182
chr4	169589214	rs2723705	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	169606649	rs62333891	C	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=3.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.623;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,97:0.28:342
chr4	169612528	rs4260495	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.562;NF=10;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TTTCTTTCTACCTTAAAGCCG;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=19;WE=169612536;WS=169612518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr4	169621111	rs139488523	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CTAAATCCCTTTATGTGACAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=169621119;WS=169621101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	169621191	rs6824965	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=0.275;SC=GTCTTTGTTCGAGTGAGATGC;SOR=1.673;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=17;WE=169621199;WS=169621181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	169799448	rs62333013	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-3.169;SC=CTTCGGCCACAGCCAGACGCC;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=12;WE=169799456;WS=169799438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr4	169799626	rs72704207	C	T	278.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=0.108;SC=CATACACGCGCTCCCATCAGC;SOR=0.250;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=169799634;WS=169799616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	169812313	rs6827082	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=696;SC=ACATCATCATTATTATTATTA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=169812321;WS=169812303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr4	169836961	rs72704235	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=0.568;SC=TATTACCCCATGTATTTTAAG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=169836969;WS=169836951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr4	169846255	rs3733656	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.924;NF=10;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TCTCATTTCATTGCGTTTACT;SOR=1.484;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=31;WE=169846263;WS=169846245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr4	169846359	rs66895777	GCT	G	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.106;NF=4;NR=15;PP=771;ReadPosRankSum=0.127;SC=AATTCATATTGCTCTCTCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=19;WE=169846368;WS=169846349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr4	169847646	rs35375934	TA	T	249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=22.70;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	169927825	rs3762914	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=355;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGTTTCACAATAAATCACAAA;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=21;WE=169927833;WS=169927815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr4	169928842	rs2877380	G	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=16;PP=726;SC=TGTTTCTCCAGCTCTTCAAAT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=169928850;WS=169928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	169931268	rs28371817	G	A	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.20;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	169931274	rs2279038	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr4	169931288	rs2279039	T	C	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=53;PP=1749;SC=TGGGAGCCCCTCTCCAGGTTC;SOR=1.080;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=91;WE=169931296;WS=169931258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	170017669	rs3749572	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=611;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TGTCAGTCTCCTCATATGTTT;SOR=0.930;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=53;WE=170017677;WS=170017659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,54:0.30:181
chr4	170037323	rs10017472	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=0.074;SC=TTGTTGAACAGTGAGTCCTCT;SOR=0.100;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=14;WE=170037331;WS=170037313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr4	170043545	rs3811814	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GGAATCCACACAGGGCAGAAT;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=170043553;WS=170043535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	170051395	rs59830873	TA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	170077540	rs10024401	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.256;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr4	170077789	rs10518039	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr4	170315496	rs4692721	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=190;SC=AGAATCTTCACTGAAAAATGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=170315504;WS=170315486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	170354836	rs7680152	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=624;SC=ATAAACGTAACGAGAGACATC;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=170354844;WS=170354826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	170354873	rs13139925	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=267;SC=CAAGAGAATATTGAATAAACT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=170354881;WS=170354863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	170428352	.	G	T	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5268;HP=17;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=51.97;NF=0;NR=4;PP=64;QD=24.6928031368;SC=TTTTTTTTTTGGGCCAGGTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=170428360;WS=170428342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	170581570	rs4692739	G	A	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=83;NR=65;PP=2833;SC=GGAGGAGACAGTATTCCCCTG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=148;WE=170581578;WS=170581560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	170584880	rs62333166	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr4	170601449	rs3756284	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-1.559;SC=GGCTGCCAAATGTTTACATTT;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=170601457;WS=170601439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	170616918	rs2062609	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TTTCAGTTTTGTAGGTGATGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=170616926;WS=170616908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	170623946	.	A	AG	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=19;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=62.36;NF=2;NR=3;PP=95;QD=19.6;SC=AAAAAAAAAAAAAGAAAGCCA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=170623954;WS=170623936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	170623982	rs11946332	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=2.455;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr4	170628524	rs9996636	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=80;SC=GGCAAGGGACATTATTTTATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=170628532;WS=170628514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	170634390	rs1058868	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=763;ReadPosRankSum=0.082;SC=CAATGGAGATCGTGGTGGATA;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=59;TCR=88;TR=58;WE=170634398;WS=170634380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,61:0.38:162
chr4	170638891	rs113528256	ACT	A	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.717;NF=12;NR=2;PP=503;ReadPosRankSum=-1.758;SC=ATGATTGGAAACTCTTTTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=14;WE=170638900;WS=170638881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr4	170640993	rs28704165	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=0.445;SC=GATTTAGCTATAGATTTAGCT;SOR=0.260;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=25;WE=170641001;WS=170640983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
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chr4	170663321	rs6849004	C	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=8;PP=271;SC=AAAGACCTTTCAAAGTTGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=170663329;WS=170663311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr4	170987636	rs1480544	A	G	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.733;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1203;ReadPosRankSum=-2.165;SC=AACCCTAGAAAAAGAAAACAA;SOR=1.439;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=69;WE=170987644;WS=170987626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
chr4	170989708	rs3214945	C	CA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7331;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.703;SC=AATCTGATTACAAAAAAAAAA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=170989716;WS=170989698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	170994554	rs5864015	GT	G	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr4	170999860	rs2622068	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TTGTTTATAAGGGGCCAAACA;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=170999868;WS=170999850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr4	171010506	rs76680776	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=56;PP=1445;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCCCTCCCTTCCAAGGCCGTG;SOR=0.550;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=83;WE=171010514;WS=171010496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr4	172735897	rs3796654	C	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1307;SC=AAAGATCACACAAGGATTGGT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=172735905;WS=172735887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	172973421	rs1505494	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=179;SC=AGAGCCTCAAGGCAGAGAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	172973423	rs10572855	CAG	C	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=311;SC=AGCCTCAAGGCAGAGAGGATA;SOR=2.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	172973580	rs1505495	C	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=56;PP=2175;SC=TTTACCCCAACCCATTCACCA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=125;WE=172973588;WS=172973570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	173232679	rs2136033	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=0;PP=947;SC=AATAGGCGATAATACACATTC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=173232687;WS=173232669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	173232944	rs168011	G	T	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	173269638	rs333399	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAGAGTTTTGTATTTGACACA;SOR=0.592;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=19;WE=173269646;WS=173269628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr4	173269915	rs333398	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAAAAAGACAATGGGAGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=173269923;WS=173269905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	173803914	rs6810619	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1113;ReadPosRankSum=2.301;SC=TCATAGTCCTTTAAAGATTAT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=69;WE=173803922;WS=173803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,75:0.74:102
chr4	173873170	rs11322401	TG	T	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=1253;ReadPosRankSum=-1.918;SC=ATGACATTTTTGTTTTCCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=54;WE=173873178;WS=173873159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,91:0.94:97
chr4	173930479	rs4696042	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=869;SC=GGCAGTGGGAACCAGTCGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=173930487;WS=173930469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	174090004	rs3733477	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TGAAGATTGGGTTCATCTTAC;SOR=0.587;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=250;TCF=149;TCR=101;TR=93;WE=174090012;WS=174089994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,97:0.37:259
chr4	174310777	rs4695833	A	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=103;SC=AGGTCTGGGGAGGAGTCCAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=174310785;WS=174310767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	174537063	rs4413383	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=729;SC=TGGAGATCCAGACATAAGTGA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=174537071;WS=174537053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	174537221	rs11726970	T	C	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=143;NR=89;PP=2965;SC=CTCTTCTCATTCAGAGGTGTA;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=143;TCR=89;TR=232;WE=174537229;WS=174537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	174537356	rs34402795	T	A	10336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=198;PP=2965;SC=TCAAATTTGTTGAGTAGCTGG;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=152;TCR=198;TR=350;WE=174537364;WS=174537346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr4	174537471	rs13103221	G	A	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=108;PP=2965;SC=AATTTGCATAGTCCTCAAGAA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=211;WE=174537479;WS=174537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr4	174537658	rs62342044	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.652;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,57:0.29:196
chr4	175225452	rs4695918	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=504;ReadPosRankSum=0.339;SC=ACCTCCTTTGGGCAATGAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=43;WE=175225460;WS=175225442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr4	175237408	rs1553669	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr4	175565245	rs4235212	T	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=58;PP=1778;SC=CAAGGCCCTTTAATAATACAA;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=175565253;WS=175565235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	175580119	rs6553802	T	C	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=160;SC=TCCCAATTGCTTCTCTTTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=175580127;WS=175580109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	175580191	rs4365704	G	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=556;SC=AACCCAATACGTTTAATCACT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=175580199;WS=175580181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	175598280	rs12648678	A	G	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=67;PP=2482;SC=TCGTTAGCACAGTGGTTATCC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=138;WE=175598288;WS=175598270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	175598334	rs6812439	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=54;PP=1486;SC=TGATCCAGAATGAAACCCAGG;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=91;WE=175598342;WS=175598324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	175688274	.	TAC	T	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=0;NR=3;PP=66;QD=23.0;SC=TATTCCATTTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=3;WE=175688283;WS=175688264;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr4	177073026	rs4690661	G	A	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=93;PP=2965;SC=TGGTGTACCTGCTAAAGAGGA;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=203;WE=177073034;WS=177073016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	177083166	rs2877924	A	G	258.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AAAAAGTATTAGTTTGCTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=177083174;WS=177083156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	177083333	rs12646277	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=1.220;SC=GAGGTACGACATTTAAAACTG;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=17;WE=177083341;WS=177083323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr4	177087322	rs4388031	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=318;SC=TTTAAGAACACATTCCTTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=177087330;WS=177087312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	177093505	rs4538426	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TAACATTGTTTTCAAATCAAT;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=16;WE=177093513;WS=177093495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr4	177095908	rs4690665	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr4	177098285	rs17625943	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,46:0.28:164
chr4	177100515	rs75391699	GT	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=2.626;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	177113764	rs6857056	A	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=10;PP=828;SC=CAGCTGTTTCAAAGGAAAACT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=177113772;WS=177113754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	177113779	rs12502935	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=538;ReadPosRankSum=0.010;SC=AAAACTTACCTGGATTCAATT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=36;WE=177113787;WS=177113769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr4	177113836	rs6832177	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,20:0.19:105
chr4	177113956	rs2291244	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=624;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TCTGGTAGCTATAGTCCGTGA;SOR=0.926;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=39;WE=177113964;WS=177113946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr4	177116463	rs994252	C	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,46:0.26:177
chr4	177116779	rs4565028	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr4	177137988	rs6827525	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=408;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GAAGCAATATCCTTTCCACCA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=23;WE=177137996;WS=177137978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr4	177142488	rs34466424	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=804;ReadPosRankSum=-1.605;SC=ATCCACCCCACACACCTCACC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=62;TCR=103;TR=62;WE=177142496;WS=177142478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,64:0.37:173
chr4	177142611	rs35698542	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=343;ReadPosRankSum=0.634;SC=CTTTACTGGCGGCCTCATGCG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=26;WE=177142619;WS=177142601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr4	177142776	rs10032098	C	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.64;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	177142776	.	CA	AA,AC	933	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=33,8;NR=52,16;PP=933,328;QD=11.385543677;SC=AATATCCAAACATAAGATTCA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=85,24;WE=177142785;WS=177142766;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:86
chr4	177142777	rs13120838	A	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr4	177143378	rs72706385	T	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=0.154;SC=CTACCGAGAATGAAGGAAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=17;WE=177143386;WS=177143368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	177143417	rs13147229	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGTTGGATTCCCTCCGTCAGT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=12;WE=177143425;WS=177143407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr4	177143664	rs6553937	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=840;SC=ATATTTTAGACATCAAAGAAT;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=177143672;WS=177143654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	177146627	rs10013975	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.004;NF=2;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-1.405;SC=CAGATACTTATACTGTACATT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=13;WE=177146635;WS=177146617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	177249533	rs2278903	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.435;SC=ATTGTATCTCATTAATCTCTT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=177249541;WS=177249523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	177605081	rs5864401	CTCA	C	5777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=32;PP=2969;SC=ACAATCTTAGCTCATCATTTG;SOR=1.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=74;WE=177605091;WS=177605071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	177608775	rs4604006	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=326;SC=ATGTTTTCCATCAAAGGATTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=177608783;WS=177608765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	177608875	rs4529000	A	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=450;SC=TCACTTATTTAGAAGAATGAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=177608883;WS=177608865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	177609203	rs13136065	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=735;SC=AGAATTATGAGATAAAATGTG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=177609211;WS=177609193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	177609259	rs2877962	C	T	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	177609264	rs2333495	C	T	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	177650614	rs3836595	T	TA	286.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=265;SC=ACACTGAAATTAAAGAACCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=177650622;WS=177650607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	178167282	rs1347894	G	A	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1994;ReadPosRankSum=-1.557;SC=GACCTAAACAGTCACTGAAAC;SOR=0.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=109;WE=178167290;WS=178167272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr4	178169500	rs3828517	G	A	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1494;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GGGGAGGTTTGTGATAGCAAT;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=104;WE=178169508;WS=178169490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,111:0.58:190
chr4	178256759	rs3215157	CA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=1.415;SC=GCTTATAATCCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=178256767;WS=178256749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	178257516	rs2271102	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=840;ReadPosRankSum=0.044;SC=TTGATTTTTCGGTACTGTGAA;SOR=0.207;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=38;WE=178257524;WS=178257506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr4	178261034	rs36204377	GTGTAAAA	G	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.327;NF=5;NR=9;PP=653;ReadPosRankSum=0.930;SC=TTTTTCAACTGTGTAAAATGT;SOR=0.591;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=14;WE=178261048;WS=178261024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr4	178262683	rs17676249	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr4	178262811	rs28618113	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=0.802;SC=GATATTGAATTTAAAGGGATA;SOR=0.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=8;WE=178262819;WS=178262801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr4	178272748	rs1054753	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=327;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TTCTAAGAGGGTTAATTATAC;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=29;WE=178272756;WS=178272738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr4	178274565	rs2048074	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=438;ReadPosRankSum=1.138;SC=AGATCAACAGAAAAACTGCAT;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=31;WE=178274573;WS=178274555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr4	178274694	rs10007075	T	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=0.349;SC=CTGCTAGTGTTTGTTTGAATG;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=58;WE=178274702;WS=178274684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,65:0.31:208
chr4	178274750	rs13112358	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,57:0.29:199
chr4	178274835	rs13112390	A	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=48;PP=1448;SC=AAACAGCCCAATACTCATCAC;SOR=1.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=76;WE=178274843;WS=178274825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	178281754	rs1876268	G	A	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=81;PP=2811;SC=CCGAGTTGTGGGGAAGGATGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=145;WE=178281762;WS=178281744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	178352679	rs1061814	T	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=315;SC=TAAGAAAGGTTAAATAAAAAT;SOR=4.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=178352687;WS=178352675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	178353046	rs3805167	G	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=323;SC=TATTTGACTAGACACTGGCTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=178353054;WS=178353036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	178355668	rs4690521	C	G	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=107;PP=2965;SC=TAACAATTTACGGCAGGAAAT;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=177;WE=178355676;WS=178355658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	178357566	rs71599314	A	ATAATTG	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-0.608;SC=ATATAACCAAATAATTGAGCA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=178357574;WS=178357556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	178359719	rs2271101	A	G	203.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATATGCACCCAATGCAGCTAG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=178359727;WS=178359709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr4	178359960	rs2228119	G	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=51;PP=1961;SC=TTGAGAAGCAGTGGTAGATAA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=178359968;WS=178359950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	178361414	rs34241758	A	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,46:0.24:189
chr4	178361621	rs3792607	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr4	178363378	rs11131799	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CGGCGCAGCCGCCCGCCCAGG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=24;WE=178363386;WS=178363368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr4	178881982	rs13109967	G	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=1.909;SC=TCTTTCCGGGGATCAAAAGAA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=23;WE=178881990;WS=178881972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr4	178882120	rs9994032	A	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=296;SC=CCTGAAATGAAATATTTGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=178882128;WS=178882110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	178887795	rs113648256	T	TTTTC	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.548;NF=2;NR=10;PP=364;ReadPosRankSum=-0.449;SC=ATTCTCGTCATTTTCTTTCTT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=178887803;WS=178887785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr4	183090306	rs28555566	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr4	183090436	rs28701836	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr4	183268148	rs11373586	C	CG	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=266;SC=GTTGACTCCGCGGGGGGGGAT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=183268156;WS=183268138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	183268174	rs6552554	C	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=30.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	183271186	.	G	GAA	88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=17;MQ=61.53;NF=0;NR=4;PP=88;QD=24.25;SC=GTTTTTCCCAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=183271194;WS=183271176;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr4	183370056	rs11721730	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=31;PP=2212;SC=AGGGGTTAAGCGGCGCACCGC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=111;WE=183370064;WS=183370046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	183370244	rs35591339	AGCG	A	3165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=52;PP=2503;SC=AAGGTGGGTGAGCGGCGGCGG;SOR=2.271;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=53;WE=183370254;WS=183370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	183601594	rs11934254	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=702;ReadPosRankSum=-0.131;SC=AAAGAAAGGGGGGGGGAGACT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=20;WE=183601602;WS=183601580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr4	183601847	rs2871328	T	C	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=88;PP=2624;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TCATGGGCTCTTGTGCTTGCA;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=172;WE=183601855;WS=183601837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,183:0.65:281
chr4	183652175	rs10866256	T	C	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=71;PP=2965;SC=AAGAGAATGATATTCCCAGCT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=183652183;WS=183652165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	183659722	rs74988363	G	C	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1594;ReadPosRankSum=0.533;SC=ATAGATAACTGATGTTGTAAT;SOR=0.973;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=91;WE=183659730;WS=183659712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,96:0.73:131
chr4	183664593	rs7676674	G	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1232;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCTAAATTTGGGCTTTTAACC;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=85;WE=183664601;WS=183664583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,87:0.57:152
chr4	183665437	rs6835335	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CAGTATCACACATCATCGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=183665445;WS=183665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr4	183673247	rs2309770	T	A	67.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAAAAGGGGTTGAAAATCCAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=183673255;WS=183673237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	183674577	rs13130747	G	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=759;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TGAAAAATTAGTAATACTTGC;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=37;WE=183674585;WS=183674567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr4	183674597	rs71620945	A	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=434;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTTCTCTCAAATACAGGAATG;SOR=0.545;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=29;WE=183674605;WS=183674587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr4	183710332	rs61736044	G	A	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=1822;ReadPosRankSum=1.183;SC=AATTTCTACTGAGGATCGCCT;SOR=0.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=128;WE=183710340;WS=183710322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,138:0.67:205
chr4	183713630	rs6857162	A	G	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGCTGCTTCTACAAACAGCTT;SOR=0.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=283;TCF=140;TCR=143;TR=188;WE=183713638;WS=183713620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,193:0.67:288
chr4	183721562	rs62336284	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTGTGGCACAACCCGAGTGGG;SOR=0.266;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=24;WE=183721570;WS=183721552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr4	183814169	rs2070805	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CCCCGCCCGCATTCTCCCCAC;SOR=0.600;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=25;WE=183814177;WS=183814159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr4	183815561	rs17331744	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-1.230;SC=AATAGCAATTTAAGATCAAAC;SOR=1.002;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=25;WE=183815569;WS=183815551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr4	183815688	rs4742	A	G	7298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=132;PP=2965;SC=GGAACAAGGCAACATACATAC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=268;WE=183815696;WS=183815678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr4	183836490	rs11730323	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.927;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=311;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AAACGCAGCACAAAAGGCAGA;SOR=1.418;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=25;WE=183836498;WS=183836480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr4	183838025	rs13114262	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=561;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGAAACAGAGAGAACTGGAGC;SOR=0.546;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=50;WE=183838033;WS=183838015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,54:0.29:189
chr4	183838103	rs4371655	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CGCTCGCAACCCCGTCAGCTC;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=21;WE=183838111;WS=183838093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr4	183838633	.	G	GGGGA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=1.822;SC=GAAGCCCTGAGGGGAGGGAGG;SOR=1.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=183838641;WS=183838623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	184170025	rs907357	G	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=29;PP=950;SC=TAAGTTATCTGTGCTGAAGAG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=184170033;WS=184170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	184171187	rs10020261	T	C	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1467;ReadPosRankSum=0.264;SC=CTCAAACATTTTCTTTTCCAG;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=97;WE=184171195;WS=184171177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,104:0.68:154
chr4	184190355	rs11407064	A	AC	5138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=82;PP=2957;SC=AATAGCACTTAGATTGGGTGG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=10;TCR=87;TR=91;WE=184190363;WS=184190345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	184190535	rs6858486	G	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=38;PP=2272;SC=GTGATTTTCTGTAAAAGTTGC;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=117;WE=184190543;WS=184190525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	184201886	rs34842178	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.920;SC=AGTCATTTTTTCAAGTATATT;SOR=0.083;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=4;WE=184201894;WS=184201876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr4	184202148	rs11132174	G	T	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=64;PP=1851;SC=ATTCCAGAATGATGGAATGCA;SOR=1.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=184202156;WS=184202138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	184242959	rs6839940	C	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=47;PP=1721;SC=GGTAGGGACACTGAGTTTGCA;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=184242967;WS=184242949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	184243528	rs7688467	G	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=39;PP=1217;SC=CATCCCAGGAGAGATAGTAAA;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=184243536;WS=184243518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	184366629	rs11282266	T	TGCACA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.568;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr4	184367558	rs147291711	TCTG	T	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,42:0.24:177
chr4	184426387	rs8872	C	T	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=63;PP=2679;SC=ACTCGTCGGCCGCGCTCCTGA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=149;WE=184426395;WS=184426377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	184426526	rs6552675	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=52;PP=1556;SC=TCAAGGTAGGAGCCGCGGGGC;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=184426534;WS=184426516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	184570715	rs10015804	T	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr4	184572341	rs56817841	GA	G	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=658;ReadPosRankSum=2.073;SC=AGAGTGAAATGAAAAGCAGTA;SOR=0.342;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=20;WE=184572349;WS=184572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr4	184577177	rs6838230	T	C	469.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=290;ReadPosRankSum=1.326;SC=TAGAGGGTCTTTACTTTCTCA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=20;WE=184577185;WS=184577167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	184579883	rs9790356	A	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	184579914	rs9790628	G	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=84;SC=CGGACTCCTGGCCATTCACGC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=184579922;WS=184579904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	184587658	rs5864850	G	GTACC	3561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=39;PP=2310;SC=AGGCAATGGAGTACCGTTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=40;WE=184587666;WS=184587648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	184587701	rs9996255	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=869;SC=TTGACCTCCAGTGAATCTTGT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=184587709;WS=184587691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	184588121	rs4282227	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=AATTTATCTTCGGTTGAATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=184588129;WS=184588111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	184588305	rs4416514	A	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=908;ReadPosRankSum=0.473;SC=CTAATTAATGAATTAATTGTT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=28;WE=184588317;WS=184588295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr4	184588309	rs12507873	A	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=368;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TTAATGAATTAATTGTTTTAT;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=13;WE=184588317;WS=184588295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr4	184588408	rs62357986	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.967;SC=GTATGTTAACTTTAAAAAGCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=184588416;WS=184588398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	184596309	rs140871779	CT	C	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TTTTTTGTCTCTTTTTAGCTT;SOR=0.432;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=184596317;WS=184596299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr4	184596446	rs7678174	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-1.322;SC=AATAACATGTGATGGAAATTT;SOR=0.646;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=184596454;WS=184596436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	184600601	rs4241779	A	G	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1273;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TTGGAAGTGCAGAGCTGTCTT;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=80;WE=184600609;WS=184600591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,91:0.65:140
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chr4	184614874	rs4862234	C	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=68;PP=1993;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TGAAGCTCACCGCTGGCTTAA;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=126;WE=184614882;WS=184614864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,133:0.63:212
chr4	184619017	rs12651215	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.19;QD=37.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	184619029	rs147708886	TGC	T	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.56;MQRankSum=2.034;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr4	184619034	rs62358033	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.56;MQRankSum=2.034;QD=25.85;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr4	184629794	rs9312318	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TCTTTTTCATGTAAACTTCAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=7;WE=184629802;WS=184629784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	184922669	rs3749534	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGGTGGCGGTGTGCTGTGGTC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=184922677;WS=184922659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	184931818	rs4861597	G	A	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2362;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CTAGTGAGACGGTGCTCACGG;SOR=0.943;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=210;TCF=94;TCR=116;TR=134;WE=184931826;WS=184931808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,146:0.63:230
chr4	184932609	rs4862282	G	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=57;PP=2277;SC=ACACACATGCGCCTAGCGGGG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=184932617;WS=184932599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	185012398	rs4479748	T	C	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=37;PP=1641;ReadPosRankSum=0.044;SC=GGGGCAGTGCTGGCGCGGCCC;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=110;WE=185012406;WS=185012388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,117:0.64:184
chr4	185038274	rs4642291	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.697;SC=AATGATAGGAGAAAGGCTATC;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=10;WE=185038282;WS=185038264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr4	185074686	rs13147555	A	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=10;PP=827;SC=TGAGATTTGGAATGGATGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=185074694;WS=185074676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	185310218	rs1131553	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AGTGTGGCCGCCCCTTTCAAG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=80;WE=185310226;WS=185310208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr4	185312027	rs66641943	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=550;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CTTTGTAAAGCGAAACATTCT;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=31;WE=185312035;WS=185312017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr4	185339517	rs2288246	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=284;SC=TTCACTGCCTCTGGTGAATCG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=185339525;WS=185339507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	185339894	rs4861623	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=-1.427;SC=AAGAAAAAGAGAGAAAACATT;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=185339902;WS=185339884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr4	185349978	rs114571855	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=817;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTTTGAGATGATAACTTGATG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=49;WE=185349986;WS=185349968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr4	185350307	rs807684	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	185550764	rs4647693	T	C	309.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.438;SC=ACATAAGTCTTATTAGTCATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=185550772;WS=185550754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr4	185553098	rs2705897	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr4	185559487	rs2705901	G	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,59:0.27:215
chr4	185578229	rs13108061	G	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=813;SC=TTTGTTGTTTGTTTTAGTAGT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=185578237;WS=185578219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	185583092	rs60624489	C	CTATT	3747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=41;PP=2447;SC=TTATTTCTATCCATCTCTTCA;SOR=1.423;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=43;WE=185583100;WS=185583082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	185587165	rs2463447	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=24;PP=817;SC=AAATTCAGCCAGCATTTAATA;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=185587173;WS=185587155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	185621798	.	TC	AT	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGTGGAATTCTCCTTTGTCAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=5;WE=185621807;WS=185621791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	185622046	rs11728389	C	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=32;PP=1076;SC=CTAAGTAACACAATCATTTGT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=185622054;WS=185622036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	185652147	rs3806796	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	185652201	rs7675046	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	185681475	rs6825554	G	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=12;PP=1297;SC=ATGGCAATGTGTATGCAGCAA;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=185681483;WS=185681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	185683840	rs939040	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=427;SC=GGTCTGCGAGAGATCTCCAGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=185683848;WS=185683830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	185686032	rs2292898	C	T	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=60;PP=2799;SC=CAGGCATGGTCAGGCAGCACC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=185686040;WS=185686022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	185686856	rs3792314	C	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=873;SC=TAATTAGCTTCATTTAGCCAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=185686864;WS=185686846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	185686948	.	A	AAC	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.055;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,27:0.18:149
chr4	185687233	rs3749233	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ACCCCGTTCCCTAACCCATAG;SOR=1.685;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=185687241;WS=185687223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr4	185687687	rs12374289	A	C	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=228;SC=CCTTACCTTCATCTCTCCCTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=185687695;WS=185687677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	185687863	rs11727009	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=535;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TCTTGGAGGCAAAGTCCAAGA;SOR=0.951;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=39;WE=185687871;WS=185687853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr4	185698183	rs78251730	T	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=873;ReadPosRankSum=1.153;SC=GATGTCATCATGTAATCAATA;SOR=0.400;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=126;TCF=35;TCR=91;TR=56;WE=185698191;WS=185698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr4	185705006	rs2102862	G	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=25;PP=1339;SC=GAAACCTTCCGGCTCCAAGAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=185705014;WS=185704996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	185772232	rs145931056	TCCTATGCCCTCC	T	4288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=2964;ReadPosRankSum=3.408;SC=ATCAACCCTCTCCTATGCCCT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=53;WE=185772251;WS=185772222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,110:0.64:173
chr4	185772384	rs1032299	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=582;SC=GAGACTAGTCACCAAGAGTCC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=185772392;WS=185772374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	185859505	rs6821859	T	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=986;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TTCAGCTTTATGCATTCATCT;SOR=0.895;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=65;WE=185859513;WS=185859495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr4	185999348	rs10023344	T	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=844;SC=AAAACATGGGTGGGTTTCATG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=185999356;WS=185999338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	185999404	rs10033666	A	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1116;ReadPosRankSum=1.043;SC=CAGGAGGCATATGGGATGAAG;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=77;WE=185999412;WS=185999394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
chr4	185999543	rs6841061	G	A	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=84;PP=2613;SC=CTCGAGGAATGAAATGGTCAA;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=141;WE=185999551;WS=185999533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	185999587	rs6818170	T	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=51;PP=1430;SC=TAAGCCTTGATCTACCCTATA;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=185999595;WS=185999577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	186065844	.	C	CT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=31;QD=11.25;SC=AAGTGCAAACCTTTTTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=186065852;WS=186065834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	186084196	rs5864930	G	GA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=490;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TCTCGACTAGGATGCACTTCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=186084204;WS=186084186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	186091487	rs6820332	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=302;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GTGACAGAGCGAGATAGTCTA;SOR=0.846;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=20;WE=186091495;WS=186091477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr4	186097045	rs6855305	C	T	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.166;SC=TTTTGCTTCCCGGCTTTTCCG;SOR=0.605;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=285;TCF=144;TCR=141;TR=194;WE=186097053;WS=186097035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,215:0.69:313
chr4	186111639	rs1133657	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,44:0.27:161
chr4	186112111	rs3108237	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=370;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CATTCTCTACGGGGTGTTCTG;SOR=0.528;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=35;WE=186112119;WS=186112101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr4	186112369	rs34825796	G	GA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr4	186170358	rs3108229	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=7.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	186272773	rs3822302	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=762;ReadPosRankSum=0.683;SC=GGTGAGCCGTTGAAAGAGTGA;SOR=1.036;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=61;WE=186272781;WS=186272763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
chr4	186272862	rs60117447	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=1.061;SC=ATTTTCAGTCATTAGCACTGT;SOR=4.062;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=186272870;WS=186272852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr4	186299519	rs1288549	A	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=745;ReadPosRankSum=-0.777;SC=AACATTCTTTACTAGGACACC;SOR=0.382;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=34;WE=186299527;WS=186299509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr4	186320079	rs76073842	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.443;SC=AAATGCACCATCTTACCTTAA;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=82;WE=186320087;WS=186320069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,90:0.69:131
chr4	186321067	rs1053218	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ACTGGTTATACTTACCAGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=186321075;WS=186321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr4	186323209	rs3733645	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.242;SC=CACTGTTTCTACAAGGCAGGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=186323217;WS=186323199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	186323593	rs6552880	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=74;SC=CAAAAGACTTCAGTAAACTGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=186323601;WS=186323583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	186324841	rs13126680	T	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=1711;SC=TCAATTTAAATAGACAGATTA;SOR=3.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=186324849;WS=186324831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	186339584	rs10003160	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=6;PP=351;SC=GAAGACAGATAGTTTGCTTAC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=186339592;WS=186339574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	186346870	rs79698659	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=1150;ReadPosRankSum=0.046;SC=GAGACAGGCGAACTGGAGAGC;SOR=0.491;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=54;WE=186346878;WS=186346860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr4	186347055	rs2289720	G	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1138;ReadPosRankSum=0.786;SC=GGGCGCTGACGCCTGCCCAAA;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=94;WE=186347063;WS=186347045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,99:0.37:267
chr4	186347073	rs11132303	G	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=719;ReadPosRankSum=-1.147;SC=AAAAGTTCCGGGGGCCGGCCC;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=74;TCR=116;TR=69;WE=186347081;WS=186347063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,73:0.37:199
chr4	186347092	rs10866275	T	C	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=94;PP=2412;SC=CCTGAAGTGGTGTCACCGCAC;SOR=1.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=140;WE=186347100;WS=186347082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	186357523	rs7697970	C	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=308;SC=GGTAAAAAATCTGTTTTGAAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	186361876	rs4476640	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=707;SC=GTAAAAAGGTAAGTTTACAAT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=186361884;WS=186361866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	186361923	.	T	TGGCCGGGC	127.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	186361925	.	T	TGGTGG	128.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	186361927	.	T	TCACGCCTGTAATCCCAGCA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.12;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	186366101	rs79997875	C	T	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=37;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ATTAAGTTGTCTCGTTTTTCT;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=96;WE=186366109;WS=186366091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,103:0.66:155
chr4	186366181	rs74560263	G	A	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1703;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCCTTATGTGGCTAAATTGGC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=129;WE=186366189;WS=186366171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,138:0.62:222
chr4	186366315	rs2120414	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=691;SC=GCTTACAAACTAAGAAAAAAT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=186366323;WS=186366305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	186370676	rs35349112	T	TA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	186379104	rs7664578	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr4	186379371	rs7687202	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=36;PP=1173;SC=TTCTTGAAATGTAAGTTGTTT;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=186379379;WS=186379361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	186391759	rs28715304	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GCAACGGAGCGTAGCGTGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=186391767;WS=186391749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	186391868	rs28581909	T	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=647;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCCGTTTCCTTATCTGCAAAA;SOR=0.645;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=48;WE=186391876;WS=186391858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr4	186391898	rs66481949	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr4	186392287	.	C	A	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.8350;HP=8;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=22;MQ=57.31;NF=0;NR=6;PP=109;QD=23.9618687579;SC=AGGGATGGGGCGGGGCAGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=186392295;WS=186392277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,6:0.75:8
chr4	186393233	rs33974317	GTT	G	3023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=6.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.838;QD=27.00;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,99:0.88:112
chr4	186393372	rs11940504	T	C	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1275;ReadPosRankSum=-1.507;SC=CTCCTATTTTTCAATAATGAA;SOR=1.055;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=75;WE=186393380;WS=186393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,82:0.73:112
chr4	186423637	rs4635850	G	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=67;PP=2230;SC=CCACAGCACCGCTGTTGGGGA;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=186423645;WS=186423627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	186423677	rs10866276	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=46;PP=1533;SC=AAAAACCACAGAGCAAAAATA;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=186423685;WS=186423667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	186427841	rs2306705	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=37;PP=902;SC=CATCGTCAGGTGCTGGGAGGC;SOR=3.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=45;WE=186427849;WS=186427831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	186444698	rs4862543	A	C	261.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	186444704	rs4861669	C	T	231.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	186456617	rs4862545	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=104;PP=2965;SC=ACCGGGCTCTAAGTGTCCCCG;SOR=3.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=17;TCR=104;TR=121;WE=186456625;WS=186456607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	186528433	rs13144963	T	C	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=65;PP=1741;SC=GCCAGTTCCCTGGAGAGCTCC;SOR=1.140;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=186528441;WS=186528423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	186541367	rs72718122	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CAACCTGTTCCGCCATTTTCC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=17;WE=186541375;WS=186541357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr4	186544435	rs28528960	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=2.640;SC=TCTTAGGAGCCGAATTTTTTT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=58;WE=186544443;WS=186544425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr4	186545719	rs13119106	G	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=252;SC=AGAGAGGAGAGCATGTCAGTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=186545736;WS=186545709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	186545728	rs3841443	TA	T	248.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=279;SC=AGCATGTCAGTAAAGCATCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=186545736;WS=186545709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	186572791	rs4862557	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=16;PP=1340;SC=TTGTTATGCACGCTCTGAGAA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=186572799;WS=186572781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	186606175	rs55654028	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.69;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	186611551	rs6823677	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=184;SC=GGCTATAAGAGTGGGGCACAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=186611559;WS=186611541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	186611663	rs6823546	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=14;PP=815;SC=TTAGGGCCAACATGATTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=186611671;WS=186611653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	186997643	rs1568358	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=330;SC=TGGCATAAAACTATGAGTAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=186997651;WS=186997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	187004074	rs3775291	C	T	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1580;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTTACACATACTCAACCTAAC;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=101;WE=187004082;WS=187004064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,113:0.59:193
chr4	187004217	rs3775290	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AAAATATTTTCGAAATCTATC;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=76;WE=187004225;WS=187004207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,80:0.35:229
chr4	187005376	rs6830345	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=10;PP=219;SC=TTCAATTAAATTTCTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=187005384;WS=187005366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	187070919	.	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.515;SC=GAGTTGCTTCCTTATATTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=16;WE=187070927;WS=187070909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr4	187072887	rs2276916	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=1.172;SC=CATTTCTCAGAAAGGTAACAG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=187072895;WS=187072877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	187072932	rs2276914	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=11;PP=988;SC=CAAAGCCACCATCTTTTTACC;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=187072940;WS=187072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	187073000	rs2276913	A	G	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.95;NF=87;NR=57;PP=2418;SC=GCGTTGATCCAGAAGCCCGCA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=144;WE=187073008;WS=187072990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	187073030	rs2276912	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=97;NR=80;PP=2829;SC=CTTGCAGTGTTGTAACCAAGT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=177;WE=187073038;WS=187073020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	187074833	rs4862650	A	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=50;PP=1734;SC=GCCCACTGACAAAGGCGTCCA;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=187074841;WS=187074823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	187075474	rs6552958	G	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=0;PP=80;SC=TTTTAAGGACGTGAGTTTTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=187075482;WS=187075471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	187077027	rs55822915	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=1.622;SC=TAAAAAAGAACGATGCTGTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=187077035;WS=187077017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	187077206	rs4862653	A	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=GAAATGGCGCAAACTCGGACT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=169;WE=187077214;WS=187077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	187077393	rs7670550	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GTCCCTGTTCTTCGGCCCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=15;WE=187077401;WS=187077383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr4	187077437	rs13114283	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.472;SC=GACCTAGAACGTGACCAGTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=187077445;WS=187077427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	187078785	rs2276924	A	G	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=78;PP=2678;SC=CTCGTTCCACACGCTCACGCC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=158;WE=187078793;WS=187078775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	187078819	rs2276923	C	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GCCCCCCGTCCGGACACGCCG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=79;WE=187078827;WS=187078809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,89:0.68:131
chr4	187078866	rs2276922	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=207;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CGTCTGAACCCGCCCCAGGTC;SOR=0.506;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=18;WE=187078874;WS=187078856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr4	187078938	rs2276920	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=1.587;SC=TCAGTTTGTCGTTCTGTTAAA;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=187078946;WS=187078928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	187079017	rs1877321	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=670;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GGCTTTCCATGGTAACTTAAA;SOR=0.979;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=36;WE=187079025;WS=187079007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr4	187079047	rs2276919	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TCACAGTGTCACAATGCCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=24;WE=187079055;WS=187079037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr4	187093018	rs4241814	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr4	187115632	rs10013653	C	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=30;PP=1676;SC=GATTGAATTTCAAATTTGATG;SOR=1.496;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=97;WE=187115640;WS=187115622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	187115841	rs7682918	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=38;PP=1089;SC=ATCAATATAACGTGTCCTTAT;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=187115849;WS=187115831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	187118040	rs112367913	TTC	T	245.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	187118662	rs4862662	G	T	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=GAATTGAATGGTTGCTTCTCA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=187118670;WS=187118652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	187120211	rs13146272	C	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=59;PP=1872;SC=AAAGAGCCTTCAGATCCTACA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=187120219;WS=187120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	187122304	rs3817184	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=19;PP=1618;SC=TCATTCAAATCATACAGGTCA;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=187122312;WS=187122294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	187122319	rs3736455	T	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=23;PP=1721;SC=AGGTCATCGCTGAACGGGCCA;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=90;WE=187122327;WS=187122309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	187130198	rs2276918	A	G	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=63;PP=2965;SC=GAAACTTTCTAATGTCTACCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=165;WE=187130206;WS=187130188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	187149540	rs1912826	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=624;SC=TTCAGGACACGTGTCTATTTA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=187149548;WS=187149530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	187158034	rs3733402	G	A	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=71;PP=2965;SC=AGGTGCACCAGTAACATTCGC;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=105;TCR=71;TR=176;WE=187158042;WS=187158024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	187159282	rs4253256	G	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=737;SC=TAATAATGCAGACCCCTAACC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=187159290;WS=187159272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	187171355	rs4253299	A	G	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=58;SC=ATTTAGCCTCATGTCATTTCC;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=187171363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	187172280	rs2304595	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.57;NF=13;NR=5;PP=309;SC=AATTTGCTGCGTTGCTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=187172288;WS=187172270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	187172353	rs4253300	C	CT	540.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.452;NF=7;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TTCTCTCTTGCTTTTTTTTAA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=13;WE=187172361;WS=187172343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr4	187175722	rs2292423	T	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=434;SC=TTCAAACAGGTATTTATTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=187175730;WS=187175712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	187177387	rs151321840	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ATTTATTCAGTTATTCTTAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=187177395;WS=187177377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	187178599	rs4253326	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=275;SC=TAGCATAATTCAATCATAGTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	187178613	rs4253327	A	T	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=116;SC=CATAGTTTTTAAAAAAATTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	187179210	rs925453	T	C	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=53;PP=1959;SC=GCAAACACAATGGAATGTGGC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=123;WE=187179218;WS=187179200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	187511861	rs1973352	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGAAAACACAGAATTTCCTTA;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=48;WE=187511869;WS=187511851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr4	187513623	rs3836618	TA	T	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.693;NF=15;NR=1;PP=528;ReadPosRankSum=-0.591;SC=AGATCTCATGTAAATCACTAT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=16;WE=187513631;WS=187513614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
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chr4	187527472	rs2584344	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=823;SC=CCAGTGAGCTACCACTATCTG;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=187527480;WS=187527462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	187530313	rs4862722	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=17;PP=1298;SC=TTGTAAACAACGTAAATCAAC;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=187530321;WS=187530303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	187534363	rs2249916	G	A	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=61;PP=2883;SC=ATTCGGGGGCGTTATCGTTCA;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=157;WE=187534383;WS=187534353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	187534375	rs2249917	A	G	7766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=70;PP=2908;SC=TATCGTTCACATCTTCTAGCG;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=172;WE=187534383;WS=187534353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	187534542	rs2249926	T	C	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=79;PP=2762;SC=AAGACGTGACTTGCAGTTGTA;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=138;WE=187534550;WS=187534532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	187535588	rs56242383	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=0.751;SC=TCATTCATCTTTGACCACAGA;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=187535596;WS=187535578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	187538133	rs1280100	A	G	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=46;PP=2256;SC=TTCATAACACACAAATGTAAG;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=128;WE=187538141;WS=187538123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	187538330	rs1280099	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1107;SC=TAGTTTCAACGGCAAACTGTC;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=187538338;WS=187538320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	187538942	rs1280098	T	A,G	3081.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=24,48;NR=16,30;PP=478,1291;SC=CACCCCACCTTGGGGGTCATC;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=40,78;WE=187538950;WS=187538932;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.66:126
chr4	187557893	rs328418	T	C	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=119;PP=2965;SC=GGCTATGACGTGATAGAGCGG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=97;TCR=119;TR=216;WE=187557901;WS=187557883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	187561080	rs10001377	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.842;SC=TGGATTACTTAAGGTCAGGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=187561088;WS=187561070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	187584771	rs172903	C	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=531;ReadPosRankSum=1.265;SC=ATGACACCTACAGAGAAAAAA;SOR=1.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=44;WE=187584779;WS=187584761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,46:0.28:165
chr4	187627792	rs11939575	T	C	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=121;PP=2965;SC=CCATCTCTTCTGGCGTCCTCA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=240;WE=187627800;WS=187627782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	187628398	rs1877731	C	G	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=56;PP=2965;SC=GTGTCTGTAACAATTGAGTAC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=137;WE=187628406;WS=187628388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	187629140	rs367863	G	C	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=103;PP=2965;SC=TTAAACTAAAGAAATCCAGTT;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=90;TCR=103;TR=193;WE=187629148;WS=187629130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	187629497	rs458021	G	A	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=96;PP=2965;SC=TCACGTACCCGTTCTCACCCT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=199;WE=187629505;WS=187629487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	187629538	rs3733413	C	T	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=AGGCTCATGACAGTAGTACCA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=184;WE=187629546;WS=187629528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	187629770	rs3733414	A	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=84;PP=2965;SC=TTCCAGGTGTACTTTTAAAAA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=164;WE=187629778;WS=187629760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	189060610	rs11934889	G	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=256;SC=AACAACATAGGAACAGGTCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=189060618;WS=189060600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	189061036	rs76826594	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1231;ReadPosRankSum=0.222;SC=TCTCCGATGACGAGCAGGGTG;SOR=0.713;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=74;WE=189061044;WS=189061026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr4	189061106	rs13131525	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=532;ReadPosRankSum=0.934;SC=CAGCGAGGCTGAGGAGCATCA;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=46;WE=189061114;WS=189061096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr4	189061169	rs56361162	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=0.930;SC=CAGCTAACTCCGTTAGCTTTC;SOR=1.005;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=33;WE=189061177;WS=189061159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr4	189061223	rs13131409	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=1.198;SC=TCACGAGGGCCCATCTGAGCA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=189061231;WS=189061213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	189061604	rs56412251	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.635;NF=21;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=0.579;SC=CCTAGGACTGCGCAGTTACTG;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=27;WE=189061612;WS=189061594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr4	189061675	rs113738610	A	AT	2742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.737;NF=28;NR=24;PP=1993;ReadPosRankSum=1.550;SC=GTTTGTTTCTATTGCAGGAGA;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=52;WE=189061683;WS=189061665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,92:0.66:140
chr4	189061855	rs138341929	G	GA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=182;ReadPosRankSum=0.329;SC=GAAATATCAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=14;WE=189061863;WS=189061845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr4	189063340	rs181515164	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.469;SC=GACAAGGGCATTTCTCTTACT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=6;WE=189063348;WS=189063330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	189063361	rs142330916	CGTGTGTGT	C,CGTGTGTGTGTGT	386.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,5:0.56,0.31:16
chr4	189064828	rs9784562	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=721;ReadPosRankSum=2.140;SC=AGCACATCCCTGGAAGAAACT;SOR=1.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=37;WE=189064836;WS=189064818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr4	189064952	rs28463290	C	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=783;ReadPosRankSum=0.907;SC=GTGTTATGATCAAAGCGCACC;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=71;WE=189064960;WS=189064942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,77:0.32:243
chr4	189065104	rs9784566	T	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=838;SC=TCTGCGCTGTTGCTGGGGGAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=189065112;WS=189065094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	189065441	rs11940227	G	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=95;SC=GCCACAGACCGTCTCTGAGCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=189065449;WS=189065425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	190328957	rs67780838	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AAGATTCTAACTTGTGTATTT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=190328965;WS=190328947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	190329166	rs10622647	G	GCA	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.473;NF=0;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-1.200;SC=ACATGCACGTGCACACACACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=190329174;WS=190329156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	190394938	rs147390696	CAAG	C	1369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.381;NF=13;NR=7;PP=946;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AGGATGGTGACAAGAAGAAGA;SOR=1.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=20;WE=190394948;WS=190394928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr4	190862083	rs1138726	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=481;ReadPosRankSum=0.619;SC=CGCTTCTGTTTCTCCGCGCCC;SOR=0.769;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=30;WE=190862091;WS=190862073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr4	190862155	rs4145515	T	G	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1250;ReadPosRankSum=0.613;SC=CGCAGAAGTTTCCCGGAGCCA;SOR=0.572;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=240;TCF=136;TCR=104;TR=97;WE=190862163;WS=190862145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,99:0.39:256
chr4	190862182	rs2411530	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1304;ReadPosRankSum=0.378;SC=AGTACTCCTACGTGAAGTCTA;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=138;TCR=123;TR=109;WE=190862190;WS=190862172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,110:0.40:273
chr4	190862287	rs4145517	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.383;NF=10;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=1.138;SC=TCCACCCCCGCAACTCCGGTG;SOR=0.200;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=33;WE=190862295;WS=190862277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr4	190863027	rs143055454	T	C	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.348;NF=52;NR=42;PP=1024;ReadPosRankSum=0.349;SC=TATTTCCTCCTGGTCTCCGTG;SOR=0.545;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=94;WE=190863035;WS=190863017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,103:0.47:218
chr4	190863127	rs6837422	C	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=424;ReadPosRankSum=0.923;SC=CTCGAGGAGTCTGGCCTCATG;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=24;WE=190863135;WS=190863117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr4	190876195	rs7684300	C	T	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=9.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-1.892;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,147:0.43:338
chr4	190876242	rs1061653	G	A	4316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=8.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=-16.455;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,180:0.43:418
chr4	190876256	rs140599307	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=10.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQRankSum=-5.411;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,61:0.15:403
chr4	190876278	rs199978807	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=21.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-2.734;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.427;SOR=1.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,52:0.16:331
chr4	190876293	rs201142987	C	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=16.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQRankSum=-1.505;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.322;SOR=1.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,50:0.17:289
chr4	190876319	rs77450681	A	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.816;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.988;NF=18;NR=87;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AAGTGCTGTTATTGTTTATAA;SOR=0.172;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=218;TCF=27;TCR=191;TR=105;WE=190876330;WS=190876283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,82:0.45:181
chr4	190876349	rs199599460	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.984;NF=0;NR=33;PP=572;ReadPosRankSum=0.589;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=1.357;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=2;TCR=92;TR=33;WE=190876357;WS=190876339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr4	190878452	rs372664630	TG	CA	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.71;MQRankSum=-2.882;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,11:0.12:93
chr4	190878463	rs62345288	T	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.92;MQRankSum=-5.379;QD=8.96;ReadPosRankSum=2.461;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
chr4	190878472	rs12641802	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQRankSum=1.377;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,31:0.24:129
chr4	190878485	rs62345289	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=7.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQRankSum=-5.794;QD=6.57;ReadPosRankSum=4.410;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,36:0.25:142
chr4	190878506	rs12643923	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=26.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQRankSum=-9.445;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.796;SOR=2.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr4	190878538	rs34697501	A	AT	2058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.11;MQRankSum=-11.023;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,82:0.46:178
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chr4	190878571	.	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=11.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQRankSum=-1.443;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=1.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,50:0.12:411
chr4	190878596	.	G	A	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DP=777;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQRankSum=-2.065;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.325;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:659,118:0.15:777
chr4	190878597	rs62345290	C	T	7632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.219;NF=225;NR=262;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.087;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.598;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=984;TCF=496;TCR=488;TR=487;WE=190878605;WS=190878587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,351:0.45:783
chr4	190878599	.	A	G	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DP=813;ExcessHet=3.0103;FS=2.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.85;MQRankSum=-2.201;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:687,126:0.15:813
chr4	190878608	.	G	A	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DP=949;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQRankSum=-2.300;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:795,154:0.16:949
chr4	190878654	rs78653319	C	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1065;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQRankSum=-0.703;QD=1.46;ReadPosRankSum=2.009;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:876,189:0.18:1065
chr4	190878661	rs62345291	A	T	6317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.004;NF=229;NR=288;PP=2962;ReadPosRankSum=0.975;SC=GATCAAGGTAATGATGACATT;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1314;TCF=593;TCR=721;TR=517;WE=190878669;WS=190878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:676,380:0.36:1056
chr4	190878729	rs201450141	A	G	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=65.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=-11.747;QD=13.15;ReadPosRankSum=-6.786;SOR=5.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,66:0.38:174
chr4	190878731	rs201154783	GG	CA	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=67.921;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQRankSum=-11.853;QD=14.10;ReadPosRankSum=-6.418;SOR=6.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,57:0.35:162
chr4	190878742	rs2293865	G	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=1.003;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr4	190884225	rs150701093	T	TTTC	1997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.586;NF=16;NR=12;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.195;SC=ATAGATTAATTTTATTTTTCT;SOR=0.530;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=28;WE=190884233;WS=190884215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr4	190903938	rs2898750	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.285;NF=24;NR=37;PP=1905;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCTGTTTTTACGTTGTTGGGG;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=61;WE=190903958;WS=190903928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr4	190903950	rs2411551	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.469;NF=18;NR=32;PP=1905;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TTGTTGGGGAACCAGTCAGCA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=50;WE=190903958;WS=190903928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr4	190947451	rs140385360	C	T	5470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.84;MQRankSum=-8.428;QD=18.67;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,233:0.80:293
chr5	163205	rs3810870	G	C	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=158;PP=2965;SC=GGGAACCTGCGCAACCACTGT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=192;TCR=158;TR=350;WE=163213;WS=163195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr5	163260	rs29674	A	C	9504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=150;PP=2965;SC=GGACGGGGAGACCCTGCGCCC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=173;TCR=152;TR=322;WE=163268;WS=163250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr5	163769	rs29675	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=28;PP=794;SC=AAGTAAATCCGCAGACATCCC;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=163777;WS=163759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	169361	rs13159868	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=334;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CTCATCCCTCCGGGTTTTCAT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=169369;WS=169351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr5	169763	rs1108868	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=-1.106;SC=AGCCGGTGTCAGAGAGGCGGG;SOR=0.045;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=26;WE=169771;WS=169753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr5	171569	rs4956981	T	C	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1537;ReadPosRankSum=0.132;SC=CGTAAGTGCCTCAGACGCTGG;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=103;WE=171577;WS=171559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,117:0.64:182
chr5	171643	rs13171103	C	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CAGCAGCACACTTTTCTTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=41;WE=171651;WS=171633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr5	172971	rs6868964	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=562;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CACAGACGCCGGATTTTCTTG;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=36;WE=172979;WS=172961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr5	173200	rs6885136	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.245;SC=CCGCCCGGTCCGATTGGGTGC;SOR=0.915;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=69;WE=173208;WS=173190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr5	173258	rs6893369	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=1.869;SC=TGTCTCACCTAAGGCCAGCAG;SOR=1.928;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=20;WE=173266;WS=173248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr5	174106	rs4956987	G	A	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.415;SC=CGCAGGCGGCGGAAATCTCAG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=134;TCR=158;TR=193;WE=174114;WS=174096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,201:0.67:301
chr5	174240	rs6875054	GC	AA	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=815;ReadPosRankSum=0.020;SC=CGCAGGGCCTGCCAGGCTCAG;SOR=0.357;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=20;WE=174249;WS=174230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr5	174267	rs6862729	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-2.154;SC=AGCTAGGGGCAGGGGTCGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=174275;WS=174257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	181565	rs185083306	C	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=927;ReadPosRankSum=0.580;SC=GGGTACCGGGCGTCTTTGGGG;SOR=0.438;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=52;WE=181573;WS=181555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
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chr5	181730	rs12519352	C	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1227;ReadPosRankSum=0.566;SC=GATAAGCGACCGGGCTCCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=85;WE=181738;WS=181720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr5	181762	rs11133847	A	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=697;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TGAGCGACCGAGTCCCCGACA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=50;WE=181770;WS=181752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr5	182077	rs4956924	T	A	6706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GCTGCACTTCTGGAGCGGAAG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=487;TCF=278;TCR=209;TR=293;WE=182085;WS=182067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,298:0.60:498
chr5	195507	rs13167067	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1196;ReadPosRankSum=0.152;SC=TGCATTTCAGCCTGCAGGTGC;SOR=1.151;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=61;WE=195515;WS=195497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,64:0.57:112
chr5	205360	rs10059907	G	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr5	205565	rs10060089	G	A	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=82;PP=2102;ReadPosRankSum=0.161;SC=GAAATATGTCGGTGAGACCGG;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=450;TCF=201;TCR=249;TR=154;WE=205573;WS=205555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,157:0.34:466
chr5	218356	rs2303741	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	218381	rs3214561	T	TC	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=2.126;SC=AGGCGCGGTATCCCCCCTCCC;SOR=0.307;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=3;WE=218389;WS=218371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr5	220433	rs56035544	T	TG	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CAATAGTTACTGGTTAACTGC;SOR=0.749;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=12;WE=220441;WS=220423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr5	223807	rs3213839	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.691;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GTATCCAATGCATGCTGAAAT;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=223815;WS=223797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	224418	rs7732389	T	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-1.922;QD=3.43;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	224633	rs1139424	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.040;NF=5;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CTGTTGCAGCACAGGTAAGAG;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=224641;WS=224623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	224692	rs7705721	G	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.020;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GCGCAGCCTCGCACTTTCTAC;SOR=0.836;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=4;WE=224700;WS=224682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	225768	rs12520059	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=658;ReadPosRankSum=1.397;SC=GGCGGATGTGGCAGCCAAAAG;SOR=0.278;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=20;WE=225782;WS=225758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr5	225774	rs61492827	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=306;ReadPosRankSum=2.059;SC=TGTGGCAGCCAAAAGAATGGT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=5;WE=225782;WS=225758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr5	225796	rs56342538	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATGAGCAAAGTTCACAAGAAG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=225804;WS=225786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	226160	rs6555055	A	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-3.088;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,33:0.24:137
chr5	226222	rs6555056	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-3.559;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr5	226264	rs6555057	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.644;NF=2;NR=8;PP=93;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CCAGAGATTACGTAAAAAGCA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=10;WE=226272;WS=226254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr5	228362	rs2115272	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.585;NF=30;NR=18;PP=588;ReadPosRankSum=0.748;SC=TGATGGAGAATGGGGAGTGCC;SOR=0.667;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=48;WE=228370;WS=228352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,51:0.35:146
chr5	230822	rs10069197	G	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.296;QD=14.03;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr5	230828	rs10074958	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.295;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr5	230980	rs2288461	A	G	8146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=131;PP=2965;SC=ACTGCTCTCTATTGTTTCCAG;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=153;TCR=131;TR=284;WE=230988;WS=230970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	231111	rs1126417	T	C	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=119;PP=2965;SC=AGTTCCACCCTACAGGTAGGG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=110;TCR=119;TR=229;WE=231119;WS=231101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	233572	rs7710005	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.399;NF=34;NR=5;PP=713;ReadPosRankSum=0.957;SC=TAGGTAATAAATATGTGTGGT;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=98;TCR=14;TR=39;WE=233580;WS=233562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr5	233734	rs1041949	C	G	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.520;NF=67;NR=83;PP=1997;ReadPosRankSum=1.738;SC=TGTCTCGGTCCATGACTCTGG;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=437;TCF=189;TCR=248;TR=150;WE=233742;WS=233724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,152:0.33:464
chr5	235548	rs10060259	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=665;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CAGGAAAAGATAGATGTTTCC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=57;TCR=114;TR=52;WE=235556;WS=235538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,54:0.29:184
chr5	235608	rs10058428	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=0.567;SC=AATTTCTATTACCGGAGGATG;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=19;WE=235616;WS=235598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
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chr5	251541	rs77210621	A	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.587;NF=43;NR=28;PP=869;ReadPosRankSum=0.889;SC=GAGCAGAGGCACGGAAGGAGT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=71;WE=251549;WS=251531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,70:0.33:214
chr5	251703	rs111797600	TG	T	4936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-13.834;NF=14;NR=73;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.159;SC=ATCCAAAAAATGCCTTTTTCC;SOR=0.738;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=295;TCF=44;TCR=251;TR=87;WE=251715;WS=251693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,146:0.32:451
chr5	251707	.	T	C	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-14.121;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,141:0.32:437
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chr5	256434	rs372662724	ACT	A	1878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-21.856;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,82:0.16:504
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chr5	256509	rs6962	G	A	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.874;NF=54;NR=71;PP=1358;ReadPosRankSum=1.084;SC=CTGTGCCACCGTCCCGCCAGC;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=423;TCF=180;TCR=243;TR=125;WE=256522;WS=256499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,129:0.31:419
chr5	256514	rs1042446	G	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=3.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-17.159;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.782;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,65:0.17:373
chr5	256548	rs1042476	TG	CA	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=20.107;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-10.976;QD=1.86;ReadPosRankSum=-3.659;SOR=3.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,22:0.11:197
chr5	271787	rs201738611	A	C	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;ReadPosRankSum=0.587;SC=TCGGCCTGAGAGGTCTCTCGT;SOR=0.607;Source=Platypus;TCF=189;WE=271795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,167:0.36:465
chr5	271857	rs147793210	CCCGGCCCTGGGG	C	1668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=2963;ReadPosRankSum=0.388;SC=CTCTTACCGCCCCGGCCCTGG;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=3;TCR=101;TR=29;WE=271876;WS=271847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr5	311478	rs2244029	T	C	8375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GGGGGCAGATTGCCTTCGACG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=577;TCF=228;TCR=349;TR=380;WE=311486;WS=311468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,391:0.66:593
chr5	314011	rs4957018	G	A	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=67;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCCTGTTTCAGGAGTGTAGGT;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=130;WE=314019;WS=314001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,129:0.62:209
chr5	344218	rs6887387	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=1167;ReadPosRankSum=0.091;SC=GGCTGAGCTCCGGCGCGGGCG;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=64;WE=344226;WS=344208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr5	354051	rs2013782	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=920;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGCTCCCACCTGTTCACTTGA;SOR=0.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=69;WE=354059;WS=354041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr5	422955	rs2292596	C	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=111;PP=2965;SC=GTTTGGGCAGCCCCCGCCCTT;SOR=1.369;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=64;TCR=111;TR=175;WE=422963;WS=422945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	433952	rs2672724	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=693;SC=AAATGGGCCCCGTCTTTTCTC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=433960;WS=433942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	434981	rs2672725	G	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=25;PP=882;SC=TCAGATCTGTGTGTCTACGCT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=434989;WS=434971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	435055	rs2672779	G	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=294;SC=TAAGACACACGCTTTGCAGAG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=435063;WS=435045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	453567	rs2672722	G	A	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=113;PP=2965;SC=TGGACCTGGAGTGCTCCCGGG;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=143;TCR=114;TR=255;WE=453575;WS=453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	456915	rs2721010	A	G	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=58;PP=2965;SC=GTGGACATTCATGTGTCAAGT;SOR=1.386;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=113;TCR=58;TR=171;WE=456923;WS=456905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	457955	rs2251843	A	G	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=44;PP=2383;SC=GGTAATTGGCATGACCCTCAG;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=133;WE=457963;WS=457945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	462465	rs890972	C	A	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GGGCCGAAGCCCAGTGCTTCC;SOR=1.189;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=62;TCR=102;TR=163;WE=462473;WS=462455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr5	462556	rs2081942	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=844;SC=TTGCATTCCGGTCAGATCGCT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=462564;WS=462546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	465510	rs1035908	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=11;PP=233;SC=GGGGGGAGCCTGGGTCCAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=465518;WS=465500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	465838	rs13162508	C	T	4528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCCAGGGTTTCGGGGAAGACG;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=176;TCR=110;TR=192;WE=465860;WS=465828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,200:0.68:294
chr5	466075	rs10474780	G	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=38;PP=926;SC=CCTGCAGCACGGCAAGGGTTC;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=466083;WS=466065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	466811	rs2434697	T	C	7578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=85;PP=2965;SC=GGCTGCTAAGTGGGCATGGGC;SOR=1.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=181;TCR=85;TR=265;WE=466819;WS=466801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	472951	rs890974	T	C	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=CGGGGCTCGGTTGGGGGGGCC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=168;WE=472959;WS=472941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	473368	rs34674918	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=10;PP=552;SC=GGGCGAGGCGGGGCTCGGGGC;SOR=1.432;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=473376;WS=473358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	474945	.	AG	A	722	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=29;MQ=59.3;NF=11;NR=8;PP=722;QD=39.5789473684;SC=GGAGACCTGGAGGGAGAGGAG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=19;WE=474953;WS=474935;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr5	474974	rs2721018	C	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=948;SC=AGGGGTTAGGCGGCGGGAGGC;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=474982;WS=474964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	475104	rs2247114	A	G	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=55;PP=2689;SC=ATCAGGCGGCAGAAGGTGCCG;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=139;WE=475112;WS=475094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	475346	rs2247107	A	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=1023;SC=TTGGAAAGTTAGGGTCACCGG;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=475354;WS=475336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	476530	rs2244240	C	G	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=86;PP=2791;SC=GCTGTGCCCACCGCCGGACAT;SOR=1.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=129;WE=476538;WS=476520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	476848	rs890976	C	T	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1614;SC=CTTGCGCGCCCCTCGCCTTCC;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=476856;WS=476838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	476910	rs890977	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=605;SC=CGCCTTCCCATGGTGGGCACC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=476918;WS=476900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	477303	rs890980	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=9;PP=1868;SC=GGGCTTGTGGAAGGAGACACC;SOR=3.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=73;WE=477311;WS=477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	477639	rs890981	G	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=598;SC=GGGGGGAAGCGCCCAGAGCTC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=477647;WS=477629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	478571	.	TG	T	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=11;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=11;NR=5;PP=255;QD=17.25;SC=TGCCGTGGGGTGGGGGGGCGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=478589;WS=478563;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,16:1.00:16
chr5	478574	rs3832380	GGGGGCGCA	G	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=633;ReadPosRankSum=0.606;SC=CGTGGGGTGGGGGGGCGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=478589;WS=478563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	478598	rs3734140	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=1236;ReadPosRankSum=-1.786;SC=AGAAAGCAGCCGCCCTGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=21;WE=478606;WS=478588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr5	478655	rs3734141	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=14;PP=1105;SC=CCAGGTGTGGGGACCCCCGCT;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=478663;WS=478645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	479879	rs376525752	G	GC	1488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=2;PP=1691;SC=TCTCCTCACTGCCCCATGGCA;SOR=5.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=43;WE=479887;WS=479870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	479905	rs890986	A	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=13;PP=1584;SC=AGCCAGTGCCAGAGCCTGCTG;SOR=2.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=68;WE=479913;WS=479895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	481610	rs6872510	T	C	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=74;PP=2965;SC=TGGCTTCTGGTTCTTCCGAGT;SOR=1.254;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=123;TCR=75;TR=197;WE=481618;WS=481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	482186	rs9885312	C	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=17;PP=1513;SC=CACTTACGCGCCCGTGCAGCT;SOR=1.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=482194;WS=482176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	482653	rs3777230	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=37;PP=2672;SC=CTGGCTGGGCTGGGCCTCACC;SOR=1.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=100;TCR=37;TR=137;WE=482661;WS=482643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	483352	rs34562440	C	T	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=37;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GGTGGTCCCACGGCCGCAACC;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=113;WE=483360;WS=483342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,112:0.78:143
chr5	483652	rs191058739	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=0.222;SC=GCCCGAGGCCCCCGTGTCCGC;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=42;WE=483660;WS=483642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr5	488310	rs2303737	C	T	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=5;PP=2832;SC=GGGACGCCCCCGGGAGGGGAG;SOR=5.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=93;TCR=5;TR=98;WE=488318;WS=488302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	491826	rs11746373	G	C	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=24;PP=2322;SC=ATGAGGCAGCGCCGCCCCTCC;SOR=2.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=106;WE=491834;WS=491816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	619022	rs1617985	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GTTTCTACTCCATATCCAACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=619030;WS=619012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr5	634130	rs1709550	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.737;SC=TCGTTACTGGGCTTGGAGTCC;SOR=0.184;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=634138;WS=634120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr5	647816	rs1697976	T	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=1.685;SC=ATATTCTTTTTCTGGTAACCA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=16;WE=647824;WS=647806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr5	653343	rs2458815	T	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1925;ReadPosRankSum=0.679;SC=TACTTCTTTATTGAGTGTACT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=107;WE=653351;WS=653333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,117:0.70:167
chr5	665280	rs1697963	T	C	5262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=109;PP=2850;ReadPosRankSum=-2.934;SC=ACACATAGCCTGACTCGTCCA;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=384;TCF=216;TCR=168;TR=242;WE=665288;WS=665270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,253:0.64:396
chr5	666323	rs1697964	A	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=54;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.747;SC=AGAGCTGGACAGCCATGGCCC;SOR=0.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=64;WE=666331;WS=666313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr5	678062	rs450628	A	G	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=81;PP=1984;ReadPosRankSum=-2.221;SC=CCCCCTCACCAGCACCCTCCG;SOR=0.938;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=245;TCF=89;TCR=156;TR=121;WE=678070;WS=678052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,131:0.49:268
chr5	711982	.	T	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=53.78;NF=92;NR=200;PP=2965;QD=20;SC=CATTTCCCAGTACTATGCTCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=307;TCF=93;TCR=214;TR=292;WE=711990;WS=711972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,292:0.95:307
chr5	712030	rs62622378	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.10;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	712035	rs111978121	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	712045	.	C	CTCT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	712054	rs112428723	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	741736	rs61128505	G	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.37;QD=27.28;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	745275	rs436541	A	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	745306	rs172870	A	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=14.393;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.53;MQRankSum=-3.510;QD=29.94;ReadPosRankSum=2.183;SOR=7.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr5	745371	rs62332112	C	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.530;NF=92;NR=58;PP=2097;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CTCTTCTTTGCGGGTATTAAT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=246;TCR=156;TR=150;WE=745379;WS=745361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,136:0.38:354
chr5	748477	rs3817066	A	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.17;QD=45.01;SOR=4.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	748482	rs3817065	G	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.23;QD=42.66;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	756307	rs367198	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.27;QD=21.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	766910	rs1809933	C	T	11832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;PP=2965;SC=AGTCACCACCCGGAAGTAGTG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=200;WE=766918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr5	767033	rs1809932	A	C	7293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=129;PP=2965;SC=GCGGGTGTCCATCTGCAGGAC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=251;WE=767041;WS=767023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	796047	rs33929417	CTG	C	37523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=44.88;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,836:1.00:836
chr5	796053	.	GCT	G	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=58.62;NF=173;NR=487;PP=2966;QD=20;SC=AGTACTGTGTGCTCCCATTTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=688;TCF=181;TCR=507;TR=660;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,660:0.96:688
chr5	796064	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=58.82;NF=327;NR=284;PP=2962;QD=20;SC=CTCCCATTTCTCAGTACTGTA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=1132;TCF=589;TCR=543;TR=611;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:521,611:0.54:1132
chr5	796064	rs144616948	T	TCAGTACTGTATGCCCATTTCC	46758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=53.32;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,877:1.00:877
chr5	796221	rs111848851	G	A	20596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1350;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-18.039;QD=15.29;ReadPosRankSum=3.346;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:793,554:0.41:1347
chr5	796223	rs373490497	GCCC	G	20872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.635;NF=55;NR=222;PP=2966;ReadPosRankSum=3.025;SC=AGTGCTGTGAGCCCCCATTTC;SOR=0.554;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=866;TCF=179;TCR=687;TR=277;WE=796237;WS=796211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:798,550:0.41:1348
chr5	796229	rs200391461	A	G	22080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1346;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-17.673;QD=16.44;ReadPosRankSum=3.035;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:787,556:0.41:1343
chr5	796272	rs199930059	T	A	16701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1127;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-19.739;QD=14.83;ReadPosRankSum=2.051;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:689,437:0.39:1126
chr5	796277	rs386219	T	C	15753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1082;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-19.443;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.929;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:667,414:0.38:1081
chr5	796297	rs365674	C	T	12833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-17.845;NF=157;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CTCCCATTTCCCAGTACTGTG;SOR=0.840;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=962;TCF=387;TCR=575;TR=380;WE=796305;WS=796287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:564,338:0.37:902
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chr5	824228	rs71593352	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=48;PP=1752;ReadPosRankSum=0.889;SC=CAGGGAAGGAGAACACACCTG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=119;WE=824236;WS=824218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,123:0.64:191
chr5	834075	rs1260864	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=30.90;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr5	840506	rs7701283	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-12.846;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.642;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,76:0.19:404
chr5	843702	rs3863147	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.573;NF=39;NR=23;PP=817;ReadPosRankSum=0.006;SC=CCTTGAGAGCGGCGGCCACGT;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=106;TCR=58;TR=62;WE=843710;WS=843692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,58:0.37:157
chr5	843723	rs3863148	C	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.113;NF=53;NR=38;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACCTTCATACCTGGGGTCCGT;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=245;TCF=145;TCR=100;TR=91;WE=843731;WS=843713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,86:0.37:234
chr5	870740	rs13153992	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=956;ReadPosRankSum=1.125;SC=AAACGAAAAACGAAATGTTAC;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=61;WE=870748;WS=870730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr5	878525	rs508016	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=14.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-14.896;QD=0.46;ReadPosRankSum=4.179;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,40:0.14:279
chr5	893356	rs13181961	C	G	5744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=1.135;SC=CACAGGCCGCCGGGCCCCGAC;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=358;TCF=152;TCR=206;TR=254;WE=893364;WS=893346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,258:0.71:365
chr5	904374	rs12518024	T	G	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,128:0.70:184
chr5	914835	.	CGT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=1.931;SC=CATGTACACACGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=3;WE=914844;WS=914825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	981019	rs10065177	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CAGAAGCTGATTGCTTTTAAA;SOR=1.999;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=12;WE=981027;WS=981009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr5	1009425	rs10060716	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=968;SC=TGGAGCCAGCAGTGGGGGGAC;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=1009433;WS=1009415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	1009566	.	G	A	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2253;ReadPosRankSum=0.119;SC=CTCGGTGCGGGTTTCCCGCGC;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=154;WE=1009574;WS=1009556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,167:0.74:226
chr5	1034246	rs4975576	A	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=307;SC=CCTAGCTGGCATGAGGGACCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=1034254;WS=1034244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	1035399	rs147352169	T	TAATG	6201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=34;PP=2983;SC=ACCAGTGAGTTAATGAATGAA;SOR=1.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=73;WE=1035407;WS=1035389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	1035482	rs12657514	A	G	7953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=136;PP=2965;SC=GGGAGTGAGTAATGGCAGGAC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=138;TCR=136;TR=274;WE=1035490;WS=1035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr5	1036900	rs34309815	C	T	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	1036962	rs34413936	C	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=47;PP=1416;SC=CAGACAGTGTCGACAGCAGGC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=69;WE=1036970;WS=1036952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	1038526	rs3889678	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=42;PP=2108;SC=AGCACACCACAGCCCGCGACC;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=124;WE=1038534;WS=1038516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	1052360	rs3810854	C	T	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=37;PP=1805;SC=GCAGCTTGGGCGGCATCACTG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=103;WE=1052368;WS=1052350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	1052735	rs4046186	GGAGCA	G	1803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=1555;SC=CAGGCGGGGAGGAGCAGGGCA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=30;WE=1052747;WS=1052725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	1057615	rs2241606	A	G	5071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.159;SC=CTTTGAAACCAGATAGGCTGG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=347;TCF=187;TCR=160;TR=229;WE=1057623;WS=1057605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,235:0.66:358
chr5	1057782	rs12108965	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=57;PP=1399;SC=GCCCGGGACTTGGTGAGACCA;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=1057790;WS=1057772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	1060400	rs4975568	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=0;PP=1029;SC=GAAAAGACTCGGCGAAGTCGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=1060408;WS=1060390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	1060634	rs4246750	C	T	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=118;PP=2965;SC=AACACCAGCCCGGTACCCAGA;SOR=1.173;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=77;TCR=120;TR=195;WE=1060642;WS=1060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	1060654	rs4246749	G	A	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=102;PP=2965;SC=AGACCGAGCCGCCCTGAGCGG;SOR=1.521;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=155;WE=1060662;WS=1060644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	1060685	rs2241608	G	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=64;PP=1819;SC=CACGCGTCCCGGGCCCCACAG;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=1060693;WS=1060675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	1063187	rs6863419	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=466;SC=GCCCACCAGATCCCCAGGATC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=1063195;WS=1063177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	1065290	rs4362981	A	G	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=26;PP=2721;SC=GGACAGTGAGAGGACAGCGAG;SOR=2.430;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=113;WE=1065327;WS=1065280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	1065298	rs55643147	GAGGGGACACTGAGGAGACACAC	G	6119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=22;PP=2974;SC=AGAGGACAGCGAGGGGACACT;SOR=2.551;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=63;WE=1065327;WS=1065280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	1065399	rs737154	C	T	9732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=199;NR=154;PP=2965;SC=CATGCCTACCCACAAAGTTCT;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=199;TCR=154;TR=353;WE=1065421;WS=1065389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr5	1065683	rs56078134	A	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=2.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	1065689	rs13186367	C	T	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	1073689	rs10780095	C	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=9;PP=1690;SC=TGCCAGGGCACGTTTCCTGTG;SOR=3.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=70;WE=1073697;WS=1073679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	1074560	rs12523242	A	C	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=57;PP=2965;SC=TTCACACCCCAGACCTTGCCT;SOR=1.459;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=118;TCR=59;TR=174;WE=1074568;WS=1074550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	1074818	rs41280366	C	T	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=1782;ReadPosRankSum=1.121;SC=TTTGTCCAGCCGCGTACCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=96;TCR=116;TR=122;WE=1074826;WS=1074808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,129:0.59:219
chr5	1074921	rs7714914	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=29;PP=844;SC=TGAGGAGGGAGGCCTCCATGC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=1074929;WS=1074911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	1076459	rs11952124	G	T	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=90;PP=2638;SC=CCTGCGCCTTGTCTCCCCATG;SOR=1.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=35;TCR=90;TR=125;WE=1076467;WS=1076449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	1076519	.	TCAGGTTCCAGC	T	424	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=58.11;NF=0;NR=25;PP=424;QD=18.0;SC=TCAGGCCCCCTCAGGTTCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=1076537;WS=1076509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,25:0.96:26
chr5	1076521	.	A	ATCCTGTGACCACCT	2165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=2971;SC=AGGCCCCCTCAGGTTCCAGCC;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=25;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	1076524	.	T	TCCA	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	1076526	.	C	CCTGTGACCA,CATCCTGTGACCA	1580.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=2897;SC=CCCTCAGGTTCCAGCCATCCT;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:33
chr5	1078124	rs200032397	T	TGCAG	3523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.527;NF=11;NR=62;PP=2970;ReadPosRankSum=1.739;SC=TCCCCGAACCTGCAGGCAGGC;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=21;TCR=125;TR=73;WE=1078132;WS=1078114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,149:0.68:218
chr5	1078898	rs4975564	A	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=103;PP=2965;SC=AAGGAAAGGCAGGTCCGTGGG;SOR=2.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=38;TCR=104;TR=141;WE=1078906;WS=1078888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	1081767	rs4526148	C	T	12038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=0.902;SC=TAGGGCAGTGCGCTGGCACGG;SOR=0.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=444;TCF=203;TCR=241;TR=443;WE=1081775;WS=1081757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,449:1.00:450
chr5	1085604	rs11133624	C	A	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=172;PP=2965;SC=GGAACAAGGCCGGTCGGGAGG;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=94;TCR=172;TR=265;WE=1085612;WS=1085594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	1093609	rs56276350	G	GGGGCGGGGACT	2026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=2977;SC=CGGGACACACGGGGCGGGGAC;SOR=3.086;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=16;WE=1093617;WS=1093599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	1093860	rs6883411	CC	GT	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1236;SC=GGAGCTCAGGCCCTCCCCGGG;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=57;WE=1093869;WS=1093850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	1160435	rs141202269	GGA	G	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.883;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,16:0.17:94
chr5	1209063	rs72709422	A	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=0.367;SC=AAGCCGTTCCACCCGGGCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=1209071;WS=1209053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	1212647	rs13180809	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=1.665;SC=AGGGCGGGTGCGGGCAGCCCT;SOR=0.298;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=15;WE=1212655;WS=1212637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr5	1213510	.	C	T	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=20;MQ=56.97;NF=4;NR=0;PP=39;QD=18.4428031368;SC=CCCGCCCCCACGTGCCGCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=4;WE=1213518;WS=1213500;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	1214005	rs138649942	CCCT	C	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.931;NF=11;NR=3;PP=493;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGGGAGCACACCCTCCCAGGT;SOR=0.140;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=14;WE=1214015;WS=1213995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr5	1214264	rs6554663	A	G	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=131;PP=2965;SC=GGTGGAAAGCACTCTGTGGCT;SOR=1.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=66;TCR=131;TR=197;WE=1214272;WS=1214254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	1216775	rs4975629	A	G	13720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=244;PP=2965;SC=TCCGCGCCACACAGCGCTACG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=487;TCF=242;TCR=245;TR=485;WE=1216783;WS=1216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr5	1219859	rs11746371	C	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.670;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=78;PP=2334;ReadPosRankSum=1.285;SC=AGGACCCGGGCTGTGTTCAGG;SOR=2.037;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=106;WE=1219867;WS=1219849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr5	1219874	rs6869718	G	A	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=57;PP=1663;SC=TTCAGGGTACGGAGGGAGAGT;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=70;WE=1219882;WS=1219864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	1221199	rs12513763	T	C	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=45;PP=2965;SC=TAGCAGAACGTACAGAAAGCT;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=101;TCR=45;TR=146;WE=1221207;WS=1221189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	1225564	rs7728646	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=6;PP=943;SC=GCACCACCCTTGCCCTGAAGC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=1225572;WS=1225554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	1225613	rs7704058	G	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=22;PP=1713;SC=CCCCAGAACCGGACCCGGCCG;SOR=2.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=82;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	1225626	rs7728667	T	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=31;PP=2134;SC=CCCGGCCGCCTGCGACCTCGG;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=108;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	1225676	rs33978774	C	T	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=2205;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CCCAGTACCTCCTGAGCTGCA;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=140;WE=1225696;WS=1225666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,144:0.68:213
chr5	1225687	rs7705355	CT	TC	9831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=116;NR=88;PP=2944;SC=CTGAGCTGCACTGGGTTTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=204;WE=1225696;WS=1225666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	1225703	rs7724858	A	G	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.98;NF=130;NR=110;PP=2965;SC=TTGCCGTGGGACTGGGGAACA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=130;TCR=110;TR=240;WE=1225711;WS=1225693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	1225801	rs7704363	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=97;PP=2918;SC=AGGGGAGGCCGTCTCCACCCT;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=62;TCR=98;TR=159;WE=1225809;WS=1225791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	1232240	rs7379178	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=498;SC=GTCCCGTCTGCCCCTTGAAGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=1232248;WS=1232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	1232491	rs4975623	G	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=44;PP=1549;SC=CACCGTCCTCGCTTGCCCTGA;SOR=1.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=74;WE=1232499;WS=1232481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	1232775	rs6858999	T	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=12;PP=1530;SC=TGTGTTATTTTATGTTGTTAT;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=1232783;WS=1232765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	1240757	rs7447815	C	G	6527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTAATGACTACGAGCACTGCC;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=405;TCF=167;TCR=238;TR=272;WE=1240765;WS=1240747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,283:0.68:415
chr5	1240848	rs6554684	A	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=92;PP=2225;SC=GAGAATCCCAAGGCATGAGGA;SOR=5.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=6;TCR=92;TR=98;WE=1240856;WS=1240838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	1243009	rs7721679	A	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=120;PP=2965;SC=GTAGCCAGGCAGGGCCGTCCA;SOR=3.372;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=22;TCR=120;TR=142;WE=1243017;WS=1242999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	1244286	rs7448994	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=279;SC=ACACCTCCACTCCCCATCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=1244294;WS=1244276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	1244425	rs4073918	C	T	10258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=232;NR=150;PP=2965;SC=GCCGCTTCCCCGAACCTGCTC;SOR=1.164;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=384;TCF=234;TCR=150;TR=382;WE=1244433;WS=1244415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	1255520	rs33954691	G	A	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=89;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GCACACATGCGTGAAACCTGA;SOR=0.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=114;TCR=141;TR=166;WE=1255528;WS=1255510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,167:0.65:255
chr5	1271524	rs11133719	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGACACAGAATGTCTCCTCTG;SOR=0.507;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=14;WE=1271532;WS=1271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	1280128	rs7734992	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=842;SC=GCCACCTCACTGTGCGCACAA;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=1280136;WS=1280118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	1280477	rs13167280	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-2.134;SC=CCCCTCAGGAGGCTTGCTCAG;SOR=1.489;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=8;WE=1280485;WS=1280467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr5	1294086	rs2736098	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.556;SC=ATGGGGGGCCCGCGTGGTGCT;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=79;WE=1294094;WS=1294076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,82:0.36:230
chr5	1318491	rs33955038	G	A	6982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCTTCAGTCCGTGTGGGGCGC;SOR=0.465;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=416;TCF=256;TCR=160;TR=301;WE=1318499;WS=1318481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,306:0.73:422
chr5	1325767	rs466502	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=614;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AGAGGCCCGCAGTGACTCATC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=38;WE=1325775;WS=1325757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr5	1325803	rs465498	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=9;PP=912;ReadPosRankSum=-1.734;SC=TACTCTTTGCACAGGGGGCAA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=58;WE=1325811;WS=1325793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,67:0.75:89
chr5	1330253	rs452932	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=698;ReadPosRankSum=1.090;SC=CCTGCCATCCTACAGCTTCCA;SOR=1.135;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=41;WE=1330261;WS=1330243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr5	1334507	rs5865369	GA	G	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.587;QD=5.40;ReadPosRankSum=-2.469;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,61:0.32:188
chr5	1337947	rs60702155	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=649;ReadPosRankSum=0.583;SC=ATTAGGGTGCAGGGGCTGCGG;SOR=0.293;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=38;WE=1337955;WS=1337937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr5	1344458	rs31490	G	A	7516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.615;SC=TTTGTCCTACGCCCATACCTT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=448;TCF=260;TCR=188;TR=316;WE=1344466;WS=1344448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,332:0.71:465
chr5	1393753	.	A	G	538	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=53.14;NF=21;NR=16;PP=538;QD=15.4803030418;SC=CCCTGCATGCATCCTGGGGTA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=37;WE=1393761;WS=1393743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr5	1394815	rs1042098	A	G	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=97;PP=2755;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CTCCCATTGCAGGATGACTTC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=312;TCF=153;TCR=159;TR=189;WE=1394823;WS=1394796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,203:0.61:332
chr5	1409127	rs429699	T	C	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=53;PP=2651;SC=TTGGCTGCCTTCCCCCGGACT;SOR=1.210;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=143;WE=1409135;WS=1409117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	1409985	rs8179029	C	T	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=80;PP=1993;ReadPosRankSum=1.485;SC=AGCACAGGGTCGGGCTGCAGG;SOR=0.361;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=169;TCF=49;TCR=120;TR=118;WE=1409993;WS=1409975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,122:0.69:177
chr5	1411256	rs2550936	A	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=770;ReadPosRankSum=1.235;SC=TGGGGGCCGTACGTGAGCCCA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=38;WE=1411264;WS=1411246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr5	1411412	rs6347	T	C	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=94;PP=2344;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CGGCCCAGGCTGAGGACAGAG;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=139;TCR=139;TR=185;WE=1411420;WS=1411402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,203:0.67:301
chr5	1416142	rs40358	C	A	10660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=224;NR=157;PP=2965;SC=CCAGGGACACCCTATTTCTGG;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=224;TCR=157;TR=381;WE=1416150;WS=1416132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr5	1420588	rs11564758	C	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=930;ReadPosRankSum=0.092;SC=GTGTCTGCAACTCTGACACCT;SOR=1.003;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=196;TCF=129;TCR=67;TR=67;WE=1420596;WS=1420578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,70:0.35:199
chr5	1442974	rs2254408	C	A	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.83;SOR=1.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	1442974	.	CCCTAC	ACCTAC,ACCTAT	2021	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=113,80;NR=45,31;PP=602,2021;QD=4.03019754777;SC=CCCCGGCTGCCCCTACGACCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=114;TCR=45;TR=158,111;WE=1442987;WS=1442964;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:159
chr5	1442979	rs2270914	C	T	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,117:0.71:165
chr5	1464028	rs6876662	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=528;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TTTCCCACGGCCCTGGTGGGT;SOR=0.472;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=44;WE=1464036;WS=1464018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,45:0.35:127
chr5	1466813	rs2277007	T	C	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=1430;ReadPosRankSum=1.111;SC=CCACACTCTGTCCAGCCCCCG;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=217;TCR=110;TR=105;WE=1466821;WS=1466803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,114:0.33:344
chr5	1470900	rs2277005	G	A	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=126;PP=2965;SC=TGACTGCACCGCCCTGTCCCC;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=198;TCR=127;TR=324;WE=1470914;WS=1470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr5	1471109	rs27054	T	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=75;PP=1811;SC=GGGTTTCCCATGGGTGCTGGT;SOR=3.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=87;WE=1471117;WS=1471099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	1479678	rs27059	G	C	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=23;PP=2445;SC=CCTGGTGTAAGCTCGTGTCTG;SOR=2.474;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=85;TCR=24;TR=108;WE=1479686;WS=1479668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	1481135	rs139885091	CAGGGCCTGCACCA	C	3750.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.421;NF=3;NR=53;PP=2933;ReadPosRankSum=1.348;SC=GGCCTGCACCCAGGGCCTGCA;SOR=1.119;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=56;WE=1481156;WS=1481125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,93:0.72:129
chr5	1481148	rs2447846	A	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQRankSum=-1.146;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,24:0.21:117
chr5	1483652	rs139370117	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=705;ReadPosRankSum=0.569;SC=CGCAGGACAGCGTCTGCTGCG;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=27;TCR=80;TR=45;WE=1483660;WS=1483642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr5	1501535	.	A	AC	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.157;NF=4;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TGGCCGCGTGACCCCCCCCCA;SOR=0.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=6;WE=1501543;WS=1501525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	1594664	rs4246747	C	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=22;PP=633;SC=GGAACCGCGGCGGGTGGGATG;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=1594672;WS=1594654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	1632750	.	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQRankSum=-3.440;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr5	1632758	rs71597631	C	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQRankSum=-3.779;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr5	1632941	rs112756556	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQRankSum=-1.162;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,27:0.19:145
chr5	1708872	rs62338366	C	T	5604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ACTTGGAGCCCGCCCAGGGGC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=178;TCR=179;TR=234;WE=1708880;WS=1708862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,247:0.67:368
chr5	1708983	rs12523324	G	A	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=109;PP=2965;SC=CCTCGACCCAGAGCCAGACAA;SOR=1.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=68;TCR=109;TR=177;WE=1708991;WS=1708973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	1799172	rs6890404	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GACCTCGGGGACTGAGGGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=1799180;WS=1799162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr5	1801427	rs34372448	C	CG	5775.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=31;PP=2536;SC=GCGCTCCCCGCCCCCAGGGCG;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=69;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	1801432	rs11745573	A	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=35;PP=1889;SC=CCCCGCCCCCAGGGCGAAATA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=99;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	1801689	rs2242412	A	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=44;PP=1696;SC=TACAGGATGCACCTTCCTCCA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=1801697;WS=1801679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	1814369	rs3752844	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCTGATGGTACATGAATTTGT;SOR=0.334;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=72;TCR=12;TR=27;WE=1814377;WS=1814359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr5	1814395	rs36074605	TTGTA	T	6329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=30;PP=2970;SC=GTGGGTTAAATTGTATGTAGT;SOR=2.066;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=76;WE=1814406;WS=1814385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	1814783	rs4147773	T	C	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=88;PP=2331;SC=CTTTCAACTGTGAAGTGGTGG;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=124;WE=1814791;WS=1814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	3600334	rs844154	T	C	7681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=167;PP=2965;SC=GGGCACTCAATGGAGACAAGG;SOR=1.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=115;TCR=168;TR=281;WE=3600342;WS=3600324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	3610658	rs1373997	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=465;SC=AGGAGTGGAGTGGGCCCAGGA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=3610666;WS=3610648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	4087485	rs6869319	G	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.33;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	4095647	.	C	CCTTTCCTTTTCTTTT,CCTTTCCTTTTCTTTTCTTTT	3136.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=67.69;QD=209.12;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,6:0.60,0.40:15
chr5	4420188	rs140931368	G	GTGTA	4620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-3.169;NF=6;NR=100;PP=2974;ReadPosRankSum=2.154;SC=TGCCTGGCATGTGTATGTGTG;SOR=0.655;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=6;TCR=116;TR=106;WE=4420202;WS=4420178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,124:0.96:129
chr5	4420474	rs2436584	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.43;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr5	4702352	rs6555310	T	G	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	4702461	rs4315900	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=292;SC=TTTTGTTAATCTTTGGTCTAT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=4702469;WS=4702451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	4830593	rs816473	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=25;PP=1448;ReadPosRankSum=0.016;SC=TTCTCAAATATGGTATATTAT;SOR=0.493;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=88;WE=4830601;WS=4830583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr5	4930051	rs27416	G	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	4930086	rs151099206	T	TGTGA	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=768;ReadPosRankSum=0.846;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=41;WE=4930095;WS=4930076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr5	4930087	rs147939241	G	GTGAA	363.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr5	4930144	rs35167763	AAG	A	1407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CAGAGAAAGAAAGAGAGGAAT;SOR=0.588;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=42;WE=4930153;WS=4930134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,48:0.26:187
chr5	4930181	rs560366	C	T	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=CTCATGCAATCGTGGGAGCTG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=192;WE=4930189;WS=4930171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	4930303	rs1452032	G	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=521;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CTCAGGCAGGGTTCCTCTGTT;SOR=1.488;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=24;WE=4930311;WS=4930293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr5	5140632	rs270208	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr5	5140958	rs270207	T	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.517;NF=11;NR=21;PP=889;ReadPosRankSum=2.463;SC=TATTAGGTGCTGTGAATGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=32;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr5	5140970	rs270206	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.400;NF=9;NR=19;PP=889;ReadPosRankSum=0.713;SC=TGAATGTTCACGACTCTGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=28;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr5	5146223	rs1871468	G	C	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=111;PP=2965;SC=CTCAGCCTCTGCTCACTCTTT;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=157;TCR=111;TR=268;WE=5146242;WS=5146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	5146335	rs2086310	C	G	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=148;PP=2965;SC=AAGAGCAGTGCCCGTGTCCGA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=296;WE=5146343;WS=5146325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	5146377	rs1019747	T	C	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.799;SC=GCTGAAAGGCTCCAGGCACGA;SOR=0.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=247;WE=5146385;WS=5146367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr5	5186414	.	G	GGGGT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=-0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.61;MQRankSum=-0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr5	5187776	rs1863972	G	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TTCTAGGCCCGCTAGTAAGTA;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=107;WE=5187794;WS=5187766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,112:0.67:168
chr5	5189950	rs6859975	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=277;ReadPosRankSum=0.280;SC=AAATACACGCGTTAGCTTATA;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=5189958;WS=5189940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
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chr5	5200240	.	C	CTT	1265	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=24;NR=47;PP=1265;QD=17.9014084507;SC=CTCTCTCTCTCATAGCTTTGG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=115;TCF=36;TCR=79;TR=71;WE=5200248;WS=5200230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr5	5200281	rs6555335	C	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=92;PP=2965;SC=GGAACATGTGCAAAAAGTCCG;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=174;WE=5200289;WS=5200271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	5200490	rs17762877	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=325;ReadPosRankSum=-1.306;SC=CCTGATGTGGTTCCCTTTGAA;SOR=1.501;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=5200498;WS=5200480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr5	5223073	rs12652968	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,30:0.24:127
chr5	5232346	rs2913623	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=1770;ReadPosRankSum=1.549;SC=ATTAGGTGCTGCTTGAGTGTA;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=34;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr5	5232356	rs150710468	AGG	A	1614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.795;NF=27;NR=5;PP=1736;ReadPosRankSum=0.239;SC=GCTTGAGTGTAGGGGGAGGCT;SOR=0.754;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=32;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr5	5232398	rs2913624	G	A	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.816;NF=64;NR=18;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.097;SC=ATTCCCCACTGCTCAGCCTTA;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=82;WE=5232406;WS=5232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr5	5232703	rs2195290	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5091;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=181;ReadPosRankSum=0.431;SC=AGTATGCCTGTGTCTCAGCTC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=5232711;WS=5232693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	5235028	rs2913630	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=482;SC=TAATTACCCATTCTAACACTC;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=5235036;WS=5235018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	5235096	rs2913631	A	G	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=29;PP=1689;SC=ACTAAAATATAAAAATTCTAA;SOR=1.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=87;WE=5235104;WS=5235086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	5262766	rs34433845	G	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=822;ReadPosRankSum=-1.356;SC=ATCCTTGCCTGCAGGACAGAT;SOR=0.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=70;WE=5262774;WS=5262756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,77:0.33:230
chr5	5303349	rs11959893	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.000;SC=GATGGAGCCATCCCTCACCGA;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=5303357;WS=5303339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	5460569	rs2578565	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=626;SC=TTGGAGAATACACAGATTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=5460577;WS=5460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	5460619	rs2619844	G	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=19;PP=1835;SC=TCTGCTGAGTGTGTTTCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=5460627;WS=5460609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	5462148	rs2578500	G	A	11534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=1.681;SC=TATGTCAACTGTAGCAAAATG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=398;TCF=185;TCR=213;TR=395;WE=5462156;WS=5462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,416:1.00:417
chr5	5476250	rs11416699	T	TG	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GGTGGAAGGCTGGGGGGTTAA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=5476258;WS=5476240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr5	6312879	.	CAG	C	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=26;MQ=61.78;NF=1;NR=7;PP=122;QD=15.625;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=6312888;WS=6312869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,8:0.67:12
chr5	6337089	.	C	CACACACACACACACACACACA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=2.294;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.286;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr5	6372585	rs9451	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=440;ReadPosRankSum=0.801;SC=TCGCAGTCCCAGGGGATCTTC;SOR=0.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=30;WE=6372593;WS=6372575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr5	6378614	rs7723985	G	C	13277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=203;NR=261;PP=2965;SC=GCCCGTCCCCGACCCACACAG;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=464;TCF=203;TCR=261;TR=464;WE=6378622;WS=6378604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr5	6491532	rs3733778	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=0.562;SC=ATCTCCTCAATGCTGTGCATC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=6491540;WS=6491522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	6600150	rs3822434	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=520;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CCTCAGTCACGTCATTGTCTG;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=49;WE=6600158;WS=6600140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,52:0.32:160
chr5	6600492	.	G	GT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=1.819;SC=CATTTCATCTGGATCCGAGGG;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=6600500;WS=6600482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	6602544	rs2303711	T	C	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=31;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAGGCGTGTGTGTCTAAGGGC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=97;WE=6602552;WS=6602534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,98:0.62:157
chr5	6602668	rs2303710	G	C	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2659;ReadPosRankSum=-1.867;SC=GGATGCATGCGCTGAGCACAT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=160;WE=6602676;WS=6602658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,170:0.65:262
chr5	6604931	rs6889694	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.241;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=954;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCGAGAAACCCCGGTTAAGAA;SOR=0.110;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=48;WE=6604939;WS=6604921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
chr5	6604970	rs6888601	G	A	571.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGTGATTACGTCGTTTGGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=20;WE=6604978;WS=6604960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr5	6605532	rs2303707	C	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=55;PP=1410;ReadPosRankSum=0.408;SC=CTGTACATAACAACATTGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=82;WE=6605540;WS=6605522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr5	6607125	rs3217325	GAAC	G	2477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GTGCAACATGGAACGGTTTGC;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=37;WE=6607135;WS=6607115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr5	6611757	rs10454287	A	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1118;ReadPosRankSum=2.419;SC=AGTTACTCACACGTGAATGCT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=73;WE=6611765;WS=6611747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,81:0.59:138
chr5	6611983	rs3733776	C	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1117;ReadPosRankSum=1.408;SC=GTGAAAAAAACCAGACACAGA;SOR=0.947;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=76;WE=6611991;WS=6611973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,84:0.60:141
chr5	6612027	rs6884320	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=674;ReadPosRankSum=-1.390;SC=ACAGAAAATGTCCAGGGAAGG;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=35;WE=6612035;WS=6612017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr5	6617011	rs6887702	C	A	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CAAATGTATCCATGAAGTGCA;SOR=1.038;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=105;WE=6617019;WS=6617001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,115:0.74:156
chr5	6618186	rs10475338	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=935;ReadPosRankSum=-1.319;SC=GGTGGATGACTGCACTTTAAC;SOR=0.204;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=69;WE=6618194;WS=6618176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr5	6620092	rs2288445	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=286;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TTTAGGCTCACGCTATCTTTC;SOR=0.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=15;WE=6620100;WS=6620082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr5	6622017	rs2303705	T	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=936;ReadPosRankSum=-0.201;SC=ACCCAACTGCTTGTCATAGGA;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=61;WE=6622025;WS=6622007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr5	6623432	rs35232789	G	GA	64	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=8;PP=137;SC=CAACAATTAGGAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=6623440;WS=6623422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	6632875	rs10076470	G	A	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1561;ReadPosRankSum=-2.352;SC=CAGCCCTGAGGAAGGAAAGAG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=93;WE=6632883;WS=6632865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,99:0.73:135
chr5	6632909	rs571550	G	A	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=58;PP=1558;SC=GGCCCAAGGAGCCGCCCCCTC;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=6632917;WS=6632899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	6632942	rs193743	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=833;SC=CAGGCCTCGGGGTCCGGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=6632950;WS=6632932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	6633042	rs10062086	C	T	32.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	6633779	rs248793	C	G	11939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.97;NF=232;NR=190;PP=2965;SC=TCTTCGCGCGCAATCGTCAGA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=232;TCR=191;TR=422;WE=6633787;WS=6633769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr5	6645016	rs248805	A	G	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=101;PP=2965;SC=TGATTCCAAGACGCAGAGAGA;SOR=1.089;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=153;TCR=102;TR=254;WE=6645024;WS=6645006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	6651970	rs3822430	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.501;SC=TAATTTACCCATTTCTGATGC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=6651978;WS=6651960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	6652009	rs8192186	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.881;NF=17;NR=12;PP=451;ReadPosRankSum=-2.231;SC=CACTGTTGGCGTGTACAATGG;SOR=0.321;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=29;WE=6652017;WS=6651999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr5	6652129	rs2307268	T	C	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=935;ReadPosRankSum=-1.614;SC=TAGGTGAGTGTCCACAGCAGT;SOR=0.342;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=65;WE=6652137;WS=6652119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr5	6652252	rs3733773	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GCAGCACCCCGGAGTCCCATG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=6652260;WS=6652242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	6656210	rs3736316	G	A	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=1050;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGTGGTTAACGGGCATGTTGA;SOR=0.354;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=49;WE=6656218;WS=6656200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr5	6737571	rs2279657	A	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	6737576	rs2279656	G	A	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	6739039	rs573304	T	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=532;SC=TTTGCATTTTTCCTCTCACAC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=6739047;WS=6739029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	6739791	rs419128	G	A	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=48;PP=2965;SC=CCCCACACGAGTGTGTAGGCT;SOR=1.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=121;TCR=48;TR=167;WE=6739799;WS=6739781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	6748518	rs274682	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=808;SC=GAGAAGATCCAAAACATGTGG;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=6748526;WS=6748508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr5	6754762	rs274676	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=15;PP=1504;SC=ATCCCTGCTCTCTATGTAACA;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=6754770;WS=6754752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr5	7712810	rs6555488	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TTGATTCACACTTAGGATTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=7712818;WS=7712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr5	7802363	rs2290910	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=377;ReadPosRankSum=0.805;SC=ACTGCGTCTGCGTCATGTTTG;SOR=0.413;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=34;WE=7802371;WS=7802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr5	7826648	rs141881348	AAAC	A	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=353;SC=GCGCTGAATTAAACAACATTG;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=7826658;WS=7826638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	7826680	rs6887726	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=637;SC=CTTTTTTTCTTGTGGATTACT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=7826688;WS=7826670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	7835555	rs6883562	C	G	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.650;SC=GGTGCAACTTCTGATCATAAT;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=294;TCF=158;TCR=136;TR=188;WE=7835563;WS=7835545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,196:0.64:308
chr5	7835616	rs34574678	G	GA	1586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.046;QD=6.30;ReadPosRankSum=-2.182;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr5	7835685	rs179044	G	T	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=88;PP=2753;SC=GGAGCACAGAGGCCAGTTCTT;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=131;WE=7835693;WS=7835675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	7850898	.	TGCCCAGCCGCCCAGCC	T,TGCCCAGCC	462.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.56;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,7:0.42,0.58:12
chr5	7859434	rs1046014	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	7861985	rs2307116	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=562;ReadPosRankSum=0.915;SC=GCTCAATAACGCTAAACCACA;SOR=3.040;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=29;WE=7861993;WS=7861975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr5	7862926	rs3733784	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=425;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AAACTCCTTATACTACTTACC;SOR=0.214;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=21;WE=7862934;WS=7862916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr5	7866135	rs141939619	TTGAGG	T	4089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.664;NF=1;NR=66;PP=2943;ReadPosRankSum=1.394;SC=TACGTCTGAATTGAGGTATGT;SOR=0.851;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=1;TCR=96;TR=67;WE=7866147;WS=7866125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr5	7866967	rs162030	G	C	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=82;PP=2847;SC=GTTCCATTAAGGCAGAAATCT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=180;WE=7866975;WS=7866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	7868030	rs2966952	T	C	7175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=128;PP=2965;SC=ATGATGGAATTTGACCCCGAA;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=237;WE=7868038;WS=7868020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	7869235	rs72716536	T	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CTATTGGTCCTGGGTACCGAG;SOR=0.991;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=346;TCF=183;TCR=163;TR=117;WE=7869243;WS=7869225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,118:0.33:357
chr5	7870083	rs326119	C	A	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=84;PP=2962;SC=GAAAGCCAAGCTTTTGGTTTG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=161;WE=7870103;WS=7870073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr5	7870973	rs1801394	A	G	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=68;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CAGAAGAAATATGTGAGCAAG;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=113;TCR=91;TR=148;WE=7870981;WS=7870963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,159:0.70:228
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chr5	7893121	rs162049	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=997;SC=ATTCATTACTGTCATAAGAAA;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=7893129;WS=7893111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	7897191	rs10380	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=6.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,39:0.23:167
chr5	7897283	rs12347	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,43:0.27:157
chr5	7899909	rs10520874	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	8461166	rs341899	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=885;SC=GTTTCTAAGTTTATTATTAAA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=8461174;WS=8461156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	9043142	rs3834271	T	TA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.426;NF=1;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GAAAATATATTAAAAAAAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=9043150;WS=9043132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr5	9050410	rs257098	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=988;SC=TGACTTTCTCCGGTTTTTCAT;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=9050418;WS=9050400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	9053945	rs257095	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=55;PP=1743;SC=AGAACTCGTGCTTGAAGCCTT;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=94;WE=9053953;WS=9053935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	9066464	rs786847	A	G	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=44;PP=2504;SC=CTTGCTGTTTATGACCTTAGA;SOR=1.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=132;WE=9066472;WS=9066454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	9066802	rs786846	G	A	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=124;PP=2965;SC=GGGGTAAACAGAGCAACCTCA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=72;TCR=124;TR=196;WE=9066810;WS=9066780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	9136487	rs6883525	A	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=307;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GAGAGAGCACAGACTGGGTTT;SOR=2.066;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=9136495;WS=9136480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	9154659	rs1806151	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=322;ReadPosRankSum=1.338;SC=GCTCCCGCAGGCCCACGAACA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=20;WE=9154667;WS=9154649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr5	9197434	rs3216958	A	AGAG	899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.241;QD=21.94;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr5	9202419	rs1805974	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TCTTGCCTGCTCAGTATTTCA;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=14;WE=9202427;WS=9202409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr5	9280957	rs6555597	C	A	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=78;PP=2346;SC=TAAAATGTAACGTTTTAGCAA;SOR=1.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=112;WE=9280965;WS=9280947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	9629529	rs2234233	G	A	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=70;PP=2687;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CTCATTTGCCGGGTGTGCCTC;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=161;WE=9629537;WS=9629519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,164:0.74:222
chr5	10227548	rs2136197	C	A	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=43;PP=2135;SC=CACTCCCAGTCAAGTTTATGC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=117;WE=10227556;WS=10227538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	10227823	rs3080459	C	CCT	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=1106;SC=CCCAAAATTTCCTGTTTTTAA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=10227831;WS=10227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	10235490	rs2292264	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=686;ReadPosRankSum=1.583;SC=GGGTTTTGATGAACTCCTAAG;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=46;WE=10235498;WS=10235480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr5	10236856	rs11133605	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=403;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTAAGACATCATTTTAAAATG;SOR=0.509;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=23;WE=10236864;WS=10236846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr5	10236927	rs2292263	C	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=34;PP=2333;SC=AACTTAGTTTCCTTGATTGGT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=107;WE=10236935;WS=10236917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	10237036	rs12653481	A	G	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=2447;ReadPosRankSum=-0.307;SC=AGGTCGAACAAAACATTGCTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=110;TCR=126;TR=146;WE=10237044;WS=10237026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,158:0.63:251
chr5	10237155	rs6876650	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=573;ReadPosRankSum=-1.289;SC=AAAATAACCTGTCAATGAAAA;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=42;WE=10237163;WS=10237145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr5	10239261	rs2438652	G	A	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=93;PP=2700;ReadPosRankSum=-1.637;SC=AATCTGCTTCGTAGTTGCAGG;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=119;TCR=138;TR=173;WE=10239269;WS=10239251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,184:0.67:275
chr5	10239278	rs2252505	C	T	10098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=135;PP=2965;SC=CAGGTACAAACGGCAAACAGA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=118;TCR=135;TR=253;WE=10239286;WS=10239268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	10250042	.	AAAAAC	A	698	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=24;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=59.01;NF=17;NR=5;PP=698;QD=31.8636363636;SC=AAAAAAAAAAAAAAACCGGAA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=22;WE=10250054;WS=10250032;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr5	10250430	rs2548546	G	A	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=131;PP=2965;SC=CGGTTGGGGGGAAGTAATTCC;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=239;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	10250443	rs2578618	T	C	6866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=127;PP=2965;SC=GTAATTCCGGTTGTTGCACCA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=108;TCR=127;TR=234;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	10254817	rs2578617	A	G	7699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=117;PP=2965;SC=ATAAGGATGGAGATGTGACTG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=148;TCR=117;TR=265;WE=10254825;WS=10254807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	10255021	rs2607294	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=42;PP=1025;SC=ACATGCCTGCTGAGATTGTTG;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=10255029;WS=10255011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	10255083	rs2578616	A	C	366.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=9;PP=237;SC=AAAACATGCTACAAAACAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10255091;WS=10255073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	10256161	rs1042392	T	C	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=95;PP=2965;SC=AGGCTGCTCGTGTTGCTATTG;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=187;WE=10256169;WS=10256151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	10258125	rs2457156	G	A	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=29;PP=1773;SC=TCAAAACATCGTTTGATTTAT;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=10258133;WS=10258115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	10261542	rs2607327	C	T	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=4;PP=2531;SC=GGAGATGTCTCGGTCAAAGTG;SOR=5.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=88;TCR=4;TR=92;WE=10261550;WS=10261532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	10261966	rs2244717	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=610;SC=AAAAATAATCGTGGTTCTCAA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=10261974;WS=10261956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	10262740	rs2578642	C	A	15394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=288;NR=258;PP=2965;SC=GGTAAGGGATCTGTGCAGACT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=548;TCF=290;TCR=258;TR=546;WE=10262748;WS=10262730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr5	10263451	.	TGGAG	T	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=65;PP=2947;QD=20;SC=CGCCTCTGCGTGGAGGGGGGG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=4;TCR=77;TR=69;WE=10263472;WS=10263441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,69:0.85:81
chr5	10263453	rs147103051	GA	G	5535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=2.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	10263457	rs58620077	G	A	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=2.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	10263461	rs370306096	GGGA	G	5404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=2.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	10264962	rs544	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=392;SC=CTCGTGATGCATCTACAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=10264970;WS=10264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	10282396	rs10067744	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=55;PP=1800;SC=AATCCTTGACAATGCCTGAAA;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=10282404;WS=10282386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	10282479	rs10052785	C	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=540;SC=CCGCATGATCCCCACACTCAT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=10282487;WS=10282469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	10417589	rs2967956	G	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=21;PP=597;SC=GCCAGGCATGGGGCTTACGCC;SOR=2.670;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=10417597;WS=10417579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	10423731	rs35814421	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	10442496	rs2567577	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=61;PP=1747;SC=ACCAGGGGCCTTACGCGGCAC;SOR=6.027;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=63;WE=10442504;WS=10442486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	10448247	rs1976360	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=455;SC=ACATAAGCCCGGGATGTTGGT;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=10448255;WS=10448237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	10505467	rs62362463	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=341;ReadPosRankSum=0.274;SC=GGAGGACACAATTCAATCCAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=15;WE=10505475;WS=10505457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr5	10505585	rs17816571	A	G	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=56;PP=2662;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TTATTTCAAGACTGATTATTC;SOR=1.013;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=242;TCF=151;TCR=91;TR=157;WE=10505593;WS=10505575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,168:0.66:255
chr5	10505851	.	TAAA	T	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=17;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=16;MQ=58.4;NF=0;NR=12;PP=123;QD=10.5;SC=TTATGTCTGATAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=12;WE=10505861;WS=10505841;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr5	10509069	rs1392005	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.420;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=609;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GAACCAGTGGCGGCCAGTGTT;SOR=2.973;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=29;WE=10509077;WS=10509059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr5	10564846	rs814576	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=15;PP=560;SC=CGGCGACCCTCCTGCGCGCCG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=10564854;WS=10564836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	10565027	rs1103749	C	G	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=138;SC=CGCCTCCCAGCTCCTGGCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=10565035;WS=10565017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr5	10624887	rs1531839	T	C	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=99;PP=2471;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TGGCTCCCAATCTTGCGCCTC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=204;TCF=56;TCR=148;TR=139;WE=10624895;WS=10624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,147:0.69:212
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chr5	10638364	rs6889196	A	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=675;ReadPosRankSum=0.711;SC=GAGATTAATCACTCCCATAGA;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=41;WE=10638372;WS=10638354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr5	10748141	rs3217459	TC	T	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=657;ReadPosRankSum=0.658;SC=AGCCCCCTCCTCCCTGATTAG;SOR=1.942;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=19;WE=10748149;WS=10748131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr5	10748231	rs267944	C	T	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=64;PP=2965;SC=AATGTTAATGCTTAACCGAAT;SOR=1.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=179;WE=10748239;WS=10748221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	10748462	rs267943	C	T	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=54;PP=1600;SC=TGGAAAGGTTCTGGTTGCTCA;SOR=2.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=70;WE=10748470;WS=10748452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	10761009	rs11740244	C	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=352;SC=GGCATCAAGGCCCGGAACCCG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=10761017;WS=10760999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	10761182	rs267927	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=23;PP=1059;SC=CGAAGACATGACGCGGCGGGG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=10761190;WS=10761172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	10973727	rs1566622	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=0.230;SC=CCTGGTCCTCGAAGAAGGACT;SOR=0.935;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=42;WE=10973735;WS=10973717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,46:0.30:151
chr5	10973927	rs1566624	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGGCTGTGTATATCCAGGCAT;SOR=0.092;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=10973935;WS=10973917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr5	10986684	rs12515637	G	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CAGATTCACAGCTTTCTTTGT;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=24;WE=10986692;WS=10986674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr5	10986722	rs36031475	A	AG	1377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=1103;ReadPosRankSum=1.351;SC=GCAACATGTAAGGGGAAACAG;SOR=0.722;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=17;WE=10986735;WS=10986712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr5	10986727	rs35210570	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr5	10986772	rs9312749	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TAATGAGTTAGGTTCTCCCGT;SOR=0.588;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=27;WE=10986780;WS=10986762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr5	10986947	rs10434650	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.795;SC=GGGGTAAATGCATTTGCTATT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=8;WE=10986955;WS=10986937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	10988172	rs879353	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=443;ReadPosRankSum=1.814;SC=CTCTGCCTTGTCGCGGGTCAA;SOR=0.582;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=28;WE=10988180;WS=10988162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr5	11082762	rs2277053	T	C	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=103;PP=2965;SC=CTAGAGAAAATATTTTCACTT;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=166;TCR=103;TR=269;WE=11082770;WS=11082752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	11084189	rs1024621	T	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=102;PP=2965;SC=CTACTTTGTATCTCAAGCTCT;SOR=1.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=48;TCR=102;TR=150;WE=11084197;WS=11084179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	11110951	rs115886472	T	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=836;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGCATGCAGCTGCAAGCAGCC;SOR=0.615;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=261;TCF=161;TCR=100;TR=77;WE=11110959;WS=11110941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,79:0.30:267
chr5	11159657	rs1990003	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGGAAGATGGTGGGAGGAGGC;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=13;WE=11159665;WS=11159647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr5	11412302	rs31750	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=22;PP=738;SC=TTTCCTTTCACTTCTTACTAT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=11412310;WS=11412292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	11564995	rs7719578	A	G	7099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=107;PP=2965;SC=GAAGAGAAACATCACGATTTA;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=155;TCR=107;TR=260;WE=11565003;WS=11564985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr5	13692279	rs2166337	A	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=39;PP=1152;SC=ACTTGGTGAAATTTCCACTTT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=13692287;WS=13692269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	13701327	rs3734112	A	G	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=35;PP=2411;SC=CTTTAAAACTATAATGATGGA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=84;TCR=35;TR=119;WE=13701335;WS=13701317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	13701525	rs3734111	T	C	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=91;PP=2515;SC=AGAAACCCAGTGTACTAGAAA;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=160;WE=13701544;WS=13701515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	13701536	rs3734110	T	C	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=83;PP=2586;SC=GTACTAGAAATCCAAGAAGCC;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=141;WE=13701544;WS=13701515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	13701617	rs61338089	GA	G	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=22;PP=344;SC=TATGTTCACTGAAAAAAAAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=22;WE=13701626;WS=13701607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	13701654	rs13162313	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=445;SC=TTCACTTTTATAATGAAAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=13701662;WS=13701644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	13714740	rs30175	G	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=926;SC=CTGAACAACAGACACCCCAGA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=13714748;WS=13714730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	13719022	rs30169	T	G	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=34;PP=2288;SC=CTGCCCGGAGTCCTTGTGGAG;SOR=1.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=13719030;WS=13719012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	13719089	rs30168	G	A	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=108;PP=2965;SC=CTGCTTATGAGCCTCGGTGGT;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=154;TCR=108;TR=261;WE=13719097;WS=13719079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	13769257	rs12655133	T	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TAATTCAATATAAAGCAAGCA;SOR=0.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=79;WE=13769265;WS=13769247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr5	13770757	rs138234449	C	CA	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CTATGATACACAAAATGTCTC;SOR=0.718;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=31;WE=13770765;WS=13770747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr5	13776487	rs34413787	C	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=38;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TCAAGCATCCCTGAAAGAACT;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=120;WE=13776495;WS=13776477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,126:0.72:176
chr5	13788886	rs10513155	C	A	5834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.250;SC=CACAATCCACCAAGAGTTTTT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=437;TCF=269;TCR=168;TR=262;WE=13788894;WS=13788876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,264:0.59:448
chr5	13810529	rs31238	C	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=438;SC=AAGAACTGATCTCTGAGAATA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=13810537;WS=13810519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	13842045	.	A	AG	155	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=18;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=27;MQ=52.61;NF=0;NR=5;PP=155;QD=31.6;SC=AAAAAAAAAAAAGCTATAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=5;WE=13842053;WS=13842035;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	13850739	rs4701988	T	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=338;ReadPosRankSum=-1.054;SC=ACCGAGAGCTTTCAAAGAGCC;SOR=0.848;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=26;WE=13850747;WS=13850729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr5	13859807	rs1867677	G	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=603;SC=ATTTTTAACCGCTTTCTTTAC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=13859815;WS=13859797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	13882841	rs10057007	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=589;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ATTTACCTTGAAGTTCATTTT;SOR=1.939;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=26;WE=13882849;WS=13882831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr5	13882958	rs13170062	C	T	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=30;PP=1190;ReadPosRankSum=1.521;SC=CAGTTCTGTCCTATCTGTAAA;SOR=0.599;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=347;TCF=243;TCR=104;TR=103;WE=13882966;WS=13882948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,112:0.31:363
chr5	13883262	rs10462710	C	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=-1.236;SC=AGATTTGCTTCCTTTGTAACC;SOR=1.767;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=20;WE=13883270;WS=13883252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr5	13885023	rs147685082	GCA	G	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=364;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GTGCACACGTGCACACACACA;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=13885032;WS=13885013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	13894894	rs4701997	T	A	4351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=99;PP=2589;ReadPosRankSum=0.665;SC=GCAGCAGGTATTTTTGACTTC;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=105;TCR=141;TR=173;WE=13894902;WS=13894884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,193:0.71:270
chr5	13900321	rs115004914	G	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1221;ReadPosRankSum=1.557;SC=ATACCTTCATGTTACTGAAGT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=88;WE=13900329;WS=13900311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,91:0.59:154
chr5	13900345	rs1445823	A	G	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=TTTTGTATCTATCTCGTTTCT;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=13900353;WS=13900335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	13900544	rs114717951	T	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=1.112;SC=ACCAACATCATTACTATCAGA;SOR=1.194;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=13900552;WS=13900534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr5	13902220	rs1530498	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=0.754;SC=TTTGCAAATGTAACATCCATG;SOR=1.426;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=16;WE=13902228;WS=13902210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr5	13902372	rs112128031	G	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-0.856;SC=ACCGAAAATTGAATGAGCTTA;SOR=0.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=22;WE=13902380;WS=13902362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr5	13911405	rs3765045	G	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=989;ReadPosRankSum=-1.502;SC=AGATACCTCTGCCTTCTGATT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=50;WE=13911413;WS=13911395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr5	13911700	rs34152978	GAA	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=ATAATTGCCAGAAAAAAAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=13911709;WS=13911690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	13913885	rs3213936	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,48:0.29:167
chr5	13914120	rs10513162	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GGTATCAACTTTATTTTCTTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=13914128;WS=13914110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr5	13914556	rs13179761	A	G	66.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=1.150;SC=AATAATTACAAAATGATTTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=13914564;WS=13914546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr5	13914796	rs13162553	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=118;ReadPosRankSum=0.846;SC=AAAACAGCCATGGATTGTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=12;WE=13914804;WS=13914786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
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chr5	13919184	rs112614199	G	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=449;ReadPosRankSum=-1.361;SC=TTTCATCAAGGTATAATAACA;SOR=1.536;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=25;WE=13919192;WS=13919174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	13919255	rs35925547	T	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=384;ReadPosRankSum=-2.237;SC=TTATTCCCATTTCACAAGGCA;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=35;WE=13919263;WS=13919245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr5	13928085	rs12659700	T	C	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=47;PP=2965;SC=CACACACGCATCTCCCTCCCG;SOR=1.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=148;WE=13928093;WS=13928075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	13931205	rs1530497	G	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AGTGAGAAGTGAAACGCATCC;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=136;TCR=88;TR=82;WE=13931213;WS=13931195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,87:0.37:236
chr5	13931340	rs1530496	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=409;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TTCCTTCTCTCCCTTCAGTCT;SOR=0.432;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=38;WE=13931348;WS=13931330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,43:0.32:134
chr5	13944512	rs339445	A	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=625;ReadPosRankSum=2.350;SC=GAGTGACGCTATGCTTCCAGA;SOR=0.846;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=51;WE=13944520;WS=13944502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,62:0.34:184
chr5	14183866	rs354302	T	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=205;SC=AGGGAAGGCATGCGGCCGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=14183874;WS=14183856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	14183979	rs71597901	CAG	C	1701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=14;PP=1421;SC=TAACCTTTGGCAGATAGTGAC;SOR=1.552;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=31;WE=14183988;WS=14183969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	14184022	rs354301	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=22;PP=1151;SC=CGTGGTAACCGTTTTTTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=14184030;WS=14184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	14184079	rs354300	G	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=49;PP=1836;SC=GTAAGGATGTGTCCCAGACTT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=14184087;WS=14184069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	14184211	rs354299	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=671;SC=ACAGAGAATGTTGTGTGTTTG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=14184219;WS=14184201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	14184254	rs354298	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=378;SC=TAAAAATCCAACCGGCTAGTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=14184262;WS=14184244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	14290805	rs30629	G	A	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=23;PP=2518;SC=CTTCTCATACGTGATTTTTTT;SOR=2.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=112;WE=14290813;WS=14290795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	14366840	rs30784	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=1;PP=954;SC=TTTAGGATGATGAAGGCATCA;SOR=5.031;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=14366848;WS=14366830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	14368975	rs13189406	C	T	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=60;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AGCTCGTCAACGCCTCTGTCG;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=263;TCF=107;TCR=156;TR=97;WE=14368983;WS=14368965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,104:0.38:276
chr5	14369690	rs35860741	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=133;ReadPosRankSum=0.596;SC=TGCCAGGTGCGCGTGGCACAG;SOR=0.773;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=14;WE=14369698;WS=14369680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr5	14377962	rs30769	A	C	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=207;SC=GAGGTCTGGTAGACATGCTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=14377970;WS=14377954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	14378068	rs30770	T	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=30;PP=1725;SC=AATTTCGCGGTTGTTTTAATT;SOR=1.396;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=14378076;WS=14378058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	14381174	rs247137	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=479;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ATGAGGTGCTCGGGGCTTTGG;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=32;WE=14381182;WS=14381164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr5	14387489	rs30794	G	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=844;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CACTGTGTTTGAGGTTTCTGG;SOR=0.514;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=57;WE=14387497;WS=14387479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr5	14390577	rs34560795	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AATTGTTTTTGTGGAGTGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=16;WE=14390585;WS=14390567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr5	14394283	rs256412	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=193;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TATGAATTATGTATTATTTTG;SOR=0.210;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=16;WE=14394291;WS=14394273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr5	14397238	rs30774	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.205;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr5	14398902	rs34806703	AT	A	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=289;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CATTTTTAAAATTGTTGAAAA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=14398910;WS=14398892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr5	14420027	rs30612	A	C	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=129;PP=2965;SC=TGGTGCGGACAACTGACCGCT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=141;TCR=129;TR=270;WE=14420035;WS=14420017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	14462816	rs27100	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=685;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGGTCCACGTCTGTGAACTGG;SOR=0.902;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=52;WE=14462824;WS=14462806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,55:0.33:169
chr5	14471666	rs27091	T	A	254.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CAGCTCTGAATTACCGAGATG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=14471674;WS=14471656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	14472626	rs26186	T	C	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=5;PP=1498;SC=GGAGTCCATCTTGACCAGGAG;SOR=4.479;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=58;WE=14472634;WS=14472616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	14479938	rs26173	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=28;PP=1597;SC=TTTACTGCCAGTGTTGTAGTC;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=14479946;WS=14479928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	14481270	rs111593684	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.718;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr5	14498624	rs115607794	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=1.241;SC=CATCTGTGCCGCAGTGACCTG;SOR=0.148;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=18;WE=14498632;WS=14498614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr5	14509487	rs150510776	T	TTG	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=1.148;SC=CTTTATGGTTTTGTGTGTGTG;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=14509495;WS=14509477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	14610184	rs25960	C	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=22;PP=1100;SC=ACACTTCCCCCCACCGTGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=14610192;WS=14610174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	14664821	rs250435	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=17;PP=703;SC=CGCTCTGCGGGCCCTCGGAAA;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=14664829;WS=14664811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	14678996	rs31930	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=194;SC=TATAGACGTTGTTATTGGTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=14679004;WS=14678986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	14746184	rs2004699	G	A	236.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GACAGAGCCCGCTACACTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=14746192;WS=14746174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	14751399	rs697570	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=1.085;SC=CGGGAACCGACTGACAGAAGC;SOR=2.683;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=14751407;WS=14751389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr5	14871620	rs139106733	AGGGGCGAC	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=1372;ReadPosRankSum=-1.912;SC=CGGGGAGGCGAGGGGCGACGG;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=14871635;WS=14871610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	15927905	rs70938037	A	AAGAC	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr5	15927927	rs66504704	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=794;ReadPosRankSum=-1.220;SC=GAAAGAAACCAGTGCTTTTGC;SOR=0.543;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=47;WE=15927935;WS=15927917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr5	16091242	rs11389357	G	GA	417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=14;PP=294;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=16091250;WS=16091232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	16177807	rs2582666	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=0.312;SC=AAATTATTTCAGGAAAAATAA;SOR=0.665;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=21;WE=16177815;WS=16177797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr5	16179125	rs342550	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=0.265;SC=CACCGGCTGCCTCGGGGTCTC;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=16;WE=16179133;WS=16179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr5	16477751	rs162850	C	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=711;ReadPosRankSum=-0.321;SC=AAATAAATGTCTCCAGAAATA;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=41;WE=16477759;WS=16477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr5	16478200	rs162848	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=631;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TTTTTTCTTTGTCTGCTTCTG;SOR=0.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=49;WE=16478208;WS=16478190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr5	16479220	rs33692	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGGAAATGCCATTGTGAAATA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=16479228;WS=16479210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	16481062	rs2305279	C	T	3832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=62;PP=2567;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GTCTGTTGACCGTAAGGTGAT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=175;TCR=104;TR=166;WE=16481070;WS=16481052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,171:0.59:291
chr5	16508674	rs332811	A	G	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=26;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ACGTACGTATATATCACAATT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=81;WE=16508682;WS=16508664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr5	16508898	rs33684	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=623;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CTCAGAAAGTTGGTGTTTACA;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=44;WE=16508906;WS=16508888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr5	16617099	rs35003	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.261;SC=GTGCTTCCAGACAGGGACGGG;SOR=1.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=16617107;WS=16617089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	16667003	rs26743	C	T	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=100;PP=2932;SC=CTCCCGTAGCCTTCCATGCTA;SOR=2.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=28;TCR=100;TR=128;WE=16667011;WS=16666993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr5	16668256	rs35579	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=0;PP=614;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GGACCACCACACTGTATTTTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=32;WE=16668264;WS=16668246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr5	16670618	rs27431	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=0.060;SC=CCCCAACACACGGCAGCCAGT;SOR=0.223;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=11;WE=16670626;WS=16670608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr5	16673975	rs25901	C	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TTCCATCTCGCTTCCTGGAAA;SOR=1.065;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=100;WE=16673983;WS=16673965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,107:0.56:192
chr5	16679966	rs35580	C	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=23;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AGAAAAAAAACTGAGCTTCAC;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=81;WE=16679974;WS=16679956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
chr5	16684143	rs26315	A	T	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=89;PP=2251;ReadPosRankSum=-1.509;SC=CAGACAGAAAAGGCTCTTTTC;SOR=0.432;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=76;TCR=120;TR=150;WE=16684151;WS=16684133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,164:0.78:211
chr5	16704585	rs185483934	C	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=1.189;SC=ACCTGAGGCTCCCCTCAATTC;SOR=0.094;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=15;WE=16704593;WS=16704580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr5	16711365	rs3214558	CA	C	2227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.969;NF=5;NR=59;PP=864;ReadPosRankSum=0.125;SC=CTAAACCATGCAAAAAAAAAA;SOR=0.649;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=110;TCF=13;TCR=97;TR=64;WE=16711374;WS=16711354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,109:0.70:156
chr5	16711451	rs27552	G	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=765;ReadPosRankSum=-1.903;SC=GGTTTACCCCGCTTCAAAACA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=40;WE=16711459;WS=16711441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr5	16762024	rs56407231	A	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGCCTCCCAAAGTACTGGGAC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=46;WE=16762032;WS=16762014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,46:0.31:148
chr5	16762646	rs31511	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=43;PP=2140;SC=TTGCAGGTTTTGACATACCGC;SOR=1.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=16762654;WS=16762636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	16764255	rs375881422	CA	C	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.414;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.035;NF=22;NR=8;PP=434;ReadPosRankSum=1.882;SC=GACTCCTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=30;WE=16764263;WS=16764245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr5	16764334	rs250341	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.923;NF=53;NR=25;PP=1018;ReadPosRankSum=1.877;SC=AGAGAATTCACGTGCTGCACT;SOR=0.783;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=252;TCF=165;TCR=87;TR=78;WE=16764342;WS=16764324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,85:0.33:261
chr5	16766093	rs2561232	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=33;PP=2379;SC=ATTACAGTTACAACTGTTATT;SOR=1.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=90;TCR=33;TR=123;WE=16766101;WS=16766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	16769273	rs11750538	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=979;ReadPosRankSum=1.547;SC=GACACTTCCCGAACTTCCTCC;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=64;WE=16769281;WS=16769263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
chr5	16783437	rs71595983	T	TAAAC	2100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=8.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.960;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,55:0.35:159
chr5	16783711	rs4702172	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AAAATGCCTGTTTCCAAAGAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=20;WE=16783719;WS=16783701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr5	16794916	rs396514	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.658;NF=32;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=1.342;SC=AGGGGTTCACGGAGGCCAGGA;SOR=0.546;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=64;WE=16794924;WS=16794906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,68:0.30:226
chr5	16795027	rs35681033	CA	C	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.634;NF=5;NR=22;PP=878;ReadPosRankSum=0.757;SC=GAGTGTGCGCCAGGGGGAAAG;SOR=0.409;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=98;TCF=12;TCR=86;TR=27;WE=16795035;WS=16795017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,42:0.31:137
chr5	16818363	rs12188582	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=337;SC=ATACAATCTCAGTATAATTTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=16818371;WS=16818353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	16877701	rs7710976	C	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=616;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TGGGAAGCTGCAGGGACTTGT;SOR=0.587;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=77;TCR=21;TR=39;WE=16877709;WS=16877691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr5	16916071	rs145081788	GAA	G	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.712;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.332;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr5	17276053	rs59080603	CCT	C	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.000;QD=28.44;ReadPosRankSum=1.740;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr5	19520932	rs441865	T	C	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=95;PP=2927;SC=ATGCACACTTTAGAGGCTCGG;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=137;WE=19520940;WS=19520922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	19721490	rs12187552	T	C	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=126;PP=2965;SC=AGGGTTGTCCTTGGAGAATGC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=137;TCR=126;TR=263;WE=19721498;WS=19721480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	21461786	rs4701564	T	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=0;PP=1186;SC=ATTGGAGCCATGCTATAAACT;SOR=7.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=42;WE=21461794;WS=21461785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	21751715	rs10657805	C	CAGAA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.81;QD=48.30;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	21751741	rs370990145	T	TTGTGTGTGTG	1319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.000;QD=45.51;ReadPosRankSum=1.739;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr5	21752050	rs6451992	A	G	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	21752056	rs6451993	A	G	10470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
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chr5	23527919	rs2099081	A	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=58;PP=1846;SC=ATAGCCACAAAAAGACAAATG;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=23527927;WS=23527909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	23975952	rs10037197	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=0.887;SC=TGCTGTTGTTGTAACAATACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=23975960;WS=23975942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr5	24509643	rs62349562	C	T	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=22;PP=1723;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CCACCGAGCCCGGCTGTTTTC;SOR=0.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=113;TCR=35;TR=92;WE=24509651;WS=24509633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,96:0.62:154
chr5	24509947	rs3797171	C	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AAAAATAAATCATCAAATTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=18;WE=24509955;WS=24509937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr5	25190672	rs55966917	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=642;ReadPosRankSum=0.816;SC=CCGAAAGAGGCGGCCAAGCCT;SOR=0.264;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=31;WE=25190680;WS=25190662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr5	26886200	rs41271091	C	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=613;ReadPosRankSum=0.633;SC=CAACTGAAACCAAAATTAATT;SOR=1.311;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=39;WE=26886208;WS=26886190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr5	26889902	rs13190383	A	C	336.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.567;NF=11;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TGACTTTGTAAAGAGAAAATA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=26889910;WS=26889892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr5	26905920	rs5866810	GT	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	26988328	rs2288466	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=334;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TGTCAGACCCGCTATCTTTTT;SOR=1.001;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=30;WE=26988336;WS=26988318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr5	26988424	rs2288467	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr5	31322851	rs2962790	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=21;PP=1779;SC=ATTTGAGCACAGTGTTTCTTC;SOR=2.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=95;WE=31322859;WS=31322841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	31323452	rs147369653	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CGACACTGAAATATGTGAAGT;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=31323460;WS=31323442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr5	31407139	rs507816	G	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=38;PP=1173;SC=CATGTACTTAGTGCCTAGACA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=31407147;WS=31407129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	31409115	rs644236	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=15;PP=1575;SC=AAAGTCAATTTTAGGCATGCT;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=31409123;WS=31409105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	31409252	rs2241337	A	G	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=103;PP=2965;SC=TCCAATCCTGATTCAAAATGA;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=198;WE=31409260;WS=31409242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	31410679	rs2287583	C	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=480;SC=ATTCACATGTCTTAGTTTCAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=31410687;WS=31410669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	31423007	rs2287584	T	C	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=84;PP=2040;SC=TTTGTAGAACTGGAGAAGTTT;SOR=1.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=124;WE=31423015;WS=31422997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	31451449	rs6886834	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=549;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CTTTAGGGACGGTCTCACATA;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=24;WE=31451457;WS=31451439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr5	31472087	rs6885959	T	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1229;ReadPosRankSum=1.440;SC=ACTTTTAAAATGTGCTGTTAC;SOR=0.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=70;WE=31472095;WS=31472077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr5	31472117	rs3763075	G	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=34;PP=1625;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GAAACATTCAGATCTGGAAAA;SOR=1.040;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=182;TCF=114;TCR=68;TR=102;WE=31472125;WS=31472107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,105:0.55:192
chr5	31483596	rs10052174	G	A	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=64;PP=2965;SC=AGACTGAAAGGAAAATGGCAA;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=179;WE=31483604;WS=31483586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	31485230	rs7712436	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=63;SC=TAGTTTCAGATGGAAATGAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=31485238;WS=31485220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	31486540	rs7735863	A	G	9492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=134;PP=2965;SC=TTAAAATAGTAGTATGGAACA;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=197;TCR=135;TR=331;WE=31486548;WS=31486530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr5	31511106	rs13183642	G	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,35:0.21:168
chr5	31515373	rs7730136	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=821;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TACTCTTCCACTGTAAAAACT;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=38;WE=31515381;WS=31515363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr5	31515657	rs55656741	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=836;ReadPosRankSum=2.322;SC=AGGAACAACCGATAAACCGTA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=50;WE=31515665;WS=31515647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr5	31529299	rs6859527	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	31529306	rs6450850	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	31532429	rs2291109	A	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=25;PP=1924;SC=GCTGGCCGGGATGAGGCGCCG;SOR=1.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=31532437;WS=31532419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	31532685	rs6877568	C	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AGAGAGTTAACCAGAGTTAAA;SOR=1.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=66;WE=31532693;WS=31532675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr5	31538249	rs10071110	C	T	114.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGTATAAATACTAGAGACTGC;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=31538257;WS=31538239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr5	32000483	rs10054504	T	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=47;PP=1376;SC=TGTGCACTTGTACGTTTGCCT;SOR=5.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=49;WE=32000491;WS=32000473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	32054092	rs149414	C	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TAGTAGACCTCGGCGGAATCT;SOR=0.432;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=10;WE=32054100;WS=32054082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr5	32057651	rs161545	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=217;SC=GTTATTTTATGTGGTAGTAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=32057659;WS=32057641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	32057910	.	GT	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=5.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.805;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr5	32058115	rs151861	A	G	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=160;PP=2965;SC=GGGGAGCCTCAGCGGGAGGTT;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=116;TCR=160;TR=276;WE=32058123;WS=32058093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	32060985	rs35665699	T	TATC	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=1005;SC=CGGGAAAAGATATGAGCTTCT;SOR=3.528;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=32060993;WS=32060975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	32101168	rs2279232	A	T	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=112;PP=2965;SC=TGGCATGATGAACAACCCTGT;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=140;TCR=112;TR=251;WE=32101176;WS=32101158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	32135599	rs161539	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=12;PP=1346;SC=GCTATTTTGTGTAGGTTCCTT;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=64;WE=32135607;WS=32135589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	32209752	rs6873314	A	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.27;QD=25.98;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	32242340	.	AT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=3.864;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr5	32242381	rs7729256	G	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	32248077	rs11960898	C	T	4590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=90;PP=2694;ReadPosRankSum=0.541;SC=CCCCATATAACACAAAAGTTT;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=311;TCF=170;TCR=141;TR=196;WE=32248085;WS=32248067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,212:0.63:334
chr5	32263099	rs61418287	G	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=677;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTTTTTGGGAGGATGAAAATG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=32;WE=32263107;WS=32263089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr5	32270747	rs59928961	C	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=530;ReadPosRankSum=1.221;SC=ATGATACACACGCATGCTTTA;SOR=0.146;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=23;WE=32270755;WS=32270737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr5	32271893	rs149433808	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=-1.514;SC=ATTATCACCTATACTCTCAAA;SOR=0.904;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=22;WE=32271901;WS=32271883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr5	32276634	rs57425852	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TGTGTAGTTATTGAACTACAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=32276642;WS=32276624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr5	32379210	rs1862636	G	A	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=75;PP=2965;SC=ATACAGTTACGTACTACTTAC;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=197;WE=32379218;WS=32379200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	32385865	rs7718350	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.22;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	32385870	rs7718355	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.22;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	32388471	rs889318	T	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=479;SC=TTAAAACACATAGAACTCACA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=32388479;WS=32388461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	32403346	rs4867440	C	T	10045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=179;PP=2965;SC=GACGTTGCAACTGATGACGTA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=171;TCR=179;TR=350;WE=32403354;WS=32403336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr5	32415360	rs5867145	TA	T	968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=847;SC=CCAGTATCCTTAAAAAGCTGG;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=32415368;WS=32415350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	32417694	rs178935	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=25;PP=1416;SC=TTCATTAAACGCAGTAAGTCA;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=32417702;WS=32417684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	32419805	rs7445799	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	32419849	rs324428	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=554;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TGAGAAGCAATGGCTAGGGCA;SOR=0.320;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=44;WE=32419857;WS=32419839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr5	32444199	rs2922295	C	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=5;PP=1014;SC=GAGAGGCCGCCGGGCTGGGCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=50;WE=32444207;WS=32444197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	32444286	rs183443	A	G	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=132;NR=84;PP=2965;SC=CAGGATCCGGACCGAGGGGAG;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=132;TCR=84;TR=216;WE=32444294;WS=32444276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	32523284	rs62363783	T	C	2943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.749;NF=65;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGGCTATTGCTGGCCTCCTAT;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=122;WE=32523306;WS=32523274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,128:0.65:197
chr5	32523298	rs687659	T	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.947;NF=39;NR=30;PP=2552;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CTCCTATATCTGTCCTGAGGA;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=69;WE=32523306;WS=32523274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr5	32523343	rs2457151	C	T	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=114;PP=2965;SC=TAAGAATGCTCGGACTGTCAC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=134;TCR=114;TR=248;WE=32523351;WS=32523333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	32725072	rs1147224	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-1.576;SC=GAATCATGTCTTTTGCAGCAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=7;WE=32725080;WS=32725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr5	33448962	rs5867190	A	AT	886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1039;SC=AATCTGTTTAATTTGCCTACT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=33448970;WS=33448952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	33535060	rs25754	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=679;ReadPosRankSum=-2.064;SC=ACATTGGACAGTCCTCTTCTG;SOR=1.459;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=40;WE=33535068;WS=33535050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr5	33546113	.	TAA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.524;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	33546432	rs29967	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TATCTGTATTAGAATTTATAG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=33546440;WS=33546422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	33549559	rs462629	C	A	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1525;ReadPosRankSum=0.785;SC=TCCCCTCAGCCGTGGAGGCGC;SOR=0.139;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=96;WE=33549567;WS=33549549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr5	33561028	rs35553442	GA	G	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.941;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr5	33595996	rs10461924	C	T	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=TCAGACATCACTGTAGGCAGA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=124;TCR=76;TR=200;WE=33596004;WS=33595986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	33596193	rs10461925	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=838;SC=AGATTCACACATATTGAATCC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=33596201;WS=33596183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	33596224	rs10461703	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=516;SC=TGCTCATGGTCAGGTGAGGTA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=33596232;WS=33596214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	33596243	rs10461704	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=449;SC=TACCTGACCACGTCAACGATC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=33596251;WS=33596233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	33616311	rs4078398	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=671;SC=CCACTGGAATTGGCAGAAGCA;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=33616319;WS=33616301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	33631098	rs79948421	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=0.264;SC=CCGTACTTAGGACCCCCAAGT;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=11;WE=33631106;WS=33631088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr5	33637596	rs4076945	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=958;SC=TAAGCTTTGTGTGGATCACAG;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=33637604;WS=33637586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	33637891	rs4076946	C	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	33637899	rs4076947	G	A	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	33642163	rs60892887	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CAAGCAAGCCGGCTTTCTACA;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=17;WE=33642171;WS=33642153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr5	33643395	rs10066043	A	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=737;SC=TCCCTTAGAGAGAGTTGCCCT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=33643403;WS=33643386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	33643617	rs4866409	C	T	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=105;PP=2965;SC=TCAAAACCTGCCACAAAGCAT;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=196;WE=33643625;WS=33643607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	33648842	rs34079160	GTT	G	703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=636;SC=TGGATGTTCAGTTATTTCCAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=33648851;WS=33648839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	33648906	rs6870538	G	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=948;SC=CCTGCATATAGCCACCAAGAG;SOR=3.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=41;WE=33648914;WS=33648896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	33649220	rs4866353	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=282;SC=TAGGCCCATCATGGGAGTTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=33649228;WS=33649210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	33649637	rs4242082	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=15;PP=1081;SC=AGGTGAGGGCGTCATGAGACA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=33649645;WS=33649627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	33649807	rs4504387	C	A	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=92;PP=2965;SC=CCGAAGCTGGCAGGGAAGAAC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=170;WE=33649815;WS=33649797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr5	33963731	rs141348470	AAAC	A	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=964;SC=ACAATTAAAAAAACAACAACA;SOR=4.977;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=21;WE=33963741;WS=33963721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	33964210	rs183671	T	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=859;SC=GTGGGAAAACTCCCTGAAGAC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=33964218;WS=33964200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	33964241	rs6451048	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=512;SC=ACCTGGATATAATTGGAAAAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=33964249;WS=33964231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	33968890	rs7718382	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GGCATCAGGTGTGTGGCTTGG;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=10;WE=33968898;WS=33968880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr5	33989518	rs2278008	C	T	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TTCGTCTTCTCTGCAAATACA;SOR=0.178;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=119;TCR=156;TR=273;WE=33989526;WS=33989508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr5	33994116	rs10472909	A	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=17;PP=885;SC=TTTTCAGATTATTTTTGTCCT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=33994124;WS=33994106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	33994316	rs11742345	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=211;SC=ACAGAGTCTCGCTCTGTCACC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=33994324;WS=33994306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	33998883	rs2287939	A	G	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=110;PP=2965;SC=CCACAGACTCAATTTCTGAGT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=206;WE=33998891;WS=33998873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	34004707	rs10941112	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=CTGACCCTTGCCAGTGCGTGT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=164;WE=34004715;WS=34004697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	34008100	rs3195676	C	T	10877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=234;PP=2965;SC=GACAGCTCCACGACCGAGATG;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=391;TCF=157;TCR=234;TR=391;WE=34008108;WS=34008090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr5	34008206	rs3217251	CCGGCGCCACGCCCCCAGCCG	C	2227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=2966;SC=CTCCCAATCCCCGGCGCCACG;SOR=2.670;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=30;WE=34008233;WS=34008196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	34687911	rs2279604	G	A	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=98;PP=2826;SC=TTGCTTTGCCGTGAATTATAT;SOR=2.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=27;TCR=98;TR=125;WE=34687919;WS=34687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	34688210	rs142375133	CGACAAA	C	10083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=88;PP=2957;SC=AAAGAGACTTCGACAAAGACA;SOR=0.970;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=137;TCF=40;TCR=97;TR=118;WE=34688223;WS=34688200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	34716120	rs1867714	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.45;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr5	34716124	rs1867715	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.75;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr5	34716270	rs1867716	A	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TATTATAAAAAATGCACAGAT;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=61;WE=34716278;WS=34716260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr5	34757505	rs6865288	A	G	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CGAGGACTGCAGCCCTGCTGG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=158;TCR=150;TR=199;WE=34757513;WS=34757495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,205:0.65:315
chr5	34757666	rs17521570	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=731;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CAAGAAGGGGGCCAGTGCCAC;SOR=0.469;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=52;WE=34757674;WS=34757656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr5	34807928	rs6895634	C	T	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=70;PP=2715;ReadPosRankSum=0.535;SC=CCGAAAGTGTCGACAGCTCTG;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=170;WE=34807936;WS=34807918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,177:0.61:288
chr5	34811131	rs35607113	G	A	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1481;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGAATATACCGCTGCTTCTTG;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=109;WE=34811139;WS=34811121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,118:0.55:215
chr5	34818976	rs5867249	G	GT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.170;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr5	34821825	rs10461947	C	T	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=51;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.946;SC=AAATGGCTTTCTCTTTCCCAA;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=132;WE=34821833;WS=34821815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,141:0.67:210
chr5	34822926	rs7730728	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=54.52;MQRankSum=-2.094;NF=17;NR=0;PP=368;ReadPosRankSum=-1.665;SC=GTAGCTGGGATCACAGGCGCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=17;WE=34822934;WS=34822916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	34824555	rs1048944	G	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=1012;ReadPosRankSum=1.166;SC=GAAAAGATACGCTGAGAGCTC;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=58;WE=34824563;WS=34824545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr5	34840841	rs6451173	A	G	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=108;PP=2671;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TTCTGCTTCCATATGTAAGTA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=123;TCR=179;TR=180;WE=34840849;WS=34840831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,192:0.61:317
chr5	34845473	rs336486	C	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=0.158;SC=TTATTCCTTCCGGTTTATGTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=34845481;WS=34845463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr5	34863220	rs3846632	G	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=515;SC=ATGCCAGATGGGTCATCTCAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=34863228;WS=34863210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	34945812	rs6868348	A	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	34949678	rs138016941	G	T	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1220;ReadPosRankSum=0.623;SC=ATATCTGCCTGCAGCTCACTT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=77;WE=34949686;WS=34949668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr5	34954588	rs37437	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=974;SC=TTAATCTTGATATTAAAACCT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=34954596;WS=34954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	35010138	rs466067	A	G	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=121;PP=2965;SC=CTATCATGAGACCTTTGCCTC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=143;TCR=121;TR=264;WE=35010146;WS=35010128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	35026683	rs344513	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	35033047	rs2291698	C	T	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=70;PP=2091;SC=CTCATTCTTCCCCCACTTAAG;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=106;WE=35033055;WS=35033037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	35033526	rs2291701	C	T	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=69;PP=2889;ReadPosRankSum=-0.915;SC=ACATACCCAGCAGTCTTTAAA;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=164;WE=35033534;WS=35033516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr5	35033605	rs180749	G	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=90;PP=2847;SC=CATCTTGTAGGTCCCTACGTT;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=162;WE=35033613;WS=35033595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	35037006	rs171081	T	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACCTTTTTTTTTCCCCCATAA;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=46;WE=35037014;WS=35036988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr5	35039437	rs2279651	A	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=58;PP=2603;SC=ACGGGTGGCAATGGCCAACAC;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=145;WE=35039445;WS=35039427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	35039486	rs37370	C	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=CAGGTATCTGCTTCCTTCAGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=35039494;WS=35039476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	35047807	rs10223180	C	T	388.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5445;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=289;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TAAGACCTCACCCAGGTCTAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=35047815;WS=35047797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	35068814	.	AT	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=2.047;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr5	35700598	rs6451206	T	C	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=52;PP=2965;SC=TTCAATTTAGTGAGATACCTG;SOR=1.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=161;WE=35700606;WS=35700588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	35702209	rs35297265	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=393;SC=TAAGCCAAGGGAGGACAAATC;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	35702212	rs11357084	GA	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=648;SC=GCCAAGGGAGGACAAATCTTC;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	35702306	rs6874120	A	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=32;PP=1908;SC=GTTGGGTGCAACATGCAGTTC;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=35702314;WS=35702296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	35704584	rs7448971	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=561;SC=GCATCTTTCACCAGTATATTT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=35704592;WS=35704574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	35704892	rs10058349	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=140;SC=GGTAAAAGAAGACTAAGTAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=35704900;WS=35704882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	35709095	rs13170082	C	T	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=57;PP=2581;SC=AAAGCAGCAGCTTCCCTGGCT;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=137;WE=35709103;WS=35709085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	35709184	rs13170390	G	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=71;PP=2587;SC=AAGCCATGTGGCTTCAAAAAC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=134;WE=35709192;WS=35709174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	35712780	rs10078803	A	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=757;SC=TCAAAGTAAAAACCTGAGCCA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=35712788;WS=35712770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	35713007	rs10073537	T	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=81;PP=2597;SC=GATAAAAATATATATAATTAC;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=121;WE=35713015;WS=35712997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	35739960	rs10043875	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=378;SC=TTCTTTTGACACTATTATTCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=35739968;WS=35739950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	35753715	rs11957963	T	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=907;SC=ATGCCTGTTTTTTCTGTTCAG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=35753723;WS=35753705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr5	35763877	rs11298650	AG	A	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=48;PP=2218;SC=ATATGCTATAAGTGGAAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=50;WE=35763885;WS=35763867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	35763895	rs6876874	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=956;SC=ATTGACACAATGCTCTCAAGC;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=35763903;WS=35763885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	35763916	rs6895801	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=688;SC=ACTGTAGAAAATTGTACCTTC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=35763924;WS=35763906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	35764587	rs4869466	G	A	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=17;PP=1764;SC=CACACCATGGGGAAGATACAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=35764595;WS=35764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	35764603	rs4869467	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=28;PP=2498;SC=TACACACAGAATTTAACTCAG;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=107;WE=35764611;WS=35764593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	35764696	rs4242258	C	T	8415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=134;PP=2965;SC=AAGCCTTCTTCGAGTTTCCAT;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=159;TCR=134;TR=293;WE=35764704;WS=35764686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	35776239	rs11749262	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.811;SC=ATTCTGGTATATTAAACGTGC;SOR=0.646;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=35776247;WS=35776229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr5	35789164	rs1494576	G	A	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=92;PP=2965;SC=GTATTATTTTGCTTTTTCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=201;WE=35789172;WS=35789149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	35792356	rs7730148	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=324;SC=AGAGAGTTTTAAAATACTCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=35792364;WS=35792346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	35795738	rs716971	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TCAGTCTCTGTGGCTTTTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=35795746;WS=35795728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	35799994	rs3822735	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=5;PP=1623;SC=GCTCCTGGGGAGATTCTTCAT;SOR=4.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=62;WE=35800002;WS=35799984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	35807455	rs7736291	T	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-2.796;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,35:0.24:146
chr5	35857177	rs1353252	G	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=812;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TCATTTCTAAGTTTTCTTATG;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=65;WE=35857185;WS=35857167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,73:0.32:230
chr5	35857235	rs1494561	C	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=573;ReadPosRankSum=1.608;SC=AGTTCCCTAACAGACCTGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=43;WE=35857243;WS=35857225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr5	35857262	rs1353250	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=0.155;SC=CTGGGTTTGAATGCAGTTTGA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=28;WE=35857270;WS=35857252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr5	35857308	rs5867289	T	TC	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1036;SC=TTTTTAATGTTTAACCACCAT;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=35857316;WS=35857298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	35861068	rs1494558	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=2.017;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,72:0.28:253
chr5	35871190	rs1494555	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CCTGAGTGTCGTCTATCGGGA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=59;WE=35871198;WS=35871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,60:0.34:177
chr5	35875593	rs987106	A	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=941;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CACTTCATCTATCAATGTTCT;SOR=0.323;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=243;TCF=155;TCR=88;TR=75;WE=35875601;WS=35875583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,77:0.31:251
chr5	35876274	rs3194051	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGATGTAGTCATCACTCCAGA;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=47;WE=35876282;WS=35876264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,49:0.29:167
chr5	35904614	rs1833907	G	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr5	35921069	rs6859892	T	C	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=204;NR=188;PP=2965;SC=TCCCTGCCACTTGTAGCTGGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=205;TCR=188;TR=392;WE=35921077;WS=35921059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr5	35921266	rs3734107	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=840;SC=AGGCCTCGCCGCTGCCTCTGG;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=35921274;WS=35921256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	35954588	rs700164	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=571;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TACCTGTTGGCGGAGACAGAG;SOR=0.574;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=188;TCF=75;TCR=113;TR=54;WE=35954596;WS=35954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,59:0.30:194
chr5	35954615	rs80156976	G	A	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=70;PP=1849;ReadPosRankSum=1.170;SC=TGTTACTGACGTAGCCTCACA;SOR=1.010;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=60;TCR=98;TR=107;WE=35954623;WS=35954605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,110:0.66:166
chr5	35955682	rs768622	C	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=880;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AATACATACACAGTATCCCTT;SOR=1.309;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=51;WE=35955690;WS=35955672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr5	35956026	rs768621	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=771;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GAATACCAGGTAAAGCAGAAA;SOR=0.538;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=49;WE=35956034;WS=35956016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr5	35962984	rs1070895	A	G	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=158;PP=2965;SC=GGTCAAAGCCATCTCAGTGGT;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=131;TCR=158;TR=289;WE=35962992;WS=35962974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr5	35965970	rs3756669	A	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=0.828;SC=AAATAACTACATTGAGTCCCA;SOR=1.308;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=22;WE=35965978;WS=35965960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr5	36037778	rs2247611	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=1.415;SC=CCCATGTCCTGGAAAATACAG;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=19;WE=36037786;WS=36037768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr5	36049677	rs1287273	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TACCCTCTGCCATAATTATCC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=36049685;WS=36049667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	36051834	rs72303780	ATCCG	A	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.541;NF=5;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=0.273;SC=CAATCCATCCATCCGTCCATC;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=10;WE=36051845;WS=36051824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr5	36111167	rs43189	A	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=81;SC=AGATTAAAAAATATTCACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=36111175;WS=36111157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	36136675	rs267758	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=47;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGATAAAATGCGACTGCATAA;SOR=0.200;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=154;TCF=25;TCR=129;TR=60;WE=36136683;WS=36136665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,63:0.40:158
chr5	36137620	rs267759	A	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=190;SC=CCAGAAATATATGAATCTCAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=36137628;WS=36137610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	36141386	rs13156321	T	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=0.975;SC=GTGGCCAAGTTAATTTACATT;SOR=0.653;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=12;WE=36141394;WS=36141376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr5	36142589	rs267764	T	A	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.069;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=424;ReadPosRankSum=-0.407;SC=ATATTTTTTTTAAAAAAGGAA;SOR=1.268;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=42;WE=36142597;WS=36142579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,42:0.28:150
chr5	36142648	rs12658867	A	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1005;ReadPosRankSum=0.812;SC=TAATGTTGCTATTCTCAGGAG;SOR=0.858;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=239;TCF=135;TCR=104;TR=87;WE=36142656;WS=36142638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,91:0.36:254
chr5	36143392	rs267766	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=689;ReadPosRankSum=-0.738;SC=ATCGATGAAGCAGAAATAATG;SOR=0.637;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=65;WE=36143400;WS=36143382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,73:0.37:197
chr5	36147806	rs10071838	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=0.812;SC=GAGTACTTTACGGCTGATAAT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=36147814;WS=36147796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	36168582	rs7736391	T	C	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=75;PP=1936;SC=CAAAGGCAGTTGATTTTATGT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=121;WE=36168590;WS=36168572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	36168638	rs145823052	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CCTTCTAGCCATATCCAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=30;WE=36168646;WS=36168628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr5	36176874	rs40030	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=391;SC=TTTCTTTTTCGGATGATTCTC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=36176882;WS=36176864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	36184191	.	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=2.189;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	36201336	rs7705396	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=676;SC=GAATAACCTACTTAAAATATA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=36201344;WS=36201326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	36207424	rs2303163	G	T	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=120;PP=2965;SC=GTAAATAAGAGAGTCTTCTTC;SOR=2.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=39;TCR=120;TR=159;WE=36207432;WS=36207414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	36217764	rs111441491	G	GTTAATCA	3282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=2587;SC=CTAAAAACAAGTAAATTATTA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=35;WE=36217772;WS=36217754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	36217997	rs3761973	T	A	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=85;PP=2771;SC=CTTAGAAAAATGAAGAAAAGG;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=137;WE=36218005;WS=36217987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	36241955	rs74717771	T	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=62;PP=2011;SC=CTCAGCTCCCTACCGCCGGGA;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=92;WE=36241963;WS=36241945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	36241988	rs34888491	G	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=46;PP=1117;SC=CGCGCCGCCCGGGCCTCTAAC;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=53;WE=36241996;WS=36241978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	36253937	rs4869473	G	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=77;NR=148;PP=2965;SC=CAGTTGACACGGAGGAATTTA;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=77;TCR=148;TR=225;WE=36253945;WS=36253927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	36257225	rs116035324	G	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TCTCTACTGTGAAAGTTCTTT;SOR=2.030;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=19;WE=36257233;WS=36257215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr5	36260976	rs6881086	T	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=37;PP=1234;SC=TCTAAGAAAATGAAATAAGCA;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=36260984;WS=36260966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	36262256	rs2362977	G	C	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=118;SC=CTATGTTTAAGTACTGCCTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=36262264;WS=36262246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	36268218	rs6869599	A	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=22;PP=2127;SC=TGATCGCTAAAAAAGAAAAGT;SOR=2.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=94;WE=36268226;WS=36268208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	36269551	rs1035480	G	C	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=102;PP=2965;SC=TACACGCTTTGTTGGAAAACC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=193;WE=36269559;WS=36269541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	36271491	rs5867310	CT	C	298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=178;SC=TATTTGAAGACTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=36271499;WS=36271481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	36301369	rs884692	T	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr5	36301374	rs884693	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr5	36301420	rs884694	G	T	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=38;PP=1718;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGAGCTGGACGGACTCACCTT;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=103;WE=36301428;WS=36301410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr5	36613053	rs7728680	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=35;PP=960;SC=CTGAAAGCCCACTGGTGAGAC;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=36613061;WS=36613043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	36680125	rs2303716	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=271;SC=GGGATTCAGGAAATGCCTGGC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=36680133;WS=36680115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	36683801	rs56038114	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=261;SC=CAGAGTGAGATACTGTTTCAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=36683817;WS=36683791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	36683809	rs11284736	CA	C	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=2;PP=151;SC=GATACTGTTTCAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=36683817;WS=36683791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	36683903	rs56039629	C	T	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=27;PP=1879;SC=TATTTTGCAGCGTATATGCTC;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=102;WE=36683911;WS=36683893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	37007629	rs159753	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TGATTAAGTCTAGTATAACCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=37007637;WS=37007619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	37010404	rs35011787	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-1.694;SC=TTCTTATAAAACTGAAGTTCT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=37010412;WS=37010394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	37019354	rs300060	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTACAATTAGGTGATTTATTA;SOR=1.002;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=37019362;WS=37019344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr5	37036492	rs61748200	C	T	33.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	37061261	rs188541	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.151;SC=TCTCTATCTTATTTTAATGAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=37061269;WS=37061251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	37125560	rs3832339	CAGATA	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=-0.168;SC=ATTTGTTAAGCAGATAAGATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=8;WE=37125572;WS=37125550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	37244793	.	T	TA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5001;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=30;QD=10.5;SC=ATTCTTACAATAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=37244801;WS=37244783;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr5	37247700	rs6876576	G	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=39;PP=1606;SC=CTGGTATTGCGTGAATAAAGA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=92;WE=37247708;WS=37247690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	37342620	.	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=50.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=5.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr5	37364443	rs217852	C	T	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=97;NR=98;PP=2965;SC=CAGGTCCTTGCAAAGGATAAT;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=195;WE=37364451;WS=37364433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	37443513	rs376924895	A	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TATTTGACCTAATGTCTTCAC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=77;WE=37443521;WS=37443503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr5	37479855	.	T	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.515;HP=8;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=608;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTAACATTTTTTTTTCTGGCA;SOR=2.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=13;WE=37479875;WS=37479845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr5	37479867	.	T	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=608;ReadPosRankSum=0.008;SC=TTTCTGGCAATACTTAATGTA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=21;WE=37479875;WS=37479845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr5	37516812	.	TAC	T	101	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=68.12;NF=0;NR=4;PP=101;QD=31.5;SC=TCTTATTATATACATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=37516821;WS=37516802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	37605048	rs1400853	A	G	149.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	37605122	rs150300664	CT	C	516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr5	37605405	.	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=225;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GGCCACCTTACAAAGACAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=18;WE=37605413;WS=37605395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr5	37687843	rs35188065	AT	A	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.820;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr5	37688010	rs4371784	A	G	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=2078;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TTTCTTCTCCAGAGCAACAAG;SOR=0.481;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=138;WE=37688018;WS=37688000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,148:0.70:211
chr5	37688094	rs6451337	C	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.001;SC=ATCCACTGGACTCTATAACTT;SOR=0.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=67;WE=37688102;WS=37688084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr5	37724932	.	CATT	C	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.45;NF=2;NR=3;PP=87;QD=26.0;SC=TCAAGACTGTCATTATGACTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=5;WE=37724942;WS=37724922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr5	37724990	rs7444391	G	A	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=22;PP=1143;SC=TTTTGGATGGGAAGGTTATTG;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=61;WE=37724998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	37752415	rs1549252	A	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=91;SC=TTTCCTGAACATAATTAAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=37752423;WS=37752408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	37752460	rs1549251	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=369;SC=AGTTTAATGATTTATATTTAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=37752468;WS=37752450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	37752497	rs2973079	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=794;SC=TATTCCCCACATTTGCTCCCA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=37752505;WS=37752487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	38338761	rs17339367	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=830;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TACACAAGCACGGGCTCTGCT;SOR=0.414;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=57;WE=38338769;WS=38338751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr5	38352476	rs2589812	C	T	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=60;PP=1427;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GTGTGCTGGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=43;TCR=97;TR=87;WE=38352484;WS=38352466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr5	38370537	rs1465567	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=725;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCCCCGCAGCTGGCCCAGTGA;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=47;WE=38370545;WS=38370527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr5	38408093	rs60540056	C	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GGAGAGGAAGCGGGGCAGCAG;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=62;TCR=98;TR=97;WE=38408101;WS=38408069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,101:0.62:164
chr5	38425008	rs3812046	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=350;ReadPosRankSum=-1.474;SC=TGGGGTCAGCGCCACTGTGTT;SOR=0.497;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=27;WE=38425016;WS=38424998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr5	38435130	rs2956598	T	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=564;SC=GATGGGTCTCTAGGCTCTGTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=38435138;WS=38435120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	38504303	rs16903989	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	38510481	rs34968906	AC	A	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=0.416;SC=CACTCCTCCCACCCCCCCACT;SOR=0.502;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=17;WE=38510489;WS=38510471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr5	38512154	rs1037033	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=0.972;SC=ATAGATTCCATACAATCATCA;SOR=2.030;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=38512162;WS=38512144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	38527228	rs2289779	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr5	38528951	.	GACAC	G	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr5	38528967	.	CACACACACACACAG	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,8:0.14:56
chr5	38528969	rs71604901	CACACACACACAG	C	596.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=2.163;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr5	38530485	rs11293177	CA	C	125.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=121;SC=AAAAAGATGACAAAAAAAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38530493;WS=38530475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	38822040	rs413278	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=163;SC=CGTGGCATTCACAGGCCGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=38822048;WS=38822030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	38823254	rs369886	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=17;PP=1108;SC=TAAGTGTGTACATGTATACAT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=38823262;WS=38823244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	38823358	rs581668	C	A	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=GCATACATACCTGGGTACGTG;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=153;WE=38823366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	38876573	rs357271	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=477;SC=GTTTTGGAAATATATTAGCAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=38876581;WS=38876563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	38881636	rs74924445	A	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=0.203;SC=AAGTCAAGTCAAGCTATTTTA;SOR=0.314;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=38881644;WS=38881626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	38904363	rs1239334	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=-1.402;SC=ATTTGCTGTGCTCTGGTTTGC;SOR=2.608;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=38904371;WS=38904353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr5	38904649	.	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=282;ReadPosRankSum=0.312;SC=GTAGGTCTTAGGAGTTAGACT;SOR=0.558;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=26;WE=38904657;WS=38904639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr5	38917574	rs357260	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GTCCTTGACCGTCCTAGAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=12;WE=38917582;WS=38917564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	38917904	rs357262	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TTTGATAGCTGATGCAACTGA;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=38917912;WS=38917894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	38923171	rs357293	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.263;SC=AGCCAACGTGTCATGCCTTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=38923179;WS=38923161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	38931919	rs357277	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCATAAACTTGTATTTATTCC;SOR=1.437;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=18;WE=38931927;WS=38931909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
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chr5	38953427	rs2115948	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=270;SC=ACACTTATATTGGCAGGAACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=38953435;WS=38953417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr5	38958968	rs6868591	A	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr5	38962543	rs7729745	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	38964819	.	T	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CTATTTTTTTTAAAAAGAAGA;SOR=0.591;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=11;WE=38964827;WS=38964809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr5	38966903	.	AT	A	78.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.431;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	38971912	rs7732615	T	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	38990957	.	T	TATGAGATATATGATATATATATGATAG	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=109.53;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	39021369	rs13177690	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.963;SC=CCCCAAATCTGTTAATTTAAA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=39021377;WS=39021359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	39107353	rs404122	T	A	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=113;SC=GTCTTCTGAGTTAACAATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=39107361;WS=39107343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	39108309	rs377022	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	39108322	rs430630	A	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	39119723	rs379707	C	A	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	39153529	rs41302832	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1192;ReadPosRankSum=0.263;SC=GAAAGAAATCGCAAGATAATC;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=81;WE=39153537;WS=39153519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr5	39285139	rs261738	T	A	209.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	39364474	rs6864541	A	G	3902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=84;PP=2706;ReadPosRankSum=0.283;SC=GACAAGCAGAAAAGTAACTGA;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=165;WE=39364482;WS=39364464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,170:0.71:240
chr5	39375082	rs2686162	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=435;ReadPosRankSum=0.385;SC=TCACAAAAACCCCTGAGACAG;SOR=0.826;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=37;WE=39375090;WS=39375072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr5	39376840	rs61742957	G	A	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2004;ReadPosRankSum=1.376;SC=TGAAATAACTGGCAAAGGCAC;SOR=0.596;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=110;TCR=128;TR=135;WE=39376848;WS=39376830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,144:0.57:251
chr5	39376858	rs61744160	C	A	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=1885;ReadPosRankSum=3.007;SC=CACTCAAAGTCCCAGAAGAAG;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=131;WE=39376866;WS=39376848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,140:0.58:241
chr5	39377418	rs2738238	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=439;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CTTATCAGGAGTCAAGCTTGA;SOR=0.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=32;WE=39377426;WS=39377408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr5	39383257	rs34507990	T	C	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.991;SC=CCTGAGGCGTTGGTCGAGGAA;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=171;TCR=190;TR=230;WE=39383265;WS=39383247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,241:0.64:378
chr5	39390061	rs2855512	C	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=28;PP=823;SC=CACTGTTATCCGTATTTTAAT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=39390069;WS=39390051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	39390121	rs34356831	A	AT	164.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7331;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TCATACTGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=39390129;WS=39390111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr5	39390369	rs62358402	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=338;ReadPosRankSum=0.863;SC=CAGCAGTGCATAGCTATCAAT;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=16;WE=39390377;WS=39390359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	39392352	rs62358406	A	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1043;ReadPosRankSum=1.542;SC=GTAATATATGATATATTTGTT;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=66;WE=39392360;WS=39392342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr5	39393239	rs62358409	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=405;ReadPosRankSum=1.071;SC=CTGATGGATAATGTGATTAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=17;WE=39393247;WS=39393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
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chr5	40716153	rs10737963	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=731;SC=TACAACCAGGCGTTCTCCTAT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=40716161;WS=40716143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr5	40772071	rs837103	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=406;SC=AAAATCTTCCCAATGAACTTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=40772079;WS=40772061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	40777531	rs144157386	T	TTA	4099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=2745;ReadPosRankSum=-2.030;SC=CTATATTTAATATAAACAGAG;SOR=0.811;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=60;WE=40777539;WS=40777521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,98:0.59:167
chr5	40834864	rs3816959	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=0.169;SC=CAGAGACCACTACCCGCATTT;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=18;WE=40834872;WS=40834854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr5	40835433	rs41271055	A	G	4279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.965;SC=AGGTGGGGTCAAGAGGAGGAT;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=270;TCF=106;TCR=164;TR=178;WE=40835441;WS=40835423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,182:0.65:280
chr5	40852451	rs188934	C	G	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=117;PP=2965;SC=GAGATGTGACCGCTAGGGATT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=146;TCR=117;TR=262;WE=40852459;WS=40852441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	40854682	rs1697938	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.210;SC=TATACATGACTGAATTGGATA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=40854690;WS=40854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	40928574	rs2443040	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-0.446;SC=ATTGAGAAATAATAACATCAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=40928582;WS=40928564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	40928792	rs2459467	T	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=1.041;SC=AATGTTTTAGTAATTCTTTAG;SOR=0.830;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=15;WE=40928800;WS=40928782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr5	40931357	rs2271709	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=1.744;SC=TTTGAAAACTATGTTTGTAAT;SOR=0.138;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=40931365;WS=40931347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	40936669	rs16870528	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GGTAAGTCTACGAACAAGTCT;SOR=0.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=7;WE=40936677;WS=40936659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr5	40949997	rs1450656	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TTTACATTTTCTCCCCTAGAT;SOR=0.341;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=22;WE=40950005;WS=40949987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr5	40950157	rs149156108	C	CT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr5	40955561	rs1063499	G	C	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TCTGGCCTTAGTTACCTAGAG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=110;WE=40955569;WS=40955551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,119:0.63:189
chr5	40964816	rs7713884	C	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.001;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=2.158;SC=CAAACTCTTTCCTTTTCCATC;SOR=1.251;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=25;WE=40964824;WS=40964806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr5	40972017	rs11747673	A	G	128.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CCTATGAATAATCACTGCTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=40972025;WS=40972007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	40972111	rs10805655	C	T	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=49;PP=2853;SC=TAATTTCAGACGGCAAAATAT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=148;WE=40972119;WS=40972101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	40979790	rs2876849	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-1.227;SC=TTACGAACAAAAATCTTGTAA;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=40979798;WS=40979780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	40980086	rs1450664	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=498;ReadPosRankSum=-1.139;SC=ATGTGGTTTCTAGTTTAGCAG;SOR=0.396;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=33;WE=40980094;WS=40980076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr5	40980102	rs2292727	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-0.076;SC=AGCAGTGGGCCGAAGAAGATA;SOR=1.390;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=12;WE=40980110;WS=40980092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr5	40981375	rs3749519	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	40981375	.	GTCATT	ATCATC,ATCATT	265	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10,19;NR=0,0;PP=265,158;QD=31.8467874862;SC=AATTTATTATGTCATTCCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=10,19;WE=40981388;WS=40981365;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:19
chr5	40981380	rs7731615	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.66;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	40981398	rs41271065	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=1.827;SC=GGAGCTTCTACAGCTCTGATC;SOR=0.317;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=11;WE=40981406;WS=40981388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
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chr5	40998196	rs704040	T	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1667;ReadPosRankSum=1.102;SC=TCAGGAGGGTTTGCAAAGCAG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=103;WE=40998204;WS=40998186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,110:0.67:163
chr5	40998235	rs722575	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CACTAATACACGGATCTTGAC;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=89;WE=40998243;WS=40998225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,94:0.65:144
chr5	40998814	rs2876850	T	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=984;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACTGATTTCATTATAGAGGAA;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=61;WE=40998822;WS=40998804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr5	40998851	rs2329435	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TAGCAGGTTAGACTCTGCACC;SOR=1.015;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=22;WE=40998859;WS=40998841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr5	40999900	rs1376175	T	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=583;ReadPosRankSum=0.749;SC=GATGTGAATTTCAAAGAGGGC;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=40;WE=40999908;WS=40999890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,46:0.82:56
chr5	41000243	rs1376177	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GAAATTCCTTGCTACATTGTT;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=14;WE=41000251;WS=41000233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	41000343	rs1001420	G	A	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGAATTGCCTGTAGAAATCCC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=87;WE=41000351;WS=41000333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,92:0.71:130
chr5	41001023	rs2167229	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=404;ReadPosRankSum=0.682;SC=CACCCTTCCCGCTTCAGCAAA;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=26;WE=41001031;WS=41001013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr5	41004396	rs7712140	G	T	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.18;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	41004396	.	GTTTCTGTTCA	TTTTCTGTTCA,TTTTCTGTTCT	1858	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=59.78;NF=95,66;NR=27,17;PP=396,1858;QD=3.53091157826;SC=ACCTAAACCTGTTTCTGTTCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=95;TCR=27;TR=122,83;WE=41004414;WS=41004386;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:122
chr5	41004406	rs7711722	A	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=5.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,105:0.70:151
chr5	41004807	rs2305314	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-1.569;SC=AACAACTAGGCGTGGGTTATT;SOR=0.169;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=41004815;WS=41004797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	41005527	.	C	CCCTCCT	225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=65.19;NF=3;NR=4;PP=225;QD=33.0;SC=CCCCCCCCCCCTTGAAGTCTC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=41005535;WS=41005505;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,7:0.70:10
chr5	41005791	rs10941529	T	C	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=52;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TACTAAACAATGGAGGAAATC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=88;WE=41005799;WS=41005781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr5	41008780	rs2271704	A	G	5164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=72;PP=2965;SC=GGGACAAGTGAGCATCTTCTG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=182;WE=41008788;WS=41008770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	41012615	rs6876879	AA	GC	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=1673;ReadPosRankSum=0.291;SC=ACAAACAGAGAAAGTGGCTGA;SOR=0.944;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=43;WE=41012624;WS=41012605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr5	41018452	rs10054110	A	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1308;ReadPosRankSum=0.917;SC=CCTCAATATCATTTGTCAGCA;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=268;TCF=144;TCR=124;TR=91;WE=41018460;WS=41018442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,95:0.34:279
chr5	41019229	rs896118	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=0.833;SC=CTAACGTGTCACATTTTCTGA;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=41019237;WS=41019219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	41032998	rs325831	A	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=62;PP=2307;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CAACCTCATCAGACCATTGGG;SOR=1.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=94;WE=41033006;WS=41032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr5	41033112	rs4957367	G	A	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=148;NR=96;PP=2965;SC=GAATACTCAGGGCCTTTCTTA;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=148;TCR=96;TR=244;WE=41033120;WS=41033102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	41033931	.	C	CTATT	3199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.451;NF=60;NR=17;PP=2600;ReadPosRankSum=-0.197;SC=ATCTATCTATCTCTCCTACCT;SOR=1.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=77;WE=41033939;WS=41033921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr5	41034181	rs325833	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=55;PP=1687;SC=TCCCCCAGGTAAGTCATGAGT;SOR=6.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=56;WE=41034189;WS=41034171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	41039000	rs325849	A	G	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=74;PP=2448;SC=TCTGAAGACCAGGAAAGGGAG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=140;WE=41039008;WS=41038990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	41039430	rs7700901	G	C	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=57;SC=GGACAGTTCTGACCTGGAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=41039438;WS=41039420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	41042284	rs325854	G	T	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=63;PP=1936;SC=ATGCTAAGGTGGTTCCCAAGG;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=41042292;WS=41042274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	41045730	rs11297360	CT	C	958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=675;SC=AGAGGGAACTCTTTTTTTTTT;SOR=2.362;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=37;WE=41045739;WS=41045720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	41045768	rs325860	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=26;PP=2135;SC=CTTTGATTGTGATACAGACAA;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=102;WE=41045776;WS=41045758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	41045835	rs6864243	C	G	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=83;PP=2965;SC=TTCCCCTCAGCTGAAAAACCA;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=140;TCR=83;TR=222;WE=41045843;WS=41045825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	41048533	rs13173930	C	T	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=113;PP=2965;SC=ACCAGCCCCACGTAACTCCCC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=129;TCR=113;TR=241;WE=41048541;WS=41048523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	41049389	rs325863	T	C	7440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	41049397	rs325864	C	T	7199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	41050999	rs325866	C	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=20;PP=1588;SC=GGAGAACAAACTCATGTCTTT;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=41051007;WS=41050989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	41051142	rs6893131	A	G	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1792;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TTTCTCGGACAGATTCCTCTT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=118;WE=41051150;WS=41051132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,131:0.69:191
chr5	41057562	rs618334	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=709;SC=AAAACAAGCTTCTCATCTTCC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=41057570;WS=41057552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	41061716	rs865093	A	G	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=75;PP=2965;SC=ATTATATACCAGAACAGCATG;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=132;TCR=75;TR=207;WE=41061724;WS=41061706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	41061871	rs587412	T	C	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=113;PP=2965;SC=AATATAAGGATGGGGCAGACG;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=64;TCR=114;TR=177;WE=41061879;WS=41061861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	41069734	rs10512757	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=640;SC=AAAATATATACGAAATGTTGC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=41069742;WS=41069724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	41069852	rs13174484	T	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.12;NF=46;NR=44;PP=1789;SC=TCCCCAAACATCTCTAAAACG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=41069860;WS=41069832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	41069952	rs35526955	CCTCT	C	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=723;SC=ATTCATTTATCCTCTCTCTCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=41069963;WS=41069942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	41070840	rs1423391	C	T	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=120;PP=2965;SC=AATGACGCGCCACTCCCAGCC;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=183;TCR=120;TR=303;WE=41070848;WS=41070830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	41154150	rs4957374	A	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=51;PP=1658;SC=GAATAAACAAAAAATTTAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=41154158;WS=41154140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	41158671	rs10075985	T	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=6;PP=1361;SC=TTAAAGTCAATAGGAGATTAT;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=41158679;WS=41158661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	41158863	rs6866352	G	A	6999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=138;PP=2965;SC=TCATTTCTTCGTCATCATTGA;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=105;TCR=138;TR=243;WE=41158871;WS=41158853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr5	41199959	rs1801033	G	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=738;ReadPosRankSum=0.791;SC=TACCAGAGGCGCAGTGCATGG;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=51;WE=41199967;WS=41199949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr5	41381901	rs35812696	T	TC	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=320;SC=ATTTGAGGTTTCCCCCTGACA;SOR=1.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=41381909;WS=41381891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	41382681	rs319013	G	T	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	41382691	rs545358	C	A	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	41475766	rs318039	C	T	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=78;PP=2316;ReadPosRankSum=0.105;SC=CAGGCGCCACCTGTGGCTGTC;SOR=0.800;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=134;TCR=129;TR=153;WE=41475774;WS=41475756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,168:0.59:287
chr5	41805525	.	TA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.674;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	41853514	rs7723992	T	G	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=32;PP=1767;ReadPosRankSum=0.101;SC=AAAGCAAATTTTCTCACCTGT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=107;TCR=46;TR=106;WE=41853522;WS=41853504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,112:0.70:160
chr5	41915310	rs58204687	G	A	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=40;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CAGATAAAAGGGTTATAAAAA;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=109;WE=41915318;WS=41915300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,116:0.64:182
chr5	41927423	rs277414	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATCCAAGTTAATCCTGACCCT;SOR=1.501;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=41927431;WS=41927413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr5	42565843	rs12521020	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=747;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AAAGACTTACCAGGATTCCTT;SOR=2.362;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=32;WE=42565851;WS=42565833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr5	42566166	rs10941579	A	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=0.579;SC=TAGCAGCAAAAAGGAAACTTG;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=17;WE=42566174;WS=42566156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr5	42646260	rs11415813	C	CT	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=564;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TTTTACTAAACTTTTAGAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=16;WE=42646268;WS=42646250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr5	42700044	rs6179	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=952;ReadPosRankSum=0.136;SC=TTCAGAAAGGATGGATGGTTC;SOR=0.965;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=222;TCF=79;TCR=143;TR=68;WE=42700052;WS=42700034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,71:0.30:234
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chr5	42769844	rs1109882	G	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=29;PP=781;SC=GTTTTTACATGGTTGATAATA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=42769852;WS=42769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	42779686	rs11427149	G	GA	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
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chr5	42799719	rs4041462	T	TTTA	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=602;ReadPosRankSum=0.708;SC=TGTACTAAATTTTATTTCTGA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=14;WE=42799727;WS=42799709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr5	43066774	rs316408	T	C	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=86;PP=2965;SC=ATGGCGGTGCTGGGACCCTAA;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=131;TCR=86;TR=217;WE=43066782;WS=43066764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	43245922	rs13176855	C	T	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=51;PP=2965;SC=TGAACCCCCACTATGCCCGGT;SOR=1.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=113;TCR=51;TR=164;WE=43245930;WS=43245912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	43446316	rs114321175	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CTAAGACTGCCGTGTACCTCA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=43446324;WS=43446306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	43487874	rs3776423	T	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=262;SC=AATTACAATCTTAGGTATTTG;SOR=2.584;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=43487882;WS=43487864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	43492265	rs6876588	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=341;SC=GCTTATTCTCTGTTAGTTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=43492273;WS=43492255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	43492978	rs10039298	G	A	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=77;PP=2776;SC=TATTGCTATCGTTTATCCCAG;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=43492986;WS=43492968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	43493592	rs7732089	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=416;SC=AGTATGGATATAAACAATAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=43493600;WS=43493582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	43493867	rs79463127	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=0.441;SC=AAATCCTTAAGCCCCTAGAAG;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=43493875;WS=43493857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	43503698	rs78152896	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=760;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TATAAGGCTCGTCCCATCTTC;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=66;WE=43503706;WS=43503688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,71:0.35:203
chr5	43503914	rs77510433	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.963;SC=ATATAATTGTCTTTAGAAGTC;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=43503922;WS=43503904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	43505993	rs7710628	A	G	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.663;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1550;ReadPosRankSum=0.608;SC=TGCTGATTTTATTATGAAAAT;SOR=0.340;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=88;WE=43506001;WS=43505983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr5	43509348	rs6872851	T	A	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=66;PP=2650;SC=AAAAATTCAGTGCCACAGGGA;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=154;WE=43509356;WS=43509338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	43509462	rs11415989	T	TC	1817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=1764;SC=GGATAAGATATCTTCTAAGTC;SOR=3.171;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=39;WE=43509470;WS=43509452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	43527673	rs4318791	C	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=575;SC=CCTAGACTGACTTATAATAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=43527681;WS=43527663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	43530035	rs6866325	G	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=902;ReadPosRankSum=-1.942;SC=CACATGAAATGACCAATCACC;SOR=0.637;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=62;WE=43530043;WS=43530025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr5	43533992	rs11741521	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=393;SC=GTCTGCACCTAATAATGCAAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=43534000;WS=43533982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	43535754	rs6869933	G	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr5	43543259	rs111863290	CATT	C	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=662;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ATAGGTACATCATTATTAATG;SOR=0.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=17;WE=43543269;WS=43543249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr5	43557014	rs116387322	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=1.358;SC=GACGCGGGGGGAAGGCGCCGC;SOR=0.477;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=23;WE=43557022;WS=43557004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr5	43609343	rs10057103	C	T	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=133;PP=2965;SC=CTCGTGTCCTCTACTTAGCAA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=143;TCR=133;TR=276;WE=43609351;WS=43609333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	43612984	rs139409541	T	TA	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=614;ReadPosRankSum=0.418;SC=CAAATATATATTTTTTTTGCC;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=31;WE=43612992;WS=43612974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr5	43644562	rs41271077	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=0.379;SC=TTAAAGCTCCTGTTGAAATAT;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=5;WE=43644570;WS=43644552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr5	43644971	rs41271079	G	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.281;SC=TCTGTTTATGGAAGAATTCTA;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=43644979;WS=43644961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	43647964	rs16873435	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.862;NF=12;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-0.413;SC=ACTTCACATGTCTTAGCTCAT;SOR=1.127;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=15;WE=43647972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr5	43647996	rs35773822	C	CAA	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.794;NF=11;NR=7;PP=716;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AAGAATTCAGCAGTGGGTATA;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=18;WE=43648004;WS=43647986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr5	43650735	rs79308508	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=605;ReadPosRankSum=0.638;SC=AATGGAGACATACAAAGCAAA;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=45;WE=43650743;WS=43650725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr5	43656024	rs56193661	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=2.317;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,58:0.27:213
chr5	43656652	rs77528594	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.530;SC=CAGCATCCTCATAATCCTTGG;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=18;WE=43656660;WS=43656642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr5	44310492	rs6881797	A	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=63;PP=2418;ReadPosRankSum=1.971;SC=GTAATGGTTTACTGGAGTGGA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=135;TCR=89;TR=158;WE=44310500;WS=44310482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,172:0.71:243
chr5	44809162	rs3747479	G	C	15675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=273;NR=270;PP=2965;SC=GAAACGACCTGCCAAGACGTC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=543;TCF=273;TCR=270;TR=543;WE=44809170;WS=44809152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr5	45695764	.	C	A	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=51;PP=2441;ReadPosRankSum=0.564;SC=CGACCGGGAGCCCTCACCTGA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=176;TCR=90;TR=156;WE=45695772;WS=45695754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,166:0.59:279
chr5	49698180	rs13172025	G	A	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=89;PP=2965;SC=GAATTTGACTGTGAAGTTGGT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=73;TCR=89;TR=162;WE=49698188;WS=49698170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	49701519	rs34041280	CTGT	C	3000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.803;NF=36;NR=9;PP=2055;ReadPosRankSum=-2.594;SC=TAAATGTTTTCTGTTGTTGTT;SOR=1.247;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=45;WE=49701529;WS=49701509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,76:0.79:96
chr5	49701755	rs2271236	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.15;QD=29.43;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	49707039	rs113909371	G	A	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.842;NF=81;NR=35;PP=2031;ReadPosRankSum=-0.025;SC=ACCTGTATTGGGTATACAAGG;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=113;TCR=48;TR=116;WE=49707047;WS=49707029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,123:0.72:172
chr5	49963235	rs62366937	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=153;SC=AGGCAGCCACCAGCTTTGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=49963243;WS=49963232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	50040778	rs282561	T	C	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=5;PP=120;SC=TTAAGCTTTGTTCTTTCCACG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=50040786;WS=50040768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	50045874	rs140598093	C	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr5	50046131	rs35347195	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	50046139	rs282553	A	G	239.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=102;SC=TGGTAGAGGAAGCCTTAAAGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=50046147;WS=50046121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	50052800	rs282551	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=403;SC=GCATAACGTCTTCCATGTTCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=50052808;WS=50052795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	50052888	rs282550	C	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=17;PP=1728;SC=TGTGTACCTCCGTTTCTTTAT;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=50052896;WS=50052878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	50053015	rs282549	G	A	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=85;PP=2817;SC=TCCTGGTTCCGTTTCCTGTGG;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=150;WE=50053023;WS=50053005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	50057729	rs282547	G	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=834;ReadPosRankSum=1.868;SC=ATTACGGAGGGCAGGTAAGGA;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=60;WE=50057737;WS=50057719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr5	50074028	.	GA	G	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=264;ReadPosRankSum=-1.401;SC=ATTTTTGGGGGAAATTTAATT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=50074036;WS=50074018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	50084508	rs10683094	C	CCTT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=572;SC=CAAACAAAAACCTATTCAGTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=50084516;WS=50084498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	50118250	rs41270305	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TATGTCATCTGGTCTTGTACA;SOR=0.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=16;WE=50118258;WS=50118240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr5	50683655	rs2288468	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=43;PP=1237;SC=CCACAACAACTATGGTAGCTA;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=50683663;WS=50683645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	50685505	rs2303751	A	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=25;PP=1634;SC=CCAGGCAGCCAGCCCTGCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=50685513;WS=50685495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	52084365	rs10067659	G	C	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=82;PP=2212;SC=ATCCACTTTCGGGCATTCCAG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=52084373;WS=52084355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	52084441	rs2897351	C	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=844;SC=AATTAGTTTTCGTGTCTCTCC;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=52084449;WS=52084431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	52096889	rs1499280	C	A	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=CTGCGACTACCTGTTTCAACA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=199;WE=52096897;WS=52096879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	52157374	rs2447867	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=348;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CATTACCTTGTGTAAAGTTGG;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=37;WE=52157382;WS=52157364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr5	52161500	rs11427012	G	GC	3471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=18;PP=2207;SC=TTCCAAATTTGACAATTGACT;SOR=1.637;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=50;WE=52161508;WS=52161490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	52193287	rs1531545	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=433;ReadPosRankSum=-0.644;SC=ATGTTATAGCCACAGCTGACC;SOR=1.309;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=36;WE=52193295;WS=52193277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,36:0.27:134
chr5	52193414	rs377107895	C	CA	6422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=92;PP=2972;SC=CTTCCCTTCCCAAACCAACAT;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=13;TCR=99;TR=104;WE=52193422;WS=52193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	52204943	rs1478441	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=39;PP=1103;SC=TAATAAATTCCAATTTTTCAC;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=52204951;WS=52204933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	52223350	rs923837	A	G	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2838;ReadPosRankSum=0.584;SC=GAAAATTCTGAAAGAACACGT;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=173;WE=52223358;WS=52223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,184:0.71:258
chr5	52223516	rs10038773	C	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.436;SC=ATACAAAATACATGTAGAAAT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=24;WE=52223524;WS=52223506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr5	52235802	rs1904165	T	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=945;SC=TCTATGCACTTATTGAATAAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=52235810;WS=52235792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	52235854	rs2447874	T	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=469;SC=TGCAAGGCACTGTGCTGCTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=52235862;WS=52235844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	52285117	rs28095	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=7;PP=1761;SC=AGGGGCGGGCTGGGGCGGGCC;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=73;WE=52285125;WS=52285107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	52337908	rs3212441	C	T	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=50;PP=2832;SC=CTATACTTAACACTTTGTGTC;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=152;WE=52337916;WS=52337898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	52338083	rs1363192	T	G	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=79;PP=2390;SC=AGGCATGTGATTTGTCTTAGA;SOR=1.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=118;WE=52338091;WS=52338073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	52341064	rs1421937	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=697;SC=TGGCTATCCAATGTTGAATAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=52341072;WS=52341054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	52344610	rs1421933	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1130;SC=GGTATGGCTAACAGAAATGCA;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=52344618;WS=52344600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	52347369	rs1126643	C	T	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=132;PP=2965;SC=CAAACACATTCGGAGCAATTC;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=108;TCR=132;TR=240;WE=52347377;WS=52347359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	52351413	rs1062535	G	A	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=53;PP=2965;SC=GAAGTGCTACGAAAGTAATGG;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=153;WE=52351421;WS=52351403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	52351746	rs3212522	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	52354103	rs996765	A	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=58;PP=1679;SC=AATTTGAAGGATAATAATGTC;SOR=4.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=52354111;WS=52354093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	52355854	rs2303127	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=65;PP=2204;SC=TAAGGCATGGTAATAATTGGC;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=105;WE=52355875;WS=52355844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	52358761	rs35940809	TA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr5	52366138	rs2112290	G	A	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=107;PP=2965;SC=TCCTAAAGACGAGAGAGTGGT;SOR=1.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=156;WE=52366146;WS=52366128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	52367666	rs2287872	A	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=9;PP=1683;SC=ACTGTGCTCTAAATTGTAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=73;WE=52367674;WS=52367656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	52367706	rs2287871	T	C	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=47;PP=2809;SC=TGTTTTAATGTTGCTATGCTC;SOR=1.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=143;WE=52367714;WS=52367696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	52368922	rs984966	T	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=13;PP=972;SC=TAATGGCTTTTCCCCCCTCCT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=52368930;WS=52368912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	52370174	rs3212591	G	A	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=CACAAATGTTGTATGCCAATT;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=187;WE=52370182;WS=52370164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	52379277	rs2303122	C	T	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=122;PP=2965;SC=ACGGGACTTTCGCATCAGTAA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=218;WE=52379285;WS=52379267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	52781376	rs33951575	GTT	G	776.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr5	52781597	rs722910	A	T	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=64;PP=2048;SC=CTTTAAAAAAATTTTTTTAAC;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=52781605;WS=52781587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	52856504	rs2279516	G	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,35:0.27:132
chr5	52869553	rs72750147	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=728;ReadPosRankSum=0.622;SC=CAGGCAGCTGCGACTATAGGC;SOR=1.074;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=56;WE=52869561;WS=52869543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr5	52942083	rs31304	A	C	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=33;PP=2792;SC=CTTTAACTGGAGTTCCAGAAG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=108;TCR=34;TR=140;WE=52942091;WS=52942073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	52942197	rs31303	A	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=5.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-2.234;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,77:0.21:367
chr5	52978776	.	GGATT	G	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=27;QD=28.5;SC=TTCTCACAGAGGATTGATTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=2;WE=52978787;WS=52978770;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr5	52979097	rs567	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr5	53371315	rs70986658	C	CT	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.471;QD=35.78;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr5	53371333	rs156384	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.42;ReadPosRankSum=1.133;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr5	53606295	rs35941	T	C	7781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	53814052	rs2548615	T	C	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=83;PP=2965;SC=AGCCCCTGCCTGTCGCGCCCC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=178;WE=53814060;WS=53814042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	53814394	rs2548614	T	C	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=TGTCCCTGGGTTCCCGCGGCG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=171;WE=53814402;WS=53814384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	53815240	rs61739378	G	C	13078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=233;PP=2965;SC=AGGCCTTCTCGGTGGGCCTGA;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=467;TCF=234;TCR=233;TR=467;WE=53815248;WS=53815230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr5	54153803	rs10040872	C	T	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.035;NF=76;NR=90;PP=2631;ReadPosRankSum=-1.975;SC=GTACATACTGCGGGAAAGCCT;SOR=0.835;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=166;WE=54153811;WS=54153793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,176:0.74:239
chr5	54154209	rs3916738	G	A	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-0.757;NF=71;NR=79;PP=2314;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GAAACCTTTCGTATGTAAAGA;SOR=0.825;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=243;TCF=123;TCR=120;TR=150;WE=54154217;WS=54154199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,166:0.63:263
chr5	54154328	rs4242050	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=828;ReadPosRankSum=-1.894;SC=TTTAGCCCATCGGTTGCCATC;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=45;WE=54154336;WS=54154318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr5	54252345	rs6877572	T	C	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=107;PP=2928;SC=TCAAATCTAATGTGGCCTGCA;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=177;WE=54252353;WS=54252335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	54252463	rs6893219	C	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=371;SC=CCCAGCACACCTCCTGTCTGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=54252471;WS=54252453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	54253339	rs2897761	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=163;SC=ATCCTTCTGATTGGGGCAAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=54253347;WS=54253329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	54253555	rs3815922	A	G	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=53;PP=2332;SC=GCTGGGAGCAAGATGGCTGCC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=54253563;WS=54253545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	54253581	rs3815923	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=2394;ReadPosRankSum=1.283;SC=ACCCAAGCACAACTATATCCA;SOR=0.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=117;WE=54253589;WS=54253571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr5	54253754	rs6883914	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=539;SC=GGAGATGCATTAGGCTTTATC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=54253762;WS=54253744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	54319997	rs3822315	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=0.065;SC=GATACATAACGTTTACACCTA;SOR=1.089;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=11;WE=54320005;WS=54319987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	54320700	rs9292078	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=425;ReadPosRankSum=-0.725;SC=ACAAGAGAAGCTTACCTCTCC;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=44;WE=54320708;WS=54320690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr5	54403957	rs3104233	T	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=28;PP=1689;SC=CAACAGCTGATGGAAAAAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=54403965;WS=54403947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	54404015	rs1875506	C	T	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=70;PP=2965;SC=AAAAGGGGGACGATGTGAAAC;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=173;WE=54404023;WS=54403993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	54410120	rs3104230	A	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=101;PP=2965;SC=GGACTCAAAGACAGGTGCAGC;SOR=1.224;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=171;WE=54410128;WS=54410110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	54433393	rs336081	G	A	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=128;NR=82;PP=2965;SC=GTATTCAGAGGGCCTCTCAAT;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=210;WE=54433401;WS=54433383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	54439466	rs1021580	G	A	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=69;PP=2286;SC=TGTTCTTTGCGGGATCCTACA;SOR=1.247;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=115;WE=54439474;WS=54439456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	54459961	rs381852	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=42;PP=2098;SC=AAGTTCTGGAAGCCAGAGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=101;WE=54459969;WS=54459951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	54468921	rs336115	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=686;SC=GACGCCTAATCGTCAAACCCC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=54468929;WS=54468911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	54516521	rs6879219	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,92:0.27:345
chr5	54516752	rs3111181	C	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=663;SC=TCTCCTCTCCCGGGCCCCCAC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=54516760;WS=54516742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	54517102	rs34101652	C	CT	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=4.178;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=0.865;SC=AATCAATTTACTTTTTTTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=54517110;WS=54517092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr5	54518660	rs7730048	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=952;SC=ATGAGTTGCTGGAGAGTCGTT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=54518668;WS=54518650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	54523012	.	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GCGGCGGCCCGGGCTGGGGCA;SOR=1.078;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=54523020;WS=54523002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	54528388	rs72749883	G	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=772;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCGGGAAGGAGGGGGGAGGCG;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=58;WE=54528396;WS=54528378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr5	54557438	rs400437	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=676;SC=CATTTTAAGCTCAGAGTATTT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=54557446;WS=54557428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	54563775	rs143912964	TTTA	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=312;SC=TTTTCAATATTTTATTATGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=54563785;WS=54563765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	54693374	rs230802	G	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=72;PP=2103;SC=AATTTCATAAGTTAAGTATAA;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=107;WE=54693382;WS=54693364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	54693402	rs230801	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1233;SC=GTAAATACAGGTAGTGTTTAT;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=54693410;WS=54693392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	54706325	rs139320115	T	TTTTAAA	6572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=38;PP=2966;SC=TATTCTGACATTTTATTCTTT;SOR=1.256;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=61;WE=54706333;WS=54706315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	54709943	rs230766	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=13;PP=817;SC=TTGTTAAAACGGGTAGTGTGA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=54709951;WS=54709933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	54718618	rs230753	G	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=706;SC=ATTAATTATCGTGTGTTCTCC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=54718626;WS=54718608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	54721619	rs3217330	A	AT	388.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.544;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr5	54721642	rs230750	A	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=26.43;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	54721982	rs72753712	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TAGGGAACAGGACTTCTAGGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=54721990;WS=54721972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	54737538	rs2278258	T	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=26;PP=2073;SC=TACTTCTCAGTATGAAACTTA;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=96;WE=54737546;WS=54737528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	54737791	rs2278257	G	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=54;PP=1608;SC=CAAAAGTATTGTTGATTTCAT;SOR=2.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=54737799;WS=54737781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	54771380	rs6870449	A	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TGCATTTGCCATGAAAATAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54771388;WS=54771370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	54804621	rs7707766	C	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=26;PP=1799;SC=GAAGTGAAGACCCAGGTGTAC;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=54804629;WS=54804611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	54830295	rs2292280	T	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=7;PP=963;SC=GCCCCACAGCTGCGCACGCGT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=54830303;WS=54830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	54830380	rs11745331	A	G	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=78;PP=2965;SC=CGCCCCTCGGACCCGGCGGCG;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=117;TCR=78;TR=195;WE=54830388;WS=54830370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	54941810	rs6450329	TG	CA	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=1.656;SC=AAAAATCAGTTGTCACTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=54941819;WS=54941800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	54944945	rs35843566	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.652;SC=ATGCTCAGCATAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=54944953;WS=54944935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	54944976	rs11738633	G	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TTTTAGAATAGCATATGACAA;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=54944984;WS=54944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	54948586	rs138550751	C	CA	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=788;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AAGAAGATGACAAAAAACAAA;SOR=0.438;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=15;WE=54948606;WS=54948576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr5	54948598	rs11424790	C	CA	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr5	54960609	rs4865614	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,69:0.21:325
chr5	54960673	rs4865615	C	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,42:0.25:168
chr5	54960687	rs4865616	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
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chr5	54965513	rs11749883	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,10:0.15:67
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chr5	54993829	rs3761766	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
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chr5	55058992	rs3761776	C	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TAACTGTCCACCCTTTTTCAG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=35;WE=55059000;WS=55058982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr5	55081476	rs72761933	C	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=4;PP=905;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AAAATTTGATCTTGTCAATTT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=42;WE=55081484;WS=55081466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr5	55082474	rs957459	C	T	4053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=80;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TGATGGCTTGCGCTCAAACAG;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=110;TCR=102;TR=163;WE=55082482;WS=55082464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,170:0.77:222
chr5	55094144	rs68029425	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=289;ReadPosRankSum=1.225;SC=TATAGCTGTTATAATCTGCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=55094152;WS=55094135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	55149235	rs10940486	G	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=820;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AGAAAAGCTCGCAGACAATCA;SOR=1.699;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=46;WE=55149243;WS=55149225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr5	55149407	rs10940487	T	C	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=90;PP=2874;SC=TGAGTGCTAATTCATTTAGAA;SOR=1.120;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=157;WE=55149415;WS=55149397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	55155402	rs1009639	C	T	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=84;PP=2965;SC=GGATGCTCCCCTCACTCTGCA;SOR=0.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=118;TCR=84;TR=201;WE=55155410;WS=55155392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	55212446	rs16884641	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=1.466;SC=AAATGACCACTTGGGATGTCC;SOR=1.053;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=15;WE=55212454;WS=55212436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr5	55246001	rs4865999	A	G	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=49;PP=2093;SC=CGAGGGAGGGAAAATGTATTT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=55246009;WS=55245991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	55398269	rs318818	G	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=20;PP=1483;SC=TTAGTTGTGTGTAGATATGTT;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=55398277;WS=55398259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	55422681	rs321768	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.607;SC=TTAAACATCTCCTTTATTTTA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=55422689;WS=55422671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	55472289	rs160936	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	55528572	.	AAC	A	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=119;QD=20.5;SC=CACGCACATGAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=6;WE=55528581;WS=55528562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr5	55528815	rs149489	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,60:0.22:275
chr5	55759715	rs157851	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=243;SC=AACTCTCTCATTATCGGTTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=55759723;WS=55759705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	55759810	rs73128991	G	A	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=23;PP=1298;SC=GTTGAGAATTGTGTTATTTCT;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=55759818;WS=55759800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	55760678	rs73128992	G	T	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=222;SC=CCTATGTAAAGTCTAGGATGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=55760686;WS=55760668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	55760879	rs61190516	C	T	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=67;PP=2331;SC=GGAAGCACAGCGACATACTTT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=55760887;WS=55760869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	55807370	rs464605	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GATGTAGCTGCCATTGTGTCT;SOR=0.337;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=69;WE=55807378;WS=55807360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,72:0.82:88
chr5	55830865	rs39837	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=-2.295;SC=CATGCCTCACCGCATTGTCTC;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=24;WE=55830873;WS=55830855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr5	55831021	rs13178412	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=953;ReadPosRankSum=-1.201;SC=AGGCTTTGGTACCCATGCTCT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=55;WE=55831029;WS=55831011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr5	56111751	rs28710284	G	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;PP=796;SC=ACGGAGCCGCGAGCCGCGGCG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=56111759;WS=56111741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	56111927	rs7731700	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=234;SC=GGAGAGCGGGCAGAGGGCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=56111935;WS=56111917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	56152416	rs832567	C	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=913;SC=TTGTTTCTGCCTGCATTTTAG;SOR=1.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=56152424;WS=56152406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	56161787	rs832575	G	A	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=142;PP=2965;SC=GTACTTCTACGTCTAGTTCAG;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=91;TCR=143;TR=233;WE=56161795;WS=56161777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	56171089	rs2229883	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr5	56177443	rs702689	G	A	8048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=119;PP=2965;SC=GCAGTCCATTGATAATTCCCA;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=173;TCR=120;TR=292;WE=56177451;WS=56177433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	56177683	.	C	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,83:0.25:326
chr5	56177743	rs832582	G	A	10726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=140;PP=2965;SC=TGAGTGCACAGTCCATTTAGA;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=213;TCR=140;TR=353;WE=56177751;WS=56177733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	56177848	rs5868032	TCAA	T	31786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.18;MQRankSum=0.348;NF=90;NR=322;PP=2992;ReadPosRankSum=1.105;SC=ACCTTCTAGTTCAACAACAAC;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=526;TCF=128;TCR=398;TR=412;WE=56177862;WS=56177837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,722:0.99:728
chr5	56178217	rs832583	A	C	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=176;PP=2965;SC=AAAGCCATCTAGACCTACCCC;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=139;TCR=176;TR=315;WE=56178225;WS=56178207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr5	56205643	rs252924	A	G	8293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=160;PP=2965;SC=GGCGGGACGCAAAGCGGAGAG;SOR=2.158;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=58;TCR=161;TR=218;WE=56205651;WS=56205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	56205662	rs252923	T	G	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=91;PP=2577;SC=AGCCTGAGGCTGACTGCCGGC;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=22;TCR=92;TR=113;WE=56205670;WS=56205652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	56206073	rs33321	G	T	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=34;PP=1693;SC=GAAAAGCCAAGCCAGGGTTTA;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=56206081;WS=56206063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	56207123	rs2257505	T	A	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=61;PP=2754;SC=AGAAATCTTGTCTATGCTTCC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=56207131;WS=56207113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	56210923	rs331499	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=159;SC=AGATTTTTATGTTCACACCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=56210931;WS=56210913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	56212595	rs832536	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=757;SC=AAAATATGAGCTTATATTTGT;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=56212603;WS=56212585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	56221328	rs702679	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=258;SC=ACACAAGACCATTTACATTAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=56221336;WS=56221318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	56224485	rs10684065	T	TTGGC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=151;SC=TGAAATGCTATAAGGGAACAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=56224493;WS=56224475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	56224714	rs252893	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=17;PP=652;SC=AAATAAAATTTATGGGCCCCC;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=56224722;WS=56224704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	56224782	rs150959650	ACT	A	319.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=39.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	56224796	rs11747763	T	A	329.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=41.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	56224818	.	T	TCTCACACACA	320.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=40.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	56224834	rs252891	T	A	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=112;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=75;SC=ACACACACACTCTCTCTCTCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56224842;WS=56224824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	56226410	rs252890	T	C	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=184;NR=116;PP=2965;SC=GATTGCTCTGTCCCTTAGGAT;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=184;TCR=116;TR=300;WE=56226418;WS=56226400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	56229288	rs832529	C	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1052;SC=TGTACACAAACAATTCTTTGT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=56229296;WS=56229278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	56255367	rs111894536	AT	A	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.025;QD=2.92;ReadPosRankSum=2.712;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr5	56517256	rs140196171	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=434;ReadPosRankSum=2.124;SC=TGAACAGATATTGAAAAATTT;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=28;WE=56517264;WS=56517246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr5	56526565	rs1544737	G	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=266;SC=GCAATATGTTGTTCTTAATCA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=56526573;WS=56526555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	56526783	rs1130203	G	A	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=114;PP=2965;SC=CTGCTATTGGGCGTCCTAATG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=226;WE=56526802;WS=56526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	56526819	rs3214438	GT	G	4129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.603;NF=16;PP=2964;ReadPosRankSum=0.197;SC=AAGGAATGATGTTTATGGCTA;SOR=0.972;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=24;WE=56526827;WS=56526809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,132:0.74:178
chr5	56527224	rs1862172	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=470;SC=CCTCAGCCTCTCCAGTATCTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=56527232;WS=56527214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	56527247	rs1862173	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=372;SC=ATTACAGGCATCCACCACCAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=56527255;WS=56527237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	56531761	rs13170141	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-3.804;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr5	56542024	rs11349725	TA	T	209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;QD=19.07;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	56546749	.	C	CT	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9986;HP=16;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=15;MQ=58.31;NF=4;NR=0;PP=49;QD=13.25;SC=AGAACTCATTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=56546757;WS=56546739;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	56547059	rs6893468	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=556;SC=AGGTTTATTGGAATACAACTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=56547067;WS=56547049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr5	57754004	rs697135	C	T	5446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GTTCCCTAGACGATAAACAAA;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=322;TCF=173;TCR=149;TR=225;WE=57754013;WS=57753994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,237:0.70:338
chr5	57754005	rs1848510	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=1.181;SC=TTCCCTAGACGATAAACAAAA;SOR=0.673;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=325;TCF=172;TCR=153;TR=96;WE=57754013;WS=57753994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,100:0.29:340
chr5	57754132	rs697134	G	C	7129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=116;NR=134;PP=2965;SC=TTGCAGACACGAGATCCCAAT;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=117;TCR=136;TR=250;WE=57754140;WS=57754122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	57754808	rs697133	G	A	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=1234;ReadPosRankSum=0.052;SC=AGAGTCATACGCACCTTTTCC;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=336;TCF=181;TCR=155;TR=105;WE=57754816;WS=57754798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,106:0.31:344
chr5	57755703	rs3211270	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,41:0.24:169
chr5	57755843	rs15915	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=712;ReadPosRankSum=-1.872;SC=GTCACACGTCCGAGCCGGCCG;SOR=2.665;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=36;WE=57755851;WS=57755833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr5	57790337	rs7704785	T	C	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=21;PP=1663;ReadPosRankSum=1.631;SC=TAACACCAAATCACTAAACAG;SOR=0.992;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=93;TCR=30;TR=91;WE=57790345;WS=57790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,97:0.74:131
chr5	57842049	rs6870990	C	G	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1722;ReadPosRankSum=-1.596;SC=ACTTGCTCCCCATGACTGGAC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=108;WE=57842057;WS=57842039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,116:0.69:169
chr5	57913379	rs2279980	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=0.443;SC=GTTTCTGGCAAGGCCAATAAT;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=47;WE=57913387;WS=57913369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,51:0.29:177
chr5	58120753	rs75681594	GT	G	257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;QD=19.83;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr5	58270457	rs10718401	TA	T	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr5	58284208	rs3805557	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=50;SC=CACATATATACACATCTCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=58284216;WS=58284198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	58284283	rs3805556	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	58286625	rs1553114	C	T	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	58286836	rs1973451	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=316;SC=GGCCGGGCATAGAGGCTCAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=58286844;WS=58286826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	58287553	rs3840337	AAAC	A	382.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5166;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=0;PP=98;SC=GAAAAAAAAAAAACCCCAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=58287563;WS=58287552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	58289046	rs7737685	G	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=470;SC=CTCAGAGGCGGATAGTGTCGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=58289054;WS=58289036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	58289334	rs7724713	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=428;SC=GAAGAGGAAAATTTAAGTGAA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=58289342;WS=58289324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	58295380	.	GTA	G	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.253;NF=0;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TTGATTATATGTATATATATA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=58295389;WS=58295370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	58297881	rs2968014	A	G	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=129;PP=2965;SC=CTTTCAGTTTATTCCTTACCA;SOR=1.510;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=77;TCR=129;TR=204;WE=58297889;WS=58297871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	58334645	rs2279737	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,20:0.18:109
chr5	58386812	rs10075104	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=286;SC=AGGGTGCTCAGAAATGCTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=58386820;WS=58386802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	58475985	rs9292194	G	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=86;SC=GTACAATGTTGCTTCCTACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=58475993;WS=58475978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	58476117	rs9292195	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	58489218	rs1445950	G	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=12;PP=1296;SC=ATTTGTATTTGTACTTGTGCT;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=62;WE=58489226;WS=58489208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	58489384	rs27175	G	A	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=117;PP=2965;SC=ACCAAATCCCGCATTAGAAAT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=90;TCR=117;TR=207;WE=58489392;WS=58489374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	59443507	rs2961899	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCAGTCAAGCCGCCAGCTGAG;SOR=1.150;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=20;WE=59443515;WS=59443497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr5	59725667	rs11950621	T	G	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.72;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,52:0.91:57
chr5	59725671	rs789390	T	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.948;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.91;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr5	59725679	rs11950623	T	G	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.251;QD=34.65;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,66:0.92:72
chr5	59725772	rs6894943	A	G	3948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.166;NF=102;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TTAAAGTGGTAACAGGTACGT;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=183;WE=59725780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,168:0.84:199
chr5	59894838	.	T	TA	71	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.9987;HP=15;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=71;QD=16.0;SC=CCTATTAAAATAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=59894846;WS=59894828;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr5	59899413	rs11740327	G	A	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=122;PP=2965;SC=AGAGCGGGGTGGGGGGTAAAC;SOR=1.211;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=79;TCR=123;TR=201;WE=59899421;WS=59899403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	59940502	rs6877561	A	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=598;SC=AAGGGTCAGAAAGGAGCTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=59940510;WS=59940492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	59941486	rs3797209	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr5	59982754	rs75885088	A	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=442;ReadPosRankSum=0.149;SC=CATCTCCCCAATTCCTCACCT;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=94;TCR=18;TR=34;WE=59982762;WS=59982744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr5	59984897	rs57521726	A	T	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=124;PP=2965;SC=GGGGAAAACAAGAGGTATGGA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=150;TCR=124;TR=274;WE=59984905;WS=59984887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	59995820	rs9942410	G	C	7969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=113;PP=2965;SC=CGCGCGCTGAGTGGGGGCTCG;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=162;TCR=113;TR=275;WE=59995828;WS=59995810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	60063576	rs1460958	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=604;ReadPosRankSum=1.164;SC=CTAAGTTTACGTTCAGTGTTA;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=28;WE=60063584;WS=60063566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr5	60083275	rs10072745	C	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TAAAATAAAACAGAAATGAGT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=20;WE=60083283;WS=60083265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr5	60170337	rs3117	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=0.741;SC=AATATTACCCACATTTAGGGC;SOR=1.911;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=16;WE=60170345;WS=60170327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr5	60186618	rs2306350	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=240;SC=GGATTAAAAGCATAACTCCTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=60186626;WS=60186608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	60186975	rs2306351	C	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=48;SC=CACAACAAAGCCTAGGAGAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=60186983;WS=60186965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	60199363	rs4647102	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr5	60200665	rs4647100	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=768;ReadPosRankSum=-1.265;SC=TATGATGACTATAAACTGTTT;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=51;WE=60200673;WS=60200655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr5	60241142	rs158921	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-0.052;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,34:0.26:131
chr5	60369083	rs10471502	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,12:0.17:71
chr5	60628153	.	G	GGGC	2129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.40;ReadPosRankSum=1.434;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr5	60786880	rs7732234	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AGGGTCTTAGCTGACCAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=60786888;WS=60786870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	60789972	.	CGG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	60789975	.	A	ACG	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	60790037	rs77230862	T	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr5	60939334	rs2455388	T	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,38:0.24:158
chr5	61604204	rs4700006	C	A	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=157;SC=TCTGGGTGCACAGCAACACCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=61604212;WS=61604201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	61604456	rs4441833	T	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=27;PP=817;SC=TACCACAACATAGATGGACCT;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=61604464;WS=61604446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	61697859	rs27089	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,59:0.27:221
chr5	61699465	rs45623332	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1077;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCCCAGGCTAGGTCCTGCCGG;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=162;TCR=124;TR=92;WE=61699473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,95:0.31:303
chr5	61733348	rs153857	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=191;SC=AATAGATTCAGATGTTTGGCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=61733356;WS=61733338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	61745737	rs11329383	CT	C	2172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.369;QD=20.89;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,99:0.95:104
chr5	61762880	rs35119	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=560;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TAAAACTAAAATATATTACTT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=28;WE=61762888;WS=61762870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr5	61772535	rs26635	G	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=621;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CAGATAATGTGTGTAGAGATA;SOR=0.605;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=42;WE=61772543;WS=61772525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr5	61781127	rs26640	C	A	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=1;PP=24;SC=GTTCCCAAGGCTTTGCTCTTA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=61781135;WS=61781117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr5	63989742	rs2305963	G	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=1.555;SC=TCGACTTCAAGTGTGTGCTTC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=63989750;WS=63989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	63991473	rs2305962	G	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=626;ReadPosRankSum=1.760;SC=ACACTTAGAGGCTTCTTCCAC;SOR=0.942;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=27;TCR=98;TR=41;WE=63991481;WS=63991463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr5	63991512	rs275830	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=610;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TCTATTATTTGTTACCAATTA;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=29;WE=63991520;WS=63991502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr5	64023981	rs275819	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr5	64064943	rs1363953	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CTCATCCCCCGTAAGGAGCAG;SOR=0.188;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=14;WE=64064951;WS=64064933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr5	64070617	rs140062546	A	AAATTATGAC	1806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=10;PP=2957;SC=TTTGGAAGGTATGTTGACTTT;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=64070625;WS=64070607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	64070812	rs10057598	C	T	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=4;PP=61;SC=TGAATACTTTCAACAGAGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=64070820;WS=64070802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	64077647	rs55793256	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=188;SC=CGTATTTAACATTCTGGAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=64077655;WS=64077637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	64077966	rs2011079	A	G	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=137;SC=AGAGGAAAAAACGTTTCACAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64077974;WS=64077956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	64084746	rs11340181	CT	C	109.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	64096046	rs79929128	CT	C	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.576;NF=3;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TATTTCCCCCCTCATGATTAT;SOR=0.458;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=10;WE=64096054;WS=64096036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr5	64096170	rs6449760	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.533;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr5	64097145	rs7735338	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr5	64267431	rs2278352	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=30;PP=1495;SC=AAGCAAGCCCAAGTGCCAACC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=64267439;WS=64267421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	64267595	rs2278351	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=44;PP=1496;SC=GTATGAAGCTTTGAGGAAGCA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=79;WE=64267603;WS=64267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	64313879	rs2910769	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=764;SC=AACCCATCTTGGTGTTCTGTA;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=64313887;WS=64313869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr5	64522124	rs11746271	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.344;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=494;ReadPosRankSum=-2.708;SC=CTATGGCAAATTTATAATTCA;SOR=1.414;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=30;WE=64522132;WS=64522114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr5	64625462	rs41268427	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=1.085;SC=TTGCAAAATCACTGGGGGGAA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=64625470;WS=64625452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr5	64747918	rs3830368	T	TG	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=434;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CTCTATAGCCTTCTGTTAACA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=15;WE=64747926;WS=64747908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr5	64825102	rs1017576	C	T	249.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5565;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CAAATTTACACAGTGGTCCAG;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=64825110;WS=64825092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
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chr5	64838584	rs6891597	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
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chr5	65088175	rs6896574	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=810;ReadPosRankSum=1.339;SC=AATGTTTAAAGGCATCTCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=40;WE=65088183;WS=65088165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr5	65105622	rs2561196	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=446;SC=TTCATTTTAAGTGGTATCCCA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=65105630;WS=65105612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	65108215	rs2254485	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=377;SC=TAATGAATCCAGAGGTATAGT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=65108223;WS=65108205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr5	65167288	rs76180983	G	T	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=1817;ReadPosRankSum=0.222;SC=GGTGGATCTTGTTCCTTTTTG;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=114;WE=65167296;WS=65167278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,123:0.71:173
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chr5	65317181	rs706679	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GCTGGAAAGACTGGATTTGGG;SOR=0.801;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=17;WE=65317189;WS=65317171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr5	65350374	rs36303	A	G	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=2290;ReadPosRankSum=-2.713;SC=CAATCCAGCGACAAAGTAGTG;SOR=0.967;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=115;WE=65350382;WS=65350364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,120:0.74:163
chr5	65372793	rs34201831	C	CT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.205;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
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chr5	65892448	rs4502771	C	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=3.237;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,45:0.29:155
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chr5	65892767	rs200017963	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr5	66084340	.	C	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=513;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TTAATTAGAACAAGTTTTCCC;SOR=1.236;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=26;WE=66084348;WS=66084330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
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chr5	66166393	rs113890413	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CTTGCACATACAAGTTTGTTT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=11;WE=66166401;WS=66166383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	66166614	rs36138	G	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,139:0.28:502
chr5	66195701	rs458115	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=19;PP=800;SC=ATGATACATTCTACGTTATCC;SOR=0.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=66195709;WS=66195691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	66212985	rs37567	C	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=1158;SC=ATCTTATTACCCCTGGTCATT;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=66212993;WS=66212975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	66282428	.	T	TTA	229	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=60.77;NF=0;NR=6;PP=229;QD=39.3333333333;SC=ATGTATGAATTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=66282436;WS=66282418;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,6:0.46:13
chr5	66282447	rs59915268	T	TA	127.82	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	66282448	rs58502962	T	TA	127.82	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	66300721	rs66551443	A	AT	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=8.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.770;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr5	66386181	rs113710101	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr5	66429329	rs2371882	G	T	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=TTACATGTCCGTCTGCCTCAT;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=124;TCR=76;TR=200;WE=66429337;WS=66429319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	66459878	rs1705399	G	C	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=88;PP=2788;SC=TCGGATGGCCGGGTGCCTGCG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=54;TCR=89;TR=142;WE=66459886;WS=66459868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	66480004	rs1697144	T	C	9630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=163;PP=2965;SC=CTTTGGAAGATCGTTGAATCA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=172;TCR=163;TR=335;WE=66480012;WS=66479994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr5	67569746	rs171649	G	A	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=58;PP=2965;SC=TACATGGTCTGTGGTCTGTTT;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=117;TCR=58;TR=174;WE=67569754;WS=67569736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	67584512	.	AT	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.798;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,35:0.24:147
chr5	68463606	rs163442	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=201;SC=TGGGACCCATGTTTTCCCTCG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=68463614;WS=68463602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	68464234	rs163443	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=39;PP=1034;SC=TCACTGATACATGCAAGAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=68464242;WS=68464224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	68470559	rs426392	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=763;SC=AGAAATAAACTGACTTTTTCA;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=68470567;WS=68470549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	68470599	rs3087334	C	CATTA	2345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=2185;SC=GATATGGTGTCATTAAGATTT;SOR=3.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=48;WE=68470607;WS=68470589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	68485366	rs648489	C	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=30;PP=1424;SC=GGGCGGGGCCCTCGGGCCTTT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=68485374;WS=68485356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	68491714	rs11283275	T	TAGTCAAG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=714;SC=CTGAGTGAATTAGTCAAGCAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=68491722;WS=68491704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	68513572	rs2242351	C	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=11;PP=1865;SC=CGTGACGTCCCGGGAAGCACC;SOR=3.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=73;TCR=11;TR=84;WE=68513580;WS=68513562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	68525027	rs2932777	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=431;SC=TTATTTTTTCCTTTTCAGCGT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=68525035;WS=68525017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	68531253	rs2972388	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=25;PP=1072;SC=GAGATAAGAACACCAACCAAA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=68531261;WS=68531243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	68546706	rs2972367	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=29;PP=860;SC=CAGGGGCTCTATAGTGAGCAA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=68546714;WS=68546696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	68550631	rs2054975	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	68550635	rs2054976	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	68551507	rs2291519	T	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=38;PP=1330;SC=AAAGGATCTCTAGTTATTTTC;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=68551515;WS=68551497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	68558282	rs34449359	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=324;SC=GATCACTTGAGGTCAGGAGTT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=68558290;WS=68558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	68572668	rs4077460	C	T	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=208;SC=GAGACTGTGCCGTTTTAGGTA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=68572676;WS=68572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	68596068	rs28704183	C	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=644;SC=CTACCCACAACATCGGGCTCC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=68596076;WS=68596058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	68602746	rs6881767	G	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=22;PP=731;SC=AAAGAAAATAGTACCTTCATG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=68602754;WS=68602736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	68609885	rs11749723	G	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=901;SC=TTGGGAGGGAGGAGAAAAGAA;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=68609893;WS=68609875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	68610009	rs28462372	A	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=112;SC=TTATAATAGAACACCAGGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=68610017;WS=68609999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	68688608	rs299080	T	C	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=61;PP=2011;SC=TGAATGGAATTCGTATTCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=68688616;WS=68688598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	68695940	rs1045051	T	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=288;SC=GCTTTATGCCTCCAAACTCAG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=68695948;WS=68695930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	68696035	rs142095225	G	GTTTATTTA	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=624;SC=AAGAAGTAGGGTTTATTTATT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=68696043;WS=68696025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	68706252	rs10940223	G	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=344;SC=CATCTTTTCAGGTGCTTATTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=68706260;WS=68706242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	68706438	rs6871685	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=26;PP=736;SC=AATATGTTCAGTATGAATCAA;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=68706446;WS=68706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	68715310	rs1185246	C	T	13742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=272;NR=216;PP=2965;SC=ACCCACCCAACTCTTCATGAC;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=274;TCR=216;TR=488;WE=68715318;WS=68715300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr5	68862361	rs375045774	TG	T	369.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=13.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQRankSum=-6.105;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.562;SOR=2.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr5	68862362	rs200135651	G	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQRankSum=4.406;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr5	68862365	rs201465285	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-2.724;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.722;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr5	69325573	.	CT	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQRankSum=-5.439;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.704;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr5	70307464	rs4976210	T	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=57;PP=2965;SC=GCTCTTTGAGTTCTCAGGGTC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=152;WE=70307472;WS=70307454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	70308251	rs28409706	C	T	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=100;PP=2965;SC=TCCTGAAGGACGCAAGTCTAG;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=230;WE=70308259;WS=70308241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	70751818	rs3748043	T	G	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=112;PP=2965;SC=GGCCGCCGGATCCTGCCACGG;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=133;TCR=112;TR=245;WE=70751826;WS=70751808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	70763088	rs7442961	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=236;SC=TATGATTGCCATGCTAAACCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=70763096;WS=70763078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	70786726	rs35267960	G	GAC	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=557;SC=TGTAGGAAAAGAGTGTTATAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=70786734;WS=70786716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	70800538	rs3761967	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=40;PP=1335;SC=TTTTCAAAATGTGCAGCCAGA;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=70800546;WS=70800528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	70805272	rs36098798	GC	G	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=614;SC=TTGATTGTGTGCCCCCTTTTT;SOR=2.712;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=18;WE=70805280;WS=70805262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	70806457	rs715748	G	A	10615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=193;PP=2965;SC=TGGAAGAGAGGGTTCCTCAAG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=163;TCR=193;TR=356;WE=70806465;WS=70806447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr5	70806649	rs1961760	T	A	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=97;PP=2965;SC=GCTAGCAGAGTTCAGTGCTAT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=174;WE=70806657;WS=70806639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	70806711	rs715747	C	G	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=56;PP=2965;SC=ACATTCCCATCATGGAGAAAG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=136;WE=70806719;WS=70806701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	70806958	rs6886336	G	A	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=104;PP=2965;SC=CTTCAGTGCTGTGCCTTCACT;SOR=1.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=53;TCR=104;TR=157;WE=70806966;WS=70806948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	70807991	rs418738	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=141;SC=TTAGAATTTAGTAGACTTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=70807999;WS=70807981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	70809169	rs1698063	A	G	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=24;PP=725;SC=ATCAGAAACCAAGAAAATGGA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=70809177;WS=70809159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	70811821	rs279322	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=488;SC=CAAATTTTACATTTTTACATT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=70811829;WS=70811811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70818329	rs34331239	C	CA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.955;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	70834703	rs276591	A	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	70834833	rs276590	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=18;PP=835;SC=GTTTGGGGAAGTATTTTAAGA;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=70834841;WS=70834823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	70837295	rs6453014	A	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=664;SC=AGTATGTATAATTCCTCATGT;SOR=1.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=37;WE=70837303;WS=70837285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	70840233	rs182190	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=22;PP=1320;SC=ATAAAAACCTCGGACCAGTTA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=70840241;WS=70840223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	70840433	rs279290	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=512;SC=CTGGCCGGGCACGGTGGCTCA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=70840441;WS=70840423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70841097	rs78106443	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr5	70849021	rs469039	G	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=12;PP=644;SC=CTAAAAAGCCGCCTGATAATT;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=70849029;WS=70849011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	70852611	rs467620	G	A	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	70860493	rs277944	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CAGATCATATTGGTTTAGACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=70860501;WS=70860483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	70862059	rs185733	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=CTCCTTTATACACCCACAGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=70862067;WS=70862049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	70922616	rs12516456	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=35;PP=1043;SC=TGGAAATTAAGTATGCAGAAC;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=70922624;WS=70922606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	70927856	rs277980	G	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=19;PP=1782;SC=AAAAAGTACAGGTATAGTCAG;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=83;WE=70927864;WS=70927846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	70928083	rs277981	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=45;PP=1268;SC=AGAAGTTTTACGTATTTGTTT;SOR=3.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=70928091;WS=70928073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	70931883	rs1553314	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=295;SC=ATATTTTTTTGTTTTACTTTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=70931891;WS=70931873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	70932002	rs7444180	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	70932170	rs7444232	G	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	70945075	rs10064079	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=96;PP=2850;SC=GTGGCAGAGCATATAGGTAGG;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=157;WE=70945083;WS=70945065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	70948385	rs6888301	T	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=1115;SC=ATGCACATGTTAGATGTAACA;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=70948393;WS=70948375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	70948618	rs138725621	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=0.152;SC=CTGATGGGTGCAGATGGCAGT;SOR=0.315;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=11;WE=70948626;WS=70948608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr5	70948654	rs2242372	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=362;SC=ACAGAGCTCTGTGTAGTTGAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=70948662;WS=70948644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	70952506	rs7443786	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=15;PP=1528;SC=ATTTCTGCACATGGAGAGTGT;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=74;WE=70952514;WS=70952496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	71403306	rs3112402	T	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=708;ReadPosRankSum=1.885;SC=CCTGCCGCAGTGGAGAGGAGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=71403314;WS=71403296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr5	71411718	rs1531312	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=940;SC=AAAGACTCTCTTATTGCTAAA;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=71411726;WS=71411708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	71412373	rs1466343	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=54;PP=1696;SC=CTGGCGCTGGAGATGTATTCA;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=71412381;WS=71412363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	71465361	rs3112399	T	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=1.140;SC=TGATGTTAAATCCCATTCAGA;SOR=0.504;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=14;WE=71465369;WS=71465351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr5	71489082	rs34485863	G	GT	2245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.926;NF=7;NR=44;PP=1445;ReadPosRankSum=-1.246;SC=ACCCACCAAGGTTTTTTCTTT;SOR=0.626;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=51;WE=71489090;WS=71489072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr5	71490962	rs1866374	A	G	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=76;PP=2742;ReadPosRankSum=1.350;SC=AGACAAGCCAATAAAAACAGA;SOR=0.878;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=241;TCF=130;TCR=111;TR=172;WE=71490970;WS=71490952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,182:0.70:259
chr5	71495041	rs3805452	T	C	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=73;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CTGAAGAGGGTGGGTACTCAT;SOR=0.479;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=151;WE=71495049;WS=71495031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,165:0.71:234
chr5	71522125	rs9293821	A	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-1.525;SC=ACCTGGCAGCACTAGAAATAG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=71522133;WS=71522115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr5	71634712	rs10942271	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ATGGCAACCTATATCTATACC;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=19;WE=71634720;WS=71634702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr5	71739546	rs4267851	C	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=328;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GAACTGCCTCCTTCTCATTTT;SOR=1.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=24;WE=71739554;WS=71739536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr5	71743024	rs10043295	G	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1779;ReadPosRankSum=0.214;SC=GCTCCCATTTGTTGTCCACTG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=90;WE=71743032;WS=71743014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,98:0.75:131
chr5	71756102	rs7721922	G	A	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=67;PP=2439;ReadPosRankSum=0.704;SC=TGGTTCTGCAGCTGGCTCGGG;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=157;WE=71756110;WS=71756092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,173:0.68:255
chr5	71756670	rs2278600	C	T	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.151;SC=TCTCCTGGGGCTCGGCTTTCC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=117;TCR=175;TR=204;WE=71756678;WS=71756660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,210:0.70:300
chr5	72112421	rs34648	T	C	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	72112430	rs34647	C	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	72147269	rs34655	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=201;ReadPosRankSum=1.739;SC=GATGTGGGATAAACAGTCTTA;SOR=0.876;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=22;WE=72147277;WS=72147259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr5	72168584	.	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.236;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr5	72184098	rs17606	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,52:0.21:244
chr5	72348272	rs185435	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=833;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ACATCACACAATGGCTTCTTT;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=61;WE=72348280;WS=72348262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr5	72364673	rs470926	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr5	72419410	rs7731777	A	G	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=103;PP=2965;SC=CCGTGGTTGGACTTGGGGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=230;WE=72419418;WS=72419400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	72742882	rs2972191	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=33;PP=1018;SC=ACGAGGAGACTGAGGAGGCGG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=72742897;WS=72742872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	72743299	.	G	GGC	902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	72798502	rs200370518	GTT	G	1213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;QD=31.12;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	72800408	rs703882	G	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=474;SC=GACTTGACTTGGCTTGTTTCT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=72800416;WS=72800398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	72850282	rs343104	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=-0.609;SC=ATGCTGCTGTAAGAAGTTTTA;SOR=0.922;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=11;WE=72850290;WS=72850272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr5	72872766	rs1220622	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.900;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr5	72873925	rs7443182	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr5	72874801	rs12652195	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TTTTTTTTGTGCTGTTTTGTC;SOR=0.330;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=36;WE=72874809;WS=72874791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr5	72980869	rs10755296	G	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=0.148;SC=TGCATGGAGCGTTTTAAAACT;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=18;WE=72980877;WS=72980859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr5	73144845	rs2973568	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=2.230;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,38:0.22:171
chr5	73160730	rs1014550	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr5	73163861	rs2931422	C	T	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=47;PP=2037;SC=GCTGAGTGTGCTTTTACATAT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=73163869;WS=73163851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	73179672	rs3749645	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,50:0.19:264
chr5	73190119	rs2973530	T	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=1.697;SC=CTTGGAGGTCTTACTGCTTGC;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=11;WE=73190127;WS=73190110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr5	73190174	rs34729826	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=553;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TAGTGGTTGTATTCATGTTAG;SOR=1.114;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=105;TCF=92;TCR=13;TR=32;WE=73190182;WS=73190164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr5	73207372	rs1478453	T	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,41:0.24:174
chr5	73207517	rs72774406	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=30;ReadPosRankSum=1.186;SC=AAATCGGTACTGATGAGCTGG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=73207525;WS=73207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	73339114	rs285599	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,74:0.27:276
chr5	73930442	rs300240	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=764;SC=CAGATCTCACCCCATGTACTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=73930450;WS=73930432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	73930751	rs300239	C	T	8629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=129;PP=2965;SC=CATCTCCCACCTTGGTCCACT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=154;TCR=129;TR=283;WE=73930759;WS=73930741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr5	73931246	rs442425	T	C	11449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=0.304;SC=AGACATCTTTTGAGACCCCAT;SOR=0.253;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=210;TCR=210;TR=419;WE=73931254;WS=73931236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,430:1.00:431
chr5	73932315	rs9176	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=53;PP=1718;SC=TGACATTTTGTTTCCACTCCT;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=73932336;WS=73932305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	73981270	rs820878	T	C	26873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=1007;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=535;NR=449;PP=2965;SC=CTGCCGCTCTTGGTGAAGATG;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=985;TCF=535;TCR=450;TR=984;WE=73981278;WS=73981260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1002:1.00:1002
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chr5	74376571	rs4345300	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
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chr5	74400386	rs961098	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,52:0.23:223
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chr5	74442920	rs6888707	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,71:0.26:268
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chr5	74450278	rs7704104	T	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=262;ReadPosRankSum=1.146;SC=TTGAAAATACTGTTTGGATTT;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=21;WE=74450286;WS=74450268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr5	74484275	rs10050948	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr5	74491715	rs10563854	TTCA	T	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.835;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,41:0.20:204
chr5	74506658	rs2219745	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CTTACTGTAACAGAGCTTGAT;SOR=0.836;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=12;WE=74506666;WS=74506648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr5	74526489	rs11295265	GT	G	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.666;NF=2;NR=20;PP=630;ReadPosRankSum=2.194;SC=GAAGGCACAAGTTGTTAATGT;SOR=0.659;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=5;TCR=75;TR=22;WE=74526497;WS=74526479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr5	74632262	.	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.487;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=688;ReadPosRankSum=1.448;SC=AGATTGGGAAGTGCATGCGTG;SOR=0.023;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=36;WE=74632270;WS=74632252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr5	75427518	rs1423099	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=860;ReadPosRankSum=0.213;SC=AGAGCTGAACCACTGAAAGGA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=42;WE=75427526;WS=75427508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr5	75427935	rs10070440	G	A	5364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.132;SC=ACAAGGACCGGCGGGAGCTGG;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=157;TCR=162;TR=226;WE=75427944;WS=75427925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,232:0.71:329
chr5	75470086	rs10805899	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.282;NF=4;NR=23;PP=370;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CGTCGCCCCGTGCTCCCCGCG;SOR=1.251;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=27;WE=75470094;WS=75470076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr5	75597494	rs246816	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AGTACTTTGGAAGGCCAAGGT;SOR=2.093;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=75597502;WS=75597484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	75648938	rs142457579	TA	T	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr5	75757556	rs10045155	C	T	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=68;PP=1857;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GTGATAAGGGCGTGGGATTTG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=111;WE=75757564;WS=75757546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,119:0.73:163
chr5	75923294	rs2431352	T	G	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=96;PP=2965;SC=CCGTCGATGATGCCAACGTGG;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=202;WE=75923315;WS=75923284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	75923307	rs2909888	A	G	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=98;PP=2965;SC=CAACGTGGACAAGGACAGAGC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=203;WE=75923315;WS=75923284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
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chr5	75927606	rs3797409	C	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=677;SC=ATTCCTAAAACGTTGAATTAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=75927614;WS=75927596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	75927635	rs3797410	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1175;SC=ATGCCTTGAAGTAAGTGGAAG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=75927643;WS=75927625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	75927954	rs3797412	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=658;SC=TCAAATTAACATTTCTGTAAT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=75927962;WS=75927944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	75960818	rs11449450	T	TA	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=572;SC=GTATGAGAATTAAAAAGGAGT;SOR=3.258;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=75960833;WS=75960808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	75960825	rs253092	G	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=511;SC=AATTAAAAAGGAGTAATCTCA;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=75960833;WS=75960808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	75960865	rs253093	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=12;PP=970;SC=TAATTTCACATAGTAAAAAGC;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=75960873;WS=75960855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	75989044	rs10514070	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=256;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GTGAATATCCGCAAGAATGTT;SOR=1.554;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=15;WE=75989052;WS=75989034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr5	75996837	rs10942789	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=377;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GTATGGTAATCGCACTACCAG;SOR=0.741;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=22;WE=75996845;WS=75996827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr5	75997063	rs2307124	A	G	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=7.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,131:0.70:187
chr5	75997069	rs2307123	C	T	4869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=10.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.368;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,122:0.70:175
chr5	75998488	rs3816909	T	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CCTGGCTCTCTCTCTTCAGGA;SOR=1.252;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=97;WE=75998496;WS=75998478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,98:0.67:147
chr5	75998516	rs145804823	A	AGAAAACCAGTGCCAGCCTTATTTGCC	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	76003254	rs463188	A	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	76029113	rs140912041	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,51:0.24:216
chr5	76115069	rs2243072	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=5.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.079;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,41:0.21:196
chr5	76128521	rs616235	G	A	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=59;PP=2965;SC=ACAGGAACCAGTAGATCCTCT;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=110;TCR=59;TR=169;WE=76128529;WS=76128511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	76129053	rs631465	T	C	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=77;PP=2965;SC=TGGTCACCATTCCTTTGTATG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=160;WE=76129061;WS=76129043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	76249536	rs1715771	C	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=76;PP=2196;SC=CGAGGCTGCCCGGCTCGCGGG;SOR=4.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=8;TCR=76;TR=84;WE=76249544;WS=76249526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	76330356	rs1428354	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.755;SC=GTATTTAGCTTATAGTGAGGA;SOR=0.619;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=17;WE=76330364;WS=76330346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr5	76330401	rs1428355	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.523;SC=TCATGCTAATGTTGCGTTTTC;SOR=0.437;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=15;WE=76330409;WS=76330391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr5	76343999	rs13155212	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr5	76358892	rs138227686	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,41:0.24:174
chr5	76359090	rs34239222	G	GA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr5	76372850	rs1056586	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=2;PP=946;ReadPosRankSum=0.792;SC=GAAGCCTTAGGGTGTGGAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=41;WE=76372858;WS=76372840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr5	76376478	rs149659097	G	GT	1142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.860;NF=1;NR=23;PP=957;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCCACAGGCCGTAACAGCCTG;SOR=0.155;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=24;WE=76376486;WS=76376468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr5	76607627	rs11413850	C	CT	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.025;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=440;ReadPosRankSum=1.259;SC=TAAATGGATACTTTTTTTTTA;SOR=2.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=29;WE=76607635;WS=76607617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr5	76621612	rs4133658	A	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=279;SC=TAAAACGAATATCATTTATAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=76621620;WS=76621602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	76627436	rs9687030	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=1.015;SC=TCTCATGGGAAAGTAACGAGC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=11;WE=76627444;WS=76627426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr5	76633297	rs7717046	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.712;SC=CAGTATCTAAGCCAGAAGGCC;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=76633305;WS=76633287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	76640845	rs11742730	C	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr5	76645529	rs2306343	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=760;SC=AAATGAGTTCGTTTTTAAGTT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=76645537;WS=76645519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	76696334	rs3733952	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TCATACTGAACGCCCTCCCCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=76696342;WS=76696324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	76703374	rs3101866	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-3.027;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,31:0.21:145
chr5	76704849	rs186753	T	C	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=ATGAAGATCCTCACACCAGTG;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=171;WE=76704857;WS=76704839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	76708987	rs335614	A	G	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=47;PP=2402;SC=GAGTATGTGAATTTTTAAACT;SOR=1.313;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=132;WE=76708995;WS=76708977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	76709249	rs335615	A	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=282;SC=CAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=76709257;WS=76709239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	76709268	rs335616	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=163;SC=TTTTGTTACCAAATTGACTAG;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=76709276;WS=76709258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	76714380	rs2242159	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=425;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TCCCACTGTACCAGATGATAA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=22;WE=76714388;WS=76714370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr5	76722443	rs40594	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=867;SC=TAGCGTAAACGAGAGGCCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=76722451;WS=76722433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	76729193	rs462581	G	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=651;SC=ATGTGCGTGTGAGATATGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=76729201;WS=76729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	76733379	rs919224	C	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=39;PP=1047;SC=TGACAAAAATCACAATTTAGC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=76733387;WS=76733369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	76734084	rs33204	C	T	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=79;PP=2965;SC=AGTCTGGCAACGTGCAGGACA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=118;TCR=79;TR=197;WE=76734092;WS=76734074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	76736907	rs2560076	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=260;SC=TAGTAATGCCGTATAAAACCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=76736915;WS=76736897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	76747087	rs335609	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=28;PP=1300;SC=TCGTTCAAAATACACAAAAAG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=76747095;WS=76747077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	76758803	rs426381	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=421;SC=AGAACAAAAATCATTTTTGCT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=76758811;WS=76758793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	76760495	rs410620	T	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=17;PP=2318;SC=CAGTGATATGTAAATGTATCC;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=80;TCR=17;TR=97;WE=76760503;WS=76760485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	76760657	rs11433376	G	GA	4413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.187;NF=10;NR=83;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AAAGGGTCAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.525;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=116;TCF=10;TCR=106;TR=93;WE=76760665;WS=76760647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr5	76785405	.	T	TG	1052	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=15;MQ=56.91;NF=0;NR=20;PP=1052;QD=55.7922880236;SC=TTTCTTGTATTGAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=20;WE=76785414;WS=76785393;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:28,20:0.42:48
chr5	76785407	rs75709452	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;MQRankSum=-0.201;QD=19.58;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr5	76787919	rs42764	C	G	10233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GGTCGGAACCCAGGAAGGCCG;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=235;TCR=136;TR=369;WE=76787927;WS=76787909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr5	76916335	rs5868876	G	GC	4856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=53;PP=2957;SC=TGAACAATTAGCTTCATGCAT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=76916343;WS=76916325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	76926578	rs13357072	T	C	7779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=145;NR=135;PP=2965;SC=TGGTCGTCTTTTTGCGCTTCT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=145;TCR=135;TR=280;WE=76926586;WS=76926568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	76926651	rs62362480	A	C	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=125;PP=2965;SC=ACAGACAGGGAGCTATTAGCC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=92;TCR=125;TR=217;WE=76926659;WS=76926641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	76926748	rs77572607	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=1.145;SC=AAGTGCCGTAGGCCCGACAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=26;WE=76926756;WS=76926738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr5	77004046	rs71608120	TTATTTATGATA	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TTAGCTATTGTTATTTATGAT;SOR=0.132;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=1;WE=77004064;WS=77004036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	77004229	rs9791128	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=424;ReadPosRankSum=0.525;SC=ACCATAAGAAAGAAACTGTGT;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=24;WE=77004237;WS=77004219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr5	77004268	rs78984548	C	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=0.458;SC=ATTTAAAATACCAAAGTAGAT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=22;WE=77004276;WS=77004258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr5	77011066	rs9791058	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=801;ReadPosRankSum=-0.081;SC=ATTTACTTAATGTACTCCAGC;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=57;WE=77011074;WS=77011056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr5	77412068	rs77009095	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.373;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=962;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CCTGTTTAAACAAATAAAGTA;SOR=0.364;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=76;WE=77412076;WS=77412058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,82:0.76:108
chr5	77425028	rs6453373	A	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=22;PP=870;SC=TCCACTCTTTACATTCGGAAC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=77425036;WS=77425018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	77425099	rs17192146	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr5	77524068	rs368175252	T	TA	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.708;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
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chr5	78301363	rs41272266	T	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=1.140;SC=GATCGGATCATATGTCTAGAC;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=9;WE=78301371;WS=78301353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	78317413	rs731124	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=2.791;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,59:0.24:251
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chr5	78326750	rs1805073	G	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,57:0.20:284
chr5	78326922	rs140713637	CGGGCAGCGGGGAGTG	C	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.976;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr5	78340062	rs248384	T	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=17;PP=1412;ReadPosRankSum=-1.093;SC=ACAGCCATCCTCCAGCCATGG;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=78;TCR=24;TR=73;WE=78340070;WS=78340052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr5	78340257	rs248385	C	G	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.863;SC=GGAGCACAGGCAGTTCTCGTT;SOR=0.494;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=275;TCF=114;TCR=161;TR=200;WE=78340265;WS=78340247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,212:0.73:289
chr5	78340286	rs532964	A	G	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=92;PP=2621;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TTCACTTCAGATATAGTCGAT;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=77;TCR=126;TR=148;WE=78340294;WS=78340276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,158:0.73:215
chr5	78340411	rs531982	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TGTCAGCCCATATATAAACAC;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=22;WE=78340419;WS=78340401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr5	78351512	rs6873326	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,18:0.20:90
chr5	78351636	rs2253262	A	C	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=71;PP=2575;SC=CCTTTACCTGACCAGTTTCTT;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=129;WE=78351644;WS=78351626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	78373431	rs682985	C	T	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=52;PP=1596;SC=AACACCCAGACGCAGGTTGGT;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=78373439;WS=78373421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	78378824	rs41272270	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,65:0.24:268
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chr5	78416973	rs112263466	CA	C	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.068;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	78421780	rs694290	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=646;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AATGAAAAAAGAACTTCCTGA;SOR=1.094;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=33;WE=78421788;WS=78421770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr5	78421959	rs3733890	G	A	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=84;PP=2694;ReadPosRankSum=1.471;SC=GAGGCTGCCCGACTGAAAGCT;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=159;WE=78421967;WS=78421949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,170:0.71:238
chr5	78573790	rs13182512	A	T	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=79;PP=2965;SC=CTTGTATCAGATGGAGGATGA;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=199;WE=78573798;WS=78573780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	78573970	rs16876598	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=664;SC=TGAAAGGCCATGCGTTATCCA;SOR=4.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=33;WE=78573978;WS=78573960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	78586914	rs10043008	G	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=1067;SC=GTATTAAGTTGTTATTTGTCT;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=78586922;WS=78586904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	78587135	rs17234734	A	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1141;ReadPosRankSum=0.869;SC=AACAAAAATCATCAGAAATAT;SOR=0.200;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=66;WE=78587143;WS=78587125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,70:0.84:83
chr5	78596044	rs10514159	T	C	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=90;PP=2965;SC=ATTATTATGATCTGCAACTTC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=167;WE=78596052;WS=78596034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
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chr5	78752845	rs78778728	C	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,65:0.28:234
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chr5	79025634	rs1366271	G	A	5208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.878;SC=TCAAGTAGTGGCAGAGCAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=287;TCF=137;TCR=150;TR=221;WE=79025642;WS=79025624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,226:0.75:301
chr5	79026360	rs16877124	G	A	6374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.796;SC=GTTTCTACTGGTTCTGCTTTT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=161;TCR=159;TR=249;WE=79026368;WS=79026350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,258:0.79:327
chr5	79026539	rs57544556	A	C	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=88;PP=2448;ReadPosRankSum=0.179;SC=TACATCTGAGAGCTCTCTCTC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=122;TCR=127;TR=174;WE=79026547;WS=79026529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,183:0.70:261
chr5	79027605	rs6893869	T	C	7416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.867;SC=GCATCACAAGTTTCAATCCCT;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=400;TCF=195;TCR=205;TR=289;WE=79027613;WS=79027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,305:0.73:415
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chr5	79028472	rs4704585	C	T	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=55;PP=2829;SC=GGACCTGAGGCTTTATCAGCA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=144;WE=79028480;WS=79028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	79028513	rs16877133	A	G	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.078;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=56;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TGATTCCAAAATAACAACTAC;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=155;WE=79028521;WS=79028503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,168:0.79:212
chr5	79028586	rs16877135	C	T	5143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.688;SC=GGTCCACCTGCACTAGCATTT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=218;WE=79028594;WS=79028576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,223:0.75:297
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chr5	79029288	rs1428223	C	A	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.189;SC=GAGGAAACAGCAAGTTCATCT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=159;TCR=140;TR=228;WE=79029296;WS=79029278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,237:0.75:314
chr5	79029383	rs1428224	T	G	5701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.228;SC=AGTGGAGGTATCTTCTACAGC;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=144;TCR=151;TR=226;WE=79029391;WS=79029373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,233:0.76:307
chr5	79029594	rs1019762	T	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=909;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GATTCTGTTTTAGAAAAAGGC;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=68;WE=79029602;WS=79029584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,69:0.29:239
chr5	79029726	rs16877141	T	A	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=2188;ReadPosRankSum=3.096;SC=AATGAAGAAATTAAACCTTTC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=137;WE=79029734;WS=79029716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,145:0.65:223
chr5	79029749	rs1428225	A	G	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=68;PP=2053;ReadPosRankSum=1.834;SC=TCCCAAGATCATCAGCCTAGA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=139;WE=79029757;WS=79029739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,150:0.67:223
chr5	79030045	rs4639193	A	G	7970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=160;PP=2965;SC=ACCTCCTTGTAGAACAAAAAA;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=125;TCR=160;TR=284;WE=79030053;WS=79030035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	79030212	rs16877147	C	T	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1456;ReadPosRankSum=-1.378;SC=ACCAAGCCTGCGGATGTCAAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=85;WE=79030220;WS=79030202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,93:0.74:125
chr5	79030338	rs16877150	A	G	7067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.85;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,180:0.73:245
chr5	79030346	rs16877151	A	G	7038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.09;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,179:0.74:242
chr5	79031372	rs6859595	G	C	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1860;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CGGTCAAAACGTTAAAGAAAA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=95;WE=79031380;WS=79031362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,103:0.82:125
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chr5	79032711	rs28362542	G	A	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.678;NF=61;NR=83;PP=2290;ReadPosRankSum=0.975;SC=ACCCAACCACGTCCTTTAGAA;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=144;WE=79032719;WS=79032701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,148:0.68:218
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chr5	79034662	rs3828611	C	G	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=2373;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CAGGCAGTCACGGTAATGAAG;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=125;WE=79034670;WS=79034652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,140:0.66:211
chr5	79039828	rs13155412	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,41:0.22:189
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chr5	79084949	rs2302979	G	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=104;PP=2965;SC=TTTGCACACAGTGAGCTATTT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=164;WE=79084957;WS=79084939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	79086627	rs2287676	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=874;SC=CCGGCATCCACGAAGGCCTTA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=79086635;WS=79086617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	79086649	rs259096	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1166;SC=CATGAGTGAAGTTTTCAGCTG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=79086657;WS=79086639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	79095145	rs3749683	T	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=7;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CTTTTCAAATTCCTTGAGATT;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=55;WE=79095153;WS=79095135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr5	79281658	rs7734858	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=900;SC=TCGAATGCTCTAAAACTAAAC;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=79281666;WS=79281648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	79282544	rs2291524	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=443;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GAAGAAGAAACGTAAAAATCC;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=79282552;WS=79282534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr5	79282798	rs9293796	G	C	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1638;ReadPosRankSum=0.177;SC=TAAAATAACTGCTCAGGATGT;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=96;WE=79282806;WS=79282788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr5	79351544	rs412379	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=9;PP=1321;SC=CACACCATTTGTTGACCCTCC;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=58;WE=79351552;WS=79351534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	79351852	rs438042	A	T	16676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr5	79351859	rs405482	GG	AA	16133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.23;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr5	79354147	rs368936	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=976;SC=GGTGTGGGCTCTTGGGCAGTT;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=79354155;WS=79354137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	79354184	rs2241826	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=539;SC=CACAAACTCCAAAGACCCTGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=79354192;WS=79354174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	79354367	rs3214681	A	AT,ATT	530.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.487;NF=20,20;NR=0,0;PP=19,230;ReadPosRankSum=0.549;SC=CATTATCATTATTTTTTTTAG;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=20,20;WE=79354375;WS=79354361;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.57:21
chr5	79354647	rs432267	C	G	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=58;PP=1783;SC=GAAAAGCCCTCGTCTTCTTAG;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=79354655;WS=79354637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	79354702	rs411943	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=779;SC=TGCCCAGGCACGGGGGCAGCC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=79354710;WS=79354692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	79355192	rs2434302	T	A	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=36;PP=2703;SC=TAGCTCCACATGGATTCTTTC;SOR=1.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=126;WE=79355200;WS=79355182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	79361265	rs1866389	G	C	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=59;PP=2034;ReadPosRankSum=0.678;SC=TCGAAATGGAGCGTGCGTTCC;SOR=0.581;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=130;WE=79361273;WS=79361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,143:0.67:213
chr5	79366080	rs256439	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=466;ReadPosRankSum=2.157;SC=GCCACCAGCTTCCTGCCAGGC;SOR=1.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=23;WE=79366088;WS=79366070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr5	79366249	rs256438	T	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=51;PP=2053;SC=GGGTGTGGGGTGGCAGTAGGC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=109;WE=79366257;WS=79366239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	79368016	rs256437	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=16;PP=1892;SC=CAGGCAGAAGTGACTCACCAT;SOR=2.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=83;WE=79368024;WS=79368006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	79368048	rs3217460	TAGA	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=6.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,13:0.10:125
chr5	79373803	rs2288394	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr5	79375724	rs2288395	G	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,52:0.27:191
chr5	79412238	rs10474607	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCAGATCACTATGAACCTTAT;SOR=0.908;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=13;WE=79412246;WS=79412228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr5	79443169	rs7712447	A	G	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=81;PP=2195;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CCTCAGCAAGACAACAGTAAC;SOR=1.092;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=178;TCF=66;TCR=112;TR=124;WE=79443177;WS=79443159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,133:0.71:188
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chr5	79596175	rs11738835	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,28:0.17:164
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chr5	79616936	rs35337118	A	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=9.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,59:0.24:246
chr5	79731608	rs2544599	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=11;PP=479;SC=TGCTCAGGCTGGTCTTGAACT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=79731616;WS=79731598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	79733079	rs2544600	T	C	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=62;PP=2273;SC=CAGAATGATATCAGTTCTGAA;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=113;WE=79733087;WS=79733069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	79734297	rs259028	T	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=26;PP=1753;SC=ATTTGTGAAATAGTTGATAAA;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=79734305;WS=79734287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	79734409	rs259029	G	A	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=77;PP=2965;SC=ATCAATTATCGGTCTCTGATA;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=112;TCR=77;TR=189;WE=79734417;WS=79734399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	79735858	rs168939	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=16;PP=563;SC=AAAGGTGAGTATTAACTTGAT;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=79735866;WS=79735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	79739685	rs259033	G	A	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=90;PP=2519;SC=CAGACTTCCAGCCTGGCATCC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=147;WE=79739693;WS=79739675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	79741018	rs259034	T	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=767;SC=TTCACAATCTTTTTGGCATTA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=79741026;WS=79741008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	79743821	rs2251759	T	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=302;ReadPosRankSum=2.003;SC=TGATTTGTTATTTTTTTTATT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=79743829;WS=79743811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr5	79745469	rs249038	A	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=17;PP=658;SC=TGAAGGTGAAAGCTTTCATCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=79745477;WS=79745459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	79747291	rs249039	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=17;PP=799;SC=TTTACTAATGATTTTATTTGC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=79747299;WS=79747281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	79751332	rs249040	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=66;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=79751340;WS=79751325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	79773028	rs166062	T	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=28;PP=1598;SC=AGAATTTTTTTTTTTTCTAGG;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=79773036;WS=79773018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	79809658	rs249011	A	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TATTTTTTTTAATGTTATCCA;SOR=0.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=10;WE=79809666;WS=79809648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	79815658	rs369998	T	C	8738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=162;PP=2965;SC=GACACCGTGATATCCTTCTTT;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=144;TCR=162;TR=306;WE=79815673;WS=79815648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	79855372	rs32857	A	G	7805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=150;PP=2965;SC=CCCACAGGGCAACTTTGCTGT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=131;TCR=150;TR=281;WE=79855380;WS=79855362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	79855876	rs187262	T	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=45;PP=1204;SC=TTATCAAAGATGGCAAAGACC;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=79855884;WS=79855866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	79945711	rs836821	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=0.972;SC=TGGTTTTGCTCTACATTGTTT;SOR=0.492;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=15;WE=79945719;WS=79945701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr5	79950389	rs151182735	GC	G	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.079;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=590;ReadPosRankSum=1.179;SC=TGGCCGCCCCGCCCCCCTCGT;SOR=1.358;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=12;WE=79950411;WS=79950379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
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chr5	80409729	rs10942942	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=444;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TAAAACGAAGTATTCAAAAAG;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=28;TCR=82;TR=30;WE=80409737;WS=80409719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
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chr5	80552871	rs2270823	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ATGTTTTTGAGATCACCTGCT;SOR=0.533;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=31;WE=80552879;WS=80552861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr5	80561943	rs34054011	T	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TCATTCATCTTCTTCACTGTC;SOR=0.799;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=95;WE=80561951;WS=80561933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
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chr5	80604430	rs1055383	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=1.398;SC=ATTGCCCCGCCGCCCTTGAAA;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=24;WE=80604438;WS=80604420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
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chr5	80631642	rs10371	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,89:0.27:332
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chr5	80640919	rs147835552	TGCACACCGCTGCCACCTCCTC	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.109;NF=0;NR=3;PP=560;ReadPosRankSum=-2.137;SC=AGGCCCTCCTTGCACACCGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=80640947;WS=80640909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	80736444	rs9596	A	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.727;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,65:0.24:274
chr5	80785011	rs66563423	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr5	81354389	rs3734114	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.463;NF=51;NR=47;PP=1415;ReadPosRankSum=1.785;SC=TCTAGGAGCATCTACCCATGG;SOR=0.561;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=98;WE=81354397;WS=81354379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,109:0.69:159
chr5	81474225	rs9293290	A	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=507;SC=AAGTCATGATATTCTTCCAGG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=81474233;WS=81474215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	81538528	rs12654645	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=821;SC=ATCATTGTAACCTAGAATTTT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=81538536;WS=81538518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	81549216	rs1864183	C	T	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=136;PP=2965;SC=GCCAAAGCAACGTCTCAGGAT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=123;TCR=136;TR=259;WE=81549224;WS=81549206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	81549240	rs1864182	C	A	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=118;PP=2965;SC=CGAAATGTCCCTTAACAAGGT;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=81;TCR=118;TR=199;WE=81549248;WS=81549230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	81549280	rs1864181	C	T	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=79;PP=2305;SC=AATGTTTTGCCGTTACAAAGA;SOR=2.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=106;WE=81549288;WS=81549270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	81572184	rs226200	G	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=42;PP=1509;SC=GCCACCCCAAGAACAGAAGGT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=81572192;WS=81572174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	81572464	rs226199	G	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=239;SC=CTGAGCTGAAGTCCTGTGATG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=81572472;WS=81572454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	81573992	rs226198	C	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=17;PP=1936;SC=CGCCGGACCACGTGCCTCCTG;SOR=2.546;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=87;WE=81574000;WS=81573982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	82136064	rs113309601	T	TTCTTC	1631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=25;PP=1600;SC=TTTTTGCTTCTTCTTTGCCTT;SOR=2.554;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=82136072;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	82353083	rs7724935	C	T	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	82353087	rs7707143	T	C	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	82360783	rs2306336	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=8;PP=484;SC=CATTGAACATTTGTAAGAACT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=82360791;WS=82360773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	82407098	rs1478482	G	A	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	82407105	rs1478481	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	82491674	rs28360135	T	C	5645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.570;SC=TTGGACACCATTGCAGAAAAT;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=175;TCR=154;TR=242;WE=82491682;WS=82491664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,249:0.73:340
chr5	82491802	rs28360138	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=361;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AGCCCTCTTTATGTTGTTATA;SOR=0.599;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=32;WE=82491810;WS=82491792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr5	82499307	rs2662238	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=0.301;SC=TGATTATTAGGCTGAATTATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=82499315;WS=82499297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	82786194	rs12332199	T	C	7920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=160;PP=2965;SC=CCTCCCTCACTGTGGTCAAGC;SOR=1.067;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=124;TCR=162;TR=284;WE=82786202;WS=82786184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	82789647	rs4470745	A	G	7477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=122;PP=2965;SC=CTCCCAGAGTAGGCTGTTATG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=259;WE=82789655;WS=82789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	82833145	rs2548541	G	A	5999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.607;SC=CACCTTCTCAGAATTTCTCGG;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=335;TCF=171;TCR=164;TR=232;WE=82833153;WS=82833135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,248:0.69:357
chr5	82833369	rs309559	A	G	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.502;SC=GGAACAGCCAAAAAAGGGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=145;TCR=133;TR=207;WE=82833377;WS=82833359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,221:0.74:298
chr5	82834299	rs188703	G	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1634;ReadPosRankSum=1.280;SC=ACTCTCCCACGTAGTCCTGCC;SOR=0.369;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=94;WE=82834307;WS=82834289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,96:0.71:136
chr5	82834630	rs309557	T	C	7192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.235;SC=ATTTCAGTGGTGACTTTAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=212;TCR=197;TR=305;WE=82834638;WS=82834620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,319:0.74:430
chr5	82835545	rs160279	A	G	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=61;PP=2525;ReadPosRankSum=-2.399;SC=AAGGCATGAGACCAACAATTC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=139;WE=82835553;WS=82835535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,154:0.70:220
chr5	82835724	rs160278	T	A	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=77;PP=2547;ReadPosRankSum=0.974;SC=ATTGAAGACTTTAACAGAATG;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=155;WE=82835732;WS=82835714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,155:0.75:206
chr5	82837631	rs160277	G	T	5648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.352;SC=AAACAAAACCGATGGTCAAGT;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=172;TCR=136;TR=230;WE=82837639;WS=82837621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,239:0.75:318
chr5	82843711	rs3842065	T	TATC	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=716;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCTTGTATGTTATCTTGCAAC;SOR=1.426;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=82843719;WS=82843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	82849120	rs6873404	T	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=651;ReadPosRankSum=0.149;SC=TAACACTTGGTTGGGGGTGCC;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=45;WE=82849128;WS=82849110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr5	82850631	rs2290673	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=244;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AAGGTAGACTAGGAGAGATTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=11;WE=82850639;WS=82850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	82868173	rs309585	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
chr5	82875800	rs308365	C	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=38;PP=2965;SC=TTCCTTTAGTCGCTTGCGGCC;SOR=1.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=104;TCR=38;TR=142;WE=82875808;WS=82875790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	82937251	.	G	GA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.922;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr5	82940273	rs2242128	C	G	4440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CTGTGTTCTGCCCCCCACAGG;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=127;TCR=111;TR=181;WE=82940281;WS=82940263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,187:0.75:249
chr5	82940510	rs1457081	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=-0.793;SC=AGCAAGGAGTTGTTAGAAGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=82940518;WS=82940500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	83259225	rs11746605	G	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=391;SC=CAACCAAGTTGTAAACTTCCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=83259233;WS=83259215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	83433002	.	TAC	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr5	83433004	rs350490	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,61:0.76:80
chr5	83433006	rs200843007	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,12:0.13:93
chr5	83476194	rs163715	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=533;ReadPosRankSum=-0.068;SC=AAAGTACAATGACTATGAATA;SOR=0.309;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=20;WE=83476207;WS=83476184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr5	83476199	rs200095640	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=1519;ReadPosRankSum=0.431;SC=ACAATGACTATGAATAACTTA;SOR=1.511;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=40;WE=83476207;WS=83476184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr5	83549800	rs16901006	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=1.746;SC=TAGCAACATATAGCAATTTTA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=83549808;WS=83549790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	83550060	rs111238659	A	AT	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.061;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=207;ReadPosRankSum=1.388;SC=CGAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=21;WE=83550068;WS=83550050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr5	85582712	rs2964837	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-8.056;QD=3.20;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,38:0.23:168
chr5	85586579	rs10066606	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQRankSum=3.757;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr5	85586584	rs10038100	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.861;NF=23;NR=2;PP=1037;ReadPosRankSum=0.031;SC=ATGGGTGTTCCGGGATTACTT;SOR=1.426;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=25;WE=85586592;WS=85586569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr5	86667856	rs35014912	G	GA	680.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.472;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr5	86670582	.	G	A	591.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.09;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr5	87497977	rs358289	C	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=24;PP=870;SC=AGTTAAATAACCTGCCTCAAA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=87497985;WS=87497967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	87502325	rs357515	G	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.7339;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=4;PP=80;SC=CCCTGTGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=87502334;WS=87502314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	87963272	rs5869431	G	GA	2828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=25;PP=1784;SC=TAGGCACCATGGCTTTTTACC;SOR=1.117;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=42;WE=87963280;WS=87963262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	87968864	rs6882046	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,49:0.28:177
chr5	88025845	rs34297769	CA	C	266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=213;SC=AATATTGAAACAAAAAAAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=13;WE=88025853;WS=88025835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	88416255	rs139453030	A	AAC	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.315;NF=2;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=1.126;SC=TACATACACAAACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=6;WE=88416264;WS=88416245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr5	89705752	rs11315430	GC	G	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=354;SC=ACCTCCTAACGCCCCCCCGCC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12;WE=89705760;WS=89705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	89769647	rs3763072	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=2.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,124:0.24:516
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chr5	89814604	rs1305059	G	GTGACC	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AGATGCACATGTGACCACTAA;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=18;WE=89814612;WS=89814594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr5	89815312	rs34548009	G	GA	1097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.124;NF=3;NR=32;PP=685;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CTGTGGGGGGGAAAAAAAAGC;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=35;WE=89815320;WS=89815302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr5	89816299	rs171790	C	A	6197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.21;MQRankSum=1.561;NF=98;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TAAAAAGAGGCTAAATGCAGA;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=310;TCF=139;TCR=171;TR=222;WE=89816317;WS=89816289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,264:0.75:354
chr5	89816309	rs35118083	A	AT	6165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.617;NF=19;NR=106;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CTAAATGCAGATTTTAGATAT;SOR=0.860;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=28;TCR=164;TR=125;WE=89816317;WS=89816289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,222:0.73:303
chr5	89816383	rs13182165	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=62;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GTAGATATATGTCTGAAACTC;SOR=1.086;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=74;WE=89816391;WS=89816373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr5	89820984	rs10069050	T	C	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=50;PP=2197;ReadPosRankSum=0.462;SC=TGGATCGAAGTTCATACACTT;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=132;WE=89820992;WS=89820974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,147:0.67:218
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chr5	89924976	rs2366771	C	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.907;SC=AGAGTTTGATCATCTCAGATG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=89924984;WS=89924966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	89938587	rs2366773	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=490;ReadPosRankSum=-0.207;SC=AAAGTAAGTACGAAAAAAACT;SOR=1.064;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=40;WE=89938595;WS=89938577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,43:0.30:142
chr5	89943571	rs2366777	G	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=283;ReadPosRankSum=0.602;SC=TAATCCTCTTGAATTCAACAG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=19;WE=89943579;WS=89943561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr5	89948255	rs188772875	A	G	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=89;PP=2405;ReadPosRankSum=0.372;SC=CAGGAGTTCTATGAAACTTCA;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=165;WE=89948263;WS=89948245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,171:0.73:234
chr5	89968626	rs1028191	A	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
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chr5	89979589	rs4916684	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=714;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTCTGTGTCAGTCCTCAGTGT;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=61;WE=89979597;WS=89979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,63:0.31:205
chr5	89979698	rs4916685	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=929;ReadPosRankSum=0.114;SC=AAAAACAGACCTGTTAAAGTT;SOR=0.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=60;WE=89979706;WS=89979688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,60:0.35:170
chr5	89981640	rs190981860	G	A	3997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=70;PP=2509;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AAACTATTGCGCAACTAATTA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=164;WE=89981648;WS=89981630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,177:0.63:280
chr5	89985882	rs10037067	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=217;ReadPosRankSum=1.321;SC=GATGACCCCTATGGATTATTT;SOR=0.534;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=21;WE=89985890;WS=89985872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
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chr5	89988504	rs2366926	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=8.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.539;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,61:0.26:235
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chr5	90020868	rs7723259	A	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TTAGATGTATAATGAATAACT;SOR=0.776;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=8;WE=90020876;WS=90020858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
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chr5	90041091	rs116184119	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AGGTAGGTTCAACATTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=90041099;WS=90041081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	90052263	rs34894132	T	TC	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,58:0.26:225
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chr5	90052372	rs2438349	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,50:0.27:186
chr5	90053056	rs2443065	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.641;SC=ATGAATGTACATTGGTGATTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=90053064;WS=90053046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	90059001	rs881289	T	A	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=129;SC=ACATGATAATTACATGTAACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=90059009;WS=90058991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	90069887	rs202054664	C	CA	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=1.770;SC=ATTCTAGTGACAAAAAAGACA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=18;WE=90069895;WS=90069877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr5	90078821	rs113674072	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=1.108;SC=TAAAAGAACTATGAAAACATA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=90078829;WS=90078811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	90107108	rs2438374	A	G	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=83;PP=2723;SC=ATTGTGGAGGAGAAGGATGAT;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=151;WE=90107116;WS=90107098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	90119324	rs2438378	G	A	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=66;PP=2012;SC=GGTAAACCTGGTGGAGGAACT;SOR=1.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=90119332;WS=90119314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	90151589	rs2247870	G	A	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=84;PP=2965;SC=TTGCAAAGTGGTTGAGGAAAC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=189;WE=90151597;WS=90151579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	90261465	.	C	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=8.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.339;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr5	90449031	rs7726023	T	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=66;PP=2939;SC=CATCCCAATCTAAAAAGGTGC;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=151;WE=90449039;WS=90449021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	90669400	rs6452952	A	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=103;SC=TGTTCTGTTAACATGATAATC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=90669408;WS=90669392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	90669771	rs2303130	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=0.649;SC=TTTGGTGATCAAAACTATGAA;SOR=0.039;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=90669779;WS=90669761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	90671274	rs1363839	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=1.037;SC=TATAAATTTAAACACAAAAGC;SOR=2.323;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=11;WE=90671282;WS=90671264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr5	92936205	rs112499377	C	T	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.396;SC=AACTTCTTTCCAAGTTTTTCC;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=320;TCF=203;TCR=117;TR=97;WE=92936213;WS=92936195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,102:0.30:335
chr5	93388777	.	TATAG	T	1583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=914;SC=TTGCATATACTATAGATAGAT;SOR=2.554;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=16;WE=93388788;WS=93388767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
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chr5	94046387	rs306573	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=557;SC=ATTTTTAACCAACCTGTCTCT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=94046395;WS=94046377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	94050388	rs62365699	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AAGGAGTGTCCCCTGCCAAAA;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=55;WE=94050396;WS=94050378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr5	94050447	rs2638	C	T	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=68;PP=2962;SC=CCTTATCCCACAGAAGAATGG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=94050455;WS=94050437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	94050487	rs2636	T	A	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=CTCACTTCTTTATCCTTTCGC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=202;WE=94050495;WS=94050477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	94114594	rs255372	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=580;SC=TTGTTTGTTCTTGGCAGAAAA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=94114602;WS=94114584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	94206202	rs159032	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr5	94206390	rs293058	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AGAACACAACCGCAGCAGCAT;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=3;WE=94206398;WS=94206380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	94278129	rs293035	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,34:0.24:140
chr5	94278154	rs159351	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=158;ReadPosRankSum=0.307;SC=AGAGAAAAAGCCTTGTTATAA;SOR=0.169;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=19;WE=94278162;WS=94278144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr5	94288790	rs6892227	C	A	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=164;SC=TCATATTATCCATAGATTAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=94288798;WS=94288780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	94353240	rs139116758	T	TTCTCTAAAGGGGGACCA	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.85;ReadPosRankSum=1.773;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	94619545	rs5869672	G	GC	2549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=1243;SC=CTCCGGCCGCGCCACCGGCAC;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=29;WE=94619553;WS=94619535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	94654187	rs255983	C	T	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=107;PP=2965;SC=ATGACCCAAGCACTCATCTAA;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=89;TCR=107;TR=196;WE=94654195;WS=94654177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	94670706	rs148964669	T	TTTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCC	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.862;QD=24.10;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	94728631	rs2546097	G	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CACATTAAAAGTAGAATACTT;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=82;WE=94728639;WS=94728621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,87:0.81:107
chr5	94756261	rs62365043	C	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=613;ReadPosRankSum=0.100;SC=ATAGAACTTTCAATGCCTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=26;WE=94756269;WS=94756251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr5	94756278	rs62365044	G	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TCACGCTAGCGGTGAGATTCA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=94756286;WS=94756268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	94759802	rs17084711	G	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1179;ReadPosRankSum=1.820;SC=GCTGAAGTGCGACAGGCTGAG;SOR=0.340;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=76;WE=94759810;WS=94759792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr5	94772540	rs6878669	C	T	7538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=121;PP=2965;SC=AACTGCCAGTCCTGAGCAAAC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=261;WE=94772548;WS=94772530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	94784082	rs148203459	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=0.622;SC=GTAAAGCATATGGAAAATAAA;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=13;WE=94784090;WS=94784072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr5	94852161	.	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr5	94861130	.	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,28:0.17:161
chr5	94956619	rs113272282	G	C	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=64;PP=2545;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CTGGCCGGGGGAGCGTCGCTG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=133;TCR=92;TR=153;WE=94956627;WS=94956609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,157:0.67:234
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chr5	95011189	rs55796768	A	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,95:0.26:361
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chr5	95234350	rs3777204	A	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.074;NF=37;NR=14;PP=992;ReadPosRankSum=-0.929;SC=GTGGAGGGGTAGGGATGGCAG;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=51;WE=95234358;WS=95234340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr5	95234377	rs3777203	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.846;NF=53;NR=28;PP=1412;ReadPosRankSum=0.778;SC=CAGGGGGCAGCGGGAGGCCTG;SOR=1.002;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=81;WE=95234385;WS=95234367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr5	95234392	rs3777202	A	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.05;MQRankSum=-1.820;NF=69;NR=35;PP=1698;ReadPosRankSum=0.576;SC=GGCCTGCAGCAGATTTTTCAC;SOR=1.012;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=104;WE=95234411;WS=95234382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,106:0.69:153
chr5	95234630	rs3777201	G	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TATTACCAGGGTTGTAATATT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=27;WE=95234638;WS=95234620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr5	95236415	rs17085249	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1016;ReadPosRankSum=1.008;SC=AAGATACAGCGTCTCTACTAG;SOR=0.930;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=70;WE=95236423;WS=95236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr5	95236459	rs3815768	C	T	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1128;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTGGTGCCTGCAGCATTCTGA;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=83;WE=95236467;WS=95236449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr5	95255379	rs4642392	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.365;SC=ATACATCCTCGCAGCATTTAA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=95255387;WS=95255369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	95414786	rs5869706	T	TTAAAA	2442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=10;PP=2010;SC=ACCCATGCACTTAAAGTTAAA;SOR=2.256;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=32;WE=95414794;WS=95414776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	95730461	rs11741888	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=332;ReadPosRankSum=0.341;SC=TTATCCTCCCCATCCATGTTT;SOR=0.249;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=96;TCF=80;TCR=16;TR=27;WE=95730469;WS=95730451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr5	95732986	rs271920	T	C	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=15;PP=1477;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TTAAAAGTGCTTCAAAATGTT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=78;TCR=19;TR=77;WE=95732994;WS=95732976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr5	95733112	rs6233	A	G	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TGAAGTCCCAATTCTTAAAGC;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=142;TCR=158;TR=224;WE=95733120;WS=95733102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,235:0.75:315
chr5	95746355	rs156020	T	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=415;ReadPosRankSum=0.776;SC=AAGTGTGAGTTCTCCCAACTG;SOR=0.258;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=21;WE=95746363;WS=95746345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr5	95865500	rs13186522	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=209;SC=TTGCTGGGCATTCATTCTGTC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=95865508;WS=95865496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	95865526	rs13161802	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=171;SC=CCACCCTGTGGAGAGGTGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=95865534;WS=95865516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	96066652	rs151904	C	T	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=2046;ReadPosRankSum=0.275;SC=AACCTATCATCTGGCAAAACT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=119;WE=96066660;WS=96066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,122:0.70:175
chr5	96071780	rs13183352	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=432;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TGTATGATCAATGCTTGTTAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=18;WE=96071788;WS=96071770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
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chr5	96078309	rs26503	G	A	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=50;PP=2140;ReadPosRankSum=1.446;SC=TGGATTGTTCGGGCTCCAGAG;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=109;TCR=72;TR=130;WE=96078317;WS=96078299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,139:0.72:192
chr5	96079402	rs26506	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1730;ReadPosRankSum=1.265;SC=AGCTTTGTGACGGTGAACGCA;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=115;WE=96079410;WS=96079392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,124:0.69:179
chr5	96086216	.	TGTTGGTCTA	TTTGGTCTA,T	959.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CGGAGTGTCTTGTTGGTCTAC;SOR=0.951;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=96086234;WS=96086206;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.69:35
chr5	96086218	.	TTGGTCTAC	T	959.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.66;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr5	96086226	.	C	T	1189	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=13;NR=4;PP=1189;QD=71.9865419145;SC=TGTTGGTCTACCATTACTCAG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=17;WE=96086234;WS=96086206;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr5	96089639	rs27962	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GTTGATAACTCGAGTTATTAA;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=15;WE=96089647;WS=96089629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	96089658	rs27583	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=436;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AAAAGATAGCGTGTGCCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=22;WE=96089666;WS=96089648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr5	96089976	rs27772	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.999;SC=AAACATGACCAGCTGGCTTTT;SOR=0.481;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=96089984;WS=96089966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	96093222	rs27654	G	A	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.016;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TTTTCTCTGAGGATATCTTTT;SOR=0.930;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=281;TCF=157;TCR=124;TR=178;WE=96093230;WS=96093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,188:0.64:295
chr5	96097895	rs27980	T	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=282;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTAAGCTATCTTTAAGAGTTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=16;WE=96097903;WS=96097885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr5	96098214	rs27582	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=899;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CAGAAGAGCCGAGACTGATGA;SOR=1.654;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=43;WE=96098222;WS=96098204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr5	96101066	.	T	TA	908	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=52.23;NF=0;NR=26;PP=908;QD=36.5769230769;SC=AATTCACTAATAGTGAAATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=26;WE=96101074;WS=96101056;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,26:0.81:32
chr5	96101944	rs27524	A	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=65;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CTCCTTTACAATAGCATAAAA;SOR=1.091;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=29;TCR=89;TR=84;WE=96101952;WS=96101934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
chr5	96101959	rs27525	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=49;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ATAAAACATACCATGACTGAC;SOR=1.409;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=57;WE=96101967;WS=96101949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr5	96103589	rs27765	G	A	5836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.144;SC=TTCACTGATGGTTATTTCTAC;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=203;TCR=129;TR=239;WE=96103597;WS=96103577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,251:0.73:346
chr5	96107202	rs27689	G	T	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=19;PP=1580;SC=TCACAATATTGTGGCCAGATG;SOR=2.043;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=75;WE=96107210;WS=96107192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	96116940	rs27042	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GCAATGAATAGGTGATGAAAC;SOR=0.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=21;WE=96116948;WS=96116930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr5	96117300	rs27043	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=749;ReadPosRankSum=0.180;SC=AGCAGGATAGGCAATTCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=39;WE=96117308;WS=96117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr5	96118852	rs27044	G	C	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.545;SC=AGTAGTAGTTGACTCCGCAGC;SOR=0.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=195;TCF=85;TCR=110;TR=137;WE=96118860;WS=96118842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,140:0.69:204
chr5	96119579	.	A	ACT	154	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=154;QD=25.4285714286;SC=AATGATTAACACTTTTTAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=96119587;WS=96119569;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,7:0.50:14
chr5	96121370	rs11386832	T	TA	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=518;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TAGAAGAACTTAAAGGAAAAC;SOR=1.931;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=16;WE=96121378;WS=96121360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	96121524	rs469783	C	T	4385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TAATGAGACTCGCCCGATCAT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=176;WE=96121532;WS=96121514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,183:0.71:258
chr5	96121715	rs469758	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=44;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.769;SC=ATTTGCTCCCCTGCCTGAAGA;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=53;WE=96121723;WS=96121705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr5	96122260	rs30379	T	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=523;ReadPosRankSum=0.272;SC=GTACCTAAAATAAAGGAGAGG;SOR=0.839;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=35;WE=96122268;WS=96122250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr5	96122281	rs30380	A	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=409;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TGGATTGTTCATTTGTTGATT;SOR=0.635;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=31;WE=96122289;WS=96122271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr5	96124330	rs30187	T	C	3621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=49;PP=2501;ReadPosRankSum=0.199;SC=GGGAAAACCCTTCTGCAGTGT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=117;TCR=64;TR=139;WE=96124338;WS=96124320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,146:0.76:191
chr5	96124447	rs30186	G	C	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.264;SC=TAAGAAAAGAGAGAACACCAG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=103;TCR=150;TR=190;WE=96124455;WS=96124437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,196:0.75:263
chr5	96125910	rs26510	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=993;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TAATCAAGGACCTCAGAAAGT;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=61;WE=96125918;WS=96125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr5	96126197	rs27710	A	G	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=83;PP=2865;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ATGCAGAGATATTCAAAAACA;SOR=0.600;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=119;TCR=115;TR=174;WE=96126205;WS=96126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,188:0.76:247
chr5	96126308	rs27529	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1125;ReadPosRankSum=0.471;SC=ATGCGTCAGCACTAAGATACT;SOR=0.853;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=68;WE=96126316;WS=96126298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr5	96127905	rs27640	T	C	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=82;PP=2168;ReadPosRankSum=0.758;SC=CCTATTGAGATAGAAAAAAGA;SOR=1.065;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=154;TCF=48;TCR=106;TR=116;WE=96127913;WS=96127895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,120:0.75:159
chr5	96129512	rs27434	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=988;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATACCTGGTGAGCCAGTTCAT;SOR=1.182;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=57;WE=96129520;WS=96129502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr5	96129543	rs27895	C	T	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CATTGTGATGCCAAGCTTACT;SOR=1.156;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=80;WE=96129551;WS=96129533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr5	96136525	rs27528	T	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=833;ReadPosRankSum=-0.467;SC=AGAGAATCAGTAGATTTTCCT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=55;WE=96136533;WS=96136515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,62:0.85:73
chr5	96150103	rs26519	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.711;SC=ACTAATGTTACTGCACATTGA;SOR=1.140;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=70;WE=96150111;WS=96150093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,77:0.69:111
chr5	96158756	rs647031	G	T	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1316;ReadPosRankSum=0.129;SC=TTGACTGGAGGCCGCCCTCAT;SOR=1.019;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=90;WE=96158764;WS=96158746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,99:0.71:139
chr5	96209125	rs56058457	T	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=2104;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CTCAGATGAGTGCCAGTAGAC;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=129;WE=96209133;WS=96209115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,142:0.70:202
chr5	96219738	.	TTATCTATCTATC	T	2527	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=10;PP=2527;QD=20;SC=TAATTTGTTTTTATCTATCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=10;WE=96219757;WS=96219728;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,10:0.48:21
chr5	96222627	rs13189819	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=324;SC=AAAAAACTAAGTTAAAAATTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=96222635;WS=96222617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	96228072	rs75263594	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,53:0.20:261
chr5	96230858	rs3832368	T	TA	208.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7386;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=12;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCTAACTAATAAAAAAAAAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=96230866;WS=96230854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr5	96230883	rs371137761	A	ATT	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=629;SC=TAACTATTGTATTTTTTGCTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=16;WE=96230891;WS=96230873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	96231000	rs2549782	G	T	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=58;PP=2221;SC=TTTGGCTTAAGGAGGGTTTTG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=96231008;WS=96230990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	96232142	rs2548538	T	A	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=56;PP=2463;SC=CATCCCGCCCTATCTCCAAAC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=133;WE=96232150;WS=96232132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	96232222	rs2548537	G	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=53;PP=1605;SC=GTAAATATCAGGTGCAGGTGG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=96232230;WS=96232212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	96232250	rs34701361	G	GAAA	3431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=44;PP=2547;SC=GCTTTCAGAAGTGTAATAATG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=48;WE=96232258;WS=96232240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	96232286	rs2549785	C	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=31;PP=995;SC=GTTTAAGTCACTGGTGCCAGT;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=96232294;WS=96232276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	96232345	rs56321917	CAT	C	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=1073;SC=AGACATCACACATGTTCCGTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=96232354;WS=96232335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	96232402	rs2548536	T	A	387.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=1.742;SC=ATTTTCTTTATCTCTTTTTTC;SOR=1.627;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=96232410;WS=96232392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	96235896	rs2248374	A	G	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=80;PP=2965;SC=GTAACATGGTAAGGATAAAGA;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=156;WE=96235904;WS=96235886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	96237114	rs187265	C	G	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=10;PP=1240;SC=GTTCCCCAAGCCTTGTTTCTG;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=96237122;WS=96237104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	96237326	rs2287988	G	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=85;PP=2763;SC=GACTGCAACAGGAGCGCTTCC;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=152;WE=96237334;WS=96237316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	96237413	rs171647	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=655;SC=TTAGGTCTAGCTTACCTCATC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=96237421;WS=96237403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	96239294	rs1423568	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=65;PP=2078;SC=GACTTCATGCAAAATAACTGA;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=85;WE=96239302;WS=96239284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	96244549	rs2549794	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=470;SC=AACTGAATGGCCCAGCTATAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=96244557;WS=96244539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	96244585	rs2548527	A	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=49;NR=12;PP=1448;SC=ATTGTTCTCTATTTCATATTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=61;WE=96244593;WS=96244575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	96244638	rs2549795	A	G	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=53;PP=2965;SC=ATATGCACAAACCACTGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=112;TCR=53;TR=165;WE=96244646;WS=96244628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	96245343	rs2549796	C	T	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=110;PP=2965;SC=GTGACAAGGGCTCAGTCTGGG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=205;WE=96245351;WS=96245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	96245439	rs1056893	C	T	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=63;PP=2146;SC=AACTCTTCTCCCAGTGGATGG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=96245447;WS=96245429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	96245518	rs2549797	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=669;SC=TTTGATGTAAAAGTCTTTGAT;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=96245526;WS=96245508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	96249115	rs2255546	C	T	7985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=140;PP=2965;SC=GGGGCAGCAACTAGCATGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=145;TCR=140;TR=285;WE=96249123;WS=96249105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	96315320	rs61752351	C	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,53:0.21:258
chr5	96329857	rs27304	G	T	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=139;SC=GATGTTTGACGTTACAGGTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=96329865;WS=96329847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	96332085	rs3836862	TC	T	8317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=88;PP=2975;SC=TTGTTTTCTCTCCCCCCAGTG;SOR=1.144;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=146;WE=96332093;WS=96332075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	96339102	rs3214461	AC	A	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.401;QD=32.86;ReadPosRankSum=1.416;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr5	96339273	rs27613	T	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=24;PP=625;SC=GGTAATTTATTTAGCTCTTAC;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=96339281;WS=96339263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	96341750	rs3839297	T	TTA	70.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=132;SC=GGAAAAAGTTTTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=96341758;WS=96341740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	96342077	rs3835054	TA	T	63.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	96358320	rs12516308	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-2.227;SC=AACTCTATGTATCTGCATTCT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=96358328;WS=96358310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	96363407	rs27300	C	T	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=GCTGCCTAATCTTTTTGCTCT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=171;WE=96363415;WS=96363396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	96363459	rs11746232	A	G	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GTCCTATACCATACAAAATAT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=102;WE=96363467;WS=96363435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,113:0.69:163
chr5	96364063	rs27712	C	T	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=43;PP=2261;SC=TGAGGTTTATCGTCCTTTTCT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=96364071;WS=96364053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	96498783	rs8654	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.129;SOR=1.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
chr5	96503523	rs160632	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,81:0.19:424
chr5	96512865	rs2548319	T	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr5	96512871	rs2544772	T	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.014;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr5	96513471	rs2544773	G	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.084;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,58:0.25:235
chr5	96518792	rs3734010	T	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,78:0.23:334
chr5	96519094	rs3806945	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=1522;SC=GTCTTATGAAACACATAGTAT;SOR=2.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=96519102;WS=96519084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	98109838	rs2662263	A	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=53;PP=1574;SC=GCAGCGCCGCAGCCCCGGGCT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=98109846;WS=98109828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	98109985	rs2545730	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=17;PP=489;SC=AGGTCTCGAAGGCGCTCGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=98109993;WS=98109975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	98192164	rs138635992	AAGG	A	1830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.894;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,57:0.27:214
chr5	98192465	rs692832	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	98194781	rs330421	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.726;SC=CAAAAAAGCACAGATAATTCT;SOR=0.489;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=9;WE=98194789;WS=98194771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	98195818	rs325203	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr5	98199204	rs161941	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr5	98205326	.	G	GCA	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=37;QD=40.0;SC=ACGTGCGCGCGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=1;WE=98205335;WS=98205316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,1:0.17:6
chr5	98210868	rs162140	T	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.137;SC=TTCACTAAAATTATACGTATT;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=5;WE=98210876;WS=98210858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr5	98221383	.	A	AT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
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chr5	101593486	rs398228	CT	AG	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTATGCTCGGCTAATTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=101593495;WS=101593476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	101595831	rs386464	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=434;ReadPosRankSum=0.015;SC=ATAAACACATCTACACATATG;SOR=0.359;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=28;WE=101595839;WS=101595821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr5	101595885	rs148885155	T	TGA	2202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=1223;ReadPosRankSum=0.318;SC=TGTATGAGACTGAGAGAGAGA;SOR=0.790;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=26;WE=101595893;WS=101595875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,63:0.72:87
chr5	101596032	.	AAAAT	A	314	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=64.19;NF=0;NR=3;PP=314;QD=108.666666667;SC=ACCTAAAAAAAAAATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=101596043;WS=101596022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr5	101606518	rs33922930	G	GA	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=296;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TGTCTTTGTGGAAAAAAAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=19;WE=101606526;WS=101606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr5	101627027	rs841929	T	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=11;PP=1199;ReadPosRankSum=0.523;SC=AAAACAAACATAAACACAATA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=62;WE=101627035;WS=101627017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr5	101627411	rs2600824	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	101627414	rs2548726	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	101627435	rs841928	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	101631526	rs3114660	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=643;ReadPosRankSum=-1.880;SC=CCACGGACCCCGCGCACCTGC;SOR=0.562;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=35;WE=101631534;WS=101631516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr5	101631592	rs3114659	A	G	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=31;PP=1777;ReadPosRankSum=1.817;SC=CCCGAGCCTCAAGCGGGCGCT;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=111;TCR=49;TR=112;WE=101631600;WS=101631582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,116:0.69:167
chr5	101726648	rs6874612	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr5	101726851	rs1452065	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=1.082;SC=TGGTGCATCAATTGTACTAAG;SOR=0.765;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=6;WE=101726859;WS=101726841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr5	101795490	rs11746217	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=364;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TGCTTTAATAAAGAAAAGTGA;SOR=0.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=29;WE=101795507;WS=101795480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr5	101811346	rs4703232	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	101813616	rs112251952	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr5	101813626	rs115504797	A	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=8.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr5	101816104	rs6884141	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,34:0.23:147
chr5	102249546	rs6876278	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TTTGTTATACAGGTATTTGAA;SOR=1.508;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=14;WE=102249554;WS=102249536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr5	102249587	rs112746759	G	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr5	102295504	rs2195272	G	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-1.280;SC=GCAGATCTAAGGGCTTCATTT;SOR=1.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=6;WE=102295512;WS=102295494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr5	102310166	rs3733939	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,35:0.21:163
chr5	102363858	rs26433	C	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=979;SC=GACTGGGACTCATTTTGAAAT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=102363866;WS=102363848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr5	102512570	rs11408825	C	CA	2228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=1263;SC=GTTTAAAGACCATGATTCTCA;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=30;WE=102512578;WS=102512560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr5	102890560	rs11373550	G	GA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
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chr5	102894447	rs3734087	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr5	102894977	rs7734923	T	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=971;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CAGAATTATTTCTCTTTTCAC;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=233;TCF=109;TCR=124;TR=69;WE=102894985;WS=102894967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,71:0.30:236
chr5	102895124	rs7723689	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,48:0.24:196
chr5	102895209	rs11312358	AG	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=0.313;SC=AAAGTAAAATAGGAAGTAAAC;SOR=2.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=8;WE=102895217;WS=102895199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr5	103951746	rs72780785	C	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=48;PP=1416;SC=ATTCTAGTATCACGTAACACT;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=103951754;WS=103951736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	103978775	.	AGAAGGAAGGAAG	A	233.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=38.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	103978828	rs6895956	G	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=31.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	103978969	rs33818	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=602;SC=AGTGGGGATGTCTTAATCAGA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=103978977;WS=103978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	103979119	rs161879	C	T	7847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=105;PP=2965;SC=CTTTTTTGTGCGTACTGGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=167;TCR=105;TR=272;WE=103979127;WS=103979099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	104043328	rs112532414	A	AAGG	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=1.703;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.050;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr5	104434339	.	G	GGAAA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	106723107	rs11377163	C	CT	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.711;NF=1;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCCTTTTTTTCTTTTTTTATG;SOR=0.538;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=18;WE=106723115;WS=106723097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	107006446	rs35553	T	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=55;PP=1566;SC=AAAATGAAAGTGGGCGAGAAA;SOR=5.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=107006454;WS=107006436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	107684324	rs1862195	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AAAATAACCACGTCAGAGTTA;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=22;WE=107684332;WS=107684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr5	108133758	.	C	CT	109	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=16;MQ=58.59;NF=7;NR=0;PP=109;QD=16.4285714286;SC=TCTATCATAACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=108133766;WS=108133748;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr5	108133967	rs2229085	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-2.108;SC=TGGAAACAGTAAAGAAATTTA;SOR=0.560;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=32;WE=108133975;WS=108133957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr5	108203451	rs34195313	G	GT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	108206968	rs7709144	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TACATTTCAACATTACATTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=108206976;WS=108206958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	108219323	rs67264931	AC	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGAAACAGAAACTTTTATTTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=108219331;WS=108219313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	108281779	rs72787099	T	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1089;ReadPosRankSum=0.630;SC=TAAATGTCTATACATATTGGA;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=65;WE=108281787;WS=108281769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr5	108373106	rs3822684	C	A	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.937;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=75;PP=2171;ReadPosRankSum=0.973;SC=AACAACTGTTCTTATTCTTTG;SOR=1.015;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=136;WE=108373114;WS=108373096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,144:0.75:193
chr5	108380419	rs919771	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=537;ReadPosRankSum=0.048;SC=CATTAAAGGATAAAACTTCTG;SOR=0.286;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=28;WE=108380427;WS=108380409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr5	108382742	rs72790585	T	C	123.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ACCCTATTTGTGATCACAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=108382750;WS=108382732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	108386985	rs2416195	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.65;MQRankSum=-2.442;NF=12;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=0.318;SC=CACAAGTGAGAGGAATCTTGA;SOR=1.248;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=12;WE=108386993;WS=108386975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr5	108387229	rs113844089	AG	A	2381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=0.704;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,88:0.23:376
chr5	108516629	rs6594349	A	G	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=64;PP=1924;SC=TTTTTTTTTTAATGGTAAAAA;SOR=1.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=108516637;WS=108516608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	108679870	rs142828555	T	TTTAA	1441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.45;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	108680647	rs441798	C	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=298;SC=TGCTTTAGTCCTTTGCTCCTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=108680655;WS=108680637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	108691738	rs2431253	A	T	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=66;PP=1850;SC=CTGAAAAAAAAAAAAAATAAC;SOR=1.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=108691746;WS=108691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	108713970	rs10042721	C	T	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=87;PP=2965;SC=TGTTATCCACCTCTTGCCTTC;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=195;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	108713982	rs12523186	T	C	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=90;PP=2965;SC=CTTGCCTTCCTGCTGTGGCTC;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=109;TCR=91;TR=199;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	108714298	rs1045706	T	C	10095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=179;PP=2965;SC=ATTGGTATTTTGTTCACTACA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=174;TCR=180;TR=353;WE=108714306;WS=108714288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr5	108717157	rs2288531	T	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=174;SC=ATAAGATCAATTCCTATATAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=108717165;WS=108717151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	108719151	rs1045704	G	A	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=95;PP=2965;SC=CAGCGTCTGTGTGACCAGTTC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=172;WE=108719159;WS=108719141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	109034177	rs6869581	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.783;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,26:0.22:118
chr5	109034215	rs10652843	G	GGT	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr5	109124793	rs17162238	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=88;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GTGTAATTCCATTGTTCTTGC;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=10;WE=109124801;WS=109124783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr5	109125258	rs17162241	C	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr5	109155658	rs10055921	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.294;SC=TAGATTAATTAGGCAAAAGGG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=109155666;WS=109155648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	109159348	rs28756687	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TTCTATTTTTGAAACCATAAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=5;WE=109159356;WS=109159338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	109181682	rs3186988	A	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,74:0.24:310
chr5	109202725	rs1047004	A	G	4417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.319;SC=TTGGATTGAGAATCATTGGCT;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=209;TCF=72;TCR=137;TR=170;WE=109202733;WS=109202715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,179:0.80:225
chr5	109756436	rs61743146	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr5	110092531	rs3214016	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=312;ReadPosRankSum=0.619;SC=TATTGTAGATATCTAACATTT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=110092553;WS=110092521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	110092545	rs76873815	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=0.711;SC=AACATTTCAGCAGAAAATTTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=110092553;WS=110092521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	110096939	rs7724788	G	A	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=61;PP=2581;ReadPosRankSum=0.086;SC=GCATTTTGGAGTGTGTTAAAG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=142;TCR=86;TR=164;WE=110096947;WS=110096929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,183:0.73:249
chr5	110097554	rs3844597	C	A	57.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	110407273	rs368718795	CT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr5	110409067	rs2289277	C	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr5	110430488	rs17623144	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAATTAGTGTCAGTAAGTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=110430496;WS=110430478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	110436301	rs137855986	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=1.012;SC=AATACCTGCAGTTGACTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=110436309;WS=110436291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	110436450	rs10038177	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=0.709;SC=AATAATATAGCTGTCACCTTA;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=13;WE=110436458;WS=110436440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	110443228	rs10043631	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.250;SC=ATAATATTGACTGAAAAAACG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=110443236;WS=110443218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr5	110448751	.	ATT	A	214.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	110448753	rs59359951	T	A	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr5	110448755	rs58944115	T	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr5	110456263	rs17624563	C	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=4.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,61:0.27:229
chr5	110461283	rs61261876	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr5	110679657	rs446176	C	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=12;PP=1263;SC=CACTTATTTTCAAGCTTTCCC;SOR=2.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=110679665;WS=110679647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	110679873	rs387238	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=632;ReadPosRankSum=2.601;SC=CTGATTTGAAGAACAAAGGGG;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=39;WE=110679881;WS=110679863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr5	110710360	rs306067	G	C	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.35;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	110710365	rs55663111	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr5	110710699	rs5870446	A	AG	2810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=54;PP=2448;SC=GATAATGAGAAGGGATTCTCC;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=59;WE=110710707;WS=110710689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	110712491	rs306129	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=942;SC=TAGCCATAGTATTAGCTATTT;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=110712499;WS=110712481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	110730557	rs523389	C	T	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=53;PP=1458;SC=AAGAAATGCGCATCTGTGATA;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=62;WE=110730565;WS=110730547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	110782477	.	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,54:0.17:322
chr5	110782598	rs41296557	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.625;NF=2;NR=33;PP=752;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AATAATTGACATCTGTAAAGG;SOR=2.409;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=35;WE=110782606;WS=110782588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr5	110782634	rs34007984	T	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TTGGAAGTTTTTGCTCTTTCC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=110782642;WS=110782624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	110784822	rs2116824	A	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	110819753	rs25925	G	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=930;SC=TGGCCTCTTCGCGCCTGGGAA;SOR=1.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=110819761;WS=110819743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	111013695	rs10478063	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,37:0.20:184
chr5	111013858	rs26042	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=335;ReadPosRankSum=-1.303;SC=ACATACACATGCTACAAAATC;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=29;WE=111013866;WS=111013848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr5	111479750	rs62372418	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=817;ReadPosRankSum=0.581;SC=ATAAACTGCCTTCAGAAACAG;SOR=1.222;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=35;WE=111479758;WS=111479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr5	111497358	rs3816657	T	G	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=87;PP=2571;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CTGCTAGCCTTAAGTGTATGG;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=89;TCR=116;TR=157;WE=111497366;WS=111497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
chr5	111500816	.	C	CTAAAA	2501	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=30;PP=2501;QD=20;SC=CATTTCTTCTCTAAAATATAT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=31;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,31:0.58:53
chr5	111500822	.	T	TAAA	2123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.34;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr5	111500824	.	T	C	2157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=32;PP=2157;QD=60.8825336819;SC=CTCTAAAATATATTTGAAAAA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=36;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,36:0.69:52
chr5	111500824	rs33929905	T	TAC	2123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr5	111504479	rs7703522	C	T	5676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.585;SC=ATCCGAAGAACGGGTCACCGG;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=320;TCF=146;TCR=174;TR=235;WE=111504487;WS=111504469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,245:0.72:338
chr5	111505885	rs1560052	T	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=0.812;SC=CCTAGTTTTGTTTAAAATGTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=111505893;WS=111505875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	111506069	rs10040749	G	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1215;ReadPosRankSum=-2.595;SC=GTTCTTTTCTGTAAAGGAATA;SOR=0.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=77;WE=111506077;WS=111506059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr5	111519740	rs1560058	T	C	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=87;PP=2956;ReadPosRankSum=0.379;SC=GGATCGCCTGTTGTTGGGGTC;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=246;TCF=128;TCR=118;TR=183;WE=111519748;WS=111519730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,188:0.74:253
chr5	111530284	rs7719346	A	G	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TTTTTCCGGTATTCTCTATTA;SOR=1.602;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=56;WE=111530292;WS=111530274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr5	111540950	rs12658467	C	T	925.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.408;NF=31;NR=2;PP=812;ReadPosRankSum=0.451;SC=ATTTCCACTTCAGAAATCCCA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=33;WE=111540958;WS=111540940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,32:0.91:35
chr5	111540968	rs373807306	T	TC	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.876;NF=31;NR=9;PP=1456;ReadPosRankSum=1.588;SC=CCAGCCCCTCTCCCCTGGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=40;WE=111540976;WS=111540958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
chr5	111545670	rs890757	C	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=0.639;SC=CCTACTGATGCTGTTTGATTC;SOR=0.978;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=24;WE=111545678;WS=111545660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr5	111595745	rs28620667	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr5	112043263	rs138386816	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=142;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GTGTGGCCGCCGGAAGCCTAG;SOR=0.235;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=17;WE=112043271;WS=112043253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr5	112043282	rs79896135	C	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=21;PP=2016;SC=AGCCGCTGCTCGGGGGGGACC;SOR=2.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=91;WE=112043290;WS=112043272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr5	112116632	rs2909961	C	T	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=90;PP=2227;ReadPosRankSum=0.659;SC=GATAAAACAGCGAAGAGCTAT;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=49;TCR=118;TR=128;WE=112116640;WS=112116622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,140:0.78:179
chr5	112116661	rs56328836	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
chr5	112162854	rs2229992	T	C	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=64;PP=1879;ReadPosRankSum=0.909;SC=GTGAAATGTATGGGCTTACTA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=145;WE=112162862;WS=112162843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,157:0.70:223
chr5	112164561	rs351771	G	A	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=36;PP=1619;SC=AGGTTATTGCGAGTGTTTTGA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=112164569;WS=112164551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	112175770	rs41115	G	A	8303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.486;SC=ATTTTGCCACGGAAAGTACTC;SOR=0.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=274;WE=112175778;WS=112175760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr5	112176325	rs42427	G	A	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=96;PP=2965;SC=TTAGAGGAGGGGCACAGTCAG;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=182;WE=112176333;WS=112176311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	112176559	rs866006	T	G	8585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=165;PP=2965;SC=CATCTGCGTCTTCTTCTGCAC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=143;TCR=165;TR=308;WE=112176567;WS=112176549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	112176756	rs459552	T	A	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=64;PP=2833;SC=AATTCCAAGGTCTTCAATGAT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=112176764;WS=112176746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	112177171	rs465899	G	A	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=133;PP=2965;SC=AAAATACTCCGGTTTGCTTTT;SOR=1.050;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=103;TCR=133;TR=236;WE=112177179;WS=112177161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	112196983	rs17135067	C	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=6.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.274;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,46:0.25:182
chr5	112197986	rs431287	A	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.34;NF=7;NR=1;PP=164;SC=TCAATCAGAAAGAGGAGTAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=112197994;WS=112197979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	112198015	rs372492	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=12;NR=2;PP=322;SC=CAGTCTGATTAGTTGCTCGAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=112198023;WS=112198005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	112198071	rs112093457	AAGG	A	1276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=8;PP=909;SC=CACGCAGAAAAAGGAGGGGTT;SOR=1.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=19;WE=112198081;WS=112198061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	112200098	rs351767	A	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	112200477	rs201810812	T	TATC	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=0.752;SC=AGGTTTCTCCTACACAACACA;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=3;WE=112200485;WS=112200467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr5	112217829	rs12152991	C	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TGATGATCTTCTAATATCCTG;SOR=1.127;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=16;WE=112217837;WS=112217819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr5	112238300	rs5870516	GA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=-1.104;SC=CCTGTCCTCTGATACCACTGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=112238308;WS=112238290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	112256814	rs149190	A	G	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=32;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CCCTGCGGGGAGGAATGGAGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=127;TCR=56;TR=106;WE=112256822;WS=112256804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,111:0.60:186
chr5	112257366	rs153557	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	112257591	rs151980	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.434;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGGCAGCCCCCGCGGGGTCCT;SOR=1.472;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=112257599;WS=112257581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	112257908	rs153556	T	C	10522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=230;PP=2965;SC=GTCTCGCCGCTCGGGGCTGTT;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=151;TCR=230;TR=381;WE=112257916;WS=112257898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	112312528	rs33556	T	C	4802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGCCGCGGCTTCCTCGGCTGC;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=329;TCF=219;TCR=110;TR=190;WE=112312536;WS=112312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,196:0.58:338
chr5	112312676	rs33555	T	C	19990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=330;NR=373;PP=2965;SC=CCTGGACGATTTCTGCAGGTA;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=704;TCF=330;TCR=374;TR=703;WE=112312684;WS=112312666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,712:1.00:712
chr5	112312736	rs33554	G	C	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TCAGTTTCGCGGACCCCCAGA;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=383;TCF=139;TCR=244;TR=230;WE=112312744;WS=112312726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,226:0.60:374
chr5	112321488	rs33543	A	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=1250;ReadPosRankSum=0.789;SC=ATAAATCGTTATAGTTTGTAA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=97;TCR=31;TR=70;WE=112321496;WS=112321478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr5	112328377	rs3733969	A	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1401;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AGGTACTACTAGTTCAGGGGT;SOR=0.683;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=95;WE=112328385;WS=112328367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,98:0.40:248
chr5	112349070	rs9326869	T	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1244;ReadPosRankSum=0.989;SC=TAGAACATGCTGAGGGACAGC;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=287;TCF=151;TCR=136;TR=122;WE=112349078;WS=112349060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,125:0.40:312
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chr5	112379095	rs4277906	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.381;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=1610;ReadPosRankSum=1.019;SC=GCCTTCTCCATTTCTGGCTTC;SOR=1.148;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=43;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr5	112384725	rs113825892	GGTCACTGGGCA	G	2050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.911;NF=15;NR=11;PP=2983;ReadPosRankSum=0.148;SC=TGTGGCCAGTGGTCACTGGGC;SOR=1.066;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=26;WE=112384743;WS=112384715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr5	112384802	rs6594664	G	A	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.943;NF=70;NR=52;PP=1627;ReadPosRankSum=1.057;SC=TGCCAGGTTTGTCTTTGCTGC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=122;WE=112384810;WS=112384792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,126:0.53:236
chr5	112389747	rs4705536	C	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=784;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCCACATTCCCTCTCCCCAGT;SOR=0.916;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=48;WE=112389755;WS=112389737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr5	112399934	rs10477486	C	G	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=55;PP=1623;SC=AGGGACTATGCATAATTAACT;SOR=2.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=69;WE=112399942;WS=112399924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	112406702	rs6888031	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=437;SC=ATATGCCTTCTAAAAGCCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=112406710;WS=112406692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	112406718	rs4705771	A	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=10;PP=615;SC=CCTATTTCCTACTTTTATTCT;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=112406726;WS=112406708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	112406785	rs149928825	G	GCCTCGCGCTGTCTT	4192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=18;PP=2971;SC=CCCAGTGTGTGCCTACCTGTA;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=31;WE=112406793;WS=112406775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	112406862	rs2227950	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=41;PP=1559;SC=TCATCCTCTCGGCATTGCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=112406870;WS=112406852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	112406960	rs79420400	C	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=-1.755;SC=CAGATTCACACTAGGGTTACA;SOR=0.481;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=28;WE=112406968;WS=112406950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr5	112419935	rs62374684	A	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=595;ReadPosRankSum=-1.589;SC=ACCACTCCTCAGATAAACTGT;SOR=0.488;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=52;WE=112419943;WS=112419925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr5	112437714	rs28673913	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=476;ReadPosRankSum=-2.732;SC=AAAATAGGCTGAACAGGAATA;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=32;WE=112437722;WS=112437704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr5	112439941	rs6594681	T	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=52;PP=2344;SC=CTCAATGTGCTTGTCCACCTC;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=112439949;WS=112439931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	112440142	rs6869399	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=458;SC=GGTAATGGGATGGCAATGGAG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=112440150;WS=112440132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	112479004	rs2227949	T	C	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=157;PP=2965;SC=CATAGCGAAGTGTCGTTCGCT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=146;TCR=157;TR=303;WE=112479012;WS=112478994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	112487137	rs1947026	A	C	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=114;PP=2945;SC=GACAGAAAGGAGGAGATTAGA;SOR=1.893;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=46;TCR=115;TR=160;WE=112487145;WS=112487127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	112629887	rs485210	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AGAAAATCTACTAATCTTCAA;SOR=0.213;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=12;WE=112629895;WS=112629877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr5	112676191	rs10900684	A	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CGAAATATGTATTCCATGAAC;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=37;WE=112676199;WS=112676181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr5	112720648	rs17327526	C	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATAAAACTGCCACCTGGTTAT;SOR=0.572;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=136;TCF=94;TCR=42;TR=83;WE=112720656;WS=112720638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr5	112823998	rs348943	C	T	6780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.075;NF=153;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.988;SC=GCCGCATCCTCTCCTCCTCGC;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=243;TCR=264;TR=316;WE=112824006;WS=112823988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,323:0.62:519
chr5	112824039	rs348942	T	C	7986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=192;PP=2965;SC=CTGCTGCTGCTGCTGCCGCTG;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=93;TCR=192;TR=284;WE=112824056;WS=112824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	112824048	.	T	TGCC	1947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.367;NF=1;NR=64;PP=2778;ReadPosRankSum=0.452;SC=CTGCTGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.138;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=194;TCF=6;TCR=188;TR=65;WE=112824056;WS=112824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr5	112849801	rs1862315	A	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1522;ReadPosRankSum=1.677;SC=GACAGGGACCATGCTGGCAGT;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=102;WE=112849809;WS=112849791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,110:0.46:237
chr5	112849823	rs2416281	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.076;SC=AGGATACCCCCCTCACCCCAG;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=76;WE=112849831;WS=112849813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
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chr5	112851121	rs1035408	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=567;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AAGGGAGAAACGTTTCTGAGT;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=112851129;WS=112851099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr5	112853189	rs1833678	T	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=27;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CTGGAATGAATAGATATCTTG;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=149;TCR=70;TR=88;WE=112853197;WS=112853179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,93:0.41:225
chr5	112868500	rs144197941	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.091;SC=ATTCTAGTGGTTTTTCAGTTG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=10;WE=112868508;WS=112868490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	112868693	rs6594732	C	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1304;ReadPosRankSum=0.505;SC=CGCAGAGAGACGGGAAAGGAT;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=88;WE=112868712;WS=112868683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr5	112874987	rs4334877	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.023;SC=GTGTTTTTCTCTTGTATATAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=112874995;WS=112874977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	112884197	rs4444963	C	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=470;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GTTTGAAGTACTTTGGAAATT;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=29;WE=112884205;WS=112884187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr5	112884380	rs6889574	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=555;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TTTAAACTACGTTGATTCTTC;SOR=0.964;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=35;WE=112884388;WS=112884370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr5	112884594	rs6889501	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=566;ReadPosRankSum=0.839;SC=GCCCAGGCTCATCATGAACTA;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=48;WE=112884602;WS=112884584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr5	112884728	rs4639215	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=0.694;SC=GTAAAACTTTGTACTATTTTA;SOR=0.533;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=30;WE=112884736;WS=112884718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr5	112884752	rs6594734	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=1.261;SC=TAATTCTACCGTCTCTTAAAA;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=20;WE=112884760;WS=112884742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr5	112888882	.	A	T	177	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=58.82;NF=8;NR=3;PP=177;QD=19.2519284134;SC=TTTCAGTGCTACACTGGAATT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=112888890;WS=112888872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	112889065	rs60871281	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=271;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TGGTAAATACGTGTTGTCTAA;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=23;WE=112889073;WS=112889055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr5	112889374	rs10071816	G	A	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=82;PP=2382;ReadPosRankSum=1.272;SC=TTTGCTGACAGTACACATAGG;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=399;TCF=204;TCR=195;TR=169;WE=112889382;WS=112889364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,174:0.41:420
chr5	112889566	rs34947411	ATCT	A	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.061;NF=5;NR=10;PP=570;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GCTTCATAAAATCTTCTTTTT;SOR=0.631;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=112889576;WS=112889556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr5	112889608	rs10079758	T	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.254;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr5	112892000	rs2162842	G	A	70.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTTAAAAGTTGAATGTAGGTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=112892008;WS=112891990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	112899250	rs6886199	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-1.052;SC=AAACTAAAAGGAAATATGTCT;SOR=0.169;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=8;WE=112899258;WS=112899240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	112899702	rs6886628	A	G	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTGCTTGCACACTAGCTTATC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=194;TCR=137;TR=133;WE=112899710;WS=112899692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,144:0.41:350
chr5	112899876	rs11241214	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=773;ReadPosRankSum=0.757;SC=GGGTAAACACGTTTCTGGGGC;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=183;TCF=61;TCR=122;TR=67;WE=112899884;WS=112899866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,70:0.37:188
chr5	112901494	rs3763139	G	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=476;ReadPosRankSum=1.070;SC=GCAAATTCACGTCGAGGAATT;SOR=0.450;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=68;TCR=14;TR=30;WE=112901502;WS=112901484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr5	112917278	rs11748794	T	G	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1423;ReadPosRankSum=-2.160;SC=AACAACCATCTGGGATTGGCC;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=132;TCR=159;TR=108;WE=112917286;WS=112917268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,112:0.36:315
chr5	112919941	rs2288449	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=776;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATACATAACTGATCTTTGTAT;SOR=1.165;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=43;WE=112919949;WS=112919931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr5	112920108	rs55822801	C	G	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1389;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TCAGTCTTCTCTGAAATCTAC;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=236;TCF=97;TCR=139;TR=98;WE=112920116;WS=112920098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,105:0.42:253
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chr5	112928865	rs3763138	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr5	113822205	rs12719181	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.466;SC=ACGTAGACTCCGTCAGTTAAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=113822213;WS=113822195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	113822457	.	TA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr5	113829121	rs1841251	A	G	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=124;PP=2965;SC=TAAAAATGGAACAGAGGAAAC;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=112;TCR=124;TR=236;WE=113829129;WS=113829101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	114462355	rs2974617	C	T	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=103;PP=2965;SC=TCATAGAAATCTACTTTGCCT;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=201;WE=114462363;WS=114462345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	114462589	rs2921623	A	C	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=65;PP=2027;SC=TATCTTCAACAATAGATCTAA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=114462597;WS=114462579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	114462630	rs2974528	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=495;ReadPosRankSum=0.386;SC=CAGGATAATATACATTGATGT;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=24;WE=114462638;WS=114462620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	114482696	rs115632568	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.349;SC=TATTTCGTAACATTAAGTACA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=114482704;WS=114482686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	114588749	rs143060010	C	CAAGT	1059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=731;ReadPosRankSum=0.220;SC=TAACAGTATACAAGTACTAAG;SOR=0.382;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=14;WE=114588757;WS=114588739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr5	114611356	rs267295	A	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=486;SC=ATTAACCCTTAATTTTCCATC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=114611364;WS=114611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	114632012	rs78780834	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.756;SC=AGGCCCCGAGCAGGGGAGGCG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=114632020;WS=114632002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	115167564	rs368266571	CA	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr5	115167595	rs3215095	CT	C	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=260;ReadPosRankSum=1.081;SC=CAAACTCAATCTTTTATTATT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=10;WE=115167603;WS=115167585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	115176589	rs26536	A	G	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TTCATTCTGCATAAGAATTTG;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=198;WE=115176597;WS=115176579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr5	115177207	rs74844425	T	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CCAGCAGCAATTGAAGTAGGA;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=368;TCF=208;TCR=160;TR=120;WE=115177215;WS=115177197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,124:0.33:379
chr5	115177668	rs144226661	G	GAGGC	1121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=9.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.649;QD=9.27;ReadPosRankSum=2.325;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,32:0.26:121
chr5	115188660	rs152368	A	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=28;PP=1487;SC=GTGACCATATATTCTCATTTC;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=115188668;WS=115188650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	115298232	rs9326980	G	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=1011;ReadPosRankSum=0.034;SC=GGCAGGGGTCGCAGCACTGAA;SOR=0.575;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=66;WE=115298240;WS=115298222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,72:0.37:197
chr5	115298378	rs10062297	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=990;ReadPosRankSum=0.917;SC=GCTGGCTGGGCTGGTAGCCGC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=63;WE=115298386;WS=115298368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr5	115298475	rs12520255	T	C	3983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=75;PP=2400;ReadPosRankSum=-2.529;SC=CTCAGGGACTTGGAAGCCGAG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=490;TCF=295;TCR=195;TR=192;WE=115298483;WS=115298465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,197:0.40:491
chr5	115298518	rs12522632	A	G	5008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.357;SC=AGCCGACGCCAACCCCGAAAC;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=655;TCF=362;TCR=293;TR=261;WE=115298526;WS=115298508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,267:0.40:667
chr5	115346245	rs17138646	T	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=994;ReadPosRankSum=0.505;SC=AAGTACCAAATTGAAATGGAA;SOR=1.053;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=66;WE=115346253;WS=115346235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,69:0.41:170
chr5	115351150	rs10214076	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AAAGTTTCTGTTATAGGAATT;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=18;WE=115351158;WS=115351140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr5	115351224	rs17138667	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=2.450;SC=GCGTATTTGTGCTTCACTACC;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=8;WE=115351232;WS=115351214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr5	115351498	rs17485148	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=936;ReadPosRankSum=0.310;SC=TTCATTTAGGCCACTGGTTTG;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=70;WE=115351506;WS=115351488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,76:0.40:192
chr5	115357676	rs1508876	T	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=197;SC=ACAACATTTTTAAATACACGT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=115357684;WS=115357666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr5	115389626	rs954763	A	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=560;SC=TTTATGGTGAAAGTTACAGAA;SOR=4.174;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=115389634;WS=115389616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr5	115420897	rs74583480	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
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chr5	115426746	rs10065554	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=523;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GAATATGTGCTAATATAATAG;SOR=1.015;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=32;WE=115426754;WS=115426736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr5	115428334	rs1129494	G	T	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=74;PP=2307;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TTGTCAATACGTGGTCTTCTA;SOR=0.684;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=260;TCF=133;TCR=127;TR=161;WE=115428342;WS=115428324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,169:0.62:271
chr5	115428381	rs1129495	T	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CGGCAGAGAATTCTGGCTCCC;SOR=0.814;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=80;WE=115428389;WS=115428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,83:0.34:247
chr5	115428439	rs6894046	T	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=904;ReadPosRankSum=-1.704;SC=CAATAACATATGGCATAAATT;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=52;WE=115428447;WS=115428429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr5	115469773	rs1129496	C	T	5257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.244;SC=AGCTAGAGACCGTTGGATGGC;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=203;TCR=178;TR=226;WE=115469781;WS=115469763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,239:0.59:402
chr5	115628134	rs201733651	G	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr5	115811321	rs141731054	G	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,147:0.36:414
chr5	115813726	rs34966	A	G	13003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=259;NR=187;PP=2965;SC=CACTTCCCATATCGTTCACAC;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=259;TCR=187;TR=446;WE=115813734;WS=115813716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr5	115814496	rs40102	C	G	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=52;PP=1198;ReadPosRankSum=0.833;SC=ACAGCTGCGACATAGCCTTCT;SOR=1.188;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=124;TCF=27;TCR=97;TR=64;WE=115814504;WS=115814486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr5	115822384	rs2287684	C	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr5	115822392	rs2059874	G	A	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr5	115827356	rs154599	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1549;ReadPosRankSum=2.077;SC=TGTGACTCCACGAATCCTCTA;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=103;WE=115827364;WS=115827346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,114:0.59:194
chr5	115827407	rs154600	G	A	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=68;PP=1942;ReadPosRankSum=0.521;SC=GCAAAAGCAAGTGCAACGAGG;SOR=0.801;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=239;TCF=120;TCR=119;TR=131;WE=115827415;WS=115827397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,140:0.55:253
chr5	115831305	rs32973	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=103;SC=TAAGGTTAAAGTGGAGGTGGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=115831313;WS=115831295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	115837772	rs154466	G	A	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=11;PP=1475;SC=TGCTTGATAAGTTAAAGGAGG;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=115837780;WS=115837762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	115838117	rs54100	C	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=334;SC=ACAAAAGAAACCCGTGTTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=115838125;WS=115838107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	117329051	.	T	TAG	8361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.643;NF=11;NR=126;PP=2989;ReadPosRankSum=0.309;SC=ATATTATATATACACACACAC;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=11;TCR=129;TR=137;WE=117329093;WS=117329041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,213:0.98:218
chr5	117329053	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=62.1;NF=21;NR=42;PP=2962;QD=20;SC=ATTATATATACACACACACAC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=210;TCF=83;TCR=127;TR=63;WE=117329093;WS=117329041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:147,63:0.30:210
chr5	117329067	rs370687978	CATATATAT	C,CAT	3116.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.961;NF=7;NR=114;PP=2989;ReadPosRankSum=0.174;SC=CACACACACACATATATATAC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=7;TCR=119;TR=121;WE=117329093;WS=117329041;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:216
chr5	117329085	rs9688287	C	T	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.762;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,100:0.51:197
chr5	117329138	rs4404718	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=891;SC=ACATATATACGCATATATATA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=117329146;WS=117329128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	117896563	.	T	TATAG	193	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=193;QD=43.6;SC=TAGATACATATATAATCTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=117896571;WS=117896553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr5	117896640	rs1429735	T	C	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr5	117896669	rs5870821	AT	A	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.854;NF=12;NR=21;PP=384;ReadPosRankSum=0.071;SC=TAAAGCAGGAATTTTTTTTTT;SOR=0.518;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=33;WE=117896677;WS=117896659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,59:0.59:100
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chr5	117938636	rs199946167	CATAT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.929;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=337;ReadPosRankSum=1.081;SC=CACACACACACATATATATAT;SOR=0.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=20;WE=117938647;WS=117938624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr5	117938722	rs72663331	T	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=909;ReadPosRankSum=1.720;SC=AGCCATAACTTTAGCTTTCAC;SOR=0.670;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=64;WE=117938730;WS=117938712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr5	118480316	rs4895362	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=385;ReadPosRankSum=0.240;SC=GGCAAAGACAGCATTTTATCT;SOR=1.123;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=33;WE=118480324;WS=118480306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr5	118490205	rs78020394	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-1.498;SC=AAGGCTGTAACTCGTCTTAAT;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=12;WE=118490213;WS=118490195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr5	118513246	rs34139050	C	CTG	1303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.384;NF=0;NR=25;PP=1000;ReadPosRankSum=1.356;SC=AGTAGAAAGACTTTTAGTTTT;SOR=1.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=25;WE=118513254;WS=118513236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr5	118513265	rs80092039	A	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=410;ReadPosRankSum=0.301;SC=TTGCCACATGATAATCATTGT;SOR=1.112;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=19;WE=118513273;WS=118513255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr5	118532034	rs6595178	A	C	6294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=83;PP=2965;SC=CTATAGAAATAGTTAACAGAT;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=138;TCR=83;TR=221;WE=118532042;WS=118532024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	118556350	rs2271059	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=56;PP=1636;SC=ATTTACTGAACTAAAACTTTC;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=65;WE=118556358;WS=118556340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	118669304	rs56329027	C	T	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.847;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=87;PP=2147;ReadPosRankSum=-2.679;SC=TGATTGCACACGGGGAGAAAA;SOR=0.907;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=281;TCF=120;TCR=161;TR=143;WE=118669312;WS=118669294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,154:0.52:298
chr5	118690998	rs3813309	A	G	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=19;PP=1587;SC=AACTGCAGCAATGAGTGCCCG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=118691006;WS=118690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	118691121	rs73237297	G	T	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=70;PP=2025;ReadPosRankSum=1.949;SC=TTCTTCAAAAGGCCCCGCTCT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=271;TCF=143;TCR=128;TR=151;WE=118691129;WS=118691111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,154:0.55:278
chr5	118691693	rs3797339	C	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=475;ReadPosRankSum=1.088;SC=CTTTTATTTTCCGTCGTGTGC;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=36;WE=118691701;WS=118691683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr5	118691737	rs3797340	C	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=855;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCGGCTCGTCCGAGTACATGT;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=63;WE=118691745;WS=118691727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,64:0.42:151
chr5	118691784	rs3797341	T	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1307;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TATCCTGACATTATGCACTCC;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=94;WE=118691792;WS=118691774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,100:0.43:230
chr5	118691832	rs3797342	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1173;ReadPosRankSum=1.167;SC=ATTCTGGTTTCTCCTGGGGGC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=91;TCR=97;TR=90;WE=118691840;WS=118691822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,96:0.48:199
chr5	118691888	rs3797343	A	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=636;ReadPosRankSum=0.415;SC=GTGGTAGAAGAGGATGGGAGT;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=51;WE=118691896;WS=118691878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr5	118691929	rs6595185	A	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=33;PP=934;SC=CTTTGTCCGCATGCCCTGCGC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=118691937;WS=118691919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	118727224	rs3733855	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=66;PP=1931;SC=GGAGGCTGAGATGGGCAGATC;SOR=4.438;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=72;WE=118727232;WS=118727214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	118728495	.	CT	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=13.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.872;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr5	118728498	.	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.940;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=13.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=1.635;SOR=3.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr5	118728953	rs3203922	G	C	8620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TTAATAATGTGTTTGATCATT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=651;TCF=274;TCR=377;TR=369;WE=118728961;WS=118728943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,376:0.57:659
chr5	118788196	rs26180	C	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=454;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCCGCCATTCCCCGCCTCCTC;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=33;WE=118788204;WS=118788186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr5	118809533	rs10601221	CCA	C	2031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.008;NF=27;NR=20;PP=1918;ReadPosRankSum=1.037;SC=ATTTCATTTTCCACACACACA;SOR=0.991;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=47;WE=118809544;WS=118809523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr5	118811533	rs25640	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=892;ReadPosRankSum=1.974;SC=CTGAGGGATCGTTCCTTTGCT;SOR=0.590;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=56;WE=118811541;WS=118811523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr5	118813240	rs457106	T	C	6860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AGATGTTGTGTCTGGGGGTTC;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=543;TCF=249;TCR=294;TR=309;WE=118813248;WS=118813230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,322:0.57:564
chr5	118813316	rs463513	A	G	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=74;PP=1942;ReadPosRankSum=1.652;SC=AATATGTACAACCTTTTAACA;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=170;TCF=45;TCR=125;TR=104;WE=118813324;WS=118813306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,109:0.61:180
chr5	118837834	rs55708333	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTTTATTTCCAGATTAACCTT;SOR=0.277;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=15;WE=118837842;WS=118837824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr5	118845089	rs32663	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ACCAAGACCAGTCCCTCTTCT;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=16;WE=118845097;WS=118845079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr5	118845139	rs32664	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCCAATGTGAGGATGATGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=12;WE=118845147;WS=118845129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	118862735	rs73251672	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr5	118862971	rs2636961	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=351;ReadPosRankSum=-2.162;SC=TTCCATCTTACCATTTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=23;WE=118862981;WS=118862961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr5	118877566	rs28943593	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.391;NF=26;NR=16;PP=605;ReadPosRankSum=-1.415;SC=AACATGGTAACAGTTGGCACT;SOR=0.539;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=42;WE=118877574;WS=118877556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr5	118965609	rs2431372	C	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.265;NF=9;NR=45;PP=908;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTCGC;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=23;TCR=119;TR=54;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,53:0.37:143
chr5	118965623	rs2434599	A	G	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=81;PP=2857;SC=GTCTCGCTCTATCGCCCAGGC;SOR=3.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=16;TCR=81;TR=97;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	118968423	rs328698	T	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1192;ReadPosRankSum=1.534;SC=ATATCTCTGTTCCCTTCATAC;SOR=0.837;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=259;TCF=154;TCR=105;TR=84;WE=118968431;WS=118968413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,88:0.33:264
chr5	118968604	rs17469691	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1318;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGGGTTCCTTCGGCACGTGGC;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=81;WE=118968612;WS=118968594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr5	118969594	rs2431369	C	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=0.072;SC=ATTTAACTTACGTTCCCTCAG;SOR=0.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=191;TCF=128;TCR=63;TR=64;WE=118969602;WS=118969584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,70:0.35:201
chr5	118969960	rs328694	C	T	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.423;SC=AGGTACTCCCCCCTCTGATGT;SOR=0.895;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=537;TCF=286;TCR=251;TR=243;WE=118969968;WS=118969950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,245:0.45:541
chr5	118970770	rs2434600	C	T	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=110;PP=2792;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GTGTGGCCTTCTCTTGCAAGA;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=434;TCF=183;TCR=251;TR=195;WE=118970783;WS=118970760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,199:0.44:448
chr5	120021817	rs17853861	C	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,72:0.27:269
chr5	120021819	rs1158194	G	A	8428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=121;PP=2962;SC=CAGCACACCCGTCTGCTATCC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=257;WE=120021827;WS=120021807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	121309970	.	A	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=824;ReadPosRankSum=1.293;SC=GGCCGACTGAAGTCAAAAAAG;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=55;WE=121309978;WS=121309960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr5	121330223	rs6595336	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=13;PP=681;SC=TCTTAAGATACGGAAAGGAAC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=121330231;WS=121330213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	121355961	rs55708726	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1334;ReadPosRankSum=-1.721;SC=AAATATTGGCGAAGAAACCAA;SOR=0.984;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=76;WE=121355969;WS=121355951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr5	121358189	rs13356899	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=600;ReadPosRankSum=0.777;SC=GTTGCTTAATATAGCCTGAAT;SOR=1.218;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=38;WE=121358197;WS=121358179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr5	121413208	rs1800449	C	T	7408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.188;SC=GCTGGGCGGCCGCAGGTTACT;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=387;TCF=199;TCR=188;TR=295;WE=121413216;WS=121413198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,308:0.76:403
chr5	121487969	rs72786994	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=732;ReadPosRankSum=1.749;SC=CCTGGATTCCGGGTATGCTAT;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=57;WE=121487977;WS=121487959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,57:0.29:198
chr5	121488203	rs2560306	G	A	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=59;PP=2093;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TCCTGTGGCCGCACATTCTTG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=118;WE=121488211;WS=121488193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,124:0.72:172
chr5	121488635	rs3217313	AT	A	8479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.124;NF=41;NR=135;PP=2969;ReadPosRankSum=1.338;SC=AAATATCAGAATTTGAATTTA;SOR=0.440;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=243;TCF=52;TCR=191;TR=176;WE=121488643;WS=121488625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,270:0.76:354
chr5	121518309	rs9112	G	A	6051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=111;PP=2965;SC=GTTCACCAACGATCTTGTAAA;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=210;WE=121518317;WS=121518291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	121726714	rs1946649	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=836;SC=TTGTTTAAATGTAGACATTAT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=121726722;WS=121726704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	122131082	rs2161391	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=114;PP=2965;SC=TTTGCAGGTAATTGTCATGTA;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=52;TCR=114;TR=166;WE=122131090;WS=122131072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	122137708	rs965821	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=19;PP=811;SC=TCATACATCAATATAGTATTA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=122137716;WS=122137698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	122152520	.	AG	GG	775	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000,0.5000;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=37,4;NR=4,17;PP=775,142;QD=19.3658536585;SC=TGTGGGGGGGAGGGGGGAGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=41,21;WE=122152528;WS=122152510;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr5	122152520	rs148883473	AG	AGG	1846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000,0.5000;FS=10.792;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37,4;NR=4,17;PP=775,142;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGTGGGGGGGAGGGGGGAGGA;SOR=4.834;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=41,21;WE=122152528;WS=122152510;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:60
chr5	122161638	rs3213794	A	C	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=166;SC=ATTAGAATAGAACTTAAATAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=122161646;WS=122161628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	122161961	rs3217227	A	AT	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=185;SC=ATTTTTCATAATTTTTTGTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=122161969;WS=122161951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	122165209	rs6885464	T	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=797;SC=TTATGTAGATTTTTTTTTAAT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=122165217;WS=122165199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	122165470	rs71858777	TACAC	T,TAC	421.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;QD=30.12;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,9:0.36,0.64:14
chr5	122189640	rs7713253	C	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=331;SC=TTTAAGAATTCTTAAAAAACT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=122189648;WS=122189630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	122267456	rs246314	C	T	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=197;SC=ATAGAACCCCCGTCTGTATTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=122267464;WS=122267446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	122272572	rs146885106	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
chr5	122272641	rs30042	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=872;SC=CTTTTATCATAAAGTAAATTT;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=122272649;WS=122272631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	122301079	rs30055	T	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1688;ReadPosRankSum=1.829;SC=GTTTAAAGAGTCAGGGACTTC;SOR=0.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=93;WE=122301087;WS=122301069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr5	122359502	rs70988555	A	AAC	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	122359839	rs144851383	G	GAC	632.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=431;SC=TGACTACTAAGCGTTTTTTAT;SOR=3.126;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	122359840	rs374638812	CGTTTTTT	C	632.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=529;SC=GACTACTAAGCGTTTTTTATG;SOR=2.985;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	122372402	rs28373879	G	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=59;PP=1786;SC=TGACGGGACTGCCGGCCGGCT;SOR=3.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=122372410;WS=122372392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	122425832	rs13182369	G	T	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=0.882;SC=GCGGCGCCGCGGGTCTCCTGA;SOR=0.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=125;TCR=155;TR=278;WE=122425840;WS=122425822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr5	122425971	rs199942027	A	ACCTCCGCCT	1409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=11;PP=2984;SC=TTCCTCTTCCACCTCCGCCTC;SOR=1.143;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=122425979;WS=122425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	122426334	rs72373561	GGGCGCC	G	2292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=1713;SC=CTCTCTCCCGGGGCGCCGGCG;SOR=1.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=31;WE=122426347;WS=122426324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	122682154	rs2303719	T	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=6;PP=1235;SC=ACTTTTGAGGTTTTTACAAAG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=122682162;WS=122682144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	122682348	rs1047438	A	G	14291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=250;PP=2965;SC=TCAAATAATCATCCAAACCTT;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=514;TCF=264;TCR=250;TR=514;WE=122682356;WS=122682338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr5	122685801	rs485847	G	A	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=77;PP=2522;SC=GAAACAAAGAGACAAGTCATA;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=122685809;WS=122685791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	122685906	rs35423173	CT	C	250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.6507;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=157;SC=ACTGCCAATTCTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=122685915;WS=122685896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	122713989	rs79535450	C	T	7099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	122718341	rs56006955	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=277;SC=AAGGTACCTACAGAACATAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=122718349;WS=122718331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	122725761	rs114281792	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,40:0.23:172
chr5	122726783	rs17408604	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=33;PP=1156;SC=GCCAGGGGAATGAAGGAGGGC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=122726791;WS=122726773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	122729230	rs17408694	T	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=985;SC=TATTACTTTCTAAACTACTGA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=122729238;WS=122729220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	122909345	rs7712330	G	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=291;SC=AGCGTTTGACGTAATACAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=122909353;WS=122909335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	122941007	.	AT	A	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=5.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,18:0.16:112
chr5	123966143	rs375097374	AGTGTGTGT	A,AGT	349.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0,0;NR=10,10;PP=122,254;SC=TGAAGAGCAGAGTGTGTGTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10,10;WE=123966160;WS=123966133;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr5	123966399	rs11953210	A	G	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTAAGGAAAAATCAGTTACAG;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=102;WE=123966407;WS=123966389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,107:0.72:148
chr5	123966576	rs11959759	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=0.967;SC=TTCATCCCCCCCTTCGTTCTC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=123966584;WS=123966566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	123973701	rs6896590	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=750;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TAGAGTGCCATGGCTCAATCT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=41;WE=123973709;WS=123973691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr5	123973735	rs12655148	C	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CCTCTGCCTCCTGGGTTCAAG;SOR=0.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=6;WE=123973743;WS=123973725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr5	123974608	rs4371750	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=28;PP=887;SC=TCTAAAAAACTAATCAGTTAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=123974616;WS=123974598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	123974945	.	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,28:0.23:123
chr5	123979071	rs6878299	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=3.361;SC=CATTCTTTACGTATTAGGATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=123979079;WS=123979061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	123983915	rs6862252	G	T	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=42;PP=2443;SC=TTTGCAGTTGGTAGCTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=120;WE=123983923;WS=123983905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	123984763	rs7708070	C	T	7661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CAGCAGACCTCGCTCTCTTCC;SOR=0.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=139;TCR=139;TR=277;WE=123984771;WS=123984753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr5	123984891	rs77129503	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,53:0.27:197
chr5	123985484	rs11422549	C	CA	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=615;ReadPosRankSum=2.379;SC=TTTTTGCCAGCAAGTTCTATT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=123985492;WS=123985474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr5	125695874	rs77944663	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr5	125696140	rs11241887	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=324;ReadPosRankSum=2.035;SC=CAGTGGGTCCGGACCTGGAAC;SOR=0.491;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=26;WE=125696148;WS=125696130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr5	125759524	rs34490811	A	ACT	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr5	125802027	rs62394179	G	A	6745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TCAGGACCAAGAGTAAGTCTT;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=448;TCF=194;TCR=254;TR=297;WE=125802035;WS=125802017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,302:0.66:459
chr5	125809145	rs11746520	G	A	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=33;SC=AGCTATATTTGTAGATATTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=125809153;WS=125809135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	125880589	rs2775	T	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=82;SC=AAACTTTAATTTTCTTTGTCT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=125880597;WS=125880579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	125886071	rs1038381	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr5	125887715	rs12514417	T	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=0.076;SC=ATTTTTACCTTGAATTTAAAG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=125887723;WS=125887705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	125891516	rs7713264	T	A	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=50;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCATGTGCCTTCACGCCTCTC;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=117;TCR=69;TR=136;WE=125891524;WS=125891506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,137:0.72:189
chr5	125895124	rs372350206	TGG	T	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.32;MQRankSum=2.395;QD=23.84;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	125904208	rs3734174	A	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=1.052;SC=TGAGAAGGAAAAAAGTTTTTC;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=23;WE=125904216;WS=125904198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr5	125906344	rs6897789	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=734;ReadPosRankSum=-0.966;SC=ACAAAGTCCATAATAATAATG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=35;WE=125906352;WS=125906334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr5	125919529	.	C	CA	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=15;MQ=59.67;NF=2;NR=3;PP=55;QD=12.2;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=5;WE=125919537;WS=125919519;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr5	125928395	rs60720055	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=520;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CTTTCTTTACAGTTTCTTCAT;SOR=0.380;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=35;WE=125928403;WS=125928385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
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chr5	125944219	rs112502491	G	GTGTTTT	1816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=1962;SC=TGTTTATCCTGTGTTTTTGTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=32;WE=125944227;WS=125944209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr5	126156531	rs34618438	GT	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.549;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.539;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr5	126171999	rs1051643	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=698;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TATGGTAATCTTTACCTGTAT;SOR=0.352;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=43;WE=126172007;WS=126171989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr5	126746277	rs31483	C	T	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=59;PP=1768;SC=TCCCTGCCACCTGGAAAACAC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=126746285;WS=126746267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	126783373	.	G	A	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1310;ReadPosRankSum=-2.290;SC=TGACTGTCACGAAGGTGAGAG;SOR=0.425;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=79;WE=126783381;WS=126783363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,85:0.81:105
chr5	126792974	rs3812052	T	A	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=97;PP=2965;SC=AGGACAGTGGTGGTAGCAGCA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=49;TCR=98;TR=146;WE=126792998;WS=126792964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	126993249	rs45074	G	C	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.624;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=2117;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CATCCCTAGTGCCCCTTGGGA;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=108;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr5	126993263	rs248709	A	T	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=47;PP=2299;SC=CTTGGGAACGAATCAGCAGAT;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	127419931	.	TGCGGCG	T	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.966;NF=4;NR=22;PP=1370;ReadPosRankSum=0.080;SC=GGGCCGCTGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.335;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=26;WE=127419944;WS=127419921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr5	127469859	rs2228112	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=15;PP=905;SC=TTTTCTAGGAACATTCCATAC;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=127469867;WS=127469849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	127477418	rs3805607	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=0;PP=673;SC=GGAGTAGATATGTAGTCACTA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=127477426;WS=127477408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	127485599	rs2617618	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=15;PP=823;SC=TGGGGTGTTACGTTGTTATCT;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=127485607;WS=127485589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	127493679	rs17164310	A	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=945;SC=TAGGGAAACAACTTAAAATCT;SOR=2.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=127493687;WS=127493669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	127507316	rs3214907	A	AT	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9984;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=0.106;SC=AATTTTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=15;WE=127507324;WS=127507306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	127512873	rs1559263	A	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	127514436	rs17764954	A	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=20;PP=867;SC=TTGTGAGAATAGTAAGAAATG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=127514444;WS=127514426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	127613791	rs426987	C	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=78;PP=2357;SC=ATGGAGATGACATAACTAACT;SOR=3.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=13;TCR=78;TR=91;WE=127613799;WS=127613781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	127614472	rs190450	A	G	8111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=165;PP=2965;SC=GATTGCGACTACTGGATGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=113;TCR=165;TR=278;WE=127614480;WS=127614462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	127622983	rs2042327	C	T	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=87;PP=2965;SC=GAACTACTCCCGAGTCTGAGG;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=210;WE=127622991;WS=127622973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	127625559	rs56131649	T	C	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=40;PP=1868;SC=AGGAATAAAATATATCAAAGC;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=127625567;WS=127625549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	127638553	rs28763937	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=619;ReadPosRankSum=0.646;SC=TTTTGGCACATATTTGCAATT;SOR=2.697;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=29;WE=127638561;WS=127638543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr5	127640783	rs27713	G	A	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.787;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.239;SC=ATCTAAAACAGAAAAAAATAA;SOR=1.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=48;TCR=100;TR=147;WE=127640791;WS=127640771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr5	127640861	rs27855	A	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=692;SC=CTAATCTGCTATTAATTATTA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=127640869;WS=127640851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	127648188	rs461146	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=678;SC=GTTTCAGAGTGATCACTGAAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=127648196;WS=127648178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	127671924	rs32221	A	G	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=135;PP=2965;SC=GAGGAAGTAAAATGTTCTCCT;SOR=2.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=51;TCR=135;TR=186;WE=127671942;WS=127671914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	127685135	rs154001	C	T	7350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=120;PP=2965;SC=TTTGGACAAACGCCAGGGAAC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=131;TCR=120;TR=251;WE=127685143;WS=127685125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	127685624	rs255690	C	A	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=77;PP=2820;ReadPosRankSum=0.897;SC=TGTATAGTATCTTCCAAGGAA;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=161;TCR=120;TR=184;WE=127685632;WS=127685614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,190:0.65:292
chr5	127686497	.	G	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.692;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=488;ReadPosRankSum=0.265;SC=TAGTGAAAGAGGTGTCCTAGT;SOR=0.229;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=77;TCR=7;TR=32;WE=127686505;WS=127686487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr5	127701944	rs10594722	ATAAT	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-1.718;SC=GCTCTAGGAGATAATTAATCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=127701955;WS=127701934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	128321068	rs11743701	G	C	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=62;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.424;SC=ATGAATGCGAGAAATTTGCAA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=47;TCR=103;TR=90;WE=128321076;WS=128321058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,99:0.61:163
chr5	128359247	rs31271	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=268;SC=AAATTGCTTGTACAAGTAACT;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=128359255;WS=128359237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	128363836	rs2438187	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=26;SC=GATATAAAGTAATTTTGACTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=128363844;WS=128363827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	128430757	rs1127827	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=59;PP=1960;SC=CCTCGTGCCGTTGCAGATCCA;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=128430765;WS=128430747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	128441119	rs2287751	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr5	128448422	rs3798121	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=0.469;SC=GAACTTGATGGTATGGCTGGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=128448430;WS=128448412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	128448522	rs112381771	G	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr5	128732672	rs13171514	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=-0.594;SC=CAGGAACAGCAATGTTGTTGC;SOR=1.203;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=22;WE=128732680;WS=128732662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr5	128797105	rs72663400	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GATCCAGCGGGGCTGCCGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=8;WE=128797113;WS=128797095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr5	128797156	rs182638734	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.654;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=0.753;SC=CGCCGCCTCCCCCGCAGCCGC;SOR=1.260;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=25;WE=128797164;WS=128797146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr5	128797315	rs142924298	T	TCCCGGC	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.125;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,31:0.18:169
chr5	128845026	rs147135311	C	CTTAT	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.396;NF=0;NR=8;PP=340;ReadPosRankSum=-1.957;SC=ACTAGCTTTACTTATTTTTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=128845034;WS=128845016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	128863471	rs6595908	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=23;PP=892;SC=CAAGAGTCTGAGTGTGCAGGT;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=128863479;WS=128863461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	128863518	rs61749629	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=728;ReadPosRankSum=1.318;SC=TGCTCCATGAAACTCCAGTAA;SOR=0.625;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=46;WE=128863526;WS=128863508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr5	128977732	rs17163231	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=50;PP=1351;SC=TGCCAGTTACATTTGTATTCA;SOR=3.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=128977740;WS=128977722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	128994492	rs17839592	A	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CACAGATTATATTGAATTTAA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=11;WE=128994500;WS=128994482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr5	129015668	rs246443	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TGGCAAGGAATATTCCCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=22;WE=129015676;WS=129015658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr5	129030668	.	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=691;ReadPosRankSum=1.853;SC=AGGATACGTACCAAAATTTAA;SOR=3.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=30;WE=129030676;WS=129030658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr5	129072943	rs1465686	G	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=711;ReadPosRankSum=-2.009;SC=CACAGCTCTTGGCAATTACAT;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=38;WE=129072951;WS=129072933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr5	129240465	rs2436347	G	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGTGAGCCGGGGAAACCGCGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=129240473;WS=129240455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	129244133	rs2431206	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=0.903;SC=GATTCTATTCATTCTCTCTGT;SOR=1.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=29;WE=129244141;WS=129244123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr5	129519874	rs10066410	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=568;SC=TTTCTTTTTAGATAAATCTTT;SOR=3.180;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=129519882;WS=129519864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	129521126	rs2015018	A	G	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=CCCACTGATGATTACTTCATA;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=190;WE=129521134;WS=129521116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	130495415	rs3852208	A	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TTGAAACACAACCCTTTGAGC;SOR=2.115;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=23;WE=130495423;WS=130495405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr5	130498228	rs17165688	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=892;ReadPosRankSum=0.067;SC=CACAATTTAAAAAGCAAGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=51;WE=130498236;WS=130498218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr5	130500751	rs2278060	A	C	5491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=2.360;SC=GACGATACCCACCTCAGCAGG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=178;TCR=180;TR=233;WE=130500759;WS=130500741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,243:0.66:368
chr5	130500842	rs4696	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.118;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=67;PP=1879;ReadPosRankSum=1.191;SC=TGATCTTCCCAAAGATCGTGT;SOR=0.324;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=108;WE=130500850;WS=130500832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,116:0.74:156
chr5	130506901	rs33949871	TTG	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=-1.645;SC=AGTTGAGGGTTTGTGCACGTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=130506910;WS=130506891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	130695152	rs11951274	C	T	3809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=70;PP=2465;ReadPosRankSum=0.553;SC=AGATTTGGAACCTTCATTGGT;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=122;TCR=96;TR=156;WE=130695160;WS=130695142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,161:0.71:228
chr5	130733838	rs10478984	T	A	426.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=287;ReadPosRankSum=1.659;SC=AAAAAGATTTTAAAAAAAAGT;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=130733846;WS=130733828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr5	130766662	rs1291602	T	C	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=114;PP=2965;SC=CAATACTCTCTGTTTAACTGT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=105;TCR=114;TR=219;WE=130766670;WS=130766652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	130767121	rs6596022	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TTATTGCCTGTGAGAAACTAC;SOR=3.706;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=19;WE=130767129;WS=130767111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr5	130769424	rs11326479	GA	G	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.621;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	130788698	rs10054168	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=992;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TTAATTATTACATCACCCTTG;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=66;WE=130788706;WS=130788688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr5	130808198	rs31241	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr5	130808293	rs9327613	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AAGGATTGGAAAAATCCAACA;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=59;WE=130808301;WS=130808283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr5	130831365	rs40400	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TGTGGAAACATAAAAGAGGCA;SOR=0.488;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=27;WE=130831373;WS=130831355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr5	130840385	rs10063129	A	G	8660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GTACCATAACAATTTCTCCCT;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=508;TCF=240;TCR=268;TR=370;WE=130840393;WS=130840375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,382:0.72:529
chr5	130867733	rs1029472	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=808;SC=CTCATTTACAGTTCAAAATAA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=130867741;WS=130867723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	130982768	rs26006	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=3.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-2.481;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,108:0.27:393
chr5	131006356	rs26007	T	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	131006396	rs7730296	G	C	116.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=0.431;SC=AAAAAAAAAAGTGAATTCTAC;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=131006404;WS=131006386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	131008194	rs26008	T	C	7203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=132;PP=2965;SC=AGAAATCATCTGGCACTCATC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=119;TCR=132;TR=251;WE=131008202;WS=131008184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	131013617	rs113522906	A	AG	1306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.008;NF=0;NR=31;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.618;SC=ATGAAACCTTAGGTAAAATGT;SOR=0.482;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=31;WE=131013627;WS=131013607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr5	131066577	rs7729787	A	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=0.638;SC=TGAATAAATAAATGACATCAA;SOR=1.189;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=21;WE=131066585;WS=131066567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr5	131066725	rs7730228	C	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=78;PP=2567;SC=GCATCACTGCCGAGTTTCTGA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=131066733;WS=131066715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	131283289	rs148341426	C	T	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=30;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GGTTTTACCTCGGGTTTTGAG;SOR=0.932;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=93;WE=131283297;WS=131283279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,101:0.75:134
chr5	131312237	rs34019873	GA	G	380.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=2.194;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr5	131312238	rs11743803	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr5	131312327	rs370652	G	T	8686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=143;PP=2965;SC=CAACAGTAATGCTACTTTATT;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=188;TCR=145;TR=330;WE=131312335;WS=131312317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	131320959	rs67060241	GT	G	3443.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.20;MQRankSum=7.883;QD=32.80;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,84:0.80:105
chr5	131320960	.	TC	GC	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=67.09;NF=50,27;NR=22,23;PP=2854,2971;QD=20;SC=GTGCAGGAGGTCACCCAGTGT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=72,50;WE=131320968;WS=131320950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr5	131320960	.	TC	T	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=67.09;NF=50,27;NR=22,23;PP=2854,2971;QD=20;SC=GTGCAGGAGGTCACCCAGTGT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=72,50;WE=131320968;WS=131320950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
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chr5	131322494	rs77938	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,40:0.22:182
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chr5	131324119	rs71970	T	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=25;PP=2856;SC=CAGAAGGCCATGGAACCTCCT;SOR=2.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=96;TCR=25;TR=121;WE=131324127;WS=131324109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	131324250	rs3043838	C	CTG	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.812;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.672;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,62:0.17:360
chr5	131324377	rs7716905	A	G	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1716;ReadPosRankSum=1.272;SC=GTAAGCCCCTAGTATTTTCTG;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=93;WE=131324385;WS=131324367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,101:0.76:133
chr5	131325888	rs422130	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=51;PP=2142;SC=CTTGTGTCAGAGAGGGGTCAG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=131325896;WS=131325878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	131326522	rs5871439	AC	A	4607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.090;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.216;NF=43;NR=54;PP=1814;SC=GCCCCTCCACACCCCCCCCCA;SOR=1.011;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=97;WE=131326539;WS=131326511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr5	131347073	rs76936241	G	T	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1485;ReadPosRankSum=0.539;SC=GGACCTTGACGGGACAGCTCA;SOR=0.371;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=88;TCR=27;TR=83;WE=131347081;WS=131347063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,89:0.75:118
chr5	131347520	rs4705908	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=13;PP=1050;SC=TGACCGCGGTGTCGGAACCGC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=131347528;WS=131347510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	131411460	rs25882	T	C	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GCAACCCAGATTATCACCTTT;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=160;TCR=151;TR=214;WE=131411468;WS=131411450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,229:0.69:330
chr5	131534499	rs3749756	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=9;PP=941;SC=GGCTGAAATGCTCCTAGAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=131534507;WS=131534489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	131546280	rs154483	A	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=92;PP=2700;SC=AGAGATTCCCACTTCAAGGAA;SOR=2.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=37;TCR=92;TR=129;WE=131546288;WS=131546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	131553340	rs2301579	C	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=643;SC=CCCCACATCACCCTCTCAAAG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=131553348;WS=131553330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	131553428	rs3214098	T	TA	4997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=35;PP=2936;SC=CTAAGGATGGTTGGGGACTTA;SOR=1.355;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=77;WE=131553436;WS=131553418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	131553665	rs154485	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=663;SC=CAGCTCTCTGAGGATTATGGG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=131553673;WS=131553655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	131593336	rs70974026	C	CG	300.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	131593363	.	GGCT	G	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=42.54;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	131593373	.	GCGGCGGCTC	G	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=42.49;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	131602166	rs1007602	T	C	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=158;PP=2965;SC=GGCCTGAGGGTAGGAGCTGGC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=149;TCR=159;TR=307;WE=131602174;WS=131602156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	131607300	rs55722650	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,104:0.22:467
chr5	131607402	rs10479000	T	C	17667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=360;NR=267;PP=2965;SC=CGATGGCCCGTCTGGCGCCCA;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=627;TCF=360;TCR=267;TR=627;WE=131607410;WS=131607392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,640:1.00:640
chr5	131607721	rs10479001	C	T	9843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CCATCAGGGGCACCATCGTCA;SOR=0.505;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=534;TCF=317;TCR=217;TR=401;WE=131607729;WS=131607711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,423:0.76:555
chr5	131630852	rs35260072	A	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr5	131649186	rs270607	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=602;SC=GATGTGACAGAGAAAAAAGTC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=131649194;WS=131649176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	131658085	rs270600	T	C	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=74;PP=2065;SC=CCCTCTGCTGTGGGTCAGCAC;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=136;WE=131658093;WS=131658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	131660119	rs273915	G	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=267;SC=CCTGCTCACTGTGCCCTAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=131660127;WS=131660109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	131660431	rs273914	A	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=10;PP=261;SC=TCAGTATGAGACAAGCTCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=131660439;WS=131660421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	131663062	rs272893	T	C	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=78;PP=2965;SC=ATGAACAACATAGCTGTACCA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=171;WE=131663070;WS=131663052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	131670546	rs272879	C	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=57;PP=1680;SC=TATTGCGAACCCTGCCCAGGC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=131670554;WS=131670536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	131671662	rs12777	C	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=826;ReadPosRankSum=0.102;SC=CCAGAGTGGGCAGCATCATTG;SOR=0.284;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=52;WE=131671670;WS=131671652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr5	131671769	rs272878	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=178;SC=ATTGTGAAAATGTCAAATAGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=131671777;WS=131671759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	131676320	rs1050152	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,59:0.21:280
chr5	131701279	rs367805	T	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	131719999	rs4551059	A	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=62;PP=1969;SC=CCTGGGTATGACCATCAGGTT;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=131720007;WS=131719989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	131722951	rs274555	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=1.424;SC=GCCCTCTCTCCGCCCAAGCCC;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=131722959;WS=131722941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	131730052	rs60522531	CA	C	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,23:0.21:108
chr5	131792639	rs3214157	A	AT	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.564;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,46:0.29:159
chr5	131796498	rs2522048	T	C	8410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=150;PP=2965;SC=AACAAAACCATCAGCCCTGCT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=139;TCR=151;TR=289;WE=131796506;WS=131796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr5	131796573	rs2522049	T	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=97;PP=2686;SC=CCTGTAATGGTGGTTGTGAGG;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=159;WE=131796581;WS=131796563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	131819798	rs2070731	T	C	5904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.27;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,145:0.79:183
chr5	131819798	.	TAG	CAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=53;NR=80;PP=2944;QD=20;SC=TGTATGAGGGTAGGGGACGGT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=133;WE=131819808;WS=131819788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:45,133:0.75:178
chr5	131819800	rs2070730	G	A	5904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.27;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,144:0.79:183
chr5	131819921	rs2070729	C	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=593;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GCATGGCAGCCGTAGCTAATT;SOR=1.143;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=30;WE=131819929;WS=131819911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr5	131819970	rs7701588	T	C	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.73;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr5	131819977	rs2070728	C	T	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.54;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr5	131821188	rs17848418	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=244;ReadPosRankSum=0.756;SC=CTTCCCTTCCCATGGTGGCTT;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=131821196;WS=131821178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	131821246	rs10068129	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=684;ReadPosRankSum=0.310;SC=GACAATGCAAGCAGCCAGGTG;SOR=0.290;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=48;WE=131821254;WS=131821236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr5	131821738	rs2070726	C	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=414;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCTCCTCTCACCAGCCCCCAC;SOR=2.948;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=131821746;WS=131821730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	131821788	rs2070725	C	T	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=11;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CTAGTGTCCCCGTCGCTTGCC;SOR=1.393;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=58;WE=131821796;WS=131821778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr5	131821866	rs10214312	T	G	5442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GGAGTTCTGATCATCTTTTCT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=300;TCF=181;TCR=119;TR=225;WE=131821874;WS=131821856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,232:0.75:310
chr5	131822055	rs9282762	T	C	7234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TGACAGCACATGGCGACAGTG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=212;TCR=175;TR=302;WE=131822063;WS=131822045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,311:0.78:398
chr5	131822072	rs2070724	A	G	8734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.861;SC=AGTGCTGGGGAACAGCAGAAG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=457;TCF=246;TCR=211;TR=350;WE=131822080;WS=131822062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,360:0.77:469
chr5	131822133	rs9282763	T	C	9072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TCGAGCGCCCTCCGACCAACC;SOR=0.533;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=527;TCF=277;TCR=250;TR=385;WE=131822141;WS=131822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,393:0.73:537
chr5	131822224	rs9282761	T	C	7431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CTGTGGGGTCTCCTGCCAGAC;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=205;TCR=210;TR=298;WE=131822232;WS=131822214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,303:0.72:423
chr5	131823862	rs35829610	C	CTG	894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=817;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CTGGCTTGGACACCCATCTTG;SOR=1.426;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=18;WE=131823870;WS=131823852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr5	131892357	rs2706335	C	T	10643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=193;NR=190;PP=2965;SC=AGTTTTGACACGAACTGACCC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=193;TCR=190;TR=383;WE=131892365;WS=131892347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr5	131892979	rs4526098	G	A	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=46;PP=2901;SC=GCCTTTGTGGGCTCCAGGTCC;SOR=1.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=146;WE=131892987;WS=131892969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	131924341	rs104895045	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=433;ReadPosRankSum=0.681;SC=TTTTAAGCACCAGTTGAAAAA;SOR=1.193;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=25;WE=131924354;WS=131924331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	131995843	rs1295686	T	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=20;PP=1772;SC=GTTCTACTCATGTGCTGACCT;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=131995851;WS=131995833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	131995964	rs20541	A	G	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CGCGAGGGACAGTTCAACTGA;SOR=0.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=145;TCR=125;TR=267;WE=131995972;WS=131995954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,277:0.99:280
chr5	132036252	rs1468216	T	C	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=114;PP=2965;SC=TACTGGACCATGTTCCTCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=245;WE=132036260;WS=132036242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr5	132036489	rs1468215	A	T	69.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	132038199	rs3213639	C	T	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=21;PP=1895;SC=AAAGAACTCCCTTTTAAAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=132038207;WS=132038189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	132039132	rs2285700	C	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=666;SC=ATCATGAATTCATCTCAATTC;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=132039140;WS=132039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	132046789	rs11740584	G	C	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=122;PP=2965;SC=TATCCTGTACGAAGTCATTAG;SOR=2.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=41;TCR=122;TR=163;WE=132046797;WS=132046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	132056147	rs2074529	C	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=13;PP=1626;SC=TTTCATTCATCTATGCTCTCT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=75;WE=132056155;WS=132056137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	132070242	rs7732520	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=140;SC=AATTTATAAACTTTAAAAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=132070250;WS=132070232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	132098242	rs30510	A	G	8556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TCTGGACCCCATTGCTGACCA;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=175;TCR=133;TR=307;WE=132098250;WS=132098232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr5	132149684	rs40274	G	C	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=97;PP=2965;SC=CCCTTGGTCCGGGTGCCGCGG;SOR=0.858;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=127;TCR=97;TR=223;WE=132149692;WS=132149674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	132150948	rs40470	T	G	9016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=170;PP=2965;SC=TGCCCAGTTTTCCTCCAACAA;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=142;TCR=170;TR=312;WE=132150956;WS=132150938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	132198100	rs10491279	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.724;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,80:0.25:320
chr5	132198199	rs254286	G	A	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=74;PP=1905;ReadPosRankSum=0.737;SC=AGTGTTCAACGGTAGTAATGC;SOR=1.204;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=35;TCR=89;TR=100;WE=132198207;WS=132198189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,103:0.80:129
chr5	132198287	rs254285	C	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=415;SC=GCTTGAAAATCAGTCAACACA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=132198295;WS=132198277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	132220748	rs45441396	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr5	132220941	rs3835017	CGTGTGT	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	132227677	rs6596093	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=537;SC=CTGACTTACCACCTTCACAGT;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=132227685;WS=132227667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	132228133	rs11739417	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.185;SC=TTCTCCACACAGTAATACAGG;SOR=0.226;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=12;WE=132228141;WS=132228123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr5	132234152	rs34099243	C	CG	327.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=312;SC=ACATCCAAATCGACAACCAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=132234160;WS=132234142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	132261793	rs115914262	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=-1.531;SC=CCAAGACCTACTGCTGACTGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=132261801;WS=132261783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	132270663	rs10039125	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=0.513;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.129;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr5	132535046	rs3749817	G	A	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.056;SC=GTCCGGCTCCGTGTGCAGAGC;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=146;TCR=128;TR=215;WE=132535054;WS=132535036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,224:0.80:280
chr5	132546059	rs3828692	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GTATGCATGGGCATCACTCCT;SOR=0.250;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=10;WE=132546067;WS=132546049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr5	132559950	rs2303671	T	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,33:0.22:149
chr5	132652281	rs17683306	C	T	4458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.269;SC=TGGCTGCAGACGGGTCTGGAG;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=111;TCR=110;TR=174;WE=132652289;WS=132652271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,183:0.79:233
chr5	132918828	rs13162005	C	T	665.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=541;ReadPosRankSum=0.471;SC=CTGTCTCCAGCGGCCAGTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=132918836;WS=132918818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr5	132939412	rs72789144	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=0.585;SC=TTCTTCTGTCCCCACCAAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=132939420;WS=132939402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	133311842	rs34017723	G	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1242;ReadPosRankSum=1.098;SC=ATTAAGGGAAGTCAGAAGTTC;SOR=0.568;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=67;WE=133311850;WS=133311832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr5	133328560	rs10491289	A	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CAGGTCTCCTAAACAGTTATC;SOR=0.804;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=285;TCF=147;TCR=138;TR=86;WE=133328568;WS=133328550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,92:0.30:302
chr5	133537438	rs2302598	T	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=12;PP=1142;SC=TTAAAAAATATCCCCAAAGGG;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=133537446;WS=133537428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	133537479	rs2302599	T	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=44;PP=2308;SC=CATAAGCACCTGAACACTAAA;SOR=1.202;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=131;WE=133537487;WS=133537469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	133541548	rs2239543	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=5;PP=449;SC=TAACTGGGGGAAAAAAAACTT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=133541556;WS=133541538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	133561589	rs3863186	G	C	12358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=258;PP=2965;SC=GCTCCGCGCTGCTCCCGCGCC;SOR=1.176;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=431;TCF=173;TCR=258;TR=431;WE=133561597;WS=133561579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr5	133707164	rs376526735	TCGG	T,TCGGCGG	1641.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.04;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,32,9:0.78,0.22:41
chr5	133707247	rs35950497	CT	C	1732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.825;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr5	133861426	rs75304543	G	T	4694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,231:0.70:331
chr5	133873572	rs329126	A	C	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.08;SOR=2.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	133873572	.	ATGAAC	CTGAAC,CTGAAT	1265	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=72,19;NR=14,4;PP=1265,290;QD=15.1136187505;SC=TTTCTCCCTCATGAACATTCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=86,23;WE=133873585;WS=133873562;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:86
chr5	133873577	rs2304082	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr5	133896744	rs2589404	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=930;SC=TGTGGACAGAAGCCCTTAAGA;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=133896752;WS=133896734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	133900111	rs329311	A	C	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=84;PP=2965;SC=CAGCAGACAAACCCCCATTTT;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=212;WE=133900119;WS=133900101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	133902288	rs2044318	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=2.252;SC=CCCATGCCGCCTGCCCACCCC;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=8;WE=133902296;WS=133902278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr5	133909475	rs329322	G	A	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=93;PP=2757;ReadPosRankSum=0.076;SC=CCCACCTGCCGCCGCCACCTC;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=94;TCR=125;TR=166;WE=133909483;WS=133909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,172:0.74:231
chr5	133956668	rs11558540	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr5	133984645	rs61421945	CT	C	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=6.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,44:0.24:182
chr5	134015495	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr5	134015523	rs10042142	C	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=550;SC=TTATTTACCTCTAGTCAATCC;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=134015531;WS=134015513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	134033777	rs246341	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=40;PP=1120;SC=GCGTAGGACTGAATAATATTT;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=134033785;WS=134033767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	134113558	rs254713	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=222;SC=TACTTTTTCTGAGTACCAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=134113566;WS=134113548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	134117053	rs75589259	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=755;ReadPosRankSum=-1.911;SC=CCAGAATTGAGAGACATTCTT;SOR=0.409;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=35;WE=134117061;WS=134117043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr5	134343661	rs10044000	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1091;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGATCACCGCCGTGGGGCAGA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=60;WE=134343669;WS=134343651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr5	134344497	rs299376	T	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=907;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCACTGGGTCTGGGCCCTCAG;SOR=1.604;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=52;WE=134344505;WS=134344487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr5	134344929	rs299378	C	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=1076;ReadPosRankSum=0.007;SC=GCTTGAGTGGCGGCTGGCCCT;SOR=0.417;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=46;WE=134344937;WS=134344919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr5	134346304	rs877812	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.396;SC=AGTGAAGGGGGTGATGACTGA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=134346312;WS=134346294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	134364406	rs71660434	TCCGCGC	T	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=9.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr5	134364996	rs1131611	G	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=878;ReadPosRankSum=1.687;SC=TTGGCTCGCCGGTTCTTGAAC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=92;TCR=123;TR=71;WE=134365004;WS=134364986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,75:0.33:228
chr5	134365070	rs10056994	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=312;ReadPosRankSum=-1.745;SC=GACCCCACCCCCTTCCCCACC;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=23;WE=134365078;WS=134365060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr5	134365091	rs474853	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=2.611;SC=GCCTGGAGCCTTCCGTCGGCC;SOR=0.330;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=15;WE=134365099;WS=134365081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
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chr5	134368721	rs10716861	CA	C	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=1.592;SC=CCAGCTCGGACAAAAAAAGGC;SOR=0.631;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=14;WE=134368729;WS=134368711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr5	134670656	rs73789312	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TGGTTCTGTCATTGCTCAGCC;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=25;WE=134670664;WS=134670646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr5	134670765	rs3210047	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,61:0.25:240
chr5	134705560	.	TAAGGCCTTGGGGAAA	T	1781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.431;NF=24;NR=3;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.261;SC=ACACTCCCAATAAGGCCTTGG;SOR=1.493;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=27;WE=134705582;WS=134705550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,44:0.88:50
chr5	134870640	rs11960442	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=572;ReadPosRankSum=-1.853;SC=CTAGGGGAGGGGGAAAGTAAC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=37;WE=134870648;WS=134870630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr5	134986006	rs801560	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=387;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TCCTTGACTGGTACACTCCAA;SOR=0.968;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=31;WE=134986014;WS=134985996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr5	134986196	rs10045717	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.589;NF=41;NR=32;PP=1163;ReadPosRankSum=0.960;SC=AGGATGACTCCAGGACAAGGG;SOR=0.892;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=73;WE=134986204;WS=134986186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr5	134986256	rs149152270	A	AAAC	2162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.621;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.645;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr5	135138782	rs11738183	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=210;SC=TAATATCCTATGGAGGTATTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=135138790;WS=135138772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	135170658	rs17738773	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTGAGGAAACTTTGCCTCTGT;SOR=0.568;Source=Platypus;TCF=41;TR=28;WE=135170666;WS=135170648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr5	135170981	rs17738826	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TGGCTGCTGATCCCGGGGCGC;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=11;WE=135170989;WS=135170971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr5	135178081	rs6596269	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr5	135178124	rs2304075	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=37;PP=1626;SC=GTGTCATCGTTGGCCACCCTC;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=135178132;WS=135178114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	135178142	rs6596270	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr5	135178231	rs2304076	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr5	135186075	rs2304077	A	G	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGCTATGAATAACCTCTGCGC;SOR=0.979;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=287;TCF=161;TCR=126;TR=200;WE=135186083;WS=135186065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,204:0.69:296
chr5	135188214	rs2304078	G	C	10352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=131;PP=2965;SC=ACGGCAGCCCGGGGTCCTCAC;SOR=1.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=369;TCF=238;TCR=131;TR=368;WE=135188222;WS=135188204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	135207382	rs2304080	C	T	8754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=171;PP=2965;SC=GCCCCTGTGCCGTGTGGCTGG;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=129;TCR=171;TR=300;WE=135207390;WS=135207372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	135215575	rs2269926	A	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=7;PP=1337;SC=AGGCAGCACCACTAGCTATTC;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=53;WE=135215583;WS=135215565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	135215835	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr5	135258105	rs39604	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1294;ReadPosRankSum=1.937;SC=GTTGAAGATTGGGGTGTCTGT;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=80;WE=135258113;WS=135258095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,88:0.79:112
chr5	135276201	rs1160982	AGTT	A	2819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.716;NF=28;NR=16;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CAGCACTTACAGTTGTTTTTA;SOR=0.578;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=44;WE=135276211;WS=135276191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr5	135276314	rs40986	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.957;NF=44;NR=58;PP=1469;ReadPosRankSum=0.046;SC=CTAAGACTCCCAAAGATGAGT;SOR=1.012;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=102;WE=135276322;WS=135276304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,110:0.69:159
chr5	135276701	rs31548	T	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1092;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGAGAATTTTTCCCAACTTCC;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=66;WE=135276709;WS=135276691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr5	135276847	rs31547	T	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TTCGAATTGATGTTGTGAGTG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=98;WE=135276855;WS=135276837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr5	135277394	rs11376205	G	GT	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.730;NF=1;NR=31;PP=814;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGTTGTTGTTGTTTTTTTAAT;SOR=0.502;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=32;WE=135277402;WS=135277384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr5	135287029	rs31517	T	C	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=110;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GAGCACAAGATGTCCACACCC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=89;TCR=152;TR=173;WE=135287037;WS=135287019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,175:0.73:241
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chr5	135379612	rs4976464	A	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=12;PP=1641;SC=CTTAGCAAATAACTCCTAAGA;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=135379620;WS=135379602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	135382989	rs1442	G	C	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=73;PP=2851;ReadPosRankSum=0.609;SC=GTGCCCGGCTGCTGAAAGCCG;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=215;TCF=129;TCR=86;TR=175;WE=135382997;WS=135382979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,185:0.80:231
chr5	135396669	rs6880837	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.932;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
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chr5	135469500	rs3764942	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=7.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.516;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr5	135469527	rs3764941	T	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=5.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
chr5	135489891	rs10479111	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.891;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr5	135496820	rs11437885	C	CA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.174;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.351;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr5	135496895	rs10563477	TATA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=0.524;SC=CATGCCAAGGTATAATAGCTG;SOR=0.117;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=10;WE=135496905;WS=135496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr5	135498944	rs11318760	AT	A	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.467;QD=2.33;ReadPosRankSum=-2.420;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,50:0.20:248
chr5	135508381	rs4585442	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=-0.185;SC=ATCGAATTCAATCATTTGTTG;SOR=0.848;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=21;WE=135508389;WS=135508371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr5	135510033	rs4146185	T	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=537;ReadPosRankSum=-1.888;SC=ATGATTCTTTTAGCTGACTCT;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=107;TCR=32;TR=42;WE=135510041;WS=135510023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,43:0.29:147
chr5	135510430	rs10515478	C	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	135512916	rs10078857	C	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	135513085	rs55765823	T	TC	6215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=73;PP=2936;SC=GGATTGAGATTATCTTCATGG;SOR=0.966;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=88;WE=135513093;WS=135513075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	135522877	rs66932414	AG	A	1220.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr5	135522879	rs58669675	T	TAATATA	1220.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr5	135527905	rs2287963	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CCCAAGCTACACCGGCCGCGT;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=17;WE=135527913;WS=135527895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr5	135528316	rs6868337	C	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=1.219;SC=CCTGCCGCGCCCAACTGACCG;SOR=0.180;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=135528324;WS=135528306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr5	135561133	rs3734123	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.274;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr5	135587747	rs59268520	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-1.488;SC=ACCCAGGAGACTCAGAGACTT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=135587755;WS=135587737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	136315200	rs3217011	AT	A	1504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,53:0.26:200
chr5	136328367	rs3777224	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GGCAAAGCCACGTTCAAAGCA;SOR=1.659;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=23;WE=136328375;WS=136328357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr5	136833955	rs372446202	CCA	C	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=1.511;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr5	137027953	rs2301710	A	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=0.597;SC=GAGGAGGTGCAGCAGTCCGGC;SOR=0.093;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=20;WE=137027961;WS=137027943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr5	137028029	rs2905608	T	C	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=867;ReadPosRankSum=0.565;SC=CATCTGCAAATGCACGGATGC;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=65;WE=137028037;WS=137028019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr5	137034169	rs41298968	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGATGGTCTCCTGCCCTGTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=137034177;WS=137034159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	137056006	rs11741787	A	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.27;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	137056027	rs6887727	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=593;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GGAACTCAAGTGACTAAGAAT;SOR=2.030;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=27;WE=137056035;WS=137056017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr5	137089075	.	T	TCCG	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.592;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
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chr5	137241856	rs700605	T	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=20;PP=1351;SC=ATATAAATGCTTGAAATGAAC;SOR=1.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=67;WE=137241864;WS=137241846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	137244517	rs1880458	G	A	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=39;PP=1362;SC=GTCCCGTTGTGTTAAAGACAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=137244525;WS=137244507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	137257288	rs4304074	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=512;SC=GTATGTACATAAAGGTATATA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=137257296;WS=137257278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	137259179	rs12187140	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=13;PP=565;SC=GGCAGAAGGCTAGATTTTGAA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=137259187;WS=137259169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	137259251	rs13188503	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=14;PP=466;SC=CTAAGACAAACCTCATATAGT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=137259259;WS=137259241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	137271968	rs7701617	T	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=410;SC=ACATGAAAGTTTATTACTGAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=137271976;WS=137271958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	137281708	rs1125979	A	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=49;PP=1715;SC=AAAAAAAGAAATTGTCTAGTC;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=137281716;WS=137281698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	137292133	rs3836896	C	CA	4505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.884;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.775;SC=CCATAAAAGGCAAAAAAACTA;SOR=1.523;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=104;WE=137292141;WS=137292123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,171:0.98:174
chr5	137295823	rs9327802	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	137297923	rs4835738	C	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=186;SC=CAAATCCAAACATTTATGGGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=137297931;WS=137297921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	137323117	rs7714536	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=327;SC=CAATTTTATAACATTTAATAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=137323125;WS=137323107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	137342589	rs3756686	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=611;SC=CTTTCACATATAGTTACAGTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=137342597;WS=137342579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	137347403	rs12187885	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=20;PP=967;SC=CACCGTGCCCGGCCTCACATA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=137347411;WS=137347393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	137347498	rs10064910	G	A	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=50;PP=1802;SC=AAGAATTTGCGGACCAAATTT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=137347506;WS=137347488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	137354851	rs66908638	CA	C	300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=197;SC=AAATGAAAGACAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=137354859;WS=137354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	137372207	rs6596419	A	T	7517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=122;PP=2965;SC=CTCTGAGCAGATCCATTGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=259;WE=137372215;WS=137372197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr5	137420376	rs4835762	T	C	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=60;PP=1624;SC=GTGAATGGAGTGGGGCTTGCA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=137420384;WS=137420366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	137423714	rs376263896	GCTC	G	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=746;ReadPosRankSum=0.872;SC=GAGGGACACAGCTCCCTTAAA;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=17;WE=137423724;WS=137423704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	137426447	rs6596422	G	A	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=127;PP=2965;SC=GCGCAGAGGCGGAACTGATCT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=255;WE=137426455;WS=137426437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	137427274	rs3860103	G	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=530;SC=TAGAGTGTTGGATTTTTTATC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=137427282;WS=137427264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	137451460	.	GA	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	137454358	rs6878575	C	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=109;SC=ATTTTTAGTACAGACGGGGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=137454366;WS=137454348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	137464855	rs201748054	TA	T	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=309;ReadPosRankSum=0.359;SC=AACTTCCAAATAAAAAAAAAA;SOR=0.538;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=26;WE=137464863;WS=137464845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr5	137476416	rs412051	T	C	8290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=142;PP=2965;SC=CAGGACTTCTTGCCGCATCTC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=155;TCR=142;TR=297;WE=137476424;WS=137476406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr5	137485292	rs217270	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=532;SC=AACAGAAGTACGAATCTTAAC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=137485300;WS=137485282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	137500159	rs77971161	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=798;ReadPosRankSum=-0.085;SC=ATAGCTCACACAACTTTATTC;SOR=0.213;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=46;WE=137500167;WS=137500149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr5	137500665	rs11750814	G	A	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=114;PP=2965;SC=CTTGTTTTCCGTTTCCTCAAA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=207;WE=137500673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	137506434	rs13155519	G	A	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=26;PP=1846;SC=CTAAAGGGACGGCAATTGGAG;SOR=1.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=93;WE=137506442;WS=137506424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	137537965	rs17228408	A	ATTAT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACTTTTGGTCATTATTTATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=137537973;WS=137537955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr5	137664241	rs11567968	A	G	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=90;PP=2689;SC=ATAAAGAATCAGTAAAAGGAG;SOR=1.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=130;WE=137664249;WS=137664231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	137673623	rs56316522	C	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=24;PP=1663;SC=GGAGGGAGGGCAGGGGCGATG;SOR=1.434;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=82;WE=137673631;WS=137673613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	137682714	rs2269953	T	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	137710013	rs12522867	T	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=26;PP=738;SC=GTGCAATGGCTCGATCTCGGC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=137710021;WS=137710003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	137717265	rs6865472	G	A	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=52;PP=1729;SC=GGATAATTCAGCGCCTCAAAG;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=109;WE=137717273;WS=137717255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	137733891	rs17294563	A	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=33;PP=2121;SC=GAAAAGGGGTACTCCGTGTGG;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=102;WE=137733899;WS=137733881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	137735754	rs4835680	A	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=795;SC=GGTATGTCCAAGATGTTGTGG;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=137735762;WS=137735744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	137780336	rs4835794	T	C	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=37;PP=2779;SC=CCAAAGTGACTTGGCAGGGCT;SOR=1.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=114;WE=137780344;WS=137780326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	137844274	rs2242599	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	137846155	rs4835685	A	G	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CAATTAGTATAAGGTTTGGTT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=140;TCR=82;TR=221;WE=137846163;WS=137846145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr5	137847078	.	TACACACACAC	T	314	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.35;NF=3;NR=2;PP=314;QD=65.4;SC=ATCACGTACATACACACACAC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=5;WE=137847100;WS=137847068;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	137847082	rs35404194	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=38.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	137847092	rs11738208	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=39.42;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	137849526	rs10077407	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=-1.288;SC=AAACCTTCTACGGAATAATTT;SOR=0.977;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=17;WE=137849534;WS=137849516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr5	137892170	rs10117	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=1.292;SC=AACAGCTTCAGTGATGCCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=24;WE=137892178;WS=137892160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr5	137902868	rs71574426	GA	G	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr5	137909674	rs41294566	GAGA	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=1.080;SC=AATAATTACAGAGAAGAATAA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=6;WE=137909684;WS=137909664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	137909973	rs41294564	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=0.628;SC=GTAAATAAAAGATGGCCTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=137909981;WS=137909963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	138148064	rs13154573	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=2.080;SC=ATTCTGTGTGTTTTCTGAAAG;SOR=0.269;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=13;WE=138148072;WS=138148054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr5	138216625	rs5871683	G	GA	289.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;MQRankSum=0.548;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr5	138221989	rs288028	G	C	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=37;PP=1028;SC=CAGGTAATCTGGATGAAAGTG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=138221997;WS=138221979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	138266546	rs1059110	G	A	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=111;PP=2965;SC=AAAATACATCGGATGTCATCA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=230;WE=138266554;WS=138266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	138282960	rs192255604	C	T	3722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=68;PP=2589;ReadPosRankSum=0.723;SC=CTGACGGTAGCGGTCCCGGCA;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=150;WE=138282968;WS=138282950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,154:0.76:203
chr5	138356756	rs10077896	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=265;SC=TCATTGAGATGACACTGAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=138356764;WS=138356746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	138356775	rs10077796	C	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=420;SC=ATGTCAGTAGCAACAGGCACA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=138356783;WS=138356765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	138456815	rs3088052	T	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=39;PP=1447;SC=CTTTTCTCTCTGTTTCTTTGG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=97;WE=138456823;WS=138456805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	138473077	rs11431215	C	CA	4304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=2966;SC=AGTTTGGCCCCAAAGCCATGC;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=72;WE=138473085;WS=138473067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	138473192	rs183974470	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.959;NF=5;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=2.477;SC=AAAGGCACATTTTGTGTCAGG;SOR=1.697;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=23;WE=138473200;WS=138473182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr5	138643062	rs12153162	T	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.896;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
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chr5	138713959	rs6596474	A	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=51;PP=1451;SC=GGGAGCGAGGAGAAGAGGGCC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=138713967;WS=138713949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	138714474	rs11950646	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,48:0.27:181
chr5	138718476	rs11242461	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=218;SC=TCTCCCACTTTGCATTGCTTC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=138718484;WS=138718466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	138720108	rs11242462	C	T	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=1.726;SC=GCACCGCTCTCCAGCTGGGCA;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=241;TCF=154;TCR=87;TR=182;WE=138720116;WS=138720098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,185:0.75:247
chr5	138720156	rs12515989	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,83:0.21:403
chr5	138720336	rs6596476	T	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=46;PP=1404;SC=CCCCTGCAGATACGGCTCCAT;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=138720344;WS=138720326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	138723112	rs138480317	C	CTCCA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=1;PP=409;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAACACTGCACTCCAGCCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=14;WE=138723120;WS=138723102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	138724126	rs33937093	TG	T	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=16;PP=1253;SC=AGGAGGGAGGTGGGGGGCAGG;SOR=1.835;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=39;WE=138724134;WS=138724116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	138724457	rs9327846	A	G	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=192;SC=TGGGATGGGGATGGGGGATGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=138724465;WS=138724447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	138728483	rs10078623	A	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=71;PP=2965;SC=CTGGGCCTCTACATCCCTGTT;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=182;WE=138728491;WS=138728473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	138728533	rs10063870	C	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=73;PP=2847;ReadPosRankSum=-1.460;SC=GCGAGGTTACCTCGGGCCGGC;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=171;WE=138728541;WS=138728523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,178:0.75:238
chr5	138730037	rs11748963	T	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1497;ReadPosRankSum=1.135;SC=CGCGGCGGCCTGCAGGGGGCC;SOR=0.545;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=95;WE=138730045;WS=138730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,109:0.74:147
chr5	138732579	rs10900862	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,51:0.27:189
chr5	138738178	rs4074032	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr5	138754741	rs4835728	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,25:0.20:125
chr5	138773090	rs10900864	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,67:0.26:257
chr5	138775173	rs3923059	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,58:0.27:216
chr5	138852369	rs13153461	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=3.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,77:0.28:277
chr5	138856982	rs7380824	C	T	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=59;PP=2427;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CTCAAGTGTCCGGCAGAAGAG;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=140;TCR=81;TR=159;WE=138856990;WS=138856972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,165:0.71:231
chr5	138857919	rs1131769	T	C	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.32;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	138857919	.	TGGTCAC	CGGTCAC,CGGTCAG	1445	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=87,58;NR=53,31;PP=595,1445;QD=4.49836580391;SC=GATGCCAGCATGGTCACCGGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=88;TCR=53;TR=140,89;WE=138857933;WS=138857909;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:141
chr5	138857925	rs78233829	C	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,99:0.65:153
chr5	138861078	rs11554776	C	T	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=72;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GTGGATGTGGCGCAGCTCCTC;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=135;TCR=105;TR=163;WE=138861086;WS=138861068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,169:0.68:250
chr5	138861146	rs7447927	C	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=819;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTAGGTGGAGCACCAGGTACC;SOR=0.665;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=68;WE=138861155;WS=138861136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,73:0.30:240
chr5	139060077	rs3756677	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=0.821;SC=GGCAGGCTCCCTCTGCAGTGG;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=21;WE=139060085;WS=139060067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr5	139060486	rs356445	G	A	7736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.955;SC=CGGCCATGGCGGTGGACAAAA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=440;TCF=224;TCR=216;TR=307;WE=139060508;WS=139060476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,319:0.70:457
chr5	139060744	.	C	T	7448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CCTACCTGGGCGCTTTCCCCA;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=442;TCF=225;TCR=217;TR=312;WE=139060752;WS=139060734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,325:0.71:457
chr5	139197273	rs144267818	G	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=947;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GTGAGGCTGTGGGGAAGGGGC;SOR=1.212;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=62;WE=139197281;WS=139197263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,62:0.84:74
chr5	139213452	rs4912884	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=991;SC=TGTGCCTCGTAAAATCCTGGC;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=139213460;WS=139213442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	139216901	rs11440487	A	AG	4598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=76;PP=2936;SC=GGCACCCCGAAGCCCCAGGCA;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=81;WE=139216909;WS=139216891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	139219594	rs41290621	C	T	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=39;PP=1808;ReadPosRankSum=1.281;SC=CCTCACAGTCCAGGATTTGTC;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=109;WE=139219602;WS=139219584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,120:0.74:162
chr5	139231494	rs112439018	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=308;ReadPosRankSum=0.246;SC=CATGGACCTCCCTGGCTCTTC;SOR=0.577;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=20;WE=139231502;WS=139231484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr5	139722345	rs2074611	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=726;ReadPosRankSum=0.379;SC=TTCTTTTCCCGTGCTCCTCCT;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=71;WE=139722353;WS=139722335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,75:0.31:243
chr5	139740454	rs34507975	C	T	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GTGCCCCCCACGTGCCCACCC;SOR=0.506;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=93;WE=139740462;WS=139740444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,102:0.76:134
chr5	139745154	rs6860077	T	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAGACGACATTGTAAGCATGG;SOR=0.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=81;WE=139745162;WS=139745144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,86:0.69:124
chr5	139745658	rs72798864	T	A	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=80;PP=2606;ReadPosRankSum=0.147;SC=AAGCTTTGGGTCCTATCTGTG;SOR=0.530;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=116;TCR=116;TR=163;WE=139745666;WS=139745648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,164:0.71:231
chr5	139887565	rs114577754	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.018;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr5	139936680	rs143712554	ACCC	A	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr5	139936760	rs250426	G	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GGGGTGCGGCGACCCTCTTGG;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=125;WE=139936768;WS=139936750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,94:0.65:145
chr5	139936980	rs250427	A	G	6844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=1.086;SC=CCGGGGCGACAACCTAGTGCC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=170;TCR=220;TR=284;WE=139936988;WS=139936970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,297:0.74:404
chr5	139940233	rs250431	G	A	7908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CCTGAATGGGGTGTGCAGTCA;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=456;TCF=215;TCR=241;TR=330;WE=139940241;WS=139940223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,337:0.72:465
chr5	139941228	rs250430	A	G	5444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=ACATCACAGCAAAACACATGG;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=306;TCF=157;TCR=149;TR=224;WE=139941236;WS=139941218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,234:0.74:318
chr5	139941318	rs171632	A	G	5362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CTGGGGTAGAAGCTGGTTAGA;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=203;WE=139941326;WS=139941308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,213:0.74:289
chr5	140021482	rs11554680	C	T	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1733;ReadPosRankSum=1.617;SC=GGACCCTGGTCGGGCTCCTGA;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=108;WE=140021490;WS=140021472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,117:0.75:155
chr5	140021858	rs12153256	A	T	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=64;PP=2554;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GCAGCCTGGCATGAAACAGGC;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=149;WE=140021866;WS=140021848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,156:0.72:218
chr5	140022436	rs3822356	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=702;ReadPosRankSum=-1.444;SC=ACACTCTCCCACCTGCTATCA;SOR=0.951;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=39;WE=140022444;WS=140022426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr5	140023238	rs17208187	C	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1178;ReadPosRankSum=-2.562;SC=GTCCAGAAAACCGAGGATGCA;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=77;WE=140023246;WS=140023228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,81:0.68:120
chr5	140024042	rs753280	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=633;SC=TGAGAACATGTATGTAGAAGA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=140024050;WS=140024032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	140024115	rs150507013	TTGTG	T	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.979;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.698;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr5	140024432	rs702399	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=876;SC=CCTGGCTAACCTATATAGGTT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=140024440;WS=140024422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	140024491	rs702398	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=942;SC=CCTCTGGAGTAGGCTGACCCA;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=33;WE=140024499;WS=140024481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	140027216	rs778593	T	C	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=119;PP=2965;SC=GGCCAAGTGCTCCGGTCTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=75;TCR=119;TR=194;WE=140027224;WS=140027197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	140027304	rs778594	T	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=22;PP=1218;SC=GATATAAAAGTATTGTAGGAC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=140027312;WS=140027294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	140027448	rs139482464	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=790;ReadPosRankSum=0.184;SC=TGCGGTGTTGCTGTTGGAGAC;SOR=0.660;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=69;WE=140027456;WS=140027436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,70:0.29:238
chr5	140027625	.	GTGTGTATGTA	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.80;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	140027627	rs34449052	GTGTATGTA	G	236.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=640;ReadPosRankSum=1.023;SC=GTGTGTGTGTGTGTATGTATG;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=25;WE=140027642;WS=140027613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr5	140031537	rs1583005	G	A	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=38;PP=1440;SC=ACAAATATTGGTGTGGATTTC;SOR=1.385;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=62;WE=140031545;WS=140031527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr5	140037272	rs778596	G	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=79;PP=2655;SC=AGAGAGAGAAGCCTTACCCAC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=156;WE=140037280;WS=140037262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	140041960	rs4801	T	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGCTCCCCACTGTTTTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=140041968;WS=140041950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	140048209	rs2251860	T	C	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.117;SC=CCCCCATCAATAGTCTTCTGC;SOR=0.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=125;TCR=139;TR=262;WE=140048217;WS=140048199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr5	140048267	rs2530245	T	C	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=AGGTGGTATCTGTCTCTGGGA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=140048275;WS=140048257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	140048544	rs2286394	C	T	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2901;ReadPosRankSum=0.024;SC=GAACCTCAGTCTGGGGACCTG;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=153;WE=140048552;WS=140048534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,154:0.81:189
chr5	140051983	rs2530243	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	140052271	rs2563333	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=207;SC=GCCGCAGCGGATGGTTGTGCA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=140052279;WS=140052261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	140054257	rs58302597	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1167;ReadPosRankSum=0.293;SC=CTGCCCACCTCCCTCACCTCT;SOR=0.532;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=70;WE=140054265;WS=140054247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr5	140054485	rs2530241	C	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=43;PP=2280;SC=AAGCTGGCACCCTGTTCTTAG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=140054493;WS=140054475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	140057216	rs811382	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr5	140062547	rs2530239	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=801;SC=TTCTTGTCCCCCTTCTTATTG;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=140062555;WS=140062545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	140073883	rs6883035	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=890;ReadPosRankSum=1.402;SC=TTTGAGTACTGGAGCCTGACC;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=48;WE=140073891;WS=140073873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr5	140075011	rs112793807	C	CAGTTGATAT	395.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=1407;SC=GGATGAGATCCAGGCCCAGTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=140075019;WS=140075005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	140077699	rs2530234	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=51;PP=1377;SC=GGGACGAAGTATTTCTGCCTT;SOR=5.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=54;WE=140077707;WS=140077689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	140080298	rs801168	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=642;SC=AAAGAGGCTTTGCTTTCAAAA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=140080306;WS=140080288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	140081791	rs809635	A	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=42;PP=1252;SC=AGGAAGTGTTAAGGAAGGTCC;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=140081799;WS=140081781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	140083744	rs17286731	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=0.857;SC=GAACTCTCCAGTTGTTTCAGC;SOR=2.066;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=22;WE=140083752;WS=140083734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	140181648	rs3733709	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TCAGCAGATATTCTGTCAAAA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=142;TCR=91;TR=76;WE=140181656;WS=140181638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,80:0.33:242
chr5	140214995	rs17844309	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=1.485;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,88:0.31:287
chr5	140228164	rs251353	C	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.474;NF=28;NR=35;PP=1173;ReadPosRankSum=0.006;SC=TGGTGGGGAGCGGCCAGCTCC;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=63;WE=140228172;WS=140228154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,67:0.80:84
chr5	140228410	rs17844322	A	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQRankSum=-8.958;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr5	140228413	rs17844323	C	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQRankSum=-9.329;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.917;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,37:0.30:124
chr5	140229086	rs251354	C	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.070;NF=58;NR=26;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TCATTGTACACTTCTTGTGGA;SOR=0.898;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=84;WE=140229094;WS=140229076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,86:0.68:127
chr5	140230370	rs369636	AA	CC	9767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=108;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TGGCGAGGGTAAGCAGAAGAC;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=154;TCR=159;TR=213;WE=140230379;WS=140230360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,240:0.72:335
chr5	140237387	rs251364	T	G	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=54;PP=2263;ReadPosRankSum=0.291;SC=CGGTCGGTGGTTGCGGGTCAC;SOR=0.983;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=128;WE=140237395;WS=140237377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,131:0.75:175
chr5	140237548	rs630162	A	G	8475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=2.213;SC=TCTGGATGAGACTGACTCGCC;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=480;TCF=254;TCR=226;TR=365;WE=140237556;WS=140237538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,371:0.76:487
chr5	140242451	rs11321479	GC	G	1292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.401;NF=15;NR=10;PP=836;ReadPosRankSum=-1.932;SC=ATGTGACGCTGCCAGGTATTA;SOR=0.347;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=25;WE=140242459;WS=140242441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr5	140242479	rs251369	T	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.329;NF=41;NR=15;PP=1012;ReadPosRankSum=0.037;SC=AACGACAACTTTGTCTGCGCT;SOR=0.505;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=56;WE=140242487;WS=140242469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr5	140248539	rs192231	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.121;SC=GTGAGGCACTCCCATACAAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=140248547;WS=140248529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	140250095	rs185967358	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.599;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,76:0.23:333
chr5	140255792	rs251377	C	A	4775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TTGATAAGCCCAGCTATAAAG;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=168;TCR=143;TR=200;WE=140255800;WS=140255782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,209:0.65:323
chr5	140263290	rs251380	T	G	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1244;ReadPosRankSum=1.203;SC=CGGTGTCTGCTCAGGACGCGG;SOR=0.955;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=78;WE=140263298;WS=140263280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,89:0.77:115
chr5	140263489	rs146827381	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.597;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr5	140307284	rs155361	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,76:0.27:283
chr5	140307746	rs155820	C	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=5.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,55:0.21:260
chr5	140307969	rs246074	C	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.663;NF=23;NR=14;PP=562;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTCTAGCTTGCTGGCAGTGGA;SOR=1.051;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=37;WE=140307977;WS=140307959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr5	140309016	rs155360	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=159;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ATCAATTGAACTAAACACTCC;SOR=0.284;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=13;WE=140309024;WS=140309006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr5	140346468	rs155364	T	A	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=100;PP=2965;SC=TACCTGGCCCTGCGGCCTCCC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=228;WE=140346476;WS=140346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	140346712	rs155808	T	C	7471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=144;NR=96;PP=2965;SC=CCTGCTCAGCTTGGAAGTGCT;SOR=1.087;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=144;TCR=96;TR=240;WE=140346720;WS=140346702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	140347053	rs155807	C	T	11824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=219;NR=192;PP=2965;SC=ATGGGGGCATCCCAGCCCGCT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=412;TCF=219;TCR=193;TR=411;WE=140347061;WS=140347034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr5	140482483	rs31848	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.87;MQRankSum=-0.845;QD=3.78;ReadPosRankSum=-2.445;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr5	140502177	rs3776100	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=4.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,53:0.22:245
chr5	140517174	rs400562	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=787;SC=CAGGGCGGCCTCGGTCGGTCG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=140517182;WS=140517164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	140529711	rs4151693	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	140529778	rs4151694	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=2.669;SC=AGAGGGTCGACGGTAGATGTG;SOR=0.538;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=10;WE=140529786;WS=140529768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	140530529	rs3776096	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,85:0.26:333
chr5	140553581	rs2910313	G	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=82;PP=2773;SC=CCAGGACGATGTCCCCTTCAT;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=134;WE=140553589;WS=140553571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	140554606	rs11741863	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr5	140554808	rs6892507	T	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,45:0.24:188
chr5	140558212	rs2950845	A	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=43.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=2.067;QD=22.92;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,80:0.88:91
chr5	140558345	rs2950844	G	C	5525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=9.550;NF=106;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.672;SC=CCCTGAATTTGAGCAGCCTTT;SOR=0.396;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=203;WE=140558353;WS=140558335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,218:0.88:248
chr5	140564088	rs13176519	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=0.608;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr5	140564263	rs17844666	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=1.187;SC=CTGTTCGTGGCGGTGCGGCTG;SOR=0.339;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=13;WE=140564271;WS=140564253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr5	140567264	rs2740588	G	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=1.276;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.160;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,65:0.19:336
chr5	140567445	rs17844512	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=5.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-2.051;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.139;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,31:0.22:144
chr5	140568026	rs2697531	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.060;NF=35;NR=31;PP=783;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CCGGAGAAAATGGAAAGACAT;SOR=0.683;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=66;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,79:0.32:248
chr5	140568034	rs33974901	C	CA	10028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=102;PP=2954;SC=AATGGAAAGACATTTGCTATG;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=58;TCR=103;TR=157;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	140569353	rs3733691	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
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chr5	140572763	rs2907323	C	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.111;NF=73;NR=39;PP=2410;ReadPosRankSum=1.424;SC=TTAACCCTCACAGCGCTGGAT;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=152;TCF=94;TCR=58;TR=112;WE=140572771;WS=140572753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,119:0.74:161
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chr5	140589738	rs2910327	C	T	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=80;PP=2075;ReadPosRankSum=1.285;SC=TACAACATCACCATCACCGTC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=117;WE=140589746;WS=140589728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,125:0.75:166
chr5	140590766	rs2910006	A	G	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=44;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CAGGTCAAATAAGTTCAAATT;SOR=0.469;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=110;WE=140590774;WS=140590756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,117:0.72:163
chr5	140594442	rs17844607	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-13.157;QD=0.86;ReadPosRankSum=-3.248;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,66:0.14:466
chr5	140595106	rs2910329	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.275;NF=13;NR=14;PP=541;ReadPosRankSum=-2.214;SC=CCTGCACATCCGCAGCGTCAG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=27;WE=140595114;WS=140595096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr5	140596162	rs2910332	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.235;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=955;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TTATTTCCCCCAATTTGTGTG;SOR=1.473;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=55;WE=140596170;WS=140596152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr5	140605508	rs145769211	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=791;ReadPosRankSum=1.417;SC=TTTTTGGTTATTCTTGGCAAG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=37;WE=140605516;WS=140605498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr5	140614203	rs2910001	T	C	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTTTGGTGTGTTCTGAGACCG;SOR=1.070;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=71;WE=140614211;WS=140614193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr5	140614307	rs184425682	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,39:0.19:203
chr5	140614830	rs2907308	G	A	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2606;ReadPosRankSum=0.875;SC=CTGGACATCAGTGACAATGCC;SOR=0.524;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=221;TCF=118;TCR=103;TR=159;WE=140614838;WS=140614820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,167:0.71:235
chr5	140615221	rs2910000	C	T	5263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.654;SC=AGATGGTGGTCGCTGTTTTCA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=304;TCF=145;TCR=159;TR=213;WE=140615229;WS=140615211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,222:0.70:315
chr5	140615269	rs2907307	A	G	4036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=98;PP=2851;ReadPosRankSum=-0.571;SC=ATGGGAGAACAGTTTGCTCAA;SOR=0.901;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=246;TCF=106;TCR=140;TR=169;WE=140615277;WS=140615259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,174:0.70:250
chr5	140615609	rs2909999	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.338;NF=45;NR=29;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GCCGCCCCAGGACCCGCACCT;SOR=0.597;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=74;WE=140615617;WS=140615599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,81:0.80:101
chr5	140615733	rs2907306	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.557;NF=23;NR=30;PP=799;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GCCGCAGACCACGGCTCCCCG;SOR=1.032;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=53;WE=140615741;WS=140615723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr5	140626566	rs618506	A	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQRankSum=2.014;QD=13.13;ReadPosRankSum=-2.059;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr5	140626571	rs652104	C	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.28;MQRankSum=2.014;QD=13.06;ReadPosRankSum=-2.414;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr5	140626627	rs618096	G	A	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=39;PP=1859;SC=CTGCCGCCCCGGGACCCGCAC;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=140626635;WS=140626617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	140626767	rs3096081	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.703;NF=15;NR=34;PP=858;ReadPosRankSum=0.464;SC=CTTCCCGGCGCTGAGCAGCGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=49;WE=140626775;WS=140626757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr5	140626790	rs3096082	A	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.527;NF=6;NR=28;PP=550;ReadPosRankSum=1.136;SC=CGCTGGTGCGAGTGCTGGTGC;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=34;WE=140626798;WS=140626780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr5	140682757	rs3749780	C	T	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=121;PP=2965;SC=GGGAACACGACAAGCCACAGG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=179;TCR=122;TR=300;WE=140682765;WS=140682747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	140710705	rs2472647	G	A	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=55;PP=2402;SC=AGGTACCAGAGTCTCATTGCC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=140710713;WS=140710695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	140719090	rs6861047	G	A	14129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=240;PP=2965;SC=ACGTGCGAAGGGGAGCTGATG;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=253;TCR=240;TR=493;WE=140719098;WS=140719080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr5	140725828	rs7736541	C	T	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.828;NF=59;NR=51;PP=1862;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TTTGTGGGCGCGGACGGGGTT;SOR=0.687;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=110;WE=140725836;WS=140725818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,110:0.72:152
chr5	140750044	rs6860609	T	C	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=75;PP=2965;SC=TTAGACCAGGTTCTCTCCGAA;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=180;WE=140750052;WS=140750034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	140751128	rs2240697	C	G	5589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TAAAAGGAAACTTCCCCTTTA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=173;TCR=133;TR=211;WE=140751136;WS=140751118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,227:0.70:323
chr5	140763029	rs2072315	A	G	4815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GGAGACGATGAAACTAAGTAC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=149;TCR=128;TR=194;WE=140763037;WS=140763019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,203:0.70:291
chr5	140772427	rs726684	T	G	4694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CTGATCCTGCTGTGCGCGCTG;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=134;TCR=128;TR=202;WE=140772435;WS=140772417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,209:0.77:271
chr5	140774288	rs4912749	T	C	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=15;PP=2294;SC=TGGACAGAGATGCGCTCAAGC;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=81;TCR=15;TR=96;WE=140774296;WS=140774287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	140774689	rs72790033	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=0.479;SC=CACCTGATCTTTCCCCAGCCC;SOR=0.723;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=29;WE=140774697;WS=140774679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr5	140783596	rs1363448	C	T	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGAGAGAAGACGCACCTCAGG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=159;TCR=176;TR=220;WE=140783604;WS=140783586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,233:0.67:350
chr5	140784895	rs4912606	C	T	5217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.236;SC=AGCCTTTGTGCGTCTCTGTTG;SOR=0.460;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=142;TCR=156;TR=215;WE=140784903;WS=140784885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,224:0.72:311
chr5	140793007	rs4912751	A	G	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=69;PP=2479;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CGGCAGCTTGATCACCGCGGG;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=105;TCR=99;TR=141;WE=140793015;WS=140792997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,151:0.71:214
chr5	140797630	rs2015825	G	T	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;ReadPosRankSum=0.703;SC=AGCTGCGAGTGAGCGCGGAGA;SOR=0.742;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=109;WE=140797638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,110:0.74:148
chr5	140798639	rs17208397	G	C	5867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CTACAAGCTAGTAACAGATGA;SOR=0.501;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=350;TCF=187;TCR=163;TR=237;WE=140798647;WS=140798629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,241:0.68:357
chr5	140811344	rs151011884	G	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,47:0.22:215
chr5	140812775	.	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.514;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr5	140856265	rs2075661	G	C	11826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=275;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CCAAGTACGCGGAGCTGGTGT;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=703;TCF=324;TCR=379;TR=512;WE=140856273;WS=140856255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,530:0.74:718
chr5	140857798	rs1423148	T	C	5263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CTGTGGGGTTTGTGGTCACAG;SOR=0.447;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=135;TCR=144;TR=218;WE=140857806;WS=140857788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,226:0.77:292
chr5	140858245	rs3805695	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,43:0.23:191
chr5	140867488	rs17097340	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-1.716;SC=AGGAGGCTACAGTGCACAGGG;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=140867496;WS=140867478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	140868658	rs148910315	T	TAAG	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=1155;SC=ACTCGGTGACTAAGAACTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=21;WE=140868666;WS=140868652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	140869003	rs1002519	T	C	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.712;SC=GCGGCTGCAATTGGGCTCTGA;SOR=0.438;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=149;TCR=105;TR=202;WE=140869011;WS=140868993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,217:0.79:275
chr5	140870516	rs2074912	A	G	5603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.472;SC=CCACGGCCAGACTGGGAACAC;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=159;TCR=159;TR=231;WE=140870524;WS=140870506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,239:0.74:325
chr5	140870949	rs918558	G	T	8388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTCTGTCAGCGAAGTGCCTTC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=188;TCR=262;TR=351;WE=140870957;WS=140870939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,364:0.77:470
chr5	140871425	rs17208425	A	G	5015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.984;SC=CGTTTGCGCGAAACCAGAGTG;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=134;TCR=173;TR=208;WE=140871433;WS=140871415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,222:0.69:324
chr5	140871538	rs62379205	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GGCCGGGGCCTCCTTCGAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=22;WE=140871546;WS=140871528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr5	140890770	rs2233613	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,38:0.23:164
chr5	140930162	rs11748064	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,46:0.27:170
chr5	140940449	rs144507799	G	GT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.270;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,15:0.16:93
chr5	140953563	rs35249023	TGGA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,6:0.11:54
chr5	140955777	rs2302103	C	T	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=56;PP=2917;SC=AAACACATGTCTTTGGTCTCT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=95;TCR=56;TR=151;WE=140955785;WS=140955767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	140957189	rs143356915	A	AAT	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr5	141014494	rs2530223	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=53;PP=1691;SC=ACATGTCATGTTGGGAGGCCT;SOR=1.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=87;WE=141014502;WS=141014484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	141016276	rs32954	T	C	24903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=299;PP=2965;SC=GTGTCCCAACTCCTCATGCAT;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=566;TCF=266;TCR=300;TR=565;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
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chr5	141018454	rs11741647	C	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,84:0.24:343
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chr5	141019569	rs17855844	G	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=379;ReadPosRankSum=0.730;SC=CTGGGGCTCTGGTGGGGGACA;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=33;WE=141019577;WS=141019559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr5	141019830	rs11742646	C	G	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,128:0.28:453
chr5	141022544	rs702380	A	C	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1128;ReadPosRankSum=0.482;SC=TAGCCTCCCAAGGCTCCCAGT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=76;WE=141022552;WS=141022534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr5	141024048	rs469522	A	G	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=82;PP=2656;ReadPosRankSum=-1.779;SC=GGTGGGTAGCAGTGCCCCAGG;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=162;WE=141024056;WS=141024038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,168:0.71:236
chr5	141026812	rs17286989	A	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=520;ReadPosRankSum=-2.283;SC=GGGTTGGGAAAAGTCAAAGTC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=32;WE=141026820;WS=141026802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr5	141027399	rs468968	TG	CC	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=1913;ReadPosRankSum=-0.896;SC=AGAACCAGAGTGCATGTATGT;SOR=0.721;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=44;WE=141027408;WS=141027389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr5	141029072	rs11739451	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,55:0.24:231
chr5	141030640	rs17287002	C	T	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2533;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GAAGGATGCTCAGCTGTTCCA;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=111;TCR=103;TR=163;WE=141030648;WS=141030630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,170:0.77:220
chr5	141033870	rs61749636	T	G	6801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.267;SC=CACTCCCGTGTGGTGGAGAAG;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=351;TCF=177;TCR=174;TR=266;WE=141033878;WS=141033860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,285:0.77:370
chr5	141034040	rs79862920	TAA	T	3065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.730;NF=3;NR=45;PP=1843;ReadPosRankSum=0.216;SC=GGCACATAGTTAAAGTTACCA;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=48;WE=141034049;WS=141034030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr5	141034123	rs6580194	T	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=382;SC=CATGTATGATTCTGGAACAAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=141034131;WS=141034113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	141034792	rs370092886	TACAC	T	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=35.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	141035955	rs2306339	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,45:0.23:197
chr5	141036337	rs7703648	A	G	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.079;SC=AGAGCAGGGAAGCTGAGCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=94;TCR=136;TR=168;WE=141036345;WS=141036327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,173:0.73:237
chr5	141041435	rs3749759	G	A	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=984;SC=GGATTTTTAGGCACAAATGCA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=141041443;WS=141041425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	141045076	rs4912765	T	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CTATGAGTTATGTACTATTAT;SOR=0.643;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=20;WE=141045084;WS=141045066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr5	141045976	rs62380787	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=768;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TGTCCCCCCAAACCTCCCCGC;SOR=0.336;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=49;WE=141045984;WS=141045958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr5	141049407	rs3763120	G	A	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.910;SC=CAGGGAGGAGGATGGGACCAA;SOR=0.763;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=181;WE=141049415;WS=141049397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,196:0.77:253
chr5	141050373	rs80161128	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGAGAGGCAGGGGGTAATGAG;SOR=0.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=8;WE=141050381;WS=141050363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr5	141052870	rs440279	G	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=1273;SC=TCACTGCCCCGCCCACACACA;SOR=2.078;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=47;WE=141052878;WS=141052860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	141059158	rs1031904	C	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,118:0.27:437
chr5	141059649	rs417503	A	G	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=102;PP=2965;SC=GGAGAGGAGGAGGCCTTGGGC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=209;WE=141059657;WS=141059639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	141059868	rs11167756	T	C	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TGCCTGTCTGTAGCAGGCGTA;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=309;TCF=166;TCR=143;TR=223;WE=141059876;WS=141059858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,237:0.72:328
chr5	141235916	rs145694332	TGGGAGGTTAGACAAGGGCCC	T	1350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=2927;SC=ACCTAGGGCCTGGGAGGTTAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=141235943;WS=141235906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	141237149	rs79190729	CAAG	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=1.038;SC=CAACAGCAACCAAGAAGAGAC;SOR=0.330;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=141237159;WS=141237139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr5	141243646	rs3797054	A	G	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=75;PP=2415;ReadPosRankSum=0.547;SC=AGATCAGCTCAGCATTGACAC;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=119;TCR=112;TR=150;WE=141243654;WS=141243636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,157:0.65:242
chr5	141257977	.	A	AGGC	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr5	141309824	rs351260	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,31:0.26:119
chr5	141325249	rs105633	T	C	7469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=150;PP=2965;SC=GGAAGGTCCTTGGCTCCTCCG;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=118;TCR=152;TR=267;WE=141325257;WS=141325239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	141335241	rs164073	A	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,146:0.26:560
chr5	141335284	rs164074	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,133:0.27:486
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chr5	141337126	rs164076	C	T	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,180:0.28:649
chr5	141337225	rs164077	A	G	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,114:0.27:430
chr5	141354300	rs41290613	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=189;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TTTCTTGAGCGCTGCTCAACA;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=16;WE=141354308;WS=141354290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr5	141357719	rs66768569	TTGTA	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TTGTACTGTTTTGTATGTAGC;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=5;WE=141357730;WS=141357709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr5	141364511	rs252099	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,90:0.22:417
chr5	141364637	rs252100	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=228;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AAGGAATTTTCATATTATTTT;SOR=0.247;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=20;WE=141364645;WS=141364627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr5	141367202	rs374840	GA	TT	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=740;ReadPosRankSum=0.273;SC=GATGTACAAAGATGTTATAAG;SOR=1.022;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=23;WE=141367211;WS=141367192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr5	141382584	rs252114	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr5	141488792	rs9324865	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCTGCCCGTCTGCGACCCCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=141488800;WS=141488782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	141511525	.	TA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.327;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr5	141533062	rs449454	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,30:0.17:173
chr5	141975067	rs34003	A	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,39:0.25:158
chr5	141980820	rs34009	G	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.379;SC=CTGCACAGGGGTGCCTTTTAA;SOR=0.148;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=6;WE=141980828;WS=141980810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr5	142254679	rs185200	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr5	142259083	rs27779	C	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,16:0.18:89
chr5	142287159	rs36220244	AAGGGT	A	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=1.553;SC=AACATAGTTTAAGGGTAGGGT;SOR=0.473;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=6;WE=142287171;WS=142287149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr5	142311442	rs712176	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.120;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr5	142311509	rs712177	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,52:0.26:197
chr5	142393513	rs78795545	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,25:0.19:129
chr5	142393562	rs3822397	G	A	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=67;PP=2965;SC=ACTAGGGAAAGTGAGGAAGAT;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=108;TCR=67;TR=175;WE=142393570;WS=142393552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	142416741	rs192194	T	C	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=36;PP=2773;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AACTTGACTGTCCTTCTCTTG;SOR=0.875;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=94;TCR=36;TR=129;WE=142416749;WS=142416731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr5	142421415	rs2270068	T	G	9471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=180;PP=2965;SC=GAATTGTGGGTGTCAACTCCA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=160;TCR=180;TR=339;WE=142421423;WS=142421405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr5	142435555	rs375492271	T	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=44;PP=2217;ReadPosRankSum=0.918;SC=TGATTATTCTTATTATTAAGC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=127;WE=142435563;WS=142435545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,131:0.70:187
chr5	142513686	rs246607	A	G	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=123;PP=2965;SC=TCTTTGCTGCATAGGGCCAGC;SOR=1.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=62;TCR=123;TR=185;WE=142513694;WS=142513676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	142593652	rs258819	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=34;PP=1022;SC=TCTTCGATAACGGTGAGTTTC;SOR=0.981;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=56;WE=142593660;WS=142593642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	142601811	.	TACACACACACACAC	T,TAC	854.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=13.752;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.95;MQRankSum=0.678;QD=29.47;ReadPosRankSum=1.735;SOR=4.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,8,18:0.28,0.62:29
chr5	143059433	rs2042253	T	C	4056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=68;PP=2609;ReadPosRankSum=0.588;SC=TGTATGGGATTCCACAGACAA;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=125;TCR=89;TR=160;WE=143059441;WS=143059423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,173:0.76:227
chr5	143200053	rs161557	C	T	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=31;PP=1757;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AGGTTCTCTGCATGTTTGGAA;SOR=1.380;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=112;WE=143200061;WS=143200043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,121:0.70:173
chr5	145144419	rs338887	G	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=40;PP=1940;SC=CAGGGAGGCTGCTGTAGAATA;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=145144427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	145176221	rs338898	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=872;SC=AAAATAATATCCTTAATAATT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=145176229;WS=145176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	145197411	rs6870210	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.131;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,113:0.29:396
chr5	145198805	rs624380	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr5	145199430	rs11293460	AG	A	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CCTTTACATCAGAAAATGCTG;SOR=0.538;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=8;WE=145199438;WS=145199420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr5	145246085	rs2569006	T	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=18;PP=1469;SC=GGTTTTGGGGTAATGTGCTTT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=145246093;WS=145246075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	145252574	rs10037373	C	T	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=1036;SC=TCCGTGCAGCCGGTGAAACTT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=145252582;WS=145252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	145393364	rs758037	C	T	9664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=0.449;SC=CCAGTCATCCCGCACAAAAAA;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=584;TCF=294;TCR=290;TR=404;WE=145393372;WS=145393354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,415:0.69:602
chr5	145427527	rs1859895	T	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=536;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AAACATCCCATCCAGAGACAA;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=38;TCR=95;TR=40;WE=145427535;WS=145427517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,41:0.29:140
chr5	145439647	rs2962525	T	C	9107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.756;SC=CAGTGAGGCCTGGATCCACTC;SOR=0.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=185;TCR=148;TR=331;WE=145439655;WS=145439637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,347:1.00:348
chr5	145442203	rs1056149	G	C	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TCAGCTCTTGGCAAGGCCACA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=86;TCR=144;TR=173;WE=145442211;WS=145442193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,186:0.76:246
chr5	145477855	rs6877277	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GTACATGGCCTCTGGAGAGTC;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=28;WE=145477863;WS=145477845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr5	145483679	rs12188066	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.159;SC=TTTTCCCTGGTTCCTTATAAG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=145483687;WS=145483669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	145483713	rs12187128	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=2.192;SC=GATAGTCCAACTAAAGAGCAA;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=10;WE=145483721;WS=145483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr5	145483844	rs12187913	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,43:0.22:199
chr5	145499996	rs10988	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,54:0.23:238
chr5	145500157	rs11167931	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr5	145508340	rs2895647	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=398;ReadPosRankSum=0.520;SC=GTTGTTTGTCAGTCTTCTAGA;SOR=0.489;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=39;WE=145508348;WS=145508330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,42:0.28:151
chr5	145508457	rs2895648	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.856;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TGAAAATCTTTTTAACTTTCA;SOR=3.599;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=5;WE=145508479;WS=145508447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	145508471	rs2895649	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.600;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ACTTTCATTATTGTTAAATGT;SOR=3.601;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=5;WE=145508479;WS=145508447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr5	145508636	rs61732383	TA	CC	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.854;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chr5	145508688	rs142298525	AAAAAAG	A	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.753;NF=0;NR=11;PP=403;ReadPosRankSum=0.247;SC=CAGGCTTTTAAAAAAAGAAAA;SOR=1.510;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=11;WE=145508701;WS=145508678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr5	145509573	rs11953517	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,39:0.23:168
chr5	145512367	rs11321164	TA	T	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	145515379	rs2963919	C	T	60.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTTTAGAGCGGTGAAAACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=145515387;WS=145515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	145519603	rs67598659	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	145519821	rs17493851	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr5	145522912	rs2962504	A	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=49;PP=2757;SC=ATTTAAATACATAAATCAAAT;SOR=1.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=111;TCR=49;TR=160;WE=145522920;WS=145522902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	145523105	rs11540217	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,29:0.19:153
chr5	145532859	rs17500483	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-2.531;SC=AGAGAAGCAATCTCCAAAGTT;SOR=1.473;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=11;WE=145532867;WS=145532849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr5	145532876	rs17500504	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr5	145532927	rs17428465	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.921;SC=AGCAATTTTCTAACTTTGCCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=145532935;WS=145532917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	145533128	rs34090359	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	145533418	rs34342344	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr5	145539996	rs11540214	T	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr5	145543972	rs3763373	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,53:0.23:229
chr5	145557046	.	AAT	A	54.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	145557388	rs11949351	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=0.223;SC=ATCAGCCAGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.169;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=10;WE=145557396;WS=145557378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr5	145559173	rs13157279	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr5	145559214	rs13171596	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr5	145562143	rs11540215	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,44:0.21:210
chr5	145643048	rs7729098	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr5	145834529	rs10044956	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=1.587;SC=ACTTAAGAACCTTTTAAATTT;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=8;WE=145834537;WS=145834519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr5	145836662	rs2304055	A	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TTTCTCTTACAGTGTTTTACT;SOR=0.276;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=10;WE=145836670;WS=145836652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr5	145838440	rs11743333	G	A	4573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=76;PP=2873;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TTTTGCTTCCGCTGCAGGTTT;SOR=0.946;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=154;TCR=101;TR=197;WE=145838448;WS=145838430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,205:0.76:268
chr5	145850328	rs12657671	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chr5	145850459	rs11463725	G	GT	175.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTTAATTCAGTTTTTTCTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=145850467;WS=145850449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	145890028	rs4705103	A	G	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=30;PP=1723;SC=TCCAAGAATCAGATCAGCACC;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=145890036;WS=145890018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	145894896	rs7709485	G	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,36:0.20:183
chr5	146077526	rs6879694	C	T	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1865;ReadPosRankSum=-1.940;SC=AAATACCAAACAGGAATTCCA;SOR=0.920;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=110;WE=146077534;WS=146077516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,116:0.67:173
chr5	146434047	rs5872003	TA	T	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.174;NF=26;NR=4;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TGTCCAACTGTAAAAAAAAAG;SOR=1.371;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=30;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr5	146434060	rs2400241	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.267;NF=40;NR=8;PP=1388;ReadPosRankSum=1.053;SC=AAAAAAAGTCCATGAGATATC;SOR=1.460;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=48;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr5	146434146	rs720305	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.977;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,60:0.24:248
chr5	146435163	rs11958187	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=296;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AGCAGAACCCGTGGGAAGTCA;SOR=0.252;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=17;WE=146435171;WS=146435153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	146619206	rs4705132	G	C	5625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=99;PP=2965;SC=CCATGGGAGCGAACACTTCAA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=196;WE=146619214;WS=146619196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	146657584	rs6580458	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TCTGAGATCATGTTTTAGACA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=146657592;WS=146657574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	146657838	rs6580459	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=609;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGCTGGGACCGCAAGGAAAGA;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=44;WE=146657846;WS=146657828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr5	146722885	rs78861078	C	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	146722890	rs6884181	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=443;ReadPosRankSum=0.756;SC=CACAACTTTTCAGTGTTAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=146722898;WS=146722875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	146728147	rs62377744	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr5	146728147	.	TAC	CAG	721	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=28;NR=8;PP=721;QD=21.512996524;SC=TACATGAGCATACATAATCTT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=36;WE=146728157;WS=146728137;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,36:0.73:49
chr5	146728149	rs10072514	C	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.00;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	146753004	rs4235731	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=547;ReadPosRankSum=0.185;SC=AATTGAGACATGCACAGGGTA;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=30;WE=146753012;WS=146752994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr5	146775311	rs2288808	A	T	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1757;ReadPosRankSum=-1.238;SC=GCATGTCACCATTCATTCATT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=104;WE=146775319;WS=146775301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,111:0.78:143
chr5	146775377	rs2288807	G	C	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.17;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr5	146775385	rs34398961	C	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.48;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr5	146775386	rs35309287	TA	T	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=2201;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGGTGGGAGCTAGGAATTAAC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=24;WE=146775394;WS=146775367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr5	146777188	rs2304045	A	G	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TGAGTGGAACACAAAGCTCCT;SOR=0.313;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=113;WE=146777196;WS=146777178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,122:0.85:143
chr5	146777447	rs74828553	A	ATAGAAAGAG	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=65.19;MQRankSum=1.282;NF=0;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CAGTAAGGGTAGAGAAAGAGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=146777455;WS=146777437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	146780521	rs13168262	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1141;ReadPosRankSum=0.258;SC=GCCTCCTCTACCTCTTACTAG;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=67;WE=146780529;WS=146780511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr5	146781440	rs3816013	A	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AAATGTGACCAAGTTTGTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=146781448;WS=146781430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	146971253	rs7449194	C	T	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=60;PP=1598;SC=GGTTACTCTGCAAAACAGAGG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=146971261;WS=146971243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	146981164	.	TCAAAACAAAACAAAA	T	391	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=391;QD=400.0;SC=AGACTCTGTCTCAAAACAAAA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=146981186;WS=146981162;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr5	147003436	rs56384964	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-1.069;SC=ATCTCGCTCCGTTGCCCAGGC;SOR=0.502;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=147003444;WS=147003426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	147012186	rs3763093	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr5	147012291	rs3763094	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,87:0.26:338
chr5	147019114	rs10515588	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,32:0.23:141
chr5	147019335	rs79801275	GA	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.771;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr5	147020419	rs1529686	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr5	147020443	rs1529685	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-2.846;SC=GAAAGTTGAACGTTAAAATAC;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=11;WE=147020451;WS=147020433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr5	147021086	rs3765006	T	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=0.416;SC=ATTTACAACATAATCATTTTT;SOR=2.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=11;WE=147021094;WS=147021076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr5	147024509	rs2116765	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,67:0.28:243
chr5	147162133	rs79156986	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=2.391;SC=TGGCTGCCGGTTTTTTTTTTC;SOR=0.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=9;WE=147162141;WS=147162122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr5	147258162	rs1368408	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.967;SC=CAAATTGTTTGGTGAGAAAAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=147258170;WS=147258157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	147258495	rs2278376	C	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=376;ReadPosRankSum=-1.378;SC=AACTAGTAAGCCTTGCCTCAC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=25;WE=147258503;WS=147258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	147258535	rs3217372	AT	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TAGGAATTGTATTTTTTTTTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=147258543;WS=147258525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	147261484	rs3910207	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=357;ReadPosRankSum=0.155;SC=TTTTGTTTCCCCATCAGTAAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=16;WE=147261492;WS=147261474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr5	147286054	rs2250145	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,61:0.26:232
chr5	147444785	rs2287772	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=173;SC=GTGTTCAAAAACCATTTGCGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=147444793;WS=147444779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	147444989	rs9325061	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=32;PP=1029;SC=CCAAAGAAAAGTGGTTTGTGG;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=147444997;WS=147444979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	147445023	rs1609851	C	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=851;SC=GTTAATAATACAAACATATTA;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=147445031;WS=147445013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	147445108	rs3036741	TCACACA	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=287;SC=AGCCTCTCTCTCACACACACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=147445132;WS=147445098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	147445124	rs1007979	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr5	147450085	rs3752676	C	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=584;SC=TAAATGTATTCTTTTTCTTTC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=147450093;WS=147450075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	147468234	rs7711953	C	G	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AGTAGGTGCTCTCCTCTTCCT;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=54;TCR=96;TR=111;WE=147468242;WS=147468224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,117:0.74:158
chr5	147468614	rs10038561	A	G	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	147468971	rs4529181	G	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1176;SC=CAATGTCAGAGGGACTGAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=147468979;WS=147468961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	147469113	rs35121983	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,56:0.22:259
chr5	147475386	rs6892205	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=522;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TCCAGCAAGCAGCGTTTTTCA;SOR=1.561;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=34;WE=147475394;WS=147475376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr5	147475488	rs11958432	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=575;ReadPosRankSum=-0.937;SC=AGTTTGATCAATCTAGTTACA;SOR=1.002;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=31;WE=147475496;WS=147475478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr5	147475513	rs76839946	G	GT	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.24;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr5	147475590	rs11948406	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	147475609	rs62388363	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.812;SC=CTGGAAACTAATTTCTAGTTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=147475617;WS=147475599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	147475627	rs62388364	G	A	178.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=1.282;SC=TTATTATTTTGTGAAACTTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=147475635;WS=147475617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	147477351	rs140268040	T	TTTTAA	547.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.603;NF=11;NR=0;PP=541;ReadPosRankSum=1.802;SC=AATTTCTCTTTTTTCTTTGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=147477359;WS=147477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr5	147477551	rs34482796	C	T	4363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2598;ReadPosRankSum=0.927;SC=ATGTGTCAAGCCTACTTGTGA;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=241;TCF=108;TCR=133;TR=173;WE=147477559;WS=147477541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,190:0.73:261
chr5	147478654	rs11405253	G	GT	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr5	147478785	rs1422991	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CTTCTTTTTCCCTCTTATTCA;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=116;WE=147478793;WS=147478775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,120:0.70:171
chr5	147478981	rs11168021	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CCCAGAATATCTTAACTCTTC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=147478989;WS=147478971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	147479991	rs2303061	C	T	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=42;PP=1485;ReadPosRankSum=1.877;SC=AAATATATGGCCAACTTACTT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=99;WE=147479999;WS=147479981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,103:0.58:178
chr5	147480007	rs2303062	A	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1577;ReadPosRankSum=0.771;SC=TACTTCTTCTATCTCGGCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=116;WE=147480015;WS=147479997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,122:0.61:201
chr5	147480027	rs2303063	G	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1548;ReadPosRankSum=0.388;SC=GAGCTTTGCAGTGAATATCGA;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=109;WE=147480035;WS=147480017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,119:0.61:195
chr5	147480080	rs2303064	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=640;ReadPosRankSum=0.473;SC=CAGAGAGAACGATCCTATCCA;SOR=0.914;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=51;WE=147480088;WS=147480070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr5	147480112	rs2303065	T	C	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=960;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GGAAAGTGCATGGCAACACCT;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=70;WE=147480120;WS=147480102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr5	147480868	rs2303066	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=294;ReadPosRankSum=1.224;SC=CACTTCTAATGTGGCGATTCT;SOR=1.101;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=19;WE=147480876;WS=147480858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr5	147480955	rs2303067	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=726;ReadPosRankSum=0.322;SC=GAAGGAAGGTAAATCAAGAAA;SOR=0.358;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=53;WE=147480963;WS=147480945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr5	147481018	rs2303068	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=870;ReadPosRankSum=-0.041;SC=ATATCCTCCAGCAACTCAGAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=62;WE=147481026;WS=147481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr5	147481430	rs6896303	A	G	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.543;SC=GCCCAGATGGAAAAATGCATG;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=118;TCR=126;TR=190;WE=147481438;WS=147481420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,195:0.77:252
chr5	147484465	rs34473560	GA	G	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=17;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=0.325;SC=TCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=15;WE=147484473;WS=147484455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr5	147486677	rs880687	C	A	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2697;ReadPosRankSum=0.800;SC=CTGTCCGTGGCCCAGATGGCA;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=216;TCF=124;TCR=92;TR=162;WE=147486685;WS=147486667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,175:0.77:228
chr5	147486818	rs3036740	CGT	C	3286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.332;NF=4;NR=52;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GAGTATAGACCGTGAGTTATA;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=56;WE=147486827;WS=147486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,83:0.75:111
chr5	147488367	rs2303071	C	T	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=1621;ReadPosRankSum=0.257;SC=AAGGGAAAGTCGAGGCTGAAA;SOR=0.867;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=112;WE=147488375;WS=147488357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,120:0.68:177
chr5	147488575	rs3815741	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	147491193	rs3815740	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TCTGAAAAGCATTTTGGTTAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=147491201;WS=147491187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	147491218	rs2287770	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=2.174;SC=AACCTTCAGCATCACCTTTTC;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=147491226;WS=147491208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr5	147491299	rs2287769	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.961;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr5	147492384	rs72660259	T	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=8.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-2.160;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,40:0.26:154
chr5	147493871	rs3815735	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	147497871	rs6891892	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=708;SC=TGAGCCACCGTACCCGGCAAT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=147497898;WS=147497861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	147497880	rs3836899	ATGTTATGTTTC	A	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTACCCGGCAATGTTATGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=5;WE=147497898;WS=147497861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	147497932	rs3777135	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=563;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTCAGACTGTTAAAACAATTT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=30;WE=147497940;WS=147497922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr5	147498019	rs3777134	G	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GCTGAGTATCGGGAACAAATG;SOR=0.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=88;WE=147498027;WS=147498009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr5	147498523	rs3764926	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=10;PP=865;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GTTAACAAGATGAATATTCAC;SOR=0.546;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=56;WE=147498531;WS=147498513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr5	147498652	rs9325073	C	G	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=110;PP=2965;SC=TGGCAAGAATCGTCTTTCTGT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=214;WE=147498660;WS=147498642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	147498669	rs9325074	G	A	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	147498669	.	GCAG	ACAA,ACAG	1753	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=50,84;NR=61,98;PP=1753,842;QD=16.2744853591;SC=CTGTGAGTCAGCAGTTGGCGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=111,182;WE=147498680;WS=147498659;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.61:183
chr5	147498672	rs12518996	G	A	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,125:0.65:191
chr5	147498763	rs9325075	C	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=39;PP=1074;SC=ATCAGTGACTCTCACTGATAA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=48;WE=147498771;WS=147498753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	147499616	rs17704908	C	T	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1250;ReadPosRankSum=1.533;SC=ATGGAAAACTCATCTGCACTC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=84;WE=147499624;WS=147499606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,91:0.75:122
chr5	147499670	rs33920397	C	T	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1675;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGACACATGGCAATAAGTGTA;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=112;WE=147499678;WS=147499660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,118:0.73:161
chr5	147499891	rs2303070	G	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.596;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,74:0.27:277
chr5	147504315	rs2052537	A	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	147504557	rs2052536	T	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=172;SC=ACAAGATTTTTGGGGGTTTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=147504565;WS=147504547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	147505116	rs3764930	G	A	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=1441;ReadPosRankSum=2.155;SC=AGAATGAAGCGGAGGATGCAA;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=88;WE=147505124;WS=147505106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,96:0.73:132
chr5	147505227	rs2112767	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=2103;ReadPosRankSum=0.271;SC=CAAGTTTGAAGAAATCACTAA;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=169;TCF=103;TCR=66;TR=112;WE=147505235;WS=147505217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,119:0.66:179
chr5	147510776	rs6895434	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=827;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CCACCCCTCTTCTTGAATGCC;SOR=0.294;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=39;WE=147510784;WS=147510766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr5	147510866	rs2400478	T	C	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=54;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCAGGATAGGTTATCTTTGTC;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=145;WE=147510874;WS=147510856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,158:0.75:210
chr5	147516470	rs4334874	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=0.977;SC=GATTAAGATGCAGCTATAAAT;SOR=1.039;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=15;WE=147516478;WS=147516460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr5	147516598	rs4349706	T	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TAAACCCCAGTTCTGAATCAC;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=79;WE=147516606;WS=147516588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,82:0.36:226
chr5	147516762	rs3088193	C	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	147549163	rs4269285	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=11;PP=2089;SC=ATACAATGGGTGGAGTAGAGA;SOR=3.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=75;TCR=11;TR=85;WE=147549171;WS=147549153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	147554889	rs10052031	A	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=437;SC=TTACTAAATGAAATGTTTATT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=147554897;WS=147554879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	147554997	rs147123556	TTTTTTCC	T	2977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=44.44;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	147555029	rs10074328	C	T	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=26;PP=961;SC=CTCCCTCTTGCGCTTTTTACA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=147555037;WS=147555019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	147585797	.	C	CTCATT	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=558;SC=TTTAAAAGAACCTAACCACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	147585799	.	TAAC	T	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	147585805	.	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	147585806	.	AC	A	589.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=356;SC=ACCTAACCACACATTCTCATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	147593497	rs12186491	C	A	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=100;PP=2965;SC=GTTCCAGGACCCCAAGGTCTA;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=208;WE=147593505;WS=147593487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	147807361	rs201449897	ATGGGAG	A	3195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.649;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,96:0.27:355
chr5	148206375	rs1801704	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=470;SC=CCAGTGCGCTCACCTGCCAGA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=148206383;WS=148206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	148206440	rs1042713	G	A	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=12;PP=1120;SC=GGCACCCAATGGAAGCCATGC;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=148206448;WS=148206430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	148206473	rs1042714	G	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=35;PP=2062;SC=CGTCACGCAGGAAAGGGACGA;SOR=1.304;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=110;WE=148206481;WS=148206463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	148383345	rs1432798	C	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	148386525	rs6871030	T	G	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=35;PP=1676;ReadPosRankSum=0.415;SC=TCTGCAGCCATGGTGGACAGA;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=98;WE=148386533;WS=148386515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,104:0.71:147
chr5	148389763	rs1025476	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=646;ReadPosRankSum=0.752;SC=GACTCAGGCCGAAGTCCAGCC;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=39;WE=148389771;WS=148389753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr5	148392362	rs11954893	A	G	4661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=106;PP=2796;ReadPosRankSum=0.089;SC=CACTCAGCACAGGATGAAACA;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=272;TCF=123;TCR=149;TR=196;WE=148392370;WS=148392352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,212:0.74:288
chr5	148407708	rs1432794	A	C	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=61;PP=2965;SC=GGAAGCAGAGACGGGCATGGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=142;WE=148407716;WS=148407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	148407893	rs6875902	C	A	6632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.603;SC=AATATGGGGGCGAAGTTCTCA;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=375;TCF=204;TCR=171;TR=271;WE=148407901;WS=148407883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,287:0.73:395
chr5	148408101	rs1432793	A	G	3468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=2371;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CCTCCTTGAAACCTTCAGGCT;SOR=0.642;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=127;WE=148408109;WS=148408091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,137:0.77:177
chr5	148421065	rs80227512	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTTCCAACTCGGAGCCAGCTT;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=85;WE=148421073;WS=148421055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,91:0.78:117
chr5	148425518	rs250676	A	T	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=5.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr5	148521799	rs11744532	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	148562890	rs6886262	G	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=9;PP=1212;SC=ATGAATTGAAGATACTTTGCA;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=148562898;WS=148562880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	148562981	rs6887628	C	A	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=120;NR=78;PP=2965;SC=AGAATCAGGGCCTCTGGATAG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=120;TCR=78;TR=198;WE=148562989;WS=148562971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	148586451	rs5872113	A	AG	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=904;SC=TTCCAGTGTCAGGTGGGAGCA;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=148586459;WS=148586441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	148590423	rs2918281	T	C	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=41;PP=1532;SC=GGCAGGGTGATCTGTGCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=148590431;WS=148590413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	148596693	rs3839234	TG	T	6072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=92;PP=2951;SC=AGTGTTATCTTGGCTTCAGGT;SOR=1.363;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=10;TCR=97;TR=102;WE=148596701;WS=148596683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	148610276	rs2918265	C	A	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=110;NR=99;PP=2965;SC=TAAAGGTAAGCAAGCTAGTAG;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=209;WE=148610284;WS=148610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	148618708	rs58203769	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=7;PP=1346;SC=ACTGCTGCAAACCCTCTCTGC;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=148618716;WS=148618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	148618749	rs59032271	C	T	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=1.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	148618752	rs59757169	G	A	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=1.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	148618964	rs34180939	G	A	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=35;PP=1041;SC=AAGCAGGGAAGTGCTGGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=148618972;WS=148618954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	148619189	rs11326264	AG	A	1725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1424;SC=CTCAGGGAGGAGGGGGGTCTC;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=46;WE=148619197;WS=148619179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	148620224	rs3797315	T	G	12390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=251;NR=193;PP=2965;SC=GGCGACCACTTCCTGCGTGCT;SOR=0.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=445;TCF=252;TCR=193;TR=444;WE=148620232;WS=148620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr5	148625972	rs34340554	TA	T	1449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.230;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr5	148627054	rs10035236	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTGGCTATCTGCCCATTGTTG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=148627062;WS=148627048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	148627252	rs9325136	G	A	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=32;PP=2107;ReadPosRankSum=0.720;SC=AGGCTGCTATGGAGGATGTGA;SOR=0.381;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=121;TCR=41;TR=120;WE=148627260;WS=148627242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,130:0.75:173
chr5	148627503	rs2304609	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=0.736;SC=GTAAGCATGGCTCTGGAAGCC;SOR=2.034;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=32;WE=148627511;WS=148627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr5	148630191	rs1808828	C	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=0.048;SC=GGTTAACTGACACAACTGTAT;SOR=1.379;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=34;WE=148630199;WS=148630181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr5	148639062	rs1438688	C	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=972;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CATACCATACCCCCGCCAGTC;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=53;WE=148639070;WS=148639052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr5	148651711	rs12054749	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAAGGTGCCTTCGGCTGCCGG;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=27;WE=148651719;WS=148651701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr5	148679301	rs171286	C	G	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=152;PP=2965;SC=CGCCCCACCCCCACCCCCAGG;SOR=1.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=85;TCR=153;TR=237;WE=148679309;WS=148679291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	148682188	rs352341	G	C	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=1463;SC=CTGCAAGCCTGTCACCCTCCC;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=148682196;WS=148682178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	148689403	.	TG	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,7:0.15:47
chr5	148699825	rs17642570	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=870;ReadPosRankSum=-1.676;SC=CCTGCCATCTTGCTTTTACCA;SOR=0.104;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=44;WE=148699833;WS=148699815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr5	148742693	rs1693917	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.294;SC=TCCACATGCTAGTGCTTGCCA;SOR=0.052;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=148742701;WS=148742683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	148747902	rs4705336	G	C	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,173:0.26:667
chr5	148889672	rs2077482	A	T	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=434;SC=TCTAAAAAAAATTTTTCCCAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=148889680;WS=148889662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	148977613	rs7709875	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=531;SC=GCAAGCTTGACAGAAAGGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=148977621;WS=148977603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	148997686	rs6579750	A	G	14968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=326;NR=217;PP=2965;SC=CGTGACATCCACTTTCCTGAG;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=543;TCF=326;TCR=217;TR=543;WE=148997694;WS=148997676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr5	148999881	rs11409449	G	GC	2750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=20;PP=2335;SC=GCCATGACAGGCATGATTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=51;WE=148999889;WS=148999871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	149000039	rs7733761	C	T	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=119;PP=2965;SC=TGAGTGGAACCTTTCCTTTCT;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=230;WE=149000047;WS=149000029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	149001283	rs78820823	T	C	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=25;PP=2731;SC=CCCACGCTCATGTCTCCCCAC;SOR=2.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=98;TCR=25;TR=123;WE=149001291;WS=149001273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	149006837	rs7732873	A	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=68;PP=1968;SC=CACCGGGGGTACGTGAGCCTT;SOR=2.208;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=93;WE=149006845;WS=149006827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	149006879	rs7733002	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=763;SC=GGGGAAAACCACCCCACAGAA;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=149006887;WS=149006869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	149008403	rs1056993	A	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=40;PP=1576;SC=CTGGGAAACTACAGCTGTACC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=149008411;WS=149008393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	149008467	rs3733662	C	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=38;PP=1103;SC=GAACAAAGACCCCCGATGTCT;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=149008475;WS=149008457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	149008521	rs1135093	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=620;SC=TATTCCCACCATGAACCAGGT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=149008529;WS=149008511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	149151707	rs73796250	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=465;ReadPosRankSum=0.968;SC=GCAATGGTAGGTGTTGGGCCA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=38;WE=149151715;WS=149151697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr5	149197230	rs251460	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,60:0.24:255
chr5	149200043	rs32588	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=5.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,62:0.24:263
chr5	149212800	rs32577	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,62:0.22:278
chr5	149213456	rs32576	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.357;SC=AAAGTGTTATATGGGTTTGGA;SOR=0.658;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=11;WE=149213464;WS=149213446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr5	149221788	rs26127	G	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.722;SC=AGGCAATGACGGAGTCTCTCT;SOR=0.188;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=149221796;WS=149221778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	149221992	rs26126	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GGGCACTGGTCCTGATCCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=17;WE=149222000;WS=149221982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr5	149240689	rs138029321	TCACGGAAA	T	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=2954;ReadPosRankSum=2.301;SC=GTGAGGAGAATCACGGAAACA;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=11;WE=149240704;WS=149240679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr5	149276124	rs10053292	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
chr5	149276373	rs2244836	T	C	8368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=142;PP=2965;SC=GGAAAAAAAATAGGTTACAAC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=155;TCR=143;TR=297;WE=149276381;WS=149276354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	149276567	rs30818	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=0.494;SC=ATGCTTCTGATCTTCAGTTTC;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=18;WE=149276575;WS=149276557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr5	149278258	rs30819	A	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=0.863;SC=CACACTGTACATAAAGCACTA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=149278266;WS=149278248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	149283320	rs10045697	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.489;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,64:0.26:244
chr5	149283406	rs251346	C	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=59;PP=1829;SC=AGACAGTTTTCAATTATTCAC;SOR=2.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=78;WE=149283414;WS=149283396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	149360877	rs30832	T	C	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=124;PP=2965;SC=AACCTTCAGATTAAGCCAGGC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=104;TCR=124;TR=228;WE=149360885;WS=149360867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	149374879	rs3832324	CT	C	6133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.571;NF=24;NR=94;PP=2966;ReadPosRankSum=1.630;SC=TCCACCTCTTCTTGATCCTCA;SOR=1.014;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=159;TCF=36;TCR=123;TR=118;WE=149374887;WS=149374869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,184:0.76:242
chr5	149374932	rs10875553	T	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=76;PP=2450;ReadPosRankSum=-1.020;SC=AAGGTGGCTCTGGTACAGTAC;SOR=0.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=146;WE=149374940;WS=149374922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,145:0.76:192
chr5	149380158	rs3812008	CG	TC	14147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=152;PP=2944;ReadPosRankSum=3.145;SC=TTACTAGACCCGCTCCAAGCC;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=465;TCF=244;TCR=221;TR=322;WE=149380167;WS=149380148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,347:0.70:493
chr5	149384610	rs17712097	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=28;ReadPosRankSum=0.777;SC=GCTTGGAGAGCTGCATTGAGG;SOR=0.083;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=149384618;WS=149384600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr5	149406271	rs6579767	C	T	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CTTTTCAGAGCTGACCTGCTT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=154;TCR=120;TR=205;WE=149406279;WS=149406261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,209:0.75:280
chr5	149406733	rs2304069	G	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-1.501;SC=CTGCTTCCATGTAATGTATCA;SOR=0.317;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=149406741;WS=149406723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	149424966	rs2276983	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=746;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GACGGGGTAGGCTGTTGTGTT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=40;WE=149424974;WS=149424956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr5	149427387	rs2043284	T	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=92;PP=2862;SC=ACTTTTTAGGTCAGGGATATG;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=43;TCR=92;TR=135;WE=149427395;WS=149427377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	149428395	rs216125	C	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GTGCTACCCCCTGGGCTAGGG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=149428403;WS=149428385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr5	149428424	rs216126	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TGGGTCTTCTGTCAGTATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=149428432;WS=149428414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	149431223	rs216131	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=10;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.988;SC=GAGTGTTCTCGTCACCAGATG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=77;TCR=13;TR=66;WE=149431231;WS=149431213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr5	149431259	rs216132	A	G	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=41;PP=2304;ReadPosRankSum=0.439;SC=ATTCCTTCTTATCAAAATGCA;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=128;TCR=59;TR=130;WE=149431267;WS=149431249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,129:0.69:187
chr5	149433596	rs2066934	TG	GA	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=2944;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTGAAGTTTGTGGGAGGGGAG;SOR=0.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=100;WE=149433605;WS=149433586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,115:0.76:151
chr5	149435759	rs216136	G	A	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.015;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.045;SC=CCCCAGCCTGGCCCAAGCCCT;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=313;TCF=161;TCR=152;TR=234;WE=149435767;WS=149435749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,240:0.75:321
chr5	149437190	rs216138	C	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=64;PP=1563;ReadPosRankSum=0.267;SC=GCAGAGGTCACTCATCATCAC;SOR=0.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=105;WE=149437198;WS=149437180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,109:0.80:136
chr5	149440644	rs170037	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GCAGGGCATACCCCAAGACCC;SOR=0.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=77;WE=149440652;WS=149440634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr5	149441016	rs11286566	AC	A	1784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AGCATCTACCACCCCCCATCC;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=63;WE=149441031;WS=149441005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr5	149447628	rs216150	A	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=503;ReadPosRankSum=1.413;SC=CCAGCAGCTGACTCATGTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=27;WE=149447636;WS=149447618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr5	149456771	rs2855781	CT	AA	14297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=144;PP=2944;ReadPosRankSum=0.573;SC=CAGCTTCCTCCTCAAAACCCT;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=439;TCF=242;TCR=197;TR=312;WE=149456780;WS=149456761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,355:0.76:468
chr5	149457678	rs2228422	G	A	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GACTGACCTTGGTGTTGTTGT;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=281;TCF=161;TCR=120;TR=212;WE=149457686;WS=149457668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,214:0.75:285
chr5	149460553	rs216123	A	G	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=84;PP=2724;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CGACCAGCTCAGGGACACTGG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=165;WE=149460561;WS=149460543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,177:0.76:234
chr5	149497090	rs369019315	AGC	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	149513072	rs2240780	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=8;PP=854;SC=TCTCACCATCACTCTGCACCC;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=149513080;WS=149513062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	149513626	rs11740355	T	G	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=62;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CCACTAGCACTTCAGCTTGGG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=20;TCR=90;TR=76;WE=149513634;WS=149513616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,75:0.68:111
chr5	149515074	rs740750	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=951;SC=GCCTCCAGTTGACAAGAGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=149515082;WS=149515064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	149516480	rs2240781	C	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=22;PP=1572;SC=TGGTGCTTCACGCCCTGCCAC;SOR=1.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=84;WE=149516488;WS=149516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	149576233	rs2270145	G	A	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=27;PP=2659;SC=TGGGCTTTTGGGGGAGCTGCC;SOR=2.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=94;TCR=27;TR=121;WE=149576241;WS=149576223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	149576273	rs2270146	C	T	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=91;PP=2965;SC=ACCCCGCTCCCGGCAGGCGCC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=149;TCR=91;TR=240;WE=149576291;WS=149576263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	149578999	rs731376	T	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=45;PP=1311;SC=AAGGCAGGGCTTGGACTGAGC;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=149579007;WS=149578989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	149580819	rs3733680	G	A	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=77;PP=2316;SC=CAGAGGGAGGGGCCAGGCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=108;WE=149580827;WS=149580809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	149582103	rs2240788	C	T	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=130;PP=2965;SC=GAAAGGAAGGCCCACTCACCC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=266;WE=149582111;WS=149582093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	149583300	rs2240793	T	C	15318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=186;NR=200;PP=2965;SC=TCTGGTCCTTTCTCTTCTTCT;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=186;TCR=203;TR=386;WE=149583308;WS=149583290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr5	149583336	rs2240794	T	C	12182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=174;PP=2965;SC=TCGGCCTAGATAGCCAGGTGA;SOR=1.332;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=295;TCF=113;TCR=182;TR=287;WE=149583344;WS=149583326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	149583383	.	G	GGTGT	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr5	149584341	rs6878880	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=32;PP=1552;SC=GCTGCTGGCGTTTGTGGGGCC;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=71;WE=149584349;WS=149584331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	149584863	rs2342283	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.43;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	149584870	rs4423986	C	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	149584881	rs5024534	G	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.88;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	149584881	.	GTT	TTC	873	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=25;NR=0;PP=873;QD=37.0587149945;SC=CCACTTCAGGGTTCGGTACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=25;WE=149584891;WS=149584853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr5	149584883	rs5024533	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	149584969	rs11428067	A	AG	7406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=48;PP=2777;SC=TCGGGCCTTAAGCAGTTTAGA;SOR=1.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=94;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	149584981	rs4705425	A	G	8106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.27;NF=114;NR=66;PP=2965;SC=CAGTTTAGACAAAAGCCCGCA;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=180;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	149585025	rs4705426	A	C	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=112;PP=2965;SC=GCAGGCCCTCATGGTGTATAG;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=155;TCR=112;TR=267;WE=149585033;WS=149585015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	149596955	rs980272	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=403;SC=TAGTAGTGCCCTCAGTGGAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=149596963;WS=149596945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	149597160	rs882354	A	G	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.048;SC=TCTGCCACGTACATCCGGAGC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=213;WE=149597168;WS=149597150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,215:0.97:221
chr5	149597304	rs5872169	G	GT	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=1534;SC=CTAGCCCAGGGACGGGGGAGG;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=31;WE=149597312;WS=149597294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	149602280	rs55976097	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=48;PP=1334;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCCTCAGCTGTAAGACACACA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=65;WE=149602288;WS=149602270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr5	149602608	rs2241694	A	G	13581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=272;NR=228;PP=2965;SC=GCCATTTGCCATCCCGGCGGT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=501;TCF=272;TCR=229;TR=500;WE=149602616;WS=149602598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr5	149602824	rs2241695	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,34:0.27:125
chr5	149610967	rs139753530	AAATAAT	AAAT,A	691.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0,0;NR=23,23;PP=1034,45;SC=GGGGACACAGAAATAATAATA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=23,23;WE=149610980;WS=149610957;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:18
chr5	149624901	rs149294022	GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT	G	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.436;NF=1;NR=13;PP=2994;ReadPosRankSum=-1.729;SC=CCTGGGGGAGGCCTCCTCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=14;WE=149624929;WS=149624891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr5	149627423	rs7711562	A	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1117;ReadPosRankSum=1.265;SC=GCCGGAGTGAAGGGACCCAGG;SOR=0.352;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=73;WE=149627431;WS=149627413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,80:0.79:101
chr5	149629683	rs4958452	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=766;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TAAATGCTTATTGAATCAATG;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=53;WE=149629691;WS=149629673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr5	149631413	rs2288799	A	G	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GACCCCTGGAAAGAGGACCAG;SOR=0.293;Source=Platypus;TCF=99;WE=149631421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,137:0.75:183
chr5	149636073	rs10463293	T	G	244.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=1.492;SC=CTCTGCAGGATTAGGGACGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=149636081;WS=149636065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	149636109	rs10463294	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=421;ReadPosRankSum=0.962;SC=CTCCCGGGGTGAGCCACACCC;SOR=0.337;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=21;WE=149636117;WS=149636099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr5	149644597	rs891938	T	G	11396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=210;PP=2965;SC=CAGAGGCTCATGTGAGTCCCC;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=197;TCR=212;TR=406;WE=149644611;WS=149644587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr5	149677851	rs6579784	A	G	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=99;PP=2965;SC=CGCGCTGGGCATAAAGCATAG;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=229;WE=149677859;WS=149677841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr5	149737221	rs4565199	T	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=845;SC=GCCGGAAGTGTGGCGCGCGAG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=149737229;WS=149737211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	149743976	rs891941	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GCCCTTCCTCCGTGCCAGGCA;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=149743984;WS=149743966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	149754991	rs2071238	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=518;ReadPosRankSum=0.339;SC=CAGTGCCACCCGGGAAGGTGG;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=37;WE=149754999;WS=149754981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr5	149755340	rs7701163	G	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,96:0.22:433
chr5	149755421	rs2071239	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,60:0.22:268
chr5	149759096	rs7713638	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,98:0.22:445
chr5	149763305	rs7715100	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GTTTAGGACCAGGAGTCTTCT;SOR=0.674;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=35;WE=149763313;WS=149763295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
chr5	149769688	rs56287670	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,9:0.16:57
chr5	149772237	rs78716239	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr5	149772932	rs11743855	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=468;ReadPosRankSum=0.487;SC=TGGGCTTCTTCAGTCTCTCCT;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=46;WE=149772940;WS=149772922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,47:0.30:157
chr5	149776232	rs15251	C	T	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=78;PP=2187;ReadPosRankSum=0.628;SC=AAGGGGAAAGCAAAGAGAGAC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=164;WE=149776240;WS=149776222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,168:0.65:260
chr5	149778453	rs11744415	C	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr5	149901373	rs10075355	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=328;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGCCCCCTCTGCAGCTCAGTG;SOR=0.751;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=22;WE=149901381;WS=149901363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr5	149907533	rs2273235	T	G	9336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;PP=2965;SC=ACTGGACGGTTTTCCAGTCAA;SOR=0.723;Source=Platypus;TCF=166;WE=149907541;WS=149907523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr5	149907602	rs2273234	A	G	8365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=133;PP=2965;SC=AGTCCATCCCACACCTGGGCG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=165;TCR=133;TR=296;WE=149907610;WS=149907592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	149914401	rs2545341	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=25;PP=2006;SC=GCCCAGTGGGTGGTTCTGAGC;SOR=2.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=96;WE=149914409;WS=149914391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	149919739	rs1290147	G	C	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=115;PP=2965;SC=ACTCCTGGACGAACCTCCGGC;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=82;TCR=115;TR=197;WE=149919747;WS=149919729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	149921251	rs2304063	G	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=117;PP=2965;SC=GCTCTTGACCGAGCTTCCCCA;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=54;TCR=117;TR=171;WE=149921259;WS=149921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	149931222	rs6579792	T	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=538;SC=GATTCCCTGGTCTCTGCCATT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=149931230;WS=149931216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	150051958	rs194134	T	C	13652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=275;NR=211;PP=2965;SC=CACCGCCATCTCCAAGGGCTA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=489;TCF=276;TCR=213;TR=486;WE=150051966;WS=150051948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr5	150110128	.	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1093;ReadPosRankSum=0.075;SC=TTAGTCAGACACCAGCCACAT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=73;WE=150110136;WS=150110118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,76:0.70:109
chr5	150282674	.	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr5	150311622	rs12656542	A	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=1157;ReadPosRankSum=0.435;SC=TATTTTTCCAAATATATTATA;SOR=1.471;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=49;WE=150311630;WS=150311612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr5	150311678	rs11167525	A	G	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=50;PP=2434;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGATGACTACAACTTGCCTGA;SOR=0.434;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=145;WE=150311686;WS=150311668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,151:0.79:190
chr5	150311773	rs7727919	T	C	5170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.933;NF=88;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GAATGACCCCTTGTAATACTT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=114;TCR=149;TR=204;WE=150311781;WS=150311763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,214:0.78:275
chr5	150311857	rs10719367	CT	C	1805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.843;NF=1;NR=38;PP=1542;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTCTCTCTGTCTGAAAAAAAA;SOR=0.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=39;WE=150311865;WS=150311847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr5	150323530	rs112582282	GTGGGAGAAGGTCGTGA	G	1029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.548;SC=AGGCCATCCTGTGGGAGAAGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=15;WE=150323553;WS=150323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr5	150407456	rs8177447	T	C	7357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=92;PP=2965;SC=ACACTCCTCTTATCCCTGCTC;SOR=1.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=158;TCR=92;TR=249;WE=150407464;WS=150407446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	150410135	rs3924	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=567;SC=AGGGACTGGTGTACAAGCTGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=150410143;WS=150410125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	150413406	rs2233305	A	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=563;SC=ACAGGCTGCAAAGGACACCCA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=150413414;WS=150413396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	150415338	rs2287720	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=57;PP=1683;SC=CAGGCCCAGACTCCCATGCCT;SOR=3.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=150415346;WS=150415328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	150480520	rs11960458	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,33:0.25:134
chr5	150483095	rs4958892	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,36:0.23:156
chr5	150489390	rs1133202	A	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1496;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TGTCTCCACTAGGTGTGTCTG;SOR=0.590;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=90;WE=150489398;WS=150489380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,98:0.65:151
chr5	150499080	rs2303023	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.762;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=0.187;SC=GACATGGCCCTCAGGCCCAAG;SOR=2.165;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=29;WE=150499088;WS=150499070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr5	150499102	rs2303024	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCTTGGCACAACCAAGGCTGA;SOR=2.400;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=21;WE=150499110;WS=150499092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr5	150501881	rs13168472	A	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1084;ReadPosRankSum=1.295;SC=ATGACTCAGGATGGGAGAGAT;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=65;WE=150501889;WS=150501871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr5	150504097	rs70976004	TGAGAGAGAGAGA	T	878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.367;NF=1;NR=18;PP=2995;ReadPosRankSum=-2.333;SC=GCACGAGAGCTGAGAGAGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=19;WE=150504116;WS=150504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
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chr5	150506104	rs374776803	AAC	A	427	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.530;QD=23.72;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr5	150509258	rs144537590	T	TTTTG	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCTCTTACTGTTTTGTTTGTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=150509266;WS=150509248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	150516887	rs2303034	G	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.613;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=412;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AATGCCCTGGGGGTAGAAAAA;SOR=0.895;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=36;WE=150516895;WS=150516877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr5	150519552	rs35144306	AT	A	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.707;NF=11;NR=9;PP=648;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TTTCTGAAACATTTTATTATA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=20;WE=150519560;WS=150519542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr5	150519670	rs10040510	T	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.404;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.851;NF=65;NR=46;PP=1627;ReadPosRankSum=-1.874;SC=CTGTGTCTACTTTTGGGGGAT;SOR=0.896;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=111;WE=150519678;WS=150519660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,114:0.74:154
chr5	150562526	rs13184280	A	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=867;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCCTTTGACCAGTCCCCCCAC;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=48;WE=150562534;WS=150562516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr5	150564975	rs248428	T	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1525;ReadPosRankSum=0.862;SC=CCACTCCCAGTCACAGACCAC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=88;WE=150564983;WS=150564965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,91:0.80:114
chr5	150565008	rs248427	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GATCAGCCGCCTGTCCAGCTC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=114;WE=150565016;WS=150564998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,120:0.78:154
chr5	150565724	rs248426	C	T	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1930;ReadPosRankSum=0.512;SC=CAAAGCCTGCCTCATAAATGC;SOR=0.954;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=110;WE=150565732;WS=150565714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,113:0.74:152
chr5	150565770	rs193728	G	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1509;ReadPosRankSum=0.979;SC=GAGGGAGAACGGTTTTGGGTT;SOR=1.002;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=84;WE=150565778;WS=150565760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr5	150567049	rs35221501	CA	C	2420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=42;PP=1642;ReadPosRankSum=-1.973;SC=TCCATAAGCTCAAGACACTTC;SOR=1.378;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=46;WE=150567057;WS=150567039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr5	150567074	rs36036156	T	TG	2059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=1459;ReadPosRankSum=1.040;SC=CAAAGCCTTCTGCAGGCCCCT;SOR=1.220;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=36;WE=150567082;WS=150567064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr5	150567145	rs454130	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=-1.258;SC=GTCTAGGAACGGTCTTATTCA;SOR=1.398;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=24;WE=150567153;WS=150567135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr5	150592191	rs13183776	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=343;ReadPosRankSum=0.293;SC=CACTGGAAGACGTCCCAAAGA;SOR=0.334;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=20;WE=150592199;WS=150592181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	150592481	rs12655234	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GTGGGGAATCGTGGTGGAAGT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=32;WE=150592489;WS=150592471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr5	150595073	rs979453	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GGCAGGGCAGAGGCAGTTTGA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=18;WE=150595081;WS=150595063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr5	150603444	rs248461	C	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-2.098;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,77:0.20:386
chr5	150632676	rs2277028	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=715;SC=CCTGCCAGTGACTGGACTCAG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=150632684;WS=150632669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	150639409	rs153477	A	G	7626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=134;PP=2965;SC=TGACCCCATCATCGTTCCTGG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=143;TCR=135;TR=276;WE=150639417;WS=150639399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr5	150639439	rs153478	A	G	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=142;NR=158;PP=2965;SC=CCTCAGTGTCATGGGCAGCAC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=142;TCR=158;TR=300;WE=150639447;WS=150639429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr5	150646647	rs2075782	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=464;ReadPosRankSum=-0.913;SC=ATCTACGAAATGGGAGACTTG;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=24;WE=150646655;WS=150646637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr5	150646736	rs6861766	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=965;ReadPosRankSum=1.029;SC=TCATCTTGTGCGGCTGTTTTG;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=54;WE=150646744;WS=150646726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr5	150646780	rs2075783	A	C	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=39;PP=1865;ReadPosRankSum=-2.837;SC=TCATGGCTGCAATCCTAGCAG;SOR=0.510;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=106;WE=150646788;WS=150646770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,110:0.67:163
chr5	150647012	rs1048723	A	G	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2270;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGGGCATATAACATGGCATCT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=140;WE=150647020;WS=150647002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,146:0.71:205
chr5	150647239	rs989	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.922;SC=AGCCCAGGGCATCTGCTGGGC;SOR=0.017;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=150647247;WS=150647229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	150660769	rs1368393	A	G	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1368;ReadPosRankSum=-1.521;SC=ATTGGATGTGAAAGGTGATGT;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=67;WE=150660777;WS=150660759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,71:0.74:96
chr5	150660794	rs1368394	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=773;ReadPosRankSum=1.131;SC=CCCCGGAAGGGCCATTGAGGA;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=43;WE=150660802;WS=150660784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr5	150663561	rs10043175	T	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=0.127;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr5	150663565	rs1347147	A	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.311;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	150664343	rs10476766	G	C	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1599;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TTGCCTGGTAGAAAGCTGGGT;SOR=0.447;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=92;WE=150664351;WS=150664333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
chr5	150666843	rs6579846	A	C	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=67;PP=2390;ReadPosRankSum=0.547;SC=CCATGCTCCCAAGGGTGGTGA;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=146;WE=150666851;WS=150666833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,155:0.76:205
chr5	150666933	rs375396	C	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GCAGGATTATCAGCATGTAGA;SOR=0.566;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=48;WE=150666941;WS=150666923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,47:0.28:169
chr5	150666962	rs12520516	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1432;ReadPosRankSum=1.301;SC=TCCAGGATGGGGGTCAGCGTC;SOR=0.978;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=82;WE=150666970;WS=150666952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr5	150667016	rs978012	T	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=665;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ACGTGGGCTTTTTCCACCATC;SOR=1.188;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=34;WE=150667024;WS=150667006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr5	150667771	rs246499	G	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.30;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	150667771	.	GTCTA	ATCTA,ATCTG	318	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=24,14;NR=1,1;PP=179,318;QD=8.55084850189;SC=ACTTTAGCTCGTCTATCCTTT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25,15;WE=150667783;WS=150667766;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:26
chr5	150667775	rs6579847	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr5	150668649	.	T	C	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=29;MQ=61.34;NF=0;NR=3;PP=62;QD=32.2570708491;SC=AAGTCAATTGTAGGTATCCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=150668657;WS=150668639;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr5	150677976	rs2431072	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=894;SC=TGTGCCCCCTTCAGGGATGCT;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=150677984;WS=150677966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	150682975	rs6887412	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.849;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=917;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GAGCCTCTGATGGGTCTTTCT;SOR=1.573;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=58;WE=150682983;WS=150682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr5	150683005	rs28481793	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CCATGGCTGCTGACCTGAGAT;SOR=0.841;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=35;WE=150683013;WS=150682995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr5	150683055	rs6866481	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GCTGGCTGAAGCCTGAAGTGC;SOR=0.199;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16;WE=150683063;WS=150683045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	150696447	rs369907	C	T	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=-0.953;NF=74;NR=67;PP=2231;ReadPosRankSum=-1.857;SC=CGTCCAGGGCCTGGTAGGTCC;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=141;WE=150696455;WS=150696437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,148:0.77:193
chr5	150696498	rs428064	G	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.230;NF=36;NR=48;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TGATCAGGGCGTCCTTGAAGA;SOR=0.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=84;WE=150696506;WS=150696488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr5	150696540	rs431240	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.292;NF=29;NR=34;PP=1121;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTGAGTAGAACGTGGTGACCT;SOR=0.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=63;WE=150696548;WS=150696530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr5	150704758	rs246496	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TCTAGACCTCAGTTTCCCAGC;SOR=1.739;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=16;WE=150704766;WS=150704748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr5	150722675	rs2431079	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=918;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CAGAGACCTCGGGCTTTGACA;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=50;WE=150722683;WS=150722665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,54:0.84:64
chr5	150723806	rs192192	G	A	5394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CCTTTCACCAGGTGAATCAAG;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=156;TCR=161;TR=227;WE=150723814;WS=150723796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,241:0.72:334
chr5	150838284	rs35256722	C	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.45;ReadPosRankSum=0.389;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr5	150838293	rs35074529	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr5	150843996	rs415426	T	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1143;ReadPosRankSum=0.204;SC=TAATCCTTTGTGAACTGAGTA;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=81;WE=150844004;WS=150843986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,86:0.67:128
chr5	150846865	.	G	A	105	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=22;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=53.2;NF=0;NR=8;PP=105;QD=17.4714015684;SC=GGTTAAAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=150846873;WS=150846855;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,8:0.40:20
chr5	150886616	rs7723079	G	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=6;PP=1075;SC=GGTTGGATGCGTGGTAGCTAA;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=150886624;WS=150886606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr5	150886882	rs1105168	G	A	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=2.263;SC=GCTGGGTTCCGGTTGGTTGAG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=132;TCR=127;TR=183;WE=150886890;WS=150886872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,185:0.70:264
chr5	150887184	rs75548276	G	GAGA	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=2.894;QD=10.47;ReadPosRankSum=-2.597;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr5	150887200	rs41290577	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=186;ReadPosRankSum=0.356;SC=TCAGGGGGCCAAGTCATGAAA;SOR=0.293;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=14;WE=150887208;WS=150887190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr5	150889805	rs6870300	A	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=0.673;SC=GCATTGGCAGACTGGTGTGTT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=35;WE=150889813;WS=150889795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr5	150891663	rs6862750	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=577;SC=CCTGACATGCTTTTCCCACCT;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=150891671;WS=150891656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	150891733	rs2304028	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=22;PP=1860;SC=CACCTGCCCCATGGGTCCATG;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=150891741;WS=150891723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	150901111	rs3822699	A	G	18063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=326;NR=337;PP=2965;SC=CCAGGAGCACATCCACACCAG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=663;TCF=326;TCR=337;TR=663;WE=150901119;WS=150901101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,677:1.00:677
chr5	150901261	rs6650971	C	T	9585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=176;PP=2965;SC=AGCCCATCCACATGGCCTGCT;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=158;TCR=177;TR=334;WE=150901269;WS=150901251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr5	150901300	rs3734046	G	A	9774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=180;PP=2965;SC=CATGCCACACGTACACATGGA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=171;TCR=181;TR=349;WE=150901308;WS=150901290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr5	150901597	rs3734047	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,16:0.12:131
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chr5	150905398	rs3734051	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,88:0.27:325
chr5	150907819	rs11743288	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=25;PP=639;SC=GGATCACAGTTGTCCCTGCCA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=150907827;WS=150907809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	150908813	rs2304024	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,35:0.22:156
chr5	150914184	rs1432643	A	T	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=114;PP=2965;SC=GGTCTAGGGCAGTGAGTGTGG;SOR=0.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=97;TCR=114;TR=210;WE=150914192;WS=150914174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	150917655	rs200021303	CAGAG	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr5	150921805	rs6579879	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=9;PP=786;SC=GATGTTTTTCGATACATTCCA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=150921813;WS=150921795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	150923405	rs6892335	A	G	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=80;PP=2965;SC=GCTGTTAATGAAGAAGTGCCT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=150923413;WS=150923395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	150925144	rs3797875	A	G	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CAAATAATACAGGGCTTCCTT;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=138;TCR=113;TR=249;WE=150925152;WS=150925134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr5	150942919	rs6872614	A	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=25;PP=2083;SC=AATCCCATGTAGTTCCCACTG;SOR=1.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=96;WE=150942927;WS=150942909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	150942969	rs2304053	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
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chr5	150946132	rs3734059	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,61:0.20:298
chr5	150946436	rs9324700	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=6.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,87:0.29:305
chr5	150946773	rs1432862	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,63:0.20:312
chr5	150946966	rs1465690	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,62:0.20:308
chr5	150947719	rs3734060	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,44:0.27:165
chr5	151049404	rs7719521	A	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=4.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.206;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,57:0.23:249
chr5	151052659	rs1978707	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=708;ReadPosRankSum=1.118;SC=AGGGCAGCTTGGATGTGCCAA;SOR=0.536;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=221;TCF=148;TCR=73;TR=64;WE=151052667;WS=151052649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,64:0.28:227
chr5	151138211	rs1549921	A	G	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=55;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GAGAGTGCGCACTAGAGGCCT;SOR=0.138;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=77;WE=151138219;WS=151138201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,80:0.79:101
chr5	151167380	rs7719617	A	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.863;NF=11;NR=15;PP=1592;ReadPosRankSum=1.795;SC=TTATGAATGTATTCAATATGA;SOR=0.577;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=26;WE=151167431;WS=151167370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr5	151167387	rs201380366	A	AC	1444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.657;NF=1;NR=8;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TGTATTCAATATGAATATTTT;SOR=0.551;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=9;WE=151167431;WS=151167370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr5	151167389	.	GAATATTTTCAATTCATAAAATAAAATTTATGAAT	G	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.729;NF=0;NR=8;PP=2970;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATTCAATATGAATATTTTCA;SOR=1.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=151167431;WS=151167370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr5	151180406	.	T	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.575;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr5	151239305	.	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=640;ReadPosRankSum=2.424;SC=GGGGCAAGACATGTTCTGAGC;SOR=1.039;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=45;WE=151239313;WS=151239295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr5	151304080	.	G	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=2.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,133:0.26:503
chr5	151771673	rs4958303	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.712;SC=CCTCTCTAATATCATATGAGA;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=151771681;WS=151771663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	151771817	rs1363422	C	T	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=31;PP=1589;SC=GAGAGGGCTGCTGGGAGGTGA;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=90;WE=151771825;WS=151771807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	151771838	rs4958531	T	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=2022;ReadPosRankSum=-1.474;SC=GAGTTGTGCATGGATGACTGA;SOR=0.490;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=62;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,69:0.65:106
chr5	151771852	rs4958532	G	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=2022;ReadPosRankSum=0.648;SC=TGACTGACATGGGAATTGGGG;SOR=0.535;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=63;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,69:0.65:106
chr5	151772055	rs1895245	G	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=90;PP=2523;ReadPosRankSum=1.361;SC=TCAGGTAGAAGAAGACACCTG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=250;TCF=122;TCR=128;TR=173;WE=151772063;WS=151772045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,179:0.69:260
chr5	151772230	rs1422357	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=0.669;SC=CTGAATAGATCTTCCACCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=151772238;WS=151772220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	151775064	rs4958535	C	G	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=65;PP=2250;ReadPosRankSum=0.953;SC=CAGGGATTCACTCCACTCCTC;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=135;WE=151775072;WS=151775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,140:0.67:208
chr5	151777457	rs72791443	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.51;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr5	151777466	rs716257	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.68;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr5	151777789	rs958955	GC	AT	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TAACTCAAACGCTCATTTTGA;SOR=0.387;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=151777798;WS=151777779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr5	152871721	rs3828595	G	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=564;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GTGTGTTTGAGGGGGGATGTG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=30;WE=152871729;WS=152871711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr5	153053900	rs35168528	TA	T	1342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=0;PP=1407;SC=GTGCACAAACTAAGTAATAAT;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=153053908;WS=153053890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	153065746	rs10035262	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=5.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,62:0.25:252
chr5	153085668	.	T	TTTTGTTTG	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=487;SC=AATGCTATGGTTTTGTTTGTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=10;WE=153085676;WS=153085658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	153144216	rs3813470	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,40:0.25:157
chr5	153372525	rs1057772	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,32:0.25:126
chr5	153372743	rs6866471	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TAAGGCAACAGGGGAACAGAT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=153372751;WS=153372733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	153382072	rs35082504	GTCT	G	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=1.190;SC=AATAAAGAGTGTCTTCTTCTT;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=3;WE=153382082;WS=153382062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	153382518	rs34136150	G	A	5222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.750;SC=ATTCGTGGGCGGTATTTCTTG;SOR=0.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=138;TCR=151;TR=214;WE=153382526;WS=153382508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,227:0.74:306
chr5	153405920	rs77241582	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr5	153406644	rs9324765	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr5	153406987	rs6889563	G	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.303;SC=AGACAGGTTAGAGTACAGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=153406995;WS=153406977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	153413390	rs2578377	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,30:0.24:123
chr5	153414545	rs34907432	C	CA	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AATGAAAGCCCAAAAAAAATT;SOR=0.964;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=10;WE=153414553;WS=153414535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr5	153429459	rs690592	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,65:0.24:272
chr5	153432450	rs11451300	A	AT	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.482;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr5	153432733	rs2578386	T	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,63:0.26:243
chr5	153432970	rs2255493	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=737;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGCGAGTGGACGACCCTGATG;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=62;WE=153432978;WS=153432960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,70:0.33:215
chr5	153570349	rs201222592	C	CCGGGCGGA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	153674536	rs139016870	TTGTG	T	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr5	153677361	.	TGA	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=4.075;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	153677362	.	GA	TC	728	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=63.37;NF=7;NR=0;PP=728;QD=111.638267837;SC=TCTTTGTACTGAGCAAAAACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=7;WE=153677371;WS=153677352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	153677363	.	A	ATCCCCCT,ACCCCT	288.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=63.51;MQRankSum=4.075;NF=8;NR=0;PP=759;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CTTTGTACTGAGCAAAAACTG;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=8;WE=153677371;WS=153677352;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.38:21
chr5	153709043	rs1004976	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.571;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,48:0.31:157
chr5	153726929	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr5	153783587	rs4958733	A	G	4773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=1.685;SC=TGCTGAGTGCACTAAGGGATG;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=173;TCR=105;TR=212;WE=153783595;WS=153783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,215:0.77:280
chr5	153788991	rs2112605	G	C	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2741;ReadPosRankSum=0.082;SC=ATTTTTGATGGAACATAAAAT;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=159;WE=153788999;WS=153788981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,162:0.69:235
chr5	153795209	rs11167678	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.650;SC=ACTTTTAAAGCTAGGTGGTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=4;WE=153795217;WS=153795199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr5	153795274	rs11321246	TA	T	2028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=25;PP=1222;SC=TTCCATAATTTAAAAAAAATG;SOR=1.550;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=54;WE=153795282;WS=153795264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	153796484	rs3734085	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,48:0.26:185
chr5	153835378	rs1007404	C	G	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CAAACAACTCCATTCGCTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=99;WE=153835386;WS=153835368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,101:0.66:152
chr5	153856974	rs1846966	C	G	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=43;PP=2379;ReadPosRankSum=-0.720;SC=TGGCCTGAGGCTGCTCACCGC;SOR=0.416;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=172;TCF=120;TCR=52;TR=133;WE=153856982;WS=153856964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,137:0.78:176
chr5	154065382	rs33982250	TA	T	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.534;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr5	154065495	rs11958012	GG	AC	11098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=109;PP=2947;SC=CTCGTGATTCGGTTAATCCTC;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=224;WE=154065504;WS=154065485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	154134818	rs11416035	C	CG	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	154193735	rs863649	A	G	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=101;PP=2965;SC=AGTCCCAGGAAAGGGGACAAT;SOR=2.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=31;TCR=101;TR=132;WE=154193743;WS=154193725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	154247297	rs35471086	TAA	T	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=666;SC=TTGCTTGAGCTAAAAGACATA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=154247306;WS=154247287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	154268749	.	CTTA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr5	154268754	.	GCACATATGAATGGGTAGAGAT	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr5	154268902	rs816739	C	T	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=63;PP=2452;SC=CAGGAAATTTCGCCATTCTCT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=154268910;WS=154268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	154271391	rs702743	A	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=53;PP=1595;SC=TTTCTTATCAACCAAGAAGCA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=154271399;WS=154271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	154271948	rs816736	G	A	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=180;NR=117;PP=2965;SC=GTCACTTACCGTCAGGGAGAA;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=180;TCR=119;TR=297;WE=154271956;WS=154271938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	154278888	rs816740	C	T	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=2.006;SC=CAAGAACAGACCCTTTAGCCA;SOR=0.940;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=78;TCR=108;TR=184;WE=154278896;WS=154278878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr5	154282551	rs10515726	T	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=28;PP=2337;SC=CATTATAATATCACAGGATGA;SOR=2.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=81;TCR=28;TR=109;WE=154282559;WS=154282541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	154287016	rs76813157	T	TGAAAAAAAA	1501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=1845;SC=GAATAAAGCTTAACAAAAAAA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=154287024;WS=154287006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	154287115	rs6580119	T	C	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=84;PP=2965;SC=GACACGACCATGAAATCCTAG;SOR=1.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=135;TCR=84;TR=219;WE=154287123;WS=154287105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	154291219	rs6580121	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=14;PP=1185;SC=TTCCTTGCTCAATCCTGATCA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=154291227;WS=154291209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	154291409	rs1974777	C	T	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=117;PP=2965;SC=CAGTCGACCTCGATGTCCTCG;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=199;WE=154291417;WS=154291399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	154291496	rs1974776	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=34;PP=949;SC=GACATTTTCTGGTTATTCTAT;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=154291504;WS=154291486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	154296795	rs348735	A	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=450;SC=TACAAGTTACAATGCAAATAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=154296803;WS=154296785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	154300940	rs348739	A	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=68;PP=1795;SC=CCCAGGCTAAAGTATATACAG;SOR=0.953;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=127;WE=154300948;WS=154300930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	154306972	rs2258437	T	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=19;PP=1628;SC=TAGAAAGTAATAGCTGTTTGT;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=154306980;WS=154306962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	154308282	rs2644743	C	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=36;PP=1071;SC=ATGAAGTCACCGGTGGTTCAT;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=154308290;WS=154308272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	154308307	rs1035368	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=617;SC=CACAGTCTGCGCTGTAAAAGC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=154308315;WS=154308297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	154311235	rs2644744	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=569;SC=AGCTATCTCTTTCATAGGTCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=154311243;WS=154311225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	154311576	rs2544866	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	154346325	rs7965	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.776;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr5	154395158	rs6580126	G	T	8924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=151;PP=2965;SC=GAATTGGTTCGTGAACTTCAG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=160;TCR=151;TR=311;WE=154395166;WS=154395144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	155756414	rs11740347	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=629;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TGGTCAGCCTGCCCTGCCTTC;SOR=1.146;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=48;WE=155756422;WS=155756404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr5	155771579	rs1801193	T	C	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=23;PP=1381;ReadPosRankSum=0.383;SC=TGGGGATTTATGGCTGGCGGA;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=85;WE=155771587;WS=155771569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,89:0.71:125
chr5	155771773	rs4434364	A	G	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=816;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GAAAAGTGATATTATTACAGT;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=46;WE=155771781;WS=155771763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr5	155820716	rs10475703	C	A	4675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCCATTGGTACATAGTTACTA;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=193;WE=155820724;WS=155820706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,204:0.73:281
chr5	156074654	rs141437738	TAAATTGA	T	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=435;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CGTGAATACATAAATTGAAAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=156074668;WS=156074644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	156349362	rs11134456	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CAAAAATCTCTGAAAACCCAA;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=15;WE=156349370;WS=156349352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	156375372	rs71591078	T	A	736.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=0.408;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr5	156376462	.	TCCTTC	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=3.087;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	156376703	rs6873053	A	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1497;ReadPosRankSum=0.847;SC=AGTAGACTCAACACTACTCCA;SOR=0.642;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=83;WE=156376711;WS=156376693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr5	156381370	rs7724832	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=566;ReadPosRankSum=0.607;SC=TGATCCCATTGTCCATTAACC;SOR=1.272;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=29;WE=156381378;WS=156381360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr5	156390297	rs6882076	T	C	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=90;PP=2532;ReadPosRankSum=2.378;SC=GGTGGGACTCTTTAGTTTCAT;SOR=1.105;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=199;TCF=68;TCR=131;TR=131;WE=156390305;WS=156390287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,137:0.66:207
chr5	156459856	rs34670839	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=702;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GAAATATTTTCGAGCTTACCT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=54;WE=156459864;WS=156459846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr5	156464212	rs4704837	T	G	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=19;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CAGGCAATTTTGCTGTACATC;SOR=0.810;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=87;TCR=25;TR=83;WE=156464220;WS=156464202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,85:0.74:115
chr5	156464242	rs2036402	T	C	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=38;PP=2191;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TTAGGAACAATCTCGAAATGA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=108;TCR=51;TR=118;WE=156464250;WS=156464232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,122:0.74:165
chr5	156469808	rs13173581	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=1.156;SC=GATAATATGACCAAATTCTGC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=156469816;WS=156469798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	156479323	rs1553318	G	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=753;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TGGATGGTCCGCAGCTCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=36;WE=156479331;WS=156479313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr5	156479424	rs1553317	A	C	5726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,238:0.72:332
chr5	156479424	.	AGT	CGC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=139;NR=78;PP=2944;QD=20;SC=AGGTAGAGACAGTTGTTGTCA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=314;TCF=202;TCR=112;TR=217;WE=156479434;WS=156479414;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:97,217:0.69:314
chr5	156479426	rs12522248	T	C	10040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.69;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,255:0.73:350
chr5	156479509	rs1553316	A	G	9744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.795;NF=199;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=1.891;SC=CATTGTCGTCAGAACAGTCGT;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=562;TCF=283;TCR=279;TR=404;WE=156479517;WS=156479499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,430:0.72:601
chr5	156479557	rs141023871	GTTGGAACAGTCGTCA	G	12726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.011;NF=30;NR=158;PP=2930;ReadPosRankSum=1.163;SC=AACAGTTGTCGTTGGAACAGT;SOR=1.053;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=330;TCF=51;TCR=279;TR=188;WE=156479579;WS=156479547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,321:0.66:488
chr5	156482099	rs2270925	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.67;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr5	156482099	.	TTA	CTT	1014	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=21;NR=3;PP=1014;QD=44.4778281193;SC=GAACAAGAGTTTATTTAAAAA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=24;WE=156482109;WS=156482089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,24:0.67:36
chr5	156482101	rs2270924	A	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.90;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr5	156482459	rs1809941	G	T	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1623;ReadPosRankSum=1.730;SC=TCCAGCACATGGATGTGACAG;SOR=0.497;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=121;WE=156482467;WS=156482449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,134:0.76:176
chr5	156525920	rs371359315	AAG	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.928;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTGCTATAAAAAGAGAGAGAG;SOR=1.938;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=13;WE=156525931;WS=156525910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr5	156531561	rs2902306	C	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=833;SC=TTCAGGTGCACGGAGATATCC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=156531569;WS=156531551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	156531736	rs1036199	C	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=29;PP=1103;SC=GTCTCTCTGCCGAGTCGGTGC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=156531744;WS=156531726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	156531865	rs1036200	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=18;PP=525;SC=CAATTAAGAAAGAGAAATACA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=156531873;WS=156531855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	156640563	rs143962660	C	CT	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=15;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=0.319;SC=TAACTTTTTTCTTTTTTTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=156640571;WS=156640553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	156644775	rs5872504	T	TC	5153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=40;PP=2936;SC=TCTGTTGTTTTCCTGGGCCCT;SOR=1.324;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=79;WE=156644783;WS=156644765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	156644939	rs246747	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CGCTAGCTCCGGGTGCAGGTG;SOR=1.336;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=64;WE=156644947;WS=156644929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr5	156670916	rs66943334	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr5	156679423	rs12055362	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.791;SC=TGGTAAAACTGAGATTAAACA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=156679431;WS=156679419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	156679576	rs27341	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,49:0.20:243
chr5	156712197	rs2288069	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=0.589;SC=AGATACACATCGAGAGCACCT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=8;WE=156712205;WS=156712187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	156714137	rs2288068	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr5	156715652	rs11747736	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,29:0.21:137
chr5	156715833	rs13358909	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.138;SC=CAAACAAAAATACACGAAGTT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=156715841;WS=156715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	156721863	rs5872508	T	TC	7659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=79;PP=2974;SC=CCCGGGCCATTCCCAGGTGAG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=122;WE=156721871;WS=156721853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	156721986	rs7724099	C	A	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.236;NF=46;NR=70;PP=1701;ReadPosRankSum=0.656;SC=TAAAGCAGGTCCTCTTATCCA;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=116;WE=156721994;WS=156721976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,121:0.73:166
chr5	156723913	rs1600014	T	C	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=135;SC=GCCCTACACATCCCTGGGTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=156723921;WS=156723903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	156730035	rs77042939	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.175;SC=CTTGAGAGTGAAATGTAGCTG;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=156730043;WS=156730025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr5	156734632	rs529619	G	A	240.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=208;SC=AATATAATGTGTGTCTCTACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=156734652;WS=156734622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	156734644	rs144622623	G	GGTGTGTGTGT	254.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.534;NF=4;NR=3;PP=1041;ReadPosRankSum=1.534;SC=GTCTCTACAGGGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=156734652;WS=156734622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr5	156734665	rs58520752	A	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=4.802;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr5	156738830	rs393178	G	C	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=79;PP=1707;ReadPosRankSum=0.744;SC=CGTGGGCCCAGGGCCAGAAGG;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=40;TCR=101;TR=110;WE=156738838;WS=156738820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,117:0.79:149
chr5	156753257	rs11551374	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,46:0.20:232
chr5	156760799	rs1900158	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=1.466;SC=TCACAGGTGTGCAGTAGTATA;SOR=0.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=8;WE=156760807;WS=156760789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr5	156760842	rs1900157	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr5	156762071	rs10077387	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=463;ReadPosRankSum=2.098;SC=TGGACAAAGTATAAAAATAAA;SOR=0.758;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=27;WE=156762079;WS=156762061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr5	156762245	rs9313545	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.576;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr5	156763650	rs10036098	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CTTTCGTTGATGAGCTCTTTC;SOR=0.576;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=11;WE=156763658;WS=156763640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr5	156763684	rs10043769	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=325;ReadPosRankSum=-1.199;SC=AAGTTGCCCACTGGGGTGTTT;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=25;WE=156763692;WS=156763674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr5	156763823	rs10038052	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=303;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GCTTTGGTGCGTTGAGCCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=27;WE=156763831;WS=156763813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr5	156765981	rs3734026	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TGTCACTTGCGTGAACAGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=156765989;WS=156765971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	156766037	rs3734027	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr5	156766273	rs3734028	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CGGTAAGGGAGTCCCTGTGCA;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=13;WE=156766281;WS=156766263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr5	156770209	rs10214194	G	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,97:0.26:371
chr5	156770688	rs10061992	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=0.771;SC=AATGGAGGCCGAGAGGTTCTG;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=156770696;WS=156770678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	156786168	rs2289851	C	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,40:0.22:179
chr5	156811443	rs10063413	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,58:0.28:208
chr5	156811612	rs10078836	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=111;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CCCAGCCCGGCCCCCGCATGC;SOR=0.899;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=12;WE=156811620;WS=156811602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr5	156887133	rs1105282	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,41:0.23:176
chr5	156898690	rs6860507	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr5	156898874	rs10476050	C	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=275;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GGTTGAACACCCCCTACTACC;SOR=1.164;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=24;WE=156898882;WS=156898864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr5	156898899	rs4704869	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=135;ReadPosRankSum=-1.955;SC=AAAAGGTCAGGTTGGGTTCTG;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=16;WE=156898907;WS=156898889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr5	156899290	rs9313607	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr5	156899869	rs4704870	T	C	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,142:0.27:533
chr5	156900047	rs9313608	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=0.144;SC=TGGTTATTTTCCAGTGCAACT;SOR=2.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=11;WE=156900055;WS=156900037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr5	156908653	rs11134767	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,58:0.28:205
chr5	156916037	rs10674185	C	CAAAAAGAA	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.489;NF=1;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GACTCCATCTCAAAAAGAAAA;SOR=0.897;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=6;WE=156916045;WS=156916027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr5	156917340	rs10067096	A	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,46:0.22:210
chr5	156936364	rs1422795	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,39:0.28:137
chr5	156946049	rs2042247	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr5	156991508	rs11134819	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GGCTCCCTGGGTCGGGCACAG;SOR=0.194;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=13;WE=156991516;WS=156991498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
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chr5	157002552	rs6556092	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
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chr5	157078475	rs3749797	C	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=572;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGATGGCTGCCGGGCTTTTGC;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=170;TCF=92;TCR=78;TR=51;WE=157078483;WS=157078465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,50:0.29:173
chr5	157094771	rs36105993	TAC	T	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=2.257;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,24:0.21:115
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chr5	157106785	rs6556177	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,29:0.20:143
chr5	157106968	rs6892478	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr5	157164889	rs2270813	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=1.748;SC=ATTTTTATTTTCTCAGGGAAC;SOR=0.382;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=23;WE=157164897;WS=157164879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr5	157164962	rs2270812	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,32:0.21:149
chr5	157178592	rs56398160	TA	T	2776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=43;PP=1816;SC=ATATCTTCTATAATATTTAAA;SOR=1.640;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=157178600;WS=157178582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	157180930	rs35074350	CT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	157180959	rs141155397	AAAT	A	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.546;NF=8;NR=5;PP=372;ReadPosRankSum=1.730;SC=AAAGCTATACAAATAATAATT;SOR=0.819;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=13;WE=157180969;WS=157180949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr5	158140222	rs3734105	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=41;PP=1226;SC=CCATTTTTTCGGTGCCAGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=158140230;WS=158140212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	158204425	rs1368298	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=16;PP=933;SC=TCTTACCTGTATAAATGAATC;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=158204433;WS=158204415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	158522577	rs12659540	C	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.395;SC=TCTTGACTGCCCTGAATTTTG;SOR=1.692;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=8;WE=158522585;WS=158522567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr5	158523250	rs73818937	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=0.800;SC=AAAGCGGATGACTGACCTTCG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=158523258;WS=158523240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	158523584	rs6556385	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=750;SC=CTCCGCCCCCTGTTCCTGACT;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=158523592;WS=158523574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	158588633	rs139682876	GAAAAA	G	2483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=28;PP=458;SC=CCCAGAACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=30;WE=158588646;WS=158588623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	158600921	rs2060211	C	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=-0.927;SC=ATCTGCAAAACTTACTATTCC;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=30;WE=158600929;WS=158600911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr5	158697481	rs3734104	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr5	158697570	.	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
chr5	159505208	rs4360078	C	A	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=63;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AAGAAAATGTCGTTAAGCACA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=43;TCR=80;TR=96;WE=159505216;WS=159505198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,103:0.77:133
chr5	159516404	rs4590210	C	G	340.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=0.607;SC=GAGATGGCAGCGGGGACGGGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=159516412;WS=159516403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr5	159516431	rs4441910	G	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=304;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GTTGCCCAGAGTGGTCTCGAA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=17;WE=159516439;WS=159516421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr5	159640652	rs6556482	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=644;SC=GCTGCTATGAGGAGCTCTGCC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=159640660;WS=159640642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	159659273	rs1130435	C	T	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=102;PP=2965;SC=GGGGGCAAGACGTTCAAGGTG;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=158;WE=159659281;WS=159659263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	159661723	rs2421775	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=493;SC=CATAAGCCACCGTGCCTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=159661731;WS=159661713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr5	159665726	rs10071871	C	T	11380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	159665733	rs2277953	C	T	10817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	159776637	rs10053189	C	T	6538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.003;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CTGGCTCCCCCTTCTTGCCCT;SOR=0.666;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=330;TCF=170;TCR=160;TR=255;WE=159776645;WS=159776627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,266:0.77:346
chr5	159835658	rs2961944	A	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr5	159835788	.	TTA	T	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=50;QD=37.5;SC=TAAAGTATTATTATCTTATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=159835797;WS=159835778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr5	159840688	rs2961949	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=969;ReadPosRankSum=1.530;SC=GAAAACTTCATACAACTTTTA;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=24;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr5	159840700	rs12522744	A	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=969;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CAACTTTTACAGAGTGGGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=19;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr5	159849586	rs1895320	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=0.277;SC=TATTAGGCCTATCATAGCCAT;SOR=0.463;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=23;WE=159849594;WS=159849576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr5	159851211	rs2910203	G	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=390;SC=GACTTCCACTGTCACTAACCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=159851219;WS=159851201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	159912418	rs2910164	C	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr5	160043071	rs4921308	C	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=37;PP=971;SC=CCTGTTTGAACTTCCCTACAT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=160043079;WS=160043061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	160043108	rs113179038	A	AT	389.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.86;MQRankSum=0.530;NF=0;NR=19;PP=188;ReadPosRankSum=0.422;SC=CTTCTCAAAGACTTTTTTTTA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr5	160043109	rs17052845	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=600;SC=TTCTCAAAGACTTTTTTTTAA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	160044855	rs1363199	G	A	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=73;PP=2965;SC=AGCACGCTTGGAGGAATTGTT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=173;WE=160044863;WS=160044845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	160047265	rs6862674	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=565;SC=CCAGGTGACACTACAACTTGA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=160047273;WS=160047261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	160049355	rs2032804	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=449;SC=GCCTTCTACTCCTCTACCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=160049363;WS=160049345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	160097429	rs3828604	T	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=27;PP=1684;SC=CTTGCATCCTTTCTATGACTT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=160097437;WS=160097419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	160097453	rs1990888	A	C	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=47;PP=2460;SC=CATTGAAGATATTAGAAAGAG;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=160097461;WS=160097443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	160097496	rs958912	A	G	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2897;ReadPosRankSum=1.015;SC=TTCACGACACATCTTTGCTTG;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=177;WE=160097504;WS=160097486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr5	160097632	rs958911	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=41;PP=1144;SC=AGTCTCCCACGCGCACATCCT;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=160097640;WS=160097622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	160763822	rs252958	A	C	629.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.475;NF=10;NR=19;PP=313;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TACAGAAAACAAAAAAAAAAA;SOR=0.557;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=29;WE=160763830;WS=160763810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr5	161116903	rs4921402	C	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=23;PP=671;SC=TGCTGTTTTGCAGTGATGAGT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=161116911;WS=161116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	161119071	rs12522663	G	T	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=97;PP=2965;SC=TCTTCTCTGCGCTTATCGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=217;WE=161119079;WS=161119061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	161119125	rs13184586	C	G	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2754;ReadPosRankSum=0.133;SC=CACAGAAGGCCAAAAGGAAGG;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=175;WE=161119133;WS=161119115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,181:0.68:268
chr5	161128761	rs4277944	C	G	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=93;PP=2965;SC=CAATGGAAGTCAGTAGCAGTG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=162;WE=161128769;WS=161128751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	161302728	rs4260711	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=173;ReadPosRankSum=1.514;SC=AGAAAAACGCGTAGATAAGGG;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=12;WE=161302736;WS=161302718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr5	161318132	rs10051659	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
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chr5	161576653	rs149927019	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=0.114;SC=GGAGTGTCACTCTGTTGCTCA;SOR=0.191;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=12;WE=161576661;WS=161576643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr5	162866548	rs299322	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.735;NF=12;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=0.473;SC=GCTACATTTTTGTAATTTTGC;SOR=0.193;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=37;WE=162866556;WS=162866538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr5	162866616	rs2069343	T	TG	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5761;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.53;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=13;PP=186;ReadPosRankSum=2.362;SC=AAACTTGACCTTTTTTTTTTC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=162866624;WS=162866606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	162890953	rs380101	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=7;PP=192;SC=GATTTAAACAGCAAAAAGGTA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=162890961;WS=162890943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	162891894	rs3756648	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	162896856	rs299283	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5014;FS=2.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=741;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CTCATGATAATATTTACAATT;SOR=1.923;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=30;WE=162896864;WS=162896846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr5	162898565	rs169920	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TCAACCTTCTGTTAGTACTTA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=19;WE=162898573;WS=162898555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr5	162902516	rs299290	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1242;ReadPosRankSum=0.212;SC=GAGGAAATGGTTAAAGAGAAG;SOR=0.486;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=69;WE=162902524;WS=162902506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,72:0.80:90
chr5	162902707	rs299291	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=711;ReadPosRankSum=0.855;SC=TCATGTTTATGTATGACTTCA;SOR=2.419;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=34;WE=162902715;WS=162902697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr5	162911075	rs2230363	C	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=522;ReadPosRankSum=0.725;SC=TCTTTTTCAGCTACAACTAGA;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=29;WE=162911083;WS=162911065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr5	162940739	rs964945	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=1047;SC=TAGAAATTAAGGTTTTGTAGA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=162940747;WS=162940729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	162944709	rs7733775	A	G	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1631;ReadPosRankSum=0.658;SC=AAACCTTTAGATCCATTGCTA;SOR=0.485;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=111;WE=162944717;WS=162944699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,109:0.74:148
chr5	162945387	rs200442777	CT	C	1045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.006;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr5	167182055	rs1862875	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=651;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CCCAGCTTACGCCGATGGTGA;SOR=0.920;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=34;WE=167182063;WS=167182045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr5	167554106	rs1560650	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGATAGGGAAGGAGAAAAATG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=167554114;WS=167554096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	167566600	rs1432822	T	A	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=50;PP=1714;SC=CTCCATTTGGTTAATGAGGGC;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=167566608;WS=167566590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	167566707	rs4976536	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	167576239	rs10040595	A	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=315;ReadPosRankSum=0.786;SC=CCGCGTCTCCACTCTCAGCCA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=16;WE=167576247;WS=167576229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	167576513	rs35438448	T	TG	2968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=1667;ReadPosRankSum=1.457;SC=CCGAGGCATGTTAGGAAAACA;SOR=0.742;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=44;WE=167576521;WS=167576503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr5	167589932	rs1560649	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGCCAGGGGGGATCTCTGGGA;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=167589940;WS=167589922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	167622107	rs1472355	G	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=798;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TGAGGATGAGGGAGCAGAGGC;SOR=1.044;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=50;WE=167622115;WS=167622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr5	167653364	rs3733985	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=46;PP=1140;ReadPosRankSum=1.780;SC=TGGGAGGACTTCCAGAGACCC;SOR=1.645;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=55;WE=167653372;WS=167653354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr5	167653394	rs3733986	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=0.784;SC=CTAGCTTTCTATTTTATTCAA;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=24;WE=167653402;WS=167653384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr5	167654788	rs11134494	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr5	167674370	rs3733988	C	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=958;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TCAACCAGATCATCACCACTG;SOR=0.497;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=79;WE=167674378;WS=167674360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,78:0.32:240
chr5	167675392	rs12189266	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.649;SC=GATTCTGCCACCAAAGGTGGG;SOR=0.325;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=20;WE=167675400;WS=167675382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
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chr5	167851168	rs4976606	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=779;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GTCGATATTTACTGACTGCTT;SOR=0.076;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=40;WE=167851176;WS=167851158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr5	167855044	rs61730019	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,40:0.21:190
chr5	167858462	rs376809293	TCTGGCTGG	T,TCTGG	1941.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.502;NF=0,0;NR=39,39;PP=1602,329;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AAGGGCCGTGTCTGGCTGGCT;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=119;TCF=2;TCR=117;TR=39,39;WE=167858481;WS=167858452;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.20:54
chr5	167868930	rs3948557	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=1.484;SC=GTGATCAGGCGTCATGAGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=17;WE=167868938;WS=167868920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr5	167913459	rs2305725	C	A	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=65;PP=2290;ReadPosRankSum=1.489;SC=AGAGGCTGACCGTTTCCGCTT;SOR=0.404;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=157;WE=167913467;WS=167913449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,173:0.76:229
chr5	167913510	rs244903	G	A	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=98;PP=2929;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GAGGATGGACGTACTGGTGTC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=142;TCR=131;TR=202;WE=167913518;WS=167913500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,218:0.75:292
chr5	167919623	rs184957	T	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=326;ReadPosRankSum=0.381;SC=TGATGATGGTTTTACGTACAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=17;WE=167919631;WS=167919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	167919726	rs2305727	A	G	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=2116;ReadPosRankSum=0.325;SC=GCCGCCTACAAGAGGTCTTTG;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=127;WE=167919734;WS=167919716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,135:0.70:193
chr5	167919825	rs2305728	G	A	5160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.693;SC=GGGACTATCAGTGTAATAGTG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=161;TCR=170;TR=224;WE=167919833;WS=167919815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,237:0.68:349
chr5	167920725	rs9647573	G	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=0;PP=141;SC=CACTTTCTATGCCTCTTGGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=167920733;WS=167920715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	167921047	rs2432642	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=297;ReadPosRankSum=1.439;SC=TTGTATTGAACATGAGTCCTT;SOR=1.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=15;WE=167921055;WS=167921037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr5	167922578	rs67012869	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TTCTTTACAACCACCCAGTAA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=167922586;WS=167922568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	167924123	rs17664493	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TAAATGGTGATGTACTGGCAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=167924131;WS=167924113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	167924174	rs72830965	T	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=384;ReadPosRankSum=-2.319;SC=GTTCCTCTAATTTAACTTAAC;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=19;WE=167924182;WS=167924164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr5	167924260	rs11557637	C	A	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1320;ReadPosRankSum=0.605;SC=ACTGGGGGACCCAGTTTGGCA;SOR=1.119;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=89;WE=167924268;WS=167924250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,103:0.69:149
chr5	167927541	rs17633733	A	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTTTCTAGAAATACAGGATTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=167927549;WS=167927531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	167933060	rs2305733	A	G	219.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=0.253;SC=GAAAGATTGTATTTGTCCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=167933068;WS=167933050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	167933156	rs61744940	A	G	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.22;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr5	167933156	.	ATT	GTA	1167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=25;NR=12;PP=1167;QD=32.9856182395;SC=AACAAAGACTATTTGAGGAAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=37;WE=167933166;WS=167933146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr5	167933158	rs2305734	T	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.22;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr5	167933215	rs2305735	A	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=596;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GTGAGTTTGTAAATTTGTATG;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=36;WE=167933223;WS=167933205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr5	167933673	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr5	167943827	rs653568	G	A	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=72;PP=2554;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CATCCGTTGCGTATGGCTGCA;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=125;TCR=104;TR=162;WE=167943835;WS=167943817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,175:0.72:242
chr5	167944743	rs11269831	A	ATTTCTGATTTACGTGAATCACTTAGTACATAT	870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=1458;ReadPosRankSum=-1.577;SC=ATCGGTGATAATTTCGAGTGG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=167944751;WS=167944734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr5	167946076	rs2305736	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=345;ReadPosRankSum=-0.579;SC=ACTTTTTTCTATCTTTTCAGG;SOR=1.029;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=27;WE=167946084;WS=167946066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
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chr5	168137885	rs2305992	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=1.892;SC=AGGGTGGGGTGTGGGCGTCAC;SOR=0.504;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=18;WE=168137893;WS=168137875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr5	168175205	rs11748347	C	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=499;ReadPosRankSum=0.440;SC=CTCCCCCCGGCAGTTTCGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=129;TCF=105;TCR=24;TR=36;WE=168175213;WS=168175195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,39:0.28:141
chr5	168176517	rs2304035	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,75:0.24:315
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chr5	168181066	rs76476428	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=49;PP=1395;SC=TGGTCTTGATGCCGGGAGGGG;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=168181074;WS=168181056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr5	168189501	rs2288796	C	T	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=43;PP=2504;ReadPosRankSum=1.300;SC=GGGTGACTGGCGTGTGGGGAG;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=106;TCR=43;TR=147;WE=168189509;WS=168189491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr5	168195356	rs11134527	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,27:0.18:153
chr5	168212951	rs891921	A	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=107;PP=2965;SC=CAGTCCCTTGACAATCTCGGT;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=173;WE=168212959;WS=168212941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	168233413	rs3797716	G	A	6501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGAATTCTCCGGCGACAGTTG;SOR=0.474;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=401;TCF=248;TCR=153;TR=272;WE=168233421;WS=168233403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,280:0.69:404
chr5	168244506	rs35712765	G	GA	2426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=54;PP=2400;SC=CATGGTCACAGGTGAAGTGTG;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=55;WE=168244514;WS=168244496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	168250107	rs17635349	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-2.096;SC=TACCCTCACTCGCCAAGGCAC;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=13;WE=168250115;WS=168250097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr5	168250350	rs924875	C	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=641;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGGAGATAGACAAGGGAGATG;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=50;TCR=98;TR=44;WE=168250372;WS=168250340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,46:0.30:151
chr5	168250429	rs1875977	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=106;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TGGTTGTGACCGCAAGACCAT;SOR=0.069;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=11;WE=168250437;WS=168250419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	168310439	rs77962363	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CAGGCTGCTGCCTCTGCGGTC;SOR=0.427;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=25;WE=168310447;WS=168310429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr5	168690612	rs62376934	A	G	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=46;PP=2612;SC=ACATTGTTACAGCAGCCCTAG;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=96;TCR=46;TR=142;WE=168690620;WS=168690602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	169020337	rs368915167	CT	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr5	169021610	rs4493692	C	T	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=AACGTCAGCTCATCAGTATGA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=181;WE=169021618;WS=169021600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr5	169028481	rs3797713	T	C	10621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=181;PP=2965;SC=AGTTTCTATATACACACCAGT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=371;TCF=190;TCR=181;TR=370;WE=169028489;WS=169028471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr5	169031150	rs3777084	T	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=34;PP=1216;SC=TGTAAGAAATTACACCCTATT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=169031158;WS=169031140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	169031218	rs2042248	G	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=685;SC=GTAAAGACTTGTCTTTAATAA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=169031226;WS=169031208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	169097474	rs2306564	G	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=0.316;SC=TTATAAAGACGTAGGGTCATT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=20;WE=169097482;WS=169097464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr5	169097940	rs2306565	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr5	169098265	rs12656761	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr5	169101599	rs2244445	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=5.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=210;ReadPosRankSum=0.512;SC=GCTTGCGTGCCGTTGTTACCA;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=14;WE=169101607;WS=169101589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr5	169129422	rs2306559	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,29:0.23:128
chr5	169138909	rs2306558	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr5	169267589	rs113470914	C	CGAT	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=405;ReadPosRankSum=0.415;SC=GGAGATATGGCGATGATGATG;SOR=1.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=169267597;WS=169267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	169267784	rs261623	G	A	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=74;PP=2965;SC=ACCATATCCAGGAGATCATGG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=160;WE=169267792;WS=169267774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	169291267	rs73801668	C	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1053;ReadPosRankSum=0.804;SC=GGGGGATGGTCCCAACCAGCT;SOR=1.366;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=65;WE=169291275;WS=169291257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,67:0.81:83
chr5	169302189	rs11390591	T	TA	3779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1913;ReadPosRankSum=-0.677;SC=ATTTTTTACCTAAAAAAATCC;SOR=0.375;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=76;WE=169302197;WS=169302179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,146:0.76:192
chr5	169310213	rs17646221	A	C	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=52;PP=1802;ReadPosRankSum=1.214;SC=GTATGGAGTTACTTACTTCAG;SOR=0.508;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=105;WE=169310221;WS=169310203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,107:0.70:152
chr5	169422920	rs2059110	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=264;SC=AACAGCCCCGAGTCTAGAGTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=169422928;WS=169422910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	169435713	rs2287727	A	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,46:0.19:245
chr5	169472765	rs6884561	C	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=426;ReadPosRankSum=0.756;SC=CCTCAGCAAGCGCTCTGCAAA;SOR=1.368;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=29;WE=169472773;WS=169472755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr5	169474325	rs905155	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.395;SC=AGAGTGATTAACACAGTCCCT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=5;WE=169474333;WS=169474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	169494391	.	C	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr5	169496051	rs6868503	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CCTTGCCCCTTTCAAATTGAA;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=91;TCR=20;TR=30;WE=169496059;WS=169496041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
chr5	169535522	rs10063424	T	C	12057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=212;PP=2965;SC=TGCTCAGCTATGGAGGATCTG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=446;TCF=232;TCR=214;TR=444;WE=169535530;WS=169535512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr5	169661994	rs957998	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=295;ReadPosRankSum=0.219;SC=GGTAAGAAGCGTGTTACTGAT;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=21;WE=169662002;WS=169661984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr5	169675693	rs80044664	AT	A	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.848;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,33:0.20:165
chr5	169679354	rs1546451	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-1.872;SC=AATTCCTAGCCTGTAATTGGT;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=21;WE=169679362;WS=169679344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr5	169679947	rs6880961	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TCTGAAAGAACGCCAAGGGAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=5;WE=169679955;WS=169679937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr5	169685163	rs315717	C	T	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=66;PP=1738;ReadPosRankSum=0.763;SC=GCAAAGGTCTCTGATGCACTG;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=106;WE=169685171;WS=169685153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,103:0.73:141
chr5	169685708	rs1702380	G	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=219;SC=TCCATTTTACGATAGTTATGC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=169685716;WS=169685698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	169686007	rs432621	T	C	156.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGTTATACATCTTCATAATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=169686015;WS=169685997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr5	169689604	rs395407	G	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=450;SC=GCCGGCCACTGTGAGTGACAA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=169689612;WS=169689594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	169695446	rs2292254	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr5	169695611	rs366122	C	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCCACATGAGCCCCAGCCACG;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=11;WE=169695619;WS=169695601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	169698028	rs315744	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=59;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ATAACCCGGGACCAGGCAGCC;SOR=0.229;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=9;WE=169698036;WS=169698018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr5	169702390	rs2271146	C	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=52;PP=1225;ReadPosRankSum=1.551;SC=TAATGGTCTTCTCGATTTAAG;SOR=1.820;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=71;WE=169702398;WS=169702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr5	169715121	rs182052021	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=669;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GAGTGGTGGGGACTGTGGCAA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=42;WE=169715129;WS=169715111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr5	169805629	rs2656841	TG	GT	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=0.289;SC=GAAGGCATTGTGCTGCAAGTG;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=7;WE=169805638;WS=169805619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr5	169805956	rs2301149	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=5.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,40:0.19:207
chr5	169810966	rs703507	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CAGGACTGGGATCCTCATCTT;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=17;WE=169810974;WS=169810956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr5	169910084	rs4867968	G	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=47;PP=1808;SC=AAGTGGAACTGGGGCCCGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=169910092;WS=169910074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	170149573	rs2277952	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=953;SC=GAGCTCTTCACAGAGCATAGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=36;WE=170149581;WS=170149564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	170149674	rs12514966	A	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=562;ReadPosRankSum=0.904;SC=ACACTGTCTGATGGCTTGATG;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=56;WE=170149682;WS=170149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,56:0.32:175
chr5	170159997	rs17650650	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.651;SC=TGTGTCCAACCCTGTACTAAG;SOR=0.132;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=170160005;WS=170159987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	170160749	rs4868018	G	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=30;PP=1384;SC=GCTCCAGCTCGTTACTCTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=170160757;WS=170160739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	170162666	rs1363712	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,31:0.24:130
chr5	170215490	rs4868028	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=827;ReadPosRankSum=0.984;SC=GAAAATGCTGTACCGACCACC;SOR=0.608;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=14;WE=170215501;WS=170215480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr5	170215493	rs983818	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=1738;ReadPosRankSum=0.303;SC=AATGCTGTACCGACCACCCAC;SOR=0.643;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=42;WE=170215501;WS=170215480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr5	170221185	rs6884917	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=805;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TATAGTATTAAGACAGCTCAT;SOR=1.405;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=47;WE=170221193;WS=170221175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr5	170237090	rs6555921	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=0.822;SC=TTGCAAGTTTTATATTAATAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=170237098;WS=170237080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	170288922	rs11749349	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=448;SC=GCTGCGAAGGACGAGCGGCGC;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=170288930;WS=170288912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	170289221	rs10475962	T	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=366;SC=ACCGGGACACTGGTCTGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=170289229;WS=170289211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	170323258	rs2287893	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=688;SC=TTGTGTGTGTATCTGTTTTAT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=170323266;WS=170323248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	170336614	rs1833596	G	C	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	170341326	rs34458065	TTA	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=191;SC=AAAATTCTGTTTATATATTCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=170341335;WS=170341316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	170343353	.	G	A	67	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=67;QD=25.4428031368;SC=ATTATAATGCGTTATATTCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=170343361;WS=170343343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	170380523	rs930891	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1079;SC=TCATTGTGCTGATTTTGGAAT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=170380531;WS=170380513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	170395512	rs2879366	A	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=11;PP=396;SC=TGAATTGGTGATGAAGTGCAA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=170395520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	170395820	rs11134672	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=16;PP=453;SC=TGTGTCCTTAGGAGACTGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=170395828;WS=170395810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	170395885	rs2446049	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=177;SC=TTAGCATCAGTAAGTTAAGAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=170395893;WS=170395875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	170610273	rs6555936	G	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=36;PP=2413;SC=AACATTTTACGAATAGTTGAG;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=114;WE=170610281;WS=170610263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	170640827	rs4867648	C	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=54;PP=1526;SC=TGGTTTGTGTCTTTCCAAGGT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=170640835;WS=170640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	170720755	rs2914330	T	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=383;SC=CAGAGTCTAGTCCGTTTGTCC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=170720763;WS=170720745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr5	170837457	rs55876025	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr5	170847555	rs6555955	T	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=554;SC=TCCTGGGCGCTGAGCCCAGTG;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=170847563;WS=170847545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	171472417	rs4867662	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TTTTTTTTTCAAAATACACAT;SOR=0.765;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=171472425;WS=171472407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr5	171472575	rs4868136	G	A	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=90;PP=2780;ReadPosRankSum=0.219;SC=GTGGGACCAAGGCCTTCTGTA;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=184;WE=171472583;WS=171472565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,190:0.75:253
chr5	171480055	rs4569891	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TTCTGGAACAGATTCCAGGCA;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=91;WE=171480063;WS=171480045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,100:0.70:143
chr5	171481606	rs10155597	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TGTTGCTCTCACACTGCGCCA;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=90;WE=171481614;WS=171481596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr5	171523429	.	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=552;ReadPosRankSum=0.548;SC=CCTGGCCTTACGGAGGCGGCA;SOR=0.578;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=49;WE=171523437;WS=171523419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,49:0.28:176
chr5	171532755	rs34162749	C	A	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,89:0.26:349
chr5	171533629	rs2306963	A	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=8;PP=1204;SC=CTCACCACTTAGAGGGCGTGA;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=171533637;WS=171533619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	171533656	rs2306962	C	T	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=18;PP=1811;SC=TGGGAGGGTCCGACTTGGCGA;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=83;WE=171533664;WS=171533646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	171554473	rs2279514	G	A	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=144;PP=2965;SC=CTGCCCAGCCGTCGAGACGGG;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=65;TCR=144;TR=209;WE=171554481;WS=171554463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	171627773	rs2306959	G	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.286;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr5	171630197	rs201583078	T	TTTTC	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.516;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=589;ReadPosRankSum=1.514;SC=AATTTTTCTTTCCCCCCCACC;SOR=1.299;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=8;WE=171630216;WS=171630187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chr5	171630204	rs372914830	CACCCT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.641;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr5	171760544	rs35951290	TA	T	619.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	171760546	rs3204110	A	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	171760569	rs12033	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=4;PP=954;SC=GAAAGAAGTCAAATGGTAAAG;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=171760577;WS=171760559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	171785892	rs2569232	A	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=69;PP=2450;SC=CTGGGGAAGCAAGAGTGCAGA;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=171785900;WS=171785882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	171800878	rs192884203	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=831;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CATGTATTGACGTGAGTTATT;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=57;WE=171800886;WS=171800868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr5	171800897	rs2731717	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=42;PP=1332;SC=TTCTGCCGGGAAACTGAGATT;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=171800905;WS=171800887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	171808930	rs2731722	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=463;SC=CACAGGGGCTCAGCCGACGAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=171808938;WS=171808924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	171849289	rs6873315	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=8;PP=1152;SC=GTGAGCCACCACGCCCAGCCA;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=51;WE=171849297;WS=171849279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	171849471	rs17074773	G	A	8526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=163;PP=2965;SC=CGGTGGAGCCGCTGGACCACG;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=136;TCR=163;TR=299;WE=171849479;WS=171849461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
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chr5	172261592	rs3059296	CT	C	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.52;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr5	172315867	rs181356909	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
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chr5	172395664	rs11749686	T	C	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=92;PP=2965;SC=TTCAAAGTTATTGGTGTTTTG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=152;WE=172395672;WS=172395654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr5	172512686	rs671387	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
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chr5	172585927	rs5745160	TC	T	6323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.467;NF=7;NR=108;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCTCTTGTTTTCAGCTTGGTG;SOR=0.701;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=148;TCF=11;TCR=137;TR=115;WE=172585935;WS=172585917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,185:0.79:233
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chr5	172662024	rs2277923	T	C	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=76;PP=2814;ReadPosRankSum=2.346;SC=GCTGCTGCTGTTCCAGGTTTA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=153;WE=172662032;WS=172662014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr5	172745269	.	AAG	A	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
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chr5	173428228	rs62378684	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=1.389;SC=AATCTTCTTATCTTCTGGTAA;SOR=1.450;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=17;WE=173428236;WS=173428218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr5	173527846	rs6881757	T	C	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=32;PP=2586;SC=TAACCTGCTGTTGGCCAGGGG;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=119;WE=173527854;WS=173527836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	173534801	rs143265725	CTT	C	3758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=49;PP=2321;SC=ACTGCTTATTCTTTGTTAGGA;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=55;WE=173534810;WS=173534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	173534877	rs4457100	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=669;SC=TGGCTCCATCAGAAGACGTTG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=173534885;WS=173534867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	173632336	rs7731312	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TAATCTACCTAATCCTAGCCT;SOR=1.264;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=22;WE=173632344;WS=173632326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr5	174152100	rs2048152	G	A	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=80;PP=2385;SC=GGAGCGGGGGGCGGGTGTTCC;SOR=1.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=119;WE=174152108;WS=174152090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	174156168	rs4242182	T	C	8400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=196;NR=110;PP=2965;SC=CTAGGACATATGAGCCCTACC;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=196;TCR=110;TR=306;WE=174156176;WS=174156158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	174178697	rs960743	C	G	5119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCCGCGCGCCCCGCCATCAGC;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=214;WE=174178705;WS=174178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,223:0.76:293
chr5	174178774	rs7709117	G	A	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=103;PP=2965;SC=GCTCTTGGGCGGCCGCGTTTC;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=76;TCR=103;TR=178;WE=174178782;WS=174178764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	174868700	rs686	G	A	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.131;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=22;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TTAATAGCAAGCCCCAGAGCA;SOR=1.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=174868708;WS=174868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr5	174868840	rs155417	T	C	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.558;SC=CCAATATGACTGATAGGGCTG;SOR=0.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=207;WE=174868848;WS=174868830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr5	174870150	rs4532	C	T	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=86;PP=2372;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CTCAAGTTCCCAAGCAGGGAA;SOR=1.209;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=28;TCR=87;TR=114;WE=174870158;WS=174870140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
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chr5	175307293	rs150763264	A	AG	2344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.946;NF=3;NR=58;PP=1706;ReadPosRankSum=-1.670;SC=AGCAGGGGTCAGGGGGGCCCC;SOR=0.768;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=4;TCR=94;TR=61;WE=175307301;WS=175307283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,92:0.69:133
chr5	175307373	rs11747985	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CTGCCAGGAGGACCACTGTCC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=175307381;WS=175307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr5	175353627	rs2161153	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=31.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQRankSum=-5.689;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=4.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr5	175388454	rs201670220	C	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.35;QD=24.95;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	175394887	rs370983527	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	175511992	rs62389230	C	T	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.752;NF=114;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTTGTTGCCTCGAAGGTATGT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=162;TCR=86;TR=175;WE=175512000;WS=175511982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,186:0.70:265
chr5	175792605	rs2303667	G	C	8114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TGCTGGCGCTGGGCGGCGCCG;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=173;TCR=113;TR=285;WE=175792613;WS=175792595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr5	175793717	rs3815898	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=56;PP=1664;SC=CACCGCTCTCCGGGGCACAGG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=67;WE=175793725;WS=175793694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	175811094	rs56989856	C	CAT,CGT	14915.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=65,60;NR=157,157;PP=2971,802;SC=GGAGTGTGCACGTGTGTGTAA;SOR=0.799;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=66;TCR=163;TR=222,217;WE=175811102;WS=175811084;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:377
chr5	175824817	rs113912281	G	A	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=69;PP=1765;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCACAGGGCCGCACCGGCCCA;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=28;TCR=91;TR=90;WE=175824825;WS=175824807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,93:0.76:122
chr5	175824835	.	A	G	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=48;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CCAGTCCCACATTAAGGCATG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=61;WE=175824843;WS=175824825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr5	175843135	rs111288271	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=848;ReadPosRankSum=2.250;SC=GGGTCCCCCGGGTGCGCGCCC;SOR=0.718;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=41;WE=175843143;WS=175843125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr5	175843461	rs33956988	CG	C	2336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=63;PP=2358;SC=ACCCGAGCCGCGGGGGAGCCG;SOR=5.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=65;WE=175843469;WS=175843451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	175915835	rs2963667	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=900;SC=AGGAACTGTACTTTAGAGGAA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=175915843;WS=175915825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	175915861	rs17052333	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=728;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CACATGGAAGGACCAAAAAGA;SOR=0.876;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=43;WE=175915869;WS=175915851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr5	175921150	rs3217316	AGTT	A	3389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.337;NF=10;NR=42;PP=2149;ReadPosRankSum=1.042;SC=ATAGTCAGCAAGTTGTTCTCA;SOR=0.555;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=52;WE=175921160;WS=175921140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr5	175923431	rs2963670	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.606;SC=AAAGTCTAAGGGTTGATCTTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=5;WE=175923439;WS=175923426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr5	175927262	rs377249587	CAG	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.218;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=1.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr5	175933691	rs113700453	TGTGTGTGC	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.224;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr5	175956271	rs890835	A	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,85:0.26:324
chr5	175956516	rs2241585	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GTGGGGCAGGGTACTCACAGC;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=73;WE=175956524;WS=175956506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,74:0.30:245
chr5	175957288	.	T	C	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=114;MMLQ=16;MQ=52.78;NF=2;NR=0;PP=55;QD=44.8856062736;SC=GTCAGCCCGGTGGGCCTGCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=175957296;WS=175957278;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	175957545	rs111526683	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr5	175957550	rs112259062	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	175992258	rs6556275	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr5	175992519	rs4523018	T	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=287;ReadPosRankSum=0.862;SC=GGGCCAGCCCTGTGCTTGGCT;SOR=0.169;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=17;WE=175992527;WS=175992509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr5	175994125	rs12656372	A	G	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.638;NF=76;NR=97;PP=2599;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GGCAAGTGCTATTCTCATGTC;SOR=0.819;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=262;TCF=106;TCR=156;TR=173;WE=175994133;WS=175994115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,172:0.72:240
chr5	175994173	rs11392917	C	CT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.962;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
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chr5	176002707	rs3762970	C	T	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=2067;ReadPosRankSum=1.845;SC=CCAGCTGTTCCGCCTTTCTCC;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=199;TCF=99;TCR=100;TR=131;WE=176002715;WS=176002697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,136:0.66:207
chr5	176002873	rs3762969	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,78:0.27:287
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chr5	176004312	rs11749537	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=573;SC=CGGGCGGGGCATCCAGAGATA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=176004320;WS=176004302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	176004476	rs11134982	T	C	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=71;PP=2962;SC=GAGCGGGCAGTGGGCTCAGCC;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=175;WE=176004484;WS=176004466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr5	176004903	rs11747451	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.403;NF=6;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGGGTGGCCATGAGTGAATCT;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=19;WE=176004911;WS=176004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr5	176005175	rs1565150	A	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,17:0.17:102
chr5	176005184	rs1565151	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
chr5	176005195	rs35657538	G	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;ReadPosRankSum=1.823;SC=AAGACCGAAGGCACTCAGTTA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=64;WE=176005203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,76:0.78:98
chr5	176005477	rs2358747	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,68:0.24:282
chr5	176008238	rs4867840	G	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=1;PP=570;SC=CAGGCCTGATGACTGCCTGCG;SOR=2.985;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=176008246;WS=176008228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	176011264	rs752139	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-2.332;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr5	176011889	rs4868660	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TCTCAGTGGCGGCCAACGGCT;SOR=1.038;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=263;TCF=110;TCR=153;TR=76;WE=176011897;WS=176011879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,78:0.28:274
chr5	176013089	rs35231163	C	T	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=98;PP=2560;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGAGCAACCCCGACAGACCCT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=92;TCR=140;TR=161;WE=176013097;WS=176013079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,167:0.70:238
chr5	176017549	rs4868662	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TTCCCTCACACTCATCTTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=30;WE=176017557;WS=176017539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr5	176017639	rs17078347	C	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AGTGGCTTTGCTGCTGGTCCT;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=75;WE=176017647;WS=176017629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,83:0.69:120
chr5	176018545	rs11134984	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=85;PP=2449;SC=AGTGACGGTGGTGGTGGTGAT;SOR=2.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=24;TCR=85;TR=109;WE=176018553;WS=176018535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	176024880	rs4868663	C	T	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=65;PP=2965;SC=CCCCTGCTTCCCCTGGTGCTG;SOR=1.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=146;TCR=65;TR=211;WE=176024888;WS=176024870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	176025938	rs6556276	T	C	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=133;PP=2965;SC=TCCAAGGGCATGGGATCTGCC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=274;WE=176025946;WS=176025928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	176047761	rs2075667	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr5	176053336	rs72322414	GGTGT	G,GGT	951.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.385;QD=33.99;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,21,6:0.75,0.21:28
chr5	176053622	rs2291440	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,47:0.25:185
chr5	176053645	rs2291441	C	G	3468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=61;PP=2335;ReadPosRankSum=0.026;SC=GAGTCTCCCCCGCCCCCGCCC;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=122;TCR=86;TR=148;WE=176053653;WS=176053635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,155:0.71:218
chr5	176056529	rs4868669	A	G	6414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=136;NR=105;PP=2965;SC=CCCGCCCCTTACCCACCGACG;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=139;TCR=105;TR=241;WE=176056537;WS=176056519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	176069831	rs901740	G	A	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=47;PP=1450;SC=TCTACCCCCAGTGCACCATGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=75;WE=176069839;WS=176069821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	176069862	.	C	CT,CCTCCCCG,CTCCCCG	474.79	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=14.819;HP=13;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.897;NF=0,0;NR=16,16;PP=172,33;ReadPosRankSum=1.738;SC=TCCCCCCCCCCCCCCGCCCCA;SOR=3.587;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16,16;WE=176069874;WS=176069852;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.86:14
chr5	176069866	.	C	G	453	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=13;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=25;MQ=60.77;NF=2;NR=14;PP=453;QD=30.4857007842;SC=CCCCCCCCCCCGCCCCAGGTG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=16;WE=176069874;WS=176069852;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,16:0.64:25
chr5	176069866	.	C	CGCCCG	533.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=8.129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;MQRankSum=0.640;QD=41.06;ReadPosRankSum=1.480;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	176070563	.	T	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr5	176081856	rs13183320	A	G	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=110;PP=2965;SC=GGCTCCTGGGATGGGCCTGGC;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=155;TCR=111;TR=265;WE=176081864;WS=176081846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	176083175	rs6878977	T	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=43;PP=1275;SC=GGGTACTGGGTTGGGTATGAG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=176083183;WS=176083165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	176083997	rs4868677	G	A	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=175;PP=2965;SC=CCTGGCCTACGCAGGCCTCTG;SOR=1.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=79;TCR=175;TR=254;WE=176084005;WS=176083987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	176304399	rs2304517	A	G	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=38;PP=2403;SC=GGAAAGAGCTATGCCTAAGCC;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=176304407;WS=176304389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	176305466	rs2304516	T	A	15702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=266;NR=300;PP=2965;SC=CCTCTCTGCATCCCCATCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=567;TCF=267;TCR=300;TR=566;WE=176305474;WS=176305456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr5	176305678	rs478253	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GTGACGTGCTCCCACTACCAA;SOR=1.739;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=30;WE=176305686;WS=176305668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr5	176306676	rs2292257	G	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=17;PP=1027;SC=AGGAGGTGTCGGCTGGGGCCA;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=176306684;WS=176306666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	176308870	rs61042413	C	CAG	12494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.632;NF=38;NR=112;PP=2927;ReadPosRankSum=0.790;SC=TGTGTGCACTCGGCAGAAGGC;SOR=0.761;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=57;TCR=173;TR=150;WE=176308878;WS=176308860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,300:0.72:418
chr5	176309082	rs34127573	C	T	5016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.138;SC=CAGGCACGCCCGCCACATTCC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=119;TCR=153;TR=206;WE=176309090;WS=176309072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,219:0.76:287
chr5	176316344	rs691044	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TCATAGACAGGGCCTGGAACC;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=91;WE=176316352;WS=176316334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,96:0.76:127
chr5	176323298	rs691141	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=378;SC=GAAGCTGGGAGCAGAATTCAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=176323306;WS=176323288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	176333126	rs2292256	C	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=43;PP=1543;SC=CTTTTGCTTCCGTGCTCTAGG;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=176333134;WS=176333116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	176334195	rs2292255	C	T	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=52;PP=2015;SC=CAGAGAAAAACAGATGAAAAG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=122;WE=176334203;WS=176334185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	176338090	.	CA	C	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=115;MMLQ=16;MQ=53.58;NF=14;NR=0;PP=211;QD=15.5;SC=AACTTCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=176338098;WS=176338088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	176338138	.	AAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAG	A	2076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.43;QD=40.72;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	176378574	rs365132	G	T	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=61;PP=1756;SC=AACTTAGCTGGGTCTCTGTAA;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=176378582;WS=176378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	176402401	rs1700490	G	A	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=64;PP=2965;SC=ACATACGTGCGATTTTTCTTT;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=138;TCR=64;TR=202;WE=176402409;WS=176402391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	176471286	rs11448853	A	AG	1229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=10;PP=972;SC=TTAATGTGTGAGGGGGGCCAT;SOR=2.133;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=29;WE=176471294;WS=176471276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	176471591	rs149307	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=526;SC=CAGGGCACTACTGCCAGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=176471599;WS=176471581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	176516631	rs1966265	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=6.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.057;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,45:0.25:181
chr5	176516953	rs434434	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TGAGCTCCTTACCTGGGTGTG;SOR=0.494;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=30;WE=176516961;WS=176516943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr5	176516968	rs376782192	CGT	C	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=7.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr5	176517136	.	C	CGTGT	335	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=2;PP=335;QD=21.3125;SC=TGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=16;WE=176517147;WS=176517126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr5	176517170	rs387598	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=1.004;SC=GGCCACTGTCGTGTGCACTAA;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=26;WE=176517178;WS=176517160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr5	176517292	rs442856	A	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,79:0.22:359
chr5	176517326	rs422421	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,77:0.26:300
chr5	176517461	rs446382	T	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AGCCTGTGCGTCTGTGCTGTG;SOR=0.463;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=35;WE=176517469;WS=176517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr5	176517797	rs376618	C	T	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:615,219:0.26:834
chr5	176518784	rs452885	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.327;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,54:0.28:195
chr5	176519287	rs393923	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TATGGGTGCCGGTGGTCAGGG;SOR=0.061;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=10;WE=176519295;WS=176519277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr5	176522728	rs42409	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CCGGAAGGTACAGGCGCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=176522736;WS=176522718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr5	176523562	rs31777	C	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,54:0.23:236
chr5	176523597	rs31776	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,74:0.22:331
chr5	176630984	rs7721671	T	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=413;SC=GTATGATCTATTCTAGGTTGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=176630992;WS=176630974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	176639304	rs6556305	C	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=639;SC=TATAAACTAGCGGGGAAGAAT;SOR=6.439;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=176639312;WS=176639294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	176700885	rs12660023	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=866;SC=AGCATAGTTCGTTTTAGGTAG;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=176700893;WS=176700875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	176721198	rs28580074	T	C	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=107;PP=2965;SC=TCAGAGGCCATTGCTACCTGA;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=141;TCR=107;TR=248;WE=176721206;WS=176721188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	176729736	.	ACC	A,AC	5141.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=12.902;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.548;QD=22.55;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,68,140:0.30,0.61:228
chr5	176731452	rs28362590	G	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=534;SC=TGGCGGGAGTGGGAATTTGCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=176731460;WS=176731442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	176733116	rs4631	A	G	5438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=86;PP=2965;SC=GTCTTGCCCGATTCAAAAGCA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=193;WE=176733124;WS=176733101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	176733616	rs9834	T	C	7552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.118;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.172;NF=133;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.907;SC=AGGCTTAGCCTCTCTGCCCTC;SOR=0.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=134;TCR=129;TR=262;WE=176733624;WS=176733606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr5	176737370	.	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr5	176737720	rs13190036	A	G	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=92;PP=2965;SC=AGAGAGGATGAGGTGAAGGGG;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=181;WE=176737728;WS=176737710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	176798040	rs56235845	T	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr5	176798070	.	CGGGCCGGGGCCGGGGCCGGGGCCG	C	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.48;MQRankSum=1.434;QD=33.26;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr5	176831826	rs17876030	C	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=31;PP=1678;SC=TCGCAGAAGGCTCCGGTGTAG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=176831834;WS=176831816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	176831980	rs17876029	T	C	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=94;PP=2965;SC=CTCTCCTTCCTGGCACACCAC;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=208;WE=176831988;WS=176831970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	176836426	rs4314418	C	A	5270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.668;SC=GTGATAGCGACCCCCCAGAAC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=187;TCR=147;TR=227;WE=176836434;WS=176836416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,237:0.68:350
chr5	176836532	rs1801020	A	G	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=102;PP=2580;ReadPosRankSum=-0.002;SC=CCCTCATGGCATCCGTCCGTT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=107;TCR=149;TR=175;WE=176836540;WS=176836522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,189:0.68:279
chr5	176858049	rs867755	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=835;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GACCTTGCCCCGGAGCAGAGG;SOR=0.426;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=44;WE=176858057;WS=176858039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr5	176859848	rs2731664	C	A	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.417;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TTATGCCCAGCGGAGGGGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=99;WE=176859856;WS=176859838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,108:0.72:151
chr5	176862963	rs4976695	T	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=-0.927;SC=AGGTCCCCCCTGGCCAGCGGG;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=24;WE=176862971;WS=176862953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr5	176863519	rs1130857	G	C	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1668;ReadPosRankSum=1.270;SC=TGGAGCCGCCGTTCAAGCCTG;SOR=0.411;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=105;WE=176863527;WS=176863509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,120:0.76:157
chr5	176867943	rs335435	A	G	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.755;NF=64;NR=54;PP=2069;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGTGCTTCCAAGAGCTGAATG;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=118;WE=176867951;WS=176867933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,127:0.77:164
chr5	176885178	rs28538572	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=69;PP=2965;SC=GCAGCCAGGGACTCCCCTTCC;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=155;WE=176885186;WS=176885168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	176885499	rs2544809	T	C	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GCATCGTGGATCTCCGTGGCG;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=259;TCF=120;TCR=139;TR=188;WE=176885507;WS=176885489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,191:0.72:265
chr5	176886539	rs385981	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GGAGTGAGGGCGGGGGGCTGC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=176886547;WS=176886529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	176894756	rs2545794	C	T	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGAAGAACTCCGCCACCTTAG;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=143;TCR=146;TR=203;WE=176894764;WS=176894746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,214:0.70:304
chr5	176895030	.	C	T	333	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=58.88;NF=14;NR=5;PP=333;QD=19.3563796077;SC=CCTCAGCCCCCTTCCCCAGCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=19;WE=176895038;WS=176895020;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr5	176895817	rs446104	GC	AA	14701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=121;PP=2947;SC=GGTGGAGAAGGCGGCGAGGGA;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=313;TCF=185;TCR=128;TR=299;WE=176895826;WS=176895807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr5	176917078	rs734825	T	C	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=66;PP=2174;SC=GCTCCTGGGGTTCCCCTCATG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=117;WE=176917086;WS=176917068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	176929974	rs2544814	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=2;PP=319;SC=TGAGCTGGAAGGAGGTGGCGG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=176929982;WS=176929964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	176930135	rs28376231	G	A	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=55;PP=2965;SC=GCTTGCGTGCGTGGCTGGCTC;SOR=1.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=153;WE=176930143;WS=176930125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	176931706	rs179810	G	C	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=71;PP=2692;ReadPosRankSum=0.463;SC=AGGGTCCAGGGTGTCAGCCCC;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=196;TCF=102;TCR=94;TR=151;WE=176931714;WS=176931696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,160:0.77:207
chr5	176935190	rs143751041	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.671;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr5	176935215	rs55761704	GC	G	1707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=1313;SC=CAGCCCAATCGCCCCCCTGCT;SOR=2.917;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=42;WE=176935223;WS=176935205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	176936650	rs28565502	T	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=81;PP=2965;SC=TCCCTCCGTCTAGAGACAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=153;WE=176936658;WS=176936640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	176938681	rs28695578	C	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=18;PP=2311;SC=CCTGGCCCATCCCAGGCCAGC;SOR=2.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=97;WE=176938689;WS=176938671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	176939688	rs28544348	C	T	8293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=134;PP=2965;SC=CACCATGGGACAGGGGAGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=164;TCR=134;TR=298;WE=176939696;WS=176939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	176939735	rs335436	A	G	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=158;PP=2965;SC=TAGGTAAAGCACTGCTACTGC;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=211;TCR=159;TR=369;WE=176939743;WS=176939725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	176940274	rs335437	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.121;SOR=1.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr5	176940384	rs335438	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,123:0.25:501
chr5	176940871	rs335439	G	C	7832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=137;PP=2965;SC=GAGAGACCCTGAGGTTGGGGC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=125;TCR=137;TR=262;WE=176940879;WS=176940861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	176942392	.	GA	G	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.292;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr5	176950794	rs28723606	A	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=6;PP=1196;SC=GTGGGTTTTCAGCAGGCAGGC;SOR=3.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=58;WE=176950802;WS=176950784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	176950879	rs28688891	T	C	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=161;NR=80;PP=2965;SC=TTTCTGAGGCTTGAGGCACAA;SOR=1.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=162;TCR=80;TR=241;WE=176950887;WS=176950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	176951276	rs337382	A	G	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=118;NR=94;PP=2965;SC=GCTGGGCCTGAGGGCTGCACA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=212;WE=176951284;WS=176951266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	176959296	rs2246566	T	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GCTGTGAGGATCAAGCGAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=48;WE=176959304;WS=176959286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr5	176963349	rs335460	G	A	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=55;PP=2218;SC=CCTTCATGCAGCACACTTACC;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=129;WE=176963357;WS=176963339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	177019688	rs4607363	G	C	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.500;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.729;SC=TGAGCCAACCGCCCCCCTCCT;SOR=0.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=140;TCR=138;TR=271;WE=177019696;WS=177019675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,252:0.97:259
chr5	177027076	rs145156383	G	GCGGCGGACC	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	177027110	rs28707336	C	T	137.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	177031348	rs11537644	T	C	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1681;ReadPosRankSum=0.512;SC=GCCCTCCCCGTGCCTGCCCCC;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=105;WE=177031356;WS=177031338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,102:0.75:136
chr5	177031602	rs28499092	C	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=85;PP=2565;ReadPosRankSum=2.590;SC=GCTTCTCAGGCCCTGTGAGAG;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=120;WE=177031610;WS=177031592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr5	177031948	rs55763804	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr5	177031954	rs28742937	A	G	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=29;PP=1213;SC=GTCTGGCGTTATCCTAAAATC;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=114;WE=177031975;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	177031967	rs28698736	T	C	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=38;PP=2842;SC=CTAAAATCCCTGCCCTTACCA;SOR=1.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=138;WE=177031975;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	177032050	rs28473516	C	G	6188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.429;SC=CTCTAGGTAACTCCCACTGGA;SOR=0.492;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=384;TCF=227;TCR=157;TR=266;WE=177032058;WS=177032040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,267:0.69:386
chr5	177035488	.	GC	G	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.804;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr5	177035964	rs729459	T	C	6914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.402;SC=GCCACCTGCATGACCCAGCCT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=206;TCR=209;TR=302;WE=177035972;WS=177035954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,311:0.74:423
chr5	177036043	rs6600953	A	G	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=123;PP=2965;SC=CATTGGGGACAGATAGGTGGT;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=70;TCR=123;TR=193;WE=177036051;WS=177036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	177053334	rs5013573	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=1;PP=1078;SC=CCTCGGCCTCTGAAAATGCTG;SOR=5.549;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=40;WE=177053342;WS=177053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	177054649	rs72309277	ATT	A	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;MQRankSum=0.000;QD=31.69;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr5	177054672	rs7728458	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=35;PP=822;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=177054680;WS=177054656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	177058525	rs62398479	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=7.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQRankSum=-0.372;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,38:0.25:152
chr5	177058655	rs6876792	A	G	7586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=160;PP=2965;SC=GGCATGTCACAGTTCTGTACA;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=139;TCR=160;TR=299;WE=177058663;WS=177058645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	177058766	rs2334991	G	A	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQRankSum=-0.889;QD=16.89;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,164:0.69:239
chr5	177099071	.	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.481;NF=8;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-2.139;SC=GGCCCGGCGCAGCCTCCGCGA;SOR=1.675;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=177099079;WS=177099061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr5	177099274	.	C	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.15;QD=25.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177161891	rs140979906	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.20;QD=30.54;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	177166053	rs4079422	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=1.117;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr5	177168341	rs200056696	A	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.13;QD=29.20;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	177180012	rs199881665	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.96;MQRankSum=0.600;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	177180236	rs76556918	G	A	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=61;PP=1728;SC=ACTAAGCTGCGTTTACTGCCA;SOR=4.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=67;WE=177180244;WS=177180226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	177302646	.	T	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.25;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	177310717	rs139876295	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=9.700;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.07;MQRankSum=-1.949;QD=28.35;ReadPosRankSum=0.564;SOR=4.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr5	177344152	rs76284623	G	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.64;QD=26.99;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	177348037	.	C	CTTTG	1502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.53;QD=55.66;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	177348098	rs4958970	G	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.30;QD=42.74;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	177348106	rs4958971	A	C	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.60;QD=43.44;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	177348150	rs4958972	C	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.27;QD=43.85;SOR=7.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	177348155	rs4958973	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.36;QD=44.16;SOR=7.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	177422823	rs4072924	C	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=19;PP=1672;SC=GACGGTCACTCACCCACCGTG;SOR=2.331;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=177422831;WS=177422813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	177422876	rs7445271	T	C	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=61;PP=2965;SC=AGGCAACAGGTTGCTGCCGAC;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=162;WE=177422884;WS=177422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	177482694	rs11953084	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.456;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,20:0.16:126
chr5	177483118	rs11953798	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-4.345;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,31:0.25:125
chr5	177483154	rs9687038	T	A	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=48;PP=1405;SC=GAAGGAGGAGTTCATCAAGAC;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=177483162;WS=177483144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	177483184	rs11953029	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-5.455;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr5	177547247	rs7719667	T	C	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=96;PP=2965;SC=CCATGCAAAGTCTGGCGTCCC;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=120;TCR=96;TR=216;WE=177547255;WS=177547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	177547336	rs3812082	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,40:0.25:159
chr5	177562183	rs72536798	C	CTG	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=1.290;SC=GGGTCTCACTCTTGCTCAGGC;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=177562191;WS=177562173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	177562251	rs10060446	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
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chr5	177573248	rs73804715	G	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=81;PP=2699;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTTCCCTGCTGGGGCTTTCTG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=114;TCR=111;TR=163;WE=177573256;WS=177573238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,169:0.73:233
chr5	177574561	rs61751561	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=15;PP=1158;ReadPosRankSum=-1.659;SC=TGGCGCTGCCTGTGTTGATGA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=66;WE=177574569;WS=177574551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr5	177574901	rs7380934	C	G	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,133:0.26:516
chr5	177612734	rs7720480	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr5	177612739	rs72648831	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr5	177612744	rs7715796	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr5	177613123	rs10479619	T	C	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=2.351;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,128:0.28:455
chr5	177614183	rs2913783	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,44:0.22:203
chr5	177614387	rs6886332	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=30.03;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	177614401	rs11960863	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.908;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.411;SC=GTGCCTACACCGCCACCTTCT;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=11;WE=177614409;WS=177614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr5	177633116	rs3812089	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=410;SC=CATGTGATTTAAGTGCTTTGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=177633124;WS=177633106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	177634401	rs7705458	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=510;SC=GAAAGACTTCTCAGGCTGGGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=177634409;WS=177634391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	177636571	rs2913752	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=-1.191;SC=AGGTTGGGGACGAACAGGAAT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=13;WE=177636579;WS=177636561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr5	177636587	rs73351260	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GGAATAGGAACGGCTCTGGGT;SOR=1.066;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=26;WE=177636595;WS=177636577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr5	177636990	rs111881090	CT	C	1924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1914;SC=GCCCAGGGCCCTTATACACCA;SOR=3.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=47;WE=177636998;WS=177636980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	177637447	rs2913751	G	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=35;PP=2009;SC=GAGGAAGGCAGTCTCTGCTGT;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=177637455;WS=177637437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	177639942	rs7719034	G	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.225;SC=CTGAGTTCTAGAGATATGGCC;SOR=0.915;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=82;WE=177639950;WS=177639932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,84:0.77:109
chr5	177642177	rs2913748	C	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=29;PP=1761;SC=CTCTTGAGAGCGGACATAACC;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=90;WE=177642185;WS=177642167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	177652392	rs7707147	T	C	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,172:0.72:239
chr5	177655692	rs6881230	C	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1301;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TAATTCAACGCCACCACCTAC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=81;WE=177655700;WS=177655682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,85:0.70:121
chr5	177658883	rs2973729	C	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=785;SC=ATGGGATGGGCCAGGGCACCA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=177658891;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	177659429	rs3749806	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=0.296;SC=GTGCGTGCGTCGTGCGTGCGC;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=20;WE=177659437;WS=177659419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr5	177659463	rs138665724	C	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-2.143;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr5	177659519	rs116735771	C	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=563;ReadPosRankSum=0.289;SC=TCAGGGCCAGCGTGTCGGCCT;SOR=0.516;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=42;WE=177659527;WS=177659509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr5	177659631	rs2913859	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr5	177665554	rs58562702	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCCGGTGGCTTTGGGGCTGGG;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=177665562;WS=177665544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	177668882	rs2241581	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=671;ReadPosRankSum=-0.836;SC=ACCGCGATGATGGCAGTAGCA;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=33;WE=177668890;WS=177668872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr5	177668965	rs2241580	C	T	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=1764;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGCTGAGTTCCGAGGACAGGG;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=123;WE=177668973;WS=177668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,128:0.77:167
chr5	177669413	rs2241579	T	G	5803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=2.553;SC=AAGGATTAGATGCTAAACCCG;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=338;TCF=190;TCR=148;TR=237;WE=177669421;WS=177669403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,252:0.71:355
chr5	177673153	rs35716676	AGTGCAGGGACCCAGTGAG	A	934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.200;NF=9;NR=4;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GGCCCTGCGAAGTGCAGGGAC;SOR=0.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=177673178;WS=177673149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr5	177674431	rs3812092	G	A	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=2100;ReadPosRankSum=0.527;SC=GGGCCAGGGCGGAGCGTCAGG;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=142;WE=177674439;WS=177674421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,147:0.73:201
chr5	177674995	rs11746830	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TATAGTGAGCCGAGGTTGTGC;SOR=0.467;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=30;WE=177675003;WS=177674985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr5	177675217	rs2913851	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=4.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,91:0.28:320
chr5	177676986	rs5873601	GCA	G	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=989;ReadPosRankSum=1.451;SC=ACATGCACACGCACACACACA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=29;WE=177676999;WS=177676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr5	177679447	rs1549612	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,11:0.12:90
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chr5	177688772	rs2973745	G	A	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=87;PP=2652;ReadPosRankSum=0.247;SC=AAGAGAAGGTGTTAAATGTCA;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=165;WE=177688780;WS=177688762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,168:0.65:259
chr5	177688888	rs115507248	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AAGCAGGCTGGAGCTGCCCAC;SOR=0.286;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=56;WE=177688896;WS=177688878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr5	177689094	rs35590898	GGC	G	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TACATGCAGAGGCGCGCGCAC;SOR=0.197;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=177689103;WS=177689089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr5	177715291	rs890801	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.054;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,32:0.19:165
chr5	177715302	rs5873603	CA	C	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.023;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,33:0.20:166
chr5	177715477	rs2913833	G	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=272;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TTCCTCTGCAGCGGGAGGACT;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=26;WE=177715485;WS=177715467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr5	177715581	rs2913832	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.945;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.725;SC=TCATCGGGGCTCCGGGCACAG;SOR=0.707;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=15;WE=177715589;WS=177715571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr5	178035585	rs501721	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=0.511;SC=CCAAATTCAGGGTTTATAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=178035593;WS=178035575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	178040919	rs560842	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=836;SC=CTAAAGCATAGTCTTAATTAC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=178040927;WS=178040909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	178047536	rs72529437	GGACAGGGTA	G	2080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.913;NF=10;NR=15;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CACAGGCTATGGACAGGGTAG;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=25;WE=178047552;WS=178047526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr5	178288214	rs112879314	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.784;NF=4;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GCCCTCATGACTGGTGGATTC;SOR=1.889;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=178288222;WS=178288204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	178310446	rs4130052	C	T	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=130;PP=2965;SC=ACAATCCAGGCAGGAAGGCAT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=137;TCR=131;TR=267;WE=178310454;WS=178310436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	178358274	rs111355847	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=512;ReadPosRankSum=0.644;SC=GAGCCAACTCCGAAGCCGGGT;SOR=1.347;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=32;WE=178358282;WS=178358264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr5	178359136	rs961030	A	G	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1962;ReadPosRankSum=0.280;SC=AGTGTAGTCAATGTGGAAAAG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=118;WE=178359144;WS=178359126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,124:0.67:186
chr5	178368465	rs111995800	C	CCAAA	3683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.134;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,109:0.29:374
chr5	178369673	rs10060764	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=336;ReadPosRankSum=0.644;SC=TTGACCCAGTTCTCTCCTAAT;SOR=0.852;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=22;WE=178369681;WS=178369663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr5	178391860	rs6867221	G	A	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1686;ReadPosRankSum=0.991;SC=TCACAGGAATGTGATGAATCC;SOR=0.764;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=115;WE=178391868;WS=178391850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,126:0.68:186
chr5	178391902	rs12719860	A	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=814;ReadPosRankSum=2.030;SC=CTTCACAGTGATCAAAGTCAG;SOR=0.762;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=57;WE=178391910;WS=178391892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,61:0.34:177
chr5	178396742	rs4700759	G	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=63;PP=1953;SC=ACCTCGGAGCGTTCCGAGACC;SOR=3.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=74;WE=178396750;WS=178396732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	178401552	rs4700991	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=-0.235;SC=ATCTCCTGACCTCGTGATCCA;SOR=0.497;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=11;WE=178401563;WS=178401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr5	178401555	rs7728828	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=1345;ReadPosRankSum=0.601;SC=TCCTGACCTCGTGATCCACCT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=40;WE=178401563;WS=178401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr5	178401610	rs11740252	C	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1284;ReadPosRankSum=1.890;SC=TGAGCCACCGCGCCCGGCCTC;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=87;WE=178401618;WS=178401600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,91:0.72:126
chr5	178401703	rs11740277	C	G	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1859;ReadPosRankSum=-1.599;SC=TGCATTGTTCCTACATTATGC;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=134;WE=178401711;WS=178401693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,144:0.69:209
chr5	178407292	rs2856351	C	T	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=89;PP=2965;SC=GGACATAAAACTCCATAACTT;SOR=1.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=156;TCR=89;TR=245;WE=178407300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	178410738	rs903988	C	T	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=103;PP=2965;SC=CCGAGGAGTACTGGAGTCTGT;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=139;TCR=103;TR=242;WE=178410746;WS=178410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	178410839	rs2856348	G	A	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.535;SC=GAACAGGAACGAAGCCACCTG;SOR=1.213;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=236;TCF=93;TCR=143;TR=176;WE=178410847;WS=178410829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,185:0.76:245
chr5	178411290	rs11279361	AGCACGCCTC	A	3923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.091;NF=10;NR=48;PP=2974;ReadPosRankSum=0.516;SC=GGAGCGAGCGAGCACGCCTCA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=58;WE=178411306;WS=178411280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr5	178411315	rs2645341	C	T	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=130;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.168;NF=63;NR=72;PP=1770;ReadPosRankSum=1.503;SC=GAACGGACTCCTGCAAAATAA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=135;WE=178411323;WS=178411305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr5	178412273	rs35715923	T	C	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1451;ReadPosRankSum=0.809;SC=TTCACTGTTGTACAGAAAGAT;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=101;WE=178412281;WS=178412263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,108:0.69:157
chr5	178413722	rs61733043	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,79:0.25:320
chr5	178413816	rs2256966	T	C	5096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.119;SC=CATGCCCACCTGGGGCTCGGT;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=153;TCR=146;TR=220;WE=178413824;WS=178413806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,223:0.73:306
chr5	178413947	rs11746675	T	C	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.990;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2891;ReadPosRankSum=-1.796;SC=CGGGCGCATCTCCGTTCTCGT;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=171;WE=178413955;WS=178413937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,181:0.66:273
chr5	178414565	rs2645340	C	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=39;PP=1118;SC=GTCACACATGCGCAAATACCG;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=178414573;WS=178414555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	178415937	rs2067011	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=449;ReadPosRankSum=1.719;SC=CCCACTCACCATTGAAGCGGA;SOR=0.205;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=26;WE=178415945;WS=178415927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr5	178415982	rs4701014	A	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=23;PP=2184;SC=TCCGCCCATCAGTGGGTTCCA;SOR=2.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=85;TCR=23;TR=108;WE=178415990;WS=178415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	178416063	rs2645339	G	A	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=91;PP=2724;ReadPosRankSum=1.173;SC=GGGCAATGGCGTACACCGCAT;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=154;TCR=135;TR=191;WE=178416071;WS=178416053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,194:0.66:292
chr5	178416203	rs143495088	CCCCTCCCCA	C	794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TCCCGCCTTCCCCCTCCCCAC;SOR=1.314;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=18;WE=178416219;WS=178416193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr5	178416288	rs2071246	G	A	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=40;PP=2208;SC=GGGTGGAATCGTCTGACTGGG;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=178416296;WS=178416278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	7739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=42;PP=2967;SC=TGGAAGCTGTGGTGTTTTGCG;SOR=0.909;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=77;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	178419288	rs2645335	C	T	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=59;PP=2796;SC=TGGTGTTTTGCGAGTGGGCCT;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=131;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	178419396	rs11449973	A	AC	8083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=99;PP=2969;SC=CTGAACAAGGACCCCCAGCAG;SOR=0.808;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=29;TCR=113;TR=126;WE=178419404;WS=178419386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	178421351	rs2645330	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGAGACTCTTTCAGAAGAAGT;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=178421359;WS=178421341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	178421770	rs2645329	T	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=849;ReadPosRankSum=-1.673;SC=CTTCTTCAGCTGCCCGCACGC;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=59;WE=178421778;WS=178421760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr5	178422083	rs1078978	C	T	143.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5562;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.719;SC=CCTTCCACTTCGGCTCTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=178422091;WS=178422073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr5	178455198	rs10464075	G	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=879;SC=AGGAGGCTGCGCTCAAGGGTC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=178455206;WS=178455188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	178507069	rs1445846	T	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=60;PP=1853;SC=TCAGAGATTTTTTAAAGGAGA;SOR=1.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=90;WE=178507077;WS=178507059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	178507090	rs1445845	G	A	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1280;SC=TAAAGCCTATGAGGTTTAGTT;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=178507098;WS=178507080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	178540975	rs1054480	G	A	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=137;PP=2965;SC=ATTAGGTTGGGTGGCTGGACT;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=144;TCR=138;TR=281;WE=178540983;WS=178540965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	178548514	rs2303640	G	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=8;PP=1050;SC=CGAGCTCAGAGGCCCGGGAGA;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=178548522;WS=178548504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	178549791	rs2303641	G	A	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=74;PP=2530;SC=GGGGAGAGTCGCCAGGCAGGG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=140;WE=178549799;WS=178549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	178555097	rs35445112	C	T	5967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.580;SC=CAGTGAGACCCGGGTGTCTCC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=318;TCF=149;TCR=169;TR=247;WE=178555105;WS=178555087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,258:0.79:328
chr5	178557142	rs2251105	A	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=79;PP=2386;SC=GTCACCCAAGAGCAGGACCCA;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=121;WE=178557150;WS=178557132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	178567054	rs2303638	A	G	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=117;PP=2965;SC=ACAGGAAGCCAGTCCCTCCAC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=107;TCR=117;TR=224;WE=178567062;WS=178567044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	178567082	rs34369919	C	T	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=78;PP=2176;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CACACCGGGCCGTGGGGACAG;SOR=0.994;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=134;WE=178567090;WS=178567072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,144:0.75:191
chr5	178581797	rs2278222	C	T	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=39;PP=2133;SC=GTGCCCCACCCTTCCCCAGGC;SOR=1.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=178581805;WS=178581787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	178581859	rs2278221	G	A	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=90;PP=2965;SC=AGGAGAAGCCGTCCTCATGGT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=106;TCR=91;TR=196;WE=178581867;WS=178581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	178608112	rs35462609	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=5.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-2.231;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,78:0.28:278
chr5	178634619	rs423552	C	T	12950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=239;PP=2965;SC=AGTCATCGTCCGCAGCATGCC;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=222;TCR=239;TR=461;WE=178634627;WS=178634609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr5	178634672	rs398829	C	T	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TCCTCTAGGACGCCCAGGGCG;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=82;TCR=141;TR=221;WE=178634680;WS=178634662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr5	178949560	rs28413987	AG	GT	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-4.234;QD=5.81;ReadPosRankSum=-2.448;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,82:0.20:410
chr5	178949580	rs71596435	C	T	15285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=275;NR=207;PP=2962;SC=GTGCCCCAGCCCCATTCCCCA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=482;TCF=275;TCR=207;TR=482;WE=178949588;WS=178949550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr5	178949612	rs28550616	CA	TG	18178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.193;NF=203;NR=198;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.419;SC=TCGTCCTCTTCATTGTGTTCA;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=531;TCF=264;TCR=267;TR=401;WE=178949621;WS=178949602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,448:0.79:568
chr5	178949781	rs28420183	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.85;QD=31.41;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	178951365	rs138816614	C	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQRankSum=-2.115;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr5	178951420	rs181597595	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQRankSum=-2.864;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr5	178951598	rs4701188	G	A	17410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=386;NR=292;PP=2965;SC=GGCCACCTGCGAGCACCCTAT;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=679;TCF=387;TCR=292;TR=678;WE=178951606;WS=178951588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr5	178986978	rs7704349	C	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=28;PP=1769;SC=AGTCTGACCTCCCCACGCTCA;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=178986986;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	178989386	rs28611242	A	G	189.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TAGCCTGGGCAGTAGAGTAAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=178989394;WS=178989376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	178989473	rs28510162	T	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=564;ReadPosRankSum=0.591;SC=TTGGCTTTTGTGGGGAGAGGC;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=34;WE=178989481;WS=178989463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr5	178996435	rs11743261	A	G	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1878;ReadPosRankSum=0.333;SC=AGGTAAAATGAAATTTTGGCT;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=113;WE=178996443;WS=178996425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,119:0.64:187
chr5	179012968	rs13361148	A	G	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.843;SC=GCTGGTAGGAAGGGGACTTGC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=78;WE=179012976;WS=179012958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,86:0.74:117
chr5	179020622	rs4701135	T	C	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=102;PP=2864;ReadPosRankSum=-1.267;SC=AAGCGATTAATTTACAGATGT;SOR=1.138;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=223;TCF=89;TCR=134;TR=161;WE=179020630;WS=179020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,165:0.71:231
chr5	179021982	rs28685239	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,65:0.27:245
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chr5	179036608	rs8087	T	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=1.478;SC=TTCCCAAGAGTATCAAAGGAA;SOR=0.026;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=25;WE=179036616;WS=179036598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr5	179043075	rs4515257	T	C	5825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=68;PP=2965;SC=AGTACAGTAATGAACAGGCTT;SOR=1.447;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=135;TCR=68;TR=203;WE=179043083;WS=179043065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	179048205	rs4701144	T	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1311;ReadPosRankSum=-2.096;SC=TATTGTTTAATGCTTTATTTA;SOR=0.415;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=95;WE=179048213;WS=179048195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr5	179049138	rs4301193	C	A	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=174;SC=ACTGCAAAAACACTTCCCTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=179049146;WS=179049128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	179050188	rs1136267	A	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,82:0.28:289
chr5	179069309	rs6887611	G	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=82;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCGCAGATGAGGG;SOR=1.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=181;TCR=82;TR=263;WE=179069317;WS=179069299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	179069468	rs62405726	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-23.233;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,120:0.20:614
chr5	179069912	rs75942553	C	T	10868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.089;NF=224;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=1.593;SC=TGATAGGGTGCTCGCAGGTGG;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=639;TCF=304;TCR=335;TR=461;WE=179069920;WS=179069902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,474:0.73:651
chr5	179070155	rs187555199	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.52;MQRankSum=0.586;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr5	179071866	rs4990390	A	G	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.725;QD=4.29;ReadPosRankSum=-2.508;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,175:0.27:658
chr5	179078391	rs57380196	C	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=64;PP=1555;ReadPosRankSum=0.108;SC=GTCCTCCTTCCTACCAGGACC;SOR=1.660;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=11;TCR=88;TR=70;WE=179078399;WS=179078381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr5	179078940	rs6882398	T	C	14714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=248;NR=296;PP=2965;SC=TCAGCTCCTCTCAGCCACCAG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=544;TCF=248;TCR=296;TR=544;WE=179078948;WS=179078930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr5	179125398	rs4701195	C	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.790;SC=ACTGCGGCGCCGGCTCACACA;SOR=0.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=8;WE=179125406;WS=179125395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr5	179125678	rs17079630	C	G	5876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=1.146;SC=GCCTGTTAAACCAGCCCCGCC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=115;TCR=214;TR=240;WE=179125686;WS=179125668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,246:0.74:334
chr5	179132612	rs7735702	T	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr5	179136137	rs72809766	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.681;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr5	179136137	.	CA	TG	289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=7;NR=14;PP=289;QD=16.3079940411;SC=GGGCCGGGTGCAGTGGCTCAC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=21;WE=179136146;WS=179136127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr5	179136138	rs6601068	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=45;PP=730;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=179136146;WS=179136127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	179153797	rs7734102	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,47:0.21:225
chr5	179159781	rs7723450	T	C	248.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	179193598	rs3797776	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,95:0.26:362
chr5	179195903	rs148671273	C	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1929;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AGTGTTGGGACCCAGCCGCCT;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=111;WE=179195911;WS=179195893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr5	179201847	rs6895902	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=792;ReadPosRankSum=0.912;SC=GAGTGGATGAGTGATTTGGAC;SOR=0.597;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=204;TCF=85;TCR=119;TR=67;WE=179201855;WS=179201837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,71:0.34:209
chr5	179218842	rs55654737	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1265;ReadPosRankSum=1.525;SC=TGGTTCTGCCGGCCTTTCTGC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=172;TCR=168;TR=114;WE=179218850;WS=179218832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,118:0.32:368
chr5	179222575	rs145738814	C	A	4678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=97;PP=2745;ReadPosRankSum=0.878;SC=CGCTCCCCCTCCTCCCCCAGC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=143;TCR=136;TR=202;WE=179222583;WS=179222558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,217:0.74:292
chr5	179223238	rs2306795	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr5	179260153	rs4935	C	T	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=81;PP=2211;ReadPosRankSum=0.127;SC=GCTGCTCTGACCCCAGCAAGC;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=141;WE=179260161;WS=179260143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,146:0.68:214
chr5	179260213	rs4797	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=899;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AGCAGATGAGGAAGATCGCCT;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=46;WE=179260221;WS=179260203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr5	179260494	rs155787	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=831;ReadPosRankSum=1.290;SC=GTGTGCATGCGTGCTCCCCGA;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=40;WE=179260502;WS=179260484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr5	179260528	rs155788	T	C	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1231;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCCAGGGCCATGGTCAGGCTT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=72;WE=179260536;WS=179260518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr5	179263767	rs10688915	C	CTG	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=516;ReadPosRankSum=0.341;SC=GGGAGGGTCCCTGTGTGTGTG;SOR=0.073;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=13;WE=179263775;WS=179263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr5	179264731	rs10277	T	C	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=1951;ReadPosRankSum=1.350;SC=CAGGACAAATTGCGCCCATTT;SOR=0.790;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=144;WE=179264739;WS=179264721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,155:0.69:224
chr5	179264915	rs1065154	G	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=0.742;SC=TGCCCTCCATGTGTAAGAACA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=179264923;WS=179264905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr5	179267949	rs248248	T	C	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=78;PP=2006;SC=ACGGTGCTCCTGCTCCACTTC;SOR=1.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=111;WE=179267957;WS=179267939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	179280379	rs1650893	T	C	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=70;PP=2073;ReadPosRankSum=-1.407;SC=AGGACTCACCTGCAAAAAGGA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=153;WE=179280387;WS=179280369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,165:0.75:219
chr5	179287207	rs148609553	CGT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr5	179287576	rs248254	C	G	6838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=3.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.943;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,176:0.70:253
chr5	179287585	rs416974	GC	CT	6814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.877;QD=29.63;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,167:0.73:230
chr5	179287597	rs248253	C	G	6084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.932;NF=48;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CTACCCACACCGGGGATGTTG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=71;TCR=117;TR=127;WE=179287605;WS=179287566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,148:0.70:211
chr5	179287622	rs1611076	G	GTA	4915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.669;NF=6;NR=61;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CTCCCTTGCTGTAGCAAGCTC;SOR=0.791;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=12;TCR=96;TR=67;WE=179287630;WS=179287612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,123:0.70:176
chr5	179290845	rs30386	T	G	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CTGTGGGGCTTTTCCGAGGTG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=110;TCR=126;TR=175;WE=179290853;WS=179290835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,184:0.75:246
chr5	179298342	rs248252	G	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.242;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=1.137;SC=ATCTGTTTCTGTTTTTCTATT;SOR=1.638;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=22;WE=179298350;WS=179298332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr5	179299867	rs532795	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=664;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GCCCAGCCCCTGCCCAGCCCT;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=40;WE=179299875;WS=179299857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr5	179305655	rs3734003	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGCTGCGAGGCAAGGTTTCCC;SOR=2.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=19;WE=179305663;WS=179305645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr5	179334857	rs185073	A	G	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=104;PP=2965;SC=GGCCCGCGAGACGGAAGCGCC;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=59;TCR=104;TR=163;WE=179334865;WS=179334847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	179405399	rs27019	C	G	225.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GTGTTATAAACTGAAAAATGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=179405407;WS=179405389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr5	179407229	rs28011	C	T	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=81;PP=2437;SC=AAAACAGATACTAAGTGTAAG;SOR=2.053;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=33;TCR=81;TR=114;WE=179407237;WS=179407219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	179498341	.	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr5	179498366	.	C	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=0.246;SC=CGCGGGAGAGCCAGGGCCAGA;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=179498374;WS=179498356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	179542290	.	TA	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=3.677;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr5	179545562	rs62405054	C	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=461;SC=AGCCAGCACCCAGGTTCCCTG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=179545570;WS=179545552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	179554522	rs7728345	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=510;ReadPosRankSum=-1.499;SC=CTCCAGCGCTCGCCCAGAGAA;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=29;WE=179554530;WS=179554512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr5	179555407	rs13354066	T	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1267;SC=TGGGCCGGCTTACCAGTTCCA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=179555415;WS=179555397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	179555654	rs6895192	C	T	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=68;NR=66;PP=2303;SC=ACACTCATCTCTGCATCTCTA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=134;WE=179555662;WS=179555644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	179563368	rs13165523	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=783;ReadPosRankSum=-3.066;SC=ACCCCCGCCCAGCTGCCCACC;SOR=0.753;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=242;TCF=159;TCR=83;TR=70;WE=179563376;WS=179563358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,71:0.28:253
chr5	179563435	rs11546322	T	C	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,124:0.28:448
chr5	179565071	rs4700878	G	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=53;PP=1635;SC=GCAATGGCAAGGAGCAGTGAG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=179565079;WS=179565061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	179565136	rs4700715	C	A	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=35;PP=1038;SC=GCTGCTGGTCCCGGGGCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=179565144;WS=179565126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	179663614	rs6601104	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TTTCTCGGCTCTGTCCTTTTG;SOR=0.175;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=7;WE=179663622;WS=179663604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	179665201	rs56333381	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5152;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=1;PP=179;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=179665209;WS=179665191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	179686378	rs33928286	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.144;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,57:0.25:226
chr5	179707194	rs7715540	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.812;SC=AAAATGAAAGGAAAAAGAAAC;SOR=0.045;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=179707202;WS=179707184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	179728707	rs4700931	T	C	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=76;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AAGAGACAGATGTTCACCATG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=131;WE=179728715;WS=179728697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,137:0.74:185
chr5	179729519	rs1035411	A	G	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=71;PP=2585;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GGGGCAGCTCAATTGTCTTAT;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=133;TCR=95;TR=172;WE=179729527;WS=179729509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,180:0.76:236
chr5	179729625	rs2303005	A	G	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.106;SC=ACCCTCTCTGAAAGAAGCTAT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=97;WE=179729633;WS=179729615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,99:0.69:143
chr5	179734139	rs11741142	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;NF=19;NR=5;PP=1926;SC=CCTGTGCCTGTCCTCCGTGGG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=179734165;WS=179734129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:0,33:1.00:33
chr5	179734145	rs72363427	GTGGGGGTGGGGGC	G	1517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.463;NF=12;NR=5;PP=2971;ReadPosRankSum=1.817;SC=CCTGTCCTCCGTGGGGGTGGG;SOR=2.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=17;WE=179734165;WS=179734129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,39:0.93:42
chr5	179734312	rs3763131	T	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=1941;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTCTGGGCCATGCACGGAGCA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=146;WE=179734320;WS=179734302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,153:0.80:191
chr5	179740827	rs2303007	T	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,98:0.76:129
chr5	179743731	rs2303008	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=693;ReadPosRankSum=1.215;SC=CTAGACTGCCGTCGACTTCCC;SOR=0.470;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=35;WE=179743739;WS=179743721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr5	179751111	rs3828686	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=11.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr5	179751441	rs3749788	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=1.981;SC=TCAGCCAAATCGTGTAAAAGA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=179751449;WS=179751431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	179757675	rs76058413	T	G	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=31;PP=2091;ReadPosRankSum=-1.852;SC=AGGAATGAGTTAGACAGATGG;SOR=0.620;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=104;TCR=44;TR=106;WE=179757683;WS=179757665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,111:0.73:152
chr5	179763398	rs6891083	T	G	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=7;PP=1590;SC=AGAATCTCCATTCTCCGGCGC;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=56;WE=179763406;WS=179763388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	179780292	rs199818683	CCTCCGTGGG	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=1110;ReadPosRankSum=-1.765;SC=TCCGTGGGCTCCTCCGTGGGC;SOR=0.758;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=29;WE=179780308;WS=179780282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr5	179780340	rs5873687	GT	G	1941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=1660;SC=TCCAGCTCCCGTCCGCTCGGC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=179780348;WS=179780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	179780382	rs11452117	A	AG	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.84;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	179980302	rs10516143	T	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=427;ReadPosRankSum=0.383;SC=CTTAGGTGCTTATGTTCCTAG;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=20;WE=179980310;WS=179980292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr5	179980378	rs72814958	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.671;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,31:0.18:174
chr5	179980527	rs11738129	A	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=65;PP=2074;SC=TTGAATCTAAAGAAGCCAAGA;SOR=1.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=97;WE=179980535;WS=179980517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr5	179998454	rs13164597	C	T	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=109;PP=2965;SC=GACTGATAAGCTTTTCAAACC;SOR=1.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=45;TCR=109;TR=154;WE=179998462;WS=179998444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	180017927	rs117170752	A	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=-1.135;SC=GGCGCCCAGGAACCGTCGCGC;SOR=0.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=29;WE=180017935;WS=180017917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr5	180030519	rs72816991	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=126;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AGAGTCCAGCCCAGGCAACAT;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=11;WE=180030527;WS=180030509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	180038248	rs35683852	T	TC	8220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.917;NF=69;NR=104;PP=2963;ReadPosRankSum=1.253;SC=GATTTGCTTTTCCCCGATGAC;SOR=0.626;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=268;TCF=103;TCR=165;TR=173;WE=180038257;WS=180038238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,365:0.77:474
chr5	180041001	rs421662	G	C	10629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.42;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
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chr5	180041208	rs659268	T	C	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.150;NF=46;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.706;SC=GCTTGTCCCGTGGTGGATGGG;SOR=1.138;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=46;TCR=136;TR=180;WE=180041216;WS=180041198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr5	180043330	rs55657009	C	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,67:0.24:279
chr5	180045700	rs3214903	G	GGGTTACCCTA	4459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=2966;SC=ACCCCAGGCTGGGGTGCCTGA;SOR=3.083;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=56;WE=180045708;WS=180045690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	180046209	rs446003	C	T	5311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.01;SOR=1.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr5	180046426	rs70973949	C	CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG	4313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=2900;SC=TTCCCCGCCACCCGGCGCTTT;SOR=1.528;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=25;WE=180046434;WS=180046416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	180046492	rs201407038	CAG	C	5005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=36;PP=2965;SC=CCCACTGAGGCAGAGGGGGTT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=77;WE=180046501;WS=180046482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	180047412	rs382266	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=58;PP=1865;SC=TCCTGCGGGGTTCTCAGTCAA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=180047420;WS=180047402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	180047863	rs423086	C	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=13;PP=494;SC=AGGGGTGCAGCCTGAGGCCAG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=180047871;WS=180047853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	180048972	rs79676169	C	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=-1.231;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr5	180048986	rs10635355	G	GCCTC	901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.641;NF=1;NR=18;PP=1232;ReadPosRankSum=0.398;SC=GTCTCCTCCTGCCTCCCTCCC;SOR=1.858;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=19;WE=180048994;WS=180048962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr5	180049928	rs307828	A	C	67.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr5	180051118	rs728986	A	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr5	180052817	rs3736063	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=2.234;SC=CCTCATGGCTGAGGCTGGGGG;SOR=0.443;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=11;WE=180052825;WS=180052807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	180052946	rs3736062	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr5	180053307	rs402647	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=50;PP=1471;SC=AGATCCCACCACAGCCCCAAC;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=180053315;WS=180053297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	180055862	rs383985	T	C,G	4095.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.64;SOR=2.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,81:0.24,0.76:106
chr5	180055862	.	TGG	CGG,GGA	2370	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=59.94;NF=19,57;NR=3,15;PP=603,2370;QD=28.9896005703;SC=GCGGGGTCGGTGGGGAGCCAG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=83;TCR=19;TR=22,72;WE=180055872;WS=180055852;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.22:102
chr5	180055864	rs438464	G	A	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.63;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,85:0.77:110
chr5	180056192	rs399108	T	C	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=1179;ReadPosRankSum=2.254;SC=TCCTGAGTGCTCAAGGGCACC;SOR=1.346;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=57;WE=180056200;WS=180056182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr5	180056620	rs414348	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	180056620	.	GC	AC,AT	527	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=30,24;NR=1,0;PP=47,527;QD=2.63778104991;SC=CATCCTCCACGCGGAGGCCCA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=31,24;WE=180056629;WS=180056610;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:35
chr5	180056621	rs115549682	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.48;ReadPosRankSum=1.423;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr5	180057231	rs3736061	C	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,65:0.29:228
chr5	180057356	rs56188706	C	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,49:0.24:202
chr5	180165983	rs2054696	G	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=0;PP=686;SC=TGTTCCCCCCGCCACCAAAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=180165991;WS=180165967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	180166461	rs10464105	C	G	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=86;PP=2965;SC=ACTCGGGCCACAAACATCTTG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=174;WE=180166469;WS=180166451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	180276402	rs168726	C	T	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=83;PP=2965;SC=ATGGGGTGTCCTGCCAGGGTG;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=204;WE=180276410;WS=180276392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	180278393	rs705441	C	G	11276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=164;NR=208;PP=2965;SC=TAGATTCAGGCATAGGATCCT;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=165;TCR=208;TR=372;WE=180278401;WS=180278371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr5	180288239	rs2121117	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=40;PP=1271;SC=GGCGCCGCGGGAACCCGGCCG;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=180288247;WS=180288229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	180326571	rs2619738	T	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=931;SC=CCGTGATCGTTGACGGGGACA;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=180326579;WS=180326561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	180329359	rs7735361	T	C	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=38;PP=2965;SC=CTCCTCAAGATCGAATGAAGT;SOR=1.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=108;TCR=38;TR=146;WE=180329367;WS=180329349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	180329458	rs7712020	C	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=111;PP=2965;SC=GAATGTTTCCCCCTGATGCAC;SOR=0.773;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=227;WE=180329466;WS=180329448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	180329536	rs7712185	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=77;PP=2253;SC=TTTGTTTTTGCTTTTATACTT;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=104;WE=180329544;WS=180329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	180338300	rs2276994	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=654;SC=GCTTTGGGATGTGATCTTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=180338308;WS=180338290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	180338368	rs2276995	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.11;NF=63;NR=27;PP=1757;SC=CATTTCCATCACGGGATATGT;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=90;WE=180338376;WS=180338358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	180374484	rs3733755	C	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,32:0.23:142
chr5	180374534	rs3733756	G	A	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=95;PP=2965;SC=AGCCTATATCGTGGCACCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=162;TCR=96;TR=256;WE=180374542;WS=180374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr5	180374898	rs7711990	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=341;SC=ATAATTTTCCATGAACACCAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=180374906;WS=180374888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	180430797	rs72494581	T	C	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=86;PP=2965;SC=GGAGCCAGCGTCGTGTTTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=146;TCR=87;TR=230;WE=180430805;WS=180430787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	180430996	rs114244788	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.68;QD=32.22;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	180431009	rs200820251	A	G	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=29.83;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	180432416	rs7726150	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.441;NF=18;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=0.173;SC=GAAAAGCTCCCCAGGAGGTGC;SOR=0.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=21;WE=180432424;WS=180432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr5	180472419	rs76366126	TC	T	3146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.627;NF=43;NR=30;PP=2423;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GAGTTCCAGCTCCCCCTACCT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=73;WE=180472427;WS=180472409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,112:0.73:154
chr5	180472448	rs74555255	C	T	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=0.612;NF=110;NR=64;PP=2739;ReadPosRankSum=0.760;SC=CGCTCCAGCACCCCTTTGTCC;SOR=0.539;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=153;TCR=86;TR=174;WE=180472456;WS=180472438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,176:0.73:240
chr5	180472498	rs28677846	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=2.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.595;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,100:0.27:377
chr5	180472513	rs6894087	A	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.603;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,107:0.27:396
chr5	180474814	rs13359580	CA	TG	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=0.905;SC=TAGAGTATCTCACCTTTCTTG;SOR=1.488;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=180474823;WS=180474804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr5	180477449	rs7702426	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr5	180480187	rs74429842	G	T	8980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=1.952;SC=CGGCCCCCGCGGGTGTTTTCC;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=557;TCF=307;TCR=250;TR=386;WE=180480195;WS=180480169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,391:0.69:567
chr5	180480363	rs7709523	A	G	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.95;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr5	180480363	.	AAC	GAT	2330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=39;SC=GCCGGTGCTGAACCCCGGGGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=52;WE=180480373;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr5	180480365	rs7727802	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr5	180480808	rs9942308	T	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=859;ReadPosRankSum=3.010;SC=CCAGGGTCTCTGCTGCCAGCG;SOR=0.455;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=45;WE=180480816;WS=180480798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr5	180482768	.	CA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,21:0.17:124
chr5	180482795	rs3885614	A	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.591;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,54:0.27:203
chr5	180482899	rs3885615	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,50:0.24:207
chr5	180486224	rs7379015	T	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=15;PP=730;SC=ACTAACGCTGTGGCTCTGCGC;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=180486232;WS=180486214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	180486247	rs6601166	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr5	180486785	rs10068763	G	C	9674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.241;NF=195;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=2.120;SC=TAGAGGGACGGGCGTCCCCGA;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=578;TCF=270;TCR=308;TR=416;WE=180486797;WS=180486775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,431:0.73:594
chr5	180486891	rs33927456	C	CG	3378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.355;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.672;NF=7;NR=88;PP=2737;ReadPosRankSum=0.678;SC=GGACTGGCCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.285;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=150;TCF=9;TCR=141;TR=95;WE=180486899;WS=180486881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,131:0.72:181
chr5	180552412	rs7724668	G	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=412;SC=TGCTCTGAGAGATGCAGGAGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=180552420;WS=180552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	180582604	rs2546423	A	G	4912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.976;SC=TCCTATGCTCACATTCTAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=253;TCF=99;TCR=154;TR=194;WE=180582612;WS=180582594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,213:0.77:275
chr5	180582980	rs7380309	G	A	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.863;NF=45;NR=67;PP=1731;ReadPosRankSum=-1.243;SC=TGGTTTCCTCGTGAATTATGA;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=112;WE=180582988;WS=180582970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,114:0.74:154
chr5	180583039	.	G	GTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.341;NF=0;NR=14;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CACTACATCAGTTCTTTCTTT;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=14;WE=180583047;WS=180583029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr5	180626242	rs76492548	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.080;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,15:0.19:80
chr6	312023	rs1342789	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=1269;ReadPosRankSum=1.722;SC=GGAGTACCTACGACGTTAATG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=61;WE=312031;WS=312013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr6	335175	rs2671431	A	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=29;PP=1232;SC=TAAGTTTCTTATTTCTGTATT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=335183;WS=335165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	346429	rs10642379	G	GACACACAC	2359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.386;QD=39.33;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,57:0.95:60
chr6	348080	rs2797333	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=938;SC=GCCCTCACACATGTGCTTCTC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=348088;WS=348070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	350829	rs1129085	G	A	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=53;PP=2000;SC=CAGCCGCTCCGGGAATTCTGA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=350837;WS=350819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	367243	rs7776416	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.085;NF=46;NR=20;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTCAACCCTCTTCTTTGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=367251;WS=367233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr6	367352	rs7764099	C	T	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=69;PP=2706;ReadPosRankSum=2.322;SC=CATGCACATACACACATGTAC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=141;WE=367360;WS=367342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr6	367481	rs7738368	T	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TCTGAATGCTTGCATACACAT;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=68;WE=367489;WS=367471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr6	397013	rs12662302	G	A	2823.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.511;NF=70;NR=9;PP=804;ReadPosRankSum=0.732;SC=CCCCCGTCTCGATGCCAGTGC;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=72;TCR=9;TR=79;WE=397021;WS=397003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,63:0.98:64
chr6	397038	rs72137082	TCTCCTGCACTCCTTTAC	T	5570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.486;NF=57;NR=14;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TATCTCAGCCTCTCCTGCACT;SOR=2.730;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=71;WE=397062;WS=397028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr6	397261	rs34318727	G	A	10360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.44;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr6	397269	rs6942173	T	G	9504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.83;ReadPosRankSum=0.302;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr6	397290	rs1775589	T	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GAAGAGCTAATTGCTAATGTG;SOR=2.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=21;TCR=112;TR=132;WE=397298;WS=397280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr6	398775	rs2671422	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GAAGCCCCGCGGTGCGTCGGA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=87;WE=398783;WS=398765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr6	497520	rs6909878	G	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=65;PP=2172;SC=ATGGTGCTTTGTGGGGCTTTT;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=106;WE=497528;WS=497510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	554045	rs11399543	C	CT	165.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.230;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-2.362;SC=AGTCACATAACTTTTTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=554053;WS=554035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr6	556147	rs2476844	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=358;SC=AGGAGGCGTGCGAAGAGTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=556155;WS=556137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	564515	rs2277096	G	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=24;PP=1105;SC=ACAGAAGTACGCCTTTCTCTG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=564523;WS=564505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	572480	rs2073009	G	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=17;PP=1075;SC=AGAAATGCACGGTGACTCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=54;WE=572488;WS=572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	572714	rs12154040	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=475;SC=AGCATATTGGCGCACCCCCCT;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=572722;WS=572704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	597871	rs4960092	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=221;SC=GATGTCCTACGCCAGATAACC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=597879;WS=597861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	601244	.	A	G	369	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=51.96;NF=3;NR=14;PP=369;QD=23.7512477969;SC=CACCCCGTGTACGAATCCACA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=601252;WS=601234;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr6	1313078	rs78460560	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=625;SC=TGGGGACTGCGCGGCCAACAG;SOR=1.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=1313086;WS=1313068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr6	1313470	rs4435985	C	T	13321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=214;NR=255;PP=2965;SC=ACGACTGCTTCGTCAAGGTGC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=469;TCF=214;TCR=255;TR=469;WE=1313478;WS=1313460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr6	1313952	rs992327	A	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	1313980	rs147255181	C	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	1612419	.	TA	T	544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.417;NF=1;NR=29;PP=462;ReadPosRankSum=1.012;SC=AAATCGAAACTAAAAAAAAAA;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=1612428;WS=1612409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr6	1742794	rs3734739	A	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=80;PP=2522;SC=CCTCCGGCTCATCATTCTGCA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=147;WE=1742802;WS=1742784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	1742908	rs3734740	C	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=490;SC=ATATGGACATCGACAGCTGGA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=1742916;WS=1742898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	2623960	rs201134793	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=37;PP=1601;SC=AGTGGCTCCATGCCATCAAAT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=2623968;WS=2623950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	2683439	rs898772	T	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=44;PP=1267;SC=CCGATTTCCTTACCACCATGT;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=2683447;WS=2683429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	2685677	rs966232	T	C	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=59;PP=2838;SC=GTGGTCAAGATGGGGCGGGGA;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=109;TCR=59;TR=168;WE=2685685;WS=2685667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	2685904	rs10498657	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=682;SC=CTGCTGAGTCTGGATGAGCAG;SOR=2.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=2685912;WS=2685894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	2692876	rs5873836	AG	A	71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	2834265	rs386915	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=53;PP=1522;SC=AAAAATGAGGCGAAAGAGGAA;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=2834273;WS=2834255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	2834371	rs3215397	CA	C	255.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=239;SC=TGTTTTGTGCCAAAACAGATT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=2834379;WS=2834361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	2836266	rs385955	T	A	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=64;PP=2965;SC=TTCTGAACAGTTTTAAAAAAT;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=149;WE=2836274;WS=2836256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	2838046	rs316339	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=17;PP=1132;SC=AACTGCAGGTAGGGAAGGCGG;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=2838054;WS=2838036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	2838102	rs316340	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=39;PP=1747;SC=ATTCCATTCTGCCCAGGCTCT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=96;WE=2838110;WS=2838092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	2838248	rs316341	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=760;SC=TAAAAAAAAGGAAAAGGAAAT;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=2838256;WS=2838238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	2892130	rs61748573	G	A	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=38;PP=2073;SC=TCCTGGCGTAGGGCAGCTCCA;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=2892138;WS=2892120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	2948965	rs318426	C	T	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=83;PP=2259;SC=CTTTAAGACCCAGGGTGCTGC;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=123;WE=2948973;WS=2948955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	2953252	rs2244693	T	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=13;PP=1650;SC=ACACAGGCGCTGCTCCTGTCA;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=2953260;WS=2953242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	2953445	rs3818276	A	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=71;PP=1957;SC=TCAAGACCGCATTAGATAGGG;SOR=1.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=2953453;WS=2953435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	2959513	rs2236277	C	T	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=CTTTACCCAGCGTTTTCAAAA;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=171;WE=2959521;WS=2959503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	2966681	rs7751512	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=24;PP=686;SC=CTGTTAGGAACTGGGCCACGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=2966689;WS=2966671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	3010390	rs1143684	C	T	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=42;PP=1557;SC=TGCCATGAACCTTGAGCCGAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=3010398;WS=3010380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	3010459	rs2475208	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=27;PP=722;SC=TTATAAAAACCATCTTTATGT;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=3010467;WS=3010449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	3012725	rs11351160	TG	T	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=11;PP=2166;SC=ATGGTTGGGATGGGCTGTGGA;SOR=2.964;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=54;WE=3012733;WS=3012715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	3015790	rs1049115	A	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=38;PP=2213;SC=TCAGCGTGCCAGCCATCCTGA;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=91;TCR=38;TR=129;WE=3015798;WS=3015780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	3019654	rs4149370	T	C	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=25;PP=1825;SC=ATCATTTAACTGAATGGTATG;SOR=1.945;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=95;WE=3019662;WS=3019644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	3077141	rs2272990	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=21;PP=725;SC=GCGGAGGCTTTGGGAAGGTGT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=3077149;WS=3077131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	3104696	rs10498658	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=132;SC=TAATAATATTCGAGAGTCAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=3104704;WS=3104686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	3118947	rs2231355	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=40;PP=1601;SC=GCGCATGCGCACTCCCGGCAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=92;WE=3118955;WS=3118937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	3138194	rs1534998	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	3157798	rs909964	G	A	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	3157809	rs909965	C	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	3255163	rs11242830	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=26;NR=0;PP=701;SC=TTCAGCCATTCTCTCACTGGG;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=3255171;WS=3255153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	3255327	rs9503497	G	A	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=116;PP=2965;SC=TAAGAAGTTGGCTGCATAGGA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=127;TCR=116;TR=243;WE=3255348;WS=3255317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	3255340	rs9503498	A	C	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=118;PP=2965;SC=GCATAGGAGCACAACATCACC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=119;TCR=118;TR=237;WE=3255348;WS=3255317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	3259463	rs9501962	G	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	3263830	rs12193912	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=3;PP=1344;SC=CTGCCATCGTCGTGAAGAATC;SOR=4.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=52;WE=3263838;WS=3263820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	3264101	rs4959785	A	G	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=102;PP=2965;SC=GCTAAGAACCATCACCTCATT;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=59;TCR=102;TR=161;WE=3264109;WS=3264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	3264487	rs4959786	T	C	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=113;PP=2965;SC=TGGCGTAGAGTGGGGATTAAG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=223;WE=3264495;WS=3264477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	3264502	rs4959787	G	C	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=113;PP=2965;SC=ATTAAGCAAAGGTCATGAGGC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=119;TCR=113;TR=232;WE=3264510;WS=3264492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	3264526	rs4959788	CT	TC	11204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=114;PP=2947;SC=ATGCTCCACTCTTCCCACACC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=231;WE=3264535;WS=3264516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	3264582	rs11757564	G	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=93;PP=2965;SC=TGTGCTCTGCGACCCCCAGCC;SOR=1.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=155;WE=3264590;WS=3264572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	3264671	rs13193012	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=789;SC=CAGCTGCTTCTGCTCTGGAGT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=3264679;WS=3264661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	3285286	rs10793841	A	G	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=142;PP=2965;SC=GAGACGAGGAAGCACAGCCCA;SOR=1.053;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=105;TCR=143;TR=247;WE=3285294;WS=3285276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	3287118	rs6910086	T	C	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=115;PP=2965;SC=GCTGCAGGAGTGAGGCCAGGG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=138;TCR=115;TR=252;WE=3287126;WS=3287108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	3410247	rs2277076	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=584;ReadPosRankSum=0.033;SC=GAGTGAAATGTTTCACGGCAT;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=27;WE=3410255;WS=3410237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr6	3438738	rs12197689	G	A	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=110;PP=2965;SC=GGCCTCCAGCGCTTGGTGTCT;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=141;TCR=111;TR=250;WE=3438746;WS=3438728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	3439510	rs9503595	T	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=60;NR=38;PP=1719;SC=TGCCGAATGTTCTCTGGGAGC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=3439518;WS=3439500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	3439595	rs35613438	G	GA	2321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1723;SC=AGGCATTTCTGAAAGTTCCCC;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=42;WE=3439603;WS=3439585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	3439637	rs9502003	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=739;SC=GAGCCACTGCGGCCCTGGACG;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=3439645;WS=3439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	3723764	rs1045778	G	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CAGAGCTGGGGCAGCAGCTGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=3723772;WS=3723760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr6	3738268	rs3215783	GC	G	2162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=0.860;NF=36;NR=21;PP=2043;ReadPosRankSum=0.759;SC=TCCCTGCCCAGCCCGGGGCCT;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=57;WE=3738276;WS=3738258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
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chr6	4021554	rs11752006	A	G	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr6	4037582	rs7763233	C	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-0.068;SC=AGAAAAAAATCATTTACTTTG;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=14;WE=4037590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
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chr6	4052167	rs3747761	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
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chr6	4052383	rs3747762	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.147;NF=27;NR=48;PP=1122;ReadPosRankSum=0.750;SC=TCATCTTTACGATCTCATTTT;SOR=0.396;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=170;TCF=52;TCR=118;TR=75;WE=4052391;WS=4052373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,79:0.44:181
chr6	4052458	rs3833454	G	GT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.136;NF=0;NR=14;PP=424;ReadPosRankSum=2.166;SC=TCTGGTTTTTGTTTTTAACTT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=14;WE=4052466;WS=4052448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr6	4057233	rs853407	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr6	4057429	rs853408	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=0.953;SC=AAGGTAAGACATTAGCATGAG;SOR=0.713;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=30;WE=4057437;WS=4057419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr6	4058782	rs12198921	C	T	58.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTTTTAGGTACAGCATTGGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=4058790;WS=4058772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	4069166	rs595413	C	T	9924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=185;PP=2965;SC=CTTGTGGAGACCATTTTAACC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=165;TCR=185;TR=350;WE=4069176;WS=4069156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr6	4079822	.	T	A	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=27;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTCCGCGACATGGCCAGTGGG;SOR=1.186;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=95;WE=4079830;WS=4079812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr6	4079875	rs665728	T	C	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,163:0.62:265
chr6	4087934	rs619483	G	C	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=57;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CTTTATTCCCGCAAGAGTGAA;SOR=0.799;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=224;TCF=122;TCR=102;TR=135;WE=4087942;WS=4087924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,150:0.61:246
chr6	4115758	rs617790	C	T	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ATTCAGTCAGCCACTGTTTGT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=148;TCR=156;TR=191;WE=4115766;WS=4115748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,200:0.63:319
chr6	4115980	rs6920490	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.047;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=957;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CTGTAGTGAAATATCATCATT;SOR=0.670;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=55;WE=4115988;WS=4115970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr6	4116262	rs7166	G	A	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.139;SC=AATTCTCAAGGCCTGGAAAAA;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=197;TCF=65;TCR=132;TR=98;WE=4116270;WS=4116252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr6	4116340	rs660957	T	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=2.277;SC=ATCCCAGCACTTGGGGAGGCC;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=14;WE=4116348;WS=4116330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	4119516	rs2326408	A	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.866;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,84:0.58:145
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chr6	4125474	rs11751668	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=764;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CTTTCTAGGAGCTGACTTACC;SOR=0.293;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=42;WE=4125482;WS=4125464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
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chr6	4734882	rs71311001	A	AGTGAGGG	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=2.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
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chr6	4735146	rs35047361	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=160;ReadPosRankSum=0.428;SC=ATAGGGGAATCGCCCCACACC;SOR=0.317;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=12;WE=4735154;WS=4735136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr6	4773289	rs6927577	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GAGATGGGAAGAGGCTGTGAT;SOR=0.526;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=91;TCR=38;TR=72;WE=4773297;WS=4773279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr6	4773330	rs6908435	A	T	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=51;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TCGTCGGTAGAACTTGCCATC;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=236;TCF=149;TCR=87;TR=136;WE=4773338;WS=4773320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,140:0.57:245
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chr6	4937662	rs9502253	A	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.853;SC=CCCAGGAGTTAGAGAGCACAG;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=5;WE=4937670;WS=4937652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr6	4937742	rs61406305	C	CT	1591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=2177;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AAAAAAAATGCTTTAAGATTT;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=36;WE=4937755;WS=4937718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
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chr6	4952413	rs2793263	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=1025;SC=TTGTGAATGTTTCCCTTCGGT;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=4952421;WS=4952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	4998963	rs1749144	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TTTTATGCCAAGCCAAAAGAA;SOR=0.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=13;WE=4998971;WS=4998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr6	4999193	rs396839	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr6	4999910	rs1749145	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTGTGAAGCTCGAGTCAGAAG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=4999918;WS=4999900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr6	5000721	.	T	C	131	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=48.14;NF=6;NR=0;PP=131;QD=27.6285354245;SC=CGTGCCCAGCTGACTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=5000729;WS=5000711;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	5000779	rs7744457	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=1.286;SC=AAAGAAAGATGAAAAAATAAA;SOR=0.760;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=13;WE=5000787;WS=5000769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	5001341	rs1749158	C	T	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TGGGGATGCGCGGAGAGGGGT;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=121;TCR=106;TR=159;WE=5001349;WS=5001331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,162:0.69:235
chr6	5001577	rs912711	G	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=719;SC=CCTTGAAATAGATGAAAGGAA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=5001585;WS=5001567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	5003952	rs4960056	T	C	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=3;PP=2361;SC=GCCACTGGCTTAGAGCAGTTA;SOR=5.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=82;TCR=3;TR=84;WE=5003960;WS=5003942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	5003981	rs3762008	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=18;PP=1796;ReadPosRankSum=1.017;SC=CAACTCCCAGCAAGCCGGGCG;SOR=1.205;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=193;TCF=156;TCR=37;TR=103;WE=5003989;WS=5003971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,105:0.52:203
chr6	5086070	rs667752	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=40;PP=2230;SC=CGGAGGACGCACAGCTCGGCC;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=5086078;WS=5086060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	5086211	rs584962	G	C	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=168;PP=2965;SC=TCTCGCGCCTGCGAAGCTTCC;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=345;TCF=177;TCR=168;TR=344;WE=5086219;WS=5086201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr6	5086558	rs436556	C	A	9033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=159;PP=2965;SC=CCAGAGGCACCGTCTGGGGCC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=145;TCR=159;TR=304;WE=5086566;WS=5086548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr6	5109592	rs9606	T	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=850;SC=GGAGCCCCCATCTCAAACAGA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=5109600;WS=5109582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	5138809	rs11301112	GT	G	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=512;SC=AATAATGACTGTTTTTTTTAT;SOR=3.690;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=23;WE=5138817;WS=5138799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	5139012	rs463054	C	A	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=40;PP=1266;SC=GTTAAGAGTACCAGTTAACAG;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=5139020;WS=5139002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	5148679	.	T	TTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGGGGCGCAGAGTCAGAACTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGTGGGGCAGAGTCAGAAC,TTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGGGGCGCAGAGTCAGAACTCTGAATGGTAATCCTGAGCTGGGCTGGTGGGGCAGAGTCAGAAC	1011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=19.562;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.10;ReadPosRankSum=3.283;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,9,5:0.25,0.14:36
chr6	5148707	.	AGGGGGCAGAGTTAGAACTCTGTATC	GGGGCGCAGAGTCAGAACTCTGAATC,GGGGCGCAGAGTCAGAACTCTGAATG	139	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0,0;NR=14,4;PP=139,14;QD=15.1762767759;SC=AGCTGGGCTGAGGGGGCAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=14,4;WE=5148740;WS=5148697;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:26
chr6	5148719	rs200871	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	5431340	rs11243011	A	G	11665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=219;NR=198;PP=2965;SC=ATGGAGATCAACTTTCATGGA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=220;TCR=198;TR=417;WE=5431348;WS=5431330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr6	5545654	rs7749599	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTGAAAGCCACTGAATTTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=18;WE=5545662;WS=5545644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr6	5999464	rs3749860	C	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=550;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CAAAACAGAACAAGCAGGTTC;SOR=1.023;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=39;WE=5999472;WS=5999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr6	6003513	rs3792947	A	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=59;PP=1191;ReadPosRankSum=0.734;SC=TGGTCTGGAGAGGAGAAGGCC;SOR=0.552;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=135;TCF=38;TCR=97;TR=85;WE=6003521;WS=6003503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr6	6003820	rs3838670	GGGA	G	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.697;NF=7;NR=3;PP=347;ReadPosRankSum=0.229;SC=GCTGAGCGGCGGGAGGAGGAG;SOR=1.714;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=10;WE=6003830;WS=6003810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr6	6003985	rs3805789	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1597;ReadPosRankSum=0.982;SC=CTGAGGCCGACGAACCCGGCT;SOR=0.965;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=111;WE=6003993;WS=6003975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,114:0.58:196
chr6	6145692	rs1050783	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=680;SC=TTTGGAAAAGCATGTTTTTGA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=6145700;WS=6145682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	6145726	rs1050782	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=7;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TCCACTCTGGAGCCCTCTGCA;SOR=2.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=59;TCR=7;TR=64;WE=6145734;WS=6145716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr6	6151952	rs3024458	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=873;SC=GACATTTTCACTGGGGAGCAG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=6151960;WS=6151942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	6152007	rs5980	C	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=13;PP=1695;SC=TTCCCACAGCCCTGCACTGCC;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=6152015;WS=6151997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	6152137	rs5988	C	G	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=124;PP=2965;SC=TTGGTAAACTCAACTGTCACA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=260;WE=6152145;WS=6152127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr6	6152211	rs2274394	C	G	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=99;PP=2965;SC=GTCATTAGCACCAAATAAAAC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=166;WE=6152219;WS=6152201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	6167621	rs435048	G	A	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=32;PP=1743;SC=ATACAAGCACGCATATGCACA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=89;WE=6167629;WS=6167611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	6174786	rs380058	G	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=0;PP=953;SC=GCGAGTCTCAGAAAGAACCAC;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=6174794;WS=6174776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	6174856	rs5986	T	C	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CCTTCTTGAATTCTGCCTTCG;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=172;TCF=117;TCR=55;TR=106;WE=6174874;WS=6174846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,113:0.63:180
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chr6	6251275	rs3024368	T	TA	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.356;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.936;NF=1;NR=27;PP=766;ReadPosRankSum=-1.463;SC=GCCAAATTTTTAAAAAATGCC;SOR=0.182;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=28;WE=6251283;WS=6251265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr6	6318795	rs5985	C	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
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chr6	6588881	rs977785	A	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=8;PP=1004;SC=CTGAACATCCAACTGCCTTGG;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=6588889;WS=6588871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	6589192	rs112924538	G	GGA	1661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1349;SC=AGTTGGGGTGGGAGGGGAGAG;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=30;WE=6589200;WS=6589182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	7247248	rs2256596	T	C	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1586;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GCGGAAAAGCTCGCGGAGGAG;SOR=1.046;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=255;TCF=140;TCR=115;TR=102;WE=7247270;WS=7247238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,109:0.42:260
chr6	7269548	rs7744696	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.277;SC=TCCCACAATCAAAGACCCAGA;SOR=0.021;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=9;WE=7269556;WS=7269538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr6	7289957	rs16740	CCA	C	1340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.895;NF=20;NR=4;PP=911;ReadPosRankSum=-0.131;SC=AATATTATCGCCACAGACTCT;SOR=0.464;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=24;WE=7289966;WS=7289947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr6	7290215	rs3799511	T	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=605;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TATATTGAATTCAAAAGACAT;SOR=0.509;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=39;WE=7290223;WS=7290205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr6	7290282	rs9505117	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CATGGGTGAACACCATCTAAT;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=12;WE=7290290;WS=7290272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	7295240	rs2714360	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.122;NF=25;NR=10;PP=635;ReadPosRankSum=1.048;SC=TTACTCATTAAACTTGACGTA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=35;WE=7295248;WS=7295230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr6	7295283	rs7764613	T	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-1.202;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr6	7295300	rs35998405	TA	T	1444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.481;NF=8;NR=30;PP=866;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CAAAAACCATTAAAAAAATTA;SOR=0.544;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=38;WE=7295315;WS=7295290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr6	7295441	rs76318232	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.694;SC=ATTAAAGCATAAGAAGACTAC;SOR=1.206;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=13;WE=7295449;WS=7295431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr6	7295605	rs9502587	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=0.906;SC=CTTCCCAGCCAAGTCTGTAAG;SOR=2.511;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=18;WE=7295613;WS=7295595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr6	7295755	rs2714361	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=40;PP=1107;SC=AAGGAGTTCCGTTACACCATT;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=7295763;WS=7295745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	7298074	rs78770007	T	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1125;ReadPosRankSum=-1.179;SC=AGTGACAGTATGAGGCCGAAG;SOR=0.829;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=180;TCF=128;TCR=52;TR=70;WE=7298082;WS=7298064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr6	7298287	rs2714309	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=695;ReadPosRankSum=2.067;SC=GAAATACCACGTCTAATTACA;SOR=1.539;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=38;WE=7298295;WS=7298277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
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chr6	7303735	rs9505131	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-0.842;SC=ACAAGCTCATCGTTTTAAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=7303743;WS=7303725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr6	7414657	rs4960314	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=461;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTTTCTTTAGTGTGGGAGCAC;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=44;WE=7414665;WS=7414647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
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chr6	7563983	rs2806234	T	G	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.579;SC=AGAAATCTGCTATCTACCAGT;SOR=1.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=132;TCR=74;TR=204;WE=7563991;WS=7563973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr6	7565490	rs35266991	A	AT	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=0.029;SC=TATCCGTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=7565498;WS=7565480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr6	7567970	rs2076296	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1146;ReadPosRankSum=1.759;SC=TGAAATTGCTCATTGAGTTGC;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=66;WE=7567978;WS=7567960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr6	7571874	rs926411	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=0.360;SC=TTAAAAAGAAGGGAGTTTGCA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=15;WE=7571882;WS=7571864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr6	7572262	rs2076304	A	G	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CAGACCAGGGATCTTCTCACC;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=79;WE=7572270;WS=7572252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,85:0.58:147
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chr6	7575506	rs370928396	CT	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.947;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr6	7576527	rs1016835	G	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=51;PP=1859;ReadPosRankSum=0.809;SC=TTCCCCCCAGGTTATGGGACC;SOR=0.330;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=201;TCF=129;TCR=72;TR=126;WE=7576535;WS=7576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,131:0.63:209
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chr6	7577260	rs2064217	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.609;SC=CTGAACTTTGCGCCAATTCAA;SOR=0.548;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=31;WE=7577268;WS=7577250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
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chr6	7585967	rs2744380	G	C	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=2066;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CGGCTCCGGGGTCCCGCTCCG;SOR=0.770;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=111;WE=7585975;WS=7585957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,115:0.64:181
chr6	7590624	rs2757594	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.031;SC=AGTCTGGATCCCGGGGAAGAG;SOR=1.012;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=80;WE=7590632;WS=7590614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr6	7590653	rs2744384	A	G	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=75;PP=2965;SC=GGAGGTGAGGAGCGCGGCCGC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=156;WE=7590661;WS=7590643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	7590802	rs2744385	G	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.09;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	7590802	.	GGGGCC	CGGGCC,CGGGCT	380	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2,2;NR=28,18;PP=128,380;QD=5.42570708491;SC=AGGGGCGCCGGGGGCCCTGGA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30,20;WE=7590815;WS=7590792;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:30
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chr6	7601720	rs3734586	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=545;ReadPosRankSum=0.698;SC=AAAATGACAGCGATCTCTTTG;SOR=0.971;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=44;WE=7601728;WS=7601710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr6	7605505	rs9505238	T	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=-1.215;SC=ACTGCACAAGTCCCACAGTCA;SOR=0.356;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=16;WE=7605513;WS=7605495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr6	7606255	rs2757597	G	A	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=112;PP=2965;SC=ATTCTTTTCTGTGTTTTAGGA;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=159;TCR=112;TR=270;WE=7606263;WS=7606245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr6	7608863	rs1535433	T	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=23;SC=GATTTTTTTTTAATTACGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=7608871;WS=7608861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	7727522	.	G	GAGC	3607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.952;NF=21;NR=78;PP=2986;ReadPosRankSum=0.349;SC=GCAGCAGGAGGAGCAGCAGCA;SOR=0.850;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=310;TCF=63;TCR=247;TR=99;WE=7727530;WS=7727512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,168:0.41:410
chr6	7727931	rs77624055	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=808;ReadPosRankSum=-2.200;SC=GAGTGAGGGGGTGGAGGAGCT;SOR=1.149;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=35;TCR=93;TR=51;WE=7727939;WS=7727921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr6	7862631	rs17557	G	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TGAGTGAGGTGCACGTGCGCA;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=252;TCF=120;TCR=132;TR=97;WE=7862639;WS=7862621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,97:0.38:256
chr6	7879407	rs267172	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.594;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=598;ReadPosRankSum=-1.697;SC=ACACGGGGGATAAAGGTCCTT;SOR=1.409;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=44;WE=7879415;WS=7879397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,47:0.36:132
chr6	7889088	rs1225944	A	G	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=80;PP=2112;ReadPosRankSum=-1.839;SC=CCACCTGGCCAAGACACGGGC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=399;TCF=195;TCR=204;TR=162;WE=7889096;WS=7889078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,176:0.42:424
chr6	7892143	rs1225950	C	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTGTTCATGACTTCATAACAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=7892151;WS=7892133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	7900028	rs1225954	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=1.795;SC=CAGCCAGGCATGTATCTGCTC;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=24;WE=7900036;WS=7900018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
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chr6	7986847	rs197129	G	A	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=81;PP=2186;ReadPosRankSum=0.794;SC=CCTGTACCGCGTCCTCAGCAT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=488;TCF=257;TCR=231;TR=171;WE=7986855;WS=7986837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,181:0.36:499
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chr6	8435454	rs6597317	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=725;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GTTTCTTCCATCCCGACCTCA;SOR=0.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=52;WE=8435462;WS=8435444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr6	9616231	rs143324041	A	AGAAGAAGAAGAG	1922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=9.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=2.141;QD=7.69;ReadPosRankSum=4.718;SOR=2.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,83:0.33:250
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chr6	9705636	rs12215551	T	C	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=109;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GTGAGGAAGTTGGGTAGCAAA;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=332;TCF=146;TCR=186;TR=191;WE=9705644;WS=9705626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,199:0.58:345
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chr6	9750430	rs10949284	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.104;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=821;ReadPosRankSum=0.968;SC=CTACAGAGGGTAAAAAGGACA;SOR=1.482;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=56;WE=9750438;WS=9750420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr6	9750730	rs375191856	GTAATAATAA	G	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.94;NF=0;NR=5;PP=876;SC=CCTCCTCTATGTAATAATAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=9750746;WS=9750720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	9795507	rs141334431	AGAG	A	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.98;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr6	9795586	.	G	GGAAGAAGAA,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA	1711.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.56;QD=71.32;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,10:0.58,0.42:24
chr6	9845732	rs11968445	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=542;ReadPosRankSum=0.396;SC=GCATTAAATCCAACATTAAGG;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=36;WE=9845740;WS=9845722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr6	9860514	.	C	CA	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=57.17;NF=4;NR=0;PP=65;QD=17.5;SC=TACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=9860522;WS=9860504;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,4:0.36:11
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chr6	10430171	rs303061	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=1.621;SC=TGGTAGAAAGTACCAGAGACA;SOR=0.936;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=27;WE=10430179;WS=10430161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
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chr6	10764727	rs126405	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
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chr6	10814091	rs6909367	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=663;ReadPosRankSum=0.534;SC=ATAGATTTATACTCTTAAAGC;SOR=0.436;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=37;TCR=94;TR=50;WE=10814099;WS=10814081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,51:0.38:134
chr6	10875238	rs2076257	T	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AACAATAGCCTAGAAGTAAGT;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=28;WE=10875246;WS=10875228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr6	10876036	rs2076258	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTGTAATTAACGTATGACCTT;SOR=0.280;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=24;WE=10876044;WS=10876026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr6	10882100	rs2153156	G	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=81;PP=2540;SC=CGCCAGGTGGGTTTTTTTTCT;SOR=1.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=117;WE=10882108;WS=10882090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	10887251	rs9366663	T	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.05;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=1.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr6	10887251	.	TCG	CCC	2077	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=38;NR=4;PP=2077;QD=50.725425592;SC=CAGGGCTCTTTCGGCAGCGCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=42;WE=10887261;WS=10887241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,42:0.65:65
chr6	10887253	rs9358956	G	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr6	10887276	rs9348724	C	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=16;PP=1357;ReadPosRankSum=0.676;SC=GCGGGCGGGGCTCTTGGGCGG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=86;TCR=26;TR=70;WE=10887284;WS=10887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr6	10891781	rs1538441	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.32;QD=24.09;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	10891838	rs78570106	ATCTC	A	841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.71;QD=40.08;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	10891842	.	CTCTCTGTGTGTGTGTGTGTG	C	513	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=62.74;NF=0;NR=20;PP=513;QD=26.85;SC=TTTATAATCTCTCTCTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=10891871;WS=10891827;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,20:1.00:20
chr6	10906154	rs9357021	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=1.224;SC=AAATAGTTTCAGAAACATATA;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=10906162;WS=10906144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr6	10906256	rs4713039	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=519;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GTTTCAGGAAAGACCTTGCAA;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=41;WE=10906264;WS=10906246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr6	10911282	rs4713044	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=816;SC=ACCAGAATGCGTTACCAGTAA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=10911290;WS=10911272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	10924992	rs1225764	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=443;SC=CTGGTCTTTCAAATGCCATGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=10925000;WS=10924982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	10931587	rs1225729	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=13;PP=1625;SC=TTGCTTTTAGTGTTAGCATAT;SOR=2.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=10931595;WS=10931577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	10955408	rs1225746	C	T	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=124;PP=2965;SC=AGAGGTTGCTCCGGGATCCCC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=177;TCR=124;TR=301;WE=10955416;WS=10955398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
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chr6	10961454	rs2295599	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=0.045;SC=TCTGAAGTATCCTTGTAATCA;SOR=0.195;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=16;WE=10961462;WS=10961444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
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chr6	11192522	rs5874310	C	CT	7396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=45;PP=2974;SC=CTGCACCCCCCGACACACAGA;SOR=1.460;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=108;WE=11192540;WS=11192512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
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chr6	11200421	rs2078599	C	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=9;PP=1563;SC=CTCACCAAGGCAGGGACCCCA;SOR=3.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=67;WE=11200429;WS=11200411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	11200574	rs726230	A	C	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=2235;ReadPosRankSum=0.939;SC=ATGCTTGCCTATGAGGCTGGC;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=116;TCR=153;TR=141;WE=11200582;WS=11200564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,149:0.52:284
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chr6	11201157	rs3798734	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=19;PP=1324;ReadPosRankSum=-2.601;SC=CGGCAAGCCTCCAAACTCAGG;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=100;TCR=31;TR=76;WE=11201165;WS=11201147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr6	11201437	rs9368610	C	T	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=50;PP=1392;SC=GGCAGAGCAGCGGCAGCAGAG;SOR=6.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=11201445;WS=11201427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	11213468	rs12215094	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=751;ReadPosRankSum=0.341;SC=GTGTAATGGGAAAAAAAAATA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=44;WE=11213476;WS=11213458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr6	11213832	rs3734404	T	C	8049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GACCGTGTAATGAGCACAGCC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=595;TCF=330;TCR=265;TR=365;WE=11213840;WS=11213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,373:0.61:612
chr6	11232588	rs3215815	G	GC	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TTGCTTGTCTGCTTGCATGTC;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=30;WE=11232596;WS=11232578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr6	11233375	rs151103358	C	CCT	2836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,107:0.30:355
chr6	11538534	rs821443	C	T	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1577;ReadPosRankSum=1.732;SC=GGGGCGACCACTCCATGATCA;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=172;TCR=125;TR=115;WE=11538542;WS=11538524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,115:0.38:301
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chr6	11717671	rs13201084	T	C	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=2053;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CAAGAAATTATTGTTTCAATC;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=125;WE=11717681;WS=11717661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,133:0.62:216
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chr6	12123249	rs2228220	A	G	3558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=91;PP=2531;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CCTAAACATAATGTTACCATA;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=439;TCF=207;TCR=232;TR=172;WE=12123257;WS=12123239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,176:0.38:460
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chr6	12125772	rs1126472	A	G	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=69;PP=2055;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CAAAGTCAACAGCCAGTCACT;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=391;TCF=212;TCR=179;TR=158;WE=12125780;WS=12125762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,165:0.41:403
chr6	12129936	rs3734271	T	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-2.093;SC=AGTGAAAGATTAGCATGCTTG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=26;WE=12129944;WS=12129926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr6	12290728	rs1800997	TA	T	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.981;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.77;MQRankSum=0.994;NF=19;NR=0;PP=646;ReadPosRankSum=1.716;SC=TTCTCCCCGTTAAAAGGGCAC;SOR=4.310;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=19;WE=12290736;WS=12290718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	12294137	rs1800543	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=17;PP=1388;SC=GACTATTAATTACACTAATAT;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=12294145;WS=12294127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	12294258	rs5369	A	G	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=106;PP=2965;SC=CAGACCGTGAAAATAGATGCC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=240;WE=12294266;WS=12294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	12296255	rs5370	G	T	11425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=207;PP=2965;SC=TGAAAGGCAAGCCCTCCAGAG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=420;TCF=213;TCR=207;TR=420;WE=12296263;WS=12296245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr6	13182928	rs143168559	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GGTAATGCCCCGGCAGGATTG;SOR=0.047;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=20;WE=13182936;WS=13182918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr6	13273318	rs202054	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-0.804;SC=ACCTCCCCAAAGAGAAGGCAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=13273326;WS=13273308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr6	13278648	rs3817735	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.842;SC=CAGTGGCCTCACCGCTGCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=17;WE=13278656;WS=13278638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr6	13281412	rs3846903	A	G	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=66;PP=1881;ReadPosRankSum=1.361;SC=GACATTAGTAAAATCCAGGTC;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=120;WE=13281420;WS=13281402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,128:0.58:222
chr6	13288535	rs202040	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=415;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGGAGCGTGACTGTGGGTGTG;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=24;WE=13288543;WS=13288525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr6	13288578	rs202039	G	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=992;ReadPosRankSum=0.585;SC=TAGGGTGTGCGATGAGGCCAG;SOR=0.605;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=64;WE=13288586;WS=13288568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr6	13288648	rs202038	A	G	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1291;ReadPosRankSum=0.855;SC=GATTTCCTTCATAACAGAGCT;SOR=0.377;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=177;TCF=103;TCR=74;TR=102;WE=13288656;WS=13288638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,107:0.57:189
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chr6	13288737	rs202036	T	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.515;NF=20;NR=29;PP=622;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GTGGTGGAACTCTCCACCACA;SOR=0.611;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=49;WE=13288745;WS=13288727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
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chr6	13295536	rs454563	C	T	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1781;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACTGGTTCCCCTCCTCATCCA;SOR=0.993;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=103;WE=13295544;WS=13295526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,109:0.57:192
chr6	13308083	rs2439538	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.340;SC=CAAGGAAGTATTAGAAAACAA;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=13308091;WS=13308073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr6	13316658	rs860266	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	13361088	rs2496162	A	G	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=59;PP=2528;SC=CCTGGCAAGAACAGGAGGTGC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=125;WE=13361096;WS=13361078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	13365913	rs9367440	C	G	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=87;PP=2944;SC=GGGAGGAAGACAGCGGTCAGC;SOR=1.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=130;WE=13365921;WS=13365903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	13365940	rs115061528	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=742;ReadPosRankSum=1.340;SC=GGACCATGTCCGAGCGCGCGT;SOR=0.518;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=46;WE=13365948;WS=13365930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr6	13470113	rs766773	A	T	6487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=1.084;SC=TATGTCTCACACCAAATCTGG;SOR=0.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=126;TCR=93;TR=218;WE=13470121;WS=13470103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr6	13584583	rs2804918	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr6	13588719	rs34942769	TA	T	2502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.159;NF=2;NR=55;PP=1978;ReadPosRankSum=0.802;SC=TCCAGAACATTAAAAGCCTCT;SOR=1.070;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=99;TCF=7;TCR=92;TR=57;WE=13588727;WS=13588709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,93:0.60:154
chr6	13592135	rs3734674	C	T	6080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=1.221;SC=TGGTGAGAGACCCCCAGCCTC;SOR=0.939;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=567;TCF=273;TCR=294;TR=277;WE=13592143;WS=13592125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,281:0.50:564
chr6	13597295	.	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.450;QD=0.52;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,16:0.15:105
chr6	13599303	rs3757261	C	T	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=45;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGCGACCTCACGTCGTGTGGT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=119;WE=13599311;WS=13599293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,127:0.61:207
chr6	13794110	rs4715568	C	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=28;PP=1415;SC=AGAAAAATCACAGTCTTGTTT;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=13794118;WS=13794100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	13800626	rs3215484	TAA	T	1978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=16;PP=699;SC=TAAAAACACATAAAAAAAAAG;SOR=1.445;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=31;WE=13800635;WS=13800616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	13814340	rs1204145	T	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=57;PP=1562;SC=CTCCACGCGCTGCTGCGCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=13814348;WS=13814330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	14118034	rs111804875	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=16;PP=1269;ReadPosRankSum=1.340;SC=GCGGCGCAGCGCTCCAGCCAT;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=95;TCR=27;TR=73;WE=14118042;WS=14118024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr6	14118138	rs2235368	C	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=73;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GACACCCCCTCCCGTCGGTCG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=433;TCF=232;TCR=201;TR=157;WE=14118146;WS=14118128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,161:0.36:443
chr6	15373652	rs11757092	T	A	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=39;PP=2965;SC=CTTGTATTCGTTCTGGAGCAA;SOR=2.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=114;TCR=39;TR=153;WE=15373660;WS=15373642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	15374508	rs9383050	A	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=75;PP=2249;SC=GGAATATCTCATTGGAATGTA;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=112;WE=15374516;WS=15374498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	15374533	rs13214720	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.030;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=1697;ReadPosRankSum=1.487;SC=ATCTCTGGGCGTGGACTTGTT;SOR=1.342;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=45;WE=15374552;WS=15374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr6	15374544	rs2072820	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=1697;ReadPosRankSum=0.986;SC=TGGACTTGTTCCTGAATTGGA;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=36;WE=15374552;WS=15374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr6	15401385	.	C	CTA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=0.756;SC=TGGCAAGGTGCTATATATATA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=15401393;WS=15401375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr6	15468876	rs7768621	C	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AAACAGCCACCAACAATGCTT;SOR=0.907;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=251;TCF=145;TCR=106;TR=85;WE=15468884;WS=15468866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,89:0.34:261
chr6	15487782	rs2076056	C	G	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.916;SC=AGGTAAAGTCCAGCAGGGGTG;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=109;TCR=170;TR=184;WE=15487790;WS=15487772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,188:0.66:287
chr6	15496662	rs742099	C	T	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=100;PP=2830;ReadPosRankSum=0.207;SC=CCACTGGGCCCGCCGTCAATG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=130;TCR=186;TR=171;WE=15496670;WS=15496652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,176:0.55:322
chr6	15500999	rs13192234	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=320;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CCGGGAGTCTGCTGTTCACCA;SOR=2.105;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=18;WE=15501007;WS=15500989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr6	15501726	rs41267698	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.060;SC=TGCACTGGACGGTGTGTTCTC;SOR=0.061;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=9;WE=15501734;WS=15501716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr6	15504589	rs760659	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=737;SC=CTTCCTTCTCTGCCTGTCATT;SOR=3.086;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=15504597;WS=15504579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	15511409	rs35360051	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=3;PP=1213;SC=CCATCCCTGCCGGCGTGGAGC;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=15511417;WS=15511399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	15511429	rs55742636	C	CCCAT	2738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=10;PP=2619;SC=CAGAGCCTCTCGTGTGCTCGG;SOR=2.753;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=44;WE=15511437;WS=15511419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	15513482	rs2235258	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=14;PP=1682;SC=ATACAGAGCTGCGGCAGCGCA;SOR=2.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=79;WE=15513490;WS=15513472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	15513664	rs201516733	C	A	4405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,120:0.39:308
chr6	15513664	.	CT	AG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=31;NR=51;PP=2944;QD=20;SC=GTGAGCCCGCCTGGCCCTGCC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=271;TCF=108;TCR=163;TR=82;WE=15513685;WS=15513654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:189,82:0.30:271
chr6	15513665	rs202086939	T	G	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,118:0.39:301
chr6	15513668	.	CCCTGCCGGCG	C	4351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=49;PP=2971;ReadPosRankSum=0.383;SC=GCCCGCCTGGCCCTGCCGGCG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=11;TCR=163;TR=52;WE=15513685;WS=15513654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,113:0.38:294
chr6	15520920	rs112303618	G	GCA	3816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5060;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.786;NF=36;NR=29;PP=2240;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGACACACGCGCACACACACA;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=65;WE=15520944;WS=15520910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,119:0.95:125
chr6	15586009	rs6926401	G	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GAGACCTGAAGGAGTGAACAG;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=87;WE=15586017;WS=15585999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,91:0.44:209
chr6	15660871	rs909706	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GGGTTCTAACTAGATCCCTTT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=15660879;WS=15660861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr6	15663118	rs11558324	T	C	15129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=322;PP=2965;SC=GCCGCCGGTCTCCTCTCCTCA;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=535;TCF=213;TCR=322;TR=535;WE=15663126;WS=15663108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr6	16145325	rs9370867	A	G	4189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=85;PP=2692;ReadPosRankSum=0.155;SC=GTTTCAAGAAACAACCAGAGC;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=174;WE=16145333;WS=16145315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,186:0.61:305
chr6	16753352	rs10456791	A	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AGAGTTTGCAAAGAAAATGAT;SOR=0.269;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=16753360;WS=16753342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	16761788	.	G	GCCCT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=0.328;SC=CCGCCCGCCCGCCCTCCCTCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=16761796;WS=16761778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	17102429	rs9367941	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=855;ReadPosRankSum=-1.266;SC=AGCGCGGCAGGGAGCGCTCGC;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=112;TCR=52;TR=62;WE=17102437;WS=17102419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,67:0.39:173
chr6	17102600	rs2147230	A	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=69;PP=1695;ReadPosRankSum=0.263;SC=CAAACAAACAAACAGACAGAA;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=92;TCR=153;TR=114;WE=17102608;WS=17102590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,116:0.46:252
chr6	17115384	rs34224564	G	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=-0.889;SC=ACCTCCCTCTGCCCCCATTCA;SOR=0.621;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=50;WE=17115392;WS=17115374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr6	17282415	rs1108512	G	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=700;ReadPosRankSum=1.212;SC=TGGGGCTGTTGCCCTTGTGTC;SOR=1.689;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=41;WE=17282423;WS=17282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr6	17493690	rs751502	C	G	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=86;PP=2965;SC=ACAGACTGTACCCATAATGGA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=179;WE=17493698;WS=17493680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	17513954	rs4716146	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=448;SC=GGTGCCTGGGTTGCAAGGACG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=17513962;WS=17513952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	17541484	rs4716155	G	T	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=2.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	17541490	rs4716156	G	A	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.71;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	17543036	rs2296249	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=177;SC=ATATATGCTGATGTTTAATAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=17543044;WS=17543026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	17543302	rs9256	A	G	7404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=127;PP=2965;SC=ACAACTGTAAAAAACTCGGCC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=138;TCR=127;TR=265;WE=17543310;WS=17543292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr6	17606413	rs1969830	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=242;SC=TTTTACAGTACACATTTTCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=17606421;WS=17606403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	17616493	rs7765156	C	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=62;PP=1899;SC=ATGAGCAGCACAAGGGTAAGG;SOR=0.855;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=102;WE=17616501;WS=17616483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	17616513	rs3836949	T	TG	776.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.759;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;MQRankSum=0.513;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.445;SOR=1.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr6	17616556	rs3777712	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.037;NF=12;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=0.736;SC=TTTTCTGCTACACCTAACACA;SOR=0.915;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=25;WE=17616564;WS=17616546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr6	17628841	rs11422297	T	TA	266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=175;SC=CGACAACTTGTAAAAAAAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=12;WE=17628849;WS=17628831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	17629616	rs942467	G	A	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=81;PP=2965;SC=ACCCAGAATCGGATGACACAC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=194;WE=17629624;WS=17629606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	17633061	rs2274136	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=390;SC=CTACTTGAAGCAGGTACTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=20;WE=17633069;WS=17633051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	17675386	.	GA	G	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.713;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr6	17688798	rs1065057	G	A	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=66;PP=1363;ReadPosRankSum=2.064;SC=TATCTTTGTAGCCACCCTGGC;SOR=0.780;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=246;TCF=103;TCR=143;TR=108;WE=17688806;WS=17688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,111:0.43:258
chr6	17764530	rs9371018	C	T	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=AATCTTTTCCCTCTGACACTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=192;WE=17764538;WS=17764520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	17777614	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=3.523;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
chr6	17779476	.	ATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTT	A,AT	179.82	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=6;PP=2243;SC=GCATATATATATATATATATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=17779512;WS=17779466;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr6	17779731	rs9477524	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=249;SC=TCGAACTCCCGACCTCAGGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=17779739;WS=17779721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	17785948	rs4716186	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=56;PP=1457;SC=AATAGATTTCAGCCTGGGCAA;SOR=3.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=64;WE=17785956;WS=17785938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	17794494	rs3734234	G	A	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=TAACTGTCCAGCCCTCTTTGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=17794502;WS=17794474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	17799766	rs6459573	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=269;SC=TGAAACAAATTGGTCATCCAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=17799774;WS=17799756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	17800131	rs41267716	G	T	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=148;NR=57;PP=2965;SC=TTGTAAAATGGTTTTGCATGA;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=148;TCR=57;TR=205;WE=17800139;WS=17800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	17809199	rs6913612	G	A	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=67;PP=2274;SC=AAAATCTAAAGGAAAACTGCA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=17809207;WS=17809189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	17815716	rs6920106	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=10;PP=776;SC=AGGTAATGGGCGCCTTCTCAG;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=17815724;WS=17815706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	17817235	rs9383327	C	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=410;SC=TGGGCTGCCCCCGCTGCAGTT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=17817243;WS=17817225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	17855864	rs624105	G	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=64;PP=2050;SC=GAACAGCAAGGAAAAAGAAGA;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=100;WE=17855872;WS=17855854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	17873560	rs41267728	A	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=0.086;SC=ACTCAATGGAAGAAGAGGCCA;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=127;TCR=91;TR=77;WE=17873568;WS=17873550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,80:0.34:236
chr6	17882140	rs7757737	A	T	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=150;SC=GGCATGAGAAATGCTTGAACC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=17882148;WS=17882130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	18134008	rs113956700	G	GA	311.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr6	18134021	rs2842949	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.508;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr6	18139214	rs2842934	G	A	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=68;PP=2694;SC=CACCTGGATTGATGGCAACTA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=145;WE=18139222;WS=18139204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	18139802	rs12201199	A	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=635;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GTTACACAGGAGGAAGAGAGT;SOR=0.381;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=40;WE=18139810;WS=18139792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr6	18139964	rs375276814	GA	G	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.763;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr6	18148019	rs4449636	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CATCATTAAGGCAAGATAATT;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=17;WE=18148027;WS=18148009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr6	18148155	rs368770445	GA	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
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chr6	18149526	rs3930696	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTTTTTATTTCTGGTTTTATT;SOR=0.984;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=10;WE=18149534;WS=18149516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
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chr6	18187927	rs372518	C	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=6;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.623;SC=GGGTTAAGGACAAGTGAAACG;SOR=0.619;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=83;TCR=10;TR=57;WE=18187935;WS=18187906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr6	18188091	rs429158	T	C	7668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=0.770;SC=TGAAAGACAGTGTGGCAGCGC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=686;TCF=317;TCR=369;TR=367;WE=18188099;WS=18188081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,371:0.54:693
chr6	18197475	rs214621	A	G	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GTAGGTGATTATAGCTTTAGC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=67;WE=18197483;WS=18197465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr6	18201961	rs214612	T	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=50;PP=1280;SC=GCAGTGGCATTGTTCATTTGC;SOR=2.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=18201969;WS=18201951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	18207876	rs214598	G	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=510;ReadPosRankSum=1.080;SC=CCAGGGTCTAGAAGTACTTTT;SOR=0.210;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=30;WE=18207884;WS=18207866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr6	18208319	rs214596	G	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1370;ReadPosRankSum=1.034;SC=CCTGGATCACGTGGTTCCATC;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=86;WE=18208327;WS=18208309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,90:0.47:191
chr6	18215303	rs214585	T	C	8736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=184;PP=2965;SC=GGACCCTGGATGACAAACAGG;SOR=1.182;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=130;TCR=184;TR=314;WE=18215311;WS=18215293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr6	18222100	rs3734242	C	T	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.746;NF=96;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.080;SC=ATCAACTCAACTCTATGCATG;SOR=0.460;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=265;TCF=188;TCR=77;TR=143;WE=18222110;WS=18222090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,144:0.50:286
chr6	18222102	rs140834	C	CTT	5621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.017;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.667;NF=62;NR=35;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CAACTCAACTCTATGCATGAT;SOR=0.987;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=97;WE=18222110;WS=18222090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,146:0.50:291
chr6	18226340	rs214503	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=1.335;SC=AAAATATGGAGTATTTTATGT;SOR=0.160;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=18226348;WS=18226330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr6	18237661	rs1013062	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.494;SC=TATCTGCTTTCTTAACATTGG;SOR=0.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=71;WE=18237669;WS=18237651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr6	18256224	.	CT	C	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5020;HP=19;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=58.74;NF=0;NR=8;PP=81;QD=10.75;SC=AATCTTTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=18256232;WS=18256214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr6	18256625	rs17336208	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=876;ReadPosRankSum=0.078;SC=TTTATATTGGACACTTCCTTT;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=109;TCR=49;TR=62;WE=18256633;WS=18256615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,62:0.36:172
chr6	18258516	rs172520	G	A	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=37;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.159;SC=AAAATGAAAGGAAGCTAGAAT;SOR=0.958;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=264;TCF=162;TCR=102;TR=105;WE=18258524;WS=18258506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,109:0.40:275
chr6	18264210	rs11544757	G	A	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CAGGGGCCGAGGCGGACATGC;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=394;TCF=181;TCR=213;TR=223;WE=18264218;WS=18264200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,239:0.58:414
chr6	18264355	rs214514	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=0.367;SC=TCCCATAGCCGGGACCGCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=9;WE=18264363;WS=18264345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr6	18264658	rs9383352	G	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=17;PP=1371;ReadPosRankSum=0.588;SC=GAGGGCACGAGGAGGTTCTGG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=109;TCR=29;TR=79;WE=18264666;WS=18264648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr6	18368880	rs11757266	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=398;ReadPosRankSum=0.049;SC=GCCATGCTGCGGGAGACCCCG;SOR=2.591;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=24;WE=18368888;WS=18368870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr6	18387953	rs9371052	A	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ACTCACTGTGACACCACAATT;SOR=0.574;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=203;TCF=81;TCR=122;TR=105;WE=18387961;WS=18387943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,106:0.52:205
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chr6	18406387	rs6925570	G	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=63;PP=1876;SC=TCAACTTTTCGTATGAGACAT;SOR=1.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=18406395;WS=18406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	18439739	rs2277081	T	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=1;PP=962;SC=GGAGTGGGGATGACTTGAAAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=18439747;WS=18439729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	18572233	rs9396886	A	C	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=76;PP=1838;ReadPosRankSum=1.135;SC=CACTATGCAGAAGCTAAGAGC;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=120;TCR=192;TR=123;WE=18572241;WS=18572223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,129:0.41:314
chr6	19838516	rs113135736	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=2.071;SC=CACCGTCCTCCGGGCAGGGGC;SOR=0.321;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=26;WE=19838524;WS=19838506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr6	19838707	.	G	A	4800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.344;SC=ACAGGCTGGGGTGGGGGCGTC;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=395;TCF=255;TCR=140;TR=211;WE=19838715;WS=19838697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,220:0.54:407
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chr6	20110043	rs77627773	C	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=437;ReadPosRankSum=-0.452;SC=AACTTTTACTCTGTGCATGCA;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=23;WE=20110051;WS=20110033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr6	20144637	rs1202195	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=261;SC=CATCCTTCACGTGCAGTTGGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=20144645;WS=20144627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	20153058	rs144811848	GTTTGT	G	4233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=44.10;SOR=3.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	20212200	.	A	AACAC	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	20212419	.	CCCG	C	2721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.153;NF=4;NR=34;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GTAGGTGGAGCCCGTGGTGCG;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=9;TCR=82;TR=38;WE=20212429;WS=20212409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,73:0.43:168
chr6	20481678	rs4134938	G	C	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=80;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TCCTCCCCATGCCCCGGCTCT;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=293;TCF=113;TCR=180;TR=127;WE=20481686;WS=20481668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,125:0.42:298
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chr6	20758943	rs2820001	G	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=33;PP=1067;SC=CACCACTCAGGTAACTCTTGC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=20758951;WS=20758933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	21231007	rs9460612	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr6	21231034	rs12200511	C	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=1.774;SC=ACAGGGCTTTCTCTGCATCTA;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=23;WE=21231042;WS=21231024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr6	22136879	rs6921113	G	T	12608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=256;PP=2965;SC=CTTCATCTCTGTGGGTTTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=179;TCR=256;TR=435;WE=22136887;WS=22136869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr6	22136938	rs6900792	T	C	6858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=149;PP=2965;SC=AGAGTTGTTATAACAATTAGA;SOR=1.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=73;TCR=149;TR=222;WE=22136946;WS=22136928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	22569707	rs7772665	C	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=603;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TCGAACAGGTCGCTCAACAAC;SOR=1.273;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=57;TCR=3;TR=29;WE=22569715;WS=22569697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr6	22570189	rs6922960	T	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=1.478;SC=CGGCGACGAATTGGGGAAGCC;SOR=0.343;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=45;WE=22570197;WS=22570179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr6	22570245	rs6900627	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=1.560;SC=CGCTGAAGAGGAGCGCGGGGG;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=23;WE=22570253;WS=22570235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr6	24146672	rs3829810	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTTTTAGACTGTATCTTGACA;SOR=0.046;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17;WE=24146680;WS=24146662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr6	24174955	rs9358755	G	C	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=79;PP=2965;SC=TTTTAAAAATGTTCTAAGCCA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=137;TCR=79;TR=216;WE=24174963;WS=24174945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	24178810	.	C	A	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=76;PP=1783;ReadPosRankSum=0.006;SC=GTTCTGCATCCTTGTTTGCCT;SOR=1.037;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=217;TCF=76;TCR=141;TR=111;WE=24178818;WS=24178800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr6	24291203	rs2274305	T	C	5520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.969;SC=AGTAACTCACTGTAAGGCAGT;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=440;TCF=229;TCR=211;TR=253;WE=24291211;WS=24291193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,259:0.57:451
chr6	24302087	rs807703	G	A	11943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=210;PP=2965;SC=GGAAAACAGGGGGCAAACCTT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=418;TCF=208;TCR=210;TR=417;WE=24302095;WS=24302077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr6	24353742	rs813227	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
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chr6	24448554	rs140486588	TCCCAGTGCTTTGGGAGGCCCAAGTGGGAACATTGCTTGAGG	T	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=2898;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ATGTCTATAATCCCAGTGCTT;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=24448602;WS=24448544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr6	24454196	rs9393558	G	T	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.548;SC=CAAAATGCAAGAGTAGCTACT;SOR=0.866;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=207;TCF=122;TCR=85;TR=117;WE=24454204;WS=24454186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,121:0.57:211
chr6	24460679	rs2793434	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=20;ReadPosRankSum=0.556;SC=AACAACCCCCTGTAAAACTGA;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=24460687;WS=24460669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr6	24463055	rs2793442	A	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=68;PP=1613;ReadPosRankSum=2.760;SC=TTAGCCATTTATCTACTTCTT;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=119;TCR=172;TR=117;WE=24463063;WS=24463045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,121:0.40:302
chr6	24467060	rs35276216	GA	G	3016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.700;NF=17;NR=50;PP=2386;ReadPosRankSum=-1.125;SC=ATGGCAGAGAGAAAGAAAAAA;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=67;WE=24467068;WS=24467050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,98:0.68:144
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chr6	24474018	rs35864956	G	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=724;ReadPosRankSum=-0.089;SC=ACGCATAATAGACTCAATTTT;SOR=0.609;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=43;WE=24474026;WS=24474008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr6	24475517	rs66707391	TATTA	T	1411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=1201;ReadPosRankSum=0.186;SC=ATAACAATCCTATTAAAAGTT;SOR=0.819;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=28;WE=24475528;WS=24475507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr6	24476553	rs760904	G	A	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=148;PP=2965;SC=AAAAGTTGGAGAGTCTCAATC;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=98;TCR=148;TR=246;WE=24476561;WS=24476543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	24480025	rs5874986	CAT	C	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=753;ReadPosRankSum=0.876;SC=ATTGTACACACATATATATAT;SOR=0.323;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=16;WE=24480034;WS=24480015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr6	24489652	rs1126617	C	T	4918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CCTATTTCTACGTGTGTTGAA;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=395;TCF=196;TCR=199;TR=226;WE=24489660;WS=24489642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,230:0.56:410
chr6	24489741	rs2076316	A	C	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1875;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGCAGACATGATCTCATTGCC;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=190;TCF=65;TCR=125;TR=111;WE=24489749;WS=24489731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,121:0.60:201
chr6	24505030	rs2744583	A	G	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=31;PP=1696;ReadPosRankSum=0.705;SC=ACTTCCCAACATGCCTTCCTT;SOR=1.274;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=221;TCF=151;TCR=70;TR=115;WE=24505038;WS=24505020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
chr6	24523174	rs67603730	G	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TGTATTATTTGTGAAAGTAAA;SOR=0.678;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=60;TCR=105;TR=92;WE=24523182;WS=24523164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,96:0.55:176
chr6	24547606	rs2817245	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=41;PP=876;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GAGGAGGAACGCCGTGATTCA;SOR=0.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=44;WE=24547614;WS=24547596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
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chr6	24554616	rs2817251	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=7;PP=1830;SC=CCTCTAATATTCCATTTATTT;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=60;TCR=7;TR=67;WE=24554624;WS=24554606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr6	24588884	rs4504469	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=325;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GAGGGGGCTGCGCTAGTGGGA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=30;WE=24588892;WS=24588874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr6	24596478	rs4576240	T	G	20512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=387;NR=345;PP=2965;SC=CCTAGAAAGGTCAAGTCCTTT;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=733;TCF=388;TCR=345;TR=732;WE=24596486;WS=24596468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,739:1.00:739
chr6	24651320	rs3181245	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=500;ReadPosRankSum=-1.072;SC=AGAATACTCTCTAAGATACAC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=30;WE=24651328;WS=24651310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr6	24653376	rs1129644	G	A	6637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=141;PP=2965;SC=TTCCTGACACGTTCACCTGCA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=83;TCR=141;TR=224;WE=24653384;WS=24653366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	24657964	rs3212231	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=563;SC=TATGTCCCAATAGACCAACTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=24657972;WS=24657954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	24667205	rs17243164	T	TCC	6300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=106;PP=2967;SC=GGAAATGCGCTGCTCTCGGAA;SOR=2.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=4;TCR=113;TR=110;WE=24667213;WS=24667195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	24687765	rs926529	A	G	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=86;PP=2965;SC=GTGTAAAGTCATCTTTATGGA;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=153;TCR=86;TR=239;WE=24687773;WS=24687755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	24714681	rs199572171	TA	T	2406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,113:0.91:124
chr6	24719978	rs3813687	G	A	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=8;PP=1590;SC=CATTGCCGAGGCAAAGGTGGC;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=24719986;WS=24719968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	24806594	rs9358799	C	T	11158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=165;PP=2965;SC=AGGCAGTTAACCTGTAATTAA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=234;TCR=165;TR=398;WE=24806602;WS=24806584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr6	24806739	rs5875006	C	CTT	7882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=120;PP=2967;SC=CCAATTCAAACAACGTTTTTA;SOR=2.250;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=4;TCR=131;TR=123;WE=24806760;WS=24806729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	24806752	rs4074420	A	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=106;PP=2965;SC=CGTTTTTATTAATTACTCAAA;SOR=2.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=26;TCR=106;TR=132;WE=24806760;WS=24806729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	24806777	rs9379689	T	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=71;PP=1950;SC=CATAGTGCCATTTGTTTAGGG;SOR=3.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=82;WE=24806785;WS=24806767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	24809771	rs9379692	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=2;PP=1390;SC=GGGGTGAGATAGACACTGATC;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=50;WE=24809779;WS=24809761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	24809853	rs9393587	C	T	8598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=87;PP=2965;SC=CATGAAACTTCTCCTTACTGG;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=204;TCR=88;TR=291;WE=24809861;WS=24809843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr6	24809881	rs9358801	T	A	12088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=268;NR=158;PP=2965;SC=AACATCTAAATGGGAACATCC;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=268;TCR=158;TR=426;WE=24809889;WS=24809871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr6	24809936	rs9379693	A	T	7491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CAACAACAATAAAACTCACCC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=609;TCF=317;TCR=292;TR=340;WE=24809944;WS=24809926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,345:0.56:617
chr6	24825511	rs9358804	A	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=19;PP=1581;SC=TCACAGCCTCACTAACTTCGT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=24825519;WS=24825501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	24828318	rs35374726	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=334;ReadPosRankSum=0.710;SC=GCAGAGATAACGCCAAATTGA;SOR=1.778;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=16;WE=24828326;WS=24828308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr6	24828490	rs9461073	C	T	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.03;MQRankSum=-1.079;NF=82;NR=86;PP=2376;ReadPosRankSum=2.462;SC=AGGCTCAGCCCGGTCCAGAAT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=151;TCR=164;TR=168;WE=24828498;WS=24828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,180:0.54:333
chr6	24828560	rs45437991	A	G	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.022;NF=30;NR=51;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AGCTTTAGATAGATGACCATT;SOR=0.387;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=167;TCF=54;TCR=113;TR=81;WE=24828577;WS=24828550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,90:0.49:182
chr6	24828566	rs72205632	CCATT	C	2952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.442;NF=1;NR=33;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.090;SC=AGATAGATGACCATTCATTCA;SOR=0.486;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=117;TCF=6;TCR=111;TR=34;WE=24828577;WS=24828550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr6	24836161	rs6901565	C	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=577;SC=AGGTCAAGTCCACATGGTTTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=24836169;WS=24836151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr6	24849947	rs41271805	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=302;ReadPosRankSum=1.299;SC=CCTGGTGATGCGGATGGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=18;WE=24849955;WS=24849937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
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chr6	25097450	rs392852	T	C	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=68;PP=1746;ReadPosRankSum=3.002;SC=AAAGCATTCCTATGTAAGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=155;TCF=39;TCR=116;TR=89;WE=25097458;WS=25097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
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chr6	25106783	rs1923195	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=942;ReadPosRankSum=0.594;SC=AAAAACACATGTTCTAGCAGA;SOR=0.042;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=87;TCF=11;TCR=76;TR=52;WE=25106791;WS=25106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
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chr6	25108991	rs79916468	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=2745;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TCTTGAACACCCATAGTTTGA;SOR=0.351;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=21;TCR=78;TR=53;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr6	25110097	rs302990	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=421;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGACCCATTTTTTCCTTAATC;SOR=0.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=56;TCR=1;TR=22;WE=25110105;WS=25110087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr6	25114114	rs45441796	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
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chr6	25115176	rs57247838	CGTTTTT	C	1394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=1076;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATCTTGGTCACGTTTTTGTTT;SOR=1.460;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=22;WE=25115189;WS=25115166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr6	25115296	rs2273671	G	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.127;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1121;ReadPosRankSum=0.159;SC=AGTTCTAAAAGCAAAAGTCCG;SOR=0.392;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=90;WE=25115304;WS=25115286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,103:0.54:192
chr6	25115397	rs302982	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=-1.111;SC=ACTGAAATAGGAATGCATGGT;SOR=0.387;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=11;WE=25115405;WS=25115387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr6	25279208	rs6908902	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GGACAAGGAAATGGAAAGCCC;SOR=1.162;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=25279216;WS=25279198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	25279839	rs377675604	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	25280179	rs143772651	A	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=0.318;SC=CCCTTAGGGCAGAGTGGTGTT;SOR=0.084;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=24;WE=25280187;WS=25280169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr6	25285026	.	C	CT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.511;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.450;SC=AACATAATTCCTTTTTTTTTT;SOR=2.066;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=10;WE=25285034;WS=25285016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr6	25285264	rs17677216	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TCTGATGACCATTTTGTCTTA;SOR=0.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=10;WE=25285272;WS=25285254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr6	25420344	rs913455	C	G	9977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.37;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr6	25420344	.	CCTTACA	GCTTACA,GCTTACC	2485	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=155,90;NR=96,49;PP=1610,2485;QD=6.55287335676;SC=TCTTACAGGTCCTTACATCAT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=155;TCR=96;TR=251,139;WE=25420358;WS=25420334;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:251
chr6	25420350	rs41271807	A	C	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=9.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=1.641;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,164:0.56:294
chr6	25426858	rs969645	T	G	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=97;PP=2092;ReadPosRankSum=0.308;SC=AAAATGTTCCTTGAGACAATG;SOR=1.279;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=231;TCF=49;TCR=182;TR=117;WE=25426866;WS=25426848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,115:0.50:232
chr6	25435758	rs9467515	A	G	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.965;SC=AGATGGCGTCACCCGAGGACG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=597;TCF=274;TCR=323;TR=233;WE=25435766;WS=25435748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,238:0.39:618
chr6	25435872	rs57541514	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=46;PP=1004;ReadPosRankSum=0.309;SC=CAAAGAACCTGTTCTTCCTCA;SOR=2.157;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=86;TCF=7;TCR=79;TR=48;WE=25435880;WS=25435862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr6	25450026	rs9295661	C	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=79;SC=TTGAAGTGACCCTCATCTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=25450034;WS=25450016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	25482676	rs7454031	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	25488583	rs2274089	C	T	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=47;PP=2965;ReadPosRankSum=1.103;SC=CGCCACCTTTCAGGGACAGTG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=133;TCR=48;TR=179;WE=25488591;WS=25488573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr6	25492296	rs1034051	C	T	7118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=171;PP=2965;SC=GAAGTGTCTTCTTCTGAGAAA;SOR=1.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=77;TCR=171;TR=248;WE=25492304;WS=25492286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	25492364	rs1034050	A	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=47;PP=1324;SC=GAAAGAAGGCAGCCTTAAGCA;SOR=7.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=47;WE=25492372;WS=25492354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	25510648	rs7453991	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=625;SC=CATCCAACTATATGTCACCTT;SOR=3.098;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=25510656;WS=25510638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	25510696	rs139587245	CAT	C	2480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=16;PP=1573;SC=AATTTATACACATGTGTTTTG;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=25510705;WS=25510686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	25527963	rs214053	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=456;SC=GAAAGGTACATTTTGTTCTGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=25527971;WS=25527953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	25554180	rs214049	C	G	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=55;PP=2965;SC=AAGGGTGGATCATTTTCCCCT;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=124;TCR=56;TR=179;WE=25554188;WS=25554170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	25601089	rs41271823	T	C	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=149;SC=CATTTAACTTTCCTTTATGCT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=25601097;WS=25601079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	25605091	rs1012899	G	A	7678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=151;PP=2965;SC=AGCTTTGAGCGGCGTAGAACG;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=279;WE=25605099;WS=25605081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr6	25669669	rs2328891	G	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=21;PP=1994;SC=ATGCTGAACTGTAGTAGATAC;SOR=2.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=94;WE=25669677;WS=25669659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	25682262	rs3765236	A	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=53;PP=1633;SC=GATATCATACATTCAGAAATA;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=25682270;WS=25682252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	25689378	rs11327870	AT	A	1920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.091;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,110:0.67:165
chr6	25701691	rs6928384	C	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=73;PP=2158;SC=TGGGCAAGAACAGGGACGCTA;SOR=3.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=87;WE=25701699;WS=25701681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	25726343	rs6940348	C	T	9594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=148;PP=2965;SC=AGTCTTTTTACCAATGACAAC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=198;TCR=149;TR=345;WE=25726351;WS=25726333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	25726621	rs9467583	C	T	6425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GTGCGCCTGCCCCTATCCGCT;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=539;TCF=308;TCR=231;TR=291;WE=25726629;WS=25726611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,294:0.54:549
chr6	25769349	rs1892251	T	C	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=142;PP=2965;SC=AGCCCAATGCTTCCACAGAAC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=139;TCR=142;TR=281;WE=25769357;WS=25769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	25769440	rs78843371	A	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1114;ReadPosRankSum=0.366;SC=GAGACTCTGGACTCTTTCTTT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=67;TCR=105;TR=76;WE=25769448;WS=25769430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr6	25770239	rs2328893	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=641;ReadPosRankSum=0.741;SC=AGTCCTCACAATGAAAACTGT;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=46;WE=25770247;WS=25770229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr6	25770760	rs9467594	G	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=824;ReadPosRankSum=0.067;SC=GCAAAGTCCTGCCAACAGAAC;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=37;WE=25770768;WS=25770750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr6	25776949	rs11754288	G	A	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=97;PP=2349;ReadPosRankSum=-2.358;SC=ACTCTTCACTGCCATTGGTAA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=526;TCF=261;TCR=265;TR=192;WE=25776964;WS=25776939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,201:0.37:541
chr6	25777299	rs79746315	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=410;ReadPosRankSum=1.564;SC=TGCAGGAAATGTCAGCACCAG;SOR=3.451;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=20;WE=25777307;WS=25777289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr6	25778055	rs12201071	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.901;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=799;ReadPosRankSum=0.411;SC=GATATTAACCCTTTGTTTGCA;SOR=0.257;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=59;WE=25778063;WS=25778045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,61:0.41:149
chr6	25778182	rs2328894	C	T	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=95;PP=2744;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGGACTATTGCAAGTCTTTGC;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=148;TCR=154;TR=182;WE=25778190;WS=25778172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,190:0.60:317
chr6	25798932	rs1165215	G	A	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.135;SC=ATTCCTTCTCGTCTGAGGAGT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=87;WE=25798940;WS=25798922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,91:0.63:144
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chr6	25801057	rs1165210	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr6	26056549	rs10425	A	G	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=100;PP=2890;ReadPosRankSum=-1.701;SC=CCGGGGGACCAGACGCCTTAC;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=134;TCR=195;TR=168;WE=26056557;WS=26056539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,169:0.50:336
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chr6	26094367	rs1572982	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=344;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AGGCAAGATGGTGCCTAGGTT;SOR=1.901;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=19;WE=26094375;WS=26094357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr6	26104096	rs198853	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.751;NF=17;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=1.550;SC=CCGCGCCAACTCATGTTGTTT;SOR=1.508;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=20;WE=26104104;WS=26104086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
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chr6	26124430	rs198819	C	T	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=38;PP=2324;ReadPosRankSum=0.196;SC=GAGCTTAGGCCGCTGGTTTTG;SOR=1.014;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=333;TCF=232;TCR=101;TR=144;WE=26124438;WS=26124420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,146:0.43:337
chr6	26124634	rs4645	C	T	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=85;ReadPosRankSum=-1.895;SC=TGTTAGAGTACCTGACCGCCG;SOR=0.639;Source=Platypus;TCF=118;TR=140;WE=26124642;WS=26124624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,144:0.47:309
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chr6	26184041	rs16891375	A	G	6660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.348;SC=AGCCAGCGAAATCCGCTCCCG;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=542;TCF=289;TCR=253;TR=295;WE=26184049;WS=26184031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,303:0.54:560
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chr6	26198980	rs77463023	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=528;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TAGCTATTTACACAGAAAATG;SOR=2.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=63;TCR=3;TR=27;WE=26198988;WS=26198970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr6	26199222	rs113561314	G	A	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=2866;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCCAGCTGCAGGTGTCGGGGG;SOR=0.533;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=110;TCR=115;TR=143;WE=26199230;WS=26199212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,144:0.62:231
chr6	26199524	rs438534	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=53;PP=1542;SC=GTAAAAGTGAATTTTGTTAGC;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=26199532;WS=26199514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	26199684	.	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.531;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=462;ReadPosRankSum=1.738;SC=AATGTGTAAGCTTTTAAATGC;SOR=0.874;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=23;WE=26199705;WS=26199674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr6	26199822	rs41266807	A	G	5878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CTGCTCCAAAAAAGGGCTCCA;SOR=1.086;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=464;TCF=263;TCR=201;TR=260;WE=26199830;WS=26199812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,261:0.55:475
chr6	26200083	rs1059486	A	G	13686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=214;PP=2965;SC=AGACGGCCGTACGCCTGCTGC;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=463;TCF=248;TCR=215;TR=462;WE=26200091;WS=26200073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr6	26200256	rs16891397	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=75;PP=1777;ReadPosRankSum=0.076;SC=GCATATTTTCCGTGTTTACCA;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=224;TCF=62;TCR=162;TR=106;WE=26200264;WS=26200246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,111:0.48:231
chr6	26204748	.	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=449;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AGGGCCAGCAGGCAGCACCAA;SOR=1.341;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=29;WE=26204756;WS=26204738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr6	26216656	rs41266811	T	C	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.389;NF=97;NR=77;PP=2678;ReadPosRankSum=0.812;SC=CTGCGATGCGTTCGAAGATGT;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=345;TCF=186;TCR=159;TR=174;WE=26216664;WS=26216646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,183:0.51:360
chr6	26217728	rs1997768	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=583;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CACTGTCCTAATTTTTAACGA;SOR=0.384;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=27;WE=26217736;WS=26217718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr6	26225881	rs56119218	C	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=81;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTTTGAGACGCATTAGACCAC;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=133;TCF=10;TCR=123;TR=89;WE=26225889;WS=26225871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,93:0.68:137
chr6	26234883	rs2050950	A	G	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2732;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TCTGCACCAGAGTACCTTTGC;SOR=0.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=327;TCF=177;TCR=150;TR=188;WE=26234891;WS=26234873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,194:0.58:332
chr6	26234952	rs2050948	A	G	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=84;PP=2448;ReadPosRankSum=-2.526;SC=CATCGTAGCCAGCAGCCGCAA;SOR=0.676;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=282;TCF=147;TCR=135;TR=169;WE=26234960;WS=26234942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,169:0.60:282
chr6	26235300	rs16891464	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CGCTGCTGGAAAAGGACTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=26235308;WS=26235290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr6	26240624	rs3734533	A	G	15919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=339;NR=214;PP=2965;SC=CAAAGTTGCAAAAGTTAAGAG;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=554;TCF=340;TCR=214;TR=553;WE=26240632;WS=26240614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr6	26240649	rs3734534	C	T	19177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=390;NR=300;PP=2965;SC=TGTTTGTCTTCGATCATGTCT;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=690;TCF=390;TCR=300;TR=690;WE=26240657;WS=26240639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr6	26247198	rs41266821	A	G	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=124;PP=2965;SC=CTTGCCCCGAACAGACATGAT;SOR=2.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=32;TCR=124;TR=156;WE=26247206;WS=26247188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	26250254	rs11759720	C	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=4;PP=1221;SC=ATGGCCAAGACACAAAAGCCT;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=26250262;WS=26250244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	26271713	rs9393690	A	T	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=80;PP=2410;SC=TTTTCAAAAGACCCGCGCAAC;SOR=1.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=112;WE=26271721;WS=26271703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	26285503	rs41266829	C	T	18916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=395;NR=288;PP=2965;SC=GTTTGGCGTGCTCTGTGTAAG;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=684;TCF=396;TCR=288;TR=683;WE=26285511;WS=26285493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,698:1.00:698
chr6	26285560	rs2393592	A	G	20765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=378;NR=367;PP=2965;SC=TCAGAACACCACGAGTCTCCT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=745;TCF=378;TCR=367;TR=745;WE=26285568;WS=26285550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,762:1.00:762
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chr6	26285759	rs41266831	A	G	11483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=280;PP=2965;ReadPosRankSum=0.946;SC=AACTTAAGAAACCTAAACGCC;SOR=1.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=402;TCF=120;TCR=282;TR=399;WE=26285767;WS=26285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
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chr6	26466225	rs1977198	A	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1201;ReadPosRankSum=0.617;SC=TTCCTTAACTACATGTACAAT;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=77;WE=26466233;WS=26466215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,82:0.56:147
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chr6	26505403	rs3736782	C	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=80;PP=2302;ReadPosRankSum=1.214;SC=TCCTTCTTGGCCAGGAGAAGA;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=327;TCF=168;TCR=159;TR=162;WE=26505411;WS=26505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,167:0.49:342
chr6	26508290	rs41267931	A	G	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=104;PP=2912;ReadPosRankSum=-1.686;SC=TTGTTGCAGAATGGAAAAAGG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=161;TCR=198;TR=190;WE=26508298;WS=26508280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,202:0.54:375
chr6	26509330	rs9393728	C	G	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1399;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TGGGGGAGGACTCTGCCCCTA;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=91;WE=26509338;WS=26509320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,91:0.47:193
chr6	26545308	rs1884946	C	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=769;ReadPosRankSum=-1.536;SC=CGTTTACATTCGTCAGTCTTT;SOR=0.260;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=66;TCR=3;TR=36;WE=26545316;WS=26545298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr6	26545632	rs4871	G	A	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=95;PP=2713;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GAAAGGATGGGAACAACCCTG;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=359;TCF=176;TCR=183;TR=183;WE=26545640;WS=26545622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,194:0.52:373
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chr6	26598188	rs3800303	A	G	6280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CTGCCGGAGGAAAAAAGCGGT;SOR=0.535;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=452;TCF=248;TCR=204;TR=264;WE=26598196;WS=26598164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,277:0.60:464
chr6	27101327	rs41269249	A	G	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=80;PP=2064;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TCTTCTCTAAAAGAACTTAAC;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=188;TCF=43;TCR=145;TR=106;WE=27101335;WS=27101317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,106:0.57:187
chr6	27216848	rs1234145	T	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=54;PP=2107;SC=GCATCTCACCTCCCCACCCCC;SOR=4.139;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=69;WE=27216856;WS=27216838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	27219491	rs35589403	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=0.457;SC=CGAGGCCCAGCCTAAGTCTTG;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=22;WE=27219499;WS=27219488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr6	27223064	rs141138864	AAAGGAGAGCCAGATT	A	3558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.512;NF=4;NR=51;PP=2930;ReadPosRankSum=0.324;SC=TCAAGCTGGCAAAGGAGAGCC;SOR=1.234;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=8;TCR=123;TR=55;WE=27223086;WS=27223054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
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chr6	27356527	rs13220817	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=1;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GCTGATACGTTGCTCAGTCTC;SOR=4.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=36;WE=27356535;WS=27356519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
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chr6	27356925	rs10807021	T	G	25261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=419;NR=495;PP=2965;SC=AAGGGTCGCGTGTGGTTTGGC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=915;TCF=420;TCR=495;TR=914;WE=27356933;WS=27356915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,929:1.00:929
chr6	27357308	rs6904883	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=979;SC=AGTACTTGCTTGGCCGGGCGC;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=27357316;WS=27357298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr6	27424960	rs10484398	G	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=668;SC=TAGAAATTTAGAAATGGTTGG;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=27424968;WS=27424959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	27425185	rs1883216	C	A	8761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=175;PP=2965;SC=AAAGTCACCGCTTCCTGAAAT;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=144;TCR=175;TR=319;WE=27425193;WS=27425175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr6	27435614	.	C	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AATGGCATTTCAAGAAACCAC;SOR=0.945;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=92;WE=27435622;WS=27435604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,99:0.53:188
chr6	27435707	rs2272814	G	A	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=102;PP=2965;SC=GATCTAGGGGGAGAAGCAGGA;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=179;WE=27435715;WS=27435697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	27440004	rs7750795	A	C	22185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=401;NR=386;PP=2965;SC=AGTATTTGATACTCCAGTCAT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=790;TCF=401;TCR=389;TR=787;WE=27440012;WS=27439994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,813:1.00:813
chr6	27778097	rs2021835	C	T	7255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TCAAGACCGACTTGCGCTTCC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=486;TCF=210;TCR=276;TR=293;WE=27778105;WS=27778087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,306:0.60:506
chr6	27782559	rs41269271	A	G	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.749;NF=48;NR=104;PP=2652;ReadPosRankSum=0.806;SC=AAAGACTGAAATGAAATTGGA;SOR=0.932;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=270;TCF=91;TCR=179;TR=152;WE=27782567;WS=27782549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,158:0.57:278
chr6	27792221	rs200499	C	T	22290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.95;QD=44.58;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
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chr6	27806434	rs9468236	C	A	5037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.716;SC=GCAGTTACTCCCAGTCATGCC;SOR=0.913;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=407;TCF=232;TCR=175;TR=222;WE=27806442;WS=27806424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,234:0.54:431
chr6	27839746	rs200956	T	C	7485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=2.661;SC=TAGTGACGCGTTTGGCGTGAA;SOR=0.733;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=621;TCF=312;TCR=309;TR=328;WE=27839754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,335:0.52:642
chr6	27860473	rs186928534	A	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1580;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTCCGTAGAAATGGTGGGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=130;TCR=52;TR=98;WE=27860481;WS=27860463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,99:0.54:184
chr6	28059020	rs9393887	G	A	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=1759;ReadPosRankSum=1.344;SC=TCACACCTCTGACTTTTTTCA;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=128;TCR=62;TR=111;WE=28059028;WS=28059010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,118:0.59:199
chr6	28059217	rs9393888	G	C	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=101;PP=2769;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CCGTATGAAGGTGTCTCCCAG;SOR=0.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=342;TCF=152;TCR=190;TR=172;WE=28059225;WS=28059207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,179:0.50:356
chr6	28090931	rs6934769	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AGGCTGCAGTAAGCTATGATC;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=28090939;WS=28090921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr6	28094731	rs2275508	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=48;PP=1245;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGTATGAGGGTAGAGGTACTT;SOR=0.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=42;TCR=88;TR=69;WE=28094739;WS=28094721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr6	28097193	rs4713140	G	A	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=40;PP=1780;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTTGTGTACTGTTTGTTTGTT;SOR=0.518;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=207;TCF=145;TCR=62;TR=122;WE=28097201;WS=28097183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,125:0.58:214
chr6	28104476	rs9380056	C	T	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CGAGCCTATCCACCGGCAGAG;SOR=0.987;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=428;TCF=294;TCR=134;TR=241;WE=28104484;WS=28104466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,237:0.56:427
chr6	28104634	rs9380057	G	T	8624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GCTAGAGGTCGCGAGAGAACT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=647;TCF=291;TCR=356;TR=359;WE=28104642;WS=28104624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,376:0.56:668
chr6	28117443	rs2622322	C	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=966;ReadPosRankSum=0.502;SC=GGGGGAAGTACAAATAAAAGT;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=65;WE=28117451;WS=28117433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
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chr6	28134582	rs16893735	C	T	8018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AAGCCTTTAGCGTGCGCTCAA;SOR=0.670;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=559;TCF=280;TCR=279;TR=343;WE=28134590;WS=28134559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,352:0.61:576
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chr6	28227633	rs9461446	C	T	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.945;SC=AGAGGTAACGCATCAGAAAAG;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=442;TCF=210;TCR=232;TR=221;WE=28227641;WS=28227623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,218:0.50:436
chr6	28228342	rs1679709	A	G	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=117;PP=2790;ReadPosRankSum=-1.423;SC=AAGACAAAAGAGAAAGATGAC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=414;TCF=146;TCR=268;TR=180;WE=28228350;WS=28228318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,184:0.44:420
chr6	28239681	rs2394049	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=1109;ReadPosRankSum=-1.284;SC=AACAAGGAGAACAGTCTGAAG;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=62;WE=28239689;WS=28239671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr6	28239915	rs11965538	G	A	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGTCGGCTCCGGGAGCTCTGT;SOR=0.821;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=307;TCF=160;TCR=147;TR=162;WE=28239923;WS=28239905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,176:0.53:333
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chr6	28264681	rs3800324	G	A	3413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=91;PP=2384;ReadPosRankSum=0.829;SC=AACCTCTGTGGGAACTCAGCT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=85;TCR=157;TR=142;WE=28264689;WS=28264671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,148:0.59:252
chr6	28265604	.	T	G	95.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.19;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	28269407	rs16893917	G	A	6058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.044;SC=AATCAACTATGAAGGTAGATG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=513;TCF=271;TCR=242;TR=277;WE=28269415;WS=28269397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,286:0.54:534
chr6	28269663	rs1997660	A	G	6896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TGATTTCCGAATAGAAGAAAA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=484;TCF=273;TCR=211;TR=283;WE=28269671;WS=28269653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,291:0.58:499
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chr6	32489825	rs148834340	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.71;QD=77.79;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	32605525	rs9272454	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.86;QD=56.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	32606682	rs142530081	C	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.73;QD=44.47;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr6	32606701	rs28636516	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;QD=42.19;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	32606878	rs9272544	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=324;SC=TCTCCAGAGCGCTTGGCGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=32606886;WS=32606868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	32609047	rs34857804	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=716;SC=TCTTTCTTCCCCTGTTCTCCG;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=32609055;WS=32609037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	32609371	rs4467816	T	C	10869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=231;PP=2965;SC=TTTACTTAAGTTATCCCTCCA;SOR=1.339;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=375;TCF=144;TCR=231;TR=375;WE=32609379;WS=32609361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr6	32609425	rs4457200	C	G	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=120;PP=2965;SC=CCCAGATCTTCTTATGGCAAT;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=43;TCR=120;TR=163;WE=32609433;WS=32609415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	32610947	rs1130153	A	C	9269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=128;NR=204;PP=2965;SC=GTTACCTACAAAGACATGCCT;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=128;TCR=204;TR=332;WE=32610955;WS=32610937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr6	32627795	rs1766	A	G	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=139;SC=GCAGCTGGCCATGCACAGGCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=32627803;WS=32627793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	32627958	rs7656	T	C	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=44;PP=2123;SC=TGGGCAGGCATAAGCAGGCAT;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=112;WE=32627966;WS=32627948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	32628098	rs28703037	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=732;SC=CACCCTTCAGGGGCCCCCTGC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=32628106;WS=32628088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	32628606	rs201049473	C	A	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=88;PP=2965;SC=ACCTGTGCCTCCCCACACTGG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=206;WE=32628614;WS=32628596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr6	32628843	rs73729445	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=774;SC=AGAAAGGAAGCTGAGGCTCTG;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=32628851;WS=32628833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	32629341	rs9273721	C	A	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=74;PP=2189;SC=ATCAAAGGAACCTAGTTCTCC;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=32629349;WS=32629331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	32629920	rs41544112	C	T	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=57;PP=2358;SC=CCGAAACCACCGGACTTTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=116;WE=32629928;WS=32629910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	32630139	rs9274084	G	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=87;PP=2731;SC=ACCTGGAGTCGAAGTCTTGGA;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=133;WE=32630147;WS=32630129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	32630190	rs281864003	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=1134;SC=CAATCACTGAGAATTCAAAGA;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=32630198;WS=32630180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	32630213	rs4360168	T	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=25;PP=717;SC=AATAACATACTATGGTCCCTG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=32630221;WS=32630203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	32632523	rs9274369	A	G	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=15;PP=2066;SC=CCGGCACAGAAACTCGGGGTC;SOR=3.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=73;TCR=15;TR=87;WE=32632555;WS=32632513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	32632534	rs28746795	T	C	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=25;PP=2494;SC=ACTCGGGGTCTCGGCCAAGGG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=111;WE=32632555;WS=32632513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	32632547	rs73729452	G	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=41;PP=2931;SC=GCCAAGGGTGGGCCTCACGGA;SOR=2.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=107;TCR=41;TR=148;WE=32632555;WS=32632513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	32632587	rs1130397	A	G	9853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=217;NR=117;PP=2965;SC=CTCCTCTGCAAGATCCCGCGG;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=217;TCR=120;TR=334;WE=32632609;WS=32632577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr6	32632598	rs17412833	A	T	17987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=44.97;SOR=1.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr6	32632601	rs9274380	G	C	18018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=44.16;SOR=1.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr6	32632650	rs1130386	C	T	14190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.194;NF=281;NR=233;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GCCCGGGTCCCCTCCAGGACT;SOR=0.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=516;TCF=282;TCR=234;TR=514;WE=32632658;WS=32632640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,524:1.00:525
chr6	32632688	rs1071637	T	A	14372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=277;PP=2965;SC=GTACTCGGCATCAGGCCGCCC;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=521;TCF=244;TCR=277;TR=521;WE=32632696;WS=32632678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr6	32632714	rs3210148	G	C	13720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=264;PP=2965;SC=GCGTCACCGCGCGGTACACCC;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=485;TCF=221;TCR=264;TR=485;WE=32632722;WS=32632704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr6	32632777	rs1049068	C	T	7235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=164;PP=2965;SC=TGTATCTGGTCACAAGACGCA;SOR=1.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=98;TCR=164;TR=262;WE=32632785;WS=32632767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	32632832	rs9274407	A	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=82;PP=2294;SC=CTTAAACTGGAACACGAAATC;SOR=3.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=19;TCR=82;TR=101;WE=32632840;WS=32632822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	33382457	rs41267647	G	A	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=79;PP=2710;SC=AGGAGGAACCGTTTTTTACAG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=153;WE=33382465;WS=33382447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	33408465	rs138475712	TTC	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=-3.398;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr6	33541719	rs513349	A	G	5681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CAGAGAGGCTAGCAGAAGATA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=718;TCF=347;TCR=371;TR=276;WE=33541727;WS=33541709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,279:0.39:721
chr6	33542523	rs9296095	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-7.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=362;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GCTAACACTTTGTAAGGTGGA;SOR=0.036;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=27;WE=33542531;WS=33542513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr6	33545340	rs2227925	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=822;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CAGGCTCTCCGCACTCCTGCC;SOR=1.124;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=47;WE=33545348;WS=33545330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr6	33553580	rs394199	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=0.571;SC=GGGTGCAATACCAGCAGGTAC;SOR=2.636;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=18;WE=33553588;WS=33553570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr6	33555348	rs4559081	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=845;ReadPosRankSum=1.098;SC=TTTTAGTCTGGCATTAGCTTG;SOR=0.455;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=51;WE=33555356;WS=33555338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr6	33556605	rs12214669	G	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TTTTGTGGCAGGGAGGTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=33556613;WS=33556595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr6	33561164	rs210163	C	T	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=96;PP=2163;ReadPosRankSum=2.849;SC=GCCTCGCCCTCAGGGGTCGAC;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=152;TCR=241;TR=158;WE=33561172;WS=33561154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,160:0.41:389
chr6	33608379	rs4713647	T	C	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=188;PP=2965;SC=GCTGCAGGGTTCTGGACCTGC;SOR=2.352;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=249;TCF=60;TCR=189;TR=248;WE=33608387;WS=33608369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	33625600	rs3831079	GT	G	2928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.017;NF=59;NR=34;PP=2991;ReadPosRankSum=1.296;SC=GACTGTGTGTGTGTGTGTGTG;SOR=0.488;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=155;TCF=105;TCR=50;TR=93;WE=33625608;WS=33625582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,120:0.60:199
chr6	33625696	rs2274200	T	C	5442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.800;NF=141;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.707;SC=CACTTCTGTGTGTGTCTGTGC;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=619;TCF=309;TCR=310;TR=277;WE=33625704;WS=33625686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,281:0.45:629
chr6	33626717	rs2296343	T	C	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=61;PP=2038;ReadPosRankSum=-1.241;SC=AAGGGCAGACTGAGACCAAAG;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=150;TCR=95;TR=153;WE=33626725;WS=33626707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,158:0.60:262
chr6	33630624	rs2296339	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=898;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CCAGGCCTCCCTGGGGTCTGA;SOR=0.897;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=59;WE=33630632;WS=33630614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr6	33630816	rs2296338	G	A	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=68;PP=1694;ReadPosRankSum=0.031;SC=GCTGGGGCTCGTGTGTGCATG;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=86;TCR=140;TR=111;WE=33630824;WS=33630806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,115:0.49:235
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chr6	33631155	rs5875457	TGGGAGG	T	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
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chr6	33647651	rs4713654	A	G	12983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=289;NR=203;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCACCCGCAGCTG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=290;TCR=204;TR=492;WE=33647659;WS=33647641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
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chr6	33653111	rs942637	T	C	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=59;PP=2965;SC=GCTGAGGTTGTTCCCTGGCCA;SOR=1.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=136;TCR=59;TR=195;WE=33653119;WS=33653101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
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chr6	33654378	rs4640882	A	G	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=102;PP=2965;SC=TGTCAAGTGTACATAGTGGTG;SOR=3.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=22;TCR=102;TR=124;WE=33654386;WS=33654368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	33654897	rs942642	T	C	10239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=3.448;SC=GCTGGGCAGGTGGGCAGGCGG;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=220;TCR=160;TR=374;WE=33654905;WS=33654887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,378:0.99:381
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chr6	33656250	rs2296736	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=50;PP=1518;SC=TCTGGAGCTGTTCACTGATGC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=33656258;WS=33656240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	33656654	rs11759396	C	G	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=98;PP=2965;SC=CCTCTGAGGGCACCAGATGCA;SOR=3.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=19;TCR=98;TR=117;WE=33656662;WS=33656644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr6	33657246	rs3818521	C	T	9579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=208;PP=2965;SC=TGCATTCAGACGGCAAGCTGG;SOR=1.388;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=127;TCR=208;TR=334;WE=33657254;WS=33657236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr6	33658066	rs764752	G	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=47;PP=1388;SC=GCACCAGTCTGTCTGTCCAGT;SOR=4.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=52;WE=33658074;WS=33658056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	33659472	rs2229642	C	G	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=122;PP=2965;SC=TGTCTCAGGGCTCTCGGTGCC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=158;TCR=122;TR=279;WE=33659480;WS=33659462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr6	33659536	rs2296740	A	G	9883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=194;NR=122;PP=2965;SC=GTGGGGTAGGAGGAGCAGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=194;TCR=123;TR=316;WE=33659565;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr6	33659550	rs36034973	C	CG	4725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.188;NF=54;NR=57;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GCAGGCAGCCCGGGCCTCAGC;SOR=0.618;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=290;TCF=124;TCR=166;TR=111;WE=33659565;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,174:0.48:366
chr6	33659557	rs2296741	C	T	14760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.28;MQRankSum=0.178;NF=234;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GCCCGGGCCTCAGCACACTCT;SOR=0.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=392;TCF=235;TCR=157;TR=391;WE=33659565;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr6	33659793	rs2296742	G	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=87;PP=2465;SC=TTGGCCTCGCGTCAGATATTC;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=19;TCR=87;TR=106;WE=33659801;WS=33659783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	33660411	rs653536	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=659;SC=GGCTGGGTCCTCAATATCACA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=33660419;WS=33660404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	33660695	rs3818524	G	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=119;PP=2965;SC=CTGCTCTGTGGAGGCCGCAGC;SOR=2.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=45;TCR=120;TR=164;WE=33660703;WS=33660685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	33661222	rs3818530	C	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=8;PP=1784;SC=ATCCCGAGAACAAATGCCTCC;SOR=3.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=59;TCR=8;TR=67;WE=33661230;WS=33661212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	33668370	rs942643	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1086;SC=CATTTCACCTAGGCCCTGGGC;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=33668378;WS=33668360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	33679596	rs2274458	A	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=64;PP=1805;SC=TTGTAGGCGCACCGCTACTCT;SOR=4.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=70;WE=33679604;WS=33679586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	33690796	rs4713668	CA	TG	18538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=211;PP=2947;SC=CTCCTAATGACAGAGAGGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=163;TCR=218;TR=367;WE=33690805;WS=33690786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr6	33740325	rs11755593	G	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=13;PP=1218;ReadPosRankSum=1.148;SC=ATTCAGCACCGCAGGCCTGGT;SOR=0.385;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=163;TCF=135;TCR=28;TR=70;WE=33740333;WS=33740314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,71:0.44:162
chr6	33740382	rs2296744	G	A	5434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.483;SC=CAGGCTGACCGGGAACAAGTC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=260;TCR=160;TR=239;WE=33740399;WS=33740372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,244:0.57:430
chr6	33740592	rs4711349	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=50;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CTGGCACTGCCGAGGTGAGCC;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=55;WE=33740600;WS=33740582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr6	33744711	rs2296746	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=617;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TCACACCCAGCGCCCCAGCCA;SOR=0.128;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=55;TCF=50;TCR=5;TR=35;WE=33744719;WS=33744701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr6	33744882	rs2296747	C	G	5609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGGCTGGCGTCGGCAACCCTT;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=384;TCF=206;TCR=178;TR=233;WE=33744890;WS=33744872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,245:0.61:404
chr6	33745071	rs2296748	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=52;PP=1122;ReadPosRankSum=0.538;SC=CAGTGGGTCTCACCATGGACA;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=28;TCR=99;TR=66;WE=33745079;WS=33745061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr6	33748831	rs2182658	T	G	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=56;PP=2965;SC=CCCAGGAATGTATAAGCACTG;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=103;TCR=56;TR=159;WE=33748839;WS=33748821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	33748937	rs3833665	G	GA	3174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTACCTAGGAGAAAAAAAACC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=104;TCR=172;TR=80;WE=33748945;WS=33748927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,154:0.40:389
chr6	33752013	rs943479	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=558;ReadPosRankSum=0.070;SC=ATGCCTTCTGAGAGACAACCA;SOR=0.614;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=26;WE=33752021;WS=33752003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr6	33754396	rs9394167	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ACTCTGGTACATTACAGGAAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=18;WE=33754404;WS=33754388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr6	33754592	rs4711351	G	A	4739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTAAGTGTGGGTTGAGAAAGG;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=376;TCF=191;TCR=185;TR=209;WE=33754600;WS=33754582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,217:0.55:391
chr6	33756026	rs6457741	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=990;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GAAGGCAGGCCTGGAAATGAG;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=77;TCR=13;TR=50;WE=33756034;WS=33756023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr6	33762625	rs11758463	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.215;SC=GGAGAAAAGCAGAGGTTTGCG;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=285;TCF=154;TCR=131;TR=116;WE=33762633;WS=33762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,119:0.40:295
chr6	33768897	rs2281820	A	G	8162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.447;SC=CATGGCAGCTACATGCACCAC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=688;TCF=361;TCR=327;TR=372;WE=33768905;WS=33768887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,374:0.53:704
chr6	34026938	rs2451359	C	T	10225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=188;PP=2965;SC=AGCCCAGCCGCGTCTGTCCAC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=183;TCR=188;TR=371;WE=34026946;WS=34026928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr6	34208843	rs73744860	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=699;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TGTGTGTACTCCTGCCCCACT;SOR=1.938;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=37;WE=34208851;WS=34208833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr6	34211189	.	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATTGGGCATCGGGTGAGCAC;SOR=0.042;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=8;WE=34211197;WS=34211184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr6	34211341	rs35381162	GT	G	8399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=97;PP=2974;SC=GCTCTTTTGAGTTGAGGGTGT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=44;TCR=101;TR=139;WE=34211349;WS=34211331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	34212743	rs2780219	A	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=33;PP=1421;SC=CACCGCCCCCACCCCTTCCCC;SOR=1.012;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=83;WE=34212751;WS=34212733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	34213296	rs1150783	T	C	8811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=160;PP=2965;SC=CCCCCTTCGGTTACAGGAAGG;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=142;TCR=160;TR=301;WE=34213304;WS=34213286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr6	34214322	rs1150781	C	G	14506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=272;NR=263;PP=2965;SC=ACCAGCCGCCCCCATCCCAGA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=536;TCF=272;TCR=264;TR=535;WE=34214330;WS=34214312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr6	34214348	rs34410712	C	T	6178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGCCTCTTCCCATGAGTGCCT;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=474;TCF=213;TCR=261;TR=264;WE=34214356;WS=34214338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,279:0.57:491
chr6	34214994	rs3997805	G	GTC	3553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=50;PP=2076;SC=TGGCTGCCTCGTCTCCTCCCT;SOR=1.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=69;WE=34215006;WS=34214984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	34214998	.	C	CTT	1191	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=60.24;NF=19;NR=50;PP=1191;QD=17.7101449275;SC=TGCCTCGTCTCCTCCCTTTCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=69;WE=34215006;WS=34214997;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,69:0.88:78
chr6	34263564	rs41269038	G	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=717;ReadPosRankSum=1.038;SC=AAAAACAAGAGGACACAGCTT;SOR=0.727;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=46;WE=34263572;WS=34263554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr6	34389796	rs34411335	GA	G	52.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr6	34664207	rs3800456	T	G	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=42;PP=2965;SC=GCGCTGGCACTGCGGGGCCGG;SOR=2.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=122;TCR=42;TR=164;WE=34664215;WS=34664197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	34789600	rs148944404	T	C	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=55;PP=1773;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CGGGTGAGAATGAGGGTCAGA;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=329;TCF=196;TCR=133;TR=133;WE=34789608;WS=34789590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,136:0.41:331
chr6	34840325	rs80059263	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=633;ReadPosRankSum=0.760;SC=GGATGCCAGAGGGACTGGGGA;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=33;WE=34840333;WS=34840315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr6	34949451	rs3817473	C	T	9206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=106;PP=2965;SC=ATGTGATCTGCTTGTTAACCC;SOR=1.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=213;TCR=106;TR=319;WE=34949459;WS=34949441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr6	34949607	rs2293242	C	T	26825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=972;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=495;NR=449;PP=2965;SC=CAGCACTGTACGGGCGACTGG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=948;TCF=495;TCR=453;TR=944;WE=34949615;WS=34949597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,968:1.00:968
chr6	34962019	rs11755713	G	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=5;PP=1355;SC=ATTTGTTCCAGACTGCCTGTC;SOR=4.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=54;WE=34962027;WS=34962009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	34962060	rs3823438	G	A	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=45;PP=2965;SC=AAGATACACTGGATGTTTCTC;SOR=1.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=110;TCR=45;TR=154;WE=34962068;WS=34962050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	34977663	rs9380481	C	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.15;QD=28.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	34977813	rs12661991	A	G	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.787;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.147;NF=88;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=2.221;SC=AAATTTTTAAAAATTAGCTGG;SOR=0.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=188;WE=34977821;WS=34977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr6	34985800	rs2820236	A	G	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=88;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.111;SC=AGAAAAGGCTAGAGAAGTCAC;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=308;TCF=108;TCR=200;TR=138;WE=34985808;WS=34985790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,144:0.45:320
chr6	35027927	rs820085	T	C	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=82;PP=2965;SC=TCATCAGGTTTACGGACGCTG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=179;WE=35027935;WS=35027917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	35046154	rs820100	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=642;SC=CAGCTCTGCCTAGCTCCCCTG;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=35046162;WS=35046144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	35047579	rs2762338	G	C	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=58;PP=2123;SC=CTGTCACCTCGCTGCTCCTCA;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=35047587;WS=35047569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	35047732	rs2689094	T	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=45;PP=1663;SC=CAGAAAGGAATGTATGTTTGT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=35047740;WS=35047722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	35050506	rs2177382	G	A	13206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=284;NR=183;PP=2965;SC=TGCGGCCCCCGAGCCTGGCAG;SOR=1.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=468;TCF=284;TCR=184;TR=467;WE=35050514;WS=35050496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr6	35053383	rs66645129	CTAGGAAGAG	C	3971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=4;PP=2941;SC=CAACAGAGACCTAGGAAGAGT;SOR=4.455;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=53;WE=35053399;WS=35053382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	35054983	rs71650764	GGCAGCGTAGACGCT	G	7956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=112;PP=2973;SC=TTGGGCGGGCGGCAGCGTAGA;SOR=3.538;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=1;TCR=120;TR=113;WE=35055004;WS=35054973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	35056443	rs2005	A	G	18227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=422;PP=2965;SC=ATAGGCTCCCACTGCCACCAC;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=641;TCF=219;TCR=422;TR=641;WE=35056451;WS=35056433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr6	35058117	rs707968	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=49;PP=1431;SC=GCCACTGCGCACATGCTGGTG;SOR=2.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=35058125;WS=35058107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	35088956	rs2494096	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=52;PP=1590;SC=TTCAGAAGATAACATGTGGCC;SOR=4.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=59;WE=35088964;WS=35088946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr6	35107682	rs3777748	T	A	871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=1;PP=801;SC=CAAATTTTTTTAAAAAGGAAT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=35107690;WS=35107672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr6	35109032	rs142118879	CGCGGCCTG	C	3208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=26;PP=2978;SC=CGGTGGGCCTCGCGGCCTGGC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=41;WE=35109047;WS=35109022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	35203203	rs13214290	T	G	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=57;PP=2594;SC=CCTAAACAGCTTTTTTACAAT;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=148;WE=35203211;WS=35203193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	35205541	rs1929849	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=12;PP=2307;SC=GAGCCTCCCTTGGCTTAATGC;SOR=3.118;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=79;TCR=13;TR=91;WE=35205549;WS=35205531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	35205881	rs734538	G	A	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=162;PP=2965;SC=ATTAGGGGATGACACCTCCTC;SOR=1.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=73;TCR=162;TR=235;WE=35205889;WS=35205871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	35216296	rs2071920	C	T	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=28;PP=2965;SC=CCACCCCCGACGGTGAGGCTG;SOR=2.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=108;TCR=28;TR=136;WE=35216304;WS=35216286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	35258539	rs763157	C	A	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=89;PP=2786;SC=GGAGGGTTCTCGTTCTGTTTG;SOR=2.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=123;WE=35258547;WS=35258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	35259261	rs1894650	C	G	11872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=1.006;SC=GACCTGGAGCCCAGTGCCATC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=257;TCR=173;TR=429;WE=35259269;WS=35259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,444:1.00:445
chr6	35259646	rs9366883	G	C	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=212;PP=2965;SC=GCTGGTCTGGGGGTAGGGTAT;SOR=2.311;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=73;TCR=212;TR=285;WE=35259654;WS=35259636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr6	35260503	rs1557567	C	T	15217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=278;PP=2965;SC=GCAGTGCCCACGGCGAGCTGG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=535;TCF=256;TCR=279;TR=534;WE=35260511;WS=35260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr6	35260530	rs1557568	C	T	15158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=258;NR=276;PP=2965;SC=CGGAGGAGAGCGAGCAGGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=537;TCF=259;TCR=278;TR=534;WE=35260545;WS=35260520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr6	35285720	rs2395617	A	C	14661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=282;NR=251;PP=2965;SC=AAGACAGCCAACCGCACGTAT;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=533;TCF=282;TCR=251;TR=533;WE=35285728;WS=35285710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr6	35378778	rs2016520	C	T	6740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=98;PP=2965;SC=ATGGGAACCACCCTGTAGAGG;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=232;WE=35378786;WS=35378768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	35391787	rs2076167	C	T	8783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=86;PP=2965;SC=TGACTGCAAACGAGGGGAGCC;SOR=1.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=213;TCR=86;TR=298;WE=35391795;WS=35391777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr6	35420628	rs9470029	A	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=274;SC=TGTCGGGGGAACGACACACAC;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=35420636;WS=35420618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	35423489	rs7757405	A	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=16;PP=1905;SC=CCTTCAGCCAAACACTTAACT;SOR=2.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=35423497;WS=35423479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	35423662	rs4713867	A	C	9226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=151;PP=2965;SC=CCCCTGACCCAGATGCCTGGC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=179;TCR=152;TR=330;WE=35423670;WS=35423652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr6	35424188	rs3800377	A	G	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=102;PP=2924;SC=GGCTTTATCCATGGGGAAGGC;SOR=1.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=46;TCR=102;TR=148;WE=35424196;WS=35424178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	35424268	rs4713868	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=724;SC=GGTAGGGTTGAGGGAATGTAG;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=29;WE=35424276;WS=35424258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	35425416	rs13214239	A	G	18304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=365;NR=322;PP=2965;SC=CCTTTCTTCCATCTTCTACCC;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=690;TCF=366;TCR=324;TR=687;WE=35425424;WS=35425406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr6	35443573	rs2076170	T	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=29;PP=1568;SC=AGGATCCATCTCTGGCACTCT;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=35443581;WS=35443563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	35444349	rs34250016	TACA	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=178;SC=TGTGTCCTTGTACAGTGTACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=35444359;WS=35444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	35448189	rs760782	T	C	17924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=262;NR=368;PP=2965;SC=GAGGAAAACATAGACAGTGAG;SOR=1.077;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=630;TCF=262;TCR=368;TR=630;WE=35448197;WS=35448179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr6	35477025	rs2064318	C	G	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TTTGATTGCTCTTCTTTATCA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=236;TCR=114;TR=194;WE=35477033;WS=35477015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,192:0.55:351
chr6	35477152	rs7752728	C	T	9321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GTGCTTCCAACACCCATGTCT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=778;TCF=373;TCR=405;TR=425;WE=35477160;WS=35477142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,433:0.55:790
chr6	35477303	rs9296155	T	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1312;ReadPosRankSum=-1.284;SC=ACTCTAGACCTGGCAAACTCC;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=65;WE=35477311;WS=35477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
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chr6	35765151	rs3748049	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=1.919;SC=CCTCACGAGATCCACCTGCAT;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=15;WE=35765159;WS=35765141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr6	35803192	rs1049649	C	A	7373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.718;SC=CCTCTTCCTGCGACCACTCAT;SOR=0.674;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=627;TCF=355;TCR=272;TR=333;WE=35803200;WS=35803182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,339:0.53:638
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chr6	35810503	.	T	A	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=15;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=70;QD=20.9542425094;SC=ATAGATCATTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=35810511;WS=35810493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,5:0.42:12
chr6	35836705	rs9296168	T	C	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=26;PP=1590;ReadPosRankSum=-1.637;SC=TACAGAATTATGGATGTTTTG;SOR=0.436;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=180;TCF=138;TCR=42;TR=101;WE=35836713;WS=35836695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,103:0.55:186
chr6	35872860	rs9470167	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.076;NF=5;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-2.178;SC=GGAGTTTGAGATTGCAGTGAC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=17;WE=35872868;WS=35872850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr6	35888067	rs662713	G	C	5623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=2.741;SC=GCCTGGCGTTGAGCAACAGCA;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=420;TCF=206;TCR=214;TR=239;WE=35888075;WS=35888057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,247:0.57:433
chr6	35888815	rs113305636	G	A	9495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CCGCTCCACCGCTCACCTTTC;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=715;TCF=365;TCR=350;TR=435;WE=35888823;WS=35888805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,444:0.62:718
chr6	35923246	rs2295852	T	C	4183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=106;PP=2542;ReadPosRankSum=-0.582;SC=ATCAGGTTAATGGAGGATGCT;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=341;TCF=147;TCR=194;TR=190;WE=35923254;WS=35923236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,195:0.56:346
chr6	35927158	rs138054927	A	AT	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-2.066;SC=AGAGGTTTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.154;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=15;WE=35927166;WS=35927148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr6	35945281	rs61171193	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	35960390	rs17707331	C	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1551;ReadPosRankSum=1.302;SC=CAGGTAAGCACTCATTGCAGA;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=106;WE=35960398;WS=35960380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,111:0.39:284
chr6	35967772	rs17713154	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=868;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AACTCACCAATGGACATTTGA;SOR=0.872;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=128;TCR=81;TR=74;WE=35967780;WS=35967762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,77:0.35:223
chr6	35980121	rs743923	C	T	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=104;PP=2260;ReadPosRankSum=-1.291;SC=ATTGTAAGCACGCATCGTAGG;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=455;TCF=177;TCR=278;TR=167;WE=35980129;WS=35980111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,174:0.37:468
chr6	35992332	rs9368897	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=1.560;SC=CACACGGCTCTCGCCTGGCTG;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=34;WE=35992340;WS=35992322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr6	36040642	rs61763106	AT	A	4693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.562;NF=41;NR=54;PP=2948;ReadPosRankSum=0.880;SC=CTTTTCACTAATTTCTAGGTA;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=95;WE=36040650;WS=36040632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,159:0.56:286
chr6	36041707	rs3730326	G	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=-1.924;SC=GTAGGATGGAGATTGTCTTTT;SOR=0.492;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=26;WE=36041715;WS=36041697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
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chr6	36098410	rs1059227	A	C	12315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=203;NR=261;PP=2965;SC=TCAACAAGACAGCCTGGGAGC;SOR=1.047;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=469;TCF=203;TCR=266;TR=464;WE=36098418;WS=36098400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
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chr6	36103921	rs2252430	G	A	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=95;PP=2965;SC=TTGGAGGGAGGGGACACTGCC;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=162;WE=36103929;WS=36103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	36104803	rs2815812	T	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=83;PP=2631;SC=AATAACTGTCTTTTTTTTCTT;SOR=2.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=27;TCR=83;TR=110;WE=36104811;WS=36104793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	36107172	rs2071863	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=844;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GCATGGCACCGCCGGCCAGAC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=57;WE=36107180;WS=36107162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr6	36177857	rs2239798	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.622;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=454;ReadPosRankSum=0.471;SC=CAGGCCAGGGTGGGCCAGGAC;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=36;WE=36177865;WS=36177847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr6	36189887	rs2301422	C	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=22;PP=1420;SC=GAAGGGGAGTCGGCGTTTTAG;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=36189895;WS=36189877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	36190156	rs2157317	C	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.249;SC=TGAGCTCCCCCAAACTCTTGG;SOR=0.197;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=16;WE=36190164;WS=36190146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr6	36193258	rs199593691	GA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,30:0.12:245
chr6	36193259	rs41270094	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=5.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,36:0.15:245
chr6	36193303	rs59200830	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=851;ReadPosRankSum=0.115;SC=TAGCAAGGCTCCCAGCTTGGA;SOR=0.457;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=37;TCR=108;TR=56;WE=36193311;WS=36193293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr6	36198396	rs3833482	TG	T	3279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.326;NF=13;NR=64;PP=2594;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGGGCAGGGCTGGGCCTGCAT;SOR=0.839;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=181;TCF=28;TCR=153;TR=77;WE=36198404;WS=36198386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,117:0.43:273
chr6	36198421	rs9470234	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1381;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TTGCCCTGCCTCCATCCCGCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=85;WE=36198429;WS=36198411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,89:0.43:209
chr6	36260858	rs2239795	C	T	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.122;NF=85;NR=69;PP=2165;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCAGCTGCTTCGTCCCGGTGT;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=347;TCF=199;TCR=148;TR=154;WE=36260866;WS=36260848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,155:0.45:348
chr6	36260914	rs2239796	C	T	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=99;PP=2938;ReadPosRankSum=0.880;SC=GTGAGTGCTTCGGCATGGTGA;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=373;TCF=191;TCR=182;TR=203;WE=36260922;WS=36260904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,197:0.54:367
chr6	36261885	rs4713949	A	G	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=20;PP=2956;SC=CTGGTGCCATATCCCATGGGC;SOR=2.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=102;TCR=20;TR=122;WE=36261893;WS=36261875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	36262991	rs4713951	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=0.705;SC=TCTTAGCAGACAGTGAGGGAT;SOR=1.514;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=16;WE=36262999;WS=36262988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr6	36269603	rs10947600	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=27;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.001;SC=CTGCTGCCAGGGCTGAGTAAC;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=131;TCR=51;TR=96;WE=36269611;WS=36269593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,104:0.54:192
chr6	36270130	rs12199580	C	A	9007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=0.107;SC=CCCACTTCACCCAGGCCATCC;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=751;TCF=349;TCR=402;TR=407;WE=36270150;WS=36270120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,415:0.54:763
chr6	36274153	rs12197079	C	T	5399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCTTATGTAACGTAAGTTTCC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=622;TCF=230;TCR=392;TR=264;WE=36274161;WS=36274143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,267:0.42:629
chr6	36275458	rs4713956	T	C	5002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CCCAAGACATTCGGGATCCAA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=542;TCF=243;TCR=299;TR=231;WE=36275474;WS=36275448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,248:0.44:565
chr6	36287312	rs743852	G	C	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=83;PP=1680;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGGCTGCGCAGGGTGGCTACC;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=435;TCF=202;TCR=233;TR=151;WE=36287320;WS=36287302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,152:0.35:435
chr6	36290030	rs12190546	C	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=652;ReadPosRankSum=0.784;SC=CCTGTGAACTCCATGTGGAAG;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=36;WE=36290038;WS=36290020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr6	36294915	rs6923009	T	A	6354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CTAAATGCACTGACAACTCCT;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=742;TCF=351;TCR=391;TR=302;WE=36294923;WS=36294905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,308:0.41:752
chr6	36296514	rs41270100	C	T	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=103;PP=2796;ReadPosRankSum=-1.859;SC=CGAAAGCAAACGGGTATGTAG;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=469;TCF=233;TCR=236;TR=208;WE=36296522;WS=36296504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,220:0.44:495
chr6	36296662	.	T	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.194;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=859;ReadPosRankSum=0.789;SC=CCACTAAGATTTTTATTTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=40;WE=36296670;WS=36296652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr6	36322471	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.206;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr6	36336614	rs763017	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=459;ReadPosRankSum=-1.187;SC=CCCATCAGCTGAGGATTGTCC;SOR=0.238;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=87;TCF=81;TCR=6;TR=29;WE=36336622;WS=36336604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
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chr6	36368276	rs62403732	C	T	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TGTGTCTCAGCTGCATGGCCA;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=194;TCR=173;TR=147;WE=36368284;WS=36368266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,156:0.41:385
chr6	36393582	.	A	ACAAACAAACAAACAAAAT	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.319;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr6	36437713	rs2273882	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=0;PP=738;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TAAGATGCCTATTTCTCCTGA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=31;WE=36437721;WS=36437703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr6	36437849	rs41272162	G	T	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=67;PP=2014;ReadPosRankSum=-1.843;SC=TGATCAAACGGACAGTTCAGG;SOR=0.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=407;TCF=225;TCR=182;TR=156;WE=36437857;WS=36437839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,160:0.38:418
chr6	36452603	rs201092661	TA	T	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=8.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.054;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr6	36465715	rs199704522	CTTT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.959;QD=14.56;ReadPosRankSum=2.379;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr6	36467791	rs659726	C	G	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=164;PP=2965;SC=CACACATCAGCGAGGCCCAGC;SOR=2.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=51;TCR=164;TR=215;WE=36467799;WS=36467781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	36483295	.	CCACACA	CCACA,C	41.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=514;ReadPosRankSum=-1.559;SC=TACAAAGCCACCACACACACA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=10;WE=36483308;WS=36483285;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.44:9
chr6	36492375	rs3752478	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ACATATGAAATCACCCCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=36492383;WS=36492365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	36493265	rs605684	T	C	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=93;PP=2965;SC=TCCTCTGTTATTGAGCCAAAA;SOR=1.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=174;TCR=93;TR=267;WE=36493273;WS=36493255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr6	36645588	rs762624	A	C	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCTGAGCCCCAGTTTCCCCAG;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=239;TCF=138;TCR=101;TR=113;WE=36645596;WS=36645578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,119:0.46:259
chr6	36645696	rs2395655	A	G	9164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=168;PP=2965;SC=AACCACAGGGATTTCTTCTGT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=151;TCR=168;TR=318;WE=36645704;WS=36645686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr6	36651971	rs1801270	C	A	8631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AGCAGCTGAGCCGCGACTGTG;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=650;TCF=371;TCR=279;TR=395;WE=36651979;WS=36651961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,397:0.60:657
chr6	36652339	rs3176352	C	G	16494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=257;NR=330;PP=2965;SC=GACATGTGCACGGAAGGACTT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=587;TCF=257;TCR=330;TR=587;WE=36652347;WS=36652329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr6	36653597	rs1059234	C	T	8443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.204;SC=AGGAAGCCTGCAGTCCTGGAA;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=773;TCF=361;TCR=412;TR=406;WE=36653605;WS=36653587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,414:0.53:787
chr6	36689961	rs183541	A	C	21934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=460;NR=361;PP=2965;SC=ACAAGAGGGCAGAGGTGGGCA;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=821;TCF=460;TCR=361;TR=821;WE=36689969;WS=36689951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,813:1.00:813
chr6	36693765	rs41272174	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=568;ReadPosRankSum=-2.667;SC=TAGGCTGAGCGTAGGGGTGCA;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=44;WE=36693773;WS=36693755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,47:0.35:133
chr6	36712962	rs743870	C	T	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=93;PP=2199;ReadPosRankSum=1.531;SC=GGTCTGTCTGCGGGACCTCTG;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=260;TCF=82;TCR=178;TR=141;WE=36712970;WS=36712952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,142:0.54:262
chr6	36713263	rs763046	A	G	7039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=120;PP=2965;SC=CGTCGATGCCACAGCATGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=135;TCR=120;TR=255;WE=36713271;WS=36713253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	36714491	rs929051	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=771;ReadPosRankSum=1.065;SC=CATACCCCATGTTAAATCCTT;SOR=0.105;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=46;WE=36714499;WS=36714481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr6	36715833	rs1010790	A	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=783;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGGGGATACTACTGCCATCTT;SOR=0.614;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=45;WE=36715841;WS=36715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
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chr6	36723916	rs12203137	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=655;ReadPosRankSum=1.144;SC=TGATTCCCACGCTCAGCCCCT;SOR=1.467;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=41;WE=36723924;WS=36723906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
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chr6	36790639	rs4711470	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=841;ReadPosRankSum=0.799;SC=CTTCACAAGCGTGCAGGCTGG;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=23;WE=36790647;WS=36790620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr6	36790689	rs17374068	T	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=850;ReadPosRankSum=1.372;SC=TCAGACACTATGGGAGAAACA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=59;WE=36790697;WS=36790679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr6	36824399	rs2071823	C	T	4227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2858;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CATCTTCAAACTGTTTGCCAT;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=487;TCF=239;TCR=248;TR=199;WE=36824407;WS=36824389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,209:0.42:499
chr6	36842427	rs2303993	C	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=0;PP=594;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GCCAGGAACGCAGACCCGTGG;SOR=2.820;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=69;TCR=11;TR=31;WE=36842435;WS=36842417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr6	36853685	rs11461876	G	GC	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=8;PP=769;SC=ACAAGGCCTCGCCCAGGAGTG;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=36853693;WS=36853675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	36853786	rs11461877	A	AG	3921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=28;PP=2966;SC=GAGGAGCCCGAGGGGCGCGAG;SOR=2.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=36853794;WS=36853776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	36853857	rs5875560	T	TCGC	6780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=2967;ReadPosRankSum=0.385;SC=TGTGACAGCCTCGCCGCGCCC;SOR=1.151;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=140;WE=36853865;WS=36853847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr6	36884490	rs2293394	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=42;PP=1183;SC=GTCTAGTTCTCCCCTCCTGCT;SOR=4.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=36884498;WS=36884480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	36887476	rs11542163	C	T	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=1527;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CAGGGGATATCGGTATGTAGG;SOR=0.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=102;WE=36887484;WS=36887466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,104:0.58:178
chr6	36922385	rs1405070	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=791;SC=GACCCAAAGCGCCCAGCCCTC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=29;WE=36922393;WS=36922375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	36922684	rs1405069	A	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=66;PP=2162;SC=GGTATCCCCGACGGCCTCAGA;SOR=1.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=36922692;WS=36922674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	36931162	rs2296934	A	G	14466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.02;NF=233;NR=264;PP=2965;SC=GGGCAAGGGAACTCCTACCCC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=497;TCF=233;TCR=264;TR=497;WE=36931170;WS=36931152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr6	36931491	rs34165286	G	A	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=125;PP=2965;SC=CACCCTCTGAGTAGGAGCTTC;SOR=2.182;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=42;TCR=125;TR=167;WE=36931499;WS=36931481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	36944495	rs708007	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=685;SC=CCTGGCACCTACCCAGGGCTG;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=36944503;WS=36944485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	36976901	rs6927538	C	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=875;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCCTGACCTCCCCTCCACACA;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=53;WE=36976909;WS=36976891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr6	36978745	rs1724088	G	A	5926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CCAATCCTCCGCAGGAGCCAG;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=804;TCF=363;TCR=441;TR=309;WE=36978753;WS=36978724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:497,311:0.38:808
chr6	36978834	rs1753288	A	G	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=77;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CAGGCCAGTGACCAGGACACC;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=273;TCF=72;TCR=201;TR=101;WE=36978842;WS=36978824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,106:0.38:281
chr6	36978879	rs1724087	T	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=97;PP=2965;SC=TCTCCTCACCTCACCCCTTCT;SOR=3.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=21;TCR=98;TR=118;WE=36978887;WS=36978869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	36982309	rs75479065	C	CT	1785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.553;NF=41;NR=8;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AGGGCTGCTCCTGGGGGCTGT;SOR=0.889;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=136;TCF=107;TCR=29;TR=49;WE=36982317;WS=36982299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
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chr6	36988664	.	ATG	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=52;QD=28.0;SC=GTATGTATGCATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=2;WE=36988673;WS=36988654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
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chr6	37138023	rs59116171	GGCA	G	3845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=34;PP=2994;SC=CGGCGGGACCGGCAGCAGCAG;SOR=1.090;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=63;WE=37138036;WS=37138013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	37138220	rs262936	C	G	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=2171;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CAGCCGCAGCCACAGCCGCAA;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=153;WE=37138228;WS=37138210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,153:0.49:313
chr6	37139322	rs262938	T	C	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=119;PP=2965;SC=CCCGGCCCAGTCCGGAGGCCT;SOR=2.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=42;TCR=119;TR=161;WE=37139330;WS=37139312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	37140670	rs71773641	AT	A	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.899;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr6	37141622	rs45569033	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.928;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=20;PP=1266;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CCCAGACTTGTGGGCCTCTGA;SOR=0.347;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=143;TCF=112;TCR=31;TR=79;WE=37141630;WS=37141612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr6	37180237	rs1224329	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=452;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AGGTAGTCATGAGTTCACTGC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=28;WE=37180245;WS=37180227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr6	37180523	rs1150790	A	G	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=84;PP=2435;ReadPosRankSum=1.092;SC=ATACAATAAAAGAGGAAGCAG;SOR=0.866;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=457;TCF=223;TCR=234;TR=153;WE=37180531;WS=37180513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,155:0.33:466
chr6	37186525	rs143466352	C	G	6349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.972;SC=TGTAGATGACCAGGCCCCTGA;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=520;TCF=261;TCR=259;TR=285;WE=37186533;WS=37186515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,295:0.56:531
chr6	37237550	rs17572320	A	G	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.166;SC=ATTTTGGACCAGGAGATGAGC;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=561;TCF=198;TCR=363;TR=226;WE=37237558;WS=37237540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,234:0.41:577
chr6	37250112	rs195753	A	G	11296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=236;PP=2965;SC=AATTCCGTCAACTTCTCTCCA;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=185;TCR=238;TR=421;WE=37250120;WS=37250102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr6	37252210	rs3818136	C	T	4952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.438;SC=ACTCTCGAAACGAGGAACATC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=330;TCF=139;TCR=191;TR=207;WE=37252218;WS=37252200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,217:0.63:347
chr6	37280844	rs149708	A	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=62;PP=1981;SC=CTAGGTCCAGAGGCTCCCAGC;SOR=2.219;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=82;WE=37280852;WS=37280834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	37328399	rs34469147	CT	C	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.603;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr6	37418263	rs2270687	A	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=69;PP=2014;SC=CTGTGTCAAGAGGGAGTGTCA;SOR=3.180;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=82;WE=37418271;WS=37418253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	37427455	.	G	A	5324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.041;SC=TCTGATGGCTGATGGGGTAGG;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=187;TCR=212;TR=234;WE=37427463;WS=37427445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,242:0.59:413
chr6	37446061	rs3830396	TCA	T	9849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.02;NF=76;NR=67;PP=2957;SC=GCTGTGTGCCTCAGTTTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=143;WE=37446070;WS=37446051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	37447075	rs2797790	G	A	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=114;PP=2965;SC=GCAGCCTCAAGTACTCCTGCA;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=55;TCR=114;TR=169;WE=37447083;WS=37447065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	37447994	rs1874736	C	G	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1123;SC=GCCCACAGTGCTGGCTTCTTC;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=37448002;WS=37447984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	37450914	rs10692	T	C	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=103;PP=2965;SC=TTGATCCTGATCAAGGGGCCA;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=188;TCR=103;TR=291;WE=37450922;WS=37450904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr6	37475494	.	GGGGGTGGGGGTAGATGGTGATGGGGATGGGGGTAGGTGGTGGT	G	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.61;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	37501866	rs1541227	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=990;SC=GACAAAATGTAAATTAACTCT;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=37501874;WS=37501856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	37501967	rs2797786	A	G	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=67;PP=2965;SC=TTGAGTTACCAAGAGGTGTCC;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=122;TCR=67;TR=189;WE=37501975;WS=37501957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	37502110	rs62406767	C	G	8330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=159;PP=2965;SC=GAGTCCTGGACAAATCAAGAT;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=140;TCR=159;TR=299;WE=37502118;WS=37502100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr6	37502585	rs1317487	C	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=253;SC=TTAAATTATGCAAGTAATACA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=37502593;WS=37502575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	37613592	rs804858	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TGGAAACACAGGGGGAATTCA;SOR=0.349;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=102;TCF=79;TCR=23;TR=63;WE=37613600;WS=37613582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
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chr6	37617519	rs708022	A	C	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr6	37617529	rs708021	T	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr6	37617569	rs708020	C	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.339;NF=82;NR=38;PP=1921;ReadPosRankSum=1.075;SC=TTTCATCATCCTGTTATCAGA;SOR=0.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=192;TCF=128;TCR=64;TR=120;WE=37617577;WS=37617559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr6	37618202	rs804816	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GATGGTGATCAGCGGAGAGGT;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=19;WE=37618210;WS=37618192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr6	37787810	.	TGGGGGCG	T	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.05;QD=38.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	38109839	rs9470796	T	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=0.836;SC=GGTCTAAAGCTCACACTCCAT;SOR=1.410;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=20;WE=38109847;WS=38109823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr6	38110010	rs12662543	G	A	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=2390;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GGGAAAGATGGGGAAAATGTT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=157;WE=38110018;WS=38110000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,161:0.56:290
chr6	38147355	rs6458044	A	G	13777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=269;PP=2965;SC=CCCACAGCGCAGCTCCTGCCC;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=483;TCF=214;TCR=269;TR=483;WE=38147363;WS=38147334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr6	38455368	rs113789617	CGA	C	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=28.36;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	38472125	rs9380754	GG	CT	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=1;PP=832;SC=AACTGATGATGGGCTATTATT;SOR=5.943;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=33;WE=38472134;WS=38472115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	38472176	rs73426901	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=949;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CACTACCCAAACTACAAAATT;SOR=1.024;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=125;TCF=97;TCR=28;TR=52;WE=38472184;WS=38472166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,56:0.42:133
chr6	38650628	rs4746	T	G	14685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.539;SC=ACTCTGGGTCTCATCATCTTC;SOR=0.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=547;TCF=269;TCR=278;TR=544;WE=38650636;WS=38650618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,557:1.00:558
chr6	38670837	rs1049346	G	A	16988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=324;NR=296;PP=2965;SC=CCATGGCTGCGCTGCAGTATC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=620;TCF=324;TCR=296;TR=620;WE=38670845;WS=38670827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,640:1.00:640
chr6	38702111	.	C	CCA	147	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=147;QD=23.0;SC=GACCCCCCCCCAAAAAAATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=38702119;WS=38702103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr6	38702169	rs74904743	C	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AAACAGGAAACAATAGTGTAA;SOR=0.175;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=21;WE=38702177;WS=38702159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr6	38704943	rs6935293	A	G	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=68;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GCAACAAACAACTGGGGTGCT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=142;TCR=171;TR=123;WE=38704951;WS=38704933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,128:0.40:323
chr6	38754502	rs1678666	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=969;ReadPosRankSum=1.296;SC=GCAGAAAGGAAATTCAGAATG;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=62;WE=38754510;WS=38754492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr6	38773172	rs1678682	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=525;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTAAAAAGGAACTTCCTAAGA;SOR=0.299;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=36;WE=38773180;WS=38773162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr6	38773293	rs874808	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=802;ReadPosRankSum=2.876;SC=AGTGAAACAGGAGAGGGTGAA;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=62;WE=38773301;WS=38773283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr6	38775336	rs1738229	T	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=942;ReadPosRankSum=1.437;SC=GGGGATGCTCTAGGTTTTTTG;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=70;WE=38775344;WS=38775326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,78:0.58:134
chr6	38781866	rs1678690	C	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=777;ReadPosRankSum=-1.026;SC=ATATTATTTCCTTTATAAAAA;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=57;WE=38781874;WS=38781856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr6	38781931	rs1738221	A	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TACACTGATAATTTGATAAGG;SOR=0.093;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=18;WE=38781939;WS=38781921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	38793812	rs1738208	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=434;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AACCACATTTCAAGTGTTCAA;SOR=0.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=20;WE=38793820;WS=38793802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr6	38800209	rs1678729	T	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1246;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGCATATGAATTGGTAATTTA;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=73;WE=38800217;WS=38800199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr6	38810313	rs1678737	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-2.514;SC=TATAATGCCTGTCTTCTTAGG;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=23;WE=38810321;WS=38810303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
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chr6	38825329	rs2061907	C	T	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=78;PP=2253;ReadPosRankSum=0.638;SC=TGTGGACACACGATTCAGAAG;SOR=0.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=175;TCR=154;TR=164;WE=38825351;WS=38825319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,168:0.50:334
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chr6	38828453	rs6458073	A	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TAAAATGTGCATAACATTATT;SOR=0.957;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=17;WE=38828461;WS=38828443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr6	38836049	.	C	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=0.198;SC=TAGAGGTAGGCTGATGTTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=15;WE=38836057;WS=38836039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr6	38840601	rs2235719	G	A	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCCTGCTAGCGTATTAACACA;SOR=1.405;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=87;WE=38840609;WS=38840591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,92:0.53:172
chr6	38841101	rs9380795	G	A	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=74;PP=2013;ReadPosRankSum=-2.030;SC=CATATATGAAGCTAAATCTCA;SOR=0.442;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=253;TCF=104;TCR=149;TR=134;WE=38841109;WS=38841091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,139:0.53:262
chr6	38843279	rs77031115	CC	TT	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.65;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	38843283	rs35696175	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr6	38843426	rs6458080	C	T	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=53;PP=2148;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTTCCTGTGTCGAACATCTTC;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=265;TCF=162;TCR=103;TR=148;WE=38843434;WS=38843416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,153:0.57:269
chr6	38851308	rs4714191	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=0.345;SC=ATGTGTACGCATATAAAATGT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=38851316;WS=38851298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	38851669	rs4714192	C	T	4439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=85;PP=2757;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TTGAAAGCTACGTGGATAAGC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=190;TCR=149;TR=194;WE=38851677;WS=38851659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,204:0.57:358
chr6	38882937	rs5875644	AG	A	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.312;NF=27;NR=0;PP=854;ReadPosRankSum=1.613;SC=TTTGCTTGAAAGGTTTCTATT;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=49;TCR=0;TR=27;WE=38882945;WS=38882927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr6	38890957	.	A	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.710;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=940;ReadPosRankSum=1.998;SC=AGCTCAGATTAATAGGTGGGA;SOR=0.909;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=46;TCR=89;TR=52;WE=38890965;WS=38890947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr6	38897376	.	A	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=79;PP=2009;ReadPosRankSum=-0.466;SC=ACATTCATGAAGAGCTGGATC;SOR=0.450;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=253;TCF=110;TCR=143;TR=145;WE=38897384;WS=38897366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,145:0.58:251
chr6	38899485	rs9296268	G	C	64.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCAATTTATTGAAGCGTCACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=38899493;WS=38899481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	38906072	rs2073037	A	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=55;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.446;SC=TCTTTTAGAAATTGCTTTTTC;SOR=0.921;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=134;TCF=28;TCR=106;TR=68;WE=38906082;WS=38906062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr6	38913177	rs522327	A	G	7681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.936;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.975;SC=TTATTATTTGAAAAGTACATT;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=174;TCR=114;TR=285;WE=38913185;WS=38913167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr6	38952246	rs34819199	GCACA	G	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.812;NF=1;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GCACACACATGCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=38952257;WS=38952236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	38957771	rs3737095	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=882;ReadPosRankSum=1.013;SC=ATTTCTTTTGTTTTCTCTCAC;SOR=1.308;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=127;TCF=97;TCR=30;TR=52;WE=38957779;WS=38957761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
chr6	38957853	rs3737094	A	G	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=77;PP=2596;ReadPosRankSum=0.710;SC=AAATCCCCTTATGCAAAACCT;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=465;TCF=270;TCR=195;TR=188;WE=38957861;WS=38957843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,192:0.41:472
chr6	38979946	rs9296273	T	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.605;SC=AAGAGAAATGTCAGATGAGAA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=38979954;WS=38979936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr6	39016636	rs10305420	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=584;ReadPosRankSum=2.403;SC=GCCCCCGGCCCGCTGCGCCTT;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=44;WE=39016644;WS=39016626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr6	39033420	rs910163	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
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chr6	39033602	rs6918287	A	G	15456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=278;NR=276;PP=2965;SC=AGCGAGGGGAAAGAGTGAGTT;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=554;TCF=278;TCR=276;TR=554;WE=39033610;WS=39033592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
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chr6	39047035	rs5875654	CAG	C	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,27:0.13:203
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chr6	39162227	rs1541816	G	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=942;ReadPosRankSum=0.198;SC=TACCCAGCCTGACCCGGGAGG;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=52;WE=39162235;WS=39162217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr6	39278848	.	GCACACACA	G,GCA	2171.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;QD=36.81;SOR=4.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,44:0.25,0.75:59
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chr6	39282748	rs11756070	G	A	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=38;PP=1421;ReadPosRankSum=0.087;SC=TGGAGGAAGCGTCTAGGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=154;TCR=94;TR=102;WE=39282756;WS=39282738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,107:0.41:260
chr6	39282806	rs11756091	G	T	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1728;ReadPosRankSum=0.457;SC=CTTGGATATGGGGAAGTCCTG;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=290;TCF=164;TCR=126;TR=122;WE=39282814;WS=39282796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,127:0.42:300
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chr6	39284050	rs1535500	G	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GTCAGAGGCTGCCCCATCCTT;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=74;WE=39284058;WS=39284040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr6	39284184	rs3734618	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1124;ReadPosRankSum=-1.713;SC=CCAGGCTCCGATACACTGAGA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=86;WE=39284192;WS=39284174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,90:0.40:226
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chr6	39325078	rs20455	A	G	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=81;PP=2091;ReadPosRankSum=-1.565;SC=AGTTGGGACCATTCATGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=403;TCF=218;TCR=185;TR=177;WE=39325086;WS=39325068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,187:0.45:415
chr6	39328450	rs56731267	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=417;ReadPosRankSum=0.636;SC=ATAGGAGCTTCGGAGGCCAGG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=21;WE=39328458;WS=39328440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
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chr6	39545809	rs3830834	G	GA	1681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=755;ReadPosRankSum=0.422;SC=TAAAGAAAAAGAAAAAAAAGT;SOR=0.908;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=151;TCF=50;TCR=101;TR=48;WE=39545817;WS=39545799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,86:0.38:226
chr6	39563730	rs7738728	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=330;ReadPosRankSum=-0.066;SC=ATATATATTTCATCATAATAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=39563746;WS=39563722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr6	39585399	rs2466406	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=935;SC=ATCACGACAAATGTCTGTCAT;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=39585407;WS=39585389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	39828862	rs2504098	A	C	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1863;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTGCCTTGGCATGCTCATGCA;SOR=0.486;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=279;TCF=123;TCR=156;TR=120;WE=39828870;WS=39828852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,121:0.42:289
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chr6	39839164	rs2504088	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=237;ReadPosRankSum=1.130;SC=TTGCCTTCATTTTGCTTGAAT;SOR=0.392;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=18;WE=39839172;WS=39839154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr6	39846137	rs2504086	A	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1290;ReadPosRankSum=0.511;SC=CATTACTCACATTCTCTCCTT;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=120;TCR=103;TR=93;WE=39846145;WS=39846127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,90:0.41:220
chr6	39851679	rs2504082	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=864;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGAGGCATGGAGCATCTTCAT;SOR=1.119;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=47;WE=39851687;WS=39851669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr6	39851818	rs3003929	G	A	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ATTTTGAAAAGATGTTTTCAG;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=280;TCF=128;TCR=152;TR=110;WE=39851826;WS=39851808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,116:0.39:296
chr6	39855112	rs3003945	T	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=0.540;SC=TTAGCTATTATCCACCCTCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=11;WE=39855120;WS=39855111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr6	39855427	rs3008810	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.150;NF=8;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=2.455;SC=GGTGGAGGAACGGAGTGGTGG;SOR=0.537;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=26;WE=39855435;WS=39855417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr6	39855490	rs5875688	C	CTGGA	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.228;NF=1;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AGGCATTGATCTGGAACTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=8;WE=39855498;WS=39855480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	39864730	rs3008815	C	T	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TCAACAAGATCGCTGACACCA;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=189;TCR=154;TR=124;WE=39864738;WS=39864720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,128:0.36:353
chr6	39865047	rs3004067	T	C	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=95;PP=1785;ReadPosRankSum=1.628;SC=TTCCAGAAGCTGCCAAAGTCA;SOR=0.888;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=411;TCF=177;TCR=234;TR=158;WE=39865055;WS=39865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,167:0.39:431
chr6	39866805	rs3830992	A	AACAATGGGC	4078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=4.108;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,113:0.40:280
chr6	39869066	rs882559	G	C	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2126;ReadPosRankSum=1.613;SC=ATCCTGTTCTGTCCCTTGACA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=200;TCR=150;TR=152;WE=39869074;WS=39869056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,155:0.43:358
chr6	40360465	rs3734557	A	G	12048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=170;PP=2965;SC=TGCCGCCCAGAATCTGGCTGT;SOR=1.050;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=243;TCR=171;TR=413;WE=40360473;WS=40360455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
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chr6	40996381	rs742492	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=724;ReadPosRankSum=0.521;SC=AGCAGGGAGGGGCTCCCCCCC;SOR=1.234;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=43;WE=40996392;WS=40996371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr6	40998141	rs736795	G	A	4036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TCTTCATGCCGCAAAGCCCCA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=146;TCR=134;TR=172;WE=40998149;WS=40998131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,182:0.61:297
chr6	40998183	rs150256944	G	A	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=75;PP=2302;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AGTCATTGCCGGTGATGCTGT;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=108;TCR=118;TR=139;WE=40998191;WS=40998173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,144:0.60:240
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chr6	40999671	.	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;ReadPosRankSum=0.433;SC=CTGTGTGCATGGCTGCATGGG;SOR=0.597;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=31;WE=40999679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
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chr6	41038845	rs13191323	C	T	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=73;PP=2629;ReadPosRankSum=0.837;SC=CCAGGGCAAACCAGGTAAGTG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=200;TCR=147;TR=174;WE=41038853;WS=41038835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,176:0.50:351
chr6	41052002	rs6908595	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=597;SC=ATTACAACCTATTTGATAATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=41052010;WS=41051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	41169021	rs5875743	C	CA	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=669;SC=GGCCCCAAGCCGGGAGGACTC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=41169029;WS=41169011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	41195994	rs6458201	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.699;NF=18;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CTGGTCTGCAGAGCCCGCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=26;WE=41196002;WS=41195984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
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chr6	41196104	rs10700462	C	CCTT	5456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=43;PP=2971;SC=GCGTCTGACTCCTCCTGAGAG;SOR=0.945;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=63;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	41196156	rs2803496	C	T	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=68;PP=2965;SC=AGAAACAGATCTGGGCTGGAA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=150;WE=41196164;WS=41196146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	41196605	rs9369265	T	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=120;PP=2965;SC=CTCCAAGCCCTGGACAGCAGT;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=165;TCR=121;TR=284;WE=41196613;WS=41196595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr6	41196727	rs2101269	C	T	10232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=202;PP=2965;SC=GAATCTACAACGCTTCCGAAA;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=156;TCR=202;TR=358;WE=41196735;WS=41196717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr6	41197108	rs111708839	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.676;NF=23;NR=1;PP=343;ReadPosRankSum=-0.829;SC=ACACCAACAACTCTGTCATGC;SOR=0.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=57;TCR=2;TR=24;WE=41197116;WS=41197098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr6	41197785	rs9296357	T	C	11612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=217;NR=188;PP=2965;SC=ACTGTCTTCTTTGTGTCCTCT;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=217;TCR=188;TR=405;WE=41197802;WS=41197775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr6	41197857	rs7769759	C	T	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=148;PP=2965;SC=GGCTCTGAGACCAGGTAGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=77;TCR=148;TR=225;WE=41197865;WS=41197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	41198758	rs2803500	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=924;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTAGGTTGCACGCTCCTTATG;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=74;WE=41198766;WS=41198748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr6	41198909	rs4337930	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=31;PP=699;SC=TATTACAACATGATAATAATA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=41198917;WS=41198899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	41200245	rs7746632	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.171;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=434;ReadPosRankSum=-0.754;SC=ACTTGGAGGTAGGGGATGGTT;SOR=1.366;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=26;WE=41200253;WS=41200235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr6	41200293	rs12526284	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=1.853;SC=ACTGTGCATTTTATTTATTTA;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=16;WE=41200301;WS=41200283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr6	41204005	rs9394775	C	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.599;NF=16;NR=1;PP=304;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCCTGGCCAGCTTTTTCCTCC;SOR=1.162;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=17;WE=41204013;WS=41203995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr6	41204049	rs9394776	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.724;NF=23;NR=5;PP=487;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGACTAGGTCCCCTCTCAGTC;SOR=1.074;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=28;WE=41204057;WS=41204039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr6	41204092	rs9349185	C	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.460;QD=18.80;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr6	41204092	.	CTC	TTG	2326	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=59.85;NF=41;NR=23;PP=2326;QD=37.1791855447;SC=CCCCACACCCCTCTGTCATCG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=64;WE=41204102;WS=41204082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr6	41204094	rs9394777	C	G	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.459;QD=18.29;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr6	41204329	rs9349186	A	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GAGTCCTGTTAGTGCTCCTGA;SOR=0.561;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=55;TCR=100;TR=77;WE=41204337;WS=41204319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr6	41243740	rs2234246	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=861;ReadPosRankSum=0.076;SC=TAGAAATAGCCGGTGATTACA;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=52;WE=41243748;WS=41243730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr6	41303592	rs9394782	T	C	21398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=391;NR=419;PP=2965;SC=TCCCCTCCCATGAGCGCACAG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=812;TCF=392;TCR=420;TR=810;WE=41303600;WS=41303582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,822:1.00:822
chr6	41309552	rs2236369	T	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=21;PP=1561;SC=CACACAGACCTCCTGGACTCC;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=41309560;WS=41309542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	41309698	rs2236370	G	C	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=AGCCACACAGGCCTGGGCGGG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=193;WE=41309706;WS=41309688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	41318438	rs2273962	A	G	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=57;PP=2965;SC=GTGGAAAACCATGATGGAGCT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=165;WE=41318446;WS=41318428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr6	41486990	rs2496647	G	A	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=47;PP=2965;SC=ATGCAAAATTGGGATAATTAT;SOR=1.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=116;TCR=47;TR=163;WE=41486998;WS=41486980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	41533579	rs2104506	C	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=65;PP=1663;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTGGGCAAGCCGATGGCAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=272;TCF=123;TCR=149;TR=115;WE=41533587;WS=41533569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,124:0.43:289
chr6	41555363	rs11267985	TCACTCCCTCTC	T	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=2980;ReadPosRankSum=0.101;SC=GACCGGAGGTTCACTCCCTCT;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=16;WE=41555381;WS=41555353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr6	41562530	rs9367109	A	G	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=48;PP=1535;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TGCGTGGGACATGGGATGGGA;SOR=0.957;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=353;TCF=209;TCR=144;TR=128;WE=41562538;WS=41562520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,129:0.35:364
chr6	41617626	rs2073159	G	C	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=63;PP=1201;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CTCCAAAGCCGGGTTCCTCGA;SOR=0.595;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=73;TCR=163;TR=94;WE=41617634;WS=41617616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,97:0.41:237
chr6	41617658	rs2281326	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=665;ReadPosRankSum=2.735;SC=TGGGCCCACTGGAGCACCTTC;SOR=1.711;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=106;TCF=15;TCR=91;TR=38;WE=41617666;WS=41617648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr6	41620938	rs12199887	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=604;ReadPosRankSum=1.442;SC=TCAGGCACACAGTGAACACTC;SOR=0.212;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=83;TCF=73;TCR=10;TR=40;WE=41620946;WS=41620928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr6	41620975	rs2842657	A	G	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=45;PP=2965;SC=CCGCTGCCGCAGGCCCCCACA;SOR=2.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=144;TCR=46;TR=189;WE=41620983;WS=41620965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	41652604	rs1062966	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=568;ReadPosRankSum=-2.366;SC=GGAATGGGGATGGTGGCTGGG;SOR=0.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=54;WE=41652612;WS=41652594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,56:0.35:162
chr6	41655005	rs2073157	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=462;ReadPosRankSum=2.033;SC=CTTCAGGGCAGCCTGCAGCTT;SOR=2.232;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=26;WE=41655013;WS=41654995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr6	41657702	rs76810604	T	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=0.524;SC=AGAGAAGAGATGAGCTGTCCA;SOR=1.954;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=16;WE=41657710;WS=41657692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr6	41658889	rs1015149	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TGCGCTCCCGCTGCTCCTCCT;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=72;WE=41658897;WS=41658879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,76:0.47:162
chr6	41691296	rs12664213	A	G	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=74;PP=2381;ReadPosRankSum=-2.510;SC=GGCCGGGCTCAGTTTCCTCAT;SOR=0.928;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=347;TCF=187;TCR=160;TR=167;WE=41691304;WS=41691286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,170:0.48:356
chr6	41691599	rs1891455	C	A	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.627;SC=AGACACAGAGCAGCAAGAATT;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=525;TCF=314;TCR=211;TR=209;WE=41691607;WS=41691589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,213:0.40:533
chr6	41705398	rs201999322	ATTTCT	A	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.350;NF=20;NR=1;PP=927;ReadPosRankSum=1.004;SC=GAGACCCAGCATTTCTGGCTC;SOR=0.602;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=21;WE=41705410;WS=41705388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr6	41721682	rs59644697	G	GT	10162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=98;PP=2967;SC=TGGAAAGGAGGTGTACTGGAT;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=62;TCR=105;TR=157;WE=41721690;WS=41721670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	41740483	.	C	CGTGTGT,CGTGTGTGTGT	557.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.27;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=8,8;NR=0,0;PP=195,103;SC=GCTTCCTGGGCGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8,8;WE=41740491;WS=41740473;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr6	41748279	rs10947986	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=874;SC=GGCAGAGGCCATGGAGCCCGC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=41748287;WS=41748269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	41753380	rs3747753	G	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1163;SC=GTATCAGGGAGTGGGGAGAAG;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=41753388;WS=41753370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	41754370	rs10947987	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=33;PP=2965;SC=CGAGGACTCTCGGCGGCGGCG;SOR=2.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=148;TCR=34;TR=179;WE=41754378;WS=41754360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr6	41755708	rs41273794	C	T	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=90;PP=2371;SC=GGCTGTGCCTCACTGAGATCC;SOR=4.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=8;TCR=90;TR=98;WE=41755716;WS=41755698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	41773576	rs2185798	G	C	22384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=448;NR=320;PP=2965;SC=ACACTGAGTGGAGCATGGCGA;SOR=1.089;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=769;TCF=449;TCR=320;TR=768;WE=41773584;WS=41773566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,789:1.00:789
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chr6	41905174	rs2479717	T	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=613;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GCTGGAGAAGTGAAGAGGAGG;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=34;WE=41905182;WS=41905164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr6	42016246	rs10456506	T	C	21078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=454;NR=488;PP=2962;ReadPosRankSum=0.337;SC=TACCTCCTCGTCAGGTGACCT;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1623;TCF=761;TCR=862;TR=942;WE=42016254;WS=42016236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:692,963:0.58:1655
chr6	42023618	rs142602868	A	ATAC	2386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.033;NF=35;NR=8;PP=2031;ReadPosRankSum=0.451;SC=CCATTTGTCCATACTACTACT;SOR=1.580;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=115;TCF=85;TCR=30;TR=43;WE=42023626;WS=42023608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr6	42025058	rs6917299	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=343;ReadPosRankSum=0.948;SC=GGAGGCTTTGGGGAGAGACCA;SOR=0.256;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=19;WE=42025066;WS=42025054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr6	42025318	rs12208813	G	A	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=67;PP=1612;ReadPosRankSum=1.140;SC=TGACTGTCACGTGGCAGAGTC;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=58;TCR=108;TR=101;WE=42025326;WS=42025308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,104:0.60:172
chr6	42025402	rs1134218	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=0.474;SC=TCACACCTGTAATCCCAGCAT;SOR=0.619;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=11;WE=42025410;WS=42025392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr6	42036395	rs2492926	A	C	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=96;PP=2888;SC=ACTGTCGCACACTGCCCTCAG;SOR=3.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=18;TCR=96;TR=114;WE=42036403;WS=42036385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	42044945	rs3800286	G	A	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=2.046;SC=CTTATCTGCGGCCGGTGAAGA;SOR=0.910;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=320;TCF=136;TCR=184;TR=186;WE=42044953;WS=42044935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,192:0.58:331
chr6	42045026	rs2493839	G	A	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1567;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CCACCGAGGTGGTCTTCTCTG;SOR=0.664;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=73;WE=42045034;WS=42045016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
chr6	42045086	rs78157979	C	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=38;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GAAAGCCACTCTGGTGAGAGG;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=211;TCR=96;TR=119;WE=42045094;WS=42045076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,120:0.39:309
chr6	42045171	rs2492931	A	G	6353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.986;SC=AGTGTCCTGCAGTCTAGGGAC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=785;TCF=418;TCR=367;TR=333;WE=42045179;WS=42045161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,334:0.42:793
chr6	42072274	.	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr6	42072692	rs74901308	G	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1205;ReadPosRankSum=2.367;SC=GCGGCGGTGGGATGACCTCGA;SOR=0.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=89;WE=42072700;WS=42072682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,91:0.55:166
chr6	42073241	rs28666916	C	T	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1197;ReadPosRankSum=0.445;SC=GGGGCTCCTTCACCTCCACGG;SOR=0.514;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=81;WE=42073249;WS=42073231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,84:0.38:219
chr6	42074106	rs9394866	A	G	9223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=177;PP=2965;SC=CAGGCTCAGGAGAGTCTCCTT;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=145;TCR=177;TR=322;WE=42074114;WS=42074096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr6	42074288	rs9471762	C	G	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GTGCTGAAGACGCTGTGTTCT;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=119;TCR=132;TR=108;WE=42074296;WS=42074278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,111:0.42:264
chr6	42077870	rs9471765	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=1.538;SC=ACCAGCTGTGAAGATGAGCAG;SOR=0.105;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=18;WE=42077878;WS=42077860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	42094614	rs9471776	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=32;PP=1597;SC=TATTTCAAACAATTTTATCTG;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=84;WE=42094622;WS=42094604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	42094699	rs6940849	G	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=59;PP=1905;SC=GACTCATTTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.970;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=110;WE=42094707;WS=42094687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	42110263	rs6911399	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=773;SC=TCAGCACGGTTTCCCCAGGGG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=42110271;WS=42110253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr6	42141269	rs9471793	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGACGGCCCCGTTGTCGGCCA;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=14;WE=42141277;WS=42141260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
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chr6	42156031	.	CGTGTGTGTGTGTGTGT	C	741	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=19;MQ=63.51;NF=1;NR=2;PP=741;QD=248.0;SC=AGATACTTGTCGTGTGTGTGT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=42156054;WS=42156021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr6	42176451	rs6936290	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=993;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCCCCCAACCGCTGTGGCAAC;SOR=0.752;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=58;WE=42176459;WS=42176441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr6	42176744	.	G	T	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=17;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=57.71;NF=2;NR=6;PP=77;QD=13.9714015684;SC=ACGGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=42176752;WS=42176734;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	42182183	rs1884317	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.783;SC=TTATTTCAGACGAAGATACTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=42182191;WS=42182173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr6	42185564	rs9471809	A	C	13084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,342:0.56:613
chr6	42185567	rs145290235	G	T	13092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.86;ReadPosRankSum=2.458;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,329:0.55:599
chr6	42185712	rs9471810	A	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGAGACATGAACCTGTGCTTT;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=87;WE=42185720;WS=42185702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr6	42225993	rs76236447	G	C	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=79;PP=2252;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TGTTGAAAAAGACTAAAGCAA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=134;TCR=151;TR=151;WE=42226001;WS=42225983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,156:0.54:290
chr6	42532102	rs3749897	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,89:0.41:215
chr6	42573513	rs17855250	T	C	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=786;ReadPosRankSum=1.281;SC=TTCACACCTATGAACAAGTTA;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=71;WE=42573521;WS=42573503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr6	42585022	rs62414625	G	A	7262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.398;SC=ATGATCACGAGCGAGCAGTGT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=522;TCF=261;TCR=261;TR=313;WE=42585030;WS=42585012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,321:0.60:535
chr6	42600319	rs5014584	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=429;ReadPosRankSum=0.259;SC=AAGAAAACTTAATGAGCATTA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=29;WE=42600327;WS=42600309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr6	42608123	rs2747120	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=0.139;SC=ACCAGTAAGGTGTGTGTGTGT;SOR=0.743;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=8;WE=42608131;WS=42608111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	42611936	.	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr6	42612312	rs7767888	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ATAAATTACACTGACGTTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=9;WE=42612320;WS=42612302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr6	42615950	rs2273176	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=682;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TTTTACTTTTCCAGTACATTC;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=43;WE=42615958;WS=42615940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,45:0.41:111
chr6	42626341	rs7748447	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=826;ReadPosRankSum=-1.544;SC=AAAAATGTGCGTTTTAGCATC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=97;TCR=36;TR=52;WE=42626349;WS=42626331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,54:0.39:140
chr6	42627258	.	T	C	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5387;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=59.03;NF=8;NR=0;PP=163;QD=24.7214015684;SC=TAAATATATATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=42627266;WS=42627255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,8:0.67:12
chr6	42627430	rs6916713	C	T	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,84:0.33:251
chr6	42627434	rs6917033	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,84:0.33:256
chr6	42638564	rs4460209	T	C	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1630;ReadPosRankSum=0.424;SC=ACTTCTTTCGTAGTAAAAACC;SOR=0.314;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=239;TCF=75;TCR=164;TR=106;WE=42638572;WS=42638554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,105:0.44:238
chr6	42641704	rs761537	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=1.048;SC=GCTTCTCTCAGTAATGAATTA;SOR=0.153;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=14;WE=42641712;WS=42641694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr6	42644623	rs2038261	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=474;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGAGTTAGTTATCTTTACATA;SOR=0.987;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=39;WE=42644631;WS=42644613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr6	42650766	rs34240626	G	GT	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.590;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.911;NF=5;NR=10;PP=480;ReadPosRankSum=0.078;SC=AGTGTTTTGTGTTTTTCCCCC;SOR=0.161;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=15;WE=42650774;WS=42650756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr6	42652667	rs434505	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.527;SC=TCTCTACAAAGAATTTGAAGG;SOR=0.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=80;WE=42652675;WS=42652657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,80:0.40:200
chr6	42658752	rs373341	T	C	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=38;PP=1578;ReadPosRankSum=0.960;SC=CTGAGTGACATGTGTCTTCTC;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=158;TCR=79;TR=112;WE=42658760;WS=42658742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,113:0.46:245
chr6	42666020	rs361524	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.346;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=818;ReadPosRankSum=0.619;SC=GGAGGGGAGGGGCCCCAGGGC;SOR=0.283;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=127;TCF=116;TCR=11;TR=46;WE=42666028;WS=42666010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr6	42666061	rs434102	T	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=17;PP=1474;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CTGGCCTGCGTCTGCGCCCTC;SOR=0.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=232;TCF=182;TCR=50;TR=87;WE=42666069;WS=42666051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,89:0.37:239
chr6	42666145	rs425876	C	T	5689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CGGCACGCTCCTCTCCAGCAG;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=748;TCF=396;TCR=352;TR=282;WE=42666153;WS=42666135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,285:0.37:763
chr6	42666164	rs390659	G	C	6187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGCCAGCCCTGGCTCTCGCTC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=839;TCF=432;TCR=407;TR=329;WE=42666172;WS=42666154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,326:0.38:849
chr6	42666365	rs389999	G	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=831;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GAGCACTGTGGAGTGTGGGTT;SOR=1.265;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=97;TCF=5;TCR=92;TR=40;WE=42666373;WS=42666355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr6	42672407	rs3818087	T	C	4742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=4.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,130:0.55:235
chr6	42672416	rs3818086	A	T	4424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.35;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,111:0.56:198
chr6	42672434	rs34722725	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=63;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CTCTGGAAACCTAGAATAGTC;SOR=0.834;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=39;TCR=113;TR=84;WE=42672442;WS=42672424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,84:0.55:153
chr6	42689411	rs6928781	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=7;PP=1189;ReadPosRankSum=0.202;SC=CTGGGTGCGGGGAGAGGGGCT;SOR=1.104;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=58;WE=42689419;WS=42689401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr6	42689755	rs7764439	A	G	10445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TGTTGAAGAGAACACAGATAG;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=892;TCF=454;TCR=438;TR=466;WE=42689763;WS=42689745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,478:0.53:904
chr6	42713618	rs2234026	A	G	11274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=0.805;SC=TCGCTCCCGAACAAAGGTGGC;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=833;TCF=438;TCR=395;TR=506;WE=42713626;WS=42713608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,505:0.61:833
chr6	42848805	.	C	T	5510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CTCCCCCCAACGGTTTGACAG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=495;TCF=207;TCR=288;TR=258;WE=42848813;WS=42848795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,260:0.52:496
chr6	42853842	rs2179719	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=34;PP=1306;SC=CAGCTTAGGGATCAGCTGGGG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=76;WE=42853850;WS=42853832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	42989057	rs9296409	T	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=41;PP=1000;SC=TTGTGGAATATGGTGGAGAAG;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=42989065;WS=42989047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	42993801	.	T	C	5326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.177;NF=115;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GCTTTGATGATCTGTCAGGGG;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=411;TCF=193;TCR=218;TR=240;WE=42993809;WS=42993791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,243:0.58:417
chr6	43014298	rs9394939	TT	CC	16324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=111;PP=2947;SC=TGTTGATGGGTTGGTGGGTTC;SOR=1.489;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=352;TCF=229;TCR=123;TR=334;WE=43014307;WS=43014288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr6	43021976	rs34298469	CG	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr6	43100425	rs34021075	A	T	5806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CACTGTGGCCAGTGAGCACCT;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=441;TCF=225;TCR=216;TR=252;WE=43100433;WS=43100415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,256:0.57:449
chr6	43106824	rs45484692	G	A	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=1.882;SC=CAGCCTCCAGGGAGAGGTGGG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=195;TCR=52;TR=161;WE=43106832;WS=43106814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,160:0.65:247
chr6	43109751	rs6905948	G	A	6729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=2.050;SC=AGGCCCAGGGGGACCCCAAGC;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=471;TCF=264;TCR=207;TR=290;WE=43109759;WS=43109741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,299:0.63:473
chr6	43110055	rs6933124	T	G	6397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=CTGGGGAGGGTTATGCTGCAC;SOR=0.679;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=691;TCF=350;TCR=341;TR=320;WE=43110063;WS=43110044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,308:0.45:686
chr6	43110240	rs142795079	G	GGT	971.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=1195;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TCCAACGGTCGGTGTGTGTGT;SOR=0.397;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=153;TCF=6;TCR=147;TR=43;WE=43110249;WS=43110230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
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chr6	43128434	rs61021888	A	G	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=1542;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TTTGGCCAACACTGCACCTGC;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=175;TCR=144;TR=129;WE=43128442;WS=43128424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,131:0.40:328
chr6	43152573	rs9472022	A	G	4276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=103;PP=2820;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TGCACATGTTATGCAATCCTG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=561;TCF=278;TCR=283;TR=206;WE=43152581;WS=43152563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,214:0.37:576
chr6	43152723	rs41274930	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=903;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GATTTCCTAGCTCTGTAAGAA;SOR=1.116;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=189;TCF=60;TCR=129;TR=63;WE=43152731;WS=43152713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,61:0.32:189
chr6	43153787	rs61743561	G	A	4766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.239;SC=CTGGGAGCTGGAGACCAAAGC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=359;TCF=201;TCR=158;TR=201;WE=43153795;WS=43153777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,211:0.57:372
chr6	43154091	rs941849	C	G	12515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=263;PP=2965;SC=AGCAGACACTCCAGCCAGGGA;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=436;TCF=173;TCR=263;TR=436;WE=43154099;WS=43154081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr6	43155432	rs72664267	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=1.523;SC=TCTTAAACGTATACCCCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=17;WE=43155440;WS=43155422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	43166411	rs3215697	TGGG	T	6641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.115;NF=24;NR=68;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GATCCCTGGTTGGGGGCCCAT;SOR=0.624;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=166;TCF=40;TCR=126;TR=92;WE=43166421;WS=43166401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,168:0.62:271
chr6	43167578	rs2841639	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=42;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ATCTCAGCCACGACACTTCCT;SOR=0.398;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=241;TCF=166;TCR=75;TR=119;WE=43167586;WS=43167568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,117:0.48:242
chr6	43182657	rs1214714	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=3;PP=1153;SC=TGAGGGTGCAGTGAGCTGTGA;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=43182665;WS=43182647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	43184132	rs2273709	A	C	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=93;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CTGTGCGTACACCAGGCTCAG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=439;TCF=210;TCR=229;TR=184;WE=43184140;WS=43184122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,190:0.42:451
chr6	43188716	rs2756178	A	T	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=0.954;SC=TAATATCCCCACCCCGCCACA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=126;TCR=174;TR=296;WE=43188724;WS=43188705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr6	43221264	rs12664472	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=10;PP=1662;SC=TCTGGGATGATGGCTGAGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=68;WE=43221272;WS=43221254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	43222526	rs11318521	GT	G	4331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=75;PP=2965;SC=CCAGCTCTGGGTGTCCACACT;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=80;WE=43222534;WS=43222516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	43225408	rs7769668	G	A	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=1;PP=1963;SC=TCAATGTGCCGTTCTCCTTCC;SOR=6.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=71;TCR=1;TR=72;WE=43225416;WS=43225404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	43230970	rs3800294	G	C	9680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=142;PP=2965;SC=CTGAGCCAGGGCGATGGCCGT;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=203;TCR=144;TR=345;WE=43230978;WS=43230960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr6	43231163	rs10948069	T	C	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=75;PP=1879;SC=GGGTGCTCCATGTGTGCTGGC;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=98;WE=43231171;WS=43231153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	43237721	rs142312292	TG	T	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.234;NF=0;NR=21;PP=221;ReadPosRankSum=-2.012;SC=AGGGGGCAGGTGGGGGGGGGT;SOR=0.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=21;WE=43237729;WS=43237711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr6	43250387	rs6936397	G	C	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=40;PP=2209;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGTCTCCTAGGTTGTGGGTGC;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=257;TCF=173;TCR=84;TR=133;WE=43250395;WS=43250377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,140:0.53:263
chr6	43251912	rs3800297	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TTGCCCAGGAAGAGCGGGAGG;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=66;WE=43251920;WS=43251902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr6	43252029	rs3800298	T	C	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,147:0.57:259
chr6	43252107	rs11269387	G	GGAGGGGCTTCTCCAGAACCAAGGT	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.17;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr6	43252132	.	C	G	480	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=37;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=20;PP=480;QD=21.4488005228;SC=GAACCAAGGTCAGGGGCTATG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=24;WE=43252149;WS=43252122;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr6	43252141	rs7763131	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr6	43269029	rs1574430	A	C	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.919;SC=GCATGCATATATGTGTGTGGT;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=176;WE=43269037;WS=43269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr6	43269179	rs2841648	CC	AA	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=13;PP=2947;SC=CATTCGAGACCCACTCGTCTC;SOR=2.925;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=71;WE=43269188;WS=43269169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	43270097	rs2651184	T	C	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=70;PP=1953;SC=TCACGCAAGCTGGGACACTGC;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=43270105;WS=43270087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	43270326	rs2841646	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=570;SC=GAGACTCCGCACCCTATCCAG;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=43270334;WS=43270316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	43273604	rs2242416	A	G	8122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=115;PP=2965;SC=CACATCGCCAATGTTCACACC;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=173;TCR=116;TR=288;WE=43273624;WS=43273594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr6	43276390	rs2254303	G	A	11744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGTGAAAAGGGTGTCTGGGAC;SOR=0.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=259;TCR=158;TR=415;WE=43276398;WS=43276380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr6	43306346	rs1459675	A	G	22551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=372;NR=419;PP=2965;SC=GCTGGTACTTACTCCCTCATC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=791;TCF=372;TCR=419;TR=791;WE=43306354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,815:1.00:815
chr6	43336771	rs9381238	C	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=58;PP=1709;SC=GGGACTCCCCCCGGCTGCTGC;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=43336779;WS=43336761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	43399837	rs700008	A	G	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=118;PP=2965;SC=CTGGCTCCTGAGTCAGCCACG;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=231;TCR=119;TR=348;WE=43399845;WS=43399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	43401105	rs9394952	G	A	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=187;PP=2965;SC=TAAGGTGAGCGGGTACTTGGG;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=119;TCR=187;TR=306;WE=43401113;WS=43401095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr6	43414216	rs1214746	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=1409;SC=CCCTACCTCATCCACAAGTTA;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=43414224;WS=43414206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	43414234	rs1214747	G	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=1087;SC=TTAGTCCACCGCTCTCCCAGA;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=43414242;WS=43414224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	43469445	.	GACACACACACAC	GAC,G	632	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=58.24;NF=0,0;NR=16,16;PP=632,252;QD=39.6875;SC=TGAGGGGCCAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=16,16;WE=43469470;WS=43469435;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:28
chr6	43469505	.	GTC	G	216	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=116;MMLQ=26;MQ=59.34;NF=2;NR=17;PP=216;QD=11.8947368421;SC=CACTCTCTCTGTCTCTCTCTC;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=19;WE=43469527;WS=43469495;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr6	43469519	.	C	G	191	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=116;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=191;QD=37.6285354245;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTCTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=6;WE=43469527;WS=43469495;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr6	43492578	rs2257082	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=648;ReadPosRankSum=0.996;SC=CCAGTGCCTCGTATATCTGGA;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=41;WE=43492586;WS=43492568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr6	43494319	rs1150800	A	G	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=49;PP=2965;SC=ACTACATGTAAGGTGTCTTCT;SOR=1.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=147;WE=43494327;WS=43494309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	43496662	rs1106841	A	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=550;ReadPosRankSum=1.245;SC=TTACAAAGACACGTGCTGCAA;SOR=0.548;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=38;WE=43496670;WS=43496645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr6	43501580	rs11404474	C	CA	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=927;SC=TAAAAAACAACAAAAAAGGGG;SOR=3.442;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=28;WE=43501588;WS=43501570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	43521263	rs111634867	T	TAC	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=3.141;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr6	43533305	rs11362688	TA	T	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.915;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr6	43538208	rs35642078	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=572;ReadPosRankSum=0.348;SC=TATTGGAAAATAGAAATGTTA;SOR=1.228;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=56;TCR=2;TR=29;WE=43538216;WS=43538198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr6	43608386	rs7106	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=0.447;SC=GGAAGCAACTCTCCTTCTGGT;SOR=0.423;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=39;WE=43608394;WS=43608376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr6	43745107	rs3024997	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=456;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TGCCTGATTCGGAAGCTCCAA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=43745115;WS=43745097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr6	43745577	rs3024998	C	T	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.096;SC=GCTTCATTCCCAGCCCAGGTT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=63;TCR=126;TR=187;WE=43745585;WS=43745567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr6	43746169	rs3025000	C	T	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=1.045;SC=GGTCACTAACCTCTGTGATCT;SOR=0.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=104;TCR=55;TR=158;WE=43746177;WS=43746159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr6	43748643	rs3025052	T	C	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=47;PP=1500;SC=CCCCTGGTCCTTCCCTGGCTC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=43748651;WS=43748633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	44081510	rs700006	C	T	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=4;PP=1020;ReadPosRankSum=0.817;SC=CTCCCAAGCTCCCTTAGCAAA;SOR=1.707;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=126;TCF=111;TCR=15;TR=55;WE=44081518;WS=44081500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr6	44081718	rs6883	G	A	6706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.976;SC=TGTTGGAGTCGAATCTGGGGG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=264;TCR=269;TR=300;WE=44081726;WS=44081708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,307:0.57:542
chr6	44081987	rs4711767	T	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1228;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTGTATCTCTTATGGTCAGGG;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=58;TCR=98;TR=76;WE=44081995;WS=44081977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
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chr6	44103019	rs59028814	G	C	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CTGTCCCCAGGGACTCTCCCC;SOR=0.416;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=88;WE=44103027;WS=44103009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
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chr6	44107365	rs41282654	G	A	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=74;PP=2732;ReadPosRankSum=2.787;SC=GGGCCAGGACGGCTAGGGTGG;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=154;WE=44107373;WS=44107355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,157:0.56:282
chr6	44108150	rs7738970	T	C	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.218;SC=TTCCCTTCCCTTCCCTGCAGG;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=110;TCR=181;TR=163;WE=44108158;WS=44108140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,163:0.56:290
chr6	44117727	rs4711768	A	G	6838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTCACACCACACCTCGCTGTG;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=557;TCF=248;TCR=309;TR=322;WE=44117735;WS=44117717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,320:0.57:560
chr6	44121270	rs1041523	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=328;ReadPosRankSum=0.958;SC=CGCTGGGGCACGGGGCACTAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=17;WE=44121278;WS=44121260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr6	44122416	rs10537719	TCTC	T	2891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.311;QD=25.15;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr6	44134581	rs914503	C	T	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=236;PP=2965;SC=GACTGCAGACCCGTCGTGGCT;SOR=1.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=109;TCR=237;TR=345;WE=44134589;WS=44134571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr6	44134610	rs34901210	TTCC	T	7996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=44.18;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	44136667	rs35889800	A	AT	1324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.678;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,56:0.86:65
chr6	44136899	rs4711770	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=7;PP=1093;SC=TCAAACTCCTAGGCTGAAGAG;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=44136919;WS=44136889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	44136911	rs112447145	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=7;PP=1089;SC=GCTGAAGAGATCCTCCCACCT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=44136919;WS=44136889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	44140275	rs1418487	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=59;PP=1775;SC=TGGGTTTTGGACTAATTATCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=44140283;WS=44140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	44140320	rs1418488	C	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=752;SC=ATCATGTAAGCTAATTTTTTA;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=44140328;WS=44140310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	44140818	rs3813500	C	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=153;PP=2965;SC=CAAGTGAGTGCTGGGAGCTGA;SOR=2.116;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=57;TCR=154;TR=210;WE=44140826;WS=44140808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	44144743	rs57294700	A	AG	5193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.082;NF=1;NR=144;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CTGGTGGGTGAGGGGTGAGAG;SOR=0.481;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=300;TCF=4;TCR=296;TR=145;WE=44144751;WS=44144733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,193:0.58:330
chr6	44144861	rs62401127	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=664;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GTTAGTCAGATTTCACAGCCC;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=29;WE=44144869;WS=44144851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr6	44145181	rs4711775	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.896;NF=5;NR=23;PP=444;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TGGTCTCGCCCGCCACTCACT;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=28;WE=44145189;WS=44145171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr6	44145212	.	C	CCTTT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.487;NF=0;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=1.449;SC=TGACCTCACTCCTTTCTTTCT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=12;WE=44145220;WS=44145202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr6	44147337	rs56277421	C	T	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=68;PP=2405;ReadPosRankSum=2.204;SC=TCTGACTCTCCTCTTTCTTCC;SOR=0.835;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=161;WE=44147345;WS=44147327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,173:0.54:323
chr6	44147821	rs34710081	A	G	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=86;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GGAATATATCATTATTCCCTC;SOR=1.072;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=293;TCF=103;TCR=190;TR=124;WE=44147829;WS=44147811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,126:0.43:296
chr6	44149113	rs67257607	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.389;NF=18;NR=21;PP=511;ReadPosRankSum=1.029;SC=GTCTTAGGAGAGATGGAACTA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=39;WE=44149121;WS=44149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr6	44149153	rs149157640	CCACA	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=2.440;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.588;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr6	44185254	rs3734701	T	C	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.07;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	44185254	.	TGCCTGCTGCT	CGCCTGCTGCA,CGCCTGCTGCT	1657	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=49,109;NR=27,49;PP=1319,1657;QD=18.0587878271;SC=GCTGCTGTCCTGCCTGCTGCT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=158;TCF=109;TCR=49;TR=76,158;WE=44185272;WS=44185244;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:158
chr6	44185264	rs79241016	T	A	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=9.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,98:0.46:212
chr6	44185522	rs57595790	TC	GA	6056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=2944;ReadPosRankSum=0.438;SC=AGTAGGATAATCCTGGCACCA;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=208;TCF=79;TCR=129;TR=130;WE=44185531;WS=44185512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,152:0.66:232
chr6	44187401	rs67057732	C	CT	4729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.719;NF=18;NR=52;PP=2684;ReadPosRankSum=1.781;SC=GCGGGCTGCGCTCTCCAGCTG;SOR=0.772;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=159;TCF=38;TCR=121;TR=70;WE=44187409;WS=44187391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,150:0.51:296
chr6	44216544	rs112518852	GT	G	11739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.641;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,493:0.96:512
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chr6	44218120	rs13296	A	G	14036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=249;NR=214;PP=2965;SC=ATGAAGAAAAACCCAAGATCG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=249;TCR=214;TR=463;WE=44218128;WS=44218110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr6	44220076	rs504697	T	C	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=164;PP=2965;SC=CATGTTTCTATACAATTAGTG;SOR=1.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=70;TCR=164;TR=234;WE=44220084;WS=44220066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	44222161	rs35131506	C	CTG	3147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=46;PP=2484;SC=GGAAGAGTAACTGGAACCTAC;SOR=1.997;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=51;WE=44222169;WS=44222151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	44223010	rs1875324	G	T	7345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=TGGAGATGAGGGTGGCTGTCA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=808;TCF=408;TCR=400;TR=353;WE=44223018;WS=44223000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,356:0.44:811
chr6	44224924	rs575034	C	A	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=3;PP=129;SC=CTCCCCTCCACGATCCGGGAC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=44224932;WS=44224914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	44224991	rs520639	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr6	44227751	rs12211448	C	A	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=69;PP=2219;ReadPosRankSum=-1.803;SC=GTGTGCAAGGCCCTGGAGAGC;SOR=0.956;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=399;TCF=224;TCR=175;TR=171;WE=44227759;WS=44227741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,176:0.43:409
chr6	44228162	rs2233437	G	A	6094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=86;PP=2965;SC=GCCCTGGGCCGGGCAGTGCTT;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=207;WE=44228170;WS=44228152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	44240193	rs571770	C	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=809;SC=ATCCAAAGGACGTGTTAGGCT;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=44240201;WS=44240183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	44240559	rs524533	C	T	15324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=292;NR=247;PP=2965;SC=TCTCTGCACTCTCCTGTACTG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=539;TCF=292;TCR=247;TR=539;WE=44240567;WS=44240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr6	44243559	rs3734710	A	G	15134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=242;NR=303;PP=2965;SC=TGGAGAAGCTATTTGGCCTGG;SOR=0.938;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=545;TCF=242;TCR=303;TR=545;WE=44243567;WS=44243549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr6	44245930	rs325018	C	T	9352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=152;PP=2965;SC=GCGGGGAGTGCGAGGGGCCCA;SOR=0.894;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=200;TCR=152;TR=350;WE=44245938;WS=44245920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr6	44246049	rs325017	A	G	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=110;PP=2965;SC=AGGCTTGGGCAGGGGAAACAG;SOR=1.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=52;TCR=110;TR=162;WE=44246057;WS=44246039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	44247951	rs484757	T	G	21847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=410;NR=372;PP=2965;SC=CATTGGCAGTTATGGTTGACA;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=782;TCF=410;TCR=372;TR=782;WE=44247959;WS=44247941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,799:1.00:799
chr6	44250165	rs516582	A	G	16468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=310;PP=2965;SC=GCTTGGCAGCACCTCGTGCAC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=597;TCF=287;TCR=310;TR=597;WE=44250173;WS=44250155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr6	44253617	rs324142	C	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=12;PP=1458;SC=AGGAAGAAGGCAATAATAGAG;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=68;WE=44253625;WS=44253607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	44253749	rs324143	A	G	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=141;PP=2965;SC=AGAGGCAGTCACGGTAGGTGA;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=186;TCR=141;TR=327;WE=44253757;WS=44253739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr6	44255459	rs324146	G	A	12062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=247;PP=2965;SC=TGAGAGCTGTGGGCTTGTGCT;SOR=0.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=188;TCR=247;TR=435;WE=44255467;WS=44255449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr6	44268135	rs325009	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=871;SC=CCTTGTGTCACGTAGGCCCTG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=44268143;WS=44268128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	44268371	rs325008	T	C	10153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=217;PP=2965;SC=CCACCACTCGTGAGCCCCACG;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=159;TCR=218;TR=375;WE=44268382;WS=44268361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr6	44269023	rs325007	T	C	22976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=440;NR=404;PP=2965;SC=GAAAGACAGATGGTGAGCCCA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=846;TCF=440;TCR=406;TR=844;WE=44269031;WS=44269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,859:1.00:859
chr6	44269193	rs498512	C	T	9800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=210;PP=2965;SC=CCTGAGTTTTCTTTGCAGCCT;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=131;TCR=210;TR=340;WE=44269201;WS=44269178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr6	44269640	rs325006	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=1;PP=1486;SC=TGGGGGAATGGCCTGGGTGAT;SOR=6.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=51;TCR=1;TR=52;WE=44269648;WS=44269631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	44269680	rs325005	C	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=9;PP=2885;SC=AAGGAAGCTGCCACCACCCCG;SOR=4.351;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=100;TCR=9;TR=109;WE=44269688;WS=44269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	44270365	rs325004	C	G	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=62;PP=2105;SC=AATCAAGGCACCAGCACCAAA;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=44270373;WS=44270355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	44270768	rs325002	G	T	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=115;PP=2965;SC=AGGATCCGGGGCCCCTGGGCC;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=62;TCR=115;TR=177;WE=44270776;WS=44270758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	44270936	rs325001	C	T	12234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=207;PP=2965;SC=GGGACAGGCCCGTTAACTGCC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=234;TCR=207;TR=441;WE=44270944;WS=44270926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr6	44273546	rs324137	A	C	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=147;NR=182;PP=2965;SC=AAGACAAAGAATGTTGAGGAG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=147;TCR=182;TR=329;WE=44273554;WS=44273536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr6	44274797	rs7740535	T	C	20336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=328;NR=394;PP=2965;SC=CAGACATGAATCCCCAGCGGC;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=722;TCF=328;TCR=394;TR=722;WE=44274805;WS=44274787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,747:1.00:747
chr6	44275011	rs324136	T	C	18006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=329;NR=341;PP=2965;SC=CCAGGGAAGATGCCATCAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=672;TCF=330;TCR=342;TR=670;WE=44275019;WS=44275001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr6	44280812	rs167772	C	T	17396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;NF=336;NR=290;PP=2965;SC=ATGGTTCGGCCCTCACCTGGT;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=627;TCF=337;TCR=290;TR=626;WE=44280820;WS=44280802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr6	44320548	rs4714783	T	A	10080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CCTCATCTTCTGTGGAAACAG;SOR=0.285;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=358;TCF=170;TCR=188;TR=357;WE=44320556;WS=44320538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr6	44355423	rs2297333	C	T	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=30;PP=2965;SC=CGCCCCCTCCCACCTTGCGCT;SOR=2.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=120;TCR=30;TR=150;WE=44355431;WS=44355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	44355682	rs34753552	G	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=89;PP=2684;SC=GAGGTCGGGGGGGCGACGAGG;SOR=2.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=112;WE=44355690;WS=44355672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	44355699	rs2297331	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=72;PP=1793;SC=GAGGAGACCCTGTGGGGTCTG;SOR=4.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=8;TCR=72;TR=80;WE=44355707;WS=44355689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	44357884	rs6908640	T	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=857;SC=TTAACCTAGGTGGTGTGTATG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=44357892;WS=44357874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	44360680	rs6942323	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=326;SC=AGTAAACCCAAAGCTAAAGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=44360688;WS=44360670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	44900253	rs3799986	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAAGAGAATTATGCCACTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=44900261;WS=44900248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr6	44921320	rs10948187	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GTGAATGGACCTAGTCATGAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=44921328;WS=44921310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr6	44988149	rs1475534	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=164;SC=TCGTCCAAACCATGAAGACTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=44988157;WS=44988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	45296618	rs12205523	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=0.647;SC=AAATAGCATATTAAAGATCCT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=22;WE=45296626;WS=45296608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr6	45870999	rs35735653	CAG	C	10793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=139;PP=2967;SC=CAATCTAAAACAGAGATGGCA;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=26;TCR=150;TR=163;WE=45871008;WS=45870989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	45922849	rs3734206	C	T	14536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=294;NR=227;PP=2965;SC=AAACATACTCCTCATTTATGC;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=521;TCF=294;TCR=227;TR=521;WE=45922857;WS=45922839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr6	46107752	rs7451713	C	G	7286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.379;SC=TACCCATTCACGATACCATCT;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=552;TCF=284;TCR=268;TR=306;WE=46107760;WS=46107742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,313:0.56:563
chr6	46129345	rs2235881	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=2243;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTGGCATGGCGGTGATATTGA;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=117;TCR=110;TR=132;WE=46129353;WS=46129335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,136:0.58:235
chr6	46135489	rs6926570	T	C	5734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.053;SC=AACCATTCAATAATTTTGGCA;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=432;TCF=240;TCR=192;TR=251;WE=46135497;WS=46135479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,255:0.58:443
chr6	46135984	rs3806995	G	T	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=129;PP=2936;ReadPosRankSum=1.240;SC=GACACCAAGAGAAATTTCGAA;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=376;TCF=157;TCR=219;TR=217;WE=46135992;WS=46135974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,218:0.56:386
chr6	46293328	rs2277121	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=894;SC=CCTTGCTCTGGGGACGGCTGG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=46293336;WS=46293318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	46521339	rs956297	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTGAATTAAGGAGACCGAGTA;SOR=0.132;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=46521347;WS=46521329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	46521602	rs699939	C	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=577;ReadPosRankSum=1.731;SC=CTGGAAGAAACGAATAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=33;WE=46521610;WS=46521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr6	46609905	rs2277119	C	T	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=22;PP=1414;SC=TTTACCTGTACGATAAACGAT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=46609913;WS=46609895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	46620252	rs12192544	C	G	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2353;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CAAATTCTTCCGCTGAAGGAG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=227;TCR=196;TR=172;WE=46620260;WS=46620242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,180:0.41:443
chr6	46623698	rs3757241	T	C	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=108;PP=2965;SC=TGCGCACAGCTCTAGGGATCA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=99;TCR=108;TR=207;WE=46623706;WS=46623688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	46626353	rs953062	A	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=90;PP=2965;SC=GATAAGCAAGAAGAGTTAATT;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=161;WE=46626361;WS=46626343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	46649231	rs7740677	C	T	14430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=299;NR=222;PP=2965;SC=GAATACATTACTTTCTTCTCT;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=522;TCF=299;TCR=223;TR=521;WE=46649239;WS=46649221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr6	46656557	rs41273658	C	T	7596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=1.151;SC=TCGCGAGTCCCGCTCAAGCAA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=591;TCF=290;TCR=301;TR=330;WE=46656565;WS=46656547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,338:0.56:605
chr6	46657057	rs3799277	A	G	9290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=143;PP=2965;SC=TGACCTGAAGACACTGATACT;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=159;TCR=143;TR=302;WE=46657065;WS=46657047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr6	46658905	rs9381472	C	G	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=87;PP=2965;SC=TATTTTAGAACAGTTGTCATG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=210;WE=46658913;WS=46658895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	46672943	rs1051931	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=32;PP=2170;SC=ATCAATAGCTACATTTGAATC;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=46672951;WS=46672933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	46676019	rs2216465	C	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=825;SC=TGGGTTATCTCATTGGAATAA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=46676027;WS=46676009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	46682079	rs1362931	A	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=831;SC=TATTGAGGAAACCCAACTCCT;SOR=4.461;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=46682087;WS=46682069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	46684222	rs1805017	C	T	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=142;PP=2965;SC=GGTGTCAAGGCGATCATTATC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=127;TCR=143;TR=269;WE=46684230;WS=46684212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr6	46714466	rs9367255	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr6	46714598	rs9349374	C	T	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=63;PP=2490;ReadPosRankSum=1.357;SC=CACCAGACACCTAGGGAAGCT;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=384;TCF=231;TCR=153;TR=166;WE=46714606;WS=46714588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,171:0.44:392
chr6	46717454	rs7766818	A	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=6.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=0;PP=816;ReadPosRankSum=0.753;SC=AGCTGGGGATACTCCACCTCC;SOR=1.921;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=61;TCR=0;TR=34;WE=46717462;WS=46717447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr6	46719576	rs6901073	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=863;ReadPosRankSum=0.631;SC=CAAATGCATGCGGCAGGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=55;WE=46719584;WS=46719566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr6	46726441	rs9395212	G	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=560;SC=AGTTCAGAAGGCTCTCTCTTC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=46726449;WS=46726431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	46726500	rs9472839	C	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=679;ReadPosRankSum=0.854;SC=CGCTGCCCAGCAGAAGGGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=40;WE=46726508;WS=46726490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr6	46761495	rs2274656	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GAAATTACTTGAAACCCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=46761503;WS=46761485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr6	46793175	rs6920863	G	A	6856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=0.511;SC=TTATCGGACAGCGCCTGGATT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=613;TCF=277;TCR=336;TR=312;WE=46793183;WS=46793165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,323:0.51:629
chr6	46794048	rs2297018	C	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=35;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TTTGGAATGACTATCTTTCAT;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=148;TCR=58;TR=121;WE=46794056;WS=46794038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,125:0.59:211
chr6	46797329	rs2274657	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1464;ReadPosRankSum=-3.032;SC=GCATTCACACGAGGAATGGAT;SOR=0.525;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=98;WE=46797337;WS=46797319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,104:0.61:170
chr6	46801071	rs2274658	G	T	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=83;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TGGTTTTGGGGTAACTTTATA;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=167;TR=165;WE=46801079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,172:0.51:337
chr6	46803345	rs12196017	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=-1.127;NF=19;NR=30;PP=700;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GTGCATGCTTGCTCCTGGTAA;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=49;WE=46803353;WS=46803335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr6	46806809	rs1804211	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1177;ReadPosRankSum=1.559;SC=ATCGGAGGCACGGCTGGCGTG;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=74;WE=46806817;WS=46806799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr6	46826508	rs613870	G	A	24045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=429;NR=417;PP=2965;SC=AAGAAGTCCGGTTCTTGGTCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=852;TCF=432;TCR=420;TR=846;WE=46826516;WS=46826483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,873:1.00:873
chr6	46826715	rs572248	T	A	25575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=468;NR=433;PP=2965;SC=CACCTTCTTCTACATAGCACC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=901;TCF=468;TCR=433;TR=901;WE=46826723;WS=46826705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,918:1.00:918
chr6	46826844	rs571247	T	C	19620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=313;NR=388;PP=2965;SC=ATGGCATAGTTGTATTGTGGC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=702;TCF=313;TCR=389;TR=701;WE=46826852;WS=46826834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
chr6	46826910	rs611779	G	A	16110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=266;NR=289;PP=2965;SC=GGATATCCTGGGCAAGGATGG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=556;TCF=267;TCR=289;TR=555;WE=46826918;WS=46826900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr6	46827073	rs547499	A	G	14797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=8.824;NF=252;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.775;SC=CTTGATTACCATGCTGCTCAT;SOR=0.396;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=527;TCF=252;TCR=275;TR=527;WE=46827081;WS=46827063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,545:1.00:546
chr6	46827126	rs610856	C	T	13769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=255;PP=2965;SC=GGCTATCTCCCGACTGTAATG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=468;TCF=213;TCR=255;TR=468;WE=46827134;WS=46827116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr6	46828670	rs540727	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1134;SC=AAATTTACCAATCAATTCAGC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=46828678;WS=46828660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr6	46832741	rs529201	T	C	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=35;PP=2965;SC=GTCCCTGCCCTGACTATAACA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=110;TCR=36;TR=145;WE=46832749;WS=46832731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	46832813	rs614826	G	A	11243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=222;NR=184;PP=2965;SC=ATGGGCTCCAGACTGAATTAT;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=407;TCF=222;TCR=185;TR=406;WE=46832821;WS=46832803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr6	46834685	rs586024	G	A	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=74;PP=2965;SC=TGAGGAACCCGTATGGAAAGT;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=147;TCR=74;TR=221;WE=46834693;WS=46834675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	46834906	rs5875987	TG	T	2274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=60;PP=2507;SC=TGAGATGGAATGGAAATAATC;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=61;WE=46834914;WS=46834896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	46836995	rs515866	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=137;SC=TTGCTGCTCCTGGGCTTTACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=46837003;WS=46836985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	46838659	rs10668775	T	TTG	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=693;SC=ACACAACTCTTTGTTAAAACT;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=46838667;WS=46838649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	46847501	rs2273265	T	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CATATTTGCTTCTTTATAAGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=10;WE=46847509;WS=46847498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr6	46856100	rs678312	G	A	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCAAAATGTCGGTAATTTGGT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=130;TCR=89;TR=218;WE=46856108;WS=46856090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr6	46856263	rs677439	G	A	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AGCACATGAAGGCTGAGAGAA;SOR=0.505;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=203;TCF=80;TCR=123;TR=111;WE=46856271;WS=46856253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr6	46867717	rs220702	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=39;PP=2928;SC=GCAACACATACCATTTGAGTC;SOR=2.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=107;TCR=40;TR=146;WE=46867725;WS=46867707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	46867898	rs3215601	TA	T	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=1088;ReadPosRankSum=0.403;SC=TAGATACCCCTAAATGTTGGA;SOR=0.728;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=83;TCF=5;TCR=78;TR=33;WE=46867906;WS=46867888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr6	46968168	rs819500	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=0.093;SC=GACAAAAAGACTGTGGTTGGT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=46968176;WS=46968158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr6	46995508	rs3842121	G	GA	1282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CTGTTAAAAAGAAAAAAAATA;SOR=0.601;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=32;WE=46995516;WS=46995498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr6	46996218	rs1226485	C	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=944;ReadPosRankSum=-1.014;SC=AATGAAGTTCCGAGGTCCGCT;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=75;WE=46996226;WS=46996208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,84:0.38:221
chr6	47220867	.	CGT	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.123;NF=7;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-1.963;SC=CAGGCGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.273;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=8;WE=47220876;WS=47220862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr6	47445927	rs9349406	T	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=28;PP=2266;ReadPosRankSum=0.113;SC=GAGCCACCACTGGAGGAGGAG;SOR=1.825;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=101;WE=47445936;WS=47445916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,103:0.94:109
chr6	47512590	rs6916578	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	47522357	rs9473132	G	A	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGTTGTTTTTGCTTTTGAATT;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=93;WE=47522365;WS=47522347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,100:0.55:182
chr6	47549883	rs2275446	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CACACTGAGTTATTTACACTG;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=47549891;WS=47549873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr6	47577064	rs9395287	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=572;ReadPosRankSum=0.398;SC=CTTTTCTCCTGTGAGTACTAC;SOR=0.345;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=44;WE=47577072;WS=47577054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr6	47624239	rs1485784	A	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=57;PP=2965;SC=CTGACTGCCTATGGGAACCGC;SOR=1.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=129;TCR=57;TR=186;WE=47624247;WS=47624229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	47624299	rs9369730	A	G	9474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=163;PP=2965;SC=ACTCTCATCCATACAAGAGCC;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=189;TCR=163;TR=352;WE=47624307;WS=47624289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr6	47626685	rs6935668	C	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=23;PP=1610;SC=TCCCGATGTACGATTGAAGCT;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=47626693;WS=47626675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	47641307	rs1411049	G	C	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=83;PP=2334;SC=AACCAGCTTTGGGTTACCAGA;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=47641315;WS=47641297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	47645772	rs9369734	G	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=199;SC=TACCTTTGTGGTTTTTTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=47645780;WS=47645762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	47646842	rs6907125	A	G	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=98;PP=2965;SC=GACACCTGCCAGACTCTTAAT;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=165;WE=47646850;WS=47646832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	47649222	rs8180544	T	G	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=126;PP=2965;SC=TCACTTTTTCTATGAGAATTA;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=147;TCR=126;TR=273;WE=47649230;WS=47649212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr6	47649573	rs10807371	CA	TG	9358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=82;PP=2947;SC=GTAGGCCAAGCAAATTGTTTA;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=182;WE=47649582;WS=47649563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	47649694	rs9381594	A	G	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=122;PP=2965;SC=TTGCTTGTCCATTGAGGTCCT;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=245;WE=47649702;WS=47649684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	47653536	rs9381596	A	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=867;SC=AGCTTTTGAGAGTTGGACTGG;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=47653544;WS=47653526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	47653629	rs10948375	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=58;PP=2929;SC=AGGTCCTCCACCTCTCATCTG;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=155;WE=47653637;WS=47653619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	47653812	rs60074575	TA	T	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1357;SC=TATTCCTAAATAAAAGGTCAT;SOR=2.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=35;WE=47653820;WS=47653802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	47653851	rs9296570	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=458;SC=AGATGCACCATGGACGGAGTA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=47653859;WS=47653841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	47654591	rs10948376	G	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=287;SC=GGTGTTGTGAGCTAAGGATGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=47654599;WS=47654581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	47654662	rs10485315	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=19;PP=1838;SC=GGTAATAACTAAGAGTATGTT;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=83;WE=47654670;WS=47654652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	47654742	rs9296573	A	T	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=76;PP=2804;SC=TCTTCATCCTAGTGTTTGGAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=47654750;WS=47654732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	47654817	rs1556133	C	A	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=49;PP=1389;SC=TTATCAGTACCTGGCCATGTA;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=47654839;WS=47654807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	47654831	rs1556132	A	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1244;SC=CCATGTAAAGACTTGTAAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=47654839;WS=47654807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	47654864	rs1556131	T	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=25;PP=676;SC=AAGCTTTCACTTCAGTCATTT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=47654872;WS=47654854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	47658188	rs76524967	A	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=937;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTGCTAACACAGTACCTGGCC;SOR=0.659;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=96;WE=47658196;WS=47658178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,103:0.35:298
chr6	47661387	rs9395311	A	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=47;PP=2965;SC=AATAAATGCAATTTTACTTTG;SOR=1.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=106;TCR=47;TR=153;WE=47661395;WS=47661377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	47676150	rs9369737	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=1033;SC=TCTGTGCTTACCAGTATTGAT;SOR=3.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=38;WE=47676158;WS=47676140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	47676184	rs76545578	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=689;SC=TTTATACCATTACCAGTGGCA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=47676192;WS=47676174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	47678455	rs11356177	CT	C	8166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.179;QD=25.52;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,318:0.99:320
chr6	47678678	rs944056	C	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=835;SC=AGAAAGTAGACACATTTTTAA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=47678686;WS=47678668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	47681494	rs6916562	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=3;PP=1022;SC=TACAACAATGTGTAAATCCTT;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=47681502;WS=47681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	47682604	rs9369738	A	C	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=106;PP=2965;SC=AGCCAGAGAAAGGCTACATGA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=100;TCR=106;TR=206;WE=47682612;WS=47682594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	47684591	rs1360157	G	A	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	47686101	rs6914013	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=22;PP=1859;SC=TCATTACCACTACTGTTATTT;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=47686121;WS=47686091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	47749728	rs7741473	T	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=581;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TATGAAATGGTTCAAGCTGGC;SOR=0.381;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=41;WE=47749736;WS=47749718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr6	47754498	rs1329543	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1333;ReadPosRankSum=1.142;SC=CGCTTCACAAATCAACTTTCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=34;TCR=92;TR=76;WE=47754506;WS=47754488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr6	47754538	rs6900985	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=811;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TGGGGTGCTGTCCGGCTGACA;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=39;WE=47754546;WS=47754528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr6	47759446	rs9463355	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=562;ReadPosRankSum=0.014;SC=CATGTGTCCCCGTGCTTTAGG;SOR=1.042;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=39;WE=47759454;WS=47759436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr6	47762938	rs28625759	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.026;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AGATTACATCCGGGTAATGCT;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=227;TCF=146;TCR=81;TR=79;WE=47762946;WS=47762928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,80:0.34:236
chr6	47799641	rs56260438	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TGTTCTGCTCTCTATGAATAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=13;WE=47799649;WS=47799631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr6	49403282	rs8589	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=498;ReadPosRankSum=-1.308;SC=AGGGTGCTTATGCCCACAGCA;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=47;WE=49403290;WS=49403272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr6	49409487	rs9473555	G	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=531;ReadPosRankSum=-2.077;SC=TAAGCTCCCAGTAGATTCAAG;SOR=0.952;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=34;WE=49409495;WS=49409477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr6	49409737	rs9473557	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=414;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GATAAAGATATCTGTTTACCA;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=26;WE=49409745;WS=49409727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr6	49411477	rs7744595	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CTATTAGGTAGTAAGTACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=14;WE=49411485;WS=49411467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr6	49411619	rs6458690	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
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chr6	49421241	rs7769646	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ACATTGCTCAGAAAAAATATA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=49421249;WS=49421231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr6	49439805	rs4267943	G	A	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=97;PP=2645;ReadPosRankSum=0.613;SC=CCTAAAACACGGAAAGACAGC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=523;TCF=273;TCR=250;TR=205;WE=49439813;WS=49439795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,215:0.40:542
chr6	49440614	rs4469291	A	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	49456545	rs2501965	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=0.438;SC=TTATGTTTACGCTATACTGTA;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=49456553;WS=49456535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	49459978	rs2501968	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-0.906;SC=AAGAAACTGGATGCATCTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=23;WE=49459986;WS=49459968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr6	49479775	rs1480615	A	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=3.012;SC=TTCCTGAATCACTCAAGGTAC;SOR=1.300;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=16;WE=49479783;WS=49479765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr6	49483578	rs113145900	A	ACTAT	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=1062;ReadPosRankSum=0.864;SC=AGCTTACAACACTGTTTCACC;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=19;WE=49483586;WS=49483568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr6	49485266	rs9367358	C	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TTTTCAAATACAAGGTGAGGT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=85;TCR=125;TR=109;WE=49485274;WS=49485256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,119:0.52:227
chr6	49485384	rs2501969	C	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.976;SC=CTATACACACCTGTATGTATA;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=49485392;WS=49485374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr6	49494241	rs9367359	A	G	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=1.313;NF=106;NR=89;PP=2577;ReadPosRankSum=1.466;SC=GAGTGTTGCCAATGCGGATCT;SOR=0.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=540;TCF=286;TCR=254;TR=195;WE=49494249;WS=49494231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,207:0.37:562
chr6	49518914	rs6919674	C	G	11923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=176;PP=2965;SC=CTTTCAACGACAAAAGCGAAT;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=232;TCR=176;TR=408;WE=49518922;WS=49518904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr6	49660418	rs12624	A	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=670;ReadPosRankSum=0.668;SC=TACAATTTCCACTGGTATGTC;SOR=0.786;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=36;WE=49660426;WS=49660408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
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chr6	49701523	rs495335	A	G	9024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=156;PP=2965;SC=CATGAGCTGGAGGCACTTGAC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=159;TCR=158;TR=315;WE=49701531;WS=49701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
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chr6	50805942	rs2817404	T	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=3.062;SC=TCAAGCGGCTTCTTGAGAGAG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=50805950;WS=50805932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr6	51586771	rs9349593	G	A	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.731;SC=TCAGCTTCCTGCAGGCTCCTC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=163;TCR=196;TR=226;WE=51586779;WS=51586761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,237:0.64:368
chr6	51604583	.	CT	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.703;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr6	51613177	rs765525	C	T	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1924;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CTTTGATTCCCGCCACCCAAA;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=117;WE=51613185;WS=51613167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,126:0.58:217
chr6	51618170	rs1326605	T	G	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=123;PP=2965;SC=ATAGGAGTTGTGGGAAAAAAA;SOR=2.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=50;TCR=124;TR=173;WE=51618181;WS=51618160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	51619444	rs12661470	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=2.092;SC=ATAAGGCCACGTAGCATGAGT;SOR=0.199;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=20;WE=51619452;WS=51619434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr6	51619808	rs9370049	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-1.746;SC=TCCAGAGCAAGAAAAGGAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=51619816;WS=51619798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr6	51637711	rs6922497	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.598;SC=ATATGAAGGTCCCATATTATC;SOR=0.201;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=16;WE=51637719;WS=51637701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr6	51640751	rs3920621	C	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=557;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TCATTCAAATCAATTTGAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=32;WE=51640759;WS=51640741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr6	51640787	rs7775050	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GAGAAATTGCAGTATAATTTC;SOR=0.121;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=20;WE=51640795;WS=51640777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr6	51656236	rs7765455	G	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=671;ReadPosRankSum=-1.694;SC=TTATTCTGGGGTTCTCCCAGC;SOR=1.280;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=30;WE=51656244;WS=51656226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr6	51701101	rs55777546	T	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=740;ReadPosRankSum=1.491;SC=TTAGGACTGATACCTGCCTGT;SOR=1.357;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=44;WE=51701109;WS=51701091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr6	51712492	rs9370067	A	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=452;ReadPosRankSum=2.129;SC=AGCACTTCACAGCACAAATGT;SOR=0.456;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=22;WE=51712500;WS=51712482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr6	51720838	rs9349603	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CAGTCATGGTTAAATCATAAG;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=48;TCR=96;TR=89;WE=51720846;WS=51720828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,92:0.63:147
chr6	51720872	rs7452724	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=918;ReadPosRankSum=-1.297;SC=ATTCGCTCTAAGGTGATTTTA;SOR=0.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=49;WE=51720880;WS=51720862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr6	51732598	rs9382043	G	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=19;PP=1216;ReadPosRankSum=1.655;SC=TATAAGCCTCGACAGCCAGAA;SOR=0.489;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=95;TCR=32;TR=74;WE=51732606;WS=51732588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
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chr6	51732807	rs12210295	C	T	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=86;PP=2288;ReadPosRankSum=1.662;SC=CAGACAGAGACCCATCCAAGT;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=429;TCF=199;TCR=230;TR=165;WE=51732815;WS=51732784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,170:0.38:444
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chr6	51750563	rs4711985	A	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=7;PP=1006;ReadPosRankSum=0.644;SC=GGGCAAGTCAATCCCATTTAA;SOR=0.408;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=74;TCR=10;TR=51;WE=51750571;WS=51750553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
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chr6	51875250	rs2435322	A	C	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=86;PP=2965;SC=TCTCTTTCCAATTTAGGGCTG;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=51875258;WS=51875240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	51890823	rs9296669	G	A	7142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=112;PP=2965;SC=AACAGTGGGAGCGCCCGCATC;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=241;WE=51890831;WS=51890813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	51891011	rs2499480	T	C	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=83;PP=2496;SC=CAAAATATTATAGCTGATATT;SOR=1.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=121;WE=51891019;WS=51891001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	51913240	rs10948667	G	A	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=108;PP=2965;SC=TTGGGAATGTGAGTGAGAATA;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=141;TCR=108;TR=249;WE=51913248;WS=51913230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	51914898	rs9395759	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=739;SC=CCTGTGTCCCTCAAGGCCAAC;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=51914906;WS=51914888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	51914956	rs9370096	G	A	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=21;PP=2245;SC=ACTCCTTACCGTGCAGTGATG;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=80;TCR=21;TR=101;WE=51914964;WS=51914946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	51924774	rs1896976	A	G	8409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=152;PP=2965;SC=AAGCTTGGCTATCTGCCTGAA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=141;TCR=152;TR=292;WE=51924782;WS=51924764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr6	51930886	rs5876252	T	TA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	51935747	rs17576809	C	T	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=26;PP=2164;SC=TGCTTTTGTCCGGATACAGAG;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=98;WE=51935755;WS=51935737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	51936846	rs3936986	T	C	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=63;PP=2965;SC=AGAGAGAATGTGTGTGTGTTG;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=125;TCR=63;TR=188;WE=51936854;WS=51936836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	51944847	rs1892274	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=48;PP=1215;SC=TCAAAAACCATGAATTCCCAA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=51944855;WS=51944837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	51949862	rs9370097	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=752;SC=TTTTGTTTACATACGATTATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=51949870;WS=51949852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	52101961	.	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=650;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GGGGTCCCAAGTGACACTGCA;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=44;WE=52101969;WS=52101951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr6	52109386	rs11465538	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=1.526;SC=TGGTTGACCCGGAGTTACTGA;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=19;WE=52109394;WS=52109376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr6	52109408	rs3215541	GT	G	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=257;SC=GAATGCAGGGGTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=16;WE=52109416;WS=52109398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	52129484	rs2230240	C	T	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=74;PP=1955;ReadPosRankSum=0.371;SC=AAGGGCTCTTCGCTGTCCCGG;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=130;WE=52129492;WS=52129474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,143:0.57:253
chr6	52131254	rs10807441	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=259;SC=CCAAAGTTTCCCCTGAAGCTC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=52131262;WS=52131244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	52137313	rs12207056	C	T	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=141;PP=2965;SC=GGATTAGTGGCTTTGCCTCTC;SOR=1.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=73;TCR=141;TR=214;WE=52137333;WS=52137303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	52138226	rs2235714	C	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=581;ReadPosRankSum=0.676;SC=TCTTCTATAGCACAAGAAGGG;SOR=0.938;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=40;WE=52138234;WS=52138216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr6	52141670	rs3765446	A	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=724;SC=TAATCCTTTAAATCGAAAACA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=52141678;WS=52141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	52142582	rs13191372	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=59;PP=1828;SC=AATACTTGAAGAGGGCCAGGC;SOR=1.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=52142590;WS=52142572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	52144081	rs2073036	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=5;PP=865;SC=CTCTGGAATATGGCAAACTGG;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=52144089;WS=52144071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	52147692	rs2307322	T	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=46;PP=1537;SC=AAAATTAGACTGGGCAGAACT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=52147711;WS=52147682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr6	52285394	rs12206743	G	C	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CACGTCTTCTGTCCTGACCCT;SOR=0.899;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=294;TCF=89;TCR=205;TR=161;WE=52285424;WS=52285384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,161:0.54:296
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chr6	52400484	rs3215574	GA	G	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQRankSum=2.466;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
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chr6	52546789	rs2281484	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=845;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GCTAGATATACTAGAACATAT;SOR=0.158;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=45;WE=52546797;WS=52546779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr6	52617731	rs2180314	C	G	13152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=204;NR=273;PP=2965;SC=CTCAGGTTGACTAAAGGGCAG;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=477;TCF=204;TCR=273;TR=477;WE=52617739;WS=52617721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr6	52622814	rs2254050	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=56;PP=1570;SC=ATAATTGAAACGATAGAATCA;SOR=5.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=58;WE=52622822;WS=52622804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	52657552	rs4715326	C	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=35;PP=2417;SC=CACTGAAGGCCTGGAGAAGAC;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=113;WE=52657560;WS=52657542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	52659097	rs72552261	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.722;NF=13;NR=58;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TGGTCAAATACCTTTTGCCTT;SOR=0.274;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=136;TCF=20;TCR=116;TR=71;WE=52659105;WS=52659087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr6	52661253	rs70977384	CTATATATATATATATATATA	C	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=42.48;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	52662263	rs2397106	C	T	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=40;PP=2965;SC=TAACCACTTTCTCCCTCTGCA;SOR=2.036;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=108;TCR=40;TR=148;WE=52662271;WS=52662253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	52697576	rs4715344	C	T	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=25;PP=1912;SC=GGGGTCAAAACATGGTCAGTC;SOR=2.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=92;WE=52697584;WS=52697566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	52697825	rs4715345	A	C	10010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.08;QD=43.15;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	52697834	rs4715346	C	A	9494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.91;QD=44.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr6	52701143	rs2397118	C	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	52702324	rs4715350	T	C	16149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=235;NR=344;PP=2965;SC=TACTAGAAACTCTCATCAGAG;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=579;TCF=235;TCR=344;TR=579;WE=52702332;WS=52702314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr6	52843131	rs367836	G	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=1;PP=1235;SC=AGATGATCTCGTTGACACAAA;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=52843139;WS=52843121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	52843477	rs375887	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GCCCACCAAAATTTGTTCAAT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=52843485;WS=52843467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	52847551	rs316133	G	C	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=170;PP=2965;SC=CATGGAGAGAGTGATGAGGCT;SOR=1.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=104;TCR=170;TR=274;WE=52847559;WS=52847541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr6	52849146	rs316128	G	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=454;ReadPosRankSum=0.259;SC=TTAGCGCTTAGGTTAGTTCAA;SOR=0.914;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=22;WE=52849154;WS=52849136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr6	52849230	rs4986947	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=973;ReadPosRankSum=1.053;SC=TGGTTTGGTTGCTCTGTGTAT;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=119;TCR=56;TR=76;WE=52849238;WS=52849220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr6	52849325	rs1802061	C	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=81;PP=2474;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTTCCTTTTGCTGATCATCTG;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=364;TCF=187;TCR=177;TR=171;WE=52849333;WS=52849315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,176:0.47:376
chr6	52849481	.	CTT	C	196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=28.10;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	52850408	rs41273862	G	A	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1674;ReadPosRankSum=0.867;SC=AGAGTTAGAAGTGATCTTTTC;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=294;TCF=138;TCR=156;TR=118;WE=52850416;WS=52850398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,125:0.40:314
chr6	52850467	rs45466496	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TGAAAAGAAACGGTGGAATCA;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=78;WE=52850475;WS=52850457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,83:0.42:196
chr6	52850534	rs17615213	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=0.808;SC=ACTTCATTCAGGAGAGCAGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=17;WE=52850542;WS=52850524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr6	52878637	rs2297211	T	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.063;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.310;SC=GCTTGGCTGGTGGCTGGGCAG;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=87;WE=52878645;WS=52878627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,92:0.42:218
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chr6	52943841	rs35757290	TA	T	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=46;PP=1977;SC=AGAAATTTTTTAATTAGGGAA;SOR=2.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=47;WE=52943849;WS=52943831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr6	52998834	rs2816345	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=668;ReadPosRankSum=2.764;SC=CTGAGGGATGCCAGCTTTTTT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=46;WE=52998842;WS=52998824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
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chr6	52999239	rs7764947	T	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=54;PP=1213;ReadPosRankSum=2.516;SC=GCAAGAGACCTTTGGCAAAAG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=29;TCR=106;TR=69;WE=52999247;WS=52999229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr6	53010182	rs9367511	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=534;ReadPosRankSum=0.071;SC=CACTCAAATCATAGGTCTTGC;SOR=0.041;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=39;WE=53010190;WS=53010172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr6	53134104	rs3830806	C	CACAG	3705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.989;NF=4;NR=42;PP=2398;ReadPosRankSum=0.590;SC=ACCAAATGACCACAGTTTTCT;SOR=1.143;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=105;TCF=19;TCR=86;TR=46;WE=53134112;WS=53134094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr6	53134164	rs70980834	C	CCTTTT	1419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.624;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GGCCTAGTTTCAAGATCAAAT;SOR=1.514;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=29;WE=53134172;WS=53134154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr6	53138203	rs35189966	TA	T	371.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.853;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr6	53138260	rs9463895	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.143;NF=3;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GACTTCCAACGGAGCTGACAA;SOR=0.352;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=21;WE=53138268;WS=53138250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr6	53140161	rs2294862	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ATGTCAACTCGGAGAAGCCCG;SOR=0.430;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=53140169;WS=53140151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	53140928	rs2294864	T	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.207;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=509;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AATTTATTTTTAAAAACTCAA;SOR=2.910;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=25;WE=53140936;WS=53140918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr6	53152642	rs6458913	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=712;ReadPosRankSum=0.537;SC=AAAGCCATGTGCACTGCACAA;SOR=0.934;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=50;WE=53152650;WS=53152632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr6	53152758	rs6907982	A	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAACACAATTAGATCCTCTCT;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=105;WE=53152766;WS=53152748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,107:0.48:223
chr6	53152845	rs3817960	T	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=791;ReadPosRankSum=0.811;SC=GGACAGAGCATCTGCCTAAGA;SOR=0.382;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=55;WE=53152853;WS=53152835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr6	53160383	rs3736732	G	T	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=90;PP=2697;ReadPosRankSum=-1.428;SC=TATTTACAAGGGACTATAGGC;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=372;TCF=208;TCR=164;TR=202;WE=53160391;WS=53160373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,220:0.56:391
chr6	53365019	rs661346	G	C	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=106;PP=2965;SC=CACAGTGAGGGGTACTGTACA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=192;WE=53365027;WS=53365009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	53370752	rs1014852	A	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr6	53516876	rs6928338	T	G	6953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=111;PP=2965;SC=AGGCGTTGGCTATGTAGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=127;TCR=111;TR=238;WE=53516884;WS=53516866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	53519062	rs10948758	A	G	7573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=133;PP=2965;SC=TCTCTATACAAGATGTCTCTG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=121;TCR=133;TR=253;WE=53519070;WS=53519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr6	53519605	rs3799260	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=44;PP=2157;SC=CACATCTTTACAAGAGTATGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=53519613;WS=53519595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	53519857	rs12210809	G	A	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=88;PP=2965;SC=AAGTCACATAGGAAGTTCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=53519865;WS=53519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	53520088	rs2038939	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	53520124	.	A	G	178	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=178;QD=30.3958875067;SC=AAAAAAAAAAACATGGTTTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=53520132;WS=53520114;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	53707098	rs4286781	C	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=93;PP=2722;SC=AATATAGCTACGAGTGAGAAC;SOR=2.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=36;TCR=93;TR=129;WE=53707106;WS=53707088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	53762293	.	GA	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=20;QD=15.0;SC=GGCACATTTGGAAAAAACATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=3;WE=53762301;WS=53762283;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
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chr6	53989526	rs4712056	G	A	4852.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CACCGCAGCTGTCCGGCCCAA;SOR=0.953;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=210;TCF=96;TCR=114;TR=186;WE=53989534;WS=53989516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,197:0.89:222
chr6	54003184	rs2754780	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=24;PP=661;SC=TATTAATTGTACTCCTACAAG;SOR=5.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=54003192;WS=54003174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	54025155	rs10484648	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,19:0.13:151
chr6	54025461	.	C	CT	2002.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.623;NF=10;NR=40;PP=1845;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTTTCCTCTACTTTAGTATGA;SOR=0.123;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=50;WE=54025469;WS=54025451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,69:0.90:77
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chr6	54054837	rs9296739	A	G	122.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTGTCTAATAACATTTTACTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=54054845;WS=54054827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr6	54067088	rs67016420	AT	A	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.95;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr6	54079968	rs11757700	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1164;ReadPosRankSum=0.829;SC=CTACTGCAACGGAAGTGACAC;SOR=1.103;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=69;WE=54079976;WS=54079958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,73:0.84:87
chr6	54095423	rs816384	T	C	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=10;PP=1389;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGTAAGAGATTCTGACCTATG;SOR=0.424;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=66;WE=54095431;WS=54095413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,73:0.94:78
chr6	54095524	rs2275769	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=9.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.342;SOR=1.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,36:0.11:334
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chr6	54173413	rs2297980	A	G	3160.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=40;PP=2115;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ATGGAGAAGCAGTATTTATCT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=101;TCR=45;TR=131;WE=54173421;WS=54173403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,137:0.90:152
chr6	54191686	rs41276062	C	T	4672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=89;PP=2880;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CCACCTAGTCCCATGCTCCTG;SOR=0.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=180;WE=54191694;WS=54191676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,194:0.87:223
chr6	54191970	rs1848440	T	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1862;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGATGGCCGATCAAGAACAGC;SOR=1.217;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=117;WE=54191978;WS=54191959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,122:0.80:153
chr6	54214779	rs3736350	A	T	561.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=442;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TTAAAAACTAATTAAAACTAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=21;WE=54214787;WS=54214769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr6	54219290	rs45545344	T	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.6304;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=845;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GTGCCATTTGTTCTGTTGGAT;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=60;WE=54219298;WS=54219280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,68:0.92:74
chr6	54219326	rs3195579	G	A	1467.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=1.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=808;ReadPosRankSum=-0.865;SC=ATGCAAGTCCGTGAAGATTTC;SOR=0.449;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=56;WE=54219334;WS=54219316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,64:0.89:72
chr6	54734941	rs7765721	C	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
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chr6	54735344	rs16886105	A	G	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1751;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CTGATGTGGAAGCTCCAAATC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=101;WE=54735352;WS=54735334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,108:0.85:127
chr6	54792236	rs2746440	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTATCATGATATGGATTTTGG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=54792244;WS=54792226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr6	54805688	rs239798	A	C	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=73;PP=2272;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TATATATATAAAACCTTGGGT;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=120;WE=54805696;WS=54805678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,121:0.89:136
chr6	54806489	rs9475077	C	A	5611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GCAGTTGTTACCCCTGAAAGA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=124;TCR=146;TR=224;WE=54806497;WS=54806479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,233:0.82:284
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chr6	55142337	rs2653349	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr6	55216344	rs146300118	A	G	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=80;PP=2313;ReadPosRankSum=1.858;SC=TACTTGCCTCAGTGTAATTCG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=138;WE=55216352;WS=55216334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,140:0.84:166
chr6	55216461	rs139761685	A	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=0.187;SC=TTGATCTCATAACATTAGCTA;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=55216469;WS=55216451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr6	55223962	.	G	GTCTATCTA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.765;NF=0;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=0.231;SC=AAAATTATCTGTCTATCTATC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=55223970;WS=55223952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	55264362	rs6936510	T	C	517.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=0.691;SC=TTAAGACATATTAAATCAAGT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=55264370;WS=55264352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr6	55266625	rs9370418	T	C	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,97:0.82:118
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chr6	55381262	rs6459082	G	A	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=27;PP=1494;SC=TCTTTAAAACGATAAGAGGCC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=55381270;WS=55381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	55428658	rs4398737	A	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=16;PP=707;SC=TATGATGGGGATCAGGGCTTC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=55428666;WS=55428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	55428780	rs4398739	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=19;PP=609;SC=CTCAACATTCAGCACGTGCAG;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=55428788;WS=55428770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	55623982	rs201357101	C	A	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.03;QD=29.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	56044790	.	C	T	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.322;SC=ACCACTCCAACTTGAATAAAC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=120;TCR=145;TR=185;WE=56044798;WS=56044780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,197:0.69:285
chr6	56327699	rs79770432	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr6	56327849	rs11758339	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,51:0.30:168
chr6	56334594	rs9349823	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AATAAATAAGACTCCTGGAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=56334602;WS=56334584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	56337132	rs34164953	CG	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TACGTGTTTACGCAAGTAAAA;SOR=0.069;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=3;WE=56337140;WS=56337122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr6	56350339	rs2273974	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-1.942;SC=ACATCTAAAATTAATTGATGA;SOR=1.207;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=6;WE=56350347;WS=56350329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr6	56359034	rs11759493	C	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=157;ReadPosRankSum=1.284;SC=TTTAAGAGTTCTATTTTTCTA;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=16;WE=56359042;WS=56359024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr6	56365814	rs4283892	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=12;PP=1041;ReadPosRankSum=0.050;SC=AAATATATCCAAGAAATCTGA;SOR=0.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=67;WE=56365822;WS=56365804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr6	56374754	rs9296849	C	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-1.348;SC=ACATTTTTTACAATTTAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=17;WE=56374762;WS=56374744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
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chr6	56394173	rs9357922	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=493;ReadPosRankSum=0.737;SC=CATAAAATTGTACAGAAATAA;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=29;WE=56394181;WS=56394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
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chr6	56469319	rs45582036	G	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1326;ReadPosRankSum=1.649;SC=CCTCTTGAGGGTTCATATGAC;SOR=0.364;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=79;WE=56469327;WS=56469309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
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chr6	56476182	rs111382742	T	TAAGTA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr6	56482704	rs9396228	A	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=0.918;SC=TGTTTTAAAAATTTAGTCTAG;SOR=0.648;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=6;WE=56482712;WS=56482694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr6	56482801	rs6459166	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,29:0.18:157
chr6	56484758	rs2230862	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,56:0.21:270
chr6	56507135	rs1024195	T	C	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=41;PP=2897;SC=AAACATTATGTAAAAGTTTTA;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=138;WE=56507143;WS=56507125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	56818706	rs986245	T	C	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=711;SC=AGACCAGGGTTGGGAAAGCAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=56818714;WS=56818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr6	56966040	rs188982073	T	C	7715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.245;SC=AAGGGTGACATTACAATCTGA;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=400;TCF=186;TCR=214;TR=306;WE=56966048;WS=56966030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,314:0.76:415
chr6	57244672	rs5011404	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.321;SC=TCAAATTTTTGTAACAGCTTA;SOR=1.553;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=11;WE=57244680;WS=57244662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr6	57244780	rs5011403	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=2.025;SC=GTTGGGGTTCGAGTCCATTTA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=44;WE=57244788;WS=57244770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
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chr6	57244893	rs5011401	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr6	57246969	rs4256440	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CTTTGGCAGTGAGTATTTTAC;SOR=0.965;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=223;TCF=67;TCR=156;TR=95;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,99:0.43:231
chr6	57246982	rs4585567	G	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.004;SC=TATTTTACTTGATTTCTGTAT;SOR=1.344;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=182;TCF=45;TCR=137;TR=73;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,75:0.40:187
chr6	57247022	rs4382263	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=598;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AGTTATATACCCCTGGTAGTT;SOR=1.662;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=30;WE=57247030;WS=57247012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr6	57254789	rs2397264	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=867;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CAGCAAATCCATCAATATGCA;SOR=0.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=106;TCR=26;TR=60;WE=57254797;WS=57254779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr6	57254811	rs941685	A	G	6490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=67;PP=2962;SC=GTAGCATATCACGATATGCAA;SOR=1.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=169;TCR=67;TR=236;WE=57254833;WS=57254801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	57254825	rs10456742	T	C	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=38;PP=1510;ReadPosRankSum=1.352;SC=TATGCAAGCATAACATGCTTT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=213;TCR=110;TR=111;WE=57254833;WS=57254801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,117:0.35:336
chr6	57254927	rs2397266	A	G	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.325;NF=51;NR=84;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AAGCCATGAGACTATTAGGAT;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=398;TCF=162;TCR=236;TR=135;WE=57254935;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,156:0.36:428
chr6	57254950	rs5876554	A	AT	3600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=1.342;NF=2;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=1.364;SC=TGCAAAAGTAATGTGGTTTTT;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=7;TCR=181;TR=61;WE=57254963;WS=57254940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,101:0.36:281
chr6	57254955	rs2894842	G	A	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.729;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=1.323;SC=AAGTAATGTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.997;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=243;TCF=76;TCR=167;TR=79;WE=57254963;WS=57254940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,95:0.36:266
chr6	57254986	rs2397267	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=45;PP=919;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGCAAAGACTGCAATTACTTT;SOR=1.995;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=142;TCF=28;TCR=114;TR=50;WE=57254994;WS=57254976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,55:0.38:145
chr6	57255001	rs2894843	C	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.153;HP=1;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=1918;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TACTTTTGCGCCAACCTAATA;SOR=1.410;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=101;TCF=14;TCR=87;TR=39;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr6	57255015	rs2894844	G	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCTAATAACAGAAAAAAAATC;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=24;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr6	57255016	rs5876555	A	AC	940.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CTAATAACAGAAAAAAAATCA;SOR=0.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=23;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr6	57255032	rs7769711	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=5.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=5;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=0.137;SC=AATCATTTTTCGGGGGAAAAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=16;WE=57255040;WS=57255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr6	57372104	rs2024986	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=827;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ACCATGTAGCTAGCTTTGATC;SOR=0.502;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=15;WE=57372134;WS=57372099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr6	57372116	rs9382768	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=0.518;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr6	57372116	.	TGTAATGTGTC	CGTAATGTGTC,CGTAATGTGTG	808	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=59.64;NF=37,16;NR=1,1;PP=614,808;QD=17.072926646;SC=GCTTTGATCATGTAATGTGTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=38,17;WE=57372134;WS=57372099;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.78:49
chr6	57372126	rs9396314	C	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr6	57372199	rs9382769	T	C	5707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.410;SC=GCCTCCCTATTTGCCCTTCAG;SOR=0.531;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=312;TCF=203;TCR=109;TR=234;WE=57372207;WS=57372189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,236:0.74:319
chr6	57372361	rs9382770	C	A	7524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.154;QD=24.12;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,235:0.75:312
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chr6	57372365	rs9396315	A	G	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.624;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.908;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,118:0.40:298
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chr6	57398201	rs62398997	T	C	11942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.082;QD=24.52;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,308:0.63:487
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chr6	57457704	rs5008381	A	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=555;ReadPosRankSum=1.174;SC=CTGAGCTTGAATTCTGTTAGT;SOR=2.636;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=57457712;WS=57457693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr6	57457737	rs9476161	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
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chr6	57472533	.	TT	CC	531	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=27;PP=531;QD=19.4822624954;SC=ATGCTGTGTATTACTTGTCAG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=30;WE=57472542;WS=57472508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:67,30:0.31:97
chr6	57472534	rs74369127	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=9.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr6	57498894	rs3846934	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=592;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AAGGCCAACAGCTGTGAGCTA;SOR=1.115;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=35;WE=57498902;WS=57498884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
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chr6	57499042	rs5876654	A	AT	905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=2.141;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,47:0.31:153
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chr6	57512439	rs4294006	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=928;ReadPosRankSum=-1.121;SC=CTTTGCCATGTATTAATGCAA;SOR=1.186;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=176;TCF=143;TCR=33;TR=55;WE=57512447;WS=57512429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,54:0.31:177
chr6	57512476	rs4307164	G	A	5843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TTACAGGTGGGTGATTGTGGC;SOR=0.321;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=338;TCF=252;TCR=86;TR=231;WE=57512484;WS=57512466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,233:0.69:339
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chr6	57512529	rs5001076	C	A	5455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.935;SC=TGAGAGCCAACGTATTCTAAA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=738;TCF=456;TCR=282;TR=266;WE=57512537;WS=57512519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:472,271:0.36:743
chr6	57512565	rs4294008	T	C	18082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=434;NR=341;PP=2962;ReadPosRankSum=1.402;SC=AAAGAAGGAATCTATCCAACC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1096;TCF=618;TCR=478;TR=775;WE=57512573;WS=57512555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,780:0.71:1101
chr6	57512678	rs4398719	G	A	11437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=310;PP=2962;ReadPosRankSum=0.794;SC=AAGGACTAGAGGATTACTTTA;SOR=0.868;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=668;TCF=218;TCR=450;TR=453;WE=57512686;WS=57512668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,466:0.68:684
chr6	57512711	rs5001484	G	C	5407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,153:0.40:381
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chr6	57512775	rs7773110	T	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.73;ReadPosRankSum=0.781;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr6	57512779	rs76296076	G	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=1.097;SOR=2.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr6	57512787	.	T	TCACCAAGGC	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr6	57512788	.	T	TTA	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.301;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr6	57512792	rs372064495	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.44;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr6	62390916	rs1204114	T	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=36;PP=1516;SC=TGGCTGACCTTTGCGGTGGTG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=62390924;WS=62390906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	62523887	rs35068148	T	TA	7664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.133;NF=19;NR=107;PP=2979;ReadPosRankSum=1.837;SC=TCCATGCCAGTAAAAAAAGCT;SOR=0.861;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=20;TCR=119;TR=126;WE=62523895;WS=62523877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr6	62526443	rs1005815	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=191;SC=AAAAGGAGCACGACCCTGCTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=62526451;WS=62526433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	62757987	rs9346001	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=283;SC=TATAGGTTTTCCAAACTTTAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=62757995;WS=62757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	62887031	rs9346218	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=221;SC=AATTAAAATACCGTCTTCTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=62887039;WS=62887021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	62887099	rs6921170	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=10;PP=491;SC=CCTTTGGATACTGCTTGACAG;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=62887107;WS=62887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	63921360	rs10943599	CA	AG	273.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=316;SC=TATGGGCAGGCAACGCGCTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=63921369;WS=63921357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	64003459	rs9343928	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=0;PP=362;SC=TCTGACTCCCGGGCTAGTATT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=64003467;WS=64003449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	64286985	rs2075656	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=495;SC=AAAAAATGAGATGATATACCT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=64286993;WS=64286975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	64419318	rs34108196	AT	A	148.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=9;PP=125;SC=ACAGTACAGCATTTTTTTTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=64419326;WS=64419308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	64498055	rs66462731	T	A	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=81;PP=2965;SC=GTGTATTCACTGTAGCCACCT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=177;WE=64498063;WS=64498045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	64694354	rs4710457	C	T	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=40;PP=1825;SC=CTTTCCATGTCGTGCTTCATC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=64694362;WS=64694344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	64694560	rs1482457	G	A	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=202;SC=AAAAGATGTAGGATGTTTGGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=64694568;WS=64694550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	64708907	rs66502009	A	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=8;PP=898;SC=AACATAAAAAATACTTATCTG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=64708915;WS=64708897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	65016977	rs35395170	TGA	T	802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.68;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr6	65098768	rs587278	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1463;SC=GTTTTAGTATAAGTCATATAA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=65098776;WS=65098758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	65301504	rs624851	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=74;PP=2965;SC=GGTAGCAGATAAAGCAACAGT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=166;WE=65301512;WS=65301494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	65302915	rs11331907	GA	G	92.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=102;SC=ATGTATCTCAGAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=65302923;WS=65302907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	65596759	rs7743515	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=509;SC=GAGAAATGAGGAATAGCCATG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=65596767;WS=65596749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	65611952	rs59518422	T	TATTA	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=391;SC=GTGCTCACTTTCTTGTTGAAT;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=65611960;WS=65611942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	65622463	rs9294631	A	G	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=87;PP=2965;SC=TAGGTCACAAAGGTTATAGCG;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=214;WE=65622471;WS=65622453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr6	65622662	rs9445437	G	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=912;SC=AAAATTTTTAGAAGTGTGAAC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=65622670;WS=65622652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	65655883	rs9453115	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=264;SC=TACTCCTGGCCATTTTGATAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=65655891;WS=65655873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	66005740	rs35045551	G	GA	1746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.291;NF=21;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=0.986;SC=AATTTATCAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=38;WE=66005748;WS=66005730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr6	66005888	rs9342464	C	T	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=83;NR=82;PP=2965;SC=CTTTGCAGACCGCTACAGTTA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=165;WE=66005896;WS=66005878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	66005970	rs9345601	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=62;PP=2111;SC=AGTCAACATTGACAACACACA;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=66005978;WS=66005960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	66045077	rs1502965	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=28;PP=815;SC=TATGAATTCCCATCACTTACT;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=66045085;WS=66045067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	66045118	rs1502964	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=331;SC=TGAGAGATCATGATAGATGCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=66045126;WS=66045108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	66112409	rs974110	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=506;SC=TACATGTAGCATTATTCCTCA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=66112417;WS=66112399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	66115281	.	G	GAAA	221	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=15;MQ=60.61;NF=1;NR=17;PP=221;QD=13.0555555556;SC=TCACACACAAGAAAAAAAAAG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=18;WE=66115289;WS=66115271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,18:0.72:25
chr6	66204945	rs12193967	G	A	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=61;PP=2269;SC=CTGATCTTCCGTTGTGGTATT;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=66204953;WS=66204935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	68599166	rs9342670	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	68599169	rs9342671	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	69666193	.	ATG	A	516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=518;SC=TTATATATATATGTGTGTGTG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=69666207;WS=69666183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	69666197	rs116993255	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=40.44;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	69666197	.	GTG	ATA	608	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.83;NF=0;NR=10;PP=608;QD=66.1467874862;SC=ATATATATGTGTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=69666207;WS=69666183;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,10:0.77:13
chr6	69666199	rs140847862	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=43.81;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	69666684	rs1932618	A	G	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=34;PP=1065;SC=AGAAGATGCAATGAGCAGCGA;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=69666692;WS=69666674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	69684850	rs2275209	T	G	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=61;PP=2053;SC=TTGTCTTATATCCATAAATAA;SOR=1.396;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=69684858;WS=69684840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	69684916	rs45602231	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=934;SC=CATAAATGAAGCCAATGAAGA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=69684924;WS=69684906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	69728522	rs2785573	C	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=96;SC=ATATTTCTAACACTTGGTATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=69728530;WS=69728512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	69759148	rs618372	A	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=287;SC=ATACTTCAAAATTTATTCTTT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=69759156;WS=69759138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	69772817	rs2793459	C	G	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=24;PP=2032;SC=TATAATTACTCTGTTGCAGAA;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=95;WE=69772825;WS=69772807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	69785765	rs3757050	C	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	69786046	rs35445308	G	GA	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.607;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=1.335;SC=TGCATTCAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=69786054;WS=69786036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr6	70071173	rs913543	G	A	7780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=109;PP=2965;SC=AAACCTTGCCGCATGAAAGGC;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=150;TCR=109;TR=259;WE=70071181;WS=70071163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	70386196	rs143117986	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=15;PP=839;SC=TGTTATTTTTCAAATTTAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=70386204;WS=70386186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	70409159	rs9446157	G	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=541;SC=CTTGTGTTATGGGAAATGATT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=70409167;WS=70409149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	70411157	rs2445969	G	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=83;SC=CAACATGTCAGTGTGTAAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=70411165;WS=70411148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70778378	rs2224513	GC	CT	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=37;PP=2654;SC=GGTAAGTAAAGCTGGAACAAC;SOR=0.987;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=69;WE=70778387;WS=70778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	70812123	rs7772672	A	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=56;PP=2215;SC=CTGTGAGTAAACAATACAATG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=70812131;WS=70812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	70852493	rs9342783	A	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=133;SC=CTTGGTAATCACAAAGCACAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=70852501;WS=70852491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	70852607	rs3831024	C	CT	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=455;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TACAATCTATCTTTTTTTTTC;SOR=1.220;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=31;WE=70852615;WS=70852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr6	70852841	rs2296013	A	T	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=241;SC=TCTATGCCACAAAAACTGATC;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=70852849;WS=70852831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	70854183	rs9364074	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=32;PP=1429;SC=CTCATTTTATATGTTAAGTAG;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=70854191;WS=70854173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	70854208	rs58591338	CAG	C	4419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=44;PP=2797;SC=GAGGAAGAGACAGAGGATCAT;SOR=0.775;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=59;WE=70854217;WS=70854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	70854818	rs34837646	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=25;PP=890;SC=AGGGAGATCCGGGTGGGATCA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=70854826;WS=70854808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	70854924	rs3841703	A	AT	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=710;SC=TTTTGTTAATATTTTTCTTGC;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=70854932;WS=70854914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	70856536	rs7762409	C	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=334;SC=TGTATTCATACTTTTTTTCTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=70856544;WS=70856526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	70859487	rs2346211	A	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=307;SC=ACGGTGGCAAACCCTGTTGTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=70859495;WS=70859477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	70866421	rs3736843	T	C	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=196;SC=GATGTAAAAGTCACTTGCAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=70866429;WS=70866411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	70866609	rs2229799	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=31;PP=988;SC=GGGAGAAAGGCGATGAGGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=70866617;WS=70866599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	70873331	rs2296010	G	A	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=69;PP=2442;SC=CTGGGGCTTGGAGTGGGAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=70873339;WS=70873321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	70875976	rs802174	T	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=617;SC=AAAGATAAAATTCTTCTGAAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=70875984;WS=70875966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	70876046	rs802175	T	C	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=147;SC=TTTGTTCTCCTTTTGGTTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=70876054;WS=70876036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	70877980	rs1464159	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	70894909	rs2296005	A	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=443;SC=CAAATCACCAAATCTATAAAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=70894917;WS=70894899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	70897698	rs3749913	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=569;SC=AATAAGTGCCAGTATGAATCC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=70897706;WS=70897688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	70909252	rs5877242	AT	A	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=71;SC=GTATTTTGAAATTTTTTGACA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=70909260;WS=70909242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	70909763	rs3806064	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=179;SC=TCTAGGAATCTTAGAATTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=70909771;WS=70909753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70909779	rs3806065	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=120;SC=TTTTTTAGGCTTCCCCTTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=70909787;WS=70909769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	70916830	rs3215860	AT	A	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=745;SC=CTGCATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=42;WE=70916838;WS=70916820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	70916888	rs1200576	A	C	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=34;PP=1546;SC=CCCCAGGCCCACAGGGCCCCC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=77;WE=70916896;WS=70916877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	70916998	rs1736	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=27;PP=794;SC=AAGAAGACTTGGTTCCTGGTA;SOR=1.140;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=49;WE=70917006;WS=70916988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	70926898	rs1200569	G	A	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=54;PP=1525;SC=GCTTTTGGAAGCGATGGATGA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=70926906;WS=70926888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	70944442	rs10945205	G	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=38;PP=1306;SC=GAACAGCCCTGCTGCTGTGGG;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=70944450;WS=70944432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr6	70950281	rs71767894	AAT	A	114	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=0;PP=88;SC=AGAAAATAAGAATATATATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=70950290;WS=70950271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70965125	rs633762	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=15;PP=411;SC=TTAATACAAGAAAAAGTTACT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=70965133;WS=70965115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	70970251	.	CAAA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr6	70979125	rs551470	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=205;SC=AAAGATCATAAAAGAACAAAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=70979133;WS=70979115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	70980247	rs2296930	A	G	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=202;SC=ACAAAATGAGAGTAATAAAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=70980255;WS=70980237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	70984436	rs592121	A	G	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=59;PP=2178;SC=TGTCCCTTTGACCCAATGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=127;WE=70984444;WS=70984426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	70984562	rs603304	TG	CA	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=1134;SC=ATTTATTAATTGTCTACAGGA;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=70984571;WS=70984552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	70989703	rs3806099	A	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=127;PP=2965;SC=CAGGGACAAAATCAAGGACTG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=130;TCR=128;TR=257;WE=70989711;WS=70989693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	70990470	rs7764822	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=6;PP=759;SC=CTCGTACCCACCACACACCCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=70990478;WS=70990460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	71137884	rs13202450	G	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	71298533	.	A	G	141	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MMLQ=20;MQ=57.57;NF=0;NR=7;PP=141;QD=25.110173221;SC=TGTAGTTTGTATAATGTGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71298541;WS=71298523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	71378188	rs781984	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=258;SC=GGGTCTGGGCAGAGCTTAGGG;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=71378196;WS=71378186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	71482975	rs1413353	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	72084666	.	CATATATAAAT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	72809825	rs9360527	C	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=53;SC=ATTTCCAGCTCTCATGAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=72809833;WS=72809815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	72836421	rs2463696	A	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=25.48;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	72858416	rs151080929	GTT	G	455.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.559;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr6	72889472	rs2249021	A	G	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=113;PP=2965;SC=AGACACCCCTAAGCACAGCAG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=236;WE=72889480;WS=72889462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	72892257	rs2463730	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=1002;SC=ACCCGAACCTAGCTCGGTACC;SOR=1.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=43;WE=72892265;WS=72892247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	72945492	rs2807519	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=62;PP=1832;SC=CTGCATTCATCGGAGTTTCTG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=72945500;WS=72945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	72945603	rs138366781	A	ATTTTC	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=324;SC=AAACTAATGTATTCTGACTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=72945611;WS=72945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	72947774	rs2807525	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=192;SC=TTTTAATGCACGAATAAAGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=72947782;WS=72947764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	72962352	rs9351902	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=405;SC=ATTAGTCTTCATAAGTTTTCA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=72962360;WS=72962342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	72968609	rs6923891	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=612;SC=ATATTACTCTCAGTTCCTTCA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=72968617;WS=72968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	72984277	rs4504440	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=441;SC=AGCCAACTCTGGTAAAGCACC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=72984285;WS=72984267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	73332040	rs3734212	C	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	73332121	rs34821312	C	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1279;SC=CGGCCACGCTCGGTGGCGGCG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=73332129;WS=73332111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	73516397	rs9446758	A	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=207;SC=TTGGCCCAATATTCCTATTAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=73516405;WS=73516387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	73821239	rs2000205	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=52;PP=1690;SC=TGTTCCTTTTTATAAAATGAA;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=73821247;WS=73821229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	73830423	rs1891404	A	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=54;PP=1713;SC=GTTGCTCCTAAAGAGATTCAA;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=73830431;WS=73830413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	74073531	rs561930	C	G	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=112;PP=2965;SC=GCCAGCAAGGCAGTGACCCAG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=227;WE=74073539;WS=74073521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr6	74079024	rs496530	A	G	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=54;PP=2434;SC=GGTGATTTCGACTAGGTTCCC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=129;WE=74079032;WS=74079014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	74079041	rs497243	A	C	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=65;PP=2719;SC=TCCCTGAGTCAACTATGTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=141;WE=74079049;WS=74079031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	74104557	rs558198	C	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=18;PP=1208;SC=TGGCACGCTACTCTTACGACG;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=74104565;WS=74104547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	74115935	rs57549301	C	CGG	407.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=420;SC=TTAGTAGAGACGGTTTCTCTA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=74115943;WS=74115934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	74119084	rs4708053	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=814;SC=ACGTATATGCTTAATTACTGT;SOR=1.067;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=74119092;WS=74119074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	74125875	rs311686	A	G	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	74125888	rs311685	A	G	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	74126084	rs311684	C	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=78;SC=ACATAATAAACTAGGTGTTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=74126092;WS=74126074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	74134849	rs311679	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=3;PP=239;SC=GAGCTGGGATTACAGGTGTGA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=74134857;WS=74134839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	74135016	rs311678	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=17;PP=966;SC=TCAGAAATTCCTTACTTCTTT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=74135024;WS=74135006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	74155491	rs2985419	T	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=357;SC=GTAAAAATAGTACTGAAATAT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=74155499;WS=74155481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	74189574	rs7766570	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=35;PP=1721;SC=CTCGGTAAGGGCAAAATGTCA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=74189582;WS=74189564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	74320306	rs4708065	C	T	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=65;PP=1922;SC=AAAAAACACCCAGCATTAATA;SOR=1.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=74320314;WS=74320296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	74320391	rs1691343	T	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=407;SC=CTATATTGCCTGGAAGACTAA;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=74320399;WS=74320381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	74325257	rs628038	T	C	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=136;SC=GACCACCACTTGAAAGCAAAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=74325265;WS=74325247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	74348328	rs3757111	C	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=713;SC=GGATAAGAATCAAACGAATCA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=74348336;WS=74348318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	74521917	.	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1460;ReadPosRankSum=0.845;SC=CTTTTTTTCACCTTGATTCAG;SOR=0.894;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=94;WE=74521925;WS=74521907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,101:0.62:164
chr6	75795122	rs112607771	G	GCA,GCACA	2495.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=36,36;PP=946,832;ReadPosRankSum=0.369;SC=GATTTGGAAGGCACACACACA;SOR=1.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=39,39;WE=75795130;WS=75795112;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.62:72
chr6	75796364	.	GTA	G	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	75797302	rs970547	C	T	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=30;PP=1648;SC=CCTGGATAGCCTTGCCCGTTG;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=75797310;WS=75797292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	75798722	rs672648	C	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=26.83;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	75811880	rs556674	G	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=58;PP=1627;SC=CAGTGTAAGCGTTCAGAATGA;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=75811888;WS=75811870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	75841722	rs594012	A	T	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=81;PP=2965;SC=CAGGTCCTGGAGCAGGGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=173;WE=75841730;WS=75841712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	75844700	rs1332019	C	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=201;SC=ATACCACAGTCAAGGTTTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=75844708;WS=75844690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	75887271	rs12198145	C	T	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=13;PP=1026;SC=CATACTCAAACAATTGAAACA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=75887279;WS=75887261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	75887683	rs3777509	C	A	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=86;SC=AGATTTTAAACCATAAATTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=75887691;WS=75887673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	75950164	rs57613317	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=543;SC=AACTAAGTTTCAAAAGAACAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=75950172;WS=75950154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	75951719	rs240419	A	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=11;PP=381;SC=GAGTTCGAGAACAGCCTGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=75951727;WS=75951709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	75966269	rs418485	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=166;SC=GTAGTTTCTCAGGTGCTTTTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=75966277;WS=75966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	75968720	rs147523	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=407;SC=GGAGTGGGGAGGGGATAAGGA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=75968728;WS=75968710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	76022082	rs9352202	A	G	8960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	76022090	rs9343281	G	C	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	76063133	rs6913979	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=217;SC=TCAAAAATTGACATTAGACCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=76063141;WS=76063125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	76124678	rs145500939	C	T	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=123;PP=2965;SC=ACCTTGGTTTCGAGATCTCAT;SOR=1.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=91;TCR=124;TR=214;WE=76124686;WS=76124668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	76124792	rs2808201	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=787;SC=TTACCACATCGCCAATAAGGA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=76124800;WS=76124782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	76138146	rs5877455	C	CAG	2561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=1923;SC=TCACCACCTCCAGTTTCTGAA;SOR=2.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=76138154;WS=76138136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	76333486	rs655471	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=371;SC=TGCAAAGACTGTGGTTTGGCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=76333494;WS=76333476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	76357593	rs569731	G	A	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=67;PP=2019;SC=ATACGATGCTGGCTTTAGAAT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=76357601;WS=76357583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	76357657	rs613562	T	A	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=969;SC=GTAACTGATTTGAGAATTTCT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=76357665;WS=76357647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	76369054	rs507662	A	G	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=64;PP=2218;SC=AACAGAAACGACACTGTAGTA;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=131;WE=76369062;WS=76369044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	76386712	rs35745959	GT	G	44.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	76388677	rs76693226	C	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=113;SC=TTTATTAAATCTTTAACATTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=76388685;WS=76388667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	76405700	rs7755068	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=19;PP=521;SC=CTAAGTGAAAAATCACGTACT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=76405708;WS=76405690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	76538403	rs1280052	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=22;PP=746;SC=ATTTTGTCACGCTTGAAATTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=76538411;WS=76538393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	76554593	rs7760587	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	76558260	rs144408691	A	AT	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=51;PP=1625;SC=TTTGCTTTTTATTTTTTTAAG;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=54;WE=76558268;WS=76558250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	76568860	rs3818309	C	T	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=52;SC=GCAGAGGCCCCGGGGCTCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=76568868;WS=76568850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	76618182	rs11285982	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr6	76656978	rs3215818	AT	A	3353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=30;PP=2454;SC=ACAGAACGAAATTAAAAAAAT;SOR=1.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=61;WE=76656986;WS=76656968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	76728583	rs377755519	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.687;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr6	76782049	rs1320537	C	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=5;PP=284;SC=CCCGTGAGATCAATTGGTAGC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=76782057;WS=76782039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	78171941	rs6297	C	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=34;PP=1624;SC=CCACTGCAAACGGCAAGTCAA;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=78171949;WS=78171931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	79577644	rs9350789	A	C	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=60;PP=1696;SC=AAGAGCCGGAAGACACAAAAG;SOR=1.413;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=98;WE=79577652;WS=79577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	79595167	rs146020132	A	ACTTAT	3471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=2128;SC=AGAGGTATGTACTTAACAAAT;SOR=0.855;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=32;WE=79595175;WS=79595157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	79612800	rs9352675	G	A	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=116;PP=2965;SC=CACATCAAATGAACAAATACT;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=94;TCR=116;TR=210;WE=79612808;WS=79612790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	79657391	rs1984195	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=14;PP=697;SC=AAATAAGTCTGACATCTTTAC;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=79657399;WS=79657381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	79664440	rs9443632	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=628;SC=AAATAAACTATAATCATAAAA;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=79664448;WS=79664430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	79664748	rs10455356	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=299;SC=ACTTTTAATGTAGTCTTAGAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=79664756;WS=79664738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	79665210	rs7753358	T	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	79679577	rs7742431	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=31;PP=1319;SC=TGTATTTTGCATCATCAAATT;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=79679585;WS=79679567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	79695003	.	TAA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr6	79695029	rs1890229	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.58;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	79708000	rs7747479	A	C	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=48;PP=2418;SC=ATTACTGATAACTGCTTCACC;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=79708008;WS=79707990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	79752792	rs9343863	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=689;SC=TTTTAAGAATTCACATACTCC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=79752800;WS=79752782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	79911935	rs79282883	T	C	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=83;PP=2887;SC=GGCTGAAGGATTGAGAAATTT;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=145;WE=79911943;WS=79911925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	79918309	rs9341761	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=66;PP=2065;SC=AAGGGAATGGGAAAATATACA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=111;WE=79918317;WS=79918287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	79944096	rs3076135	C	CAG	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=795;SC=GTAGGGGGGACAGAGAGAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=79944104;WS=79944086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	79944355	rs9361504	T	G	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=102;PP=2965;SC=TGCCTCTGCCTCTGCAGCTGC;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=199;WE=79944363;WS=79944345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	80228541	rs2655655	A	G	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=126;PP=2965;SC=AAAATCAGATAAGTAAGAATA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=88;TCR=126;TR=214;WE=80228549;WS=80228531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	80228673	rs2803195	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=283;SC=GAGGAGACTATGACAATACTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=80228681;WS=80228663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	80341279	rs151332702	G	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=44;PP=1397;SC=GGTCCTGCGGGAGGCGCGCGG;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=63;WE=80341287;WS=80341269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	80341320	rs6926093	CG	GC	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=1094;SC=TGCGCTCAGCCGGTCCGCCCG;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=80341329;WS=80341310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	80579937	rs59710738	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=25;PP=1299;SC=ATTGAAATACACTACAGGCTT;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=80579945;WS=80579927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	80580038	rs9361569	T	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=68;PP=2965;SC=CTTATGCTCATCAACGACTGT;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=167;WE=80580046;WS=80580028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	80631539	rs700483	T	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=14;PP=518;SC=GCGTGTTATATACACCAAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=80631547;WS=80631529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	80715838	rs240226	T	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=37;PP=1907;SC=GGCTACATGATGGCAGGGTTT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=80715846;WS=80715828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	80720487	.	GCAT	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.37;QD=42.93;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	80720491	rs199573945	T	TAAAGA,TGA	772.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=67.37;NF=7;NR=1;PP=291;SC=TGGTGGGCATTTTACTGCCTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=80720499;WS=80720478;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:18
chr6	80720733	rs151587	G	A	139.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	80720742	rs239556	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	80721045	rs239558	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=115;SC=CTTGGGGACAAGTATTTCCTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=80721053;WS=80721035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	80723198	rs239563	T	C	61.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=40;SC=TCTCCAACAGTGTTCCACATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=80723206;WS=80723188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	80723229	rs17174951	C	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=24;SC=TGTGGGACTACGAGTGGGAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=80723237;WS=80723219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	80724312	rs239566	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=19;PP=680;SC=AGGTAAGAGTAACAAAATCAG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=80724320;WS=80724295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	80724462	rs239567	C	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=82;SC=ATGAAAAGTACTGAATCCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=80724470;WS=80724452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	80732242	rs17175251	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=537;SC=ATGCATTTCCGAAGGTTGATG;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=80732250;WS=80732232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	80741243	rs1801465	A	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	80741328	rs239584	G	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=49;SC=TAAACTTTCTGTTTTTTTGTC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=80741336;WS=80741318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	80741418	rs239585	C	T	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	80749972	rs1801460	A	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=18;PP=604;SC=TGGCTCATCCATATGTTCAAA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=80749980;WS=80749962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	80750290	rs608962	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	80751942	rs17254634	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=15;PP=635;SC=CGTAATGTCAGATACCACCTA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=80751950;WS=80751932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	80752094	rs17176133	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=186;SC=CCACTTATGGCACTGTATATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=80752102;WS=80752084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	80774236	rs7771228	C	T	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.825;NF=99;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TGGCTATTTCCCGTGTGCTTG;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=207;WE=80774244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr6	80774410	rs62406016	C	T	7867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=137;PP=2965;SC=CCCCGCTCTGCTCATGCACTT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=137;TCR=137;TR=274;WE=80774418;WS=80774400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr6	80775487	rs4642425	T	A	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=92;PP=2609;SC=CTGCCCAGTGTCTCACTTTCT;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=58;TCR=92;TR=150;WE=80775495;WS=80775477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	80777608	rs3967160	G	A	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=82;PP=2830;SC=CTGCCAAGATGTAAGACTGAT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=146;WE=80777616;WS=80777598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	81053642	rs926733	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=38;PP=1045;SC=GGTAAAGTTGGTAAAAGGCAA;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=81053650;WS=81053632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	82883238	rs197245	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=383;SC=AGAGGAAGAATTGTAAACTCC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=82883246;WS=82883228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	82906198	rs138739466	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=648;SC=TAAACACATATGCATTAAACA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=82906206;WS=82906188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	83075914	rs700494	G	A	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=58;PP=2215;SC=CCAGATTAACGAACCTCAGTT;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=83075922;WS=83075904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	83666936	rs293531	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.21;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	83666943	rs293532	G	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.23;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	83732404	rs371208139	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=732;SC=ACTTTTCTACGGACTGCTCAT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=83732412;WS=83732394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	83733785	rs4235816	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=17;PP=587;SC=AATTAAGACTCTCCCCAATAC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=83733793;WS=83733775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	83752057	rs4612135	C	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=32;PP=890;SC=AATAACAAAGCCTCCAATAAA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=83752065;WS=83752047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	83754094	rs4455637	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=602;SC=ATTGAAGAAGTCAGTATCTAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=83754102;WS=83754084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	83754481	rs2027282	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=204;SC=AACCACAAGGTTTGCAATGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=83754489;WS=83754471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	83775201	rs6915334	C	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=18;PP=1136;SC=AGTGGCGGAGCCGACTACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=64;WE=83775209;WS=83775191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	83822985	rs1925782	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=24;PP=1438;SC=TCACATTTTCGTGGCAAAAAT;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=83822993;WS=83822975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	83828724	rs2148010	G	A	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=86;PP=2934;SC=TTTGATGTCTGTGGTCATGAT;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=161;WE=83828732;WS=83828714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	83949261	rs1180230	T	C	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=42;PP=2518;SC=CAAATACCTCTCCAGCTCCTT;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=124;WE=83949269;WS=83949251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	84055783	rs12215595	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=594;SC=GAGAAAGAGAACCAGACAAAA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=84055791;WS=84055779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	84108065	rs4706990	A	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=9;PP=844;SC=CAAGTTGCATATAAAATAAAA;SOR=1.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=48;WE=84108073;WS=84108055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	84140772	rs28372716	TGGC	T	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=860;SC=ACTGCAGCTGTGGCGGCGGCG;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=84140782;WS=84140762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	84368819	rs11368249	TA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=2.388;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr6	84764982	rs45563336	C	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=27;PP=1632;SC=AACTGTGCAGCTCTGGATGAA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=84764990;WS=84764972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	84772845	rs17730011	A	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=239;SC=GTCTGGACCCAGATGCCCGTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=84772853;WS=84772835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	84799185	rs2875382	C	T	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=67;PP=2349;SC=AGACCTCACACAAAGACCTGG;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=84799193;WS=84799175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	84799300	rs7450001	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=551;SC=GGGGGAGAGAGAGACATAGAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=84799308;WS=84799290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	84911336	rs2274092	C	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=84;SC=CTAGGAACTTCAATGCCTTAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=84911344;WS=84911326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	84922813	rs79050633	C	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=232;SC=TTTCTGTATACCGTTTTAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=84922821;WS=84922803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	85473758	rs172562	C	T	8495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=0.128;SC=TCCACGGCCCCCGCCGCCTCT;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=145;TCR=162;TR=304;WE=85473766;WS=85473748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr6	86180926	rs10944129	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=473;SC=TTGTTAATAAATATCCATTTT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=86180934;WS=86180916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	86199233	rs2229523	A	G	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=110;PP=2965;SC=CCTGAGACACACGGATGAAAT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=222;WE=86199241;WS=86199223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	86199329	rs9450284	G	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=52;PP=1333;SC=TATGCTCCCAGGCCCAGCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=86199337;WS=86199319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	86224053	rs6454472	T	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=771;SC=CAATATTTTATTTGTAAACAC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=86224061;WS=86224043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	86240147	rs4640862	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	86246709	rs12193777	C	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=35;PP=948;SC=TTATTGAAAACCATTATTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=86246724;WS=86246699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	86246716	rs59514276	T	TA	688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=558;SC=AAACCATTATTAAAAAAAAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=23;WE=86246724;WS=86246699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	86248460	rs9294337	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=335;SC=AATACCACAGTGTTCCATTTT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=86248468;WS=86248450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	87725621	.	C	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-2.004;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr6	88108048	rs67076383	AGAT	A	13487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=139;PP=2957;SC=GACAGAGAGAAGATGAGTGTT;SOR=0.856;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=31;TCR=146;TR=169;WE=88108058;WS=88108038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr6	88109304	rs1051550	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=29;PP=1016;SC=GCTTGGGGGTGGGTTGGGGAT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=88109312;WS=88109294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	88182687	rs373426456	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=14;PP=610;SC=GCGGAGGGGGCGGGCGTCAGT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=41;WE=88182695;WS=88182677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	88317292	.	CA	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=26;QD=19.0;SC=CACATTCTACCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=88317300;WS=88317282;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr6	88366708	rs2307373	C	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=24;PP=888;SC=AAGGTCAGGTCACTCTCTTCC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=88366716;WS=88366698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	88853635	rs1049353	C	T	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=50;PP=2625;SC=CAATCTTGACCGTGCTCTTGA;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=88853643;WS=88853625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	89388023	rs11753513	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=23;PP=891;SC=TGATGGATTCTAGATAAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=89388031;WS=89388013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	89858851	rs6926895	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=335;SC=TTGCGTAAGCGTCATAGAACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=89858859;WS=89858841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	89864679	rs4053639	A	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=50;PP=1499;SC=GTGGGCTAGCACTGTTAGATT;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=89864687;WS=89864669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	89867980	rs9344910	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	89868190	rs3831213	G	GT	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=639;SC=GTAATTAAGTGTTTTTTTATA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=22;WE=89868198;WS=89868180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	89868287	rs2297308	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=190;SC=TACTACTGACGTTTTTAATAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=89868295;WS=89868277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	89871759	rs2297309	G	A	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=51;PP=2839;SC=TGAGATACGGGTAGCTAACCT;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=116;WE=89871767;WS=89871749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	89888443	rs3734201	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=574;SC=CAGTTATTTCTGTAGTGCATG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=89888451;WS=89888433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	89895202	rs406462	G	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	89895207	rs364936	G	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	89907873	rs422751	G	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=64;PP=2110;SC=CCAGCCGGCCGTCAAACGTCA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=123;WE=89907881;WS=89907863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	89913108	rs4590241	C	G	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	89913112	rs4457139	G	A	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	89913209	rs4590242	C	T	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr6	89913218	rs4445034	T	A	9009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr6	89913286	rs4386788	T	C	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=63;PP=2006;SC=CCCTCCAGATTTGCTTCAAAT;SOR=1.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=94;WE=89913294;WS=89913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	89914477	rs1556432	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=698;SC=AATATTATTAGATAACTTTTT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=89914485;WS=89914467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	89926962	rs1186902	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=67;PP=2790;SC=TCCGGGCCAGTGCATTCTGCT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=163;WE=89926970;WS=89926952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	89974063	rs723041	T	C	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=75;PP=2915;ReadPosRankSum=1.418;SC=CTCTGCCCCCTGGCCCAGAAG;SOR=0.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=186;WE=89974071;WS=89974053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr6	89977322	rs58233945	C	CT	2653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=16;PP=1872;SC=ACATATTTTCCTGGGGTTAAG;SOR=1.708;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=41;WE=89977330;WS=89977312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	89977906	rs4707535	T	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=362;SC=CACAACTGAGTAGCTGCCTCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=89977914;WS=89977896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	89981413	rs282117	T	C	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=78;PP=2965;SC=TCTCCACCTGTACGTCCACGC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=184;WE=89981421;WS=89981403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	90077647	rs200139969	A	AT	119.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=2.200;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr6	90323624	rs1179906	T	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=2008;ReadPosRankSum=1.512;SC=GTGCATGTATTCTCTTCATGG;SOR=0.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=98;WE=90323632;WS=90323614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr6	90333058	rs10944455	T	A	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=38;PP=2022;SC=TTGCAAAGAATATTTGACCAT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=90333066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	90333599	rs17292811	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=806;SC=AGGTGTCAGCATTTTCTGACC;SOR=1.567;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=47;WE=90333607;WS=90333589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	90334101	rs4487551	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=453;SC=ACACCCAAAATTTGGCCTATA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=90334109;WS=90334091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	90340446	rs61739327	C	T	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=78;PP=2965;SC=GCCCAGCAACCCGCAGCCAGC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=157;WE=90340454;WS=90340436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	90360406	rs56396054	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=609;SC=ATGAAGCTGCCGTCTTCTCAG;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=90360414;WS=90360396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	90360757	rs9359858	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=330;SC=CTTCCAGCTGAGGGTGGTGGC;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=90360765;WS=90360747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	90361811	rs761729	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=707;SC=GGTCCTTTTTGTTAAGGTAAT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=90361819;WS=90361801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	90366329	rs202054662	CT	C	50.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	90368380	rs34732313	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=28;PP=2557;SC=CTTCTTCATCGGCTTCCTTGT;SOR=2.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=116;WE=90368388;WS=90368370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	90371704	rs9294443	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=8;PP=832;SC=GAGAGCAGTCGACGAACAGGG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=90371712;WS=90371694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	90372574	rs36040566	A	C	10395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=177;PP=2965;SC=CTTCCTCCTCATCATCATCAC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=183;TCR=177;TR=360;WE=90372582;WS=90372564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr6	90381849	rs7764076	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=442;SC=CGTGGAGGGAAGTAAAGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=90381857;WS=90381839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	90385754	rs9451261	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=2;PP=475;SC=CTGAGAATACAGCCCTGGGAT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=90385762;WS=90385744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	90387233	rs6454769	C	T	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=29;PP=1756;SC=ACAAGGAGTTCTAAATTACTT;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=90387241;WS=90387223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	90390233	rs72913976	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=733;SC=AGGACACAGTTGCCACATTCT;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=90390241;WS=90390223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	90393483	rs41273329	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=6;PP=259;SC=TAACTATGTCGTTTTGCTCCC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=90393491;WS=90393473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	90397132	rs34766278	G	C	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=121;PP=2965;SC=CAAAGACAAAGCTCGACTTGC;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=86;TCR=121;TR=207;WE=90397140;WS=90397122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	90402840	rs9351212	C	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=57;PP=2485;SC=TTAAATTATCCAGCCGATCCA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=90402848;WS=90402830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	90405306	rs9294446	T	A	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=79;PP=2965;SC=CCATGCTCCATACTCTTGCCT;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=200;WE=90405314;WS=90405296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	90408589	rs3736984	A	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=29;PP=1513;SC=CAAACCTTCAATGTGGAGTCC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=90408597;WS=90408579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	90415764	rs7743484	A	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=35;PP=1681;SC=ATAAAACAAGATGCAGTTCCT;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=90415772;WS=90415754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	90418262	rs2026634	C	T	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=43;PP=1747;SC=CAGGCTGGTCCGTTTGTGGGT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=90418270;WS=90418252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	90422627	rs2013736	G	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=264;SC=ACTCTTCAATGAAAAACACAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=90422635;WS=90422617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	90426270	rs9342205	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=162;SC=TTAAGAAAAACAGTAGCTTCA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=90426278;WS=90426260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	90428968	rs6454774	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=660;SC=ATAATGCAATGAAAACACAAA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=90428976;WS=90428958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	90432584	rs2016744	A	T	117.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	90432662	rs756363	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=23;PP=1224;SC=AAATACCAAGCGTGAAACTCA;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=90432682;WS=90432652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	90437699	rs7767196	G	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=76;PP=2787;SC=GAAATGGAAAGAAGCCATTAT;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=142;WE=90437707;WS=90437689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	90447924	rs72915946	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=16;PP=1712;SC=ATTTACCTATCTCCTTTCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=78;WE=90447932;WS=90447914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	90448092	rs4140446	C	T	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=115;PP=2965;SC=AAGATTATGACTGATGATCTG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=209;WE=90448100;WS=90448082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	90453256	rs3215598	G	GT	913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=281;SC=GCTAACTGCAGTTTTTTAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=10;WE=90453271;WS=90453246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	90453263	rs2273246	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=385;SC=GCAGTTTTTTAAAATAACAGG;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=21;WE=90453271;WS=90453246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	90453492	rs11358713	AC	A	4569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=72;PP=2460;SC=ATCCATAAACACCCCCCCTCA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=86;WE=90453501;WS=90453482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	90455084	rs9359861	A	G	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=65;PP=2457;SC=TCCACACGATATGGCCAAAGT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=123;WE=90455092;WS=90455074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	90457322	rs138390895	A	AT	356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=343;SC=AATAAGATTAATTTTTTGGCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=90457330;WS=90457312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	90482250	rs11961825	T	A	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=27;PP=1181;SC=AAGTAGTCAGTGTGAAATATC;SOR=1.079;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=72;WE=90482258;WS=90482240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	90497814	rs4707570	G	A	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=164;SC=ACTGGGGTCAGTATGCAGGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=90497822;WS=90497804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	90499502	rs1036853	G	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=31;PP=1032;SC=GACATACCACGTCTAAGGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=58;WE=90499510;WS=90499492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	90529343	rs28372875	C	T	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=121;PP=2965;SC=GGGCCCTCACCCCGAGCGGCC;SOR=1.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=68;TCR=122;TR=189;WE=90529351;WS=90529333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	90565242	rs369328	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=501;SC=TGATGAAAAAATTTAAAGAAA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=90565250;WS=90565232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	90577706	.	TGACATCTTTGCCCAG	TACATCTTTGCCCAG,T	6011.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=2964;ReadPosRankSum=1.273;SC=GATGAATTATTGACATCTTTG;SOR=1.131;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=68;WE=90577735;WS=90577696;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:142
chr6	90577711	.	TCTTTGCCCAGACATGGA	T	6101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.37;ReadPosRankSum=1.075;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr6	90577725	.	TGGA	T	2945	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=17;NR=46;PP=2945;QD=20;SC=TGCCCAGACATGGAAAGGAAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=63;WE=90577735;WS=90577696;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,63:0.97:65
chr6	90660319	rs9451298	T	C	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=69;PP=2965;SC=CTTTGATTGGTACCGGGCAGC;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=90660327;WS=90660309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	90661576	rs2236181	T	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=61;PP=1772;SC=AGCCCCTGGCTGTGACCTGCA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=90661584;WS=90661566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	91228423	.	A	G	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=ACCATGCCCTAGAAAATCTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=91228431;WS=91228413;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	91278420	rs1145735	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=452;SC=AAAATCTTACTGTTGTACAAA;SOR=3.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=91278428;WS=91278410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	91281634	rs35467094	TA	T	118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9404;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=11;PP=189;SC=GACTTTAAATTAAAAAAAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=91281644;WS=91281624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	91296420	rs282070	C	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=11;PP=882;SC=TCAGAGCCGGCACCAGGCAGA;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=91296428;WS=91296410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	92231218	rs16884450	G	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=9;PP=1264;SC=GGAAAGAGGAGTTTGCTGTGA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=92231226;WS=92231208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	93956769	rs450238	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=403;SC=CCAAATTTCCTGGTAGGCAAA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=93956777;WS=93956759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	93964319	rs345736	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=720;SC=TAATACTGGCCATTAATGTAT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=93964327;WS=93964309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	93967851	rs345730	C	T	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=62;PP=2965;SC=GGACAACATTCGGGTGGTCAA;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=165;WE=93967859;WS=93967841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	93973686	rs901455	A	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=454;SC=TATATATTTAATATTCAGTAC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=93973694;WS=93973676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	93982124	rs345713	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=31;PP=1148;SC=TCATTACTCCACTCACTTGCG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=93982132;WS=93982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	95173764	rs1322420	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=14;PP=809;SC=CACTTGCTTACTAAAAAGTAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=95173772;WS=95173754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	96650908	rs4307180	A	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=519;SC=AGGAAAATGCAGTTGATTACT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=96650916;WS=96650898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	96651740	rs3811069	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=36;PP=1682;SC=TACCATATCTACTTGTAAATT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=96651748;WS=96651730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	96969917	rs77958363	C	T	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=78;PP=2585;SC=GGCCCTGCATCCCGGGTCTTC;SOR=1.017;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=138;WE=96969925;WS=96969907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	96973363	rs9400067	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=50;SC=TGGCCAGTTAGACATTTCATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=96973371;WS=96973353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	96974386	rs9320194	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.71;NF=12;NR=26;PP=701;SC=TGGAAGGGGGAAAAAAAAATG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=96974394;WS=96974376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	96988696	rs2475025	A	T	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=172;SC=GTTTTATATAATAAAATGGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=96988704;WS=96988686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	96999220	rs2475024	G	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=5;PP=283;SC=TTCCACTCAGGAACTTGTTAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=96999228;WS=96999210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	96999643	rs2255552	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=146;SC=TTACAAAACAATTGTTAAATG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=96999651;WS=96999633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	97339275	rs34213186	C	CA	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=1.822;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TACCTAGTATCAAAAAAAAAA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=97339283;WS=97339265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr6	97677118	rs9481410	G	A	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=87;PP=2965;SC=TCTCTGAGACGTTACAAAAGC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=180;WE=97677126;WS=97677108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	97679540	rs34952523	GA	G	1415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=26.71;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	97694582	rs113639235	A	ATAG	1986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1325;SC=AAGGGAGAAAATAGTGCATCA;SOR=1.559;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=25;WE=97694590;WS=97694572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	97702313	rs67917473	AATTT	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=418;SC=ATACATAAATAATTTATCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=97702324;WS=97702303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	98472564	rs9375085	G	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=41;PP=1195;SC=CAGAGCATCTGATTGTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=98472572;WS=98472554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	99283376	rs195860	T	G	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=AGCCGGCCGGTCTGCACCACC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=179;WE=99283384;WS=99283366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	99328382	.	A	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=14;PP=1354;SC=ATAGGAAGAAAAAGAGAACAA;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=99328390;WS=99328372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	99771540	rs221527	T	C	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=85;PP=2536;SC=AATAAGCTAATGTCCTGGAAT;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=165;WE=99771548;WS=99771530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	99781218	rs11757364	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=11;PP=795;SC=CACCCCAGAGGGGACTCACCA;SOR=1.493;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=99781226;WS=99781208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	99796886	rs2388906	T	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=807;SC=TCTGGGCAGCTTGACCGAGGG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=99796894;WS=99796876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	99817419	rs11437017	T	TC	1011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=705;SC=ATTGTACATTTTTGTATTTGA;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=99817427;WS=99817409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	99817601	rs4144164	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=33;PP=1131;SC=TTCACAGCATAAGCTGCATAG;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=57;WE=99817609;WS=99817591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	99819379	rs6925344	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=19;PP=789;SC=GGTACAATACTTGCAATTTGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=99819387;WS=99819369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	99819556	rs4574651	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=TCCTTTCTTCCAAATAATCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=99819564;WS=99819546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	99825227	rs7764793	T	C	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=61;PP=2965;SC=AATTTTTTTCTCCCAGTTAAA;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=159;WE=99825235;WS=99825217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	99853849	rs11309252	CA	C	779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=535;SC=ATATTGTCTCCAAAAAAAATT;SOR=3.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=24;WE=99853857;WS=99853839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	99853866	rs7744072	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=915;SC=AATTGCAAACGAAATAAATCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=99853874;WS=99853856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	99860731	rs4339472	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=482;SC=TCAGACAGAGAGGGTATGAGG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=99860739;WS=99860721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	99883704	rs6570065	T	C	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=63;PP=2029;SC=TGCTGATTCATTATCAGCCGC;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=115;WE=99883712;WS=99883694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	99883842	rs7745005	C	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=127;SC=ACCTGAGAAGCCTGTTTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=99883850;WS=99883832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	99894086	rs41288947	C	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=44;PP=2377;SC=ACTACTGGATCTGAACAGCCC;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=108;WE=99894094;WS=99894076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	99916182	rs10457650	G	A	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=142;SC=TAAAGGTATCGGTGTCAATCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=99916190;WS=99916172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	99935975	rs2181687	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=17;PP=1021;SC=AAGCCCCCTGGCTACTATCTT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=99935983;WS=99935965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	99951750	rs6934692	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=362;SC=ACCTGAAAAAGTATAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=99951758;WS=99951740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr6	99974020	rs72926269	T	G	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=247;SC=GTCCAGTCAGTTACAGATCGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=99974028;WS=99974010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	100006244	rs486881	T	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=60;SC=AGATATAAAGTTATCCTCAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=100006252;WS=100006234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	100016240	rs330872	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=0;PP=739;SC=CTTGATTCTGACCGCTGCGGT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=100016248;WS=100016230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	100016340	rs41288985	G	C	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=139;NR=91;PP=2965;SC=CCCAAAAACCGGCCCCAGGTG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=139;TCR=91;TR=230;WE=100016348;WS=100016330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr6	100368759	rs4839764	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=594;SC=TGCCCTTTCTGATAATACCAG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=100368767;WS=100368749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	100403812	.	GA	G	335.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=13.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=0.623;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.526;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr6	100895344	rs397662	C	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=64;PP=2100;SC=CTGGGACTGGCCCCAAATGCA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=100895352;WS=100895334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	100964147	rs240780	G	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=56;PP=2080;SC=TTCAGGAAGGGACTCGATGGA;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=100964155;WS=100964137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	101054552	rs145417765	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=24;SC=ATTAATTATTCAAATTCAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=101054560;WS=101054542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	101075967	rs375769163	CA	C	356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr6	101166095	rs41288423	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=69;PP=2111;SC=CAGACAGTCCGAGAATCCTTA;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=115;WE=101166103;WS=101166085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	101215223	rs11345864	TA	T	3778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=51;PP=1054;SC=CTGTCCGATCTAAAAAAAAAA;SOR=1.533;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=55;WE=101215232;WS=101215213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	101215244	rs7746961	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=48;PP=1402;SC=GGCATCACCCATTATAAATAG;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=101215252;WS=101215234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	101247503	rs3811078	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=1085;SC=AGGTAATGCATACACCAAAAC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=101247511;WS=101247493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	101248149	rs12216426	C	T	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=41;PP=2409;ReadPosRankSum=-0.179;SC=ACAACACAAGCATTTTTCAGC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=128;WE=101248157;WS=101248139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr6	101253788	rs4839792	A	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=336;SC=AACAAACATCAGTTATCTCAA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=101253796;WS=101253778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	101312097	rs846791	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=9;PP=327;SC=TTATCTGAAACAGAGATTATA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=101312105;WS=101312087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	102134266	rs373548772	T	C	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=71;PP=2247;SC=TGTGTGTTTCTAAATAGTATT;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=109;WE=102134274;WS=102134256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	102503196	rs2227281	C	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=21;PP=1554;SC=ATAACCTCTCCTTTCTTAGGT;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=77;WE=102503204;WS=102503186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	102503317	rs2227283	G	A	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=2.078;SC=CAGAAGAGGAGAGCAAAGAGG;SOR=0.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=180;WE=102503325;WS=102503307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr6	102513865	rs1034253	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=9;PP=222;SC=CCACATAAATCCTTTAATAGA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=102513873;WS=102513855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	105300070	rs201776642	C	CTG	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	105300072	rs200080629	GTC	G	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr6	105300074	rs2499661	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	105300105	rs2499662	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=12;PP=393;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGCGC;SOR=0.976;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=28;WE=105300114;WS=105300093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	105300262	rs10635352	C	CAG	1734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=851;SC=TAAAAAAAAACAAAGAGTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=105300270;WS=105300252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	105307435	rs2499655	G	A	6927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=146;PP=2965;SC=CCCGCGACCCGGCTCACCCTC;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=104;TCR=146;TR=250;WE=105307443;WS=105307425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	105388126	.	G	A	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=68;PP=2965;SC=CTTCAGATATGATTTTGTTAC;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=168;WE=105388134;WS=105388116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	105405220	rs61701350	T	TC	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=579;SC=TCTTAGACCGTCCCCCCCTTC;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=21;WE=105405228;WS=105405210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	105548850	rs221657	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=493;SC=CCTCCGACTCCACCAGTCTGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=105548858;WS=105548847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	105577172	rs9404603	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=538;SC=TATGCTAGATACTTACTCTTA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=105577180;WS=105577162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	105577224	rs9404604	A	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=11;PP=1349;SC=CTTTAAAATCACTTCCTTATT;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=105577232;WS=105577214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	105577401	rs4946656	C	T	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=78;PP=2596;SC=AAAGTTAACACGTTAGATAAT;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=132;WE=105577409;WS=105577391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	105595261	rs1190274	G	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=57;PP=1596;SC=TAAAGGTACTGTTTTATTTAG;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=83;WE=105595269;WS=105595251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	105602108	rs1190280	T	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=1;PP=679;SC=TATTTATGGCTTTTGTCAAAC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=105602116;WS=105602098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	105614712	rs1190292	T	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=34;PP=872;SC=GGGTTACATATTCAAGCATTT;SOR=5.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=105614720;WS=105614702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	105614743	rs67687316	TTG	T	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=7;PP=336;SC=ACATAGATGGTTGTGTGTGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=105614752;WS=105614733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	105771520	rs2253957	T	C	7676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=120;PP=2965;SC=CTCACATTAATGAGATCATAT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=155;TCR=120;TR=275;WE=105771528;WS=105771510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	105776792	rs6902415	G	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=57;PP=2092;SC=CATCGAGCGGGAAGGTCTTAA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=105776800;WS=105776782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	105821449	rs9486069	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=748;SC=CGCTGAACGCATAACCTATGG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=105821457;WS=105821439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	105845906	rs6910880	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=350;SC=GGACAAAAATGCTAATTGGCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=105845914;WS=105845896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	105850712	rs880177	A	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	106808839	rs111350805	C	G	9528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=193;NR=159;PP=2965;SC=CCGTGCAGGCCCCCTAAGAAG;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=193;TCR=159;TR=352;WE=106808847;WS=106808829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr6	106808944	rs78956787	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=97;PP=2951;SC=CCGGCGCCTGCCGGAGAGGCC;SOR=1.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=144;WE=106808952;WS=106808934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	106899793	rs7763469	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=317;SC=CTAAGAAACACATACTTAAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=106899801;WS=106899783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	106959961	rs4946759	A	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=79;PP=2965;SC=GTGCCGAAGAAGGCTCCCTGG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=165;WE=106959969;WS=106959951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	106959999	rs1340623	C	G	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=89;NR=76;PP=2965;SC=AGCCAGCCCCCCAAGGGCGCG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=165;WE=106960020;WS=106959989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	106967185	rs1159148	A	C	7780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ATTCGAGGCCAAAGGAATACT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=134;TCR=125;TR=257;WE=106967193;WS=106967175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr6	106975415	rs2219666	A	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=17;PP=448;SC=AAGGGAAATGATCATTTTACG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=106975423;WS=106975405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	106978314	rs2306099	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=372;SC=TAACTGTAAGGTATATTTTTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=106978322;WS=106978304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	106987370	rs783396	A	C	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=71;PP=2822;SC=GATACAGAAGAAGCGTACATT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=144;WE=106987378;WS=106987360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	106992464	rs1799693	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=20;PP=975;SC=CATATGAGAAACCTGGATTTA;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=106992472;WS=106992454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	106992592	rs2247335	A	T	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=31;PP=1227;SC=GGACAAGCTAATGGCTAATAC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=106992600;WS=106992582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	106992844	rs2066201	C	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=165;SC=TTTAAACATGCGTTTTACCTT;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=106992852;WS=106992834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	106999658	rs1676010	A	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=525;SC=TGATACATAGATATCCAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=106999666;WS=106999648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	106999822	rs2297970	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=27;PP=877;SC=GGCAAAAATTGTAAGATCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=106999830;WS=106999812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	107001456	rs1770731	A	T	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=75;PP=2664;SC=AGTGAAACAAAGGCCTGGCAG;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=152;WE=107001464;WS=107001446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	107001581	rs1770732	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=576;SC=TGCTTCGTGATATCTGAGTAC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=107001589;WS=107001571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	107003810	rs2066202	T	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=66;PP=1606;SC=CAGAAATGTATGCCTCATATA;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=107003818;WS=107003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	107006347	rs4946763	T	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=13;PP=1339;SC=AACATTGTTTTTGTTCCTCAA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=107006355;WS=107006337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	107050867	rs6568446	A	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=379;SC=GTTTTCAACAAATAACTGGTT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=107050875;WS=107050857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	107069232	rs1870868	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=14;PP=1049;SC=AAAAACACCAGTTATTTCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=107069240;WS=107069222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	107077502	rs2054365	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=13;PP=1083;SC=AGCGACCGGTGACCTCTTTTT;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=107077510;WS=107077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	107097123	rs34503502	AAC	A	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=23;PP=1102;SC=CCCAAATACAAACAGTCATAA;SOR=1.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=107097132;WS=107097113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	107113715	rs2015205	G	A	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=78;PP=2929;SC=CAATAGGACTGCAGTTTATTG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=177;WE=107113723;WS=107113705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	107113953	rs2169463	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=539;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGAGC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=107113961;WS=107113943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	107231881	rs376280113	GTC	G	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=8.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr6	107351457	rs1665924	G	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=24;PP=825;SC=AGACTTTGCTGTTCTCTGAGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=107351465;WS=107351447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	107361476	rs311207	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=447;SC=GCTCGTAGTCATGTTATTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=107361484;WS=107361466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	107365376	rs7767291	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=278;SC=AGTTTTGTTACGTGGATATAC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=107365384;WS=107365366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	107365411	rs311249	G	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=8;PP=338;SC=GTCTGGGCTTGAGTGTACCCA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=107365419;WS=107365401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	107372242	rs3833659	GTTTTC	G	2781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=10;PP=2425;SC=CCAAGCCTCTGTTTTCTTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=49;WE=107372254;WS=107372232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	107420516	rs4946811	A	C	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=65;PP=2965;SC=TAAAAAGACAAAGACAATGTG;SOR=1.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=118;TCR=65;TR=182;WE=107420524;WS=107420506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	107519090	.	CTGTACTTGAAGACTGAAAGGCAAACCATGGAGAAACTATGACTGACAATGACTTAGGGGTGGAATTTTCCTTT	C	2870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	107956095	rs9486659	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=29;PP=802;SC=GCGCGAGCCGAGCGCCGCGGA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=107956103;WS=107956085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	108026317	rs1546962	G	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=875;SC=GGAGAGTCTAGTTTGTGATGT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=108026325;WS=108026307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	108026402	rs1546961	A	C	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=47;PP=1604;SC=TTTTTAAAAAAGTCAGAACTT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=108026410;WS=108026392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	108026455	rs1546960	A	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=46;PP=1718;SC=GTTTCAGTGCAGGTCCCAGCT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=108026463;WS=108026445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	108041801	rs11751218	G	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=254;SC=TCTCCCAGCAGTCCCACGTTT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=108041809;WS=108041791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	108042213	rs846977	G	A	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=82;PP=2769;SC=CAATAAGGCAGTACAGAGAAG;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=155;WE=108042221;WS=108042203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	108042334	rs846978	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=485;SC=GAAATGAACCTCACAACATAA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=108042342;WS=108042324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	108093328	rs9480798	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=647;SC=CCAAGTACCCGTGCCCCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=108093336;WS=108093318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	108093580	rs6909292	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=20;PP=534;SC=CGCTCACAGGCAGAAGAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=108093588;WS=108093570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	108193148	rs642954	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=293;SC=ACAGCAATTACAAAGAAATAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=108193156;WS=108193138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	108194241	rs579120	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=947;SC=AAAGTCCTAATAAATGTTACT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=108194249;WS=108194231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	108197998	rs570558	A	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=195;SC=CAAAATAGGTATTCAAATGAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=108198006;WS=108197988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	108224422	rs2272886	A	C	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=22;PP=2355;SC=TAAAAGAAAAATTATTTGCCT;SOR=2.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=78;TCR=22;TR=100;WE=108224430;WS=108224412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	108227523	rs6906940	T	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=507;SC=CCTCTTTTGTTTATATATTAC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=108227531;WS=108227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	108230346	rs617920	A	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=473;SC=CTGAGGTGAGAGGACTGCTTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=108230354;WS=108230336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	108233929	rs675117	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	108243115	rs142388422	T	TGGG	1430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	108243120	.	AAAAAC	A	1399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.27;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	108277287	rs9486756	C	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=41;PP=1198;SC=TCAAGACCAGCCTGGGTAAAT;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=108277295;WS=108277277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr6	108487877	rs127501	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=788;SC=GCTGGAGGGCAGCTGGAGAGC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=108487885;WS=108487867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	108489462	rs383319	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=373;SC=CTGAGCCTCCGTTGCAAAAAC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=108489470;WS=108489452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	108495950	rs2233492	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=167;SC=GCAAGGTCGCGCCTCCACACC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=108495958;WS=108495940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	108498014	rs10563315	CTG	C	2858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=36;PP=1869;SC=TTCTTCTGAGCTGTGTGATTG;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=39;WE=108498023;WS=108498004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	108677003	rs2135941	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1265;SC=GTGGGGAAACGCTACAAAATG;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=108677011;WS=108676993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	108840870	rs2274776	A	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=851;SC=TGTAAAGAGTAACACATTTAC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=108840878;WS=108840860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	108882830	rs111556510	C	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.19;QD=30.92;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	109322477	rs10457185	G	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=442;SC=ATTTTTCACTGAATGTTTACA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=109322485;WS=109322467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	109322554	rs12214121	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=24;PP=1352;SC=GTAGATAGTGCTGAGTTTTTA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=109322562;WS=109322544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	109322701	rs71758052	T	TGA	5478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=59;PP=2965;SC=TCTGTATAAATGAGAAAAACC;SOR=0.988;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=69;WE=109322709;WS=109322691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	109323519	rs2273668	G	T	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=95;PP=2965;SC=CCCTGTCCTAGTGGTCGAGGA;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=82;TCR=95;TR=177;WE=109323527;WS=109323509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	109330367	rs12215736	A	G	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=150;SC=ACCGCAGGCAACCCCTTCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=109330375;WS=109330357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	109330417	rs28504359	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=613;SC=TCCCCGGGAGCCCGCCCTATC;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=109330425;WS=109330407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	109330758	rs148473451	CG	C	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=311;SC=GCACGGACGGCGGGGGGGCGG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=109330766;WS=109330748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	109450464	rs117426315	G	A	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=161;SC=TCATTTTATCGCCTTTAGTAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=109450472;WS=109450454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	109480562	rs61743581	T	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=74;PP=2914;SC=AACAACTTCCTGGTGTAAAGC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=154;WE=109480570;WS=109480552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	109481678	rs57212784	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=349;SC=TTTAACTCTGACTAAAATTTA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=109481686;WS=109481668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	109575596	rs6919557	C	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=354;SC=TCCCGTCGCTCTGCTGGGCCC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=109575604;WS=109575586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	109583186	rs1040285	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=50;PP=2113;SC=CAGAAACAAGACCAAGACTCT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=109583194;WS=109583176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	109659589	rs57811946	TCACA	T,TCA	472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.51;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,7,12:0.33,0.57:21
chr6	109762248	.	C	T	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=35;PP=2370;SC=GGAGAAGGCGCCGCCGGCCGC;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=117;WE=109762256;WS=109762238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	109769300	.	GAC	G	59.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TCCTCTTTCTGACACACACAC;SOR=0.916;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=2;WE=109769309;WS=109769290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	109802649	rs200325007	T	A	10612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=186;PP=2965;SC=GTTTTGTCTATTCTGAACTGA;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=185;TCR=186;TR=371;WE=109802657;WS=109802639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr6	109818589	.	A	T	821	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=16;MQ=61.38;NF=22;NR=21;PP=821;QD=19.9016561057;SC=TCTCTCTCTCACACACTCCTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=43;WE=109818597;WS=109818579;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr6	109830298	rs6912368	C	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	109835646	rs67924537	AC	A	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=86;SC=CTTAGCTGCAACATATACACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=109835654;WS=109835636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	109837147	rs150078049	A	G	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=66;PP=2546;SC=GTATTGGATGACATTTCTCAA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=109837155;WS=109837137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	109837859	rs10872035	T	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=817;SC=AGGAAGAAAATATTCCCTTTT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=109837867;WS=109837849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	109837879	rs7773915	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=529;SC=TACTATACATATAAAATATGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=109837887;WS=109837869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	109850199	rs72331392	AAC	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=4;PP=432;SC=TGAAAAAAAAAACAAAACTAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=109850208;WS=109850189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	109863238	rs9386812	A	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=14;PP=933;SC=AATTCTATATAAATTAAGATA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=109863246;WS=109863228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	109871163	rs9400294	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=396;SC=CACCGCGCCCGGCCTAGATAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=109871171;WS=109871153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	109886005	rs7757895	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=18;PP=548;SC=TGGATCCTTTTGGGATTTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=109886013;WS=109885995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	109886159	rs10872047	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=24;SC=ATATGAAATGCCTAATAGAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=109886167;WS=109886149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	109894773	rs12175588	T	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1058;SC=CTCCTCTTCATCCTCATTATC;SOR=1.131;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=109894781;WS=109894763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	109954065	rs146518695	C	CATAG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=245;SC=GACAGATAGACATAGATAGAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=109954073;WS=109954055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	109954252	rs1406957	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=46;PP=1656;SC=GTGGGTTCAACAAAAATGGTT;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=109954260;WS=109954242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	109954518	rs9374111	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=14;PP=439;SC=GAGTACGAAATAGCTCATCCT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=109954526;WS=109954508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	109962904	rs7744981	A	C	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=236;SC=ATGAGCCAAGACCATGCTCCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=109962912;WS=109962894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	109982160	rs2016207	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=34;PP=982;SC=TCCTTTAGAACATGATGAAAG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=109982168;WS=109982150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	110113763	rs200535694	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr6	110426498	rs55638850	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=87;SC=ATCTCTATATTTATAACAGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=110426506;WS=110426496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	110434455	rs79189069	C	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=162;SC=ATGATTAATACTGTTAAGTAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=110434463;WS=110434445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	110448742	rs55817927	G	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=44;PP=1577;SC=CATTCTTAATGCCTCTAGGCA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=110448750;WS=110448732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	110530560	rs11752726	A	G	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=40;SC=TAGTTGATTGAAAATATACAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=110530568;WS=110530550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	110550223	rs41288578	T	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=15;PP=454;SC=CAAATATGATTATATAAACTG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=110550231;WS=110550213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	110575016	rs59326205	CTTT	C	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=528;SC=TTCAAATCTGCTTTTTAACAT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=110575026;WS=110575006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	110620021	rs2878176	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=288;SC=TAAAATCGGACCTTCAGCTAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=110620029;WS=110620011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	110643956	rs6908306	T	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=29;PP=1343;SC=TTCTCTAACTTCTTTGAGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=110643964;WS=110643946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	110644112	rs112341783	A	AG	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.344;NF=1;NR=20;PP=553;ReadPosRankSum=1.834;SC=TGTGTAAGGAAGAGGAACTGG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=110644121;WS=110644102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr6	110679062	rs4945854	T	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=204;SC=GGAGGTCCCATCGAGGCGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=110679070;WS=110679052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	110726236	rs17492667	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1091;SC=ATTCTCTAGAGCATTTATTTT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=110726244;WS=110726226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	110752337	rs76676412	G	A	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=61;PP=2719;SC=AACTGCCTCCGTGCCCCCTTG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=147;WE=110752345;WS=110752327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	110760008	rs12210538	A	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=59;PP=2022;SC=GACCTTGTCCATGGCGATGCA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=118;WE=110760016;WS=110759998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	110778323	rs717567	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=168;SC=ACATATACACGAATGGATAAA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=110778331;WS=110778313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	110797214	rs2428188	C	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=59;PP=1816;SC=GTACCTGGCACGTATTAGGTT;SOR=2.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=79;WE=110797222;WS=110797204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	110797563	rs2494551	A	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=766;SC=AAGCCCAGCTAGGGGCCGGCG;SOR=3.258;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=110797571;WS=110797553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	110797605	rs2494552	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.50;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	110797612	rs6920997	A	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	110797703	rs150666553	CCGCGGG	C	12596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr6	110797713	.	C	CCACCCCT	13131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=85;PP=2966;SC=CCGCGGGGCCCCTCCCCCATA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=31;TCR=86;TR=115;WE=110797721;WS=110797693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr6	110797821	rs11153236	A	G	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=79;PP=2489;SC=AGCTCCGGGGACTGCGGGTAG;SOR=2.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=108;WE=110797829;WS=110797811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	110797905	rs6922017	G	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=472;SC=ACCAGCGCGAGGCTGTATTCT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=110797913;WS=110797895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	111527988	rs402940	G	A	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=77;PP=2374;SC=CTCATCACCCGATGTCTCATT;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=107;WE=111527996;WS=111527978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	111540372	rs405948	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=555;SC=GCTTTTATGTGTGCCTTACTG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=111540380;WS=111540362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	111543067	rs193282	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=3;PP=417;SC=CTATCAAAAAGGGTTTATATT;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=111543075;WS=111543057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	111587266	rs11153279	T	C	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=142;PP=2965;SC=AATCATCTGATGCTGACTCAG;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=122;TCR=142;TR=264;WE=111587274;WS=111587256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	111665023	rs240990	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=94;SC=GTAAGCCACCGCAACTGGCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=111665031;WS=111665013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	111665071	rs1623806	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=704;SC=TTATTACATATAAATTACATC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=111665079;WS=111665061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	111695073	rs455645	C	T	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=98;PP=2965;SC=CTTCTGATAACGACCTCGGTT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=199;WE=111695081;WS=111695063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	111695268	rs455732	C	T	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=88;PP=2965;SC=CCGCTATGCACACAATCTGCT;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=194;WE=111695276;WS=111695258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	111695887	rs462779	G	A	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=29;PP=964;SC=CTTAAGTGTTGTATGCTTTCT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=111695895;WS=111695877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	111696257	rs461646	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=62;PP=2129;SC=CTATAATTCAGGTCACAATCT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=111696265;WS=111696247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	111696852	rs458486	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=33;PP=1237;SC=TTTCTAACGTTCCATCTCCAA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=111696860;WS=111696842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	111711232	rs11376056	C	CG	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.94;NF=5;NR=3;PP=343;SC=CCACCACACCCGCCGGTCATT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=111711240;WS=111711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	111884058	rs2280985	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	111901453	rs1043730	G	T	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=57;PP=2362;SC=GCCTCTCTTCGTGGTCCCAGG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=125;WE=111901461;WS=111901443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	112406955	rs45605633	G	A	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=79;PP=2965;SC=TCCTACAAAAGATAAAGTAAT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=173;WE=112406963;WS=112406945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	112450372	.	ATG	A	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=49;QD=14.5;SC=GGCAATTAAAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=112450381;WS=112450362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr6	112462470	rs149046391	ATG	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,10:0.12:80
chr6	112493872	rs1050348	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	112506375	rs9374309	G	A	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=48;PP=2165;SC=TGACCAGCCAGCCTCACATCA;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=125;WE=112506383;WS=112506365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	112506583	rs6908219	G	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=906;SC=ATAGTCAATGGGCACACCAGG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=112506591;WS=112506573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	112508035	rs9400521	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	112508769	rs9387061	TG	GT	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=52;PP=2947;SC=CTAACCGCAGTGCATCAGTCA;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=106;WE=112508778;WS=112508759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	114178831	rs113531174	C	CGCT	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=1064;SC=TTGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=23;WE=114178839;WS=114178821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	114181914	.	GT	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.549;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	114265587	rs13204445	T	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=87;PP=2224;SC=AAATTACACATGCAAAGTTTA;SOR=1.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=126;WE=114265595;WS=114265577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	114279783	rs2243356	A	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=537;SC=CATTTATCAAAGCAAAACTAC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=114279791;WS=114279773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	116264354	rs550480	C	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=63;PP=1801;SC=TCTACCTGTTCATGTATTAAG;SOR=1.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=100;WE=116264362;WS=116264344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	116264386	rs11330350	AT	A	573.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.668;QD=15.51;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr6	116325142	rs3756772	C	T	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1149;SC=TCTGATCTTCCGATTGCTCCA;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=116325154;WS=116325132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	116429623	rs517352	T	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=16;PP=550;SC=TTGTGAAGTCTAAACTTTACC;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=116429631;WS=116429613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr6	116892839	rs2295598	C	T	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=75;PP=2462;SC=CGGCCGCAAGCCTGTAGCCGC;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=131;WE=116892847;WS=116892829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	116901640	rs1321534	G	A	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=4;PP=103;SC=TTACGAATCTGCTATGAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=116901648;WS=116901630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	116944260	rs144505667	C	CTTGTT	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=541;SC=TATTTTATAGCTTGTTTTGTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=116944268;WS=116944250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	116947906	rs67053288	ATAATT	A	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	116950734	rs6927567	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=34;PP=1408;SC=TCCCAGGGTCGCTGTAATTGG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=116950742;WS=116950724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	116950833	rs784133	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=34;PP=1151;SC=GAAGTGGGGCTTCCTCTTTTG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=116950841;WS=116950823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	116973182	rs4946188	T	C	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=32;PP=2567;ReadPosRankSum=1.304;SC=AAGCAATCGTTGTAAGCATCA;SOR=1.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=127;WE=116973190;WS=116973172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr6	116977739	rs11322968	AT	A	240.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.65;NF=7;NR=1;PP=307;SC=TTTTAAAAAAATATTTGTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=116977747;WS=116977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	116979930	rs6910565	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=801;SC=TAACTTTACCAAATCAAAATA;SOR=2.636;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=116979938;WS=116979920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	116981827	rs3839370	TC	T	690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=722;SC=ATATCACAAATCTAAAAATTA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=116981835;WS=116981817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	117019846	rs7357061	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=271;SC=TGTAATAACTGAAGTCTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=117019854;WS=117019836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	117045674	rs1150108	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	117053239	rs28530755	A	T	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	117121894	rs6917467	G	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=55;PP=1735;SC=TTAAATCCCCGTGAGCATCAA;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=93;WE=117121902;WS=117121884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	117203732	rs34335008	GA	G	84.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	117215114	rs339340	T	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=74;PP=2965;SC=AAAATCTCCTTCACTAACACA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=181;WE=117215122;WS=117215080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	117237524	rs1321372	G	A	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=50;PP=1426;SC=ATTTCTTTACGTAGCATTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=117237532;WS=117237514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	117237584	rs2184343	T	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=457;SC=TATGGCTGGATATACACTGTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=117237592;WS=117237574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	117239141	rs6936629	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=292;SC=ACCAATAATATGTCTTTCTAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=117239149;WS=117239131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	117243260	rs7764347	T	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	117244374	rs7770158	T	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=37;PP=1016;SC=CCTTGAACAATGCATCCAGTT;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=117244382;WS=117244364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	117246719	rs4946206	C	T	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=88;PP=2662;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATGAAAGCCACGTGGAGACAA;SOR=0.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=66;TCR=90;TR=153;WE=117246727;WS=117246709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr6	117248218	rs611349	T	C	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=71;PP=2965;SC=AGATTGCTGGTCATCTGATGA;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=141;TCR=72;TR=212;WE=117248226;WS=117248208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	117249847	rs597688	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=8;PP=979;SC=TCACCTCATTACTTTGTCACT;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=117249855;WS=117249837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	117250182	rs673055	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=507;SC=AGTTGTTAACCTCAGGTATGC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=117250190;WS=117250172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	117252672	rs631089	C	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	117252759	rs630695	T	G	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=119;SC=TAAGAGTAAATAAAAATGAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=117252767;WS=117252749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	117609529	rs2778	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=530;SC=ATTAGAAATCAGGAACGTTGC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=117609537;WS=117609519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	117678083	rs2243384	A	G	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=76;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAGCGACTATAGAGGAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=116;WE=117678091;WS=117678073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr6	117681436	rs150963992	G	GAC,GACAC	1235.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13,13;NR=5,5;PP=564,193;ReadPosRankSum=1.309;SC=ACACCAATGGGACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=18,18;WE=117681444;WS=117681426;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.63:43
chr6	117825028	rs117193276	A	G	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=145;PP=2965;SC=TTGCGAAAAGACAATTACAGT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=130;TCR=145;TR=275;WE=117825036;WS=117825018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr6	117862048	rs2071825	C	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=2288;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CATTGTTACTCATGTGGTTTT;SOR=0.363;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=126;WE=117862056;WS=117862038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr6	117864144	rs210619	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=0;PP=781;SC=TTGCTTTCCAATATCAGTAAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=117864152;WS=117864134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	117865928	rs9320608	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=370;SC=TTAATGGCCACTTTACTTTTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=117865936;WS=117865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	117869491	rs210621	G	A	11984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=214;PP=2965;SC=CCGAAAGCGGGCACCCTGACT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=428;TCF=213;TCR=215;TR=427;WE=117869499;WS=117869481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr6	117996818	rs9767451	T	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	118800890	rs2187945	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=AAGATTAATATTAAAGAATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=118800898;WS=118800880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	118887094	.	A	G	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=92;PP=2965;SC=TCTCCATACTATCATGTAAAC;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=215;WE=118887102;WS=118887084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	118973998	rs1936059	G	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=16;PP=529;SC=ACAGAAACATGAAAGACGAAT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=118974006;WS=118973988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	119136759	rs65685	A	C	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=77;PP=2965;SC=TGAGTCCAGCATTCTGTCTGG;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=119136767;WS=119136749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	119177480	rs36160966	T	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=992;SC=CATTTTCCCCTAAGCATATAT;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=119177488;WS=119177470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	119296378	rs200247036	T	TA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.6358;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=161;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTTACTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=17;WE=119296386;WS=119296368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr6	119327112	rs794262	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=448;SC=AATTGTTATCGGTTGAACTGG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=119327120;WS=119327110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	119327632	rs17827619	C	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=30;PP=1601;SC=AATAGAGCATCCTTGGTCTCC;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=119327640;WS=119327622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	119344020	rs9481880	C	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=758;ReadPosRankSum=1.662;SC=CCCGTCTGGGCGACAGAGCAA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=119344028;WS=119344010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr6	119346010	rs1775613	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=449;SC=GGGAGAAGGATTGTGAATCCA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=119346018;WS=119346000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	119509785	rs2142887	C	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=49;PP=1788;SC=TTTTCCTGGACAGTGCTTACA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=119509793;WS=119509775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	119509870	rs2142888	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=357;SC=AGGACCCTCCGAGGATAACAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=119509878;WS=119509860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	119510739	rs2072888	C	T	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=156;SC=ATAGGCAGAGCGGATAGTCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=119510747;WS=119510735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	119510777	rs2072889	T	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=619;SC=AAAACTGCATTAAATCAAAGC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=119510785;WS=119510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	119510941	rs2072890	C	A	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=2013;SC=ACATGCCCCCCGCGAAGCAGG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=113;WE=119510949;WS=119510931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	119522252	rs3822996	G	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=516;SC=ACAATCCAGTGTCCTAATAAC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=119522260;WS=119522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	119522353	rs9481890	T	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=42;PP=1770;SC=GCTGCTTTTGTGCTTCCTCTC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=105;WE=119522361;WS=119522343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	119522553	rs9481891	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=495;SC=AATCTAAAAAACAATTTTCAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=119522561;WS=119522543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	119611708	rs9489670	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=132;SC=TTGTAAGAAACTCAGTGTAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=119611716;WS=119611698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	119611989	rs9489671	A	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=170;SC=CATTATTGTGATAAATTATAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=119611997;WS=119611979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	119623358	rs11153807	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=240;SC=AGAGGGTAATGCTGGATTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=119623366;WS=119623348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	119623415	rs6918089	G	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=TTCAATGAAAGTATAAAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=119623423;WS=119623405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	119627976	rs6915559	G	A	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=31;PP=2035;SC=GGAGGGCCATGTTACACAGAC;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=119627984;WS=119627966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	119628029	rs195092	C	T	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=75;PP=2823;SC=GAGAAGTTATCGTCACTAAGA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=167;WE=119628037;WS=119628019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	119628198	rs6915947	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=599;SC=TTTGAATGGAGATGTTTTTGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=119628206;WS=119628188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr6	121526447	rs9320795	G	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	121560155	rs12191616	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=623;SC=AAAGTATGAACGAATTCATTT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=121560163;WS=121560145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	121577370	rs7745023	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=34;PP=1214;SC=CCAGAAAATATAGAAATATCT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=121577378;WS=121577360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	121620608	rs9387944	G	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=10;PP=748;SC=CTTATATTTCGTTTCAAGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=121620616;WS=121620598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	121632008	rs9372653	T	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1150;SC=AACACAATTGTCAGGACATTC;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=121632016;WS=121631998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	122720806	rs6926219	G	A	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=68;PP=2965;SC=CGTTCTCGGGGAGCTGCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=169;WE=122720814;WS=122720796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	122734972	rs549302	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	122743502	rs487487	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=270;SC=TATTACAGAGTAAAATTCAAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=122743510;WS=122743492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	122752550	rs149578348	T	TTA	155.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=116;SC=AAACAAGTACTTATATATATA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=122752558;WS=122752540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	122772692	rs510283	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=131;SC=ATCAAAACTTTGTACTTTATT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=122772700;WS=122772682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	122775195	rs499825	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.63;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	122793033	rs1267941	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=48;PP=1415;SC=AGGCCTGGGTAGGATAAAACA;SOR=3.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=122793041;WS=122793023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	123038887	rs6920792	CT	GC	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=570;SC=TGAACATTTACTTCTGAATAG;SOR=2.376;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=26;WE=123038896;WS=123038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	123101348	rs2171068	G	C	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=172;SC=ACTTTAGAACGTGGATTCCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=123101356;WS=123101342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	123101373	rs2279382	T	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=4;PP=231;SC=AGAAAGCAGATTCTTGCTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=123101381;WS=123101363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	123101647	rs2243372	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=23;PP=641;SC=GGATGGGGAGAGGGGAATAAA;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=123101655;WS=123101637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	123369910	rs6900862	T	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=78;PP=2457;SC=ATCCTTTCTCTTCCGCCATCC;SOR=1.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=114;WE=123369918;WS=123369900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	123539609	rs361509	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=231;SC=CCACCCTTTCCGTCCACACCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=123539617;WS=123539599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	123539684	rs361508	CT	TC	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=1651;SC=GCCTGAACTACTGTGGACAAA;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=123539693;WS=123539674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	123539904	rs7754205	C	T	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=84;PP=2732;SC=CAGAGCATGACAGTTTGTTAA;SOR=1.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=142;WE=123539912;WS=123539894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	123580660	rs12661887	C	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=AAATCAGTGTCTTCATTTTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=123580668;WS=123580650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	123592184	.	C	CTGTG	122	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=122;QD=63.0;SC=CAGTGAAGGGCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=123592192;WS=123592174;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr6	123600100	rs143535631	CA	C	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=497;SC=GCAAAATATTCAACATGAAAT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=123600108;WS=123600090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	123652883	.	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=26;SC=TGGAATATAAATCTTTTTTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=123652891;WS=123652874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	123658680	rs12216080	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=1;PP=114;SC=ATATTTGCAAAGGGGATGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=123658688;WS=123658670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	123687288	rs2873479	A	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=27;PP=1234;SC=ACCTTTTTTAATTGAAACCGC;SOR=0.876;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=71;WE=123687296;WS=123687278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	123687432	rs7769808	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=210;SC=ATGTTGCACATGAGAGCAAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=123687440;WS=123687422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	123699042	rs6901953	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=330;SC=TCTTTTCCTGTTCTGAAACAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=123699050;WS=123699032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	123758492	rs9320936	C	T	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=4;PP=170;SC=AAACTTGTCACTGTAAATTCT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=123758500;WS=123758482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	123819847	rs9320940	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1081;SC=TTTCTAGACATGAGATTGTTT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=123819855;WS=123819837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	123833457	rs6902416	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=349;SC=CCTTTCGCCAGTGTCTTTGTT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=123833465;WS=123833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	123892001	rs2145735	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=656;SC=AGCAGGAACTGGAGGGGACAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=123892009;WS=123891991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	123892337	rs2295732	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=755;SC=TATTGATGATGAGAAACACTG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=123892345;WS=123892327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	124759018	rs28403023	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	124759053	rs332614	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	124759145	rs519362	GA	AC	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.86;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr6	124979689	rs1479039	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1128;SC=CAGGTTAAACTAAACCATCCT;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=124979697;WS=124979679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	125139473	rs1923726	TG	GC	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=17;PP=2315;SC=TCTGTGTGGGTGCTTGATCAT;SOR=1.532;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=55;WE=125139482;WS=125139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	125230075	rs781735	A	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=28;PP=967;SC=TTTGCCAACCATTGTTATTAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=125230083;WS=125230065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	125284457	rs9401790	T	C	8134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GATCCCTATGTGCCCCTCATG;SOR=0.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=149;TCR=146;TR=293;WE=125284465;WS=125284447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr6	125330619	rs112538609	GA	G	242.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.577;NF=1;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TAAGAAGGCAGAAAAAAAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=125330627;WS=125330609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr6	125402711	rs492800	C	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=65;PP=1936;SC=AGAGAGAATACGAGTGTAAAT;SOR=1.350;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=105;WE=125402719;WS=125402701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	125475139	rs2277111	G	A	7359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=107;PP=2965;SC=CGATCGCCCCGAGAGTCAGGT;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=153;TCR=107;TR=260;WE=125475147;WS=125475129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	125550224	.	G	A	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=76;PP=2965;SC=TTTTTTGCTGGTCTGACATTT;SOR=1.268;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=128;TCR=76;TR=204;WE=125550232;WS=125550214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr6	125569405	rs2273562	A	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=29;PP=1676;SC=TATAAAAACCATGTTGTTCTG;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=125569413;WS=125569395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	125573194	rs3799734	A	G	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=66;PP=2371;SC=TAAGCGCCACAGGGCTGCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=139;WE=125573202;WS=125573184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	125597247	rs113530993	GA	G	3339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=29;PP=2275;SC=CAATGAAATGGAAAAATAATG;SOR=1.588;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=63;WE=125597255;WS=125597237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	125597433	rs113374738	AAG	A	1963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=1405;SC=CCATATTGACAAGAGAGTATA;SOR=1.931;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=30;WE=125597442;WS=125597423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	125598199	rs2243392	TG	CA	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=1708;SC=GTCACTACACTGAGTAAGCCA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=125598208;WS=125598189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	125614100	rs1417701	C	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=12;PP=463;SC=ACATTTATCACAGTTAACAAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=125614108;WS=125614090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	125614121	rs1417700	C	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=683;SC=CACTCTGCAACAGACAAATAG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=125614129;WS=125614111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	125620878	rs987168	T	C	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.262;SC=ATCTGCTGAGTAACAGAGGAC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=167;WE=125620886;WS=125620868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr6	125621618	rs2243390	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=810;SC=GGGTCTCAGTAGTAAAAACGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=125621626;WS=125621608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	125621645	rs2243389	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=21;PP=1134;SC=ACCCATAGACCAGAATCTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=125621653;WS=125621635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	125621920	rs9491377	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	125623185	rs73581683	A	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=42;PP=1183;SC=TTACTCTTCTATCTCTTTCTC;SOR=1.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=125623193;WS=125623175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	125623247	rs73581685	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.97;QD=38.77;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	125623268	.	C	CTCCTCT	401.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=13;PP=1585;SC=ACTCCTCCTCCTCCTCCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=16;WE=125623276;WS=125623258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	126242004	rs4563736	CG	GC	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=1842;SC=TTTTCAAGCACGGGTGTCCCT;SOR=4.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=32;WE=126242013;WS=126241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	126278230	rs2295005	G	C	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=141;PP=2965;SC=GAAGCCGCTGGCAAGTCACCA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=144;TCR=141;TR=285;WE=126278238;WS=126278220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr6	127471533	rs9491699	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=574;SC=GTTAAGAGAACATAATGCAAG;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=127471541;WS=127471523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	127471791	rs3734626	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=56;PP=1688;SC=AAGTCCTTTGCCAAAAGAACT;SOR=2.554;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=73;WE=127471799;WS=127471781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	127476361	rs41285262	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=3;PP=658;SC=AGCCAGCTGAGTCTGTTTCTT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=127476369;WS=127476351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	127476516	rs1892172	G	A	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=111;PP=2965;SC=AGGGTAACCTGTGTCCCCCAA;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=128;TCR=111;TR=239;WE=127476524;WS=127476506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr6	127640190	rs9285460	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=533;SC=TTTAGATTACATAAAATTCCA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=127640198;WS=127640180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	128297986	rs4321844	G	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=40;PP=1582;SC=CTAGTTAGGAGAGTATAAAGC;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=73;WE=128297994;WS=128297976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	128304358	rs113581270	A	AC	3814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=17;PP=2343;SC=AAAAATAAAAAAAAGTCCACT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=61;WE=128304366;WS=128304348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	128307155	rs34209700	T	TA	112.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	128312033	rs12055782	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=15;PP=393;SC=CATTTAACCTAAGTGACAAAA;SOR=1.528;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=128312041;WS=128312023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	128312114	rs5879871	T	TAG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=190;SC=AATAACTCCTTGTCACAATTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=128312122;WS=128312104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	128312324	rs9388612	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=538;SC=AACTAAAATGTTGTGCCTATA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=128312332;WS=128312314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	128322437	rs34601789	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=31;PP=1168;SC=AATCAGTAAGTATTAGCATTA;SOR=0.986;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=128322445;WS=128322427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	128327031	rs45582334	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=388;SC=TAGGTGATAGATAAAGTTTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=128327039;WS=128327022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	128330249	rs9321104	T	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=1101;SC=GGTAAGTGAGTGGGACAGGAC;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=128330257;WS=128330239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	128385998	rs4897241	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=562;SC=TTCCTGTTTCATAAACTATAA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=128386006;WS=128385988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	128388990	rs4897242	A	G	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=54;PP=1649;SC=ATATTTAGAGATTTAAGATAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=128388998;WS=128388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	128389074	rs4897243	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=465;SC=TAACCTGGTATACTCTTTTCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=128389082;WS=128389064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	128403745	rs17828130	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=25;PP=831;SC=CAGCCACTGGAACTGCAGGAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=128403753;WS=128403735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	128812869	rs76361302	CTT	C	4840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=34;PP=2965;SC=TTTTTTTTCTCTTGTTACCTT;SOR=1.392;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=72;WE=128812878;WS=128812859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	128813085	rs17460940	C	T	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=60;PP=1724;SC=AATTGATTCACTACTGTTCAC;SOR=2.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=79;WE=128813093;WS=128813075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	129370975	rs77517667	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=0;PP=626;SC=ATGCTCCGAAAAATATTTTAT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=129370983;WS=129370965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	129381026	rs4404787	C	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=51;PP=1484;SC=TGACAATTACCCTGGATTTAC;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=129381034;WS=129381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	129612624	rs1015846	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=424;SC=CCTAACAGGGCACTTAACAAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=129612632;WS=129612614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	129622055	rs902373	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=992;SC=AATTTTTTGGAGAGATTTTTG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=129622063;WS=129622045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	129799682	rs2784895	C	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=700;SC=AACCAGTAGACAATGGAAACC;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=129799690;WS=129799672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	129802302	rs2275214	G	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=510;SC=AACCTATGATGTATTTCATAA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=129802310;WS=129802295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	129807483	rs6569604	C	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=412;SC=TTTTCAAAACCGTTTGAGAAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=129807491;WS=129807473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	129807629	rs2229848	C	T	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=61;PP=2724;SC=GCCTATTATGCAATACTCCTC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=155;WE=129807637;WS=129807619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	129807699	rs2229849	G	C	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=78;PP=2965;SC=GGAAAATTGTGATCAGACCAG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=129807707;WS=129807689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	129807869	rs6938825	C	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=270;SC=GTGTGTGGACCTACTATGCAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=129807877;WS=129807859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	129823645	rs7754167	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=224;SC=CTGAGCACTCAATAATAAGTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=129823653;WS=129823642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	129835370	rs13196682	T	A	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=185;SC=TGTCAAGTTTTAAAATTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=129835378;WS=129835366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	129927014	rs3813366	A	G	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=38;PP=1668;SC=TAAATTAACCAAGCTGACCTT;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=102;WE=129927022;WS=129927004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	129950394	rs4295498	A	C	45.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=70;SC=CTCTCTCTCTATATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=129950402;WS=129950387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	130031215	rs3752536	T	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=29;PP=1171;SC=TTCCCGACGGTCTGGTCCTTG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=130031223;WS=130031205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	130152479	rs7758540	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=19;PP=626;SC=CAAGCAATTTTGATATACCTA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=130152487;WS=130152469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	130152520	rs7776426	A	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	130152651	rs145319285	T	C	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9382;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=32;SC=TCCATGTTCATGAAATCAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=130152659;WS=130152641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	130154686	rs4629709	A	G	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=74;PP=2767;SC=GGAACAAAAAACAATCCACAA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=151;WE=130154694;WS=130154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	130164764	rs9321190	G	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=18;PP=955;SC=GATGTTATAAGTGAAAACAGT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=130164772;WS=130164754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	130164856	rs9402185	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=482;SC=CTATGCGATTCACCCACATTG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=130164864;WS=130164846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	130167131	rs12189832	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=40;PP=1103;SC=GACCCATGGAATGGGAATGAC;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=130167139;WS=130167121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	130466413	rs4897369	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	130483222	rs9321214	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=277;SC=AGGAATCAGCGTAAATTAACC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=130483230;WS=130483212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	130505374	rs41285310	A	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=51;PP=1936;SC=CTTCAAGCAAACCACATTCCT;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=130505382;WS=130505364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	130530815	rs1932100	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=28;PP=934;SC=GATCTCACAGCAGCTCTGAAG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=130530823;WS=130530805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	130535420	rs4897377	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=474;SC=CAAACGTCACGCTCTAGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=130535428;WS=130535410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	130536494	rs34071457	AT	A	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.417;NF=2;NR=64;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.062;SC=TTGTGCCTTAATTTTTTTTTT;SOR=1.219;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=2;TCR=84;TR=66;WE=130536503;WS=130536484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr6	131148426	rs6940163	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=691;SC=TCTGAAAGAGCTTGGAAGATG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=131148434;WS=131148416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	131148541	rs4895897	A	G	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=65;PP=2965;SC=TCCACAAAAAATTCCACTGAG;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=179;WE=131148549;WS=131148531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	131184770	rs915172	T	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1120;SC=AGAACTTAACTTATTTACCTG;SOR=1.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=59;WE=131184778;WS=131184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	131184914	rs915171	C	T	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=81;PP=2769;SC=CACGTTTACACAGTCAGAGCA;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=162;WE=131184922;WS=131184904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	131184975	rs867707	C	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=67;PP=2094;SC=AGGCCACACACAACAAGCAGC;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=131184983;WS=131184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	131190838	rs17059736	G	A	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TCTTCTCTCCGGGTATCTTTT;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=242;WE=131190846;WS=131190828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr6	131197990	rs7741462	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=9;PP=237;SC=AAACACAAAATACTGACCCAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=131197998;WS=131197980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	131211615	.	GGA	G	114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=18;MQ=57.45;NF=1;NR=2;PP=114;QD=49.0;SC=GCCTATGGGAGGAAAAAAAAA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=131211625;WS=131211605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr6	131211616	rs79120676	G	A	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	131247975	rs2275509	C	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=162;SC=TTCTCATTTTCTAACAATATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=131247983;WS=131247965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	131276466	rs34763200	GA	G	1807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1076;SC=GGCTGTTGAGGAAAAAAAAAT;SOR=4.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=33;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	131276473	rs45550834	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=1022;SC=GAGGAAAAAAAAATAAATTCA;SOR=4.125;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=34;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	131481394	rs67922791	CA	C	299.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=287;SC=ATTTAAAGTACAACTAAATGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=131481402;WS=131481384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	131490472	rs1408027	T	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=45;PP=1464;SC=TTTTTTTCAATTTTGTAACAG;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=131490480;WS=131490462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	131904704	rs60712846	G	GA	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=609;SC=TCCTTGACCTGAAACCAAGTC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=131904712;WS=131904694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	131941729	rs78521813	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=80;SC=AAGCCCAGCCGAAAATTTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=131941737;WS=131941719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	131958485	rs9375819	A	C	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=87;PP=2965;SC=AGGAGCACTAATTTATTCTGA;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=131;TCR=87;TR=218;WE=131958493;WS=131958475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr6	132043349	rs378697	A	T	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=27;PP=1830;SC=ACTTTGAACTAATTTTTTCAA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=92;WE=132043357;WS=132043339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	132061420	rs17601580	G	A	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=68;PP=2807;SC=GTGCTGACCAGTTGTAAAAAC;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=160;WE=132061428;WS=132061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	132061605	rs67914728	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=472;SC=CTGACTAAAACATTTTTTTTA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=132061613;WS=132061595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	132113403	rs9493099	T	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=85;PP=2818;SC=CTTCCAGCTATGTCTGCTGCA;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=198;WE=132113411;WS=132113393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	132206079	rs28933977	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=69;PP=2494;SC=AGTTATATGGCGCTACTTTCA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=144;WE=132206087;WS=132206069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	132271952	rs7451102	G	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	132271959	rs12206231	T	G	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	132271980	rs6934749	T	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=50;PP=1748;SC=GCGGGTCGCATGGGTCGCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97;WE=132271988;WS=132271970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	132641675	rs599660	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CTTTTCTTTCTAAATGGAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=132641683;WS=132641665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	132641888	rs598762	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=27;PP=841;SC=TTATCAAATACATTTGTACGT;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=132641896;WS=132641878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	132644035	rs604196	G	A	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=64;PP=2134;SC=AGGAAGACCCGATTAGCCCAC;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=132644043;WS=132644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	132824833	rs2842885	G	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	132859609	rs2842899	T	A	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CCTTCACTTCTAACAACTGCA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=209;WE=132859617;WS=132859598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr6	132860522	rs2842898	C	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=525;SC=TTAAGGTCAACTGCAAAAATA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=132860530;WS=132860512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	132910612	rs3813355	G	A	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=126;NR=91;PP=2965;SC=GAGAGCAGCAGGAAGTTGGTG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=127;TCR=91;TR=217;WE=132910620;WS=132910602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	133032759	rs3798792	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=301;SC=AGAATTGATCATGGATCTATG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=133032767;WS=133032749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	133035098	rs2294757	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=18;PP=1060;SC=AACAGCTGCAGTGAAAGTGTC;SOR=1.009;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=133035106;WS=133035088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	133035325	rs4897612	A	C	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=237;SC=AAAAGACCCTACCTTATTGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=133035333;WS=133035315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	133045040	rs9483495	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=35;PP=951;SC=TTCAGTAATGCACATATCTAT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=133045048;WS=133045030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	133048213	rs9493417	G	A	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=220;SC=GATGTGATCAGTTAAGTCTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=133048221;WS=133048203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	133052616	rs4895943	C	T	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=82;PP=2965;SC=TTCTGAATGACAGTGATAGCA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=175;WE=133052624;WS=133052606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	133055471	rs36012859	T	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=46;PP=2430;SC=CTCTCCCTGGTGAAGATCCAA;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=131;WE=133055479;WS=133055461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	133070995	rs4895944	G	T	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=77;PP=2548;SC=CACTTCAGCAGTGTGCAGACC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=131;WE=133071003;WS=133070985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	133072749	rs36100139	C	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=560;SC=CATGTGATCACGCCACCATAT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=133072757;WS=133072739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	133074663	rs9493426	T	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=36;PP=1088;SC=GTATTTAATTTCCCGATTCCT;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=133074671;WS=133074653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	133076896	rs9483499	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=193;SC=ATATTGTATCATATAGGGAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=133076904;WS=133076895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr6	133789728	rs9493627	G	A	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=73;PP=2965;SC=TACAGCCTTTGGCCAAAACCA;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=103;TCR=73;TR=176;WE=133789736;WS=133789718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	133827148	rs6929656	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=502;SC=CATGCAGTCTTCTCCCTCTTC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=133827156;WS=133827138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr6	133836330	rs3777887	C	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=670;SC=GGACATAAATCTGTATCTCTC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=133836338;WS=133836320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	133849868	rs142721902	C	T	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=72;PP=2676;SC=CACAGCACAACATGCCCTTCT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=160;WE=133849876;WS=133849858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	134210497	rs10674466	G	GTC,GTCTC	1957.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=22,22;NR=11,11;PP=123,1088;SC=CTGTCTCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=33,33;WE=134210505;WS=134210487;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.85:52
chr6	134494548	rs1743965	C	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=51;PP=2098;SC=AGGGAGAATACAAAAGAGGAC;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=134494556;WS=134494538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	134495291	rs3215438	T	TC	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=829;SC=AAAGTGAGTTTCTGGCTCTAC;SOR=4.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=134495299;WS=134495281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	134536256	rs201147934	T	TTTTC	269.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.66;QD=26.97;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	135260303	rs7754722	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=9;PP=1170;SC=ACAAAGCCCATGATGTCACTG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=135260311;WS=135260293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	135286230	rs11549504	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=315;SC=TCTTTGCCAGTTGGCAACTTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=135286238;WS=135286220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	135286438	rs35078158	CA	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	135287413	rs9402669	A	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=14;PP=1142;SC=AAAGGTAAAAAAGAAAAGGCA;SOR=2.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=58;WE=135287421;WS=135287403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	135299713	rs9376077	C	G	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=148;SC=GATGTTAATTCAAAATAAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=135299721;WS=135299706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	135307740	rs4376365	T	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=81;SC=ATATTATATATATGATACTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=135307748;WS=135307730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	135314070	rs9376078	G	A	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	135314182	rs7741626	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	135314283	rs9376079	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=342;SC=ATGTTACCATCCAGATTTGTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=135314291;WS=135314273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	135318226	rs72155156	GA	G	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=387;SC=ACATCTAATAGAAAAAAAAAA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=135318234;WS=135318216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	135318854	rs4895439	A	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=858;SC=TCCTACAATGACAGAAGGGCA;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=135318862;WS=135318844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	135324051	rs45544135	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=321;SC=TTACATAGTATTTTAAATTAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	135324052	rs140431690	TTTAAA	T	514.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=551;SC=TACATAGTATTTTAAATTATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	135358567	rs7742542	T	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.44;NF=20;NR=21;PP=1007;SC=AACTTCAGTTTCTTTACTAGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=135358575;WS=135358557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	135358916	rs9373121	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=24;PP=1000;SC=TCATGAATTAGGTTAGCTAGT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=135358924;WS=135358906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	135375762	rs2297338	G	A	9879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGAAAAGAACGTCCCGGCATG;SOR=0.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=188;TCR=168;TR=354;WE=135375770;WS=135375752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,369:1.00:370
chr6	135424203	rs6930223	G	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	135623833	rs2207000	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=10;PP=761;SC=ATTTGACTTCCAAACACCTTT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=135623841;WS=135623823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	135748200	rs2757639	A	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=118;SC=GGGCACAATTATTATGTGTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=135748208;WS=135748190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	135752608	rs2614270	T	C	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=134;SC=AATCAAAATGTAACTCACAAA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=135752616;WS=135752598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	135754471	rs737561	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=48;SC=AGAACCAACACAGCCAATGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=135754479;WS=135754461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr6	135763866	rs2757645	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=476;SC=AAAAACATACGTTTAAAAAAT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=135763874;WS=135763856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	135818897	rs13197384	C	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=143;SC=GCGGACAGCGCGCCGCCTGCT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=135818905;WS=135818887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	136472185	rs35539959	G	GA	1100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=1106;SC=TTCTAAAGGGGAAAAAATATT;SOR=4.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=34;WE=136472193;WS=136472175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	136472439	rs4896201	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=51;PP=1489;SC=CTTGAATAATGGCAATGCATA;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=136472447;WS=136472429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	136472496	rs4896202	T	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=465;SC=GATAGATGCATACCTCCAATT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=136472504;WS=136472486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	136582497	rs62431284	G	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-9.114;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,105:0.35:299
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chr6	136590613	rs62431285	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-4.450;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,30:0.21:146
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chr6	136590712	rs62431288	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-8.314;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,64:0.22:296
chr6	136597004	rs7762367	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=10.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=-3.448;SOR=1.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,14:0.13:104
chr6	136597262	rs1967444	T	C	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.298;NF=61;NR=45;PP=1553;ReadPosRankSum=0.796;SC=GCCTTTCCACTACATATCCAG;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=159;TCR=113;TR=106;WE=136597270;WS=136597252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,110:0.39:282
chr6	136597281	rs1967445	A	T	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,110:0.39:285
chr6	136597288	rs1967446	A	C	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,106:0.36:291
chr6	136598895	.	T	TA	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=86;QD=39.0;SC=AAGTCAAGAGTAAAAACCGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=136598903;WS=136598885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr6	136599393	rs6940018	G	C	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AATATCACCGGATGTGGCTGA;SOR=0.792;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=429;TCF=191;TCR=238;TR=160;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,161:0.37:439
chr6	136599404	rs6919254	T	C	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.294;SC=ATGTGGCTGATGACTTATTAA;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=392;TCF=171;TCR=221;TR=146;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,146:0.37:400
chr6	136599822	rs9942517	C	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.370;NF=6;NR=14;PP=1441;ReadPosRankSum=0.766;SC=TCGTCTCATTCCTCTATTATT;SOR=1.207;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=20;WE=136599850;WS=136599812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr6	136599836	rs9942518	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.493;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.722;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr6	136599842	rs9942519	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-1.604;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr6	136599910	.	T	TGTATCGCTTCTTTCTAGAATG	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-2.431;SOR=3.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,5:0.10:48
chr6	136682172	rs2076190	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=7;PP=1204;SC=GCCTCCTCCCGCTCGCGCAGC;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=136682180;WS=136682162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	136698697	rs2076192	C	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=280;SC=GCCTGCCTGGCGTCTGGTGTC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=136698705;WS=136698689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	136888889	rs56379668	A	G	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=39;PP=2057;SC=AGCATCTTCAATGACAGCCTG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=136888897;WS=136888879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	136990283	rs3765259	T	C	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=148;SC=AACAAGGAGATATAATAAGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=136990291;WS=136990273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	137041833	rs1321477	C	T	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=59;PP=1784;SC=AATAAGGAAACGATAGGGATT;SOR=1.968;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=84;WE=137041841;WS=137041823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	137143773	rs115866467	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=13;PP=555;SC=TTCCGCGGCCGGGGCAGCGAG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=137143781;WS=137143763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr6	137325847	rs1555498	C	T	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=63;PP=1896;SC=GTAATAGATACGGGCAAAACA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=102;WE=137325855;WS=137325837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr6	137540536	rs17181457	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=28;PP=905;SC=CTCCAGCCCCGGCCTTACGTC;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=137540544;WS=137540526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	138197329	rs5029948	C	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=52;PP=1655;SC=TAATTCACATCTATAACTAGA;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=138197337;WS=138197319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr6	138754323	rs2327891	A	G	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=44;PP=2572;SC=AAGTGTCTCAACTCCTGGGAT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=122;WE=138754331;WS=138754313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	138794628	rs7765573	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr6	139017815	rs9399249	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=69;PP=2253;SC=GCTAGCAGGCAAGAGAGGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=114;WE=139017823;WS=139017805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	139017873	rs5880395	G	GT	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1256;SC=TGGTGGAATGGGTCACCCACG;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=139017881;WS=139017863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	139085450	rs4243458	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=48;SC=ATCCAGGAAGCGGAGGTTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=139085458;WS=139085440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	139085576	rs188898411	T	A	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	139085617	rs4472369	C	G	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=108;SC=CAGTGTTTCACTCATATAATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=139085625;WS=139085607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	139094629	rs111500978	C	CG,CGG	3744.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.778;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.230;QD=41.61;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=2.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,30,59:0.33,0.66:90
chr6	139094638	rs59299306	A	G	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.402;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.222;NF=90;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.436;SC=TCGGGGGGGGAATCTAACACT;SOR=1.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=148;WE=139094646;WS=139094618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr6	139097174	rs1040773	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=521;SC=TCATGTTTGCATATTATAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=139097182;WS=139097164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	139134558	rs1919691	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=551;SC=CATGTTGCCACATTTTTAAAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=139134566;WS=139134548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	139202014	rs1157050	G	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=49;SC=ACCAGCAAGGGGGGTCTCCGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=139202022;WS=139202004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	139207910	rs1188831	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=120;SC=CTGTATCAAGCGCCATAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=139207918;WS=139207900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	139229695	rs1188867	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=523;SC=GCCTCCCAAAATGCTGGGATT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=139229703;WS=139229685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	139229743	rs1188868	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=13;PP=1472;SC=AGTTTGATTACTTTTAATTGT;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=139229751;WS=139229733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	139265882	rs1188897	T	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=192;SC=TTTTCTGTTCTATTAGAAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=139265890;WS=139265872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	141004964	rs5880480	G	GT	1958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=1233;SC=GTGTCCCCTGGCACGCTATTT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=28;WE=141004972;WS=141004954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	141005059	rs4535568	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.254;QD=24.41;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr6	142455130	rs225607	C	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=67;PP=2296;SC=GAGAAGTAAACCTCTTCTGTT;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=119;WE=142455138;WS=142455120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	142456041	rs41289831	C	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=291;SC=GAAGATTATACTTTCCATTCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=142456049;WS=142456031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	142487263	rs225655	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=86;SC=TTTCTAAATTTACTTGAATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=142487271;WS=142487255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	142487469	rs225656	C	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=312;SC=TGTAAGTTAACCACTGATCAT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=142487477;WS=142487459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	142490107	rs225661	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=0;PP=23;SC=GGGGTTTCACTGTGTTAGCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=142490115;WS=142490097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	142491463	rs11446143	C	CG	896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=547;SC=TAAACTAGACCGCTCTCTTTT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=142491471;WS=142491453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	142491584	rs225663	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=384;SC=TTATTGTCTTATTAGCTGAAG;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=142491592;WS=142491574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	142510676	rs3830800	GTATT	G	1668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=1077;SC=ATAATGGTATGTATTTATTTA;SOR=1.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=22;WE=142510687;WS=142510666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	142718801	rs989946	G	A	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=90;PP=2965;SC=ATACTAATTTGGAAGGAAAAA;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=160;WE=142718809;WS=142718791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	142758631	rs1262686	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=59;PP=2303;SC=CAGTGGCGGCAGCATCTCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=142758639;WS=142758621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	143074700	rs169098	T	C	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=100;PP=2923;SC=GAGTGCTAGGTGGACCAGATG;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=183;WE=143074708;WS=143074690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	143081847	rs197462	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=625;SC=AGATCCAAATATCAAGGTTAG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=143081855;WS=143081837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	143091263	rs109836	A	G	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=55;PP=2965;SC=CTTGCTGGGCAGGAATGGCTC;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=156;WE=143091271;WS=143091253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	143382254	rs138059311	CGT	C	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=16.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.696;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr6	143754938	rs3761999	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=22;PP=1433;SC=CGAATGGTACGATACATTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=143754946;WS=143754928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	143766276	rs9373391	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=163;SC=AACTTTGGGGATTTAAAAAGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=143766284;WS=143766266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	143784031	rs3830767	AT	A	2981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=38;PP=1501;SC=GACCTTTTTTATTTTTTTTGT;SOR=1.118;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=63;WE=143784039;WS=143784021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	143789181	rs161068	A	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=103;SC=AAAAAGTAAAAATAGATCTAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=143789189;WS=143789171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	143792675	rs22908	T	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=29;PP=1070;SC=GGCTTTTAGGTTTGTTTTTTC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=143792683;WS=143792665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	143825104	rs11155297	G	T	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=50;PP=2039;SC=TTGATCCGGTGCTCCTCCGTC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=143825112;WS=143825094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	144032317	rs2488101	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=300;SC=CCTCCAAGAAAAAACTACTGT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=144032325;WS=144032307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	144032822	rs2488102	A	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1204;SC=TACTTAGAATACTCTATTCCT;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=144032830;WS=144032812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	144069984	rs33958582	GT	G	233.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=144;SC=CAGATCATGTGTTTTTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=144069992;WS=144069978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	144086394	rs9496767	G	A	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1351;SC=TCTCTCTATTGTAGCTGGCTC;SOR=2.070;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=63;WE=144086402;WS=144086384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	144104469	rs1012753	A	T	109.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	144758647	.	CT	C	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr6	144758799	rs4895642	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=35;PP=1418;SC=CAGACGAAGAAGAATTTGAGA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=144758807;WS=144758789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	144761429	rs4609044	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=278;SC=AACTGAGTGCGTTTTAAATAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=144761437;WS=144761419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	144794785	rs4259269	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=15;PP=933;SC=GTTCCAGTGGCGGTAGATCTT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=144794793;WS=144794775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	144796045	rs73780588	A	G	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=448;SC=CCAAAAAAAAAGGCATCATTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=144796053;WS=144796035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	144803544	rs200742072	G	GTTA	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=552;SC=TATTATTATTGTTGTTATTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=12;WE=144803555;WS=144803534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	144803547	rs4310077	G	A	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=24;PP=600;SC=TATTATTGTTGTTATTATTAT;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=31;WE=144803555;WS=144803534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	144806691	rs9496982	C	T	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=52;PP=1468;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTTCTCTTTGCTGTGATGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=66;WE=144806699;WS=144806681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr6	144814625	.	GTC	G	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=29;MQ=60.28;NF=0;NR=8;PP=145;QD=18.875;SC=TCATCTCTCTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=8;WE=144814634;WS=144814615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,8:0.22:36
chr6	144814647	.	ATC	A	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.43;NF=0;NR=7;PP=75;QD=12.0;SC=CTCTCTCTCAATCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=7;WE=144814656;WS=144814637;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,7:0.28:25
chr6	144852201	rs12204734	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=13;PP=558;SC=TTTTGACAGGGCAATGGAAGA;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=144852209;WS=144852191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	144869785	rs1534443	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=485;SC=GCTCATCCTAATGTCCAAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=144869793;WS=144869775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	144870040	rs1534442	T	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1216;SC=AACCCAGAGGTAGACCAGATC;SOR=2.019;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=56;WE=144870048;WS=144870030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	144875793	rs58746549	A	AT	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=321;ReadPosRankSum=-0.226;SC=ACATGTTGGGATTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=144875801;WS=144875783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr6	144999798	rs11155369	G	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=295;SC=AAGAGAAAGCGCAGCCTTACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=144999806;WS=144999788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	146007166	rs702322	G	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=80;SC=CCCAAGTGAGGCACTGCAGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=146007174;WS=146007156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	146056476	rs2235482	G	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=69;PP=1672;SC=GCTCCTGCAGGGCCAGGGCCC;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=83;WE=146056484;WS=146056466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	146056681	rs111332144	C	T	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	146112348	rs6931553	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	146126580	rs148771547	G	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=97;PP=2965;SC=AGTGCCATCTGATGATGCCAC;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=146126588;WS=146126570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	146234644	rs9497426	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	146243581	rs6917482	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=103;SC=TTTTTCTTTCCACTAGATATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=146243589;WS=146243571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	146244743	rs6923545	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=986;SC=TGCTTTTAAAATTATGAGTAG;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=146244751;WS=146244733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	146254100	rs55757353	T	TC	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=187;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GGGGGAAAAATCCCCCCCCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=146254108;WS=146254098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr6	146262697	rs9285508	G	T	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=48;PP=2815;SC=ACTACTCAAGGTCCCCTAATT;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=103;TCR=48;TR=151;WE=146262705;WS=146262687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	146268623	rs9386141	T	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=14;PP=1283;SC=TACTATACCCTCCTACCTCGG;SOR=2.206;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=64;WE=146268631;WS=146268613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	146678929	rs362893	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=14;PP=390;SC=CATAACTGTCTAGAAAGGGTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=146678937;WS=146678919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	146678952	rs362894	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=230;SC=CCAGGCTTACAGTTTTGGCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=146678961;WS=146678942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	146678953	rs35301667	G	GT	374.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=212;SC=CAGGCTTACAGTTTTGGCTCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=146678961;WS=146678942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	146975456	rs71778473	TTA	T	992.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AGTTTTGGTATTATATATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=24;WE=146975465;WS=146975446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr6	146987930	rs9403802	C	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=23;PP=1335;SC=CTACCTGTAACATTATGCATG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=146987938;WS=146987920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr6	147103358	rs1325701	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=49;PP=1589;SC=TATTTGAGTGACTTAATGATT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=147103366;WS=147103348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	147103416	rs259405	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=771;SC=AGGACAAAACCGTGAAACATT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=147103424;WS=147103406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr6	147631201	rs6928919	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1074;SC=AATAATCTTAATATGTATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=147631209;WS=147631191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	147635318	rs5880705	T	TAC	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CTGGATTATTTACACACACAC;SOR=0.333;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=9;WE=147635326;WS=147635308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr6	147635385	rs1039083	C	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.13;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr6	147635547	rs1039085	C	T	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=109;SC=TGTTAACTTACTGGACAGGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=147635555;WS=147635537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	147680359	rs9390459	A	G	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=76;PP=2894;SC=CCCCTTGTCTATGGGTTGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=166;WE=147680367;WS=147680349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	147830073	rs66812182	C	T	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=60;PP=2965;SC=CCATGTGCACCAACATAGTTT;SOR=1.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=143;TCR=61;TR=203;WE=147830081;WS=147830063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	148701197	rs4897000	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=961;SC=ACCAAGAAACAGTTGCTTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=148701205;WS=148701187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	148761456	rs2272998	G	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=71;PP=2256;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAAGCCTGCTGCTCTGACCAC;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=108;WE=148761464;WS=148761446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr6	148761603	rs9498038	C	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=221;SC=TAGGTCCATGCTGACGGAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=148761611;WS=148761593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	148808624	rs2294778	G	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	148808631	rs2294779	G	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	148835416	rs1057793	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=12;PP=528;SC=GGGCAAAGCTCGGAGCAATTA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=148835424;WS=148835406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	148848919	rs2110198	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=611;SC=CTTTGGGCTGCTCAGCACCGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=148848927;WS=148848909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	148865257	rs208696	A	G	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=131;PP=2965;SC=CCCCTGGAGCAAGACTCTGCT;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=243;WE=148865265;WS=148865247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr6	149285719	rs3734377	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=632;SC=GTCGCATGCAAAAGGCGGTCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=149285727;WS=149285709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	149340390	rs2275423	G	C	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=99;PP=2965;SC=CTAAAGCAGGGTCATGGCATG;SOR=1.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=47;TCR=99;TR=146;WE=149340398;WS=149340380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	149700805	rs2031450	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=248;SC=AGTATTATATGTATATACATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=149700813;WS=149700795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	149846372	.	TAA	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.4996;HP=14;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=16;MQ=59.82;NF=0;NR=2;PP=23;QD=13.5;SC=AAAAGTGACTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=149846381;WS=149846362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr6	149862453	rs201357465	GTAAA	G	306.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=197;SC=GAGGTTAAAAGTAAATAAATA;SOR=1.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=149862464;WS=149862443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	149893786	.	T	TTTG	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	149953835	rs9322202	A	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=19;PP=1323;SC=CCTCCTCCTAAATATAATCAA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=149953843;WS=149953825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	150064968	rs58509133	C	CT	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=547;SC=AGCAAAGAGCCATGAGTGCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=150064976;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	150211123	rs2151910	A	T	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=38;PP=1824;SC=CTGGTGGCATATACCTTCTTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=150211131;WS=150211113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	150263186	rs4343924	A	C	12740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=209;NR=238;PP=2965;SC=CAAGTCTCTCATCCCTAGCGC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=447;TCF=209;TCR=238;TR=447;WE=150263194;WS=150263176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr6	150266578	rs149454018	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.431;NF=30;NR=1;PP=577;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CAGTCACACCTGTCAGTCCCC;SOR=0.133;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=84;TCF=83;TCR=1;TR=31;WE=150266586;WS=150266568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr6	150266740	rs62439758	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=58.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.96;MQRankSum=-10.511;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=4.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,37:0.10:367
chr6	150322408	rs11752135	T	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=505;SC=TTCTGATTTATTTTTTACAGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=150322416;WS=150322398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	150343148	rs78563624	A	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.29;MQRankSum=-2.321;QD=22.71;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
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chr6	150346740	rs1544123	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=767;SC=AGTCACCTCGATTCTGAAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=150346748;WS=150346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	150385730	rs912558	T	G	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=45;PP=2730;SC=CCTGTCACTCTAAATGACTCT;SOR=1.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=97;TCR=45;TR=142;WE=150385738;WS=150385720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	150385977	rs912557	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1124;SC=GTGGGGCAGCCGCTGTGACAG;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=150385985;WS=150385967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	150387302	rs669009	A	T	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr6	150390313	rs622317	G	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=681;SC=GGCCCCGTCCGGTCCCGTCCC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=150390321;WS=150390303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	150464356	rs2297672	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=9;PP=551;SC=CAGCAGCGAGACGGCCGGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=150464364;WS=150464346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	150713769	rs672766	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=194;SC=GGAGGAATTACGGAAGTTAAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=150713777;WS=150713759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	150716696	rs612421	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=59;PP=1496;SC=CTCACAAGGCTGCCCAGGTGC;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=83;WE=150716704;WS=150716686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	151130983	rs138569438	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=574;SC=CCAGACTGGGCGACAGAGTGA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=24;WE=151130991;WS=151130973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	151152257	rs926624	A	G	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=83;PP=2965;SC=AGGACTTAAAACTAATGGTTG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=168;WE=151152265;WS=151152247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	151152656	rs803411	T	C	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=81;PP=2965;SC=ATCAGGCCACTCCCGATCATG;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=179;WE=151152664;WS=151152646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	151247439	rs803455	A	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=38;PP=1258;SC=TGGGTAAGACACCATCTAACA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=151247447;WS=151247429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	151265576	rs41289355	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=627;SC=AAAGCGAGACCCTATTTCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=151265584;WS=151265566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	151266504	rs803445	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=257;SC=CTAAATAGTTCGGTTATAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=151266512;WS=151266494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	151266564	rs2073191	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=811;SC=CATGGACAACTAACTTTTGTG;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=36;WE=151266572;WS=151266554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	151281567	rs1771798	T	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=54;PP=1806;SC=TGTTTCCAACTCGGAAGCTTC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=151281575;WS=151281557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	151281707	rs1771796	A	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=113;SC=ATGTTTGCCTAACTGCTTCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=151281715;WS=151281697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	151286224	rs1627462	A	C	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=86;PP=2965;SC=GGATTGCCACACAATGTGAAC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=157;WE=151286232;WS=151286214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	151336739	rs509474	C	G	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=85;PP=2808;SC=ATCACTGGTCCGTTGGTGGAA;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=151336747;WS=151336729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	151337709	rs2092645	G	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	151413828	rs2295734	C	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=555;SC=CTGATAAATCCTTTCCTTCCT;SOR=6.184;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=151413836;WS=151413818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	151626774	rs9397388	T	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=7;PP=1069;SC=AACTTCCTTTTCTCTGTATTT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=151626782;WS=151626764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	151627034	rs2294792	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=43;PP=1421;SC=TCATTGTCACAGAGGGTAAGC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=151627042;WS=151627024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	151627096	rs2294793	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=599;SC=ACTTTGGACTCAGCAGAAAAT;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=151627104;WS=151627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	151669459	rs376944975	CAAAA	C	677.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.63;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr6	151669875	rs10872670	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=19;PP=1419;SC=AGATGTGAGCAAAAGAGACTC;SOR=1.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=151669883;WS=151669865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	151670172	rs3734799	A	C	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=96;PP=2965;SC=TGGCGACCACAAGGACCCCAG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=209;WE=151670180;WS=151670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	151670897	rs900654	T	C	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=91;PP=2965;SC=CTCAGGAAGCTGAACCTGCCA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=203;WE=151670905;WS=151670887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr6	151674116	rs3842128	T	TGAG	12972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=85;PP=2924;SC=GTGTAGCAATTGAGGATTTAG;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=69;TCR=103;TR=144;WE=151674124;WS=151674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr6	151674326	rs3823310	A	C	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=83;PP=2866;SC=AAGGAGAGGAACCTCAGGCCT;SOR=1.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=127;WE=151674334;WS=151674316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	151686905	rs11155787	C	T	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=98;PP=2965;SC=GACTCCCTTCCTCAAATGTGC;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=177;WE=151686913;WS=151686895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	151742541	rs4870017	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=831;SC=AAATCTGAAGTGGCATAATTT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=151742549;WS=151742531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	151742623	.	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=482;SC=GAAATTTCATAATTTTATTAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=151742631;WS=151742613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	151857370	rs1532401	T	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=16;PP=1042;SC=TGCTTCTGCCTTTAATCTGGC;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=151857378;WS=151857360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	151857594	rs6931664	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=50;PP=1676;SC=AAGATAATGCATTTCCAGCAC;SOR=1.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=151857602;WS=151857584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	151859314	rs4870034	A	G	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=GAGTTCAGGAACTAGAAGAAG;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=151859322;WS=151859304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	151869725	rs3842129	A	AT	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=533;SC=ACTGATTACGATTTTTTTTAT;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=22;WE=151869733;WS=151869715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	151894278	rs4242277	G	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=539;SC=ACTTCTAATGGTATTGTCTTC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=151894286;WS=151894268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	151894505	rs953767	T	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=51;PP=2221;SC=AGCCAGTACTTCTCATTTAGG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=151894513;WS=151894495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	152201875	rs4986934	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=40;PP=1329;SC=GCCGGCTCCGTAAATGCTACG;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=152201883;WS=152201865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	152446316	rs2813561	C	T	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	152446320	rs2813562	C	T	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	152446487	rs2813563	C	T	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=76;PP=2649;SC=TGTCTAAAGCCTCTGGTCATA;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=140;WE=152446495;WS=152446477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	152489038	rs997769	T	C	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=120;PP=2965;SC=TTAACCTTTTTGTCCAGCTCT;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=155;TCR=120;TR=275;WE=152489046;WS=152489028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr6	152489294	rs998147	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=60;PP=1479;SC=TCCACACAGCTGTCCTCTGCC;SOR=2.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=77;WE=152489302;WS=152489284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	152529260	rs3798756	G	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=60;PP=2207;SC=GGCTGTCAATGATCCCCCGCC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=113;WE=152529268;WS=152529250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	152534946	rs684807	T	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=528;SC=TTATTCTTACTTCTCTAGCAT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=152534954;WS=152534936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	152540278	rs2147377	A	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=932;SC=TCATGGAGAAAAAAGAGGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=152540286;WS=152540268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	152629586	rs9371581	G	A	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=43;PP=1852;SC=AATCAAGCCAGTTTCCTGCCC;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=105;WE=152629594;WS=152629576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	152629617	rs9383985	C	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=61;PP=2218;SC=GCCTACATTCCTCTCACCTCA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=128;WE=152629625;WS=152629607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	152629815	rs4112833	C	T	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=137;SC=TTTTTCTCTACCAATAACTAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=152629823;WS=152629805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152638209	rs1890100	A	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=140;SC=TGGACACAACAGTCTTAGGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=152638217;WS=152638199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152640248	rs2306915	G	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=399;SC=CATTTTAACTGCTTTGGCATT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=152640256;WS=152640238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	152643178	rs13192881	C	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=388;SC=CACTGCAGTTCATGTATAAAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=152643186;WS=152643168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	152644476	rs12206044	A	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=239;SC=AGAGAGGCTGAGGCAGGAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=152644484;WS=152644466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	152647681	rs2306916	A	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=58;PP=2211;SC=AGCTGTAACAATTCTTGGGCA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=152647689;WS=152647671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	152651759	rs3734365	C	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=49;PP=2028;SC=CAAGTTCACTCAGAGACTGGG;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=152651767;WS=152651749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	152652034	rs6911096	A	T	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=35;PP=1561;SC=TGAAGCTCAGAACTCTCATTC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=72;WE=152652042;WS=152652020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	152658141	rs28385621	CT	AC	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=36;PP=2398;SC=CCTGGACAAGCTTTTGTTCAA;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=152658150;WS=152658131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	152658191	rs9479298	T	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=635;SC=CAACCATACATGGAAACATTT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=152658199;WS=152658181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	152665261	rs4645434	C	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=30;PP=1519;SC=GAGGACTTGGCTCTAAATCCG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=152665269;WS=152665251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	152665464	rs35003170	TC	T	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=707;SC=AAATGGATTTTCCCCCCAAGA;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=152665472;WS=152665454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	152668215	rs144596829	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=881;SC=TGCTGCAGATCGCTGAGTAGC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=152668223;WS=152668205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	152671475	rs9478320	A	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=50;PP=1924;SC=ATGCTCCTGCAAAACCAGGTG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=152671483;WS=152671465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	152671553	rs9478321	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=924;SC=AACCCAGTGCAACTCACAGGG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=152671561;WS=152671543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	152671865	rs13210127	T	G	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=89;PP=2937;SC=TCTCACTGACTTTACTGATGG;SOR=0.863;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=176;WE=152671873;WS=152671855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	152671919	rs5880967	G	GA	1872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.12;MQRankSum=0.295;NF=2;NR=51;PP=714;ReadPosRankSum=1.885;SC=GAATTACAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.953;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=53;WE=152671927;WS=152671905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,72:0.95:76
chr6	152671975	rs1387549	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=766;SC=ACATATTCCCATGGTATGCAA;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=152671983;WS=152671965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	152673147	rs6908392	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=434;SC=ATCTGTCAATGAGTAAACACA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=152673155;WS=152673137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	152673519	rs6932325	A	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=639;SC=GAGCAAAGGTAGTCTTGTTTC;SOR=1.923;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=39;WE=152673527;WS=152673509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	152675854	rs9397102	A	G	8411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=134;PP=2965;SC=TGGTCCTGGGACTAACTTTCT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=159;TCR=134;TR=293;WE=152675862;WS=152675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr6	152683183	rs7771657	G	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TATACTAAAAGCCCCAAACGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=152683191;WS=152683173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152683199	rs7771662	G	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=194;SC=AACGTAATTTGCTTATGTGCA;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=152683207;WS=152683189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	152683413	rs4407724	G	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=36;PP=1287;SC=ACTGTCGAACGCCATCCTGAT;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=152683421;WS=152683403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	152685887	rs143574217	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=27.92;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	152688567	rs7775637	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=877;SC=CAGAGACAAACTGCAAAGCTA;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=152688575;WS=152688557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	152697706	rs214955	C	T	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=59;PP=1728;SC=GAAAAGGTGACGCAAAAATTT;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=152697714;WS=152697696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	152711395	rs214943	T	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=681;SC=TTAAACAAACTCTAAAAATAG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=152711403;WS=152711385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	152712752	rs214944	C	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=82;SC=ATTCTGACATCCTGGAGTGCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152712760;WS=152712742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	152719602	rs488673	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=926;SC=TTATCATGTTGTCTATTTCCT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=152719610;WS=152719592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	152721029	rs214951	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=338;SC=TTCACTATGGTACTGTTTTAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=152721037;WS=152721019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	152722228	rs177330	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=414;SC=ACAGAACTACAATCACCATTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=152722236;WS=152722218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	152722571	rs199924383	CCA	C	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=305;SC=ATTGTCAAAGCCACACAAGTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=152722580;WS=152722561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	152725251	.	T	TATATATAC	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=63.51;NF=3;NR=0;PP=200;SC=TATATATATATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=152725259;WS=152725241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152730924	.	T	TTAGTAC	280	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=61.78;NF=0;NR=6;PP=280;QD=62.3611667179;SC=GACTTGATGTTTCACTACGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=152730936;WS=152730914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152730925	.	T	TAGTA	309.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=38.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	152730926	.	CAC	TAA	232	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=232;QD=47.5779791437;SC=CTTGATGTTTCACTACGTAAA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=152730936;WS=152730914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr6	152730926	rs200869234	C	CTT	309.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152730928	.	C	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152740681	rs34651734	T	TA	235.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.667;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.966;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr6	152746593	rs111250109	A	T	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=50;PP=2463;SC=TTTTCACATCATCTTTGGAGG;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=129;WE=152746601;WS=152746583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	152751558	rs553642	C	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=950;SC=ATTTATTGCACTTACCCACAA;SOR=3.967;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=152751566;WS=152751548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	152763258	rs138705766	T	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=44;PP=1789;SC=GGCCATCCAGTGTGCTCTCCA;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=108;WE=152763266;WS=152763248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	152768796	rs502268	T	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=33;PP=1105;SC=ACAGTGCAATTGTGAAATCAT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=152768804;WS=152768786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	152770645	rs17366321	G	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=56;PP=2721;SC=TTTTCCTCTAGCAAATAATGA;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=95;TCR=56;TR=151;WE=152770653;WS=152770635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	152771849	rs17082701	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=936;SC=TGAGAGTCACGTGACAGGTTC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=152771857;WS=152771839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	152772264	rs214976	A	G	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=57;PP=1702;SC=GCATTCTTCTACAGAGGCTAA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=152772272;WS=152772254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	152774917	rs214973	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=923;SC=CACCAGGCACAATCAGCCTCT;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=152774925;WS=152774907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	152776540	rs148626610	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=612;SC=AGGTCAAGTGTCCCCTAAAGG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=152776548;WS=152776530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	152777095	rs17082709	A	C	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=1911;ReadPosRankSum=1.080;SC=ACGTTGCTCAAGGTCACAAAC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=122;WE=152777103;WS=152777085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr6	152777819	rs214967	G	A	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=39;PP=2027;SC=CTCCACCTCTGACTTGTAGCC;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=112;WE=152777827;WS=152777809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	152782628	rs506181	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=418;SC=ACAAAAGCATCGTTAACAAGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=152782636;WS=152782618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	152782933	rs579464	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=879;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CTTAACTTCCGGATTCCACAG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=152782941;WS=152782923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr6	152793412	rs4523096	C	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=29;PP=1238;SC=AAGAGACTTCCTTTAAATGCA;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=152793420;WS=152793402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	152793575	rs4343926	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	152793628	rs4530871	C	T	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=23;PP=1046;SC=CCAGCCCGCACCGATGAGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=152793636;WS=152793618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	152805889	rs9397512	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=190;SC=TGTTGCCATACCACTGTGTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=152805897;WS=152805879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	152809527	rs9397106	A	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=16;PP=1076;SC=TCTCCATACAATACCTGATAT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=152809535;WS=152809517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	152823627	rs56207224	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=375;SC=AATCATCACCCCATTTGGTGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=152823635;WS=152823617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	152831248	rs17842543	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=647;SC=TTCACATTTCGCAATCATTAG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=152831256;WS=152831238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	152847038	rs75402198	G	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=658;SC=AACAAGAAGGGAAATATATTC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=152847046;WS=152847028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	153311001	rs3860814	A	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.63;QD=28.43;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	153315921	rs3799133	G	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=19;PP=594;SC=AAAAGGAGATGAACATGGAGA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=153315929;WS=153315911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	153603782	rs61746762	G	A	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=CGCGGCCGCCGGGGTGCTTCC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=222;WE=153603790;WS=153603772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	154412004	rs2075572	G	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=1;PP=816;SC=GGCTAAAAATGAATGAGCAAA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=154412012;WS=154411997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	154414375	rs9282821	A	C	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=33;PP=1712;SC=AATAATGGCCATTATAAAGTA;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=154414383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	154414446	rs540825	A	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=50;PP=2208;SC=CTCTAGAGCAAGGCTGCTTGG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=154414454;WS=154414436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	154414563	rs675026	A	G	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	154414573	rs562859	C	T	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	154415434	rs660756	G	T	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=79;PP=2804;SC=AAGTGGAGTGGCGATTTGGCA;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=147;WE=154415442;WS=154415424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	154428702	rs650245	A	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=1071;SC=AGTCTAGAGCATTAATTTTGA;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=154428710;WS=154428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	154429085	rs71021021	AT	A	318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=63;SC=ATAAACACTGATTTTTTTATT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=154429093;WS=154429075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	154431393	rs497332	C	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=AATCTATGTACCTTTGGGGTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=154431401;WS=154431383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	154535444	rs2293537	A	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=103;NR=60;PP=2941;SC=TGTTGACCAAAGAGATTAGCC;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=163;WE=154535452;WS=154535434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	154542491	rs2272381	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=62;PP=2060;ReadPosRankSum=1.541;SC=CAAACACATAAAAAATTAGTG;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=154542499;WS=154542481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr6	154567676	rs7759388	G	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=13;PP=1595;SC=TGCCTTTAACGTATCCCTCAT;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=75;WE=154567684;WS=154567666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	154567863	rs34427887	C	T	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=103;PP=2965;SC=GATCTTTACACGATATCCTCC;SOR=1.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=76;TCR=104;TR=179;WE=154567871;WS=154567853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	155094988	rs7762129	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=104;SC=CTTATGGGCAGTGATGTTGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=155094996;WS=155094978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	155116285	rs79232250	TTC	T	2893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=1937;SC=TGAGCGGTTTTTCTGTTATAT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=41;WE=155116294;WS=155116275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	155124583	rs3757291	T	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=538;SC=AAATGATAGATATAACGGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=155124591;WS=155124573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	155129784	rs66499928	CCTTT	C	5613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=38;PP=2947;SC=TCTCAACCAGCCTTTCTGTTT;SOR=1.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=73;WE=155129795;WS=155129774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	155451352	rs931312	G	A	7804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.784;SC=CTGAGCAACCGTGTCTCTTTT;SOR=0.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=113;TCR=162;TR=274;WE=155451360;WS=155451342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr6	155485535	rs1032140	G	A	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.838;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=37;PP=2329;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AATCACCTCTGTTTTTGCTTT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=124;WE=155485543;WS=155485525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr6	155485554	rs1032141	G	A	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=65;PP=2965;SC=TTAAGATCCAGCAATGGGAGC;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=172;WE=155485562;WS=155485544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	155561564	rs11751085	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=700;SC=CCTCTGAGATCCCTGCTGAGC;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=155561572;WS=155561554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	155561760	rs4259257	T	C	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=90;PP=2965;SC=TCCTCCGAGGTCTCTGGCCCG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=184;WE=155561768;WS=155561750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	155561796	rs11751128	C	T	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=91;PP=2965;SC=AGACCGCCTCCGCAAAGTCAT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=200;WE=155561804;WS=155561786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	155565089	rs6902025	TC	CT	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=36;PP=2947;SC=TACCCAAATCTCATGGGTATT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=82;WE=155565098;WS=155565079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	155565744	rs6907595	T	C	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=78;PP=2965;SC=CGTGGTGTCCTGAACTTCATG;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=198;WE=155565752;WS=155565734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr6	155571113	rs3011902	A	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=82;PP=2606;ReadPosRankSum=1.107;SC=GGTCCGTGAGACATCTGCACC;SOR=0.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=140;WE=155571121;WS=155571103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr6	155571697	rs1041474	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=27;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TCAGAGGTGATGGATGTACTA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=93;WE=155571705;WS=155571687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr6	155572986	rs3011899	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=53;SC=CATACGTTTGGAGAGTGTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=155572994;WS=155572976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	155573331	rs3011898	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=622;SC=AAAAGAAGATATACAGCTGGG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=155573339;WS=155573321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	155574198	rs2989458	C	T	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	155574207	rs2274824	T	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	155575546	rs1331213	C	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=21;PP=1841;SC=TCTCCCCCCCCACCCAGTGAC;SOR=2.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=155575554;WS=155575536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	155575607	rs3011895	G	A	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTCTGAGGGAGAACTTCAGGC;SOR=0.304;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=225;WE=155575615;WS=155575597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr6	155750035	rs231954	C	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=41;PP=2346;SC=TGAAAAAGTCCTCCTGGGGGG;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=115;WE=155750043;WS=155750025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	155750219	rs231955	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=52;PP=1745;SC=CTTTGTCCTCGAAATAATAAA;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=155750227;WS=155750209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	155757781	rs231961	T	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=507;SC=TACAGTGAGCTCTGAAATATC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=155757789;WS=155757771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	156275691	rs4870405	G	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=18;PP=1234;SC=TCCAGAACTAGTCATTCAATT;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=156275699;WS=156275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	157101072	rs1261893	A	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=590;SC=GAACTTTCTCACACCTTTAGC;SOR=4.174;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=157101080;WS=157101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	157744588	rs4708868	C	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AAGCGAGAACCAGGCGGAGGA;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=53;WE=157744596;WS=157744578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr6	157950088	rs17541624	G	C	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=20;PP=1402;SC=CCTTGTAGTTGCTAGTGTCTA;SOR=1.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=157950096;WS=157950078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	157950346	rs9457707	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=953;SC=AAAGTTTATGTTTTAGCATTG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=157950354;WS=157950336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	157963550	rs17165416	T	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=31;PP=1482;SC=GACTGCTTACTGTTGATTCCT;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=87;WE=157963558;WS=157963540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	157963743	rs2365611	G	A	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=99;PP=2965;SC=CACGAGCCACGCCTGATGAAG;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=78;TCR=99;TR=177;WE=157963751;WS=157963733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	157963842	rs2886421	C	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=28;PP=852;SC=ACAGTGGGGACGGCAGGCCGA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=157963850;WS=157963832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	158066690	rs17165463	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=5;PP=355;SC=GTGCCCGGGGGTGTTTCGGTT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=158066698;WS=158066680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	158068481	rs616538	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=581;SC=CCGCCCGCCCTGGTGGAATGG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=158068489;WS=158068471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	158074504	rs636169	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=34;PP=1676;SC=GTGCTGCTGCATCTCTGGCTT;SOR=1.384;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=97;WE=158074512;WS=158074494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	158327055	rs17574013	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=392;SC=CTAGTGCACCCGAAAGACAGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=158327063;WS=158327045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	158475941	rs2296510	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=16;PP=791;SC=GGAAAAACCATGGCCTCCTTG;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=158475949;WS=158475931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	158485552	rs73017928	C	T	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=5;PP=2007;SC=CACAGGCTGCCGAATAAGGAA;SOR=4.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=69;TCR=5;TR=74;WE=158485560;WS=158485542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	158538441	rs35421004	CAA	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=102;SC=ATTGTGGACACAAGAACAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=158538450;WS=158538440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	158569886	rs9356399	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1500;ReadPosRankSum=2.008;SC=AGTCATATAGTGGATATTTAC;SOR=0.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=102;WE=158569894;WS=158569876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr6	158570024	rs71027384	A	AT	358.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=202;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CCAAGAATGTATTTTTTTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=158570032;WS=158570014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr6	158571501	rs6929274	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=12;PP=456;SC=TTTCTCCTTTGTCTAAAGAAA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=158571509;WS=158571491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	158571655	rs6929520	G	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=268;SC=ATCATAAATAGACAATCAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=158571663;WS=158571645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	158579237	rs6933016	T	C	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=20;PP=1370;SC=TTGTGGCCCATCTTAGAAATG;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=158579245;WS=158579227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	158735087	rs9364951	C	T	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	158735090	rs7756620	T	C	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	158923434	rs9364968	G	C	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=125;PP=2965;SC=CCCAGAACACGTACACCCTCC;SOR=0.856;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=120;TCR=126;TR=245;WE=158923442;WS=158923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr6	158924088	rs914690	T	C	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=100;PP=2965;SC=TGGGTGAGGATGTTTGGGTTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=125;TCR=101;TR=225;WE=158924096;WS=158924078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	158957104	rs9456318	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=381;SC=TGTGGGAAGAAGCACCTCACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=158957112;WS=158957094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	158993341	rs34964890	CATA	C	3833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=15;PP=2629;SC=CCAGGCTGAGCATACTATGTC;SOR=2.807;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=52;WE=158993351;WS=158993331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	158994577	rs4709217	T	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=105;PP=2965;SC=TTTTTACTCATTGAATCTTTT;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=196;WE=158994585;WS=158994567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	159026188	.	GTG	ATA	99	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=99;QD=25.411312477;SC=GTGTGTGTGTGTGTATGTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=159026198;WS=159026178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	159028449	.	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr6	159028457	.	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr6	159028488	rs3734474	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	159029342	rs6925091	G	C	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=50;PP=2965;SC=TTTCCACATGGATTTCTGCCC;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=151;WE=159029350;WS=159029332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	159029868	rs9457412	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=401;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=159029876;WS=159029858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	159046076	rs6905898	T	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=24;PP=1126;SC=GTGGTGGTGCTGGGAGGAGAA;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=159046084;WS=159046066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	159052471	rs9457420	G	A	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=75;PP=2389;SC=ATCCCGGCACGGCCTTGCATG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=106;WE=159052479;WS=159052461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	159065758	rs2306751	C	G	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=148;PP=2965;SC=CCGGCGCGTCCCCTCCGGCTC;SOR=0.992;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=119;TCR=149;TR=267;WE=159065766;WS=159065748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr6	159178345	rs901363	C	T	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=68;PP=2965;SC=AGTGATCATTCCTCTGGCCAC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=158;WE=159178353;WS=159178335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	159205631	.	GC	AT	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=41;PP=2947;SC=ACATGCTGGAGCGCACGGAGA;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=108;WE=159205640;WS=159205621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	159291490	rs6455609	G	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=413;SC=AACACATCAGGAAACCTCAAA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=159291498;WS=159291480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159294675	rs10945567	C	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=28;PP=1246;SC=TGCCCCACCACGTGGGGGATT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=159294683;WS=159294665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	159316430	rs9457507	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=29;PP=778;SC=TGATGGAATACGTGGCATCCT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=159316438;WS=159316420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	159618303	rs371373	C	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=473;SC=TTTGTTGTCACACTGTAATGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=159618311;WS=159618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	159650722	rs57447691	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=487;SC=GGTGACTTGGCGTGCATTGCT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=159650730;WS=159650712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	159652931	rs420137	G	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=34;PP=2140;SC=GGCGGATGTTGAGCAGAACAC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=159652939;WS=159652921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	159653635	rs381639	C	G	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=72;PP=2965;SC=CCTCGCCGGCCCGGAGGACCC;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=135;TCR=72;TR=207;WE=159653643;WS=159653625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	159654487	rs404435	G	T	7897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=131;PP=2965;SC=CTGCTCGTCCGCCCGCAGCAC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=281;WE=159654495;WS=159654477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr6	159654551	rs370434	C	G	7660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=137;PP=2965;SC=CCGGGCCCCACAACAGCAGCC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=113;TCR=137;TR=250;WE=159654559;WS=159654541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr6	159654994	rs402388	A	C	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=73;PP=2965;SC=GCGCCCGGGTACCCAGCAGGG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=150;WE=159655002;WS=159654984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	159655084	rs420054	C	G	5819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CCGAGGACGACGAGGAGGAGG;SOR=0.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=226;WE=159655092;WS=159655068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,218:0.98:222
chr6	159655102	rs436743	A	G	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=100;PP=2965;SC=AGGACGCGGGATTTTTTAAAG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=213;WE=159655110;WS=159655092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	159655326	rs3003174	T	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=45;PP=2282;SC=CCTTCCCGACTGCCGCCTCGC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=110;WE=159655334;WS=159655316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	159655383	rs2501176	A	G	10267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=93;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCAGTACACCACG;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=140;TCR=93;TR=233;WE=159655391;WS=159655373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr6	159655402	rs2932988	A	G	11048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=115;PP=2965;SC=CGCGCGCCCCACCTGGCCACT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=269;WE=159655410;WS=159655392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	159655593	rs2501177	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=37;PP=1000;SC=TATTCTATTGCATTTAGCACC;SOR=7.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=37;WE=159655601;WS=159655583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	159657195	rs420339	G	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=893;SC=CCAACTTCCCGGGCATGTTGA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=159657203;WS=159657185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	159659481	rs419836	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=666;SC=ACTCACATTACGGTTTCCTTC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=159659489;WS=159659471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	159659523	rs450538	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=8;PP=1466;SC=TACATATATAATTGGACTAAT;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=59;WE=159659531;WS=159659513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	159660779	rs141435210	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	1735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=2976;SC=GCCCACCACTGCCACCACCCG;SOR=0.793;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=23;WE=159660804;WS=159660769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	159660879	rs386360	C	A	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=26.85;SOR=1.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	159669953	rs28487880	G	C	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=6;PP=589;SC=GTGTGTGTGTGTGTCTGTCTG;SOR=5.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=159669961;WS=159669943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	159670276	rs294907	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=848;SC=TTGAAGAAAAACATTACTAAT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=159670284;WS=159670266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	159670303	rs294906	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=497;SC=GCCTCGCCAAGGCAGTGCATT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=159670311;WS=159670293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159672455	rs294899	C	T	8048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=142;PP=2965;SC=AGAAGAGTGACCTGCCTCCCC;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=135;TCR=142;TR=277;WE=159672463;WS=159672445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr6	159677498	rs294890	C	T	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=9;PP=1371;SC=TGGGTTACATCTTGTGTGTGA;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=57;WE=159677506;WS=159677488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	159682206	rs294883	C	T	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=17;PP=1306;SC=CAAAATATATCTTCTTCCAAC;SOR=1.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=66;WE=159682214;WS=159682196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	159692321	rs409691	G	A	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=27;PP=1696;ReadPosRankSum=1.083;SC=TGGTTCAGGGGCCTCTGACGC;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=89;WE=159692329;WS=159692311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr6	159692559	rs455162	G	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=471;SC=GACAGCCAGCGTGCTCAGCCC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=159692567;WS=159692549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	160106088	rs2758332	C	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	160106125	rs2855116	A	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=27;PP=762;SC=ATTACAGTAAAATGTTATATT;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=160106133;WS=160106115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	160109051	rs2070994	A	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=1;PP=865;SC=TCTCAAAAAAACAACAACAAA;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=160109059;WS=160109041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	160113872	rs4880	A	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=58;PP=1716;SC=ATACCCCAAAACCGGAGCCAG;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=160113880;WS=160113862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	160133957	rs752779	G	A	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=113;PP=2965;SC=ATTTAAAAAGGTCTCCCTGTA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=74;TCR=113;TR=187;WE=160133965;WS=160133947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	160148406	.	T	TGGCAGGA	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.41;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	160148410	.	G	A	489	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=59.82;NF=9;NR=20;PP=489;QD=18.0610762947;SC=GGAGGCTGGCGGGAGGCGGGA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=29;WE=160148418;WS=160148400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,29:0.85:34
chr6	160174456	rs1440	T	G	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=42;PP=2253;SC=GAGAGTTTTGTCTTCATTTTG;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=115;WE=160174464;WS=160174446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	160182749	rs2277073	G	A	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=78;PP=2453;SC=AAAAGCCCAAGACGTCAAGTC;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=115;WE=160182757;WS=160182739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	160182845	rs2277072	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=438;SC=TCTGCCCGCAAGCCCAGACCC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=160182853;WS=160182835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	160183325	rs2273819	G	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=538;SC=GAACCCTGCGGCTCCCGCGTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=160183333;WS=160183315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	160196343	rs25683	A	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=56;PP=1694;SC=TCAACTAGAAAAGGTGAGTAT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=160196351;WS=160196333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	160198395	rs3465	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=48;PP=1780;SC=ATAAACGTGGGCTTACACCTT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=160198403;WS=160198385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	160199453	.	GTT	G	22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=70.0;NF=0;NR=2;PP=22;QD=36.140143618;SC=ACTTCCCAAGGTTTAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=160199462;WS=160199443;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	160199687	rs15982	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=20;PP=1392;SC=TTCTCCCCCGTTAGGTCAATA;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=160199695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	160201295	rs2295901	C	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=559;SC=TGTCTAGTCCCTGCAGAAGAG;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=160201303;WS=160201285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	160201677	rs3818300	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=38;PP=1198;SC=AGCATTTGTGGTAAAAGTGCT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=160201685;WS=160201667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	160202167	rs2295899	G	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=27;PP=758;SC=TGTAACCTGAGTTACCTTCTG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=160202175;WS=160202157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	160205991	rs1547093	C	A	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=80;PP=2465;SC=TCTATTAAAGCAGCAAGCATT;SOR=2.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=27;TCR=80;TR=107;WE=160205999;WS=160205981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	160206631	rs3818299	T	C	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=63;PP=2851;SC=AGTAATAATATCCGTTCAGCC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=160206639;WS=160206621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	160207049	rs2273828	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	160211485	rs2273823	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=6;PP=1226;SC=TCCGGGTCGGTGGCGTCTGGC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=53;WE=160211493;WS=160211475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	160211554	rs1128661	T	G	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=51;PP=2579;SC=ATATGGCTGCTCCTGGCGAGC;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=139;WE=160211562;WS=160211544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	160211636	rs1128670	G	A	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=123;PP=2965;SC=CTTCGGTCGCGGTTTTGGGGG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=244;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	160211645	rs58504486	GGTT	G	10697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.26;NF=33;NR=119;PP=2969;SC=CGGTTTTGGGGGTTGTTCTCG;SOR=0.816;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=34;TCR=125;TR=152;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr6	160211697	rs9346795	C	T	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=44.17;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	160211700	rs9355278	C	G	9197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=44.65;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	160212268	rs4709371	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=671;SC=GGTAGAGGCAGGGTTCGCGGA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=160212276;WS=160212258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	160221279	rs71927633	GCGTGGGCAGCA	G	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=2986;SC=CGACGGAAGCGCGTGGGCAGC;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=26;WE=160221297;WS=160221269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	160221475	rs733319	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGCGAGCTTGAGGAGGGGGTG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=54;WE=160221483;WS=160221465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr6	160221560	rs12211823	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=521;SC=CTCCAGCCCCGGGGCGGTGGG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=160221568;WS=160221550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	160224346	rs2146163	T	C	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=74;PP=2274;SC=CAAACAAGTATGTATCAAGAG;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=139;WE=160224354;WS=160224336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	160225559	rs9364536	G	C	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=63;PP=2617;SC=TGTTCTGTTTGTTGTTCTGTT;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=160225567;WS=160225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	160226923	rs6910976	A	G	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=27;PP=1606;SC=CATGAAAACCAGAGGGTTCAG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=160226931;WS=160226913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	160229867	rs41267787	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=32;PP=1631;SC=TCACTGCGAACGGGGCATCAG;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=160229875;WS=160229857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	160231215	rs73026894	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=43;PP=1356;SC=CTGAGGCAGCTCCTAAAATGC;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=160231223;WS=160231205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	160234625	rs13220869	G	C	7665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=132;PP=2965;SC=TGTTTTCCATGATTGTAGGAG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=132;TCR=133;TR=264;WE=160234633;WS=160234615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr6	160239835	rs9347350	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=22;PP=1494;SC=GTTTCTCCACTAAAGCCAACA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=160239843;WS=160239825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	160241440	rs7775650	G	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=21;PP=1378;SC=GGTGCCTCTCGGCCTGCTGGG;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=160241448;WS=160241430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	160450401	rs57359755	CT	C	38.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=27;SC=TTACTTAAAACTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=160450409;WS=160450400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	160453561	rs4709390	T	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=40;PP=2463;ReadPosRankSum=1.385;SC=TTATTTTGCTTCTTTCACATT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=122;WE=160453569;WS=160453551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr6	160453978	rs1570070	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=472;SC=TTTTAGGTTCATCCTATATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=160453986;WS=160453968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	160461793	rs8191774	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=557;SC=TTAGTCCACATGCTCATGGAA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=160461801;WS=160461783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	160464289	rs894817	G	A	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=70;PP=2130;SC=AGGCACGAGGGTGTCCCGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=160464297;WS=160464279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	160465486	rs66749494	TTGTC	T	401.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=374;SC=AGTCACTTCTTTGTCTGCGTG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=160465497;WS=160465476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	160465753	rs609207	T	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=436;SC=ATTCTTCATATCTCTGTTCCT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=160465761;WS=160465743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	160468278	rs998075	A	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=69;PP=2245;SC=GAGGCGGCACACCCTATAACA;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=132;WE=160468286;WS=160468268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	160468383	rs998074	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=659;SC=GAATGTTTGTTCCTCATCGCG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=160468391;WS=160468373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	160479789	rs8191832	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=359;SC=TACTAACTGTACTAACATGCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=160479797;WS=160479779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	160479882	rs2274849	G	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=30;PP=1314;SC=GTTCTTGTCTGTGGTGAGATA;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=160479890;WS=160479872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	160481537	rs7746102	T	C	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=28;PP=1982;SC=GCGCCATGAATACTGTTCTGT;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=160481545;WS=160481527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	160486083	rs8191863	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=330;SC=GAGTCGGGCTAGGTTAACTCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=160486091;WS=160486073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	160489215	rs8191867	CAG	C	6414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=45;PP=2965;SC=CGTTTCTAGACAGAGTGCCCA;SOR=1.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=91;WE=160489224;WS=160489205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	160494409	rs629849	A	G	10581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GCCTGAGGCCAGGCCAACCAA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=174;TCR=203;TR=374;WE=160494417;WS=160494399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,394:0.99:396
chr6	160505199	rs614754	C	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=38;PP=1225;SC=CCTGGTCCCTCGTCCACAACG;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=160505207;WS=160505189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	160505252	rs8191915	C	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=545;SC=GGCGCCACACCCTCAGCATGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=160505260;WS=160505242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	160511250	rs1050026	T	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=278;SC=AACAAAAACCTTGGTCTAATT;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=160511258;WS=160511240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	160543562	rs461473	G	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=137;SC=CACAAACTCTGGGTCTTTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=160543570;WS=160543552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	160551204	rs683369	G	C	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=55;PP=2329;SC=CGGGCTTCTTGTTTGGCTCTC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=130;WE=160551212;WS=160551194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	160560845	rs628031	A	G	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=89;PP=2543;SC=CCCCATGGCCATGTCAAATTT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=175;WE=160560853;WS=160560835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	160560897	rs113569197	CTGGTAAGT	C	4451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=48;PP=2979;SC=TTTATCTCACCTGGTAAGTTG;SOR=1.059;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=53;WE=160560912;WS=160560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	160575985	rs2297374	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=877;ReadPosRankSum=0.836;SC=TTTTGCAGCTCGGCAGTGGGC;SOR=2.007;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=160575993;WS=160575975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr6	160645832	rs316003	C	T	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=111;PP=2965;SC=CCAAGCCAAGCACGCCTGAAA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=87;TCR=111;TR=198;WE=160645840;WS=160645822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	160645921	rs3219197	C	CT	1533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=941;SC=TTGTTTAAAACTTTTTTTTAG;SOR=3.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=39;WE=160645929;WS=160645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	160666660	rs11422119	A	AC	1520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=1240;SC=ATAATTTCTTACCGTCCTGAG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=160666668;WS=160666650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	160670282	rs316019	A	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=65;PP=2965;SC=TTGGGCAGAGAAACTGTGAAC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=169;WE=160670290;WS=160670272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	160670494	rs316018	A	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=47;PP=1344;ReadPosRankSum=0.027;SC=AAACTAGAACACCAACCTCAA;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=60;WE=160670502;WS=160670484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr6	160670533	rs316017	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=667;SC=GAATATTCTACGCAACTCTCT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=160670541;WS=160670523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160671500	rs316016	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=727;SC=GTCCCTTTTCTTGCATGCCGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=160671508;WS=160671490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	160677614	rs2774230	G	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=44;PP=1845;SC=CTTTGGGATTGTTTAAATTCC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=160677622;WS=160677604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	160769423	rs555754	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=790;SC=CCGAGGCGCGGGCTGCGGGCG;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=160769431;WS=160769413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	160769811	rs668871	C	T	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	160857949	rs8187724	A	C	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=36;PP=2069;SC=CTTGCGTTAAATTTACAATAC;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=160857957;WS=160857939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	160913931	rs61745804	C	T	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=62;PP=2538;SC=CATTGGGATCCGTCGTATAAC;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=153;WE=160913939;WS=160913921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	160963964	rs41265934	C	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=37;PP=1119;SC=ATGGTAAAATCATAAACACTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=160963972;WS=160963954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	160969629	rs1801693	A	G	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=58.46;NF=54;NR=35;PP=1657;SC=GCTGGGGTCCATGGTAAAACA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=160969637;WS=160969619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	161132146	rs4757	C	T	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=56;PP=2945;SC=ATGGAAAGAACTACAGAGGGA;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=158;WE=161132154;WS=161132136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	161135667	rs147901890	CTTATTGCCAATT	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=737;SC=ATCCTGAGTCCTTATTGCCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=161135686;WS=161135665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	161137663	rs4252109	T	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=45;PP=2317;SC=CTAAAATCTTTCTTGTCCATT;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=122;WE=161137671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	161139857	rs13231	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=25;PP=959;SC=CCACGGAACAATTGGCTCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=161139865;WS=161139847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	161143376	rs4252117	A	G	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=26;PP=2191;SC=TTTTGTCATAAATTGCTTCAT;SOR=1.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=103;WE=161143384;WS=161143366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	161143608	rs4252120	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=596;SC=GCGTATGTCTTTGATTTTTAC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=161143616;WS=161143598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	161152240	rs4252125	G	A	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	161152294	rs4252126	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=39;PP=1144;SC=ACATCTACACACTTGGACGCT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=161152302;WS=161152284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	161153080	rs4252130	A	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=585;SC=CAGGGGGCTAAGCTAGAATAT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=161153088;WS=161153070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	161160083	rs2859879	G	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=15;PP=1360;SC=TCCTCTTGACGTCCTCATCTT;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=161160091;WS=161160073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	161413211	rs662541	G	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=586;SC=CCCGCCAGGTGGGGAGGGAAG;SOR=1.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=161413219;WS=161413201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	161469455	rs9346846	T	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=80;SC=AAATGGATAATTTTTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=161469463;WS=161469445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	161469774	rs4559074	G	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=60;PP=2406;SC=GAGCGTGATCGTAAAAAAAAT;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=145;WE=161469782;WS=161469764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	161502094	rs9347479	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=33;PP=1005;SC=TGCTTCTGAACGCGACGCTCC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=161502102;WS=161502084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	161509003	rs9355332	T	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=22;PP=772;SC=CTCATCTCCATCTTTGCAGCA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=161509011;WS=161508993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	161517964	rs2177587	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=446;SC=TATTTGTATATGTAATATTAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=161517972;WS=161517954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	161519350	.	CCTGCTG	C,CCTG	2912.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42,42;NR=16,16;PP=2992,75;ReadPosRankSum=1.664;SC=CCATGGCAGCCCTGCTGCTGC;SOR=1.302;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=58,58;WE=161519363;WS=161519340;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.10,0.85:115
chr6	161531006	rs4709493	G	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=258;SC=GCCCGTGGGAGGTGCTCTGAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=161531014;WS=161530996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	161532855	rs35961625	CT	C	7857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=113;PP=2974;SC=ACAACTACTTCTTTTCTTTTT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=39;TCR=116;TR=150;WE=161532867;WS=161532845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	161557703	rs6455706	A	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=73;PP=2609;SC=GGAGTAGCCCAAACAGACTAC;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=117;WE=161557711;WS=161557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	161565305	rs59871575	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=76;PP=2266;SC=AGCCCTGCACGGAGAGAGAAA;SOR=2.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=18;TCR=76;TR=94;WE=161565313;WS=161565295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	161970150	rs111859679	ATGTGTG	A,ATG	1373.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=22,22;PP=847,75;ReadPosRankSum=1.735;SC=AAAATAATGCATGTGTGTGTG;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=22,22;WE=161970163;WS=161970140;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:33
chr6	161990339	rs10945756	G	A	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=35;PP=2185;SC=TCTCATTAGCGTCTATCTTTC;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=115;WE=161990347;WS=161990329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	161990483	rs3765474	C	T	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=70;PP=2064;SC=AAAAACGTCACTTTCACTCTG;SOR=1.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=106;WE=161990491;WS=161990473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	161990516	rs3765475	G	C	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=47;PP=1419;SC=TTCTTACACAGAGTTATGACT;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=161990524;WS=161990506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	162622304	rs4709583	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=30;PP=837;SC=AAAAAGCAGAAGAAGTGGCTA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=162622312;WS=162622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	163149497	rs2276201	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=698;SC=TTGGCCAGCCTTAGGATGGAC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=163149505;WS=163149487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	163587146	rs1124951	C	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=57;PP=2592;SC=GGCTGCAGGGCTTGGCGCGGG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=148;WE=163587154;WS=163587136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	163587308	rs12198808	A	G	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	163611793	rs6907521	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=13;PP=1417;SC=TCTCTTATACCAAAAAGCCCA;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=163611801;WS=163611783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	163612152	rs6908111	C	T	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=111;SC=TATGTATTCACCCTTAGTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=163612160;WS=163612142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	163612783	rs6937392	C	A	9782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=201;PP=2965;SC=AGAGCCATGACGTCCCTCTGC;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=130;TCR=201;TR=331;WE=163612791;WS=163612773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	163836376	rs2757578	C	T	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=123;PP=2965;SC=AGGTGAGCGTCTCCAGGGCCC;SOR=1.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=70;TCR=123;TR=193;WE=163836384;WS=163836366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	163837086	.	TGGGGG	T	318.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.82;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr6	165693624	rs1413100	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=17;PP=456;SC=GAAATGAATACCATAGGTTAG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=165693632;WS=165693614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	165694945	rs1333501	C	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=118;SC=TGCTCTAGTTCTTTTATCATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=165694953;WS=165694935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	165723166	rs575424	A	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=786;SC=ACTGCTGAGCAACCAGGCACA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=165723174;WS=165723156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	165746439	rs571047	C	A	508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=416;SC=CCACCCCCCCCAAAAAAAGGA;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=165746447;WS=165746429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr6	165801790	rs1511746	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=7;PP=814;SC=GACTCACCTGGAGGATGGACA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=165801798;WS=165801780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	165808630	rs491522	A	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	165808634	rs491517	A	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	165827194	rs220749	A	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=51;PP=1796;SC=TGACAGAACCAAAAATAACAA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=165827202;WS=165827184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	165845027	rs148704004	AATATACTATATATC	A	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=2268;SC=TACTATATATAATATACTATA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=165845048;WS=165845017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	165863695	rs57550533	C	CA	3305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=22;PP=2182;SC=AATCTTTGCCCATTTTTTCTA;SOR=1.434;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=49;WE=165863703;WS=165863685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	165989776	rs1410479	C	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=19;PP=1651;SC=AAACAAAGTTCTCATCAATTG;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=165989784;WS=165989766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	166075362	rs6456003	G	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=12;PP=1180;SC=CACCCAGCAGGCCAAGCCCCC;SOR=2.468;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=57;WE=166075370;WS=166075352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	166307718	rs6456029	T	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=41;PP=1861;SC=GAATATCATATGTCTGTCCTG;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=114;WE=166307726;WS=166307708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	166308090	rs2140232	AT	TC	7466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=78;PP=2947;SC=TGTACTACATATCCCGAGGAA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=144;WE=166308099;WS=166308079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	166401512	rs697475	T	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=25;PP=1011;SC=TTGGGGGTGCTTGTGCTCTCA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=166401520;WS=166401502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	166572045	rs3127328	C	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=1011;SC=GTGACGGCGCCGTTGCTCACA;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=166572053;WS=166572035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	166574246	rs3127334	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=878;SC=AGGACTAAGGGCCTATGGGAA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=166574254;WS=166574236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	166574308	rs3099267	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=24;PP=1704;SC=TTGCACCAGGTCCTGGACATA;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=166574316;WS=166574298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	166720806	rs911203	G	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=55;PP=2426;SC=CGGCAGCCGCGGACTCCACGC;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=166720814;WS=166720796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	166721211	rs13204594	G	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.193;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=2046;ReadPosRankSum=1.013;SC=CGGCCTCGGGGGTGAGATTCA;SOR=0.219;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=117;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr6	166721224	rs7757150	C	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=58;PP=2165;SC=GAGATTCAGGCAGAAGCGCGC;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	166721424	rs13205770	C	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=3;PP=51;SC=GAGGGGCCGGCGGCTGCGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=166721432;WS=166721414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	166721667	rs115389546	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=3;PP=68;SC=GCCCCTGGAAAGAGAGGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=166721675;WS=166721657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	166739684	rs10806847	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=797;SC=TAGATTATAAGTTTGAGATCC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=166739692;WS=166739674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	166780349	rs11557064	G	T	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=80;PP=2965;SC=GCAATGGGAAGACCCCAGTTG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=172;WE=166780357;WS=166780339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	166796433	rs1546854	C	A	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=80;PP=2354;SC=AATGACACCCCGGCCAACCCC;SOR=2.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=103;WE=166796441;WS=166796423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	166826255	rs909631	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=21;PP=1806;SC=ACCCGCTACAGCCGCGTGGAC;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=166826263;WS=166826245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	166826304	rs760670	T	C	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=76;PP=2965;SC=CCAGGTTGGATGACAGCACGG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=185;WE=166826312;WS=166826294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	166827436	rs2235295	T	C	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=78;PP=2051;SC=GGGAAGGTCATGAGAGTCGGG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=126;WE=166827444;WS=166827426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	166831580	rs112340841	GA	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	166862136	rs7746519	G	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=456;SC=CCTATGCTCCGTGCTCCCACA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=166862144;WS=166862126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	166862233	rs2230730	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=33;PP=1654;SC=ACTCGGTGTCTGTGGCTTTAT;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=166862241;WS=166862223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	166862431	rs6932660	A	G	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=906;SC=GAAGAGAGGCACCGACTGTGA;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=166862439;WS=166862421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	166903983	rs2072831	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=223;SC=CTGCTACTGGCGGACGAGCGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=166903991;WS=166903973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	166912062	rs2230732	C	T	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CCACCTCGGGCGCCATGTACT;SOR=1.338;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=109;TCR=61;TR=167;WE=166912070;WS=166912052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
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chr6	167271711	rs943687	T	C	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=57;PP=1977;SC=TCTTCTGTGGTGGGCTCCACA;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=114;WE=167271719;WS=167271701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	167352145	.	C	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=56;PP=2403;SC=AGATGGTGCCCAGATGGGCAT;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=128;WE=167352153;WS=167352135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	167360104	rs2236312	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=106;SC=TTGAAGGTACGCTTGTGAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=167360112;WS=167360094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	167360389	rs2236313	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=11;PP=290;SC=AGAAAGAAGATGCAGGTAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=167360397;WS=167360379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	167413113	rs139570765	C	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	167435747	.	A	AAC,AACAC	69.86	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4,4;NR=1,1;PP=126,78;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GAGCTGCCCCAACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5,5;WE=167435755;WS=167435745;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.83:6
chr6	167447489	.	CT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr6	167453519	rs368396376	A	AT	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.546;QD=17.04;ReadPosRankSum=1.010;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr6	167549775	rs3093007	T	C	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=155;PP=2965;SC=AAGATTATTTTGTGTCAGTCA;SOR=1.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=90;TCR=155;TR=245;WE=167549783;WS=167549765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	167550042	rs2071171	C	T	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=2756;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GTCATGCCACCGGTGCGTGGG;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=125;WE=167550050;WS=167550030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr6	167571048	rs6902566	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=37;PP=1840;SC=CAGCAGGAAGTGCAGGGCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=167571056;WS=167571038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	167584201	rs137960900	C	A	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=49;PP=2400;SC=AAGTGACTGGCGGGGACCAGG;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=125;WE=167584209;WS=167584191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	167584353	rs201194115	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.50;QD=30.98;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	167587493	rs201243713	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.311;NF=44;NR=62;PP=1191;ReadPosRankSum=-3.460;SC=TATCATTTGCGTCGTGTAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=357;TCF=159;TCR=198;TR=106;WE=167587501;WS=167587483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,36:0.14:260
chr6	167590454	rs71571482	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.672;NF=31;NR=14;PP=580;ReadPosRankSum=0.278;SC=CTTTGAAAATGTGAACATTTT;SOR=1.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=45;WE=167590462;WS=167590444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,27:0.18:154
chr6	167590574	rs2989541	G	C	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.10;QD=27.78;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	167591954	rs200583385	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQRankSum=-4.597;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr6	167592464	rs60509455	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.80;QD=33.55;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	167592524	rs2989545	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=19;PP=990;SC=TCCCGAAGTCTGCAAAACTCC;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=167592532;WS=167592514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	167592576	rs60976240	G	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=2.416;NF=36;NR=34;PP=1192;ReadPosRankSum=1.530;SC=AGGCCGCCACGCTGCAGGAGC;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=70;WE=167592584;WS=167592566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr6	167592656	rs4710193	G	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=31;PP=871;SC=CTGTAAAGTGGGGGGCTTTCT;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=167592664;WS=167592646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	167622070	rs671511	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.82;QD=27.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	167622105	rs28661326	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.78;QD=25.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	167622205	rs28588506	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.92;QD=27.64;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	167704944	rs2076005	T	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=25;PP=1635;SC=CAAATTTACGTGTTCACTGGT;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=167704952;WS=167704934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	167711243	rs1555032	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=357;SC=TGTCTTAAATCGAGTCTAGGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=167711251;WS=167711237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	167711418	rs1555033	A	G	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=TCTCCTGTCCACTCTGACTTC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=188;WE=167711426;WS=167711408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	167752312	.	G	GTTCCTTCC	407.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=464;SC=AAGCCAGGTAGTTCCTTCCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=167752320;WS=167752302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	167786551	rs146852129	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQRankSum=-3.195;QD=20.98;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr6	167786554	.	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQRankSum=-3.328;QD=19.67;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr6	167786961	.	GGC	TGT	1594	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=49.35;NF=0;NR=31;PP=1594;QD=53.1441249956;SC=TAAGTCAGTGGGCGCGGCTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=0;TCR=69;TR=31;WE=167786971;WS=167786951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr6	167786963	rs201342351	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-1.309;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr6	167789404	rs28409124	C	G	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=26;PP=1213;SC=AGAAAGCCCCCCACTTTACAG;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=167789412;WS=167789394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	167789493	rs3010590	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=50;PP=1481;SC=TGCAGCGTGGTGGCCTGGGAA;SOR=1.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=96;WE=167789501;WS=167789483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	167789590	rs3010591	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.89;QD=26.56;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	167789622	rs60376002	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.82;MQRankSum=-1.344;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr6	167791326	.	A	G	194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=42.57;NF=16;NR=1;PP=194;QD=13.4571301498;SC=GCAGGACTCCAGGGAGCACCA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=17;WE=167791334;WS=167791323;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr6	167791530	rs17855837	G	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.30;QD=29.31;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	167796415	rs9457321	A	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=27;PP=999;SC=TCCTTGGGCTACCCGGCCTCG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=167796423;WS=167796405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	167797844	rs75736096	C	T	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=91;PP=2965;SC=TCCCTCAGCCCCACTAACAGA;SOR=0.987;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=192;WE=167797852;WS=167797834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	168060261	rs201934756	CACACACAT	C	2924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.267;NF=4;NR=62;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TGTAGATACACACACACATAC;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=66;WE=168060286;WS=168060251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,85:0.94:90
chr6	168265102	rs2301530	A	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=39;PP=1228;SC=ATCTCTCTACATTAGTCTCAG;SOR=1.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=168265110;WS=168265092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	168314997	rs11355618	AG	A	4199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=64;PP=2765;SC=CATTTAAGTAAGGAACACATT;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=68;WE=168315005;WS=168314987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	168315807	.	T	TGAC	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=717;SC=TCTTCCTGGATGACATTTTGC;SOR=2.948;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=15;WE=168315815;WS=168315797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	168323754	rs639777	G	A	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=61;PP=1713;SC=TTTTAAAATCGCTGTTAAATA;SOR=2.448;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=80;WE=168323762;WS=168323744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	168325673	rs610670	T	C	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=89;PP=2965;SC=AACCTTTGTTTTCATCCTTTA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=174;WE=168325681;WS=168325663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	168352105	rs2076664	G	A	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=112;PP=2965;SC=CAGCCATACCGGCCACCCCTG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=127;TCR=112;TR=239;WE=168352113;WS=168352095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	168457801	rs3734898	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=36;PP=1669;SC=CCTGTGGTGGAGCCTCTCCGA;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=84;WE=168457809;WS=168457791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	168457966	rs3734899	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=53;PP=1683;SC=GCTGCATGTCGTCCAGGCCAT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=168457974;WS=168457956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	168458074	rs3734900	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=22;PP=600;SC=TCCCACCACCGCACACGGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=168458082;WS=168458064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	168459790	rs1465182	G	T	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	168459790	.	GGG	TGA	2530	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=38;NR=28;PP=2530;QD=20;SC=TCTGGCCCGTGGGGGGGACTC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=66;WE=168459800;WS=168459780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr6	168459792	rs2269680	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	168459845	rs1548349	G	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=43;PP=1398;SC=GTCCTGACCTGGGTGCAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=168459853;WS=168459835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	168462765	rs3823460	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=279;SC=GGGGACGAGGCCCAGGTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=168462773;WS=168462755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	168467737	rs3816861	G	A	8494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=154;PP=2965;SC=GGCGGGCTTCGGGCGGGCACA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=134;TCR=154;TR=288;WE=168467745;WS=168467727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr6	168468186	rs6906979	G	T	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=65;PP=2201;SC=GTGTCACCGTGTGTTCAAAAC;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=122;WE=168468194;WS=168468176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	168475764	rs9364396	G	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=6;PP=1078;SC=GTACATGTGAGTGGTGTGTAA;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=168475772;WS=168475754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	168475822	rs3816859	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=33;PP=2715;SC=AGAGTGGTGTATAACTGTGTA;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=95;TCR=33;TR=128;WE=168475830;WS=168475812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	168476198	rs2306943	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=826;SC=CCATCAGAGCACCTGTGAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=168476206;WS=168476188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	168476532	.	CGTGTCCACATTTCCGGTGCCCGGTGTCCACATTTCCGGCGTCCCGTGTCCACATTTCCGGTGCCCG	C	769	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=62.85;NF=1;NR=11;PP=769;QD=67.0;SC=TCCGGCGTCCCGTGTCCACAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=12;WE=168476605;WS=168476522;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:33,12:0.27:45
chr6	168479604	rs34054991	G	A	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=50;PP=2965;SC=GCAGCAGCACGAGGACATCCC;SOR=1.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=117;TCR=50;TR=166;WE=168479612;WS=168479594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	168479790	rs11750985	C	T	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=96;PP=2831;SC=CGTTACTCGGCCCTCCCCCGC;SOR=1.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=141;WE=168479798;WS=168479780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	168482110	rs4708429	C	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=51;PP=1798;SC=GGGCAGTGGACGGGCAGAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=105;WE=168482118;WS=168482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	168482329	rs4708430	C	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=164;SC=AATGCTGTTCCGTGGTGAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=168482337;WS=168482319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	168694467	rs33979593	A	AG	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.49;NF=6;NR=6;PP=375;SC=TGGCGGGCAGAGGGGGGCCGA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=12;WE=168694475;WS=168694457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	168694594	rs7764061	C	T	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=37;PP=1898;SC=CTTGAAATTCCTGATGATTTT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=104;WE=168694602;WS=168694584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	168695280	.	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr6	168695309	rs4708710	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=5;PP=660;SC=ACATCCTTCCCTACCTGTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=168695317;WS=168695299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	168695345	rs4708711	G	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=17;PP=1099;SC=GCCTGCAGGCGGAGCATGCAT;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=168695353;WS=168695335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	168719924	rs4292501	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=577;SC=CCTTGGAGACCGAACTGCATT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=168719932;WS=168719914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	168720359	rs9364433	G	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	168928225	rs2224209	G	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=167;SC=AGCCACTGCCGCAGAAAGCAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=168928233;WS=168928215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	168928519	rs2609286	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=37;PP=1175;SC=CCAGTTTGGCCGGCATTGTGA;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=168928527;WS=168928509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	169055891	rs34108025	C	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=777;SC=ACCAACCCTGCACCTGAGCTC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=169055899;WS=169055881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	169065126	rs9364271	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=512;SC=TGTTGCCCAGGCTAGTTTCGA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=169065134;WS=169065116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	169625545	rs137965736	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=40;PP=1088;SC=ACCAGCAGGACGCAAGCCTGA;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=169625553;WS=169625535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	169634809	rs9393156	C	T	8086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=122;PP=2965;SC=TCAGTGCCCCCGCTTCTACCC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=163;TCR=122;TR=285;WE=169634817;WS=169634799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr6	169635010	rs9406328	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=1073;SC=CGACTGCGGGGAAAGCCAACC;SOR=2.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=169635028;WS=169635000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	169635020	rs55916292	CA	C	1674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=31;PP=1320;SC=GAAAGCCAACCAGGGGGAGCT;SOR=2.461;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=32;WE=169635028;WS=169635000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	169637456	rs9283850	G	A	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=95;PP=2965;SC=CACAAGAAGCGGAGAGAGATC;SOR=1.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=57;TCR=95;TR=152;WE=169637464;WS=169637446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	169637519	rs9283851	C	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=978;SC=CCTTATTAACCGAGGAGCATC;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=169637527;WS=169637509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	169637911	rs9766678	G	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=66;PP=2296;SC=AAGCAAACACGGTGGCATCAG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=118;WE=169637919;WS=169637901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	169639901	rs9379336	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1355;SC=TTCCATCCTACGGACCATACA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=169639909;WS=169639891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	170038734	.	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=34;PP=1345;SC=TCCAGCACACGGCATTCACTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=170038742;WS=170038724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	170118085	rs7760142	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=141;SC=AAAACCTTGACTTTTTAAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=170118093;WS=170118075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	170594819	rs2255020	T	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=79;PP=2709;SC=CAGATGGACGTTGACTGTTGC;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=138;WE=170594827;WS=170594809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	170595430	rs2747757	G	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=66;PP=1933;SC=CGCCAAGTACGTCCCAACAGG;SOR=2.975;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=81;WE=170595438;WS=170595420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	170597276	rs2738822	C	T	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=17;PP=1679;SC=TCCCTGCGCGCGGTCCGTGTT;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=82;WE=170597284;WS=170597266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	170598227	rs2747756	T	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=29;PP=2023;SC=CTCCGGGTGGTAGCGGTCGCG;SOR=1.418;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=96;WE=170598235;WS=170598217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	170598352	rs2738821	C	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=65;PP=2080;SC=CGGAAATCTCCCGGGCGCGCT;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=104;WE=170598360;WS=170598342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	170598368	rs67433119	TCTC	T	3614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=53;PP=2641;SC=GCGCTCGGCCTCTCCTCCTCG;SOR=1.882;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=56;WE=170598378;WS=170598358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	170627651	rs9460113	G	A	10427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AAGTTCCCACGTGTACAGGCC;SOR=0.363;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=205;TCR=184;TR=384;WE=170627659;WS=170627641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,393:1.00:394
chr6	170704444	rs7738466	C	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=18;PP=822;SC=TGCGTTTTTTCATGACCCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=170704452;WS=170704434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	170871013	.	A	ACAG	1085	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=58.86;NF=11;NR=12;PP=1085;QD=47.5652173913;SC=AGCAACAACAACAGCAGCAGC;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=23;WE=170871021;WS=170871003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,23:0.56:41
chr6	170871037	rs71815788	GCAA	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=19;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGCAGCAGCAGCAACAGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=34;WE=170871056;WS=170871027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	170871046	.	ACAG	A	654	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MMLQ=16;MQ=57.27;NF=11;NR=15;PP=654;QD=25.2692307692;SC=AGCAACAGCAACAGCAGCAGC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=26;WE=170871056;WS=170871027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,26:0.76:34
chr6	170871049	.	G	GCAA	160.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=-0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr6	170878886	rs2235506	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=661;SC=GAAATGTATTATGATTGTTAT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=170878894;WS=170878876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	195501	rs10277457	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,20:0.14:140
chr7	228659	rs73669603	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,69:0.12:590
chr7	228712	rs73669604	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:676,90:0.12:766
chr7	228768	rs77670366	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=977;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:849,119:0.12:968
chr7	228783	rs79852140	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=928;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:805,115:0.12:920
chr7	286468	.	G	GGACAGGTGAGCCCTTCCTTCCTCCCTCCATCCGC	1086.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,39:0.91:43
chr7	286534	rs146778412	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=38;PP=1161;SC=CCGGTGAGTGAGGCCGTCCTG;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=286542;WS=286524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	288408	.	CG	C	7515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.270;NF=12;NR=178;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TAGCCTGGCACGGGGGCCCGC;SOR=0.813;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=231;TCF=13;TCR=218;TR=190;WE=288427;WS=288398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,263:0.88:299
chr7	295683	rs36173688	T	TG	2203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=5;PP=2372;SC=CTGGGATTGATGGGGAACTGT;SOR=4.112;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=57;WE=295691;WS=295682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	296557	rs36164325	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=18;PP=2614;SC=CTGCTCCTCATGGCACGCGCC;SOR=3.196;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=96;TCR=19;TR=114;WE=296565;WS=296547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	297105	rs144815689	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,57:0.14:413
chr7	297135	.	C	T	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=71;PP=1314;ReadPosRankSum=0.158;SC=ACCCTGGGGACGGGGGGAGCA;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=271;TCF=67;TCR=204;TR=96;WE=297143;WS=297125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,97:0.36:273
chr7	298419	.	A	G	526	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=54.85;NF=23;NR=1;PP=526;QD=23.3654671895;SC=GATGGGTGGGATGGACCCACT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=24;WE=298427;WS=298415;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	298513	rs142283826	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,31:0.12:250
chr7	299558	.	T	TTCTC	1794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=2;PP=2337;SC=CTCTGTCTTTTTCTCTCTGTC;SOR=5.136;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=41;WE=299566;WS=299548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	299850	rs36170987	G	T	7102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.124;SC=TCCGCGTCGTGCTAAAGGCCG;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=158;TCR=175;TR=285;WE=299858;WS=299840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,296:0.85:348
chr7	299881	rs36139924	A	G	6942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.061;SC=CGTGGAGAGGAACGGGCTCCA;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=165;TCR=168;TR=278;WE=299889;WS=299871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,291:0.83:349
chr7	299940	rs143027699	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,43:0.18:241
chr7	299987	rs36138803	C	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=76;PP=2263;SC=GAGACAGAGGCGCCGGACCTC;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=106;WE=299995;WS=299977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	330822	rs36180337	A	C	11672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=326;PP=2965;SC=CGGGTGTCCCAGCGTGGCGAC;SOR=2.411;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=430;TCF=101;TCR=329;TR=427;WE=330830;WS=330812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr7	330882	rs4077171	T	G	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=2.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	330882	.	TCA	GCG	2754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=15;NR=84;PP=2754;QD=20;SC=CGCGGCGGCTTCAGGGAGGTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=17;TCR=89;TR=99;WE=330892;WS=330872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,99:0.93:106
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chr7	538348	rs12720025	A	T	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.659;SC=CAAGTTTTCAAGAAATTTCCA;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=72;TCR=135;TR=174;WE=538356;WS=538338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,181:0.85:214
chr7	540518	rs2070958	T	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=843;ReadPosRankSum=0.266;SC=GAGACCTGAATCTCCTCTCCT;SOR=1.146;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=41;WE=540526;WS=540508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr7	550737	rs62433334	G	C	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=2.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=68;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.131;SC=ACCAGGGTAAGCCACAGGCCA;SOR=0.300;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=10;TCR=78;TR=78;WE=550745;WS=550727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,79:0.88:90
chr7	551946	rs9692018	T	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5047;FS=1.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=31;PP=2060;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GGACTCACCCTGACCCGGCCC;SOR=1.012;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=119;WE=551954;WS=551936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,119:0.87:137
chr7	590199	rs11545042	A	G	6597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GGGCCACGACAGTGGCCGCCC;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=117;TCR=191;TR=268;WE=590207;WS=590189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,276:0.87:316
chr7	591125	rs71518309	C	G	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=72;PP=2058;ReadPosRankSum=1.077;SC=TGGAGGTGGACAGACGTGAGT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=119;WE=591133;WS=591115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,127:0.85:150
chr7	591146	rs118004775	C	T	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=62;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GCCAGCCAGGCGGGTGCAGGG;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=87;WE=591154;WS=591136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,94:0.86:109
chr7	591174	rs139922622	G	A	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CACGTGAGGGGTCACCCCACA;SOR=0.450;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=67;WE=591182;WS=591164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,73:0.88:83
chr7	624221	rs9330368	T	G	12759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=244;NR=217;PP=2965;SC=CGGGAGAAAGTAAAAAACAGA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=244;TCR=217;TR=461;WE=624229;WS=624211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr7	624344	rs9330367	C	T	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=107;PP=2965;SC=AAGCCCTCGACGACTCGGAGT;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=43;TCR=107;TR=150;WE=624352;WS=624334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	624366	rs13221342	G	A	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=77;PP=2104;SC=TGCGTGAGCTGCCACGGTGTC;SOR=2.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=21;TCR=77;TR=98;WE=624374;WS=624356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	624401	rs9330366	C	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1167;SC=TCCCTCCTCCCGGGGGGCTTC;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=624409;WS=624391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	772025	rs4072597	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=1;PP=1299;SC=CCTCAGGTGGGTGACTCATGG;SOR=5.549;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=46;WE=772033;WS=772016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	772174	rs4724987	G	A	13930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=244;PP=2965;SC=CCTTCCGGGAGCAACAGATGT;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=513;TCF=269;TCR=244;TR=512;WE=772182;WS=772164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr7	780687	rs62432212	T	C	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=110;PP=2730;SC=GGTGTCCCTTTGTCCCTGTGC;SOR=2.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=26;TCR=110;TR=136;WE=780695;WS=780677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	780859	rs6943174	T	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=2;PP=195;SC=CCACCTTTTCTGGGGTTGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=780867;WS=780849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	780980	rs6943337	T	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=34;PP=1629;SC=CTGTTGTGCCTCAGGCAGCTG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=780988;WS=780970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	794471	rs34761279	A	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=59;PP=1923;SC=AAGTGGCCGTATTCCAGTCGT;SOR=1.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=794479;WS=794461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	794576	rs62432239	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=520;SC=CCCTCACCCCCGGGCCGCAGG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=794584;WS=794566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	801634	rs142752861	T	TTGAGCCCCAGGCCTCAAACATGTC	3367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=19;PP=2900;SC=CCCTCTGTGCTTGACCAGCAA;SOR=2.568;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=20;WE=801642;WS=801624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	803342	rs4495324	G	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=8;PP=2097;SC=GGCCCGGCCTGTGTGGTTCTT;SOR=4.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=84;TCR=8;TR=92;WE=803350;WS=803332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	808588	rs6973614	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=1;PP=1370;SC=GACTCGTGCTCTGGCGGGAGG;SOR=5.630;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=808596;WS=808578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	808810	rs6946758	C	G	17472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=298;NR=342;PP=2965;SC=AGGGAGAAGGCTCACATCGCG;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=641;TCF=298;TCR=343;TR=640;WE=808818;WS=808800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr7	810219	rs4720951	T	C	9953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=185;PP=2965;SC=CTGTCCACCGTGCTGCTCAGA;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=178;TCR=185;TR=363;WE=810227;WS=810209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr7	813618	rs4719279	T	C	20493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=472;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CATTCATCCCTAGTCTGAAAC;SOR=1.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=733;TCF=474;TCR=259;TR=728;WE=813626;WS=813608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,738:0.99:742
chr7	813650	rs62432869	G	A	28507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1061;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=576;NR=458;PP=2965;SC=GCACCTGTCCGGTCTCCTCAT;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1040;TCF=580;TCR=460;TR=1034;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1056:1.00:1056
chr7	813867	rs6973746	C	G	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=85;PP=2497;SC=CGGTGGACACCGGCCGGGGAC;SOR=4.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=11;TCR=85;TR=96;WE=813875;WS=813857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	814612	rs34943122	G	A	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=15;PP=1432;SC=GGACAGATGTGAGTCACGTCG;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=814620;WS=814602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	814788	rs3922641	G	A	8063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=152;PP=2965;SC=AAACTCATCAGGATTTATCCT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=129;TCR=152;TR=281;WE=814796;WS=814778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	822523	rs4719314	A	G	20652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=397;NR=328;PP=2965;SC=CCCTCACACAACGTCAGAAAC;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=727;TCF=398;TCR=329;TR=725;WE=822531;WS=822513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr7	825114	rs67721251	T	C	11435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGGTTTCATGTTTGTTTCTGG;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=234;TCR=170;TR=401;WE=825122;WS=825104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,416:1.00:418
chr7	881668	rs6461378	C	T	20027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=344;NR=389;PP=2965;SC=TGGCGTCAGCCACGGCGGCAC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=736;TCF=345;TCR=391;TR=733;WE=881676;WS=881658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr7	882895	rs6970511	C	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=18;PP=2022;SC=CTTTTATCTTCATATACTTTT;SOR=2.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=89;WE=882903;WS=882885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	890978	rs7792674	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=763;SC=CAGAGGCTGGTCCCTGGCGTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=890986;WS=890968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	891184	rs10628483	C	CGAT	9571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=93;PP=2957;SC=CACCTGCACTCGATTTACCTA;SOR=1.056;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=120;TCF=16;TCR=104;TR=109;WE=891192;WS=891174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr7	899710	rs12700166	A	C	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=38;PP=2965;SC=GGACCCGAACAGTGGAAGTGA;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=146;TCR=38;TR=184;WE=899718;WS=899700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	905786	rs4721952	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=38;PP=1054;SC=CCACAGCTCCATGGAACTTCG;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=905794;WS=905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	912755	rs4722034	C	T	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=63;PP=2965;SC=ATTTCCAACTCAGCTGCTTCC;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=174;WE=912763;WS=912745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	925949	rs10226357	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=672;SC=CACTCTCAAGACTGGGGCTCT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=925957;WS=925939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	926077	rs10267796	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=936;SC=GCCAAGGGACGTGGTGCTCAG;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=926085;WS=926067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	926827	rs4722203	T	C	11601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=168;PP=2965;SC=CTCTGGGGCATATGGCGCTGG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=233;TCR=168;TR=401;WE=926835;WS=926817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr7	933234	rs35157448	T	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=6;PP=507;SC=GTGTTGGGCATGGGCGCGGTG;SOR=1.893;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=25;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	933240	rs34784960	C	CGGT	1288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=1060;SC=GGCATGGGCGCGGTGTGTGCA;SOR=2.066;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=22;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	939007	rs79698027	C	G	11079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=281;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.554;SC=ATCTGGCAACCCCAGCCAGTG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=527;TCF=322;TCR=205;TR=459;WE=939015;WS=938997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,471:0.88:534
chr7	940181	rs10256887	C	T	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=26.36;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	940258	rs113839920	G	GGGCAAAGGCA	6963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=49;PP=2591;SC=AATCTCCTAGGGGCAAAGGTG;SOR=1.309;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=9;TCR=84;TR=55;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	940267	rs3824079	T	C	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.275;NF=30;NR=53;PP=1434;ReadPosRankSum=-1.566;SC=GGGGCAAAGGTGGGCACAGGC;SOR=1.246;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=83;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr7	940296	.	AGCGCTGGGGTCCCCACAGAG	A	71.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.12;MQRankSum=-0.289;NF=1;NR=38;PP=455;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AGGAGGCTGCAGCGCTGGGGT;SOR=2.035;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=39;WE=940323;WS=940286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,6:0.11:56
chr7	940298	rs13224354	C	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.412;NF=22;NR=51;PP=2429;ReadPosRankSum=0.427;SC=GAGGCTGCAGCGCTGGGGTCC;SOR=0.127;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=73;WE=940323;WS=940286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,48:0.89:54
chr7	940501	rs72074799	AGAAGGGCC	A	2398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=2986;SC=CGAAGTCCTGAGAAGGGCCGA;SOR=3.952;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=35;WE=940516;WS=940491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	940724	rs11765973	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=83;PP=2600;SC=TTGGAGCTGTGGCCCCTACCG;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=121;WE=940732;WS=940714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	943998	rs3824077	C	T	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=65;PP=1983;SC=GTGCTGGCGGCGCACCTGCTG;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=89;WE=944006;WS=943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	944683	rs1881121	C	T	8172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=112;PP=2965;SC=ACCCCACCCCCGTCTGTGACT;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=171;TCR=112;TR=283;WE=944691;WS=944673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	944923	.	GGGGGACACGGACA	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.573;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,9:0.13:67
chr7	944952	rs200966272	GGA	G	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
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chr7	1272866	.	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
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chr7	1484572	rs10435184	A	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GGGCTCCCCCACCCTGGGGTG;SOR=0.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=1484580;WS=1484562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr7	1510177	rs146366481	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,29:0.16:180
chr7	1522175	rs10224038	A	G	8808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=94;PP=2965;SC=CCCAGCCTGGACCGTACCGGC;SOR=1.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=197;TCR=95;TR=290;WE=1522183;WS=1522165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	1523776	.	TG	T	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,53:0.13:411
chr7	1528947	.	T	TCCCGGGCCCGCCGAGGGGACGTGCGCACTCACTTCAGGCCCTGCTCCCAGC	11089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.32;QD=88.72;SOR=1.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	1533461	.	G	A	8257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGGCCCGAGCGGGAGCTCCCG;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=234;TCR=167;TR=338;WE=1533469;WS=1533451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,348:0.84:413
chr7	1574403	rs4720833	A	G	15082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=330;NR=320;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AGCGAGCGGCAGCCCCGATGC;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=746;TCF=383;TCR=363;TR=650;WE=1574411;WS=1574393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,660:0.87:760
chr7	1574562	rs4720834	T	C	1225.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=51;PP=1306;ReadPosRankSum=-1.624;SC=TCCTAAAAGATAAGGTCTTGC;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=52;WE=1574570;WS=1574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,41:0.89:46
chr7	1586653	rs112463195	A	AGCC	5991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.734;NF=39;NR=34;PP=2971;ReadPosRankSum=0.892;SC=CTCCCGCCGGAGCCGCCGCTG;SOR=0.615;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=73;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,138:0.79:174
chr7	1586662	rs3779607	T	C	6334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.16;MQRankSum=0.872;NF=80;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAGCCGCCGCTGGGGTGGGTG;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=107;TCR=63;TR=128;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,166:0.80:207
chr7	1586866	rs3824072	T	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=919;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GCACTCCAGCTCCCCGGACAA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=48;WE=1586874;WS=1586856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr7	1588391	rs3814481	A	G	5835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CCCTAGAGCCACCGCCGCTGC;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=112;TCR=164;TR=240;WE=1588399;WS=1588381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,238:0.86:277
chr7	1588549	rs3814482	G	A	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CAGGGACGTGGCCGTTCTCCC;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=176;WE=1588557;WS=1588539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,179:0.87:206
chr7	1588768	rs1124871	G	A	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=82;PP=2317;ReadPosRankSum=0.766;SC=GGTGGGGTGCGCTGTGTGTGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=140;WE=1588776;WS=1588758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,151:0.78:194
chr7	1588912	rs3890492	C	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=-0.962;SC=ACATGTGTCCCCGTGTGTGAG;SOR=1.349;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=21;WE=1588920;WS=1588902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr7	1589056	rs4294092	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1333;ReadPosRankSum=0.863;SC=GGTGGACCTTGGTCCCCTTGG;SOR=0.979;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=77;WE=1589064;WS=1589046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,83:0.86:97
chr7	1589083	rs1865348	G	A	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=35;PP=1861;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TGCCCTTAATGCCAAGAGTGC;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=112;WE=1589091;WS=1589073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,116:0.85:136
chr7	1589417	rs10237660	T	G	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=42;PP=2181;ReadPosRankSum=0.324;SC=TCCGCCTCGTTGGGCCCCACT;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=102;TCR=52;TR=123;WE=1589425;WS=1589407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,118:0.79:149
chr7	1590368	rs6463921	A	G	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	1590368	.	ACTGGCCAT	GCTGGCCAC,GCTGGCCAT	2643	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=96,118;NR=35,43;PP=2643,342;QD=20;SC=TGCCCTGGGGACTGGCCATGG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=120;TCR=43;TR=131,161;WE=1590384;WS=1590358;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:163
chr7	1590376	rs2304360	T	C	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.72;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,159:0.82:195
chr7	1590443	rs2304361	T	C	10294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.618;SC=TGACGCAGCCTGGCGCCCACC;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=561;TCF=320;TCR=241;TR=452;WE=1590451;WS=1590433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,446:0.81:551
chr7	1595068	rs17852421	G	A	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2506;ReadPosRankSum=1.650;SC=CGGCCAGTTCGCTGACACCAG;SOR=0.444;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=147;WE=1595076;WS=1595058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,151:0.85:177
chr7	1627632	rs7800178	T	C	12873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=318;PP=2962;ReadPosRankSum=1.006;SC=CACAGCCACCTGATGGGGAAG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=665;TCF=292;TCR=373;TR=563;WE=1627640;WS=1627622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,569:0.84:676
chr7	1657844	rs10225166	A	C	8930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGGGAGAGGCACAGGCTGGGA;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=469;TCF=255;TCR=214;TR=392;WE=1657852;WS=1657834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,391:0.84:465
chr7	1657923	rs12702990	T	G	7548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TATGTAGGGGTGTGTGTGTGC;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=382;TCF=157;TCR=225;TR=324;WE=1657931;WS=1657912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,333:0.85:391
chr7	1878377	rs3889573	A	G	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=96;PP=2965;SC=ATAGACTGTGATGATGGCTGC;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=141;TCR=97;TR=237;WE=1878385;WS=1878367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	1888683	.	TAC	T	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.953;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.529;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr7	1894192	rs139088713	G	A	2597.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=73;PP=1960;ReadPosRankSum=2.512;SC=CCTCTATAAGGATGTTAATCC;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=100;WE=1894200;WS=1894182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,105:0.91:116
chr7	1914140	rs112425367	T	A	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=132;NR=66;PP=2965;SC=ATCTTGATAATCCTATAGCTT;SOR=1.185;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=132;TCR=69;TR=198;WE=1914148;WS=1914130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	1976263	rs2280552	C	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=13;PP=1944;SC=CAAAGGCGCACGGATGGACCT;SOR=2.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=84;WE=1976271;WS=1976253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	1976635	rs2280549	G	A	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=151;PP=2965;SC=CACACAGCACGGGTCACACAC;SOR=3.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=35;TCR=151;TR=186;WE=1976643;WS=1976625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	2041887	rs4721296	A	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=51;PP=1552;SC=AGGAGCTGGGAAGTGGGCAGC;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=2041895;WS=2041877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	2265063	rs143579216	G	A	7134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.746;SC=TCCTGGCACTGGTGCTGGCTG;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=351;TCF=223;TCR=128;TR=289;WE=2265071;WS=2265053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,302:0.83:363
chr7	2279851	rs6962067	T	C	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=17;PP=2460;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAACA;SOR=2.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=88;TCR=17;TR=105;WE=2279859;WS=2279841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	2290314	rs12699806	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.21;QD=46.05;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	2290317	rs60298419	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.88;QD=43.43;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	2290319	rs373496719	TC	T	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.88;QD=50.43;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	2290328	rs10230814	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.65;QD=43.72;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	2290336	rs10249180	T	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.07;QD=41.99;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	2290372	rs10230822	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=13;PP=1517;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACC;SOR=2.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=2290380;WS=2290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	2290433	rs10230928	C	T	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=74;PP=2965;SC=TGGGTTGCACCTCAGTGCCTC;SOR=1.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=160;TCR=74;TR=234;WE=2290441;WS=2290423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	2292881	rs3075440	C	CTG	13678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=145;PP=2957;SC=TCCTTGGGGGCTGTCAGGAGC;SOR=1.110;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=22;TCR=163;TR=165;WE=2292889;WS=2292871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr7	2296493	rs2302070	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=21;PP=1770;SC=CGGCGGCCGGAGCAGGGCGGA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=2296501;WS=2296483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	2296696	rs2302071	C	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=52;PP=1431;SC=CCCGGCCCAGCCGGCGACGGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=2296704;WS=2296686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	2296722	rs3815313	A	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=996;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CAAGGCCCGAACACCAGCGTG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=2296730;WS=2296712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr7	2297006	rs6888	A	G	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	2303986	rs2286206	T	C	8067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=142;PP=2965;SC=TGGCCCGCGATGCGATCCGCT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=148;TCR=142;TR=290;WE=2303994;WS=2303976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr7	2304191	rs2286205	A	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=26;PP=733;SC=CACGGGAGACACAGCAGGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=2304199;WS=2304181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	2309355	rs6947645	G	A	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=100;PP=2965;SC=ACTGTGGAGCGGGAGGTCGTC;SOR=4.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=11;TCR=100;TR=111;WE=2309363;WS=2309345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	2315008	rs2398667	G	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=53;PP=1555;SC=CCCTGTGACGGCTTCGTATAT;SOR=7.978;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=53;WE=2315016;WS=2314998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	2394746	rs9690787	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=33;PP=1536;SC=CGGGCCGGAGTCCGAGGTGAG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=2394754;WS=2394736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	2400306	rs953770	T	C	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=44;PP=2965;SC=AATGTTTTTCTTGGTAAAAAT;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=121;TCR=45;TR=165;WE=2400314;WS=2400296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	2403894	.	C	CA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.157;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,20:0.16:128
chr7	2405885	rs2286204	C	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=528;SC=CGTGTTCTGGCCGCACAGACA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=2405893;WS=2405881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	2406737	rs60382761	CA	C	197.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.557;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr7	2409035	rs2301944	C	T	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=13;PP=1584;SC=ATGAGTTGTTCTATTCTCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=65;WE=2409043;WS=2409025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	2412180	.	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=1144;ReadPosRankSum=2.892;SC=TTGCTCTCCCGTCCTTTTAAT;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=59;WE=2412188;WS=2412170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr7	2414142	rs886632	A	G	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=78;PP=2965;SC=AGCTCGTGACAGGCGCGCTCT;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=141;TCR=79;TR=218;WE=2414150;WS=2414132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	2414365	rs884565	A	G	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=122;PP=2965;SC=GGGTTGCCCCAGTGTCAGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=81;TCR=123;TR=203;WE=2414373;WS=2414355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	2416822	rs2240347	A	G	8708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=202;PP=2965;SC=TAAAAACGTGACATTTGCAAG;SOR=1.492;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=109;TCR=202;TR=311;WE=2416830;WS=2416812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	2418121	.	G	A	191	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=16;MQ=50.68;NF=10;NR=1;PP=191;QD=20.5246556861;SC=TGTCATGGAGGAAGGAGCAGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=11;WE=2418129;WS=2418111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,11:0.37:30
chr7	2418645	rs6461351	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=998;SC=TGAATGGACTAGCCATTCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=2418653;WS=2418635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	2420176	rs142858802	G	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=1032;ReadPosRankSum=0.179;SC=ACCTTCTCCTGCGCCCAGTGA;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=46;WE=2420184;WS=2420166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr7	2434522	rs1978169	G	A	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=154;PP=2965;SC=AAACACACCCGCCCAGCAAGA;SOR=1.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=258;TCF=86;TCR=172;TR=240;WE=2434530;WS=2434512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	2445320	rs17793630	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=688;SC=GATGTTGCCAAATCCACTGGG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=2445328;WS=2445310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	2515382	rs5881927	G	GC	18099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=171;PP=2969;SC=GGAAGGCATTGCCACCACAGT;SOR=1.045;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=127;TCR=182;TR=289;WE=2515390;WS=2515372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr7	2517473	rs11767162	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=584;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTGCCCTCCCCGGCCACATCC;SOR=2.124;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=26;WE=2517481;WS=2517463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr7	2552881	rs34637446	A	AGATG	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.200;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,48:0.15:322
chr7	2552986	rs286560	A	C	5815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.246;NF=83;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TCCTGGGGACATAACCTCCCC;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=99;TCR=170;TR=227;WE=2552994;WS=2552976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,232:0.84:276
chr7	2557266	rs755179	T	C	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=77;PP=2745;ReadPosRankSum=-0.951;SC=TGTGGGGAGATGGACTCACAG;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=141;TCR=98;TR=192;WE=2557274;WS=2557256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,195:0.80:243
chr7	2565268	rs893239	C	A	12925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=232;PP=2965;SC=GGGGTGGGACCGTGAGGGGCA;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=417;TCF=185;TCR=232;TR=416;WE=2565276;WS=2565258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr7	2565283	rs893240	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,63:0.14:437
chr7	2577691	rs1043294	C	G	3467.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=44;PP=2374;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CAGTGGCAGACTCTGGTTCTG;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=101;TCR=49;TR=135;WE=2577699;WS=2577681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,138:0.90:154
chr7	2577781	rs1043291	T	C	12629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=254;NR=194;PP=2965;SC=GGGGACTCTTTTCCACGTGGT;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=254;TCR=195;TR=448;WE=2577789;WS=2577771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr7	2578237	rs4719552	T	C	22251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.22;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr7	2578237	.	TC	CC,CT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=295,249;NR=187,153;PP=475,2944;QD=1.05761662354;SC=AGTCCAGGTCTCGGCTCGCCG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=500;TCF=307;TCR=193;TR=482,402;WE=2578246;WS=2578227;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:500
chr7	2578238	rs4719553	C	T	11136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=3.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,444:0.84:529
chr7	2578434	rs4721763	G	T	13167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=0.018;SC=TGGTTGGTGGGGTGGCAGGAG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=462;TCF=178;TCR=284;TR=459;WE=2578442;WS=2578424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,471:1.00:473
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chr7	2581994	rs3735104	T	C	12180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=2.720;SC=GGCCAGGGGATGCCATGGGAC;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=446;TCF=190;TCR=256;TR=445;WE=2582002;WS=2581984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,456:1.00:458
chr7	2582153	rs138295649	C	CCCCCAGCCTCCCGGGTGT	10934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=41;PP=2969;SC=GGATGGGGTGCCCCCAGGTGT;SOR=0.944;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=109;WE=2582161;WS=2582141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	2582233	rs3735106	A	G	20418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=448;NR=257;PP=2965;SC=TGTCCCCACAATGCATTCCTG;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=706;TCF=449;TCR=257;TR=705;WE=2582241;WS=2582223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr7	2582381	rs61673178	T	A	35315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=573;NR=701;PP=2965;SC=TCCACCCCTATTGTGAGCCCA;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1281;TCF=577;TCR=704;TR=1274;WE=2582389;WS=2582371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1301:1.00:1301
chr7	2582452	rs6972204	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=3.185;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:663,111:0.14:774
chr7	2582584	rs34108550	G	A	15793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=371;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.586;SC=ACCCTGCTCTGAGCAGAGCAG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=740;TCF=423;TCR=317;TR=650;WE=2582592;WS=2582574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,657:0.88:749
chr7	2583165	rs13240450	G	A	9963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ATCCCTGGGCGTTATCCGAGG;SOR=1.052;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=485;TCF=284;TCR=201;TR=400;WE=2583173;WS=2583155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,409:0.83:491
chr7	2583328	rs61753095	C	T	13669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.069;SC=ACAGGGCTTCCGTCCAGGGGC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=659;TCF=333;TCR=326;TR=562;WE=2583336;WS=2583318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,570:0.85:669
chr7	2583656	rs11267702	GGCAGAGGGCCTCAGGGAAGATACAAATA	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,17:0.12:138
chr7	2584523	rs34720091	T	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=721;ReadPosRankSum=2.846;SC=AGGAATGGGGTGGGGTGTGGG;SOR=1.634;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=44;WE=2584531;WS=2584513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,53:0.85:62
chr7	2587122	rs2164688	T	C	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=98;PP=2595;SC=TCTGTGGGGATGGCCCAGCCC;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=136;WE=2587130;WS=2587112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	2598757	rs6963930	T	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=41;PP=2058;SC=GCCCGCGGATTCCCAGACCCG;SOR=1.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=2598765;WS=2598747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	2598908	rs34580685	T	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=50;PP=1545;SC=TCGGCTCGTCTCCGTCGCCCG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=2598916;WS=2598898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	2604727	rs144717520	T	TGTGC	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=2.690;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,19:0.18:105
chr7	2604767	.	AGTGT	A,AGT	7109.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.300;QD=33.70;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,64,143:0.30,0.68:211
chr7	2604816	rs35243077	C	T	5965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.120;NF=145;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTGCTGACTGCAGTCATGGAT;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=349;TCF=193;TCR=156;TR=267;WE=2604824;WS=2604806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,262:0.76:343
chr7	2604890	rs139694552	CGT	C	1324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,54:0.24:227
chr7	2611654	rs6953966	G	T	1874.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=2;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AATCAGGACTGTATTAATTGA;SOR=2.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=65;TCR=2;TR=62;WE=2611662;WS=2611644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,62:0.93:67
chr7	2611878	rs2917751	T	C	15892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=336;PP=2965;SC=ATGCGTGGACTGGCGTCCCCG;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=594;TCF=258;TCR=336;TR=594;WE=2611886;WS=2611868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr7	2612335	rs6945441	T	C	9690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TCTGTGTTTATGTTCCTGCCT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=495;TCF=256;TCR=239;TR=419;WE=2612343;WS=2612325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,424:0.85:497
chr7	2613008	rs62442625	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=765;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AATTCTTTCTACTTTGTAGAT;SOR=0.283;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=38;WE=2613016;WS=2612998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr7	2613042	rs2304540	G	C	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=19;PP=1729;SC=ATTTGTTTATGTTTCTCTAGG;SOR=2.274;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=79;WE=2613050;WS=2613032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	2613062	rs61739566	T	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GTCATGTCCCTGGGACTCCTG;SOR=0.240;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=86;WE=2613070;WS=2613052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,86:0.86:100
chr7	2613133	rs62442626	G	A	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=72;PP=2709;ReadPosRankSum=-2.999;SC=GTAGTATTTCGGTTTGTTCTC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=165;WE=2613141;WS=2613123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,174:0.79:219
chr7	2618070	rs3214664	C	CA	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=2.586;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:724,107:0.13:831
chr7	2619334	rs68086038	GGT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=4.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=-1.294;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,16:0.10:168
chr7	2619363	rs377084597	G	GTGTC,GTGTGTC	3560.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=10.075;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.33;MQRankSum=1.530;QD=32.97;ReadPosRankSum=2.252;SOR=2.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,31,69:0.29,0.64:108
chr7	2619416	rs117437253	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9987;FS=3.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=586;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CTCACTCTGTTGCCCAGGCTG;SOR=2.448;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=37;WE=2619424;WS=2619406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	2621567	rs7798469	T	C	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=293;SC=AGGATGGTCTTGATCTCCTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=2621575;WS=2621557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr7	2623801	rs73033665	G	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=2.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,65:0.14:476
chr7	2626038	rs3217437	CCAGGGAATGG	C	1363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=23;PP=2985;SC=AGGAGGGAGGCCAGGGAATGG;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=24;WE=2626055;WS=2626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	2627294	rs56412903	C	T	1242.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5272;FS=2.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.412;NF=36;NR=10;PP=946;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ACTGGGCCAGCGCTGGCAAAA;SOR=0.228;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=46;WE=2627302;WS=2627284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,48:0.89:54
chr7	2627310	rs2917733	T	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=10;PP=1555;SC=CAAAATTCTCTGGTAGCCAGG;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=2627318;WS=2627300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	2627578	rs150431779	CAG	C	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr7	2632477	rs2917730	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=576;SC=GGGCAGGCAGAGCCCTGAGGT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=2632485;WS=2632467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2636689	rs12700146	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.730;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,25:0.14:181
chr7	2638347	rs12700147	C	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=49;PP=1440;SC=CCAGGAATGACTGGGCCTGGA;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=53;WE=2638355;WS=2638337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	2640897	rs2969057	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CCTCTCACTTTCGTCCTCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=2640905;WS=2640889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr7	2640985	rs4506100	G	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=22;PP=966;SC=TTGGCTTGATGGACACCTGTT;SOR=1.047;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=59;WE=2640993;WS=2640975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	2641059	.	C	CT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.398;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	2645374	rs76694868	C	T	467.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=350;ReadPosRankSum=0.800;SC=CAGCAATTCCCGGGAGGCAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=2645382;WS=2645373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr7	2649673	rs3735108	T	C	8609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGTTCATTTCTGCAGACCCCT;SOR=0.485;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=413;TCF=273;TCR=140;TR=349;WE=2649681;WS=2649663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,358:0.84:427
chr7	2649704	rs3735109	T	G	13547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=0.939;SC=GCCACAGGCCTTGGCACCTCT;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=697;TCF=414;TCR=283;TR=585;WE=2649712;WS=2649694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,600:0.84:714
chr7	2649777	rs1061566	C	T	17351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=353;NR=372;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TCTCTGCCCACGAAGAACTTT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=892;TCF=434;TCR=458;TR=725;WE=2649785;WS=2649767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,729:0.81:895
chr7	2649819	rs3735110	C	T	12857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=304;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GTCTCCACGCCGTGATGGCAG;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=653;TCF=274;TCR=379;TR=529;WE=2649827;WS=2649809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,536:0.81:659
chr7	2692806	rs6461505	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1250;ReadPosRankSum=1.522;SC=TGTTCCTCTTCCCTCCCCCAG;SOR=1.721;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=63;WE=2692814;WS=2692796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,66:0.87:76
chr7	2699524	rs139527284	ACT	A	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,61:0.18:343
chr7	2699687	rs56409742	C	CG	18970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=247;PP=2936;SC=ACTGACCCACCGGTCCCCCAT;SOR=1.130;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=308;TCF=36;TCR=272;TR=282;WE=2699695;WS=2699677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr7	2749565	rs13224990	G	A	867.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9885;FS=3.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=666;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GTCAACTGCCGGGTTCCAGGC;SOR=2.649;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=30;WE=2749573;WS=2749555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr7	2752152	rs798565	G	A	6051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=CCTTCGCCTCGGGGCCAGAGG;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=245;WE=2752160;WS=2752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,249:0.86:290
chr7	2752487	rs7776970	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,54:0.16:340
chr7	2773035	rs34004158	C	CAT	9848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.171;NF=98;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=0.068;SC=TCTCTGGACACGTTTTCTAAC;SOR=0.371;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=163;WE=2773043;WS=2773025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,238:0.87:273
chr7	2802522	rs798488	T	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=45;PP=1203;ReadPosRankSum=0.814;SC=CGTGGAGCCATTGGTGCTGCG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=52;WE=2802530;WS=2802512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,55:0.93:59
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chr7	2954801	rs1182157	T	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=24;PP=2942;SC=CCGATGTTCCTCCAGGTGAGG;SOR=2.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=99;TCR=25;TR=123;WE=2954809;WS=2954791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	2955097	rs2301920	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,37:0.15:239
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chr7	2958298	rs3735125	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=7;PP=205;SC=GCCGCAGCACCGCACTGGCAT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=2958306;WS=2958288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	2962241	rs3735130	G	A	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=35;PP=1972;SC=GCCAAGGGTCGCTCCAGACGG;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=2962249;WS=2962231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	2971977	rs5881948	T	TG	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=1;PP=1528;SC=TTTCAGCAGTTGGGCTCCTGC;SOR=5.943;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=37;WE=2971985;WS=2971974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	2977732	rs17257454	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,48:0.14:342
chr7	2985361	rs113659658	GACAC	G,GAC	1438.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=30.61;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,14,32:0.30,0.68:47
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chr7	3179973	rs7791857	G	C	9826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	3179991	rs7779245	T	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=113;PP=2965;SC=GTTCAAACTATCGGCAAGACA;SOR=1.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=59;TCR=113;TR=172;WE=3179999;WS=3179981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	3180657	rs6964682	C	T	7756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=112;PP=2965;SC=GAACTCCCCACGATGCACACC;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=173;TCR=112;TR=285;WE=3180665;WS=3180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	3188513	rs7810868	C	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=189;SC=GAGATGTAGACGTCTTGCTAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=3188521;WS=3188510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	3188549	rs10257432	T	C	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=187;SC=AGTCTGTTCTTGCAGTGCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=3188557;WS=3188539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	3188576	rs10257447	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=451;SC=CTACCTGAAATCAGGTAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=3188584;WS=3188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	3188712	rs10254519	A	C	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	3188738	rs34925290	G	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=34;PP=951;SC=AGAAAGAACGGGGAGATGCTA;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=3188746;WS=3188728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	3197867	rs4634530	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,17:0.14:123
chr7	3205581	rs7782623	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=16;PP=890;SC=AGCAACATAGCGAGACCTCAT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=3205589;WS=3205571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	3205635	rs7801306	A	G	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=28;PP=1507;SC=ACGGTGGCACACATGGCACGC;SOR=1.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=78;WE=3205643;WS=3205625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	3205705	rs10951088	T	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=42;PP=1970;SC=CCCAGGAGTTTGGGCTGTAGT;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=3205713;WS=3205695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	3205763	rs10951089	A	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=59;PP=2195;SC=CAGAGCGAGAACCTGTCTCAA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=3205771;WS=3205753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	3341390	rs10228086	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=170;SC=GCCCGAGACCTCCGGCGGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=3341398;WS=3341380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	3341615	rs10238520	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=11;PP=278;SC=CCGCTTCCCGGCCCGGGTCGG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=3341623;WS=3341605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	4026944	rs7785899	C	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,24:0.12:193
chr7	4171827	rs79346633	G	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,55:0.15:372
chr7	4172006	rs13224870	C	T	19864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=465;PP=2965;SC=GACTCACCTCCGTGCGGATAG;SOR=1.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=711;TCF=245;TCR=466;TR=710;WE=4172014;WS=4171996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,720:1.00:720
chr7	4185592	rs608271	A	G	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=149;PP=2965;SC=TGTTGTGGGCACAGCTTCCTC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=88;TCR=149;TR=237;WE=4185611;WS=4185582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	4189075	rs659182	G	C	15455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=308;PP=2965;SC=GCCATGAGGCGACAGCATGCG;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=567;TCF=257;TCR=310;TR=564;WE=4189083;WS=4189065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,568:1.00:568
chr7	4189123	rs4720177	G	A	9483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=213;PP=2965;SC=GCACCTCCCCGGGGAACGGGG;SOR=1.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=120;TCR=213;TR=333;WE=4189131;WS=4189113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr7	4213749	rs4723444	T	A	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=18;PP=2410;SC=CCCACGACTTTCTTCTGTGCA;SOR=3.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=85;TCR=18;TR=103;WE=4213757;WS=4213739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	4213877	rs601424	T	C	12011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=1.612;SC=AAAGCCTGAATGGCCTTCTTC;SOR=0.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=226;TCR=227;TR=451;WE=4213885;WS=4213867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,461:1.00:462
chr7	4213940	rs671756	T	C	9288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=199;PP=2965;SC=GGTCAGGCACTGAGGCCAAGA;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=155;TCR=199;TR=353;WE=4213948;WS=4213930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr7	4213975	rs671694	A	G	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=131;PP=2965;SC=ATAGCTTTACATGCTGAGCTC;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=87;TCR=131;TR=218;WE=4213983;WS=4213965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	4214041	rs4723445	C	T	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=2.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	4214046	rs600537	T	C	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=2.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	4215298	rs4720185	T	C	12663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=290;NR=168;PP=2965;SC=GCGTGGGAAGTGGCTGGCATC;SOR=1.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=291;TCR=168;TR=458;WE=4215306;WS=4215288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr7	4217969	rs649494	T	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=3;PP=1635;SC=CCGGTCACAGTGGATGCAGGT;SOR=4.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=58;TCR=3;TR=61;WE=4217977;WS=4217959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	4247660	rs875351	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCTTTGACCTTACACTCAGTG;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=44;WE=4247668;WS=4247650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr7	4259953	rs13224192	G	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TTAGCCTCCCGCCTCCTGCTT;SOR=2.147;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=25;WE=4259961;WS=4259943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr7	4267072	rs597636	T	A	3796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.826;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=84;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GTCTTTTTTTTAAATCAGATG;SOR=0.713;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=156;WE=4267080;WS=4267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,164:0.82:199
chr7	4304727	rs10270413	A	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=66;PP=2965;SC=CCTGCCCTGCACTCACACCTT;SOR=1.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=160;TCR=66;TR=226;WE=4304735;WS=4304717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	4490854	rs314605	C	T	7669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=135;PP=2965;SC=AGTTATGTTCCTGGATGTTTG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=138;TCR=135;TR=273;WE=4490862;WS=4490844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr7	4490935	rs369198	C	T	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=85;PP=2725;SC=GTACCCTTGACGGAAATAGAT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=152;WE=4490943;WS=4490925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	4715012	.	GT	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.674;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr7	4777106	rs78994606	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.947;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr7	4782596	rs116110248	A	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=51;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TGCGGAAAGGAGAGGCCCCGG;SOR=0.487;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=56;WE=4782604;WS=4782586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,61:0.85:72
chr7	4791392	rs55638183	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,41:0.18:233
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chr7	4804085	rs73671903	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,16:0.13:124
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chr7	4830295	rs73305392	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:466,70:0.13:536
chr7	4839163	rs3736241	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,75:0.14:548
chr7	4841313	rs6966329	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=3.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,23:0.10:221
chr7	4841318	rs6945581	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,24:0.10:235
chr7	4841470	rs414035	T	C	7350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=152;PP=2965;SC=CCCCCACGGCTGGGTTGCCTT;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=120;TCR=152;TR=272;WE=4841478;WS=4841460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
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chr7	4845312	rs2306919	T	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,48:0.14:355
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chr7	4901465	rs3833677	G	GCACGTCCCCCACCACCGCGACCTT	407.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr7	4959789	rs932060	G	A	5005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=35;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GGTCCCCTCTGGGCGGGAGGC;SOR=1.459;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=118;WE=4959797;WS=4959779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,121:0.82:148
chr7	4959807	rs932061	G	A	6234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=53;PP=2909;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGCACCTGAGGTGGCTCTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=138;TCR=66;TR=169;WE=4959815;WS=4959797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,175:0.84:208
chr7	5023420	rs6965043	A	G	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQRankSum=0.196;QD=19.47;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,148:0.86:172
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chr7	5105133	rs12334144	C	T	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=2.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=80;PP=2441;ReadPosRankSum=0.693;SC=ATGAATGTAACGAGTGTGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=145;WE=5105141;WS=5105123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,159:0.84:189
chr7	5112108	rs6862	G	T	7682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.431;SC=ACCCAGGAAGGCCTTCAGAAC;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=433;TCF=211;TCR=222;TR=346;WE=5112116;WS=5112098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,341:0.80:425
chr7	5112174	rs113241650	G	A	4647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.676;SC=GAAGGGGACTGGGGGCGGGGG;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=242;TCF=94;TCR=148;TR=193;WE=5112182;WS=5112164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,194:0.81:240
chr7	5161422	rs377350567	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=22.42;ReadPosRankSum=0.265;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr7	5161512	rs117992329	G	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=40;PP=2820;SC=TTAAAGCACTGCCACACTGGT;SOR=1.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=132;WE=5161520;WS=5161502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	5161552	rs141496445	G	A	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.628;NF=131;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.534;SC=TCCTGAAGGTGGAGTTTCAAG;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=162;TCR=91;TR=205;WE=5161560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,195:0.81:241
chr7	5161640	rs62441986	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=-0.685;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,56:0.22:259
chr7	5161858	rs11289360	GA	G	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-1.483;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr7	5166500	rs112252777	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=0.757;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,44:0.14:324
chr7	5166683	rs62441988	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCTTGGCAGGATAACTTCACG;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=19;WE=5166691;WS=5166673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr7	5172011	rs73057804	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.661;NF=4;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=2.557;SC=CAGCCTTTATCAGTCATGTTC;SOR=0.542;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=10;WE=5172019;WS=5172001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr7	5172045	rs200698976	T	TG	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.237;HP=5;HapScore=4;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.443;NF=8;NR=5;PP=973;ReadPosRankSum=-2.168;SC=AAATCCCTGCTAAAAAGGGCA;SOR=1.414;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=13;WE=5172060;WS=5172035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr7	5172052	rs113343750	G	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.253;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.015;NF=15;NR=5;ReadPosRankSum=-2.092;SC=TGCTAAAAAGGGCAGTAGAAA;SOR=1.668;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=20;WE=5172060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr7	5172088	rs80233906	A	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=18.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQRankSum=-5.453;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr7	5172095	.	CTT	C	1362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=21.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQRankSum=-5.356;QD=25.71;ReadPosRankSum=0.846;SOR=3.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr7	5172099	.	T	TTG	1446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=19.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQRankSum=-4.946;QD=26.30;ReadPosRankSum=0.455;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr7	5172102	rs77898154	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=27.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQRankSum=-4.852;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.779;SOR=3.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr7	5172115	rs73057805	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.555;NF=37;NR=9;PP=2514;ReadPosRankSum=1.071;SC=CTGGAAAAGCAGACACCTGTG;SOR=1.743;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=46;WE=5172123;WS=5172078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr7	5172176	rs67170096	T	G	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=3;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.910;NF=55;NR=35;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ACGCTTGCCCTTGGGCTCCCA;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=90;WE=5172184;WS=5172166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,103:0.78:132
chr7	5172208	rs74491186	C	T	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.854;NF=46;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GGACCACCCCCGCCCTCTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=91;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,105:0.76:139
chr7	5172213	rs72125963	TCTCCCA	T	4146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.979;NF=13;NR=43;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.098;SC=ACCCCCGCCCTCTCCCAGGCG;SOR=0.809;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=56;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,103:0.73:141
chr7	5172223	rs77639783	G	A	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.551;NF=41;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=1.557;SC=TCTCCCAGGCGCAGGTGGGAG;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=85;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,100:0.72:139
chr7	5172282	rs73057807	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.554;NF=21;NR=40;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CCCTCACCTTACAAATGTCAT;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=61;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr7	5172295	rs73057808	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.536;NF=13;NR=34;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AATGTCATAGAGACTCAATCT;SOR=1.204;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=47;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr7	5172316	rs66755282	T	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.510;NF=7;NR=30;PP=770;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGTGAGGCCTTACTTGGATTT;SOR=1.532;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=37;WE=5172324;WS=5172306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr7	5254227	rs4587243	C	G	12979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=270;NR=160;PP=2965;SC=TGGCCATCGTCAGCCTTAAAG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=270;TCR=160;TR=430;WE=5254235;WS=5254217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr7	5257490	rs7791896	T	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=24;PP=1859;SC=GGACCAAGTGTCAGCCCTGGG;SOR=1.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=87;WE=5257498;WS=5257480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	5262151	rs62441068	C	T	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=11;PP=1616;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AGCCGTGTGGCGCATTTGCAG;SOR=1.418;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=79;TCR=14;TR=79;WE=5262159;WS=5262141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,80:0.85:94
chr7	5262385	rs4720537	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,54:0.17:313
chr7	5269424	rs7785898	A	C	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=78;PP=2318;SC=CCCGAGTGCTACTGCCTTCTG;SOR=3.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=13;TCR=79;TR=90;WE=5269432;WS=5269414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	5331307	rs12667188	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=292;SC=TCCCCTCACTAGCCTCTCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=5331321;WS=5331297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	5334469	rs4724524	G	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=5.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,35:0.12:290
chr7	5334472	rs10623123	C	CCT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=6.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,28:0.09:298
chr7	5334636	rs11760864	A	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=9.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.642;SOR=1.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,25:0.16:154
chr7	5336855	rs137903684	TCCCTTCTCTGTC	T	3628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.375;NF=11;NR=34;PP=2934;ReadPosRankSum=0.575;SC=CCACCTCTGTTCCCTTCTCTG;SOR=0.589;Source=Platypus;TCF=13;TR=45;WE=5336874;WS=5336845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,88:0.89:99
chr7	5336885	rs13244318	C	T	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.367;NF=30;NR=40;PP=828;ReadPosRankSum=1.661;SC=CTGTCCCCACCGCTTCGTCGG;SOR=0.414;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=70;WE=5336893;WS=5336875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,92:0.89:103
chr7	5338714	rs6950111	T	C	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=44;PP=1609;ReadPosRankSum=0.363;SC=TGCGCTTTGATGTGCCGCGGC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=116;WE=5338722;WS=5338704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,120:0.88:136
chr7	5338770	rs6946155	A	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.52;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,127:0.86:147
chr7	5340002	rs34551990	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGGTGTGAGGCGAGTGGGGCT;SOR=1.234;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=5340010;WS=5339992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr7	5342413	rs11979775	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-4.436;QD=1.34;ReadPosRankSum=-2.038;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,37:0.17:217
chr7	5347295	rs7794563	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	5347749	rs9639976	G	A	1054.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=749;ReadPosRankSum=-1.271;SC=AGCAGAGCACGGGCACGCCGT;SOR=0.846;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=39;WE=5347757;WS=5347739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr7	5347914	rs11554710	G	A	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.975;NF=88;NR=89;PP=2763;ReadPosRankSum=0.665;SC=CGTCATTTTCGTCCACATGCG;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=177;WE=5347922;WS=5347904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,185:0.88:210
chr7	5352635	.	TGAG	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
chr7	5352815	.	GCTA	G	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-7.288;QD=2.15;ReadPosRankSum=4.337;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,14:0.12:115
chr7	5352821	.	GCTGCCACTA	G	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-7.218;QD=2.11;ReadPosRankSum=4.155;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,14:0.12:113
chr7	5352949	rs76882791	G	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.491;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chr7	5353061	rs188607046	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,21:0.14:155
chr7	5363981	rs7798005	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,42:0.22:188
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chr7	5434135	rs4724668	A	G	4282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=73;PP=2609;ReadPosRankSum=-1.494;SC=GGGAGCGGAAAGACAGGTCAG;SOR=0.653;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=167;WE=5434143;WS=5434125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,182:0.86:211
chr7	5487458	rs4236392	T	C	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.950;SC=CCAGCTCTGCTGGGGGCTCCT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=76;TCR=149;TR=224;WE=5487466;WS=5487448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr7	5528883	rs4724701	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,26:0.13:204
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chr7	5540769	rs6953642	A	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,40:0.12:336
chr7	5541657	rs4724704	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,36:0.18:197
chr7	5567596	rs852424	C	T	8510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.845;SC=ACCCCACAGCCGACCTGCCCA;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=414;TCF=196;TCR=218;TR=349;WE=5567604;WS=5567586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,354:0.83:424
chr7	5568366	rs852423	A	G	10609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AGGCAGAGATACACCATGTCA;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=486;TCF=224;TCR=262;TR=414;WE=5568374;WS=5568356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,431:0.85:506
chr7	5569327	rs2908425	G	A	6447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.491;SC=TGTGAGCCGAGGTCGCCCCCG;SOR=0.513;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=287;TCF=221;TCR=66;TR=245;WE=5569335;WS=5569317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,249:0.86:291
chr7	5751250	rs3735289	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=360;SC=CAAAGTACTCGTCCTCATTTG;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=5751258;WS=5751240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	5760860	rs2302907	G	A	7273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.096;SC=AGGAACCTGGGCCAGCCATGT;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=153;TCR=193;TR=298;WE=5760868;WS=5760850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,307:0.86:356
chr7	5760971	rs4720636	A	T	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=42;PP=1177;SC=TCTTACCATTAGCCAACCTAC;SOR=5.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=5760979;WS=5760961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	5779375	rs10233615	T	C	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=93;PP=2792;SC=CTCATGCCTATAATCGAAGCA;SOR=2.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=28;TCR=94;TR=121;WE=5779383;WS=5779365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	5800769	rs3857756	A	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=58;PP=1659;SC=TTTCAAAAGAACTGAAAAGGA;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=5800777;WS=5800759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	5920406	rs10235465	T	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.76;QD=28.13;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	5923738	rs3890913	A	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.55;QD=31.90;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	5938326	rs117593220	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQRankSum=1.068;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	5941209	rs2024003	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.26;QD=27.75;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	5941354	rs62453577	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.86;QD=26.22;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr7	5942461	rs142822906	A	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.32;QD=25.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr7	6431690	rs836478	C	T	17995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=354;NR=389;PP=2962;ReadPosRankSum=0.026;SC=TTGCAGCTGACTTTTAATGTG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=879;TCF=420;TCR=459;TR=743;WE=6431698;WS=6431680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,763:0.84:904
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chr7	6456669	rs836508	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=42;PP=1047;ReadPosRankSum=0.330;SC=GGATCTGAGACTGCAGAATCA;SOR=3.398;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=43;WE=6456677;WS=6456659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
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chr7	6537566	rs5882098	CA	C	12855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.444;NF=54;NR=184;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GACAGCCCATCAGGGGGTTAG;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=70;TCR=222;TR=238;WE=6537574;WS=6537556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,370:0.83:447
chr7	6537655	rs4574760	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.563;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.082;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,61:0.14:441
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chr7	6537913	rs79970150	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=852;ReadPosRankSum=0.775;SC=CCAGGGTCTCAGGTGGTGGCC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=36;WE=6537921;WS=6537903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr7	6541347	rs7791451	C	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=8;PP=1360;ReadPosRankSum=1.052;SC=ACTGGAGCCACAGCCAGCTCT;SOR=2.310;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=66;WE=6541355;WS=6541337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,68:0.86:79
chr7	6544630	rs78696194	G	A	4379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.927;SC=TCAGCTACACGTCCATAGTCC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=62;TCR=147;TR=174;WE=6544638;WS=6544620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,177:0.83:214
chr7	6545619	rs11980487	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=43;PP=969;SC=CTCTGAGGGCTGCCATAGGGG;SOR=3.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=6545627;WS=6545609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	6549867	rs74487555	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.9979;FS=2.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=869;ReadPosRankSum=0.272;SC=TGAGCCTGGGGTGGAGGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=43;WE=6549875;WS=6549857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,43:0.86:50
chr7	6550403	rs34411495	A	G	8192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CAGAACCAACATGCCCCGCAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=224;TCR=177;TR=349;WE=6550411;WS=6550393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,354:0.86:410
chr7	6550494	rs12702520	G	A	17009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TTGCAGGTGGGAAAACTGAGC;SOR=0.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=623;TCF=283;TCR=340;TR=622;WE=6550502;WS=6550484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,631:1.00:632
chr7	6566322	rs2881723	T	G	10919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=223;NR=168;PP=2965;SC=GGGCCCGGCGTGCGCGGCACA;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=223;TCR=169;TR=391;WE=6566330;WS=6566312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr7	6566442	rs12702526	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=4.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,38:0.13:291
chr7	6570618	rs11772639	G	C	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AGCCCCACCCGCTTTCAGACC;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=194;WE=6570626;WS=6570608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,196:0.83:235
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chr7	6591041	rs4724818	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,38:0.16:242
chr7	6621277	rs11559146	G	A	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=72;PP=2095;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TCAGAGAGCCGTGCATGGATT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=115;WE=6621285;WS=6621267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,125:0.85:147
chr7	6628242	rs3088114	T	C	5874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTTTCTCTGCTCCTAGTACCT;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=288;TCF=181;TCR=107;TR=240;WE=6628250;WS=6628232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,240:0.82:291
chr7	6639953	rs34300529	G	A	10291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=0.922;SC=CTCTGCAGGTGGCCATGGCCT;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=463;TCF=162;TCR=301;TR=406;WE=6639961;WS=6639943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,424:0.88:482
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chr7	6647738	rs4416743	T	C	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=81;PP=2965;SC=TGCCCACGCATCCCGGCCACA;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=162;WE=6647746;WS=6647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr7	6662702	.	A	C	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=132;SC=GGCGTCCTGGAATATCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=6662710;WS=6662692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr7	6715935	rs12702533	C	T	7578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CCTCATCAATCATCAGAGAAC;SOR=0.520;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=341;TCF=153;TCR=188;TR=301;WE=6715943;WS=6715925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,308:0.89:348
chr7	6744957	rs7798471	T	C	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=71;PP=2280;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GAAGTACATCTTGTGGGAGAC;SOR=0.996;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=55;TCR=86;TR=113;WE=6744965;WS=6744947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,120:0.79:151
chr7	6746098	rs13239758	C	A	2235.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1240;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCACCGCTCCCGACAGGCCG;SOR=0.292;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=80;WE=6746106;WS=6746088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,92:0.88:105
chr7	6776650	rs7784521	G	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=12.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.07;MQRankSum=-0.738;QD=21.79;ReadPosRankSum=2.230;SOR=4.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr7	6776956	rs7804542	A	G	12923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.797;NF=209;NR=295;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.597;SC=ATCTCTGACAAAGGCGTCCTG;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=583;TCF=244;TCR=339;TR=504;WE=6776964;WS=6776946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,516:0.86:598
chr7	6777369	rs35291651	T	C	6797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.343;NF=120;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.366;SC=ACGTGTCAGCTTCTCAGGTTG;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=138;TCR=165;TR=267;WE=6777377;WS=6777359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,269:0.88:305
chr7	6785956	rs28694792	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.743;NF=1;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-1.725;SC=GTGAAACCCCATCTCTACTGA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=6785964;WS=6785946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	6786731	rs111706670	C	T	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.690;NF=139;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.840;SC=CCTTCGGACCCCAGGACGTCG;SOR=0.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=315;TCF=159;TCR=156;TR=271;WE=6786739;WS=6786721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,206:0.85:242
chr7	6790900	rs200453156	T	C	65.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	6791040	rs199677566	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.68;MQRankSum=-0.493;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr7	6797520	rs201352760	G	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.68;QD=25.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	6805524	.	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.61;QD=25.05;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	6845516	rs144852517	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQRankSum=-3.373;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.045;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr7	6852522	rs78538675	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-0.808;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.093;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,42:0.86:49
chr7	6854272	rs11769113	A	T	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=10;PP=2965;SC=GACATAAATAACACACTAAGA;SOR=4.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=108;TCR=10;TR=118;WE=6854280;WS=6854262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	6854512	rs58851147	G	A	18729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=3.279;NF=263;NR=401;PP=2965;ReadPosRankSum=2.854;SC=TAAACGTTTCGAACTGTCTTC;SOR=0.138;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=678;TCF=263;TCR=415;TR=664;WE=6854520;WS=6854502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,686:1.00:689
chr7	6859402	rs200223833	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.95;MQRankSum=-1.706;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr7	6861880	rs2711224	G	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=31.54;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	6862789	rs6970263	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1185;SC=AGGCATAAACCTCACTACCTG;SOR=6.184;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=44;WE=6862797;WS=6862781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	6863132	rs117732208	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.299;HP=6;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=987;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GTGCTGAAAAAAAGTGTTTGC;SOR=2.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=106;TCF=1;TCR=105;TR=40;WE=6863154;WS=6863122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr7	6865853	rs71524082	G	C	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=24.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	7106600	rs6943868	T	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,19:0.19:101
chr7	7106636	rs6977967	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,35:0.20:176
chr7	7136061	rs35367486	G	GA	8666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.844;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.300;NF=58;NR=160;PP=2936;ReadPosRankSum=1.798;SC=ATGGTGTCTGGAAAAAAAAAC;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=261;TCF=72;TCR=189;TR=218;WE=7136069;WS=7136051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,325:0.97:336
chr7	7136077	rs17163287	C	A	14200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=181;PP=2965;SC=AAAACTGCAACGAATATAAGA;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=141;TCR=182;TR=322;WE=7136088;WS=7136067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr7	7398457	rs2348042	T	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=163;PP=2965;SC=AAAAGGAAAATGTGTCACGGA;SOR=2.891;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=38;TCR=165;TR=201;WE=7398465;WS=7398447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	7400239	rs7786515	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=485;SC=GAACATATAAAGACTAGTTCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=7400247;WS=7400229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	7415217	rs1294651	C	T	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=240;SC=ACAATCAGCACTGGACCATTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=7415225;WS=7415207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	7421019	rs1294626	C	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=816;SC=TATAGGTAGACAAAGCAATGC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=7421027;WS=7421009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	7421310	rs1294627	A	G	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=87;PP=2616;ReadPosRankSum=0.698;SC=TCTTTGGGTCAGAAACACACT;SOR=0.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=142;WE=7421318;WS=7421300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr7	7491873	rs4720735	AG	CT	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=10;PP=2684;SC=AGAGTCTGTAAGGCAATTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=59;WE=7491882;WS=7491863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	7528880	rs12671912	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=292;SC=CAGCCTGGGTGACAGTGAGAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=7528888;WS=7528870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	7528951	rs6463696	C	T	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1841;SC=GACCATTTATCCTAAACAGAA;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=7528959;WS=7528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	7545571	rs17168333	T	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=5;PP=979;ReadPosRankSum=1.206;SC=GACTTTTACCTAATAAAACAT;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=46;WE=7545579;WS=7545561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr7	7551564	.	G	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=412;SC=GACATTACCTGTCTGAGATAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=7551572;WS=7551554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	7557297	rs1016028	T	C	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=53;PP=2965;SC=GATTGCCTTCTTGAGCCATCA;SOR=2.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=147;TCR=53;TR=200;WE=7557305;WS=7557287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	7557335	.	T	C	8008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.370;SC=GAAATCACTTTTGCACTTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=371;TCF=236;TCR=135;TR=314;WE=7557343;WS=7557325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,320:0.85:376
chr7	7559541	rs17151557	A	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=407;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AATAAGATAGATAATATAGGA;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=18;WE=7559549;WS=7559536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr7	7561580	rs10486180	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chr7	7570959	rs17168516	T	G	4162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AACTGTATAATCAACCCATTA;SOR=0.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=131;TCR=59;TR=155;WE=7570967;WS=7570949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,163:0.82:199
chr7	7571094	rs7804532	G	C	8474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=164;PP=2965;SC=CGTAGAAAGTGCAATGGTGAT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=128;TCR=164;TR=292;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	7622696	rs4720741	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=1;PP=979;SC=AACTGACTTACTTTCCAAATA;SOR=4.223;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=40;WE=7622704;WS=7622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	7627975	rs17523883	C	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=477;ReadPosRankSum=-0.053;SC=AGAAAGGCATCTCAGGCAATT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=20;WE=7627983;WS=7627965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr7	7627994	rs6463702	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=565;SC=TTAATGGCTCTGCAAGATAAA;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=7628002;WS=7627984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	7628275	rs7801367	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=419;SC=TTTATAATTACATATGTATGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=7628283;WS=7628265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	7645535	rs10276434	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=10;PP=2299;SC=ATAAAATATTATGATATAGTT;SOR=4.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=77;TCR=10;TR=87;WE=7645543;WS=7645525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	7645806	rs2286209	A	G	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=143;PP=2965;SC=CCAAAGTATGAATTTTATTTT;SOR=1.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=61;TCR=143;TR=204;WE=7645814;WS=7645796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	7646651	rs7806046	G	T	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=126;PP=2965;SC=GCCCTGTGTCGGCATGCACGT;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=185;TCR=126;TR=311;WE=7646659;WS=7646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr7	7646687	rs4222	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,56:0.15:376
chr7	7712941	rs10527750	TAGCAGCAGC	T,TAGCAGCAGCAGCAGC	2949.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=21,21;NR=10,10;PP=2997,135;SC=CTATTTCAGGTAGCAGCAGCA;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=31,31;WE=7712960;WS=7712931;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.87,0.13:82
chr7	7841524	rs6463722	G	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AGTCAGTGGAGAGCAGTACAG;SOR=0.179;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=54;WE=7841532;WS=7841514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,57:0.89:64
chr7	7841561	rs2348558	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=699;SC=TGCTAAACTCCTTTAGTGCTA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=7841569;WS=7841551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	7916817	rs73043329	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.87;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	7916824	rs73043332	A	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.21;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	8043504	rs38013	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=2.633;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,33:0.15:223
chr7	8110397	rs16872488	A	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ACATACGCAGAAATTAGCTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=8110405;WS=8110395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	8110475	rs10253861	G	A	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=23;PP=2232;SC=ATGAAATCAAGGGAAATACTA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=102;WE=8110483;WS=8110465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	8110780	rs10486207	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,11:0.11:103
chr7	8125964	rs929509	C	T	22473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=373;NR=419;PP=2965;SC=TCAAGAACTCCCCTAACTCTG;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=792;TCF=373;TCR=419;TR=792;WE=8125972;WS=8125954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,813:1.00:813
chr7	8132252	rs4725069	T	C	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=112;PP=2965;SC=TAGCTGACTCTCTGTTCACCT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=227;WE=8132260;WS=8132242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	8181279	rs6972883	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=0;PP=56;SC=AATTAGCCTTTTCTCAGTTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=8181287;WS=8181269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	8181555	rs80350640	C	CCA	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=4.298;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:737,80:0.10:817
chr7	8196529	rs10282493	A	T	7952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=25.17;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr7	8196567	rs200840693	AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	A	2021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.11;MQRankSum=1.071;QD=14.65;ReadPosRankSum=2.873;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,100:0.72:138
chr7	10973362	rs7789764	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=30;PP=1048;SC=CTCAAATACACAGAGACGGTA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=10973370;WS=10973352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	11022230	rs218966	A	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.305;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.01;ReadPosRankSum=0.556;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr7	11022564	rs218965	G	A	17051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=299;NR=272;PP=2965;SC=GGAGATCTGCGTCTCAGAAAG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=571;TCF=299;TCR=272;TR=571;WE=11022572;WS=11022554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr7	11487100	rs2074434	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,24:0.22:109
chr7	11501528	rs1014184	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.662;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr7	11509561	rs2285744	G	C	5850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.658;SC=TCACAATACAGTCCTTCTTAC;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=286;TCF=141;TCR=145;TR=238;WE=11509569;WS=11509551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,253:0.83:303
chr7	11581003	rs2072139	G	A	7312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CATATATGCAGGGTTGGACAT;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=226;TCR=145;TR=300;WE=11581011;WS=11580993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,309:0.82:378
chr7	11581121	rs47	T	C	18600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=207;NR=229;PP=2962;SC=GGCTCGCAGTTTCCCAGTCTC;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=207;TCR=229;TR=436;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr7	11581134	rs2074603	T	C	8382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=1.438;SC=CCAGTCTCACTGCTTTCCAGT;SOR=0.434;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=403;TCF=180;TCR=223;TR=348;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,363:0.86:420
chr7	11630298	rs2074602	C	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.780;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,37:0.14:273
chr7	11676377	rs2074598	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:575,86:0.13:661
chr7	12255434	rs6460901	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr7	12255511	rs6460902	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=7.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=443;ReadPosRankSum=-0.528;SC=ATAATCCCCTGTGTGCTGCTT;SOR=3.056;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=20;WE=12255519;WS=12255501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr7	12257938	rs6415232	A	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=147;SC=CTTCTGCTGGATACTTTCTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12257946;WS=12257928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	12257966	rs3887296	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCAATTTACTAAAGGAAAGAG;SOR=0.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=6;WE=12257974;WS=12257956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	12263799	rs11509137	TG	CA	11155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=60;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.194;SC=TCTAATGTTGTGTTATATAAT;SOR=1.113;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=283;TCF=207;TCR=76;TR=238;WE=12263808;WS=12263789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,268:0.90:297
chr7	12269260	rs3839691	A	ATGTT	922.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=977;ReadPosRankSum=0.711;SC=ACATATTTGTATATTTTTAGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=17;WE=12269268;WS=12269250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr7	12269417	rs3173615	C	G	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AACAACATAACCATTATTGGT;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=105;WE=12269425;WS=12269407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,109:0.90:121
chr7	12270565	.	A	AT	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5020;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=42;QD=38.0;SC=AGTATAGAAAATTCTCAACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=12270573;WS=12270555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr7	12270583	rs3217132	CTTA	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCAACAAATGCTTATTATATT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=12270593;WS=12270573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	12270625	rs2302635	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TAAGATAGGAGGGAGAATTTT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=12270633;WS=12270615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr7	12270770	rs2302634	T	A	2201.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TGAAAGAGATTTTGCTTGTTA;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=90;WE=12270778;WS=12270760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,96:0.90:107
chr7	12270815	rs2302633	C	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=2092;ReadPosRankSum=0.694;SC=TTATAATATACACAACATCTT;SOR=0.900;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=74;WE=12270827;WS=12270805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,80:0.81:99
chr7	12270819	rs73677559	A	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr7	12270967	rs2302632	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=224;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GGATGTCACAAGAGTTCAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=12270975;WS=12270957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	12271452	rs3800842	A	G	6637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=84;PP=2965;SC=CCTCACTTACATTATTTTTAG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=153;TCR=84;TR=236;WE=12271460;WS=12271442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	12370657	rs2253353	A	G	215.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=176;SC=TATGATTACAACAGAGATCAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12370665;WS=12370647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	12370702	rs3217131	AT	A	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=512;SC=TCTTTAAGATATTTTTTGAAT;SOR=3.056;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=17;WE=12370710;WS=12370692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	12370794	rs1059002	T	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=23;PP=1687;SC=TTGTAATTCATATACTTGATG;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=82;WE=12370802;WS=12370784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	12370952	rs6954265	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=63;PP=1913;SC=TGCCACTAGACTCAATACTGT;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=102;WE=12370960;WS=12370942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	12371001	rs6954555	G	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=850;SC=CATACTTAAGGTCCAAGCTGT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=12371009;WS=12370989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	12371019	rs3815534	A	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=717;SC=TGTCATAACCAAATGGAGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=12371027;WS=12371009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	12372999	rs6460928	T	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=505;SC=TTGGAAATAATAAAAAAACAT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=12373007;WS=12372989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	12373082	rs6460929	C	T	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=44;PP=2758;ReadPosRankSum=1.423;SC=TCTTTAAACTCTGAAATACCT;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=100;TCR=45;TR=143;WE=12373090;WS=12373072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr7	12373353	rs6460930	TG	CA	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=46;PP=2705;SC=TATGTACTCTTGTCTTTCAGA;SOR=3.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=50;WE=12373362;WS=12373343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	12375667	rs35608044	G	GA	1199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.28;MQRankSum=0.359;NF=23;NR=3;PP=534;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GCATGCTGGAGTTTTTTCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=26;WE=12375675;WS=12375657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr7	12376811	rs2192828	A	C	14880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=1.074;SC=ACTTTTTTGGAATCTCCTACC;SOR=0.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=530;TCF=273;TCR=257;TR=529;WE=12376819;WS=12376801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,545:1.00:546
chr7	12382637	rs1440030	C	T	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=31;PP=2965;SC=GTTCATTTCACGTAGCATTAA;SOR=2.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=120;TCR=31;TR=151;WE=12382645;WS=12382627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	12383967	rs1440032	T	A	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=115;PP=2965;SC=CAAATACAATTTATCATGCAA;SOR=0.989;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=97;TCR=115;TR=212;WE=12383975;WS=12383957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	12391319	rs6967385	G	T	948.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GTAGTAAATTGATTTACAAAC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=37;WE=12391327;WS=12391309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr7	12393966	rs6944618	A	G	17590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=45.45;SOR=1.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr7	12393974	rs6944626	A	C	18689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=42.77;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr7	12394053	rs6945167	G	T	21294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=368;NR=393;PP=2965;SC=ATTCAGGCATGCTACTCCCTC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=761;TCF=368;TCR=393;TR=761;WE=12394061;WS=12394043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,787:1.00:787
chr7	12394202	rs10267441	A	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=45;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TCTACTTTTTATGTCTGTCCT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=46;WE=12394210;WS=12394192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,46:0.82:56
chr7	12395813	rs2119141	T	C	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=64;PP=2396;ReadPosRankSum=1.655;SC=AAGGGTTGGATTGGCACCCAC;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=152;WE=12395821;WS=12395803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,162:0.80:202
chr7	12396897	rs1866650	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,42:0.12:356
chr7	12410112	rs963323	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=6.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,32:0.16:202
chr7	12419039	rs10570724	TCA	T	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,42:0.12:339
chr7	12419108	rs6967241	A	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,41:0.13:325
chr7	12420092	rs1025787	G	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr7	12420447	rs6959370	T	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,16:0.16:100
chr7	12420517	rs6460941	T	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=11.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	12428608	rs6954047	C	A	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=120;PP=2965;SC=CCAATGTAAACAGAAATTTAG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=81;TCR=120;TR=201;WE=12428616;WS=12428598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	12428803	rs848016	G	A	10520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=174;PP=2965;SC=TAAGTATACAGAAAAGTTCCC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=366;TCF=191;TCR=175;TR=365;WE=12428811;WS=12428793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr7	12429112	rs848015	T	C	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=257;SC=TTATGGCTTGTACCTGTTCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=12429120;WS=12429102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	12611252	rs6460967	T	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=70;PP=1900;ReadPosRankSum=0.790;SC=CAGATAGAAGTAAGAAAAAAA;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=99;WE=12611260;WS=12611242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,103:0.88:117
chr7	12617224	rs55829483	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=493;ReadPosRankSum=1.607;SC=ACCTGTAATCCCCAACAATTT;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=12617232;WS=12617214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr7	12620804	rs17283717	C	T	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=70;PP=1941;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TTAGCTGGGACAGTTTCAACA;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=135;WE=12620812;WS=12620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,144:0.75:191
chr7	12636026	rs758111	T	C	5688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GCCTCCCTGATGTCTGCATTC;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=110;TCR=165;TR=243;WE=12636034;WS=12636016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,251:0.88:285
chr7	12644334	rs849778	G	T	9831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=197;PP=2962;SC=ACTCCAACTCGTATGTGTCTG;SOR=1.084;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=327;TCF=128;TCR=199;TR=325;WE=12644370;WS=12644324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr7	12644348	rs78612532	G	GGT	5974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.16;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,187:0.85:220
chr7	12675546	rs2708655	A	G	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=2;PP=2238;SC=AACAGCTTGTATCATGTTAAA;SOR=6.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=76;TCR=2;TR=78;WE=12675554;WS=12675536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	12684340	rs2691810	C	T	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=111;PP=2965;SC=TGTAAGTGTCCTTAAAAATAG;SOR=1.485;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=176;WE=12684348;WS=12684330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	12691703	rs3736574	G	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=45;PP=875;ReadPosRankSum=1.978;SC=ATTTCCAAATGGGCACAAGAA;SOR=3.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=45;WE=12691711;WS=12691693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr7	12692106	rs10225832	C	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=884;SC=TTTATTTGTTCTTCTGGAAAT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=12692114;WS=12692096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	12692504	rs62448338	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=785;ReadPosRankSum=0.558;SC=TGAGGTAGGCGGATCACTGGG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=34;WE=12692512;WS=12692494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr7	12727826	rs2280633	G	C	7088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.405;NF=183;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.701;SC=AAGAGAAGTTGTAAACCAAGA;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=216;TCR=119;TR=285;WE=12727834;WS=12727816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,288:0.86:334
chr7	13947605	rs55959792	G	GT	186.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5960;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=61.19;MQRankSum=0.140;NF=0;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=0.282;SC=ATTTATCTCAGTTTTTCCTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=13947613;WS=13947595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	13971463	.	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=11.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.185;SOR=3.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,15:0.12:124
chr7	14016939	rs2074670	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	14017007	rs2066977	CC	TG	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=44;PP=2947;SC=AAGAAGGAAACCAGAAAGACA;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=95;WE=14017016;WS=14016997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	14017126	rs5882424	T	TA	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=27.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	14025640	rs3801110	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=0;PP=1062;SC=GTCAATTTCAGCAAACATAAC;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=37;WE=14025648;WS=14025630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	14025727	rs3823704	C	T	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=40;PP=2965;SC=ATTTCCTAAGCATTAGATACA;SOR=2.340;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=142;TCR=40;TR=182;WE=14025735;WS=14025717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	14025766	rs10215655	T	A	10411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=218;NR=139;PP=2965;SC=GTGAACAAGGTGGAAAGAAGA;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=218;TCR=139;TR=357;WE=14025774;WS=14025756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr7	14026357	rs3213661	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=49;PP=1357;SC=CAAATCTTTAATCTTCATTAA;SOR=4.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=54;WE=14026365;WS=14026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	14027867	rs59844225	G	GCA	2009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.454;NF=2;NR=61;PP=2897;ReadPosRankSum=0.435;SC=ACACGCGCGCGCACACACACA;SOR=2.408;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=2;TCR=86;TR=63;WE=14027875;WS=14027857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,63:0.83:76
chr7	14028189	rs11364123	CA	C	57	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=14.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	14028245	rs11460974	G	GA	1200.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.534;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.00;ReadPosRankSum=2.879;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,53:0.88:60
chr7	14028707	rs140879246	TA	T	9321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=137;PP=2974;SC=CTCAGCTCAGTATTTTATATT;SOR=0.914;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=35;TCR=140;TR=172;WE=14028715;WS=14028697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	14028794	rs10622991	T	TAA	3347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=71;PP=1070;SC=CTTTTAGGCTTAAAAAAAAAT;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=77;WE=14028802;WS=14028784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr7	14712793	rs34768816	AG	A	1599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.763;NF=0;NR=46;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AGAGTCATAAAGGAATTCATA;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=46;WE=14712801;WS=14712783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr7	14741198	.	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.125;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=0.987;SC=GAGTGGATGTAAATTACATTA;SOR=1.077;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=7;WE=14741206;WS=14741188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr7	14758273	rs1997040	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,39:0.17:227
chr7	14775821	rs139628753	TG	T	3881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=58;PP=2951;SC=ATCTATTGTCTGGAAAAAAAA;SOR=2.229;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=63;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	14775824	rs80024169	A	C	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=57;PP=2045;SC=TATTGTCTGGAAAAAAAAAAT;SOR=2.229;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=74;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	14881079	rs74902981	CAA	C	303.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;MQRankSum=0.632;QD=27.61;ReadPosRankSum=1.552;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr7	15346196	rs5882493	T	TA	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.829;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	15405005	rs60202363	TA	T	254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;QD=21.23;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	15426956	rs4541808	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,22:0.16:141
chr7	15458033	rs4469360	C	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=296;SC=TATATATTCACTAAAAACGAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=15458041;WS=15458023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	15470543	.	G	GT	41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9999;HP=15;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=16;MQ=57.45;NF=4;NR=0;PP=41;QD=11.0;SC=CCTTCTATTAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=15470551;WS=15470533;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,4:0.50:8
chr7	15666230	rs3779406	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=528;SC=ATTTTGCTGGCAAAATTTTAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=15666238;WS=15666220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	15725797	rs113582077	ATGG	A	8195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.145;NF=56;NR=77;PP=2991;ReadPosRankSum=2.219;SC=GATGGTGGTGATGGTGGTGGT;SOR=0.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=83;TCR=118;TR=133;WE=15725810;WS=15725787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,203:0.86:236
chr7	15726066	rs1050290	G	A	17156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=326;NR=416;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AGACTTCACGGCGGTTCCAAA;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TCF=383;TR=742;WE=15726074;WS=15726056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,750:0.84:892
chr7	15726129	rs11975534	A	C	8769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=0.381;SC=TTTTTTTTTAACCTCCCAAAG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=410;TCF=123;TCR=287;TR=353;WE=15726137;WS=15726107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,350:0.86:409
chr7	16129172	rs9691136	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=487;SC=ATATATATGTATATACATGTA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=16129180;WS=16129162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	16131260	rs1528137	C	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=27;PP=1483;SC=AGCGGGGGCACAAAGCACAAT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=16131268;WS=16131250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	16298434	rs1295153	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	16298438	rs7799150	T	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	16298766	rs5882563	A	AT	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=244;SC=AAAAAAATGAAACATGCTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=16298774;WS=16298756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	16348059	rs62441885	T	C	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=25;PP=2556;ReadPosRankSum=2.145;SC=CCTTAACTCCTACTCAATGCA;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=112;TCR=29;TR=120;WE=16348067;WS=16348049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,126:0.86:147
chr7	16348091	rs13437646	A	C	5309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.897;SC=AAATGTACACACACGCAAACA;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=163;TCR=80;TR=207;WE=16348099;WS=16348081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,217:0.86:253
chr7	16505341	rs6945425	T	C	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=105;PP=2965;SC=ATTCTTTTGCTTCTGCTTCTG;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=53;TCR=105;TR=158;WE=16505349;WS=16505331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	16572008	rs2301965	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr7	16572051	rs1404171	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,17:0.14:124
chr7	16598655	rs6979816	G	A	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=64;PP=1813;SC=ATGGCCATAAGTTAAAATAGT;SOR=1.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=16598663;WS=16598645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr7	16620928	rs562687	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=1.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,127:0.82:154
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chr7	16655632	rs9638734	C	T	314.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AAACATGCACCAATATCTTTA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=16655640;WS=16655622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr7	16664511	rs34435348	A	AC	3485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=17;PP=2936;SC=TTTTAAAGCAACATGATAATA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=71;WE=16664519;WS=16664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	16666741	rs11532682	T	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=60;PP=2336;SC=CATGTCGCAGTAGTAATTTGC;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=16666749;WS=16666731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	16666759	rs11531477	G	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=61;PP=2131;SC=TGCACATATCGAGTTTTCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=125;WE=16666767;WS=16666749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	16684247	rs3807505	G	C	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=52;PP=2279;SC=GCCCGGAGTCGCACGCATCAC;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=130;WE=16684255;WS=16684237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	16705132	.	TTG	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=6.086;QD=0.25;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,35:0.11:306
chr7	16736479	rs7796792	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,25:0.13:196
chr7	16745589	rs1149510	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr7	16793504	rs6975847	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=17;PP=2263;SC=CGCCTGGGCCAGGCCCCAAAG;SOR=2.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=95;TCR=17;TR=112;WE=16793512;WS=16793494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	16793779	rs11405941	G	GC	4950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=105;PP=2957;SC=GGCTTCCCACGTCTGCGCGCC;SOR=3.758;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=107;TCF=0;TCR=107;TR=105;WE=16793787;WS=16793769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	16815786	rs2290836	C	G	10330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.19;ReadPosRankSum=1.926;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr7	16816000	rs2290837	T	C	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=86;PP=2796;SC=TGTTGCTATTTTTTGTATCCT;SOR=1.944;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=123;WE=16816008;WS=16815990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	16818799	rs6461276	A	G	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=78;PP=2285;SC=GTTTTGCATGACAAAGGGCCT;SOR=3.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=15;TCR=78;TR=93;WE=16818807;WS=16818789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	16823095	rs11491	G	A	20176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=371;NR=391;PP=2965;SC=ACCCCCGCGCGAATCCTAGTG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=762;TCF=371;TCR=391;TR=762;WE=16823103;WS=16823085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,773:1.00:773
chr7	16834444	rs2272246	C	T	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=18;PP=2965;SC=AAACTGAGTCCGAGGCGTCCC;SOR=3.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=105;TCR=18;TR=123;WE=16834452;WS=16834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	16834551	rs4719480	C	A	15745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=321;NR=240;PP=2965;SC=AATTGAAGGTCACACTTACAC;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=562;TCF=321;TCR=241;TR=561;WE=16834559;WS=16834541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr7	16834597	rs6842	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:594,88:0.13:682
chr7	16837404	rs819010	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=745;ReadPosRankSum=1.033;SC=TGTCCATTTCCGGCCAGGCAT;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=31;WE=16837412;WS=16837394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr7	16872913	rs4719482	G	A	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=44;PP=2128;SC=GCTTGACTCAGCATCAGTGTA;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=16872921;WS=16872903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	16899197	rs11798	C	T	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	16901185	rs4236289	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=23;PP=585;SC=TAATTCCATACAACTTTCTGT;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=16901193;WS=16901175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	16913394	rs10249749	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=29;PP=2386;SC=TGAGCTGAGAAGCATGTTACC;SOR=1.918;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=120;WE=16913402;WS=16913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	16913520	rs4472406	G	A	8035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=153;PP=2965;SC=AGAAGAGCTCGGAAATGGGTA;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=124;TCR=154;TR=277;WE=16913528;WS=16913510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	16913617	rs4389824	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=45;PP=1331;SC=CACAATTTTCACAAGATATGG;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=16913625;WS=16913607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	17854532	rs2723501	G	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=107;PP=2965;SC=GAGCTAAAGCGGGGGATGCCT;SOR=1.251;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=216;TCF=89;TCR=127;TR=191;WE=17854540;WS=17854522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	17854616	rs2723502	T	C	109.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=780;SC=ACTGACAGAATGCTAGAAATT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=17854624;WS=17854606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	17869854	rs73081336	C	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	17874271	rs4721660	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=257;SC=ATTGCCATAGTTTATCTTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=17874279;WS=17874261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	17874300	rs4721661	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=406;SC=TCTACTTTTAGAAAGTTTTTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=17874308;WS=17874290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	17890413	rs3839705	CA	C	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=455;SC=AATAATACTTCAAAAAAATAT;SOR=2.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=17890421;WS=17890403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	17913083	rs5882635	A	AC	2645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=19;PP=2141;SC=GGGTCTTAAGACAAAAATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=17913091;WS=17913073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	17962382	rs11397631	G	GA	4743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=92;PP=2798;SC=AAACTACTGGGAAAAAAAGAT;SOR=1.639;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=3;TCR=105;TR=94;WE=17962390;WS=17962372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	18202067	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr7	18300132	rs13240203	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=725;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCAC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=18300140;WS=18300122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	18624800	rs2073974	T	C	5698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TAAAATTTGTTGTACAGGGTC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=189;TCR=62;TR=219;WE=18624808;WS=18624790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,224:0.87:257
chr7	18630208	rs1726610	A	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=1.635;SC=AGACTCGTCAAAATTATCTGT;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=19;WE=18630216;WS=18630198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr7	18631098	.	ATGTGTG	A,ATG	3587.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.472;NF=52,52;NR=23,23;PP=1087,2265;ReadPosRankSum=1.147;SC=CTGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=75,75;WE=18631111;WS=18631088;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.63:99
chr7	18631186	rs34096894	C	T	7362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.990;NF=176;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGAGTTCCTACTGAGTAAATC;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=392;TCF=221;TCR=171;TR=319;WE=18631194;WS=18631176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,321:0.82:391
chr7	18674435	rs2285431	T	C	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1465;ReadPosRankSum=1.816;SC=CAAAGTGATATTTCTGAGTTG;SOR=0.391;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=79;WE=18674443;WS=18674425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,81:0.85:95
chr7	18684485	rs10228036	G	A	6093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=1.848;SC=ACTCTCTTTCGTGTTTTATGT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=102;TCR=183;TR=242;WE=18684493;WS=18684475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,253:0.85:299
chr7	18767343	rs1178127	A	G	14499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=323;PP=2962;ReadPosRankSum=1.091;SC=TACCTCACCCAGCAATGGACC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=701;TCF=328;TCR=373;TR=606;WE=18767351;WS=18767333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,616:0.87:712
chr7	18788589	rs1178164	T	C	5180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TATCTTGTACTGTTACTCAAT;SOR=0.988;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=176;TCR=96;TR=225;WE=18788597;WS=18788579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,227:0.83:275
chr7	18993870	rs2389998	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=629;ReadPosRankSum=0.847;SC=CTTTAAAGTTCTCTTAAAAAT;SOR=0.486;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=36;WE=18993878;WS=18993860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr7	19015338	rs56268228	A	C	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=9;PP=1370;ReadPosRankSum=0.164;SC=ATTTTAACTTAACAACTGCTC;SOR=1.280;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=62;WE=19015354;WS=19015328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,68:0.87:78
chr7	19184746	rs34966908	C	CTCT	28668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=223;PP=2974;SC=TTCCGCGCTCCTCTTCCTCCT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=76;TCR=254;TR=290;WE=19184754;WS=19184736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr7	20180425	rs10555255	TAC	T	349.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=391;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTTTCTTTCCTACACACACAC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=20180436;WS=20180415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr7	20180507	.	GAC	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,14:0.14:102
chr7	20180717	rs3735615	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=2.320;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,32:0.12:275
chr7	20198440	rs975263	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,86:0.14:632
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chr7	20371395	rs206197	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=12;PP=1203;SC=CGGAAGGCAGTCAGGCGGCGG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=20371403;WS=20371385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	20418926	rs1042277	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,33:0.13:259
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chr7	20421490	rs2230398	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=2.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,52:0.14:373
chr7	20430960	rs3779506	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr7	20438743	rs6945675	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr7	20444532	rs2074424	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,15:0.14:110
chr7	20445928	rs113875793	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=9.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-3.483;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.125;SOR=2.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,13:0.14:92
chr7	20445945	rs111699363	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-3.273;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.342;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr7	20668236	.	TTG	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=8.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
chr7	20682893	rs190460902	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:664,113:0.15:777
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chr7	20739336	.	G	GA	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.4999;HP=16;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=28;QD=11.3333333333;SC=TCTCATAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=3;WE=20739344;WS=20739326;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr7	20739774	rs5882753	AT	A	1445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.372;NF=0;NR=39;PP=685;ReadPosRankSum=0.210;SC=TGATAAGTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=39;WE=20739782;WS=20739764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr7	20744543	rs2158855	A	C	826.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9835;FS=2.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=396;ReadPosRankSum=1.076;SC=CACATCATTAATGAGGCCAGG;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=22;WE=20744551;WS=20744533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr7	20744563	rs2158854	C	T	732.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=351;ReadPosRankSum=1.140;SC=GTAAGTCTCACGGTTAACAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=20744571;WS=20744553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr7	20762609	rs73085689	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
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chr7	20762937	rs62453385	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr7	20768013	rs10254317	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=7.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,57:0.15:376
chr7	20778646	rs6461515	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,44:0.17:259
chr7	20782474	rs12669866	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr7	20803107	rs55827389	T	TC	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=991;SC=AGTCTGTTTTTCTTTAGTGTT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=20803115;WS=20803097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	20826270	rs112554769	GA	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=8.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.444;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr7	21468862	rs376953570	CT	C	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.609;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=4;PP=999;ReadPosRankSum=-1.687;SC=AATCCGCCCACTTTTTTTCCC;SOR=0.054;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=43;WE=21468878;WS=21468852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	21468869	rs141294478	TCC	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.677;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr7	21470536	rs40245	A	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=873;SC=TCCTAATTCTAAGGTTTGACG;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=21470544;WS=21470526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	21510666	rs117638907	T	C	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=53;PP=2072;ReadPosRankSum=0.208;SC=ATGTGTTGGATTCCAGCTATA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=129;WE=21510674;WS=21510656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,133:0.85:157
chr7	21516627	rs3214203	AT	A	1150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.962;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=550;ReadPosRankSum=-1.357;SC=ATGCACATAGATTTTTTTTTT;SOR=3.171;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=35;WE=21516635;WS=21516617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr7	21582917	rs2285942	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr7	21582963	rs2285943	GA	TT	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,24:0.15:156
chr7	21583282	rs2285945	T	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5043;FS=5.320;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=96;PP=2454;ReadPosRankSum=0.587;SC=GCCCAGTCGCTCCCCTTTGGA;SOR=0.208;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=35;TCR=107;TR=129;WE=21583290;WS=21583272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,130:0.92:142
chr7	21599233	rs10950854	C	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=18;PP=1340;SC=CACCGTCAAACGAAAGGATAA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=21599241;WS=21599223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	21600902	rs4374884	A	G	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=88;PP=2498;SC=GTGATTGCTCATGGCTCTTCT;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=20;TCR=88;TR=108;WE=21600910;WS=21600892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	21603678	rs5008148	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	21603886	rs4392792	A	G	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=2102;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CGGAATTCCCACAGACACGCA;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=134;WE=21603894;WS=21603876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,141:0.79:179
chr7	21609625	rs56832849	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,20:0.18:114
chr7	21611619	rs7804044	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-1.627;SC=CATTTTCATTGCATGGGATCC;SOR=2.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=21611627;WS=21611609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr7	21627909	rs3810897	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=423;SC=ATATCTAAAGATTAGATATAG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=21627917;WS=21627899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	21628237	rs6963535	C	T	12777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=225;NR=229;PP=2965;SC=GGTCAAACTTCGCATCTCTCC;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=454;TCF=225;TCR=229;TR=454;WE=21628245;WS=21628227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr7	21630982	rs4615458	A	G	11829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=205;PP=2965;SC=GGGTGAGGGCAGCCACGTCCG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=229;TCR=205;TR=434;WE=21630990;WS=21630972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr7	21639818	rs6461586	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=247;SC=TAGCTCATGCTGGGAATCCCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=21639826;WS=21639808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	21640405	rs10224537	A	G	13094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=276;NR=195;PP=2965;SC=GGAGACCCACACTTACCTCTG;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=472;TCF=277;TCR=195;TR=471;WE=21640413;WS=21640395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr7	21641218	rs3827657	G	A	8268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=181;PP=2965;SC=TGCCTGAGCAGGTCTATATTC;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=116;TCR=181;TR=297;WE=21641226;WS=21641208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr7	21646233	.	C	CTTT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.123;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	21654602	rs7779983	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=1200;SC=CCAGTAATTACGCTGCAGATT;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=21654610;WS=21654592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	21657130	rs12539987	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=492;SC=AATGCTTTCACTCTTTTCTAA;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=21657138;WS=21657120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	21658855	rs57208694	A	G	7287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=155;PP=2965;SC=TGTCCTCGGGACTGGGTCATT;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=87;TCR=155;TR=242;WE=21658863;WS=21658845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	21658964	rs68184450	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=42;PP=1219;SC=AGTTTGTTCCCTGCTGTTCAT;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=21658972;WS=21658954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	21659554	rs112373177	A	ATTAAT	4217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=14;PP=2094;SC=GTGCACATTAATTATATTGTT;SOR=1.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=49;WE=21659562;WS=21659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	21659645	rs56029521	T	C	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=113;PP=2965;SC=GAACAGGCATTCCATTACTAA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=225;WE=21659653;WS=21659635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	21695649	rs4385378	G	A	6470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.680;SC=TTTTCAGCATGCTCTTAGAAG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=119;TCR=200;TR=267;WE=21695657;WS=21695639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,269:0.84:321
chr7	21698319	rs67673671	G	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=899;ReadPosRankSum=-1.049;SC=AATCCACCTGGGGCATTACCC;SOR=1.078;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=42;WE=21698327;WS=21698309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,44:0.94:47
chr7	21721130	rs11975280	C	G	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=23;PP=1973;ReadPosRankSum=0.955;SC=TATTTGTAACCCTTCTCTCCT;SOR=1.114;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=109;TCR=28;TR=116;WE=21721138;WS=21721120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,117:0.86:136
chr7	21730647	rs7790948	T	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=915;ReadPosRankSum=-1.210;SC=AGACAGAACTTTCACCATGAT;SOR=0.880;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=42;WE=21730655;WS=21730637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr7	21737973	rs56376598	G	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TAGTTTGGGGGAACAGGTGTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=21737981;WS=21737963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	21744039	rs2965401	T	G	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=60;PP=2771;ReadPosRankSum=0.318;SC=TTATAAAATGTTTTTTTTTCT;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=130;TCR=69;TR=167;WE=21744047;WS=21744029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,173:0.85:204
chr7	21744318	rs72657343	TA	T	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=4.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=740;ReadPosRankSum=-1.644;SC=TAATTGATACTAAAGCAAGAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=21;WE=21744326;WS=21744308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr7	21745061	rs1023542	A	G	6273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.513;SC=ACCAGCAACCAGCTGTTTGCT;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=321;TCF=176;TCR=145;TR=267;WE=21745069;WS=21745051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,275:0.83:333
chr7	21757287	rs2965409	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=374;ReadPosRankSum=4.033;SC=AAACGTGTCCTTGAAGTGTTG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=18;WE=21757295;WS=21757282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr7	21757636	rs2074760	G	A	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=69;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GCCCAAGAAAGTGAGAAGATT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=24;TCR=79;TR=90;WE=21757644;WS=21757626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,88:0.86:102
chr7	21765636	rs2965424	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=46;PP=1079;SC=TGTATTAGTCTGTTTTCATAT;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=21765644;WS=21765626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	21775153	rs2072219	A	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=0;PP=906;ReadPosRankSum=0.820;SC=GATTTCAATTATAAAGTGACT;SOR=3.109;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=34;WE=21775161;WS=21775143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr7	21775210	rs2270022	A	G	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=28;PP=1977;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TCTCGCACGCACTCTCTCTCT;SOR=1.076;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=113;TCR=38;TR=120;WE=21775218;WS=21775200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,125:0.79:158
chr7	21775443	rs2072221	G	A	7966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.396;SC=ACTACTACACGACATCCACAG;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=415;TCF=178;TCR=237;TR=323;WE=21775451;WS=21775433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,335:0.78:432
chr7	21778449	rs1109806	C	T	4878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TTCAGCCTCACACCCTGATCC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=129;TCR=132;TR=206;WE=21778457;WS=21778439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,217:0.79:275
chr7	21779084	rs2906686	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=376;ReadPosRankSum=2.239;SC=GAGTGATTATGAAGATAAGGA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=18;WE=21779092;WS=21779074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr7	21779278	rs9639393	A	G	6674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.197;SC=TTCACCATCAATCCCAGGCTA;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=159;TCR=145;TR=266;WE=21779286;WS=21779268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,279:0.88:318
chr7	21789442	rs4355679	T	C	6641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ACACATTTCTTGAAAGATCTT;SOR=1.002;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=358;TCF=144;TCR=214;TR=287;WE=21789450;WS=21789432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,295:0.79:373
chr7	21813318	rs11374411	A	AT	2816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=12;PP=1763;SC=CATTTACTTGATTTTTTTTAA;SOR=3.126;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=75;WE=21813326;WS=21813308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	21818486	rs4273751	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=365;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AAATTGTTAGAGATCCCTGAA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=16;WE=21818494;WS=21818476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	21826199	rs2072093	G	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.587;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=5;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CCAGACTTCCGCTAATCCTGT;SOR=4.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=49;WE=21826207;WS=21826189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr7	21828743	rs11412202	T	TA	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=615;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCCATCTCAATAAAAAAAGAG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=26;WE=21828751;WS=21828733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr7	21847457	rs6969900	A	G	919.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=637;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGGAGTTGACATTCAGCCTGC;SOR=1.002;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=40;WE=21847465;WS=21847447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,42:0.89:47
chr7	21856151	rs2214326	G	A	6968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TACAATTGCCGCCTGGAATAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=192;TCR=138;TR=279;WE=21856159;WS=21856141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,286:0.84:339
chr7	21856390	rs4141347	G	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=79;PP=1911;ReadPosRankSum=0.412;SC=TTATAAAGGCGTGATGTTTCT;SOR=1.673;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=126;TCF=27;TCR=99;TR=97;WE=21856398;WS=21856380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,100:0.78:129
chr7	21858043	rs10277757	A	G	871.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5069;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CAAGCAGTCTATTGAAATCTT;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=32;WE=21858051;WS=21858033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr7	21924014	rs6461613	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1259;SC=AGAAGAATTCATGAATCCATC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=21924022;WS=21924004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	21932044	rs12537531	C	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=55;PP=2756;SC=TGGTTCAAGACTGAAGATGAA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=21932052;WS=21932034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	21932317	rs9639401	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=43;PP=1386;SC=TTCTTTTTCATTGAAGTATAA;SOR=1.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=21932325;WS=21932307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	21940465	rs62445900	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=594;SC=GTAACCTACCTTTCAAAGCTC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=21940473;WS=21940462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	21940557	rs10555456	AACTT	A	6339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=42;PP=2970;SC=TGCATCAAACAACTTACTTGA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=94;WE=21940568;WS=21940547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	21941861	rs60370798	ATCTT	A	6720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=46;PP=2979;SC=CTGTAAAAAAATCTTTCTTAG;SOR=1.429;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=82;WE=21941872;WS=21941851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	21942183	rs141458032	C	CGATTCAGAGTTTATTA	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.28;NF=1;NR=9;PP=2957;SC=TCCAGAACCACGATTCAGAGT;SOR=4.332;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=10;WE=21942191;WS=21942173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	21942861	.	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.780;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr7	21956405	rs1128250	G	A	10454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=196;PP=2965;SC=CAAAACTATCGCAGCTCTCCT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=168;TCR=196;TR=364;WE=21956413;WS=21956395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	21985338	rs3823667	G	A	12327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	21985347	rs1406706	G	A	12690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr7	22165180	rs2302000	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,18:0.13:137
chr7	22165421	rs17146285	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=59;PP=1474;ReadPosRankSum=2.341;SC=ATGTAGCTTTGATTCTATGGA;SOR=1.845;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=71;WE=22165429;WS=22165411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,77:0.85:91
chr7	22197507	rs7809342	A	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=92;PP=2789;SC=TACAGTGCTGAAAGGAAAAAT;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=43;TCR=92;TR=135;WE=22197515;WS=22197497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	22202485	rs1981601	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.956;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,45:0.16:275
chr7	22233674	rs6965394	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,41:0.16:261
chr7	22242370	rs4722110	G	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=712;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CAAATTAAACGGATATCCACC;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=41;WE=22242378;WS=22242360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr7	22242561	rs11763898	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,15:0.15:99
chr7	22259670	rs1859807	C	A	9087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GACATGACACCACCGCAAAGT;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=194;TCR=255;TR=367;WE=22259678;WS=22259660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,383:0.83:462
chr7	22330862	.	TAA	T	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr7	22355166	rs10607345	CTA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.893;SC=CAATAGCATACTATATATATA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=4;WE=22355175;WS=22355156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	22459324	rs2177142	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,18:0.14:127
chr7	22478207	rs2528843	G	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,51:0.15:339
chr7	22526636	rs17146979	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=7.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,26:0.14:186
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chr7	22861639	rs981792	C	A	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=1;PP=1324;SC=ACCAAAAAAACCCCAAATCCT;SOR=5.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=47;TCR=1;TR=47;WE=22861647;WS=22861632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr7	22862131	rs2270108	A	C	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=4;PP=2896;SC=ATAGAACGGGAACTCGAACTC;SOR=6.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=102;TCR=4;TR=104;WE=22862139;WS=22862121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	22862183	rs2270107	G	A	11767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
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chr7	22896231	rs1608553	G	C	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=91;PP=2965;SC=AATTGAAATTGTGGCCAAGGA;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=135;TCR=91;TR=226;WE=22896239;WS=22896221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	22896340	rs5882865	AC	A	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.711;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,39:0.27:143
chr7	23000783	rs35493358	G	GCTCT	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=2.196;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
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chr7	23145837	rs1005786	G	C	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=123;PP=2773;ReadPosRankSum=0.275;SC=TTCCCGGGGTGGAACCCCGCG;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=58;TCR=141;TR=172;WE=23145845;WS=23145814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,176:0.86:204
chr7	23164526	rs2058275	C	G	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=2205;ReadPosRankSum=0.988;SC=GGAAGAGTTTCAGTATCCTAT;SOR=0.734;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=131;WE=23164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,138:0.85:163
chr7	23195555	rs141774430	CTTTAT	C	4126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=34;PP=2946;SC=ACTCTTAGCACTTTATTTTTA;SOR=0.953;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=57;WE=23195567;WS=23195545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	23352512	rs199653	C	A	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=67;PP=1788;ReadPosRankSum=0.698;SC=AGTTTTAAAACCTTACTTCCT;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=123;WE=23352520;WS=23352502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,129:0.83:155
chr7	23357321	rs156414	C	T	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=122;PP=2965;SC=CTGGTGCTTCCGCTGGAGCAA;SOR=0.901;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=232;WE=23357329;WS=23357311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	23624570	rs227933	G	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=411;SC=ATATAGAGAAGCAGCAGGAAG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=23624578;WS=23624560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	23719766	rs56391241	G	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=42;PP=2345;SC=GCGCGGTACCGGGAGGGAACG;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=118;WE=23719787;WS=23719756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	23719779	rs56359038	G	A	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=49;PP=2695;SC=AGGGAACGGGGCGGGTCGGGC;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=142;WE=23719787;WS=23719756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	23737795	rs5029444	T	C	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=73;PP=2965;SC=TTATTCTCCATGTATTGTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=147;TCR=73;TR=218;WE=23737803;WS=23737785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	23757162	rs6945306	G	C	5866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TTTGCCCCCAGGCCAGTTCAG;SOR=0.731;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=271;TCF=156;TCR=115;TR=238;WE=23757170;WS=23757145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,254:0.88:289
chr7	23768907	rs12176610	A	G	240.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAATGAAAGTAAAACTATGTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=23768915;WS=23768897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr7	23794029	rs4722266	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,69:0.16:423
chr7	23794139	rs34664371	TA	T	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr7	23794183	rs4722267	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=505;ReadPosRankSum=0.265;SC=ATAACAGGATACATGTGCAGA;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=21;WE=23794191;WS=23794173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr7	23808604	rs61564984	C	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=767;ReadPosRankSum=-0.390;SC=AGAAGTATATCTCTCTGCAGG;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=42;WE=23808612;WS=23808594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr7	23810517	rs7785154	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.21;ReadPosRankSum=1.308;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
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chr7	23810845	rs1469001	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=306;SC=TCAGTAAATTGTTATTACTAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=23810853;WS=23810835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr7	23872409	rs2214236	T	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,82:0.19:424
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chr7	24329133	rs5574	C	T	10461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GAAAACGATCCAGCCCAGAGA;SOR=0.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=226;TCR=154;TR=379;WE=24329141;WS=24329123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,389:1.00:390
chr7	24718710	rs722218	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=5.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.205;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,21:0.13:167
chr7	24719074	rs713571	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr7	24742553	rs2240005	G	A	1007.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.6377;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=1.851;SC=GTACTTTCCCGCCAGCCAGGC;SOR=1.563;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=36;WE=24742561;WS=24742543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,39:0.89:44
chr7	24742585	rs2074142	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=395;SC=TCAGCAGTTGCTGAGTTAGTG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=24742593;WS=24742575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	24747910	rs2721809	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
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chr7	24758753	rs754555	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,33:0.13:249
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chr7	24854765	rs1044956	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=2.555;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,69:0.14:506
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chr7	24874459	rs2285688	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=2.031;SC=CAATGTTACTATTAAACTCAG;SOR=1.295;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=20;WE=24874467;WS=24874449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
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chr7	24904873	rs3735543	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=4.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,43:0.18:236
chr7	24904889	rs2040690	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,52:0.18:291
chr7	24911526	rs10261181	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,20:0.13:156
chr7	25163744	rs11267038	A	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,82:0.16:506
chr7	25181912	rs2285738	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,52:0.13:408
chr7	25182405	rs11984293	G	T	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GTAGAATACTGGCTTATTTTT;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=277;TCF=120;TCR=157;TR=229;WE=25182413;WS=25182395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,238:0.84:285
chr7	25194506	rs12538022	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=535;SC=TGTGAACAAGTTTCCTGATCT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=25194514;WS=25194496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	25194618	rs2523073	G	A	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=57;PP=2965;SC=CTGATTCCAGGTCACATTTTA;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=156;WE=25194626;WS=25194608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	25194665	rs2523072	G	C	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=ATAAGCCTTGGTTGGCACCGT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=182;WE=25194673;WS=25194655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	25194753	rs12535348	C	T	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=95;PP=2965;SC=GGGAACATGGCGCCGCGACAG;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=180;WE=25194761;WS=25194743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	25194857	rs2717899	A	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=41;PP=1210;SC=GAACAGAAAGAAGTATGGTTG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=25194865;WS=25194847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	25194918	rs2523071	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=408;SC=AATGGCAGAAACTGTTCTAAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=25194926;WS=25194908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	25200976	rs13221848	A	G	97.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	25218661	rs10642607	A	AAAACAAAC	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=696;SC=CACCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=3.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=25218669;WS=25218653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	25267963	rs886354	G	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=36;PP=1656;SC=GAAGATTGGAGATCACTAATT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=25267971;WS=25267953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	26232802	rs56684003	CCCTTT	C	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=4.043;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,21:0.16:133
chr7	26386122	rs3801891	T	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=8.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=-3.396;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,43:0.11:375
chr7	26404071	rs2253569	G	A	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=13;PP=1582;SC=TAGAGTGAATGTTGAGATCAT;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=26404079;WS=26404061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	26576535	rs740182	T	C	8735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTTCAAAGTATTTCTCGGTCC;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=185;TCR=218;TR=343;WE=26576543;WS=26576525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,350:0.85:413
chr7	26724279	rs212850	T	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=1.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=15;PP=1501;ReadPosRankSum=-2.126;SC=CTTCCCTAGCTCTGTAAATCC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=85;WE=26724287;WS=26724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,83:0.88:94
chr7	26778406	rs10951145	A	G	5402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.523;SC=ATTGAACACCAACATTACCTT;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=168;TCR=92;TR=223;WE=26778414;WS=26778396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,232:0.86:269
chr7	26883761	rs61646374	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr7	27135314	rs10951154	C	T	11396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.490;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=297;NR=350;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CTGGGGGTGGCGATGGTGGTG;SOR=0.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=682;TCF=312;TCR=370;TR=647;WE=27135323;WS=27135303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:32,478:0.94:510
chr7	27141267	rs706016	C	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=28;PP=2352;SC=AGACCCCGTCCCCTCCATCTC;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=81;TCR=28;TR=108;WE=27141275;WS=27141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	27169093	rs2158218	T	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,61:0.16:372
chr7	27169617	rs6943542	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,16:0.13:124
chr7	27170145	rs6944345	T	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,28:0.25:111
chr7	27196069	rs2301720	A	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,56:0.13:442
chr7	27196113	rs2301721	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,54:0.13:412
chr7	27238691	rs2071265	C	G	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=165;NR=42;PP=2965;SC=AGAACAGAAACGCACCCGGGA;SOR=2.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=165;TCR=42;TR=207;WE=27238699;WS=27238681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	27279191	rs3801321	T	G	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.740;SC=TGGGGGCCTATGCCCGGCTTC;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=85;TCR=135;TR=219;WE=27279199;WS=27279181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr7	27571058	rs1014372	C	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=13;PP=338;SC=CATCTTCTCTCTCCATTTATT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=27571066;WS=27571048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	27578068	rs17607303	T	C	5236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=109;PP=2829;ReadPosRankSum=2.250;SC=ATTAAATATCTGTATTTTCAA;SOR=0.454;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=128;TCR=130;TR=221;WE=27578076;WS=27578058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,234:0.86:273
chr7	27578167	rs9639553	C	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5037;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=1251;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TTCTCGAGTGCGGAAGAGAAC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=56;WE=27578175;WS=27578157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chr7	27581495	rs6462029	T	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5324;FS=6.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=72;PP=1932;ReadPosRankSum=2.579;SC=CATTTTATGCTCAATACTTGT;SOR=0.189;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=125;WE=27581503;WS=27581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,134:0.92:145
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chr7	27668860	rs6415252	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=454;ReadPosRankSum=0.043;SC=ATCAGTTTGGCTTTATTTTTA;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=22;WE=27668868;WS=27668850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
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chr7	28449831	.	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1501;ReadPosRankSum=0.482;SC=CGCTCCAGGCGCTCCGGGCTG;SOR=0.267;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=106;WE=28449839;WS=28449821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,116:0.92:126
chr7	28449965	rs12538330	T	C	6367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.836;SC=CGGCTCGAGCTTTGGCGGCGC;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=196;TCR=103;TR=251;WE=28449973;WS=28449955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,261:0.84:310
chr7	28534501	rs3216916	C	CT	2279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.236;SOR=1.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,93:0.87:107
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chr7	28676906	rs41309	A	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=1004;SC=TTTCTATTCAATCATTCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=28676914;WS=28676896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	28857606	rs12531253	G	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=17;PP=1687;SC=GAGTTTGCCAGTTTTGTTGTT;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=75;WE=28857614;WS=28857596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	28858456	rs10951205	A	G	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=112;PP=2965;SC=AAAAAGACAAAATGGGGAAGT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=204;WE=28858464;WS=28858446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	28995800	rs61742220	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,82:0.14:573
chr7	28996220	rs1006521	G	A	6737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TCAGCCTTAGGGCGCTGCGGT;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=332;TCF=185;TCR=147;TR=282;WE=28996228;WS=28996210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,285:0.84:339
chr7	28996557	rs3735562	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=4.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.412;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.302;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,45:0.15:299
chr7	28996944	rs740250	T	C	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=74;PP=2965;SC=GTGCTGCAGGTTGTTGGCCGA;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=203;WE=28996952;WS=28996934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	28997141	rs6950750	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:475,74:0.13:549
chr7	28997497	rs67010340	GC	G	18393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=274;PP=2951;SC=TGGGGGCTCGGCCAGCGAGCT;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=52;TCR=280;TR=325;WE=28997505;WS=28997487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr7	28997596	rs5883174	G	GC	5150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=96;PP=2936;SC=CACGGGCTCGGCAGCGGCGGG;SOR=2.406;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=5;TCR=96;TR=101;WE=28997604;WS=28997586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	29070209	rs7313	G	A	8584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=1.576;SC=GAAGTCACCCGCTTGCCGGAT;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=234;TCR=183;TR=362;WE=29070217;WS=29070199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,372:0.87:430
chr7	29103867	rs644763	T	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=0.476;NF=43;NR=77;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GAAGGGGCATTGGAAAGACAT;SOR=0.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=120;WE=29103875;WS=29103857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,128:0.83:155
chr7	29103944	rs34641639	A	AT	1143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.454;NF=0;NR=28;PP=1171;ReadPosRankSum=0.020;SC=AACATACAACATGGAGAAACG;SOR=1.662;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=28;WE=29103952;WS=29103934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
chr7	29111620	rs317719	A	C	8411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=210;PP=2965;SC=AATTGTTAATATTGTGCTGGT;SOR=2.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=69;TCR=210;TR=279;WE=29111628;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
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chr7	29439641	rs12669481	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=1010;SC=CAACTAGGGCGGAAGGCATGG;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=29439649;WS=29439631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	29520042	rs1476991	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,47:0.18:265
chr7	29523563	rs12665897	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,54:0.20:264
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chr7	29605975	rs2302618	C	G	21000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=437;NR=352;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CTGGCAGCTCCGGCCCCTGGT;SOR=0.599;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=793;TCF=438;TCR=355;TR=789;WE=29605983;WS=29605965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,800:1.00:801
chr7	29688827	rs1641209	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,54:0.15:369
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chr7	29689018	rs1641210	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.279;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,25:0.12:200
chr7	29771597	rs850084	A	C	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=6.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.313;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,148:0.73:202
chr7	29781927	rs850098	T	A	9392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.894;NF=139;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AAACTACCCATTACACTATGG;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=166;TCR=274;TR=376;WE=29781935;WS=29781917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,389:0.86:451
chr7	29915593	rs2301922	G	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=44;PP=1100;SC=GTGAGCAGCCGGGCCAGGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=29915601;WS=29915583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	29923970	rs174965	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,34:0.17:206
chr7	29923974	rs373625381	G	A	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.434;SC=ATGCGCAGGAGCCTCCCGCCC;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=138;TCR=136;TR=228;WE=29923982;WS=29923960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,173:0.83:208
chr7	29924221	rs13310795	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=855;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:726,127:0.15:853
chr7	30113862	rs149548208	T	TTG	1059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=1616;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGAAACAAAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.457;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=125;TCF=1;TCR=124;TR=38;WE=30113870;WS=30113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr7	30177095	rs6954451	G	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=274;SC=AGGCCACCCAGATTTTAAATA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=30177103;WS=30177085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	30177278	rs6954379	C	T	9804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=196;NR=155;PP=2965;SC=GGGAGTTTTCCTAGCCGGACC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=196;TCR=155;TR=351;WE=30177286;WS=30177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr7	30324598	.	GGCGCCGAGCGCGGCAGCAGAGAGCGGTA	G	3214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.841;NF=4;NR=28;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CGAGATCGGGGGCGCCGAGCG;SOR=0.722;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=32;WE=30324633;WS=30324588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,80:0.75:107
chr7	30477404	rs55983406	TG	T	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=6.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,23:0.18:127
chr7	30485703	rs55996014	G	GC	2854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.174;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=2279;ReadPosRankSum=-1.518;SC=AGCAAGGCCCGCCCCCCACAC;SOR=0.350;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=61;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,115:0.80:143
chr7	30485710	rs6958571	A	C	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.472;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CCCGCCCCCCACACACACAGC;SOR=0.326;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=122;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,118:0.81:146
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chr7	30490760	rs2075822	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=866;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CTGGTCCATGATGCCATTCCC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=44;WE=30490768;WS=30490750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,48:0.87:55
chr7	30536874	rs38405	G	A	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,150:0.86:175
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chr7	30537214	rs57379358	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCGGTTACAACGCCAGAGGTT;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=4;WE=30537222;WS=30537204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr7	30538651	rs38409	T	C	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=117;PP=2965;SC=GTGTATGGGATTAAACATTTA;SOR=1.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=72;TCR=117;TR=189;WE=30538665;WS=30538641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	30540399	rs38410	G	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=260;SC=AATTAAAACAGTCAATAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=30540407;WS=30540389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	30544360	rs38414	G	A	20692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=308;NR=434;PP=2965;ReadPosRankSum=1.391;SC=GCCTGAAGCAGAGTGTAAGGA;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=744;TCF=310;TCR=434;TR=742;WE=30544368;WS=30544350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,748:1.00:749
chr7	30634661	rs1049402	C	G	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=81;PP=2965;SC=GGCCTCCTGCCCCCCGATCTC;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=122;TCR=81;TR=203;WE=30634669;WS=30634651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	30635600	rs10265589	C	T	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=98;PP=2965;SC=ATATAGACCTCCTTTTCCTAG;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=149;WE=30635608;WS=30635590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	30643069	rs1558064	C	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=647;SC=AGTGCATTGTCCTTTTTCCCA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=30643077;WS=30643059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	30651938	rs1986756	G	A	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=124;PP=2965;SC=CTGTTTTGAAGCAATTCTGCT;SOR=2.613;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=35;TCR=126;TR=159;WE=30651946;WS=30651928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	30656650	rs78284531	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=268;ReadPosRankSum=0.822;SC=GTGAGTCAATGGAAACCGATA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=14;WE=30656658;WS=30656640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr7	30662237	rs10249885	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=990;SC=TGGCATTATAGCCTGAAAAAA;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=40;WE=30662245;WS=30662227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	30668131	rs118002895	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,16:0.16:102
chr7	30673345	rs2240401	C	T	8121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=125;PP=2965;SC=CTTTCCTTGTCTCTAGATCTC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=167;TCR=125;TR=290;WE=30673353;WS=30673335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr7	30694260	rs3779250	C	T	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=53;PP=2965;SC=TTTTCTGTGGCAGGTAGCGGG;SOR=1.969;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=138;TCR=53;TR=190;WE=30694268;WS=30694250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	30705105	rs8192496	G	A	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=33;PP=2573;SC=GTGCTGTAGGGGGAGGGATGA;SOR=1.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=124;WE=30705113;WS=30705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	30728452	rs917195	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:514,56:0.10:570
chr7	30728472	rs917196	C	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:594,69:0.10:663
chr7	30728908	rs255100	A	T	4465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=77;PP=2860;ReadPosRankSum=0.110;SC=TGCCTAGGGGACAGCAAGGAT;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=129;TCR=91;TR=184;WE=30728916;WS=30728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,194:0.84:231
chr7	30739409	rs255117	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=2.875;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	30739525	rs255119	G	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=35;PP=1188;SC=TGCTCCTGGCGCCCCACCTCG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=80;WE=30739533;WS=30739515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	30739691	rs107540	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=657;SC=CCTGCTGCCCAGCACGGTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=30739699;WS=30739681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	30795331	rs2302340	A	G	12158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=236;PP=2965;SC=CTGGAGAAAGAGGAGGTGGAG;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=436;TCF=200;TCR=236;TR=435;WE=30795339;WS=30795321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr7	30795436	rs4720015	T	G	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=103;PP=2965;SC=GGGGTCTGCTTCATTGTGGCT;SOR=1.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=46;TCR=103;TR=149;WE=30795444;WS=30795426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	30805809	.	TCTCACA	T,TCA	3721.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=43,42;NR=17,17;PP=748,326;SC=GGATATGATTTCTCACACACA;SOR=2.043;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=60,59;WE=30805824;WS=30805798;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.77:80
chr7	30805849	rs4582452	A	C	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=146;NR=64;PP=2965;SC=ACACACACACACCTACCTTTC;SOR=1.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=214;TCF=150;TCR=64;TR=210;WE=30805861;WS=30805839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	30805913	rs3901848	G	A	13758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=33.81;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,332:0.82:407
chr7	30805920	rs73085896	G	C	14359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=32.20;ReadPosRankSum=-2.209;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,369:0.83:446
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chr7	31104564	rs758995	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,17:0.10:163
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chr7	31135471	rs2267734	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=793;SC=GGGCCTCTGCGGGGGGACGGT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=31135479;WS=31135461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	31146223	rs35661943	C	A	11661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=293;PP=2962;ReadPosRankSum=0.179;SC=ATGGGGGCACCCAGCTCTCCA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=549;TCF=209;TCR=340;TR=470;WE=31146231;WS=31146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,486:0.86:565
chr7	31378933	rs2233404	A	G	3285.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5160;FS=4.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=94;PP=2427;ReadPosRankSum=1.375;SC=ATATTTAAAGAGTTTTCATTT;SOR=0.276;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=40;TCR=107;TR=132;WE=31378941;WS=31378923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,136:0.90:151
chr7	31592596	rs143013342	T	TTG	10901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.951;NF=53;NR=103;PP=2984;ReadPosRankSum=0.789;SC=TCTGATTTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=222;TCF=66;TCR=156;TR=156;WE=31592607;WS=31592586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,325:0.82:396
chr7	31592733	rs7811042	C	A	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=120;PP=2965;SC=AGCGCGTGGGCTCCGCTGGAT;SOR=1.393;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=75;TCR=120;TR=195;WE=31592741;WS=31592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	31594166	rs2286710	C	T	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=170;PP=2965;SC=GTGTGCCTTACATGTTTCTCT;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=136;TCR=170;TR=306;WE=31594174;WS=31594156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr7	31594258	rs12155214	G	T	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=98;PP=2965;SC=TTAATTGTACGTGAAGTATTA;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=51;TCR=98;TR=149;WE=31594266;WS=31594248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	31611758	rs67930674	G	T	8069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=146;PP=2965;SC=TATCCAGAGGGACCAGTTTCA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=130;TCR=146;TR=276;WE=31611766;WS=31611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr7	31617733	rs6945679	T	C	16622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=324;NR=254;PP=2965;SC=AAGTTTTTGTTCCCTTTACAA;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=578;TCF=324;TCR=254;TR=578;WE=31617741;WS=31617723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr7	31618008	rs10252720	A	G	4984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=108;PP=2965;SC=AGCTTGTCTCATCTTGCAGGC;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=183;WE=31618016;WS=31617998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	31681765	rs10239388	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=10;PP=818;SC=CCTTTAATAACCTCAAGACCT;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=31681773;WS=31681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	31682453	rs4141001	C	T	14172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=259;NR=247;PP=2965;SC=AGCCAAGAAGCGAATGCCTTG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=506;TCF=259;TCR=247;TR=506;WE=31682461;WS=31682443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr7	31683410	rs10247620	G	A	23949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=423;NR=433;PP=2965;SC=TGCATCTGCTGTCATCACCAC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=859;TCF=425;TCR=434;TR=856;WE=31683418;WS=31683400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,867:1.00:867
chr7	31683610	rs38398	G	A	9134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=205;PP=2965;SC=AGATGCACCCGTGATAAACAC;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=99;TCR=205;TR=304;WE=31683618;WS=31683600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	31691697	rs3735424	T	C	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=84;PP=2801;SC=TTTGACTATATCCAGCCTACC;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=150;WE=31691705;WS=31691687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	31697913	rs35589779	C	CT	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr7	31732089	rs3735422	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:671,107:0.14:778
chr7	31735263	rs34173	G	C	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=165;PP=2965;SC=CTGCACAGCTGTAAAGGAGAG;SOR=1.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=100;TCR=165;TR=265;WE=31735271;WS=31735253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	31735297	rs34174	T	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,21:0.12:176
chr7	31746837	rs2072409	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,74:0.16:474
chr7	31830095	rs982857	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=577;SC=TACATTTGAAATCTTAATAGT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=31830103;WS=31830085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	31855420	rs1860789	A	G	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=22;PP=2965;SC=AAGGAACTGGATGAGCAGGGA;SOR=2.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=114;TCR=22;TR=135;WE=31855428;WS=31855410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	31855578	rs1860790	G	A	19472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=356;NR=351;PP=2965;SC=CGGCTTTGGAGTTTTTCCCAC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=709;TCF=356;TCR=353;TR=707;WE=31855586;WS=31855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr7	31876766	rs2270218	T	C	8628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=129;PP=2965;SC=ATGATGACAGTCCTGATGGAG;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=175;TCR=129;TR=304;WE=31876774;WS=31876756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	31890106	rs917756	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=27;NR=3;PP=741;SC=TTGAAGCTGATCAGACTGATC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=31890114;WS=31890096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	31918879	rs1860786	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=750;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCTGCCTCACCTGCATGTTAG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=30;WE=31918887;WS=31918869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
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chr7	32110115	rs30598	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=648;SC=CGCGTTTGCCCGGCACTTTCT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=32110123;WS=32110105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	32209227	rs977623	A	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5177;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=690;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TTCAGGAAATACAGCCAGAAG;SOR=2.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=30;WE=32209235;WS=32209223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr7	32209283	rs977624	T	C	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=16;PP=1644;ReadPosRankSum=0.004;SC=TTTTAATTTATTCAGTGCAAA;SOR=0.386;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=82;TCR=17;TR=84;WE=32209291;WS=32209273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,86:0.83:104
chr7	32209376	rs2072312	T	C	8530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.601;SC=AAGGAACACATTGAGTTGCAA;SOR=0.891;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=410;TCF=231;TCR=179;TR=341;WE=32209384;WS=32209366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,354:0.83:424
chr7	32209425	rs977625	A	G	11430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=206;PP=2965;SC=AAGACTTCTGAGCTATCCAGC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=403;TCF=197;TCR=206;TR=403;WE=32209433;WS=32209415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr7	32209459	rs977626	C	T	6949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.464;SC=CAGCTAGGATCTCCTCTGGGG;SOR=1.079;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=314;TCF=138;TCR=176;TR=277;WE=32209467;WS=32209449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,290:0.88:328
chr7	32249216	rs2240676	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,8:0.14:56
chr7	32338337	rs215607	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,42:0.17:247
chr7	32527009	rs7800049	G	A	12765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=261;PP=2965;SC=TGCACTCCACGTTCCCATTTT;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=459;TCF=197;TCR=262;TR=457;WE=32527017;WS=32526999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr7	32529936	rs1584614	G	C	13898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=320;PP=2965;SC=GATTACCTAAGGGCAGCAGCT;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=503;TCF=183;TCR=320;TR=503;WE=32529944;WS=32529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr7	32591158	rs3213973	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=26;PP=769;SC=ATGTGAAAACGCATTTGCATT;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=32591166;WS=32591148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	32593234	rs10717407	CT	C	597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	32593271	rs6961786	G	A	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	32594278	rs2290210	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.492;SC=ACATTATTTCATAAAATTGAA;SOR=2.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=6;WE=32594286;WS=32594268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr7	32597989	rs147955430	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGGATGGTCTCGATCTCCTGA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=32597997;WS=32597979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr7	32598087	rs12673921	G	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=23;PP=1439;SC=TCTTATATAAGGAATTTTTCC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=32598095;WS=32598077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	32598138	rs12673881	C	T	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=48;PP=2156;SC=CTTCATGGGTCTTCTAATTTG;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=32598146;WS=32598128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	32598359	rs1562828	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=248;SC=TTAATATGACGTCTTCCTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=32598367;WS=32598349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	32598524	rs1466144	G	A	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=12;PP=1401;SC=GCTGTTCTTTGATATTGCATA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=32598532;WS=32598514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	32599204	rs34973430	A	AT	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=508;SC=TGTAAAGTACAACCAAATACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=32599212;WS=32599194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	32609565	rs2305320	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=6;PP=1253;SC=CTGTTAGCTCACTAAGTTTAA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=32609573;WS=32609555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	32613020	rs1993050	A	G	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=137;PP=2965;SC=TGGCTGCCACACTGCAATTAG;SOR=2.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=37;TCR=137;TR=174;WE=32613028;WS=32613010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	32615553	rs6462381	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,32:0.13:244
chr7	32620325	rs35499747	T	TTG	1416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=1425;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGAGTGACTATTGTGTGTGTG;SOR=3.716;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=32;WE=32620333;WS=32620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr7	32620658	rs139472456	AAAATTCC	A	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=478;ReadPosRankSum=-1.619;SC=ATTCATTTGAAAAATTCCAAA;SOR=4.972;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=32620672;WS=32620648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr7	32623322	rs67384597	A	G	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.81;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,69:0.84:82
chr7	32660137	rs201339873	CCA	C	4545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.669;NF=7;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.368;SC=GCTTCATATTCCACAGACATA;SOR=1.350;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=94;TCF=14;TCR=80;TR=74;WE=32660146;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,111:0.82:135
chr7	32660208	rs371020167	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.468;NF=2;NR=30;PP=712;ReadPosRankSum=-2.044;SC=CTATCTACAAGAGAAAATGCT;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=32;WE=32660216;WS=32660198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr7	32660758	rs2302066	C	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-0.177;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,26:0.22:119
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chr7	33063492	rs6955792	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.652;SC=ATAATATGGGAAAAAAAACCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=33063500;WS=33063482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	33102462	rs13228639	C	T	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CCGCGCAGCTCCGCCCCCACG;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=92;WE=33102470;WS=33102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,98:0.96:102
chr7	33102514	rs13228827	G	A	933.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=775;ReadPosRankSum=0.468;SC=GCCAGGACGCGGCGGGAGGGG;SOR=2.774;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=32;WE=33102522;WS=33102504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr7	33136983	rs6462460	G	A	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=105;PP=2965;SC=ACCTAAAAACGAAAAGAGAAA;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=170;WE=33136991;WS=33136973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	33139147	rs17472556	G	A	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=83;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CTGGGCTTCCGGTGCCAACAT;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=128;WE=33139155;WS=33139137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,143:0.92:156
chr7	33186082	rs1969575	C	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=94;PP=2825;SC=GGGAGGCCGACGTGGGCAGAT;SOR=2.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=25;TCR=95;TR=119;WE=33186090;WS=33186072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	33192288	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,13:0.19:70
chr7	33282577	rs7793096	G	A	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=164;PP=2965;SC=TAAATCATTTGAACTTTCTTG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=161;TCR=164;TR=325;WE=33282585;WS=33282567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr7	33297108	rs142354634	TCA	T	905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.471;NF=0;NR=21;PP=871;ReadPosRankSum=1.082;SC=AGCTTCAATATCACAAATGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=21;WE=33297117;WS=33297098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr7	33380598	rs11981364	G	T	5375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.784;SC=AGGTGTACTTGCAGATTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=123;TCR=140;TR=221;WE=33380606;WS=33380588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,229:0.85:271
chr7	33380673	rs10486527	T	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=55;PP=1410;ReadPosRankSum=0.183;SC=TAAAGTTTGGTCCTCCAAGTA;SOR=0.276;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=70;WE=33380681;WS=33380663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,68:0.84:81
chr7	33385852	rs6974593	C	T	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=80;PP=2965;SC=CCAAGATATACAACCATGCAA;SOR=1.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=169;TCR=80;TR=249;WE=33385860;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	33388618	rs9785054	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=698;SC=TAAGTAGTTACGATAGTCTAT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=27;WE=33388626;WS=33388608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	33388829	rs73101660	T	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1283;ReadPosRankSum=-1.695;SC=GTGAATTTTTTAAAAATACTA;SOR=1.063;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=68;WE=33388837;WS=33388819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr7	33644941	rs1050719	T	C	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=2.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	33644948	rs1050721	C	T	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	33961478	rs147303478	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=6.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.147;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,30:0.16:189
chr7	33977125	.	G	GGTGTGTGTGTGT	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.45;QD=34.19;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	34009946	rs10265207	C	T	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=85;PP=2965;SC=TTCAGGAGGGCGTTGTCACAG;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=196;WE=34009954;WS=34009936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	34192762	rs6968741	G	C	11814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=212;PP=2965;SC=GTATCAAGACGTGTGACAACT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=200;TCR=212;TR=411;WE=34192770;WS=34192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr7	34685772	rs1582277	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr7	34697982	rs887020	A	G	886.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=620;ReadPosRankSum=0.046;SC=TCCCTCACTCAGCTGCAGGAG;SOR=1.064;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=36;WE=34697990;WS=34697972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr7	34698210	rs2530548	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,38:0.15:251
chr7	34698234	rs2530549	A	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,33:0.17:197
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chr7	34698321	rs2530551	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
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chr7	34885132	rs13231258	C	T	6997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.424;SC=CTCTGCTCTCCGGTGGTGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=190;TCR=158;TR=295;WE=34885140;WS=34885122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,301:0.85:356
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chr7	34889182	rs6972158	A	G	6643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TCCAGGGAGCAAAGATCACAG;SOR=0.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=162;TCR=160;TR=283;WE=34889190;WS=34889172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,290:0.88:330
chr7	34889222	rs10275028	T	C	5802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.293;SC=GGGAGAGAACTGAGAGGCATG;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=126;TCR=165;TR=253;WE=34889230;WS=34889212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,263:0.87:303
chr7	34917664	rs28699135	C	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.356;NF=86;NR=56;PP=2241;ReadPosRankSum=0.857;SC=CTATACATTTCAATAAGCCTT;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=142;WE=34917672;WS=34917654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,152:0.79:192
chr7	34917702	rs28480169	G	A	5099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.066;NF=104;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.639;SC=ATCCGTCTCCGTCAGCTCCAG;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=124;TCR=117;TR=203;WE=34917710;WS=34917692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,218:0.85:257
chr7	34917740	rs7809642	C	A	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.881;NF=82;NR=89;PP=2671;ReadPosRankSum=3.849;SC=CTGCCCTCAACGAGAGAACTG;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=171;WE=34917748;WS=34917730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,180:0.82:219
chr7	34989337	rs2021390	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=7.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.450;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,37:0.16:230
chr7	34989364	rs2021391	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=1.200;QD=0.22;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,41:0.12:335
chr7	35029715	rs138939284	GATC	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCCTCCAAAAGATCATTAGTC;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=35029725;WS=35029705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr7	35050227	rs328939	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-11.922;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,25:0.13:194
chr7	35057721	.	AT	A	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=33;QD=27.0;SC=TAGTATCTATATTTTTTTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=35057729;WS=35057711;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr7	35225518	rs10262841	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=0.839;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,63:0.23:275
chr7	35271254	rs2075047	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.428;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,10:0.13:76
chr7	35289889	rs5883498	C	CA	3765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=54;PP=2576;SC=ACAGCATAACCAAATGGTCAC;SOR=1.169;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=61;WE=35289897;WS=35289879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	35289941	rs5883499	C	CA	1784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=37;PP=1647;SC=AAACTCCAGGCAGGCTGTAGG;SOR=2.655;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=39;WE=35289949;WS=35289931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	35293193	rs336283	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.298;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,21:0.14:154
chr7	35414453	rs17608167	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,38:0.19:202
chr7	35414652	rs75360344	G	A	14115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=304;NR=298;PP=2962;ReadPosRankSum=1.842;SC=AGTTATCTCCGCTCTGCTTTC;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=692;TCF=348;TCR=344;TR=602;WE=35414660;WS=35414642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,612:0.87:706
chr7	35414769	rs2553113	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,72:0.17:422
chr7	35414772	rs2553114	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=1.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,67:0.17:401
chr7	35673799	rs2305333	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=641;SC=TATATGTTAGTTTTCTTTCAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=35673807;WS=35673794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	35678214	rs3816422	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=466;SC=AAAATACTTACTTTCAACGAT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=35678222;WS=35678204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	35709772	rs3779235	G	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=28;PP=2036;ReadPosRankSum=1.650;SC=AAAATAAGACGACGACGAAAA;SOR=1.105;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=108;TCR=40;TR=116;WE=35709780;WS=35709762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,128:0.79:162
chr7	35709842	rs3779234	C	T	6662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.03;MQRankSum=-2.489;NF=150;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CTGCTGGATGCCAATGCTTCA;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=267;WE=35709850;WS=35709832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,287:0.86:333
chr7	35840898	rs59008252	G	GC	5761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=61;PP=2936;SC=TCAGCTTCGGGTGCCGCGACT;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=80;WE=35840906;WS=35840888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	35841886	rs74849143	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,51:0.15:335
chr7	35872551	rs74528020	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr7	35928551	rs6945909	A	G	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AGTGTTTATCATATCTCAGCT;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=81;WE=35928559;WS=35928541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,88:0.82:107
chr7	35928645	rs17172038	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=2.103;SOR=1.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr7	36124292	rs1986593	G	A	7170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=2.656;SC=CGGAGTTCACGTGGAGGACGC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=316;TCF=156;TCR=160;TR=279;WE=36124300;WS=36124282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,298:0.88:338
chr7	36320821	rs196586	G	A	9587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=170;PP=2965;SC=AAGCCCTCGAGTCAGCTCCAG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=165;TCR=170;TR=335;WE=36320829;WS=36320811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr7	36324436	rs13232200	G	A	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=59;PP=1928;SC=CAAGGTACCCGCTCCACGCCG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=108;WE=36324444;WS=36324426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	36338564	rs2241141	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,16:0.13:127
chr7	36338589	rs11773889	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,28:0.13:217
chr7	36338749	rs196613	T	C	20240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=359;NR=405;PP=2965;SC=GCAAGAAGGATGCCCCTCGGA;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=768;TCF=361;TCR=407;TR=764;WE=36338757;WS=36338739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,775:1.00:775
chr7	36338841	rs196614	T	C	8396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=221;PP=2965;SC=GTGTCCACCCTGGGACCCAGG;SOR=1.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=314;TCF=92;TCR=222;TR=313;WE=36338849;WS=36338831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr7	36370499	rs196659	C	G	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=41;PP=2681;SC=ACTAAAAATACTGTGAAGCTA;SOR=1.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=129;WE=36370507;WS=36370489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	36370555	rs196660	G	T	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=100;PP=2965;SC=GCTGATCTGGGGTGTTCGGGG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=230;WE=36370563;WS=36370545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	36396664	rs35828246	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,64:0.19:330
chr7	36552656	rs7986	G	A	12760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=239;NR=175;PP=2965;SC=CAGGAACAGCGGAAGGGTTAC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=239;TCR=175;TR=414;WE=36552664;WS=36552646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr7	36552729	rs59476355	A	AT	17404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=191;PP=2936;SC=AGAGAAAGACATTTGCAAAGA;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=312;TCF=111;TCR=201;TR=300;WE=36552737;WS=36552719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr7	36552790	rs57543920	G	GT	14246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=183;PP=2936;SC=CCCCCATAGGGTTGTGGAATG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=100;TCR=190;TR=279;WE=36552800;WS=36552777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr7	36561469	rs6462681	G	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=857;SC=ATTTCCCTATGGTCCCAAATT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=36561477;WS=36561460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	36588405	rs5883561	A	AC	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr7	36588407	rs73097488	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=40;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TCTTGGCAACTTTTTGCTATT;SOR=2.015;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=45;WE=36588415;WS=36588395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr7	36588955	rs3735397	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=228;SC=TTTATGCTCAGTAAAAATGAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=36588963;WS=36588945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	36656147	rs2727818	A	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,25:0.17:148
chr7	36656205	rs13235549	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr7	36763560	rs6462703	C	T	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=25;PP=2149;SC=TGATTTATTACGCAAGCAAAG;SOR=1.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=99;WE=36763568;WS=36763550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	36763688	rs2228411	C	T	13107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=256;NR=224;PP=2965;SC=CTGGAGAGGCCGAGGACTGAA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=480;TCF=256;TCR=224;TR=480;WE=36763696;WS=36763678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr7	36934448	rs6462722	A	G	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=74;PP=2965;SC=AGTCAATACTAGGTAACTTAC;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=174;WE=36934456;WS=36934438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	37073097	rs35858298	TAA	T	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5722;FS=10.212;HP=14;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.487;NF=0;NR=25;PP=286;ReadPosRankSum=0.602;SC=TGTTTAGTGTTAAAAAAAAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=25;WE=37073107;WS=37073087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr7	37355590	rs11383031	C	CT	4135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=54;PP=2532;SC=AAAGGAAATACTTGTTAGTTT;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=59;WE=37355598;WS=37355580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	37889786	rs10271309	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=626;ReadPosRankSum=0.101;SC=GTTTTAAAAGATGTTATTTGC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=27;WE=37889794;WS=37889776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr7	37901581	rs2249451	G	A	9344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=193;NR=144;PP=2965;SC=TTAGTTCTTGGTGTGTTCTCC;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=193;TCR=144;TR=337;WE=37901589;WS=37901571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr7	37903853	rs3816419	A	T	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=18;PP=986;SC=CAATTAACTGATCATTAGAAA;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=37903861;WS=37903843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	37903904	rs3816418	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=28;PP=1240;SC=ATCCAGACTTCGTGCCAAGAA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=37903912;WS=37903894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	37904065	rs3841582	TAAC	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=63;SC=AATTGCAAAATAACAACCTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=37904075;WS=37904055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	37904099	rs3816417	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=AAAGACAAGCGTACCATTTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=37904107;WS=37904089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	37907304	rs10250905	T	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=28;PP=2965;SC=TATTTTGTAGTGTGACTTCGA;SOR=3.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=134;TCR=28;TR=162;WE=37907312;WS=37907294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	37923849	rs1993052	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=321;SC=TATGTATTGTGTACATAACCA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=37923857;WS=37923839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	37924737	rs1530822	T	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=65;PP=2965;SC=TTTGTTTTCTTTTCTAATAGT;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=128;TCR=65;TR=193;WE=37924745;WS=37924727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	37924879	rs2242027	A	G	10965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=207;PP=2965;SC=ATGGGTCACTATCTGTTTTCG;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=173;TCR=208;TR=380;WE=37924887;WS=37924869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr7	37927779	rs2251179	T	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=0;PP=1202;SC=GATCTGGAATTATTTGCTGTT;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=37927787;WS=37927769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	37933983	rs10260487	C	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=13;PP=853;SC=ATTAAACTATCATTTTCCTTA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=37933991;WS=37933973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	37934146	rs56128139	TA	CT	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=34;PP=2037;SC=CCTGAGCAAATAGAGAAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=37934155;WS=37934136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	37934234	rs10261071	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=207;SC=ATACATAATTGTTTGCATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=37934242;WS=37934224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	37951726	rs1132553	G	A	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=31;PP=2208;SC=CCTACCTTGAGCGCCACTCGT;SOR=1.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=37951734;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	37960262	rs201513905	AAGGCAGTGGCAGC	A	10852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.559;NF=55;NR=178;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GAAGCGGCAGAAGGCAGTGGC;SOR=1.230;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=366;TCF=83;TCR=283;TR=233;WE=37960282;WS=37960252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,361:0.99:363
chr7	37960955	rs4723716	T	G	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=51;PP=2631;SC=GAGGAGGGTCTCTTGGGGATA;SOR=1.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=144;WE=37960963;WS=37960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	37966201	rs12666164	T	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=6;PP=1592;SC=CTTTTAAAGATTGCAGGCCAG;SOR=4.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=61;TCR=6;TR=67;WE=37966209;WS=37966191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	37988589	rs2044831	C	T	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=128;PP=2965;SC=AGTACTCCATCGGGGGGCCTC;SOR=1.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=231;WE=37988597;WS=37988579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	37989775	rs1450851	T	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=18;PP=2477;SC=CTTCTTTATTTAAAAGTCAAC;SOR=2.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=99;WE=37989783;WS=37989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	38254140	rs3778893	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=20;SC=CTCTTTTGAACACTGACCATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=38254148;WS=38254130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	38268395	rs7795499	C	T	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TTCTCCACCACGTAGGATCTG;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=122;WE=38268403;WS=38268385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,131:0.85:155
chr7	38282130	rs35917252	G	GGT	6036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=130;PP=2992;ReadPosRankSum=1.511;SC=TATTTGTCAAGGTGTGTGTGT;SOR=0.850;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=275;TCF=10;TCR=265;TR=136;WE=38282139;WS=38282120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,202:0.77:263
chr7	38284737	rs113300711	T	C	8741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.91;MQRankSum=-0.025;NF=201;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCAGAGAAGTTCAAAACTTAA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=429;TCF=242;TCR=187;TR=353;WE=38284745;WS=38284727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,365:0.83:440
chr7	38284794	rs2008893	C	T	16515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-2.589;QD=33.64;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,403:0.82:491
chr7	38284804	rs4629747	T	C	17609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-2.483;QD=34.80;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,422:0.83:506
chr7	38284808	rs4434531	A	C	17056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-2.597;QD=34.60;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,405:0.82:493
chr7	38284834	rs67534383	A	G	14034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.811;NF=175;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=1.271;SC=GGTGACATCTAGAAGAATGAG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=463;TCF=217;TCR=246;TR=380;WE=38284842;WS=38284824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,368:0.82:449
chr7	38284854	rs73360756	C	T	12818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.052;NF=142;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.809;SC=GAGCAAGTACCAGTCAATTGT;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=406;TCF=176;TCR=230;TR=328;WE=38284862;WS=38284844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,322:0.81:397
chr7	38284885	.	GGTGT	G	2989	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=97;MMLQ=20;MQ=56.17;NF=1;NR=64;PP=2989;QD=20;SC=TATTTGTCAAGGTGTGTGTGT;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=181;TCF=6;TCR=175;TR=65;WE=38284896;WS=38284875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:116,65:0.36:181
chr7	38284887	rs73692143	T	G	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=3;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.937;NF=88;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.532;SC=TTTGTCAAGGTGTGTGTGTGT;SOR=0.466;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=277;TCF=106;TCR=171;TR=224;WE=38284896;WS=38284875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,165:0.77:215
chr7	38289121	rs1053756	C	T	8702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.190;NF=187;NR=226;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TTTCAGCAATCGAAGGAAGAA;SOR=1.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=242;TR=413;WE=38289129;WS=38289111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,371:0.76:488
chr7	38292857	rs12701617	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.630;NF=28;NR=0;PP=614;ReadPosRankSum=2.616;SC=GTCTCTCCTAGGATTTCTACA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=28;WE=38292865;WS=38292847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr7	38292890	rs10267672	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=-4.936;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr7	38292926	rs12701618	C	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=34.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQRankSum=-7.800;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=2.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr7	38296130	rs6462828	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.690;NF=2;NR=52;PP=1053;ReadPosRankSum=0.442;SC=TTTTGTGACATGTGATAGTTT;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=54;WE=38296138;WS=38296120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,54:0.86:63
chr7	38299579	rs201807773	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQRankSum=0.967;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr7	38305340	rs2302343	A	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=14.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.11;MQRankSum=-7.423;QD=21.52;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=3.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
chr7	38309102	rs2075010	A	C	8642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.640;NF=182;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CTGTGACAACAAGTGTTGTTC;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=457;TCF=214;TCR=243;TR=391;WE=38309110;WS=38309092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,374:0.85:440
chr7	38356943	rs34482025	G	GA	9172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.187;NF=30;NR=191;PP=2976;ReadPosRankSum=0.210;SC=ACACACTGGGGAAAAAAATGG;SOR=0.762;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=308;TCF=38;TCR=270;TR=221;WE=38356951;WS=38356933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,348:0.85:408
chr7	38357075	rs11769443	T	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1215;ReadPosRankSum=-3.336;SC=AGCGTTGATGTGTGGAGCAGT;SOR=1.275;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=82;WE=38357083;WS=38357065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,91:0.76:119
chr7	38431644	rs79759611	G	GC	1951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=1432;SC=CCGTGGCGATGCCGGCAGGGC;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=32;WE=38431652;WS=38431634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	38457688	rs10247761	C	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=628;SC=TGGAGAAAAGCCCCCATTTGC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=38457696;WS=38457678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	38462154	.	G	GTATCTATC,GTATCTATCTATC	847.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=1041;SC=GTCTGCCTACGTATCTATCTA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=21;WE=38462162;WS=38462144;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.25:20
chr7	38467842	rs1544636	A	G	12436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=205;NR=208;PP=2965;SC=GCTGAATCCAAGCTTGGCTGC;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=205;TCR=208;TR=413;WE=38467850;WS=38467832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr7	38467923	rs6958300	A	G	11340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=213;PP=2965;SC=GTATGACTACAGTTCTCAGTT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=198;TCR=214;TR=411;WE=38467931;WS=38467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr7	38468463	rs2267808	C	T	8203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=145;PP=2965;SC=TTTTCATTGGCGTTTGTACTT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=133;TCR=146;TR=278;WE=38468471;WS=38468453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	38468695	rs2392572	C	T	13986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=252;PP=2965;SC=GAGAATCTTCCATCTTCTGTT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=483;TCF=231;TCR=252;TR=482;WE=38468703;WS=38468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr7	38469039	rs2215955	C	A	9200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=135;PP=2965;SC=TCTTGGCTGACCCTGTCTGTA;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=183;TCR=135;TR=318;WE=38469047;WS=38469029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr7	38469636	rs10253674	G	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=554;SC=TTCCAAAATTGTTTAAGACCA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=38469644;WS=38469626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	38471753	rs10232299	A	G	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=115;PP=2965;SC=TCTGGGGATCAAGATACATGA;SOR=2.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=44;TCR=115;TR=159;WE=38471761;WS=38471743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	38505025	rs722334	G	A	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=45;PP=2364;SC=AGAAATTTTAGCAAGCAGGAC;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=129;WE=38505033;WS=38505015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	38530568	rs2043786	G	T	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=27;PP=2965;SC=TTGAGGACTTGTAATAATTCT;SOR=3.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=146;TCR=27;TR=172;WE=38530576;WS=38530558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	38530807	rs3837078	T	TA	2933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=86;PP=2606;ReadPosRankSum=0.194;SC=ACCAAACTTCTAAAAAAATCT;SOR=1.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=2;TCR=102;TR=88;WE=38530815;WS=38530797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,101:0.97:104
chr7	38543103	rs10225047	TG	GC	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.423;HP=10;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=32;PP=2941;ReadPosRankSum=0.378;SC=GGCGGGGGGGTGGGTGGTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=126;TCR=39;TR=150;WE=38543112;WS=38543092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr7	38543371	rs6946268	C	T	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=100;PP=2965;SC=GTAAGAAGTGCTAAGTCTCAA;SOR=2.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=34;TCR=100;TR=134;WE=38543379;WS=38543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	38725804	rs11980087	C	T	13481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=286;PP=2962;ReadPosRankSum=0.962;SC=GAAAAAGGCTCGCCATCAACT;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=635;TCF=310;TCR=325;TR=551;WE=38725812;WS=38725784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,554:0.87:640
chr7	38725883	rs12701651	C	A	11236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.235;SC=TCCTTGAGAACAGATTCGATG;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=520;TCF=259;TCR=261;TR=442;WE=38725891;WS=38725873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,455:0.85:537
chr7	38765785	rs13235997	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,25:0.12:205
chr7	38780883	rs6951429	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=670;ReadPosRankSum=-0.595;SC=AACAACAGTCCGAATTTTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=42;WE=38780891;WS=38780873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
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chr7	38829465	rs1001476	C	T	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=81;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TCACTGAGCACACCTGGAAAA;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=141;WE=38829473;WS=38829455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,148:0.77:192
chr7	38835035	rs11984145	C	T	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=40;PP=2031;ReadPosRankSum=1.747;SC=TATAACAACACGGACTTATTA;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=124;WE=38835043;WS=38835025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,130:0.85:153
chr7	38835926	rs17171466	A	G	1132.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5610;FS=2.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=817;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TTTCTTACAGACAGGTCTATA;SOR=0.380;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=41;WE=38835934;WS=38835916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr7	38869708	rs7790054	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=22;PP=1789;ReadPosRankSum=0.228;SC=TATTTTACTTCAATTATGACC;SOR=0.056;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=94;WE=38869716;WS=38869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,93:0.89:105
chr7	38948868	rs149180429	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,52:0.14:376
chr7	39125413	rs1950001	T	G	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=77;PP=2965;SC=GCACTCTAAATCTGCCACTTT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=190;TCR=78;TR=266;WE=39125428;WS=39125403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr7	39243750	rs4507668	A	G	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=61;PP=2965;SC=CCACTCTGTCATATCATCTAT;SOR=1.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=132;TCR=61;TR=193;WE=39243758;WS=39243740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	39243963	rs35792719	T	A	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=95;PP=2898;SC=GGGCTGCATTTAGGATGGTTT;SOR=2.237;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=128;WE=39243971;WS=39243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	39243978	rs35489214	A	G	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=76;PP=2193;SC=TGGTTTAACCATATAAATCAC;SOR=2.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=39243986;WS=39243968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	39500352	rs885689	C	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=557;SC=CTTCTAGCCGCCCTGGGCCTC;SOR=4.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=39500360;WS=39500342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	40087320	rs57364877	GT	G	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.183;SC=GTTTACATAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=40087328;WS=40087310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	40127710	rs377247573	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.364;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr7	40134678	rs17538328	A	G	654.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=0.130;SC=TAATAATTCAACAACAGCTTT;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=22;WE=40134686;WS=40134668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr7	40220412	rs7778061	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=628;ReadPosRankSum=-2.071;SC=TTTACTAGAGTCTTGTGGTCT;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=34;WE=40220420;WS=40220402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr7	40220507	rs2036041	C	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AAGAAAATTACTAATGAATTA;SOR=0.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=70;WE=40220515;WS=40220497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,71:0.84:85
chr7	40229072	rs4720354	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=1;PP=222;SC=ATATTGCATAGTGGTGGGGAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=40229080;WS=40229062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	40234742	rs11326652	CT	C	293.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.624;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr7	40314243	rs4637704	A	G	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=159;PP=2965;SC=ATTGTAACCTACTGTCATCCC;SOR=2.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=63;TCR=159;TR=222;WE=40314251;WS=40314233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	40356315	rs10245165	A	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=28;PP=2965;SC=GAGTATAGATAAACTAGCTGT;SOR=2.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=107;TCR=28;TR=135;WE=40356323;WS=40356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	40899967	rs2010706	G	C	15554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=285;NR=276;PP=2965;SC=GGCCGCCCCCGCTGCTCGGGC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=562;TCF=285;TCR=277;TR=561;WE=40899975;WS=40899957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr7	41368666	.	T	TGAAA	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=683;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAAGCTCAATTGAAAGAAAGA;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=41368674;WS=41368656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr7	42005678	rs929387	G	A	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=101;PP=2965;SC=GCCGTGGCCCGGCGCATCGTG;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=74;TCR=101;TR=174;WE=42005686;WS=42005668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	42007071	rs4724083	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=496;SC=TAAACATTAACGGATGGTTAC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=42007079;WS=42007061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	42064852	rs846273	C	G	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=54;PP=2965;SC=TGTGCGGCCTCGGTGTCCTAC;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=121;TCR=54;TR=175;WE=42064860;WS=42064842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	42084829	rs699493	A	G	1862.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=1;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GCTTCTAGAAAACGAAGGGAA;SOR=3.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=60;TCR=1;TR=56;WE=42084837;WS=42084819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr7	42088222	rs846266	T	C	4667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=88;PP=2800;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GAAGCAGCAGTGGGGTTCCGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=200;WE=42088230;WS=42088212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,204:0.84:244
chr7	42262935	rs11266806	GA	G	516.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.385;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=237;ReadPosRankSum=1.020;SC=CAAAATGGTGGAAAAAAAAAA;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=24;WE=42262943;WS=42262925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr7	42950640	rs643138	C	T	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=122;PP=2965;SC=TCTATGAACCCGGGCTTGTGT;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=97;TCR=122;TR=219;WE=42950648;WS=42950630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	42951515	rs647117	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,25:0.17:147
chr7	42957465	rs71008875	ATT	A	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=0;NR=6;PP=202;SC=TACTTATATCATTGTTTATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=42957474;WS=42957455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	42970733	rs619664	C	T	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=86;PP=2965;SC=GTACAAGCTGCGGTTAGTTCA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=205;WE=42970741;WS=42970723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	42974827	rs601057	A	C	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=114;PP=2965;SC=ATAAATTATTATCAGATTATA;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=28;TCR=114;TR=142;WE=42974835;WS=42974817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	42976789	rs630191	A	G	9835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=171;PP=2965;SC=AGGTGGAACTAGATGGTGTAT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=175;TCR=171;TR=345;WE=42976797;WS=42976779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr7	42977091	rs631132	G	A	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=161;PP=2965;SC=TGCTGTACACGGGAGAGACAC;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=74;TCR=161;TR=235;WE=42977099;WS=42977081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	43190479	rs12702015	T	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,23:0.15:156
chr7	43190574	.	C	T	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GGGTGGGCCACGGCTGGCTCC;SOR=0.374;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=119;WE=43190582;WS=43190564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,125:0.86:146
chr7	43400656	rs145865375	CGT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.171;QD=8.07;ReadPosRankSum=-2.043;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr7	43484310	rs73098706	T	C	6699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GAGATGTGTCTACCCTGGAGC;SOR=0.374;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=175;TCR=126;TR=256;WE=43484318;WS=43484300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,261:0.85:308
chr7	43485248	rs6960889	A	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=95;PP=2811;SC=AAAAACAAGAAGGGCGGGGGA;SOR=2.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=19;TCR=95;TR=114;WE=43485256;WS=43485238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	43495878	rs3214631	C	CT	4268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=2971;ReadPosRankSum=-2.140;SC=TTCTTTTTGCCTTTTTATTAA;SOR=0.970;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=88;WE=43495886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,155:0.86:181
chr7	43496138	rs2304331	T	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=95;PP=1961;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTGCTCAGACTGTATGAGGAG;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=40;TCR=106;TR=132;WE=43496146;WS=43496128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,129:0.91:141
chr7	43506015	rs2304330	C	A	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=64;PP=2825;ReadPosRankSum=1.099;SC=TTTCCCAATGCATTCTGTTGC;SOR=0.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=164;WE=43506023;WS=43506005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,173:0.82:211
chr7	43506059	rs2304329	A	G	5251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.497;SC=TAAGGAGAGAAGGGTCACTTT;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=210;WE=43506067;WS=43506049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,219:0.82:267
chr7	43506158	rs2304328	T	C	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=95;PP=2141;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTGTGCTACATGCCAATTATG;SOR=0.417;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=176;TCF=60;TCR=116;TR=149;WE=43506166;WS=43506148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,157:0.84:187
chr7	43540840	rs117557838	GT	AC	5058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=46;PP=2728;ReadPosRankSum=0.102;SC=TATGTCCTACGTCCCCCTGCA;SOR=1.157;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=121;WE=43540849;WS=43540830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,127:0.91:140
chr7	43548832	rs74368380	T	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=62;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CCAGATGTTATGAGGGATGAG;SOR=1.880;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=67;WE=43548840;WS=43548822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,71:0.85:84
chr7	43591832	rs56111512	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,46:0.16:296
chr7	43591955	rs4724220	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,30:0.15:206
chr7	43622806	rs10251937	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,78:0.13:585
chr7	43647879	rs11555026	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,52:0.13:388
chr7	43664198	rs10233697	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,49:0.15:333
chr7	43664280	rs1044141	A	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.466;SC=ATCAGAAACCAAGGAATCCAT;SOR=0.369;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=100;TCR=124;TR=222;WE=43664288;WS=43664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
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chr7	43679258	rs144600524	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,61:0.16:386
chr7	43684803	rs2302031	C	G	772.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=630;ReadPosRankSum=0.386;SC=AGACTCTCCTCTCCTTCAGCA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=26;WE=43684811;WS=43684793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr7	43685150	rs10263142	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=1.753;SC=CTACTCTAAATTGTCCATTTT;SOR=0.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=5;WE=43685158;WS=43685140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr7	43687074	rs143305109	TGGA	T	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,15:0.13:116
chr7	43687296	rs2240516	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=40;PP=1162;SC=GGGATTTGCCCGGCTTGGACC;SOR=2.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=51;WE=43687304;WS=43687286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	43687967	rs17531127	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr7	43810695	rs699511	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=54;PP=2965;SC=GAGTTTGGGCAGGTGCCACCA;SOR=1.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=132;TCR=54;TR=186;WE=43810703;WS=43810685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	43810764	rs699512	G	A	11865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=255;NR=164;PP=2965;SC=CAAGATGAATGCAGAGGTGAG;SOR=1.181;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=255;TCR=164;TR=419;WE=43810772;WS=43810754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr7	43810820	rs10234057	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:528,84:0.14:612
chr7	43827414	rs849165	G	A	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=35;PP=2243;ReadPosRankSum=0.047;SC=CATCTTGCTCGTCGGGACCCT;SOR=0.157;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=107;TCR=36;TR=126;WE=43827422;WS=43827404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,130:0.87:149
chr7	43846603	rs7738	A	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=1034;ReadPosRankSum=1.161;SC=AAGAAAAAGGACCTGGTCTAA;SOR=0.660;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=57;WE=43846611;WS=43846593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr7	43906513	rs670573	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,109:0.15:713
chr7	43908866	rs2730608	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.44;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr7	43916199	rs28461223	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr7	43916727	rs2232108	T	G	10999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.533;SC=CTCAGTCCCATGAGCAGAGTG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=500;TCF=270;TCR=230;TR=426;WE=43916735;WS=43916717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,438:0.86:511
chr7	43917013	rs2232105	G	A	15459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=330;PP=2962;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCAGTCGGACGTGCAGCTCCT;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=730;TCF=337;TCR=393;TR=609;WE=43917021;WS=43917003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,633:0.84:757
chr7	43917274	rs2232103	A	G	17288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=369;PP=2965;SC=TGGTGCCCCCATGCTTTGGTC;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=632;TCF=263;TCR=369;TR=632;WE=43917282;WS=43917258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr7	43918312	.	GA	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.862;QD=0.12;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:506,62:0.11:568
chr7	43945982	rs200939452	G	GC	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=346;SC=CCGCGCGGCCGGTCCGCCCAA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=43945990;WS=43945972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	43966161	rs2595706	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1119,173:0.13:1292
chr7	43982341	rs2074728	G	C,A	3018.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=9,68;NR=3,36;PP=10,1725;SC=TAGACAGTGCGCTGTAATTTA;SOR=1.386;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=12,104;WE=43982349;WS=43982331;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:110
chr7	43982482	rs2074727	A	C	6676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;PP=2962;ReadPosRankSum=1.184;SC=TGAGCGCACCACTCCAGTTTT;SOR=0.918;Source=Platypus;TCF=180;WE=43982490;WS=43982472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,269:0.89:303
chr7	44005513	rs2595699	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=0.347;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,75:0.17:435
chr7	44027348	rs2330943	A	G	6633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.035;NF=131;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.790;SC=TATCATTGCCAACACGGAGGA;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=334;TCF=154;TCR=180;TR=279;WE=44027356;WS=44027338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,288:0.84:344
chr7	44081323	rs3099757	C	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.983;NF=46;NR=1;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AAAGGGCTCTCAATATGGAGA;SOR=2.943;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=120;TCF=113;TCR=7;TR=47;WE=44081331;WS=44081313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chr7	44084292	rs4430012	C	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,76:0.83:92
chr7	44097696	rs6968228	T	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGTGGCAGCATAGGGCTGAGC;SOR=0.599;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=71;WE=44097704;WS=44097686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,80:0.85:94
chr7	44100373	rs17546439	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,42:0.16:266
chr7	44145910	rs1558469	C	T	15103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=219;NR=314;PP=2965;SC=GGGAACCCTACGCTCAGTCTT;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=533;TCF=219;TCR=314;TR=533;WE=44145918;WS=44145900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr7	44147485	rs2537188	C	A	11256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=230;PP=2965;SC=CTGGCCAGAGCCCCCTGAGGA;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=163;TCR=231;TR=392;WE=44147493;WS=44147475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr7	44147567	rs58863562	C	CG	8313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=116;PP=2936;SC=GCCATGGCCACGGCGCTCTGG;SOR=1.150;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=157;TCF=29;TCR=128;TR=145;WE=44147575;WS=44147557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	44148388	rs2075071	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=279;SC=CCCCATCTCCCGTCCTCCTCC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=44148396;WS=44148381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	44148553	rs2595701	A	G	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=95;PP=2965;SC=AGCGCCAGACAGACGAAGAGA;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=179;TCR=96;TR=273;WE=44148561;WS=44148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr7	44152119	rs11377645	A	AG	4800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=38;PP=2957;SC=TAGTGGCCGGAGCTGCAGCCC;SOR=1.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=93;WE=44152127;WS=44152109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	44153082	rs67670401	G	GC	2037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=39;PP=2200;SC=GGAGGGCGGTGCTGGGGGCGG;SOR=2.753;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=49;WE=44153090;WS=44153072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	44153115	rs34515254	G	GC	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=4;PP=1131;SC=GGAGGGCGGGGCTGGGGGCAG;SOR=5.136;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=29;WE=44153123;WS=44153105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	44154865	rs5883885	A	AG	12571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=119;PP=2981;SC=TCAGCAAATCAGCCTGGGCCC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=188;WE=44154873;WS=44154841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr7	44157770	rs34484835	G	GC	2010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=53;PP=2293;SC=CAGGGCCCTGGCCTTGCCAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=53;WE=44157778;WS=44157760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	44180079	rs5883888	A	AG	5737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=130;PP=2974;SC=GTCCCCCAGAAGGCCCAGGCC;SOR=2.934;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=4;TCR=140;TR=134;WE=44180087;WS=44180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	44243953	rs1476892	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=360;SC=TTTGGTGAGCCAGGTAGCAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=44243961;WS=44243945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	44247258	rs3824065	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=35;PP=948;SC=TACGTTCAGACCGGGGAACCC;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=44247266;WS=44247248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	44250279	rs3837149	GCA	G	976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=855;SC=ACATGTGCGTGCACACACACA;SOR=2.833;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=19;WE=44250288;WS=44250269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	44250826	rs2072439	G	A	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2113;SC=TTCTTAGACTGTTGAATCATG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=44250834;WS=44250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	44259554	rs149624128	T	TG	2690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1887;SC=TTCCCAGGCATGGCTCTGCAC;SOR=4.029;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=50;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	44259561	rs138799733	G	GC	2908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=8;PP=2135;SC=GCATGGCTCTGCACAGGCCCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=50;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	44259706	rs1065359	G	A	9647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.126;SC=GGAAGTGCACGTTCTGCCACT;SOR=0.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=200;TCR=135;TR=334;WE=44259714;WS=44259696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,347:1.00:348
chr7	44259871	rs1127065	C	T	14895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=298;PP=2965;ReadPosRankSum=0.694;SC=TCGTGTGGATCGGCTTGCTGT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=527;TCF=227;TCR=300;TR=524;WE=44259879;WS=44259861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,545:1.00:546
chr7	44266077	rs10951758	G	A	4794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.390;SC=GAGCCCCTCCGGGCAGCCGCT;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=193;WE=44266085;WS=44266067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,202:0.86:236
chr7	44266259	.	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=2.437;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr7	44272314	rs5883896	G	GC	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=1506;SC=GGCGGCCAGGGCATGGGACAT;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=35;WE=44272322;WS=44272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	44294380	.	C	T	919	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=58.33;NF=1;NR=32;PP=919;QD=28.902157956;SC=CCAACTACCACCATCACCAGC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=44294397;WS=44294370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	44294388	.	AGC	A	294	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=56.94;NF=0;NR=5;PP=294;QD=64.0;SC=CACCATCACCAGCACCACCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=44294397;WS=44294370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr7	44442296	rs1473114	A	C	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=83;PP=2965;SC=CTGCTCCATGATCTGCACTGA;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=160;WE=44442304;WS=44442286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	44579180	rs2072183	G	C	11585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=-2.208;NF=253;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=0.159;SC=AGGTGGAGTCGAGGGCCTGGG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=566;TCF=306;TCR=260;TR=467;WE=44579189;WS=44579170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,470:0.83:566
chr7	44607905	rs144290100	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1418;ReadPosRankSum=2.003;SC=GGATAACACACTCATGTGTTT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=73;WE=44607913;WS=44607895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,75:0.91:82
chr7	44715476	rs372547546	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	44798814	rs139333097	C	CT	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,52:0.18:289
chr7	44800176	rs3735478	G	T	17932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=281;NR=451;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TCAACTCCTTGCACTCATCGC;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=857;TCF=330;TCR=527;TR=732;WE=44800184;WS=44800166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,746:0.86:866
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chr7	44803907	rs139430652	C	CA	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=4.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,37:0.14:256
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chr7	45111482	rs1001349	A	T	14545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=323;PP=2965;SC=GTCAGCTGATAAGCATCCTTT;SOR=1.211;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=533;TCF=209;TCR=324;TR=532;WE=45111490;WS=45111472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr7	45112902	rs10272243	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=852;SC=CCACCCTGCATGCCCAGTCAG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=45112910;WS=45112892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	45114089	rs2289370	C	T	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=98;PP=2851;SC=GCACACGGACCCCTCAGTGGG;SOR=2.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=33;TCR=98;TR=131;WE=45114097;WS=45114079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	45120248	rs1132130	G	A	11488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=205;PP=2965;SC=CCATGATGGCGTTGACGATGT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=422;TCF=216;TCR=206;TR=421;WE=45120256;WS=45120238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr7	45120453	rs10264280	C	T	8726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=142;PP=2965;SC=CCCTGCGAGGCCCTGGAGCCC;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=173;TCR=142;TR=314;WE=45120461;WS=45120443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr7	45122324	rs3735493	C	A	9386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=173;PP=2965;SC=AGACTCTGGGCAGGAGTCCAG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=156;TCR=173;TR=329;WE=45122332;WS=45122314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr7	45122464	rs10243185	A	C	9359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=120;PP=2965;SC=CAGGAGGCGCATCGGGGACCT;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=194;TCR=120;TR=314;WE=45122472;WS=45122454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	45122723	rs61740895	G	A	15532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=289;PP=2965;ReadPosRankSum=1.103;SC=AGTGGAATCCGCATCTTCCTG;SOR=0.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=548;TCF=258;TCR=290;TR=547;WE=45122731;WS=45122713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,562:1.00:563
chr7	45123925	.	C	T	796	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5027;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=44.57;NF=29;NR=3;PP=796;QD=25.9616003921;SC=CAGCCACAGGCTTTGGGGCTG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=32;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr7	45123937	.	T	C	2110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5036;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=49.1;NF=49;NR=7;PP=2110;QD=38.2994859383;SC=TTGGGGCTGATGAGAGATCTG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=56;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr7	45124008	rs7777835	T	C	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=58;PP=2965;SC=AGGTCCTCTTTAGCCTGCCTG;SOR=1.535;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=129;TCR=58;TR=187;WE=45124016;WS=45123998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	45124286	rs3735494	A	G	13123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=260;PP=2965;SC=TCTGGTAGCCACCTCCACCTG;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=210;TCR=260;TR=469;WE=45124294;WS=45124276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr7	45124465	rs3735495	A	T	7586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=140;PP=2965;SC=ACACAGTCCCATCCTGAGCCT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=125;TCR=140;TR=265;WE=45124473;WS=45124455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr7	45125775	rs9791417	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=1069;SC=GGCCAGGCCCGGGGAGATGAA;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=45125783;WS=45125765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	45139892	rs4553	G	A	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=40;PP=2965;SC=ACCTCCGGCGGAGAGGCACGC;SOR=2.193;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=120;TCR=40;TR=160;WE=45139900;WS=45139882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	45139919	rs2289373	A	C	8330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=192;NR=96;PP=2965;SC=TGCTGCTGGCACAAGTCACTT;SOR=1.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=192;TCR=96;TR=288;WE=45139927;WS=45139909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr7	45142834	rs2289374	G	C	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=69;PP=2965;SC=GGCCCCTCCCGCCTCCACCTA;SOR=1.494;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=132;TCR=69;TR=200;WE=45142842;WS=45142824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	45143090	rs59494919	G	GGACAGCC	2628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=58;PP=2957;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TCTCTGCCCAGCACGCTGTCC;SOR=3.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=4;TCR=83;TR=61;WE=45143101;WS=45143079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr7	45143093	.	C	G	4367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=51;PP=1538;SC=CTGCCCAGCACGCTGTCCTCC;SOR=3.417;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=56;WE=45143101;WS=45143079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	45143108	rs2119056	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=52;PP=1193;SC=TCCTCCTGCCTGGCTCTGAGT;SOR=4.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=56;WE=45143116;WS=45143098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	45144403	rs2289375	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=19;PP=989;SC=CAGTGCAGCCCCTGTGACAGC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=45144411;WS=45144393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	45144494	rs2289376	T	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=15;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGGGAACCCCTGGACCTGGAG;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=73;TCR=15;TR=87;WE=45144502;WS=45144484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr7	45151120	rs117579496	T	A	8854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.712;SC=GCCCACGGCATCCCACCGCGT;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=296;TCR=140;TR=354;WE=45151128;WS=45151110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,362:0.82:440
chr7	45216761	rs1294940	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,16:0.12:131
chr7	45743403	rs2461114	G	A	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=133;PP=2965;SC=ATCCTGTTGCGTGGGCAGAGC;SOR=3.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=31;TCR=133;TR=164;WE=45743411;WS=45743393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	45744055	rs2272036	C	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=60;PP=2835;SC=TGGGGGCTGACGGCTGCAGCG;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=151;WE=45744063;WS=45744045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	45747933	rs2280497	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=44;PP=2874;SC=TAATGACCCCATCTGTTTACA;SOR=1.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=147;WE=45747941;WS=45747923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	45753239	rs2293107	A	G	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=7;PP=1611;SC=GTCTCTTCCCAGAGGAGTCCC;SOR=3.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=69;TCR=7;TR=75;WE=45753247;WS=45753229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	45753324	rs2293106	G	A	10478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=134;PP=2965;SC=TGCTGAGAAGGTGCCCCTACC;SOR=1.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=244;TCR=135;TR=377;WE=45753332;WS=45753314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	45767682	rs59412459	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=514;SC=TAAAAAATATGTATAAGAAGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=45767690;WS=45767672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	45932669	rs4619	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=47;PP=1483;SC=ACTGCCAGATATATTTTAATG;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=45932677;WS=45932659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	45954692	rs10255707	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=799;SC=ACAAGAGCCATGCGTGCCTAG;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=45954700;WS=45954682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	45956969	rs9282734	T	G	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2916;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGACACCCGGTGCGTGCTGGA;SOR=0.772;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=157;WE=45956977;WS=45956959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,158:0.84:187
chr7	45957161	rs143703989	GT	G	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=61.19;NF=1;NR=21;PP=366;SC=ATCCAAGTGAGTTTTTTTTTT;SOR=3.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=45957169;WS=45957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	45960645	rs2854746	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,23:0.15:150
chr7	46732428	rs700747	A	G	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=72;PP=2965;SC=AGGAAGCAAAACAAGCAAGTC;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=143;TCR=72;TR=215;WE=46732436;WS=46732418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	46736733	rs71003346	GA	G	802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=586;SC=TTCAGAGGAGGAAAATGATGC;SOR=1.697;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=46736741;WS=46736723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	47317510	rs3750163	G	A	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=51;PP=2478;ReadPosRankSum=0.865;SC=TCACGGTGATGTTGTTTGTTC;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=117;TCR=60;TR=150;WE=47317518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,154:0.83:186
chr7	47319723	rs4720590	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1207;SC=AGTACAACTGCAGACAAGGAG;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=47319731;WS=47319713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	47323456	rs3750164	A	G	11905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=235;PP=2965;SC=AGTACCACACATTGCAGGCTG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=440;TCF=205;TCR=235;TR=440;WE=47323464;WS=47323446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr7	47332238	rs884824	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=516;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTGTCAGTGAAGTAGAATCTC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=21;WE=47332246;WS=47332228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr7	47336893	rs5883997	C	CT	3463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=74;PP=2967;SC=GGTAGGTCCTCTCCCCTTACT;SOR=2.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=76;WE=47336901;WS=47336883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	47408029	rs2255744	A	G	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=70;PP=2965;SC=CCCGGAGCCCACCTCCCACGC;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=116;TCR=70;TR=186;WE=47408040;WS=47408019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	47408732	rs117019375	G	A	15274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=282;NR=313;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.739;SC=CAGGTGGGCCGACTGAGGCCC;SOR=0.653;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=709;TCF=347;TCR=362;TR=595;WE=47408740;WS=47408722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,618:0.85:729
chr7	47408974	rs1534136	T	A	15078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=297;PP=2965;SC=GGTCCAACTCTGCCTTCTCCT;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=519;TCF=222;TCR=297;TR=518;WE=47408982;WS=47408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr7	47436558	rs2177795	A	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=70;PP=2064;SC=CCTCCATCCAACCGACTCCAC;SOR=3.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=81;WE=47436566;WS=47436548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	47451295	rs834607	A	G	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=27;PP=2913;SC=TGGGGACACCAACCCATCTGC;SOR=2.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=112;TCR=27;TR=139;WE=47451303;WS=47451285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	47463842	rs834599	T	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=77;PP=2296;SC=ACGTGGGTACTTGACGGGGGA;SOR=2.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=106;WE=47463850;WS=47463832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	47467864	rs1799370	C	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=11;PP=1649;SC=CCATGCAGGCCCAGCTTTTAG;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=47467872;WS=47467854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr7	47481786	rs1620852	A	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=52;PP=1388;SC=TCGTAACTACAAGCCCACCTT;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=57;WE=47481794;WS=47481776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr7	47578772	rs334506	T	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=58;PP=1829;SC=CCAGGATTCATACTCTCTGGG;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=47578780;WS=47578762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	47596775	rs615300	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,24:0.15:157
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chr7	47840510	rs1466203	T	C	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=66;PP=1417;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCACTGACCTTGTCACCTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=14;TCR=78;TR=76;WE=47840518;WS=47840500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,75:0.83:90
chr7	47847679	rs1074780	G	A	602.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.6659;FS=2.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=513;ReadPosRankSum=-1.124;SC=AAGCTCTTCAGGCCCTTCACT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=26;WE=47847687;WS=47847669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr7	47853413	rs6944477	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,29:0.14:204
chr7	47853498	rs6463449	C	T	9412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=169;PP=2965;SC=TCCATTTATTCTTGGAAGCAA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=171;TCR=170;TR=340;WE=47853506;WS=47853488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr7	47859239	rs3757379	C	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=75;PP=1936;ReadPosRankSum=0.807;SC=CAATGCTCAGCAGAAAAAAAA;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=98;WE=47859249;WS=47859229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,82:0.86:95
chr7	47869751	rs6463451	C	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1382;ReadPosRankSum=1.100;SC=CAGTGGTCAGCCCCCTCTAAG;SOR=0.267;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=71;WE=47869759;WS=47869741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,73:0.81:90
chr7	47872845	rs921634	A	G	5443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGGCTGATGCAGGTTGCTAGA;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=120;TCR=137;TR=223;WE=47872853;WS=47872835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,237:0.87:273
chr7	47878993	rs6960394	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,15:0.17:87
chr7	47884555	rs13237611	A	G	5953.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.024;SC=TAAAACAAATAAAGTCTATGA;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=169;TCR=93;TR=232;WE=47884563;WS=47884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,245:0.89:274
chr7	47884829	rs1980279	C	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,15:0.14:107
chr7	47904737	rs1554495	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=0.658;SC=TCTGGACAGTGTATTTTTCAA;SOR=0.042;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=6;WE=47904745;WS=47904727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	47913579	rs1470859	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,86:0.16:551
chr7	47947863	rs1474283	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=63;PP=1380;ReadPosRankSum=0.829;SC=AAAATAAGAATGAACGGACAC;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=93;WE=47947871;WS=47947853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,98:0.85:115
chr7	47968927	rs2686817	C	A	13837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=301;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GCCATATGAACACGGAATCCC;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=654;TCF=301;TCR=353;TR=562;WE=47968935;WS=47968917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,576:0.86:671
chr7	47971575	rs885337	A	G	5216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.079;SC=TCCCAGTAGCACACAGCCGCC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=167;TCR=89;TR=220;WE=47971583;WS=47971565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,224:0.87:258
chr7	47976287	rs2708878	A	G	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.6676;FS=2.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=2;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TCAGAACACCATTCTTTTTTC;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=75;TCR=2;TR=68;WE=47976295;WS=47976277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,73:0.87:84
chr7	47979922	rs2708913	A	G	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=146;PP=2777;ReadPosRankSum=3.431;SC=CCTCTAGAGAAAAAAAAAAAA;SOR=1.113;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=295;TCF=113;TCR=182;TR=240;WE=47979930;WS=47979910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,171:0.85:201
chr7	48004962	rs1056663	C	T	6893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GCTAGGACAGCGCAGGGATGA;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=220;TCR=119;TR=279;WE=48004970;WS=48004952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,290:0.83:351
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chr7	48009018	rs953595	AA	GT	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=2725;ReadPosRankSum=0.138;SC=GTACCCTACAAAACCTCAAAA;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=84;WE=48009027;WS=48009008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,95:0.79:120
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chr7	48017965	rs2242477	C	T	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=4;PP=1370;ReadPosRankSum=0.275;SC=TATGTCTATTCCTTCGAGGCC;SOR=1.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=59;WE=48017973;WS=48017955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr7	48017989	rs2242478	T	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=15;PP=1939;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACTTCTGTGTTAGAAACCCTG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=91;WE=48017997;WS=48017979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,98:0.85:115
chr7	48018455	rs2242479	T	A	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=88;PP=2323;ReadPosRankSum=-1.587;SC=AAATGCACATTATGTATCCTA;SOR=1.125;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=54;TCR=104;TR=131;WE=48018463;WS=48018445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,138:0.84:165
chr7	48035893	rs2708899	T	C	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=139;SC=AGGAAAAGTATGACAGTTTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=48035901;WS=48035883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	48081095	rs10951942	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,40:0.12:333
chr7	48086077	rs2708912	C	T	8470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=194;NR=92;PP=2965;SC=GTCTCCATGCCGGATTACATG;SOR=1.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=194;TCR=92;TR=286;WE=48086085;WS=48086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr7	48086161	rs10233232	T	C	14806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr7	48089394	rs909059	T	C	9064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=119;PP=2965;SC=AAGCTTTGTATCTTTGCTACC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=208;TCR=119;TR=327;WE=48089402;WS=48089384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr7	48089542	rs2686788	T	C	9354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=192;PP=2965;SC=GCCCTAAGAATCCTGCAGGAA;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=131;TCR=193;TR=323;WE=48089550;WS=48089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr7	48089571	rs2708890	C	A	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.713;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.953;SC=TCCTTCCCCCCCGTGTAAGTG;SOR=1.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=74;TCR=140;TR=213;WE=48089579;WS=48089561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr7	48092486	rs2686791	T	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=GGCTCCAGGATGCAGAGGCTT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=163;WE=48092494;WS=48092476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	48092847	rs2686792	C	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=549;SC=CAGATCCAAACAATGTTGACC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=48092855;WS=48092837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	48210947	rs36157513	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=737;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TTTATTCAGTCACCAGTAATC;SOR=1.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=37;WE=48210955;WS=48210937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr7	48211301	rs141832114	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=249;SC=AATCAAAACCCGTCCCAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=48211309;WS=48211291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	48269679	rs60553397	G	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=46;PP=1334;SC=AAAAAAGTATGAATTGTTTCT;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=47;WE=48269687;WS=48269669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	48273869	rs7357106	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr7	48285485	rs1880738	C	T	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.425;SC=GCTGTCTGCCCGAATGGTCGT;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=294;TCF=157;TCR=137;TR=251;WE=48285493;WS=48285475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,260:0.85:305
chr7	48311563	rs17712293	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,55:0.12:467
chr7	48312674	rs1358066	G	A	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=81;PP=2812;ReadPosRankSum=1.331;SC=ATGTCAGTGTGTTCAACAAGT;SOR=0.429;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=175;WE=48312682;WS=48312664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,183:0.86:214
chr7	48313510	rs17547830	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,19:0.16:117
chr7	48315796	rs1880736	C	A	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATATCTAGAGCAGGCAATTTT;SOR=0.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=62;WE=48315804;WS=48315786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr7	48318811	rs2222648	C	T	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=2104;ReadPosRankSum=0.867;SC=TGTCAACTTACGGGAAGAAAT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=122;WE=48318819;WS=48318801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,128:0.83:155
chr7	48321255	rs117205328	G	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=310;SC=TGAACGGCCCGTTCCTGCGCC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=48321263;WS=48321245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	48335265	rs10280046	C	T	2485.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=26;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AGTATGTGTGCTTCTAACCTA;SOR=1.131;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=97;WE=48335273;WS=48335255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,99:0.89:111
chr7	48336844	rs6583546	C	T	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCAAAAGCCTCGAGGAAACTT;SOR=0.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=131;TCR=120;TR=201;WE=48336852;WS=48336834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,211:0.81:262
chr7	48443176	rs10240195	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,38:0.21:184
chr7	48450157	rs17548783	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-2.487;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:728,127:0.15:855
chr7	48467355	rs13233421	T	C	5015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TTTTTTTTTCTCCGAAAGGTG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=165;TCR=99;TR=214;WE=48467363;WS=48467334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,222:0.81:274
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chr7	48467653	rs34529024	GAA	G	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=213;ReadPosRankSum=-1.227;SC=ATCCTGGCTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=16;WE=48467662;WS=48467643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr7	48506416	rs4917151	G	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=0.401;SC=AAAATTAGCTGTATCTCACTT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=14;WE=48506424;WS=48506406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr7	48511297	rs7810026	T	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=1011;ReadPosRankSum=0.555;SC=AACTGTGTCTTTATAACTTTT;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=46;WE=48511305;WS=48511287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr7	48520780	rs4472462	A	T	5860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.645;SC=TTGGGTCTTTACTTGTTTGGA;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=252;TCF=72;TCR=180;TR=220;WE=48520788;WS=48520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,233:0.88:265
chr7	48522845	rs1918584	CA	GG	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=789;ReadPosRankSum=-1.658;SC=GCACAGGGTTCAGAAGGACCA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=24;WE=48522854;WS=48522835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,34:0.92:37
chr7	48545976	rs6583448	A	G	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=106;PP=2965;SC=CTTGCTGAACAAGGACAAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=169;TCR=106;TR=275;WE=48545984;WS=48545966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	48654746	rs10255431	C	A	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=15;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GATTTGGTTACCATGAGATTT;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=78;WE=48654754;WS=48654736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,80:0.93:86
chr7	48654761	rs10243913	G	A	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=22;PP=2073;ReadPosRankSum=0.512;SC=AGATTTCTGTGTAAAAAAATT;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=104;WE=48654769;WS=48654751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,105:0.92:114
chr7	48886140	rs62454384	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=34.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQRankSum=-11.050;QD=5.85;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=2.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,55:0.30:183
chr7	48886193	rs3814470	G	A	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.19;MQRankSum=-11.662;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,142:0.37:381
chr7	48886383	rs146940015	G	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.28;QD=26.43;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	48886487	rs62454385	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.73;QD=29.77;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	48886607	rs28657654	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQRankSum=-1.883;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,36:0.19:186
chr7	48886648	rs71537796	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.85;QD=28.59;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	48886746	rs4320498	C	T	6514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-9.521;QD=18.25;ReadPosRankSum=3.455;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,281:0.79:357
chr7	48887548	rs4404869	G	C	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.369;NF=74;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CGTCGTCCTGGGGGTCCCAGC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=90;TCR=163;TR=210;WE=48887556;WS=48887538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,211:0.83:255
chr7	48964172	rs6945680	G	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=12;PP=1367;SC=TGGCCGCGGCGGCCTCCAGGA;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=48964180;WS=48964162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	48964209	rs58317831	TG	T	3934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=27;PP=2951;SC=GCGGTCGAGCTGGGCCGCCGC;SOR=2.100;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=81;WE=48964217;WS=48964199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	48964255	rs6968293	A	C	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=47;PP=2965;SC=TTGACCTCGCAGGGTGTGAAG;SOR=1.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=113;TCR=47;TR=160;WE=48964263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	48964322	rs11767646	G	T	8382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=94;PP=2965;SC=AGGACGACGTGTACGTGGACA;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=190;TCR=96;TR=283;WE=48964330;WS=48964312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr7	48964751	rs61731347	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-0.223;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,83:0.15:561
chr7	48965000	rs10259692	G	A	7834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.331;NF=148;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.577;SC=AACGCTTTACGGATGCTGGCT;SOR=0.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=148;TR=279;WE=48965008;WS=48964990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr7	48965427	rs145470654	A	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.03;QD=34.80;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	48965435	rs202081194	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.66;MQRankSum=1.527;QD=4.15;ReadPosRankSum=-3.971;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,36:0.26:137
chr7	49815390	rs769604	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,46:0.13:346
chr7	49951519	rs55947532	G	GCACACACACACACA	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=3;PP=1665;SC=ACAAATACACGCACACACACA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=7;WE=49951527;WS=49951509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	49951544	rs7792519	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=508;SC=CACACACACATATATATACTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=49951552;WS=49951534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	50023122	rs988392	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=792;SC=TAGCCTAAAACATAAATACAA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=50023130;WS=50023112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	50070921	rs1351691	C	G	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=211;SC=AAAAAATTAACAAGAGAAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=50070929;WS=50070911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr7	50156916	rs6959792	C	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=74;PP=2934;SC=AGTAGCTAAGCCATATTTTAA;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=169;WE=50156924;WS=50156906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	50169508	rs1456900	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=28;PP=816;SC=GACATCAAACGCAGACATTTA;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=50169516;WS=50169498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	50169595	rs1456899	T	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=254;SC=AATAAAACCATAACAGAAAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=50169603;WS=50169585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	50173777	rs998928	A	G	6914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=121;PP=2965;SC=ATTGGAAAAAACCGCTGACCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=128;TCR=121;TR=249;WE=50173785;WS=50173767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	50175681	rs12672941	C	T	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=107;PP=2965;SC=TTGATTTTGACGATTATTTTT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=202;WE=50175689;WS=50175671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	50191216	rs10260654	G	T	7546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=199;PP=2965;SC=CCTAATTGTGGTTATTCCATT;SOR=2.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=46;TCR=199;TR=245;WE=50191224;WS=50191206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	50198626	rs4917120	T	C	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=146;PP=2965;SC=CTCCTTTTTTTCCCATCCTGC;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=208;TCR=147;TR=354;WE=50198634;WS=50198616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr7	50435617	rs11766800	A	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.228;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=463;ReadPosRankSum=1.249;SC=GTTCTTTTTTAAAAAAAAGTA;SOR=2.215;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=22;WE=50435625;WS=50435607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr7	50435777	rs12669559	T	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,30:0.12:243
chr7	50436033	rs10899750	A	G	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GTTACTTCGCAGATGCTGCTG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=65;TCR=118;TR=179;WE=50436041;WS=50436023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,186:0.98:189
chr7	50537983	rs3757472	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=10.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,16:0.13:125
chr7	50544269	rs5884156	AG	A	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.371;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,21:0.15:137
chr7	50545191	rs4992502	C	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
chr7	50547584	rs11575457	A	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,19:0.14:135
chr7	50547661	rs11575456	AGCCCT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=159;ReadPosRankSum=-0.111;SC=ACCTGCTCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.719;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=6;WE=50547673;WS=50547651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr7	50566762	rs2876829	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,29:0.15:197
chr7	50596864	rs3735273	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.332;SC=ACCAAACATTCGGGTCTTGAA;SOR=0.296;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=54;WE=50596872;WS=50596854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,57:0.93:61
chr7	50597056	rs6950777	G	A	5965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.357;SC=TTCAAGAGAAGGTCCAAATGA;SOR=0.486;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=143;TCR=125;TR=234;WE=50597064;WS=50597046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,247:0.87:284
chr7	50611735	rs6264	T	C	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=90;PP=2951;SC=TAGTTGGCCATGTAATCCACC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=89;TCR=91;TR=179;WE=50611743;WS=50611725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	50671481	rs7456867	C	G	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=1;PP=1107;SC=TACAGATACACTCTGGGCAGA;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=41;WE=50671489;WS=50671475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	50673029	rs4947710	T	C	11012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=166;PP=2965;SC=TCTGGGCCTCTGCCGGATTCT;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=228;TCR=167;TR=394;WE=50673037;WS=50673019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr7	50737384	rs2072235	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=782;ReadPosRankSum=0.632;SC=TCTGGCATATCCCTCAGCCTG;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=42;WE=50737392;WS=50737374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr7	50742118	rs2715128	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=858;SC=CTCTGCCCATAAGGCCTGGAC;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=50742126;WS=50742108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	50742180	rs1800504	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=7.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=2.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,13:0.13:98
chr7	50799889	rs2074777	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=8;PP=1246;SC=AGAAACGATCCATGGCTGCTG;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=50799897;WS=50799879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	50800169	rs2108350	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=55;PP=1689;SC=CAGCTCTTGGTCTTAGCTTGT;SOR=3.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=64;WE=50800177;WS=50800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	51085127	rs3214180	A	AT	6744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=63;PP=2936;SC=AACTGTGCGCATTTGGCCTGT;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=117;WE=51085135;WS=51085117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	51093013	rs2240087	A	T	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=50;PP=2046;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CCGAGCCCTGAGCAGAGAGTG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=129;WE=51093021;WS=51093003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr7	51094269	rs61737954	G	A	3560.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=53;PP=2091;ReadPosRankSum=1.242;SC=GTGCCGCTGTGCCCGCGGATA;SOR=0.322;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=143;WE=51094277;WS=51094259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,154:0.90:172
chr7	51096974	rs2240090	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-2.229;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,74:0.14:517
chr7	51097063	rs10230120	T	G	9789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.435;SC=CGCCAGGGAGTCTCTCCTGCT;SOR=0.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=170;TCR=156;TR=325;WE=51097071;WS=51097053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr7	51098567	rs142060269	GTCT	G	10131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.494;NF=27;NR=134;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CAATTAATAGGTCTTCTTCAT;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=34;TCR=173;TR=161;WE=51098577;WS=51098557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,257:0.83:309
chr7	51153024	rs59837144	GTACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT	GACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT,G	5086.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.811;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.552;NF=4;NR=40;PP=2974;ReadPosRankSum=1.670;SC=AAGAAGGAAAGTACAATCAAA;SOR=1.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=44;WE=51153069;WS=51153014;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.78:161
chr7	51153027	.	CAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGTACAAAGA	C	5073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=6.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.537;QD=31.91;ReadPosRankSum=0.899;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,125:0.79:159
chr7	51153056	.	CAAAGA	C	2943	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=56.55;NF=4;NR=41;PP=2943;QD=20;SC=CTATGAAGTACAAAGAAGGCA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=45;WE=51153069;WS=51153014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,45:0.74:61
chr7	51287470	rs801142	A	G	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=158;PP=2965;SC=TCTCCAGCCCACTAGGCAGGA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=168;TCR=159;TR=326;WE=51287478;WS=51287460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr7	51288163	rs7804375	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=5.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.458;SOR=1.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,19:0.14:138
chr7	53103554	rs11238247	C	G	13267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GAGCCATATTCAGTACTTCCA;SOR=0.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=462;TCF=221;TCR=241;TR=462;WE=53103562;WS=53103544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,475:1.00:476
chr7	53103571	rs11238248	G	A	11499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TCCAGTGGGGGCGCCCGGTGC;SOR=0.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=416;TCF=190;TCR=226;TR=416;WE=53103579;WS=53103561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,427:1.00:428
chr7	53103946	rs12113170	G	C	16620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGTTCGACGGGCCGTTGTGGT;SOR=0.502;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=606;TCF=330;TCR=276;TR=603;WE=53103954;WS=53103936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,616:1.00:617
chr7	54610293	rs513529	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=575;SC=AGCCCTCGCCAAGCAAGCAGC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=54610301;WS=54610283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	54614510	rs140369297	G	GCCCCTGGTCGCTCCCCTGT	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=2966;ReadPosRankSum=1.735;SC=GGGTGGCCACGCCCCTGGTCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=54614518;WS=54614500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr7	54614582	rs485006	G	T	9160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.91;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=1.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr7	54614585	rs657449	A	G	9241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.39;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr7	54621692	rs68106607	G	A	10908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=245;PP=2965;SC=ACTGTGAAGCGGCTTCCTGCT;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=369;TCF=124;TCR=245;TR=368;WE=54621700;WS=54621682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr7	54823418	rs139506119	T	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-2.241;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr7	55086780	rs712830	A	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=1142;SC=TGAGCGCCCGACGCGGCCGAG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=55086788;WS=55086770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	55214348	rs2072454	C	T	10941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CCCTGTGCAACGTGGAGAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=515;TCF=292;TCR=223;TR=450;WE=55214356;WS=55214338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,465:0.87:533
chr7	55218903	rs2075109	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ATTTATTGAATGTGCTTAACT;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=103;WE=55218911;WS=55218893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,109:0.85:128
chr7	55219159	rs2075110	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=0.613;SC=CAAAGAGTTACTTTATTACAG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=20;WE=55219167;WS=55219149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr7	55220177	rs11506105	A	G	10144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5089;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GCTCTGCGACATCCCTGGGAA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=275;TCR=187;TR=418;WE=55220185;WS=55220167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:43,427:0.91:470
chr7	55228053	rs1558544	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr7	55249063	rs1050171	G	A	8426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=2.221;SC=CCACCGTGCAGCTCATCACGC;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=418;TCF=247;TCR=171;TR=340;WE=55249071;WS=55249052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,349:0.82:426
chr7	55266417	rs1140475	T	C	8333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.442;SC=CAGGGGTGACTGTTTGGGAGT;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=235;TCR=199;TR=353;WE=55266425;WS=55266407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,365:0.81:449
chr7	55268203	.	TCCCAGATCG	T	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,14:0.14:100
chr7	55269520	rs41446045	A	G	5319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.500;SC=GCTCTCCACTATGGCTCTATT;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=70;TCR=175;TR=209;WE=55269528;WS=55269510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,213:0.86:248
chr7	55272826	rs2692456	G	A	909.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=793;ReadPosRankSum=0.033;SC=GGGCCCTCCCGAGGCTCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=32;WE=55272834;WS=55272816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr7	55459563	rs2049497	A	G	11258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=2.159;SC=GGCTGAAGACAGCTGATCCCC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=210;TCR=207;TR=415;WE=55459571;WS=55459553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,433:1.00:435
chr7	55468773	rs815929	C	A	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=962;SC=GCCTCTCTCTCTATATATGTC;SOR=5.549;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=55468781;WS=55468763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	55495987	rs2272227	T	C	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=65;PP=2965;SC=CCCTGATGCCTGTGAAGACAT;SOR=1.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=127;TCR=65;TR=191;WE=55495995;WS=55495977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	55498755	rs2293322	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=622;SC=TACCTGCCAGGTGCTAAATAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=55498763;WS=55498745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	55499058	rs815988	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=48;PP=1425;SC=ACCAAAAGCCACCAGATTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=76;WE=55499066;WS=55499048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	55540707	rs815957	G	A	14473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=287;NR=276;PP=2965;SC=CTCCTGGGTCGGTGTAATAGG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=565;TCF=287;TCR=278;TR=563;WE=55540715;WS=55540697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr7	55540791	rs712819	G	C	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=235;PP=2965;SC=CCATCACACCGCAAGTATGTG;SOR=1.413;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=134;TCR=236;TR=369;WE=55540799;WS=55540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr7	55560207	rs815951	C	T	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=190;PP=2965;SC=CTCGGGGGTCCGGGACCAATG;SOR=2.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=74;TCR=190;TR=264;WE=55560215;WS=55560197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr7	55565247	.	TGGGG	T	373.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.11;ReadPosRankSum=1.107;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	55750390	rs11238374	A	G	11270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=264;PP=2965;SC=TAAATTCCTCAGCTGTGACCT;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=211;TCR=265;TR=474;WE=55750398;WS=55750380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr7	55872776	.	C	T	532.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=474;ReadPosRankSum=0.395;SC=CTAGAAAAAACACTACAGACT;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=55872784;WS=55872766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr7	55902385	rs6946378	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr7	55902393	rs6946382	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	55902394	rs6946383	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr7	55910600	.	CAA	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.712;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr7	55991144	rs2135116	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.344;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr7	56007576	rs34016595	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=1.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,78:0.17:463
chr7	56059458	.	A	AATAT	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=70.00;QD=40.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	56059591	rs10435504	G	C	7179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.329;SC=AGTATGTTTTGTTTGCCTACC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=379;TCF=198;TCR=181;TR=312;WE=56059599;WS=56059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,322:0.82:393
chr7	56079670	rs151158515	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5137;FS=10.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=562;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ACAATCTCCACTCACTGCAAC;SOR=4.174;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=23;WE=56079678;WS=56079660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr7	56119730	rs3735665	T	A	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=90;PP=2295;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GCCGCCGCGCTCCTGGCGGGC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=60;TCR=105;TR=140;WE=56119738;WS=56119720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,145:0.85:171
chr7	56122058	rs6593297	A	T	332.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.522;NF=11;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=0.863;SC=TTTTCTACTTACAGCAAATTC;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=56122066;WS=56122051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr7	56126360	rs2230197	T	C	8623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-0.451;NF=190;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.264;SC=AAGGCATAGTTGCTCTGCGCA;SOR=0.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=450;TCF=234;TCR=216;TR=369;WE=56126368;WS=56126350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,378:0.83:457
chr7	56131910	rs62457279	C	G	1178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=892;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GTGGCGCAGCCTGCGCATGTG;SOR=1.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=48;WE=56131918;WS=56131900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr7	56136194	rs7808729	C	T	6298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.485;SC=AGGCTACTAGCATGGTCCAAC;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=306;TCF=185;TCR=121;TR=265;WE=56136202;WS=56136184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,269:0.87:310
chr7	56136260	rs4245575	C	A	10202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=195;PP=2965;SC=GAGATGGTGACGGGCCTGTGC;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=172;TCR=196;TR=367;WE=56136268;WS=56136250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr7	56142519	rs4948104	A	G	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=85;PP=2247;ReadPosRankSum=1.176;SC=GGCTGGGCGCAGTGGCTTATG;SOR=0.403;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=42;TCR=100;TR=123;WE=56142527;WS=56142509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,127:0.86:147
chr7	56146310	rs11765364	T	C	2557.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CTGTGTGTGATGAGCTGGTCC;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=107;WE=56146318;WS=56146300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,111:0.88:126
chr7	56149362	rs11238393	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1764;ReadPosRankSum=0.317;SC=GCACTTCCTCCACCAAGTACT;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=95;WE=56149370;WS=56149352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,100:0.85:118
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chr7	56151489	rs2242508	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.07;ReadPosRankSum=0.599;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,55:0.11:484
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chr7	56174115	rs10043	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,49:0.13:367
chr7	56174140	rs816407	G	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,68:0.13:504
chr7	56717633	rs139029180	C	T	4188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=53;PP=2852;ReadPosRankSum=1.414;SC=CATTGGGATCCGTCTTTTGTG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=136;TCR=63;TR=168;WE=56717641;WS=56717623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,169:0.84:201
chr7	57069669	rs1467279	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	57069935	rs1966122	G	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=40;PP=938;SC=GGGCGGTGGGGGGAGCTCCTT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=57069943;WS=57069925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	57071540	rs28370313	A	G	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=16.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	57071650	.	G	GAGCAGCAGCAGC	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=205.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	57071671	rs187876791	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=854;SC=GCAGCAGCAGTGGCTCGGAGA;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=57071679;WS=57071661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	57071725	rs62463099	C	T	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.33;QD=26.58;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	57245247	rs11763159	A	G	7837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TAGGGTGTGAAGATTGTGGTT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=191;TCR=201;TR=327;WE=57245255;WS=57245237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,334:0.83:403
chr7	63032699	rs139984168	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.059;NF=32;NR=25;PP=800;ReadPosRankSum=0.378;SC=TGGGCTTGCCGAACCACTTCC;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=57;WE=63032707;WS=63032689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr7	63033158	.	G	GGAGGAGGAT	1133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-0.687;QD=16.92;ReadPosRankSum=2.393;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr7	63033167	.	T	TGAGGAG	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=1.805;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr7	63033229	.	T	TACGGCCCCCGGCGCC	1874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.38;QD=64.65;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	63033247	.	A	G	204	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=24;MQ=48.34;NF=5;NR=12;PP=204;QD=14.045365444;SC=CCGGCGCCACAGCCCCCGTCC;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=17;WE=63033255;WS=63033237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr7	63033298	.	C	CGCT,CGCTGCTGCTGCTGCT	4577.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.603;NF=14,14;NR=21,21;PP=2991,927;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GTCTCCGAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.458;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=35,35;WE=63033308;WS=63033288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.73,0.21:113
chr7	63033318	.	C	CTGT	659	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=29;MQ=50.61;NF=19;NR=21;PP=659;QD=16.65;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=40;WE=63033326;WS=63033308;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr7	63033612	rs117248401	A	G	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.513;NF=66;NR=72;PP=1826;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CTCGTGATCCAGTTTGACAAG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=137;TCR=156;TR=138;WE=63033620;WS=63033602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,143:0.47:303
chr7	63033703	.	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.765;NF=10;NR=26;PP=547;ReadPosRankSum=0.606;SC=GGCTTGGGGCGTGTGGCAGGC;SOR=1.075;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=36;WE=63033711;WS=63033693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr7	63529872	.	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.244;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,27:0.16:165
chr7	63529956	rs4349869	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=3.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,54:0.17:327
chr7	63537638	rs34875861	CT	C	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.180;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr7	63537849	rs4717170	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-6.570;QD=2.29;ReadPosRankSum=3.064;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:567,133:0.19:700
chr7	63673608	rs10252019	C	T	7909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.994;NF=142;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGAGGTTAACCTCAATACATA;SOR=0.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=163;TCR=215;TR=326;WE=63673616;WS=63673598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,330:0.86:384
chr7	63674464	rs117964521	T	G	9999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=-0.579;NF=257;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TAAAGAGAAATGAGATGGCAG;SOR=0.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=492;TCF=303;TCR=189;TR=420;WE=63674472;WS=63674454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,430:0.85:503
chr7	63679733	rs10270226	A	G	5744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.527;NF=140;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.968;SC=GCCAGAGCAGAGCATAAAAGA;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=278;TCF=166;TCR=112;TR=231;WE=63679741;WS=63679723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,240:0.84:285
chr7	63680098	rs4479992	CC	TA	13290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.496;NF=132;NR=143;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AATCCTTTAACCACTCCTCAA;SOR=0.566;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=332;TCF=162;TCR=170;TR=275;WE=63680107;WS=63680088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,326:0.89:367
chr7	63721420	rs17767341	A	G	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=81;PP=2163;ReadPosRankSum=-1.146;SC=AAGAGTTTCTAAGAAGCCCGA;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=23;TCR=98;TR=101;WE=63721428;WS=63721410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,105:0.84:125
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chr7	64167883	rs61739519	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,35:0.16:223
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chr7	64169019	rs4717205	G	A	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=130;PP=2965;SC=ACAAATGTGAGTATGGCAAAA;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=129;TCR=130;TR=259;WE=64169027;WS=64169009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr7	64169061	rs4717206	G	A	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=109;PP=2965;SC=ACTACACATAGGAAAATTCAT;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=194;WE=64169069;WS=64169051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	64254791	rs10949938	G	T	8528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TCTTCCGGGAGGCGGCGGGGT;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=438;TCF=274;TCR=164;TR=354;WE=64254799;WS=64254781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,358:0.82:439
chr7	64254901	rs11983033	T	C	16351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=351;NR=331;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.652;SC=ATCTGGTTATTGGGAGATTCA;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=807;TCF=416;TCR=391;TR=682;WE=64254909;WS=64254891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,697:0.85:824
chr7	64275284	rs7809431	C	T	9431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=2.061;SC=TTTGTGTGTGCGTGTTTTTCA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=234;TCR=149;TR=375;WE=64275292;WS=64275276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,355:0.98:363
chr7	64275470	rs202087633	AT	A	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.572;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.048;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr7	64275548	rs10236928	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=28.95;SOR=7.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	64276089	rs9654821	A	G	13713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=299;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CAAGGAGAAGACCACTCCTTT;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=487;TCF=186;TCR=301;TR=485;WE=64276097;WS=64276079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,501:1.00:502
chr7	64291225	rs6460193	G	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=18;PP=1739;SC=GGATGTGTCAGGTCTGAAATT;SOR=2.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=79;WE=64291233;WS=64291215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	64291244	rs7787287	T	C	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=6;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=30;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TTTTTTAGGGTTTTTTTAGTT;SOR=1.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=89;TCR=36;TR=106;WE=64291252;WS=64291234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,108:0.86:126
chr7	64291267	rs6460194	A	T	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=69;PP=2965;SC=TTCTTGTTTCATCTTAATAGT;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=138;TCR=69;TR=207;WE=64291275;WS=64291257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	64291333	rs4483043	T	A	9980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=169;PP=2965;SC=GCATTTACCTTTGATCTCAGT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=199;TCR=169;TR=368;WE=64291341;WS=64291323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	64291976	rs10949946	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,44:0.14:308
chr7	64291991	rs4236203	T	A	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=149;PP=2965;SC=CAAGGAGGTTTTAATGGACTT;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=121;TCR=149;TR=270;WE=64291999;WS=64291981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr7	64378806	rs7796966	C	T	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=119;PP=2965;SC=TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG;SOR=5.486;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=7;TCR=119;TR=126;WE=64378814;WS=64378796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	64389089	rs2017252	A	C	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=102;PP=2965;SC=ACAAATGTGAAGAATGTGGCA;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=225;WE=64389097;WS=64389079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr7	64437406	rs4607487	A	G	7257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=130;PP=2965;SC=GTTTGAGGATAAGTTAAAAGC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=105;TCR=130;TR=235;WE=64437414;WS=64437396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	64438403	rs4718175	G	A	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=42;PP=1865;SC=TGTTTAGTAAGGGTTGAGAAA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=64438411;WS=64438393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	64438667	rs1404453	G	A	8963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=135;PP=2965;SC=GTTGAAGATCGGTTAAAGGCT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=165;TCR=135;TR=300;WE=64438675;WS=64438657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
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chr7	64451699	rs4717229	T	C	9643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=182;PP=2965;SC=GTTAGTAAGGTTGAACTTTCC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=142;TCR=182;TR=324;WE=64451707;WS=64451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
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chr7	65084152	rs6978207	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.849;NF=0;NR=40;PP=920;ReadPosRankSum=0.788;SC=TCTATATGGACAATGATGAAT;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=40;WE=65084160;WS=65084142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr7	65150824	rs202004878	C	CCG	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=13.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQRankSum=-0.965;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr7	65220463	rs4718275	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
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chr7	65426054	.	CAA	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.326;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr7	65444359	rs139791587	T	TGA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr7	65541185	rs1183245	C	T	5140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CTCCAGGAAGCAATTTTGAAA;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=298;TCF=135;TCR=163;TR=223;WE=65541193;WS=65541175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,225:0.74:306
chr7	65541307	rs1144895	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GGCAAACCCACCAACCCACAC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=27;WE=65541315;WS=65541297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr7	65551931	rs313830	T	C	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.8959;FS=8.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=1143;ReadPosRankSum=1.283;SC=AGCGGGGGACTCTGCATGGAG;SOR=2.143;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=56;WE=65551939;WS=65551921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,61:0.85:72
chr7	65552230	.	CGTGT	C,CGT	2081.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.377;QD=23.93;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,36,42:0.41,0.48:87
chr7	65552497	rs313829	A	G	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=75;PP=1879;ReadPosRankSum=0.375;SC=TTCATTGCCTATGGGCACTGA;SOR=2.424;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=10;TCR=85;TR=82;WE=65552505;WS=65552487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,83:0.86:97
chr7	65552614	rs313828	T	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=10;PP=1379;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CCCCCAGCTGTTGCCCCACCC;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=65;WE=65552622;WS=65552592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,61:0.88:69
chr7	65554352	rs160647	C	T	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=87;PP=2209;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CTGGCTAGTACGTGCCAGTTC;SOR=1.100;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=66;TCR=111;TR=135;WE=65554360;WS=65554342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,139:0.76:182
chr7	65554385	rs2460432	C	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=66;PP=1610;ReadPosRankSum=0.748;SC=CACACTCAGGCAGGGCCCCAC;SOR=1.502;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=87;WE=65554393;WS=65554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,91:0.76:119
chr7	65556936	rs1167406	G	C	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.818;SC=TCCTGGGCCTGGCAGCTTCAG;SOR=0.326;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=226;TCF=149;TCR=77;TR=192;WE=65556944;WS=65556926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,188:0.85:221
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chr7	65599446	rs6958484	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=0.394;SC=ATTGATATTCGGCTGGGTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=18;WE=65599454;WS=65599436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr7	66453460	rs73151675	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
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chr7	66520726	rs34783731	CA	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-2.252;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr7	66721208	rs144240344	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.458;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
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chr7	70193932	rs4718987	T	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=237;SC=ATGTCTCCTCTCCTCCCAGTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=70193940;WS=70193931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	70194024	rs4718988	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=18;PP=1523;SC=TAGCAGCCTGGGAGGAGCCAC;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=70194032;WS=70194014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	70229595	rs1983487	T	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=3;PP=432;SC=GAAAGTGTGCTCGTACAGGGA;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=70229603;WS=70229585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	70229715	rs67892322	T	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=-0.096;QD=26.53;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr7	70238858	rs55838430	G	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=3;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CCTTGAGAAAGAGCATGTGTG;SOR=1.320;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=57;TCR=3;TR=54;WE=70238866;WS=70238848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,55:0.89:62
chr7	70249908	rs2293504	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,41:0.12:350
chr7	70252185	rs2293500	A	G	21380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=464;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCTCCACTTCACCATTTCAGC;SOR=0.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=808;TCF=469;TCR=339;TR=803;WE=70252193;WS=70252175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,822:1.00:824
chr7	70254674	rs941346	G	T	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=49;PP=2965;SC=GCAGCCCCTGGCCCGGCCGAC;SOR=1.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=124;TCR=49;TR=173;WE=70254682;WS=70254664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	70765291	rs10266560	T	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=18;PP=1333;SC=ACTCTGGGCTTGAAGCTCTTC;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=70765299;WS=70765281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	70765496	rs10263619	A	G	10081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=42.54;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	70765503	rs7806503	C	G	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=44.69;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	70765600	rs66762992	CCA	C	1193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=38.51;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	70800407	rs13240200	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr7	70800468	rs73181639	C	T	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=37;PP=2360;ReadPosRankSum=2.211;SC=GAAGCTGCAGCGGAGATTGAG;SOR=0.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=115;TCR=43;TR=137;WE=70800476;WS=70800458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,146:0.86:170
chr7	70885883	rs11455717	C	CT	12206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=81;PP=2973;SC=GTCTATTTCTCTATGTTTCAG;SOR=1.580;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=187;WE=70885891;WS=70885873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr7	70886107	rs11455716	G	GC	2921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=72;PP=2936;SC=TGGCTGGTGAGCCTGGCGGCC;SOR=4.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=1;TCR=84;TR=73;WE=70886115;WS=70886097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	71036473	rs10277319	C	T	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=102;PP=2965;SC=ATTTAAAGCTCCTTACAGCTG;SOR=1.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=48;TCR=102;TR=150;WE=71036481;WS=71036463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	71135192	rs2302440	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,18:0.15:119
chr7	71142219	rs61740246	C	T	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AGGCAAAAGACGTCTGCTTGG;SOR=0.433;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=110;WE=71142227;WS=71142209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,120:0.87:138
chr7	71176900	rs887584	G	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=23;PP=2414;SC=TTTTCTCTTTGTCATTTTCTC;SOR=2.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=90;TCR=23;TR=113;WE=71176908;WS=71176890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	71571436	rs10950296	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	72093957	rs28535321	A	G	4357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.138;NF=124;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TTTCACGAGCATCAGTCTGTA;SOR=0.907;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=148;TCR=150;TR=246;WE=72093965;WS=72093947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,188:0.78:240
chr7	72304470	rs5884895	GT	G	8916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=118;PP=2951;SC=ACTGATCAAGGTCATAGAAAG;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=16;TCR=119;TR=134;WE=72304478;WS=72304460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	72413443	rs62463429	G	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.564;NF=94;NR=19;PP=1953;ReadPosRankSum=-0.386;SC=CCCCCAGCCCGCATTTGGGGC;SOR=0.499;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=273;TCF=229;TCR=44;TR=113;WE=72413451;WS=72413433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,117:0.42:277
chr7	72413581	rs71554687	G	A	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=25.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-25.999;QD=4.68;ReadPosRankSum=-2.109;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,144:0.19:754
chr7	72413593	rs71554688	T	C	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=21.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-25.776;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=2.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:588,130:0.18:718
chr7	72413874	rs199633193	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.25;QD=24.44;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	72416333	rs237934	C	G	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1154;SC=TCTGAGGCCCCGTGAAGATCA;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=72416341;WS=72416323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	72418963	rs7056	T	C	8913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=175;PP=2965;SC=GCCCAGGGTCTTCCACGGAGA;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=363;WE=72418971;WS=72418953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	72711860	rs368152680	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.85;QD=54.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	72711867	rs62465076	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.99;QD=30.24;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	72711986	rs62465077	G	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.74;QD=39.04;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	72711991	rs62465078	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.36;QD=43.94;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	72712121	rs62465079	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.58;QD=27.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	72738350	rs55963844	C	CG	3531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=41;PP=2369;SC=CTGGTCCCCGCGGCCTCTCCA;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=58;WE=72738358;WS=72738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	72738749	rs28626137	A	G	12179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=193;PP=2965;SC=CACTGAAGCCAGTCCTCCAGC;SOR=1.692;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=91;TCR=196;TR=284;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	72738762	rs6980258	CA	TG	11056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=163;PP=2947;SC=CCTCCAGCTCCAGCAGGCTCA;SOR=2.263;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=52;TCR=169;TR=215;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	72750627	rs4717751	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=675;SC=TTTACAGCATGGGAATAGGCA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=72750635;WS=72750617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	72850178	rs1178947	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=6.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=0.001;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,41:0.11:390
chr7	72861849	rs2237279	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=556;ReadPosRankSum=1.614;SC=GGAGGGAACCTGAATGTAAGC;SOR=3.453;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=30;WE=72861857;WS=72861839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr7	72891754	rs2074754	C	T	9509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=2.116;SC=AGGGGATTTCCGACAGCTTCA;SOR=0.454;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=437;TCF=212;TCR=225;TR=368;WE=72891762;WS=72891744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,378:0.85:446
chr7	72936106	rs368445446	T	C	7090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCCCAGGCCCTACCCCGGCCC;SOR=0.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=374;TCF=234;TCR=140;TR=302;WE=72936126;WS=72936096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,298:0.81:369
chr7	72992858	rs76029572	C	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,54:0.12:445
chr7	73014149	rs72649015	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,14:0.14:100
chr7	73020301	rs799157	T	C	11936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=231;NR=202;PP=2965;SC=AGAGAGTGTCTGAGATGTCGG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=231;TCR=204;TR=433;WE=73020309;WS=73020291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr7	73038472	rs370239468	AC	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	73084175	rs36067105	A	G	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=18;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TAGGACGAGGAGCAGAAACTT;SOR=1.483;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=83;TCR=24;TR=89;WE=73084183;WS=73084165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,91:0.83:109
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chr7	73101137	rs11769825	A	G	5580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.099;SC=GTGTCTGGTCATGTCTTCCAG;SOR=0.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=266;TCF=125;TCR=141;TR=230;WE=73101145;WS=73101127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,236:0.86:274
chr7	73105144	rs34951011	GT	G	1355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.457;NF=31;NR=3;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GGGAGGAGGGGTTTCTCTTGG;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=34;WE=73105152;WS=73105134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr7	73107003	rs2293490	C	A	7715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.176;SC=CTGGGTGTGCCGGGGAGTTGG;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=375;TCF=212;TCR=163;TR=318;WE=73107019;WS=73106993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,327:0.85:383
chr7	73108205	rs2293488	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=843;ReadPosRankSum=-1.527;SC=GTTCCTTCTCGTGGGACTGGA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=41;WE=73108213;WS=73108195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr7	73108310	rs2293487	T	C	5008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=88;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GAGTGCACTTTGGTTCCTGCA;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=210;WE=73108318;WS=73108300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,219:0.81:272
chr7	73112057	rs369894399	TG	T	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=3.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.156;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,52:0.15:349
chr7	73117420	rs12539475	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=48;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAAGGGGGCCTGAGGCTTCCT;SOR=1.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=54;WE=73117428;WS=73117410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,51:0.94:54
chr7	73118196	rs4363087	T	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1521;ReadPosRankSum=0.362;SC=CCAGCCCTCTTCGGGGAGTTC;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=93;WE=73118204;WS=73118186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,91:0.88:104
chr7	73118398	rs7807316	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=706;SC=GCAGCAGCCTTGAGCCACGCA;SOR=2.649;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=73118406;WS=73118388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	73122923	rs2228607	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.12;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,42:0.12:351
chr7	73150511	rs1059779	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,76:0.17:458
chr7	73151195	rs3215356	AG	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,16:0.11:145
chr7	73151220	rs2293484	G	C	4968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GGGCCTGGGCGAGTAAAGCAT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=157;TCR=61;TR=186;WE=73151228;WS=73151210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,198:0.86:230
chr7	73151644	rs6460052	A	G	14347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=262;NR=260;PP=2965;SC=TGGCTGCCACATAGGTTGCAA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=522;TCF=262;TCR=260;TR=522;WE=73151652;WS=73151634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr7	73152578	rs367606949	AC	A	4667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=56;PP=2979;SC=GAGAAGCGGGACCCCCCCTGC;SOR=1.240;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=130;WE=73152586;WS=73152567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	73153228	rs3812318	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr7	73184435	rs7084	G	C	7199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=173;PP=2965;SC=GGAGACGAGGGGCCGGGGCCG;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=95;TCR=173;TR=268;WE=73184443;WS=73184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr7	73243786	rs4717822	T	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,81:0.18:457
chr7	73245519	rs8629	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,92:0.16:562
chr7	73249165	rs13246460	T	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=1.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,77:0.16:469
chr7	73249299	rs13232463	G	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,14:0.11:132
chr7	73254464	rs73140869	G	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,29:0.23:126
chr7	73254812	rs13241921	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,34:0.13:254
chr7	73255647	rs4717823	G	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,24:0.18:132
chr7	73275396	rs4324825	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=2.022;SC=GCAGTGGAGCGGCAGGAGCCA;SOR=0.782;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=8;WE=73275404;WS=73275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr7	73279361	rs61742124	C	T	10671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.888;SC=ATTTCCTGCTCCTCAAGATCA;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=537;TCF=311;TCR=226;TR=444;WE=73279369;WS=73279351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,456:0.83:551
chr7	73279482	rs13227841	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=7.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,41:0.14:295
chr7	73280020	rs1136647	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,88:0.15:569
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chr7	73470714	rs2071307	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,51:0.16:317
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chr7	73530046	rs149618	A	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=19;PP=1952;SC=GGCTGTCTACAGGTTGGCTTG;SOR=2.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=74;TCR=19;TR=93;WE=73530054;WS=73530036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	73631177	rs144269935	C	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=1.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,63:0.16:387
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chr7	73753250	rs539518	T	C	17707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=316;NR=338;PP=2965;SC=CCGTGAAGACTGGCAACGAGT;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=655;TCF=316;TCR=339;TR=654;WE=73753258;WS=73753240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr7	73768065	rs504854	T	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=10;PP=2334;SC=CAATCATCCTTAGGTGTCTCT;SOR=4.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=81;TCR=10;TR=91;WE=73768073;WS=73768055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	73800711	rs10156213	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr7	73803644	rs35415684	T	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=49;PP=1274;SC=CCCTTGCTCCTCTTCTTGACA;SOR=4.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=53;WE=73803652;WS=73803634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	73814749	rs2522943	G	C	23426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=889;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=352;NR=508;PP=2965;SC=CTCATCGACCGGTCCTCGGCG;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=860;TCF=352;TCR=508;TR=860;WE=73814757;WS=73814739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,884:1.00:884
chr7	73818404	rs2240436	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.192;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
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chr7	73932662	rs75652267	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,63:0.13:472
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chr7	73944185	rs2240357	T	C	11836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=257;PP=2962;ReadPosRankSum=1.279;SC=CCTGCACTTATGGAGTCCCCA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=588;TCF=288;TCR=300;TR=500;WE=73944193;WS=73944150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,514:0.85:602
chr7	73950361	rs41272924	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,30:0.13:233
chr7	73950636	rs2074667	G	A	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=104;PP=2670;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CCGGAGGCCCGCGGCCAGCCC;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=34;TCR=122;TR=133;WE=73950644;WS=73950626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,132:0.84:157
chr7	73959331	rs2074665	A	G	787.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=612;ReadPosRankSum=0.145;SC=AGAACCAGGAAGTTCCTGGTC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=26;WE=73959339;WS=73959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr7	73969418	rs56140607	T	C	5432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGCAGGGCTGTGTAGACTGAG;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=144;TCR=131;TR=227;WE=73969426;WS=73969408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,237:0.83:286
chr7	73969541	rs2301895	A	G	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1836;ReadPosRankSum=1.077;SC=AGAGCCCATCATGGATAGTCA;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=100;WE=73969549;WS=73969531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,104:0.88:118
chr7	74167356	rs116428284	A	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.38;MQRankSum=-3.803;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	74193543	.	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.536;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.294;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.337;NF=11;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=1.611;SC=GGGTCATTGGCGGGGGCTCAC;SOR=0.027;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=15;WE=74193551;WS=74193536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr7	74193668	rs17295741	G	A	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;QD=27.05;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	74197598	.	T	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=22.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQRankSum=-5.507;QD=16.06;ReadPosRankSum=-2.543;SOR=3.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr7	74251390	rs200184967	A	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.73;MQRankSum=-4.350;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,65:0.82:79
chr7	74489228	rs75800152	G	A	4403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=1.500;SC=GAAGGAGAGAGGGAGGAAGCC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=131;TCR=67;TR=170;WE=74489236;WS=74489218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,172:0.86:201
chr7	74489486	rs6955671	T	C	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.138;SC=CGGGAGCGCCTGGCCGCCGTC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=90;TCR=167;TR=213;WE=74489494;WS=74489476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,219:0.83:263
chr7	74524986	rs142604065	G	A	481.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.02;MQRankSum=-0.069;QD=24.07;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr7	74582350	.	T	C	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=41.23;NF=6;NR=0;PP=48;QD=13.7952020912;SC=ACTGGTTGTCTGTGGGGAGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=6;WE=74582358;WS=74582340;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,6:0.22:27
chr7	74582392	rs199966566	A	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.346;NF=56;NR=26;PP=1109;ReadPosRankSum=-3.016;SC=TGAAGAAGTCAAGGAGGTGGG;SOR=1.231;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=82;WE=74582400;WS=74582382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
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chr7	75044385	rs236649	C	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=24;PP=1900;SC=GGCCCCTGTGCTCTGCCTGCC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=75044393;WS=75044375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr7	75044830	rs236651	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.87;QD=31.61;SOR=5.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr7	75048750	rs6465926	G	A	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=90;PP=2743;SC=ACAGAGAGCTGGCCAGTGAGC;SOR=1.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=136;WE=75048758;WS=75048740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	75054898	rs368743011	A	C	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.52;QD=25.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	75070753	rs200202029	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQRankSum=-5.055;QD=6.04;ReadPosRankSum=-4.390;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr7	75071497	rs2077267	G	T	843.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=25.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQRankSum=-3.148;QD=21.09;ReadPosRankSum=-2.884;SOR=1.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
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chr7	75168764	rs3757603	G	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,72:0.13:540
chr7	75168788	rs3757602	G	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,61:0.15:408
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chr7	75171438	rs11773745	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=0.197;SC=TGAGGGGGCCGGACAACGGTG;SOR=0.117;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=10;WE=75171446;WS=75171417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr7	75176196	rs1167800	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chr7	75176385	rs1167802	A	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,56:0.13:417
chr7	75183403	rs1167807	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,16:0.15:104
chr7	75185985	rs794368	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=836;SC=AGAAGACTCTATCTCCAAAAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=75185998;WS=75185975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	75189065	.	T	C	6331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCGCTGAGCCTTCTCGGTGTC;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=168;TCR=168;TR=287;WE=75189073;WS=75189055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,265:0.85:312
chr7	75210763	rs237239	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.56;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	75210763	.	TG	CA,CG	612	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=2,3;NR=27,37;PP=612,34;QD=22.9471680987;SC=GTCTTAGCCTTGTGGGTATTA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=29,40;WE=75210772;WS=75210753;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.73:40
chr7	75210764	rs2696199	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.31;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr7	75216202	rs1167787	A	G	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=107;PP=2965;SC=CATAACAGTCAAGAGATCTGC;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=65;TCR=107;TR=172;WE=75216210;WS=75216184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	75441108	rs11465315	C	T	9100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.14;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,220:0.85:259
chr7	75441111	rs11465314	G	T	9100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=3.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.58;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,230:0.85:271
chr7	75442855	rs2302004	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr7	75513062	rs42183	A	G	15121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=319;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=0.147;SC=AGCGAGTGGCACTGAAGCTCG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=577;TCF=321;TCR=256;TR=572;WE=75513070;WS=75513052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,591:1.00:593
chr7	75608674	rs10225188	G	T	4125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=22;PP=2962;ReadPosRankSum=2.267;SC=GGGCGGCCTGGAGGGCCCCCG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=145;TCR=26;TR=150;WE=75608682;WS=75608664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,154:0.88:176
chr7	75608986	rs10239977	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=56;PP=1436;ReadPosRankSum=0.084;SC=AGGGGGAGGCCGGCAGGGAGT;SOR=1.167;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=62;WE=75608994;WS=75608976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr7	75610763	rs2286819	G	A	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=46;PP=2965;SC=GGGTCGGGGCGTGCCTGGCAC;SOR=2.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=125;TCR=46;TR=171;WE=75610771;WS=75610753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	75612770	rs13223707	C	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=7;PP=2121;SC=CAACCAGAAGCGTCCTTGGAG;SOR=4.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=75;TCR=7;TR=81;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	75612783	rs13240147	G	A	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=14;PP=2633;SC=CCTTGGAGACGGAGACTCAGA;SOR=3.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=95;TCR=14;TR=109;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	75612803	rs41301394	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=5.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,26:0.15:168
chr7	75613998	rs4732514	C	T	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5023;FS=4.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=2;PP=1648;ReadPosRankSum=0.107;SC=CACCTGTTGCCGCAGAGCTGG;SOR=3.014;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=74;TCR=3;TR=67;WE=75614006;WS=75613988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,67:0.87:77
chr7	75614029	rs4732515	T	C	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=23;PP=2965;SC=CACCCCCTCCTGCCGCAGCCA;SOR=3.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=119;TCR=23;TR=142;WE=75614037;WS=75614019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	75614082	rs4732516	C	G	11719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=263;NR=140;PP=2965;SC=TCCTGCCTGTCTCTTCCCTGC;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=264;TCR=140;TR=403;WE=75614090;WS=75614072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr7	75614777	rs2302429	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr7	75614863	rs2302431	TG	CT	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=44;PP=2947;SC=AGGGCCTCGGTGTGGCGGTGG;SOR=1.394;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=102;TCR=51;TR=139;WE=75614872;WS=75614853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	75614953	rs2228104	T	C	10083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=212;NR=151;PP=2965;SC=AGACCAAGGCTGGCCGCATCA;SOR=1.048;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=213;TCR=151;TR=363;WE=75614961;WS=75614943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr7	75615287	rs1057870	G	A	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GCCGCCGCTCGGATGAGGACT;SOR=0.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=177;WE=75615295;WS=75615277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,187:0.84:223
chr7	75616778	rs11767816	A	T	12377.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=4.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.958;QD=34.48;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,300:0.84:359
chr7	75616778	.	AC	TA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.42;NF=137;NR=134;PP=2944;QD=20;SC=TACTCAGAAGACCCAGTCCCT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=350;TCF=182;TCR=168;TR=271;WE=75616787;WS=75616767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:79,271:0.77:350
chr7	75616779	rs11766464	C	A	12377.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=4.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.936;QD=33.91;ReadPosRankSum=-1.957;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,306:0.84:365
chr7	75616817	rs201142190	GGACA	G	14794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=158;PP=2979;SC=CGCAGAGGACGGACAGACAGA;SOR=0.772;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=253;TCF=73;TCR=180;TR=225;WE=75616828;WS=75616807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr7	75618434	.	CT	GG	246	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=246;QD=74.8669687156;SC=GGGTAGGGGGCTAGGGGTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=75618443;WS=75618424;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,4:0.27:15
chr7	75621661	rs2286826	G	C	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=38;PP=1479;SC=AGGGCAAACAGGGCCCAGAGA;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=73;WE=75621669;WS=75621651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	75621827	rs4732519	A	G	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=56;PP=2129;SC=CAATTGTTCTAAAGTTTGGTC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=122;WE=75621835;WS=75621817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	75621979	rs6467956	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=367;SC=CTGGGAGGGTTTCGCTCAGCG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=75621987;WS=75621969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	75628457	.	A	AAAAT	366	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=8;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=5;PP=366;QD=54.2857142857;SC=CTCCGTCTCAAAAAAAAATAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=75628469;WS=75628447;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr7	75628460	.	A	AT	765.82	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.500;QD=38.29;ReadPosRankSum=2.083;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr7	75628461	.	A	AAAT	896.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=40.76;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	75629778	rs3801472	T	C	11669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=0.334;SC=AGTTAGGAGCTCCGAGTTCCG;SOR=0.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=209;TCR=196;TR=401;WE=75629786;WS=75629768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,425:1.00:426
chr7	75630274	rs8565	T	C	11275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GGCTGATACCTTGGGTGGAAA;SOR=0.529;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=524;TCF=307;TCR=217;TR=459;WE=75630282;WS=75630264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,471:0.87:539
chr7	75633209	rs2058389	T	C	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=149;PP=2965;SC=TCAGGTGGAATGCAGAATGCA;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=89;TCR=149;TR=237;WE=75633217;WS=75633199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	75643313	rs7798794	C	T	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=28;NR=69;PP=2044;SC=TATTTATTTTCTGAGACAGAG;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=97;WE=75643321;WS=75643303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	75651313	.	TA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.332;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,25:0.16:159
chr7	75657850	rs11983987	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr7	75658197	rs13240967	C	T	2309.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=74;PP=1858;ReadPosRankSum=0.298;SC=AACCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=1.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=4;TCR=82;TR=78;WE=75658205;WS=75658187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,80:0.91:88
chr7	75659815	rs1044483	T	C	5846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.472;SC=AAAGCTCTGTTGGTTCACATA;SOR=0.309;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=281;TCF=114;TCR=167;TR=250;WE=75659823;WS=75659805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,261:0.89:294
chr7	75677430	rs10231092	C	G	9590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=183;NR=165;PP=2965;SC=AGTCACTTCCCCGTCACCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=184;TCR=165;TR=348;WE=75677438;WS=75677420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr7	75677504	rs6720	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,33:0.14:240
chr7	75677578	rs2286828	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=1.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,12:0.14:86
chr7	75692927	rs1637037	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,24:0.11:210
chr7	75694079	rs11972240	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,13:0.14:94
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chr7	75806299	rs12538908	A	G	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=48;PP=2776;SC=TCAAGGTGCCATACTCCAAGT;SOR=1.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=104;TCR=49;TR=151;WE=75806307;WS=75806289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	75889572	rs141486193	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,28:0.19:144
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chr7	75915226	.	C	G	6266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCCCAGGACCCCAGTGGGGAG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=185;TCR=129;TR=260;WE=75915234;WS=75915216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,268:0.83:323
chr7	76019746	rs55920832	C	G	741.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=561;ReadPosRankSum=1.129;SC=AGGCCACTCCCAAGCTAGGTC;SOR=3.098;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=24;WE=76019754;WS=76019736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
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chr7	76023088	rs140509712	C	CG	15138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=160;PP=2973;SC=TGCCGGCTCCCGGCAGAGCCC;SOR=0.722;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=236;TCF=64;TCR=172;TR=223;WE=76023098;WS=76023078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr7	76023131	rs35508921	A	AG	17913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=182;PP=2936;SC=CCGCAGACCCAGGCACCGCCA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=56;TCR=192;TR=235;WE=76023139;WS=76023121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr7	76024520	rs2286427	C	T	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,155:0.88:177
chr7	76027235	rs6963070	T	C	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=64;PP=1708;ReadPosRankSum=0.284;SC=TGTCCCAGGATCTACAACCCT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=78;WE=76027243;WS=76027225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,82:0.79:104
chr7	76027901	rs113567515	T	C	1420.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=1173;ReadPosRankSum=0.581;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=50;WE=76027920;WS=76027891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,53:0.91:58
chr7	76027912	rs112701136	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=1.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GTGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=1.165;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=72;WE=76027920;WS=76027891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,78:0.92:85
chr7	76028163	rs75640836	C	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=889;ReadPosRankSum=1.606;SC=TCTCCATCCTCACACCACGGG;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=50;WE=76028171;WS=76028153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr7	76033544	rs11773646	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=616;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TTCACAACCCTCCTCCTACTA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=28;WE=76033552;WS=76033543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr7	76033805	rs11773653	A	T	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=78;PP=1946;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CGCCAGGGAGAAGTCACAGTT;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=119;WE=76033813;WS=76033795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,127:0.80:158
chr7	76033906	rs11760779	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CCCAGGGGTTTGAGATCAGCC;SOR=0.418;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=22;WE=76033914;WS=76033896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr7	76054372	rs2286428	G	A	12137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=1.742;SC=CTTGCAGGGTGGAGCCAGCCA;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=575;TCF=304;TCR=271;TR=500;WE=76054380;WS=76054362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,514:0.86:595
chr7	76058767	rs6465128	G	T	6567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TGAGCACTCAGGTATGGCTTG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=224;TCR=108;TR=265;WE=76058775;WS=76058757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,265:0.80:333
chr7	76062434	.	G	GTTTGGT	3915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.15;MQRankSum=2.926;QD=38.02;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,94:0.91:103
chr7	76063333	rs3972768	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=57.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQRankSum=-8.346;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.651;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,25:0.26:98
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chr7	76069629	rs73363163	G	A	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.204;NF=168;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.486;SC=AACTCAACAAGGCCTGTTCCT;SOR=0.870;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=583;TCF=389;TCR=194;TR=242;WE=76069637;WS=76069619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,241:0.42:580
chr7	76069811	rs2906999	T	C	12798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.412;NF=211;NR=293;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AGTGGAAGGCTCGGCTGACAT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=650;TCF=277;TCR=373;TR=504;WE=76069819;WS=76069787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,504:0.78:650
chr7	76071003	rs78087397	C	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.530;NF=39;NR=12;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TCACACCTGGCCGAGAAAGCT;SOR=0.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=51;WE=76071011;WS=76070993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,52:0.95:55
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chr7	76112060	rs1638074	C	T	11074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.076;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=1.702;SC=CTTCCAGCTTCTGCCGCAGCG;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TCR=276;WE=76112068;WS=76112050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,466:0.83:561
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chr7	76144483	rs1636632	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:489,87:0.15:576
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chr7	76239503	rs140446540	G	GC	2862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-7.363;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,127:0.82:155
chr7	76239703	rs150952334	T	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.325;NF=8;NR=32;PP=822;ReadPosRankSum=0.402;SC=TGTGATGGCTTATGCCTGTAA;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=40;WE=76239711;WS=76239693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr7	76240677	rs1799211	T	G	652.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-2.451;NF=24;NR=1;PP=609;ReadPosRankSum=0.583;SC=TTTTAATGGATGACAAGGGAA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=25;WE=76240685;WS=76240667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr7	76240785	rs71819724	CA	C	9126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.798;NF=95;NR=82;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CCTGCGGTTACAGGGAAGCAG;SOR=0.536;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=227;TCF=128;TCR=99;TR=177;WE=76240793;WS=76240775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,253:0.83:305
chr7	76240888	rs1134609	A	G	6690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=9.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQRankSum=-9.422;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,300:0.72:419
chr7	76247668	rs1636619	G	A	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.416;NF=132;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=0.277;SC=GCCGGGCACCGTGGCTCACGC;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=816;TCF=274;TCR=542;TR=391;WE=76247676;WS=76247658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,263:0.48:551
chr7	76255032	rs2527936	A	G	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=2.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.590;NF=130;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=0.962;SC=TAGCAGTAAGATATTTTAATT;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=399;TCF=144;TCR=255;TR=357;WE=76255040;WS=76255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:43,367:0.90:410
chr7	76255452	rs62476699	G	A	8924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.488;NF=236;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=1.399;SC=AAGTACCCCCGGACAGGAATA;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=534;TCF=289;TCR=245;TR=437;WE=76255460;WS=76255436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,379:0.82:461
chr7	76255491	rs71535586	C	T	9196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.072;NF=222;NR=252;PP=2962;ReadPosRankSum=1.533;SC=ATAGCGTCTTCGAGGTGTTAT;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=557;TCF=262;TCR=295;TR=474;WE=76255499;WS=76255481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,388:0.87:446
chr7	76255998	rs2006268	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQRankSum=0.095;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,66:0.76:87
chr7	76607938	rs56083327	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.335;NF=31;NR=7;PP=851;ReadPosRankSum=1.065;SC=GGGAAGATGGCCATGGCCCCA;SOR=1.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=38;WE=76607946;WS=76607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr7	76608143	rs2245368	C	T	3636.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.984;NF=72;NR=72;PP=2270;ReadPosRankSum=1.550;SC=CCCTCGCTGGCCCGTTACATT;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=144;WE=76608151;WS=76608133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,153:0.89:172
chr7	76610095	rs62473742	C	T	8734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.323;NF=218;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GCAACCAGCTCGTGGACTTGG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=266;TCR=173;TR=362;WE=76610103;WS=76610085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,365:0.82:443
chr7	76610299	rs62473743	A	G	5754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.661;NF=130;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.348;SC=CTGGCCCTGTATCAGGCCGCT;SOR=0.422;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=283;TCF=150;TCR=133;TR=250;WE=76610307;WS=76610289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,230:0.88:262
chr7	76610407	rs62473744	A	G	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.391;NF=142;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.673;SC=CCTTTGCACCATACAACAAAC;SOR=0.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=398;TCF=176;TCR=222;TR=329;WE=76610415;WS=76610397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,272:0.86:315
chr7	76610621	rs6956966	T	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.13;QD=24.69;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	76619795	rs149365700	G	A	727.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.717;NF=3;NR=24;PP=623;ReadPosRankSum=1.297;SC=GGGAGAGCCAGAGGGGCTCCC;SOR=3.690;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=27;WE=76619803;WS=76619785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
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chr7	76629387	rs374647487	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.86;MQRankSum=-0.566;QD=11.25;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr7	76751305	rs3114350	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=-0.343;NF=32;NR=20;PP=976;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AGCGCTCGCCCCTACCTGAGC;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=52;WE=76751313;WS=76751295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,52:0.87:60
chr7	76751357	rs3095481	G	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.409;NF=58;NR=22;PP=1413;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCAGCGCCCAGCGCCAGCCCA;SOR=1.239;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=80;WE=76751365;WS=76751347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,80:0.82:97
chr7	76751543	rs4412304	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=0.086;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,54:0.16:329
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chr7	76891558	rs374734712	G	T	6092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGATGGAACTGCTCTTGAAAG;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=163;TCR=127;TR=244;WE=76891566;WS=76891548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,253:0.83:305
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chr7	76922490	rs17151219	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,47:0.12:403
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chr7	76922575	rs113826533	GCAA	G	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=2.229;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,16:0.14:113
chr7	76922581	rs55803623	C	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.970;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,16:0.16:102
chr7	76922582	rs59657581	A	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.840;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,16:0.16:99
chr7	76958730	rs10274222	A	G	6889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=120;PP=2965;SC=AACACGTCAGAAATGTGGAAG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=235;WE=76958738;WS=76958720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	76959731	rs3750044	G	T	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=118;PP=2965;SC=AGGCCCAGTGGCCCAAACCAC;SOR=1.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=190;WE=76959739;WS=76959721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	76959784	rs3750045	T	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=58;PP=1752;SC=GCTCTCAGGGTCCACATTTCT;SOR=4.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=76959792;WS=76959774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	76984752	rs35161141	CA	C	672.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.652;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr7	77035392	rs6949654	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	77221481	rs11394786	A	AT	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr7	77234109	.	CAT	C	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.67;NF=3;NR=0;PP=52;QD=20.3333333333;SC=ATGTTTATATCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=3;WE=77234118;WS=77234099;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
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chr7	77256713	rs3750050	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,97:0.16:618
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chr7	77423574	rs7953	G	A	11122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=0.094;SC=AGACTGGAATGAATATGAGGA;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=545;TCF=257;TCR=288;TR=460;WE=77423582;WS=77423564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,467:0.85:550
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chr7	77539744	rs711309	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,33:0.16:208
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chr7	77708105	rs67657112	ATG	A	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.18;ReadPosRankSum=0.412;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
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chr7	78119221	rs3086374	G	GAA	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=30;PP=335;SC=TATTCCTTAAGAAAAAAAAAG;SOR=4.091;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=31;WE=78119229;WS=78119211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	78256342	rs38116	C	T	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=30;PP=1734;ReadPosRankSum=-1.591;SC=AAACCCAAAACAGCCCATTAG;SOR=0.487;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=135;TCF=99;TCR=36;TR=106;WE=78256350;WS=78256332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,110:0.77:142
chr7	78256643	rs38117	G	T	377.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TGAATATTCAGTGCCACTTGT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=78256651;WS=78256633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr7	79828450	rs57711391	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr7	79840212	rs3801356	T	C	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=14;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GAGCTTTTTTTGTTAGCATTA;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=76;TCR=18;TR=74;WE=79840220;WS=79840202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,81:0.79:103
chr7	79841954	rs10238438	A	G	65.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr7	80088041	rs2074674	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.696;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,22:0.15:151
chr7	80091981	rs799936	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,18:0.16:115
chr7	80141069	rs10230573	A	G	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=24;PP=2965;SC=AAAAGTAAATATATCACAATT;SOR=2.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=116;TCR=24;TR=138;WE=80141077;WS=80141059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	80290369	rs3211892	A	G	9363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=117;PP=2965;SC=GTTTACTGCTATTTCTTTAGA;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=208;TCR=117;TR=325;WE=80290377;WS=80290359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr7	80299113	rs3173803	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr7	80374342	rs1949971	A	G	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=192;PP=2965;SC=TGTCTTTGCAATATTGGTTAA;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=168;TCR=192;TR=360;WE=80374350;WS=80374332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr7	80374438	rs1949972	T	C	7691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=111;PP=2965;SC=CCCAGGTCCATGGGGACCATT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=153;TCR=111;TR=264;WE=80374446;WS=80374428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	80378148	rs1405743	T	C	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=7;PP=1897;SC=TGAGCCTCGCTGAGGGACAGT;SOR=3.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=71;TCR=7;TR=77;WE=80378156;WS=80378138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	80378175	rs2886793	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=34;PP=2965;SC=ATGTTCTCTCTGAAGCCCTGA;SOR=2.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=117;TCR=34;TR=150;WE=80378183;WS=80378165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	80378319	rs2272351	G	C	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=150;PP=2965;SC=CTCCATACTGGACAATTTCAG;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=98;TCR=150;TR=248;WE=80378327;WS=80378309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	80387766	rs1058425	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,23:0.14:169
chr7	80456841	rs4461841	C	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	80817269	rs327695	T	C	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=116;PP=2965;SC=GTGACAATTGTTAATATGCTT;SOR=1.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=49;TCR=116;TR=165;WE=80817277;WS=80817259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	81339304	rs2074725	A	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=5;PP=844;SC=CAGAGCTTACAGTCTGGCAAG;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=81339312;WS=81339294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	81346685	rs1800793	T	C	13122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=221;NR=268;PP=2965;SC=GATATGACTGTGGAAACAACA;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=222;TCR=268;TR=489;WE=81346693;WS=81346675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr7	81350208	rs12536657	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=478;SC=ATATCAAGGCAGATAAAACAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=81350216;WS=81350198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	81350223	rs10272030	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=323;SC=AAACAAAAAGGTTTTTTACAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=81350231;WS=81350213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	81355066	rs2887069	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=12;PP=2146;SC=GAAAAATCCAGCTTCAAACTT;SOR=3.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=76;TCR=12;TR=88;WE=81355074;WS=81355056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	81359051	rs5745687	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,38:0.18:209
chr7	81359116	rs5745686	CA	C	1620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=2.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	81366210	.	G	GGTGTGTGT	170.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	81372156	rs5745676	A	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=26;PP=2429;SC=ATCAGCTATAAAGATTAGAGA;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=109;WE=81372164;WS=81372146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	81372452	rs2214826	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=536;SC=AATGTTTTCTATGGATGTGTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=81372460;WS=81372442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	81374500	rs4732406	G	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=93;PP=2775;SC=CACCACTGTTGCATTTAAAGA;SOR=3.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=18;TCR=93;TR=111;WE=81374508;WS=81374490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	81381326	rs5745646	C	T	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=19;PP=1867;SC=TGCATTTGCACGAACAACATA;SOR=2.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=88;WE=81381334;WS=81381316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	81381656	rs979691	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr7	81388042	rs5745635	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,19:0.16:119
chr7	81593454	rs3735517	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,30:0.12:247
chr7	81626356	rs6944326	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=7.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,26:0.20:129
chr7	81693768	rs73703113	T	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=1.418;SC=AAGGTTTTTTTCCCCAAGCAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=81693776;WS=81693758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr7	81765862	rs146358557	C	CTTAAAAACT	2148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.558;NF=13;NR=17;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GTCTTAAAAACTAAAACTGCT;SOR=0.425;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=30;WE=81765870;WS=81765852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr7	81765996	rs142849270	C	CA	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.76;QD=25.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	82453708	rs2522833	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,26:0.14:182
chr7	82497343	rs4628206	T	A	7123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.804;SC=ATCAACATGATATGTGGTCTG;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=321;TCF=211;TCR=110;TR=281;WE=82497351;WS=82497333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,287:0.88:327
chr7	82508526	rs201015835	TCACAACTAAC	T	1237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.482;NF=27;NR=0;PP=2962;ReadPosRankSum=0.805;SC=TACCAAAATTTCACAACTAAC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=27;WE=82508543;WS=82508516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr7	82544987	rs17156844	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=6.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,38:0.11:337
chr7	82581488	rs10630259	T	TTCA	24029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=171;PP=2969;SC=CAACGGGTTTTTCATCTTCTA;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=300;TCF=110;TCR=190;TR=264;WE=82581496;WS=82581478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr7	82764425	rs2877	C	G	17653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=312;NR=294;PP=2965;SC=ATCAAATGGGCTGACTTTTTC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=609;TCF=314;TCR=295;TR=606;WE=82764437;WS=82764415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,621:1.00:621
chr7	82784017	rs6951239	G	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=4;PP=1718;ReadPosRankSum=1.666;SC=TTGTATAAGAGGATGATATGG;SOR=1.769;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=88;TCR=6;TR=76;WE=82784025;WS=82784007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,79:0.81:97
chr7	82785097	rs61741659	T	C	8141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CCTTACTATGTCTGCCTGTTT;SOR=0.926;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=373;TCF=176;TCR=197;TR=316;WE=82785105;WS=82785087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,331:0.84:393
chr7	83021799	rs375518443	TAAAA	T	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=39.88;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	83023587	.	TAC	T	5063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.276;QD=34.45;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr7	83029438	rs2722974	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,40:0.16:253
chr7	83029639	rs2255820	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,12:0.13:89
chr7	83031907	rs2709930	T	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=29;PP=2453;SC=ACCAAAAGTATACTTAAAAAT;SOR=1.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=115;WE=83031915;WS=83031897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	83034754	rs2245441	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.190;SOR=1.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,10:0.12:85
chr7	83034899	rs2709935	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr7	83036367	rs2245312	C	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,43:0.14:313
chr7	83037751	rs2722985	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,47:0.16:286
chr7	83047583	rs2723033	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr7	83047583	.	TCA	CCC	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=168;QD=44.2935749724;SC=GCTTCGAGCATCAGAAAATAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=5;WE=83047593;WS=83047573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr7	83047585	rs2713146	A	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr7	83047666	rs2713145	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr7	83095955	rs7806439	A	G	6071.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.640;SC=CTATCAGTATAATAAACATGT;SOR=0.207;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=258;TCF=90;TCR=168;TR=232;WE=83095976;WS=83095945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,242:0.90:269
chr7	83098749	rs13225391	G	A	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	83590852	rs797821	T	C	11856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=212;PP=2965;SC=ACTCATCCATTGTGTTGAGAT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=416;TCF=204;TCR=212;TR=416;WE=83590860;WS=83590842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr7	83592491	rs7809708	T	C	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=61;PP=2965;SC=ATCTTAGATATAAATGATCCA;SOR=1.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=123;TCR=61;TR=184;WE=83592499;WS=83592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	83606353	rs35361892	T	TGA	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=1040;SC=TTAAGTATTCTGAGAGATGCA;SOR=3.334;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=21;WE=83606361;WS=83606343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	83606518	rs701320	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.09;NF=44;NR=69;PP=1786;SC=TGCGTCTGAAGCAATTACATT;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=113;WE=83606526;WS=83606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	83606595	.	AAT	A	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.77;NF=0;NR=2;PP=47;QD=28.0;SC=AGAGAAATAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=83606604;WS=83606585;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr7	83610497	rs7789094	C	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=480;SC=AAACAAAACGCAACAATCCCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=83610505;WS=83610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	83739762	rs1990044	T	C	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=83;PP=2965;SC=TGGACAAATATAATTTTTAAA;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=143;TCR=83;TR=226;WE=83739770;WS=83739752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	83740015	rs1990045	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=75;PP=2214;SC=CTTTCTTTTTTTTTTTTTGGC;SOR=2.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=101;WE=83740023;WS=83740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	83740030	rs13243696	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=65;PP=1844;SC=TTTGGCATCCCTTTCACAACA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=79;WE=83740038;WS=83740020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	83764309	rs17241389	C	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=75;PP=2191;SC=TAATGTGAAGCACTATATAAG;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=100;WE=83764317;WS=83764299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	83823737	rs67227861	AG	A	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.916;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,31:0.19:167
chr7	84628989	rs7800072	T	G	11926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.240;SC=TCCTTGACCTTCCCCTCCTCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=585;TCF=301;TCR=284;TR=492;WE=84628997;WS=84628973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,500:0.84:597
chr7	84644346	rs6468008	C	G	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGAAAGGAAGCCTTTATATTA;SOR=1.237;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=76;WE=84644354;WS=84644336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,85:0.79:108
chr7	84644500	rs17559084	C	T	6277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.660;SC=AGAGCTGAACCAATCCATCTC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=243;WE=84644508;WS=84644490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,259:0.83:311
chr7	84644666	rs17639600	G	T	772.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9972;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CACTTGTACAGAAACATAATG;SOR=2.649;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=29;WE=84644674;WS=84644656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr7	84647477	rs7780132	C	T	862.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=673;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AAATTTAACTCCCAATTTCAA;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=33;WE=84647485;WS=84647467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr7	84684961	.	CATATATATATATATATAT	C	495	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=495;QD=249.0;SC=TTTTCATATACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=84684986;WS=84684951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr7	84702414	rs375641656	T	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,30:0.16:184
chr7	86567364	rs7797095	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,14:0.12:119
chr7	86568373	.	T	C	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1205;ReadPosRankSum=0.943;SC=GAGGGAGATATATGAACAGTA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=63;WE=86568381;WS=86568363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,67:0.86:78
chr7	86574111	rs73196633	A	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.23;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr7	86594379	rs6976741	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,27:0.18:149
chr7	86594423	rs6976877	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.208;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=184;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CCAAGCCCCTGTTTCCAAGCT;SOR=0.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=17;WE=86594431;WS=86594413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr7	86781423	rs2286267	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=0.657;SC=CGGCTCCCTCGGCTCGGAGCC;SOR=0.839;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=13;WE=86781431;WS=86781413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr7	86795754	rs144797174	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.172;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=10;PP=1317;ReadPosRankSum=0.701;SC=ATTTTATTTTCCCTCTTTGGT;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=60;WE=86795762;WS=86795744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,63:0.90:70
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chr7	86811525	rs73206984	T	G	13982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=307;NR=260;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AAATGCTGATTGGCAGACTCT;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=667;TCF=362;TCR=305;TR=567;WE=86811533;WS=86811513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,581:0.85:683
chr7	86814122	rs3214245	CT	C	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.506;QD=2.95;ReadPosRankSum=2.008;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr7	86820459	rs1558050	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.346;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr7	86820473	rs147184170	TCTA	T	1188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.456;NF=1;NR=23;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AAATCAGACTTCTACTTTTAT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=24;WE=86820483;WS=86820449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr7	86828179	rs73208522	T	G	94.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.524;SC=CAGAATTAAATTAGCTACTCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=86828187;WS=86828169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	86978347	rs802037	C	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=15;PP=1116;SC=TGTGAGGGCTCTCTCTCTTTT;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=86978355;WS=86978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	86983715	rs7808249	A	G	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=98;PP=2965;SC=GCTTGGATTTAACTGGACCTA;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=121;TCR=98;TR=219;WE=86983723;WS=86983705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	86998842	rs6966140	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,22:0.13:167
chr7	86998936	rs35374737	AT	A	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TTAAAAAAAAATCTATTTGTA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=86998944;WS=86998926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr7	87006567	rs802042	G	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=333;SC=TTTGGTTGACGTGAAGAGGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=87006575;WS=87006557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	87011349	rs31630	G	A	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=51;PP=2852;SC=TCTCCTAATAGTTCTATAGAT;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=139;WE=87011357;WS=87011339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	87021023	rs7785206	G	C	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.512;SC=GGATCCTTCTGTCAATGTGAG;SOR=0.327;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=90;TCR=117;TR=177;WE=87021031;WS=87021013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,182:0.85:213
chr7	87022024	rs31644	G	C	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=105;PP=2965;SC=TTTCTAACCTGAGATTTGGGG;SOR=1.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=187;TCR=105;TR=290;WE=87022032;WS=87022014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	87027419	rs3028339	CT	C	161.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.722;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	87031690	rs45549641	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=62;PP=1818;ReadPosRankSum=0.801;SC=AGTAAATTTGAAAATGTTACC;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=90;WE=87031698;WS=87031680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,95:0.91:104
chr7	87032613	rs31653	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=35;PP=1001;SC=AGTTAACCAAATTATAAATAT;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=87032621;WS=87032603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	87046896	rs5885584	GC	G	2608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=61;PP=2477;ReadPosRankSum=1.715;SC=TCCAGCCTTAGCCTCTTGGTC;SOR=1.312;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=65;WE=87046904;WS=87046886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,78:0.88:89
chr7	87047813	rs7788404	T	C	7073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.270;SC=TCTAAAACCATGTTATGTAAA;SOR=0.453;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=347;TCF=224;TCR=123;TR=286;WE=87047821;WS=87047803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,295:0.83:356
chr7	87053150	rs31667	A	G	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=34;PP=2385;SC=GGAGCCAGTCAGTGAGGTTGG;SOR=1.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=130;WE=87053158;WS=87053140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	87053206	rs31668	G	A	8311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=112;PP=2965;SC=CTGTTATGTGGTGTTTGCAAA;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=170;TCR=112;TR=282;WE=87053214;WS=87053196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr7	87056260	rs10647775	A	AGTGT,AGTGTGT	785.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.29;ReadPosRankSum=0.525;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,12:0.35,0.60:20
chr7	87069758	rs31675	T	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=84;PP=2609;SC=ATTTAACCATTTAATAGCTGA;SOR=3.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=15;TCR=84;TR=99;WE=87069766;WS=87069748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	87082292	rs1202283	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=2.482;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,41:0.12:329
chr7	87168749	rs4728699	C	T	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=83;PP=2812;SC=AGCAGGAGATCAGACAAAGTC;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=87168757;WS=87168739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	87178528	rs28381903	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=1.273;SC=AGGCCCAATGCTTTTATTTTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=87178536;WS=87178526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	87179601	rs1128503	A	G	6362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=1.165;SC=TCAGGTTCAGACCCTTCAAGA;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=310;TCF=109;TCR=201;TR=255;WE=87179609;WS=87179591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,260:0.82:317
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chr7	87192731	rs11975994	G	A	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1643;ReadPosRankSum=0.303;SC=AATATCCTCAGCAAAATCCTG;SOR=0.928;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=112;WE=87192739;WS=87192721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,121:0.86:141
chr7	87193460	rs77543238	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=9;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CAGACCTGCACTTACACCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=62;WE=87193468;WS=87193450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr7	87193662	rs78711460	C	T	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.885;SC=GCTTCTGGGGCTCCCACTGGC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=53;TCR=131;TR=155;WE=87193670;WS=87193652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,162:0.84:193
chr7	87215114	rs1211152	A	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=696;SC=ACTGATACCAACCTAGTCCAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=87215122;WS=87215104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	87229501	rs2214102	T	C	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=2.091;SC=CAAGATCCATTCCGACCTGAA;SOR=0.254;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=193;WE=87229509;WS=87229491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr7	87594188	rs1637500	T	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5458;FS=6.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=0.628;SC=GGCAGATTTATGTCATACTGA;SOR=2.557;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=27;WE=87594196;WS=87594178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr7	87825689	rs78031419	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1184;SC=AATCACATATATATGGATGGA;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=87825697;WS=87825679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	87840158	rs139265565	G	GA	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=20;PP=1364;SC=TAGAATTTTAGAAAAAATTAT;SOR=1.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=41;WE=87840166;WS=87840148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	87911901	rs77925192	G	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=4;PP=1142;SC=GGAATATGATGTAGCAATAGT;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=47;WE=87911909;WS=87911891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	87912580	rs41278773	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=933;SC=AAATGATGACGTAAAACAGTG;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=87912588;WS=87912570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	87913221	rs34741656	C	T	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=79;PP=2965;SC=ACCAAATGAGCAAGGTACTCT;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=154;WE=87913229;WS=87913211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	87913361	rs1981529	C	T	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=61;PP=2837;SC=GATTATGATGCCAGACTTCTT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=138;WE=87913369;WS=87913351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	88847451	rs4140973	A	T	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=31;PP=1571;SC=ACCAACATTTATGTATTTTTT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=88847459;WS=88847441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	89783895	rs7799132	C	T	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.190;NF=55;NR=69;PP=2084;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CCGTTTGCTCCTCGAGTCCGC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=124;WE=89783903;WS=89783885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,133:0.93:143
chr7	89792250	rs39286	A	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=12;PP=1756;SC=AATTTTAAAAATATCTCAGAT;SOR=3.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=72;WE=89792258;WS=89792240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	89797144	rs259136	G	T	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=44;PP=1418;SC=TATGGCCTATGAAGTGTGGAA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=82;WE=89797152;WS=89797134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	89861890	rs194525	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,34:0.14:240
chr7	89861942	rs194526	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,26:0.16:165
chr7	89897829	rs17867605	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	89912301	rs1029365	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,41:0.12:339
chr7	89933957	.	G	GTAGA	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=325;SC=TTTTAGATAGGTAGATAGATA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=89933965;WS=89933947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	89937210	rs4728881	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr7	89976137	rs68057103	GTTC	G	1758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=4.720;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:703,95:0.12:798
chr7	90001496	rs35001814	G	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AATCCTCTTTGCTAAGTTGTG;SOR=0.432;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=69;WE=90001504;WS=90001486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,72:0.87:83
chr7	90001685	rs73213235	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.834;SC=TTGCACAGGCCAAAGTGCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=90001693;WS=90001675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	90014111	rs9886362	G	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=745;SC=AAATGCTGGTGTTGGTTCCCT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=90014119;WS=90014101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr7	90225928	rs7782773	T	C	11207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=227;NR=182;PP=2965;SC=TTGTCGGGGCTCCGCGTCGCC;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=410;TCF=227;TCR=183;TR=409;WE=90225936;WS=90225918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
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chr7	90338943	rs34926826	G	GA	3350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.261;NF=18;NR=66;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.339;SC=ATCGTGTTTGGAAAAAAAAAT;SOR=1.071;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=84;WE=90338951;WS=90338933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr7	90356175	rs10240049	T	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=78;PP=2450;SC=AGGAATAGCCTTCTTATGATA;SOR=2.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=98;WE=90356183;WS=90356165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	90675195	rs3779581	C	T	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TTTCCACAATCTCCTACTCTC;SOR=0.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=205;TCR=137;TR=341;WE=90675203;WS=90675185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,359:1.00:360
chr7	90742137	rs376151415	GGT	G	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr7	90747315	rs803167	A	T	487.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=628;ReadPosRankSum=2.356;SC=CCATTTTTTTAAAAAAAAAAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=26;WE=90747323;WS=90747305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr7	91503228	rs10266424	C	T	6830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=-0.447;NF=150;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.472;SC=TTGATGTTTGCGTAGCTTCTT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=182;TCR=141;TR=268;WE=91503236;WS=91503218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,280:0.83:338
chr7	91509232	rs12672603	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,53:0.16:340
chr7	91570290	rs4727267	G	C	13755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=332;NR=145;PP=2965;SC=GCGGGGGAGCGCCGGACCGAA;SOR=1.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=478;TCF=333;TCR=145;TR=477;WE=91570298;WS=91570280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr7	91632306	rs1989779	C	T	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=85;PP=2965;SC=GAGTTGTGACCATGACAAGCA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=183;WE=91632314;WS=91632296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	91714092	.	AT	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr7	91714911	rs1063242	C	T	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=122;PP=2965;SC=GGTTTCAGAACCTTGGCTAGA;SOR=1.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=70;TCR=122;TR=192;WE=91714919;WS=91714901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	91728923	rs3750111	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,18:0.12:150
chr7	91758422	rs4729021	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,17:0.15:115
chr7	91761305	rs66673218	CA	C	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=446;SC=AAAAAGTTACCAAAAAAAAAG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=91761313;WS=91761281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	91842554	rs11542682	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,28:0.15:193
chr7	91863700	rs2027950	G	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=8.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr7	91875748	rs200047434	G	A	4003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.387;NF=106;NR=56;PP=2552;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GAGGTCACCAGCTCGGCTGTA;SOR=1.077;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=121;TCR=63;TR=162;WE=91875756;WS=91875738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,167:0.88:190
chr7	92027187	rs38793	A	G	8337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=178;PP=2965;SC=GCCTTTCTGAACAGCCTCATT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=105;TCR=178;TR=283;WE=92027195;WS=92027177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	92028039	rs38794	C	A	11170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=208;PP=2965;SC=GGATGTGGAACTGGTGCTGCC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=389;TCF=181;TCR=208;TR=389;WE=92028047;WS=92028029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr7	92118513	.	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=10.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.61;ReadPosRankSum=0.351;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr7	92129161	rs5885806	CA	C	2760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.255;HP=15;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.316;NF=5;NR=115;PP=1566;ReadPosRankSum=0.149;SC=TACTGAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=1.875;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=7;TCR=147;TR=120;WE=92129171;WS=92129144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,127:0.96:132
chr7	92131289	rs10278857	G	T	11023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=214;PP=2965;SC=CCACAAACCCGCCAGTTTCTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=190;TCR=214;TR=403;WE=92131297;WS=92131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr7	92135802	rs6465359	T	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=803;SC=ATACTTCCCATCTCATTTTAT;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=92135810;WS=92135792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	92147584	rs38809	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=937;SC=AACCAACAGACGAAAAGATCA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=92147592;WS=92147574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	92818426	.	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=1.109;SC=TTCAATTTGCATAAATGCCTC;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=22;WE=92818434;WS=92818416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr7	92987445	rs2285505	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=886;SC=ATTCTTATTCTCTCCTATTAC;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=92987453;WS=92987435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	93067334	rs10713823	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,8:0.12:68
chr7	93070811	rs2106735	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,34:0.15:234
chr7	93070870	rs5885829	GA	G	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.044;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,42:0.21:200
chr7	93091238	rs1108233	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=330;SC=CACCATGTGAGAGCGTAAAAC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=93091246;WS=93091228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	93091485	rs3802052	T	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	93091488	rs3802051	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	93098135	rs139734304	T	TAAACAAACAAAC	5546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=69;PP=2975;SC=CAACAAAAAGTAAACAAACAA;SOR=3.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=113;TCF=1;TCR=112;TR=69;WE=93098143;WS=93098125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	93107093	rs2074120	A	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=63;PP=1896;SC=GTCATAACCAACCACATTTCA;SOR=2.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=84;WE=93107101;WS=93107083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	93116138	rs9691220	G	A	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=48;PP=2522;SC=GGCTTCTGGAGACCAATGCCT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=129;WE=93116146;WS=93116128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	93116299	rs2301680	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=42;PP=1284;SC=CTCATTTTTGATTTTTGAAGA;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=93116307;WS=93116289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	93116391	rs3214144	A	AT	208.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=280;SC=TTTCATTTTCATTTTTTCTAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=93116399;WS=93116381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	93346095	rs2027984	C	A	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=105;SC=ATCTATCTATCTATATATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=93346103;WS=93346085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	93520071	rs10234713	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=822;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TTTCTGCTCCAGGCGGCCCGG;SOR=1.503;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=40;WE=93520079;WS=93520061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr7	93540348	rs2798	T	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=105;SC=ATTTTTAAATTTATAGATGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=93540356;WS=93540338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	93551428	rs4262	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=15;PP=1566;SC=AGAGCTAGCCCGAGCCCGGTT;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=93551436;WS=93551418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	93623458	rs2286845	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TTTGAACACTAGGAATGTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=93623466;WS=93623448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr7	94033800	rs406226	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.841;SC=AGTTGGTCATATCTGACCCCA;SOR=0.078;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=6;WE=94033808;WS=94033790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr7	94034848	rs810687	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TTAATTTGTCACTCTGTGCTT;SOR=1.385;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=8;WE=94034856;WS=94034838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr7	94035713	.	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr7	94038934	rs42518	C	T	9659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=176;PP=2965;SC=AGTATACCTGCGTAGCTAAAA;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=160;TCR=177;TR=336;WE=94038942;WS=94038924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr7	94039032	rs42519	C	T	8201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=150;PP=2965;SC=TTTTCCTTCACAGGGCCTTCC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=139;TCR=150;TR=289;WE=94039040;WS=94039022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr7	94039187	rs2521206	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=51;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTCTGCCATCATTTCATCACT;SOR=1.045;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=67;WE=94039195;WS=94039177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,71:0.87:82
chr7	94039900	rs42520	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=200;SC=TACCCCTTCACTGGGAATTGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=94039908;WS=94039890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	94040133	rs389328	T	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=776;SC=TGCTATTTTTTACAAACTCTA;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=34;WE=94040141;WS=94040123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	94040287	rs34026686	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=8.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,27:0.12:218
chr7	94043239	rs42524	C	G	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=146;PP=2965;SC=ACAGGGTCCCCCTGGTCCTCC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=283;WE=94043247;WS=94043229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr7	94043274	rs421587	A	G	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.906;SC=GTCAACTCAAACATATACAAT;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=183;WE=94043282;WS=94043264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,192:0.81:236
chr7	94043493	rs2301643	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,51:0.13:385
chr7	94045576	rs42526	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=229;SC=CTAGTGGAGAGATTAGGAACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=94045584;WS=94045566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	94047903	rs3216182	AT	A	1709.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.7056;FS=5.647;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=51;PP=855;ReadPosRankSum=0.732;SC=TCGTACTTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.191;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=56;WE=94047911;WS=94047893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,77:0.89:87
chr7	94055885	rs62464631	G	A	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TGATCCTGAAGGCCTTCAGCT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=297;TCF=127;TCR=170;TR=240;WE=94055893;WS=94055875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,250:0.81:310
chr7	94055933	rs13240759	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,35:0.27:132
chr7	94056006	rs400218	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=794;SC=GCTATTTCATACCAACATGAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=94056014;WS=94055996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	94056216	rs7805430	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=407;ReadPosRankSum=1.345;SC=TTCTCAATCCGGAGTCCATTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=23;WE=94056224;WS=94056206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr7	94056244	rs413826	C	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=15;PP=998;SC=GTTTCCCATTCAATTTGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=50;WE=94056261;WS=94056234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	94056251	rs199900944	GAA	G	1951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=16;PP=408;SC=ATTCAATTTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=30;WE=94056261;WS=94056234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	94056349	rs1800248	C	T	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.747;NF=68;NR=40;PP=1898;ReadPosRankSum=0.296;SC=GTGCTCCTGGCTCCGTGGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=108;WE=94056357;WS=94056339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,113:0.85:133
chr7	94058395	.	T	C	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=25;MQ=53.94;NF=5;NR=0;PP=88;QD=24.5542425094;SC=GATCTGAGTCTACTCTTCCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=94058403;WS=94058385;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr7	94058410	.	C	CT	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.6006;HP=10;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=27;MQ=48.32;NF=3;NR=1;PP=43;QD=14.25;SC=TTCCTGAGATCTTTTTTTTTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=94058418;WS=94058400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	94146975	rs2301646	T	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=71;PP=2163;SC=TCAGGTAACATTTCTTCATTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=117;WE=94146983;WS=94146965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	94157585	rs57770781	CT	C	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=2.334;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr7	94167268	.	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=0.084;SC=ACTCTGTGTTAAAGAACTAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=94167276;WS=94167258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	94174854	rs3793326	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=29;PP=1759;SC=TCCTTTTCAATAGGTTTTATT;SOR=1.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=94174862;WS=94174844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	94175073	rs3793325	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=396;SC=GAAATTTCTTTGTAGTTGCTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=94175081;WS=94175063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	94176627	rs6958243	G	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=177;SC=CTGAAGCTGAGTACTCAGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=94176635;WS=94176617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	94178749	rs10272136	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=732;SC=GACTCTTATATAATCCAAACT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=94178769;WS=94178739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	94178761	rs7801436	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=892;SC=ATCCAAACTTCAGAAAACTAT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=94178769;WS=94178739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	94182373	rs6465417	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=29;PP=1256;SC=GCGTTGTACAACTTATGCAAT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=94182381;WS=94182363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	94183993	rs10280843	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=849;SC=TATGAAAATCGGACGTACTTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=94184001;WS=94183983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	94184691	rs10238176	T	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=688;SC=AATAAAATGGTTTTAGGAAAG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=94184699;WS=94184681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	94227276	rs10247562	T	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.32;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	94227509	rs10232398	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=6.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCTCACCCTTGTCTACTCCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=94227517;WS=94227499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	94247971	rs6465421	C	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=756;SC=CTTATTAAAACGAAAAATGCA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=94247979;WS=94247961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	94257449	.	TAC	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.304;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,13:0.15:89
chr7	94879225	rs12690919	A	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=681;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TCTCAAGTGGATTCAGTGATT;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=33;WE=94879233;WS=94879215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr7	94898811	rs854524	G	A	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,38:0.16:231
chr7	94937446	rs662	T	C	15285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=243;NR=328;PP=2965;SC=CTCCCAGGATTGTAAGTAGGG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=571;TCF=243;TCR=328;TR=571;WE=94937454;WS=94937436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr7	94941038	rs1157745	G	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=501;SC=GAGAAGCATTGGTGATTGCTC;SOR=2.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=94941046;WS=94941028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	94946255	rs3917498	G	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=394;SC=TCAAATTGATGAATGCGATTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=94946263;WS=94946245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	94947799	rs2074351	G	A	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=117;PP=2965;SC=CTCCTTCACTGTACTTTGCCT;SOR=2.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=35;TCR=117;TR=152;WE=94947807;WS=94947789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	94953895	rs705379	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr7	94992244	rs10953143	T	C	488.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AAATGCACACTCCTTGAAAGT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=94992252;WS=94992234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr7	94996913	rs3757708	T	G	184.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=149;SC=TCTTGCATTTTACCCTCACAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=94996921;WS=94996903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	95001555	rs1053275	C	T	7123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.653;SC=TGATTTCTAGCGCTTGTGCCC;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=199;TCR=153;TR=288;WE=95001563;WS=95001545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,308:0.83:371
chr7	95019355	rs6977389	G	A	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=34;PP=2568;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGGTTTACCCGGAGGTGGGAT;SOR=0.490;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=169;TCF=129;TCR=40;TR=138;WE=95019363;WS=95019345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,145:0.82:177
chr7	95024046	rs11970910	A	G	7313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATAAAACCCAACCCTGGAAGT;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=387;TCF=172;TCR=215;TR=298;WE=95024054;WS=95024036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,313:0.77:407
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chr7	95041542	rs2068604	G	T	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=19;PP=1696;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TCTCTTCCTAGAAATATGATC;SOR=0.398;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=83;TCR=21;TR=90;WE=95041550;WS=95041532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,96:0.86:111
chr7	95125050	rs10577347	CTT	C	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.86;ReadPosRankSum=0.967;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
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chr7	95216262	rs4729201	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
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chr7	95216697	rs17626204	C	T	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=38;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.647;SC=AACTAGGTGGCTGAGATTAAT;SOR=1.246;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=121;WE=95216705;WS=95216687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,129:0.82:158
chr7	95221269	rs2301630	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr7	95447786	rs2375050	T	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.61;MQRankSum=-0.567;QD=19.02;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr7	95709602	rs42083	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=798;SC=TCCAGTTAAACGTATTATTGT;SOR=3.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=95709610;WS=95709592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	95709666	rs42082	C	A	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=23;PP=2137;SC=GTTGTGAACCCTTTGGCAGGT;SOR=2.021;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=105;WE=95709674;WS=95709656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	95727014	rs7794344	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=716;SC=ATTGCTGTGATATTTTGGGTG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=95727022;WS=95727004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	95775848	rs72289549	TA	T	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=18.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr7	95800820	rs2301629	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,19:0.15:126
chr7	95813831	rs6962870	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr7	95818475	rs6957286	G	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=14;PP=1167;SC=AAAATTTATCGAGAGTTTTGG;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=95818496;WS=95818465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	95864108	rs6957975	T	C	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=2.286;SC=GAAGCATGCTTCTTACCAAAA;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=133;TCR=67;TR=176;WE=95864116;WS=95864098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,173:0.88:196
chr7	96279996	rs56144616	G	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr7	96280005	rs75928395	C	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr7	96338910	rs62470387	C	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,46:0.11:432
chr7	96338929	rs10250534	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.12;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,71:0.12:593
chr7	97363472	rs67877395	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,38:0.13:290
chr7	97481812	rs10486011	C	T	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=62;PP=1685;ReadPosRankSum=-1.672;SC=AGCAAAATGGCTTAAAATGGC;SOR=0.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=92;WE=97481820;WS=97481802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,94:0.87:108
chr7	97483921	rs1049677	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,26:0.17:153
chr7	97487730	rs41278830	G	A	5383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.814;SC=ACATGCAAAAGAGGAAGTGGA;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=239;WE=97487738;WS=97487719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,238:0.87:273
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chr7	97488350	rs11773753	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AATCATCAACATCTATCATGA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=24;WE=97488358;WS=97488340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
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chr7	97852586	rs11762703	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=1.077;SC=CAACCCCGGGGCGGGTAGAAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=97852594;WS=97852576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	97852895	rs2270596	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,92:0.86:107
chr7	97852899	rs2270595	A	G	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.39;SOR=2.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	97853184	rs3816943	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=1.970;SC=CACCACGCGCGGCTCTCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=26;WE=97853192;WS=97853174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr7	97858647	rs2270603	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=51;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.395;SC=ATTAATCAACGCTAAAAAGAC;SOR=1.421;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=58;WE=97858655;WS=97858637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,58:0.83:70
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chr7	97860939	rs2270600	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=6.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.319;NF=8;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=1.795;SC=TGTACCCCCTTCCCCGGGCAC;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=97860947;WS=97860938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	97862097	rs139511001	GA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=3.149;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,34:0.27:124
chr7	97866291	rs3735258	G	A	5094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.303;SC=GGCTCTTCTCGCTTCCTAGGG;SOR=1.023;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=71;TCR=170;TR=196;WE=97866299;WS=97866281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,206:0.82:251
chr7	97873994	rs1874344	G	A	11536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=267;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.112;SC=AGTCGATGGCGTACGTCCACC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=541;TCF=238;TCR=303;TR=477;WE=97874002;WS=97873984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,484:0.88:551
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chr7	97911883	rs4448203	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,14:0.14:102
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chr7	98461062	rs1548622	G	A	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=137;PP=2965;SC=TCAGAATGGTGTGTGGCAAGG;SOR=1.364;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=83;TCR=137;TR=220;WE=98461070;WS=98461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	98497222	rs117340612	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,20:0.13:155
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chr7	98503707	rs3214239	TG	T	2351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=6;PP=2190;SC=CATATCAGACTGGCGGGCTGG;SOR=3.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=54;WE=98503715;WS=98503697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	98504025	rs139837317	TTTTATTTATTTA	T	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=2090;SC=TTTGTTTTTGTTTTATTTATT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=9;WE=98504044;WS=98504015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	98513300	rs1859662	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=10;PP=1945;SC=GGGTATAGACCCTCCTCATTT;SOR=3.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=77;WE=98513308;WS=98513290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	98522627	.	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.546;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr7	98528483	rs200706840	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,21:0.14:151
chr7	98548682	rs140313456	C	CTGTGTGTG	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.714;QD=27.17;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr7	98550654	rs66469618	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T	5592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.242;NF=25;NR=10;PP=3000;SC=TCATGTTACATTGTGTGTGTG;SOR=1.934;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=35;WE=98550693;WS=98550644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr7	98553739	rs3214240	T	TC	2082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=14;PP=1842;SC=GCTCCCATGTTCCGGCGTGAT;SOR=1.903;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=43;WE=98553747;WS=98553729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	98558880	rs160384	G	C	8295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=106;PP=2965;SC=GTTGTCCATTGCAGGAGCAGC;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=176;TCR=106;TR=281;WE=98558888;WS=98558870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	98648517	rs57957340	TG	T	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=18.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.395;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr7	98649755	rs371032343	CA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.770;SOR=1.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr7	98659812	rs67817120	GGT	G	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	98659813	.	GTGA	G	362	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=16;MQ=57.59;NF=4;NR=4;PP=362;QD=51.6912093253;SC=GAACTCCTGGGTGATTCAAGC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	98659816	rs11295323	AT	A	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	98659817	.	T	A	198	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=16;MQ=58.63;NF=7;NR=4;PP=198;QD=21.1610193225;SC=TCCTGGGTGATTCAAGCAATC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,11:0.65:17
chr7	98779740	rs6465740	G	T	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=1.640;SC=AACCTAAATAGAGGACACCAA;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=107;TCR=151;TR=257;WE=98779748;WS=98779730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr7	98782750	rs10953283	C	T	13178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=220;NR=244;PP=2965;SC=CATCTGTGCCCGTGACAATGT;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=220;TCR=246;TR=464;WE=98782758;WS=98782740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr7	98785818	rs12673020	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	99250475	rs28365094	T	C	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.302;SC=TGCAGTACTATTGAAGTATTA;SOR=0.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=79;TCR=149;TR=186;WE=99250483;WS=99250465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,192:0.82:235
chr7	99293475	rs2740565	T	A	7475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.209;SC=ACAAACTGAATCAGAAATCAG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=183;TCR=149;TR=296;WE=99293483;WS=99293465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:35,309:0.90:344
chr7	99297601	rs2037500	A	C	11774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=232;NR=184;PP=2965;SC=AGAGGAGCACAAGGCTGACAG;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=417;TCF=233;TCR=184;TR=416;WE=99297609;WS=99297591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr7	99297804	rs2177180	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.692;NF=2;NR=21;PP=481;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GAGAAGGAGGCGGGGCTGCAG;SOR=1.897;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=23;WE=99297812;WS=99297794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr7	99302994	rs10211	C	T	5604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.9978;FS=2.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACAGAATCCCCGATTATTTAT;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=171;TCR=74;TR=212;WE=99303002;WS=99302984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,220:0.87:254
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chr7	99306566	rs2687077	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=5;PP=1696;ReadPosRankSum=0.012;SC=GACAAGCAAACGATTGTACAA;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=83;TCR=5;TR=76;WE=99306574;WS=99306556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,76:0.86:88
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chr7	99474729	rs2572022	T	C	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=58;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGGGGTCCAGTATACCCAAGG;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=78;WE=99474737;WS=99474719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,83:0.81:102
chr7	99499872	rs2527913	A	T	2183.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.269;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=68;PP=1728;ReadPosRankSum=2.706;SC=GGTTCTTTTTAGTTTGTTTGT;SOR=0.484;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=10;TCR=76;TR=77;WE=99499880;WS=99499862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,79:0.91:87
chr7	99500899	rs2247762	T	C	9362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.450;SC=TCTTCACCTTTACAGCTTCAA;SOR=0.876;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=447;TCF=209;TCR=238;TR=378;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,393:0.85:462
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chr7	99507353	rs2572001	T	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.564;QD=16.19;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr7	99514417	rs2571997	A	C	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.489;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AACAAAAAAAACGATCATATC;SOR=1.218;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=51;TCR=138;TR=162;WE=99514425;WS=99514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,168:0.87:194
chr7	99567858	rs140897498	TTTTTTTG	T	2811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=1687;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TATTATTTCCTTTTTTTGTTT;SOR=0.492;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=37;WE=99567872;WS=99567848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr7	99567908	rs2527917	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=919;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTCTTGTCACCCAGGCTGTAG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=50;WE=99567916;WS=99567898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr7	99580907	rs2301806	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=6.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.400;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,51:0.13:383
chr7	99654600	rs11558475	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr7	99654689	rs11558476	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,32:0.18:174
chr7	99662511	rs71689664	GTAGT	G	10450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.259;NF=26;NR=244;PP=2954;ReadPosRankSum=0.732;SC=TACCTTTTGCGTAGTTAAACA;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=345;TCF=33;TCR=312;TR=270;WE=99662522;WS=99662501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,462:0.83:554
chr7	99673359	rs56054049	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,21:0.16:133
chr7	99686873	rs4729575	G	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,51:0.16:311
chr7	99691740	rs1527423	G	A	13936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=251;NR=238;PP=2965;SC=AGCACGGTAAGGAGCTACCCC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=252;TCR=238;TR=489;WE=99691748;WS=99691730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr7	99692993	rs2261360	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr7	99693078	rs12267	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,29:0.16:180
chr7	99693337	rs7799115	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1202;SC=GATTCACCTCTCCTCCTCCCT;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=99693345;WS=99693327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr7	99696797	rs2070215	T	C	20754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=442;NR=393;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.249;SC=ACGAGGCTTGTTGCTGCTAGG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=948;TCF=496;TCR=452;TR=835;WE=99696805;WS=99696787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,844:0.88:954
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chr7	99706303	rs4134923	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=822;SC=GCCCCTGTTGAAGGCCAAATT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=99706311;WS=99706293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr7	99707950	rs4134917	C	T	5846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=136;PP=2965;SC=GGATGATTGACAGGGACCTAA;SOR=1.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=69;TCR=137;TR=205;WE=99707958;WS=99707940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	99710584	rs4134904	A	AG	7077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=129;PP=2967;SC=TGAGCATAGTAGAAAAGTAAA;SOR=1.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=5;TCR=133;TR=134;WE=99710592;WS=99710574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	99711040	rs4134903	G	A	5113.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=89;PP=2900;ReadPosRankSum=0.575;SC=TGCAAGGAAGGCAGGTGTCAA;SOR=0.490;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=123;TCR=104;TR=202;WE=99711048;WS=99711030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,221:0.89:248
chr7	99711461	rs34119670	AC	A	8820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.397;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.494;NF=82;NR=155;PP=2988;ReadPosRankSum=1.991;SC=ATGGCGTCTCACCCCCCCCCC;SOR=0.159;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=290;TCF=94;TCR=196;TR=237;WE=99711479;WS=99711450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,333:0.97:342
chr7	99720640	rs1569055	C	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=52;PP=1512;SC=GGGGAAGGGGCCAGAGTGAGG;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=99720648;WS=99720630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	99747130	rs12878	G	A	18420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=352;NR=312;PP=2965;SC=AGACTTCTGCGCTGACCCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=664;TCF=352;TCR=312;TR=664;WE=99747138;WS=99747120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr7	99747378	rs7785392	G	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=731;SC=TGGAATCTTAGTCTCCTAACG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=99747386;WS=99747368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	99751017	rs3736591	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=59;PP=2744;SC=CTCCGTCTGCATGCAGTCATC;SOR=1.222;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=160;WE=99751025;WS=99751007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	99751281	rs3736590	G	T	8862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=154;PP=2965;SC=GGGACTCCCTGGTATCAGAAT;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=154;TCR=157;TR=308;WE=99751300;WS=99751271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	99751404	.	GC	G	8756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.961;NF=73;NR=122;PP=2968;ReadPosRankSum=2.013;SC=TGTGCGTGTGGCCCCGCCCCA;SOR=0.771;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=250;TCF=87;TCR=163;TR=195;WE=99751412;WS=99751394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,286:0.87:329
chr7	99752566	rs55839153	G	A	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=96;PP=2965;SC=GGCACAGCCCGGGAGCAGGGA;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=167;TCR=97;TR=262;WE=99752574;WS=99752556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	99753121	rs2272337	A	G	6283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.311;SC=GGCTTCCAGGACCCAGGCCTC;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=226;WE=99753129;WS=99753111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
chr7	99757612	rs3823646	G	A	8685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.951;SC=GAACTGCTTGGCATCCAGCTT;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=191;TCR=113;TR=302;WE=99757620;WS=99757602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr7	99758136	rs3800951	T	G	18366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=298;NR=346;PP=2965;SC=AGTCCAGCCATGCCAGACCCC;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=645;TCF=298;TCR=347;TR=644;WE=99758144;WS=99758126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr7	99772298	rs10252037	A	C	12678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=0.472;SC=ATACTCAGGCACCCTCCAACC;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=462;TCF=254;TCR=208;TR=461;WE=99772306;WS=99772288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,477:1.00:478
chr7	99774122	rs12705073	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCTCTTCCCTACCTGAACCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=5;WE=99774130;WS=99774112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr7	99802729	.	G	A	9077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=0.407;SC=TTTTCCCCCCGACTCTTCCAT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=459;TCF=235;TCR=224;TR=384;WE=99802737;WS=99802712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,389:0.83:468
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chr7	99810643	rs1618851	T	G	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=44;PP=2636;SC=ACTGGTGTCTTACAAACAGCA;SOR=1.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=99810651;WS=99810633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	99811204	rs1623264	G	C	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=20;PP=2247;SC=GCCTGATCCTGGTGCCCACAC;SOR=2.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=77;TCR=20;TR=97;WE=99811212;WS=99811194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	99811313	rs1624099	G	A	10313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CGAAGTGACAGGAGTGTGTAA;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=533;TCF=296;TCR=237;TR=424;WE=99811321;WS=99811303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,435:0.80:546
chr7	99811464	rs1727130	C	G	18068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=1.245;SC=ATGTATCCTTCGGAAATGCTG;SOR=0.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=624;TCF=330;TCR=294;TR=622;WE=99811472;WS=99811454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,636:1.00:637
chr7	99816179	rs1727142	T	C	10079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=204;NR=154;PP=2965;SC=TGAGCTCTGCTGGAAGTGACT;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=205;TCR=154;TR=358;WE=99816187;WS=99816169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr7	99816256	rs1727143	C	A	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.768;NF=49;NR=95;PP=2729;ReadPosRankSum=-2.751;SC=GAGAGTCTTCCGTTACTAGGT;SOR=1.125;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=202;TCF=75;TCR=127;TR=144;WE=99816264;WS=99816246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,150:0.71:211
chr7	99816272	rs1636986	A	G	5625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.23;QD=42.30;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	99816272	.	ACCGCATCCTTATA	GCCCCATCCTTATA,GCCCCATCCTTATT	1022	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=45.98;NF=33,1;NR=79,47;PP=459,1022;QD=4.57560602556;SC=TAGGTAAGTCACCGCATCCTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=112,48;WE=99816293;WS=99816262;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.88:127
chr7	99816275	rs1636987	G	C	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.53;QD=44.85;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	99816285	rs79649688	A	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=71.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQRankSum=-8.008;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.599;SOR=7.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr7	99817585	rs7786505	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.060;NF=12;NR=2;ReadPosRankSum=0.139;SC=ACCTGGACTGGAGGGGGCCAT;SOR=0.990;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=14;WE=99817593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr7	99817859	rs2906645	A	G	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=61;PP=2315;SC=GGGGGGCCCCAACGGTGCTGG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=99817867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	99818137	rs2906646	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.361;NF=41;NR=50;PP=1498;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CTCGGGAACTGGCCACCCATC;SOR=0.266;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=91;WE=99818145;WS=99818127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,98:0.87:113
chr7	99818927	rs705867	C	T	5802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.047;NF=93;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CTGGGTGTCACCCCCTTACTT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=121;TCR=186;TR=237;WE=99818935;WS=99818917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,246:0.78:315
chr7	99819004	rs141918023	CTCTG	C	4021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=68;PP=2967;SC=CGGATGTGGTCTCTGTGTGTG;SOR=2.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=1;TCR=72;TR=69;WE=99819015;WS=99818991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	99821381	rs858508	C	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=127;PP=2965;SC=AACCTCTCACCCTGAGACTCT;SOR=1.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=52;TCR=128;TR=179;WE=99821389;WS=99821371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	99821470	rs858509	A	G	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=56;PP=2965;SC=AGGCGGGCCCAAGTGTGCAAG;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=164;WE=99821478;WS=99821460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	99821685	rs863450	C	T	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=102;PP=2965;SC=TCAGGTGCTCCGAGGAGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=155;WE=99821693;WS=99821675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	99821894	.	C	T	105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=57.61;NF=0;NR=5;PP=105;QD=27.9542425094;SC=GGCTGGAGTGCCTGGAGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=99821902;WS=99821884;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	99917416	rs112622797	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=1.017;QD=0.63;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,31:0.14:217
chr7	99950408	rs7795805	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=-0.616;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.050;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,11:0.11:100
chr7	99950415	.	TCA	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQRankSum=-0.169;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.248;SOR=1.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,11:0.11:104
chr7	99950418	.	T	TGC	141.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQRankSum=-0.135;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,11:0.11:103
chr7	99950427	rs7799894	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQRankSum=-0.154;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.343;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,12:0.11:105
chr7	99950450	rs7799901	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQRankSum=-1.269;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.535;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,13:0.12:105
chr7	99950508	rs7799932	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQRankSum=0.544;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr7	99954393	rs6946768	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,78:0.14:551
chr7	99954457	rs41280971	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,51:0.14:371
chr7	99955866	rs61735533	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,8:0.14:57
chr7	99957128	rs5886120	GCCT	G	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.497;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,30:0.14:215
chr7	99964789	rs11765869	T	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,21:0.22:97
chr7	99971313	rs2405442	T	C	16823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=359;NR=236;PP=2965;SC=CCTACTGCCCTTGCTGCTGCC;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=597;TCF=360;TCR=237;TR=595;WE=99971321;WS=99971303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
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chr7	100154079	rs6651109	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,9:0.13:68
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chr7	100173750	rs76022902	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=331;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTCCTCAGGGGAGGTGCCAGA;SOR=0.523;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=24;WE=100173758;WS=100173740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr7	100175473	rs909152	T	C	20964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=392;NR=400;PP=2965;ReadPosRankSum=0.244;SC=GTTCTCTGGGTCCCCGGGGCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=799;TCF=395;TCR=404;TR=792;WE=100175481;WS=100175462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,787:1.00:789
chr7	100198386	rs11768465	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=935;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:796,136:0.15:932
chr7	100201230	rs112882557	AC	A	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.556;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.797;NF=3;NR=30;PP=367;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTGCGAAGGGACCCCCCCCCC;SOR=0.203;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=8;TCR=99;TR=33;WE=100201248;WS=100201220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr7	100202219	rs56328569	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCTCCAACCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=10;WE=100202227;WS=100202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr7	100212386	rs202084428	T	TA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
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chr7	100240771	rs1052897	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,29:0.14:202
chr7	100252918	rs2231172	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr7	100280896	rs221793	A	C	10706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=159;PP=2965;SC=AGGGTTGTCCACCCAGCCAGC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=218;TCR=159;TR=375;WE=100280904;WS=100280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr7	100281768	rs221794	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,41:0.13:307
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chr7	100284510	rs35436931	TG	T	6166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=95;PP=2979;SC=CAAGAAACGTTGGGGGGGCCA;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=68;TCR=106;TR=157;WE=100284519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr7	100285974	rs221797	A	C	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=40;PP=2965;SC=ACGAAGGAGAACTTTAAAGCG;SOR=1.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=135;WE=100285982;WS=100285964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	100286022	rs77448680	A	G	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.719;SC=AGTGGGCACAACAATGGGCCC;SOR=0.205;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=278;TCF=190;TCR=88;TR=241;WE=100286030;WS=100286012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,245:0.88:277
chr7	100304864	rs11559028	C	A	16183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=369;PP=2962;ReadPosRankSum=0.624;SC=TCTTCAGGGTCACACCCAAGT;SOR=0.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=786;TCF=350;TCR=436;TR=655;WE=100304872;WS=100304854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,676:0.83:812
chr7	100344359	rs2293769	T	C	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=89;PP=2533;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TTTACACTGATCTGGGCGCAT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=59;TCR=110;TR=136;WE=100344367;WS=100344349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,149:0.81:184
chr7	100346053	rs79163323	C	T	5126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AAAATGGACCCGTCCATGGCA;SOR=1.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=96;TCR=140;TR=192;WE=100346061;WS=100346043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,206:0.82:250
chr7	100348940	rs2075669	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=3.150;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=492;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TGAGGTTCCCTGGAGTTCTCT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=31;WE=100348948;WS=100348930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr7	100353125	rs6971700	A	G	902.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=726;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TGAAGGCAACAGGGATCACCG;SOR=2.649;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=31;WE=100353133;WS=100353115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr7	100355708	rs138715256	CAAATAAATAAAT	C	1214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=1233;SC=GACTCCATCACAAATAAATAA;SOR=1.362;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=17;WE=100355731;WS=100355698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr7	100358158	rs200988256	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=3.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,36:0.14:263
chr7	100359797	rs75572930	G	T	9193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=1.611;SC=GACCGAGGCTGCTTCTCTCCA;SOR=0.698;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=434;TCF=287;TCR=147;TR=368;WE=100359805;WS=100359787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,373:0.85:440
chr7	100360044	rs199997720	T	C	960.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=1.858;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr7	100361391	rs3215395	G	GC	9663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=77;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CTGGAAGCGAGCTTTGTCTTT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=103;TCR=92;TR=164;WE=100361399;WS=100361381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,286:0.89:322
chr7	100361580	rs3215394	TG	T	17091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.34;MQRankSum=1.789;NF=129;NR=217;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GGGCGATGCTTGGCACCTGGG;SOR=0.777;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=433;TCF=160;TCR=273;TR=346;WE=100361588;WS=100361570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,510:0.85:598
chr7	100361675	rs2293767	G	A	15913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.543;NF=306;NR=350;PP=2962;ReadPosRankSum=0.886;SC=CGTGAAGGCCGCTTCCTTCTT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=779;TCF=365;TCR=414;TR=656;WE=100361683;WS=100361665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,683:0.85:806
chr7	100364105	rs11296431	CA	C	5964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.824;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,259:0.85:305
chr7	100364679	rs77770888	C	T	6149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.673;SC=ACCTGACCTTCGATGGCGCCT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=197;TCR=119;TR=247;WE=100364687;WS=100364669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,257:0.79:324
chr7	100365435	rs79558495	G	A	8932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TCCTTTCTACGTCCTCCCTGC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=436;TCF=255;TCR=181;TR=364;WE=100365443;WS=100365425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,376:0.84:449
chr7	100366203	rs10232130	C	G	10528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GGGGCCCCTTCTTGCCTGTTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=538;TCF=310;TCR=228;TR=436;WE=100366211;WS=100366180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,445:0.82:546
chr7	100366284	rs10247980	T	C	11946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=1.309;SC=GACAGAAAGCTTGCAGGCGAT;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=579;TCF=252;TCR=327;TR=496;WE=100366292;WS=100366274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,501:0.86:584
chr7	100371100	rs2734880	C	A	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=126;PP=2965;SC=ACTGACCCAGCGGGCTCCTAC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=59;TCR=126;TR=185;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	100371114	rs314298	C	T	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=101;PP=2965;SC=CTCCTACCACCCGGTGAGAGG;SOR=2.147;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=42;TCR=103;TR=143;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	100371473	rs314299	C	T	13399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=278;PP=2965;SC=TGGGCTGCTCCGTTTCGGGCC;SOR=1.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=471;TCF=191;TCR=280;TR=469;WE=100371481;WS=100371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr7	100374087	rs314300	A	G	22122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=460;NR=343;PP=2965;SC=GGGAACTTCAATGATGAGGAA;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=804;TCF=460;TCR=344;TR=803;WE=100374095;WS=100374077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,814:1.00:814
chr7	100374265	rs149853621	TCCCTC	T	2807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=43.20;SOR=6.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr7	100391581	rs314339	T	C	11361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=226;PP=2965;SC=ATGCCTACAGTGGCACCCAGA;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=184;TCR=227;TR=409;WE=100391589;WS=100391571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr7	100391644	rs314340	T	C	8745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=150;PP=2965;SC=CTACCAGGTCTGAGCTGGCAG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=153;TCR=150;TR=303;WE=100391652;WS=100391634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	100395003	rs314344	G	C	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=92;PP=2965;SC=AACCTGGTGGGCGTCCTACTG;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=145;TCR=93;TR=237;WE=100395011;WS=100394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
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chr7	100410657	rs314358	A	G	24371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=883;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=396;NR=463;PP=2965;SC=CTCCCGCTCCAGTGTGGCCCT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=859;TCF=396;TCR=463;TR=859;WE=100410665;WS=100410647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,882:1.00:882
chr7	100411278	rs314359	T	C	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=70;PP=2965;SC=ACCCACCATGTCCGATGAGAT;SOR=1.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=138;TCR=70;TR=208;WE=100411286;WS=100411268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
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chr7	100416250	rs144173	A	G	13833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=232;NR=284;PP=2965;SC=CCCGGATGTCAGACACTGCAG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=517;TCF=232;TCR=285;TR=516;WE=100416258;WS=100416240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr7	100416332	rs314364	T	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.891;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,124:0.92:135
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chr7	100424586	rs35907339	CG	C	5154.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=115;PP=2150;ReadPosRankSum=0.807;SC=CGCCCCCCCCCGCAAGGAAAC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=75;TCR=150;TR=173;WE=100424595;WS=100424565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,216:0.78:276
chr7	100424587	rs2304374	G	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,51:0.18:276
chr7	100424776	rs2571606	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr7	100456611	rs314374	G	C	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=85;PP=2965;SC=GGCTGCCACCGTGAGGGACCC;SOR=0.921;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=205;WE=100456619;WS=100456601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	100458795	rs314378	T	C	14664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=307;NR=214;PP=2965;SC=ACACACTGGCTGCTGTGGTCA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=521;TCF=307;TCR=214;TR=521;WE=100458803;WS=100458785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr7	100466441	rs2075756	G	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=51;PP=1619;SC=AGCTGCTGGGGTCTCTGGCCC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=85;WE=100466449;WS=100466431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr7	100468103	rs7800241	G	A	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=75;PP=2965;SC=GAGGCTGTGGGGTGGGTGGGA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=164;WE=100468111;WS=100468093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	100468284	rs1054391	A	G	13444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=235;NR=243;PP=2965;SC=GCTGCTTTGTATGTTCTACAT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=479;TCF=235;TCR=244;TR=478;WE=100468296;WS=100468274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr7	100468398	rs7783543	T	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=91;PP=2216;SC=AGGGAGTCAGTGGCTGGATGC;SOR=2.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=22;TCR=92;TR=113;WE=100468406;WS=100468388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	100481658	rs11310439	GT	G	15161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=201;PP=2966;SC=TCCAATAACTGTTTTGTCTTT;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=93;TCR=216;TR=287;WE=100481680;WS=100481648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr7	100482026	rs15624	T	C	13428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=259;PP=2965;SC=AGAATGATCTTCGCATCCTGG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=464;TCF=205;TCR=259;TR=464;WE=100482049;WS=100482016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
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chr7	100549884	rs73163752	C	T	37632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1952;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:988,955:0.49:1943
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chr7	100549896	rs79035545	G	C	36041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1913;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1001,903:0.47:1904
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chr7	100549914	rs73714228	G	A	36290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1952;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=434;NR=475;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TGACACAGAAGCCAGTGACCA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1940;TCF=943;TCR=997;TR=909;WE=100549922;WS=100549855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1028,917:0.47:1945
chr7	100549935	rs73714229	T	G	36335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1916;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.772;QD=19.02;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:998,912:0.48:1910
chr7	100549942	rs73714230	T	C	35637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1886;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.749;QD=18.95;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:975,906:0.48:1881
chr7	100549967	rs73714231	C	T	21773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1772;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.621;NF=384;NR=487;PP=2962;ReadPosRankSum=2.169;SC=GAGAAAGGAACGTCAGCCATG;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=1696;TCF=780;TCR=916;TR=871;WE=100549987;WS=100549957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:892,873:0.49:1765
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chr7	100552094	rs62483698	G	C	24359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=320;NR=345;PP=2962;ReadPosRankSum=0.453;SC=TCTATCACAGGCTTTCCTAGT;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1560;TCF=739;TCR=821;TR=665;WE=100552102;WS=100552084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:892,675:0.43:1567
chr7	100552117	rs62483699	G	T	28906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=357;NR=370;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CTCTTCCTCTGCAACTACCAG;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1610;TCF=773;TCR=837;TR=727;WE=100552125;WS=100552107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:884,735:0.45:1619
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chr7	100552251	rs9691900	T	C	42451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=657;NR=703;PP=2965;ReadPosRankSum=1.592;SC=TCCCTGCCTCTCCCACTGATC;SOR=0.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1361;TCF=658;TCR=703;TR=1360;WE=100552259;WS=100552241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1354:1.00:1355
chr7	100552311	rs12535515	C	T	8426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.656;SC=CTCCCACCACCCCATTAACAG;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=1123;TCF=502;TCR=621;TR=428;WE=100552319;WS=100552301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:695,425:0.38:1120
chr7	100552338	rs73398798	C	T	11909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=996;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.170;SC=CCTTTACTACCGAAATGGTCA;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=986;TCF=421;TCR=565;TR=348;WE=100552346;WS=100552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:638,355:0.36:993
chr7	100552358	rs73714254	C	G	11716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACCTGTCCTACCTCCATCAGT;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=904;TCF=394;TCR=510;TR=307;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:599,315:0.34:914
chr7	100552371	rs73714255	C	G	11518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCATCAGTATCCAAACTACTC;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=862;TCF=390;TCR=472;TR=302;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:556,309:0.36:865
chr7	100552384	rs75597914	A	G	11575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FS=3.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,299:0.37:802
chr7	100552390	rs73714257	T	C	11516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=3.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=-2.367;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,297:0.39:767
chr7	100552412	rs73714259	T	C	11007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TCTTCCATGATGCCAGAAAGT;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=690;TCF=356;TCR=334;TR=271;WE=100552420;WS=100552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,282:0.40:704
chr7	100552435	rs76244845	TC	AT	11646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.743;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,295:0.42:696
chr7	100552440	rs80290400	C	T	11565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=5.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.372;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,312:0.43:731
chr7	100552535	rs73163758	GT	AC	31693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=444;NR=288;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CTGAGCAACAGTTCTGTGATC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1720;TCF=1021;TCR=699;TR=732;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:953,800:0.46:1753
chr7	100552549	rs73163760	CT	AC	36329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2029;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=491;NR=354;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TGTGATCCCCCTACCTCTTCC;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1965;TCF=1154;TCR=811;TR=845;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1099,928:0.46:2027
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chr7	100552657	rs75471530	A	G	54467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1904,1392:0.42:3296
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chr7	100552711	.	TCA	ACG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=581;NR=623;PP=2944;QD=20;SC=CACCCTTACATCACGCAGGAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=3175;TCF=1536;TCR=1639;TR=1204;WE=100552747;WS=100552665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1971,1204:0.38:3175
chr7	100552713	rs75130157	A	G	49677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1901,1289:0.40:3190
chr7	100552727	rs74529310	G	C	48428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=597;NR=633;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AGGACAACTCGCATCACTTCT;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=3154;TCF=1521;TCR=1633;TR=1230;WE=100552747;WS=100552665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1912,1259:0.40:3171
chr7	100552738	rs79874934	CA	TG	48523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=529;NR=591;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CATCACTTCTCAGATGACCAC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=3057;TCF=1449;TCR=1608;TR=1120;WE=100552747;WS=100552665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1869,1244:0.40:3113
chr7	100552788	rs73398800	C	T	21853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=468;NR=571;PP=2962;ReadPosRankSum=2.605;SC=GGACCTTCTGCCTCTCTGTTC;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=2548;TCF=1133;TCR=1415;TR=1039;WE=100552796;WS=100552778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1503,1058:0.41:2561
chr7	100552837	rs73714264	G	A	30497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1909;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=366;NR=490;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGTCACTGAGGTCAGGCTTTA;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1914;TCF=799;TCR=1115;TR=856;WE=100552845;WS=100552827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1043,860:0.45:1903
chr7	100552854	rs73714265	G	A	30281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=333;NR=444;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TTTATCCTGAGCTTCCCTTTC;SOR=0.611;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=1718;TCF=711;TCR=1007;TR=777;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:933,776:0.45:1709
chr7	100552867	rs73714266	T	C	26452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=295;NR=409;PP=2962;ReadPosRankSum=1.020;SC=TCCCTTTCTTTCTGTGTTTTC;SOR=0.624;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=1557;TCF=635;TCR=922;TR=704;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:850,704:0.45:1554
chr7	100552915	rs2904852	A	C	47610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=1267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=560;NR=717;PP=2965;SC=GGGAACAGGGACAGTGTGCTT;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1282;TCF=562;TCR=720;TR=1277;WE=100552923;WS=100552905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1262:1.00:1262
chr7	100552978	rs73163765	T	C	19938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1059;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,519:0.49:1052
chr7	100552984	rs73163766	T	C	20125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1040;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:524,511:0.49:1035
chr7	100553002	rs68094465	A	G	18337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1029;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=257;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ATGGCCTCAAATGCCAGTGCC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1021;TCF=484;TCR=537;TR=487;WE=100553010;WS=100552992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:533,489:0.48:1022
chr7	100553073	rs73714269	T	A	14439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,386:0.45:858
chr7	100553077	rs73714270	A	C	14370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,378:0.46:821
chr7	100553117	rs73400705	G	A	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GGGTGTCACTGACTCTCCCCA;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=494;TCF=170;TCR=324;TR=238;WE=100553125;WS=100553107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,238:0.48:500
chr7	100606918	rs4316092	A	G	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=51;PP=1535;SC=GGGGTGGAGGAGGTACATAAG;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=100606926;WS=100606908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	100607640	.	G	GCT	4610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=3.258;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,113:0.46:246
chr7	100607642	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=29;MQ=59.91;NF=85;NR=22;PP=2962;QD=20;SC=TGACCTCTGCCCTCTTTCCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=208;TCR=55;TR=107;WE=100607654;WS=100607632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:156,107:0.41:263
chr7	100607643	.	CTCT	C,CCT	4605.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=2970;ReadPosRankSum=3.123;SC=GACCTCTGCCCTCTTTCCCCC;SOR=0.668;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=196;TCF=148;TCR=48;TR=80;WE=100607654;WS=100607632;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.45:273
chr7	100607851	rs6960854	C	G	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.954;SC=AGGAGGGGCTCCAGAACGCCA;SOR=0.820;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=463;TCF=168;TCR=295;TR=215;WE=100607859;WS=100607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,218:0.46:474
chr7	100607871	rs6960868	C	T	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=107;PP=2507;ReadPosRankSum=-1.050;SC=AGCCAGGATGCGAACAGCTGC;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=338;TCF=104;TCR=234;TR=151;WE=100607879;WS=100607861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,156:0.44:352
chr7	100607903	rs6961167	G	A	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=71;PP=1703;ReadPosRankSum=0.647;SC=GAGTGAGCCCGGGCTGGAGGG;SOR=1.216;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=209;TCF=51;TCR=158;TR=88;WE=100607911;WS=100607893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,91:0.42:216
chr7	100608154	rs10250885	G	A	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=36.48;SOR=4.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	100608154	.	GGATAAGGGAGAG	AGATAAGGGAGAG,AGATGAGGCAGGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.19;NF=101,21;NR=11,1;PP=2962,2914;QD=20;SC=TATTCAGGGGGGATAAGGGAG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=133;TCF=122;TCR=11;TR=112,22;WE=100608205;WS=100608144;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.84:133
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chr7	100608162	rs79761591	G	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=6.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.717;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=1.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,42:0.29:145
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chr7	100608710	rs62483706	A	C	8939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=929;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=0.775;SC=CTCTGTGCATACCCCTCCCCA;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=918;TCF=513;TCR=405;TR=412;WE=100608723;WS=100608700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:503,419:0.45:922
chr7	100608778	rs73163792	TC	CT	17878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1094;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=235;PP=2944;ReadPosRankSum=0.090;SC=TCTACTTCCCTCTGGTGGAGG;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1086;TCF=524;TCR=562;TR=459;WE=100608787;WS=100608768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:604,479:0.44:1083
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chr7	100608884	rs73163797	G	A	7844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GAGCGGTCCCGCGTGTCGGTA;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=443;TCF=137;TCR=306;TR=204;WE=100608892;WS=100608874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,206:0.47:440
chr7	100608912	rs73163798	A	G	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,124:0.46:272
chr7	100608920	rs2904863	T	C	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=3.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,110:0.46:240
chr7	100608929	rs80040741	G	T	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=2.270;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,85:0.45:191
chr7	100608953	rs78404383	TA	CT	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=9.208;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.54;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=1.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr7	100608958	rs76888130	T	C	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=13.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.39;ReadPosRankSum=-2.257;SOR=2.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
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chr7	100608964	rs77850164	G	T	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=18.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=2.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
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chr7	100612766	rs71901679	CTGTCCAGGCACTT	C	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=2975;ReadPosRankSum=-1.870;SC=GGGACAGGCACTGTCCAGGCA;SOR=0.569;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=31;WE=100612794;WS=100612756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr7	100612786	rs73168325	G	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.134;SC=ACTTTGCTCTGCTTCAAGGCA;SOR=0.414;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=117;TCF=93;TCR=24;TR=59;WE=100612794;WS=100612756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr7	100612839	rs76449674	A	G	5776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.121;QD=18.88;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,145:0.47:306
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chr7	100612898	rs73168327	T	C	10316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.363;NF=135;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.090;SC=GCCCGTTCCCTGGGAGATGCT;SOR=0.568;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=516;TCF=285;TCR=231;TR=249;WE=100612906;WS=100612888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,291:0.52:559
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chr7	100612955	rs150485202	A	ACTG	9186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.592;NF=18;NR=102;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CGCGTCCGTTACTACAGTGAC;SOR=1.037;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=311;TCF=54;TCR=257;TR=120;WE=100612977;WS=100612935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,234:0.47:493
chr7	100612961	rs78487486	G	C	8579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.536;QD=17.87;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,221:0.46:480
chr7	100612969	rs73168328	A	G	8058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.545;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.841;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,215:0.46:470
chr7	100612996	rs76589634	A	G	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.690;NF=39;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTGATGCTCCAGGTCCAGTGC;SOR=1.047;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=338;TCF=118;TCR=220;TR=133;WE=100613035;WS=100612986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,146:0.41:353
chr7	100613010	rs80354726	T	C	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=9.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.767;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.237;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,115:0.39:293
chr7	100613011	rs79331440	G	A	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=12.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.773;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.413;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,113:0.39:289
chr7	100613018	rs78041688	A	C	4165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=10.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.768;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,106:0.39:270
chr7	100613027	rs73168330	T	C	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=10.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.679;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,99:0.42:237
chr7	100613059	rs66842488	GCCT	G	1638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=1230;ReadPosRankSum=0.679;SC=GCTGCAGGTGGCCTCCTCCCC;SOR=0.628;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=102;TCF=6;TCR=96;TR=36;WE=100613069;WS=100613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr7	100613107	rs73168333	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr7	100613112	rs75250895	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr7	100613127	rs73168334	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	100615281	rs73400789	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=0.615;SC=AGTCAGAAAAACATCTATCTA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=100615289;WS=100615271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr7	100615311	rs79784813	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=2.186;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr7	100615313	rs79548447	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=2.334;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
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chr7	100615353	rs73168339	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
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chr7	100615615	rs73168345	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.647;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,5:0.12:42
chr7	100615625	rs76422948	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.491;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.839;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr7	100615630	.	CTCTCCTTCCCTAGAGGATCCCAGTTCTCTCCACCAGCGCT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.451;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.559;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
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chr7	100616195	rs77180957	GC	CT	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-2.124;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,22:0.10:217
chr7	100616199	rs78022349	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,23:0.11:218
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chr7	100616229	rs78091742	G	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=4.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,40:0.17:236
chr7	100616245	rs79948354	C	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=3.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.958;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,48:0.21:234
chr7	100616258	rs73168346	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.392;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,59:0.26:228
chr7	100616277	rs117288840	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.479;QD=8.29;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,51:0.25:208
chr7	100616279	.	C	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.480;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.063;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,50:0.25:204
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chr7	100616310	rs199943216	G	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-2.527;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.353;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,35:0.24:147
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chr7	100695058	rs6966570	T	C	11077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=190;PP=2965;SC=ATCACGGCTGTTCCCTGTCCC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=204;TCR=192;TR=394;WE=100695066;WS=100695048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr7	100731505	rs4524722	C	G	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=42;PP=1750;SC=TGGCCAGGGCCGCAGCCGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=97;WE=100731513;WS=100731495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	100731748	rs61730718	T	G	7626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.190;SC=ACGGAGCTGGTACCCAGGGAG;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=218;TCR=143;TR=285;WE=100731756;WS=100731738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,301:0.79:381
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chr7	100860401	rs28361887	C	T	656.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5160;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=498;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGCAGGCACGCCAGCCTCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=26;WE=100860409;WS=100860391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr7	100860636	rs1056678	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=579;ReadPosRankSum=1.428;SC=AGGGGAGCTCTGGAAAGGGGG;SOR=1.214;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=45;WE=100860644;WS=100860626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr7	100861213	rs17319250	T	C	12483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TAAGATTTCTTGTAAGAACAC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=607;TCF=327;TCR=280;TR=529;WE=100861221;WS=100861203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,540:0.87:620
chr7	100861452	rs11769624	T	C	7254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=GCGCAGCAGTTTCTTCCGACA;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=194;TCR=138;TR=276;WE=100861460;WS=100861442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,285:0.83:344
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chr7	100875772	rs1047319	T	G	9234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=0.123;SC=TCACGGACACTGGAGCCTGGT;SOR=0.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=452;TCF=201;TCR=251;TR=388;WE=100875780;WS=100875762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,397:0.86:463
chr7	100877456	rs2302428	T	C	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.918;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=88;PP=2020;ReadPosRankSum=0.597;SC=GTAGGGGAGGTGAGCATGAGG;SOR=1.535;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=134;WE=100877464;WS=100877446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,136:0.86:159
chr7	100965096	rs11369267	A	AG	9697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=205;PP=2936;SC=AGAGGCCCGCAGGGCCGACGG;SOR=2.604;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=12;TCR=224;TR=217;WE=100965104;WS=100965086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	101090831	rs17135418	G	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=21;PP=2138;SC=CACGGACCCCGGCAGTGGTTT;SOR=2.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=79;TCR=21;TR=100;WE=101090839;WS=101090821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	101126347	rs34682212	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,10:0.14:71
chr7	101176505	rs1476655	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
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chr7	101188812	rs60933561	CG	C	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.461;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,26:0.13:203
chr7	101196488	rs12674244	T	C	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=14;PP=2965;SC=AGCACCCGTTTCCCAGGCCCT;SOR=3.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=101;TCR=14;TR=114;WE=101196496;WS=101196478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr7	101196756	rs3800980	A	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=59;PP=1726;SC=ACCGTCAGCCAGCCCCGAGCT;SOR=5.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=61;WE=101196764;WS=101196746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	101199257	rs4729728	G	A	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=125;PP=2965;SC=TCCCTCCCTTGCCCCTAGTCT;SOR=2.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=38;TCR=126;TR=163;WE=101199265;WS=101199247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	101200628	rs11768650	C	A	16576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=325;PP=2965;ReadPosRankSum=1.262;SC=TACCTCGAGTCCACCCTCCTG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=657;TCF=308;TCR=349;TR=611;WE=101200636;WS=101200618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:65,681:0.91:746
chr7	101200669	rs36008849	A	AG	18836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=256;PP=2969;SC=GCCTCCCCAGAGGAGGTTCTG;SOR=1.162;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=332;TCF=52;TCR=280;TR=305;WE=101200677;WS=101200642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr7	101200765	rs17471501	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,34:0.14:249
chr7	101200835	rs7809926	A	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=68;PP=2070;SC=AGGACACCCTATCCTGGCTAG;SOR=1.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=101;WE=101200843;WS=101200825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	101256833	rs2240389	T	C	8294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CTGGGGGAAATGCTGCAAACA;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=390;TCF=225;TCR=165;TR=340;WE=101256841;WS=101256823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,347:0.87:399
chr7	101257075	rs2240390	T	C	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.221;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=69;PP=1482;ReadPosRankSum=-1.702;SC=GAGGGGCAAGTGGGGGCAGGG;SOR=1.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=22;TCR=81;TR=86;WE=101257083;WS=101257065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,84:0.85:99
chr7	101265350	rs4263675	T	C	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=75;PP=2965;SC=CTGCTGCCCCTCCAGGACTCC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=153;TCR=75;TR=228;WE=101265358;WS=101265340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	101267435	rs876825	T	C	6541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.215;SC=AACAGCCCCATGGGGCAGCAG;SOR=0.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=173;TCR=151;TR=284;WE=101267443;WS=101267425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,290:0.88:331
chr7	101272465	rs848644	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=29;PP=764;SC=AGTGGTGAAGTGAAAAAGTTC;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=101272473;WS=101272455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	101459161	rs28650922	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=8;PP=1509;SC=GCTGCGGCGGTGCCGTGAGGA;SOR=3.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=65;WE=101459169;WS=101459151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	101671585	rs448877	A	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=46;PP=1440;SC=TCTGTGATGTAATTTTCCATT;SOR=1.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=101671593;WS=101671575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	101713590	rs377612	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=689;SC=GCTCTTTGTTTTTCTTTTCTT;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=101713598;WS=101713580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	101821958	rs41275215	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=5.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=1.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr7	101870599	rs430841	A	G	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=30;PP=2511;SC=TGGTCGTGGTAAAAGACAGCT;SOR=1.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=116;WE=101870607;WS=101870589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	101892121	rs410825	G	A	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=28;PP=2188;SC=GCTCCGCGCCGCCGCCCAGCA;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=116;WE=101892142;WS=101892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	101892328	rs368214	C	T	9037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=192;PP=2965;SC=TCTGAGGGGCCGCGGCCCTGG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=133;TCR=192;TR=325;WE=101892336;WS=101892318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr7	101936555	rs3215392	CCTA	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	101953534	rs809120	T	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=714;SC=GGAGGCAGAGTTTGCAGTGAG;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=101953542;WS=101953524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	101957518	rs2023407	C	A	12267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.462;NF=357;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.007;SC=AAAAACCAACCAACTTTTTAA;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=625;TCF=433;TCR=192;TR=516;WE=101957526;WS=101957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,506:0.83:612
chr7	102036396	rs28366045	AC	A	9240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.700;NF=55;NR=97;PP=2954;ReadPosRankSum=0.816;SC=AAGCTCAGTGACATGTTTGCG;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=175;TCF=62;TCR=113;TR=152;WE=102036404;WS=102036386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,252:0.89:282
chr7	102036769	rs56992893	CGGAGACTGCGTATGCG	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=2974;SC=TTCCCCTCTGCGGAGACTGCG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=102036792;WS=102036759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	102038153	.	CTGTGTG	C,CTG	7953.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;QD=38.61;SOR=2.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,46,158:0.22,0.77:206
chr7	102046070	rs6971258	T	A	744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=681;SC=AATTTTTTTTTAAAAAGCACC;SOR=6.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=102046078;WS=102046060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	102046359	rs6955864	G	C	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=88;PP=2785;SC=ATTTGAAGAAGTCTTGGAAAG;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=138;WE=102046367;WS=102046349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	102063363	rs143532608	GGAAACATCC	G	3814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=4;PP=2983;SC=TCCAAAGTCTGGAAACATCCG;SOR=4.905;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=47;WE=102063379;WS=102063353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr7	102616469	rs2228687	G	A	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5022;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTAAACCCACGAGGCCATGCC;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=136;TCR=67;TR=181;WE=102616477;WS=102616459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,193:0.90:215
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chr7	102669081	rs144386123	G	C	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=47;PP=2301;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CCATATAAGAGTGCCAGTGAT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=110;TCR=59;TR=139;WE=102669089;WS=102669071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,148:0.84:177
chr7	102722317	.	T	G	11360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.368;SC=AAGCCAACCCTTTTATTTGCA;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=545;TCF=289;TCR=256;TR=467;WE=102722325;WS=102722306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,490:0.86:568
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chr7	102722516	rs4729869	T	C	6995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=157;PP=2965;SC=TTCTAAAAAGTTGTGTTTTTA;SOR=1.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=76;TCR=157;TR=232;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr7	102724372	rs4729871	A	T	8395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=183;PP=2965;SC=TCAGACCCTCAATTTCCTCAT;SOR=1.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=109;TCR=183;TR=292;WE=102724380;WS=102724362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	102738574	rs10808123	A	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	102738590	rs10808124	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	102739043	rs4729879	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.14;MQRankSum=1.685;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr7	102755330	rs4729882	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=1;PP=1219;SC=TTCTGACTGTATATGTGTGTA;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=102755338;WS=102755320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	102760722	rs1974715	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=515;SC=AAAAAGTATTATATCATCATA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=102760730;WS=102760712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	102825871	rs4317507	T	C	5807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=146;NR=99;PP=2965;SC=AAGAAATACTTATCAGCTGCC;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=150;TCR=101;TR=245;WE=102825879;WS=102825861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	102825987	.	GAA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-2.699;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,12:0.14:88
chr7	102874366	rs3987883	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.43;QD=31.00;SOR=8.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	102948040	rs11489600	T	C	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=0.156;SC=TCTTTCAATTTAGGTGTTTCC;SOR=0.340;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=124;TCR=54;TR=175;WE=102948048;WS=102948030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr7	102967731	.	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.782;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr7	103007949	rs4520097	A	C	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=61;PP=2958;SC=TTTTGATCCTAGAGGCAATAT;SOR=1.334;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=164;WE=103007957;WS=103007928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	103008338	rs369942194	T	C	7023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TCTTTTTGTTTGAAAGGTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=335;TCF=179;TCR=156;TR=288;WE=103008346;WS=103008328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,295:0.85:349
chr7	103018016	rs10273883	A	G	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=31;PP=2514;SC=GCATAGAGGTATTAAATGACT;SOR=2.142;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=113;WE=103018024;WS=103018006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	103019613	rs12705120	A	G	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=34;PP=2040;SC=GTATATACAAAGGTATACTAG;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=103019621;WS=103019603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	103029915	rs62482415	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,18:0.14:131
chr7	103033573	rs13240456	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=877;SC=AAAAAAAACCTTGCGACTGCA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=103033581;WS=103033563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	103053435	rs7779997	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=6.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,26:0.16:162
chr7	103132297	.	TCTCTCTCACACACACACACA	T	929	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=60.07;NF=8;NR=2;PP=929;QD=93.2;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCTCACA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=103132324;WS=103132289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,10:0.45:22
chr7	103132355	rs17151558	G	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.146;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr7	103138517	rs2711885	C	G	8939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.004;SC=ACAAAAAATTCACTTACTTTG;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=190;TCR=116;TR=304;WE=103138525;WS=103138506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr7	103138727	rs79694224	TAAAA	T	4076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.294;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.876;NF=1;NR=69;PP=2287;ReadPosRankSum=-1.464;SC=CAGATGTGGTTAAAAAAACAA;SOR=0.239;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=88;TCF=2;TCR=86;TR=70;WE=103138738;WS=103138717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,101:0.89:113
chr7	103143731	rs17355678	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr7	103162370	rs10282605	C	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=31;PP=2563;ReadPosRankSum=1.501;SC=GGTAACTAACCCTGCATCTTG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=91;TCR=32;TR=122;WE=103162378;WS=103162360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr7	103175965	rs362706	C	T	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=103;PP=2880;SC=GATATAAACACATATCTGCAG;SOR=1.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=157;WE=103175973;WS=103175955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	103185877	rs362719	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr7	103191428	rs362721	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=716;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGAAATTTCCCCATGATAAAG;SOR=5.849;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=30;WE=103191436;WS=103191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr7	103205617	rs362725	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr7	103207234	rs362726	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,40:0.15:271
chr7	103293165	rs41276154	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,51:0.15:343
chr7	103301668	rs74326881	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.175;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,12:0.16:74
chr7	103322610	.	T	A	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CTTGAATATCTTCTGTGGAAA;SOR=1.139;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=232;TCF=153;TCR=79;TR=201;WE=103322618;WS=103322600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,204:0.86:237
chr7	103417134	rs262338	G	T	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.61;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,123:0.88:140
chr7	103417139	rs13243284	A	C	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.63;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,113:0.89:127
chr7	103417557	rs11496125	C	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CTATTCAAAGCTTTCATAATA;SOR=0.362;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=81;WE=103417565;WS=103417547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,85:0.89:96
chr7	103474102	.	G	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,18:0.13:138
chr7	103557697	rs711443	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=53;PP=1416;SC=TATTTCTGAAATGTTAGACAT;SOR=4.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=6;TCR=54;TR=58;WE=103557705;WS=103557687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	103629803	.	T	TGCCGCC	1684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.473;NF=5;NR=38;PP=2386;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CTGCGCTCCATGCCGCCGCCG;SOR=0.548;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=9;TCR=88;TR=43;WE=103629811;WS=103629793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,73:0.80:91
chr7	103824722	rs34556202	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=442;SC=GGAAATTTTACTTAACACATT;SOR=4.294;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	103824724	rs11384924	T	TA	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=598;SC=AAATTTTACTTAACACATTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	103835732	rs2307400	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=55;PP=1556;SC=AAAGTAACTTCGCATTTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=103835740;WS=103835722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	103838120	rs13238183	A	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=17;PP=1111;SC=AACTTTTACAACACAATCCAT;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=103838128;WS=103838110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	103844557	rs2245659	T	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=576;SC=ACACTAAAAATGGCAAAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=103844565;WS=103844547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	103969194	.	CAGG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,7:0.10:68
chr7	104110392	rs4727601	C	T	9749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=79;PP=2965;SC=ATAGCACAATCATAGAAAACT;SOR=1.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=148;TCR=79;TR=227;WE=104110400;WS=104110382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	104110415	rs10216054	G	A	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=2.026;SC=ACGGAAATAGGTGGTTGCGCT;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=185;TCR=112;TR=239;WE=104110423;WS=104110405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,250:0.81:310
chr7	104263425	rs1073012	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=913;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TTATTATAGCTATCCTGGAGG;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=104263433;WS=104263415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr7	104715222	.	A	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=2.039;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
chr7	104715228	.	G	C	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,96:0.79:122
chr7	104717319	.	TTGTGTGTGTGTGTG	T,TTG	2130.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.200;QD=35.51;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,42:0.23,0.70:60
chr7	104741842	rs10953468	A	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.879;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=672;ReadPosRankSum=-0.070;SC=ATTGATATTTATGATGTCACT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=36;WE=104741850;WS=104741832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr7	104742744	rs35494387	G	C	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=114;SC=AATAATAAGAGGCAGTTTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=104742752;WS=104742734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	104745818	rs2299298	G	A	1081.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=824;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TTCAAATCTGGTATTAGAATA;SOR=1.123;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=38;WE=104745826;WS=104745808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,39:0.91:43
chr7	104767295	rs3815256	A	G	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=7;PP=1163;SC=CTGAGGGGGCATCAAACTCAA;SOR=3.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=104767303;WS=104767285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	104785779	rs7780887	T	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	104800939	rs4730071	C	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=38;PP=2194;SC=TAGGGGCTGCCGTCAAAAGTC;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=114;WE=104800947;WS=104800929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	104844328	rs2240463	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.907;SC=AAAAATAAAACTTGTCACATA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=86;WE=104844336;WS=104844318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,86:0.83:103
chr7	104844416	rs34581245	CA	C	1053.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;MQRankSum=0.606;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.135;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,57:0.88:65
chr7	104844519	rs10281422	G	A	6224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.551;NF=140;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATTTCAGTGCGCTCCACTCAA;SOR=0.533;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=298;TCF=156;TCR=142;TR=260;WE=104844527;WS=104844509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,271:0.87:311
chr7	104845094	rs41562	T	C	5140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.233;SC=TTGCCCGACATGTGAGTGCCA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=68;TCR=188;TR=214;WE=104845102;WS=104845084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,219:0.84:260
chr7	104845124	rs2237611	A	C	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=111;PP=2965;SC=GCATTTCTGCAACGGCAGCCC;SOR=2.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=29;TCR=111;TR=140;WE=104845132;WS=104845114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	104845943	rs57970307	TTC	T	150.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.319;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr7	104846173	rs55712418	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,50:0.14:369
chr7	104846375	.	AAC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,29:0.09:328
chr7	105131849	rs73190120	C	G	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AAGAAAAAAACAGAATGAAAA;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=137;TCR=55;TR=165;WE=105131857;WS=105131839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,169:0.85:198
chr7	105146359	rs818471	C	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CAAAAAGCAACTAAAACCCTA;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=63;WE=105146367;WS=105146349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr7	105146593	rs11421080	A	AT	6314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=68;PP=2969;SC=AGGAAATGCTATTTTTATACA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=115;WE=105146601;WS=105146583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	105182834	rs151160374	CT	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5392;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.519;NF=45;NR=11;PP=1589;ReadPosRankSum=1.499;SC=TTCTTTCTTTCTTTTTTAAAA;SOR=0.789;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=56;WE=105182848;WS=105182824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,68:0.89:76
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chr7	105752555	rs2240473	G	A	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=17;PP=1823;ReadPosRankSum=0.769;SC=CCGAGCGGCAGGCGGGCCTGG;SOR=1.453;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=87;TCR=21;TR=92;WE=105752563;WS=105752545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,95:0.86:111
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chr7	105891485	.	A	C	776.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=58.04;MQRankSum=-0.644;NF=25;NR=2;PP=643;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGTACAATAAACATTATGTAT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=27;WE=105891493;WS=105891475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,27:0.90:30
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chr7	106509331	rs17847825	C	A	7063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.688;SC=CCAGCACTGTCCAGCAAGGCC;SOR=0.587;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=354;TCF=179;TCR=175;TR=293;WE=106509339;WS=106509321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,301:0.82:365
chr7	106519943	rs849370	T	C	11424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=248;NR=152;PP=2965;SC=GTGTGGGGAATATGTGACTGC;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=249;TCR=153;TR=400;WE=106519951;WS=106519933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr7	106520200	rs41276172	C	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TCTATTCCCACTCTCTTCTTT;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=28;WE=106520208;WS=106520190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr7	106523670	rs17847822	G	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TATAGCAGTAGTGGCTTCAAG;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=86;WE=106523678;WS=106523660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,89:0.74:121
chr7	106524689	rs2230460	C	T	9246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=2.880;SC=GACACAATGACAATATTATGA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=209;TCR=234;TR=382;WE=106524697;WS=106524679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,400:0.87:462
chr7	106685448	rs75385144	G	T	6198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGGAGTTCGCGCTGCAGCACT;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=151;TCR=155;TR=255;WE=106685456;WS=106685438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,260:0.83:312
chr7	106710766	rs3729869	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.218;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr7	106768839	rs34736852	G	GAC	8749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=91;PP=2957;SC=TTTGTAAGCTGATCACCCTGG;SOR=1.249;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=13;TCR=97;TR=104;WE=106768847;WS=106768829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	106781445	rs2302453	G	A	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.042;SC=AACCTTTTGTGTAAAATCTCA;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=80;WE=106781453;WS=106781435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,90:0.87:103
chr7	106786952	rs3729876	T	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=91;PP=2965;SC=TTTGTAGCAATTGCTATGACG;SOR=1.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=141;WE=106786960;WS=106786942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr7	106799997	rs257376	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.10;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:611,80:0.12:691
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chr7	107216738	rs10276604	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1044;SC=AGATGAAATACCATTTTAGTC;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=107216746;WS=107216728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	107217068	rs3839819	TG	T	7394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=143;PP=2983;SC=TTCTTTTAATTGGGGGGGGAA;SOR=1.202;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=10;TCR=156;TR=153;WE=107217084;WS=107217058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	107218033	rs711442	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=365;SC=TTTTAATATATACTTTTAGAC;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=107218041;WS=107218023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	107255548	rs3801944	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=15;PP=2965;SC=CAGTTTCTTATGGCCAGTGTC;SOR=4.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=136;TCR=15;TR=151;WE=107255556;WS=107255538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr7	107303628	rs2248465	C	T	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.60;ReadPosRankSum=0.826;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,97:0.86:113
chr7	107340372	.	CAAAA	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.780;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	107344921	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr7	107392891	rs3216898	C	CTG	3519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.823;NF=56;NR=18;PP=2991;ReadPosRankSum=-0.367;SC=ATGTGTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.421;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=74;WE=107392899;WS=107392881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,118:0.73:161
chr7	107414419	rs41669	A	G	11176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=183;PP=2965;SC=CTGAAAAGTCAAGAATGAGGC;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=394;TCF=211;TCR=183;TR=394;WE=107414427;WS=107414405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr7	107423907	rs41280236	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=0.106;SC=GTGTCTCACTTTGGAGTATGA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=17;WE=107423915;WS=107423897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	107427322	rs34407351	A	C	8874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TTTTAAAGTCACAGCCGTAGG;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=446;TCF=207;TCR=239;TR=370;WE=107427330;WS=107427312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,380:0.83:460
chr7	107531832	rs11373214	G	GC	5883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=139;PP=2973;SC=GCTGGCGGAGGCGGGCGCCTG;SOR=4.461;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=147;TCF=2;TCR=145;TR=140;WE=107531840;WS=107531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	107545799	rs10263341	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,29:0.14:208
chr7	107564366	rs7561	T	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=4.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,26:0.12:221
chr7	107564539	rs3213673	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,16:0.13:127
chr7	107564542	rs3213674	G	T	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,15:0.12:125
chr7	107569517	rs1131398	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=3.033;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,16:0.14:118
chr7	107569962	rs35915664	A	G	12197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=0.304;SC=TCGTTCACGTATATCTTCTGT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=553;TCF=261;TCR=292;TR=480;WE=107569970;WS=107569952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,492:0.87:567
chr7	107577448	rs34337564	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=3.118;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.797;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr7	107577456	rs56285692	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.720;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr7	107738801	.	A	ACATAGGGGTTGATGGACGCCCCCTCCCCGCCCTCCCACTATGGACTTACGCTGGCAGCC	3690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.20;QD=68.35;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	107738836	rs6974722	T	C	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=40;PP=2962;SC=CGACCCCCGATTATGGACTTA;SOR=1.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=107738844;WS=107738809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	107738882	rs1735499	G	A	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=54;PP=2786;SC=CGCTTAGTCCGTAGTGGTTGG;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=143;WE=107738890;WS=107738872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	107738948	rs451252	G	A	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=89;PP=2965;SC=GGCACTGGCCGGCCACAGACC;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=171;WE=107738956;WS=107738938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	107743409	rs401487	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=7;PP=1903;SC=TTAAGCAGATAAGGTGCGGGC;SOR=4.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=70;WE=107743417;WS=107743399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	107743664	rs402113	A	G	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=119;PP=2965;SC=TGGAGTGGCTATTACAGCTGC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=224;WE=107743672;WS=107743654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
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chr7	107746246	rs370495	T	C	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.33;SOR=1.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	107746253	rs420753	A	G	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=1.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	107746865	rs111986177	GA	G	202.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.791;SC=TCCGTCTCAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=9;WE=107746873;WS=107746855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr7	107747081	rs5886439	C	CT	154.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.230;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.660;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr7	107747937	rs401066	G	A	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	107748337	rs402264	G	A	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=55;PP=1555;SC=TTGAATATTTGTATTTTCTAA;SOR=3.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=66;WE=107748345;WS=107748327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	107752470	rs369505	A	T	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	107752477	rs369508	A	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=5.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	107791018	rs443552	G	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	107800953	rs12670313	A	G	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=156;PP=2965;SC=AAACAAATCAATGGTGTTGGT;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=86;TCR=156;TR=242;WE=107800961;WS=107800943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	107808639	rs12537654	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=10;PP=1780;SC=AAGATGATCCATAGTAAATTC;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=74;TCR=10;TR=84;WE=107808647;WS=107808629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	107815858	rs11983886	T	A	9231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=192;PP=2965;SC=AACACACCCATGAGCATGTAT;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=127;TCR=194;TR=319;WE=107815866;WS=107815848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	107818851	rs428459	T	C	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=65;PP=2965;SC=CAGTACTTGTTTGACGCATGA;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=126;TCR=65;TR=191;WE=107818859;WS=107818841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	107820911	rs414077	G	T	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=84;PP=2526;SC=GCAGAAAGGAGCAAACAAGAT;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=124;WE=107820919;WS=107820901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	107822198	rs2839850	A	G	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=29;PP=2307;SC=CTCCTGTGGTATGCATGACAA;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=112;WE=107822206;WS=107822188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	107822396	rs2142325	G	A	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=117;PP=2965;SC=GAAAAGGACAGGGAAGTGGTA;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=64;TCR=117;TR=181;WE=107822404;WS=107822386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	107824556	rs10561815	TTA	T	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=492;SC=ATATGTATCTTTATATATATA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=107824565;WS=107824550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	107824678	rs6970656	A	G	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AAGGCATCATAGCTCACCTTC;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=152;TCR=77;TR=225;WE=107824686;WS=107824668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr7	107824889	rs401433	C	G	7609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=147;PP=2965;SC=ACTGCTCAGACGCCTCGCTGG;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=127;TCR=147;TR=274;WE=107824897;WS=107824879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	107825108	rs427909	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=556;SC=TTCAGTCAACTCAGGGGTAGC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=107825116;WS=107825098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	107831520	rs6962066	T	C	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=84;SC=GAAAAATCTGTGGTTATGATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=107831528;WS=107831519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	107834613	rs6958498	G	C	11664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=201;PP=2965;SC=ATCCATGTAGGATCTGAAATG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=204;TCR=201;TR=405;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr7	107834624	rs6978315	T	C	11272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=200;NR=188;PP=2965;SC=ATCTGAAATGTAGAGTCATCG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=389;TCF=201;TCR=188;TR=388;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr7	107834734	rs404287	C	T	11579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=204;NR=201;PP=2965;SC=CTTCATTCTTCGCCATCCCTA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=204;TCR=201;TR=405;WE=107834742;WS=107834724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr7	107836062	rs34038577	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	107836064	rs34680676	G	GAA	499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr7	107836117	rs35825013	GT	G	1868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=13;PP=1610;SC=TTCCCTGTTTGTTTTTTGAAT;SOR=2.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=53;WE=107836125;WS=107836107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	107838464	rs381318	G	T	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=54;PP=1793;SC=TGCACTGATAGACTGCACTTG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=107838472;WS=107838454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	107838637	rs388557	C	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=167;SC=ATAAAGACTGCTCTAAGTACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=107838645;WS=107838627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr7	110603427	rs10225614	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5643;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1209;ReadPosRankSum=1.807;SC=CACTAAAGATGTACCAGCTCA;SOR=0.503;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=81;WE=110603435;WS=110603417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,87:0.87:100
chr7	111032703	rs37675	A	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=853;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TAGCATCAGAATTTTTAGTGC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=37;WE=111032711;WS=111032693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr7	111372095	rs10953696	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=410;SC=TGGCTGCGTTTGTGCAGGAGG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=111372103;WS=111372089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	111372244	rs12705796	G	T	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=47;PP=2047;ReadPosRankSum=0.495;SC=AAGAAAACTGGGCCAGTCTCT;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=121;WE=111372252;WS=111372234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,126:0.81:156
chr7	111376840	rs2301678	T	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=86;PP=2965;SC=CATTAATCCCTTAAAGAGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=170;TCR=87;TR=256;WE=111376848;WS=111376830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	111379582	rs2074115	A	G	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=86;PP=2122;ReadPosRankSum=0.032;SC=AAGGCTTCCCACGACACTGAC;SOR=1.142;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=118;WE=111379590;WS=111379572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,123:0.80:153
chr7	111379634	rs10246451	C	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=42;PP=1251;SC=AAATTAGCAACAAAAAGTCCG;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=111379642;WS=111379624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	111382272	rs3757649	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,64:0.17:383
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chr7	111400501	rs17158794	T	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=52;PP=1321;ReadPosRankSum=1.190;SC=ATAACAAAAATTACGCTGGAA;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=63;WE=111400509;WS=111400491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,66:0.87:76
chr7	111474749	rs3214145	TA	T	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=3.737;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	111512032	rs10224326	A	T	6308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.740;SC=TAATTACAAGATACAGGGCCT;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=307;TCF=157;TCR=150;TR=260;WE=111512044;WS=111512022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,270:0.86:314
chr7	111512448	rs117262078	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=997;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AATAAGATACTATCTGTCTTT;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=49;WE=111512456;WS=111512438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,48:0.92:52
chr7	111512630	rs28593141	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=975;ReadPosRankSum=0.888;SC=CCTTTCAAAATAGAAAAGGAA;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=54;WE=111512638;WS=111512620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr7	111535497	rs2074131	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=567;ReadPosRankSum=1.285;SC=ATATGTTCTAAAATATAACCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=23;WE=111535505;WS=111535494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr7	111535863	rs2074132	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GAAATATAACTCATACACAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=27;WE=111535871;WS=111535853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr7	111541692	rs12154775	T	C	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.133;SC=AAAGCAATTATACAGACTTGT;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=199;TCR=86;TR=234;WE=111541700;WS=111541682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,240:0.83:290
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chr7	111634067	rs566714	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=807;ReadPosRankSum=0.689;SC=GTTAATATCTATATCCCCAAG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=111634075;WS=111634057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
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chr7	112095782	rs6944364	T	G	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1497;ReadPosRankSum=-2.403;SC=TATATGGCAATAAAATAATTT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=73;WE=112095790;WS=112095772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,76:0.82:93
chr7	112099136	rs34627083	TATA	T	532.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.535;NF=0;NR=13;PP=557;ReadPosRankSum=1.381;SC=GTGGTGCGCCTATAGTACTGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=112099146;WS=112099126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr7	112101909	rs2708609	T	A	208.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
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chr7	112108291	rs1024570	C	T	693.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TCTCATTTTACGACCTAGCAG;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=33;WE=112108299;WS=112108281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr7	112115658	rs7817	C	T	495.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=394;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AGTTTTTATCCTGGATTAACT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=112115666;WS=112115648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr7	112555294	.	GA	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr7	112575149	rs10231221	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=385;SC=ATTTATTTCAATGATCAGGCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=112575157;WS=112575139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	112724417	rs2256044	A	G	14076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=263;NR=215;PP=2965;SC=CGATAGCTAAATATCTGGTGA;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=479;TCF=264;TCR=215;TR=478;WE=112724425;WS=112724407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr7	112724525	rs1608890	A	G	20120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=352;NR=345;PP=2965;SC=TCCAGGTAGAACCATTTTTGA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=698;TCF=352;TCR=346;TR=697;WE=112724533;WS=112724515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
chr7	113091231	rs12705871	A	G	7851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GAGTGCAGGCAAACCAAACAC;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=211;TCR=178;TR=326;WE=113091239;WS=113091221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,339:0.84:405
chr7	113518502	rs2974938	A	T	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=90;PP=2965;SC=AACCTGCCTAAGATCTCTGTT;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=139;TCR=90;TR=228;WE=113518510;WS=113518492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	113519719	rs2974944	A	T	6988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=121;PP=2965;SC=TTACTTCAATATTTTTAGCTC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=125;TCR=121;TR=246;WE=113519727;WS=113519709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	113519796	rs2974942	C	T	8720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=150;PP=2965;SC=GGTATTTGCACTGTGCCATTG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=158;TCR=151;TR=308;WE=113519804;WS=113519786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	114562833	rs35262508	G	GTT	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=5;PP=477;SC=AACTTGCGCTGTAACAGTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=114562841;WS=114562823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	114619598	rs2594449	C	A	8430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=116;PP=2965;SC=AGACTTCAGCCCAGGTGCCAA;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=187;TCR=116;TR=303;WE=114619606;WS=114619588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	115608355	rs10248479	T	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1271;ReadPosRankSum=0.186;SC=GTGTGGAAACTTCTACACTAA;SOR=0.979;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=84;WE=115608363;WS=115608345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,91:0.87:105
chr7	115874817	rs3030639	TAA	T	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.795;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=731;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GAATACAACATAAAAAGTGTT;SOR=3.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=115874826;WS=115874807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr7	115890187	rs73222310	A	G	2206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=22;PP=1630;ReadPosRankSum=0.243;SC=GGCCAATCCCAGTTAACATTG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=83;TCR=25;TR=97;WE=115890195;WS=115890177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,97:0.91:107
chr7	116140076	rs2535220	T	C	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=115;PP=2965;SC=CCACCATTGCTACCGGGTCGG;SOR=4.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=11;TCR=115;TR=126;WE=116140084;WS=116140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	116140275	rs11767363	T	C	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=29;PP=2812;SC=GGCGTCAGGTTGGCTGACAGT;SOR=2.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=97;TCR=29;TR=125;WE=116140283;WS=116140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	116140508	rs3214317	CG	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,13:0.13:97
chr7	116140524	rs2270188	G	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=59;PP=1393;ReadPosRankSum=0.512;SC=ACACCGGGTGGACCGGCTTTC;SOR=0.514;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=70;WE=116140532;WS=116140514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr7	116145957	rs4730743	A	T	1319.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=1125;ReadPosRankSum=0.771;SC=ATCTTTTCATACATGTACAAG;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=47;WE=116145965;WS=116145947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr7	116165360	rs1997623	A	C	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=135;NR=151;PP=2965;SC=GAGGGGGCCTAGGGAGCCCCT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=135;TCR=151;TR=286;WE=116165368;WS=116165350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr7	116165463	rs2742125	T	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=56;PP=1727;SC=GGATGCTCCCTTGTCGCGGGA;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=116165471;WS=116165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	116166858	rs138907327	GCA	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,12:0.11:109
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chr7	116364823	rs34822187	CA	C	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,28:0.17:169
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chr7	116421967	rs6947629	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=586;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TATAAATAAATATTTCAGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=31;WE=116421975;WS=116421957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr7	116436022	rs2023748	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,61:0.12:497
chr7	116436097	rs41737	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=1.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,48:0.13:375
chr7	116557939	rs3173936	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=3.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,39:0.15:252
chr7	116596697	rs6960131	A	G	6602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=146;PP=2965;SC=TTCTGGAGTCATTCTTGGATA;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=77;TCR=146;TR=223;WE=116596705;WS=116596687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	116598735	rs6466595	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=76;PP=2099;SC=GGCCACTGCAATAAAGTGAGT;SOR=6.492;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=78;WE=116598743;WS=116598725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	116600049	rs10262671	A	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=5;PP=2730;SC=GACTCTTAATACTTAGTGAAT;SOR=5.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=95;TCR=5;TR=100;WE=116600057;WS=116600039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	116607501	rs10259502	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=51;PP=1613;SC=GTCAGGCAGCTTGTGCAGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=116607509;WS=116607491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	116608501	rs13243111	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,29:0.16:187
chr7	116660464	rs5886844	AC	A	4615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=20;PP=2967;SC=TTTCAATCACACCGGGAGAAA;SOR=3.187;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=98;WE=116660472;WS=116660454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	116660614	rs12706136	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=8.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.567;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,44:0.16:279
chr7	116660803	rs7788320	A	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=1007;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTTTGGCTCTAATTACAAAGG;SOR=0.195;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=50;WE=116660811;WS=116660793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr7	116838311	rs193573	G	A	8793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.443;SC=TACCTGCTCAGTACATGTTGG;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=456;TCF=241;TCR=215;TR=378;WE=116838319;WS=116838301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,385:0.82:467
chr7	116918060	rs6972479	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,24:0.14:172
chr7	116918085	rs2228946	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.406;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,39:0.13:295
chr7	116962933	rs34431449	T	TC	14390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.667;NF=110;NR=148;PP=2966;ReadPosRankSum=1.412;SC=ATCTCCAAAATCCCCCGCGCC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=353;TCF=150;TCR=203;TR=258;WE=116962941;WS=116962923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,506:0.87:580
chr7	117023237	rs10278953	A	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=51;SC=GAAACTGAACATACGATTATC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=117023245;WS=117023227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	117066718	rs7784156	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=832;ReadPosRankSum=0.237;SC=CAAATGCAAGCAGAGAGGAAG;SOR=2.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=35;WE=117066726;WS=117066714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr7	117067040	rs10242827	C	T	711.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=0.150;SC=TTTTTGTTTCCACCTCATCAG;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=24;WE=117067048;WS=117067030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,27:0.90:30
chr7	117188660	.	ATG	A	1965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,69:0.90:77
chr7	117188736	rs4727853	C	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQRankSum=-3.051;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,14:0.10:139
chr7	117199533	rs213950	G	A	4187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=66;PP=2549;ReadPosRankSum=0.560;SC=ACTTCTAATGGTGATTATGGG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=163;WE=117199541;WS=117199523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,177:0.87:203
chr7	117199709	rs1800095	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.814;SC=AACTAGAAGAGGTAAGAAACT;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=45;WE=117199717;WS=117199699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr7	117235055	rs1042077	T	G	2489.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GATATATTACTGTCCACAAGA;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=95;WE=117235063;WS=117235045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,104:0.89:117
chr7	117235196	rs4148712	CAT	C	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=369;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TATGCACACACATAAATATGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=117235205;WS=117235186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr7	117361034	rs112341621	A	ATAAT	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.54;MQRankSum=0.839;NF=9;NR=0;PP=427;ReadPosRankSum=-1.349;SC=AGTCATTCAAATGAGAACATG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=117361042;WS=117361024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	117375374	rs62617115	A	C	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=89;PP=2585;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGAGGTGCCAAAAAGTCCCTC;SOR=0.383;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=152;WE=117375382;WS=117375364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,164:0.85:192
chr7	117451124	rs6973399	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=22;PP=613;SC=TTTGTGATTATACTTCCAAAT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=117451132;WS=117451114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	117824239	rs2896242	G	C	14946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=379;NR=258;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=GCTTGCTGTCGGCACCGCTGC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=741;TCF=441;TCR=300;TR=637;WE=117824247;WS=117824229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,646:0.86:753
chr7	117825549	rs9655829	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=0.359;SC=CCTTGGCGTCTAAGAAACTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=117825557;WS=117825541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	117825681	rs45604739	A	G	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1230;ReadPosRankSum=0.213;SC=ATTCCCTAAGAAACACTTTCT;SOR=0.604;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=70;WE=117825689;WS=117825671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr7	117825834	rs2041527	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=916;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TCTAATGCCTAGACAGCACAT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=56;WE=117825842;WS=117825824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr7	117832138	rs1061731	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GTTTTTATGAGTGTGTCACTG;SOR=1.508;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=29;WE=117832146;WS=117832128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr7	117876264	.	A	ATGTG	137	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	120380961	rs3834346	ATTTG	A	4469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.05;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,109:0.88:124
chr7	120428799	rs41623	C	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,49:0.14:348
chr7	120450678	.	TCA	T	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.128;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr7	120590786	rs11408222	C	CG	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=0;PP=1314;SC=AGGCAAGCGCCTCAGGCGCCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=120590794;WS=120590776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	120596743	.	CA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr7	120613419	rs2721369	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=317;SC=TATTAGTTATATTATGCTAAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=120613427;WS=120613409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	120655676	rs4730984	G	T	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=42;PP=2762;SC=CAAGGGAAATGTACTACTTTT;SOR=1.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=134;WE=120655684;WS=120655666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	120704289	rs2721375	C	T	11175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=215;NR=176;PP=2965;SC=TCATTCCTTTCAGGCAAACAG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=216;TCR=177;TR=391;WE=120704297;WS=120704279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr7	120739962	rs199844199	GTT	G	1400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.435;QD=25.94;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,48:0.89:54
chr7	120740103	rs798937	G	T	11293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=213;NR=209;PP=2965;SC=TTCATTCGACGGGCACAGTTT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=213;TCR=210;TR=422;WE=120740111;WS=120740093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr7	120740225	rs1917112	C	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=1292;ReadPosRankSum=0.358;SC=GCCATTTTCCCACCTTTATGG;SOR=1.455;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=61;WE=120740233;WS=120740215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr7	120764477	rs1524498	G	C	6394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,289:0.84:343
chr7	120764573	rs798948	C	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=54;PP=1592;SC=AGAAAGAAAGCAACCTATCTT;SOR=2.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=68;WE=120764581;WS=120764563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	120765954	rs798949	T	C	7058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CAGGTCAGTATGCCAAAGGCC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=188;TCR=179;TR=304;WE=120765962;WS=120765944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,314:0.83:379
chr7	120773954	rs61128227	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=0.091;SC=AAAGGTAAAAATATAGATATT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=24;WE=120773962;WS=120773944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr7	120776097	rs41281692	C	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.150;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,38:0.90:42
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chr7	120965562	rs4727920	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.949;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,50:0.21:238
chr7	120965585	rs17143285	T	A	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.05;MQRankSum=-1.832;NF=53;NR=87;PP=2355;ReadPosRankSum=0.175;SC=AATGTTTCAATGGAGAGATCT;SOR=1.111;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=184;TCF=73;TCR=111;TR=140;WE=120965593;WS=120965575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,153:0.77:198
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chr7	121012269	rs78031802	C	T	503.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.66;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr7	121019160	.	T	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TTTTTTAAGATCAATACATTT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=27;WE=121019168;WS=121019150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr7	121022943	rs62476350	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr7	121080929	rs6961822	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=48;PP=2863;SC=CCTCTGGCATACTCGAACTTC;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=138;WE=121080937;WS=121080919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	121081052	rs6962156	C	T	6621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=124;PP=2965;SC=AGGACGGTGCCGCAGACCTTG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=239;WE=121081060;WS=121081042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	121081115	rs6466786	A	C	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=76;PP=2334;SC=CCCACCCTGAAGATGTGGCTG;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=136;WE=121081123;WS=121081105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	121081314	rs12706346	A	G	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=127;PP=2965;SC=CCTCTTCAGCACTATTACTTT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=126;TCR=128;TR=253;WE=121081329;WS=121081290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	121164363	rs2896305	C	G	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=52;PP=2965;SC=GAAAAGTCAACACCTGAGGGT;SOR=1.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=130;TCR=52;TR=182;WE=121164371;WS=121164353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	121513382	rs3069073	T	TCA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=1.131;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.250;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=3;WE=121513390;WS=121513372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	121513699	rs62475700	G	A	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=57;PP=1381;ReadPosRankSum=0.010;SC=ACTTGCCGCCGCCGCCGCCAT;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=80;WE=121513707;WS=121513689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,84:0.83:101
chr7	121616250	rs4629793	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=23;PP=985;SC=GCTTTGATGCGGACCGATTTT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=121616258;WS=121616240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	121699789	.	CT	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr7	121942832	rs10685687	G	GACA	16216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=91;PP=2966;SC=AACCATGAGAGACATTTCCTG;SOR=1.300;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=176;WE=121942855;WS=121942822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr7	121942847	rs6968786	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.925;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,63:0.15:432
chr7	121944527	rs11761299	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=7.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=1.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr7	121960407	rs1348442	T	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
chr7	121960438	rs1443749	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr7	121965437	rs17369598	A	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=675;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GATACTTTTTAGTTACATCAA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=29;WE=121965445;WS=121965434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr7	121985541	rs798685	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=10.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,7:0.12:60
chr7	121985556	rs798684	C	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=1.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,8:0.11:76
chr7	122033379	rs2074588	A	G	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:712,143:0.17:855
chr7	122078414	rs2074589	T	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.11;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,62:0.12:508
chr7	122091566	rs3764810	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.366;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
chr7	122131535	rs1476589	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,8:0.14:59
chr7	122194751	rs139130136	G	GA	3288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.720;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.502;NF=13;NR=76;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CACCTGTATGGAAAAAAAAAC;SOR=0.349;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=115;TCF=15;TCR=100;TR=89;WE=122194759;WS=122194741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,125:0.95:132
chr7	122303321	rs2251761	C	T	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=76;PP=2965;SC=GCTGGTGTTCCAGTTTTTTAA;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=176;TCR=76;TR=252;WE=122303329;WS=122303311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
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chr7	122769378	rs72164434	CTGTGTGTGTGTGTGTG	C	1046.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=6.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,46:0.27:171
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chr7	122788665	rs12706498	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,33:0.13:257
chr7	122809111	rs1880178	T	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=17;PP=1719;SC=CATGTATAGATGGTTAATTCA;SOR=2.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=122809119;WS=122809101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	122809234	rs2140516	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,35:0.12:281
chr7	123102829	rs34691578	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1195;ReadPosRankSum=0.960;SC=GTTAGCACACGTCTCCATTAT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=66;WE=123102837;WS=123102819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,71:0.92:77
chr7	123256427	rs6962756	C	T	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=123;PP=2965;SC=GGTCACATTCCTGAGCTCCAG;SOR=1.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=70;TCR=123;TR=193;WE=123256435;WS=123256417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	123264804	rs11769381	C	T	10436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=202;PP=2965;SC=GATTTGGAGTCACACCACTAG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=157;TCR=203;TR=359;WE=123264812;WS=123264794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr7	123269118	rs4731112	G	C	19222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=309;NR=374;PP=2965;SC=CTGTATTTTGGCGTTTCTAAT;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=684;TCF=309;TCR=375;TR=683;WE=123269126;WS=123269108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr7	123269976	rs3993666	G	GGC	2085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=1552;SC=TTATGTATATGATATTAAAAA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=123269984;WS=123269966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	123295964	rs7779099	C	T	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=43;PP=2814;SC=TGCTTCTGGCCGCCTTGAATG;SOR=1.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=127;WE=123295972;WS=123295954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	123296320	rs12538876	C	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=19;PP=495;SC=CCTTGGCTAACCCCACCTCCC;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=123296328;WS=123296310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	123301940	rs7809453	A	G	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=49;PP=2965;SC=AGGAAAGTGAAGAAGAGCTTA;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=159;WE=123301948;WS=123301930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	123324546	rs5887151	AAT	A	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=553;SC=TCACCTTAAAAATATATATAT;SOR=1.270;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=13;WE=123324555;WS=123324536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	123324745	rs147291543	CCAG	C	2721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=1924;SC=AATGTGACTCCCAGAAGAATC;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=39;WE=123324755;WS=123324735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	123329060	rs67743898	GTC	G	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=33.98;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	123334696	rs35280100	GT	G	2653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=17;PP=1977;SC=ATGTATGAATGTTAACTGGTT;SOR=1.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=49;WE=123334704;WS=123334686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	123388732	rs1054706	G	A	15215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=302;PP=2965;SC=TGAGCAACAGGGACCCCACGT;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=535;TCF=233;TCR=302;TR=535;WE=123388742;WS=123388722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr7	123594206	rs2285996	G	A	9158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.644;SC=AATTTGAAAAGGCAGGGAAGG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=220;TCR=191;TR=352;WE=123594214;WS=123594196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,368:0.86:428
chr7	123594903	rs6972388	A	T	654.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=508;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TTTTATAGTAAGGCAATGGCT;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=22;WE=123594911;WS=123594893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr7	123599483	rs11773285	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.293;SOR=2.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr7	123610348	rs11975640	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,52:0.13:402
chr7	123672456	.	CGCTGCT	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.828;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,20:0.11:188
chr7	124387374	rs724356	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=45;PP=1307;SC=ATAAGGTGAAAGTGGTGACTC;SOR=2.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=124387382;WS=124387364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	124465509	rs10250202	A	C	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=22;SC=ATTAAAAGATAATCTAGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=124465517;WS=124465499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	124469267	rs10263573	A	T	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=41;PP=1879;SC=TAACCTTGTAAACAAACAGTT;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=124469275;WS=124469257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	124475296	rs142780416	TAAACA	T	4344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=2706;SC=AAAAGTATAATAAACAAAACA;SOR=2.788;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=50;WE=124475313;WS=124475286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	124477182	rs7787804	A	G	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=35;PP=1599;SC=ACATTTATTAAGTCTTTAACC;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=124477190;WS=124477172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	124481245	rs3815221	G	A	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=69;PP=2019;SC=AAAATTATTGGCAATGAAATG;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=121;WE=124481253;WS=124481235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	124486980	rs7794637	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=39;PP=1527;SC=ATCTCAAAAATGATACATAGT;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=124486988;WS=124486970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr7	125753551	rs1419527	A	G	12477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=46.04;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr7	125753556	rs5887285	A	AG	12947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=44.49;SOR=1.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr7	125753603	rs1419528	A	G	11753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=214;NR=178;PP=2965;SC=AGAGAAGGAGATAAGATTTTA;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=214;TCR=178;TR=392;WE=125753611;WS=125753593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr7	125753636	rs1419529	A	G	11760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=217;PP=2965;SC=AGAGTTACAAACATGAACCAA;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=404;TCF=187;TCR=217;TR=404;WE=125753644;WS=125753626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr7	125753737	rs4395830	A	C	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=84;PP=2472;SC=TGGGCATGACAAAGGTTTTGA;SOR=3.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=16;TCR=84;TR=100;WE=125753745;WS=125753727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	126410171	rs35648111	G	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.628;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1321;ReadPosRankSum=-1.991;SC=TCCAATAAAAGACAGCATTAG;SOR=0.063;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=67;WE=126410179;WS=126410161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,67:0.85:79
chr7	126542667	rs78124913	A	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQRankSum=-0.423;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:681,119:0.15:800
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chr7	126544242	rs17685327	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.160;NF=10;NR=71;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ATTATGAATATTACAAGACCA;SOR=1.322;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=13;TCR=86;TR=81;WE=126544250;WS=126544232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,82:0.82:100
chr7	126716306	rs1419447	G	A	7482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=0.976;SC=GACAAGGAAAGAAAAATGAGG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=110;TCR=184;TR=290;WE=126716314;WS=126716292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,287:0.99:290
chr7	127026342	rs6962137	G	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=36;PP=921;SC=ACACACACACGCATATATAAT;SOR=4.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=40;WE=127026350;WS=127026332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	127222157	rs3735644	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,49:0.12:415
chr7	127224193	rs3735643	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=23;PP=2201;SC=TGAAAGAGATATGGATAATTA;SOR=2.016;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=96;WE=127224201;WS=127224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	127224286	rs3735642	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,56:0.17:335
chr7	127228728	rs12536382	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,12:0.13:89
chr7	127230276	rs1419428	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr7	127234121	rs806212	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr7	127236338	rs3735640	C	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=6;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GAGGAGGGGCCGAGACTGAGG;SOR=3.198;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=85;TCF=73;TCR=12;TR=67;WE=127236346;WS=127236328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,68:0.79:86
chr7	127250907	rs712700	T	C	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=63;PP=2651;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CTCTTAAGGCTAGTGTGAGAA;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=135;WE=127250915;WS=127250897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,148:0.90:164
chr7	127251188	rs712701	T	G	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1643;ReadPosRankSum=-1.272;SC=ACTGGCCAGGTGACAGTGGGA;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=101;WE=127251196;WS=127251178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,107:0.79:136
chr7	127252988	.	A	AGGAT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,5:0.12:40
chr7	127253714	rs3835004	A	AG	1319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.24;MQRankSum=0.504;NF=13;NR=20;PP=1382;ReadPosRankSum=1.476;SC=GGCCACTCACACCTGCACCTC;SOR=0.144;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=33;WE=127253722;WS=127253704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr7	127254457	rs594141	G	A	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=34;PP=1814;ReadPosRankSum=-0.629;SC=ATCCAAGAAAGAACGAGAAAG;SOR=0.967;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=105;WE=127254465;WS=127254447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,111:0.87:128
chr7	127255285	rs698406	C	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=55;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TCCAGCCTCACCTTTGAGGGC;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=81;WE=127255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,84:0.87:97
chr7	127255795	rs327516	C	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=1263;ReadPosRankSum=0.480;SC=TTGCCCATACCCGCCAACTCT;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=78;WE=127255803;WS=127255785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,76:0.82:93
chr7	127447499	rs325440	A	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=14;PP=1300;SC=TTCATTTGATATTGTTCATTC;SOR=2.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=127447507;WS=127447489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	127669857	rs3823994	A	T	8961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GGGGCAAAGAAGAGAGGTTAT;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=447;TCF=216;TCR=231;TR=369;WE=127669865;WS=127669847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,377:0.83:456
chr7	127714491	rs225241	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=705;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TCCTCCCCACGGGCACAGCCC;SOR=4.310;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=29;WE=127714499;WS=127714488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr7	127721507	rs322825	T	C	12802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=278;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGTTTGTGACTGAGATCACTG;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=653;TCF=323;TCR=330;TR=553;WE=127721515;WS=127721497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,568:0.84:674
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chr7	127957893	rs2290226	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=3.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,53:0.12:429
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chr7	127963553	rs73230652	G	A	5699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CACGCAGAACGTGAAGGTCAA;SOR=1.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=263;TCF=162;TCR=101;TR=228;WE=127963561;WS=127963543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,232:0.87:266
chr7	127973133	rs359650	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=0;PP=1186;SC=GAAATCTAAATGAAAACGTGA;SOR=7.658;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=43;WE=127973141;WS=127973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	127976119	rs359651	G	T	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=116;PP=2965;SC=GTAAAGAAAGGAGGAATTCAT;SOR=2.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=44;TCR=116;TR=160;WE=127976127;WS=127976109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	127977304	rs11496082	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,24:0.12:202
chr7	127977352	rs2402890	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=58;PP=1298;ReadPosRankSum=0.307;SC=ATGGAACCAGTGGAGACAAAG;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=73;WE=127977360;WS=127977342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,76:0.94:81
chr7	127978445	rs41281731	C	T	6037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.877;SC=AGGAGGTAGCCAGAATACTAA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=91;TCR=177;TR=238;WE=127978453;WS=127978435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,247:0.90:274
chr7	127979915	rs56007906	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=568;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AGCCAAGAGCACTAAATGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=26;WE=127979923;WS=127979905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr7	127991133	rs891215	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=5.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.839;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,45:0.18:257
chr7	127992437	rs1651945	C	G	8940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=149;PP=2965;SC=CGGGCGGGCACCGCCAGGGCA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=160;TCR=149;TR=308;WE=127992445;WS=127992427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr7	128095876	rs2732393	A	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=37;PP=2965;SC=GCGTGCGCGTACCCTCCTGGG;SOR=2.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=110;TCR=37;TR=147;WE=128095884;WS=128095866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	128119514	rs1065267	G	A	10267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.455;NF=225;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TAGTGACCTGGAAATTTGTGC;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=732;TCF=328;TCR=404;TR=497;WE=128119522;WS=128119504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,432:0.68:633
chr7	128133984	rs2562741	G	A	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.11;QD=30.10;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	128137993	rs10245559	T	G	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=66;PP=2965;SC=GGTGTGTCAGTTGAGGAAGTC;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=143;TCR=66;TR=209;WE=128138001;WS=128137983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	128140982	rs10257897	T	C	13486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.504;NF=278;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GAAATTTCTATGTGAGAGGTG;SOR=0.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=490;TCF=281;TCR=209;TR=485;WE=128140990;WS=128140972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,497:1.00:498
chr7	128141083	rs10271878	A	G	10920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=239;PP=2965;SC=TTCAAGGCACATTCAGAAGGA;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=396;TCF=155;TCR=241;TR=393;WE=128141091;WS=128141073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr7	128141136	rs3802007	T	G	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=128;PP=2965;SC=GCTGTTTCCTTCGGTTCCCCG;SOR=3.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=20;TCR=128;TR=148;WE=128141144;WS=128141126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	128141865	rs1053124	T	C	23271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=511;NR=324;PP=2965;SC=AAGTTCAGAATCTGGTGGACC;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=838;TCF=511;TCR=327;TR=835;WE=128141873;WS=128141855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,849:1.00:849
chr7	128142023	rs12539729	A	T	9159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,372:0.98:379
chr7	128142033	rs35586323	T	C	17045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=2.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	128219018	rs199746388	AAAAAC	A	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQRankSum=-6.923;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr7	128298600	rs73723614	T	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.018;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,30:0.17:181
chr7	128315588	rs13308199	T	C	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=22;PP=2791;SC=GGGAGGCCAATGAAAAGGATC;SOR=2.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=102;TCR=22;TR=124;WE=128315596;WS=128315578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	128358891	rs745229	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,33:0.14:238
chr7	128363287	rs6971091	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,52:0.12:419
chr7	128371206	rs339066	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:601,84:0.12:685
chr7	128371288	rs41274146	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,40:0.12:340
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chr7	128394606	rs2307040	C	T	8779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=0.291;SC=AAAATAGACGCGGATAAAGAT;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=424;TCF=210;TCR=214;TR=365;WE=128394614;WS=128394596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,383:0.87:441
chr7	128399231	rs41274152	T	C	242.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TATATAAGTATTGGCCAGATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=128399239;WS=128399221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr7	128409225	rs1043550	A	G	6024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GTTCTGAGCTACGGAGGAACC;SOR=1.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=291;TCF=127;TCR=164;TR=244;WE=128409233;WS=128409215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,255:0.84:303
chr7	128414484	rs17397588	T	C	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=17;PP=1815;ReadPosRankSum=-1.215;SC=ATCTTATGTTTCAGAGCACTC;SOR=0.404;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=84;WE=128414492;WS=128414474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,84:0.84:100
chr7	128415195	rs1799922	T	G	7311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CCAGTGACCATCCTGTAACCA;SOR=0.572;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=155;TCR=170;TR=285;WE=128415203;WS=128415185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,306:0.88:347
chr7	128415290	rs17476081	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=65;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TCGGGTGGAGCAAGCACAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=86;WE=128415298;WS=128415280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,93:0.85:109
chr7	128415860	rs3807128	C	T	7049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.896;SC=CCCCACACCCCCCTCTGAGTC;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=350;TCF=179;TCR=171;TR=291;WE=128415868;WS=128415850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,307:0.84:365
chr7	128434498	rs143537881	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,63:0.15:412
chr7	128450532	rs7799186	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=57;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CCAGGGGTAAGGATAAGGCAA;SOR=1.309;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=64;WE=128450540;WS=128450522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr7	128451353	rs111409895	C	CAGAGAGCCTGGGA	8014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=56;PP=2095;SC=AAGCCAGGCCCAACATGCCCA;SOR=0.717;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=75;WE=128451361;WS=128451343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	128455767	rs4728137	C	G	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=81;PP=2965;SC=GGAAAAAAAGCAAGTGAAAGA;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=130;TCR=81;TR=210;WE=128455775;WS=128455748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	128479982	rs61448157	C	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=8;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACTGCCTGTGCCTGGGAGGGG;SOR=1.506;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=62;WE=128479990;WS=128479972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,66:0.80:82
chr7	128481778	.	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr7	128483227	rs2291567	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr7	128484816	rs3734973	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,93:0.16:594
chr7	128487866	rs2249128	T	C	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=106;PP=2965;SC=TCACAGTGGATTGCAGTCAAG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=226;WE=128487874;WS=128487856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	128489228	rs201957008	T	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CTCTTCTCTCTTTCCAGTGTC;SOR=1.362;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=65;WE=128489236;WS=128489218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,71:0.86:83
chr7	128498630	rs113516962	TAC	T	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr7	128531072	rs3734971	T	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=762;SC=GCGGCAGGGATCGCCGGGCGG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=128531080;WS=128531062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	128532551	rs78082728	A	G	3942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=42;PP=2803;ReadPosRankSum=1.113;SC=CCTCAGGCCCAGTGAGTGCCC;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=146;TCR=49;TR=162;WE=128532559;WS=128532541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,166:0.83:200
chr7	128532980	rs7782976	T	C	11297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=182;PP=2965;SC=GCCCCGCACTTGGGTACCCCA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=224;TCR=182;TR=406;WE=128532988;WS=128532970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr7	128533514	rs34061445	T	TC	9634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=139;PP=2973;SC=GATACTGGTGTCCTGGTACTC;SOR=1.341;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=20;TCR=143;TR=159;WE=128533522;WS=128533504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr7	128542982	rs11975930	G	A	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.392;SC=CAGCCTGCCCGCCTTCCTTGT;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=55;TCR=167;TR=188;WE=128542990;WS=128542972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,193:0.85:228
chr7	128543678	rs6955736	C	T	10066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=1.918;SC=AGCTCCGCCACGGACCAAACC;SOR=0.494;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=483;TCF=283;TCR=200;TR=406;WE=128543686;WS=128543668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,427:0.85:505
chr7	128544133	rs56144153	G	T	6671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTAGACAAGGGTTGGAGCTGG;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=347;TCF=207;TCR=140;TR=284;WE=128544141;WS=128544123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,289:0.83:349
chr7	128547512	rs6948542	G	A	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=86;PP=2617;ReadPosRankSum=0.578;SC=TTATTCTGGAGGAAGGAGATG;SOR=0.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=158;WE=128547520;WS=128547502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,173:0.87:198
chr7	128548304	.	G	GAAGA	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	128548463	rs7786945	A	C	24196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=512;NR=515;PP=2962;ReadPosRankSum=0.163;SC=GCAAACCAGCACTGTCTCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1226;TCF=614;TCR=612;TR=1027;WE=128548471;WS=128548453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,1028:0.84:1226
chr7	128550577	rs75709678	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.413;NF=27;NR=7;PP=589;ReadPosRankSum=0.738;SC=CAGCCCCTCTCGGCCCCCTCA;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=34;WE=128550585;WS=128550567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr7	128550680	rs11335250	GC	G	5503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=66;PP=2969;SC=CAGCGCCAGGGCCCCCGAGGT;SOR=0.882;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=94;WE=128550688;WS=128550670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	128550894	rs1609545	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,53:0.87:61
chr7	128610484	rs1691779	A	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=67;PP=1889;SC=GTGTGTGTGCACGCGTGGCTG;SOR=3.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=78;WE=128610492;WS=128610474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	128629993	rs41274158	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.304;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,37:0.14:258
chr7	128630227	rs1154329	C	T	5323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CAGGCTGTGACGACACACAGC;SOR=0.311;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=245;TCF=99;TCR=146;TR=211;WE=128630235;WS=128630217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,219:0.86:254
chr7	128694976	rs2242028	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr7	128766505	rs6952057	A	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=579;SC=TAGGCGCCGAACGCTCCCGGC;SOR=3.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=128766513;WS=128766495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	128766528	rs10464697	G	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.25;QD=44.80;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	128766533	rs10464698	A	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.00;QD=43.08;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	128766553	rs6952077	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.51;QD=27.26;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	128767410	rs10247566	A	G	20059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=322;NR=407;PP=2965;SC=ATCTTTGGCCAGCCCGTGGTC;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=729;TCF=322;TCR=407;TR=729;WE=128767418;WS=128767400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr7	128767490	rs7809681	T	C	14680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=266;PP=2965;SC=CAACAGCGGTTACGGGATGGA;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=507;TCF=241;TCR=266;TR=507;WE=128767498;WS=128767480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr7	128767506	rs7809687	T	G	14475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=262;NR=264;PP=2965;SC=ATGGACAGCCTGCCCGCCATG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=527;TCF=263;TCR=264;TR=526;WE=128767514;WS=128767496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr7	128784723	rs13309419	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=709;SC=GGGCTCCTGCACGGCGCGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=128784731;WS=128784713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	128802936	rs919551	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=48;PP=1425;SC=TTTAAGATCATAAGGTGCTTT;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=128802944;WS=128802926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	128804218	rs2566892	G	A	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=37;PP=1841;SC=GGCAGACTCAGTTAAGAAGGA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=128804226;WS=128804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	128829152	.	G	A	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=33;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GAGCGCGGCGGTGACTGGCCC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=105;WE=128829160;WS=128829142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,107:0.88:122
chr7	128843169	rs2566871	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr7	128845018	rs2703091	C	T	13073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=299;NR=158;PP=2965;SC=TGCCTTGACACCGTCTTTTCC;SOR=1.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=299;TCR=158;TR=457;WE=128845026;WS=128845008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr7	128845277	rs2075777	G	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=59;PP=2465;SC=GGGCAGGCCCGGGGGGCCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=104;WE=128845285;WS=128845267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	128845325	rs2566872	G	A	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=31;PP=2965;SC=GGGAAGGGGGGCAAAGAGGTC;SOR=2.176;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=123;WE=128845333;WS=128845315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	128845907	rs2075779	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=5;PP=1275;SC=CCTCAGCAGCTGAGGGTCTGG;SOR=3.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=53;WE=128845915;WS=128845897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	128846328	rs2228617	G	C	17280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=272;NR=311;PP=2965;SC=CTGTGAGTGGGATTTGTTTTG;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=583;TCF=272;TCR=311;TR=583;WE=128846336;WS=128846318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr7	128846469	rs2735842	A	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=94;PP=2642;SC=GCAACAAAATATACTGGGCAC;SOR=3.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=18;TCR=94;TR=112;WE=128846477;WS=128846459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	128865130	rs4731565	C	T	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=54;PP=2485;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GGCCCGCCGCCGCTCTCAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=142;WE=128865138;WS=128865120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,152:0.85:178
chr7	129028857	rs35404531	AT	A	3836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.596;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.254;NF=70;NR=49;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TAGAGGAAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.247;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=119;WE=129028876;WS=129028847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,166:0.95:174
chr7	129029391	rs1541711	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=9;PP=1732;SC=AGGATCTTAACTTAAGAAAAC;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=129029399;WS=129029381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	129037029	rs17168750	G	C	9524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=147;PP=2965;SC=GTTTGGCCCAGGCTTGCTCAT;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=197;TCR=148;TR=344;WE=129037037;WS=129037019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr7	129049507	rs6467244	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=59;PP=1676;SC=ATAGTAGCCCACAAAGCCAGC;SOR=4.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=66;WE=129049515;WS=129049497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr7	129091302	rs4731578	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=3;PP=668;SC=TCCTTTTCCCATACCTTATTC;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=129091310;WS=129091298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	129094195	rs581829	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=6;PP=820;SC=AGAGACCATCTCTGAGGTCTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=129094203;WS=129094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	129098313	rs3214796	AC	A	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1086;SC=AGCATCAGGGACCCCTATGCT;SOR=3.545;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=129098321;WS=129098303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	129122570	rs62489116	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=389;ReadPosRankSum=0.610;SC=ACCATAGATTCCTGAAAGCTC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=16;WE=129122578;WS=129122569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr7	129125352	rs10500117	C	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=17;PP=1915;SC=TCCCATAGACCATGCTCTGTG;SOR=2.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=91;WE=129125360;WS=129125342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	129142694	rs691332	C	G	12164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=203;NR=240;PP=2965;SC=CTAAAGTACCCGGGGCCAGGG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=203;TCR=240;TR=443;WE=129142702;WS=129142684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr7	129142775	rs610591	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=107;PP=2965;SC=CCCTGGGGTCGACCTCAACGC;SOR=3.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=24;TCR=107;TR=131;WE=129142783;WS=129142765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	129410144	rs4467881	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=414;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCAGCAGTCCGGGACCTGAGT;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=21;WE=129410152;WS=129410134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr7	129410195	rs4541843	G	A	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=22;PP=1732;ReadPosRankSum=0.576;SC=CAGCATGGCCGGCCCTTCCCT;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=85;TCR=26;TR=95;WE=129410203;WS=129410185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,100:0.85:117
chr7	129663496	rs11556924	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,46:0.15:306
chr7	129664312	rs1464890	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,36:0.15:240
chr7	129668931	rs11974220	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AAAAACACGGCTGGGCATGGT;SOR=3.841;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=26;WE=129668939;WS=129668921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr7	129680984	rs201103095	A	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.270;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr7	129680994	rs112881994	A	G	883.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr7	129736880	rs12531444	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,38:0.14:276
chr7	129806441	rs4507710	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=600;SC=ACATGTTTAACTGATATTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=129806449;WS=129806431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	129813738	rs3823482	T	C	7157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=1.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GATGTGGAGGTAATCTGGAAT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=148;TCR=187;TR=292;WE=129813746;WS=129813728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,296:0.86:344
chr7	129847482	rs2727837	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=239;SC=GAAAATATAGCATATACAAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=129847490;WS=129847480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	129910463	rs2291457	C	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=648;ReadPosRankSum=0.208;SC=GAGTGTTACCCTTTCCTTCAC;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=38;WE=129910471;WS=129910453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr7	129910818	rs3816830	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=456;SC=TTCATGTAGGGCCTGAAGTCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=129910826;WS=129910808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	129913520	rs10257530	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=16.751;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.09;MQRankSum=0.000;QD=18.67;ReadPosRankSum=2.216;SOR=3.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr7	129916390	rs59738706	A	AAC	2040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.665;NF=44;NR=4;PP=1955;ReadPosRankSum=-1.849;SC=ATCTGGAAAAAACACTACCTT;SOR=0.997;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=48;WE=129916398;WS=129916380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr7	129916515	rs17590	T	C	14519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=303;NR=233;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CCATTCTGGATGCCCTGGATA;SOR=0.337;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=537;TCF=304;TCR=233;TR=536;WE=129916523;WS=129916505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,542:1.00:543
chr7	129932949	rs73146784	G	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=39;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CATTTTTGAGGACTTGAGTCA;SOR=0.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=121;WE=129932957;WS=129932939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,133:0.84:158
chr7	129938598	rs34587586	G	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,47:0.13:375
chr7	129940561	rs12538292	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr7	129948013	rs1038628	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=5.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,31:0.12:263
chr7	129950740	rs2171492	G	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,30:0.12:245
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chr7	129986226	rs6955991	T	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
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chr7	130008180	rs60493599	A	G	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=47;PP=2927;ReadPosRankSum=2.113;SC=TCCACCCAGGATGCCTCTGTA;SOR=0.375;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=186;TCF=132;TCR=54;TR=152;WE=130008188;WS=130008170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,164:0.84:196
chr7	130008219	rs17164865	T	G	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TTCTTCCTTTTGTGGGGCACA;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=186;TCR=108;TR=237;WE=130008227;WS=130008209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,245:0.82:299
chr7	130008285	rs17164867	T	C	11266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ACTGGGCCTATGACAGTGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=580;TCF=313;TCR=267;TR=484;WE=130008293;WS=130008275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,488:0.84:579
chr7	130020569	rs7790688	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr7	130021488	rs1126899	G	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:557,93:0.14:650
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chr7	130023539	rs12706927	C	T	26250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=613;NR=489;PP=2962;ReadPosRankSum=0.460;SC=CTCAAGACTACGGGCAGGATG;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1285;TCF=718;TCR=567;TR=1102;WE=130023547;WS=130023529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,1117:0.85:1308
chr7	130027633	rs10263705	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,42:0.16:270
chr7	130080812	rs2287371	T	G	17889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=418;NR=329;PP=2962;ReadPosRankSum=0.998;SC=GGACATATTTTCTCCAACCGA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=887;TCF=499;TCR=388;TR=747;WE=130080820;WS=130080802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,763:0.85:899
chr7	130138155	rs6968284	A	G	15443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=300;NR=232;PP=2965;SC=GATGCTAGGAAAGTACATTGT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=301;TCR=232;TR=532;WE=130138163;WS=130138145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr7	130148562	rs58927323	T	TTCTTAGGAAGTG	2622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=19;PP=2976;SC=TTTCCATCATTCCATCTGTAC;SOR=0.813;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=40;WE=130148570;WS=130148552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	130148817	rs1047456	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,56:0.13:435
chr7	130148903	rs12706941	A	G	1569.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=63;PP=2225;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTGTGGTAAAAAGCATACAGA;SOR=0.588;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=95;WE=130148911;WS=130148893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,55:0.92:60
chr7	130149061	rs12706942	G	C	5890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TGAGTTTCTAGTATTGGTAAA;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=131;TCR=132;TR=232;WE=130149069;WS=130149051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,250:0.88:284
chr7	130288689	rs200378847	GT	G	11962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.723;NF=36;NR=204;PP=2963;ReadPosRankSum=1.289;SC=ACAACATGGGGTTAACAGTGC;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=283;TCF=48;TCR=235;TR=240;WE=130288697;WS=130288679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,361:0.88:412
chr7	130290223	rs115681645	A	G	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=105;PP=2803;ReadPosRankSum=0.084;SC=GAACTGATGAATATGTTACGT;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=52;TCR=123;TR=148;WE=130290231;WS=130290213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,153:0.85:180
chr7	130295525	rs7800717	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,15:0.15:99
chr7	130297119	rs34699820	GA	G	3466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.506;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.373;NF=0;NR=118;PP=1730;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GCTAAATACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.285;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=148;TCF=0;TCR=148;TR=118;WE=130297128;WS=130297108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,148:0.94:157
chr7	130298550	rs4731696	C	T	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=74;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.976;SC=GAAAAACATGCTTATGCAAAA;SOR=2.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=19;TCR=74;TR=92;WE=130298558;WS=130298540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr7	130354106	rs10232683	G	C	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=167;PP=2965;SC=TAAAGGAGACGCACTTGGAGG;SOR=1.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=76;TCR=167;TR=241;WE=130354114;WS=130354096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	130356691	.	CTTTAT	C	196	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=196;QD=51.25;SC=GAACTATTCACTTTATTTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=130356703;WS=130356681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,4:0.25:16
chr7	130357763	rs76213788	T	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=52;PP=1618;SC=GCTGAGTCCCTTGGGATTTTA;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=130357771;WS=130357753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	130370267	rs17165066	T	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=687;SC=GACATGATGATGCTTGCTCTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=130370275;WS=130370257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	130418720	rs111359117	A	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=24;PP=1334;SC=CGGACTCCGGATGCGCCGCAC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=130418728;WS=130418710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	130418883	.	C	CGAGCGCCGTCCGAACGCGGCCGGCCGCGGGCGACGGAGTTCCCGGGAGCGTCCGTCCCGCAGCCTCG	2152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.93;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	131155588	rs1733861	G	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr7	131155764	rs1684172	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr7	131190554	rs7799613	C	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=861;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TTCTGCAACTCGGGAATCACG;SOR=1.630;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=43;WE=131190562;WS=131190544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr7	131191536	rs3212303	A	G	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.429;NF=25;NR=72;PP=1974;ReadPosRankSum=-3.436;SC=ACAGCAGCCTAGGCCTGTGGG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=97;WE=131191544;WS=131191526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,99:0.93:107
chr7	131191554	rs56231781	TC	T	2085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.527;NF=1;NR=52;PP=1955;ReadPosRankSum=-1.437;SC=GGGGCTGCCCTCCCAGCTAAG;SOR=1.456;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=53;WE=131191562;WS=131191544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,66:0.89:74
chr7	131191609	rs11770771	A	G	772.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=0.230;SC=CTCCCTCTCTAGCCCCAGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=27;WE=131191617;WS=131191599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr7	131193863	rs56123664	G	C	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.188;SC=ACTAAGGGGTGACCCAGATAG;SOR=0.526;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=173;WE=131193871;WS=131193853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,178:0.88:202
chr7	131193885	rs56165616	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=80;PP=2316;ReadPosRankSum=0.132;SC=AAAGAGTTCACGGCAAGCTGG;SOR=0.272;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=126;WE=131193893;WS=131193875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,129:0.87:148
chr7	131194392	rs3212295	G	A	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=104;PP=2631;ReadPosRankSum=0.187;SC=GTGCACCCTTGCGAGAAGAGG;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=57;TCR=122;TR=153;WE=131194400;WS=131194382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,160:0.84:190
chr7	131196062	rs17744792	C	T	8833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TCGCCTTGACCGAGGCCAAGA;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=190;TCR=212;TR=347;WE=131196070;WS=131196052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,353:0.87:408
chr7	131196206	rs73157523	T	C	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TTTGTAAAGATAACAGAGAAT;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=74;TCR=142;TR=185;WE=131196214;WS=131196196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,188:0.85:221
chr7	131241029	rs11277659	GGGCGAC	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.829;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,17:0.11:151
chr7	131815118	rs10954359	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=707;ReadPosRankSum=0.159;SC=GAGAGAGAAACAGCGCTGCTC;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=39;WE=131815126;WS=131815108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr7	131815220	rs10954360	G	A	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=2171;ReadPosRankSum=1.289;SC=CTCCAGGGCGGCCCTGGAAGG;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=122;WE=131815228;WS=131815210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,126:0.77:163
chr7	131815310	rs2671103	A	G	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=133;PP=2965;SC=CACACTGGTCATCGTGGTCCA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=146;TCR=133;TR=279;WE=131815318;WS=131815300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	131815343	rs10954361	G	A	5362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TCTGCGGAAGGGCCAAGAACA;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=128;TCR=135;TR=214;WE=131815351;WS=131815333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,227:0.82:278
chr7	131817850	rs75848889	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.583;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,62:0.18:337
chr7	131832627	rs1450882	A	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=18;PP=1967;SC=CAGGACACCCAGGCCTCCCTA;SOR=2.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=78;TCR=18;TR=95;WE=131832635;WS=131832617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	131849204	rs896167	T	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=82;PP=1906;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CTTCTCTCCATCTCCTCATCC;SOR=2.857;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=109;TCF=16;TCR=93;TR=93;WE=131849212;WS=131849194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,91:0.87:105
chr7	131864249	rs57986525	T	C	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=38;PP=1995;ReadPosRankSum=-1.365;SC=CATATATACATACAGATGTGC;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=111;WE=131864280;WS=131864239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,118:0.84:141
chr7	131864591	rs3734989	T	C	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=145;PP=2965;SC=CGCCAGCCACTGCGATGCTGA;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=91;TCR=145;TR=236;WE=131864599;WS=131864581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr7	131866817	rs3734985	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,16:0.13:123
chr7	131866833	rs3734984	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,25:0.15:168
chr7	131888058	rs143605398	TGCTAGGCCCCAGCC	T	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=3.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=4.876;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,33:0.15:226
chr7	131908244	rs145924892	CACA	C	4610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.450;NF=50;NR=27;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTCCCATGCTCACAACAAGAG;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=77;WE=131908254;WS=131908234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,117:0.80:146
chr7	131908468	rs2290232	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,20:0.12:170
chr7	131908566	rs2290233	A	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.717;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr7	131910891	rs11761569	G	A	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=61;PP=2551;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CCCCAGGAACGGGAAGTGGGT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=149;WE=131910899;WS=131910881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,149:0.85:176
chr7	131913288	rs62464985	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,12:0.12:98
chr7	131915507	rs1868781	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,25:0.13:186
chr7	131926112	rs3925378	C	G	478.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=0.199;SC=ACATATGCATCCAGGGAGACA;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=131926120;WS=131926102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr7	132070054	rs741664	T	C	7430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GTACCAGGCATCTGGAAAAGA;SOR=0.564;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=358;TCF=182;TCR=176;TR=301;WE=132070062;WS=132070044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,310:0.85:364
chr7	132192295	rs156961	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,46:0.16:292
chr7	132192949	rs156962	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,74:0.13:559
chr7	132409606	rs594208	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=6.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,39:0.19:200
chr7	132707218	rs188872812	C	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=2.250;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,16:0.14:113
chr7	132766584	rs11769814	C	G	7820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=155;PP=2965;SC=CCGAGTCCAACCACTGGCCCT;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=136;TCR=155;TR=291;WE=132766592;WS=132766574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	132990536	rs5887620	C	CT	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=796;SC=CGTAAGCTCCCTTTGTTAGTA;SOR=4.804;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=20;WE=132990544;WS=132990526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	133682181	rs3735050	T	C	7493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=65;PP=2965;SC=CAAAATAATATGTCATTTCAG;SOR=2.099;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=186;TCR=65;TR=250;WE=133682189;WS=133682171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	133749164	rs6953296	G	A	8376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=124;PP=2965;SC=ACCGCAGCCAGACTGGGGTGG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=163;TCR=124;TR=287;WE=133749172;WS=133749154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr7	133749328	rs33995948	C	CT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.312;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,26:0.16:163
chr7	133821619	rs13246630	A	G	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=220;SC=TAATATGTATATGTTATCAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=133821627;WS=133821616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	133868368	rs1222420	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=13;PP=1751;SC=TATTCTTCTACGCAGGGTCTT;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=74;WE=133868376;WS=133868358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	133868507	rs1222419	C	T	11185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=212;NR=182;PP=2965;SC=GCCTGGATGCCCCTTATCCCA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=212;TCR=182;TR=394;WE=133868515;WS=133868497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr7	133881919	rs10611703	ATG	A	1472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.85;QD=35.92;SOR=7.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	133886356	rs369598961	AT	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,38:0.25:150
chr7	133979545	rs2504	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,5:0.11:46
chr7	133979552	rs2505	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,5:0.10:49
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chr7	134136584	rs1732035	A	C	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.297;SC=AGCCACCGATACCTGCTGACC;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=49;TCR=146;TR=194;WE=134136592;WS=134136574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr7	134143690	rs1424426	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,19:0.15:129
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chr7	134221873	rs201852007	C	T	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=3.576;NF=149;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.332;SC=ATCACCGTTACGGCCTACAGC;SOR=0.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=153;TCR=183;TR=325;WE=134221881;WS=134221863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,269:0.98:275
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chr7	134261097	rs2161803	C	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.560;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,12:0.13:92
chr7	134261674	rs6979933	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=2.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.313;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,52:0.13:414
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chr7	134576441	rs6953822	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	134612759	rs11438725	G	GT	2374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=1196;SC=CAAAGTCCCGGTTGGTAGTGT;SOR=1.644;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=30;WE=134612767;WS=134612749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	134618710	rs6973420	A	G	5314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.171;SC=GAGAAAAAACATGCCATGCAA;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=156;TCR=108;TR=226;WE=134618718;WS=134618700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,229:0.86:267
chr7	134694939	rs6958457	T	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=114;SC=GCCACCACGCTCAGCTAATTT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=134694947;WS=134694929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	134701856	rs4236655	G	C	16939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=304;NR=302;PP=2965;SC=CTTAGAAACGGAACCCCTTTA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=608;TCF=306;TCR=302;TR=606;WE=134701864;WS=134701846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr7	134719551	rs9656447	C	G	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=169;NR=207;PP=2965;SC=TACCCATGCTCAATCCAGATG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=169;TCR=207;TR=376;WE=134719559;WS=134719541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr7	134730151	rs2348054	G	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=0;PP=1305;SC=TTTGTTTATAGTGTTTTGCAA;SOR=7.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=48;WE=134730159;WS=134730141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	134730441	rs2348055	A	G	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=92;SC=TTGGGGTTTTAGCACTTAATT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=31;TCR=92;TR=123;WE=134730449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	134849209	rs292500	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.891;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,28:0.12:228
chr7	134849280	rs292501	T	A	18373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=414;NR=272;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GCCTGATGTTTTACGCTCTTC;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=690;TCF=415;TCR=275;TR=686;WE=134849288;WS=134849270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,690:1.00:691
chr7	134852432	rs292505	C	T	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=26;PP=2643;SC=AGGGTCTAGCCTCTGCCCATG;SOR=2.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=92;TCR=26;TR=118;WE=134852440;WS=134852422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	134871775	rs292557	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=48;PP=2475;SC=AATTTCCCTCCGAGTCAAAAG;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=135;WE=134871783;WS=134871765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	134872003	rs292558	C	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=25;PP=757;SC=ACCCACCCCACAGCAGAGGCT;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=134872011;WS=134871993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	134873355	rs292564	G	A	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=158;PP=2965;SC=GAAGGAATCTGCCTGCAGCAG;SOR=2.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=42;TCR=158;TR=200;WE=134873363;WS=134873345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	134877935	rs292573	A	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=12;PP=2244;SC=CCAGGGGAATACAGAGTGTGT;SOR=3.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=75;TCR=12;TR=87;WE=134877943;WS=134877925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	134879830	rs292575	G	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=78;PP=2296;SC=TCCCAGAGCAGTCCACTCTGA;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=120;WE=134879838;WS=134879820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	134880884	rs292578	G	C	12249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=243;NR=211;PP=2965;SC=CTTGGCCCCAGGCCCAACCCA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=455;TCF=243;TCR=212;TR=454;WE=134880892;WS=134880874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr7	134882592	rs292581	C	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=4;PP=1875;SC=AATGATGAACCCAAATAACCA;SOR=4.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=69;TCR=4;TR=73;WE=134882600;WS=134882582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	134882680	rs292582	A	G	9457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=134;PP=2965;SC=AGAAGAGAAGACCCCCCACAG;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=199;TCR=135;TR=332;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	134882693	rs292583	T	C	11218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=227;NR=165;PP=2965;SC=CCCCACAGTGTTCCTCAGTAG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=229;TCR=166;TR=392;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr7	134889141	rs292592	G	A	10296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=206;PP=2965;SC=GCCCACACGAGGTGACTGGGA;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=139;TCR=206;TR=345;WE=134889149;WS=134889131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr7	134890855	rs292593	T	G	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=96;PP=2943;SC=TCACCTAACCTTCCCTCTGCG;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=154;WE=134890863;WS=134890845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	134895532	rs292601	T	C	16035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=311;NR=247;PP=2965;SC=CTGCCTCTCATTGAAGTCAGT;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=560;TCF=312;TCR=248;TR=558;WE=134895540;WS=134895522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr7	134896383	rs292602	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=39;PP=1013;SC=CCGCACGCACTGGGCGACCAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=134896391;WS=134896373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	134930169	rs113633449	A	AGAG	7361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.68;MQRankSum=0.476;QD=43.56;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr7	135047703	rs6969632	T	C	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	135048033	rs2059367	G	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=798;SC=CAAAAGGAAAGACAGAAGAGA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=135048041;WS=135048023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	135082751	rs3812281	T	C	462.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=347;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TAAACTATGCTCTATATATTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=135082759;WS=135082741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr7	135095270	rs2696877	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=15;PP=742;SC=CTTACGTATCATACCTCTGCA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=135095278;WS=135095260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	135099044	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr7	135242910	rs6961420	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=1168;SC=GGCTCCAGCCCTCGAGTTGGG;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=135242918;WS=135242900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	135262533	rs10252250	T	C	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=43;PP=2819;SC=TAGTCATGTTTTTATTTCTAG;SOR=1.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=97;TCR=43;TR=140;WE=135262541;WS=135262523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	135269787	rs150258934	TAGA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=1.303;SC=GAGTAAATAGTAGAAGAATTT;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=135269797;WS=135269777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	135272270	rs10271506	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=13;PP=1613;SC=TTCATTATTATTAGCATGTAC;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=73;WE=135272278;WS=135272260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	135279315	rs7800214	A	C	9763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=150;PP=2965;SC=CTCGCTTGGCACTCTGTGAAC;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=200;TCR=150;TR=349;WE=135279323;WS=135279305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr7	135285788	rs4296989	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=271;SC=CTATGTTATATATAAATTAAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=135285796;WS=135285778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	135304273	rs7810767	G	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=TGAACAGAAGGAAACATCAGT;SOR=1.166;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=173;WE=135304281;WS=135304263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	135311167	rs10234309	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=60;PP=1894;SC=ATTAAGGGAAGAAAAAATTCC;SOR=2.247;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=80;WE=135311175;WS=135311157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	135328110	rs10260691	C	T	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=66;PP=2059;SC=AAAAGAGGTACGAATCTTATA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=105;WE=135328118;WS=135328100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	135330829	rs62479523	C	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,20:0.14:146
chr7	135345319	rs10258155	A	G	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=103;PP=2965;SC=GGAAAGTGCCATAAGTTCCAC;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=139;TCR=104;TR=242;WE=135345327;WS=135345309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	135347239	rs141207942	G	GC	3107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.700;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.239;NF=62;NR=15;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GAGGGGTTCCGCCCCCCCCGC;SOR=2.964;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=77;WE=135347247;WS=135347229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,117:0.97:121
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chr7	135387473	rs3112345	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,22:0.14:162
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chr7	137255996	rs863082	A	T	5498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CATGGTGATCACCTGGGTTTC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=147;TCR=102;TR=216;WE=137256004;WS=137255986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,231:0.86:269
chr7	137256176	rs834445	G	A	728.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5282;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=573;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ATTAGAAAAGGAAATGCACTT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=137256184;WS=137256166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr7	137261940	rs834431	T	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=631;ReadPosRankSum=-0.422;SC=ATATTCAAATTAAATAAATCA;SOR=1.248;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=34;WE=137261948;WS=137261930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr7	137304765	.	G	GCA	202.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=476;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ATGTACACACGCACACACACA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=13;WE=137304774;WS=137304755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr7	137531147	rs71815938	GT	G	18734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=129;NR=185;PP=2951;SC=CCCTTGCTGGGTAGAAGAGTG;SOR=1.203;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=321;TCF=134;TCR=187;TR=314;WE=137531155;WS=137531137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr7	137590369	rs273968	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=58;PP=2965;SC=AGTGCTGGCCGTTGGGAAGGC;SOR=1.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=167;WE=137590377;WS=137590359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	137600690	rs273957	C	T	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TCGTCTGTAACTGGCTCTGTC;SOR=0.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=173;WE=137600698;WS=137600680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr7	137607183	.	CGT	C	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.7500;HP=1;HapScore=4;MGOF=32;MMLQ=27;MQ=52.61;NF=2;NR=0;PP=94;QD=68.5;SC=TATATATATACGTATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=137607195;WS=137607182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,2:1.00:2
chr7	137607217	rs28555390	C	T	422.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=399;ReadPosRankSum=1.743;SC=TATATATATACACACATATAT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=17;WE=137607225;WS=137607207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr7	137607233	rs28505336	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=581;ReadPosRankSum=0.775;SC=TATATATATACACACACACAC;SOR=2.262;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=28;WE=137607241;WS=137607223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr7	137773291	rs2120846	T	G	7872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.222;SC=GATTAATGATTATTAAAGGAA;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=397;TCF=228;TCR=169;TR=322;WE=137773299;WS=137773281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,331:0.80:413
chr7	137773563	rs2166188	T	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.378;NF=4;NR=26;PP=691;ReadPosRankSum=1.614;SC=AAGGTTTCAGTTGTTCATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=137773571;WS=137773553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr7	137773587	rs35802315	C	CGTGT	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=802;SC=ATTCATCTTCCGTGTGTGTGT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=14;WE=137773595;WS=137773577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr7	137798593	rs2306847	A	T	4739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.132;SC=AAGGCTCATAAGAACCCTGAC;SOR=0.340;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=224;TCF=85;TCR=139;TR=198;WE=137798601;WS=137798583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,200:0.88:226
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chr7	138145778	rs112619223	C	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.598;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1616;ReadPosRankSum=-1.939;SC=GGGGGAGGGGCGAGCAGGAGG;SOR=1.296;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=83;WE=138145786;WS=138145768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,87:0.84:103
chr7	138188932	rs10488642	A	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=2;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGAATTTAAAAAGAATGGACA;SOR=0.832;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=41;WE=138188940;WS=138188930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr7	138189189	rs148040062	GCTC	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.646;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
chr7	138200117	rs3757381	A	T	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=81;PP=2365;SC=AATAAATGAGATCTTTGCATT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=24;TCR=82;TR=104;WE=138200125;WS=138200107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	138229990	rs6959574	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=7;PP=1301;SC=TCTTCCTGGCGTGGAGGCACC;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=138229998;WS=138229980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	138261319	rs59147816	TAAC	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=62.45;MQRankSum=0.944;NF=1;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=0.305;SC=AAAATTTTAATAACTACTATA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=138261329;WS=138261309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr7	138268563	rs3213902	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=632;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GAATTTAGCTATTTGTATTAT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=26;WE=138268571;WS=138268553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr7	138279228	rs1439793	A	T	908.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=2.464;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=562;ReadPosRankSum=0.388;SC=ATATGCCTTTAAAAAAAAAAT;SOR=0.210;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=33;WE=138279236;WS=138279218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr7	138281355	rs1659832	A	G	831.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=711;ReadPosRankSum=1.225;SC=GAGAAAATACAGATTCACTTC;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=31;WE=138281363;WS=138281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr7	138281906	rs1659831	T	C	5790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TCTCATACTTTAGTTTCTCTT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=125;TCR=145;TR=231;WE=138281914;WS=138281896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,237:0.86:277
chr7	138305743	rs3734946	A	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,36:0.14:251
chr7	138305782	rs3734945	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,38:0.14:275
chr7	138305806	rs3734944	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,35:0.13:279
chr7	138310629	rs1673162	G	A	13095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=268;NR=195;PP=2965;SC=GTCAACAGAAGCCAGGCATGC;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=464;TCF=268;TCR=196;TR=463;WE=138310637;WS=138310619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr7	138312122	rs2305816	A	C	6861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=143;NR=96;PP=2965;SC=GAGGAGAAGGAAGAATAAAGC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=143;TCR=96;TR=239;WE=138312130;WS=138312112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	138333933	rs58569190	GA	G	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=68;PP=1111;SC=TTATGACAATGAAAAAAAAAA;SOR=2.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=91;TCF=3;TCR=88;TR=71;WE=138333942;WS=138333922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	138347999	rs73164680	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr7	138356659	rs5887893	AG	A	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.10;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	138356662	rs5011821	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	138356663	rs5011820	G	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.20;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	138356664	rs5887894	C	CA	887.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	138356730	rs202122915	T	TG	5307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=2.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	138356732	.	CTG	GCT	1918	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=76;NR=23;PP=1918;QD=20.0148270188;SC=CCCTCAGTTGCTGTGTTCACG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=99;WE=138356742;WS=138356722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,99:0.88:113
chr7	138356733	rs5887896	TG	T	5339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	138363333	rs182132528	T	C	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=5.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=58;PP=1594;ReadPosRankSum=0.223;SC=GTGTGGACTATCAGCTTCAGA;SOR=0.207;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=81;WE=138363341;WS=138363323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,83:0.89:93
chr7	138391554	rs73166921	G	A	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=70;PP=1760;ReadPosRankSum=-1.441;SC=GAAGCAGAGCGTTCGTAAAAT;SOR=0.490;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=16;TCR=80;TR=85;WE=138391562;WS=138391544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,84:0.88:95
chr7	138417596	rs57692175	TA	T	349.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.885;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr7	138417718	rs3807154	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,47:0.15:324
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chr7	138417936	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=1.792;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr7	138597036	rs3735013	A	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=3;PP=995;SC=TTCCATGGCCATAATCACCTG;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=138597044;WS=138597026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	138601473	rs1958658	C	T	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=65;PP=2965;SC=CCCAGAGAGGCGGCAGGAAGC;SOR=1.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=147;TCR=65;TR=212;WE=138601481;WS=138601463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr7	138602523	rs2774962	T	C	12156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=244;NR=188;PP=2965;SC=AAAGCACCTCTGGGTTTATGC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=244;TCR=188;TR=432;WE=138602534;WS=138602513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr7	138602916	rs2718131	G	C	10523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=194;PP=2965;SC=GGTCTGGAGGGGAAAAGCGTA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=197;TCR=195;TR=390;WE=138602936;WS=138602906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
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chr7	138719231	rs7810237	T	C	8727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.170;NF=175;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.906;SC=AAAAGAAAAATAAATGGGGAA;SOR=0.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=177;TCR=134;TR=309;WE=138719239;WS=138719221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr7	138732274	rs3087999	C	G	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=75;PP=2965;SC=CTCCTGTCTGCGGCAATTTAG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=142;TCR=75;TR=217;WE=138732282;WS=138732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	138732457	rs3735008	G	A	15439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=276;NR=271;PP=2965;SC=CACAGCTGTCGAACTGTGGAG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=548;TCF=277;TCR=271;TR=547;WE=138732465;WS=138732447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
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chr7	138739816	rs10261597	C	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=965;SC=GATTACAGGGCTGAGCCACTG;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=138739824;WS=138739815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr7	138740186	rs2297237	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.24;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr7	138740240	rs2297240	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=332;SC=ATGCTGCAACTATTCATAATC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=138740248;WS=138740230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	138758583	rs66770423	A	G	5072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.711;SC=AGCCCCCTACAAGGAGGAACA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=153;TCR=90;TR=211;WE=138758591;WS=138758573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,225:0.85:264
chr7	138761034	rs2297241	G	C	9127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CAACTTACAGGTGGATTCCGG;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=222;TCR=208;TR=366;WE=138761042;WS=138761024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,374:0.85:440
chr7	138764060	rs2236424	G	A	6969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CTTCCAGTACGTAACATATCT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=318;TCF=163;TCR=155;TR=271;WE=138764068;WS=138764050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,281:0.85:330
chr7	138764145	rs2236425	T	C	7431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.067;SC=TTTTATCCACTACTTGACTAG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=173;TCR=164;TR=289;WE=138764153;WS=138764135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,300:0.84:356
chr7	138764233	rs2236426	C	T	7495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.361;SC=AAGTGCTACTCTTGGGTCAGC;SOR=0.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=374;TCF=180;TCR=194;TR=305;WE=138764241;WS=138764223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,317:0.80:394
chr7	138862843	rs116992937	C	G	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1375;ReadPosRankSum=1.264;SC=ATGTCAGAATCTAGAAAGATA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=72;WE=138862851;WS=138862833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,72:0.89:81
chr7	138872420	rs142388606	A	G	609.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=1.538;SC=AAAGGTTGATATTAAATATTT;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=138872428;WS=138872410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr7	139026152	rs10265	T	G	10331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGGGTCCCCGTCGCACACTTT;SOR=0.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=235;TCR=144;TR=377;WE=139026160;WS=139026142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr7	139077240	rs4732370	C	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=38;PP=1511;SC=TTATTTGGTCCACATTTCATG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=139077248;WS=139077230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	139077317	rs4732371	T	A	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=1055;SC=AAGCATTTTTTAAAAAATCTA;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=139077325;WS=139077307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	139097282	rs11409457	A	AC	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.591;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr7	139097283	rs200596529	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr7	139102490	rs3778931	A	G	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=112;PP=2965;SC=TGATGTGTCAATCAGAGGATA;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=54;TCR=112;TR=166;WE=139102498;WS=139102480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	139138551	rs10954649	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=59;PP=1661;SC=TCACCTCTACCGGCCTGGGCA;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=139138559;WS=139138541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	139138703	rs73470410	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=984;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AAGAGTGAAGCGACAGGGTCT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=56;WE=139138711;WS=139138693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,59:0.83:71
chr7	139138871	rs11763327	T	G	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=76;PP=2965;SC=GGGGCGGGAGTGGGGCCTCGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=146;WE=139138879;WS=139138861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	139138950	rs17160911	C	G	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1878;ReadPosRankSum=0.273;SC=TGGGTATCTGCCCAGGAAGTC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=109;WE=139138958;WS=139138940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,122:0.82:148
chr7	139164345	rs12707445	C	A	5080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AGATCTGTACCCCCTTAGATT;SOR=0.891;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=278;TCF=151;TCR=127;TR=216;WE=139164353;WS=139164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,222:0.80:279
chr7	139167934	rs1860150	T	G	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=71;PP=2965;SC=CACCGGCACCTTGAGGAAGCG;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=185;WE=139167942;WS=139167924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	139168063	rs12707447	G	A	5371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.049;SC=AGCCCCGGGCGCCTCGCCATT;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=127;TCR=131;TR=224;WE=139168071;WS=139168053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,228:0.87:262
chr7	139415723	rs10224408	G	A	4705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.176;SC=CCTTGTGGACGGTCTTACCTG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=139;TCR=82;TR=191;WE=139415731;WS=139415713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,194:0.87:224
chr7	139415775	rs7456421	G	C	7783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.302;SC=CAGCCTTGGAGACGTGGCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=196;TCR=160;TR=312;WE=139415783;WS=139415765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,325:0.88:370
chr7	139415943	rs4074826	G	A	6049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.498;SC=TGTATTTGAGGGGCAAGGGGC;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=232;WE=139415951;WS=139415933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,239:0.86:279
chr7	139416939	rs10278124	C	G	1123.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.669;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.357;SC=CACTTGAAAACAAGGTTGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=38;WE=139416947;WS=139416929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr7	139478175	rs1860509	T	G	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=52;PP=2344;ReadPosRankSum=0.620;SC=GTGCGAGGGTTCGCGCGTGTG;SOR=0.955;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=130;WE=139478183;WS=139478165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,135:0.85:158
chr7	139653196	rs5768	A	C	13008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=202;PP=2965;SC=AAGCCTGCGAACTTCTCCTGG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=250;TCR=202;TR=452;WE=139653204;WS=139653186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr7	139657328	rs3735355	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,16:0.14:114
chr7	139726121	rs79970126	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,37:0.12:303
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chr7	139762273	rs737321	A	G	8767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	139762282	rs6945590	A	G	9503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	139833527	.	A	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	140037053	rs11331602	CT	C	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.994;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.354;NF=7;NR=33;PP=449;ReadPosRankSum=0.031;SC=AGAAAAATGACTTTTTTTTTT;SOR=0.731;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=40;WE=140037073;WS=140037043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,69:0.92:75
chr7	140044979	rs6974016	C	T	8015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=135;PP=2965;SC=ATTTACAGAGCAACAGAAGCA;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=163;TCR=135;TR=297;WE=140044987;WS=140044969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	140048690	rs60025250	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=401;SC=TGATTTTACAGTTAAACATCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=140048698;WS=140048680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	140051722	rs3936105	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1108;ReadPosRankSum=1.185;SC=AGGACTCAAACGGCAGTACTG;SOR=1.004;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=66;WE=140051730;WS=140051712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,67:0.78:86
chr7	140082363	rs6968618	G	A	6576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TTGACCTTAAGGTTTGGATGA;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=298;TCF=106;TCR=192;TR=252;WE=140082371;WS=140082353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,266:0.86:310
chr7	140107672	rs12703834	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.86;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr7	140110677	rs2971690	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,28:0.17:165
chr7	140155778	rs2363826	G	C	6907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CTGGTGTGTCGCCTCCAGACT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=132;TCR=190;TR=280;WE=140155786;WS=140155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,290:0.87:333
chr7	140159721	rs10243155	T	C	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.929;NF=61;NR=73;PP=2181;ReadPosRankSum=0.512;SC=GTTTCAATGGTTTGCTATGTT;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=134;WE=140159729;WS=140159711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,136:0.80:170
chr7	140159798	rs11763850	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=35;PP=963;SC=TGTAATCCCAACAGTTTGGGA;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=140159806;WS=140159788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	140173102	rs17161569	T	G	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.878;NF=120;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.228;SC=TGAAGTTCCTTCCACTGTGCA;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=140;TCR=110;TR=215;WE=140173110;WS=140173092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,223:0.84:265
chr7	140173170	rs79453306	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,39:0.12:312
chr7	140174292	rs10709936	CA	C	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.999;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=0.584;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.132;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=15;WE=140174300;WS=140174282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr7	140175141	rs139052285	AAAAC	A	7368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.657;NF=30;NR=157;PP=2985;ReadPosRankSum=0.129;SC=TCCATCTCAGAAAACAAACAA;SOR=0.637;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=226;TCF=33;TCR=193;TR=187;WE=140175152;WS=140175131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,305:0.88:348
chr7	140218464	rs6852	C	A	7810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=112;PP=2965;SC=GTTTTTAAAGCATAGGGCTGC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=160;TCR=112;TR=272;WE=140218472;WS=140218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr7	140255623	rs4342501	T	C	7769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=165;PP=2965;SC=CCACATATCATAGCTCTGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=100;TCR=166;TR=265;WE=140255631;WS=140255613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	140257841	rs10252031	A	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=4;PP=1098;SC=GTGCCTCATCAGGGAATCTCA;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=140257849;WS=140257831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	140257907	rs12704002	C	T	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=34;PP=2891;SC=AGGAAGTCCACGAGGCTCTTG;SOR=2.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=101;TCR=34;TR=134;WE=140257915;WS=140257897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	140258000	rs12704003	T	C	13543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=261;NR=219;PP=2965;SC=TTAAGACAAATGAGAATGTTT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=481;TCF=261;TCR=220;TR=480;WE=140258008;WS=140257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr7	140301731	rs269243	G	T	23673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=423;NR=418;PP=2965;SC=CACGGAGAGGGGATCGTTCTG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=844;TCF=426;TCR=418;TR=841;WE=140301739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,865:1.00:865
chr7	140396472	rs57717083	C	CG	2069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=8;PP=2185;SC=ACGGGAGGCGCGGGCGGAGCG;SOR=3.442;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=52;WE=140396480;WS=140396462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	140426257	rs3829814	A	G	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.791;SC=CGAACACAAGACTTAAGAAAT;SOR=0.386;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=150;TCR=100;TR=248;WE=140426265;WS=140426247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr7	140774467	rs477223	C	G	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=125;PP=2965;SC=GCTTCGACCCCGAGATCGCCG;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=83;TCR=125;TR=208;WE=140774475;WS=140774457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	141137554	rs1727491	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,34:0.13:264
chr7	141137556	rs1619668	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,34:0.13:263
chr7	141321434	rs142576028	ATG	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=1.474;SC=GAGAGAGAATATGTGTGTGTG;SOR=1.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=3;WE=141321443;WS=141321424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr7	141362431	rs6949729	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=6;PP=1319;SC=CCACGTGAAGTGGCTCCCAGT;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=141362439;WS=141362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	141362693	rs2269984	A	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,40:0.16:248
chr7	141386264	rs35707772	AC	A	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr7	141420707	rs6971275	T	C	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=63;PP=2890;ReadPosRankSum=0.217;SC=TTGATGTTTTTATTCCTCAAT;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=127;TCR=76;TR=169;WE=141420715;WS=141420697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,174:0.83:209
chr7	141420768	rs6967301	A	G	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.423;SC=ATGCTCACGCAGTGCTTGGGC;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=158;TCR=142;TR=247;WE=141420776;WS=141420758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,255:0.82:311
chr7	141429224	rs35399772	TC	T	1264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.814;NF=39;NR=3;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GCTTTTCGTTTCTGTAAATAC;SOR=2.494;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=42;WE=141429232;WS=141429214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,42:0.88:48
chr7	141429515	rs6962507	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=48;PP=1129;ReadPosRankSum=1.327;SC=GCAGCCGGGCGTGGTGGCTCA;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=54;WE=141429523;WS=141429505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,56:0.77:73
chr7	141450255	.	C	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=642;ReadPosRankSum=0.888;SC=TACTCTTTTACGTAAAATGAG;SOR=0.403;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=44;WE=141450263;WS=141450245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr7	141463914	rs765007	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,13:0.14:96
chr7	141464765	rs2270009	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,62:0.13:494
chr7	141478308	rs2233998	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr7	141478574	rs2234001	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.524;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,77:0.17:463
chr7	141478800	rs2234002	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,67:0.14:470
chr7	141536351	rs370442337	CAG	C	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.742;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,41:0.27:152
chr7	141537942	rs145160047	T	TCAA	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=8.506;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,39:0.10:385
chr7	141538865	rs12703412	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr7	141635538	rs5888023	C	CA	1725.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.823;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.369;NF=42;NR=17;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCCCACTCCCCCAAGTTTCTA;SOR=1.320;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=59;WE=141635546;WS=141635524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,67:0.91:74
chr7	141672604	rs10246939	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,102:0.17:583
chr7	141672705	rs1726866	G	A	10434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=0.538;SC=GATGAAGGCAGCACAGGATGA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=235;TCR=290;TR=433;WE=141672713;WS=141672695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,442:0.83:534
chr7	141673345	rs713598	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,74:0.14:548
chr7	141708625	rs1465093	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=32;ReadPosRankSum=-1.507;SC=TTTATGTTGCAGCCATTAGTG;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=6;WE=141708633;WS=141708615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr7	141720643	rs1852508	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,20:0.19:103
chr7	141730618	rs111279755	CTG	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr7	141733994	rs10693852	T	TTG	5265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=33;PP=2965;SC=TCATTTCGGATTGTGATAGTC;SOR=1.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=70;WE=141734002;WS=141733984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	141736798	rs4132774	T	C	8092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=171;PP=2965;SC=CTAACCTCCTTAAATTTTATT;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=104;TCR=171;TR=275;WE=141736806;WS=141736788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	141738504	rs8180874	C	T	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=95;PP=2914;SC=TCCAAACTCACTTCTGACATC;SOR=1.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=49;TCR=95;TR=144;WE=141738512;WS=141738494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	141740408	rs73153960	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr7	141740409	rs10215116	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=792;SC=TGGCTAGACCATAATTCAGCT;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=51;WE=141740417;WS=141740398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	141747499	rs62477571	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=3;PP=2352;SC=AACTTTTCCAATTTGAAATTT;SOR=5.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=79;TCR=3;TR=82;WE=141747507;WS=141747489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	141747658	rs2960746	A	G	20863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.090;NF=357;NR=388;PP=2965;ReadPosRankSum=2.108;SC=TTTCTGGGATAATGGGGAAAC;SOR=0.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=747;TCF=357;TCR=390;TR=745;WE=141747666;WS=141747648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,766:1.00:767
chr7	141750316	rs6948116	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=346;SC=TTTTTATGATCGTTTTAAATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=141750324;WS=141750307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	141750472	rs62477572	A	G	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	141750513	rs374204300	A	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,28:0.15:185
chr7	141755358	rs67998329	T	C	11697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.035;NF=266;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.050;SC=TGTGTTTCAGTTGGGACTCTC;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=266;TCR=138;TR=402;WE=141755366;WS=141755348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,417:1.00:418
chr7	141755795	rs2961081	C	T	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=24;PP=2659;SC=CCCATGACTCCCCAGTACAAG;SOR=2.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=92;TCR=25;TR=116;WE=141755803;WS=141755785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	141755987	rs2961080	G	T	10128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=230;PP=2965;SC=TTCCTTGAAGGCAAAATCTTC;SOR=1.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=123;TCR=230;TR=353;WE=141755995;WS=141755977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr7	141759676	rs62477620	T	C	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=196;PP=2965;SC=TTTCTGGCAATGAGACACAGC;SOR=1.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=105;TCR=196;TR=301;WE=141759684;WS=141759660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr7	141760228	rs6959057	T	C	24853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=967;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.023;NF=414;NR=522;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CAGGGGCAGCTGTTCCTGGGA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=938;TCF=415;TCR=523;TR=936;WE=141760236;WS=141760218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,961:1.00:962
chr7	141760293	rs2961073	T	G	14497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=37.08;SOR=2.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr7	141760293	.	TG	GC,GG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=59.78;NF=37,88;NR=143,278;PP=2944,2962;QD=20;SC=AACACTTAGGTGATGTGTCTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=368;TCF=88;TCR=280;TR=180,366;WE=141760302;WS=141760283;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:368
chr7	141760294	rs2961072	G	C	4837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=3.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.922;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,197:0.52:378
chr7	141760312	rs62477621	T	G	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.195;NF=19;NR=94;PP=2047;ReadPosRankSum=-1.312;SC=TTGGGTGTCATTCTGTATGCC;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=249;TCF=40;TCR=209;TR=113;WE=141760320;WS=141760302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,118:0.46:259
chr7	141762625	rs62477625	A	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=1020;ReadPosRankSum=0.565;SC=TGGACATAGCAGACACTTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=44;WE=141762633;WS=141762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,45:0.88:51
chr7	141765753	rs77524472	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.433;QD=20.11;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	141776782	rs10259247	A	G	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=-0.356;NF=22;NR=103;PP=2743;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTTTTTGGGGAAAAAAATGAG;SOR=1.212;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=26;TCR=117;TR=125;WE=141776790;WS=141776772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,127:0.88:145
chr7	141784326	rs10952514	G	C	8548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.367;NF=223;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.690;SC=TAGTTGATTGGCCGGCCTGTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=262;TCR=144;TR=344;WE=141784334;WS=141784316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,353:0.85:417
chr7	141794763	rs138070479	ATT	A	2022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.274;QD=27.33;ReadPosRankSum=0.196;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr7	141794790	rs4259331	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=61;PP=1755;SC=TTTGAGACAAAGACTCATTCT;SOR=4.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=66;WE=141794798;WS=141794780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	141796131	rs6975672	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.59;QD=29.58;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	141796250	rs6976953	C	T	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.936;NF=60;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GGGAGGATCCCAGCTGTGAGG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=61;TCR=115;TR=174;WE=141796258;WS=141796240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr7	141847269	rs149891305	C	T	5364.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.7355;FS=0.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=99;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TTCTGGATCACTTACTTTTTG;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=219;WE=141847277;WS=141847259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,228:0.89:257
chr7	141854539	rs79591013	A	G	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=41;PP=2104;ReadPosRankSum=0.938;SC=GTAGGTGCCAACATCTGTGGT;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=121;WE=141854547;WS=141854529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,135:0.83:162
chr7	141857846	rs7811706	A	G	8983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=0.388;SC=CTTTTCTACCATGCTCACACC;SOR=0.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=158;TCR=175;TR=332;WE=141857854;WS=141857836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr7	141857985	rs10282156	A	G	8084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=116;PP=2965;SC=TTGTTGTTACATAATGTGCCA;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=169;TCR=116;TR=284;WE=141857993;WS=141857975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr7	141896059	rs4236467	A	G	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.980;SC=ACACAGCTGCATGGGACCAGC;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=149;TCR=75;TR=223;WE=141896067;WS=141896049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr7	141897595	rs3110843	T	C	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=102;PP=2965;SC=AAAAGCATTTTAAAGATCATC;SOR=2.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=24;TCR=102;TR=126;WE=141897603;WS=141897585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	141898023	rs4260813	C	A	7270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.135;SC=TGTGAAGAACCAGTTTGGTCT;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=180;TCR=190;TR=304;WE=141898031;WS=141898013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,319:0.82:388
chr7	141898522	rs2960768	T	A	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=169;PP=2965;SC=AAGAGCCTGCTATGAACACTC;SOR=1.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=96;TCR=169;TR=265;WE=141898530;WS=141898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	141898680	rs2961065	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=233;SC=ATCCTGTGAGTGCTTTCTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=141898688;WS=141898670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	141901322	rs6963175	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=46;PP=2469;SC=AATACAGTTAGGTTTTGACAA;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=130;WE=141901330;WS=141901312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	141901506	rs6464469	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=844;SC=TTTCTTGTTACTATTTTGTAA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=141901514;WS=141901496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	141952110	rs1052406	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,61:0.13:463
chr7	141954756	rs62476761	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-2.776;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,22:0.15:148
chr7	141955250	rs4470937	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,8:0.16:50
chr7	141957653	rs35443843	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TATTTTAGTAGCAGGATTCAG;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=141957661;WS=141957643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr7	142000898	rs55964233	G	T	5126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GGAAATTCTTGCTTTGAACTT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=130;TCR=126;TR=215;WE=142000906;WS=142000888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,212:0.84:253
chr7	142001030	rs56095598	A	G	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=124;PP=2965;SC=GTGATCTTGCACTGTGTCCCC;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=245;WE=142001038;WS=142001020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	142013384	rs361401	G	C	19912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=331;NR=375;PP=2965;SC=GAAAGTGTGCGAAGTCGCTTC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=708;TCF=332;TCR=376;TR=706;WE=142013392;WS=142013374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr7	142021521	rs72430962	TCA	T	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.035;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr7	142028108	rs361428	A	C	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=3.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	142028108	.	ACTTGAGAGTC	CCTTGAGAGTA,CCTTGAGAGTC	1439	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.82;NF=56,67;NR=5,6;PP=1439,64;QD=24.4666864732;SC=AGAATGACCCACTTGAGAGTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=69;TCR=6;TR=61,73;WE=142028126;WS=142028098;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.81:75
chr7	142028118	rs361429	C	A	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,87:0.90:97
chr7	142028485	.	C	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DP=739;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-25.970;QD=1.02;ReadPosRankSum=-3.197;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:672,66:0.09:738
chr7	142028490	.	A	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DP=753;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-26.301;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.550;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:680,72:0.10:752
chr7	142028500	.	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;ClippingRankSum=0.000;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-26.670;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:707,82:0.10:789
chr7	142028506	.	CA	TG	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.556;ClippingRankSum=0.000;DP=806;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-26.958;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:722,83:0.10:805
chr7	142028533	.	C	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;ClippingRankSum=0.000;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-26.717;QD=1.86;ReadPosRankSum=4.272;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:701,87:0.11:788
chr7	142028538	.	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;ClippingRankSum=0.000;DP=783;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-26.596;QD=1.90;ReadPosRankSum=4.008;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:694,87:0.11:781
chr7	142028540	.	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.215;ClippingRankSum=0.000;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-26.474;QD=1.93;ReadPosRankSum=3.664;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:687,87:0.11:774
chr7	142028542	.	G	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DP=771;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-26.386;QD=1.98;ReadPosRankSum=3.302;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,87:0.11:769
chr7	142028546	.	TC	CT	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;ClippingRankSum=0.000;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-26.111;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:668,86:0.11:754
chr7	142028551	.	CA	GG	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.059;ClippingRankSum=0.000;DP=741;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-25.784;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,84:0.11:739
chr7	142028555	.	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DP=713;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-25.443;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:632,79:0.11:711
chr7	142032115	rs10567930	CTG	C	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AAGCAGTCTCCTGTGTGTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=19;WE=142032126;WS=142032105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr7	142032610	.	A	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=11.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=2.561;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,57:0.21:277
chr7	142032613	.	TG	CA	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=10.035;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=3.024;SOR=1.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,56:0.21:268
chr7	142032633	rs80121287	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=8.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.056;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,50:0.25:202
chr7	142032646	rs78118526	G	A	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.18;SOR=2.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	142032646	.	GTGTACATAGTGCAA	ATGTACATAGTGCAA,ATGTACATGGTGAAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=40,14;NR=120,32;PP=2962,2924;QD=20;SC=TTAAAAATGTGTGTACATAGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=40;TCR=120;TR=160,46;WE=142032668;WS=142032623;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:160
chr7	142032654	rs190649630	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr7	142032658	.	C	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.002;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr7	142032660	.	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=6.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
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chr7	142032713	rs371809716	A	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=1.802;SC=TATCCTTTCCAGTGGTGAGAA;SOR=0.052;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=16;WE=142032721;WS=142032703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr7	142032729	.	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=0.734;SC=GAGAATACTTAAAATGTACTC;SOR=0.165;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=142032737;WS=142032719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	142045446	rs56060483	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,27:0.12:221
chr7	142045449	rs371824542	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,27:0.12:229
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chr7	142045877	rs17226	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.598;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,57:0.15:382
chr7	142045924	rs1811089	A	G	6435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.592;SC=AAGAGCCCCGACAGAAGATTC;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=347;TCF=157;TCR=190;TR=276;WE=142045932;WS=142045914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,286:0.78:365
chr7	142099425	.	A	G	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=14.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-10.240;QD=11.31;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,104:0.32:320
chr7	142099438	.	A	G	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-7.356;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.867;NF=96;NR=38;PP=1801;ReadPosRankSum=1.201;SC=GGAAGGAGGCAACTGTGCCAT;SOR=0.312;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=431;TCF=332;TCR=99;TR=134;WE=142099446;WS=142099428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,142:0.32:438
chr7	142099484	.	G	C	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DP=895;ExcessHet=3.0103;FS=7.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-18.590;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:648,234:0.27:882
chr7	142099512	rs373830246	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1102;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-8.902;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:935,135:0.13:1070
chr7	142099530	.	C	T	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=1213;ExcessHet=3.0103;FS=8.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-25.370;QD=3.24;ReadPosRankSum=3.075;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1026,172:0.14:1198
chr7	142099533	.	T	C	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=1206;ExcessHet=3.0103;FS=7.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-25.586;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.470;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1018,182:0.15:1200
chr7	142099537	.	G	T	4078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=1239;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-26.568;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.022;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1058,175:0.14:1233
chr7	142099541	.	T	C	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DP=1244;ExcessHet=3.0103;FS=5.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-27.421;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.350;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1074,165:0.13:1239
chr7	142099548	.	A	G	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DP=1233;ExcessHet=3.0103;FS=4.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-28.746;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1080,148:0.12:1228
chr7	142099968	rs361367	C	T	8867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.002;NF=99;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GGGGGCTTTACCAGATCAGTG;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=224;WE=142099976;WS=142099958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,234:0.81:289
chr7	142099988	rs361366	A	G	8161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.803;NF=77;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GTCACTGTGAACAGAAGCAGA;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=236;TCF=97;TCR=139;TR=191;WE=142099996;WS=142099978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,203:0.81:251
chr7	142104144	rs361434	T	C	11170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CACAGAAGTATACAGATGTCT;SOR=0.357;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=499;TCF=307;TCR=192;TR=437;WE=142104152;WS=142104134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,452:0.88:514
chr7	142104571	rs361433	G	A	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=107;PP=2785;ReadPosRankSum=0.705;SC=GCTGCAGGACGTAGGGGTCTT;SOR=1.162;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=56;TCR=123;TR=153;WE=142104579;WS=142104561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,159:0.85:186
chr7	142119873	.	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.153;ClippingRankSum=0.000;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=4.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-25.444;QD=1.35;ReadPosRankSum=-6.312;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,67:0.10:671
chr7	142119876	.	CG	C	1115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.438;ClippingRankSum=0.000;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=4.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-26.187;QD=1.57;ReadPosRankSum=-5.354;SOR=1.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:641,69:0.10:710
chr7	142119879	.	C	CCA	1262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;ClippingRankSum=0.000;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-26.505;QD=1.74;ReadPosRankSum=-5.295;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:651,75:0.10:726
chr7	142119881	.	GA	G	1307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DP=746;ExcessHet=3.0103;FS=5.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-26.811;QD=1.76;ReadPosRankSum=-4.467;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:663,79:0.11:742
chr7	142119890	.	TG	AA	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.338;ClippingRankSum=0.000;DP=784;ExcessHet=3.0103;FS=6.140;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-27.516;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.644;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:694,86:0.11:780
chr7	142119899	.	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DP=828;ExcessHet=3.0103;FS=4.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-28.148;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:725,99:0.12:824
chr7	142119928	rs361387	G	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FS=4.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-29.470;QD=1.88;ReadPosRankSum=7.536;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:802,100:0.11:902
chr7	142119935	.	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=904;ExcessHet=3.0103;FS=4.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-29.587;QD=1.84;ReadPosRankSum=6.879;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:802,99:0.11:901
chr7	142119942	.	G	T	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=882;ExcessHet=3.0103;FS=6.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-29.252;QD=1.96;ReadPosRankSum=4.709;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:780,99:0.11:879
chr7	142119946	.	G	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=6.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-29.303;QD=1.93;ReadPosRankSum=3.368;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:785,99:0.11:884
chr7	142119959	.	AA	TC	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=875;ExcessHet=3.0103;FS=7.783;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-29.129;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.425;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:776,96:0.11:872
chr7	142119962	.	T	G	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=873;ExcessHet=3.0103;FS=6.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-29.087;QD=1.89;ReadPosRankSum=-3.015;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:778,92:0.11:870
chr7	142120168	.	TCA	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=2.291;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,25:0.16:161
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chr7	142124616	.	G	A	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQRankSum=-11.134;QD=13.05;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr7	142124624	.	G	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.214;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQRankSum=-10.299;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr7	142124626	.	A	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQRankSum=-10.159;QD=11.93;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr7	142124629	.	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQRankSum=-9.899;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
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chr7	142131868	rs374575972	C	T	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=13.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-12.800;QD=5.72;ReadPosRankSum=-4.515;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,57:0.18:312
chr7	142131872	rs368030585	G	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=11.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-13.002;QD=5.01;ReadPosRankSum=-4.598;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,50:0.17:296
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chr7	142131889	.	A	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.366;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=35.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-14.464;QD=3.01;ReadPosRankSum=-3.851;SOR=4.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,20:0.09:223
chr7	142131894	.	AA	CG	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=20.785;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-14.118;QD=1.31;ReadPosRankSum=-4.729;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,18:0.09:201
chr7	142131991	.	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-5.060;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr7	142131999	.	T	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-4.715;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr7	142132011	.	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-4.276;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr7	142139259	rs361374	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=1.926;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.706;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,29:0.12:237
chr7	142139271	rs146977487	TG	CA	10571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.011;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=16.691;NF=176;NR=65;PP=2944;ReadPosRankSum=5.634;SC=GACTATGCCATGCTGTGGCTA;SOR=1.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=227;TCR=87;TR=241;WE=142139280;WS=142139249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,255:0.83:309
chr7	142139296	rs374460258	C	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=9.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-18.994;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,77:0.17:444
chr7	142139315	.	G	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.429;ClippingRankSum=0.000;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=5.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-19.755;QD=0.56;ReadPosRankSum=2.391;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,78:0.14:549
chr7	142139334	.	CG	C	1815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;ClippingRankSum=0.000;DP=688;ExcessHet=3.0103;FS=8.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-22.347;QD=2.66;ReadPosRankSum=8.383;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:594,88:0.13:682
chr7	142139337	.	C	CCA	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=9.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-22.334;QD=0.69;ReadPosRankSum=8.145;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:609,86:0.12:695
chr7	142139339	.	GA	G	1684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=7.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-22.712;QD=2.36;ReadPosRankSum=7.343;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:627,87:0.12:714
chr7	142139348	rs73742284	C	T,A	19506.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.04;QD=26.47;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,653,84:0.89,0.11:737
chr7	142139349	.	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DP=751;ExcessHet=3.0103;FS=4.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-23.249;QD=1.95;ReadPosRankSum=4.775;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:667,84:0.11:751
chr7	142139357	.	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DP=796;ExcessHet=3.0103;FS=4.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-23.701;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:713,83:0.10:796
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chr7	142139386	.	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=9.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-25.522;QD=0.51;ReadPosRankSum=-10.002;SOR=1.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:724,65:0.08:789
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chr7	142148878	rs370978147	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=6.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-15.497;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,49:0.20:251
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chr7	142148919	rs376682174	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=8.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-22.592;QD=0.76;ReadPosRankSum=2.987;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,84:0.15:578
chr7	142149160	rs17217	T	G	8765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=10.014;NF=142;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=1.951;SC=TCAGAGTCACTTGCTGTCCTC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=339;TCF=154;TCR=185;TR=322;WE=142149168;WS=142149150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,329:0.96:343
chr7	142149349	rs140504979	A	C	7359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=147;PP=2965;SC=CTCACCTGCTACCAGGAGACA;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=102;TCR=148;TR=248;WE=142149357;WS=142149339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr7	142162001	rs73742263	A	C	21516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=412;NR=360;PP=2965;SC=AGCGGGAAATACTCTGTGGTT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=774;TCF=413;TCR=361;TR=772;WE=142162009;WS=142161986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,784:1.00:784
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chr7	142162278	rs361443	C	T	13980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=19.479;NF=229;NR=296;PP=2965;ReadPosRankSum=2.060;SC=GGGGCTGGGCCTTGAAATCTA;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=538;TCF=236;TCR=302;TR=525;WE=142162286;WS=142162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,546:0.96:568
chr7	142162306	rs361442	A	G	11119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=17.448;NF=168;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GGCCCTGTCCAGGACCCACCT;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=174;TCR=256;TR=418;WE=142162314;WS=142162296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,434:0.95:456
chr7	142168348	.	G	A	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=43.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=-16.421;QD=10.52;ReadPosRankSum=2.275;SOR=3.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,78:0.28:279
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chr7	142168365	.	C	T	5224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=28.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-18.427;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.410;SOR=2.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,137:0.31:438
chr7	142168371	.	C	T	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=18.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-17.683;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,169:0.33:515
chr7	142168414	rs374005717	G	C	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FS=7.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-16.303;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:608,302:0.33:910
chr7	142168429	rs55634899	A	G	15438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1012;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=13.934;NF=380;NR=322;PP=2962;ReadPosRankSum=0.925;SC=GCTCCAAGGCATTCACATTCA;SOR=0.410;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=994;TCF=529;TCR=465;TR=702;WE=142168437;WS=142168419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,708:0.70:1008
chr7	142168452	rs361355	C	A	38199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=1019;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=491;NR=522;PP=2965;SC=TCAGAGCTATCATTAGGGAAC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1013;TCF=491;TCR=522;TR=1013;WE=142168482;WS=142168442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1014:1.00:1014
chr7	142168662	rs73742240	CG	TC	15237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.021;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=5.161;NF=171;NR=147;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GTGACTCCAGCGTCCACTGAG;SOR=0.292;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=339;TCF=185;TCR=154;TR=318;WE=142168671;WS=142168652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,351:0.99:355
chr7	142168803	.	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=11.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-3.339;QD=0.15;ReadPosRankSum=2.478;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,18:0.08:236
chr7	142168818	.	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.970;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=14.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQRankSum=-2.473;QD=1.37;ReadPosRankSum=4.043;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,19:0.10:195
chr7	142168819	rs361350	G	A	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.870;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.478;NF=51;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.151;SC=ACAAAGCAGCGCCCAGCAGAG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=62;TCR=133;TR=167;WE=142168847;WS=142168808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,176:0.90:195
chr7	142168825	.	C	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=14.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQRankSum=-2.176;QD=2.08;ReadPosRankSum=3.565;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,20:0.12:173
chr7	142168835	.	CA	TG	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=13.067;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQRankSum=-2.368;QD=3.55;ReadPosRankSum=2.089;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,23:0.15:151
chr7	142168839	.	G	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=13.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.55;MQRankSum=-2.105;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.947;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,23:0.16:144
chr7	142168856	rs73742239	C	G	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.945;HP=3;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.045;NF=23;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GCACAGTGGGCCAGGCAGCAC;SOR=2.339;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=128;TCF=35;TCR=93;TR=95;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,94:0.80:118
chr7	142168862	.	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.537;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.913;NF=12;NR=21;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGGGCCAGGCAGCACTGCACC;SOR=0.075;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=33;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr7	142176378	rs361393	A	G	19871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=420;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=1.021;SC=TGCTCTGTGCACTGGATCTTC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=736;TCF=421;TCR=315;TR=734;WE=142176386;WS=142176368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,755:1.00:757
chr7	142180584	rs373875376	TCC	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1139;ExcessHet=3.0103;FS=13.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-33.626;QD=0.27;ReadPosRankSum=-4.208;SOR=2.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1051,82:0.07:1133
chr7	142180591	.	TGG	T	548.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=9.594;ClippingRankSum=0.000;DP=1184;ExcessHet=3.0103;FS=13.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-34.288;QD=0.47;ReadPosRankSum=-4.707;SOR=2.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1094,84:0.07:1178
chr7	142180593	.	G	GTTTT	491.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=9.552;ClippingRankSum=0.000;DP=1164;ExcessHet=3.0103;FS=13.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-33.995;QD=0.42;ReadPosRankSum=-4.520;SOR=2.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1074,84:0.07:1158
chr7	142180596	.	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.576;ClippingRankSum=0.000;DP=1193;ExcessHet=3.0103;FS=12.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-34.409;QD=0.45;ReadPosRankSum=-4.226;SOR=2.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1091,96:0.08:1187
chr7	142180618	.	TG	CA	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.206;ClippingRankSum=0.000;DP=1323;ExcessHet=3.0103;FS=10.829;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-28.031;QD=2.69;ReadPosRankSum=-4.310;SOR=1.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1151,165:0.13:1316
chr7	142180625	.	T	C	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.515;ClippingRankSum=0.000;DP=1335;ExcessHet=3.0103;FS=10.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-25.862;QD=3.24;ReadPosRankSum=-2.612;SOR=1.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1147,183:0.14:1330
chr7	142180633	.	G	T	5301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.791;ClippingRankSum=0.000;DP=1338;ExcessHet=3.0103;FS=11.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-23.984;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=1.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1133,201:0.15:1334
chr7	142180635	.	T	G	5528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.235;ClippingRankSum=0.000;DP=1330;ExcessHet=3.0103;FS=11.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-23.293;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1118,208:0.16:1326
chr7	142180640	.	GA	TG	6398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DP=1334;ExcessHet=3.0103;FS=10.907;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-22.565;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.153;SOR=1.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1110,220:0.17:1330
chr7	142180646	.	AG	CT	7058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.594;ClippingRankSum=0.000;DP=1322;ExcessHet=3.0103;FS=11.893;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-20.702;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.371;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1074,244:0.19:1318
chr7	142180704	rs368420989	G	T	7767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-7.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1066;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.801;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.948;NF=186;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=3.365;SC=TCGATACCAGGACATGTATTC;SOR=0.590;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=1008;TCF=461;TCR=547;TR=350;WE=142180712;WS=142180694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:664,399:0.38:1063
chr7	142180737	rs372013265	T	A	7091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=883;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.840;NF=145;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=3.917;SC=CTGGGCACACTGCAGTGTCAT;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=859;TCF=384;TCR=475;TR=318;WE=142180745;WS=142180727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:543,340:0.39:883
chr7	142180770	rs375278683	T	C	4783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.135;NF=123;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTTCAGGACCTGGAATTTTGG;SOR=0.806;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=776;TCF=385;TCR=391;TR=266;WE=142180782;WS=142180760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:504,254:0.34:758
chr7	142180818	rs377067235	AAGG	A	4021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FS=15.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-27.070;QD=4.98;ReadPosRankSum=2.134;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:658,150:0.19:808
chr7	142180849	.	T	C	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DP=822;ExcessHet=3.0103;FS=9.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-28.347;QD=3.74;ReadPosRankSum=2.456;SOR=1.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:692,127:0.16:819
chr7	142180856	rs373727238	GC	G	2925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FS=8.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-28.246;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.257;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:686,119:0.15:805
chr7	142180873	.	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.951;ClippingRankSum=0.000;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=9.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-26.979;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.041;SOR=1.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,83:0.11:732
chr7	142180876	.	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=11.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-26.889;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=1.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:646,81:0.11:727
chr7	142180877	.	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.793;ClippingRankSum=0.000;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=12.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-26.911;QD=1.84;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=2.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,79:0.11:728
chr7	142180886	.	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.253;ClippingRankSum=0.000;DP=689;ExcessHet=3.0103;FS=20.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-26.145;QD=1.59;ReadPosRankSum=-2.177;SOR=2.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,61:0.09:686
chr7	142197606	rs373222208	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=15.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-5.590;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,51:0.31:165
chr7	142197613	rs376535639	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=13.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-6.273;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr7	142197835	rs17280	C	T	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=161;PP=2965;SC=ATCTTATATCCGGGAGACTGG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=166;TCR=162;TR=327;WE=142197843;WS=142197825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
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chr7	142231694	.	T	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-3.499;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,73:0.20:370
chr7	142231698	.	G	A	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-3.358;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,79:0.21:375
chr7	142231701	rs17248	G	T	9684.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.728;NF=177;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=1.044;SC=TGTTAGTGTCGTGAACACCAT;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=403;TCF=209;TCR=194;TR=348;WE=142231711;WS=142231684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,331:0.88:375
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chr7	142231740	rs372096379	T	C	5317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.892;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,151:0.35:431
chr7	142231744	rs376782927	A	G	5156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-6.004;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,144:0.34:421
chr7	142231762	.	A	T	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-7.122;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,119:0.33:366
chr7	142231769	.	T	A	3737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.460;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=22.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-7.632;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.193;SOR=1.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,96:0.30:323
chr7	142231771	.	TT	CG	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.454;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=20.917;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-7.657;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,95:0.30:321
chr7	142231780	.	CA	TC	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.384;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=24.280;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-7.576;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,87:0.30:288
chr7	142231793	.	A	AT	2487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.987;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=44.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-7.667;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=2.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,74:0.29:256
chr7	142231795	.	G	T	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.004;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=41.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-7.906;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=2.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,69:0.28:249
chr7	142231796	.	CCA	C	2398.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.986;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=44.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-7.664;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,66:0.27:248
chr7	142231800	.	G	GA	1943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.679;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=52.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-8.092;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.706;SOR=3.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,56:0.25:226
chr7	142231805	.	C	CTG	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.948;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=44.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-8.899;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.488;SOR=3.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,46:0.22:213
chr7	142231806	.	C	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=42.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-8.951;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.804;SOR=3.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,45:0.21:210
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chr7	142231826	.	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.809;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=41.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-7.153;QD=2.35;ReadPosRankSum=-3.169;SOR=4.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,21:0.14:150
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chr7	142247567	rs372792593	A	G	4868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-11.885;QD=18.58;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,125:0.48:262
chr7	142247571	rs376050671	A	G	4912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=-11.456;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,130:0.50:260
chr7	142247605	rs370122363	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.917;NF=42;NR=47;PP=1057;ReadPosRankSum=-1.797;SC=CCAGATCAGGGTCACTGTGAG;SOR=0.760;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=239;TCF=108;TCR=131;TR=89;WE=142247613;WS=142247595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,89:0.36:248
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chr7	142251132	rs361436	G	T	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=135;PP=2965;SC=GGAGCCTGATGCTCATGGCAG;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=66;TCR=135;TR=201;WE=142251140;WS=142251122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	142326909	rs76454382	C	G	9920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=183;PP=2965;SC=ACTACTCACACATAGTAAATG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=149;TCR=184;TR=332;WE=142326917;WS=142326899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	142334744	rs17211	C	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:565,84:0.13:649
chr7	142353577	rs71522189	C	CTTTGT,CTTTGTTTTGT	8511.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.256;NF=30,30;NR=103,103;PP=2989,520;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CAGATCCAAGCTTTGTTTTGT;SOR=1.072;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=307;TCF=37;TCR=270;TR=133,133;WE=142353585;WS=142353567;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.84,0.14:191
chr7	142364553	rs17254	G	A	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=2221;ReadPosRankSum=1.400;SC=CTGGGCCTACGGTTGATCTAT;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=110;WE=142364561;WS=142364543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,117:0.82:143
chr7	142378708	rs361418	T	G	11226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=225;NR=161;PP=2965;SC=TAATTCCTCTTTGTTGGGTTT;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=225;TCR=162;TR=386;WE=142378716;WS=142378698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr7	142378831	rs76429157	C	G	12681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=217;PP=2965;SC=TTGTTATAGGCACAGGAAAGA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=209;TCR=217;TR=426;WE=142378839;WS=142378821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr7	142423161	rs112325538	A	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=577;SC=AGGTGGAGACATTACAGAAAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=142423169;WS=142423151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	142423289	rs17251	C	A	5736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.894;SC=ACATAGGCAACTTTTGGCCTT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=173;TCR=110;TR=231;WE=142423297;WS=142423279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,239:0.82:293
chr7	142423562	rs62001054	C	T	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=125;NR=110;PP=2965;SC=AATGTTGAGGCGACTGATAAG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=235;WE=142423570;WS=142423552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr7	142428611	rs361326	C	T	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=87;PP=2965;SC=CCTACTATTTCGAGGTCTTTT;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=145;TCR=87;TR=232;WE=142428619;WS=142428601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	142428626	rs361327	A	C	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=104;PP=2965;SC=TCTTTTATACAAAGCTCTTTT;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=155;TCR=104;TR=258;WE=142428634;WS=142428616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr7	142448199	rs112413030	GGGTGGAAA	G	2849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.479;NF=6;NR=32;PP=2975;ReadPosRankSum=1.183;SC=TGTTAACACTGGGTGGAAAGG;SOR=0.454;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=38;WE=142448214;WS=142448189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,70:0.83:84
chr7	142458304	.	T	A	2713	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=27;MQ=52.59;NF=51;NR=10;PP=2713;QD=20;SC=AGCCTCACTGTGCTTGTTAAG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=120;TCF=95;TCR=25;TR=61;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:59,61:0.51:120
chr7	142458316	.	A	T	2713	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=27;MQ=53.98;NF=63;NR=23;PP=2713;QD=20;SC=CTTGTTAAGGATTTCTAATTA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=110;TCR=45;TR=86;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:69,86:0.55:155
chr7	142458371	rs367779270	T	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.089;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-15.601;NF=111;NR=77;ReadPosRankSum=-3.240;SC=TAACATGCTATTGACTTGCCT;SOR=1.208;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=375;TCF=230;TCR=145;TR=188;WE=142458379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,58:0.23:250
chr7	142458409	rs200665515	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=7.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-7.650;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=1.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,27:0.08:349
chr7	142458412	rs202003805	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=7.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-7.769;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.767;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,27:0.08:358
chr7	142458414	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=9.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=-7.540;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.770;SOR=1.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,28:0.08:359
chr7	142458437	rs372637371	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=7.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-7.694;QD=0.14;ReadPosRankSum=3.186;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,29:0.07:390
chr7	142458451	rs111033566	A	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=50.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-16.017;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.230;SOR=4.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,50:0.12:415
chr7	142458654	rs371732617	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=49.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-8.319;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=4.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,9:0.09:95
chr7	142458657	.	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=49.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-7.968;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.079;SOR=4.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,10:0.10:96
chr7	142458661	.	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=49.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-7.849;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.336;SOR=4.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,11:0.12:95
chr7	142458663	.	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=49.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-7.849;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.799;SOR=4.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,11:0.12:95
chr7	142458669	rs374824703	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=48.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-7.638;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.743;SOR=4.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,11:0.12:90
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chr7	142458700	rs376748793	G	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=16.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQRankSum=-7.409;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.876;SOR=2.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr7	142458719	rs373298203	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQRankSum=-0.820;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,19:0.19:98
chr7	142458737	rs370066365	C	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.40;MQRankSum=-8.287;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr7	142458739	rs374137559	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-8.366;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.043;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,31:0.26:117
chr7	142458768	rs376959792	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=7.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-7.040;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,26:0.13:197
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chr7	142460428	rs370303567	CCAA	C	1646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-24.906;QD=2.39;ReadPosRankSum=-4.642;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:606,83:0.12:689
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chr7	142460482	.	G	T	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-20.711;QD=5.12;ReadPosRankSum=3.802;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,105:0.18:572
chr7	142460494	.	A	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;ClippingRankSum=0.000;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-18.903;QD=5.94;ReadPosRankSum=2.905;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,98:0.20:490
chr7	142460495	.	A	C	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;ClippingRankSum=0.000;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-18.670;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.848;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,97:0.20:480
chr7	142460531	rs374907758	CA	C	2396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-13.811;NF=6;NR=63;PP=2360;ReadPosRankSum=0.760;SC=CTGCAGTGCCCACATGGAGAA;SOR=0.411;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=219;TCF=13;TCR=206;TR=69;WE=142460539;WS=142460521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,82:0.30:270
chr7	142460556	rs374121411	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.146;NF=9;NR=45;PP=1741;ReadPosRankSum=-2.996;SC=GGAAGACTCCCTTGGGCTGCA;SOR=0.227;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=167;TCF=21;TCR=146;TR=54;WE=142460577;WS=142460546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,53:0.32:167
chr7	142460569	rs377684105	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.267;NF=3;NR=28;PP=1741;ReadPosRankSum=-3.603;SC=GGGCTGCATCTTGTCTGCTTA;SOR=0.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=11;TCR=96;TR=31;WE=142460577;WS=142460546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr7	142460603	rs370565903	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-7.717;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr7	142460660	.	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-7.602;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr7	142460669	.	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=6.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-8.300;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,15:0.15:100
chr7	142460671	rs377695327	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=6.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-8.389;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,15:0.15:102
chr7	142460690	.	C	CTCTT	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=6.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-9.763;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,16:0.12:133
chr7	142460865	rs6667	T	C	10156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TAGCTGCCAATAGCTAAAGCC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=486;TCF=227;TCR=259;TR=414;WE=142460873;WS=142460855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,426:0.85:499
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chr7	142468206	.	G	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.011;ClippingRankSum=0.000;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-10.787;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,66:0.16:411
chr7	142468213	.	A	G	6403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.620;ClippingRankSum=0.000;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-17.735;QD=15.28;ReadPosRankSum=3.578;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,169:0.40:419
chr7	142468218	.	G	A	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.318;ClippingRankSum=0.000;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-11.620;QD=7.70;ReadPosRankSum=4.587;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,102:0.24:424
chr7	142468221	.	T	A	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-12.019;QD=7.53;ReadPosRankSum=4.451;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,102:0.24:430
chr7	142468228	.	A	G	5352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.639;ClippingRankSum=0.000;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-18.304;QD=12.17;ReadPosRankSum=2.337;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,150:0.34:440
chr7	142468232	.	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-11.145;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.363;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,50:0.11:451
chr7	142468241	.	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-10.874;QD=1.01;ReadPosRankSum=-2.304;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,41:0.08:486
chr7	142468244	.	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-10.602;QD=0.48;ReadPosRankSum=-2.558;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,38:0.08:488
chr7	142470290	rs11769872	T	C	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.071;NF=87;NR=69;PP=2618;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GGAAGGAGGGTTAAGGAGCAT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=107;TCR=85;TR=156;WE=142470298;WS=142470280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,161:0.81:199
chr7	142470364	rs11770572	T	C	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=82;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AACAGAAAGGTCCTGGGTCTC;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=59;TCR=101;TR=133;WE=142470372;WS=142470354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,139:0.84:165
chr7	142470544	rs377545759	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=7.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-5.085;QD=2.04;ReadPosRankSum=-3.548;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,67:0.16:426
chr7	142470582	rs374775884	T	C	17790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-10.575;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:567,478:0.46:1045
chr7	142470585	.	G	A	9064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DP=1184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-1.885;QD=8.05;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:860,266:0.24:1126
chr7	142470597	.	G	A	22122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.195;ClippingRankSum=0.000;DP=1445;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQRankSum=-11.361;QD=16.14;ReadPosRankSum=4.095;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:765,606:0.44:1371
chr7	142470607	.	A	T	14486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=1633;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-8.402;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1164,409:0.26:1573
chr7	142470612	rs367807406	A	G	15012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1731;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-10.942;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1222,449:0.27:1671
chr7	142470614	.	C	T	14872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DP=1757;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-10.522;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1251,446:0.26:1697
chr7	142470645	rs368963025	T	C	21400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2084;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-26.145;QD=10.71;ReadPosRankSum=4.568;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1099,899:0.45:1998
chr7	142470646	rs375588069	T	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2084;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-14.109;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1641,358:0.18:1999
chr7	142470683	.	C	CCT	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.588;ClippingRankSum=0.000;DP=1784;ExcessHet=3.0103;FS=12.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-18.209;QD=0.38;ReadPosRankSum=3.024;SOR=2.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1549,141:0.08:1690
chr7	142470685	.	ATG	A	639.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.593;ClippingRankSum=0.000;DP=1706;ExcessHet=3.0103;FS=11.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQRankSum=-18.299;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.195;SOR=2.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1521,140:0.08:1661
chr7	142470686	.	T	C	11889.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.937;ClippingRankSum=0.000;DP=1679;ExcessHet=3.0103;FS=4.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-20.766;QD=7.32;ReadPosRankSum=-3.590;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1212,413:0.25:1625
chr7	142470687	.	G	A	11888.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.089;ClippingRankSum=0.000;DP=1639;ExcessHet=3.0103;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=-21.007;QD=7.44;ReadPosRankSum=-3.580;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1200,399:0.25:1599
chr7	142470691	rs10952531	G	C	19783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1586;ExcessHet=3.0103;FS=8.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=24.852;QD=12.69;ReadPosRankSum=3.284;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:666,893:0.57:1559
chr7	142470693	.	T	C	18546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.484;ClippingRankSum=0.000;DP=1547;ExcessHet=3.0103;FS=13.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-30.799;QD=12.16;ReadPosRankSum=-5.737;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1027,498:0.33:1525
chr7	142470694	.	G	A	10897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DP=1513;ExcessHet=3.0103;FS=6.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-22.296;QD=7.33;ReadPosRankSum=-3.672;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1158,329:0.22:1487
chr7	142470703	.	G	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.238;ClippingRankSum=0.000;DP=1363;ExcessHet=3.0103;FS=9.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-18.576;QD=0.81;ReadPosRankSum=-4.576;SOR=1.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1238,119:0.09:1357
chr7	142470707	.	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=12.557;ClippingRankSum=0.000;DP=1307;ExcessHet=3.0103;FS=7.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-18.070;QD=0.88;ReadPosRankSum=-4.379;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1198,105:0.08:1303
chr7	142470708	rs375249350	C	T	7760.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1291;ExcessHet=3.0103;FS=10.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-25.598;QD=6.03;ReadPosRankSum=-6.927;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1043,244:0.19:1287
chr7	142470709	.	A	G	11911.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=8.998;ClippingRankSum=0.000;DP=1266;ExcessHet=3.0103;FS=17.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-33.822;QD=9.44;ReadPosRankSum=-9.143;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:927,335:0.27:1262
chr7	142470715	.	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.112;ClippingRankSum=0.000;DP=1143;ExcessHet=3.0103;FS=2.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-17.649;QD=0.23;ReadPosRankSum=-4.206;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1061,77:0.07:1138
chr7	142470726	.	A	G	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=14.222;ClippingRankSum=0.000;DP=917;ExcessHet=3.0103;FS=11.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-30.013;QD=6.20;ReadPosRankSum=-8.912;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:746,167:0.18:913
chr7	142470733	.	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=782;ExcessHet=3.0103;FS=10.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-21.791;QD=2.12;ReadPosRankSum=-7.706;SOR=1.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:694,85:0.11:779
chr7	142478608	rs73742439	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=993;SC=TGCAGGAAAGGGCCGCTCTCC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=142478616;WS=142478598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	142478755	rs73742441	T	C	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=104;PP=2965;SC=GGAATGGTGATCCTCACCTCA;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=146;TCR=104;TR=250;WE=142478763;WS=142478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	142478771	rs201689354	A	AC	11285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.02;NF=74;NR=96;PP=2967;SC=CCTCACAGACACTCCTCTCTG;SOR=1.009;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=170;WE=142478779;WS=142478761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	142478881	.	T	TAG	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-19.169;QD=1.96;ReadPosRankSum=-2.676;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,54:0.11:494
chr7	142478897	rs73742442	T	C	16330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.71;QD=30.19;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr7	142478897	.	TCTCAGGCCCCAACCACCCCCCGTTACTGGCAGACAT	CCTCAGGCCCCAACCACCCCCCGTTACTGGCAGACAT,CCTCAGGCTCCAACCATACCCCGTTCCTGGCAGATGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=57.48;NF=296,40;NR=254,34;PP=2962,2897;QD=20;SC=TCATGCCCTGTCTCAGGCCCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=550;TCF=296;TCR=254;TR=550,74;WE=142478941;WS=142478887;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:550
chr7	142478905	.	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-20.285;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,84:0.15:555
chr7	142478913	.	CC	TA	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-20.311;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,89:0.16:557
chr7	142479912	rs200484890	C	G	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=41.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-5.446;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,80:0.22:367
chr7	142479915	rs377017470	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=114.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-14.819;QD=3.57;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=4.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,78:0.21:378
chr7	142479917	rs369591097	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=37.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQRankSum=-5.171;QD=5.81;ReadPosRankSum=2.318;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,75:0.20:382
chr7	142479940	rs58649169	C	T	8063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=11.226;NF=168;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.500;SC=ATGACAAGATCGTTGGGGGCT;SOR=0.204;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=464;TCF=272;TCR=192;TR=313;WE=142479962;WS=142479930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,317:0.70:454
chr7	142479954	rs201779716	C	T	4056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-13.237;NF=137;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.966;SC=GGGGGCTACACCTGTGAGGAG;SOR=1.305;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=517;TCF=302;TCR=215;TR=206;WE=142479962;WS=142479930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,194:0.42:465
chr7	142480002	rs199512312	C	A	5989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.009;NF=152;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.859;SC=AATTCTGGCTCCCACTTCTGC;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=626;TCF=317;TCR=309;TR=310;WE=142480020;WS=142479992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,298:0.48:619
chr7	142480012	rs56146961	C	T	11730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=14.754;NF=171;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.666;SC=CCCACTTCTGCGGTGGCTCCC;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=654;TCF=321;TCR=333;TR=336;WE=142480020;WS=142479992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,338:0.52:649
chr7	142480034	rs10808019	C	A	6976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=13.639;NF=151;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CATCAGCGAACAGTGGGTGGT;SOR=0.478;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=620;TCF=269;TCR=351;TR=320;WE=142480042;WS=142480024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,323:0.53:608
chr7	142480067	rs201659809	C	T	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.856;NF=61;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.206;SC=CTGCTACAAGCCGTAAGTGTG;SOR=1.025;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=417;TCF=156;TCR=261;TR=189;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,170:0.43:398
chr7	142480079	rs371397657	T	G	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=17.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-15.179;QD=12.47;ReadPosRankSum=-3.804;SOR=1.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,110:0.36:302
chr7	142480083	.	A	C	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.438;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=20.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=-15.510;QD=12.88;ReadPosRankSum=-3.827;SOR=1.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,98:0.35:283
chr7	142480095	rs374574556	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=49.079;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.143;NF=6;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.319;SC=TGACTGCAAAGCTCCCAGCCA;SOR=3.860;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=229;TCF=59;TCR=170;TR=76;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,53:0.26:206
chr7	142480126	.	C	A	972	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=28;MQ=52.68;NF=1;NR=34;PP=972;QD=28.7648917871;SC=GAGAGCTTGGCTTCAGCCCAG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=125;TCF=19;TCR=106;TR=35;WE=142480156;WS=142480116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:90,35:0.28:125
chr7	142480137	rs57353422	A	G	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.40;QD=42.29;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	142480137	.	AGAACTACTGAG	GGAAGTACTGAC,GGAAGTACTGAG	2838	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=28;MQ=53.04;NF=7,8;NR=45,63;PP=2838,953;QD=20;SC=TTCAGCCCAGAGAACTACTGA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=10;TCR=76;TR=52,71;WE=142480156;WS=142480116;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:86
chr7	142480141	rs55775033	C	G	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=48.30;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	142480148	rs10808021	G	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.30;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	142481234	rs57725689	T	C	31782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.103;NF=614;NR=509;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.535;SC=AACAGGATTATTCTGAACAAT;SOR=0.518;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1132;TCF=614;TCR=518;TR=1123;WE=142481242;WS=142481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1146:1.00:1147
chr7	142481376	rs73740310	T	A	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=216;PP=2965;SC=CCCTGAGCTCTGGGGGTGAGT;SOR=3.310;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=41;TCR=217;TR=257;WE=142481384;WS=142481366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr7	142481807	rs4726591	C	T	10456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=205;NR=145;PP=2965;SC=AGTGCCTGGACGCTCCTGTGC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=350;TCF=205;TCR=145;TR=350;WE=142481815;WS=142481797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr7	142481867	rs59320698	C	G	16852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=338;NR=231;PP=2965;SC=TTACCAGCAACATGTTCTGTG;SOR=1.181;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=572;TCF=339;TCR=233;TR=569;WE=142481875;WS=142481857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr7	142482184	rs73740312	A	C	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=38;PP=2463;SC=TCCATCTCTCAATAAAACTTG;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=142482192;WS=142482174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	142494606	rs2071361	C	G	5069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GCTGAAGCCCCGGAACTGGGG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=144;TCR=119;TR=210;WE=142494614;WS=142494596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,219:0.81:271
chr7	142495126	rs12532977	GG	AT	10817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.585;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=93;PP=2944;ReadPosRankSum=0.026;SC=TGCATGCGGGGGTGCACCTCC;SOR=1.204;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=291;TCF=172;TCR=119;TR=241;WE=142495135;WS=142495116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,263:0.87:302
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chr7	142498624	rs374783458	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=9.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-5.360;SOR=2.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,27:0.20:136
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chr7	142498630	rs372653085	T	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=19.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-4.201;SOR=3.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,36:0.21:168
chr7	142498635	.	C	CAG	1463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=28.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-3.612;SOR=3.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,43:0.22:194
chr7	142498638	rs372878243	CCT	C	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=30.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.860;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.784;SOR=3.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,48:0.23:212
chr7	142498652	rs377324607	CAT	C	2259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=7.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=6.195;QD=7.98;ReadPosRankSum=-2.737;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,74:0.26:283
chr7	142498673	rs376425724	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.706;NF=98;NR=17;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CCCCTACCAGGACCAGACAGC;SOR=1.253;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=382;TCF=290;TCR=92;TR=115;WE=142498716;WS=142498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,111:0.29:380
chr7	142498687	rs1799887	T	C	16538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=337;NR=122;PP=2965;SC=AGACAGCTCTTAGAGCAACCC;SOR=1.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=473;TCF=341;TCR=132;TR=459;WE=142498716;WS=142498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr7	142498699	.	A	G	6712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.215;ClippingRankSum=0.000;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=5.307;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,183:0.32:571
chr7	142498702	.	C	T	7078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=3.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=5.231;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,194:0.33:594
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chr7	142498708	.	A	ACC	7786.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.448;ClippingRankSum=0.000;DP=638;ExcessHet=3.0103;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=5.216;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.708;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,209:0.33:638
chr7	142498735	rs377360215	A	C	14017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=4.380;QD=15.30;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:543,373:0.41:916
chr7	142498738	rs370415932	C	G	14178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=4.335;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.768;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:552,387:0.41:939
chr7	142498813	rs1042955	G	A	11660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=263;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.578;SC=CCACACTGGTGTGCCTGGCCA;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1107;TCF=556;TCR=551;TR=533;WE=142498821;WS=142498803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:583,534:0.48:1117
chr7	142498833	.	A	T	17378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DP=1051;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,464:0.44:1048
chr7	142498837	rs1042957	C	T	17277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1034;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,454:0.44:1030
chr7	142498897	rs1042959	A	G	8877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=954;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.767;SC=GGGTCAGCACAGACCCGCAGC;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=960;TCF=479;TCR=481;TR=430;WE=142498905;WS=142498887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,428:0.45:951
chr7	142499071	rs1042960	T	C	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=128;PP=2448;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GGGCCAAACCTGTCACCCAGA;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=421;TCF=144;TCR=277;TR=197;WE=142499079;WS=142499061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,202:0.48:421
chr7	142499729	rs3114480	T	C	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=82;PP=2872;SC=GACACAGGGGTGTGAGGGAGG;SOR=1.219;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=137;WE=142499737;WS=142499719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	142499762	rs706	A	G	3464.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=2518;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GTGCACAGGTACCTACATGCT;SOR=0.409;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=127;WE=142499770;WS=142499752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,131:0.90:146
chr7	142500409	rs11327	T	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=878;ReadPosRankSum=-1.117;SC=AATAAAAAATTGTGTGTTGGG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=37;WE=142500417;WS=142500399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr7	142510174	rs17270	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=647;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AAATATCCTCCACCCAGTCCC;SOR=2.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=30;WE=142510182;WS=142510164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr7	142510309	rs17269	A	G	10205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=227;NR=126;PP=2965;SC=AGTCACTGAGAAGGAGCTTCT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=227;TCR=127;TR=353;WE=142510317;WS=142510299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr7	142510350	rs17268	G	A	10728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=0.677;SC=CGGTCCTGGGGTCTGGAGGCT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=505;TCF=285;TCR=220;TR=438;WE=142510358;WS=142510340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,448:0.87:515
chr7	142510446	rs17267	G	A	10149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=1.548;SC=GCAGCCTGTCGGTACCAGTAT;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=216;TCR=289;TR=417;WE=142510454;WS=142510436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,426:0.82:517
chr7	142566163	rs6944571	C	G	19661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=402;NR=368;PP=2962;ReadPosRankSum=0.402;SC=CTCCCTTGTGCCCTCCGCTGG;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=911;TCF=478;TCR=433;TR=770;WE=142566171;WS=142566153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,794:0.85:935
chr7	142572304	rs4987704	G	A	10657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.391;SC=AGTACATGACGTTGCACCAGC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=536;TCF=241;TCR=295;TR=454;WE=142572312;WS=142572294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,460:0.84:548
chr7	142583330	rs17881456	A	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=131;PP=2965;SC=AGCCTTGGGGACACATCAGCC;SOR=2.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=37;TCR=131;TR=168;WE=142583338;WS=142583320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr7	142626549	rs4236480	C	T	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.630;NF=141;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.975;SC=GCGGGGACTACGGCGGAAGGC;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=169;TCR=31;TR=166;WE=142626557;WS=142626539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,167:0.83:201
chr7	142626773	rs4236481	A	C	5840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.520;SC=TGCTAGACTTATGCCCTGGGC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=47;TCR=185;TR=202;WE=142626781;WS=142626763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,211:0.87:243
chr7	142627138	rs4252402	G	A	9083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=2.431;SC=TTGAATTACCGTGTAGGCTCC;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=427;TCF=206;TCR=221;TR=369;WE=142627146;WS=142627128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,377:0.86:437
chr7	142627580	rs4252400	G	T	4893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.283;SC=GAGACAGTCAGAGCAGAATGA;SOR=0.940;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=229;TCF=106;TCR=123;TR=202;WE=142627588;WS=142627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,207:0.88:236
chr7	142639321	rs8176044	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=0;PP=813;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GGGTGCTGAATTAGGTAGAAG;SOR=3.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=36;WE=142639329;WS=142639319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr7	142881540	rs4726600	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.262;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=67;PP=1854;ReadPosRankSum=0.808;SC=CAGCACCCAAGAAGACCACAG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=89;WE=142881548;WS=142881530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,92:0.93:99
chr7	142985455	rs144511554	C	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=929;ReadPosRankSum=1.601;SC=CAGTGTGCGTCCGCGTCTGAG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=43;WE=142985463;WS=142985445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr7	143016928	rs6962852	C	T	8177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=152;PP=2965;SC=CCAGTTCTACCGTGGACAGCA;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=138;TCR=152;TR=290;WE=143016936;WS=143016918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	143017807	rs10282312	G	T	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=118;PP=2965;SC=AGGGGAAGACGGGATCTTTCT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=151;TCR=118;TR=269;WE=143017815;WS=143017797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	143017960	rs7800971	C	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=45;PP=1314;SC=GGTGTGTTATCGGAAGCGAAT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=143017968;WS=143017950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	143020625	rs2272257	T	C	8512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CTTCCTCGTCTCCCTGTCTGC;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=394;TCF=243;TCR=151;TR=326;WE=143020633;WS=143020615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,331:0.83:397
chr7	143020649	rs2272256	G	A	10935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCCTGGCCACGTGATGCCTCT;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=511;TCF=339;TCR=172;TR=429;WE=143020657;WS=143020639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,438:0.84:522
chr7	143020780	rs2272255	T	C	32700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=690;NR=689;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CCCTCTGTGTTAGTTTCCCTC;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1617;TCF=802;TCR=815;TR=1379;WE=143020802;WS=143020764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,1384:0.86:1617
chr7	143020944	rs41276051	G	A	10221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=254;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TCCTGGTGTCGGCCTGTGCAG;SOR=1.104;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=458;TCF=169;TCR=289;TR=392;WE=143020952;WS=143020934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,400:0.86:464
chr7	143028536	rs2242493	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=1132;ReadPosRankSum=-2.041;SC=GGGGATGTGGGCAGATAGGAA;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=50;WE=143028544;WS=143028526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,50:0.86:58
chr7	143029371	rs2367941	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=537;SC=TCAAATATTGGTTTTTTGTGT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=143029379;WS=143029361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	143029874	rs41276054	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,31:0.15:201
chr7	143039311	rs940864	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,33:0.13:251
chr7	143039456	rs41276057	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=5.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,43:0.12:349
chr7	143042837	rs2272251	C	T	4954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=2.609;SC=AGGACGAAGACCTCTCTGGCA;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=119;TCR=131;TR=203;WE=143042845;WS=143042827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,209:0.81:257
chr7	143043240	rs13438232	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FS=1.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,120:0.16:730
chr7	143043304	rs78085922	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:462,85:0.16:547
chr7	143043377	rs56680997	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,28:0.15:184
chr7	143043607	rs2242492	G	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,20:0.14:144
chr7	143043878	rs73172436	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,32:0.12:269
chr7	143053723	rs17854363	C	T	15216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=351;NR=293;PP=2962;ReadPosRankSum=1.251;SC=CGGCTGAGAGCGGTAGACATC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=767;TCF=415;TCR=352;TR=644;WE=143053731;WS=143053713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,656:0.84:778
chr7	143054309	rs4236482	G	A	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=2001;ReadPosRankSum=0.530;SC=GCTGAGTGGAGGCAGCTGAGA;SOR=0.470;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=102;WE=143054317;WS=143054299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,100:0.88:113
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chr7	143078928	rs10808025	C	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=89;PP=2531;SC=GGGGGGCAGTCGTTTCGGGAA;SOR=5.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=4;TCR=89;TR=93;WE=143078936;WS=143078918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr7	143088823	rs1804527	T	C	18279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=313;NR=372;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CGGTTCGATATGGGATCCCAT;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=688;TCF=314;TCR=374;TR=685;WE=143088831;WS=143088813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,696:1.00:698
chr7	143088867	rs6967117	T	C	13647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=280;PP=2965;SC=CGAAGAGTCATCCTGTGGGAC;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=478;TCF=197;TCR=281;TR=477;WE=143088875;WS=143088857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr7	143093538	rs10952549	G	A	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=112;PP=2965;SC=GTAAAGTCCAGGGCTCCCTGT;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=159;TCR=112;TR=271;WE=143093546;WS=143093528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr7	143097100	rs4725617	A	G	7739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=153;PP=2965;SC=GGAGCCAGACACAAGGTCTCG;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=120;TCR=153;TR=273;WE=143097108;WS=143097090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr7	143141475	rs4595035	T	C	1581.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5067;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1159;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGAAGAGTCGTCGTTCCTCAA;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=58;WE=143141483;WS=143141465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,62:0.90:69
chr7	143175154	rs1404635	G	A	14640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=262;PP=2962;ReadPosRankSum=0.751;SC=TGGTTGGGACGGTGCACAACT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=681;TCF=380;TCR=301;TR=599;WE=143175162;WS=143175144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,609:0.88:693
chr7	143175345	rs10278721	C	T	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.457;SC=TGGAGGTTCCCAGGGTGGGTG;SOR=1.426;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=212;TCF=75;TCR=137;TR=171;WE=143175353;WS=143175335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,172:0.80:215
chr7	143295456	rs200633232	A	C	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQRankSum=-6.367;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,150:0.78:193
chr7	143554451	rs200166862	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	143701884	rs728275	C	T	12909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.230;SC=TTATCCATGCCTTCAACATGA;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=593;TCF=319;TCR=274;TR=504;WE=143701892;WS=143701874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,518:0.85:610
chr7	143747870	rs2961144	A	G	13808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=284;PP=2965;SC=GTACATGGCTATCTGCCACCC;SOR=1.176;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=480;TCF=196;TCR=284;TR=480;WE=143747878;WS=143747860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr7	143747964	.	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,46:0.16:279
chr7	143748098	rs6464573	G	T	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=64;PP=2318;SC=CATCTTTGCTGCTTCAGTGTT;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=108;WE=143748106;WS=143748088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	143748257	rs6464574	G	A	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=74;PP=2965;SC=CTTTGGCAGCGCCATTGTCAT;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=115;TCR=74;TR=189;WE=143748265;WS=143748247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	143748364	rs4407791	T	C	9832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=164;PP=2965;SC=CCTTGATCTATAGCCTGAGGA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=179;TCR=165;TR=343;WE=143748372;WS=143748354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr7	143771536	rs6951485	G	A	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=64;PP=2965;SC=TGTGCTTGCAGCACGGTGCCC;SOR=1.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=174;TCR=66;TR=238;WE=143771544;WS=143771526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr7	143771937	rs2961135	G	C	9512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=189;PP=2965;SC=GCTGGTGGGAGCCTTCTTTTC;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=127;TCR=189;TR=316;WE=143771945;WS=143771922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr7	143772321	rs58564374	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr7	143792991	rs34947817	G	A	8128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.333;SC=CCCAAGTCAAGCCATTCTCAA;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=412;TCF=249;TCR=163;TR=336;WE=143792999;WS=143792981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,345:0.82:422
chr7	143793162	rs34470072	A	G	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CTGAGTGTGTAAGCATGGTTC;SOR=1.011;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=36;TCR=142;TR=138;WE=143793170;WS=143793152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,142:0.79:180
chr7	143806688	rs10230228	C	A	9679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GGAAGGCAACCAGACATGGAT;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=468;TCF=260;TCR=208;TR=393;WE=143806696;WS=143806678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,407:0.84:483
chr7	143807304	rs10252253	T	C	11982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=266;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GTCGGGCCTCTTTCCTTGATT;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=610;TCF=291;TCR=319;TR=507;WE=143807312;WS=143807294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,517:0.83:621
chr7	143807515	rs2961149	T	G	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-13.392;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,107:0.21:518
chr7	143807518	rs2951315	T	C	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=1.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-13.603;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,107:0.20:532
chr7	143807666	rs10249545	A	G	4227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.340;SC=AATTTTGAATATATTTTGTAG;SOR=1.129;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=52;TCR=131;TR=157;WE=143807682;WS=143807656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,165:0.85:194
chr7	143807674	rs2961150	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=4.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,24:0.15:158
chr7	143826603	rs2961160	G	T	9977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=177;PP=2965;SC=CGTTACAATAGCCTCATGAGC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=171;TCR=177;TR=348;WE=143826611;WS=143826593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr7	143826697	rs2961161	C	G	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=108;PP=2965;SC=TCATCCTGAGCCTGCCCTTCT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=177;WE=143826705;WS=143826687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	143826729	rs66549240	ACTT	A	5564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=70;PP=2971;SC=GAAATCAACCACTTCTTCTGT;SOR=1.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=17;TCR=79;TR=85;WE=143826739;WS=143826719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	143827198	rs34308692	CT	C	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=38;PP=599;SC=TAGAAGTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=2.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=38;WE=143827206;WS=143827188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	143839408	rs1919954	C	T	16160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=334;PP=2965;SC=GACCTATTTGCATTTCTCTTT;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=568;TCF=234;TCR=334;TR=568;WE=143839416;WS=143839398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr7	143839605	rs1919953	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=53;PP=2965;SC=TGCCGTTCTGTGGGCCCCGGG;SOR=2.150;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=141;TCR=53;TR=194;WE=143839613;WS=143839595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	143955741	rs199831033	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.32;MQRankSum=0.845;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.680;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr7	143956461	rs199974780	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQRankSum=-1.856;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	144015434	rs141871720	A	G	12832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.47;QD=46.33;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr7	144015437	rs150229766	C	T	13161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.58;MQRankSum=-2.222;QD=43.01;ReadPosRankSum=1.544;SOR=2.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr7	144068163	rs146660641	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQRankSum=-5.473;QD=21.96;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr7	144075749	rs1635079	A	G	7626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AACAGCCCAAATCTGTCTCTA;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=319;TCF=249;TCR=70;TR=280;WE=144075757;WS=144075739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,283:0.88:321
chr7	144228295	.	GA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.369;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr7	144532829	rs111798915	A	AG	1250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.478;NF=3;NR=29;PP=1129;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TCCGGGACCCAGGAGCCAGCT;SOR=0.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=32;WE=144532837;WS=144532819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr7	145692004	rs4726777	C	A	648.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-0.416;QD=23.17;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr7	146805228	rs35167289	T	TG	2408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=5;PP=2210;SC=TTATTTTTTTTTTTGTTTTAG;SOR=4.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=57;WE=146805236;WS=146805218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	146997203	rs2692185	T	A	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=44;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.802;SC=AATTTTAAGATAAAAATGACT;SOR=1.095;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=133;TCR=44;TR=175;WE=146997211;WS=146997193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr7	147183143	rs2286127	A	G	5583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGTGAGTGCCAATTTATCTCA;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=97;TCR=150;TR=215;WE=147183151;WS=147183133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,228:0.87:262
chr7	147183278	rs4015951	CAAA	C	351.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.816;NF=0;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=0.964;SC=GTCATTTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=147183288;WS=147183268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr7	147259374	rs2074715	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=682;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TTTATGTTTTATGAAGATGCT;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=35;WE=147259382;WS=147259364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr7	147600604	rs2538962	C	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,25:0.17:145
chr7	147674912	rs2373284	T	C	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=43;PP=1986;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ATATGTCTAATGCAGCCTCCT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=127;WE=147674920;WS=147674902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,131:0.85:154
chr7	147926888	rs3779032	A	C	8869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=1.405;SC=ATACATGTACATATAAATTAC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=98;TCR=204;TR=301;WE=147926896;WS=147926878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr7	147963925	rs3801974	C	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=0.595;SC=CACTTACCATCCTCAGATTTT;SOR=0.120;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=5;WE=147963933;WS=147963915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr7	147963983	rs10248273	G	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=17;PP=2181;SC=TTTTCTCGGGGTGGTGTTTTA;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=93;WE=147963991;WS=147963973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	147964016	rs3801975	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=9.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,30:0.17:180
chr7	147964091	rs3801976	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,61:0.14:421
chr7	148080647	rs1637841	T	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=0;PP=1501;SC=GAAACCTAAATGTAAGCTTTG;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=52;TCR=0;TR=51;WE=148080655;WS=148080637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	148106465	.	C	CTCTT	2974	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.22;NF=51;NR=43;PP=2974;QD=20;SC=TGACACTTGACTCTTTCTTTC;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=94;WE=148106498;WS=148106454;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:82,94:0.53:176
chr7	148106475	rs72268642	C	CTT	4548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=6.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.382;QD=18.19;ReadPosRankSum=2.069;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,182:0.73:250
chr7	148106477	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.14;NF=121;NR=71;PP=2962;QD=20;SC=CTTTCTTTCTCTACAGCCAGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=159;TCR=93;TR=192;WE=148106498;WS=148106454;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,192:0.76:252
chr7	148106477	.	C	CTG	8567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=6.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.042;QD=28.75;ReadPosRankSum=2.542;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,232:0.78:298
chr7	148106490	rs9648691	G	A	10630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.905;NF=145;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CAGCCAGTGCGGATTTTCCAT;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=184;TCR=125;TR=240;WE=148106498;WS=148106454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,279:0.79:354
chr7	148143136	rs2530301	A	G	14766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=284;NR=266;PP=2965;SC=CCTGGGCCTCACGCCAGGGTC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=550;TCF=284;TCR=266;TR=550;WE=148143144;WS=148143126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr7	148288020	rs62624492	G	T	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=69;PP=2468;ReadPosRankSum=1.718;SC=TTGCCAAAATGCAAGTGGAAG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=164;WE=148288028;WS=148288010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,177:0.86:205
chr7	148288135	rs111320068	C	T	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1976;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TGACCTTCGCCTGAGTGGGAG;SOR=0.411;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=120;WE=148288143;WS=148288125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,126:0.82:154
chr7	148311115	rs11434056	G	GT	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,31:0.20:157
chr7	148463860	rs1014095	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=949;SC=TAATTATCTGTAGTTTTGATA;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=148463868;WS=148463850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	148464675	rs6956231	T	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=16;PP=2066;SC=TGCAAAATTTTTTTCAGTGCA;SOR=3.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=72;TCR=16;TR=88;WE=148464683;WS=148464665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	148483760	rs2072406	G	A	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=57;PP=1650;SC=AATGTTATTTGTAGATGGCCT;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=148483768;WS=148483750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	148487329	rs933436	G	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1162;SC=TGGAACAGTGGGCTTTACTTA;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=51;WE=148487337;WS=148487319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	148487395	rs2007404	T	C	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=56;PP=2907;SC=GCTGTCCTTTTATCTAGTTGG;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=142;WE=148487403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	148504716	rs3217095	AG	A	4365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=39;NR=50;PP=2824;SC=GTTTCAGAGGAGGGGGGAGGA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=89;WE=148504724;WS=148504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	148504854	rs55877618	A	AGACTT	5943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=55;PP=2965;SC=ACATGTGCTGAGACTTAACAC;SOR=1.230;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=85;TCF=15;TCR=70;TR=70;WE=148504867;WS=148504844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	148504906	.	TAAAAAA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=0.674;QD=7.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	148506064	rs740949	A	G	9295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=2.940;SC=AAAGTGACCCATCAAAAGAAG;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=221;TCR=128;TR=346;WE=148506072;WS=148506054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr7	148508833	rs2072407	A	G	8364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=173;PP=2965;SC=AAACACAATCACATCATCAAA;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=129;TCR=173;TR=301;WE=148508841;WS=148508823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr7	148523800	.	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=41;PP=962;ReadPosRankSum=-2.396;SC=TAAAAGGTTTCCATGTGTTAC;SOR=2.790;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=42;WE=148523808;WS=148523790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr7	148543525	rs10274535	A	G	9939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.457;SC=AAACCAAAAGATGATGATAAT;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=224;TCR=133;TR=354;WE=148543533;WS=148543507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,363:1.00:364
chr7	148543693	rs3214332	TA	T	3454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.709;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.566;NF=4;NR=106;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AACATACTCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.199;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=138;TCF=6;TCR=132;TR=110;WE=148543712;WS=148543681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,146:0.96:152
chr7	148638572	rs2035216	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=637;SC=AGACTCACAGGATAACACAGT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=148638580;WS=148638562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	148705221	rs2306172	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=26;PP=2370;SC=CGGGGTGTCCAGGGCTGGCAT;SOR=2.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=89;TCR=26;TR=115;WE=148705229;WS=148705211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	148801337	rs12704061	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:563,83:0.13:646
chr7	148809451	rs6464938	T	C	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=144;PP=2965;SC=TTTGGCCGGGTGTGGTGGCTC;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=65;TCR=144;TR=209;WE=148809459;WS=148809441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	148823366	rs10251621	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,65:0.16:401
chr7	148844884	rs2693317	G	A	5804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.416;SC=CGCGAGTGTTGTGAGCCCCCG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=167;TCR=146;TR=256;WE=148844892;WS=148844874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,257:0.82:315
chr7	148851213	rs917124	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,55:0.16:334
chr7	148851273	rs3801979	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,32:0.16:200
chr7	148873497	rs1568944	T	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,46:0.21:221
chr7	148873633	rs113060841	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.109;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,60:0.14:443
chr7	148875632	rs1202461	T	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=510;SC=CCTTCTGCTGTATTTCTGATC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=148875640;WS=148875627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	148907870	rs1202422	C	T	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CTGCCAGCCCCCAGAGTTAGC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=86;TCR=174;TR=220;WE=148907878;WS=148907860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,228:0.84:273
chr7	148909687	rs1202425	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=242;SC=ATTTTTTGTTCTTTGAGACGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=148909695;WS=148909677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	148936762	rs111428978	A	ACGG	1425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=743;SC=TGGCATCAACACGGCGGCGGC;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=15;WE=148936770;WS=148936758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	148937136	rs1202427	C	A	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=117;PP=2965;SC=ACTTCTCTGACGCTTGCTTTA;SOR=2.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=33;TCR=117;TR=150;WE=148937144;WS=148937126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	148950895	rs34185245	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,50:0.14:348
chr7	148959272	rs141240216	C	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr7	148963652	rs61729506	C	T	7886.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.773;SC=TGCGAGAAGACAGCTGTGGAG;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=161;TCR=199;TR=321;WE=148963660;WS=148963642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,324:0.90:362
chr7	148963845	rs36045700	G	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-0.493;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,105:0.20:528
chr7	148990399	rs17554670	C	G	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=43;PP=2183;ReadPosRankSum=0.949;SC=ATGGTCCCAACTGAGGCTGTG;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=121;WE=148990407;WS=148990389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,122:0.79:155
chr7	148990933	rs6977581	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,44:0.20:215
chr7	148991489	rs140611544	G	GAGAGA	1423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.377;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,57:0.15:377
chr7	148991638	rs75001734	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,35:0.12:291
chr7	148991712	rs13236978	A	G	10331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=188;PP=2965;SC=AGCTTCGGCCAGAAGGAGCTC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=189;TCR=188;TR=377;WE=148991720;WS=148991702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr7	149130080	rs57185523	C	T	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=92;PP=2323;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CCCTAACCTACCTGGATGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=35;TCR=106;TR=121;WE=149130088;WS=149130070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,122:0.87:141
chr7	149148319	rs4727071	T	C	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GAGACCACAATGGAAAACCGC;SOR=1.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=39;TCR=148;TR=186;WE=149148327;WS=149148309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr7	149152770	rs3735319	A	G	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=101;PP=2965;SC=GAGAAGGGAGACTTCTTGTTC;SOR=2.078;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=210;WE=149152778;WS=149152760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	149152906	rs3735318	G	A	12131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=223;NR=211;PP=2965;SC=TGTGGCATCCGGCCAGAAGTC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=223;TCR=212;TR=434;WE=149152914;WS=149152896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr7	149174265	rs4725816	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=424;SC=TGGGCACGAGGACCCAACCTC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=149174273;WS=149174255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	149256086	rs1978186	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=41;PP=1159;SC=GGCCAGGAGTCTGAGAGCAGC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=43;WE=149256094;WS=149256076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	149317216	rs354056	A	G	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=152;PP=2965;SC=GTCTAGAAACAAAATCTCCTG;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=98;TCR=152;TR=249;WE=149317224;WS=149317206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr7	149418127	rs66544404	G	C	4616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.085;SC=TCTGCACTCCGCATGATGAAG;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=49;TCR=156;TR=175;WE=149418135;WS=149418117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,177:0.86:207
chr7	149420820	rs11462346	C	CT	12032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=123;PP=2974;SC=TTCCTTTTTCCTTAGTGAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=194;TCF=57;TCR=137;TR=178;WE=149420828;WS=149420810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr7	149421061	rs35436848	AC	A	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=812;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GGTGGCCCCCACCACAAACAC;SOR=1.688;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=22;WE=149421069;WS=149421051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr7	149426305	rs11424737	G	GC	6107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=39;PP=2739;SC=CTGCGAGTCAGCCGTCTCGGG;SOR=1.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=97;WE=149426313;WS=149426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	149427409	rs709065	T	G	11394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.441;SC=CAGAGCCTGATCTCTGGAAGC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=231;TCR=163;TR=393;WE=149427417;WS=149427399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr7	149427728	rs6966081	T	C	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=97;PP=2691;ReadPosRankSum=-1.881;SC=ACTGGATCCTTTGAGTCCTGC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=45;TCR=107;TR=137;WE=149427736;WS=149427718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,133:0.89:150
chr7	149476666	rs57553723	G	GC	8727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=108;PP=2966;SC=GGCTGTGACAGCCCCTGGGGC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=48;TCR=122;TR=149;WE=149476674;WS=149476656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	149486574	rs855694	G	C	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.841;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1583;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TCACCTCCCCGCTCCTTTGCC;SOR=1.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=70;WE=149486582;WS=149486564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,69:0.92:75
chr7	149500013	rs2074693	C	G	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=101;PP=2965;SC=CTGGTGGACCCACATGCTACC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=130;TCR=101;TR=230;WE=149500021;WS=149500003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
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chr7	149521106	rs59605875	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:639,92:0.13:731
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chr7	149523137	rs62492769	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,76:0.13:580
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chr7	149523584	rs62492839	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,55:0.15:365
chr7	149524913	rs12534509	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-0.396;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:809,129:0.14:938
chr7	149528139	rs35876030	C	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=8;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TTCTCCTGTGCCTCCCCACCC;SOR=1.991;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=66;WE=149528147;WS=149528129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,52:0.85:61
chr7	149544681	.	GGTGTGT	G	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=4.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr7	149589343	rs2626759	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.88;QD=30.58;SOR=1.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	149589496	rs11428600	A	AC	7501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=11.242;NF=21;NR=187;PP=2987;ReadPosRankSum=0.889;SC=ACCTTAAAAAAACACACACAC;SOR=0.903;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=213;TCF=21;TCR=192;TR=208;WE=149589504;WS=149589480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,308:0.92:336
chr7	149589599	rs4725318	C	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=41;PP=1089;SC=TGTTAGGGCTCCATGTGGGGT;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=41;WE=149589607;WS=149589589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	149744835	rs141816877	C	T	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=23;PP=1920;SC=CCTGCGCCGCCGTCCTCCTCG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=149744843;WS=149744825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	149981830	rs4725334	T	G	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=5.548;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.29;MQRankSum=-1.256;QD=29.28;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=1.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr7	149990080	rs149246619	C	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQRankSum=-9.667;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,162:0.48:336
chr7	150093701	rs940453	A	C	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=95;PP=2965;SC=AGGAGAACATATTTCAGCAGC;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=138;TCR=95;TR=233;WE=150093722;WS=150093691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
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chr7	150163837	rs2140595	A	G	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.012;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=31;PP=2342;ReadPosRankSum=1.034;SC=TCCTCCTGGGAAAATGCCGCT;SOR=0.315;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=105;TCR=34;TR=118;WE=150163845;WS=150163827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,125:0.84:148
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chr7	150266835	rs11769703	G	A	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=14;PP=1430;ReadPosRankSum=1.482;SC=GAGGGTTGAGGAGACTTTTGG;SOR=0.916;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=71;WE=150266843;WS=150266825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,72:0.82:88
chr7	150324825	rs3735084	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,46:0.14:324
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chr7	150416050	rs72264755	GGTGGTTATGCCTATTT	G	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.537;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
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chr7	150488840	rs141812679	C	CA	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5453;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=408;ReadPosRankSum=1.619;SC=GCAGATCAGGCAAAAAAAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=27;WE=150488848;WS=150488830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr7	150490376	rs2072443	C	T	5954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.243;SC=GCAAAGCCTGCCAGGGTGAGC;SOR=0.645;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=286;TCF=110;TCR=176;TR=230;WE=150490384;WS=150490366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,245:0.81:302
chr7	150490431	rs2072442	C	G	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=71;PP=2121;ReadPosRankSum=0.011;SC=TCATGACACACGCTCCTTCAA;SOR=0.322;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=114;WE=150490439;WS=150490421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,120:0.81:149
chr7	150490797	rs72471023	GGACA	G	2428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.848;NF=2;NR=43;PP=2242;ReadPosRankSum=0.190;SC=AGGATCCCAGGGACAGACAAA;SOR=0.753;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=45;WE=150490808;WS=150490787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,61:0.86:71
chr7	150491084	rs3173833	T	G	17733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=463;NR=298;PP=2962;ReadPosRankSum=2.797;SC=CCTGAGGCACTCAGCACAGTC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=902;TCF=552;TCR=350;TR=761;WE=150491092;WS=150491074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,779:0.85:921
chr7	150491851	rs61057705	T	G	10404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CTCTTTTCATTTCATAGGTGT;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=505;TCF=286;TCR=219;TR=437;WE=150491859;WS=150491841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,443:0.87:510
chr7	150492027	.	ACACACACACC	A	823.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.51;MQRankSum=-1.148;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr7	150492029	.	ACACACACC	A	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.56;MQRankSum=1.854;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.159;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr7	150498508	rs1108578	G	T	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=8;PP=1774;ReadPosRankSum=0.237;SC=CTGTGACCAGGACAGCCATTC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=91;TCR=10;TR=84;WE=150498516;WS=150498498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,82:0.83:99
chr7	150498836	rs2075079	C	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.787;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=76;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CCTGCCTCGTCGGGCGGCGGG;SOR=1.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=18;TCR=84;TR=92;WE=150498844;WS=150498826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr7	150500356	rs741068	T	C	4397.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=68;PP=2596;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TATCTTACCATGGATAATAAA;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=178;WE=150500364;WS=150500346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,189:0.88:214
chr7	150500455	rs741067	A	G	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.129;SC=CATTTCCTGTACTAAGCCTGC;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=187;WE=150500463;WS=150500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,199:0.84:237
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chr7	150500729	rs741064	A	G	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=45;PP=2407;ReadPosRankSum=-1.934;SC=GACTCTGCTAACGCTGGCAGC;SOR=0.413;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=106;TCR=50;TR=133;WE=150500737;WS=150500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,141:0.85:166
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chr7	150696008	rs1007311	A	G	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TCAGCCCCAGAACCCCCTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=143;TCR=71;TR=182;WE=150696016;WS=150695991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,184:0.85:217
chr7	150696111	rs1799983	T	G	11028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=0.272;SC=CCCCAGATGATCCCCCAGAAC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=575;TCF=318;TCR=257;TR=471;WE=150696119;WS=150696101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,479:0.82:582
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chr7	150698879	rs1800780	A	G	3397.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=1.093;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=45;PP=2508;ReadPosRankSum=0.274;SC=CTGTGCACCCAGGACACCCTC;SOR=0.513;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=143;WE=150698887;WS=150698869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,145:0.90:161
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chr7	150706383	rs753482	C	A	9093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,421:0.83:506
chr7	150706436	rs142498418	G	GC	4358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=29.301;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=122;PP=2966;ReadPosRankSum=0.110;SC=ACATTCTCCCGCCCCCACCCC;SOR=3.118;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=251;TCF=63;TCR=188;TR=137;WE=150706446;WS=150706422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,157:0.80:196
chr7	150707488	rs743507	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=5.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=722;ReadPosRankSum=-1.507;SC=TTCTCCTGGCCGACATGCACT;SOR=0.124;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=37;WE=150707496;WS=150707478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr7	150708089	rs891512	A	G	5553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.375;SC=GTGAGATGGAAGACTTGGTGG;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=95;TCR=145;TR=207;WE=150708097;WS=150708079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,222:0.87:254
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chr7	150713902	rs11393607	G	GC	5696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=54;PP=2973;SC=GGCCAGGAAGGCTCAGGCTGG;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=75;WE=150713910;WS=150713892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
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chr7	150748869	rs10255526	C	G	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=44;PP=2965;SC=GGTGGCCAGCCCACATTTGAG;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=120;TCR=44;TR=164;WE=150748877;WS=150748859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	150751236	.	C	T	6718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TGCCCAGAGCCCTGCCTTCCT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=167;TCR=145;TR=267;WE=150751244;WS=150751226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,274:0.86:319
chr7	150752066	rs891507	T	C	22897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=429;NR=455;PP=2965;SC=CAAAACTCCATGGACTCTCCC;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=884;TCF=429;TCR=455;TR=884;WE=150752074;WS=150752056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,885:1.00:885
chr7	150752608	rs2069456	T	G	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=74;PP=2780;SC=ATATCCCATCTTCTAGCTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=150752616;WS=150752598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	150760076	rs34403003	G	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=11;PP=1817;SC=CGCCCTTGGAGATCCCGATGC;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=74;WE=150760084;WS=150760066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	150761150	rs6464122	C	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=7;PP=995;SC=CTGCTGGGGGCATATAGAGCC;SOR=3.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=150761158;WS=150761140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	150761314	rs2303929	G	A	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=105;PP=2965;SC=TTGGGCCCTGGGACGCCTGGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=219;WE=150761322;WS=150761304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	150761880	rs2303931	C	A	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=110;PP=2965;SC=GCTCCTAGGGCATGTCGGCAG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=135;TCR=111;TR=244;WE=150761888;WS=150761870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	150763655	rs2229549	T	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=20;PP=1391;SC=CCAGTGGCACTGCAGGGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=150763663;WS=150763645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	150765065	rs2229550	T	C	4721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=91;PP=2815;SC=AGGAGGAGACTGAGCGCTGGG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=172;WE=150765073;WS=150765055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	150768786	rs2303937	G	A	10258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GAGAGAAGACGCAGGACCTGA;SOR=0.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=209;TCR=156;TR=363;WE=150768794;WS=150768776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr7	150773072	rs2303939	G	C	6542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=66;PP=2965;SC=TAGGGAGGAAGCTGGGCTCAC;SOR=1.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=164;TCR=66;TR=230;WE=150773080;WS=150773062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	150773807	rs7262	A	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=529;SC=CCCCACATCAACCCCTCAGCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=150773815;WS=150773797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	150775306	rs2303942	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=32;PP=979;SC=CAGTCCCTCCGGCCTCACAGT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=150775314;WS=150775296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	150783756	.	TGCC	T	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=3;PP=134;SC=CGCTCGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=150783766;WS=150783746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	150783900	.	C	CG	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	150783903	.	T	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	150783906	.	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	150783908	.	C	CG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=90.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	150783911	.	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.32;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	150783917	.	T	G	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.41;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	150783919	.	GTCT	G	3115.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.25;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	150783922	.	T	TGGGG	3115.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.25;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	150784407	rs13239507	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=69;PP=2108;SC=GTGGTGTCGCTTGGGGGGGCC;SOR=3.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=78;WE=150784415;WS=150784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	150812493	rs6971966	G	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr7	150912750	rs12538823	G	T	6290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.578;SC=CCTTCTCCTTGATCTCTGGGT;SOR=1.133;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=298;TCF=181;TCR=117;TR=246;WE=150912758;WS=150912740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,259:0.83:313
chr7	150912786	rs7786151	T	C	7793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.134;SC=ACTCCAAAGGTGAGAGATCTA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=207;TCR=185;TR=325;WE=150912794;WS=150912776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,339:0.83:410
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chr7	150916033	rs12113924	T	G	12129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=288;PP=2962;ReadPosRankSum=2.370;SC=GGTAAAAATGTTGATCGTAAC;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=580;TCF=240;TCR=340;TR=498;WE=150916041;WS=150916023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,510:0.85:597
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chr7	150916228	rs6949587	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.469;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,42:0.14:296
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chr7	150921296	.	AT	A	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,30:0.17:177
chr7	150921950	rs6464133	A	G	14608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=246;NR=271;PP=2965;SC=CATGAAAGGTAAGTGAGAGGT;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=517;TCF=246;TCR=271;TR=517;WE=150921958;WS=150921940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr7	150923240	rs12532489	C	T	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=4;PP=1435;ReadPosRankSum=0.833;SC=CAGGGTGGCACGAATTCCAAC;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=74;TCR=5;TR=64;WE=150923248;WS=150923230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr7	150931268	rs2608293	C	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:703,116:0.14:819
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chr7	150934975	rs2487154	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,122:0.15:804
chr7	150935430	rs3748098	G	C	9472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GCTCCTATAGGGGGGAGATTT;SOR=0.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=236;TCR=254;TR=407;WE=150935438;WS=150935420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,411:0.84:492
chr7	150937377	rs61667463	C	CG	3908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=72;PP=2974;SC=TGCCCCCATACGGCCCCAGGG;SOR=2.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=10;TCR=82;TR=81;WE=150937385;WS=150937367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	150939193	rs4725398	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=4.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,34:0.15:233
chr7	150939359	rs219227	C	T	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGAACAGGGACGAGGTGGGAG;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=64;TCR=153;TR=216;WE=150939367;WS=150939349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr7	150939396	rs219228	C	A	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=96;PP=2842;SC=AGTTGGCAGCCGACAGGGCAG;SOR=3.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=17;TCR=96;TR=113;WE=150939404;WS=150939386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	150940657	rs122815	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=490;SC=GTGACTGTGATGCTGAAGCTC;SOR=2.737;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=150940665;WS=150940647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	150942834	rs35746260	C	T	405.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=2.346;SC=GCGCGGTGAGCCGGCGTCTCC;SOR=0.430;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=15;WE=150942842;WS=150942824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr7	150972141	rs10249260	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1160;ReadPosRankSum=1.541;SC=AGGGCTGGCCGACTCGCCATG;SOR=1.463;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=63;WE=150972149;WS=150972131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,69:0.87:79
chr7	151038887	rs113920358	C	T	4264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=73;PP=2763;ReadPosRankSum=1.128;SC=CGGCCGCTGCCGCATCCGGGC;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=171;WE=151038895;WS=151038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,177:0.82:217
chr7	151048484	rs449081	G	A	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=44;PP=2761;SC=ATTCAAGTACGTTTTACTTTG;SOR=1.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=140;WE=151048492;WS=151048474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	151049002	rs60437024	A	ATCACAC,ATCACACAC	1382.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.447;NF=23,23;NR=1,1;PP=312,151;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCATCTGTAAAACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=24,24;WE=151049010;WS=151048992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.52:21
chr7	151049025	rs379931	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=13;PP=1358;SC=ACACACACGTTTGCCACATAC;SOR=2.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=60;WE=151049033;WS=151049015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	151049231	rs366355	C	T	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=132;PP=2965;SC=GCGTAGAAGACCCTGTGGATC;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=249;WE=151049239;WS=151049221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	151049337	rs394259	A	G	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=70;PP=2004;SC=ATGGATCTACAGCACTGTGGT;SOR=1.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=151049345;WS=151049327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	151049818	rs444648	C	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=766;SC=CGTGAGCCACCGGGCCTGGCT;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=151049826;WS=151049808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	151053043	rs446886	A	G	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=128;PP=2965;SC=AGAGGTACCCAGAGCTCTGGG;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=88;TCR=128;TR=216;WE=151053051;WS=151053033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	151057396	rs3217033	AC	A	9256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.308;NF=13;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TATACAGAACACCCTGCCATG;SOR=0.860;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=228;TCF=20;TCR=208;TR=181;WE=151057404;WS=151057386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,292:0.83:353
chr7	151064064	rs386956	C	T	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=59;PP=2965;SC=TGGATAACTACGCCGTCCTCC;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=143;TCR=60;TR=201;WE=151064072;WS=151064054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	151064305	rs367191	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=624;SC=GCCAGAAGGTAATTTCATTTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=151064313;WS=151064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	151074015	rs2240629	G	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=49;PP=2516;SC=ACGTCACCGGGCCGGCCACCT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=92;WE=151074023;WS=151074005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	151074296	rs2159158	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=62;PP=1772;SC=GGAAGTCAGCAACAAAGAAAA;SOR=4.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=67;WE=151074304;WS=151074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	151078735	rs4141455	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=27;PP=1022;SC=GAGGCTGCGCATGGGCGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=151078743;WS=151078725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	151078845	rs4141454	G	A	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=25;PP=2965;SC=GCGGGCGCAGGGGCGGGCGTC;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=128;TCR=25;TR=153;WE=151078853;WS=151078835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	151097323	rs11767693	A	G	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=144;PP=2965;SC=CATAGCTTTCATGTCCTGCAG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=268;WE=151097331;WS=151097313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	151106804	.	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CGACTCCTGCGGAGGCACGCG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=13;WE=151106812;WS=151106794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr7	151164348	rs17635434	G	A	11253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=203;PP=2965;SC=GCCGAACTCCGAGAGTATTTT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=201;TCR=204;TR=404;WE=151164356;WS=151164338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr7	151168415	rs35526149	CAAT	C	2189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=8;PP=1528;SC=GACATCAGAACAATAATTAAA;SOR=3.171;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=33;WE=151168425;WS=151168405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	151168534	rs6956899	G	A	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=TATTCTATTTGTAAGAAAAAA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=190;WE=151168542;WS=151168524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	151195328	rs11772458	G	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=87;PP=2691;SC=GGAAGAGGAAGAGAAGCAGCT;SOR=1.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=128;WE=151195336;WS=151195318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	151216353	rs6948477	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=29;PP=1657;SC=CAGCTACCGCGGCTCCTCCAC;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=151216361;WS=151216343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	151254175	rs8961	T	C	8066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=2.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.962;SC=AAATACCTATTGTTAAACCCT;SOR=0.529;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=376;TCF=224;TCR=152;TR=334;WE=151254183;WS=151254165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,340:0.89:383
chr7	151254445	rs764801	T	C	366.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGGAGGGCGATGTGGGAAGGA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=151254453;WS=151254435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr7	151254462	rs764800	G	A	342.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=0.688;SC=AGGAGCAGGTGGCCCAAGCTC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=151254470;WS=151254452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr7	151262305	rs2302532	A	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=13;PP=699;SC=AAATTCTGATAATATCCTCAC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=151262313;WS=151262295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	151267353	rs2302531	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr7	151292395	rs35348247	A	AT	2732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=2083;SC=CCATCCAAAAAATACCAAAAA;SOR=2.649;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=52;WE=151292403;WS=151292385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	151483445	rs12671980	A	G	5096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=0.893;SC=GTGCAAGCGGACATGCGGGTG;SOR=1.197;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=162;TCR=63;TR=190;WE=151483453;WS=151483435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,198:0.86:231
chr7	151504100	rs62478243	C	T	6492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.337;SC=TTCAGAATTGCGCTGGACATG;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=340;TCF=182;TCR=158;TR=278;WE=151504108;WS=151504090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,288:0.83:347
chr7	151504459	rs13224758	G	A	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=50;PP=2472;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTCATGCAGCGGGAGTGGAAT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=139;WE=151504467;WS=151504449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,146:0.78:187
chr7	151504498	rs12703159	C	T	4794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=1.463;SC=CTGTGGGTGACGGTCATACTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=142;TCR=99;TR=192;WE=151504506;WS=151504488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,199:0.80:250
chr7	151506155	rs6464173	A	G	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=9;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TACGCCTTGCACGGATGAGTA;SOR=1.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=70;WE=151506163;WS=151506145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,66:0.88:75
chr7	151668180	.	C	CTAGA	441	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=441;QD=55.75;SC=CTCTCATTCTCTAGATAGATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=8;WE=151668188;WS=151668170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,8:0.27:30
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chr7	151668225	rs59993749	A	AGAT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.79;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr7	151680175	rs35682935	C	T	6892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.702;NF=107;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.622;SC=TCCAGTGTCACGAACCTCACG;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=126;TCR=203;TR=282;WE=151680183;WS=151680165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,286:0.86:332
chr7	151680268	rs147547437	TTTG	T	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.975;NF=0;NR=25;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TCTCATCTACTTTGTTGTTGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=25;WE=151680278;WS=151680258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr7	151684168	rs4726127	C	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=641;SC=TTTAGGAATACGTCATAATGA;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=151684176;WS=151684158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	151723022	rs72200904	TGCG	T	7968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=97;PP=2983;SC=CCTCGAGAGCTGCGGCGGCGG;SOR=1.197;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=137;TCF=12;TCR=125;TR=109;WE=151723032;WS=151723012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	151818777	rs967093	T	C	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=88;PP=2162;SC=GATGCTGTGGTGGGAACGTTG;SOR=4.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=97;WE=151818785;WS=151818767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	151842484	rs144623745	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,20:0.19:105
chr7	151873853	rs6464211	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,57:0.12:459
chr7	151933333	rs148887101	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CCTGATCCAGATATTTCGAAG;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=151933341;WS=151933323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr7	151945071	rs150073007	G	GT	8621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=942;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=2.039;QD=9.29;ReadPosRankSum=3.156;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:621,307:0.33:928
chr7	151948999	rs187080406	A	T	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=36;PP=1824;ReadPosRankSum=1.449;SC=CAAAAAATTTAAAAAAAAATC;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=115;WE=151949007;WS=151948989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,106:0.80:133
chr7	151962257	rs62478357	C	T	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FS=3.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQRankSum=-17.372;QD=1.75;ReadPosRankSum=-5.199;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1023,134:0.12:1157
chr7	151962265	rs201834857	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1064;ExcessHet=3.0103;FS=3.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQRankSum=-16.144;QD=1.58;ReadPosRankSum=-5.930;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:957,107:0.10:1064
chr7	151970856	rs10454320	T	A	10332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.796;NF=292;NR=375;PP=2962;ReadPosRankSum=2.848;SC=TCCTGAAAGGTGCCGGCTCCT;SOR=0.992;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=1289;TCF=613;TCR=676;TR=667;WE=151970864;WS=151970846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:625,522:0.46:1147
chr7	151970931	rs56850341	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=46.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQRankSum=-15.157;QD=2.50;ReadPosRankSum=-4.031;SOR=5.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,81:0.17:490
chr7	151970977	rs200020144	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQRankSum=-0.888;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,23:0.13:175
chr7	152144203	.	GA	G	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.306;QD=0.47;ReadPosRankSum=2.715;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,64:0.15:438
chr7	152346007	rs3218536	C	T	9768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=1.436;SC=AAGAACCAGGCGATAGTCATT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=453;TCF=239;TCR=214;TR=389;WE=152346015;WS=152345997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,404:0.86:469
chr7	152456909	rs66966963	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr7	152511598	rs112910296	C	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.88;QD=32.89;SOR=6.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	152513769	rs116164729	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.63;QD=32.11;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	152520731	rs3864524	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.01;QD=28.18;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	152550499	rs4726215	T	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=65;PP=2965;SC=TGGGTGCAGCTGTGGTCTCGT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=120;TCR=65;TR=184;WE=152550507;WS=152550489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	153749753	rs1974615	C	T	492.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.353;NF=24;NR=3;PP=565;ReadPosRankSum=0.777;SC=GAGGAGCGGCCGCCGGCGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=27;WE=153749761;WS=153749751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr7	153749772	rs374262699	TTGC	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=3;PP=993;SC=TGGGCTTGCCTTGCTGCTGCT;SOR=3.383;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=19;WE=153749782;WS=153749762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	153749805	rs4015718	CT	C	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=1.042;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.122;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr7	153750160	rs199977459	TC	T	2085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.8683;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.553;NF=6;NR=23;PP=1169;ReadPosRankSum=2.020;SC=TAAGAGCTTCTCGGGGGCGGG;SOR=0.906;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=29;WE=153750168;WS=153750150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,60:0.88:68
chr7	153750319	.	G	GC	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=435;SC=CGCGGTCACCGCGTCCCGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=153750327;WS=153750309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	154171930	rs142197620	A	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.8759;FS=8.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=0;PP=797;ReadPosRankSum=0.677;SC=GTTCCCATCCATACTATTTAT;SOR=4.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=32;WE=154171938;WS=154171921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr7	154429560	rs11243339	C	T	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=75;PP=2965;SC=CTGGATATTACGTCCTGAGCA;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=115;TCR=75;TR=189;WE=154429568;WS=154429550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	154429657	rs6972501	T	C	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=116;PP=2965;SC=GGACGAGCTGTTTAACCCTTA;SOR=1.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=93;TCR=116;TR=208;WE=154429665;WS=154429647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	154461112	rs3807218	A	G	9847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.242;SC=GCAATGCAAAACTTCAGTATG;SOR=0.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=176;TCR=175;TR=349;WE=154461120;WS=154461102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr7	154461248	rs35719981	TTGTG	T,TTG	1229.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.74;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,12,27:0.30,0.68:40
chr7	154587507	rs3778731	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-5.161;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr7	154596517	rs2280659	G	A	13229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=311;NR=138;PP=2965;SC=ACTCCCTGCAGGCCATGGGCG;SOR=1.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=314;TCR=138;TR=449;WE=154596525;WS=154596507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr7	154598908	rs2293357	A	G	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=89;PP=2429;SC=GGGAGGGGGCAGCGGCTGTGG;SOR=3.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=19;TCR=90;TR=108;WE=154598916;WS=154598898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	154645406	rs6962284	A	G	6541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.889;NF=105;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=0.255;SC=TCTACGTGGCATAAGAAAAGC;SOR=1.029;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=127;TCR=33;TR=130;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,152:0.84:181
chr7	154645419	rs145928686	G	GTTTTC	8285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.897;NF=65;NR=35;PP=2963;ReadPosRankSum=0.157;SC=AGAAAAGCCTGTTTTCTTGTT;SOR=0.957;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=100;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,194:0.84:232
chr7	154664510	rs2293356	C	T	4565.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.100;SC=GGAGAAATGACATTGTTGCAA;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=59;TCR=143;TR=184;WE=154664518;WS=154664500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,186:0.90:207
chr7	154664534	rs2293355	C	G	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=1.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=88;PP=2367;ReadPosRankSum=3.143;SC=GAAAACATAACATCGTTTAGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=19;TCR=98;TR=105;WE=154664542;WS=154664524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,106:0.88:120
chr7	154667628	rs2293353	A	G	5085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ATGGCACCCCAGGCAGCCAGA;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=154;TCR=104;TR=208;WE=154667636;WS=154667618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,227:0.82:276
chr7	154672551	rs4960632	G	C	12447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=265;NR=182;PP=2965;SC=AGACAAAGTGGCAGCAGGATG;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=448;TCF=266;TCR=182;TR=447;WE=154672559;WS=154672541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr7	154672646	rs3817522	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,66:0.14:471
chr7	154672662	rs3817521	C	T	8280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGTGAGTCTGCGCCACCCTGG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=174;TCR=229;TR=341;WE=154672670;WS=154672652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,346:0.85:405
chr7	154672679	rs3817520	A	T	9369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=199;PP=2965;SC=CTGGTCTGAAAACCCCTCAGT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=134;TCR=199;TR=333;WE=154672687;WS=154672669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr7	154672717	rs3817519	G	A	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=136;PP=2965;SC=CATTACCCACGTCTAATCCTG;SOR=1.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=60;TCR=136;TR=196;WE=154672725;WS=154672707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	154672839	rs3817517	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=671;SC=AGCTCATTTTCCTAAGTTTCT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=154672847;WS=154672829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	154679447	rs940378	G	A	15275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=292;PP=2965;SC=CATACGAGGTGTGTATGGGCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=579;TCF=287;TCR=292;TR=579;WE=154679455;WS=154679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr7	154679591	rs77297860	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
chr7	154679610	rs2316537	GA	CC	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=34;PP=1864;SC=TTCCACCAGAGAGTGGATTGA;SOR=6.138;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=35;WE=154679619;WS=154679600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	154681050	rs1129300	C	T	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.442;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,220:0.84:261
chr7	154681216	rs1129301	G	A	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.12;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,131:0.86:152
chr7	154681383	rs2280656	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=0.140;SC=TCCCAGCAGGTTGGAAAATCA;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=20;WE=154681391;WS=154681373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr7	154684153	rs3734960	T	C	9932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GACAAACTGCTGACAGTCACA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=490;TCF=222;TCR=268;TR=424;WE=154684161;WS=154684143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,437:0.87:500
chr7	154720259	rs11543936	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=287;SC=TCAATATCAGTCCCACTGAGC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=154720267;WS=154720249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	154748908	rs3817480	G	A	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=68;NR=53;PP=2139;SC=AGCCAGCAATGAAAAATTTAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=154748916;WS=154748898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	154751774	rs2272174	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=378;SC=AAGGATAAATGTAAGTACTAT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=154751782;WS=154751764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	154755628	rs748811	G	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=141;SC=TTCTATTTACGGACTTTTCTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=154755636;WS=154755618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	154875780	rs1730208	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
chr7	154876342	rs980442	T	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=35;PP=1015;SC=TGCACTGGCCTCTTTTCCACC;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=154876350;WS=154876332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	155095452	rs79984271	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=2.435;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr7	155150443	rs3923205	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,55:0.12:446
chr7	155150460	rs3923204	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,57:0.14:422
chr7	155150472	rs3922604	G	A	12397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=192;PP=2962;SC=CTGTTTCCCCGCAGGGCTGCC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=231;TCR=192;TR=423;WE=155150480;WS=155150450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr7	155150560	rs6605563	A	G	18166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=346;NR=288;PP=2965;SC=AAGGACTCCAAGGGAAATGTC;SOR=0.875;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=636;TCF=347;TCR=289;TR=634;WE=155150568;WS=155150550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr7	155150602	rs6605562	T	C	21338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=401;NR=339;PP=2965;SC=GTGTACTTCCTCCGGGGCTGC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=744;TCF=404;TCR=340;TR=740;WE=155150610;WS=155150591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr7	155150765	rs7456618	C	T	24560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=460;NR=581;PP=2962;ReadPosRankSum=0.740;SC=CAAGGCCCTCCGTCTGGGAAA;SOR=0.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1242;TCF=543;TCR=699;TR=1041;WE=155150773;WS=155150755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,1051:0.84:1247
chr7	155174774	rs1421324	C	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5186;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1215;ReadPosRankSum=1.339;SC=AGTGTGCATGCGGGTGTGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=56;WE=155174782;WS=155174764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr7	155174801	rs147883222	ATGTGAG	A	3717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.472;NF=43;NR=18;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.458;SC=ATGTACACGAATGTGAGTGTG;SOR=0.377;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=61;WE=155174814;WS=155174791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,91:0.91:100
chr7	155187575	rs2361680	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.610;SC=CATGGCAAGACCAGCCATGTT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=155187583;WS=155187565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	155187691	rs2885336	T	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.68;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	155187889	rs11763974	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr7	155251433	rs3735653	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CTCGGAGCAGCTCTTGGGCTC;SOR=0.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=71;WE=155251441;WS=155251423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,70:0.84:83
chr7	155295804	.	GAA	G,GA	3356.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=6.962;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.486;QD=20.22;ReadPosRankSum=2.723;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,49,109:0.30,0.66:166
chr7	155295854	rs7804744	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.009;NF=16;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=3.724;SC=ACTCCAGCCCGTTAAGTCATT;SOR=2.450;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=21;TCR=161;TR=154;WE=155295862;WS=155295844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,87:0.81:108
chr7	155301781	rs6947243	A	G	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CCTCCGACTGAGCTAGGGGGA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=74;TCR=129;TR=170;WE=155301789;WS=155301771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,176:0.84:210
chr7	155437475	rs7786826	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=7;PP=447;SC=CCCTCCCTTCTCTGTCCTCCG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=155437483;WS=155437465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	155473255	rs147986860	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr7	155503920	rs7800753	A	T	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.383;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTCCACCGCCACCGCCGCCTC;SOR=1.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=142;TCR=102;TR=241;WE=155503928;WS=155503910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr7	155598879	rs1233554	A	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=8;PP=2892;SC=TCGCCCAGCGACCCTGCTCCT;SOR=4.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=102;TCR=8;TR=110;WE=155598887;WS=155598869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr7	155599630	rs9333616	CGCCCCCACGTTGCCCTCCACTTCTA	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.175;SOR=2.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
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chr7	155749951	rs35655547	C	T	9048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=158;PP=2965;SC=GAAACGTCAGCGGTAACATGC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=174;TCR=159;TR=332;WE=155749959;WS=155749941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr7	155750033	rs10256182	A	G	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=120;PP=2965;SC=TGGCCACCTCAGATTTTAAAA;SOR=1.146;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=86;TCR=122;TR=206;WE=155750041;WS=155750023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	155755336	rs7807731	C	T	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTTAGGAGCACGGGTACTACT;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=139;TCR=79;TR=178;WE=155755344;WS=155755315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,188:0.81:232
chr7	155755826	rs2007015	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=5.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,46:0.17:269
chr7	155757502	rs1551630	T	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=90;PP=2852;SC=TCGCTTGCTGTCACTGCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=31;TCR=90;TR=121;WE=155757510;WS=155757492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	156432793	rs76141520	A	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1018,155:0.13:1173
chr7	156436769	rs7804211	C	T	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=53;PP=1596;SC=CAATCTCTGGCGATATTTACT;SOR=1.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=156436777;WS=156436759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	156468377	rs2886380	GC	CA	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=6.148;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.211;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,32:0.13:242
chr7	156469096	rs2302149	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:531,88:0.14:619
chr7	156469133	rs2302147	C	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,82:0.16:507
chr7	156469179	rs2302146	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=3.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,59:0.16:378
chr7	156469190	rs2302145	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,56:0.15:380
chr7	156473779	rs71838136	T	TA	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr7	156518007	rs2072468	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=6;PP=1407;SC=CCAGTTTGTGTTTACGCAACT;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=156518015;WS=156517997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	156529062	rs10640672	C	CAGT	2515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=0;PP=2154;SC=AGCTTGCATTCATTATTTAGT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=44;WE=156529070;WS=156529052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	156685519	rs200299453	G	GC	2239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=4;PP=2048;SC=GGCGCGAGGCGAGGCCCGGAG;SOR=3.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=43;WE=156685527;WS=156685509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	156685545	rs200101319	A	AC	3247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=17;PP=2484;SC=GGGTCCGGGGACCGGGGGCCC;SOR=2.352;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=61;WE=156685553;WS=156685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	156755350	rs12672076	T	C	7691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=117;PP=2965;SC=GCCTCCCTGTTGGAGTGAGTC;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=164;TCR=117;TR=281;WE=156755358;WS=156755340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	156759557	rs55701040	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr7	156759597	rs34856615	ATATAT	A	6563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=22;PP=2969;SC=GTTGTTAGTGATATATTATAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=98;WE=156759609;WS=156759587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	156761751	rs9969350	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=7;PP=1076;SC=ATCAGTGTAACTTTATTTTTC;SOR=2.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=156761759;WS=156761741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	156761818	rs2302445	G	A	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=51;PP=2746;SC=CCCAGAGTCCGTTTTTTACGA;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=139;WE=156761826;WS=156761808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	156761913	rs2302444	C	T	9309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=167;NR=156;PP=2965;SC=CCCTTTCCGACGAGACATGGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=167;TCR=156;TR=323;WE=156761921;WS=156761903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr7	156762224	rs2302443	G	C	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=66;PP=2965;SC=CCTTTCCAGAGTATCTGACAA;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=103;TCR=66;TR=169;WE=156762232;WS=156762214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	156762248	rs12919	G	A	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=82;PP=2965;SC=AAAGCTGGGGGTGTTACGTGA;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=202;WE=156762256;WS=156762238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	156762446	rs3087905	G	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=469;SC=AAATGTCCTTGGTAAACCCAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=156762454;WS=156762436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	156932094	rs200844106	G	GGGACTCGGGGTT	5842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=118;PP=2900;SC=GCTCGGGGCTGGGACTCGGGG;SOR=3.228;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=159;TCF=5;TCR=154;TR=121;WE=156932102;WS=156932084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	157049530	rs1182373	T	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=10;PP=1908;SC=TTTCCGTGGGTGTCTGGACCA;SOR=3.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=66;TCR=10;TR=75;WE=157049538;WS=157049520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	157151234	rs3802100	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=5;PP=763;SC=CCTGTTTTTACTTGCAGGACC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=157151242;WS=157151224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	157156151	rs3802096	C	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=60;PP=1641;SC=TAGGTAACCACGAGTGCTGGG;SOR=6.837;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=61;WE=157156159;WS=157156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	157159423	rs3779591	G	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=58;PP=1653;SC=GCATTTAAAAGTCTTTTACGA;SOR=6.027;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=60;WE=157159431;WS=157159413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	157162068	rs9692250	T	C	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=146;PP=2965;SC=GGGCAGTGTTTGGGTTGAAGT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=125;TCR=146;TR=271;WE=157162076;WS=157162058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	157162103	rs12672981	A	G	6202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=127;PP=2965;SC=GGTGATTCTCATGGTGACCAA;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=93;TCR=127;TR=220;WE=157162111;WS=157162093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	157234112	rs11977865	G	A	12430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=0.055;SC=GGCTGTTCTGGGCGGCGCCTG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=440;TCF=148;TCR=292;TR=438;WE=157234120;WS=157234102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,444:1.00:445
chr7	157234787	rs12698061	G	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=9.804;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;MQRankSum=-0.293;QD=34.91;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,85:0.97:88
chr7	157234816	rs12698062	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.193;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;MQRankSum=-0.314;QD=36.93;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,74:0.96:77
chr7	157234912	rs12669046	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=39;PP=1369;SC=GTGGTGGGCTATTCCACGCGG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=78;WE=157234920;WS=157234902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	157235034	rs56250133	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.99;QD=26.48;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	157235229	rs6974109	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=29;PP=876;SC=TCGGGGCGGGTGCCTGATGTA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=157235237;WS=157235219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	157235364	rs6950818	C	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	157261127	rs34002063	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=762;ReadPosRankSum=1.244;SC=CCCATCTGCCCGCCCGGCCAG;SOR=2.964;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=31;WE=157261135;WS=157261126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr7	157261201	rs4716743	T	G	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=25;PP=2866;SC=CACCGTCACCTTCACGGGAGA;SOR=3.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=116;TCR=26;TR=140;WE=157261209;WS=157261191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	157261258	rs4716744	C	T	18481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=235;NR=161;PP=2965;SC=GGGACCATCCCTCACCTTTGG;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=235;TCR=162;TR=396;WE=157261266;WS=157261248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr7	157261275	rs4716745	C	T	22458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=269;NR=206;PP=2965;SC=TTGGTTTGCCCGCGTTCTCAC;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=269;TCR=206;TR=475;WE=157261283;WS=157261265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr7	157261292	rs4716746	A	G	23636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=296;NR=258;PP=2965;SC=TCACACGGGGACAGCTGTTTA;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=555;TCF=297;TCR=258;TR=554;WE=157261300;WS=157261282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr7	157261945	rs2109830	A	G	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=16;PP=2465;SC=CAGCAGGGGCAGGACCCTCGG;SOR=3.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=95;TCR=16;TR=111;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	157261953	rs11449038	C	CG	6055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=21;PP=2936;SC=GCAGGACCCTCGGCCTGGCCA;SOR=2.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=81;TCR=25;TR=98;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	157262170	rs7801907	T	C	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GAGTAGGGGGTGCAGACCCGG;SOR=0.881;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=61;TCR=144;TR=203;WE=157262178;WS=157262160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr7	157262226	rs7778458	G	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=55;PP=1689;SC=AGGACATGCCGGCATCGGAGG;SOR=3.105;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=66;WE=157262234;WS=157262216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	157262920	rs7806450	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=241;SC=GCACTGGGTCTGCTCCCTGCA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=157262928;WS=157262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	157263015	rs7784276	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.17;QD=40.80;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	157263025	rs7783247	G	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.83;QD=47.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	157263026	rs7802775	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.61;QD=49.34;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	157263050	rs7802789	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=8;PP=305;SC=TGTGTCCGGCACTGGCCTGCG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=157263058;WS=157263040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	157263370	.	T	C	1453	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=15;MQ=57.2;NF=58;NR=32;PP=1453;QD=16.5307912505;SC=TGGGTGTGTCTGTGTGTCCGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=90;WE=157263378;WS=157263360;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr7	157263391	.	G	T	1939	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=16;MQ=58.4;NF=67;NR=42;PP=1939;QD=18.1079927757;SC=CGCTGGCCTGGGTTGGGTGTG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=109;WE=157263399;WS=157263381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr7	157263410	.	C	T	2210	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=16;MQ=59.17;NF=73;NR=46;PP=2210;QD=18.8636236349;SC=TGTCCGTGTGCCCGGTGCTGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=157263418;WS=157263400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	157263532	rs7785035	C	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=53;PP=1414;SC=TTGAATCTCCCAACATCCAAC;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=157263540;WS=157263522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	157318712	rs62475320	C	T	8311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.629;SC=TCTGCACATCCCTATTCATTG;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=411;TCF=222;TCR=189;TR=337;WE=157318720;WS=157318702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,339:0.82:412
chr7	157333542	rs1124400	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,26:0.14:182
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chr7	157369564	rs221301	C	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=59;PP=1755;SC=CACGTCTGACCAGAGAAGGGG;SOR=6.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=61;WE=157369572;WS=157369554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	157370645	rs736940	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
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chr7	157396697	rs17853260	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,67:0.14:491
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chr7	157413985	rs79071426	GT	AC	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-2.859;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	157414064	rs1130502	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,39:0.21:190
chr7	157800795	rs12670210	G	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.340;NF=39;NR=0;PP=882;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GCTGTGTGTGGGGGTGTGCTG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=39;WE=157800803;WS=157800785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr7	157800838	rs143545915	AGT	A	5188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=21;PP=2975;SC=CACATGTGTGAGTGTGTGTGG;SOR=3.460;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=126;TCF=97;TCR=29;TR=110;WE=157800847;WS=157800828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	157800899	rs12666418	C	T	12142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=264;NR=184;PP=2965;SC=TGGGCATGTGCATACACACTG;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=266;TCR=184;TR=448;WE=157800907;WS=157800889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr7	157873975	rs3800863	T	C	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=28;PP=1608;ReadPosRankSum=0.632;SC=TACGTGTGTGTGGAAACAGCC;SOR=1.237;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=96;WE=157873983;WS=157873965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,99:0.83:119
chr7	157903478	rs3800861	A	G	25035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=454;NR=468;PP=2965;SC=CTCTGCGACCAAGCAACAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=924;TCF=455;TCR=469;TR=922;WE=157903486;WS=157903468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,944:1.00:944
chr7	157929223	rs3800858	G	A	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.706;NF=86;NR=13;PP=2144;ReadPosRankSum=-2.407;SC=GAGATTATGAGGGGTTTCTCC;SOR=1.050;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=100;TCR=16;TR=99;WE=157929231;WS=157929213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,108:0.86:125
chr7	157929246	rs3839696	G	GA	4695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.129;NF=82;NR=36;PP=2976;ReadPosRankSum=0.346;SC=AATTTTCTGGGAAAAAAACTT;SOR=0.359;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=123;TCR=56;TR=118;WE=157929254;WS=157929236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,177:0.85:208
chr7	157929294	rs3800857	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=2.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.301;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,91:0.17:526
chr7	157930974	rs3752366	C	T	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.50;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=1.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,73:0.86:85
chr7	157930979	rs3752367	C	G	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.23;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,84:0.88:96
chr7	157931119	rs1130500	A	G	8823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CCATCAGCTCAGCCATGCCGT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=143;TCR=124;TR=224;WE=157931127;WS=157931109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,231:0.84:274
chr7	157931144	rs1130499	C	T	8898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.317;SC=CTCCAGGCCACTCAGGCCCCT;SOR=0.684;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=143;TCR=124;TR=221;WE=157931152;WS=157931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,230:0.83:277
chr7	157931263	rs3752371	G	C	5238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.799;SC=GCAAAGGTGAGGGCCTCCAGA;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=106;TCR=150;TR=221;WE=157931271;WS=157931253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,229:0.87:264
chr7	157959636	rs1130498	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=8.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=2.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr7	157959911	rs1130495	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,58:0.15:396
chr7	157984992	rs3800856	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=615;ReadPosRankSum=1.170;SC=AGCCAACCCCGGCCCGGGGAG;SOR=1.201;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=33;WE=157985000;WS=157984982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr7	157985149	rs3800855	C	G	12654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=244;PP=2962;ReadPosRankSum=2.349;SC=GCCCTCCCGACTGTACCTCCT;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=643;TCF=354;TCR=289;TR=530;WE=157985157;WS=157985139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,541:0.82:659
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chr7	158325316	rs34189096	C	A	9756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.28;MQRankSum=1.339;NF=145;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AGACCAAAAACGTCACTAAAC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=179;TCR=72;TR=203;WE=158325324;WS=158325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,248:0.82:302
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chr7	158424508	rs11973267	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=360;SC=GTTTGCAACCATGCATTTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=158424516;WS=158424498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	158438186	rs2290393	G	A	9940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=145;PP=2965;SC=CCACCTTCCAGATGACAGAGG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=209;TCR=145;TR=353;WE=158438194;WS=158438176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr7	158444975	rs1466210	T	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=30;PP=1764;SC=TCCTGGGGAGTTCTGAGTACC;SOR=1.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=158444983;WS=158444965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	158445267	rs5888763	C	CA	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=145;SC=AAAATGGTAACAAAAAAGAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=158445275;WS=158445257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	158450965	rs12533939	A	T	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=76;PP=2965;SC=ACATGAATTAATAATTCAGCA;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=152;TCR=76;TR=228;WE=158450973;WS=158450955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	158455089	rs4484634	G	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=43;PP=1557;SC=ATTGTGAAAGGATCTAATCAT;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=158455097;WS=158455079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	158456710	rs10227735	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=398;SC=CTACAAAGGACATATAGCAAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=158456718;WS=158456700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	158457095	rs2290392	G	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=512;SC=CTATTTTAAGGGAAATCATTC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=158457103;WS=158457085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	158473330	rs73165341	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr7	158473339	rs2305470	G	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=8;PP=664;SC=ATTGTAATTTGGACTTAGAGT;SOR=3.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=57;WE=158473347;WS=158473320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	158476148	rs6969248	G	A	8444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=166;PP=2965;SC=CAAGCAGTGCGGCATTTGAGT;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=116;TCR=166;TR=282;WE=158476156;WS=158476138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr7	158528158	rs3816461	C	G	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=65;PP=2867;SC=ATTTTACAAACTGCAGGAACT;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	158528170	rs7787974	G	A	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=68;PP=2883;SC=GCAGGAACTGGTTGAGGATTC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=153;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	158528254	rs34974906	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=64;PP=2541;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CGGCAACGTCGAGCGTTCTCC;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=153;WE=158528262;WS=158528244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,166:0.85:195
chr7	158528269	rs35914882	C	G	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=69;PP=2688;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TTCTCCTCTGCACTTCTGGTA;SOR=0.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=157;WE=158528277;WS=158528259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,174:0.87:199
chr7	158534163	rs66689505	T	TG	915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=801;SC=CAGCGTGGGGTGGGGGGCGCT;SOR=2.468;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=26;WE=158534171;WS=158534153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	158552331	rs896859	C	G	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.760;SC=GATACTATTTCTATCTGATTG;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=90;TCR=126;TR=214;WE=158552339;WS=158552321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr7	158552398	rs896860	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1183;SC=ATCCATGCAACAGAGACAGAA;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=158552406;WS=158552388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	158555706	rs844521	C	T	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=40;PP=2736;SC=TTAAAACATACTTTTGATTAT;SOR=1.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=102;TCR=40;TR=142;WE=158555714;WS=158555696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	158560621	rs2602542	A	C	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=62;PP=1944;SC=TACAACCTGCATTTCAATTCT;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=158560629;WS=158560611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	158566138	rs842447	T	C	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=156;PP=2965;SC=TTCCAATTATTGAATCAGGTG;SOR=1.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=88;TCR=156;TR=243;WE=158566146;WS=158566128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	158566217	rs842448	C	T	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=72;PP=2201;SC=CTTCATCCTTCGTAATATACC;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=158566225;WS=158566207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	158586138	rs2602552	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=955;SC=TTATTTAACATATTTTATGAA;SOR=5.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=158586146;WS=158586136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	158586455	rs111739569	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.106;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=2.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
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chr7	158591851	rs2709855	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=451;SC=TCTCATCATACGTCCTATGTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=158591859;WS=158591841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	158672476	rs2709859	C	G	12073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=251;NR=187;PP=2965;SC=ATCGAGACAACAAACACCGAG;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=251;TCR=192;TR=438;WE=158672484;WS=158672466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr7	158715219	rs2730238	A	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=120;PP=2965;SC=GGCCACAGAAAGTTCTGATAT;SOR=1.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=51;TCR=120;TR=171;WE=158715227;WS=158715209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	158718793	rs2527188	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=24;PP=1884;SC=ACCCAGAAGCACCTCGTGTTT;SOR=2.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=97;WE=158718801;WS=158718783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	158719084	rs2244789	C	T	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=64;PP=2024;SC=TTGTTTCTGTCTTCATCAGAA;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=83;WE=158719092;WS=158719074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	158723014	rs2730241	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=648;SC=GGATGCTGTGTATTGATTTGC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=158723022;WS=158723004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	158726798	rs34181207	T	TC	3004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=20;PP=1852;SC=CATCTGTTCATTTTGTTACTT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=158726806;WS=158726788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	158727015	rs35962377	C	CT	3312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=19;PP=2971;SC=TTACTCTTTTCTTTATAAAGT;SOR=2.471;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=88;WE=158727023;WS=158727005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	158727276	rs2657331	T	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=63;PP=1736;SC=CCAATTCTTCTTTTTTTGTTT;SOR=4.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=71;WE=158727284;WS=158727266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	158727303	rs2657332	G	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=976;SC=ACAGGGTCTTGCTCTGTCACC;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=158727311;WS=158727293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	158738611	rs2527201	G	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=428;SC=ACATGAATATGTCTTTGGTAT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=158738619;WS=158738601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	158827326	rs2071624	G	A	5901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.981;SC=CACTGTGGTCGTTTGTATCCC;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=285;TCF=122;TCR=163;TR=231;WE=158827334;WS=158827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,243:0.82:298
chr7	158827401	rs1017033	A	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=67;PP=2133;SC=ACAGGTACAGAAGAATGAGCG;SOR=2.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=89;WE=158827422;WS=158827391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	158827414	rs2071623	T	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=937;ReadPosRankSum=0.008;SC=AATGAGCGCCTGCCCCTCCCA;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=57;WE=158827422;WS=158827391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr7	158829285	rs2730223	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=902;SC=ATGTGTTGTTTGTAGGAGCCT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=158829293;WS=158829275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	158835631	rs2540353	A	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=49;PP=2965;SC=CCCTGACAGGAACCCTGCACC;SOR=1.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=123;TCR=49;TR=172;WE=158835639;WS=158835621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	158851234	rs2098349	T	G	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=141;PP=2965;SC=TGTAGCCCAGTGTATAAATGG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=150;TCR=142;TR=291;WE=158851242;WS=158851224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	158851804	rs2730257	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=21;PP=2212;SC=TTAGCAAGGTCCATGGCTTGA;SOR=2.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=79;TCR=21;TR=100;WE=158851812;WS=158851794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	158935090	rs375082120	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,21:0.12:176
chr7	158935304	.	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=7.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,10:0.15:67
chr7	158935333	rs439204	G	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=1037;SC=AACCTCACAGGTTTAAACTGC;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=158935341;WS=158935323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	182934	rs75792622	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.645;NF=25;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=-1.709;SC=CTCGTGCTTCTGCACAATCGC;SOR=0.537;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=35;WE=182942;WS=182924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr8	182949	rs3008280	C	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.308;NF=30;NR=10;PP=513;ReadPosRankSum=0.021;SC=AATCGCCTCCCACTAGCGGTG;SOR=1.297;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=40;WE=182957;WS=182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr8	280241	rs7388619	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.226;NF=26;NR=18;PP=546;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACAGCACACCACTCGCACACT;SOR=0.431;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=44;WE=280249;WS=280231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr8	362999	rs71223333	T	TAATG	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.465;NF=2;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TCTTTAAAATTAATAAATGTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=363007;WS=362989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr8	363192	rs10090550	G	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.26;QD=26.55;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	399960	rs12548083	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ATATATATATCGCTCAGCTTT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=399968;WS=399950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr8	401493	rs6651443	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=0.455;SC=CACTCTGTTTTTATATTACAG;SOR=0.201;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=20;WE=401501;WS=401483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr8	412944	rs76612974	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=1.091;SC=AAAAGTTTTACACCTAATATT;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=412952;WS=412934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
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chr8	566417	rs13276545	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=406;SC=TGAGGCTGACCGAACCCCGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=566440;WS=566407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	566429	rs13255197	A	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr8	566460	rs13276586	C	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=781;SC=GCGGATTCAGCGCTGGCCAAC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=566468;WS=566450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	566615	rs181124600	G	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.744;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,73:0.72:101
chr8	566619	rs68122960	A	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.44;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	566660	rs35578938	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr8	577101	rs336433	A	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=28;PP=1555;SC=ACGTATCCCTAGACACCTGCA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=577109;WS=577091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	577249	rs12547464	G	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=42;PP=1415;SC=CTGGAAGTTGGAGATAAGAAC;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=577257;WS=577239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	607380	rs1669658	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=328;SC=TCTGGTCGGAAGGGAGGTTAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=607388;WS=607377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	607766	rs4735812	C	G	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=80;PP=2965;SC=TTAAAGGACTCAGTAATGTGC;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=180;WE=607774;WS=607756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	608034	rs10090260	T	C	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=109;PP=2965;SC=CCACGGACCATGTTTGAGAGA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=238;WE=608042;WS=608024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr8	608153	rs10090386	T	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr8	608279	rs1703925	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=320;SC=CTGGGGAGAGAGGCTGGTTCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=608287;WS=608269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	609872	.	G	A	1664	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=55.18;NF=67;NR=41;PP=1664;QD=15.7293630791;SC=TCTCCAGTGTGCACTGAATAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=108;WE=609880;WS=609862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:55,108:0.66:163
chr8	609901	.	A	G	2241	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.43;NF=86;NR=66;PP=2241;QD=14.9721790299;SC=GGGGGTGACCATCGAGGCTTC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=152;WE=609909;WS=609891;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:67,152:0.69:219
chr8	610096	rs150755168	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=2.517;SC=CTGAGCTCCCGAAGGCAGGGC;SOR=1.209;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=24;WE=610104;WS=610086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr8	610137	.	GGG	AGT	371	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=57.69;NF=0;NR=8;PP=371;QD=53.0584843578;SC=GCCCCTGCCCGGGGTCATGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=610147;WS=610127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr8	618728	rs2271263	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TGTGTGACGCAAGGCGGTCCA;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=25;WE=618736;WS=618718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr8	623156	rs6559065	G	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=161;SC=ACTTATATTAGTTGCCTTACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=623164;WS=623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	623696	rs61741834	G	A	6818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CCCGGCCAGTGTCGGGTCTTC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=216;TCR=242;TR=297;WE=623704;WS=623686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,304:0.65:467
chr8	960303	rs35654511	T	TCA	4398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=2856;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CACTCAGATATCAGTTTTATA;SOR=0.791;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=63;WE=960311;WS=960293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,108:0.64:170
chr8	1749388	rs7017381	C	T	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=43;PP=1757;SC=CACTCAGAAGCGGACTCCCTG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=108;WE=1749396;WS=1749378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	1749410	rs7003112	T	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=44;PP=1781;SC=CCTGCTAAACTACCCTTGAAA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=103;WE=1749418;WS=1749400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	1749513	rs12541297	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=642;SC=GTGACTTGCACGTATATGCCC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=1749521;WS=1749503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	1765301	rs139286994	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=345;ReadPosRankSum=1.602;SC=TGAGGCGTCATTGGCACACGG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=25;WE=1765309;WS=1765291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr8	1791433	rs11136431	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=519;ReadPosRankSum=0.247;SC=TTCCTTTTTGCGGGGTTCTCT;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=37;WE=1791441;WS=1791423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
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chr8	1791662	rs74415378	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr8	1814588	rs67268874	GACAC	G,GAC	820.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.20;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,10:0.58,0.42:24
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chr8	1817367	rs7003969	G	A	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=47;PP=2600;SC=CAGATCCAGAGGAAGCAATTT;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=1817375;WS=1817357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	1824596	.	G	C	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=20;QD=27.3856062736;SC=GAGCAAGCCCGGGGCTCCGCA;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=2;WE=1824604;WS=1824586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr8	1830928	rs4543586	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;QD=28.13;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	1846545	rs755544	C	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=984;ReadPosRankSum=1.508;SC=GCCCCAGGGGCAGGGAGGGCA;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=53;WE=1846553;WS=1846535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr8	1846562	rs755543	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=344;ReadPosRankSum=0.250;SC=GGCATGGCAGCCCTGCAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=27;WE=1846570;WS=1846552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr8	1846758	rs755542	C	T	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.867;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=71;PP=1717;ReadPosRankSum=1.895;SC=TTGAAAATGGCGTCTGTTCCT;SOR=1.449;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=147;TCF=42;TCR=105;TR=93;WE=1846766;WS=1846748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,100:0.65:154
chr8	1900855	rs7832438	A	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=866;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GAAGCCACTCATGTCTTTCCG;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=64;WE=1900863;WS=1900845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
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chr8	1901177	rs80299596	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr8	1905132	rs3735876	G	A	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=68;PP=2711;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TGGGAGATTCGCTGGGATCGA;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=139;TCR=101;TR=167;WE=1905140;WS=1905122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,176:0.70:253
chr8	1998864	rs112542689	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=389;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TGACTCTCTTTGTAGGAGCAC;SOR=1.012;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=20;WE=1998872;WS=1998854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr8	2005414	rs7833424	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=-1.974;SC=TCGGGGGCCACGTGGTTTTCT;SOR=0.425;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=4;WE=2005422;WS=2005404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr8	2005676	rs3765208	A	G	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CATGGTGCTCAAGGGGCCGAG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=148;TCR=142;TR=199;WE=2005684;WS=2005666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,200:0.68:296
chr8	2006054	rs3779862	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.589;SC=CTGAACGTTCACTTTAACTCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=2006062;WS=2006044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	2007116	rs7461903	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=404;SC=ACCAGTGCGAACTCTGGGCCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=2007124;WS=2007111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	2007230	rs6558591	A	C	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=52;PP=2965;SC=CACACACAAAATACAACTCTG;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=103;TCR=52;TR=155;WE=2007238;WS=2007220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	2020377	.	G	GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCCTGAAAGCCTCCATCGTTTC	2789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=99.63;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	2021421	rs2272720	G	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=67;PP=2901;SC=TCTTTCAGACGTGCTGTTGAA;SOR=0.938;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=160;WE=2021429;WS=2021411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	2024207	rs7822836	A	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=10;PP=1196;SC=TGCCTTTTCTATCCCTGCCCC;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=2024215;WS=2024197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	2033600	.	GCTGTCGTGATCTCCGCGTGGCCCCTCA	G	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.79;QD=38.45;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	2033653	rs77385556	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=159;SC=CGTGGCCCCCCACTGTTGTGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=2033661;WS=2033643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	2040104	rs2235121	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=73;NR=28;PP=2092;SC=TGAAAAGGGCCGGAAGATCTC;SOR=1.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=101;WE=2040112;WS=2040094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	2040337	rs6420202	T	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=44;PP=1115;SC=ACAAGCCCATTGGATACAACA;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=2040345;WS=2040327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	2040401	rs2235123	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=330;SC=TAGCAAGACCGTTGAGGTCCC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=2040423;WS=2040391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	2040415	rs893877	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=321;SC=AGGTCCCTGTGGCCCTGGCAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=2040423;WS=2040391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	2042070	rs7828132	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=620;SC=TGAAGCCTCTTGGTTGGCTGC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=2042078;WS=2042060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	2044363	rs7834633	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=864;SC=ACATTAGATAATTTGATACAG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	2044376	rs7815778	GG	AC	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=1277;SC=TGATACAGACGGAAAAATGGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	2044426	rs7820357	C	A	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=202;SC=TTTTGGAGCTCAAAAGATCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=2044434;WS=2044416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	2046526	rs7817175	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=791;SC=TGCAGCTCGTTGGCCACATCG;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=2046534;WS=2046516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	2046880	rs2294067	G	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=469;SC=GCCTCTGTGGGTGCGACTCTG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=2046888;WS=2046870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	2048640	rs3779838	C	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=13;PP=1648;SC=ATGCGCGCAGCAACAAGGTGG;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=71;WE=2048648;WS=2048630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	2048811	rs4876227	A	C	7715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=0.436;SC=GGATCACTGTAAATCAGACGA;SOR=0.398;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=111;TCR=157;TR=266;WE=2048819;WS=2048801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr8	2050383	rs2294070	A	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=12;PP=619;SC=CCCTATTCACAATAAAATGTG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=2050391;WS=2050373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	2054012	rs12677887	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=653;SC=AGCCGCTCACCTCATACTCTT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=2054020;WS=2054002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	2054476	rs33927116	GA	G	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=315;SC=TACTTGCTTAGAAAAAAAGAC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=2054484;WS=2054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	2056569	rs1978898	C	T	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=76;PP=2886;SC=ACTTTTTCTTCGTTTTAGAGC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=153;WE=2056577;WS=2056559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	2057090	rs2280895	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=0;PP=201;SC=TCTCAAAAATCTAATAACTAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=2057098;WS=2057080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	2063920	rs34379172	CAT	C	2492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.124;NF=17;NR=31;PP=2059;ReadPosRankSum=1.065;SC=AATATTTCCACATGTCCATAC;SOR=0.692;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=48;WE=2063929;WS=2063910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr8	2064121	rs12548396	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AAAGCAAAGACGATTGGAGTA;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=29;WE=2064129;WS=2064111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr8	2071002	rs6558607	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr8	2071030	rs373286573	AG	A	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.756;NF=15;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=1.372;SC=AGGTTTTTTGAGGGGGGGGCT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=2071038;WS=2071020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr8	2071261	rs71270475	A	AGAC	6378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=64;PP=2957;SC=GAGTAACACAAGAAAGCAAAA;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=75;WE=2071269;WS=2071251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	2071306	rs6998711	A	G	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=44.26;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	2071309	rs6998712	A	T	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=45.04;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	2071673	rs2280898	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=318;SC=CTTTGGTTGCTTTCAGAGTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=2071681;WS=2071663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	2077072	rs2280902	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCACACAGCAAGCACTCCTTT;SOR=0.890;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=64;WE=2077080;WS=2077062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr8	2089129	rs78240172	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=665;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GTTACTATGATATCCTGTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=44;WE=2089137;WS=2089119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr8	2092484	rs10503170	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=2;PP=943;ReadPosRankSum=0.453;SC=GATTGAAGGACCAATAAATGT;SOR=1.696;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=44;WE=2092492;WS=2092474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr8	2092803	rs1063523	A	G	4581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TCGACGTGACAGTGAGCGTGT;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=140;TCR=152;TR=200;WE=2092811;WS=2092793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,206:0.69:300
chr8	2112013	rs17752600	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=354;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TTTCATATTTGTAGCCTATTT;SOR=3.003;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=23;WE=2112021;WS=2112003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr8	2112080	rs33945248	G	GTT	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.869;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr8	2148368	.	G	GTC	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=28;MQ=44.95;NF=2;NR=0;PP=76;QD=48.5;SC=GTATAGTTGTGTGTGTGCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=2148376;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	2148550	rs2618845	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=25;PP=867;SC=TGTGCATGCTGTATTTATGTG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=2148558;WS=2148540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	2148771	rs7008255	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=20;PP=904;SC=CATGTGTTTGCGTCTGTGTGC;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=2148779;WS=2148761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	2796277	rs585000	C	T	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=73;PP=2327;SC=CTAAGGAAAACAGAAAACAAA;SOR=1.110;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=133;WE=2796285;WS=2796267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	2799981	rs6997981	G	C	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=47;PP=2223;SC=AACAGATGGTGTTTCTGCAGT;SOR=0.966;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=116;WE=2799989;WS=2799971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	2806920	rs5741961	G	GAAAGAAAAGA	1411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=41.52;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	2808860	rs1513337	T	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=434;ReadPosRankSum=0.855;SC=TCAGACATTATTAAACACAGA;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=35;WE=2808868;WS=2808850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr8	2811708	rs1979509	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
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chr8	2813083	rs4875856	G	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CTTTGGAAAAGTATGCCACTC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=115;TCR=78;TR=76;WE=2813091;WS=2813073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,85:0.40:210
chr8	2820043	rs4876056	G	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=710;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGACTCTTCTGGAGGATCCCA;SOR=0.699;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=49;WE=2820051;WS=2820033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr8	2820187	rs4875859	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-0.861;SC=AGGAAGAAGTCAGCCTTCAAC;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=23;WE=2820195;WS=2820177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr8	2820682	rs922995	C	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=634;ReadPosRankSum=-0.825;SC=AGGATGTGCCCTGGTTATCCG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=35;WE=2820690;WS=2820672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr8	2820745	rs667859	G	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=33;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.591;SC=AGAACTTACGGAGACACTGGG;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=88;WE=2820753;WS=2820735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,93:0.60:154
chr8	2824083	rs73657532	C	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=693;ReadPosRankSum=0.041;SC=ATGATGTCTGCTTACTAACTT;SOR=0.669;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=49;WE=2824091;WS=2824073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr8	2832139	rs667595	C	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=54;PP=1940;SC=GGTGTCCACACGATATAGCTT;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=2832147;WS=2832129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	2836102	rs615578	C	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=7;PP=1414;SC=GCAGGGGTCTCTGCACAGAAA;SOR=3.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=2836110;WS=2836092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	2909992	rs6558702	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=13;PP=1267;SC=ACGCTTACACGTGGGCGGCTT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=2910000;WS=2909982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	2910020	rs6558703	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=27;PP=1833;SC=TTACTCCACAACCCATCTTCT;SOR=1.562;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=92;WE=2910028;WS=2910010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	2910223	rs6420209	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=25;PP=732;SC=TATTTTCCAGCTATTAAAACC;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=2910231;WS=2910213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	2910289	rs7004774	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	2954348	rs3112	C	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=448;SC=GGTCACTGCTCTACAAAGATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=2954356;WS=2954338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	2964003	rs10503192	T	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1069;ReadPosRankSum=0.844;SC=AATACAATTTTCCATGTTGAA;SOR=0.462;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=61;WE=2964011;WS=2963993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr8	2964206	rs4875742	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr8	2965122	rs113534820	C	CTGTTTT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=224;SC=TTCTTTGTTTCTGTTTTTGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=2965130;WS=2965112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	2965209	rs1531351	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=9;PP=472;SC=GTCGTGCTGAATTCATGGTAT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=2965217;WS=2965199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	2965244	rs3824271	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=455;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TATTACCTATTTCGAAATCAT;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=32;WE=2965252;WS=2965234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr8	2966072	rs3802291	G	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=398;SC=AACACTGCAGGAAACACCACA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=2966080;WS=2966062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	2966388	rs11786969	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=0.497;SC=ATGCATTCTCAGGATACTGTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=2966396;WS=2966378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr8	2967970	rs7012429	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.833;SC=TGGGAAATAGGTGTGAAATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=8;WE=2967978;WS=2967960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr8	2999929	rs2406569	A	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=737;ReadPosRankSum=1.729;SC=CTTAAATACAATTTACATGTA;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=49;WE=2999937;WS=2999919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr8	3038763	rs11785446	G	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=52;PP=1731;SC=AGATAGAATTGTAACACTACA;SOR=1.167;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=3038771;WS=3038753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	3038838	rs11785463	G	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=661;SC=AATCCCTACAGTTTGTCTGAT;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=3038846;WS=3038828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	3045230	rs17319192	G	A	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=CCTGTTTCTTGATGGTCTTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=3045238;WS=3045220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	3046635	rs898501	G	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=41;PP=1289;SC=AAGAGAAAATGTACATGAACA;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=3046643;WS=3046625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	3059365	rs5888954	TA	T	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=287;SC=AAGAATTTGGTAAAAAAATAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=3059373;WS=3059355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	3141555	rs10099968	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=389;SC=AATTAGGCTCAATAAATTGCA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=3141563;WS=3141545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	3141586	rs4875508	T	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=1007;SC=GAGACGCTGGTGAATATAAAT;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=3141594;WS=3141576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	3165809	rs77252802	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	3165814	rs1393843	A	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	3201012	rs156075	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=50;PP=1456;SC=TATGCCTTCACTGGATTCTTA;SOR=1.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=3201020;WS=3201002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	3201034	rs156076	G	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=35;PP=973;SC=GTTAGCAATGGTAATAAACAA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=3201042;WS=3201024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	3224451	rs10092967	G	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=1.522;SC=AAACACACACGGATGCACACA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=2;WE=3224484;WS=3224441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr8	3224476	rs4875702	A	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.058;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr8	3224561	rs4875703	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=0.225;SC=TACCTGAAAATGTGATATTGA;SOR=0.783;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=35;WE=3224569;WS=3224551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,42:0.33:126
chr8	3224818	rs10096251	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=0.413;SC=AGAGACACACGGGGCGGCGGG;SOR=0.823;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=13;WE=3224826;WS=3224808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr8	3226696	rs7002678	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TTGTTTACACCGTAATATGTT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=3226704;WS=3226686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr8	3226741	rs6984292	A	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=347;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CTCATTTATTAGTCTGTATGT;SOR=0.880;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=19;WE=3226749;WS=3226731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr8	3226899	rs6984477	A	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=797;ReadPosRankSum=0.175;SC=AGAGCTTAAAATAATAAAGAG;SOR=1.119;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=149;TCF=64;TCR=85;TR=56;WE=3226907;WS=3226889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,60:0.38:160
chr8	3226919	rs270096	C	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=74;PP=2201;SC=GAGATGATTACAGCACTAAAG;SOR=1.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=3226927;WS=3226909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	3226994	rs6984628	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.719;SC=AGGATTAACAAATTTAATGTC;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=8;WE=3227002;WS=3226984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr8	3253768	rs3802303	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CAGTGGTGAACAGCAGGTACA;SOR=0.196;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=32;WE=3253776;WS=3253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr8	3253939	rs3802304	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.17;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr8	3253997	rs3802306	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AGAAACCCATGTACGTTAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=3254005;WS=3253987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr8	3566106	rs10105577	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=54;PP=1752;SC=ATAACTGCTTTCTATCAACCC;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=3566114;WS=3566096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr8	3807319	rs2740867	C	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=166;SC=GCCTCTAACACATGGAAAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=3807327;WS=3807309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	3807486	rs28484850	C	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1026;ReadPosRankSum=0.748;SC=GCCAGCAGAGCGACGTGTCTC;SOR=0.858;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=77;WE=3807494;WS=3807476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,87:0.69:127
chr8	3807667	rs2627515	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=744;SC=CATTTATACACCAGCTGACTT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=3807675;WS=3807657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	3855302	rs1863475	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.652;SC=AGAGCAAGGCGAAAAAAGGAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=3855310;WS=3855292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr8	3855369	rs11303985	GA	G	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CTCGTTGGGGGAAAAAACGGG;SOR=0.936;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=5;WE=3855377;WS=3855359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr8	4494811	rs2617007	T	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=0.768;SC=CTAGATTTCATAATCTGTGTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=4494819;WS=4494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr8	4495107	rs2617008	G	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=640;ReadPosRankSum=1.250;SC=ACACAAAAAAGCATATTATTC;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=36;WE=4495115;WS=4495097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr8	4851787	rs3860871	C	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=613;ReadPosRankSum=0.866;SC=AAAACGCACACTCGCGTCCGC;SOR=0.296;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=37;WE=4851795;WS=4851777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr8	6264130	rs2305023	G	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=48;PP=2851;SC=CAGTGCCCGCGCGCGCCGCCA;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=136;WE=6264138;WS=6264120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	6264358	.	CCTCCCCCGCTGCCTGTCCCACCAAAACCCCCTGCTCCTGCTCT	C	48.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr8	6264378	.	A	C	236	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=236;QD=30.085690283;SC=TGCCTGTCCCACCAAAACCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=6264386;WS=6264368;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	6272185	rs2440437	G	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=182;SC=TCTGTCAGATGTTGAGAAACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6272193;WS=6272177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	6272399	rs2305022	G	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=45;PP=1389;SC=TGCTCTGGGTGGAAAAGTAAG;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=6272407;WS=6272389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	6272477	rs2515415	A	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	6272481	rs2442545	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.10;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	6272540	rs3214738	TG	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	6312880	rs2515575	C	T	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=196;SC=GTCTTTTATTCTAAAAAATTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=6312888;WS=6312870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr8	6690215	rs2978901	G	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=709;ReadPosRankSum=-1.501;SC=GTGCTCCAGAGGTGAAAGAGG;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=58;WE=6690223;WS=6690205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
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chr8	6735431	rs1799946	C	T	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	6793540	rs736227	C	T	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=100;PP=2965;SC=GACAGCAGAACGTTAATCGAC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=115;TCR=100;TR=215;WE=6793548;WS=6793530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
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chr8	8860709	rs28510464	T	G	456.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=0.809;SC=GCCTGGCTGTTGGCGCCAGCT;SOR=2.091;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=8860717;WS=8860699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
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chr8	8887566	rs34111588	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=367;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGTGTGGATCATTCCAATTGA;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=39;WE=8887574;WS=8887556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr8	8905926	rs2921379	A	G	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=72;PP=2963;SC=AGTTTAAAAAACGTCCTTAAG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=8905934;WS=8905916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	9537635	rs12114182	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=218;SC=AAATCTTTATGTACTTTATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=9537643;WS=9537625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	9563797	rs11343041	CT	C	295.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr8	10396054	rs6601483	A	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TGGGCATCATAAGCTGGGGAA;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=67;WE=10396062;WS=10396044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr8	10411438	rs35201635	AT	A	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.717;NF=8;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.743;SC=TGTCAATTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.363;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=18;WE=10411446;WS=10411428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr8	10411743	rs78791583	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	10464604	rs117007660	T	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=974;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CCTCTCTGCATGAGGGGTCCC;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=87;WE=10464619;WS=10464594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,91:0.38:240
chr8	10465097	rs4354268	C	T	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.034;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.053;NF=93;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.226;SC=TGGGCCTCCTCTTCAGCCTCC;SOR=0.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=171;WE=10465105;WS=10465087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr8	10465771	rs11785822	G	T	8203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=141;PP=2965;SC=CTCCTGGGCCGCCTCTTCTGC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=140;TCR=142;TR=281;WE=10465779;WS=10465761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr8	10466003	.	GCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTC	G	3593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.050;NF=13;NR=39;PP=2967;ReadPosRankSum=1.473;SC=TCTGACTCTGGCTGGGCCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=52;WE=10466031;WS=10465999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,93:0.61:153
chr8	10466482	rs13267180	G	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=73;PP=2879;SC=CTTGCCAGGGGCCACCTCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=150;WE=10466490;WS=10466472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	10467207	rs4840498	C	A	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=98;PP=2965;SC=AGCCACTCTGCCTCTCGCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=118;TCR=99;TR=216;WE=10467215;WS=10467197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	10467637	.	T	TCCTCTAACTGCACCCTCTCTTCTTGCAGCCCTTCTATTACTTTAGTCC	1897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=2.489;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr8	10467651	.	C	CCTCTCTTCTT	7675.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=5.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-3.665;QD=24.06;ReadPosRankSum=-1.642;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,185:0.58:319
chr8	10467652	.	GC	CC,CT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=57.63;NF=206,74;NR=228,112;PP=2962,2944;QD=20;SC=TAACTGCACCGCCTCTTCTTG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=545;TCF=273;TCR=272;TR=434,186;WE=10467661;WS=10467615;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:545
chr8	10467652	.	G	GCAGCCCTTCTATTACTTTAGTCCCCTCTAACTGCACCC	7674.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=8.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-3.469;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,216:0.61:354
chr8	10468172	rs4840502	G	A	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TCCTGGTACCGAGGGGAGTCT;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=347;TCF=182;TCR=165;TR=108;WE=10468180;WS=10468162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,111:0.31:355
chr8	10469233	rs35602868	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=63;PP=2437;SC=CTCTTCCCCCAGGCTGGCAGC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=138;WE=10469241;WS=10469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	10469817	rs6996950	G	A	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=95;PP=2965;SC=CCTGCTCGGTGCCCTGTCCTT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=220;WE=10469825;WS=10469807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr8	10470068	rs74990397	C	T	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=128;NR=108;PP=2965;SC=TGCTCTGGGCCGCCCAGCCCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=236;WE=10470076;WS=10470058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr8	10470148	rs74400517	G	A	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCCTATCTGGGCAGAGGGGCT;SOR=0.915;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=88;WE=10470156;WS=10470138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,93:0.57:164
chr8	10470915	rs11773913	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=65;PP=1860;SC=TGGGGGCAGCATCAGGATAAA;SOR=1.287;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=106;WE=10470923;WS=10470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr8	10530037	rs11250057	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=337;SC=CAGGCCCAGCGCATCGCAGGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=10530045;WS=10530035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	10532355	rs4841419	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=74;PP=1956;SC=AAAGGTATGGTGTGTCCAGGG;SOR=1.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=114;WE=10532363;WS=10532345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	10532401	rs4840505	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=1322;SC=TGGGGTGGGTACACATAGAAC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=10532409;WS=10532391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	10583203	rs10110624	A	G	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=34;PP=2228;SC=TCAAGGCACAAGAAGGAGAGG;SOR=1.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=10583211;WS=10583193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	10583506	rs4841432	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=2.132;SC=GAGGCGGGGAAAGCTGGCCCA;SOR=0.648;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=42;WE=10583514;WS=10583496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr8	10584212	rs10100209	C	T	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=64;PP=2013;SC=ATGCTCAGTGCTGTGCCCCGC;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=10584220;WS=10584202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	10584288	rs10100333	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=14;PP=406;SC=CTTCCCCCTCCCAGCCACAGA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=10584296;WS=10584278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	10623138	rs1078543	T	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=759;ReadPosRankSum=-1.887;SC=GCTGGCGCGCTCTTCTTCTTG;SOR=0.585;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=55;WE=10623146;WS=10623128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,58:0.32:184
chr8	10645114	rs17152410	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=1.425;SC=GTAAGCTATGTGATGGCAAGA;SOR=0.610;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=12;WE=10645122;WS=10645104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr8	10677981	rs1544980	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.247;SC=ACCAAGTAAATGTTTTAGAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=10677989;WS=10677971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr8	10682777	rs17152571	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=912;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GCCCTGATACGCATGACATTC;SOR=0.604;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=50;WE=10682785;WS=10682767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr8	10683127	rs7840785	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGGTCTCAAACGGCTTTTTAC;SOR=0.164;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=20;WE=10683135;WS=10683117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr8	10683623	rs2271357	G	A	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=35;PP=1238;SC=GGACAAACACGTAGATTTCAA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=10683631;WS=10683613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	10683776	rs2271356	T	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=0.979;SC=ATGAAAAAAATACATTAAAGT;SOR=1.473;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=10683784;WS=10683766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr8	10689050	rs6991526	T	C	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=135;SC=TGCACAGGTATTGACATATCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10689058;WS=10689040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	10689142	rs7004998	G	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=18;PP=1609;SC=AAACATATTTGCATTGAGAAC;SOR=2.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=10689150;WS=10689132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	10690244	rs2292371	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=711;SC=CTCTGAGTTATAGTGCCATGC;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=10690252;WS=10690235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	10690319	rs2292370	G	A	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=38;PP=1927;SC=ATGGTCAGAAGCAGATGAACC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=106;WE=10690327;WS=10690309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	10690543	rs3062483	CAGA	C	1845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=1475;SC=CACTGATACTCAGAAGCAGAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=32;WE=10690553;WS=10690533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	10691199	.	G	C	195	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=24;MQ=57.36;NF=8;NR=0;PP=195;QD=28.7214015684;SC=ACTGGGGTGCGGGAGGCTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=10691207;WS=10691197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr8	10691214	.	AAT	A	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=25;MQ=59.68;NF=4;NR=0;PP=97;QD=32.0;SC=GCTGGAGAAGAATGACGACTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=10691223;WS=10691204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr8	10691277	.	A	C	1453	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=25;MQ=59.64;NF=50;NR=13;PP=1453;QD=23.6154160722;SC=AGGCTGGAGAAAAACGACGAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=10691285;WS=10691267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	10691489	rs11996727	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=789;SC=ATTGAATTTACAAATCTAGAG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=10691497;WS=10691479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	10692158	rs2271355	C	T	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=70;PP=2965;SC=GATTTTTTTCCGCTTTTCTCC;SOR=1.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=124;TCR=70;TR=193;WE=10692166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	10692359	rs1549796	C	T	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=70;PP=2019;SC=TACACATGCACAACTTTGTGT;SOR=1.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=10692367;WS=10692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	10697276	rs72549111	C	G	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=3.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.640;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,99:0.28:351
chr8	10782415	rs35097633	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=589;SC=GCCATCCCCCTAAAACCAAGA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=10782423;WS=10782405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	10782442	rs4841459	A	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	11295747	rs79145090	A	G	641.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=528;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GGATCCTCCAACTCCCTTCTC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=23;WE=11295755;WS=11295737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr8	11296091	rs1057750	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=1031;SC=TTCCTATTTTGGAAACTTCGA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=11296099;WS=11296081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	11301733	rs147319341	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CTCCGCAGCCGGCCTCGGGAA;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=31;WE=11301741;WS=11301723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr8	11301753	rs3021513	A	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=44;PP=1619;SC=AGGGCCAGGTATGCTCCTCCA;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=11301761;WS=11301743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	11400680	rs2245250	G	A	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=27;PP=1869;SC=TCTGTGCAGAGGATCTGAGGC;SOR=1.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=92;WE=11400688;WS=11400670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	11400944	rs2245232	G	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=40;PP=1270;SC=TATAGCAAAAGTGCCTTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=11400952;WS=11400934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	11405437	rs6994605	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=8;PP=1171;SC=CATTTCCATCGTGGGCAAGCA;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=11405445;WS=11405427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	11406593	rs3816668	T	C	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=123;PP=2965;SC=ATGTGCCCAGTAACTTTGTGG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=244;WE=11406601;WS=11406583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	11411005	rs11250146	G	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	11414237	rs2306234	T	C	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=69;PP=2825;SC=CAGAAGCCTTTCTGGGTGAGG;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=11414245;WS=11414227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	11415572	rs4841557	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=44;PP=1452;SC=AGGTGCAGAGAAAGGGCGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=11415580;WS=11415562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	11415597	rs4841558	C	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=955;SC=CCACCTGCTGCCCACAATGGC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=11415605;WS=11415587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	11416122	rs2467518	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=7;PP=582;SC=TGGACCTCCTTGGCTACCCAG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=11416130;WS=11416112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	11416171	rs7011778	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=13;PP=1309;SC=CATGCAGAACTTTCTGGACTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=11416179;WS=11416161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	11416428	rs6988443	C	T	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=60;PP=2663;SC=TACCCAGTAGCGCCGCTGCAG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=11416436;WS=11416418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	11416635	rs11785333	G	A	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.29;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	11416643	rs11785335	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	11417257	rs11783065	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=24;PP=1315;SC=CCACCCCTCTACCTCCTCTGC;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=11417265;WS=11417247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	11422045	rs1042701	G	A	9911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.244;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.418;SC=AGCAGGGGCAGCCCCAGCCTA;SOR=0.403;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=186;TCR=164;TR=349;WE=11422053;WS=11422035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,362:1.00:363
chr8	11422130	rs7843987	T	C	9639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=194;PP=2965;SC=TCGTTACCTGTGACAAGCTGG;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=161;TCR=196;TR=355;WE=11422138;WS=11422120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr8	11422170	rs7840433	A	G	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=127;PP=2965;SC=CACGGGGCGCAGGCGTGGCGC;SOR=1.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=72;TCR=127;TR=198;WE=11422178;WS=11422160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	11614305	rs13250578	A	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	11614313	rs3729852	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	11614316	rs3729853	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	11618998	rs804285	G	C	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=117;SC=CCCAGCTACTGGGGAAGCGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=11619006;WS=11618988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	11619205	rs13281294	C	G	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=62;PP=2965;SC=AGCTCTCACTCGTGGACCAAG;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=104;TCR=63;TR=166;WE=11619213;WS=11619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	11619261	rs2740431	T	A	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=116;PP=2965;SC=TTGGAGTGGGTCTGGGTGTTC;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=250;WE=11619269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	11619334	rs811966	C	T	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=103;PP=2965;SC=GTTTGCATCCCTGCCTTGCTT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=210;WE=11619342;WS=11619324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr8	11619635	rs2645455	T	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=32;PP=929;SC=AGAAAAAATCTTCAAAGCGAA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=11619643;WS=11619625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	11640784	rs8191642	A	G	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=57;PP=2408;SC=GCTCTTCCCCAGTGGTCACAC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=137;WE=11640792;WS=11640774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	11643459	rs8191663	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=42;PP=1513;SC=TACCTTCCCCCGCTTTATTTC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=97;WE=11643467;WS=11643449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	11643803	rs1534862	C	T	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=30;PP=1044;SC=GTGCTCCTCACGGAACCTTGC;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=11643823;WS=11643793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	11643815	rs112384557	GC	G	1946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=25;PP=1352;SC=GAACCTTGCCGCTTGGGGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=30;WE=11643823;WS=11643793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	11643915	rs804292	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=182;SC=TATAATATTCGTCTCCCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=11643923;WS=11643905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	11666218	rs71711801	GTCCCAC	G	10977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=118;PP=2990;SC=GCCTGCCCCAGTCCCACTCCC;SOR=0.791;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=184;TCF=47;TCR=137;TR=145;WE=11666237;WS=11666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr8	11683653	rs904011	T	C	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=60;PP=2166;SC=GGGCCTGTTTTTGCAGAAAAC;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=11683661;WS=11683643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr8	11687938	rs1293313	G	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=482;SC=AGGTAGGGAAGGGGGCTCCTC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=11687946;WS=11687928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	11702594	rs709821	G	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=5;PP=936;SC=TTTCTACCCCGATCTCGCCCC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=11702602;WS=11702584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	11702840	rs1736081	T	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=41;PP=1353;SC=CTCCTGCTGTTGGCCCACTAG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=11702848;WS=11702830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	11703048	rs1692811	C	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=15;PP=1313;SC=AGGAGGAGCTCACAGCCTGGC;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=11703056;WS=11703038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	11704457	rs1692816	A	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=962;SC=CCAGCCCCTCACCTGCCTGCC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=11704465;WS=11704447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	11704719	rs1692817	C	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=45;PP=1350;SC=GGGCAGTGACCGTGCCTCGTG;SOR=2.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=11704727;WS=11704709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	11705342	rs1736088	G	C	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.280;NF=83;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.325;SC=CTGATGGGACGCGGGAGAAAG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=181;WE=11705350;WS=11705332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr8	11705380	rs149445749	A	AAGCCCCAGCTGGGCGAGGC	6087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=38;PP=2967;SC=CCCCACGGAGAAGACCTGGGG;SOR=1.540;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=43;WE=11705388;WS=11705370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	11705448	rs1692819	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=215;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=910;SC=AGAGGCCTGTGCACCTGGCTA;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=11705456;WS=11705438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	11705870	rs1736089	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=433;ReadPosRankSum=0.796;SC=CCCCACCCCTGCCCACAAAGA;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=46;WE=11705878;WS=11705845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,51:0.29:173
chr8	11706581	rs13332	T	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,55:0.31:177
chr8	11710301	rs1293291	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AAAACCAGAGACCCTACCCAA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=13;WE=11710309;WS=11710291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr8	11710883	rs144070273	C	T	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=75;PP=1968;ReadPosRankSum=0.078;SC=CCAGCTCATCCGACAGGGGAT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=236;TCF=114;TCR=122;TR=143;WE=11710891;WS=11710873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,150:0.60:252
chr8	11831661	rs35283519	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=535;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AAAGAAAAATCAATCTTAATG;SOR=0.905;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=45;WE=11831669;WS=11831651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr8	11839799	rs6991081	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.630;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr8	11840011	rs7004833	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=526;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CAGGGAGGAAAGTGAGCAGAG;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=45;WE=11840019;WS=11840001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr8	11840071	rs6985349	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr8	11872581	.	CC	GT	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=90;MMLQ=28;MQ=41.11;NF=0;NR=2;PP=124;QD=88.7339374311;SC=TCTGCCTGCACCTGGGGAAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=11872599;WS=11872571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr8	11872589	.	AGAG	A	149	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=90;MMLQ=27;MQ=41.11;NF=0;NR=2;PP=149;QD=88.0;SC=CACCTGGGGAAGAGGAAGGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=11872599;WS=11872571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
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chr8	12589179	rs3802269	C	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATCCAGCTTGCGGTGAGGTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=12589187;WS=12589169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr8	12592956	rs13251315	C	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AAACTATCCACTGAAAAGCTT;SOR=1.003;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=29;WE=12592964;WS=12592946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr8	12593045	rs13272425	A	G	138.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GAGGAGAGAAAGGGCAGTGAT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=12593053;WS=12593035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr8	12598608	rs4831354	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=326;SC=AGTGCCGATTCTGGGCCGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=12598616;WS=12598598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	12600622	rs7837242	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr8	12809667	rs2272624	A	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=745;ReadPosRankSum=1.275;SC=ACTACTCGCAACGGGAGAGCT;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=70;WE=12809675;WS=12809657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,74:0.29:252
chr8	12809700	rs2272623	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=4.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.724;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,65:0.24:276
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chr8	12878637	rs528255	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=65;PP=2637;SC=AAGAACCGTCACTTTGAGAAG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=147;WE=12878645;WS=12878627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	12878677	rs622106	T	C	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=59;PP=2676;SC=GGAACAGGGCTCTGTGTTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=124;WE=12878685;WS=12878667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	12878807	rs3739310	T	G	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=83;PP=2965;SC=TAAAGAGCAGTGTGGTTCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=168;WE=12878815;WS=12878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	12878830	rs3739309	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,51:0.27:190
chr8	12879062	rs503550	T	C	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=111;PP=2965;SC=ACACTCTAGTTTAGACTTTGA;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=128;TCR=111;TR=239;WE=12879070;WS=12879052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr8	12879099	rs502882	G	A	8285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=139;PP=2965;SC=TCAACAAAAGGGCAAAGTTTA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=147;TCR=139;TR=286;WE=12879107;WS=12879089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr8	12879334	rs608909	T	C	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=107;PP=2965;SC=TTTCTGCAGTTGATTCCACAG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=150;TCR=108;TR=257;WE=12879342;WS=12879324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	12879539	rs608052	A	G	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=73;PP=2385;SC=AGAGAAAAAGAGAGGTTGTGA;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=122;WE=12879547;WS=12879529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	12879600	rs498852	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=36;PP=996;SC=CACATTCTTTCCTCTTGGTTT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=12879608;WS=12879590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	12888743	rs13281744	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,71:0.26:268
chr8	12888908	rs7826836	T	G	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=101;PP=2965;SC=GGGTCATGTCTCGGCTTCATT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=93;TCR=101;TR=194;WE=12888916;WS=12888898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	12888997	rs573652	T	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=61;PP=1885;SC=CTCTCTCAGCTTTCTCTGAGA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=84;WE=12889005;WS=12888987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	12943691	rs621554	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.120;SC=TTCATGAAGTCACCAAGAAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=12943699;WS=12943684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr8	12948951	rs609020	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr8	12950088	rs34094992	CCT	C	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.617;NF=13;NR=2;PP=591;ReadPosRankSum=1.274;SC=TAGGCTGCCCCCTGTGTGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=15;WE=12950097;WS=12950078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr8	12950110	rs7829535	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.436;NF=10;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CACCTCCCATGCAGCCCGTAC;SOR=0.213;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=12;WE=12950118;WS=12950100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
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chr8	12952116	rs965672	A	G	266.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=1.015;SC=CAGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=14;WE=12952124;WS=12952106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
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chr8	12952230	rs658948	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=4.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-1.031;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,49:0.26:187
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chr8	12958025	rs3739298	C	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=979;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CGCTGGGGGGCGCGTGGCTGG;SOR=1.129;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=60;WE=12958033;WS=12958015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr8	12990354	rs7013311	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1209;ReadPosRankSum=-1.427;SC=ACAGAACAGGCACCGACTTGA;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=71;WE=12990362;WS=12990344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr8	13072177	rs3739300	C	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=35;PP=1890;SC=AAAGCCTCTTCTGGGGAAAGG;SOR=1.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=13072185;WS=13072167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	13258936	rs289583	T	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=0;PP=391;SC=AGGTCAAGAGTTACGACTCCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=13258944;WS=13258926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	13356424	rs3736135	G	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=283;SC=GTGGGTAGTCGTTGAATTACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=13356432;WS=13356421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	13356802	rs3816747	G	A	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=96;PP=2965;SC=TGTGCAAGGAGTATCCAAGAA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=195;WE=13356810;WS=13356792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	13356818	rs11203494	TT	CG	9689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=87;PP=2947;SC=AAGAACTCATTTTGTACTACA;SOR=0.740;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=186;WE=13356827;WS=13356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	13357587	rs1383942	G	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=52;PP=1440;SC=ACATGTCATCGTAGTTTAACA;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=13357595;WS=13357577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	13424583	rs13273355	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=779;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTGAAGAACTCTACTGATGAG;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=68;WE=13424591;WS=13424573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,73:0.35:210
chr8	13425353	rs11203497	T	A	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=92;PP=2965;SC=AGAGCAGAAGTTGCAGCGAGA;SOR=1.078;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=164;WE=13425361;WS=13425343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	13965581	rs11336839	AT	A	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=1195;SC=TGGGAGAAACATTTGTCTAGT;SOR=2.356;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=29;WE=13965589;WS=13965571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	14094993	rs35279380	A	AAAC	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTCTGTCTCAAAACAACAACA;SOR=0.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=49;WE=14095001;WS=14094983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr8	14095008	rs144265627	C	CAACA	1891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=4.710;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.183;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr8	14095199	rs13269000	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=632;ReadPosRankSum=1.692;SC=CTGGGAAACATGTATAAAATA;SOR=1.204;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=133;TCF=35;TCR=98;TR=50;WE=14095207;WS=14095189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr8	14095250	.	AT	TT	536	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0,4;NR=15,25;PP=416,536;QD=29.1333333333;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=15,29;WE=14095258;WS=14095240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr8	14095250	.	AT	ATT	536	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0,4;NR=15,25;PP=416,536;QD=29.1333333333;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=15,29;WE=14095258;WS=14095240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr8	14095250	rs1478030	A	T,AT	1610.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.98;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,24:0.54,0.46:52
chr8	15095076	rs74672231	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr8	15095085	rs4831331	C	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	15095296	rs11782187	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=267;SC=GGTTAAAAATAAGGAAAATAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=15095304;WS=15095286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	15095332	rs11782191	A	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=22;SC=AATTCACTTTATTTTACTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=15095340;WS=15095322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	15508200	rs1035972	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=395;ReadPosRankSum=0.073;SC=CCATTATTCTTATCAGGCAAG;SOR=0.945;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=32;WE=15508208;WS=15508190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr8	15556360	.	AT	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.038;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr8	15590866	rs2111752	T	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	15606182	rs7820648	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.979;SC=CTGACAGCATGTAGTTTCTTT;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=33;WE=15606190;WS=15606172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
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chr8	16032931	rs12541118	A	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.847;SC=AAGAAGAAAAAATGTTCCACA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=16032939;WS=16032921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr8	16043913	rs370067	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=0.738;SC=CCCATAGCTCGTCTCTCAACT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=16043935;WS=16043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	16043927	rs442677	A	G	96.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTCAACTACAAACCCATATAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=16043935;WS=16043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr8	16850498	rs1721100	C	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=13;PP=1581;SC=TTGAACGTCTCCTTGGGTCAT;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=16850506;WS=16850488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	16859398	rs10448135	C	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=736;ReadPosRankSum=0.813;SC=GCCCGCCGCGCGCGCTCCGCT;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=40;WE=16859406;WS=16859388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr8	16859440	rs17514894	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=481;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CCAGCAGCGGCGGCCGCTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=38;WE=16859448;WS=16859430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,38:0.33:116
chr8	17042129	rs75130109	C	CCT	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=555;SC=TTTCCTGCACCCTCTCCACAC;SOR=3.383;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=17042137;WS=17042119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	17042416	rs2517086	G	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=5;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATAAATTGTTGTTTGAGAATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=17042424;WS=17042406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	17063335	rs2904674	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AATAGATAATATAGGCTTTTC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=17063343;WS=17063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	17067574	rs73198534	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=1.301;SC=CAAGGTACTTCTTTGTTAAAA;SOR=0.471;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=22;WE=17067582;WS=17067564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr8	17068013	rs1548350	T	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=704;ReadPosRankSum=0.452;SC=TTTTTTCATTTTACTTTCAAA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=43;WE=17068021;WS=17068003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr8	17074640	rs3213600	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=1.864;SC=CCTATTTGTTCAAAAGCAACC;SOR=0.515;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=17;WE=17074648;WS=17074630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
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chr8	17100357	rs2904701	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.18;QD=20.37;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	17105766	.	A	AC	37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=65.19;NF=2;NR=0;PP=37;QD=35.5;SC=TAAGTCCCTAACCCCTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=17105774;WS=17105756;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	17137687	rs3213601	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr8	17143830	rs3793427	G	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=433;ReadPosRankSum=0.202;SC=AAAAGTGACTGGTATTTTCAA;SOR=0.619;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=36;WE=17143838;WS=17143820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr8	17144020	rs3793428	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GCCTGTTCATCAGCCTTAAGC;SOR=0.066;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=8;WE=17144028;WS=17144010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr8	17157259	rs6992513	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=566;SC=CTGCATTAAAGTAGTTCTCAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=17157267;WS=17157249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	17157677	rs3764796	T	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,54:0.33:163
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chr8	17166765	rs1548353	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=800;SC=AACATTCAAAACAGTCTTAAA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=17166773;WS=17166755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	17270763	rs2073694	G	C	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CTCCGCCCGCGCTGGTGTCAC;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=92;WE=17270778;WS=17270753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,98:0.58:170
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chr8	17270770	rs75437306	T	C	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr8	17270787	rs67972978	A	G	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=86;PP=2965;SC=CCTTGGGCGTACGGATGTGCT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=165;WE=17270795;WS=17270777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	17270837	rs72607374	G	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GGGCGGGCGCGGCCTCACGCA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=97;WE=17270845;WS=17270827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr8	17396415	rs13259978	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,67:0.27:250
chr8	17401364	rs368416506	CCTT	C	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=829;SC=GAAAATGTCTCCTTCTAATTA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=17401374;WS=17401354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	17401878	rs2517252	G	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=15;PP=1700;SC=GTGAACTCATGTTTATCCTAT;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=79;WE=17401886;WS=17401868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	17406183	rs737039	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=21;PP=1578;SC=CCCTTTTTCCATAGGTCTTTT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=88;WE=17406191;WS=17406165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	17406367	rs11373918	GT	G	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.292;NF=1;NR=40;PP=622;ReadPosRankSum=-0.686;SC=AATATTTGAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=41;WE=17406375;WS=17406357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr8	17421279	rs2588173	T	C	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=125;PP=2965;SC=GAGAGAAACATGCCCTCTCCC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=72;TCR=125;TR=197;WE=17421287;WS=17421269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr8	17486282	rs2229084	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=43;PP=1049;SC=AGCTGCTCTATGTGGCGGGTA;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=17486290;WS=17486272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	17500223	rs4705	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=583;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGGAAGACTTTGAGACGATTG;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=101;TCR=66;TR=59;WE=17500231;WS=17500213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,62:0.35:175
chr8	17503431	rs1043883	G	C	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=1;PP=150;SC=ACTTTGGGGAGGTGTCATCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=17503439;WS=17503421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	17532573	rs2269698	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=259;SC=GCCCAGATACTAGACAGGGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=17532581;WS=17532563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	17532619	rs2269699	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=544;SC=CCAGCCACAACGCAGACAGGA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=17532627;WS=17532609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	17533568	rs2301541	A	T	330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=1;PP=261;SC=TAAAAAAAAAATGAAGAATTT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=17533576;WS=17533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	17533633	rs2301542	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=662;SC=AGCTCCCACCACATCCTGATC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=17533641;WS=17533623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	17539206	rs2410495	C	T	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=81;PP=2699;SC=TCTTTATGTACGGCTACAGCA;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=151;WE=17539214;WS=17539196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	17539303	rs2410496	A	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=801;SC=AGACTCCCCAAAACAAAATAA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	17539315	rs2410497	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=535;SC=ACAAAATAACATGAGTTACGT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	17555029	rs437548	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CATTCCACCAGAGAGGCATAG;SOR=2.211;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=21;WE=17555037;WS=17555019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
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chr8	17731961	rs2653406	G	A	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.944;SC=AAATTCTGCTGGGCTCTGGAG;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=140;TCR=157;TR=222;WE=17731969;WS=17731951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,236:0.76:312
chr8	17732084	rs2517294	GC	CA	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=2011;SC=TTCTCCCCCCGCCTTAGGGAG;SOR=3.657;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=36;WE=17732093;WS=17732074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr8	17743256	rs369898	G	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=-1.936;SC=GAATGACACTGAGTGTTAACT;SOR=0.330;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=7;WE=17743264;WS=17743246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr8	17793084	rs916550	A	G	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=49;PP=2532;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CTCAGTTCTTAACTTGTTTCG;SOR=0.469;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=184;TCF=124;TCR=60;TR=144;WE=17793092;WS=17793074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,154:0.79:195
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chr8	17796382	rs412750	AC	GT	18149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=191;NR=171;PP=2947;SC=GCATCTACAAACCCCCCAAAC;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=375;TCF=194;TCR=181;TR=362;WE=17796391;WS=17796372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr8	17797409	rs2285303	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=659;SC=TTATTTTTGTAGTATCTCAGT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=17797417;WS=17797399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	17804665	rs28655174	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr8	17814087	rs2285306	G	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GGTGTAAATCGTATACATAAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=17814095;WS=17814077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr8	17814425	rs13253463	A	G	124.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5527;FS=8.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.566;SC=CAGTGTAATCATCTCTGCCCT;SOR=3.897;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=17814433;WS=17814415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr8	17814915	rs208753	A	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=64;PP=2835;SC=GGCTCTAAACATGCCTCCTTC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=17814923;WS=17814905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	17817553	rs17635381	G	T	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=57;PP=2381;ReadPosRankSum=2.292;SC=AGTTATCTCTGCCAGTGCATC;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=142;WE=17817561;WS=17817543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,155:0.80:193
chr8	17819572	rs3780103	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,73:0.20:358
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chr8	17820714	rs6991775	A	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GGCAAGGTCTAGCTGAAACTG;SOR=0.359;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=72;WE=17820722;WS=17820704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,75:0.80:94
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chr8	17868029	rs2467556	C	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=666;SC=GTCTATAATCCCAGTACTTTG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=17868037;WS=17868019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	17868219	rs7831510	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TGGCTGGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=0.385;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=17868227;WS=17868209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr8	17868245	rs2467555	C	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=273;SC=TAATCGCAGCCCTTTGGGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=17868253;WS=17868235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	17868895	rs111996350	A	ACTAT	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=841;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAGGCTCTGTACTATCTTTAT;SOR=0.399;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=17;WE=17868903;WS=17868885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr8	17871598	rs13266287	T	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TTATTTGCTTTAAAGCTAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=17871606;WS=17871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	17885091	rs3213605	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.906;SC=AGAACAATGTTAAATTCTAGT;SOR=0.313;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=10;WE=17885099;WS=17885081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr8	17891259	rs17635795	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=12;PP=542;SC=TTGGTTTTAACCTACAATTCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=17891267;WS=17891249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	17916224	rs420610	A	C	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TTAATAAAAAATCAGTCCTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=17916232;WS=17916214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	17916553	rs7465164	C	T	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=92;PP=2711;SC=CTGTTAGAAACACAGGTAACA;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=133;WE=17916561;WS=17916543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	17916598	rs33985304	CT	C	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=41;PP=1379;SC=TCTCCTTCCCCTTTTTTAAAT;SOR=3.958;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=41;WE=17916606;WS=17916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	17918934	rs10103355	A	G	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=2.445;SC=TATCCACATGACATCTTTCTT;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=181;WE=17918942;WS=17918924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr8	17920807	rs7824644	A	G	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=60;PP=1789;SC=TGGACAATTAATTTTGATTAA;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=17920815;WS=17920797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	17921921	rs2073574	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=31;PP=1279;SC=GATTTTTCTTTATGTAGTGCT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=17921929;WS=17921911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	17927184	rs2427746	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=147;SC=ACAGTGAGCTAGATTCATGCA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=17927192;WS=17927174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	17927248	rs4921567	A	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=343;SC=TAAATAAATAACAGCGCATTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=17927256;WS=17927238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	17927280	rs2106037	G	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=410;SC=AACATTTATTGTGAGAAATAA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=17927302;WS=17927270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	17927294	rs4921834	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=527;SC=GAAATAATATCTCTTACCAAT;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=17927302;WS=17927270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	17927327	rs1049874	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=627;SC=ACCTGCATAATTTTTCCACTT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=17927335;WS=17927317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	17928762	rs138422571	T	TATA	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	17928811	rs1071645	C	T	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=35;PP=1924;SC=TAGCATACCACTGGTGCCTTG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=17928819;WS=17928801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr8	17928999	rs12549594	G	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=729;SC=AGTCTTAACAGCAGTGTAGAA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=17929007;WS=17928989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	17930772	rs3753115	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr8	18077007	rs10106882	G	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=45;PP=1345;SC=AGGTATTAAGGGCCTTTCTGA;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=18077015;WS=18076997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	18079786	.	G	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=651;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CTTCTGTACTGGGCTCTGACC;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=66;WE=18079794;WS=18079776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,69:0.30:229
chr8	18257795	rs1041983	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1544;ReadPosRankSum=0.488;SC=GGTATTTTTACATCCCTCCAG;SOR=0.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=103;WE=18257803;WS=18257785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,108:0.61:176
chr8	18258103	rs1799930	G	A	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1367;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CTTGAACCTCGAACAATTGAA;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=75;WE=18258111;WS=18258093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr8	18258316	rs1208	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=39;PP=1235;SC=GAAGTGCTGAGAAATATATTT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=18258324;WS=18258306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	18413875	rs2260920	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=28;PP=723;SC=GCAGGAAATCATGATGCCATT;SOR=2.093;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=42;WE=18413883;WS=18413865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	18413893	.	C	CAAAA	102	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=10;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=60.33;NF=1;NR=5;PP=102;QD=19.0;SC=ATTTAGCGTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=18413901;WS=18413883;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,6:0.30:20
chr8	18414870	rs2717725	T	A	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=170;SC=ATTTTTTACATAAACAGAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=18414878;WS=18414860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	18415081	rs2634454	G	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=571;SC=AAAAGCAGAGGACACGAATGG;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=18415089;WS=18415071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	18432578	rs2248559	C	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=857;SC=TTGTTCCTTGCAATAAAGTAG;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=18432586;WS=18432568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	18432924	rs1546002	C	T	207.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATGAAACAAACGGTGAGTAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=18432932;WS=18432914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	18457957	rs2932001	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AGAAAGGGGGAAAAAATGTAA;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=32;WE=18457965;WS=18457947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr8	18620570	rs9792382	T	C	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=158;PP=2965;SC=AATAAATGTTTCCAGCTACAA;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=115;TCR=158;TR=273;WE=18620578;WS=18620560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr8	18656601	rs2248631	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=257;SC=CCAGACACCAGGACGATGGAT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=18656609;WS=18656591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	18658929	rs1386691	C	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=346;SC=GTGAAATTTTCGAAAATGCTA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=18658937;WS=18658919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	18658950	rs11774165	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=245;SC=TCACACTCTTTCATAGTTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=18658958;WS=18658940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	18659019	rs1386690	C	T	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=54;SC=ATGAAGTTATCTCCCCCCAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=18659027;WS=18659009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	18659765	rs2638646	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=16;PP=1006;SC=TAGGAAGTGTATCAAAAACCA;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=18659773;WS=18659755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	18659928	rs2632847	A	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=689;SC=ACTATGGTAAAAAACATACCA;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=18659936;WS=18659918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	18660007	rs2638647	A	G	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=79;SC=AACAAACTATATATTGACAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=18660015;WS=18659997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	18725072	rs1009482	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=350;ReadPosRankSum=0.457;SC=CATTTGCTTATGTCCACAGAA;SOR=1.255;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=18725080;WS=18725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr8	18725428	rs17127370	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=-2.289;SC=TCTGAGTATAATGTCTCCAGG;SOR=0.441;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=39;WE=18725436;WS=18725418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,39:0.30:129
chr8	18729459	rs13273954	T	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=849;ReadPosRankSum=1.104;SC=TCCACAGTATTTCCACTCCTT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=66;WE=18729467;WS=18729449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,69:0.34:205
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chr8	18729817	rs7016219	GT	AG	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=61;PP=2947;SC=AGCAGGGAGCGTTTTGTTGAC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=126;WE=18729826;WS=18729807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr8	19682592	rs7018076	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=1.384;SC=ACTGTGGGGCAGTACCAGTCC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=27;WE=19682600;WS=19682582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr8	19689633	rs4434638	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=552;ReadPosRankSum=-1.390;SC=TAGAGTATTATACATATTTTA;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=35;WE=19689641;WS=19689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr8	19689821	rs4615593	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CGTGGCTTACGCCTGTAATCC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=19689829;WS=19689811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr8	19803996	rs56321069	T	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr8	19811006	rs249	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TCAGAACAAATTTTGTTAAAT;SOR=0.555;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=13;WE=19811014;WS=19810996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr8	19811897	rs254	C	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=2.163;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr8	19811901	rs255	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.990;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
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chr8	19813667	rs269	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-1.395;SC=TCACATGTACTGATTCTGTCC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=19813675;WS=19813657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr8	19816934	rs301	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.524;SC=CCAGTCCCTCTCCTGCCATAA;SOR=0.184;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=10;WE=19816942;WS=19816924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr8	19818436	rs316	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CAAATAAGACCTACTCCTTCC;SOR=0.603;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=16;WE=19818444;WS=19818426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr8	19819536	rs327	T	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TGATCATGTATTATTTAAACA;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=22;WE=19819544;WS=19819526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr8	19822830	rs4922115	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr8	20005300	rs1018079	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=-1.642;SC=CCTCTCCTCCTCCATTTAGTC;SOR=0.078;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=20005308;WS=20005290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
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chr8	20005716	rs903997	G	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=540;SC=TGCACTCTCAGACTTTCTCAT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=20005724;WS=20005706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	20007125	rs10216526	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=361;ReadPosRankSum=0.171;SC=CTCTCTCTCTCTCTGTCTGTC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=29;WE=20007136;WS=20007115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
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chr8	20028464	rs11989477	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=0.566;SC=TACCTGAAACGTAACCCTATC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=20028482;WS=20028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr8	20061469	rs1497024	G	C	7469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=136;PP=2965;SC=TTACCTTGCAGGCTATACAAT;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=130;TCR=136;TR=265;WE=20061477;WS=20061459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr8	20068163	rs7460146	T	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=40;PP=1288;SC=CATGGGTAGGTACAGTAGATG;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=20068171;WS=20068153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	20068619	rs9325865	A	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=706;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TTAATTTGATATGATATCTAA;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=41;WE=20068627;WS=20068609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr8	20072192	rs62498257	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=26;SC=ATTTTTCTAAATCATTCTTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=20072200;WS=20072187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	20107143	rs904003	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=770;SC=GCGTCTCTCAAAGGGGTCTGA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=20107151;WS=20107133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	20112355	rs149140637	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr8	21550768	rs15881	A	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.064;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=1072;ReadPosRankSum=0.323;SC=TTTCAAAAATATTCTGACTCG;SOR=1.458;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=62;WE=21550776;WS=21550758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
chr8	21550800	rs1128397	A	T	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=50;PP=2286;ReadPosRankSum=0.426;SC=CTACAAGGCCAGTTTCAGCAT;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=234;TCF=146;TCR=88;TR=140;WE=21550808;WS=21550790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,150:0.61:246
chr8	21777316	rs4357287	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=1.034;SC=GGAGCCGCGGGGGGGAGGGGG;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=7;WE=21777324;WS=21777306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr8	21824547	rs4872191	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AAAGGATAACAGGCGCTTCGG;SOR=0.250;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=17;WE=21824555;WS=21824537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr8	21827162	rs2291317	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=60;PP=1432;ReadPosRankSum=1.705;SC=GTCAAATGTACGTGTTTGTTC;SOR=1.491;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=68;WE=21827170;WS=21827152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr8	21827833	rs4871903	A	G	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=53;PP=1220;ReadPosRankSum=0.245;SC=TACAGTGTATATATTTGATGT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=73;WE=21827841;WS=21827823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
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chr8	21833965	rs2306641	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=1.075;SC=TTGACTTCATCGGCACTTCCA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=54;WE=21833973;WS=21833955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
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chr8	21861663	rs10866837	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=0.073;SC=GCAATGCAATGCAATAGAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=21861671;WS=21861653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
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chr8	21891939	rs10089142	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=206;ReadPosRankSum=1.385;SC=GGAGCTCAGCGGGGACCTTGT;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=20;WE=21891947;WS=21891929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr8	21891968	rs4871915	C	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=23;PP=1247;SC=GGAATCTGTTCTGGCTCTGGA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=21891976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	21895146	rs11992609	A	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=621;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CACACAGATGAGCCCTACACT;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=59;WE=21895154;WS=21895136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,67:0.40:168
chr8	21900757	rs900779	A	G	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=2274;ReadPosRankSum=0.099;SC=GGCGGGTGCAAGGGACCGGCT;SOR=0.354;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=199;TCF=75;TCR=124;TR=135;WE=21900765;WS=21900747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,141:0.69:204
chr8	21904212	rs1078363	T	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=856;ReadPosRankSum=0.806;SC=TAGGGCATCATGCTCCCCTCT;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=55;WE=21904220;WS=21904202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr8	21905772	rs3176304	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=229;ReadPosRankSum=0.262;SC=CTGGGAGGCAGGGGGCAGCAG;SOR=0.472;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=22;WE=21905780;WS=21905762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr8	21924297	rs9657287	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=276;SC=AAGCGCGCAGCGCCCAGCAGC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=21924305;WS=21924287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	21924743	rs11135821	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=65;PP=2072;SC=GGCTGCTAGCGTGCCTTCCCG;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=108;WE=21924751;WS=21924733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	21924778	rs11135822	T	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=1196;SC=TGGTGGTCCCTCCGGTGCTGG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=21924786;WS=21924768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	21924944	rs11135823	A	G	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=34;PP=2001;SC=ATGGCGGTCCATTTTCTTGGT;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=118;WE=21924952;WS=21924934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	21925214	rs6997244	C	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=68;PP=2105;SC=TCCTCTTGGGCAGGACTCCGG;SOR=3.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=80;WE=21925222;WS=21925204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	21927137	rs12680100	G	A	9551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=197;PP=2965;SC=CTCGCCTCAGGGCTAAGTAGG;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=132;TCR=198;TR=327;WE=21927145;WS=21927127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr8	21927211	rs12681799	C	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=56;SC=CTCCCCCAGCCGGAAAAGTGT;SOR=2.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=21927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	21927460	rs7386762	C	G	8599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=191;PP=2965;SC=TGAGGGCGCCCCTGGCTCACC;SOR=1.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=107;TCR=192;TR=297;WE=21927468;WS=21927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
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chr8	21930068	rs3824336	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=490;SC=CTCCGCTCCCAGGTTCAAGTG;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=21930076;WS=21930058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	21939435	rs6557782	C	T	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=119;PP=2965;SC=GCACTGCAGCCTCCTGCTCCT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=143;TCR=119;TR=261;WE=21939443;WS=21939425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr8	21946664	rs7829160	C	T	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=83;SC=GGGCCCCGCCCCCCTCGTCGC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=21946672;WS=21946654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	21947214	rs73223800	A	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GCTCCACCCCACCGCCTCGCC;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=24;WE=21947222;WS=21947204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr8	21952226	rs1456	T	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=73;PP=1953;SC=ATGATTTAGCTGCCGGTCCCA;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=109;WE=21952234;WS=21952216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	21955116	rs11352	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=43;PP=1632;SC=ACCTCAGCGTCCACAGGCCTG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=21955124;WS=21955106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	21956108	rs35497596	A	G	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=91;PP=2956;SC=AGACATTGCCACCTTAGAGGG;SOR=1.070;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=161;WE=21956116;WS=21956098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	21958333	rs1552283	T	C	13201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=220;PP=2965;SC=ACTGGTGCCGTACTGCTCTGC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=223;TCR=220;TR=443;WE=21958341;WS=21958323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr8	21958831	rs1968870	C	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=0;PP=375;SC=ACCGTGCCTGCCCTGAGTTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=21958851;WS=21958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	21958843	rs71544853	C	CTCTT	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=1040;SC=CTGAGTTTTACTCTTTGGCCA;SOR=4.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=21958851;WS=21958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	21959191	rs6557810	A	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=39;PP=2760;SC=CCCCAGGCCCACTGCCTCTAC;SOR=1.834;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=92;TCR=39;TR=130;WE=21959199;WS=21959181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	21959877	rs7812435	T	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.33;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	21960096	rs117802113	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=695;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AGGCAAGCTGCTCCTGGTGCG;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=61;WE=21960104;WS=21960086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,70:0.39:178
chr8	21964802	rs1552286	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=25;PP=1730;SC=TGTCACCTCCCCCACCTCTCT;SOR=1.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=87;WE=21964810;WS=21964792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	21966700	rs57316099	GC	G	3216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=30;PP=1738;SC=TTCTTCCGCAGCCCGCACGGG;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	21966707	rs58343576	CG	C	3192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=1637;SC=GCAGCCCGCACGGGGCGCCGG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=43;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	21966891	rs149177341	C	CCCGCTCCCAGTCCCTGCGGAGA	1869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=2384;SC=CGCTGCGGAGCCCGCTCCCAG;SOR=1.148;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=7;WE=21966899;WS=21966881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	21967075	rs7830885	G	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=30;PP=1436;SC=TGGAACTGGGGGGGCACGGGT;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=21967083;WS=21967065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	21967304	rs7844781	C	T	18347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr8	21967309	rs7817171	A	C	18252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr8	21973970	rs6557829	C	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=48;PP=1652;SC=GACAGTGAGGCTCAAGATCAC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=21973978;WS=21973960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	21974032	rs6557830	A	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1197;SC=TCTAATGACAACCACCCCCGA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=21974040;WS=21974022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	21976872	rs12677278	G	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=64;PP=1852;SC=CTGTAATCCTGGCACTTTGGG;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=21976880;WS=21976862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	21978072	rs11135859	A	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=42;PP=1217;SC=GGTGCCCGCCATGGCCAGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=21978080;WS=21978062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	21978088	rs11779694	G	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=36;PP=1046;SC=AGGCAAGGGCGTGTTGTAAGG;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=21978096;WS=21978078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	21982991	rs74596676	T	C	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,75:0.38:197
chr8	21982997	rs56140348	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=4.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,67:0.37:180
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chr8	21984650	rs12675745	A	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=54;PP=2615;SC=CAGTGCCTGGAAAAGGGTCCG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=21984658;WS=21984640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr8	22020066	rs13248346	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=391;ReadPosRankSum=1.094;SC=GCCTGTCTCCTTGCCTGCCCC;SOR=0.620;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=20;WE=22020074;WS=22020056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr8	22033913	rs117235783	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=189;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGCGTGGGTGCCACCTGCAGC;SOR=0.694;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=10;WE=22033921;WS=22033903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr8	22035248	rs377158841	A	AG	2057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.477;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,90:0.33:272
chr8	22051512	rs142176786	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=566;ReadPosRankSum=0.846;SC=GGAGAGGTGGGGCCTCTATAG;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=24;WE=22051520;WS=22051502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr8	22053123	rs4075478	T	C	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	22053701	rs80055120	T	G	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2358;ReadPosRankSum=-2.971;SC=CAGGGTGTTATGATCTACAGG;SOR=0.472;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=111;TCR=110;TR=151;WE=22053709;WS=22053691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,157:0.68:231
chr8	22053778	rs79619458	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.713;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1328;ReadPosRankSum=1.577;SC=GAGATGCTGGGGACAGCACTC;SOR=0.137;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=66;WE=22053786;WS=22053768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr8	22054197	rs2229777	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CCGCAGCTGCTTGTGGCGGAT;SOR=0.567;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=67;WE=22054205;WS=22054187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr8	22059323	rs61729094	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=627;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CAGACAAGGACGAGTGCTCCA;SOR=0.397;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=41;WE=22059331;WS=22059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr8	22059606	rs13257482	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.32;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=2.128;SC=TCCTCCCGCAGTGTCGGAGCC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=22059614;WS=22059596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr8	22066855	rs4463424	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=618;SC=GTGGCCTTCACCCAGGCCTCC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=22066863;WS=22066845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	22079355	rs4872422	A	G	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=96;PP=2965;SC=CGTGGCTGCCACTGTTGTCCT;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=67;TCR=96;TR=163;WE=22079363;WS=22079345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	22081708	rs4075536	G	A	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=33;PP=1724;SC=GGAGAGGCCCGGCGGGTCCAG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=22081716;WS=22081698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	22424244	rs2272716	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=933;ReadPosRankSum=0.097;SC=GGGGACCAGGTGTGGGGGACC;SOR=0.451;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=77;WE=22424252;WS=22424234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,77:0.38:200
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chr8	22428658	rs2449331	T	C	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=118;PP=2965;SC=GCTGACCCCATCGACTTGGGG;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=107;TCR=118;TR=225;WE=22428666;WS=22428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
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chr8	22430651	rs57425551	C	CA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCTGGCAGCCCACCCTTCCTG;SOR=0.829;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=22430659;WS=22430641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr8	22430766	rs10088686	C	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=363;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GGGAGGGAGGCGGTGCTTGGA;SOR=0.520;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=25;WE=22430774;WS=22430756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
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chr8	22436681	rs11545016	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.17;ReadPosRankSum=2.911;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr8	22438072	rs140139947	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-1.493;SC=CCCCCAGAGCCGGCTAGGGGC;SOR=0.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=17;WE=22438080;WS=22438062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
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chr8	22442287	rs4872003	A	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=48;PP=2078;SC=TGGGGGTTGCAGGGTGCAGGG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=122;WE=22442295;WS=22442277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr8	22447426	rs3830696	CGGTCCGGGAG	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AAGGAGCTGACGGTCCGGGAG;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=22447443;WS=22447416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr8	22463475	rs113836571	G	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=498;ReadPosRankSum=1.342;SC=CACAGTGATTGCCAGTGAAGC;SOR=0.854;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=25;WE=22463483;WS=22463465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr8	22463623	rs7843828	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,52:0.26:199
chr8	22463697	rs2291230	C	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=104;PP=2965;SC=CAGGTAGGTTCGGCATCCCTT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=196;WE=22463705;WS=22463687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	22464064	rs2291232	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=0.157;SC=CATGGCAGAGTGTGATTTTGT;SOR=0.296;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=17;WE=22464072;WS=22464054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr8	22464390	rs2291234	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGGTCCCTCTTCTGATGGGGC;SOR=1.373;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=19;WE=22464398;WS=22464380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr8	22465427	rs6999893	T	C	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=38;PP=1953;SC=GTGTGAGCTATTGCACCCGGC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=22465435;WS=22465417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	22470710	rs1871902	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=352;SC=TTATGTAAATGAGATGGCGTC;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=22470718;WS=22470700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	22471824	rs3736147	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=716;ReadPosRankSum=-1.721;SC=CTTATAGTTCGAAGGTAAGCT;SOR=0.982;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=58;WE=22471832;WS=22471814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,59:0.28:213
chr8	22472255	rs71299322	C	CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.91;MQRankSum=9.629;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,47:0.28:168
chr8	22473158	rs11781149	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=3.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,56:0.22:260
chr8	22473465	rs7843128	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr8	22477131	rs10551411	ACAT	A	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr8	22479108	rs80247768	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1082;ReadPosRankSum=0.064;SC=GGGTTGGCACGTGCTGGCTCC;SOR=0.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=68;WE=22479116;WS=22479098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr8	22481449	rs1871900	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1201;ReadPosRankSum=0.466;SC=TGAGGGACTCAAAGCTGGGCT;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=66;WE=22481457;WS=22481439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr8	22482799	rs876714	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr8	22482851	rs900268	A	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=35;PP=1637;SC=GTCCAGGATCAGGCTGCGCAG;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=97;WE=22482859;WS=22482841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	22487388	rs6558170	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TCTGGGGACACGCAGCTAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=22487396;WS=22487378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr8	22487422	rs6558171	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=0.942;SC=CCCAAGTGGCTGCTGACCTGC;SOR=0.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=14;WE=22487430;WS=22487412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr8	22491880	rs17088488	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5028;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=712;ReadPosRankSum=0.339;SC=AATTCATGGCACAGACCAAGA;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=36;WE=22491888;WS=22491870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
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chr8	22492052	rs6558172	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,88:0.28:318
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chr8	22584718	rs1129474	T	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=47;PP=2006;SC=ATCTTCCCTTTCTTCAGGTCG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=22584726;WS=22584708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	22785013	rs1553778	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=716;SC=AGATGGTGCTTCTTGGTTCTG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=22785021;WS=22785003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	22785361	rs2466224	C	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GGGAGAAGGACAGGCAGCTTC;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=22785369;WS=22785351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	22863004	rs2430811	A	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=GAAGGCCTCTAGCCGCCTGCA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=168;WE=22863025;WS=22862994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	22863017	rs2466179	G	T	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=87;PP=2573;SC=CGCCTGCAGAGAACCAACAGG;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=152;WE=22863025;WS=22862994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	22863191	rs2430812	C	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=107;SC=GATTGAGTTCCAGCTCTGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=22863199;WS=22863181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	22864622	rs2466178	T	C	16115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=294;NR=271;PP=2965;SC=TCTCCACCTCTTCCTCCAAGT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=565;TCF=294;TCR=271;TR=565;WE=22864630;WS=22864612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr8	22865320	rs2430815	T	G	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=48;PP=1592;SC=ATTGCCTGTCTGTCTCAGCTC;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=22865328;WS=22865310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	22881852	rs6557609	T	C	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=99;PP=2965;SC=ACCAGCCAGCTCTGAGACCTG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=192;WE=22881860;WS=22881842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	22885109	rs1105944	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=12;PP=1058;SC=AGCCCAGAGCACCCAGGCCAC;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=22885117;WS=22885099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	22886020	rs13265018	A	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=90;PP=2965;SC=CACAGCTGGGACTTCCCCACT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=167;WE=22886028;WS=22886010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	22886130	rs2293399	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=36;PP=1059;SC=GTACACACACAGAGGGAGAGG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=22886138;WS=22886120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	22887013	rs6420148	C	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=922;SC=GCAGCCACAGCCTCAAGGATG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=22887021;WS=22887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	22888407	rs10866818	G	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=586;SC=GAGAAAAGCCGGTGAATGAAA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=22888415;WS=22888397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	22926498	rs11135695	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=48;PP=1440;SC=TGTGGGCGCAGAGATTGCGGG;SOR=1.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=22926506;WS=22926488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	22960704	rs6557616	G	C	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=135;PP=2965;SC=AGTGAGTCCCGGCCGCGGTCC;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=106;TCR=136;TR=241;WE=22960712;WS=22960694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr8	22960873	rs10109912	G	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	22969091	rs10111172	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=10;PP=873;SC=AACACAGGTATGAAAGAATGA;SOR=2.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=22969099;WS=22969081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	22972321	rs4242389	G	A	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=2253;ReadPosRankSum=-1.568;SC=GAGGTGGAGCGTGGGGCAATG;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=154;WE=22972329;WS=22972311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,161:0.63:254
chr8	22974325	rs11780493	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=1.984;NF=30;NR=39;PP=1273;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ACACCAGCCCGGGGACTCCTG;SOR=0.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=69;WE=22974333;WS=22974315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr8	22974405	.	CCACCAGCCCGGGGACTCCTGCCCCAGCTGCTGAAGAGACAATGAT	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=2.192;QD=1.47;ReadPosRankSum=4.249;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,13:0.15:86
chr8	22974415	rs11780526	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.716;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.707;NF=35;NR=27;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.815;SC=CCACCAGCCCGGGGACTCCTG;SOR=0.323;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=62;WE=22974423;WS=22974405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,63:0.72:87
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chr8	22989954	rs4872058	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTAGGGACCCGTATCTCAATA;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=22989962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr8	23049292	rs2230229	C	T	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=57;PP=2842;SC=AATCTTCTCTCTTGCATGTCT;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=144;WE=23049300;WS=23049282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	23054779	rs3824218	T	C	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TAGTACTGACTCTGACCATCA;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=186;WE=23054787;WS=23054769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,202:0.73:277
chr8	23058188	rs4872077	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,57:0.34:167
chr8	23058220	rs20576	T	G	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1191;ReadPosRankSum=0.473;SC=GTGGACACACTCGATGTCACT;SOR=0.492;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=76;WE=23058228;WS=23058210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,81:0.70:115
chr8	23069574	rs13274366	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=32;PP=1505;SC=TTGTATATAGTATAGGGTAAG;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=23069582;WS=23069564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	23104195	rs2294123	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGCCTTGCCGGGGCTGGGGTT;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=7;WE=23104203;WS=23104185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr8	23106665	rs2280934	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=0.490;SC=GGAGCTAGAGACTGGAATGGG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=23106673;WS=23106655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr8	23112662	rs3736025	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TTCCCGGGTGCTTGCCTTGTG;SOR=0.184;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=23112670;WS=23112652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr8	23113908	rs4439140	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CACCACCAGCGCTCCTGGTTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=8;WE=23113916;WS=23113898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr8	23116103	rs56160478	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=984;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CAGTCAGGAGGTTTGGCCTCG;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=48;WE=23116111;WS=23116093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr8	23116429	rs4478582	A	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr8	23116429	.	ACC	CCT	171	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=5;PP=171;QD=17.2667596048;SC=CTTTAACGAAACCTGACTTGT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=13;WE=23116439;WS=23116419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr8	23116431	rs4872098	C	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=470;SC=TTAACGAAACCTGACTTGTGA;SOR=1.508;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=23116439;WS=23116419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	23116675	rs13260347	A	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr8	23117643	rs2294125	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=299;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CTTTATGTTGTCTTTTCTTTC;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=28;WE=23117651;WS=23117633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr8	23118155	rs9828	T	C	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1063;ReadPosRankSum=2.035;SC=GAGACCAGGCTTGCTGGGTGT;SOR=0.962;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=73;TCR=107;TR=75;WE=23118163;WS=23118145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,81:0.43:188
chr8	23145320	rs11777755	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=507;SC=CCAACATGGAAGAAAAAAAGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=23145328;WS=23145310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	23146095	rs11546682	A	G	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=76;PP=2081;ReadPosRankSum=-1.815;SC=GACTTCGTCCACCGGATCCAG;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=264;TCF=120;TCR=144;TR=148;WE=23146103;WS=23146085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,156:0.57:273
chr8	23147564	rs3808536	G	A	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=59;PP=2078;ReadPosRankSum=-2.665;SC=GTGCTGCGCAGGCAGGAAGAA;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=193;TCF=104;TCR=89;TR=124;WE=23147583;WS=23147554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,135:0.66:205
chr8	23148003	rs4469460	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=1.291;SC=TCTTGAGCCCGAAAAGGGAGG;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=23148011;WS=23147993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr8	23148930	rs2272762	A	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
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chr8	23148978	rs2272760	G	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=834;ReadPosRankSum=0.914;SC=TTGCCCACGTGGTAGAGATCT;SOR=0.450;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=46;WE=23148986;WS=23148968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
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chr8	23156281	rs62503960	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=1.276;SC=TAGGAAGCTGCCTCTGGGTCC;SOR=0.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=23156289;WS=23156271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
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chr8	23167353	rs1063582	T	G	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=75;PP=2965;SC=CACTGCAGCATGAACATGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=159;WE=23167361;WS=23167343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	23167560	rs12548642	T	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1189;SC=TCCTCAAGGTTACCTTCTTGT;SOR=2.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=23167568;WS=23167550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	23174425	rs3824213	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=633;SC=CTGGTCCCCTTGGGAGCCCGG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=23174433;WS=23174415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	23174748	rs13250587	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=65;PP=1954;SC=TTCAGATCGAAACAGCACGGA;SOR=2.975;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=80;WE=23174756;WS=23174738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	23177619	rs13254579	C	A	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=85;PP=2303;SC=GAGCTTCCCCCCTACGCTGCC;SOR=2.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=22;TCR=85;TR=107;WE=23177627;WS=23177609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	23186007	rs1051146	T	C	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=CGGTCCCCCATTCTCCATTTT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=190;WE=23186015;WS=23185997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	23190941	rs1010156	T	C	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=39;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TCCGGAATCTTGAGGGTCCGT;SOR=1.035;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=110;WE=23190949;WS=23190931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,123:0.69:179
chr8	23198732	rs11781891	C	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=0.334;SC=AAGAAAGAGGCGTGGAAGGAG;SOR=0.817;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=25;WE=23198740;WS=23198722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr8	23225559	rs1063577	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=522;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TGGCCTCCACGTAGCCCAGCT;SOR=1.104;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=44;WE=23225567;WS=23225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,48:0.33:147
chr8	23282556	.	G	GTA	1218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=6.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.296;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,42:0.20:207
chr8	23282559	.	C	CAGTATTCCATG	1203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.463;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=8.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.266;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,42:0.20:210
chr8	23282562	.	A	AGTATT	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.135;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=8.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.512;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,37:0.18:206
chr8	23290769	rs3736021	T	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=700;ReadPosRankSum=0.661;SC=GAGCTGCACTTTAGGAACTGC;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=34;WE=23290777;WS=23290759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr8	23291835	rs1142283	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CCTACCTTAATGGTAGAAAGC;SOR=0.349;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=25;WE=23291843;WS=23291825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr8	23294392	rs2272643	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=-1.621;SC=AACCCGTCACCGTCCACACTG;SOR=0.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=29;WE=23294400;WS=23294382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr8	23294412	rs2272642	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=542;ReadPosRankSum=0.500;SC=GGTCTCTCAAAAGCATGCAGA;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=43;WE=23294420;WS=23294402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,45:0.32:140
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chr8	23702220	rs2936	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=0.701;SC=ACACTCAAAACTGGTGTGTCA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=23702228;WS=23702210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr8	23702603	rs11135775	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.278;SC=GAGAGCCCGGCGAGACCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=14;WE=23702611;WS=23702593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
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chr8	24187399	rs11994377	T	A	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr8	24208934	rs5012230	C	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=932;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TTTGCAGTAACACATTCAGAA;SOR=1.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=62;WE=24208942;WS=24208924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr8	24211278	rs7815643	C	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	24211331	rs7814768	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=49;PP=1522;SC=GGATAATCCAGTGTCTACACC;SOR=1.053;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=89;WE=24211339;WS=24211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	24211869	rs7818974	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
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chr8	24211993	rs10610134	ACTAT	A	1600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=1215;SC=AGAGAAATATACTATCTATCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=24212004;WS=24211983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	24212040	rs1058914	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AGGTTAACATTTTCTGATTCA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=18;WE=24212048;WS=24212030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr8	24247556	rs4872231	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-0.475;SC=ATAAACATACATAATATAATA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=24247564;WS=24247546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr8	24256470	rs2291577	C	T	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TGGTGCCCAGCGCAAGCACCA;SOR=0.736;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=222;TCF=114;TCR=108;TR=145;WE=24256478;WS=24256460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,154:0.64:239
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chr8	24261526	rs3765124	A	G	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=84;PP=2243;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GAGTGTACCAATCTCTGCTGT;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=150;WE=24261534;WS=24261516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,150:0.63:238
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chr8	24350188	rs1352952	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.814;SC=TGTCCCCAGACCTGTTAATCT;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=26;WE=24350196;WS=24350178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr8	24356818	rs13259668	A	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=418;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CTCTCAGTGCAATGAAAATCC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=32;WE=24356826;WS=24356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr8	24357917	rs4242407	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=0.349;SC=TACCCAAATTGATTTTACTGC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=24357925;WS=24357907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	24358219	rs17739399	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=930;ReadPosRankSum=-0.501;SC=AATAAGGAGCATTGTAACAGC;SOR=1.300;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=60;WE=24358227;WS=24358209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr8	24359068	rs13277171	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.595;SC=AGCCAATCCTGCCAGAAATTC;SOR=1.308;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=70;WE=24359076;WS=24359058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr8	24359125	rs3071035	ATT	A	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=2.270;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr8	24363792	rs6982442	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=333;SC=ATAGCTCTCTGATCGGAGGTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=24363800;WS=24363782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	24365157	rs34338646	TCA	T	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=449;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TCTGTACTTATCACAACAGAT;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=14;WE=24365166;WS=24365147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr8	24366020	rs2290150	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=529;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ACAGATTTCATAGGAAACAAT;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=31;WE=24366028;WS=24366010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr8	24811064	rs11300136	AG	A	1770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=18;PP=1015;SC=TCTCCTTCAGAGGGGGGGCTC;SOR=1.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=37;WE=24811072;WS=24811054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	25132735	rs4478580	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=339;SC=CACCATGCTTTTGTGGAGGTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=25132743;WS=25132725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	25156296	rs2956656	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=336;SC=GCCCAGGCTGTTCTCAAATTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=25156304;WS=25156291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	25158026	rs2709639	G	A	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.17;NF=79;NR=41;PP=2185;SC=AGTCTATACTGAGGGTAGCCT;SOR=1.311;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=120;WE=25158034;WS=25158016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	25158072	rs5890219	AT	A	4384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.225;NF=24;NR=75;PP=1962;ReadPosRankSum=-0.567;SC=ATTAAGAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=26;TCR=80;TR=99;WE=25158081;WS=25158062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr8	25159665	rs868335	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=467;SC=AAGTCATGTTTTCTGATGCCA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=25159673;WS=25159655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	25159885	rs907157	G	A	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=70;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TCAGCCTTGTGTGCCAGATTG;SOR=0.529;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=132;WE=25159893;WS=25159875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr8	25160084	rs2709638	CA	TG	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=447;SC=TGCCCTGCTTCAAAACAATCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=25160093;WS=25160074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	25174495	rs2666169	C	T	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=56;PP=2534;SC=CTCTCAGCAACACTCACAGCA;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=141;WE=25174503;WS=25174485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	25174710	rs2709627	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=369;SC=ACGATAGAATCTTGGCCGTAT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	25174723	rs2666168	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=303;SC=GGCCGTATTTTAATTCTTCTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	25181356	rs2666174	C	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=16;PP=1188;SC=GTCTTTCTGCCTTTTCAGCCA;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=25181364;WS=25181346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	25182969	rs2666172	C	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=42;PP=1560;SC=TTCAAGCATCCAAAAACCTGG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=25182977;WS=25182959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	25200148	rs10110351	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=469;SC=TGCATGCTGAAATGACAGCCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=25200156;WS=25200138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	25202915	rs2468901	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=929;SC=CTGGTCGAGGAAGAGTTGCAG;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=25202923;WS=25202905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	25203022	rs2468902	A	G	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=57;PP=2474;SC=CACTGCTGACAGACCAGCTCA;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=142;WE=25203030;WS=25203012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	25216620	rs17053446	A	T	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=AGACTTCTTAAATTTGGTTTA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=186;WE=25216628;WS=25216610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	25222165	rs2271111	A	G	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=46;PP=1925;SC=GCTATAAATCAGTTTGCTGAA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=110;WE=25222173;WS=25222155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	25227229	rs2048083	T	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.28;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	25227234	rs2048082	A	G	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	25227255	rs2659578	C	T	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=TGAGTAGTCTCAGAGTCACTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=25227263;WS=25227245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	25230168	rs2271108	C	T	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=47;PP=1870;SC=ACCTGCTGGACTATAGAACCA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=25230176;WS=25230158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	25230267	rs2271106	T	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=1078;SC=GATGGGAGGGTACTGTCAGGC;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=25230275;WS=25230257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	25231044	rs12676152	T	G	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=237;SC=AAGTGAAACTTTTGAAAAGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=25231052;WS=25231034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	25231117	rs3215159	C	CT	1013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.354;NF=33;NR=3;PP=578;ReadPosRankSum=1.507;SC=TTCTGTGATCCTTTTTTTTCC;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=36;WE=25231125;WS=25231107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr8	25231385	rs2271105	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1392;SC=TGAGGTCATGTCAGGGATCAG;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=25231393;WS=25231375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	25234858	rs2659585	A	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=46;PP=2153;SC=TTGCTTCAGAAGGACAGTTAC;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=25234866;WS=25234848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	25246481	rs2709602	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=270;SC=TAGATTTTCAGTGAGAACTTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=25246489;WS=25246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	25257531	rs3763520	A	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=44;PP=1357;SC=GCTTTCCTCTACACTCCCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=25257539;WS=25257521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	25267622	rs2709618	A	G	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=116;PP=2965;SC=TAGGCTCCCCATCGTTGCAGA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=154;TCR=116;TR=270;WE=25267630;WS=25267612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr8	25280666	rs2709608	A	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=14;PP=1247;SC=TAAATTGAATAAAATCACTAT;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=25280674;WS=25280656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	25280800	rs6185	C	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=350;ReadPosRankSum=1.815;SC=TTCCACGCACCAAGTCAGTAG;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=37;WE=25280808;WS=25280790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr8	25287556	rs965130	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=19;PP=639;SC=TTTCTGCTCAAAATGATTTCT;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=25287564;WS=25287546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	25317691	rs6987936	A	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=11;PP=1451;SC=TGAATAAGGTACGTGATCGAA;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=25317699;WS=25317681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	25323777	rs10108752	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=39;PP=1094;SC=TAAAGGAAAATGAGAAAATGA;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=25323785;WS=25323767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	25364331	rs4872318	G	A	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=77;PP=2129;ReadPosRankSum=1.843;SC=TTGTGCTTCTGTAACTGAAGA;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=121;TCR=114;TR=155;WE=25364339;WS=25364321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,163:0.65:251
chr8	25365278	rs8537	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=649;SC=CAGAGTCTGTGGCAAGAGGGA;SOR=3.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=25365286;WS=25365268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	25708267	rs10866845	T	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr8	25744257	rs6557865	G	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=44;PP=2103;SC=TCTTGGAATCGTTTTCTCACC;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=118;WE=25744265;WS=25744247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	25766097	rs34200265	A	AT	1735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1596;SC=GATGTGTTACATTTTTCAGTA;SOR=2.066;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=42;WE=25766105;WS=25766087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	25890478	rs1872497	G	C	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=915;SC=TGTTGGATGAGCTTAGTGACT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=25890486;WS=25890468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	25899596	rs117195303	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=8.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,30:0.22:134
chr8	26240637	rs1055476	C	G	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,112:0.39:286
chr8	26240646	rs1055479	A	G	10009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.08;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
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chr8	26249018	rs2304300	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=828;SC=GGAAAAATCTGTTTGCTTAAA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=26249026;WS=26249008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	26481771	rs327222	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=49;PP=1599;SC=TGGACATCAGTGAGTGGCATA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=26481779;WS=26481761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	26483998	rs71553811	AACACACACACACAC	A	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.46;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr8	26501169	rs187445527	C	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1073;ReadPosRankSum=0.192;SC=ACCAGACTGACCTGTTAGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=66;WE=26501177;WS=26501159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr8	26505451	rs11776801	G	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=737;SC=GTTATGATTTGCAATTTGCTG;SOR=4.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=26505459;WS=26505441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	26510792	rs708621	T	C	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=67;PP=2425;SC=ATGACGGACCTGTGTGTGAAG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=160;WE=26510800;WS=26510782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	26613995	rs61759708	C	CA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AACTGATTTACAAAAAATCGA;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=26614003;WS=26613985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr8	26614706	rs11309325	CT	C	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=4.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.593;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.439;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,52:0.29:182
chr8	26623384	rs3802241	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GTGAAAAATTGCCTGCCCAAG;SOR=0.036;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=26623392;WS=26623374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr8	26623401	rs17333700	G	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=1.142;SC=CAAGCAAATAGTTCCTAAAAT;SOR=0.064;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=26623409;WS=26623391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr8	26623477	rs34651910	C	CTTGTGAAAAGAAA	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr8	26628028	rs1048101	A	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TGCTTTCTGCAGAGACACTGG;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=105;WE=26628036;WS=26628018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,112:0.45:247
chr8	26636925	rs6989854	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=1.008;SC=CATTTTTTCCTTCTTGGGCCT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=23;WE=26636933;WS=26636915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr8	26636981	rs58623861	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=1.209;SC=AGTAATTGATGCTACCCCTTC;SOR=0.532;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=11;WE=26636989;WS=26636971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr8	26716472	rs536401	A	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=2;PP=916;SC=CCTTAGTGGAAAGAAGCTTGG;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=26716480;WS=26716462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	26716622	rs489790	G	A	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=141;PP=2965;SC=ACTCATCCCTGCCCTGGTTTC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=300;WE=26716630;WS=26716612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr8	26716715	rs538378	G	A	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=85;PP=2583;SC=ATTTAAGAATGTATGTCCCTT;SOR=1.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=128;WE=26716723;WS=26716705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	26721551	rs3824230	C	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=378;ReadPosRankSum=-1.317;SC=GTAACAGAAGCCGAGGAGGGT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=26;WE=26721559;WS=26721541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr8	26943632	rs935408	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=989;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CATAAAGAGTCGGAATTAAAA;SOR=1.209;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=66;WE=26943640;WS=26943622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr8	26943929	rs1814489	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=389;SC=CGCGGAGGCTTACCCCTGTAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=26943937;WS=26943919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	26944600	rs2028908	A	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=19;PP=1329;SC=CCAATGACAAAGCCATTATTC;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=26944608;WS=26944590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	26944733	rs17056759	G	A	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1407;ReadPosRankSum=0.301;SC=CAAACTGTACGCTGATGCCAA;SOR=0.422;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=97;WE=26944741;WS=26944723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,102:0.69:147
chr8	27094548	rs10217008	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=33;PP=1099;SC=CTCTGTCTGCAAAGGCATCCC;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=27094556;WS=27094538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	27094644	rs12675791	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=260;SC=AGGGTCCTGTGGGTGTCAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=27094652;WS=27094634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr8	27097746	rs1562331	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=440;SC=TTTCACCATCGTGGCTGAAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=27097754;WS=27097736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	27279705	rs2241652	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-2.026;SOR=1.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
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chr8	27289612	rs11988406	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=688;SC=AGATTGGACACCCCTGAACTA;SOR=6.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=27289620;WS=27289604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	27289935	rs2303881	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=449;SC=TAATGGCAGATTGGGAGCTCT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=27289943;WS=27289925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	27289963	rs2303882	T	C	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=191;SC=ACCAAAAGTCTGTGACACACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=27289971;WS=27289953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	27291557	rs919493	T	C	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=46;PP=2237;SC=CAGTCACCCATCCAGGTCCCT;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=27291565;WS=27291547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	27291749	rs12056620	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=731;ReadPosRankSum=1.242;SC=TAGTTTCTGGCTTTCAGGCCC;SOR=0.179;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=37;WE=27291757;WS=27291739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr8	27292287	rs1896959	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=40.44;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	27292292	rs1896960	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.89;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	27293989	rs2241654	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=0.698;SC=GTCCCTAAGGGCCTCTTGTCC;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=19;WE=27293997;WS=27293979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr8	27294532	rs2163176	C	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=12;PP=1735;SC=GGAGAAAGGGCCCTTTCCTGG;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=68;WE=27294540;WS=27294522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	27294606	rs7005954	G	C	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1636;ReadPosRankSum=-1.117;SC=CACTGGGCTGGACCAAGGGGT;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=109;WE=27294614;WS=27294596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,109:0.63:174
chr8	27294823	rs6996922	T	C	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=78;PP=2965;SC=GAGGAGGGGTTCCCGTCCTCC;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=199;WE=27294831;WS=27294813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	27295109	rs2288617	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=411;SC=TCTGTGTTCCACTGAAATAAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=27295117;WS=27295099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	27297696	rs2241657	T	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=12;PP=1732;SC=CGATGGTGCTTCTGGGTGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=69;WE=27297704;WS=27297686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr8	27308538	rs751018	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.197;SC=TTAGTCCTTCGCTCTTGTTTC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=74;WE=27308546;WS=27308528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,76:0.63:121
chr8	27308585	rs751019	A	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr8	27310546	rs3735758	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=267;SC=GTAGAGGGGAAGGGGCTCATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=27310554;WS=27310536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	27312040	rs10093964	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=674;ReadPosRankSum=0.929;SC=GCCCCTTTCTCCCCCCAGAAT;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=38;WE=27312048;WS=27312030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
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chr8	27315900	rs1879181	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=49;PP=1857;SC=TGACCTCCCTAAGTGAGGAGT;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=27315908;WS=27315890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	27321597	rs3735757	G	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=439;SC=AGGGGAACCCGAAGAACCAAG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=27321605;WS=27321587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	27358505	rs41507953	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,33:0.25:132
chr8	27361311	rs17057262	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AATCTCAGGCCGAACCACCCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=27361319;WS=27361301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr8	27369334	rs7816586	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=693;ReadPosRankSum=1.157;SC=CTCTCTCACTATACCTTTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=48;WE=27369342;WS=27369324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr8	27373923	rs4149243	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CCGGTGGGTGTGCTGTCTTGC;SOR=0.672;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=23;WE=27373931;WS=27373913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr8	27394366	rs13439459	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=2.206;SC=TCAGAGCAAGCGATGAGGTGA;SOR=1.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=14;WE=27394374;WS=27394356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr8	27396111	rs4149252	G	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=478;ReadPosRankSum=0.531;SC=AGGGTTTTCAGATGAGCATAT;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=30;WE=27396119;WS=27396101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr8	27401964	rs1126452	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,28:0.24:118
chr8	27402074	rs1042032	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.027;SC=CAGGTGTGCCATCCTTCCACC;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=27402082;WS=27402064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr8	27436236	.	G	GTTTGTTTTGT	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr8	27461772	rs3216167	CA	C	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=347;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CACAAGGGATCAGGGGGGACG;SOR=1.314;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=27461780;WS=27461762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr8	27462008	rs28541694	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=0.744;SC=TTTTAATTTACAGACAGGGTC;SOR=0.492;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=21;WE=27462016;WS=27461998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr8	27462481	rs7982	A	G	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=81;PP=2965;SC=AGGCCGGGCTATGGAAGTGGA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=204;WE=27462489;WS=27462471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	27467821	rs2070926	C	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=2;PP=652;SC=CCAGGGGCCTCGGAGCTGAGG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=27467829;WS=27467813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	27559214	rs66683138	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=10;PP=1019;SC=GCACAGGCACGGGAGCTCAGG;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=27559222;WS=27559204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	27593650	rs10081527	T	C	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	27598042	rs34636629	GA	G	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.803;NF=6;NR=24;PP=668;ReadPosRankSum=1.339;SC=CTCCTAGAAGGAAAAAAACAC;SOR=0.699;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=30;WE=27598050;WS=27598032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr8	27598172	rs7842672	A	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=213;SC=TAATCTCTGCACTCAAGGAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=27598180;WS=27598162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	27609830	rs4732744	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=599;SC=CAAAATGACAAGGGTGGGGAG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=27609838;WS=27609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	27614138	rs2280884	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	27630152	rs7842666	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCTGGCCCCCGGAACTCCTCC;SOR=1.292;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=27630160;WS=27630142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr8	27641609	rs1824449	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=44;PP=1475;SC=TCCAAGCCTTGTAAATTATAC;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=27641617;WS=27641599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr8	27668726	rs17479454	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=674;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GGGAAACAGGCGAACGATTTG;SOR=0.205;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=33;WE=27668734;WS=27668716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr8	27680576	rs727813	G	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
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chr8	27743401	rs2726928	T	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=470;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TTTCAATGTATATAGAAGTGA;SOR=1.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=25;WE=27743409;WS=27743391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
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chr8	27743647	.	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=0.973;SC=AGCACCTGGGCGAGGCTGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=17;WE=27743655;WS=27743637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr8	27762235	rs2726984	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=11;PP=982;SC=TGGGGCTGCTTGGGGGACAGC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=27762243;WS=27762225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	27762537	rs939706	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=431;SC=TGGGTACCCCAAGAAGGAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=27762545;WS=27762527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	27764627	rs2726987	T	C	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=133;NR=95;PP=2965;SC=TGCCTGGGACTGGTGGTGAGG;SOR=0.943;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=228;WE=27764635;WS=27764617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr8	27767171	rs2726991	G	A	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=75;PP=2657;SC=CCAGGGGCACGCTCATTACCT;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=145;WE=27767179;WS=27767161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	27767305	rs2726992	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=44;PP=1394;SC=CTCCCTTCTGAAACAGGACCA;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=27767313;WS=27767295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	27767339	rs2726993	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=33;PP=941;SC=GGAAACAAAACGCCCTCTCTG;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=27767347;WS=27767329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr8	27779811	rs4732613	C	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=59;PP=1477;ReadPosRankSum=1.396;SC=GGAGGAAGGCCCCGGGTGACA;SOR=0.447;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=113;TCF=26;TCR=87;TR=79;WE=27779819;WS=27779801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr8	27779880	rs61455593	T	TA	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=749;ReadPosRankSum=0.876;SC=GATAGACGAATAAAATCACAG;SOR=1.893;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr8	27779885	rs59195507	T	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=608;ReadPosRankSum=0.778;SC=ACGAATAAAATCACAGGTGGT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr8	27823832	rs11780263	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr8	27886700	rs9644134	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
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chr8	27887047	rs11786995	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GGGCAGATCAGCTGAGGTCAG;SOR=0.119;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=27887055;WS=27887037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr8	27918057	rs7817227	T	C	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=80;PP=2571;SC=TTCGTGGGCTTGCCCCCCAGA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=147;WE=27918066;WS=27918047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	27925204	rs4732620	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TCTTCTCTGCTCAGCTCCTCC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=24;WE=27925212;WS=27925194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr8	27927849	rs6998705	C	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=979;SC=TTTTCTCGTTCGTTCTTTATA;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=27927857;WS=27927839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	28186520	rs2614101	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=273;SC=AAAGTGAATCACAGGCCCCTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=28186528;WS=28186510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	28186607	rs2645721	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=1413;SC=TGAGCAGCCCTCCGAGAATGG;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=28186615;WS=28186597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	28210613	rs6558057	G	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;PP=741;SC=AGGGTCCCCTGCTCTCCACGG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=28210621;WS=28210603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	28341058	rs7843764	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=613;SC=AATACCAGCCAGGCACGATGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=28341066;WS=28341048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	28362792	rs7833751	T	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=665;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CTGAATGAATTCAAAGACAGT;SOR=0.411;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=52;WE=28362800;WS=28362782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr8	28384712	rs2241802	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=762;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ATCTGAATTTAGCTGGAGAAC;SOR=0.295;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=51;WE=28384720;WS=28384702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr8	28568103	.	AT	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr8	28568118	.	T	TTTTC	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr8	28574803	rs240951	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1339;ReadPosRankSum=1.535;SC=CCAGCCTGCCGACTGAGTGGG;SOR=0.555;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=271;TCF=146;TCR=125;TR=103;WE=28574811;WS=28574793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,107:0.38:284
chr8	28600572	rs2048369	G	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1079;ReadPosRankSum=0.522;SC=TCTTGTAACAGAGCATGTGGT;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=291;TCF=158;TCR=133;TR=86;WE=28600580;WS=28600562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,92:0.30:311
chr8	28633098	rs241203	A	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=271;SC=CGAACTCCTGACCTCAAGTGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=28633106;WS=28633096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	28633124	rs7462400	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=631;SC=CCACCTTGGCTGCCCAAAGTG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=28633132;WS=28633114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	28638223	rs241196	C	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=163;SC=TACAGTAGAACAATGTTTGTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=28638231;WS=28638213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	28645271	rs241187	C	T	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=35;PP=1706;SC=TTTCATCTAACGACCTGCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=28645279;WS=28645261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	28651298	rs2665911	A	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr8	28651299	.	A	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr8	28651300	rs2665912	A	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr8	28692783	rs28522383	C	T	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=44;PP=2377;SC=TACAGTCTCTCGGTAAGAGAG;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=134;WE=28692791;WS=28692773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	28707570	rs4732887	C	T	353.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.07;MQRankSum=0.000;QD=19.66;ReadPosRankSum=1.180;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr8	28967679	rs3736225	C	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=648;SC=GAACGTATTCCAAAATTCCAT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=28967687;WS=28967669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	28970865	rs1466627	C	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=114;SC=AAAATCTATACCTTCCCTAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=28970873;WS=28970861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	28979949	rs4732905	C	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=898;SC=TATGACACACCAATCAGTCCG;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=28979957;WS=28979939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	28984042	rs3793435	T	C	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=24;PP=898;SC=AAAGAAAATATACATTACAAA;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=28984050;WS=28984032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	28984572	rs3763566	G	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=644;SC=AGTTTCGTACGGGTTCCAAAA;SOR=3.528;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=28984580;WS=28984562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	29005128	rs13263819	A	G	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=69;PP=1944;SC=ATCTAAACACATTTTTAAAAA;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=29005136;WS=29005118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	29023421	.	T	TTCGATTGTAGATCGAAGTACC	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=37.99;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr8	29033422	rs6558098	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=565;SC=AAAAAACCTACGTTTATTCCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=29033430;WS=29033412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	29053761	rs10547393	TA	T	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.144;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,36:0.90:40
chr8	29107388	rs2954794	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=796;SC=ATGGTCAACTGGCATTAAAGT;SOR=3.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=29107396;WS=29107378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	29197672	rs583034	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=-1.541;SC=GCTCTGTGGCACTGGGGGGAA;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=18;WE=29197680;WS=29197662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr8	29923732	rs2271367	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=729;SC=TTCCTAAACTGTCAGAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=29923740;WS=29923722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	29927300	rs6468093	C	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=36;PP=2159;SC=AGACTACAAACGCGATCCCAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=29927308;WS=29927290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	29927321	rs6468094	A	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=45;PP=2291;SC=GGAGTACCACAATGGTAATCA;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=29927329;WS=29927311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	29931375	rs986636	T	C	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=30;PP=2130;SC=AGACTGCCATTACTGTAGTGG;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=29931383;WS=29931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	29940271	rs13279112	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=426;SC=AGGCTCCGGGAAGACGGCGCA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=29940279;WS=29940261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	29953256	rs56969689	C	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1252;SC=GGCTTCGCCCCGCAGCCCCCA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=29953264;WS=29953246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	29989399	rs13272159	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=17;PP=1568;SC=TTATCGATGCGTCATCTGGCA;SOR=2.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=29989407;WS=29989389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	29989564	rs7844812	A	G	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=102;PP=2965;SC=GAGAGGAGAGACTCCTGACCT;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=204;WE=29989572;WS=29989554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr8	29996158	rs4733141	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=39;PP=1335;SC=CTTGCTGAGGAGCCAGGGAAC;SOR=1.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=29996166;WS=29996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	29996256	rs7813902	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=278;SC=CCTCCTCCAGTCAGGAGAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=29996264;WS=29996246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	30001915	rs12546113	T	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=673;SC=GCCTCCCAAATTGCAGGGATT;SOR=3.180;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=26;WE=30001923;WS=30001905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	30013759	rs7012749	A	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=287;SC=ACGCGACGCAAACAAGAGTCG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=30013767;WS=30013749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	30210274	rs4349946	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.483;NF=40;NR=34;PP=800;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TGCTGACCTCTGCAAGTTGGC;SOR=0.587;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=215;TCF=99;TCR=116;TR=74;WE=30210282;WS=30210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,73:0.33:219
chr8	30242747	rs7813046	G	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
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chr8	30402817	rs2915595	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGTTTCTCCGCAAAGATTAC;SOR=0.324;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=30402825;WS=30402807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr8	30469805	rs7815625	A	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=705;SC=TAGAAAGAAAAGAGAGATTAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=30469813;WS=30469795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	30539623	rs2250192	T	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=780;SC=CTGTCTGTTTTAACATAGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=30539631;WS=30539613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	30541915	rs1465477	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=317;SC=ACACCTGTAACCCCAGAACTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=30541923;WS=30541905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	30546636	rs2551715	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=34;PP=1495;SC=ATAAGACTCCTAGTAGATTCA;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=30546644;WS=30546626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	30554006	rs8190996	G	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1472;ReadPosRankSum=0.925;SC=GCTGAGACGCGAGCAGAGGGT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=82;WE=30554014;WS=30553996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,89:0.67:133
chr8	30560887	rs3779647	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=559;SC=CACAATTCTCCGTTTTTCAAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=30560895;WS=30560877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	30601610	rs3217273	TC	T	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=541;SC=ATTGACCCTCTCCCAGCCGGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=14;WE=30601618;WS=30601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	30601805	rs2278092	C	T	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=105;PP=2965;SC=GTAAGTGTGACTTTTTCCCTT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=203;WE=30601813;WS=30601795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	30608773	rs1991111	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=30608781;WS=30608763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	30608976	rs2911690	C	T	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=46;PP=1542;SC=CTTACTTTAACTATTTCTGTG;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=30608984;WS=30608966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	30609061	rs2911689	T	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=449;SC=ATTCTACCCTTTTATACCATT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=30609069;WS=30609051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	30609078	rs2911688	A	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=294;SC=CATTCTACTCAAATTTATTTA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=30609086;WS=30609068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	30620840	rs11388922	G	GT	3413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=46;PP=2754;SC=TGAGGAGAAGGTTTTGAAGTC;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=67;WE=30620848;WS=30620830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	30620964	rs2956010	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=39;PP=1265;SC=GTCATCTGCATCTCCCATCAG;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=30620972;WS=30620954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	30623996	rs2956016	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=440;SC=CAAATCACACTATACCTTGAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=30624004;WS=30623986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	30695226	rs2720593	C	T	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=113;PP=2965;SC=TCTGCAAAAGCGTCCCATGGT;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=209;WE=30695234;WS=30695216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	30702525	rs323344	A	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1879;ReadPosRankSum=1.179;SC=GCGGCTGATAACTGAGGAATA;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=113;WE=30702533;WS=30702515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,119:0.73:164
chr8	30702602	rs323345	T	C	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGTAATAATGTTTTGTTTGGG;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=63;WE=30702610;WS=30702592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr8	30702785	rs61736163	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=707;ReadPosRankSum=0.657;SC=ATCACAATCGTTGCCTGTACT;SOR=0.406;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=40;WE=30702793;WS=30702775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr8	30703431	rs323346	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=671;ReadPosRankSum=0.215;SC=TTGCATATTATTGCATATGAT;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=47;WE=30703439;WS=30703421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr8	30704725	rs62000451	C	T	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=36;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CACTAGCTATCTGTATTGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=103;WE=30704733;WS=30704715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,116:0.68:170
chr8	30706224	rs323347	A	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.991;SC=AGAACAGCACAATCACCAGGG;SOR=0.901;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=87;WE=30706232;WS=30706214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,92:0.65:142
chr8	30717452	rs16877429	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr8	30725122	rs323368	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AGAGAAGTAGCGATATTCAGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=30725130;WS=30725112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr8	30732539	rs16877457	T	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GATCACAGTTTACATCAAGCC;SOR=0.405;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=79;WE=30732547;WS=30732529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,88:0.73:121
chr8	30890223	rs11574153	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-2.247;SC=CTACTCTTGCTTAGGCCAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=16;WE=30890231;WS=30890213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr8	30916085	rs2737316	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=357;SC=ACTATTCTTTTGGGTGAGAAA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=30916093;WS=30916075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	30922346	rs2725346	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=101;SC=TACAAATTTACACATAAACAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=30922354;WS=30922336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	30924557	rs1800389	C	T	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=36;PP=2218;SC=AGCTGAAATGCACAGAGACCT;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=30924565;WS=30924547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	30933859	rs4733221	C	T	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=231;SC=ATTTTTTTATCACATTTTCCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=30933867;WS=30933849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	30938704	rs1800391	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=1076;SC=AAGAGAATATGGAAAGAGCTT;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=30938712;WS=30938694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	30941317	rs2737325	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.72;QD=32.05;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	30958353	rs3087419	CT	C	1843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=987;SC=ATGTGTTTTTCTTTTTTTACA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=36;WE=30958361;WS=30958343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	30981971	rs3087417	G	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	30999122	rs3024239	C	T	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=76;PP=2733;SC=AAAAGGTAAACGGTGTAGGAG;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=136;WE=30999130;WS=30999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	31005017	rs3087415	T	TC	4042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=50;PP=2651;SC=GCATGTGTTCTATTTATTTCC;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=55;WE=31005025;WS=31005007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr8	32406148	rs7834206	C	A	8726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=127;PP=2965;SC=CGCTCTCCCCCTCGAGGGACA;SOR=1.144;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=187;TCR=129;TR=313;WE=32406156;WS=32406138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr8	32406382	rs73234136	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=44;PP=1326;SC=ACGATCCTCCTCCTGCTCCTC;SOR=3.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=32406390;WS=32406372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	32453358	rs3924999	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=818;ReadPosRankSum=-3.061;SC=TTGCCTCCCCGATTGAAAGAG;SOR=1.074;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=57;WE=32453366;WS=32453348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr8	32505909	rs146965117	TAG	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,20:0.16:123
chr8	32613983	rs10503929	T	C	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=89;PP=2965;SC=CGAAACAATATGATGAACATT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=192;WE=32613991;WS=32613973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	33246538	rs16880849	A	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1384;ReadPosRankSum=0.384;SC=ACTCAAATGCATCGATGTAAT;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=99;WE=33246546;WS=33246528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,103:0.59:174
chr8	33246591	rs17855838	G	C	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1473;ReadPosRankSum=0.137;SC=CGTTCCCTGAGAGCTGTCAGA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=94;WE=33246603;WS=33246581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,96:0.59:164
chr8	33246685	rs16880852	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GTCGTCTGATGTAACTTGCCA;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=68;WE=33246693;WS=33246675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr8	33356825	rs368990473	AT	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.908;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr8	33416189	rs3735950	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=715;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TGCCTGTGCCGAAGATGACCA;SOR=0.883;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=49;WE=33416197;WS=33416179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr8	33416222	rs3735951	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=781;ReadPosRankSum=-1.644;SC=GCGGAAGGTCCTGGAAACTGA;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=56;WE=33416230;WS=33416212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr8	33416303	rs35879627	G	GA	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.911;NF=6;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CAAAGGGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=24;WE=33416311;WS=33416293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr8	33451026	rs2044162	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=12;PP=891;SC=CCTGTTCTTTCCTGCTCCCAG;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=33451034;WS=33451016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	35093427	rs10694226	C	CAGCT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GCGGAGCGGGCAGCTGGGGGC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=35093435;WS=35093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr8	35425870	rs2589340	T	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=543;SC=AAATGAGAGGTCTTAAATTTA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=35425878;WS=35425860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	36664834	rs1079678	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=32;PP=1921;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TTATAACGTAGGCTCCCTCTG;SOR=1.147;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=105;WE=36664842;WS=36664824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,118:0.68:174
chr8	36767024	rs28608091	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr8	36767145	rs13257544	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	36776267	rs10108041	T	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=462;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CAAGTTACATTATATTCTTCT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=25;WE=36776275;WS=36776257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr8	36780209	rs1010669	A	G	156.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=1.465;SC=GTGAACAGGTAGTATAAGGCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=36780217;WS=36780199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr8	36786396	rs10089755	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-0.368;SC=ATTCTGATTCCCATTCCTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=36786404;WS=36786386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr8	36788693	rs6986249	T	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=713;ReadPosRankSum=0.999;SC=AATTCAGTTTTTCACTTCTTT;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=40;WE=36788701;WS=36788683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr8	37455990	rs1008547	G	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	37611414	.	CT	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr8	37620076	rs6468438	A	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=20;PP=804;SC=CGACTCAATGATGAGCAATGA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=37620084;WS=37620066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	37672471	rs16887051	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1059;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGGGACTGTCACTGCTGGAGA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=73;WE=37672479;WS=37672461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
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chr8	37693302	rs10101560	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=697;SC=AGGGACTGAATTCCCCGCCCC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=37693310;WS=37693292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	38005835	rs2229620	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=76;PP=2366;SC=GAGTCTCTTCTAGCCGAGAAC;SOR=1.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=111;WE=38005843;WS=38005825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	38006330	rs35520501	TC	T	2734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=2014;SC=GATGGACCACTCCCACCCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=51;WE=38006338;WS=38006320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	38028726	rs2843739	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CGGAACTGCTTTGAAGTCATT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=38028734;WS=38028716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr8	38098041	.	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CTGAAGTGCTAGGAAATTCCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=38098049;WS=38098031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr8	38135746	rs183796929	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.539;NF=11;NR=1;PP=234;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ATGAGCCACCGCGCCCGGCCA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=38135754;WS=38135736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr8	38184119	.	ATT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=141;SC=CTGCTTTTATATTTTGATTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=38184128;WS=38184109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	38369831	rs4733951	A	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=12;PP=1192;SC=GAGAGGAATAAGAAGGAATTC;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=38369839;WS=38369821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	38370200	rs146268311	GAGACACAGAC	G	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=2986;SC=ACATGCAGTGGAGACACAGAC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=38370217;WS=38370190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	38385795	rs2445020	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=3;PP=842;SC=ATTACACACATGGAATGACTC;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=38385803;WS=38385785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	38458552	.	G	GTCT	6543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=62;PP=2970;SC=TTCTGGCCGTGCCAGCCACTG;SOR=0.838;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=83;WE=38458560;WS=38458542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	38458659	rs327934	C	T	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=37;PP=1301;SC=TCGCGCCCGCCCCGCCCCGCT;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=38458670;WS=38458649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	38458802	rs327935	A	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=223;SC=TATTACCAAGACGCTCCCACT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=38458810;WS=38458792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	38603081	rs11782157	A	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TTGTTTTTTGAGATGGAATCT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=38603089;WS=38603071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	38677932	rs2013586	A	G	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GTCAGTGGGAAAGCCCCAGCT;SOR=0.677;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=317;TCF=162;TCR=155;TR=190;WE=38677940;WS=38677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,200:0.61:330
chr8	38684853	rs2037204	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=958;ReadPosRankSum=0.439;SC=CCAATGTTCCTGTGTCTACCA;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=61;WE=38684861;WS=38684843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr8	38697649	rs13262797	T	C	59.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr8	38709451	rs112953621	TTGAC	T	1478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=874;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CCAAAAAGGTTTGACTGGCCT;SOR=0.563;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=19;WE=38709462;WS=38709441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr8	38803551	rs62504403	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=504;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CTCATCTCACTCCCTCAAACA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=24;WE=38803559;WS=38803541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
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chr8	38853620	rs6991968	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=0.983;SC=AACGACCTCAGAGAGGCAGGG;SOR=0.392;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=39;WE=38853628;WS=38853610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr8	38853983	rs7840270	C	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1120;ReadPosRankSum=0.998;SC=GAGCGGAGACCCGGCCTCAAC;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=73;TCR=130;TR=83;WE=38853991;WS=38853973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,87:0.41:210
chr8	38872186	rs7833611	C	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGTATTATACCTTTTTTTCTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=38872194;WS=38872176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr8	38875015	.	A	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-2.034;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr8	38876466	.	TCC	CCT	1930	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=20;NR=36;PP=1930;QD=35.419069194;SC=TTTCTTCTTTTCCATGAAAAG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=56;WE=38876476;WS=38876456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:92,56:0.38:148
chr8	38876468	rs6474519	C	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
chr8	38884342	rs10652213	G	GTTCT	1472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=1140;ReadPosRankSum=0.816;SC=GAGTACCTGGGTTCTTCTTCT;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=11;TCR=76;TR=24;WE=38884353;WS=38884332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr8	38911953	rs9643905	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=0.925;SC=AATGAGTATTCATGTCAATTA;SOR=0.919;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=21;WE=38911961;WS=38911943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr8	38965271	rs59118660	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AACGGCTTCCCGCTGGCAGCC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=198;TCR=162;TR=117;WE=38965279;WS=38965261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,121:0.32:384
chr8	38987347	rs9650316	T	C	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	38991720	rs6997278	A	G	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=53;PP=2604;SC=TCAGGATGTAATCTGTTGGGG;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=133;WE=38991728;WS=38991710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	39068890	rs11786404	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=793;SC=TATTGTTTTAATTTATCTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=39068898;WS=39068880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	39079011	.	C	CA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.598;SC=CTGTAACTATCAGCAGCATTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=39079019;WS=39079003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr8	39080824	.	T	A	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=GATAATGGGGTATATTTTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=39080832;WS=39080814;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	39091526	rs4515515	T	C	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=97;PP=2965;SC=TATGCATAACTGTAGACTACA;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=204;WE=39091534;WS=39091516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	39114949	rs73608630	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=571;SC=AGTAGCAATACTTTACATATC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=39114957;WS=39114939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	39128387	rs4733994	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=20;PP=996;SC=TTTTCAATTTCTTTTTAGATC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=39128395;WS=39128377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	39128510	rs11347842	AT	A	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=326;SC=TTTATTTCCAATTTTTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=39128518;WS=39128500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	39133206	rs4733913	C	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=10;PP=670;SC=ATTTAGTAGTCTTTTGAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=39133214;WS=39133196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr8	39142550	rs4551318	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=521;SC=AGCTGTCCCCGTTCCCACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=39142558;WS=39142540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	39311600	rs7813010	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=256;SC=CTGTTACTACCGCTGTCTTCT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=39311608;WS=39311590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	39311677	rs7834545	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=175;SC=TCAAGAAAAGTTTAAAAAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=39311685;WS=39311667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	39312886	rs10097769	G	A	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=80;SC=ACTTTGCTCCGAAATCTCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=39312894;WS=39312876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	39442292	rs7007924	T	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=61;PP=1790;SC=ACCCTCCCCCTCTCCCTTCTG;SOR=1.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=87;WE=39442300;WS=39442282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	39463063	rs4236751	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	39463823	rs13268577	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=475;ReadPosRankSum=1.338;SC=TGTTTTATTTTAGATGATTTA;SOR=0.440;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=33;WE=39463831;WS=39463813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr8	39487022	rs3735881	C	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=44;PP=1541;SC=AAGAACTTTCCTTCTTGCATT;SOR=0.930;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=39487030;WS=39487012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	39495325	rs3824144	G	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=200;SC=AGCCCCTTTGGAAGTGTTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=39495333;WS=39495315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	39496029	rs12708194	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TTCCTGGCACTGTATGCAATA;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=25;WE=39496037;WS=39496019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr8	39496202	rs13278646	G	A	31.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr8	39503079	rs6474161	G	A	83.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTATATTCGGCACCACATCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=39503087;WS=39503069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr8	39505826	rs3735880	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=525;SC=TTTTATTAGCCAGGCTTATTT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=39505834;WS=39505816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	39521419	rs6988389	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=818;SC=GGTAAGTTACTAACATTCATT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=39521427;WS=39521409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	39525750	rs2305392	C	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=956;SC=TTTTACCTTACATTTGCATCT;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=39525758;WS=39525740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	39607105	rs112217136	C	CATGT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.058;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr8	39695535	rs7844819	T	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=726;SC=TTGGAATTGCTGAGTTGGAAA;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=39695543;WS=39695525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	39776286	.	AAAC	A	180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	39840234	rs4736794	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=372;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GCTCCCTCCTATCCTGGTCCA;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=33;WE=39840242;WS=39840224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr8	39842405	rs62513785	G	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr8	39842443	rs140841420	C	CTTAT	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=450;ReadPosRankSum=-1.504;SC=AGTGAAATAACTTATTTATTT;SOR=1.402;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=39842451;WS=39842433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr8	39843139	rs2729472	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=310;SC=TATATGTATAATATAATATCA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=39843147;WS=39843129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	39862881	rs10109853	C	T	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1272;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGCAGGCATCCGGATCTTTCT;SOR=0.421;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=80;WE=39862889;WS=39862871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,89:0.68:131
chr8	39871036	rs2955897	A	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=437;SC=AAAATATACCATTACCTCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=39871044;WS=39871026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	39871298	rs5891075	T	TTAA	942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;QD=39.28;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	39872668	rs2955902	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=942;SC=AGCAAGATCTCATCTAGAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=39872684;WS=39872658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	39872676	rs5891076	GA	G	1073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=499;ReadPosRankSum=1.696;SC=CTCATCTAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.487;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=30;WE=39872684;WS=39872658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr8	39872866	rs2981161	A	C	8008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=144;PP=2965;SC=ACATCCTGTCATCTGGACAGG;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=275;TCF=131;TCR=144;TR=274;WE=39872874;WS=39872856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
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chr8	39873188	rs2981162	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=49;SC=GAATGAGGGTCAGGGTTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=39873196;WS=39873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	40665997	rs1512214	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	40666094	.	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
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chr8	40666257	rs11776726	A	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=162;SC=AATGTGAAGAAGGAAAAAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=40666265;WS=40666247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	41166637	rs3832595	GGCT	G	3468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.102;NF=3;NR=54;PP=2568;ReadPosRankSum=0.576;SC=GCACGCCCAGGGCTGCCCCGC;SOR=0.579;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=5;TCR=94;TR=57;WE=41166647;WS=41166627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,88:0.63:140
chr8	41297486	rs10637700	T	TTTTG	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.057;NF=2;NR=29;PP=1545;ReadPosRankSum=0.897;SC=AAGGGTATGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.904;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=4;TCR=91;TR=31;WE=41297494;WS=41297476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr8	41387921	rs7819949	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=233;SC=TTGGGGCTTACTTTAGAACAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=41387929;WS=41387911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	41391588	rs10096250	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=178;SC=GGGCGGACACACTTCAGCCCG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=41391596;WS=41391578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	41391704	rs10096369	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=14;PP=502;SC=GGGGGATGTCATGAGGCCAGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=41391712;WS=41391694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	41393799	rs11779810	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=601;SC=TCCCTGGTTTTCGTTGGACTT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=41393807;WS=41393789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	41466789	rs12708212	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=674;ReadPosRankSum=2.107;SC=GGAGAGGTGGTTTGAGTTTCC;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=41;WE=41466797;WS=41466779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr8	41471786	rs56974803	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=-1.911;SC=GGATACAGTTATGCTTGTTAA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=12;WE=41471794;WS=41471776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr8	41478569	rs11545514	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CAACGGGCTCAGAGCTGGAGT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=19;WE=41478577;WS=41478559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr8	41517958	rs59908561	A	AG	2926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=22;PP=2222;SC=TCCCACCCCGAGTATCCTGTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=41517966;WS=41517948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	41525914	rs750625	C	T	13744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=239;NR=242;PP=2965;SC=CACTTACAGACACCAGGACCT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=481;TCF=239;TCR=242;TR=481;WE=41525922;WS=41525904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr8	41529856	rs508112	A	G	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=54;PP=2965;SC=CCCTGCTCCCACAGTCAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=115;TCR=54;TR=169;WE=41529864;WS=41529846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	41553928	rs504574	C	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=409;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TCCTGCTGGCCAGGCCCTCCT;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=40;WE=41553936;WS=41553918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr8	41555366	rs559651	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.34;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
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chr8	41555473	rs2241896	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=39;PP=1514;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTGCCTATTGTGCTACGTACA;SOR=0.358;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=103;WE=41555481;WS=41555463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,105:0.76:138
chr8	41555740	rs492008	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=0.870;SC=TTTCCACTCCAGAGCCTGACT;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=27;WE=41555748;WS=41555730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr8	41559609	rs2304880	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,52:0.22:241
chr8	41562019	rs184543837	G	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,40:0.22:178
chr8	41563685	rs1137177	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CCACCATGACGCCGTGTTTGA;SOR=0.442;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=41;WE=41563693;WS=41563675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr8	41571826	rs17660898	C	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GACTTTCTCCCAGGACTCCCT;SOR=1.167;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=20;WE=41571834;WS=41571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
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chr8	41580906	rs2304874	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CACTGCACGCGGCACTGCCCA;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=17;WE=41580914;WS=41580896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
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chr8	42186579	rs2272732	T	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=6;PP=1179;SC=TATTTTAAAATAGCAGTGTTA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=42186587;WS=42186569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr8	42196441	rs3136717	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=24;PP=1511;SC=GTCACTGTCTCTTAGAGGCTG;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=42196449;WS=42196431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr8	42295130	.	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr8	42404040	rs2974349	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CTTAGTACTTCTTTCAGATGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=42404048;WS=42404030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr8	42552633	rs4950	G	A	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=78;PP=2965;SC=CCCTTTTCCAGTGGAAATGCT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=176;WE=42552641;WS=42552623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
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chr8	42711599	rs117167325	A	G	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
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chr8	42882555	rs111931018	A	ATTTGT	3438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=14;PP=2172;SC=ACATTCTGTCATTTGTTCTGT;SOR=1.578;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=37;WE=42882563;WS=42882545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	42914465	rs182806113	T	A	48.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	43047593	rs17603428	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-1.140;SC=ACTCGAGTTCGCTTAGAACTG;SOR=0.589;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=26;WE=43047601;WS=43047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr8	43054425	rs117086996	T	G	267.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5062;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=-1.013;SC=ACAATGGAAGTGCACACTTTC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=43054433;WS=43054415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr8	43054553	rs1126058	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=30;PP=1590;SC=TTCTGGTATATGTCGGCCACG;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=81;WE=43054561;WS=43054543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr8	43147987	rs58986182	CGT	C	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GACGTGCCCTCGTGTGTGTGT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=14;WE=43147998;WS=43147965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr8	43152062	rs73677911	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.903;SC=TGTTTTGAAGGCTGGGATAGC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=43152070;WS=43152052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr8	43152416	rs73677912	C	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=1034;ReadPosRankSum=0.228;SC=ATTTCTTGGTCTAATACTGAC;SOR=0.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=62;WE=43152424;WS=43152406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr8	43152431	rs73677913	C	T	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.202;SC=ACTGACAGGCCGTACAATGCC;SOR=0.626;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=76;WE=43152439;WS=43152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr8	43172532	rs73677934	C	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=636;ReadPosRankSum=-0.529;SC=ATAAGGATTGCGATAGAGAGG;SOR=0.938;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=44;WE=43172540;WS=43172522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
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chr8	43197272	rs73561410	A	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=395;ReadPosRankSum=1.339;SC=CTTCTGTACAACTGGTATATT;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=24;WE=43197280;WS=43197262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
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chr8	48711857	rs8178225	C	T	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=106;PP=2660;ReadPosRankSum=-2.178;SC=AGCTGCAGGCCCACAGCTCCA;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=489;TCF=228;TCR=261;TR=196;WE=48711865;WS=48711847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,206:0.40:512
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chr8	48846519	rs1231202	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=12;PP=695;SC=CAATGGTAAATGTTACCATCA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=48846527;WS=48846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	48866788	rs1231203	T	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=0;PP=57;SC=CAGCAAAAAGTATTCGACTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=48866796;WS=48866787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	48885436	rs762679	T	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=36;PP=1841;SC=GATCTTCCTCTTGCTGGACCC;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=48885444;WS=48885426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	49641784	rs1482261	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=931;SC=TCAAGTGTTAATTTAAAAAAA;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=49641792;WS=49641774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	49643243	rs966703	A	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=114;PP=2965;SC=TGTCCTGCATAATAACTCTCA;SOR=1.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=55;TCR=114;TR=169;WE=49643251;WS=49643233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr8	49985188	rs3735973	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=145;ReadPosRankSum=-1.179;SC=TTTTTATTGCAGTATATTTGG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=49985196;WS=49985186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr8	49987910	rs6984804	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=548;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TAAGAAGACAGAAATGTGTCT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=25;WE=49987918;WS=49987900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr8	51306704	rs7015950	A	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=29;PP=1790;SC=GATTTCCTCCACTATATTAGT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=51306712;WS=51306694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	51362462	rs1481475	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=865;SC=CTCCTGTGGGAGAGGACTTCT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=51362470;WS=51362452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	51363078	rs7817955	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=373;SC=ATAACAAAAACAGTCAATGCA;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=51363086;WS=51363068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	51363430	rs12542191	A	T	50.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=85;SC=TGTTCTCTTAATTTTTTTTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=51363438;WS=51363420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	51571370	rs1911831	G	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=612;SC=AAAATAAACTGGACAAAAAAG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=51571378;WS=51571360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	51617430	rs7003356	T	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=0.357;SC=CTTGACCTCATATACATTCTA;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=25;WE=51617438;WS=51617420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr8	51664541	rs11429292	G	GT	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.781;NF=8;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GACTTACATTGTTTTTTTTCC;SOR=1.545;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=11;WE=51664549;WS=51664531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr8	52232487	rs1052704	G	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=968;ReadPosRankSum=1.210;SC=GCATTCCTCGGTCTCTGCAAA;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=72;WE=52232495;WS=52232477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
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chr8	52284654	rs5891410	C	CA	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
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chr8	52361772	rs1431636	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TATGTCATGTGATCAGAATTT;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=52361780;WS=52361762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr8	52366200	rs6473599	G	A	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=ACGTTGCCACGTGCCTGGATC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=52366208;WS=52366190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	52366217	rs6473600	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GATCCATCCAGCTCCAATCCA;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=86;WE=52366225;WS=52366207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,93:0.52:180
chr8	52366300	rs7833909	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GCTGGTGCCAATTAAAACCTC;SOR=1.552;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=33;WE=52366308;WS=52366290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
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chr8	52370326	.	TCT	CCC	303	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=303;QD=50.9239821232;SC=ATGTTTCATGTCTACCAAATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=7;WE=52370336;WS=52370316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,7:0.32:22
chr8	52370328	rs28565404	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr8	52384670	rs7839439	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=607;ReadPosRankSum=-1.159;SC=TTCTCTAGATAAAGGAGTTAA;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=41;WE=52384678;WS=52384660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr8	52384884	rs10958268	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=507;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AAGAATTATTGATGTATTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=36;WE=52384892;WS=52384874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr8	52387486	rs6997795	A	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AAAAGAGAGCAAATGAGAGAC;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=15;WE=52387494;WS=52387476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr8	52396048	rs1431632	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGTTCTCTATCGCTCTGCAGT;SOR=0.382;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=19;WE=52396056;WS=52396038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr8	52396241	rs7837348	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGCTCCCAGCTGGAATTTTAG;SOR=0.160;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=22;WE=52396249;WS=52396231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
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chr8	52811681	rs10106734	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=88;PP=2688;SC=TGCGCAGAGAACCACGGGCAC;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=34;TCR=88;TR=122;WE=52811689;WS=52811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr8	53548691	rs7818347	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=1.254;SC=TTCAAGATTTTAGAAATTAAA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=53548699;WS=53548681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr8	53570529	rs12708142	C	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=47;PP=1712;SC=ACACTAATGACGAAAACTGTT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=53570537;WS=53570519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	53586363	.	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=0.644;SC=ATAATATAAAGTAGTAAAATG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=12;WE=53586371;WS=53586353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr8	53586706	rs17337252	A	G	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=1957;ReadPosRankSum=0.524;SC=GGATCTTTTCATCTCAGCTTT;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=353;TCF=165;TCR=188;TR=136;WE=53586714;WS=53586696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,143:0.38:373
chr8	53599373	rs17337384	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.812;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=522;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTAAAGGCAATAGATTAAACT;SOR=0.120;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=38;WE=53599381;WS=53599363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr8	53852871	rs33977775	A	T	13805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1089;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=337;PP=2962;ReadPosRankSum=2.037;SC=GCCGACCGCTACCTGGTGGTG;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=483;TR=615;WE=53852879;WS=53852861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,625:0.57:1088
chr8	54141824	rs963549	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CCTCTCTTCCCGAAGAACTGT;SOR=0.480;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=22;WE=54141832;WS=54141814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
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chr8	54866491	rs6981243	C	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=486;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGAGGAAATGCGAACAGTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=23;WE=54866499;WS=54866481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr8	55538505	.	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=0.344;SC=TATCAAGATGGACAGCTTGCA;SOR=0.656;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=18;WE=55538513;WS=55538495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
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chr8	55542540	rs61739567	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GAAAGGTTTTGTATGAATTTC;SOR=0.984;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=37;WE=55542548;WS=55542530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr8	55586301	.	AAAC	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr8	55590975	rs382476	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GTATTATTAGGCCATATTTAT;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=55590983;WS=55590965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr8	55613902	rs858396	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=98;SC=ATAAAACCTACTGAATTTCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=55613910;WS=55613896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	56792685	rs167999	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,65:0.40:161
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chr8	56882471	rs1027986	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=541;ReadPosRankSum=1.321;SC=TCCCAGCAGCAGTTATGAGAA;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=37;WE=56882479;WS=56882461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
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chr8	57129291	rs62515433	A	T	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CCTCTAAGCTATAAGAATGCA;SOR=1.324;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=67;WE=57129299;WS=57129281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr8	57295200	rs7002482	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=55;PP=1366;ReadPosRankSum=0.278;SC=TATAAATGCACTTTGTCAATA;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=73;WE=57295208;WS=57295190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
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chr8	61193588	rs10086200	C	T	10419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.992;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.034;SC=CCCGGACACCCCGACTCGCGG;SOR=1.337;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=230;TCR=135;TR=361;WE=61193596;WS=61193578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,378:0.99:382
chr8	61193760	rs10101374	T	G	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=94;PP=2965;SC=GCGCCTTCGCTGGGCGCGGGG;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=140;WE=61193768;WS=61193750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr8	61655690	rs7836586	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=55;PP=1537;SC=CTGCATTGCAGTGTGAAATTC;SOR=6.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=61655698;WS=61655680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr8	61714245	rs10448027	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.47;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	61748893	rs7005873	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=494;SC=AATTACCTTCCCAGGGGTCCA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=61748901;WS=61748883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	61764076	rs4342642	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=534;SC=TAGGATAACTATTTCTTTGAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=61764084;WS=61764066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	61851407	rs138749865	C	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=1.744;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,29:0.21:135
chr8	62003453	rs1367972	A	G	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=76;PP=2275;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGAAGCTGTAATGAGTTAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=447;TCF=236;TCR=211;TR=162;WE=62003461;WS=62003443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,167:0.36:466
chr8	62003547	rs35220668	G	GC	1831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=52;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AATGACCCATGCCCCCCCACC;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=10;TCR=175;TR=55;WE=62003555;WS=62003537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,86:0.36:241
chr8	62289060	rs10957192	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=0.665;SC=ACCCTCCAGGCGGGGTTCATG;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=14;WE=62289068;WS=62289053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr8	62371260	rs2291607	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.651;SC=AAACTGAAAACAAATGGGGCT;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=62371268;WS=62371250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	62416074	rs7005617	G	A	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=51;PP=1711;SC=AGGTCCTGCAGCAGAAAGACA;SOR=1.029;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=62416082;WS=62416064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	62430291	rs138659032	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TTAAGGTGACAGTACAAAATT;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=14;WE=62430299;WS=62430281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr8	62438530	rs4738904	A	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=12;PP=1199;SC=GAAGTCAGAAACTCACCTTGC;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=62438538;WS=62438520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	62460886	rs10113272	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	62465580	rs4289805	T	C	7261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GAAATTCATATACCCATTACC;SOR=0.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=154;TCR=117;TR=269;WE=62465588;WS=62465570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr8	62465795	rs4291265	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=388;SC=CAGAAAAATATATCTCCATAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=62465803;WS=62465785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	62475276	rs3802286	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=15;PP=1201;SC=CTTAATTTGACGTAGTTAATA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=62475284;WS=62475266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	62496415	rs6471962	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-0.464;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.548;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr8	62531670	rs35550451	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=0.839;SC=ATTCAATAAGTATAATCAAAG;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=62531678;WS=62531660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr8	62538944	rs78469859	T	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=521;ReadPosRankSum=-0.365;SC=ACAAAGTAATTTTTTTTTTTT;SOR=0.709;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=34;WE=62538952;WS=62538932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr8	62545288	rs2882462	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=35;PP=1002;SC=AGGCATCCCACATATAACTAA;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=62545296;WS=62545278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	62550925	rs199637738	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
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chr8	62563764	rs7016141	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=486;SC=TGACATTGGTACATACACATT;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=62563772;WS=62563754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	62593664	rs62505969	T	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TATTATAACTTAGTGAAGTCA;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=62593672;WS=62593654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr8	62595068	rs3750278	C	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=79;PP=2524;SC=AACATGAAAACTGTTATTTGT;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=132;WE=62595076;WS=62595058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	62626962	rs3829051	C	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=43;PP=1299;SC=TGAGGGCTGGCGGACCTCCTT;SOR=1.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=62626970;WS=62626952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	62627004	rs3750279	A	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=926;SC=CGACGCGGGAACCGCTGGCGG;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=62627012;WS=62626994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr8	63502151	rs2306401	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=474;ReadPosRankSum=1.211;SC=CTTTTCTGAGCGCTCCGTCAG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=23;WE=63502159;WS=63502141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr8	63502434	rs72423486	TTGTGTGTGTGTGTG	T	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.34;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr8	63659610	rs1319275	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=683;ReadPosRankSum=0.788;SC=ACGATTACACGTACGTCTCTG;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=53;WE=63659618;WS=63659600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,59:0.41:143
chr8	63775855	rs200185258	CT	C	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=518;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TGGAGCCGTACTCACTGCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=15;WE=63775863;WS=63775845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr8	63902958	.	GT	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=1.188;SC=AAAAGCATAGGTTTTTTTTTA;SOR=1.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=63902966;WS=63902948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	63930289	rs12677953	C	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=0.902;SC=TATAATTCACCTTATCAGACA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=17;WE=63930297;WS=63930279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr8	63939839	rs2305558	C	T	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=67;PP=2086;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AACAACGTTACATAAATCAAA;SOR=0.630;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=143;WE=63939847;WS=63939829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,152:0.60:253
chr8	63942585	rs72658377	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.679;SC=ATAAATCCTATAAAAGAACTC;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=63942593;WS=63942575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr8	63948134	rs6998383	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	63951312	rs1800909	A	G	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=106;PP=2857;ReadPosRankSum=0.788;SC=CACAGCAGGCAGCCCGGACTG;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=276;TCF=113;TCR=163;TR=175;WE=63951320;WS=63951302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,188:0.64:292
chr8	63974017	rs34766023	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=823;ReadPosRankSum=2.333;SC=GAAGGAAACCGCATTAGATGC;SOR=0.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=53;WE=63974025;WS=63974007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr8	63976677	rs4606052	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TGGGCAGGTACGAGGAAAGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=6;WE=63976685;WS=63976667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr8	63976754	rs4501570	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr8	63978658	rs5891887	TA	T	4236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=103;PP=2536;SC=CCCAGTGTGCTAAAAAAAATA;SOR=1.783;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=133;TCF=7;TCR=126;TR=110;WE=63978666;WS=63978648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	63998231	rs72659829	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GCCTCAGCGCCCACGCCGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=63998239;WS=63998223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr8	64081981	.	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr8	64082130	rs11785601	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTATCCAGAACTTCGGTAGTT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=64082138;WS=64082120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr8	64098729	rs58419856	A	AG	3351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=21;PP=2268;SC=CACCAATGTCAATCCATACAT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=53;WE=64098737;WS=64098719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	65290650	rs298212	C	T	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=143;NR=141;PP=2965;SC=AAGACCAGCTCTCAGCTCTCT;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=143;TCR=142;TR=284;WE=65290658;WS=65290640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr8	65528188	.	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=587;ReadPosRankSum=1.575;SC=TGTCTTTTTATTTCAGAGGTC;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=35;WE=65528196;WS=65528178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr8	65537104	.	GA	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
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chr8	66439551	rs7825011	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=12;PP=987;SC=TGAGCCACCATGCCCAGCCCT;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=66439559;WS=66439541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr8	70539911	rs4738002	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=353;SC=ATGAATAGCTGTTATTACAGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=70539919;WS=70539908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	70967727	rs3750226	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=1.803;SC=AGAGAAGAACTCTTTTCCAAT;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=13;WE=70967735;WS=70967717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr8	71071695	rs2272670	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=537;SC=GTAATATCTCCTCTTAACTTG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=71071703;WS=71071685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	71082718	rs2958370	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=610;SC=ATTCACACACAGATAGAAAAG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=71082726;WS=71082708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	71129120	rs71558586	A	AAC	361.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=322;SC=ACCAGTAATTAACATTGTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=71129128;WS=71129110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	71486568	rs268566	G	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	71506634	rs3816745	G	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=4;PP=366;SC=GTTGAGGTAAGAAGAATGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=71506642;WS=71506624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	71510093	rs268626	A	G	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=72;PP=2965;SC=AATCTTAGATAAGGAAGGAGA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=186;WE=71510101;WS=71510083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr8	71512349	rs268592	A	T	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=78;PP=2850;SC=GATCAAGTCAATTTGTGACCC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=171;WE=71512357;WS=71512339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	71550058	rs268571	G	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=12;PP=707;SC=ACCATTCTCTGAAAGCAAAAT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=71550066;WS=71550048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	71550895	rs11399242	C	CT	161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=9;PP=197;SC=AAAAAAATTCCTTTTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=71550903;WS=71550885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	71573259	rs35863913	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1143;SC=AAGCAATCCACACACCTTGAC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=71573267;WS=71573249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	71574251	rs17760050	A	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=26;PP=733;SC=TTTAACATGCACAAAAACCAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=71574259;WS=71574241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	71593425	rs6991329	G	A	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=41;PP=2099;SC=GTGCTTTAGCGTTAAGCTTTA;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=116;WE=71593433;WS=71593415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	71593663	rs71560435	CTTA	C	352.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=6;PP=216;SC=ACAAAGATCCCTTATTTGCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71593673;WS=71593653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	71646275	rs72667746	A	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAATATGGGCATTTAAAAACA;SOR=0.949;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=42;WE=71646283;WS=71646265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr8	71646680	rs193050616	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TATGATATATATTTTCTTATA;SOR=1.675;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=71646688;WS=71646670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr8	72137261	rs13262002	G	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=1.370;SC=TACATCAAGTGTAGGCTCCGT;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=6;WE=72137269;WS=72137251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr8	72181862	rs2053664	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TATAGTTCTTCTCCATTTATA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=10;WE=72181870;WS=72181852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr8	72211834	rs3779747	A	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr8	72755040	rs7812453	A	C	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2024;ReadPosRankSum=0.662;SC=AAACCGAAACAGCTCTCCTAC;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=281;TCF=124;TCR=157;TR=164;WE=72755048;WS=72755030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,172:0.58:295
chr8	72755647	rs35471181	C	CT	4734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.885;NF=64;NR=31;PP=2954;ReadPosRankSum=0.386;SC=ATGGCTGTCACTGGGGTACAA;SOR=0.768;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=95;WE=72755655;WS=72755637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,148:0.56:262
chr8	72932259	rs66527710	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1323;ReadPosRankSum=-1.531;SC=AGTTGTCTTCCTGCAAAACAC;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=288;TCF=153;TCR=135;TR=103;WE=72932267;WS=72932249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,107:0.36:300
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chr8	72942210	rs3824151	G	T	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.227;NF=68;NR=89;PP=2129;ReadPosRankSum=-1.585;SC=CCAATCTGAAGTATGACACAA;SOR=0.676;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=398;TCF=168;TCR=230;TR=157;WE=72942218;WS=72942200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,164:0.40:410
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chr8	73146170	rs375770708	A	AT	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=342;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TAATCATATGATTTTTTCAAC;SOR=0.852;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=13;WE=73146178;WS=73146160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr8	73150491	rs6989765	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=652;ReadPosRankSum=0.382;SC=ATAATAGGGAGGGTTTTTTAT;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=41;WE=73150499;WS=73150481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr8	73150830	rs62518400	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr8	73850203	rs11782118	G	A	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=61;PP=1891;ReadPosRankSum=0.317;SC=ACCATGCTGTGAGTGAAGTCA;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=348;TCF=195;TCR=153;TR=141;WE=73850211;WS=73850193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,144:0.40:364
chr8	73921534	rs113373855	G	GGAGGTCGGGAGA	2909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=2972;SC=CGTCGCCGAGGGAGGGGCTGC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=23;WE=73921542;WS=73921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	73926236	rs2975841	T	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=707;SC=GTAAATATGTTTTTTTATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=73926244;WS=73926226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	73942712	rs34742076	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=186;SC=AAAACTACCACATAAATGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=73942720;WS=73942702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	73982161	rs2291219	A	G	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=93;PP=2965;SC=GTCAAGGGCCAGTTTTCCAGA;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=159;WE=73982169;WS=73982151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
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chr8	73993200	rs10087744	T	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1181;ReadPosRankSum=0.563;SC=TAGGATGAAGTGGTCAAAAAG;SOR=0.960;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=70;WE=73993208;WS=73993190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr8	74005131	rs59331088	A	G	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=86;PP=2785;ReadPosRankSum=1.436;SC=TCCCCGGTGAAGCGACAGGCT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=179;TCR=146;TR=194;WE=74005139;WS=74005121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,203:0.60:340
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chr8	74203576	rs4394387	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GCTGTGAGATGAAAACATAAC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=74203584;WS=74203566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
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chr8	74440125	rs143916422	T	TCAGGAAAATTCAAATAATTTA	5196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=37;PP=2965;SC=GGTCTAGATTTCACAGAACAC;SOR=3.298;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=3;TCR=88;TR=39;WE=74440133;WS=74440115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	74463089	rs3088139	T	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1603;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TTCGGTGAAGTGAAAAAAAAA;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=86;WE=74463097;WS=74463079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
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chr8	74463797	rs10112019	T	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=32;PP=1714;SC=ATACTAGCAATAGAATGCAAA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=74463805;WS=74463787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	74473876	rs28418483	G	A	4737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AATGTCTACCGCAGCAGCTTC;SOR=0.896;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=373;TCF=174;TCR=199;TR=212;WE=74473884;WS=74473866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,216:0.56:383
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chr8	74527996	rs949493	C	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=35;PP=1300;SC=TCATCATCCACATCCTTTCCT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=74528004;WS=74527986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	74744721	rs7842946	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=740;SC=ATTAAAAAAATAGCTTTGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=74744729;WS=74744711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr8	74867927	rs72661848	C	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.731;SC=CTGAACCCAGCAGGCGGAGAT;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=74867935;WS=74867917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr8	74868374	rs72661849	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1056;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.381;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=67;WE=74868382;WS=74868364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr8	74888494	rs2306486	C	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1498;ReadPosRankSum=0.517;SC=CTGGGGCGTCCGCAGCCGCTC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=97;WE=74888502;WS=74888484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,100:0.59:170
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chr8	74893880	rs7108	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=0.775;SC=TGTTCGTGCTCAAATGTGATT;SOR=0.409;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=74893888;WS=74893870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
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chr8	74917228	rs11466001	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=7.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=483;ReadPosRankSum=1.154;SC=TTGCTACGTAACAAATTACCA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=74917236;WS=74917218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr8	75262798	rs7828201	G	C	11369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GGACGCATTCGTTCAGCTCTC;SOR=0.315;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=203;TCR=211;TR=412;WE=75262816;WS=75262788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr8	75262841	rs4321999	G	A	8479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=170;PP=2965;SC=GGCGGAGGGTGGCGCGGATCG;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=133;TCR=170;TR=303;WE=75262849;WS=75262831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
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chr8	75275312	rs4463412	C	T	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=31;PP=1269;SC=TATATTCTTTCTCTCTTTTCA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=75275320;WS=75275302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr8	75460789	rs150990986	A	AG	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=240;SC=GTTTTTGAAGAGTATTGCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=75460797;WS=75460774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	75664694	rs34841297	CA	C	4100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=4.105;NF=19;NR=66;PP=2964;ReadPosRankSum=1.089;SC=TCAGTCCAGCCACCAGATCAA;SOR=0.736;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=262;TCF=54;TCR=208;TR=85;WE=75664702;WS=75664684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,141:0.33:433
chr8	75737770	.	CT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.572;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr8	75898501	rs7821659	G	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=1238;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TTTTCAAGTGGTATGTACAAA;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=64;WE=75898509;WS=75898491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr8	75924820	rs12115090	A	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.779;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=619;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TTTATGAAAAAATAAGTGTTT;SOR=2.206;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=32;WE=75924828;WS=75924810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr8	75937738	rs112989924	A	ATT	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGACTTAAGTAACCAGCTTAC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=75937746;WS=75937728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr8	75944409	rs10714892	AT	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.520;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr8	76452313	rs2943549	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TATAATTCAAGTGGTGAGTTA;SOR=0.280;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=68;WE=76452321;WS=76452303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr8	76452402	rs2943550	A	G	265.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.329;SC=TGGTGGCTCAATGTTTTTTTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=76452410;WS=76452392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr8	76452421	rs2943551	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.180;SC=TTGCTGGAGAGTTTAGGGCTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=76452429;WS=76452411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr8	76459726	rs1800922	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.465;SC=TTATCGAACCGAATTTGACAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=76459734;WS=76459716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr8	76465360	rs1805099	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=568;ReadPosRankSum=-2.367;SC=AATCTATGAAACAGCAGCTCT;SOR=1.121;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=40;WE=76465368;WS=76465350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr8	76465522	rs1800924	T	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.101;SC=TAATGCATATTCTATATTACT;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=76465530;WS=76465512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr8	76468139	rs2941468	C	G	44.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr8	76468282	rs1805098	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr8	76468309	rs61003427	GTT	G	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-2.079;SC=TTTTGGGTAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=76468318;WS=76468299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr8	76472485	rs2941472	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=383;ReadPosRankSum=0.356;SC=CAAAAATAGCGATATTTAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=19;WE=76472493;WS=76472475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr8	76472560	rs2941473	A	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1565;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTAACACAGCATCTTTTTATC;SOR=1.255;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=152;TCF=106;TCR=46;TR=86;WE=76472568;WS=76472550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,89:0.56:159
chr8	76472735	rs1800950	T	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=903;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ACCAAGATATTTCTTAATTAC;SOR=1.041;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=54;WE=76472743;WS=76472725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr8	76476396	rs1805100	G	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=57;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.817;SC=AAATATCTCAGGATAGCACTT;SOR=0.938;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=74;WE=76476404;WS=76476386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr8	76476457	rs2272669	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=492;ReadPosRankSum=0.388;SC=ATAAGATGGTGTCCTATTTTC;SOR=1.839;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=23;WE=76476465;WS=76476447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr8	77765710	.	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1118;ReadPosRankSum=0.278;SC=TTTTAAGGAACGACAGAGAAA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=73;WE=77765718;WS=77765700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr8	77776848	rs3830275	TA	T	350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	77895865	rs10087163	A	G	8589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=133;PP=2965;SC=CCAACTTCACATATGTTTTGA;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=171;TCR=134;TR=303;WE=77895873;WS=77895855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
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chr8	79610710	rs1054283	A	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1329;ReadPosRankSum=0.931;SC=TTCAGACCTTATCTCCCTCTC;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=118;TCR=106;TR=101;WE=79610718;WS=79610700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,106:0.44:241
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chr8	80576923	rs375568053	C	CCTCT	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=831;SC=CCCATATTTTCCTTCTGAAAT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=80576931;WS=80576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	80576942	rs34059899	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.35;NF=25;NR=6;PP=714;SC=ATGGGAAAAATTCATAAAAGT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=80576950;WS=80576932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	80577867	.	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,27:0.15:176
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chr8	80870776	.	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.577;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=1.224;SC=TTAAAAGGCATTTATTAAGAA;SOR=0.655;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=25;WE=80870784;WS=80870766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
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chr8	80965070	rs3780010	C	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.46;SOR=3.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr8	81032301	rs4740118	A	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=168;SC=AAGTTAAAAGACAAGTGACAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=81032309;WS=81032291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	81083598	rs201086010	AAAGCCCGAGTCC	A	4747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.942;NF=9;NR=93;PP=2937;ReadPosRankSum=0.638;SC=GCGCCGAGCCAAAGCCCGAGT;SOR=1.342;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=143;TCF=15;TCR=128;TR=102;WE=81083617;WS=81083588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr8	81733727	rs3907424	C	A	6611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.891;NF=146;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TTGGTGTCTGCTGTTTTCACA;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=530;TCF=270;TCR=260;TR=295;WE=81733735;WS=81733717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,305:0.56:549
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chr8	82370880	rs61729473	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=707;ReadPosRankSum=0.900;SC=GATTGTTGTCTCTTTGCCAAG;SOR=0.946;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=48;WE=82370901;WS=82370870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,51:0.33:153
chr8	82437083	rs140527597	A	AT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=1.960;SC=CCAGCCTTGCATTGAACAGGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=82437091;WS=82437077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr8	82439099	rs11995518	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=0.387;SC=TTTTATATAATGCTTACGATT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=82439119;WS=82439089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr8	82439111	rs11995519	T	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=0.274;SC=CTTACGATTATACATTTATCT;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=82439119;WS=82439089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr8	82443387	rs11985337	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
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chr8	82752291	rs12056632	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=633;ReadPosRankSum=-1.618;SC=TATGCAATCCATTATTTTCTT;SOR=1.286;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=39;WE=82752299;WS=82752281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr8	85441856	rs13248532	T	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TGTTCATATATCTGGAAATTG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=85441864;WS=85441846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr8	85774738	rs16913375	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GAGTGATTAACTATCATTGCA;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=27;WE=85774746;WS=85774728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr8	85785413	rs3780004	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GTCCTATGTGATTTGACACAG;SOR=1.281;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=22;WE=85785421;WS=85785403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr8	85799827	rs10712255	TC	T	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.238;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr8	86048000	rs36102162	AT	A	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr8	86089787	rs12926	C	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr8	86114525	rs3217409	T	TTTA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.776;NF=0;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=1.304;SC=TTCTGAAACCTTTTTTCTTCT;SOR=0.116;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=86114533;WS=86114515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr8	86126827	rs112611553	C	CAACATT	3731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=2079;SC=GTAGCTTCATCAACTGGTTTG;SOR=0.742;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=31;WE=86126835;WS=86126817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	86134784	rs12550160	C	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=520;ReadPosRankSum=-0.056;SC=ACCAACCAACCGTGTGATCTT;SOR=0.133;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=25;WE=86134792;WS=86134774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr8	86135096	rs2132589	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=843;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CAATGAGAGCAACACACACAA;SOR=2.015;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=36;WE=86135104;WS=86135086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr8	86135132	rs1021583	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CAGACCAGAGAACTCTGATGC;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=86135140;WS=86135122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
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chr8	86158249	rs17740658	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=596;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GAGCCCAGTGCGAGAAGCGGA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=34;WE=86158257;WS=86158239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
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chr8	86253982	rs1496532	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=565;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TAGAAACTTACTTGCTTTTAA;SOR=0.320;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=34;WE=86253990;WS=86253972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
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chr8	86389195	rs11780942	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=410;ReadPosRankSum=0.596;SC=GTTAATTTCTCTTTATTTTGT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=17;WE=86389203;WS=86389185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr8	86389403	rs703	T	C	4021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2680;ReadPosRankSum=0.634;SC=TCCTGAATCCTTGGATTACTG;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=144;TCR=132;TR=169;WE=86389411;WS=86389393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,181:0.61:297
chr8	87076150	rs981711	C	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=3;PP=1121;SC=TGGAGAAGCCCCACTCTAAAC;SOR=5.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=50;WE=87076158;WS=87076140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	87151606	rs2466326	G	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=447;SC=TGTACCTAAAGAGTGTGTGTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=87151614;WS=87151596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	87155094	rs1483779	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=12;PP=706;SC=TATGATCTTTTTTCTTTTTAA;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=87155102;WS=87155084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	87155274	rs11317974	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr8	87226634	rs56993779	TCCGACATC	T	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.184;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr8	87229702	rs4546639	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=-1.213;SC=ATTTTACCTTATAAGGTATAG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=10;WE=87229710;WS=87229692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr8	87229739	rs4419794	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=514;ReadPosRankSum=-1.921;SC=GTATCTCCGCCTTAGTATTCC;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=29;WE=87229747;WS=87229729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr8	87235150	rs2976190	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.613;SC=ATGATAGTTACGTTGAAAGGA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=150;TCR=102;TR=94;WE=87235158;WS=87235140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,96:0.38:255
chr8	87241797	rs11413051	A	AT	1677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=1067;ReadPosRankSum=0.258;SC=ATGATTTTAGATTTTTTTCCT;SOR=0.802;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=47;WE=87241805;WS=87241787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,75:0.41:181
chr8	87241847	rs7814198	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.390;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=50;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AGCATGCCCCGCCTGAATATG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=308;TCF=175;TCR=133;TR=126;WE=87241855;WS=87241837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,136:0.42:322
chr8	87440101	.	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=2.050;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr8	87443026	.	CCATATATATATA	C	619	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MMLQ=21;MQ=62.65;NF=0;NR=3;PP=619;QD=217.333333333;SC=ATATATCTCTCCATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=87443045;WS=87443016;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	87447793	rs142558218	T	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-1.382;SC=ACTCAATAATTTAGTCTTCTC;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=33;WE=87447801;WS=87447783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
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chr8	87453030	rs10092164	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-1.870;SC=TTATCTTTGCACTTTTCCATT;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=12;WE=87453038;WS=87453020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr8	87567031	rs2304790	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TAAACACATTGTGCTTGAGAA;SOR=1.159;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=63;WE=87567039;WS=87567021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr8	87567305	rs3816240	A	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=0.264;SC=CATAATACAAAGTCAGGGCAA;SOR=0.317;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=16;WE=87567313;WS=87567295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr8	87568644	rs2304787	T	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=61;PP=1527;ReadPosRankSum=0.935;SC=AGGCAGTTGATTAGGTGTGCA;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=89;WE=87568652;WS=87568634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,93:0.65:144
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chr8	87581682	rs10660354	T	TCA	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.513;NF=1;NR=65;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.217;SC=ACATGCACACTCACACACACC;SOR=2.316;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=2;TCR=87;TR=66;WE=87581690;WS=87581672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,81:0.96:84
chr8	87581723	rs71275866	CAT	C	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.623;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr8	87679098	rs3735967	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.067;SC=ACTTTTTGTAGCCCAATTAGA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=87679106;WS=87679088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr8	87679303	rs6471482	A	C	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=69;PP=2735;SC=GTGGTATAAAACAGCAGTTCC;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=150;WE=87679311;WS=87679293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	87680112	rs7815125	T	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=8;PP=1166;SC=TGCAGGTTATTTAATTTAAAT;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=87680120;WS=87680102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	87680406	rs36008065	G	GA	1117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.720;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
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chr8	87899871	rs66493340	T	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=833;ReadPosRankSum=0.815;SC=TTTTCTGTCATTCAAATGAAT;SOR=0.988;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=49;WE=87899879;WS=87899861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr8	87899960	rs67958512	A	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=0.018;SC=TATCACACAGATAAAAACAGT;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=28;WE=87899968;WS=87899950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
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chr8	87951714	rs4644279	A	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=317;SC=TCTGAAAATGACAAATTTTCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=87951722;WS=87951704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr8	88440717	.	T	A	815	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=2;PP=815;QD=56.6514141698;SC=CAATTGCTCTTTTTATGAAGA;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=88440725;WS=88440705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,15:0.43:35
chr8	88440717	.	T	TCTTTTTA	742.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=2.005;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
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chr8	88622001	rs9692781	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=26;PP=1073;SC=TCTTCAACACCGAAAATTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=88622009;WS=88621991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	88622043	rs9694259	T	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=34;PP=1204;SC=TCAGATTGCATCATGGACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=88622051;WS=88622033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	88622592	rs72670872	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=399;SC=CATGAATTTCAGAAGCCTTTG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=88622600;WS=88622582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	88624147	.	C	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.559;SC=TGCAAGTCTACTTGAACTACT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=88624155;WS=88624137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr8	89068596	rs2616495	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=266;SC=ATATTAAATACATATTATACA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=89068604;WS=89068586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	89081541	rs2664347	A	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=558;SC=TTTGGTGTTTACGAATGCAAT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=89081549;WS=89081531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	89081730	rs2616490	T	C	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=TCTTGGATTATAGATAGAGTG;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=178;WE=89081738;WS=89081720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	89340034	rs72340679	GAC	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.482;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,9:0.11:79
chr8	90770609	rs39499	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=2.268;SC=CAAGCTTGGGAGATAGGGAGC;SOR=0.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=6;WE=90770617;WS=90770599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr8	90777510	rs431264	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=424;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CTTTCTAAGTGTGAAACATAG;SOR=0.207;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=25;WE=90777518;WS=90777500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr8	90781953	rs40377	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GACTTTTGGACTTTTTAAAGA;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=28;WE=90781961;WS=90781943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr8	90782226	rs28565967	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CCAGAATTTTGAAGCTACATT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=9;WE=90782234;WS=90782216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr8	90792127	rs39506	A	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=1.502;SC=GATTCTCAACACTATTCCATT;SOR=1.714;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=9;WE=90792135;WS=90792117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	90798701	.	GA	G	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5004;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=55.55;NF=2;NR=1;PP=25;QD=11.3333333333;SC=GACCCTGTCTGAAAAAAAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=90798709;WS=90798691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	91094086	rs7815279	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=866;SC=CCCCTTTCCCATTTCTCTGTA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=91094094;WS=91094076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	91094983	rs3087750	G	A	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=58;PP=1635;SC=GTCCGCGCGAGGGGGAGTGAG;SOR=3.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=91094991;WS=91094973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	91657843	.	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,101:0.38:263
chr8	91884243	rs7813402	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=85;SC=CCTTAACTACATACCATCAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=91884251;WS=91884233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	91884265	rs7830264	C	A	262.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=171;SC=AATAATATAGCTTGGAGACTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=91884273;WS=91884255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	91884534	rs7829663	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=410;SC=ATCTTTACCCGTGAATTTTGC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=91884542;WS=91884524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	91929652	rs34544744	GA	G	846.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.536;NF=25;NR=5;PP=371;ReadPosRankSum=0.172;SC=CATGGTAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=30;WE=91929661;WS=91929642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr8	91940285	rs2019889	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=436;SC=CATGGATCTATGGAAATCAAT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=91940293;WS=91940275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	91940446	rs1002583	C	T	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=112;PP=2965;SC=TCCCCCTGGCCCCAGGCTTAT;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=137;TCR=112;TR=249;WE=91940454;WS=91940436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
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chr8	91963466	rs34782158	CT	C	3064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1570;SC=CTTCTGTGTCCTTTTGTATTT;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=40;WE=91963480;WS=91963456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr8	91967658	rs2677572	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=835;SC=GCACCTTGAATGTTCTTTGCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=91967666;WS=91967648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr8	92130316	rs55762572	A	G	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1283;ReadPosRankSum=0.046;SC=ATACTAAAAAATTAAATATAG;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=77;WE=92130324;WS=92130306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,81:0.65:125
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chr8	92139254	rs12544236	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGTAGAAAAGTAGAAAAGTGA;SOR=0.132;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12;WE=92139262;WS=92139244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr8	92301249	rs4734009	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=0;PP=1028;SC=TGTTGAGCAAGTAGAATAAAG;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=92301257;WS=92301239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	92307978	rs10107822	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=32;PP=822;SC=CACAGCGGCACAGGGAAGGCA;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=92307986;WS=92307968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	92352887	rs7012287	C	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=48;PP=1316;SC=CCTAACTGTACAGCAAGAGTG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=92352895;WS=92352877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	92364100	rs10109254	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GACCTTTGCTTTACTGGCTGC;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=229;TCF=107;TCR=122;TR=89;WE=92364108;WS=92364090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,97:0.39:250
chr8	92374753	rs17722765	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=444;ReadPosRankSum=-2.085;SC=TACTTGCCATATGGTACTTGC;SOR=0.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=30;WE=92374761;WS=92374743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr8	93088151	rs13252280	C	T	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=30;PP=2965;SC=TTTTCTGGTACGTAAGTAAAT;SOR=2.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=115;TCR=30;TR=145;WE=93088159;WS=93088141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	93328798	.	GTA	G	1185.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.18;MQRankSum=2.814;QD=32.94;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr8	93328801	.	GAAGT	G	1195.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.37;MQRankSum=2.912;QD=31.47;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr8	93328829	.	GAGAAGAAGA	G,GAGAAGA	3031.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=5.675;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.46;MQRankSum=3.804;QD=25.69;ReadPosRankSum=-2.725;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,72,30:0.61,0.25:118
chr8	93328993	rs138085384	CGAA	C	1385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1435;ReadPosRankSum=0.759;SC=AAGACGAAGACGAAGAAGAAG;SOR=0.441;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=110;TCF=6;TCR=104;TR=32;WE=93329003;WS=93328983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr8	93904087	rs3780016	T	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	94146656	rs13267247	G	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=-1.700;SC=CTTTGAAGTTGCAGAGCCATG;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=33;WE=94146664;WS=94146646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr8	94359032	rs12677732	A	G	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.222;SC=ATTATCTCACACCAGCAGGAA;SOR=0.487;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=109;WE=94359040;WS=94359022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,114:0.53:215
chr8	94715965	rs6997642	C	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=19;PP=651;SC=CTGGCAAAGACTATGAGGTTT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=94715973;WS=94715955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	94738629	rs36117362	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=669;ReadPosRankSum=0.634;SC=TAGGTTTTCCGAAATTCTCTG;SOR=0.970;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=33;WE=94738637;WS=94738619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr8	94748266	.	A	G	7407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGATTAATTGAAGAGCCATAT;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=540;TCF=301;TCR=239;TR=320;WE=94748274;WS=94748256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,323:0.58:553
chr8	94770615	rs34022540	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=0.269;SC=TGAATATTCACTGTAGTTACA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=94770623;WS=94770605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	94800261	rs376142937	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.921;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.841;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr8	95143138	rs2513797	A	G	7693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.642;SC=AGGGTGGCCGACCCCCATCAT;SOR=0.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=265;WE=95143146;WS=95143128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
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chr8	95158259	rs2251734	G	A	7672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=131;PP=2965;SC=CAGTAGCCTCGAAAATGAGAC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=128;TCR=132;TR=259;WE=95158267;WS=95158249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr8	95419698	rs2291439	A	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=492;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GTGGTTTGCAATTTTGGAAAT;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=78;TCR=24;TR=31;WE=95419706;WS=95419688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
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chr8	95504224	rs3098725	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TTATATTTCAGTTTTTTTGTA;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=16;WE=95504232;WS=95504214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr8	95508499	rs3099408	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=1.381;SC=AATACTTGTACTAGTCAAACT;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=10;WE=95508507;WS=95508489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr8	95521853	rs138207070	T	TAC	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=1.373;NF=29;NR=7;PP=1082;ReadPosRankSum=1.504;SC=GATGCTTAAATACACACACAC;SOR=1.001;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=36;WE=95521862;WS=95521843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr8	95523335	rs3102858	T	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=644;ReadPosRankSum=2.200;SC=AGGGTTTTTGTTTTTTAACAA;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=41;WE=95523343;WS=95523325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr8	95524126	rs35725183	TTAAA	T	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TTTTTCATTATTAAATAAATG;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=6;WE=95524137;WS=95524116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr8	95524209	rs3099412	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=772;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTTTAAAATACAGTAGCCACA;SOR=0.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=63;WE=95524217;WS=95524199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
chr8	95531419	rs1866844	T	C	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=72;PP=2362;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CTGTAATACATTGCAATGTCT;SOR=0.638;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=368;TCF=186;TCR=182;TR=155;WE=95531427;WS=95531409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,162:0.43:381
chr8	95538468	rs2890827	T	C	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=35;PP=1186;ReadPosRankSum=0.656;SC=GAACAGGGTATGGATCATCCC;SOR=0.873;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=249;TCF=154;TCR=95;TR=102;WE=95538476;WS=95538458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,106:0.41:259
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chr8	95541663	rs3098719	T	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=1.915;SC=AATATTTTGGTTGATATAGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=95541671;WS=95541653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	95547005	rs59429647	AT	A	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.967;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr8	95547037	rs3102863	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.176;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr8	95549280	rs3098723	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=0.776;SC=ACTTTAAATGGAGTTGAGAGC;SOR=0.243;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=25;WE=95549288;WS=95549270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr8	95549547	rs2304765	A	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AAATGTGATTAAAAAAAATCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=95549555;WS=95549537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr8	95550357	rs1866845	A	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=363;ReadPosRankSum=0.337;SC=TAATACCACCATGACACAATT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=18;WE=95550365;WS=95550347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
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chr8	95565538	rs3133658	G	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,116:0.28:408
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chr8	95658287	rs149099719	A	AT	207.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=277;SC=TAAATTTTAAATTTTTCCATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=95658295;WS=95658278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	95658562	rs57602858	A	AAAAT	1851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=26;PP=1728;SC=GTTCCAGAAAAGGTAATTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=28;WE=95658570;WS=95658552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	95673674	rs6471455	A	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=677;SC=AGTGGGAAACACAAAAAATTG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=95673682;WS=95673664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	95676785	rs17717009	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=321;ReadPosRankSum=0.567;SC=GAGGTTATAAGGAAAATCAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=15;WE=95676793;WS=95676775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr8	95676894	rs17644352	C	G	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=47;PP=2703;ReadPosRankSum=3.082;SC=TAGCATTTATCATGCAACCTG;SOR=0.996;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=255;TCF=169;TCR=86;TR=152;WE=95676902;WS=95676884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,153:0.60:256
chr8	95677132	rs1426171	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=45;PP=1520;SC=TTCTACCTGCTGTCTGTTTTA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=70;WE=95677140;WS=95677122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	95680229	rs1549466	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=804;ReadPosRankSum=0.238;SC=AAGTCATTGTCCGCATGCGGG;SOR=0.651;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=233;TCF=112;TCR=121;TR=69;WE=95680237;WS=95680219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,70:0.28:250
chr8	95686850	rs17717431	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GTGGTTATATAAGGCTCTCCC;SOR=1.473;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=95686858;WS=95686840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
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chr8	95718314	rs11785	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=0.160;SC=AAATTTGAGCTAGTGAAGCCA;SOR=1.140;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=95718322;WS=95718304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr8	95732283	rs13267007	G	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
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chr8	95746833	rs7815731	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=589;ReadPosRankSum=-1.632;SC=ATTACCTTTTCATTACTTTTA;SOR=0.394;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=29;WE=95746841;WS=95746823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr8	95777578	.	AT	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.426;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr8	95853708	rs11996455	G	A	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=41;PP=2305;SC=AACTTTATGTGTGTGTTCTAG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=130;WE=95853716;WS=95853698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	95853907	rs13271375	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=744;SC=CAAATTTCCTATGGCTCTGTG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=95853915;WS=95853897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	95853948	rs13271644	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=360;SC=ATATAAGGGAAATTAACATAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=95853956;WS=95853938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	95877787	rs713113	T	C	9457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=190;NR=144;PP=2965;SC=CTAAAGAAAGTAGACGGACTG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=190;TCR=144;TR=334;WE=95877795;WS=95877764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr8	95886551	rs10956928	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.87;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	95902802	.	C	CAT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=2.469;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr8	96085317	rs4641029	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=1.016;SC=GCTTATATGGCTGCGGGGACC;SOR=0.056;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=96085325;WS=96085307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr8	96264286	rs62522659	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=1.455;SC=GCATCATAACGCAGCACATGA;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=12;WE=96264294;WS=96264276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr8	97172403	rs2466129	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=430;ReadPosRankSum=0.181;SC=AAAAGTAAAAAGGAAGTGTCC;SOR=0.379;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=22;WE=97172411;WS=97172393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr8	97243720	rs2292835	G	A	4626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=96;PP=2942;ReadPosRankSum=2.370;SC=AGGAAGCAGAGTGCAGAGCTG;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=312;TCF=152;TCR=160;TR=194;WE=97243728;WS=97243710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,205:0.63:325
chr8	97246978	rs2643339	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.489;SC=CCAGCCTGGGCGACAAAGCAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=97246986;WS=97246968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr8	97256341	rs6993518	T	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=17;PP=450;SC=TGAATCGTTATGTAGAAATAG;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=97256349;WS=97256331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	97257982	rs871798	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=557;ReadPosRankSum=-0.556;SC=AATAACTTATTTTAAAGTCTA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=24;WE=97257990;WS=97257972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr8	97258719	rs1878638	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=21;PP=654;SC=GTGATAAACACTTACATTCTT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=97258727;WS=97258709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	97269324	rs75477527	G	T	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1562;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TGGAGACAATGGAGGCAATTC;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=89;WE=97269332;WS=97269314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,95:0.63:151
chr8	97270991	rs2319603	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=620;SC=TGTTTAAAACGGTATTCAAAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=97270999;WS=97270981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	97285429	rs16894393	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=0.225;SC=TCATACATCTGGCAGTCCCCC;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=17;WE=97285437;WS=97285419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr8	97318660	rs13439240	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1245;ReadPosRankSum=-2.415;SC=CTAATTTCTCCGTCTTTTTCA;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=133;TCR=62;TR=81;WE=97318668;WS=97318650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,82:0.41:200
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chr8	97321977	rs111597482	A	ATATATC	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=1.579;SC=ACTAGATTTTATATATCTATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=3;WE=97321985;WS=97321967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr8	97332661	rs3735987	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=53;PP=1173;ReadPosRankSum=0.500;SC=CCTCTTGTGTATCAAAGTTCC;SOR=1.172;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=33;TCR=92;TR=69;WE=97332669;WS=97332651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr8	97342536	rs2280263	A	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;PP=1520;ReadPosRankSum=0.257;SC=AGGCATGGCCATTGTTTAAAA;SOR=0.404;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=234;TCF=71;TCR=163;TR=109;WE=97342544;WS=97342526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,114:0.47:245
chr8	97342582	rs7001397	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=953;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GCTCAGAGCACGTGCCTGTAA;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=17;TCR=80;TR=52;WE=97342590;WS=97342572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr8	97343176	rs2271775	G	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=360;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CAGGGATGCAGCATGCTCGCC;SOR=0.489;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=22;WE=97343184;WS=97343166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr8	97343326	rs3830537	ATCTTGT	A	2338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.009;NF=9;NR=27;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GACAAAAGGTATCTTGTTCTT;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=23;TCR=78;TR=36;WE=97343339;WS=97343316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
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chr8	97384625	rs34027129	A	AG	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.912;NF=0;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CCTGGATCTCAGGACCCGACT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=97384633;WS=97384615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr8	97398106	rs140086814	TTCTC	T,TTCTCTC	8332.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.293;NF=52,52;NR=93,93;PP=2995,2895;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GGAAAATAGATTCTCTCTCTC;SOR=1.077;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=69;TCR=126;TR=145,145;WE=97398121;WS=97398096;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.30:286
chr8	97398724	rs62516307	T	C	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CCTTAAGAGCTCACATTTGCC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=310;TCF=151;TCR=159;TR=171;WE=97398732;WS=97398714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,173:0.54:318
chr8	97506373	rs880938	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=353;ReadPosRankSum=0.049;SC=GTCCCCGAGCCTGAGCCGCAA;SOR=1.655;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=19;WE=97506381;WS=97506363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr8	97847358	rs1864384	G	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=67;PP=1916;SC=CTGCCAAGGTGGGGGCTTTGG;SOR=2.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=89;WE=97847366;WS=97847348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	98289329	rs34070970	G	A	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2738;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGAAGCCCGGGATATTTTGGA;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=156;TCR=131;TR=173;WE=98289337;WS=98289319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,177:0.60:293
chr8	98289714	rs2635164	G	C	7957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=0.646;SC=CACGAAGACAGTGTCTGCGGC;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=671;TCF=314;TCR=357;TR=362;WE=98289722;WS=98289704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,362:0.53:682
chr8	98656966	rs17854373	G	T	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=74;PP=2965;SC=TTGCGCCGGCGCCCGCAAAAA;SOR=1.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=167;TCR=74;TR=241;WE=98656974;WS=98656956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr8	98673139	rs35824023	G	GATA	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=544;SC=AAACACTAGGGATAATCTATC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=98673147;WS=98673129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	98673250	rs16896067	C	T	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=43;PP=2492;SC=AATCTTTGCACTGATCTGCTA;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=92;TCR=43;TR=135;WE=98673258;WS=98673240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	98703317	rs17854374	A	G	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=100;PP=2965;SC=AAAGAGGAAAACTGAGCCATC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=209;WE=98703325;WS=98703307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr8	98711884	rs150495888	TA	T	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=561;SC=GGAGAAATTTTAAAAATAAAG;SOR=3.352;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=16;WE=98711892;WS=98711874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	98712107	rs76537339	AT	A	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=46;PP=1179;SC=ATTATCAGTTATTTTTTTTCA;SOR=1.819;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=52;WE=98712115;WS=98712097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	98787994	rs2449510	A	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=70;PP=1742;ReadPosRankSum=-2.106;SC=TCACATGGCCAAGTCCGCCCC;SOR=0.962;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=217;TCF=86;TCR=131;TR=106;WE=98788002;WS=98787984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,109:0.48:225
chr8	98788033	rs2449509	G	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=801;ReadPosRankSum=-1.811;SC=CCGCTGCAGCGGTCGCCTTCG;SOR=1.211;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=57;WE=98788041;WS=98788023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr8	98788165	.	C	CGGCGGGCTCCAGGCGA	2539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.777;NF=7;NR=13;PP=2969;ReadPosRankSum=0.745;SC=AGCAGCGGCGCGGCGGGCTCC;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=20;WE=98788173;WS=98788155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr8	98788261	rs2449508	G	T	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.094;NF=84;NR=79;PP=2303;ReadPosRankSum=2.140;SC=CGCCCTGGACGCGGTTCTACT;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=163;WE=98788269;WS=98788251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,175:0.62:282
chr8	98817432	rs4735496	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CTGCTCCCTCCATGGGTGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=10;WE=98817440;WS=98817422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr8	98817559	rs112813626	T	TG	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.738;QD=14.99;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr8	98827531	rs7818775	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTTTTTTAAAGAAATTCTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=27;WE=98827539;WS=98827521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr8	98827636	rs7818662	C	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=594;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CAAGGTAAGCCGCTTGCAGTA;SOR=0.645;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=44;WE=98827644;WS=98827626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr8	98828215	rs3073521	A	ACTT	1874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=1358;ReadPosRankSum=-2.229;SC=TTAATAAAATACTTTGAATTT;SOR=0.849;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=31;WE=98828223;WS=98828205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
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chr8	98828532	rs2331657	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-2.132;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr8	99045978	rs2255464	A	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=1.886;SC=CAACTGAAGTAAATCCCACGA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=99045986;WS=99045968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr8	99048049	rs3088121	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTGTGAAGTAAAACAATCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=26;WE=99048057;WS=99048039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr8	99057526	rs812	G	A	8117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=73;PP=2965;SC=CCCTGGCCAAGACATCTCTCC;SOR=2.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=195;TCR=73;TR=268;WE=99057534;WS=99057516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr8	99114970	rs8218	A	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=538;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TCAAACTCACACTGTCATCAA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=30;WE=99114978;WS=99114960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
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chr8	99121038	rs34397714	A	AG	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=2.355;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
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chr8	99140544	rs2447508	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=875;SC=TTATTCTCCAGTGTTAATTCA;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=99140552;WS=99140534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	99162888	rs4735530	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=71;PP=2307;SC=GGCTTCTCTAATTTGATAATG;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=125;WE=99162896;WS=99162878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr8	101586133	rs2022923	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=1101;ReadPosRankSum=0.792;SC=AACGCAGTCATCTTTAGCTAT;SOR=0.902;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=61;WE=101586141;WS=101586123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,69:0.54:128
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chr8	101642668	rs7828798	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GGGCTGGGCCCTGCCTATTAA;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=59;WE=101642676;WS=101642658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr8	101648110	rs2187017	C	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=42;PP=2029;SC=TTTAAAAAACCCTGCAAATAC;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=120;WE=101648118;WS=101648100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	101648164	rs2187016	C	G	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=79;PP=2965;SC=CTCCTCTCATCAGCCATAGCT;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=184;WE=101648172;WS=101648154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr8	101648308	rs2155881	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1161;SC=ATTACTAAAGTCTCCTTTAGG;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=101648316;WS=101648298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr8	101718965	rs62513921	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=4.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=-5.484;QD=11.85;ReadPosRankSum=2.004;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,54:0.34:161
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chr8	101718987	rs62513923	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-6.293;QD=4.44;ReadPosRankSum=5.912;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,54:0.27:197
chr8	101719004	rs62513924	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-7.063;QD=4.22;ReadPosRankSum=2.637;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,56:0.26:219
chr8	101719033	.	GCTAAAAAATAAGAACATTTTGTATTTTTATCTTGCTCTTTCAAATTGGTGATCAATTTTTAAAGGAAGGATTAAGACTCAC	G	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.649;ClippingRankSum=0.000;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=3.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-13.523;QD=2.43;ReadPosRankSum=-3.875;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,58:0.11:521
chr8	101719121	rs79986761	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=9.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-11.495;QD=3.63;ReadPosRankSum=-4.008;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,71:0.16:442
chr8	101719138	rs79940439	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=7.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-11.741;QD=1.38;ReadPosRankSum=-3.052;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,70:0.15:452
chr8	101721705	rs201017624	G	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-16.479;QD=2.99;ReadPosRankSum=-7.901;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,56:0.13:425
chr8	101721709	rs146200489	T	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-16.410;QD=3.22;ReadPosRankSum=-7.914;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,67:0.15:442
chr8	101721727	rs139094790	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-16.535;QD=2.38;ReadPosRankSum=-4.100;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,104:0.20:508
chr8	101721756	rs57799615	A	C	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-16.603;NF=115;NR=65;PP=2298;ReadPosRankSum=3.347;SC=CAGGGTTGGGAACAGCTCGTA;SOR=0.835;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=547;TCF=299;TCR=248;TR=180;WE=101721764;WS=101721746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,155:0.29:541
chr8	101721812	rs200409148	G	A	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQRankSum=-10.924;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,159:0.31:515
chr8	101721817	rs201076736	T	C	5272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-10.505;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,152:0.31:487
chr8	101721839	rs202074479	C	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.704;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.067;NF=49;NR=88;PP=1622;ReadPosRankSum=-1.877;SC=GCTAAAGCTACATACAATGGC;SOR=1.371;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=451;TCF=206;TCR=245;TR=137;WE=101721847;WS=101721829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,112:0.27:420
chr8	101721870	rs146609644	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=56.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQRankSum=-10.493;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.159;SOR=3.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,45:0.12:385
chr8	101722092	rs1693557	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.185;SC=ATCTTGTATTTACCCATTGAG;SOR=0.049;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=8;WE=101722100;WS=101722082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr8	101933028	rs3735706	G	C	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=3.485;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,135:0.89:152
chr8	101937370	rs964919	A	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	101937370	.	AAACA	TAACA,TAACG	154	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1,0;NR=18,7;PP=154,87;QD=9.93532697617;SC=TATAAAACTTAAACACCCAGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19,7;WE=101937382;WS=101937360;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:19
chr8	101937374	rs3105460	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr8	102504974	rs515622	C	G	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=103;PP=2965;SC=CCAGGAAAAGCGGAGCAAGTT;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=249;WE=102504982;WS=102504964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr8	102555060	rs470801	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GCAAGAGGGGGTGAAGCTATT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=73;WE=102555068;WS=102555050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr8	102585806	rs548564	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=442;SC=ATTGGTTAATGTTCATGTGAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=102585814;WS=102585796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	102649304	rs2211916	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=39;PP=921;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ATTCTGGGGACCATCTGGGAG;SOR=0.437;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=44;WE=102649312;WS=102649294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
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chr8	102701456	rs375965103	CA	C	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=6.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.885;QD=5.63;ReadPosRankSum=3.173;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,76:0.46:165
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chr8	103372743	rs6468823	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=520;SC=GAGGGTTACCGAAATCAAAAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=103372751;WS=103372733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	103541502	rs66648401	A	G	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=52;PP=2487;SC=AAAAGAAGAAAGAAAACATCT;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=128;WE=103541510;WS=103541492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	103563907	rs3808357	G	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=862;ReadPosRankSum=0.754;SC=ATTTTTTCCCGGAGTGCCATT;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=48;WE=103563915;WS=103563897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr8	103572551	rs57773710	T	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=502;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TGTGTAAAGTTTATTTTCACA;SOR=0.262;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=24;WE=103572559;WS=103572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr8	103572992	rs3018444	C	G	20947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.04;QD=45.05;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr8	103572992	.	CTGCAGCCCCTGCAG	GTGCAGCCCCTGCAG,GTGCAGCCCGTGCAA	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=61.69;NF=266,94;NR=240,81;PP=2962,2934;QD=20;SC=CTTGCAGCCCCTGCAGCCCCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=283;TCR=256;TR=506,175;WE=103573049;WS=103572982;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:539
chr8	103573001	rs3018445	C	G	8429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.98;MQRankSum=-8.659;QD=13.93;ReadPosRankSum=-5.312;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,239:0.40:605
chr8	103573006	rs2916569	G	A	8278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.90;MQRankSum=-10.117;QD=13.87;ReadPosRankSum=-2.847;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,232:0.39:597
chr8	103573010	.	CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG	C	7782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=9.555;NF=41;NR=154;PP=2984;ReadPosRankSum=7.718;SC=CCTGCAGCCCCTGCAACCCCT;SOR=0.663;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=414;TCF=94;TCR=320;TR=195;WE=103573049;WS=103572982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,274:0.47:584
chr8	103846823	rs71303443	A	AAAC	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CACAGGCAGAAAATACTTAGT;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=103846831;WS=103846813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr8	103851052	rs1062048	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=-1.285;SC=CAACTTTTGCTGCATACTTTA;SOR=0.448;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=51;WE=103851060;WS=103851042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr8	103852064	rs3217408	TA	T	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=266;ReadPosRankSum=-0.834;SC=ATTATGGTTATAAAAAAAAAG;SOR=1.308;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=20;WE=103852072;WS=103852054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr8	103876780	rs2247355	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TCGAGCTCCACGCTGGCAGCG;SOR=1.113;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=28;WE=103876788;WS=103876770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr8	104053283	rs1512351	G	T	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=80;PP=2379;SC=AGATACCCAGGTTCCTTCCAA;SOR=2.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=25;TCR=81;TR=104;WE=104053291;WS=104053273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	104054526	rs3779908	A	T	455.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr8	104076923	rs151079473	AT	A	2376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=25;PP=1353;SC=ATTTGTGGTAATTTTTTTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=60;WE=104076931;WS=104076913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr8	104145625	rs2515189	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=0.808;SC=GGACAGAAAGAAGACCCAAAG;SOR=1.350;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=33;WE=104145633;WS=104145615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr8	104153028	rs62527606	C	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=412;ReadPosRankSum=0.151;SC=GATGTCGCCGCCGCCGCCTCC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=63;TCR=2;TR=23;WE=104153036;WS=104153018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
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chr8	104166746	rs57787067	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GTTATTCTTCCACTCAAAGCC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=104166754;WS=104166736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
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chr8	104337096	rs3808554	A	G	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1870;ReadPosRankSum=-2.187;SC=GATTTTTGCTAGGCGATAGCA;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=298;TCF=170;TCR=128;TR=124;WE=104337104;WS=104337086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,127:0.42:305
chr8	104337367	rs3808553	A	C	5110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=2.419;SC=GCTTCTTGCTATGAACAAAGT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=293;TCR=232;TR=229;WE=104337375;WS=104337357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,236:0.44:541
chr8	104343686	rs1053917	G	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1452;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTGTTCACCCGGTTTCAGGAG;SOR=0.731;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=95;WE=104343694;WS=104343676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr8	104343822	rs2934725	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=44;PP=1268;SC=TCACTGTTACATTCTTCTTTT;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=104343830;WS=104343812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	104390224	rs2687364	T	A	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=40;PP=2676;SC=TAGAAAATGTTAATTAAATCC;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=138;WE=104390232;WS=104390214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	104394744	rs3098233	T	C	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=107;PP=2965;SC=TCTGGGTTGGTACTTGTTCAG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=219;WE=104394752;WS=104394734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr8	104513343	rs35745796	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=540;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CGCCCCCTCGCCCACTGCCCT;SOR=0.581;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=37;WE=104513351;WS=104513333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,41:0.37:111
chr8	104513395	rs36056848	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=90;ReadPosRankSum=0.629;SC=TCCCTCCCGCTGGCGGCGCCC;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=12;WE=104513403;WS=104513385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr8	104897391	rs72681354	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-1.408;SC=ACCATTGTTACGCTATGCCTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=104897399;WS=104897382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	104934028	rs6468897	G	A	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=113;PP=2965;SC=TAGTCATTACGTTTACTCTTC;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=48;TCR=113;TR=161;WE=104934036;WS=104934018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	104940210	rs17817023	T	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACTTTTTTTGTTATGTTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=13;WE=104940218;WS=104940200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr8	104973378	rs35964420	T	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr8	104973463	rs72683103	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TAACTCGTCTTCTCACCCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=104973471;WS=104973453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr8	104987771	rs72683111	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=-1.736;SC=TAGGGTGGCTGTATTAGTCAG;SOR=0.404;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=30;WE=104987779;WS=104987761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr8	104987823	rs72683112	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=1.572;SC=TATGTATATACGAAAGGGAGT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=104987831;WS=104987813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr8	105001724	rs17817675	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-1.169;SC=ACCATAAAATATTTTCACATA;SOR=0.478;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=18;WE=105001732;WS=105001714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr8	105025934	rs34555846	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=805;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGGTCTCTTCTATCATCTTTG;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=38;WE=105025942;WS=105025924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr8	105053356	rs10086112	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=1;PP=1426;SC=ACCTATAGTAACAAAATCAAC;SOR=6.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=50;WE=105053364;WS=105053346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr8	105105846	rs55788818	C	T	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=64;PP=1690;ReadPosRankSum=0.412;SC=CCAATCAGAACGCCCAGGAGG;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=122;WE=105105854;WS=105105836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,126:0.55:230
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chr8	105393687	rs2253336	G	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=550;SC=GGCCTTTCACGGAAATTCCTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=105393695;WS=105393677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	105440462	rs2246815	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=735;SC=AGTCAGAAAAATCCAATGGAG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=105440470;WS=105440452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	105459793	rs7821992	C	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=544;SC=TAATTTCAACCTTCTCTAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=105459801;WS=105459783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	105463690	rs2669429	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TAAGTCATTTATCATCTTGAA;SOR=0.583;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=26;WE=105463698;WS=105463680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr8	105601198	.	A	ACGCCGCCGC,ACGCCGCCGCCGC	4646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=52,52;PP=867,1254;SC=GACGACGCCGACGCCGCCGCC;SOR=3.312;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=3;TCR=129;TR=53,53;WE=105601206;WS=105601188;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.54:84
chr8	105845706	rs145596017	T	TTTTTTTTC	2394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=15;PP=1243;SC=AATTTTTTCCTTTTTTTTCTA;SOR=0.884;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=20;WE=105845714;WS=105845696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	105845742	rs1380689	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGTTTTGCCCGGGCTCATCTC;SOR=0.583;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=8;WE=105845750;WS=105845732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr8	105907461	rs2290865	G	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=484;SC=CAAAAGAAAAGTAGCTGCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=105907469;WS=105907454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	105907786	rs3214884	GT	G	2835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.226;NF=4;NR=51;PP=2219;ReadPosRankSum=1.624;SC=ATGGAAAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=55;WE=105907794;WS=105907776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr8	105907833	rs2290866	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.001;NF=2;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=0.501;SC=AAATAAAAGACCCAGAAATCA;SOR=1.675;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=21;WE=105907841;WS=105907823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr8	106003701	rs16872136	A	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=787;ReadPosRankSum=-1.821;SC=ATGGCCTTTCATTCCATCTGG;SOR=1.063;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=47;WE=106003709;WS=106003691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr8	106003949	rs16872138	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=821;ReadPosRankSum=0.861;SC=GCTTTGCTCCATTGTAGGTTG;SOR=1.200;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=49;WE=106003957;WS=106003939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr8	106331094	.	G	GGCGGCGGGA	2471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.29;QD=60.29;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	106573578	rs3735953	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CACTTCTGTTCCTTTGTCTGC;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=95;WE=106573586;WS=106573568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,104:0.52:200
chr8	106813942	rs187043152	G	A	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=85;PP=2544;ReadPosRankSum=1.482;SC=GCCCTTTGATGCCCAAGGGGG;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=113;TCR=124;TR=156;WE=106813950;WS=106813932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,157:0.65:241
chr8	106814656	rs2920048	G	C	10840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=0.671;SC=GGCTAGGAGAGTGCTACCACC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=202;TCR=181;TR=380;WE=106814664;WS=106814646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,393:0.99:397
chr8	107371924	rs2022982	C	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=64;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GCAGTATTTTCTGAGGGAGTC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=29;TCR=88;TR=85;WE=107371932;WS=107371914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,85:0.71:119
chr8	107691271	rs28921395	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr8	107751849	rs3016494	G	A	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=84;PP=2248;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CTGAGTGTGAGTGTGTACCCA;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=75;TCR=138;TR=131;WE=107751857;WS=107751839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,143:0.62:229
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chr8	109215441	rs72205512	TGCACTGTATAGAGATGACAATA	T	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CATATTTTAATGCACTGTATA;SOR=0.448;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=15;WE=109215470;WS=109215431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr8	109229529	rs11358208	TA	T	88.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=43;SC=CTTAGGTATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=109229537;WS=109229519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	109245991	rs612744	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.699;SC=TCTCTTGAGCGCAAGAGTTCA;SOR=0.204;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=12;WE=109245999;WS=109245981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr8	109246032	rs587340	C	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GGCACCACTGCACTCTTACCT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=109246040;WS=109246022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr8	109254677	rs627392	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=385;ReadPosRankSum=1.178;SC=CAAATAGATACATATACACAA;SOR=0.359;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=28;WE=109254685;WS=109254667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr8	109260776	rs4735053	A	G	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TACAGACACCACCTTTCGGCC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=661;TCF=359;TCR=302;TR=239;WE=109260784;WS=109260766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,245:0.36:682
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chr8	109455863	rs3737502	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,89:0.36:247
chr8	109462215	.	CT	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr8	109462791	rs4540386	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=-1.299;SC=GACTTAATGTATGGCTTATAT;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=20;WE=109462799;WS=109462781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr8	109468230	rs10646253	T	TAGAA	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=1.525;SC=GAGGAAATAATAGATACATAA;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=109468238;WS=109468220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr8	109488937	rs1871685	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.098;SC=CTGAATGCCTATGGTATGATG;SOR=0.368;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=6;WE=109488945;WS=109488927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr8	110420384	rs13254245	T	C	5764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCACACTGAATTGGGATGGGA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=219;TCR=206;TR=250;WE=110420392;WS=110420374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,262:0.59:445
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chr8	110455321	rs1673408	C	A	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GTTTGTGGGTCGCTCTGAAGC;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=171;TCR=195;TR=220;WE=110455329;WS=110455311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,228:0.60:380
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chr8	110465060	rs1673404	G	C	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AGACCATTCTGCTGGATCAAA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=112;TCR=126;TR=132;WE=110465068;WS=110465050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,139:0.56:250
chr8	110471796	rs5893958	TA	T	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.957;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr8	110473907	rs1026439	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.898;NF=15;NR=0;PP=338;ReadPosRankSum=0.028;SC=TGAGATCATATGTGAATCAAA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=15;WE=110473915;WS=110473897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr8	110504088	rs56235913	CTTT	C	5283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.660;NF=21;NR=54;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TTCTTTTTTTCTTTTTTTAAA;SOR=0.491;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=75;WE=110504098;WS=110504078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,134:0.65:206
chr8	110505886	rs2607628	C	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=45;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AATCATTGCACTAGATAAATA;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=114;WE=110505894;WS=110505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,121:0.63:193
chr8	110506104	rs1563580	T	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTGAAATAACTCAACAAGATA;SOR=1.220;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=17;WE=110506112;WS=110506094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
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chr8	110522965	rs2607624	T	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TAATAAAATGTATGATATAGG;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=100;WE=110522973;WS=110522955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,105:0.59:178
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chr8	110530774	rs1783169	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AGGAATGCAATTACCAAATCC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=83;WE=110530782;WS=110530764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,84:0.64:131
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chr8	110539186	rs1783174	G	A	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=2029;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TAGCTGTCTGGTTGGAAGAAT;SOR=0.908;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=235;TCF=110;TCR=125;TR=132;WE=110539194;WS=110539176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,142:0.56:254
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chr8	110542298	rs1617259	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr8	110542337	rs1617350	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-2.071;SC=TTCCGAAGAATAGGCTGAAAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=110542351;WS=110542327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr8	110542343	rs34490230	G	GA	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-2.476;SC=AGAATAGGCTGAAACAAAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=110542351;WS=110542327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr8	110566184	rs2703377	T	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=491;ReadPosRankSum=-2.095;SC=TAGGTTTTTTTTGTGTGTTCT;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=37;WE=110566192;WS=110566174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr8	110569827	rs2844231	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=1.122;SC=TATATTATCTGTTGTTGTGTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=110569835;WS=110569817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr8	113259132	rs1895014	A	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AATATGTTTTATAATCTAAAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=113259140;WS=113259122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr8	113267709	rs7006723	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=-0.237;SC=ACAGCAGAGTACACAGTTTGG;SOR=0.424;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=45;WE=113267717;WS=113267699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr8	113299275	rs10505181	A	G	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AATATATTTAATTTCTGCTTG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=110;TCR=52;TR=72;WE=113299283;WS=113299265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,77:0.46:167
chr8	113308243	rs4876462	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=0.272;SC=CCGCTGAAATACGTTATAAAG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=11;WE=113308251;WS=113308233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
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chr8	113323471	rs17637578	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=-2.058;SC=ACACCTATACAGCGACTAGTG;SOR=0.044;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=21;WE=113323479;WS=113323461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
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chr8	113363350	rs7003308	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=1.999;SC=CTTTATAGTCTTTTTTTTTAC;SOR=1.577;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=15;WE=113363358;WS=113363340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr8	113363511	rs7003500	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
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chr8	113485014	rs11783041	A	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCTTCATATAAAAAATATATG;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=113485022;WS=113485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr8	113516209	rs10955625	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr8	113842039	rs10106945	G	A	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=117;PP=2965;SC=ACAGAAACATGCACCTTAAAT;SOR=2.395;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=35;TCR=118;TR=152;WE=113842047;WS=113842029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	114111250	rs2030506	G	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=759;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CAATTGTTCAGTTGTAAGTAA;SOR=0.064;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=41;WE=114111258;WS=114111240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr8	114186003	rs2219898	T	C	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=57;PP=2130;ReadPosRankSum=1.209;SC=CTGAATTGGCTATGCAGGTGA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=143;TCR=103;TR=137;WE=114186011;WS=114185993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,150:0.56:267
chr8	114388945	rs17609383	G	A	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=-1.265;NF=71;NR=46;PP=1753;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGCGCAAGGAGCCTAAGAGCC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=131;TCR=84;TR=117;WE=114388961;WS=114388935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,123:0.55:222
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chr8	114612543	rs4242557	A	C	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.557;SC=GTTTTCCAGGAATCTCATAGA;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=332;TCF=191;TCR=141;TR=195;WE=114612551;WS=114612533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,205:0.59:350
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chr8	116635942	rs2721939	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=1.052;SC=TCTTAGAAGACGCTCAGAAGA;SOR=0.157;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=10;WE=116635950;WS=116635932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
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chr8	117791733	rs979866	T	C	10719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=225;NR=163;PP=2965;SC=GGATCTCTGCTAGCTTACTAA;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=226;TCR=163;TR=388;WE=117791741;WS=117791723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr8	117799012	rs1867840	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=394;SC=TTTTTACTTGAATTATTTTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=117799020;WS=117799002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	117864217	rs1050838	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=416;ReadPosRankSum=0.654;SC=CAATTTGTCCAGCTTTTCGCT;SOR=1.213;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=29;WE=117864225;WS=117864207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr8	117887121	rs28365847	GC	G	5647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.208;NF=21;NR=153;PP=2561;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GCCAGCCCAAGCCCCCCCCTC;SOR=0.754;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=453;TCF=51;TCR=402;TR=174;WE=117887129;WS=117887110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,248:0.40:622
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chr8	118533382	rs7015216	T	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=877;ReadPosRankSum=0.324;SC=GTGGATGTCATCGGGGCTGCC;SOR=1.213;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=53;WE=118533390;WS=118533372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr8	118819578	rs7837891	C	T	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=90;PP=2005;ReadPosRankSum=0.047;SC=CCACAATCCTCTCAGGGAAGC;SOR=0.947;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=340;TCF=130;TCR=210;TR=141;WE=118819586;WS=118819568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,143:0.41:347
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chr8	118830820	rs10955837	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=54;PP=1358;SC=TATTTATGTATGCCTCCAACC;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=118830828;WS=118830810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	118847782	rs11546829	G	A	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=68;PP=2111;SC=TCACAGGGACGCAGGCAGCCT;SOR=1.466;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=107;WE=118847790;WS=118847772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr8	119391791	rs5020517	T	C	15939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=257;NR=299;PP=2965;SC=CAGGAAGCAATAGGGTACCTT;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=556;TCF=257;TCR=299;TR=556;WE=119391799;WS=119391781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
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chr8	119964283	rs2073617	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=573;ReadPosRankSum=-0.397;SC=AAGCTCCAGGGTTAACGCTTT;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=28;WE=119964291;WS=119964273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr8	120079748	rs2465383	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=0.564;SC=CTAGATTTCAATGACTTTCTC;SOR=0.082;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=30;WE=120079756;WS=120079738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr8	120220775	rs71302978	CG	C	4961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=62;PP=2966;SC=CCCGCCGCCCCGGGGTCACCC;SOR=0.915;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=85;WE=120220783;WS=120220765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr8	120429024	rs2279112	G	A	7455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.530;SC=TGCCCGGGCCGGTGCCCTGCG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=531;TCF=226;TCR=305;TR=311;WE=120429032;WS=120429014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,326:0.60:545
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chr8	120596023	rs10283100	A	G	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=51;PP=2965;SC=TTAAATGTTGAGCCATAACCT;SOR=1.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=104;TCR=51;TR=155;WE=120596031;WS=120596013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	120602908	rs935359	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=33;PP=1372;SC=TCAGGCAAGACTAAAACGAAA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=120602916;WS=120602898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	120773124	rs10096846	A	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=0.533;SC=TAGAGTCACAAGCCATATAAA;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=120773132;WS=120773114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr8	120790304	rs1509348	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=0.619;SC=CTAAAATAAATGTTAAGACTT;SOR=0.668;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=18;WE=120790312;WS=120790294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr8	120795607	rs13268676	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=822;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CCTTTATGCTGTATATAATCT;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=116;TCR=48;TR=61;WE=120795615;WS=120795597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,62:0.37:167
chr8	120800858	rs1976575	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.392;SC=ATTCTGAGTCCCCAGAAATCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=120800866;WS=120800848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr8	120801805	rs6469846	C	T	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2196;ReadPosRankSum=1.685;SC=CTTCCCCACTCTGTTGAACTG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=502;TCF=270;TCR=232;TR=164;WE=120801813;WS=120801795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,167:0.33:511
chr8	120803637	rs9297605	C	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=336;ReadPosRankSum=0.981;SC=CTGAAACATACTGTAGTATTC;SOR=1.009;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=33;WE=120803645;WS=120803627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,38:0.31:122
chr8	120814020	rs7813438	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=1281;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAAGAGAGGAAAGCTCTGACT;SOR=1.330;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=169;TCF=113;TCR=56;TR=78;WE=120814028;WS=120814010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,80:0.45:177
chr8	120816010	rs4871629	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CTAAATTTGGAAGGGAATAAA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=9;WE=120816018;WS=120816005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	120818483	rs4871634	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=831;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGAATCTAACGTGATTTTAGT;SOR=1.151;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=94;TCR=26;TR=48;WE=120818491;WS=120818473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr8	120818709	.	CTTT	C	52.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	120843779	rs12542706	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.477;SC=TAATCATACAGACCCTAATTT;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=10;WE=120843787;WS=120843769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr8	120844590	rs10505374	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CAAACACCATTTCCATCACAG;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=11;WE=120844598;WS=120844580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr8	120847078	rs1055133	C	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=0.032;SC=TATTTTTCTTCTATCCAGCAA;SOR=0.499;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=15;WE=120847086;WS=120847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr8	120847123	rs1055131	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr8	120847188	rs1055130	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=0.932;SC=CATCGAAGAATGAGAATATTT;SOR=0.540;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=32;WE=120847196;WS=120847178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr8	121013770	rs2271900	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	121019300	rs6469889	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=379;SC=ACTTCACATGCGTTATTATTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=121019308;WS=121019290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	121174837	rs11987656	C	G	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,119:0.54:219
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chr8	121226143	rs71571669	C	CT	1898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=16;PP=1033;SC=AATTATATTGCTTTTTTTTCT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=39;WE=121226151;WS=121226133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	121228679	rs4870723	A	C	13036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=220;NR=233;PP=2965;SC=AAGACAGATCAATGGTTATCG;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=453;TCF=220;TCR=233;TR=453;WE=121228687;WS=121228669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr8	121259843	rs2305604	T	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CCTTTTCTTTTCTACTCAGTA;SOR=0.379;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=154;WE=121259851;WS=121259833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr8	121267617	rs993823	C	T	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1978;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCATCACTTACGTTTTTGTCA;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=97;WE=121267625;WS=121267607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
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chr8	121292407	rs1869831	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1027;SC=TGGTTAAATAGTGAGTCCGAT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=121292415;WS=121292397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	121292805	rs1869832	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=1.071;SC=TGAAACCACAGAAAACCATAG;SOR=1.765;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=10;WE=121292813;WS=121292795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr8	121293331	rs1563388	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=36;PP=932;SC=TAAAGTCATCGTATGTTTATT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=121293339;WS=121293321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	121295744	rs17237080	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=601;ReadPosRankSum=0.078;SC=AACAGTGATCTAGTTGGTGTT;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=27;WE=121295752;WS=121295738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr8	121309862	rs2219241	A	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=366;SC=TTGATTTTTTAAATTGTATTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=121309870;WS=121309852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	121326122	rs3217653	CAG	C	2500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=18;PP=1497;SC=TTCTAGATGTCAGAGAGTCTA;SOR=1.355;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=33;WE=121326131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	121326427	rs10505379	G	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=84;SC=AGCCATTTTTGTGTCCAATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=121326435;WS=121326417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	121327673	rs7844334	C	T	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=2;PP=1254;SC=AGTGCAAACGCGATTTACTGT;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=49;WE=121327681;WS=121327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	121328383	rs78746650	A	AT	2666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=45;PP=2119;SC=CCTATCCTGCACTATTTCCCT;SOR=1.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=46;WE=121328391;WS=121328373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	121353416	rs1563390	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ACTGGTTGCTGTTTATTTTCT;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=121353424;WS=121353406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr8	121353651	rs1563391	A	G	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CACCCCTTCCATTGCATAAGC;SOR=0.932;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=255;TCF=120;TCR=135;TR=125;WE=121353659;WS=121353641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,145:0.51:282
chr8	121353692	rs1563392	A	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1460;ReadPosRankSum=1.450;SC=AATACCATTAATATTCATTGC;SOR=1.049;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=201;TCF=85;TCR=116;TR=94;WE=121353700;WS=121353682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,108:0.49:220
chr8	121354505	rs63246862	GG	AA	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=483;ReadPosRankSum=-2.108;SC=CTGTTGCTAGGGGCCAAAGAT;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=10;WE=121354514;WS=121354495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr8	121383048	rs4463470	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=47;PP=1623;SC=TCCCTGCTCTTCCCTGGTGAT;SOR=1.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=121383056;WS=121383038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	121383082	rs6469922	A	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=962;SC=GAGATTTTTTAAAAAAATTTC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=121383090;WS=121383072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	121408195	rs6650	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=62;PP=2965;SC=TGAAGGACTATACCTTCCTGA;SOR=1.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=115;TCR=62;TR=177;WE=121408203;WS=121408185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr8	121426425	rs68086071	AGT	A	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=374;SC=ATACTTCATAAGTGTTAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=121426434;WS=121426415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	121471361	rs6984090	A	G	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=39;SC=TTATACATGGATTTCCCCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=121471369;WS=121471351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	121483019	rs7832491	C	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=337;ReadPosRankSum=-1.893;SC=AAGAATGAATCTCAATGTGCA;SOR=1.122;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=24;WE=121483027;WS=121483009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr8	121483196	rs13248998	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=824;SC=TACATGTTTCGGTTGTTTTAA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=121483204;WS=121483186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	121509825	rs35918868	C	CTTT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=96;SC=AATTTTAGTTCGTGTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=121509833;WS=121509815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	121530061	rs13258768	C	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=23;PP=2306;SC=GCTTAATCTACGTTCTTGATT;SOR=2.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=85;TCR=23;TR=108;WE=121530069;WS=121530051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	121530190	rs13258848	A	G	10910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=183;PP=2965;SC=CACAAACAGAACGGTCCTTAC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=376;TCF=192;TCR=184;TR=375;WE=121530198;WS=121530180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr8	121530384	rs34340354	CTT	C	1664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=1049;SC=CATAGGAAGACTTTTTAAATT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=27;WE=121530393;WS=121530374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	121531154	rs13269481	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=914;SC=TACTGAGAGCGTATACTTGCT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=121531162;WS=121531144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	121551200	rs146212838	G	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.437;NF=23;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CAGGAATGAAGGTCCAGTTGC;SOR=0.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=43;WE=121551208;WS=121551190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr8	121561201	rs138861807	GGA	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=7.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr8	121587165	rs6984991	G	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=725;SC=GGCCATAAATGATCATTAATC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=121587173;WS=121587155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	123964431	rs3204141	G	A	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.131;SC=AGATCCTCTCGAGACTCGGCG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=178;TCR=168;TR=212;WE=123964439;WS=123964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,219:0.61:358
chr8	123964953	rs3808600	C	T	9769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=206;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=CAGGAGTCACCAACCATGGCC;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=314;WE=123964961;WS=123964943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,449:0.65:695
chr8	124027628	rs7159	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.584;NF=40;NR=10;PP=876;ReadPosRankSum=1.414;SC=AGTTGTTAAGTGCACCCAGCA;SOR=1.501;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=50;WE=124027636;WS=124027618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr8	124042733	rs2891672	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=395;SC=ATTTACTATCTTTATGCAGTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=124042741;WS=124042732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	124084909	rs2385160	G	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=7;PP=883;ReadPosRankSum=0.514;SC=AGGCCGCCGCGGCCGGAGCTC;SOR=0.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=122;TCR=19;TR=51;WE=124084917;WS=124084899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr8	124089526	rs13254600	C	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=786;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TATCTACGTTCTTTAACAAGT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=36;TCR=106;TR=56;WE=124089534;WS=124089516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,57:0.39:146
chr8	124096315	rs4871346	C	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CCACCCATTGCATCAGTTCAT;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=14;WE=124096323;WS=124096305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr8	124096721	rs4870845	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=0.755;SC=CAAAGTGGCCAACACAAAGAT;SOR=2.206;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=17;WE=124096729;WS=124096711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr8	124114333	rs10956116	G	T	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=22;PP=1420;ReadPosRankSum=1.095;SC=TCCATTTCACGAAAATGCATG;SOR=0.541;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=103;TCR=35;TR=84;WE=124114341;WS=124114323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr8	124114560	rs10956117	T	C	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=171;PP=2965;SC=CTTCCAAGATTACATGAGATT;SOR=1.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=106;TCR=172;TR=277;WE=124114568;WS=124114550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr8	124114588	.	C	CATTT	3406.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,100:0.43:235
chr8	124114589	.	G	A	2365	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=22;NR=49;PP=2365;QD=33.7995945429;SC=TTGGAGTGGCGTTTGCCACCT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=66;TCR=138;TR=71;WE=124114606;WS=124114573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:133,71:0.35:204
chr8	124114589	.	G	GCCGTGGCA	3407.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,94:0.41:229
chr8	124114598	rs146629815	C	CT	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,52:0.37:140
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chr8	124448947	rs6470148	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=18;PP=485;SC=ATCTCGTCTGACATCACCATT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=124448955;WS=124448937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	124544003	rs147289028	G	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=592;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AGATTGAGGGGTCTGTTTTCT;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=38;WE=124544011;WS=124543993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr8	124658203	rs72711231	T	C	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CTCCGGTCTTTCATGTCCGCA;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=406;TCF=200;TCR=206;TR=216;WE=124658211;WS=124658193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,221:0.53:420
chr8	124658404	rs11786734	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGGGATGTTGAGCTAACCTGC;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=124658412;WS=124658394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr8	124659121	rs1122389	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1313;ReadPosRankSum=1.444;SC=GTTTGTGTCACGCCCAGTGAT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=92;WE=124659129;WS=124659111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,93:0.35:263
chr8	124659329	rs11991744	C	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=736;ReadPosRankSum=1.846;SC=GTAGTAATTACGAGGGTGAAC;SOR=0.383;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=52;WE=124659337;WS=124659319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
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chr8	124663895	rs16898689	G	A	6242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=1.324;SC=CAGCGACTGCGGGGTGGAGCA;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=445;TCF=239;TCR=206;TR=269;WE=124663903;WS=124663885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,272:0.60:455
chr8	124663987	rs16898691	C	G	4914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AGCTCCTGCCCTTCTCCAATC;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=160;TCR=187;TR=211;WE=124663995;WS=124663977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,221:0.61:362
chr8	124664130	rs11780509	C	T	3831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=85;PP=2703;ReadPosRankSum=0.557;SC=GACCAGACTCCTCCCTGAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=465;TCF=247;TCR=218;TR=185;WE=124664138;WS=124664120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,192:0.40:480
chr8	124664167	rs11784192	T	C	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=82;PP=2107;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AGCACATAGATGCTGCGGTGC;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=395;TCF=203;TCR=192;TR=165;WE=124664175;WS=124664157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,171:0.42:408
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chr8	124664873	rs7387792	AT	GC	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAGTGGCAATATGTGCCTCCC;SOR=0.590;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=285;TCF=142;TCR=143;TR=83;WE=124664882;WS=124664863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,91:0.31:293
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chr8	124790333	.	G	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
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chr8	125033678	rs7820272	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-0.072;SC=AACAGTCCACGTGAGTGACTC;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=12;WE=125033686;WS=125033668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr8	125035533	rs4521739	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGATGGCATAGATGTTTCAGT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=13;WE=125035541;WS=125035523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr8	125035788	rs4358790	G	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=734;ReadPosRankSum=-1.765;SC=CCCCTGTCGCGGGGCAGATGG;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=64;WE=125035796;WS=125035778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,67:0.35:189
chr8	125047370	rs4871451	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=360;SC=GGGGCCATTGTCTTTATTTTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=125047378;WS=125047360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	125051966	rs4269524	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=3;PP=1538;SC=TTTCTTCAGGACTTCCATTCC;SOR=5.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=54;WE=125051974;WS=125051956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	125052018	rs4389914	T	C	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=40;PP=2965;SC=TCTCCTTTTGTCTGTCTGTGG;SOR=2.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=112;TCR=40;TR=152;WE=125052026;WS=125052008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	125061895	rs4870887	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=437;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CTGTTGTGAAGCTGGCTGACC;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=30;WE=125061903;WS=125061885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr8	125072426	rs4483140	T	C	12816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=251;NR=208;PP=2965;SC=GGTAGGTTCCTCCTTCTGGGC;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=459;TCF=251;TCR=208;TR=459;WE=125072434;WS=125072416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
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chr8	125076988	rs4871460	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=955;SC=AGCTTTGTTATAGGATCAGAA;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=125076996;WS=125076978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	125094847	rs10956163	C	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=484;SC=ATCAGCAGAGCTGGCTTGGGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=125094855;WS=125094837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	125103703	rs200383834	C	T	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CCAAACCCACCGAAATCCTCA;SOR=0.620;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=346;TCF=199;TCR=147;TR=126;WE=125103711;WS=125103693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,128:0.36:360
chr8	125107201	rs6470219	G	A	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	125107207	rs6470220	C	T	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr8	125110258	rs10956164	C	T	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=114;PP=2965;SC=TTAAGGCCACCTTCTTTGTCT;SOR=1.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=55;TCR=114;TR=169;WE=125110266;WS=125110248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr8	125326405	rs72721442	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGGATTTGCTACCCTTCATAT;SOR=0.621;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=20;WE=125326413;WS=125326395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
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chr8	125570144	rs4870903	G	A	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
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chr8	125575136	.	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GGAGCCTGCTGGGCCAGGTTG;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=73;WE=125575144;WS=125575126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr8	125577869	rs2303952	C	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=611;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AATGACCCGTCCTGAAAGCAA;SOR=0.996;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=53;WE=125577877;WS=125577859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,58:0.34:172
chr8	125579788	rs3857944	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-1.751;SC=TAGCTTCAATGGATGACACGA;SOR=1.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=14;WE=125579796;WS=125579778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr8	125579973	rs6470251	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AAGTTGGGACCACGGGCCGGG;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=126;TCR=127;TR=95;WE=125579981;WS=125579952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,97:0.37:264
chr8	125579990	rs6470252	C	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1133;ReadPosRankSum=0.794;SC=CGGGCTAGAACGATCCATGGA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=89;WE=125579998;WS=125579980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,91:0.35:260
chr8	125589956	rs7002655	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=1.072;SC=CCCTGGGCTTAGCCTCGAAGA;SOR=0.235;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=20;WE=125589964;WS=125589946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr8	125601780	rs12682032	C	T	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=9;PP=1378;SC=ATAAACCTAGCAGAGGGGCCA;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=62;WE=125601788;WS=125601770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	125601964	rs74948302	C	T	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=141;PP=2965;SC=TTTTACCAAGCGGGGGGGAAA;SOR=1.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=105;TCR=143;TR=246;WE=125601972;WS=125601953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr8	125739749	rs891542	A	G	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=95;PP=2965;SC=CCGTGCCCGGAGGAATCAGGT;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=149;TCR=95;TR=244;WE=125739757;WS=125739739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr8	125877551	.	CTTCTTT	C	1847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.345;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;MQRankSum=3.682;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,74:0.95:78
chr8	125877646	rs13282863	T	C	128.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.70;QD=32.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	125877652	rs13282870	T	C	97.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.29;QD=48.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	125989460	rs10104558	A	C	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.742;SC=ACTCTAATAAAACATCAGAGA;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=93;WE=125989468;WS=125989450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,100:0.58:173
chr8	125989649	rs10105106	G	A	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=90;PP=2752;ReadPosRankSum=1.906;SC=ATCCAGTTAGGAGAGAAACCA;SOR=0.679;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=178;WE=125989657;WS=125989639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,190:0.60:318
chr8	125989852	rs10107774	A	T	3942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2910;ReadPosRankSum=1.197;SC=TTGTGGTGAAAGCTTCAGTCA;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=269;TCF=140;TCR=129;TR=159;WE=125989860;WS=125989842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,164:0.60:275
chr8	125990079	rs73706181	C	T	5597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CTTCATTTTCCGTCTCAAATT;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=210;TCR=210;TR=243;WE=125990087;WS=125990069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,257:0.58:446
chr8	126010805	rs15905	G	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=765;ReadPosRankSum=-2.391;SC=GGTTACTGGGGCCGCGCCGCG;SOR=1.146;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=48;WE=126010813;WS=126010795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
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chr8	126021164	rs2288312	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=583;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGCTTTTTTTACTGTGTGTTT;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=34;WE=126021172;WS=126021154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
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chr8	126085586	rs12546285	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=81;PP=2027;ReadPosRankSum=-1.955;SC=TAAGAAACTTGAATTACATTT;SOR=0.835;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=53;TCR=137;TR=111;WE=126085594;WS=126085576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,114:0.58:197
chr8	126142476	rs3923300	G	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GAAGAGCACAGAGGTCAAGGG;SOR=0.773;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=256;TCF=161;TCR=95;TR=94;WE=126142484;WS=126142466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,111:0.39:288
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chr8	126378901	rs149174348	GAC	G	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=247;ReadPosRankSum=1.431;SC=TCCTGATTTTGACACTTTTCC;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=126378910;WS=126378891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr8	126445537	rs2235110	C	T	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=6.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.493;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,75:0.32:235
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chr8	126448789	rs2235108	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=643;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GCCCTTTGGCGTGGTACCAAC;SOR=0.120;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=34;WE=126448797;WS=126448779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr8	128099242	rs13257371	C	A	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.343;NF=102;NR=56;PP=2571;ReadPosRankSum=-0.090;SC=AGGTGAACGTCTCTTGGTGAC;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=294;TCF=183;TCR=111;TR=158;WE=128099250;WS=128099232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,163:0.53:307
chr8	128099269	rs4571699	A	G	10998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=225;NR=157;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGAAGGTGGAGAA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=226;TCR=157;TR=382;WE=128099277;WS=128099259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr8	128099455	rs1840709	G	C	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.170;NF=48;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.012;SC=GGAGTCCTTCGTCGTGGTGGT;SOR=1.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=50;TCR=104;TR=151;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr8	128099457	rs61262194	CGTG	C	6761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.116;NF=10;NR=82;PP=2983;ReadPosRankSum=1.139;SC=AGTCCTTCGTCGTGGTGGTGG;SOR=1.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=13;TCR=101;TR=92;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr8	128750413	rs4645958	C	G	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=10;PP=2965;SC=GACTGTGGCGCGCACTGCGCG;SOR=4.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=122;TCR=10;TR=131;WE=128750421;WS=128750403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	129021000	rs1863562	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr8	129021000	.	AAG	GAA	1387	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=26;NR=4;PP=1387;QD=48.0155958287;SC=GCACAATGCTAAGCATGTGCA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=30;WE=129021010;WS=129020990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr8	129021002	rs2033102	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.76;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr8	129021179	rs2114358	G	A	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=77;PP=1989;ReadPosRankSum=2.330;SC=CTTGCAGTAGGTTTTTGCAAG;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=349;TCF=167;TCR=182;TR=145;WE=129021187;WS=129021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,153:0.42:368
chr8	129021262	rs2392823	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=989;ReadPosRankSum=0.482;SC=AAATATATGGCTGAACTAACA;SOR=1.043;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=33;TCR=94;TR=58;WE=129021270;WS=129021252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr8	129061242	rs2720660	A	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1229;SC=TCTCCACTGGACTCTGTGTTC;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=129061250;WS=129061232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr8	130772882	rs11276511	T	TGCCTGAGTCTTTCCCATA	2840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=6.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.283;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,76:0.38:199
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chr8	130788548	rs4733741	C	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=69;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAAGAAAAGACGACCATAGGT;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=298;TCF=122;TCR=176;TR=112;WE=130788556;WS=130788538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,113:0.37:305
chr8	130859185	rs115025292	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-2.058;SC=CCTTTTCAAAATAGTAAAATA;SOR=0.204;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=130859193;WS=130859175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr8	131020729	rs4733757	T	C	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=87;PP=2376;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CTCCAAGCTGTTCAGGCCTCA;SOR=0.915;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=242;TCF=104;TCR=138;TR=145;WE=131020737;WS=131020719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,143:0.59:244
chr8	131092026	rs6415509	T	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=649;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TGTTGTGGCCTGCCCCACTTG;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=35;WE=131092034;WS=131092016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr8	131124559	rs966185	T	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1041;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTTTCTTGATAGGGCTTGGC;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=67;TCR=124;TR=70;WE=131124567;WS=131124549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,76:0.38:199
chr8	131127831	rs2305513	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=517;ReadPosRankSum=0.679;SC=ACTAGAAAAGTTGGGGTAGTT;SOR=0.259;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=105;TCF=78;TCR=27;TR=38;WE=131127839;WS=131127821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr8	131172968	rs10089819	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.847;SC=AACTGCAGAACGAGAACATGG;SOR=0.923;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=22;WE=131172976;WS=131172958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr8	131181348	rs11392401	A	AT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr8	131192905	rs28495072	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TAATCAAACAGAGTCTGCCTT;SOR=2.264;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=23;WE=131192913;WS=131192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr8	131353139	rs13265869	T	C	10433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=2.723;SC=GACCAATCATTGCGATGAATG;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=402;TCF=183;TCR=219;TR=399;WE=131353147;WS=131353129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,401:1.00:403
chr8	131373887	rs10091130	C	G	9899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=131;PP=2965;SC=TCTGCAATTACAATTTCAAAG;SOR=1.162;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=210;TCR=131;TR=340;WE=131373895;WS=131373877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr8	131413956	rs10090106	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CATAGTAGGCAGTCTACACCT;SOR=0.569;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=131413964;WS=131413946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr8	131414083	rs10090231	A	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=831;ReadPosRankSum=-2.570;SC=ATCCCGCTGTATCTCCCACGC;SOR=0.681;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=68;WE=131414091;WS=131414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,81:0.39:210
chr8	131414257	rs10090767	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.465;SC=AGAGTCATCCGGTGAAACTGG;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=11;WE=131414265;WS=131414247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr8	131793157	rs7824494	G	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=301;ReadPosRankSum=-0.529;SC=AGAAGTCAGAGGGAGAAGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=21;WE=131793165;WS=131793147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr8	131812577	rs3067432	C	CAA	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	131826621	rs1435446	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.197;SC=GAGGCATTTTGTTGGAAGCCA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=131826629;WS=131826611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr8	132947529	rs4736523	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=372;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TTGTTTCCTTATTTATTTAGG;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=17;WE=132947537;WS=132947527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr8	132966028	rs10755935	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-1.691;SC=ATAATTTTTTTATGGCTCATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=132966036;WS=132966018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	132980709	rs6471017	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=790;ReadPosRankSum=-1.238;SC=AAAATAGTGCGTTGATCTGGT;SOR=0.469;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=54;WE=132980717;WS=132980699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr8	132980781	rs2270879	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.052;SC=TATTTCTACACATTTTTCGGT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=132980789;WS=132980771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr8	132982824	rs1051221	A	G	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=81;PP=2180;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AGGCAGTGTCAACTTAAATAC;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=142;WE=132982836;WS=132982814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,149:0.60:247
chr8	132988478	rs2270876	T	A	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TGTTTTTTTTTAAAAATCATT;SOR=0.154;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=132988486;WS=132988468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr8	133008823	rs2270873	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=0.109;SC=CCACACTTTCGAACAGGAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=11;WE=133008831;WS=133008813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr8	133023163	rs4736529	G	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=89;PP=2425;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AAGACCTCAGGATATGATTTG;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=138;WE=133023171;WS=133023153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,143:0.55:260
chr8	133041177	rs6471024	G	A	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	133041179	rs6471025	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	133041242	rs6471026	C	G	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=91;PP=2965;SC=GCTTGGGAAACCATCCACAAG;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=167;TCR=91;TR=257;WE=133041250;WS=133041232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr8	133044376	rs79219516	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr8	133044382	rs76534596	G	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr8	133045229	rs57885305	TC	AA	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=1210;ReadPosRankSum=0.558;SC=CGGTGATTGTTCACAGCCTCA;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=26;WE=133045238;WS=133045219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr8	133045372	rs61643278	A	G	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=76;PP=2272;ReadPosRankSum=-0.845;SC=AAGGGTTACAATTTTAGCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=149;WE=133045380;WS=133045362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,152:0.62:246
chr8	133045480	rs2202068	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=71;PP=2127;SC=GATGGACATACGAAAGCCAAA;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=133045488;WS=133045470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	133046927	rs6471028	T	C	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=79;PP=2965;SC=GACAAGGTCATGGTGCATTTC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=126;TCR=79;TR=205;WE=133046935;WS=133046917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr8	133046977	rs7834841	A	G	8178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=126;PP=2965;SC=GTCAAGGACAAAGGACATAAA;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=150;TCR=126;TR=275;WE=133046985;WS=133046967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr8	133048593	rs1472571	C	T	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1275;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CCAGGCTGTCCTTTTCCAAAT;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=287;TCF=167;TCR=120;TR=100;WE=133048601;WS=133048583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,104:0.35:300
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chr8	133049810	rs6992506	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=56;PP=1833;SC=TCTCAAAGGAAAACAGGCTGG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=133049818;WS=133049800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr8	133058182	rs151061148	CT	C	5320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.714;NF=11;NR=87;PP=2948;ReadPosRankSum=0.999;SC=ATACAATTCACTTGCTGGACT;SOR=0.952;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=155;TCF=27;TCR=128;TR=98;WE=133058190;WS=133058172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,163:0.67:244
chr8	133058325	rs6998359	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=0.658;SC=GGCTGAGGTAACCCTGATGTC;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=18;WE=133058333;WS=133058315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr8	133067315	rs4736538	G	A	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=99;PP=2965;SC=CAACTGGAACGGACTCCTGGG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=173;WE=133067323;WS=133067305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr8	133076095	rs73353142	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=1.285;SC=AAAAAATGCTACTTCCAAGAA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=14;WE=133076103;WS=133076085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr8	133089845	.	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GAGTTTGCTTCATGATCATTA;SOR=1.287;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=19;WE=133089853;WS=133089835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr8	133089975	rs2280851	A	G	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=64;PP=2965;SC=TCTCTTACCCAAGGTAGGGCT;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=147;WE=133089983;WS=133089965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	133090276	rs56681076	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=995;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTCGATTCAGACATGAAATTG;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=8;TCR=81;TR=49;WE=133090284;WS=133090266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr8	133101818	rs6471038	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=821;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TAGAATTGCCGATGATATCTA;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=199;TCF=79;TCR=120;TR=64;WE=133101826;WS=133101808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,68:0.33:208
chr8	133107830	rs7833441	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=1088;ReadPosRankSum=1.023;SC=TGGCGGGGTCTACTGTCTTCA;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=64;WE=133107838;WS=133107820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,66:0.36:181
chr8	133107893	rs10956634	A	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CACACAGACCAGCCCTGCAAC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=175;TCR=146;TR=123;WE=133107901;WS=133107883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,125:0.39:324
chr8	133108110	rs2469607	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=310;ReadPosRankSum=1.560;SC=AAACAGTCCCTAGAAATTAAC;SOR=1.071;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=19;WE=133108118;WS=133108100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr8	133111307	rs2469493	C	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=675;ReadPosRankSum=0.585;SC=AACTTCTTTGCACATGTGCTG;SOR=1.363;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=37;WE=133111315;WS=133111297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr8	133112392	rs1370568	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=781;ReadPosRankSum=0.790;SC=CTGGGAAGGAGACAGTTTTCA;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=50;WE=133112400;WS=133112382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,54:0.32:171
chr8	133116310	rs2436098	G	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1104;ReadPosRankSum=0.060;SC=CAAGGAATTTGCCCAAGAACA;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=74;WE=133116318;WS=133116300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr8	133146798	rs111447844	TGAGGA	T	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.82;MQRankSum=1.532;QD=26.48;ReadPosRankSum=1.231;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr8	133150103	rs2469515	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1124;ReadPosRankSum=0.825;SC=TTGAGGGGAGCGCAGTCCCTC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=110;TCR=75;TR=80;WE=133150111;WS=133150093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,84:0.44:193
chr8	133175971	rs893391	G	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=866;SC=TTTTCAGCCAGTCATTCATTC;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=133175979;WS=133175961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	133184644	.	T	TAC	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=1.220;SC=GGCACATTAATACACACACAC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=7;WE=133184652;WS=133184634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr8	133584558	rs9297853	A	G	4269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,114:0.36:314
chr8	133584564	rs139131485	G	A	4636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,135:0.38:354
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chr8	133590719	rs13281184	C	T	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1122;ReadPosRankSum=1.547;SC=GTCTTACCCACGACCTGACTG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=112;TCR=104;TR=82;WE=133590727;WS=133590709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,87:0.38:231
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chr8	133734181	rs28505914	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=553;ReadPosRankSum=-1.520;SC=ATCTCAACCACAGAGCTACCT;SOR=0.063;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=30;WE=133734189;WS=133734171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr8	133739925	rs16904727	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=1.509;SC=CATGTCCTCCCTTCCTCGCAC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=15;WE=133739933;WS=133739916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr8	133740259	rs199725105	AGTGTGTGT	A	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=1294;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GTTCAGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=133740274;WS=133740249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	133769554	rs138117721	TGA	T	1972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CATAAACAAATGAGAGAGAAG;SOR=0.529;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=109;TCF=7;TCR=102;TR=33;WE=133769563;WS=133769544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,60:0.38:159
chr8	133811435	rs2244885	T	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=58;PP=1780;SC=GCCTTTTTTTTAAAAATTTTG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=133811443;WS=133811425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	133836206	rs10102374	A	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=302;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CATACTTTTAAGTTTTTCTGA;SOR=0.957;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=18;WE=133836214;WS=133836196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr8	133836432	rs235441	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=75;PP=2250;SC=GTTTTAGTTCCTACTAGTGTT;SOR=2.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=99;WE=133836440;WS=133836422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	133844508	rs16904746	C	T	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.699;SC=ACAGTTCCCTCGAATTTTTGG;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=196;TCR=131;TR=325;WE=133844516;WS=133844498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr8	133858009	rs756201	C	T	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=72;PP=2965;SC=ATTTGTTTATCTTCTTCTCTC;SOR=1.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=160;TCR=72;TR=232;WE=133858017;WS=133857999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr8	133880334	rs180203	T	C	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=48;PP=2948;SC=ACACTCTTCTTTGATGAACCA;SOR=1.506;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=147;WE=133880342;WS=133880324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr8	133909974	rs853326	A	G	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=82;PP=2515;SC=GGGCCCCTACATGCCACAGTG;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=147;WE=133909982;WS=133909964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	133910388	rs16904782	A	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=803;ReadPosRankSum=0.517;SC=CAATTCCTGAATGTTCTCCCC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=57;WE=133910396;WS=133910378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr8	133910962	rs853324	T	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=803;SC=TCATGACCCTTAAAGGTGGGG;SOR=4.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=30;WE=133910970;WS=133910955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	133913525	rs853322	A	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=25;PP=2148;SC=GTGGGTGGTGAGGAGGGTGAT;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=95;WE=133913533;WS=133913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr8	133920321	rs866468	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=442;ReadPosRankSum=0.011;SC=GGCAGTGCTTATGTGTTTTGA;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=25;WE=133920329;WS=133920311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
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chr8	133920624	rs853318	C	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=633;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GGCTTGGACTCAACTCAGGGT;SOR=2.143;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=32;WE=133920632;WS=133920614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr8	133925209	rs2687824	T	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=1.442;SC=CTGGATATTCTAGGCATCTCT;SOR=0.147;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=20;WE=133925217;WS=133925199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr8	133931748	rs853304	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
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chr8	133947836	rs2739061	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CTAACACTCCTGGCTGCAAGT;SOR=0.105;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=133947844;WS=133947826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr8	133947859	rs2739062	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=373;SC=CTGCTTACACATCTGTCTCCT;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=133947867;WS=133947849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	133953673	rs61744678	C	T	6572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.450;SC=ATTGTACAACCCCATTGTGTT;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=528;TCF=230;TCR=298;TR=294;WE=133953681;WS=133953663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,306:0.56:545
chr8	133960991	rs2246624	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=668;SC=CTCCATCACACTGACCTCTCC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=133960999;WS=133960981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	133961237	rs2246611	G	C	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=119;PP=2965;SC=CTCTTCACACGAGCAAGGCCC;SOR=1.218;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=87;TCR=125;TR=206;WE=133961245;WS=133961227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	133961279	rs2246608	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.789;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr8	133961299	rs144296671	GAA	G	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-1.162;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr8	133961340	.	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.006;NF=0;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.311;SC=TGGATGGAAACAACCCTAGCT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=133961348;WS=133961330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr8	133975283	rs2069561	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=967;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATGTAGAAAAGACACAGTGCC;SOR=0.881;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=162;TCF=107;TCR=55;TR=63;WE=133975291;WS=133975273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,70:0.40:175
chr8	133975406	rs2687814	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.982;SC=AATGAACGGACGTATTGACAT;SOR=1.168;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=268;TCF=121;TCR=147;TR=80;WE=133975414;WS=133975396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,82:0.29:282
chr8	133978701	rs141752476	GTC	G	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr8	133978711	rs28452373	C	G	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=668;ReadPosRankSum=1.270;SC=GTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=23;WE=133978719;WS=133978691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr8	133978796	rs77157347	C	A	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTCCCTGCTTCTTTTTCAGGT;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=126;TCR=70;TR=112;WE=133978804;WS=133978786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,115:0.58:199
chr8	133979872	rs2249869	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.693;SC=AGAACCCCAGCGTTTTTGCAT;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=10;WE=133979880;WS=133979866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr8	133980214	rs16904799	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=728;ReadPosRankSum=0.465;SC=TCCGGAAGAAAGGTGAGCACT;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=44;WE=133980222;WS=133980204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr8	133983955	rs72727453	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=679;ReadPosRankSum=-1.353;SC=TCCCCAAAGCAAGAATGACTA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=61;TCR=5;TR=39;WE=133983963;WS=133983945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr8	133984058	rs2076740	C	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1775;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATGTGAACGACGGTGCGATGC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=329;TCF=197;TCR=132;TR=127;WE=133984066;WS=133984048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,130:0.38:342
chr8	133985019	rs1403488	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
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chr8	133985115	rs1403486	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=302;SC=CAACAGAAATAGATTCTGTTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=133985123;WS=133985105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	134107618	rs10103453	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=154;SC=CTGTGCATGCGCCACAGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=134107626;WS=134107608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	134108453	rs2069568	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1028;ReadPosRankSum=-1.692;SC=AATGCAGCTCCTGGCCGTGAG;SOR=0.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=70;WE=134108461;WS=134108443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,71:0.36:197
chr8	134108546	rs2069569	T	C	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=94;PP=2685;ReadPosRankSum=1.220;SC=GAGGTCTTTATGGGTAGAGGT;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=329;TCF=171;TCR=158;TR=191;WE=134108554;WS=134108536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,205:0.58:354
chr8	134125682	rs1133076	G	A	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr8	134143969	rs73708884	A	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=22;PP=1478;ReadPosRankSum=3.299;SC=TTGGTTTTGGAAGAAATATTT;SOR=0.350;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=123;TCF=94;TCR=29;TR=81;WE=134143977;WS=134143959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr8	134144113	rs2294024	C	T	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.874;SC=ACCCAGCCTACGAGGGGCAGT;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=102;WE=134144121;WS=134144103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,105:0.44:236
chr8	134146001	rs34419422	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GCATTGGAGCCAAGGGGTCAC;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=134146009;WS=134145991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr8	134225396	rs55733525	T	TC	11122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.171;NF=38;NR=145;PP=2967;ReadPosRankSum=0.289;SC=CGTAAGTGAGTCCTCCATACC;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=40;TCR=151;TR=183;WE=134225404;WS=134225386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr8	134225434	rs13258091	T	C	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=123;PP=2965;SC=GCACCCCCAGTTCTGGCCCCA;SOR=1.215;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=80;TCR=125;TR=203;WE=134225442;WS=134225424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr8	134237578	rs2280834	G	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=371;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TGAAAGTGAGGGTTGGGGGCT;SOR=0.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=23;WE=134237586;WS=134237568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
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chr8	134261065	rs2233335	T	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.018;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=477;ReadPosRankSum=-2.527;SC=CCTGGAGAAATCTCCCACTCC;SOR=1.465;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=31;WE=134261073;WS=134261055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr8	134270468	rs139790285	CCA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr8	134270548	rs2272651	T	C	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1248;ReadPosRankSum=0.290;SC=TTTTCCAATGTCTTCCTTCAT;SOR=0.901;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=221;TCF=142;TCR=79;TR=85;WE=134270556;WS=134270538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,87:0.40:220
chr8	134271329	rs2233329	C	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=772;ReadPosRankSum=1.282;SC=AGTGGTCAGTCCAGATCAAAG;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=57;WE=134271337;WS=134271319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
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chr8	134292288	rs2977507	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=575;SC=TCCTGATTCTTTGGCCAGCAC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=134292296;WS=134292278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	134314369	.	A	G	128	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=25;MQ=57.67;NF=0;NR=6;PP=128;QD=27.1285354245;SC=AAAAAAAACCATGAAAGGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=134314377;WS=134314359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	135522463	rs2289548	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
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chr8	135524938	rs3739427	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr8	135577533	rs6988653	T	G	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	135600716	rs894358	C	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=1007;SC=CATTGCTAAGCAGCACCCACA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=135600724;WS=135600706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	135602581	rs3739425	A	G	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=44;PP=1792;SC=AAACAGGACAAGAATAACTCC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=135602589;WS=135602571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	135612595	rs894343	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=16;PP=1650;SC=GACCTGCAGCAGAGACACCTA;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=82;WE=135612603;WS=135612585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	135612745	rs894344	A	G	12977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=1.696;SC=AGTCACAGCCATCGGTGGGAC;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=254;TCR=223;TR=475;WE=135612753;WS=135612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,496:1.00:498
chr8	135613624	rs894347	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=634;SC=CTTAGAAGGTATTCTTTGCAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=135613632;WS=135613614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	135614705	rs3739423	A	G	10746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=187;PP=2965;SC=TATGGCGGTCACGGTCCAGCT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=180;TCR=187;TR=366;WE=135614713;WS=135614695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr8	135614972	rs3739422	A	G	5708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=117;PP=2965;SC=TGAACGAGCAATAGTCGCAGG;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=74;TCR=117;TR=191;WE=135614980;WS=135614962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	135620894	rs3739421	T	G	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=30;PP=2224;SC=CGAACAAGCATGCTGATCCTT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=135620902;WS=135620884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	135622640	rs2277138	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=1019;SC=TGACTCAGACTGTGACATCAG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=135622648;WS=135622630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr8	135725058	rs71528372	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
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chr8	136657534	rs4373553	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=698;SC=ATAAATATTTGAAGAGGACTA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=136657542;WS=136657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	136659195	rs28621864	C	T	9492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=198;NR=127;PP=2965;SC=CTGTGGGATTCATGGCAGTGA;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=199;TCR=128;TR=325;WE=136659203;WS=136659185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
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chr8	139149406	rs6577876	G	A	5192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GTCTGTCTTTGAGGGCAGTTT;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=425;TCF=265;TCR=160;TR=230;WE=139149414;WS=139149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,240:0.55:440
chr8	139149510	rs6577877	A	C	16705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=261;NR=321;PP=2965;SC=AGCCCTGTAAAAATTAGCCAG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=583;TCF=261;TCR=322;TR=582;WE=139149518;WS=139149500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr8	139151375	rs4634694	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	139151428	rs35147483	C	CTG	703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=469;ReadPosRankSum=0.510;SC=GAACGTTAAACTGAATTTTAG;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=139151438;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr8	139153374	rs4909738	G	C	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=13;PP=1304;SC=AAGTACCTGTGCCCGGTTTCA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=139153393;WS=139153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	139153385	rs7816196	C	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=419;ReadPosRankSum=2.217;SC=CCCGGTTTCACGCCCCAGAGG;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=29;WE=139153393;WS=139153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr8	139158317	rs7006664	T	C	11587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=217;NR=212;PP=2965;SC=ATAACCCCCATCCCAGTCCCG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=217;TCR=212;TR=429;WE=139158325;WS=139158300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr8	139164192	rs3750306	G	A	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=79;PP=2395;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CTATGTATCCGGGGCCCTGCT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=304;TCF=146;TCR=158;TR=150;WE=139164200;WS=139164182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,153:0.50:308
chr8	139164570	rs3750307	C	T	4865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TTCGAACAAACGGGTGCAAGA;SOR=0.835;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=408;TCF=244;TCR=164;TR=217;WE=139164578;WS=139164560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,221:0.53:416
chr8	139165068	rs3763590	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGTAGGTCAGCACTGGGGCCT;SOR=0.699;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=80;WE=139165076;WS=139165058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,83:0.43:192
chr8	139165272	rs7835712	T	C	17567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.49;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr8	139165272	.	TG	CA,CG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=104,220;NR=119,250;PP=2944,2962;QD=20;SC=CATTCTCACCTGGCTCTGGAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=221;TCR=252;TR=223,470;WE=139165281;WS=139165262;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:473
chr8	139165273	rs13280444	G	A	5184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,246:0.50:492
chr8	139165289	rs7835830	T	C	12273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=247;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGACACCTTATAACTTCTTCA;SOR=0.176;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=439;TCF=190;TCR=249;TR=437;WE=139165297;WS=139165279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,447:1.00:449
chr8	139165463	rs11311519	CA	C	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=292;SC=TTATGCCCTACAAAAAAAAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=139165471;WS=139165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	139321179	rs6577909	A	G	10046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=163;PP=2965;SC=CCCTGAGAGCAGGTTCCTCAA;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=213;TCR=163;TR=376;WE=139321187;WS=139321169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr8	139323246	rs56096441	A	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=29;PP=887;SC=TAATCCTGAAAGCCATAGGAA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=139323254;WS=139323236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	139380103	rs370836089	AAC	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
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chr8	139614582	rs6993225	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=458;SC=GCACACTGTGCCTTCTCTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=139614590;WS=139614572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	139626176	rs7000261	C	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=64;PP=2326;SC=GGAACAAAGACAGAGAGATGG;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=114;WE=139626184;WS=139626166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	139631650	rs7009396	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=1122;SC=AGAGCCATGTAGCTGATGGGC;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=139631658;WS=139631640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	139635883	rs7836250	A	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=44;PP=2159;SC=TATCTTCGAGACTGGTTCAAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=120;WE=139635891;WS=139635873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	139635920	rs7839790	T	A	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=76;PP=2965;SC=AGTAGTTGTTTTTGACATGTA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=187;WE=139635928;WS=139635910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	139638307	rs3924860	T	C	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=185;SC=GTTTCTAATTTTCTACAACAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=139638315;WS=139638297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	139647262	rs10091563	A	G	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.479;SC=CTGGTGGCCCAGGGTTCCCTG;SOR=0.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=97;TCR=119;TR=215;WE=139647270;WS=139647252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr8	139648892	rs11166830	G	A	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=140;NR=54;PP=2965;SC=AGGCAAAGAAGAGACAAGGAA;SOR=1.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=140;TCR=54;TR=194;WE=139648900;WS=139648882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	139658747	rs4909439	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=19;PP=1389;SC=TGCTTAGACCCAGAACAGGGG;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=139658755;WS=139658737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	139668032	rs11166832	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=19;PP=2066;SC=GCTGTTATCGTTAATACTACC;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=89;WE=139668040;WS=139668022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	139668300	rs12675091	C	T	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=124;PP=2965;SC=TGACACACTGCGCCGTGCGTG;SOR=1.447;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=71;TCR=124;TR=195;WE=139668308;WS=139668290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	139672602	rs4072506	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=5;PP=1459;SC=CCTCTTGAACTTTCTGAGTTG;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=59;WE=139672610;WS=139672592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	139672671	rs3935045	T	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=62;PP=2965;SC=AACCATAAGATGACATACCGG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=132;TCR=63;TR=194;WE=139672679;WS=139672661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	139674213	rs11780732	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=3;PP=1369;SC=TGGTGGAGGGCGGGCTTTCAG;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=55;WE=139674221;WS=139674203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	139675869	rs11166835	G	T	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=11;PP=1851;SC=AGTTTTTGGTGCTTCCCATTT;SOR=3.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=75;WE=139675877;WS=139675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	139676082	rs4410946	A	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=83;PP=2623;SC=CAGTTGTCCTAGGAGGAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=128;WE=139676090;WS=139676072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr8	139688697	.	A	AAAGG	2841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.53;QD=29.00;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	139696502	rs5895552	GA	G	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=27.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.667;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=4.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr8	139696635	rs4506262	T	C	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=150;PP=2965;SC=CGGCAACTCGTGGCACCCACA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=150;TCR=150;TR=300;WE=139696643;WS=139696625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr8	139697286	rs11787153	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=316;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGGCCAGCAGTCCATGAGGTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=14;WE=139697294;WS=139697276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr8	139697478	rs9644500	T	C	8700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=178;NR=148;PP=2965;SC=CTTTTCCGGGTGGCCCAGGGA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=178;TCR=148;TR=326;WE=139697486;WS=139697468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr8	139706888	rs10109299	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=86;PP=2291;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GTTGCAATGGGTATAATTTGA;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=145;TCR=172;TR=158;WE=139706896;WS=139706871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,171:0.51:337
chr8	139707019	rs62527938	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=882;ReadPosRankSum=0.714;SC=TTTGGAGTCCGGGTCTCCAGG;SOR=0.238;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=48;WE=139707027;WS=139707009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
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chr8	139712323	rs4909835	A	G	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=38;PP=2965;SC=GCCGAGGCACACTGGGCACCC;SOR=2.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=124;TCR=38;TR=162;WE=139712331;WS=139712313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr8	139736933	rs10112806	C	A	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=83;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.462;SC=CCACATGGACCCTGTTAGCCT;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=159;WE=139736941;WS=139736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,168:0.61:274
chr8	139737521	rs12545759	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=403;ReadPosRankSum=0.435;SC=TTTTGCACTGGACTTGGGTGG;SOR=1.839;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=76;TCF=67;TCR=9;TR=24;WE=139737529;WS=139737511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr8	139749638	rs4409435	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=0.875;SC=ACCCACTGGCTGTTCTTTTTA;SOR=1.209;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=22;WE=139749646;WS=139749628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr8	139767349	rs2318338	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=732;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CCAAACCCATTGGTAAGAGAA;SOR=0.390;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=140;TCF=108;TCR=32;TR=56;WE=139767357;WS=139767339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,57:0.40:142
chr8	139768085	rs7825723	G	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=82;PP=1987;ReadPosRankSum=2.295;SC=GCACAGAAACGACAAACATTT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=131;TCR=219;TR=132;WE=139768093;WS=139768075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,139:0.38:365
chr8	139774852	rs149851445	C	CACACACA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=449;ReadPosRankSum=1.069;SC=CACACACACACAACAGCCCTA;SOR=0.301;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=12;WE=139774874;WS=139774842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr8	139774866	rs12550638	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.001;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.520;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr8	139823922	rs2318332	C	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=496;SC=AGGGTGCTGTCAGCTGACAGC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=139823930;WS=139823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	139824057	rs10101430	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	139825393	rs6577951	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=48;PP=1383;SC=AGTCCACCCCAGGATACCCCT;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=139825401;WS=139825383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	139838912	rs2292927	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=48;PP=2216;SC=TGTGGGATGCTGTACTGGTCG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=139838920;WS=139838902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	139845520	rs6993839	G	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1187;SC=TCGGGAGGGAGTTGTTCAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=139845528;WS=139845510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	139889972	rs4736255	A	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=27;PP=1571;SC=GAGGGGCCGCATGGGGCCCGG;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=139889980;WS=139889962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	140842414	rs56097365	C	T	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1087;ReadPosRankSum=0.267;SC=CTGACGTGCACGTGCACACAC;SOR=0.721;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=82;WE=140842422;WS=140842404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,90:0.45:199
chr8	140842536	.	G	GCA	610	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=15;PP=610;QD=42.4;SC=GCATACACATGCACACACACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=15;WE=140842544;WS=140842526;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,15:0.37:41
chr8	141034189	rs9792174	A	T	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.50;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,268:0.93:287
chr8	141407698	rs3779658	T	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTCTTCCACTTACAGGTAGAC;SOR=1.188;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=68;WE=141407706;WS=141407688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr8	141436826	rs6998221	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=2.092;SC=TCATAATTCACATAGCCTAGA;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=141436834;WS=141436816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr8	141445349	rs11267571	AAGAAAACAAAAAACAAAAACC	A	3761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=4.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.041;QD=19.00;ReadPosRankSum=0.958;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr8	141461062	rs3735803	G	A	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.019;SC=AGTCCTCGTAGTTGGGGTAGA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=249;TCR=202;TR=226;WE=141461070;WS=141461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,232:0.50:467
chr8	141461185	rs3735802	A	G	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GGAACTTCTCAAAGGTCTGTG;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=550;TCF=287;TCR=263;TR=240;WE=141461193;WS=141461175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,244:0.43:569
chr8	141461266	rs3735801	A	G	5306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.350;SC=TCTGGAAGTCACCCCACTCGT;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=510;TCF=274;TCR=236;TR=248;WE=141461274;WS=141461253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,252:0.49:519
chr8	141525327	rs2231524	A	G	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=1678;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GAAAGTGACCATGATGAAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=142;TCR=124;TR=136;WE=141525335;WS=141525317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,145:0.52:281
chr8	141525465	rs2231527	T	C	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1194;SC=AGTTCCAGTGTGTGGTATTCT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=141525473;WS=141525455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	141557497	rs2292782	T	C	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=11;PP=1976;SC=CCCTGCATACTGCACCCCACC;SOR=3.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=85;WE=141557505;WS=141557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	141559358	rs2292781	G	A	11659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=195;PP=2965;SC=TGGGCATGCCGGCGTCTCTCG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=398;TCF=203;TCR=195;TR=397;WE=141559366;WS=141559348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr8	141561393	rs2292779	G	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=28;PP=2181;SC=CTGCCTGTGGGGGGCTTACTT;SOR=2.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=107;WE=141561401;WS=141561383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	141565892	rs4961270	A	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQ=59.97;NF=34;NR=0;PP=967;SC=ATTCTCCTGCATGGAACACAG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=34;WE=141565900;WS=141565887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	141566311	rs2271738	C	T	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=103;PP=2965;SC=ACCTAGCAGTCGCTCTGATCA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=121;TCR=103;TR=224;WE=141566319;WS=141566301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr8	141566487	rs2271736	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=46;PP=1404;SC=GCTTGGGACCGTCTCTGCCTC;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=141566495;WS=141566477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	141568622	rs2292778	G	A	12696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=240;PP=2965;SC=CATTGCAGACGCGGTACTTCC;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=460;TCF=219;TCR=241;TR=459;WE=141568630;WS=141568612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr8	141568699	rs2292777	A	G	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=157;PP=2965;SC=AGGCATCGGCATCGGGGCTGT;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=80;TCR=157;TR=237;WE=141568707;WS=141568689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr8	141568725	rs2292776	G	A	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=114;PP=2965;SC=CCTGAGTGCAGGCGCCACTTG;SOR=2.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=31;TCR=114;TR=145;WE=141568733;WS=141568715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	141572497	rs2292774	GG	AA	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=1152;SC=CCCTGCGGGGGGCCCTCGGAG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=141572506;WS=141572488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	141583108	rs34527405	ATT	A	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=11.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.993;QD=23.59;ReadPosRankSum=0.778;SOR=3.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr8	141669818	rs3835176	AT	A	2650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.305;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.336;NF=6;NR=77;PP=1215;ReadPosRankSum=0.686;SC=GTTTTCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=9;TCR=98;TR=83;WE=141669827;WS=141669808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,119:0.92:130
chr8	141679817	rs10283368	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=652;ReadPosRankSum=-1.329;SC=AAAGACACGATGTGCTTACCC;SOR=0.701;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=55;WE=141679825;WS=141679807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr8	141684170	rs3639	T	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=15;PP=1270;ReadPosRankSum=1.722;SC=TAAAATCTATTACACTGAGAG;SOR=1.299;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=151;TCF=109;TCR=42;TR=66;WE=141684178;WS=141684160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr8	141685506	rs13249806	T	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1286;ReadPosRankSum=-2.288;SC=ATTCAAAACCTGCTTTCATCA;SOR=0.567;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=121;TCR=74;TR=98;WE=141685514;WS=141685496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,100:0.49:206
chr8	141685641	rs6998337	C	A	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=93;PP=2965;SC=GGTATATACACTTGGGCAATG;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=156;WE=141685649;WS=141685631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	141685774	rs13278258	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=2.246;SC=CAGGCAAATAAGCAAATGATG;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=141685782;WS=141685764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr8	141744917	rs45613837	G	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=1295;ReadPosRankSum=0.661;SC=GGTGGCAAAGGTCAGGAAAGG;SOR=1.071;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=165;TCF=63;TCR=102;TR=82;WE=141744925;WS=141744907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr8	141749052	rs11464275	A	AT	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.987;SC=AAAAGAGATAATTTTTTTTTG;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=141749060;WS=141749042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr8	141762558	rs6578132	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=1.077;SC=GAATGAGAGGGATACTTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=11;WE=141762566;WS=141762548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr8	141774282	rs7840381	A	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=300;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TTTTAAATGCAAGGAGGCATC;SOR=0.919;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=25;WE=141774290;WS=141774272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr8	141774576	rs4378011	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr8	141840645	rs4246127	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=0.409;SC=AAAAAGAAGCGTATTAACAAA;SOR=0.514;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=26;WE=141840653;WS=141840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
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chr8	142139028	rs116915947	G	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=0.106;SC=GCTGAGTCCCGGTCCCCCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=23;WE=142139036;WS=142139018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr8	142146708	rs307772	T	C	13726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=260;NR=243;PP=2965;SC=GACAGTCAAATGGCCGGTGCC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=503;TCF=260;TCR=243;TR=503;WE=142146716;WS=142146698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr8	142152442	rs307765	A	G	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=121;PP=2965;SC=TTGTGTCATCATGCTGGAGAA;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=139;TCR=121;TR=260;WE=142152450;WS=142152432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr8	142160829	rs35212078	T	G	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=39;PP=2965;SC=TTCAGAAATGTTTTCTAACTC;SOR=2.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=130;TCR=39;TR=168;WE=142160837;WS=142160819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	142161064	rs3816063	C	T	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=161;PP=2965;SC=TACGCGGCCCCGCCCCGGCGA;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=66;TCR=161;TR=227;WE=142161072;WS=142161054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr8	142161666	.	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=7.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr8	142168337	rs59830378	C	T	11618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=186;PP=2965;SC=GTCCTCTGCGCGAACTTTGAA;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=215;TCR=186;TR=401;WE=142168345;WS=142168327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr8	142173356	rs428300	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=492;SC=CTAACCATTTCTCTGCTACTA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=142173364;WS=142173346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	142173689	rs2369612	A	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=317;SC=CCTCTTTTTTAAAAAAATCAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=142173697;WS=142173679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	142176280	rs2241735	G	A	6522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.806;SC=TTGCTTTTTCGTACCCCAGAA;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=544;TCF=327;TCR=217;TR=286;WE=142176290;WS=142176270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,301:0.53:564
chr8	142176507	rs412706	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=83;PP=2043;SC=TGCCCCCCACTGTGGTGCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=16;TCR=83;TR=99;WE=142176515;WS=142176497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	142185580	rs12675070	G	A	8879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=152;PP=2965;SC=ACAGGCAGACGGCGCCAGACC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=153;TCR=152;TR=304;WE=142185588;WS=142185570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr8	142185718	rs307733	T	C	8128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.738;SC=ATCTGTAAAGTAGGAATAAGG;SOR=0.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=114;TCR=167;TR=279;WE=142185726;WS=142185708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr8	142186573	rs307732	A	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=4;PP=1717;SC=TGCCAGCAGGATGCGTGCCTG;SOR=4.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=65;WE=142186581;WS=142186563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	142191032	rs2278448	T	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=73;PP=2138;SC=GGGTCAGCCCTGAAGTGAAAG;SOR=4.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=81;WE=142191040;WS=142191022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	142200205	rs144741369	T	TCATGTTTG	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=1917;SC=CATGTTATTATCATGTTTGCA;SOR=5.136;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=25;WE=142200213;WS=142200195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	142200467	rs1045303	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TCCAGCTGCCGCGAGGTGGCC;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=74;TCR=116;TR=76;WE=142200475;WS=142200457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,85:0.40:211
chr8	142202847	rs28446884	G	A	4832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=4.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,133:0.47:286
chr8	142202856	rs6990186	C	T	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=3.449;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,122:0.45:274
chr8	142202884	rs7014062	T	C	7985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=133;PP=2965;SC=CCTCTCAGGGTTCCCCTCCTA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=139;TCR=133;TR=271;WE=142202892;WS=142202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr8	142203122	rs71516606	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=1.271;SC=TTCTCTCCCCCACCCGCTCAT;SOR=0.185;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=26;WE=142203130;WS=142203112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr8	142204326	rs1045248	C	G	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;PP=1661;ReadPosRankSum=0.108;SC=TTTGGAAAGGCGAATAAACGT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=74;TCR=140;TR=109;WE=142204334;WS=142204316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,113:0.50:225
chr8	142222261	rs3824235	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr8	142222374	rs7017848	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=999;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CGCTGTTCCCACCGGCCCTGC;SOR=0.497;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=117;TCR=49;TR=77;WE=142222382;WS=142222364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,83:0.48:173
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chr8	142228077	rs3842198	AGAGCGGCCCCGCTCCGGT	A	2428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.617;NF=10;NR=14;PP=2970;ReadPosRankSum=0.521;SC=GTGGGCAGAGAGAGCGGCCCC;SOR=0.538;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=24;WE=142228102;WS=142228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,67:0.43:156
chr8	142228809	rs753779	T	C	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.994;SC=GCACGTGCAATGCCGAGTCGC;SOR=0.554;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=495;TCF=289;TCR=206;TR=248;WE=142228817;WS=142228799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,253:0.50:502
chr8	142229145	rs3739235	A	G	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=84;PP=2054;ReadPosRankSum=-2.440;SC=GGGAGGAAGCAGCAGCCGGTG;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=43;TCR=155;TR=107;WE=142229153;WS=142229135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,105:0.52:202
chr8	142229891	rs2304279	A	G	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GCACGATGCCAATGGGCTGCC;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=79;TCR=124;TR=92;WE=142229899;WS=142229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr8	142229946	rs4961256	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=1.278;SC=GAGCACACGGGAGGGCGGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=26;WE=142229954;WS=142229936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr8	142231944	rs6983780	GC	AG	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1249;ReadPosRankSum=1.037;SC=CCCGCGACAGGCAGGTGCCTC;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=27;WE=142231953;WS=142231934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr8	142238339	rs34650936	C	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1129;ReadPosRankSum=0.361;SC=GACGGGACAGCCCTGAGGCTG;SOR=1.011;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=86;WE=142238347;WS=142238329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
chr8	142266691	rs7002500	A	C	10558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=177;PP=2965;SC=CCTGGCTCTTACGTCCCAGCT;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=176;TCR=177;TR=353;WE=142266699;WS=142266681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr8	142367335	rs10875472	T	C	7315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GCGACCCTGGTGGAGCAGACC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=702;TCF=322;TCR=380;TR=344;WE=142367343;WS=142367325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,348:0.48:723
chr8	142367400	rs11167054	G	A	5967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGACCAGCAGGGGCAGCAGGA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=530;TCF=241;TCR=289;TR=257;WE=142367408;WS=142367390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,266:0.49:548
chr8	142367559	rs11785629	G	A	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.635;SC=GGGAGCCTTCGGGCCGCACGA;SOR=0.581;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=418;TCF=229;TCR=189;TR=198;WE=142367567;WS=142367549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,199:0.47:420
chr8	142368150	rs7388121	T	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=7.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.361;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr8	142368156	rs7388122	T	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.866;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr8	142444234	rs371671775	GGGGT	G	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	142444240	rs28490954	G	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	142444254	rs28372340	T	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	142444526	rs10104447	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=8;PP=1074;SC=ATGCTGGGTAGGGGGGGCAGG;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=50;WE=142444534;WS=142444516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	142444780	rs10104806	G	C	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=92;PP=2965;SC=CTGGGGGGCTGTAGCCCACCC;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=127;WE=142444788;WS=142444770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	142445055	rs13250250	G	C	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=52;PP=1697;SC=ACCTGGCTGGGACGGGCTGGG;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=142445070;WS=142445045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	142445062	rs35650977	T	TG	1735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=40;PP=1692;SC=TGGGACGGGCTGGGGGCCCTG;SOR=2.387;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=43;WE=142445070;WS=142445045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	142445095	rs28592919	C	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	142445095	.	CCA	TCT	1748	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=9;NR=23;PP=1748;QD=56.2958710894;SC=TCCTCCAGCCCCAGTTTGCCT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=32;WE=142445105;WS=142445085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr8	142445097	rs28590477	A	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.81;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	142445538	rs11785585	T	C	10953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=116;PP=2965;SC=CCCAGGCTGGTCTGCCCGCGG;SOR=1.036;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=363;TCF=194;TCR=169;TR=233;WE=142445548;WS=142445528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr8	142445540	rs143051012	T	TGCCCGCGGCCCTGGCCC	16258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=62;PP=2957;SC=CAGGCTGGTCTGCCCGCGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=192;TCF=54;TCR=138;TR=83;WE=142445548;WS=142445528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr8	142445557	.	CT	C	1016	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=21;NR=62;PP=1016;QD=12.5542168675;SC=GGCCCTGGCCCTGCCCCTTCC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=282;TCF=108;TCR=174;TR=83;WE=142445565;WS=142445547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:199,83:0.29:282
chr8	142445680	rs11784911	A	T	18979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=341;NR=344;PP=2965;SC=CACAGTCCATATTCACACAAG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=686;TCF=342;TCR=344;TR=685;WE=142445688;WS=142445670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,700:1.00:700
chr8	142446923	rs11782383	C	T	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=84;PP=2758;SC=TGGAAGAAGCCGTCGAGCAAG;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=157;WE=142446931;WS=142446913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
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chr8	142458053	rs6578185	A	G	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TGCTTGGGCTAGGGCTCGCTG;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=114;WE=142458061;WS=142458029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,122:0.46:265
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chr8	142459859	rs62522537	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=0.367;SC=GCTGTGGGCAGAGAGGGCATG;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=16;WE=142459867;WS=142459849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr8	142476424	rs28710266	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr8	142476424	.	GCG	ACA	1011	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=21;NR=5;PP=1011;QD=40.9410721101;SC=GTGGGCCATGGCGGGGGCAGA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=26;WE=142476434;WS=142476414;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:42,26:0.38:68
chr8	142476426	rs28663233	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr8	142476474	rs28525328	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=901;ReadPosRankSum=0.089;SC=GGGGAGAGGATGGGGAGTGGG;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=100;TCR=50;TR=74;WE=142476482;WS=142476464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr8	142476555	rs28439396	A	G	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=72;PP=1826;ReadPosRankSum=-1.508;SC=ACCAGCTCACAGGTGTGGCTC;SOR=0.814;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=281;TCF=142;TCR=139;TR=142;WE=142476563;WS=142476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,149:0.52:288
chr8	142476611	rs28504323	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CTTGGCTTGCGGGATGTGGAC;SOR=0.975;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=224;TCF=102;TCR=122;TR=91;WE=142476619;WS=142476601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,99:0.42:236
chr8	142477453	.	CCCTGGCCCTT	C	2984	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=5;PP=2984;QD=20;SC=GCCCTCCGCCCCCTGGCCCTT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=15;WE=142477470;WS=142477443;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,15:0.38:39
chr8	142477468	rs377007139	GCCC	G	1272.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.57;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr8	142477472	rs370101118	TTCCTGGC	T	1263.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr8	142477479	.	C	T	1291	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=77;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=24;NR=7;PP=1291;QD=42.766813308;SC=CCCTTCCTGGCCCAGCCCCAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=31;WE=142477498;WS=142477469;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr8	142477490	rs73713679	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=1291;ReadPosRankSum=0.767;SC=CCAGCCCCAGCGCCCTCACGA;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=36;WE=142477498;WS=142477469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr8	142477517	rs79788097	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=606;ReadPosRankSum=2.043;SC=GCTTGGCCCCGTGCTCCTGGA;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=42;WE=142477525;WS=142477507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr8	142477553	rs73713680	T	C	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=-2.470;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr8	142477563	rs73713681	C	T	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=-2.544;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,115:0.48:238
chr8	142477588	rs74908317	C	T	5509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.75;ReadPosRankSum=-1.435;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,139:0.50:279
chr8	142477592	rs76586547	G	A	5782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.60;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,148:0.50:295
chr8	142477614	rs72685432	C	T	6336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=78;PP=2442;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GATGAGGTCGCTCAACTCTGC;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=320;TCF=171;TCR=149;TR=170;WE=142477622;WS=142477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,180:0.54:334
chr8	142477752	rs11775650	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=60;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CCCAGGATCTTGCAAGTCTCT;SOR=1.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=80;WE=142477760;WS=142477742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr8	142477771	rs72685433	C	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=594;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CTGAGCATATCTGGCCTCCTA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=35;WE=142477779;WS=142477761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr8	142480610	rs4907398	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=26;PP=2051;SC=AGTGAGCGAGCGCATTTACCC;SOR=1.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=101;WE=142480618;WS=142480600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	142483063	rs4442176	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=54;PP=1131;ReadPosRankSum=0.891;SC=TGCTGTGGGGCGGGCAGGGTC;SOR=0.628;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=176;TCF=51;TCR=125;TR=78;WE=142483071;WS=142483053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,83:0.47:177
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chr8	142484366	rs33975024	A	AG	11457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=125;PP=2957;SC=TGCCACGCCCAGTGGACGCAG;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=21;TCR=134;TR=144;WE=142484374;WS=142484356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
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chr8	142490079	rs2613641	G	A	14571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=276;NR=269;PP=2965;SC=CCGTGGCACCGTTTTTTTCAG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=547;TCF=277;TCR=270;TR=545;WE=142490087;WS=142490069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr8	142490120	rs2748416	G	T	11931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=249;PP=2965;SC=TAGGTAAACAGGAAGGCCTGT;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=181;TCR=249;TR=430;WE=142490128;WS=142490110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr8	142490166	rs7838192	C	T	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=7;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=86;PP=2193;ReadPosRankSum=0.698;SC=CTTGACCCCCCCCAAGGTGGC;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=231;TCF=72;TCR=159;TR=128;WE=142490174;WS=142490150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,126:0.54:233
chr8	142505038	rs6578193	T	C	8471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=164;PP=2965;SC=TGCTGGAGATTTGTGGATGGC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=130;TCR=164;TR=294;WE=142505046;WS=142505028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr8	142505056	rs2246587	TG	CT	11601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=135;PP=2947;SC=GGCAGAGCAATGGTGGCTTGG;SOR=1.097;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=103;TCR=139;TR=235;WE=142505065;WS=142505046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr8	142505578	rs2748404	C	A	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=71;PP=2333;SC=ATCTTGAAGCCGGTGGCTAAG;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=132;WE=142505586;WS=142505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	142506461	rs2613637	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=46;PP=2965;SC=GTGCTCCTGTAGCATCAGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=147;WE=142506469;WS=142506451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	142517130	rs11355664	TG	T	7723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.586;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.436;NF=96;NR=84;PP=2986;ReadPosRankSum=0.917;SC=TGAGTACCGGTGGGGGGGGGT;SOR=1.719;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=180;WE=142517138;WS=142517120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,268:0.97:276
chr8	142517222	rs2748421	A	G	25544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=43.82;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr8	142517227	rs2613648	C	T	25151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=44.60;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr8	143352978	rs11777062	T	G	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=106;NR=44;PP=2923;SC=AGGGGGTCAGTTTCAGGCAGG;SOR=1.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=106;TCR=45;TR=150;WE=143352986;WS=143352968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	143365913	rs5895710	GT	G	4220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=76;PP=2951;SC=GCACCTGAAAGTTTCCCATGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=13;TCR=84;TR=88;WE=143365921;WS=143365903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	143381810	rs7822013	T	C	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=15;PP=2965;SC=TCATGTGGAGTGTGGAGAGTG;SOR=3.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=115;TCR=16;TR=130;WE=143381818;WS=143381800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	143382143	rs72687374	C	T	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=67;PP=1878;SC=GGGTCTGAGGCGGGGGCCTTC;SOR=4.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=73;WE=143382151;WS=143382133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	143399860	rs56055628	G	T	8789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=148;PP=2965;SC=AGGCAGAGGGGTCCATTCCTC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=169;TCR=148;TR=317;WE=143399868;WS=143399850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr8	143546381	.	TGGGCAGACAGGGGAGGC	T	1281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.617;QD=20.67;ReadPosRankSum=0.942;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr8	143556790	rs55875009	G	A	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TCCAGGCCACGAGCCCCTGCC;SOR=0.629;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=466;TCF=233;TCR=233;TR=230;WE=143556798;WS=143556780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,234:0.49:476
chr8	143559431	rs10481394	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=1031;ReadPosRankSum=-3.904;SC=GGTGTTCTCATCTATGTCCCA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=91;TCR=23;TR=56;WE=143559439;WS=143559421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr8	143560504	rs13279697	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=478;ReadPosRankSum=1.127;SC=CTGATGACTGATTTCTCCTCT;SOR=0.286;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=26;WE=143560512;WS=143560503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr8	143560555	rs13252518	T	C	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=837;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TGCCCCACATTCCTGGGTCCC;SOR=0.437;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=55;WE=143560563;WS=143560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr8	143560895	rs12682337	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.512;QD=18.57;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr8	143560996	rs66517676	AGCCAGCT	A	4969.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.248;NF=32;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CACCTTCCAGAGCCAGCTGCC;SOR=0.843;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=73;TCR=103;TR=76;WE=143561010;WS=143560986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,131:0.50:261
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chr8	143599665	rs13254123	T	C	6221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=152;PP=2965;SC=GCCTCTTCCCTTGAAGGTCAC;SOR=2.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=47;TCR=152;TR=199;WE=143599673;WS=143599641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	143599704	rs13281694	A	C	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=91;PP=2748;SC=CCCTCCCTCCATTTGTCCTCA;SOR=4.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=11;TCR=91;TR=102;WE=143599724;WS=143599694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr8	143599734	rs13281922	A	C	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=118;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=63;PP=1874;SC=TCACCTCCGCATTTGCCACGG;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=72;WE=143599761;WS=143599724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr8	143599753	rs13281945	A	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=3.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	143603269	rs7463713	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=964;SC=CTCAGTGGGGACAGGTGTGGG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=143603277;WS=143603259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr8	143623459	rs34364916	G	T	7983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.515;SC=AGCTGCACCTGCACGGCTCAC;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=782;TCF=434;TCR=348;TR=364;WE=143623467;WS=143623449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,374:0.47:797
chr8	143694775	rs28686812	G	C	5296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GGTCCAGCTCGCGCTGGATGG;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=486;TCF=236;TCR=250;TR=239;WE=143694783;WS=143694765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,241:0.49:490
chr8	143695144	rs2234911	G	A	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=62;PP=2050;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AGTCGTAGCCGTCTGCCTCGT;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=329;TCF=178;TCR=151;TR=141;WE=143695152;WS=143695134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,143:0.42:340
chr8	143695678	rs28403912	A	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	143695681	rs28641083	G	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	143696749	rs28660666	G	A	7817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.80;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr8	143696832	rs28625055	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-2.193;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr8	143746087	rs33951456	CCA	C	20586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=247;PP=2973;SC=TTTCTGAACTCCACACACAAC;SOR=0.822;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=337;TCF=68;TCR=269;TR=295;WE=143746096;WS=143746077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr8	143761931	rs2294008	C	T	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=53;PP=2085;SC=CCAGTGACCACGAAGGCTGTG;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=115;WE=143761939;WS=143761921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	143762135	rs2920279	A	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=18;PP=565;SC=TCCTCCAGGGAAGCTCTTGGC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=143762143;WS=143762125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	143762932	rs2976392	G	A	7872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=149;PP=2965;SC=GTCCGCATCTGTGTGCTGTTT;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=139;TCR=149;TR=287;WE=143762940;WS=143762922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr8	143763259	rs71514093	T	TG	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=6;PP=2286;SC=TTAGGCAGGGTGGGACAGGAG;SOR=3.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=54;WE=143763267;WS=143763258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr8	143849626	rs7006366	T	A	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	143857441	rs3214637	A	AGG	1960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1758;SC=GATCCAACTCAGGTGGCGCAC;SOR=4.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=37;WE=143857449;WS=143857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	143955657	rs5297	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-1.791;SC=CGGGAGTTCCATTTGTGCTGG;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=143955665;WS=143955647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr8	143956808	rs6395	A	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.241;NF=10;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=-3.013;SC=CTACCGAAGAACCCGCAGAGG;SOR=0.560;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=25;WE=143956816;WS=143956798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
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chr8	143956925	rs6392	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.434;NF=2;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.529;SC=AAGGACATGCTCCACGTTAAT;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=143956933;WS=143956915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr8	143956965	rs6391	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.623;NF=2;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=1.180;SC=GATTCCAGAGAAAGAAGAGCT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=143956973;WS=143956955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr8	143957129	rs61752786	G	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=8.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.386;NF=55;NR=2;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=0.245;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=129;TCR=3;TR=57;WE=143957137;WS=143957119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr8	143957405	rs6471570	A	C	6142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.222;SC=ATACCCTGAGAACGACAGAGC;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=585;TCF=244;TCR=341;TR=279;WE=143957413;WS=143957395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,286:0.47:609
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chr8	143957886	rs10105643	A	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.932;NF=15;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TCCTGCCCAGACTGCCCCGAC;SOR=0.973;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=52;WE=143957894;WS=143957876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
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chr8	143993315	rs3097	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=0.454;SC=AAGCTGTGCACGTGGGAGAGA;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=26;WE=143993323;WS=143993305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr8	143993640	rs6433	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.494;SC=ACCTATCCCACTTCTGACCAG;SOR=2.757;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=14;WE=143993648;WS=143993630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr8	143994266	rs61757294	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.075;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.446;NF=5;NR=44;PP=958;ReadPosRankSum=0.683;SC=GTCTGAGCTCACCACTCGCTC;SOR=3.791;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=138;TCF=32;TCR=106;TR=49;WE=143994274;WS=143994256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr8	143994321	rs6435	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.541;NF=12;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=-0.709;SC=GGGGCATCCATAGAAAGGGTC;SOR=1.429;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=35;WE=143994329;WS=143994311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr8	143994349	rs6397	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQRankSum=-3.260;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr8	143994361	rs4736320	T	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-2.149;NF=14;NR=19;PP=913;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTGTGCTCTCTGCACCCTTCC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=33;WE=143994369;WS=143994339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr8	143994427	rs6394	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.892;NF=7;NR=13;PP=377;ReadPosRankSum=1.046;SC=CGTAGGAAGTACTTCCTTGCA;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=20;WE=143994435;WS=143994417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr8	143994450	rs62525984	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQRankSum=-1.502;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr8	143994702	rs4538	G	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=8;PP=2965;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=5.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=125;TCR=8;TR=132;WE=143994710;WS=143994692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	143994944	rs13252628	T	G	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.544;NF=83;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.166;SC=CAGGACAACCTCCCTCTGAGG;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=160;TCR=291;TR=235;WE=143994952;WS=143994934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,247:0.53:467
chr8	143994978	.	CAAA	C,CAA	10837.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=156;PP=2969;SC=ATGCCCTGAGCAAAAACAGAG;SOR=2.766;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=7;TCR=164;TR=163;WE=143994990;WS=143994968;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:241
chr8	143994981	.	AA	CG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=59.91;NF=41;NR=155;PP=2947;QD=20;SC=CCCTGAGCAAAAACAGAGCCC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=204;TCF=41;TCR=163;TR=196;WE=143994990;WS=143994968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,196:0.96:204
chr8	143994982	.	A	ACG	10836.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=44.97;SOR=2.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr8	143995743	rs4543	C	T	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2327;ReadPosRankSum=0.294;SC=GTGACAGTTCCGCCTTCAACA;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=316;TCF=172;TCR=144;TR=159;WE=143995769;WS=143995733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,168:0.51:329
chr8	143995761	rs4536	C	T	9911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=180;NR=168;PP=2965;SC=ACAGGAGCTCCGCCACGATGC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=180;TCR=168;TR=348;WE=143995769;WS=143995733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr8	143996363	rs6418	A	G	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=10.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-5.957;QD=17.85;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,95:0.47:203
chr8	143996363	.	AGG	GGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=55.9;NF=54;NR=41;PP=2944;QD=20;SC=AGGCAGCCCCAGGCCTCCTGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=95;WE=143996373;WS=143996353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:106,95:0.47:201
chr8	143996365	rs6399	G	A	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=10.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-6.097;QD=17.76;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,96:0.47:204
chr8	143996539	rs4539	T	C	5459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.650;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.973;NF=76;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.271;SC=CACCTTCTTCTTCAGGGCCTG;SOR=0.478;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=276;TCF=156;TCR=120;TR=140;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,147:0.51:287
chr8	143996553	rs4546	G	A	5625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.619;NF=84;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.536;SC=GGGCCTGGGAGAAGTCCCTGG;SOR=0.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=316;TCF=169;TCR=147;TR=154;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,159:0.49:326
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chr8	143997877	rs7461740	C	G	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-6.383;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,137:0.44:308
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chr8	144097377	rs62525087	C	G	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1028;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGCATTCGGCCCGGTCAGGAC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=74;WE=144097385;WS=144097367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,82:0.56:147
chr8	144097453	rs13279735	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=0.563;SC=CTCCCCTTTCACCTGCCCCAA;SOR=0.385;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=14;WE=144097461;WS=144097443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
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chr8	144105026	rs147881012	TCCCGGTGTTCGGGC	T	2774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.07;MQRankSum=1.066;NF=26;NR=14;PP=2932;ReadPosRankSum=0.361;SC=AGGACAGAGATCCCGGTGTTC;SOR=0.961;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=40;WE=144105047;WS=144105016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr8	144105342	rs7823963	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ACGGGGGCGCAGTCATCCCCT;SOR=0.086;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=144105350;WS=144105332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	144124609	rs11136300	T	C	11690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=196;PP=2965;SC=CAGGGGCTGCTGGCTGCCAGG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=232;TCR=198;TR=426;WE=144124617;WS=144124599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr8	144125727	rs6997455	T	A	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=84;PP=2438;SC=GCAGCTGGCGTTGGGAGGCTA;SOR=2.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=25;TCR=85;TR=109;WE=144125735;WS=144125717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	144126244	rs4612316	T	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=81;PP=1587;ReadPosRankSum=1.820;SC=GGTGGGTGACTGCAGCACATG;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=59;TCR=157;TR=112;WE=144126252;WS=144126234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,113:0.52:219
chr8	144130550	rs12677862	C	G	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=33;PP=2965;SC=GGATGTCCCACACCCTGTCAT;SOR=2.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=126;TCR=33;TR=159;WE=144130558;WS=144130540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr8	144295154	rs61747644	C	T	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TGAAGGCGCTCGGGGCTGTCC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=116;TCR=135;TR=138;WE=144295162;WS=144295144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,142:0.54:261
chr8	144295321	rs13253453	C	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=789;SC=CCCCAGCCCACAGCAGCATGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=144295329;WS=144295311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	144295782	rs11538388	G	T	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=90;PP=2254;ReadPosRankSum=-0.950;SC=AGGATGAGGTGGAAGAGGAGG;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=295;TCF=129;TCR=166;TR=154;WE=144295790;WS=144295772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,162:0.53:303
chr8	144332012	rs6558339	T	C	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=79;PP=1981;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGGAACAGAATGATGGAGAAG;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=197;TCR=180;TR=165;WE=144332020;WS=144332002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,172:0.44:392
chr8	144332082	rs11136275	T	C	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=86;PP=2073;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TGCAGAAGAGTGCGCTCAGAG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=376;TCF=186;TCR=190;TR=168;WE=144332090;WS=144332072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,172:0.45:383
chr8	144351632	rs6558341	A	G	12491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=257;PP=2965;SC=TCTCATCACCAGGGACACCTG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=196;TCR=257;TR=452;WE=144351640;WS=144351622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr8	144357213	rs3817675	G	C	14679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=285;NR=234;PP=2965;SC=GTGGCCCCACGTGGACTCCTG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=520;TCF=285;TCR=235;TR=519;WE=144357221;WS=144357203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr8	144357479	rs3812433	C	G	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=191;PP=2965;SC=TTTAACAGTGCTGAGCCCTCG;SOR=1.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=114;TCR=191;TR=305;WE=144357487;WS=144357469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
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chr8	144357992	rs2293923	A	G	7450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=59;PP=2965;SC=CTCTGCTCTCACTCCCCGTCC;SOR=1.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=132;TCR=59;TR=191;WE=144358000;WS=144357982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
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chr8	144391452	rs11136285	G	A	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=0;PP=1925;SC=CAAAGTGCTGGGATTACAGGT;SOR=8.497;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=67;TCR=0;TR=67;WE=144391460;WS=144391442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr8	144391796	rs10088567	G	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=55;PP=1943;SC=AAGGGCGAGCGTCCTCCATGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=74;WE=144391804;WS=144391786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	144391873	rs10105378	A	G	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=21;PP=1611;SC=CACCCCACGCATGCCGCCACC;SOR=1.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=81;WE=144391881;WS=144391863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr8	144391930	rs10091561	G	A	9160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=43.42;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr8	144392368	rs2293925	G	A	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=123;PP=2965;SC=TCCAGGAGCCGCCTCTTCTTC;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=79;TCR=123;TR=202;WE=144392376;WS=144392358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	144397798	rs35506042	G	GGA	4876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=22;PP=2975;SC=CTCCGCACAAGGAGACAACAA;SOR=1.652;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=67;WE=144397806;WS=144397788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	144398029	rs13275896	A	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=89;PP=2880;SC=GCCCCTCCCCATCCCGCACCA;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=56;TCR=90;TR=144;WE=144398037;WS=144398019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	144398123	rs2293928	G	C	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	144398132	rs2293927	T	C	7706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	144398396	rs2293926	C	T	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=66;PP=1850;SC=CAGCCCCTTCCACTCACACAG;SOR=3.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=78;WE=144398404;WS=144398386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	144399856	rs3215410	TC	T	1234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=1059;SC=GGGGCCGTGCTCCCCCCGCGC;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=34;WE=144399864;WS=144399846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	144399885	rs2272637	A	C	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=44.92;SOR=3.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	144399885	.	AG	CT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=29;MQ=60.13;NF=58;NR=10;PP=2947;QD=20;SC=GGTGTGGGGCAGGCTCACCGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=68;WE=144399894;WS=144399875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,68:0.87:78
chr8	144399886	rs2272636	G	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=44.35;SOR=3.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	144400036	rs11780593	C	T	9666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=183;NR=168;PP=2965;SC=TCTATAATTACGTGGTTTTGC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=183;TCR=168;TR=351;WE=144400044;WS=144400026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr8	144400089	rs2272634	C	T	8271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=150;PP=2965;SC=GACATGTCAGCCGTTGGGTCA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=143;TCR=150;TR=292;WE=144400097;WS=144400079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr8	144403292	rs12680237	C	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=31;PP=2965;SC=ACAGACCCCACGGCAGCTCCG;SOR=2.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=122;TCR=32;TR=153;WE=144403300;WS=144403282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	144406881	rs12680498	G	A	9469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=102;NR=227;PP=2965;SC=CTGGTCAACCGTCCCACGTGG;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=102;TCR=227;TR=329;WE=144406889;WS=144406871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr8	144409934	rs35096181	C	A	12126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.235;NF=154;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.997;SC=TGGCATCAGGCCAAAGAAGAG;SOR=0.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=160;TCR=83;TR=230;WE=144409954;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr8	144409938	rs11424162	A	AG	12598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.332;NF=101;NR=82;PP=2969;ReadPosRankSum=0.639;SC=ATCAGGCCAAAGAAGAGGGTC;SOR=0.579;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=183;WE=144409954;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr8	144411759	rs3812436	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	144411767	rs2467894	C	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.21;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	144417051	rs2956274	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=41;PP=1102;SC=TCCGGGAAAGAGCGACAAGCT;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=144417059;WS=144417041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	144425247	rs7837655	C	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1149;SC=CTTATTTCACCATAAAATCTT;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=144425255;WS=144425237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	144459233	rs5895764	C	CGT	1324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.442;NF=33;NR=4;PP=1668;ReadPosRankSum=1.251;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SOR=2.891;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=37;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr8	144459329	rs901760	C	T	8005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=27.23;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	144460569	rs901762	G	A	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=171;SC=AGACACATGCGGAGGCTGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=144460577;WS=144460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	144462169	rs3812440	A	G	14977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=293;NR=273;PP=2965;SC=AGTGCCCACCACACTTGCCCA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=567;TCF=293;TCR=274;TR=566;WE=144462177;WS=144462159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
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chr8	144523323	rs2294114	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=1174;ReadPosRankSum=-2.367;SC=TGGGTGGGCCGGCTGGAGGCT;SOR=1.630;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=62;WE=144523331;WS=144523313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr8	144566944	rs11786237	C	T	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=17;PP=1417;ReadPosRankSum=0.506;SC=CCTGCCTAGGCCCTCAAGGAC;SOR=1.031;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=177;TCF=137;TCR=40;TR=83;WE=144566952;WS=144566934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,82:0.46:177
chr8	144618379	rs11774857	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=406;SC=AGCATATCCCATCAGGCAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=144618387;WS=144618369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	144620183	rs4874147	T	C	8186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=105;PP=2965;SC=CTTGTGCTGCTGCGTCTCCGG;SOR=1.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=189;TCR=106;TR=292;WE=144620191;WS=144620173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr8	144620342	rs1318196	T	C	10534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=213;PP=2965;SC=TCCTTGCTGCTGGCCTCCGAC;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=385;TCF=171;TCR=214;TR=384;WE=144620350;WS=144620332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr8	144620855	rs4873802	C	A	10045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.941;SC=GGGAAGCTCGCCTTGACGGCA;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=691;TCF=375;TCR=316;TR=431;WE=144620863;WS=144620845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,445:0.63:703
chr8	144620871	rs3750209	A	G	5195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CGGCAATCACACTCTCACTGA;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=755;TCF=397;TCR=358;TR=282;WE=144620879;WS=144620861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,281:0.37:767
chr8	144621035	rs3750208	G	A	5205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AGCTGTCCCCGAGGGGGCTCA;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=444;TCF=194;TCR=250;TR=221;WE=144621043;WS=144621025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,230:0.50:458
chr8	144621084	rs3750207	T	G	16697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.06;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr8	144621084	.	TTCCTCAA	GTCCTCAA,GTCCTCAT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=228,103;NR=214,92;PP=2962,2944;QD=20;SC=TCCAGGGGGTTTCCTCAAATT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=229;TCR=214;TR=442,195;WE=144621099;WS=144621074;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:443
chr8	144621091	rs3750206	A	T	4898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,226:0.49:463
chr8	144623735	rs2242092	G	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=100;PP=2932;SC=CCGCCGTCGCGCTGACAACGG;SOR=5.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=4;TCR=100;TR=104;WE=144623743;WS=144623725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	144636949	rs7844860	T	C	14241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=354;PP=2965;SC=CCACACAACATGCACGTGCAT;SOR=1.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=519;TCF=163;TCR=356;TR=517;WE=144636957;WS=144636939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr8	144640506	rs80346174	G	C	5826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.261;SC=GGCGGGCCCTGCGTCAGGTTG;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=550;TCF=317;TCR=233;TR=277;WE=144640514;WS=144640496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,280:0.50:559
chr8	144641159	rs59789236	G	GGTGA	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=6.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=5.204;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr8	144641161	rs4292703	A	G,ACTCTGGCTGGGTTTTGCAGTGGGTCCCTGCG	4483.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=76;NR=71;PP=2599;SC=GGGTCCCTGCACCACGCTCAG;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=147;WE=144641169;WS=144641151;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.49,0.51:68
chr8	144641313	rs7840166	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGAGAACACTGTAATTCTGTG;SOR=0.313;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=144641321;WS=144641303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr8	144641753	rs4874151	A	C	3601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=126;PP=2390;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GCAGAGCCCCAGGGAGGCTGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=398;TCF=110;TCR=288;TR=173;WE=144641761;WS=144641743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,178:0.44:407
chr8	144642151	rs146152826	G	GAGGGC	2831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.847;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,74:0.41:180
chr8	144642178	rs11774948	T	C	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.97;NF=58;NR=114;PP=2965;SC=GGGCCCCACCTACCCCAAGCA;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=58;TCR=114;TR=172;WE=144642186;WS=144642168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	144642244	rs73375262	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.92;MQRankSum=-0.757;NF=19;NR=23;PP=806;ReadPosRankSum=-0.019;SC=AGGTTTTGCTATCTCGGCCAG;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=42;WE=144642252;WS=144642234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
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chr8	144642596	rs7835865	T	C	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AGTCCACCTTTCCTCATGGGG;SOR=0.725;Source=Platypus;TCF=145;TR=151;WE=144642604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,159:0.51:309
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chr8	144649550	rs7010602	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=760;SC=AGCCCCGGGCACGGGCCAGCA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=144649558;WS=144649540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	144649601	rs13268196	A	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=33;PP=1378;SC=CCGCGGCCACAGCCGGCTTGG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=144649609;WS=144649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	144649625	rs10097556	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=39;PP=1694;SC=CGCTCTGCAGTCGCCCTAGGT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=144649633;WS=144649615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr8	144649690	rs13254590	C	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=40;PP=1813;SC=AGTGCCCGGGCCCCTGGCCCT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=91;WE=144649698;WS=144649680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	144649968	rs13255489	C	T	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=89;PP=2965;SC=ATAAGCACGGCGGCTGCCCGG;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=154;WE=144649976;WS=144649958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	144650503	rs13271361	G	A	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=105;PP=2965;SC=GGGAAGAGGGGGAGCAAGGGC;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=80;TCR=105;TR=185;WE=144650511;WS=144650482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	144650550	rs10101426	T	C	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=65;PP=1887;SC=GGCAGGAGACTGGATTGATTC;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=144650558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	144650925	rs13279011	A	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=0.020;SC=AGGCGGAGACAGAGAGGGGCT;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=21;WE=144650933;WS=144650915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr8	144651576	.	C	G	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=2;PP=118;QD=15.2771212547;SC=GTGACAGCGGCAGGGGCGGGA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=144651584;WS=144651566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	144652281	rs11990325	T	A	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=86;PP=2166;ReadPosRankSum=1.225;SC=TGGCGGCCTTTCTCCTCGAGA;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=269;TCF=113;TCR=156;TR=142;WE=144652289;WS=144652271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,142:0.52:275
chr8	144653218	rs4874152	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=341;SC=GTGTCCAGGGAATGTAGGGAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=144653226;WS=144653208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	144654255	rs4874153	A	G	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=64;PP=2965;SC=CAGGGTGAGCACTGTCGCCTG;SOR=1.305;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=120;TCR=64;TR=182;WE=144654263;WS=144654245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	144654582	rs4874154	C	A	19728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr8	144654586	rs4874155	G	C	19727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr8	144657152	rs77951814	C	G	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=81;PP=2484;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGCCTCCCCCCAACCTGGTAC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=132;TCR=161;TR=145;WE=144657160;WS=144657142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,154:0.50:305
chr8	144657269	rs2290417	G	C	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CACAGCTGCAGGGAGGAGGTA;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=122;WE=144657277;WS=144657259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,127:0.48:264
chr8	144657600	rs2290416	G	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1622;ReadPosRankSum=0.699;SC=CACCGTCAGAGCCCAGGAGCC;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=105;TCR=130;TR=114;WE=144657608;WS=144657590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
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chr8	144658370	rs896955	C	T	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=71;PP=1748;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GGCCACCCCTCGGGTCTTCCT;SOR=0.621;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=247;TCF=96;TCR=151;TR=121;WE=144658378;WS=144658360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,127:0.50:252
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chr8	144671956	rs3812447	G	A	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=109;PP=2874;ReadPosRankSum=-2.169;SC=GGCCAGGTCCGCGGGGCCGAG;SOR=0.872;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=412;TCF=181;TCR=231;TR=188;WE=144671964;WS=144671946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,194:0.45:430
chr8	144672541	rs751932	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=290;ReadPosRankSum=-0.727;SC=ATGAACAATATATAATTTTGT;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=144672549;WS=144672531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr8	144681714	rs58573550	G	A	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1849;ReadPosRankSum=0.859;SC=GCTGCAGGGAGGAGGTGGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=120;TCR=139;TR=122;WE=144681722;WS=144681704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,129:0.47:272
chr8	144687092	rs896962	T	C	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1495;ReadPosRankSum=-1.410;SC=AGCTTAGGATTGGGAGGAAAG;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=296;TCF=161;TCR=135;TR=125;WE=144687100;WS=144687082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,127:0.42:299
chr8	144689146	rs2242089	C	T	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=97;PP=2759;ReadPosRankSum=0.640;SC=CTCAGAGACACCCCAGCAGCC;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=395;TCF=211;TCR=184;TR=200;WE=144689154;WS=144689136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,203:0.50:405
chr8	144689588	rs7818082	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=472;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GCACATGCACGCACTCACGAG;SOR=0.571;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=33;WE=144689596;WS=144689578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr8	144689686	rs4874169	A	G	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=66;PP=1915;ReadPosRankSum=-1.630;SC=GCACAAACACATGCACACACA;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=376;TCF=211;TCR=165;TR=163;WE=144689694;WS=144689676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,169:0.44:387
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chr8	144695176	rs2242087	C	T	5190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CAGGGAGGGTCGGGGCCGCAT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=500;TCF=197;TCR=303;TR=241;WE=144695184;WS=144695166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,244:0.48:504
chr8	144695499	rs2242086	C	A	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.418;SC=GCGAGAAGAGCACCTCCACCC;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=474;TCF=205;TCR=269;TR=227;WE=144695507;WS=144695489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,237:0.48:495
chr8	144695867	rs6558377	A	G	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=125;PP=2965;SC=TCCCAGGACAACCTTGGATCC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=134;TCR=125;TR=259;WE=144695875;WS=144695857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
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chr8	144808003	rs4875045	G	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=27;PP=2589;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGCTCAAGCAGATGAGCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=93;TCR=27;TR=119;WE=144808011;WS=144807993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr8	144808572	rs117987215	C	T	6892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=0.445;SC=CAGGCGCGCCCGCGGACCCCG;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=585;TCF=305;TCR=280;TR=304;WE=144808580;WS=144808562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,312:0.52:598
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chr8	144824898	rs7463016	A	C	10831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AGGATACACAACCACCCTACC;SOR=0.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=206;TCR=169;TR=372;WE=144824906;WS=144824888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,387:1.00:388
chr8	144825035	rs4074642	T	G	11991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=199;PP=2965;SC=GTCACGGTGCTAAGGGGCCTG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=223;TCR=199;TR=421;WE=144825043;WS=144825025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
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chr8	144900756	rs7833632	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=50;PP=1449;SC=GGCGGCAGGAAGCTGGGCAGC;SOR=3.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=144900764;WS=144900746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr8	144940300	rs4977191	G	A	18581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.709;NF=426;NR=278;PP=2962;ReadPosRankSum=3.068;SC=CGGCCAGGACGCGGTTCATCT;SOR=1.304;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=1079;TCF=611;TCR=468;TR=704;WE=144940308;WS=144940290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,741:0.67:1104
chr8	144941419	rs12681478	C	T	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.633;SC=TCAGTGCCTCCGCCTTCTCGA;SOR=0.506;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=506;TCF=202;TCR=304;TR=241;WE=144941427;WS=144941409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,247:0.48:514
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chr8	144992361	rs7822511	T	C	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=69;PP=1865;ReadPosRankSum=-1.592;SC=CGTCCGACAGTGGCAGGAGCA;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=304;TCF=162;TCR=142;TR=142;WE=144992369;WS=144992351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,145:0.46:317
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chr8	144993324	rs6984820	C	T	5786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.517;SC=TGTACACCTGCGTGGTCTCCA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=577;TCF=281;TCR=296;TR=283;WE=144993332;WS=144993314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,276:0.48:576
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chr8	144995736	rs11777402	G	A	8622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TCACAGCCTCGTTGACGGTCA;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=834;TCF=397;TCR=437;TR=405;WE=144995744;WS=144995726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,408:0.49:839
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chr8	144996408	rs11778026	T	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GCAGCTGCTGTGCCTTGGCCA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=109;TCR=75;TR=82;WE=144996416;WS=144996398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr8	144996598	rs11786903	G	A	4800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GGGACCGCCAGCCCAGGAGCA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=485;TCF=255;TCR=230;TR=229;WE=144996606;WS=144996588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,238:0.47:502
chr8	144996635	rs11786934	G	A	4326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=105;PP=2948;ReadPosRankSum=1.657;SC=GCAGATCCCCGGGCCCACCCG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=459;TCF=218;TCR=241;TR=204;WE=144996643;WS=144996625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,212:0.45:471
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chr8	144997927	rs7002002	G	A	4336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=94;PP=2646;ReadPosRankSum=0.789;SC=CTGCTGCACCGCGAAGGCGTG;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=441;TCF=236;TCR=205;TR=204;WE=144997935;WS=144997917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,212:0.47:450
chr8	144998169	rs1140522	C	T	6299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=67;PP=2473;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CCTCCTCCGCCGCCAGCTGCC;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=302;TCF=176;TCR=126;TR=162;WE=144998177;WS=144998159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,171:0.54:319
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chr8	145007187	rs11136336	G	A	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AGTCACCTGGGCCACCTGGGT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=80;WE=145007195;WS=145007177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
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chr8	145008443	rs11783772	A	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGGCAGTGACACACCCTCGGG;SOR=0.269;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=77;WE=145008451;WS=145008433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr8	145008560	rs11783799	A	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=66;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CCTTCTCCACATCCAGCGGGT;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=156;TCR=160;TR=132;WE=145008568;WS=145008550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,131:0.41:323
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chr8	145057868	rs11544989	A	G	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=71;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCCTGGGGTCACCTCCTCCTC;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=201;TCR=162;TR=159;WE=145057876;WS=145057858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,168:0.44:381
chr8	145058037	rs11989052	A	G	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GTTGGAATGGATGAAAGATGG;SOR=0.210;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=156;TCF=61;TCR=95;TR=84;WE=145058045;WS=145058027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,85:0.54:156
chr8	145058986	rs11136343	A	G	6897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTCCTGCCCCAGCAACCCCTT;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=620;TCF=335;TCR=285;TR=321;WE=145058994;WS=145058976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,325:0.52:626
chr8	145059425	rs11136344	T	C	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GGCTCCAGGATGTCGTAGTGG;SOR=0.506;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=481;TCF=253;TCR=228;TR=235;WE=145059433;WS=145059415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,241:0.50:484
chr8	145060112	rs11136345	G	A	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=52;PP=2234;ReadPosRankSum=0.547;SC=CATGTAGTTCGTGATCTGCCT;SOR=1.102;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=139;WE=145060120;WS=145060102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,145:0.45:319
chr8	145066004	rs67714660	C	G	5986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.408;SC=GCGGTGGGGGCTGTGGCTCCC;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=482;TCF=247;TCR=235;TR=259;WE=145066012;WS=145065994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,264:0.54:493
chr8	145066853	rs56261297	C	T	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.493;SC=TGTGCTGTCACCTCCAGTTCC;SOR=0.879;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=465;TCF=250;TCR=215;TR=232;WE=145066861;WS=145066843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,234:0.50:472
chr8	145066886	rs13277282	A	G	16630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=312;NR=243;PP=2965;SC=CCCAGCTGCTACTGGGGAACA;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=558;TCF=314;TCR=244;TR=555;WE=145066894;WS=145066876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr8	145106938	rs60949781	GCC	G	18049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=168;PP=2976;SC=TGCCCCCCGAGCCCCCCGCCG;SOR=1.214;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=290;TCF=107;TCR=183;TR=268;WE=145106947;WS=145106928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr8	145107795	rs11136253	G	A	13296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=293;NR=154;PP=2965;SC=AGTCAAACACGGCGCTGCCCT;SOR=1.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=294;TCR=155;TR=447;WE=145107803;WS=145107785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr8	145109873	rs371475686	TG	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr8	145149823	rs13256214	G	T	195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	145149860	rs6984764	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=204;SC=CGCGACCGGGACCAGCGCGCT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=145149868;WS=145149850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	145150101	rs11541475	T	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=40;PP=1358;SC=GCAGCGCGCGTCCCGGGCAGC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=145150109;WS=145150091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	145150832	rs7820984	A	G	8635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=127;PP=2965;SC=GGGGCTGGCCATGGCTCTGCA;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=193;TCR=127;TR=320;WE=145150840;WS=145150822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr8	145151665	rs200379271	TGGCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC	TCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC,T	15332.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=97;PP=2918;SC=GCCTCCAGTCTGGCAGTGGGC;SOR=1.645;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=116;TCF=9;TCR=107;TR=106;WE=145151701;WS=145151655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:339
chr8	145151668	.	CAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCCA	C	15296.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr8	145151693	.	A	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=48;NR=101;PP=2965;QD=20;SC=ATACTTCTCCACTACCCCCAG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=185;TCF=54;TCR=131;TR=149;WE=145151701;WS=145151655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:36,149:0.81:185
chr8	145158446	rs12549149	C	T	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=52;PP=2437;SC=CGCCCTCCGCCCCCACTCACC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=128;WE=145158454;WS=145158436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	145158503	rs11136254	G	T	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=62;PP=2392;SC=CGCCCAGGCCGCTCAGGGTCC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=129;WE=145158511;WS=145158493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	145160646	rs11136256	T	C	9956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=174;PP=2965;SC=CTGTGGAGACTGGAGATGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=184;TCR=174;TR=358;WE=145160654;WS=145160636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
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chr8	145164617	rs13281660	G	T	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=77;PP=2965;SC=TCCTGTCGGCGGCCACCGGGC;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=190;WE=145164625;WS=145164607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	145164847	rs13250446	A	G	15476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=278;NR=283;PP=2965;SC=ACGGATCTCGAAGGCGCCTTC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=562;TCF=278;TCR=284;TR=561;WE=145164855;WS=145164837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr8	145168298	rs5895787	T	TG	2061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=15;PP=1668;SC=GTGTCCAGGCTGGGGAATCCA;SOR=2.194;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=40;WE=145168306;WS=145168288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	145168611	rs7463214	A	G	6428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=119;PP=2965;SC=GCCATCCCAAACCCAGTGGCA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=102;TCR=119;TR=221;WE=145168619;WS=145168595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr8	145168824	rs7836836	T	C	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=115;PP=2965;SC=CCACGGGAGGTGGGCTTACAC;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=250;WE=145168832;WS=145168814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	145170440	rs12543080	A	C	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=103;PP=2965;SC=CTGGCACCCAAGCGCAGCTGG;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=99;TCR=103;TR=202;WE=145170448;WS=145170430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	145170704	rs13278106	A	T	9613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=175;PP=2965;SC=CACCCGCCAGAGCCCTACACG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=162;TCR=175;TR=337;WE=145170712;WS=145170694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr8	145171003	rs4977193	G	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=18;PP=1993;SC=GGCCCCATGCGGTCCCGGCTC;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=83;WE=145171011;WS=145170993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	145171201	rs1132230	A	G	15671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=330;PP=2965;SC=AGCTGACCGGACTGGTGGCCT;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=575;TCF=245;TCR=330;TR=575;WE=145171209;WS=145171191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr8	145223191	rs6982878	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=602;SC=AGGCTTTGTCGCTGCAGAGCT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=145223199;WS=145223181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	145223288	rs34819224	C	T	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=51;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CTCGGGGAGGCGCGGCCGGTG;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=114;TCR=51;TR=163;WE=145223296;WS=145223278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr8	145223499	rs6558308	G	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=55;PP=1581;SC=CTATGTCAGGGTGGGTAACCT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=65;WE=145223507;WS=145223489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	145234508	rs7842771	G	C	12897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=249;PP=2965;SC=CAGGCCCTCTGGCCTCGCAGA;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=213;TCR=250;TR=462;WE=145234516;WS=145234491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr8	145235425	rs199893550	C	T	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=60;PP=1369;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCTTCTGCTCCGGTAAGAGGC;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=58;TCR=123;TR=89;WE=145235433;WS=145235415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,91:0.50:182
chr8	145245631	rs6558318	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=1;PP=1955;SC=ACATAGGTGCTGAGGATCGTC;SOR=7.276;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=70;TCR=1;TR=70;WE=145245639;WS=145245621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	145245647	rs13267392	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=9;PP=2837;SC=TCGTCACAAACCCATGGCCTG;SOR=4.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=99;TCR=9;TR=108;WE=145245655;WS=145245637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	145245944	rs10108542	A	G	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=86;PP=2620;SC=TTGCATTGGCAAGCAGAGGTG;SOR=2.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=106;WE=145245952;WS=145245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	145254159	rs7464776	T	C	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=68;PP=1807;SC=ACAGGGTCACTGCCTGCTGTA;SOR=1.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=104;WE=145254167;WS=145254149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	145255553	rs6558320	C	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=31;PP=968;SC=GCTTTGAATTCTCTAGAAAGA;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=145255561;WS=145255543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	145550338	rs6599571	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=176;SC=AGCGTGGGCCTGCCGGGTTCG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=145550346;WS=145550328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	145557497	rs7013127	A	C	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	145577824	rs880701	C	G	4555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,132:0.35:374
chr8	145577829	rs880702	A	C	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,121:0.35:349
chr8	145577999	rs2272664	T	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.428;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=1.193;SC=AGACTGGGGGTGGCGCGGCGC;SOR=0.290;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=40;WE=145578007;WS=145577989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr8	145578296	rs2272663	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=699;ReadPosRankSum=0.843;SC=CCTGCTGCACAAATGGGTAGA;SOR=0.970;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=108;TCR=55;TR=61;WE=145578304;WS=145578286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr8	145579949	.	G	GGCCGCT	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=23.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.781;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,52:0.24:219
chr8	145579951	.	A	ACC	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=18.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.839;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,50:0.23:221
chr8	145579954	.	G	GGCACGGCACAAGGGCCCCCACACCTCACGTGCCTGGCCACAACCCAGAACAA	3541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=15.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.961;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,45:0.20:220
chr8	145580984	rs2272666	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=449;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGCAGGCAAGCAGACATCC;SOR=0.949;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=24;WE=145580992;WS=145580974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr8	145581557	rs2280840	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=559;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CCAACTGGGCGCCTAAGGGGC;SOR=2.018;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=27;WE=145581565;WS=145581548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr8	145582839	rs3817681	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1096;ReadPosRankSum=0.313;SC=TCTGTTTCTTTCAAGCTAGAA;SOR=0.302;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=71;WE=145582847;WS=145582829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,76:0.47:163
chr8	145584731	rs11546261	A	G	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=94;PP=2347;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CAATGCTGCCACCATGCCTGA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=70;TCR=162;TR=134;WE=145584739;WS=145584721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,136:0.58:233
chr8	145603114	rs6599528	A	C	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=92;PP=2390;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TGCTGCACAGAAGGCAGAAGC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=146;TCR=220;TR=150;WE=145603122;WS=145603104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,156:0.41:379
chr8	145615776	rs1383095	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr8	145617534	rs148509143	TGGGGGTGCAAGGTGA	T	1396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=2966;ReadPosRankSum=1.481;SC=GCAGCCGCACTGGGGGTGCAA;SOR=0.576;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=20;WE=145617556;WS=145617524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr8	145618309	rs1052951	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr8	145618312	rs1052952	G	A	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr8	145618862	rs2272661	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=555;ReadPosRankSum=1.536;SC=GTGCTGCACGCGGGCGGGGCC;SOR=0.502;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=44;WE=145618870;WS=145618852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,45:0.28:162
chr8	145620296	rs2280837	C	G	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2063;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACCCCACCCCCGCCGGCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=170;TCR=195;TR=139;WE=145620304;WS=145620286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,148:0.39:382
chr8	145621556	rs2280836	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=1.005;SC=AACCGGCCGGACCCCACCTGT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=145621564;WS=145621546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr8	145622923	rs2977835	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCCCAGGGACTCAAGCCCCTA;SOR=0.921;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=316;TCF=154;TCR=162;TR=109;WE=145622931;WS=145622913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,116:0.36:325
chr8	145623098	rs2977834	T	C	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1131;ReadPosRankSum=1.456;SC=TGGACTGCTGTGGGGAGAGGG;SOR=0.784;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=252;TCF=134;TCR=118;TR=103;WE=145623106;WS=145623088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,102:0.38:267
chr8	145623378	.	CCCCACCACCGTCCCCACCCACCTACCTCCTTCCAGCAGGCGGATG	C	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.126;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,29:0.27:109
chr8	145623446	rs56293142	C	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.100;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CCACCTCCCCCCCACCGTCCC;SOR=0.242;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=7;WE=145623454;WS=145623436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr8	145623622	.	C	A	169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=43.11;NF=8;NR=2;PP=169;QD=20.3771212547;SC=CCACCTCCCCCCCACCGTCCC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=145623630;WS=145623612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,10:0.48:21
chr8	145623881	rs141269368	C	CCCCAGGT	6515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.167;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,169:0.38:448
chr8	145623963	rs4317614	G	A	5314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.518;NF=127;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GTCTGCGGCCGTCGTCGTCTG;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=686;TCF=335;TCR=351;TR=255;WE=145623971;WS=145623953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:440,279:0.39:719
chr8	145624640	rs2293963	C	T	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=48;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CTGGCTGGGACGGGGGCCCTG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=335;TCF=199;TCR=136;TR=125;WE=145624648;WS=145624630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,126:0.37:342
chr8	145625283	rs2291135	T	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=6.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,69:0.38:184
chr8	145625524	rs145341443	GCC	G	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=16.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=1.126;SOR=1.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr8	145625538	rs141140965	C	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.63;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr8	145639320	rs736676	G	C	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2700;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CACCCGCCGGGTACCTTCCCA;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=294;TCF=167;TCR=127;TR=165;WE=145639328;WS=145639310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,159:0.55:288
chr8	145639521	rs4992316	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=34;PP=1398;SC=GGTCCCAGGGTGCCTCCCACC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=145639529;WS=145639511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr8	145661320	rs2721140	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=1035;ReadPosRankSum=1.805;SC=GCCAGTCCCCGGCCAGGCACT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=67;WE=145661328;WS=145661310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr8	145661675	rs7830832	G	A	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CCTGACATGGGCCTGAGAGGC;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=73;WE=145661683;WS=145661665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr8	145662377	rs2242270	A	C	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=100;PP=2245;ReadPosRankSum=-1.609;SC=GTGTCCACCAAGGTGCGCCAG;SOR=0.557;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=568;TCF=263;TCR=305;TR=196;WE=145662385;WS=145662367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,205:0.35:593
chr8	145663814	rs13255086	A	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=19;PP=1240;ReadPosRankSum=0.278;SC=CAGCTCCTCCATGCTAGGCAG;SOR=0.873;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=100;TCR=33;TR=80;WE=145663822;WS=145663804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,81:0.60:135
chr8	145665407	rs2229315	C	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=25;PP=1580;ReadPosRankSum=2.217;SC=CCCTCACCGCCCTCTGAGAGC;SOR=0.712;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=92;TCR=34;TR=90;WE=145665415;WS=145665397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,96:0.73:132
chr8	145665516	rs2306383	T	C	8054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=141;PP=2965;SC=TGAGCTCCCGTAGTCTGGTTT;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=136;TCR=141;TR=277;WE=145665524;WS=145665506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
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chr8	145665699	rs2721188	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=821;ReadPosRankSum=-1.853;SC=CTGGGCTCACCGGGGAGCCAG;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=49;WE=145665707;WS=145665689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr8	145665761	rs2229313	G	A	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=2092;ReadPosRankSum=0.387;SC=GGGCCTGCTGGGCACAGCTGA;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=128;WE=145665769;WS=145665751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,130:0.60:216
chr8	145667405	rs2242264	C	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=3;PP=1687;SC=GCCCCATTCGCACCCCCAGGC;SOR=4.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=60;TCR=3;TR=63;WE=145667413;WS=145667395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	145668042	rs741969	G	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=1931;ReadPosRankSum=0.915;SC=TCCCTCCTGGGGCGGGGCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=132;WE=145668050;WS=145668032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,137:0.57:242
chr8	145668443	rs760477	G	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=12;PP=1460;ReadPosRankSum=1.955;SC=GATTGCCCAAGGAGGCTGCGG;SOR=1.132;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=205;TCF=168;TCR=37;TR=79;WE=145668451;WS=145668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,77:0.37:206
chr8	145668481	rs2242263	C	T	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=48;PP=2576;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CTCTTCGGCCCGAAGTTCAGG;SOR=0.993;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=415;TCF=282;TCR=133;TR=168;WE=145668489;WS=145668471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,167:0.39:425
chr8	145677469	rs2245052	A	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=7;PP=1679;SC=CCTTGCAGGGATGGTGAAGCC;SOR=3.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=64;WE=145677477;WS=145677459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	145678020	rs1871538	C	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=54;PP=1642;SC=AGCTGTCCTCCCATATGGCTT;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=145678028;WS=145678010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr8	145690396	rs2620645	A	C	11100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=220;PP=2965;SC=CACTCTAGTAAGCCCAGGTTC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=195;TCR=221;TR=415;WE=145690404;WS=145690386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr8	145691915	rs112422823	G	C	10397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=230;PP=2965;SC=AGCGGGGCTGGCCGTGCAGCC;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=132;TCR=230;TR=362;WE=145691923;WS=145691905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr8	145692110	rs2306388	C	T	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=168;SC=CTGCCTGCCCCCCTCCTCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=145692118;WS=145692100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	145692296	rs2250895	A	C	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=85;PP=2965;SC=GGCCTGGCTCAAGCACGTGAC;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=114;TCR=85;TR=199;WE=145692304;WS=145692286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	145692385	rs2250891	C	T	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=92;PP=2965;SC=CAGCCGAGGGCCGCGCGGCCG;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=179;WE=145692393;WS=145692375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	145692762	rs2291133	G	T	12309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=245;NR=182;PP=2965;SC=GAACTCTGGAGGGAGCAAATC;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=245;TCR=182;TR=427;WE=145692770;WS=145692752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr8	145692812	rs2250779	C	T	16790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=346;NR=238;PP=2965;SC=GGGTCATGTTCCGGAAGATTT;SOR=1.144;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=586;TCF=347;TCR=239;TR=584;WE=145692820;WS=145692802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr8	145693720	rs2250657	A	G	8406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=169;PP=2965;SC=AGGAGGAGGCAGAGGCATTGC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=144;TCR=169;TR=313;WE=145693728;WS=145693710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr8	145697244	rs4925823	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=18;PP=1694;SC=ACCTGCCTTCGTGGCACTCCC;SOR=2.120;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=82;WE=145697252;WS=145697234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	145699601	rs2721176	T	C	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=33;PP=2965;SC=GAGGGAGGAGTGGCCCCTGTC;SOR=2.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=104;TCR=33;TR=137;WE=145699609;WS=145699591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	145700674	rs1871545	G	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=88;PP=1889;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGCCGGCGCCGTGAGCCCAGA;SOR=0.940;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=289;TCF=93;TCR=196;TR=124;WE=145700682;WS=145700664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,125:0.43:291
chr8	145737636	rs4925828	A	G	16341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=300;NR=293;PP=2965;SC=TCAGCGGTCAAGTCCCCCGGG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=594;TCF=300;TCR=294;TR=593;WE=145737644;WS=145737626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr8	145738581	rs67678060	TG	T	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.334;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr8	145738767	rs11342077	CG	C	21113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=271;PP=2951;SC=CACCACCACCCGGCAACTGGC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=96;TCR=277;TR=364;WE=145738775;WS=145738757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr8	145739218	rs13267993	A	T,G	145.81	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4,5;NR=17,1;PP=458,32;SC=GGGGAGTGAGAAGGGGTCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=21,6;WE=145739226;WS=145739208;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr8	145742514	rs2721190	A	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=109;PP=2965;SC=CCTGGCGTAGACTGTGGACTC;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=64;TCR=110;TR=173;WE=145742522;WS=145742504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr8	145742716	rs2721189	C	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=612;SC=TGCCCCACGGCGGCCTGGCCG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=145742724;WS=145742706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	145745182	rs2721172	T	C	16048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=335;NR=232;PP=2965;SC=GGCCCTGCCCTTGCTGCCACG;SOR=1.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=569;TCF=336;TCR=233;TR=567;WE=145745190;WS=145745172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr8	145745431	rs138714591	C	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1195;ReadPosRankSum=2.426;SC=CACACAGCCCCTCTGCAGGTA;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=89;TCR=115;TR=85;WE=145745439;WS=145745421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,84:0.40:212
chr8	145756170	rs873884	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=77;PP=2522;SC=CCTCGGGGCTGTCGTAGTGCG;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=154;WE=145756178;WS=145756160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr8	145757843	rs117567558	T	G	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=1348;ReadPosRankSum=2.029;SC=TGATTCCGCCTGGACACTCCC;SOR=0.411;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=161;TCF=49;TCR=112;TR=86;WE=145757851;WS=145757833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr8	145806681	rs2620647	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=33;PP=1095;SC=GACAGGGTTAAGGCGGCTGGA;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=145806689;WS=145806671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	145830757	rs4541972	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=18;PP=1412;SC=TGAGGGCTGCACTGTGCACAG;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=145830765;WS=145830747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr8	145932468	.	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=917;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAAATTCACAATACAGACCAG;SOR=0.387;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=155;TCF=52;TCR=103;TR=67;WE=145932476;WS=145932458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
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chr8	146115367	rs2735906	A	G	5416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TTCTGTAGAGACCCCTCTGAG;SOR=0.894;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=433;TCF=242;TCR=191;TR=239;WE=146115375;WS=146115357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,244:0.55:441
chr8	146156247	rs3735789	C	A	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=124;PP=2965;SC=GGATGAGGACCGAACGCTGAC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=248;WE=146156255;WS=146156237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr8	146157339	rs3735787	T	C	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.933;SC=TAGAAAAGTCTGAGTGCCCTC;SOR=0.268;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=202;WE=146157347;WS=146157329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr8	146171285	rs3824110	G	A	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=51;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AGAGTACCCCGTCACCCTCCC;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=111;TCR=51;TR=161;WE=146171293;WS=146171275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr8	146171437	rs3735785	A	G	7426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=134;PP=2965;SC=CCAGCTCAGTATCACTACAGC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=261;WE=146171445;WS=146171427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr8	146202893	.	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=589;ReadPosRankSum=-2.503;SC=AATTGTGTACTGAAGGCTTTG;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=51;WE=146202901;WS=146202883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr8	146221823	rs2978409	A	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=901;SC=AGTTGTTGCAAGTATCTTCTT;SOR=3.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=146221831;WS=146221813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	214706	rs540473	G	C	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=47;PP=2965;SC=CCCCAGTATCGGGAGGCCAGT;SOR=1.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=138;WE=214714;WS=214696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	215057	rs481905	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=69;PP=2216;SC=GCGCGCAGGTTGCGGCCGGAC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=127;WE=215065;WS=215047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	215269	rs636922	A	C	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=65;PP=2302;SC=GGATGTCCTCAGCCGCCGGGG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=215277;WS=215259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	271638	rs506121	C	T	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=25;PP=1540;SC=TATTCTTCAGCGGAAATAAGG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=81;WE=271646;WS=271628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	286491	rs3209441	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=808;ReadPosRankSum=-1.518;SC=GGAGCCAGTGGACTTTGAAGG;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=48;WE=286499;WS=286481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr9	286593	rs529208	C	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,53:0.28:188
chr9	304769	rs13292474	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=784;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CATGCTGTCAGTTTTACAAAC;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=42;WE=304777;WS=304759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr9	312124	rs2039045	T	C	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GGAGGACCAATAGGCAGGCCG;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=106;TCR=121;TR=146;WE=312132;WS=312114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,155:0.65:240
chr9	316998	rs2296824	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.945;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1003;ReadPosRankSum=2.194;SC=TTGGAGCTCCCCACAGAATTC;SOR=1.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=58;WE=317006;WS=316988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr9	317195	rs10813355	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=542;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CAAATGTTGTGTTTATTATCA;SOR=0.427;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=30;WE=317203;WS=317185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr9	325811	rs3831138	T	TC	1969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=37;PP=1576;SC=TGTTTTTAAATTTCTTTGCAG;SOR=3.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=38;WE=325825;WS=325801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	325817	rs2360277	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=785;SC=TAAATTTCTTTGCAGCAAGAA;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=325825;WS=325801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	327938	rs2296825	G	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=346;SC=AAATTTCTCTGTGGTGTTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=327946;WS=327928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	327957	rs2296826	T	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=0.436;SC=TTACTCCTTTTTAACATGTTT;SOR=1.432;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=13;WE=327965;WS=327947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr9	328006	rs2296828	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=21;PP=1131;SC=TATTTCACTTTGCTGCTCATT;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=328014;WS=327996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr9	365574	rs35000707	CT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
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chr9	377111	rs10814431	G	C	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1239;ReadPosRankSum=0.682;SC=TCATCTGCCTGAACTCCTCCC;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=73;WE=377119;WS=377101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
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chr9	379643	rs10814494	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.06;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr9	379965	rs10758420	T	C	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=75;PP=1834;SC=GGGACTCTGGTGGGCGGGGCA;SOR=2.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=102;WE=379973;WS=379955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr9	386559	rs12551444	A	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CACACACCCCACACACACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=386567;WS=386549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr9	390636	rs10814649	A	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1196;ReadPosRankSum=0.569;SC=AGGAATTGACATTTTGTTCAC;SOR=1.072;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=76;WE=390644;WS=390626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,79:0.68:116
chr9	396712	rs2297076	T	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=422;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TCTGTGAGTCTTTCCCCCTTT;SOR=0.286;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=26;WE=396720;WS=396702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr9	396749	rs2297077	TC	GA	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=1639;ReadPosRankSum=0.578;SC=AGGTCACCAATCTCCATGTTG;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=44;WE=396758;WS=396739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr9	399275	rs3831174	A	AC	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.979;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=716;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TGTCCCCCCCACCCCCACCCC;SOR=3.312;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=23;WE=399283;WS=399265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
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chr9	407227	rs4741867	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.009;SC=GGTACCCATAAGCACAAGGCA;SOR=0.105;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=407235;WS=407217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	418317	.	G	C	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=21;QD=18.5904041824;SC=TGTTGCACAGGCTGGAGTGCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=418325;WS=418307;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
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chr9	422157	rs10217719	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=496;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GGCAACTTTCTGCTACTTTTA;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=47;WE=422165;WS=422147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,52:0.38:138
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chr9	432081	rs1329377	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GAGGAGTTGTTTGTGTCTGGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=432089;WS=432071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr9	432503	rs7046598	T	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=4;PP=96;SC=AATACATCCATCACTGTCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=432511;WS=432493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	433697	.	T	A	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=29;QD=31.8856062736;SC=TCTCATAAACTCCTGGGCTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=2;WE=433716;WS=433687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chr9	433708	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=29;QD=31.8856062736;SC=CCTGGGCTGGCGAAGATGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=2;WE=433716;WS=433687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr9	433978	rs2360712	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=191;ReadPosRankSum=1.495;SC=ATGTACAGGTAAGCTTTCCTG;SOR=0.882;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=22;WE=433986;WS=433968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr9	439102	rs10733508	G	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=416;SC=AGATACTCTCGGGGTAGAATT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=439110;WS=439092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	439453	rs10758598	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GGGGTGCTGGGAACACCTGGT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=439461;WS=439443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr9	441827	rs10974467	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=631;SC=CTCAGTGGCTCCTCAGGATGA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=441835;WS=441817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	441952	rs1887957	G	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=47;PP=1926;SC=ATGAACAGGAGTTTGTCTACA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=441960;WS=441942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	442030	rs1887958	C	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1111;ReadPosRankSum=0.258;SC=TGATTCTGTGCGCCTGACCTG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=72;WE=442038;WS=442020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr9	446352	rs10814952	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=552;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TTCTCCCTCCGTGCCTTTTCC;SOR=0.889;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=47;WE=446360;WS=446342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,49:0.30:166
chr9	449798	rs10491684	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=463;ReadPosRankSum=2.528;SC=TTTTGACACCGATTGAAGTTG;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=25;WE=449806;WS=449788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr9	449956	rs12351520	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=-1.673;SC=GGCAGCTCCTCTGGTTCTTAT;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=28;WE=449964;WS=449946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr9	450060	rs10121936	A	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=CCTACACTTAACCTGAACACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=450068;WS=450050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	451923	.	ATATG	A	126	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=114;MMLQ=17;MQ=50.18;NF=5;NR=1;PP=126;QD=25.5;SC=ATATACATATATATGTATGTG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=451934;WS=451913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,6:1.00:6
chr9	452149	rs16909246	G	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=959;ReadPosRankSum=0.691;SC=AATTTCAGTAGAGCAGTGGTT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=50;WE=452157;WS=452139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr9	710915	rs61737971	A	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,46:0.24:193
chr9	712137	rs912175	G	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=710;ReadPosRankSum=-1.339;SC=AAATTGAGCTGCAACAGCAGA;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=54;WE=712145;WS=712127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,57:0.31:186
chr9	712156	rs912174	T	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=681;ReadPosRankSum=0.299;SC=GACCATAGAATCCTTGAAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=51;WE=712164;WS=712146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,56:0.30:184
chr9	731349	rs139883316	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=289;ReadPosRankSum=3.118;SC=GGCGCCTAGTCGGGGAAGCGG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=20;WE=731357;WS=731339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr9	732629	rs187592077	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=851;ReadPosRankSum=0.017;SC=TGTGGTACATTCCCCTTCCCT;SOR=0.508;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=60;WE=732637;WS=732619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr9	734665	.	C	CA	102	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=102;QD=38.0;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=3;WE=734687;WS=734655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,3:0.19:16
chr9	734679	rs10429625	G	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr9	735654	rs7872783	C	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=0.827;SC=AACTATGCATCTACTTTAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=15;WE=735662;WS=735644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr9	738238	rs2296052	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr9	740769	rs368007873	CTTTTTT	C	2136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.89;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,54:0.81:67
chr9	740972	rs7032867	G	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=46;PP=1394;SC=GAATGCACCCGTAACCAGCAG;SOR=4.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=50;WE=740980;WS=740962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	742342	rs10733535	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=77;PP=2305;SC=GCGAGCACGGACACGTGGAGA;SOR=1.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=114;WE=742350;WS=742332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr9	2033182	rs1112533	A	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=-2.660;SC=GTGTCTAAGGAAGGTTGAACC;SOR=0.315;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=9;WE=2033190;WS=2033172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
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chr9	2039983	rs10964528	A	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=483;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CGGGTTGTTAAAAGCCCGGGG;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=36;WE=2039991;WS=2039973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr9	2073162	rs3737268	G	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=706;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GTACAGGACTGGGGGAAGGTC;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=52;WE=2073170;WS=2073152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
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chr9	2073514	rs7864080	A	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TCTTTATTGTATTGTAATTTA;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=60;WE=2073522;WS=2073504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr9	2073839	rs2066111	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATGGGGAAACCTGGCACATTC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=2073847;WS=2073829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	2170512	rs3793511	G	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=0.204;SC=CTAAATACAGGTATCCCTCGT;SOR=0.876;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=38;WE=2170520;WS=2170502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,43:0.31:138
chr9	2182062	rs2281786	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AGGGAAAATCAGGCTTTGTTA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=14;WE=2182070;WS=2182052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr9	2622121	rs12379259	A	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=36.81;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	2622134	rs34881325	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.206;NF=23;NR=19;PP=2427;ReadPosRankSum=2.027;SC=GGTAACTTGTCGTGCGGAGCG;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=42;WE=2622162;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr9	2622146	rs369552432	ACGGCGGCGG	A	1696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.095;NF=7;NR=12;PP=2990;ReadPosRankSum=1.098;SC=TGCGGAGCGAACGGCGGCGGC;SOR=0.846;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=19;WE=2622162;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr9	2622278	rs2219143	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=321;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ACCGGTGAGTGAGGACGCGCC;SOR=2.925;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=2622286;WS=2622268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr9	2644954	rs11789583	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=710;ReadPosRankSum=0.481;SC=ATTTCCCTCCCAGATATTGAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=51;WE=2644962;WS=2644944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,52:0.32:161
chr9	2645109	rs11793899	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=0.162;SC=TGGTATGGCTGTTGTACCTTT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=39;WE=2645117;WS=2645099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr9	2645557	rs6144	A	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr9	2645773	rs35847091	T	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=391;ReadPosRankSum=-2.259;SC=TTGTGGTGTCTTGACATAAGT;SOR=0.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=36;WE=2645781;WS=2645763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr9	2647760	rs6475888	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TGGTGGATTAACAAATTACAC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=2647768;WS=2647750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr9	2648773	rs6148	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,65:0.26:250
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chr9	2651340	rs35769682	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=281;ReadPosRankSum=0.215;SC=AACCTTTTACATGGCTTGTCT;SOR=0.594;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=27;WE=2651348;WS=2651330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr9	2651962	rs6145	G	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
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chr9	2718498	rs10967709	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,59:0.24:241
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chr9	3228700	rs643429	A	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=51;SC=TGGAGAAATAATGAAAAGACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=3228708;WS=3228690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	3262803	rs635647	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.349;SC=AACTCCTCTCTTTCAGAACAC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=3262811;WS=3262793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	3263224	rs633893	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	3879693	rs4740742	C	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=48;PP=1425;SC=GAGGGGCTTGCTTGTTTTTCT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=3879701;WS=3879683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	3898509	rs10758532	A	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=502;SC=TTATGAGAAAAAACAATCTGC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=3898517;WS=3898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	3932283	rs535978	C	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=899;SC=ATTTCAAGTGCCCTGCAGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=3932291;WS=3932273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	3932521	rs587571	T	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=45;PP=1570;SC=ATAAAGGTAATTGGGGAATGT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=3932529;WS=3932511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	4117713	rs927315	C	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=726;SC=AACACACGTACGCAAAGCAAG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=4117721;WS=4117703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	4118111	rs6415788	G	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr9	4118208	rs806052	A	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=57;PP=2127;SC=AGGCCGGCCGACTGGCTGTCG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=4118216;WS=4118198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	4119049	rs13301186	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCAAGGCTTCCAGTTCCAGGT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=4119057;WS=4119039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr9	4285986	rs10758591	G	C	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=75;PP=2923;SC=AATGGGATGGGGGAGAAAAAA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=160;WE=4285994;WS=4285976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	4490880	rs12002726	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=635;SC=GCAGGGTCCCTCGATGCCCCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=4490888;WS=4490870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	4564432	rs2228622	G	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=53;PP=1779;SC=AAGTCAGTACGGTGGATGCCA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=4564440;WS=4564422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	4566210	rs7022772	A	C	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=89;PP=2898;SC=GCAGGAAGTAAACCTGTGACT;SOR=1.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=4566218;WS=4566200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	4572480	rs3780412	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=41;PP=1017;SC=TGTCAACTGATGAAGCTAGAG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=4572488;WS=4572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	4661853	rs301489	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=317;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TAAGAACTCTCAGGTTATCTT;SOR=0.716;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=34;WE=4661861;WS=4661843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr9	4662065	rs301488	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=625;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AACAAACAAGGGAGAGAAAAC;SOR=1.145;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=45;WE=4662073;WS=4662055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,47:0.30:157
chr9	4722685	rs10758645	C	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr9	4793254	rs841990	G	A	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	4827082	rs73383262	C	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGTCTCTTGTCACAACCCAAC;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=72;WE=4827090;WS=4827072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr9	4833436	rs463578	GC	AT	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=272;SC=CAGTGATGTTGCACTTCTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=4833445;WS=4833426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	4834034	rs466547	A	G	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=240;SC=TGGAAGAGCTATGCCTTGTAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=4834042;WS=4834024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	4844507	rs295259	G	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=562;SC=CTCAGTGTTTGTGCCTTTGTA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=4844515;WS=4844497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	4844704	rs2236497	T	C	351.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CTTCCTCTGATAGAGGAGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=4844712;WS=4844694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr9	4849647	rs17803780	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=708;ReadPosRankSum=1.127;SC=GCCTGCACTATGAACACCTGC;SOR=2.030;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=42;WE=4849655;WS=4849637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr9	4850421	rs455864	C	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=606;SC=GGGCTATGCACCCTTGGGCCA;SOR=1.418;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=30;WE=4850429;WS=4850411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	5732483	rs7850299	T	C	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.003;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,110:0.67:164
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chr9	5762533	rs1543526	A	C	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1100;ReadPosRankSum=0.251;SC=CTTTTTCTTAAATTTCAGGCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=68;WE=5762541;WS=5762523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,74:0.73:101
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chr9	5769494	rs1323273	A	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	5769998	rs734548	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=0.118;SC=GTAGGCAGGTAGGGGAAGCTA;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=5770006;WS=5769988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr9	5770047	rs734549	A	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=590;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TGCATCTTCAATTTCTTCCTC;SOR=0.416;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=37;WE=5770055;WS=5770037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr9	5774225	rs3739648	T	G	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.143;SC=AGGATGGGACTTACGACTGTT;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=62;WE=5774233;WS=5774215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
chr9	5791151	rs1342854	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=379;ReadPosRankSum=-1.721;SC=CATTCTCCAGGGAAACCAACA;SOR=0.586;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=25;WE=5791159;WS=5791141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr9	5801071	rs10815283	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=505;ReadPosRankSum=1.989;SC=ATGACTAAATAGGTCAACAGC;SOR=0.242;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=26;WE=5801079;WS=5801061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr9	5801121	rs3824444	A	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1369;ReadPosRankSum=0.092;SC=ACTGAAGCTCAAAACACACAG;SOR=0.666;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=85;WE=5801129;WS=5801111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
chr9	5805001	rs10975289	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr9	5813077	rs35748220	A	AT	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=1.674;SC=TATTCCGGCAATTTTTTTTAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=27;WE=5813085;WS=5813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr9	5832728	rs1131727	G	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GGTGTCCAGCGGCCCCGCGTA;SOR=0.377;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=33;WE=5832736;WS=5832718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr9	5923326	rs7045445	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=-0.424;SC=ATTATAAAAACGGGCATTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=5923334;WS=5923316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	5929167	rs7029054	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=479;SC=TCCCTAAAAATAATGTTTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=5929175;WS=5929157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr9	5969249	rs10739080	A	G	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CAACGTTCCAATTCGTAAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=71;WE=5969257;WS=5969239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr9	5969517	rs7030731	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	5969525	rs10815326	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr9	8331574	rs146237556	A	AAACTTACCATTCTTGAACTGT	2204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TCACAAATGGAAACTTACCTG;SOR=1.219;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=8;WE=8331582;WS=8331564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr9	8338847	rs143960430	C	CAGAGAGAGAGAGAG	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=1.413;SC=GTGCTTCTCCCAGAGAGAGAG;SOR=0.733;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=6;WE=8338855;WS=8338837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr9	8340168	rs4742483	C	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAAATTTAAACACTTGATGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=8340176;WS=8340165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr9	8376477	rs1566447	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=418;SC=AATGGAAGATCTATTTCATTC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=8376485;WS=8376467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	8389364	rs2279776	C	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=82;PP=2965;SC=GCTTCCTATACCCATCTATGT;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=157;WE=8389372;WS=8389354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	8404607	rs138755135	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=375;ReadPosRankSum=0.285;SC=TCTTTGGTTTGTTTACTTCCA;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=33;WE=8404615;WS=8404597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr9	8451755	rs10977117	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=683;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TTGGCAAGGATGCATTTCTTT;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=50;WE=8451763;WS=8451745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr9	8451816	rs4742505	TT	AC	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=44;PP=1593;SC=TCCCTTCCCATTGTGGCTCTG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=91;WE=8451825;WS=8451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	8454413	rs10977121	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=520;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TTTTCCCCAGAATCATCTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=31;WE=8454421;WS=8454403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr9	8485201	rs13286908	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=-1.974;SC=TATCTGTGATTTCTTACAAAT;SOR=1.252;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=16;WE=8485209;WS=8485191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr9	8485435	rs35777094	G	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTTGATCAGAGAGAGAAGTAT;SOR=0.129;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=18;WE=8485443;WS=8485425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr9	8485834	rs35929428	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=1.469;SC=GTATGAGCACGTACTTTTACA;SOR=0.341;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=27;WE=8485842;WS=8485824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr9	8486482	rs13292865	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=129;ReadPosRankSum=1.158;SC=AAACAGGCAATGTTTGACCTA;SOR=0.752;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=12;WE=8486490;WS=8486472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr9	8525217	rs35751005	AT	A	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr9	12704725	rs2733832	C	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=55;PP=2017;SC=TTTCATATGCCTTTTGCATGC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=12704733;WS=12704715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	12708910	rs2733834	C	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=599;SC=TAAATTTCATCTGTCCACTTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=12708918;WS=12708900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	12708958	rs147565972	T	TA	1990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=19;PP=1678;SC=TTTTTATTTTTATCTTCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=12708966;WS=12708948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	12775861	rs139315731	T	TGGCGGCGGC	3561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=1205;SC=GCGGTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.971;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=28;WE=12775869;WS=12775851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	12775889	rs3750501	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.199;NF=46;NR=45;PP=1347;ReadPosRankSum=1.984;SC=CTGCAGTAGCAGCAGCAGCTA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=91;WE=12775897;WS=12775879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr9	13109111	rs10732331	C	T	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=233;SC=AAAAACTATACATATATGTTA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=13109119;WS=13109101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	13112116	rs10809904	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=56;PP=1932;SC=CTCCTCCAGCAATGCTGATTC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=13112124;WS=13112106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	13115422	rs2274647	T	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.565;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CTTCAAGACTTTTTTGAAAGG;SOR=0.020;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=13115430;WS=13115412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr9	13125201	rs2297003	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=300;SC=CTCTCATGAGTCCAGAGGCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=13125209;WS=13125191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	13126470	rs10738323	C	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=389;SC=TAATCATGCCCAAGGATGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=13126478;WS=13126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	13165218	rs10960959	C	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=489;SC=TATGTTCTTACTTAAACAAAG;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=13165226;WS=13165208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	13175715	rs3831219	TGAG	T	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=1031;SC=TCAAGGGGGTTGAGGAGTAGG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=22;WE=13175725;WS=13175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	13192320	rs1331676	C	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=31;PP=913;SC=CATTGTCCAACAAACAACACT;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=13192328;WS=13192310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	14120655	rs6474818	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=40;PP=1322;SC=AGATTGACTCATCAGCTGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=14120663;WS=14120645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	14155769	rs12349255	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=397;SC=GTTCAAAATATAAAGTATTTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=14155777;WS=14155759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	14306944	rs4741362	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=449;SC=GGAGATTTGTAGGCGGTGTTT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=14306952;WS=14306934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	14313712	rs2273933	T	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=362;SC=GCGTGCTAGATTTCCAGGGGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=14313720;WS=14313702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	14618856	rs3802482	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=877;ReadPosRankSum=1.386;SC=ATGCCTAAGACTGGTGGGTGG;SOR=1.341;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=51;WE=14618864;WS=14618846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr9	14619168	rs10810187	A	G	164.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.6684;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AACAATACAGATTGGCTGGGG;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=14619176;WS=14619158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr9	14640055	rs6474849	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=18;PP=576;SC=GAGTTGCTTACATTGCTTACA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=14640063;WS=14640045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	14658669	rs10810204	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=50.99;MQRankSum=-0.549;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CGGGGTTTCACCGTGTTAGCC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=14658677;WS=14658659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr9	14662171	rs10961640	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr9	14690419	rs10961672	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=21;PP=681;SC=AATCAGAAGCTTGGTTGACAT;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=14690427;WS=14690409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	14690447	rs2382477	G	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=505;SC=GAGCATTTTAGGTTAGATTTA;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=14690455;WS=14690437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	14693270	rs71476227	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr9	14722151	rs1494357	C	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TGCTCTCCCCCCAGAACACAT;SOR=1.204;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=14722159;WS=14722141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr9	14722477	rs3747532	G	C	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=63;PP=1968;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AGGGCTGGTGGCTACAAGGTG;SOR=0.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=116;WE=14722485;WS=14722467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr9	14737506	rs10961689	T	G	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=987;ReadPosRankSum=1.167;SC=CTTGGAGCGTTGAGAGGGCCC;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=59;WE=14737514;WS=14737496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr9	14737616	rs10961690	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=746;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AAAAGAATGTACCAATTACTT;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=50;WE=14737624;WS=14737606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr9	14737743	rs10511596	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTCTAAGACACAAACGGTCAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=14737751;WS=14737733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	14740300	rs2270528	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CGAAATGCATAACAGAAATAA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16;WE=14740308;WS=14740290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr9	14747133	rs2270529	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=1.415;SC=GGTCTTCATTTGTTGGGAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=41;WE=14747141;WS=14747123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr9	14747157	rs2270530	A	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=594;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TGTGTTGGGTAAACTATCCCC;SOR=0.890;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=39;WE=14747171;WS=14747147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr9	14747412	rs4741426	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=301;ReadPosRankSum=-2.026;SC=GTTTCAAGGAAACTATCCCAT;SOR=0.806;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=26;WE=14747420;WS=14747402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr9	14756318	rs57793294	C	CA	2139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.645;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=497;ReadPosRankSum=0.276;SC=GACATGCCTACAAAAAAAAAC;SOR=0.312;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=39;WE=14756326;WS=14756308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr9	14756483	rs10810233	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=73;PP=2272;SC=GATAAAAATAAATATTCTACA;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=109;WE=14756491;WS=14756473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	14759725	rs7045154	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=28;PP=1991;SC=ACACCAAAGAACAACATAAGT;SOR=2.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=99;WE=14759733;WS=14759715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	14770580	rs1874109	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=355;ReadPosRankSum=2.008;SC=AATGGCAATTGTAAGGATTAA;SOR=1.463;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=22;WE=14770588;WS=14770570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr9	14770825	rs7860370	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=1.810;SC=AACAATGACATAAAATGTTGT;SOR=0.437;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=14;WE=14770833;WS=14770815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
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chr9	14775779	rs1874108	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=0.155;SC=TGTGTTTTTCATACTTGCCTG;SOR=0.073;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=14775787;WS=14775769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr9	14851703	rs729492	G	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=654;SC=CCACAGCCTAGCGTCTAGCAG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=14851711;WS=14851693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	15000684	rs1829852	A	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.674;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.520;SC=TTACCATTTTAACCTTCCCTA;SOR=0.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=15000692;WS=15000674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr9	15017240	rs1403562	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CACAAGTTGTACTAGTACAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=15017248;WS=15017230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr9	15017410	rs1047677	G	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=25;PP=879;SC=GATGAGAGACGAAAAGCTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=15017418;WS=15017400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr9	15177710	.	T	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1811;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CACAACATGATTGTAACATAG;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=102;TCR=73;TR=119;WE=15177718;WS=15177700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,130:0.68:191
chr9	15183532	rs2057478	C	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TTCCATAGACCTGGAGAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=15183540;WS=15183522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr9	15188106	rs1407977	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=371;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TGAACTGAAATGCATTTTTGA;SOR=1.081;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=33;WE=15188114;WS=15188096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr9	15190494	rs475932	A	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr9	15190775	rs7848147	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr9	15192720	rs566820	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=86;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AAGTGACAGCATAAGTTGACC;SOR=0.259;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=11;WE=15192728;WS=15192710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr9	15457853	rs10756669	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=514;SC=AAAATTGAAAGTATCTATTTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=15457861;WS=15457843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	15458080	.	A	ATT	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.663;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr9	15459821	rs3087653	A	C	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1031;ReadPosRankSum=-1.202;SC=AAACTGGGGGAATTCCTTGCT;SOR=0.893;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=82;WE=15459829;WS=15459811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,86:0.35:247
chr9	15468414	rs34331255	CCTT	C	1966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.586;NF=1;NR=31;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ATGGTTTCTGCCTTAGAAGTC;SOR=0.890;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=32;WE=15468424;WS=15468404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr9	15468480	rs4741507	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AGTCCTTCAATAGGCCCATCA;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=15468488;WS=15468470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr9	15486958	rs2737828	A	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=12;PP=328;SC=ATTAATTTCAAAAAATAAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=15486966;WS=15486948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	15487003	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	15509963	rs62571017	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=0.528;SC=CGGGAGATTATTGGGCAAAAA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=7;WE=15509971;WS=15509953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr9	15591372	rs4741510	T	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr9	15623473	.	G	GCACACACACACA,GCACACACACA	130	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.2;NF=0,0;NR=6,6;PP=84,130;QD=14.5;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6,6;WE=15623481;WS=15623463;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:14
chr9	15678995	rs7037893	C	A	168.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	15695418	rs1355172	G	A	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=70;PP=2130;SC=GATGCCTCTTGTAGTCCCTCA;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=106;WE=15695426;WS=15695408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	15784496	rs2382540	C	G	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CCCCTCTCCTCCTTTTTACAG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=80;WE=15784504;WS=15784486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr9	15784560	rs55780067	A	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAAATAATGCATTACTTCGGG;SOR=0.660;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=70;WE=15784568;WS=15784550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,78:0.34:230
chr9	15784631	rs1539172	A	G	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.713;NF=55;NR=61;PP=1821;ReadPosRankSum=0.011;SC=TTGAATTATAAACTTGAATTG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=116;WE=15784639;WS=15784621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,124:0.67:185
chr9	15864506	rs770196	C	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=204;SC=TCCACTTCTTCTGTCCAAGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=15864514;WS=15864496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	15883050	rs77434548	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTTTTGAGACAGGATCTTCCT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=15883058;WS=15883040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr9	15883263	rs809493	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=76;SC=TCGCTATGCTGCCCAGACTGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=15883271;WS=15883253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	15922137	rs1328285	A	G	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=32;PP=2790;SC=TTTAGAAGAGATGGTTCACCC;SOR=2.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=95;TCR=32;TR=127;WE=15922145;WS=15922127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	15922325	rs2225181	A	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.57;ReadPosRankSum=1.216;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr9	16664871	rs35822374	T	TG	358.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=293;SC=ACCTATACCATAAGCATTGTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=16664879;WS=16664861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	16685539	rs7046068	T	C	7804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=150;PP=2965;SC=GTTAAGACTCTAACCTGGACT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=132;TCR=150;TR=282;WE=16685547;WS=16685529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr9	16699287	rs10738447	C	T	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	16699292	rs10738448	C	T	7280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	16727698	rs1360285	G	A	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=114;SC=ATTTTAAAAAGTATTTAGAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=16727706;WS=16727688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	16738269	rs7858914	G	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=650;SC=GTGGCAGAAAGAAGAGGTGAG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=16738277;WS=16738259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	16738307	rs7858709	A	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	16738312	rs7858712	A	G	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	16738338	rs35475650	GA	G	2121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.871;HP=10;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.371;NF=15;NR=37;PP=886;ReadPosRankSum=0.548;SC=CTTAAAGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=52;WE=16738346;WS=16738328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,89:0.95:94
chr9	16738556	rs4007684	C	CTTTT	994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=730;SC=TACATCAAAACTTTAAGAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=16738564;WS=16738546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	17135434	rs12003380	G	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=62;PP=2067;SC=GTATCGAGGAGTCTCGCAGTC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=17135442;WS=17135424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	17143463	rs12004921	C	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=34;PP=922;SC=CATTAATCTCCTAAAGAGATT;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=17143471;WS=17143453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	17143511	rs36086880	A	AG	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=486;SC=TAAAAATTAAATTGTTGGATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=17143519;WS=17143501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	17235563	rs3814137	C	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATTTAATCATCACATTAGCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=17235571;WS=17235553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	17235642	rs67017076	AT	A	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=287;SC=AGTAATTTAAATTTTTTTCCA;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=17235650;WS=17235632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	17236365	rs3814138	C	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	17236376	rs3814139	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=5;PP=917;SC=GTTTTGTTTTATTTATTTGCC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=17236384;WS=17236355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	17342383	rs1442527	C	T	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=47;PP=1671;SC=AAGATTCTGACGCTGTGTGGA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=101;WE=17342391;WS=17342373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	17388331	rs17830246	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=478;SC=AAAACGAGGGCTTGTAAATGT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=17388339;WS=17388321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	17394996	rs3739489	T	C	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=TTCTCAATCATTCCATCAAGG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=207;WE=17395004;WS=17394986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	17409366	rs2780211	G	A	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=41;PP=1825;SC=TAAGTCCTACGGAAGATGGAA;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=17409374;WS=17409356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	17457512	rs35399020	TA	T	387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=259;SC=TTTCTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=2.049;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=17457520;WS=17457502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	17463136	rs11790475	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=1.902;SC=TTAAACCTACCTAAGATGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=13;WE=17463144;WS=17463126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr9	17464402	rs1442532	G	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=157;SC=CATTTAAAAAGTAACAGTAGG;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=17464410;WS=17464392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	17579190	rs4961573	C	G	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	17579198	rs4961574	T	G	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	17747173	rs3780226	C	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	17747279	rs2031456	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TTTCATGTATGTTTTAAAACA;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=17747287;WS=17747269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr9	17761582	.	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=573;ReadPosRankSum=-2.547;SC=CATTTTAAGTTTGGTGTGTTT;SOR=0.158;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=37;WE=17761590;WS=17761572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr9	17775367	rs2209429	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=27;PP=857;SC=AGTGGGAAAACAGAGAAAAAA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=17775375;WS=17775357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	17781810	rs9407871	G	A	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CTTTCAGAAAGCCCAGCTCGA;SOR=0.903;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=92;TCR=95;TR=115;WE=17781818;WS=17781800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,123:0.62:198
chr9	17787220	rs41305339	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.040;SC=GGCATTGAGTCTGTTGCCTGG;SOR=0.069;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=17787228;WS=17787210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	17789444	.	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=1820;ReadPosRankSum=-1.746;SC=TAAGAAGAAACGACAAGGCAA;SOR=0.711;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=125;WE=17789452;WS=17789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,129:0.69:188
chr9	17791442	rs9407877	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCCAAAATTCCGCTTATCCTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=17791450;WS=17791432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr9	18504916	rs2277160	T	A	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=56;PP=1828;SC=CCTGCGGGGGTGGGGCCTCCT;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=18504924;WS=18504906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	18657558	rs776776	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=601;SC=GCACTACCATATACTCTTGTT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=18657566;WS=18657548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	18681695	rs776759	T	A	39.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	18681821	rs13293151	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
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chr9	18717903	rs530120	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=276;SC=CAAAGTTGGAGTGTTGGCACT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=18717911;WS=18717893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr9	18777368	rs7033684	T	C	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=160;PP=2965;SC=CGCAGGACTCTGCGGAAAGGA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=164;TCR=160;TR=324;WE=18777376;WS=18777358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr9	18777422	rs45579937	G	A	5079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.318;SC=AAGTGCTCCTGCACCTGCCCT;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=327;TCF=159;TCR=168;TR=223;WE=18777430;WS=18777412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,228:0.68:335
chr9	18795304	rs2289005	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=356;ReadPosRankSum=0.540;SC=TCTGCATACACCCTGAGGTTC;SOR=2.400;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=18;WE=18795312;WS=18795294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr9	18817246	rs1433809	A	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=64;PP=2419;SC=GTGAGAAATTAATGTTCATTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=107;WE=18817254;WS=18817236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	18817372	rs7873880	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=17;PP=455;SC=ACCTCAGTCGCTCTGAAAGTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=18817380;WS=18817362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	18826261	rs75054093	GTT	G,GT	1534.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.459;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.983;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,14,54:0.20,0.78:69
chr9	18826500	rs934469	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=27;PP=776;SC=CTGCACCCTGTTGGGAGTGAC;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=18826508;WS=18826490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	18830087	rs7026429	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=33;PP=987;SC=GGCCAACAGGGAATCACTAAA;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=18830095;WS=18830077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	18887753	rs731370	C	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=436;SC=TAGAGCCACACAGACAGTAAA;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=18887761;WS=18887743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	18889544	rs10963819	A	T	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=35;PP=2062;SC=TCTTTTCTACACTGCTCCTCC;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=109;WE=18889552;WS=18889534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	18889789	rs34099646	G	A	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=136;SC=CACCCTAGGAGGAGCCCTCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=18889797;WS=18889779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	18890376	rs35233264	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=449;SC=GAGTCCCCCTGTGCACCTCAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=18890384;WS=18890372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	18890446	rs7026374	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=16;PP=1369;SC=GCACTGGTGCAGTGCTGAGAG;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=18890467;WS=18890436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	18907049	rs5896821	A	AT	6171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=93;PP=2936;SC=GGAGTTGAGCATTTCAGTGGG;SOR=1.325;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=14;TCR=104;TR=104;WE=18907057;WS=18907039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	18907122	rs1327506	T	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=56;PP=1396;SC=AGGGCTTCCATGATCTCCATC;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=18907130;WS=18907112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	18907157	rs149155596	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GCCAGGTGCTATTGGCCCAGT;SOR=0.866;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=9;WE=18907165;WS=18907147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr9	18941881	rs41268995	A	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TTGGCTTGCGATAAGGCTTAT;SOR=1.136;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=21;WE=18941889;WS=18941871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr9	18950787	rs6475273	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=30;PP=1090;SC=ATTGGTATAGGCCCTTTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=18950795;WS=18950777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	18950895	rs7021572	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=637;SC=TTCTCTGTTTTATCATAAATC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=18950903;WS=18950885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	18950980	rs6475274	A	T	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=155;SC=TTGGGAGAAAAAAACCCAATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=18950988;WS=18950970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr9	19033006	rs10963921	G	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=905;ReadPosRankSum=0.850;SC=CAGGCTCGAGGGTCTTGGCAG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=51;WE=19033014;WS=19032996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
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chr9	19076764	rs72696469	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.49;MQRankSum=0.781;NF=7;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAATAACAATACTGAGTTAAT;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=15;WE=19076772;WS=19076754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	19076790	rs199977722	CT	C	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.791;NF=0;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=0.638;SC=AATAGATTATCTTCTCAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=19076798;WS=19076780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	19087154	rs7875404	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=819;ReadPosRankSum=0.076;SC=TAACTGATAATCTGCAAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=55;WE=19087162;WS=19087144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr9	19094215	rs11787990	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.040;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	19102343	rs7864553	T	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5904;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=1.451;SC=CATTATTTACTGTCTGTCTCT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=19102351;WS=19102333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr9	19116543	rs2229536	G	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1808;ReadPosRankSum=0.663;SC=CTTGATCTTGGATGTTCTGTG;SOR=0.881;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=114;WE=19116551;WS=19116533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,127:0.65:194
chr9	19119674	rs35568725	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGGAGCTGAGAAATGGTCTGT;SOR=0.116;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=19119682;WS=19119664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr9	19120752	rs10963971	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=173;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GAAGTGTTCTGAAACTGGATT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=19120760;WS=19120750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	19126476	rs3802335	C	T	315.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TTCAGAACACCGGGATAAGAC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=19126484;WS=19126466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr9	19295941	rs10757051	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=303;ReadPosRankSum=0.843;SC=TGTAATAAGAAAAAAAGAGAA;SOR=2.170;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=19295949;WS=19295931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr9	19299362	rs10738535	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.423;SC=GATTAGTATATTATTAATATA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=19299370;WS=19299352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	19326053	rs2256093	G	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=0.381;SC=GAAAAATAATGATTTTCAGGT;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=25;WE=19326061;WS=19326043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr9	19336507	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.850;SC=ACTTAAATTCCGGTAGACATT;SOR=0.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=19336515;WS=19336497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr9	19341045	rs928128	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr9	19357276	rs10667709	C	CTTA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=0.984;SC=TACATCTTAACTTATTACCAC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=19357284;WS=19357266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr9	19372275	rs41270105	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.097;SC=TGAATACGGAATTGAAGTAAC;SOR=0.124;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=16;WE=19372283;WS=19372265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr9	19435158	rs141912034	C	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=385;ReadPosRankSum=0.419;SC=TCTTTGCTGTCCTGTAGCAGA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=34;WE=19435166;WS=19435148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr9	19550308	rs4977555	A	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=1087;ReadPosRankSum=0.749;SC=ACAAAAAAATAAAATGTACAC;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=68;WE=19550316;WS=19550298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr9	19573284	rs2148951	G	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.887;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr9	19573306	rs2148952	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,37:0.23:164
chr9	19573483	rs149743267	AACACACACACACACACACACACACAC	A	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5142;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=5;PP=1785;SC=ATATAATTTAAACACACACAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=19573516;WS=19573473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr9	19576816	rs56172301	GGT	G	642.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.67;NF=12;NR=1;PP=583;SC=GTGCTGCAGCGGTGTGTGTGT;SOR=3.258;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	19576949	rs2383101	T	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=853;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CCATTCTGCCTCTCGTTCTCA;SOR=1.131;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=61;WE=19576957;WS=19576939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr9	19619509	rs1885220	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=21;PP=1703;SC=AGCACAAACACGTTTTATGCA;SOR=1.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=19619517;WS=19619499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	19622072	rs4977307	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=544;SC=GCATGTGTCCATGAATGCCAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=19622080;WS=19622062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	19622268	rs4977308	T	C	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=54;PP=1570;SC=CCGGTAGAGTTGGTTCATCCT;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=19622276;WS=19622258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	20456632	.	A	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=0.549;SC=TATGAGTCAAAATTATTTTAA;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=20456640;WS=20456622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr9	20502079	.	CAAA	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	20502096	.	G	GC	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	20620596	rs2780835	C	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=20;PP=1704;ReadPosRankSum=0.107;SC=ACCGCCCGGGCCAAGCGATTG;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=106;TCR=30;TR=97;WE=20620604;WS=20620586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,102:0.72:141
chr9	20621901	rs142328824	C	CGTGT	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.684;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.663;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,47:0.26:180
chr9	20716340	rs79700035	T	A	59.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTGAAAAAAATATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=20716348;WS=20716330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	20720599	rs4977898	A	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=855;SC=TCACTAAATCACTATTAAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=20720607;WS=20720589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	20765097	rs7871811	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=382;ReadPosRankSum=1.735;SC=CTCCTCCACAAATATAGGTCA;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=27;WE=20765105;WS=20765087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr9	20769987	rs7860490	G	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=1.010;SC=ATTATCTTTTGGTTTGTGTAT;SOR=0.346;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=9;WE=20769995;WS=20769977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr9	20778631	rs7875153	A	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=33;PP=1582;SC=CAAAGCCATGATTCTGGGAAC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=20778639;WS=20778621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	20781979	rs6475473	C	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.858;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr9	20862506	rs4977779	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr9	20862515	rs4977780	A	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=22;PP=886;SC=AGTACTCTTAATTAATGGCTT;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=20862523;WS=20862496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	20866974	rs7875872	C	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.98;NF=69;NR=39;PP=2026;SC=GCCAACTTTACTGCAGGAGAA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=20866982;WS=20866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	20882117	rs7026225	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=535;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ACTTCCACTTTCAAGTAGGAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=20882125;WS=20882107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr9	20885240	rs2383156	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=1.108;SC=GTAGGTTCCCGTGTCCTCTTC;SOR=0.424;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=29;WE=20885248;WS=20885230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr9	20916828	rs4977812	A	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AATTGATGAAAAAGAGAAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=16;WE=20916836;WS=20916818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr9	20923518	rs7044425	C	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=197;SC=TGGCCTAACACAACAAACAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=20923526;WS=20923514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	20923579	rs7044452	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=512;SC=TTTGACTTCACCTGCCCTCCT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=20923587;WS=20923569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	20923618	rs7044447	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=435;ReadPosRankSum=0.346;SC=CTTCTGGTTAATACCAAAGTT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=29;WE=20923626;WS=20923608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr9	20946952	rs7851042	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CTAACTATTCTCTTTTCTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=20946960;WS=20946942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
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chr9	20976298	rs10119918	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=0.946;SC=AAGCGTTGATCGCAATTGAAT;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=5;WE=20976306;WS=20976297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr9	21007935	rs7041474	A	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=147;SC=TCCCATGTTTACCAACCTGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=21007943;WS=21007925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr9	21026800	rs2275890	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GCACTTTGAAGTCAAATGGAG;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=20;WE=21026808;WS=21026790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr9	21029330	rs2298260	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GTCATATTTGTAAATATCCAA;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=12;WE=21029338;WS=21029320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr9	21077716	rs1051922	G	A	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1271;ReadPosRankSum=-2.675;SC=CCTTGAGGCAGTATTCAAGCC;SOR=0.466;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=77;WE=21077724;WS=21077706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,88:0.75:117
chr9	21409036	rs28751295	GA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.091;SOR=2.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
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chr9	21802844	.	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr9	21816573	rs7023680	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TGATTATATTGATAATCAGAT;SOR=0.859;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=21816581;WS=21816563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr9	21816637	rs10114559	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr9	21816646	rs7023474	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr9	21816758	rs7023954	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TGTTGATTGCGTCCTCCTTGC;SOR=0.662;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=9;WE=21816766;WS=21816748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr9	21818310	rs3928894	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-2.977;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr9	21855038	rs3802393	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.664;SC=AAAGATCAAAGGAAAGAAAGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=21855046;WS=21855028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr9	21861903	rs67222036	T	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=378;ReadPosRankSum=0.310;SC=TCAAAATCTGTTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=30;WE=21861911;WS=21861892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr9	21968199	rs11515	C	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=34;PP=1206;SC=CTAAGTTTCCCGAGGTTTCTC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=71;WE=21968207;WS=21968189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	21993964	rs2811711	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=251;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CCAGGTTCAATGGTACTGCGA;SOR=4.125;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=21993972;WS=21993954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr9	22029445	rs10965215	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=995;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TATTTGCCACGACATTTCAAA;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=244;TCF=135;TCR=109;TR=83;WE=22029453;WS=22029435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,87:0.33:261
chr9	22029547	rs564398	T	C	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1407;ReadPosRankSum=1.275;SC=ACTTTCTTTGTGGTAGTTAGG;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=107;WE=22029555;WS=22029537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,114:0.67:170
chr9	22452041	rs56665855	GTT	G	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=209;ReadPosRankSum=2.401;SC=AAAATGCTGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=17;WE=22452051;WS=22452031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
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chr9	24545513	rs6475797	G	A	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=77;PP=2939;SC=GAGTTCGGCCGGGGACTTCTG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=24545521;WS=24545503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr9	27168315	rs10511802	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=229;SC=CAGATTCTTAGAAAGGTACAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=27168323;WS=27168305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	27168704	rs10967753	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=1;PP=55;SC=GGGCAGATGTTTGAATTAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=27168712;WS=27168694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	27173180	rs666478	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=530;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CAAGGGGTTGCATATTTGACT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=44;WE=27173188;WS=27173170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,49:0.38:130
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chr9	27192330	rs2252883	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=525;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TCCTCATATTGGGAAGGATGA;SOR=0.560;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=25;WE=27192338;WS=27192320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr9	27192677	rs55936367	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr9	27217516	rs5897224	CTGTT	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGGACTTATACTGTTTGTTTG;SOR=0.293;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=4;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr9	27217522	rs5004610	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=6;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=0.547;SC=TATACTGTTTGTTTGCATGTT;SOR=0.255;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	27217791	rs1923331	T	TC	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.916;NF=1;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=1.086;SC=GGATTTTTTTTCCCTCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=7;WE=27217799;WS=27217781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr9	27217822	rs681754	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=1.642;SC=TTTGACAGAGGTTTTAAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=7;WE=27217830;WS=27217812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr9	27217851	rs681707	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-0.725;SC=ATGTCCTGTAGCTCTCGGGAA;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=27217859;WS=27217841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr9	27218726	rs667250	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr9	27228022	rs2273717	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=250;SC=TAAATCTATGAGGAGTTGAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=27228030;WS=27228014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	27289536	rs3739538	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr9	27289545	rs3739537	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr9	27289812	rs1980661	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=215;SC=TGTATAATTATAGTACCCAGT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=27289820;WS=27289802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27289832	rs1980660	G	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=231;SC=TGTGTGTACAGTCTGTTCTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=27289840;WS=27289822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	27290933	rs4878394	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=-0.886;SC=TCTCAGTATTAGAGGTATTTA;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=27290941;WS=27290923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr9	27290984	rs2383724	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=516;SC=AAAACCAAAATGTTTCCCAAG;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=27290992;WS=27290974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	27291133	.	G	T	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.6;NF=2;NR=2;PP=104;QD=34.6928031368;SC=TTAGTTTGAGGAACATTCGTT;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=4;WE=27291148;WS=27291123;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr9	27291140	.	C	CATTT	98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=98;QD=70.5;SC=GAGGAACATTCGTTTGTTAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=27291148;WS=27291123;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr9	27292529	rs41272857	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AAAATACTGACGAAACATCTG;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=19;WE=27292537;WS=27292519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr9	27294215	rs41272859	G	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GTCTTATTTAGGAACGAAGAC;SOR=0.286;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=26;WE=27294223;WS=27294205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr9	27296595	rs7044345	C	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=207;SC=CATTTCTATTCACTTTAAAGA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=27296603;WS=27296585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	27296943	rs3832606	TAC	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=1.126;SC=CCTTCTTACCTACTATTTTTA;SOR=1.421;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=2;WE=27296952;WS=27296933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr9	27297260	rs7875090	A	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=82;SC=GTTTTTAGTTATTTTTTAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=27297268;WS=27297250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	27378301	rs1330920	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=1.733;SC=GAATGAGGTCATAAGGATGGA;SOR=0.811;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=17;WE=27378309;WS=27378291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr9	27455095	rs12379154	G	C	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr9	27455135	rs34959338	G	A	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ACTTACCCACGCATGTTGGAA;SOR=0.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=106;WE=27455143;WS=27455125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr9	27455584	rs62542376	CG	GA	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=13;PP=893;SC=TTGCAGGAAGCGAAAAGGCAC;SOR=2.030;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=18;WE=27455593;WS=27455574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	27524731	rs700785	A	G	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=106;PP=2965;SC=GGAGGAAGACAAGAATGAAAA;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=179;WE=27524739;WS=27524721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	27550579	rs118111269	T	C	749.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=355;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AGAACAGGCATTGTAGGATAT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=24;WE=27550587;WS=27550569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr9	27556780	rs10122902	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr9	27560417	rs10967985	G	A	41.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	27561465	rs3063748	A	ATGT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=380;SC=CAAATACGTAATGTCCCTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=27561473;WS=27561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27561628	rs17769294	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-2.065;SC=ATCATCATCATTGAGTACTGT;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=9;WE=27561636;WS=27561618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr9	27562352	rs2589050	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=318;SC=ACTCATAAAGTGTATAATTGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=27562360;WS=27562342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	27567145	rs10757668	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=621;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TCACATTATCCAAATGCTCCG;SOR=0.518;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=40;WE=27567153;WS=27567135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr9	28863459	rs13285849	A	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=552;SC=TGTTTGACACAGGTTTGATCA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=28863467;WS=28863449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	28889060	rs7043805	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=287;SC=CAGCAGCTTGCCTGGTGCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=28889068;WS=28889050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	32384843	rs913762	A	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=48;PP=1438;SC=CAGTGGCGGCACGGGGGACAC;SOR=1.320;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=81;WE=32384851;WS=32384833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	32418237	rs2026739	G	T	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=56;PP=2514;SC=TTTCTTTGTAGGCAGGGTACG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=132;WE=32418245;WS=32418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	32424675	rs45450994	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=0.373;SC=TAGGGGCCTGCGGGAAGAGGT;SOR=0.909;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=14;WE=32424683;WS=32424665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr9	32425910	rs3780473	A	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.420;SC=ATAACACTGAATTCACCCTTG;SOR=0.977;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=228;TCF=130;TCR=98;TR=85;WE=32425918;WS=32425900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,91:0.38:242
chr9	32427600	rs2375965	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=8;PP=200;SC=ATCTAAAGAGAGCCCTCTTGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=32427608;WS=32427590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	32431931	rs10970975	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AGGCTAACGGAAGTATAAACT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=32431939;WS=32431921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr9	32435978	rs2068116	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CTTTTTTAGACTTCCTTCTTA;SOR=0.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=36;WE=32435986;WS=32435968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr9	32436014	rs7022554	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,67:0.26:258
chr9	32436107	rs113309164	T	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,78:0.23:345
chr9	32459450	rs3205166	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=0.026;SC=CCTTATCAGGTACAGGTTTTG;SOR=0.866;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=30;WE=32459458;WS=32459440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
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chr9	32466462	rs45460592	G	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
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chr9	32491240	rs6476363	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
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chr9	32498291	rs2777725	A	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=34;PP=1608;SC=TGGGTCCCATAGAAAGGCATG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=32498299;WS=32498281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	32525969	rs2777729	C	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr9	32526233	rs3739674	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=1.939;SC=AGCCGGGTAGGAGGAGGGCGT;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=32526241;WS=32526223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr9	32567655	rs67236328	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TATTAATATTTGTTATGGTAA;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=11;WE=32567663;WS=32567645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr9	32784838	rs1810807	T	C	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=57;PP=2044;SC=ACAGATACTGTTGTTATATCA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=32784846;WS=32784828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	32974372	rs4878522	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=325;SC=TGAGGTCAGACTGTTATTCAG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=32974380;WS=32974362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	32986248	rs7869475	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TCTCACTCTGTCTCACCCAAG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=32986256;WS=32986238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	32988185	rs17226291	C	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=77;PP=2282;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GCACTTGCTCCTATCTTCCCT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=114;TCR=108;TR=158;WE=32988193;WS=32988175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,177:0.71:250
chr9	33001441	rs10813920	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.306;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr9	33001448	rs190368009	G	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr9	33001448	.	GC	CA	599	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=13;NR=1;PP=599;QD=46.6048482044;SC=TGAGAGCAGCGCATGAAAGCA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=33001457;WS=33001435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,14:0.64:22
chr9	33001449	rs1197774	C	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	33001665	rs79649832	G	A	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CGCGACCAGTGACGTCACCAG;SOR=0.575;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=287;TCF=146;TCR=141;TR=191;WE=33001673;WS=33001655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,199:0.67:298
chr9	33001713	rs17226699	C	G	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=101;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ATCTTGCCCACTTCCCAGATC;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=111;TCR=146;TR=178;WE=33001721;WS=33001703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,183:0.69:265
chr9	33001739	rs11788730	C	T	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=83;PP=2030;ReadPosRankSum=1.440;SC=GCGTCCGCCCCAATTGGGTTC;SOR=0.959;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=72;TCR=116;TR=131;WE=33001747;WS=33001729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,134:0.70:192
chr9	33026572	rs20583	T	C	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=61;PP=2581;SC=GGAAACTGGCTTTGAAGTACC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=143;WE=33026580;WS=33026562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	33026638	rs2274769	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=785;ReadPosRankSum=1.397;SC=ACTCTTAAACGTATCTGAATA;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=48;WE=33026646;WS=33026628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr9	33030087	rs10971343	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=0.566;SC=GTAAAATTGATTCATGTACAC;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=22;WE=33030095;WS=33030077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr9	33030166	rs10971344	A	G	88.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACCTAAAGAAATATCAGCACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=33030174;WS=33030156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr9	33034480	rs10971352	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCATAAGAGGTTGAATACATA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=33034488;WS=33034470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr9	33036711	rs10813925	A	G	5856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=6.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=2.017;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,148:0.67:222
chr9	33036717	rs10813926	C	G	5894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=7.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.67;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,146:0.69:213
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chr9	33062183	rs199890461	G	GA	1567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.084;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
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chr9	33069062	rs10971383	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.946;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,10:0.15:65
chr9	33113322	rs7019909	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=133;SC=GGAAAGCCATCTGAATGATGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=33113330;WS=33113318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	33116238	rs34433922	AT	A	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.61;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	33135085	rs913214	G	A	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=39;PP=2534;SC=AGTGCCAGGTGTCTGTGAAAT;SOR=1.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=96;TCR=39;TR=135;WE=33135093;WS=33135075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	33264540	rs1071545	C	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=40;PP=1312;SC=GGTGGACGCCCAGAGGGAGGC;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=33264548;WS=33264530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	33270479	rs844239	A	G	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=115;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=116;SC=GTTTTTGCCAATTTTTCTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=33270487;WS=33270469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	33270748	rs831271	G	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=32;PP=988;SC=GTTATTTCATGTATTTATTCT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=33270756;WS=33270738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	33290532	rs830576	A	G	9961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=141;PP=2965;SC=GACAGTGCTGACTTGGCTGTA;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=196;TCR=141;TR=337;WE=33290540;WS=33290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr9	33290688	rs4879682	G	C	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=115;PP=2965;SC=CTCATATCGCGAGAGTAGCAC;SOR=1.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=188;WE=33290696;WS=33290678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	33344252	rs642157	T	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=842;SC=CCTGCTGTGTTACTGTCTTCA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=33344260;WS=33344242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	33354070	rs145934546	TTTTTA	T	1841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.180;NF=9;NR=15;PP=1147;ReadPosRankSum=0.478;SC=TTCCCTTTCTTTTTTATATTT;SOR=0.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=24;WE=33354082;WS=33354060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr9	33369943	rs2230122	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=767;ReadPosRankSum=-2.402;SC=TAACCAAGGAGCCAATAATTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=56;WE=33369951;WS=33369933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr9	33385600	rs117066088	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-2.968;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr9	33385602	rs145413647	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-3.061;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr9	33385603	rs140943510	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-3.061;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr9	33385690	rs139024279	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-9.116;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,11:0.12:94
chr9	33385698	rs145516206	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-9.774;QD=1.36;ReadPosRankSum=-3.136;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,10:0.10:97
chr9	33385852	.	C	T	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=29;MQ=51.02;NF=1;NR=2;PP=53;QD=29.2570708491;SC=TGGAGCATCCCGGTCAGCCAC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=3;WE=33385871;WS=33385842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr9	33385863	.	G	T	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=50.24;NF=2;NR=3;PP=83;QD=23.5542425094;SC=GGTCAGCCACGCCTGAGGAGC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=33385871;WS=33385842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	33386144	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.812;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=10.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-8.200;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=3.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,7:0.09:81
chr9	33386167	rs79172651	G	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=11.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-6.639;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,17:0.14:119
chr9	33386211	rs80148578	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.102;NF=32;NR=20;PP=597;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GACACAGACTGTCATGCGAAC;SOR=0.796;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=52;WE=33386219;WS=33386201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,52:0.31:169
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chr9	33386378	rs74462413	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=15.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQRankSum=-1.164;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=2.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
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chr9	33386393	rs77837642	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=9.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQRankSum=-2.360;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
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chr9	33395031	rs72707429	G	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-5.832;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr9	33395039	rs72707431	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-6.215;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr9	33395108	rs2381003	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=4.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-11.397;QD=0.25;ReadPosRankSum=1.463;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,33:0.11:306
chr9	33395196	rs642636	A	G	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.573;NF=78;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GGGTGGACCTAAGACAGTGGC;SOR=0.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=189;WE=33395204;WS=33395186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr9	33442272	rs2231235	G	A	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=69;PP=2965;SC=GGCAGGCTGGGGTGAGCTGGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=151;WE=33442280;WS=33442262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	33447306	rs517210	C	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=23;PP=1439;SC=GTGGGGGTCACAGCTGGGGAG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=33447314;WS=33447296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	33447424	rs591810	C	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=63;PP=2326;SC=CACTCACCACCAGGATGAGGG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=125;WE=33447432;WS=33447414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	33447547	rs12555686	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGGCGGCGGCGCTGTCGGGCG;SOR=0.897;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=21;WE=33447555;WS=33447537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr9	33467983	rs679644	G	A	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=29;PP=1677;SC=CTGTAGCCCCGAAGAGACAGG;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=33467991;WS=33467973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	33473893	rs2777744	T	G	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=121;PP=2965;SC=GGTCTATACCTCATAGCTTCC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=95;TCR=121;TR=216;WE=33473901;WS=33473883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	33548138	.	TAAC	T	2655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.893;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,78:0.30:261
chr9	33555701	rs199537216	TC	T	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.225;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.045;NF=5;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=-1.514;SC=ACACTTTTTTTCAAGCCTGAA;SOR=1.466;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=33555709;WS=33555691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr9	33573160	rs1807130	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.498;SC=ATTTTCTCTGCGGCAACCCTA;SOR=0.178;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=8;WE=33573168;WS=33573150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr9	33573212	rs12378940	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=1.040;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr9	33573377	rs597219	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.151;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=1.198;SC=GATTAGTCTCTCTGCAGCCTC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=33573385;WS=33573367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr9	33617691	rs147881110	TGGATGTAACACG	T	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=1244;ReadPosRankSum=-2.140;SC=GGCAGAGAGATGGATGTAACA;SOR=1.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=4;WE=33617710;WS=33617681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr9	33618028	rs855511	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GAGAGCCGCCAGTCAGAGGAG;SOR=0.362;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=27;WE=33618036;WS=33618018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr9	33618358	rs855512	A	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GCTGATGGCAACTTCCAATGA;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=294;TCF=160;TCR=134;TR=94;WE=33618366;WS=33618348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,101:0.32:320
chr9	33618460	rs966447	A	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=661;ReadPosRankSum=0.729;SC=GACAGTGACCAGTGCCCATCC;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=47;WE=33618468;WS=33618450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr9	33618497	rs2380835	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=0.593;SC=TACATCTGCAGTGCTAGAGAC;SOR=1.528;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=19;WE=33618505;WS=33618487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr9	33625082	rs10758216	G	C	6447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.199;SC=CTTGTATTTTGCTGATCAGCT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=367;TCF=186;TCR=181;TR=253;WE=33625090;WS=33625072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,267:0.69:386
chr9	33625185	rs36079164	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.705;NF=47;NR=50;PP=1200;ReadPosRankSum=-1.752;SC=AAAATTAGGTCTGAATTCAAG;SOR=0.786;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=328;TCF=165;TCR=163;TR=97;WE=33625193;WS=33625175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,101:0.30:340
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chr9	33649383	rs855547	C	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.939;NF=12;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=-1.831;SC=ATTATGCTGGCATGTTCTCAG;SOR=1.483;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=49;WE=33649391;WS=33649373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr9	33662181	rs113011049	TCTGTAGCCCCAA	T	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.572;NF=15;NR=3;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGAGACATCCTCTGTAGCCCC;SOR=0.826;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=18;WE=33662200;WS=33662171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr9	33662389	rs1832325	A	G	5105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.495;SC=AAGGAAGCTGAAATCTACCAG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=136;TCR=133;TR=195;WE=33662397;WS=33662379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,208:0.73:285
chr9	33675629	rs7849845	A	C	4783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.450;NF=95;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTCACCTTAAAATTTGGAGAA;SOR=0.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=197;WE=33675637;WS=33675619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,200:0.72:276
chr9	33676094	rs7853346	C	G	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.137;NF=55;NR=38;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CTATAATCCACATGATTCTTT;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=93;WE=33676102;WS=33676084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr9	33750453	rs113217588	A	ACACAG	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.698;SC=CTCCTGAAGCACACAGCCTAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=33750461;WS=33750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	33750748	rs10971678	G	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TACCCGCAGGGGGCTTGAAAC;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=22;WE=33750756;WS=33750738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr9	33794726	.	GC	CA	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.676;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=15.720;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-12.066;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.713;SOR=3.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,8:0.05:147
chr9	33794736	.	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-13.169;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.682;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,15:0.09:175
chr9	33794749	.	C	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.320;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=5.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-13.850;QD=2.65;ReadPosRankSum=-4.157;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,24:0.12:194
chr9	33794753	.	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.167;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=10.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-14.088;QD=2.97;ReadPosRankSum=-4.685;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,28:0.14:201
chr9	33794789	.	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-11.034;QD=2.31;ReadPosRankSum=-2.812;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,35:0.13:272
chr9	33794797	.	TGA	T	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=14.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-7.441;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.447;SOR=1.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,37:0.14:268
chr9	33794809	rs201061108	G	A	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=3.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQRankSum=-14.599;QD=10.45;ReadPosRankSum=2.543;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,82:0.30:274
chr9	33794811	.	GG	AT	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=2.946;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=-10.594;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,43:0.16:274
chr9	33794840	rs10117993	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=8.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-9.355;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,54:0.20:272
chr9	33794877	.	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=5.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQRankSum=-10.989;QD=7.47;ReadPosRankSum=2.180;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,65:0.26:250
chr9	33794890	.	T	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=5.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=-10.619;QD=7.61;ReadPosRankSum=3.219;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,51:0.24:214
chr9	33794894	.	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.591;NF=36;NR=70;PP=2507;ReadPosRankSum=2.939;SC=CTAACCTGTGTCCCCTCCTTC;SOR=0.990;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=234;TCF=91;TCR=143;TR=106;WE=33794920;WS=33794867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,49:0.24:207
chr9	33794923	.	CTT	C	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-9.513;QD=8.25;ReadPosRankSum=-2.771;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr9	33794927	.	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-9.418;QD=8.48;ReadPosRankSum=-2.899;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr9	33794981	.	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-6.353;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,5:0.12:42
chr9	33795415	.	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.344;NF=8;NR=9;PP=843;ReadPosRankSum=2.550;SC=GTGGCCAAACGTAGCCGAGCT;SOR=0.051;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=17;WE=33795430;WS=33795405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr9	33795417	rs373360400	AGCCGAG	A	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=17.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-8.209;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.682;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr9	33795437	rs372175402	C	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=16.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-9.484;QD=3.99;ReadPosRankSum=3.600;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
chr9	33795439	.	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=16.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-9.484;QD=3.92;ReadPosRankSum=3.373;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
chr9	33795441	.	C	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=16.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-9.484;QD=3.95;ReadPosRankSum=2.993;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
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chr9	33795581	.	T	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=48.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-15.401;QD=4.60;ReadPosRankSum=-6.406;SOR=3.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,42:0.16:260
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chr9	33797917	.	T	C	8887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=6.356;ClippingRankSum=0.000;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.404;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-23.228;NF=185;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-7.055;SC=TCCGCCACCCTAAATACAACA;SOR=1.413;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=656;TCF=405;TCR=251;TR=264;WE=33797939;WS=33797907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,236:0.38:622
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chr9	33797930	.	GAC	G	13088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.462;ClippingRankSum=0.000;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-24.891;NF=73;NR=77;PP=2971;ReadPosRankSum=-3.620;SC=ATACAACAGGGACACTCTGGA;SOR=1.748;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=471;TCF=181;TCR=290;TR=150;WE=33797939;WS=33797907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,314:0.42:742
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chr9	33797962	rs374178684	A	G	19578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-26.616;NF=305;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=2.625;SC=TGCTGATCAAACTCTCCTCAC;SOR=1.012;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=973;TCF=521;TCR=452;TR=524;WE=33798007;WS=33797941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,493:0.52:946
chr9	33797969	rs149664918	T	A	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FS=11.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-10.075;QD=3.93;ReadPosRankSum=-3.811;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:814,143:0.15:957
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chr9	33797991	rs146966861	GC	AT	5485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FS=4.360;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQRankSum=-8.836;QD=5.68;ReadPosRankSum=3.745;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:779,187:0.19:966
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chr9	33798016	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=99;MMLQ=27;MQ=48.63;NF=103;NR=189;PP=2944;QD=20;SC=CTCTGCCCACCACCCCTCCAG;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=836;TCF=349;TCR=487;TR=292;WE=33798025;WS=33798006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:544,292:0.35:836
chr9	33798017	rs855581	A	G	20822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.091;HP=6;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.924;NF=215;NR=365;PP=2564;ReadPosRankSum=-5.724;SC=TCTGCCCACCACCCCTCCAGC;SOR=1.258;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=809;TCF=333;TCR=476;TR=580;WE=33798025;WS=33798006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,602:0.74:811
chr9	33798037	.	T	C	7847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;ClippingRankSum=0.000;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=10.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQRankSum=-11.650;QD=12.48;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,213:0.34:629
chr9	33798042	rs141382822	G	C	7223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FS=8.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQRankSum=-10.686;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,199:0.33:604
chr9	33798052	rs377380263	C	T	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=99;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.330;NF=70;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.505;SC=GCCTCATCTCCGGCTGGGGCA;SOR=0.264;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=545;TCF=155;TCR=390;TR=196;WE=33798060;WS=33798027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,191:0.37:520
chr9	33798073	.	C	T	9222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQRankSum=-11.196;QD=26.81;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,233:0.68:344
chr9	33798075	.	T	C	9271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.567;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQRankSum=-10.935;QD=27.93;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,221:0.67:332
chr9	33798079	rs144845866	T	C	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-5.818;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,124:0.41:299
chr9	33798112	.	C	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.027;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.714;HP=5;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.228;NF=6;NR=90;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TCTACTTCCCCCCATCCTCAC;SOR=0.199;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=137;TCF=7;TCR=130;TR=96;WE=33798120;WS=33798102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr9	33798596	.	T	C	1917	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=23;MQ=50.21;NF=97;NR=95;PP=1917;QD=10.1654750653;SC=TGGGCTTCCTTGAGGGAGGCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=456;TCF=231;TCR=225;TR=192;WE=33798604;WS=33798586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:264,192:0.42:456
chr9	33798633	.	T	C	2814	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=15;MQ=49.95;NF=97;NR=120;PP=2814;QD=20;SC=GATTTGACCCTTTCCCATGCT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=530;TCF=251;TCR=279;TR=217;WE=33798641;WS=33798623;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:313,217:0.41:530
chr9	33798916	.	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQRankSum=-3.067;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	33798960	rs72711744	C	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.115;NF=13;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=0.714;SC=TTAAGGTTCACAGTAAATGTA;SOR=0.055;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=22;WE=33798968;WS=33798950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr9	33798998	.	T	C	1014	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=28;MQ=49.84;NF=18;NR=15;PP=1014;QD=31.7809458348;SC=TCTCTCTCTTTATACAACTTG;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=33;WE=33799018;WS=33798988;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:41,33:0.45:74
chr9	33799010	.	C	T	1014	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=28;MQ=51.63;NF=15;NR=14;PP=1014;QD=36.1645245706;SC=TACAACTTGTCCCTTCTTCTC;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=29;WE=33799018;WS=33798988;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:56,29:0.34:85
chr9	33799026	.	C	G	325	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=54.25;NF=15;NR=13;PP=325;QD=12.8489718767;SC=TTCTCCCCAGCGTGACTCTGG;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=28;WE=33799034;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr9	33799163	rs376841271	C	A	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=11.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-16.859;QD=8.86;ReadPosRankSum=5.302;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,107:0.27:402
chr9	33799181	.	C	T	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=11.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQRankSum=-13.245;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,89:0.22:398
chr9	33799186	.	G	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=8.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-13.235;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,94:0.24:398
chr9	33799218	.	G	A	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-14.913;QD=12.31;ReadPosRankSum=-3.321;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,118:0.37:319
chr9	33799224	.	C	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-8.886;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,78:0.26:298
chr9	33799230	.	C	CTG	3807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.610;NF=4;NR=48;PP=2969;ReadPosRankSum=-2.105;SC=CCTGCTCTCACTCTGTGTCTG;SOR=0.440;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=10;TCR=155;TR=52;WE=33799238;WS=33799208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,92:0.35:260
chr9	33799245	.	G	T	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-11.001;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.530;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,61:0.34:177
chr9	33799246	.	G	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=-5.848;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,16:0.09:172
chr9	33799251	.	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-10.343;QD=13.18;ReadPosRankSum=3.056;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,58:0.36:161
chr9	33799263	.	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=-6.545;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr9	33799267	.	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQRankSum=-4.821;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.826;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,15:0.11:132
chr9	33799285	rs369146161	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=9.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQRankSum=-4.860;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.925;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,16:0.16:101
chr9	33799304	.	G	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=9.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-4.982;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
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chr9	33948652	rs307654	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=1.136;SC=CTTTAAAACATATCAAGTATT;SOR=0.479;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=14;WE=33948660;WS=33948642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
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chr9	33969352	rs307675	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr9	33971740	rs3739690	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=6.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,61:0.27:229
chr9	34011803	rs7029112	C	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.084;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=1020;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AAGAAAAGTACCATCACTACA;SOR=3.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=42;WE=34011811;WS=34011793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr9	34011835	rs7029122	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=523;SC=GGATCTCTTACCCATTCATAT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=34011843;WS=34011825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	34017015	rs11432780	G	GA	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.23;MQRankSum=1.454;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr9	34017106	rs1785506	C	T	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=69;PP=2446;SC=TGGTTTTTCCCGAGCACCTCG;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=34017114;WS=34017096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	34088561	rs41316005	G	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	34096597	rs7857551	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=461;SC=GCGAGACTCTGCCTCAAAAAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=34096605;WS=34096587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	34178974	rs9650705	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=1.180;SC=CCATTGGTCCGGGCGTGTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=34178982;WS=34178964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr9	34211942	rs1556439	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=639;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AAAAATAGAATATCACTGATA;SOR=0.655;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=43;WE=34211950;WS=34211932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr9	34220855	rs41313794	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.950;SC=AATTTTCTTCGTACTACCTTC;SOR=0.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=68;WE=34220863;WS=34220845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr9	34242192	rs10972015	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=511;ReadPosRankSum=0.785;SC=TGATTTTTTTCGAGACAGGGT;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=31;WE=34242200;WS=34242182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr9	34249886	rs139312253	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TGTGTGGAGACGGTGGTCAAC;SOR=0.374;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=37;WE=34249894;WS=34249876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr9	34269386	rs141274403	ACTT	A	4465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.132;NF=2;NR=68;PP=2908;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AGCAGGAGTGACTTCTGTGAA;SOR=0.948;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=4;TCR=102;TR=70;WE=34269396;WS=34269376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,113:0.71:160
chr9	34272085	rs72731297	T	C	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	34286486	rs6476442	G	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TTTACAGATGGGAAGTGGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=34286494;WS=34286476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr9	34306410	rs17350674	C	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=560;ReadPosRankSum=0.411;SC=CATCTCAGTCCAAGGATTCTG;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=47;WE=34306418;WS=34306400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,50:0.30:166
chr9	34310927	rs10972048	T	C	4332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2651;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TCTGGTAGCATGTGTTCTAGC;SOR=0.601;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=271;TCF=138;TCR=133;TR=183;WE=34310935;WS=34310912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,193:0.68:282
chr9	34370701	rs58832809	TG	T	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=731;ReadPosRankSum=1.705;SC=GGTATAGAGGTGGGAGGTTCC;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=21;WE=34370709;WS=34370691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr9	34372783	rs4879781	G	C	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=74;PP=2934;SC=GCGGCTTCAGGTCTTTGGAAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=158;WE=34372791;WS=34372773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	34372873	rs4879782	C	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1470;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGTTCTGACGCTATGCGTAGC;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=104;WE=34372881;WS=34372863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,113:0.72:156
chr9	34373041	rs10972084	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.090;SC=TGAGCTATCTCATCCCATGAT;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=34373049;WS=34373031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	34382726	rs3808876	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=558;ReadPosRankSum=0.204;SC=CAGTCCCCAGACGTCTGTGCT;SOR=1.076;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=34;WE=34382734;WS=34382716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr9	34397545	rs11790577	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=520;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GTGGGTCCTTATAGACCTCCT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=48;WE=34397553;WS=34397535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,50:0.27:184
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chr9	34635598	rs4879809	T	C	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=20;PP=1558;SC=CGCTCCTGTCTATCCGCAGGT;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=34635606;WS=34635588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	34655436	rs2812357	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=640;SC=ACCTGGGTCCTCTCTCTACCC;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=34655444;WS=34655426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr9	34723935	rs2297134	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-7.814;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
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chr9	34835273	rs521552	A	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=6.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-7.987;QD=3.26;ReadPosRankSum=2.390;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,72:0.23:314
chr9	35043291	rs615474	G	T	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=61;PP=2907;SC=CCTCTGAAGTGGTCTGTTTGT;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=153;WE=35043299;WS=35043281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	35060302	rs684562	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=27;PP=1331;SC=CAGCCTATTGTAGCTCACCTT;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=35060310;WS=35060292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	35060746	rs562381	A	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=20;PP=1201;SC=GATCACCCAGATCAATTACAA;SOR=1.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=35060754;WS=35060736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	35060955	rs2258240	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=47;PP=2436;SC=ATGAGACTTATCAAGGGAGGG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=116;WE=35060963;WS=35060945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	35061693	rs11272867	G	GACAGTACACAA	3403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=2900;SC=CGACCTGTGGGACAGTACACA;SOR=1.379;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=30;WE=35061701;WS=35061683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	35062972	rs514492	C	T	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=69;PP=2659;SC=CCAAATATCTCACCATTGATC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=35062980;WS=35062962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	35074917	rs587118	T	C	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=46;PP=2415;SC=CATGCAAGTATACATACCTGG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=35074925;WS=35074907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	35077441	rs554098	T	C	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=84;PP=2965;SC=TACAACCTCCTCGTCTTCTCC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=155;WE=35077449;WS=35077431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	35079361	rs504082	G	T	10418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=203;NR=167;PP=2965;SC=CCTCCCCATCGGTTGGGGTAA;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=203;TCR=167;TR=370;WE=35079369;WS=35079351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr9	35089048	rs556766	A	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=582;SC=CACTGTTCTCAAGCACTCTCT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=35089056;WS=35089038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	35090782	rs505297	A	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=474;SC=TACACACTCAAATGCCTATCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=35090790;WS=35090772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	35093020	rs568300	T	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=9;PP=924;SC=CCAGCCCGCTTACCTACCTGC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=35093028;WS=35093010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	35100002	rs664357	T	C	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=42;PP=2029;SC=GCTTCCTTGTTCCCAGACTCC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=35100010;WS=35099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	35100569	rs586017	A	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=138;SC=CCAGTGCTCTATGCTGGGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=35100577;WS=35100559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	35101383	rs34240345	GCA	G	4925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=61;PP=2957;SC=TGGTACTGGAGCACCCTGAGG;SOR=1.407;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=79;WE=35101392;WS=35101373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	35101870	rs693325	C	G	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=60;PP=2543;SC=GAGGGCAACTCAAAAGGCTGG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=35101878;WS=35101860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	35107765	rs13287211	C	A	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=136;PP=2965;SC=CCCCCAGGGACCCCTGTCCCC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=106;TCR=136;TR=242;WE=35107773;WS=35107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr9	35107858	rs7039828	C	T	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=110;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCCGAAGTCCAAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=217;WE=35107866;WS=35107848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	35295984	rs661712	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=706;SC=CATGATGCAATTGGCAAGAAG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=35295992;WS=35295974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	35546735	rs1535422	A	G	10474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CCTGCACTCTACTCCAGGAGG;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=196;TCR=179;TR=374;WE=35546743;WS=35546725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr9	35555458	rs41277053	G	A	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=1843;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CCCTCCCCCAGAGCAGCCCAC;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=411;TCF=190;TCR=221;TR=146;WE=35555466;WS=35555448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,154:0.35:434
chr9	35555823	rs946483	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=649;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CATCCCTCCCTCAGCATCTGT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=35555831;WS=35555813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr9	35556250	rs870978	G	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=17;PP=1010;SC=CACTGAACTGGCCTGGAACTC;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=35556258;WS=35556240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	35556527	rs150786704	A	ACCTCTAAGTGCTGGCTGGGC	318.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=2090;SC=CCAGTCTGAAACCTCTAAGTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=35556535;WS=35556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	35559369	rs4879906	G	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=49;PP=1528;SC=GGTGGGGAGGGGGACCACACA;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=35559377;WS=35559359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	35559905	rs12338773	T	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=2;PP=1249;SC=TACATGCAAGTTGACTAGTGC;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=35559913;WS=35559895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	35561931	.	CACCCACCT	C	287	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=287;QD=302.0;SC=CCCACCCTCCCACCCACCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=1;WE=35561946;WS=35561921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,1:0.25:4
chr9	35562328	rs5897609	TACAA	T	3286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=33;PP=2303;SC=CCCATACCCATACAAACAAAC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=48;WE=35562339;WS=35562318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	35562549	rs755774	G	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=65;PP=2965;SC=GGAAGCGGGCGCAGGGCACAT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=102;TCR=65;TR=167;WE=35562557;WS=35562539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	35610523	rs71940749	CCCCTGCTCTGAGT	C	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=2978;SC=GGCCCCTGGGCCCCTGCTCTG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=35610543;WS=35610513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	35610912	rs4879913	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=275;SC=ACTAAAACAGACTTTAGAACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=35610920;WS=35610902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	35616583	rs2095858	A	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr9	35660990	rs1339374	A	G	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=2139;ReadPosRankSum=0.448;SC=CGAGGAGGAGATTGGTGACAG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=130;WE=35660998;WS=35660980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,132:0.68:193
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chr9	35700150	rs2295794	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=3.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-2.403;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,74:0.28:263
chr9	35700527	rs151212820	A	AGTTT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.253;NF=0;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCAACTGGGGAGTTTGTTTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=35700535;WS=35700517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr9	35712823	rs2249133	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=658;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCCTTTCCCAGTATCTGACCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=50;WE=35712831;WS=35712813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr9	35713181	rs877365	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=326;ReadPosRankSum=0.041;SC=GCCTGGCTCTCTGCCCACATA;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=24;WE=35713189;WS=35713171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr9	35724429	.	TG	T	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.22;MQRankSum=1.550;NF=12;NR=2;PP=426;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CTCACTTAAATGTAAGTCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=14;WE=35724437;WS=35724419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr9	35739115	rs3833700	G	GC	1765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.977;NF=3;NR=28;PP=1338;ReadPosRankSum=-2.167;SC=AGCTGGGGGAGAGACACAGAA;SOR=0.700;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=31;WE=35739123;WS=35739105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr9	35739876	rs3750434	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=544;ReadPosRankSum=0.621;SC=TCAGCAGAGTGGGATCATCAA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=34;WE=35739884;WS=35739866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr9	35751221	rs1570248	C	T	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=61;PP=2437;ReadPosRankSum=0.576;SC=CTCTCATCTCCGTTCCCTCTC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=138;TCR=88;TR=160;WE=35751229;WS=35751211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,172:0.71:243
chr9	35752252	rs1570249	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ACATACCCACGTCTAGCCTCT;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=35752260;WS=35752242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr9	35808334	rs3763631	C	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=0.439;SC=TAAAGATTCCCTAGACATCTC;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=25;WE=35808342;WS=35808324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr9	35809328	rs2281645	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=647;ReadPosRankSum=0.713;SC=AGGGAGACAAAGGGACTAACA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=60;WE=35809336;WS=35809318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,63:0.34:188
chr9	35819837	.	A	ACATACTTCTCTCTCATACTTCCCAAGACAT	1472.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=1936;ReadPosRankSum=0.033;SC=GACATGACAGAGTACAGTTAT;SOR=3.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=19;WE=35819846;WS=35819822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr9	35819838	.	GT	G	1471.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=1936;ReadPosRankSum=-1.938;SC=ACATGACAGAGTACAGTTATT;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=19;WE=35819846;WS=35819822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr9	35825413	rs4879930	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=52;PP=1605;SC=AGTGAGAAGGCCCTAAAACTA;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=35825421;WS=35825403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	35829390	rs2381409	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5135;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=382;ReadPosRankSum=-1.870;SC=GAGCCGCGGGCCAGCTCTGCG;SOR=1.162;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=24;WE=35829398;WS=35829380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr9	35834942	rs2236291	T	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr9	35841783	rs2236293	G	A	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=85;PP=2773;ReadPosRankSum=0.325;SC=CTGTGTGTGCGGTTGCAAGGT;SOR=0.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=176;WE=35841791;WS=35841773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,190:0.70:271
chr9	35845929	rs7848557	A	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=569;SC=GTGGGTGGAGATGGAGGATGT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=35845937;WS=35845919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	35870001	rs7044405	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,61:0.25:246
chr9	35870225	rs72727089	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGAAGTACACGGGCGTGTGCA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=109;TCR=151;TR=83;WE=35870233;WS=35870215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,86:0.32:273
chr9	35906347	rs370606246	CCTG	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,10:0.13:76
chr9	35906471	rs76452347	C	T	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=111;PP=2965;SC=GCCCTTCCGGCGGCGGGGCCA;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=87;TCR=111;TR=198;WE=35906479;WS=35906461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr9	35906519	rs79284865	G	A	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	35910788	rs62635821	T	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr9	35957355	rs2233568	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=664;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CGATCACCACGGTGAGGTGGG;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=41;WE=35957363;WS=35957345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr9	35957669	rs2233564	T	C	5085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=106;PP=2811;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GCCATGGGCATGTAGGCAGCC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=160;TCR=157;TR=215;WE=35957677;WS=35957659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,230:0.68:338
chr9	35958047	rs2233558	T	C	4595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GCAGAGAGCCTCAGGAGAACG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=136;TCR=181;TR=204;WE=35958055;WS=35958037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,208:0.64:324
chr9	36063688	rs10814326	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAGTTTTCTTATGGACAGCTG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=36063696;WS=36063678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr9	36063743	rs942478	C	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=15;PP=790;SC=CATGCTATCTCTTTTTATTGC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=36063751;WS=36063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	36105264	rs11788747	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=626;ReadPosRankSum=2.075;SC=CCTGTCTTCCATACTTTTGTG;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=60;WE=36105272;WS=36105254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,64:0.34:188
chr9	36109947	rs10972726	C	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr9	36110063	rs10972727	T	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
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chr9	36135923	rs7041851	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TGTGTGCTGCTCCCAGGGTCA;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=36135931;WS=36135913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr9	36136526	rs16932970	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr9	36136566	rs16932974	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr9	36136587	rs3739614	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr9	36148722	rs3739613	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=0.530;SC=ATGCCTCCTGGCCCCAGCACC;SOR=1.320;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=43;WE=36148730;WS=36148712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr9	36163002	rs11588	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr9	36169494	rs3739610	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=0.393;SC=GCCGACAAGAGGCACCATGAA;SOR=0.677;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=33;WE=36169502;WS=36169484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr9	36169598	rs3739609	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,38:0.26:145
chr9	36169723	rs34789048	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=490;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ATTGACACCAGTTACCTGAGC;SOR=0.475;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=48;WE=36169731;WS=36169713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
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chr9	36263435	rs62541786	T	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=341;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GGGCCCGGATTACAGGTATGA;SOR=1.287;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=21;WE=36263443;WS=36263425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr9	36263577	rs77158685	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-2.239;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr9	36276857	rs7875447	A	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=31;PP=2023;SC=TGCAATTTCAATAATAAAGCT;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=98;WE=36276865;WS=36276847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	36369646	rs59794829	CAA	C,CA	1244.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=8.193;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.313;QD=25.93;ReadPosRankSum=0.878;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,31,15:0.65,0.31:48
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chr9	36630415	rs10973007	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TTTGGTTCAACTTTTAAGATA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=13;WE=36630423;WS=36630405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr9	36669228	rs3780133	C	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=223;SC=AATGTGATACCTGCATTATTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=36669236;WS=36669218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	36674842	rs2274473	C	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=13;PP=823;SC=TTCACTATAACGTGACTACAA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=36674850;WS=36674832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	36840623	rs3780135	G	A	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=41;PP=1647;SC=CGCTATAATAGTAGGGGGAGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=36840631;WS=36840613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	36864119	rs4289895	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=0.461;SC=CCGCCCCCCCAATAAAAGTGC;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=15;WE=36864127;WS=36864109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr9	36882264	.	TAC	T	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr9	37304168	rs11422051	A	AT	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
chr9	37305829	rs3837244	GATAT	G	366.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.730;NF=0;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=0.086;SC=TACTCCGTGAGATATATATAT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=37305840;WS=37305819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr9	37305852	rs3780333	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.464;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.897;SC=ATATATAGTCATGTCCATTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=37305860;WS=37305842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr9	37426524	rs2736664	C	T	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=98;PP=2965;SC=CACCAGATGTCTGATTCGTAG;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=216;WE=37426532;WS=37426514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr9	37429661	rs309459	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=28;PP=1496;SC=CCGCTGTTCCAGAAATGCTGG;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=37429669;WS=37429651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	37429814	rs309458	A	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=53;PP=1875;SC=AGGAAGCAGCAGAATTCCAGG;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=37429822;WS=37429804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	37432264	rs309455	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=30;PP=877;SC=ACACCAGGGATCGTAAATGTT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=37432272;WS=37432254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	37441808	rs309450	A	G	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=66;PP=2792;SC=CAGTCATTCCATCAGCTTTAG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=145;WE=37441816;WS=37441798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	37486603	rs1571234	A	G	8103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=148;PP=2965;SC=CCCCATTCTGACACTCCCTCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=138;TCR=148;TR=286;WE=37486611;WS=37486593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	37486916	rs913278	G	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=312;SC=AGCAAATGGAGCTTTGAAGAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=37486924;WS=37486906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	37489378	rs11542231	C	T	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=75;PP=2758;SC=AATTGTTCAACATGCAGCCAC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=164;WE=37489386;WS=37489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	37503124	rs7047823	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=28;PP=965;SC=AAGATCACAAGCTGGGCACCC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=37503132;WS=37503114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	37536998	rs927930	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=548;SC=GTCAAGCGTGCGTGAATAAGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=37537006;WS=37536988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	37537557	rs7044153	G	A	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=80;PP=2965;SC=GGGAGCTAGAGGCTGGGCTGG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=158;WE=37537565;WS=37537547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	37592143	rs73441369	A	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=1.542;SC=GGTGTGAGCCAACGCGCCCGG;SOR=0.069;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=12;WE=37592151;WS=37592135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr9	37592452	rs7021977	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=395;ReadPosRankSum=0.168;SC=TCCGTATGGAGGAGATCACAT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=33;WE=37592460;WS=37592442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,36:0.30:120
chr9	37692654	rs3747539	A	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1221;ReadPosRankSum=1.072;SC=AGAGCTGGAGACCAGTTTATT;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=84;WE=37692662;WS=37692644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,88:0.65:135
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chr9	37715574	rs1952126	G	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=532;SC=CTGCTGCTTTGTGATGAATTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=37715582;WS=37715564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	37724195	rs10814609	A	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=37;PP=1731;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAAGACAGGGATACAACAATA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=105;WE=37724203;WS=37724185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,109:0.63:172
chr9	37729786	rs1359590	C	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TTTGCACTGGCCCTGGAAGAG;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=117;WE=37729794;WS=37729776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,126:0.64:197
chr9	37733752	rs140800271	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=863;ReadPosRankSum=1.358;SC=GCCCAGCTACGTTTAAATTAT;SOR=0.944;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=55;WE=37733760;WS=37733742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr9	37737283	rs2296552	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.121;SC=GGCCCCTTTCACTGGCCTTGT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=37737291;WS=37737273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr9	37740637	rs2281872	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=4.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr9	37745413	rs3747541	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,75:0.26:285
chr9	37769811	rs10973531	T	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=702;SC=TGTTGCCCAGTCTGGTCTCGA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=37769819;WS=37769801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	37782111	rs7158	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.064;NF=26;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CAACCACAAACTGGCCATAGA;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=39;WE=37782119;WS=37782101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,44:0.32:138
chr9	38015327	rs2183130	C	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=417;SC=TGCTCCAAGTCTTGTATTATC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=38015335;WS=38015317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	38015646	rs7047952	C	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=581;SC=CTGCCTACTACGAAGCTCTAA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=38015654;WS=38015636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	38016247	rs7037371	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=691;SC=AGGCAGGAACTAAAGCCGGCG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=38016255;WS=38016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	38068532	rs3750444	A	G	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=38;PP=1660;SC=GGGGCTGCGAAGGCCGCTCGC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=38068540;WS=38068522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	38395940	rs2228094	T	C	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=103;PP=2965;SC=GGGAGGTCATTGGGCACGTGG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=198;WE=38395948;WS=38395930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	38396065	rs2073478	G	T	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=80;PP=2598;ReadPosRankSum=1.621;SC=CTGCTGAACCGCCTGGCAGAC;SOR=0.505;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=132;TCR=111;TR=170;WE=38396073;WS=38396055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,183:0.71:257
chr9	38396502	rs4878199	G	A	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=83;PP=2965;SC=CGCCCAGCACGTGGATGTTGA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=184;WE=38396510;WS=38396492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	38397355	rs3043	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCACCTTGACGAATGCTTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=38397363;WS=38397345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr9	38411345	rs12377125	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=560;ReadPosRankSum=0.265;SC=CAAATATCTCATAACATGGGT;SOR=0.745;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=37;WE=38411353;WS=38411335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr9	38411534	rs375493692	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1169;ReadPosRankSum=0.915;SC=TCCTCCTTTCGCAGGGGGTTG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=81;WE=38411542;WS=38411524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,90:0.68:133
chr9	38411683	rs80177306	A	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CTCTCCTTGCATTGGCTGCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=38411691;WS=38411673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	38414030	.	T	TCACACACACA	2308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=347;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TCCCTCTTTCTCACACACACA;SOR=1.651;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=26;WE=38414041;WS=38414020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr9	38423826	rs7039990	T	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=2;PP=1278;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGGAGAGATATGAAATACTGC;SOR=2.256;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=70;TCR=3;TR=56;WE=38423834;WS=38423816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr9	38571214	rs3045002	T	TACA	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.513;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr9	38571976	rs140529454	T	TTAAA	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-3.462;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
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chr9	40503255	rs374071940	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=30;PP=911;SC=TCACGGCTTCCCTTTTTTAGT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=40503263;WS=40503245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	43816656	rs199925161	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.77;QD=30.22;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr9	43860959	rs145957320	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.914;NF=7;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=1.628;SC=TGCTGCTGGCGTCTGCCGCCC;SOR=0.293;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=12;WE=43860967;WS=43860949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr9	43861081	rs62536501	T	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.231;NF=7;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GGGCACCCGCTCTCGGCTGTG;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=14;WE=43861089;WS=43861071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
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chr9	66457014	.	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQRankSum=-3.051;QD=8.81;ReadPosRankSum=2.056;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
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chr9	66457019	rs7040398	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=-3.670;QD=15.35;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr9	66457040	.	C	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=-1.363;QD=5.07;ReadPosRankSum=-2.640;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr9	66457051	rs79307166	G	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-7.063;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr9	66457052	.	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-5.495;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,10:0.10:103
chr9	66457076	rs76994164	T	C	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.135;NF=80;NR=42;PP=1647;ReadPosRankSum=0.273;SC=AATAAAGCCCTTCCTTCTACA;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=264;TCF=175;TCR=89;TR=122;WE=66457084;WS=66457065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr9	66457092	.	G	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-4.334;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.873;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,35:0.16:223
chr9	66457127	rs73447819	G	A	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.022;NF=119;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCCTCCTGCTGCAGAAGGAGA;SOR=0.600;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=414;TCF=235;TCR=179;TR=200;WE=66457135;WS=66457117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,77:0.24:316
chr9	66457151	rs78939328	G	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-6.788;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,84:0.29:294
chr9	66457161	rs139907210	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=4.550;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,59:0.22:267
chr9	66457169	rs138400587	AGAG	A	2154.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.355;NF=73;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.052;SC=AAATAGAACCAGAGGGAGAGA;SOR=0.530;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=275;TCF=95;TCR=180;TR=191;WE=66457242;WS=66457141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,65:0.25:256
chr9	66457173	rs199759715	GGAGAGAGAGAGACAGCGATAGAGAGA	G	2808.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=4.379;NF=51;NR=119;PP=2982;ReadPosRankSum=1.702;SC=AGAACCAGAGGGAGAGAGAGA;SOR=0.872;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=243;TCF=68;TCR=175;TR=170;WE=66457242;WS=66457141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,78:0.39:200
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chr9	66457189	rs2874584	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-2.715;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,20:0.10:198
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chr9	68372402	rs78803668	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=4;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-3.651;NF=54;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CCATCTCCGCGCCCTTTGCCC;SOR=0.510;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=119;WE=68372449;WS=68372391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr9	68372407	rs74366995	T	C	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQRankSum=4.885;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,46:0.22:209
chr9	68372409	.	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.27;MQRankSum=4.746;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,46:0.23:204
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chr9	68372420	rs77874833	C	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQRankSum=-2.237;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,43:0.23:186
chr9	68372430	rs376337921	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQRankSum=-1.340;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,35:0.23:153
chr9	68372434	rs368849262	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQRankSum=-1.285;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,35:0.24:146
chr9	68372441	rs371275705	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.08;MQRankSum=-0.775;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,32:0.24:132
chr9	68372465	.	CA	TG	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.618;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=14.848;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.55;MQRankSum=0.994;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.950;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr9	68372470	rs141135096	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=14.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.55;MQRankSum=-1.160;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr9	68372476	rs140148795	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=14.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.99;MQRankSum=-1.238;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr9	68409539	rs111658015	C	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=-3.065;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
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chr9	68409565	rs112081340	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=7.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-0.643;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
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chr9	68415231	rs140259548	T	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=0.640;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,36:0.16:229
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chr9	68415386	rs1844035	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=1.351;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
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chr9	68427750	rs78840873	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.49;MQRankSum=0.372;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
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chr9	68427800	rs77055654	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQRankSum=-0.606;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,40:0.18:222
chr9	68427818	rs111699417	G	GA	2989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=8;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.888;NF=16;NR=41;PP=1162;ReadPosRankSum=-2.325;SC=ATTTTATTCAGAAAAAAACAC;SOR=0.795;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=174;TCF=44;TCR=130;TR=57;WE=68427826;WS=68427808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,109:0.41:266
chr9	68427840	rs76273339	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQRankSum=-4.990;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,35:0.11:324
chr9	68427863	rs144877320	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=3.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQRankSum=-6.675;QD=1.88;ReadPosRankSum=3.387;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,41:0.12:334
chr9	68427877	rs4568707	G	A	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.958;NF=64;NR=108;PP=2786;ReadPosRankSum=1.277;SC=AGTATCTGTCGGCTTTCAATT;SOR=1.094;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=172;WE=68427885;WS=68427867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,182:0.58:312
chr9	68427898	.	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=6.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-8.833;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.112;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,41:0.16:260
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chr9	68427956	rs4316243	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.895;NF=12;NR=36;PP=926;ReadPosRankSum=1.519;SC=ATATATTCAATTGCTACTAAA;SOR=0.957;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=48;WE=68427964;WS=68427946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
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chr9	68433620	rs62543351	C	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.990;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.255;NF=59;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=3.028;SC=GTAGAAGAAACATTAAGTGTT;SOR=0.285;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=389;TCF=154;TCR=235;TR=123;WE=68433649;WS=68433610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,118:0.34:345
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chr9	68433673	rs150998881	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.30;MQRankSum=-4.162;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,22:0.18:122
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chr9	69256741	rs62557778	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.61;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	69256816	rs62557779	G	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=15;PP=1409;SC=AGAGGCAACCGTTTCTAAGTT;SOR=2.338;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=67;WE=69256824;WS=69256806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	70999315	rs17081271	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=762;SC=ACATTTTAGGTCCTGCACCCG;SOR=4.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=70999323;WS=70999305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	71114312	rs12685375	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=890;SC=CAGTGTGTCTCGCAGCTCCTG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=71114320;WS=71114302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	71155498	rs149284535	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=931;SC=AAGGTGTTGTCGGAGCATGTG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=71155506;WS=71155488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	71478595	rs72720038	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=446;SC=AATAGATTCTGCATCAAAAGA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=71478603;WS=71478585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	71478986	.	G	T	20	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=27.3856062736;SC=TATATGTACAGATGTGAATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=71478994;WS=71478976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	71538069	rs2027208	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CCTGGGCCCCACGGGCTACAG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=71538077;WS=71538059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr9	71555492	rs10746973	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=806;SC=GACTCATTTCAATTATTATAG;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=71555500;WS=71555482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	71555522	rs10746974	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=20;PP=1358;SC=CTGCATTTATCCTTGAGATTC;SOR=1.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=71555530;WS=71555512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	71650752	rs2481598	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=18;PP=632;SC=CACCCAGCCCAGCCCAGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=71650760;WS=71650742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	71668197	rs3829062	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=19;PP=604;SC=ACTTCTTTTATTTTTCTGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=71668205;WS=71668187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	71686181	rs9314854	T	C	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=53;PP=2112;SC=GATGGTTTGGTTCACTCATTT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=112;WE=71686189;WS=71686171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	71687400	rs3066313	C	CTG	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=380;SC=CAGATATACACTAGCTCATTT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=71687408;WS=71687390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	71687440	rs7025834	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=479;SC=TTACTCCAGTCAATTTCTTGG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=71687448;WS=71687430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	71687755	rs146039377	TTTG	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=417;SC=AGGTCTGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=71687765;WS=71687745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	71789104	rs62567129	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=113;SC=GCTCGGGTCGGGGGCGGGCTG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=71789112;WS=71789094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	71820008	rs2498440	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=242;SC=ACGTAACCACATGGAGTGATG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=71820016;WS=71819998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	71831398	rs2498417	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=660;SC=CCTCCCTCGCTCCGCAGCCCC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=71831406;WS=71831388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	71843023	rs2309428	C	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.93;NF=44;NR=41;PP=1347;SC=ACCAAGAGGACCCCCCAGGTG;SOR=0.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=85;WE=71843031;WS=71843013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	71852760	rs2309421	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=37;PP=1775;SC=CTAGGCAAGTGTGTATGCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=71852768;WS=71852750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	71853465	rs75392135	G	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=226;SC=GTTTCTTCATGATTAGATTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=71853473;WS=71853455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	71854727	rs10867196	C	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=266;SC=AAGAATCTATCCCAAATAAGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=71854748;WS=71854726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	71854737	rs72187140	TAAAC	T	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=462;SC=CCCAAATAAGTAAACAAACAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=71854748;WS=71854726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	71854769	rs2993823	C	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=481;SC=ATATCTCATACAGCCTTTACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=71854777;WS=71854759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	71862975	rs2282336	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	71862987	rs2095876	G	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=36;PP=1172;SC=CCATGGGCGCGGACTATCTGA;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=71862995;WS=71862965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	71986315	rs1034239	TG	CA	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=1285;SC=TTTAAAAAAATGTTCTCTTGG;SOR=3.334;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=27;WE=71986324;WS=71986305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	71990645	rs4351475	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=22;PP=1687;SC=ACCTTTCCTCCGTTAAGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=81;WE=71990653;WS=71990635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	72003036	rs867366	T	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=44;PP=1940;SC=TCAAAAGGGGTTGGCCAATGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=72003044;WS=72003026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	72064749	rs2781532	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=31;PP=768;SC=CCTCCATCAGTGACCATCTGG;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=72064757;WS=72064739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	72132199	rs11139063	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=315;SC=CACTGGGCTGGAAAAACAAGA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=72132207;WS=72132189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	72338180	rs11139996	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=414;SC=TAACTAACACTTTCTGCAGCT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=72338188;WS=72338170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	72338610	rs11139997	T	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=200;SC=TCTCCATTATTGCCTCTGATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=72338618;WS=72338600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	72373624	rs10735564	A	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	72374677	rs2274745	T	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=701;SC=CAGGACCCGCTGTCCGCCCGC;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=43;WE=72374685;WS=72374667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	72374702	rs3831183	T	TGGACGCTTG	3924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=13;PP=2105;SC=CGAGGTCGGGTGGACGCTTGG;SOR=2.070;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=29;WE=72374710;WS=72374692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	72374929	.	AGC	A	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=97;QD=26.0;SC=GCGGAGAACGAGCGCGCGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=72374938;WS=72374919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr9	72374969	rs2252130	T	C	287.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=239;SC=CTAGGCCGCGTCCCCGCCGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=72374977;WS=72374959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	72472746	rs35585376	TA	T	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=894;SC=GCCCAGCCCCTAAATTAGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=72472754;WS=72472736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	72473053	rs1133275	TG	CA	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=1151;SC=TCCTTTCACATGCACAACATT;SOR=2.621;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=72473062;WS=72473043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	72501698	rs4407955	G	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=8;PP=693;SC=CAATAAAAATGTAAAATATTT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=72501706;WS=72501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	72501962	rs4548246	T	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=163;SC=ATTGGAATCATGACAATGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=72501970;WS=72501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	72740974	rs1927112	A	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=32;PP=1354;SC=CACCATTCCCACTGGATTATT;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=72740982;WS=72740964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	72741312	rs1998972	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=526;SC=GTCGAGTTCAGTGCTCCTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=72741320;WS=72741302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	72783608	rs10780871	T	C	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=34;PP=1692;SC=TTTATTTTTATGAATTTCAGG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=99;WE=72783616;WS=72783598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	72785653	rs4744587	T	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=58;SC=CTTGTGTCTATAATGAAATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=72785661;WS=72785643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	72882642	rs7027209	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=23;SC=ACCTAATATTATTATTGTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=72882650;WS=72882632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	72893298	rs10714271	GT	G	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=75;SC=TATCTCAAATGTTTTTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=72893306;WS=72893288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	72897434	rs1180116	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=19;PP=568;SC=GCAGATTCCTGTAACATGTCG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=72897442;WS=72897424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	72901096	rs1180123	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	72929503	rs10868801	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=135;SC=TACAGTATTATCACAGTAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=72929511;WS=72929493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	72933958	rs7025228	G	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=350;SC=AATAACAACAGCATTTCCACA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=72933966;WS=72933948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	72961862	rs147354258	C	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=48;SC=CCTTTGTATTCTTGTGTGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=72961870;WS=72961859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	72965438	rs1536957	A	G	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=225;SC=ATCTCCTGTGACATAATCATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=72965446;WS=72965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	73002648	rs7020167	C	G	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=27;PP=1358;SC=GAGTACTTTTCTCCTTTCGGG;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=73002656;WS=73002638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	73150984	rs6560142	C	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=GAAGGGATTTCGCAGGCTTGC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=180;WE=73150992;WS=73150974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	73151715	rs7033976	C	T	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=56;PP=2550;SC=TTGGCTCGCCCAGCCCAAGGA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=73151723;WS=73151705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	73151970	rs3739776	C	T	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=49;PP=2284;SC=TCATATTGACCGAATAGAAAG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=73151978;WS=73151960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	73164611	rs1889914	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=40;PP=1380;SC=AAAAAAAAAGGAAGTCTTGAG;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=73164619;WS=73164586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	73164712	rs1889915	T	C	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=14;PP=418;SC=AGATTCCTTGTTAAGTCTCAA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=73164720;WS=73164702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	73213610	rs4744605	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=806;SC=AGGAGAGCAGAGTTAGGTCTG;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=73213618;WS=73213600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	73213644	rs4744606	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=292;SC=TTTTCAGCCCAGTTGGGAAGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=73213652;WS=73213634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	73234066	rs7849400	G	A	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=679;SC=GACTTATAAGGTAAAAGTGGA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=73234074;WS=73234056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	73240312	rs7035025	C	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=23;PP=809;SC=AGGGATTCTACTTCACGTATT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=73240320;WS=73240302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	73250037	rs4322073	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=247;SC=GACAGGAATACTCTGGCAGCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=73250045;WS=73250027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	73255337	rs1538670	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=767;SC=GGAGCTCAGGATACAGACTTT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=73255345;WS=73255327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	73255432	rs1538669	G	C	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=48;PP=1990;SC=AATACCCTTGGCCAACCAAAG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=73255440;WS=73255422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	73408518	rs10868890	T	G	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=31;PP=1621;SC=TGATCAAACATTCCTCTTCCC;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=91;WE=73408526;WS=73408508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	73442635	rs1034539	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=526;SC=GCTCTGGCCCGGTAGAAATAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=73442643;WS=73442625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	73442724	rs1034538	C	T	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=32;PP=1950;SC=TTCAGCATACCTCCTACGAGC;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=73442732;WS=73442714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	73457832	rs1337031	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=399;SC=ATACTATAATGTGCACATTTT;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=73457840;WS=73457822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	73457861	rs1337030	A	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	73458045	rs3833697	T	TA	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.6186;FS=4.446;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.053;NF=1;NR=13;PP=197;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GAATAACACCTAAAAAAAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=73458053;WS=73458035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr9	73461337	rs7862440	T	A	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=69;PP=2471;SC=CAGTTGTCATTGCTGCTTTGA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=147;WE=73461345;WS=73461327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	73461558	rs10868907	G	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=347;SC=ACTGGCTGAGGCTGGTTATCT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=73461566;WS=73461548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	73479213	rs10780981	C	T	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=3;PP=114;SC=ATAAGATTGCCTCAAAGATGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=73479221;WS=73479203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	74300640	rs2310021	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=15;PP=732;SC=GAACTTCATGAAATAATACAA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=74300648;WS=74300630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	74314210	rs4263836	A	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=149;SC=TTAAGTCTAAACAAAAATTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=74314218;WS=74314200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	74350002	rs2274698	A	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=148;SC=TTCACAAATCAAAAGTTAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74350010;WS=74349992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	74355185	rs3753006	T	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=50;PP=1682;SC=TGATTACTTGTCATGGTATTC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=86;WE=74355193;WS=74355175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	74360096	rs25689	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=64;PP=2328;SC=GCTCTCATTGCGGTATTCATG;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=126;WE=74360104;WS=74360086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	74360209	rs3739783	G	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=35;PP=1386;SC=AGGACCCAAAGGGCAAGCCTG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=74360217;WS=74360199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	74477617	rs10573097	TAAGA	T	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.42;NF=0;NR=18;PP=843;SC=AAATCACTCTTAAGATTTTGT;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=74477628;WS=74477607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	74526540	rs4744647	T	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=6;PP=1279;SC=AGGCTGCGTTTGTTTCTTCCG;SOR=3.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=56;WE=74526548;WS=74526530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	74526978	rs10580392	GCA	G	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=61;SC=TTAACTAATTGCACAGAGTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=74526987;WS=74526968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	74561883	rs10120169	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=331;SC=GCTGGCTCACGCGTGAAATTC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=74561891;WS=74561873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	74622941	rs11143055	G	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=192;SC=TGCCCTCAGGGGACAGGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=74622949;WS=74622931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	74671719	rs13295099	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=17;PP=547;SC=GGACCTCTTCTTTCCAGTACT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=34;WE=74671727;WS=74671709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	74675343	rs10869090	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=277;SC=GATAGTTAATACTTATTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=74675351;WS=74675333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	74828973	rs17494333	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=62;PP=1994;SC=ATGGAGTTAGAGATGGAAAAA;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=74828981;WS=74828963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	74840668	rs61752956	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=248;SC=CTACACATCTGTGTATGATAA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=74840676;WS=74840658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	74846187	rs11442621	T	TA	139.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=132;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTGTTCTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=74846195;WS=74846177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr9	74974534	rs3012505	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=23;PP=555;SC=TAGAATATTTCCAAAATGAGC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=74974542;WS=74974524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	74975136	rs2809270	T	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=21;PP=1055;SC=CACTAGCTGTTCCTATTTAAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=74975144;WS=74975115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	74975711	rs1853276	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=77;PP=2211;SC=CTGCTATAGATGAAACGAAAT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=74975719;WS=74975701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	74979593	rs2224603	G	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=581;SC=GCTCCCACCCGCAGCCCCGTA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=74979601;WS=74979583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	75521060	rs348472	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=43;PP=1231;SC=TAATTTCATTATAACATACTC;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=75521068;WS=75521050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	75539077	rs3739962	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=36;PP=968;SC=AAAAGTTACAGTATAAGAATT;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=75539085;WS=75539067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	75540276	rs8187932	AT	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=735;SC=TGCTAAATGTATTCCCCCCAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=75540284;WS=75540266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	75541942	rs2303317	G	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=458;SC=AAATACATAAGCATCCATCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=75541950;WS=75541932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	75543974	rs8187922	T	TAA	2301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1709;SC=TAAAATTCCATAAGTTTTAGA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=38;WE=75543982;WS=75543964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	75544038	rs2288087	A	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=284;SC=AATTTTTGAAATAGAAGAAAT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=75544046;WS=75544028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	75545882	rs13959	G	A	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=99;PP=2965;SC=TACGCCACGGGGATCCAATCT;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=198;WE=75545890;WS=75545872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	75554952	rs7027604	A	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=20;PP=1504;SC=GCTGCCCCAGAAACCATATTT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=75554960;WS=75554942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	75554982	rs348449	G	A	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=49;PP=2587;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GTCTTTTGGAGCTTGCAATGG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=140;WE=75554990;WS=75554972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr9	75782510	rs1342017	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=375;SC=CTTAGAGGAAGAATTATTTGT;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=75782518;WS=75782500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	75783937	rs3739959	A	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=20;PP=1931;SC=ACCCTCATTTATTTTGGCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=90;WE=75783945;WS=75783927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	75807171	rs202039128	T	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.90;QD=25.94;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	77230423	rs3904059	A	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=16;PP=854;SC=GCCTGTTGGGATTGAAGTTGT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=77230431;WS=77230413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	77230477	rs3904058	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=25;PP=1394;SC=AGTGAAAAGTATCATATTTTT;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=77230485;WS=77230467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	77245162	rs2146777	A	T	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=51;PP=2965;SC=GAAAGAAAACATCTGTATGCT;SOR=1.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=153;WE=77245170;WS=77245152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	77257346	rs2273975	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=19;PP=1560;SC=AGTTTGGGAGGATGTCCAAGA;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=77257354;WS=77257336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	77257697	.	G	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,66:0.21:308
chr9	77353300	rs506973	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=337;SC=GCTTGTTGTATCAAATCCTAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=77353308;WS=77353290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	77367162	.	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr9	77376647	rs2274924	T	C	6597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TTCTTTTTCTTTGACAGTCTC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=227;WE=77376655;WS=77376637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr9	77377410	rs3750425	C	T	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=93;PP=2965;SC=TCAGAGACAACTGGGGTCTGC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=187;WE=77377418;WS=77377400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	77386857	rs34783728	T	TAA	1596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=1106;SC=CCTGTTGTGATAAGTTTGTCA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=23;WE=77386865;WS=77386847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	77391060	rs2274923	T	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=52;PP=1602;SC=GAGTCTATATTTTCCAACATT;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=77391068;WS=77391050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	77397519	rs12339024	T	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=42;PP=2436;SC=ATTTAGATGATTGTTTTTCAG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=112;WE=77397527;WS=77397509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	77407736	rs7858755	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.91;NF=14;NR=47;PP=1408;SC=TAACTAAAATAGTGACAAGCA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=77407744;WS=77407726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	77415284	rs7859201	A	C	7689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=135;PP=2965;SC=CGGCCAGTTTAAGGCAGGTCG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=141;TCR=135;TR=276;WE=77415292;WS=77415274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	77425638	rs17060550	A	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=28;PP=1941;SC=AACAATCCAAATCTGCATTTT;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=97;WE=77425646;WS=77425628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	77427173	rs4300062	T	C	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.420;SC=TTGCTCTTCTTGAATCTGGAG;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=148;TCR=101;TR=247;WE=77427181;WS=77427163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,265:0.99:267
chr9	77442616	rs7045949	C	T	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=76;PP=2965;SC=AGAGTGAGCTCTGATGGTCAG;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=176;WE=77442624;WS=77442606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	77563087	rs2769058	C	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=60;PP=1922;SC=TCCTCCAGTACTGGAAGGTAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=77563095;WS=77563077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	77563175	rs67215531	GTTT	G	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=13;PP=421;SC=AAAAAATTAAGTTTTTTTCAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=77563185;WS=77563165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	77668969	rs773145	G	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=24;PP=1324;SC=GGAACTGAAAGCTGGGGAAGT;SOR=1.194;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=69;WE=77668977;WS=77668959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	77676278	rs41287433	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=192;SC=GCTAAGGTACAGTCCTGTCCA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=77676286;WS=77676268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	77681042	rs191407661	C	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=6;PP=1691;SC=TGACCTTCAGCAGTAGGATAT;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=61;TCR=6;TR=67;WE=77681050;WS=77681032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	77681179	rs7852863	C	T	8103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=145;PP=2965;SC=TAGGCAGATCCCTGTCACTTG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=121;TCR=146;TR=266;WE=77681187;WS=77681169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	77684690	rs3752955	A	C	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=42;PP=2243;SC=CATATGGAATAGTCAGGAAAT;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=120;WE=77684698;WS=77684680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	77692555	rs60305501	CT	C	279.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5078;FS=10.086;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=111;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TCATTAAACACTTTTTTTTTT;SOR=1.927;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=77692563;WS=77692545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr9	77745424	rs2295861	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=16;PP=1416;SC=CCCTAGGAGCTAGATAATTTG;SOR=1.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=71;WE=77745432;WS=77745414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	77746804	rs2281662	T	C	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=77;PP=2225;ReadPosRankSum=0.786;SC=CAATTAGCTTTGACAAGTGCA;SOR=0.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=129;WE=77746812;WS=77746794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr9	77748151	rs7040349	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=10;PP=670;SC=TGATTTAAAAGCAAAATAAAA;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=77748159;WS=77748141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	77749436	rs10869508	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=19;PP=564;SC=AAAATTATAATTGTACTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=77749444;WS=77749426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	77752675	rs2025159	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=897;SC=GTATCATGGAATAGTTATGAT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=77752683;WS=77752665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	78601268	rs1538843	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=521;SC=ACCAGGGATTGTTTCCTATTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=78601276;WS=78601258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	78790148	.	GAATGA	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=11.303;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.86;MQRankSum=3.177;QD=34.58;ReadPosRankSum=1.739;SOR=5.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr9	78790187	rs10118321	G	C	1136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.77;QD=37.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	78799566	rs1537183	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=26;PP=1508;SC=AACTGATTTACAACTTTCTCT;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=78799574;WS=78799556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	78803466	rs7046850	T	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=31;PP=1581;SC=CAACAGTCTGTTTGAAGCTCC;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=78803474;WS=78803456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	78804206	rs150226536	G	GAAAAT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=161;SC=ATCTTCATAAGAAAATAAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=78804214;WS=78804196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	78809822	rs7019429	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=44;PP=1274;SC=GAGGAATACTATCAACATGGA;SOR=2.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=78809830;WS=78809812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	78819998	rs10869732	T	C	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=48;PP=2965;SC=CTTTCCACACTCTCACCATAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=153;TCR=49;TR=200;WE=78820019;WS=78819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	78820011	rs7851394	G	A	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=72;PP=2965;SC=CACCATATCTGTCATTTCTTT;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=172;TCR=73;TR=244;WE=78820019;WS=78819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	78842380	rs1390141	A	G	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=58;PP=2610;SC=CAGGCTTGCCATGTAGAAATG;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=148;WE=78842388;WS=78842370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	78848542	rs903545	C	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=43;PP=1312;SC=CCGTCTTCTGCACCCCAAACC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=78848550;WS=78848532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	78917015	rs11451259	T	TA	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=371;ReadPosRankSum=1.082;SC=CTTTTTGCATTAAAAAAAAAC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=29;WE=78917023;WS=78917005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr9	78925814	rs2257775	C	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=663;SC=TCACTCTCCTCTGGTACTTTG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=78925822;WS=78925804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	78965993	rs2257220	G	A	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=642;SC=ACCTTCTACCGTTGCATCATG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=78966001;WS=78965983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	79003324	rs2501926	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=530;SC=AAAGAAGATAGATTCACGTAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=79003332;WS=79003314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	79003440	rs2501924	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=286;SC=AGCAGTAGTAGTATTTAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=79003448;WS=79003435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	79009106	rs2490582	A	C	6734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=118;PP=2965;SC=CCGCTCGGGGAATGGGCTGCG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=233;WE=79009114;WS=79009096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	79240050	rs700809	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=1030;SC=ATGATTTAAATGACAGTCAAA;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=79240058;WS=79240040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	79259592	rs511040	C	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=63;PP=2848;SC=AGACTCACTTCATGATTTTAA;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=79259600;WS=79259582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	79259850	rs512951	A	G	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=76;PP=2487;SC=GCACAGAGCAAGGCTGAAGGA;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=79259858;WS=79259840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr9	79307176	rs500952	G	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=825;SC=TGCAGCCGCTGTGGCTAGGGG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=79307184;WS=79307166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	79318375	rs11267615	GGTGACAGCCTGCAAC	G	7794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=65;PP=2933;SC=CATTGTCATGGGTGACAGCCT;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=92;WE=79318397;WS=79318365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	79318471	rs560094	C	T	6200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=102;PP=2965;SC=CCTCTAGTGCCAAAGATTCTA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=211;WE=79318479;WS=79318461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	79318677	rs561970	T	C	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.907;SC=CTCGTATCGCTTTTAGAAGAC;SOR=0.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=126;TCR=111;TR=236;WE=79318685;WS=79318667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr9	79318921	rs620985	A	G	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=59;PP=2171;SC=TCTTCTCTGTACATCTTTCTT;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=79318929;WS=79318911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	79318998	rs620552	A	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=34;PP=1060;SC=TCCAATTCTGATATTTCCTTG;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=79319006;WS=79318988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	79319050	rs620476	A	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=748;SC=AAGAGGAGAAAAAGGTTTAAT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=79319058;WS=79319040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	79319130	rs59728338	AT	A	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	79320640	rs512110	C	T	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=122;PP=2965;SC=TTATGAGAGGCGGGCTGAGAG;SOR=1.025;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=102;TCR=122;TR=223;WE=79320648;WS=79320630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	79321276	rs517634	T	C	7872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=119;PP=2965;SC=GTAAAGGCTGTGTCCGGATGA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=276;WE=79321284;WS=79321266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr9	79321871	rs577993	C	T	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=60;PP=2562;SC=TTTCAGTCTCCGTTAATGGTG;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=128;WE=79321879;WS=79321861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	79322068	rs683866	G	T	8588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=137;PP=2965;SC=TCAGCAACGTGGCAGTTGGCC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=156;TCR=137;TR=293;WE=79322076;WS=79322058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	79322674	rs680775	A	G	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=114;PP=2965;SC=ATCTCAGAACATGTGCTGCTG;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=206;WE=79322682;WS=79322664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	79322720	rs680729	A	G	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=86;PP=2965;SC=CGTCCCCAAAATCAAGACTTC;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=161;WE=79322728;WS=79322710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	79324135	rs11267622	A	ATGACTGTTGCAG	8851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=40;PP=2957;SC=CGATTTCGAGATGACTGTTGC;SOR=0.787;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=153;TCF=48;TCR=105;TR=76;WE=79324143;WS=79324125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	79324179	rs530978	G	A	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=96;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=139;NR=96;PP=2965;SC=CTCCTCTGCCGTGGAGTTACC;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=139;TCR=97;TR=235;WE=79324187;WS=79324169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	79324741	rs557352	T	C	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=109;PP=2965;SC=GGGTGCAAATTCCAGGTATTT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=228;WE=79324749;WS=79324731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	79325558	rs600859	G	C	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=110;PP=2965;SC=TAGACATGTTGGTTCCCATGC;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=83;TCR=110;TR=193;WE=79325566;WS=79325548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	79325615	rs611461	A	G	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=81;PP=2965;SC=CTGACAGGTCACTGTTGGGGA;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=154;WE=79325623;WS=79325605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	79814799	rs12552898	A	G	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=54;SC=TGAAGCATACATATTAACTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=79814807;WS=79814789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	79820141	.	C	CT	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=8;PP=594;SC=ATTATCTCTTCAATGCCTGAC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=79820149;WS=79820131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	79865187	rs2021998	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=17;PP=537;SC=TTTTGTTGAAGTGATTAATTA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=79865195;WS=79865177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	79867288	rs12335955	T	C	7357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=172;PP=2965;SC=GTTTGTTTCATGTGAATATGG;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=99;TCR=173;TR=271;WE=79867296;WS=79867278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr9	79888396	rs2050831	A	G	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=137;SC=TCCTTTTAAAATCTAGGTTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=79888404;WS=79888386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	79891237	rs7030802	T	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=83;SC=GTACATTTGCTGAAATATTCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=79891245;WS=79891227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	79896593	rs12348215	C	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=130;SC=CCAATACTTACATTTTCTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=79896601;WS=79896583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	79896655	rs140324455	GTA	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.789;QD=25.63;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr9	79897117	rs11145366	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	79897218	rs11316008	CT	C	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.50;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	79910414	rs1317304	G	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=554;SC=TTAATAAGTCGTATTTATTAA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=79910422;WS=79910404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	79920364	rs74478541	ATAT	A	2054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=1406;SC=TAAAACATAAATATTATGTTC;SOR=1.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=30;WE=79920374;WS=79920354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	79922839	rs2275549	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=462;SC=GCTAAAAAGAACAAATCTTTT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=79922847;WS=79922829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	79935953	rs1890899	A	G	114.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=88;SC=AGTAATTTCAATAAGGCAATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=79935961;WS=79935943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	79952468	rs12348097	A	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	79954545	rs7025532	T	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=1186;SC=TCAATCACGATTGGAAAAGTG;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=79954553;WS=79954535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	79955305	rs140476942	A	AT	1383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.300;NF=13;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=1.072;SC=TGAGCTGTTAATTTTTTTTTC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=31;WE=79955313;WS=79955295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr9	79960141	rs7035855	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=305;SC=TTTCTTAAGAGTATAAACACT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=79960149;WS=79960131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	79966124	rs10491844	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=394;SC=TAATCAGAACGATCACAGATC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=79966132;WS=79966114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	79974399	rs7043232	G	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=166;SC=TTTAAATGTTGGACAAGTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=79974407;WS=79974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	79983206	rs10491841	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=334;SC=ATAAAAAGAAATTAAGCTCAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=79983214;WS=79983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	79986057	rs3737289	A	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=80;PP=2555;SC=CATTTCAGGGAATAAAAAGGT;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=129;WE=79986065;WS=79986047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	80018376	rs12352196	G	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=347;SC=AGCCTAACTCGCTAAACATTA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=80018384;WS=80018366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	80022415	rs2025846	A	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=349;SC=CAACCAGATTATCTTTTTAAT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=80022423;WS=80022405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	80022675	rs62571470	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TATATGTAACCAGATAATATT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=80022683;WS=80022665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	80040402	rs12342249	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=29;PP=1470;SC=CCTTTGAGCCGTGATAACTCT;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=80040410;WS=80040392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	80040566	rs1801259	C	T	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=88;PP=2965;SC=AAATCACAGACGAATTCAGAA;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=172;WE=80040574;WS=80040556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	80044056	rs2296781	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=73;PP=2218;SC=GGAGTCCTCAGTAATTTCTAA;SOR=2.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=99;WE=80044064;WS=80044046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	80343587	.	G	GA	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.9991;HP=14;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=15;MQ=56.78;NF=0;NR=7;PP=90;QD=13.4285714286;SC=TTCGGTTCTGGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=80343595;WS=80343577;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,7:0.78:9
chr9	80430802	rs2289121	C	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=484;SC=CTGGTCTTTACACTGGTTTAC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=80430810;WS=80430792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	80868354	rs3824547	G	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=25;PP=684;SC=CACAGTATAGGCGTGTGGATA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=80868362;WS=80868344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	80879149	rs1057650	C	T	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=36;PP=1599;SC=CAAATATGATCCTGGATGATG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=80879157;WS=80879139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	80912115	rs2277148	G	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=101;PP=2965;SC=TCACCGCCCTGGCCGCCGCAC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=186;WE=80912123;WS=80912105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	80915392	rs3824360	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=431;SC=CTGGCTGTGGGTGGGGATGGA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=80915411;WS=80915382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	80915403	rs10121107	A	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=11;PP=456;SC=TGGGGATGGAAGCCTGGGGAC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=80915411;WS=80915382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	80917070	rs3739472	C	T	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=8;PP=228;SC=TTGTAAGATTCTCTCCAATTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=80917078;WS=80917060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	80917096	rs3739473	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=135;SC=TAGTACCTAACGCTTTTTATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=80917104;WS=80917086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	80921446	rs944513	G	T	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=83;PP=2605;SC=CTGACTCGGTGTCTGCAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=139;WE=80921454;WS=80921436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	80923609	rs2039323	CA	TG	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=1264;SC=CGGTGGCTCACACCTGTAATC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=80923618;WS=80923599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	80932574	rs3780194	T	A	2258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=38;PP=1386;SC=ACGGATTTTTTAAAAATCTTC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=80932582;WS=80932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	80943271	rs3758203	A	C	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=149;SC=TGTTTATGGAACCCTTTGCAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=80943279;WS=80943261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	82006446	rs11138190	G	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=16;SC=GGCACACACAGGGTCACGCCG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=82006454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	82187750	rs1934610	A	G	21666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=354;NR=433;PP=2965;ReadPosRankSum=0.249;SC=CCAGACACCCAGTGAGTGCGG;SOR=0.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=789;TCF=355;TCR=434;TR=787;WE=82187758;WS=82187740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,813:1.00:814
chr9	82189914	rs2791566	T	C	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=75;PP=2230;SC=AACAAGAATATGTTTAAATTG;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=146;WE=82189922;WS=82189904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	82286286	rs1475674	C	G	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=88;PP=2905;SC=CTGACGAGCTCAACGAGTGGC;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=153;WE=82286294;WS=82286276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	82286352	rs2297498	G	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=40;PP=1210;SC=TTTTATTTTCGTGTCAGATTA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=82286360;WS=82286342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	82308390	rs11138336	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=16;PP=1192;SC=TTGCTTGTACGCATTAGGTTG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=82308398;WS=82308380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	82308670	rs7025437	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=775;SC=TGTCCTTCGAACCATATTTAG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=82308678;WS=82308660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	82320887	rs4877147	A	T	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=118;PP=2965;SC=AATTTTTTGCACTTGCCCAGC;SOR=1.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=75;TCR=118;TR=193;WE=82320895;WS=82320877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	82333094	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.161;QD=0.64;ReadPosRankSum=2.015;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
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chr9	82335295	rs375334976	GT	G	737.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	84202837	.	G	GTGTGTCATCCCGCC	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr9	84214974	rs7039820	T	G	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=61;PP=2965;SC=GGACCTAACTTCCTCTATCAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=158;WE=84214982;WS=84214964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	84235798	rs11139343	G	A	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=105;PP=2965;SC=TTCCCACTGCGACTTCCTGGT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=214;WE=84235806;WS=84235788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	84248203	rs369850854	CGT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.588;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr9	84267021	rs149671487	T	TACACAC	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.51;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr9	84267147	rs2228173	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=66;PP=2624;SC=TGGCATTCAATTCTGCCATGG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=84267155;WS=84267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	84275014	rs2627002	C	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=710;SC=AGCTTTCTACCTAAAAGCCTT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=84275022;WS=84275004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	84275095	rs2796450	C	T	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=48;PP=2400;SC=ATTTCTTTGCCGTACCTCCCC;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=127;WE=84275103;WS=84275085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	84604599	rs145158256	TAATG	T	5117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=25;PP=2994;SC=TATTCTTGTATAATGAATGAA;SOR=1.961;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=58;WE=84604614;WS=84604589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	84606647	rs112107496	A	G	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=40;PP=2351;SC=CAAGTCAAAAAAAGGGGTGAT;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=84606655;WS=84606637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	84607758	rs10867826	T	A	8490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=174;PP=2965;SC=GTCCGGAGACTTCTTCAGACA;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=126;TCR=175;TR=300;WE=84607766;WS=84607741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr9	85597720	.	CAG	C	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.506;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr9	85677254	rs10573978	AG	A	3062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.452;NF=43;NR=38;PP=1482;ReadPosRankSum=2.891;SC=AGAGAAGACTAGGGGGGGGGG;SOR=0.618;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=81;WE=85677263;WS=85677244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,115:0.97:119
chr9	85905666	rs942283	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=52;PP=1541;SC=CAAGCCAGACAGAGTTGGTTT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=85905674;WS=85905656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	85905737	rs942282	C	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=569;SC=TTTGTGTCTACAGGGAACTAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=85905745;WS=85905727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	85905786	rs942281	G	A	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=51;SC=TAAAGATGACGTAACATTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=85905794;WS=85905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	85913590	rs11140011	A	G	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=38;PP=2221;SC=TCACTACACAAAGGGATGTTA;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=122;WE=85913598;WS=85913580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	85914243	rs1359168	A	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=652;SC=TGTGCACACAAAATATAAGAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=85914251;WS=85914233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	85924600	rs374884095	GT	G	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=160;SC=TTTTCCATGGGTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=85924619;WS=85924590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	85924611	rs1535749	T	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=220;SC=TTTTTTTTTTTCAGGTGTTTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=85924619;WS=85924590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	85925309	rs11140018	T	C	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=23;PP=2243;SC=GTCATGGTCTTTGGCGACTAC;SOR=2.502;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=97;WE=85925317;WS=85925299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	85964563	rs2277176	C	T	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=71;PP=2965;SC=GTTAAAGGTGCACGTTAAACA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=169;WE=85964571;WS=85964553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	85964735	rs2277175	C	A	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=88;PP=2650;SC=CAAACACACACGGGAAAGGCA;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=140;WE=85964743;WS=85964725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	85987713	rs139866957	A	AC	7570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.184;QD=30.78;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr9	85987879	rs57558822	GA	G	2311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=90;PP=1287;ReadPosRankSum=0.174;SC=TGCTAGGGAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=14;TCR=111;TR=100;WE=85987888;WS=85987868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,107:0.94:114
chr9	85987935	rs3739657	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=60;PP=1953;SC=AACGAATACCTAATAACTAAA;SOR=2.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=81;WE=85987943;WS=85987925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	86004436	rs3739655	T	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=808;SC=AGGGCATCACTAGGGCTTTGA;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=86004444;WS=86004426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	86004986	rs59288178	C	T	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=53;PP=2386;SC=TCATGTAACACATACAACGGC;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=86004994;WS=86004976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	86153159	rs4529536	T	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=91;PP=2729;SC=ACCGCGGCCGTGGGGAGCGAG;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=143;WE=86153167;WS=86153149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	86238086	rs2811903	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=17;PP=1212;SC=GAGCTTGGGTTATGGCGGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=86238094;WS=86238076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	86241489	rs2780977	A	G	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=138;SC=GCACCACCACACCCAGCTAAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=86241497;WS=86241479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	86243933	rs2811905	G	T	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=82;PP=2391;SC=GGATGAGCTCGCTACAGCACT;SOR=3.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=16;TCR=82;TR=98;WE=86243941;WS=86243923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	86278817	rs7866234	C	A	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=57;PP=2354;SC=CAAGAGCCTGCAGCATCTGCT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=86278825;WS=86278807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	86279015	rs2781003	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=855;SC=GAAGCCAGTCCGTAAATCAGT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=86279023;WS=86279005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	86284178	rs1044175	C	A	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=TGTTTTGCATCAGTTGTGGGT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=208;WE=86284186;WS=86284168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	86297739	.	G	GT	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=15;MQ=58.05;NF=6;NR=0;PP=76;QD=13.6666666667;SC=AGGAATGTATGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=86297747;WS=86297729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr9	86327898	rs10119344	C	T	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=145;PP=2965;SC=GGATTTTATACGACAGCCAGT;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=121;TCR=145;TR=266;WE=86327906;WS=86327888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr9	86354511	rs4750	G	C	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	86354810	rs2287373	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=86;SC=CTACATACTGTTACATTATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=86354818;WS=86354800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	86368105	rs10868053	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=526;SC=ATATTTACATATAAGAAAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=86368113;WS=86368095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	86399815	rs7021357	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=527;SC=AACTCACCAACAGGTAATATG;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=86399823;WS=86399805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	86617265	rs1982151	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=23;PP=1281;SC=CAGAAAAGGAATTCACAAATT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=86617273;WS=86617255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	86894921	rs150657465	G	A	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=69;PP=2965;SC=AGCAGGCCACGGTCCCCGCAA;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=190;WE=86894929;WS=86894911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	86907728	rs45560337	G	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1223;SC=TCAAAGTAGGGATTAAAATCC;SOR=1.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=86907736;WS=86907718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	87285915	rs1187326	C	T	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=77;PP=2326;SC=CTCCTTGCCCCTAGGGCCCGA;SOR=2.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=100;WE=87285923;WS=87285905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	87285992	rs1211166	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=483;SC=CAAAGACAAGGGATGCAGGAC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=87286000;WS=87285982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	87360106	rs144586764	ACACCT	A	2379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=39;PP=2216;SC=TAGGGTGTTAACACCTAGGTT;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=40;WE=87360118;WS=87360096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	87475806	rs143811359	GTTTATTTATTTA	GTTTA,G	1707.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=10,10;NR=10,10;PP=981,68;SC=CAAGTGGTTTGTTTATTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=20,20;WE=87475825;WS=87475796;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:37
chr9	87563252	rs1078947	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=13;PP=1513;SC=TTAGCACAAATGTTATTTCCT;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=68;WE=87563260;WS=87563242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	88287602	.	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr9	88464251	rs143066919	A	G	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=56;PP=2965;SC=AATATTCCATATGATCTCAGG;SOR=1.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=133;TCR=57;TR=189;WE=88464259;WS=88464241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	88464394	rs200430907	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.50;MQRankSum=-2.446;QD=33.06;ReadPosRankSum=0.890;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr9	88667582	rs10780743	T	G	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=86;PP=2865;SC=TACAAACCAATGATGGGGCCT;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=151;WE=88667590;WS=88667572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	88844634	rs11141306	T	G	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=207;SC=TAAATCTTAATAAATTTGTGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=88844642;WS=88844624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	88924057	rs4520250	A	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=12;PP=671;SC=TAGTTGTTGAACATCTACACT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=88924065;WS=88924047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	88925534	rs5898926	ATG	A	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=5;PP=786;SC=GATGAAATGAATGTGACTTCT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=88925543;WS=88925524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	88931992	rs35842173	A	AT	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=5;PP=246;SC=GCATCTAAGGATTTTTTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=11;WE=88932000;WS=88931982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	88934624	rs700760	G	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=271;SC=AAAATAAGCCGGTTGACACTC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=88934632;WS=88934614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	88937696	rs2274868	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=401;SC=ACTACCAAAATAGGAAAATTC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=88937704;WS=88937686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	88937851	rs58050565	ATTT	A	3819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=29;PP=1824;SC=CCACAGGTGAATTTTTTTCTT;SOR=1.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=54;WE=88937861;WS=88937841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	88941549	rs791312	C	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=54;PP=1525;SC=ACAATGTCACCACTGTAAGAT;SOR=3.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=65;WE=88941557;WS=88941539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	88959938	rs791323	C	T	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=54;PP=2935;SC=GTTTAATTTCCAGCCTCTGTT;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=166;WE=88959946;WS=88959928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	89763851	rs458983	C	G	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=82;PP=2605;SC=TCATGGGCCCCGGCTTTACAA;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=148;WE=89763859;WS=89763841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	90062823	rs12682834	A	G	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=56;PP=2965;SC=GAAACGCTCCATAGTCCTATT;SOR=1.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=106;TCR=57;TR=162;WE=90062831;WS=90062813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	90256827	rs3118846	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=680;SC=AAATTGTCATATAACACATTT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=90256835;WS=90256817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	90258248	rs3793657	C	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=609;SC=CTGCCTTTTTCCTCCCCGCCC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=26;WE=90258270;WS=90258238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	90258412	rs10561388	CTT	C	9265.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=109;PP=2950;SC=CCTGGTGCTCCTTTCTTAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=9;TCR=109;TR=118;WE=90258423;WS=90258401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	90258415	rs62576207	T	C	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GGTGCTCCTTTCTTAGCACTG;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=64;TCR=111;TR=169;WE=90258423;WS=90258401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,208:0.99:211
chr9	90264758	rs2274605	C	T	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=33;PP=2965;SC=CCAAATTTGACAGGGACTCTC;SOR=2.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=120;TCR=33;TR=153;WE=90264766;WS=90264748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	90265015	rs3818584	C	T	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=156;PP=2965;SC=ATGGAGCCGACCTTAATGCTT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=122;TCR=157;TR=278;WE=90265023;WS=90265005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr9	90320954	rs1927973	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=7;PP=1328;SC=CTCAGCCTCTGTTGCCGGCAT;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=90320962;WS=90320944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	90343780	rs2378757	A	C	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	90343786	rs76587987	T	G	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=1.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	90343803	rs117803245	G	A	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=65;PP=1949;SC=TACCTTTTTCGGAATTCATAT;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=86;WE=90343811;WS=90343793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	90387628	rs7024674	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=0;PP=748;SC=TGAGTACGATGTGGGCATAGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=90387636;WS=90387624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	90387805	rs9410955	A	C	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.832;SC=ATGAAGAAGGATGGAGGAGAG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=266;WE=90387813;WS=90387795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,277:0.99:279
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chr9	90396135	rs9410963	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=10;PP=608;SC=GAGTCCTGAGGTGGCACAGGT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=90396143;WS=90396125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	90472942	rs7467380	T	C	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=2.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	90472952	rs7469954	G	A	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	90473899	rs34537969	AG	A	5702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=53;PP=2979;SC=TTCTTCCTTGAGGGGGGGCTC;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=81;WE=90473922;WS=90473889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	90473902	rs34415878	G	C	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=53;PP=2194;SC=TTCCTTGAGGGGGGGCTCCAG;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=120;WE=90473922;WS=90473889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	90473914	rs7874019	A	C	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=65;PP=2675;SC=GGGCTCCAGAACACAGAAGGC;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=139;WE=90473922;WS=90473889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	90473973	rs7874197	C	G	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=ACACAGCCTCCTAGGGGCGCC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=190;WE=90473981;WS=90473963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	90474021	rs13292077	C	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=94;PP=2965;SC=AAGATGTTGCCGAGGGTTGAA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=106;TCR=94;TR=200;WE=90474029;WS=90474011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	90474097	rs9695836	A	G	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=52;PP=1705;SC=GGGTGAGCCCAGCCAGCTGGG;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=90474124;WS=90474087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	90474105	rs146503815	GGGAAGGCCTCAC	G	3008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=37;PP=2937;SC=CCAGCCAGCTGGGAAGGCCTC;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=37;WE=90474124;WS=90474087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	90500405	rs7850542	A	C	12295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=243;NR=199;PP=2965;SC=TCCCGACCACACCTCAGAGGC;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=244;TR=442;WE=90500413;WS=90500395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr9	90501448	rs4076795	C	A	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=87;PP=2965;SC=AGCCTTCTGACTTTGCAGGGA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=125;TCR=87;TR=212;WE=90501456;WS=90501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	90502458	rs10868670	T	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=41;PP=1915;SC=GCCCTGCAAGTGCTCAGCATA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=90502466;WS=90502448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	90502819	rs10868671	T	C	7323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=123;PP=2965;SC=ACATGCTCACTGCCGCAGACA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=140;TCR=123;TR=263;WE=90502827;WS=90502809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	90503007	rs11789780	A	G	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1806;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GGCTGTGCGGACAAGGGCGAG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=91;WE=90503015;WS=90502997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr9	90503451	rs11142017	G	A	13162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=242;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.602;SC=GGTGACTTCCGCGCCCAGGAG;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=474;TCF=231;TCR=243;TR=472;WE=90503459;WS=90503441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,493:1.00:495
chr9	90534156	rs202161190	T	TTCTTGTCTCCCAGCGTCA	9035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=2900;SC=TCCTCGCCATTTCTTGTCTCC;SOR=0.764;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=107;TCF=12;TCR=95;TR=34;WE=90534164;WS=90534146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr9	90537856	rs79747501	A	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.56;QD=26.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	90559129	rs7027067	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=558;SC=CTGGCAGCCCGGAGAGGAAGG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=90559137;WS=90559119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	90586043	rs622418	G	A	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=65;PP=2965;SC=CCCCATGCCCGGCCTATGCTG;SOR=1.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=133;TCR=65;TR=198;WE=90586051;WS=90586033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr9	90588814	rs570184	C	G	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.93;NF=149;NR=93;PP=2965;SC=GTGAGAATACCATGCCCCCCC;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=149;TCR=95;TR=242;WE=90588822;WS=90588804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr9	90588903	rs665983	C	T	7719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GGAAGCCGTCCTCCAACCGCC;SOR=0.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=123;TCR=155;TR=276;WE=90588911;WS=90588893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr9	90589016	rs666459	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=36;PP=1238;SC=AAGGTGGGTGAGGGGAAGGTG;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=90589024;WS=90589006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	90589502	rs576555	G	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=746;SC=TCCTGTAGGCGACGTCACCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=90589510;WS=90589492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	90744936	rs200880066	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.72;MQRankSum=-3.885;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr9	90748449	.	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=752;SC=TCTTCAGAGTCAGTTCCCTCC;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=90748457;WS=90748439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	90748837	rs10868714	T	C	264.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=4.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.28;MQRankSum=-0.204;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=1.949;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG;SOR=2.670;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=90748845;WS=90748827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr9	91083260	rs10541463	CTT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr9	91150242	rs78460940	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=409;SC=GTCCAGCGCCCGGTGGTGCGG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=91150250;WS=91150232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	91360612	rs28624420	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=666;SC=CCATAAAAGATGTCTATGTTG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=91360620;WS=91360602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	91628546	rs944483	A	C	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=111;PP=2965;SC=AAAAAGAGAAAATGGTTTGCT;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=193;WE=91628554;WS=91628536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	91652513	rs117096256	C	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=65;PP=1755;SC=AGCCTTAGAACAAAATCCTCA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=80;WE=91652521;WS=91652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	91656806	rs117023861	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=2;PP=1208;SC=CATCACCCAGAAAAGTACAGC;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=91656814;WS=91656796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	91656963	rs3750399	T	C	9519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=160;PP=2965;SC=GGTCTTTCCTTGGGCTGCTCT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=188;TCR=160;TR=348;WE=91656971;WS=91656953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr9	91661746	rs7022911	C	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=29;PP=1355;SC=AAGAAAAAAACTATAAGACTT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=91661754;WS=91661736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	91680531	rs3818668	C	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=50;PP=1540;SC=TGTCACTAATCACAAGTGAGA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=91680539;WS=91680521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	91680600	rs9410455	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=484;SC=CTCAACCACCAAACAGCTAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=91680608;WS=91680590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr9	91934787	rs3763616	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=475;SC=TCAAATACTCAGCAGTTACTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=91934795;WS=91934777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	92020433	rs7856677	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=58;PP=1693;SC=TGGCCGGGCAGGTGTGCTATT;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=70;WE=92020441;WS=92020423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	92219896	rs3138497	C	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=5;PP=1322;SC=CACCCACCAGCCTATATAAGG;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=54;WE=92219904;WS=92219886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	92219921	rs3138499	A	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=22;PP=2127;SC=GCAGCGTAGTAGGGGCGCACT;SOR=2.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=103;WE=92219929;WS=92219911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	92785610	rs586750	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=311;SC=AGTGATACCTGGACTCACTCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=92785618;WS=92785600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	93639803	rs1760132	A	G	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=39;PP=2670;SC=AGATTATCTAAAAGTGAGGCA;SOR=1.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=125;WE=93639811;WS=93639793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	93650758	.	T	TA	297	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=61.39;NF=6;NR=18;PP=297;QD=12.625;SC=CTAACACCTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=24;WE=93650766;WS=93650748;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,24:0.60:40
chr9	93657761	rs158689	A	T	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=34;PP=2230;SC=GTGATCAGCAATTTTTCACAA;SOR=1.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=113;WE=93657769;WS=93657751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	94456490	rs923772	A	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=11;PP=897;SC=CCCTATCTCCATCAACAGGAA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=94456498;WS=94456480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	94456643	rs923771	G	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=44;PP=1804;SC=CCCAGGGTCTGTCATGCGGTT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=94456651;WS=94456633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	94456705	rs923770	T	A	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	94456714	rs923769	C	T	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	94485928	rs2230578	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=6;PP=862;SC=CCCCGAACCCCGGGCCCTGGT;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=94485936;WS=94485918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	94486321	rs10761129	C	T	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=58;PP=2094;SC=TTGACGGGGACGTAGAGCTGC;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=94486329;WS=94486311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	94538115	rs7863557	C	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=51;PP=1838;SC=GAAAAAGAAACCAGGATAGGT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=94538123;WS=94538105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	94939615	rs4744122	T	C	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=76;SC=CTCATGATTTTGTCAATCCAG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=161;WE=94939623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	94939721	.	G	A	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=78;PP=2965;SC=CCCAGGCACTGGGGAGGTAGC;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=106;TCR=78;TR=184;WE=94939729;WS=94939711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	94939981	rs9299400	G	A	13353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=255;PP=2965;SC=CTACACCCAGGACAACACACT;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=469;TCF=214;TCR=255;TR=468;WE=94939989;WS=94939971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr9	94940133	rs9299401	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=40;PP=1161;SC=CCTCTGGGCGCCCCGTCCTTT;SOR=2.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=94940141;WS=94940123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	94950719	rs7863859	C	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=475;SC=AAGACATAACCCCCCCAGCCC;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=94950727;WS=94950714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	94951819	rs3858097	A	G	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=133;PP=2965;SC=GCTGGGAGGGAAGGAGAGAGA;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=118;TCR=133;TR=251;WE=94951827;WS=94951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	95016215	rs10820960	C	T	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=94;PP=2965;SC=AATTTTATCCCATGGGAAACA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=189;WE=95016223;WS=95016205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	95018903	rs9299403	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=25;PP=1611;SC=AAATATCAAAAGGGCAGTTAC;SOR=1.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=83;WE=95018911;WS=95018893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	95022637	rs10820962	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=275;SC=AGTAACTTAGATAGAAGTTAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=95022645;WS=95022627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	95027436	rs10820963	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=521;SC=CATTTCTATTAACTGTAAGCA;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=95027444;WS=95027426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	95042917	rs3736835	G	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=358;SC=AAGTCAGATTGTTTTCAAATA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=95042925;WS=95042907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	95068046	rs1133908	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=19;PP=631;SC=TTTCTTTTGGCTTATCATCTC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=95068054;WS=95068036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	95081079	rs10992302	G	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=203;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=78;SC=ATTACTGTTGGGTTTAGTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=95081087;WS=95081069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	95088204	rs7860297	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=24;PP=2001;SC=AGCGCGCGCGAGGCTTGAAGC;SOR=1.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=95;WE=95088212;WS=95088194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	95147840	rs1053441	T	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=720;SC=GTTCCTTTACTCATTGTTGAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=95147848;WS=95147830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	95155563	rs2274966	C	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=58;PP=1667;SC=TATGAACAATCGTTTGAAAAT;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=95155571;WS=95155553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	95219597	rs4744132	G	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=33;PP=1325;SC=CAAGCTGAACGCTCATTCTGC;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=95219605;WS=95219587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	95226702	rs4744133	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=259;SC=TGGCCCATTAGTCTTCACAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=95226710;WS=95226692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	95237024	rs111419727	C	CTCA	2815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GAGAGTTGTCCTCATCATCAT;SOR=0.368;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=34;WE=95237032;WS=95237014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,78:0.87:90
chr9	95237222	rs3739606	G	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=1024;SC=AAACAGACATGGGATATTAAA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=95237230;WS=95237212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	95256593	rs11788523	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=42;PP=1146;SC=TTATGTCAATGTGTTTATATT;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=95256601;WS=95256583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	95274261	rs2296666	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=5;PP=976;SC=GAAGCCATTCATCCAAATAGA;SOR=3.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=44;WE=95274269;WS=95274251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	95274338	rs2296667	A	G	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=73;PP=2965;SC=TATTATTTTTACTCAGATCAA;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=173;WE=95274346;WS=95274328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	95279985	rs968040	C	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=23;PP=1805;SC=CGGAGCAGACCGGGCAGCATT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=95279993;WS=95279975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	95284873	rs9299405	A	G	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=97;PP=2965;SC=ACACATTATAACTTGATTCTA;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=204;WE=95284881;WS=95284863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	95284982	rs10120210	T	G	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=84;PP=2965;SC=TGTTGTTTGCTGAATTCCAAG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=95284990;WS=95284972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	95373790	rs2296669	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=36;PP=1125;SC=AACTAAAGGTCGTCGGTTGGA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=95373798;WS=95373780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	95397418	rs1111047	C	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=33;PP=2193;SC=GGCTGCCCAACAGGGGGACCG;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=105;WE=95397426;WS=95397408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	95420983	rs10992393	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=62;PP=2108;SC=AATAAAACAAATCTGATTAGT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116;WE=95420991;WS=95420973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	95475647	rs10992429	G	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=10;PP=632;SC=CTTTTAGGTTGCCCTTCCTTC;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=95475655;WS=95475637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	95572247	rs10821018	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=347;SC=GGGCACCCTCGGAGCCGCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=95572255;WS=95572237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	95580745	rs71364316	GT	G	689.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.355;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.562;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.250;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr9	95772799	rs151317911	A	AAGAGAC	739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=12;PP=864;SC=ACCAGAGGGAAAGAGACAGAG;SOR=1.371;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=95772807;WS=95772789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	95780465	rs7048975	A	G	9352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=0.899;SC=TCATCATAACAGGAAGAAAAA;SOR=0.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=166;TCR=174;TR=339;WE=95780473;WS=95780455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr9	95797999	rs4073460	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1171;SC=GCTCAGGACACTTGGCTTTGG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=95798021;WS=95797989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	95798013	rs56113535	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=33;PP=993;SC=GCTTTGGGGGGAAGGAAACTG;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=95798021;WS=95797989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	95838070	rs1131768	G	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=25;NR=8;PP=916;SC=CCCCAGGCACGTGCGCTAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=95838078;WS=95838060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	95840077	rs4341217	A	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=28;PP=2543;SC=CCCTGGGCCAAGCAAATCTGG;SOR=2.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=82;TCR=28;TR=110;WE=95840085;WS=95840067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	95840256	rs1131773	A	G	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=141;PP=2965;SC=GAAGAAGAGCAAGCGGCGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=72;TCR=141;TR=213;WE=95840264;WS=95840246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	95840344	rs4077811	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=959;SC=GGAGGAAAGGACAGAGTGTTT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=95840352;WS=95840334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	95992213	rs7871272	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=1027;SC=ACCATAGCTGAGGGTGAGGTC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=95992221;WS=95992203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	96000622	rs1539670	C	T	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=76;PP=2538;SC=CCCTGAAGGGCTGGGTTCTGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=147;WE=96000630;WS=96000612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	96015377	rs4744202	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=1109;SC=GAGTCAGAGCATCACTCCCAC;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=96015385;WS=96015367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	96019118	rs10122466	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=359;SC=GAATGTGAGCATGTGCGTGTG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=96019126;WS=96019108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	96024794	rs7854000	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=515;SC=TGACGCCCCCTGGGTCGTACC;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=96024802;WS=96024784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	96024859	rs1936403	A	G	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=22;PP=1682;SC=GGGCTGAGGAAGTGGGGAGGG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=96024867;WS=96024849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	96025717	rs10649709	C	CAG	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=1022;SC=TCGCACAGGACGGGCTGCCTC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=96025725;WS=96025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	96025771	rs6479467	G	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=27;PP=1949;SC=GACTGTTCCAGATAAGCTGAC;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=99;WE=96025779;WS=96025761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	96026122	.	T	TG	632	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=14;NR=0;PP=632;QD=47.0;SC=GGGGGAGGGGTACTTGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=96026130;WS=96026112;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	96030230	rs7856268	T	C	6121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=120;PP=2965;SC=TGGGAGGTGGTGAGAGTGCAG;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=97;TCR=120;TR=217;WE=96030238;WS=96030220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	96030392	rs10761205	G	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=GGCGTTTGATGAAAGTCCCCA;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=96030400;WS=96030382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	96031262	rs1936401	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=58;PP=2135;SC=CCCCACCAAGTAGGTGGCTCG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=96031270;WS=96031252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	96050972	rs41308906	C	T	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=28;PP=2965;SC=ACGCTGGGGCCATGGCCAGCT;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=106;TCR=28;TR=134;WE=96050980;WS=96050962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	96051521	rs2169756	A	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=45;PP=2570;SC=CCTTGGGTCAACCTGCTCCCC;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=96051529;WS=96051511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	96052295	rs4744216	C	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=53;PP=1860;SC=CTCGAGGGGCCGTGATGGAGC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=96052303;WS=96052285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	96055063	rs41278286	C	T	8151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=161;PP=2965;SC=CCCCACCCGACGTCTACCTGG;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=123;TCR=163;TR=282;WE=96055071;WS=96055053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr9	96082919	rs13293217	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=85;SC=GGGATGTGACAGGGGTGGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=96082927;WS=96082909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	96097662	rs4744219	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.09;QD=28.56;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	96097747	rs78436873	C	T	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.46;QD=26.70;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	96209943	rs10821128	T	C	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	96214928	rs1055710	G	A	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGCTGGGAGAGAGCCCCGGAC;SOR=0.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=186;WE=96214936;WS=96214918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr9	96238578	rs10821135	C	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=68;PP=2714;SC=CTTCCTTTCACTGGAGTTTAC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=147;WE=96238586;WS=96238568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	96238731	rs10821136	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=496;SC=GTTAGCAATACCATGTTTTCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=96238739;WS=96238721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	96289269	rs10739950	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=459;SC=ATCACCTACCCTTTTGAAGCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=96289277;WS=96289268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	96292025	rs10761232	A	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=375;SC=AAAGATGAACATTTATAACTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=96292033;WS=96292015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	96392182	rs10992812	G	A	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=68;PP=2792;SC=TCTCCCTAGAGCTTCGCAGAT;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=161;WE=96392190;WS=96392172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	96398508	rs2398851	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=780;SC=AGGTCGAGGTAGGGGGTTGAC;SOR=5.211;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=96398516;WS=96398498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	96407822	rs6479500	A	G	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=17;PP=1364;SC=ACCCAGGCTCACCTCTCCAGC;SOR=1.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=74;WE=96407830;WS=96407812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	96407848	rs7851271	A	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=37;PP=1887;SC=GGCCCTGTCCACACCTGTCCC;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=112;WE=96407856;WS=96407838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	96415653	rs3750354	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=36;PP=1075;SC=TCAAGGTGAGCCACGCCCCTC;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=96415661;WS=96415643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	96420390	rs3763605	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=57;NR=54;PP=1965;SC=TGTGGGCAGCAGGCACCCACC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=96420398;WS=96420380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	96422420	rs10992836	T	C	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=75;PP=2965;SC=GTGGACCGTCTTGGGCCACAG;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=128;TCR=75;TR=203;WE=96422428;WS=96422410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	96425138	rs3750358	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=702;SC=TCAAGAGAGTTCCACCAGCCC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=96425146;WS=96425128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	96425363	rs3750359	G	A	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=113;PP=2965;SC=GTGAGTGTGAGCAGAGGTGAA;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=89;TCR=113;TR=202;WE=96425371;WS=96425353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr9	96425777	rs7036592	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=274;SC=GGCTCAGGGACGGCCCTGGTC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=96425785;WS=96425767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	96426049	rs112327078	T	TCACA	807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=1021;SC=ACTCTGCATCTCACACACACC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=96426057;WS=96426039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	96428457	rs10992840	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=333;SC=ATGAGATGGCAAAGGGGCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=96428465;WS=96428447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	96439004	rs149736720	C	CCCTGCCTCCACCACA	3738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=40;PP=1736;SC=CCTCTACCACCCCGGCCTCCA;SOR=0.987;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=53;WE=96439012;WS=96438993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	96714338	rs59397123	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=344;SC=AATAAAAAGGCTTAGGAAGTA;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=96714346;WS=96714334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	96715494	rs148132681	CG	C	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=607;SC=AATGAGGACCCGGGTGAGCTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=96715502;WS=96715484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	96717287	rs191789925	C	T	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=41;PP=1409;SC=GCAGCGGCGGCTGCGGGCGCG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91;WE=96717295;WS=96717277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	97054889	.	T	TTTGTGTG	183.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.19;QD=36.79;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	97080944	rs150455117	GAGA	G	3714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.49;QD=42.21;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	97090722	rs7019931	A	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=738;SC=CCCTAACCACAGACTCAGGGT;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=97090730;WS=97090712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	97321127	rs1048510	T	C	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=27;PP=2174;SC=TTACCTTTTGTATACTCATAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=98;WE=97321135;WS=97321117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	97329625	rs61755092	C	T	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=93;PP=2965;SC=CTCATTCAGGCTGTAAATCTT;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=209;WE=97329633;WS=97329615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	97349666	rs573212	C	G	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=64;PP=2827;SC=GAGGATTGGACCATGTTGATC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=159;WE=97349674;WS=97349656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	97365642	rs9695	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=25;PP=2063;SC=GCAATTCTCCGGATGCAGGCA;SOR=2.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=97365650;WS=97365632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	97365720	rs1769257	T	C	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=122;PP=2965;SC=CGTCGGGGGATCCCAAGATCA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=145;TCR=123;TR=266;WE=97365728;WS=97365710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr9	97365985	rs3780554	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=277;SC=TTTCCTTCCTGTGAGGCTGTA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=97365993;WS=97365975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	97369083	rs2297084	G	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=7;PP=1358;SC=CACCCTCCCCGGGCCCTCACT;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=97369091;WS=97369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	97369149	rs1769259	C	T	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=64;PP=2965;SC=GTCAAAGTCCCTGGCGTAGCC;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=160;WE=97369157;WS=97369139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	97372172	rs3739747	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=646;SC=AGACACCAGCCAAGCCCCCAG;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=97372180;WS=97372162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	97426330	rs76847211	TAA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr9	97427531	rs4743965	C	A	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=118;PP=2965;SC=TCGCGGGATGCAGACAGGAGT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=219;WE=97427539;WS=97427521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	97768286	rs10761364	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=21;PP=1076;SC=ACCTAGACTTTAAATTGGAGT;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=97768294;WS=97768276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	97822941	rs1888944	T	C	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=ATCAACTGAATGGCATTTTCA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=97822949;WS=97822931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	98209594	rs357564	G	A	5577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=105;PP=2965;SC=CGGTCTGTAGGGGGGTGGCCA;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=195;WE=98209602;WS=98209584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	98229675	.	C	CA	4116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=67;PP=2974;SC=GGCTGACCCCCAGCAAGCCCA;SOR=1.856;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=71;WE=98229683;WS=98229665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	98230924	rs35352942	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.938;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr9	98703711	rs10712273	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.746;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,15:0.16:95
chr9	98870889	rs4385587	T	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=725;SC=TTCTGAGTAGTTTTGAGTAAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=98870897;WS=98870879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	98997910	rs8190570	ATCTTTGTGG	A	5721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=68;PP=2974;SC=ACCTCAGTTCATCTTTGTGGT;SOR=1.821;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=7;TCR=87;TR=74;WE=98997926;WS=98997900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	99003264	rs2066485	C	T	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=83;PP=2546;SC=AACACTCAAGCCCCCATCCCA;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=133;WE=99003272;WS=99003254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	99013663	rs408876	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=31;PP=2062;SC=CAGAACCTGGATAAGAGGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=102;WE=99013671;WS=99013653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	99797760	rs7875800	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=30;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AATCAATCACAGTGATGCTTC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=107;WE=99797768;WS=99797750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr9	100049970	rs2493444	G	C	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	100049970	.	GTA	CTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=58;NR=41;PP=2947;QD=20;SC=TTTTGCCCGCGTATCTCACGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=99;WE=100049980;WS=100049960;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr9	100049972	rs2487874	A	C	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	100054705	rs2615143	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=377;SC=GCCTTGTAAGTGTAAAGCATG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=100054713;WS=100054695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	100054969	rs2615144	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=25;PP=737;SC=TGACAGTGAAGGAGGGAATGA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=100054977;WS=100054959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	100069511	rs35787618	GC	G	3411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=28;PP=2775;SC=CACGTGGGGCGCTCCCATTGC;SOR=1.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=100069519;WS=100069501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	100069759	rs10981537	A	G	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=54;PP=1831;SC=TTGGCGGGCTAGGGAGGGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=92;WE=100069767;WS=100069749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	100069900	rs3214072	A	G	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=63;PP=2965;SC=CCGGATGCGAATTCTGCGCCG;SOR=1.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=183;WE=100069908;WS=100069890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	100070351	rs12683119	G	C	8874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=145;PP=2965;SC=CCAAGATGTCGTCAGTGGGGA;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=160;TCR=145;TR=305;WE=100070359;WS=100070341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr9	100070435	rs2401382	C	T	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=142;PP=2965;SC=CCCTCTGTCCCGCTTTTCTCC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=114;TCR=142;TR=255;WE=100070443;WS=100070425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr9	100075401	rs10981557	C	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=32;NR=2;PP=895;SC=GCCACCCTGACCTGGCTCTGG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=100075409;WS=100075391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	100075702	rs7856924	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=680;SC=CTCCCAGCCTTCCTCCCCCTC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=100075710;WS=100075692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	100087345	rs3747496	A	G	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=48;PP=2002;SC=GGCAGAGTTCACACCTCTTCA;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=115;WE=100087353;WS=100087335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	100088971	rs10981625	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=79;PP=2404;SC=CCAGACTCCAGAAGGCAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=120;WE=100088979;WS=100088961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	100092515	rs7026893	C	T	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=77;PP=2965;SC=TCCCAGACTTCACTCTTACGC;SOR=1.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=127;TCR=77;TR=204;WE=100092523;WS=100092505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	100092968	rs113264216	A	AGAGGAG	4353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.30;MQRankSum=0.541;QD=44.88;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr9	100093102	rs7847332	T	G	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=40;PP=1243;SC=GCTATGCTCATTTTGTGTTTA;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=66;WE=100093110;WS=100093092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	100105735	rs1947717	T	C	8721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=151;PP=2965;SC=AAGAGCATTGTAGGAAGTCCC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=144;TCR=151;TR=295;WE=100105743;WS=100105725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr9	100105782	rs2061634	C	G	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=134;PP=2965;SC=AACGACACTTCCAGTGCCAAG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=77;TCR=134;TR=211;WE=100105790;WS=100105772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	100116833	rs10125198	G	C	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=29;PP=2346;SC=GCTTTTATTTGTCTTTGATTA;SOR=1.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=113;WE=100116841;WS=100116823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	100124787	rs3802471	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=428;SC=AGGCAGGAGATGACCTATGGC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=100124795;WS=100124777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	100132194	rs2169456	C	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	100361864	rs958346	C	T	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=79;PP=2965;SC=ACAGTGCTGGCCCCTGGTCTA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=173;WE=100361872;WS=100361854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	100366953	rs2805779	A	G	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=58;PP=2965;SC=TTTCTAGAATAGTGAACTGAC;SOR=1.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=106;TCR=58;TR=164;WE=100366961;WS=100366943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	100388197	rs2773347	C	T	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=67;PP=2077;SC=GAATAGCTGCCGACAGCATTT;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=100388205;WS=100388187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	100433233	rs2805837	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=0;PP=1172;SC=GGGGTCCATTGTTCCTATCAG;SOR=7.658;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=48;WE=100433241;WS=100433223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	100459578	rs1800975	T	C	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=91;PP=2643;SC=CCGCCATCTCTGGCCCACTCC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=184;WE=100459586;WS=100459568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	100616066	rs1867280	G	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=134;SC=CTGGGCTCTCGGGGCCAGCCC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=100616074;WS=100616058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	100616583	rs3021523	T	C	16042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=333;PP=2965;SC=ACTGGGCGCTTGACCCCAACG;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=579;TCF=244;TCR=335;TR=577;WE=100616591;WS=100616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr9	100616673	.	T	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.813;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.356;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,44:0.25:175
chr9	100616700	rs71369530	AGCCGCC	A	2666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=45;PP=2622;SC=CGGCTGCCGCAGCCGCCGCCG;SOR=2.760;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=92;TCF=6;TCR=86;TR=47;WE=100616713;WS=100616690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	100617021	rs3021526	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=38;PP=1538;SC=CCAACCCCTCCGCCTATGCGG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=100617029;WS=100617011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	100617375	rs7046645	T	C	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=78;PP=2493;SC=TTCCCCGCAATCTGAGAACGA;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=118;WE=100617383;WS=100617365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	100675816	rs1127703	A	G	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=77;PP=2299;SC=TCAAATGACCATTTTTGTGAA;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=126;WE=100675824;WS=100675806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	100684645	rs3824496	C	T	8639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.231;SC=CAACGAAGTCCGCTGCCTGGG;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=171;TCR=119;TR=289;WE=100684653;WS=100684635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr9	100684719	rs3183928	A	C	8775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=163;PP=2965;SC=GAGCCGGCTTAACGCAGCCGC;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=138;TCR=163;TR=301;WE=100684727;WS=100684709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	100684757	rs3183927	A	G	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=133;PP=2965;SC=CGAGGCCCCGACTCCTCCAAG;SOR=1.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=92;TCR=133;TR=225;WE=100684765;WS=100684747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	100692237	rs79474766	T	TA	700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=733;SC=TAACAGGGAATACCCAGGATT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=17;WE=100692245;WS=100692227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	100767530	rs1131641	C	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=56;PP=1561;SC=GGCACACAACCGTAATCCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=100767538;WS=100767520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	100774646	rs987142	A	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=520;SC=TTTGTACTATATGCACTTTTC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=100774654;WS=100774636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	100881525	rs2761063	C	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=101;PP=2965;SC=CCAAGGGAAACCGAAACCTCG;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=166;WE=100881533;WS=100881515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	101168577	rs7020345	A	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=52;PP=1523;SC=ATGAAAATCAAACTAATTGTT;SOR=4.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=56;WE=101168585;WS=101168567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	101243021	rs2779547	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=626;SC=TCCTCGATGATGGTATTGTTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=101243029;WS=101243012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	101243364	rs2808557	T	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=51;PP=1504;SC=CAACATTCCTTCACCTCTGGC;SOR=4.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=101243372;WS=101243354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	101304348	rs2184026	C	T	5773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=117;PP=2965;SC=AAAGAGACAACGCTTTTTACT;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=80;TCR=118;TR=197;WE=101304356;WS=101304338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	101533220	rs6415847	C	T	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=49;PP=2610;SC=CTCACACCTACCCCACTGGAG;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=141;WE=101533228;WS=101533210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	101539601	rs4742741	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1223;SC=TACAAAGACAGACAAACACCT;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=101539609;WS=101539591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	101544627	rs7020056	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=14;PP=1005;SC=GACACTTGAGAGTGACTTTCC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=101544635;WS=101544617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	101552955	rs7027771	T	C	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=127;PP=2965;SC=TATGTCATCCTTAATTGGCAT;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=87;TCR=127;TR=214;WE=101552963;WS=101552945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	101553014	rs7038640	G	T	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=59;PP=1664;SC=TTATTCTGGCGCCAGGCACTG;SOR=3.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=101553022;WS=101553004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	101585444	rs2295922	G	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=12;PP=695;SC=GTCCCCTTCCGCAGGGGACCA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=101585452;WS=101585434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	101980367	rs35626507	A	G	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=72;PP=2811;SC=TGAGAAGTGCACCGGGTCAGG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=140;WE=101980375;WS=101980357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	101984146	rs11545137	A	G	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.250;SC=TTGGGAACCGAGTCCCGTTCC;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=169;WE=101984154;WS=101984136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr9	101990343	rs113403897	A	G	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=129;PP=2965;SC=CAGTGGCAGCACTCTGTCTCT;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=82;TCR=129;TR=211;WE=101990351;WS=101990333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	102068344	rs790287	C	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=558;SC=ATGACCTAAGCCGCACAAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=102068352;WS=102068334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	102068832	rs170462	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.28;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	102780721	rs4743375	T	C	120.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=146;SC=CCAAGAAAAGTATACATTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=102780729;WS=102780711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	102780732	.	A	T	88.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=88.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr9	102820002	rs942163	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=21;PP=1389;SC=TGGAATACTGTCTTGAAATAG;SOR=1.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=102820010;WS=102819992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	102860928	rs6479001	G	A	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=43;PP=2807;SC=GCGAGAGTGAGGGCAGCGGGG;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=142;WE=102860936;WS=102860918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	103059476	rs7864494	A	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=43;PP=1222;SC=CCCCCAGAGTACCACATCAGA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=103059484;WS=103059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	103060386	rs3813712	T	G	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=77;PP=2568;ReadPosRankSum=1.617;SC=TTAGAACAGATATGGCCAGGG;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=126;WE=103060394;WS=103060376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr9	103064530	rs7472	G	A	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=65;PP=2315;SC=TATACACGTTGAAGCAGTAAT;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=133;WE=103064538;WS=103064520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	103065884	rs3923501	C	T	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=60;PP=2859;SC=TATGCTAATACTGCAAAGCCT;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=152;WE=103065892;WS=103065874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	103091630	rs10819759	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=42;PP=1309;SC=CTCTGAATGCACCGAAGTACT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=103091638;WS=103091620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	103108941	rs2151131	C	G	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=46;PP=2904;SC=TTCAATACAGCAAAACTGTGT;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=141;WE=103108949;WS=103108931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	103114793	rs1930244	G	C	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=168;PP=2965;SC=CACACTCCGGGCTAAAACTCT;SOR=1.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=96;TCR=168;TR=264;WE=103114801;WS=103114783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	103204577	rs35438121	C	G	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=128;PP=2965;SC=CGGAGCAGCTCTACTTCCTGC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=229;WE=103204585;WS=103204567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	103207654	rs73655549	G	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=50;PP=1443;SC=GAGGCTCATAGGCACTTGAAA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=103207662;WS=103207644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	103212778	.	GT	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr9	103235853	rs77849433	G	T	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=73;PP=2965;SC=CTGAGGCGCCGCTCCGGCTGC;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=190;WE=103235861;WS=103235843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	103260966	.	T	TAC	945.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=927;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACTTTTTCATACACACACAC;SOR=2.245;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=19;WE=103260974;WS=103260956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr9	103312290	rs2274882	C	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=993;SC=TTAAGAAGAACTTGGAATAAT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=103312298;WS=103312280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	104124664	rs2229594	C	T	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=1006;SC=GAGAAGGTCCCGGTAAAGAGA;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=104124672;WS=104124654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	104133628	rs1572983	C	T	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=46;PP=1449;SC=GCCTGTAGCTCGGATATGCAC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=104133636;WS=104133618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	104184022	rs4577	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=38;PP=1847;SC=TTCCAGGATTGGAGGAAAAGT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=104184030;WS=104184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	104187400	rs506571	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=33;PP=1030;SC=CAATGAACCTACCAGAAAAGT;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=104187408;WS=104187390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	104313898	.	C	CATTATTGATATATATTTTTCTCCTTTTAGATTCTTATAGATCAAATTTAGGAGACAGAATA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=161.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	104324545	rs10521057	G	A	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=49;PP=2421;SC=TGACCTGTCCGTGCTGTAACA;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=132;WE=104324553;WS=104324535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	104341796	rs17774987	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=495;SC=ACCTTCATTATACATCATGAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=104341804;WS=104341786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	104375538	rs17189821	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=415;SC=AATCCAAATATTATGCAAGAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=104375546;WS=104375535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	104385711	rs10989563	CA	TG	5767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=84;PP=2947;SC=TTCTCTGGATCATTCCTATAT;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=34;TCR=85;TR=117;WE=104385720;WS=104385701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	104385800	rs10989565	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=621;SC=TTTTGTTTAGGGGACAGAACC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=104385821;WS=104385790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	104385813	rs10989566	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=511;SC=ACAGAACCCGAACACTAAGGG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=104385821;WS=104385790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	104390789	rs10819955	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=362;SC=CGGAACTTTTCTAACCCCCAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=104390797;WS=104390779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	104432293	rs1323434	C	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1057;SC=ATACAACATACGGAATTATAA;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=104432301;WS=104432283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	104432873	rs942142	T	G	11121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=197;NR=194;PP=2965;SC=CATTTTTCCATGCTCCATACT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=391;TCF=197;TCR=194;TR=391;WE=104432881;WS=104432854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr9	104433034	rs10512285	A	G	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=118;PP=2965;SC=AGGCTGTCCAATGTGGAAGAG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=133;TCR=118;TR=251;WE=104433042;WS=104433024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	104433235	rs10989589	C	T	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.061;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=1.761;SC=ACAATCTTTCCCCCCTGCCAG;SOR=0.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=166;WE=104433243;WS=104433225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr9	104433436	rs1885980	T	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=37;PP=1147;SC=CAGTGAGGCCTAAGATAGGAA;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=104433444;WS=104433426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	104449063	rs2506354	C	T	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=65;PP=2564;SC=GAGCAATGAGCCCTAAGGGCA;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=104449071;WS=104449053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	104449098	rs10989591	C	T	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=68;NR=62;PP=2425;SC=AGTTCCTCCACATTCTGGGAA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=130;WE=104449106;WS=104449088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	104499575	rs1337677	T	C	9104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=180;NR=149;PP=2965;SC=GACTCTCCCGTGGAAACTCGT;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=330;TCF=180;TCR=150;TR=329;WE=104499583;WS=104499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	105757558	rs10739861	A	G	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=41;PP=2283;SC=CTTTTGTTTTACCCCTTTAAT;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=105757566;WS=105757548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	105757756	rs1341205	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=347;SC=ATGAAGAGATATTTATTATAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=105757764;WS=105757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	105765610	rs2066261	T	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1404;SC=ATTATAACCATAATAAGTAAT;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=105765618;WS=105765600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	106857908	rs3739736	G	A	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=64;PP=1948;SC=GAGACGTCCCGATATTCTCTT;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=93;WE=106857916;WS=106857898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	106861799	rs79381621	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=21;PP=994;SC=AATTATAGAGGAAAGACCCCC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=106861807;WS=106861789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	106862022	rs41282191	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=461;SC=TTTAATCTTTCAGACAATTTT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=106862030;WS=106862012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	106862243	rs41282195	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TATATTTAACCTATATGGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=106862251;WS=106862233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	106862265	rs41282197	C	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=80;SC=TTTGGGCCAACTTTTGGTAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=106862273;WS=106862255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	106862530	rs79849076	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=3;PP=239;SC=ATGTAATTTTGCATGTAGAGT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=106862538;WS=106862520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	106862641	rs77635753	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=691;SC=CTTTACATGCGAAAATACTGA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=106862649;WS=106862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	106862751	rs74959263	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=38;PP=1270;SC=CTATTAGAATGTCTTTCAAAG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=106862759;WS=106862741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	106862893	rs112305597	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=320;SC=GCACTTATCTGCTAAGTCATA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=106862901;WS=106862883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	106864187	rs201044092	AT	A	299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=5;PP=159;SC=GCATAATTGAATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=106864195;WS=106864177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	106874103	rs112001847	G	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=49;PP=1523;SC=CAGGTAAATAGAGACATTAGC;SOR=2.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=106874118;WS=106874093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	106874110	rs112173249	T	TA	3116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=44;PP=2112;SC=ATAGAGACATTAGCACTATGT;SOR=2.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=46;WE=106874118;WS=106874093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	106876448	rs3739738	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=390;SC=ATTTTGTCGAAACCAAGATTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=106876456;WS=106876438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	106876902	rs79382095	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=794;SC=AAAAGAGCTCCTGATGAGTAA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=106876910;WS=106876892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	106880394	rs3739739	C	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=902;SC=TTTATAAAATCATATCTGAAA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=106880402;WS=106880384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	106882468	rs7870437	A	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1157;SC=TACTTTTTTTAATTAAAGATT;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=106882476;WS=106882458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	106882510	rs7873786	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=436;SC=AAATTTACTTTTATTTCAAGA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=106882518;WS=106882500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	106885517	rs16923707	A	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=87;PP=2749;SC=ACCATTGGTAAGATGAAAACA;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=146;WE=106885525;WS=106885507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	106888822	rs6479216	T	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=178;SC=GCTGTGGGTCTTACTTGCATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=106888830;WS=106888812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	106888978	rs6479217	C	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=40;PP=1473;SC=ATACATCTTACAAACAACAGC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=106888986;WS=106888968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	106889087	rs6479218	C	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=645;SC=TTATCAAATTCGAGAAATTGA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=106889095;WS=106889077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	106889116	rs6479219	G	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=377;SC=ATCTTTTTATGAAACATTAGC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=106889124;WS=106889106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	106889491	rs7023408	T	C	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=230;SC=CAGGGATCTGTCAGATAATTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=106889499;WS=106889481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	106892180	rs16923734	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=456;SC=CTAGCATTGACAGCTCTGTAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=106892188;WS=106892170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	106894211	rs3780535	A	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=193;SC=AATAATGAAAACTGTTTATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=106894219;WS=106894201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	106894257	rs3780536	T	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=506;SC=AGATTTTATATTTTCCCAGTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=106894265;WS=106894247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	106894491	rs7847097	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=558;SC=AATTTGAAATAGCTGATCTAT;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=106894499;WS=106894481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	106894557	rs7850307	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=275;SC=TTTAAATGCATTTTTTTCTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=106894565;WS=106894547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	106896809	rs7872034	G	A	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=95;PP=2965;SC=AGGTTGCCTTGGGAAATACCT;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=175;WE=106896817;WS=106896799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	106896874	rs11281153	T	TATATTATAA	3297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=2967;SC=ATCACTTTGCTATATTATAAT;SOR=1.457;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=37;WE=106896882;WS=106896864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	106896970	rs7861902	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=208;SC=ATTTAAGGAGTCTAATATATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=106896978;WS=106896960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	106901506	rs16923746	A	G	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=77;PP=2965;SC=TTTCTACAGTAGCCAGATTTA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=191;WE=106901514;WS=106901496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	107298444	rs41305445	C	T	11702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=188;PP=2965;SC=CAGCACAGGCCAGCTTGAGGA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=203;TCR=189;TR=390;WE=107298452;WS=107298434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr9	107299001	rs41304943	C	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=42;PP=1469;SC=TTAATCTCACCCATGTCATCT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=107299009;WS=107298991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	107331504	rs7026705	C	A	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=57;PP=2965;SC=GGGCTTTCTGCCCACCCAAAG;SOR=1.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=136;TCR=57;TR=191;WE=107331512;WS=107331494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	107360768	rs11314210	GT	G	2751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=17;PP=2353;SC=TTCTCAGTAGGTGTTTTACTG;SOR=2.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=107360776;WS=107360758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	107360826	rs1851725	A	G	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=46;PP=2373;SC=AGGATTCATCATGGGAGTCAT;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=107360834;WS=107360816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	107360851	rs1523678	T	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=65;PP=2866;SC=CTGTAGAATATGAATATAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=165;WE=107360859;WS=107360841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	107360922	rs1851724	A	G	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=97;PP=2965;SC=CTTCATGTACATGAGGAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=202;WE=107360930;WS=107360912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	107361111	rs6479259	T	C	11567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.188;NF=246;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GATGAACTCATTGCCTGAGAT;SOR=0.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=248;TCR=148;TR=394;WE=107361119;WS=107361101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,405:1.00:407
chr9	107361129	rs4117966	C	T	12588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.342;NF=269;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GATGTCAGCACAGGCCAGTTT;SOR=0.243;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=457;TCF=287;TCR=170;TR=439;WE=107361137;WS=107361119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,451:1.00:453
chr9	107361178	rs202235686	TGTTA	T	1659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FS=7.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQRankSum=-14.326;QD=2.38;ReadPosRankSum=-7.077;SOR=1.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,86:0.12:696
chr9	107361346	rs2417534	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=31.43;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	107361439	rs4629933	G	C	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.17;QD=41.94;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	107361449	rs146576115	T	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.65;QD=45.27;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	107361451	rs201540433	GC	AG	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.65;MQRankSum=-3.024;QD=24.20;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr9	107361460	rs116283639	G	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.65;QD=44.63;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	107361490	rs7042502	A	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.38;QD=27.92;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	107361599	rs6479260	G	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.01;QD=31.44;SOR=3.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	107361710	rs7856737	G	A	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=128;PP=2965;SC=TCCCTCTTTAGCTTGTAAGAC;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=75;TCR=130;TR=203;WE=107361718;WS=107361700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	107361845	rs7872894	A	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=141;SC=AAGAAGAGAGAGCATAAAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=107361853;WS=107361835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	107366884	rs7856643	C	G	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=24;PP=2009;SC=TAAAAGTACCCAAAATTCTAA;SOR=2.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=104;WE=107366892;WS=107366874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	107367008	rs10156474	T	C	8458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=132;PP=2965;SC=TTCACATCCTTGTTTCTAAGA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=163;TCR=132;TR=295;WE=107367016;WS=107366998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	107367081	rs76754689	G	A	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=137;PP=2965;SC=TAATTTTGTCGGTAGCATCCA;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=274;TCF=137;TCR=137;TR=273;WE=107367089;WS=107367071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	107367392	rs143198170	TGTTA	T	16423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=235;PP=2973;SC=TGATTGATGATGTTATTCCTG;SOR=1.472;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=277;TCF=39;TCR=238;TR=274;WE=107367403;WS=107367382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr9	107367431	rs1851716	A	T	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.34;MQRankSum=-1.610;QD=30.98;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr9	107367612	rs55706329	C	T	9207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=3.540;NF=203;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=5.275;SC=GGAACATCTGCACTGCACAGC;SOR=0.948;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=493;TCF=215;TCR=278;TR=434;WE=107367620;WS=107367589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,366:0.95:384
chr9	107367664	rs143760725	AGC	A	8563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.32;QD=44.14;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	107367841	rs10991326	A	T	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=57;PP=2597;SC=GAGTAACTCAAGTCTTGGGTG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=138;WE=107367849;WS=107367831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	107380177	rs1813819	A	G	8112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.81;MQRankSum=-2.633;QD=27.59;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr9	107380215	rs993658	T	A	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.356;NF=220;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.721;SC=AAGGAAATGGTCTTTCTTTCT;SOR=0.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=442;TCF=222;TCR=220;TR=438;WE=107380223;WS=107380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,368:0.99:371
chr9	107380414	rs2900373	C	A	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=80;PP=2961;SC=AAAAGAGTAACTCAAGCCTTG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=160;WE=107380422;WS=107380404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	107380571	rs4743728	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=223;SC=CAATGTACAAATATAAAAATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=107380579;WS=107380561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	107457275	rs10820709	A	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=24;PP=1280;SC=CCCTATTGCAAACAGTTCTGA;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=107457283;WS=107457265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	107457332	rs61742675	C	T	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=42;PP=2141;SC=ATCATATTACCTGTGAAATTT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=107457340;WS=107457322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	107457532	rs10761073	C	T	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=142;PP=2965;SC=TCAGCGCACTCGATTGTGGTC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=141;TCR=142;TR=283;WE=107457540;WS=107457522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	107510178	rs147856422	AGGGGC	A	3262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=1675;SC=ACGGGAGGGGAGGGGCGGGGC;SOR=0.746;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=35;WE=107510190;WS=107510168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	107515201	rs34856872	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=25;PP=1279;SC=TTTTGCTCATCGAACTGAAGT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=107515222;WS=107515191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	107515214	rs2274870	G	A	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=30;PP=1445;SC=ACTGAAGTTCGGAAAGCCTTG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=107515222;WS=107515191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	107531127	rs12351524	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=18;PP=1578;SC=ATTTTCTTAACTATTTTCCTC;SOR=2.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=107531135;WS=107531117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	107531361	rs2472478	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=852;SC=AGACCTAAAGTTATAAAGAGT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=107531369;WS=107531351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	107553185	rs2020927	A	G	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=44;PP=2277;SC=GCAAAATACAAGCCACTTCTT;SOR=1.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=122;WE=107553193;WS=107553175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	107553478	rs4149331	A	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=177;SC=TCATAATGGGACCATTTTAAG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=107553486;WS=107553468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	107554069	rs2066720	C	T	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=8;PP=1384;SC=CAGGGTCCCTCTCTTCTCGAT;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=107554077;WS=107554059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	107555711	rs4149327	C	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=957;SC=TCACCCATGACAAGGAAAAAA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=107555719;WS=107555701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	107556793	.	TAA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr9	107566877	rs2777801	C	A	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=41;PP=2262;SC=AGTAATAATACGGCAGGGGCC;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=114;WE=107566885;WS=107566867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	107576246	rs2297409	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=344;SC=ATGCTGCAAAGAACAAGTGGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=107576254;WS=107576240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	107581042	rs35204915	G	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=61;PP=2630;SC=CCTGTTCCCAGCTGGTTCTTC;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=147;WE=107581050;WS=107581032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	107582360	rs78329992	G	A	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=75;PP=2593;SC=CCTGGGGACAGGGAGGCAGGT;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=138;WE=107582368;WS=107582350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	107583748	rs35561837	G	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=34;PP=1342;SC=GGATGTAGGCGGTGCCCGAGG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=107583756;WS=107583738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	107586753	rs2066714	T	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=43;PP=1725;SC=TACTTTCTGATATTCTCTTCT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=107586761;WS=107586743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	107591272	rs2853579	G	T	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=105;PP=2965;SC=TAAACCAGAGGATGCTGTTGT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=228;WE=107591280;WS=107591262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	107593182	rs4743763	A	T	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=28;PP=1616;SC=ACTGGTTAAAAACAGTGGCTT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=107593190;WS=107593172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	107620867	rs2230806	C	T	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=41;PP=2843;SC=CAGTTTCTCCCTTGGTAGGCC;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=94;TCR=41;TR=135;WE=107620875;WS=107620857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	107621140	rs2243313	A	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=560;SC=CTTTACTGAAACTCAGAATGT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=107621148;WS=107621130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	107623807	rs73504110	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=870;SC=ATTCCTGCCTGAATAGGGAAG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=107623815;WS=107623797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	107624029	rs2230805	C	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=56;PP=1628;SC=GGTTGTGATACAGGAACCCAG;SOR=1.279;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=97;WE=107624037;WS=107624019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	107645295	rs143894099	G	A	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=77;PP=2965;SC=AATTATAAACGGATGCAGAGA;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=176;WE=107645316;WS=107645285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	107651526	rs2275545	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=45;PP=1509;SC=TAATATGGATATCCAATGCCA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=107651534;WS=107651516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr9	108234294	rs34998811	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	108275777	rs10739910	T	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=0;PP=113;SC=CAGTAATGAATCCCCAAAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=108275785;WS=108275767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	110047132	rs10733562	G	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=67;PP=2539;SC=GCAAATTACGGTTAGTTTCAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=130;WE=110047140;WS=110047122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	110084328	rs1805329	C	T	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=68;PP=2829;SC=AGTACTGGGGCTCCTCAGTCT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=153;WE=110084336;WS=110084318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	110093970	.	C	CA	1077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.488;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr9	111616818	rs3750466	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=292;SC=GACTCCCCCCTACCCTCTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=111616826;WS=111616808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	111617650	rs11543179	G	A	8766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGCCGTAGGAGTAGATGGACA;SOR=0.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=163;TCR=154;TR=315;WE=111617658;WS=111617640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
chr9	111618163	rs3750468	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=84;PP=2467;SC=CCTCTCCAGGGTCACCCTGAG;SOR=1.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=131;WE=111618171;WS=111618153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	111625913	rs4978370	A	G	11139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=229;PP=2965;SC=GCTTCTGAACAGCGACGAGGA;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=167;TCR=229;TR=396;WE=111625921;WS=111625903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr9	111631647	rs3763644	C	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=52;PP=1414;SC=CTGGAGGCCCCGCCCTGAGAG;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=60;WE=111631655;WS=111631637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	111637304	rs2027433	G	T	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=73;PP=2890;SC=TCTCAAGACTGCCAATACCAA;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=139;WE=111637312;WS=111637294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	111637331	rs1981268	CC	AG	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=71;PP=2947;SC=AATCCCTACCCCCAGAAAACA;SOR=1.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=106;WE=111637340;WS=111637321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	111638103	rs41278351	T	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=332;SC=AGGACTGCTTTAGCCCAGGCA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=111638111;WS=111638093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	111641825	rs1538660	G	A	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=103;PP=2965;SC=TTGCCCGTGGGGTACCTCATC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=228;WE=111641833;WS=111641815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	111641911	rs140965249	GAACT	G	7217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=87;PP=2972;SC=GGCGGTAAATGAACTAACTAG;SOR=1.236;Source=Platypus;TCF=11;TR=98;WE=111641922;WS=111641901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	111643875	rs7873793	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=403;SC=TTTTGATTGAGTCTACATGAC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=111643883;WS=111643865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	111651620	rs3204145	A	T	8137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=137;PP=2965;SC=ACCTGGGCACACTCTTCCAAA;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=151;TCR=137;TR=288;WE=111651628;WS=111651610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr9	111653460	rs3737309	A	G	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=27;PP=2234;SC=TGTAGATGTAAACATATAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=78;TCR=27;TR=104;WE=111653468;WS=111653450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	111661150	rs4978760	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=103;SC=ATGCCAAGCTGCTATCACTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=111661158;WS=111661140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	111670707	rs838824	T	C	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=111;PP=2965;SC=AATGCAAATATTATCATCGTA;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=56;TCR=111;TR=167;WE=111670715;WS=111670697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	111678428	rs1772046	T	A	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=18;PP=1506;SC=CCCATACCTGTCTACTTTCAA;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=111678436;WS=111678418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	111679747	rs59223819	CAA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=-0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.292;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	111688828	rs2230788	C	T	7779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=147;PP=2965;SC=CCTGATGGATCTGCTGCTCCA;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=127;TCR=148;TR=274;WE=111688836;WS=111688818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr9	111693132	rs838818	T	C	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=93;SC=ATGTCTAACATGGCATATATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=111693140;WS=111693128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	111712910	rs2780334	G	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=55;PP=1952;SC=ACGAGCACAGGATCCCTCACT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=111712918;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	111754288	rs838836	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=30;PP=1025;SC=AATTTTGTAGTTGTGGATAAT;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=111754296;WS=111754278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	111798423	rs34730476	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.349;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr9	111798751	rs2256253	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=34;PP=991;SC=TCCTCAACAACTTCCAACAAA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=111798759;WS=111798741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	111800234	rs534286	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=4;PP=1385;SC=TTTCCTAGATGTATGTAAAAT;SOR=4.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=54;TCR=4;TR=58;WE=111800242;WS=111800224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	111812825	rs614253	C	T	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=113;PP=2965;SC=GGAAATATGACGTGTACTTAT;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=155;TCR=113;TR=268;WE=111812833;WS=111812815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	111843055	rs497196	A	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=503;SC=GCTAGCTTTTAATCCAGACTA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=111843063;WS=111843045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	111929420	rs10979723	CG	GC	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=891;SC=CCGCGCCATCCGTGCGCACAG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=111929429;WS=111929410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	111936732	rs10733569	G	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=17;PP=1640;SC=TGGGCGAACAGAGCACACACT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=111936740;WS=111936722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	111936788	rs10979727	C	T	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=63;PP=2522;SC=AGAAAGAAGACGGACAGAAGG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=150;WE=111936796;WS=111936778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	111945049	rs3750450	T	G	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=122;NR=116;PP=2965;SC=AGGAAACGGGTTCATTGTATC;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=238;WE=111945057;WS=111945039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr9	111945166	rs10122682	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=75;PP=2407;SC=AAATGGAACCAAAGGATTCAG;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=124;WE=111945174;WS=111945156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	111956599	rs3750447	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=41;PP=1799;SC=CTTGTGTGGCGGCCGTTGTGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=111956607;WS=111956589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	112020713	rs893917	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=46;PP=1415;SC=TCCTTTCGGGAAGACTTAACT;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=112020721;WS=112020703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	112025473	rs1982226	C	A	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=163;SC=AAAGGTAGCGCTATTTAGATA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=112025481;WS=112025463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	112041925	rs2014890	A	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=0;PP=978;SC=GGCATCCTACAAGCATTGTGA;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=112041933;WS=112041915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	112069477	rs13290752	T	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=258;SC=TACAATCCTTTCCCTTTTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=112069485;WS=112069467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	112151349	rs1371787	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=431;SC=AGGGCTGAGCCTCCCGTCACT;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=112151357;WS=112151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	112170701	rs35463120	T	TAAAC	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=38;PP=1629;SC=TTTTTTAAGTTAAACAAACAA;SOR=3.126;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=39;WE=112170709;WS=112170691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	112172477	rs2275699	T	G	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=80;PP=2916;SC=GCCCTGGGTGTGTGGATCACC;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=131;WE=112172485;WS=112172467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	112199146	rs4978809	A	G	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=90;PP=2965;SC=GAGCCAAGACATAACAAGAAT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=148;TCR=90;TR=238;WE=112199154;WS=112199136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	112629397	rs7044189	G	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=52;PP=1511;SC=GGATTGAGACGTTTTTATTCT;SOR=1.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=85;WE=112629405;WS=112629387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	112629858	rs2769154	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1555;SC=CAAGGTAAGCAGCTGATCCCA;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=112629866;WS=112629848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	112898327	rs1475612	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=683;SC=CTTCCTCTTAATTATGAGTCA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=112898335;WS=112898317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	112899361	rs4978872	A	C	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=67;PP=2965;SC=GCTGCTGCAGAAGCAGTTACA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=138;WE=112899369;WS=112899351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	112900199	rs914358	T	C	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=90;PP=2965;SC=GACTCTCCGTTGGTTGATGAC;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=74;TCR=90;TR=164;WE=112900207;WS=112900189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	112918531	rs10759392	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=11;PP=885;SC=TTTATTTGCCAGTTTTCTTTC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=112918539;WS=112918521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	112918581	rs7862044	T	C	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=35;PP=2102;SC=AAAGGGTATTTTCTTCGTGTT;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=112918589;WS=112918571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	112924558	rs2148989	A	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=963;SC=CTGTTCTGAAATATGGGACTG;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=112924566;WS=112924548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	112963305	.	A	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,42:0.21:202
chr9	112963504	rs10120707	A	G	11356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.639;SC=GGAGCCTTTGATCAGATCCCA;SOR=0.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=219;TCR=176;TR=393;WE=112963512;WS=112963494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,414:1.00:415
chr9	113006420	rs5843	A	G	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=38;PP=2285;SC=GGCTGGTTATATTTTCAGAAA;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=113006428;WS=113006410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	113007237	rs4135221	G	A	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=137;PP=2965;SC=CCACATTTCCGCATGAGGACA;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=82;TCR=137;TR=219;WE=113007245;WS=113007227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	113007289	rs4135220	T	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=59;PP=1665;SC=TATAATGGCATTACAAAAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=74;WE=113007297;WS=113007279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	113007319	rs4135219	TGAA	T	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1245;SC=ATATTCTCAATGAAGAAGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=27;WE=113007329;WS=113007309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	113132221	rs17204533	G	A	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=66;PP=2965;SC=GTTATGTCCCGTCCAAGAAGA;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=183;WE=113132229;WS=113132211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	113192655	rs2986671	T	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=32;PP=1749;SC=AAATGTGACTTCGGCACCTAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=113192663;WS=113192645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	113192785	rs3739447	A	T	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=58;PP=1784;SC=AACCATGCAAAGTCTCACAGC;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=113192793;WS=113192775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	113207962	rs7847560	A	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=1;PP=983;SC=TACGTTCTTAAAGAACTTGTT;SOR=5.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=38;WE=113207970;WS=113207959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	113212205	rs2095294	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=584;SC=GGAATATTCAGCTGTAGCCTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=113212213;WS=113212202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	113213726	rs4421419	A	G	8682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=174;PP=2965;SC=AACTTGACAGAACTTTAAGAC;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=115;TCR=174;TR=289;WE=113213734;WS=113213716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr9	113218098	rs112071235	T	TAAAGA	1772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1801;SC=TGGGTAGTGGTAAAGGGTAAT;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=30;WE=113218106;WS=113218088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	113220820	rs10980398	C	T	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=108;PP=2965;SC=TTTCCTCTGCCGCTGAGAAAG;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=192;WE=113220828;WS=113220810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	113228098	rs10980401	G	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=24;PP=2027;SC=TTCATGCATAGAACCTAGTAG;SOR=1.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=98;WE=113228106;WS=113228088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	113233720	rs10980402	G	A	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=137;PP=2965;SC=AATTGCTGTCGGCTATAAGTA;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=105;TCR=137;TR=242;WE=113233728;WS=113233710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr9	113233956	rs7860284	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=293;SC=TTTTACCAAACAGAAATACTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=113233964;WS=113233946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	113243820	rs3818766	G	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=270;SC=CCTGTCTATCGCTATTTCTAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=113243828;WS=113243810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	113308284	rs2991363	A	T	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=3;PP=2649;SC=TGTGCCACTGACCCCACACAC;SOR=6.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=102;TCR=3;TR=104;WE=113308292;WS=113308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	113449489	rs35142681	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=35;PP=1400;SC=TACTGCTGCACGGCCAACAAT;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=113449497;WS=113449479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	113490776	rs10817087	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=306;SC=TGTCATTTAACAGTTTGCTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=113490784;WS=113490766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	113538347	rs11349092	AT	A	225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=167;SC=GGCATTTCTAATTTTTTTTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=113538355;WS=113538337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	113547001	rs572189	A	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=5;PP=1067;SC=TAAATATATTATTATCATGAA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=113547009;WS=113546991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	113547322	rs484010	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=694;SC=CAGCTAACCATGTGTAGTAAT;SOR=5.421;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=30;WE=113547330;WS=113547312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	113800790	rs28700160	G	A	7276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=64;PP=2965;SC=GGGGCGCAGAGGGAGGGCCAG;SOR=2.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=188;TCR=64;TR=251;WE=113800798;WS=113800780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr9	114090279	rs314452	A	G	8758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=138;PP=2965;SC=AGGAGACCGTAGCCATCCGTG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=291;WE=114090287;WS=114090266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	114125835	rs2297524	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=13;PP=584;SC=ACATGGCTTTATGGTCCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=114125843;WS=114125825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	114134198	rs10980884	C	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=413;SC=GACCAACAGTCTAAAAGCAGT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=114134206;WS=114134188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	114136169	rs7029123	A	G	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=16;PP=1313;SC=GGTCTGAATGATAAGTATTTT;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=114136177;WS=114136159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	114146686	rs12350482	C	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=24;PP=2075;SC=TGAACTACAACATGAAGCCAA;SOR=2.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=98;WE=114146694;WS=114146676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	114148496	rs4978994	A	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=38;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCCAT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=114148504;WS=114148488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	114155899	rs2598360	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=488;SC=ATTAATCCAGGTTTTTGAACA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=114155907;WS=114155889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	114170785	rs79202070	TA	T	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.268;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.751;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr9	114174415	rs2418163	T	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.08;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr9	114178402	rs12338500	T	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=316;SC=TCCCAATACTTTTTTTTTAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=114178410;WS=114178392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	114193095	rs12348365	A	T	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=71;SC=TATGTTTTTAAACCAAAACAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=114193103;WS=114193085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	114202502	rs7860748	G	A	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=172;SC=AAGCAGTGGAGCTGAAGTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=114202510;WS=114202499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114301585	rs10441737	C	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=817;SC=CTATTTATTACGCATTAAATT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=114301593;WS=114301575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	114454580	rs1475110	A	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=31;PP=1293;SC=GTCATTCAAAATGGTGGTTTT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=114454588;WS=114454570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	114462322	rs6477845	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=19;PP=591;SC=TTCTGTAAGCAGATACCTACA;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=114462330;WS=114462312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	114464487	rs1407390	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=14;PP=461;SC=TGCCTTCTCATAATTCAATTC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=114464495;WS=114464477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	114467442	rs72047905	AAT	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114467450	rs28406980	T	C	269.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114468966	rs7036568	A	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=50;PP=1988;SC=CAAATGAGAAATTACTCCAGG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=114468974;WS=114468956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	114469078	rs10125413	T	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=28;PP=745;SC=GTTATTATTTTGTTGAACTAT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=114469086;WS=114469068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	114475262	rs6477846	T	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=650;SC=ATACGCTTTCTAAGGGTGAAT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=114475270;WS=114475252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	114476748	rs11791445	T	A	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=65;PP=2965;SC=TGACTTTGCATCCAACTTAGT;SOR=1.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=142;TCR=65;TR=206;WE=114476756;WS=114476738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	114484682	rs1337581	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1047;SC=CTTTTATTTGTACTCACCTTG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=114484690;WS=114484672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	114484783	rs12352352	A	G	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=110;PP=2965;SC=AATTAGCAGTAGGGAGGGTAC;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=166;TCR=110;TR=276;WE=114484791;WS=114484773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr9	114486219	rs12349541	T	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=446;SC=AAATATAAATTTTTGTTGTTC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=114486227;WS=114486209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	114490229	rs10512411	T	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=31;PP=1258;SC=GTACTTCTTTTGCCAGAGATG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=114490237;WS=114490219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	114490308	rs7470491	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=691;SC=AGGTGAAGAATGACTTTTATG;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=40;WE=114490316;WS=114490298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	114510272	rs10817214	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=902;SC=TTTTAAACATGGAAACTGACT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=114510280;WS=114510262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	114518815	rs12341574	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=509;SC=AAATATTTTCGAAATCATAAG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=114518823;WS=114518805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	114520613	rs10981055	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=219;SC=CAGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=114520621;WS=114520603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	114521630	rs10817215	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=44;PP=1223;SC=TTCTTAAGTTATTCACATGGT;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=114521638;WS=114521620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	114543400	rs2786632	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=859;SC=ATCTTTATTTATTCACAAATG;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=114543408;WS=114543390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	114695087	rs181614846	A	T	1751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=1.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr9	114811154	rs1980739	C	T	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=40;PP=2532;SC=GAGGAGAAAGCATGGGCCATA;SOR=1.789;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=98;TCR=40;TR=137;WE=114811162;WS=114811144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	114861016	rs3739697	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=60;PP=1460;SC=ATTAGCAAAATGGAGTTAAAA;SOR=3.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=71;WE=114861024;WS=114861006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	114919707	rs700105	A	G	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=40;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CCCCAAGGACATCAACTCTTT;SOR=0.761;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=139;TCR=40;TR=176;WE=114919715;WS=114919697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr9	114986021	rs34621641	C	CAGAA	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=923;SC=ATATCAAACTCAGAGTTATTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=114986029;WS=114986014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	114994281	rs3983403	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	114994286	rs372535742	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	114994290	rs370701025	AG	A	1184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=43.88;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	114994294	.	GAGAAGAAAAGA	G	1215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.48;QD=41.92;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	115014799	rs10659246	G	GA	90.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=6.021;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTTTAGCTTAGAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=115014807;WS=115014789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	115051546	rs11792085	A	G	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=2100;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CATATACCTTAGAGCACTGAC;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=113;WE=115051554;WS=115051536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr9	115060205	rs10981348	C	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=24;PP=856;SC=CGCTGAAAAGCAAAACCAATG;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=115060213;WS=115060195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	115060682	rs3808881	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=380;SC=GATCTTTAATGCAGACTATTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=115060690;WS=115060672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	115092577	rs2418204	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=172;SC=AAAATCCAAAGTTACCTCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=115092585;WS=115092567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	115092624	rs2900539	T	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=218;SC=ATTAAAGACTTTTACACAATA;SOR=1.739;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=115092632;WS=115092614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	115095743	rs7040447	T	C	9413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=153;PP=2965;SC=CGCCGCCTAGTACTTACCCAT;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=183;TCR=153;TR=335;WE=115095751;WS=115095733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr9	115142330	rs35979933	CG	C	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=696;SC=GCACAGGCATCGGGGGGGGCA;SOR=2.362;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=31;WE=115142338;WS=115142320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	115142507	rs7867831	A	G	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=86;PP=2965;SC=CGGGCGAAGGACGCGTCTCGG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=162;WE=115142515;WS=115142497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	115216222	rs10538330	GATTA	G	2729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=16;PP=1919;SC=CTGTCCTGCTGATTAATTAAT;SOR=2.019;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=38;WE=115216233;WS=115216212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	115249262	rs6477940	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=1052;SC=CACTTACCTTTGGTGCCCGGC;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=115249270;WS=115249252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	115249433	rs7031191	T	C	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=128;PP=2965;SC=CGGGGACGAGTGCGCCGACGC;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=99;TCR=128;TR=227;WE=115249441;WS=115249423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	115450093	rs786970	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=108;SC=TGGCTGGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=115450101;WS=115450083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	115567015	rs139599865	A	ATG	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=1414;SC=ACTCTCCAGTATGTTTTCATT;SOR=2.687;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=32;WE=115567023;WS=115567005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	115567184	rs1891402	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=43;PP=1607;SC=TCGTTATAGTTGATGATCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=115567192;WS=115567174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	115598610	rs76424583	A	G	9222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=194;NR=135;PP=2965;SC=TTGCTGCCATAGGTGACTACT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=195;TCR=135;TR=329;WE=115598618;WS=115598600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr9	115600827	rs41280189	C	T	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=63;PP=2340;SC=CCACATGGAGCGCCTTGGAGG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=122;WE=115600835;WS=115600817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	115600848	rs7023478	T	C	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=2121;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GTGAGCTGGCTGAACCCCTGG;SOR=0.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=122;WE=115600856;WS=115600838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr9	115642201	rs56011620	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=42;PP=1149;SC=CAGGCTTTAGGCAAAATCATA;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=115642209;WS=115642191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	115652881	rs3802491	G	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=54;PP=1633;SC=CCTGGGACGAGGCCACCACGG;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=115652889;WS=115652871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	115811835	rs2274761	G	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=79;PP=2587;SC=AAATGAAGCCGCAGCATTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=115811843;WS=115811825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	115818949	rs2282076	A	T	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.305;SC=CAGAATCTGGACGCCGCTGGA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=44;TCR=115;TR=157;WE=115818957;WS=115818939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr9	115875312	rs62576060	C	T	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=26.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115918144	rs11791765	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=382;SC=AGCTCCCCTCGGAGGAAACTG;SOR=2.531;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=115918152;WS=115918134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	115918220	rs10817447	C	A	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=21;PP=1471;SC=GACTACTATTCTTTACTATCT;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=115918228;WS=115918210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	115918306	rs10121117	G	A	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=56;PP=2400;SC=TAGGGCTGTCGTCTGCAAGCA;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=129;WE=115918314;WS=115918296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	115928275	rs3810908	T	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=11;PP=1516;SC=CACCCTGTGGTTCGCCTAGAC;SOR=2.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=115928283;WS=115928265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	115934022	rs5900041	A	AACCTGGATT	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=2900;SC=TGGCCTCAGGAACCAGGTGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=23;WE=115934030;WS=115934012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	115935663	rs11787959	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=23;PP=1383;SC=GGATCGACAGGACTCAAACAG;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=115935671;WS=115935653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	115938750	rs17762224	T	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=191;SC=ACTATTGTAATTTGTAAAAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=115938758;WS=115938740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	115941046	rs3810912	T	C	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=57;PP=2028;SC=GAGAGACCTGTGCAGTGGCCG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=115941054;WS=115941036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	115950706	rs10435864	A	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=51;PP=2213;SC=GATGGGCCGGATGAAGAGAGG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=115950714;WS=115950696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	115950778	rs10513188	C	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=47;PP=1843;SC=CATCCTGAAACAGGAACAAGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=101;WE=115950786;WS=115950768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	115965339	rs67487726	GA	G	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=52;PP=951;SC=ACGACAGATAGAAAAAAAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=56;WE=115965348;WS=115965328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr9	115968609	rs4281172	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=247;SC=TTTGTTTTAACGCACAATAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=115968617;WS=115968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	115968862	rs45623732	T	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=81;PP=2941;SC=ATTTGTGCTATAAAAGGAAGA;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=145;WE=115968870;WS=115968852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	115969433	rs5900043	T	TAGA	3376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=8;PP=2791;SC=CGAGAAAAAGTAGCTTAACTG;SOR=3.973;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=60;WE=115969441;WS=115969423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	115973685	rs11794592	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=397;SC=GTGATCCACCGGCCTCGGCCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=115973693;WS=115973676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	115985417	rs10981693	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=302;SC=TTATCCTGGATGTTTAAGTAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=115985425;WS=115985407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	115985499	rs4560868	G	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	116022860	rs57266996	T	TAC	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-1.352;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.144;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr9	116028559	rs10124895	C	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=33;PP=1361;SC=TCCCTCTCCCCCTCGTATTAC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=116028567;WS=116028549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	116037894	rs3810919	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=1030;SC=GCGGTGACCCCTCTTGGCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=116037902;WS=116037884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	116038180	rs10116039	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=34;PP=980;SC=CGGGACTCAGCGGTGTCCTAC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=116038188;WS=116038170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	116044998	rs11552582	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	116045088	rs17763934	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=22;PP=718;SC=TCTGCTTTCAATGGTTTGTTT;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=116045096;WS=116045078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	116046780	rs17764013	T	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=40;PP=1167;SC=CTGCTTCTCATGATCACACCA;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=116046788;WS=116046770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	116048755	rs4979231	G	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1097;SC=TCTCTCATGTGCAGTCACACT;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=116048763;WS=116048745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	116048874	rs4979232	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1259;SC=TTCATGTTTTAATAGTTGAAT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=116048882;WS=116048864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	116059733	rs3750535	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=520;SC=GTTTTTTTTTAAAATTGTTCC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=116059741;WS=116059726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	116060124	rs3750534	T	C	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=82;PP=2486;SC=CGTGTAGACTTGAGGCTGGCG;SOR=1.163;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=144;WE=116060132;WS=116060114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	116060221	rs3750533	C	T	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CGGAGCAGGGCGAGCATGGCA;SOR=0.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=145;WE=116060229;WS=116060211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr9	116060487	rs3750532	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=49;PP=1423;SC=ACGGGGAGGCTTCGCGGGAGA;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=116060495;WS=116060477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	116082647	rs41307479	C	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=43;PP=2581;SC=CGTGGCTTCACAGCCTTCTCC;SOR=1.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=131;WE=116082655;WS=116082637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	116091342	rs3810921	T	C	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.860;SC=ACTCCCTCTCTGCTCAGGAAC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=101;TCR=149;TR=249;WE=116091357;WS=116091332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr9	116116483	rs10981762	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=555;SC=GCTCAGGTACATGGACCAAGA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=116116491;WS=116116473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	116116626	rs10981763	C	G	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=60;PP=2664;SC=GTGGTAATTCCTCTTCTTTCC;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=156;WE=116116634;WS=116116616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	116132334	rs3088235	C	T	7150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=143;PP=2965;SC=GCCTCCGGCACAGTGCTCTGT;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=110;TCR=143;TR=253;WE=116132342;WS=116132324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	116136198	rs1043836	C	T	12713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=219;PP=2965;SC=GCCAAGGCCCCCCAGGATGCC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=213;TCR=219;TR=432;WE=116136206;WS=116136188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
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chr9	116183301	rs818714	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=794;SC=TGTGCCACCAGACTCTTTGCT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=29;WE=116183309;WS=116183291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	116187645	rs371732185	GGCA	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.709;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
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chr9	116764883	rs3034072	C	CCT	12964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=153;PP=2989;ReadPosRankSum=0.583;SC=CACCCCCATCCCTCTCTCTCT;SOR=0.977;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=214;TCF=26;TCR=188;TR=178;WE=116764899;WS=116764873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,374:0.96:388
chr9	116765062	rs942286	G	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=548;SC=ACACAGTGCTGGGGTCCAAGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=116765070;WS=116765052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	116769515	rs4979321	C	T	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=37;PP=2965;SC=TTCCTCCCTCCGCTAGCCAGA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=107;TCR=38;TR=144;WE=116769523;WS=116769505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	116770776	rs3748183	C	T	14653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr9	116770785	rs3748182	G	A	14685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	116770918	rs10817552	G	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=66;PP=1879;SC=TAGGGCAGGGGTAGCAGTGGG;SOR=3.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=11;TCR=67;TR=77;WE=116770926;WS=116770908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	116778269	rs4979324	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=22;PP=1102;SC=AAGAGTGGGGACCAGGGCACC;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=116778277;WS=116778259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	116794784	rs2116407	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=727;SC=TCCTGGGGAGATCTGGCTTGA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=116794792;WS=116794774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	116822610	rs2269456	A	G	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.61;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	116822620	rs2269455	G	A	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	116822650	rs2269454	T	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=58;PP=1958;SC=GCTTGCTGAATCATTTATCTC;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=98;WE=116822658;WS=116822640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	116840204	rs2251680	A	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=1;PP=1696;SC=CAGCCAAGAGACCCACGGAAT;SOR=6.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=60;TCR=1;TR=61;WE=116840212;WS=116840194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	116856889	rs1465660	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=480;SC=TCTGCCTGGAAGGGGCACCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=116856897;WS=116856879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	116857656	rs7036734	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=68;PP=2292;SC=ATCACTTGCCTAGGGCCATCA;SOR=1.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=104;WE=116857664;WS=116857646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	116858625	rs6478062	T	G	10357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=193;NR=164;PP=2965;SC=GACCCTTGCTTGGTGGCCCCG;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=193;TCR=164;TR=357;WE=116858633;WS=116858615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr9	116859769	rs3810929	T	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=47;PP=2965;SC=AGTCCACCCATCCCCAGATCT;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=116859777;WS=116859759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	117037820	rs10513241	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=6;PP=1586;SC=GGAACTATCGAGAATCTAGGG;SOR=4.103;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=59;WE=117037828;WS=117037810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	117044458	rs1628968	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=322;SC=GAACCTGGCCATCTGCCTCCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=117044466;WS=117044448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	117044538	rs2636879	G	T	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=40;PP=2739;SC=CTCTTGCTCTGTCCCTCCTCT;SOR=1.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=100;TCR=40;TR=140;WE=117044546;WS=117044528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	117044751	rs2787330	T	C	9211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=199;PP=2965;SC=CCAAGGGCTATCAAGGACAGC;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=122;TCR=199;TR=321;WE=117044759;WS=117044741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	117046170	rs1565502	G	A	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=54;PP=1583;SC=AAGATGTGGGGTCTCACCTGC;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=117046178;WS=117046160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	117050998	rs10982134	G	A	7961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=123;PP=2965;SC=GTGGGTGATCGAGGAGACCGC;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=160;TCR=123;TR=283;WE=117051006;WS=117050988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	117051586	rs72762675	C	G	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=93;PP=2965;SC=GTAAGAGGGCCGGGGGTTCAG;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=127;TCR=93;TR=220;WE=117051594;WS=117051576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	117052738	rs11386651	G	GT	835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=816;SC=ACATCCAGAAGTTCTCTGGGG;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=117052746;WS=117052728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	117052772	rs7018988	C	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=343;SC=CCTCCCCTGGCACCTGGGAGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=117052780;WS=117052762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	117053215	rs1249738	A	G	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=122;PP=2965;SC=ACCTCTTAATACACTTACCCA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=128;TCR=122;TR=249;WE=117053223;WS=117053205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr9	117053273	rs1249737	T	G	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=103;PP=2965;SC=TTCCGACCCTTTGGGCACCCA;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=80;TCR=103;TR=183;WE=117053281;WS=117053263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	117064345	rs1546048	G	A	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=84;PP=2857;SC=TGACTGACCCGCAGTCTTCTT;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=161;WE=117064353;WS=117064335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	117064405	rs10817586	C	G	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=77;PP=2332;SC=TGGAAACCTTCTCTTTTGCCT;SOR=1.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=117064413;WS=117064395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	117066823	rs10817590	C	T	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=31;PP=2673;SC=CCCTGGGGCTCCCACTTGATG;SOR=2.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=90;TCR=31;TR=121;WE=117066831;WS=117066813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	117072656	rs1000744	C	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=293;SC=TGACAGCATTCCTTACAAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=117072664;WS=117072647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	117073006	rs1249756	C	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=61;PP=1778;SC=CTAGGCCTCACGGAGGAGGGA;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=86;WE=117073014;WS=117072996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	117121840	rs2787348	A	C	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=98;PP=2965;SC=TAGGGTGGAAACAAACATTCT;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=133;TCR=98;TR=231;WE=117121848;WS=117121830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	117122202	rs3748177	C	T	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=141;PP=2965;SC=GGTAAACTTGCTCCATCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=145;TCR=143;TR=286;WE=117122210;WS=117122192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	117124519	rs2636901	A	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=2;PP=839;SC=GACTCAAATCACAGCTTTTGA;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=117124527;WS=117124509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	117124731	rs3748176	G	A	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=93;PP=2965;SC=GCCGGCAAGCGGCTGGGCAGG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=183;WE=117124739;WS=117124721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	117127034	rs2787351	C	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=318;SC=AGCATGGAGACGTGGGTGCTG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=117127042;WS=117127024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	117138278	rs4979371	C	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	117150302	rs1886377	C	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=51;PP=1520;SC=CATCGCTCCCCACCTCTCCCC;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=117150310;WS=117150292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	117166246	rs2274159	A	G	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=125;PP=2965;SC=CTTGGTGGACACCGACTGCCT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=152;TCR=125;TR=277;WE=117166254;WS=117166236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	117166338	rs6478078	G	C	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=139;PP=2965;SC=TGTCCGAGAGGTGGGAGAGCG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=128;TCR=139;TR=266;WE=117166346;WS=117166328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	117168551	rs10982200	C	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=1528;SC=AGCTGGTCCCCCCCTTCACTG;SOR=4.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=117168559;WS=117168541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	117169033	rs942519	A	G	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=38;PP=2157;SC=GCAGGAAGGCATGGAGGAAGG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=115;WE=117169041;WS=117169023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	117186677	rs4979387	A	G	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=23;PP=1098;SC=AGACGCTGCCACCACGGTACT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=117186685;WS=117186667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	117188566	rs10817610	C	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=24;PP=1535;SC=GGTGCGGGCACGGGGCAGCCT;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=117188574;WS=117188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	117266337	.	TAA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr9	117554504	.	TAC	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr9	117782836	rs34490502	T	TA	215.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=114;SC=TGCTTTTATTTAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=117782844;WS=117782826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	117783551	.	TA	T	209	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.6582;HP=12;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=14;PP=209;QD=15.3571428571;SC=AACGCCCTGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=117783560;WS=117783541;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,14:0.70:20
chr9	117791617	rs12346540	T	C	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=35;PP=2315;SC=ATTTTAGATATAAACATGCAG;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=111;WE=117791625;WS=117791607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	117792426	rs13286441	G	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=2;PP=1049;SC=CTCACACATGGGGGTGTCAGA;SOR=4.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=117792434;WS=117792425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	117792583	rs13321	C	G	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=TCCAGCGCCTCAGCCTTATCA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=102;TCR=110;TR=212;WE=117792591;WS=117792573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	117797359	rs3215885	A	AT	112.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=79;SC=GTCTCTACTAATTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=117797367;WS=117797349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	117797597	rs12347433	T	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=44;PP=1693;SC=CAGTCAAGTCTCTTGGAGAAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=117797605;WS=117797587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	117803185	rs35141770	A	AAC,AACAC	1793.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22,22;NR=6,6;PP=154,897;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GAAAAATAGTAACACACACAC;SOR=2.584;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=28,28;WE=117803193;WS=117803175;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.73:51
chr9	117804544	rs1061495	T	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=62;PP=2430;SC=CCACTTGGGCTGTGGGTGCCC;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=144;WE=117804552;WS=117804534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	117825604	rs72758647	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=612;SC=TTTACAGCAGGTGTTGAGCAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=117825612;WS=117825594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	117836188	rs2210108	A	G	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=44;PP=1263;SC=AGGCTGCAAGACAGGGCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=117836196;WS=117836178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	117840061	rs2988577	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	117844239	rs2989519	G	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=618;SC=GTAAGAGTTAGGGGAGGTGCC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=117844247;WS=117844229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	117846450	rs1755639	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=947;SC=GTGGGCTGACATCAGGTGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=117846458;WS=117846440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	117846580	rs1061494	T	C	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=112;PP=2965;SC=CTCCAGCTCCTGGATGATGGT;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=175;TCR=115;TR=287;WE=117846588;WS=117846570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr9	117848112	rs1617917	A	T	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=64;PP=2965;SC=CATCATGGCCATTATATGCTG;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=108;TCR=64;TR=172;WE=117848120;WS=117848102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	117848394	rs1757095	T	C	13278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=1.060;SC=ACAGCGACCCTGGCCATGGCA;SOR=0.245;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=479;TCF=251;TCR=228;TR=478;WE=117848402;WS=117848384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,499:1.00:500
chr9	117849314	rs2992147	T	C	14481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=266;PP=2965;SC=AGACTCCATTTACGCACTTGC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=235;TCR=266;TR=500;WE=117849322;WS=117849304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr9	117853022	rs944510	C	T	18054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=335;NR=299;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TTTCCCCATCCACTGTGTGCT;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=637;TCF=337;TCR=300;TR=634;WE=117853030;WS=117853012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,659:1.00:661
chr9	118164375	.	CTT	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=11.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr9	118969686	rs11268296	T	TTATTTAAATAG	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=1876;SC=AGAGGGCCTGTTATCTTTTTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=118969694;WS=118969676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	119106881	rs7020782	C	A	8639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=161;PP=2965;SC=GAGAATGCTTCTCTCAATTGC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=154;TCR=161;TR=315;WE=119106889;WS=119106871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	119158814	rs8456	T	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=77;PP=2919;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TGTCCTGTGATCTACAAGGTG;SOR=0.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=164;WE=119158822;WS=119158804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,177:0.99:178
chr9	119160748	rs8653	T	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.02;QD=25.06;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	119199485	rs7034542	T	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=51;SC=ATAATAATAATAAAAAATACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=119199493;WS=119199475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	119199820	rs7018569	C	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=72;PP=2219;SC=GCGGCCCGGCCGCCTTTCCAG;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=122;WE=119199828;WS=119199810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	119449230	rs11790014	G	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=646;SC=TGGAAAAACAGATTCAGTAAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=119449238;WS=119449220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	119462112	rs3019	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=154;SC=TCTAGAACTTCAGAAGCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=119462120;WS=119462102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	119495697	rs7863560	T	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=32;PP=1527;SC=GTTGGAGGTCTGGAAGGGGCT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=119495705;WS=119495687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	119582872	rs3765537	T	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=939;SC=ATGGGGCACCTGGGCCTTGGG;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=119582880;WS=119582862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	119770480	rs3761845	C	T	7502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=123;PP=2965;SC=AAAGCTTGGCCGGGTTTAACC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=147;TCR=123;TR=270;WE=119770488;WS=119770470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr9	119770551	rs7036098	G	A	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=108;PP=2965;SC=ATGGGTGAACGGAGAGACAGA;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=178;WE=119770559;WS=119770541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	119903807	rs57782747	A	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=57;PP=1646;SC=CACCCTCAGCACCTAGAGCAC;SOR=3.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=69;WE=119903815;WS=119903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	119903827	rs13291457	A	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=1089;SC=CTGGGGCTGAAGTTAGGGCTT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=119903835;WS=119903817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	119977077	rs4543613	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=26;PP=579;SC=AATCGAGGGCTGCAGGGGATT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=119977085;WS=119977067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	120053776	rs7848630	T	C	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=52;PP=1364;SC=AGATGTCCGCTGCTGTGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=120053784;WS=120053766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	120471058	rs2770148	G	A	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=83;PP=2605;SC=TCATTGTCCTGTCATTTCATT;SOR=1.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=123;WE=120471066;WS=120471048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	122257627	rs10984560	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=405;SC=CACAGAAACGCGGGCTACAGC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=122257635;WS=122257617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	123151679	rs4836820	A	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=75;PP=2351;SC=TGCTTTCAAAAACATAGTTTG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=115;WE=123151687;WS=123151669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	123152099	rs2297457	C	G	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=76;PP=2847;SC=ATGATTAGGGCCATGGATATC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=156;WE=123152107;WS=123152089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	123152241	rs2297456	A	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=471;SC=ACCCATCACAAACCCCAGGGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=123152249;WS=123152231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	123156761	rs4410972	G	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=36;PP=1939;SC=AAGTGGTCAGGCATAGCGGCC;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=101;WE=123156769;WS=123156751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	123170733	rs4837768	C	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=42;PP=1511;SC=CTCAACTTCACCTCCTCCTGC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=123170741;WS=123170723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	123280937	rs75029577	C	T	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=52;PP=1477;SC=GAAGAGAAGGCAGAGAAGCAA;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=123280958;WS=123280927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	123280950	rs2095064	T	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1281;SC=AGAAGCAAGATGAGCTAATTT;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=123280958;WS=123280927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	123291036	rs4836822	C	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=35;PP=1871;SC=ATCCTCTCTTCAAAGCTGTTT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=123291044;WS=123291026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	123313246	rs954214	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=571;SC=AGATAGTACATACATTAGTCG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=123313254;WS=123313236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	123330813	rs4837782	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=43;PP=1344;SC=GATTTACTGATTTTGCTCCAG;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=59;WE=123330821;WS=123330803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	123342259	rs932975	C	A	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=127;PP=2965;SC=TCCATCATGGCTACAGAGGTG;SOR=1.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=70;TCR=127;TR=197;WE=123342267;WS=123342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	123342275	rs932974	A	G	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=103;PP=2965;SC=AGGTGGCGACAGCGTTGGTGT;SOR=1.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=52;TCR=103;TR=155;WE=123342283;WS=123342265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	123370345	rs991121	C	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=723;SC=ATTAAAAATGCAAAACAACTA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=123370353;WS=123370335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	123374639	rs2416760	T	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=24;PP=1701;SC=GATTTTTTTTTCCCTCTAAAA;SOR=1.664;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=82;WE=123374647;WS=123374629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	123476542	rs369989873	ACGGCGG	A	8215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.531;NF=55;NR=60;PP=2992;SC=GGCTGAGGCGACGGCGGCGGC;SOR=1.672;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=115;WE=123476558;WS=123476532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr9	123734287	rs3217100	GAAAC	G	9900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=109;PP=2970;SC=AGATAATAGAGAAACAAACCA;SOR=1.079;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=134;TCF=17;TCR=117;TR=126;WE=123734298;WS=123734277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	123737018	rs2269066	C	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=11;PP=1888;SC=TCAATGGTCTCAGCCAATTGT;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=78;WE=123737026;WS=123737008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	123737040	rs2269067	G	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=29;PP=2549;SC=AAATACTACAGAAAGTTCTTC;SOR=2.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=116;WE=123737048;WS=123737030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	123751800	rs3764912	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=296;SC=TAAAAATATTAGTTTAGAATC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=123751808;WS=123751790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	123783934	rs10985126	T	C	7959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=157;PP=2965;SC=TTACTGGGACTCCTCCTACCA;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=119;TCR=159;TR=276;WE=123783942;WS=123783924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr9	123783993	rs10985127	A	G	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=85;PP=2594;SC=AAACAATCCAAATCTATTTCA;SOR=1.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=122;WE=123784001;WS=123783983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	123785545	rs28426093	G	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=748;SC=GTGTCCACCAGGAGGGGCAGG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=123785553;WS=123785535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	123787697	.	T	TACACACACACAC	750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=75.07;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	123792906	rs3815467	G	A	495.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9837;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=751;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AATCATCATCGTCATCATCGT;SOR=2.419;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=20;WE=123792914;WS=123792893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr9	123800218	rs17216529	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=16;PP=538;SC=AACGAATAAACTCTAACTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=123800226;WS=123800208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	123870336	rs112491470	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=423;SC=CTTTGCCCTTGGGTCTAAAAA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=123870344;WS=123870326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	123924546	rs140745627	A	G	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=132;PP=2965;SC=GCACAAACCAAAAGGTGAGAG;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=84;TCR=133;TR=215;WE=123924554;WS=123924536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr9	123929980	.	TA	T	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=707;SC=TGATTTTACATAAAAAAAGCA;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=123929988;WS=123929970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	124048298	rs12683459	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=36;PP=2660;SC=GTGTGTGCCTGTGATGCCTGC;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=89;TCR=36;TR=125;WE=124048306;WS=124048288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	124065516	rs12685309	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=733;SC=AGCCATGTGAGCTTGGACAAA;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=124065524;WS=124065506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	124073176	rs306785	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=625;SC=CCTGGTCTGATCAGGGACTTG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=124073184;WS=124073166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	124074791	rs78498965	T	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=911;SC=CGCAATGGGGTGGCCATGGGG;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=124074799;WS=124074781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	124088768	rs306769	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=23;PP=1004;SC=GTCCCTGACTTGCTCTCCTGT;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=124088776;WS=124088758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	124089173	rs216784	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=675;SC=ACACTTTGCACAGTGGACAGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=124089181;WS=124089163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	124091135	rs306771	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=11;PP=1666;SC=GGGTGATGGCGTCCCTTGGCA;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=70;WE=124091143;WS=124091125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	124218133	rs3747845	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=9;PP=669;SC=GAAGAAAAAACAGCAACATTA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=124218141;WS=124218123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	124222267	rs2289068	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=0;PP=1128;SC=CTAATATGCTAAGGCTCTTTC;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=124222275;WS=124222264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	124519214	rs55835505	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=550;SC=GGGCACGGCCAGGGCAGATGG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=124519222;WS=124519204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	124895467	rs12380610	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=572;SC=CAGGTCCCTCCGATCCCAGAT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=124895475;WS=124895457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	124895500	rs10985546	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=12;PP=305;SC=ACCATTCTTGATTTCTGCTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=124895508;WS=124895490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	124906723	rs3818638	T	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1193;SC=TAACCATCAATGCGCCTCCTG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=124906731;WS=124906713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	124910582	rs3793616	C	A	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=136;PP=2965;SC=GGGTTAGGGGCATCTCTTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=95;TCR=137;TR=231;WE=124910590;WS=124910572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	124914613	rs4679	C	T	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=122;PP=2965;SC=AGAGCATAAACTCCTTGTTGG;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=92;TCR=122;TR=214;WE=124914621;WS=124914603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	124976475	rs62574050	C	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=998;SC=CCGGGTCCGGCCCGAGGGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=124976483;WS=124976465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	124990773	rs113188211	C	CG	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=54;PP=2113;SC=CGACCCCCCCCCCCCGCTCGC;SOR=1.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=57;WE=124990781;WS=124990763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	125084620	rs181321386	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=1;PP=575;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGCGA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=125084628;WS=125084610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	125084641	.	CA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=2.293;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	125133479	rs1236913	T	C	9366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=170;PP=2965;SC=TCTCTTGCTCTGGTTCTTGCT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=332;TCF=162;TCR=170;TR=332;WE=125133487;WS=125133469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr9	125140696	rs2282169	G	C	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.95;NF=120;NR=83;PP=2965;SC=CTGAGTGACTGCCATTGCCCC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=120;TCR=83;TR=203;WE=125140704;WS=125140686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	125141239	rs12555242	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=969;SC=TTACAGGAGGTGCTCAGTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=125141247;WS=125141229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	125144145	rs1238420	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=344;SC=GGGAGTGGGAAGCTTGTGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=125144153;WS=125144135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	125145743	rs3842798	T	C	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=41;PP=2861;SC=TGGGCAGCTGTGGGTGACCCC;SOR=1.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=102;TCR=41;TR=142;WE=125145751;WS=125145733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	125148632	rs6478565	A	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=1020;SC=AGAGACCAAAAGCAAGCACCT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=125148640;WS=125148622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	125239253	rs1962091	T	C	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1326;SC=TCCCAAAGTGTTGAGATTACA;SOR=2.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=56;WE=125239261;WS=125239243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	125377087	rs972925	A	G	9627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CCAGAAGAGCAAATCCCACTC;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=196;TCR=141;TR=336;WE=125377095;WS=125377077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr9	125377505	rs1329957	A	G	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=135;PP=2965;SC=CCTTTCTCATAGGCCAACTAA;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=157;TCR=135;TR=292;WE=125377513;WS=125377495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	125378014	rs7470572	T	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=86;PP=2630;SC=AATAATGTTGTGCCTCACAGA;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=128;WE=125378022;WS=125377989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	125390874	rs1556189	A	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=1000;SC=GTCTACCTTCACCCATTCAAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=125390882;WS=125390864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	125391026	rs1476858	A	C	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=89;PP=2965;SC=GGAAGTAGACACAAATGATGG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=207;WE=125391034;WS=125391016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	125391369	rs1536929	A	G	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=49;PP=2420;SC=CACCCAGCTCAAGGCTAGTAA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=125391377;WS=125391359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	125391409	rs1536928	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=57;PP=2965;SC=TTCATTACCAAAGCATAGTGC;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=125391417;WS=125391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	125391770	rs11421222	C	CA	4572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=71;PP=2409;SC=ACCCAAGGAGCAAAAAAACCG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=12;TCR=83;TR=81;WE=125391778;WS=125391760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	125391917	rs1329951	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=304;SC=TTACGTTACTAAAGATCGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=125391925;WS=125391907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	125391940	rs7037571	C	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=269;SC=GACCTAGATTCGAACTTGACC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=125391948;WS=125391930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	125486968	rs2215530	G	A	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=137;PP=2965;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=87;TCR=137;TR=224;WE=125486976;WS=125486958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	125512193	rs10760252	C	A	13158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=223;NR=232;PP=2965;SC=TTCCAACCCTCAGCTGCAGAA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=457;TCF=224;TCR=233;TR=455;WE=125512201;WS=125512183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr9	125512575	rs4838012	G	A	16042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=260;NR=327;PP=2965;SC=TTGGGTTCTTGCAGCATCTCC;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=587;TCF=260;TCR=327;TR=587;WE=125512583;WS=125512565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr9	125512770	rs10985760	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.01;QD=29.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	125512788	rs10818740	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.39;QD=46.35;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	125512795	rs10818741	G	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.56;QD=38.97;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	125512826	rs28670025	G	A	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=36;PP=1408;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=125512834;WS=125512816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	125620105	rs5900549	C	CA	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=652;SC=CAAACCACTGCAAATATCCAA;SOR=3.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=125620113;WS=125620095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	125637471	rs2596699	A	T	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=37;PP=2634;SC=TTCTCTAGGCACTTCAAGTGG;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=129;WE=125637479;WS=125637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	125637648	rs2596698	T	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=70;PP=2178;SC=GGGGTTACACTTATGTAAGAT;SOR=2.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=97;WE=125637656;WS=125637638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	125655308	.	TA	T	96.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.366;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr9	125659520	rs2793005	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=16;PP=1468;SC=ATAGTGATTATTTTTGCACCA;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=125659528;WS=125659510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	125673051	rs1147321	T	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=19;PP=1335;SC=TAATACAAACTTTATATAACA;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=125673059;WS=125673041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	125747038	rs614274	G	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GAAGGTTATTGTTTTTAATAT;SOR=0.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=76;WE=125747046;WS=125747027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr9	125759861	rs138316961	TTTTC	T	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.30;QD=41.68;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	125760863	rs587364	T	C	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=46;PP=2397;SC=AGCCTCTCTCTTTCTTTGTTT;SOR=1.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=125760871;WS=125760853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	125761051	rs605546	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=36;PP=1009;SC=AACAGGTACTGTATTTTTCTA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=125761059;WS=125761041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	125797918	rs61634863	CGTGTGTGTGTGT	C,CGT	480.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.535;NF=0,0;NR=17,17;PP=174,523;ReadPosRankSum=1.514;SC=ACGGGGTTCCCGTGTGTGTGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=17,17;WE=125797939;WS=125797908;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.56:16
chr9	125832879	rs803733	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=417;SC=GGAGGAGATATATGATGAGAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=125832887;WS=125832869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	125836046	rs181131591	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1145;SC=AGCATTGGTAATTGCCTTAGC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=125836054;WS=125836036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	125861695	rs700080	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=366;SC=GCTTCCACTATGGAATTTATG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=125861703;WS=125861685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	125861888	rs700081	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=562;SC=TGGCTGTATAAACAGGTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=125861896;WS=125861878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	125920376	rs803736	G	A	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=74;PP=2265;SC=TGTAAATCTGGCCAAAGGCTG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=125920384;WS=125920366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	125920807	rs142605162	GA	G	895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=4.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	125922854	rs11437080	C	CA	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=399;SC=ATCAGGCAAACAAAAAAATCA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=125922862;WS=125922844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	125932152	rs147443012	C	CAT	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CAAATATATACATATATATAT;SOR=0.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=9;WE=125932160;WS=125932142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr9	126118517	rs72433015	AGCAGAGC	A	4743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=28;PP=2976;SC=ACAGCAGCCGAGCAGAGCGCA;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=60;WE=126118531;WS=126118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	126125318	rs2808415	C	A	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=152;PP=2965;SC=CCAGATCCCACCGGCTTCCGC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=142;TCR=152;TR=294;WE=126125326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	126131110	rs2488603	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=667;SC=GAGCTCTGCCTCCTCCCCACT;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=126131118;WS=126131100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	126133547	rs2488602	T	C	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=146;PP=2965;SC=CGGGCTGAGGTGCCGGGCAGT;SOR=0.975;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=118;TCR=146;TR=264;WE=126133555;WS=126133537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	126135715	rs2488601	A	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=25;PP=1534;SC=CCCGGCGGCCACCACCTCGCG;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=126135723;WS=126135705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr9	126136247	rs2488599	A	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=29;PP=992;SC=CCCTGGGGCTATGGTGGGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=126136255;WS=126136237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	126136462	rs114763962	T	C	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=146;SC=GGTTCATCCCTATTGGTGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=126136470;WS=126136452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	126144746	rs2491348	T	C	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=CCAGGGAGTTTCCGAGCAGGG;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	126144758	rs2808409	T	C	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=76;PP=2965;SC=CGAGCAGGGCTGAGGGCTTCT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=181;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	126145907	rs2797946	C	A	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=27;PP=1721;SC=GGCCCCCGGCCGATACCCTCC;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=126145915;WS=126145897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	126146197	rs2808411	C	G	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=133;PP=2965;SC=TGCGGCCTGTCGGGGACAGAG;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=98;TCR=133;TR=231;WE=126146205;WS=126146187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	126164703	rs199742716	A	AT	1826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=777;ReadPosRankSum=0.773;SC=GCTCGAAATCATTTTTTTTCC;SOR=1.236;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=49;WE=126164711;WS=126164693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr9	126202551	rs10739633	A	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr9	126531755	rs1778890	T	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=592;SC=GGTTTATTGATACTTTTTTTC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=126531763;WS=126531745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	126555072	rs7861905	G	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=33;PP=854;SC=ACTCGGCAAGGCACTCCCATT;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=126555080;WS=126555062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	126641091	rs670028	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=480;SC=GGATAATGTGAGCATGAATAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=126641099;WS=126641082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	127101924	rs10760354	C	T	12257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=242;PP=2965;SC=CATCTGGTCCCTGGGCTGTCT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=446;TCF=204;TCR=242;TR=446;WE=127101932;WS=127101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr9	127118932	rs117300833	G	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=445;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGGAACACTGGATGTACTTAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=18;WE=127118940;WS=127118922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr9	127177736	rs2236386	G	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=124;PP=2965;SC=GGTCGGAGGCGGGTGCAAACA;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=86;TCR=124;TR=210;WE=127177744;WS=127177726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	127215344	rs7861556	A	G	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=38;PP=1975;SC=CTGGTGTTCGACGAGAGGACG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=127215352;WS=127215334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	127215772	rs72616654	C	G	7316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	127215778	rs67997410	C	T	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	127220952	rs12347840	T	C	9165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=145;PP=2965;SC=GGGACGTCACTGGAGAGGTCA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=172;TCR=146;TR=317;WE=127220960;WS=127220942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr9	127228596	rs4838184	A	G	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=51;PP=2449;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGCCACCACAGGCTGCTCCG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=147;WE=127228604;WS=127228586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr9	127228824	rs4838185	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=51;PP=1246;SC=CAGGGCTGCATGCAGTAGTTC;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=127228832;WS=127228814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	127245412	rs7037254	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=55;PP=1566;SC=ATTGCTGCCACCAACCATGCA;SOR=5.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=127245420;WS=127245402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	127572710	rs7020260	C	G	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTGTGCTCCCCGGAGAGGGGC;SOR=2.050;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=42;TCR=114;TR=154;WE=127572718;WS=127572700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr9	127618776	rs2274970	A	G	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=62;PP=2965;SC=TCCACCGTACACATCTGGGAC;SOR=1.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=165;WE=127618784;WS=127618766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	127618839	rs10760381	C	G	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=114;PP=2965;SC=GGACACAGTGCCAACATCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=241;WE=127618847;WS=127618829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr9	127619553	rs10819000	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=684;SC=GAAGACTCATCTCATATTTTG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=127619561;WS=127619543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	127619625	rs35041146	G	GC	2824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.237;NF=34;NR=25;PP=1940;ReadPosRankSum=0.423;SC=TTCCTGACATGCCCCCCTCCT;SOR=1.103;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=59;WE=127619633;WS=127619615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,95:0.97:98
chr9	127619922	rs944952	T	C	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=134;PP=2965;SC=CCAACCACCTTAGATGGTGCC;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=82;TCR=135;TR=216;WE=127619930;WS=127619912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	127620480	rs10593927	CAT	C	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=1073;SC=GCAGGCCACACATGTCACTAA;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=127620489;WS=127620470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	127637215	rs581558	T	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=641;SC=GGCGGTGCCTTCGCAGCTCTG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=127637223;WS=127637205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	127643946	rs2304957	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=6;PP=910;SC=GGTGACCACAAGGGCGTCAAA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=127643954;WS=127643936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	127644882	rs596231	G	A	8955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=169;PP=2965;SC=AAAGCCAATCGTTAGATGCAT;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=143;TCR=169;TR=311;WE=127644890;WS=127644872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	127661521	rs750884	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	127661526	rs750883	A	C	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.50;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	127674200	rs583134	A	C	8055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=133;PP=2965;SC=AGTTCTTGCAAGTGTTCTTCT;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=162;TCR=133;TR=295;WE=127674208;WS=127674190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	127733926	rs2289631	C	T	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=53;PP=2965;SC=TTCTGTTAAACGTGCAGTTAG;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=148;WE=127733934;WS=127733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	127757310	rs6478690	C	T	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=107;PP=2965;SC=AAAACAACAACGAAGAACTGT;SOR=1.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=47;TCR=108;TR=154;WE=127757318;WS=127757300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	127765978	rs4837005	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=829;SC=TTCTCTAATATTTCGTTACAG;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=127765986;WS=127765968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	127781259	rs1017530	G	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=1106;SC=AGAACTTAACGAATGGCCAAG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=127781267;WS=127781249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	127975583	rs359588	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=1173;SC=ATGACCCTCCTCAAGTGTGCC;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=127975591;WS=127975573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	127982775	rs35811664	CT	C	12589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=113;PP=2966;SC=TCAGAAGCCCCTCTACCTGGA;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=209;WE=127982783;WS=127982765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	128069955	rs41306461	C	T	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=51;PP=2965;SC=AGCTAATGTTCTTTGCTTTTG;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=101;TCR=51;TR=152;WE=128069963;WS=128069945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	128074807	rs432757	T	C	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=96;PP=2965;SC=AAGAAACCATTCAGGAGGTGC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=212;WE=128074815;WS=128074797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	128201098	rs7864593	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=18;PP=1388;SC=CACCGGGTGGACTCTAGGGCA;SOR=1.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=69;WE=128201106;WS=128201088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	128206717	rs907501	C	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=37;PP=2965;SC=GGCCATGCCGCAAACAGCCTG;SOR=2.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=104;TCR=37;TR=141;WE=128206725;WS=128206707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	128327891	rs545320	A	C	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	128711809	rs13298715	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=969;SC=TATACTGTGTATATATATATA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=44;WE=128711817;WS=128711799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	128724304	rs888230	A	C	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=50;PP=2965;SC=ACTTTTTCTCATCTCCCTGCC;SOR=1.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=150;WE=128724312;WS=128724294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	129097817	rs1230752	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=36;PP=1017;SC=CCTTGCTTGCGATTTGCCAGC;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=129097825;WS=129097807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	129143242	rs917778	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=611;SC=GGAGATCCCAAGCTGGTGTTA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=129143250;WS=129143232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	129143315	rs917777	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=38;PP=1809;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCTTACCTGCAATCCTTTTCT;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=102;WE=129143323;WS=129143305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr9	129158002	rs722538	G	A	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=47;PP=1328;SC=GGTGTCTTGCGTTGTCCTGTG;SOR=3.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=129158010;WS=129157992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	129184309	rs887659	G	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=101;PP=2818;SC=CTGTCTTCTCGTGGGATCTGT;SOR=4.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=11;TCR=101;TR=112;WE=129184317;WS=129184299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	129453229	rs2277158	A	G	10408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=183;PP=2965;SC=GCGTGTGTGAACGGCAGCTAC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=186;TCR=184;TR=369;WE=129453237;WS=129453219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr9	129455587	rs13295990	G	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1454;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGGTCTCGTCGAAGCCTTGCC;SOR=0.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=84;WE=129455595;WS=129455577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr9	129595895	rs3118994	T	C	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=103;PP=2965;SC=TCTCAGCCACTGACAAGCTGT;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=206;WE=129595903;WS=129595885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	129728012	rs10819257	T	A	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=22;PP=1549;SC=AGAAGCCATTTTTTATTGTAC;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=129728020;WS=129728002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	129728336	rs480796	G	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=936;SC=TATATGCCCAGCAAGAGGGGA;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=129728344;WS=129728326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	129740101	rs10819259	G	T	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=99;PP=2965;SC=CTGTTAGAGTGTCTCAGTTTC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=190;WE=129740109;WS=129740091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr9	129831659	rs1281158	T	A	6257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=133;PP=2965;SC=TTGGCTTATTTTTTTTTAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=99;TCR=133;TR=232;WE=129831667;WS=129831649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	129928600	rs946430	A	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=477;SC=ATTTTAATATATCGAGCATCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=129928608;WS=129928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	129961152	rs875382	C	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=821;SC=AGCAAAAACTCGAGTACGTTG;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=129961160;WS=129961142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	130075672	rs2779714	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=11;PP=1696;SC=CCATCTGTGGCTGGCAGGATC;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=74;WE=130075680;WS=130075662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	130116826	rs4837144	G	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=76;SC=CACAAAAATAGCATCACTGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=130116834;WS=130116816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	130164818	rs3802367	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=10;PP=958;SC=GCCAGCCTCCTCCACCCACCC;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=130164826;WS=130164808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	130164993	rs1138739	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=49;PP=1670;SC=TGTGGGGCTCCGAGCAGGGCT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=130165001;WS=130164983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	130165995	rs1138740	C	T	10476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=151;PP=2965;SC=TCATCATCGGCGTCTCCCTGA;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=226;TCR=151;TR=377;WE=130166003;WS=130165985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr9	130166382	rs10819287	CG	GT	10546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=87;PP=2947;ReadPosRankSum=0.435;SC=CCCCGCCATGCGGGGGAGGGC;SOR=0.295;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=121;TCR=91;TR=205;WE=130166391;WS=130166372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr9	130191186	rs13292096	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=39;PP=1480;SC=GGTCTCCTCACAGCTGGGCCC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=130191194;WS=130191176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	130197414	rs4504745	A	G	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=TGCACAGGAAAGGTGGAGGTG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=221;WE=130197422;WS=130197404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	130198100	rs7853047	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=973;SC=TGAACAGTCCAACTGGCCTAC;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=130198108;WS=130198090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	130198342	rs4500179	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=49;PP=1486;SC=TTTAAATCACGCATGAGTGTA;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=130198350;WS=130198332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	130206669	rs2298182	C	T	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=114;PP=2965;SC=GGAAGGCCTTCAGCCAGAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=243;WE=130206677;WS=130206659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr9	130210111	rs1139400	T	C	14491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.02;NF=257;NR=284;PP=2965;SC=ATACACTGGGTGGCCCCCCTT;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=541;TCF=257;TCR=284;TR=541;WE=130210119;WS=130210101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
chr9	130210946	rs2247573	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=534;SC=CAAATCTGACATGGCAGAAAC;SOR=4.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=130210954;WS=130210936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	130212876	rs2247322	T	A	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=69;PP=2965;SC=ACCTAGTACTTGTTCAGTGGC;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=120;TCR=70;TR=189;WE=130212884;WS=130212866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	130213422	rs4837153	T	C	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=42;PP=1839;SC=AGGCTGAGGCTTGGCCGGGGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=130213430;WS=130213412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	130213508	rs2244624	A	G	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	130219669	rs2243906	C	T	10858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=231;PP=2965;SC=TGGCAACCATCAAGGTACTGG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=167;TCR=232;TR=398;WE=130219677;WS=130219659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr9	130219743	rs2243903	T	C	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=94;PP=2866;SC=CGCCTGCTCCTTTTGGGCTGC;SOR=3.106;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=20;TCR=96;TR=114;WE=130219751;WS=130219733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	130221388	rs2243767	T	C	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=139;PP=2965;SC=TCGGATGGCCTTAGTGAGACC;SOR=1.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=75;TCR=139;TR=214;WE=130221396;WS=130221378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	130241374	rs56957982	G	GCA	3125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=38;PP=2089;SC=CCTCTTACACGCAGTCTGCTG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=42;WE=130241382;WS=130241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	130241822	rs1539569	T	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=48;PP=1411;SC=CCTGGCTGCATCCCCCAGCCA;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=61;WE=130241830;WS=130241812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	130242166	rs1539567	A	G	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=164;NR=101;PP=2965;SC=GCGCCACCTCAACGCAGAGCG;SOR=1.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=164;TCR=101;TR=265;WE=130242174;WS=130242156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr9	130243620	rs10819297	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=15;PP=375;SC=CAACCCCCGCCGCCCAGGTCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=130243628;WS=130243610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	130251615	rs10987668	C	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=27;PP=1693;SC=TCAGAAAAAACCCATCCATTA;SOR=1.561;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=88;WE=130251623;WS=130251605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	130251835	rs68012879	CAG	C	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=49;PP=2705;SC=CCTGCTCTCTCAGAGACTTGC;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=56;WE=130251844;WS=130251825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr9	130259656	rs3802358	G	A	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=87;PP=2965;SC=GGCTCCAGCCGTATGTGTGGG;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=164;WE=130259664;WS=130259646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	130265014	rs10987671	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=21;PP=1236;SC=TCCTGGAACCCGGTAGGGCCA;SOR=1.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=58;WE=130265022;WS=130265004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	130269786	rs2245051	A	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=51;PP=1513;SC=CTGCTCAAAGAAGACCCGTCT;SOR=1.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=70;WE=130269794;WS=130269776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	130270683	rs2277194	G	C	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=2.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr9	130272417	rs11788951	G	A	8844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=118;PP=2965;SC=GGGCGGTGCCGGCCTCACCTC;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=199;TCR=118;TR=317;WE=130272425;WS=130272407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr9	130286150	rs2251409	A	G	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=76;PP=2220;SC=CCTGATGAGCAGCTGCCCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=130286158;WS=130286140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	130289615	rs2243558	C	G	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=103;NR=139;PP=2965;SC=TGGGCAGGAGCGGGTGGGGAG;SOR=1.031;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=103;TCR=140;TR=242;WE=130289623;WS=130289605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	130331257	rs151147273	CCCGCTCCCG	C	1594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=24;PP=2987;SC=CCCTGCTTCCCCCGCTCCCGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=24;WE=130331273;WS=130331247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	130341095	rs4240419	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=9;PP=1430;SC=ATGATCATTCCGCTGCACTCC;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=130341103;WS=130341085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	130341253	rs4240420	A	G	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=112;PP=2965;SC=AGGGACCGGAACTGGCCCAGT;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=191;WE=130341261;WS=130341243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	130423271	rs372510099	CA	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.415;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr9	130489169	rs148412578	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=31;PP=2418;SC=AAATCTGGCTGTGCAGGGTCA;SOR=1.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=109;WE=130489177;WS=130489159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	130494957	rs538066	T	C	10071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=176;PP=2965;SC=TTGATCTGCTTGCCACCCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=189;TCR=176;TR=365;WE=130494965;WS=130494947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr9	130505413	.	A	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=600;SC=TGCCTTTCTCAGCGAGCCTCA;SOR=4.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=130505421;WS=130505403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	130524817	rs3962613	C	T	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=136;PP=2965;SC=GCCAAAAACCCTGTGGTCCTT;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=50;TCR=136;TR=186;WE=130524825;WS=130524807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	130529290	.	T	A	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=84;PP=2965;SC=ACACCAGCCATGGGGCCTGTG;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=153;WE=130529298;WS=130529280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	130536717	rs10760500	G	A	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=182;PP=2965;SC=AGGTTGGAGAGACTCCCAAAG;SOR=1.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=113;TCR=183;TR=295;WE=130536725;WS=130536707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr9	130548589	rs11403971	G	GC	1729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=1166;SC=GGATGCCCGGGCCCCCCCCGA;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=48;WE=130548597;WS=130548579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	130550044	rs3217740	C	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=54;PP=1752;SC=GGTGCTTCCTCGGGGCCTGCC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=73;WE=130550052;WS=130550034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	130565267	rs10760502	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=9;PP=359;SC=TGCGCGCGGCATAACGACCCA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=130565275;WS=130565257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	130572123	rs7027767	A	G	74.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	130578404	rs10760503	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=390;SC=GTGCTGGCCCATGTGGGCTTT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=130578412;WS=130578394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	130579599	rs1330684	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=63;PP=1819;SC=CCATCTCCACCGCTTCGTAGC;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=76;WE=130579607;WS=130579589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	130605348	rs7847860	C	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=15;PP=1292;SC=TGAGCCCCCACCCGACCCTGC;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=130605356;WS=130605338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	130630233	rs4226	G	T	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=24;PP=1746;SC=GGAGGACCTCGAATCAGGACG;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=130630241;WS=130630223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	130630639	rs913986	A	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=46;PP=2116;SC=AGGCGATGACAGGTTCTGTGG;SOR=1.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=130630647;WS=130630629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	130634944	rs743537	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=20;PP=1640;SC=ATCCCCTGCCTCTCACCCCAC;SOR=2.043;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=77;WE=130634952;WS=130634934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	130635540	rs2767398	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=74;NR=26;PP=2374;SC=GTCAGGGAAGAGAGGGTGCTC;SOR=2.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=100;WE=130635548;WS=130635530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	130648680	rs913983	G	A	7887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=105;PP=2965;SC=CTGATTAACCGCATAGACTCC;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=180;TCR=106;TR=285;WE=130648688;WS=130648670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr9	130649111	rs4837202	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=45;PP=1305;SC=GGTGAGCGCTGGCAGGGTCCT;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=130649119;WS=130649101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	130657020	rs5900777	GC	G	3132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=79;PP=2969;SC=CAGGCTCAGCGCCCCCACCTC;SOR=3.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=5;TCR=85;TR=84;WE=130657028;WS=130657010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	130670652	rs1043012	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=762;SC=CGGCATGGCGACTGGCAGGAC;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=130670660;WS=130670642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	130670903	rs10760511	C	A	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=99;PP=2901;SC=AGAACCCACTCGCCTCCGGCC;SOR=1.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=42;TCR=99;TR=141;WE=130670911;WS=130670893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	130672106	rs7026378	A	G	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=13;PP=1811;SC=TATCTGTGCTATGGTCACCCA;SOR=2.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=78;WE=130672114;WS=130672096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	130672221	rs10739700	C	T	12502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=249;NR=197;PP=2965;SC=CCGGCCTGGCCGGTCTGACCT;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=448;TCF=251;TCR=197;TR=446;WE=130672229;WS=130672211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr9	130690412	rs10760515	G	C	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=89;PP=2620;SC=CGGGGCCCAGGGCAGCCTGAT;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=171;WE=130690420;WS=130690402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	130698029	rs7997	G	C	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=74;PP=2965;SC=CACTCTCTTGGTCTTCAGCAT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=203;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	130698043	rs6781	A	G	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.485;SC=TCAGCATCACATAGGAGATGA;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=142;TCR=98;TR=238;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr9	130699917	rs2274424	G	A	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=47;PP=2850;SC=AGATGGTAGAGGGCTGACTAG;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=127;WE=130699925;WS=130699907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	130700251	rs6478802	T	C	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=38;PP=1125;SC=CGCCTCCTCTTCTTTGCATAT;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=130700259;WS=130700241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	130707081	rs2274426	A	G	9136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=147;PP=2965;SC=CATCTGTGAAATCCTGGCTCT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=163;TCR=147;TR=310;WE=130707089;WS=130707071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr9	130710726	rs4837212	A	G	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTATGCCCTGACCACCCACAG;SOR=1.544;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=71;TCR=134;TR=203;WE=130710734;WS=130710716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr9	130710791	rs4837213	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=66;PP=1565;SC=CAGAAGGGCTTGGATTCCAAT;SOR=4.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=70;WE=130710799;WS=130710781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	130715922	rs2417062	A	G	8217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=159;PP=2965;SC=AGTTGACTGCAGAATCCCAGG;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=138;TCR=159;TR=297;WE=130715930;WS=130715912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr9	130829039	rs1539350	A	G	7009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GGCCACCGCCACCACTGCCAC;SOR=0.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=256;WE=130829047;WS=130829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr9	130854127	rs10739712	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=3;PP=556;SC=AGTCGCCATCAGAGGCGTTTG;SOR=3.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=130854135;WS=130854117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	130860866	rs947624	T	C	7451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=102;PP=2965;SC=TGTGCCTGTATGTGCCGGTCA;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=165;TCR=102;TR=266;WE=130860874;WS=130860856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr9	130861039	rs947623	A	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=106;PP=2965;SC=GGAGAGGCGCATTCAACCGGT;SOR=1.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=48;TCR=106;TR=154;WE=130861047;WS=130861029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	130864676	rs7859709	T	C	10501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=2.289;SC=CGATGACCATTGACTGGAACG;SOR=0.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=214;TCR=173;TR=384;WE=130864684;WS=130864666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr9	130868312	rs7864867	G	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=31;PP=1647;SC=GGCTCACCACGAGTTCCTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=130868320;WS=130868302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	130868831	rs1418420	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=907;SC=TTTAGAAACCTCCTCCCAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=130868839;WS=130868821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130869499	rs4837239	A	T	7843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=135;PP=2965;SC=GGTCGGGGGGAGCGGACAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=152;TCR=135;TR=286;WE=130869507;WS=130869489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr9	130883511	rs2040004	C	T	6851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=87;PP=2965;SC=GGTCATCGAACGCATCCAGCC;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=150;TCR=88;TR=237;WE=130883519;WS=130883501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr9	130886906	rs4837241	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=57;PP=1744;SC=TTAACAAGACACTCTGGGCAT;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=130886914;WS=130886896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	130889571	rs4837242	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=0;PP=1380;SC=TTTTACACAAAAGAATACAGA;SOR=6.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=47;TCR=0;TR=47;WE=130889579;WS=130889561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	130889600	rs4837243	C	T	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=15;PP=2194;SC=AGACTTCAGACCAAGTCACTC;SOR=3.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=80;TCR=15;TR=95;WE=130889608;WS=130889590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	130889705	rs4837244	G	A	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=140;PP=2965;SC=TCCCCGGCCGGGCCAGGCCTT;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=128;TCR=141;TR=268;WE=130889713;WS=130889695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr9	130890449	rs11283643	A	AGGTGCGCGGC	11816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=52;PP=2900;SC=ACCCGGCACCAGGTGTTGCGG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=128;WE=130890457;WS=130890439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	130914170	rs11794980	C	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=27;PP=1643;SC=GACCCCTCACCGTCCACGCCT;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=130914178;WS=130914160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	130914434	rs2232629	A	G	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=61;PP=2845;SC=GGTGTCTGCCAGCCACTCACT;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=141;WE=130914442;WS=130914424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	130922952	rs1539351	G	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=73;PP=2376;SC=CCCCGTGAGAGCTGCAGGTCA;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=115;WE=130922960;WS=130922942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	130932396	rs144699223	AAC	A	10574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=117;PP=2967;SC=CCTGAATGACAACAGTCAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=21;TCR=122;TR=137;WE=130932405;WS=130932386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	130940121	rs4075428	G	A	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=59;PP=1665;SC=ATCTGCCAACGTTGTCTCATC;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=130940129;WS=130940111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	130940822	rs3892074	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=61;PP=2002;SC=CAAGAGCTGCCTTCTCCGTCC;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=77;WE=130940830;WS=130940812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	130942972	rs45585631	T	C	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=18;PP=1762;SC=CATGTCCCTCTGAAGGGCCAG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=130942980;WS=130942962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	130981064	rs3003602	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=598;SC=TGGCCACGCACCTCTGCGTGC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=130981072;WS=130981054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	130982416	rs3003606	C	T	11416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=221;NR=178;PP=2965;SC=CCACCCTTCCCCTCCTCTTGA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=221;TCR=179;TR=399;WE=130982424;WS=130982406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr9	130984430	rs3003608	C	A	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=50;PP=2883;SC=CCCTTCCTGGCCCTGTGACCA;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=156;WE=130984438;WS=130984420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	130984755	rs3003609	C	T	13464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TCCAGCAGTTCGCCGTAGACT;SOR=0.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=479;TCF=247;TCR=232;TR=478;WE=130984763;WS=130984745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,496:1.00:497
chr9	130988616	rs3003612	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=955;SC=CACTCATGACCCCTCCAGGCC;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=130988624;WS=130988606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	130994179	rs3003578	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=450;SC=GCTCCAGGGGCTGTGTCCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=130994187;WS=130994169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131015279	rs2267958	G	A	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=21;PP=1211;SC=CTCACAGCATGTGTGTGCACG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=131015287;WS=131015269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	131038324	rs146186513	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1235;SC=GAGCCAGAGGAGGCGTAACCA;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=131038332;WS=131038314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	131085373	rs3003601	G	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=121;PP=2965;SC=CTGCAGAAAGGGCTGTTGGCC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=203;WE=131085381;WS=131085363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	131218213	rs10819384	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=586;SC=GGCGAGACCCGGCCAGGCCCG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=131218221;WS=131218203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	131222541	rs6478832	A	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=66;PP=1996;SC=CAGCCCTAAGAACCCTGGGGC;SOR=1.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=93;WE=131222549;WS=131222531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	131235321	rs4512487	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=62;PP=1861;SC=AGCTGAAAACAGTAGGTGGCA;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=90;WE=131235329;WS=131235311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	131250084	rs372216616	AC	A	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.05;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr9	131250086	rs148902913	AC	A	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.12;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr9	131255236	rs62584804	C	T	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=100;PP=2832;SC=TCCACTCTACCCTGTGCCTCT;SOR=2.933;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=22;TCR=106;TR=122;WE=131255244;WS=131255226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	131287352	rs10988014	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=946;SC=AGTATCAATTCGTTGAATGTG;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=131287360;WS=131287342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	131300143	rs7048583	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=810;SC=CTGCCCTGTGGCAGGTGCTAG;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=131300151;WS=131300133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	131331320	rs2152833	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=500;SC=AGAAGTTACCCGAATCCTGCC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=131331328;WS=131331310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	131337389	rs2297768	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=845;SC=AACATGGCTCCGTCCCTAATG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=131337397;WS=131337379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	131337661	rs2297769	A	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=27;PP=938;SC=TCACAACATTATTATGTTAAC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=131337669;WS=131337651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	131340306	rs4837280	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=669;SC=ATTTGAGAACATAGAATTCAG;SOR=2.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=131340314;WS=131340296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	131340639	rs1890103	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=890;SC=TCACAGGTGTTTCTCATCATG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=131340647;WS=131340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	131344607	rs5900808	GA	G	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=583;SC=AAAGTTATGAGAAAAAATGTC;SOR=4.003;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=131344615;WS=131344601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131346218	rs10760566	A	C	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=133;PP=2965;SC=AGAAACATGCACTGCTAGAGG;SOR=1.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=98;TCR=133;TR=231;WE=131346226;WS=131346208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr9	131346479	rs4240431	A	G	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=77;PP=2965;SC=TCAGGAATGGAAAAAAGACCT;SOR=1.466;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=152;TCR=79;TR=229;WE=131346487;WS=131346469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	131347165	rs4836615	G	A	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=2.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	131347169	rs4837284	C	T	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.20;SOR=2.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	131350112	rs4837286	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=723;SC=CAGAGTTTAAAATAAGATTTA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=131350120;WS=131350102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	131360750	rs2227864	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=33;PP=1466;SC=CTGAAGGTCTCATGGCAGAGG;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=131360758;WS=131360740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	131374165	rs7024498	C	G	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=103;PP=2965;SC=AGGAAGATGACCACCGTCACT;SOR=3.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=14;TCR=103;TR=117;WE=131374173;WS=131374155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	131375701	rs1415568	A	G	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=65;PP=2227;SC=GCAAAGACCTAGCTTCTGTGA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=131375709;WS=131375691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	131379967	rs2227862	C	T	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=71;NR=69;PP=2749;SC=GGGACCTAACCGGCGTGCAGA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=131379975;WS=131379957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	131380149	rs3750332	C	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=18;PP=952;SC=GTTCATGACCCCTCAGTCCAA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=51;WE=131380157;WS=131380139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	131380994	rs4837290	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=293;SC=GATCTCCTGATCTCGTGATCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=131381002;WS=131380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	131388643	rs3737308	C	T	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=13;PP=1906;SC=CTGGCGACTCCGCCAACTCAG;SOR=2.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=69;TCR=13;TR=82;WE=131388651;WS=131388633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	131389060	rs10694437	C	CAA	1918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=36;PP=1805;SC=CACGACAAGACGAGCAGGATG;SOR=4.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=36;WE=131389068;WS=131389050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131392522	rs41308912	C	T	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=84;PP=2851;SC=AGGCATTGCTCTCTCTGAGAG;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=157;WE=131392530;WS=131392512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	131392553	rs7866175	G	A	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=73;PP=2550;SC=CTGAGCTCTCGGCCAGCTGGG;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=131392561;WS=131392543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	131397479	rs4837291	G	A	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=112;PP=2965;SC=CCTTCCCGTCGGTGGCCACAC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=243;WE=131397487;WS=131397469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr9	131398343	rs947182	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=5;PP=315;SC=CACAGCCCCCTGTCCTGGCCC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=131398351;WS=131398333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	131398636	rs10760570	C	T	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=CGGCCGACGGCTGCTGGGGAC;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=169;WE=131398644;WS=131398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	131403096	rs2298045	A	G	9781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TGGGTATGTCATACTGGGACG;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=149;TCR=212;TR=358;WE=131403104;WS=131403086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,367:0.99:369
chr9	131418828	rs4837292	A	C	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=45;PP=2121;SC=ACCGTCTCCCAGCGGATGCCC;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=129;WE=131418836;WS=131418818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	131452121	.	C	CG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=237;SC=GCCTGGGTGGCCCGCGCCGCG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=131452129;WS=131452111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	131452126	.	GCC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131452137	.	C	CG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=900;SC=CCGCGGCGGCCGCGCTGCGAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=131452145;WS=131452127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131453331	rs4837293	G	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=15;PP=712;SC=TGGAACGCTTGCCTTTGTACT;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=131453339;WS=131453321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	131455760	rs10739728	C	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=5;PP=1584;SC=CTACCTGCTGCACAGTTTTAT;SOR=4.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=65;WE=131455768;WS=131455750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	131455903	rs4836618	C	T	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=134;PP=2965;SC=AAAGCTCTTCCGGTATTCATT;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=244;WE=131455911;WS=131455893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	131456385	rs10637043	G	GTA	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.666;NF=7;NR=34;PP=1554;ReadPosRankSum=0.043;SC=ATTTTGGGGTGTATATATATA;SOR=0.600;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=41;WE=131456394;WS=131456375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr9	131465167	rs1572915	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=34;PP=1275;SC=TGGCTGAGAGAAGGGCCCCAA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=131465175;WS=131465157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	131465284	rs3750321	G	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=510;SC=TCGCCCCGGAGCCCCGAACCG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=131465292;WS=131465274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	131468251	rs1572916	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=75;PP=2480;SC=GAGACACCATTCCAGCCTGCA;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=135;WE=131468259;WS=131468241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	131475951	rs4837297	T	C	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=120;PP=2965;SC=TCTGACTTGGTGGGACCCTGG;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=48;TCR=120;TR=168;WE=131475959;WS=131475941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	131477544	rs7854055	G	A	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=72;PP=2965;SC=GGTATGGGACGGGATTGGGGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=154;WE=131477552;WS=131477534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	131479023	rs10739729	T	C	8506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=194;NR=98;PP=2965;SC=CTCTCTCCTGTAGCCTGTACT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=195;TCR=98;TR=292;WE=131479031;WS=131479013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr9	131482467	rs3750325	T	C	7832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=170;NR=115;PP=2965;SC=AGTGAGCGCCTGTCCTATTGC;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=171;TCR=116;TR=285;WE=131482475;WS=131482457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	131483749	rs2900268	T	A	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=55;PP=2328;SC=CCGCAACCACTGACCCCAGGG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=131483757;WS=131483739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	131497832	rs3750329	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=848;SC=GGCAGGATGCCAGGGAGAAGG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=131497840;WS=131497822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131502112	rs2298044	A	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=597;SC=GACCAGAAGGAAGGTGGGAGC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=131502120;WS=131502111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	131502440	rs3818931	G	C	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=93;PP=2965;SC=CACTCCCCCAGTTTCTCTTCA;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=155;WE=131502448;WS=131502430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	131502460	rs7027146	G	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=70;PP=2032;SC=AGATACCAGCGGCAGGACCCC;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=131502468;WS=131502450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	131505092	rs10739731	A	C	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=68;PP=2199;SC=TCTAGGAACTATCTAGAGGTA;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=131505100;WS=131505082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	131513370	rs13284665	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=5;PP=638;SC=GGGGAGGGACAGGAGGCCAAG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=131513378;WS=131513360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	131550722	rs1891076	C	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=49;PP=1648;SC=GGTTTCCCTACAGCAGCCCTG;SOR=1.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=131550730;WS=131550712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	131553768	rs10760577	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=92;PP=2965;SC=TGCATGTGACAGAGCCAGTAC;SOR=1.369;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=58;TCR=92;TR=150;WE=131553776;WS=131553758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	131565554	rs1572912	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=43;PP=2028;SC=AAGAACTCTGTGCCATCATCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=117;WE=131565562;WS=131565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	131570183	rs7862546	C	G	7872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=124;NR=158;PP=2965;SC=GCCCATGTTCCGGAGAGAAGC;SOR=1.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=124;TCR=158;TR=282;WE=131570191;WS=131570173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	131570274	rs3750323	C	T	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=44;PP=1235;SC=AGGATCGGCCCGAGACCCAGG;SOR=6.273;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=131570282;WS=131570264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	131585205	rs2997919	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=160;SC=GCCCGAGACCTGGCCCACTGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=131585213;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	131585994	rs2997918	T	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=29;PP=1774;SC=AAGGCCCCAGTGGCTGGCAGT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=95;WE=131586013;WS=131585984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	131586374	rs7033070	G	A	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=47;PP=2678;SC=GCTGGGCAGAGGCCACATCTG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=141;WE=131586382;WS=131586364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	131586558	.	GGT	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.286;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr9	131588652	rs2997914	T	C	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=81;PP=2965;SC=GGCGGGCCCATACAGCGTTAC;SOR=1.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=164;TCR=81;TR=245;WE=131588660;WS=131588642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	131588813	rs6478853	C	G	11135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=227;PP=2965;SC=GGAGTGACCCCCTTACTGTGG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=171;TCR=227;TR=398;WE=131588821;WS=131588803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr9	131588888	rs6478854	G	C	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=114;PP=2965;SC=CCCAACTCCTGTGAATTCCCC;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=86;TCR=114;TR=200;WE=131588896;WS=131588878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr9	131589234	rs2977991	C	G	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=13;PP=2916;SC=GTGGACGGGGCCATGGTGAAG;SOR=3.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=101;TCR=13;TR=114;WE=131589242;WS=131589224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	131591894	rs112086410	G	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=3;PP=1113;SC=ACCTTCGGGGGCTTCCGGCCT;SOR=5.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=131591902;WS=131591884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	131592193	rs2997906	T	C	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=167;PP=2965;SC=GCTGCAGGGGTACGCGGGCTG;SOR=1.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=68;TCR=167;TR=235;WE=131592201;WS=131592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	131609015	rs138304702	C	T	6058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.099;SC=AGAATCCCTTCAGCAGCAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=226;WE=131609023;WS=131609005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr9	131670457	rs3750320	T	C	19769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=340;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TCTGCATGTATACACTGTGGT;SOR=0.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=341;WE=131670465;WS=131670447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,705:1.00:706
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chr9	131699847	rs12686860	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=435;SC=TTGTTGGGCAGGGGTGGGGGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=131699864;WS=131699837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	131700209	rs10113912	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=362;SC=CATTCCTTCCCCTGATAGTGG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=131700217;WS=131700199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr9	131715001	rs371313511	CA	C	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr9	131735559	rs17452428	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=28;PP=874;SC=AAGCTGTCTCTACTGCCCAGC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=131735567;WS=131735549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	131743701	.	CT	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.219;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr9	131745548	rs719703	T	C	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=104;PP=2965;SC=CTTTATTGAGTATAGTGTATT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=148;TCR=104;TR=251;WE=131745556;WS=131745538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	131761437	rs2004632	A	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=33;PP=2185;SC=TGGCCCACCCAGTATTCTTTC;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=118;WE=131761445;WS=131761427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	131761659	rs2302813	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1738;SC=ACAGCCAGGCAGGGCTTCCTT;SOR=2.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=131761667;WS=131761649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	131761899	rs2302811	A	G	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=97;PP=2965;SC=TGTCTATTCTACAGTAAGTGA;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=168;TCR=99;TR=264;WE=131761907;WS=131761889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	131764969	rs12683155	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=8;PP=1380;SC=TGGTGGCCAGACAGTGGCTGT;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=131764977;WS=131764959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	131765987	rs10739740	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=819;SC=AAGAATACACTTGGGGCCGGG;SOR=2.073;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=131765995;WS=131765977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	131767668	rs2287363	A	C	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.873;SC=CCTCCTCCTCAAAGCAGCCCG;SOR=0.311;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=113;TCR=98;TR=209;WE=131767676;WS=131767658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr9	131771505	rs1129098	C	T	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=75;PP=2961;SC=AGGCCTCCCCCGGAGGGGCCA;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=150;WE=131771513;WS=131771495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	131772389	rs3750340	T	G	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=103;PP=2965;SC=GGGTGGGCAGTGGGACTCACG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=218;WE=131772397;WS=131772379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	131790531	rs11537529	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=843;SC=TGCTGCGGGGCACCAGCCCTC;SOR=3.383;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=131790539;WS=131790521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	131848382	rs7859344	T	A	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=30;PP=2347;SC=TGTGTCTGACTGGCTCTCACA;SOR=2.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=85;TCR=31;TR=114;WE=131848390;WS=131848372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	131860901	rs3118635	G	T	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=226;PP=2965;SC=AGGGGCACCAGGGGAGACCGC;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=174;TCR=226;TR=400;WE=131860909;WS=131860891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr9	131862073	rs3118638	G	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=51;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TTCTCTATAAGCTGGTCTATC;SOR=1.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=119;TCR=52;TR=168;WE=131862081;WS=131862063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr9	131862730	rs10819462	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=0;PP=1144;SC=CAGGAAGTCCCGAGGCTGCAG;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=131862738;WS=131862720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	131862781	rs10988204	G	A	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.12;NF=77;NR=9;PP=2194;SC=AAGCCCTGCCGGGCCTCACCT;SOR=3.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=77;TCR=9;TR=86;WE=131862789;WS=131862771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	131863079	rs7866897	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=1028;SC=CATTTGTACCTCTCTGGGATG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=131863087;WS=131863069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131871144	rs2768629	A	G	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=83;PP=2837;SC=CTACAAAGTGAGTGAGCAGAA;SOR=1.060;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=131871152;WS=131871134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	131871249	rs2541163	A	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=895;SC=GCTGTGGTGGAATCGGGGGTT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=131871257;WS=131871239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	131871435	rs2541162	A	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=65;PP=2965;SC=GGGAGTCAGGACAAAAGGTAA;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=108;TCR=65;TR=173;WE=131871443;WS=131871425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	131872585	.	T	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=4;PP=758;SC=ATCCCGCTTCTGACCTTGCGC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=131872593;WS=131872575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	131873222	rs3814492	G	A	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=963;ReadPosRankSum=1.170;SC=AGGGCCGAGGGCGAGTCATTG;SOR=2.996;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=45;WE=131873230;WS=131873212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr9	131873638	rs3124501	T	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=719;SC=CGTCGCCCGGTTCCGCGCGTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=131873646;WS=131873635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr9	131891152	rs7023900	C	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=661;SC=GGGGAGAGTTCCCAGTAGGGG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=131891160;WS=131891142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	131897221	rs7019373	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=420;SC=GAGGGGCCATCTGTTTCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=131897229;WS=131897211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	131898880	rs1536548	A	G	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=94;PP=2942;SC=GATAGGTACTAGAGCGGGAGG;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=34;TCR=94;TR=128;WE=131898888;WS=131898870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	131899846	rs3118631	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=34;PP=1849;SC=TGGTTCTGAATGCTGGGGCCC;SOR=1.490;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=131899854;WS=131899836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	131900180	rs2297112	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=536;SC=TTCTCCTTCAGTTTCTCCTGA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=131900188;WS=131900170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	131904617	rs57365080	T	TTG	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.583;NF=19;NR=2;PP=822;ReadPosRankSum=2.211;SC=GCGTGTGCGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.788;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=21;WE=131904625;WS=131904607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr9	131905814	rs913272	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=14;PP=306;SC=CGGGGAAGGGTGCCAGAGGCC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=131905822;WS=131905804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131909781	rs41276758	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=48;PP=1425;SC=GCCACAGTTCCTGTGCCTGCC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=131909789;WS=131909771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	132084885	rs913771	A	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=72;PP=2094;SC=GGGTGAGGGAAGCAGAGAGAA;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=98;WE=132084893;WS=132084875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	132381749	rs4240434	G	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=29;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAGAAGGAAAGAAATGCCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=88;WE=132381757;WS=132381738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr9	132382253	rs7467760	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=804;SC=ATCCTTCTAGCCTGGGTGGTG;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=132382261;WS=132382243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	132396281	rs10819551	G	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=65;PP=2965;SC=AGGAAGGGCCGCACGTGCGGT;SOR=1.389;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=118;TCR=66;TR=183;WE=132396289;WS=132396271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	132396655	rs1558873	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=54;PP=1541;SC=ATAAGGTGTCAGGACCAGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=78;WE=132396663;WS=132396645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	132400480	rs3739851	G	A	12407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=205;NR=222;PP=2965;SC=AGTTGTAGGCGGCTCCGGACT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=205;TCR=222;TR=427;WE=132400488;WS=132400470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr9	132401824	rs2302780	G	A	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=59;PP=1785;SC=GGTCCTATCTGTCCGCATTCT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=132401832;WS=132401814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	132402908	rs2241247	C	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=79;PP=2965;SC=GGGCGTTGCTCACGCCTTCCT;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=125;TCR=79;TR=204;WE=132402916;WS=132402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	132404304	rs4837396	C	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=76;PP=2267;SC=GCAGCAGGGCCGTCGCGCTTT;SOR=1.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=107;WE=132404312;WS=132404294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	132572629	rs1220509	T	G	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr9	132580901	rs1801968	C	G	8611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=160;PP=2965;SC=AAAGCCACATCTGTGATCCTT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=140;TCR=160;TR=300;WE=132580909;WS=132580891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr9	132615077	rs2296786	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=593;SC=GGCCGCCTTCCGGAGGCTCTG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=132615085;WS=132615067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	132618578	rs4836674	T	C	7510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=105;PP=2965;SC=TCCTCTCAACTCACACAGGGA;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=159;TCR=105;TR=264;WE=132618586;WS=132618568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr9	132618807	rs7862315	G	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=52;PP=1516;SC=CAAAGTCAGCGAATCCTGGGC;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=132618815;WS=132618797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	132620224	rs2417150	A	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=54;PP=2965;SC=TGTGGCCCCTATTCAGGAGAG;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=117;TCR=54;TR=171;WE=132620232;WS=132620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	132620364	rs10819568	T	C	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.941;SC=GAGAATCCTTTGCTGACCACA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=101;TCR=123;TR=220;WE=132620372;WS=132620342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr9	132620458	rs10819569	C	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	132620464	rs10760638	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	132620620	rs2174156	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=833;SC=AAGCAAAATTTGAGCTTCCGG;SOR=5.353;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=132620628;WS=132620610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	132620707	rs2134601	T	C	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=51;PP=2965;SC=CTTGTTAGGCTAGAGTGCCCT;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=102;TCR=51;TR=153;WE=132620715;WS=132620690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	132620990	rs2174157	T	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=889;SC=GGTGTCTGTTTCTGGGTCAGT;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=132620998;WS=132620980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	132623293	rs1503375	C	T	9059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=169;PP=2965;SC=AGTCAGAGGACGATGACCTGA;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=153;TCR=169;TR=322;WE=132623301;WS=132623283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr9	132623868	rs10115249	T	C	8221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=169;PP=2965;SC=ACATGAACGCTGCCCTGCAGG;SOR=1.132;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=125;TCR=170;TR=294;WE=132623876;WS=132623858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr9	132623917	rs10124224	C	A	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=97;PP=2965;SC=GTCCGAGGGCCGAGAGCTGTC;SOR=1.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=48;TCR=97;TR=145;WE=132623925;WS=132623907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	132625417	rs4837419	CA	TG	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=427;SC=TAAACTGCCGCATGCCTCATT;SOR=2.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=21;WE=132625426;WS=132625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	132625602	rs2900279	T	C	6861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=128;PP=2965;SC=TCCCTAGCCTTGGGCGGTGTG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=260;WE=132625610;WS=132625592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr9	132625717	rs736056	G	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=55;PP=1480;SC=CTTGCAGCAAGCCTGCGGGGT;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=70;WE=132625725;WS=132625707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	132627480	rs913319	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=17;PP=1847;SC=TGTCAGGAAACGCCACACTCT;SOR=2.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=86;WE=132627488;WS=132627470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	132627723	rs913320	G	A	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=103;PP=2823;SC=TGACTTTGACGCCAAAACCAG;SOR=2.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=26;TCR=103;TR=129;WE=132627733;WS=132627713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	132630231	rs913325	A	G	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=23;PP=2189;SC=GGCGCTGGAGACTGGTTCCTC;SOR=2.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=97;WE=132630239;WS=132630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	132630664	rs10602985	TGAC	T	9359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=107;PP=2967;SC=TGGCTGCCCTTGACGACCAGC;SOR=1.168;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=17;TCR=119;TR=123;WE=132630681;WS=132630654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	132631680	rs6478920	T	C	9599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TTCTCAGCCTTGTGCAGTGTC;SOR=0.250;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=179;TCR=172;TR=350;WE=132631688;WS=132631670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr9	132632162	rs5900871	G	GC	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=772;SC=CATGGGCTGGGCCTGTCCTGG;SOR=3.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=19;WE=132632170;WS=132632152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	132635653	rs1809959	A	G	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=73;PP=2965;SC=ATGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=142;TCR=73;TR=215;WE=132635661;WS=132635643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	132635944	rs2296787	C	G	7863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.290;SC=GCCCTGATGCCGGACACTGAT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=144;TCR=142;TR=283;WE=132635952;WS=132635932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr9	132636031	rs4332226	A	G	11307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.00;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr9	132636031	.	AGT	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=108;NR=122;PP=2947;QD=20;SC=GAGGTGAGCCAGTGGCCTCGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=239;TCF=109;TCR=130;TR=230;WE=132636041;WS=132636021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,230:0.96:239
chr9	132636033	rs4415421	T	C	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.71;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,252:0.99:255
chr9	132652677	rs60841376	G	GGA	490.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=305;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GGAGCATGCTGGAGAGAGAGA;SOR=1.292;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=132652685;WS=132652667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr9	132658044	rs2047837	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=1;PP=674;SC=GTAACAGTCATGGTTGTGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=31;WE=132658052;WS=132658034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	132662786	rs1023000	C	T	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=73;PP=2331;SC=CGCCTGCTCGCTGCGTGCTGG;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=126;WE=132662794;WS=132662776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	132671359	rs3215850	T	TG	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=519;SC=CCTGCAGCCATGGGGGGTGCA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=132671367;WS=132671349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	132672319	rs7855720	G	A	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=84;PP=2965;SC=TCCCTTTTCAGAAGCAGCTGC;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=217;WE=132672327;WS=132672309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	132678195	rs7867211	G	A	7502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=108;PP=2965;SC=TAAAAGACACGCCAGAAAACC;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=159;TCR=108;TR=267;WE=132678203;WS=132678185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	132681619	rs1054874	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=280;SC=CAAAATCTTTCGGTCAACTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=132681627;WS=132681609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	132686186	rs4836680	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	132689671	rs4837429	A	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=84;PP=2529;SC=ATTATTAAACAAAGTTGTTTT;SOR=2.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=104;WE=132689679;WS=132689661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	132720720	rs11394970	G	GA	2628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.694;HP=18;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.233;NF=30;NR=16;PP=954;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.291;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=46;WE=132720728;WS=132720710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr9	132816398	rs5900882	T	TC	7282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=94;PP=2966;SC=CCGAGGCCACTCCCCGGGTTT;SOR=0.844;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=26;TCR=107;TR=118;WE=132816406;WS=132816388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	132841808	rs6478942	G	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=301;SC=TGTAGAACATGATAAGGACTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=132841816;WS=132841798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	132845723	rs7855078	T	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=849;SC=GTCCCCAAGATTATTTTGTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=132845731;WS=132845713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	132845986	rs10819597	T	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=85;PP=2104;SC=CATACATGCATGCACAGACAC;SOR=2.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=115;WE=132845994;WS=132845976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	132848653	rs11399718	C	CT	1756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=1476;SC=AATTAGCATGCTTCTATGCCG;SOR=2.348;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=36;WE=132848661;WS=132848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	132862830	rs10081664	AA	TC	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=14;PP=2799;SC=TAATTTCCCAAATGGGTCCAA;SOR=2.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=60;WE=132862839;WS=132862820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	132863035	rs2277196	G	C	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=46;PP=1124;SC=CAAGACAAGGGGGGTGGGCAA;SOR=1.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=132863043;WS=132863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	132866883	rs7868997	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1184;SC=TCAAGCCCAATAGCTGAACTG;SOR=4.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=132866891;WS=132866873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	132866906	rs887536	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=726;SC=CATTCCCAAACTGATCTCAGT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=132866914;WS=132866896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	132872686	rs4837460	A	G	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=120;PP=2965;SC=GAGCGAATCTAAGAGCAGGAA;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=174;TCR=121;TR=294;WE=132872694;WS=132872676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr9	132891113	rs2286794	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	132891113	.	GGT	AGC	823	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=27;PP=823;QD=26.5596325716;SC=GTGTGAATCGGGTCGGCTGCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=33;WE=132891123;WS=132891103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr9	132891115	rs7853219	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	132903680	rs140581154	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=442;SC=GGCAGGAGAATTGCTTGAACC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=132903688;WS=132903670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	132903717	rs138131801	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=837;SC=GCAGTGAACCAAGATCCTACC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=132903725;WS=132903707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	132903767	.	TAAAAAAA	T,TA	2849.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;QD=38.51;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,57:0.23,0.77:74
chr9	132904115	rs148362732	G	A	12756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=230;NR=220;PP=2965;SC=TGGGGGGCCTGAGAGTCGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=450;TCF=230;TCR=220;TR=450;WE=132904123;WS=132904105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr9	132904231	rs140416234	A	G	12501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=243;PP=2965;SC=TTCAGCTGGCAACACGGACAA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=206;TCR=243;TR=449;WE=132904239;WS=132904221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr9	132904267	rs142735237	C	T	9697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=203;PP=2965;SC=ACAGCTCTTACGGGACAGAAG;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=144;TCR=203;TR=347;WE=132904275;WS=132904257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr9	132962801	rs7037407	A	T	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=26;PP=2108;SC=AGCTCCCCCCACCCCCCCACA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=104;WE=132962809;WS=132962791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	132962816	rs7022964	T	C	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=95;NR=41;PP=2464;SC=CCCACATAGGTGGGGCAGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=136;WE=132962824;WS=132962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	132963115	rs887534	T	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=25;PP=1460;SC=GAGCAGGCCGTTGCCCGGGGA;SOR=0.960;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=58;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	132963129	rs887535	G	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=20;PP=1459;SC=CCGGGGACATGGCCGTGGGGA;SOR=1.647;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=65;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	132963350	rs4837482	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=45;PP=1344;SC=GTCCAGCTGCTCAGGATGGGG;SOR=1.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=132963358;WS=132963340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	132980035	rs2277198	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=350;SC=CCTGGGCCCCGGGCAGGCGAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=132980043;WS=132980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	132985111	rs3829905	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=881;SC=GCCATGCTCCTGCCCAGGGTG;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=132985119;WS=132985101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	132985258	rs68053432	GC	G	788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=4;PP=789;SC=GAAGAGGGGGGCGGCCCTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=17;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	132985262	rs112503385	C	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=4;PP=475;SC=AGGGGGGCGGCCCTCATCTGG;SOR=3.500;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=23;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	133048501	rs6478957	G	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=50;PP=2373;SC=TGTGGCGACCGCACCCATCCT;SOR=1.092;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=124;WE=133048509;WS=133048491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	133057105	rs34014907	C	T	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=63;PP=2899;SC=GGGCACCTGCCGGCATCAGCT;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=153;WE=133057113;WS=133057095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	133058082	rs10739777	G	A	8300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=151;PP=2965;SC=GAGAAAGGTCGACTAGCTTTA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=283;WE=133058090;WS=133058072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	133058181	rs12348163	G	A	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=59;PP=1685;SC=TGATGTGGTCGTATCAATAGA;SOR=3.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=69;WE=133058189;WS=133058171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	133058197	rs7045548	C	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=47;PP=1382;SC=ATAGAAGTAACGGGTCAAGGA;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=52;WE=133058205;WS=133058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	133058892	rs34511011	G	A	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=30;PP=2031;SC=GTCACCTCCTGCCCTAAGCTG;SOR=1.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=133058900;WS=133058882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	133069946	rs28435140	A	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=506;SC=GGAGAGCTGGAAGGTTCTGCT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=133069954;WS=133069936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	133231452	rs58522320	G	GC	1805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=17;PP=1365;SC=AGGTTGACACGCCCCCCTCCC;SOR=1.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=41;WE=133231460;WS=133231442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	133235901	rs61748916	C	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=70;PP=2699;SC=CCGCATTGAGCAAGCCCAGCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=143;WE=133235909;WS=133235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	133235927	rs61748897	C	T	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=75;PP=2722;SC=ATGCTGGGAGCTACCGCTGTG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=146;WE=133235935;WS=133235917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	133260316	rs7858563	T	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=81;PP=2402;SC=CCCGCACAGATCAGCTCTGAG;SOR=2.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=20;TCR=81;TR=101;WE=133260324;WS=133260306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	133260353	rs11244109	G	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=41;PP=1175;SC=ACGGGCCCCAGGAGCCTGGCT;SOR=4.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=133260361;WS=133260343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	133263923	rs7849839	T	C	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=152;PP=2965;SC=ACAGGATGCCTGTGGGTGAGC;SOR=1.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=67;TCR=153;TR=219;WE=133263931;WS=133263913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	133264059	rs35750041	GC	G	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=260;ReadPosRankSum=0.789;SC=GTGCCGTGTTGCCCCCCCCCC;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=17;WE=133264067;WS=133264049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr9	133270740	rs6597641	T	C	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=83;PP=2544;SC=TGCAGGTGGGTGCCAGGCAGG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=154;WE=133270748;WS=133270730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	133280580	rs1475732	C	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=809;SC=CGGGTACAGACAGCCAGAACT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=133280588;WS=133280570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	133281691	rs11244201	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=25;PP=833;SC=GGTCTTCCAACGTGGCCCTAT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=133281699;WS=133281681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	133283255	rs10736862	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=689;SC=CTGAAGTCCAAGTTCTACTTC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=133283263;WS=133283245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	133284310	rs10793975	G	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=59;PP=1698;SC=CTGACCATCCGCAGGACTGAG;SOR=3.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=133284318;WS=133284300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	133305103	rs6597679	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=50;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGGCCACACCGCTGCAGCTGC;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=55;WE=133305111;WS=133305093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr9	133307984	rs2282217	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=48;PP=1224;SC=TCAGGAAAAGCACATTTTTCA;SOR=5.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=51;WE=133307992;WS=133307974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	133309014	rs7860727	T	C	15816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=302;NR=262;PP=2965;ReadPosRankSum=0.061;SC=TCACCGTGCGTGCTGCGGCAC;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=571;TCF=306;TCR=265;TR=564;WE=133309022;WS=133309004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,593:0.99:599
chr9	133324502	rs10123082	A	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=513;SC=CAGATCGCTTAAGTCCAGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=133324510;WS=133324492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	133325472	rs4740158	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=713;SC=GGCTTCCACATATTTCCTGAA;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=133325480;WS=133325462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	133327439	rs1760275	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=39;PP=1135;SC=AGGTCAGGGTTCCCGGGGGTG;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=133327447;WS=133327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	133346920	rs652313	A	G	9636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=152;NR=197;PP=2965;SC=CCCAAACCCCATCTCCTCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=152;TCR=198;TR=349;WE=133346928;WS=133346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr9	133346983	rs641510	A	G	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=106;PP=2965;SC=TGATGTATTTATAGCCTAATT;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=52;TCR=106;TR=158;WE=133346991;WS=133346973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	133347080	rs486889	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=567;SC=TCTGCCCACCGTCTCCTCGCT;SOR=4.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=133347088;WS=133347070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	133488447	rs2304812	G	A	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=1614;SC=TATCAATTTTGTAGAAATCAG;SOR=1.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=133488455;WS=133488437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	133498017	rs35428077	CA	C	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.514;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr9	133498229	.	TA	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.270;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr9	133501996	rs11333376	AG	A	2129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=50;PP=2063;SC=TTGCTGCTGCAGGCTGGGGCT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=50;WE=133502004;WS=133501986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	133505952	rs2304810	C	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=602;SC=GCCAAGTGCCCCAGAGCCTCA;SOR=2.049;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=133505960;WS=133505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	133710722	rs11433465	G	GC	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=952;SC=GGTGAGGGCGGCTGGCGGGGC;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=133710730;WS=133710712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	133710740	rs11433464	G	GC	1345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=5.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	133710804	rs7866590	T	C	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=40;PP=2614;SC=GGGAGAGGGGTTCCGGCCCCC;SOR=1.538;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=132;WE=133710812;WS=133710794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	133710819	rs11433463	T	TC	8723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=54;PP=2957;SC=GCCCCCGACGTGCTGGCGCGG;SOR=1.325;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=133710827;WS=133710809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	133901819	rs2275137	CC	AG	15669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=187;PP=2947;SC=TACGGCCGGCCCGAGGGCCAG;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=123;TCR=193;TR=305;WE=133901828;WS=133901809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr9	133907645	rs149260930	TG	T	202.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	133911598	rs2275132	A	G	7524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=109;PP=2965;SC=CCGACGTGGCAGGCCAGTTGG;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=162;TCR=110;TR=271;WE=133911606;WS=133911588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr9	133911821	rs2275130	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=53;PP=1458;SC=CTCCTGGGTACGCCCCGGGGG;SOR=4.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=59;WE=133911829;WS=133911811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	133914321	rs45603838	C	T	12460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=172;PP=2965;SC=CAGGCCACGGCGGGCGCTGTC;SOR=1.169;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=441;TCF=268;TCR=173;TR=440;WE=133914329;WS=133914311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr9	133924451	rs869457	C	T	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=48;PP=2499;SC=CTCTGAGCACCCCCCACAATG;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=125;WE=133924459;WS=133924441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	133927878	rs10901333	A	G	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=81;PP=2965;SC=TTGTCTTCAGAGAAGTTCCTG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=188;WE=133927886;WS=133927868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	133928345	rs12349966	C	T	7987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=153;PP=2965;SC=CCGGCCCCAGCCCTGCCGGTC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=134;TCR=153;TR=286;WE=133928353;WS=133928335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	133936381	rs3824398	G	A	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=45;PP=2794;SC=CCATCTCTGGGCATTCTGGGT;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=98;TCR=45;TR=143;WE=133936389;WS=133936371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	133936571	rs3739510	C	G	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=106;PP=2965;SC=CCCAGAGAGCCGGGAGGTGGT;SOR=1.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=57;TCR=106;TR=163;WE=133936579;WS=133936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	133942624	rs3765569	A	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=59;PP=1798;SC=CCAGGGTGGCACATGGTGGGC;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=133942632;WS=133942614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	133944522	rs2275142	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	133944525	rs2275141	A	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	133948049	rs2275140	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=8;PP=581;SC=GCAGATGATGAGCCTCGAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=32;WE=133948057;WS=133948039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	133962930	rs7024108	C	T	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=139;PP=2965;SC=ACCAGCCAGACGCAAGCCACG;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=110;TCR=139;TR=249;WE=133962938;WS=133962920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr9	133963058	rs6597675	C	A	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=115;PP=2965;SC=CCTGGCAGCCCGGGTGGGGAC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=138;TCR=116;TR=252;WE=133963066;WS=133963048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr9	133967295	rs710074	C	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.280;NF=14;NR=57;PP=1499;ReadPosRankSum=1.660;SC=TGTGAACTCGCCCCCGTGTGG;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=71;WE=133967303;WS=133967285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr9	133967310	rs10696088	T	TCA	2174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=2246;SC=GTGTGGATAGTCACTCCCTGC;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=46;WE=133967318;WS=133967300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	133972014	.	G	A	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=45;PP=2034;SC=CCCCGCGCTCGCCATGTCGGG;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=114;WE=133972022;WS=133972004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	133986836	rs353528	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=404;SC=CTCCAAGGGGCGACAGGAAGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	133986848	rs353527	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=523;SC=ACAGGAAGCCGGGGTGAACAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	133986980	rs353526	T	G	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=76;PP=2965;SC=TCTCACCTCTTTAGGAGTTTC;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=103;TCR=77;TR=179;WE=133986988;WS=133986970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	133987060	rs353525	G	A	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=81;PP=2729;SC=GGTAAGCTGGGGCGGGCTGCC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=132;WE=133987068;WS=133987050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	133996439	rs2281906	C	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=19;PP=1275;SC=GCTTCGGAGGCAGAAGTGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=133996447;WS=133996429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	133996460	rs111758824	T	TG	3217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.317;NF=33;NR=32;PP=2469;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CCTGGGGTTTTGGGGGAAAGG;SOR=1.374;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=65;WE=133996468;WS=133996450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr9	134003900	rs967174	A	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=65;PP=1818;SC=TGATGTCAACATGAGAACCCT;SOR=2.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=89;WE=134003908;WS=134003890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr9	134010236	rs16922	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=794;SC=CTGTGGGATCTGAGAAAAATT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=134010244;WS=134010226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	134015781	rs2281903	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=208;SC=CTGGTGCACGAAAGGCTGTTC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=134015789;WS=134015771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	134015899	rs2281902	C	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=28;PP=1512;SC=CCCTTAAATTCACTTGGTTTT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=134015907;WS=134015889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	134016121	rs2281901	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=48;PP=1369;SC=CCTGCTTTATCAGTAAGGGAA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=134016129;WS=134016111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	134021630	rs2296710	A	G	9931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=0.991;SC=GCCACCCCACACCTCTCTCAG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=172;TCR=191;TR=360;WE=134021638;WS=134021620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,374:0.99:376
chr9	134025595	rs11244305	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=719;SC=ATTCGTTACAATGAGTGAAGA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=134025603;WS=134025585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	134067795	rs4602942	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=752;SC=AGTTCTTACCGTGGCAGTAAT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=134067803;WS=134067785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	134103759	rs11244329	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=44;PP=1195;SC=CCACACGCCAGCCAAAAAGCA;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=49;WE=134103767;WS=134103749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	134136515	rs352952	A	G	11767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=205;NR=194;PP=2965;SC=CCCGGTAGATATTGGTGAGCT;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=400;TCF=206;TCR=194;TR=399;WE=134136523;WS=134136505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr9	134136677	rs352951	A	G	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=156;PP=2965;SC=AGTTCACCCCATCCGAGTCGC;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=110;TCR=156;TR=266;WE=134136685;WS=134136667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	134166409	rs117026216	C	T	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=70;PP=2965;SC=CTTCCCTGCTCCTTCCCAGGG;SOR=1.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=137;TCR=71;TR=207;WE=134166417;WS=134166399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	134183379	rs2966332	C	T	9864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=152;PP=2965;SC=CCGTACGAGACGAGCCCCAGC;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=188;TCR=152;TR=340;WE=134183387;WS=134183369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr9	134183503	rs2986606	T	C	9767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=150;PP=2965;SC=TGCCCCTGCGTGTGCTGCTGG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=190;TCR=150;TR=340;WE=134183511;WS=134183493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr9	134322324	rs2966340	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1361;SC=ATGAAATGGGGGAGATGGTGG;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=134322332;WS=134322314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	134323240	rs2994064	A	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=624;SC=CAAAGTCCATATGTACTTACC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=134323248;WS=134323230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	134342938	rs10793870	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=13;PP=788;SC=TCTCTGCTGGTATATTCTCTA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=134342946;WS=134342928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	134346315	rs4310250	T	C	14411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=280;NR=268;PP=2965;SC=TGGACCCACGTATCACGCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=549;TCF=280;TCR=269;TR=548;WE=134346323;WS=134346305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr9	134348807	rs4276727	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=967;SC=CAGGGTAACTGTTAACTTCTT;SOR=3.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=43;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	134348818	rs5900941	TG	T	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=37;NR=7;PP=1713;SC=TTAACTTCTTTGGGCCTTTGG;SOR=3.300;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=44;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	134350323	rs10736851	C	G	7871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=158;PP=2965;SC=ACGGGCAGGACCCGGAGGTCG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=102;TCR=158;TR=260;WE=134350331;WS=134350313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	134350458	rs10751478	C	T	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=119;PP=2965;SC=GAGCAGAGCCCCACGGCAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=121;TCR=119;TR=240;WE=134350466;WS=134350448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	134350647	rs10793873	T	C	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=93;PP=2763;SC=GTTCCCCCCATGAAGAGAAAT;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=171;WE=134350655;WS=134350637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	134351065	rs7858488	G	T	9455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=163;PP=2965;SC=CCAACAAGGGGTGCTCTGAGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=167;TCR=163;TR=330;WE=134351073;WS=134351055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr9	134351343	rs11243403	C	T	17158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=318;NR=306;PP=2965;SC=GACAGCCGCGCGGAGGACAAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=627;TCF=318;TCR=309;TR=624;WE=134351351;WS=134351333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr9	134353451	.	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=419;SC=CGGAACAGCTCGGCCAGGCCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=134353459;WS=134353441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	134357121	.	G	T	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=157;PP=2965;SC=AGCTCTCCCTGTGCAGGCCCC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=175;TCR=158;TR=332;WE=134357129;WS=134357111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr9	134358657	rs10901061	G	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=17;PP=1066;SC=TTTTGAGTCGGGGAAACTGCA;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=134358665;WS=134358635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	134359918	rs10751480	G	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=15;PP=973;SC=ACACGGAGCTGTAGGTGCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=134359926;WS=134359908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	134360015	rs10793874	G	T	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=50;PP=2499;SC=GGATGGGTTTGGGCAAAGCCA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=134360023;WS=134360005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	134361318	rs3808829	C	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=26;PP=1855;SC=CGTGTGCTTCCGGCACACAGG;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=134361326;WS=134361308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	134361581	rs10793875	T	A	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=153;PP=2965;SC=TGACAGCAGCTAGCCAGGTGG;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=107;TCR=153;TR=260;WE=134361589;WS=134361571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr9	134361627	rs10901062	G	A	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=90;PP=2515;SC=CCAGTGCAGGGCGGAATTGGC;SOR=2.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=33;TCR=90;TR=123;WE=134361635;WS=134361617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	134382673	rs6597501	C	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=18;PP=1582;SC=AACATGACGGCGCTATGTGAA;SOR=2.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=74;WE=134382681;WS=134382663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	134384277	rs11243404	T	C	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=34;PP=2552;SC=AAAATTGACATGTGTTTCCTC;SOR=2.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=97;TCR=34;TR=131;WE=134384285;WS=134384267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	134384500	rs11999204	C	T	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=124;PP=2965;SC=TTTTTTGTTTCGTTTTGTGAG;SOR=2.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=34;TCR=125;TR=158;WE=134384521;WS=134384490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	134384513	rs28447664	A	G	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=114;PP=2965;SC=TTTGTGAGACAGTACCTTTTC;SOR=2.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=28;TCR=114;TR=142;WE=134384521;WS=134384490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	134385436	rs2296949	A	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=51;PP=2242;SC=GGGCAGATGCAGATGTCACAG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=114;WE=134385444;WS=134385426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	134385599	rs2018621	A	G	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=116;PP=2965;SC=AGAGGTGGGTACGCTTTTCCA;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=151;TCR=116;TR=267;WE=134385607;WS=134385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	134386675	rs4740163	T	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=17;PP=1174;SC=TGGCTTAGGGTCATTTTTCTT;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=134386683;WS=134386665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	134386744	rs10901065	T	C	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=35;PP=1972;SC=CTCGGATCACTCAGGGTCAGC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=134386752;WS=134386734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	134386903	rs10901066	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=37;PP=1083;SC=TTATTTGCTCGTAGATTTGCT;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=134386911;WS=134386893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	134387315	rs10901068	C	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=5;PP=1689;SC=CCAGGCTGGTCTCAAACTCCT;SOR=4.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=60;WE=134387323;WS=134387305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	134387488	rs3739494	T	C	7475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=151;PP=2965;SC=CCTTCAAAGATGTCAATAACT;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=284;WE=134387496;WS=134387478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr9	134390870	rs11243406	C	A	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=70;PP=2378;SC=GCTACATTGACTATAACATCT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=127;WE=134390878;WS=134390860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	134394163	rs1547768	A	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=124;PP=2965;SC=CTTCCAACCCAAGTGGACACG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=257;WE=134394171;WS=134394153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr9	134394646	rs2010635	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=18;PP=2848;SC=GCTAAGTGGAATGATGCGGTT;SOR=3.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=98;TCR=18;TR=116;WE=134394654;WS=134394636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	134395628	rs2277152	C	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=89;PP=2639;SC=CATCCTGTTTCTTGAGAATTC;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=131;WE=134395636;WS=134395618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	134395687	rs2277153	C	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=35;PP=1010;SC=GGGTTTCTCCCAAGCTTTTCC;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=134395695;WS=134395677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	134397624	rs4740165	C	T	6443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=151;PP=2965;SC=ACGGGGGCTGCGGAGACAGTG;SOR=1.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=78;TCR=151;TR=229;WE=134397632;WS=134397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	134398534	rs3739495	T	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=37;PP=1086;SC=GGGGTCGGGATGAGGTTGAAG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=134398542;WS=134398524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	134401335	rs2296957	C	T	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CCACTCCTCGCGGGATGATCA;SOR=0.398;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=143;TCR=98;TR=240;WE=134401343;WS=134401325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr9	134404199	rs4740260	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=778;SC=GTATGTGGCCATAATGAGCCA;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=134404207;WS=134404189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	134406071	rs7867616	C	G	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=83;PP=2655;SC=TGGAACCGCTCGTCCTGTGAC;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=52;TCR=83;TR=135;WE=134406079;WS=134406061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	134406131	rs3904960	G	T	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=39;PP=1169;SC=CCCCTGGGGGGTATGCTCGGA;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=134406139;WS=134406121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	134406647	rs4740261	A	G	256.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.10;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr9	134406650	rs7041225	C	T	256.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=42.81;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr9	134433463	rs4740167	T	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=23;PP=1829;SC=TGGGCAGGGGTGACCTGGCCC;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=134433471;WS=134433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr9	135117178	rs12342966	T	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=10;PP=2132;SC=GCCCCCGGGATCTCGCACACC;SOR=3.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=72;TCR=10;TR=82;WE=135117186;WS=135117168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	135152543	rs34769225	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr9	135187286	rs144258500	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=24;PP=695;SC=AACATTCTGGAAAGTGATGCT;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=135187294;WS=135187276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	135202829	rs543573	T	C	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=70;PP=2381;SC=GGTACAAATATGTCAGAATTC;SOR=1.170;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=123;WE=135202837;WS=135202819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	135203231	rs1183768	C	T	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=141;PP=2965;SC=CTATTCTGTCCTTTTTTGGCA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=283;WE=135203239;WS=135203221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	135203409	rs1185193	A	C	5806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=90;PP=2965;SC=TTCCCACAAGATCTCTCTTAT;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=197;WE=135203417;WS=135203399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	135206460	rs9411449	A	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=701;SC=TTTCAGGATTATAATTGTATA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=135206468;WS=135206450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	135211609	rs111938515	AAC	A	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=605;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=135211618;WS=135211599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	135221597	rs497650	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=348;SC=AATTCTTATGGTACTAAAATA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=135221605;WS=135221587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	135263573	rs556386	G	T	8979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=179;PP=2965;SC=TGCCATAGTAGATACGCCGAC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=136;TCR=179;TR=315;WE=135263581;WS=135263563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr9	135265876	rs471890	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=8;PP=1019;SC=CTAGACACGATTGTTCTTGAC;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=135265884;WS=135265866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	135271987	rs1166321	T	C	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=83;PP=2335;SC=TATAACAACATGAACTATCCT;SOR=1.276;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=54;TCR=87;TR=137;WE=135271995;WS=135271977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	135272061	rs5900975	GT	G	56.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	135273507	rs569288	G	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=17;PP=1353;SC=ATGGTCAAAGGGTGATTGTTT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=135273515;WS=135273497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	135273607	rs504525	C	G	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=76;PP=2965;SC=CCGTGTACAGCAGCTTGTCTG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=176;WE=135273615;WS=135273597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	135273759	rs5900976	G	GA	1728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1761;SC=TGTTAATAATGACAAAAGCAA;SOR=3.352;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=40;WE=135273767;WS=135273749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	135276710	rs553323	C	T	81.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.39;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	135522272	rs35140383	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=29;PP=1571;SC=GGAACCACAGTCACATGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=135522280;WS=135522262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	135730257	rs17407084	T	C	8490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=162;PP=2965;SC=CTTGATGCAATCCTCTTCAGC;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=124;TCR=162;TR=286;WE=135730265;WS=135730247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr9	135739226	rs2251448	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=854;SC=CAAATGACTCTATTAAAATGC;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=135739234;WS=135739216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	135742495	rs17485671	C	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=1011;SC=GACACTCTTGCCATGGAACGC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=135742503;WS=135742485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	135753215	rs7027831	C	T	9200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=155;PP=2965;SC=TGGGAGACCACCTCTTGCAAC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=175;TCR=155;TR=330;WE=135753223;WS=135753205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	135753629	rs2231400	A	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=71;PP=2130;SC=GTGCGGGGCGATAGTGGCGTC;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=114;WE=135753637;WS=135753619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr9	135776034	rs1076160	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=792;SC=CTATGCCATGCGGGAGACATA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=135776042;WS=135776024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr9	135983902	rs34479413	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=20;PP=574;SC=CCCACAAAACGTGTACCAGGC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=135983910;WS=135983892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr9	136030458	rs651453	C	T	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=14;PP=1378;SC=CCGAGCCTCCCGGGTGCCCAG;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=136030466;WS=136030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr9	136037845	rs2073923	T	C	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.730;SC=AGACCCCCACTGGCCTGGGCG;SOR=1.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=61;TCR=135;TR=195;WE=136037853;WS=136037835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr9	136080746	rs1052517	A	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=25;PP=1058;SC=CAGGTGGTCCAGGCTCTGTGT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=136080754;WS=136080736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	136081391	rs6597608	G	A	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=87;PP=2541;SC=AGACCCCATCGCAGCCCAGAG;SOR=1.435;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=138;WE=136081399;WS=136081381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	136081466	rs6597609	C	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.366;NF=10;NR=25;PP=726;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CAGCCCAGAGCGCGGAGCCCC;SOR=1.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=35;WE=136081474;WS=136081456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr9	136081829	rs11244037	C	T	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=59;PP=1693;SC=CCAGGTGAGCCGACGTGGGGA;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=73;WE=136081837;WS=136081819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	136083580	rs2073870	T	G	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=20.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	136083801	rs4310274	A	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=38;PP=2336;SC=CACCAGGTGGATCTGGGGAGG;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=120;WE=136083809;WS=136083791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	136131289	rs8176748	C	T	9058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=175;PP=2965;SC=AGCCGCTGCACCTCTTGCACC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=156;TCR=175;TR=331;WE=136131297;WS=136131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
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chr9	136131437	rs8176742	C	T	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=124;PP=2965;SC=TGCCGAACAGCGGAGTCAGGA;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=143;TCR=124;TR=267;WE=136131445;WS=136131427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr9	136131472	rs8176740	A	T	8663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=142;PP=2965;SC=TGGTCGCGGAACTCCATGTCC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=162;TCR=142;TR=304;WE=136131480;WS=136131462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	136131783	rs8176737	C	T	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=2.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	136131783	.	CGT	TGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=39;NR=89;PP=2947;QD=20;SC=AGCCGCCGGCCGTGCACCCCT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=134;TCF=39;TCR=95;TR=128;WE=136131793;WS=136131773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,128:0.96:134
chr9	136131785	rs8176736	T	C	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=1.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	136131846	rs7873416	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=56;PP=1655;SC=TTGGAAGGCTTAGAGCAGCAG;SOR=4.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=63;WE=136131854;WS=136131836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	136132608	rs8176726	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=187;SC=ACCGACCTGGCGAGCCCACGA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=136132616;WS=136132605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	136132633	rs2073824	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=491;SC=ACGAGCCCACATGAGCTCAGT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=136132641;WS=136132623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	136132707	rs2073825	A	T	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=39;PP=2485;SC=CCGCCACCCCACTCTGTCTTG;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=128;WE=136132715;WS=136132697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	136132873	rs8176720	T	C	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=81;PP=2145;SC=CGATGTTGAATGTGCCCTCCC;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=133;WE=136132881;WS=136132863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	136132957	rs8176718	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=669;SC=CGTGCGGTCACATGGAGCTGG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=136132965;WS=136132947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	136137646	rs8176694	T	C	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=73;PP=1995;SC=TGTCCCGCCTTGTAATTCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=114;WE=136137654;WS=136137636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	136185324	rs11789139	C	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=25.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	136185358	rs544622	T	C	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=118;SC=CTTCCCTTTCTCCACCCAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=136185366;WS=136185348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	136199466	rs886089	G	A	9197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=153;PP=2965;SC=CTGGGCCTCCGTGGCCTCCTC;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=177;TCR=154;TR=330;WE=136199474;WS=136199456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr9	136199503	rs886090	G	A	8346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=153;PP=2965;SC=TCTTTCGCCCGCAGCTCCTTT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=150;TCR=154;TR=302;WE=136199511;WS=136199493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr9	136201470	rs563666	C	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=318;SC=GTTAAGTCCCCATCTCATGGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=136201478;WS=136201460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	136211248	rs9645009	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1247;SC=CTTGCCTACAAGTAGCTGATG;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=136211256;WS=136211238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	136223043	rs59358281	C	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	136232758	rs2269894	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=22;PP=1763;SC=AGCGTCATGTTGGTGCCCAAG;SOR=1.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=136232766;WS=136232748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	136234124	rs1179033	A	G	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=59;PP=2965;SC=ACCACCCGCAAAGCCACTCAC;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=156;WE=136234132;WS=136234114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	136260696	rs41306714	G	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=1144;SC=TTACTTAAGGGAATACACAGA;SOR=3.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=136260704;WS=136260686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	136265389	.	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=825;SC=ATGCACTCCATGGACCTAGCG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=37;WE=136265397;WS=136265381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	136268084	rs3124747	A	G	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=66;PP=2197;SC=CAGCTCCCTCAAAAGCAGGGA;SOR=1.589;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=136268092;WS=136268074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	136274056	.	C	CTTTGTG	512	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=65.92;NF=0;NR=16;PP=512;QD=32.1875;SC=CAAGTAACATCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=136274064;WS=136274046;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	136274058	rs7030175	G	T	161.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=26.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	136291539	rs3118668	A	G	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=55;PP=1663;SC=AGGTGGTCTTAGCAAGCAGTG;SOR=2.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=136291547;WS=136291529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	136291594	rs28515121	G	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=633;SC=CCCTCACCCCGACAGACTCAG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=136291602;WS=136291579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	136291621	rs28757785	A	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=306;SC=GGACAGGGGAACCTGATACTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=136291629;WS=136291611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	136295290	rs3124773	A	C	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=72;PP=2569;SC=CACGTCCCCCAAAACGTGCAT;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=120;WE=136295298;WS=136295280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	136301982	rs2301612	C	G	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=67;PP=2666;SC=GTTCATGTCGCAACAGTGCGC;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=133;WE=136301990;WS=136301972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	136303253	rs2028002	T	C	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=31;PP=2255;SC=TGGGGTGCTATAGAAGTGTTG;SOR=1.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=106;WE=136303261;WS=136303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	136311017	rs652600	G	A	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=138;PP=2965;SC=GCCTCGTTCTGAAAAGCATTT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=100;TCR=138;TR=238;WE=136311025;WS=136311007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	136324239	rs1055432	C	A	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=66;PP=2163;SC=AGTACTGGACCCTCCAATCAT;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=124;WE=136324247;WS=136324229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	136325160	rs2301614	G	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=33;PP=1674;SC=CCTTTGTGAGGGCTGTGAGCT;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=136325168;WS=136325150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	136328657	rs3124765	T	C	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=195;PP=2965;SC=CTCTGAACATTGCGGCCGGCG;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=121;TCR=195;TR=316;WE=136328665;WS=136328647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	136340200	rs2073935	T	G	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=98;PP=2965;SC=GGCACACGTGTGGGGCCCGTG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=172;WE=136340208;WS=136340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	136379890	rs17758315	A	G	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=139;PP=2965;SC=AGCTGTGGACATAAGTGTAGT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=104;TCR=139;TR=243;WE=136379898;WS=136379880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	136385437	rs9802272	A	G	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=194;PP=2965;SC=AGGTGGTCACAGCACAAAGAG;SOR=1.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=101;TCR=194;TR=295;WE=136385445;WS=136385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr9	136385453	rs9802273	A	G	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=168;PP=2965;SC=AAGAGGCCAGAGCTGGTCCCC;SOR=1.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=72;TCR=168;TR=240;WE=136385461;WS=136385443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	136390015	rs13300181	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=661;SC=CTGGTGTCCCAGGTCCCCAGC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=136390023;WS=136390005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	136401606	rs11507717	A	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=140;NR=32;PP=2965;SC=GTCTTGCCTGAAGCAGGCATT;SOR=2.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=141;TCR=32;TR=172;WE=136401614;WS=136401596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	136404775	.	A	ACGGCTGTCCCGGCTGTCC	1519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=75.99;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	136409457	rs9802736	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=693;SC=GAGCTGAGCTACACAAGCGGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=136409465;WS=136409448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	136409580	rs9802778	T	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=81;PP=2965;SC=ACTGTCATCCTTTTGCCTCCA;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=203;WE=136409588;WS=136409570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	136412170	rs2073874	C	T	13055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=1.704;SC=CTCTTGCAGACGAAGCTGGCT;SOR=0.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=268;TCR=195;TR=462;WE=136412178;WS=136412160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,478:1.00:479
chr9	136412236	rs2073875	A	T	12784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=246;PP=2965;SC=TCAACATCGCAGGCACGGTGG;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=460;TCF=214;TCR=246;TR=460;WE=136412244;WS=136412226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr9	136412255	rs2073876	A	C	10416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=217;PP=2965;SC=GGTCAAGTACAGGCGGCCCAT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=169;TCR=218;TR=385;WE=136412263;WS=136412245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr9	136412346	rs2073878	C	T	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=77;PP=2218;SC=GTACGTGTGCCGCAGGCCTTG;SOR=4.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=10;TCR=77;TR=87;WE=136412354;WS=136412336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	136412382	rs2073879	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1162;SC=CTGGGCACTGTTTCCCCAGAA;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=43;WE=136412390;WS=136412372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	136518097	rs77905	A	G	6669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=110;PP=2965;SC=CGTACAACACAGAAGACCGGG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=231;WE=136518105;WS=136518087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	136522187	rs1611131	A	G	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.020;SC=CCTTGTCCCCACCAGGTTCAA;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=215;TCR=118;TR=331;WE=136522195;WS=136522177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr9	136531839	rs12235666	C	G	8935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=129;PP=2965;SC=CTTAGCAGGGCCAGAGAAGGG;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=188;TCR=129;TR=317;WE=136531847;WS=136531829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr9	136532107	rs7854480	G	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=36;PP=830;SC=CGTGGCTCCAGGCAGATAGGG;SOR=4.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=38;WE=136532115;WS=136532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	136555629	rs886016	T	C	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=111;PP=2965;SC=GCCCCGCCCATGGCCAGGTAG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=239;WE=136555637;WS=136555619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	136559460	rs2073817	C	T	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=GGTGCCCCCACGGTGGTTGAG;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=191;WE=136559468;WS=136559450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	136561303	rs2502739	A	T	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.733;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=13;PP=2227;ReadPosRankSum=0.888;SC=GGCTGTGCCCATGGAGTGACA;SOR=3.229;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=76;TCR=14;TR=89;WE=136561311;WS=136561293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr9	136561567	rs2427998	G	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=52;PP=1512;SC=CGGGGGCTGTGTCCAACACAC;SOR=3.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=64;WE=136561575;WS=136561557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	136570005	rs2510247	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=6;PP=632;SC=ACGGGGCACGTGGAGGGGCAA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=136570013;WS=136569995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	136573648	rs495464	A	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=40;PP=1178;SC=GGTCCCCTGCACCAGAGTCCC;SOR=3.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=47;WE=136573656;WS=136573638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	136594864	rs2427988	A	G	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=66;PP=2945;SC=AGACTGACACAGAACCCGGGG;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=166;WE=136594872;WS=136594854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	136599315	rs2488553	G	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=23;PP=855;SC=AGGCCTCAGCGAAACAGGGAG;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=136599323;WS=136599305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	136629256	.	CTGTG	C,CTG	4242.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.246;QD=29.67;ReadPosRankSum=-2.764;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,19,118:0.13,0.83:143
chr9	136629298	rs2797825	A	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=85;PP=2465;SC=GTGCATGTCTATGTTGGGGTG;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=35;TCR=85;TR=120;WE=136629306;WS=136629288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	136629399	rs2797826	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=212;SC=GGGAGTAAGAGCAACCCAGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=136629407;WS=136629389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	136637177	.	A	ACACACGGCCCCGGCGGTCACTGCGTGAGGGC	6318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.91;SOR=1.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	136637198	.	C	T	2372	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=38;NR=98;PP=2372;QD=17.6968471511;SC=CGGCGGTCACCGCGTGAGGGC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=156;TCF=39;TCR=117;TR=136;WE=136637206;WS=136637174;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,136:0.87:156
chr9	136637242	rs2510244	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=555;SC=AGCCAGGCTCATTCTGTGTTT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=136637250;WS=136637232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136640226	rs2488559	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=875;SC=CAGTGTCTGAGGGGTGCCCAG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=136640234;WS=136640216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	136641235	rs667183	C	T	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=80;PP=2965;SC=TTAACGGCCCCCCAGGGCCAC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=161;WE=136641243;WS=136641225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	136641313	rs2077065	G	C	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=83;PP=2344;SC=CTGCCCTGGAGGGGACTGTCT;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=151;WE=136641321;WS=136641303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	136648535	rs2488563	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=622;SC=CCGTGGGAGATGGTGCCCGAG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=136648543;WS=136648525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	136648565	rs680458	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=3;PP=1075;SC=CAGGTGGTAGGGGGCAGAAGT;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=136648573;WS=136648555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	136648606	rs1468128	G	A	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	136648611	rs56145872	A	AG	4955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=25;PP=2036;SC=TGGGGGGGTGAGGGGGGTACT;SOR=1.432;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=60;WE=136648619;WS=136648596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	136651125	rs56072078	GGTGCCT	G	2121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=1802;SC=TATGTGCACAGGTGCCTGTGC;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=31;WE=136651138;WS=136651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	136651185	rs2023664	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=524;SC=TGCCCATGCTGTACGTGCACA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=136651193;WS=136651175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	136652465	rs2258889	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=34;PP=1033;SC=CGCAGTGTGGAGGCGCCAGGA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=136652473;WS=136652455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	136916969	.	A	ATG	161	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5339;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=161;QD=32.8;SC=AAATGAATATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=136916977;WS=136916959;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,5:0.31:16
chr9	137004907	rs28581991	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=925;SC=ATATAGTTTGTTTCTTGGCTC;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=137004915;WS=137004897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	137005023	rs11556390	C	T	10276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=222;NR=156;PP=2965;SC=AGAAGAAGCCCGAGACCGAGG;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=224;TCR=156;TR=378;WE=137005031;WS=137005013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr9	137007298	rs28648812	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=24;PP=635;SC=GGCATGGGGCGGGGGTGGGTG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=137007306;WS=137007288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	137013582	rs28695913	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=61;PP=1977;SC=CTTAATTTCCGAAGCTTCTCT;SOR=1.361;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=98;WE=137013590;WS=137013572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	137019511	rs28703244	T	C	10352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=107;PP=2965;SC=ACGTGGGGGATGGGGAGCGGG;SOR=1.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=248;TCR=108;TR=354;WE=137019519;WS=137019501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr9	137021803	rs28522840	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=31;PP=840;SC=CGTAGGGTGCCGTCGTCTTCC;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=137021811;WS=137021793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	137209283	.	G	C	10240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=202;PP=2965;SC=CCGCAGACAGGCTGCACGGAT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=163;TCR=203;TR=365;WE=137209291;WS=137209273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr9	137211146	rs944860	C	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=19;PP=1233;SC=ACCCCTATCTCACACCCCCTT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=137211154;WS=137211136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	137582724	rs72772548	C	T	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=55;PP=2565;SC=CTTTCCTCTCCGTGGCTAACT;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=141;WE=137582732;WS=137582714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	137592961	rs4341231	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=16;PP=1743;SC=GCAGCAAAATTGCTTGAGCTG;SOR=2.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=78;WE=137592969;WS=137592951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	137600270	rs4841925	T	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=379;SC=ACTCCCGGGGTGGGGGCTCTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=22;WE=137600278;WS=137600259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	137600687	rs3128588	C	T	11807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=233;PP=2965;SC=TGGGCGGGGCCGTGCTCCCTC;SOR=1.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=405;TCF=172;TCR=233;TR=405;WE=137600695;WS=137600677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr9	137620417	rs41310209	G	A	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=5;PP=2154;SC=TGGACGGGGCGTCGTGGCGTG;SOR=4.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=78;TCR=5;TR=83;WE=137620425;WS=137620407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	137623601	rs3124310	C	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=49;PP=1361;SC=CAGGGGTGGGCCTCTACGGGC;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=50;WE=137623609;WS=137623591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	137658730	rs4842159	T	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	137660114	rs41302968	G	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=17;PP=1144;SC=ACGCCTCACAGCCAGGGACCC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=137660122;WS=137660104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	137715150	rs3128599	AT	TG	7454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=48;PP=2947;SC=GCTGTGGCTGATAGGGCCACC;SOR=1.402;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=101;TCR=51;TR=138;WE=137715159;WS=137715140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	137717610	rs7868111	T	C	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=49;PP=2109;SC=TGACTCTGCCTGCCTCCCTCC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=137717618;WS=137717600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	137742018	.	A	ATATCACACCTCCCAGGAAGCACGG	15259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.61;QD=52.99;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr9	137742124	rs62571442	G	A	23803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=379;NR=371;PP=2965;SC=GGATCACACCGCTCAGGAAGA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=759;TCF=381;TCR=378;TR=750;WE=137742132;WS=137742114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,755:1.00:755
chr9	137742207	rs371271698	G	A	18316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.697;NF=253;NR=264;PP=2965;ReadPosRankSum=1.173;SC=CCCAGTGAGCGTGGGATCACA;SOR=0.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=526;TCF=255;TCR=271;TR=517;WE=137742215;WS=137742197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,525:1.00:526
chr9	137742496	.	TGGGATCAGACCTCCCAGGGAGCACGGGATCACACCTCCCAGGAAAGCAC	T	7585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.29;MQRankSum=-0.354;QD=29.98;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr9	137742538	.	GA	G	2783	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=55.12;NF=29;NR=38;PP=2783;QD=20;SC=CACCTCCCAGGAAAGCACGGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=67;WE=137742553;WS=137742528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,67:0.84:80
chr9	137772792	rs3128627	C	T	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=68;PP=1964;SC=GGGCCTCCTCCTGGAAACTTC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=91;WE=137772800;WS=137772782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	137774545	rs3124955	T	C	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=89;PP=2965;SC=AGATGCTGAGTTGGGCAACAC;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=180;WE=137774553;WS=137774535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	137775139	rs3128624	A	G	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=0.688;SC=GTGTCTTTGGAAATTGCAGGA;SOR=0.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=112;TCR=106;TR=216;WE=137775163;WS=137775129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr9	137775155	rs4520243	T	C	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=109;PP=2965;SC=CAGGAGAACGTGGCCCCCCTG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=224;WE=137775163;WS=137775129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	137801314	rs2989734	A	G	8858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=137;PP=2965;SC=TCTGCTAAATAAGGGTCCTGA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=166;TCR=137;TR=303;WE=137801322;WS=137801304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr9	137801416	rs2989735	T	C	9129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=166;PP=2965;SC=GAAACACACATTGAAACTGGT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=147;TCR=166;TR=313;WE=137801424;WS=137801406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr9	137801800	rs1071583	T	C	11628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=206;NR=187;PP=2965;SC=ACCAGGCTCCTTGGAACTTCT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=394;TCF=206;TCR=188;TR=393;WE=137801808;WS=137801790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr9	137804360	rs2274845	A	G	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=124;PP=2965;SC=GGATGTTGTCATTCCCCAGCC;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=157;TCR=124;TR=280;WE=137804368;WS=137804350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr9	137804830	rs2070622	G	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=3;PP=931;SC=GGGACTCCCAGGCTGACCGCC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=137804838;WS=137804821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	137806329	rs11421281	T	TC	13278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=143;PP=2936;SC=GAAAGGCTGGTCCAGAGTGGG;SOR=1.388;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=179;TCF=18;TCR=161;TR=161;WE=137806352;WS=137806319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr9	137806334	rs2989721	A	G	13225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=45.76;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	137806344	rs3012788	C	T	12044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=46.50;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	137806487	rs2989722	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=436;SC=CTCTGTTGCCGTGTCTCTCTG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=137806495;WS=137806485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	137806783	rs3012789	G	A	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=97;PP=2965;SC=GGTTCCAGGAGCTCTCAGAAT;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=165;WE=137806791;WS=137806773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	137808427	rs2382714	T	A	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=886;SC=GAGGCGGAGATGTGATGGGGG;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=137808435;WS=137808417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	137968919	rs61043559	G	GAA	8841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.11;NF=30;NR=85;PP=2967;SC=CTCTAGGAGAGGTTTTCTTGG;SOR=0.810;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=30;TCR=89;TR=115;WE=137968927;WS=137968909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	137968996	.	G	GCA	3581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.922;NF=9;NR=66;PP=2591;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TCATTCATGTGCACACACACA;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=11;TCR=76;TR=75;WE=137969005;WS=137968986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,113:0.84:135
chr9	137978552	rs4446800	A	G	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=61;PP=1891;SC=CCTGCGCTTCAGGTGGGACTG;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=137978560;WS=137978542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	137978638	rs695156	T	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=686;SC=CCTGCCTCTGTGCCTGGGCGC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=137978646;WS=137978628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	137982127	rs500461	T	C	6334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=107;PP=2965;SC=CAGTGGTCGCTCCACAGCAGA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=231;WE=137982135;WS=137982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	137982220	.	A	ATGTG	1422	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=31;PP=1422;QD=40.0;SC=GTGAGTTTGTATGTGTGTGTG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=9;TCR=91;TR=36;WE=137982244;WS=137982210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr9	137982232	rs56337838	T	G	2635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.62;ReadPosRankSum=0.680;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr9	137982234	rs10672761	G	GTT	1401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr9	137982236	rs201073165	G	T	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr9	137988675	rs655559	T	C	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=69;PP=2751;SC=AAGAGAGAGATGCCAGCCTCC;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=137988683;WS=137988665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	138378856	rs2078266	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=36;PP=1061;SC=AGTGGACAGCAACGACAGCAT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=138378864;WS=138378846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	138379002	rs1975518	T	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=31;PP=1846;SC=GGAAGGAGCCTGCCCCACCGC;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=103;WE=138379010;WS=138378992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	138387483	rs2274650	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=55;PP=1572;SC=AAAGGAACACGGATTAATGAC;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=63;WE=138387491;WS=138387473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	138391299	rs7037251	T	A	8772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=144;PP=2965;SC=CCGACACAAATCAGTGGAGCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=171;TCR=144;TR=314;WE=138391307;WS=138391289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr9	138391517	rs2274651	A	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=59;PP=2434;SC=GCTATCGAGCAGTGGACGCCA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=138391525;WS=138391507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	138391774	rs2274652	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=48;PP=1336;SC=GGGGAGCGAGCGGAGGGGCCT;SOR=3.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=138391782;WS=138391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	138438190	rs200992384	AAGGCTGGCTTCTGACCCCGTGCTCCC	A	390.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.54;QD=39.07;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	138439005	rs504061	A	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=561;SC=CCGCTGCCCGAGTGTCTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=138439013;WS=138438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	138440525	rs2590500	C	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=46.26;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	138440525	.	CTT	GTC	1409	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=58.94;NF=57;NR=14;PP=1409;QD=20.5981390826;SC=CTGTCCCCACCTTGGCTCACC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=71;WE=138440535;WS=138440515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,71:0.92:77
chr9	138440527	rs2590501	T	C	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=42.74;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	138440641	rs2853652	T	C	12972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=248;NR=208;PP=2965;SC=GACATTTTCATGCCCCTGCAG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=456;TCF=248;TCR=208;TR=456;WE=138440649;WS=138440631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr9	138440726	rs3827838	C	T	12709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr9	138440726	.	CCA	TCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=59.81;NF=98;NR=147;PP=2947;QD=20;SC=CCCATGACCCCCATGTCCTCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=104;TCR=159;TR=245;WE=138440736;WS=138440716;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,245:0.93:263
chr9	138440728	rs3827839	A	G	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr9	138440756	rs3827841	G	A	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=113;PP=2965;SC=CGCATTCCCCGTGTGCCCCGA;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=45;TCR=114;TR=158;WE=138440768;WS=138440746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	138441081	rs2590502	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.36;QD=30.53;SOR=3.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	138453811	rs697448	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=26;PP=827;SC=GCGGGCAGGCAGGAAGCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=138453819;WS=138453801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	138517853	rs1333241	G	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=946;SC=GAGGTTAAAGGCTCGTGAATG;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=138517861;WS=138517843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	138518010	rs1333240	A	G	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=50;PP=1731;SC=CCCATAGGACAGGAGCGAGCC;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=96;WE=138518018;WS=138518000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	138518114	rs11103106	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=606;SC=AGCAGGTGCCGAGCAGTAATG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=138518122;WS=138518104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	138523332	rs1333234	C	A	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.209;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TTCCTGGATACAAAGAGAAAA;SOR=0.381;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=130;TCR=135;TR=262;WE=138523340;WS=138523322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr9	138523411	rs1333233	C	T	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=89;PP=2750;SC=TTTGGTGTTTCGTCAACATGC;SOR=1.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=44;TCR=89;TR=133;WE=138523419;WS=138523401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	138557256	rs492708	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=55;PP=1609;SC=CTCTGAAGTCCGGCCCAACCC;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=138557264;WS=138557246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	138586198	rs572335	G	A	6997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=72;PP=2965;SC=GTGCTTACGCGGGGGGACCAG;SOR=1.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=170;TCR=72;TR=242;WE=138586206;WS=138586188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	138586309	rs484524	A	G	13284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=250;PP=2965;SC=CAGACCTGGAAGCGACAAGCT;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=468;TCF=218;TCR=250;TR=466;WE=138586317;WS=138586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr9	138586457	rs548911	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=44;PP=1052;SC=CGGGGAGAAATGCAGAGGCCA;SOR=5.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=138586465;WS=138586447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	138586940	rs55674357	C	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1027;SC=CTGGCTCCCCCAGAGGTGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=46;WE=138586948;WS=138586930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	138586966	rs3119932	GC	AA	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=20;PP=2947;SC=ATGGCCAGGGGCCCAGCCTGG;SOR=1.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=78;WE=138586975;WS=138586956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	138587203	rs2769033	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=895;SC=GTCCACTCACACTGACCGAGC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=138587211;WS=138587193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	138587220	rs2483364	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=761;SC=GAGCACCTGCTCTGCTGCCTG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=138587228;WS=138587210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr9	138590347	rs529976	C	T	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=124;PP=2965;SC=GAAACAAATACCTCTGGGCCC;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=88;TCR=124;TR=212;WE=138590355;WS=138590337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	138590680	rs474061	G	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=375;SC=TTCCCCAACAGGGCTTTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=138590688;WS=138590670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	138594266	rs5901089	A	AC	2374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=49;PP=1990;SC=CTAACCTAAGACCCCCAAGTT;SOR=1.463;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=53;WE=138594274;WS=138594256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	138662309	rs10776844	A	G	8473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=180;PP=2965;SC=GCCGGGCTGCATCCACAGGGC;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=117;TCR=180;TR=296;WE=138662317;WS=138662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr9	138662661	rs10858172	G	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=31;PP=1852;SC=GGGACAGGGCGGGTGAGCGGC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=138662669;WS=138662651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	138669261	rs914428	G	A	9173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=193;PP=2965;SC=CGGCAGAGACGGCCGGCAATG;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=128;TCR=193;TR=321;WE=138669269;WS=138669251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	138754582	rs2039330	A	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=425;SC=CAATTGCAATAATCTAGAAAG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=138754590;WS=138754572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	138816898	rs4842048	T	C	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.28;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	138816906	rs4842049	T	C	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	138817142	rs11103226	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=727;SC=TCCCAGGTGCCCACTTGTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=138817150;WS=138817132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	138817178	rs10776854	C	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=374;SC=GTGAACCTCGCACACACAGCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=138817186;WS=138817168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138825117	rs6569	A	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=676;SC=GAGCAGGAGCAGCTGCAGCAC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=138825125;WS=138825107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	138837113	rs10776856	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=371;SC=GGCAAGAGACTCTTTCCAACA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=138837121;WS=138837103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138837958	rs2297691	C	T	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=68;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CCCTCAGGCACATCAACAGGA;SOR=1.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=95;WE=138837966;WS=138837948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr9	138838140	rs7028495	T	C	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=54;PP=2566;SC=ACAATTCCACTGCATCTGGGT;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=146;WE=138838148;WS=138838130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	138839888	rs2297689	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=40;PP=1182;SC=CCTTGATGAGCTGGGGGAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=138839896;WS=138839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	138898887	.	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	138898893	rs4842070	C	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	138899301	.	GCACACAGACGCACACA	G	3068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=53;PP=2977;SC=ACACACACGCGCACACAGACG;SOR=5.699;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=53;WE=138899324;WS=138899291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	138903671	rs9626	A	G	10599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=200;PP=2965;SC=GTGCCGCGGCAGGCGGGAACT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=376;TCF=175;TCR=201;TR=375;WE=138903679;WS=138903661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr9	138904997	rs2280485	T	C	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=136;NR=122;PP=2965;SC=GGCTGGGATCTGAACCCAGCC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=258;WE=138905005;WS=138904987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr9	138905136	rs2280486	C	T	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=111;PP=2965;SC=TGTTGGCCAGCGTGTTCCTGG;SOR=1.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=73;TCR=111;TR=183;WE=138905144;WS=138905126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	138905214	rs2280487	C	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=828;SC=CCCGCCCGCACGAATGCCCTG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=138905222;WS=138905204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	138905884	.	T	C	250	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=20;MQ=56.44;NF=3;NR=13;PP=250;QD=17.7982007842;SC=GGCGCACAGATGGGTGAGGGG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=16;WE=138905892;WS=138905874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,16:0.76:21
chr9	138927183	rs149084098	T	C	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=96;PP=2965;SC=TGTGACGCACTGAGAAGGTTC;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=151;TCR=96;TR=246;WE=138927191;WS=138927173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	138927558	.	TA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-4.226;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr9	139008803	rs3739466	T	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=36;PP=1580;SC=TCCAGGCGGCTGTTGGCGTAG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=139008811;WS=139008793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	139010319	rs1717447	A	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	139091797	rs1924521	A	C	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=49;PP=2443;SC=GGTTGGAGAGAGGCAAGCGGC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=122;WE=139091805;WS=139091787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr9	139230292	rs28447209	T	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=865;SC=ATCACCTCAGTGGTTGCAGGC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=139230300;WS=139230282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	139243334	rs28429551	T	A	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=80;PP=2347;SC=TGGGAGATAATTGTGCCCTCC;SOR=1.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=120;WE=139243342;WS=139243324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	139257411	rs10870202	T	C	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=130;PP=2965;SC=TGGGTGGCCTTCTGGCCCAGC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=162;TCR=130;TR=292;WE=139257419;WS=139257401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	139258462	rs1135314	A	G	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=72;PP=2965;SC=CACTAATACAATGCATGCATG;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=133;TCR=72;TR=205;WE=139258470;WS=139258452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	139261933	rs3812555	C	T	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=52;PP=2131;SC=CTGAACTGCTCGTGTGCCCTC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=139261941;WS=139261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	139266405	rs10781499	G	A	8311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=130;PP=2965;SC=CCTCATCATCGGGGTTCAGGA;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=164;TCR=130;TR=293;WE=139266413;WS=139266395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	139266496	rs4077515	C	T	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=105;PP=2965;SC=CTCCAGGACGCTCCAGCACTC;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=76;TCR=105;TR=181;WE=139266504;WS=139266486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	139271919	rs11791262	C	T	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=8;PP=1174;SC=GCCCCCACCCCACTGCTCCAG;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=139271927;WS=139271909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139272058	rs10781507	A	G	9766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=191;NR=177;PP=2965;SC=GTTCCAGCTCACTCAGGAGGT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=191;TCR=177;TR=368;WE=139272066;WS=139272048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	139272502	rs3812565	T	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=28;PP=1668;SC=CAGGCTGGGGTAGGGGCGGCT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=139272510;WS=139272492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	139273402	rs3812567	C	T	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=52;PP=2550;SC=GTTTGGCTGCCGCGGGGGCCC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=124;WE=139273410;WS=139273392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	139274523	rs11145793	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.67;NF=3;NR=16;PP=445;SC=CAGTGGCTACGGCACAGAGCC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=139274531;WS=139274513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139275204	rs3812570	A	C	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=104;PP=2965;SC=GCAGAAGATGAACTGGTGGGT;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=151;TCR=104;TR=255;WE=139275212;WS=139275194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr9	139275294	rs3812571	G	C	8851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=156;PP=2965;SC=CAGTATCGATGTGGAACAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=151;TCR=156;TR=307;WE=139275302;WS=139275284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr9	139276680	rs3812573	C	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=18;PP=1639;SC=GTGGCGTGCGCGTGGGTGTCT;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=139276688;WS=139276670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	139277994	rs147271628	CGCT	C	4500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=31;PP=2783;SC=TCGTCCTCCTCGCTGCTGCTG;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=55;WE=139278004;WS=139277984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	139279173	rs10781510	G	A	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=83;PP=2965;SC=GCAACTTACCGACACCATATT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=185;WE=139279181;WS=139279163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	139279318	rs376915002	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=41;PP=1075;SC=GACGCCGCCCGCTGCTGCCCC;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=139279326;WS=139279308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr9	139282391	rs117908452	C	T	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CCCGTGGGGCCGAGACACCCA;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=80;TCR=141;TR=219;WE=139282399;WS=139282381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr9	139289825	rs4266763	A	G	10955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=245;NR=176;PP=2965;SC=GGCTTTTGCCATCTTTCACCT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=245;TCR=176;TR=421;WE=139289833;WS=139289815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr9	139290011	rs11145874	G	A	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=71;PP=2394;SC=GGGGGCTCTGGGGGTGGGGAG;SOR=2.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=97;WE=139290019;WS=139290001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	139290251	rs4498662	C	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=56;PP=1776;SC=TGGCATGTGACGAGATGAGAC;SOR=2.084;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=139290259;WS=139290241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr9	139299673	rs3812578	G	C	7803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=157;NR=120;PP=2965;SC=AGAAAAACCCGAGTTGTTAAT;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=277;WE=139299681;WS=139299654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr9	139300494	rs11145910	T	C	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=70;PP=2084;SC=CGTGTGCTTCTGCGGTGTGGC;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=139300502;WS=139300484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	139300547	rs10781518	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=1091;SC=TCAGTGCAGCATCCACCTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=139300555;WS=139300537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	139301583	rs3087886	T	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=12;PP=703;SC=GAGGGCGCCGTGAGGCTCACT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=139301591;WS=139301573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	139302088	rs11145916	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.45;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139302094	rs4880155	C	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.23;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	139302200	rs11145917	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=21;PP=761;SC=CACTCATGCACGATTCCTCCA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=139302208;WS=139302190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	139302526	rs11145919	G	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=49;PP=1341;SC=CCATGACTCAGGCAGCACTAG;SOR=3.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=139302534;WS=139302516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139303269	rs10870139	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=348;SC=GGGCTTCCCCGCTCCCTGATG;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=139303277;WS=139303259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	139303290	rs4298601	G	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=629;SC=TCACCTCGCTGCTACTCTAGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=139303309;WS=139303280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	139303301	rs4487900	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=868;SC=CTACTCTAGGATCAAGACTGA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=139303309;WS=139303280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	139305007	rs4400498	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=6;PP=938;SC=CTCGCCGCTGCTTCCGCTCCG;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=139305015;WS=139304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	139305024	rs4418446	G	A	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=18;PP=1217;SC=TCCGAGCACCGAAAGCGCGTG;SOR=1.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=139305032;WS=139305014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	139305041	rs4400499	C	T	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.69;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	139311471	rs3812581	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=1317;SC=CAAAGATCAACCGAGAGGTGC;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=139311479;WS=139311461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	139312996	rs10870160	C	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=8;PP=1249;SC=CTCTGCCCTCCGTCCCTGCAG;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=139313004;WS=139312986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	139316601	rs10870165	C	T	6786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=125;PP=2965;SC=GTCGTGGGGTCGCAGACCTGG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=114;TCR=125;TR=238;WE=139316609;WS=139316591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	139316744	rs11145974	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=70;PP=2088;SC=GAGAAGGGCTCAGTAGAGGAC;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=115;WE=139316752;WS=139316734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	139324029	rs35873563	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=286;SC=CACAGTCCCTCGGATCCCCGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=139324037;WS=139324019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	139324737	rs33982662	C	A	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=68;PP=2965;SC=ACTTGTCTCGCCCCGGCCTCA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=133;TCR=70;TR=200;WE=139324745;WS=139324727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr9	139325641	rs68002978	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=49;PP=1323;SC=GCCCTCACCTCTCCTCATCTC;SOR=4.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=139325649;WS=139325631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	139326253	.	T	C	835	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=58.38;NF=32;NR=3;PP=835;QD=24.8506060728;SC=TCTCCCTCCATGCCCGCCCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=139326261;WS=139326243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	139327034	rs10870194	A	G	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=106;PP=2965;SC=CCTTCCCGTCACCTGCTGTGG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=130;TCR=106;TR=236;WE=139327042;WS=139327024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	139327062	rs34936112	G	A	11553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	139327062	.	GGA	AGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=109;NR=118;PP=2947;QD=20;SC=AATGGGGTAGGGACCACAGGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=112;TCR=126;TR=227;WE=139327072;WS=139327052;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,227:0.95:238
chr9	139327064	rs34302850	A	G	11553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr9	139327143	rs35531907	C	T	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=72;PP=2119;SC=CCCCGGCAGACGCAACCCCAC;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=106;WE=139327162;WS=139327133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	139327154	rs34985258	C	T	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=71;PP=2078;SC=GCAACCCCACCGGGCATCCGC;SOR=1.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=100;WE=139327162;WS=139327133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	139327277	rs34619169	G	A	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=9;PP=1621;SC=CTTAGCAAGCGTGGTGCCCAC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=139327285;WS=139327267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	139327439	rs10781542	A	G	15605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=273;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGAGGAAGGAAGTGCCAAAAA;SOR=0.374;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=563;TCF=289;TCR=274;TR=559;WE=139327447;WS=139327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,577:0.99:580
chr9	139327599	rs71269007	G	GCGCCCACCCCTCCAGCCA	10215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=91;PP=2967;SC=CCCTCCAGCCGCGCCCACCTG;SOR=0.976;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=164;TCF=36;TCR=128;TR=121;WE=139327607;WS=139327589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	139328722	rs7851507	G	T	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=86;PP=2598;SC=CAAAAAGGGAGCTGCCCGGTC;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=154;WE=139328730;WS=139328712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	139333049	rs5901103	GCCCT	G	2720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=16;PP=1920;SC=CACCCGCCAGGCCCTCCCTAC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=39;WE=139333060;WS=139333039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr9	139357273	rs55824202	A	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=12;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TGAAGGCTGCAACCCCGCACC;SOR=1.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=76;WE=139357281;WS=139357263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr9	139360354	rs3124590	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=14;PP=1087;SC=TTCAGATGCCAGGCTGGGTGG;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=139360362;WS=139360344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	139366653	rs117237371	C	T	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=77;PP=2177;SC=TTGCAGAGGGCGGGCAGCATT;SOR=2.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=94;WE=139366661;WS=139366643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	139368953	rs3812594	G	A	5438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=114;PP=2965;SC=TGATAAAAACGGTCAAGGTTA;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=63;TCR=114;TR=177;WE=139368961;WS=139368943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	139369062	rs3812595	C	T	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=67;PP=2965;SC=CAGGATTTTCCAAAGTCCTGC;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=156;WE=139369070;WS=139369052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	139371342	rs11999525	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=36;PP=1901;SC=TGGTGGCACAGGGCACCCCGC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=139371350;WS=139371332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	139371405	rs11999532	G	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=40;PP=2331;SC=AGGGCTGTGGGCCTCCCTGCA;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=107;WE=139371413;WS=139371395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	139371786	rs6560632	A	C	10444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=163;PP=2965;SC=GTGTGTGAGGAACAAGCAAAC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=187;TCR=163;TR=349;WE=139371794;WS=139371776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr9	139372224	rs66477686	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=572;SC=AAGAGAAACATTGAACATGAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=139372232;WS=139372214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139378914	rs34376913	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	139391636	rs2229974	G	A	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=1.494;SC=AGCCCTTGCCGTCCTGGGACT;SOR=0.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=199;WE=139391644;WS=139391626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr9	139396408	rs3124594	A	G	8553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GCAGCCCGGCAGCAGGTGCCC;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=160;TCR=148;TR=308;WE=139396416;WS=139396398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr9	139397707	rs10521	G	A	10771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=186;PP=2965;SC=ATGCGGCCACGTCGGTGGCAC;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=381;TCF=194;TCR=187;TR=380;WE=139397715;WS=139397697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr9	139400406	rs11145764	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=555;SC=ACACCCAGCCCTCGGCCAGCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=139400414;WS=139400396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139400904	rs4880098	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=3;PP=496;SC=CCGGTCTGCGCCCCGAGGCCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=139400912;WS=139400894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	139401504	rs3124596	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=204;SC=CCCGGAAGACGAGCGCTCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=139401512;WS=139401494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	139402663	rs3124597	T	C	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=53;PP=2334;SC=GGACCCGAGCTGGGTGGGCAC;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=124;WE=139402671;WS=139402653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	139402908	rs3812603	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=38;PP=886;SC=AACGCACATCTGCCAAGGGGC;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=139402916;WS=139402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	139403240	rs35987207	T	TG	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=5;PP=417;SC=CAGTGGGACCTGGGGTGACCG;SOR=1.473;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=139403248;WS=139403237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	139403268	rs3125000	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=6;PP=428;SC=CTCCCGCAGGTAGGCACCCAC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=139403276;WS=139403258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	139403554	rs3124598	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=42;PP=1149;SC=GGGGGCTGAGTGGAGGGCATT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=139403562;WS=139403544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	139405261	rs3125001	C	T	7707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=157;PP=2965;SC=GTCTGCCCTGCGGGGCAGGAG;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=128;TCR=157;TR=285;WE=139405269;WS=139405251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr9	139407452	rs3812608	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=11;PP=1227;SC=CCCTCCAGCACAGGCCCCACC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=139407460;WS=139407442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139408892	rs3812609	C	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=24;PP=1710;SC=TGTGCAGGTGCCACCCTCCTG;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=84;WE=139408905;WS=139408882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	139410424	rs3125006	A	G	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=39;PP=2322;SC=GGTGGGCGCCAGCCCGCACCT;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=124;WE=139410432;WS=139410414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr9	139440852	rs3013307	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.81;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	139564474	rs2297537	C	G	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=72;PP=2965;SC=GAGGCTGGCTCTACCCTGGGG;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=184;WE=139564482;WS=139564464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	139565150	rs4636297	A	G	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=155;PP=2965;SC=CGCATCGAAAACGCCGCTGAG;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=129;TCR=155;TR=284;WE=139565158;WS=139565140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	139565479	.	TG	T	1827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.651;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.84;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr9	139565488	rs114709635	G	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.50;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr9	139566823	rs1051828	A	G	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=66;PP=2036;SC=GGGTCCAGAAACCACCTCGGG;SOR=2.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=90;WE=139566831;WS=139566813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	139569066	rs9411215	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=4;PP=1089;SC=CATTCGCCACATGGTCACCGT;SOR=4.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=139569074;WS=139569056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	139572068	rs2236514	C	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	139616742	rs945384	A	G	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=135;PP=2965;SC=GATGACCCTCAGCTTCCTCAA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=105;TCR=136;TR=240;WE=139616750;WS=139616732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr9	139616840	rs3739939	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=60;PP=1743;SC=CATGCCCAGCGCAAAGGCACA;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=139616848;WS=139616830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	139621168	rs2275160	G	A	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=37;PP=2741;SC=AGATACCAGCGAAGGAAAACA;SOR=1.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=126;WE=139621176;WS=139621158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	139639532	rs145717467	CGGCCCACGCACCACACAGCTCCCAACGTGGGCCCCGAGT	C	3623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	139639540	.	G	T	324	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=26;MQ=58.48;NF=14;NR=5;PP=324;QD=18.8826953972;SC=AGCGGCCCACGCACCACACAG;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=19;WE=139639548;WS=139639530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr9	139639556	.	AACGTGGGCCCCGAGT	CACGCGGCCCCCAAGC,TACGTGGGCCCCGAGT	2677	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=58.76;NF=19,19;NR=7,2;PP=2677,1399;QD=20;SC=CACAGCTCCCAACGTGGGCCC;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=26,21;WE=139639579;WS=139639546;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:51
chr9	139642961	rs2811728	G	A	8972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=175;PP=2965;SC=CTGCGCCGCAGGCCCAGGATG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=153;TCR=175;TR=328;WE=139642969;WS=139642951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	139649580	rs879467	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=23;PP=2254;SC=TCGGGGGTCAGGCTCACCTCC;SOR=2.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=99;WE=139649588;WS=139649570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	139650060	rs2784068	C	A	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=146;PP=2965;SC=ATCCTGCCCCCACCCAGTCCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=161;TCR=147;TR=307;WE=139650068;WS=139650050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr9	139650167	.	G	GAACAGCATGGGGAACAGTGCAGGGAACCCTGCAGGGAACAGCATGGGGAACGGTGCAGGA	1036.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=562;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;QD=1036.80;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,0:0:1
chr9	139650595	rs35874639	T	G	16926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=42.00;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr9	139650619	rs35341952	A	G	19890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=241;NR=216;PP=2965;SC=GAACAGCATGAGGAACAGTGC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=242;TR=457;WE=139650627;WS=139650609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr9	139650903	rs11145866	A	G	13037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=1.703;SC=AGGGAACAGCATGGGGAACAA;SOR=0.603;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=454;TCF=204;TCR=250;TR=453;WE=139650911;WS=139650893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,465:1.00:466
chr9	139651163	rs57411373	A	AG	1057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.69;NF=1;NR=28;PP=1181;SC=GGAGTATCCCAGGCCTGGAGC;SOR=3.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=139651171;WS=139651153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139652338	rs9411272	C	G	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=86;PP=2965;SC=GGAGCCCCACCAACTAAGAAG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=162;WE=139652346;WS=139652328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	139653055	rs11145867	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=857;SC=GCTTGCAGCCCGCCTGGCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=139653063;WS=139653045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139656618	rs2484658	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=355;SC=GGGCATGGGGTGGGCGGGGCT;SOR=2.531;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=139656626;WS=139656608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139656670	rs2297722	T	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=31;PP=1829;SC=ATCATGTCCTTGGGGAGCCCC;SOR=1.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=112;WE=139656678;WS=139656660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	139656706	rs2297723	A	C	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=57;PP=2805;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TCCTGGAAGGACTTCAGAGCC;SOR=0.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=167;WE=139656714;WS=139656696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr9	139657834	rs9987876	G	C	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=111;NR=62;PP=2680;SC=TGGTGCTGAGGGCCCCCTCCA;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=111;TCR=62;TR=173;WE=139657842;WS=139657824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	139658051	rs4880070	G	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=541;SC=GGGAGGGCGGGCAGGGGGCTG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=139658059;WS=139658041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	139658576	rs4880140	G	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=840;SC=GAGTGGCCATGTCTTGGGTGT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=139658584;WS=139658566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139690840	rs1055995	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=41;PP=1440;SC=TGGGGGGCCTGAGAGCAGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=139690848;WS=139690830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	139699964	rs2811793	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1492;SC=GCCTCTCACGTCTGGGTAATG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=139699972;WS=139699954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	139700605	rs2811795	T	C	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=38;PP=2501;SC=CTGTGAGGAGTGGCGGGTGCA;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=130;WE=139700613;WS=139700595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	139701108	rs2254143	A	C	10393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=191;PP=2965;SC=ATGGGCATTAACTTGCCTGCG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=169;TCR=191;TR=360;WE=139701116;WS=139701098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr9	139701983	rs3739944	C	G	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTGCGCCTAGCTGGGCTAGCC;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=128;TCR=60;TR=186;WE=139701991;WS=139701973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr9	139702908	rs7864908	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=581;SC=GCCCGCCGGGCGCTCCGGGAG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=139702916;WS=139702898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	139726239	rs2811748	A	G	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=122;PP=2965;SC=GCGTGCTGGGAAACTACCGGG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=110;TCR=122;TR=231;WE=139726247;WS=139726229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr9	139730129	rs2811744	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=589;SC=ATTCAGGGGCTGTGGGGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=139730137;WS=139730119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139731969	rs2811742	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=936;SC=CCCTCAATGCCGCCCCACCAT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=139731977;WS=139731959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139732331	rs2811741	G	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=18;PP=978;SC=CCCGGCCGCAGAGGGCCCAGC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=139732339;WS=139732321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	139739643	rs10870132	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.77;NF=30;NR=14;PP=734;SC=GGCCCCTGCCTGGGCCCCGGG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=139739651;WS=139739633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	139748276	.	ACCCTGTGGCAGAGCACAGGG	A	9535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=65;PP=2974;SC=AGAGACCCTGACCCTGTGGCA;SOR=1.039;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=97;WE=139748303;WS=139748266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	139749331	rs368282227	C	G	11906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=244;PP=2965;SC=ACAGGGCCTCCCTGCTCTCCG;SOR=1.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=176;TCR=245;TR=419;WE=139749339;WS=139749321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr9	139760510	rs186616649	C	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=2;PP=779;SC=CAGCCTTGTCCCCGTCCCCTG;SOR=4.514;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=40;WE=139760518;WS=139760506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	139780857	rs17250001	C	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	139815417	rs17250553	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1157;SC=GCTGGAGATCGGTGGGTGTGG;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=139815425;WS=139815407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	139820048	rs17250673	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=575;SC=GCCTCCTGCTGGTGGCCCTGC;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=139820056;WS=139820038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139820363	rs17250680	A	G	8281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;PP=2965;SC=ACTGCCCCCTACTGGTGTCTG;SOR=1.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;WE=139820371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	139879067	rs2049042	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=31;PP=1966;SC=GGAGGCTGCATGGACTGCTGG;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=139879075;WS=139879057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	139905819	rs2292920	C	T	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=2832;ReadPosRankSum=1.625;SC=GCACAGCCTCCGCAGGGTCCG;SOR=0.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=134;WE=139905827;WS=139905809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr9	139906359	rs2271862	G	A	12123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=208;PP=2965;SC=CAAACTGCAGGTGCTTGGCCT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=442;TCF=233;TCR=209;TR=441;WE=139906367;WS=139906349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr9	139906513	rs2271863	T	C	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=GGGGCTGCAGTGCCCACCTGC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=222;WE=139906521;WS=139906503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	139907842	rs4880188	T	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=16;PP=839;SC=CTCGCCCGCCTGGCCCACCAA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=139907850;WS=139907832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	139908139	rs10870162	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=688;SC=AGGAGACAGGACTCCCGGATG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=139908147;WS=139908129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	139908265	rs10781531	T	C	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=58;PP=2965;SC=CCAGCACCCCTGTCCAGCCGG;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=173;WE=139908273;WS=139908255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	139910648	rs6560657	T	C	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=178;PP=2965;SC=GGCGGGGTCATGACCCCACGC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=149;TCR=178;TR=327;WE=139910656;WS=139910638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr9	139911983	rs12348881	T	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=50;PP=2424;ReadPosRankSum=1.254;SC=CCGCGTAGACTGCCAGGAAGA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=137;WE=139911991;WS=139911973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr9	139912484	rs908832	A	G	8666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=144;PP=2965;SC=GCTCCACCACATCGTGCCCCA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=167;TCR=144;TR=311;WE=139912492;WS=139912474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr9	139912593	rs13283333	T	C	9040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=156;PP=2965;SC=TCCTCCCCCATGAATCCTCCA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=180;TCR=158;TR=336;WE=139912601;WS=139912583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	139913239	rs908828	T	G	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.04;MQRankSum=0.124;NF=152;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CTCCTCGTCGTGGAAGCCCTT;SOR=0.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=153;TCR=100;TR=251;WE=139913247;WS=139913229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr9	139915542	rs45551734	C	T	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=44;PP=1372;SC=GTGGGCAGTGCGGGGTGAGAT;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=139915550;WS=139915532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	139916471	rs142576618	A	ATGGCTCAGATGGGGGTG	3368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=2.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	139916833	rs35590326	T	G	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=72;PP=2965;SC=CGGCCAAGAGTGCTTGGGCCG;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=133;TCR=72;TR=205;WE=139916841;WS=139916823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	139916879	rs34039859	C	T	9567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=185;NR=152;PP=2965;SC=CGTCAGGAAACGCCAGAGCTC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=185;TCR=153;TR=337;WE=139916887;WS=139916869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr9	139917595	rs35902749	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=1053;SC=GAGGCCGAGAGGAGAAATTTA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=139917603;WS=139917585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	139917724	rs34558922	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=6;PP=998;SC=AGGTCAAAGAGCCACTCACCA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=139917732;WS=139917717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139923265	rs4880189	A	G	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=GCTCGCCGTGAGCGGAGCAGG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=200;WE=139923273;WS=139923255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	139925927	rs1139444	G	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=46;PP=1548;SC=CCACGGCGTCGGCGCTGGCCA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=139925935;WS=139925917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	139929015	rs9411293	C	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=20;PP=1477;SC=TAATCCCACCCCAGCGTTCCT;SOR=1.939;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=81;WE=139929023;WS=139929005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	139929435	rs12337910	A	G	15606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=271;NR=280;PP=2965;SC=AGAGGAAAGAAAAGGGCATGA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=552;TCF=272;TCR=280;TR=551;WE=139929443;WS=139929425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr9	139934107	rs6604	G	A	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=1.926;SC=CCTGGAGCCCGAGGCCCAGCC;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=123;TCR=63;TR=185;WE=139934115;WS=139934097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr9	139937795	rs10781535	T	C	9861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	139937799	rs10781536	G	A	9637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	139964447	rs71483301	G	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139964450	rs71483302	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139973186	rs7390974	T	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=65;PP=1993;SC=GGGAGCGTAGTTGGGGGTCCA;SOR=3.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=73;WE=139973194;WS=139973176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	139973652	rs7390711	A	G	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=89;PP=2965;SC=CCCGCCCCTCACGGAGCCCCG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=172;WE=139973660;WS=139973642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	139973820	rs7037849	C	T	9069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=169;PP=2965;SC=CAGCTACGTGCCTCCGACGGG;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=160;TCR=169;TR=329;WE=139973828;WS=139973810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr9	139975108	rs9314874	T	C	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=184;NR=128;PP=2965;SC=GCCTCTGTGCTGGGACGTGGG;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=185;TCR=128;TR=312;WE=139975116;WS=139975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr9	139977195	rs4390039	T	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1248;SC=GCCCAGACTGTCCCCAGACTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=139977203;WS=139977185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	139981241	rs968732	GT	CG	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=54;PP=2947;SC=AGCTACGCTCGTAGCACACCT;SOR=2.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=75;WE=139981250;WS=139981231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139981627	rs968733	A	G	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=TTTGGCGAGAACTATGACAAC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=207;WE=139981635;WS=139981617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	139982868	rs3750518	C	T	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=90;PP=2809;SC=CTGATATGTCCAGCCTCCCTT;SOR=1.441;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=143;WE=139982876;WS=139982858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	139990906	rs4880199	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=671;SC=AAAACAAGATTGCGGAAACGC;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=139990914;WS=139990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139992479	rs12554429	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=404;SC=GGTGGGTGGCGCCCCCGCCCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=139992487;WS=139992469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139994102	rs4880200	G	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=19;PP=1417;SC=CTGTGCCGACGCCAGGACCAC;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=139994110;WS=139994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	139994411	rs117114693	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=50;PP=1474;SC=GGTTGCACACGGGGTGAAAGC;SOR=3.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=139994419;WS=139994401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	139996641	rs13298199	C	A	20258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=27.880;NF=365;NR=478;PP=2962;ReadPosRankSum=3.590;SC=GAGTACAGGTCGGTGGTGTTA;SOR=0.432;Source=Platypus;TR=843;WS=139996631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,772:0.99:778
chr9	139996653	.	ACG	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=25;MQ=51.34;NF=43;NR=287;PP=2962;QD=20;SC=GTGGTGTTACACGTGCTGTTG;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=713;TCF=76;TCR=637;TR=330;WE=139996662;WS=139996631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:383,330:0.46:713
chr9	139996691	.	ACATT	A	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=24;MQ=51.11;NF=90;NR=375;PP=2968;QD=20;SC=GGTGGTACACACATTCATGCT;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=713;TCF=104;TCR=609;TR=465;WE=139996747;WS=139996675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:248,465:0.65:713
chr9	139996739	.	A	ACG	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=24;MQ=52.79;NF=44;NR=249;PP=2954;QD=20;SC=ACACACATTCACTGTTGCAGG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=538;TCF=147;TCR=391;TR=293;WE=139996747;WS=139996675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:245,293:0.54:538
chr9	139996768	.	T	TAC	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=24;MQ=51.76;NF=22;NR=140;PP=2964;QD=20;SC=TCGGTGGTGTTACACATTCAC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=538;TCF=140;TCR=398;TR=162;WE=139996786;WS=139996754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:376,162:0.30:538
chr9	139996902	rs201892640	C	T	33316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=421;NR=392;PP=2965;SC=CTGTTGCAGGCGTGCAGGTCG;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=429;TR=813;WE=139996910;WS=139996882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,834:1.00:834
chr9	139996933	rs10118812	T	G	33154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=408;NR=421;PP=2965;SC=ACACATTCATTCTGTTGCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=412;TR=829;WE=139996941;WS=139996916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,829:1.00:829
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chr9	139997245	.	CAT	C	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MMLQ=24;MQ=42.86;NF=240;NR=601;PP=2968;QD=20;SC=GTGTTACACACATTCATGCTG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1725;TCF=498;TCR=1227;TR=841;WE=139997259;WS=139997225;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:884,841:0.49:1725
chr9	139997277	.	GTGT	G	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=24;MQ=42.06;NF=256;NR=703;PP=2966;QD=20;SC=CAGGTCGGTGGTGTTACACAC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=1668;TCF=432;TCR=1236;TR=959;WE=139997304;WS=139997261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:709,959:0.57:1668
chr9	139997563	.	A	ACATT	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=41.99;NF=71;NR=309;PP=2968;QD=20;SC=GGTGTTACACACATGCTGTTG;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=1005;TCF=229;TCR=776;TR=380;WE=139997576;WS=139997553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:625,380:0.38:1005
chr9	140001341	rs5901117	G	GAAC	5284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=61;PP=2924;SC=ATGTCAAAAAGAACGAAATCC;SOR=1.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=70;WE=140001349;WS=140001331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	140002220	rs10117795	A	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=74;PP=2965;SC=TGTGACCTGGATCCGGGAGGG;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=139;WE=140002228;WS=140002210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	140002501	rs6420280	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=297;SC=AGAGTGTCACTTCCTGGCTCT;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=140002509;WS=140002491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	140002989	rs4880091	T	C	11508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=204;PP=2965;SC=TCAGCCTGGATGCCTACGTGT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=208;TCR=204;TR=412;WE=140002997;WS=140002979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr9	140003427	rs4567	A	G	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=101;PP=2965;SC=GAAGCCTCAGATGTCCCCAAT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=188;WE=140003435;WS=140003417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	140006202	rs13631	G	A	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=124;PP=2965;SC=TGGCGGCTCTGAGATCTGCAA;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=256;WE=140006210;WS=140006192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	140006425	rs10747048	C	G	9810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=171;PP=2965;SC=AGGGCAGGTCCGGGAACATAT;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=189;TCR=171;TR=360;WE=140006433;WS=140006415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr9	140008665	.	A	AC	692	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=59.31;NF=14;NR=5;PP=692;QD=37.7894736842;SC=GTGCCCCGCGACCCCGCCCGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=19;WE=140008673;WS=140008655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,19:0.68:28
chr9	140008750	rs10747049	G	C	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.47;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	140008899	rs10870183	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	140040156	rs10870196	G	A	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=31;PP=2341;SC=ACCTCAGCCCGCCGTGCCCCC;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=89;TCR=31;TR=120;WE=140040164;WS=140040146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	140055876	rs10747050	G	A	7679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=187;PP=2965;SC=CGGGTAGGCTGGACGGCGGGG;SOR=1.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=292;TCF=95;TCR=197;TR=282;WE=140055884;WS=140055866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr9	140108915	rs149701237	CTG	C	5868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=84;PP=2957;SC=GGCCGTGGGTCTGGGGTTCGG;SOR=1.834;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=18;TCR=89;TR=102;WE=140108924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	140110274	rs7390663	T	C	6442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=99;PP=2965;SC=ACCCAGGGTCTCCGGGCAGGG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=208;WE=140110282;WS=140110264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	140120396	rs6606566	C	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	140130606	rs28542318	A	T	8941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=154;PP=2965;SC=GGGGGCATGGAGCTGGCCGCT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=175;TCR=155;TR=329;WE=140130614;WS=140130596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	140130882	rs28591989	A	C	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=146;PP=2965;SC=GCAGTTGCTGAGCAGACCGCC;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=105;TCR=146;TR=251;WE=140130890;WS=140130872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	140139757	rs9775264	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=59;PP=2310;SC=TCCCCTGGCTGCCTGGTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=140139778;WS=140139747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	140142299	rs9330201	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=1287;SC=CAGGCCACCTCGCTAACCCTG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=140142307;WS=140142289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	140147094	rs71387813	C	CCT	7137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=46;PP=2930;SC=CCCTGCAGCCCGTCTCCTACC;SOR=1.624;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=100;WE=140147102;WS=140147084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	140147152	rs28376526	C	G	7474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=107;PP=2965;SC=TCAGCCGGCCCGCCTTCCCCG;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=156;TCR=107;TR=263;WE=140147160;WS=140147142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr9	140147765	rs1134511	C	T	15139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=270;NR=259;PP=2965;SC=GGGGCTTTCCCAGGCCTCCCC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=529;TCF=270;TCR=259;TR=529;WE=140147773;WS=140147755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr9	140148051	rs28631372	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=49;PP=1449;SC=TGCCCCTGAAAGGTGCTCTCT;SOR=5.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=51;WE=140148059;WS=140148041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	140150288	rs78469234	C	T	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=20;PP=1781;SC=TGCGTGCCTCCCTGTGCTCTC;SOR=2.133;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=78;WE=140150296;WS=140150278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	140157429	rs13294457	G	A	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=23;PP=2965;SC=CGGGCGTGACGTCCCTGTGTC;SOR=3.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=129;TCR=23;TR=152;WE=140157437;WS=140157419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	140157460	rs13296455	T	C	7912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=101;PP=2965;SC=CAGGACGGTCTGGGGGCCTGA;SOR=1.373;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=283;TCF=182;TCR=101;TR=282;WE=140157468;WS=140157450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr9	140157701	rs56368095	C	T	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCCTTCCCCCCTACCCTCCTG;SOR=0.953;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=40;TCR=108;TR=146;WE=140157709;WS=140157691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr9	140158650	rs9695897	C	T	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	140158871	rs13295537	T	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=731;SC=GGTCTGCGCTTGCTGTGTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=140158879;WS=140158861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	140161334	rs9330192	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=545;SC=GTGTGTGTCACGTCAGGGTGG;SOR=1.708;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=140161342;WS=140161324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	140161631	.	TGTGGGGCTGAG	T	2990	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=12;PP=2990;QD=20;SC=CAGGGGTCGGTGTGGGGCTGA;Source=Platypus;TCF=10;TR=19;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,19:0.47:40
chr9	140161634	.	GGGGCT	G	2750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	140161641	.	AGGTGGG	A	2750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	140161647	.	G	A	969	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=26;NR=14;PP=969;QD=25.0942803137;SC=GCTGAGGTGGGGCTGAGGTGG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=40;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:26,40:0.61:66
chr9	140161871	rs9802270	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=32;PP=929;SC=GCCCAGGGTGCGGGCCCCAGG;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=140161879;WS=140161861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	140161909	rs9802698	G	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=331;SC=TGTCTCCCCAGCCCACCTCCA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=140161917;WS=140161899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	140167022	rs3204123	G	A	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=66;PP=2965;SC=GGGTGGCCCCGTCTAAGCTGG;SOR=0.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=166;WE=140167030;WS=140167012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	140202194	rs13288421	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=50;PP=1843;SC=CTGAGCACAGTCACCTCATGG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=140202202;WS=140202184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	140218025	rs73668241	C	T	517.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=1;PP=1358;ReadPosRankSum=1.741;SC=GAGGGATGCTCTGCCGACACC;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=48;WE=140218033;WS=140218015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr9	140268183	rs6606585	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=56;PP=1325;SC=AGCCGCCATCTGCGCCTCCGT;SOR=6.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=57;WE=140268191;WS=140268173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	140330976	rs13297080	T	C	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=65;PP=2965;SC=AGCTGACCTGTACCAGCCCCA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=129;TCR=65;TR=193;WE=140330984;WS=140330966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	140331833	rs9414731	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=23;PP=647;SC=CCCCAAAGACATGACCACCTC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=140331841;WS=140331823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	140332478	rs6606582	A	G	18645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=366;NR=328;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CTTGTTCGCCAGCCACTGATA;SOR=0.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=697;TCF=366;TCR=331;TR=694;WE=140332486;WS=140332468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,713:1.00:714
chr9	140348401	rs9410194	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=512;SC=CTAAGGCACATGAAGCAGACA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=140348409;WS=140348391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	140349161	rs116914963	C	T	12646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=277;PP=2965;SC=GAGCTGCATTCCCAGGCTCTG;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=437;TCF=160;TCR=277;TR=437;WE=140349169;WS=140349151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr9	140355270	.	C	T	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=87;PP=2617;SC=GAGGCAGAACCGGCCACAGAT;SOR=1.394;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=52;TCR=89;TR=139;WE=140355278;WS=140355260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	140356374	rs4962240	C	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=24;PP=2006;SC=TCCGGACGCCCGTACTCACCG;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=97;WE=140356382;WS=140356364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	140357943	rs78550888	G	A	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr9	140357972	rs1891627	A	G	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=129;PP=2965;SC=CGCACGTACCACCACAGGGAG;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=231;WE=140357980;WS=140357962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	140374756	rs75480970	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=9;PP=909;SC=GGCCCTCCCCGTGCTCACCTC;SOR=2.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=40;WE=140374764;WS=140374746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	140374861	rs1891630	A	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=75;PP=2918;SC=CGTGCCATCTACCTGGTAGAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=160;WE=140374869;WS=140374851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	140441177	rs2254149	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=336;SC=GACAGCACACACCAAGCACTG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=140441185;WS=140441174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	140441206	rs1615822	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=506;SC=GGGGGAGCCCACAGCAGAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=140441214;WS=140441196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	140483076	rs2259657	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=37;PP=2481;SC=CACTGACCACGAGCATCAGGG;SOR=1.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=119;WE=140483084;WS=140483066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	140611436	rs3812497	T	C	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=2.788;SC=CTTCGCTGCCTGGCCATGCTG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=208;WE=140611444;WS=140611426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr9	140638416	rs1129767	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=32;PP=1796;SC=AGATGGACTCGGATGAGGACG;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=140638424;WS=140638406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	140638461	rs1129768	T	C	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=61;PP=2579;SC=ACGGCCATGGTGCAGAGCAGG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=155;WE=140638469;WS=140638451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	140638607	rs4979643	A	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1122;SC=CGTGGTTCTGAAAATTAACAG;SOR=1.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=140638615;WS=140638597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	140646647	rs10867058	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.12;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	140656980	rs4876941	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=355;SC=TCCCCGCCCCACGCAGGGCTG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=140656988;WS=140656970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	140686373	rs10867072	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=356;SC=TTAGTAGAGATGGGGTTTCAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=140686381;WS=140686363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	140693181	rs4876947	G	A	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=999;SC=GGTAGACACCGGGTTCTCCTG;SOR=2.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=140693189;WS=140693171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	140695576	rs7871917	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=37;PP=1023;SC=TCGGCCCGGCACTGTGCTGTG;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=140695584;WS=140695566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	140710603	rs4876902	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1182;SC=AAGAACTTAACGTGTTTGGAT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=140710611;WS=140710593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	140740856	.	A	C	252	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=53.13;NF=14;NR=2;PP=252;QD=17.9232007842;SC=CTGTGCGCGCACCCACTGGAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=140740864;WS=140740846;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	140740886	.	A	T	841	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=57.21;NF=31;NR=15;PP=841;QD=19.0385046206;SC=TCCCCCAGGAATCCTCCTAAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=140740894;WS=140740876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	140777306	rs4422842	C	G	4697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.166;SC=ACGGCTGGAACGTCATGGACT;SOR=0.712;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=389;TCF=173;TCR=216;TR=175;WE=140777314;WS=140777296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,217:0.50:434
chr9	140777370	rs1110146	A	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=835;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCAGCGTGTGAGGCCCGGGCG;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=34;TCR=113;TR=52;WE=140777378;WS=140777360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,66:0.40:164
chr9	141008876	rs2229948	C	T	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=63;PP=2211;SC=TGATGATATTCGACTTCTACA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=141008884;WS=141008866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	141016262	rs2278973	T	G	6462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=110;PP=2965;SC=CTGAGGACACTCTCACTTTCG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=113;TCR=110;TR=222;WE=141016270;WS=141016252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	141069905	rs71485051	C	T	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.12;MQRankSum=-0.843;QD=40.62;ReadPosRankSum=2.602;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr9	141069927	rs71485052	C	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.18;MQRankSum=-1.034;QD=41.23;ReadPosRankSum=2.607;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,118:0.97:122
chr9	141069952	rs9410185	T	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.778;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.62;MQRankSum=-0.924;QD=39.73;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,120:0.97:124
chr9	141070125	rs10867114	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=10;PP=842;SC=CGCTCGGGGCCCTTCGGGCAG;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=141070133;WS=141070115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	141070283	rs7868693	T	C	5578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=103;PP=2965;SC=CCCTCCTATCTGCCGAGTCGA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=218;WE=141070291;WS=141070273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	141070335	rs7868705	T	G	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=82;PP=2606;SC=CGGGAGGAAGTCCCGGGTGTC;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=141070343;WS=141070325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	95074	rs6560828	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=406;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CACCTTCCCCGGCCACCCGGC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=27;WE=95082;WS=95064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr10	95204	.	G	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-1.975;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr10	95209	.	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-1.950;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr10	95212	.	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-2.001;QD=5.09;ReadPosRankSum=-2.453;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr10	95226	rs6560829	A	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=2.933;QD=35.49;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,41:0.89:46
chr10	95229	rs6560830	C	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=2.899;QD=36.28;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr10	282897	rs4600135	C	T	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=73;PP=2099;SC=TCCCAAAACACATTTTACTAT;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=123;WE=282905;WS=282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	285200	rs7919436	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=0.096;SC=TATACTATATTATTAAAACCG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=7;WE=285208;WS=285190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	285479	rs10655220	G	GTGT,GTGTT	1565.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.49;MQRankSum=0.281;QD=26.10;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,45,14:0.75,0.23:60
chr10	288184	rs34123561	G	GAA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.398;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=140;ReadPosRankSum=0.894;SC=TTTTAAATTGGAAAAAAAAAA;SOR=2.472;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=13;WE=288192;WS=288174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr10	292927	rs2303990	C	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=464;SC=AGTGTGTCTCCGGAAGGAAGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=292935;WS=292917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	294165	rs10903752	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AACAGCAGTTTATTCTATGGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=294173;WS=294159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	294953	rs1017361	A	G	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=76;PP=2458;SC=AGTGTAAGGAAGAATTTGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=139;WE=294961;WS=294943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	329188	rs45445697	G	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=1.250;QD=27.99;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr10	329191	rs371065533	GC	G	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.62;MQRankSum=1.648;QD=25.90;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	370977	rs3123241	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=25;PP=688;SC=AGGCAAAGGAAGGCGGATCAT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=370985;WS=370967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	373048	rs2288681	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,78:0.27:293
chr10	375570	rs3832678	GGGAGCTCAGCAAGGCT	G	1476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.036;NF=0;NR=21;PP=2929;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTGTCAGGGCGGGAGCTCAGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=21;WE=375593;WS=375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr10	387060	rs7904155	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=14;PP=830;SC=GCAGTGCTTAGGTTGCCTGGC;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=387068;WS=387050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	394714	rs4880610	G	A	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=110;PP=2965;SC=TACACAAGGAGAGAAACATCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=98;TCR=110;TR=208;WE=394722;WS=394704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	395266	rs4880611	T	C	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=46;PP=2276;SC=ACCCTGCGCCTGTACCTGGGG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=395274;WS=395256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	395463	rs4242754	G	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=51;PP=1457;SC=GAGCGCGCACGCGTCATACAA;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=395471;WS=395453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	410825	rs10795053	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=367;SC=CCAATCAGCAGTAACTGATTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=410833;WS=410815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	412449	rs1133113	A	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=968;ReadPosRankSum=0.023;SC=ACCAGTGAACAGGAATGGGGT;SOR=0.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=63;WE=412457;WS=412439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr10	428503	rs4881200	A	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=29;PP=1387;SC=CCTCAGCATCAACTGTTAGGA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=428511;WS=428493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	435880	rs4881219	G	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=0.489;SC=CTTCGTGTCAGGTGTCCCGGT;SOR=0.257;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=435888;WS=435870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	436848	rs10904093	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=779;ReadPosRankSum=0.501;SC=GACCTGCCCCACTCCGCCCAG;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=49;WE=436856;WS=436838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr10	444997	rs6560836	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,64:0.27:234
chr10	445061	rs6560837	C	T	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=131;PP=2965;SC=TCCTGGTGAGCGGCACCTCGA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=276;WE=445069;WS=445051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr10	459940	rs4881274	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=0.667;SC=CACCTCTGCAGTGCGGCCTCC;SOR=0.924;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=45;WE=459948;WS=459916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr10	461912	rs66682704	TC	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.823;SC=CACAGCCCCCTCCCCAGCGCG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=461920;WS=461902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	468748	rs4881290	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=202;SC=AGAAAGACACCGTGAAGCGTG;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=468756;WS=468738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	518547	rs10610683	ACT	A	1913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=1215;ReadPosRankSum=1.131;SC=GAGTCAGCAGACTCTAACAAA;SOR=0.360;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=112;TCF=18;TCR=94;TR=32;WE=518556;WS=518537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,55:0.32:174
chr10	530644	rs1539231	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=538;SC=ACGTCTGTACGGGATGGCACT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=530652;WS=530634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	687569	rs1631975	C	T	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=25;PP=1281;SC=CACTGCCAGGCTACCCATGAG;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=687577;WS=687559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	696237	rs10904535	G	A	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=48;PP=2965;SC=TCAGGGCCAGGGACCATGGTG;SOR=1.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=145;WE=696245;WS=696227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	708192	rs3853289	A	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=81;PP=2322;SC=TCCTGAAGGTACTGTATGAGG;SOR=5.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=4;TCR=81;TR=85;WE=708200;WS=708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	1018585	rs4880745	T	G	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=2152;ReadPosRankSum=0.588;SC=TCCATTTCTATGTAAGCCGTT;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=128;WE=1018593;WS=1018575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,138:0.70:198
chr10	1042023	rs10665098	A	AAAC	6601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=45;PP=2806;SC=AGTGGAAAAAATAATATTTTT;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=1042031;WS=1042013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	1043058	rs1250887	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=578;SC=AATATCACCATAGGCCTGGAC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=1043066;WS=1043048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	1046712	rs2306409	G	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1166;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCCGTGCTGCGGTCCTGTATG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=74;WE=1046720;WS=1046702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr10	1052950	rs2306408	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=405;ReadPosRankSum=2.461;SC=TCTTTTTTACGTTATTAGGCT;SOR=0.924;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=34;WE=1052958;WS=1052940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,37:0.27:139
chr10	1054276	rs10904595	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=633;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=1054284;WS=1054266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	1056310	rs3765102	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.365;SC=CGTAGTACTTGAAGATATTAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=1056318;WS=1056300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	1061625	.	GCTGAGCA	G	1335	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=23;MQ=58.97;NF=21;NR=2;PP=1335;QD=59.1739130435;SC=GGTCCTGAGCGCTGAGCACTG;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=23;WE=1061639;WS=1061615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,23:0.72:32
chr10	1061862	rs2306406	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=371;ReadPosRankSum=0.451;SC=GTGTAATGTAATAAAATGACA;SOR=1.232;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=33;WE=1061870;WS=1061852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr10	1065710	rs1044261	C	T	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=1878;ReadPosRankSum=1.194;SC=ATGCTCTCCCCAAATTCTGTC;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=138;WE=1065718;WS=1065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,148:0.67:220
chr10	1068639	rs13377037	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACGTGACTTTCGTGTCCGACC;SOR=0.823;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=76;WE=1068647;WS=1068629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr10	1068802	rs3750729	G	A	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=40;PP=1164;SC=TCTGTTTCTCGTAGAAAAGCC;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=1068810;WS=1068792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	1070461	rs3793777	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=198;SC=CTTAGGTTGCCGTCGGGTGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=1070469;WS=1070451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	1081791	rs146706331	G	GCCTGGCCCA	2332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=2984;ReadPosRankSum=0.952;SC=CTGTGCCACTGCCTGGCCCAC;SOR=1.226;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=42;WE=1081810;WS=1081781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,102:0.59:173
chr10	1087454	rs112832376	TA	T	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr10	1088746	rs7075188	T	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTCTTCAAAGTAGGTCTGAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=5;WE=1088754;WS=1088736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	1089616	rs11250238	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=57;PP=1727;SC=TGAAGGCACATGCTTCCCTGC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=111;WE=1089624;WS=1089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	1093992	rs4880759	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=144;SC=GGGTCTTGCTATGTCTGTCGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=1094000;WS=1093982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	1120236	rs41299206	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=377;ReadPosRankSum=0.024;SC=AAGTGTTCTTTTCTGGGCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=20;WE=1120244;WS=1120226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr10	1126293	rs7087381	T	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=617;ReadPosRankSum=0.051;SC=GACCCATTTGTGAGGCTATAG;SOR=0.974;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=40;WE=1126301;WS=1126283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr10	1142208	rs10794716	T	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=61;PP=1887;SC=TCCTTACCTGTGAATGTGTAG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=123;WE=1142216;WS=1142198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	1230968	rs2271275	C	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=24;PP=716;SC=CGCGCCTCGGCGTCACTCACG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=1230976;WS=1230958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	1245893	rs1983028	A	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=1;PP=407;SC=GCCCCCGGGAAGGGGGTTCTT;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=1245901;WS=1245883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	1263076	rs3750677	C	T	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=79;PP=2274;SC=GATAAAAGGGCGGGGAGGGGT;SOR=1.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=124;WE=1263084;WS=1263066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	1279598	rs67687625	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=654;SC=GGAGCTGGGGGCTGTTGGCCT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=1279606;WS=1279588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	1406228	rs11250463	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.328;SC=CGCCCCCAGGTCAGGCCTGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=1406236;WS=1406218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	1421516	rs10794748	A	G	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=80;PP=2965;SC=AATATCTGACAGCATTTTATC;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=185;WE=1421524;WS=1421506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	1779349	rs3750684	G	A	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=GGCCATGGCCGAGACCCAGGC;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=1779357;WS=1779339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	3124516	rs4881074	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1412;ReadPosRankSum=0.132;SC=GTCATGGGTAGTTAGTGGCAG;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=94;WE=3124524;WS=3124506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,105:0.69:152
chr10	3143059	rs7474978	A	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.765;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.700;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	3143283	rs55882340	T	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGCTGGTTCCTGCTCCATGTA;SOR=1.402;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=3143291;WS=3143273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	3143643	rs4881080	A	C	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=58;PP=1965;SC=TGCTGCAGCGAGGCATCACCA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=3143651;WS=3143633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr10	3145885	rs10903966	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=11;PP=1312;SC=TCTCTACCCATGGCCATTCTG;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=65;WE=3145893;WS=3145875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	3145906	rs11251719	A	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=25;PP=1845;SC=CCTCACCCCTAGTGGGGCACC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=101;WE=3145914;WS=3145896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	3146155	rs2306293	C	G	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.43;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,99:0.67:148
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chr10	3146180	rs2306294	C	T	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TGGGGCCCGACGTGTGCCCAG;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=70;WE=3146188;WS=3146170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,75:0.69:108
chr10	3147096	rs4424569	C	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.35;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
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chr10	3147192	rs4256893	G	A	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=1875;ReadPosRankSum=1.336;SC=TGGCTAACTCGGCTGTCAAAG;SOR=0.750;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=110;TCR=56;TR=117;WE=3147200;WS=3147182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,124:0.69:179
chr10	3147456	rs4271292	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GTGGAAAGTCCTGAAGGGGCC;SOR=1.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=3147464;WS=3147446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	3147501	rs4881081	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	3147508	rs4881082	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	3149402	rs10903967	A	G	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1390;ReadPosRankSum=0.796;SC=TTCTGTCTCCACAGAACCGTG;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=97;WE=3149410;WS=3149392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr10	3150371	rs4881084	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AGGAATTTACGTAGCCCAGCC;SOR=0.069;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=8;WE=3150379;WS=3150361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	3150973	rs1132173	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1587;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTTCGGCATTCGACAGGATCT;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=102;WE=3150981;WS=3150963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,104:0.61:170
chr10	3154461	rs2306302	G	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=761;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTCAAGATGCGGTTCGACTCC;SOR=0.979;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=60;WE=3154469;WS=3154451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,69:0.31:222
chr10	3155173	rs7896691	C	T	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=4;PP=1377;SC=GCACATGGAACCCTGGGGCCT;SOR=4.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=54;WE=3155181;WS=3155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	3155217	rs6602023	T	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=44;PP=2965;SC=GCAGACACATTGAGTGCTGGC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=107;TCR=44;TR=151;WE=3155225;WS=3155207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	3155237	rs6602024	A	G	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=75;PP=2965;SC=CAGATAAGCCACCTTTTCTCC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=130;TCR=76;TR=205;WE=3155245;WS=3155227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	3155263	rs7906901	T	C	9213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.99;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr10	3155263	.	TG	CG,CT	2713	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=163,53;NR=116,36;PP=2713,1145;QD=20;SC=AGCCCTGAGTTGTGTCCGGTA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=164;TCR=117;TR=279,89;WE=3155272;WS=3155253;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:281
chr10	3155264	rs7915793	G	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,94:0.32:293
chr10	3155408	rs3816700	C	T	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CGCGATGCCCCGACCTCTCCT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=101;WE=3155416;WS=3155398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,105:0.68:154
chr10	3155428	rs3816701	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1484;ReadPosRankSum=0.251;SC=TGCGGGCCTCCCCTCATGGCC;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=70;WE=3155436;WS=3155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr10	3155540	rs4881085	A	G	6442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GTGACCCAGCACTCACCTGCC;SOR=0.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=134;TCR=101;TR=234;WE=3155548;WS=3155530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr10	3155620	rs1052309	A	G	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=82;PP=2252;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GGATGAACGCAGCCGTACGCT;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=101;TCR=121;TR=145;WE=3155628;WS=3155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,151:0.65:234
chr10	3155698	rs4881086	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=384;ReadPosRankSum=0.614;SC=TTGACGGCTTCGCCAAGGGCC;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=26;WE=3155706;WS=3155688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr10	3155753	rs4881087	G	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=696;SC=CACCCTGGCTGTGAGCACAGT;SOR=4.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=3155761;WS=3155743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	3155770	rs4881088	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.854;SC=CAGTGGACGTGGCGGCGGGGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=3155778;WS=3155760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	3158848	rs7086902	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTGTCTCATACGCCTCTCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=28;WE=3158856;WS=3158838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr10	3160904	rs3829911	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr10	3160917	rs3829913	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=13;PP=883;SC=CGTGGCGTCCTGCGGACCGCG;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=3160925;WS=3160894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	3161131	rs3829914	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AAACATTAAGCTACTTGTTGG;SOR=0.699;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=28;WE=3161139;WS=3161121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr10	3161148	rs3829915	G	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=810;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TTGGCTACTGGCCACGATCCG;SOR=0.622;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=55;WE=3161156;WS=3161138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,61:0.75:81
chr10	3161216	rs3829916	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=1.382;SC=GCAGGATAGCAGGTGGTAAGA;SOR=0.119;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=21;WE=3161224;WS=3161206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	3161253	rs9423464	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CCCAGTTCCAGTAAAGCAACT;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=3161261;WS=3161243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	3161270	rs143742962	A	ACT	292.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=0.728;SC=AACTTAACCGAGAAGCAAAAG;SOR=0.473;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=3161278;WS=3161260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	3161271	rs141433931	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	3162033	rs6602025	T	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=7;PP=1369;SC=AGCGAGACCCTCTCCTCCCCA;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=3162041;WS=3162023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	3167463	rs2306309	T	C	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.794;QD=24.45;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,127:0.62:205
chr10	3167463	.	TCA	CCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=45;NR=69;PP=2944;QD=20;SC=CCGTTTCCTCTCATTGCTTTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=114;WE=3167473;WS=3167453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:76,114:0.60:190
chr10	3167465	rs3816703	A	G	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.792;QD=24.69;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,126:0.62:203
chr10	3167527	rs142773253	ATTC	A	1740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.738;NF=2;NR=33;PP=1485;ReadPosRankSum=0.102;SC=AGCCGGATTTATTCTTCTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=35;WE=3167537;WS=3167517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr10	3171995	rs2279211	G	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=1004;ReadPosRankSum=1.315;SC=GTGACTGATCGCTTCTCTGTG;SOR=1.091;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=73;TCR=14;TR=55;WE=3172003;WS=3171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr10	3172121	rs1052333	C	T	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=83;PP=2906;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GGCTCGCGGCCGGAGCTGATG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=130;TCR=120;TR=174;WE=3172129;WS=3172111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,180:0.69:259
chr10	3172229	rs4598574	G	A	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=77;PP=1997;ReadPosRankSum=-1.083;SC=ACTGGGTGCTGCGGAGTGAAT;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=104;TCR=120;TR=145;WE=3172237;WS=3172219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,158:0.66:241
chr10	3172267	rs4381274	A	G	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1479;ReadPosRankSum=1.957;SC=TTTGCTTTCCAAGGGGCATGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=81;WE=3172275;WS=3172257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr10	3172299	rs4390256	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=852;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTACAGAACATGCCACGCTTG;SOR=0.192;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=50;WE=3172307;WS=3172289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr10	3175541	rs3740613	C	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=423;ReadPosRankSum=2.442;SC=CCACAAAGCCCCTGTCATGTG;SOR=1.041;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=32;WE=3175549;WS=3175531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr10	3178865	rs543	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=0.894;SC=ACGTATTATTGACATTAATAC;SOR=0.409;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=17;WE=3178873;WS=3178855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr10	3178905	rs7673	T	A	344.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	3178905	.	TGCT	AGCC,AGCT	45	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0,0;NR=4,7;PP=45,28;QD=24.6169687156;SC=CTGCCCCACCTGCTCCAGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4,7;WE=3178916;WS=3178895;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:7
chr10	3178908	rs542	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	3179703	rs4881107	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr10	3179708	rs4881108	A	G	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr10	3179738	rs79334726	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=657;ReadPosRankSum=1.978;SC=TTCTCAGGACGGTTTCCATGC;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=54;WE=3179746;WS=3179728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr10	3180227	rs6901	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=561;ReadPosRankSum=1.851;SC=GGCTGCTCATTGGATGATCCA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=44;WE=3180235;WS=3180217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr10	3180298	rs10175	C	T	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=51;PP=1969;SC=CGTGTGTGCTCTTCCCAGTGC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=3180306;WS=3180288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	3180316	rs11414	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=53;PP=2147;SC=TGCCGAGGTATCTGAGAGGAA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=3180324;WS=3180306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr10	3181003	rs2279217	A	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=965;ReadPosRankSum=-0.197;SC=ACCAGAAGCTAGTGCTCCTGC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=54;WE=3181011;WS=3180993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr10	3181282	rs2279220	G	A	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1652;ReadPosRankSum=0.205;SC=CATTTTACCAGTGGACAAGTT;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=104;WE=3181290;WS=3181272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,119:0.69:173
chr10	3183747	rs7094698	A	G	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=48;PP=1956;ReadPosRankSum=0.021;SC=GAACAGGGCCAATTTCCTCTG;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=195;TCF=114;TCR=81;TR=123;WE=3183755;WS=3183737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,134:0.64:209
chr10	3185393	rs4881110	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=416;ReadPosRankSum=0.547;SC=TGGCTCTAAAACTGGGTCTCT;SOR=0.719;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=19;WE=3185401;WS=3185383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr10	3185798	rs3736093	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TCCCACGCACTGCCCACGGCA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=80;WE=3185806;WS=3185788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr10	3186458	rs3752803	C	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr10	3188058	rs45534440	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	3188071	rs3758630	T	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=26;SC=TCCCTGCTCTTCAGTGCTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=3188079;WS=3188061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	3189380	rs3740607	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1196;ReadPosRankSum=1.279;SC=TCTTGATACGCGGGAGCTTCC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=78;WE=3189388;WS=3189370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,86:0.68:126
chr10	3190265	rs4881111	A	G	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.865;SC=CCTGAACCAAAGAAAACACAG;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=162;TCR=157;TR=195;WE=3190273;WS=3190255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,200:0.60:331
chr10	3190298	rs4881112	C	T	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=102;PP=2869;ReadPosRankSum=0.933;SC=AGGGCCGAATCGAACAGTGAC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=191;WE=3190306;WS=3190288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,203:0.65:311
chr10	3199555	rs7086470	A	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	3200155	rs9423705	G	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CGAAACAATGGATCAGGCTCA;SOR=0.275;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=23;WE=3200163;WS=3200145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr10	3200292	rs3182535	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=723;ReadPosRankSum=0.872;SC=GTCTTTCTCCGCAATCCCTTG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=54;WE=3200300;WS=3200282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr10	3201010	rs3814592	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=404;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GTTCCAGACACTGTCAAGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=19;WE=3201018;WS=3201000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr10	3201072	rs3814593	G	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=928;ReadPosRankSum=1.043;SC=CCCAACCAATGAGAACTACTG;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=50;WE=3201080;WS=3201062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr10	3201097	rs3814594	T	C	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1288;ReadPosRankSum=0.567;SC=AATCTAATCATAAACTCACCC;SOR=1.332;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=71;WE=3201105;WS=3201087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr10	3202065	rs4242746	T	C	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=37;PP=1772;ReadPosRankSum=1.170;SC=CTAACGCTGATGGTTGTTTGT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=131;TCR=63;TR=117;WE=3202073;WS=3202055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,122:0.61:201
chr10	3202140	rs4242747	C	T	4123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=83;PP=2813;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TGTAAAATGACGTGACGTTGT;SOR=0.654;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=298;TCF=151;TCR=147;TR=176;WE=3202148;WS=3202130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,184:0.59:312
chr10	3205851	rs6602034	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=315;ReadPosRankSum=0.399;SC=ATGCCATAAACTGTTAAGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=20;WE=3205859;WS=3205841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr10	3206027	rs4609511	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=677;ReadPosRankSum=0.283;SC=ACGTGTGGTCAGGAAGAAGTC;SOR=0.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=45;WE=3206035;WS=3206017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr10	3207632	rs3814596	A	G	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1959;ReadPosRankSum=-2.070;SC=TAAACATGGGAAAAAGGTGGC;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=119;WE=3207640;WS=3207622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,122:0.63:195
chr10	3208557	rs12359035	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.826;NF=17;NR=21;PP=1932;ReadPosRankSum=-1.980;SC=CCATGGGAGTAGTACGGAACT;SOR=0.313;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=38;WE=3208575;WS=3208547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr10	3208581	rs58131139	G	GA	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.616;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr10	3208583	.	A	AGAGGAATGGCACGCTAGGGAAGGC	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.703;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr10	3209015	rs56658860	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=574;ReadPosRankSum=0.791;SC=TATTTTATGCGTGGCCTAAGA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=29;WE=3209023;WS=3209005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr10	3214369	rs4880599	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=661;ReadPosRankSum=0.029;SC=GCGCTGAACTATTACCTTATA;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=39;WE=3214377;WS=3214359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr10	3214516	rs4881118	A	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=933;ReadPosRankSum=2.829;SC=GACTTTAAGTATGGGCTGTGG;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=57;WE=3214524;WS=3214506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr10	3214995	rs34460808	AC	A	5194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.789;NF=28;NR=115;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTGGCGAGGAACCCCCTCTTA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=46;TCR=184;TR=143;WE=3215008;WS=3214983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,242:0.66:369
chr10	3215111	rs9423713	G	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.462;NF=25;NR=55;PP=1385;ReadPosRankSum=0.992;SC=AAAAGGGTAGGCCTCCACTGC;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=80;WE=3215119;WS=3215101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,89:0.66:135
chr10	3824433	rs3750861	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,47:0.31:153
chr10	4867313	rs2961562	A	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=19;PP=563;SC=GCTCACATTGAGGAGATGGAT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=4867321;WS=4867303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	4868445	rs2924275	G	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	4868565	rs147185600	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GGTGACGCGGTCGCGGGCAGG;SOR=0.829;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=5;WE=4868573;WS=4868555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	4872930	rs61745201	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.629;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr10	4877814	rs150127444	T	TTTTTG	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.921;NF=8;NR=9;PP=705;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CACATGGTTTTTTTTGTTTTG;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=17;WE=4877822;WS=4877804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr10	4879465	rs2961584	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=181;SC=CCCAGCATCCTCTAGCCAGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=4879473;WS=4879455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	4881867	rs141011187	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=2.295;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,45:0.25:179
chr10	4884784	rs2924269	T	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=86;PP=2370;SC=GCCTCAGGGTTGCGGAGCTTG;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=143;WE=4884792;WS=4884774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	4889525	rs2961597	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=37;PP=1264;SC=TTAATTAAACTTTCTCATTAT;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=4889533;WS=4889515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	4889732	rs74111762	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.673;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=0.642;SC=AGGACGCTTCCCCTTCCTTGT;SOR=0.492;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=55;WE=4889740;WS=4889722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,55:0.28:200
chr10	5005761	rs141022982	A	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.04;QD=31.94;SOR=5.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	5006119	rs41305667	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.73;QD=20.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5008450	rs147876533	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.950;NF=2;NR=22;PP=459;ReadPosRankSum=0.822;SC=TGGCTTTCTCATCTTTGCAGT;SOR=1.045;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=24;WE=5008458;WS=5008440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr10	5009347	rs4445550	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	5009364	rs2904802	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=22;PP=696;SC=GAATCCTAAATCTAACTCCTA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=5009372;WS=5009354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	5009449	rs7076886	T	C	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=134;SC=AGTGCAGAACTCTCAAAGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=5009457;WS=5009439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	5010367	rs12250190	C	T	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.86;QD=28.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5010572	rs1138600	A	G	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=26.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	5010722	rs41314625	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;QD=28.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	5011278	rs76142681	G	A	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=926;SC=GAAGGGCATAGAGGGATCTTA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=5011286;WS=5011268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	5014545	rs67671072	T	TA	4917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.659;NF=13;NR=80;PP=2338;ReadPosRankSum=-1.325;SC=ACCGGTTTGATAAAAAAAATT;SOR=0.419;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=13;TCR=89;TR=93;WE=5014553;WS=5014535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr10	5019959	rs8483	G	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.53;QD=28.86;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	5032284	rs12774733	C	T	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=63;PP=2145;SC=CCGTTACTAGCCCGTAGCGCA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=5032292;WS=5032274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	5041398	rs56259037	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.387;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr10	5045862	rs67165977	A	G	730.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=21.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.60;MQRankSum=-1.628;QD=27.07;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=3.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr10	5120157	rs4881396	G	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=19;PP=855;SC=CAAGAAGGATGCAAATATCAC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=5120165;WS=5120147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	5120332	rs7894134	T	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=86;SC=AAAATAATAATAAGTCAGGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=5120340;WS=5120322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	5136499	rs3763676	A	G	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	5138607	rs7741	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=29;PP=1125;SC=TCCAGGTTCCGAGAAGTAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=5138615;WS=5138597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	5139685	rs12387	G	A	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.093;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=2837;ReadPosRankSum=1.364;SC=ACTCACTGAAGAAAGCTCAAT;SOR=0.304;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=148;WE=5139693;WS=5139675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr10	5144562	rs35558480	C	CG	121.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=164;SC=TGGTGATGCTCGGGGGCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=5144570;WS=5144552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5147909	rs2275928	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=24;PP=790;SC=ATTTATTTCTGGAGAAGGAAT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=5147917;WS=5147899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	5149703	rs3209896	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=24;PP=748;SC=TAACATGGAGGGCTTTGCCTG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=5149711;WS=5149693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	5196273	rs1781930	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=405;SC=ATCAAATACTAAAATCCTCTC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=5196281;WS=5196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	5196479	rs1334471	C	T	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=35;PP=1562;SC=AATTTACCACCACGTCCCTAC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=5196487;WS=5196469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	5200076	rs11253019	A	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=53;PP=1574;SC=CCTTTTCCCCAAATTCTCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=61;WE=5200084;WS=5200066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	5200739	rs5782810	T	TAGG	3440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=32;PP=2240;SC=TTCGCTTTAATAGTTTTTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=44;WE=5200747;WS=5200729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	5200861	rs2020172	C	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=557;SC=CTTGGACTTGCAGAACTCCAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=5200869;WS=5200851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	5202104	rs2801889	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=167;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=255;SC=GGGCTTGTACCTGAGCCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=5202112;WS=5202094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	5202241	rs1761599	C	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=21;PP=729;SC=TGGCTTGAGACATGCAATAGT;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=5202249;WS=5202231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	5203864	rs11253021	C	T	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=78;PP=2726;SC=CTACATAGTCCGGTCCAAGTT;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=168;WE=5203872;WS=5203854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	5203944	rs11325738	AC	A	2847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=52;PP=2331;SC=AGCTGCAGTGACCAAAAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=57;WE=5203952;WS=5203934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	5204928	rs7097295	C	T	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=61;PP=1858;SC=ATCAATATGGCGGAAGCCTAC;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=5204936;WS=5204918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	5242346	rs7099651	G	A	8539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=148;PP=2965;SC=ATGCACATGTGTTTAATGGGA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=155;TCR=148;TR=303;WE=5242354;WS=5242336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr10	5244441	rs2151896	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=25;PP=663;SC=TCCTTTTCCAATTTGGATTCC;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=5244449;WS=5244431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	5246584	rs11253042	C	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=80;PP=2917;SC=AAGTATAATGCCTAAGCCATT;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=157;WE=5246592;WS=5246574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	5246670	rs1413781	A	C	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=55;PP=1937;SC=AAAGCCTCTGATTCAAAAATT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=100;WE=5246678;WS=5246660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	5254804	rs11253045	G	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=33;PP=1325;SC=GGGATAATTTGCATTTCTTAT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=5254812;WS=5254794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	5255025	rs4880718	A	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	5258955	rs2050309	C	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=257;SC=GGGTCAGCATCGGTCAACCTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=5258963;WS=5258945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	5260553	rs1413622	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=524;SC=AAAGACATTCTACAAATAGTC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=5260561;WS=5260543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	5260812	rs2398157	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=308;SC=CTGGACACACAGCCTCTGGTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=5260820;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	5415954	rs10904481	A	G	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=2446;ReadPosRankSum=-2.158;SC=GGGTGGAGCCAGAGGCACCCG;SOR=0.881;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=123;TCR=107;TR=148;WE=5415962;WS=5415944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,160:0.66:244
chr10	5435918	rs7097775	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,42:0.28:149
chr10	5436260	rs7910290	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=0.801;SC=GCTCTACCACAGCAGTGGAGA;SOR=0.642;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=41;WE=5436268;WS=5436250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr10	5436487	rs6601957	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=0.462;SC=TGAATTGGACAGTAGTGGCAG;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=24;WE=5436495;WS=5436477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr10	5437365	rs11253156	A	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,61:0.36:168
chr10	5446632	rs10904491	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=0.742;SC=AGAAACAAATGTTTCTTTACA;SOR=1.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=10;WE=5446640;WS=5446622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr10	5446794	rs7477466	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GTAGTAATGACTGAGGAGCCT;SOR=0.887;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=21;WE=5446802;WS=5446784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr10	5446942	rs4881435	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CTGAACAACCCGGGATAAAGT;SOR=0.093;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=5446950;WS=5446932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	5446965	rs4881436	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=1.345;SC=GTACACAGCTGCAGATGAACT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=5446973;WS=5446955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	5471200	rs4604777	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=720;SC=AAGGTAAGCCCTGCTGCCCTG;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=5471208;WS=5471190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	5495157	rs11253185	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=291;ReadPosRankSum=-1.616;SC=CCAAGTATAGATCCCTCATGT;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=5495165;WS=5495147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	5495218	rs4567355	T	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	5498248	rs4242790	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TAAAATGCAGGCCTTCAATAA;SOR=2.303;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=8;WE=5498256;WS=5498238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr10	5541181	rs10904516	T	C	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
chr10	5541181	.	TTC	CTT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=49;NR=45;PP=2944;QD=20;SC=CCTGGCCTTCTTCGCCGCCGT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=94;WE=5541191;WS=5541171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,94:0.62:151
chr10	5541183	rs10904517	C	T	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.14;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,109:0.67:162
chr10	5541230	rs11546426	T	C	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1843;ReadPosRankSum=-2.270;SC=TCGCCGTCGCTGTCAACCTCG;SOR=0.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=127;WE=5541238;WS=5541220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,136:0.68:200
chr10	5558349	rs4072067	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=0.676;SC=GAGGCTTGACGGGGAAAGAAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=6;WE=5558357;WS=5558339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr10	5682641	rs7896492	C	T	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=29;PP=1467;SC=ACGGGGGCAGCCACGGTCCGG;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=5682649;WS=5682631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	5682855	rs4427479	TG	CC	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=51;PP=2947;SC=ACACCTGCAATGGAACACAAA;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=84;WE=5682864;WS=5682845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	5682878	rs117315306	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=0.579;SC=CAGAGGGAATCGGAAACGCCT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=43;WE=5682886;WS=5682868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr10	5684342	rs6602421	C	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=207;SC=TCTTGCGGGCCCAGGACGGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=5684350;WS=5684332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	5684534	rs61006671	T	TA	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.648;NF=0;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=1.305;SC=AAAGTAAAGGTAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=5684542;WS=5684524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	5693379	rs6602483	A	G	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=CACGCAACCCACTTTCCCATC;SOR=0.888;Source=Platypus;TCF=93;TR=199;WE=5693387;WS=5693369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	5708311	rs6602610	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=1.559;SC=CGGCACCACTGGGACCCTGCT;SOR=0.264;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=5708319;WS=5708301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	5708360	rs75474563	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr10	5708420	rs6602613	T	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.83;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	5708420	.	TCA	CCA,CCT	1541	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=14;MQ=60.0;NF=44,15;NR=36,9;PP=1541,551;QD=19.6971401568;SC=GCGGCCGGCCTCAGGAGCCGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80,24;WE=5708442;WS=5708410;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:80
chr10	5708422	rs76394459	A	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-2.169;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr10	5708434	rs56178329	C	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=570;ReadPosRankSum=-1.862;SC=GAGCCGGCGCCGCTGCCTCGC;SOR=0.571;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=24;WE=5708442;WS=5708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr10	5766337	rs10737018	G	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=171;SC=CAAATTGACTGTAAGTACATA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=5766345;WS=5766327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	5781628	rs2254067	T	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=1.044;SC=TTCAAGAGGTTGTCAAGAAGA;SOR=1.338;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=105;TCR=52;TR=153;WE=5781636;WS=5781618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr10	5781969	rs2797486	A	T	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=63;PP=2767;SC=CAGACTTAACAGTTAGCCAAG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=5781977;WS=5781959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	5784509	rs2797488	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=894;SC=GCTGAATACCGTTAAATGTTG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=5784517;WS=5784499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	5788608	rs2797491	G	C	7368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=125;PP=2965;SC=GCTGATGAACGTACAACCTTT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=246;WE=5788616;WS=5788598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	5790420	rs2669142	T	C	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=138;PP=2965;SC=GCAGAGCCAGTGTTTCAAGCA;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=127;TCR=139;TR=264;WE=5790428;WS=5790410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	5804471	.	G	GTTT	20	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=230;MMLQ=27;MQ=48.66;NF=1;NR=0;PP=20;QD=53.0;SC=TTAACCAAAAGTTGTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=5804479;WS=5804461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr10	5804531	rs2797501	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=381;SC=TTTGAAAATAGTGGAATCCTT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=5804539;WS=5804521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr10	5837038	rs10752110	T	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=30;PP=912;SC=ATAAAGAACATTTACTAATAC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=5837046;WS=5837028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr10	5920121	rs1052420	T	C	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=GCCAGAGCCCTGAAGGACATC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=228;WE=5920129;WS=5920111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr10	5922186	rs811561	T	A	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=ATTAAAATCATTGTTTTAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=5922194;WS=5922176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	5924942	rs617165	C	G	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=72;PP=2965;SC=CAGGGAAGCTCGGACAACGTT;SOR=1.304;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=131;TCR=72;TR=203;WE=5924950;WS=5924932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	5925971	rs631947	C	A	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=76;PP=2965;SC=CGTCGATGTGCCCACACTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=156;WE=5925979;WS=5925961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	5926079	rs3750657	AT	CC	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=2698;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AGAAAATTCAATACCTCAAAC;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=73;WE=5926088;WS=5926069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr10	5926131	rs7919785	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=825;ReadPosRankSum=1.967;SC=GGTGAACTGCGTGTGTGCAAA;SOR=1.502;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=45;WE=5926139;WS=5926121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr10	5926154	rs7907053	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=616;ReadPosRankSum=-1.707;SC=ACCTGTGAGCATGGAGCTCTC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=35;WE=5926162;WS=5926144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr10	5932187	rs2253422	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGGAAGTCGGCGGGCGTCTCG;SOR=1.206;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=5932195;WS=5932177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	5932475	rs10905405	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	5936425	rs12781700	C	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=803;ReadPosRankSum=0.225;SC=GTCAGGAGACCCGGGTTCTTG;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=53;WE=5936433;WS=5936415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr10	5948638	rs7082434	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=1.310;SC=TCTAAAAGCACGTAACTTTGC;SOR=1.096;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=31;WE=5948646;WS=5948628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr10	5951025	rs595923	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=896;ReadPosRankSum=0.943;SC=TACGGTGAGCTTTGCCTGTGC;SOR=0.729;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=215;TCF=115;TCR=100;TR=67;WE=5951033;WS=5951015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,71:0.31:228
chr10	5952854	rs7067928	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TTCGTATTAACCATGGCCTGT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=5952862;WS=5952844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	5957270	rs10508298	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=0.491;SC=GCTCTCAAGACAGAGGTGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=5957278;WS=5957260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr10	5960209	rs2387092	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=487;ReadPosRankSum=1.775;SC=TCCAGTGTGCCCTGGCTTAGC;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=24;WE=5960217;WS=5960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	5966192	rs2274030	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=248;SC=GCTCTTGCGCAGCTGCTTAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=5966200;WS=5966182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	5967158	rs2669126	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=0.748;SC=TTTTCTGTTCCCGACAGTTGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=5967166;WS=5967152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	5967176	rs11255971	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGTCTGTTCCCGACAGTTGTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=5967184;WS=5967166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	5978411	rs646406	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=40;NR=18;PP=1195;SC=TCGCTCTTTCTTTCTCAGGAG;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=5978419;WS=5978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	5990899	rs4367845	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr10	6000259	rs17320853	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=595;ReadPosRankSum=1.216;SC=TATGTTTATTTATACAGTCTC;SOR=0.877;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=49;WE=6000267;WS=6000249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr10	6000409	rs12260233	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=76;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AGTGCAGTGGTGTGATCACAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=6000417;WS=6000399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr10	6002368	rs2228059	T	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=776;ReadPosRankSum=-1.280;SC=GAGTTCCCAGTTCTTGGCTGT;SOR=1.110;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=68;WE=6002376;WS=6002358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,71:0.30:237
chr10	6005674	rs3136614	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=25;PP=1495;SC=GGGAGGGAATGAATGTCCTCG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=6005682;WS=6005664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	6042034	rs10795731	C	T	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	6061277	rs7069976	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=530;SC=CAACCTACCAGTCAACCAACT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=6061285;WS=6061267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	6061781	rs10752175	T	C	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=83;PP=2965;SC=CCTGGTCACCTCTGCCCTTTT;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=143;TCR=83;TR=225;WE=6061789;WS=6061771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	6062051	rs9804284	T	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=563;SC=ATGCCACCCCTCATGGTTCCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=6062059;WS=6062041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	6063674	rs942200	T	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=76;PP=1990;SC=ATGGAAGGAATGCTCTGAAGG;SOR=1.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=118;WE=6063682;WS=6063664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	6066195	rs12358961	T	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GGAGGACAGATTCATCTCTCA;SOR=0.297;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=54;WE=6066208;WS=6066185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr10	6066200	rs11256369	C	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=807;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ACAGATTCATCTCTCACCTGG;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=26;WE=6066208;WS=6066185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr10	6067688	rs2025345	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TATCCTGTAGACTGGACTGGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=6067696;WS=6067678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	6150828	rs374720400	GCTCTGTC	G	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=228;SC=AGCCTGCCTGGCTCTGTCACC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	6150837	.	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	6150843	.	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	6150844	.	C	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.25;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	6150845	.	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.93;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	6150848	rs75593307	ACCTG	A	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=162;SC=CTGAGGCCGCACCTGGATCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	6156118	rs10795823	T	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=29;PP=1095;SC=GAAGTAAGAGTGTTTTCTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=6156126;WS=6156108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	6187115	rs11256972	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.327;SC=GCCCGGGGCCAAGCGAGACGC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=9;WE=6187123;WS=6187105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr10	6188591	rs7074372	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TTGTCGATGTAGGCTCTGGTT;SOR=2.808;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=15;WE=6188599;WS=6188581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	6258015	rs2148293	T	C	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=13;PP=1806;SC=TGTCGGGGCGTGTCGGGAGTT;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=77;WE=6258023;WS=6258005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	6258052	rs2148294	G	A	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=55;PP=2764;SC=CGGATGCACCGGCGCTGACAT;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=146;WE=6258060;WS=6258042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	6258300	rs2516622	A	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=26;PP=611;SC=CTCAGGAAGGAGGATGTGGGG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	6258311	rs2516623	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=450;SC=GGATGTGGGGTGGACTCAGGG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	6258796	rs2182412	T	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=55;PP=1636;SC=AGGAAAAGGCTTCAGGAAGCG;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=6258804;WS=6258786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	6258840	rs5782881	GC	G	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=927;SC=CCCTCCTGCTGCCCATGTTCC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=6258848;WS=6258830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	6258937	rs2765827	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=796;SC=CTTGGGGGCCATGGGGCGTTC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=6258945;WS=6258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	6259239	rs2516624	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=573;SC=GACCGGGTCCGGCTCGGAAGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=6259247;WS=6259229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	6261704	rs1557111	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=324;SC=TGAGGGTTCTTACTGAATTCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=6261712;WS=6261694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	6266956	rs4747951	G	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=153;SC=GGGGTGGCGGGTGGGGAGGCG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6266964;WS=6266952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	6271036	rs41291281	G	C	4190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TTTATTTCCTGTTTGCTCCTT;SOR=0.758;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=295;TCF=149;TCR=146;TR=186;WE=6271044;WS=6271026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,191:0.64:299
chr10	6319702	rs59833671	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCAGCACCACGCTTTCTGTAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=6319710;WS=6319692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	6368707	rs7087657	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=0.966;SC=AAACAACCCACATTTATAAAG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=22;WE=6368732;WS=6368697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
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chr10	6498723	rs11258943	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=764;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CAAAATCCGCGATCTTGATAT;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=53;WE=6498731;WS=6498713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
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chr10	6506472	rs41301101	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-2.341;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	6506481	rs35896644	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-2.205;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	6533877	rs3815975	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr10	6533900	rs3815974	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=80;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCATTTTAAACCATCATTGTC;SOR=0.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=11;WE=6533908;WS=6533890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr10	7230524	rs2462712	G	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=517;SC=AAGTGGCAAGGTTCAAAGTAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=7230532;WS=7230514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	7230824	rs2762607	A	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=870;ReadPosRankSum=0.396;SC=AAGTGAAGAAACGTGATTAAG;SOR=2.476;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=38;WE=7230832;WS=7230814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr10	7239386	rs2762604	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=18;PP=1546;SC=ATGGAGAGAACGGAGGTCTCG;SOR=2.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=77;WE=7239394;WS=7239376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	7242292	rs190675340	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=1.519;SC=AGATGTATTCATATCGACCTA;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=27;WE=7242300;WS=7242282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr10	7285632	rs2248474	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	7423960	rs2254756	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=469;SC=ATCATATTGATTATATTCACT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=7423968;WS=7423950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	7423984	rs2254760	G	T	345.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	7601708	rs7092583	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.441;NF=4;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.423;SC=GCCAGCAGACATGGTGTCTGG;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=8;WE=7601716;WS=7601698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr10	7601770	rs7074077	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.996;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr10	7605067	rs3824658	C	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.066;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1111;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GGACATTCCCCGGCCAAGTGT;SOR=1.223;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=68;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr10	7605077	rs61199416	TC	T	4269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=40;PP=2962;SC=CGGCCAAGTGTCCATCCCTGT;SOR=1.322;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=83;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	7605101	rs10795551	A	G	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=51;PP=2965;SC=AAATGGATGGAATGCCAGGTA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=142;WE=7605109;WS=7605091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	7605457	rs10737022	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=300;SC=GCCACAGCCCGAGACTGGACT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=7605465;WS=7605447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	7614918	rs11255194	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=0.136;SC=TTTTTGTATTTTTAGTAGAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=7614926;WS=7614917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	7614936	rs10737023	T	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=452;SC=AGACGAGGTTTCACCATGTTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=7614944;WS=7614926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	7615195	rs4747517	C	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=231;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATGGTCATTCCTTAAAGAAGA;SOR=0.691;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=26;WE=7615203;WS=7615185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr10	7618501	rs2275068	A	G	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CCTCCAGGCCATCCATGCGTG;SOR=1.106;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=80;WE=7618509;WS=7618491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr10	7618686	rs2275069	T	G	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.258;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=83;PP=2616;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ATGTGGTTGGTGTCCCCCTCT;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=158;WE=7618694;WS=7618676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,162:0.64:255
chr10	7618993	rs10458802	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.74;ReadPosRankSum=0.974;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr10	7618997	rs10458803	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.31;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr10	7621578	rs11255201	C	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=359;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CATGGTGACACCTCCCATTGC;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=20;WE=7621586;WS=7621577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr10	7622047	rs12256183	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=281;SC=ACCAACACGGAACAGCTCAAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=7622055;WS=7622037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	7622075	rs12262854	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=194;SC=ACTCACCTCCGCACTCTGATT;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=7622083;WS=7622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	7629168	rs945149	C	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=293;SC=CAGGGATGCTCAGTGATAACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7629176;WS=7629158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	7629203	rs4747526	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=21.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	7629411	rs4747527	T	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr10	7629417	rs4747528	A	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr10	7683873	rs41382649	A	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=381;ReadPosRankSum=0.591;SC=TTCATCCCTGACCAGCGTGTC;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=25;WE=7683881;WS=7683863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr10	7697504	rs11255267	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TATATGTTTTGGAGGATCTGC;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=79;WE=7697512;WS=7697494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,81:0.74:110
chr10	7759595	rs7072478	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TTAGGAGCAGCGCTCTTGATA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=34;WE=7759603;WS=7759585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr10	7763661	rs7075296	A	G	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=110;PP=2965;SC=ATATGCCCTAACTGCCGGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=132;TCR=111;TR=242;WE=7763669;WS=7763651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	7765661	rs2274456	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=0.265;SC=ACAGACTGCCGGTGTCAACTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=7765669;WS=7765651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	7769101	rs2274455	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr10	7769604	rs2277226	A	G	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=18;PP=1956;SC=CTGAATCCAGAATGGGATTTT;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=82;WE=7769612;WS=7769594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	7773976	rs7098319	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=82;PP=2392;SC=CCACTTATCCATTTATTCTAT;SOR=1.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=36;TCR=82;TR=118;WE=7773984;WS=7773966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	7788495	rs7912419	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=23;PP=1754;SC=GAGTCAATAATGAGCCTCTTT;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=84;WE=7788503;WS=7788485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	7795911	rs7342066	A	G	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=GTTTGGCACCATACCTGTGTC;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=226;WE=7795919;WS=7795901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr10	7797903	rs138937189	C	CAACT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=85;SC=TTTAGCTGAACAACTATACAG;SOR=2.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=7797911;WS=7797893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	7798150	rs41290295	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	7804308	rs1980856	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=582;SC=GCAGTTAATGCCGCCAAGACA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=7804316;WS=7804298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	7808086	rs3736968	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=353;ReadPosRankSum=-0.843;SC=ACATAATGTCTTAAATTATCT;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=23;WE=7808094;WS=7808076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr10	7811407	rs2296734	G	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GTGTGACATAGTAATTTACAG;SOR=1.008;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=19;WE=7811415;WS=7811397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr10	7816662	rs45516304	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=0.072;SC=AAAAAACAACGCAACCAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=7816670;WS=7816652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	7820704	rs111726843	A	AAACAAC	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=510;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TCCATCTCCAAAACAACAACA;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=7820712;WS=7820694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	7829759	rs17553878	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=842;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CCTGGGAAGACGGGGCCACTC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=133;TCR=49;TR=63;WE=7829767;WS=7829749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,67:0.35:190
chr10	7830064	rs2070594	A	T	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CGTAGCGCGAAGAAACGAGAC;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=111;WE=7830072;WS=7830054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
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chr10	7838208	rs1244418	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=0.272;SC=GCTTTAGCCCATTGTGTATTT;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=28;WE=7838216;WS=7838198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
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chr10	7866576	rs1244472	A	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=3.032;SC=TGGATTTTTAATCCTCTTAGC;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=7866584;WS=7866566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr10	8006798	rs4747647	A	G	7095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=108;PP=2965;SC=TCCGCGAACAATTTCACAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=124;TCR=108;TR=232;WE=8006806;WS=8006788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
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chr10	8019124	rs10795584	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=20;PP=1232;SC=TCAGTTTGTGAGAGTGGGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=59;WE=8019132;WS=8019114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr10	8111409	rs422628	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=48;PP=2881;SC=GTTTTGATTTCACCCTCTCCT;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=142;WE=8111417;WS=8111399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr10	8115668	rs373223232	TA	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.102;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
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chr10	9449530	.	G	A	8039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=3.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQRankSum=-0.397;QD=24.22;ReadPosRankSum=-3.139;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,205:0.62:332
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chr10	11047207	rs2773499	C	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.371;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.447;NF=12;NR=3;PP=486;ReadPosRankSum=-0.793;SC=AGTGGGAAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=15;WE=11047226;WS=11047197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	11207166	rs57761011	T	TC	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.623;NF=6;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=-0.339;SC=CTCCCGAGCCTCCAAGATGTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=11207174;WS=11207156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	11290997	rs2653522	A	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=590;SC=TACCTGGAGAAGTCTTGTTGT;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=11291005;WS=11290987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	11299607	rs56183744	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=422;ReadPosRankSum=0.921;SC=TTGGTCTCACATGGCTGGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=30;WE=11299615;WS=11299597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr10	11299735	rs2277212	A	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TAGGAATGGTATCGAAGAAAT;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=34;WE=11299743;WS=11299725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr10	11308790	rs72051267	TTC	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	11316813	rs67013685	TAGTG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=163;SC=GCAGCAGTGTTAGTGAGTTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=11316824;WS=11316803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr10	11330525	rs2277214	G	A	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.273;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=2.501;SC=GGTGAGTGTGGGGGGTGCTCT;SOR=2.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=45;TCR=121;TR=164;WE=11330533;WS=11330515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr10	11356093	rs5783207	T	TTTTG	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=1051;SC=TCTGTTTTCCTTTTTTCAGTG;SOR=2.621;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=22;WE=11356101;WS=11356083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	11356160	rs2246449	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=436;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TGACCTCTCTCGGGACTCTGC;SOR=1.025;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=28;WE=11356168;WS=11356150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr10	11360673	rs2279809	A	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=20;PP=1663;SC=TTTGGCAAAAAGGAGAAAGAG;SOR=2.331;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=79;WE=11360681;WS=11360663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	11362789	rs35548374	GT	G	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.968;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.077;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	11367780	rs3832668	CT	C	4201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=58;PP=1966;SC=CTTACTCTGACTTTTTTTTTC;SOR=1.088;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=97;WE=11367788;WS=11367770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	11504752	rs12570211	T	C	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1683;ReadPosRankSum=0.156;SC=AATCCACTGGTGGAATGATCA;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=125;WE=11504760;WS=11504742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,130:0.66:197
chr10	11505175	rs3740204	A	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TTCTCGGGCTAGGAGGGTAAA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=75;WE=11505183;WS=11505165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,79:0.67:118
chr10	11527786	rs3824642	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=872;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GGTGGGTAGGTGGGTGTAAGT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=76;WE=11527794;WS=11527776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr10	11532658	rs17150444	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=2.141;SC=ATCAGCTCTGTTCTAAGGCCC;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=13;WE=11532666;WS=11532648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr10	11567271	rs10508424	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	11569722	rs17150509	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=TATTTGTAACTACAACTTTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=11569730;WS=11569712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	11653772	rs145486773	C	CGCGGCCCCGG	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=2687;ReadPosRankSum=1.491;SC=GCCATATTGGCGCGGCCCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=8;WE=11653780;WS=11653762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr10	11784978	rs7076220	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGTCACTGGGCCTCCAGTCGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=11784986;WS=11784968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	11789290	rs4750089	G	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=0;PP=492;SC=GGAATCGCAGGGGTCCTCACT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=11789298;WS=11789280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	11789382	rs4750090	G	A	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=43;PP=2060;SC=GAAGAGGAACGCGTTGTCACT;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=113;WE=11789390;WS=11789372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	11789405	rs4750091	G	A	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=59;PP=2758;SC=CAATGCTGAAGTCTCTCCAAA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=147;WE=11789413;WS=11789395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	11789511	rs4750092	C	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=57;PP=1784;SC=GCAGTGCCCACAAGAGCTTTC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=11789519;WS=11789501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	11789637	rs4750093	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	11791741	rs58243400	CCCAGCAAT	C	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=1221;SC=GATCCTTTATCCCAGCAATCC;SOR=2.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=11791756;WS=11791731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	11797436	rs7899215	T	C	12295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=211;PP=2965;SC=ACCACCCCGTTCCCGTCATTG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=443;TCF=232;TCR=211;TR=443;WE=11797444;WS=11797426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr10	11797467	rs7910140	G	A	11039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=199;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCGCGGCTGCCGG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=196;TCR=199;TR=395;WE=11797475;WS=11797457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr10	11797619	rs902892	C	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=64;PP=2116;SC=TAATTTAACTCCCCCCACCCA;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=111;WE=11797627;WS=11797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	11805354	rs12258196	A	G	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,128:0.62:205
chr10	11805357	rs10906011	G	A	5020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,127:0.63:203
chr10	11912431	rs12253600	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	11978499	rs7921794	T	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=914;ReadPosRankSum=1.058;SC=AACCTAACTGTATAACTCACA;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=59;WE=11978507;WS=11978489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr10	12046455	rs9943399	T	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	12068542	rs12415637	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.851;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,59:0.26:228
chr10	12071397	rs11257490	G	A	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1557;ReadPosRankSum=1.110;SC=AACTTGAGTCGAGGCGGCTGA;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=107;WE=12071405;WS=12071387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,115:0.58:199
chr10	12111090	rs1279138	T	C	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=91;PP=2965;SC=TCTCCCTCTCTTCTGGCGTGG;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=12111098;WS=12111080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	12123666	rs10906066	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=809;SC=CGGAGCTGCACACCAGGCCAG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=12123674;WS=12123656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	12126490	rs11257527	A	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=463;SC=ACATCATGTTAAGGAACATGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=12126498;WS=12126480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	12131081	rs3740015	T	G	7795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=129;PP=2965;SC=TGTGGACCTGTACTTTGGGGC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=133;TCR=129;TR=262;WE=12131089;WS=12131071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr10	12140030	rs10906076	C	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=48;PP=1484;SC=TATTGCTTCTCCTTCCTGCTC;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=61;WE=12140038;WS=12140020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	12143105	rs2062988	C	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=36;PP=1734;SC=GGCATGCAATCGTGGTTTGCC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=94;WE=12143113;WS=12143095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	12148259	rs1701472	A	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=55;PP=2611;SC=GCAACAGCCCACTGTCAGAAG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=138;WE=12148267;WS=12148249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	12148286	rs1615510	T	C	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=66;PP=2548;SC=TCCTGGGATTTGAATATGGGA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=147;WE=12148294;WS=12148276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	12149939	rs1722462	C	T	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=66;PP=2752;SC=AAAGCGGCATCGTCATCCTCC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=12149947;WS=12149929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	12159647	rs2399771	A	G	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=67;PP=2965;SC=TGCTTGCTGGATGTGTGGCCT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=163;WE=12159655;WS=12159637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	12159845	rs142437056	ATCTCCCCTCTCCTATTTT	A	719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=1736;SC=GGTGATGCAGATCTCCCCTCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=12159870;WS=12159835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	12160602	rs11257543	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.83;QD=45.34;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	12160606	rs11257544	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.40;QD=42.25;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	12160623	rs11257545	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=528;SC=CCTCGTGATCCGCCCGCCTTG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=12160631;WS=12160613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	12171740	rs11257552	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=23;PP=833;SC=TCGAGCGAAGGCAGCGCCGAG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=12171748;WS=12171730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	12172775	rs7070684	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=624;SC=AAGTAATTGCGGTTTTCAATT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=12172783;WS=12172765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	12197259	rs10906089	A	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=149;SC=TATTCTGTACACATTTTATAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=12197267;WS=12197249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	12203197	rs2399784	C	G	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=147;SC=AGCACTTTGGCAGGCTGAGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=12203205;WS=12203187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	12212186	rs11257577	T	A	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=49;PP=1711;SC=AATTATACAATGCATCTACAT;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=85;WE=12212194;WS=12212176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	12215870	rs35088067	CT	C	258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=61.19;NF=1;NR=18;PP=262;SC=TTAAACCCTCCTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=12215878;WS=12215860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	12227067	rs2140660	C	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=633;SC=CAATAATCATCTTTCCTTCCC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=12227075;WS=12227057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	12238325	rs141093124	TGGGA	T	6911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=65;PP=2947;SC=AGAGGTGAGATGGGAGGGGGT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=89;WE=12238336;WS=12238315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	12252217	rs2271804	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=2.117;SC=ATTTTTAGATGGAGCACTGCT;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=5;WE=12252225;WS=12252207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr10	12288302	rs36042706	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=800;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GACAGATACAATGTAAACCTT;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=61;WE=12288310;WS=12288292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr10	12292286	rs12779647	C	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=709;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GCTATTTTAACATCCCCTTGG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=58;WE=12292294;WS=12292276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,60:0.38:157
chr10	12292344	rs10951	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,75:0.39:194
chr10	12292348	rs12590	G	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=0.242;SC=GAGCGTACTGGAACTGGAGAA;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=109;WE=12292356;WS=12292334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,116:0.60:192
chr10	12292454	rs1051055	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GACATCAGCCACTTTTTATAT;SOR=0.607;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=19;WE=12292462;WS=12292444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr10	12595037	rs2815629	G	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=419;SC=CCACTGCGCCGGGCTGCCCCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=12595045;WS=12595028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	12595147	rs2895524	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=900;ReadPosRankSum=1.825;SC=ACTCAAACTTCGGTGGTAGGG;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=63;WE=12595155;WS=12595137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,69:0.61:113
chr10	12595443	rs1077744	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-2.295;SC=AGACTTTCCCCGGGGGCAGAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=12595451;WS=12595433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	12856057	rs10795984	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.746;NF=29;NR=7;PP=645;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CAAATTGCTGGGATTACCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=36;WE=12856065;WS=12856047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	12866356	rs2482023	A	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=183;SC=CACCCTGTCCACGACTGAGCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=12866364;WS=12866355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	12867598	rs1757051	C	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=59;PP=2867;SC=CGGCCGTCGTCAGACATATGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=149;WE=12867606;WS=12867588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	12870714	rs2482075	A	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1015;SC=AGTGGGAAGCAGGGTGAGAAT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=12870722;WS=12870704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	12940377	rs10752280	T	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=202;SC=TCAATTACCGTCAGGATTGGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=12940385;WS=12940367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	12940455	rs10906249	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=13;PP=1202;SC=GCCCCCGGGCATTGATGTGCG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=12940463;WS=12940445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	13151354	rs10906303	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.340;SC=ATCCCTTTGCACTAAGGCTTG;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=13;WE=13151362;WS=13151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr10	13152504	rs34617995	GT	G	132.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	13158262	rs2244380	C	T	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=40;PP=1603;SC=TTTCTGTTTTCACAGGAAGGA;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=13158270;WS=13158252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	13164332	rs765884	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=2.134;SC=ATAATTGCTATTTCTCTTAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=13164340;WS=13164322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	13164596	rs489040	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr10	13166076	rs523747	A	G	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=73;PP=2322;SC=AAAACTCAGCAAAGCTGAGCT;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=119;WE=13166084;WS=13166066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	13167860	rs676302	G	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	13206233	rs7090944	A	T	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=GTTTTCTGTTACTCTGTTTCA;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=178;WE=13206241;WS=13206223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	13212848	rs75610705	A	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CCATGGGGTCATTTAAATTGC;SOR=0.491;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=16;WE=13212856;WS=13212838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr10	13212884	rs2147279	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=0.606;SC=TGGAATTAGCCGTGCTTATTC;SOR=0.583;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=25;WE=13212892;WS=13212874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr10	13213210	.	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=439;ReadPosRankSum=0.857;SC=ACTGAAAATAGGGTCCTCCCT;SOR=1.227;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=29;WE=13213218;WS=13213200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr10	13214427	rs17152897	A	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GAGCAGCTAAAAGTAACAACA;SOR=0.905;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=148;TCR=100;TR=87;WE=13214435;WS=13214417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,94:0.36:264
chr10	13230950	rs2296222	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=545;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GCGTGCGGATCTGCAGTCCAC;SOR=1.076;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=48;WE=13230958;WS=13230940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,49:0.32:152
chr10	13231194	rs2296221	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	13237015	rs10796036	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=343;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCCTGTTTGCGTATTTTGACT;SOR=0.529;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=28;WE=13237023;WS=13237005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr10	13271513	rs112352250	GA	G	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.664;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr10	13275510	rs7893239	C	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.930;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr10	13275514	rs4750327	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=532;SC=TGGACGCGGGATGGGGTCCCT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=13275522;WS=13275500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	13275553	rs3829925	T	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=37;PP=1780;SC=ACCTCATCTCTGGACTTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=13275561;WS=13275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	13275643	rs4750328	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,54:0.27:199
chr10	13275676	rs3829926	T	C	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=87;PP=2965;SC=GTGGGGGTGCTGGGGCTGCTG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=182;WE=13275684;WS=13275666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	13275691	rs10796042	G	T	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=2139;ReadPosRankSum=0.424;SC=CTGCTGCTTCGCTGGCTGCAC;SOR=0.444;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=137;WE=13275699;WS=13275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,143:0.73:195
chr10	13276013	rs145048266	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
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chr10	13276179	rs942418	A	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=52;PP=1800;SC=AACACCCTCCACCTTGACCCT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=13276187;WS=13276169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	13320411	rs825625	A	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=31;PP=959;SC=GCCCTCCATTAACCTTCAATT;SOR=1.131;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=13320419;WS=13320401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	13325946	rs648173	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.189;SC=AAGCATTTCTCTCTCCCAAGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=8;WE=13325954;WS=13325936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr10	13334058	rs1408364	A	G	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=133;SC=TTGCAAACAAAGCATGAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=13334066;WS=13334048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	13337319	rs654536	A	C	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=137;SC=CAGAGTGAGAACCTTTCTCTA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	13337330	rs654553	T	C	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=197;SC=CCTTTCTCTATAAAAAATAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	13337588	rs1747682	G	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=418;SC=GGGTTAGAACGTTATTATCCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=13337596;WS=13337578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	13337699	rs72781358	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	13340293	rs7916926	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=14;WE=13340301;WS=13340283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	13340339	rs10796054	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGCTGAGGCAGGAGGATTACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=13340347;WS=13340329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	13341836	rs511959	G	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=311;SC=AGGCGGGGACGCGGCGCTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=13341844;WS=13341827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	13341900	rs512109	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=705;SC=CACCCGGACCAGGGCCACCAC;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=13341908;WS=13341890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	13350198	rs72781379	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=339;ReadPosRankSum=-2.074;SC=GGTTTGCTCTGATGACGCTGC;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=27;WE=13350206;WS=13350188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr10	13361421	rs10906347	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=1027;ReadPosRankSum=0.337;SC=GCCTCTGCTGCTTCTGCAGAG;SOR=1.376;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=52;WE=13361429;WS=13361411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr10	13363973	rs72781398	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.631;SC=TGGTGTCAGACCTGCACTGCT;SOR=0.216;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=8;WE=13363981;WS=13363963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	13364914	rs62641685	C	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=0.152;SC=TCTTGGCCAGCACCGGGAGGT;SOR=0.571;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=35;WE=13364922;WS=13364904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr10	13370315	rs3740211	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=3;PP=522;SC=CTGTCTTGGACCCCTGGGACC;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=13370323;WS=13370312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	13375906	rs10752297	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=43;PP=1464;SC=CTGTTACAGATGTTCCTGCTT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=13375914;WS=13375896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	13378445	rs2275128	A	G	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=139;PP=2965;SC=GAGAACGTGGAGACTTTCCAG;SOR=1.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=94;TCR=139;TR=233;WE=13378453;WS=13378435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr10	13481427	rs12415754	T	A	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TTGTCTGAGGTGAGCTCTGCA;SOR=0.916;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=115;WE=13481435;WS=13481417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,122:0.63:193
chr10	13483868	rs7902755	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TGTAGCCCCCCAAAAGAAGAA;SOR=0.542;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=8;WE=13483876;WS=13483858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr10	13489148	rs10675399	T	TGCAGA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr10	13489201	rs11408564	A	AT	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.645;NF=15;NR=10;PP=847;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATCGTTTTCAATGCAAATAGT;SOR=1.480;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=25;WE=13489209;WS=13489191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,34:0.27:124
chr10	13494396	rs3832669	TAA	T	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=384;ReadPosRankSum=0.551;SC=AATAAGACTTTAAGAGAGCAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=13494405;WS=13494395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	13494594	rs2277222	T	C	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1585;ReadPosRankSum=-1.944;SC=GTAGAATCTGTACCCAATCTC;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=104;WE=13494602;WS=13494584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,115:0.61:188
chr10	13534851	rs2251555	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr10	13541724	rs113234105	T	TAAAAC	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.437;NF=4;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=2.696;SC=TATTTAGAAATAGAACAGTAC;SOR=0.383;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=8;WE=13541732;WS=13541714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr10	13570569	.	GGCGGCAGCGGCGGCA	G	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=2465;SC=CTGAGGAGGCGGCGGCAGCGG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=13570591;WS=13570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	13570673	rs10906401	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.72;NF=5;NR=9;PP=234;SC=GGAGTCGGCGAGGGGAGGCCG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=13570681;WS=13570663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	13633835	rs10906419	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=27.04;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	13633929	rs10796097	T	G	340.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=2.046;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr10	13653490	rs2478121	C	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=308;SC=AAATTCCATCCGATTTTTAAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=13653498;WS=13653480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	13658335	rs2253308	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=32;PP=1578;SC=AATACTTTCAGTAAGAATTTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=13658343;WS=13658325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	13693883	rs11258499	C	T	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=135;PP=2965;SC=GCAGTAGGAACAAAACTCCCC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=132;TCR=136;TR=267;WE=13693891;WS=13693873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr10	13702668	rs10796105	T	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.72;NF=0;NR=6;PP=131;SC=AACCCACACCTTCACCCCTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=13702676;WS=13702658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	13705298	rs10796108	G	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=410;SC=CCCAACCAAAGAGGTGAATAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	13705307	rs55876188	ACT	A	840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=745;SC=AGAGGTGAATACTGGGAAATG;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	13735603	rs943090	G	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=493;SC=TTGCCATGGGGATTGTGAAAC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=13735611;WS=13735593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	13743646	rs1541005	G	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=508;SC=TGCGCACACAGCTTACAGACA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=13743654;WS=13743636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	13782124	rs10906462	A	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=18;PP=1395;SC=AGAAGAAAACATATAACGAGA;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=74;WE=13782132;WS=13782114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	13838329	rs3740123	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=1082;ReadPosRankSum=0.973;SC=CTGCACCCTCGCACCCCGCCT;SOR=0.428;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=19;WE=13838348;WS=13838319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	13838340	rs3740122	T	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CACCCCGCCTTTCCATCTATG;SOR=0.538;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=30;WE=13838348;WS=13838319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr10	13838604	rs3740121	A	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=515;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GAAAATAGAGACAAATTGGTT;SOR=0.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=38;WE=13838612;WS=13838594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr10	13900677	.	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.323;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=1.391;SC=CAGATACAACCAAAATAGCAC;SOR=2.030;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=12;WE=13900685;WS=13900667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr10	14372258	rs1218445	G	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=12.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr10	14425185	rs6602724	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCTTCTTCATCACTGACCGCT;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=17;WE=14425193;WS=14425175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr10	14425204	rs12780876	T	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=531;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CTTGCTTCAGTCAGGCTGTTC;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=38;WE=14425212;WS=14425194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr10	14572644	rs7922221	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=409;SC=CTGGGGCATCGCTGATAAATA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=14572652;WS=14572634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	14882040	rs140243251	AAT	A	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=518;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATACATTGTAATATATATAT;SOR=1.234;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=14882049;WS=14882030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	14882060	rs3830599	AT	A	432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=24.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	14884509	rs12770830	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=717;ReadPosRankSum=0.394;SC=ATATTTAAAGGCCTATGTTGC;SOR=0.894;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=63;WE=14884517;WS=14884499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,68:0.32:214
chr10	14891406	rs17155992	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=463;ReadPosRankSum=0.282;SC=ACATTATGACGTTGTGTCTTC;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=31;WE=14891414;WS=14891396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr10	14891524	rs45606139	A	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1230;ReadPosRankSum=1.574;SC=TCTGTGTCCAAATATATCACC;SOR=0.571;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=79;WE=14891532;WS=14891514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr10	14920685	rs200159062	T	TG	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCCTCGCGCTTGGGGCCGGGC;SOR=0.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=14920693;WS=14920675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr10	14941055	rs7896464	T	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=241;SC=AATCAACCAGTTACAGTTAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=14941063;WS=14941045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	14941233	rs60006238	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=404;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GCAGGAAGATCGCTTGATCCC;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=30;WE=14941241;WS=14941223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr10	14941654	rs17353856	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=6.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,57:0.20:287
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chr10	14974843	rs35927251	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=644;ReadPosRankSum=0.106;SC=GGAATCACTTGCACACGTACC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=110;TCR=121;TR=66;WE=14974851;WS=14974833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,71:0.29:246
chr10	14974905	rs12768894	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,41:0.26:158
chr10	14976414	rs7076862	G	A	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=69;PP=2965;SC=TTGGTGAACAGATATTCATAG;SOR=1.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=135;TCR=69;TR=203;WE=14976422;WS=14976404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	15008493	rs4750568	A	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=9;PP=750;SC=GTAAAACCAAAATCAGTAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=15008501;WS=15008483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	15014369	rs1935401	C	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=527;SC=TTGTGGGTATCATACTTTAAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=15014377;WS=15014359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	15014418	rs1935400	C	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=16;PP=1286;SC=TACTTTGTTTCTGTAAGTCAT;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=15014426;WS=15014408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	15014440	rs1935399	A	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=30;PP=1957;SC=CTTTTTAACTATTTGATAGTA;SOR=1.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=15014448;WS=15014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	15014698	rs4418687	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	15014702	rs4295952	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	15057592	rs190111781	G	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TTCTTGAAAAGCAGTTTTTGG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=15057600;WS=15057582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	15154974	rs7072269	A	G	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1258;ReadPosRankSum=-2.503;SC=TAGGAGCAAAAGTGCTGTCAG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=73;WE=15154982;WS=15154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr10	15296572	rs3824620	A	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=583;SC=ACAGTTTCAAAGCACTTGAAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=15296580;WS=15296564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	15317834	rs45612734	GA	G	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=307;ReadPosRankSum=0.575;SC=AATAAAAACTGAAAAAAATAT;SOR=0.681;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=15;WE=15317842;WS=15317824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr10	15413071	rs192904368	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	15573050	rs1041135	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=39;PP=1751;SC=GATACTCACTACTATGCTTCC;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=15573058;WS=15573040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	15573205	rs9333240	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTAAGAGTTATACTGGCAGCC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=6;WE=15573213;WS=15573195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr10	15590372	rs9333229	G	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=256;SC=ATTAGAAATCGCTATGAAAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=15590380;WS=15590362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	15600271	rs2277204	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=16;PP=510;SC=TTTAGCCTTGAACTCTAGGCA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=15600279;WS=15600261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	15634093	.	G	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=358;ReadPosRankSum=3.247;SC=AAGAAGAAATGGGCTGTGAAA;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=23;WE=15634101;WS=15634083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr10	15648243	rs2282383	C	T	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=76;PP=2881;SC=CCCCAGAGAGCTTGCTTGAGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=166;WE=15648251;WS=15648233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	15650401	rs3041592	TAC	T	70.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=141;SC=TATTTCTAATTACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=15650410;WS=15650391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	15685983	rs4748191	A	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=9;PP=1011;SC=AATGGACTCTATTTCAGGACG;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=15685991;WS=15685973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	15713507	rs7100228	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1263;SC=CCTTTGGTATAGCAAATAAAA;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=15713515;WS=15713497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	15713541	rs6602051	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=32;PP=1878;SC=AAAAACTTTATATGCCATTTT;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=15713549;WS=15713531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	15713667	rs7100510	C	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=68;PP=2054;SC=GAAAAAGAAACAAACTAATCA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=15713675;WS=15713657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	15729923	rs1954181	C	T	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=118;PP=2965;SC=CACAAGCCCACGGCTCATACT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=116;TCR=118;TR=234;WE=15729931;WS=15729913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	15760670	rs2298031	C	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=737;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ACAAGCTAAACGAGCAGCACA;SOR=1.167;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=40;WE=15760678;WS=15760660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr10	15761527	rs9333070	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=0.180;SC=AGCGCCTTCGTCCCCGCGCGC;SOR=0.370;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=25;WE=15761535;WS=15761517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr10	15761770	rs11575600	TCTCC	T	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=1009;ReadPosRankSum=1.570;SC=CCGGGCGACATCTCCCTCCGC;SOR=1.854;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=23;WE=15761781;WS=15761760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr10	15879441	rs7903095	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=1.432;SC=GTTTTGGGACGTTTCTAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=15879449;WS=15879431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	15883377	rs7097118	A	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=375;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AGATTCATTAAAACAAAGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=19;WE=15883385;WS=15883367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr10	16526840	rs2275731	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=458;ReadPosRankSum=0.060;SC=TTCTTTGACAGTATTTGTTCA;SOR=1.284;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=22;WE=16526848;WS=16526830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr10	16547058	rs7904014	A	G	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=42;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AGTTTGCTCAACTTGGCTGCT;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=118;WE=16547066;WS=16547048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,129:0.63:205
chr10	16556710	rs7909832	T	C	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=122;PP=2965;SC=CACGCACCTATGTGAAACAGA;SOR=1.427;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=76;TCR=122;TR=198;WE=16556718;WS=16556700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	16794623	rs10445	C	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CCTTAGGCAGCGAGATCAGGT;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=356;TCF=192;TCR=164;TR=124;WE=16794631;WS=16794613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,126:0.34:369
chr10	16796919	rs1049632	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=257;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGTTGTTGTACGTCAAGTCCA;SOR=1.349;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=21;WE=16796927;WS=16796909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr10	16806545	rs3765595	A	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=272;ReadPosRankSum=0.399;SC=GAATCTGGGAATGGAACTCCT;SOR=0.206;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=24;WE=16806553;WS=16806535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr10	16878204	rs703062	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=844;SC=GGCAGCTTTTTTGAATAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=16878212;WS=16878194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	16882518	rs703064	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=24;PP=557;SC=TTGCATTGTATGTTCCACCAC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=16882526;WS=16882508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	16943371	rs2796835	G	C	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=80;PP=2742;SC=CTCCAACAGCGAAGAGCAGTG;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=135;WE=16943379;WS=16943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	16945905	rs5783520	TG	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=389;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GAAATCTTTATGGAAAAAAAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=12;WE=16945913;WS=16945895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	16948177	rs780807	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1244;SC=ATAAATGGGAAAACGCATTCT;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=16948185;WS=16948167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	16949401	rs780805	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=413;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AAGATTTCAAGTATCACTAAA;SOR=0.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=26;WE=16949409;WS=16949391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr10	16949447	rs780804	A	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=25;PP=1261;SC=TTGGCAGTAGATGGGGGCATC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=16949455;WS=16949437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	16958087	rs150012118	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GAAAGATTGATTCTATTACAA;SOR=0.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=23;WE=16958095;WS=16958077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr10	16960697	rs115303408	T	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=521;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TAACCTCTCCTGAGGACCACT;SOR=1.153;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=34;WE=16960705;WS=16960687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr10	16967401	rs1276712	C	T	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=94;PP=2965;SC=GGGTGGAGAACAGATATCAGG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=172;WE=16967409;WS=16967391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	16967445	rs1276713	T	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.873;NF=7;NR=19;PP=325;ReadPosRankSum=0.809;SC=AATTAAAATTTCATCAACTCC;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=26;WE=16967453;WS=16967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr10	16979661	rs1801234	T	C	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=56;PP=2041;SC=ATCCCTTCCCTGAGATTGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=129;WE=16979669;WS=16979651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	16979714	rs41289305	T	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=936;ReadPosRankSum=0.187;SC=CCAGTGGAGCTGAAAGATTCA;SOR=0.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=73;WE=16979722;WS=16979704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr10	16989507	.	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=1.710;SC=AACATTCATGTCATATAAAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=16989515;WS=16989497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	16992132	rs74668791	T	G	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,106:0.74:143
chr10	17024503	rs1801231	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=547;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GAGTCTTGTGGTTCAAGATCA;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=32;WE=17024511;WS=17024493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr10	17024615	rs1801229	A	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=958;ReadPosRankSum=1.300;SC=TTGGAGAATGAATCTCTCCAC;SOR=0.306;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=59;WE=17024623;WS=17024605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
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chr10	17026384	rs3012494	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr10	17146667	rs4748353	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=434;SC=CTTTAATCAACCCAAATAATA;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=17146675;WS=17146657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	17147521	rs1801224	G	T	3416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2136;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CATCCATTTGGCCCATAACCA;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=129;TCR=134;TR=152;WE=17147529;WS=17147511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,160:0.59:271
chr10	17152855	rs12242395	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ACTAGATTCCGTATTCCTATG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=17152863;WS=17152845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr10	17156151	rs1801222	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GTTGGGTGAAAACATCCACCC;SOR=1.086;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=19;WE=17156159;WS=17156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr10	17157630	rs2295813	C	T	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=48;PP=1644;SC=TGTCAGGGCACGCGCTTTGGG;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=17157638;WS=17157620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	17164760	rs11409967	A	AC	74.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr10	17199419	rs2295810	C	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=46;PP=2902;SC=GATACAGGATCAATAGATCTT;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=146;WE=17199427;WS=17199409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	17199778	rs11254408	C	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.637;SC=GGAACTCCATCAGTACCTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=17199786;WS=17199768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	17201247	rs17140049	A	G	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1147;ReadPosRankSum=0.800;SC=AAAGCAAAGCAGTTAGTTACT;SOR=0.637;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=89;WE=17201255;WS=17201237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,96:0.70:137
chr10	17204187	rs11254413	G	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,99:0.61:163
chr10	17204246	rs111781208	TA	T	856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=9.938;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=35.70;ReadPosRankSum=1.830;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr10	17204258	rs11254414	A	C	841.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.668;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.35;ReadPosRankSum=2.529;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr10	17210822	rs17464824	A	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=0.706;SC=ACAACACTGAAATATTTATGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=27;WE=17210830;WS=17210812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr10	17210881	rs7096233	A	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.579;SC=AAATCATATCAAAAGATAATC;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=74;WE=17210889;WS=17210871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr10	17216212	rs74772084	T	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGTTCTTACTGCATGCTATA;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=18;WE=17216220;WS=17216202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	17216419	rs2273735	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATGTTAATCTCCTTCTCCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=17216427;WS=17216409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	17216556	rs2273734	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1622;ReadPosRankSum=0.563;SC=TCACTTCAATCGTCTTGGCAA;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=94;TCR=76;TR=105;WE=17216564;WS=17216546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,111:0.62:178
chr10	17243406	rs1885395	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GGGGTGGACACGGCGGCGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=17243414;WS=17243396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr10	17243480	rs1885394	T	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr10	17364962	rs10466289	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=329;SC=TTCCACCTGTACTGCAAGTCA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=17364970;WS=17364952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	17365012	rs7085734	TT	AA	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=8;PP=931;SC=GAGAAACATGTTGAACAATGA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=26;WE=17365021;WS=17365002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	17365044	rs7085750	T	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=733;SC=TGATCAGTTATGTAACTTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=17365052;WS=17365034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	17365169	rs12354751	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=474;SC=GAAATTTGAAAAGAAAATCAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=17365177;WS=17365159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	17365228	rs112083592	G	GCGCACGCACACACA,GCGCACGCACACA	332.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0,0;NR=7,7;PP=32,79;SC=ACATATGCGCGCACACACACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7,7;WE=17365236;WS=17365218;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr10	17373617	rs2120716	G	A	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=73;PP=2198;SC=TGCAGACCACGATGGACAATG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=115;WE=17373625;WS=17373607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	17645814	rs2252808	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr10	17657867	rs11254688	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	17658996	rs11254691	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=0.336;SC=CCGCGCCCCTTACACCCCGGC;SOR=1.705;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=11;WE=17659004;WS=17658986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr10	17659131	rs11254692	C	A	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=63;PP=1997;SC=GTGGCCAAGACCCCCAGGCGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=17659139;WS=17659121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	17659149	rs7895850	C	G,T	4554.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=17,31;NR=25,35;PP=560,935;SC=CGCCTCCGCTCGCCGGGAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=42,66;WE=17659157;WS=17659139;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:110
chr10	17702640	rs10795500	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.813;SC=GGCCCAGCCCCTCGGTAGGAT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=6;WE=17702648;WS=17702630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr10	17747812	rs10904996	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=0.742;SC=CATGCCTGTAATCTCAGCAAT;SOR=2.012;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=15;WE=17747820;WS=17747802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	17750635	rs2688791	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	17891705	rs1926736	A	G	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=152;PP=2965;SC=GAAGGAAGGCAGTGACCTCGC;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=141;TCR=152;TR=293;WE=17891713;WS=17891689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr10	18122716	rs111490411	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=11.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=-2.478;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,44:0.16:273
chr10	18242304	rs691112	T	C	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=86;NR=71;PP=2965;SC=CAGCCCAGGATAGCAGAAGCC;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=157;WE=18242312;WS=18242294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	18254606	rs691513	C	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr10	18266989	rs2478568	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GGATGGTCCAGTTTCCTGGGA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=46;WE=18266997;WS=18266979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,47:0.31:153
chr10	18276682	rs10508555	G	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=474;ReadPosRankSum=0.147;SC=TTCAAAGAGAGAGTATCGTGG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=25;WE=18276690;WS=18276672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr10	18550450	rs951046	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.746;SC=GTTTTTATCTGTCTTTTGTGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=18550458;WS=18550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	18787195	rs11014511	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATTACAGTAGTTATTCAGTAT;SOR=0.242;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=11;WE=18787203;WS=18787185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr10	18789724	rs4485000	T	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=356;ReadPosRankSum=1.440;SC=TTTTAATGCTTTTGATTTTGT;SOR=1.085;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=23;WE=18789732;WS=18789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr10	18795555	rs189773039	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GTGAATTTACGTATACACTGA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=19;WE=18795563;WS=18795545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr10	18795596	rs10741088	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=0.035;SC=GATGTTAAAAGGAATCAGAAG;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=21;WE=18795604;WS=18795586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	18816633	rs4314963	C	T	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=1268;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTAGGTAAGTCTGTGCAATGA;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=77;WE=18816641;WS=18816623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr10	18825177	rs12767496	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	18828191	rs143060134	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=660;ReadPosRankSum=0.303;SC=CTGATCGCTCCGCTCCTATCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=45;WE=18828199;WS=18828181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,47:0.31:151
chr10	18828371	rs2228645	C	T	5103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.283;SC=ACTCTGCCTACGTAGAGCCAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=303;TCF=159;TCR=144;TR=205;WE=18828379;WS=18828361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,225:0.68:332
chr10	18828635	rs58225473	T	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GGAACAGGGATGTTTACATCC;SOR=0.395;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=24;WE=18828643;WS=18828625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr10	18836957	rs4747353	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=497;SC=TTTTACTTATCTCTTCGTTAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=18836965;WS=18836947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	18840919	rs12767546	T	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=618;SC=AGAATTATAATCATGTTTACT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=18840927;WS=18840909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	18875109	rs12772522	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-1.854;SC=AGAAAAACATGAAAAATTATG;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=18875117;WS=18875099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	18884992	rs78634075	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CTGAGCTTAATATGTAGTGAC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=18885000;WS=18884991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	18898701	rs4748493	T	A	134.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=3.332;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=61.34;MQRankSum=0.319;NF=5;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTTTAAAATATCCTAGATT;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=18898709;WS=18898691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	18898729	rs34349692	G	GT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.730;NF=5;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ATTCACTGATGTATGTTTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=18898737;WS=18898719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	18898960	rs4748494	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AAGATGCTCTATCTTTTTAAG;SOR=1.075;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=17;WE=18898968;WS=18898950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	18903281	rs11405681	C	CA	542.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;MQRankSum=0.571;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr10	18903605	rs4636555	A	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=2;PP=27;SC=CGTGAAAATTATTTGAGCTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=18903613;WS=18903595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	18931512	rs7907153	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GATTATAAAGTAATCCATACA;SOR=1.144;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=17;WE=18931520;WS=18931502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	18931580	rs7897159	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CAGCATGAAGCCCTAGTAGCT;SOR=2.807;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=3;WE=18931588;WS=18931570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	18937579	rs45468894	A	AAAG	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=420;ReadPosRankSum=1.103;SC=CACAATCTAAAAAGAAGTTCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=18937587;WS=18937569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	19355918	rs72787427	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GGGAAGCAGAATCTTGTCTGA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=19355926;WS=19355908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	19376734	rs112293611	G	GT	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.124;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr10	19377215	rs11008436	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	19392857	rs10159517	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=16;PP=888;SC=GAGACAGTGATGTTCCTTGCT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=19392865;WS=19392847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	19492702	rs16918344	C	T	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=71;PP=2965;SC=TGGTTTGAAGCAATTAGTGGT;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=180;WE=19492710;WS=19492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	19492832	rs7476259	A	C	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=83;PP=2846;SC=CAGGGACTCTACAACCACTGC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=139;WE=19492840;WS=19492822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	19493117	rs72786543	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=66.18;NF=5;NR=0;PP=115;SC=GATTGATTATTGTATAATTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=19493125;WS=19493114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	19493215	rs202203955	T	TG	1172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.51;MQRankSum=0.619;QD=30.86;ReadPosRankSum=1.417;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr10	19493309	rs10508578	G	A	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-1.801;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr10	19493993	rs4601653	G	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=65;PP=2929;SC=TTTGTCACTAGATAAAGTCAG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=151;WE=19494001;WS=19493983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	19494310	rs7090927	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=28;PP=638;SC=CCAAAGCTGATGAATGTTATG;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=19494318;WS=19494300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	19498278	rs2358355	G	A	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=63;PP=2965;SC=TGGACCAGGAGCCAGGGTCCA;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=106;TCR=63;TR=169;WE=19498286;WS=19498268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	19498722	rs2245136	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=369;SC=TCAAAGTTACATTGAGACACA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=19498730;WS=19498712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	19546796	rs10763903	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=622;SC=AAATTTCCAATATGACCTTGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=19546804;WS=19546786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	19546877	rs10508582	C	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	19571940	rs11009290	CA	TG	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
chr10	19572060	rs72796460	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr10	19572136	rs2484099	C	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=624;ReadPosRankSum=0.982;SC=TTTTGAATATCTCTCTTGGGA;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=43;WE=19572144;WS=19572126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr10	19616735	rs1577289	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=532;SC=GTGGACACCATGCTTAACACT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=19616743;WS=19616725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	19620407	rs7100382	A	C	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.95;NF=91;NR=107;PP=2965;SC=AAGTGTACTGATCATGAATTC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=198;WE=19620415;WS=19620397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	19620439	rs7100403	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=89;PP=2808;SC=TAAGCACTGCATTGCCAAAGA;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=19620447;WS=19620429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	19620559	rs7082205	G	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=368;SC=AACTCCCACAGCCTTACTCAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=19620567;WS=19620549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	19636869	rs1609746	G	T	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=56;PP=2336;SC=TCTTTATAAAGAGTTTGTTTC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=128;WE=19636877;WS=19636859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	19637088	rs1577307	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=622;SC=TATGTGAAGGGGGGAAAAAAT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=19637096;WS=19637078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	19641035	rs10827306	T	C	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=55;PP=2692;SC=AACCTCACTGTAGAACAAGGC;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=140;WE=19641043;WS=19641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	19641231	rs7092566	A	G	6587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=97;PP=2825;SC=CAACAGGTACATTCTAATCTG;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=59;TCR=97;TR=156;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	19641239	rs10616221	CTG	C	6278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=75;PP=2989;SC=ACATTCTAATCTGTGTGTGTG;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=91;TCF=1;TCR=90;TR=75;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	19678286	rs10763974	C	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=54;PP=2060;SC=TCAGATCATACGAATTGTAAT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=19678294;WS=19678276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	19678497	rs10763975	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=50;PP=1470;SC=CTGGTATTTCGTATCTGCAAA;SOR=1.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=19678505;WS=19678487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	19678602	rs7896087	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=5;PP=128;SC=AGGGTCTTGCTCTGTCACTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=19678610;WS=19678592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	19739459	rs6415957	T	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=575;SC=AAGCACATTTTTAATCTAGCC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=19739467;WS=19739449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	19778056	rs2151234	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=729;ReadPosRankSum=0.450;SC=CTCTGCTGAAGGGGCCGCCAC;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=54;WE=19778064;WS=19778046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,58:0.35:168
chr10	19778072	rs2184035	A	G	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=84;PP=2720;SC=GCCACAGGAAAAGCCTAACAG;SOR=1.523;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=130;WE=19778080;WS=19778062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	19787418	rs12256835	T	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCCCAGCACATTATACAAGCA;SOR=0.423;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=75;WE=19787426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,82:0.66:124
chr10	19820255	rs41276112	A	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TACATGATTGATCCCAGGAGT;SOR=0.474;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=27;WE=19820263;WS=19820245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr10	19884264	rs10827628	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TGTCCTCTCAGCCCCACCCCT;SOR=0.618;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=48;WE=19884272;WS=19884254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr10	19896830	rs7909976	C	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CCAGCTGCTCCGGTACCCCAT;SOR=0.488;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=26;WE=19896838;WS=19896820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr10	19904870	rs10580913	ATT	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=11;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=1.529;SC=GCATTGTTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.868;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=19904887;WS=19904860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	19904879	rs62881061	T	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr10	20105936	rs989767	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=504;ReadPosRankSum=2.048;SC=GGCCCGGTCGTGCCTATTGCA;SOR=2.522;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=22;WE=20105944;WS=20105926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr10	20105996	rs63234960	TGGC	T	3021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.696;NF=31;NR=19;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GGTAGGGAGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.538;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=50;WE=20106006;WS=20105986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr10	20290956	rs1409344	T	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	20436709	.	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr10	20436838	rs4626974	G	C	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=70;PP=2615;SC=AGAAGTAAGTGATGCGTTGAT;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=128;WE=20436846;WS=20436828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	20500710	rs12259741	G	A	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TCATATACATGTGTTTTAACT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=68;WE=20500718;WS=20500700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
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chr10	20506418	rs3817405	G	A	7220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
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chr10	20534333	rs2778979	A	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=785;SC=TGGCCTCATCATTGGAATCCT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=20534341;WS=20534323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	20568524	rs2681949	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=619;SC=GATAATTTAATGTGTTAATTA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=20568532;WS=20568514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	21076307	rs2296607	C	T	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=67;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CCCAAACCCTCAGAGTGATGT;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=118;WE=21076315;WS=21076297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,125:0.65:191
chr10	21104694	rs4748727	A	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TCAATTCAACAAAGAGACTTA;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=15;WE=21104702;WS=21104684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	21108247	rs1006362	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=2.078;SC=TTTGGTTTTACGTTCCTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=21108255;WS=21108237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	21108377	rs1006363	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=377;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CCTGGTTTCGCCTCACTCTCT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=31;WE=21108385;WS=21108367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr10	21112111	rs11012353	A	T	209.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr10	21115332	rs1409348	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=0.089;SC=TCTATAGTTTTGGTTTGCTTT;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=11;WE=21115340;WS=21115322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	21120116	rs10491056	A	G	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=63;PP=2073;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ATCTTCATTCATGACCAACCT;SOR=0.951;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=234;TCF=134;TCR=100;TR=152;WE=21120124;WS=21120106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,163:0.64:253
chr10	21141440	rs3831100	AG	A	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=323;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGTTGCTGGCAGGGAGGGTAG;SOR=0.735;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=10;WE=21141448;WS=21141430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	21141469	rs703089	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=13;PP=621;SC=CGGGCAAGTGTGTACCTGACT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=21141477;WS=21141459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	21148584	rs4748729	C	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	21176945	rs703100	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=408;SC=TGATGAAAACGTTTTATTAAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=21176953;WS=21176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	21177156	rs67288319	GA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=1.730;SC=AAAAAAACAGGAAAAAAATAA;SOR=0.374;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=21177164;WS=21177146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	21185821	rs788971	A	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=21;PP=1300;SC=CAGCTCTATGACTCTATAACA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=21185829;WS=21185811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	21188197	rs788976	T	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TTTCTAGGAGTGTAGGGAGAA;SOR=1.044;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=26;WE=21188205;WS=21188187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr10	21785665	rs200550375	GC	G	2269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.815;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.673;NF=28;NR=27;PP=1490;ReadPosRankSum=0.433;SC=CCTCTTCCCCGCCCCCCACCG;SOR=1.119;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=55;WE=21785673;WS=21785655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCT	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.149;NF=10;NR=12;PP=981;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CCCGCTGCCCCCCTCCTCCTC;SOR=1.583;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=22;WE=21805474;WS=21805456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr10	21806832	rs946711	A	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=47;PP=892;ReadPosRankSum=-2.648;SC=GTTAATCCTCAGCCAGATGCT;SOR=1.059;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=66;WE=21806840;WS=21806822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr10	21827796	rs1802669	G	A	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=2182;ReadPosRankSum=1.190;SC=CCACTGGACCGTGGTTTTGCA;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=114;TCR=92;TR=140;WE=21827804;WS=21827786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,155:0.69:224
chr10	21884471	rs11592565	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=471;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AAATCCAGGGAGATTTGGAAA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=25;WE=21884479;WS=21884461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	22498209	rs2243897	A	G	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1938;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GTAGTAGGTCATCATCTGTGC;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=193;TCF=88;TCR=105;TR=123;WE=22498217;WS=22498199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,132:0.65:203
chr10	22498468	rs838759	C	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.05;MQRankSum=0.839;NF=54;NR=49;PP=1820;ReadPosRankSum=0.390;SC=TCACTCGATCCGGCAGCAATG;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=103;WE=22498476;WS=22498458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,118:0.59:199
chr10	22498484	rs3059425	C	CAGA	4780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.806;NF=31;NR=47;PP=2954;ReadPosRankSum=0.423;SC=CAATGCCTATCAGATCACAGC;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=78;WE=22498492;WS=22498474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,117:0.61:191
chr10	22498749	rs2478476	A	T	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=112;PP=2965;SC=TTTTTCAATGACCTTAACATC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=208;WE=22498757;WS=22498739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	22617645	rs41277396	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr10	22826093	rs1053454	A	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=30;PP=1409;SC=ACCTCTGTCCATCCAATGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=22826101;WS=22826083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	22828833	.	AGAGAGAGG	A	1140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.02;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	22830719	rs943192	G	C	9388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=145;PP=2965;SC=AGGGTCCACAGTAATCAAACT;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=182;TCR=145;TR=326;WE=22830727;WS=22830709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr10	22839463	rs10047326	C	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=191;SC=TCTGACTTCCCTAAGGTAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=22839471;WS=22839462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	22896779	rs2765997	C	T	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=55;PP=2965;SC=GACAAAAATACAGATCCCAAT;SOR=1.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=113;TCR=55;TR=168;WE=22896787;WS=22896769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	23290952	rs12259839	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=1.494;SC=GTGCTGGTGACGAGCTGACGG;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=20;WE=23290960;WS=23290942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr10	23295903	rs11013233	T	C	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-2.065;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,109:0.68:160
chr10	23295954	rs199641472	CTTG	C	1142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.107;NF=4;NR=21;PP=950;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GCACATACTGCTTGTTGTTGT;SOR=0.516;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=25;WE=23295964;WS=23295944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr10	23297252	rs10828395	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=332;ReadPosRankSum=1.196;SC=GGTTATGGACGAAGTATTTCT;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=22;WE=23297260;WS=23297242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr10	23297429	rs11013234	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CAATTGCATAATTGCCTTTTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=23297437;WS=23297419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	23303092	rs72297783	A	AG	4414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.151;NF=17;NR=54;PP=2710;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TGTTGGCATGAGGAGAACACA;SOR=0.553;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=134;TCF=26;TCR=108;TR=71;WE=23303100;WS=23303082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,147:0.60:243
chr10	23393226	rs1555805	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CAGTGAGGGGCCAGTTGGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=23393234;WS=23393216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr10	23408139	rs2296468	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=903;SC=GAGTGGGAACAGATCCTGCTG;SOR=2.133;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=39;WE=23408147;WS=23408129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	23408278	rs7427	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CTTCGTTTTCCGAGGCTCATG;SOR=1.040;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=31;WE=23408286;WS=23408268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr10	23482635	rs7918487	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=464;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CTGTCCAGGGTCCCCCTCCCC;SOR=0.622;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=32;WE=23482643;WS=23482625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr10	23622202	rs4259746	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAATCATATCGTATTTTAAGT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=23622210;WS=23622192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	23632970	rs11013408	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr10	23633566	rs2036917	C	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr10	24498403	rs72774807	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TTCTTAAGCAGCAAAAGAGGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=24498411;WS=24498393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	24544276	rs67303587	GCTGA	G	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.038;NF=10;NR=0;PP=394;ReadPosRankSum=-0.523;SC=ATCCTGAGCGGCTGACTGTCA;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=10;WE=24544287;WS=24544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr10	24564831	rs10764458	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=43;PP=1345;SC=CCTTCTGGTCCTGATATTCCT;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=24564839;WS=24564821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	24669877	rs17506606	C	G	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1669;ReadPosRankSum=1.849;SC=GAGACGTCCGCTGATTCTTTG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=107;WE=24669885;WS=24669867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,111:0.69:160
chr10	24810663	rs2297330	C	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=693;ReadPosRankSum=0.565;SC=TGAGGGTTGTCGTTCTGGCTT;SOR=0.327;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=47;WE=24810671;WS=24810653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr10	24813454	rs10828663	G	A	4231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=77;PP=2640;ReadPosRankSum=0.485;SC=GGTTCGCCACGCGCAGAGCTC;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=253;TCF=141;TCR=112;TR=178;WE=24813462;WS=24813444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,185:0.71:261
chr10	24831505	rs867040	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=1.390;SC=TGGTGTGTAAGAAATATGCGT;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=18;WE=24831513;WS=24831495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	24873369	rs1127893	C	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=28;PP=1928;SC=CTCTGCTTTACTGCCTGGGGT;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=91;WE=24873377;WS=24873359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	24878042	rs9663520	C	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=200;SC=ATCTAGTATTCTTCTTATCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=24878050;WS=24878032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	24878129	rs7478260	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=22;PP=1025;SC=ATGCATTTGTGTATCAACCAT;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=24878137;WS=24878119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	24879281	rs10734053	A	G	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=75;PP=2965;SC=AGAATCGGGGATTTCTGCAGA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=175;WE=24879289;WS=24879271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	24880712	rs10828678	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=170;SC=CTTAGGGAAAGATATTACAAC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=24880720;WS=24880702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	24889901	rs3748221	T	G	4636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=105;PP=2965;SC=AATATTTGGCTAAATCTTTGT;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=53;TCR=105;TR=158;WE=24889909;WS=24889891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	24908686	rs3748222	T	C	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=60;PP=2498;SC=TAAATCTTGATTCCTTTGACT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=24908694;WS=24908676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	24924104	rs146603146	ATT	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	25140411	rs1326192	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr10	25231171	rs3748223	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GCAGCTCAGGAATAGGGTCCT;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=13;WE=25231179;WS=25231161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	25273988	rs2279547	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ACTTGGCCACGGTAACCAAAA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=25273996;WS=25273978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	25313818	rs7086282	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=1011;ReadPosRankSum=0.219;SC=GGAAAGAAAACTAGCACAAAC;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=57;WE=25313826;WS=25313808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr10	25684997	.	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.572;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=114;ReadPosRankSum=-0.769;SC=ATATACTATTATTACGAAGAT;SOR=2.862;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=12;WE=25685005;WS=25684987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr10	25755716	.	TAC	T	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=69;QD=38.0;SC=AGTTACTGTTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=25755725;WS=25755706;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr10	25877859	rs144466352	TAAAC	T	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=721;SC=TGTTGAATAATAAACAAAATG;SOR=4.174;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=15;WE=25877870;WS=25877849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	25888180	rs10828833	A	G	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=65;PP=2053;SC=GAAAGAAGAGATCTGGGATAG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=25888188;WS=25888170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	26310410	rs3737275	T	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=1099;ReadPosRankSum=2.861;SC=TTTCACCTTTTGATGGTGTGG;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=70;WE=26310418;WS=26310400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,77:0.71:109
chr10	26310679	rs17666079	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GATATATTCCAACAAGTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=14;WE=26310687;WS=26310669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr10	26312824	rs1339814	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=605;ReadPosRankSum=0.345;SC=TCTTGGAATTGGGAAAAGATG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=30;WE=26312832;WS=26312814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr10	26355771	rs3824703	C	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATATATTAGGCTATTTTCTGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=26355779;WS=26355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	26355862	rs3824702	G	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr10	26355872	rs3824701	A	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=-1.979;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr10	26355906	rs3824700	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=818;ReadPosRankSum=0.292;SC=CTCCACAGACGTGAACGTATT;SOR=0.770;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=57;WE=26355914;WS=26355896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr10	26355992	rs3824699	A	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=647;ReadPosRankSum=-1.541;SC=AACCCTAGAAATTTTGGATGA;SOR=1.026;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=49;WE=26356000;WS=26355982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr10	26356014	rs3824698	CA	TG	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=956;ReadPosRankSum=-1.374;SC=GTAAGAATTTCAGTTTAATTA;SOR=0.992;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=29;WE=26356023;WS=26356004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr10	26356037	rs3824696	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=1.041;SC=CTTAGACATTCCAGATGTTTT;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=17;WE=26356045;WS=26356027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr10	26356066	rs3824695	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.709;SC=ATAGAAGACACGGGTATTGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=26356074;WS=26356056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	26357625	rs3817421	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTGTTTATTATTGTTTACTTT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=26357633;WS=26357615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	26357747	rs35379457	CG	TA	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=2104;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATCAGATCTACGTCTATGTGG;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=71;WE=26357756;WS=26357737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr10	26357820	rs3817419	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=686;ReadPosRankSum=0.547;SC=AAAGGTATGTCGTATGGGGTG;SOR=1.040;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=53;WE=26357828;WS=26357810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr10	26359180	rs3758441	T	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.548;NF=18;NR=12;PP=439;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AATTTACCTCTTAGTTACTTA;SOR=0.436;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=30;WE=26359188;WS=26359170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr10	26359200	rs3834403	T	TA	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.599;NF=4;NR=11;PP=558;ReadPosRankSum=1.896;SC=AAATGTCACTTAATTTTGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=15;WE=26359208;WS=26359190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr10	26417531	rs17739425	T	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=CTTGTACAAATGAAGCAGGAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=26417539;WS=26417521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	26436287	rs2368158	G	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=511;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGTTGTTGATGATGATGATGG;SOR=0.791;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=27;WE=26436295;WS=26436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr10	26443646	rs3818956	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.415;SC=TAGATACCAAGGCATCACTGT;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=79;WE=26443654;WS=26443636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr10	26446312	rs3758449	G	A	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AAACCAAATAGTGAGCGTCAG;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=118;WE=26446320;WS=26446302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,120:0.63:191
chr10	26462790	rs3740232	G	A	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1149;ReadPosRankSum=0.130;SC=ATGAGGAAGAGGTTAAGCAAG;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=68;WE=26462798;WS=26462780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr10	26463043	rs3740231	A	T	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=1995;ReadPosRankSum=0.969;SC=CTTTAAAAAAACTTTGGAACC;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=127;WE=26463051;WS=26463033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,131:0.68:193
chr10	26463130	rs1999240	C	A	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=73;PP=2583;ReadPosRankSum=-1.952;SC=AGTTACCCAGCGTGCACCGAT;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=153;WE=26463138;WS=26463120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,166:0.68:243
chr10	26463569	rs3758448	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATTAATAACTGGTAGATTGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=26463577;WS=26463559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	26463587	rs3758447	C	G	61.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GTTTTATCTGCGTTGATGGGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=26463595;WS=26463577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	26512615	.	GGT	G	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=64;QD=36.5;SC=ACGCTTTTATGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=2;WE=26512624;WS=26512605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr10	26781388	rs1775246	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=35;PP=942;SC=GAATTTCATTGTAATATGACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=26781396;WS=26781378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	26986932	rs2448114	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=15;PP=419;SC=TGAGGGGTGCTCGCGGTGGGA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=26986940;WS=26986922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	26990849	rs1677726	T	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=581;SC=AGCCACAGAGTCAGAGCCACC;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=26990857;WS=26990839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	26991037	rs1677725	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.74;QD=42.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	26991045	rs1780186	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.74;QD=42.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	26991067	rs71403882	CG	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=272;SC=TTGGATGTAACGTAACTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=26991075;WS=26991057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	26993597	rs34296355	AT	A	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TGACATTTTTATTTTATAGAT;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=26993605;WS=26993587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	26993725	rs1677730	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TAAATTTATTGTTGTTTAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=26993733;WS=26993715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	26993737	rs1780193	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	26994150	rs1780192	A	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=463;ReadPosRankSum=0.646;SC=ATCTGAGTCTACTAAATATAT;SOR=0.175;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=32;WE=26994158;WS=26994140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr10	26998739	rs2368183	G	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TTATATTTGGGAAGTCTTTCT;SOR=0.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=82;WE=26998747;WS=26998729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr10	27009334	rs1780196	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=26;PP=787;SC=TGAATCACACACTTTTCGGAC;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=27009342;WS=27009324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	27044752	rs17747622	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr10	27054188	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.244;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr10	27294449	rs3215884	CAT	C	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.694;SC=AATATTTTTACATGTCATATA;SOR=1.781;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=27294458;WS=27294439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	27303605	rs2274741	A	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=11;PP=270;SC=TATTCTCTCTAAACTGCTCTA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=27303613;WS=27303595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	27317778	rs72807627	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=713;ReadPosRankSum=0.121;SC=GTGGCTGACTTACCAAATTTG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=51;WE=27317786;WS=27317768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr10	27317840	rs10829163	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=26;PP=837;SC=TGCTTTTTGACTGTAACTTTT;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=27317848;WS=27317830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	27318370	rs10829164	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=520;SC=TAAACCTTATCGGAACACAGT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=27318378;WS=27318360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	27322372	rs72515848	TTA	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.86;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	27322391	rs12763200	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=141;SC=TAATATTTAACTATGACATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27322399;WS=27322381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	27324781	.	G	C	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=29;QD=15.9428031368;SC=TACAATAAAGGGTTGCAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=27324789;WS=27324771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr10	27325997	rs35564547	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.39;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,1:0.50:2
chr10	27326017	rs66494764	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.094;SC=AAATCCTCGACACTTTCCAAG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=27326025;WS=27326007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	27326765	rs59771436	TA	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=236;ReadPosRankSum=0.493;SC=GAAATAAAGTTAAAAATATAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=27326773;WS=27326755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	27326999	rs7096505	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=479;SC=GTTAAATATGTTTATCTTAAA;SOR=2.636;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=27327007;WS=27326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	27329167	rs10829167	G	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=186;SC=AACACACTGTGCACTATAACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=27329175;WS=27329157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	27333121	rs113123391	TA	T	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	27349201	rs7083739	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	27349249	rs7080104	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCCTTCCAAGATTAAATATAT;SOR=2.428;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=27349257;WS=27349239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr10	27349268	rs149655759	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-1.083;SC=ATATTGCAACATTTACCTGCT;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=9;WE=27349276;WS=27349258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr10	27350056	rs11015496	G	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=0.160;SC=ACAAAAATACGCATTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=14;WE=27350064;WS=27350046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr10	27350201	rs11015497	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AAGCTTTCAATATTGTAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=27350209;WS=27350191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	27375377	rs10443987	A	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=506;SC=ACTGATTTTTAAAACTGCTTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=27375385;WS=27375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	27375559	rs66853312	C	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	27375626	rs67629636	A	G	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=34;SC=TATTTCAGCCATTATCAGAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=27375634;WS=27375616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	27381349	rs2297145	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=2;PP=363;SC=CCAACTTATCTACTGCATTTA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=27381357;WS=27381339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	27382236	rs2297146	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=424;SC=TTGAAACAAACGCATTTCAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=27382244;WS=27382226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	27382528	rs2297149	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=36;PP=1511;SC=TCACCAATTAGTTATATTTTA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=27382536;WS=27382518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	27382586	rs2297150	G	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=40;PP=1929;SC=AAATCCATCTGATGCTGAAAG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=86;WE=27382594;WS=27382576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	27389197	rs7897309	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=42;PP=1033;SC=GCTGCTCCTCTGCCGCCGCGC;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=27389205;WS=27389187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	27389314	rs3737056	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TAACGGCCTCCGGAGCCCAAC;SOR=1.371;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=4;WE=27389322;WS=27389304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	27400861	rs9833	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=21;PP=757;SC=AATGCTACTTGTATTCTTGCA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=27400869;WS=27400851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	27401056	rs11015538	C	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=63;PP=2256;SC=AGTCCTGAAACAGAAAAGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=27401064;WS=27401046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	27403635	rs12782501	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.630;SC=AACAAATATATGGGGGACAAG;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=27403643;WS=27403625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	27404927	rs2297151	G	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	27405096	rs2297152	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=23;PP=1103;SC=ATTTTAAAACATATCTTTAAG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=27405104;WS=27405086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	27405310	rs2480718	C	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=855;SC=AAAAAATAAGCAAAGAGGCTG;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=27405318;WS=27405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	27405360	rs35804170	G	GC	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.43;NF=0;NR=14;PP=556;SC=ACTTTGGCAGGCGAGGTGGGT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=27405368;WS=27405350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	27409555	rs10829190	G	A	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=62;PP=2206;SC=CCCTAATGACGTGACTGGGAA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=27409563;WS=27409545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	27412669	rs2274743	A	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=540;SC=AAGTATTTTTAAAAAATCCCT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=27412677;WS=27412659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	27423744	rs2275752	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	27431288	rs41282208	T	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.947;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TATTTTTTTTTCCACAATTTA;SOR=2.439;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=11;WE=27431296;WS=27431278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr10	27434483	rs2274634	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=23;PP=831;SC=CCAATTTTTAGTTCAGATAAT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=27434491;WS=27434473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	27436566	rs62622019	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1022;ReadPosRankSum=1.502;SC=TGAAACAATGTTAAGCTTCGT;SOR=0.663;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=94;TCR=87;TR=70;WE=27436574;WS=27436556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,75:0.38:197
chr10	27437964	rs11538750	T	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=980;ReadPosRankSum=2.371;SC=TCAGAGGAACTGTAACCTAGA;SOR=0.659;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=74;WE=27437972;WS=27437954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,79:0.66:120
chr10	27437994	rs10764675	C	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=44;PP=1279;SC=AAGTTAAAAACTAAGTAGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=27438002;WS=27437984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	27442121	rs57671772	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=612;ReadPosRankSum=1.076;SC=CTTCATATCAATATTAAGAGA;SOR=1.415;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=36;WE=27442129;WS=27442111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr10	27442244	rs76009984	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr10	27443012	rs2274636	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=853;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CTTCATTTCTAGAGTCCCTTC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=50;WE=27443020;WS=27443002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr10	27443083	rs2274637	A	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1089;ReadPosRankSum=0.935;SC=GGAGGAAAAAAAATGGGCTGA;SOR=1.130;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=70;WE=27443091;WS=27443073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,74:0.69:107
chr10	27444329	rs7907981	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=345;ReadPosRankSum=0.467;SC=GGGCAGTGTCTGCGGGGCCGC;SOR=2.948;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=19;WE=27444337;WS=27444319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr10	27444344	rs7907988	T	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=640;SC=GGCCGCTGTATGCTGTCCAGC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=27444352;WS=27444334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	27444578	rs41282218	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=387;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GGGGTTAGGCCCTTCGGCCCT;SOR=0.602;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=29;WE=27444586;WS=27444568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr10	27449991	rs12572707	G	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr10	27456003	rs788238	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=972;SC=GCTGTAACATGGAATTCAATA;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=27456011;WS=27455993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	27459746	rs3802526	C	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,67:0.29:234
chr10	27475275	rs73598041	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=569;ReadPosRankSum=1.288;SC=TAGGTAATGATATCATACTGT;SOR=0.557;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=39;WE=27475283;WS=27475265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr10	27506854	rs1775355	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=17;PP=958;SC=CCTATAATTACTAAAAGACTA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=27506862;WS=27506844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	27508837	rs788213	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=736;SC=TACAATAATGTCATAATTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=27508845;WS=27508827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	27523967	rs534226	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=1.626;SC=ATAGCCATATGATAATTATGT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=27523975;WS=27523957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	27529565	rs2489372	T	C	5145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GTGACTAAGGTCACGAATCCG;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=382;TCF=205;TCR=177;TR=235;WE=27529573;WS=27529555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,233:0.60:391
chr10	27538797	rs16927663	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TGAATGTTCCGGAGATTGAGC;SOR=0.633;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=48;WE=27538805;WS=27538787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
chr10	27538942	rs590142	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.699;NF=17;NR=18;PP=705;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TCATTATTAATAGGTTCCGGA;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=35;WE=27538950;WS=27538932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr10	27551966	rs113074964	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.890;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
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chr10	27570130	rs1252880	C	T	36.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQRankSum=-0.674;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr10	27687965	rs2505327	A	G	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TAACAGGGTCATTCCTGTATA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=100;WE=27687973;WS=27687955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,104:0.61:171
chr10	27687994	rs2484173	A	G	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1668;ReadPosRankSum=1.138;SC=AACATTGTACAGACCTAAAAG;SOR=0.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=110;WE=27688002;WS=27687984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,114:0.63:182
chr10	27688109	rs2429485	T	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=906;ReadPosRankSum=1.079;SC=TCGTATGTCATCTGCAAGGTT;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=60;WE=27688117;WS=27688099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr10	27688189	rs2484174	G	A	68.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQRankSum=-0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	27692062	rs2429491	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=278;ReadPosRankSum=-0.324;SC=AGAGCCACCTTAATACAATTC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=27692070;WS=27692052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	27692099	rs2484179	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CCCCTACCCCACCACATACAC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=31;WE=27692107;WS=27692089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr10	27692279	rs2484180	A	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=743;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TTTCGTATGCAGTCAAACCTG;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=69;WE=27692287;WS=27692269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,73:0.56:131
chr10	27692371	rs2484181	T	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=499;ReadPosRankSum=0.015;SC=CACCTAGTCATAAATCTCTAA;SOR=1.440;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=27;WE=27692379;WS=27692361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr10	27692403	rs2505307	C	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CCACACATATCTGCTGGAGAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=27692411;WS=27692393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	27700887	rs2429499	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.598;SC=CAGATAAATAGCTTTTAATTA;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=15;WE=27700895;WS=27700877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	27702169	rs6482625	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.29;MQRankSum=-1.780;NF=46;NR=31;PP=918;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GCTTGCTCTGCACGTCGTACT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=138;TCR=97;TR=77;WE=27702177;WS=27702159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,79:0.31:257
chr10	27702256	rs112067123	G	GC	4551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.903;NF=20;NR=72;PP=2591;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TTCCTAGGCTGCCCCCCAAGA;SOR=0.714;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=166;TCF=27;TCR=139;TR=92;WE=27702264;WS=27702246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,178:0.63:282
chr10	27702688	rs7087552	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,71:0.28:254
chr10	27702725	rs6482626	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,58:0.26:221
chr10	27702893	.	AGGGGTGCATCGTCCAGCTCCAGCGGCAGGC	A	2097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.924;NF=9;NR=12;PP=2963;ReadPosRankSum=0.653;SC=CTCCTCCGGCAGGGGTGCATC;SOR=0.325;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=21;WE=27702930;WS=27702883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr10	27703234	rs7071851	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-1.677;SC=GCAGCTGCGGAGATCCCACCA;SOR=1.584;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=15;WE=27703242;WS=27703224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	27815665	rs2642273	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=279;SC=GGCATTTGATAATAGTGACTT;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=27815673;WS=27815655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	27964470	rs2253230	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=340;ReadPosRankSum=1.226;SC=TATTGGATCCGTTTTCCAGAG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=31;WE=27964478;WS=27964460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr10	28032136	rs2252651	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=1.545;SC=GCGGGCAGGGCCCCCAGGGGA;SOR=0.171;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=24;WE=28032144;WS=28032126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr10	28101311	rs1061577	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.842;SC=GCATTTTCAATTTGTGTGTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=28101319;WS=28101310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	28151604	rs34181914	AT	A	1444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=1084;SC=ACATTTAGGCATTTTTTAAGA;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=36;WE=28151612;WS=28151594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	28196425	rs78414228	G	GA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-1.562;SC=AAACTGACCAGAAAAAAAGCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=28196433;WS=28196415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	28225897	rs2297646	G	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
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chr10	28233120	rs3824590	A	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GGCTGGCACTAGATGACGATG;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=28233128;WS=28233110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	28233931	rs34717952	G	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,44:0.25:177
chr10	28233933	rs34084011	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,42:0.25:168
chr10	28247957	rs34350686	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGACTCTCTTAATTCATCTTC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=12;WE=28247965;WS=28247947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	28258034	rs71489604	G	A	60.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQRankSum=1.150;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	28276273	rs3808909	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=828;ReadPosRankSum=0.306;SC=CAGCAAGATTGTTTCTAAAAG;SOR=0.511;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=68;WE=28276281;WS=28276263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,70:0.39:178
chr10	28345336	rs61845094	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=0.851;SC=GATCCTCCTGCTTCGGCCTCC;SOR=0.280;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=28;WE=28345344;WS=28345326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr10	28345370	rs118187581	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=731;ReadPosRankSum=0.917;SC=TTACAGGTGTGGGCCACCACA;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=52;WE=28345378;WS=28345360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr10	28346584	rs12217744	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=1.952;SC=CCCAGTTTCAGGTATTTCTTC;SOR=2.517;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=28346592;WS=28346574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	28346629	rs76671899	A	AGT	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=565;ReadPosRankSum=0.782;SC=ACAGTGCCCAAGTCAGGAGGC;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=12;WE=28346637;WS=28346619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr10	28347615	rs12570424	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGTAAAAGACGTTTCTGCTGA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=28347623;WS=28347605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	28348815	rs1361922	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=45;SC=TAATAAAATACAGTAAGCTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=28348823;WS=28348805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	28358548	rs2763318	CA	AC	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	28378758	rs2997211	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1137;SC=ACGAAAACTTTTTCTAAAACC;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=28378766;WS=28378748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	28436534	rs11006897	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=896;ReadPosRankSum=1.749;SC=ATTTAGTAAGAGCATTGTGGG;SOR=0.546;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=71;WE=28436542;WS=28436524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,73:0.34:214
chr10	28438835	rs72381252	TCTGCA	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=393;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CACGCATCTGTCTGCACTAGG;SOR=1.158;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=9;WE=28438847;WS=28438825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr10	28491313	rs11598304	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTTGTATTCCGGGCCATCAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=28491321;WS=28491303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	28822373	rs12767429	A	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=644;SC=CTGGGAGCTGATGAGAGTCGC;SOR=2.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=28822381;WS=28822363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	28823126	rs35136724	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=403;SC=GGTTCCTTTAGCGCTCTCCAG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=28823134;WS=28823116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	28879838	rs41283724	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=676;SC=ATCCATTGCCATCTACATATG;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=28879846;WS=28879828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	28903400	rs71391055	G	GTCTTCTTTAAAACA	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=2439;SC=GAACTTGACTGCCACATTTTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=28903408;WS=28903390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	29136129	rs813935	A	G	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=61;PP=2634;SC=CTGAGCTCAAATAGTCCTCCT;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=145;WE=29136137;WS=29136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	29137085	rs787323	C	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=78;SC=CTCTTGTGCACGGGATGGGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=29137093;WS=29137075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	29577924	rs2768670	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	29578084	rs17851935	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.116;NF=27;NR=19;PP=667;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TCACCGACTAAGTGGAGCAGT;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=46;WE=29578092;WS=29578074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr10	29578180	.	A	ATGAAGCCAACTGTCTC	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-7.404;QD=10.41;ReadPosRankSum=-2.980;SOR=1.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr10	29580735	rs2148901	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.56;QD=42.88;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	29580743	rs2148902	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.10;QD=43.54;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	29581493	rs3818551	A	C	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.134;NF=86;NR=82;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.558;SC=ACCACAGCCCAGACGGTCCTG;SOR=0.633;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=450;TCF=219;TCR=231;TR=168;WE=29581501;WS=29581483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,171:0.38:456
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chr10	29598896	rs2796293	A	G	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=53;PP=2965;SC=TAATGAAAATAAGATTGTGGC;SOR=2.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=138;TCR=53;TR=191;WE=29598904;WS=29598886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	29747155	rs139380407	GCTC	G	1801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.752;NF=26;NR=8;PP=1455;ReadPosRankSum=0.758;SC=TGACCGTGAGGCTCCTCTGGC;SOR=0.277;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=34;WE=29747165;WS=29747145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr10	29747221	rs41299212	G	A	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.778;NF=71;NR=37;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GCTTCCAGGCGGGCAGGGCGT;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=108;WE=29747229;WS=29747211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,114:0.63:181
chr10	29747417	rs1887465	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=856;ReadPosRankSum=-0.827;SC=CGACCCCCTCCGGGAGTGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=62;WE=29747425;WS=29747407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,64:0.37:172
chr10	29747618	rs7098527	T	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=23;PP=676;SC=ACCTGCATACTGCCTGAGGAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=29747626;WS=29747608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	29754535	rs17694739	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.824;NF=16;NR=17;PP=446;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TGGCTGGGGCGCGCTGTACAG;SOR=0.711;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=33;WE=29754543;WS=29754525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	29754609	rs1057952	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.11;QD=25.72;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	29759174	rs3215848	TG	T	1450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=1252;SC=GCCCGGTGTGTGGGGGGACTC;SOR=3.306;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=40;WE=29759182;WS=29759164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	29759225	rs11007607	A	G	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=59;PP=2939;SC=TCTTGTTCGCAGCGGTCCTTC;SOR=1.433;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=168;WE=29759233;WS=29759215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	29759434	rs2274493	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=2.072;SC=ACCGGCGGCGCGGAGGAGTTA;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=7;WE=29759442;WS=29759424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr10	29760209	rs2274494	C	T	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	29762997	rs932794	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1266;ReadPosRankSum=1.800;SC=TCACTTTCCCCGGGCCTGCAA;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=62;WE=29763005;WS=29762987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr10	29769647	rs10763720	G	A	4993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGCCACGGCCGACGTTCACTC;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=145;TCR=133;TR=203;WE=29769655;WS=29769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,218:0.73:298
chr10	29770551	rs11007612	A	G	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1506;ReadPosRankSum=0.483;SC=TTCTCATTCGATCTCTTCAGT;SOR=0.537;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=103;WE=29770559;WS=29770541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,109:0.63:172
chr10	29776289	rs61192312	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.062;NF=7;NR=15;PP=378;ReadPosRankSum=0.534;SC=ACGCACCCCATATCGGAAGCA;SOR=0.031;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=22;WE=29776297;WS=29776279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr10	29776325	rs34472178	TAA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.195;NF=0;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTTTCACTTCTAAAGAGTCTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=29776334;WS=29776315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	29777558	rs61737742	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=51.67;MQRankSum=-4.087;NF=28;NR=11;PP=594;ReadPosRankSum=1.102;SC=TCAGCCTCTTGTAGGGCACGG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=39;WE=29777566;WS=29777548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr10	29782066	rs4749439	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=2;PP=1233;SC=ACTGGGGGAAAAGCCTCATGG;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=29782074;WS=29782056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	29783813	rs6481600	G	A	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=21;PP=1698;SC=GAGATTCTGAGAGCAAAGCCT;SOR=1.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=81;WE=29783821;WS=29783803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	29783885	rs1056782	A	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5313;FS=2.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=3.120;NF=65;NR=63;PP=2179;ReadPosRankSum=1.901;SC=AGCCTGTCCAACTTCAGGTCC;SOR=0.666;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=128;WE=29783893;WS=29783875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,133:0.89:149
chr10	29783908	rs78773460	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=10.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQRankSum=-2.198;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,22:0.17:133
chr10	29783984	rs3031505	GAAACT	G	1535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=53.485;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.339;NF=1;NR=36;PP=1699;ReadPosRankSum=-2.278;SC=CTTCTGATCAGAAACTGCTTG;SOR=4.837;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=37;WE=29783996;WS=29783974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr10	29784004	rs28427082	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=36.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.210;NF=25;NR=22;PP=558;ReadPosRankSum=3.440;SC=GGCGTGGCCGGGGCCTTGGCG;SOR=0.020;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=47;WE=29784012;WS=29783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr10	29784072	rs2368406	G	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.79;MQRankSum=-0.529;QD=17.66;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	29784114	rs6481601	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.47;QD=21.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr10	29797131	rs373003505	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.48;MQRankSum=-1.111;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr10	29813382	rs61846563	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AAACTGCAATCGGACTATAGC;SOR=0.156;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=29813390;WS=29813372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr10	29818604	rs913035	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=311;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GACACTATAGACAAGGCTGAG;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=19;WE=29818612;WS=29818594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr10	29818827	rs3780843	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=655;ReadPosRankSum=-2.112;SC=GAGCTGGGCACGGTGGCTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=36;WE=29818835;WS=29818817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr10	29820070	rs11819202	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5580;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TGCAGCAAAGGGAGACACTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=14;WE=29820078;WS=29820060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	29821089	rs17756919	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=535;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CCGACCTCTCCACCCGTGATT;SOR=1.214;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=27;WE=29821097;WS=29821079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr10	29821475	rs41284748	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=518;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GTCTCCTGCAGGCGTTGGCAG;SOR=0.884;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=37;WE=29821483;WS=29821465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr10	29821523	rs1328323	T	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.566;SC=CGACAGAGACTTTTGTGTCCA;SOR=0.944;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=91;WE=29821531;WS=29821513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr10	29821758	rs147010426	C	T	4127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=93;PP=2837;ReadPosRankSum=1.519;SC=AACCATCTCGCTCCTGCCTGT;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=168;WE=29821766;WS=29821748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,177:0.67:265
chr10	29822032	rs1247696	C	T	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=61;PP=2660;SC=GACTCGCAGACATGGAGAACT;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=154;WE=29822040;WS=29822022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	29822159	rs7076239	T	C	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=74;PP=2453;ReadPosRankSum=-1.344;SC=CTGGCGTCACTAGCTTGGCGG;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=152;WE=29822167;WS=29822149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,162:0.64:255
chr10	29833998	rs2368393	A	G	5353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.32;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,138:0.70:196
chr10	29834003	rs2368392	G	A	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.74;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,128:0.70:183
chr10	29834095	rs4463752	G	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.12;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	29834095	.	GGTTTTTAGACTAAAATCTC	AGTTTTTAGACTAAAATCTC,AGTTTTTAGATTAAAATCTG	317	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1,0;NR=21,8;PP=104,317;QD=6.30778238851;SC=CTCTGGAGACGGTTTTTAGAC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22,8;WE=29834122;WS=29834085;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:22
chr10	29834105	rs1410472	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.48;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	29834114	rs1410473	C	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	29839513	rs10159964	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=1.447;SC=CTTAGCGTGGACTGGATGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=19;WE=29839521;WS=29839503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr10	29839787	rs10160013	A	G	5398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GCCGTCACCCACATGGAGGGC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=168;TCR=136;TR=218;WE=29839806;WS=29839777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,239:0.71:335
chr10	29839798	rs17834991	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=2621;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CATGGAGGGCATAGTCCTTGG;SOR=0.651;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=322;TCF=175;TCR=147;TR=95;WE=29839806;WS=29839777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,102:0.29:352
chr10	29839864	rs1270874	A	C	9539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=2.831;SC=ACAGAGAACTAGCATCTCTGC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=168;TCR=173;TR=339;WE=29839872;WS=29839854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr10	29840038	rs3740003	A	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1470;ReadPosRankSum=1.347;SC=TGTACCTTGCAATTCTTTCGG;SOR=0.326;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=90;WE=29840046;WS=29840028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr10	29840164	rs3740002	A	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1188;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GAGAAGAATCAGAAGTTTCCT;SOR=0.970;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=70;WE=29840172;WS=29840154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr10	29843833	rs1547169	C	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1709;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CATTTTCAATCCCTTCCAGGC;SOR=0.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=109;WE=29843841;WS=29843823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,112:0.68:165
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chr10	29891260	rs12416605	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=235;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCTTTAAGGGCACATGGTACA;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=26;WE=29891268;WS=29891250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr10	29891321	rs2505901	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=650;SC=CCCTCCCTTCTCTGCTGTGGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=29891329;WS=29891311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	30306804	rs2478839	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=465;ReadPosRankSum=1.972;SC=AGCTCCACCGGCATTTCATCA;SOR=0.832;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=32;WE=30306812;WS=30306794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr10	30316072	rs3739998	C	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.295;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=836;ReadPosRankSum=0.031;SC=GATTTTCGGACTTTCCTGGGG;SOR=1.014;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=64;WE=30316080;WS=30316062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,69:0.35:199
chr10	30317073	rs9337951	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=833;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GCTTTGTAAGGTGGATGAAAC;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=60;WE=30317081;WS=30317063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,64:0.34:187
chr10	30317949	rs2478835	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,61:0.28:217
chr10	30611614	rs2484284	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=660;SC=AAATTAAACTCAAACCAAGAA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=30611622;WS=30611604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	30615638	rs1029172	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=273;SC=TTTGTAAAAGAATGCTCTAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=30615646;WS=30615628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	30626003	rs12221163	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.391;SC=AAGTACAGGTCGCATAAAAAG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=30626011;WS=30625993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	30629082	rs2689215	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=396;SC=GTAGCTTGAACATTTTACAGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=30629090;WS=30629072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	30629136	rs1047988	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=911;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TAAAAGTTGAGGTACACCTAA;SOR=1.342;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=45;WE=30629144;WS=30629126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr10	30629226	rs1047991	G	A	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1636;ReadPosRankSum=0.716;SC=GACCGTACGCGTGACCGTTCA;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=103;WE=30629234;WS=30629216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,111:0.67:165
chr10	30629434	rs36002941	CTATTT	C	1096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=836;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ATCTAACATACTATTTTAGCT;SOR=1.819;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=19;WE=30629446;WS=30629424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr10	30637995	rs10826783	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CCCGTGATCCCAGACTCCTCG;SOR=1.552;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=15;WE=30638003;WS=30637985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr10	30653561	rs7094285	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TTGGAGAGAGCGGGGCGGGGA;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=14;WE=30653569;WS=30653551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	30728101	rs1042058	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=796;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CAGTCAGATATGGAACTGTGG;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=70;WE=30728109;WS=30728091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,75:0.30:248
chr10	30728250	rs2907	A	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CAGCTTTCCTACTGCAGCTTC;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=112;TCR=150;TR=88;WE=30728258;WS=30728240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,90:0.34:262
chr10	30739058	rs303428	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.726;SC=TGGGCAGTCCATTTTCACACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=30739066;WS=30739048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	30749895	rs3034	G	A	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=160;SC=CCTGTGACCCGTGAATGTGCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30749903;WS=30749885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	30901722	rs3832672	GC	G	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=1;PP=1643;SC=GCCCATGACAGCCCAAGTCTT;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=39;WE=30901730;WS=30901712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	30901756	rs9954	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=969;ReadPosRankSum=0.247;SC=CTTACCAATAGTTCATTCCTT;SOR=0.866;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=46;WE=30901764;WS=30901746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr10	30918486	rs75095145	G	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-8.888;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,74:0.28:262
chr10	30918492	rs76101300	G	T	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=5.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-9.221;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.709;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,76:0.28:269
chr10	30918549	rs201069868	G	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=6.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-3.150;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,50:0.25:204
chr10	30918597	rs74551644	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=32.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-6.360;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=4.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,17:0.13:126
chr10	30974174	rs4749580	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.461;NF=37;NR=17;PP=689;ReadPosRankSum=-1.944;SC=TTTTCTCTTCTGTACATTTAT;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=54;WE=30974182;WS=30974164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
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chr10	30978282	rs11008182	G	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.391;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=10.420;NF=41;NR=31;PP=2371;ReadPosRankSum=-2.379;SC=CCTCGGCCACGCCAAGCCTGA;SOR=0.653;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=72;WE=30978296;WS=30978264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,79:0.45:176
chr10	30982526	rs7068784	T	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.250;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.882;NF=28;NR=15;PP=471;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGAGAAGATCTCCTTCAGGAA;SOR=1.314;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=43;WE=30982534;WS=30982516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr10	30985070	rs11008186	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CACGTAAGGAGTCCTGACTGT;SOR=2.833;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=30985089;WS=30985060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	30985081	rs10826846	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=317;SC=TCCTGACTGTGTAATTCATCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=30985089;WS=30985060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	30986240	rs138927815	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=3.111;QD=39.99;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr10	30986242	rs11008188	A	G	763.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=3.265;QD=40.20;ReadPosRankSum=0.211;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr10	30986244	rs11007616	A	G	793.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=3.412;QD=37.80;ReadPosRankSum=0.188;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr10	30986253	rs4747726	G	A	855.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=3.622;QD=35.66;ReadPosRankSum=1.666;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr10	30986296	rs4749587	C	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=29;NR=12;PP=742;SC=GTGTCTGCCTCGTGTTCAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=30986304;WS=30986286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	30986348	rs4749588	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-0.814;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
chr10	30986364	rs7078530	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.687;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.123;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr10	30989188	rs10740829	G	C	8442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=172;PP=2965;SC=CCGCTTATCCGCAGGTACTAC;SOR=1.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=133;TCR=172;TR=305;WE=30989196;WS=30989178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	30993404	rs11008192	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=943;ReadPosRankSum=1.021;SC=TGCCCCAGACGACAGCAGGTG;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=285;TCF=147;TCR=138;TR=86;WE=30993412;WS=30993394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,92:0.30:305
chr10	30993448	rs10826848	G	A	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=133;PP=2965;SC=GGCTGTGGCTGTGGCCTGGTG;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=102;TCR=133;TR=235;WE=30993456;WS=30993438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	31001494	rs1826619	A	C	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=158;NR=144;PP=2965;SC=CAGGAAAAAAATCTCAAGAAG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=158;TCR=144;TR=302;WE=31001502;WS=31001484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr10	31134214	rs3740236	A	G	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=67;PP=2393;ReadPosRankSum=0.786;SC=TTGGACATGCATGTGATTCCT;SOR=0.825;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=222;TCF=121;TCR=101;TR=155;WE=31134222;WS=31134204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,164:0.69:238
chr10	31146615	rs16932010	T	C	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=49;PP=1847;ReadPosRankSum=0.456;SC=TTACTATCCATAGGACTCTGA;SOR=0.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=122;WE=31146623;WS=31146605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,128:0.77:166
chr10	31791501	rs2839664	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=945;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTACCATTCTACTATGGGAAC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=51;WE=31791509;WS=31791491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr10	31803516	rs220060	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=15;PP=611;SC=TAAAATACCAGTTCTTTTCTT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=31803524;WS=31803506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	32096803	rs1412493	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.605;SC=AAATAAGAGAGAGGGAAAATT;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=32096811;WS=32096793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	32097609	rs143564246	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TCTGCATTGTGTCTTGGTTTG;SOR=0.743;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=49;WE=32097617;WS=32097599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,50:0.29:170
chr10	32103077	rs2799012	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CTGCACAGCCCTTTTGTAACA;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=32103085;WS=32103067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	32106851	rs2778650	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-2.915;SC=GAGTATGGTCAGTTTGTGCTT;SOR=2.212;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=32106859;WS=32106841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr10	32115133	rs2255544	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=657;SC=CACACTAGCTATAACTATAAG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=32115141;WS=32115129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	32132386	rs182198126	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=2.174;SC=TCAACAGTCCTACCTTATCAT;SOR=0.764;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=44;WE=32132394;WS=32132376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,45:0.31:147
chr10	32143208	rs2808090	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=0.624;SC=TCTAATAAATAAATTTTACTT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=20;WE=32143216;WS=32143198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr10	32307527	rs200417731	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.956;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	32307534	rs11428920	T	TA	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=44.06;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	32307536	rs55938482	T	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.40;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	32309005	rs1775715	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.187;SC=CTGTTATCCTATACCCTATGG;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6;WE=32309013;WS=32308995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	32311969	rs176924	A	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1492;ReadPosRankSum=-1.608;SC=AGGCTGCTGTAAGGAAAAAGT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=74;WE=32311977;WS=32311959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr10	32321495	rs398686	C	T	343.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TAAAAATTCACTTTATCCATG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=32321503;WS=32321485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr10	32323591	rs211277	G	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr10	32327779	rs45615333	C	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TAAAAAAACACCGATCAACTA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=25;WE=32327787;WS=32327769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr10	32328389	rs41289023	A	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGACTTCTTAAATAAATTATA;SOR=0.636;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=17;WE=32328397;WS=32328379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr10	32337283	rs887492	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TCTGCAATTAACTTAGAAGAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=32337291;WS=32337273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	32575793	rs2986931	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.709;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=875;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AATCCAAATTATTTAATTTTG;SOR=1.398;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=45;WE=32575801;WS=32575783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr10	32742234	rs2505335	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=0.494;SC=ATTTTAAACTATTAAAGTATC;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14;WE=32742242;WS=32742224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr10	32742256	rs2490505	T	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AATTGGCTTTTATTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=17;WE=32742264;WS=32742246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	32745396	rs2244153	A	G	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=200;SC=GCATTGGAAAACATTATTTAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=32745404;WS=32745386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	32751901	rs2505380	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=20;PP=687;SC=TGCAATTTAAGTAGTCACTAT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=32751909;WS=32751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	32833354	.	CTG	C	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=56;QD=34.5;SC=GTATGTGTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=32833363;WS=32833344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr10	32856937	rs12783494	T	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	32873103	rs147644083	GAT	G	30.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TACCAGTCTTGATATATATAT;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=1;WE=32873112;WS=32873093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr10	32974874	rs148671234	A	AAATAGATAAATAC	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TATTTAGTGGAATAAATGTAT;SOR=2.235;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=5;WE=32974882;WS=32974864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr10	32974969	rs1762526	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=17;PP=626;SC=CAAATTACAAATAAAGAAACA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=32974977;WS=32974959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	32978136	rs1763784	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=1.029;SC=TTAAAAGTAAGTTCATCCGAA;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=32978144;WS=32978126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	33014354	rs138210257	TTG	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.012;NF=1;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GGATTAGTACTTGTTTTTTTG;SOR=0.838;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=9;WE=33014363;WS=33014344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr10	33015782	rs928701	G	A	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=5;PP=115;SC=AATTATAGATGACTTTAAATT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=33015790;WS=33015772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	33017782	rs10827116	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=2.026;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	33018351	rs1414548	G	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=13;PP=341;SC=AATCTCAAACGAAGAAACTTC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=33018359;WS=33018341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	33093858	rs35054696	TAC	T	597.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.459;NF=7;NR=4;PP=489;ReadPosRankSum=-0.868;SC=ATTAATTTAATACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=33093867;WS=33093848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr10	33123774	rs11009107	T	C	179.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-0.224;SC=AAGGTGTTAATGGAAAAGATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=33123782;WS=33123764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	33123824	rs4448627	G	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	33134696	.	T	TAC	92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=92;QD=47.5;SC=CTTCCATAATTACACACACAC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=33134704;WS=33134686;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr10	33137515	rs2488294	T	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	33137551	rs2504011	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.367;SC=AACAAAGATATGTCCGTACAA;SOR=0.457;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=21;WE=33137559;WS=33137541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr10	33143396	rs1418538	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=13;PP=568;SC=GACCAATACAGTTGGAAAACC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=33143404;WS=33143386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	33165226	rs2488305	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=220;SC=TATATCAACTGGAGTAAAATT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=33165234;WS=33165216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	33190567	rs2153875	C	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr10	33195590	rs373501466	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.241;SC=AGGACTGTTATGAGGATTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=33195598;WS=33195580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	33196108	.	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=86;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GATTTCATCAGAAAAAAAAAA;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=33196116;WS=33196098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	33197119	rs367855113	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr10	33201128	rs2504020	C	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=513;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CAAACAGGAACAGCTCTAGTC;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=24;WE=33201136;WS=33201118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr10	33208736	rs372581400	G	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.186;SC=GATATTCTCTGGATGTCCCAA;SOR=0.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=33208744;WS=33208726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	33209266	rs2230396	G	T	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=47;PP=1829;SC=TTATTGTTACGCCTTCTGACA;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=102;WE=33209274;WS=33209256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	33211440	rs2252752	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TAAAAATTAATATAAACCACT;SOR=0.707;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=33211448;WS=33211430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	33214802	rs2298141	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=452;ReadPosRankSum=0.848;SC=CGCTTACTCCACAAACTGCAA;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=42;WE=33214810;WS=33214792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr10	33217131	rs145690029	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=2.218;SC=CCATAAGGTAGTAGAGGTCAA;SOR=0.606;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=41;WE=33217139;WS=33217121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr10	33219008	rs2256455	T	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	33469181	rs1048804	A	G	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1376;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CCCCCAGGGCACTCATGGCTA;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=313;TCF=132;TCR=181;TR=100;WE=33469189;WS=33469171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,104:0.32:326
chr10	33471761	rs148435065	GCA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.819;SC=TTAGGTACATGCACACACACA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=33471770;WS=33471751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	33481478	rs2243920	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TGAAAATTCCAGGAAAGCCAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=33481486;WS=33481468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	33495306	rs2474715	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr10	33542835	rs7074620	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTATACCTGATGGCCGTGAAC;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=33542843;WS=33542825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	33545464	rs10827221	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GCAAGAATTAGCATTTACAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=33545472;WS=33545454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	33552407	rs2070299	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AGGTCTTCTTGAGCTCAAATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=33552415;WS=33552397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	33552518	rs2070298	A	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr10	33552522	rs2070297	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr10	33552696	rs7079053	A	G	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=52;PP=2451;SC=CATCTTTGGCACAAAGACAAT;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=145;WE=33552704;WS=33552686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	33619562	rs1411924	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=447;SC=TTGTACACACCGACTTCCCCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=33619570;WS=33619552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	34408745	rs3004928	A	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=34;PP=963;SC=CTCCATTTCGATTCTTATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=34408753;WS=34408735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	34558701	.	A	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1179;ReadPosRankSum=0.350;SC=TGGAACCTTCATAAGAAGAAA;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=290;TCF=157;TCR=133;TR=93;WE=34558709;WS=34558691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,99:0.33:302
chr10	34619946	rs10740885	A	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=733;SC=CTCAGAGATTACCCTGAAGAA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=34619954;WS=34619936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr10	34620334	rs11009737	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.804;SC=TACCTGAATATGCACTGTCGA;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=34620342;WS=34620324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	34661555	rs10763987	G	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=530;ReadPosRankSum=0.938;SC=AGAAAATTTTGTTGATTCTTA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=32;WE=34661563;WS=34661545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr10	34666864	rs10740890	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=18;PP=880;SC=TTTCAAGAATCAGGGAACATC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=34666872;WS=34666854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	34688287	rs2796011	G	A	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=65;PP=2540;SC=AAGGCACTACGTGGATTCCCA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=139;WE=34688295;WS=34688277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	35302705	rs12830	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.813;SC=TTAATGAAAACGAAGATTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=14;WE=35302713;WS=35302695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr10	35314130	.	TA	T	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9996;HP=16;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=62.65;NF=0;NR=2;PP=24;QD=13.5;SC=ATTCAAACTGTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=35314138;WS=35314120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	35320383	rs3740083	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=610;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TAAAGTTGACCAAAATACAAA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=36;WE=35320391;WS=35320373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr10	35321414	rs16935840	C	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1997;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TTACAACTGACGTAAGGGCCT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=130;WE=35321436;WS=35321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,135:0.70:194
chr10	35322024	rs12261654	G	A	152.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.013;SC=CTAGAATTCTGATCTTGAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=35322032;WS=35322014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	35324076	rs2244174	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=25;PP=1393;SC=GGAGGAAAACATTGCAGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=35324084;WS=35324066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	35343525	rs2384289	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GAAAGCAAATGACTTGCAACT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=35343533;WS=35343515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	35360310	rs4934711	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-0.282;SC=ATAATTCCATGAGCTTAGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=35360318;WS=35360300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	35362977	rs12248333	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=977;ReadPosRankSum=2.147;SC=CAACCATGCTACCTCACTAAC;SOR=1.457;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=55;WE=35362985;WS=35362967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr10	35426614	rs35808464	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=0.140;SC=TTCCTGGCCTTGTTTTGAGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=35426622;WS=35426604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	35426755	rs17499247	A	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=2.049;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,68:0.72:94
chr10	35437239	rs34879823	A	AT	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=854;ReadPosRankSum=0.012;SC=TTCAACCTGTATTTCCAAATA;SOR=0.390;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=25;WE=35437247;WS=35437229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr10	35464778	rs1531550	C	T	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1577;ReadPosRankSum=0.007;SC=ATCATTTTGGCAGGTTTCTGT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=113;WE=35464786;WS=35464768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,126:0.63:200
chr10	35467671	rs12260130	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=1.068;SC=CAGACTCCTTCAGTGCAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=35467679;WS=35467661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	35484949	rs1057108	T	G	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TTTGAAGTGGTTGTCTGCTTG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=79;WE=35484957;WS=35484939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr10	35625845	rs59114674	C	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=384;SC=GGCCGGCCGCCGTTCCGCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=19;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	35625846	.	G	GC	948.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=761;SC=GCCGGCCGCCGTTCCGCCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	35772402	rs3802509	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=967;ReadPosRankSum=-1.007;SC=AATCTCAGACGGACGGTAGGT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=69;WE=35772410;WS=35772392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,83:0.66:125
chr10	35894666	rs627267	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=31;PP=914;SC=TCAGTGTGCAAGCACCAAGCT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=35894674;WS=35894656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	35894761	rs637881	G	A	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=122;SC=GAATGGTTCCGCGGTTCCTCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=35894769;WS=35894751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	35896957	rs595652	G	A	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=86;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CCCCGAAGAAGTTCCCTTGCA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=156;TCR=134;TR=189;WE=35896965;WS=35896947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,199:0.65:304
chr10	35928224	rs625858	C	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=23;PP=1157;SC=CTGCACTTGGCTCTCCTCGCC;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=35928232;WS=35928214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	36811687	rs143754208	G	GGT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=1.940;SC=CATACACAAAGGTGTGTGTGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=36811695;WS=36811677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	36812362	rs2503084	C	T	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.407;NF=54;NR=34;PP=1281;ReadPosRankSum=-1.778;SC=TTTTCTCACACGCATTATAAA;SOR=1.016;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=250;TCF=139;TCR=111;TR=88;WE=36812370;WS=36812352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,96:0.36:268
chr10	36813180	rs2503083	T	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=641;ReadPosRankSum=1.894;SC=GCCAGGGGCGTGCGCGCCGGG;SOR=0.952;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=46;WE=36813188;WS=36813170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr10	36813198	rs2503082	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=65;PP=2054;SC=GGGCTGGCCCAGCAGGGAAAG;SOR=1.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=36813206;WS=36813188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	36813218	rs2505569	C	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=473;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GCCCCGCTCACTCTCCACTGC;SOR=0.902;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=31;WE=36813226;WS=36813208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr10	36813298	.	G	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=42;QD=19.1928031368;SC=GGAAGGGCATGCGCTCGCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=36813306;WS=36813288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr10	37425741	.	ATG	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.765;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	37441072	rs1148257	T	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,41:0.31:133
chr10	37488689	rs1209750	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.225;NF=29;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AACAAAAGAAGGTTGAAGAAA;SOR=0.633;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=51;WE=37488697;WS=37488679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr10	37505099	rs34285151	C	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.191;SC=GTATCTCCTCCTTGAGACAGA;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=6;WE=37505107;WS=37505089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr10	37505159	rs34552277	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr10	37505179	rs57914746	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr10	37508450	rs1148259	A	C	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1179;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCAATTATGCAGGAGATGCTC;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=85;WE=37508458;WS=37508440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,91:0.65:141
chr10	38246545	rs2799499	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=314;SC=AGACATGTGAACTAGCTCTTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=38246553;WS=38246535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	38260558	rs371664170	AACACACAC	A,AACAC	1756.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=46.23;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,20:0.45,0.53:38
chr10	38299843	rs2293962	G	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=23;PP=671;SC=GGACGGCGGGGCTGCAGCGTG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=38299851;WS=38299833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	38306128	rs2738208	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=55.53;NF=24;NR=3;PP=603;SC=TTCCACTGGCAACTCGAAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=38306136;WS=38306118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	38344700	rs2505232	C	G	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=116;PP=2965;SC=ACACACAGGGCAGAAACCCTT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=134;TCR=117;TR=250;WE=38344708;WS=38344690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	38385316	rs2474572	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=1.080;SC=TACAGCATAAATTGTTTTTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=38385324;WS=38385307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	38385441	rs2474573	G	A	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.468;SC=ATGTTTTGCCGGCTGCGAAGT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=95;WE=38385449;WS=38385431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,98:0.64:153
chr10	38407519	rs176889	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=58.54;MQRankSum=-0.934;NF=6;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=1.385;SC=GTCAGAAGTCAGCCCTAATTG;SOR=0.925;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=10;WE=38407527;WS=38407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	38537070	rs1780145	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AAGAGAATATATAAACACACA;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=17;WE=38537078;WS=38537060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	38599101	rs34686283	C	CT	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQRankSum=-1.850;QD=17.06;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr10	38645403	rs72639552	T	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.479;NF=75;NR=85;PP=2653;ReadPosRankSum=1.423;SC=TGGTTTTGATTACCGGGGCTA;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=160;WE=38645411;WS=38645393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,152:0.68:222
chr10	38647171	rs2800473	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.279;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=0.643;SC=TTTTCTGAACCAGAGAGAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=38647179;WS=38647168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	38647463	rs35215821	A	AT	1421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=708;ReadPosRankSum=0.408;SC=TTGCTGATGGATTTTTTTTTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=43;WE=38647471;WS=38647453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr10	38654932	rs138689893	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=0.639;QD=18.66;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	38654940	rs2804645	T	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQRankSum=0.988;QD=21.04;ReadPosRankSum=0.538;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	38667003	rs2804622	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=15.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.16;MQRankSum=0.592;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr10	38740353	rs2754385	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-1.481;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	38740382	rs2754386	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-1.252;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr10	42905431	rs3004228	A	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=726;SC=TTTCTTCTTTAGAAAATACCA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=42905439;WS=42905421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	42905510	rs2419684	A	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=49;PP=2002;SC=TCAGATGTTAAATTACTCCTC;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=108;WE=42905518;WS=42905500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	42916368	.	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.769;SC=ACAAGTCTTTCTATGTAAATC;SOR=1.154;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=8;WE=42916376;WS=42916358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr10	42926170	rs66977053	TGG	T	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=428;SC=GTGATTGAGTTGGGGTGAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=42926179;WS=42926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	42928668	rs67090148	GGAGTCTATC	G	3776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=23;PP=2941;SC=TTTGAATGAAGGAGTCTATCC;SOR=1.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=42928684;WS=42928658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	42965636	rs1255411	C	T	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=26;PP=1373;SC=TAAATCTCTCCGGGCTCTGGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=42965644;WS=42965626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	43075288	rs7921658	T	C	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.95;MQRankSum=1.428;NF=55;NR=43;PP=1499;ReadPosRankSum=-0.479;SC=AAATCGGCAGTCTGGAGTCTA;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=98;WE=43075296;WS=43075278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,104:0.67:156
chr10	43078525	rs41301639	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.378;NF=21;NR=25;PP=665;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CAGCACTGCAAGGGTTTAATC;SOR=0.340;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=46;WE=43078533;WS=43078523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,48:0.87:55
chr10	43089156	rs7904627	C	T	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.274;NF=75;NR=62;PP=2270;ReadPosRankSum=1.017;SC=ATGCATTACACTGATAGGGTT;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=137;WE=43089164;WS=43089146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,133:0.62:214
chr10	43089965	rs210280	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.97;NF=35;NR=25;PP=944;SC=CTCATTCCACGTGAGTCATAC;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=43089973;WS=43089955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	43119123	rs158377	G	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=26;PP=761;SC=CTGTTGGGAGGGGGGAATGAG;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=43119131;WS=43119113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	43119159	rs158378	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.996;SC=GGCAATACAGTTTCTGTTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=17;WE=43119167;WS=43119149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr10	43128395	rs209391	C	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=587;SC=AAATGGCCTGCTGCTGTCTTG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=43128403;WS=43128385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	43132232	rs209387	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=849;SC=ACAGAGATGGAGACACTGCGC;SOR=1.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=43132240;WS=43132222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	43232450	rs702370	G	A	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=110;NR=55;PP=2965;SC=ACCTTTTAATGTGAAAATGTG;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=110;TCR=56;TR=165;WE=43232458;WS=43232440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	43280057	rs55869085	CTT	C	8058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=102;PP=2979;SC=TCCATTGATTCTTTTTTTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=14;TCR=109;TR=116;WE=43280066;WS=43280047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	43572832	rs12267460	G	A	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=41;PP=1174;SC=AGTTGGCGCCGAGCAGCGGAG;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=43572840;WS=43572822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	43572950	rs12246855	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	43572951	rs12246856	A	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	43595968	rs1800858	A	G	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=TGGACCAGGCAGCCGGCACGC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=186;WE=43595976;WS=43595958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	43596179	rs2435351	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1043;SC=CAGTAAGGGAGCCGCCCCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=57;WE=43596187;WS=43596169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	43600689	rs2435352	A	G	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=93;PP=2965;SC=GTCTCCGGCCACAGTTCGTTT;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=164;WE=43600697;WS=43600679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	43604390	rs1864404	A	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=682;SC=CACCAGTGTGAGTGCAGGGCT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=43604398;WS=43604380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	43606687	rs1800860	A	G	8769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=138;PP=2965;SC=ACTGCCAGGCATTCAGTGGCA;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=189;TCR=138;TR=327;WE=43606695;WS=43606677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr10	43607756	rs3026750	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=574;SC=CCAGCCTGGGGTGGCTCTCCC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	43607759	rs34827976	GC	G	1067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=918;SC=GCCTGGGGTGGCTCTCCCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	43610119	rs1799939	G	A	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=143;PP=2965;SC=CTCCTCTTCCGGTGCCCGCCG;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=83;TCR=143;TR=226;WE=43610127;WS=43610109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	43613843	rs1800861	G	T	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=68;PP=2789;SC=CGAGTGAGCTGCGAGACCTGC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=160;WE=43613851;WS=43613833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	43615633	rs1800863	C	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	43622217	rs2075912	T	C	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=98;PP=2965;SC=GCTGTCCCCTTTGCACTATCC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=195;WE=43622225;WS=43622207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	43657811	rs2257767	T	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=371;SC=ATGGCCAGGTTGGGTGGGGGT;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=43657819;WS=43657801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	43659536	rs2503865	C	T	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=44;PP=1288;SC=GAATTTAGAACGTTGTCAGCA;SOR=1.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=43659544;WS=43659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	43694363	rs35825252	C	CA	3137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=18;PP=1620;SC=GCAGCTGTGACGGGGCTCAGG;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=43694371;WS=43694353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	43695049	rs1254964	T	C	6202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=90;PP=2965;SC=CATCATCTAATTCCTGGGGCA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=125;TCR=91;TR=215;WE=43695057;WS=43695039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	43698980	rs1254961	C	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=458;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCGCCGGTCCCGAGGCCATGC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=22;WE=43698988;WS=43698970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr10	43883342	rs1126487	T	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr10	43932479	rs2244396	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=507;SC=GGGAGCAGCAAGGCTTCCGGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=43932487;WS=43932469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	43976983	rs12359980	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
chr10	43978087	rs3750890	A	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TACATCAGAGAATACATACTG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=84;WE=43978095;WS=43978077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr10	43991255	rs9422519	C	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=0;PP=83;SC=AGATTTTTTTCCCACAAATCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=43991263;WS=43991245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	44052903	rs2230661	A	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=2074;ReadPosRankSum=1.221;SC=CACTGACTACATTCGTATTGT;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=122;WE=44052911;WS=44052893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,132:0.68:194
chr10	44053013	rs2230660	G	C	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=64;PP=2654;ReadPosRankSum=-1.539;SC=CTCTGTATGAGCTCTCTGCTG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=152;WE=44053021;WS=44053003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,153:0.67:227
chr10	44053585	rs2999278	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1042;ReadPosRankSum=0.481;SC=GTGTTTTCTGCTGAAGATTCT;SOR=1.345;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=67;WE=44053593;WS=44053575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,76:0.70:109
chr10	44103923	rs3128239	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=597;SC=CACATCCCCTGAGCCCTCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=44103931;WS=44103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	44104513	rs7342073	C	A	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=879;SC=TGCCCCCTCCCTTTGCTTTAC;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=44104521;WS=44104503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	44111806	rs10899839	G	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=690;ReadPosRankSum=0.194;SC=CATCTGTTCTGGGAGAGCGAA;SOR=0.712;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=61;WE=44111814;WS=44111796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr10	44112245	rs12354886	G	A	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=62;PP=2740;SC=GAAAGCCTTCGCTCAGAATGC;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=44112253;WS=44112235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	44285159	rs1998748	T	C	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,81:0.26:308
chr10	44285190	rs1998749	G	C	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=971;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CCACCTCCACGACCCCTCTGT;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=142;TCR=153;TR=86;WE=44285198;WS=44285180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,88:0.28:316
chr10	44285777	rs3750724	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.569;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,26:0.23:112
chr10	44340783	rs113953295	G	GC	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=269;ReadPosRankSum=0.382;SC=GAATCATCCCGCCCCCAGCAG;SOR=0.773;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=10;WE=44340791;WS=44340773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	44345134	rs78197031	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=732;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CCCAGCTCCCACTGAAGGCAT;SOR=0.566;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=65;WE=44345142;WS=44345124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,76:0.43:177
chr10	44793299	rs2505734	C	T	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=77;PP=2632;SC=TGTCCACTCTCGCTCAGCGTG;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=147;WE=44793307;WS=44793289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	44868856	rs266091	A	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=92;PP=2965;SC=CCAGCTCCAGAAGGACAGCGG;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=146;WE=44868864;WS=44868846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	44871548	rs2297630	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=548;ReadPosRankSum=-1.644;SC=GTCTGCATAAGATTTAACACT;SOR=0.878;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=48;WE=44871556;WS=44871538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr10	44873849	rs2839695	A	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=777;ReadPosRankSum=0.864;SC=CAACGTGCACAGGTACAGGGC;SOR=1.793;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=41;WE=44873857;WS=44873839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr10	44873992	rs2839694	C	CCT	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=646;ReadPosRankSum=1.210;SC=GTTAAGGCCCCCTCCCCCACG;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=21;WE=44874000;WS=44873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr10	44874216	rs2236533	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=246;ReadPosRankSum=-0.450;SC=ACAGGAGGAAGGCGCGGCTGC;SOR=0.536;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=21;WE=44874224;WS=44874206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr10	44880260	rs72790862	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AGCGCCCAGCTAAGCGAGCTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=44880268;WS=44880250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr10	45478092	rs870957	A	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=49;PP=1496;SC=ATGGATGCCCAGACGGCCTAG;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=45478100;WS=45478082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	45479434	rs871043	G	A	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=56;PP=2594;SC=TTTCTCTGCCGGCAGCCATCT;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=139;WE=45479442;WS=45479424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	45486575	rs3814568	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTGGGTGACGGGGCCTCCCA;SOR=0.083;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=5;WE=45486583;WS=45486565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	45496326	rs73283471	T	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=266;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GCTCCGCCACTTTCCTAGAGC;SOR=0.346;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=24;WE=45496334;WS=45496316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr10	45869669	rs78137087	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.486;SC=GCGCTAGATGCGGACACCTGG;SOR=0.240;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=16;WE=45869677;WS=45869659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr10	45869700	rs72561472	G	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=1469;ReadPosRankSum=1.141;SC=CGAGGCTCCCGGCGCTCGCTG;SOR=0.451;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=38;WE=45869721;WS=45869690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr10	45869713	rs4987106	C	G	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=1469;ReadPosRankSum=1.957;SC=GCTCGCTGCTCCCGCGGCCCG;SOR=0.592;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=47;WE=45869721;WS=45869690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr10	45869748	rs4987105	C	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=748;ReadPosRankSum=-0.652;SC=ACACGGTCACCGTGGCCACTG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=62;WE=45869756;WS=45869738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,67:0.32:210
chr10	45869895	rs111916157	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,34:0.31:110
chr10	45869903	rs111528152	A	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr10	45877899	rs28395865	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=877;ReadPosRankSum=0.024;SC=CAGGAGACCACGCATGGCCTG;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=139;TCR=59;TR=68;WE=45877907;WS=45877889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr10	45891484	rs2029253	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=52;PP=1395;ReadPosRankSum=1.831;SC=ATGGCCTGTCACTGCTGGAAA;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=71;WE=45891492;WS=45891474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,72:0.70:103
chr10	45919722	rs28395866	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GCTGCCACCATGCCACCCTGG;SOR=0.211;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=45919730;WS=45919712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	45924023	rs1565096	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=11;PP=1079;SC=TTTTTGGTCCGTCTGCTGAGC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=45924031;WS=45924013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	45924256	rs1565097	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=285;SC=CTCAGTCCTCTGCGATCCAGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=45924264;WS=45924246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	45935744	rs3780914	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=270;ReadPosRankSum=3.627;SC=TTACCCCCTCCAGGCTCTTCT;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=45935752;WS=45935734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr10	45938539	.	G	A	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=2.043;SC=GGGCCATGAAGGACCTGACCT;SOR=0.961;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=308;TCF=194;TCR=114;TR=181;WE=45938547;WS=45938529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,188:0.59:318
chr10	45938746	rs1051713	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.205;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;ReadPosRankSum=0.322;SC=GCCCCTCCACCGCTAGCGCTG;SOR=0.263;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=37;WE=45938754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr10	45939136	rs7900977	T	C	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=135;NR=102;PP=2965;SC=CCTGGGGTCCTCAGGGACTGG;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=135;TCR=103;TR=237;WE=45939144;WS=45939126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	45953767	rs7908745	A	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=CAGATTCCATATCCATGTTTA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=168;WE=45953775;WS=45953757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	45958856	rs2291428	G	C	6624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=117;PP=2965;SC=CCAGCTCATGGAACCTGTGCA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=104;TCR=117;TR=221;WE=45958864;WS=45958846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr10	45958881	rs2291429	A	C	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=109;PP=2965;SC=GCTGGCGCTCAAGCCGTGCGA;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=206;WE=45958889;WS=45958871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	46143958	rs17854567	T	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=70;PP=2003;SC=CTCTGCCATCTTCCTAAGTGG;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=46143966;WS=46143948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	46222724	rs10793625	C	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=295;SC=GGTCCTCGGCCTGTGCTGGCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=46222732;WS=46222714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr10	46965727	rs1889849	G	A	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=67;PP=2459;ReadPosRankSum=-1.967;SC=CCAGGCTCTCGGCCTCCAGGT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=186;TCR=132;TR=164;WE=46965735;WS=46965717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,166:0.51:328
chr10	46967672	rs2152530	C	T	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=99;PP=2494;ReadPosRankSum=1.054;SC=TTTTGTCCTCCGGGAACTTGT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=394;TCF=173;TCR=221;TR=167;WE=46967680;WS=46967662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,172:0.43:404
chr10	46968762	rs3127790	C	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,75:0.31:239
chr10	46968879	rs10588658	AAC	A	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	46969496	rs3127792	A	G	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.04;MQRankSum=1.076;NF=39;NR=80;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGCCTGGGAAAGCCACTCTCC;SOR=0.854;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=261;TCF=92;TCR=169;TR=119;WE=46969504;WS=46969486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,127:0.47:272
chr10	46970573	rs6587511	C	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=0.103;SC=GCTGCTGGTGCCCAGCTGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=19;WE=46970581;WS=46970563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr10	46970654	rs915449	C	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.670;SC=CGCCCCAGCCCGTCCCTGGCC;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=13;WE=46970662;WS=46970644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr10	46970792	rs915450	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr10	46998719	rs201733825	GTCAC	G	1230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTGGTGTCTTGTCACTCACTG;SOR=2.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=67;TCR=4;TR=29;WE=46998730;WS=46998711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr10	46998795	rs3127677	A	G	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=46;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGAACCTAGCACTGTGGGAGT;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=277;TCF=177;TCR=100;TR=136;WE=46998803;WS=46998785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,136:0.49:279
chr10	46998894	rs3127817	G	A	4881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=1.318;SC=AGCTCCAGCCGCCCCGAGCCG;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=434;TCF=208;TCR=226;TR=230;WE=46998902;WS=46998884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,232:0.53:438
chr10	46998995	rs4926045	C	G	4141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GAGGCCAGAGCTCCGCAAGAC;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=357;TCF=188;TCR=169;TR=187;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,189:0.53:357
chr10	46998999	rs3127818	G	A	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=1.568;SC=CCAGAGCTCCGCAAGACTGCC;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=362;TCF=189;TCR=173;TR=169;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,169:0.46:365
chr10	46999019	rs3127819	G	A	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.103;SC=CAGCAGCACCGTGTGGCAGGC;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=373;TCF=195;TCR=178;TR=181;WE=46999038;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,182:0.48:377
chr10	46999030	rs4925989	C	T	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.233;SC=TGTGGCAGGCCCAGCTGGGCG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=199;TCR=178;TR=195;WE=46999038;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,200:0.53:380
chr10	46999151	rs3127820	T	C	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=1834;ReadPosRankSum=0.289;SC=AGGCCACTGGTGGAGCAGCAC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=121;TCR=145;TR=132;WE=46999159;WS=46999141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,135:0.49:274
chr10	46999178	rs7090312	A	C	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CAATGTGTCCACCATGGGCGG;SOR=0.558;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=125;WE=46999206;WS=46999168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,131:0.51:257
chr10	46999189	rs3127678	C	T	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=6.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.973;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,116:0.47:249
chr10	46999190	rs3127679	A	G	8870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.20;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	46999198	rs3127680	G	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=10.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=2.887;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,104:0.43:242
chr10	46999465	rs3127682	A	G	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=1822;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GTCAGTTGTCAGTGCCACCAC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=287;TCF=131;TCR=156;TR=131;WE=46999473;WS=46999455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,133:0.45:295
chr10	46999484	rs11204658	G	T	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2369;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ACTAGACCTGGGGGACACAAC;SOR=0.506;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=142;WE=46999492;WS=46999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,145:0.55:264
chr10	46999577	rs11204659	G	T	5510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.454;NF=80;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=0.196;SC=GCCCCCAGCTGCTCTACTCTG;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=144;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,145:0.57:256
chr10	46999591	rs112620425	C	CATGAGGGAG	3996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.995;NF=24;NR=31;PP=2954;ReadPosRankSum=1.590;SC=TACTCTGTGGCATGAGGGAGG;SOR=0.880;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=184;TCF=63;TCR=121;TR=55;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,99:0.39:255
chr10	46999596	rs7895979	G	A	6110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=4.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQRankSum=-5.554;QD=22.30;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,158:0.58:274
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chr10	46999747	rs3127821	T	C	4054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=96;PP=2864;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TCCCTGGGCATTCCCATTGCT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=384;TCF=188;TCR=196;TR=186;WE=46999755;WS=46999737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,190:0.48:393
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chr10	47000071	rs4244614	G	A	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.027;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.133;SC=ACGGAGCTGCGGTGGACCTGG;SOR=0.677;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=312;TCF=157;TCR=155;TR=155;WE=47000087;WS=47000061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,158:0.49:320
chr10	47000079	rs3127823	T	C	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.874;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GCGGTGGACCTGGAGGTGCTC;SOR=0.821;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=305;TCF=153;TCR=152;TR=157;WE=47000087;WS=47000061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,163:0.52:314
chr10	47000146	rs3127684	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=1721;ReadPosRankSum=0.824;SC=AGCGGGCGCCCGCCAGCGAGG;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=88;TCR=144;TR=118;WE=47000154;WS=47000136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,125:0.52:241
chr10	47000188	rs3127824	A	G	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=90;PP=2838;SC=GGAGGGGGCCACTGCGGGCTG;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=51;TCR=90;TR=141;WE=47000196;WS=47000178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	47000239	rs7912299	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCGGCTGCTCCGGCGCGGCCC;SOR=0.124;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=26;WE=47000247;WS=47000229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr10	47086901	rs148605550	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,88:0.18:502
chr10	47087155	.	G	A	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=112;PP=2767;ReadPosRankSum=-0.314;SC=AGTGCATGTCGGTGACGGTCT;SOR=0.997;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=601;TCF=285;TCR=316;TR=197;WE=47087163;WS=47087145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,205:0.33:618
chr10	47087474	rs1129838	C	T	18806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=315;NR=363;PP=2965;SC=GGGCTTCATCCTGGTCTGTTA;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=681;TCF=315;TCR=366;TR=678;WE=47087482;WS=47087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,688:1.00:688
chr10	47087501	rs3824733	C	T	6531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.443;SC=CATCTACCGGCGCCTGCAGAG;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=630;TCF=282;TCR=348;TR=307;WE=47087509;WS=47087491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,306:0.48:633
chr10	47087608	rs1936339	T	C	10472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=193;PP=2965;SC=TGGCCTTTGCTGTGCTCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=391;TCF=198;TCR=193;TR=391;WE=47087616;WS=47087598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr10	47087643	rs147669433	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,70:0.18:388
chr10	47087680	rs1048157	C	T	11524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=221;NR=170;PP=2965;SC=CCATCTGCCACGGGAACCTCA;SOR=0.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=391;TCF=221;TCR=170;TR=391;WE=47087688;WS=47087670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr10	47087731	rs1048158	C	T	13835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCTCCACCTGCGTCAACCCAT;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=277;TCR=229;TR=501;WE=47087739;WS=47087721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,510:1.00:512
chr10	47087830	rs1129839	G	A	10544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=216;PP=2965;SC=TGGAGGAGTCGGAGCATCTGC;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=142;TCR=216;TR=358;WE=47087838;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr10	47405767	rs199589563	T	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	47416908	rs3127728	A	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQRankSum=-16.498;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,119:0.24:497
chr10	47667164	rs4076960	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=462;SC=GGAGGACTGGCGCAAAGAACA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=47667172;WS=47667160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	47667380	rs4076959	C	T	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AACCCTAACCCTAACCTACAA;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=121;TCR=136;TR=256;WE=47667388;WS=47667370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr10	47668707	rs4409768	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=420;SC=ATAATCTGGATCAGGTAATTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=47668729;WS=47668697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	47668721	rs4570521	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=392;SC=GTAATTCCAAGCAGGTAACCA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=47668729;WS=47668697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	47669277	rs61845226	C	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=31;PP=819;SC=ATCGGTGGAGCCTTCCTCTGA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=47669285;WS=47669267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	47669320	rs113650392	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.78;QD=42.94;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	47669324	rs113530203	A	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.42;QD=45.32;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	47680513	rs10572939	GCC	G	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.234;NF=0;NR=18;PP=526;ReadPosRankSum=0.987;SC=ACATGTGACTGCCCCCCGTGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=18;WE=47680522;WS=47680503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr10	47681520	rs73291027	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=657;ReadPosRankSum=1.200;SC=TGGAGGCTGAGGCCCAGGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=35;WE=47681528;WS=47681510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr10	47681550	rs73291028	G	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=1000;ReadPosRankSum=2.115;SC=CCGGGTACAAGTTCACAGGCT;SOR=0.798;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=56;WE=47681558;WS=47681540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr10	47681757	rs75611076	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=0.281;SC=TTCTGGTCCCGATATTGTCAC;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=24;WE=47681765;WS=47681747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr10	47701302	rs7091749	G	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=772;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CACTCCCCCCGTCAGAGCCCA;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=65;WE=47701310;WS=47701292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,62:0.30:205
chr10	47756004	rs3013885	T	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.56;QD=26.92;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	47756145	rs200192962	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.09;QD=24.89;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	47915891	rs192916706	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.62;MQRankSum=-4.229;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	48370595	rs11204210	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=657;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TGGCAGCTGGGAAGGGAGCCC;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=55;WE=48370603;WS=48370585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,63:0.37:171
chr10	48370747	rs35618062	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.967;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=538;ReadPosRankSum=1.081;SC=GTGGGCAGTGCGGAGCTGGCA;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=36;WE=48370755;WS=48370737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr10	48371277	rs3814160	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=870;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GGCCCAGGTGCCCCCACCCTC;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=128;TCR=89;TR=69;WE=48371285;WS=48371267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,74:0.34:220
chr10	48386110	rs2070706	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=616;SC=GCAGGCGCCATGGGAAATATT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=48386118;WS=48386100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	48414570	rs7923671	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=889;SC=GTCTGTTTCCATGACACTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=48414578;WS=48414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	48426798	rs743509	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=779;SC=ACCTCAGCTCCGCCCTCACCC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=48426806;WS=48426788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	48429650	rs2236723	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=510;SC=AGGAGCAAACGCCCACCGATC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=48429658;WS=48429640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	48438734	rs1126827	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=876;SC=CGGCAAAGGGCCGAAGTCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=48438742;WS=48438724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	49392575	rs931743	C	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.990;SC=AACAGGGGAGCCTCTTAAGCT;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=63;WE=49392583;WS=49392565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr10	49420205	rs72792229	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=2.183;SC=GGCCGGGGGACTCTGAGAGGA;SOR=0.563;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=22;WE=49420213;WS=49420195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr10	49440346	rs6537556	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AAAACAACAACAGTATCAATT;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=26;WE=49440354;WS=49440336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,27:0.26:102
chr10	49446204	rs905184	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=0.753;SC=CACTTAGCAATGGCAAGGGCT;SOR=1.371;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=8;WE=49446212;WS=49446194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	49450443	rs280612	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=726;SC=CAGAGCTGCCACTACGAGGCC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=49450451;WS=49450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	49609578	rs3730154	C	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=5;PP=262;SC=ACTATCAGTACGTAAACAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=49609586;WS=49609568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	49632498	.	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.985;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr10	49658248	rs1867585	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=20;PP=1377;SC=CCAAGAGCACGGCTCTCCCTG;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=49658256;WS=49658238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	49659559	rs10776601	C	T	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=110;PP=2965;SC=GGCTGCCCCACGTCACCCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=234;WE=49659567;WS=49659549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr10	49659637	rs3827681	T	C	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=57;PP=1461;ReadPosRankSum=-2.591;SC=GGACAGGGAATAGAGCCATCT;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=88;WE=49659645;WS=49659627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr10	49661341	rs7092959	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=24;PP=1557;SC=TACACCTCCCACTTACCTTCC;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=49661349;WS=49661331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	49662854	rs12355719	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.084;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	49662884	rs11101327	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.42;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	49667713	rs1867575	G	A	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=98;PP=2965;SC=CCTTACCCCCGATCACAAGCT;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=225;WE=49667721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	49667795	rs3853761	T	C	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=110;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCTGGCATGCGGA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=204;WE=49667803;WS=49667785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	49687556	rs4240511	A	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=1049;SC=CTGCTGTGAGAAGCACAGGAT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=49687564;WS=49687546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	49687594	rs4838601	G	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=28;PP=1348;SC=AGTGAGCAGGGTCTTTGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=49687602;WS=49687584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	49687800	rs4080665	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=1025;SC=CCCGCTCCCCGGCACCACCTG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=49687808;WS=49687790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	49687850	rs3888298	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=671;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTCCCTGCCCGCAGCACACTC;SOR=0.324;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=35;WE=49687858;WS=49687840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr10	49687925	rs4575219	C	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=682;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CCAGCAACAGCTGAGCTTTGC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=49;WE=49687933;WS=49687915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,53:0.37:143
chr10	49687964	rs4240513	A	C	7979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	49687971	rs4240514	T	C	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	49688014	rs4838602	C	A	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=TTTTTCCCTTCGTCTCACTTT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=164;WE=49688022;WS=49688004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	49690351	rs1445157	T	C	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=65;PP=2965;SC=GTTCATTCTTTTGCATATGCA;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=113;TCR=66;TR=177;WE=49690359;WS=49690341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	49701652	rs10735226	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=451;SC=CCACTCGGCTGCCTGTGTGCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=49701660;WS=49701642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	49732141	rs7089439	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr10	49791572	rs11593803	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=408;ReadPosRankSum=-0.722;SC=ATTTGTTCAACGATTCATTTA;SOR=0.116;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=24;WE=49791580;WS=49791562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr10	49804554	rs10776627	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=20;PP=1395;SC=CCTCACTGAGAGGTGGAGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=49804562;WS=49804544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	49804785	rs10745280	T	G	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=86;PP=2615;SC=CCCATTCTGGTGTCTCTCTCG;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=127;WE=49804793;WS=49804775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	49812917	rs17010948	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=496;ReadPosRankSum=0.968;SC=TCCTCGCGCCTAGTCGCCCCT;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=36;WE=49812925;WS=49812907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr10	49929491	rs10857625	A	C	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1483;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GGGTGGTGGCATATCCCAAGA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=86;WE=49929499;WS=49929481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,90:0.63:142
chr10	49939077	rs2377628	T	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=21;PP=1222;SC=TGGCATGCCCTCTTAGTAATG;SOR=1.522;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=73;WE=49939085;WS=49939067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	49939139	rs1993986	T	A	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=54;PP=2887;SC=AAGATCATTCTTGTTTTCCTC;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=154;WE=49939147;WS=49939129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	49944249	rs4838645	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=40;PP=1111;SC=TATTAGGTAGCGTCAGGTGCT;SOR=2.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=49944257;WS=49944239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	49944268	rs41282001	T	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CTGTAACAAATAAATCCCATA;SOR=0.204;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=24;WE=49944276;WS=49944258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr10	49983890	rs1871604	G	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=68;PP=2075;SC=TTAATGGGAAGTAAAAGATGA;SOR=2.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=49983898;WS=49983880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	50031212	rs113439641	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr10	50108145	rs2671693	G	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=172;SC=TCAAAAGGACGACCCAGGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=50108153;WS=50108135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	50109902	rs2663046	G	A	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=76;PP=2393;SC=GACACCCTCAGTCTAAGGTAA;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=50109910;WS=50109892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	50110015	rs7068839	A	T	392.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=1.739;SC=CATGCCCAACAGTTTCCCTCA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=50110023;WS=50110005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr10	50121784	rs10776653	T	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1522;ReadPosRankSum=-2.324;SC=GGGCCCCCAGTGTGGTGGGCA;SOR=0.763;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=97;WE=50121792;WS=50121774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,102:0.61:166
chr10	50149674	rs2671717	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=639;SC=GGGTGGGGCAAGAAGAGCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=50149682;WS=50149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	50154768	rs2663066	A	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=4;PP=1239;SC=TGAATGTTTTACTTTAGGTCT;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=50154776;WS=50154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	50155036	.	TAC	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.086;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CCACTCTCTGTACACACACAC;SOR=0.016;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=8;WE=50155047;WS=50155026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	50165411	rs3750867	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=54;PP=1307;SC=CAACATCATCTGGACCTTTGC;SOR=2.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=50165419;WS=50165401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	50167952	rs4317902	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GGGCCAGTGACCAGCACTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=50167960;WS=50167942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	50184949	rs2271565	C	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1188;ReadPosRankSum=0.557;SC=CCATAACCTGCTGCTGCCTGA;SOR=0.974;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=84;WE=50184957;WS=50184939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,92:0.69:134
chr10	50186317	rs2292585	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=801;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGACAGGATCGTCTTCCCCGC;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=67;WE=50186325;WS=50186307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,68:0.35:195
chr10	50186415	rs2292584	C	T	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.313;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=57;PP=1522;ReadPosRankSum=0.931;SC=GAGGAGCCCCCGGCTCAGCCT;SOR=0.357;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=100;WE=50186423;WS=50186405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,110:0.67:164
chr10	50190923	rs61366126	G	GA	434.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.638;NF=2;NR=18;PP=301;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTATTGCACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.201;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=20;WE=50190931;WS=50190913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr10	50227785	rs1913525	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	50227870	rs1913524	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=287;SC=ACCACAGGAGCTCTACATCAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=50227878;WS=50227860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	50227927	rs1913523	C	A	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=113;SC=TGGGATTCAGCGAGGGATAAG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=50227935;WS=50227917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	50315893	rs13088	A	G	9172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.952;SC=CTGGGAGTCGAAGGAGTGTGC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=151;TCR=170;TR=318;WE=50315901;WS=50315883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr10	50339925	rs12765281	G	A	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TGACCAGCCAGTCCGGCGGCT;SOR=0.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=139;WE=50339933;WS=50339915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr10	50340304	rs17773851	C	A	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=116;PP=2965;SC=GCTCCAGTCCCGCATCCCCCG;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=87;TCR=116;TR=203;WE=50340312;WS=50340294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	50341954	rs34110351	A	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=58;PP=2265;SC=TCTGTGAAGTAGCATTTCATG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=129;WE=50341962;WS=50341944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	50374930	rs45563932	C	T	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=76;PP=2932;SC=GGCCCCCAGGCGTGCTTTTCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=162;WE=50374938;WS=50374920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	50531604	rs7093235	T	C	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=63;PP=2458;SC=AGAACAGACTTGCAGCAGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=50531612;WS=50531594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	50532683	rs7921186	T	C	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=40;PP=2216;SC=CAGAAATTCTTCCCAGGGCCC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=50532691;WS=50532673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	50533617	rs2377940	T	C	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.646;SC=TACCCGAGGGTGACATAGAAG;SOR=0.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=164;TCR=129;TR=292;WE=50533625;WS=50533607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr10	50533776	rs10857471	C	G	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=103;PP=2965;SC=CCGGCTCCCCCGGGGAGAGCA;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=184;WE=50533784;WS=50533766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	50534599	rs10857472	G	A	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=87;PP=2965;SC=GCTGTACCCCGGCTTCCAGCC;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=165;WE=50534607;WS=50534589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	50681033	rs2229760	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=57;PP=2121;SC=CACCTAAGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=122;WE=50681041;WS=50681023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	50686554	rs11101139	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=593;ReadPosRankSum=0.345;SC=TACTATATATGTTTAAGGAAC;SOR=0.436;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=39;WE=50686562;WS=50686544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr10	50691009	rs4240506	C	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=170;SC=CACATTTACTCATCATTCTTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=50691017;WS=50690999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	50691360	rs4253162	T	C	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=41;PP=2476;SC=TCTTCTCCACTTGGAAATCTC;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=124;WE=50691368;WS=50691350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	50701156	rs4253132	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=26;PP=1681;SC=CTGAAATATTGTGTTACCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=87;WE=50701164;WS=50701146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	50723684	rs4253073	G	A	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=84;PP=2965;SC=TGTAAGACCAGTTCGAAACAG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=181;WE=50723692;WS=50723674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	50724016	rs4253072	C	T	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=114;PP=2965;SC=CAGTGGAACTCTGTCAATGTG;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=84;TCR=114;TR=198;WE=50724024;WS=50724006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	50740876	rs2228524	G	C	7636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=110;PP=2965;SC=AACGAAAGGAGAGGTACTCCT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=143;TCR=110;TR=253;WE=50740884;WS=50740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr10	50818762	rs1880675	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=919;SC=CGGAGGCGTCCTCGGAAGAGC;SOR=3.912;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=37;WE=50818770;WS=50818752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	50820345	rs8187730	C	A	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=169;PP=2965;SC=CCTTTTGATGCGTGCGAGGAC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=162;TCR=169;TR=331;WE=50820353;WS=50820335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr10	50820424	rs2269338	G	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=818;ReadPosRankSum=0.920;SC=ACCGCCTTGGGTCAAGGGGGC;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=192;TCF=75;TCR=117;TR=68;WE=50820432;WS=50820414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,70:0.36:195
chr10	50822192	rs7903315	G	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.094;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	50822226	rs7923716	T	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.73;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	50823981	rs8178987	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AGGCCAGGCTCCCAATTAGCC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=50823989;WS=50823971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	50824038	rs8178988	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=0.522;SC=CATTCACCCACGCATGCATTC;SOR=1.069;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=13;WE=50824046;WS=50824028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr10	50824244	rs11101182	C	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=445;ReadPosRankSum=-1.297;SC=CTGCCAGCAACCCCTGGTGGA;SOR=0.439;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=39;WE=50824252;WS=50824234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr10	50828064	rs10857519	A	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GACAGGGCAGAAGGAGAGATG;SOR=1.327;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=14;WE=50828072;WS=50828054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr10	50828506	rs1880677	G	A	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=74;PP=2965;SC=GACTGTTTGGGGGGATGTGAC;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=188;WE=50828514;WS=50828496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	50833839	rs868750	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=0.126;SC=TCCAAAGTGGGGCCCCTACTT;SOR=0.297;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=16;WE=50833847;WS=50833829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr10	50856652	rs4838544	G	A	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=66;PP=2154;SC=GCTCAAGCACGTGTGAGTCTG;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=50856660;WS=50856642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	50856772	rs10580502	TAC	T	165.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr10	50857835	rs1917813	T	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=1299;SC=TGTAGTCAAATTAAAGGAGAG;SOR=5.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=47;WE=50857843;WS=50857825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	50863083	rs12264845	A	C	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=71;PP=2965;SC=TTTCTTTCCGAGTTTATGATT;SOR=1.396;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=136;TCR=71;TR=205;WE=50863091;WS=50863073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	50863147	rs8178992	T	C	9605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=158;PP=2965;SC=GCAGGCTCCATCGAAGACTGG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=186;TCR=158;TR=344;WE=50863155;WS=50863137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr10	50863565	rs7076926	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=41;PP=1131;SC=ATGGGCACCACGGCATAAGAC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=50863573;WS=50863555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	50887651	rs1153781	G	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=1105;SC=GGCCCCGCCCGGCGCGTAGCG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=50887659;WS=50887641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	50901809	rs1153797	T	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=13;PP=893;SC=CTCCTTTTCTTTCCTTCCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=50901817;WS=50901799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	50916484	rs1258236	A	G	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=55;PP=2631;SC=CAGCCCGTGTAGGATGAAAGT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=144;WE=50916492;WS=50916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	50943186	rs1258256	C	T	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=39;PP=2867;SC=AGCCCCTCTCCTGGGCAGGAG;SOR=1.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=133;WE=50943194;WS=50943176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	50944009	rs1258257	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=628;SC=ATGGGACAGATGGAGCCAGGA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=50944029;WS=50943999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	50944021	rs41281969	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GAGCCAGGACAGAGCCTCAGG;SOR=1.188;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=11;WE=50944029;WS=50943999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	50944613	rs1258258	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=81;PP=2518;SC=CCCAGAGGGGCTGGGGCAGCT;SOR=1.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=118;WE=50944621;WS=50944603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	50947918	rs1258259	A	G	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=990;SC=CTTGCTGCACACAGTCACCAA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=50947926;WS=50947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	50952851	rs1268723	C	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=45;PP=1298;SC=CGCAGCCAGACGCCCAGTCCA;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=50952859;WS=50952841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	50960209	rs1258184	G	A	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.368;SC=CCCGCAGAGAGAGGGTGTTTT;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=213;WE=50960217;WS=50960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr10	50964761	rs2889728	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=531;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TTCCCTTCAGTGCCTGGCCAC;SOR=0.929;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=28;WE=50964769;WS=50964751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr10	51124153	rs2664655	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-4.474;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,16:0.17:94
chr10	51537292	rs4131357	C	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=849;SC=ACAATAGAGTCTTTTAATCTA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=51537300;WS=51537282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	51539745	rs35494443	AC	A	700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=727;SC=TGAACTTGCTACCCCCAATAG;SOR=4.003;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=21;WE=51539753;WS=51539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	51539762	rs10763588	G	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=953;SC=ATAGAGAATTGACTCCCTCAT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=51539770;WS=51539752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	51540291	rs11006274	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=37;PP=1149;SC=CTGTGGGATCTCCCGCATGAA;SOR=1.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=51540299;WS=51540281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	51549496	rs10993994	T	C	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=108;NR=86;PP=2965;SC=TTCCCAATGATGTCGAATGCG;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=194;WE=51549504;WS=51549486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	51549545	rs4935176	G	T	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=94;PP=2965;SC=ATGCAGCTTTGCCTGGATGTA;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=51549553;WS=51549535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	51556921	rs10994385	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=0.299;SC=CAGCTACTCCGTCTTGCAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=13;WE=51556929;WS=51556911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	51568378	rs10761581	T	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GTTGACCACTTTTGCTCTAGC;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=34;WE=51568386;WS=51568368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,36:0.29:125
chr10	51583018	rs34542065	CATT	C	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.660;NF=0;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TACTATGTGTCATTGTTAACT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=7;WE=51583028;WS=51583008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr10	51592744	rs10995796	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TCCCAGCACTTCGGGAGGCCG;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=51592752;WS=51592734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	51620499	rs78584401	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-2.823;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	51623004	rs201547968	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQRankSum=-4.290;QD=20.46;ReadPosRankSum=1.984;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr10	51623024	rs146205287	A	C	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.394;HP=9;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.601;NF=49;NR=17;PP=2015;ReadPosRankSum=5.191;SC=GAAAAAAAAAACAACAACATA;SOR=1.642;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=66;WE=51623032;WS=51622994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr10	51623052	rs143647852	C	CT	3900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.396;NF=28;NR=46;PP=2933;ReadPosRankSum=1.266;SC=GGACGCGCAACTTAGTGTAGA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=74;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,99:0.59:168
chr10	51623061	rs115719811	G	A	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.063;NF=73;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=1.257;SC=ACTTAGTGTAGACGCAAGAAC;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=261;TCF=156;TCR=105;TR=120;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,107:0.56:190
chr10	51623147	rs373071373	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQRankSum=-7.687;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.370;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr10	51623174	rs141118546	C	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQRankSum=-4.641;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	51623866	rs374725846	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQRankSum=-1.652;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	51631812	rs200391397	A	G	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-8.834;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,116:0.59:196
chr10	51632906	rs146420399	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.01;MQRankSum=-0.431;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr10	51632971	rs200644678	A	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=-6.109;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr10	51633027	rs115081809	T	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.390;NF=44;NR=79;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AGTAACTATTTGGGTAGGTAG;SOR=0.647;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=274;TCF=107;TCR=167;TR=123;WE=51633035;WS=51633017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,79:0.43:183
chr10	51827934	rs55875820	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=597;SC=GCCGTGGTCGGTGGAGGAGAT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=51827942;WS=51827924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	51829283	rs141506171	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.33;MQRankSum=-0.346;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr10	51829520	rs60965269	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.049;NF=3;NR=19;PP=351;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GTAGGAGATATTGTAATTTTA;SOR=0.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=22;WE=51829528;WS=51829510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr10	51974685	rs201931325	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.072;NF=12;NR=29;PP=722;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GTAATGAATGCCATTAGAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=41;WE=51974693;WS=51974675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr10	51978490	rs201395210	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=287;SC=AGGAAAAAATATTTTTAAATA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=51978498;WS=51978480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	52002852	rs1436217	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.561;SC=ATTGAAGGTAATAGAATTTCA;SOR=0.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=11;WE=52002860;WS=52002842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr10	52002980	rs3739979	T	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,71:0.28:257
chr10	52004877	rs7096899	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TAAAAAGCTAAAAGAAGATAA;SOR=0.141;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=6;WE=52004885;WS=52004867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	52005153	rs7097319	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AGCGTTGGGCAGCTGTGGAGC;SOR=0.982;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=16;WE=52005161;WS=52005143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr10	52005271	rs7067773	T	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	52005293	rs7077415	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr10	52569637	rs10994563	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCCATTTCTGGCACAATTTTC;SOR=1.739;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=52569645;WS=52569627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr10	52576068	rs4245008	G	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=681;SC=AAATATCAACGCGAGATGATA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=52576076;WS=52576058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	52603659	rs10821877	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=0.207;SC=CAGCCACTGACCAAGAAGGCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=52603667;WS=52603649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	52610352	rs71457593	T	TTG	1406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.817;NF=15;NR=8;PP=869;ReadPosRankSum=0.735;SC=CAAAAAGCATTTGTGTGTGTG;SOR=1.322;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=23;WE=52610360;WS=52610342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr10	52751088	rs35361017	C	CGCT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=3.363;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	53059201	rs10762013	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=2.095;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	53059209	rs10762014	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	53059406	rs2043556	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=342;ReadPosRankSum=0.204;SC=AGATTTAGAATCAAGTTAGGA;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=25;WE=53059414;WS=53059396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chr10	53667443	rs10823860	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=879;SC=TAAAAAATTTCTAAGCTCTGG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=53667451;WS=53667433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	53667462	rs11000040	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=627;SC=GGGATGAGCTATATATTTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=53667484;WS=53667452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	53667476	rs7081919	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=448;SC=ATTTGGCTTCGTATAGAAAGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=53667484;WS=53667452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	53814383	rs12778630	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=79;PP=2219;SC=TTAGTAACTCCAGTAGGAACA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=53814391;WS=53814373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	53822653	rs17560996	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=215;SC=TCCTTAATTGCAATCTCTATA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=53822661;WS=53822643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	53841337	rs1904024	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1214;SC=AATACTTACCATATGCCATGT;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=53841345;WS=53841327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	53841639	rs5784902	AG	A	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=395;SC=TCCTGACAATAGGGGTCTCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=53841647;WS=53841629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	53893539	rs17642863	A	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=367;SC=ATTAATCACAATGGACACTGT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=53893547;WS=53893529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	53921754	rs10824173	C	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=139;SC=ATTTTGATTGCAAAATGATTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=53921762;WS=53921744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	54040717	rs7912782	G	T	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=83;PP=2184;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CGTGCTTTCTGCCCTGCAGAT;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=130;WE=54040725;WS=54040707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,138:0.69:201
chr10	54049835	rs41281544	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=1.282;SC=AAACTATTAGGAAAACATATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=54049843;WS=54049825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	54050079	rs10762675	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TTATAATTGTGTGACATAATT;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=54050087;WS=54050069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	54074660	rs41281546	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=591;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GTGCCTCACCCTCTCCCCGAA;SOR=0.432;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=36;WE=54074668;WS=54074650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr10	54074757	rs2241529	A	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1412;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GAGGGGACGCAGGCGTGCAAA;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=92;WE=54074765;WS=54074747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
chr10	54076649	rs74711339	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=-1.182;SC=ACTCAATCCTAAGGATATACA;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=30;WE=54076657;WS=54076639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr10	54528266	rs930507	G	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=1.053;SC=GAGAGAAGGTGAGCCCTAAAA;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=30;WE=54528274;WS=54528256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
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chr10	54528353	rs930509	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=0.603;SC=TTCTAGAGTACAGTTGCCGGA;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=8;WE=54528361;WS=54528343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	54530636	rs1982266	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CTCAGGAGAAAGGAGACCTTG;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=54530644;WS=54530626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	54530694	rs1982267	G	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr10	55582905	rs10825114	G	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CCTTATAAAGGGGATTATGGG;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=70;WE=55582913;WS=55582895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr10	55587034	rs10740555	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=323;ReadPosRankSum=0.690;SC=TCTTGAAAATAATAGAATAAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=55587042;WS=55587024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	55588137	rs4570494	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=214;SC=TTTCACATTTGTGCAAGTTAC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=55588145;WS=55588127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	55590850	rs10825117	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=314;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GAAAGAGACCGAATTAGAATC;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=15;WE=55590858;WS=55590840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	55590942	rs66893390	TAGAC	T	2619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.683;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.263;NF=22;NR=17;PP=2974;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGGTACGAGATAGACAGACAG;SOR=1.164;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=39;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr10	55590950	rs77597438	C	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.255;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.245;NF=42;NR=18;PP=2962;ReadPosRankSum=0.830;SC=GATAGACAGACAGATAAAGCA;SOR=1.348;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=60;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr10	55591313	rs7089209	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=-1.748;SC=TAGATAAATAGTAAAATTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=55591321;WS=55591303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	55626630	rs5785023	G	GA	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.868;QD=13.24;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr10	55663198	rs10740559	A	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	55663202	rs2593124	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	55719652	rs2593107	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=60;PP=1759;SC=GTAAGAACAGCGTAACAGCAC;SOR=1.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=55719660;WS=55719642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	55755491	rs2135720	C	T	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1152;ReadPosRankSum=2.502;SC=TTTGTATATTCGTTTACTAAA;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=73;WE=55755499;WS=55755481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr10	55779915	rs3812658	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=0.422;SC=TGTAGAGAGAGCAAAGCAGGC;SOR=1.098;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=14;WE=55779923;WS=55779905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr10	55838950	rs1911433	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=540;SC=TAGCCTGTTGAAGAAAAGAGC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=55838958;WS=55838940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	55943184	rs7093302	T	C	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=20;PP=1920;SC=AGTGTACACTTATATTATGTG;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=85;WE=55943192;WS=55943174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	55973889	rs10763086	G	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=573;SC=CCCTTCATCAGCTGAGGAACA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=55973897;WS=55973879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	55996761	rs721825	C	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=52;PP=1477;SC=GAGACAGATGCTTTAGTTTGG;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=59;WE=55996769;WS=55996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	56076975	rs10763098	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=656;SC=CTTGAACATGATCCCATTGGG;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=56076983;WS=56076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	56077209	rs10740579	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=60;PP=2004;SC=GTCCTGTTAGGGAGAAAAACA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=56077217;WS=56077199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	56089166	rs11004239	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	56089223	rs11004240	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=57;SC=TATTATATATAAACACCAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=56089231;WS=56089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	56089263	rs857395	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=312;SC=GAAGTGAGTGGCACAGAGCTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=56089271;WS=56089253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	56106173	rs34164469	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=661;ReadPosRankSum=0.076;SC=GTCCATTTGGTCCATCATCTA;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=54;WE=56106181;WS=56106163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr10	56335031	rs7070334	A	G	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=48.77;NF=5;NR=1;PP=117;SC=TGCACAATGTACACATGTACC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=56335039;WS=56335021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	56335067	rs7070440	A	G	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.38;QD=24.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	56335099	rs10825362	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=57.83;NF=8;NR=4;PP=230;SC=TATTATTTCTCGTCAGTTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=56335107;WS=56335089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	56345303	rs4570492	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=896;SC=ACTTCATAGCTGTAGGCTAAC;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=56345311;WS=56345293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	56345335	rs2026413	T	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=26.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	56345378	rs11396767	T	TG	1185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.421;NF=15;NR=27;PP=482;ReadPosRankSum=0.879;SC=ATATGTGTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=42;WE=56345386;WS=56345367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr10	56345425	rs2026412	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=23.69;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	56345491	rs2026411	C	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=28;PP=762;SC=CCACAGATAACAGCCGCAATC;SOR=2.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=56345499;WS=56345481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	56345511	rs2026410	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=560;SC=CAACTTCAGCAGGTTCCCAGA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=56345519;WS=56345501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	56423968	rs11004439	A	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1073;ReadPosRankSum=-1.681;SC=TCAAAGAGAGAGCCCAGGATG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=86;WE=56423976;WS=56423958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr10	58118630	rs2241666	T	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,110:0.29:373
chr10	58119976	rs3861049	G	A	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=70;PP=2965;SC=CTCTCTGCCAGTGCTGCCCTG;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=195;WE=58119984;WS=58119966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	60028923	.	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTGCGCGGTAGCATCGCGGAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=60028931;WS=60028913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	60095143	rs1905456	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=574;SC=CCAGCGGGCATCGGACAGGTG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=27;WE=60095151;WS=60095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	60148415	rs34084383	G	GT	382.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.735;NF=0;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.730;SC=ACTTACTTGGGTTTTTTATTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=60148423;WS=60148405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	60148692	rs2306604	A	G	88.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=1.282;SC=AATGTCATCAAGTATTCTTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=60148700;WS=60148682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	60150445	rs11006130	A	G	66.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=1.150;SC=AATGCGTAGTAGTGAATAAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=60150453;WS=60150435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	60380553	rs74687990	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-1.201;SC=ATCTGATGCTCGAAAGTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=60380561;WS=60380543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	60548276	rs11812567	G	A	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=92;SC=TTTTATAACCGAATCATGTTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=60548284;WS=60548266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	60558125	rs2393503	A	T	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=32;PP=2254;SC=TCTTAAATTTATGTGAATTGA;SOR=1.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=108;WE=60558133;WS=60558115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	60559047	rs2893789	G	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=823;SC=TGTGTGATCTGTACTGTTTGT;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=60559055;WS=60559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	60563062	rs4245600	G	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=649;SC=CTGGTATGGAGAATTCAGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=60563070;WS=60563052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	60566137	rs3740451	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=659;SC=CAGAAGTGGTGATTTATTATT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=60566145;WS=60566127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	60573753	rs9416746	G	T	7261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=104;PP=2965;SC=TCAAGTGAGCGTTGTGTTTTA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=135;TCR=104;TR=239;WE=60573761;WS=60573743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr10	60577393	rs4344442	T	C	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=39;PP=2223;SC=TGGCTGTAACTTAAATAGCTC;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=111;WE=60577401;WS=60577383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	60588553	rs4948550	T	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=73;PP=2899;SC=GCTTTTTGAATCGCCAAATGC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=147;WE=60588561;WS=60588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	60996453	rs10763600	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=665;SC=AAAAGCTTTAGTTGTTCTGGG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=60996461;WS=60996443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	61005244	rs2452505	G	C	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=110;PP=2965;SC=GGATCTTTCTGTGGGCACCGT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=235;WE=61005252;WS=61005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	61007534	rs1459996	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=877;SC=TTCACAATGAATCAAGTCATT;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=61007542;WS=61007524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	61007592	rs2446724	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=203;SC=ATACTGTAACGGCCTCCACTT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=61007600;WS=61007582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	61014056	rs1903252	C	A	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=20;PP=1025;SC=ATGTGACATCCTGTTAACTAC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=61014064;WS=61014046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	61043172	rs140590152	C	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=559;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ATGCTGGCGCCGGGTCCTTGA;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=38;WE=61043180;WS=61043162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr10	61043244	rs61738820	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1070;ReadPosRankSum=0.986;SC=GATCAGATTCGAGGGCTTGCA;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=79;WE=61043252;WS=61043234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,87:0.62:141
chr10	61062538	rs72808548	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CATGTTCTTATAACCAGTAAT;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=35;WE=61062546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr10	61083690	rs34090373	A	AGTTG	3387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=20;PP=2475;SC=GCAAGCACACAGCATTTCTGA;SOR=1.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=42;WE=61083698;WS=61083680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	61111975	rs284606	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.389;SC=GAACCGTGTGGCCTAGCCTAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=61111983;WS=61111965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	61122268	rs3078330	T	TTA	2317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=31;PP=1401;SC=TCTCCGGGAGTGAGCACATAC;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=61122276;WS=61122257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	61414011	rs2242206	G	T	4565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=87;PP=2949;ReadPosRankSum=0.155;SC=GTGTGTCACTGTGGGGTTTTT;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=319;TCF=173;TCR=146;TR=193;WE=61414019;WS=61414001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,202:0.61:332
chr10	61443808	rs1171660	A	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AGTAAATGTAATTAAATGATT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=71;WE=61443816;WS=61443798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,74:0.80:92
chr10	61552692	rs1053266	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=0.953;SC=TGGGAGGAGGGGTGCGCCGAA;SOR=1.125;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=24;WE=61552700;WS=61552682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr10	61552774	rs1053265	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.623;NF=6;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-2.300;SC=GAGGTGGAGGCGGAGGTGGCT;SOR=1.052;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=15;WE=61552782;WS=61552750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr10	61574357	.	AAC	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr10	61665886	rs1171830	C	A	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=23;PP=1932;SC=TCACGATGGTCACGCTGGCTT;SOR=2.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=99;WE=61665894;WS=61665876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	61802342	rs2393603	C	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=22;PP=2209;SC=AAGGAAAGGACGGGGAAAATC;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	61802353	rs2393604	A	T	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=29;PP=2344;SC=GGGGAAAATCAGAATCACTTA;SOR=2.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=114;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	61802374	rs2393605	AA	TT	8391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=55;PP=2947;SC=TTTAGTGAAAAATATAAGTTT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=167;WE=61802383;WS=61802364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	61802550	rs9888033	A	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.435;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr10	61802561	rs2393607	G	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=67;PP=2403;SC=GTGAAACAGTGTTAGTTATAA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=89;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	61802577	rs5785427	T	TC	2360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=1900;SC=TATAAAGCAGTCCATTCTGAT;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=45;WE=61802585;WS=61802567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	61819049	rs10733757	T	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=34;PP=2307;SC=TAAGATAAACTATTAACAAGT;SOR=1.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=88;TCR=34;TR=121;WE=61819057;WS=61819039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	61823109	rs4568956	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=679;SC=AGCCCTGCTGACATTTTAGCT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=61823117;WS=61823099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	61831271	rs10821668	T	C	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=2163;ReadPosRankSum=0.992;SC=TTGTACTGTCTTACATTCCTG;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=130;WE=61831279;WS=61831261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,146:0.71:205
chr10	61831744	rs10740006	A	G	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=76;PP=2071;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TCCTCTCATCAGCAACTCTGA;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=224;TCF=105;TCR=119;TR=138;WE=61831752;WS=61831734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,146:0.61:240
chr10	61844308	rs76589554	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CAAAATAAAACCTCATATCTG;SOR=1.009;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=11;WE=61844316;WS=61844298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr10	61845191	.	G	A	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=127;SC=CTTTTACCAGGCTTATTGTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=61845199;WS=61845181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	61871430	rs10821675	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=345;SC=CTAACTATGGCAAAAATTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=61871438;WS=61871420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	61871598	rs4369346	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=603;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GAAAATGTCAATGACAAGCAA;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=33;WE=61871606;WS=61871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr10	61900356	rs6479694	A	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=514;SC=TCAGGCCCCCAAAAAAATCTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=61900364;WS=61900346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	61926728	rs11814723	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TTATCTCTGAATTAATCAGTT;SOR=0.385;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=21;WE=61926736;WS=61926718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr10	61941275	rs16914582	T	G	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=981;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AATTCTAAGATGGTAAGCCGA;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=63;WE=61941283;WS=61941265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr10	61956386	.	G	GA	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5002;HP=12;HapScore=3;MGOF=28;MMLQ=17;MQ=59.76;NF=0;NR=6;PP=59;QD=10.8333333333;SC=AATCCTTTCTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=61956394;WS=61956376;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,6:0.32:19
chr10	62039654	rs1380451	G	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=511;ReadPosRankSum=0.014;SC=TAAAGTATAGGCACCTTAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=26;WE=62039662;WS=62039644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr10	62539788	rs2260179	C	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	62548098	rs2456772	G	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=529;SC=CTACTCTGTGGCAGTATCAAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=62548106;WS=62548088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	62551815	rs3212319	GC	G	1415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=959;ReadPosRankSum=-1.787;SC=TTTTCAGGTAGCTATTAAAAA;SOR=0.684;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=26;WE=62551823;WS=62551805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr10	62551889	rs2456777	AA	GT	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=31;PP=2947;SC=AGAAATTTTTAATTTCCTGTT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=80;WE=62551898;WS=62551879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	62553763	rs1871446	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=273;SC=CATATGTTATATCAACAGATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=62553771;WS=62553753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	62671305	rs2271126	G	A	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.837;SC=GTCCATTTATGAAACTCTGTA;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=267;TCF=124;TCR=143;TR=188;WE=62671313;WS=62671295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,197:0.72:275
chr10	63175697	.	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ATGTGGAAAAGGAATGAAACA;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=63175705;WS=63175687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	63422754	rs151189963	G	GGGGCCGACCCCGGCA	4654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.441;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=1615;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CGACTCCCTGGGGGCCGACCC;SOR=0.918;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=53;WE=63422767;WS=63422744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,149:0.98:152
chr10	63519674	rs2588915	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=580;ReadPosRankSum=1.193;SC=AGGACAAAAAGGGCAATGGCA;SOR=1.209;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=28;WE=63519682;WS=63519664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr10	63520698	rs1992625	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=673;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TAGTTGGTTTTACCATTGAAG;SOR=0.426;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=46;WE=63520706;WS=63520688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr10	63699895	rs7073837	A	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1343;ReadPosRankSum=1.706;SC=CATTTCCCTCAAACCTATAAA;SOR=0.483;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=79;WE=63699903;WS=63699885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,80:0.73:110
chr10	63700228	rs4360655	A	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTTTCGGTTGAAGATTTTTCT;SOR=0.115;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=35;WE=63700236;WS=63700218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr10	63700245	rs4562771	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=471;ReadPosRankSum=-2.085;SC=TTCTGGAAACACTATCATTTA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=24;WE=63700253;WS=63700235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr10	63759692	rs72833380	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTGGATGGGTGAAGTGGGGCT;SOR=0.072;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=63759700;WS=63759682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	63943986	.	GT	G	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=70;QD=35.0;SC=AAGGAGACGCGTTGTCTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=63943994;WS=63943976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr10	63944176	rs3125730	A	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=1043;ReadPosRankSum=0.430;SC=ACCTTTAGTCACCCACAGAGG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=63944196;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr10	63944188	rs7903510	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=520;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CCACAGAGGTAAAGAGAAAAC;SOR=0.454;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=37;WE=63944196;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr10	63958112	rs3125734	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-3.075;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,52:0.29:182
chr10	63977069	rs1432414	A	T	693.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.595;NF=1;NR=23;PP=552;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CACTTTAAATACATCAAAATA;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=24;WE=63977077;WS=63977059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr10	63977980	rs61850830	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CCTGCAAATGCATCCTCAGCC;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=31;WE=63977988;WS=63977970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr10	63978077	rs11355398	GA	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	63982984	rs10740069	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=1.380;SC=AGTAAAATATATACTGTACTT;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=15;WE=63982992;WS=63982974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	63995983	rs3852448	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=20;PP=646;SC=AGCAACTATACACTTCCACCT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=63995991;WS=63995973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	64000878	rs1368158	T	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=1.244;SC=AACATTTCAATTACAAATTAA;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=16;WE=64000886;WS=64000868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr10	64005582	rs34205992	T	TA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=1.981;SC=TCTTAAACTCTAAAGTTCTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=64005590;WS=64005572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	64005711	rs3815999	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=0.019;SC=CATGTAGTTACGTTATAGAAT;SOR=1.000;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=16;WE=64005719;WS=64005701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr10	64019037	rs10675790	A	ATAAAT	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.002;NF=6;NR=6;PP=602;ReadPosRankSum=1.058;SC=CTTTTTCTTAATACTCAGTCT;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=12;WE=64019045;WS=64019027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr10	64136710	rs149800343	CAG	C	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.825;NF=0;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=0.844;SC=GTGTTGCTGACAGGGGATGCT;SOR=0.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=64136719;WS=64136700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	64136751	rs1873686	G	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=223;SC=CACCCCAATCGCCTTACAAGC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=64136759;WS=64136741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	64148125	rs3852424	C	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=39;PP=2243;SC=TTATATTTCCCTTTTGTGTTC;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=116;WE=64148133;WS=64148115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	64148369	rs2893897	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=264;SC=CGAGTGTAAGATCCCTGTGGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=64148377;WS=64148359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	64159333	rs3758490	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=673;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TGATCTCAAGGCCCATTTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=50;WE=64159341;WS=64159323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,55:0.32:172
chr10	64415184	rs7076156	A	G	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=91;PP=2965;SC=AGACCATCTCACCTTCCAACC;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=138;TCR=92;TR=229;WE=64415192;WS=64415174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr10	64415413	rs7094595	T	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=41;PP=1143;SC=TTCCTTTCAGTAGCAGACTCA;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=64415421;WS=64415403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	64564892	rs2236295	G	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr10	64564934	rs10995311	C	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=57;PP=2186;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGCTTCTGGCCCGGAGGCGCC;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=128;TCR=79;TR=148;WE=64564942;WS=64564924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,159:0.71:223
chr10	64573771	rs224083	C	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=58;PP=1996;SC=GCTTGGGGGACGGATAGGAAG;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=64573779;WS=64573761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	64893433	rs2175197	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=30;PP=837;SC=GGCTCCAGGCTAGCCACTTCA;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=64893441;WS=64893423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	64937314	rs35854283	G	A	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=109;SC=TTTCAAAGAGGAGCAAGAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=64937322;WS=64937304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	64944317	rs10740107	T	A	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=32;PP=1682;SC=GCAAAAATTTTAAAAAATCCA;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=64944325;WS=64944307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	64945364	rs3211105	G	A	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=50;PP=1506;SC=CTGAAGGCCAGTCTTTCAATT;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=64945372;WS=64945354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	64953311	rs4747098	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=110;SC=ACAATATTTTGTATTATAATT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=64953319;WS=64953301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	64953959	rs2306264	C	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=216;SC=TCTCTCCACCCTGTTATATTT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=64953967;WS=64953949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	64960536	rs10465990	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=616;SC=GTGATGATACGGTAAGACTTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=64960544;WS=64960526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	64967445	rs1904294	A	T	7118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=108;PP=2965;SC=TTTCACTAACACGATCTTTAG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=131;TCR=108;TR=239;WE=64967453;WS=64967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	64974537	rs10761725	A	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=23;PP=1036;SC=TGTTCTGACGAATGAATAATC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=64974545;WS=64974527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	65139945	rs7477425	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=417;SC=TTCAAGCAATTGTCCTGCTTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=65139953;WS=65139935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	65225244	rs1061259	GA	CG	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=27;PP=1516;SC=GGGGGGCGCTGACTCTCTTAC;SOR=1.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=91;WE=65225253;WS=65225234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	65225450	rs1054693	C	T	9057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=147;PP=2965;SC=CGGCCGCTGCCTCCTCCAGTG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=159;TCR=148;TR=306;WE=65225458;WS=65225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr10	65281137	rs377532429	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=181;SC=GACCGACCTCTGCGCAGCCCA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=65281145;WS=65281136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	65322464	rs36027145	A	ATCAG	3375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=50;PP=2860;SC=CTCTGCAGCAATCAATCAATT;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=53;WE=65322472;WS=65322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	65379304	rs35995927	G	A	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=16;PP=1301;SC=TGCAAAAAGAGTAACTGGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=65379312;WS=65379294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	65928826	rs10740151	T	C	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=59;PP=2583;SC=CACTCTTTTCTGTATAGCTTG;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=65928834;WS=65928816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	68040325	rs4548513	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=1.434;SC=ATTCAATGAGCTTTTGCTTAA;SOR=1.002;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=21;WE=68040333;WS=68040315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr10	68535082	rs5785786	C	CT	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1387;SC=TATATTTACTCTTTTTTTCCT;SOR=3.370;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=48;WE=68535090;WS=68535072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	68685929	rs7902006	G	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=89;PP=2965;SC=AACTGCTGGGGTATGGAATAC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=138;WE=68685937;WS=68685919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	68939987	rs149588649	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TGTAATTTACCCTATTTTGTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=68939995;WS=68939977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	69106644	.	C	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CAGCTTGAGACAGCAGATGTG;SOR=1.850;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=58;WE=69106652;WS=69106634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr10	69281732	rs7903421	A	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1105;ReadPosRankSum=0.696;SC=GAAATTGAAAACAAAAGTAGA;SOR=1.139;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=64;WE=69281740;WS=69281722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr10	69281791	.	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.050;SC=TTGCTAACACGAAGAGTCGAT;SOR=0.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=69281799;WS=69281781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	69299446	rs1909654	T	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=528;ReadPosRankSum=-1.823;SC=TACAACCCCATATAAGTTATA;SOR=0.074;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=39;WE=69299454;WS=69299436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr10	69366602	rs3750863	T	C	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=63;PP=2965;SC=CTGACCAGGATTGGAGTACTC;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=112;TCR=63;TR=175;WE=69366610;WS=69366592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	69556814	rs41307567	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=-1.338;SC=AAACAAAGACTGCATGTTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=20;WE=69556822;WS=69556804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr10	69583206	rs962608	G	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=51;PP=1347;SC=AGTGACTCACGCCTATAATCT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=69583214;WS=69583196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	69644462	.	C	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GGAGGAGGGCCAGAGAGGCAG;SOR=0.061;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=11;WE=69644470;WS=69644452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	69647332	rs932657	G	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=32;PP=953;SC=TAAATGTACGGTTTTTGGTTT;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=69647340;WS=69647322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	69648569	rs2236318	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr10	69651125	rs7896005	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=263;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AAGGTAGAAGATTTAATTTTA;SOR=0.700;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=21;WE=69651133;WS=69651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr10	69692330	rs3758392	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=372;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CATTTAACAATATCAGAGATT;SOR=0.101;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=31;WE=69692338;WS=69692320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr10	69719074	rs7907843	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=110;SC=TATATATCTACTAATGTAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=69719082;WS=69719064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	69750788	rs5785841	GA	G	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.291;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.113;SOR=2.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr10	69755112	rs2308195	C	CCTAT	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=154;SC=TTAGTTTCTCCCTATTATATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=69755120;WS=69755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	69902549	rs3814180	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CTTCTCACTGTTACAAAAAAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=11;WE=69902557;WS=69902541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	69925123	rs10823146	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.473;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.740;SC=GTAGGAGAATCGCTTGAACCT;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=69925131;WS=69925113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	69925176	rs10823147	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=-2.182;SC=GCCACTGCGCTCCAGCCTGGG;SOR=0.287;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=16;WE=69925184;WS=69925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr10	69926097	rs2673794	T	C	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=44;PP=2739;ReadPosRankSum=0.905;SC=CAGCCAACTCTACCACCAACC;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=97;TCR=44;TR=139;WE=69926105;WS=69926087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr10	69926319	rs61854624	C	A	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,84:0.34:246
chr10	69926325	rs2673793	C	T	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,82:0.35:236
chr10	69926334	rs10823148	C	G	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.743;SC=CCGATTCTTTCCAGGAGAGGT;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=103;TCR=113;TR=141;WE=69926342;WS=69926309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,144:0.63:229
chr10	69933921	rs10997975	G	A	4465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TTTCCTTTCAGCATGACTGTT;SOR=0.702;Source=Platypus;TCF=152;WE=69933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,197:0.64:307
chr10	69933969	rs7916821	G	A	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ACAACATCCAGTAAGCAGGTG;SOR=0.580;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=277;TCF=142;TCR=135;TR=183;WE=69933977;WS=69933959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,194:0.68:287
chr10	69934259	rs62620248	G	A	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=73;PP=2096;ReadPosRankSum=0.674;SC=CATCCCCAGCGGAAACCAGTT;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=450;TCF=232;TCR=218;TR=157;WE=69934267;WS=69934249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,166:0.36:458
chr10	69934467	rs3814183	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GTCGATGTGCACATTGAATAG;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=29;WE=69934475;WS=69934457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr10	69934535	rs7917519	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.056;SC=ATTCTCTTAGGCACAGAATGG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=69934543;WS=69934525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	69935059	rs7097776	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=404;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGGGTGTGTCAGGTGTGGATT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=34;WE=69935067;WS=69935049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr10	69935235	rs6480306	T	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=50;PP=1543;SC=TTGTTGGATTTAGAAGGTTTA;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=69935243;WS=69935225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	69948844	rs10733838	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=45;PP=1499;SC=GCTCTCCAGTTACATTCACCT;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=69948852;WS=69948834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	69954301	rs11815154	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=178;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CTGTGCTGCACTCTGAGGAAG;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=17;WE=69954309;WS=69954291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr10	69955140	rs7069569	T	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=0.086;SC=GGTCCAGAAATTTTTATGTAA;SOR=1.140;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=15;WE=69955148;WS=69955130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr10	69957375	.	C	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=23;QD=19.2570708491;SC=CACTTTTTTTCATCATAAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=69957383;WS=69957365;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	69959097	rs7079549	G	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CATCAGTCATGTGCCTCAGCT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=14;WE=69959105;WS=69959087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr10	69961501	rs7913146	A	G	166.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	69961537	rs370818222	CA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr10	69966392	rs3814185	T	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=235;SC=CTGCTCTTCTTTGACGTCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=69966400;WS=69966391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	69969986	rs10998022	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=1.111;SC=ACCTCTGCAGCGTACATGCTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=69969994;WS=69969984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	70043916	rs736535	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=398;ReadPosRankSum=2.379;SC=AGACAGCAGCGTCACAGCATA;SOR=0.381;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=34;WE=70043924;WS=70043906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr10	70044031	rs4142048	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,48:0.35:137
chr10	70045201	rs7909365	C	A	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=76;PP=2280;SC=AGACAATCCCCAAGAAAACAG;SOR=1.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=70045209;WS=70045191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	70045264	rs3816299	A	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=1020;SC=TCCAGTTTGAATAAACTCTAG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=70045272;WS=70045254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	70051810	rs3835100	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=21;PP=1045;SC=GATGGGGGGAAAAAAAACAAA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=70051818;WS=70051800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	70051928	rs10823171	A	G	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=69;PP=2725;SC=GGACGATGCCATCCTCTGCTC;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=163;WE=70051936;WS=70051918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	70056600	rs2394470	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=15;PP=1233;SC=CACTCCAGCCCGTGCGACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=58;WE=70056608;WS=70056590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	70105560	rs1162753	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TGAATGAGCAGTGCATGACAG;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=258;TCF=144;TCR=114;TR=81;WE=70105568;WS=70105550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,88:0.31:288
chr10	70123243	rs10823183	G	A	130.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5339;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.887;SC=GGCCTAGTTCGTATCTTTCCT;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=70123251;WS=70123233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr10	70143774	rs7899885	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=348;ReadPosRankSum=-0.886;SC=ATTTCTGACACGAGATTGTCT;SOR=0.991;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=31;WE=70143782;WS=70143764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr10	70153014	rs11432212	C	CA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TTATTAAGCACAAAAAAATCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=70153022;WS=70153004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	70166913	rs59831114	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=23;PP=814;SC=ACTGAGGGCCTAGCGTTCGGT;SOR=1.009;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=70166921;WS=70166903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	70174707	rs1801041	T	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr10	70179713	rs7912227	C	G	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1331;ReadPosRankSum=-1.472;SC=AAGTACGCAACTGGCCATAAA;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=92;WE=70179721;WS=70179703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,95:0.66:144
chr10	70182680	rs10998153	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=0.800;SC=AGTTATTTAACATGTAAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=70182688;WS=70182670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	70197115	rs12775711	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TATTGAGGCCGGGTGTGGTGG;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=70197123;WS=70197105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	70206033	rs34922453	TA	T	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.724;NF=13;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GAAGTAAAACTAAAAAAAAAA;SOR=1.375;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=27;WE=70206041;WS=70206023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr10	70225504	rs3758626	G	T	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=54;PP=2204;ReadPosRankSum=0.780;SC=TATTATTTATGGCTTTTTGAA;SOR=0.477;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=144;WE=70225512;WS=70225494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,144:0.75:193
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chr10	70231701	rs1535539	A	G	5101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAAAGGGAAAAAGGCGCGAGC;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=315;TCF=172;TCR=143;TR=206;WE=70231709;WS=70231691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,215:0.64:334
chr10	70246874	rs10998222	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=222;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCTAAAGAAAATGAACAATGA;SOR=0.596;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=17;WE=70246882;WS=70246864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	70252743	.	ATAT	A	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=117;QD=48.0;SC=TATATCCAAGATATTATTATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=70252753;WS=70252736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr10	70253085	rs3758627	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATGTGTTTTCGTAATTATTGT;SOR=2.225;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=70253093;WS=70253075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	70253113	rs35771588	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=233;ReadPosRankSum=0.555;SC=ATCAATAATTATAAGTAAAAG;SOR=3.056;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=70253121;WS=70253103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	70263579	rs10823215	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5266;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.967;SC=TAAATGTGAACGAAATGAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=70263587;WS=70263569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	70266523	rs2275715	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-1.576;SC=ATTATCTAAACCTAAATTTTC;SOR=0.264;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=70266531;WS=70266513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr10	70266546	rs2275716	G	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	70276728	rs2664412	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=302;SC=TGCCCACAGCGTATAGATATG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=70276736;WS=70276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	70392319	rs10733844	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=3;PP=1110;SC=TTGGAGTAGGGGGGTTTATCT;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=44;WE=70392327;WS=70392309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	70405855	rs3998860	A	G	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=110;PP=2965;SC=AGGGCACAATACAACAGAAAC;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=159;TCR=110;TR=268;WE=70405863;WS=70405845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr10	70442868	rs11284778	GA	G	44.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=75;SC=AAAATAAAGTGAAAAAAAAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=70442876;WS=70442858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	70481547	rs1616158	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=29;PP=841;SC=CGAGCTCTGGCCCTTGAGGGT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=70481555;WS=70481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	70497482	rs1162961	A	G	68.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=59;SC=TCAATGCCACACCAGAACAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=70497490;WS=70497472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	70497799	rs1149679	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=80;SC=AAAAAAGGAACGTCTCCAAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=70497807;WS=70497789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	70502288	rs1300253	G	A	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=74;PP=2189;SC=TACATGATACGTTTGGATTTG;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=70502296;WS=70502278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	70502426	rs1300252	T	C	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=64;SC=TGGACACAGTTGTGCAATCTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=70502434;WS=70502416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	70520907	rs61734872	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=1.069;SC=CTGAAAAAGAAGAGGATGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=10;WE=70520915;WS=70520897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr10	70525591	rs1149688	G	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=626;SC=TCTTGCACATGTATATACATC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=70525599;WS=70525581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	70531217	rs10823258	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=41;PP=1300;SC=GTAATAACAACCTGCTTTAGA;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=70531225;WS=70531207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	70534744	rs1782323	A	C	193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	70549579	rs11594683	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TAAAGATTTCGGAAAACATGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=28;WE=70549587;WS=70549569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr10	70641860	rs1341667	T	C	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=67;PP=2309;SC=GATGAAACATTACCCAGGTAG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=109;WE=70641868;WS=70641850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	70666855	.	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ATTCTATAACATTTCTTGATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=70666863;WS=70666845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	70673430	rs5030891	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=388;SC=TGTCCCCTGCGTTCTAACAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=70673438;WS=70673420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	70696009	rs7084726	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=442;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCGGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=70696017;WS=70695999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr10	70696908	rs1539166	G	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	70700944	rs5030900	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=30;PP=1215;SC=TCCTGAAAGGAAATATGGTAG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=70700952;WS=70700934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	70716106	rs5030896	A	G	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=101;PP=2965;SC=GGGACGCTGAATGGAGCGGAA;SOR=1.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=169;WE=70716114;WS=70716096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	70722939	rs5030897	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=277;SC=GAAGGTAGAATTCCTTAATTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=70722947;WS=70722929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	70734589	rs3740595	T	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr10	70734599	rs5030902	A	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.44;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	70742192	rs2251911	T	G	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=118;SC=TAAGCACTTATGTTATCACCT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=70742200;WS=70742182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	70748784	rs2255607	G	A	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=70;PP=2822;SC=GGCCGAGGACGGCCCGGGTGC;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=126;WE=70748792;WS=70748774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	70856852	rs2229498	G	A	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=36;PP=1515;SC=TATCCTACGCGGAGAGCCAGG;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=70856860;WS=70856842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	70962381	rs2279928	C	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=57;PP=1597;SC=TGAGAAGTTGCTATTTATAAA;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=70962389;WS=70962371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	70968199	rs4746821	G	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=1.506;SC=CCTCCGATATGTGGGGGCAGA;SOR=0.245;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=15;WE=70968207;WS=70968189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr10	70968804	.	GT	G	37.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	70992664	rs874556	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.693;SC=GGGAACGGCACAGAGGTACCT;SOR=0.704;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=216;TCF=106;TCR=110;TR=82;WE=70992672;WS=70992654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,89:0.39:231
chr10	70992912	rs5030970	A	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=601;ReadPosRankSum=0.041;SC=GGGAAGCAGCAGTGCAGGAAT;SOR=1.259;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=41;WE=70992920;WS=70992902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr10	70992949	rs5030971	T	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGGGCACGGGTGGGAGTCAGG;SOR=1.751;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=17;WE=70992957;WS=70992939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	70992970	rs5030972	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.520;SC=CTGCACGCAGGAGAGAACAGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=12;WE=70992978;WS=70992960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	70998738	rs4145930	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=39;PP=1931;SC=AAGTTTCTGCGGCTCAGTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=111;WE=70998746;WS=70998728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	70998909	rs5030973	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=563;ReadPosRankSum=0.331;SC=GAATTCACCTCGGTGTGGGAG;SOR=0.198;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=33;WE=70998917;WS=70998899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr10	71000540	rs3740598	GG	AT	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.829;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=1213;ReadPosRankSum=0.299;SC=TTGAGGGTAGGGGAGAAGGGA;SOR=1.244;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=40;WE=71000549;WS=71000530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr10	71008077	rs112539375	G	GC	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=8;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=444;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GCTGAGCCCCGCCCCGCAGGG;SOR=1.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=16;WE=71008085;WS=71008067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	71008105	rs7903151	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=399;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGACTGGGTTTACTGCTGCCC;SOR=0.379;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=25;WE=71008113;WS=71008095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr10	71010026	rs4745978	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=18;PP=609;SC=GGAATGCAGCTGCTGCTTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=71010034;WS=71010016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	71016947	rs2279930	C	G	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=28;PP=1950;SC=CCCCTCTGCTCTGCCATCCTC;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=100;WE=71016955;WS=71016937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	71018660	rs1111335	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=49;PP=1365;SC=AGATGACATCTGGACCCGATA;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=71018668;WS=71018650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	71026510	rs906219	C	A	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=73;PP=2411;ReadPosRankSum=0.165;SC=AGAAGGAGAACTAGGAACCCC;SOR=0.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=127;WE=71026518;WS=71026500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr10	71052083	rs4746836	C	T	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=15;PP=1102;SC=CCTGCCTCAGCCTCCTAAAGT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=71052091;WS=71052073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	71055232	rs2894081	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=ATCCAGAGAATTGGTAATCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=71055240;WS=71055229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	71055459	rs4746837	T	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.388;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.54;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr10	71060610	rs906220	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	71060634	rs906221	G	A	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=52;PP=1807;SC=AGAAAATCCTGGAATACCCAC;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=71060642;WS=71060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	71060696	rs906222	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1113;SC=AGGATACAAGGTTAATATACA;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	71060707	rs906223	T	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=998;SC=TTAATATACATAAATCAATTG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	71098351	rs75743765	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=1.685;SC=GGGATTCTTCGGGCACTGATG;SOR=1.315;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=19;WE=71098359;WS=71098341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr10	71098436	rs58179691	AGTGT	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	71142420	rs748235	G	A	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=84;PP=2354;ReadPosRankSum=0.512;SC=ACCTCACCAAGGACATGCTGC;SOR=1.077;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=197;TCF=90;TCR=107;TR=142;WE=71142428;WS=71142410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,146:0.72:202
chr10	71144324	rs2305196	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CCGCCACGGGGTGCCCACATG;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=21;WE=71144332;WS=71144314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr10	71144702	rs749105	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CTCAGTGATCGGGCAGCACTG;SOR=0.178;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=21;WE=71144710;WS=71144692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr10	71152091	rs2278745	T	C	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=54;PP=1799;SC=GAGAGGACACTCACAGTCAGG;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=71152099;WS=71152081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	71158268	rs1227938	C	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=7;PP=1362;SC=TGATTGGGGGCGGGGGGCGTC;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=71158287;WS=71158258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	71167119	rs10998762	G	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=49;PP=1309;SC=AGGACCCCTTGCACCCACCTG;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=71167127;WS=71167109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	71168620	.	GCCAGCCCCCCGCCCCCTCCAGGCCCCGCCCCCT	G	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.81;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	71168685	rs55953810	A	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=22;PP=1378;SC=CACCTTCTTCATGGCCTGCAG;SOR=1.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=71168693;WS=71168675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	71168945	rs1549797	C	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=659;SC=GCGGGCCCACCCTGGGCGCCT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=71168953;WS=71168935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	71174636	rs150956058	TAC	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,17:0.10:169
chr10	71175609	rs10998765	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=346;SC=TGCTGTGTAATCACAGGCATG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=71175617;WS=71175599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	71176012	rs5030920	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=95;PP=2965;SC=GAAGGCTGTGATGCCCGTGGT;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=158;WE=71176020;WS=71176002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	71243323	rs10823396	C	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=0;PP=211;SC=CTAACAGGGCCCTTTCTGTGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=71243331;WS=71243313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	71244832	rs2305201	C	A	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=31;PP=1681;SC=CAGATGGTGCCTCCCCTGTAC;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=71244840;WS=71244822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	71267412	rs1665583	T	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=2.697;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	71267417	rs3750790	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=2.132;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	71390392	rs1947741	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,49:0.25:199
chr10	71391707	rs2262274	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.571;NF=1;NR=11;PP=832;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CTGAAGCCCTCTTTGCAGAGA;SOR=1.383;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=12;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	71391719	rs144716370	C	CTGGGTAAGACT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.872;NF=0;NR=6;PP=2548;ReadPosRankSum=0.230;SC=TTGCAGAGAGCTGGGGAAGAT;SOR=1.385;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=6;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr10	71392495	rs2616089	T	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr10	71392501	rs2616088	G	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr10	71392557	rs12020	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GCTTCTTCAACAGGGGCCATG;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=50;WE=71392565;WS=71392547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr10	71392692	rs1052152	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=6.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,39:0.23:168
chr10	71562437	rs10998973	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1195;ReadPosRankSum=0.082;SC=AAATGGAGACGGCTATTTTGG;SOR=0.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=89;TCR=104;TR=83;WE=71562445;WS=71562427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,88:0.44:202
chr10	71583872	rs115853600	A	G	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1868;ReadPosRankSum=0.441;SC=TCAGAGAGTTATTTAACCTCC;SOR=0.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=108;TCR=108;TR=127;WE=71583880;WS=71583862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,129:0.58:224
chr10	71620388	rs10762320	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	71620436	rs67173564	A	AC	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCTGGGCAGAACCTGCAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=12;WE=71620444;WS=71620426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
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chr10	71620671	rs4341432	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr10	71634986	rs59126631	A	T	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=82;PP=2226;SC=CCTGTCCTCTAAACCATGGCA;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=111;WE=71634994;WS=71634976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	71637905	rs10823446	C	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AGCCCTCCCCCCCATGAAAGC;SOR=0.719;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=71637913;WS=71637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	71640255	rs2395272	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=434;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CTCTCTCCCCGCAGGGGTCCC;SOR=0.971;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=39;WE=71640263;WS=71640245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr10	71649046	rs10999015	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.565;SC=ATGGAGCACAGGGGACAGGGA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=71649054;WS=71649036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	71649309	rs2683572	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=1440;SC=ATGGCTGTCCATGCTGGTCAC;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=71649317;WS=71649299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	71655443	rs1227744	G	A	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=66;PP=1905;SC=TCATGGGGGAGCAGGAGCACC;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=98;WE=71655451;WS=71655433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	71657272	rs1227746	A	G	8766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.355;SC=GCTCCAGCCAAATAATTGCCC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=163;TCR=140;TR=301;WE=71657280;WS=71657262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr10	71658512	rs1227747	G	A	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=159;PP=2965;SC=AAAGGCGGACGTTCCAGGTAG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=153;TCR=159;TR=312;WE=71658520;WS=71658502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr10	71662783	rs942576	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CTCACCACCTGTTGCACTCTG;SOR=1.532;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=71662791;WS=71662773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	71665421	rs10999022	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr10	71665676	rs2683575	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=342;ReadPosRankSum=0.525;SC=TTCCAACCTAGGTGGCTGTGC;SOR=1.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=21;WE=71665684;WS=71665666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr10	71684530	rs1228671	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	71685532	rs1227778	G	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=28;PP=1687;SC=GGTCCAGGCCGTGGGTTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=71685540;WS=71685522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	71689645	rs2763339	T	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=13;PP=1100;SC=AGAGAGGCAATGCAAATTCAT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=71689653;WS=71689635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	71689966	rs59283631	TG	T	990.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=10;PP=920;SC=GAAGGGGAGATGGGGGGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=19;WE=71689976;WS=71689956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	71689968	rs115514231	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=547;SC=AGGGGAGATGGGGGGGGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=19;WE=71689976;WS=71689956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	71692556	rs7094009	C	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=37;PP=1000;SC=CACAGAGCACCTCCCATGCTT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=71692564;WS=71692546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	71695290	rs2244334	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=978;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCCCGCTCCTTTTCCCTCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=56;WE=71695298;WS=71695280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr10	71849772	rs16927265	A	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TTTAGCTCAGACCCCATTCTG;SOR=0.579;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=178;TCR=138;TR=94;WE=71849780;WS=71849762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,102:0.31:329
chr10	71868763	rs2271698	G	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=37;PP=1672;SC=GAAATAACCCGCGGCATTTTC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=71868771;WS=71868753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	71876382	rs2394656	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=13;PP=677;SC=GCTCACCAAACGCTTTGCGGT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=71876390;WS=71876372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	71877580	.	G	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=458;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGCAGCAGCTGCACGCCCTTC;SOR=0.418;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=33;WE=71877588;WS=71877570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,34:0.31:108
chr10	71880757	rs4746962	A	C	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=34;PP=2289;SC=GCTCTGAGTAACCCCGTGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=111;WE=71880765;WS=71880747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	71905695	rs10999158	A	G	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=86;PP=2965;SC=GCAATGGCGCACCCTTGGGCA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=172;TCR=86;TR=258;WE=71905703;WS=71905685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	71974468	rs7911572	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=497;SC=TCTTTATTCGCATTTAAGAAT;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=71974476;WS=71974458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	71993094	rs7077538	T	G	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=AGTGCCGGAGTCCTGCCGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=71993102;WS=71993084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
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chr10	72026279	rs3812697	G	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=2.785;SC=CCCAGCTCCAGTTGCAACTTG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=9;WE=72026287;WS=72026269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	72037687	rs35789490	T	TG	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.732;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
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chr10	72043460	rs10999239	T	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=270;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GCTCCGGCGGTCTCCGATGGC;SOR=1.044;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=23;WE=72043468;WS=72043450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr10	72061079	rs10740336	C	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=16;PP=1166;SC=GTGGCCTCTGCCCCTTGCTGG;SOR=1.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=72061087;WS=72061069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	72061420	rs4746997	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=974;SC=AGCCCTGTGCAAAGGGCCATC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=72061428;WS=72061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	72136178	rs186829598	G	A	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TGCTTCCAGGGAAGTTGGGAA;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=99;WE=72136186;WS=72136168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,105:0.66:158
chr10	72164470	rs3750766	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TTCGTGTTCGCTCTTGCCCGC;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=72164478;WS=72164460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	72179746	rs1043098	C	T	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1851;ReadPosRankSum=0.604;SC=CACCCTGCCACCTGCCCAATA;SOR=0.686;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=116;WE=72179754;WS=72179736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,122:0.63:193
chr10	72181460	rs3793809	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-2.006;SC=TCATTTTATTGGTCCTAACTA;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=24;WE=72181468;WS=72181450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr10	72195439	rs1904589	T	C	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2053;ReadPosRankSum=-1.455;SC=GGCCCCAGGGTGCTTCAGCCA;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=116;TCR=79;TR=134;WE=72195447;WS=72195429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,141:0.68:206
chr10	72195844	rs7909303	T	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TTACCTTATATAGAATTACCT;SOR=0.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=12;WE=72195852;WS=72195834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr10	72201219	rs10999338	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=790;ReadPosRankSum=0.991;SC=CGCGGCACGCGGCACTGCCTA;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=52;WE=72201227;WS=72201209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr10	72207517	rs34717077	AC	A	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=9;PP=1052;SC=CCACCAGCCTACCAGATTGTG;SOR=1.885;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=25;WE=72207525;WS=72207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	72289778	rs2275060	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1442;ReadPosRankSum=1.018;SC=CCCAGCCTCTCAGGGTTCAGG;SOR=0.598;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=111;WE=72289786;WS=72289768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,116:0.60:194
chr10	72298631	rs1122918	T	C	8916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=134;PP=2965;SC=GTCCCAGGCTTGGTGCTCTCC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=185;TCR=134;TR=319;WE=72298639;WS=72298621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr10	72300743	rs12776085	C	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=324;ReadPosRankSum=0.209;SC=GCTTGGGAGCCTGACAATTTC;SOR=0.984;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=19;WE=72300751;WS=72300740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	72300886	rs61857083	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,85:0.28:299
chr10	72306967	rs3824764	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GGGCCTTAGGCCTGGTGTGGC;SOR=0.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=43;WE=72306986;WS=72306957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr10	72306978	rs3824763	C	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=1640;ReadPosRankSum=-1.224;SC=CTGGTGTGGCCTTTTGGTGAG;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=50;WE=72306986;WS=72306957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr10	72324143	rs7093516	A	G	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=30;PP=1850;SC=AAGAGGCGCAAGAAATGCGGA;SOR=1.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=96;WE=72324151;WS=72324133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	72326318	rs12412625	G	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=726;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CACTGCTCCTGCCTCTGCTCT;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=60;WE=72326326;WS=72326308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr10	72358577	rs885822	G	A	5726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CCACTTCCGAGTGGCGCTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=178;TCR=174;TR=235;WE=72358585;WS=72358567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,250:0.69:360
chr10	72358655	rs885821	G	A	3996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=88;PP=2695;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CCTTGGCTTCGGCAGAGATGC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=118;TCR=132;TR=165;WE=72358663;WS=72358645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,173:0.66:261
chr10	72360038	rs10999426	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=236;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TTGATTGGAGGACTCTGCCTT;SOR=0.983;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=17;WE=72360046;WS=72360028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr10	72360059	rs10999427	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=377;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TCCAGGGCTCCTAGACCACCC;SOR=0.909;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=29;WE=72360067;WS=72360049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
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chr10	72432521	rs12762616	A	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=645;ReadPosRankSum=1.555;SC=GGACTTGGGGATCGGGCGCTT;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=54;WE=72432529;WS=72432511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,55:0.37:147
chr10	72434194	rs614201	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=557;ReadPosRankSum=1.808;SC=TCAGGCTAAGGGGCCCACCTA;SOR=1.524;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=32;WE=72434202;WS=72434184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr10	72492155	rs41277996	G	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=724;ReadPosRankSum=1.311;SC=TGGCAGCTGTGCCGTGAGCTC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=46;WE=72492163;WS=72492145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr10	72492212	rs2587478	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=45;PP=1354;SC=TTGGCCTGGTTCCAGTGTCCT;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=72492220;WS=72492202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	72492244	rs10740357	A	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=649;SC=GAGGAGCTGGACTGCCACTGC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=72492252;WS=72492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	72493876	rs10740358	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=43;PP=1194;SC=TTCCCCACGTTGCCCCTGGCT;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=72493884;WS=72493866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	72493896	rs117768208	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TTGACTCTTCCGTGACTCATC;SOR=0.604;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=15;WE=72493904;WS=72493886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr10	72494778	rs12765664	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=6;PP=798;SC=AAGGCAGCCCGTCCTCCCTGG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=72494786;WS=72494768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	72496375	rs1861517	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=7;PP=1203;SC=CTCCATCACTACCCTTTGTTC;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=72496383;WS=72496365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	72500763	rs10823607	T	C	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=73;PP=2952;SC=GGAGGCCGCCTGTGCTTAGGG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=185;WE=72500771;WS=72500753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	72500863	rs10999500	C	G	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,116:0.66:176
chr10	72503344	rs10999502	G	A	5794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CGGCGGACACGGGGGACGTGG;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=363;TCF=173;TCR=190;TR=239;WE=72503352;WS=72503334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,254:0.67:379
chr10	72504920	rs10999505	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=451;SC=GAGTGGGGGACGCTGGGCAGT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=72504928;WS=72504910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	72505208	rs7907248	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	72505243	rs7923892	T	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=30;PP=824;SC=ACCCATTCCATGGTTTACATT;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=72505251;WS=72505233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	72513635	rs12774070	C	A	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=65;PP=2476;SC=ACAGTGCCTGCTGCCCCTCTC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=138;WE=72513643;WS=72513625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	72513682	rs2587475	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=65;PP=2216;SC=CCAAAGCCTGCGCCGGGGACC;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=72513690;WS=72513672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	72517837	rs6480463	C	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GCAGCCTGCCCGCCTGTGGAG;SOR=0.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=69;WE=72517845;WS=72517827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr10	72520330	rs10823615	A	G	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAGATGCTGCAGAGCCTCCTG;SOR=0.776;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=403;TCF=196;TCR=207;TR=142;WE=72520338;WS=72520320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,146:0.35:415
chr10	72520567	rs10823616	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=858;ReadPosRankSum=-2.221;SC=AAGACCTGAGACATCCCGGCA;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=241;TCF=105;TCR=136;TR=72;WE=72520575;WS=72520557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,77:0.30:260
chr10	72532037	rs2253793	C	T	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=2110;ReadPosRankSum=1.999;SC=ATGTAAGTTCCGTGACAGCAG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=103;TCR=95;TR=140;WE=72532045;WS=72532027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,158:0.72:219
chr10	72532238	rs2253801	T	C	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1221;ReadPosRankSum=0.897;SC=CCTTGGTGAGTCCCCCAAATG;SOR=0.383;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=74;WE=72532246;WS=72532228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr10	72533910	rs7077672	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=533;SC=CCAGGTCCCACTGGCCTCACC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=72533918;WS=72533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	72535007	rs2254174	C	T	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TTCCAGGATCCGACACAGGAG;SOR=0.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=268;WE=72535021;WS=72534997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr10	72535065	rs10823619	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=672;ReadPosRankSum=1.178;SC=CCAGGAGTACAGGCAAGGAGT;SOR=0.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=60;WE=72535073;WS=72535055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,66:0.29:226
chr10	72536288	rs7897034	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TTTGCTGCATTGTGGTAAGGT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=72536296;WS=72536278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	72536779	rs2254422	A	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=1081;SC=TGCTGACTCCACAGGGCTGGA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=72536787;WS=72536769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr10	72619205	rs827255	C	T	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=101;PP=2965;SC=AGGCAGAAATCGTGAGGATAG;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=185;WE=72619213;WS=72619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	72620134	.	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr10	72631626	rs865832	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=508;ReadPosRankSum=1.520;SC=CCCTTCATGTCGACGCTTGTC;SOR=0.374;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=43;WE=72631634;WS=72631616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr10	72635143	rs3998628	ATT	A	1052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.772;NF=11;NR=10;PP=495;ReadPosRankSum=-1.955;SC=TCCTTCATTTATTTTTTTGTT;SOR=0.443;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=21;WE=72635152;WS=72635133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	72636450	rs923177	T	G	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=78;PP=2365;ReadPosRankSum=0.449;SC=TTTCTTCTCTTGGAAATTTAG;SOR=0.489;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=245;TCF=114;TCR=131;TR=155;WE=72636458;WS=72636440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,164:0.65:254
chr10	72643671	rs9712	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=760;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TCAGTCACCCCTTCCCCCGGA;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=44;WE=72643679;WS=72643661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr10	72648086	rs827239	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=18;PP=904;SC=GTGGGATTCGAACCCGCCACC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=72648094;WS=72648076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	72648134	rs827238	A	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=38;PP=1601;SC=CCCCGCCGCCAGCGACAGAGA;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=72648142;WS=72648124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	72648336	rs827237	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.455;SC=AGGCGGCGGCCGGGCGCGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=72648344;WS=72648326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	72813306	rs10762420	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,48:0.22:218
chr10	72813361	rs10740361	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=2.882;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,38:0.24:157
chr10	73039860	rs4415677	C	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=603;SC=GAGGCACAGGCCTAGCTCCAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=73039868;WS=73039850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	73044382	rs10823716	T	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=6;PP=380;SC=TGGGCAAGAGTGCCAGCAGGA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=73044390;WS=73044372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	73044413	rs10762434	G	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=734;SC=AAGGCCGGGGGTGTCCTGTGC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=73044421;WS=73044403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	73044580	rs12770025	G	A	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GGAGCTCCGCGGGCACCACCA;SOR=1.039;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=144;TCR=90;TR=228;WE=73044588;WS=73044570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr10	73044674	rs10999762	G	A	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.568;SC=CCATCCCTGAGGATGCTGGAG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=102;TCR=138;TR=238;WE=73044682;WS=73044664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr10	73044924	rs7350453	A	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	73044930	rs7350455	C	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	73044954	rs6480503	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=6;PP=1121;SC=GAAATTTCCCAGGCAAAGGCC;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=73044962;WS=73044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	73047593	rs7074280	G	A	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=80;PP=2434;SC=TGCCAGAGCCGGGACAGCCAT;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=128;WE=73047601;WS=73047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	73050983	rs3740462	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=902;SC=CCAGAGTTTGCTCTAGAGATA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=73050991;WS=73050973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	73078862	rs7924115	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=0.409;SC=AATGGGCGCACGCAGGCCCCA;SOR=0.409;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=73078870;WS=73078852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	73082563	rs2277257	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=782;ReadPosRankSum=0.057;SC=CTCCACCTACAGAACCACAAG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=64;WE=73082571;WS=73082553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,71:0.36:197
chr10	73104056	rs2243540	A	G	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=145;NR=153;PP=2965;SC=CAGGTAGGCGACTCTCTTCCC;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=145;TCR=154;TR=298;WE=73104064;WS=73104046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	73104178	rs883764	G	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=57;PP=1707;SC=CAGCAGCTCAGATTTATGCAT;SOR=2.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=73104186;WS=73104168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	73111258	rs780667	G	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=12;PP=1090;SC=TGGCTCACCAGCCCCAGCCCA;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=73111266;WS=73111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	73111408	rs780668	C	T	8979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=130;PP=2965;SC=GTGGACACTTCCTCCTGGACC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=174;TCR=130;TR=304;WE=73111416;WS=73111398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr10	73115941	rs2252997	TG	CA	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=73;PP=2947;SC=TGACGGCCACTGTCTTCCTCG;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=164;WE=73115950;WS=73115931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	73121645	rs2487067	C	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=342;SC=TGAGTGCCCACCCCTGGCTGT;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=73121653;WS=73121635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	73121913	rs2487068	A	G	11879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=197;PP=2965;SC=CTACCCCGCCATCTGCACCAA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=235;TCR=197;TR=432;WE=73121921;WS=73121903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr10	73121945	rs1084004	T	C	13747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=220;PP=2965;SC=TCAACAAGGGTTCGGGCTCAC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=467;TCF=247;TCR=220;TR=467;WE=73121953;WS=73121935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr10	73157033	rs147915565	C	CCGAGG	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.638;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,33:0.23:146
chr10	73199501	rs4747153	C	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=421;ReadPosRankSum=1.598;SC=CTCTCTGGAGCTGCAGAGGTG;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=37;WE=73199509;WS=73199491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr10	73269714	rs2297953	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=661;SC=TGTGATGATCTGTGGCCTGCT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=73269722;WS=73269704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	73270906	rs3802720	T	C	12748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=222;PP=2965;SC=ACATCCAGGTTGGGGATGTGA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=462;TCF=240;TCR=222;TR=462;WE=73270914;WS=73270896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr10	73270982	rs3802719	G	A	12903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=179;PP=2965;SC=AGGAGCCACTGGGGTTACCCT;SOR=1.231;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=116;TCR=180;TR=295;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr10	73270995	rs3802718	A	G	11849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=159;PP=2965;SC=GTTACCCTTGAGGGTATCAGA;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=98;TCR=159;TR=257;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr10	73326757	rs7087735	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.662;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr10	73337850	rs6480531	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=377;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AGAGGTCTGCGGGCATGTGGG;SOR=0.990;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=26;WE=73337858;WS=73337840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr10	73377314	rs7903772	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=699;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AATCACTAGTCTCTACTTTTG;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=31;WE=73377322;WS=73377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr10	73377330	rs6480536	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=0.932;SC=TTTTGGATTATCCCCTACACC;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=6;WE=73377338;WS=73377320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr10	73403490	rs10823810	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=0.252;SC=CTAGGGTGTGATCCTGGGGTC;SOR=0.684;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=21;WE=73403498;WS=73403480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr10	73405482	rs41305004	A	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=1047;ReadPosRankSum=0.650;SC=TGCCCCAACCAAAGCAGCTCT;SOR=0.576;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=138;TCF=82;TCR=56;TR=54;WE=73405490;WS=73405472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr10	73406504	rs2305209	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TGAGCTGTGTTTGTTGGTGTA;SOR=0.465;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=30;WE=73406512;WS=73406494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr10	73434888	rs1227049	G	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr10	73434906	rs10999947	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGGGAAGTCAGCTACTTCTTC;SOR=1.005;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=40;WE=73434914;WS=73434896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr10	73439066	rs3802717	A	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=994;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AGTCTTCCCCACCCTCCCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=185;TCF=145;TCR=40;TR=64;WE=73439074;WS=73439056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,65:0.34:190
chr10	73439101	rs1227042	T	C	10139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=223;NR=141;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGTCTCCTGCAGG;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=223;TCR=141;TR=364;WE=73439109;WS=73439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr10	73455201	rs3752752	T	C	15559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=312;NR=267;PP=2965;SC=TGGACATCAATGACAACCACC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=579;TCF=312;TCR=267;TR=579;WE=73455209;WS=73455191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr10	73455273	rs3752751	T	C	9461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=209;PP=2965;SC=CAGACTCTGATGTGACCACGG;SOR=1.254;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=139;TCR=209;TR=348;WE=73455281;WS=73455263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr10	73455308	rs3752750	T	C	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=139;PP=2965;SC=GCAGCAGAACTGCCAGGCGGC;SOR=2.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=53;TCR=139;TR=192;WE=73455316;WS=73455298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	73492079	rs1227065	A	G	11096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GTACCGCTTCAACGCCTACAC;SOR=0.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=205;TCR=204;TR=406;WE=73492087;WS=73492069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr10	73494159	rs1227062	T	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=45;PP=1397;SC=TGACACTTCCTAACCCATGTC;SOR=2.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=73494167;WS=73494149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	73494229	rs1227061	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=1079;SC=AGCCTGAGGCTTCGCCATGTC;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=73494237;WS=73494219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	73499561	rs10762474	C	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=0.493;SC=ACTGAGAGACCACTGGCTAAG;SOR=0.464;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=50;WE=73499569;WS=73499551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,55:0.37:149
chr10	73501374	rs1227052	C	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=18;PP=2398;SC=GGGGAGCCTTCGGGCTACAGG;SOR=2.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=83;TCR=18;TR=101;WE=73501382;WS=73501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	73501556	rs1227051	G	A	9652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=186;PP=2965;SC=CAAGGACATGGCCTTCCGCAT;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=159;TCR=186;TR=345;WE=73501564;WS=73501546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr10	73515103	rs3747858	G	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=757;ReadPosRankSum=0.913;SC=CCCAGGCAGGGAGGAATACTC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=51;WE=73515111;WS=73515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr10	73520391	rs10999987	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr10	73520511	rs41305045	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr10	73520632	rs3747869	A	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=44;PP=1516;SC=TACTTTCACTATCCTGGGAGG;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=73520640;WS=73520622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	73521371	rs3747867	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=-1.904;SC=GCACCTGCAGCTCCATGGCAC;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=33;WE=73521379;WS=73521361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr10	73533177	rs3747862	A	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=969;ReadPosRankSum=-2.714;SC=GCCGGCCTCCAGGGCCGTGGG;SOR=0.545;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=106;TCR=125;TR=78;WE=73533185;WS=73533167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,82:0.33:245
chr10	73537388	rs7917781	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=426;ReadPosRankSum=0.209;SC=GGATCCACCTTGGTCCCTCTG;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=20;WE=73537396;WS=73537378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr10	73537821	rs10999996	G	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=759;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TGGAGCCTGGGCTAGGGGGTG;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=41;WE=73537829;WS=73537811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr10	73537978	rs10762480	C	T	3835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=82;PP=2352;ReadPosRankSum=0.221;SC=AGCTGGACTACGAGATCAGCC;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=256;TCF=132;TCR=124;TR=166;WE=73537986;WS=73537968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,179:0.63:282
chr10	73538109	rs10740390	C	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=0.329;SC=TGGAGGTTGGCGAAGGATGGG;SOR=0.262;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=32;WE=73538117;WS=73538099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr10	73538896	rs6480555	T	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CATATCCGACTTCCCATATGA;SOR=0.216;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=14;WE=73538904;WS=73538886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr10	73544086	rs3802711	G	A	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2405;ReadPosRankSum=0.012;SC=CTAAGGGTCCGGAAGGACGTG;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=150;WE=73544094;WS=73544076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,166:0.67:247
chr10	73544604	rs7068810	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=667;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GCACAACATCTGTCGCTCTTC;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=36;WE=73544612;WS=73544598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr10	73545236	rs3802709	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=0.638;SC=GGTCACTCTCGCCCCGGCGAG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=17;WE=73545244;WS=73545226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr10	73550117	rs11592462	C	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GCCGTGGTGACCTACCAGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=380;TCF=206;TCR=174;TR=124;WE=73550125;WS=73550107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,127:0.32:398
chr10	73550969	rs10466026	G	A	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=47;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GCTGCTGGCTGAGGACATCGG;SOR=0.777;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=123;WE=73550977;WS=73550959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,128:0.66:194
chr10	73558030	rs7068357	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=661;ReadPosRankSum=-1.390;SC=ATGCTCACCCGGCTTGGCTGA;SOR=1.532;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=33;WE=73558038;WS=73558020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr10	73558852	rs4747193	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1227;ReadPosRankSum=1.422;SC=TGGCAGTGGGAGCCTCTGTGT;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=67;WE=73558860;WS=73558842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr10	73558886	rs4747194	G	A	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=21;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ATTGCCAACCGGACAGTGGAC;SOR=0.756;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=87;WE=73558894;WS=73558876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,94:0.68:138
chr10	73558952	rs4747195	C	T	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=69;PP=2800;ReadPosRankSum=0.239;SC=AACGGGTCCCCGCCCCGGGCA;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=145;TCR=100;TR=169;WE=73558960;WS=73558942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,185:0.69:270
chr10	73562538	rs12773941	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=0.429;SC=AAGACATTACCTCCCTCCCAG;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=73562546;WS=73562528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	73562744	rs10823849	G	A	5977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ATGAGCCGGCGGGCACCTCGG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=381;TCF=211;TCR=170;TR=255;WE=73562752;WS=73562734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,260:0.67:389
chr10	73566203	rs4747197	T	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=558;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AGCAGCTGTGTTACACTATAT;SOR=0.286;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=28;WE=73566211;WS=73566193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr10	73570334	rs11818398	G	A	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=82;PP=2227;ReadPosRankSum=1.480;SC=CCGGTGAGTCGGGGCCTGTGT;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=55;TCR=121;TR=118;WE=73570342;WS=73570324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,124:0.67:184
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chr10	73578503	rs885828	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
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chr10	73578704	rs142614739	AAGTCTC	A	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.509;NF=7;NR=1;PP=345;ReadPosRankSum=0.372;SC=CCCCACGGCCAAGTCTCAGAG;SOR=0.527;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=8;WE=73578717;WS=73578694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr10	73578882	rs4747203	T	C	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2222;ReadPosRankSum=1.789;SC=TAAAGGAAAGTGGGGACACAG;SOR=0.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=169;WE=73578890;WS=73578872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,175:0.71:246
chr10	73579217	rs11000016	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=699;ReadPosRankSum=0.232;SC=CAGCCCGGGGCGTACCTGCTT;SOR=0.401;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=41;WE=73579225;WS=73579207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr10	73579405	rs3747860	C	T	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=82;PP=2545;ReadPosRankSum=1.252;SC=GCGGGCTCAACGCTGGCAGGG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=161;WE=73579413;WS=73579395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,165:0.68:242
chr10	73579787	rs12769743	A	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-2.198;SC=AAAAACTACCAAACTACAAAG;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=73579795;WS=73579777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	73581560	rs2070968	A	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=30;PP=1515;ReadPosRankSum=0.021;SC=GACTCGTAAGATGTGATGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=88;WE=73581568;WS=73581550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,96:0.67:143
chr10	73583520	rs2249814	G	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	73583573	rs56911723	C	CA	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.876;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr10	73591829	rs41306532	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=139;ReadPosRankSum=1.764;SC=CACCCTGCATGAGCAGCGCTG;SOR=0.183;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=16;WE=73591837;WS=73591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr10	73594358	rs3878001	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TGTCCTTGAGCTGGACTCTGC;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=6;WE=73594366;WS=73594348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr10	73610982	rs2070188	G	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.730;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr10	73823019	rs1668172	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGAAGTCTATACACCCCCAGA;SOR=0.346;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=73823027;WS=73823009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	73824181	rs2242251	C	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.169;SC=AAAACGCTCACTCTCTATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=73824189;WS=73824171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	73824203	rs2242252	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GGGAGCTCATTCCACAGCTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=73824211;WS=73824193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	73827292	rs1530804	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.414;SC=ACAAGGGCAGACTGGCCCAGC;SOR=0.048;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=73827300;WS=73827285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	73832859	rs896074	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=1.014;SC=AGTATTCTTACGTCTTCATCA;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=10;WE=73832867;WS=73832849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr10	73846826	rs1245546	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=1.316;SC=CACCAGGTCGCCAGGAGCAGC;SOR=1.051;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=6;WE=73846834;WS=73846816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	73856984	rs3312	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=421;ReadPosRankSum=1.971;SC=ACCACCCAGGAAAGTCACCAT;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=27;WE=73856992;WS=73856974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr10	73862032	rs1668154	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,72:0.30:237
chr10	73892943	rs141996717	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,19:0.19:99
chr10	73964004	rs4237336	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=184;SC=CGAGACTCTGCCTCAAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=73964012;WS=73963994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	73970451	rs7069703	G	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=871;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GAGTTTCCTGGAAGTGTCTTC;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=67;WE=73970459;WS=73970441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,68:0.29:234
chr10	74035041	rs1053639	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=438;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GACTGATTCCTGTGGTTGGAA;SOR=0.411;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=24;WE=74035049;WS=74035031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	74095715	rs3829180	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=569;ReadPosRankSum=1.361;SC=ACAGGGTTAGTGCACACCCAG;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=60;WE=74095723;WS=74095705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,63:0.33:190
chr10	74104614	rs3793835	T	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=0.486;SC=GGCCCTGTGCTGCCCACAGGC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=26;WE=74104622;WS=74104604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr10	74104673	rs3793834	T	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ATTTCCCCAGTCTCCCCAGGC;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=48;WE=74104681;WS=74104663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr10	74114778	rs72808155	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=523;ReadPosRankSum=0.256;SC=CCCCTCCTTTCCCGAGTTTTG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=42;WE=74114786;WS=74114768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr10	74139200	rs11000276	T	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=710;ReadPosRankSum=0.416;SC=TAACCATTCCTTTTTCTGCAT;SOR=0.362;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=48;WE=74139208;WS=74139190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr10	74182917	rs10823922	T	C	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=37;PP=1971;SC=CTCATCATTATGTTAATACCT;SOR=1.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=118;WE=74182925;WS=74182907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	74183251	rs7069357	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=265;SC=TATTTTTGAGGTACAATTCTC;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=74183259;WS=74183241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	74234817	rs915432	T	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=9;PP=842;SC=TGCCCATCAGTTCCACATGTG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=74234825;WS=74234807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	74235192	.	A	ATT	74.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.54;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	74235771	rs11000322	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=569;SC=GATCACCTGCGGTCAGGAGTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=74235779;WS=74235761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	74268031	rs3793927	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=664;SC=AAATTTTCTATAGAATGTATG;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=74268039;WS=74268021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	74293584	rs10509343	A	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=17;PP=553;SC=AGCTACTGATAATAACTCAAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=74293592;WS=74293574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	74293601	rs11818304	T	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=17;PP=528;SC=CAAGTGAAATTTATAAAATGA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=74293609;WS=74293591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	74452931	rs112298026	AGT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=2.183;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	74660059	rs145062197	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=942;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CCGACCCCCCGCACCATCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=62;WE=74660067;WS=74660049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr10	74695287	rs2461917	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=318;SC=GTTGGAAGAATGAATGAGTCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=74695295;WS=74695277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	74769729	.	CTT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=-0.473;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.183;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	74886640	rs187854316	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=450;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ATCCAACCTGCTCATCAGCAA;SOR=0.782;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=34;WE=74886648;WS=74886630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr10	74906122	.	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=9.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr10	74928066	.	TGAG	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=0.801;SC=CGGCCGCGGCTGAGGAGGAGG;SOR=0.560;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=74928076;WS=74928056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr10	75005559	.	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=0.887;SC=ATCGAAACTATAGACCAAGTT;SOR=0.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=10;WE=75005567;WS=75005549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr10	75010635	rs117510230	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=426;ReadPosRankSum=0.496;SC=CTCTGTATCTGTAGCTTCTGC;SOR=0.722;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=26;WE=75010643;WS=75010625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr10	75135833	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.401;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr10	75283640	rs9703377	TA	AT	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	75295940	.	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=1.919;SC=GCTAGGTTACGAGCTAAGCAC;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=20;WE=75295948;WS=75295930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr10	75305531	.	A	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=257;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GATAGCTATGAAACCAAATGT;SOR=3.947;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=18;WE=75305539;WS=75305521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr10	75490217	rs11814282	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=608;SC=GGCACCGAACTTGCTCACAAC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=75490225;WS=75490207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	75519322	rs10740418	T	C	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=73;PP=2965;SC=GACACTTCTGTAGACTTCAAA;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=189;WE=75519330;WS=75519312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	75525999	rs3849969	A	G	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=93;PP=2965;SC=GTGTTTCCTGAGGTTAATGAT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=97;TCR=93;TR=190;WE=75526007;WS=75525989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	75526756	rs41280410	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=454;ReadPosRankSum=0.935;SC=TAATAAATGACAAGGGAAGAG;SOR=0.538;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=29;WE=75526764;WS=75526746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr10	75532848	rs145929404	GCCAGGACTCCAGGTGTCCAGGACTCCAGGTGT	G	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=2973;SC=GCGGGTTGAGGCCAGGACTCC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=12;WE=75532887;WS=75532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	75545251	rs12256103	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=10;PP=1398;SC=TTAAATAAAAATGTCCCCTAC;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=75545259;WS=75545241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	75558867	rs2271271	G	A	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=103;PP=2965;SC=GGTTCTGGCTGTATGAGCAAA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=124;TCR=103;TR=227;WE=75558875;WS=75558857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	75559662	rs141230821	C	CTCTA	4071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=10;PP=2965;SC=CAGAGCGAGACTCTATCTCAA;SOR=3.860;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=60;WE=75559670;WS=75559652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	75562161	rs13013	C	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=138;SC=TCTGGACCTGCCCCTTAGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=75562169;WS=75562151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	75575127	rs57601302	G	GC	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	75607168	rs2242258	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GCAACACTGGTTCTGTCTTCA;SOR=0.361;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=39;WE=75607176;WS=75607158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr10	75607696	rs67135801	CA	C	1816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=4;PP=1648;SC=GCCCGAGGAGCAAGGACATCT;SOR=3.745;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=41;WE=75607704;WS=75607686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	75608997	.	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=759;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGCAGAGGCACGGAGGGGAGC;SOR=0.335;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=43;WE=75609005;WS=75608987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr10	75612881	rs2250140	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=706;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TGTTTAGGCCTCTTCCTGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=92;TCR=32;TR=45;WE=75612889;WS=75612871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,47:0.35:133
chr10	75620757	rs2664282	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTGTGATGATTTGCTGAAGTA;SOR=0.391;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=18;WE=75620765;WS=75620747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr10	75632760	rs2675671	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=625;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GGGCAGACAACTTCTTGGTAT;SOR=0.925;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=50;WE=75632768;WS=75632750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,48:0.30:159
chr10	75672607	rs61567551	C	CA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	75673101	rs2227564	T	C	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=93;PP=2965;SC=GGCCTAAAGCTGCTTGTCCAA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=200;WE=75673109;WS=75673091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	75673731	rs2227566	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GGTATCTTCTCCCACAGTGAT;SOR=0.466;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=56;WE=75673739;WS=75673721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,61:0.34:178
chr10	75674740	rs2227571	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=602;ReadPosRankSum=0.729;SC=ATGAGCCCAGCGTGATCAAGG;SOR=0.442;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=51;WE=75674748;WS=75674730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,52:0.32:165
chr10	75842152	rs2270548	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=876;ReadPosRankSum=1.500;SC=TCTGTCTTACGTTCTATCATG;SOR=0.881;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=58;WE=75842160;WS=75842142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr10	75843100	rs1908339	T	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=540;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AACAATGTAGTTATTGAATAT;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=44;WE=75843108;WS=75843090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr10	75863750	rs2270552	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAAATTGGAGCGGGACTGGTT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=7;WE=75863758;WS=75863740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	75865065	rs767809	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.273;SC=CCATCTCCCCGATGGTGATGG;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=13;WE=75865073;WS=75865055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr10	75865159	rs55984079	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GAGGTTAACTCAGGAAAGGTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=75865167;WS=75865149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	75866929	rs2131957	C	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr10	75871735	rs2131956	C	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=603;ReadPosRankSum=-0.767;SC=ATGCTGCTGGCTTCCCTGTCC;SOR=0.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=55;WE=75871743;WS=75871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,61:0.35:172
chr10	75874192	rs28639484	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.822;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	75889760	rs35456205	GA	G	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.058;NF=1;NR=33;PP=353;ReadPosRankSum=0.625;SC=CCTGAAGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.789;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=75;TCF=4;TCR=71;TR=34;WE=75889769;WS=75889749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr10	75896601	rs10762576	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=1.461;SC=ATGGAAGGCAAAAAGAAAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=13;WE=75896609;WS=75896591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr10	75910955	rs11817132	G	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=1.147;SC=AGAAGAGAAAGCGGTGATGCG;SOR=0.275;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=21;WE=75910963;WS=75910945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
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chr10	76158177	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=29;QD=15.9428031368;SC=TCTATTGAAACATATGCTAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=4;WE=76158185;WS=76158167;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
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chr10	76719679	rs4746249	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=1.659;SC=AATGTTTTTACTTTTGAAATG;SOR=0.598;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=19;WE=76719687;WS=76719669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr10	76729632	rs3213967	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=996;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CTTTCTAAAGCTTTAAATACA;SOR=0.400;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=62;WE=76729640;WS=76729622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,70:0.74:95
chr10	76780824	rs41448848	T	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=766;ReadPosRankSum=0.658;SC=TGTCCGTATGTGAAGCTGAAG;SOR=2.461;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=37;WE=76780832;WS=76780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr10	76781905	rs71929101	GGAA	G	5591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=2.580;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,146:0.69:211
chr10	76854564	rs3088142	C	T	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=133;NR=106;PP=2965;SC=CATGTTCTCACAGATCATGAG;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=133;TCR=106;TR=239;WE=76854572;WS=76854554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	76855326	rs3740318	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=702;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTGATCCAGAAGTGCACCTTG;SOR=0.188;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=45;WE=76855334;WS=76855316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr10	76855412	rs3740317	G	A	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AGGGGTTGTCGTCCGCCTCGA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=141;TCR=101;TR=163;WE=76855429;WS=76855402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,177:0.69:258
chr10	76855421	rs3740316	G	A	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CGTCCGCCTCGATGCCATAGT;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=149;TCR=112;TR=88;WE=76855429;WS=76855402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,91:0.33:274
chr10	76857364	rs3824742	C	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1654;ReadPosRankSum=1.195;SC=GGGAGGCAAGCGTGCCACCTC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=98;WE=76857372;WS=76857354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr10	76861680	rs6480771	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=953;SC=TTCGTGCTGCTGGCTTTCAGC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=57;WE=76861688;WS=76861670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	76867753	rs41280430	C	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=765;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GTCCTACCCCCAGGCGTGTTG;SOR=1.141;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=53;WE=76867761;WS=76867743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
chr10	76867899	rs7912300	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GTAGAGGCCCTTGTGGGCGGC;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=25;WE=76867907;WS=76867889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr10	76971844	rs2804535	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=203;SC=CGTTATAGTTCTATTGTAGCT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=76971852;WS=76971834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	76989295	rs11001334	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr10	77160682	rs10824306	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=541;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ATGCACGCCCCATTCCACTTC;SOR=1.493;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=30;WE=77160690;WS=77160672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr10	77191441	rs55922628	C	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	77312184	rs1367290	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	78649399	rs2288840	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,67:0.27:246
chr10	78767769	rs72390326	CTGTAGACTGCAT	C	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.674;NF=7;NR=1;PP=2408;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCAGGCTACTCTGTAGACTGC;SOR=0.169;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=78767788;WS=78767759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	78778734	rs16934182	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=629;ReadPosRankSum=0.132;SC=GTCTACAGCCGGGCCAGAAAG;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=42;WE=78778742;WS=78778724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr10	78782876	rs7078109	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=303;ReadPosRankSum=1.365;SC=TCACATTTCATTGGGTATCTC;SOR=0.262;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=20;WE=78782884;WS=78782866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr10	78839127	.	A	AGTGTGT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr10	78868165	rs138226779	CAAA	C	996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=2.903;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr10	78880943	rs7907270	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CTGGTACCTCAGACATATTCC;SOR=0.297;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=5;WE=78880951;WS=78880933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	79163867	rs596832	G	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=0.817;SC=AGAGCCAGAAGGGGTCCCCAG;SOR=0.655;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=15;WE=79163875;WS=79163857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr10	79396463	rs12217221	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCTGTTATCTCGGGCCATGCT;SOR=2.935;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=18;WE=79396471;WS=79396453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	79552092	rs2165046	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=463;SC=ATCCTTCCCCCGCATGTTCAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=79552100;WS=79552082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	79552151	rs1058202	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=14;PP=1128;SC=CTGAGTCTGGTGTCCCCTCAG;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=79552159;WS=79552141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	79553673	rs2812425	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=19;PP=2008;SC=ATGTAGAAAGTGCGGGCTTCT;SOR=2.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=91;WE=79553681;WS=79553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	79565655	rs2289311	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=982;ReadPosRankSum=1.641;SC=CAGGGCCATCGAGACCCTGCT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=44;WE=79565663;WS=79565645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr10	79566480	rs58116353	CT	C	1243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=3;PP=1353;SC=TCGGCGACCCCTGCCCCACCC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=79566488;WS=79566470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	79566632	rs1058198	G	A	8427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=149;NR=143;PP=2965;SC=AGAGGATGTCGTCCTTCTTAA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=150;TCR=144;TR=292;WE=79566640;WS=79566622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr10	79571108	rs2289309	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=28;PP=819;SC=TAGCCCTGCACCCTGTGCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=79571116;WS=79571098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	79575879	rs1248638	A	G	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=71;PP=2427;SC=GGTGCCAGCCACTAACCACGT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=144;WE=79575887;WS=79575869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	79577408	rs10824577	G	C	334.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GTAGAGAAATGAGCTCAGTCC;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=79577416;WS=79577398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	79579047	rs1248635	A	G	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=GGGCAGCTGGAGTACAGAGAA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=202;WE=79579055;WS=79579036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	79579251	rs2289308	G	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=20;PP=547;SC=GAGAAAAGACGCCCCAAAGGA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=79579259;WS=79579241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	79580976	rs41274586	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr10	79584060	rs147724226	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=1.732;SC=ATCCTGTGACCCCAAGGAGTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=79584068;WS=79584050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	79584178	rs1248629	G	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=28;PP=1653;SC=CCTGGCAGCTGCGCAGCAGAG;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=79584186;WS=79584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	79584274	rs41306534	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=1.329;SC=ACAGGCAGAGCGGCCTCAGGC;SOR=0.990;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=36;WE=79584282;WS=79584264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr10	79589904	rs55854323	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=386;SC=TGCTACCTGGCTCTCTTCGGG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=79589912;WS=79589894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	79590685	rs10824579	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=962;SC=AACATCCCACCGCGTAACGGC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=79590693;WS=79590675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	79590726	rs1248663	C	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=284;SC=CCATTTGAAACAGCTAAAATG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=79590734;WS=79590716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	79595417	rs1248661	C	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=81;SC=TAAATGATTCCGACCCTCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=79595425;WS=79595414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	79614189	rs1248692	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=52;PP=1861;SC=GGATAGAGGAACCAGGTCCTG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=79614197;WS=79614179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	79616605	rs1248696	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=397;SC=ATTCACTTGCTGGTCAGTGAG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=79616613;WS=79616595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	79628875	rs1248655	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1074;SC=CTCCCCAGACAGTGGTACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=79628883;WS=79628865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	79779150	rs1863898	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=47;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATCCTGGGCAGCCTGCTGCCT;SOR=0.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=6;WE=79779158;WS=79779140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr10	79793688	rs3740253	C	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=73;PP=1442;ReadPosRankSum=0.352;SC=CCCGTGCAGTCATCTGCCGCG;SOR=0.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=391;TCF=173;TCR=218;TR=123;WE=79793696;WS=79793678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,126:0.29:429
chr10	80288406	rs1865706	T	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=25;PP=1506;SC=TGAATATTTGTGTTGTTTCCA;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=80288414;WS=80288396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	80310465	rs2670191	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=46;PP=2084;SC=TGGGTGTTGTTGGAACCTACT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=80310473;WS=80310455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	80310636	rs7090749	G	A	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=55;PP=2230;SC=TCCAATGTAAGTGTGGAAAAA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=121;WE=80310644;WS=80310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	80763382	rs10762828	C	T	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=86;PP=2965;SC=GTGATGTCTGCGGCACTGAGC;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=172;WE=80763390;WS=80763372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	80763534	rs10762829	A	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=39;PP=1346;SC=AAATTGGCCTAGCTTCCTAAC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=80763542;WS=80763524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	80961519	rs2802371	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=166;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GGGCATCTGGTGGGTTCTGGC;SOR=1.284;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=14;WE=80961527;WS=80961509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr10	81037229	rs1250539	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
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chr10	81058027	rs1250552	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=389;ReadPosRankSum=1.061;SC=GAGAGAGAAGAGTTTCCCTGG;SOR=0.105;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=22;WE=81058035;WS=81058017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr10	81058730	.	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=576;ReadPosRankSum=-0.568;SC=AGCCCAGGGTGAGCAAGTCCC;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=48;WE=81058738;WS=81058720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,53:0.35:150
chr10	81060474	rs1250549	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=366;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTGAGCACCCTCGTTCCCCAC;SOR=0.919;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=27;WE=81060482;WS=81060464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr10	81064755	rs2296424	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AGGACTCTGCGTGGCAGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=81064763;WS=81064745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	81065201	rs1250558	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=319;ReadPosRankSum=0.219;SC=CAGCAGGGGTGGGACCCCACT;SOR=0.445;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=29;WE=81065209;WS=81065191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr10	81065774	rs1250557	G	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=519;SC=AAGGTCACCTGGGTGTCTGTC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=81065782;WS=81065764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	81067480	rs1972346	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=1.679;SC=ACTGAGGCTACGTCGTGCCCT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=81067488;WS=81067470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	81108956	rs2233718	A	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GTCGGGGCTCAGAGACCCCTG;SOR=0.133;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=54;WE=81108964;WS=81108946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr10	81192577	rs7898643	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr10	81266411	rs1010929	T	C	7782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=137;PP=2965;SC=AGACCTACAGTTGCAGAAGGT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=139;TCR=138;TR=275;WE=81266419;WS=81266401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr10	81267591	rs1250778	C	T	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=47;PP=1429;SC=GGGGACTCTCCAGTGCAAGAG;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=81267599;WS=81267581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	81272475	rs199971359	G	C	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=17.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	81272814	rs200388618	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.403;NF=19;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=0.596;SC=CCTGATCACGGTGCTGTCTGC;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=43;WE=81272822;WS=81272804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,38:0.33:116
chr10	81286374	rs1250962	A	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.60;QD=29.38;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	81286427	rs1250961	G	C	254.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=36.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	81286437	rs1250960	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	81317045	rs1965708	G	T	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.715;NF=72;NR=68;PP=2286;ReadPosRankSum=1.292;SC=TCCACACACTGCTCTTTTCCC;SOR=0.623;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=140;WE=81317053;WS=81317035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr10	81317292	rs1965707	G	A	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=30.35;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	81317741	rs145350846	G	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-1.252;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.646;SOR=2.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr10	81318545	rs2217231	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GCCCTTGGGGAACCTGCAGGG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=81318553;WS=81318535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	81318820	rs17880349	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GTTGGAGCTAGTGAGACTCGA;SOR=1.630;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=81318828;WS=81318810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	81318930	rs1250943	C	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=65;SC=GAACCCACCACCCCTGCAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=81318938;WS=81318925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	81319214	rs1059046	G	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=12.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-7.343;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,17:0.15:117
chr10	81319267	rs1650232	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=40;PP=1200;SC=CTGCTCCTGCCGGAGGGATGG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=81319275;WS=81319257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	81319400	rs17882203	A	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.980;NF=5;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-1.778;SC=GACCCGAAGCACCCGGGAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=8;WE=81319408;WS=81319390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr10	81319423	rs1975008	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=16;PP=634;SC=CCAAGCATCACCTGGCACCTG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=81319431;WS=81319413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	81319458	rs17883613	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQRankSum=-3.560;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.628;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr10	81319483	rs1975007	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=16;PP=573;SC=GGGTCTCAAGACTGCTGAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=81319491;WS=81319473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	81342369	rs34032311	G	T	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=89;PP=2661;SC=TCCGCTCACCGTTGGTCATGA;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=156;WE=81342377;WS=81342359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	81342469	rs2678654	A	G	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.06;QD=29.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	81343036	rs3855862	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.43;QD=28.62;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	81371049	rs4253511	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.876;SC=AGGCTGCGGGCCCCGTTCATC;SOR=0.443;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=80;WE=81371057;WS=81371039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,90:0.75:120
chr10	81371698	rs72659390	C	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.084;NF=61;NR=93;PP=2345;ReadPosRankSum=0.824;SC=CTGGATCCCACGGCCTGCCAG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=87;TCR=131;TR=154;WE=81371706;WS=81371688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,155:0.76:203
chr10	81371729	rs1136450	C	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=9.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQRankSum=-5.024;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.430;SOR=2.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,15:0.14:106
chr10	81372231	rs4253514	CG	C	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=1052;ReadPosRankSum=-2.729;SC=ATGGGCACAGCGACCCTGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=27;WE=81372239;WS=81372221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr10	81373182	rs4253524	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	81373542	rs3997777	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQRankSum=-2.924;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr10	81374651	rs1250991	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=698;ReadPosRankSum=1.919;SC=GGCATTCACACCACCCCCCAC;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=44;WE=81374659;WS=81374641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr10	81682645	rs1054053	A	G	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.787;NF=42;NR=33;PP=890;ReadPosRankSum=1.604;SC=CTTGACGGGCAGGAGGCTGAC;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=75;WE=81682653;WS=81682635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,76:0.32:236
chr10	81698097	rs2819098	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AACAGGCACCGCATCAGGATG;SOR=0.197;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=81698105;WS=81698087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr10	81701722	rs2243639	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=-0.942;SC=GCTGCCCCTGTGTTTCCAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=23;WE=81701730;WS=81701712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr10	81706324	rs721917	A	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGCACTGGGCATTGTTCTGTG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=70;WE=81706332;WS=81706314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr10	81915790	rs2789687	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=554;SC=GGGAATTTTCTCCCACTGCAG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=81915798;WS=81915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	81923205	rs2236558	T	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=42;PP=1654;SC=CCTTCCCCATTTATTTTCCCT;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=81923213;WS=81923195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	81925796	.	G	GCA,GCACA	809.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24,24;NR=12,12;PP=540,273;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GCACACACGCGCGCACACACA;SOR=0.157;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=36,36;WE=81925806;WS=81925784;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.60:50
chr10	81925798	rs3000941	G	A	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.57;ReadPosRankSum=2.773;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr10	81932790	rs2236556	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=826;SC=CTCCTGCTGGTGCCTCCAGCT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=81932798;WS=81932780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	81993410	rs2945446	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=7.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-6.389;QD=4.84;ReadPosRankSum=2.700;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr10	81995007	rs1250973	A	G	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.510;NF=104;NR=59;PP=2238;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TTGGTAAGTCACTGTGGATTT;SOR=1.016;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=344;TCF=212;TCR=132;TR=163;WE=81995015;WS=81994997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,149:0.46:321
chr10	81995058	rs2678622	G	A	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.953;NF=117;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.811;SC=CGGAGCTGCCGAAAACTGTCA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=221;TCR=204;TR=225;WE=81995066;WS=81995048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,199:0.53:376
chr10	81995190	rs377584813	CG	C	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQRankSum=-1.296;QD=15.12;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr10	81995240	rs61862376	G	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-1.610;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr10	82009543	rs115968930	C	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.40;QD=23.99;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	82013134	rs1298908	C	T	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=83;PP=2965;SC=CTTCAATAATCTCCATTTGTG;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=201;WE=82013154;WS=82013124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	82013146	rs2573326	T	C	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=79;PP=2965;SC=CCATTTGTGGTCCCTGGGACT;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=120;TCR=80;TR=198;WE=82013154;WS=82013124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	82033470	rs7087728	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=224;SC=GCAGCCAGGCGTCTGGGGAAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=82033478;WS=82033460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	82033594	rs2993763	G	A	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=30;PP=1484;SC=CGAAATGGCCGTAGCATGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=82033602;WS=82033584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	82034262	rs2994388	G	A	10452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=214;NR=154;PP=2965;SC=TAATAGCAGCGCATGGCACTT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=214;TCR=154;TR=368;WE=82034270;WS=82034252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr10	82034842	rs10887711	A	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=10;PP=1088;SC=CAGCATATGCAGCTGAGCGGT;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	82034854	rs10788546	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=14;PP=1443;SC=CTGAGCGGTCTACCTTGGTGT;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	82040052	rs1143694	A	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=71;PP=2196;SC=TCTCGTCGGTAGCATAGCCGA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=131;WE=82040060;WS=82040042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	82040346	rs2282367	A	G	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=94;PP=2965;SC=GTGCTAGGACAAGAATCCACC;SOR=1.295;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=166;TCR=94;TR=260;WE=82040354;WS=82040336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	82045254	rs117321518	C	T	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.963;SC=AGGGAGGGATCGGGTGTTTCT;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=84;WE=82045262;WS=82045244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,85:0.59:143
chr10	82049251	rs145126070	T	TTTCTTC,TTTC	2593.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=2,2;NR=46,46;PP=1965,90;SC=TGAGTTTTTTTTTCTTCTTCT;SOR=3.300;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=48,48;WE=82049259;WS=82049241;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:58
chr10	82095968	rs1340383	T	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=15;PP=453;SC=AAGTAAATATTCCTTAATACA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=82095976;WS=82095958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	82098069	rs72815329	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=306;SC=GAATATAATCCGCAACCAGGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=82098077;WS=82098059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	82112488	rs1572819	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=260;SC=GACACCTCCCATTGGGGGTGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=82112496;WS=82112478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	82126808	rs1047952	C	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=263;SC=AAGGCAAGTTCAGGGACTCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=82126816;WS=82126798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	82182296	rs1870142	G	A	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=73;PP=2543;SC=TTCAGAGAAAGGGATCCTGGC;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=139;WE=82182304;WS=82182286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	82182405	.	C	CT	633	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=58.7;NF=0;NR=15;PP=633;QD=46.4563840314;SC=CTAGGTATTTCTTTGATTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=82182427;WS=82182395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,15:0.79:19
chr10	82185828	rs77000305	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=24;PP=677;SC=GTGATAGTCAGGTGGCCCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=82185836;WS=82185818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	82191643	rs6585994	A	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=89;NR=43;PP=2709;SC=GTCCTTTGCTATTCAAGCAAA;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=132;WE=82191651;WS=82191633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	82269238	rs10785897	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=38;PP=1138;SC=GTAAGCACCTCCCCAGCGGGC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=82269246;WS=82269228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	82329805	rs76371919	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTGGATGACAATGTTCCATAG;SOR=0.404;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=14;WE=82329813;WS=82329795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr10	82363340	rs7069048	C	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=607;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TCCAGTGCGCCGGTCCAAGGC;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=41;WE=82363348;WS=82363330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr10	82363404	rs7075840	A	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=797;ReadPosRankSum=1.308;SC=GAGTACCGACACCACTCGCTC;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=55;WE=82363412;WS=82363394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr10	82369202	rs12243537	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GCGCCCGCTGCGCCCAGTCTC;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=70;WE=82369210;WS=82369192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr10	82369411	rs74143200	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=637;ReadPosRankSum=1.449;SC=AGGGGGCAGAGGACTTTAAGC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=34;WE=82369419;WS=82369401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr10	82394019	rs71310969	G	GT	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=1.058;SC=GTGTTTTTTTGTTTTTTTCTA;SOR=0.522;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=16;WE=82394027;WS=82394009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
chr10	83635874	.	T	G	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=98;PP=2686;ReadPosRankSum=0.289;SC=TTCTTCCTCCTCCGCTACCAC;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=131;TCR=150;TR=181;WE=83635882;WS=83635864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,189:0.65:290
chr10	83637775	rs1884282	C	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=590;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGACTACACACGGTAGGGGTA;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=48;WE=83637783;WS=83637765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,50:0.35:141
chr10	84625107	rs478010	C	T	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=2041;ReadPosRankSum=-1.072;SC=ATGTATAGAGCTTTTTCTAAC;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=119;TCR=80;TR=128;WE=84625115;WS=84625097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,134:0.64:208
chr10	84711147	rs4933861	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.172;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr10	84739018	rs78638961	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTTGTTCTACAAAAGGTGAAC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=84739026;WS=84739008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	84745256	rs2295933	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=699;ReadPosRankSum=-0.502;SC=ACAGTGCAAGCGAAAACACAG;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=56;WE=84745264;WS=84745246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr10	85902394	rs3816716	G	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=763;ReadPosRankSum=0.953;SC=ACGTGTCTTTGTTTGCATGTG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=58;WE=85902402;WS=85902384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,61:0.34:182
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chr10	85944313	.	ATTTTTTTTT	TTTTTTTTTA,TTTTTTTTTT	1071	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=59.93;NF=42,57;NR=17,24;PP=1071,277;QD=19.05877754;SC=TTGCTTTGAAATTTTTTTTTA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=59,81;WE=85944330;WS=85944303;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.72:82
chr10	85944322	rs35568118	T	A	1652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr10	85955440	rs11592361	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CAAGTTGCTGCGCGCGCCCGG;SOR=1.586;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=49;WE=85955448;WS=85955430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr10	85957681	rs11200915	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-1.390;SC=CCAAGCCTTCATGGGGGCTTT;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=85957689;WS=85957671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr10	85958658	rs59594596	A	AAG	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.077;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr10	85958739	rs11200917	T	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.032;NF=45;NR=34;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.550;SC=CCATTCATCCTTCAGAAGGTC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=79;WE=85958747;WS=85958729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,87:0.66:132
chr10	85960274	rs11200920	A	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=606;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CCCCGACCCCACTGCTGCATG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=43;WE=85960282;WS=85960264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr10	85960296	rs10788334	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CCCTATGCCTCTGTCCCCCTG;SOR=0.971;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=66;WE=85960304;WS=85960286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr10	85960395	rs4933975	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1152;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGGTCCATGCAGTGGACAGGG;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=80;WE=85960403;WS=85960385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
chr10	85961758	rs11200922	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=940;ReadPosRankSum=-1.564;SC=GGGGAGTGGGAGCAGTTTGGA;SOR=0.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=57;WE=85961766;WS=85961748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr10	85962650	rs7073076	T	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=1021;ReadPosRankSum=0.574;SC=CAGCCATAGGTGGCAGAAGCC;SOR=0.523;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=56;WE=85962658;WS=85962640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr10	85965819	rs10788335	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GAGCACCTGCACCAGACATGA;SOR=1.508;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=85965827;WS=85965809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	85974236	rs3814213	T	C	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.074;SC=CCGTGCCTACTGTCTCTGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=139;TCR=181;TR=211;WE=85974244;WS=85974226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,219:0.65:335
chr10	85974381	rs3814212	A	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CTTCTAGTGTATGCCCTATGA;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=92;WE=85974389;WS=85974371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,99:0.69:143
chr10	85978809	rs4562752	T	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=522;ReadPosRankSum=0.988;SC=AGAACACTAATGTACTATTAT;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=23;WE=85978817;WS=85978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr10	85978939	rs4244947	G	A	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=95;PP=2741;ReadPosRankSum=2.218;SC=GCCAGGGTCTGTTCTTGCATC;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=193;WE=85978947;WS=85978929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,203:0.70:291
chr10	85981801	rs6585847	T	G	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=70;PP=2287;ReadPosRankSum=-0.003;SC=GCTGCAGGGGTGCAGCTGGGG;SOR=0.989;Source=Platypus;TCR=112;WE=85981809;WS=85981791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,129:0.61:213
chr10	85981842	rs12217769	A	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GCCGCGCAGGACCCACTTGCT;SOR=0.497;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=91;WE=85981850;WS=85981832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr10	85981889	rs12218853	G	A	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1740;ReadPosRankSum=0.477;SC=AGGCATAGGCGCCCACAGGCA;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=104;WE=85981897;WS=85981879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr10	85982093	rs41291372	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=463;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TGATTCCGGGGCCAATGTGAA;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=46;WE=85982101;WS=85982083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,51:0.29:178
chr10	85984323	rs11200925	G	A	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1994;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ATGACTGGGAGGGTAATGGAC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=114;WE=85984331;WS=85984313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,119:0.66:179
chr10	85984423	rs11200926	C	T	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2142;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GAATCTCAGCCCCACAGTCAG;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=129;WE=85984431;WS=85984413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,134:0.69:194
chr10	85984723	rs11200928	G	A	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1450;ReadPosRankSum=0.749;SC=TGTTAAAATTGAGCCAGAGGT;SOR=0.585;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=91;WE=85984731;WS=85984713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,96:0.66:145
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chr10	85993836	rs4933986	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=419;SC=TACCTGTACCATTAAGGGGCC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=85993844;WS=85993826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr10	88024443	rs2607863	T	C	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=40;PP=1787;SC=CCATGTCCCATGCAGGAGCCG;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=110;WE=88024451;WS=88024433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	88024553	rs10887569	C	T	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=ACCTCCCACACGCTCGTCTGT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=231;WE=88024561;WS=88024543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	88125921	rs10887587	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=2.468;SC=CGGTGCACAGCTCCTCCGCCG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=8;WE=88125929;WS=88125911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr10	88126056	rs11202000	T	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=59;PP=2251;SC=CGGCCCGGCCTCCAGCCGCGC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=135;WE=88126064;WS=88126046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	88197724	.	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=472;ReadPosRankSum=0.278;SC=TCTGTCATTATTGAAAAGTCT;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=39;WE=88197744;WS=88197714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr10	88203068	rs7094132	T	C	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=69;PP=2185;SC=GAAGTAGTGCTGTGTAGGAGG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=145;WE=88203076;WS=88203058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	88203208	rs7094269	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=539;SC=ATCTTTACTTTAAAACTGCTA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=88203216;WS=88203198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	88213604	rs6586011	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=474;ReadPosRankSum=0.365;SC=AAGGAAATAAAATATAGACTA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=26;WE=88213612;WS=88213594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr10	88220866	rs7922658	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=471;SC=TTTTGAAGTACGTCAATGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=88220874;WS=88220856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	88230874	rs2288362	G	A	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=82;PP=2490;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CAAGAAAATAGAGCAGGTTAG;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=126;WE=88230882;WS=88230864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr10	88233628	rs3758520	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=0.227;SC=AAGTACAGTTCACTTACTGTG;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=26;WE=88233636;WS=88233618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr10	88256943	rs4934215	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=14;PP=1005;SC=AAATCACTGACAGTGCTTTAC;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=88256951;WS=88256933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	88277457	rs10887621	C	T	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=93;PP=2824;ReadPosRankSum=0.631;SC=GTGTCTTCAACGACCACATGA;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=310;TCF=164;TCR=146;TR=192;WE=88277465;WS=88277447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,206:0.62:330
chr10	88281344	rs2289738	C	G	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr10	88281344	.	CCA	GCG	1087	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=26;NR=33;PP=1087;QD=19.3299639807;SC=CCGGCCGGGCCCAGGCCTAGC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=59;WE=88281354;WS=88281334;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr10	88281346	rs4934218	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.55;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	88414570	rs11202106	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1212;ReadPosRankSum=1.085;SC=CAAGAGTCCCGCCCAGCCCAA;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=78;WE=88414578;WS=88414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr10	88417724	rs10788521	C	T	60.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.8061;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CTGAGGGGTGCGGGAAGCTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=88417732;WS=88417714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr10	88422116	rs1079610	C	T	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1399;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TCCACGCTGACCAGCCACACC;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=93;WE=88422124;WS=88422106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,97:0.72:134
chr10	88422151	rs3740337	C	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GATCTCCATACGGAGGCGCCA;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=89;WE=88422159;WS=88422141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,92:0.73:126
chr10	88423772	rs34715539	CAT	C	2851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.320;NF=10;NR=44;PP=2015;ReadPosRankSum=1.771;SC=ATGGTCTGCACATGTGTGTGT;SOR=0.501;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=82;TCF=10;TCR=72;TR=54;WE=88423781;WS=88423762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,80:0.66:122
chr10	88426350	rs17425484	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=1.477;SC=CCACCTCAAACTGCAAGGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=17;WE=88426358;WS=88426340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	88428335	rs2803558	T	C	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=2027;SC=CAGGCAAGGCTGGGGGTCAGG;SOR=1.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=88428343;WS=88428325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	88439005	rs4468255	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=985;ReadPosRankSum=1.528;SC=TGGCCGTAGCGAATGAAAAAC;SOR=0.281;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=51;WE=88439024;WS=88438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr10	88445385	rs3740345	G	C	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=87;PP=2965;SC=ACTGCCCCTGGTGGAGCCTCT;SOR=1.297;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=149;TCR=88;TR=236;WE=88445393;WS=88445375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	88458996	rs139252694	TTCTCTC	T,TTCTC	3472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.72;ReadPosRankSum=1.191;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,75,26:0.73,0.25:103
chr10	88486102	rs34647099	CT	C	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.868;NF=1;NR=14;PP=540;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCTTGCCACGCTAGCTTTCTG;SOR=1.044;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=88486110;WS=88486092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr10	88492235	rs7916248	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.872;NF=19;NR=8;PP=472;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CCTTTTCTCTAGAATGCATGG;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=27;WE=88492243;WS=88492225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr10	88492253	rs71487280	CTGTTTGTT	C	983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.856;NF=5;NR=9;PP=2255;ReadPosRankSum=0.821;SC=TGGGGCAAGGCTGTTTGTTTG;SOR=0.761;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=14;WE=88492268;WS=88492243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr10	88492362	rs7899324	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GGGTTCAAGAGATTCTTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=88492370;WS=88492352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	88492409	rs7899337	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CAGGCACATGGCAACATGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=88492417;WS=88492399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	88635779	rs11528010	C	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.762;NF=20;NR=2;PP=437;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TTGAACAATGCCTCAGCTATA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=22;WE=88635787;WS=88635769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	88676749	rs112738256	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr10	88683122	rs7074064	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=-1.558;SC=TGTTTTCTCATTCCCTTATAG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=16;WE=88683130;WS=88683112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	88702350	rs4934281	G	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=67;PP=2156;SC=TGGAGGCCGTGAAGGGAGGCG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=99;WE=88702358;WS=88702340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	88717140	rs4244973	T	A	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=16;PP=699;SC=CTTACCGTCCTACGGGGTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=88717162;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	88717154	rs3750823	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=18;PP=889;SC=GGGTCCTTGCCGGTGTCCTCA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=88717162;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	88718436	rs1800373	A	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=10;PP=598;SC=CTGCAGCAGCACAACCCTGCA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=88718444;WS=88718426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	88730106	rs2279602	C	T	8231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=119;PP=2965;SC=CACATCCTCTCCTCTGCAGAG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=160;TCR=119;TR=279;WE=88730114;WS=88730096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr10	88730177	rs2279601	A	G	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=137;PP=2965;SC=CTAAGCCTACAGGCACTGTGG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=318;WE=88730185;WS=88730167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr10	88730312	rs4869	T	C	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TCTCTGGGATTGGGAAAAAAT;SOR=0.328;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=142;TCR=170;TR=311;WE=88730320;WS=88730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr10	88730374	rs7960	C	T	6393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CCTGAAATGACAGCAGGGAGA;SOR=0.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=98;TCR=116;TR=213;WE=88730382;WS=88730364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr10	88768253	rs2641563	A	G	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=135;PP=2965;SC=ACCCACGCCCATTTGCAAGCA;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=116;TCR=135;TR=251;WE=88768261;WS=88768243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	88768657	rs1745901	C	T	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=91;PP=2965;SC=CCAATTCAGACATCGGGCTGG;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=119;TCR=92;TR=210;WE=88768665;WS=88768647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	88930249	rs11202365	A	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1468;ReadPosRankSum=0.276;SC=CAGTGTAGTTAGTGAAGTTGT;SOR=0.486;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=91;WE=88930257;WS=88930239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,92:0.68:135
chr10	88935590	rs11202370	C	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=176;SC=TAATCTGATACTAAGCCTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=88935598;WS=88935580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	88939962	rs7081609	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=56;PP=1755;SC=TATATACTGGTTGTGCAAAAT;SOR=1.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=83;WE=88939970;WS=88939952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr10	89267957	rs3843597	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=0.892;SC=AGTTTCCTGACCAATATGTGC;SOR=0.537;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=25;WE=89267965;WS=89267947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
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chr10	89420587	.	A	C	438	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=24;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=19;MQ=57.35;NF=10;NR=2;PP=438;QD=39.3976010456;SC=AAAAAAAAAAAAAAACCGGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=89420595;WS=89420554;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
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chr10	89420898	rs10595979	TAA	T	91.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=6.990;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=1.282;SC=GGGAGAGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=89420907;WS=89420888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	89469083	.	CAT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=0.478;SC=ATGTCATGTTCATATATATAT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=8;WE=89469092;WS=89469073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr10	90069353	rs12572813	C	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=78;PP=2209;ReadPosRankSum=0.300;SC=CCTGAAGGAGCCAAATGGAAA;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=135;WE=90069361;WS=90069343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,145:0.76:191
chr10	90074140	rs11202710	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr10	90342837	rs2296545	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,129:0.29:446
chr10	90350888	rs10694823	G	GGTTT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr10	90354589	rs11202781	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=0.361;SC=AAGGTTGTGCATATACTTCTT;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=29;WE=90354597;WS=90354579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr10	90356598	rs1409136	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr10	90425327	rs814624	T	C	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1548;ReadPosRankSum=2.251;SC=GTAGGTTAAGTGTCCTCACTT;SOR=0.867;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=123;WE=90425335;WS=90425317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,137:0.65:210
chr10	90425396	rs17333720	C	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1017;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGATGAAAGCCTCTGGTTTGA;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=66;WE=90425404;WS=90425386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr10	90429783	rs17333810	C	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=1.400;SC=TGTTAGCAACCACACTAATTG;SOR=1.036;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=39;WE=90429791;WS=90429773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr10	90484243	rs376036	C	T	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=11;PP=663;SC=AATTTCACTTCGTAGAATTTA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=90484251;WS=90484233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	90484420	rs56390975	C	A	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=819;SC=GTCATTTATTCAGAAAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	90484422	rs11358016	GA	G	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.29;NF=1;NR=22;PP=707;SC=CATTTATTCAGAAAAAAATGC;SOR=2.432;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	90486793	rs407433	T	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=296;SC=GGAGAAAAATTATCGCCCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=90486801;WS=90486783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	90530660	rs10788611	C	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=12;PP=688;SC=ATAGCTTCTACCAAAATCTGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=90530668;WS=90530650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	90534698	rs303471	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=22;SC=GTTGAGCCCCGTTTGTCATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=90534706;WS=90534688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	90534759	rs11202849	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.068;SC=CCCTATTTTCGTCCTAGCATA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=90534767;WS=90534749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr10	90574222	rs303524	C	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=760;SC=AACCTGGTGTCGGGGGGAGCT;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=90574230;WS=90574212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr10	90680951	rs139970435	T	TA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=2.646;SC=TGGTAAAAACTAAAAAAAAAC;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=7;WE=90680959;WS=90680941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr10	90974676	.	G	A	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1626;ReadPosRankSum=1.671;SC=CTCCCATTCCGGAATGCTCTC;SOR=0.934;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=100;WE=90974684;WS=90974666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,103:0.66:155
chr10	91007470	rs2250781	C	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=421;ReadPosRankSum=0.079;SC=ATTCTGGTAACTTAATGCTCC;SOR=0.333;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=29;WE=91007478;WS=91007460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr10	91065949	rs17468739	A	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,71:0.32:221
chr10	91066075	rs2070845	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,68:0.26:265
chr10	91066460	rs954439	T	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=657;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TAACAGATGTTCTTCGCAGTG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=60;WE=91066468;WS=91066450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,65:0.31:212
chr10	91066769	rs1727	C	A	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=80;PP=2965;SC=AGTATGAAGACGCAGAGTATT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=165;WE=91066777;WS=91066759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	91099630	rs3780878	T	C	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AGAATGTATCTGAAAATCTGC;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=84;WE=91099638;WS=91099620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
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chr10	91137826	rs304504	T	C	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=913;ReadPosRankSum=-1.118;SC=ACTCTGTGGATGAACCTTGAA;SOR=0.646;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=76;WE=91137834;WS=91137816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,77:0.32:237
chr10	91143529	rs304494	T	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.193;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1078;ReadPosRankSum=0.660;SC=CGAAGTGTGGTGGAAAGAATT;SOR=0.281;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=214;TCF=130;TCR=84;TR=78;WE=91143537;WS=91143519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,82:0.37:222
chr10	91162497	rs303211	A	G	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=84;PP=2965;SC=GTGGAGGAAAAAATTATGAAC;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=91162505;WS=91162487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	91172663	rs304439	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr10	91178000	rs304448	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1309;ReadPosRankSum=0.877;SC=CCAACATGTACGCTGAAGGAG;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=173;TCR=164;TR=102;WE=91178008;WS=91177990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,114:0.32:359
chr10	91352966	rs2296616	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1164;ReadPosRankSum=-2.725;SC=CATTCAACGCGCACATCCGAG;SOR=0.412;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=84;WE=91352974;WS=91352956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,86:0.72:120
chr10	91468925	rs1129777	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-2.003;SC=TTTTTTAAGGCAAACAGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=91468933;WS=91468915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	91476465	rs3740035	T	C	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=57;SC=TAAACACGTTTATCAATACTG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=91476473;WS=91476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	91483908	rs7079174	G	C	317.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-0.179;SC=ATTTTATTTAGTTTTTTAGTT;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=16;WE=91483916;WS=91483898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
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chr10	91488979	rs3758388	A	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=364;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CTAAAGTCTCATATGGAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=28;WE=91488987;WS=91488969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
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chr10	91522689	rs17127001	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CCTGTTCATAGGCACTGCTGT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=91522697;WS=91522679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr10	92631778	rs11544145	G	A	6581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=2.115;SC=CTGCGAGCGGGTTCTGACCTG;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=426;TCF=227;TCR=199;TR=280;WE=92631786;WS=92631768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,292:0.66:443
chr10	92638707	rs75192201	C	CAGT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=242;SC=GCAGAAATGTCAGTATATTAG;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=92638715;WS=92638697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	92662860	rs4568910	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CAAATTAGATATGAGAAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=92662868;WS=92662850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	92663108	rs7089472	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TTTTTTGCGACGTCCCACCTT;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=10;WE=92663116;WS=92663098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr10	92672564	rs3939	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=689;ReadPosRankSum=2.911;SC=GTCTCTTCTCTTGGGCCATGC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=37;WE=92672572;WS=92672554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr10	92676127	rs4933200	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GTTGTCCCCATCTAGATTGAC;SOR=0.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=18;WE=92676135;WS=92676117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr10	92676187	.	ATG	A	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=88;QD=23.5;SC=GCTAAATTACATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=4;WE=92676196;WS=92676177;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,4:0.21:19
chr10	92678740	rs72003210	AATAAATAAATATATATAT	A	4065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=23;PP=2979;SC=CTAAAGCCAAAATAAATAAAT;SOR=1.364;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=56;WE=92678773;WS=92678730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	92678765	rs56177217	A	G	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.53;NF=54;NR=30;PP=2167;SC=ATATATATATATATATATAGC;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=84;WE=92678773;WS=92678730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	92680929	rs10881855	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=585;SC=TAACACTCCCACCCCCATTAG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=92680937;WS=92680919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	93000211	rs10881907	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=417;ReadPosRankSum=1.712;SC=CATATGATGCGTTTTAACCTA;SOR=1.161;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=27;WE=93000219;WS=93000201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr10	93170250	rs7081569	C	G	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=61;PP=2346;SC=GGTGGCGGCGCCCGCGCCTGA;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=93170258;WS=93170240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	93170365	rs71025355	CG	C	2307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=36;PP=1604;SC=TCTGGCGCCCCGGACGGCGGG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=39;WE=93170373;WS=93170355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	93272233	rs140079267	T	G	355.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CTCAAAACACTTTGACAAAGC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=93272241;WS=93272223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	93572984	rs11186694	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TTTACTTTTCCGACTTTTACT;SOR=0.184;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=23;WE=93572992;WS=93572974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr10	93577103	rs1539040	A	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.972;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr10	93577141	rs1539041	T	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=293;SC=GCTGACATTTTATTCTCCTCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=93577149;WS=93577131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	93579117	.	C	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=20;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=15;MQ=57.6;NF=0;NR=3;PP=20;QD=18.2570708491;SC=TTAACTTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=3;WE=93579125;WS=93579107;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr10	93582248	rs61874701	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GTATTTATAAGCATTATAAAA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=93582256;WS=93582238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	93588201	rs1572933	G	C	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=41.97;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	93588208	rs1572934	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=46.08;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	93588247	rs3832677	AT	A	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.761;NF=0;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=1.489;SC=TAGAACTAGCATTTTTTTGAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15;WE=93588255;WS=93588237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr10	93593527	rs1770474	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AGACTTAAAAGTAGTAAAAAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=93593535;WS=93593517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	93600297	rs111962010	ATGTTG	A	1940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.651;NF=19;NR=10;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AGTATCATGTATGTTGTGTTT;SOR=1.217;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=29;WE=93600309;WS=93600287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr10	93601285	rs1772182	G	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=116;SC=CTAGTATAAAGTTAAACTAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=93601293;WS=93601275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr10	93605405	rs1770466	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=327;SC=CATTTCCAGAATAAGTTTGAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=93605413;WS=93605395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	93608035	rs1538831	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=1.722;SC=TGATAGTACTGGCACAAATTG;SOR=0.094;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=93608043;WS=93608025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr10	93608142	rs3758499	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,38:0.26:147
chr10	93611176	rs112177544	A	ATATG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=403;SC=TAATTTAAAAATATGAGAGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=93611184;WS=93611166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	93617306	rs1340420	A	G	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=84;PP=2811;SC=CCTCCCCACCAACTCTACCAC;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=151;WE=93617314;WS=93617296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	93668140	rs11186740	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=666;ReadPosRankSum=1.076;SC=GGGGTTTTCTTTGGGCGGTGC;SOR=1.238;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=49;WE=93668148;WS=93668130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,54:0.35:153
chr10	93668408	rs10881994	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=0.599;SC=CAGAAGTGCGCGCGGCGAGCG;SOR=1.012;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=20;WE=93668416;WS=93668398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr10	93702171	.	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=52.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.464;SOR=6.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr10	93716899	rs7894570	G	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=201;SC=ACTAGACCTAGAAATAAAATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=93716907;WS=93716889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	93719475	.	A	ATG,ATGTG	132.50	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=1;NR=0;PP=63;SC=TGTTAAAAAAATGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=1;WE=93719483;WS=93719465;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.75:4
chr10	93719499	rs28696856	A	G	95.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	93719501	rs369413838	A	G	95.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	93754163	rs10882014	G	A	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=143;SC=TAAGGTCATGGCATTTAATTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=93754171;WS=93754157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	93768096	rs11186794	G	C	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	93778520	rs140447601	CT	C	2990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=32;PP=1406;SC=CTCATATATACTTTTTTTTTC;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=69;WE=93778528;WS=93778510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	93786557	rs61876492	A	C	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=2549;ReadPosRankSum=1.998;SC=ATGAAAATATACTCCCCCAGA;SOR=0.568;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=129;WE=93786565;WS=93786547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr10	93812334	rs1711841	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=716;SC=ACTGGATGGTGGTTGAGAGCA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=93812342;WS=93812324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	93841227	rs2676811	A	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.195;QD=25.07;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr10	93851714	rs1229578	T	C	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=69;PP=1929;SC=GAAAAAAAGTTGTTTACTTGG;SOR=1.224;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=117;WE=93851722;WS=93851704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	93870699	rs1557178	C	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=785;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GAAAGTCCAACTCTACTGCAT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=93870707;WS=93870689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr10	93999850	rs3824734	A	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=111;PP=2965;SC=GCTGCTGAGGAGGCTGATGGA;SOR=1.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=57;TCR=111;TR=168;WE=93999858;WS=93999840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	94051175	rs139889315	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=715;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ACTCCGCCGCCTCTCAGTGCT;SOR=0.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=41;WE=94051183;WS=94051165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr10	94229912	rs4646957	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CTAATGTGTTCCTTATCACAC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=60;WE=94229920;WS=94229902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr10	94274809	rs17875327	A	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.461;SC=CCTGGAAGGGAAGAAAAGGGA;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=64;WE=94274817;WS=94274799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,66:0.74:89
chr10	94294291	rs4646955	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=441;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TATTAATGTGATAAGTACACA;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=24;WE=94294299;WS=94294281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr10	94369023	.	CAGAGAG	C	465	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=16;MQ=56.57;NF=3;NR=2;PP=465;QD=93.6;SC=TTTGAGAAGTCAGAGAGAGAG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=94369036;WS=94369013;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr10	94388744	.	AT	A	37.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	94407865	rs34357393	CA	C	30.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	94409800	rs6583833	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.230;SC=CTTGATGTGGCTGACTTCATG;SOR=1.284;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=11;WE=94409808;WS=94409790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	94490174	rs2488075	T	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,90:0.69:131
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chr10	94511683	rs2096177	G	T	10457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=215;NR=163;PP=2965;SC=ATATTTGTATGAAGGCTGCAG;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=215;TCR=163;TR=378;WE=94511691;WS=94511673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr10	94594416	rs11408607	A	AT	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	94594565	rs2490741	G	A	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=82;PP=2155;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CGAACTGCCTGTTGAAGCTAC;SOR=0.956;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=219;TCF=100;TCR=119;TR=146;WE=94594573;WS=94594555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,152:0.67:226
chr10	94695555	rs1326330	G	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=0.058;SC=TTTTGTTTGTGTGTTTCCACC;SOR=0.950;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=57;WE=94695563;WS=94695545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr10	94695617	rs1326331	C	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=37;PP=1350;SC=AAGAATCTTACTGTAATATTT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=94695625;WS=94695607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	94816807	rs60582805	G	GA	2028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=50;PP=2215;SC=AGTATATTCTGAAACTTTTTT;SOR=2.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=53;WE=94816815;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	94816859	rs12783274	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=-0.723;SC=ATAAACTGAAGAACTAGAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=17;WE=94816867;WS=94816849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	94820860	rs1538648	A	G	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GTCTGTTTTTAGAACAGAGTT;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=107;WE=94820868;WS=94820850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,114:0.61:186
chr10	94822686	rs55843714	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1739;ReadPosRankSum=3.044;SC=TGGCCCGGACCTTCGAGCAGC;SOR=0.515;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=111;WE=94822694;WS=94822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,117:0.66:178
chr10	94822895	rs12263200	G	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=15;PP=556;SC=GGTGGGAGGCGTTGTGGCGGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=94822903;WS=94822885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	95070037	rs2761286	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=974;SC=GTCAAGAAAAAATACTGTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=95070045;WS=95070027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	95070080	rs2797581	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=481;SC=CTTTAACCTACGACAGCTTCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=95070088;WS=95070070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	95070526	rs787661	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=627;SC=ATTGCCTTCAGTTTTCCTCAA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=95070534;WS=95070516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	95072906	rs787666	T	C	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=62;PP=2949;SC=TCATGTCCAATCTGCATTTCT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=153;WE=95072914;WS=95072896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	95073046	rs787667	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=175;ReadPosRankSum=0.007;SC=GAACGTTCTTATCAGGAGAGA;SOR=0.306;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=20;WE=95073054;WS=95073036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr10	95083204	rs148815470	ATTTC	A	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=439;SC=AGATGAAACTATTTCTTTCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=95083215;WS=95083194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	95089762	rs17477816	T	C	289.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=1.282;SC=TAGTACATACTAGAAATAAGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=95089770;WS=95089752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr10	95095600	rs787689	G	C	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=24;PP=2199;ReadPosRankSum=0.364;SC=CCTCCCTAGAGCCTGGTTGTC;SOR=1.000;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=158;TCF=122;TCR=36;TR=114;WE=95095608;WS=95095590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,122:0.72:169
chr10	95097537	rs1614065	T	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=36;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CAAAGGATGTTGATTCTCCAC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=94;WE=95097545;WS=95097527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,98:0.62:158
chr10	95099822	rs2761330	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.524;NF=8;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=0.803;SC=GGGTGAAAGAGCGAGACTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=95099830;WS=95099812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	95099849	rs2761329	G	A	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.860;NF=20;NR=7;PP=463;ReadPosRankSum=1.294;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATTCTG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=27;WE=95099857;WS=95099839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr10	95111716	rs787624	C	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=506;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GGGCTCTGACCACCTGCCTGG;SOR=0.397;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=26;WE=95111724;WS=95111706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr10	95113491	rs787625	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.264;SC=AAATGACAAAAAGCATTCACT;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=95113499;WS=95113481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	95115339	rs5787054	A	AAAAAT	955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.55;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	95119919	rs787634	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=13.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TCATTCCCATTCAGCTCCTCA;SOR=4.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=95119927;WS=95119909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	95121135	rs151121728	CCA	C	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.017;NF=15;NR=3;PP=738;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CCCCTCCCTCCCAAGGAAACT;SOR=1.255;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=18;WE=95121144;WS=95121125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	95132905	rs787647	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.026;SC=GGAGAGGGACCGAAGACCCTG;SOR=0.110;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=15;WE=95132913;WS=95132895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	95136950	rs787622	A	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.649;SC=AGGACTTTTTACGAAGTTTGA;SOR=0.200;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=8;WE=95136958;WS=95136940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr10	95139526	rs10882229	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=-1.140;SC=TCACTGTACTAAGCACTTTCT;SOR=0.068;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=18;WE=95139534;WS=95139516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	95152624	rs788084	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CTTAATAAGATAATATTAGCT;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=11;WE=95152632;WS=95152614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	95159025	rs701862	T	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	95162113	rs2272177	G	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=0.910;SC=GCCTAAAATAGAGAAGGAGTA;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=26;WE=95162121;WS=95162103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr10	95162496	rs701875	A	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AATATTTTTTAAAAAATTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=95162504;WS=95162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	95162525	rs3841653	TC	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=1.497;SC=AATTCTTTGATCCCCCCCAAA;SOR=0.582;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=6;WE=95162533;WS=95162515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	95164040	rs788088	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=451;SC=GGAATCTGATACTATAATTTT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=95164048;WS=95164030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	95216590	rs17481945	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-2.340;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr10	95216623	rs701882	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.224;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CAAAGTTGAAAAAACAATGAA;SOR=0.262;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=35;WE=95216631;WS=95216613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr10	95237861	rs2096181	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=108;SC=GGTTGTTTATCTTATGTCTAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=95237869;WS=95237851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	95237899	rs58873758	ATAT	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	95237963	rs3938769	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	95238050	rs6583893	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=25;PP=698;SC=CCTGGCTGTCCGCATGGAACT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=95238058;WS=95238040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	95241999	rs947597	A	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=59;PP=1554;SC=AGTGGAGACTAGGGCGCTGGA;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=95242007;WS=95241989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	95259775	rs41290212	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr10	95262890	rs61865305	T	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=0.740;SC=TCCTTGAGGCTGAGAAGGAGA;SOR=0.606;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=23;WE=95262898;WS=95262880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr10	95262981	rs7080916	A	G	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=94;PP=2965;SC=TAGTACTACCACATTGCTTGA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=210;WE=95262989;WS=95262971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	95266518	rs11187484	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.145;SC=TTTAGTAGAGATGGGTTTTCG;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=95266526;WS=95266516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	95266683	rs947599	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1262;ReadPosRankSum=1.541;SC=ATTATGGTGAATGTAATGAGG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=76;WE=95266691;WS=95266673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr10	95275060	rs76433623	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TATGAGCCATAGAGTTTTTGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=95275068;WS=95275051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	95276673	rs4919224	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=326;SC=GAGTTGTGCCGTAATGTTGTT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=95276681;WS=95276663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	95278683	rs75139274	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=661;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GAACAAACAAGGGTAGCTCTG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=55;WE=95278691;WS=95278673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,60:0.28:211
chr10	95278829	rs2280605	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=466;ReadPosRankSum=0.826;SC=AAAGACTTCAATAAAAGTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	95278841	rs2280606	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=466;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAAAGTCTTTCTTCTTCAATA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	95279506	rs2293277	A	T	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=68;PP=2281;SC=CATCAATTGCATGTAATTCTT;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=124;WE=95279514;WS=95279496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	95279653	rs7068719	A	G	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=227;SC=ACAGCTTAACACACAGCTAGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=95279661;WS=95279643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	95287643	rs34668129	G	GA	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr10	95347381	rs41290218	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
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chr10	95360650	rs56401591	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=4.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,61:0.26:232
chr10	95361588	rs3758539	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=411;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CGTTAAAACCCTCCCTGTTAA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=14;WE=95361607;WS=95361578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	95361599	rs148948494	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=662;ReadPosRankSum=0.629;SC=TCCCTGTTAAATATTCTCCAG;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=95361607;WS=95361578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr10	95380790	rs1223306	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=526;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TGACAAAGCCGCCCAGAGACA;SOR=1.405;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=29;WE=95380798;WS=95380780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr10	95381773	rs701865	T	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=871;ReadPosRankSum=-1.447;SC=CACGGTTAGATCATATCTGAA;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=79;WE=95381781;WS=95381763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,86:0.40:216
chr10	95386740	rs2785138	C	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=0.176;SC=GCTAGATGGGCCGGGCGCGGT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=95386748;WS=95386730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	95388914	rs2857300	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.312;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=557;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AGCCGTGTAGAAAATCCTCAC;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=33;WE=95388922;WS=95388904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr10	95389041	rs714550	G	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.709;SC=ATGCCCCTGCGGATGAATACT;SOR=0.970;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=72;WE=95389049;WS=95389031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,78:0.36:215
chr10	95389083	rs714549	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=759;ReadPosRankSum=0.142;SC=TCTGGGTCAGACCTCACCTCT;SOR=1.246;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=49;WE=95389091;WS=95389073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr10	95389124	rs714551	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=322;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GGATGCTCTCGCCTCTCCTCC;SOR=1.065;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=26;WE=95389132;WS=95389114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr10	95394455	rs1856563	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=1037;SC=TCCTGTGAATTTATGATTATT;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=95394463;WS=95394445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	95395247	rs616522	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=4.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=506;ReadPosRankSum=-1.167;SC=CCTTTTATCCATTTCAGACTC;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=32;WE=95395255;WS=95395237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr10	95395364	rs3737228	C	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,45:0.28:162
chr10	95400054	rs2275227	C	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AAAAGATGGACTCAGTTTGAA;SOR=0.707;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=95400062;WS=95400044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	95400510	rs12780304	T	C	270.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CTTACCTTCTTAAAGGAAGGT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=95400518;WS=95400508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	95405665	rs3831275	CTA	C	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=532;ReadPosRankSum=0.301;SC=TTGTATGAACCTATGTGTAAT;SOR=1.220;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=14;WE=95405674;WS=95405655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	95405814	rs1409332	C	A	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=80;PP=2201;ReadPosRankSum=0.671;SC=GGTACGTAAACCTCTCTTTAG;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=109;TCR=107;TR=160;WE=95405827;WS=95405804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,168:0.74:226
chr10	95421683	rs2422324	G	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CTTTTTAAAAGTTAAGAGCAT;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=8;WE=95421691;WS=95421678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	95422245	rs10882298	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AAAAAAAGTTATCAGGACAAA;SOR=0.582;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=95422253;WS=95422235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	95432968	rs1572773	T	C	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=28;PP=2329;SC=AAAAATCTGTTTTTGGGCAGT;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=95432976;WS=95432958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	95433124	rs1326214	A	G	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=134;PP=2965;SC=CAGTTCCTCCAACATTCTTCC;SOR=1.155;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=94;TCR=135;TR=226;WE=95433132;WS=95433114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	95441272	rs11187583	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr10	95443644	rs11187585	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TAGGGCATAGCGGACTTCTAA;SOR=0.090;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=95443652;WS=95443634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr10	95444931	rs767701	T	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=0.521;SC=ATTTGAATTTTAAAGTCTATA;SOR=0.826;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=18;WE=95444939;WS=95444921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
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chr10	95552653	rs1111820	T	C	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=105;PP=2837;SC=CGAAGGATTTTGATTGCATCA;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=68;TCR=105;TR=173;WE=95552661;WS=95552643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	95658258	rs11187724	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.336;SC=CCATTTTTCTCAGTTTCTAAG;SOR=2.973;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=10;WE=95658266;WS=95658248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr10	95718474	rs829225	A	G	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=33;PP=1845;SC=TATTTAGGCTATAATGATTAC;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=97;WE=95718482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	95718600	rs11815169	T	C	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.830;NF=64;NR=51;PP=1879;ReadPosRankSum=0.805;SC=TCCTTCTTGCTGTCCTTGGTG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=115;WE=95718608;WS=95718590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,110:0.60:182
chr10	95720490	rs12570608	C	T	3591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.291;NF=77;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.053;SC=AGAGGCTTCTCTCGCTCTTTC;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=140;WE=95720509;WS=95720480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,153:0.64:238
chr10	95720501	rs12571819	T	C	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.423;NF=88;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.577;SC=TCGCTCTTTCTGGGAAGCCCG;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=155;WE=95720509;WS=95720480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,169:0.67:254
chr10	95987313	rs11187825	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=256;SC=AGCCAGGTAACTGGAAATGAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=95987321;WS=95987303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	96013824	rs1408820	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.376;SC=AGGTCTTTACCGGTTTTACCA;SOR=0.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=6;WE=96013832;WS=96013814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr10	96018510	rs4918182	A	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ACAGAATCACAACAGTGGCCT;SOR=0.336;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=14;WE=96018518;WS=96018500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr10	96022618	rs11307441	GT	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=2.122;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr10	96028656	rs142022516	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=0.556;SC=AGGTGCTCACCTGGGGTGGAT;SOR=0.377;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=14;WE=96028664;WS=96028646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	96030458	rs1969867	G	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=1.890;SC=ACAGAGTCTCGCTCTCTCACC;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=14;WE=96030466;WS=96030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	96039597	rs2274224	G	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=39;PP=1366;SC=GCCAACCCCCGACCTGCCAAT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=74;WE=96039605;WS=96039587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	96039708	rs2274225	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.257;SC=CAGGAAAATTCTTGGATGATT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=12;WE=96039716;WS=96039698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr10	96043732	rs7084339	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=93;PP=2965;SC=GTTTCAGATGAGATTCCACTT;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=170;WE=96043740;WS=96043722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	96053239	rs3740365	T	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=20;PP=1374;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GTTTTTGGCTTATTTATTTTC;SOR=1.035;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=86;WE=96053247;WS=96053229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,92:0.66:140
chr10	96058298	rs3765524	C	T	7872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=126;PP=2965;SC=CAGAAACTGACCCAGCACACC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=265;WE=96058306;WS=96058288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr10	96058433	rs17516758	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr10	96064168	rs3818432	C	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=422;SC=TTTGAACTTTCAATTTATAAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=96064176;WS=96064158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr10	96068480	rs11187850	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=44;PP=1218;SC=GTTTCACTCAACATATTTATG;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=96068488;WS=96068470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	96084372	rs3831084	A	AT	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=839;SC=TCTGATACCCATAATTACACT;SOR=2.494;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=96084380;WS=96084362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	96087728	rs3203713	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.160;SC=ATTACAGGTGAAGATCTTTAA;SOR=0.973;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=14;WE=96087736;WS=96087718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr10	96087866	rs11187870	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=3.361;SC=GAAGCAAAATGGCACAGGGCT;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=96087874;WS=96087856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	96098373	rs17517578	C	T	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=784;ReadPosRankSum=0.654;SC=ACCCGCAGAGCATGCAGTTCC;SOR=0.636;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=79;WE=96098381;WS=96098353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,92:0.36:259
chr10	96100119	rs3740359	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAAATGACAACAAACACCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=7;WE=96100127;WS=96100109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	96104086	rs17439123	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	96106025	rs11187894	C	T	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=141;SC=GAAAACATTTCTTTGCAGTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=96106033;WS=96106015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	96106240	rs11187895	G	C	490.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.391;SC=AAATTTTTTTGGTTTATTAAT;SOR=0.116;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=21;WE=96106248;WS=96106230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr10	96109325	rs7085378	C	A	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=171;SC=AAATGTATGCCGACATTGCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=96109333;WS=96109315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	96112233	rs7092226	T	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=172;SC=ATAAAATATGTGTGTCTAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=96112241;WS=96112223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	96114640	rs71482303	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=1.160;SC=TGTATGCTTATAGGTAACAAG;SOR=0.019;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=96114648;WS=96114630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	96116419	rs12771562	GA	AG	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GAAATGCTAGGAGGTGATTAC;SOR=0.693;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=9;WE=96116428;WS=96116409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr10	96117978	rs111938683	CCA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.127;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,23:0.11:217
chr10	96122543	rs7100430	A	G	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=44;PP=2532;SC=CTATCACCCGAAGGGGCCCTA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=124;WE=96122551;WS=96122533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	96163039	rs2477534	C	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=507;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GGGACAGCCCCGCCAGCAGCT;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=32;WE=96163047;WS=96163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr10	96201821	.	A	ATTC	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	96269956	.	TTG	T	2562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.650;NF=4;NR=37;PP=1780;ReadPosRankSum=0.434;SC=TCTAACCAGCTTGTAATTACT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=41;WE=96269965;WS=96269946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr10	96271298	rs2860761	A	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;PP=567;SC=AACTTAGAGAAAATTATTTGT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=96271306;WS=96271288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	96292988	rs12260063	T	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.375;SC=CTGCTGATTTTACATTTTATG;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=96292996;WS=96292978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	96317838	rs200645462	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.630;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	96343623	rs962234	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TCCCATTGTCTTGTTCTACTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=96343631;WS=96343613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	96353422	rs11346357	AT	A	279.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=214;ReadPosRankSum=1.742;SC=TCCATTTTGAATTTTTTTTTT;SOR=2.712;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=20;WE=96353430;WS=96353412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr10	96448129	rs1926706	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TATGGGGTACATGTAATATTT;SOR=0.193;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=96448137;WS=96448119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr10	96466824	rs7904929	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=182;SC=TATGTACTTACCATGTGTATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=96466832;WS=96466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	96534805	.	C	T	5034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.655;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.032;SC=AACTGTATCTCCTTTTCTAGC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=171;TCR=143;TR=216;WE=96534813;WS=96534795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,225:0.70:323
chr10	96698690	rs9332104	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr10	96824738	rs7098376	A	T	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr10	96828323	rs2071426	T	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=21;PP=1112;SC=AGAGAACTTATTGGATGAAAT;SOR=1.276;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=63;WE=96828331;WS=96828313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr10	96954479	rs592055	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.74;ReadPosRankSum=0.228;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr10	96954511	rs681838	T	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=504;SC=ATGAGATTCATATCCCATCTA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=96954519;WS=96954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	96961184	rs602941	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=636;SC=CTGTTTCTGAGTTATTTCCCA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=96961192;WS=96961174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	96966954	rs58102963	GT	G	3836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=51;PP=2471;SC=TTCTTTTGTGGTTTTTTTCAG;SOR=1.138;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=88;WE=96966962;WS=96966944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	96970361	rs16872	A	C	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=74;PP=2853;SC=ACTTAATCAGAGAACCTAAAT;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=181;WE=96970369;WS=96970351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	96972889	rs17524438	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=76;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TCCATATCTTGACCCAGAACA;SOR=0.202;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=9;WE=96972897;WS=96972879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr10	96974518	rs595478	A	T	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=228;SC=TATTGGAATAACTGCATCATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=96974526;WS=96974508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	96974552	rs595420	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=650;SC=TTCTAACAGACCTGTTATTGG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=96974560;WS=96974542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	96974803	rs594448	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=70;PP=2381;SC=CACACTGTCAAAGCACTAAGC;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=111;WE=96974811;WS=96974793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	96979504	rs11188228	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.502;SC=CACTCCTGCTTGATTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=96979512;WS=96979494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	96979775	rs11188229	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=0.348;SC=TAAGTGAGCTCTTACAGTTGT;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=18;WE=96979783;WS=96979765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr10	96985198	rs489807	G	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=745;SC=GCTACTAATCGTAGTGCCATT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=96985206;WS=96985188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	96997589	rs1049961	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=520;ReadPosRankSum=0.828;SC=AACCAAAGTAAGCAGAGAACT;SOR=1.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=26;WE=96997597;WS=96997579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr10	96998458	rs2901832	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.654;SC=ATGAGGAAAACACTGTCATTG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=82;WE=96998466;WS=96998448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,87:0.52:166
chr10	96998519	rs2860998	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1192;ReadPosRankSum=2.685;SC=CAGAACCACTTATAAATATAT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=79;WE=96998527;WS=96998509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr10	96998591	rs2901833	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=430;ReadPosRankSum=0.552;SC=AAGTAACTTAGCCTCTCTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=26;WE=96998599;WS=96998581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr10	96998625	rs12778613	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTCTATAAAATAGGAGATTAA;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=96998633;WS=96998615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	96998648	rs2860999	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCTGGCCAAAGAAAAGCCCAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=96998656;WS=96998638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	97023630	rs2296961	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=7.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr10	97096259	.	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=0.305;SC=AGTGCACACGCGGCATGCTGC;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=18;WE=97096267;WS=97096249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr10	97101532	rs2274628	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=628;SC=TTTAAGTGGGGTCAAAGGGTA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=97101540;WS=97101522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	97110879	rs6583995	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=335;SC=GAGAACTAAACTGGCCTACAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=97110887;WS=97110869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	97116219	rs7076888	C	T	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=ACCGCTGAATCAGCTGCTCAA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=97116227;WS=97116209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr10	97127462	rs6583998	C	A	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr10	97137105	rs1536556	A	G	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=70;PP=2306;SC=TACTTACAACACAGTTAACAT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=97137113;WS=97137095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	97141523	rs2274490	G	A	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=111;PP=2965;SC=ATTTTCTTGTGTCTACTTTCT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=202;WE=97141531;WS=97141513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	97154682	rs55688714	A	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=10;PP=1368;SC=AAAAGCCCAAATCTTATGCCT;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=97154690;WS=97154672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	97154698	rs11188311	G	A	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=29;PP=1870;SC=TGCCTACAATGGAACTATAAG;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=99;WE=97154706;WS=97154688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	97156908	rs17110707	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=597;ReadPosRankSum=0.080;SC=CCTAGCAAAGTGAGTTCAGGC;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=61;WE=97156916;WS=97156898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,68:0.30:228
chr10	97157058	rs112372646	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=491;ReadPosRankSum=-1.013;SC=AAAACAAAGGCAAAGAGCAAA;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=30;WE=97157066;WS=97157048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr10	97158713	rs2274489	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TGTACTCAGAGTGTACACTTG;SOR=0.836;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=97158721;WS=97158703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	97165811	rs3818540	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=709;ReadPosRankSum=0.420;SC=AATATCGGGCGGTGACCGGAA;SOR=0.999;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=161;TCF=101;TCR=60;TR=58;WE=97165819;WS=97165801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,59:0.36:165
chr10	97166103	rs2274488	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.290;SC=TCTCCCAGCCTGCCCCGCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=97166111;WS=97166093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	97174164	rs3818539	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CTGTCCTCAGAGCTCAGTGCT;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=27;WE=97174172;WS=97174154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr10	97175465	rs41315247	C	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1286;ReadPosRankSum=0.256;SC=GAGACAAGGCCGGGAGCCGGT;SOR=0.691;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=77;WE=97175473;WS=97175455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,80:0.68:118
chr10	97175752	rs61868669	G	C	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ACCTTTGGGAGCCGATCCAGC;SOR=1.164;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=107;WE=97175760;WS=97175742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,107:0.65:164
chr10	97181855	rs17849163	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=594;ReadPosRankSum=0.898;SC=GGAAAAAATCTCTCACTCACA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=40;WE=97181863;WS=97181845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr10	97192324	rs943542	A	G	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=80;PP=2965;SC=GATTTTTGTAAGATCCATGTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=172;WE=97192332;WS=97192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	97192443	rs116060550	A	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=201;ReadPosRankSum=0.687;SC=ACCTGGTTACAGCCATGCGAA;SOR=1.554;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=18;WE=97192451;WS=97192433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr10	97197066	rs73321246	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=1.196;SC=CTCAGACTCCCGAAATGCAAC;SOR=0.289;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=11;WE=97197074;WS=97197056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr10	97366746	rs7099284	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=289;SC=CCAGCCTCTGCTTCCTGTCCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=97366754;WS=97366736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	97373418	rs139383145	TTATATGGTATGGC	T	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=2967;SC=TTAAACTGCCTTATATGGTAT;SOR=5.353;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=97373438;WS=97373408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	97373754	rs11541780	G	A	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=56;PP=2802;SC=CACTGGCCTCGGAATCCACAT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=132;WE=97373762;WS=97373744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	97373966	rs2296692	A	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=1088;SC=TGACCACACAAAATATAAAAA;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=97373974;WS=97373956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	97385025	rs115728778	A	C	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=21;PP=2021;SC=AAAAATCCTTATCTTTAGGCA;SOR=2.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=94;WE=97385033;WS=97385015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	97392993	rs3750700	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=35;PP=1090;SC=CTGGCAATCCTTTTTCCAAAC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=97393001;WS=97392983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	97397227	rs2275273	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=52;PP=1751;SC=GACTGTAAGTTACCGTACTGT;SOR=1.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=86;WE=97397235;WS=97397217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	97412921	rs9787589	T	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=288;SC=CTCCAGCCTGTGTGACAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=97412929;WS=97412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	97440164	rs188370255	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.140;SC=ATTTGGTTAACAAATGACTGA;SOR=1.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=12;WE=97440172;WS=97440154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	97440394	rs12784530	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=402;SC=AGCATCTGCTTGAATTGCCTG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=97440402;WS=97440384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	97453703	rs41291572	A	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=41;PP=1201;SC=CGCGGTCTCCAATCGCATTGC;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=97453711;WS=97453693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr10	97698338	rs35298116	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GTTAACCAGCGCAAACTGCCA;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=24;WE=97698346;WS=97698328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr10	97698370	rs4918979	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=710;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GCCACGTATTCTAGAAGATGA;SOR=0.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=47;WE=97698378;WS=97698360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr10	97748040	rs7900838	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=853;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GGAGGTATCCGTTTCAGATGT;SOR=1.342;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=53;WE=97748048;WS=97748030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr10	97769856	rs4145209	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TGTCTCTGGAGAGTTCTTTAG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=13;WE=97769864;WS=97769846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr10	97772253	rs3748224	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GAGAACAATACAGTACAATTC;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=97772261;WS=97772243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	97772496	rs10748652	T	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGTAAGTTATTATTATTTTTA;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=15;WE=97772504;WS=97772486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	97778853	rs1414922	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.7323;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=40;SC=TATAAGCCACCACACTCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=97778861;WS=97778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	97779219	rs1414921	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATGGGGCCGGGGCAATCTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=97779227;WS=97779209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	97816420	rs7099399	G	A	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.785;NF=109;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.751;SC=TCACTTGCCTGACATTTTCTC;SOR=0.412;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=354;TCF=190;TCR=164;TR=218;WE=97816428;WS=97816410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,227:0.62:365
chr10	97920099	rs67530050	T	TC	7332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=80;PP=2957;SC=TTGTGAAATGTCTAGGAGAAA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=105;WE=97920107;WS=97920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	97964154	rs10748665	C	T	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.13;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	97964154	.	CGTA	TGTA,TGTG	303	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.02;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=26,12;NR=2,0;PP=303,285;QD=12.063257591;SC=CCTTTTAACACGTAACTGCAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=28,12;WE=97964165;WS=97964135;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.93:30
chr10	97964157	rs2242137	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=2.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr10	97975167	rs3835127	GTA	G	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	97987378	rs34233512	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=80;PP=2437;SC=CTGCCTGGCCGTCAGGACCAT;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=128;WE=97987386;WS=97987368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	97990583	rs727852	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=0.017;SC=CTTCGTCAGCAGGGCTCTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=28;WE=97990591;WS=97990573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr10	98006857	rs2168732	A	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	98007727	rs10882762	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CAGTAAATCTATGCTTTCATT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=4;WE=98007735;WS=98007717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	98007933	rs9663433	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	98007943	rs9664029	T	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.09;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	98064501	rs12772674	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=375;SC=CAGAGGCTTTGTGAACAGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=98064509;WS=98064491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	98078127	rs7081385	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=10;PP=1441;SC=TCACCCACATCGTAGCAGAGA;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=98078135;WS=98078117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	98078239	rs6584066	A	G	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=106;PP=2965;SC=CGAATGCATAAGAGCAGGGAA;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=135;TCR=106;TR=241;WE=98078247;WS=98078229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	98082517	rs7097016	T	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=394;SC=TATTGAAAATTGTTTTTCAGT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=98082525;WS=98082507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	98084231	rs2181320	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=38;PP=1064;SC=TGCAACTCCAATCTGGGAGAG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=98084239;WS=98084221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	98095794	rs10736102	T	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=39;PP=1315;SC=CCCCCGAGCTTTTTTCATGGA;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=98095802;WS=98095784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	98097998	rs2273891	T	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=28;PP=841;SC=GTTGTCAACATTTTTTTCCTA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=98098006;WS=98097988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	98105622	rs3814224	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=749;SC=CTTGGCATCTTTCCTCTCCAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=98105630;WS=98105612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	98105673	rs3841416	TCTG	T	3375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=16;PP=1987;SC=CAGTGCCAGGTCTGCTGCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=38;WE=98105683;WS=98105663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	98113272	rs12572329	A	G	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=95;PP=2965;SC=GGCAAAGCAAAATGGTTGGTT;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=120;TCR=95;TR=215;WE=98113280;WS=98113262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	98113333	rs12571241	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=91;PP=2484;SC=AGAAATGAGCTGTTAACCAAG;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=144;WE=98113341;WS=98113323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	98116076	rs2861575	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=375;SC=ACAATGCATTCATTAAGTTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=98116084;WS=98116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	98133282	rs77173980	G	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=818;SC=AGTCCTTGTCGTGCCTTCACC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=98133290;WS=98133272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	98133483	rs61741039	G	A	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=71;PP=2507;SC=CCAGAATGGGGGCCAGGCTGT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=128;WE=98133491;WS=98133473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	98138978	rs28438557	G	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=551;SC=CCCTCTGATTGTTCCCTCACT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=98138986;WS=98138968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	98144312	rs7085022	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=780;SC=CCTCACTCGCGCTGCATCAGC;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=98144320;WS=98144302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	98146654	rs12252784	C	G	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=86;PP=2965;SC=GCCCCACTTCCCCAAAGACTT;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=134;TCR=86;TR=220;WE=98146662;WS=98146644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr10	98157244	.	T	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=1.150;SC=CACAATAATGTGTGACTTAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=98157252;WS=98157234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	98180613	rs3789951	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=283;SC=GCCGTGCTAGAAGCATGCAGA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=98180621;WS=98180603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	98180644	rs3789952	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=509;SC=CCGCAGACCTCCAGGAATCCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=98180652;WS=98180634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	98180958	rs3789954	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=749;SC=CTTGTAGTGGTTCTTGTTGTT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=98180966;WS=98180948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	98240035	rs2281801	A	T	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=147;SC=TGACTCGTGGACCACATCTCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=98240043;WS=98240025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	98240382	rs243	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=370;SC=TGGAGGCAGAGGAACAGCAGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=98240390;WS=98240372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	98281896	rs78610910	G	C	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=1882;ReadPosRankSum=2.083;SC=CGACGAAAGAGAGACCCACAA;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=108;WE=98281904;WS=98281886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,113:0.71:159
chr10	98287094	rs10786298	T	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=15;PP=664;SC=TACTTTCAACTTAAGGCCTTA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=98287102;WS=98287084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	98287261	rs3789957	G	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=26;PP=889;SC=TGCCTGGTGGGGGGAGGGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=98287269;WS=98287251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	98312891	rs10736113	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=24;PP=787;SC=TGAGGACAACCGGATGTTAAT;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=98312899;WS=98312881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	98319236	rs10128106	G	T	158.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=118;SC=GGAAGTTTTTGATTGCTCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=98319244;WS=98319226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	98319367	rs3818389	A	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=18;PP=807;SC=ATGTTTGTTGAACGAATTGGT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=98319375;WS=98319357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	98319503	rs3818390	A	T	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=516;SC=CCTAAAAAAAATTTTTTCATT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=98319511;WS=98319493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	98321928	rs7094142	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=225;SC=TACAAGGTAAAACCACTTAAT;SOR=2.147;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=98321936;WS=98321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	98346411	rs11188836	A	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=410;SC=GCCGCCGGGCACTCCAGGCTG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=98346419;WS=98346401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	98380277	rs3748234	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=381;SC=CATATATACTCGACTGGGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=98380285;WS=98380267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr10	98383329	rs4917745	G	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=34;PP=1001;SC=TACTGAAAAAGTATCAAAATC;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=98383337;WS=98383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr10	98797351	rs2805586	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=27;PP=1557;SC=GAAAAGAAGCAGGATCTGCCC;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=98797359;WS=98797341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	98797647	rs34707456	G	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TAGGCCACACGATGGGCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=98797655;WS=98797637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	98808866	rs2805588	C	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=120;PP=2965;SC=AAGGGTTCTGCGCCAGGTGCC;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=206;WE=98808874;WS=98808856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	98816786	rs2817675	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=1.191;SC=CTCTACCTCCTTCTCTAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=98816794;WS=98816776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr10	98817687	rs7914872	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=697;ReadPosRankSum=1.762;SC=CAATATCATAATCGGACCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=52;WE=98817695;WS=98817677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr10	98819317	rs2817676	A	G	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GAGAGGGGGCATCTGAATCCC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=98;WE=98819325;WS=98819307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,104:0.63:166
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chr10	98923361	rs2636772	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=27;PP=618;SC=CACAGGCCTATGCCTGGCCTG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=98923369;WS=98923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	98979111	rs10714841	AT	A	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=154;SC=TTATATGTGGATTTTTCGACT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=98979119;WS=98979101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	98988759	rs1468069	A	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=368;SC=CTGGTGAATGAACTCAAGGGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=98988767;WS=98988753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr10	99003613	rs793528	A	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=303;ReadPosRankSum=1.143;SC=GACAAGCCTGATTTCTCAGCT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=99003621;WS=99003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	99019144	rs3740522	C	T	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=69;PP=2965;SC=CTTTACTCTTCCCGTCAACAC;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=178;WE=99019152;WS=99019134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	99019177	rs2253301	A	G	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=95;PP=2965;SC=GCCACAGGACATGGGGTGCAA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=211;WE=99019185;WS=99019167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	99025611	rs10882884	T	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=779;SC=CAAACACATCTCCTACCCTTT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=99025619;WS=99025601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	99079023	rs11189127	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=2;PP=112;SC=GAGCCGGCAGGATTCCGGCTC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=99079031;WS=99079017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	99116903	rs1048445	C	T	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=65;PP=2898;SC=GGAACCTCGCCGGGCAGCCTT;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=160;WE=99116911;WS=99116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr10	99117120	rs10882905	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GCTTCCACACGGCTCATGTCC;SOR=0.267;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=7;WE=99117128;WS=99117110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr10	99125949	rs2275580	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,64:0.36:177
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chr10	99130127	rs3737194	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GCCAGGGCACAGAGCTCTCCC;SOR=0.530;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=59;WE=99130135;WS=99130117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr10	99130161	rs149757559	CCCCA	C	2552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.883;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr10	99139600	rs11189174	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	99140511	rs7078004	A	G	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=34;PP=1524;ReadPosRankSum=0.358;SC=ATAGTCCAAGAGCCAGCACCA;SOR=0.966;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=96;WE=99140519;WS=99140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,104:0.65:160
chr10	99140969	rs7096801	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=413;ReadPosRankSum=0.185;SC=ACATGGCAGGTGCTCAAGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=20;WE=99140977;WS=99140959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr10	99141205	rs2275089	A	G	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=92;PP=2451;ReadPosRankSum=-1.738;SC=AGCCAATGTCAGCCATGTGGG;SOR=1.178;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=236;TCF=101;TCR=135;TR=151;WE=99141213;WS=99141195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,153:0.64:239
chr10	99141484	rs12218483	C	T	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=81;PP=2659;ReadPosRankSum=1.284;SC=TGAGGCTCTGCGTAGCAGCAG;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=275;TCF=148;TCR=127;TR=181;WE=99141492;WS=99141474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,191:0.66:290
chr10	99141663	rs11189177	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTGAGACGGCCCAGCTCTGAA;SOR=2.409;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=99141671;WS=99141653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr10	99144832	.	CCCCCCACCTCGGCAGCCTGGACACAGGCCCTGAGCA	C	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.435;NF=4;NR=1;PP=1694;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCCTGAGGACCCCCCACCTC;SOR=0.741;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=5;WE=99144875;WS=99144822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr10	99145179	rs3818787	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCCTTCTCCATGAAGCCCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=99145187;WS=99145169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	99147975	rs869967	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=1.096;SC=CCACTGCAGGTCCCCCTTTCT;SOR=0.188;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=99147983;WS=99147965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	99148151	rs2275090	A	G	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1303;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TATACAGAAGAGGAATTGAGA;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=83;WE=99148159;WS=99148141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr10	99153540	rs7898743	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.692;SC=TTGAGGGGGTTTGAATGGATA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=21;WE=99153548;WS=99153530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr10	99155984	rs3814553	G	A	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CCAGAGCAGCGAAGTACTCAG;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=86;WE=99155992;WS=99155974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,87:0.63:138
chr10	99156273	rs11189200	C	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TACTAACCTTCTAGAAATACC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=99156281;WS=99156263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	99160046	rs2297668	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1720;ReadPosRankSum=3.045;SC=ATGGCCCTCCCGACCCTCGCC;SOR=0.292;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=154;TCF=111;TCR=43;TR=101;WE=99160054;WS=99160036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,102:0.65:157
chr10	99160152	rs1048442	A	G	5253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TCAGGAAGGTACCCGAGGACT;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=362;TCF=186;TCR=176;TR=218;WE=99160160;WS=99160142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,229:0.60:382
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chr10	99205686	rs2297666	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CCTATCCAGGACTCTGTACGG;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=139;TCR=149;TR=90;WE=99205694;WS=99205676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,92:0.31:301
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chr10	99219404	rs29001331	TG	T	4313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.763;NF=37;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=0.285;SC=AAGCTCTGCCTGTGGGACTTA;SOR=1.143;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=82;WE=99219412;WS=99219394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,122:0.64:191
chr10	99219885	rs2152092	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1446;ReadPosRankSum=0.862;SC=TCCGCACTTCGGCATGGCCAG;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=91;WE=99219893;WS=99219875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,102:0.70:146
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chr10	99225738	rs2236575	T	A	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1600;ReadPosRankSum=-0.018;SC=AGACAAAGGTTTACTGTGTGA;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=331;TCF=164;TCR=167;TR=123;WE=99225746;WS=99225728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,123:0.36:339
chr10	99229394	rs2275583	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=736;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TTATCTGAGTGACACTCACCT;SOR=0.944;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=46;WE=99229402;WS=99229384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr10	99240048	rs7897727	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=0.479;SC=TTTGGAGCCCCGCTCTGTCTC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=18;WE=99240056;WS=99240038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr10	99240758	rs2275586	G	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1570;SC=AAGCTGGATTGCTCGTGCCCG;SOR=1.013;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=99240766;WS=99240748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	99327977	.	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TGAGGAGTGTGGAGCGGTGGG;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=20;WE=99327985;WS=99327967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr10	99337473	rs10786357	T	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=25;PP=981;SC=GGAGGATGTCTCTGTGGGGTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=99337481;WS=99337463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	99337572	rs7094973	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=28;PP=1166;SC=CCGAGGAGACGCACGCCAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=99337580;WS=99337562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	99376843	rs4919121	A	C	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1194;SC=ACTACTTATTACTCATCTGTG;SOR=3.442;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=47;WE=99376851;WS=99376833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	99498234	rs3818876	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=993;SC=ATGGTTACAGGATGCAGACAT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=99498242;WS=99498224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	99504630	rs10882993	G	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=43;PP=1537;SC=CTGCAGAGAGGTCGCCTGTCT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=99504638;WS=99504620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	99504725	rs10882994	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=746;SC=AGCAGCCATGACACTAAGTGC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=99504733;WS=99504715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	99507869	rs11189352	T	C	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=44;PP=2965;SC=TAGCCAGGCCTGTTTCTCCCA;SOR=2.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=122;TCR=44;TR=166;WE=99507877;WS=99507859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	99509457	rs946778	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=367;SC=CTTCCACAAGTGCAACACCAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=99509465;WS=99509447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	99509969	rs3750615	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=800;SC=GTTAGGAGGGTGACTCTTTCC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=99509977;WS=99509959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	99510068	rs3750614	G	T	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=0.487;SC=CTCCTACCTTGTTCTCCATTC;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=181;WE=99510076;WS=99510058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr10	99510284	rs3829137	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=433;SC=CCCCCTGTTATCAGCTTGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=99510292;WS=99510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	99512472	rs1538723	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=375;SC=CGTCTGTCAATGTCACCATTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=99512480;WS=99512462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	99514645	rs7922907	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=611;SC=TTACAGATGAATAACCTGAGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=99514653;WS=99514635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	99516955	rs10882995	G	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=14;PP=1269;SC=ATTTAGAAGCGCCAGGAGCAG;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=99516963;WS=99516945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	99517355	rs3750612	A	G	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=AACTCCAGGTACCTGAGGGTG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=192;WE=99517363;WS=99517345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	99518810	rs1981238	C	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=609;SC=GGCATCATCACCCCCAGGATC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=99518818;WS=99518802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr10	99518901	rs12412543	G	C	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=53;PP=2790;SC=TGGGGGGTCTGTGTGGGGCAT;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=145;WE=99518909;WS=99518891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr10	99682981	rs894375	T	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=18;PP=1737;SC=CTGGCTCTCATGTGGCTTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=99682989;WS=99682971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	99969568	rs11189513	A	G	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1631;ReadPosRankSum=0.400;SC=GAAACTTCTCACACAGAGGGA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=100;WE=99969576;WS=99969558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,108:0.68:160
chr10	99991408	rs1952061	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=47;PP=1332;SC=CAAGAATTTCATACTGAAGAC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=99991416;WS=99991398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr10	100011077	rs11189523	T	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=0.875;SC=ATGTTCCCATTTTACAGATAG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=38;WE=100011085;WS=100011067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr10	100011970	rs3750598	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GTAAGAAATTGCCTTGAATGC;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=10;WE=100011978;WS=100011960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
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chr10	100013244	rs3750599	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGAAGGGCCAAACTGCTCCCT;SOR=0.172;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=22;WE=100013252;WS=100013234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
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chr10	100022446	rs10736125	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=649;SC=AGCCCAGCCCAAGAAGACTGT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=100022454;WS=100022436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr10	100183774	rs10883093	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=369;SC=GGACCACCCCACTCTTGTACC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=100183782;WS=100183764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	100190264	rs2296431	T	C	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=2168;ReadPosRankSum=0.637;SC=CCCACCATCTTCAGGCAGGTT;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=145;WE=100190272;WS=100190254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,151:0.62:243
chr10	100193679	rs1886728	G	C	5597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GGTCTTAAAGGTGGACGCCCC;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=200;TCR=178;TR=245;WE=100193687;WS=100193669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,254:0.65:390
chr10	100195583	rs2296430	T	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=786;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CACCAAGAACTAAGGAAGGGA;SOR=1.410;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=45;WE=100195591;WS=100195573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr10	100219262	rs35712968	G	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=442;ReadPosRankSum=0.718;SC=GAAAACAGAGGATACTACTGG;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=31;WE=100219270;WS=100219252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr10	100219314	rs10883099	G	A	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=40;PP=2009;SC=ACTGGTAGCCGTGAGTGTGAG;SOR=1.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=100219322;WS=100219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr10	100219519	rs11189618	G	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1260;SC=AAAACAGTATGGGACTCATTA;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=100219527;WS=100219509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr10	101089772	rs112168939	C	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
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chr10	101137063	rs3829211	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=741;SC=CCATTCCTAGGAGGGATGTGT;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=101137071;WS=101137053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	101147692	rs2298316	G	A	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=158;NR=142;PP=2965;SC=CCCACAACCCGGGGCACACCC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=159;TCR=142;TR=300;WE=101147700;WS=101147682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr10	101150256	rs3793931	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=398;SC=GGGAGGAGCCATGGACTCCTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=101150264;WS=101150246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	101372411	rs880568	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=36;PP=1153;SC=GACCAACTCATTGAGGTCCCC;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=101372419;WS=101372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	101379795	rs12252561	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=378;ReadPosRankSum=0.455;SC=CCGGGTGCAGGTCTCACCTTG;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=25;WE=101379803;WS=101379785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr10	101420283	rs10595744	GCACACA	G	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=-1.162;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.799;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	101420316	rs7093631	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=-1.508;QD=25.92;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	101420316	.	CAC	GAG	373	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=27;MQ=60.54;NF=1;NR=8;PP=373;QD=47.3853194291;SC=CACACACACACACAGAGATAT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=101420326;WS=101420306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	101420318	rs28529459	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-1.020;QD=29.91;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	101439252	rs3740079	G	A	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=42;PP=1193;SC=TTTGTTGTCAGTCTCTTTTAA;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=101439260;WS=101439242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	101445591	rs3740078	A	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AAGATTTACCACTGGAGTTTG;SOR=0.740;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=38;WE=101445599;WS=101445581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,46:0.31:150
chr10	101451194	rs72832512	A	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=521;ReadPosRankSum=-1.819;SC=GAAGGACAGTAGGGATACTGG;SOR=0.374;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=41;WE=101451202;WS=101451184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr10	101451259	rs11190245	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-2.038;SC=TCAACCTCTGTCCTTCCTGCA;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=14;WE=101451267;WS=101451249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr10	101458254	.	G	GTGTT	1779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.883;NF=24;NR=18;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CAGGCATGACGTGTTTGTTTG;SOR=1.303;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=42;WE=101458262;WS=101458244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr10	101458273	.	T	TTTGA	695	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.07;NF=24;NR=18;PP=695;QD=16.8571428571;SC=TGTTTGTTTGTTTTTGTCATT;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=42;WE=101458281;WS=101458263;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:62,42:0.40:104
chr10	101462193	rs10748790	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=536;SC=TGTGGGAATACGGAGTGGCTT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=101462201;WS=101462183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	101473218	rs2231687	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=41;PP=1424;SC=TTAAAAGTAAAGTTGAATAAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=101473226;WS=101473208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	101474499	rs11190255	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AAGAAGGCAATAGGAAAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=101474507;WS=101474489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	101480549	rs56288771	T	TG	265.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=1;PP=304;ReadPosRankSum=-2.293;SC=TGTTCAATATTTTTGTTCAAT;SOR=0.175;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	101480550	rs3740077	T	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=-2.532;SC=GTTCAATATTTTTGTTCAATT;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	101480604	rs3832650	C	CAG	1949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=1156;SC=GAACAGGAAACAGGGTGAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=101480612;WS=101480594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	101489179	.	TGCACTCCAGCCTG	T	635	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=52.84;NF=6;NR=0;PP=635;QD=113.0;SC=ATCACACCACTGCACTCCAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=101489199;WS=101489177;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	101489216	rs58771687	CAAAA	C	333.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	101492241	rs2231675	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CGTAGTCAGTGGTGATTTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=19;WE=101492249;WS=101492231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
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chr10	101544447	rs927344	A	T	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=63;PP=2965;SC=CCCTTGGGCTACCTATGGCTC;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=106;TCR=63;TR=169;WE=101544455;WS=101544437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	101551902	rs2756108	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=267;SC=CTGCATACCGCTTTTCCTATC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=101551910;WS=101551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr10	101571528	rs3740074	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=-1.421;SC=AGCAAAGGTTCTCAGCCCCTT;SOR=1.519;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=101571536;WS=101571518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	101576960	rs3740073	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=275;ReadPosRankSum=1.805;SC=CACAGTTATTTAAATTTAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=101576968;WS=101576950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	101591944	rs4148396	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=-1.574;SC=ATCTTTCTGATAGGGAGGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=101591952;WS=101591934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	101603781	rs3740067	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AGTTTCCTTTCCTCTAACTCA;SOR=0.069;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=101603789;WS=101603771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	101604207	rs3740066	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr10	101639796	rs2255901	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=822;ReadPosRankSum=1.732;SC=GCTGGGAGGTGGAGTCTGGGT;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=184;TCF=87;TCR=97;TR=61;WE=101639804;WS=101639786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,65:0.34:191
chr10	101639877	rs11190305	A	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=799;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TTCCTTGGTCACATTCTTTTG;SOR=0.595;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=62;WE=101639885;WS=101639867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,64:0.32:197
chr10	101645498	rs2490763	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=2.056;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr10	101654696	rs3758394	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GTGATGTTGATGCTCACCCGG;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=55;WE=101654704;WS=101654686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,59:0.30:199
chr10	101655982	rs3740058	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GCCCTGAAAAGCTGTCAAAGA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=17;WE=101655990;WS=101655972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr10	101657880	rs7919323	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=916;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TAATGTTAACGTTGATTTCCT;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=67;WE=101657888;WS=101657870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,72:0.34:214
chr10	101658585	rs3740057	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=658;ReadPosRankSum=0.445;SC=GTTTCACATTTTTCTCAGAAC;SOR=0.967;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=40;WE=101658593;WS=101658575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr10	101689378	rs7077718	G	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=0.749;SC=GGGTTTTCTTGCTGTTTTGCA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=18;WE=101689386;WS=101689368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr10	101690050	rs10786578	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=5.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,67:0.26:254
chr10	101690379	rs10883428	A	G	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=73;PP=2965;SC=CTGGGATCCAAGTCATTTTCT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=101690387;WS=101690369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	101690637	rs7085955	C	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=437;SC=TGTCTCCCAACCATTCCAGAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=101690645;WS=101690627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	101715899	rs2862923	G	A	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=49;PP=2236;SC=GAAGAAGGTCGGGGTACTGTT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=105;WE=101715907;WS=101715888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	101731631	rs11593499	A	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=143;SC=TTTTTTTTTTAAGACAGGGTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=101731639;WS=101731621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	101823543	rs4462272	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=41;PP=1269;SC=GCAATGCTCCTACTCACAACT;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=101823551;WS=101823533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	101825160	rs3829161	C	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=75;PP=2197;SC=CGGTGAAGGGCCAACTGGGGC;SOR=2.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=95;WE=101825168;WS=101825150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	101841153	rs10883439	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=321;SC=AGCTGTTCAGAACTTACAGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=101841161;WS=101841143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	101912064	rs2862954	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr10	101912194	rs1408579	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	101937969	rs3750707	A	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.901;SC=CAAAGAAAAAAAGTGTGAACT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=66;WE=101937977;WS=101937959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr10	101953705	rs11597086	A	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.108;SC=ATAGCAACTCAATGTCACATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=5;WE=101953713;WS=101953695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
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chr10	101964312	rs17880383	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=668;ReadPosRankSum=0.125;SC=CAAGCTGAATGCTTTTGTGAA;SOR=1.114;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=59;WE=101964320;WS=101964302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,60:0.36:167
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chr10	102003579	rs35616070	C	G	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1968;ReadPosRankSum=0.898;SC=CCAAGCACTACAGCATATAAT;SOR=0.943;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=113;WE=102003587;WS=102003569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,117:0.59:197
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chr10	102006625	rs7073610	G	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1570;ReadPosRankSum=0.771;SC=AGTGACATCCGGAGGCTGTTT;SOR=0.362;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=103;WE=102006633;WS=102006615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,103:0.68:151
chr10	102009980	rs7072367	T	C	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1313;ReadPosRankSum=1.788;SC=AATATCAACCTTCCACCAAAT;SOR=0.777;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=80;WE=102009988;WS=102009970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,81:0.57:141
chr10	102016044	rs2270962	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=330;ReadPosRankSum=1.013;SC=GTTCCCCACACACTTGGGCCA;SOR=2.066;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=21;WE=102016052;WS=102016034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr10	102016268	rs2270961	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=53;PP=1614;SC=ATTTTAGTCAGAATTGCAGAA;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=102016276;WS=102016258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	102020626	rs66728174	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.035;SC=CTGAAAATAACTCTTAAATTC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=102020634;WS=102020616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	102027407	rs12784396	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=521;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CGAATCCGCGCTCCCCGGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=39;WE=102027415;WS=102027397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr10	102046380	rs33965491	T	G	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=1852;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GGCTCATCACTCCGGGTCGCC;SOR=0.917;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=127;WE=102046388;WS=102046370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,131:0.65:200
chr10	102048208	rs12782963	G	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=919;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CTCCTCTAAGGCTTCCTCTTC;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=68;WE=102048216;WS=102048198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr10	102048269	rs2305386	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=832;ReadPosRankSum=1.303;SC=ATGGGTGCTAGCAACAAATCT;SOR=0.421;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=58;WE=102048277;WS=102048259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr10	102048979	rs12765052	G	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.135;SC=ATTAGGAGGTGGGGCCTTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=102048987;WS=102048969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	102050242	rs6584356	C	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1061;ReadPosRankSum=2.053;SC=CACAATAGATCGGCCTAGTTT;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=66;WE=102050250;WS=102050232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,73:0.78:94
chr10	102050344	rs6584357	A	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	102050347	rs2242053	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.12;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	102050971	rs5787377	A	AG	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=783;ReadPosRankSum=-1.894;SC=GAGAGTTTTCAGGTGGGTTTG;SOR=0.804;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=22;WE=102050979;WS=102050961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr10	102051244	rs35423189	G	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTCAGTTATGGACTTCCTCAC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=34;WE=102051252;WS=102051234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	102052884	rs35662118	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=759;ReadPosRankSum=1.881;SC=ATCCCTGGCCCCCAGCCCCAC;SOR=0.360;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=36;WE=102052892;WS=102052874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr10	102056745	rs2278842	C	T	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1456;ReadPosRankSum=0.819;SC=ACCAAGATGACCACCAGGTCC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=87;WE=102056753;WS=102056735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,91:0.55:166
chr10	102059329	rs2242050	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=1.381;SC=GGGAGGGGTAGAAAAGATCTT;SOR=1.210;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=40;WE=102059337;WS=102059319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
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chr10	102104521	rs735877	C	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	102114463	rs3071	A	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=76;PP=1953;SC=TTTTCTCCTGAGACTTTCAAA;SOR=2.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=25;TCR=76;TR=101;WE=102114471;WS=102114453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	102265056	rs140191147	AAC	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=8.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.122;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.235;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
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chr10	102505858	rs148125352	G	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=625;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AGCGGGGAGCGCAGTGCTGCG;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=30;WE=102505866;WS=102505848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr10	102506070	rs4472867	G	C	8298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=167;PP=2965;SC=CGTGAGTACCGGCGCCCGGCT;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=133;TCR=168;TR=300;WE=102506078;WS=102506060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	102539429	rs7901210	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGCCTGCCCGCTTGAGGTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=102539437;WS=102539419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr10	102568826	rs7908832	G	A	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TTCTCTGTGCGTGCATCAATA;SOR=0.992;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=72;WE=102568834;WS=102568816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr10	102568872	rs1800897	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=697;ReadPosRankSum=0.888;SC=CCCAGGGGAACGAGTACTCCC;SOR=0.777;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=55;WE=102568880;WS=102568862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,57:0.31:184
chr10	102568983	rs1800898	A	C	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=117;PP=2965;SC=AGACATACCCAGTTGTGACTG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=225;WE=102569005;WS=102568973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	102586723	rs2270185	T	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=18;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GGGTCCGCCCTGGCTTGCAGG;SOR=0.754;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=218;TCF=161;TCR=57;TR=77;WE=102586731;WS=102586713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,83:0.36:229
chr10	102587475	rs74729230	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=1.143;SC=CGACGCGACGCGATGCCTCCC;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=17;WE=102587483;WS=102587465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr10	102673063	rs3802725	G	T	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1298;SC=GGTATGAGGGGAGGGCTGCAG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=102673071;WS=102673053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	102684380	rs10883563	C	A	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=113;PP=2965;SC=GGGAAAATTTCTGGGGGACCT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=230;WE=102684388;WS=102684370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr10	102689217	rs2273654	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=75;PP=2420;SC=TTTCATAATGTATTTTACCTT;SOR=1.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=115;WE=102689225;WS=102689207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	102689504	rs10786614	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=181;SC=CTTAAAAAATGGTTTTCTTTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=102689512;WS=102689494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	102744331	rs11591349	A	T	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=44;PP=1800;SC=ACCAGACAAGACCTCTGCCAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=102;WE=102744339;WS=102744321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	102746231	rs7184	C	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=853;SC=AAAACAAGGGCCCTGTAAAAC;SOR=2.726;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=40;WE=102746239;WS=102746221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	102762256	rs752974	C	T	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=959;SC=GCTTACAGGTCGCCTGCGAGG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=102762264;WS=102762246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	102764047	rs807029	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.626;SC=ACCCCCCTGCCCTCCCCACCA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=102764055;WS=102764037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	102765158	rs147560377	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CAGAGCAGACACTGAGTGGGG;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=102765166;WS=102765148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr10	102770082	rs807023	T	G	6840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=121;PP=2965;SC=GCCACTGGGGTTCTTCATGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=247;WE=102770090;WS=102770072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	102770293	rs200896335	T	TGCTGCG	2083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.456;NF=1;NR=23;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TGACCCCGGCTGCTGCGGCTG;SOR=0.349;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=24;WE=102770301;WS=102770283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr10	102770327	rs807022	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=23;PP=868;SC=GGCTGCGGCTACGGCTCTGAG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=102770335;WS=102770317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	102771573	rs807020	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;ReadPosRankSum=1.305;SC=GCTCCGGGACGGAGGCAGCTC;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=26;WE=102771581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr10	102777461	rs10786615	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GAGGATCGCTTGAGCGTGGGA;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=12;WE=102777469;WS=102777451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	102777768	rs11190793	C	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=777;ReadPosRankSum=1.574;SC=GCTGGTAAGACGCGGTGTGGG;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=47;WE=102777776;WS=102777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr10	102778895	rs144469613	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr10	102780312	rs7075685	G	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=635;ReadPosRankSum=0.353;SC=TCTTCAGAGAGCCGGGCCCCA;SOR=1.280;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=43;WE=102780320;WS=102780302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
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chr10	102792295	rs807014	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1067;ReadPosRankSum=0.608;SC=CAGAGAAGGAGGCCTGCCTTG;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=66;WE=102792303;WS=102792285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr10	102796774	rs2275383	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=455;ReadPosRankSum=0.217;SC=GCTGCTCATTCGGGCATTGCA;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=23;WE=102796782;WS=102796764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	102797259	rs2275382	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=619;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCAACTCTCTCTCCAGCCTCG;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=32;WE=102797267;WS=102797249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr10	102798346	rs807049	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=408;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TGAAATGGGGTGACAGTGAGG;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=38;WE=102798354;WS=102798336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr10	102824349	rs807037	G	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=574;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CGCTGCCTTGGCCGCAATGCC;SOR=0.752;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=27;WE=102824357;WS=102824339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr10	102827228	rs2295715	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CTCCCAAGCCGAGGCTTCCAG;SOR=0.378;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=20;WE=102827236;WS=102827218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr10	102827757	rs60001046	G	GT	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=867;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TCTCTGGCAAGTTGGGAGTAC;SOR=0.691;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=27;WE=102827765;WS=102827747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,56:0.34:166
chr10	102997581	rs678741	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=26;PP=1404;SC=GCCTGTGTTGGGACCTAAGGA;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=102997589;WS=102997571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	103221870	rs5787432	CAGG	C	2347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=1505;SC=AAACAAAAGACAGGAGGAAAC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=103221880;WS=103221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	103281308	rs9419923	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=828;ReadPosRankSum=-1.049;SC=ATGTAGACATAATATAGCATG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=36;WE=103281316;WS=103281298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr10	103281722	rs9420854	C	G	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=135;SC=TCTTTATTGGCTTGATTTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=103281730;WS=103281712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	103291249	rs9420859	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=356;SC=AATCCCAGCATTTTTGGAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=103291257;WS=103291239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	103340056	rs3730477	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=60.04;MQRankSum=-0.652;NF=42;NR=34;PP=889;ReadPosRankSum=0.373;SC=CGGTGGGACCGGCCATCTGGG;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=242;TCF=140;TCR=102;TR=76;WE=103340064;WS=103340046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,76:0.30:250
chr10	103340144	rs3730476	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=756;ReadPosRankSum=-2.784;SC=ACAGCAGCCCAGAGTTAAAGG;SOR=0.834;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=101;TCR=126;TR=65;WE=103340152;WS=103340134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,71:0.29:246
chr10	103340179	rs3730475	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,43:0.25:173
chr10	103340235	rs3730474	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=1.423;SC=CCCACAGCAGTACAAGGGCCT;SOR=0.169;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=20;WE=103340243;WS=103340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr10	103343533	rs3730465	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GCAGATGCTGACATAAAAGCC;SOR=0.260;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=17;WE=103343541;WS=103343523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr10	103345940	rs3730462	CTGTTG	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=0.384;SC=CAGATGACTACTGTTGTAACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=103345952;WS=103345930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	103354554	rs7911520	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=336;ReadPosRankSum=0.150;SC=CATAAGCACAATGAACACTCC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=27;WE=103354562;WS=103354544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr10	103361088	rs7874	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,35:0.20:175
chr10	103368654	rs7006	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=929;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GATGACGCCTTGCTGAGCTTT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=158;TCR=124;TR=92;WE=103368662;WS=103368644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,97:0.32:301
chr10	103531201	rs3218234	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr10	103535100	.	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.364;SC=TGGGCCAAATCGGCCACAAGC;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=14;WE=103535108;WS=103535090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr10	103542959	rs935445	CC	GG	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=2174;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTGAAACCCTCCGCATTCCCG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=148;TCR=85;TR=71;WE=103542968;WS=103542949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,79:0.31:252
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chr10	103587552	rs2305189	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1840;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGGATGGCAAGAGAGAGGCAG;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=109;WE=103587560;WS=103587542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,111:0.62:178
chr10	103588734	rs1562364	A	G	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CCTTCCGCCCACACCTCAAGC;SOR=0.529;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=82;WE=103588742;WS=103588724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr10	103599325	rs874885	A	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=0.461;SC=CCTCCTGCTCAGTAAGGAGGC;SOR=1.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=12;WE=103599333;WS=103599315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	103609704	rs7918620	G	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=628;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCACAACCCTGAGCCCCATTC;SOR=0.113;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=42;WE=103609712;WS=103609694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr10	103799758	rs11191190	C	T	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ACAACAAGGCCGCAGGCCTTA;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=90;WE=103799766;WS=103799748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,100:0.64:157
chr10	103869633	rs78325172	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.608;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=379;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CACCCTTCCCCCGCCTGCCTT;SOR=1.704;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=26;WE=103869641;WS=103869623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr10	103903949	rs184844852	G	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=331;ReadPosRankSum=-0.767;SC=AAGCCCTTCTGTGCCGCCTCA;SOR=0.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=30;WE=103903957;WS=103903939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr10	103904763	rs11357964	TC	T	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.216;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.644;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr10	103908080	rs3740405	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-1.843;SC=GATAAGCAGAGTATACCTGAA;SOR=0.765;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=103908088;WS=103908070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	103989039	.	C	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=3.077;SC=AAGCTCCAGGCTCTCTCTTCT;SOR=0.425;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=25;WE=103989047;WS=103989029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr10	104111540	rs144741702	T	TACC	2706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=1889;ReadPosRankSum=2.315;SC=CCCTCTCTCTTACCCTTGAGT;SOR=1.079;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=40;WE=104111548;WS=104111530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr10	104122842	rs1890060	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGAGAATCTAATGCTTGGCTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=104122850;WS=104122832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	104128954	rs7902882	T	A	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=29;PP=1798;SC=GTCTGTTCTCTTCCTCTTTTC;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=104128962;WS=104128944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	104136469	rs2180707	T	C	7071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=130;PP=2965;SC=TGTCCTTCATTGTGCGTGATG;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=123;TCR=130;TR=253;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	104156390	rs138364110	G	GT	3299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=23;PP=2765;SC=GAGTGCTGTAGTTTGGTTCAG;SOR=1.935;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=67;WE=104156398;WS=104156380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	104157727	rs4919632	C	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=21;PP=1015;SC=AATCCATATCCCACTCCATAG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=104157735;WS=104157717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	104158933	rs3740418	C	G	168.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=152;SC=GATCACACCACTGCACTCCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=104158941;WS=104158923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104159196	rs4919633	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=1266;SC=CCGCGGAGCCAAGCGCCCCCT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=104159204;WS=104159186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	104160434	rs4919634	A	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=61;PP=1868;SC=TACACCTGGCAGTCCGAGCCC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=104160442;WS=104160424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	104163489	rs7068416	G	A	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=12;PP=922;SC=TGAGGCTTAGGTTAAGCAACC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=104163497;WS=104163479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	104163569	rs11191283	G	A	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=61;PP=2400;SC=GCCTGCGTGTGTGGACAGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=136;WE=104163577;WS=104163559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	104168611	rs148440547	G	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=899;ReadPosRankSum=1.132;SC=CCCCTCGGTCGCCCCGCAACC;SOR=0.957;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=51;WE=104168619;WS=104168601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr10	104179219	rs56384670	C	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.934;SC=CGTGGGGGACCGGCAACCCTT;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=104179227;WS=104179209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	104184081	rs1044476	G	A	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.009;SC=TGAGCATTTCGGGCCGCTGCA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=313;TCF=127;TCR=186;TR=204;WE=104184089;WS=104184071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,213:0.66:323
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chr10	104184981	rs11593146	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=50;PP=1661;SC=CAGGATGGCCAGGCCTTCTTC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=104184989;WS=104184971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	104196465	rs2224374	T	C	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=177;SC=TAACTTTGACTCGGGCTACTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=104196473;WS=104196455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104214048	rs1571003	A	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.975;NF=19;NR=38;PP=653;ReadPosRankSum=-2.658;SC=TAGCACGTGCAAGCAAGCATC;SOR=1.123;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=187;TCF=72;TCR=115;TR=57;WE=104214056;WS=104214038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,61:0.32:188
chr10	104214080	rs148334455	CT	C	1525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.323;QD=21.80;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr10	104215075	rs151146512	CTCTT	C	2845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.178;NF=15;NR=25;PP=1751;ReadPosRankSum=1.674;SC=AATCTGATCTCTCTTTCTTTT;SOR=0.993;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=40;WE=104215086;WS=104215065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr10	104229057	rs35597970	C	CA	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CCCACCCAGTCAGAGGCCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=104229065;WS=104229047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	104229785	rs41306870	C	T	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.861;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=58;PP=2632;ReadPosRankSum=0.612;SC=TCAATGACCCCCTCTTCGGTT;SOR=1.070;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=264;TCF=166;TCR=98;TR=168;WE=104229793;WS=104229775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,174:0.63:277
chr10	104230012	rs3808937	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TGGCCTTGGACGTACACTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=33;WE=104230020;WS=104230002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr10	104230930	rs68007409	TTCGGTGCTGGG	T	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=2935;ReadPosRankSum=1.709;SC=TAAGTCTGATTTCGGTGCTGG;SOR=0.826;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=18;WE=104230948;WS=104230920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr10	104231054	rs11191295	A	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=669;ReadPosRankSum=0.218;SC=AGCTGCTTGTAGGCAGTGAGG;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=42;WE=104231062;WS=104231044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr10	104231098	rs149406506	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr10	104231234	rs913028	T	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=37;SC=GCTGGGAACTTGGCCACGCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=104231242;WS=104231224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	104231651	rs7081110	A	G	736.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5985;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=470;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TTCCCTCCCTATGTGATCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,18:0.95:19
chr10	104231662	rs7081467	G	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5985;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=502;ReadPosRankSum=1.492;SC=TGTGATCTTAGGCAGGTCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=18;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr10	104232716	rs3740415	G	A	5924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.564;SC=GGGTGAGTGTGGACCTTGGGT;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=395;TCF=161;TCR=234;TR=251;WE=104232724;WS=104232706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,263:0.63:415
chr10	104232809	rs3740414	T	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=800;ReadPosRankSum=2.116;SC=GGTCTCCATTTCCCGACCCAG;SOR=0.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=37;WE=104232817;WS=104232799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr10	104235799	rs35640162	G	GT	163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=6;PP=192;SC=GAAGGAGCCAGTTTTTTTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=104235807;WS=104235789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104240498	rs12162	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=2.198;SC=TCGCATGTGCACACACACTCA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=104240506;WS=104240492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	104240974	rs2296578	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CCAGCCCTCCCGCTCCCTTTC;SOR=0.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=15;WE=104240982;WS=104240964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr10	104241683	rs2296580	G	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=569;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGAACTTCAAGTCAATTCTCA;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=36;WE=104241691;WS=104241673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr10	104242886	rs2296581	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=665;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGACAGTCAGGCTGGCAGGAA;SOR=0.722;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=55;WE=104242894;WS=104242876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,64:0.42:153
chr10	104243883	rs7079810	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=-1.975;SC=TCCCAACCCCCACTCCATCCC;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=36;WE=104243891;WS=104243873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr10	104244139	rs2296582	G	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=824;ReadPosRankSum=0.816;SC=CGTAACTGAAGCAAAGGGGCA;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=56;WE=104244147;WS=104244129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,56:0.34:166
chr10	104245549	rs2296585	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTTCATTAGTCTTAGGGGAGA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=17;WE=104245557;WS=104245539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr10	104245575	rs2296586	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-2.516;SC=CTGCCTTGCTGGTTTGAGAGC;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=104245583;WS=104245565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr10	104250209	rs111446950	CT	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.813;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr10	104250278	rs17709610	A	G	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=1023;ReadPosRankSum=1.101;SC=ATGAGCCTCCAAAACGTCTAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=66;WE=104250286;WS=104250268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr10	104264107	rs2274351	C	T	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=105;PP=2681;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CTCTGGGCCGCGGGGAGACGG;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=264;TCF=109;TCR=155;TR=182;WE=104264115;WS=104264097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,195:0.70:280
chr10	104268877	rs2281879	G	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GCTTGACATTGTCTGATTTCC;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=104268885;WS=104268867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr10	104269217	rs2281880	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGTGGTCCTCGTTAACACCTG;SOR=0.188;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=16;WE=104269225;WS=104269207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr10	104356822	rs10786690	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=20;PP=1496;SC=CTGTAAGAGCAGTGGCTGAAA;SOR=2.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=104356830;WS=104356812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	104375258	rs2001389	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCCAGCAGGCGTCCTCCAGGG;SOR=1.673;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=12;WE=104375266;WS=104375248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr10	104378750	rs10786698	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=-2.964;SC=GTTCAAGCACGTTTTCCTGGG;SOR=0.292;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=20;WE=104378758;WS=104378740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr10	104387019	rs12414407	T	C	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1376;ReadPosRankSum=0.515;SC=GTTTGACTTTTCCTGACAACA;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=89;WE=104387027;WS=104387009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,99:0.66:150
chr10	104389932	rs4917980	T	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=61;PP=1940;SC=GGCCCTGCAGTGGCCAGCAGG;SOR=1.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=94;WE=104389940;WS=104389922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	104414709	rs2286748	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=384;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCAGGTCAGACCTTGCCCTTG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=21;WE=104414717;WS=104414699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	104415720	rs4274160	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=878;SC=TGGCCACCCCTACCCCTGCCA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=104415728;WS=104415719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	104436519	rs41308675	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=703;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTTCTAAACCGTGTTGTTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=46;WE=104436527;WS=104436509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr10	104445545	rs3832710	AG	A	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCATGTTGCCAGGTGGCCAAG;SOR=0.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=104445553;WS=104445535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	104449836	rs61869211	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=0.704;SC=GGTGAGTCTCATCTCATTTAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=104449844;WS=104449826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	104459079	rs59504153	TAA	T	1947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=11;PP=1060;SC=TCCATGTTTCTAACACATGGC;SOR=1.414;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=104459088;WS=104459069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	104473813	rs2248684	C	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=8;PP=851;SC=GCCTCGGACCCGCTGCAAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=104473821;WS=104473803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	104474107	rs2248679	G	A	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=62;PP=1605;SC=CTGCGGCGCCGCCCCCGACGT;SOR=1.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=94;WE=104474115;WS=104474097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	104486304	rs2244647	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=0.826;SC=ACAGTGGGACGTGCTCAGGTC;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=15;WE=104486312;WS=104486294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr10	104486974	rs2244524	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GGTCAGGGAGCCATACTATGA;SOR=0.877;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=16;WE=104486982;WS=104486964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr10	104487072	rs2244518	G	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=288;SC=TTTAACCCTCGCAACAACCCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=104487080;WS=104487062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	104489011	rs2244254	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
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chr10	104492707	rs2778037	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
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chr10	104572963	rs284860	T	C	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=77;PP=2731;SC=CCTCTGTCAGTCCTCTGAGGA;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=104572971;WS=104572953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	104573017	rs284859	G	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=539;ReadPosRankSum=0.411;SC=ACGGCCGCCCGCATGCCTGCT;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=43;WE=104573025;WS=104573007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr10	104591182	rs284849	G	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=1.207;SC=CAGCAAGCTTGGCAGAGGTGA;SOR=0.540;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=11;WE=104591190;WS=104591172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr10	104638421	rs3740391	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=3.282;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GTAACCCCCCAAAAATTTTGA;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=104638429;WS=104638416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	104816469	rs41287478	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=1.564;SC=AGTATTCTTATCTAAACACCT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=104816477;WS=104816459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	104860395	rs2863727	T	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=3;PP=359;SC=AAATCTTGCCTGGCCTGGGAA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=104860403;WS=104860385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105039579	rs1163086	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=0.267;SC=TATCATTCAAATAAGTACTTC;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=105039587;WS=105039569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr10	105046981	rs72846177	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=577;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GCCCAAATAAGTGGATCTAGT;SOR=1.319;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=37;WE=105046989;WS=105046971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr10	105108455	.	T	C	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=23;QD=19.2570708491;SC=ACAATTGTAATTTATATATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=105108463;WS=105108445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr10	105110740	rs113359610	A	AGGAGGC	1292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
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chr10	105154089	rs7911488	A	G	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=983;ReadPosRankSum=0.011;SC=TCGATTGGCAACACAGACGAG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=82;TCR=116;TR=73;WE=105154097;WS=105154079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,77:0.37:207
chr10	105165615	rs7919031	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=16;PP=847;SC=TGTGGCTTAAGGTTTAATGTG;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=105165623;WS=105165605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	105169582	rs41287492	A	G	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=65;PP=1747;ReadPosRankSum=1.883;SC=TGTTGAGCCTATATTTTCTTG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=74;TCR=103;TR=113;WE=105169590;WS=105169572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,118:0.66:180
chr10	105176179	rs7894407	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=1060;ReadPosRankSum=0.858;SC=GTTTAAGAGGTTGCAGAGACC;SOR=1.226;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=56;WE=105176187;WS=105176169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr10	105177645	rs11598673	G	T	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1142;ReadPosRankSum=0.459;SC=GAAAGAGCCTGCAGGACACAG;SOR=0.405;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=80;WE=105177653;WS=105177635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr10	105178128	.	G	GC	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=507;ReadPosRankSum=-1.250;SC=TCCAAGCCCTGCCTAATCCAG;SOR=0.388;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=17;WE=105178136;WS=105178118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr10	105179214	rs3740382	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.759;SC=CAGTTCTGTCCTTCTCTGTGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=4;WE=105179222;WS=105179204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	105191755	rs80307802	C	CAA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=0.108;SC=AGGAGAGAAACGGCCTTGGAG;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=5;WE=105191763;WS=105191745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	105194086	rs2986014	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=545;ReadPosRankSum=0.519;SC=CTCCAAGACCCTCTTATGTCT;SOR=1.503;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=37;WE=105194094;WS=105194076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr10	105201565	rs2281861	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=1.336;SC=TTTCTTTAGCGCCTCTGTGTT;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=10;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr10	105201577	rs2281860	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CTCTGTGTTCCTCCAGGAGAA;SOR=1.184;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=15;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr10	105204454	rs942900	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr10	105205302	rs7831	A	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=0.722;SC=GTGCTAGAGGACTAGTGGCAG;SOR=1.855;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=21;WE=105205310;WS=105205292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr10	105206874	rs6580	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGGGACCAAGTAGTGCCATTT;SOR=0.825;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=19;WE=105206882;WS=105206864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr10	105214932	rs729211	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=0.701;SC=TGCCCAGCACTGAAACCCTTC;SOR=0.360;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=28;WE=105214940;WS=105214922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr10	105215016	rs2986016	A	G	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=42;PP=1809;SC=AGCTGGCCACACCTCACACTT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=105215024;WS=105215006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	105218252	rs2986017	A	G	18852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.48;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr10	105218252	.	AGC	GGC,GGT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=233,141;NR=238,139;PP=2234,2944;QD=4.81692401815;SC=CCGGCGGCCCAGCGGCCGCTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=479;TCF=237;TCR=242;TR=471,280;WE=105218262;WS=105218242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:479
chr10	105218254	rs4918016	C	T	7025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,309:0.63:490
chr10	105218359	rs2986018	T	C	8684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=171;PP=2965;SC=CGCTGTAGGCTGCATTGTAGC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=138;TCR=171;TR=309;WE=105218367;WS=105218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr10	105233110	rs2986035	C	T	7939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=132;PP=2965;SC=AGGAGGCGGTCCACCTGCTCC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=138;TCR=132;TR=270;WE=105233118;WS=105233100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr10	105254090	rs2986041	G	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=690;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCACCTCAGCGCCTGCCCGGC;SOR=0.480;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=47;WE=105254098;WS=105254080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr10	105330947	rs12253987	T	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=392;SC=CTCTGGACTCTGCCCCTCAGC;SOR=1.493;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=105330955;WS=105330937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	105361816	rs4918031	T	G	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.969;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=2219;ReadPosRankSum=-1.925;SC=GGGACACGGGTATGCTGTTGC;SOR=0.935;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=125;WE=105361824;WS=105361806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,133:0.62:214
chr10	105362104	rs11191741	G	A	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2754;ReadPosRankSum=0.707;SC=AGGTCTTGCCGAAGCCCCCGG;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=126;TCR=102;TR=155;WE=105362112;WS=105362094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,161:0.67:240
chr10	105362209	rs4917396	T	C	5235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.385;SC=GGCTGTCTGATTTGCCTTCGT;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=354;TCF=192;TCR=162;TR=216;WE=105362217;WS=105362199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,227:0.61:372
chr10	105365386	rs7088714	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGTTTAGGCCATGGCACTGGC;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=21;WE=105365394;WS=105365376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr10	105428453	rs10533306	CAG	C	12543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=146;PP=2982;SC=AGAGGAGAACCAGAGAGAGAG;SOR=0.820;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=195;TCF=30;TCR=165;TR=175;WE=105428464;WS=105428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr10	105483964	rs12220667	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.042;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=0.459;SC=CAGCCTCCCCAGGCTGGCCAT;SOR=1.688;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=22;WE=105483972;WS=105483954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr10	105495612	rs6584568	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=985;ReadPosRankSum=0.385;SC=CTAAAACTGCTACAGAGACCT;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=67;WE=105495620;WS=105495602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr10	105561300	rs148335179	T	TACACACAC	142.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	105614884	rs4918064	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=8;PP=1880;SC=TGGGAGGGGCAAGGGGCCATC;SOR=4.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=75;TCR=8;TR=83;WE=105614892;WS=105614874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	105615074	rs10883928	C	T	7698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=1.425;SC=CTTCTCATCCCGGCCGGGCTC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=536;TCF=245;TCR=291;TR=340;WE=105615082;WS=105615064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,353:0.63:560
chr10	105615105	rs10883929	G	C	9593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=212;PP=2965;SC=TCCAGCTGCCGGGGTCCCGGG;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=137;TCR=212;TR=349;WE=105615113;WS=105615095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr10	105657316	rs10786775	G	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=984;SC=TTGGTCGGAGGAGGCACTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=105657324;WS=105657306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	105658588	rs2902639	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGCTGCTTCAGTTTTCTGCCG;SOR=0.962;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=10;WE=105658596;WS=105658578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr10	105659826	rs2487999	T	C	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=26;PP=1368;SC=TTACAGTAAGTGGTGGCATGA;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=77;WE=105659834;WS=105659816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	105727656	rs67597452	AAG	A	1197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.804;NF=0;NR=22;PP=893;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TGTACAAGGTAAGAGGGGGAA;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=22;WE=105727665;WS=105727646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr10	105752258	rs138797179	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TTTGATAGCTATTTCTTTATC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=105752266;WS=105752248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	105752503	.	C	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=23;QD=19.2570708491;SC=ATGTAAGTATCGAGTAAAGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=105752511;WS=105752493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	105759749	rs112226841	A	ATCTC	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TTATTTTAACATCTAAGAATG;SOR=0.223;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=105759757;WS=105759739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr10	105768158	rs805664	A	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=923;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CTTTTTTTTTAAAAAAATTGT;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=61;WE=105768166;WS=105768147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,53:0.93:57
chr10	105781532	rs10883961	C	T	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1602;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TGTGTGTACTCGTCCGTCTAC;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=114;WE=105781540;WS=105781522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,115:0.61:187
chr10	105791929	rs805687	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=1.587;SC=CCTCTGGAGACCTTGGACCTA;SOR=0.084;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=105791937;WS=105791919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	105792077	rs805688	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=687;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GTAGGAAGTTAAAACATATCT;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=57;WE=105792085;WS=105792067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,66:0.36:184
chr10	105792205	rs813943	A	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1311;SC=GCCCCATTTCAACACCAGCTT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=105792213;WS=105792195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	105793173	rs1747675	T	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=702;SC=AGCAGGGATCTCCCAGTACCC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=105793181;WS=105793163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	105796399	rs2274098	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=0.961;SC=CCCTGGAGAGGAGAGGATGCA;SOR=2.147;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=25;WE=105796407;WS=105796389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	105796449	rs2476957	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=404;SC=CGCAGCCATGATCCAGCCACA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=105796457;WS=105796439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	105796738	rs805714	A	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=115;SC=CAAGGTTTGCATGACGAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=105796746;WS=105796728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	105796819	rs2476958	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=807;SC=GCACAGCCAGAATGTCTTCAG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=105796827;WS=105796809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	105797045	rs34553613	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	105797378	rs2282437	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GGTGCAGGGCGTGGGGAAGGG;SOR=1.119;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=24;WE=105797386;WS=105797368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr10	105797693	rs61382109	TA	T	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=554;SC=GTCCTTCCCCTAAATTACAGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=105797701;WS=105797683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	105797989	rs200030951	TACACACACACACACACACAC	T	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=1.164;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	105798872	rs2274100	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1049;ReadPosRankSum=-1.478;SC=CTGGAACACCTGGATCACCTG;SOR=1.157;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=73;WE=105798880;WS=105798862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr10	105799216	rs2296219	G	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=400;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TGTCACCTTTGGGTCCCTGGG;SOR=0.390;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=26;WE=105799224;WS=105799206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr10	105799524	.	CCA	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.841;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr10	105799552	rs67083195	ACG	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=895;ReadPosRankSum=0.013;SC=ACACACACACACGCACACGCA;SOR=1.022;Source=Platypus;TR=34;WS=105799540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr10	105799599	rs11191905	C	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=733;ReadPosRankSum=-1.700;SC=TCAACCATTCCTAGAGAAACA;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=44;WE=105799607;WS=105799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr10	105800321	rs12763538	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=6.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.314;HP=6;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.217;NF=2;NR=32;PP=708;ReadPosRankSum=1.275;SC=GATGAATGGGCGGGTGGGTGG;SOR=2.891;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=34;WE=105800336;WS=105800311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr10	105800328	.	G	GTGGA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.645;NF=0;NR=18;PP=768;ReadPosRankSum=-1.682;SC=GGGCGGGTGGGTGGATGGATG;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=18;WE=105800336;WS=105800311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr10	105800348	rs139480552	ATGGATGGATAGG	A	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.629;NF=0;NR=18;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GGATGGATGGATGGATGGATA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=18;WE=105800367;WS=105800334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	105801253	rs4918079	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=54;PP=1412;ReadPosRankSum=1.688;SC=CTGGTGGCCCGCGTGGGCCGG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=87;WE=105801261;WS=105801243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,90:0.60:150
chr10	105803080	rs2147269	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GTGAAGTAGGATAACTGATCT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=105803088;WS=105803070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	105805310	rs805719	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr10	105805436	rs805720	G	A	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=20;PP=1103;SC=TGGCCAGAGAGAGGCCTCCTC;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=105805444;WS=105805426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	105805497	rs813944	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=937;ReadPosRankSum=0.015;SC=AAAGAAATCTCATTTGGAAAT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=65;WE=105805505;WS=105805487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr10	105806310	rs805721	C	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=12;PP=964;SC=CATTTCTACTCGAATGGTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=105806318;WS=105806300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	105809671	rs10883963	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.352;SC=TCTGGATACCTCCTTATCCTC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=105809679;WS=105809661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	105810400	rs805722	T	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=629;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGTGGTCCCATTGGTCCTTTG;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=38;WE=105810408;WS=105810390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr10	105810879	rs805723	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=1.223;SC=AACACATTGTCGAGTCTTGGC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=105810887;WS=105810869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	105812690	rs2274101	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=387;ReadPosRankSum=1.042;SC=ATGAAGGAAGGGGGGAGAAAC;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=28;WE=105812698;WS=105812680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr10	105813001	rs11191909	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=-1.179;SC=TCCCTGGCCTCCCTGCTTGCT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=4;WE=105813009;WS=105812991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	105814826	rs805691	C	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.982;SC=CCATACTCTGCCTTGTATTTT;SOR=0.590;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=75;WE=105814834;WS=105814816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,83:0.65:128
chr10	105814937	rs805692	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;ReadPosRankSum=0.147;SC=CATTGCTGGGCTTCTCTTAGA;SOR=0.662;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=37;WE=105814945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr10	105815116	rs17821926	A	G	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=86;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.909;SC=ACAAGGTTCAATCCATGGCAA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=161;WE=105815125;WS=105815106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,166:0.62:269
chr10	105815204	rs1747676	A	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr10	105815241	.	A	C	292	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=27;MQ=59.38;NF=0;NR=14;PP=292;QD=23.3408008962;SC=CACACACACAATAAGGGGATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=14;WE=105815249;WS=105815231;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr10	105816685	rs805696	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=1;PP=77;SC=GCAGTGGGGCTGGCCTGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=105816693;WS=105816675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	105816916	rs805698	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=44;PP=1524;SC=CCACTGCTGCCGTAGCTGTGG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=105816924;WS=105816906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	105817043	rs805699	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=336;SC=TGGGGGCTTTCAAGTTCCTGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=105817051;WS=105817033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	105817891	rs11191910	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr10	105819956	rs805701	G	A	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1405;ReadPosRankSum=0.442;SC=TCTCCTTCTTGGCAGGTGTGT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=90;WE=105819964;WS=105819946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,98:0.72:136
chr10	105821136	rs805704	A	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=24;PP=1247;SC=ACCAGCCTGAACCCTGGCAGC;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=105821144;WS=105821126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	105821294	rs805705	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=785;SC=GAGAAGCCTGATCAGCCCTGG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=105821302;WS=105821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	105821836	rs805706	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=613;SC=ACAGCCTTCCCTGTGTGCTTG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=105821844;WS=105821826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105824333	rs805708	G	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=891;ReadPosRankSum=1.350;SC=ATCCAGGATCGTTGCATCGTA;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=62;WE=105824341;WS=105824323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr10	105837000	rs2274106	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=648;SC=GCTGCCCAATAGCTGTGTGTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=105837008;WS=105836990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	105905161	rs2289964	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GAGAAAAAAGCTGAAATCTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=105905169;WS=105905151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	105927460	rs17750886	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCGCTTTCATCGGGAAGTTTT;SOR=0.909;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=95;WE=105927468;WS=105927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,101:0.31:321
chr10	105932074	rs626708	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AAGGTTTTGTCATATTCACAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=105932082;WS=105932064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	105938913	rs200538630	CAGAG	C,CAG	751.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=31.32;ReadPosRankSum=-1.938;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,16,6:0.67,0.25:24
chr10	105939451	rs624159	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=1.948;SC=ATTTGCTTTCCGAAAAGTTAC;SOR=0.161;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=14;WE=105939459;WS=105939441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr10	105942304	rs569856	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=0.014;SC=ACAGAGGCTATAAAAATCATA;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=11;WE=105942312;WS=105942294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr10	105942337	rs569967	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=0.526;SC=ACATTTAGCTGTATTATTTTC;SOR=0.665;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=7;WE=105942345;WS=105942327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	105945985	rs479879	A	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-2.266;SC=TGTAAATAAAATGATATGGCA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=105945993;WS=105945975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	105956776	rs584309	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CCAGTGTGCCAATGATTTAGT;SOR=1.000;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=17;WE=105956784;WS=105956766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr10	105957561	rs678292	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TCTGCCTCCTGTTCGCATTGC;SOR=0.093;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=105957569;WS=105957551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	105957613	rs677904	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=1.594;SC=ACATATAAATGGGGATTTAAA;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=8;WE=105957621;WS=105957603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr10	105967624	rs11191948	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=398;ReadPosRankSum=0.373;SC=AAAACAATCACGGCTAAAAGC;SOR=0.508;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=36;WE=105967632;WS=105967614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr10	105973981	rs584082	C	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,53:0.22:242
chr10	105978690	rs606697	A	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=0.029;SC=CACCACACCAACCACAGCTGC;SOR=0.293;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=8;WE=105978698;WS=105978680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	105991884	rs789577	T	G	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=32;PP=1284;SC=AGGAGGGGACTTGGGGCAGGA;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=105991892;WS=105991874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	106014764	rs144343542	CCGG	C	3466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=41;PP=2544;SC=TCGGCGACCCCCGGCGGCATG;SOR=1.996;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=54;WE=106014774;WS=106014754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	106022789	rs4925	C	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=20;PP=774;SC=GAAGACTATGCTGGCCTAAAA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=106022797;WS=106022779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	106028154	rs45596840	G	A	12438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr10	106028157	rs641071	G	T	12339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr10	106034491	rs2297235	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=1;PP=176;SC=CCCAGGTTAAATTACCCTAGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=106034499;WS=106034481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	106037894	rs157077	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=358;SC=ATTTAAAAAGTCACTCACACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=106037902;WS=106037884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	106039185	rs156697	A	G	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=48;PP=1738;SC=AGAATGCACTAATCTGAAGGC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=106039193;WS=106039175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	106039303	rs276203	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=324;SC=TGGTCACTCTAACACCAGCTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=106039311;WS=106039293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	106116606	rs17754804	T	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=467;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACTCATCTTGTGGATAAGCTG;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=31;WE=106116614;WS=106116596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr10	106124660	rs12769756	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CTGCCATGGAGGGCAAGAAGA;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=22;WE=106124668;WS=106124650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr10	106582029	rs1490182	C	T	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=166;SC=GAAGGACTGCCGTGTCCCTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=106582037;WS=106582019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	106602362	rs10884052	G	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=353;SC=CAGTTACAGGGATGCATTAAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=106602370;WS=106602352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	106602496	rs5787553	C	CT	4118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.214;NF=27;NR=41;PP=2264;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGTAAGCTTCCTTTTTTCCCT;SOR=0.949;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=68;WE=106602504;WS=106602486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr10	108338807	rs74668920	C	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=302;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCAGCCATTGCCTACTCAGCC;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=17;WE=108338815;WS=108338797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr10	108371571	rs137930414	A	AGTTT	1976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=1052;SC=CTGCTGGGTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.662;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=22;WE=108371579;WS=108371561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	108380006	.	CAG	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr10	108388923	rs1885351	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=555;ReadPosRankSum=0.010;SC=ACACAATATTTAAGATAGGTC;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=40;WE=108388931;WS=108388913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr10	108389249	rs1322004	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TCAGGCATGATGGCAGCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=108389257;WS=108389239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	108427682	rs66783381	CA	C	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	108439103	rs821929	A	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=45;PP=1237;SC=AGAAAGAGAAAGGTGCCATTA;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=108439111;WS=108439093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	108447836	rs821935	C	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=16;PP=1232;SC=CCCTTCCCCACTCCCTTTTGT;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=108447844;WS=108447826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	108466412	rs2756231	C	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=67;PP=2059;SC=AAAAACAAGACTGTAAGAAGC;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=100;WE=108466420;WS=108466402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	108469161	rs2756232	C	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=54;PP=1597;SC=CAGAGATTTACAGTCAGGGTG;SOR=3.021;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=66;WE=108469169;WS=108469151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	108923704	rs2993097	A	G	7064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CCACCCCTTTACCCTCAGTCC;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=254;TCR=201;TR=308;WE=108923712;WS=108923694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,315:0.68:466
chr10	111625108	rs483072	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=331;SC=TATTCACCACTACATCTTTAA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=111625116;WS=111625098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	111630731	rs612155	G	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=52;PP=1595;SC=ATTATGTGTGGCTCCAGAACG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=111630739;WS=111630721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	111633025	rs642938	A	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=336;SC=TTACTACCCCACATGTAATTT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=111633033;WS=111633015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	111646147	rs623980	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=81;PP=2741;SC=CCCAGAAAGCAGTAGGAACCC;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=111646155;WS=111646137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	111647738	rs472049	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=414;SC=GAGGACGAGGCTGGAGACAAT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=111647746;WS=111647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	111667702	rs686155	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=336;SC=TTCAAATTGATCACTCCACCA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=111667710;WS=111667692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	111683280	rs145751207	CGGCG	C	1559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=22;PP=645;SC=GCGCGAGAGCCGGCGGGCGGG;SOR=1.209;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=25;WE=111683291;WS=111683267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	112054908	rs7074311	C	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=10.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CAAAAAATCTCCATCTCTTTT;SOR=4.047;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=112054916;WS=112054898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	112266771	rs1889567	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,84:0.28:301
chr10	112266822	rs1889566	GC	AT	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=121;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CGAGGCCTGCGCGACCCACCT;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=97;TCR=123;TR=218;WE=112266831;WS=112266812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr10	112327678	rs55750861	C	CA	3366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=59;PP=2475;SC=CGCAGCCTCTCCCCTGTCTCC;SOR=1.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=61;WE=112327686;WS=112327668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	112328838	rs4917577	C	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=222;SC=CTGTCCATTTCTATATTGGCT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=112328846;WS=112328828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	112349204	rs2419572	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=209;SC=TTAAGACAATAAACACGTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=112349212;WS=112349194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	112356331	rs7075340	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=929;SC=TTTGTGCATAGTGATAGATAT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=112356339;WS=112356321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	112361870	rs2419565	A	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=22;PP=1000;SC=GTTACAAATCAATCATGGAAC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=112361878;WS=112361860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	112362019	rs2039874	G	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=422;SC=TTTTAAAGCTGTTTTCCTCAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=112362027;WS=112362009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	112540514	.	C	A	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=40;PP=2046;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CCTTGCCCCCCTCATTGAAAA;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=206;TCF=140;TCR=66;TR=135;WE=112540522;WS=112540504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,145:0.67:216
chr10	112543217	rs6585012	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.432;SC=AGGCTCATGCGTAGGCTCAAC;SOR=1.358;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=12;WE=112543225;WS=112543207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr10	112544344	rs7073950	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=0.084;SC=TGCATTGGGCCTGCTGTCTGG;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=112544352;WS=112544334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	112544655	rs7077757	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=652;ReadPosRankSum=-0.719;SC=ACTGTGAGTACGGAAACATTT;SOR=1.149;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=54;WE=112544663;WS=112544645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,58:0.29:201
chr10	112570243	rs11195338	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr10	112572458	rs1417635	G	C	11509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=229;PP=2965;SC=AAAGCCAAGTGGGACAAGTAT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=194;TCR=229;TR=423;WE=112572466;WS=112572448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr10	112579663	rs11195343	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=390;SC=ATCTATAAAACGAAGATGCTG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=112579671;WS=112579657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	112580880	rs10787283	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GAGTTGGTGCCGTGGGACTTG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=112580888;WS=112580870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	112590810	rs7070640	G	C	7396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=107;PP=2965;SC=ATCCCCCATCGTTTCCCAGGG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=149;TCR=107;TR=255;WE=112590818;WS=112590800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
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chr10	113917982	rs6585140	C	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=350;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TGCCACCATGCCTGGCCAATT;SOR=0.542;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=27;WE=113917990;WS=113917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr10	113920465	rs2277207	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1034;ReadPosRankSum=0.128;SC=AAAACTCATCGTTCCTGCTAG;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=128;TCR=110;TR=77;WE=113920473;WS=113920455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,83:0.34:247
chr10	113920652	rs3824626	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=300;ReadPosRankSum=-2.061;SC=AACGGTATCATGATGGTGGAA;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=26;WE=113920660;WS=113920642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr10	113921354	rs2250802	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.816;SC=CTGCCCCTGAGTATGTATCTG;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=13;WE=113921362;WS=113921344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr10	113923595	rs10736219	C	G	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=56;PP=1464;ReadPosRankSum=2.346;SC=TTTCAAAAATCAACACACAAC;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=101;WE=113923603;WS=113923585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,107:0.35:310
chr10	113924321	.	G	C	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1291;ReadPosRankSum=0.013;SC=CTTGCTCCAGGGAAAGTAGAG;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=110;WE=113924329;WS=113924311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,124:0.67:184
chr10	113926012	rs10749108	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-1.262;SC=AAAAATTTAGGCAACACCACC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=113926020;WS=113926002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	113928487	rs2251579	A	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.997;SC=TACCAAACTCAAGCAATAATC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=6;WE=113928495;WS=113928477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr10	113935379	rs10787428	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=516;ReadPosRankSum=0.052;SC=CAGCACATTTTCAGTCACATT;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=37;WE=113935387;WS=113935369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr10	113940329	rs2792751	T	C	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=84;PP=2288;SC=GATCTGAAGATGGTGGGTCTA;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=142;WE=113940337;WS=113940319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	114043371	rs41313475	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	114043596	rs41314509	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=557;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CCATTTTCCTGGGACGAAAAG;SOR=1.182;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=46;WE=114043604;WS=114043586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,47:0.37:127
chr10	114053546	rs726009	C	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=54;PP=1913;SC=TGGAGGCATCCGAAATCGGTT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=102;WE=114053554;WS=114053536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	114053870	rs41298239	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGGCATTTATCGGGCTACTTT;SOR=1.426;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=114053878;WS=114053860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr10	114059330	rs11279253	TCTCTGTTTTC	T	4310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.233;NF=12;NR=88;PP=2982;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGAGTAAGCGTCTCTGTTTTC;SOR=1.417;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=12;TCR=99;TR=100;WE=114059347;WS=114059320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr10	114061979	rs10749114	G	A	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1383;ReadPosRankSum=0.807;SC=CTTTGGCCCCGGCAAAACTTT;SOR=2.372;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=65;WE=114061987;WS=114061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr10	114136349	rs2277208	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.521;SC=ACATCATGCTGTCTCCCTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=114136357;WS=114136339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	114169552	rs7919710	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GGGGTGGCACGTGAGGAGTAG;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=114169560;WS=114169542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr10	114171599	rs876873	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=566;ReadPosRankSum=-1.897;SC=AAAATCTCCATTGGAATTGAA;SOR=0.430;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=28;WE=114171607;WS=114171589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr10	114181208	rs10885347	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=1.020;SC=CATGAGCCACCGCCCCCTCCA;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=11;WE=114181216;WS=114181198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr10	114181683	rs2255740	A	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=48;PP=2646;SC=TTTCTCAGCTAATTCAGCACG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=120;WE=114181691;WS=114181673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	114185856	rs34341101	T	TG	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=508;SC=TACAGTTCCATGGTGTTGAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=114185864;WS=114185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	114186624	rs2256368	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=52;PP=1684;SC=ACAGGTGTGTGCTACCACTGA;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=96;WE=114186632;WS=114186614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	114193060	rs11421522	G	GA	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=0.382;SC=GAAATAAAAAGAAAAAAATGA;SOR=0.368;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=12;WE=114193068;WS=114193050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr10	114197982	rs3736059	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	114200355	rs2306159	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1765;ReadPosRankSum=1.118;SC=AGGCAAACAAGGTGGTAGCAA;SOR=0.890;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=112;WE=114200363;WS=114200345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,118:0.55:215
chr10	114224456	.	T	A	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=462;ReadPosRankSum=0.427;SC=TACTTTTTTTTAAAAATGTTT;SOR=0.788;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=31;WE=114224464;WS=114224446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr10	114224502	rs3740143	C	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=893;SC=AATGCACAGTCTTTTGGGCTC;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=114224510;WS=114224492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	114710869	rs72101402	AC	A	1003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.725;NF=34;NR=7;PP=733;ReadPosRankSum=1.261;SC=GTTTTTTTCTACCCCCCCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=41;WE=114710877;WS=114710859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr10	114724473	rs11196171	A	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=0.450;SC=CAACTGAGATAATGATGATGA;SOR=1.392;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=20;WE=114724483;WS=114724460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr10	114724498	rs113353253	A	G	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GATGATGATGATGGTGGTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=10;WE=114724506;WS=114724488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr10	114849353	rs10749127	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=602;ReadPosRankSum=1.735;SC=AAAATGAAGCCGCCCACCCAA;SOR=1.140;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=36;WE=114849361;WS=114849343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr10	114889837	rs34096467	TC	T	298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=236;SC=CTATGCTTTTTCCCCCCCCTT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=114889845;WS=114889827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	114901194	rs60649625	TG	T	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=825;ReadPosRankSum=-3.053;SC=GGAACGGTGGTGGGGGGGCCC;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=16;WE=114901209;WS=114901184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr10	114901201	rs56913138	G	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=811;ReadPosRankSum=-1.670;SC=TGGTGGGGGGGCCCCTGTTGC;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=114901209;WS=114901184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr10	114903859	.	CTGTGTGTGTG	C	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=-0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	114919648	rs187619379	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.161;NF=6;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=2.302;SC=CGTTCTCCTCCTCTGCTCGCT;SOR=1.483;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=114919656;WS=114919638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr10	115327193	rs2286745	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
chr10	115335843	rs911709	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=811;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGCACTGCGCAATGCCATGGA;SOR=0.499;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=47;WE=115335851;WS=115335833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr10	115343822	rs911702	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=344;ReadPosRankSum=0.546;SC=CTTTGCTGTGGCCACCTTCAT;SOR=1.467;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=20;WE=115343830;WS=115343812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr10	115349397	rs11196388	AG	A	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=852;SC=CTTGCAAGCCAGGGGTGGCTT;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=115349405;WS=115349387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	115373851	rs2419850	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=477;ReadPosRankSum=0.492;SC=CCAATACCCATGTCCAGAAGG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=24;WE=115373859;WS=115373841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr10	115386088	rs3127087	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=0.829;SC=TTCCAGTGAACTTGATTTAGT;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=21;WE=115386096;WS=115386078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr10	115388588	rs2286741	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.6075;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AAATCTGAGGATAGAGAAAGG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=115388596;WS=115388581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	115388944	rs2286740	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=0.370;SC=GTACAGCCACCGGGCCCACCT;SOR=0.078;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=25;WE=115388952;WS=115388934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr10	115389356	rs2286736	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr10	115389366	rs2286735	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr10	115393929	rs3189030	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=570;ReadPosRankSum=0.296;SC=GTCAGTCACCGAGCTGTACTT;SOR=0.832;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=48;WE=115393937;WS=115393919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,51:0.30:172
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chr10	115400972	rs1539593	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=726;SC=GGTTGTATCCGCTAACATTTA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	115401031	rs5788038	AT	A	2166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=28;PP=986;SC=TAGAAGACAGATTTTTTTTTA;SOR=1.264;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=49;WE=115401039;WS=115401021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	115401081	rs3127105	T	C	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=57;PP=2358;SC=CTTCATGCCCTGCCCCACTCC;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=132;WE=115401089;WS=115401071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	115401264	rs3121465	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=950;SC=CAACCAAAGCATTCCCTTCAC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=115401272;WS=115401254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	115405615	rs3127106	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	115405664	rs3121478	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.31;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	115405703	rs35741231	G	GAA	1038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.408;QD=30.55;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr10	115405791	rs3121479	A	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=22;PP=625;SC=CTTAATGTCAACATTTACTTA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=115405799;WS=115405781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	115406485	rs3121483	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	115411614	rs2154028	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=60;PP=2021;SC=AGGAGTATCCACCACCGTGGA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=115411622;WS=115411604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	115412686	rs3121488	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=28;PP=1210;SC=AAGCACCCAGGCACTCACTTG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=115412694;WS=115412676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	115414000	rs41310310	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=442;ReadPosRankSum=2.076;SC=TGGTAAATCCTGGGTCTCAGC;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=33;WE=115414008;WS=115413990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr10	115417289	rs1891762	G	A	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=107;PP=2965;SC=TCATGTCCCAGTGAAAAACTG;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=195;WE=115417297;WS=115417279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	115422986	rs41302719	G	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=754;ReadPosRankSum=1.041;SC=GGATACAAGGGAACACTTTGG;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=36;WE=115422994;WS=115422976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr10	115423094	rs12770981	G	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,77:0.31:246
chr10	115423747	rs1109927	G	A	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.50;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,88:0.64:138
chr10	115423757	.	C	T	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.22;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr10	115439569	rs7921977	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=647;SC=GAGCGCACTACCCCGAGCCAG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=115439577;WS=115439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	115451781	rs12358524	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=780;ReadPosRankSum=1.282;SC=TGGAAAAGAACACCAGCTGCG;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=55;WE=115451789;WS=115451771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr10	115457114	rs78849490	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=1.501;SC=TTAATGGGGCGGTAACCCTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=115457122;WS=115457104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	115457450	rs77120019	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGGACATTCAGGGAAGGAGGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=115457458;WS=115457440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	115515120	rs3981351	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=56;PP=1613;SC=AATGCCCCACGGTTTCCTTCA;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=84;WE=115515128;WS=115515110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	115525175	rs4631835	T	C	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;PP=1824;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TCTGAATCTCTGATGTATTTT;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=136;WE=115525183;WS=115525165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,147:0.67:221
chr10	115526177	rs10885500	A	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TAGGCAAACAATTTACATTTT;SOR=0.645;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=50;WE=115526185;WS=115526167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr10	115528428	rs10885501	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=1.699;SC=TGGAGGTGGCGAGGCCATTTA;SOR=1.101;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=20;WE=115528436;WS=115528418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	115612770	rs17235066	T	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1024;ReadPosRankSum=0.243;SC=TTCACCTCTTTAGCTTCTGCG;SOR=0.568;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=251;TCF=103;TCR=148;TR=82;WE=115612778;WS=115612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,88:0.33:263
chr10	115614869	rs17235031	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TCGGGGACGGCGCCCTCCCGC;SOR=0.139;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=12;WE=115614877;WS=115614859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr10	115661333	rs7919159	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GCTTATCACTTTTGATTTGAT;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=115661341;WS=115661323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	115663475	rs74157540	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.562;SC=GATGGATTTAGAAACTAAAAT;SOR=0.936;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=8;WE=115663483;WS=115663465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr10	115910928	rs7095762	G	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GCTATTAGTTGATCTCTGGAA;SOR=1.072;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=21;WE=115910936;WS=115910918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr10	115922774	rs1061159	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr10	115962812	rs75294873	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=0.544;SC=ACTCACTTCTGTGGTATTTTT;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=32;WE=115962820;WS=115962802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr10	115963126	rs11313522	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr10	115966147	rs17091424	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=1.241;SC=GACCATCTACCTACTAAACAA;SOR=0.651;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=9;WE=115966155;WS=115966137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr10	115973032	rs34518857	TG	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-1.639;SC=AAGTTTACCTTGGGGGAAATT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=115973048;WS=115973022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	115973040	rs17715067	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=265;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTTGGGGGAAATTAGGAGCTA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=115973048;WS=115973022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	115980324	rs35826066	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=643;ReadPosRankSum=0.305;SC=CCTTATTTTCTAGATATACAG;SOR=0.650;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=44;WE=115980332;WS=115980314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr10	115985784	rs34291959	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=1.331;SC=TAAGTTCTTACCTGAGATTTC;SOR=0.843;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=28;WE=115985792;WS=115985774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr10	115986065	rs12265237	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AATCAAATGGGTATTTCCAGT;SOR=0.420;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=115986073;WS=115986055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	115991227	rs66725970	AT	A	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=235;ReadPosRankSum=-0.159;SC=ATGATAGTTGATTTTTTTTCT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=18;WE=115991235;WS=115991217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr10	116008497	rs9664945	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,60:0.29:210
chr10	116032519	rs597371	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=952;ReadPosRankSum=-1.070;SC=ACGGAGACGGAACTTGCTCTG;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=66;WE=116032527;WS=116032509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr10	116058933	rs1889450	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=332;SC=TTGAGAAGGTGTGGTGACAGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=116058941;WS=116058923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	116060194	rs3214266	A	AG	5823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=63;PP=2936;SC=CCTGCAGGGGAGGCCTGTACC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=90;WE=116060202;WS=116060184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	116060387	rs2286396	T	C	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=130;PP=2965;SC=CCAGGTACACTCGGTCAGATT;SOR=0.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=157;TCR=130;TR=286;WE=116060395;WS=116060377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr10	116068176	rs581327	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=17;PP=1159;SC=TTCCCCTCCCAACCACATGAT;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=116068184;WS=116068166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	116073696	rs3813722	C	T	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=77;PP=2965;SC=CATTCATCGGCGTGATCTTCA;SOR=1.309;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=140;TCR=78;TR=217;WE=116073704;WS=116073686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	116075228	rs694883	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=428;SC=GAAACCTCTGAGGTCAGGGAC;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=116075236;WS=116075218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	116075271	rs377755078	T	TCC	1185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.320;NF=20;NR=7;PP=1098;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CCCTGCCCCTTCCCCAAGGAG;SOR=1.662;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=27;WE=116075279;WS=116075261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr10	116079505	rs10885547	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=60;PP=1675;SC=AGACCCAGATGTGGCAACTCG;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=116079513;WS=116079495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	116085784	rs74928179	C	CCCG	11423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=93;PP=2924;SC=GAGATCTGGCCCAAGGTCAGG;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=32;TCR=98;TR=121;WE=116085792;WS=116085774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr10	116091555	rs10787524	T	C	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=41;PP=1373;SC=CCTGAACTGATGCTTACCATC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=116091563;WS=116091545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr10	116228048	rs1815248	G	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=763;SC=TTGTTTGTTTGTTTGAGATGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=116228056;WS=116228038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	116245047	rs41284346	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=472;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GCCTAGACACAATGCCAACCT;SOR=0.455;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=44;WE=116245055;WS=116245037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr10	116304958	rs10885579	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=503;ReadPosRankSum=1.201;SC=AAGGGCAGGACATATTTCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=116304979;WS=116304948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	116304971	rs2483595	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=572;ReadPosRankSum=1.167;SC=ATTTCTCCCCTGCCCAGTGTT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=116304979;WS=116304948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	116307504	rs2247528	A	G	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1595;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GCGCCTGCCCATTCTTGATAT;SOR=0.690;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=117;WE=116307512;WS=116307494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,126:0.65:194
chr10	116590452	rs113167197	T	C	158.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTCTTGGATTTGACTTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=116590460;WS=116590442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	116593175	rs11196939	C	T	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=88;PP=2733;SC=AGTTCCTGATCCACACCATGT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=138;WE=116593183;WS=116593165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	116596071	rs17095662	A	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=40;PP=1203;SC=AAATTGAATTATGTGAATAAT;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=116596079;WS=116596061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	116602660	rs117288904	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=439;ReadPosRankSum=0.259;SC=AGTTATTGATGTGAATTTTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=21;WE=116602668;WS=116602650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr10	116602805	rs17092491	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=810;ReadPosRankSum=0.202;SC=AACCAGAGGAACTATCTGGTG;SOR=0.759;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=66;WE=116602813;WS=116602795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,74:0.34:217
chr10	116605103	rs2420069	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=27;PP=1426;SC=CTTTGGACTTAGCAATTCTTC;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=116605111;WS=116605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	116606173	rs3834423	C	CT	1593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1665;SC=CTTTGAAATACGGTTTTAATG;SOR=6.043;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=37;WE=116606181;WS=116606163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	116615045	rs3180654	T	C	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CTGCTTTCTTTGAAGGTCATT;SOR=0.427;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=84;WE=116615053;WS=116615035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,100:0.70:143
chr10	116621154	rs34064819	C	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=855;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TGATCGGCTGCTATCTTGAAT;SOR=0.422;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=47;WE=116621162;WS=116621144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr10	116622339	rs41284358	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=0.920;SC=TAAATGTCCTATTTACATGTT;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=14;WE=116622347;WS=116622329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	116659253	rs10885629	A	G	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=36;PP=1578;SC=CCTCAGGCAGACGTTGCCTTC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=116659261;WS=116659243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	116697960	rs17092618	G	C	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=35;PP=2214;ReadPosRankSum=3.668;SC=GCGCACTCTTGTTGCATCATC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=182;TCF=128;TCR=54;TR=123;WE=116697968;WS=116697950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,130:0.67:194
chr10	116730337	rs6585309	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.180;SC=ATGTTAAAGTGAAGGTGAGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=116730345;WS=116730327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	116734069	rs6585312	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=0.735;SC=AATTTACTATGTCACTGTTAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=16;WE=116734077;WS=116734059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	116853177	rs2484265	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=282;SC=CCCTCCTCCTCCCGGTCAGGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=116853185;WS=116853169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	116856543	rs1264777	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=297;SC=TCTTCTGTTTTCATTTGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=116856551;WS=116856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	116931101	rs3086141	C	CTT	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1174;SC=ATGTTTTTCTCTAATAAAATC;SOR=1.418;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=23;WE=116931109;WS=116931091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	117075175	rs1953758	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=34;PP=1077;SC=ATGCACCACAGTGAGATGGTT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=117075183;WS=117075165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	117228794	rs10885721	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=488;SC=CTAACATTACATTCTATGTGT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=117228802;WS=117228784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	117278988	rs6421370	G	C	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=5;PP=118;SC=TCCCACAGAGGAGAGGTAACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=117278996;WS=117278978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	117309098	rs1336108	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=201;SC=CAAATATATGGATCTCTATTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=117309106;WS=117309088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	117486763	rs2254619	G	T	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=0.803;SC=TCCAGCAACTGCTTCGAGAAC;SOR=0.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=187;WE=117486771;WS=117486753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr10	117849353	rs2072276	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=-0.463;SC=GTGGTGGTAGTGGCAGTGGTG;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=31;WE=117849361;WS=117849343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr10	117856145	rs2072275	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=0.495;SC=CTTCTCCCATCCTGCTTCTCT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=11;WE=117856153;WS=117856135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr10	117856379	rs66851912	TGCACAC	T	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.61;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr10	117856392	rs7910122	G	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	117971016	rs7090693	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.597;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=808;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CCTCATGGTGTCCCTGAGGGC;SOR=0.225;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=48;WE=117971024;WS=117971006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr10	117986207	rs7094346	G	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=405;SC=ATTTCTATTAGTACTACATTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=117986215;WS=117986197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	118031349	rs1362216	G	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=506;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CTAACCCGGGGATTCGCGATC;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=42;WE=118031357;WS=118031339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr10	118031376	rs2532691	C	A	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=55;PP=2689;SC=CCCAAAAAGACACTTCTTCCT;SOR=1.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=146;WE=118031384;WS=118031366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	118031619	rs2577360	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGAGCTCAGCGTGCAGCGATC;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=118031627;WS=118031609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	118084468	rs41386650	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGATCCTCAGAGTTGGTTATA;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=34;WE=118084476;WS=118084458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,39:0.29:136
chr10	118084657	rs2286630	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=2.020;SC=TGCTGGGTGCTTGGAGCAGAA;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=24;WE=118084665;WS=118084647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr10	118187399	rs10787669	T	G	277.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	118187405	rs10787670	T	C	271.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.83;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	118231360	rs10736251	G	A	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	118231363	rs1897519	A	G	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	118231406	rs10749217	A	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=672;ReadPosRankSum=0.866;SC=GCAGAGTGAGAAACTGACGCT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=47;WE=118231414;WS=118231396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr10	118313116	rs2915749	T	C	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=26;PP=1859;SC=TATGTAAATATACTTTATGAT;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=93;WE=118313124;WS=118313106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	118313265	rs2915748	T	C	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=88;PP=2600;SC=CACCTTCCAATGTGCATGTCA;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=163;WE=118313273;WS=118313255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	118327091	rs45482192	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=1.807;SC=CAGTCCTTTATGTAGAAGAGG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=118327099;WS=118327081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	118327140	rs45523539	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GCACAGGGTGCGCCCTTCCCT;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=13;WE=118327148;WS=118327130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	118327175	rs45604937	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr10	118327185	rs45441691	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.214;SOR=1.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr10	118351905	rs1867991	A	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=672;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CGAAAACATGAAGCACTTCTG;SOR=0.688;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=38;WE=118351913;WS=118351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr10	118355695	rs2915765	A	T	5227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.454;SC=ACAGCAAAAAATGTCCTGAAA;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=332;TCF=197;TCR=135;TR=221;WE=118355703;WS=118355685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,229:0.66:345
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chr10	118359548	rs3816355	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=264;ReadPosRankSum=0.879;SC=TCTCCTTATTTGTTTTCCCAG;SOR=0.477;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=27;WE=118359556;WS=118359538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr10	118363642	rs3010501	T	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=888;ReadPosRankSum=0.478;SC=ACCAGTACAGTATCTTCAGGT;SOR=0.420;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=59;WE=118363650;WS=118363632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr10	118364818	rs2915754	G	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TAATCTAGAAGAGAAAACAGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=118364826;WS=118364814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	118364842	rs2915753	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=-1.814;SC=CTGGCATTGTATGGTAATTAG;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=15;WE=118364850;WS=118364832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	118380511	rs3010502	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=42;PP=1437;SC=GCCCCATGTGAGCAGGGGATT;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=118380519;WS=118380501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	118383463	rs56189579	A	AG	5323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=61;PP=2957;SC=CTAGGAAAAGAGTCTGCTACG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=82;WE=118383471;WS=118383453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	118387137	rs7092580	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=1.684;SC=TGCAAATAGGAAGCGGGGTCG;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=11;WE=118387145;WS=118387127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr10	118394551	rs2286779	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TAGAACAGAAGAAAGAGATGT;SOR=0.399;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=19;WE=118394559;WS=118394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr10	118397884	rs4751995	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.792;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr10	118397894	rs4751996	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr10	118398046	rs7910135	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	118401565	rs56012523	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AGTGATAGATCGCAATCATGT;SOR=1.038;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=7;WE=118401573;WS=118401555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr10	118404620	rs2301179	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=515;ReadPosRankSum=-2.130;SC=AACGTGGTGCAGCTATTGCGG;SOR=0.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=49;WE=118404628;WS=118404610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
chr10	118404700	rs2301178	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,50:0.32:154
chr10	118436068	rs2166634	G	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=46;PP=1437;SC=ACGATACCCAGGCTTATCTGC;SOR=1.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=118436076;WS=118436058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	118466662	.	G	GCA	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.631;SC=GCACCCATGCGCGCACACACA;SOR=0.804;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=118466672;WS=118466652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr10	118466664	rs79355850	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.74;ReadPosRankSum=0.673;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr10	118501765	rs3095121	A	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	118628036	rs1637571	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=584;SC=GTGTGTGTGCGTGTATGTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=118628044;WS=118628026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	118633548	rs1637574	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=1102;SC=TGAATTCATTATTTATCCCTT;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=42;WE=118633556;WS=118633538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	118643670	rs2257791	G	A	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=28;PP=1357;SC=TAAGCAGGACGTATGTAAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=118643678;WS=118643660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	118643859	rs78534932	A	C	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1104;ReadPosRankSum=0.644;SC=AATATCTTCCATCAAATACCT;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=70;WE=118643867;WS=118643849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
chr10	118646129	rs2531685	G	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1444;SC=AGAGAAAATAGTTGTCTCTGA;SOR=2.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=59;WE=118646137;WS=118646119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	118667346	rs2531690	A	C	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,79:0.29:268
chr10	118708315	rs10595325	GAGA	G	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=775;SC=CACAATATAGGAGAAGATTTT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=118708325;WS=118708305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	119001151	rs2619094	A	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=338;SC=TGGGGGGTCCACGGCCGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=119001159;WS=119001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	119014023	rs2072362	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr10	119014931	rs363420	C	T	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.350;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=73;PP=2079;ReadPosRankSum=2.358;SC=TGCTGGCACGCGCTTGGGCCA;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=131;WE=119014939;WS=119014921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,130:0.66:197
chr10	119014948	rs363343	C	A	4637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=73;PP=1959;ReadPosRankSum=0.748;SC=GCCACACCTGCTTTCTGAAGA;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=179;TCF=80;TCR=99;TR=123;WE=119014956;WS=119014938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr10	119026401	rs363266	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=15;PP=650;SC=TTTCTGCCTTTGCTGTTACAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=119026409;WS=119026391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	119026566	rs363227	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	119027123	rs363228	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=157;SC=TCAAGACTTTCCGAGATGATT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=119027131;WS=119027113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	119027411	rs363271	G	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=237;SC=TCCGTGTAAAGACACCTGCTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=119027419;WS=119027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	119029515	rs363230	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=839;SC=AGACACACTCCCTGATATTCG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=119029523;WS=119029505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	119029744	rs363272	G	A	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=78;PP=2799;SC=ACCTCAATACGTAATGGATAA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=152;WE=119029752;WS=119029734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	119042761	rs363293	C	T	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=39;PP=1847;SC=CATTTGAAAGCTTAAATAGAC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=119042769;WS=119042751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	119043458	rs140922572	T	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGTTGTTTTATTGACTGACTT;SOR=0.669;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=84;WE=119043466;WS=119043448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,92:0.34:268
chr10	119134707	rs78645354	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-1.527;SC=ACCCAGCACGGCCGACGCCAG;SOR=0.699;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=38;WE=119134715;WS=119134697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,41:0.29:139
chr10	119307524	rs2240776	T	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.448;SC=AGGCACTTGATAGAAGGGTGC;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=119307532;WS=119307514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	119768551	rs7923321	C	T	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=2.112;SC=ATGGTTCATACGGCACTCTGA;SOR=0.544;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=182;WE=119768559;WS=119768541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr10	119793629	rs2928118	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=450;SC=ACGCTACCACCGTACACAATT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=119793637;WS=119793619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	120070427	rs4751651	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=2.626;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr10	120070709	rs3213691	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=25;SC=AAAATCTTAAGTAAACTCACC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=120070717;WS=120070699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	120070843	rs34120011	G	GA	604.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.8550;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.861;SC=TTACAAAGGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=16;WE=120070851;WS=120070833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr10	120081948	rs853911	C	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=79;PP=2286;SC=TAACCTAAAACTAATCATGAG;SOR=2.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=105;WE=120081956;WS=120081938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	120353910	rs1613448	T	C	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=ACCACCACGATCACCACCAGC;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=232;WE=120353918;WS=120353900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	120354818	rs3740551	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.124;SC=ATCCGACCTCCTACACCAGCC;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=15;WE=120354826;WS=120354808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr10	120445797	rs34771788	T	TA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=151;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AAAAAAGGCTTAAAAAAAATC;SOR=0.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=12;WE=120445805;WS=120445787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr10	120460715	rs2274314	G	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=1.263;SC=TTCAGAAGATGTTAACATTGG;SOR=0.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=29;WE=120460723;WS=120460705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr10	120796572	rs11336519	TC	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	120803435	rs565922	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.180;SC=CAAACCCACACGCAATCAGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=120803443;WS=120803425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	120803746	rs3740553	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TTTGTACTTATAACAATATGA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=4;WE=120803754;WS=120803736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	120803788	rs658352	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	120810623	rs669964	A	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1346;ReadPosRankSum=0.397;SC=TAACTCAATAAAGAATATACC;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=84;TCR=47;TR=81;WE=120810631;WS=120810613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,83:0.60:138
chr10	120817450	rs10886375	A	G	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=25;PP=2306;SC=ATTTTTTAATAACTAAGATGC;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=82;TCR=25;TR=107;WE=120817458;WS=120817440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	120818609	rs6585524	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=398;SC=CTATAGGAAACATATCATAAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=120818617;WS=120818599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	120819453	rs10787901	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	120819458	rs10787902	T	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	120820224	rs3740555	C	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=18;PP=779;SC=GAGCACATAACATCACAAAAC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=120820232;WS=120820214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	120828969	rs7908387	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=460;SC=TTTGCATCTCATCTTGTGTGA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=120828977;WS=120828959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	120832872	rs1397616	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=173;SC=AAACATCTACTTCAAAAGGAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=120832880;WS=120832862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	120864868	rs1511033	T	C	185.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=158;SC=AGCGCAATCATCGCTCTCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=120864876;WS=120864858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	120865187	rs11198775	T	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TTTTTAATTATTCACACTAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=120865195;WS=120865177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	120889022	rs3802739	T	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.260;NF=40;NR=11;PP=955;ReadPosRankSum=-0.231;SC=ATGTTTGTGATGCAGGTTACG;SOR=0.867;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=51;WE=120889030;WS=120889012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr10	120896027	rs11198799	G	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=59;PP=2104;SC=ACCTAGCACCGTTTTCAGAAG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=120896035;WS=120896017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	120905940	.	CGTGTGTGT	C,CGTGT	1873.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.11;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=2,2;NR=33,33;PP=1075,546;SC=TGAATCAGGGCGTGTGTGTGT;SOR=3.209;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=35,35;WE=120905959;WS=120905930;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.25:52
chr10	120905976	rs33947324	C	CGT	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=38;PP=767;SC=TGTGTGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=3.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=38;WE=120905984;WS=120905966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	120917269	rs2420494	A	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=29;PP=1814;SC=AAAGTACTTAATTAGCAAATA;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=120917277;WS=120917259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	120917445	rs2275111	G	A	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=138;PP=2965;SC=AAAACCTGCCGAGAGGGGCAA;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=131;TCR=138;TR=269;WE=120917453;WS=120917435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr10	120919179	rs3740558	G	A	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=33;PP=1860;SC=CTGAGGTTAGGAGGAGAGTGG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=120919187;WS=120919169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	120919246	rs2181118	T	C	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=69;PP=2558;SC=TCACCGTGGGTGCCATGAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=170;WE=120919254;WS=120919236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	120920588	rs10749291	T	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=85;PP=2560;SC=TCCAAGCTTCTTGTATCTTAA;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=31;TCR=85;TR=116;WE=120920596;WS=120920578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	120924874	rs933092	G	C	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=93;PP=2965;SC=TGCGTCCCCTGCCGCGCCCTA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=208;WE=120924882;WS=120924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	120928938	rs2271362	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=630;SC=GTCTTTAATTCTCCTTTTAAT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=120928946;WS=120928928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	120933324	rs3758609	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=367;SC=CACAGTTCACGTCGTGAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=120933332;WS=120933314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	121093160	rs10886461	A	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=9;PP=570;SC=CAGGGAGACTACTTAGGTGCT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=121093168;WS=121093150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	121140511	rs4751714	A	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=42;PP=1380;SC=CAAAGGAAAAAATAGATCTCA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=121140519;WS=121140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	121140534	rs2275037	C	G	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=32;PP=1015;SC=GGTTAGAAGACTGAGGAATAA;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=121140542;WS=121140524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	121190113	rs915120	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=293;SC=TCAGTGGCCTTGGGGCTATCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=121190121;WS=121190103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	121199189	rs2245364	T	C	7843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=171;NR=102;PP=2965;SC=GATGCCAGTGTATCCTACCTG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=171;TCR=102;TR=273;WE=121199197;WS=121199179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr10	121199437	rs915116	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=538;SC=AAGCTGTGAGTGTGAACAGAG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=121199445;WS=121199427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	121201626	rs2275044	T	C	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=72;PP=1896;SC=CCTGTGTCAATGCACCTTGAG;SOR=1.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=120;WE=121201634;WS=121201616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	121287019	rs3009921	G	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=44;PP=1218;SC=CAGCACTGCCGTCACCATCAC;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=121287027;WS=121287009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	121338401	rs4752334	T	A	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=93;PP=2848;SC=AATAAGACTCTGTAAGATGAA;SOR=2.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=35;TCR=93;TR=128;WE=121338409;WS=121338391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	121347839	rs146020828	TTTTC	T	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=691;SC=ATTCATCACCTTTTCTTTCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=16;WE=121347850;WS=121347829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	121429633	rs2234962	T	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1309;ReadPosRankSum=0.610;SC=AGATAAACAGTGTGGACAGGT;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=63;TCR=102;TR=103;WE=121429641;WS=121429623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,113:0.63:178
chr10	121435955	rs196294	A	C	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=31;PP=1976;SC=TTAAAAATATATTTTTGTGTC;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=102;WE=121435963;WS=121435945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	121436362	rs196295	A	G	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=86;PP=2965;SC=TGGAGAAGGTACAGGGGCTGG;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=189;WE=121436370;WS=121436352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	121551581	rs2289306	A	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=CAGGGTTTGCACTTGGGAAGA;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=188;WE=121551589;WS=121551571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	121557940	rs35547475	CTT	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=400;SC=TTTAGACAATCTTAGTTCATT;SOR=1.765;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=121557949;WS=121557930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	121571507	rs3781503	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=585;SC=CTTGCTTAACTGATGTTGGGA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=121571515;WS=121571497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	121582556	rs2289307	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=713;ReadPosRankSum=1.249;SC=AACATTTAACTTTATACGTAT;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=56;WE=121582564;WS=121582546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,61:0.38:159
chr10	121586827	rs56055506	A	G	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CAGAGACCAGATCTGTGTCTC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=181;TCR=129;TR=205;WE=121586835;WS=121586817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,213:0.66:324
chr10	121586882	rs3188055	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1467;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCAAGTTTCAAATGAAACCCA;SOR=0.605;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=328;TCF=174;TCR=154;TR=102;WE=121586890;WS=121586872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,109:0.32:336
chr10	121591511	rs2273747	G	A	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.442;SC=AATAATGGACGTGCGCCACTT;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=284;TCF=140;TCR=144;TR=191;WE=121591519;WS=121591501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,206:0.67:307
chr10	121596498	rs34118671	C	T	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=1769;ReadPosRankSum=0.294;SC=AATCCACCTTCTGCCACGTTA;SOR=0.920;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=120;WE=121596506;WS=121596488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,127:0.64:198
chr10	121601895	rs61869087	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.725;QD=27.30;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr10	121601898	rs61869088	C	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.724;QD=25.52;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	121601977	rs7088166	C	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=854;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CAGGATACAGCACTTACACTG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=51;WE=121601985;WS=121601967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr10	121607324	rs17099343	C	T	362.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=1.782;SC=GATCAGGAAACAGACCTTAAA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=14;WE=121607332;WS=121607314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr10	121632139	rs11556854	C	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1600;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CGGAGGCGATCCGCGGGCCGA;SOR=0.438;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=106;WE=121632147;WS=121632129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr10	121674228	rs142923544	A	AT	3214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.083;NF=24;NR=41;PP=1265;ReadPosRankSum=0.018;SC=AGGTTTAAAAATTTTTTTTGA;SOR=0.605;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=65;WE=121674236;WS=121674218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,138:0.64:216
chr10	121677604	rs45590041	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=1.386;SC=TTGTTGAGTCATAACTGCTTT;SOR=1.493;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=121677612;WS=121677594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	121678110	.	T	TTTTGTTTG	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=2.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr10	121678896	rs2475300	C	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=511;ReadPosRankSum=1.267;SC=CGTAGATCAGCAGTCATTATA;SOR=1.675;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=26;WE=121678904;WS=121678886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr10	121679013	rs2475298	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1465;ReadPosRankSum=1.300;SC=TGTTGAAAATAAAGAAGTCCT;SOR=0.868;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=84;WE=121679021;WS=121679003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,88:0.70:126
chr10	121717932	rs11199132	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr10	121717956	rs34665773	GT	G	767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.757;HP=11;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=271;ReadPosRankSum=1.875;SC=GCAAGTGATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=28;WE=121717965;WS=121717946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr10	121718112	rs11199134	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=-1.557;SC=GCAGAAGTCACGAGCAGGGTG;SOR=0.629;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=50;WE=121718120;WS=121718102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr10	122216790	rs10886691	A	T	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=978;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GCACCAGCTGACGCCGCGGGA;SOR=0.457;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=67;WE=122216798;WS=122216780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,74:0.64:116
chr10	122216862	rs67319648	C	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1139;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCCTGCTCTTCGGAGTCTTCG;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=139;TCR=123;TR=91;WE=122216870;WS=122216852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,99:0.36:278
chr10	122263555	rs2478418	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.383;SC=AAAGAGAAGGAGAGCAGCCCA;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=122263563;WS=122263545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	122273276	rs5788426	CT	C	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.112;NF=8;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.648;SC=ATACATCATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.069;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=10;WE=122273284;WS=122273266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr10	122334561	rs4751791	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=887;ReadPosRankSum=0.470;SC=GTGTGCAAGACGGCAGACGGA;SOR=1.197;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=48;WE=122334569;WS=122334551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr10	122357724	rs41287952	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GGTATATCTGTGGTGTAGCTT;SOR=1.118;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=12;WE=122357732;WS=122357714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr10	122619466	rs3217470	TAC	T	433.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;MQRankSum=0.548;QD=25.52;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr10	122622121	rs3816173	A	C	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=107;SC=TATGTTATGAATGCATAACAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=122622129;WS=122622116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	122624679	rs10886789	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,38:0.26:147
chr10	122626038	rs2289335	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=1.767;SC=GTAGTGGTATCGATATGGCTG;SOR=0.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=22;WE=122626046;WS=122626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr10	122630587	rs4281410	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTATACTTTTAGACCTGAAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=122630595;WS=122630577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	122640243	rs4751805	T	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAGGGTAGGATGGGTAGGACT;SOR=0.036;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=122640251;WS=122640233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	122643597	rs4752469	C	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CATATTAGTGCAATTCCAATT;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=15;WE=122643605;WS=122643587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	122643699	rs4752470	G	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr10	122645376	rs7899928	A	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=0.750;SC=AGCAACTTGCAACTCGAGAGG;SOR=0.578;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=25;WE=122645384;WS=122645366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr10	122646113	rs7079527	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=1.252;SC=CCTCTTAATGCGTCTGTACTT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=122646134;WS=122646103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	122646126	rs7079781	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGTACTTTGGGCAAGTTAAT;SOR=0.399;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=122646134;WS=122646103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	122646160	rs11395714	G	GA	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr10	122646379	rs7079830	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=254;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ATCTTCATCAAGAAGATTTTG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=22;WE=122646387;WS=122646369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr10	122648750	rs141904743	T	TTTTTGTTTTGTTTTG	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.017;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr10	122649482	rs2289337	A	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=997;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AATTAATAGCAATGTACAATG;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=66;WE=122649490;WS=122649472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr10	122659490	rs2289336	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=300;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TGAAGCTTCACTGTAGTATAA;SOR=1.150;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=20;WE=122659498;WS=122659480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr10	122663585	rs1652727	G	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=22;PP=864;SC=GGGTTAATCTGCAGGAAGTGA;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=122663593;WS=122663575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	122664388	rs10886798	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=515;ReadPosRankSum=1.277;SC=AGCAAAGTATCTGATTAGTAG;SOR=1.018;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=33;WE=122664396;WS=122664378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr10	122664694	rs10788127	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=54;SC=TTATGTTTCAGAATTTAAATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=122664702;WS=122664684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	122664967	rs1866516	C	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=46;PP=1556;SC=CCTCAACATTCGGGATAGAAA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=122664975;WS=122664957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	122665285	rs1652726	A	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=438;SC=CAAGCAGAGCATAGCCTGTAT;SOR=2.124;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=122665293;WS=122665275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	122665310	rs3740306	T	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr10	123241794	rs2556537	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=2.083;SC=TTGGTTTCTTCCCCCCCTTGA;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=16;WE=123241802;WS=123241784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr10	123247037	rs2981461	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	123247044	rs2981460	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=124;SC=TCTCGGTTTTTACTAGTCAGT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=123247052;WS=123247027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	123247669	rs111564057	AC	A	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=371;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TAATTTCAAAACACCGCCAGA;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=123247677;WS=123247659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	123263478	rs3135774	C	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=730;ReadPosRankSum=0.751;SC=TGCAAAGACACAGATGTAATC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=39;WE=123263486;WS=123263468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr10	123277742	rs2420942	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=266;SC=AAGGATCAACCATGCAACCAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=123277750;WS=123277732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	123279745	rs2981448	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=287;SC=AATAAATAAGCTGTGTTGTCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=123279753;WS=123279735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	123298158	rs1047100	T	C	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=CATTCTCCACTACACAGGTAT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=123298166;WS=123298148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	123596254	rs4237536	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=263;SC=TCTTGGGACATGAATGAATGT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=123596262;WS=123596244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	123673339	rs10749435	T	C	6664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=103;NR=133;PP=2965;SC=CCCCTTTAGCTAGAAATTTCA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=103;TCR=133;TR=236;WE=123673347;WS=123673329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	123719835	rs10887033	T	A	327.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr10	123724701	rs34074742	AC	A	699.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=716;SC=CTGGCTCCAGACCCGCACACT;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=16;WE=123724713;WS=123724691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	123724705	rs11351821	G	A	708.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=339;ReadPosRankSum=2.159;SC=CTCCAGACCCGCACACTTAGA;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=123724713;WS=123724691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr10	123724767	rs4752626	T	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=76;NR=29;PP=2063;SC=TTAACTTTAATGTGTTTTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=105;WE=123724778;WS=123724757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	123733511	rs10887034	C	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=0.139;SC=TATAAAATAACAAATTACCTT;SOR=0.387;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=123733519;WS=123733501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr10	123781339	rs2461221	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=0.773;SC=ATGTGACCGTAGAGATAAACA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=12;WE=123781347;WS=123781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	123792509	.	A	AACT	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	123792527	rs11361502	AC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=2.464;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	123842065	rs2459103	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=508;SC=AGGGCACTTGATGCCCTTTTG;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=123842073;WS=123842055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	123845322	rs7073433	T	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=80;PP=2965;SC=AATGGAGTGCTGGGCCACTTC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=159;WE=123845330;WS=123845312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	123902994	.	G	GAATGGGT	361.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=605;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TCCATGTGTGGGCGGGTGGGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=123903003;WS=123902984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	123902995	.	GC	G	361.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=605;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CCATGTGTGGGCGGGTGGGTT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=123903003;WS=123902984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	123976391	rs10444046	C	A	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=121;PP=2965;SC=CTCGGAGAATCCTGCCCCTAG;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=192;WE=123976399;WS=123976381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	123984442	rs2281671	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	123996976	rs2295879	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,33:0.20:161
chr10	124001539	rs11200496	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-1.924;SC=ACCTGCGGGGGCTCAGGCCGG;SOR=0.498;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=18;WE=124001547;WS=124001529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr10	124008927	rs2273794	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=1.424;SC=TCTCATGGGCTCCTGTGCTCC;SOR=0.387;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=14;WE=124008935;WS=124008917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr10	124008959	rs2273795	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr10	124009261	rs10887111	G	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=2.103;SC=GACAGGCTGGGCTTCCCTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=124009269;WS=124009251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	124013604	rs3763763	C	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1713;ReadPosRankSum=0.826;SC=TTAACTGTTGCGTGCAATATG;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=103;WE=124013612;WS=124013594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr10	124034528	rs7096744	G	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=828;ReadPosRankSum=0.737;SC=TATGGAAAATGTCACCTTTAC;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=59;WE=124034536;WS=124034518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr10	124034703	rs7080859	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=981;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GGGGCTGGGTTCTGCACCACC;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=61;WE=124034711;WS=124034693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr10	124034779	rs7097124	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=0.182;SC=CCGTCCAGAGGGCAGAGAGCA;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=124034787;WS=124034769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr10	124036141	rs6585808	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=1.169;SC=TGGAATACAGTGTCTTTGCCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=124036149;WS=124036131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	124036190	rs7086389	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=447;ReadPosRankSum=-1.596;SC=TGTTCAAAAATTAACCAGCAC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=26;WE=124036198;WS=124036180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr10	124036226	rs7086403	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=650;ReadPosRankSum=0.181;SC=GATTTCCTTCTTGCTATACAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=44;WE=124036234;WS=124036216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr10	124036494	rs7090214	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=0.647;SC=AATGGCCCATTATTCCTGGGA;SOR=0.190;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=10;WE=124036502;WS=124036484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	124036543	rs7072288	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TGATTGGCTGCAGTGGCTGTC;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=124036551;WS=124036533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	124066652	rs7082865	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=409;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TACAAGCAGCGTGATTTTGTG;SOR=0.374;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=27;WE=124066660;WS=124066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr10	124089036	rs2421013	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=987;ReadPosRankSum=0.863;SC=GACATAGGACGGAGCTTGAGG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=69;WE=124089044;WS=124089026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr10	124089075	rs986178	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=607;ReadPosRankSum=1.012;SC=CGTCTGCACGGCATCACCAAA;SOR=1.172;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=38;WE=124089083;WS=124089065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr10	124091855	rs5788544	A	AG	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.541;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=352;ReadPosRankSum=2.044;SC=AAACCTGGTGAGGGGGGCAGG;SOR=0.056;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=124091863;WS=124091845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	124091921	rs4627016	C	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=1006;ReadPosRankSum=-1.815;SC=AGGATCCCACCGTGGTCAGCT;SOR=0.388;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=55;WE=124091929;WS=124091911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr10	124096306	rs3817285	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TGAAGATCCCTGGAAAATCTG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=124096314;WS=124096296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	124097427	rs11200559	G	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=304;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCATAGTTGAGAGCCAGCATT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=14;WE=124097435;WS=124097423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	124097755	rs2271597	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=660;ReadPosRankSum=0.986;SC=ATTTGAGGGTGGAACGTGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=32;WE=124097763;WS=124097745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr10	124152936	rs3838776	G	GA	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=239;SC=ACAGGCTTTAGATTTGTCTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=124152944;WS=124152926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	124159835	rs9988734	A	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=704;ReadPosRankSum=0.977;SC=GAAGTGAGGAACCCGTCTCTA;SOR=0.727;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=52;WE=124159843;WS=124159825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr10	124166018	rs41310276	T	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr10	124175273	rs4751892	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.022;SC=ATCTGTTTCTGACTAATCTAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=124175281;WS=124175263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	124183732	rs4405249	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.516;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	124186367	rs2292625	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GTTGATGACAGTATTTTAAGT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=124186375;WS=124186357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	124189010	.	T	TTG	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.4996;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=25;QD=28.0;SC=GCTGCTGCCTTTGTGTGTGTG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=1;WE=124189018;WS=124189000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,1:0.17:6
chr10	124214355	rs2736911	C	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.874;SC=TTCCACTCTGCGAGAGTCTGT;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=221;TCF=124;TCR=97;TR=90;WE=124214363;WS=124214345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,94:0.40:235
chr10	124216384	rs72511653	C	CTA	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=-2.552;SC=CGTCATGTGTCTTTAAAAATG;SOR=1.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=8;WE=124216392;WS=124216374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	124221720	.	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=990;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GGTGGGCAGGTTGAGGGGCAG;SOR=0.284;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=61;WE=124221728;WS=124221710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr10	124266991	rs147948338	GTTGT	G	995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=1.418;QD=25.53;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr10	124271589	rs2672586	G	A	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.92;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	124271589	.	GGAGTCG	AGAGTCA,AGAGTCG	476	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=18,33;NR=18,40;PP=474,476;QD=14.6518854128;SC=AGCGTGAGTTGGAGTCGTTTT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=36,73;WE=124271603;WS=124271579;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:73
chr10	124271595	rs2272599	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr10	124320116	rs74629622	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.037;SC=AATCAAACACACCTAAGTTTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=124320124;WS=124320106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr10	124320194	rs2981745	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=331;ReadPosRankSum=0.788;SC=ATAGCAGCAGTAGAAATATAC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=28;WE=124320202;WS=124320184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr10	124325400	rs17748235	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=2305;ReadPosRankSum=0.544;SC=TGTGATTGTACGGTGAAGCTA;SOR=0.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=65;WE=124325417;WS=124325390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr10	124325409	rs3019515	T	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=1540;ReadPosRankSum=-1.439;SC=ACGGTGAAGCTAAAGCCAATT;SOR=0.457;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=57;WE=124325417;WS=124325390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr10	124325569	rs3019516	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CTCCTCTGCTACTGTTGGCTA;SOR=1.162;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=26;WE=124325577;WS=124325559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr10	124325631	rs2981768	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=332;SC=CCTTGTCGAATGCAGGAATGC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=124325639;WS=124325621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	124329580	rs11524819	C	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr10	124329583	rs11524820	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr10	124329672	rs3740220	TC	CT	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,41:0.27:151
chr10	124329710	rs11523871	C	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,46:0.29:161
chr10	124329746	rs3740222	A	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr10	124329801	rs3740223	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr10	124330240	rs2981790	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.313;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=1094;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCCAGCCTGGAGCCAGTACGG;SOR=0.178;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=26;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr10	124330252	rs2981791	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=1094;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCAGTACGGTAACACAGTGAT;SOR=0.336;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=32;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr10	124330427	rs3013236	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=769;ReadPosRankSum=1.931;SC=CCCTCGGAGTCGACCCTGGAG;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=68;WE=124330435;WS=124330417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,73:0.35:209
chr10	124331867	rs7084792	C	T	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=78;PP=2965;SC=TGGAGTCAACCGTAGCAGAAG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=165;WE=124331875;WS=124331857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	124331944	rs2277229	C	T	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=2582;ReadPosRankSum=0.583;SC=TCATCTCTGACCCAGATGAGG;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=54;WE=124331971;WS=124331934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,57:0.37:155
chr10	124331957	rs2277230	T	C	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,52:0.37:141
chr10	124331963	rs2277231	A	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr10	124332035	rs2277232	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TATGTGCAACTCTGAGTCCAT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=10;WE=124332043;WS=124332025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr10	124333308	rs2277235	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.580;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.700;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,33:0.24:137
chr10	124335866	rs1985025	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=424;ReadPosRankSum=0.086;SC=GCCCTGAGACCTTGTGCCTCA;SOR=0.641;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=36;WE=124335874;WS=124335856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr10	124338476	rs1985796	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-1.050;SC=AAGATCATTAGGAATCATTAG;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=124338484;WS=124338466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	124351267	rs141143755	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=525;ReadPosRankSum=-1.397;SC=AGTAAAGATCCTCATTCAGGT;SOR=0.292;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=35;WE=124351275;WS=124351257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr10	124389296	rs3013177	C	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=555;ReadPosRankSum=0.473;SC=ACAGATGATTCCTTGTCACAA;SOR=0.264;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=24;WE=124389304;WS=124389286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr10	124399467	rs2261655	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=415;SC=TGTTGAGTCACGTCCCTCTCA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=124399475;WS=124399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	124399985	rs2261660	G	T	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=51;PP=1617;SC=GTCTTTATGCGATGGCCTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=124399993;WS=124399975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	124402677	rs1052715	A	G	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=119;PP=2965;SC=ACTCCTCGCCATCTCTTCGCA;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=181;TCR=119;TR=299;WE=124402685;WS=124402667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	124402944	rs8441	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=0.779;SC=ACTGTCCACCGGGGCGCAGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=21;WE=124402952;WS=124402934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	124436530	rs3019500	G	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=-2.044;SC=ACAATTTGACGACATTTTCAC;SOR=1.493;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=124436538;WS=124436520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	124457452	rs2947594	C	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=91;PP=2965;SC=GGTTTCTTTGCGGGGAGGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=176;WE=124457460;WS=124457442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	124457906	rs2901343	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=910;ReadPosRankSum=0.925;SC=GTTTGTAGTCCGGAGACAGCA;SOR=0.671;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=61;WE=124457914;WS=124457896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,61:0.31:195
chr10	124459139	rs11813597	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.116;SC=ACCGCAACGGTGAAGCAGAAC;SOR=0.615;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=13;WE=124459147;WS=124459129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr10	124594153	rs11248321	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=377;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AACACAAAAAATTACTTTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=16;WE=124594161;WS=124594143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	124610027	rs1891110	G	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=57;PP=1533;ReadPosRankSum=1.730;SC=AGCGATGACAGGCATAATCAC;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=79;WE=124610035;WS=124610017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr10	124648150	rs10902838	A	G	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1982;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TCCAGAATTTATGTAGTCAAG;SOR=0.698;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=123;WE=124648158;WS=124648140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,130:0.67:193
chr10	124648285	rs10902839	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=645;ReadPosRankSum=-2.193;SC=TGGTAGGTGGGAGAATTAGAT;SOR=0.342;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=39;WE=124648293;WS=124648275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr10	124653996	rs12255784	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=515;ReadPosRankSum=0.762;SC=TCAGCCCAGCTGAAGGGGCAG;SOR=1.045;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=33;WE=124654004;WS=124653986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr10	124654345	rs35248586	CT	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=121;ReadPosRankSum=-3.106;SC=TGTAACTACACTTTTTTTTTT;SOR=1.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=13;WE=124654353;WS=124654335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	124672500	rs190157106	T	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AAAATCTTCATGAGCAATATT;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=63;WE=124672508;WS=124672490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr10	124697198	rs10794580	G	A	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1441;ReadPosRankSum=0.432;SC=ATCGAAACTCGTATGTCTTAA;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=93;WE=124697206;WS=124697188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr10	124711589	rs147647614	CTTTTAA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=0.967;SC=TATATTGTCACTTTTAATAGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=124711602;WS=124711579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr10	124749740	rs11190	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr10	124768423	rs72839755	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTAGGCAGCAGGGGGCAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=124768431;WS=124768413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	124768583	rs12263012	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr10	124787047	rs10794584	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr10	124787118	rs10902863	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.628;SC=TGTAAGTCCAGTTAAACCTCT;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=6;WE=124787126;WS=124787108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	124812487	rs2421166	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=1;PP=1146;SC=CACTAACAGTAAATCCATGTT;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=124812495;WS=124812477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	124812685	rs74264567	ATT	A,AT	1906.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.178;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=56;PP=882;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TGGTAAATAGATTTTTTTTTT;SOR=1.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=60;WE=124812705;WS=124812675;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.79:90
chr10	125425822	rs10902974	T	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	125426412	rs12263344	A	G	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GCCGGCGGCCAGACGAGCGCC;SOR=0.603;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=104;WE=125426420;WS=125426402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,107:0.69:154
chr10	125426565	rs4980313	G	C	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=99;PP=2890;SC=TGCAGACGCTGGTGCTGCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=125426573;WS=125426555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	125426627	rs3808964	G	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=783;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GGGAACAGCCGCGCGGGATCT;SOR=0.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=44;WE=125426635;WS=125426617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr10	125447705	rs1878166	A	G	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=75;PP=2223;ReadPosRankSum=1.819;SC=AAGAGTTTAGAATGAGGCAGC;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=66;TCR=111;TR=116;WE=125447713;WS=125447695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,125:0.66:189
chr10	125506302	rs7088479	T	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=19;PP=1872;SC=TCGTCTCTTCTGCCCCCGCAG;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=85;WE=125506310;WS=125506292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	125521533	rs10794566	G	A	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,174:0.74:235
chr10	125521590	rs10794567	G	A	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=84;PP=2533;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GGTCGTAGGGGTACGCCACCA;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=166;WE=125521598;WS=125521580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,172:0.75:228
chr10	125521721	rs10751743	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=666;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AAAATAAGCAGGAAGTCATTT;SOR=1.531;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=39;WE=125521729;WS=125521711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr10	125521751	rs10794568	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGCTGTCAAACAGGGACATAG;SOR=1.473;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=25;WE=125521759;WS=125521741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr10	125526689	rs1896392	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=1.226;SC=GTGAGAGTGTGAAGAATGCAC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=125526697;WS=125526679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr10	125602021	rs10794571	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=2.276;SC=AGAAAGAAAGCGGTGTTCTTC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=34;WE=125602029;WS=125602011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr10	125602943	rs6599625	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=11.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=1.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr10	125622250	rs11299200	CA	C	5795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=75;PP=2951;SC=CTGGAAAGGACAAATGCTTGT;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=21;TCR=81;TR=95;WE=125622258;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	125673492	rs7893288	A	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGTGAGCACCAGAGTCAGGCC;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=83;WE=125673500;WS=125673482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,85:0.62:136
chr10	125673547	rs4329614	T	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.131;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1143;ReadPosRankSum=1.097;SC=AATCCAACCTTAAAGGCAGGA;SOR=1.061;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=72;WE=125673555;WS=125673537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr10	125780752	rs5788645	CG	C	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.873;QD=30.40;ReadPosRankSum=1.779;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr10	125780759	rs4072194	G	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.960;NF=19;NR=9;PP=561;ReadPosRankSum=2.052;SC=GTACGGGGGGGGGGGGTACAC;SOR=1.109;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=28;WE=125780767;WS=125780742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr10	125780958	rs9422312	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=583;ReadPosRankSum=1.724;SC=ATATTTTTACCACCCATGAAC;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=53;WE=125780966;WS=125780948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,60:0.31:195
chr10	125801761	rs28698985	A	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GCCTGGAGCCAGAGCCAGGAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=6;WE=125801769;WS=125801751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr10	125801809	rs28716482	C	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GTGACACAGACGCCTTACCGA;SOR=1.302;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=21;WE=125801817;WS=125801799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr10	126086730	rs2459217	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=931;SC=ATCCCTTGCCGTATGTATGGG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=126086738;WS=126086720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	126089656	rs2459215	T	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=265;SC=CTAGATAAAATACCAGAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=126089664;WS=126089646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	126089703	rs2491158	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=78;SC=GCCTGTATTAGTTTCTAATTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=126089711;WS=126089693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	126091814	rs2240882	A	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=41;PP=1198;SC=CTCACCAACTATTTCCTTTGT;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=41;WE=126091822;WS=126091804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	126093991	rs9422807	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=935;SC=AGCACTATGATGCTAGTGAAA;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=126093999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	126097716	rs7923012	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=GAATTACTAAGAATTGTATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=126097724;WS=126097706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	126100523	rs10794058	G	A	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=38;PP=2181;SC=GGGAAAAGACGGATTAATTTG;SOR=1.353;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=118;WE=126100531;WS=126100513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	126150388	rs2491156	C	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr10	126172863	rs6597801	A	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2352;SC=CTGAAGGAGCAAGGCCTGCGA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=126172871;WS=126172853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	126185451	rs10794134	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=0.176;SC=ACAGGCCCGGTGCTCAGCTCC;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=126185459;WS=126185441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	126185618	rs3824810	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=687;ReadPosRankSum=1.635;SC=TCTGTCCCAAACTCTCTTCAG;SOR=0.950;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=53;WE=126185626;WS=126185608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr10	126185707	rs3824809	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-1.850;SC=GCCTTTTGGGCTTCCACAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=16;WE=126185715;WS=126185697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr10	126186771	rs17620824	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.566;SC=GGAATGGATTACAGGACTCAG;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=15;WE=126186779;WS=126186761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr10	126187385	rs148437146	GC	G	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	126384610	rs10901807	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=1.347;SC=GAAGAGTCCCGGGGCTGCTCT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=7;WE=126384618;WS=126384600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	126395123	rs7897256	T	C	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=52;PP=2586;SC=TTTGCTAAGCTTAGGTGCTCA;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=130;WE=126395131;WS=126395113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	126480556	rs10901821	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CGACGCCCTCTGCTCTACCCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=126480564;WS=126480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	126505045	rs77845805	T	C	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=20.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr10	126517989	rs2303611	G	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1325;ReadPosRankSum=0.290;SC=AGGATGGAGTGATGAAAGACA;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=90;WE=126517997;WS=126517979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,102:0.60:171
chr10	126518142	rs41300560	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.068;SC=TGACAAATAGAGTTAGGATCC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=126518150;WS=126518132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	126519852	rs75786278	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TTGTAATCAGCGCTGAATTTA;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=57;WE=126519860;WS=126519842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,62:0.33:190
chr10	126629204	rs7074163	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=378;SC=CACTATAAATGGTGTATGGAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=126629212;WS=126629194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	126660781	rs3802700	A	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=325;SC=GAAAGCACATAACATAGCTAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=126660789;WS=126660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	126662451	rs3740534	C	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=210;SC=TTCACTGTTACAGAGTGAACA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=126662459;WS=126662441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	126678122	rs140913543	GT	G	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=25.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.72;MQRankSum=-5.197;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr10	126678128	.	T	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.727;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=26.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQRankSum=-5.251;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr10	126686827	rs1982225	T	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=59;PP=1688;SC=CTCCTGAGACTCGGTTGTTGG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=126686835;WS=126686817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	126692193	rs750599	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.821;SC=GAGGGCACCGCCTCCACCTGC;SOR=1.148;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=126692201;WS=126692183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr10	126714714	rs2946994	G	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr10	126714966	rs3012075	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr10	126715154	rs3781412	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=560;ReadPosRankSum=0.732;SC=TGCTGTCTGCAGAGGAGCCGC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=41;WE=126715162;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr10	126715629	rs3781409	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1607;ReadPosRankSum=0.729;SC=CTGGGGTCCACAACCAGGCAC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=62;TCR=98;TR=101;WE=126715637;WS=126715619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,108:0.65:167
chr10	126716346	rs2938006	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr10	126721441	rs2839737	C	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr10	126727353	rs2289431	C	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCTCCTAGTCCCCAACCCCGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=126727361;WS=126727343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	127426430	rs3740181	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=16;PP=1047;SC=AACAAAAACAATATGTTGACC;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=127426438;WS=127426420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	127426588	rs3740180	C	A	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=54;PP=1739;SC=TCACTTTTTTCGTAAAGTTTG;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=127426596;WS=127426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	127426835	rs3943225	G	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=21;PP=1921;SC=AAGTTAGATAGATAGTGAATG;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=91;WE=127426843;WS=127426825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	127436411	rs2296832	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ATTTTTTTCTTCCCCCTCAAA;SOR=0.422;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=182;WE=127436419;WS=127436401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr10	127441573	rs10751530	G	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=54;PP=1494;SC=TATGTGTGTGGGTATATATAC;SOR=2.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=127441581;WS=127441563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	127445408	rs4962313	G	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=932;SC=TTGAGACAAGGTCTCACTCTG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=127445416;WS=127445398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	127460952	rs10901424	G	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=760;SC=CACACCATGGGTGCTGGGTGA;SOR=1.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=34;WE=127460960;WS=127460942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	127462525	rs10901425	A	G	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=2.116;SC=CTGGTCGGCCACGGACAGTTG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=155;TCR=168;TR=321;WE=127462533;WS=127462515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,341:0.99:343
chr10	127462833	rs28381281	C	T	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=16;PP=867;SC=ACCTGCGCACCGCCTCGGCCA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=127462841;WS=127462823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	127483573	rs3740179	G	A	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=69;PP=2472;SC=AACAAGATCAGTCCTTGCCAT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=127483581;WS=127483563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	127484617	rs2281955	C	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=532;SC=CCTTCACCCTCTGCTTCCCCA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=127484625;WS=127484607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	127484653	rs2281954	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=8;PP=854;SC=TGCCAGAACCGCCCCCAAACG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=127484661;WS=127484643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	127491732	rs74366862	CT	C	3055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=60;PP=2611;SC=AGCTCTGTTCCTTATGGACAA;SOR=2.448;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=64;WE=127491740;WS=127491722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	127500718	rs10901444	C	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=939;SC=CTGAGTTAAACTGTTTTTTAA;SOR=3.556;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=127500726;WS=127500708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	127504660	rs2366044	A	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=19;PP=1292;SC=ATAAAATAAGAAGACAGTAAA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=127504668;WS=127504650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	127515069	rs10159992	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=374;SC=TTGTATTCTTCACAGATGGCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=127515077;WS=127515059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	127516215	rs17153600	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=451;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AAGGTAAGTAGGATAATTGTG;SOR=0.944;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=27;WE=127516223;WS=127516205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr10	127520185	.	T	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1319;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CAGTAAGAGATTCTGGGAAAA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=78;WE=127520193;WS=127520175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr10	127520313	rs11596442	A	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=195;SC=AGGGGAGTGGAAGAAACATCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=127520321;WS=127520303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	127522572	rs3740206	T	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=481;SC=TGAAAATGATTTATCAAGATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=127522580;WS=127522562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	127524612	rs4075326	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=6;PP=1168;SC=TGCCGTAGATCAAATGGGTTT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=127524620;WS=127524602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	127530325	rs3208565	T	C	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=56;PP=2365;SC=TTACCATGGCTGCGATTGTTA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=152;WE=127530333;WS=127530315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	127548587	rs1539315	C	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=320;SC=CTTATGCTAACTCATGCAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=127548595;WS=127548577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	127584978	rs5006357	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.468;NF=63;NR=8;PP=1191;ReadPosRankSum=1.442;SC=GGGCTTCAGGAGCAGTGTCCT;SOR=0.217;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=96;TCR=10;TR=71;WE=127584991;WS=127584968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr10	127584983	rs77434588	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=9.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-0.858;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,23:0.21:109
chr10	127585015	rs79042596	G	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-4.780;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,24:0.17:144
chr10	127585027	rs5014355	C	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQRankSum=-4.711;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,41:0.21:196
chr10	127585035	rs113524015	C	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-6.043;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,29:0.14:204
chr10	127585040	rs5006358	G	A	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.357;NF=61;NR=41;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CGACGCGCGGGTCCTCACGCG;SOR=0.696;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=102;WE=127585061;WS=127585005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,86:0.41:208
chr10	127585053	rs145400555	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=7.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=-6.789;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,42:0.19:223
chr10	127585090	rs74635147	C	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=16.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-15.621;QD=6.24;ReadPosRankSum=2.132;SOR=1.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,54:0.21:258
chr10	127585097	rs78188902	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=21.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-15.658;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.987;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,49:0.19:255
chr10	127585099	rs79920605	A	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=18.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQRankSum=-15.628;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.817;SOR=1.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,48:0.19:254
chr10	127585112	rs72832617	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=16.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-14.689;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.250;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,41:0.18:234
chr10	127585120	rs80288044	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=12.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-14.319;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,39:0.17:230
chr10	127585150	rs74162870	C	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.503;NF=28;NR=44;PP=995;ReadPosRankSum=-2.724;SC=GCGACGCCGGCCCTGGCTGAG;SOR=0.683;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=227;TCF=100;TCR=127;TR=72;WE=127585158;WS=127585140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,18:0.09:197
chr10	127585173	rs78146775	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-9.683;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,18:0.11:162
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chr10	127585240	rs5013161	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=5.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-6.655;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
chr10	127585260	rs4986789	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-4.570;QD=8.82;ReadPosRankSum=2.078;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr10	127585263	rs5013162	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-4.241;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr10	127585273	rs5013163	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-2.955;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,9:0.16:57
chr10	127585307	rs74579856	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-1.115;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
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chr10	127585360	rs78190003	C	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-3.991;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr10	127668487	rs2176097	G	A	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1220;ReadPosRankSum=1.140;SC=CAGTGGGGGTGGTATGATATT;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=72;WE=127668495;WS=127668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
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chr10	127685091	rs3736477	T	C	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=115;PP=2965;SC=ACTGAGCATGTTTATCTCTTT;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=127;TCR=115;TR=242;WE=127685099;WS=127685081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	127685876	rs61863577	A	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=302;ReadPosRankSum=0.103;SC=GGTGCAGAAGAAACTGTTGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=127685884;WS=127685875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	127693432	rs2138283	C	T	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=43;PP=1770;SC=TGTCAAATGCCGCTTCTTCCA;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=127693440;WS=127693422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	127697165	rs2292690	T	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=580;SC=GTGGAATTAATGTCAGAGCTT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=127697173;WS=127697155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	127697549	rs41314422	C	T	123.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTGCATGTGCCAGGCTCATGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=127697557;WS=127697541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	127697954	rs1666	T	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=732;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TGTAGTCTCCTTATTAGAAGA;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=62;WE=127697962;WS=127697944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,60:0.39:152
chr10	127706028	rs3781001	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGTCAGATACCACTGCCCCTC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=127706036;WS=127706018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	127708091	rs2176099	AG	GT	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=329;SC=ATAAGCTCACAGGGACTGCTT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=127708100;WS=127708088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	127708428	rs2138280	A	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=40;PP=1203;SC=AGGGTCACTTACCAGGAGCCA;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=127708436;WS=127708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	127708468	rs35835884	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGGGCCTGCCGCTTGGCACAG;SOR=1.708;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=19;WE=127708476;WS=127708458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	127708503	rs2292694	G	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=264;SC=ATATCATCCTGTCACCATACA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=127708511;WS=127708493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	127724778	rs1044122	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.635;SC=GTGCACGTGGAGCCCGGTGGA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=127724786;WS=127724768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	127727768	rs1278255	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.841;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr10	127727808	rs1278256	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.954;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr10	127731012	rs11244780	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=0.926;SC=ATTAGGCAAATTACTTAACTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=5;WE=127731020;WS=127731002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr10	127731811	rs7923954	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=0.991;SC=GAGCCCCCCCCCAACACTGAC;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=18;WE=127731819;WS=127731793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr10	127753359	rs56076315	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=-1.776;SC=ATGCCGAGCTTGTGGCGGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=13;WE=127753367;WS=127753349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	127755544	rs1278280	T	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=105;ReadPosRankSum=0.756;SC=AGCTTCTGCTTTTTATGAACC;SOR=0.793;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=10;WE=127755552;WS=127755534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr10	127759943	rs7903316	T	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-1.268;SC=CTTCCTGAGTTCTAGTACTTT;SOR=0.088;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=10;WE=127759951;WS=127759933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr10	127786969	rs2290842	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=834;ReadPosRankSum=-0.419;SC=ACCAGCTCCCAATGCCCTTGG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=65;WE=127786977;WS=127786959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr10	127829012	rs1551678	C	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CAACAACTCACTTGAAGTATT;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=127829020;WS=127829002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	127843641	rs1466358	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
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chr10	127843740	rs1466359	G	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=669;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGCTACAAAGGTTAAGCACAG;SOR=0.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=203;TCF=126;TCR=77;TR=59;WE=127843748;WS=127843730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr10	127843756	rs1466360	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,73:0.28:264
chr10	127843921	rs1466361	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.617;NF=13;NR=21;PP=378;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CAGAATTGCATTGATACATTG;SOR=0.494;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=34;WE=127843929;WS=127843911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr10	128019025	rs3740199	C	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=50;PP=1874;SC=TCCCCACTCCCAACAGAGGCA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=101;WE=128019033;WS=128019015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	128147884	rs7077404	C	A	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2901;ReadPosRankSum=0.203;SC=GCAAGCACAACACTCAGAGAC;SOR=0.249;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=148;WE=128147892;WS=128147874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr10	128147954	rs76537259	T	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GTAAAGAAGGTAACAGGCATG;SOR=0.443;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=95;WE=128147962;WS=128147944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,104:0.66:157
chr10	128148056	rs7098669	T	C	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=105;PP=2965;SC=AAGCTGGGAGTGCAGAGGCAA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=123;TCR=105;TR=228;WE=128148064;WS=128148046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	128153623	rs7079392	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=294;SC=GACTTCTACCGCACATGGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=128153631;WS=128153613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	128158720	.	GGTTGCATGCTGCAGAGGGAGAGAAGGCATTTTTCTGCAT	G	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=6.893;NF=3;NR=12;PP=2541;ReadPosRankSum=2.279;SC=TTCTTCTGTAGGTTGCATGCT;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=15;WE=128158766;WS=128158710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr10	128202435	rs1436803	T	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=70;PP=2230;SC=AGTCAGATTTTGCCTCTGTGA;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=141;WE=128202443;WS=128202425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	128209769	rs2099552	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=11;PP=548;SC=TGGGGCCTCATACAGTACTGG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=128209777;WS=128209759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	128209797	rs2099553	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=14;PP=627;SC=AGATACTCAGCGTGGACAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=128209805;WS=128209787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	128209959	rs4962342	G	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=604;SC=TGTATTTGGCGACATGAAAGA;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=128209967;WS=128209949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	128335225	rs2842149	T	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=676;SC=CAAACAGAAATATTTCCCAAT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=128335233;WS=128335215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	128780411	rs147853825	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr10	128788633	rs3750560	C	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=416;ReadPosRankSum=2.103;SC=ATACCTCATGCGTATTTGAAG;SOR=3.014;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=19;WE=128788641;WS=128788623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr10	128797717	rs2275540	T	C	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=61;PP=1718;ReadPosRankSum=0.813;SC=CACCCAAAGATGCTTAGTTGA;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=126;WE=128797725;WS=128797707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,136:0.68:199
chr10	128797809	rs41282888	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=743;ReadPosRankSum=1.373;SC=CTGGGATGCCTGTATACAGGT;SOR=1.296;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=51;WE=128797817;WS=128797799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr10	128807078	rs9418678	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CGTAAGTATGGAGCAATTCAA;SOR=1.371;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=128807086;WS=128807068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	128807096	rs9418679	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CAAGTACTTAGCCAGATATAA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=128807104;WS=128807086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	128821616	rs9418791	T	G	5915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.726;SC=GGCTCATCTGTAGTGTTTCAG;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=67;TCR=124;TR=190;WE=128821624;WS=128821606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr10	128821636	rs9418698	C	T	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=102;PP=2965;SC=GTTTTACTTGCCAAGTGCTCA;SOR=1.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=43;TCR=102;TR=145;WE=128821644;WS=128821626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	128822873	rs3818879	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=544;SC=CTGTCCCCCCACATATATAGT;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=128822894;WS=128822863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	128822886	rs3818880	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=690;SC=TATATAGTGGGAGATGTATAT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=128822894;WS=128822863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	128830336	rs2275534	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=515;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATAACAAAGGGTGGCAAAAAT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=27;WE=128830344;WS=128830326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr10	128830409	rs2229597	A	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1189;ReadPosRankSum=0.884;SC=AGGCCGAAGCAAAGAAGCTGG;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=77;WE=128830417;WS=128830399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr10	128835834	rs77532250	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=0.141;SC=GCTACAAAGGAATGGAATATT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=128835842;WS=128835824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	128840842	rs880272	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=953;SC=TGTGTGGGGGAAGTCCGGTGG;SOR=4.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=35;WE=128840850;WS=128840832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	128841245	rs144019822	CAG	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=0;PP=63;SC=TATCCTAACACAGGGGTGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=128841254;WS=128841235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	128841570	rs882052	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TTTTTAGTATTGTTTCCCTCT;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=128841578;WS=128841560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	128850841	rs9418817	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	128908472	rs3740012	A	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TCCTTTTGCTATGTGTCTCAA;SOR=0.988;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=77;WE=128908480;WS=128908462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr10	128923954	rs1186355	A	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.869;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr10	128926013	rs1060561	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=466;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CCATGGGACGAGATTCTGAAC;SOR=0.381;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=40;WE=128926021;WS=128926003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr10	128944408	rs117367773	G	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=704;ReadPosRankSum=1.000;SC=GAAACTGACAGCGTAGTCCCC;SOR=1.279;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=40;WE=128944416;WS=128944398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr10	128952265	rs7068954	A	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=55;PP=1818;SC=CCTCAAATCAAATGCCTTCCC;SOR=1.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=79;WE=128952273;WS=128952255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	128974220	rs11594560	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CTTCTCTTTCGCATCTGTTAG;SOR=1.123;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=284;TCF=134;TCR=150;TR=97;WE=128974228;WS=128974210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,103:0.34:299
chr10	128974716	rs2489384	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1305;ReadPosRankSum=0.310;SC=ATACACACTCAAGCACCGGCC;SOR=1.140;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=70;WE=128974724;WS=128974706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr10	129046174	rs145727249	TC	T	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=530;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCGTTGCTTCTCCCTGACAGT;SOR=0.478;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=17;WE=129046182;WS=129046164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr10	129160458	rs2296635	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1472;ReadPosRankSum=0.699;SC=AATTCCATTCGACCCGAAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=87;WE=129160466;WS=129160448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
chr10	129172272	rs41282892	A	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=544;ReadPosRankSum=0.917;SC=ACCTCTGTTGAGTTTCTTTTT;SOR=0.555;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=25;WE=129172280;WS=129172262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr10	129183015	rs878562	T	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=523;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CCCTGGGTGTTTCCGCCTCGG;SOR=0.207;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=23;WE=129183023;WS=129183005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr10	129207514	rs2296629	G	A	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=92;PP=2837;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGGGTGTGGTGGGGGGCCTCT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=99;TCR=125;TR=163;WE=129207522;WS=129207504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,169:0.73:232
chr10	129208894	rs6482874	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GAGGGTTGGCAGGGACAGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=129208902;WS=129208887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	129208954	rs11017943	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=620;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TTTCCCTGGCTGGGAGAGGAC;SOR=0.313;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=45;WE=129208962;WS=129208944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr10	129209084	rs2296628	A	G	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=1880;ReadPosRankSum=-1.040;SC=ATATCTAATGATCTGTCTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=123;WE=129209092;WS=129209074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,132:0.73:181
chr10	129213586	rs3736940	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=1401;ReadPosRankSum=0.705;SC=GCTCATGCCCCGTGGTCACTG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=83;WE=129213594;WS=129213576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,82:0.76:108
chr10	129213631	rs3736939	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=720;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TACAGTTCCCATAACCACCCC;SOR=0.301;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=35;WE=129213639;WS=129213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr10	129216658	rs2229600	T	C	5071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.293;SC=AGAATGCCATTGAGACCATGC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=163;TCR=120;TR=205;WE=129216666;WS=129216648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,216:0.73:294
chr10	129237572	rs1926427	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=52;PP=1570;SC=CAGGGCTGACGGTGGGCTCTT;SOR=3.647;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=61;WE=129237580;WS=129237562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	129242515	rs11371	G	A	11642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=191;NR=222;PP=2965;SC=TTACACCAAGGGCCAAGCTCA;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=191;TCR=222;TR=413;WE=129242523;WS=129242505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr10	129242555	rs2275053	G	A	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=172;PP=2965;SC=TAAGTGGAACGCTCCCCACAT;SOR=1.509;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=95;TCR=172;TR=267;WE=129242563;WS=129242545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr10	129249662	rs2229603	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=45;PP=1992;SC=TCGCAAGCAGGCATCGGTGGA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=129249684;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	129249676	rs2229604	C	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1465;ReadPosRankSum=-2.164;SC=CGGTGGACTCCGGGATCGTGC;SOR=0.393;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=90;WE=129249684;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,95:0.76:125
chr10	129249693	rs2229605	G	A	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,116:0.75:154
chr10	129249701	rs2229606	C	G	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.48;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	129249914	rs3824814	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=938;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CGGGATGTGCTATCGTAGTTA;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=30;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr10	129249925	rs10765104	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=866;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ATCGTAGTTATCAGAGTTGGG;SOR=0.293;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=25;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr10	129534478	rs147236104	A	AGCGCGGC	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=1003;SC=TACCCAGCCCAGCGTCAGCCT;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=129534486;WS=129534468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	129534679	rs4751501	T	C	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=50;PP=2946;SC=AGCTTGGCGCTCTCCGCTCTG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=95;TCR=51;TR=145;WE=129534687;WS=129534669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	129534739	rs4751502	C	G	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=142;NR=108;PP=2965;SC=CCGGACTCCCCGGCTTGGGAA;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=142;TCR=108;TR=250;WE=129534747;WS=129534729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	129534864	rs4751503	A	C	10185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=159;PP=2965;SC=GGGTTGAGGGAGCGAGGACTC;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=192;TCR=159;TR=350;WE=129534872;WS=129534854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr10	129536642	rs7085541	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.67;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	129536648	rs7085544	G	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	129690826	rs35070529	A	T	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=46;PP=2726;ReadPosRankSum=-2.228;SC=TTACCTGCAAACTTTTTCTTT;SOR=1.301;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=215;TCF=146;TCR=69;TR=158;WE=129690834;WS=129690816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,162:0.75:217
chr10	129834422	rs10764738	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGCCCTCCCCCGAGCCCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=129834430;WS=129834412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	129845547	rs4262642	A	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=23;PP=1191;SC=ACTTTACAAAATATAGTTTGG;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=129845555;WS=129845537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	129845903	rs7912703	C	T	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1332;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGCCTTAGCGCGGCTCAGCCA;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=79;WE=129845911;WS=129845893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr10	129846010	rs7911904	G	A	8420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=148;PP=2965;SC=GAAACCTAACGCATCCTGTGT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=154;TCR=148;TR=302;WE=129846018;WS=129846000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	129846853	rs188477897	C	T	5399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.210;SC=AGCCTCCCAGCGCTCGCGGGA;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=314;TCF=132;TCR=182;TR=230;WE=129846861;WS=129846843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,237:0.73:324
chr10	129854369	rs4424589	T	C	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,136:0.78:175
chr10	129854550	rs11016041	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=696;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GCAGCTCCCCGTGACTGCAGG;SOR=0.823;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=47;WE=129854558;WS=129854540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr10	129859061	rs28411949	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.70;ReadPosRankSum=0.859;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr10	129859065	rs11016046	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.40;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr10	129859992	rs4462251	T	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=915;ReadPosRankSum=1.912;SC=AAGCTTTTTATTAATTTCTCA;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=62;WE=129860000;WS=129859982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr10	129864515	rs10764743	C	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AGCATCATGCCCAGAGTTAAC;SOR=1.234;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=87;WE=129864523;WS=129864505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
chr10	129869233	rs10829325	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=488;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TTCATCCTGGAGAAGCCATTG;SOR=3.091;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=23;WE=129869241;WS=129869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr10	129875843	rs117334788	C	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=756;ReadPosRankSum=0.793;SC=TGTTCCCCGGCAGGCAGGCGA;SOR=1.167;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=40;WE=129875851;WS=129875833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr10	129883501	rs143891903	A	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=0.670;SC=TGGGGGAATCAATCCCTGAGG;SOR=1.248;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=25;WE=129883509;WS=129883491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr10	129903802	rs11016073	A	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.553;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=76;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TTTGCAGGCTATTTTGGTAGT;SOR=0.400;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=198;TCF=82;TCR=116;TR=137;WE=129903810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,143:0.70:205
chr10	129904560	rs2853346	C	T	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=74;PP=2768;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TCTCATCAGTCGTGGGGTTAT;SOR=0.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=152;WE=129904568;WS=129904550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,155:0.76:204
chr10	129904917	rs1894410	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-2.757;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,56:0.22:253
chr10	129907741	rs2065718	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=993;SC=CATGTCAATCGAGTATTACAG;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=129907749;WS=129907731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr10	131265665	rs16906255	T	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=66;PP=1936;SC=CCGTCGGGTGTGGGGCCGCCC;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=131265673;WS=131265655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	131334789	rs10734087	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=459;SC=CTCAAAACAGTGTGCTGCGAC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=131334797;WS=131334779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	131506192	rs1803965	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=747;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CTGCGGTTCTCGGAGGTCCGG;SOR=0.389;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=52;WE=131506200;WS=131506182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr10	131506283	rs12917	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=944;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CGTGCCGGCTCTTCACCATCC;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=66;WE=131506291;WS=131506273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr10	131564998	rs2296675	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CTTGACCCCAAAGACCTCGTT;SOR=0.048;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=131565006;WS=131564988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	131565064	rs2308321	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=0.166;SC=CCCCATCCTCATCCCGTGCCA;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=17;WE=131565072;WS=131565054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr10	131565170	rs2308327	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=317;ReadPosRankSum=0.289;SC=CGGTTGGGGAAGCCAGGCTTG;SOR=0.331;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=26;WE=131565178;WS=131565160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr10	131641361	rs35210769	T	TG	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.885;NF=28;NR=12;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GGTTCTGGCATGGGGGGGAGG;SOR=1.117;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=40;WE=131641369;WS=131641351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr10	131676213	.	C	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.904;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAGACTCAACCCCACAGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=131676221;WS=131676203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	131760352	rs573370	A	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-6.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.434;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1018;ReadPosRankSum=1.046;SC=CACGAGATCCATTTGTCAGTG;SOR=0.159;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=65;WE=131760360;WS=131760342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr10	131904286	rs61749960	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=284;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TTACTGCGGCGACCGCCAGAG;SOR=0.159;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=20;WE=131904294;WS=131904276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr10	131904809	rs1177699	C	T	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=63;PP=2250;ReadPosRankSum=0.113;SC=GAATTGATGGCGGATATTTCA;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=142;WE=131904817;WS=131904799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,148:0.70:211
chr10	131958422	rs1013563	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCTAATCCCCGAATATTAGGT;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=131958430;WS=131958412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	132944958	rs41282898	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,61:0.24:253
chr10	132961555	rs11416735	C	CA	3104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=48;PP=2258;SC=GAGGAATAAACAAATCTCCTG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=54;WE=132961563;WS=132961545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	133058480	rs117896986	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=0.155;SC=CCGCGCGCTCGCTAAGGCAGC;SOR=0.242;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=15;WE=133058488;WS=133058470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	133109602	rs148913526	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr10	133109957	.	G	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=83;SC=ATGCTGGGCCGGCGGCGGCGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=133109965;WS=133109947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	133748121	rs72856070	A	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=84;PP=2271;ReadPosRankSum=1.467;SC=ATAACTTAGAAGGGAGGAAGC;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=49;TCR=113;TR=119;WE=133748129;WS=133748111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,120:0.74:163
chr10	133754334	rs10870270	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=565;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CCTGAAAGTCGTTTGCACTCA;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=28;WE=133754342;WS=133754324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr10	133758727	.	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=7.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-2.331;SOR=1.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
chr10	133769482	rs7894	G	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1136;ReadPosRankSum=0.773;SC=GCGAACGTGAGGACCAAGTCT;SOR=0.467;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=82;WE=133769490;WS=133769472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,81:0.65:125
chr10	133795202	rs142589527	T	TTGGCCTCCCTC	3013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.316;NF=5;NR=21;PP=2972;ReadPosRankSum=0.895;SC=TGGCGCCCTCTTGGCCTTCCC;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=26;WE=133795210;WS=133795192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr10	133948634	rs2814182	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=518;ReadPosRankSum=0.338;SC=AGGACCGCAATGCATTGCTGT;SOR=1.167;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=37;WE=133948642;WS=133948624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr10	133951486	rs12414486	G	A	1305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.202;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=902;ReadPosRankSum=0.647;SC=AGGGCCTCCCGCTGTGGTGTG;SOR=1.680;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=50;WE=133951494;WS=133951476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,51:0.91:56
chr10	133951501	rs57086821	CA	C	2071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=1489;ReadPosRankSum=0.735;SC=GGTGTGGGGACAAGCCAGCCC;SOR=0.712;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=40;WE=133951509;WS=133951491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,62:0.87:71
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chr10	133954011	rs2818387	C	T	4798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.478;SC=TGGAATCCGACGGCTCCTCCG;SOR=0.867;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=289;TCF=126;TCR=163;TR=198;WE=133954019;WS=133954001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,209:0.70:298
chr10	133955569	rs5789117	C	CCG	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,28:0.22:127
chr10	133958541	rs2637627	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=73;PP=2965;SC=TTCTGACGTCCCACGAGTGTG;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=121;TCR=73;TR=194;WE=133958549;WS=133958531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	133961626	rs9419379	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.371;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1029;ReadPosRankSum=0.675;SC=TTCCTAACCCACACAAAGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=24;WE=133961644;WS=133961616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr10	133961636	rs111344225	C	CTGAACA	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=664;ReadPosRankSum=1.663;SC=ACACAAAGCCCTGAACATGAA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=7;WE=133961644;WS=133961616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	133963042	rs112941338	GC	G	2112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=52;PP=1825;SC=TGCCCACTCCGCCCCCACCTC;SOR=2.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=52;WE=133963050;WS=133963032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	133963077	.	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	133963466	rs9419380	A	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=33;PP=2146;SC=ACTCACCCCTACCTGTCCTCT;SOR=1.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=114;WE=133963474;WS=133963456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	133966434	rs11146215	C	T	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1767;ReadPosRankSum=0.242;SC=TGCTTCTGACCGCACCTGTGT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=119;WE=133966442;WS=133966424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,124:0.73:169
chr10	133966552	rs56317371	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr10	133967539	rs7082416	C	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.723;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr10	133967555	rs77155409	G	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.605;NF=7;NR=18;PP=331;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CGGCCACGTGGCTCAGGTGCC;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=25;WE=133967563;WS=133967545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr10	133967584	rs138366344	C	CCAG	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.946;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr10	133967593	rs7906747	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr10	133981368	.	G	C	842	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.77;NF=17;NR=0;PP=842;QD=51.5747772087;SC=TCACCCCTCGGCCCTCGCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=17;WE=133981376;WS=133981351;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr10	133981422	rs2637650	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.887;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr10	133981682	rs4880338	G	A	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=76;PP=2667;ReadPosRankSum=2.265;SC=TCTCCGGGACGGGCCTGGCCT;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=109;TCR=97;TR=156;WE=133981690;WS=133981672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,159:0.74:214
chr10	134000498	rs377006117	TCCCCCCGCCCGCCCGC	T	5747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.758;NF=27;NR=61;PP=2972;ReadPosRankSum=0.383;SC=GGCTCACGCGTCCCCCCGCCC;SOR=0.387;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=88;WE=134000521;WS=134000488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,139:0.98:142
chr10	134008191	rs2279521	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=604;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CGGGTTCGTGGCAGCGTCATC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=33;WE=134008199;WS=134008181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr10	134010224	rs1552681	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=4;PP=595;SC=GGGACTGCTCCCAGGGCTGGC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=134010232;WS=134010214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	134010435	rs78726081	AG	A	2116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.162;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,79:0.30:262
chr10	134013906	rs56326856	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,124:0.23:545
chr10	134013990	rs2247705	G	A	16153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=321;PP=2965;SC=CCACCACGGCGGACCACCTCA;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=578;TCF=255;TCR=323;TR=576;WE=134013998;WS=134013980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr10	134014661	rs76037184	G	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.323;SC=CGTGGTTCTGGCCCCTCCAGA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=134014669;WS=134014651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	134016115	rs2637629	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=364;ReadPosRankSum=0.803;SC=GGGCCCCAGCGTGGAGGCACT;SOR=1.044;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=20;WE=134016123;WS=134016105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr10	134017221	.	G	T	320	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=16;NR=2;PP=320;QD=19.7095118082;SC=CAGCTGCCCAGGCTCAGCCCC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=18;WE=134017229;WS=134017211;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	134017295	rs12313	A	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=41;PP=2629;SC=TGCCCCGTGGACTGTATGACG;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=96;TCR=41;TR=136;WE=134017303;WS=134017285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	134018447	rs146929318	G	GGCC	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,29:0.15:199
chr10	134021506	rs79220014	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=1.166;SC=GACCACGGGCGTCCCGGCCTA;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=9;WE=134021514;WS=134021496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr10	134021740	rs923659	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=792;SC=GGCTCATGGGGTAGGCCATGG;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=134021748;WS=134021730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	134021810	rs923660	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=237;SC=ATGCTCCCGATACACTGGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=134021818;WS=134021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	134022455	rs41306840	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr10	134036053	rs2814197	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,4:0.13:30
chr10	134036057	rs2637635	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,4:0.13:31
chr10	134036073	rs2814196	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr10	134036193	rs2818401	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,69:0.24:291
chr10	134038715	rs902629	A	G	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=37;PP=2965;SC=AGCCAAGCCCAGGGGCTGCAG;SOR=2.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=132;TCR=37;TR=168;WE=134038723;WS=134038705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	134040290	rs2306982	C	A	6546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.964;SC=CCGTCTGCCACGCACACACCT;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=341;TCF=206;TCR=135;TR=264;WE=134040298;WS=134040280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,276:0.78:356
chr10	134059616	rs3814609	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr10	134062574	rs4880361	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,37:0.23:163
chr10	134137627	rs7914257	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CCCACTCCAATCACAGCAGCT;SOR=0.741;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=10;WE=134137635;WS=134137617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr10	134143942	rs1052281	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,84:0.24:343
chr10	134143985	rs1132165	GC	TT	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,68:0.23:298
chr10	134144005	rs7085852	T	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,59:0.22:263
chr10	134144016	rs117392241	C	T	3949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TGGGTATGTACGAAAACTTTT;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=77;TCR=129;TR=156;WE=134144030;WS=134143995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,165:0.78:212
chr10	134145136	rs7086691	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,44:0.23:188
chr10	134145138	rs7080014	C	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,45:0.23:194
chr10	134145166	rs13882	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,57:0.28:206
chr10	134145293	rs12784130	G	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,81:0.27:305
chr10	134145336	rs12784321	G	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,55:0.28:200
chr10	134145420	.	AC	A	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=22;QD=10.75;SC=GCGCACCACAACCCCCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=4;WE=134145428;WS=134145410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,4:0.17:24
chr10	134150217	rs114468923	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-2.565;SC=CACACAGCCAATAGATTTTGA;SOR=1.914;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=18;WE=134150225;WS=134150207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr10	134150291	rs41306842	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TGTTTCTACTCCCTCAGGAAA;SOR=1.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=48;WE=134150299;WS=134150281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr10	134151034	rs2259594	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TTAGTTGGTTAACAAAACATT;SOR=0.669;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=36;WE=134151042;WS=134151024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr10	134151288	rs2259600	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.466;SC=ACTCTTGATTAAATTTTTACC;SOR=0.153;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=13;WE=134151296;WS=134151278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	134161633	rs2474328	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,48:0.21:227
chr10	134165291	rs2261222	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.181;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,21:0.20:103
chr10	134166273	rs72479351	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.611;NF=25;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=1.315;SC=TCCCTGTGGGACAGGCCGGTT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=34;WE=134166281;WS=134166263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr10	134180248	rs10870299	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=487;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CCCCAGAGCACGCAGCACTGT;SOR=0.214;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=25;WE=134180256;WS=134180238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr10	134218269	rs11146363	C	T	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CCCTCCTGCCCGCGGGGTTCA;SOR=1.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=193;WE=134218277;WS=134218259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr10	134218296	rs10747057	C	G	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1983;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CGAGACCACCCGCCCCGAGCC;SOR=0.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=112;WE=134218304;WS=134218286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,115:0.76:152
chr10	134237240	rs1881746	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=6;PP=1339;SC=GCTGTGTGTGTGTGTGTGGCT;SOR=3.352;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=59;WE=134237284;WS=134237230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	134237249	rs150298334	C	CTGTG	3227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.91;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr10	134237276	rs1574449	T	G	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	134237425	rs1574448	A	G	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=128;PP=2965;SC=TGCCAGCTTCAGCCTGAAGAG;SOR=1.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=64;TCR=128;TR=192;WE=134237433;WS=134237415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	134239228	rs12775406	T	C	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=127;PP=2965;SC=TGTACCCACGTGTGCGCGTGC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=236;WE=134239236;WS=134239218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	134351742	rs11146414	A	G	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.492;NF=36;NR=49;PP=1219;ReadPosRankSum=0.152;SC=GGGGTCCCGAACTGCAAGCCT;SOR=1.030;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=85;WE=134351750;WS=134351732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,87:0.82:106
chr10	134351778	.	A	ACCCAGAGGC	1473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.556;NF=1;NR=20;PP=2971;ReadPosRankSum=1.959;SC=GAACCTCCAGACCCAGAGGCC;SOR=0.743;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=21;WE=134351786;WS=134351768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr10	134459388	rs1133400	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,37:0.25:150
chr10	134540400	rs945943	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ATTCCAAGTCCGTCGTGGAGG;SOR=0.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=99;WE=134540408;WS=134540390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,101:0.75:135
chr10	134598628	rs2804003	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=91;PP=2965;SC=CGCCATCTCCACCGCGTGCCG;SOR=1.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=156;WE=134598636;WS=134598618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	134622408	rs2767434	T	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=75;PP=2329;SC=AGAAGCCTCGTCTGTGGAGAA;SOR=1.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=118;WE=134622416;WS=134622398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	134622507	rs2767431	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=478;SC=CAGCTGCTCCAACTGAGGGCG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=134622515;WS=134622497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	134623959	rs2254419	T	C	9219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GGAGACGCACTGTTTCTCCAA;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=179;TCR=152;TR=330;WE=134623967;WS=134623949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr10	134624504	rs2274429	C	T	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.342;SC=GGTAGGACCGCGCCAGGTCCA;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=365;TCF=162;TCR=203;TR=255;WE=134624512;WS=134624494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,264:0.70:376
chr10	134624546	rs41306838	G	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,73:0.26:280
chr10	134626247	rs111462409	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,79:0.30:265
chr10	134626453	rs3750586	C	T	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=96;PP=2774;SC=CTGTACCAGACCCCACCGTGC;SOR=4.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=10;TCR=96;TR=106;WE=134626461;WS=134626443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	134627593	rs11146529	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=17;PP=1578;SC=GGGGGCAGTGGCTCCCCGCTG;SOR=2.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=75;WE=134627601;WS=134627583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	134627882	rs7070307	G	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=826;SC=TGCCATGCCCGGGTGGGGTGA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=134627890;WS=134627872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	134647453	rs3750583	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr10	134650313	rs73391230	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,36:0.24:147
chr10	134659520	rs41309401	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	134659573	rs34588833	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=0.607;SC=TGGACACGGCGGCCAGCCTCT;SOR=1.341;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=13;WE=134659581;WS=134659563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr10	134659626	rs10870341	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=283;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTGTCTTGGCACCGGAGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=26;WE=134659634;WS=134659616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr10	134659765	rs112615390	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=0.527;SC=ACCAGGGGCCCGAGGCCTGGG;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=28;WE=134659773;WS=134659755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr10	134664875	rs7913626	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=508;ReadPosRankSum=1.759;SC=ACATCCCCACAACTTGGATGA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=46;WE=134664883;WS=134664865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,49:0.32:151
chr10	134674600	rs73391300	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GACAGACAGACGCACCAGGTG;SOR=0.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=14;WE=134674608;WS=134674590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
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chr10	134902398	rs10776693	C	T	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.10;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	134906343	rs5789150	G	GGGAA,GGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	1609.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.03;QD=64.39;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,10:0.60,0.40:25
chr10	134912314	rs11101916	G	A	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=104;PP=2925;ReadPosRankSum=-2.435;SC=GGGGAACTGCGTGAGCGTCGT;SOR=0.944;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=263;TCF=119;TCR=144;TR=182;WE=134912322;WS=134912304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,186:0.69:269
chr10	134915993	rs7905581	G	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.485;SC=AGAAGGGGAGGAAAGCTGAGC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=57;WE=134916001;WS=134915983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr10	134916121	rs7918862	T	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=687;ReadPosRankSum=-0.948;SC=ATTCTTGAAGTTGCAAGCCCG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=34;WE=134916129;WS=134916111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr10	134942166	rs2806452	A	G	5551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.426;SC=TGGCGGTGTCACAGGGCCACT;SOR=0.360;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=299;TCF=168;TCR=131;TR=244;WE=134942174;WS=134942146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,246:0.81:304
chr10	134973995	rs71503783	G	A	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.188;SC=ACCCGGCCGCGGCGGATCTTT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=147;TCR=92;TR=192;WE=134974003;WS=134973985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,200:0.80:250
chr10	134974187	rs56406605	A	T	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=47;PP=1337;SC=GGCGCCCTCCATGGCCGAGGG;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=134974195;WS=134974177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	134981690	rs2998152	T	C	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=65;PP=2965;SC=CAGGCCCTTCTCAGCTGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=146;TCR=66;TR=210;WE=134981698;WS=134981680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	134981837	rs2998151	T	C	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=170;PP=2965;SC=GTGGGGGTAATGTGCCACACC;SOR=1.065;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=122;TCR=171;TR=292;WE=134981845;WS=134981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr10	134981942	rs3008303	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=50;PP=1442;SC=GGAGCGGAGCCGCTGCTGCCC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=134981950;WS=134981932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	134997480	rs57510763	C	T	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.800;NF=48;NR=57;PP=1674;ReadPosRankSum=-1.524;SC=TCGAGTCCTTCGGAGCGCTGC;SOR=0.884;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=105;WE=134997488;WS=134997470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,126:0.75:169
chr10	134997514	rs67800134	A	G	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.097;NF=29;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=0.234;SC=GAACCCACACACGTGCATCCT;SOR=0.961;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=75;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr10	134997524	rs138319019	T	TCTTG	3836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.897;NF=5;NR=43;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.747;SC=ACGTGCATCCTCATGCACATA;SOR=0.734;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=48;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr10	134999397	.	TGGGAGGAGAGGGGAGGGGC	T	397.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr10	134999602	rs3008393	G	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=100;PP=2965;SC=AGTCTGAGACGAGCCGGGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=200;WE=134999610;WS=134999592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	135000148	rs3810965	T	C	7614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.317;SC=CAGAAGGAGCTAGGCAGCTGG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=190;TCR=250;TR=314;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,326:0.71:457
chr10	135000159	rs3810964	A	G	6836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.925;SC=AGGCAGCTGGAAAGTGCAGCC;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=390;TCF=161;TCR=229;TR=276;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,287:0.71:406
chr10	135002218	rs187764020	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.349;NF=0;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=2.093;SC=GTTCCACCCCCCACCGCCGTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=135002261;WS=135002208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	135002221	.	CCGCCGTCCCACACCCCCGCCGTCCCACCCCCCA	C	1664	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=16;MQ=58.58;NF=0;NR=6;PP=1664;QD=281.666666667;SC=CCACCCCCCACCGCCGTCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=135002261;WS=135002208;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	135002223	rs191378374	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-0.253;QD=30.18;ReadPosRankSum=1.501;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	135002233	.	ACCCCCGCCGTCC	A	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=40.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135002250	.	CCCCACA	C	349.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=38.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	135002259	.	GTCCCACGCCCCCCCA	G	349.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=43.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135010568	rs35152544	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,57:0.24:238
chr10	135012162	rs2998139	T	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=55;PP=1820;SC=AAGCTCTCCCTGGAGGCCCAC;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=93;WE=135012170;WS=135012152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	135012258	.	CA	AG	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTTGGGGCGTCAGTGCAGCGT;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=40;WE=135012267;WS=135012248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr10	135012429	rs3008390	T	A	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,113:0.63:178
chr10	135012429	.	TT	AC	1570	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=66;NR=36;PP=1570;QD=15.9163517143;SC=CCACCTGGAGTTGCTTCCGGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=102;WE=135012438;WS=135012419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:67,102:0.60:169
chr10	135012430	rs3008389	T	C	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	135012489	rs113502632	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=968;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CACGGCCCACGCCACCCGCCC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=81;WE=135012497;WS=135012479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,82:0.40:203
chr10	135012652	rs3008388	T	C	3958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=96;PP=2474;ReadPosRankSum=0.395;SC=CCTGCGTGGATGCCTCGCCAC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=139;TCR=155;TR=182;WE=135012660;WS=135012642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,184:0.62:298
chr10	135013871	rs62623421	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTGCATTCTCGTCGTCAGCAC;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=363;TCF=178;TCR=185;TR=111;WE=135013879;WS=135013861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,114:0.30:378
chr10	135015427	rs9418941	C	A	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=82;PP=2965;SC=TTGGCACTGCCGGGTGGGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=172;WE=135015435;WS=135015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	135015667	rs9419023	C	T	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CTCTCATGGTCGCCCGGGCGA;SOR=0.576;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=366;TCF=183;TCR=183;TR=243;WE=135015675;WS=135015657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,246:0.66:372
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chr10	135016175	rs3008385	T	G	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=96;PP=2965;SC=TCCTCCTTGCTCCTCTCCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=196;WE=135016183;WS=135016165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	135020315	rs3008375	T	C	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=70;PP=2907;SC=TCCGAGACCCTGGCTGCAGGC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=155;WE=135020323;WS=135020305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	135024097	rs12247954	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=712;ReadPosRankSum=0.038;SC=CCTCACCGCCGCCCGCCCCGC;SOR=0.889;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=182;TCF=127;TCR=55;TR=60;WE=135024105;WS=135024087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,58:0.33:174
chr10	135032376	rs3008370	A	G	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=2017;ReadPosRankSum=1.226;SC=TGATTGCAAAATCTTGCTATG;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=123;WE=135032384;WS=135032366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,133:0.68:195
chr10	135043802	rs7092433	C	A	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=99;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=2;PP=54;SC=GATGCTGCTCCGGCCCCGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=135043810;WS=135043792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	135044009	rs11599284	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GCTGCTGCTGGGGACGCTGCT;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=25;WE=135044017;WS=135043999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr10	135051543	rs2240892	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=0.482;SC=GACTTCTCCCTGGGGAGCCTC;SOR=0.477;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=14;WE=135051551;WS=135051533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr10	135051562	rs2998143	A	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=19;PP=984;SC=TCCCTGGCCCAGGCCAGACAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=135051570;WS=135051552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	135053413	rs9418951	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=249;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CTCACCCCTGTTCTGATCTTG;SOR=0.495;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=15;WE=135053421;WS=135053403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	135053604	rs9418952	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=698;ReadPosRankSum=1.874;SC=ACCCCTGTCCGGGCCCCAGGC;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=44;WE=135053612;WS=135053594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr10	135053710	rs74164127	C	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=2485;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CAGCCTCTGGCGTCCCACCCC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=72;WE=135053729;WS=135053700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr10	135053721	rs9419033	C	A	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=2485;ReadPosRankSum=0.289;SC=GTCCCACCCCCCTACCCCAGG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=73;WE=135053729;WS=135053700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr10	135053773	rs9418953	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1033;ReadPosRankSum=1.312;SC=GGGCCCCGGGGCCTGTGTGCT;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=76;WE=135053781;WS=135053763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr10	135061112	rs12355840	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1244;ReadPosRankSum=0.039;SC=GAACGGCGGGCGGCTCTGAGG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=94;WE=135061120;WS=135061102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
chr10	135076523	rs2995300	C	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=1024;SC=TAGATGCATTCCTGAGGTTAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=135076531;WS=135076513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	135076596	rs2230576	T	C	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=61;PP=2314;SC=GACCGTGGAATGCTGGAACGC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=153;WE=135076604;WS=135076586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	135076758	rs3008318	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=907;SC=GAAAAGATAATTGATGTTGAA;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=135076766;WS=135076748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	135076903	rs3121298	A	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=4;PP=76;SC=GGCAGTCACAATATATACAGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=135076911;WS=135076893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	135077121	.	C	T	358	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=59.31;NF=18;NR=1;PP=358;QD=20.6721690814;SC=GCAGTGCCACCGTCAGCCCCG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=19;WE=135077129;WS=135077111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	135077121	rs3216041	C	CGTCAGCCCCGTGGGGAGGCCGTGCCACT	970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=97.07;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	135077311	rs2995301	C	G	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=103;PP=2965;SC=CCCCCAGGCACTCCCGGCTCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=209;WE=135077319;WS=135077301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	135081684	rs2995309	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=31;PP=774;SC=CACCACACCCTGAGTCTCTCC;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=135081692;WS=135081674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	135081754	rs11101672	G	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=419;SC=ATGAGAGACAGACAGGCCCAG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=135081762;WS=135081744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	135082346	rs2275720	A	G	6112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=107;PP=2965;SC=ACCACCACGAAGACGGGGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=204;WE=135082354;WS=135082336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	135082810	rs2995310	C	T	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=12;PP=1245;SC=TCTGCCTATACCTGTGTGTCG;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=135082818;WS=135082800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	135082874	rs2995311	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=57;PP=2364;SC=CCGGGCCCGCGGCTTCTGCCT;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=137;WE=135082882;WS=135082864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	135083164	rs2275719	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=509;SC=CCACATGCGCCGACGGCGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=135083172;WS=135083154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	135083812	rs885023	C	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CCACGTGGGGCACATGCCCGG;SOR=0.861;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=19;WE=135083820;WS=135083802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr10	135084232	rs5789159	C	CAGA	3689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=2060;SC=AGGGCGGTCTCAGCTCACCTG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=38;WE=135084240;WS=135084222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	135084322	rs3008321	A	G	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.07;NF=76;NR=62;PP=2745;SC=GTGGGACCAGAAGCGGGTTAG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=138;WE=135084330;WS=135084312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	135084601	rs2995314	T	C	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=146;PP=2965;SC=CAGCTCACCATGGGGACAGGT;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=110;TCR=146;TR=256;WE=135084609;WS=135084591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	135085321	rs1131720	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=1.581;SC=CAATGCTGCCCGCCATGATGC;SOR=0.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=180;WE=135085329;WS=135085311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr10	135085426	rs1131719	A	G	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=112;PP=2965;SC=GGGCCATGGTACAGGCCACGC;SOR=1.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=166;TCR=112;TR=277;WE=135085434;WS=135085416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr10	135085754	rs1131718	G	A	8620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.03;NF=129;NR=190;PP=2965;SC=CAAACCCCACGGTAGTCCCGG;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=130;TCR=190;TR=319;WE=135085762;WS=135085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr10	135086380	rs3008324	C	T	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=35;PP=2386;SC=ACTGGGGACACGAGACCCTCA;SOR=1.490;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=125;WE=135086388;WS=135086370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	135086713	rs114903863	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.769;SC=CCAGGCAAGTGGACACCGGCA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=7;WE=135086721;WS=135086709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	135087521	rs3008326	G	A	4227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2553;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TGTAGCCGGAGCCCAGCAGGT;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=181;WE=135087529;WS=135087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,192:0.68:281
chr10	135089035	rs2275725	A	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=80;PP=2888;SC=GGCAGACGCCACGGCAACACG;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=159;WE=135089043;WS=135089025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	135090183	rs2995317	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=1269;ReadPosRankSum=1.249;SC=GCGGGGTGCGAGCAGGCCAGG;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=67;WE=135090191;WS=135090173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr10	135096784	rs2995325	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=46;PP=1266;SC=CGGGCCCTGCATGCGCACGTG;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=135096792;WS=135096774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	135097224	rs56403249	T	G	431.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.94;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr10	135097227	.	CGCA	C	422.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.19;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr10	135097232	.	T	TCG	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.39;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr10	135097245	rs74164138	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	135097434	rs2995326	A	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=2333;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CCATCACTTCAAACATCATGT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=128;WE=135097442;WS=135097424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr10	135098672	rs3008334	G	A	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=103;PP=2965;SC=CGTGCTTGCAGTAGAACATGT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=144;TCR=103;TR=247;WE=135098680;WS=135098662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	135098830	rs3008335	T	C	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=131;PP=2965;SC=CGTGAATCTCTCGGACACTGA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=155;TCR=133;TR=286;WE=135098838;WS=135098820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	135098845	rs2995327	C	T	4619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CACTGAAGGCCGGGGAGAGCC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=301;TCF=160;TCR=141;TR=190;WE=135098853;WS=135098835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,195:0.62:312
chr10	135103311	rs141370078	C	CGCCCGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT	1434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-1.828;QD=51.24;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr10	135103315	.	C	CGCTGCGCCAAGGACCCCAGGTCCCTGCCT	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.709;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.326;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
chr10	135105929	.	TGCACA	CGCACA,CGCGCC	450	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=134;MMLQ=24;MQ=48.05;NF=27,6;NR=6,0;PP=426,450;QD=13.9627640166;SC=GAGGGCAGCATGCACACTCCG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=33,6;WE=135105942;WS=135105919;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:35
chr10	135105961	.	T	TC	2957	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=54.35;NF=33;NR=12;PP=2957;QD=20;SC=TCCCTCCGTGTCCCCGTGTCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=45;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,45:0.96:47
chr10	135105962	.	CCCCGTGTCCCTCCGTGT	C	2975	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=55.92;NF=28;NR=13;PP=2975;QD=20;SC=CCCTCCGTGTCCCCGTGTCCC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=41;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr10	135105966	.	G	A	2116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=26;MQ=54.8;NF=29;NR=6;PP=2116;QD=61.4506060728;SC=CCGTGTCCCCGTGTCCCTCCG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=35;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:33,35:0.51:68
chr10	135105991	rs72864793	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=34;PP=2047;SC=CCCGTGTCCCGGGGAGCCCTA;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=112;WE=135105999;WS=135105951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	135107301	rs2860672	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=0.833;SC=GCTGTGGCTCTGCAGCCCCCA;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=24;WE=135107309;WS=135107291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
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chr10	135160950	rs4838721	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=1971;ReadPosRankSum=1.837;SC=CATCCCTGAGCCCCAATCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=139;WE=135160958;WS=135160940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,148:0.65:226
chr10	135165790	rs4369319	A	G	7588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=127;PP=2965;SC=ACCCTGGGCCATGTCCTGAGT;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=147;TCR=127;TR=274;WE=135165798;WS=135165780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr10	135171364	rs1891372	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=258;SC=GGGGTCCCCGTGCAAGCCTCG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=135171372;WS=135171354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	135176258	rs1050040	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AATTGGAGAGGAACTGCACAC;SOR=0.355;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=12;WE=135176266;WS=135176248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr10	135176558	rs149289784	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCCAGGGGGCCGGGGAGGGGA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=18;WE=135176566;WS=135176548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	135178087	rs10745294	A	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=738;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTAATGATAAAATTTAAAAGG;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=50;WE=135178095;WS=135178077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr10	135179458	rs6537598	G	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CCTCTCCAGTGTCTTCCTGGC;SOR=0.515;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=67;WE=135179466;WS=135179448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,72:0.62:116
chr10	135180430	rs2230261	A	G	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=58;PP=2156;SC=TCCGGTCACCAGTGAGGACCA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=135180438;WS=135180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	135182345	rs3761858	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=1.304;SC=TCTGGTCAGATATGAGCTGTG;SOR=1.347;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=9;WE=135182353;WS=135182335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr10	135184126	rs1049951	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CTCCTCGAAGGTCTTCAGGGC;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=71;WE=135184134;WS=135184116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,72:0.65:110
chr10	135186806	rs10466126	A	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr10	135192762	rs12250188	C	G	174.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135194890	rs10745295	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=5;PP=929;SC=GTGGGAACTCAGAGCACGTAT;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=135194898;WS=135194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	135197419	rs4240520	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1122;SC=GGACTTCCGTGGAGGGCTTTA;SOR=1.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=135197427;WS=135197409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	135202594	rs10776679	T	C	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=74;PP=2082;SC=CCACACACGCTGGTTCCTGCC;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=133;WE=135202602;WS=135202584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	135204799	rs6537600	C	T	9414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=166;PP=2965;SC=CATTCTAACCCTGGCTCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=163;TCR=166;TR=329;WE=135204807;WS=135204789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr10	135204950	rs1046175	C	G	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=97;PP=2965;SC=AGCCCAGGCCCAGGCTCTAGC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=151;WE=135204958;WS=135204940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	135205009	rs1046178	C	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=59;PP=2084;SC=GGCTGGGACCCTCATTTCTTC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=135205017;WS=135204999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	135207936	rs10160083	T	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	135209105	rs4838742	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=592;SC=TCCCTCAGATATAGTCTTTTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=135209113;WS=135209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	135211892	rs2252852	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=969;SC=TGACAGAGCCAAGACTCCAGT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=135211900;WS=135211882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	135212136	rs60993176	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CTAGGTGTTGGTTTCCAGCTG;SOR=0.177;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=10;WE=135212144;WS=135212126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr10	135215756	rs145673810	CGGGGCT	C	4400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=60;PP=2988;SC=TGTGGTGAGCCGGGGCTGGGG;SOR=1.679;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=6;TCR=79;TR=64;WE=135215769;WS=135215746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	135216331	rs61001086	TA	T	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.921;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr10	135216470	rs7084737	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CACAATCAAGAAAACGAGCGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=135216478;WS=135216460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	135233541	rs2255246	A	G	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=129;PP=2965;SC=TAACGTGAACATTATTCAGCC;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=151;TCR=129;TR=280;WE=135233549;WS=135233531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr10	135236717	rs114544949	A	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GTGGTCCCCGAGCCCAGCCAG;SOR=0.982;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=20;WE=135236725;WS=135236707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
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chr10	135267738	rs2253529	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=229;ReadPosRankSum=-1.951;SC=TCCACATGGCTGGATCCCTGT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=15;WE=135267746;WS=135267728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr10	135271764	rs115558068	G	A	5178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=34;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CTAGATGCAGGTGATGGCTCC;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=120;TCR=55;TR=115;WE=135271772;WS=135271754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,132:0.69:192
chr10	135271789	rs2480245	C	T	5622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=49;PP=1913;ReadPosRankSum=0.164;SC=TGAAGCCTTCCGCAGTCTGAG;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=132;TCR=77;TR=137;WE=135271797;WS=135271779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,153:0.68:226
chr10	135272947	.	CC	AG	147	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=147;QD=50.1169687156;SC=GGTCCTGGGTCCCTCCCGCTG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=135272956;WS=135272937;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr10	135273463	rs731947	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ATGCCTGGGACCTGCGGGACG;SOR=0.293;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=22;WE=135273471;WS=135273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr10	135278193	rs2492654	A	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=788;ReadPosRankSum=0.399;SC=CTGGGGCGCCATGTGCAGCAA;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=58;WE=135278201;WS=135278183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr10	135278257	rs201116131	TGTGGGGA	T	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.811;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr10	135279283	rs2243812	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=818;ReadPosRankSum=1.393;SC=TTTTTGGGAATTCCCTTTTGT;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=52;WE=135279291;WS=135279273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr10	135279810	rs2243909	T	G	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=1816;ReadPosRankSum=-1.609;SC=CGTCCTGGGATCCCTTCTTGG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=110;TCR=67;TR=112;WE=135279818;WS=135279800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,120:0.64:188
chr10	135280765	rs2246634	C	T	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GAAATGCCGCCAGCAGGACTG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=72;WE=135280773;WS=135280755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr10	135281637	rs10776682	A	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.506;SC=CTGGCTCTAAACCTCATCCCC;SOR=0.078;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=4;WE=135281645;WS=135281627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	135340866	rs11445593	T	TC	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=576;SC=CACAGGATTGTCTCCCGGGCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=135340874;WS=135340856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135347397	rs915909	T	C	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=107;PP=2965;SC=ACCCTGAGATTGAAGGTAGGC;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=93;TCR=107;TR=199;WE=135347405;WS=135347387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	135347533	rs943976	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=489;SC=TGAGATGGCTAGATGCACTGC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=135347541;WS=135347523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	135350490	rs147973606	A	AGATGGGTGGAT	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=2082;ReadPosRankSum=0.753;SC=GTGATTGAATAGATGGGTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=6;WE=135350498;WS=135350480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	135351137	rs2070676	G	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=0;PP=416;SC=TCCTTCAACTGGAAATATACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=135351145;WS=135351127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135351174	rs2070677	T	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=812;SC=TATTCAAAACTACATTCTTCA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=135351182;WS=135351164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	135351362	rs2515641	T	C	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=72;PP=2965;SC=ATGGAAAGTTTAAGTACAGTG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=135351370;WS=135351352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	135352153	rs2249694	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAGGCAGAGAAGGGTGAGTCC;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=135352161;WS=135352149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	135352168	rs2249695	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GAGTCCTGCCTTGTGATGGCC;SOR=0.088;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=135352176;WS=135352158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	135352509	rs2480257	T	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.29;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr10	135352514	rs2480256	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.06;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr10	135367655	rs11101821	A	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GTTTGATAGTATATTGCCAGT;SOR=0.535;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=44;WE=135367663;WS=135367645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr10	135368163	rs2149616	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr10	135368452	rs3737029	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr10	135368462	rs2183163	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr10	135368489	rs71228758	A	AGCTGAGACGG	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
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chr10	135368709	rs3737032	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	135368835	rs3737034	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr10	135368967	rs11592461	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GTAGGATGGGGGAAGGAAGAG;SOR=0.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=28;WE=135368975;WS=135368957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr10	135369054	rs3020514	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=31;PP=1674;SC=ATACAACATCAGTCATCTTCC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75;WE=135369062;WS=135369044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	135369258	rs3827688	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,34:0.25:137
chr10	135369532	rs3747881	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.206;SC=ACAAATCTCCTTTGCCAGCCG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=18;WE=135369540;WS=135369522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr10	135370060	rs2987791	G	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=230;SC=ACTTGACCTTGGTCTCATCAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=135370068;WS=135370051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	135370343	rs8181464	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.656;NF=25;NR=32;PP=675;ReadPosRankSum=-0.640;SC=ACCAACCACAGGCATGAGGGG;SOR=0.980;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=57;WE=135370351;WS=135370333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr10	135370370	rs8181332	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.815;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,47:0.28:169
chr10	135370407	rs11473038	G	GCA	1157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.539;NF=10;NR=16;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GGTTCTTCAGGCAGATTTTGG;SOR=0.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=26;WE=135370415;WS=135370397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr10	135370470	rs8181425	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=859;ReadPosRankSum=1.823;SC=CCACCTTGAATCTCCATGGCT;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=59;WE=135370478;WS=135370460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,64:0.42:154
chr10	135370633	rs8181356	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=1.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,37:0.24:154
chr10	135370639	rs8181357	C	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=10.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=1.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,32:0.24:134
chr10	135371466	rs2987792	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=560;ReadPosRankSum=1.042;SC=TGTCAAGGTATTGGGTTTTGG;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=135371475;WS=135371456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr10	135371467	rs8181456	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=441;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GTCAAGGTATTGGGTTTTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=11;WE=135371475;WS=135371456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr10	135371566	rs8181309	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr10	135371606	rs8181458	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr10	135371835	rs35408926	A	AC	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.618;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CCAAATGTGAACCCTTGAGGT;SOR=0.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=6;WE=135371843;WS=135371825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr10	135372310	rs10857748	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=0.848;SC=GGATGCTGATTATCTGGAATA;SOR=0.569;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=7;WE=135372318;WS=135372300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	135372334	rs74162042	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGTTAGGGGAGGCTTAAGACA;SOR=0.360;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=9;WE=135372356;WS=135372324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	135372597	rs10857749	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CTCTCCTTGCCAGGCTCTGCT;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=15;WE=135372605;WS=135372587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr10	135372659	rs10857750	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GCATGCTGAAATGCCCTGTAC;SOR=1.222;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=17;WE=135372667;WS=135372649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr10	135372870	rs11101825	C	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,38:0.22:171
chr10	135373435	rs3813872	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr10	135373591	rs3813873	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=333;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGGAGACACACGACCTTTCTG;SOR=0.921;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=32;WE=135373599;WS=135373581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,34:0.31:109
chr10	135373694	rs10857752	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-1.894;SC=GAATCAAGCAGGGCGAGAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=16;WE=135373702;WS=135373684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr10	135378802	rs34776401	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr10	135381215	rs3020499	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	135381276	rs3020500	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr10	135381766	rs3020503	C	T	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=133;PP=2965;SC=CCGCGTTCCCCGGGTCCCGCG;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=96;TCR=133;TR=228;WE=135381774;WS=135381756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	135381927	rs2987800	T	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=782;SC=AGAGGAAGGCTGCCTCCTGTA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=135381935;WS=135381917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr10	135438929	rs201901202	T	G	6871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.787;NF=118;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.917;SC=CTTTTTCGAATTGACGGTGTT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=552;TCF=277;TCR=275;TR=235;WE=135438937;WS=135438919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,187:0.38:494
chr10	135438951	rs200483318	G	A	7727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQRankSum=-17.491;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.813;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,207:0.40:517
chr10	135438955	rs201563622	C	T	7736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQRankSum=-17.614;QD=15.32;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,203:0.40:505
chr10	135438967	rs145018822	C	T	7037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-17.932;QD=14.66;ReadPosRankSum=2.517;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,186:0.39:480
chr10	135438977	rs79631365	G	A	6312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-18.547;QD=14.55;ReadPosRankSum=2.943;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,160:0.37:434
chr10	135439049	rs200347477	G	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=32.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQRankSum=-8.250;QD=0.36;ReadPosRankSum=-5.991;SOR=3.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,25:0.11:238
chr11	193096	rs2280539	T	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CTGAGACTGCTGGCATGAAGG;SOR=0.391;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=287;TCF=164;TCR=123;TR=125;WE=193104;WS=193086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,127:0.44:291
chr11	193146	rs61736219	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.559;SC=ACCCTGTTCTGCATCTGCCGT;SOR=0.496;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=121;TCR=139;TR=90;WE=193154;WS=193136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,81:0.37:218
chr11	193194	rs2686896	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-2.338;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr11	193698	rs2294083	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr11	193722	rs2294082	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,22:0.19:113
chr11	193863	rs2294081	T	C	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=8.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,88:0.46:191
chr11	193865	rs2686894	T	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=15.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.010;SOR=1.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,51:0.27:189
chr11	193925	rs2294080	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,17:0.15:110
chr11	193979	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CAACACAGCACCCACACAGCC;SOR=0.322;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=19;WE=193987;WS=193969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr11	194332	.	C	CA	1298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.005;NF=22;NR=14;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GACCCCCCCCCACTGAGGGCC;SOR=0.564;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=36;WE=194340;WS=194322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr11	194441	rs61997072	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=6.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-1.316;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,43:0.14:298
chr11	194640	rs2979429	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.402;SC=AACACACTCGGGGCCACAGCC;SOR=2.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=12;WE=194648;WS=194630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr11	197337	rs3802984	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,43:0.24:178
chr11	197557	rs7103852	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr11	199256	rs3741411	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr11	205757	rs3837432	AACTCTG	A	3378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=40;PP=2969;SC=CCCTGCCAACAACTCTGCCAG;SOR=1.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=205770;WS=205747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	207359	rs375304678	C	CGGCCACAGCCGCCTCAGACGT	1499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.044;QD=19.48;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr11	209002	rs2177173	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=34;PP=1058;SC=GTGCGCGGGTAGCAGGGAGGG;SOR=1.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=52;WE=209010;WS=208992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	210660	rs34925440	C	G	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=91;PP=2427;ReadPosRankSum=-2.545;SC=AGGAGTTCCACGGGTGAGAAT;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=147;WE=210668;WS=210650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,150:0.77:196
chr11	219089	rs511744	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=619;SC=CTTTACAAGCTCCTCAGGATG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=219097;WS=219079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	223733	rs11246009	T	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=5.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,90:0.22:415
chr11	223976	rs11246014	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.439;NF=11;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-3.749;SC=TGCCCTCCAGACTCCTCCCTG;SOR=2.792;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=13;WE=223984;WS=223974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	230368	rs536715	C	T	5908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.146;SC=ACTGTCCTTTCGAGACAATGC;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=211;TCR=119;TR=247;WE=230376;WS=230358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,253:0.75:339
chr11	235894	rs9795476	T	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=2;PP=576;SC=CCCCCATAAGTGACGTCCACA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=235902;WS=235884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	236091	rs28365927	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=4.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.504;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,50:0.20:250
chr11	236343	rs7118852	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=560;SC=CGCGCAGTCCAAGGAGTCCTC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=236351;WS=236333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	236370	.	C	CCGGCGCCCCGCCCG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	236871	rs2272563	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=392;SC=GAGAGTTTTGTCCGGAGCGCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=236879;WS=236867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	237087	rs1045288	A	G	7743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=149;PP=2965;SC=CAGAGCCAGAACTCCGGGCCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=132;TCR=149;TR=281;WE=237095;WS=237077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	243987	rs6598060	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=662;SC=TGGGGTCTTCGTTTTGCAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=243995;WS=243977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	244106	rs10902112	A	G	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	244108	rs7107362	A	G	5383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	244115	rs7128044	G	A	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	244129	rs7116130	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=46;PP=1845;SC=TGATGCTCGGCGGTGCTCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=100;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	244141	rs7128029	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=47;PP=1838;SC=GTGCTCAAAGGCTGGTGGCTT;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=96;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	244167	rs1128320	C	T	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	244171	rs1128321	T	C	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	244197	rs1128322	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=46;PP=1277;SC=TCATTCTTCATGTAGTTAGAC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=244205;WS=244187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	244414	rs2272565	C	T	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.06;NF=105;NR=63;PP=2965;SC=CTGATTGTTCCTTCTTTTCCA;SOR=1.205;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=168;WE=244422;WS=244404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	244490	rs3830667	ATACCTTTTAG	A	8576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=92;PP=2981;SC=CATGTGGGCAATACCTTTTAG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=34;TCR=101;TR=122;WE=244507;WS=244480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	244552	rs2272566	A	G	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=87;PP=2965;SC=CTCACTGTCCAGACCTTTAGA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=195;WE=244560;WS=244542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	247200	rs3830001	G	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CTAGGCAACAGAGTGAGACCC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=12;WE=247208;WS=247193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr11	249097	rs498217	A	G	321.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=0.289;SC=TCCCCCATGTATCTACTCGCT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=249105;WS=249087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr11	279798	rs4758626	G	A	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CCCTGTTCCCGCCCTCGGCGG;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=119;WE=279806;WS=279788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,133:0.69:194
chr11	280000	rs4758627	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=614;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GCCTGAGCAGGGCCGGGGAGG;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=31;WE=280008;WS=279990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr11	280221	rs6421985	A	C	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=GGAGGAGGCGATGGGGCCCGC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=209;WE=280229;WS=280211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	280673	rs12807092	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr11	280816	rs7482965	AT	TC	20187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=244;NR=166;PP=2947;SC=TTCTACAAGTATTTCCGGGAT;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=251;TCR=170;TR=410;WE=280825;WS=280806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr11	284093	rs9734280	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=8;PP=1234;SC=AGGCTCTGCGAGGTCCAGGGA;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=51;WE=284101;WS=284083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	284538	rs6598047	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,67:0.23:291
chr11	284716	rs760059	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=505;SC=CCTGGGGGCTCCCCCTGGACC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=284724;WS=284706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	290050	rs139686173	G	A	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AGCTGACCGAGACCTTCGCCC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=226;WE=290058;WS=290040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,235:0.79:299
chr11	290816	rs10902120	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,49:0.24:203
chr11	293785	rs12418165	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,83:0.21:389
chr11	294512	rs149098966	A	ACCCCAGGCTGTCCCTCACCCCCAGACTGCCCTCTCAC	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-2.645;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,22:0.13:170
chr11	308065	rs9704108	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=4;PP=1202;SC=GTTCTGCCCTTATCTGGCCCT;SOR=4.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=308073;WS=308055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	308178	rs1058873	T	C	8957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.99;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,220:0.69:320
chr11	308178	.	TCA	CCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=122;NR=79;PP=2944;QD=20;SC=GGTAACCCGATCACCGCTGGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=187;TCR=117;TR=201;WE=308188;WS=308168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:103,201:0.66:304
chr11	308180	rs10398	A	G	8957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,228:0.70:328
chr11	308290	rs1058900	T	C	7902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.226;NF=97;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.532;SC=ATGCTGGGGGTGCCCCACAAC;SOR=0.543;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=286;TCF=124;TCR=162;TR=217;WE=308298;WS=308280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,220:0.76:291
chr11	308314	rs14408	T	C	6926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.367;NR=103;ReadPosRankSum=0.937;SC=GCTCCCCCGATGTCCACCGTG;SOR=0.508;Source=Platypus;TCR=140;WE=308322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,176:0.76:233
chr11	308363	rs1058935	G	C	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.511;NF=48;NR=83;PP=2283;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CTGACCATGTGGTCTGGTCCC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=131;WE=308371;WS=308353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,128:0.80:160
chr11	308426	rs1058964	G	C	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.525;NF=50;NR=59;PP=1894;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TAGCATTCGCGTACTCCGTGA;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=109;WE=308434;WS=308416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,109:0.76:143
chr11	308759	rs4141388	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.50;MQRankSum=0.231;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.767;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr11	309127	rs1059091	A	G	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=57;PP=2954;ReadPosRankSum=-2.535;SC=CATTCTGCTCATCATCATCCC;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=236;TCF=159;TCR=77;TR=184;WE=309135;WS=309117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,195:0.77:252
chr11	314207	rs9667990	C	G	17445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=328;PP=2965;ReadPosRankSum=0.863;SC=TGTGCTGGGGCCACCCCCCAG;SOR=0.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=624;TCF=293;TCR=331;TR=616;WE=314217;WS=314196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,637:1.00:638
chr11	320166	rs28655829	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.43;QD=25.80;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	320237	rs28688930	C	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.53;QD=29.46;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	320385	.	C	CA	2506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.579;NF=9;NR=60;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GCAGATTCCCCAAGCCACACA;SOR=0.533;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=12;TCR=94;TR=69;WE=320402;WS=320375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr11	320394	rs6421983	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.509;NF=10;NR=26;PP=1547;ReadPosRankSum=0.840;SC=CCAAGCCACACACACACACAG;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=36;WE=320402;WS=320375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr11	372784	rs55794317	G	A	724.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=490;ReadPosRankSum=0.756;SC=AATGGGCTGGGAGGCAGGGCG;SOR=0.105;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=27;WE=372792;WS=372774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr11	373408	.	ACC	A,AC	1189.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,14,35:0.27,0.67:52
chr11	375804	rs61876283	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.392;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=854;ReadPosRankSum=0.034;SC=GGGCGAGGGCGGGGGTGCCTG;SOR=1.034;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=61;WE=375812;WS=375794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,63:0.30:212
chr11	396701	rs11246147	C	T	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=53;PP=2144;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AGCGATGGGCCCAGCCCGAGG;SOR=0.955;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=137;WE=396709;WS=396691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,141:0.68:206
chr11	396915	rs12419281	C	T	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1867;ReadPosRankSum=0.309;SC=CAGCCCACAACGGGGGCAGCG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=102;WE=396923;WS=396905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,107:0.76:140
chr11	397706	rs9795298	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=1081;ReadPosRankSum=1.631;SC=GGTGACCTCCTTCGTGGGCCC;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=50;WE=397714;WS=397696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr11	397732	rs9795299	T	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=678;ReadPosRankSum=-1.224;SC=CCTCCCACTGTCCTCTGCTCA;SOR=1.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=30;WE=397740;WS=397722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr11	400040	rs1128982	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=0.687;SC=AGCAGCTCACAGACCTGGTGT;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=40;WE=400048;WS=400030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr11	400109	rs8858	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.363;SC=CCTCGGAGGCAGAGATCTTCT;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=18;WE=400117;WS=400099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr11	403046	rs76360685	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.676;NF=26;NR=4;PP=578;ReadPosRankSum=0.668;SC=CCGCTCACCCCGACCCCGCCG;SOR=0.919;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=30;WE=403054;WS=403036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr11	403939	rs7479832	A	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CCGGCCTCCCACAGCCACGAA;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=96;WE=403947;WS=403929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,103:0.70:148
chr11	403980	rs11748	G	A	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=54;PP=2627;ReadPosRankSum=-0.482;SC=AGAAGCTGCCGGGCAGCGTGG;SOR=1.007;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=124;TCR=82;TR=145;WE=403988;WS=403970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,153:0.72:213
chr11	404317	rs1134578	C	T	5426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.486;SC=ACCGTGACTTCCGGGCGGTAC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=129;TCR=159;TR=223;WE=404325;WS=404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,230:0.77:298
chr11	406043	rs7947	G	A	5009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.047;SC=GCTCTCCAAAGACAGGCCCCC;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=152;TCR=145;TR=213;WE=406056;WS=406033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,213:0.72:297
chr11	406473	rs3087588	A	C	6023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,157:0.69:228
chr11	406483	rs3210908	T	C	5891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.28;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,149:0.69:216
chr11	407364	.	C	CATGGG	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TGGGACGGAGCATGGGGCGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=407372;WS=407354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	407708	rs6421977	A	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=644;ReadPosRankSum=1.266;SC=CGCACAGAGCACCCGGGGGCT;SOR=1.386;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=29;WE=407716;WS=407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr11	409322	rs118065023	G	A	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1552;ReadPosRankSum=1.435;SC=CAGAGAGTGTGGGCACCAGTG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=95;WE=409330;WS=409312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,98:0.77:127
chr11	409385	rs6421976	C	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=0.752;SC=TGGATGGGCACAGCTGGGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=33;WE=409393;WS=409375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr11	409720	rs6598024	T	G	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.926;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=47;PP=2213;ReadPosRankSum=1.812;SC=AAGGGCCCAGTGGGAGGGGTG;SOR=1.031;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=132;WE=409728;WS=409697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,137:0.73:188
chr11	428385	rs10794323	A	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=32;PP=1832;SC=AGGGCCACGCACCTGTTGATC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=428393;WS=428375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	428489	rs10794324	T	C	8099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=126;PP=2965;SC=GTCATGATGATGATGGTCACA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=164;TCR=127;TR=290;WE=428497;WS=428479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr11	429659	rs7111432	C	T	13409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=251;PP=2965;SC=GTGGCTGCGGCGGGGGCAAGG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=224;TCR=253;TR=474;WE=429667;WS=429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr11	430456	rs11603743	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=748;SC=GGGGAGGGACAGGAAAGGGAT;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=32;WE=430464;WS=430446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	431577	.	TC	AC,GT	416	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=81;MMLQ=25;MQ=45.78;NF=10,2;NR=0,0;PP=416,105;QD=45.0771212547;SC=GTGTGGGGGCTCCCGCGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10,2;WE=431586;WS=431573;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:15
chr11	431622	.	C	T	584	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=21;MQ=54.67;NF=26;NR=6;PP=584;QD=19.3366003921;SC=GGGGCGTCCGCGGGTATCTGG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=32;WE=431630;WS=431612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr11	431834	rs55914928	A	G	6826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.013;SC=TCTCCAGGCCAGCCCACCCCT;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=151;TCR=101;TR=250;WE=431842;WS=431824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr11	433387	rs7395065	A	G	11542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=198;PP=2965;SC=TCCAGGAGGAAAGTGCGGTAC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=212;TCR=198;TR=410;WE=433395;WS=433377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr11	433554	rs12576389	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TCAGAACCCTCCCCCCTCTAT;SOR=0.434;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=16;WE=433576;WS=433544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	433568	rs7396813	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=913;SC=CCTCTATTCCGCCTCAGAACC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=433576;WS=433544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	433867	rs12575508	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,98:0.28:348
chr11	433965	rs7396778	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GGGGCCAGGCGCAGGTGAAGG;SOR=1.063;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=38;WE=433973;WS=433955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr11	433995	rs7396776	G	A	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=55;PP=2449;SC=GGGCCAGGTGGGGCCCGGGAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=434003;WS=433985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	441806	rs10794325	C	A	547.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=2.625;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=375;ReadPosRankSum=2.494;SC=GGGACCCCCCCCACACACACA;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=25;WE=441814;WS=441796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr11	460303	rs11821341	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=301;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GCTGCCCTCTTGTCCTGCCTT;SOR=0.884;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=30;WE=460311;WS=460293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,31:0.28:112
chr11	474033	rs72851118	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,35:0.23:154
chr11	488135	rs11820122	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.102;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.163;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,24:0.19:128
chr11	488140	rs11821959	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=6.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.182;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,25:0.18:142
chr11	488389	rs11822000	C	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCAGCGCGGCCCCTGGACCCC;SOR=0.482;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=16;WE=488397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr11	489386	rs67492572	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=628;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GGCTGCCGGCTCTGTGGTTCC;SOR=0.485;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=51;WE=489394;WS=489376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,50:0.29:172
chr11	489829	rs56005321	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr11	494942	rs7983	G	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,52:0.25:209
chr11	495103	rs11246165	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.411;SC=CTGGCACCGCACTGACCGGCA;SOR=0.297;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=7;WE=495111;WS=495093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr11	498383	rs11825121	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr11	499059	rs17584	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=4.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,76:0.25:302
chr11	499120	rs17585	G	A	4752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.892;SC=CTTGAAGTCCGGCTTGGCCCT;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=111;TCR=145;TR=193;WE=499128;WS=499110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,203:0.76:268
chr11	499547	rs61876345	A	C	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.622;SC=ACTCACGGCCAGGCATCTGTT;SOR=0.309;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=206;WE=499555;WS=499537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr11	499583	rs61876346	G	A	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.646;SC=TGGGGCAGCTGTGCCTTGCAA;SOR=0.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=183;WE=499591;WS=499573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr11	500056	rs12417451	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.591;SC=CACGCCCTTCGCCTGCCAGAG;SOR=0.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=7;WE=500064;WS=500046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr11	502013	rs7930593	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr11	502217	rs7944548	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,36:0.22:160
chr11	534242	rs12628	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:464,134:0.22:598
chr11	534332	rs41294870	G	A	4867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TCGCTCCTCAGGGGCCTGCGG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=87;TCR=169;TR=195;WE=534340;WS=534322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,201:0.77:261
chr11	534403	rs146677294	GCCCAGGCCCAGC	G	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr11	540584	rs11246178	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.957;SC=TGACGGGGGCGGGGGGTTGAG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=11;WE=540592;WS=540574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr11	540604	rs79948463	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=0.810;SC=GGGCTGGGCCAGGGTCTCAGC;SOR=0.385;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=16;WE=540612;WS=540594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr11	544827	rs76537666	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.975;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr11	552331	rs58139375	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CCCAAGGCTCGTGGACCATCC;SOR=3.209;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=552339;WS=552321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr11	552547	rs3740652	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=10;PP=639;SC=GGCTGGAGCTTCTCCTCCTCT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=552555;WS=552537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	552756	rs12361381	T	C	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AACACCCCACTTCTATAGGGG;SOR=0.782;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=97;WE=552764;WS=552746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,108:0.78:139
chr11	552787	rs12361383	T	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1063;ReadPosRankSum=1.742;SC=CCAGATCAGATGTGTCAACCT;SOR=0.499;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=78;WE=552795;WS=552777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,88:0.82:107
chr11	552875	rs28575794	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=636;SC=GCTCACGACCAAGGGAGGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=552883;WS=552865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	554299	rs10902172	C	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TGCCAGGCTTCCCTGTGCTGG;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=100;WE=554307;WS=554289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,110:0.75:146
chr11	555223	rs55731724	AC	A	915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=614;SC=GGACGAGGAGACAGAGGGGAG;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=555231;WS=555213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	556121	rs936467	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=12;PP=423;SC=CAGACCTGGAGGGGCGTGGAG;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=556129;WS=556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	556457	rs28407128	T	C	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=2062;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CCAGCTCCAGTCCGGCGCCGG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=105;WE=556465;WS=556447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,113:0.67:169
chr11	556521	rs28406183	C	G	4955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TCCAGTGGTCCGGGTCTGTGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=176;TCR=121;TR=214;WE=556529;WS=556511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,226:0.74:306
chr11	556857	rs7938269	G	C	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=60;PP=1868;ReadPosRankSum=1.075;SC=TGCTGTAGCTGCCGGCCTGCA;SOR=0.854;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=118;WE=556865;WS=556847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,130:0.77:168
chr11	557273	.	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=719;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GATCAGAGAACGCGCATTGGA;SOR=0.403;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=40;WE=557281;WS=557263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr11	557342	rs936466	T	C	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GCGTCTTCACTTGCCAAGGTG;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=111;WE=557350;WS=557332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,121:0.75:161
chr11	557989	rs7129811	C	T	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=41;PP=1768;ReadPosRankSum=0.457;SC=CCTCCATCTCCTGGAGCGTGC;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=113;WE=557997;WS=557979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,117:0.80:146
chr11	558884	rs2061586	C	T	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=63;PP=2580;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ACCACCGGTGCGGGGTGGGGC;SOR=0.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=152;TCR=89;TR=171;WE=558892;WS=558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,180:0.72:250
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chr11	610277	rs11246212	T	C	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=116;PP=2795;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GTCAGGCAGGTGTTCTCCGAG;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=250;TCF=98;TCR=152;TR=185;WE=610285;WS=610267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,191:0.73:263
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chr11	616865	rs3758650	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,71:0.23:303
chr11	616970	rs1610161	A	T	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=68;PP=2022;SC=GAGGTCTGAGATGAGCCGGGT;SOR=1.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=102;WE=616978;WS=616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	617537	rs2740380	C	T	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=78;PP=2022;ReadPosRankSum=-1.074;SC=ACCCGCCCTCCGGCCGCCGCT;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=91;TCR=108;TR=145;WE=617545;WS=617527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,162:0.76:214
chr11	617967	rs2740379	C	G	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=26;PP=2965;SC=AGCTTTGCCACAGCAGCACTT;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=94;TCR=26;TR=120;WE=617975;WS=617957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	618172	rs6598008	A	G	5103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.437;SC=GGCATTTCCCATGCCAACCTG;SOR=0.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=283;TCF=100;TCR=183;TR=214;WE=618180;WS=618162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,219:0.76:289
chr11	618998	rs2740375	G	A	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=70;PP=1916;ReadPosRankSum=0.639;SC=GCACCCGGGGGCCCCCCGGGT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=103;TCR=94;TR=146;WE=619006;WS=618983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,154:0.75:205
chr11	619789	rs2246614	T	G	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=86;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CACGATACAGTCTCTGGGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=151;WE=619797;WS=619779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,162:0.75:217
chr11	620289	rs117875177	C	T	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=91;PP=2553;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGCTGGGCCCCACTCACCCCT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=92;TCR=119;TR=160;WE=620297;WS=620279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,162:0.76:212
chr11	621951	rs186533174	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=4.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,37:0.23:161
chr11	636496	rs936461	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=1.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=667;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AGCCGAACCTACTGTCCGGTC;SOR=1.276;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=38;WE=636504;WS=636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr11	636592	rs11246224	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.09;MQRankSum=-0.564;NF=15;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GCGGGGTCGACCGCTCAGCTG;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=28;WE=636600;WS=636582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr11	636690	rs936462	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=24.18;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	636701	rs3842250	CG	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.589;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr11	636784	rs1800955	T	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=13;PP=326;SC=GCGTGGAGGGTGCGCACGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=636792;WS=636774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	637294	rs146680769	C	T	397.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr11	637622	rs752306	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,25:0.24:103
chr11	639372	rs146876215	GGC	G	268.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr11	639374	rs28540443	C	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=11;PP=1759;ReadPosRankSum=0.429;SC=AGAGTGGGGGCGGGTCACAAG;SOR=1.559;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=90;TCR=15;TR=82;WE=639382;WS=639362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr11	640119	rs762502	C	T	587.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=2.981;SC=AGGACCCCTGCGGCCCCGACT;SOR=1.255;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=26;WE=640127;WS=640109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr11	640349	rs1870723	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=2.581;SC=GGAGGGGGGGGGTACGAGGCC;SOR=0.722;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=24;WE=640357;WS=640339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr11	640369	rs7482904	G	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.618;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=350;ReadPosRankSum=2.160;SC=CGGCTGGGCGGGGGGCGCTAA;SOR=0.137;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=28;WE=640377;WS=640359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
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chr11	653968	rs10615	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=5.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-2.111;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,46:0.24:192
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chr11	654147	rs7106020	T	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.405;SC=AGGCCCCAAGTTCCCCCCATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=654155;WS=654137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	654511	rs7951023	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,106:0.24:445
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chr11	674458	rs6597997	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=0.026;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
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chr11	679915	rs28392994	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=553;ReadPosRankSum=0.540;SC=GGGGGCCTGGGCTGAAGGGCG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=33;WE=679923;WS=679905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr11	681078	rs35887544	G	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1127;ReadPosRankSum=1.260;SC=CAAAAAGCCTGACTGGGCCAC;SOR=0.416;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=62;WE=681086;WS=681068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr11	686714	rs10794330	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.679;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=1.591;SC=TAAATCACTCGCCCAAGGCCA;SOR=2.419;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=17;WE=686722;WS=686704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	686798	rs7121608	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=357;ReadPosRankSum=0.342;SC=TGGCTGGGCCGCCTCAGAGGG;SOR=0.471;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=31;WE=686806;WS=686788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr11	686839	rs7121478	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=9.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,47:0.26:184
chr11	688091	rs12277188	C	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1156;ReadPosRankSum=0.061;SC=GGTGAGAGGCCGGACACCGGG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=66;WE=688099;WS=688081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,70:0.79:89
chr11	688312	rs7116631	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,28:0.16:170
chr11	691636	rs11246268	G	A	5658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGCAACAAAAGCCAGAATGGA;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=333;TCF=135;TCR=198;TR=231;WE=691644;WS=691626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,246:0.70:350
chr11	695842	rs7928305	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	695854	rs7945422	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr11	698807	rs4963166	C	T	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=65;PP=2527;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CAGTGTGGAGCGAGACCCGGG;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=137;TCR=86;TR=169;WE=698815;WS=698797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,179:0.75:238
chr11	700247	rs7482162	A	C	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=94;PP=2965;SC=TAAGTCAGGGACGGGCACAGT;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=157;WE=700255;WS=700237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	702923	rs5789195	T	TC	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=319;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CCACCTTCCCTCCCCTTTGCT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=702931;WS=702913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	703175	rs7107522	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,82:0.21:384
chr11	704583	rs10902201	A	G	8216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.773;NF=106;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CCCAGCCCACAAACCATGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=153;TCR=139;TR=199;WE=704591;WS=704573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,212:0.70:305
chr11	704604	rs35782494	GA	G	8962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.34;MQRankSum=2.013;NF=26;NR=110;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ACCAGGGAAGGACCCCCTCCC;SOR=0.586;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=198;TCF=41;TCR=157;TR=136;WE=704612;WS=704594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,229:0.72:319
chr11	704753	rs7941896	G	A	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=59;PP=1679;SC=GGCCCGAGAGGCCAGCCTGGA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=79;WE=704761;WS=704743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	709401	rs10902202	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,63:0.28:223
chr11	709680	rs11605783	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,53:0.26:203
chr11	710558	rs7395822	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,31:0.22:141
chr11	719981	rs112727585	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.391;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,33:0.18:179
chr11	720197	rs3087546	C	T	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=111;PP=2923;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CGACCAGTCGCTGCGGCTGCT;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=237;TCF=87;TCR=150;TR=178;WE=720205;WS=720187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,188:0.75:252
chr11	720978	.	G	GC	785	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=24;MQ=55.25;NF=20;NR=2;PP=785;QD=38.5838982032;SC=GAGGGGAGGAGCCGGCAGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=22;WE=720986;WS=720968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,22:0.63:35
chr11	721715	rs201616905	GGCAGGTGCAGGGGACGGGGCCA	G	1364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=7.825;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,49:0.23:212
chr11	721931	rs7949926	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,87:0.24:367
chr11	722202	rs9734804	G	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,28:0.20:142
chr11	722709	rs10902205	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.656;NF=78;NR=75;PP=1780;ReadPosRankSum=1.173;SC=TGCCCCTCTACGTGCCCAAGT;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=505;TCF=242;TCR=263;TR=153;WE=722717;WS=722699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,155:0.30:520
chr11	723429	rs4078520	C	T	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CATATGGGTACGCTGCCACCA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=95;WE=723437;WS=723419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,100:0.68:146
chr11	725877	rs66512023	G	GC	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.187;NF=4;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=0.529;SC=TGGGGTCGCAGCCCCCAGCTT;SOR=0.446;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=725885;WS=725867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	726178	rs28498399	G	C	11055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=173;NR=182;PP=2965;SC=ACGGTGAGAGGTGCTGCTTCG;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=173;TCR=185;TR=355;WE=726186;WS=726168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	726193	rs12796837	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,80:0.27:300
chr11	726231	.	T	TG	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,43:0.22:193
chr11	726581	rs10902206	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,18:0.19:94
chr11	726814	rs10902207	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=0.258;SC=CTCCCCCGCCCGTTCCTGGGG;SOR=0.274;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=25;WE=726822;WS=726804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr11	758806	rs56340568	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.077;SC=GGGGTTTCACCGTGTTAGCCA;SOR=0.117;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=5;WE=758814;WS=758796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr11	758927	rs34225557	CT	C	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,52:0.26:198
chr11	767152	rs61613973	T	TG	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,26:0.19:134
chr11	770209	rs116924398	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr11	772633	rs4963160	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=233;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TGCCTGGCCCCTCCTCCCAGG;SOR=0.725;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=16;WE=772641;WS=772623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr11	799670	rs28649421	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=1.562;SC=CTGGGGCCAGGTGCGGCCAGA;SOR=0.264;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=15;WE=799678;WS=799660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr11	800485	rs7121646	TC	AT	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=2.485;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,108:0.30:356
chr11	801631	rs55974235	T	TG	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr11	801776	rs7479183	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr11	802125	rs28498421	T	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,71:0.27:263
chr11	802379	rs10902221	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TGAGCAGCCTTGAGGGGTCAC;SOR=1.094;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=11;WE=802387;WS=802369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr11	802902	rs28360884	T	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=1.520;SC=CTGCGGGCAGTTGCTGGCTTA;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=802910;WS=802892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr11	804212	rs7104785	C	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=3.441;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,60:0.21:280
chr11	822622	rs7942159	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr11	824789	rs1138693	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=6.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,53:0.25:212
chr11	824987	rs66460720	CTGCA	C	1771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,56:0.24:232
chr11	825110	rs1138714	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=0.215;SC=TTTACTCCTGAGAACTTTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=825118;WS=825100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	828784	rs28507876	A	G	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=100;PP=2965;SC=TGAGTCCCCCACCCCAAGAGA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=234;WE=828792;WS=828774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	828916	rs7126805	G	A	9147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=135;PP=2965;SC=AGTCTGGACCGGGCTCACACT;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=183;TCR=135;TR=318;WE=828924;WS=828906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	829539	rs28558789	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=959;SC=GGTCCTGGGCAAGTGAGTCGG;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=829547;WS=829529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	830487	rs4075290	C	T	19714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=368;NR=341;PP=2965;ReadPosRankSum=1.420;SC=CTGGGCCTCACGTATCACCCC;SOR=0.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=711;TCF=369;TCR=342;TR=709;WE=830501;WS=830477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,732:1.00:733
chr11	830670	rs4075289	G	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=86;PP=2566;SC=GAGCTGCAGAGCCGCGAGCAG;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=33;TCR=87;TR=119;WE=830678;WS=830660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	831122	rs7114218	C	T	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=TCATCCCCATCTCAAGTCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=169;WE=831130;WS=831112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	836008	rs5030778	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=35;PP=2551;SC=CCTATCCGTCTCCCAGTCAGG;SOR=1.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=122;WE=836016;WS=835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	836023	rs28475448	C	T	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=54;PP=2721;SC=GTCAGGGGCCCGGTGCTGTGG;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=836031;WS=836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	836227	rs28434354	A	G	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=66;PP=2729;SC=GGCAGATGCGATGACCTTTGT;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=118;WE=836235;WS=836217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	836370	.	C	T	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1498;ReadPosRankSum=0.008;SC=TGGTGGCGGGCACTGTCGTCA;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=100;WE=836378;WS=836360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,105:0.75:140
chr11	836539	rs56063221	TG	T	3001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.385;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=56;PP=1254;ReadPosRankSum=1.447;SC=TGTGCTCACCTGGGGGGGGGG;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=69;WE=836549;WS=836529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr11	836971	rs28620453	G	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=492;SC=ATGTGCCACTGGGCCCTGGAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=836979;WS=836961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	837121	rs28655651	G	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=4;PP=1436;SC=ATGCCGAGGTGTGACCTCAGC;SOR=3.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=55;WE=837129;WS=837111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	837582	rs1130663	G	A	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=93;PP=2518;SC=CTCTTTGTGGGCAGCGAGACC;SOR=2.538;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=30;TCR=93;TR=121;WE=837590;WS=837572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	837661	rs56265615	GT	G	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=703;SC=CTACGAGGTGGTGGGGGGGCA;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=837669;WS=837651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	838110	rs5030780	C	T	11035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=179;PP=2965;SC=CGTCTGCTTACGCCCACCCGG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=209;TCR=179;TR=388;WE=838118;WS=838100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr11	840319	rs3059	C	T	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=34;PP=2400;SC=GAATTCGGGGCAGGACGCTCA;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=120;WE=840327;WS=840309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	840363	rs6591	C	T	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=92;PP=2965;SC=TGGGTGGGTTCCAGCGTGGTC;SOR=1.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=138;TCR=92;TR=230;WE=840371;WS=840343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	840477	rs4895	A	G	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.139;NF=122;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.875;SC=CATCCAGCGCATCCCTGTGTC;SOR=0.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=123;TCR=143;TR=265;WE=840485;WS=840467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,275:0.99:278
chr11	840578	rs34627090	AC	A	3897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=78;PP=1961;SC=TGCTGGCCTCACCCCCCCCGC;SOR=1.384;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=85;WE=840586;WS=840568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	840604	rs28677123	C	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=63;PP=2078;SC=GCAAGGCGAACAGATTCACCC;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=840612;WS=840594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	840639	rs28636471	T	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=1059;SC=GATCTAGCAGTATGATCCTGG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=840647;WS=840629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	842543	rs28372895	C	G	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr11	842627	rs9705236	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	842630	rs9704020	C	T	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=5.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	842653	rs35249369	C	G	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=53;PP=1539;SC=ACCGGCCCCGCCACCGCTGGC;SOR=4.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=58;WE=842661;WS=842643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	849090	rs28402197	C	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=948;SC=GGTGGGTGCGCGCGACTGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=849098;WS=849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	850170	rs28704105	T	G	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=41;PP=2965;SC=CGCCGGGGGCTCCTTCTTCGG;SOR=2.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=180;TCR=41;TR=221;WE=850178;WS=850160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	862652	rs28505621	T	C	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=107;PP=2965;SC=GGCTGCCAACTTGCTCATCAT;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=245;WE=862660;WS=862642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	864626	rs28377158	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=59;PP=1715;SC=CCTCACGGGCAGCCAGGACAG;SOR=3.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=864634;WS=864616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	865447	rs28423070	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=802;SC=GGGCCGGCGAGGGGGTCTGGA;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=865455;WS=865437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	865503	rs28581489	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=28;PP=1577;SC=GACCCCCCCCGCACCCCCAGA;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=865511;WS=865493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	866044	rs28457111	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=32;PP=1337;SC=CCACTTTGTTAGGACCTTCTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=866052;WS=866034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	866183	rs28439203	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=249;SC=GGGCTCCCTCTTAGTGGACAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=866191;WS=866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	866498	rs28663055	TG	CA	8937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=59;PP=2947;SC=GGACAGGGACTGCTCTGGGCT;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=132;TCR=61;TR=189;WE=866507;WS=866488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	870446	rs6682	G	A	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=43;PP=1360;SC=GTGCTCTGAGGCCTGGCTGTC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=870454;WS=870436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	900894	rs28454252	T	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=24;PP=2163;SC=ACCCCCGCAGTTTGAGCCATC;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=98;WE=900902;WS=900884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	900929	rs10794339	C	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=56;PP=2965;SC=TGGCCTGCCGCACTTACCTAT;SOR=1.405;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=167;WE=900937;WS=900919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	903070	rs28380110	G	C	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=165;PP=2965;SC=GGTCCGTCACGACCAAACCCC;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=155;TCR=166;TR=320;WE=903078;WS=903060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	910814	.	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=643;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AACGCACGGCCGGAAAACGCT;SOR=0.472;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=39;WE=910822;WS=910804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr11	993745	rs7104956	C	G	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=29;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TGTGCCTCCCCGTCCCCAGCC;SOR=1.144;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=179;TCF=128;TCR=51;TR=113;WE=993753;WS=993735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,114:0.63:181
chr11	1010649	rs72842410	C	T	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=78;PP=2127;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AGACCAGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=137;WE=1010657;WS=1010639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,144:0.77:186
chr11	1016665	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=72;MMLQ=25;MQ=52.0;NF=195;NR=114;PP=2962;QD=20;SC=GGTGGAGGAACGGTGCCTGTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=797;TCF=478;TCR=319;TR=309;WE=1016673;WS=1016655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:488,309:0.39:797
chr11	1016704	rs75826443	C	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-8.767;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:500,78:0.13:578
chr11	1016713	rs76406481	T	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-10.730;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,85:0.15:586
chr11	1016724	rs3208810	A	G	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.272;NF=226;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.763;SC=GTGGGTAGTGATGATGACTGT;SOR=1.684;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=917;TCF=568;TCR=349;TR=347;WE=1016732;WS=1016694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:541,119:0.18:660
chr11	1016776	rs33988517	C	T	16671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.382;NF=389;NR=285;PP=2962;ReadPosRankSum=2.818;SC=AAAGGTGGAACGTGAGTGGGA;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=1657;TCF=968;TCR=689;TR=674;WE=1016784;WS=1016766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:621,631:0.50:1252
chr11	1016779	.	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DP=1549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=2.134;QD=0.38;ReadPosRankSum=-2.555;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1429,116:0.08:1545
chr11	1016789	rs79968742	T	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1769;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=2.399;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1632,133:0.08:1765
chr11	1016800	rs199626069	G	A	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2041;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-4.551;QD=1.27;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1841,189:0.09:2030
chr11	1016802	rs77342817	T	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2066;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=2.863;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1904,157:0.08:2061
chr11	1016810	rs75998609	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=3.017;QD=0.30;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2081,179:0.08:2260
chr11	1016834	rs34740154	G	A	14847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.185;NF=443;NR=430;PP=2962;ReadPosRankSum=0.499;SC=TGGTGGTCTGGAAGGATGTTG;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=2815;TCF=1518;TCR=1297;TR=873;WE=1016842;WS=1016824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1411,797:0.36:2208
chr11	1016869	rs35469308	A	T	30957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2033;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.748;NF=625;NR=637;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.674;SC=GTGGAAGAGAAGGGACTGCTC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=2684;TCF=1326;TCR=1358;TR=1262;WE=1016877;WS=1016859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:944,888:0.48:1832
chr11	1016890	rs113508205	G	A	19971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1679;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-0.954;QD=11.96;ReadPosRankSum=3.507;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1058,612:0.37:1670
chr11	1016892	rs78784632	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1658;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-2.214;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.359;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1538,114:0.07:1652
chr11	1016894	rs34281988	G	A	22874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1636;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-2.173;QD=14.05;ReadPosRankSum=-2.198;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1017,611:0.38:1628
chr11	1016910	rs113559934	G	A	13046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-4.900;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1058,376:0.26:1434
chr11	1016914	rs74632841	G	T	17434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.631;NF=285;NR=402;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.490;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.791;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=1987;TCF=899;TCR=1088;TR=687;WE=1016941;WS=1016900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:927,476:0.34:1403
chr11	1016916	.	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=1371;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-9.121;QD=0.32;ReadPosRankSum=2.363;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1261,105:0.08:1366
chr11	1016918	rs34375705	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1352;ExcessHet=3.0103;FS=5.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=3.432;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1193,158:0.12:1351
chr11	1016928	rs34053383	C	G	45100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1258;ExcessHet=3.0103;FS=4.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-9.691;QD=35.88;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,1054:0.84:1257
chr11	1016928	.	CTGGCC	GTGGCC,GTGGCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=81;MMLQ=27;MQ=52.62;NF=696,230;NR=895,399;PP=2962,2944;QD=20;SC=CCTGCTGCTGCTGGCCGAGGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1807;TCF=805;TCR=1002;TR=1591,629;WE=1016941;WS=1016900;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.88:1807
chr11	1016933	rs199579978	C	T	12477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1230;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=1.247;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:877,352:0.29:1229
chr11	1016934	.	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=1214;ExcessHet=3.0103;FS=10.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQRankSum=-8.501;QD=1.97;ReadPosRankSum=3.855;SOR=1.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1082,131:0.11:1213
chr11	1016957	rs200695483	T	G	11497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1145;ExcessHet=3.0103;FS=29.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-9.494;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.131;SOR=2.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:825,320:0.28:1145
chr11	1016959	rs201219964	T	C	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1134;ExcessHet=3.0103;FS=19.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-0.152;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=2.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:977,157:0.14:1134
chr11	1016963	rs76273000	G	T	8311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1116;ExcessHet=3.0103;FS=30.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-10.834;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.425;SOR=2.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:868,248:0.22:1116
chr11	1016968	.	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.627;ClippingRankSum=0.000;DP=1121;ExcessHet=3.0103;FS=13.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-13.987;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=2.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:997,92:0.08:1089
chr11	1016972	.	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DP=1128;ExcessHet=3.0103;FS=12.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-15.198;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.110;SOR=2.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1046,82:0.07:1128
chr11	1016976	rs78728217	T	G	8397.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=11.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1135;ExcessHet=3.0103;FS=22.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-18.057;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.169;SOR=1.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:880,255:0.22:1135
chr11	1016977	.	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=1142;ExcessHet=3.0103;FS=8.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-16.571;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.655;SOR=1.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1040,102:0.09:1142
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chr11	1016984	rs78839362	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1227;ExcessHet=3.0103;FS=9.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-17.356;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.735;SOR=1.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1125,95:0.08:1220
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chr11	1017029	rs35621365	T	G	29764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=8.823;NF=447;NR=518;PP=2962;ReadPosRankSum=0.636;SC=GATGGTGTGTTGAGGAAGTGT;SOR=0.514;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=1795;TCF=892;TCR=903;TR=965;WE=1017053;WS=1017013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:656,900:0.58:1556
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chr11	1017069	rs80333708	G	A	4954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1585;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=4.773;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1226,353:0.22:1579
chr11	1017084	rs34649796	G	A	4944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1524;ExcessHet=3.0103;FS=2.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=7.728;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1173,345:0.23:1518
chr11	1017110	rs36130410	C	T	15304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1321;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-8.394;QD=11.62;ReadPosRankSum=3.444;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:885,432:0.33:1317
chr11	1017112	rs77753732	G	C	15363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1300;ExcessHet=3.0103;FS=1.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-7.551;QD=11.85;ReadPosRankSum=3.684;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:869,427:0.33:1296
chr11	1017113	rs74202058	T	C	23761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-12.282;QD=18.45;ReadPosRankSum=2.084;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:643,645:0.50:1288
chr11	1017135	.	G	A	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=1124;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-10.406;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:978,139:0.12:1117
chr11	1017154	rs112965257	T	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FS=3.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-10.965;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:862,94:0.10:956
chr11	1017158	rs36143620	G	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=931;ExcessHet=3.0103;FS=3.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-10.537;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:840,86:0.09:926
chr11	1017161	rs374837441	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FS=5.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-11.255;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:820,80:0.09:900
chr11	1017169	rs200932890	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FS=9.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-10.839;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.454;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:765,72:0.09:837
chr11	1017173	rs61869004	G	A	11684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.077;NF=201;NR=257;PP=2962;ReadPosRankSum=1.533;SC=GTGGAGGAATGGTGCCTGTTG;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=989;TCF=415;TCR=574;TR=458;WE=1017204;WS=1017154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,433:0.55:788
chr11	1017183	rs34844844	G	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FS=0.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQRankSum=-1.568;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:632,106:0.14:738
chr11	1017220	rs56238842	T	C	13310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.973;NF=214;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GCCATCTGTGTGTGGGTAGGG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=693;TCF=324;TCR=369;TR=448;WE=1017248;WS=1017210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,351:0.61:573
chr11	1017231	rs35840539	A	G	13741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQRankSum=-15.524;QD=25.12;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,331:0.61:547
chr11	1017239	rs56386804	C	T	13780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQRankSum=-15.664;QD=25.57;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,333:0.62:539
chr11	1017240	rs62891761	G	A	13570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQRankSum=-15.585;QD=25.32;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,332:0.62:536
chr11	1017280	rs199539548	G	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FS=4.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQRankSum=-6.734;QD=1.93;ReadPosRankSum=-2.879;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:662,80:0.11:742
chr11	1017294	rs200241162	A	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FS=2.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-8.729;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.850;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:732,104:0.12:836
chr11	1017302	rs35330958	G	C	11407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=883;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-13.624;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,299:0.34:883
chr11	1017317	rs33943903	G	T	14980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.686;NF=242;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GGTGTGATGGGGTTGGATAGG;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TCR=539;TR=437;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:656,392:0.37:1048
chr11	1017325	rs55903826	A	C	7625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=6.626;NF=214;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GGGGTTGGATAGGTAGTGGTG;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=1217;TCF=646;TCR=571;TR=417;WE=1017346;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:721,417:0.37:1138
chr11	1017337	rs76686156	TC	CA	17827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-15.168;NF=264;NR=224;PP=2944;ReadPosRankSum=3.719;SC=GTAGTGGTGGTCTGGAAGGAT;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=1295;TCF=671;TCR=624;TR=488;WE=1017346;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:746,477:0.39:1223
chr11	1017384	rs34095361	G	C	5904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1196;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-18.804;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:888,298:0.25:1186
chr11	1017421	rs35549382	G	T	10093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.053;NF=219;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.729;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.738;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=1122;TCF=605;TCR=517;TR=426;WE=1017429;WS=1017411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:572,324:0.36:896
chr11	1017440	rs78729877	C	T	11031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-18.575;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,293:0.35:826
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chr11	1017458	.	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DP=876;ExcessHet=3.0103;FS=11.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=-3.746;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=1.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:798,70:0.08:868
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chr11	1017783	rs36101709	A	G	33963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1689;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-11.076;QD=20.17;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:826,858:0.51:1684
chr11	1017833	rs373775476	C	T	4395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-12.328;QD=4.06;ReadPosRankSum=-4.026;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:891,193:0.18:1084
chr11	1017844	rs200752571	T	C	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1018;ExcessHet=3.0103;FS=4.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-14.271;QD=3.34;ReadPosRankSum=-5.304;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:876,139:0.14:1015
chr11	1017845	rs74610224	C	G	5553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=6.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-13.825;NF=218;NR=371;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.640;SC=GTGGAGGAATCGTGCCTGTTG;SOR=0.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=1388;TCF=588;TCR=800;TR=589;WE=1017866;WS=1017823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:785,209:0.21:994
chr11	1017858	rs79583615	A	G	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.393;NF=184;NR=275;PP=2962;ReadPosRankSum=-10.334;SC=GCCTGTTGGCATTGAGTGGAT;SOR=0.835;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=1305;TCF=560;TCR=745;TR=459;WE=1017866;WS=1017823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:734,169:0.19:903
chr11	1017941	rs61869007	G	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=16.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=3.354;QD=2.56;ReadPosRankSum=-3.834;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,54:0.12:447
chr11	1017963	rs61869008	G	A	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=18.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQRankSum=7.362;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.492;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,101:0.25:405
chr11	1017968	rs61869009	T	A	3828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=31.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQRankSum=7.619;QD=9.67;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,113:0.29:396
chr11	1017981	rs61869010	T	A	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=37.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQRankSum=9.709;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.975;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,128:0.34:374
chr11	1017988	rs112579249	G	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=12.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-5.300;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,61:0.16:390
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chr11	1018025	rs10751677	C	A	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=30.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=-13.977;QD=16.15;ReadPosRankSum=-4.879;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,137:0.41:335
chr11	1018031	rs10751678	G	A	5098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=18.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-13.604;QD=15.31;ReadPosRankSum=-3.501;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,127:0.38:333
chr11	1018042	rs200364398	A	G	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQRankSum=-7.582;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,97:0.30:328
chr11	1018048	rs12787400	A	G	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-8.527;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.849;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,100:0.31:320
chr11	1018059	rs78336072	C	T	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-9.675;NF=64;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=2.214;SC=GGGACTGCTCCCTGTAGGTGG;SOR=0.700;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=350;TCF=179;TCR=171;TR=121;WE=1018067;WS=1018002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,111:0.34:330
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chr11	1021268	rs113451874	T	C	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=4.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,131:0.29:446
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chr11	1075850	rs11825969	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=4.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.638;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,96:0.23:416
chr11	1075920	rs11825977	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,48:0.25:191
chr11	1077493	rs34367348	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=0.891;SC=CCACCCCAGGCGCCCAGCTTC;SOR=0.333;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=16;WE=1077501;WS=1077483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
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chr11	1079534	rs72294572	ACGC	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQRankSum=-0.744;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr11	1079809	rs10902081	C	T	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=98;PP=2965;SC=GGCCCCGCCCCGGCACTGCCC;SOR=1.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=161;WE=1079817;WS=1079799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	1079879	rs7127117	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=208;ReadPosRankSum=0.841;SC=ACGGCTCCGCTGGGTGGTGGG;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=23;WE=1079887;WS=1079869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr11	1086163	rs7926689	C	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=5.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.712;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,72:0.34:210
chr11	1090501	rs35179278	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.825;SC=GGTCCCCCCCCAGCTCAGACC;SOR=0.465;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=1090509;WS=1090491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr11	1093430	rs199573018	C	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=3.552;QD=1.94;ReadPosRankSum=6.641;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:453,120:0.21:573
chr11	1093710	rs7944723	C	G	22533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=440;NR=382;PP=2965;SC=GCACAGCACCCATTGCTGAGT;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=823;TCF=441;TCR=382;TR=822;WE=1093718;WS=1093673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,837:1.00:837
chr11	1093945	rs7934606	T	C	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-6.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=78;PP=1622;ReadPosRankSum=2.070;SC=TAAGCAGAGCTGCTTGGTTCC;SOR=0.314;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=118;TCF=18;TCR=100;TR=94;WE=1093953;WS=1093935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,95:0.79:121
chr11	1094629	rs11245950	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=569;ReadPosRankSum=0.581;SC=AGATGTGCAATGTCTCAGCCC;SOR=2.232;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=27;WE=1094637;WS=1094619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr11	1094690	rs10794291	C	T	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=35;PP=2485;ReadPosRankSum=0.570;SC=GTACCACGACCGGGTCATCTT;SOR=0.579;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=144;TCR=45;TR=142;WE=1094698;WS=1094680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,136:0.74:183
chr11	1094753	rs10794292	A	C	7998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CCTGGACCCCAACGCCGACCC;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=270;TCR=215;TR=354;WE=1094761;WS=1094743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,354:0.74:481
chr11	1095082	rs6597999	A	C	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=26;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CTGCCTCCGGATAGCCCTGCC;SOR=0.348;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=91;WE=1095090;WS=1095072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,93:0.83:112
chr11	1096494	rs6421972	T	C	9486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=232;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.520;SC=AGGTGTCCTGTCCCCGCACCC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=514;TCF=204;TCR=310;TR=382;WE=1096502;WS=1096484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,393:0.74:529
chr11	1098637	rs12418069	A	G	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=69;PP=2532;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CTCTCCCTGCACAGCCTGTTT;SOR=0.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=145;TCR=91;TR=177;WE=1098645;WS=1098627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,190:0.77:248
chr11	1101649	rs7480563	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,64:0.20:317
chr11	1102610	.	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr11	1103786	rs9988872	A	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=22;PP=2014;SC=GCCCTGCCCTAAGCCGCTGCC;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=1103794;WS=1103776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	1155156	rs76577728	G	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=2.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=2.669;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,104:0.24:436
chr11	1155265	rs35396393	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,44:0.20:217
chr11	1156646	rs35783651	C	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,43:0.18:238
chr11	1156709	rs34664315	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=209;ReadPosRankSum=-1.074;SC=GTCCCCTGGGGGCTCAGTGTT;SOR=0.259;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=18;WE=1156717;WS=1156699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr11	1156750	rs36021067	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.212;SC=ACACTCCGGGCACACACATGC;SOR=0.273;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=7;WE=1156758;WS=1156740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr11	1157476	rs28707071	C	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,78:0.25:312
chr11	1158073	rs28691231	T	C	4733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=116;PP=2750;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GCTCCCCCTGTGCAGACACCT;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=128;TCR=165;TR=208;WE=1158081;WS=1158063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,213:0.69:307
chr11	1158834	rs28433367	C	T	442.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=0.777;SC=GCCCCCGTCCCGGGCCCCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=1158842;WS=1158824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr11	1159133	rs35917282	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=1078;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGGGGGTTGCGACCCAGGCCG;SOR=1.089;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=54;WE=1159141;WS=1159123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
chr11	1159150	rs28542750	A	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=835;ReadPosRankSum=0.221;SC=GCCGGCAGGCACCCTCGTCTG;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=38;WE=1159158;WS=1159140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr11	1161315	rs28403537	T	C	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=175;NR=160;PP=2965;SC=CTGGATGGGGTGCAGACGGTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=175;TCR=160;TR=335;WE=1161323;WS=1161305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr11	1161713	rs28404876	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=270;ReadPosRankSum=-1.689;SC=GCCGCAGCTGGAGGGAAAGGC;SOR=0.440;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=19;WE=1161721;WS=1161703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr11	1161935	rs34974357	C	A	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:715,250:0.26:965
chr11	1213115	rs113511365	C	T	7044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1253;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-18.788;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:864,271:0.24:1135
chr11	1213125	rs78716500	G	A	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1214;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-20.268;QD=5.07;ReadPosRankSum=-3.528;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:961,234:0.20:1195
chr11	1213142	rs200544156	C	G	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1201;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-20.723;QD=2.38;ReadPosRankSum=-7.873;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1037,156:0.13:1193
chr11	1213155	rs77137100	C	T	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-19.674;QD=2.17;ReadPosRankSum=-25.052;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1062,414:0.28:1476
chr11	1213204	rs72479396	C	G	51684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2813;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-8.351;QD=18.48;ReadPosRankSum=2.358;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1035,1762:0.63:2797
chr11	1213209	rs377214284	TG	CA	17131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2809;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-10.201;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2219,577:0.21:2796
chr11	1213245	rs67624660	T	A	69330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=8.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.025;NF=926;NR=790;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CAGTCACCAGTGACTGTCATC;SOR=0.649;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=2674;TCF=1384;TCR=1290;TR=1716;WE=1213325;WS=1213222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:930,1769:0.66:2699
chr11	1213256	rs370028072	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2722;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.688;QD=0.75;ReadPosRankSum=2.609;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2348,360:0.13:2708
chr11	1213257	rs76779582	T	C	77485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2696;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.375;QD=28.88;ReadPosRankSum=-2.475;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:861,1822:0.68:2683
chr11	1213259	rs75991767	T	G	77186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2708;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.363;QD=28.65;ReadPosRankSum=-2.511;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:854,1840:0.68:2694
chr11	1213264	rs72846341	G	A	77169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2695;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.321;QD=28.85;ReadPosRankSum=-3.463;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:812,1863:0.70:2675
chr11	1213272	rs78252457	A	C	53756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2791;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.715;QD=19.46;ReadPosRankSum=3.922;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1180,1582:0.57:2762
chr11	1213275	rs71251383	G	A	8318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2832;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.948;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2342,417:0.15:2759
chr11	1213281	rs75618268	C	T	67015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2907;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.734;QD=23.28;ReadPosRankSum=2.440;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1244,1635:0.57:2879
chr11	1213284	rs200981907	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2966;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.181;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2509,380:0.13:2889
chr11	1213287	rs112774721	G	A	14753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3026;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.659;QD=4.90;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2451,557:0.19:3008
chr11	1213293	rs77207494	C	T	42247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.083;NF=604;NR=550;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.090;SC=ACGTGGACTTCCCATCCCCTG;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=3155;TCF=1683;TCR=1472;TR=1154;WE=1213325;WS=1213222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1964,1133:0.37:3097
chr11	1213296	rs78466479	A	G	19442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3177;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.863;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2532,628:0.20:3160
chr11	1213302	rs371630624	T	C	13529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3253;ExcessHet=3.0103;FS=1.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.839;QD=4.18;ReadPosRankSum=3.240;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2620,614:0.19:3234
chr11	1213311	rs80058880	C	T	27080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3404;ExcessHet=3.0103;FS=2.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.845;QD=8.13;ReadPosRankSum=2.126;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2477,853:0.26:3330
chr11	1213314	rs73395695	C	T	72922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=6;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1040;NR=831;PP=2962;ReadPosRankSum=2.470;SC=GACCCCACGGCGGGGACAAGG;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=3455;TCF=1817;TCR=1638;TR=1871;WE=1213325;WS=1213222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1516,1933:0.56:3449
chr11	1213317	rs76191775	G	A	24493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3519;ExcessHet=3.0103;FS=3.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=5.202;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2678,828:0.24:3506
chr11	1213405	rs67262263	G	A	45765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2973;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=670;NR=796;PP=2962;ReadPosRankSum=1.711;SC=GTGCCGAGCCGAGAGCCACCC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=2950;TCF=1336;TCR=1614;TR=1466;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1481,1484:0.50:2965
chr11	1213416	rs78511643	G	A	14813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2746;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1888,837:0.31:2725
chr11	1213424	rs61867531	A	G	87461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2591;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.87;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:495,2087:0.81:2582
chr11	1213428	rs61867532	T	C	60725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2520;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.18;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:780,1731:0.69:2511
chr11	1213440	rs61867533	T	C	77587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=741;NR=1118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.825;SC=AACACCTGGGTCAGGTGGTGC;SOR=0.946;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=2307;TCF=948;TCR=1359;TR=1859;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,1833:0.81:2275
chr11	1213460	rs200307483	G	A	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1913;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1636,266:0.14:1902
chr11	1213461	rs61867534	T	G	21966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=515;PP=2962;ReadPosRankSum=0.772;SC=AGTGCAGCCGTGAAGAGGGCC;SOR=0.891;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=1995;TCF=809;TCR=1186;TR=826;WE=1213469;WS=1213450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:944,913:0.49:1857
chr11	1213481	rs201626282	G	A	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1724;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1434,270:0.16:1704
chr11	1213533	rs73395699	C	T	14851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=558;PP=2962;ReadPosRankSum=-7.026;SC=ACGAGGTGCGCGTGCTCTGCT;SOR=0.635;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=1324;TCF=513;TCR=811;TR=784;WE=1213541;WS=1213523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,689:0.56:1234
chr11	1213804	rs77998608	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.971;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,56:0.23:244
chr11	1213806	rs28653192	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=2.261;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,55:0.23:240
chr11	1215271	rs71025716	GA	G	1616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=1517;SC=CTGTTGGGAGGAAAGCCCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=39;WE=1215279;WS=1215261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	1215580	rs1132433	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,82:0.25:330
chr11	1215698	rs28452143	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,78:0.20:388
chr11	1216316	rs58550179	G	GC	11716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=122;PP=2965;SC=GAGATGTCCGGCTCTGGAACG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=50;TCR=122;TR=171;WE=1216324;WS=1216306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	1216333	rs60138698	TA	T	11835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=128;PP=2957;SC=AACGTGAGCATACCCTGACCA;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=50;TCR=130;TR=178;WE=1216341;WS=1216323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	1216440	rs28415193	G	C	8906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.884;NF=126;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GGTCTACCACGGTCGGGCCCA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=178;TCR=157;TR=237;WE=1216448;WS=1216430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,254:0.72:354
chr11	1216491	rs1132434	G	C	8465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,235:0.72:326
chr11	1217084	rs28652890	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,57:0.25:231
chr11	1217228	rs28592983	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=2.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,61:0.19:313
chr11	1218128	rs28503875	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.511;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,44:0.21:205
chr11	1218143	rs28515631	A	C	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=0.495;NF=54;NR=82;PP=2298;ReadPosRankSum=-1.153;SC=AGGTGAGTGGAAGGCATGGCC;SOR=0.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=136;WE=1218151;WS=1218133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,143:0.81:176
chr11	1219094	rs35700114	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr11	1219118	rs28742281	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=179;ReadPosRankSum=1.816;SC=GCCTCACTCCTGCCCCCGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=1219126;WS=1219108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr11	1219151	rs35915689	C	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=1.376;SC=GCCGCTGCCCCGCGCCCGTGG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=14;WE=1219159;WS=1219141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr11	1219773	rs34666042	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.066;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr11	1220171	rs34831688	C	T	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,153:0.26:585
chr11	1220462	rs35288961	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GAGCACTGGGGCATGTGGGGA;SOR=1.091;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=10;WE=1220470;WS=1220452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr11	1220519	rs35525357	GA	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=297;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GGACTCTCTGGAAGCCCACGG;SOR=0.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=11;WE=1220527;WS=1220511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr11	1220599	rs28633254	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr11	1220760	rs28514396	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,42:0.27:158
chr11	1220796	rs28502687	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=265;ReadPosRankSum=-1.553;SC=ATCCCTGCAGTGCCAGCAGAC;SOR=0.972;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=25;WE=1220804;WS=1220786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr11	1220967	rs1132436	C	T	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=0.398;SC=TTCTGCCCGCCGCCCCCGCCC;SOR=0.926;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=237;TCF=176;TCR=61;TR=180;WE=1220975;WS=1220957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,192:0.77:250
chr11	1221264	rs35968147	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=0.722;SC=CCCAGGGCTCTAGGTGCCAGA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=21;WE=1221272;WS=1221254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr11	1221305	rs2075844	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GAGGGGCCAGACAAAGGGCTC;SOR=0.211;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=11;WE=1221313;WS=1221295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr11	1221592	rs28728088	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=-1.877;SC=GCCCAGAGCTTGGCACGGCGC;SOR=0.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=21;WE=1221600;WS=1221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr11	1221817	rs1132440	G	C	4660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2953;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGGGCCGGCGGTGCCCTGCGC;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=190;WE=1221825;WS=1221807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,200:0.77:261
chr11	1221985	rs3087562	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,51:0.27:186
chr11	1248197	rs908224	G	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=22;PP=1120;SC=AGGGCTGGGGGGGGGTTGGGT;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=1248205;WS=1248187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	1248491	rs908223	T	G	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.840;SC=GTTGCCAGTGTGGGGATCAGA;SOR=0.340;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=227;WE=1248499;WS=1248481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr11	1248731	rs2075854	A	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=846;ReadPosRankSum=-0.493;SC=ACCGGGCACCAGGCAGGGAGG;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=42;WE=1248739;WS=1248721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr11	1250384	rs2471912	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,15:0.19:80
chr11	1250488	rs2075859	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,45:0.22:202
chr11	1250603	rs2075860	G	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=1.883;SC=CTCATCAGGCGTGGAAGCAGA;SOR=0.634;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=25;WE=1250611;WS=1250593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr11	1250696	rs10832955	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCTGCCGATGCGTGGAGGGAG;SOR=1.034;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=6;WE=1250704;WS=1250686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr11	1252047	rs2672807	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=7;PP=918;SC=CAGGTCCAGGTCTGAGCTTCT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=1252055;WS=1252037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	1252708	rs2735709	G	C	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,158:0.28:572
chr11	1253401	rs12421917	C	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=727;ReadPosRankSum=0.927;SC=GTACTCCTCGCCCCCACCCCC;SOR=0.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=202;TCF=94;TCR=108;TR=63;WE=1253409;WS=1253391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,69:0.32:216
chr11	1253856	rs1318321	T	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,82:0.24:346
chr11	1253942	rs908229	T	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=4.800;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,180:0.46:395
chr11	1253969	rs72846370	A	G	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=8.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,91:0.32:283
chr11	1253976	rs76956995	A	G	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=11.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,72:0.31:235
chr11	1253980	rs202127660	A	G	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=13.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-3.319;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,70:0.33:215
chr11	1254038	rs11026355	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGTCCACACCGCGTGGGGGTG;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=17;WE=1254046;WS=1254028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr11	1254599	rs2672806	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=32;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TTCTGAGACATGAGGGGCCAG;SOR=0.876;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=6;WE=1254607;WS=1254589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr11	1254940	rs2735719	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.935;SC=GAGGCCCAGCGTTCGGCGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=15;WE=1254948;WS=1254930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr11	1255089	rs147340559	CCCCTG	C	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=2.774;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr11	1255773	rs7116614	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GCACACACTGCGTGTCCGGCT;SOR=1.019;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=31;WE=1255781;WS=1255763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,32:0.27:120
chr11	1257867	rs2672803	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CCAGGTGGGGTCTGTGGGACT;SOR=0.192;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=9;WE=1257875;WS=1257857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr11	1258175	rs80092233	C	T	6460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=1.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,189:0.29:662
chr11	1258192	rs76589014	AT	TC	7272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:505,207:0.29:712
chr11	1258197	rs78674028	A	G	7269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,207:0.29:710
chr11	1258199	rs80200632	C	T	7464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,205:0.29:709
chr11	1258217	rs74648489	T	G	8100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,220:0.31:704
chr11	1258226	rs55700357	C	T	8136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,221:0.33:676
chr11	1258240	rs77287508	CA	TG	8457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.461;SC=GTGGGGGACGCACTGGAGTTT;SOR=0.737;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=586;TCF=281;TCR=305;TR=195;WE=1258249;WS=1258207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,227:0.36:622
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chr11	1258286	rs77996005	C	T	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.551;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,164:0.39:417
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chr11	1260219	rs75935363	CG	TA	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.134;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.374;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.519;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,41:0.15:274
chr11	1261640	rs2735733	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=2.386;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,51:0.22:235
chr11	1262045	rs56166347	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=0.548;SC=GACTGGAGGATGCTGAGCCAG;SOR=1.911;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=15;WE=1262053;WS=1262035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr11	1267325	rs55813014	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-23.750;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,108:0.15:738
chr11	1267562	rs60268710	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=-2.251;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,59:0.25:238
chr11	1271321	rs2943517	C	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=8.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQRankSum=-2.950;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,54:0.20:267
chr11	1272167	rs4963058	C	T	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.723;NF=89;NR=49;PP=2350;ReadPosRankSum=0.465;SC=ACGGCCACTACGATCACGGCC;SOR=0.482;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=121;TCR=63;TR=138;WE=1272175;WS=1272157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,148:0.77:193
chr11	1272226	rs2943512	A	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-3.713;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,85:0.23:373
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chr11	1279486	rs2249550	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=9.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,45:0.23:197
chr11	1281134	rs2857476	T	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,126:0.27:459
chr11	1283565	rs370768840	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=916;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GGGAAGGCCAGGCAGGGTGGG;SOR=1.646;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=52;WE=1283573;WS=1283555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr11	1284227	rs12417955	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,31:0.26:117
chr11	1298430	rs5744015	C	A	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=104;PP=2947;ReadPosRankSum=0.890;SC=GCGTTCACGGCGGCCGGGGGC;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=73;TCR=141;TR=160;WE=1298438;WS=1298420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,172:0.76:227
chr11	1304706	rs3838783	TG	T	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=2.154;SC=TGCCTGGGCATGGGGGCTGGG;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=9;WE=1304714;WS=1304696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	1411501	rs112066837	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr11	1432691	rs61868960	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=4.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,80:0.26:307
chr11	1432949	rs112544636	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACGGCAGGGACGGGGGACCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=1432957;WS=1432939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	1462162	rs61002819	AG	A	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.723;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr11	1462217	rs9651643	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CAGTGCGCTACCACAGATGCC;SOR=0.446;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=10;WE=1462225;WS=1462207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr11	1464903	rs56896587	CG	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=380;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CAGAGCGTGGCGGGGGGGCGC;SOR=1.145;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=22;WE=1464911;WS=1464893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr11	1468990	.	CGTCA	C	2059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.353;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,70:0.21:330
chr11	1471095	rs117021012	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,46:0.28:166
chr11	1471154	rs11028332	C	T	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=54;PP=1476;SC=GGCAGCCTCGCGGACCCTGGG;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=1471162;WS=1471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	1472475	rs3838784	TG	T	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.446;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr11	1475628	rs66529968	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr11	1477768	rs67861777	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,68:0.23:294
chr11	1477797	rs61869032	C	T	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=3.167;SC=GGCCCAGGCCCGTCCAGGGCA;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=112;TCR=144;TR=194;WE=1477805;WS=1477787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,203:0.76:267
chr11	1477982	rs368278802	G	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=743;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTGGTGCTGCGCGGACGGGAG;SOR=0.379;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=38;WE=1477990;WS=1477972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr11	1481610	rs28555282	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.989;SC=CGTCGAGGCCTCTTCGTTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=7;WE=1481618;WS=1481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr11	1481691	rs112514854	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=0.442;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr11	1490643	rs71025733	TG	T	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=381;ReadPosRankSum=0.428;SC=GCCCACAGTGTGGGGGGGGGG;SOR=1.775;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=27;WE=1490651;WS=1490633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr11	1491096	rs9440	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,89:0.27:331
chr11	1491341	rs62623399	C	G	8723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=1.512;SC=CACGCAGATGCAGGAGAGAAC;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=466;TCF=243;TCR=223;TR=354;WE=1491349;WS=1491331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,368:0.76:482
chr11	1492413	rs149570523	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=852;ReadPosRankSum=1.529;SC=TGCAGCTGCCGCCCTCCGTGC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=39;WE=1492421;WS=1492403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr11	1492445	rs4881724	A	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=23;PP=2745;SC=CCGGCACAGGAGCTTGGTCAC;SOR=2.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=94;TCR=23;TR=116;WE=1492453;WS=1492435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	1501670	rs10742185	G	C	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=147;NR=139;PP=2965;SC=TGCAGAACTCGGAGATGGTGC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=148;TCR=140;TR=286;WE=1501678;WS=1501660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	1502097	rs10767696	A	G	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=101;PP=2965;SC=TCTTGCCATTAGGCTTGGCTT;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=169;WE=1502105;WS=1502087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	1502401	rs4881735	A	C	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=106;NR=59;PP=2735;SC=CCCCTCACCAAGTCCTCCAAC;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=165;WE=1502409;WS=1502391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	1507512	rs1881502	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=621;SC=CCTGGACAGCTTGCGTGTGGC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=1507520;WS=1507508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	1507731	rs1881503	A	G	8949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=177;PP=2965;SC=TCCACTTTGCAGGGACTGGCC;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=139;TCR=177;TR=316;WE=1507739;WS=1507721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	1507795	rs1110206	G	A	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=70;PP=1721;ReadPosRankSum=0.675;SC=ATGAGTGGGCGACGGGAAGGT;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=29;TCR=95;TR=90;WE=1507803;WS=1507785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr11	1509143	rs1105871	T	C	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=29;PP=2030;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CAGCAGAGGATGGCCCCAGGC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=127;TCR=41;TR=122;WE=1509151;WS=1509133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,127:0.75:170
chr11	1509238	rs2334554	T	C	13730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=243;PP=2965;SC=CCCTAAGCCATGCTCTGAGCA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=499;TCF=256;TCR=243;TR=499;WE=1509246;WS=1509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr11	1509421	rs2334553	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=0.064;SC=CCAACAGCAGGGACACAGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=12;WE=1509429;WS=1509411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr11	1576137	.	C	T	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=49;QD=13.9618687579;SC=ACAGAGGGAACGGGAACAGGA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=1576145;WS=1576127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	1576235	rs6578504	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=465;SC=GGCGGCTGGCTGGGGCGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=1576243;WS=1576225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	1576501	rs76782264	T	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=2019;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AAGGGGTGAATGGGAGTTTCT;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=125;WE=1576509;WS=1576491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,132:0.75:177
chr11	1585277	rs3740620	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=6.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,44:0.19:232
chr11	1606129	rs76191756	A	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.528;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,11:0.11:98
chr11	1606138	rs80025267	T	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chr11	1606147	rs138363822	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,6:0.09:64
chr11	1619172	.	ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.255;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=2.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr11	1628844	rs1989592	A	G	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=55;PP=2965;SC=CACAGCTGCAATCATTCCTGG;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=132;TCR=56;TR=187;WE=1628852;WS=1628834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	1628965	rs57186801	G	A	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=3.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,94:0.26:361
chr11	1628992	rs60210378	G	A	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.309;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,80:0.25:314
chr11	1630342	rs10837527	T	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	1651228	rs71454096	C	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=27;PP=1316;SC=TCCGGCTGTGCGGGCTGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=68;WE=1651236;WS=1651218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	1651352	rs75391124	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.554;QD=15.30;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr11	1651585	.	CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA	C	2987.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=7.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=0.988;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,125:0.71:175
chr11	1651613	.	TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC	T	402.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=11.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-2.579;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,43:0.18:235
chr11	1651830	rs4752770	G	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,43:0.23:184
chr11	1651917	rs4752769	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-2.668;SC=CACCAGTGCTCCCGAAACTGA;SOR=0.418;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=11;WE=1651925;WS=1651907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr11	1756681	rs7943617	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.397;SC=AGGAGGACAGGAAATGGGCAG;SOR=0.296;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=71;WE=1756689;WS=1756671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr11	1770224	rs111693235	C	G	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TGCCGCAGCCCCCCGGACGGC;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=210;WE=1770232;WS=1770214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,217:0.80:272
chr11	1771797	rs3740621	T	C	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=113;PP=2253;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCTGTCTGCCTGCCTGTGCCT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=40;TCR=165;TR=140;WE=1771805;WS=1771787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,145:0.69:211
chr11	1776024	rs55725229	TC	T	1849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=1642;SC=CTTGCCCAGCTCCCACTACTC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=41;WE=1776032;WS=1776014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	1776332	rs2292963	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=2.426;SOR=1.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr11	1853107	rs616594	C	T	5932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=TGGCCGGCCACAGGAAGTGGT;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=209;WE=1853115;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	1855854	rs2063551	G	C	8886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.690;SC=TGTGGTGCGTGCTGGGGTAGA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=176;TCR=148;TR=321;WE=1855862;WS=1855844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr11	1857042	rs907605	G	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr11	1857112	rs907606	C	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=35;PP=1738;ReadPosRankSum=1.251;SC=CCAACTCACTCCAGGTGCAAC;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=110;WE=1857120;WS=1857102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,120:0.74:163
chr11	1857173	rs564271	T	C	7647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=106;PP=2965;SC=GCAATGGGGGTGCCTGCAGCT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=164;TCR=107;TR=270;WE=1857181;WS=1857163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	1857747	rs3741232	T	C	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,63:0.20:323
chr11	1857751	rs3741231	C	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=3.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=2.169;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,62:0.19:329
chr11	1858572	rs2292474	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,49:0.23:214
chr11	1861760	rs907610	T	C	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=75;PP=2670;SC=CACCGCAGAGTGTGATGCTGC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=161;WE=1861768;WS=1861750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	1874221	rs907612	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=561;SC=CAAGCCGAGACAGGTTCCAAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=1874229;WS=1874211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	1874292	rs907613	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=-2.059;SC=CTCAGAAGCCGCCCCAGAAAG;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=29;WE=1874300;WS=1874282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr11	1880596	rs7929314	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	1880730	rs75966923	C	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1133;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTTTCTGAGGCAAGGCTGCCT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=66;WE=1880738;WS=1880720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,65:0.81:80
chr11	1880811	rs571122	G	A	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=59;PP=1722;SC=TAGCCAATTCGTTCCAGATGA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=100;WE=1880819;WS=1880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	1887806	rs7938342	T	A	7350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=131;PP=2965;SC=GCACACCTCATCCCAGCCTCC;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=263;WE=1887822;WS=1887796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	1890810	rs501124	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=344;ReadPosRankSum=0.632;SC=GGGAGGAGGGGTCTCTCCCAC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=33;WE=1890818;WS=1890800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr11	1890841	rs201901721	G	GC	4802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=2933;ReadPosRankSum=-3.158;SC=CCTAGCAGGTGCCGGGGCAGA;SOR=0.470;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=83;WE=1890849;WS=1890831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,156:0.76:205
chr11	1890990	rs592373	G	A	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CAAGGAGAGGGCGGGCGAGGA;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=65;TCR=130;TR=193;WE=1890998;WS=1890980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr11	1891035	rs61278563	G	GA	3010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=64;PP=2702;SC=GGGCGTGGGGGGGGCTGGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=65;WE=1891043;WS=1891025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	1891077	rs111293972	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=527;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTTCTGCACCCGGACTGGGAC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=27;WE=1891085;WS=1891067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr11	1891237	rs139608585	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TGCGTGAGACGTGAGAGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=1891245;WS=1891231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	1891503	rs111549727	G	C	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GGAAAGCTGAGGCTCAGGGAG;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=140;WE=1891511;WS=1891493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,143:0.67:213
chr11	1891599	rs7929436	A	T	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCTGGGAAAGAAGTGCCGGCC;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=122;WE=1891607;WS=1891589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,129:0.73:176
chr11	1901467	rs2271439	A	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=890;ReadPosRankSum=1.804;SC=GAGCAGCCCCATAACGCGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=1901475;WS=1901457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr11	1902635	rs536462	G	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=29;PP=1347;SC=AGCCGCCCAGGCCTAAGCTCC;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=1902643;WS=1902625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	1902793	rs11545725	A	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=758;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GAGCCCCCCCAGTGCAGGAGT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=56;WE=1902801;WS=1902783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr11	1910707	rs613638	T	C	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=64;PP=2013;SC=TCTGTGGGGGTGGGCACCTCT;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=125;WE=1910715;WS=1910697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	1911115	rs11041692	T	C	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=54;PP=1795;SC=GCCTGGACTGTGGTGGGCAGT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=1911123;WS=1911105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	1944050	rs370860604	CCT	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,48:0.12:391
chr11	1944202	rs965912	A	G	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=126;PP=2965;SC=AGCATGCGCTATCTTGCACAA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=91;TCR=126;TR=217;WE=1944210;WS=1944192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	1944636	rs2734500	A	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=1317;SC=GCGCCTCCTCAGGGCCCGAGG;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=1944644;WS=1944626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	1947789	rs6578952	G	A	7058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.456;SC=AACAAGAGGGGCCGCGTAACC;SOR=0.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=94;TCR=124;TR=218;WE=1947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr11	1947800	rs7937265	C	G	6264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=103;PP=2965;SC=CCGCGTAACCCTGCACAGCCT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=204;WE=1947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	1948186	rs7125631	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=369;SC=AGGCCCTTCCTGGGCTGCCAA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=1948194;WS=1948176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	1950302	rs629990	A	G	11791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CCGCAGCCGCACTGGCTTTTC;SOR=0.896;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=451;TCF=251;TCR=200;TR=448;WE=1950310;WS=1950292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr11	1950906	rs2292473	T	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=1040;SC=TTGGGGGTACTCCCAGCTGAA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=1950914;WS=1950896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	1950925	rs2292471	T	C	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=25;PP=1400;SC=AAAAGGACGGTGGCCTTCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=1950933;WS=1950915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	1955553	rs76471485	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,51:0.20:256
chr11	1956212	rs513735	T	C	7479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=161;PP=2965;SC=AGAGCAGCCATCTCCCTGCGT;SOR=1.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=90;TCR=162;TR=251;WE=1956220;WS=1956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	1961701	rs375322681	TCTCA	T	286.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=544;ReadPosRankSum=2.068;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=1961712;WS=1961695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr11	1961869	rs11041941	T	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=2.003;SC=CATGGCTGTCTATGTAGATTA;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=176;WE=1961877;WS=1961859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr11	1968455	rs907601	C	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=406;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GGCACGGGCGCGCGGCACGGG;SOR=0.342;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=19;WE=1968463;WS=1968447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr11	1976826	.	C	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,32:0.20:158
chr11	1976988	rs177720	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=80;PP=2581;SC=TGATTTATCAACTGCCGCACG;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=1976996;WS=1976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	1993975	rs190063	C	A	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=86;PP=2965;SC=TCAGGATGGACGTCTTCTACT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=179;WE=1993983;WS=1993965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	2016327	rs11564741	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.165;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr11	2016619	rs3741219	A	G	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CGGGCCCTGCACAGGCACTTG;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=91;TCR=69;TR=157;WE=2016627;WS=2016609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr11	2016659	rs2839704	T	C	10171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.81;ReadPosRankSum=-1.899;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr11	2016662	rs2839703	T	C	10237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.02;ReadPosRankSum=-1.807;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr11	2016924	rs10840159	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=53;PP=2122;SC=GGGGGTGGCCATGAAGATGGA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=2016932;WS=2016914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	2017017	rs2839702	A	C	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=70;SC=TGGTTCCTCTAGCTTCACCTA;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=164;WE=2017025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	2017110	rs2839701	C	G	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=80;PP=2965;SC=GCTCACCTTCCAGAGCCGATT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=195;WE=2017118;WS=2017100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	2017439	rs3024270	C	G	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=70;PP=2864;SC=AGACAGAGGTCGGGGCAGTGA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=2017447;WS=2017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	2018168	rs2067051	C	T	8385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.566;NF=191;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CTCCTGGTGACGTCCTGCTGC;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=477;TCF=257;TCR=220;TR=359;WE=2018176;WS=2018158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,371:0.76:488
chr11	2018336	rs2075745	A	T	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.871;SC=GTCCCCTGCCATGTCCCTGTC;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=261;TCF=129;TCR=132;TR=184;WE=2018344;WS=2018326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,186:0.71:263
chr11	2018449	rs2075744	A	G	7726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.844;NF=190;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.666;SC=CGGGCCCATAACCCCCCAGCC;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=461;TCF=252;TCR=209;TR=343;WE=2018457;WS=2018439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,349:0.74:472
chr11	2018853	rs2839698	G	A	10437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=1.314;SC=ATGCCTGGGCGCCTACTCCAC;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=540;TCF=285;TCR=255;TR=428;WE=2018861;WS=2018843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,436:0.80:548
chr11	2156536	rs3213225	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=0.006;SC=GAGGTTGGGCGTCCTCACCGG;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=19;WE=2156544;WS=2156526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr11	2161858	rs3741212	A	G	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=63;PP=2504;SC=CTTTCCCCACAAATGAGATCT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=2161866;WS=2161848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	2167543	rs1003483	T	G	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,121:0.23:533
chr11	2167618	rs1003484	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,43:0.20:216
chr11	2169014	rs10770125	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr11	2181060	rs3842753	T	G	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=2620;ReadPosRankSum=-0.709;SC=GCGGCGGGTGTGGGGCTGCCT;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=143;WE=2181068;WS=2181050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr11	2182004	rs5506	A	G	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=84;PP=2965;SC=AGCAATGGGCAGTTGGCTCAC;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=146;TCR=84;TR=230;WE=2182012;WS=2181994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	2182224	rs689	A	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=48;PP=1292;SC=GTGATCTGGGAGACAGGCAGG;SOR=4.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=52;WE=2182232;WS=2182214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	2187071	rs6578990	T	C	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=70;PP=2965;SC=GTGACCAGGATACCACCCCCA;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=126;WE=2187079;WS=2187061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	2187398	rs4072823	T	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=953;SC=GACACTTCCCTGGCGGCAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=2187406;WS=2187388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	2187439	rs4072824	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.229;SC=ATCCGCACCTCCACCGGGCCT;SOR=1.721;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=13;WE=2187447;WS=2187429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	2187855	rs12419447	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=492;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GCCAGGGCGCGCACTCACGGC;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=37;WE=2187863;WS=2187845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,38:0.28:136
chr11	2188238	rs6357	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,34:0.17:198
chr11	2188566	rs7925924	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=812;SC=TTAGTCTCTCCTGTTGTGCCA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=2188574;WS=2188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	2189185	rs4074905	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1605;ReadPosRankSum=0.978;SC=GGGGATGCACGGGTCAGGAGG;SOR=0.276;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=94;WE=2189193;WS=2189175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,93:0.82:113
chr11	2189983	rs4930043	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-2.083;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr11	2190951	rs6356	C	T	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=2537;ReadPosRankSum=-2.101;SC=AGGTTTAGCACGGCCTTCCCC;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=112;TCR=119;TR=170;WE=2190963;WS=2190941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,180:0.74:244
chr11	2194175	rs10743149	T	C	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=42;PP=2015;SC=GGCCAGAGCCTGCCTTGACAA;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=116;WE=2194183;WS=2194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	2194420	rs10770142	G	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=826;ReadPosRankSum=0.666;SC=CACTGTGGCAGCCAGAGCTGG;SOR=0.435;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=45;WE=2194428;WS=2194410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr11	2321650	rs2651823	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=-1.795;SC=TTGCAGAGGGAATGTTGGGGT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=12;WE=2321658;WS=2321640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	2322829	rs11022157	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr11	2323022	rs12276847	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,66:0.19:353
chr11	2323029	rs756924	T	C	10821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=180;PP=2962;SC=CCACACCAGGTCCTGCCCATG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=154;TCR=180;TR=334;WE=2323037;WS=2323012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	2323220	rs734094	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=419;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCCTTCTTCCGGGGCACCCAG;SOR=1.276;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=21;WE=2323228;WS=2323210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr11	2323528	rs2074021	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=446;SC=ACAGGGATTATCCCTCCCCTG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=2323536;WS=2323518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	2324041	rs2074022	A	G	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=55;PP=2965;SC=CAGCAGTCCCATGCCCCACAC;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=117;TCR=55;TR=172;WE=2324049;WS=2324031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	2324692	rs1501467	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,41:0.22:190
chr11	2324852	rs2651824	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=633;SC=GAGGTCAGGGATACTGCCTTA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=2324860;WS=2324842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	2325581	rs2074023	C	T	455.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GAGACCCCCACGTCAACCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=2325589;WS=2325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr11	2329894	.	GC	G	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=55.55;NF=2;NR=0;PP=29;QD=23.0;SC=ACAGTGACCGGCCCCCCCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=2329902;WS=2329884;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr11	2329995	rs11554947	C	T	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=49;PP=2183;SC=TGGCGTTCTGCGCACAGGTGC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=131;WE=2330003;WS=2329985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	2330077	rs2234297	C	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=55;PP=1915;SC=AGTGGAGGGTCCCCCAGTAAG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=2330085;WS=2330067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	2330400	rs2521273	G	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	2330479	rs2521274	G	A	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=TGGGGCAGACGGTACCAGTGG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=2330487;WS=2330469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	2330563	rs2521275	C	T	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=85;PP=2965;SC=CCCATCCTTCCGTCCTGGATG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=186;WE=2330571;WS=2330553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	2334740	rs739546	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=508;SC=TCCGCTTTGGGGAGATCCACC;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=2334748;WS=2334730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	2337012	rs11022252	G	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=4;PP=914;SC=GAACCAGGAAGCTGGGACTGT;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=2337020;WS=2337002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	2356603	rs2651795	T	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=54;PP=2965;SC=TCCAACTTGTTGAGACTTGGC;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=120;TCR=54;TR=174;WE=2356611;WS=2356593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	2356769	rs2651794	T	C	10361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=152;PP=2965;SC=TACACCTGGATTACCTTGCCA;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=189;TCR=153;TR=341;WE=2356777;WS=2356759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr11	2357108	rs2173888	C	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=43;PP=1168;SC=TGTTGGACATCCTCACCAACA;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=2357116;WS=2357098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	2400338	rs2651796	C	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=86;PP=2965;SC=GGACCTCAGCCGTTGCTTAGT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=170;WE=2400346;WS=2400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	2407084	rs71029143	G	GT	12641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=158;PP=2957;SC=TACAAGAAACGTGCTAGAACA;SOR=1.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=29;TCR=164;TR=186;WE=2407092;WS=2407074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr11	2424684	rs2234283	A	C	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=65;PP=2965;SC=TGGGGCAGCCACCATGGAGGC;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=2424692;WS=2424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	2426984	rs2301696	G	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGGCTCCCGTGAGGCGTGTAG;SOR=0.191;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=13;WE=2426992;WS=2426974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr11	2427291	rs800342	A	C	14931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=285;NR=256;PP=2965;SC=GCTCTCTCAGACCCCCGAGGT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=544;TCF=287;TCR=257;TR=541;WE=2427299;WS=2427281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr11	2427364	rs61873460	T	C	9379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=207;PP=2965;SC=GGCCACGCGGTGCTCTGCGTG;SOR=1.182;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=143;TCR=208;TR=349;WE=2427372;WS=2427354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	2432820	rs2651822	A	G	5141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.223;SC=CAGGCAGGGGATTGCTGTCCC;SOR=0.427;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=277;TCF=149;TCR=128;TR=208;WE=2432828;WS=2432810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,211:0.76:278
chr11	2432964	rs2074234	T	C	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=98;PP=2122;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TGGCGAGGACTGTGCGGCCAG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=86;TCR=139;TR=159;WE=2432972;WS=2432954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,164:0.71:232
chr11	2434522	rs11605839	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGGCTCCAGGCGCTTGGCCAT;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=2434530;WS=2434512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	2434628	rs11601529	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=454;ReadPosRankSum=0.086;SC=CAGCACCTGCGAGGCCCAGGC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=23;WE=2434636;WS=2434618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr11	2434684	rs11601544	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=22;PP=1478;ReadPosRankSum=0.251;SC=TCCTGGCCGGGCAGCTCACAG;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=88;TCR=30;TR=84;WE=2434692;WS=2434674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,87:0.72:121
chr11	2434840	rs11605894	C	T	5079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.332;SC=GCAAAACTGTCGGCTCCAACT;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=330;TCF=144;TCR=186;TR=222;WE=2434848;WS=2434830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,228:0.68:336
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chr11	2435946	rs4929981	A	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=13;PP=1032;ReadPosRankSum=0.053;SC=GTCACTCACCAAGGGCCAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=61;WE=2435954;WS=2435936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,62:0.85:73
chr11	2436733	rs11605072	G	A	5945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.585;SC=AGGGAAGGGGGACAAGAGAGT;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=124;TCR=205;TR=247;WE=2436741;WS=2436723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,256:0.75:340
chr11	2437378	.	AG	A	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.769;NF=0;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CTGGGACTTGAGGGGGCACAT;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=2437386;WS=2437368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr11	2439542	rs3986599	A	G	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=73;PP=1915;ReadPosRankSum=0.133;SC=CCCCGAGCCTACCAGGATCAG;SOR=0.298;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=115;WE=2439550;WS=2439532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,117:0.82:143
chr11	2439621	rs2074236	A	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=786;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AGCGGACCCCAGATTAGCCCG;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=37;WE=2439629;WS=2439611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr11	2439651	rs886276	G	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=903;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GGATGCAGGTGTCAGGGGTGC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=39;WE=2439659;WS=2439641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr11	2439672	rs147746598	T	TC	2004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.861;NF=39;NR=5;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCCCATCCCTTCAGCCCTGTC;SOR=1.121;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=44;WE=2439680;WS=2439662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr11	2439767	rs886277	T	C	4707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.076;NF=113;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.449;SC=CTCCAAGGTGTTGGGATCACC;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=158;TCR=121;TR=202;WE=2439775;WS=2439757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,208:0.72:287
chr11	2439876	rs886278	G	A	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2749;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GTGACCACCCGGATCTCAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=159;WE=2439884;WS=2439866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,167:0.69:241
chr11	2440041	rs4244810	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=532;ReadPosRankSum=-0.353;SC=ACGCGCACTTTGTGGCAACAG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=29;WE=2440049;WS=2440031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr11	2441646	rs11607968	G	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=1018;ReadPosRankSum=1.871;SC=CTGCGCCCATGCAGGGAGACG;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=63;WE=2441654;WS=2441636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,72:0.79:91
chr11	2441686	rs35998237	T	TG	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=1142;ReadPosRankSum=1.564;SC=CAGCTTGGGCTGGTCCCGCTG;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=29;WE=2441694;WS=2441676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr11	2444094	rs2301699	C	G	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=40;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GGAAATGGGGCCTCATGGGTT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=114;WE=2444102;WS=2444084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,118:0.78:151
chr11	2542553	rs79295543	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1265;SC=TCCCTGCGACGGTGGATTTCG;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=2542561;WS=2542543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	2542605	rs10400376	TA	GG	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=33;PP=2947;SC=CACTGTGTGTTATCCGGTGTC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=102;WE=2542614;WS=2542595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	2549061	rs28730663	G	C	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=16;PP=2218;SC=GTTCCTACCTGGGGGCGGGGC;SOR=2.597;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=90;WE=2549069;WS=2549051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	2593416	rs12786951	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=481;ReadPosRankSum=0.084;SC=ACACTAGGACAGCTTGAGATG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=22;WE=2593424;WS=2593406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr11	2593977	rs4930127	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=610;ReadPosRankSum=0.584;SC=GCGGCGTAGGACGCCCAGTGA;SOR=1.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=30;WE=2593985;WS=2593967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr11	2594261	.	T	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=824;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CAGCTCAGGCTGAGGAGTGGG;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=41;WE=2594269;WS=2594251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr11	2683357	rs760419	A	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=51;PP=1477;SC=AGGGGACTGGAGCTCAAGGAG;SOR=2.242;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=71;WE=2683365;WS=2683347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	2789856	rs163161	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=582;SC=CCACTCACAGATGAGGTGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=2789864;WS=2789850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	2797237	rs1057128	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGCAGTACTCGCAGGGCCACC;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=28;WE=2797245;WS=2797227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr11	2797320	rs163150	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=-1.666;SC=GAGGGTGCCCAGGTCCTGCCC;SOR=0.054;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=22;WE=2797328;WS=2797310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr11	2798305	rs81204	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=3.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,67:0.27:245
chr11	2798448	rs163148	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=703;SC=TCCAAAGTACATTTTACAAAG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=2798456;WS=2798438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	2905204	rs34289096	G	GC	1259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.784;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,67:0.28:238
chr11	2906196	.	ACCGCGACCGGAG	A	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=1169;SC=CAGGACCGCGACCGCGACCGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=2906215;WS=2906186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	2920953	rs75027200	CA	C	5166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.703;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.537;NF=8;NR=122;PP=2511;ReadPosRankSum=0.664;SC=CTGTTCATGACAAAAAAAAAG;SOR=1.314;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=10;TCR=144;TR=130;WE=2920961;WS=2920943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,202:0.97:208
chr11	2924640	rs146413382	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,77:0.22:358
chr11	2924850	rs34816459	T	TC	2050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=45;PP=2041;SC=CAGTTGGGACTCATGCCACGC;SOR=3.651;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=45;WE=2924858;WS=2924840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	2929552	rs429886	A	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=82;PP=2854;SC=GCGGGCCGGTATTTGGCAGGT;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=147;WE=2929574;WS=2929529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	2929659	rs424663	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=492;SC=ACCCCACACCGGACCCCCCTG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=2929667;WS=2929649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	2930594	rs67769451	CG	C	915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=611;SC=CAGGTAGGGCCGGGGGGACTG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=2930602;WS=2930584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	2930656	rs2286660	T	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=361;SC=CCGGGACACCTCCAGGGAGGT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=2930664;WS=2930646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	2939392	rs445679	G	A	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=159;PP=2965;SC=GCCAGGGCCCGGCCCTTCCTC;SOR=1.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=97;TCR=159;TR=255;WE=2939400;WS=2939382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	2940492	rs450244	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=36;PP=2587;SC=GGCGCCAAGGTCGGGGTGTGG;SOR=1.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=124;WE=2940500;WS=2940482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	3141530	rs34752531	C	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=3;PP=1510;ReadPosRankSum=2.091;SC=GAAGGTGAGACACCTGCTCAA;SOR=3.524;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=62;WE=3141538;WS=3141520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,63:0.79:80
chr11	3143030	rs6578322	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=0.164;SC=TTCCTACCACTGGTGTCCTTA;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=3143038;WS=3143028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	3239173	.	CTT	C	352.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr11	3239176	.	ATAGGAGACCCATGGGCAG	A	335.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr11	3249081	rs11026035	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.241;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=0.144;SC=GGGGTCGGGGGCCCCAGGGCT;SOR=1.802;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=3249089;WS=3249071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr11	3249829	rs11026040	G	A	7246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGAGATCCGCGCAGGCCACGT;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=399;TCF=208;TCR=191;TR=294;WE=3249837;WS=3249819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,308:0.74:417
chr11	3361087	rs2073805	T	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=111;PP=2965;SC=TTGAAACATATTAATATGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=206;WE=3361095;WS=3361072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	3381843	rs2157763	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=708;SC=ACAGATGAATACACTTTATGA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=3381851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	3382069	rs6578335	C	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=64;PP=2278;SC=CCCACTGCAGCCCCCGCTCCT;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=116;WE=3382077;WS=3382059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	3382215	rs6578336	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=261;SC=TTCTGCCCCCTGTGACACGGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=3382223;WS=3382205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3383962	rs10734319	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=511;SC=CTAAAGTACATCTTTTCATTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=3383970;WS=3383952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	3390006	rs7943767	T	C	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=83;PP=2699;SC=ATTAAACTCATGCATATCCAC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=160;WE=3390014;WS=3389996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	3390173	rs1989786	A	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=773;SC=AATCAAGCCTAAAATGTAAAA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=3390181;WS=3390163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	3390547	rs7925972	G	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=0;PP=486;SC=AAACCAGGGTGGGGGGGCGTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=3390555;WS=3390537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	3392351	rs2269735	T	C	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.43;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr11	3392357	rs2269734	T	G	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.78;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr11	3392972	rs2269732	G	A	10858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=200;PP=2965;SC=TACTTGATTCGAGGTGAAATG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=171;TCR=200;TR=371;WE=3392980;WS=3392962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr11	3394894	rs10833820	G	A	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=152;PP=2965;SC=CACCTGCATCGTGAGAATATG;SOR=2.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=53;TCR=152;TR=205;WE=3394902;WS=3394884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	3394960	rs10833821	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=60;PP=1735;SC=CCATCAACAGAAAGACCAAGA;SOR=2.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=76;WE=3394968;WS=3394950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	3398760	rs7932709	G	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=23;PP=1742;SC=CCTCTGACAGGGGCATGTGAT;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=93;WE=3398768;WS=3398750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	3398795	rs7932797	G	A	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=44;PP=2502;SC=TGTGTCTCCAGGGATTGAAAG;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=134;WE=3398803;WS=3398785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	3400334	rs7931660	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=67;PP=2159;SC=GGGTCACACGACCTACGGCTA;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=119;WE=3400342;WS=3400324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	3400422	rs6578342	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=603;SC=GGAAGCCGTCCTCTCCTCTCC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=3400430;WS=3400412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	3661140	rs4910876	T	C	7991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=126;PP=2965;SC=GGACAGAGTCTCCCAGCCTCT;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=277;TCF=151;TCR=126;TR=277;WE=3661148;WS=3661130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	3661585	rs3062849	A	ATGG	14105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=110;PP=2957;SC=CAGGGGCAGGATGGGAACAGC;SOR=0.864;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=159;TCF=31;TCR=128;TR=138;WE=3661593;WS=3661575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr11	3663011	rs932097	G	A	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1848;ReadPosRankSum=-1.639;SC=CCCCCTTGGGGCTAGGAGATG;SOR=0.456;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=122;WE=3663019;WS=3663001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,121:0.73:166
chr11	3663170	rs7111519	G	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=574;SC=TCGAGGGGCTGGAGGCAGATC;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=3663178;WS=3663160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	3663201	rs7128137	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.792;NF=3;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CTCCAGGCGCACGGGATCCCG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=16;WE=3663209;WS=3663191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr11	3681051	rs61998205	C	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,85:0.21:407
chr11	3681115	rs35136756	A	G	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:514,134:0.21:648
chr11	3681519	rs2280134	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,65:0.24:270
chr11	3704704	rs7950171	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.927;NF=2;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ATAAATCCCATCCTCATTCAT;SOR=1.278;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=15;WE=3704712;WS=3704694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr11	3704770	rs12293627	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.244;NF=2;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=1.512;SC=TCTTAAACTGCAGGTCTTTTT;SOR=0.197;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=3704783;WS=3704760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	3704775	rs35532049	CT	C	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=8;PP=155;SC=AACTGCAGGTCTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=3704783;WS=3704760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	3723781	rs35404087	G	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=927;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCATTCAGCTGTTCTCCACTA;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=103;TCR=125;TR=71;WE=3723789;WS=3723771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,68:0.29:234
chr11	3723941	rs35488940	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1717;ReadPosRankSum=0.938;SC=CTGTTTTCAACGGAACCTCAG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=108;WE=3723949;WS=3723931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,112:0.72:156
chr11	3733899	rs35803045	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr11	3735239	rs61879797	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr11	3752727	rs61751339	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr11	3797065	rs61896889	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=351;ReadPosRankSum=-2.067;SC=CAAAGAAATATACATGCGGGA;SOR=0.938;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=29;WE=3797073;WS=3797055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr11	3799985	rs188044	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr11	3800096	rs61896892	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr11	3829419	rs2278845	G	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=18;PP=1324;SC=TTTCAGAAGGGCGAGGCTGGA;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=3829427;WS=3829409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	3838910	rs7946577	G	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=85;PP=2708;SC=GTCAGAGTCAGAGATAATTCA;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=136;WE=3838918;WS=3838900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	3838953	rs10835147	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=49;PP=1585;SC=AGAATCACAGTCCTCCCTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=3838961;WS=3838943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	3877756	rs117698578	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GGATTCACACATGGCACTGCC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=3877764;WS=3877746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	4103524	rs2304891	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=28;PP=1007;SC=TGGAGGTGCAATATTACAACA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=4103532;WS=4103514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	4104060	rs2898950	A	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=11;PP=1194;SC=TTTCTCATTTATTCCATTCTC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=4104068;WS=4104050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	4104087	rs10767828	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=26;PP=1759;SC=CTGCTCTTTTTGAGCTGGGGG;SOR=1.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=90;WE=4104095;WS=4104077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	4104319	rs2289571	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=207;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GTGGAGGGACAGCTCTGGTCT;SOR=0.618;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=24;WE=4104327;WS=4104309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr11	4104355	rs894455	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=36;PP=1227;SC=ATTTATCTCCTGCCTTGCTCT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=4104363;WS=4104345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	4104745	rs2289570	C	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=78;PP=2742;SC=GACCTCTTTGCGGGGATGAAG;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=138;WE=4104753;WS=4104735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	4116335	rs12801088	A	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=513;SC=TGATGCCCAGACCGCCCGCCC;SOR=2.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=4116343;WS=4116325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	4123345	rs1348310	C	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=26;PP=1174;SC=TGGGTTCCTTCTTTCATGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=4123353;WS=4123335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	4123427	rs232054	C	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CTATGCCCTTCGATATAAAAT;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=33;WE=4123435;WS=4123417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr11	4123458	rs58075299	AT	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.237;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=86;ReadPosRankSum=1.205;SC=TGCTTAAAACATTTTTTTTTC;SOR=0.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=10;WE=4123466;WS=4123448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr11	4128845	rs725518	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=346;SC=TTTAAACACTGCAAAAGATAC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=4128853;WS=4128835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	4130543	rs11030980	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=51;SC=CCCATTTATGCTCATGTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=4130551;WS=4130533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	4133317	rs56336381	C	A	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=77;PP=2300;SC=TAGGGAAATACGCCTTGACCT;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=123;WE=4133325;WS=4133307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	4141132	rs183484	C	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1348;ReadPosRankSum=0.444;SC=CAACACAGCTCGATATGTGGA;SOR=0.696;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=90;WE=4141140;WS=4141122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,98:0.66:148
chr11	4153767	rs10835662	A	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1104;SC=AACTTTGATAAAGACAGTCAT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=4153775;WS=4153757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	4159457	rs9937	A	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr11	4159466	rs1042858	G	A	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.12;SOR=1.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	4159764	rs1042919	A	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=454;SC=GTTAATGATGATAATGATTTT;SOR=5.549;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4159770	rs866902	AT	A	147.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.140;NF=0;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GATGATAATGATTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr11	4185463	rs979941	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=967;ReadPosRankSum=0.192;SC=TGCTCAGCACTAGGGCAGATG;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=55;WE=4185471;WS=4185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr11	4185595	rs979942	T	G	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=2135;ReadPosRankSum=-1.002;SC=TCTGTAGAGGTCACCTTGCTC;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=136;WE=4185603;WS=4185585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,148:0.72:206
chr11	4388905	rs11031960	C	T	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=96;PP=2965;SC=AGACCACCGTCGACATTAGAA;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=172;WE=4388913;WS=4388895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	4389587	rs7929171	G	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=694;SC=GATAAAATCTGCAACATTCTT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=4389595;WS=4389577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	4389639	rs4910623	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=308;SC=CATAATCTTCGTCTTCTTTGA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=4389647;WS=4389629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	4407557	rs138696726	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=0.233;SC=TAACCTCCATTGTGGAGGACT;SOR=1.264;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=20;WE=4407565;WS=4407547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr11	4409511	rs12805578	A	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=31;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TTGTAGAAGGAAACCCCTCCC;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=110;WE=4409519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr11	4411003	rs5030769	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=438;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAGCTTATTCGTCCCCCATGC;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=37;TCR=83;TR=35;WE=4411011;WS=4410993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr11	4471620	rs113891025	GA	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	4496613	rs9633905	C	A	6760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=152;PP=2965;SC=GCTGTGGGAACACTAGCTTCA;SOR=1.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=74;TCR=152;TR=226;WE=4496621;WS=4496603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	4592708	rs71280817	C	CAG	6017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.724;NF=22;NR=54;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.130;SC=ACGATCCATACAGTTTTTCCC;SOR=0.510;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=76;WE=4592716;WS=4592698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,146:0.80:183
chr11	4593334	rs34520159	T	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=0.585;SC=GGTAAGACATTCCCCATAGAT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=4593342;WS=4593324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr11	4594739	rs919519	C	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=378;SC=GCACAGGAGTCTTTTTTACCC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=4594747;WS=4594729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	4608262	rs12793957	A	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-13.856;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,42:0.14:291
chr11	4615234	rs4910511	A	G	9575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTCTTACATCATCTATACATT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=511;TCF=231;TCR=280;TR=397;WE=4615242;WS=4615224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,409:0.78:527
chr11	4615390	rs2010722	C	T	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.43;QD=31.33;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	4621485	rs2231978	C	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=410;SC=CCAAGCCTCTCTGGTTAGGGT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=4621493;WS=4621475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr11	4623106	rs999818	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.000;SC=AACTGGCCAATTTCAGGCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=4623114;WS=4623096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	4623788	rs931811	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.652;SC=CTATTTTTCCTAGCTTCCTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=4623796;WS=4623778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	4624394	rs7943486	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=931;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGCCTCACAGTGATGAGAATG;SOR=0.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=49;WE=4624402;WS=4624384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr11	4624432	rs17314159	C	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=44;PP=2015;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CAGGACCACACAGGACGACTG;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=123;WE=4624440;WS=4624422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,128:0.81:159
chr11	4661285	rs905871	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,62:0.24:259
chr11	4674575	rs3817098	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,46:0.23:197
chr11	4703165	rs1123991	C	A	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=99;PP=2965;SC=AGCGGTGTACCACTGAGAGGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=206;WE=4703173;WS=4703155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	4711986	rs11033350	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=887;ReadPosRankSum=0.940;SC=AATTCTACAATTTTATGTTTC;SOR=0.346;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=56;WE=4711994;WS=4711976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr11	4712353	rs11033352	T	C	3983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2554;ReadPosRankSum=0.600;SC=TTGATTCTGGTGTCTGTGCAT;SOR=0.474;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=130;TCR=109;TR=163;WE=4712361;WS=4712343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,172:0.69:251
chr11	4730985	rs4619142	C	T	9479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=159;PP=2965;SC=ACCCATGTATCATTTTCTCTC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=166;TCR=160;TR=325;WE=4730993;WS=4730975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	4731180	rs4432013	G	A	8178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=144;PP=2965;SC=CTTTATTGCCGTCTGTAACCC;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=144;TCR=144;TR=287;WE=4731188;WS=4731170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	4731468	rs4436535	G	A	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=95;PP=2965;SC=TGTTCTGATCGTCCGCTCTGT;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=188;WE=4731476;WS=4731458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	4731583	rs4471413	C	T	7787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=115;PP=2965;SC=AGTTTGTCACCAGTGCACAGA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=269;WE=4731591;WS=4731573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	4791111	rs17324812	T	C	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=75;PP=2115;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AACAAGAAGGTTGGAAATTTA;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=124;WE=4791119;WS=4791101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,133:0.69:194
chr11	4869649	rs12361955	G	A	4571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=96;PP=2939;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGTGCCAGGAGGATCATAGGG;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=186;WE=4869657;WS=4869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,199:0.73:274
chr11	4869906	rs7117260	A	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1036;ReadPosRankSum=0.090;SC=GACCTGTGGGAGGCAGTAGGG;SOR=1.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=66;WE=4869914;WS=4869896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr11	4870139	rs11602455	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CTGAGGCAGGGACAGTGTGAG;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=75;WE=4870147;WS=4870129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,78:0.75:104
chr11	4870261	rs11602499	G	C	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=2397;ReadPosRankSum=1.171;SC=AGGGCGGGCTGCAGGGCAATG;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=144;WE=4870269;WS=4870251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,148:0.77:193
chr11	4870298	rs11601065	T	G	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=2250;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CATTTCCCAGTGCAGAGAGAA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=95;TCR=99;TR=145;WE=4870306;WS=4870288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,151:0.75:202
chr11	4880892	rs11034368	T	C	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=73;PP=2965;SC=TTCTTCAAATTTGCTTGGTCT;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=196;WE=4880900;WS=4880882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	4928841	rs7108225	T	C	4101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=68;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CTTCCTACCATGTTGAGGGTC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=132;TCR=95;TR=165;WE=4928849;WS=4928831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,175:0.73:239
chr11	4936608	rs12419598	C	G	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=72;PP=2797;ReadPosRankSum=1.915;SC=TGGCTAATTTCTCGTGCTCCA;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=164;WE=4936616;WS=4936598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,169:0.79:213
chr11	4945196	rs1378739	T	G	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=70;PP=2965;SC=GACGGCCACGTAGCGGTCAAT;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=154;WE=4945204;WS=4945180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	4964627	rs2595993	C	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=434;SC=TATCAGATTGCCCCTAGGTGC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=4964635;WS=4964617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	4964649	rs2595992	G	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=642;SC=GTGTAGGTGAGCTCAAGGTAA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=4964657;WS=4964639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	4964753	rs2605301	A	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=51;PP=2348;SC=ATTTTGTGCTAGATAATTCTT;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=125;WE=4964761;WS=4964743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	4964784	rs2605302	A	T	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=60;PP=2327;SC=GCTATCCTGTACATTAAAGAA;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=134;WE=4964792;WS=4964774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	4965239	rs2570581	G	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=18;PP=816;SC=CTGCCTATCCGCACACTGGGA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=4965247;WS=4965229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	4965301	rs2605303	G	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=21;PP=1011;SC=ACTACTGCTTGGTTGTACTAC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=4965309;WS=4965291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	4967468	rs28698374	G	A	15287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=314;NR=221;PP=2965;SC=AATTGGGTTCGTCAGTGGAGG;SOR=1.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=535;TCF=314;TCR=221;TR=535;WE=4967476;WS=4967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr11	4968198	rs3845246	C	A	5874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=2.076;NF=103;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AGAATGGTGCCATTTCCTAGA;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=103;TCR=176;TR=278;WE=4968206;WS=4968188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr11	4968254	.	T	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.787;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=28.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQRankSum=1.720;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=3.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr11	4976145	rs56066301	C	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=304;SC=GAGACATGCCCGGCAAAGCGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=4976153;WS=4976135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	4976291	rs55889636	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=34;PP=1199;SC=CAGGGTGTAAGACACAGCAAT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=4976299;WS=4976281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	4976768	rs112749434	C	T	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.19;QD=30.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	4976811	rs28482315	C	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.66;QD=31.94;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	4976867	.	T	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.384;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.49;MQRankSum=-0.197;QD=24.43;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr11	5013421	rs5789346	G	GT	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.624;HP=12;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=47;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.957;SC=ATTTACTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.126;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=6;TCR=75;TR=52;WE=5013431;WS=5013411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr11	5013423	rs60905583	T	TG	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=4.728;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr11	5020416	rs2445290	A	G	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1968;ReadPosRankSum=-2.066;SC=TTTCCATCTTAGCAGTGAATG;SOR=0.375;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=108;WE=5020424;WS=5020406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,121:0.80:152
chr11	5079946	rs2445332	C	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=35;PP=1349;SC=ATATTTTCTTCACACATTTAT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=5079954;WS=5079936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	5080844	rs16909440	T	C	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=149;NR=115;PP=2965;SC=CTGGGTGTCATTGGGAAGGAA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=264;WE=5080852;WS=5080834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	5141876	rs10837373	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GGAACAGAATGTTTTTACTAC;SOR=0.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=10;WE=5141884;WS=5141866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr11	5141902	rs10837374	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=24;PP=1234;SC=CTCTAATGTGTTTGGTCTTTA;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=5141910;WS=5141892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	5141980	rs4426129	A	G	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	5142134	rs11035760	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TGATAAATATCTGAATATAGG;SOR=0.515;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=297;TCF=162;TCR=135;TR=91;WE=5142142;WS=5142124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,93:0.30:306
chr11	5142270	rs10837375	T	G	8501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GTAAGTGTGGTATATTAACTT;SOR=0.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=143;TCR=160;TR=302;WE=5142278;WS=5142260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr11	5142549	rs7947334	T	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,83:0.28:296
chr11	5172786	rs10768611	A	G	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=95;PP=2965;SC=ATATAAGGGGAGATGTGAGAC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=114;TCR=95;TR=209;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	5172795	rs112098990	A	AC	8212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=98;PP=2936;SC=GAGATGTGAGACCCAAACCTA;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=154;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	5199645	rs6578560	T	C	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=111;PP=2965;SC=GCCAGCACCTTAGGGGCTGCA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=91;TCR=111;TR=202;WE=5199653;WS=5199635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	5199660	rs6578561	T	C	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=96;PP=2871;SC=GCTGCAGCAGTGGCGAGCAGG;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=69;TCR=96;TR=165;WE=5199668;WS=5199650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	5221645	rs11512276	C	A	10307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=191;PP=2965;SC=CGAATGATCCCCCACAGGATC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=172;TCR=192;TR=363;WE=5221653;WS=5221635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	5221825	rs11036212	G	A	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=GGGATGGAAAGCCAGGGGTAT;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=5221833;WS=5221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	5247141	rs1609812	G	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=203;SC=TATATGCAGAGATATTGCTAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=5247149;WS=5247131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	5247733	rs7480526	A	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=1050;SC=CCTGTTACTTATCCCCTTCCT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=5247741;WS=5247723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	5247791	rs10768683	C	G	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=59;PP=2965;SC=AAACATCAAGCGTCCCATAGA;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=165;WE=5247799;WS=5247781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	5248243	rs713040	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=56;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CAGGAGTCAGATGCACCATGG;SOR=1.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=77;WE=5248251;WS=5248233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr11	5263577	rs10128555	C	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=458;SC=CATCCTTTTTCACCAGAGTTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=5263585;WS=5263567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr11	5269586	rs371890964	A	AG	10985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.99;QD=45.02;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	5269799	rs28440105	A	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.39;QD=41.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr11	5270539	rs111624259	C	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.63;QD=29.13;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	5274631	.	A	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.95;MQRankSum=-2.054;QD=20.97;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr11	5274717	rs2070972	A	C	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.37;QD=31.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	5289896	rs3061750	A	AAAAC	3664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=50;PP=2704;SC=ACTTGATGAAAAAACAAACAA;SOR=2.066;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=75;TCF=4;TCR=71;TR=54;WE=5289904;WS=5289886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	5290981	.	A	T	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1517;ReadPosRankSum=1.017;SC=TCAACTTGCTAGGGTAATATT;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=105;WE=5290989;WS=5290971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,113:0.41:273
chr11	5322737	rs10837771	A	G	4909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.212;SC=AAAACCTCTCATCAGTACCCC;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=277;TCF=123;TCR=154;TR=203;WE=5322745;WS=5322727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,213:0.74:289
chr11	5323071	rs7118113	C	T	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1931;ReadPosRankSum=1.069;SC=CCAAAAAGGACGGAGAAGTAG;SOR=0.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=119;WE=5323079;WS=5323061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,128:0.83:155
chr11	5344552	rs7934105	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5344561	rs7933257	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5344681	rs11036815	G	A	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=61;PP=2965;SC=TTCATTAAAGGAGGAAAGAGG;SOR=1.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=159;WE=5344689;WS=5344671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	5344772	rs10742622	T	C	5682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=107;PP=2965;SC=AACCCATCACTGTAACATAGA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=94;TCR=107;TR=201;WE=5344780;WS=5344762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	5344847	rs10768793	A	G	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=77;PP=2895;SC=CTTCACCAGAAGCAATGCCTA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=148;WE=5344855;WS=5344837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	5344902	rs7937237	C	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=49;PP=2546;SC=GATGATCAGACAGTCTAGGAA;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=5344910;WS=5344892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	5345170	rs7952293	A	G	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=GCAATGAAACAATCATATGCC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=256;WE=5345178;WS=5345160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	5345486	rs4910750	G	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=63;PP=1975;SC=GCCCTGGAAAGCCAGTCAGCA;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=5345494;WS=5345476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	5364276	rs4910551	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=2.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,69:0.25:275
chr11	5364450	rs11036912	A	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,78:0.23:333
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chr11	5364776	rs78253695	T	TGTC	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=1124;ReadPosRankSum=1.374;SC=ATAGAAGAAATGTCTTTCTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=22;WE=5364784;WS=5364766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr11	5372751	rs4910755	A	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
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chr11	5373114	rs5006888	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,41:0.21:197
chr11	5373129	rs5006887	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,43:0.20:212
chr11	5373170	rs5006886	C	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,53:0.21:251
chr11	5373242	rs5006885	T	G	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,76:0.22:352
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chr11	5373311	rs5006883	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=5.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,62:0.20:311
chr11	5373334	rs5006882	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,60:0.23:264
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chr11	5373646	rs5024041	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,48:0.23:209
chr11	5373713	rs12802177	A	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AATTCAGGGGACCTGGACAGG;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=80;WE=5373746;WS=5373703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,88:0.72:123
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chr11	5373738	rs5024038	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr11	5373807	rs5024037	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=1.895;SC=GTGGAAATCAGTCAATCCCTC;SOR=0.141;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=7;WE=5373815;WS=5373797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr11	5410934	rs1498467	T	G	7367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.328;SC=TTAACTCCCATAGTATCTACT;SOR=0.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=108;TCR=133;TR=239;WE=5410942;WS=5410924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr11	5411031	rs1498468	C	T	6180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=105;PP=2965;SC=CTTTGACCGCCTTGTGGCCAT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=208;WE=5411039;WS=5411021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	5411239	rs1498469	T	C	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=103;PP=2965;SC=TGCACAGATATCACCTTCAAT;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=206;WE=5411247;WS=5411229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	5411395	rs9783355	C	A	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	5411395	.	CTCT	ATCG,ATCT	2046	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=16,80;NR=14,68;PP=334,2046;QD=12.9155958287;SC=TGCACCGCTCCTCTCTGTGCT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=30,148;WE=5411406;WS=5411385;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.20:148
chr11	5411398	rs2736531	T	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,31:0.20:152
chr11	5411579	rs10768906	GT	AC	7733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=100;PP=2947;SC=CCATTATCAAGTTCCTAGGTC;SOR=1.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=61;TCR=103;TR=160;WE=5411588;WS=5411569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	5423775	rs7481498	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr11	5423779	rs2736527	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	5424050	rs1909262	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,68:0.23:299
chr11	5424430	rs7929412	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,89:0.28:321
chr11	5424838	rs2736525	T	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TAATAACAGGTGGCCCTAGAT;SOR=0.785;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=20;WE=5424846;WS=5424828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr11	5443442	rs2736590	G	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGTCCCAGGTGACTAACACCA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=261;TCF=171;TCR=90;TR=81;WE=5443450;WS=5443432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,84:0.31:272
chr11	5443700	rs2736588	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1056;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TCTGGTTCAACGTTCGTAGAA;SOR=1.036;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=242;TCF=100;TCR=142;TR=73;WE=5443708;WS=5443690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,80:0.31:257
chr11	5443739	rs2736587	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=968;ReadPosRankSum=1.982;SC=TTGCTCAGTTTTTCTTCCTTC;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=208;TCF=98;TCR=110;TR=65;WE=5443747;WS=5443729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,73:0.32:230
chr11	5443867	rs10838092	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.929;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,86:0.27:320
chr11	5443887	rs10838093	T	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,83:0.26:323
chr11	5443893	rs10838094	G	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,83:0.25:331
chr11	5443963	rs10838095	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=7.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,64:0.27:238
chr11	5444061	rs2736586	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.407;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,48:0.20:241
chr11	5444136	rs2647574	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-2.232;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,45:0.20:221
chr11	5444353	rs2647573	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=1.343;SC=ATGTTAAATTTCCTTTCCCTC;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=37;WE=5444361;WS=5444343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr11	5451875	rs1498474	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=1117;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTGACTCCTTGCAGTGATTCA;SOR=1.098;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=64;WE=5451883;WS=5451865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr11	5452418	rs1566278	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	5461991	rs1498486	C	A	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=89;PP=2924;ReadPosRankSum=-0.134;SC=ACATAAAAGGCCAGCACTGCA;SOR=0.469;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=80;TCR=115;TR=154;WE=5461999;WS=5461981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,159:0.79:202
chr11	5462085	rs11037444	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=5.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.397;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,45:0.23:196
chr11	5462255	rs11037445	C	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=1.252;SC=CGTTTCACCACAAAAGGGAAA;SOR=0.798;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=37;WE=5462263;WS=5462245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,38:0.27:140
chr11	5474838	rs2030094	G	T	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=35;PP=2135;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TGGCCCTTGGGGGAAATACAG;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=117;TCR=54;TR=116;WE=5474846;WS=5474828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,119:0.69:172
chr11	5475170	rs16931292	G	C	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.416;SC=GCAGCTGCTCGAAGCTTCATC;SOR=0.945;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=215;TCF=101;TCR=114;TR=151;WE=5475178;WS=5475160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,159:0.70:227
chr11	5475506	rs11037502	G	A	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=72;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.026;SC=ACAGTGCACCGCTTTGGGAAG;SOR=0.482;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=91;TCR=106;TR=137;WE=5475514;WS=5475496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,140:0.70:201
chr11	5490077	rs2736569	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	5510284	rs417425	A	G	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=96;PP=2965;SC=TGGAGTCCTCAATTCTACTTG;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=134;TCR=96;TR=230;WE=5510292;WS=5510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	5510341	rs404280	C	T	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.740;SC=CATTAAGGTACACAACCATTC;SOR=0.700;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=264;TCF=137;TCR=127;TR=199;WE=5510349;WS=5510331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,208:0.75:279
chr11	5510497	rs2467219	T	C	6202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=116;PP=2965;SC=ATATGGGCATTGCCCGACTGG;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=217;WE=5510505;WS=5510487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	5510540	rs146317894	G	GGGCT	1457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,46:0.22:205
chr11	5510626	rs444878	T	C	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=104;PP=2965;SC=CAGTCTTTCATCTTCCATCTC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=122;TCR=104;TR=226;WE=5510634;WS=5510616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	5510928	rs392296	G	A	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=67;PP=1894;SC=AAAAAAAAGTGTAGGATGGCT;SOR=2.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=86;WE=5510936;WS=5510918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	5511003	rs426886	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=467;SC=ATGGCAGGAAGCTCTGGAAGG;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=5511011;WS=5510993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5529152	rs2234455	A	G	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,102:0.28:370
chr11	5529865	rs186434	G	A	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=55;PP=2029;SC=CTCCATGTGTGGAAGTCCAGG;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=5529873;WS=5529855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	5536537	rs393044	A	C	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=76;PP=2965;SC=GCTGGTATCCAAGCTGGCTGC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=157;WE=5536545;WS=5536527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	5536848	rs2017433	G	A	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=63;PP=2965;SC=ATTGATATCAGCATAGTTCTG;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=5536856;WS=5536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	5549254	rs1498480	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=17;PP=1823;SC=GCCTTGTCAGTGACCACCAGC;SOR=2.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=82;WE=5549262;WS=5549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	5549316	rs1846317	A	G	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=85;PP=2965;SC=CAGGCACACAAGCACAGAGAG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=195;WE=5549324;WS=5549306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	5549470	rs2840097	C	T	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CTGCAGGATACAAATGGGGCC;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=90;WE=5549478;WS=5549460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,94:0.76:124
chr11	5549531	rs1560811	T	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=53;PP=1439;SC=GTGAGGGTGATGCTAGGGCTT;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=5549539;WS=5549521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	5566030	rs1995158	A	G	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=128;PP=2965;SC=GCTTTCTGGCAGGCATCTTGG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=108;TCR=129;TR=236;WE=5566038;WS=5566020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	5566051	rs1995157	C	A	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=114;PP=2965;SC=GAGGGAAGGCCAAAGACAGCA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=89;TCR=114;TR=203;WE=5566059;WS=5566041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	5566112	rs1995156	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=CTGAGATGACCGTCATGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=5566120;WS=5566102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	5566365	rs1566275	T	C	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=110;PP=2965;SC=AGCTACATAGTGATCAAATGC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=90;TCR=111;TR=200;WE=5566373;WS=5566355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	5566489	rs10769054	C	T	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=74;PP=2965;SC=ATACTGAGTGCTTTAGGCACA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=153;WE=5566497;WS=5566479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	5566789	rs12798586	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=0.906;SC=GTGATTAAGGATAGAGAAACT;SOR=1.027;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=29;WE=5566797;WS=5566779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr11	5566830	rs10838299	A	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=351;SC=AACTAATTATAATTATTGCCT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=5566838;WS=5566820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	5572816	rs401426	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr11	5572836	rs11360659	CT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr11	5572966	rs423501	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,52:0.27:192
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chr11	5573054	rs9666982	A	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,60:0.32:189
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chr11	5573133	rs62623383	G	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr11	5573160	rs401835	G	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=45;PP=1740;SC=GCAAAAGACAGCACAGAGGAT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=5573168;WS=5573150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr11	5602438	rs2341432	T	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=80;PP=2468;ReadPosRankSum=1.102;SC=GGTTATAGCCTCATTTCCTTT;SOR=0.991;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=145;WE=5602446;WS=5602428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,156:0.78:201
chr11	5602605	rs2341433	G	A	10600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.64;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,263:0.76:346
chr11	5602615	rs2341434	A	G	11010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.13;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,280:0.74:378
chr11	5602679	rs892336	T	C	8002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.263;SC=GCCAGATCAATATCATTGCAC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=214;TCR=216;TR=322;WE=5602687;WS=5602669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,337:0.75:450
chr11	5602790	rs2163946	A	G	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.679;SC=CCACAGGCCTAGACATCATGC;SOR=0.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=94;TCR=121;TR=163;WE=5602798;WS=5602780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,179:0.77:232
chr11	5602928	rs10838375	G	C	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=62;PP=2136;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ATGTCCCTGCGCTTTTTTCTG;SOR=0.861;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=120;WE=5602936;WS=5602918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,133:0.72:184
chr11	5602968	rs10769086	G	A	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=65;PP=1906;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TGGGAGAAGCGTCCCATGCTA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=127;WE=5602976;WS=5602958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,138:0.77:179
chr11	5603136	rs10838376	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=0.707;SC=TTAGTCTCAACCCTTTTCTAT;SOR=1.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=24;WE=5603144;WS=5603126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr11	5603163	rs10838377	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CAATTGTCCCGTATTTAGCCC;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=5603171;WS=5603153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr11	5617987	rs12272467	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GAGCAGAGTCGTGCGTGGTTG;SOR=0.078;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=20;WE=5617995;WS=5617977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr11	5618298	rs146384026	A	ATTTTAT	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=421;SC=GGTTAGAGACATTTTAATCAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=5618306;WS=5618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	5625603	rs7108470	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=338;SC=TTTTCATCCCATGTATATATA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=5625611;WS=5625594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	5625713	rs10769118	C	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1271;ReadPosRankSum=1.212;SC=TGTCTGGGTACTGAGTCAACT;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=83;WE=5625721;WS=5625703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,90:0.75:120
chr11	5625847	rs3751006	A	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=62;PP=1894;SC=GAGAGAAGAAAACATCCTGGA;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=5625855;WS=5625837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	5626625	rs202161716	T	C	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=42;PP=2138;ReadPosRankSum=1.606;SC=CTGCGAAATATCCTAGACAGA;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=126;WE=5626633;WS=5626615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,135:0.76:177
chr11	5629607	rs10769121	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr11	5631479	rs3740999	A	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,67:0.25:266
chr11	5631622	rs7125403	G	T	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=48;PP=2200;SC=AGAAGATGCGGTTTGTATTTA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=5631630;WS=5631612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	5632212	rs10769124	G	A	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2364;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCTGGATCCTGGGGGTATGCA;SOR=0.926;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=134;WE=5632220;WS=5632202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,139:0.68:203
chr11	5653417	rs4287358	AT	GA	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=472;SC=GCCAGTCTTTATTGTCTGTGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=5653426;WS=5653407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	5655150	rs7941976	T	A	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=63;PP=2395;SC=ATTCTGAAGGTTTTCTGAGAC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=138;WE=5655158;WS=5655140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	5655233	rs3824951	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=947;ReadPosRankSum=1.150;SC=GAGTCCTGAAGCCATTTGATT;SOR=1.200;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=56;WE=5655241;WS=5655223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,62:0.76:82
chr11	5655697	.	A	AAT	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=8;NR=1;PP=162;QD=20.0;SC=AGATAATACAAATATATATAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=5655705;WS=5655687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	5655722	rs368950284	TACAC	T	188.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.55;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	5655762	rs111673662	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
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chr11	5663575	rs12792498	T	C	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=121;SC=AAACCAGTGATGTGGGAGGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=5663583;WS=5663565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	5663920	rs66637086	CT	C	1836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=1551;SC=TCTGGTTTATCTTTTTAATTC;SOR=2.157;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=43;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	5664356	rs59472811	T	TATATATA	177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=88.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	5664831	rs3740998	C	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,51:0.23:222
chr11	5664974	rs7109861	T	C	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=182;PP=2965;SC=CCCTTTGTCTTGACTTATCTC;SOR=1.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=117;TCR=182;TR=299;WE=5664982;WS=5664964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	5687320	.	TA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.336;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.003;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	5691191	rs4309185	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=3;PP=325;SC=GGCAACAGAGCGAGACTTCAT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=5691199;WS=5691181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	5700340	rs3740995	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=53;PP=2376;SC=TGTCAGCTTCTAACTCTTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=127;WE=5700348;WS=5700330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	5701001	rs10838525	C	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=747;ReadPosRankSum=-2.095;SC=TTGGTACTCCCGGGCAACCTC;SOR=1.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=44;WE=5701009;WS=5700991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr11	5701074	rs11601507	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr11	5701409	rs3824949	G	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=422;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGAAGCCATAGTAGCTATTCC;SOR=0.661;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=36;WE=5701417;WS=5701399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,36:0.27:131
chr11	5717762	rs10838543	T	C	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=98;PP=2965;SC=GTGAGCACCATGGAAAAAAAC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=129;TCR=98;TR=227;WE=5717770;WS=5717752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	5718517	rs7935564	G	A	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=52;PP=1658;SC=GATAAAGGAGGATCAAGAGGC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=5718525;WS=5718507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	5719750	rs1063303	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,20:0.17:120
chr11	5719788	rs11038753	A	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=966;ReadPosRankSum=0.797;SC=AAGACTTGGGATGGAGCACCT;SOR=0.414;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=63;WE=5719796;WS=5719778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,71:0.88:81
chr11	5719848	rs7950912	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=479;SC=CTTCCCTTCCCAGTCTCTAGG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=5719856;WS=5719838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	5729580	rs2291845	T	C	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GAGGTTTTTTTAGGTTAGGAT;SOR=0.483;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=98;WE=5729588;WS=5729570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,99:0.69:143
chr11	5755605	rs1498552	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=615;SC=ATAGAGGATTAGAGGGCCTTT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=5755613;WS=5755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	5758062	rs7397032	T	C	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=CCTCCCTGAGTGCTTTGCTCA;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=217;WE=5758070;WS=5758052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	5758118	rs7396766	A	C	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CTGGTATCCTACTCTGCATGG;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=159;TCR=126;TR=283;WE=5758126;WS=5758108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
chr11	5758386	rs62621167	C	T	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=2159;ReadPosRankSum=0.308;SC=TCTGGCATGGCTTGGAATGGG;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=119;WE=5758394;WS=5758376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,121:0.73:166
chr11	5776287	rs7936512	C	T	9850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=168;PP=2965;SC=ATGTTCTTCACCCACACCTTC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=165;TCR=168;TR=333;WE=5776295;WS=5776277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	5776470	rs7394584	T	G	6490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.66;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr11	5776470	.	TCCTGCCCTA	GCCTGCCCTA,GCCTGCCCTC	2736	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=101,20;NR=98,20;PP=2736,491;QD=20;SC=CTCACCAAGCTCCTGCCCTAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=101;TCR=99;TR=199,40;WE=5776487;WS=5776460;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:200
chr11	5776479	rs75108386	A	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,53:0.25:214
chr11	5776595	rs12363178	T	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,38:0.18:209
chr11	5776623	rs7396938	A	T	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=85;PP=2965;SC=TGTATCACCAACTCCTATACC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=5776631;WS=5776613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	5777023	rs10742782	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=793;SC=TTTCTGGAAGCACTGTATTGA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=5777031;WS=5777013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr11	5799468	rs12360738	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,49:0.19:256
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chr11	5809308	rs7934670	A	T	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=82;PP=2965;SC=ATGGCACAGAAGTGGGCAGTG;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=181;WE=5809316;WS=5809298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr11	5841856	rs4758435	C	T	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.325;SC=TTGACTTTAACGCCTGCCTGG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=151;TCR=94;TR=186;WE=5841864;WS=5841846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,203:0.77:265
chr11	5842310	rs8181529	T	G	5288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.592;SC=TCACATGTGTTCCATTGTGAT;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=205;WE=5842318;WS=5842300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,212:0.75:281
chr11	5842356	rs8181512	A	G	6381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.578;SC=TTTTTCACTCATCGTTTTGTA;SOR=0.964;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=397;TCF=217;TCR=180;TR=280;WE=5842364;WS=5842346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,289:0.70:411
chr11	5862731	rs10838719	A	G	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.228;NF=69;NR=65;PP=2441;ReadPosRankSum=-1.072;SC=ATGGTGTACCAAAGAGGTTTG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=134;WE=5862739;WS=5862721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,136:0.77:177
chr11	5877909	rs12417880	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=514;ReadPosRankSum=0.195;SC=ATGTTATTGGCTGCAGCATTC;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=27;WE=5877917;WS=5877899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr11	5877979	rs12419602	T	A	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1231;ReadPosRankSum=0.082;SC=CTCCAACTGGTTAGTGATTGG;SOR=0.198;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=83;WE=5877987;WS=5877969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,88:0.75:117
chr11	5905412	rs17233457	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=599;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ATACCATTACCTCTAGCACAC;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=25;WE=5905420;WS=5905402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr11	5906048	rs4758168	G	A	3418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=2313;ReadPosRankSum=2.492;SC=GCATAACATCGTACCTCACAC;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=136;WE=5906056;WS=5906038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,142:0.65:217
chr11	5906073	rs4757986	G	T	3511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=2389;ReadPosRankSum=0.960;SC=TGTGAGCACAGGGGTCTGGCC;SOR=0.498;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=138;WE=5906081;WS=5906063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,144:0.68:211
chr11	5906143	rs11823809	T	C	5196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGATTTCTTATATTATTGTGG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=196;TCR=113;TR=206;WE=5906151;WS=5906133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,210:0.66:316
chr11	5906192	rs1453435	A	C	8382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=1.390;SC=GCTTATCCTTAGAGCTGTTTT;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=526;TCF=287;TCR=239;TR=361;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,370:0.68:544
chr11	5906203	rs11823828	T	G	9244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GAGCTGTTTTTCGCCTTCCCT;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=556;TCF=308;TCR=248;TR=392;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,400:0.70:573
chr11	5906291	rs11823842	T	C	8885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=0.080;SC=CACACCAGCATTTTTTTCTTT;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=484;TCF=236;TCR=248;TR=352;WE=5906299;WS=5906280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,368:0.73:507
chr11	5922222	rs10160336	T	C	7193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=121;PP=2965;SC=CCGGCACTGATCTGGGCTTGT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=127;TCR=122;TR=247;WE=5922230;WS=5922212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	5922707	rs7106300	C	T	7027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=113;PP=2965;SC=GATGCCCGGCCTAAGGCACTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=237;WE=5922715;WS=5922697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	5923297	rs4601752	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=37;PP=1271;SC=TTACATATCCAAAGCTGAAGT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=5923305;WS=5923287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	5968728	rs1840178	T	C	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=127;PP=2965;SC=ACCCTCCTGATGACCATCTGG;SOR=2.247;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=40;TCR=127;TR=167;WE=5968736;WS=5968718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	5969185	rs10769378	A	G	9076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.748;SC=ACCTTTACCAATTTGCTGGAG;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=471;TCF=255;TCR=216;TR=362;WE=5969193;WS=5969175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,369:0.77:479
chr11	5989415	rs7114672	C	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1440;ReadPosRankSum=0.765;SC=ATGATGAACACCTGAAGGAAG;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=84;WE=5989423;WS=5989405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,88:0.79:111
chr11	6007272	rs4237768	A	G	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=88;PP=2965;SC=AGGAGATACCATGTGGCCAGA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=184;WE=6007280;WS=6007262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	6007613	rs4354673	T	G	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=125;PP=2965;SC=GAAGATAAGTTTTCCCAACAA;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=166;TCR=126;TR=291;WE=6007621;WS=6007603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	6007680	rs4436524	A	G	8189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=145;PP=2965;SC=ATTCCGATGCACCCTATGACC;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=161;TCR=145;TR=306;WE=6007688;WS=6007670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	6007743	rs4436525	A	G	8791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=154;PP=2965;SC=GCTACATAGCAATCCAGAGCC;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=171;TCR=157;TR=325;WE=6007751;WS=6007733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr11	6007899	rs4501959	C	T	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.474;NF=85;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=2.350;SC=AGAACCAGGTCGATGGCAGCT;SOR=0.338;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=264;TCF=100;TCR=164;TR=215;WE=6007907;WS=6007889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,227:0.81:280
chr11	6023581	rs11040248	A	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,88:0.22:398
chr11	6023640	rs11040249	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,71:0.20:353
chr11	6023818	rs10839221	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,60:0.26:234
chr11	6048056	rs11040335	T	C	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1701;ReadPosRankSum=2.161;SC=TAGGGTTCAATGCAGGAGGAA;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=128;WE=6048064;WS=6048046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,138:0.71:195
chr11	6150738	rs325637	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGCTGAGAGCAGGCTTCCAGA;SOR=1.810;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=13;WE=6150746;WS=6150728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr11	6173346	rs11826453	G	T	4189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=76;PP=2789;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TCCCCAGATTGTCAGGGTCAT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=167;WE=6173354;WS=6173336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,177:0.75:235
chr11	6173364	rs325695	T	A	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=107;PP=2965;SC=CATTTTTCCATTTACCATAGA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=231;WE=6173372;WS=6173354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	6220376	rs325610	G	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1687;ReadPosRankSum=0.702;SC=GCCACTGTGAGACCCCCAAAA;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=87;TCR=31;TR=89;WE=6220384;WS=6220366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,92:0.75:122
chr11	6221169	rs10839531	A	G	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=62;PP=2402;ReadPosRankSum=1.080;SC=CGGGAGGCCCATGCCAAGGCC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=104;TCR=79;TR=144;WE=6221177;WS=6221159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,150:0.79:189
chr11	6221214	rs11040799	T	A	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TGTGTCATTCTGGCCTTCTAC;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=152;TCR=91;TR=182;WE=6221222;WS=6221204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,190:0.75:253
chr11	6231731	rs10769671	C	T	5107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.145;SC=CACATCAGCACCTGCTGATAC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=124;TCR=155;TR=207;WE=6231739;WS=6231721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,217:0.75:291
chr11	6232087	rs199951133	A	AG	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=0.323;SC=GGGAAAAGCTAGGGGGGGAAA;SOR=0.407;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=6232095;WS=6232077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr11	6232653	rs9659	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=276;ReadPosRankSum=1.658;SC=AGTCCTTTTGCCACTGCCTCC;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=15;WE=6232661;WS=6232643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	6239344	rs3750944	G	A	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=87;PP=2965;SC=GGGTACTGTCGTCACAGAAGA;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=166;WE=6239352;WS=6239334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	6240358	rs73392995	A	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.025;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=0.261;SC=CGGGAACCCCACCAGCCCCAA;SOR=1.718;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=11;WE=6240366;WS=6240348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	6243804	rs3750945	A	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1461;ReadPosRankSum=1.610;SC=AAAGTTCCAGATAGGCGGTAC;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=94;WE=6243812;WS=6243794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,104:0.66:157
chr11	6243843	rs3750946	C	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1270;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CAGAGGTCTGCACAAAAAGAA;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=76;WE=6243851;WS=6243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr11	6243982	rs325606	T	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GTTAGTCCTGTCACTGAGGTT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=59;WE=6243990;WS=6243972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,61:0.82:74
chr11	6245555	rs325608	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,38:0.20:191
chr11	6262715	rs7129498	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,50:0.29:170
chr11	6262909	rs61745230	G	A	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2501;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TACATCATCCGAGAGGGTCAA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=152;WE=6262917;WS=6262899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,163:0.75:218
chr11	6281108	rs2929180	T	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=588;ReadPosRankSum=-1.836;SC=TGGAGCCGCGTTGGGAGCCCG;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=38;WE=6281128;WS=6281098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr11	6281400	rs11040819	T	C	6971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.648;SC=CACACTACCTTCTCAAACGTC;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=418;TCF=155;TCR=263;TR=325;WE=6281408;WS=6281390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,303:0.77:393
chr11	6290756	rs3901667	A	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=270;SC=AAAGGATTCAAGTTCACCATT;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=6290764;WS=6290746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	6291120	rs1805002	G	A	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.874;SC=CTTTGGCACCGTCATCTGCAA;SOR=0.549;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=113;TCR=148;TR=208;WE=6291128;WS=6291110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,220:0.79:279
chr11	6292065	rs1800843	C	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,47:0.21:227
chr11	6292837	rs10839535	CG	GA	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1656;SC=TCCAGACATACGAAACACAAA;SOR=3.258;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=45;WE=6292846;WS=6292826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	6340525	rs12570	A	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1355;ReadPosRankSum=0.744;SC=GCTGGGCTTCAGCGCTCCGGC;SOR=0.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=73;WE=6340533;WS=6340515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,77:0.71:109
chr11	6340706	rs1051992	A	G	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=79;PP=2937;ReadPosRankSum=-2.074;SC=TTCGGCCTCCAGCTGCTCTGG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=155;TCR=116;TR=186;WE=6340714;WS=6340696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,202:0.69:291
chr11	6341684	rs2682123	C	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1425;SC=CACAGGCCCCCGCTCCAACGC;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=6341692;WS=6341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	6411740	.	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=668;ReadPosRankSum=0.458;SC=TCGGGTGTCCCCGGCGCCGCC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=35;WE=6411748;WS=6411730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr11	6411935	rs3838786	TGCTGGC	T,CGCTGGC	9024.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=51,31;NR=30,75;PP=2962,2987;SC=ATGGGCCTGGTGCTGGCGCTG;SOR=1.030;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=299;TCF=177;TCR=122;TR=81,106;WE=6411948;WS=6411925;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.67,0.33:265
chr11	6412931	rs7951904	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1373;ReadPosRankSum=2.119;SC=TGCACTGGGATCATGACTACC;SOR=0.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=82;WE=6412939;WS=6412921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr11	6413543	rs67992843	G	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=39;PP=976;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCTTTCTACTGTTTTGCCGCA;SOR=1.366;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=44;WE=6413551;WS=6413533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,45:0.85:53
chr11	6415392	rs11601088	C	T	4671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=GTTACCCTTGCTCCTTGCCCC;SOR=0.464;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=248;TCF=149;TCR=99;TR=182;WE=6415400;WS=6415382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,193:0.75:259
chr11	6416959	rs1800606	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.550;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,71:0.24:299
chr11	6417004	rs1799755	CTAG	C	11594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.879;NF=57;NR=118;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.805;SC=CACCACCCTACTAGTAGCTTA;SOR=0.827;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=245;TCF=75;TCR=170;TR=175;WE=6417014;WS=6416994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,288:0.78:370
chr11	6424856	rs2682093	C	T	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=2134;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GGCCCAAAATCAACAGGCCTG;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=139;WE=6424864;WS=6424846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,146:0.68:214
chr11	6549634	rs55919773	G	GGTGT,GGTGTGT	699.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=8,8;NR=4,4;PP=160,294;SC=GCAGCGAATGGGTGTGTGTGT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12,12;WE=6549642;WS=6549624;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.59:17
chr11	6549779	rs4633449	A	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=34;PP=1820;SC=GACTCAAAAGACGAATTTCTG;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=6549787;WS=6549769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	6549995	rs7480644	A	G	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	6550004	rs2344828	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	6550309	rs2344829	G	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=26;PP=765;SC=CACAAAAGGCGGGTTGCTGCT;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=6550317;WS=6550299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	6555244	rs180918289	G	T	5822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.276;SC=AGCATTGGCAGAGCTGGAAGG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=234;WE=6555252;WS=6555234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,245:0.74:331
chr11	6555365	rs7103810	A	G	7633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.466;SC=ACAGTCAGCGACCTCAGTGAA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=462;TCF=235;TCR=227;TR=317;WE=6555373;WS=6555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,335:0.70:480
chr11	6560141	rs11040914	A	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=766;SC=AACACCTTTCATCCCCAAGTT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=6560149;WS=6560131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	6567895	rs11270441	C	CTGCCCTACTGCA	6729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=36;PP=2957;SC=ATTGAGGAGGCTGCCCTACTG;SOR=0.737;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=54;WE=6567903;WS=6567885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	6569896	rs11606889	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr11	6585007	rs11040923	G	A	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=119;PP=2965;SC=AGGTATGGACGATGCAGCCCT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=114;TCR=119;TR=233;WE=6585015;WS=6584997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	6585502	rs7107072	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=9;PP=1526;SC=CCCTCTGCCATATCTCTGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=61;WE=6585510;WS=6585492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	6591157	rs10839585	A	G	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=16;PP=1632;SC=CTCAGGAGAGAGGTTTGAACT;SOR=2.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=70;WE=6591165;WS=6591147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	6622714	rs2288283	G	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=70;PP=2468;SC=ATCTTCTCTTGTTCTTTTGCC;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=128;WE=6622722;WS=6622704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	6622857	rs11826421	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=36;PP=1219;SC=ATGGGAAGGTGCACATGAGGC;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=6622865;WS=6622847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	6626049	rs55802517	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=664;ReadPosRankSum=-1.815;SC=TTTTAAAGCTGTATAGTGACA;SOR=1.188;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=37;WE=6626057;WS=6626039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr11	6626072	rs12272856	C	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=906;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ATGAGATTGTCCATTTTTCAG;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=53;WE=6626080;WS=6626062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr11	6629530	rs2048092	G	A	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.014;SC=AAGCATGTGTGCTCTTCCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=83;WE=6629538;WS=6629520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,88:0.75:118
chr11	6629665	rs1043388	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1257;ReadPosRankSum=0.420;SC=TGAATGAACACGGGAATGTGC;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=80;WE=6629673;WS=6629655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr11	6630028	rs11314683	TC	T	17045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=222;PP=2974;SC=GAGGTCCATCTCCCCCATCCC;SOR=0.901;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=333;TCF=99;TCR=234;TR=318;WE=6630036;WS=6630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr11	6630833	rs1043390	G	A	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=2007;ReadPosRankSum=0.853;SC=ACTGGATGCCGTATGGATCCC;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=116;WE=6630841;WS=6630823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,114:0.78:147
chr11	6631561	rs145787931	A	C	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1573;ReadPosRankSum=0.729;SC=GGTGATGGTGAAAATAACTGT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=89;WE=6631569;WS=6631551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,98:0.71:138
chr11	6632349	rs2555174	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=270;ReadPosRankSum=-1.199;SC=TCAGTTTCCCCAAAGGGGTGG;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=15;WE=6632357;WS=6632346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	6632857	rs1876300	A	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,25:0.16:152
chr11	6636106	rs1128396	T	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1504;ReadPosRankSum=1.481;SC=CATCAAAGAGTCCTGCCCCAT;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=84;WE=6636114;WS=6636096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr11	6637504	rs2072651	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=700;ReadPosRankSum=2.202;SC=CTCCCAGGCTGCAGAGGTGTA;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=33;WS=6637494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr11	6637518	rs7943955	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=1493;SC=AGGTGTAAGCATTGTCTAAGT;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=55;WE=6637526;WS=6637494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	6637739	.	ATT	A	88.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=17.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	6638506	rs1800738	A	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=587;ReadPosRankSum=1.490;SC=GTGTGCCCCAACCCCCATTCA;SOR=0.887;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=45;WE=6638514;WS=6638496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
chr11	6646108	rs10458926	T	C	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ACCTGAAGTGTGAGGAAAAGT;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=83;WE=6646116;WS=6646098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,90:0.69:131
chr11	6646999	rs200103093	A	AG	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.903;NF=2;NR=13;PP=478;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CATGGCAATAAGGGGGAACTC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=6647007;WS=6646989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr11	6647622	rs11827437	T	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1415;ReadPosRankSum=0.804;SC=CTGGGCGAGATAGAATGCATC;SOR=0.752;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=87;WE=6647630;WS=6647612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
chr11	6647931	rs34782445	C	T	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=76;PP=2671;ReadPosRankSum=-0.287;SC=ACTGTGAGCGCGAGACTGGGA;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=250;TCF=145;TCR=105;TR=174;WE=6647939;WS=6647921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,182:0.71:258
chr11	6647978	rs4442534	C	T	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.025;SC=AACCCCAGCCCATTTGGGAGT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=159;TCR=125;TR=208;WE=6647986;WS=6647968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,218:0.74:296
chr11	6648424	rs4758443	G	A	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=2271;ReadPosRankSum=-1.126;SC=ATCGCGCACCGTGATGGTGAC;SOR=0.448;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=125;WE=6648432;WS=6648414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,128:0.78:165
chr11	6648937	rs11040937	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=603;ReadPosRankSum=-0.771;SC=ATACATGTGTCGTGGGGATGG;SOR=0.454;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=41;WE=6648945;WS=6648927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr11	6651810	rs2659872	A	G	4451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CGCGTACCGTAAGCGCGCGCC;SOR=0.497;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=172;WE=6651818;WS=6651800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,183:0.76:242
chr11	6652618	rs2659871	C	T	8048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CCAGTGTTCCCGGAGGCACGC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=417;TCF=159;TCR=258;TR=318;WE=6652626;WS=6652608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,341:0.77:443
chr11	6652976	rs138559226	C	T	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=70;PP=2545;ReadPosRankSum=0.480;SC=CATCCTGCACCTGCACCAGGA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=153;WE=6652984;WS=6652966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,160:0.81:197
chr11	6653232	rs2659870	C	G	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=45;PP=2117;ReadPosRankSum=0.422;SC=TAAGGCTATGCGGTCTCAGGA;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=114;WE=6653240;WS=6653222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,118:0.78:151
chr11	6654613	rs11040938	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=0.220;SC=TTTGGGTCTGACACCAAGTGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=21;WE=6654621;WS=6654603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr11	6655332	rs2659869	T	A	9995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CAACCTGCCCTTGGTCTACTG;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=546;TCF=258;TCR=288;TR=416;WE=6655340;WS=6655322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,426:0.76:559
chr11	6655433	rs997263	G	A	5192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=1.066;SC=CATCACCGCTGTGGGCATCAA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=96;TCR=171;TR=206;WE=6655441;WS=6655423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,219:0.77:284
chr11	6703892	rs1567135	T	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr11	6735869	rs7937911	A	G	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=63;PP=2211;ReadPosRankSum=1.901;SC=CTTCAAGCACATCTTGCTTTG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=148;WE=6735877;WS=6735859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,153:0.74:207
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chr11	6738728	rs17262495	T	C	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.367;SC=ATGTTAGAGGTACATATGCTG;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=139;TCR=113;TR=180;WE=6738736;WS=6738718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,182:0.70:260
chr11	6739109	rs7112561	G	A	9737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=157;PP=2965;SC=AATGCTCTTGGAGAAACTGAA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=177;TCR=157;TR=334;WE=6739117;WS=6739099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	6739407	rs12284429	A	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=64;PP=2965;SC=TTCATCGATAAGAAATCCTTG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=143;WE=6739415;WS=6739397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr11	6739822	rs7102825	T	C	13541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	6740308	rs12223353	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,67:0.25:271
chr11	6789207	rs72914876	G	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,66:0.24:275
chr11	6789929	rs11828782	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-0.812;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr11	6790106	rs7102536	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,53:0.26:200
chr11	6806181	rs17264523	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.187;SC=ATGTCCTAAGAAGCCTCTGAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=4;WE=6806189;WS=6806171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr11	6806496	rs11041022	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.957;NF=23;NR=23;PP=502;ReadPosRankSum=0.220;SC=TCACATCTGTTGTCACTCCCA;SOR=0.488;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=46;WE=6806504;WS=6806486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,46:0.31:148
chr11	6806827	rs2659880	G	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,101:0.25:400
chr11	6807163	rs2659879	C	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.074;NF=25;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGAGGTCATGCGGGCCTTGAG;SOR=0.710;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=44;WE=6807171;WS=6807153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
chr11	6807243	rs497681	G	A	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=88;PP=2839;SC=CTAGCTTCCAGAATTCCTTCT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=161;WE=6807251;WS=6807233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	6815836	rs521312	T	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GTATTCCTAGTTCCATAGTGA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=14;WE=6815844;WS=6815826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr11	6816778	rs866347	A	G	10109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=184;PP=2965;SC=TGTGGAGGGTAGAATGGTTCC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=171;TCR=186;TR=355;WE=6816786;WS=6816768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	6866815	rs2741801	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=0.079;SC=TTGCCTCTATCCCTGACATTA;SOR=1.385;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=16;WE=6866823;WS=6866805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr11	6866834	rs2595439	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=370;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TAAGAGAAAATCTGAAAAACA;SOR=0.439;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=25;WE=6866842;WS=6866824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr11	6890901	rs4758140	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1245;ReadPosRankSum=0.108;SC=TCCAATCAATAATCTTTCTCC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=64;WE=6890909;WS=6890891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,66:0.76:87
chr11	6890939	rs4758141	C	T	6009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.97;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,147:0.78:188
chr11	6890946	rs4758142	A	G	6208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,156:0.79:197
chr11	6891113	rs3930075	A	G	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.825;NF=74;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.589;SC=CCCATGCTACACAGCCCCATG;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=94;TCR=144;TR=186;WE=6891123;WS=6891103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,191:0.79:242
chr11	6891385	rs2741764	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.946;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,146:0.25:589
chr11	6891528	rs7117739	C	G	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.125;NF=57;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.787;SC=ACACAGCACTCTTTGAGATCT;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=152;WE=6891536;WS=6891518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,151:0.77:196
chr11	6891605	rs10839631	A	G	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.179;NF=105;NR=58;PP=2695;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TCCTATACTCACATTGCTGCT;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=138;TCR=81;TR=163;WE=6891613;WS=6891595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,171:0.74:230
chr11	6891758	rs7926083	A	C	8212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.384;SC=CCTGAGGGCAAGAAGCTGCTA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=466;TCF=217;TCR=249;TR=346;WE=6891766;WS=6891748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,364:0.74:493
chr11	6891985	rs72923107	A	G	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=96;PP=2479;ReadPosRankSum=0.414;SC=CACATCTCCAATAAGATGAAG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=95;TCR=139;TR=161;WE=6891993;WS=6891975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,174:0.70:249
chr11	6898495	rs2595453	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,58:0.27:213
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chr11	6913243	rs1965207	T	C	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.091;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,171:0.77:222
chr11	6913243	.	TA	CG	2225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=77;NR=65;PP=2225;QD=16.0455484145;SC=GTAGCCTCAGTATGAAGGTGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=142;WE=6913252;WS=6913233;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:59,142:0.71:201
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chr11	6942628	rs11605995	A	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=4.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,52:0.22:233
chr11	6942952	rs2035844	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,44:0.21:212
chr11	6943254	rs1388535	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,35:0.25:141
chr11	6962957	rs2857891	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.187;SC=ATTTTTTGATCTTTGAACTTG;SOR=0.508;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=47;WE=6962979;WS=6962947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr11	6962971	rs10839663	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=516;ReadPosRankSum=1.075;SC=GAACTTGTGCCAAACATGGTT;SOR=0.613;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=12;WE=6962979;WS=6962947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr11	6965012	rs2515947	C	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=524;SC=AGACATTATTCGCTTTTGTTC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=6965020;WS=6965002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	6976988	rs2239731	A	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,48:0.16:304
chr11	6977175	rs2239730	G	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=856;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TGCTATACAAGTGGGAATTCC;SOR=1.189;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=48;WE=6977183;WS=6977165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr11	7022160	rs2857919	A	G	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=94;PP=2965;SC=CATGCTTTACAGATGGAGCAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=185;WE=7022168;WS=7022150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	7022360	rs2239734	A	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,92:0.25:369
chr11	7022531	rs1156525	A	T	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=76;PP=2722;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TAAGTTCCTGAGACTTTTGCT;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=151;WE=7022539;WS=7022521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,157:0.79:199
chr11	7022717	rs1156526	T	C	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=84;PP=2492;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GCCTTGCCAGTAGGAAAAATT;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=139;WE=7022725;WS=7022707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,144:0.77:187
chr11	7059960	rs12801277	A	C	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=41;PP=2139;SC=ACACCCTGGAATGAAGTGAAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=104;WE=7059968;WS=7059950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	7063755	rs7123944	C	T	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=41;PP=1841;SC=AACACTTGTTCGATGTGGATG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=104;WE=7063763;WS=7063745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	7065289	rs6578821	C	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=518;ReadPosRankSum=1.181;SC=AGGGAGGAGGCGTTTAGCTGA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=28;WE=7065297;WS=7065279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr11	7070866	rs1552727	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=1;PP=644;ReadPosRankSum=1.195;SC=GAGAGAAATGGTTTTGTAATA;SOR=1.725;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=30;WE=7070874;WS=7070856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr11	7071031	rs1552726	G	A	7927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=143;PP=2965;SC=CATTGTGTGAGGCCTTGAAAC;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=123;TCR=143;TR=266;WE=7071039;WS=7071021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	7079038	rs10839708	G	A	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2440;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GCTTTTGTGTGAGGCCTTAAG;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=102;TCR=106;TR=152;WE=7079046;WS=7079028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,165:0.75:221
chr11	7091772	rs10769763	C	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=570;ReadPosRankSum=0.399;SC=CCTCAGAATCCACCTAATTGT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=37;WE=7091780;WS=7091762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr11	7110363	rs4758158	G	A	6060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TGGTTGAAGCGGATCGCCCGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=179;TCR=130;TR=238;WE=7110371;WS=7110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,256:0.78:329
chr11	7110751	rs11041171	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=51;PP=1680;SC=CGGCGGCTACACGGCGGATTT;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=7110759;WS=7110741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	7260054	rs10839747	A	G	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=101;PP=2965;SC=TGAGACTTCAATTTGGGAAAG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=109;TCR=101;TR=210;WE=7260062;WS=7260044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	7324475	rs4412741	T	C	9706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=190;PP=2965;SC=ACTTCCTAGATCCTCCCACGC;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=145;TCR=191;TR=335;WE=7324483;WS=7324465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	7335424	rs2035639	C	G	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=72;PP=2965;SC=AGATTCTTAGCTAGCCCCTAA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=179;WE=7335432;WS=7335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	7439093	rs4757993	G	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=483;SC=AAGGAGTTCAGCATACCATAG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=7439101;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr11	7509566	rs12805648	A	T	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=90;PP=2691;ReadPosRankSum=1.048;SC=GAGTGCATCGAATCAGAGGAC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=163;WE=7509574;WS=7509556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,169:0.72:234
chr11	7509682	rs12803770	G	A	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2247;ReadPosRankSum=2.775;SC=CCCTTCTAGGGACTATTATGC;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=139;WE=7509690;WS=7509672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,149:0.77:194
chr11	7570840	.	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=11.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.336;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.334;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr11	7598952	rs6578880	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=358;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GTGTGTGTGCCTGTGTGTGGT;SOR=0.426;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=27;WE=7598960;WS=7598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr11	7614492	rs7115173	A	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=65;PP=1773;ReadPosRankSum=0.650;SC=TTATCCTGTTACCTCCTACTA;SOR=0.982;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=55;TCR=91;TR=102;WE=7614500;WS=7614482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,105:0.70:151
chr11	7614531	rs7129888	C	A	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GAAGGGAAGCCCAAGAGATTT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=65;WE=7614539;WS=7614521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr11	7619518	rs4758206	T	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=26;PP=785;SC=CTTAATATTATATTTTTCCCA;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=7619526;WS=7619508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	7642407	rs10839822	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=880;SC=GATGGTGCAGTAGACAGACTT;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=7642415;WS=7642397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	7649640	rs6578886	C	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=887;ReadPosRankSum=0.858;SC=TGTTTGGTCCCTGCTGGTCTC;SOR=0.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=65;WE=7649648;WS=7649630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,65:0.36:183
chr11	7660834	rs7120493	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=0.986;SC=ATAATCTTTGAGGGGTGTTCA;SOR=0.238;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=14;WE=7660842;WS=7660824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr11	7662732	rs4643071	C	T	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=78;PP=2965;SC=GTGGCTGGGACGACACTGCTG;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=195;WE=7662740;WS=7662722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	7663726	rs4402283	T	C	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1156;ReadPosRankSum=0.176;SC=CAAACCTGCATGGGTGAATCT;SOR=0.116;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=87;WE=7663734;WS=7663716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,94:0.84:112
chr11	7669775	rs4758007	G	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,52:0.22:233
chr11	7670249	rs4237757	A	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=49;PP=1632;SC=CCTTGTAAAAAGCAGAGGAAT;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=7670257;WS=7670239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	7670353	rs4758009	A	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=22;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GAATCCTGACACATCTGGGGT;SOR=0.902;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=82;WE=7670361;WS=7670343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,83:0.74:112
chr11	7670440	rs4758209	A	G	7808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=149;NR=133;PP=2965;SC=TAGAGTTGACAGACGAATGCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=149;TCR=134;TR=282;WE=7670448;WS=7670430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	7670752	rs11607941	T	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=4.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,87:0.26:336
chr11	7670943	rs10839831	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1304;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CTGAAACATCGAGCATGAGCA;SOR=0.567;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=66;WE=7670951;WS=7670933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,67:0.77:87
chr11	7672272	rs3923491	G	A	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=43;PP=1345;SC=TAAGGACAAGGCACAAAAGCT;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=7672293;WS=7672262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	7673015	rs5864	G	A	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=190;PP=2965;SC=CTGAACAGGAGAAGCGAGAGA;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=96;TCR=190;TR=286;WE=7673023;WS=7673005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	7673099	rs11041498	T	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.90;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr11	7673106	rs11041499	T	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr11	7686493	rs11758	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.099;NF=11;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=-1.377;SC=GTGTGTGCGCGAAGGTACATG;SOR=0.178;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=17;WE=7686501;WS=7686483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr11	7686584	rs1128627	A	T	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.361;NF=75;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=1.061;SC=GACATGCAAAATTGCTGAGCA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=134;WE=7686610;WS=7686574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,193:0.73:263
chr11	7686596	rs13172	G	A	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=92;PP=2962;SC=TGCTGAGCACGTGGAGGTGTT;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=119;TCR=93;TR=209;WE=7686610;WS=7686574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	7686602	rs16411	G	GTGTT	7672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.342;NF=17;NR=59;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GCACGTGGAGGTGTTAGTAGG;SOR=0.599;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=30;TCR=93;TR=76;WE=7686610;WS=7686574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,190:0.74:257
chr11	7686674	rs13854	T	C	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=75;PP=2762;SC=CCGTCTGGATTAGTGGTGGCG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=7686682;WS=7686664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	7686810	rs55826178	C	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5086;FS=2.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=552;ReadPosRankSum=0.411;SC=GCAAGCTGAGCGATGCCAGGT;SOR=0.148;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=25;WE=7686818;WS=7686800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr11	7686915	rs11041521	T	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.265;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=466;ReadPosRankSum=-1.352;SC=GTACTACTGCTCCCTGCAAAA;SOR=0.114;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=25;WE=7686923;WS=7686905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr11	7686959	rs11041522	A	G	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.012;SC=CTCTGCAGCAATCACCCCAGG;SOR=0.469;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=84;TCR=27;TR=86;WE=7686978;WS=7686949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,87:0.78:112
chr11	7686970	rs55635523	T	C	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TCACCCCAGGTCCCAGGCTCA;SOR=0.296;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=110;WE=7686978;WS=7686949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,111:0.77:145
chr11	7687669	rs12796110	A	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=13;PP=1203;SC=AGTGAGGGCAATGGATGTCGT;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=7687677;WS=7687659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	7687715	rs12801394	T	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=37;PP=1687;SC=TACCACAGGTTGAACTGGTCT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=7687723;WS=7687705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	7687863	rs62620008	C	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=1101;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CAGCATACTCCTGGCCAAAGC;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=65;WE=7687871;WS=7687853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,65:0.78:83
chr11	7687913	rs72851388	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=0.867;SC=CCAACTCCCACGGCAAACAAG;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=21;WE=7687921;WS=7687903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr11	7689633	rs10743030	A	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=978;SC=GTTGTCCCTTAGAGGATCAAA;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=7689641;WS=7689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	7690685	rs4631871	T	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1400;SC=CTCTGAATTGTTGTACGCAAT;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=7690693;WS=7690675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	7693853	rs144823333	G	GCACA,GCACACA	2435.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=19,19;NR=22,22;PP=1282,194;SC=CGCTATTCCAGCACACACACA;SOR=0.900;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=41,41;WE=7693861;WS=7693843;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.82:57
chr11	7710729	rs4505055	C	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=0;PP=1346;SC=CCAAGATCAACGTGTCAGCAG;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=34;WE=7710758;WS=7710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	7710742	rs4365041	A	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.81;SOR=4.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	7710742	.	ATGGCTCTG	TTGGCTCTA,TTGGCTCTG	729	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=31,42;NR=2,2;PP=729,231;QD=23.7111477231;SC=GTCAGCAGGGATGGCTCTGTC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=33,44;WE=7710758;WS=7710719;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:44
chr11	7710750	rs4277100	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr11	7710765	rs34126248	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=681;ReadPosRankSum=0.354;SC=AGGGCTGTGACGAGGAGTCTG;SOR=1.193;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=21;WE=7710785;WS=7710755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr11	7710777	rs34942314	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr11	7710877	rs4503519	C	T	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=89;PP=2418;ReadPosRankSum=0.757;SC=CATCATTACACGATATTCTCC;SOR=0.889;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=224;TCF=107;TCR=117;TR=162;WE=7710885;WS=7710867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,172:0.71:241
chr11	7711133	rs71474932	A	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,81:0.24:333
chr11	7711207	rs35699890	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,67:0.26:257
chr11	7712335	rs4429051	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=1.768;SC=TTCCTAGGAGGGATGGCTGAG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=11;WE=7712343;WS=7712325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr11	7712471	rs4509745	C	T	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2443;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GAACTGGGAACCAAAGAGTTG;SOR=0.469;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=155;WE=7712479;WS=7712461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,168:0.76:220
chr11	7712523	rs4633461	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,37:0.20:188
chr11	7712561	rs4519083	T	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr11	7712661	rs4520590	T	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=-1.105;SC=GGCATGACATTGTCAAGCACC;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=8;WE=7712669;WS=7712651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr11	7713009	rs12797952	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.587;SC=GATGGTGAGACCACAGGGAGG;SOR=1.356;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=7;WE=7713017;WS=7712999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr11	7713096	rs74054129	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr11	7713102	rs74054130	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,13:0.14:92
chr11	7713176	rs74054133	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr11	7716549	rs4287332	C	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=49;PP=1682;SC=CAAGAAAAGACGTAGTGCATG;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=7716557;WS=7716539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	7716855	rs4528317	T	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=43;PP=1567;SC=CCAGCTGCATTATCTGTGGCA;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=7716863;WS=7716845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	7717884	rs4075013	C	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.125;SC=ACTCCCAATTCTGAGTCTCAA;SOR=0.132;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=6;WE=7717892;WS=7717874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
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chr11	7723683	rs4373911	G	A	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=1.552;SC=AGACAATTCAGTATGATCCTC;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=124;TCR=81;TR=204;WE=7723691;WS=7723673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr11	7727706	rs12364824	T	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr11	7727886	rs7927138	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=900;ReadPosRankSum=1.955;SC=AGATTTACCTCGTTCAAAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=57;WE=7727894;WS=7727876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr11	7750622	rs4237761	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,42:0.19:217
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chr11	7794650	rs371799	G	C	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.392;SC=GGGAGGTACAGGTGGAGAAGG;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=160;TCR=118;TR=197;WE=7794658;WS=7794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,209:0.71:293
chr11	7794976	rs980145	T	A	5202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.273;SC=TGGGTGGAGTTCACCAGGGGT;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=150;TCR=139;TR=214;WE=7794984;WS=7794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,219:0.73:298
chr11	7817512	rs7931212	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr11	7817538	rs7949771	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr11	7817665	rs72484720	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.195;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,29:0.18:163
chr11	7817852	rs76615008	C	G	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-2.820;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,92:0.20:458
chr11	7817856	rs78460198	C	T	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-2.816;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,92:0.20:457
chr11	7817959	rs73406603	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,76:0.19:390
chr11	7818056	rs73406604	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,54:0.19:279
chr11	7818151	rs73406606	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,37:0.16:233
chr11	7818190	rs73406607	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,35:0.16:221
chr11	7818313	rs73406609	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.957;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,65:0.21:312
chr11	7818383	rs138967151	G	GATATGGTTACCAGGTAGATGC	1303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.308;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,43:0.16:270
chr11	7818518	rs73406611	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.482;QD=2.87;ReadPosRankSum=2.063;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr11	7847208	rs1482791	T	C	6644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.401;SC=CAAACGTCACTACAGAACAGA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=164;TCR=161;TR=267;WE=7847216;WS=7847198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,271:0.82:331
chr11	7847466	rs1482792	A	G	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.79;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	7847466	.	AGATAAC	GGATAAC,GGATAAT	1033	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43,27;NR=52,32;PP=294,1033;QD=3.46074960576;SC=TAGTATCCTCAGATAACCCCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95,59;WE=7847480;WS=7847456;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:95
chr11	7847472	rs1482793	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr11	7847523	rs1482794	T	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=722;ReadPosRankSum=2.619;SC=TCCCCATCTATATTGGGAATG;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=40;WE=7847531;WS=7847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr11	7870670	rs61759825	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
chr11	7870760	rs17221305	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,68:0.25:276
chr11	7871011	rs4758022	A	G	11125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=179;PP=2965;SC=ATGGCACACTATTTTTCATGT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=209;TCR=179;TR=388;WE=7871019;WS=7871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr11	7949350	rs4758258	A	G	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=122;PP=2965;SC=GTAGATAAGCAGATTCAGCAG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=230;WE=7949358;WS=7949340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	7949791	rs7933807	A	C	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=59;PP=2965;SC=TTTCATAAAAACTCCTTTATT;SOR=1.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=127;TCR=59;TR=186;WE=7949799;WS=7949781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	7949860	rs7928451	G	A	11070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=231;NR=175;PP=2965;SC=ATAAGCCATTGCTCCCAGAAG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=231;TCR=177;TR=406;WE=7949868;WS=7949850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr11	7960045	rs6578915	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=0;PP=1111;SC=AAAAAATGCAGTCTGTTTTCA;SOR=7.658;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=41;WE=7960053;WS=7960035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	7961146	rs9787855	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=1148;SC=CTGTGAGTTCAAGTCTGGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=7961154;WS=7961136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	8008771	rs72847449	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TATTTCAGTGCTCCGAGAAGT;SOR=0.265;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=21;WE=8008779;WS=8008761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr11	8009015	rs1043738	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=0.656;NF=4;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GCTCCGGTTCCCGCTGCGGCT;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=15;WE=8009023;WS=8009005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr11	8009420	rs12278319	G	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=432;SC=ACCTTTTGCTGTGACTTATCT;SOR=5.421;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=8009428;WS=8009410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	8014479	rs4758267	C	T	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=20;PP=2548;SC=TGCTGATCCACGAGTACTACA;SOR=2.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=92;TCR=20;TR=112;WE=8014487;WS=8014469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	8103104	rs11041733	G	T	10678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AGGTACGCGGGCGCCGGGCCG;SOR=0.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=187;TCR=218;TR=401;WE=8103112;WS=8103094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr11	8111540	rs2272382	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=1;PP=1039;SC=CAAGGTGGGCTGTGGACCCCC;SOR=5.186;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=8111548;WS=8111532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	8115762	rs7396690	C	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=73;PP=2248;SC=CTACAGCCCTCCCCAGCAGGC;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=112;WE=8115770;WS=8115752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	8117228	rs11041739	A	G	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=122;PP=2965;SC=CCCCATGGGGACCCAGTGATA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=251;WE=8117236;WS=8117218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	8118103	rs2242501	A	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=21;PP=1442;SC=GATATGGCTAAGAGTGTGTGC;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	8118116	rs2242502	A	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=27;PP=1697;SC=GTGTGTGCATAAGTTTGTGGG;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	8118185	rs10160258	C	G	6618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=69;PP=2965;SC=TCAGGGGCAGCGTAGACTTCT;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=152;WE=8118193;WS=8118175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	8118200	rs7931842	C	A	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=65;PP=2921;SC=ACTTCTCCTCCTTCATCCCTT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=8118208;WS=8118190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	8119063	rs7950355	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=35;PP=1073;SC=CATATCTACCACTGACCTCTC;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=8119071;WS=8119053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	8122234	rs7394561	G	A	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.248;NF=25;NR=43;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GCTGATGTGTGTATGTGGAGG;SOR=0.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=68;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr11	8122242	rs138755629	A	AG	2155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=1429;SC=GTGTATGTGGAGGGGTACCAT;SOR=1.263;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=35;WE=8122250;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	8148482	rs182366797	T	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=109;ReadPosRankSum=-0.332;SC=ATTCTAGGAATTGATCCTCCA;SOR=1.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=10;WE=8148490;WS=8148472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr11	8149683	.	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.426;SC=ACAACTGCTCGTGTGTCCCAC;SOR=1.082;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=78;WE=8149691;WS=8149673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,83:0.81:102
chr11	8149753	rs1528133	T	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=3.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,52:0.21:253
chr11	8174966	rs10743052	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.204;SC=CTCACTCTTAGTTTTCTGCAA;SOR=0.786;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=13;WE=8174974;WS=8174956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr11	8246326	rs34544683	G	A	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.129;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=67;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GTAAGGGGGGGGCTGCAGACA;SOR=1.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=95;WE=8246334;WS=8246316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,100:0.76:132
chr11	8248440	rs2290451	C	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr11	8248482	rs2290450	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=9.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr11	8251921	rs3750952	G	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=66;PP=1912;ReadPosRankSum=0.556;SC=AGTCACAGCAGGCACACTTGA;SOR=0.579;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=152;WE=8251929;WS=8251911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,163:0.70:234
chr11	8284838	rs204931	A	G	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=46;PP=2060;SC=GCGCCGCGGCAGGGGGCGAGG;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=8284846;WS=8284828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	8284981	rs176083	A	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=75;PP=2154;SC=CGCGCTTTGGAGGGGCGGCCG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=135;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	8284995	rs204929	T	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=69;PP=2406;SC=GCGGCCGGTCTTCGGGCAGCT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	8285124	rs2071458	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=551;SC=TTTGTGCCTCAGAATTGGAAG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=8285132;WS=8285114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	8289880	rs147803664	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr11	8434972	rs3833784	CA	C	2595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=19;PP=1657;SC=GACAGATTTGCAAAAAAAATG;SOR=2.560;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=71;WE=8434980;WS=8434962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	8435077	rs3751095	CA	TC	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.665;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,71:0.18:388
chr11	8483335	rs1900273	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr11	8486310	rs1446464	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=3.070;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
chr11	8496516	rs2289923	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AGAAAACCAGGCCAAAAAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=19;WE=8496524;WS=8496506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr11	8639325	rs4929924	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=420;ReadPosRankSum=0.401;SC=GATGTACTACGGCTCCCAAAT;SOR=0.068;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=28;WE=8639333;WS=8639315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr11	8641501	rs7946508	C	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=582;SC=AATTTTGTGACTCTAGAAAAA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=8641509;WS=8641491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	8641882	rs7943945	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=954;SC=GGCATAGGACGAAGAAATGTA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=8641890;WS=8641872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	8642218	rs7950166	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=0.119;SC=ACTGAGTCTCCGGCTTTGCCG;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=8642226;WS=8642208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr11	8644530	rs4929948	T	G	4232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=115;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GCCACACATCTGTCATACAGT;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=86;TCR=150;TR=182;WE=8644538;WS=8644520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,186:0.77:241
chr11	8644562	rs10533257	TCATA	T	3731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.571;NF=1;NR=73;PP=2967;ReadPosRankSum=1.189;SC=CTATAGTCATTCATACATAGT;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=1;TCR=106;TR=74;WE=8644573;WS=8644552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,92:0.77:120
chr11	8646237	rs12803166	G	T	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1568;ReadPosRankSum=1.380;SC=AGGAAGTTTGGATAGCATTTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=101;WE=8646245;WS=8646227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,109:0.69:158
chr11	8646670	rs7947230	T	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,42:0.21:201
chr11	8646763	rs7935453	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,21:0.23:92
chr11	8660117	rs34655699	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,18:0.19:97
chr11	8662090	rs11042022	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	8662516	rs11042023	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TGGGGAGCAGTGGGAGCAGCA;SOR=1.044;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=64;WE=8662524;WS=8662506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr11	8667343	rs61730185	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGCCCAGTTGATGAAATTCTG;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=102;WE=8667351;WS=8667333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,117:0.71:165
chr11	8669437	rs10840100	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=1;PP=766;ReadPosRankSum=1.107;SC=CAGGCACTACATCTGACGGCC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=36;WE=8669445;WS=8669427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr11	8669694	rs35319120	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=309;ReadPosRankSum=1.501;SC=GCATGCCAACCAAGCGGGAAT;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=27;WE=8669702;WS=8669684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr11	8670172	rs7950801	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=44;PP=1325;SC=GCTGCACAGCTCTCAGCCTTC;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=8670180;WS=8670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	8671547	rs10769938	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.364;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.945;SC=CCACCAGTTTGGAGTGTAACC;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=11;WE=8671555;WS=8671537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr11	8693405	rs11517718	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,44:0.21:209
chr11	8705480	rs7951084	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr11	8707083	rs2073686	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=482;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGGGGCAGTCGGTGCCCCCGT;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=44;WE=8707091;WS=8707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,47:0.30:157
chr11	8707233	rs6735	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr11	8717003	rs2270956	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,91:0.18:493
chr11	8720615	rs2270958	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=111;ReadPosRankSum=0.512;SC=CCAGGGTCAGCTAACAGGAAG;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=9;WE=8720623;WS=8720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
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chr11	8735662	rs931756	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,48:0.25:191
chr11	8736046	rs931757	C	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=693;SC=CTCCCTCCTACGTGGCCATTT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=8736054;WS=8736036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	8739902	rs117932843	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,30:0.18:164
chr11	8751640	rs3812762	G	C	7081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TGGGGTTCTTGTCAGCCTCGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=208;TCR=199;TR=307;WE=8751648;WS=8751630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,311:0.76:410
chr11	8751889	rs3794153	C	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,59:0.21:275
chr11	8788168	rs10743089	A	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr11	8788225	rs10734637	A	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr11	8797707	.	GCA	G	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=1910;ReadPosRankSum=0.655;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=20;WE=8797721;WS=8797697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,53:0.90:59
chr11	8797711	rs71463722	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=9.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=2.586;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr11	8797711	.	ACA	GCG	1194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=57.34;NF=18;NR=8;PP=1194;QD=47.9795336485;SC=GCGCGCGCACACACACACACA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=26;WE=8797721;WS=8797697;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr11	8797713	rs199956041	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=12.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-1.065;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.179;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr11	8933853	rs2742519	T	G	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=2;PP=1423;SC=TCTTTTAGAGTTGGAATTCTT;SOR=5.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=50;WE=8933861;WS=8933843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	8934101	rs2742518	A	G	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=141;PP=2965;SC=GTGAACCAAAACTATGCCCCA;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=71;TCR=141;TR=212;WE=8934109;WS=8934091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	8942999	rs2568023	G	A	7410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=152;PP=2965;SC=CCCCACTACTGCAGTTTGTGC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=105;TCR=152;TR=257;WE=8943007;WS=8942989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	8946950	rs3751068	G	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=976;SC=ACATGTGGGAGGGAAGGGAGG;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=8946958;WS=8946940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	8947021	rs2653588	A	G	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=55;PP=2965;SC=TGGCTTCCCAAGGCATGGCTC;SOR=1.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=116;TCR=55;TR=171;WE=8947029;WS=8947011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	8947283	rs3751066	G	C	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=91;PP=2965;SC=TGTGCTGTGGGCTCCAACTCT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=184;WE=8947291;WS=8947273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	8947586	rs11042127	C	G	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=56;PP=1662;ReadPosRankSum=1.204;SC=ACCGACTGGACCCCACCTAGG;SOR=1.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=103;WE=8947594;WS=8947576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,116:0.81:144
chr11	8948680	rs3751065	A	T	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=65;PP=2634;SC=CTGCGACAAGAGGAGCCTCGA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=137;WE=8948688;WS=8948670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	8951230	rs3763913	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=2.458;SC=CTATGACTTCCGGAAGGATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=8951238;WS=8951220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	8959511	rs4910179	T	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=52;PP=2464;SC=CACTGTAATTTCCCAGGATAA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=118;WE=8959519;WS=8959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	8959545	rs4909951	C	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=52;PP=2669;SC=AAAAGGCAGCCGTGGCAGCTC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=8959553;WS=8959535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	8970083	rs2653604	C	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=609;SC=CATAGACACACAACAGTGACC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=8970091;WS=8970073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	8977691	rs2742488	C	G	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=21;PP=1692;SC=GCAGAAAAGACGTAGACAGAC;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=77;WE=8977699;WS=8977681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	8977707	rs2568069	G	A	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=32;PP=2221;SC=CAGACAGACAGACAGGTAGAT;SOR=1.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=106;WE=8977715;WS=8977697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	8977830	rs2568068	A	G	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=85;PP=2535;ReadPosRankSum=-1.537;SC=TGGGCTCCACAACATGAAGGC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=157;WE=8977838;WS=8977820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,164:0.72:228
chr11	8983547	rs2163626	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=0.079;SC=AAATACTTAAAAAGAAAACTA;SOR=0.418;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=8983555;WS=8983537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	8985916	.	GGGCTCAGGCTCA	G	1640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.224;NF=2;NR=33;PP=2985;ReadPosRankSum=0.543;SC=CTCCCGGCTCGGGCTCAGGCT;SOR=2.018;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=35;WE=8985935;WS=8985906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr11	9005036	rs2568046	T	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=38;PP=1552;SC=CAGTTTTCTCTATCTGTCAAC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=9005044;WS=9005026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	9051385	rs7479998	C	A	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=32;PP=2214;SC=ACCCAGACACCTATCTTCTTA;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=115;WE=9051393;WS=9051375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	9052170	.	G	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=23;QD=11.5542425094;SC=CTGCTGGGGCGAGTGGAGCTG;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=5;WE=9052178;WS=9052160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr11	9052423	rs7395988	A	C	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=94;PP=2965;SC=GGGCACAGAGATGGCAAGGTG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=171;WE=9052431;WS=9052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	9072140	rs3751052	C	T	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=33;PP=2346;SC=ACACCAACCACCTGATTCCAT;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=116;WE=9072148;WS=9072130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	9081926	rs7112378	C	T	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=14;PP=959;SC=TAACAGGGCACCCAGTCTCCC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=9081934;WS=9081916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	9096189	rs7930311	G	C	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=136;PP=2965;SC=ATTAGCCTTTGCTTTGGTGAC;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=72;TCR=136;TR=208;WE=9096197;WS=9096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	9112019	.	T	TA	403.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	9112020	.	T	A	304	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=12;PP=304;QD=26.0593240421;SC=GAGATTTTTTTTTTATTTATT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=9112028;WS=9112010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	9112020	.	T	TTTATTTATTTA	403.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	9113008	rs142900716	GGCA	G	1535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.082;NF=5;NR=22;PP=1212;ReadPosRankSum=1.613;SC=CAGCAGTGGCGGCAGCAGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=27;WE=9113018;WS=9112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr11	9167399	rs10732517	T	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=55;PP=1939;SC=TGAGGAGAATTAGGAATCTTT;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=92;WE=9167407;WS=9167389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	9171536	rs73416057	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=-2.217;SC=AGCAGCAATGTCACACTGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=9171544;WS=9171526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr11	9171775	rs7123970	A	G	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=2029;ReadPosRankSum=0.029;SC=AGAATGTAAAAAGGAAGTGGA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=131;WE=9171783;WS=9171765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,137:0.78:176
chr11	9172432	rs10769995	A	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=117;SC=GTAACACTTTAATTGATTGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=9172440;WS=9172422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	9192336	rs10550560	TAC	T	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=894;ReadPosRankSum=0.281;SC=TGGATGAGAATACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=23;WE=9192347;WS=9192326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr11	9198276	rs7394878	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GAGAAGGAAATGTATCTGCTA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=59;WE=9198284;WS=9198266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr11	9198409	rs149740044	T	G	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CTTTCACAGCTTCCCATGCAC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=285;TCF=130;TCR=155;TR=208;WE=9198417;WS=9198399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,219:0.72:306
chr11	9199650	rs60693427	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1468;ReadPosRankSum=0.209;SC=TCCAAGAGGCCTGAATGTACA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=92;WE=9199658;WS=9199640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,98:0.71:138
chr11	9228785	rs7396439	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=640;ReadPosRankSum=3.174;SC=ATGAAAAGATGTAAGAACATT;SOR=0.397;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=47;WE=9228793;WS=9228775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr11	9309405	rs5014247	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=57;PP=1615;SC=TCTTACTCACATTGATTTATT;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=9309413;WS=9309395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	9310101	rs201146323	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	9310169	rs10770007	C	A	31.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr11	9316937	rs4601780	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=18;PP=562;SC=TTTCTTCTCTGAAGAAATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=9316945;WS=9316927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	9321399	rs10743101	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=68;SC=GGGCACAGTGACTCACGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=9321407;WS=9321389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	9336071	rs4325312	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,49:0.24:207
chr11	9406349	rs4606477	T	C	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=99;PP=2965;SC=TGCGGGGCACTATGGACCCAG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=203;WE=9406357;WS=9406339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	9446618	rs76877362	G	A	332.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TGTTAGTCATGTGAGTCATTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=9446626;WS=9446608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	9537904	rs10743108	G	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=49;PP=1715;SC=TACAGAAGGGGAACAGGTAAT;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=9537912;WS=9537894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	9595732	rs11042428	C	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr11	9607032	rs10770042	A	G	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=139;PP=2965;SC=CACAAGTTGAAGAGGGCGATA;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=115;TCR=139;TR=254;WE=9607040;WS=9607022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	9724837	rs2572940	C	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=27;PP=1672;ReadPosRankSum=1.113;SC=AATAACATTCCGTTACGGATA;SOR=1.226;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=87;TCR=39;TR=93;WE=9724845;WS=9724827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,93:0.73:128
chr11	9725030	rs2572939	T	A	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.237;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=61;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TGCAGCGAATTTTTGTTGATC;SOR=1.389;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=98;WE=9725038;WS=9725020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,103:0.74:140
chr11	9734945	rs1390679	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=331;SC=TTGTCTTTCTATTTTACTTGC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=9734953;WS=9734935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	9735192	rs1496477	G	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-1.113;SC=AAGAGGTAAGGTGTGGCTTGG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=15;WE=9735200;WS=9735182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr11	9746137	rs419412	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=143;SC=AGTGTTTATAACATAAATACA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=9746145;WS=9746127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9746201	rs1695613	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=2;PP=1023;SC=CATTCTTTATGTAGATTGAAT;SOR=4.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=43;WE=9746209;WS=9746191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	9746552	rs1960386	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=359;SC=TCGTTTTTTTATTTTTTGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=9746560;WS=9746542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	9748483	rs2453831	T	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=54;PP=2159;SC=CTTCAGAATATTGAGAGGTCA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=9748491;WS=9748473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	9748620	rs2453832	G	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	9748624	rs2454612	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.51;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	9749552	rs67364105	CT	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=511;SC=GATGTCAGCTCTTACAAATAA;SOR=2.833;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	9749554	rs56116109	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=304;SC=TGTCAGCTCTTACAAATAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	9749645	rs397686	A	C	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=23;PP=1195;SC=CTGGACTGAAAGATGGTTTGT;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=9749653;WS=9749635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	9749894	rs413976	T	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCAGTTGCCATGGTTTCTGAA;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=9749902;WS=9749884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	9751089	rs12360647	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=547;SC=TCTGTTGCCCGGGCTGTAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=9751097;WS=9751079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	9754221	rs360157	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=844;SC=AGGCCGCCAACGAAAGCAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=9754229;WS=9754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	9759608	rs93139	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=501;SC=TAGACTGGAATTCTAATGGAG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=9759616;WS=9759598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	9759713	rs93138	T	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.96;NF=81;NR=49;PP=2260;SC=TTAATGTACTTCTACTCTAAC;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=9759721;WS=9759703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	9759918	rs173396	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=675;SC=AGCCTGGGTCGGTGGGAACAG;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=9759926;WS=9759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	9769562	rs415895	C	G	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=78;PP=2893;SC=GCAGCTGGAGCAGCTTGAGTT;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=155;WE=9769570;WS=9769552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	9771687	rs6483656	G	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=208;SC=GAGTTCAAGAGCAGCCTGGCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=9771695;WS=9771677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	9801925	rs3751000	T	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5220;FS=4.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=557;ReadPosRankSum=1.266;SC=TCTGGCAGCATGAGTTCTTCT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=23;WE=9801933;WS=9801915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr11	9802228	rs360124	G	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=848;SC=CTTTACTTTTGTGGTCTCTAG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=9802236;WS=9802218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	9802952	rs3763862	A	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TCTGTCATCCATCTGTAGTCA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=4;WE=9802960;WS=9802942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr11	9806914	rs71453928	T	TACTG	2451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.904;NF=0;NR=29;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.327;SC=ACACTTAAACTACTGACTGGA;SOR=0.704;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=29;WE=9806922;WS=9806904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr11	9811039	rs11042496	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=252;ReadPosRankSum=1.516;SC=AAAAATCATACATCAAGATAA;SOR=0.842;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=20;WE=9811047;WS=9811029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr11	9812236	rs2645029	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=23;PP=662;SC=AGTTCCTGTAGATTAAAAAAA;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=9812244;WS=9812226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	9830595	rs11042500	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,46:0.27:169
chr11	9830732	rs10770066	A	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=694;SC=GACACTTTTGACTGGATGCAA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=9830740;WS=9830722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	9833988	rs4910065	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr11	9861009	rs7483882	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=15;PP=1762;SC=AAGAAAGGAAGGAAGACCTCT;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=73;WE=9861017;WS=9860999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	9875353	rs375686	G	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=730;SC=AGAAACATGAGCAAAGTGATG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=9875361;WS=9875343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr11	9983446	rs61876983	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr11	9983738	rs7117364	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=205;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AAATTCAAACGCATCCTATAA;SOR=0.255;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=23;WE=9983746;WS=9983728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr11	9983810	rs35824679	A	AC	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=1.691;SC=TATTATTAAGACAATTATAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=9983818;WS=9983800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	10022585	rs7128234	A	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=1.337;SC=AATAATAAAAATATGCGTCAA;SOR=0.439;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=17;WE=10022593;WS=10022575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	10024311	rs10500716	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr11	10315464	.	T	TCCCCGACGCCCGG	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.294;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr11	10315477	rs188768372	T	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=2.395;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr11	10472492	rs35417007	GC	G	2992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=23;PP=1934;SC=TGGCCTCAGTGCCCAGCAGCC;SOR=1.233;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=47;WE=10472500;WS=10472482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	10508938	rs3802917	T	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=51;PP=1115;ReadPosRankSum=1.902;SC=TGTTCACAGCTGCCTCACCCG;SOR=0.955;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=73;WE=10508946;WS=10508928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,75:0.81:93
chr11	10518289	rs1466426	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=7;PP=1383;SC=AGGAAGTGACTGGGGCTGGTC;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=57;WE=10518297;WS=10518279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	10518518	rs72857486	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,55:0.30:182
chr11	10518521	rs2071016	C	T	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=111;PP=1931;SC=GGGCTCATAGCGGCAGAGGCA;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=47;TCR=111;TR=158;WE=10518538;WS=10518508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	10521850	rs3741039	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=366;ReadPosRankSum=0.228;SC=GTACATGCACGCATGCACACA;SOR=0.998;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=28;WE=10521858;WS=10521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr11	10553675	rs4910155	C	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=213;SC=GGCAAAACTTCATACAATAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10553683;WS=10553665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	10555586	rs72859181	C	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,65:0.26:250
chr11	10581357	rs116575936	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=2.539;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,38:0.15:247
chr11	10614913	rs72862310	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	10614988	rs55676441	GA	TT	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr11	10631247	rs3741042	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.914;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,28:0.21:134
chr11	10645566	rs72862390	A	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=0.842;SC=GAGAAGCACCAGGAAATAGTT;SOR=0.097;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=12;WE=10645574;WS=10645556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr11	10647702	rs2241489	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=6.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,41:0.22:184
chr11	10649161	rs1425152	C	A	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=64;PP=2965;SC=CATACGTGTGCATGCACACAC;SOR=1.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=131;TCR=64;TR=195;WE=10649169;WS=10649151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	10650329	rs2278125	C	T	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=135;NR=82;PP=2965;SC=GTGAGTTGCTCCGAGAGGATG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=217;WE=10650337;WS=10650319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	10653729	rs3741032	C	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.24;QD=22.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	10655609	rs2162044	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ACTCCTGCGGCAGGAGGACCC;SOR=0.994;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=67;WE=10655617;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr11	10673739	rs4909945	T	C	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=93;PP=2638;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCTGGGGAGATGCCAAAAGGA;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=153;TCR=133;TR=199;WE=10673747;WS=10673729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,208:0.68:305
chr11	10709194	rs1035694	C	T	435.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CTTCACCAGACACAGATGCCC;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=17;WE=10709202;WS=10709184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr11	10711918	.	TA	T	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr11	10715124	rs10770136	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=768;ReadPosRankSum=2.370;SC=GGCCAGCCTCTCTTCACTCTG;SOR=0.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=44;WE=10715132;WS=10715114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr11	10773049	rs2279697	G	A	4065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=88;PP=2446;ReadPosRankSum=0.528;SC=GAACTTGTACGATCGCCCCCA;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=99;TCR=106;TR=167;WE=10773057;WS=10773039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,182:0.80:227
chr11	10786023	rs3830388	A	AAGTTG	2423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=1652;ReadPosRankSum=0.208;SC=ATACTGAATCAAGTTGCATGC;SOR=0.142;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=31;WE=10786031;WS=10786013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr11	10786142	rs3736326	C	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.628;NF=50;NR=39;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AAGCGGAACACGATGAGCATT;SOR=0.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=89;WE=10786150;WS=10786132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,99:0.73:136
chr11	10786175	rs7118399	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr11	10797276	rs72259410	CTTTCTT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATATACTTTTCTTTCTTTTTC;SOR=3.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=10797289;WS=10797266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	10821055	rs3736327	C	T	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=41;PP=1812;SC=GCTTCTTTTCCAGTACATGAA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=93;WE=10821063;WS=10821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	10822202	rs4910190	G	A	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=53;PP=2646;SC=TTCCTGTGAAGAACACAAGTA;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=124;WE=10822210;WS=10822192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	10822350	rs7951708	C	T	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=101;PP=2965;SC=CCTGGATAAGCGGTGGATTAG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=211;WE=10822358;WS=10822340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	10823079	rs10840492	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=814;SC=AAAAGAAGTATAGAAAAGAGA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=10823087;WS=10823069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	10823576	.	C	CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCATAATTTAACATTTGTTGCCTAA	2306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.24;QD=768.91;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	10823815	rs7105210	C	T	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=74;PP=2925;SC=TTCAGCTTAACGCAACCATTG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=153;WE=10823823;WS=10823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	10824540	rs10743150	G	A	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=111;SC=TACACACACAGAGTCTATGTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10824548;WS=10824530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	10824731	rs2270620	C	T	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=51;PP=2645;SC=CTCAGCTTACCAACAAATTTA;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=93;TCR=51;TR=143;WE=10824739;WS=10824721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	10826341	rs2242360	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=547;SC=TCAAAAATACATACCTATCTA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=10826349;WS=10826331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	10827418	rs11042964	T	C	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=74;PP=2965;SC=TAATCCACACTTCCCATCTTT;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=131;TCR=74;TR=205;WE=10827426;WS=10827408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	10828361	rs10743151	C	A	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=53;PP=2126;SC=TACATGTTTACCACACCTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=127;WE=10828369;WS=10828351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	10828490	rs11373962	T	TA	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.31;NF=0;NR=29;PP=1196;SC=TCAAAAAGAATAAGCATCTAT;SOR=4.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=29;WE=10828498;WS=10828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	10830106	rs7127279	A	G	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=85;PP=2520;SC=CTTTCCAGGTATCTGAAGCGC;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=134;WE=10830114;WS=10830096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	11292700	rs10831567	G	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr11	11292945	rs35408328	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=73;ReadPosRankSum=0.249;SC=CTGTGTGGCCAGATCCCAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=10;WE=11292953;WS=11292935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr11	11314538	rs10437598	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,29:0.25:115
chr11	11354393	rs901554	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=935;SC=ACAGGGACGCAGAAGCAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=11354401;WS=11354383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	11373508	rs7948121	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=3;PP=1870;SC=TGAGCGCCAGTGGCAGCTGGA;SOR=7.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=69;TCR=3;TR=71;WE=11373516;WS=11373498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	11373587	rs7945066	A	G	9997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=212;NR=153;PP=2965;SC=GGGGTGAAGGAGTTGGCACTG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=212;TCR=155;TR=365;WE=11373595;WS=11373577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr11	11373635	rs1056963	C	T	13035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=238;PP=2965;SC=TGCTGACGGGCGTACTGCCCC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=476;TCF=236;TCR=240;TR=473;WE=11373643;WS=11373625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr11	11373808	rs1056951	T	G	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.668;NF=141;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=2.777;SC=TGATTTTCACTGTGGACAAAG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=143;TCR=119;TR=259;WE=11373816;WS=11373798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr11	11373925	rs4243927	A	C	13686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=253;NR=232;PP=2965;SC=GTCCCCAGAAACTTGGCTATC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=486;TCF=254;TCR=232;TR=485;WE=11373933;WS=11373915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr11	11373960	rs2071461	C	T	13702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=236;NR=258;PP=2965;SC=ATAATTGTCACGTCCATGGAA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=494;TCF=236;TCR=258;TR=494;WE=11373968;WS=11373950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr11	11374016	rs2896586	T	A	8505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=188;PP=2965;SC=TACAACCCAATCTCCACATAT;SOR=1.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=117;TCR=188;TR=305;WE=11374024;WS=11374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	11374269	rs2071460	A	G	9616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=151;PP=2965;SC=GTAAAATCGAATATCATAGTC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=183;TCR=151;TR=333;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr11	11374283	rs2896585	T	G	9717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=148;PP=2965;SC=CATAGTCTGTTAACGTCTGGT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=184;TCR=148;TR=332;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr11	11398698	rs10444245	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=185;SC=AGGTCAAAGCGGAGAGACCCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=11398706;WS=11398688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	11905993	rs10765894	C	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=21;PP=1576;SC=TAATCTGAAACATTATGTTTT;SOR=2.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=82;WE=11906001;WS=11905983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	11913585	rs11022079	G	T	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=GAAGGTTCTGGGGGTTCTACC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=102;TCR=110;TR=212;WE=11913593;WS=11913575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	11954786	rs10741562	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=0.814;SC=TCATTGAACAGTGTAACCAAC;SOR=1.863;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=5;WE=11954794;WS=11954776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	11972054	rs11022090	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr11	11976628	rs7933089	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=5.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,40:0.24:165
chr11	11986061	rs3206824	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,51:0.24:210
chr11	11989899	rs2291599	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=6.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,43:0.29:149
chr11	12115630	rs7104830	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=618;SC=AATGCTCAAACGGGGATGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=12115638;WS=12115620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	12225946	rs3763823	T	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=2.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,81:0.23:352
chr11	12229489	rs72866069	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr11	12241626	rs7101833	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCTGGTTTTTATATGTCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=12;WE=12241634;WS=12241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	12244468	rs10831769	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.703;SC=TTTCTAGCCCGCAGGACAGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=12244476;WS=12244458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	12257832	rs377121351	C	T	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=91;PP=2449;ReadPosRankSum=0.485;SC=AGGCTCGTTTCCTGACAACCA;SOR=0.721;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=66;TCR=126;TR=141;WE=12257840;WS=12257822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,148:0.75:198
chr11	12262476	rs2641936	C	A	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=54;PP=2965;SC=GCACTTGCAACCTTCGTCTCC;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=130;TCR=54;TR=184;WE=12262484;WS=12262466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	12264140	rs880963	A	C	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=31;PP=2566;SC=TGCCTCCCTCACCCACTTCTT;SOR=1.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=85;TCR=31;TR=115;WE=12264148;WS=12264130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	12313887	rs1874043	C	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=65;PP=1856;SC=AGGAAGCTAACCTACCTGTAC;SOR=4.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=70;WE=12313895;WS=12313877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	12315407	rs10741579	G	C	9650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=174;PP=2965;SC=GCTGGACAGGGCAAGAGCTAT;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=152;TCR=175;TR=326;WE=12315415;WS=12315397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr11	12315716	rs1493951	C	T	7577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=131;PP=2965;SC=AGAGAGGGGCCCAGGAGAAGA;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=138;TCR=131;TR=268;WE=12315724;WS=12315692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	12315891	rs1493953	G	A	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=99;PP=2965;SC=AACTTTGCCCGCACAGGCCTG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=205;WE=12315899;WS=12315881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	12316386	.	CCTA	C	247	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=59.38;NF=0;NR=7;PP=247;QD=35.8571428571;SC=TCCTCCTCCTCCTACAGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=7;WE=12316397;WS=12316376;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,7:0.27:26
chr11	12316389	rs3812754	A	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.46;NF=4;NR=17;PP=802;SC=TCCTCCTCCTACAGCGGGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=21;WE=12316397;WS=12316376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	12345459	rs903213	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=387;SC=AAGCCTATAACGATATTTTGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=12345467;WS=12345449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	12379792	rs10741583	G	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=27;PP=1890;SC=CAAGAACTCTGCCGGGGCCCA;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=12379800;WS=12379782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	12379949	rs34898047	C	T	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=1979;ReadPosRankSum=-1.111;SC=AGAGGAACAACGCATCAGAGA;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=133;WE=12379957;WS=12379939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,134:0.77:175
chr11	12495607	rs2288291	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCTGTGCAGGTACCCCACGAG;SOR=0.250;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=16;WE=12495615;WS=12495597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr11	12495623	rs7109678	G	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=27;PP=832;SC=ACGAGCCCCTGAGAGAAGGTA;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=12495631;WS=12495613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	12517935	rs11406960	G	GT	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=825;ReadPosRankSum=0.406;SC=GAATAACTGAGTAAGTGCATG;SOR=2.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=21;WE=12517943;WS=12517925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr11	12518237	rs12223547	G	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr11	12532912	rs12283539	A	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=624;SC=CAATGGAAGGAGGCTTTTTGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=12532920;WS=12532902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	12534707	rs2243707	G	A	11879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=220;NR=196;PP=2965;SC=CAGAGTTCCCGGCACAGTCTA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=222;TCR=197;TR=416;WE=12534715;WS=12534697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	12534808	rs2403631	A	G	11403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCCAGGGATCAGCTCTTGTGC;SOR=0.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=215;TCR=193;TR=406;WE=12534816;WS=12534798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,423:1.00:424
chr11	12535209	rs2288293	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=57;PP=1641;SC=GCACCTGTGCCGAAGAAGGGA;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=59;WE=12535217;WS=12535199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	12535415	rs11022380	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=126;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=703;SC=TCCTGGGCCCAGGGCTCTTGG;SOR=3.841;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=12535423;WS=12535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	12535485	rs56043920	CACAGGCTCCTGCACTA	C	5867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=32;PP=2965;SC=ACGGAGCAGCCACAGGCTCCT;SOR=2.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=73;WE=12535508;WS=12535475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	12900347	rs10543484	CAT	C	274.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.548;NF=17;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=1.045;SC=TATATATACACATATATATAT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=17;WE=12900365;WS=12900337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr11	12903443	rs2304733	C	T	8698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=133;PP=2965;SC=CTGTTCCCAGCGTCAAGCCTT;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=174;TCR=133;TR=307;WE=12903451;WS=12903433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	12903565	rs2304734	G	A	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=119;PP=2965;SC=AGCTGGGTCTGGCACTTTGTT;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=63;TCR=119;TR=182;WE=12903573;WS=12903555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	12951623	rs2245140	A	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=0;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AAGATGATTCATGTTGAAAAA;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=38;WE=12951631;WS=12951613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr11	12951926	rs2727360	A	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1485;SC=GAGGCTTGACAGAAGTGAGGA;SOR=1.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=12951934;WS=12951916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	12952015	rs2727361	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=459;SC=GGTCAGTCAGCAGTTGAATTT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=12952023;WS=12952005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	13032686	.	T	TC	61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.6;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=52.05;NF=1;NR=0;PP=61;QD=88.0;SC=AACAGGGGGATTCTTTTTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=13032694;WS=13032676;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr11	13398129	rs10741617	T	A	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=124;PP=2965;SC=CCAAGTTGAATGGTGCACAGT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=160;TCR=125;TR=283;WE=13398137;WS=13398119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	13399791	rs10832030	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=335;SC=TGAACTGCAAATGGATCATGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=13399799;WS=13399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	13410371	rs17452383	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=42;PP=2167;SC=TTCAAGGAAGATCAGCATCAC;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=115;WE=13410379;WS=13410361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	13410690	rs3833472	TGAAA	T	5318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=46;PP=2980;SC=TAGGATAACCTGAAAGAAAGA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=66;WE=13410701;WS=13410680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	13461457	rs72857043	C	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=13;PP=1443;SC=CCAAGGTAGACACACAAAAAC;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=65;WE=13461465;WS=13461447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	13514417	rs694	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=318;SC=ACTAAAAGGACAAGCAAAATG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=13514425;WS=13514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	13716530	rs7130943	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=830;SC=CACTCAGAACAAAGAAAAAAG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=13716538;WS=13716520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	13729639	rs183124096	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.702;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr11	13729639	.	GA	AT	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=68;QD=40.4892916207;SC=ATGTTTGTTTGAAATTTATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=3;WE=13729648;WS=13729629;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,3:0.19:16
chr11	13729640	rs187817189	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.829;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr11	13733401	rs7934570	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=0.731;SC=CATTTTTCTGCTTTTTGTATA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=13733409;WS=13733391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr11	13744935	rs12421421	A	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr11	13744958	rs12420123	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.253;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr11	13984583	rs3761859	C	T	7041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AGGGCTACTGCAGCCGTATCC;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=453;TCF=216;TCR=237;TR=309;WE=13984591;WS=13984573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,318:0.68:465
chr11	13984720	rs10741631	A	C	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=88;PP=2463;SC=GCATTAGGAGAGCGGGACCCG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=151;WE=13984728;WS=13984710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	14101493	rs5789820	G	GC	10127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=94;PP=2971;SC=AGACTGCTGTGCTGCGGAACT;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=143;WE=14101501;WS=14101483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	14246336	rs2163463	G	A	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=81;PP=2400;ReadPosRankSum=0.854;SC=GGGCCAAAGGGTGAGCCCTTG;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=124;WE=14246344;WS=14246326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr11	14264916	rs2303973	A	G	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=49;PP=2288;ReadPosRankSum=-2.084;SC=CCAAAGCCCAATGGCCAGCCT;SOR=0.485;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=125;WE=14264924;WS=14264906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,132:0.82:161
chr11	14264979	rs2303974	C	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=2.136;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,44:0.19:230
chr11	14278049	rs3763950	T	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=595;ReadPosRankSum=-0.372;SC=AACTTTGCCATGGCATACGAT;SOR=0.151;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=113;TCF=96;TCR=17;TR=39;WE=14278057;WS=14278039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr11	14284206	rs3217362	CAT	C	3820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.136;NF=34;NR=32;PP=2812;ReadPosRankSum=1.338;SC=AGAGCGTGACCATATCTTGTT;SOR=1.229;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=66;WE=14284215;WS=14284196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,96:0.71:136
chr11	14329984	rs2915408	C	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=644;SC=CTGGCTCTCACCTATAAATGA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=14329992;WS=14329974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	14386145	rs4517475	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=1.548;SC=CACACACACAACCCTGAGGAA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=5;WE=14386153;WS=14386135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	14482647	rs113769857	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.739;SC=ACTTTTTAGCGAGATTAATTT;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=52;WE=14482655;WS=14482637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr11	14497269	rs2597194	C	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=13;PP=1531;SC=ATTTGACTGTCTTACATACAA;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=69;WE=14497277;WS=14497259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	14501296	rs2575857	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=24;PP=593;SC=ATGGAACTAACAATTTTCGAA;SOR=5.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=14501304;WS=14501286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	14504774	rs72419983	CCACA	C	85.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.46;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	14512060	rs2597189	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=374;SC=GTAATACTTTCAATTGTCACT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=14512068;WS=14512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	14520566	.	T	TA	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=20;MQ=58.05;NF=0;NR=4;PP=58;QD=16.0;SC=CATTACAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=14520574;WS=14520556;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,4:0.44:9
chr11	14532338	rs2597218	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=243;SC=CAGAATGTTGCATATATACTC;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=14532346;WS=14532328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	14540671	rs1823466	A	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=25;PP=2068;SC=ATATGCTTGTATTTCCATTCA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=14540679;WS=14540661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	14632570	rs1403247	A	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,33:0.22:152
chr11	14810762	rs4757268	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,27:0.19:145
chr11	14825704	rs3740823	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=-1.274;SC=AATTTCATGTATTATAAGTTA;SOR=0.124;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=18;WE=14825712;WS=14825694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr11	14913575	rs12794714	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,39:0.24:164
chr11	14991539	rs5239	T	C	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=28;PP=1774;SC=TGCACATAGTTCTGCACCAGT;SOR=1.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=14991547;WS=14991529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	14999877	rs7929159	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TCTGAAGTGAGAGGCATGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=22;WE=14999885;WS=14999867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr11	15096419	rs1540139	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=1062;ReadPosRankSum=0.838;SC=CTCTGTGCCTCTGAAGTCACG;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=45;WE=15096427;WS=15096409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr11	15098718	rs2282653	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=0.722;SC=TTGCATTTTCGAGAAACACTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=15098726;WS=15098708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr11	15170644	rs1714354	T	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,60:0.24:245
chr11	15199957	rs1714376	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,29:0.24:123
chr11	15262261	rs80167082	A	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=0.653;SC=TGAAAATTATATGAGGTCATA;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=37;WE=15262269;WS=15262251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr11	15267597	rs1054952	C	A	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=2066;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGAGTGTGGGCGAAGAAATAC;SOR=0.895;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=127;WE=15267605;WS=15267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,140:0.76:185
chr11	15267727	rs1945624	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=515;SC=AATGGAGGACAAAATCTTAGA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=15267735;WS=15267717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	16133413	rs4617548	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CTGCTGCCAGAGTCCGCTGGT;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=15;WE=16133421;WS=16133403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr11	16205323	rs7926424	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GAAAACAGCCTTATTGGTGCT;SOR=0.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=20;WE=16205331;WS=16205313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr11	16205595	rs1455111	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-1.294;SC=AATCTTTTACCGCACCTCTAT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=16205603;WS=16205585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	16760244	rs1846936	T	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=728;SC=GCTTGGGCCCTTGGCGGATTG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=16760252;WS=16760234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	16766106	rs2270886	T	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=979;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTAATACTTATTTTTATGCAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=59;WE=16766114;WS=16766096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr11	16775655	rs34665109	TC	T	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.870;NF=1;NR=19;PP=685;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TTCAGTTGTTTCCTAAGTGAT;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=20;WE=16775663;WS=16775645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr11	16837788	rs217750	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,31:0.23:135
chr11	16863395	rs11024053	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr11	16872653	rs35098462	G	A	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=1867;ReadPosRankSum=1.036;SC=TCCCCCTCCCGACAAAAGCAA;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=128;WE=16872668;WS=16872643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,135:0.80:169
chr11	16874067	rs418113	C	T	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=1130;SC=GACATTAGAACTTGGATTAAA;SOR=4.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=16874075;WS=16874057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	16892477	rs402973	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=0.394;SC=TGAAAGAAGTCTGAAGGTTGA;SOR=0.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=13;WE=16892485;WS=16892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr11	17035493	rs71047521	C	CA	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.119;NF=33;NR=9;PP=1168;ReadPosRankSum=0.364;SC=AGGGACCCCCCCCCCGCGGCA;SOR=1.409;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=42;WE=17035501;WS=17035477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,51:0.72:71
chr11	17035718	rs61881311	A	G	4866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.979;SC=CGGTGCGCGGATGCAGCCAGG;SOR=0.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=262;TCF=116;TCR=146;TR=211;WE=17035726;WS=17035708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,212:0.80:264
chr11	17096059	rs11024148	A	G	5023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.649;SC=GATTAATACTAGTCCCTCCAC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=156;TCR=135;TR=199;WE=17096067;WS=17096049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,212:0.68:311
chr11	17096150	rs7125607	T	A	4699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=1.857;SC=GCACCAAACTTCTGAATACCT;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=248;TCF=131;TCR=117;TR=188;WE=17096158;WS=17096140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,199:0.76:261
chr11	17111272	rs10832733	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=788;ReadPosRankSum=0.008;SC=CCAAAGCTCAAACATTCACTA;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=49;WE=17111280;WS=17111262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr11	17113483	rs7113396	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=230;SC=CCACATTCATCGAGAAGTTAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=17113491;WS=17113473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	17172133	rs2302511	T	C	7546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=150;PP=2965;SC=TGTTTCTTTGTGCTGTGACTG;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=121;TCR=151;TR=271;WE=17172141;WS=17172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	17191019	rs214936	A	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,60:0.24:245
chr11	17333377	rs12225041	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.846;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	17333663	rs2521998	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=37;PP=1152;SC=CATGTAATGAGTGAGGTATGT;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=17333671;WS=17333653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	17339127	rs2634462	T	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=17;PP=1276;SC=TAATGTCTTTTTAGTCTCCTT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=17339135;WS=17339117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	17351683	rs757081	C	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=452;SC=GACATTAGATCAGCAACAGTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=17351691;WS=17351673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	17351873	rs34471145	T	TA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr11	17352477	rs3842269	TACA	T	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CAAAAAAAATTACAACAAGGA;SOR=0.801;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=8;WE=17352487;WS=17352457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr11	17394073	rs10832778	C	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-2.153;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,38:0.21:179
chr11	17408404	rs5213	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr11	17408630	rs5215	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,56:0.20:287
chr11	17409069	rs5218	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=4.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,72:0.22:325
chr11	17409572	rs5219	T	C	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,105:0.22:470
chr11	17410283	rs5222	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=816;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GCTAAGAGCCCTTCTCCCCGC;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=238;TCF=146;TCR=92;TR=69;WE=17410291;WS=17410273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,68:0.28:243
chr11	17414757	rs41282912	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=281;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GGCCCTCCTGCGGCTTGGAGG;SOR=0.553;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=22;WE=17414765;WS=17414747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr11	17415190	rs4148646	C	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,41:0.23:180
chr11	17418477	rs757110	C	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,42:0.24:172
chr11	17429922	rs2106865	T	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=26;PP=1285;SC=TGCTTGGCCATCCCTGGATAT;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=17429930;WS=17429912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	17435936	rs4148631	G	A	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=869;SC=TGGAGTGCAGGTAAGCACCTG;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=17435944;WS=17435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	17435966	rs4148630	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=11;PP=1424;SC=ATGGCTGGGTGTGGGTGATCG;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=17435974;WS=17435956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	17436936	rs4148626	A	G	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=105;NR=91;PP=2965;SC=AGTGAACCATATCCTCCAGGA;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=196;WE=17436944;WS=17436926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	17448704	rs1799854	G	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=81;PP=2375;SC=CAGCTGGCCTGCAGGGAGGGA;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=120;WE=17448712;WS=17448694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	17464534	rs2073587	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCTCCTGTCCTCACCGGGAGG;SOR=0.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=15;WE=17464542;WS=17464524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr11	17481948	rs886291	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr11	17484971	rs2301703	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.777;SC=CCCTGGCCCAGGTGGCCTGCT;SOR=0.240;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=19;WE=17484979;WS=17484961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr11	17491571	rs10400389	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr11	17496516	rs1048099	A	G	9756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=208;PP=2965;SC=GGTTGTGCCCAGGGAAATGAA;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=152;TCR=208;TR=360;WE=17496524;WS=17496506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr11	17515833	rs1055574	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chr11	17515970	rs2072225	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr11	17516038	rs2072227	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr11	17517235	rs10832795	A	G	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1955;ReadPosRankSum=0.136;SC=CTATATATACAGAGCAGAGCA;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=127;WE=17517243;WS=17517225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,138:0.78:176
chr11	17517381	rs10530940	CAT	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.260;NF=2;NR=7;PP=300;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TTCTCCAAGACATGTGTAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=17517390;WS=17517371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	17517407	rs1859824	G	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=356;SC=ATTCTGCTGGGCACGGGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=17517415;WS=17517397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	17518180	rs2072229	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1068;ReadPosRankSum=0.215;SC=GCTCTGGCTATGAGAAGCTGC;SOR=0.322;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=59;WE=17518188;WS=17518170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr11	17519742	rs1064074	C	G	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,142:0.26:540
chr11	17522810	rs2072234	T	C	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=70;PP=1939;ReadPosRankSum=0.117;SC=AGCCATGGGGTCACCGGCAGT;SOR=1.104;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=37;TCR=93;TR=95;WE=17522818;WS=17522800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,95:0.73:131
chr11	17526254	.	GA	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.055;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,29:0.21:141
chr11	17531449	rs2237965	G	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=35;PP=1031;SC=TCACAATACAGCGAGCACTAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=17531457;WS=17531439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	17531831	rs733874	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	17532102	rs2237964	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AAGGAGAGGACAAAGGGCACA;SOR=0.526;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=44;WE=17532110;WS=17532092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr11	17533397	rs2190453	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=0.896;SC=CATGGAGAACGACCACATTGT;SOR=0.655;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=16;WE=17533405;WS=17533387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr11	17533635	rs2190454	G	A	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=108;PP=2965;SC=TATGACAAAGGTTAGAAATAG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=205;WE=17533643;WS=17533625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	17539212	rs10766408	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=0.797;SC=GCATACAGTGTTTTCAACCTT;SOR=0.245;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=10;WE=17539220;WS=17539202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr11	17542439	rs2240487	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-2.430;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,36:0.26:137
chr11	17542583	rs2108332	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.488;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,60:0.20:304
chr11	17542586	rs2041031	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=4.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.492;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,60:0.20:300
chr11	17542649	rs2041032	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.462;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,25:0.19:133
chr11	17542872	rs2240488	G	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr11	17545091	rs4757539	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=264;ReadPosRankSum=1.476;SC=TCTGCAGGACAGGCTCCCCCA;SOR=0.696;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=25;WE=17545099;WS=17545081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr11	17548239	rs72870320	C	T	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=35;PP=2787;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCTTCAGGACCGGCCACCCCT;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=147;TCR=49;TR=152;WE=17548247;WS=17548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,155:0.78:198
chr11	17548704	.	C	A	275	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=275;QD=22.1265151819;SC=TGGAGTACTGCCCTGCTCCCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=14;WE=17548712;WS=17548694;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,14:0.70:20
chr11	17548737	rs12795083	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=29.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	17553105	rs2041027	G	A	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1176;ReadPosRankSum=1.129;SC=GAGATGCCGGGAATGCCTGGA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=70;WE=17553113;WS=17553095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr11	17554910	rs5789992	A	ACC	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.056;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.805;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr11	17554914	rs2240489	G	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.272;QD=25.77;ReadPosRankSum=-2.708;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr11	17554930	rs878546	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=8;NR=33;PP=826;ReadPosRankSum=0.328;SC=ATAGCAGACCTCAGGGAGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=41;WE=17554938;WS=17554920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	17555498	rs11024319	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=646;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCAGGGGGAGCGTCAGGTTAC;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=32;WE=17555506;WS=17555488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr11	17579783	rs61611064	C	A	4996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CAGGAGCAGGCCCCTAACCAG;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=216;WE=17579791;WS=17579773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,220:0.79:279
chr11	17580998	rs10832798	TC	CT	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCTCCCATCCTCACTCCACGG;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=28;WE=17581007;WS=17580994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr11	17582470	rs1990180	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=40;PP=2535;SC=GGCACTCACTTAGTACCTTTG;SOR=1.466;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=114;WE=17582478;WS=17582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	17627613	rs7934079	G	C	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=61;PP=1671;ReadPosRankSum=0.319;SC=TGTGTCGGGCGCGGTGCTGGC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=86;WE=17627621;WS=17627603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,93:0.72:129
chr11	17632693	.	C	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,82:0.22:373
chr11	17742681	rs10832853	G	C	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=120;PP=2965;SC=CCTGTCTTTTGGATTGTCCCG;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=82;TCR=120;TR=202;WE=17742689;WS=17742671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	17940200	rs74865487	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=2.883;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr11	17940204	.	C	CACACAT	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=453;ReadPosRankSum=3.477;SC=CACACATACACACACACTCTC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=44;WE=17940222;WS=17940190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr11	17940211	rs1080246	T	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=4.272;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr11	17940213	rs77640161	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=4.434;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr11	17948311	rs1468291	T	C	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AAGACTATCTTGATGCAGAAT;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=128;WE=17948319;WS=17948301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,136:0.72:188
chr11	17948537	rs728639	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCCTGTCACCATGTTCTTTGG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=17948545;WS=17948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	17981047	rs211146	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,35:0.21:167
chr11	18017517	rs211131	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,33:0.25:132
chr11	18023414	rs211134	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=992;SC=TTAAGGCTTACCACATTTGTT;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=18023422;WS=18023404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	18034592	rs3741202	G	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=379;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CGGGAGGGACGGCACGGGGGC;SOR=1.275;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=16;WE=18034613;WS=18034582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr11	18034605	rs3741201	C	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=393;ReadPosRankSum=-1.732;SC=ACGGGGGCGGCGCCTGCCGGG;SOR=1.040;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=15;WE=18034613;WS=18034582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr11	18044304	rs211101	C	T	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=2143;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GGGCTGATCTCTCCCTGAAGA;SOR=0.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=121;WE=18044312;WS=18044294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr11	18047255	rs1799913	G	T	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=1895;ReadPosRankSum=-1.074;SC=ATCTCTGAAAGAGAGGTACAA;SOR=0.964;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=118;WE=18047263;WS=18047245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,126:0.73:172
chr11	18054777	rs10832874	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=685;ReadPosRankSum=1.174;SC=TCCAGTCTGGACAGCAGAGCA;SOR=1.218;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=33;WE=18054785;WS=18054767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr11	18063977	rs623580	A	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-2.065;SC=CGTTGTCCTAAAGCGTGAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=27;WE=18063985;WS=18063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr11	18108693	rs113681650	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=837;ReadPosRankSum=-1.067;SC=ACCTTACCAATTGCTTGAATT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=49;WE=18108701;WS=18108683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr11	18159169	rs2468839	A	G	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=81;PP=2965;SC=ACCTGTCATCAGTCATGTGTG;SOR=1.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=160;TCR=82;TR=241;WE=18159177;WS=18159159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	18159254	rs4274188	A	G	16272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=302;NR=278;PP=2965;SC=TAGTGGTGCTAATTCTGTTTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=580;TCF=302;TCR=278;TR=580;WE=18159262;WS=18159244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr11	18194793	rs11024530	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,92:0.19:472
chr11	18194944	rs11024531	T	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=3.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.849;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,92:0.26:348
chr11	18195051	rs2445179	T	C	11903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=214;NR=216;PP=2965;SC=ATTATACGTTTGCCATTACGC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=214;TCR=216;TR=430;WE=18195059;WS=18195041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	18195430	rs200217617	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=9.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-11.257;QD=0.16;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,33:0.13:249
chr11	18210480	rs2445150	T	C	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=61;PP=1976;SC=CTGACGGCGGTGGCGGGGGGT;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=122;WE=18210488;WS=18210470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	18210580	rs2124372	C	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=45;PP=2529;SC=GCTGAAGCCGCTGCCCGCGGA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=18210588;WS=18210570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	18231289	rs4757627	C	A	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.067;NF=72;NR=45;PP=2006;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CTAACATCTTCGAAACAAGAT;SOR=0.964;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=117;WE=18231297;WS=18231279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,127:0.73:174
chr11	18231749	rs2468789	T	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=43;PP=1178;SC=TTTATCGAGGTTTGGTGCCCA;SOR=7.658;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=43;WE=18231757;WS=18231739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	18253176	rs2460827	C	T	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=77;PP=2965;SC=AAATAAATAGCAGTCTATTAA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=167;WE=18253184;WS=18253166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	18267027	rs2468844	C	T	10586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=166;PP=2965;SC=CTCCGCACCACGGCCTGTGAG;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=210;TCR=166;TR=376;WE=18267035;WS=18267017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr11	18267112	rs2445173	A	G	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=180;PP=2965;SC=CCAGTGAGCAACAGCTCACCC;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=125;TCR=180;TR=305;WE=18267120;WS=18267102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr11	18267353	rs2445172	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.68;MQRankSum=-0.523;QD=47.62;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr11	18267356	rs2445171	A	G	568.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQRankSum=0.000;QD=37.92;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr11	18267373	rs1671927	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.03;MQRankSum=-2.155;QD=20.99;ReadPosRankSum=2.840;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr11	18267431	rs76546965	C	T	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.71;QD=45.63;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	18267434	rs78891342	AA	GG	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.79;MQRankSum=0.150;QD=37.05;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr11	18267463	rs74872559	A	G	6349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.488;NF=135;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.300;SC=TTACCTGATCACTTCTGCAGC;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=394;TCF=236;TCR=158;TR=220;WE=18267486;WS=18267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,165:0.55:301
chr11	18267471	rs1136766	A	G	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQRankSum=-2.487;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,136:0.45:301
chr11	18267478	rs79620496	G	A	6327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQRankSum=2.585;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,164:0.55:300
chr11	18288569	.	A	G	277	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=40.31;NF=1;NR=16;PP=277;QD=18.339483091;SC=GAGAAACATCACCCTGGACCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=17;WE=18288577;WS=18288559;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr11	18290636	rs145067473	A	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.502;NF=31;NR=0;PP=648;ReadPosRankSum=-3.644;SC=CACAGGCTGAAAGCTTGAAGT;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=59;TCR=0;TR=31;WE=18290644;WS=18290626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr11	18290737	rs145097411	T	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQRankSum=-0.347;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr11	18290859	rs1136743	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=28.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.61;MQRankSum=3.148;QD=31.06;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr11	18290866	rs1136745	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=29.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.56;MQRankSum=-3.229;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=4.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr11	18290874	rs1136747	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=24.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.02;MQRankSum=3.493;QD=33.43;ReadPosRankSum=1.610;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr11	18290880	rs28720026	C	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.99;QD=46.51;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	18290902	rs34068567	TT	CC	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.80;QD=47.67;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	18290906	rs35474820	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.06;QD=45.44;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	18291321	rs12218	T	C	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.794;NF=69;NR=96;PP=2222;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ACTCGCTGGCTGATCAGGCTG;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=227;TCF=99;TCR=128;TR=165;WE=18291329;WS=18291311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,171:0.72:238
chr11	18301605	rs11024601	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5070;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=902;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TTCTGTGCATTAAAAGACACA;SOR=1.061;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=36;WE=18301613;WS=18301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
chr11	18303404	rs2271997	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=596;ReadPosRankSum=-0.321;SC=AGTGATGGGTCGGGACTAAAT;SOR=0.953;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=39;WE=18303412;WS=18303394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr11	18305333	rs2049129	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,48:0.21:232
chr11	18312953	rs4757638	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=692;SC=TTTTTAATACGAATTTCTATC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=18312961;WS=18312943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	18314579	rs10665418	C	CTT	2227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=47;PP=1596;SC=GGGATCAGAGCTTTTTTTGAG;SOR=4.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=47;WE=18314587;WS=18314569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	18317458	rs2305564	T	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=3;PP=1090;SC=TTCCTTTTTCTCATTTTCCAT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=18317466;WS=18317448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	18317699	rs2305565	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=50;PP=1344;SC=AAAAAAGAAACAAAATCTAAT;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=18317707;WS=18317689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	18327684	rs1140047	G	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=539;SC=ATCGTTACCTGAGAGTAATCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=18327692;WS=18327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	18330385	rs35952141	G	GA	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=6;PP=691;SC=AAAAGAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=2.644;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=30;WE=18330393;WS=18330375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	18354877	rs4150561	T	C	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=114;SC=AAAAATCAACTATGTAGAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=18354885;WS=18354867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	18357180	rs4150579	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=1;PP=1079;SC=AAGCATCAGTATTGGAATAGG;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=18357188;WS=18357170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	18357270	rs4150581	A	G	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=77;PP=2965;SC=TGTGAGTGTCATCATCTAACT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=136;TCR=77;TR=213;WE=18357278;WS=18357260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	18359983	rs111946613	ATGTT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=137;SC=TATTATTATTATGTTTGTTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=18359994;WS=18359973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	18379446	rs202243676	CA	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr11	18379629	rs4150661	C	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=83;PP=2710;SC=CTGCCTAAATCAGCTTTAAAA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=18379637;WS=18379619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	18421237	rs4757652	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=424;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AAGCAATCCTCCTTCCACTTC;SOR=2.200;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=20;WE=18421245;WS=18421227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	18424451	rs5030621	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-8.026;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,41:0.21:195
chr11	18424487	rs4820	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-7.588;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,39:0.26:151
chr11	18424590	rs3758680	T	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=0.052;SC=TTTTTGTTTTTGAAAAGATTA;SOR=0.926;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=34;WE=18424598;WS=18424580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr11	18426796	rs6486425	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr11	18428637	.	A	AT	1338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.558;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,74:0.76:98
chr11	18434159	rs143848190	T	TC	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=637;ReadPosRankSum=-1.095;SC=TTCTTTGGCTTCCCCCCATCC;SOR=1.828;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=22;WE=18434167;WS=18434151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr11	18434532	rs201993031	CCCTTCCTT	C	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.617;QD=30.51;ReadPosRankSum=1.552;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr11	18456235	rs4757664	A	T	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=769;SC=GAAAAAAAAAATTTTTTTAAG;SOR=6.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=18456243;WS=18456225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	18467821	rs2658565	T	C	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=TGTGATGGATTTGGTAGGATC;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=18467829;WS=18467811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	18478112	rs3839960	C	CAG	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.891;NF=20;NR=2;PP=941;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCTTCCACACGGGCCCAGGA;SOR=1.532;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=22;WE=18478120;WS=18478102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr11	18524208	rs2658552	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=-1.190;SC=GGAAGTTAAGCTTGACATATG;SOR=0.185;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=24;WE=18524216;WS=18524198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr11	18531028	rs2292176	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=11.027;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=325;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TATTTTTTTACAAAGGTTTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=15;WE=18531036;WS=18531018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr11	18537800	rs7942548	CA	TG	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=0.999;SC=TAAAATTCATCATTATCCTTG;SOR=0.343;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=18537809;WS=18537790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	18548574	rs1857908	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=63;PP=1480;SC=AGGGGCCTGGTGGGGTGGGTT;SOR=5.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=67;WE=18548582;WS=18548564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	18557650	rs56104322	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=627;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CACTGCACTCCAGCCTGGTGA;SOR=0.199;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=40;WE=18557658;WS=18557640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr11	18586344	rs3832729	C	CAT	1845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.738;NF=26;NR=8;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GGTTTTCCCACGACAAAATGA;SOR=0.248;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=34;WE=18586352;WS=18586334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr11	18631527	rs11024731	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr11	18632984	rs10128711	T	C	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=74;PP=2965;SC=AAGGAATTTTTAGGACATTTT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=18632992;WS=18632974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	18633971	rs11605097	G	A	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=88;PP=2718;ReadPosRankSum=1.794;SC=CATCATCATCGTCATCTTCCT;SOR=0.717;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=242;TCF=124;TCR=118;TR=178;WE=18633979;WS=18633961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,193:0.73:263
chr11	18637498	rs66514853	CTCT	C	2596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=2.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,80:0.25:321
chr11	18720304	rs7946446	C	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=806;SC=GACAGAACCCCGGCGCCGGGC;SOR=2.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=18720312;WS=18720294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	18728650	rs2289965	T	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,70:0.22:322
chr11	18730895	rs11024768	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=538;SC=TGGAGGTACAATGTTGGGCAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=18730903;WS=18730890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	18732426	rs4237728	T	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=69;PP=1960;SC=CATGTAGATATTTGCCCACCT;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=94;WE=18732434;WS=18732416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	18733521	rs7128042	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=513;SC=ATGAGACAGCCAGAGAGATGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=18733529;WS=18733515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	18733579	rs10832972	T	C	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1615;ReadPosRankSum=-1.112;SC=GCTTAAGGTCTCCATGCTGAC;SOR=1.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=76;WE=18733587;WS=18733569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr11	18735321	rs10766493	A	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=427;SC=CTGGCCTCCTACTCAGCCTGC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=18735329;WS=18735311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	18735396	rs10741752	G	T	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=17;PP=2132;SC=GCCCTGCCCTGACCCAGCACA;SOR=2.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=74;TCR=17;TR=91;WE=18735404;WS=18735386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	18735753	rs7106673	G	A	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=69;PP=2965;SC=CCCATGGGGCGGGGGAGAAGC;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=175;WE=18735761;WS=18735743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	18735947	rs7125943	T	C	9482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=131;PP=2965;SC=ACAATCTGCATGCCTGGCAAG;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=189;TCR=131;TR=320;WE=18735955;WS=18735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	18736247	rs4265581	G	A	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=46;PP=1456;SC=GGCTGGTAGCGATGGTCATGG;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=18736255;WS=18736237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	18736942	rs3887900	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=879;SC=CAGGGTCAGGGGGATTGGTCA;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=18736950;WS=18736932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	18737095	rs4424652	C	T	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=83;PP=2965;SC=CAGCTCTGCTCGCTTGCCCTC;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=189;WE=18737103;WS=18737085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	18738281	rs10766494	C	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=13;PP=1757;SC=TCACGGTCAACAGTGAGCTGG;SOR=3.070;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=68;TCR=13;TR=79;WE=18738289;WS=18738271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	18738603	rs10766495	G	A	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=82;PP=2475;SC=GAGGGGTGGAGTGGTGAAGAG;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=121;WE=18738611;WS=18738593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	18741847	rs11024770	G	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=-0.506;SC=ATCAAAGTCCGGCCATTAGTG;SOR=0.486;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=18;WE=18741855;WS=18741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr11	18743180	rs10832975	C	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,92:0.25:370
chr11	18751041	rs1550870	C	T	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=52;PP=2139;SC=GGATGTCCACCACACCCTCCT;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=123;WE=18751049;WS=18751031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	18763698	rs4757706	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=857;SC=GCTAAGCTATAAGGCCAGCTC;SOR=4.479;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=30;WE=18763706;WS=18763688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18764746	rs75444514	G	C	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=54;PP=2717;ReadPosRankSum=1.486;SC=GCAGGCAGAAGAACTTCAGGG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=121;TCR=73;TR=145;WE=18764754;WS=18764736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,145:0.75:194
chr11	18793360	rs4075664	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCTGGTTTCATGGAAAAGGAA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=5;WE=18793368;WS=18793352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr11	18793399	rs4075663	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=809;ReadPosRankSum=0.741;SC=CATGAGAATGGGTCACGTGTC;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=41;WE=18793407;WS=18793389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr11	18793685	rs77383503	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CAACAATTTGCTTTCAGGTAG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=27;WE=18793693;WS=18793675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
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chr11	18955734	rs200061528	T	C	10494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQRankSum=-9.440;QD=32.59;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,244:0.76:322
chr11	18955753	rs147288525	CC	AA	13425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.327;NF=180;NR=109;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CCAGGCTGGACCCACAGAGAA;SOR=0.842;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=407;TCF=246;TCR=161;TR=289;WE=18955762;WS=18955743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,321:0.77:418
chr11	18956194	rs2014931	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,45:0.23:192
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chr11	18978501	rs12363322	C	A	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2703;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AGCAAGGAGTCTCCTCACGTC;SOR=0.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=151;TCR=101;TR=167;WE=18978509;WS=18978491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,180:0.68:263
chr11	18994005	rs7114481	T	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=87;PP=2965;SC=TGAGGCGGAATGTATAACGTG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=170;WE=18994013;WS=18993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	19167850	rs2271001	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,59:0.29:207
chr11	19188122	rs2242458	A	G	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=139;SC=GTTAGTTCTCAGTACTTTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=19188130;WS=19188112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	19194141	rs7111850	T	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=1;PP=388;SC=TTTTTCTTTGTCCCTTTTCAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=19194149;WS=19194131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	19197365	rs78603780	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr11	19206426	rs2288251	A	T	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=2254;ReadPosRankSum=0.790;SC=ACCTCCAGGCATGAACGTAAT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=127;WE=19206434;WS=19206416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,134:0.77:173
chr11	19251826	rs11821023	G	A	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=32;PP=1639;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AAATAGCTGCGAGCTGAGCCA;SOR=1.487;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=101;WE=19251834;WS=19251816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,106:0.67:159
chr11	19252427	rs793252	G	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=923;ReadPosRankSum=0.661;SC=TGGCTCAGTTGGCTTTTGGGA;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=51;WE=19252435;WS=19252417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,55:0.86:64
chr11	19256250	rs793269	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1112;SC=AGACAGAGGACAAATGCCATG;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=19256258;WS=19256240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	19261797	rs11025068	A	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.857;SC=AAAAGGAAATAGAAAAAGTTA;SOR=0.269;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=19261805;WS=19261787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	19372616	rs10655705	G	GGA	5144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=72;PP=2957;SC=TTATGGTGCTGATTGCTAAGT;SOR=1.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=8;TCR=76;TR=80;WE=19372624;WS=19372605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	19735746	rs7943700	C	T	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.123;SC=ATGGCGGGCACGTCTGCAGCA;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=161;TCR=82;TR=189;WE=19735754;WS=19735736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,199:0.78:256
chr11	19735987	rs2278132	A	G	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.074;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AGAAAAGGGGATCGCGGGTGG;SOR=1.233;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=228;TCF=89;TCR=139;TR=179;WE=19735995;WS=19735977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,189:0.78:241
chr11	19798951	rs200083334	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.385;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr11	19901632	rs11025310	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=469;ReadPosRankSum=-1.265;SC=ACCAGCCAGCGCCACATCAGC;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=40;WE=19901640;WS=19901622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr11	19955500	rs1372989	A	G	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=128;PP=2965;SC=CAGGAATGAAAAGCATGCCCG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=246;WE=19955508;WS=19955490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	19961457	rs11423145	C	CT	264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=17;PP=339;SC=AACTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=19961465;WS=19961447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	19970501	rs11025335	T	C	6526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GTGTCTGCCATGTGGACGTCT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=158;TCR=206;TR=283;WE=19970509;WS=19970491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,292:0.77:379
chr11	19970558	rs2585773	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=133;PP=2965;SC=TCAGCATGGATGCCCCCGGCT;SOR=1.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=78;TCR=133;TR=211;WE=19970566;WS=19970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	19970579	rs2707084	C	T	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=106;PP=2965;SC=ACATGAGCGACGGGGATGTTC;SOR=1.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=155;WE=19970587;WS=19970569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	20005802	rs6483629	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=966;ReadPosRankSum=-1.034;SC=AGGTAAGCTTGCTGCACTTGG;SOR=0.245;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=61;WE=20005810;WS=20005792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,67:0.75:89
chr11	20005857	rs7940346	G	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=2.539;SC=CCTGAGAAATGAGGGTTATGA;SOR=2.066;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=23;WE=20005865;WS=20005847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr11	20044696	rs2449501	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-2.104;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr11	20044844	.	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	20057371	rs6483634	T	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=31;PP=2602;SC=CACATCTGAGTCAAGAGAGCT;SOR=1.940;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=116;WE=20057379;WS=20057361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	20065673	rs3802799	G	T	4408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2913;ReadPosRankSum=-2.298;SC=TGTCTGACGAGTCCGACAAAA;SOR=0.630;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=241;TCF=125;TCR=116;TR=178;WE=20065681;WS=20065663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,188:0.75:252
chr11	20065779	rs3802800	C	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=98;PP=2965;SC=AAGGACGAAGCCTTCAGCCCC;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=56;TCR=99;TR=154;WE=20065787;WS=20065769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	20065866	rs116928805	C	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=390;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTTGAAAACCAAAGCCATAG;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=20065874;WS=20065856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	20066355	rs10219212	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AAGGCTCACGGTACATTAGTA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=7;WE=20066363;WS=20066348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	20067064	rs7125647	C	T	6532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.059;SC=ACCAAACAGACAAGGAGAAAG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=193;TCR=177;TR=267;WE=20067072;WS=20067054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,279:0.72:389
chr11	20072779	rs6483635	C	T	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	20089792	rs1442711	G	C	7064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TCCTCTTTAAGTATTGTCAAT;SOR=0.908;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=388;TCF=213;TCR=175;TR=290;WE=20089800;WS=20089782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,308:0.75:410
chr11	20089944	rs1442710	T	C	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=62;PP=1313;ReadPosRankSum=0.342;SC=TGACAGCAAATGTAAGTACAG;SOR=0.910;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=72;WE=20089952;WS=20089934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,75:0.87:86
chr11	20089978	rs1442709	A	G	1030.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=833;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GCATCGGGACAGGAAGCACCA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=34;WE=20089986;WS=20089968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr11	20099112	rs4757028	A	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=658;ReadPosRankSum=1.536;SC=ACCTTGTGGCAGCCTTTGAAC;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=62;WE=20099120;WS=20099102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,63:0.28:222
chr11	20099449	rs12146551	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
chr11	20099541	rs6483642	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,54:0.25:220
chr11	20099767	rs7121301	A	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,3:0.12:24
chr11	20101704	rs1867114	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,40:0.19:214
chr11	20101744	rs1867115	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.897;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,33:0.16:210
chr11	20104669	rs2028570	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,35:0.30:118
chr11	20104847	rs10657903	A	AGG	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TTGCTTTAATAGGACTGTGCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=20104855;WS=20104837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	20112373	rs2289560	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,21:0.17:126
chr11	20112417	rs2243624	A	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,24:0.18:137
chr11	20119373	rs10833241	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=768;ReadPosRankSum=1.001;SC=CTTGTGGCCCCAGTTTTGTTT;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=50;WE=20119381;WS=20119363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr11	20122392	rs2245314	C	A	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=10;PP=1853;SC=GGAGAGGAATCACCTCAGGTC;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=79;WE=20122400;WS=20122382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	20124914	rs2243411	A	C	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=134;PP=2965;SC=GCTCTCTGGGAGAGATCTTCA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=122;TCR=135;TR=256;WE=20124922;WS=20124904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	20127046	rs11025385	C	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=23;PP=1052;SC=TCACCATCATCAGCTTGAAAA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=20127054;WS=20127036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	20129075	rs4757890	G	A	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=184;SC=GTATACCTGCGTTCAGGCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=20129083;WS=20129072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	20178551	rs10717537	CG	C	1999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.352;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,79:0.75:106
chr11	20385228	rs3808991	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=259;SC=GGAGTTCGTCTCCAGGTCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=20385236;WS=20385218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	20398034	rs10741834	T	C	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TCCATCCTTCTAGGCCTCCCA;SOR=0.240;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=116;WE=20398042;WS=20398024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr11	20403825	rs7926967	A	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=46;PP=1511;SC=TATGCCACTGATGGTTAATCC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=20403833;WS=20403815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	20403904	rs10766664	G	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=665;SC=ACATTGGCTAGAGGTAGATTG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=20403912;WS=20403894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	20404506	rs2403587	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	20404613	rs3824886	T	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1626;ReadPosRankSum=1.493;SC=CTTGGGCCAGTGGGCATTCTG;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=89;WE=20404621;WS=20404601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr11	20404757	rs3781679	T	C	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=89;PP=2965;SC=CATGACCACATTGGAGAAATG;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=192;WE=20404765;WS=20404747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	20411199	rs56308542	TAAAA	T	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=42.29;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	20411418	rs7937501	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	20411424	rs7937204	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	20419028	rs7934372	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=4;PP=1199;SC=CATCACACTGTACTCCCTCCC;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=20419036;WS=20419018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	20424326	rs10833319	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=317;SC=TTTCTTAGGAAAAAAATAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=20424334;WS=20424316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	20429454	rs10741836	T	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=40;PP=2351;SC=TTAATTACCCTAGGTAGTTTT;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=20429462;WS=20429444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	20448531	rs12797994	G	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=106;SC=TATTTTTTAAGTAGCTACATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=20448539;WS=20448521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	20473655	rs1001669	T	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=10;PP=595;SC=TAAACTCTTTTTTTCCCCTTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=20473663;WS=20473645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	20483748	rs3758803	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=210;ReadPosRankSum=0.183;SC=TTTATAATGGTATTGCTATTT;SOR=0.280;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=18;WE=20483756;WS=20483738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr11	20515555	rs6483697	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=18;PP=824;SC=TAATTATTACGGAAGTACATT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=20515563;WS=20515545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	20529886	rs6483700	G	A	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=61;PP=2637;SC=GTTCACAAGAGTAAGAAAGAT;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=144;WE=20529894;WS=20529876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	20623007	rs7109418	C	T	4499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.070;SC=CCGGGAGCTCCGGGCCCGGCA;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=175;WE=20623015;WS=20622997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,179:0.76:237
chr11	20623023	rs2241941	C	T	4712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.813;SC=CGGCAACGCGCTGCACTGTAA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=192;WE=20623031;WS=20623013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,195:0.74:263
chr11	20623042	rs1443548	T	C	5384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AAGATCCCTTTTCTGCGAGGC;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=159;TCR=121;TR=213;WE=20623050;WS=20623032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,218:0.75:291
chr11	20623156	rs1443549	C	G	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=145;PP=2965;SC=GTGGTGCTGGCCACGGATGGA;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=94;TCR=145;TR=239;WE=20623164;WS=20623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	20628407	rs72927519	C	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=275;ReadPosRankSum=1.694;SC=GTTGCTGAAACAGGACATCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=20628415;WS=20628397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	20628479	rs2278649	T	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=16;PP=1564;ReadPosRankSum=0.522;SC=GCTCAGCCCCTAGCCCAGAGG;SOR=0.877;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=87;TCR=24;TR=78;WE=20628487;WS=20628469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr11	20639400	rs7925597	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=54;PP=1874;SC=TGTATGCATCATTGGCTAAAG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=20639408;WS=20639390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	20639457	rs11025653	A	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=736;ReadPosRankSum=-0.770;SC=ATCTAAGAGAAAGCTGTGAGA;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=42;WE=20639465;WS=20639447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr11	20648364	rs3740870	G	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=2.071;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chr11	20648380	rs1805091	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=364;ReadPosRankSum=2.903;SC=GAAACTCACGGATGCCACGGT;SOR=0.442;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=30;WE=20648388;WS=20648370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr11	20648418	rs4923548	C	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1116;SC=TATAACCAGCCCTGGGGGAGT;SOR=2.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=20648426;WS=20648408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	20649448	rs2276429	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr11	20652148	rs111750026	CAT	C	1760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TGCAGACAAACATGTGGGCAC;SOR=0.324;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=31;WE=20652157;WS=20652138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr11	20660149	rs72932948	C	T	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1291;ReadPosRankSum=0.150;SC=GCTTGAGTGTCGGTAAGGCAT;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=84;WE=20660157;WS=20660139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,90:0.76:118
chr11	20673832	rs72932998	C	A	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=27;PP=1321;ReadPosRankSum=0.196;SC=TTTCTCTTTCCAGTTTATCCT;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=82;WE=20673840;WS=20673822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,86:0.70:122
chr11	20676253	rs2276432	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=0.885;SC=TTTGGCTTCTTTGCAGAGGCT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=35;WE=20676261;WS=20676243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr11	20676417	rs1401793	C	T	5857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.122;SC=AGTGCTAGTCCAGTGGTGTGG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=144;TCR=170;TR=242;WE=20676425;WS=20676407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,254:0.78:326
chr11	20699315	rs34330747	T	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=538;SC=ATTAGCGGGGTAAGGGAGCAA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=20699323;WS=20699307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	20805286	rs8176785	G	A	4277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=72;PP=2762;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CAGCTGTTCCGGAACAAGAGT;SOR=0.895;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=247;TCF=137;TCR=110;TR=171;WE=20805294;WS=20805276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,184:0.70:264
chr11	20805335	rs2280363	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,73:0.26:285
chr11	20949115	rs2293241	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TACCTAGCACCCACTAGCCAT;SOR=0.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=9;WE=20949123;WS=20949105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr11	20949763	rs4363596	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr11	20959185	rs1880088	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CCTCCACACAATTCCTTTCAC;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=5;WE=20959193;WS=20959177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr11	20959429	rs1880087	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,50:0.25:198
chr11	20959482	rs1880086	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,30:0.22:136
chr11	20959533	rs1880085	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr11	20981894	rs2280584	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TAGTGACATATAATAAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=20981902;WS=20981891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	21305927	rs4151053	T	C	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=2.071;SC=CAAGTCTTTGTGCATTGCTGA;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=224;WE=21305935;WS=21305917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr11	21555780	rs61194030	C	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=784;SC=ATGGGATTTGCTTCTTCCAGT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=21555788;WS=21555770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	21581665	rs7119475	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1144;SC=AATGCTACTGCAAATGATGGT;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=21581673;WS=21581655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	22214877	rs139514865	A	AAGGAGGAGGGGAATGAGGAGGAGG	3503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=29.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.37;MQRankSum=7.006;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.457;SOR=2.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,55:0.32:172
chr11	22214903	rs12792259	G	C	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.497;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=10.217;NF=91;NR=44;PP=1934;ReadPosRankSum=0.035;SC=GGAAGAGCAGGCCCTTAGAAG;SOR=1.001;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=320;TCF=206;TCR=114;TR=135;WE=22214911;WS=22214893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,162:0.46:354
chr11	22233029	rs4922980	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTAGGTGGGGGGAAAACACAT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=18;WE=22233037;WS=22233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr11	22239661	.	T	TCACACACACACACA	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.31;ReadPosRankSum=-2.336;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	22242729	rs4312063	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-2.561;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr11	22271870	rs7481951	A	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=574;ReadPosRankSum=0.381;SC=TAGTTGGCTTAGCTTGTTTTA;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=41;WE=22271878;WS=22271860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr11	22296094	rs374045760	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=7.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,22:0.14:153
chr11	22297606	rs5790245	AT	A	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;MQRankSum=0.401;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,67:0.94:71
chr11	22297770	rs11026488	G	C	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=95;PP=2907;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ACTTTCATTCGAGTTACTCTC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=141;TCR=156;TR=178;WE=22297778;WS=22297760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,183:0.60:307
chr11	22301410	rs67178076	CTT	C	30.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr11	22364758	rs2278751	C	T	16418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGACTCTACTCTTTCCCTTCA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=599;TCF=338;TCR=261;TR=597;WE=22364779;WS=22364748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,605:1.00:606
chr11	22387294	rs139133210	A	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CCCATTGACCAACCAAACTAT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=22387302;WS=22387284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	22391534	rs2665677	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=481;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TTCCCACTTAGGTTTGAAAAT;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=28;WE=22391542;WS=22391524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr11	22397739	rs2248436	A	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-1.515;SC=TCATATATATATTCTATATGT;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=22397747;WS=22397729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr11	22646398	rs45451294	G	A	7116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.482;SC=ATCTTTCAGAGGTGGAGGGGC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=525;TCF=248;TCR=277;TR=296;WE=22646406;WS=22646388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,304:0.57:536
chr11	22696451	rs922571	A	G	6827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=TACGCAGTGGACCTGGCCTCT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=124;TCR=105;TR=229;WE=22696459;WS=22696441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	22747745	rs337448	A	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=677;SC=GGCATGAGGTAATTCCGAAGC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=22747753;WS=22747735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	22851172	rs2286811	C	T	7781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=58;PP=2965;SC=AATGGCTCGGCCCGCCCCGCA;SOR=2.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=209;TCR=59;TR=267;WE=22851180;WS=22851162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	22868937	rs2302423	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=6;PP=680;SC=TTATTTTTCCGAAATGGTGGA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=22868945;WS=22868927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	22881002	rs3213706	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=30;PP=888;SC=CATTACCTGCCGCTCAGTGAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=22881010;WS=22880992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	24750842	rs7128434	G	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=59;PP=2134;SC=GGTGAGATGAGAACTCATTTT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=24750850;WS=24750832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	24753539	rs2716454	A	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=159;SC=GGACCATCATAGACTCATTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=24753547;WS=24753529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	24759855	rs1564992	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,36:0.20:183
chr11	24784862	rs2716532	A	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=20;PP=729;SC=GAGGTAAGATATATTTCATCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=24784870;WS=24784852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	24998335	rs11028314	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=420;SC=TGCTGTGTATATAAGATAGTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=24998343;WS=24998325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	25098938	rs7930185	G	C	5915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.004;SC=TGCAGAAACCGAGCCTATCCC;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=148;TCR=198;TR=245;WE=25098946;WS=25098928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,259:0.71:367
chr11	25099056	rs11028403	A	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.516;SC=TTATTTATTTATTTTTTTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=25099064;WS=25099045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	25100229	rs10500994	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=722;ReadPosRankSum=0.223;SC=TGTTAAAAACGTCCATTTGCT;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=44;WE=25100237;WS=25100219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr11	26353951	rs17243259	G	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=5.905;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=801;ReadPosRankSum=0.326;SC=AGCATCCTTTGCAGGCTTATG;SOR=2.428;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=36;WE=26353959;WS=26353941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr11	26481497	rs12277506	A	G	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1364;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTTTTAGATTATAATTTTAGA;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=81;WE=26481505;WS=26481487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,85:0.73:117
chr11	26481611	rs2047099	G	A	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=108;PP=2965;SC=TTAGAGATCAGATTTCAACAT;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=205;WE=26481619;WS=26481601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	26547348	rs430563	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	26547353	rs410617	T	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.91;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	26552679	rs9988806	T	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1061;SC=AGTACTTAAGTGAATTGTAGT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=26552687;WS=26552669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	26552696	rs2131696	T	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	26552702	rs293937	T	C	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=2.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	26558841	rs386635	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=573;SC=GAAGTCATTTGGGTTATCTTA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=26558849;WS=26558831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	26559172	rs396863	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=891;SC=CTGTGCACTGGCTCCTCTGCC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=26559180;WS=26559162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	26563464	rs410036	A	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=15;PP=668;SC=AAAAAATAGAACCAAATGTAT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=26563472;WS=26563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	26563652	rs420143	T	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=433;SC=AGCAAAGTATTCTGTTTTGTG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=26563660;WS=26563642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	26568966	rs2663168	A	G	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=90;PP=2965;SC=CATGCAGGCTATACTTTGGTG;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=126;TCR=90;TR=216;WE=26568974;WS=26568956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	26574740	rs395770	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=636;SC=AAGTGAATTCTTAGTCACAGT;SOR=3.816;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=29;WE=26574748;WS=26574730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	26574782	rs59938249	TG	T	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TTTTTGTTTTTGTTTTTTCTC;SOR=1.167;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=35;WE=26574791;WS=26574771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr11	26584625	rs444178	C	A	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=24;PP=2049;SC=TTAATTAAAACCACTGTGCCC;SOR=2.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=96;WE=26584633;WS=26584615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	26586801	rs15783	G	A	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=76;PP=2965;SC=TTGATAAGGGGTAAACCCAGT;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=199;WE=26586809;WS=26586791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	26587133	rs293980	T	C	10096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=191;PP=2965;SC=GCTCTGCTGATGAGTTACTGG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=172;TCR=191;TR=363;WE=26587141;WS=26587123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr11	26588804	rs293976	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=582;SC=ACTTTTTTTTCCTCAAGCAAT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=26588812;WS=26588794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr11	26645894	rs1012552	A	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=177;SC=TTCTATTTAAAGTAAAATGTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=26645902;WS=26645884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	26663298	rs11603910	T	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-1.222;SC=TTAACTTTTTTAAAAAACTTT;SOR=0.255;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=26663306;WS=26663288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	26669167	rs10501059	A	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.999;SC=GTTCCAACATAAGTAAAACAT;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=8;WE=26669175;WS=26669157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	26692631	rs7128384	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr11	26692733	rs7114378	T	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=3.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.617;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,54:0.20:264
chr11	26692742	rs7128823	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-2.502;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,55:0.21:266
chr11	26694812	rs4278475	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=786;SC=AACTCTGAAGCTGAAACTCAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=26694820;WS=26694802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	26694842	rs4551716	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=923;ReadPosRankSum=1.815;SC=AGTTCTCACACTCACTGCTTT;SOR=0.477;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=49;WE=26694850;WS=26694832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr11	26694979	rs4369354	A	G	4422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=104;PP=2819;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GCTGAACTCCACACCAGCATA;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=128;TCR=148;TR=194;WE=26694987;WS=26694969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,201:0.70:289
chr11	26700099	rs12793773	G	A	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=18;PP=2475;SC=AATAATGAAGGGTGCCTTTGT;SOR=2.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=99;WE=26700120;WS=26700089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	26700112	rs12793784	G	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=28;PP=1973;ReadPosRankSum=-1.858;SC=GCCTTTGTATGTCAGCGTTGA;SOR=0.358;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=105;TCR=33;TR=112;WE=26700120;WS=26700089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,114:0.80:142
chr11	26702482	rs10767569	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	26702664	rs10734383	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	26732923	rs4322349	A	G	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=88;PP=2873;SC=AGAAACAAGAATCAGATTGGC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=66;TCR=88;TR=154;WE=26732931;WS=26732913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	26733085	rs12576268	G	A	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=167;SC=TAGAGGGGATGTAATCATTAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=26733093;WS=26733075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	26734209	rs10742156	C	T	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=180;PP=2965;SC=TGTAGATGACCGTGGCAGCAT;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=129;TCR=180;TR=309;WE=26734217;WS=26734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	27077118	rs10767598	C	T	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=65;PP=2389;SC=ACCTGGATTCCGCAAAAGCAC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=125;WE=27077126;WS=27077108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	27362359	rs17244028	T	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=1151;ReadPosRankSum=1.585;SC=CTCCTGTATTTCAGCTTGCTG;SOR=0.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=56;WE=27362367;WS=27362349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,62:0.77:81
chr11	27390089	rs2447997	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=68;PP=2965;SC=TGCAGTATAGTTTAGTGTAGA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=157;WE=27390097;WS=27390079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	27398845	rs10835171	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr11	27401743	rs2472623	A	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=22;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CATTGTCACTAAAAGACCCTG;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=76;WE=27401751;WS=27401733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr11	27401940	rs2472622	T	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=739;ReadPosRankSum=-1.472;SC=TCATATTTTATGTTTTAAACA;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=35;WE=27401948;WS=27401930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr11	27412535	rs12273521	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=906;SC=CTGTTTTTATCTCAGATGAAA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=27412543;WS=27412525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	27413855	rs1871251	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=518;SC=CTCTGGCCTCTCATACTACTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=27413863;WS=27413845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	27493630	rs200956245	TC	T	650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=28.29;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	27523164	rs151336878	T	TGAAGTTAAAATTTCAGGC	1854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=2957;SC=GAGTTCTCTGTGAAGTTAAAA;SOR=1.280;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=22;WE=27523172;WS=27523154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	27523186	rs10835188	G	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=16;PP=455;SC=TTCAGGCAAAGTTATGCATCT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=27523194;WS=27523176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	27679662	rs2353512	T	C	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=177;PP=2965;SC=TTTTGTCTGCTGCCGTTACCC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=171;TCR=177;TR=347;WE=27679670;WS=27679652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	27695910	rs10835210	C	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=1.183;SC=CAGGAAAGTGCTCATTACTTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=27695918;WS=27695900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr11	27910923	rs6484341	T	A	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=85;PP=2965;SC=CTTTTCTTCATCCTCTGGAAG;SOR=1.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=176;TCR=85;TR=259;WE=27910931;WS=27910913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	28045419	rs12273233	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=777;ReadPosRankSum=1.352;SC=AAGTTTTTAATTTAGTTAAGC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=32;WE=28045438;WS=28045409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr11	28045430	rs34088899	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.458;HP=8;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TTAGTTAAGCATTTTTTTTAT;SOR=0.160;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=5;WE=28045438;WS=28045409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr11	28078254	rs7944852	A	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGCCAGAAGACAGATTGTAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=28078262;WS=28078244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	28106058	rs997555	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AAAGACCCTTCTAACCCTCAG;SOR=0.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=6;WE=28106066;WS=28106048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	28134974	rs60970073	C	A	94.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=41.95;MQRankSum=-1.282;NF=1;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TCTGGCCAAACAGAATACATA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=28134982;WS=28134964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	28232869	rs11030247	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=487;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ATTTTCTTCTTTTTTCCCCAA;SOR=1.362;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=27;WE=28232877;WS=28232859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr11	30033191	rs3802914	G	A	4290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.048;SC=CACCATGCCCGCCAGCACTCA;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=169;WE=30033199;WS=30033181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,176:0.74:238
chr11	30253318	rs611246	A	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=0.270;SC=AGGAAAAAAAACTTTTGAAGC;SOR=0.097;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=15;WE=30253326;WS=30253308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr11	30253641	rs609896	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-1.897;SC=AGCAAGGGTGTTGAAGGTCTG;SOR=0.055;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=5;WE=30253649;WS=30253631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr11	30255185	rs6169	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,43:0.22:195
chr11	30352473	rs35824273	C	CAG	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.210;SC=CAAAATAAAACGGAAAATTTG;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=9;WE=30352481;WS=30352463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr11	30358032	rs149772521	CCT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=17;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=1.645;SC=TATTTTATCTCCTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=17;WE=30358042;WS=30358022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	30435599	rs10767842	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=239;ReadPosRankSum=0.468;SC=CAAGAGAGAAGGTCCATATAA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=30435607;WS=30435590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr11	30438948	rs492604	C	T	97.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=340;SC=GACTTTTCTTCTCGTATTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=30438966;WS=30438938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	30438958	rs11354702	CT	C	88.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	30439230	rs372235541	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.779;SC=GCCACGGCTCCGCTCTGCAAT;SOR=0.269;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=11;WE=30439238;WS=30439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr11	30601733	rs66528013	CT	C	1733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=981;ReadPosRankSum=-1.627;SC=GAATGCTTTTCTTTTTTTTCT;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=53;WE=30601741;WS=30601723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,75:0.78:96
chr11	30902893	rs273613	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=373;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GAATACGGAATGGCACAATAT;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=36;WE=30902901;WS=30902883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,38:0.30:127
chr11	30922081	rs273560	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=2.018;SC=CATTGTTCAACGAATAATGAA;SOR=0.495;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=7;WE=30922089;WS=30922071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr11	30933064	rs273602	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr11	30965855	rs273605	A	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,66:0.27:242
chr11	30974115	rs158633	C	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,19:0.20:93
chr11	31326420	rs2616821	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=12;PP=614;SC=TAGCACTAGATACCAAACTCT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=31326428;WS=31326410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	31327316	rs2616815	C	T	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=101;PP=2965;SC=CTGTGCACTCCTCCAGCAGCT;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=183;WE=31327324;WS=31327306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	31327766	rs2761592	G	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=16;PP=1289;SC=GAAAACTTTGGAACACTAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=66;WE=31327774;WS=31327756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	31436317	rs376332280	T	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,52:0.24:214
chr11	31447933	rs11304706	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	31458730	rs7479413	T	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=514;SC=TCAGGTTTCATATATTTAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=31458738;WS=31458720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	31478058	rs1223067	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr11	31648529	rs2273943	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	31653956	rs4922872	C	A	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=124;PP=2965;SC=GATCCAGGTACGAAATTTCCA;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=79;TCR=125;TR=203;WE=31653964;WS=31653946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	31812215	rs3026393	A	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,18:0.21:85
chr11	31812582	rs2071754	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=660;SC=GCTAGTCCTTCCACTGGCCAC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=31812590;WS=31812572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	31814879	rs3026384	G	A	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=54;PP=1895;ReadPosRankSum=0.882;SC=ACTGTAGTGCGAAAAGCTCTC;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=123;WE=31814887;WS=31814869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,136:0.76:180
chr11	31838252	rs5790869	C	CG	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=19;PP=862;SC=GAGCAGGGGGCGCCACCGCTC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=31838260;WS=31838242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	32113057	rs223045	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=37;PP=1131;SC=CGCCTGGGCGAGAGCCACGCG;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=32113065;WS=32113047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	32118680	.	T	TTC	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr11	32118925	rs223073	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=65;PP=1984;SC=GGGGGCCCAGATCACAAGCTT;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=32118933;WS=32118915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	32119030	rs223072	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=1.792;SC=CCCTCCTCTGTAAACTCAGAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=32119038;WS=32119020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	32122003	rs2281411	C	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=4.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,45:0.23:198
chr11	32122020	rs2073223	T	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,53:0.22:237
chr11	32122268	rs223065	C	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=583;SC=CAAGTCTATACGTCACTCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=32122276;WS=32122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	32124579	rs223060	C	T	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=69;PP=2789;ReadPosRankSum=-2.461;SC=AGTCACTGAACTAAGTCAAAA;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=155;TCR=98;TR=177;WE=32124587;WS=32124569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,180:0.69:260
chr11	32124685	rs223059	G	A	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=172;PP=2965;SC=TCCCCAAGAAGCTGCCTACCA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=141;TCR=172;TR=312;WE=32124693;WS=32124675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	32124978	rs4876	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=0.605;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,51:0.25:203
chr11	32125855	rs223058	A	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=31;PP=1208;SC=AACATCATACAGAACTAGTAC;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=32125863;WS=32125845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	32410774	rs1799937	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,41:0.23:175
chr11	32414333	rs2234593	G	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr11	32437902	rs2234588	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AGGTGGGGGCGGGGGAGAGAG;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=32437922;WS=32437892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	32437914	rs2234587	T	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	32439038	rs2295081	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=512;ReadPosRankSum=-1.924;SC=AAACTGTACTTTCTTCATAAG;SOR=0.749;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=38;WE=32439046;WS=32439028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,39:0.35:113
chr11	32449486	rs1799933	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr11	32449799	rs5030166	G	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr11	32451920	rs66798575	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	32451920	.	TG	GC	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=30;QD=20.8669687156;SC=TTGCCCGGAGTGAAGGCCGAA;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=32451929;WS=32451915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr11	32451921	rs72893517	G	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	32452001	rs72267419	GGAGA	G	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.28;MQRankSum=0.714;QD=33.76;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr11	32456694	rs2234582	C	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,52:0.27:195
chr11	32460575	rs11031784	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,47:0.25:188
chr11	32608473	rs201881	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=436;ReadPosRankSum=0.028;SC=CAGTATTTCCGTTTTAGTTTT;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=27;WE=32608481;WS=32608463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr11	32610388	rs201877	A	T	942.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5139;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=747;ReadPosRankSum=0.701;SC=GCTGTGGCTCATATTAGCTGT;SOR=0.467;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=31;WE=32610396;WS=32610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr11	32610968	rs201876	T	C	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=53.42;NF=6;NR=0;PP=142;SC=TTGATCCTCCTGCCTTGGCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=32610976;WS=32610958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	32615352	rs66536432	A	AT	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=5;PP=1765;SC=TCTTAAAAATATTTTAAATGA;SOR=4.370;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=44;WE=32615360;WS=32615342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	32623419	rs77379922	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=553;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TAGTTTGTTCCGATTATTTCA;SOR=0.246;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=32623427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr11	32624405	rs201893	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.828;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=503;ReadPosRankSum=0.163;SC=CTTTTCTTTTCTTTGGCTGGT;SOR=2.049;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=27;WE=32624413;WS=32624395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr11	32657266	rs201854	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=0.560;SC=CTTCCTCAAATGTTTTTTGAT;SOR=0.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=42;WE=32657274;WS=32657256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr11	32674627	rs172101	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=816;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AATATACTAAAACACAGATAG;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=52;WE=32674650;WS=32674617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr11	32676632	rs61176333	A	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	32676635	rs58867287	C	CATATAT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	32676636	rs58870509	C	CAAGATAATA	241.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	32676638	rs58027589	T	TAC	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	32676640	rs58121007	G	GGTC	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	32676642	rs57068465	A	ATTAAAGTGTATTTTCCCT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	32704946	rs1396995	C	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=0.313;SC=TATCCCCTTTCATATTACTGG;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=5;WE=32704954;WS=32704936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr11	32722320	rs11031943	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	32874926	rs11032025	G	A	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=63;PP=2965;SC=CTCCATTGCCGCCTTCTGTGG;SOR=1.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=114;TCR=64;TR=177;WE=32874934;WS=32874916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	32954344	rs1022586	G	A	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=ATCTCAGACTGTAACTCCTGA;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=32954352;WS=32954334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	32956244	rs7940077	A	G	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=89;PP=2965;SC=AGTGGAGAGAATGCTACATCA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=189;WE=32956252;WS=32956234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	32956620	rs7481878	A	G	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=105;PP=2965;SC=AAAAACAACCAGAAGTCAAAA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=224;WE=32956628;WS=32956610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	32975333	rs7395190	T	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=17;PP=1991;SC=TTAAACTGTTTTGAGTTTTAC;SOR=2.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=85;WE=32975341;WS=32975323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	32988047	rs372426594	CTGTTAGTTATATGTT	C	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.724;NF=0;NR=12;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GAAATCTTGTCTGTTAGTTAT;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=12;WE=32988069;WS=32988037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr11	32990842	rs6416072	G	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=83;SC=TAGTTTGTCTGCTTAGTGTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=32990850;WS=32990832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	33014668	rs7941237	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.119;SC=TCACAGACTGGGTAGCTTATA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=6;WE=33014676;WS=33014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr11	33050100	rs3802790	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=266;SC=TGGTGAGCATATAGTAACTAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=33050108;WS=33050090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	33053005	rs36077875	T	C	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=GCAGAAGCTTTCCTGAGCAAC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=249;WE=33053013;WS=33052995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	33053107	rs966191	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=76;PP=2193;SC=ACTTATCTGACGTTCATAATG;SOR=1.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=114;WE=33053115;WS=33053097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	33053737	rs4511261	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=ATTCACCATTCATTGTTAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=33053745;WS=33053727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	33054562	rs2273536	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=498;SC=CAAATTTCAGGTGTTTTTTGA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=33054570;WS=33054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	33054596	rs2273537	G	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=228;SC=TAAGTAGTTGGACTTTAATTT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=33054604;WS=33054586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	33054754	rs2273539	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=328;SC=GATTTTTCTGCTTAAATATGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=33054762;WS=33054744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33054794	rs2273540	T	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=478;SC=AACTTTTTACTTTTAAACTTT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=33054802;WS=33054784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	33055078	rs1059432	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=192;SC=CATTTGTAAGCGTGGAAGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=33055086;WS=33055068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	33065394	rs1064005	C	T	7437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=100;PP=2965;SC=AGGAAGGCCTCGAAGATGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=158;TCR=100;TR=258;WE=33065402;WS=33065384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	33065547	rs7926030	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=75;PP=2174;SC=GTTTTATGAGGCCTCCTTGTG;SOR=2.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=99;WE=33065555;WS=33065537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	33076191	rs2273544	T	C	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=59;PP=2192;SC=CAGCGAGAGGTGTCACCAACA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=131;WE=33076199;WS=33076181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	33078251	rs4471389	A	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=681;SC=CGGCCTCCAAAAGTGCTGGGA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=33078259;WS=33078241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	33078643	rs2273546	T	C	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	33079445	rs2273548	G	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=14;PP=1021;SC=TTGATTAAACGTAGCTGTGTT;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=33079453;WS=33079435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	33079752	rs7395859	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	33080496	rs11032133	T	C	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=30;PP=2274;SC=AAATCCTTTTTTCTTTCAGAG;SOR=1.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=110;WE=33080504;WS=33080486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	33106616	rs3758741	C	T	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=124;PP=2965;SC=GAGTTTTCTGCAGAGGCGTTT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=250;WE=33106624;WS=33106606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	33106908	rs3834432	C	CTTTATAG	3081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=35;PP=2438;SC=ACTGTGGATACTTTATTTCAT;SOR=2.867;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=36;WE=33106916;WS=33106898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	33113653	rs7950763	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=3;PP=1107;SC=TAAAAATAATTTTAAACAGGT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=33113661;WS=33113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	33113910	rs113144162	A	AT	3196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=29.33;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	33118274	rs7103953	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=413;SC=CTGCCTTTACAAAATGGAGCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=33118282;WS=33118264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	33118529	rs11363325	GC	G	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=1315;SC=ATATACCTATGCAAAAGAAAG;SOR=2.964;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=31;WE=33118537;WS=33118519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	33129997	rs11605353	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=276;SC=AGAATTAATACTATTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=33130005;WS=33129987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33183017	rs3736213	A	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=78;PP=2421;SC=CGCCCACTCAAATATGAATTA;SOR=2.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=102;WE=33183025;WS=33183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	33360886	rs5790925	AT	A	4184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=52;PP=2973;SC=TGAAATTTTGATTTTCTTAGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=80;WE=33360894;WS=33360876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	33362723	rs266470	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=1.934;SC=TAATGATTGCGCATTTTACTT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=6;WE=33362731;WS=33362713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	33369337	rs200480487	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,37:0.25:151
chr11	33370884	rs4756641	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr11	33564123	rs2076623	T	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,100:0.23:437
chr11	33565520	rs56089511	C	G	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CTCTGGCCCACAAGCAATAAC;SOR=0.450;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=325;TCF=180;TCR=145;TR=213;WE=33565528;WS=33565510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,235:0.67:351
chr11	33581153	rs2076627	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CGGTTACTCTTGTCTGTTCCT;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=8;WE=33581161;WS=33581149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	33581262	rs2281381	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,58:0.35:166
chr11	33581306	rs2281380	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=2.737;SC=TTGTGAGCACGTCCAATGCCT;SOR=0.494;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=72;WE=33581314;WS=33581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,75:0.31:242
chr11	33581537	rs3830851	GCCACATACTA	G	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.071;NF=0;NR=9;PP=2937;ReadPosRankSum=-0.840;SC=ATAGTGCCAGGCCACATACTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=9;WE=33581554;WS=33581527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr11	33604885	rs2273117	C	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=761;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TTCCCACAGCCGTGGTGAAGA;SOR=0.324;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=43;WE=33604893;WS=33604875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr11	33604960	rs2273115	C	T	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=58;PP=1980;ReadPosRankSum=-2.021;SC=TCACGGTCATCATCATCATCA;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=139;WE=33604968;WS=33604945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,146:0.76:193
chr11	33628103	rs2076626	T	G	1261.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GTAATGTCCTTAGGCTGTGAG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=46;WE=33628125;WS=33628093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,46:0.90:51
chr11	33628117	rs2076625	A	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=1519;ReadPosRankSum=2.282;SC=CTGTGAGTCTAACATAAATTC;SOR=0.846;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=57;WE=33628125;WS=33628093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr11	33631423	rs2076622	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,38:0.20:190
chr11	33640104	rs768474	A	C	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.550;SC=CTCTGTCTACAGAAGCCGGCA;SOR=0.490;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=233;WE=33640112;WS=33640094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr11	33667333	rs1033543	A	G	8353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=165;PP=2965;SC=AGACCTCCACACTGAGCTCCC;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=125;TCR=165;TR=290;WE=33667341;WS=33667323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	33667596	rs1033542	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=306;SC=AGTCATTCATTCCACCCACCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=33667604;WS=33667586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	33680249	rs11032332	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=509;ReadPosRankSum=0.840;SC=TCGGGACGCCGCCTGAGGTCT;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=14;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr11	33680263	rs12226271	A	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=509;ReadPosRankSum=0.875;SC=GAGGTCTGGGACAGTGCTAAC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=19;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr11	33680371	rs12280103	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,62:0.26:241
chr11	33689712	rs79522431	C	T	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=2085;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GCCTTAGCCCCGTGGGACTCT;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=66;TCR=88;TR=126;WE=33689720;WS=33689702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,132:0.81:162
chr11	33719821	rs831611	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=5;PP=1001;SC=CCACACAAAGTGGGCACTGTA;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=33719829;WS=33719811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	33719850	rs831612	A	G	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=20;PP=1892;SC=ACATGCTGGTAGCAACAAGAA;SOR=2.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=83;WE=33719858;WS=33719840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	33763682	rs3794200	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=50;PP=1523;SC=CAGTTTTTTAGTTATTTCATG;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=33763690;WS=33763672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	33768086	rs7120610	T	G	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=109;PP=2965;SC=TCAATTGCATTCTGGGTATAT;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=203;WE=33768094;WS=33768076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	33773161	rs7479064	G	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=13;PP=432;SC=CACCTATAAAGCAGGAAAGGG;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=33773169;WS=33773151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	33780163	rs1522086	A	T	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=110;PP=2965;SC=AAGGCACAAAAAAGAGTGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=82;TCR=110;TR=192;WE=33780171;WS=33780153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	33790268	rs1915894	G	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=1063;SC=GGCCAAATATGAACAGTAAAT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=33790276;WS=33790258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	33886294	rs2038602	A	G	9497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=144;PP=2965;SC=AGCGGTCCCCAATGTTCTGCT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=201;TCR=144;TR=343;WE=33886302;WS=33886284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	33891357	rs11032432	G	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=411;SC=CCGGCCGCCCGGAGCCCCTCG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=33891365;WS=33891347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	34093349	rs10718447	AT	A	1278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=14;PP=742;SC=AAGATGTTATATTTTTTATTT;SOR=0.829;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=24;WE=34093357;WS=34093339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	34107785	rs4755360	G	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=37;PP=1816;SC=ATTTTAGTCAGACTCTGTAAC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=34107793;WS=34107775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	34113671	rs12419557	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,53:0.23:230
chr11	34113717	rs2982592	C	T	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=66;PP=1857;SC=GTTTTAGTAGCAGACCATATG;SOR=2.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=86;WE=34113725;WS=34113707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	34149199	rs2957512	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=363;SC=CTTGCAGATTTAGGGGCATGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=34149207;WS=34149189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	34152939	rs2957516	T	C	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=76;PP=2965;SC=GCGGACACTGTATGAGGTTTC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=117;TCR=76;TR=192;WE=34152947;WS=34152929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	34153107	rs12419404	G	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=0.012;SC=CACTGGCCCTGTGAAAAGGAG;SOR=0.094;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=17;WE=34153115;WS=34153097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr11	34154641	rs2957518	C	T	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=135;PP=2965;SC=TTCTGCCTCCCGTGCCCCCCA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=142;TCR=136;TR=277;WE=34154649;WS=34154631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	34158411	rs2982615	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=33;PP=2124;SC=GGTAGCTGGTATCGGTGCTAG;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=34158419;WS=34158401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	34158431	rs2957521	T	C	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=35;PP=2263;SC=GCCTGCTATTTGTGGCGTGCT;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=97;WE=34158439;WS=34158421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	34163705	rs2982612	T	C	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=67;PP=2948;SC=TGCAGGTAGATGGAAGAGAAG;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=110;TCR=67;TR=177;WE=34163713;WS=34163695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	34176214	rs2957525	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=12;PP=1672;SC=TGGGCACCCTAGCCCAGGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=68;WE=34176222;WS=34176204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	34188981	rs7120870	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,25:0.17:145
chr11	34188982	rs7120749	A	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=80;PP=1445;SC=ATGGTGAACCAGAGTTAACAA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=133;WE=34188990;WS=34188971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	34189564	rs4756111	A	G	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=142;PP=2965;SC=TGCACGTGCTAAACTGTTTGC;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=133;TCR=142;TR=275;WE=34189572;WS=34189554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	34226041	rs2955944	A	G	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=90;PP=2965;SC=CCCAGCCCTGAGACCTCGCCG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=214;WE=34226049;WS=34226031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	34460472	rs7943316	A	T	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=60;PP=2965;SC=GTCGCCACGGACTCGGGGCAA;SOR=1.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=140;TCR=62;TR=200;WE=34460480;WS=34460462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	34460541	rs1049982	T	C	10687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=182;PP=2965;SC=TGCAGTGTTCTGCACAGCAAA;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=210;TCR=182;TR=392;WE=34460549;WS=34460531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr11	34460711	rs12270780	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=281;ReadPosRankSum=0.080;SC=TTCCCCCGGGGCGGCGCTTGG;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=21;WE=34460719;WS=34460701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr11	34478073	rs2073058	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TAAGGCACTCATCTTAAATTC;SOR=0.389;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=9;WE=34478081;WS=34478063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr11	34502345	rs2231828	T	C	5969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ACTTTTCATATGTCATTCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=207;TCR=148;TR=259;WE=34502353;WS=34502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,267:0.72:369
chr11	34511541	rs2231825	C	A	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GGGTGGCTTGCGCTTGGTTAC;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=133;WE=34511549;WS=34511531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,147:0.69:212
chr11	34514941	rs737254	T	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=620;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TGCTGTGCAATTCACACGATG;SOR=0.454;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=33;WE=34514949;WS=34514931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr11	34527152	rs2231821	A	G	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=32;PP=1721;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTGCACTCAGATGGGCTCCTT;SOR=0.897;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=102;WE=34527160;WS=34527142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,107:0.77:139
chr11	34643780	rs286920	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=635;ReadPosRankSum=0.238;SC=CTGATTTACCATGCTCCCAGG;SOR=0.409;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=39;WE=34643788;WS=34643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr11	34643955	rs12789617	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,60:0.22:277
chr11	34678435	rs435537	C	G	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=127;NR=85;PP=2965;SC=CAATTAAACGCCTCTCATTTT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=212;WE=34678443;WS=34678425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	34680053	rs3818514	G	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=67;PP=2965;SC=TAGATCATTAGTAACCTGCCT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=165;WE=34680061;WS=34680043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	34680598	rs11032804	C	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=19;PP=552;SC=ATGAGGGGAACAAGAAACTAC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=34680606;WS=34680588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	34904399	rs2288667	C	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1264;ReadPosRankSum=0.910;SC=CAGTGTTTATCGAAACAGAGT;SOR=0.485;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=87;WE=34904407;WS=34904389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,99:0.86:115
chr11	34904509	rs2288668	T	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=517;SC=ATTCTATTTTTCCCTCAACAT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=34904517;WS=34904499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	34905145	rs2303957	T	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=493;SC=CAGTTAGACATGCTGTTTGTG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=34905153;WS=34905135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	34909827	rs35393135	GA	G	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.353;NF=17;NR=5;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TAAGAAAAAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.267;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=22;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr11	34909833	rs61752923	A	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=8;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.753;NF=24;NR=5;PP=994;ReadPosRankSum=-0.492;SC=AAAGGAAAAAAAAATACCTAT;SOR=1.163;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=29;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr11	34909926	rs1571133	T	G	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.006;NF=58;NR=48;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GAAAGAGAAGTGTGGCCATCA;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=106;WE=34909934;WS=34909916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,114:0.72:159
chr11	34910077	rs1571134	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=0.769;SC=ATATGGTTATGGGCTTATTTT;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=34910085;WS=34910067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr11	34910433	rs1977421	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr11	34912289	rs2915224	T	A	217.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTGGTGGCATTGTAGAATATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=34912297;WS=34912279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr11	34916484	rs1326940	A	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TGTTCTTTGGATATAACACAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=63;WE=34916492;WS=34916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
chr11	34916657	rs61734605	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=640;ReadPosRankSum=1.639;SC=TGCTCCTTGTCCTTAAAAAGA;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=42;WE=34916665;WS=34916647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr11	34916710	rs1326941	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCAAGTAACTATTCCAGCTGG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=24;WE=34916718;WS=34916700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr11	34918273	rs34774694	G	GCAA	4244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.619;NF=29;NR=26;PP=2518;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GCATAATAAAGCAACAACAAC;SOR=0.825;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=55;WE=34918283;WS=34918263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,102:0.73:139
chr11	34918375	rs2986429	A	G	7881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=133;PP=2965;SC=GTGACCTTGAACTTCAATTTT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=145;TCR=134;TR=278;WE=34918383;WS=34918365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	34918540	rs144924691	CACA	C	1498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=1433;ReadPosRankSum=2.244;SC=TGGAGAAAATCACAACAAGGA;SOR=1.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=33;WE=34918550;WS=34918530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr11	34918570	rs72930433	G	A	658.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=542;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTACAGATCCGGTCACTGGGT;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=34918578;WS=34918560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr11	34937901	rs2956112	A	G	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=125;PP=2965;SC=AGCCTGGGATACGGCAGCGAG;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=83;TCR=127;TR=208;WE=34937909;WS=34937891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	34938001	rs113073242	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=1.806;SC=CCGCCGGCTGAGATATCCAGC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=16;WE=34938009;WS=34937991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr11	34938071	rs139999735	GGGC	G	136.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr11	34938074	rs112032820	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=1122;ReadPosRankSum=1.403;SC=GGTTGGGGGGCGGGGGTTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=33;WE=34938087;WS=34938061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr11	34938079	rs375130125	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.870;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr11	34938115	rs2956110	C	A	766.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=2.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=597;ReadPosRankSum=-1.629;SC=CCGCTAGCGTCTGGGGGCGTG;SOR=0.948;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=31;WE=34938123;WS=34938105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chr11	34938199	rs3818401	C	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGAAGGCCGTCAAGATGGCGG;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=18;WE=34938207;WS=34938189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr11	34938265	rs2956109	C	T	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.29;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	34938265	.	CGGCC	TGGCC,TGGCT	1746	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=93,20;NR=60,13;PP=1746,278;QD=11.639027533;SC=TGGGCTTCCCCGGCCGCCGAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=153,33;WE=34938277;WS=34938255;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:155
chr11	34938269	rs1049306	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,36:0.20:176
chr11	34938310	rs1049307	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,39:0.20:198
chr11	34953055	rs12289218	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.440;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.240;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,18:0.18:101
chr11	34953088	rs34345153	G	GT	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.632;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr11	34963416	rs2986407	T	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=55;PP=1494;SC=GGCCCCCGGGTGGGCCTCTGC;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=105;WE=34963424;WS=34963406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	34963459	rs11032942	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr11	34969112	rs11539202	A	G	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=78;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGCTGTGGTTACCTTAGATGC;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=167;WE=34969120;WS=34969102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,178:0.71:251
chr11	34978873	rs147205484	CTACT	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=293;ReadPosRankSum=2.148;SC=AAAGAACAAACTACTTAATGC;SOR=0.478;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=8;WE=34978884;WS=34978863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr11	34978892	rs2243948	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=722;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GCAGTCATGGGGTTTTACTTC;SOR=1.225;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=33;WE=34978900;WS=34978882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr11	34979095	rs79170416	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,63:0.26:244
chr11	34982141	rs7924969	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.275;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr11	34982146	rs2732554	T	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.26;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr11	34982146	.	TTC	GTA	1916	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=32;PP=1916;QD=54.7074409684;SC=AAAGAGCTTATTCAGTCTTAA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=36;WE=34982156;WS=34982131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr11	34982148	rs2767036	C	A	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr11	34988343	rs61760973	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr11	34991727	rs497582	T	C	4339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=87;PP=2823;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TTCGAAGAGTTATTGCCAAGA;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=126;TCR=116;TR=177;WE=34991735;WS=34991717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,188:0.73:257
chr11	34999484	rs733567	G	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=351;SC=TAATATTATTGATCCAGGACC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=34999492;WS=34999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr11	35229673	rs1467558	T	C	9604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=149;PP=2965;SC=AGTCATAGTATAACGCTTCAG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=206;TCR=149;TR=355;WE=35229681;WS=35229663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	35232869	rs149768341	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,41:0.22:187
chr11	35244044	rs7116739	G	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=788;ReadPosRankSum=0.980;SC=CAGTCACCTCGCTAGAACTGA;SOR=0.775;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=27;WE=35244066;WS=35244034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr11	35244058	rs7116432	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=788;ReadPosRankSum=0.795;SC=GAACTGACACATGGGCTGTTT;SOR=0.549;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=24;WE=35244066;WS=35244034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr11	35287000	rs35055326	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr11	35302668	rs2236273	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.667;SC=CCCCCACCCCATACTCTCCAC;SOR=1.387;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=10;WE=35302676;WS=35302658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr11	35323200	rs2273689	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr11	35344345	rs7115450	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AGAACCAGGAAGCAGAGATTT;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=20;WE=35344353;WS=35344335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr11	35453796	rs11344760	GC	G	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=741;SC=CCCTGGCACAGCCCAAGTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=18;WE=35453804;WS=35453786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	35456453	rs675227	G	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=0.265;SC=AAGGTGAACTGTATGGGCATG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=22;WE=35456461;WS=35456443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr11	36031593	rs262404	G	A	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=28;PP=2163;SC=GGACTGAAGAGTATAACCTAC;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=104;WE=36031601;WS=36031583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	36057626	rs262451	G	A	7897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=104;PP=2965;SC=TTGCTGTGCCGTCTGACCTGT;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=179;TCR=104;TR=283;WE=36057634;WS=36057616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	36103381	rs3740962	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=67;PP=2092;SC=CCGCCAGCCAAACTTGTCCAC;SOR=2.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=83;WE=36103389;WS=36103371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	36120177	rs2291876	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=328;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CCGTGTTTACGTGGCTTTAAC;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=23;WE=36120185;WS=36120167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr11	36251046	rs4755444	G	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=73;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.458;SC=ACCTGTAAGGGTGTCTCAAGT;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=109;WE=36251054;WS=36251036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,115:0.79:145
chr11	36293048	rs7107433	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AAAAGCCCCAGAGAGATGGTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=78;WE=36293056;WS=36293038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr11	36298555	rs2289986	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=506;ReadPosRankSum=-1.436;SC=TTGGTTTCTGCCAAAATCTCT;SOR=1.127;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=28;WE=36298563;WS=36298545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr11	36311014	rs7939948	G	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.178;SC=TCACGTGGCTGTCGCTGTTGT;SOR=0.157;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=69;WE=36311022;WS=36311004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,75:0.80:94
chr11	36422532	rs59943655	T	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AATAAAAGCTTCCCTCTCTTT;SOR=0.241;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=8;WE=36422540;WS=36422522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr11	36422701	rs78731804	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,72:0.20:352
chr11	36422792	rs330261	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,39:0.16:243
chr11	36424729	rs7120381	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GATGGAGAGTGTGGCCAGGTT;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=65;WE=36424737;WS=36424719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,72:0.84:86
chr11	36424988	rs12292430	G	A	428.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5049;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.548;NF=1;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GGGGCATAGGGGCTACCGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=36424996;WS=36424978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr11	36453506	rs746761	T	C	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=67;PP=2091;SC=TGTGACTCAGTCTTTGATGTC;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=96;WE=36453514;WS=36453496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	36484208	rs514352	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=69;PP=1981;SC=CCAACATCACTGACAACCCTG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=120;WE=36484216;WS=36484198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	36514290	rs2303439	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=444;SC=ACATTGGCAGTTGAATAGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=36514298;WS=36514280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	36518824	rs3830511	T	TA	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=55;PP=2158;SC=ATCCTATAATTAAAAAAATAA;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=73;WE=36518832;WS=36518814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	36595600	rs3740955	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=6.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,62:0.26:240
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chr11	36655089	rs3758874	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr11	42262449	rs10837795	G	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=263;SC=CTTTATGAAGGAAAAAAACCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=42262457;WS=42262446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	43348322	rs5743236	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=0.590;SC=TTAGGACTGCTTCATGGATTC;SOR=0.097;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=43348330;WS=43348312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr11	43357037	rs5743253	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=0.703;SC=ATATGACTTAAAATGTAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=43357045;WS=43357027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	43413158	rs67884453	TTGCG	T	615.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.548;NF=2;NR=16;PP=199;ReadPosRankSum=1.534;SC=TTTTTTTTTTTTGCGTTGCGT;SOR=0.481;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=18;WE=43413169;WS=43413147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr11	43419451	rs368934799	CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	C	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.527;QD=28.64;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=2.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr11	43472895	rs6485426	G	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=89;PP=2849;SC=CTAAGTGTCTGTAACCTCTTC;SOR=1.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=38;TCR=89;TR=127;WE=43472903;WS=43472885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	43515304	rs12276980	C	G	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCTCACATTTCTCTCCTTGGC;SOR=0.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=63;WE=43515312;WS=43515294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr11	43702530	rs56168061	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=728;ReadPosRankSum=1.572;SC=GGCTCGGAGAATGGGCAGGTG;SOR=0.292;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=39;WE=43702538;WS=43702520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr11	43702615	rs4573668	G	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=405;SC=TAGTTCTGGGGTCTGCTCCTG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=43702623;WS=43702605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	43776481	rs7115919	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,40:0.21:195
chr11	43852491	rs6485471	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=478;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CCTGCATCCTTGGCCATCATG;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=40;WE=43852499;WS=43852481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr11	43861748	rs10734518	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CATTAAAAACGTGGTTTCTTT;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=43861756;WS=43861738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	43876435	rs3736505	A	G	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1736;ReadPosRankSum=-2.221;SC=TTTTTGAATCACAAATCAATA;SOR=0.515;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=126;WE=43876443;WS=43876425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,134:0.75:179
chr11	43876698	rs11555762	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=965;ReadPosRankSum=0.249;SC=CCCTAGGGCTCGATAATCTCA;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=60;WE=43876706;WS=43876688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr11	43905440	rs2271818	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=5.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TAGTTTTTAACTTTATTTTGA;SOR=2.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=12;WE=43905448;WS=43905430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr11	43908104	rs3740983	T	G	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CCACTGGGTATAGCATATTGT;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=153;TCR=82;TR=169;WE=43908112;WS=43908094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,174:0.72:243
chr11	43908230	rs7101434	C	T	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AAGAAGTGACCGTAATTATCA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=109;TCR=159;TR=198;WE=43908238;WS=43908220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,205:0.74:277
chr11	43911365	rs2434478	T	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AACAGAGGACTGGCATCAGAG;SOR=0.343;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=128;WE=43911373;WS=43911355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr11	43940506	rs34866196	AT	A	310.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=221;ReadPosRankSum=1.800;SC=AGAGGTTTCCATTTTTTTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=43940514;WS=43940496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr11	43940566	rs7926534	T	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AAACATTTATTACAACAAATG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=43940574;WS=43940556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	43940644	rs1048928	G	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,43:0.25:175
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chr11	43947990	rs12797684	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=506;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CAGGCCACTTTCAAACTCTGT;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=39;WE=43947998;WS=43947980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
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chr11	44073175	rs79692985	A	T	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1660;ReadPosRankSum=-1.813;SC=ATTGGTTTTGACTTCTGCCTC;SOR=0.369;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=102;WE=44073183;WS=44073165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,108:0.76:143
chr11	44080210	rs2074051	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=951;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGGCTGGTTCTGCCTCATCTT;SOR=1.079;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=64;WE=44080218;WS=44080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr11	44089161	rs178514	G	A	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=53;PP=2573;SC=AGGCCTGTGCGTTTTGTCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=136;WE=44089181;WS=44089151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	44092880	rs2074039	C	T	4352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=113;PP=2909;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GTCCTAGGGCCCCTCTAGGGG;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=245;TCF=91;TCR=154;TR=176;WE=44092888;WS=44092870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,186:0.70:265
chr11	44096115	rs79453091	G	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=1763;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GATGCACCGTGGGTTGGGGAC;SOR=0.876;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=105;WE=44096123;WS=44096105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,109:0.67:162
chr11	44096238	rs178521	G	A	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.508;NF=29;NR=65;PP=1708;ReadPosRankSum=1.239;SC=GAATGTGAGTGGCCCCCTCCA;SOR=1.129;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=47;TCR=95;TR=94;WE=44096246;WS=44096228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,102:0.70:146
chr11	44096284	.	CTCTTTCTTTCTT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.003;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr11	44096322	.	CTT	C	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.921;QD=22.12;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	44096330	rs61491891	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	44096334	.	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.89;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	44098751	rs2074041	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=675;ReadPosRankSum=1.014;SC=GGCTTGGAGAGGGACTGGGGA;SOR=1.356;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=30;WE=44098759;WS=44098741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr11	44098969	rs2074042	G	A	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2347;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GCCTGCCTGTGGTCAAGAGTT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=88;TCR=106;TR=146;WE=44098977;WS=44098959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,153:0.75:204
chr11	44098985	rs2074043	G	A	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1849;ReadPosRankSum=0.072;SC=GAGTTTCCTGGGTCTGAATTT;SOR=0.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=116;WE=44098993;WS=44098975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,123:0.75:165
chr11	44101118	rs7950395	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=996;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GGTCTACATGCTGTCCGTGTT;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=61;WE=44101126;WS=44101108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr11	44104701	rs79395013	C	CCT	6049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=1.292;SC=GATCTTCTGGCCTCTTTCACC;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=78;WE=44104709;WS=44104691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,156:0.65:241
chr11	44104981	rs3107275	C	T	4393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CAGTACCTGCCCAAGGGCACC;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=179;WE=44104989;WS=44104971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,187:0.68:276
chr11	44117876	rs112082531	G	A	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=995;ReadPosRankSum=2.615;SC=GACGAGGTAGGGAAGGGGCCA;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=64;WE=44117884;WS=44117866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,68:0.72:94
chr11	44117898	rs11037860	T	G	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GGGCATGTTATGCCGGGGACT;SOR=1.473;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=45;WE=44117906;WS=44117888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr11	44129086	rs11037864	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	44135929	rs191900530	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGGTGGGCATCAAAGCAACCA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=16;WE=44135937;WS=44135919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr11	44135994	rs11606743	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=0.237;SC=ATCTTTCCCACCTCCATGCAG;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=44136002;WS=44135984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	44146257	rs10769018	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=816;ReadPosRankSum=-2.967;SC=ACTTACTGTCATAAGTTTAAT;SOR=0.383;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=55;WE=44146265;WS=44146247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr11	44151457	rs7125352	T	C	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=39;PP=2965;SC=GGGAAAGAGATAATACTTACC;SOR=2.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=112;TCR=39;TR=151;WE=44151465;WS=44151447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	44257708	rs151110171	GGT	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.059;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr11	44286566	rs3802805	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,73:0.27:269
chr11	44289071	rs12419361	G	A	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=47;PP=2883;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CTCGGGTGAGGAGGGGCAGCT;SOR=0.323;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=186;TCF=131;TCR=55;TR=150;WE=44289079;WS=44289061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,157:0.81:194
chr11	44289289	rs10742699	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=63;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.360;SC=CGTTTGGGAAACGGTGCGGCC;SOR=4.258;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=89;TCF=6;TCR=83;TR=65;WE=44289297;WS=44289279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr11	44289312	rs10769024	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=32;PP=807;ReadPosRankSum=-0.672;SC=ACATAAATATCAACCTTGGTC;SOR=3.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=32;WE=44289320;WS=44289302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr11	44296828	rs11037927	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TCAGGAGACCCCAACTGCAGC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=16;WE=44296836;WS=44296818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr11	44296946	rs11037928	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,73:0.20:366
chr11	44297054	rs10769028	T	C	15659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=296;NR=273;PP=2965;SC=TGTTGCTCTCTGAGTCGGCCT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=569;TCF=296;TCR=273;TR=569;WE=44297062;WS=44297044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr11	44297253	rs11037929	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr11	44297343	rs11037930	C	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=374;SC=ATGCGAGGTCCGGAGACTTGG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=44297351;WS=44297333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	44331309	rs12421995	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GGCTGCGGCGGCGGCTGGGGC;SOR=1.048;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=64;WE=44331317;WS=44331299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr11	44331509	rs3824915	C	G	6821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=1.172;SC=GGGAAATGCCCTAAAAGGCGA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=446;TCF=208;TCR=238;TR=307;WE=44331517;WS=44331499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,309:0.69:446
chr11	44585933	rs934178	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CTTACTCCACTCGTACAAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=88;WE=44585941;WS=44585923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,97:0.75:130
chr11	44608866	rs7930303	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=10;PP=1337;SC=GGAAAGAGGCTACATGAGCCT;SOR=2.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=59;WE=44608874;WS=44608856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	44609129	rs7118753	T	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=347;ReadPosRankSum=0.326;SC=CTGAGAGGAGTGGTGGGTTGG;SOR=0.409;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=24;TCR=77;TR=28;WE=44609137;WS=44609119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr11	44609198	rs7102843	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GCCCTCAGGTGTTCAGTCTGA;SOR=0.972;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=44609206;WS=44609188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	44627168	rs11604994	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=1.593;SC=CGGCAGGTGTGGGCAGTCCCC;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=44627176;WS=44627158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr11	44636684	rs12788360	G	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=8;PP=1061;SC=CCCTGGGAGCGCCAGGAAAGT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=44636692;WS=44636674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	44636839	rs883752	C	T	8009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=142;PP=2965;SC=AGGAGATGGGCGGCATCGTGA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=148;TCR=142;TR=290;WE=44636847;WS=44636829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	44639921	rs2303863	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=9.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr11	44640268	rs1139971	A	G	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=TGTGGCCATCATCGAGGTCTG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=190;WE=44640276;WS=44640258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	44640640	rs7107335	C	G	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.991;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,114:0.21:538
chr11	44919495	rs10838380	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=929;ReadPosRankSum=1.223;SC=GTGTCTCCTTCGGTCTTTCCC;SOR=0.360;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=48;WE=44919503;WS=44919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr11	44924950	rs5791652	GC	G	3112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.209;NF=27;NR=32;PP=2334;ReadPosRankSum=1.733;SC=GAAAGTCAGGGCAGGAATAAC;SOR=1.204;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=59;WE=44924958;WS=44924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,89:0.68:131
chr11	44925359	rs11456363	C	CT	1282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.903;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,60:0.19:311
chr11	44925416	rs139330815	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.228;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,28:0.16:172
chr11	44928135	rs2306665	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=1.149;SC=CACAGGGGCCGGCGCTAGAGG;SOR=0.201;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=21;WE=44928143;WS=44928125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr11	44940828	rs2291334	G	A	5895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CGACACAGACGTCTTCTCTGC;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=336;TCF=182;TCR=154;TR=257;WE=44940836;WS=44940818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,265:0.75:351
chr11	44948052	rs835988	G	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=0.588;SC=CTGCCAAGTCGCTGTTTCTGG;SOR=0.206;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=10;WE=44948060;WS=44948043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr11	44950784	rs835990	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=59;PP=1672;SC=CCAGCACCCAGTGTCCTCCCG;SOR=1.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=44950792;WS=44950774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	44952285	rs10838390	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=976;ReadPosRankSum=3.486;SC=CAGTGGGAGACGGCAGTGCAA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=49;WE=44952293;WS=44952275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr11	44959083	rs12792390	C	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,35:0.27:131
chr11	44959213	rs2279363	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=0.925;SC=CAGCTCTCAGCGCCCCCACTC;SOR=0.153;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=44959221;WS=44959203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr11	45230443	rs12226640	T	C	5557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=2.154;SC=CACACCTGGCTGAGCGTAAGA;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=327;TCF=194;TCR=133;TR=236;WE=45230451;WS=45230433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,241:0.72:336
chr11	45230862	rs3781705	C	A	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.732;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TATCACCAGTCCCCCCCGCCA;SOR=0.141;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=99;TCR=156;TR=208;WE=45230870;WS=45230852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,197:0.85:233
chr11	45234877	rs11038356	T	C	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TGTCCCGTGGTGGCAGGCCTT;SOR=0.945;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=320;TCF=140;TCR=180;TR=234;WE=45234885;WS=45234867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,233:0.73:319
chr11	45235433	rs3781704	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=-2.278;SC=GGGAAGAGGAGGCAGGGGGCA;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=18;WE=45235441;WS=45235423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr11	45672261	rs3802762	A	G	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=116;PP=2965;SC=AGGAGGAGCCACTGCGCGTGG;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=226;WE=45672269;WS=45672251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	45832935	rs1139266	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=8;PP=226;SC=GTACACAGGCGGGGCCAGCAC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=45832943;WS=45832925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	45834044	rs4756027	C	T	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=24;PP=2143;ReadPosRankSum=1.632;SC=GGCTGGGACGCCCAAGATCAA;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=103;WE=45834052;WS=45834034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	45834198	rs7943306	T	C	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=135;PP=2965;SC=TTCATGAGGGTTCCGCCCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=94;TCR=135;TR=229;WE=45834206;WS=45834188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	45868850	rs11394694	C	CG	6464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=84;PP=2970;SC=CGTGAGGGGGCGGGCCTGTTC;SOR=0.944;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=23;TCR=94;TR=107;WE=45868860;WS=45868840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	45877529	rs2292913	A	G	6515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=115;PP=2965;SC=TGTGGACTCCACAGGTTCCTA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=240;WE=45877537;WS=45877519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	45877688	rs2292912	C	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=932;SC=CTGTCCCTGACGGTTTCCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=45877696;WS=45877678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	45883914	rs4755343	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=498;SC=CTCAGCATTTTTGGGTTAAGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=45883922;WS=45883904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	45891508	rs4755345	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=405;SC=CTTGCCTTCAATGGAAGGGTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=45891516;WS=45891498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	45926445	rs2271847	T	C	13369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=231;NR=268;PP=2965;SC=CCAAGACTTGTGATGAAGAGG;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=499;TCF=231;TCR=268;TR=499;WE=45926453;WS=45926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr11	45935253	rs2271845	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=6;PP=1692;SC=CCGGACAACACACAGTGCTTG;SOR=4.310;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=61;TCR=6;TR=67;WE=45935261;WS=45935243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	45935384	rs1132349	A	G	11175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=200;PP=2965;SC=AGAAGCGGTCATAGAAAGGAG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=411;TCF=210;TCR=201;TR=409;WE=45935392;WS=45935374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr11	45936035	rs3802758	G	A	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=54;PP=2965;SC=ACACAAGGGCGGCAGATGAGC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=149;WE=45936043;WS=45936025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	45937267	rs10742772	C	T	16126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=325;NR=268;PP=2965;SC=GCCAGCTGGACGAGGGCGATG;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=594;TCF=326;TCR=268;TR=593;WE=45937275;WS=45937257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr11	45937968	rs3215273	CTA	C	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1205;SC=CACCCACAGACTATGTGGAAA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=25;WE=45937977;WS=45937958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	45944994	rs33927614	G	GC	3212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=54;NR=16;PP=2975;SC=GAGAAGGGGGGCTGCTGCCGA;SOR=2.468;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=70;WE=45945002;WS=45944984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	45949201	rs884668	C	T	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=104;PP=2965;SC=ACGGGGCATGCGTGGGACCCC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=94;TCR=104;TR=197;WE=45949209;WS=45949191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	45949534	rs939105	C	T	6188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TGCCGGCATTCGAGACCCTGC;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=121;TCR=91;TR=211;WE=45949542;WS=45949524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,219:1.00:220
chr11	45959669	rs10742773	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=3;PP=1538;SC=GTGTCTTTGTCCTCCTCGGCC;SOR=4.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=55;WE=45959677;WS=45959659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	45987091	rs151169176	A	T	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1234;ReadPosRankSum=1.240;SC=TAAGCTGAGGAGCTGCGAGCA;SOR=0.429;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=76;WE=45987099;WS=45987081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,78:0.64:122
chr11	46105688	rs2932515	G	A	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=45;PP=2823;SC=CTTAACAACAGTGTGGGAGAA;SOR=1.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=95;TCR=45;TR=139;WE=46105696;WS=46105678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr11	46342259	rs79068197	A	AG	12320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=95;PP=2936;SC=TTCTCTCTCCAGGATCTGGGC;SOR=1.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=192;WE=46342267;WS=46342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr11	46369238	rs76656670	C	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-0.991;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr11	46393757	rs3740976	C	T	4082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=86;PP=2717;ReadPosRankSum=1.475;SC=AGGGCTCGGGCGGGGGTTGGG;SOR=0.674;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=254;TCF=132;TCR=122;TR=185;WE=46393765;WS=46393747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,185:0.73:255
chr11	46403649	rs20542	G	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=1616;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TCCTCGCCCTGCTGGCGCTCA;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=116;WE=46403657;WS=46403639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,128:0.70:183
chr11	46534546	rs3802890	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AAGAGCTGCAAAACTCCCACA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=46534554;WS=46534536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr11	46569434	rs58268270	CA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	46686260	rs10838610	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr11	46694313	rs67065551	GTC	G	6664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=71;PP=2957;SC=TTGGTGTGGAGTCGCAGAAAG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=83;WE=46694322;WS=46694303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	46701108	rs72912170	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=993;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ACCCCCAGCAGTCTTCCCTGG;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=50;WE=46701116;WS=46701098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr11	46702920	rs4268467	T	C	5688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.621;SC=CCTTGATGTTTTTCTTGTACC;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=203;WE=46702928;WS=46702910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr11	46722731	rs4752928	T	C	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=77;PP=2689;SC=TCCTCAGTCTTCTCTCCTCCG;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=140;WE=46722739;WS=46722721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	46744925	rs2070852	G	C	14346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=253;NR=239;PP=2965;SC=GCAATTTCCTGTTCCAGAATC;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=254;TCR=239;TR=492;WE=46744933;WS=46744915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr11	46760466	rs3136515	G	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=396;SC=GGATTGGATGGGTAGGGTGAG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=46760474;WS=46760456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	46760756	rs3136516	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,34:0.22:152
chr11	46774672	rs72895811	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=627;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AATAAATCAACTTCCTAGGCA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=29;WE=46774680;WS=46774662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr11	46776697	rs4237546	A	G	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=52;SC=AAACTTCTCCATAAGAATATT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=46776705;WS=46776687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	46802094	rs6485691	C	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=348;SC=TACTCAATAACGTTTTATAAA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=46802102;WS=46802084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	46812227	rs7940578	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=359;SC=GTGTCTCATATTGTTGTCGAG;SOR=4.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=46812235;WS=46812217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	46822686	rs10734549	C	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=14;PP=1303;SC=AAGCAAACAGCAAACTAGGCC;SOR=2.265;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=58;WE=46822694;WS=46822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	46837625	rs59649961	AC	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	46837631	.	CCA	C	509	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=18;NR=3;PP=509;QD=25.4285714286;SC=AACGACCCCCCCATTCCCCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	46837633	rs58152993	AT	A	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	46837634	.	T	A	498	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=17;NR=2;PP=498;QD=28.0405901341;SC=GACCCCCCCATTCCCCCCAAC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr11	46840119	rs67178247	TG	T	1031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=673;SC=ACTATTAATCTGGGGGGGGAG;SOR=5.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=30;WE=46840127;WS=46840109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	46884447	rs72897626	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ATCCCCTCCCCTTGAGTGTGG;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=27;WE=46884455;WS=46884437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr11	46889713	rs2306026	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=573;SC=CATAAACATCTACATATGGCC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=46889721;WS=46889703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	46890165	rs3816614	C	T	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=81;PP=2965;SC=GGAGCAGGGCCGGCTATCAGG;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=125;TCR=81;TR=206;WE=46890173;WS=46890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	46890388	rs2290884	C	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=61;PP=1986;SC=AGGAGAGATACAACCGCGAGG;SOR=2.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=46890396;WS=46890378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	46893108	rs2306029	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,45:0.22:202
chr11	46897253	rs2306032	G	C	8871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=161;PP=2965;SC=AGGAGAGGGTGGGGGGTGGTG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=143;TCR=161;TR=303;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	46897995	rs964551	G	T	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=48;PP=2965;SC=ACACTACCCAGTGCGATACAG;SOR=1.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=117;TCR=48;TR=165;WE=46898003;WS=46897985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	46898771	rs6485702	T	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=38;PP=1666;SC=TCTACTCCAATGGCAATGGTG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=46898779;WS=46898761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	46907827	rs2306027	C	T	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=56;PP=2352;SC=GAAGCCCTTCCCTGGAGAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=102;WE=46907835;WS=46907817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	46911457	rs2306035	T	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=20;PP=1617;SC=ACCTCAACCATGAGGCTACTT;SOR=2.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=46911465;WS=46911447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	46911704	rs2306036	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=36;PP=1184;SC=TCAGTCTGGACGTGGTCTGCC;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=46911712;WS=46911694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	46914583	rs10838631	T	C	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=22;PP=1584;SC=ACAGCAACACTTTCCGGTGGG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=46914591;WS=46914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	46914598	rs10769215	A	G	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=33;PP=1772;SC=GGTGGGCCCCATCCAGATTGG;SOR=1.462;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=101;WE=46914606;WS=46914588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	46917983	rs898604	G	A	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=97;PP=2819;SC=AGACAGATGAGACTCAAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=150;WE=46917991;WS=46917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	46969616	rs2867207	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=59;PP=2197;SC=GTAAGATATATGAAAGGCCAC;SOR=0.944;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=147;WE=46969624;WS=46969606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	47009041	.	G	GT	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=398;SC=GGTGCAGCTAGTTTGTCCAGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=47009049;WS=47009031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	47185680	rs11039114	G	A	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=113;PP=2965;SC=CCTCACGGCAGCACAGAGCCA;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=150;TCR=113;TR=262;WE=47185688;WS=47185670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	47187067	rs7117346	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr11	47188314	rs4752820	T	C	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=59;PP=2850;SC=CACTTACCTCTGCATCCACCT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=148;WE=47188322;WS=47188304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	47188411	rs3740691	C	T	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=143;PP=2965;SC=TGAGCTCCGGCTCTCCACTTC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=139;TCR=143;TR=281;WE=47188419;WS=47188401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	47189416	rs34204386	TA	T	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=3.246;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr11	47194894	.	G	A	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1512;ReadPosRankSum=0.435;SC=CTGTCCACACGGCCAGGCAGT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=97;WE=47194902;WS=47194884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,107:0.76:140
chr11	47204175	rs2279438	A	T	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=74;PP=2705;SC=GGGCTGTCAGATGGGCTCCTC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=153;WE=47204183;WS=47204165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	47238522	rs326212	T	C	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=80;PP=2564;SC=ACCCCAGCACTGTGGCTGTGG;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=149;WE=47238530;WS=47238512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	47238665	rs326211	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=419;SC=AGTGGTTCGCACCTGTAATCC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=47238673;WS=47238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	47251199	rs830085	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=419;ReadPosRankSum=-1.284;SC=AGAGAAACTCGAATCAACTCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=29;WE=47251207;WS=47251189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr11	47259668	rs326222	T	C	6661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TCTCCTCATGTTGACACTCTT;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=352;TCF=149;TCR=203;TR=267;WE=47259676;WS=47259658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,282:0.76:371
chr11	47260272	rs2013867	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr11	47260319	rs901746	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,19:0.17:113
chr11	47261762	rs145420520	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=2.614;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,47:0.21:228
chr11	47267408	rs71949967	CGT	C,CGTGT	852.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.040;NF=0,0;NR=34,34;PP=696,338;ReadPosRankSum=0.255;SC=CAACACAAGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=1;TCR=78;TR=34,34;WE=47267419;WS=47267398;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.57:51
chr11	47270255	rs2167079	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ACTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=0.725;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=310;TCF=163;TCR=147;TR=100;WE=47270263;WS=47270245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,109:0.33:331
chr11	47280653	rs12221497	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.637;SC=TGATAAAAGGGAGGATCAGGT;SOR=0.187;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=9;WE=47280661;WS=47280643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr11	47298360	rs326214	G	A	5815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACCCACTGGAGTATATGTTTC;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=329;TCF=155;TCR=174;TR=248;WE=47298368;WS=47298350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,257:0.76:338
chr11	47303821	rs41301449	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TATCTCTCCCCTTGATGTTGG;SOR=0.648;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=7;WE=47303829;WS=47303811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr11	47304596	rs79732683	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=115;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CACAGAGAAGGCAAAGTCTCA;SOR=0.052;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=14;WE=47304604;WS=47304586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr11	47305660	rs12573962	G	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,24:0.19:129
chr11	47305669	rs3816725	T	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,27:0.18:148
chr11	47306628	rs3736101	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,37:0.16:236
chr11	47307332	rs148495681	G	GTCATTA	320.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=371;SC=GGACAGATTAGTCATTATGCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=47307340;WS=47307322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	47312045	rs3816724	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-0.384;SC=ATCAGCTCATCTTTCCTTGAA;SOR=0.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=5;WE=47312053;WS=47312035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr11	47330761	rs3217594	CTT	C	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.269;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,20:0.17:121
chr11	47330991	rs41304347	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=846;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CAGCAAACTCAGCCTCCTCCC;SOR=0.478;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=279;TCF=129;TCR=150;TR=81;WE=47330999;WS=47330981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,84:0.29:287
chr11	47331116	rs1017594	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=94;PP=2965;SC=AGATCGCTTGTTGGCCACACT;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=170;WE=47331124;WS=47331106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	47345916	rs2290149	T	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,105:0.27:392
chr11	47350287	rs2305280	G	A	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=86;PP=2354;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GATGGGCCACGGTGCGCAGGG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=38;TCR=112;TR=114;WE=47350295;WS=47350277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,122:0.77:158
chr11	47350553	rs10838693	G	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,59:0.23:258
chr11	47354787	rs1052373	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=786;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ACCCCCAGAGCTCCGTGTTGC;SOR=0.872;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=68;WE=47354795;WS=47354777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,71:0.33:218
chr11	47361084	rs2856653	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=1.029;SC=GTCTCTCCCATGGGGTAGCCA;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=12;WE=47361092;WS=47361074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr11	47362431	rs2697926	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=9;PP=1939;SC=GGCAAAGCTGAAGCTGGGCCC;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=75;WE=47362439;WS=47362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	47364762	rs896818	A	G	8114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=144;PP=2965;SC=AGTGCGCCCCATGATAATCCC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=140;TCR=145;TR=284;WE=47364770;WS=47364752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	47365014	rs11570078	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CACCTCCACCCGAGCCCCCCT;SOR=0.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=30;WE=47365022;WS=47365004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr11	47369443	rs11570058	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr11	47370041	rs3729989	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,65:0.18:367
chr11	47380061	rs10734557	A	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=21;PP=2191;SC=ACACCCACTCACACAGCCACT;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=96;WE=47380069;WS=47380051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	47380087	rs61897389	G	T	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=43;PP=2965;SC=ACATGCACCTGCCCGTACCTG;SOR=2.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=122;TCR=44;TR=164;WE=47380095;WS=47380077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	47380688	rs35284836	GGAA	G	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=17;PP=735;SC=GGAGACTGGAGGAAGAAGACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=47380698;WS=47380678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47381642	rs61897390	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=29;PP=898;SC=TGGGCAGGGCAGGAAAAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=47381650;WS=47381632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	47431703	rs61897432	A	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=46;PP=2330;SC=CCTCTTCCTCACTGCCCTTGC;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=127;WE=47431711;WS=47431693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	47431728	rs2010519	A	G	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=67;PP=2965;SC=GAGCTCTTGGAAAGGGCTGGG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=160;WE=47431736;WS=47431718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	47432034	rs755554	G	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=835;SC=GTCACAGAGTGTCTGAGATGG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=47432042;WS=47432024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	47436531	rs11039228	G	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=44;PP=2006;SC=TGTGGCTACCGCACTGCTGGT;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=94;WE=47436539;WS=47436521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	47447955	rs7948705	C	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=711;SC=ACTCTTGACCCGACCAGCTCC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=47447963;WS=47447945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	47459469	rs45617144	G	A	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=100;PP=2965;SC=GGCCTCTGGCGTGCAGTGGAG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=208;WE=47459477;WS=47459459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	47462837	rs10716680	AG	A	1949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=50;PP=1491;SC=AGCACAGGGTAGGGGGGGCAG;SOR=3.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=54;WE=47462845;WS=47462827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	47463220	rs45603036	C	T	9912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.03;NF=175;NR=184;PP=2965;SC=GCGCCTGCACCTGCCCCAGGC;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=175;TCR=187;TR=359;WE=47463228;WS=47463210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr11	47469717	rs45547231	G	A	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=101;PP=2965;SC=ACACAGCGACGGTGGGCAGGT;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=161;WE=47469725;WS=47469707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	47496827	rs7102372	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=346;SC=TCTGCCTTTCCGTTCTGGTAT;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=47496835;WS=47496817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47587577	rs58926533	TC	T	5893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=122;PP=2969;SC=GGGGGCCCGCTCCCCCTCGCC;SOR=1.872;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=7;TCR=131;TR=128;WE=47587585;WS=47587567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	47609867	rs4486587	G	A	8947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=163;PP=2965;SC=GGGCCGCTGGGCCCAGGTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=154;TCR=164;TR=317;WE=47609875;WS=47609857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr11	47611316	rs10769279	C	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=785;SC=TTCGAGCCTCCGGCCCGGCCT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=47611324;WS=47611306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	47684450	rs6485766	C	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=521;SC=TGTTCACCTGCGCAGAACGAA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=47684458;WS=47684440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	47689343	rs10742817	C	T	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=72;NR=90;PP=2871;SC=GACACAAAGGCTAACTCGGTA;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=162;WE=47689351;WS=47689333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	47736314	rs4752863	C	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=16;PP=488;SC=TACAAAGCCACAAGAGGACAA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=47736322;WS=47736304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	47745589	rs34242224	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=1.061;SC=CCTGTAGCTATAGCTGACTGG;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=22;WE=47745597;WS=47745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr11	47767773	rs184083336	T	C	4422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=93;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CTTCTACTGTTGTACTTGTTT;SOR=0.392;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=260;TCF=137;TCR=123;TR=183;WE=47767781;WS=47767763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,192:0.70:273
chr11	47772401	rs11039366	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=252;SC=AAGGCTTCCACTCCTGTGCTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=47772409;WS=47772391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	47776047	rs7928954	G	A	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=75;PP=2965;SC=AGTAGCTTCAGTAACTAAAAC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=182;WE=47776055;WS=47776037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	47776283	rs7929014	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=54;PP=1457;SC=GCATCTAAAGCGGAAGTATAA;SOR=3.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=64;WE=47776291;WS=47776273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	47788663	rs67450550	CGGTGGT	C	1832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=11;PP=1434;SC=GCAGTCACCGCGGTGGTGGTG;SOR=1.312;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=24;WE=47788676;WS=47788653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	47801101	rs7114813	A	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=36;PP=1491;SC=AATATTTTAGATAGGCTCAGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=47801109;WS=47801091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	47802092	rs200363262	CTT	C	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	47806655	.	TAA	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.77;ReadPosRankSum=-2.287;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	47806658	.	TAGC	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.77;ReadPosRankSum=-2.287;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	47806663	.	A	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=36.82;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	47813436	rs10742821	C	T	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=18;PP=1337;SC=ACAATAACAACATTACTACTG;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=47813444;WS=47813426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	47814280	rs754434	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=21;PP=1782;SC=GACCAAAACAAGTAGATTTAC;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=47814288;WS=47814270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	47826090	rs11039402	A	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=29;PP=1463;SC=GAAATGTTCAAAGGAACTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=47826098;WS=47826080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	47828558	rs77201654	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=37;PP=1596;SC=GCAAAAGACCACTTTAATGAA;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=96;WE=47828566;WS=47828548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	47834346	rs10838773	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=12;PP=1222;SC=TATTCTGTACGCTCTGGAACA;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=47834354;WS=47834336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	47834592	rs7110289	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1478;SC=CCCGAGCGATGTCCACATCTA;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=47834600;WS=47834582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	47837333	rs17727140	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=2;PP=885;SC=TTAAAGGCCATAGACTATGCA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=47837341;WS=47837323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	47837408	rs6485786	G	C	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=42;PP=2803;SC=ACAAGGTCAAGTGAAGAATTC;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=102;TCR=42;TR=144;WE=47837416;WS=47837398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr11	47861857	rs74873109	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,78:0.27:287
chr11	47869200	rs71045524	TG	T	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr11	48118347	rs11382316	T	TA	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,34:0.19:177
chr11	48142528	rs34681195	AT	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.925;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.971;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	48145247	rs2270992	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.858;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,24:0.22:111
chr11	48146609	.	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,41:0.18:233
chr11	48157869	rs2270994	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,51:0.24:209
chr11	48161384	.	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=-1.742;SC=CTGGAGCGGCTGACCCACAGT;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=48161392;WS=48161374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr11	48166267	rs4752904	G	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,63:0.28:224
chr11	48170870	rs4752908	T	G	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=53;PP=2905;SC=TGGTGTCAGCTGTGAACTAAT;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=157;WE=48170878;WS=48170860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	48171793	rs10734565	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=59;PP=1517;SC=AGCTGGGATCTGAGGGGAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=48171801;WS=48171783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	48175608	.	A	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=12.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=3.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr11	48184971	rs3830431	CCTTT	C	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.085;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,43:0.19:228
chr11	48184983	rs2270990	G	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.056;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,53:0.19:275
chr11	48188872	rs12809012	G	A	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.278;SC=AAAACCTTGCGCCCGTGACCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=153;TCR=144;TR=224;WE=48188880;WS=48188862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,235:0.76:311
chr11	48238302	rs1566737	G	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TTAGCGTTATGATTGCATGTG;SOR=0.586;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=48238310;WS=48238292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	48238421	rs10769329	T	G	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=37;PP=1769;SC=AGGATCCAGCTGTGCAGAGTG;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=48238429;WS=48238411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	48239071	rs12292056	C	A	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=54;PP=2641;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GCCCTCTCCACCTGTGCTTCT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=133;TCR=75;TR=149;WE=48239079;WS=48239061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,157:0.71:220
chr11	48266582	rs7120549	A	C	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=42;PP=2656;SC=GTGAAGAAGTATTTTGTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=132;WE=48266590;WS=48266572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	48267282	rs144345172	C	T	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=89;PP=2539;ReadPosRankSum=-1.104;SC=TCTTAGCATCCTATATGGTCA;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=193;TCF=78;TCR=115;TR=145;WE=48267290;WS=48267272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,146:0.76:192
chr11	48267589	rs1503180	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=53;PP=1541;SC=TTGTATTGATACTTGGGTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=48267597;WS=48267579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	48285301	rs713325	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.794;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr11	48285842	rs1503193	A	G	11026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=183;PP=2962;SC=TCTCCTCGTGAGGATAGCATG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=199;TCR=183;TR=381;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	48285856	rs10838850	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,93:0.24:392
chr11	48285981	rs76884411	CCTT	C	2012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.957;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,72:0.19:385
chr11	48286231	rs10838851	T	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,39:0.17:232
chr11	48286256	rs10838852	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,34:0.16:213
chr11	48328644	rs753095	C	T	5763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TAAGGAACAACGATGTGAAAA;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=176;TCR=189;TR=247;WE=48328665;WS=48328634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,255:0.68:375
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chr11	48346458	rs77295176	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-1.441;SC=GGAACAAAGGATATATTAAAG;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=6;WE=48346466;WS=48346448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
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chr11	48346588	rs75900655	A	C	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.478;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,85:0.28:299
chr11	48346604	rs75647397	T	G	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=4;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.359;NF=57;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=0.200;SC=CACAGAATTTTTCATGCTGGG;SOR=0.955;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=95;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,97:0.31:316
chr11	48346615	rs73463988	G	A	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.094;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=-0.688;NF=66;NR=42;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TCATGCTGGGGCTCTCACAGA;SOR=1.024;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=328;TCF=183;TCR=145;TR=108;WE=48346623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,111:0.33:341
chr11	48346660	rs138704181	TTTGCTGATC	T	4517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.455;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.353;NF=28;NR=37;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TTGTGGTCTTTTTGCTGATCT;SOR=1.163;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=226;TCF=69;TCR=157;TR=65;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,123:0.35:348
chr11	48346681	rs78490540	G	A	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.809;NF=74;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATGTGGTCACGGTTTGTGGCA;SOR=0.845;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=327;TCF=165;TCR=162;TR=128;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,130:0.38:341
chr11	48346729	rs73463990	G	C	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.619;NF=78;NR=60;PP=2222;ReadPosRankSum=1.801;SC=CCAGCCCCACGCTGGCTTCCC;SOR=0.903;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=324;TCF=172;TCR=152;TR=138;WE=48346737;WS=48346719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,147:0.43:338
chr11	48346791	rs73463994	C	T	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.183;NF=83;NR=91;PP=2684;ReadPosRankSum=0.108;SC=TTTTATTCTTCTTCTATGGCT;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=411;TCF=205;TCR=206;TR=174;WE=48346799;WS=48346770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,173:0.42:413
chr11	48346822	rs73463997	A	C	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=96;PP=2878;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTGCTGACTCATTGTATGAGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=455;TCF=227;TCR=228;TR=189;WE=48346830;WS=48346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,188:0.41:456
chr11	48346843	rs73463998	C	T	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=100;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGAGAACCATCTCTTATGAGT;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=466;TCF=230;TCR=236;TR=193;WE=48346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,194:0.41:470
chr11	48346916	rs77069283	G	C	5543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=5.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,150:0.43:348
chr11	48346924	rs72911454	T	C	5794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=6.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,151:0.44:346
chr11	48346932	rs80285195	G	A	5359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=4.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,144:0.42:342
chr11	48346961	rs75493089	AA	TG	5499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.150;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=2944;ReadPosRankSum=2.254;SC=GCCCCTGCACAATACTACCAT;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=329;TCF=168;TCR=161;TR=137;WE=48346970;WS=48346951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,146:0.44:335
chr11	48346999	rs72473367	T	G	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2557;ReadPosRankSum=-2.008;SC=GTGCCATGCTTGTAGGGGTGG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=339;TCF=178;TCR=161;TR=159;WE=48347007;WS=48346989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,160:0.47:344
chr11	48347014	rs72473368	G	A	5820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,157:0.43:367
chr11	48347023	rs67077733	C	T	5928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.858;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,163:0.43:378
chr11	48347067	rs73464001	C	T	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=83;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CTTTGGTTGCCCTTCTGTGGG;SOR=0.854;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=348;TCF=174;TCR=174;TR=157;WE=48347075;WS=48347057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,162:0.45:359
chr11	48347100	rs73465905	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=73;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AATCACTTTGCCTGTGACTTG;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=349;TCF=171;TCR=178;TR=133;WE=48347108;WS=48347090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,140:0.39:361
chr11	48347124	rs79019124	A	G	4489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,130:0.36:359
chr11	48347130	rs77395846	C	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,128:0.36:355
chr11	48347140	rs10838874	T	C	9199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.590;SC=CCTGCACCAATACGTATGTCA;SOR=0.629;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=319;TCF=157;TCR=162;TR=257;WE=48347152;WS=48347114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,284:0.83:343
chr11	48347142	rs79891698	C	T	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,122:0.36:343
chr11	48347144	rs79124801	T	C	4447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,123:0.36:343
chr11	48347267	rs73465910	T	C	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1284;ReadPosRankSum=1.506;SC=AGATGGGAGATGCAAAGCCCT;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=310;TCF=154;TCR=156;TR=115;WE=48347275;WS=48347257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,125:0.39:324
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chr11	48347342	rs76958755	G	A	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,106:0.33:318
chr11	48347346	rs74590631	A	T	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.237;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,107:0.34:315
chr11	48347358	rs76274696	C	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,89:0.31:288
chr11	48347363	rs77814753	C	T	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,82:0.30:272
chr11	48347392	rs79127479	T	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=761;ReadPosRankSum=-1.220;SC=CATTATTTTATGGTATTCTGA;SOR=0.875;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=74;WE=48347400;WS=48347382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,74:0.32:232
chr11	48347419	rs73465913	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=841;ReadPosRankSum=0.814;SC=TGTTGAATCCACTCATTTATA;SOR=0.512;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=60;WE=48347427;WS=48347409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,64:0.34:190
chr11	48347492	rs79775762	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=5.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.74;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr11	48347498	rs78309417	A	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.92;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr11	48347539	rs79172951	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=6;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTTTATTTTTGTAAGTGAAAC;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=23;WE=48347547;WS=48347529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr11	48347563	rs68062129	CT	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.054;SC=CCAAGCCTTACTTTTTTTGTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=48347571;WS=48347553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	48347583	rs78209927	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ATCATGTATAGTTGTATTCCA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=48347591;WS=48347573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	48347604	rs76365983	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr11	48349128	rs76530627	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	48349128	.	GTA	ATG	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=255;QD=51.411312477;SC=TGTCTTTAAAGTAAAAGTAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=48349138;WS=48349118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,6:0.40:15
chr11	48349130	rs75661263	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	48349152	rs73465924	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=250;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATTTTAGATTACAAGTATAAG;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=12;WE=48349160;WS=48349142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr11	48349209	rs73465927	A	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=514;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TATTTCACTTAGCATAATGTC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=35;WE=48349217;WS=48349199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr11	48349230	rs74884553	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.273;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,44:0.36:122
chr11	48349235	rs10769662	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr11	48349252	rs76041098	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=682;ReadPosRankSum=-2.090;SC=GCAAATGACAGAACTTCTTTC;SOR=0.588;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=50;WE=48349260;WS=48349242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr11	48349312	rs79572913	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr11	48349316	rs76607933	T	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr11	48349320	rs77184441	A	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr11	48349329	rs76765071	C	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.573;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr11	48349377	rs72911466	A	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=718;ReadPosRankSum=-1.872;SC=AAGTTCTTAAAGCAGTTTCTG;SOR=0.340;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=14;WE=48349415;WS=48349367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr11	48349389	rs79223613	A	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr11	48349391	rs76599777	TG	CA	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	48349394	rs78755709	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr11	48349407	rs72911467	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=580;ReadPosRankSum=1.574;SC=GAACTCCCAATATGCTTATTT;SOR=0.086;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=48349415;WS=48349367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	48349425	rs79941850	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=2.092;SC=TTTGATATTATCATGTCTACC;SOR=0.098;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=48349433;WS=48349415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	48366895	rs72473369	A	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=873;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TTTGTGTCACAAGACTTATTT;SOR=0.263;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=105;TCF=89;TCR=16;TR=50;WE=48366903;WS=48366885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr11	48366958	rs76319939	T	G	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.408;SC=ATTTTTCACTTCTTTATTTTT;SOR=0.467;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=288;TCF=192;TCR=96;TR=118;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,126:0.42:301
chr11	48366971	rs75689989	GG	CA	5260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TTATTTTTGAGGGTGTAGATT;SOR=0.523;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=340;TCF=211;TCR=129;TR=119;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,143:0.40:359
chr11	48367050	rs113897236	T	TAG	9195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=87;PP=2927;ReadPosRankSum=1.390;SC=GGAAGGAGGTTAGGTCTTAGA;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=424;TCF=147;TCR=277;TR=136;WE=48367058;WS=48367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,246:0.38:643
chr11	48367073	rs7941588	A	C	24592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=354;NR=310;PP=2965;SC=CAGGTATGAAAAAGGGACAAA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=664;TCF=354;TCR=310;TR=664;WE=48367081;WS=48367063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,705:1.00:705
chr11	48367097	rs73453179	A	G	4710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.417;NF=117;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.238;SC=TAAGATGACAATGAAGATATG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=700;TCF=355;TCR=345;TR=227;WE=48367105;WS=48367087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,250:0.34:735
chr11	48367133	rs79453749	C	A	8133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.515;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,230:0.32:713
chr11	48367136	rs78927905	C	T	8304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.476;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,231:0.33:701
chr11	48367155	rs75315666	T	A	7089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.567;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,199:0.31:634
chr11	48367159	rs75667244	C	T	7037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.612;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,190:0.31:620
chr11	48367163	rs74650698	A	G	6796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.563;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,190:0.31:604
chr11	48367170	rs77876442	G	A	6191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.518;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,175:0.30:576
chr11	48367190	rs78661795	A	T	5886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,162:0.33:493
chr11	48367195	rs79063955	C	T	5695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,158:0.33:472
chr11	48367249	rs74815769	C	T	5009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=13.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,137:0.39:348
chr11	48367252	rs76287086	G	A	5055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=18.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,138:0.40:346
chr11	48367311	rs73453180	T	C	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=1772;ReadPosRankSum=0.132;SC=ATAAAGTGGTTGATGACATTG;SOR=0.832;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=382;TCF=196;TCR=186;TR=147;WE=48367319;WS=48367301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,154:0.39:394
chr11	48367363	rs73453183	C	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=73;PP=1898;ReadPosRankSum=0.824;SC=AAGTCTGGATCCCTCCATGCA;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=391;TCF=189;TCR=202;TR=136;WE=48367371;WS=48367353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,127:0.34:379
chr11	48367387	rs78788561	C	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1705;ReadPosRankSum=0.029;SC=ATCCCAGAATCCCAGCCACCA;SOR=0.611;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=350;TCF=153;TCR=197;TR=111;WE=48367395;WS=48367377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,97:0.28:342
chr11	48367419	rs77576379	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.882;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,64:0.24:264
chr11	48367424	rs77976451	C	G	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,55:0.23:243
chr11	48367469	rs79686513	TG	CA	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.846;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,15:0.11:132
chr11	48367474	rs75116918	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,15:0.13:114
chr11	48367499	.	A	G	1011	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=60;MMLQ=28;MQ=59.65;NF=4;NR=19;PP=1011;QD=45.468313589;SC=TAATAAGATGATCTCAGCTGC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=23;WE=48367519;WS=48367489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr11	48367511	.	T	G	1011	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=60;MMLQ=24;MQ=59.57;NF=3;NR=13;PP=1011;QD=65.3607007842;SC=CTCAGCTGCCTCAAAGAAATG;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=16;WE=48367519;WS=48367489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr11	48373632	rs4882248	T	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=96;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TATAAGTATGTAACAAACCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=48373640;WS=48373622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	48373748	rs73453188	C	G	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.567;HP=6;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=998;ReadPosRankSum=-0.871;SC=ATATGGTGTTCTTTTCAGAGA;SOR=0.272;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=174;TCF=128;TCR=46;TR=49;WE=48373756;WS=48373738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,54:0.29:184
chr11	48373770	rs73453191	T	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=9.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,73:0.30:242
chr11	48373797	rs72896825	C	T	4073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,113:0.34:335
chr11	48373805	rs75618010	G	A	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,117:0.32:364
chr11	48373815	rs74350365	A	G	4746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,127:0.32:401
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chr11	48373820	rs3898634	A	C	4752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,131:0.31:419
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chr11	48374031	rs72896827	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=9.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr11	48374041	rs72896828	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
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chr11	48387118	rs79339252	G	A	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=5.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,123:0.36:342
chr11	48387154	rs72473370	AT	GC	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=2.665;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,96:0.30:319
chr11	48387164	rs72473371	G	A	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=6.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,91:0.28:321
chr11	48387186	rs1994140	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=5.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,36:0.11:314
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chr11	48387206	rs76817095	T	C	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=6.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,75:0.24:309
chr11	48387210	rs78428763	CC	TG	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=5.428;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,73:0.23:311
chr11	48387237	rs72898877	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,53:0.18:295
chr11	48387254	rs75441735	A	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=4.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,57:0.19:306
chr11	48387258	rs78030134	C	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,56:0.19:302
chr11	48387262	rs75430864	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-2.443;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,55:0.19:297
chr11	48387278	rs139139147	C	CACTGTCCTTCTGT	2218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=3.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-2.694;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,57:0.19:304
chr11	48387285	.	A	AGTCTTTAGTAG	2140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.072;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=15.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,58:0.19:302
chr11	48387301	rs76220342	G	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=8.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.239;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,84:0.25:337
chr11	48387335	rs73460769	C	A	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=40;PP=1444;ReadPosRankSum=-1.882;SC=AATGAGCATACACATCAGCCC;SOR=1.277;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=375;TCF=209;TCR=166;TR=114;WE=48387343;WS=48387325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,136:0.34:404
chr11	48387370	rs73460772	A	G	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=59;PP=1988;ReadPosRankSum=0.349;SC=CAAAGAGTCCAAAGACGTGAG;SOR=0.938;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=439;TCF=240;TCR=199;TR=154;WE=48387378;WS=48387346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,173:0.37:464
chr11	48387424	rs61917478	G	T	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGTCACAGATGAAATGGTCAA;SOR=0.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=507;TCF=267;TCR=240;TR=229;WE=48387432;WS=48387414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,233:0.46:512
chr11	48387490	rs77144540	G	A	5029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.979;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.927;SC=GAATCAGAGCGTGAAGAAATC;SOR=0.819;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=504;TCF=254;TCR=250;TR=214;WE=48387498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,218:0.42:514
chr11	48387506	rs72898882	A	G	4884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=103;PP=2670;ReadPosRankSum=0.550;SC=AAATCCCCCGACCCATGCCAT;SOR=0.814;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=473;TCF=239;TCR=234;TR=196;WE=48387514;WS=48387496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,200:0.41:487
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chr11	48387535	rs72898883	T	C	6129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=5.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,163:0.38:424
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chr11	48387591	rs75297075	A	G	4677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,132:0.30:433
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chr11	48387647	rs75615667	A	G	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=1908;ReadPosRankSum=-1.893;SC=GAAATGTTCTACAAAGAGCTG;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=477;TCF=233;TCR=244;TR=141;WE=48387655;WS=48387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,147:0.30:490
chr11	48387679	rs76209049	A	G	4034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,121:0.28:437
chr11	48387683	rs67755516	GT	G	4123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,124:0.29:424
chr11	48387689	rs75371569	T	C	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,126:0.29:429
chr11	48387705	rs34926479	C	T	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=1669;ReadPosRankSum=0.035;SC=GTGAGTAAGTCAAATATCATT;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=412;TCF=205;TCR=207;TR=130;WE=48387713;WS=48387695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,130:0.31:416
chr11	48387737	rs73460780	G	C	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=75;PP=2002;ReadPosRankSum=1.005;SC=GGTAGAAGAGGAGCAGCCATC;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=423;TCF=203;TCR=220;TR=139;WE=48387745;WS=48387727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,138:0.32:428
chr11	48387757	rs74557904	A	C	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTATGAAGGAAAAGAAAGACA;SOR=0.727;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=417;TCF=210;TCR=207;TR=139;WE=48387765;WS=48387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,141:0.33:423
chr11	48387780	rs76329018	C	T	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,144:0.32:452
chr11	48387789	rs80222485	C	G	5207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,152:0.33:463
chr11	48387825	rs75650204	T	G	5769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,160:0.35:461
chr11	48387833	rs79515387	T	C	5788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,158:0.34:465
chr11	48387850	rs73460781	G	T	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=73;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGGTGAGAAAGTAGATGAGTG;SOR=0.596;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=431;TCF=205;TCR=226;TR=148;WE=48387858;WS=48387840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,163:0.36:459
chr11	48387890	rs74623688	T	C	5307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=3.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,147:0.36:403
chr11	48387894	rs75065468	C	T	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=6.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,144:0.36:397
chr11	48387900	rs74338058	G	A	5279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=3.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,138:0.37:378
chr11	48387917	rs66829866	AT	A	4056.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.274;NF=5;NR=55;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GCCAAGCAAGATGAATTCCGT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=15;TCR=164;TR=60;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,109:0.37:295
chr11	48387919	rs114441034	G	A	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.984;NF=28;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=0.357;SC=CAAGCAAGATGAATTCCGTTA;SOR=0.851;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=258;TCF=95;TCR=163;TR=82;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,105:0.36:289
chr11	48387930	rs75939575	T	C	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.909;NF=29;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AATTCCGTTATGTTGTTCACT;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=82;TCR=156;TR=86;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,98:0.38:259
chr11	48387945	rs139770813	C	CCA	3137.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.455;NF=4;NR=48;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TTCACTTGCTCGAAATCCAGT;SOR=0.711;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=152;TCF=17;TCR=135;TR=52;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,83:0.39:213
chr11	48387946	rs114053360	G	T	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=4.586;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,79:0.38:210
chr11	48387960	rs79688019	T	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.597;NF=16;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.324;SC=TCCAGTTTGGTATTTGGATAA;SOR=0.898;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=172;TCF=53;TCR=119;TR=63;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
chr11	48387978	rs78160589	T	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=6.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=4.494;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.650;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr11	48387983	rs75819836	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=10.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.08;MQRankSum=4.755;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.639;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr11	48388047	rs75982328	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.23;MQRankSum=2.756;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr11	48388049	rs77697332	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.518;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr11	48388563	rs77148147	CT	AG	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr11	48388567	rs79767657	A	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr11	48388571	rs79079495	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.907;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr11	48388583	rs77992774	A	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=2457;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GTTAGATTTGAGAATTTATGC;SOR=1.274;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=38;WE=48388591;WS=48388532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr11	48388610	rs79108820	T	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
chr11	48388612	rs76366705	T	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.781;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr11	48388614	rs146852809	T	C	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,64:0.36:177
chr11	48388621	rs75849499	ACA	GTC	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.710;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,68:0.35:196
chr11	48388641	rs80267937	G	A	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.916;SC=ACTTCTGGAAGCATATCCTGG;SOR=0.660;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=236;TCF=145;TCR=91;TR=88;WE=48388649;WS=48388631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,97:0.38:256
chr11	48388657	rs80000751	G	A	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1440;ReadPosRankSum=1.056;SC=CCTGGAAGAGGATAAAACAGC;SOR=0.624;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=282;TCF=159;TCR=123;TR=102;WE=48388665;WS=48388647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,110:0.36:304
chr11	48388681	rs76712816	G	A	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=1486;ReadPosRankSum=2.042;SC=ATGCAAGGCAGCATTCCCCAG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=172;TCR=152;TR=116;WE=48388689;WS=48388671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,122:0.35:344
chr11	48388698	rs77483743	C	T	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1562;ReadPosRankSum=0.056;SC=CCAGATGTATCTGAAACTTTA;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=159;TCR=147;TR=114;WE=48388706;WS=48388688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,120:0.37:322
chr11	48388717	rs78132200	T	C	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TAGAATTCACTTGGAGAACTG;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=295;TCF=140;TCR=155;TR=107;WE=48388725;WS=48388707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,114:0.37:311
chr11	48388782	rs76039310	A	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.127;NF=13;NR=29;PP=551;ReadPosRankSum=0.369;SC=AAGGATGACTATGAAAAATTA;SOR=0.352;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=42;WE=48388790;WS=48388772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr11	48388833	rs73460789	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.047;NF=0;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGTGAGGGAAAAAAAGCACCA;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=14;WE=48388841;WS=48388823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr11	48453787	rs4882063	G	A	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=7.207;NF=120;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=6.378;SC=TACCTGAAATGTCCTTTCTAC;SOR=0.298;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=227;WE=48453795;WS=48453767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,233:0.95:245
chr11	48510654	rs7103557	A	C	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=136;PP=2965;SC=TATCGAGCACATTTTCGGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=128;TCR=136;TR=264;WE=48510662;WS=48510644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	48510777	rs7103992	G	A	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.441;NF=112;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GCTGCTGGTAGTGTCCTGGGT;SOR=0.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=219;WE=48510785;WS=48510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr11	48511050	rs76991989	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,44:0.21:212
chr11	48511315	rs66756334	C	T	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.309;NF=49;NR=60;PP=1770;ReadPosRankSum=0.113;SC=GACTTTACAGCCTTTCTCCTT;SOR=0.889;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=109;WE=48511323;WS=48511305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,125:0.71:175
chr11	48997592	rs1813231	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=37;PP=932;SC=ATGTAATTAACAGAAATTAGA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=48997600;WS=48997582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	49000423	rs1965370	C	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=0;PP=1028;SC=TCAGTCCGTACCTGGAATAGC;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=49000431;WS=49000414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	49000522	rs1963629	C	T	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=GCTTTGCTTTCATTGAGTTGC;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=206;WE=49000542;WS=49000512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	49002343	rs9783302	T	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1245;SC=CAAGTGTTTTTTCCTTGTTTG;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=49002351;WS=49002333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	49059362	rs2696914	C	A	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=131;PP=2965;SC=CTCCCCACTTCTGCTGCAATA;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=90;TCR=131;TR=221;WE=49059370;WS=49059352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	49075605	rs2851535	G	A	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=64;PP=2965;SC=AATGCTTGCCGGAGGTGAATG;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=49075613;WS=49075595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	49076963	rs34650085	C	CA,CAA	2806.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,20,79:0.19,0.75:105
chr11	49077012	rs2773242	C	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=60;PP=1851;SC=GCTAATCACACAGTCATATGA;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=49077020;WS=49077002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	49077889	rs36015501	AT	A	5341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=83;PP=2766;SC=CAGAAATAGCATTTTTTTTAG;SOR=0.856;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=119;WE=49077897;WS=49077879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	49080616	rs60452246	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,34:0.20:174
chr11	49138552	rs11040259	C	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQRankSum=-6.794;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
chr11	49144969	rs199997495	G	GT	1477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.521;NF=5;NR=29;PP=548;ReadPosRankSum=0.051;SC=TGATTTTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=0.681;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=34;WE=49144977;WS=49144959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr11	49170334	rs202694	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=183;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ATGTTTCTACTCAGAAAATAA;SOR=0.245;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=18;WE=49170342;WS=49170324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr11	49192667	rs10839236	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.962;SC=ATATTCACTTCTTATTTTTAT;SOR=0.202;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=7;WE=49192675;WS=49192657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr11	49192905	rs34828796	GA	G	168.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.48;QD=18.75;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	49196332	rs4929893	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=0.083;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	49196332	.	CG	TC	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=59.15;NF=4;NR=0;PP=122;QD=43.8669687156;SC=CGATTTTCTTCGTTTGTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=49196341;WS=49196328;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	49196333	rs4929894	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=0.083;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	49214499	rs4315497	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.367;NF=1;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTTGATTACTGTAATCAAACA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=17;WE=49214507;WS=49214489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr11	49229488	.	AAAAC	A	2931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.21;MQRankSum=3.816;QD=25.94;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,84:0.74:113
chr11	49329552	rs1164670	G	A	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=154;PP=2965;SC=TGGAAATCCGGATGGTCAAAG;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=147;TCR=155;TR=300;WE=49329560;WS=49329542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	49356400	.	GT	G	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.9966;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=59.49;NF=0;NR=5;PP=51;QD=11.0;SC=AGCTGTTCTGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=49356408;WS=49356390;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,5:0.42:12
chr11	49372872	rs3915110	G	A	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=100;PP=2965;SC=TGATGAGGCAGTGGGCATAGT;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=184;WE=49372880;WS=49372862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	49400965	rs3974576	T	C	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=ATTCACTATCTAAGACTCTTC;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=49400973;WS=49400955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	49401125	rs7102702	T	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=751;SC=ATCAGACAGCTGTGTTATGCC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=49401133;WS=49401115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	49597799	rs7131345	C	T	8149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=99;PP=2965;SC=TGTCCTAAAACGGTCCTTCTG;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=188;TCR=99;TR=287;WE=49597807;WS=49597789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	49598178	rs7101761	G	A	8730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=132;PP=2965;SC=AGGGCTTGGTGTGCTCTGTGG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=162;TCR=132;TR=293;WE=49598189;WS=49598168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	49598207	rs3750925	T	C	13549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.80;QD=45.02;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	49598207	.	TCT	CCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=53.15;NF=160;NR=125;PP=2947;QD=20;SC=TCCTCTTCCTTCTGCTCCAAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=165;TCR=132;TR=285;WE=49598217;WS=49598197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,285:0.96:297
chr11	49598209	rs7939515	T	C	13549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.63;MQRankSum=0.912;QD=44.28;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr11	49637416	rs7125677	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.44;QD=30.23;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	49655814	rs144145381	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQRankSum=-0.935;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	49729299	rs67084465	AC	A	6719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=4.703;NF=23;NR=90;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TCTCATCAACACCCCAACTGG;SOR=0.754;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=23;TCR=93;TR=113;WE=49729307;WS=49729289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr11	49813442	rs7943083	A	G	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=178;SC=GGACCCTGCGACCTTCCGCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=49813450;WS=49813432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr11	49974371	rs28662375	G	A	8997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=140;PP=2965;SC=CTATACCACCGTCATGAAGCA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=171;TCR=140;TR=311;WE=49974379;WS=49974361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	50003191	rs4598671	C	A	5996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=103;PP=2965;SC=GTGTAGACCACGGGATTTAAC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=209;WE=50003199;WS=50003181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	51411460	rs34285763	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.321;NF=19;NR=11;PP=334;ReadPosRankSum=-0.630;SC=ACATGAGGACGGACACTCCTC;SOR=0.444;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=30;WE=51411468;WS=51411450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr11	51411740	rs35083184	A	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,70:0.26:271
chr11	51516000	rs11246607	C	T	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.379;NF=54;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.837;SC=ACCTGTGTCTCCCACATCACG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=67;TCR=131;TR=159;WE=51516008;WS=51515990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,159:0.80:198
chr11	51516036	rs11246608	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.930;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.845;NF=26;NR=69;ReadPosRankSum=-1.817;SC=TTTGTGCCCTGCATATTTGTG;SOR=2.107;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=95;WE=51516044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,95:0.78:122
chr11	51516144	rs11246609	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=5.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.817;NF=48;NR=20;PP=1531;ReadPosRankSum=-2.533;SC=TATACCTTGAAGAATGCCCAG;SOR=2.089;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=68;WE=51516152;WS=51516134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,69:0.55:126
chr11	51527482	rs35049610	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-0.029;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.665;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,40:0.20:196
chr11	55035809	rs11407154	A	AT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-4.018;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.781;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
chr11	55110856	rs144092380	C	T	5784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGTACTTCTTCCTTGCCTACT;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=187;TCR=129;TR=233;WE=55110864;WS=55110846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,246:0.74:334
chr11	55111238	rs11229158	C	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1175;ReadPosRankSum=0.786;SC=ACTGTTGTGCCTTGACACCTA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=70;WE=55111246;WS=55111228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,71:0.73:97
chr11	55111584	rs10896659	A	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=402;ReadPosRankSum=2.576;SC=TGGTGTGAAAAGTTAAGTATA;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=26;WE=55111592;WS=55111574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr11	55135435	rs1425193	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1241;ReadPosRankSum=1.349;SC=GAGTCCAACACCTTCAGAAGA;SOR=0.587;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=81;WE=55135443;WS=55135425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,85:0.77:111
chr11	55322211	rs9804659	A	G	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.518;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=2065;ReadPosRankSum=1.801;SC=ATGTGACAAAAACCATCTCTT;SOR=1.054;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=120;WE=55322226;WS=55322201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,128:0.66:194
chr11	55339545	.	C	CT	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=7.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,36:0.25:145
chr11	55339652	rs1459101	C	T	4846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGGATTGACACAGGATCCTTT;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=303;TCF=142;TCR=161;TR=211;WE=55339660;WS=55339642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,219:0.71:310
chr11	55339798	rs557667	C	T	8120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TCTACTTATCCTTATCTGATA;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=443;TCF=238;TCR=205;TR=324;WE=55339806;WS=55339788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,347:0.74:471
chr11	55339829	rs557590	A	G	14263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=248;NR=240;PP=2965;SC=TACTTCCATAACCCCTAGAAT;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=491;TCF=251;TCR=240;TR=488;WE=55339837;WS=55339819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr11	55340379	rs559449	T	C	4458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.041;SC=TACACATGCCTTGCAACCGTA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=112;TCR=131;TR=179;WE=55340387;WS=55340369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,186:0.73:254
chr11	55433040	rs11230600	T	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1842;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TACACGATCATCATGAGTCCA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=101;WE=55433048;WS=55433030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,104:0.77:135
chr11	55541098	rs297118	G	A	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=ACAATCATGTGCTTTTTCCTT;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=189;WE=55541106;WS=55541088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	55563602	rs68042892	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=1468;ReadPosRankSum=2.536;SC=CTCTGTGTCTGGCTCTGATAT;SOR=0.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=184;TCR=155;TR=116;WE=55563610;WS=55563592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,124:0.35:358
chr11	55563738	rs67863827	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,90:0.29:306
chr11	55563776	rs297054	T	G	9799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=159;NR=167;PP=2965;SC=CCACCTGACTTCTATCACCAT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=327;TCF=160;TCR=167;TR=326;WE=55563784;WS=55563766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr11	55578987	rs67727364	T	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=0.117;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,74:0.28:266
chr11	55578991	rs66537410	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=4.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=0.016;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,78:0.27:285
chr11	55579102	rs34961497	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.940;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,104:0.23:461
chr11	55579419	rs34948392	T	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-2.233;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,103:0.29:360
chr11	55579801	rs12790505	T	C	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1439;ReadPosRankSum=0.803;SC=TATGCTGAACTCTGTGATCTA;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=384;TCF=184;TCR=200;TR=116;WE=55579809;WS=55579791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,120:0.30:398
chr11	55587117	rs297082	T	A	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=16;PP=1899;SC=TGCTGCTGACTGATAGAAATA;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=83;WE=55587125;WS=55587107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	55587511	rs297081	A	G	7699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=125;PP=2965;SC=CTACACAGTTAACATGTCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=144;TCR=125;TR=267;WE=55587519;WS=55587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	55587914	rs55832853	A	G	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.92;MQRankSum=2.049;NF=49;NR=53;PP=1785;ReadPosRankSum=-1.563;SC=AACTCCAGGCACACAGTCAAA;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=102;WE=55587922;WS=55587904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,103:0.80:128
chr11	55594869	rs56711116	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=2.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-13.211;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,84:0.19:436
chr11	55595012	rs35645945	A	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=5.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-7.058;QD=4.48;ReadPosRankSum=-4.433;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,25:0.18:142
chr11	55595017	rs117277709	GA	TG	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=12.046;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-6.330;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.219;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,22:0.15:143
chr11	55595114	rs34929168	GCG	TTC	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.804;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,75:0.23:321
chr11	55606302	rs6591699	G	T	4386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=71;PP=2947;ReadPosRankSum=1.754;SC=ACCTGGAACTGCAAATTCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=173;WE=55606310;WS=55606292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,187:0.80:233
chr11	55606818	rs11231253	C	T	8916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTTATCTCAGCCAGTTGCTTC;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=475;TCF=247;TCR=228;TR=369;WE=55606826;WS=55606808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,389:0.77:503
chr11	55656437	.	A	AT	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.108;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr11	55656483	rs7483200	T	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.339;NF=15;NR=48;PP=1102;ReadPosRankSum=0.650;SC=CACAGGTGAGTGCACACCAAG;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=63;WE=55656491;WS=55656473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr11	55681130	rs34573569	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr11	55681494	rs2457239	G	A	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=136;NR=96;PP=2965;SC=GTATCTGAGCGAGAGAGTAAT;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=232;WE=55681502;WS=55681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	55681566	rs61749302	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,70:0.22:322
chr11	55682111	rs2940752	T	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=329;SC=AGAATGACAGTCTAGAACTTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=55682119;WS=55682101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	55703247	rs4465383	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,52:0.25:209
chr11	55703728	rs4367963	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,89:0.25:350
chr11	55703931	rs35011193	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=1.210;SC=ATGCTATAATGATGAAAAAAG;SOR=0.138;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=15;WE=55703939;WS=55703921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr11	55703981	rs35841857	T	TA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	55734972	rs11231705	A	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=1.718;SC=TTAAAAAAAAATTCACTGAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=55734980;WS=55734962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	55746891	rs7481466	G	A	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=43;PP=2330;SC=AATGGGGAAGGCAACTGTATA;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=118;WE=55746899;WS=55746881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	55761221	rs2449134	C	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.78;NF=57;NR=30;PP=1554;SC=TACTTCCTTACTCCTGAGGCT;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=55761229;WS=55761211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	55761528	rs35607186	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,51:0.25:201
chr11	55761738	rs2128152	T	G	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=44;PP=2315;SC=GCCGCATACCTGTCATAGGCC;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=116;WE=55761746;WS=55761728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	55783155	rs34107711	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=1.133;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,46:0.24:189
chr11	55798152	rs1482011	G	A	9434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=175;PP=2965;SC=CAAACTTCTTGGCATCCAGGA;SOR=0.788;Source=Platypus;TCF=175;WE=55798160;WS=55798142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	55860780	rs1842700	G	A	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=108;PP=2965;SC=CTGAGTTGATGTAAATGGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=241;WE=55860788;WS=55860770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	55872657	rs28681529	A	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-4.583;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,56:0.17:334
chr11	55872876	rs2512961	C	T	10402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=197;PP=2965;SC=CTCAATGGCCCATGATCGCTA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=161;TCR=197;TR=357;WE=55872884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr11	55873024	rs2449148	A	G	17567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=316;NR=297;PP=2965;SC=TTGCATTTCTACGACTCAAAC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=613;TCF=316;TCR=297;TR=613;WE=55873032;WS=55873014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,640:1.00:640
chr11	55873368	rs1842696	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=73;PP=2965;SC=TGTGATTCCCGTGCTGAATCC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=93;TCR=73;TR=166;WE=55873376;WS=55873358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	55873475	rs2170447	C	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.386;NF=33;NR=64;PP=1642;ReadPosRankSum=-3.023;SC=AGCAGGAATGCTGAACATTTA;SOR=1.156;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=97;WE=55873483;WS=55873465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,101:0.86:118
chr11	55889790	rs2035408	G	T	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=18;PP=2043;SC=GTAGCTGGGAGTACAGGCGCC;SOR=2.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=90;WE=55889798;WS=55889780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	55890257	rs1842691	C	T	8666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=120;PP=2965;SC=AGTTATTATGCCCAAAAGGCT;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=160;TCR=120;TR=280;WE=55890265;WS=55890247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	55944048	rs10896103	G	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=523;SC=CAAATTATGAGTCTATCTTTT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=55944056;WS=55944038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr11	56000403	rs10791893	C	G	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=86;PP=2965;SC=CTAATGACCACTAAAATCAGT;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=203;WE=56000411;WS=56000393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	56000600	rs3919907	G	T	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.598;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.570;SC=ATGACAAAAAGAATGAACAAC;SOR=0.380;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=106;WE=56000608;WS=56000590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,117:0.74:158
chr11	56015479	rs1531757	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=24;PP=814;SC=ATGAGCAGACAACGAAGATTG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=56015487;WS=56015469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	56043604	rs12360890	A	G	8116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.826;NF=171;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CTATGTTGCTAGCATTTTACA;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=436;TCF=230;TCR=206;TR=329;WE=56043612;WS=56043594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,336:0.75:446
chr11	56043702	rs7125697	G	C	14468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=259;NR=240;PP=2965;SC=TGCCTCCTCTGCTTGCTATTT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=499;TCF=259;TCR=240;TR=499;WE=56043710;WS=56043692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr11	56057419	rs17150286	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=2.571;SC=ATTTCTAATTACAATCTGGAT;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=29;WE=56057427;WS=56057409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr11	56058197	rs1842674	G	A	7319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.450;SC=CCATTGATGAGAGAAGAAAAC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=369;TCF=206;TCR=163;TR=279;WE=56058205;WS=56058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,299:0.75:397
chr11	56086147	rs960193	T	G	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=107;PP=2965;SC=TCCTACGACCTCTATGTGGCC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=231;WE=56086155;WS=56086137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	56113516	rs1905055	T	C	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=54;PP=2870;SC=GTTACCAAGATGAATCATGTG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=113;TCR=54;TR=167;WE=56113524;WS=56113506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	56113575	rs10896271	A	G	4549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=72;PP=2913;ReadPosRankSum=0.071;SC=ATTTATTCTCATGGGGATTAC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=168;TCR=99;TR=196;WE=56113583;WS=56113565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,204:0.73:280
chr11	56113593	rs10896272	C	A	5188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TACAGACAACCCTGGGCTGCA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=173;TCR=120;TR=218;WE=56113601;WS=56113583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,224:0.73:306
chr11	56127746	rs7942390	A	G	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=33;PP=2502;SC=ATTTCACCAGAGTCACTGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=87;TCR=33;TR=120;WE=56127754;WS=56127736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	56128524	rs7928704	C	T	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=107;PP=2965;SC=TAACCATTCACTGGATACTGA;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=213;WE=56128532;WS=56128514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	56128673	rs34649252	A	AT	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.319;NF=0;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AAACAATGTAATTTTAAACAG;SOR=0.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=10;WE=56128681;WS=56128663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr11	56128772	rs7938038	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	56128775	rs7938865	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	56143098	rs368991074	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=17.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-4.057;SOR=3.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,13:0.07:176
chr11	56143103	rs200929810	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=17.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-4.349;SOR=2.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,17:0.09:187
chr11	56143108	rs74639624	C	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=20.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-4.136;SOR=2.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,21:0.10:201
chr11	56143125	rs74467122	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-4.160;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,55:0.21:262
chr11	56143156	rs11228165	C	T	9068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.39;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,219:0.78:280
chr11	56143156	.	CCA	TCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=123;NR=65;PP=2944;QD=20;SC=GCCTCACAGACCATCAGGAGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=160;TCR=88;TR=188;WE=56143166;WS=56143146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,188:0.76:248
chr11	56143158	rs11228166	A	G	9068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,224:0.78:288
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chr11	56143543	rs76579014	TT	CC	6359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=5.520;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.531;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.904;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,180:0.30:604
chr11	56143556	rs80334520	T	A	7444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=13.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.446;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.835;SOR=1.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,209:0.32:648
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chr11	56143936	rs72925527	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=14.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-6.473;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,9:0.09:101
chr11	56143942	rs72925528	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=11.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-5.816;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,8:0.08:97
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chr11	56185224	rs12785840	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=7.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.613;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,62:0.22:285
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chr11	56310222	rs628524	C	T	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=104;PP=2965;SC=GTTGATGACACTGGATCTACA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=237;WE=56310230;WS=56310212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	56310497	rs72913727	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,76:0.23:330
chr11	56310877	rs66945922	C	CTT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=477;SC=CTACCATAAACTGGTTTTGGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=56310885;WS=56310867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	56344993	rs10792043	C	A	8918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=153;PP=2965;SC=CAAATGTCTACAAAGGAGAGG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=158;TCR=153;TR=311;WE=56345001;WS=56344983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	56380134	rs4939078	C	G	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.030;NF=80;NR=73;PP=2753;ReadPosRankSum=-1.537;SC=CAGCATTGGGCTCAAAAAAGT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=153;WE=56380142;WS=56380124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,155:0.75:207
chr11	56431216	rs11228710	C	T	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=41;PP=2172;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GGGCATCACCCAGGACCCTCA;SOR=1.003;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=190;TCF=127;TCR=63;TR=134;WE=56431224;WS=56431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,144:0.70:206
chr11	56431834	rs56067375	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,50:0.26:189
chr11	56467757	.	CACG	C	127.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	56467763	.	A	AGAT	169.74	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.95;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	56467764	rs78916686	C	T	178.78	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	56467787	rs74218731	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=1.071;SC=ATCTTATGTAACATAATTCTA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=56467795;WS=56467777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	56467810	rs76085479	A	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.417;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr11	56467813	rs77180330	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.24;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr11	56467816	rs78119960	G	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr11	56467819	rs78036340	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	56467833	rs73474897	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GAGCTCATTTTCTTTCCCCAT;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=23;WE=56467841;WS=56467800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr11	56467881	rs73474900	T	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=957;ReadPosRankSum=1.196;SC=GGAGCAATCATACAGTGACTG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=87;TCR=23;TR=53;WE=56467889;WS=56467871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr11	56467926	rs1704284	A	G	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.472;NF=59;NR=28;PP=1415;ReadPosRankSum=-1.545;SC=CAGACCCAGGAATGCAGCTGG;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=117;TCR=59;TR=87;WE=56467934;WS=56467916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,90:0.48:188
chr11	56467945	rs36184181	G	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.738;NF=44;NR=25;PP=966;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GGGCCTCTTCGTGGTGTTCCT;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=131;TCR=82;TR=69;WE=56467953;WS=56467935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,72:0.32:225
chr11	56468020	rs532637	T	C	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-4.848;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,121:0.53:227
chr11	56468020	.	TG	CA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=26;MQ=55.92;NF=32;NR=51;PP=2944;QD=20;SC=TAATGACTCCTGCCTCCACAC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=215;TCF=94;TCR=121;TR=83;WE=56468029;WS=56468010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:132,83:0.39:215
chr11	56468021	rs532635	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=8.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-7.129;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,86:0.38:225
chr11	56468044	rs3975155	T	G	5548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=6.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-2.900;QD=32.64;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,137:0.81:170
chr11	56468047	rs2865519	A	G	5556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-2.752;QD=33.08;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,138:0.82:168
chr11	56468048	rs2865520	C	T	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.56;QD=41.71;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	56468111	rs602224	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.919;NF=29;NR=16;PP=749;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ATCCTAGTGACCTGCATCTCT;SOR=1.133;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=45;WE=56468119;WS=56468101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,45:0.36:125
chr11	56468155	rs11228732	T	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=1.588;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,27:0.13:212
chr11	56468198	rs4990194	A	G	4726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.190;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.713;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,121:0.46:265
chr11	56468200	rs4990195	C	T	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=4.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.180;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,123:0.46:268
chr11	56468202	rs4990196	G	A	4809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=3.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.170;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,125:0.46:271
chr11	56468212	rs591369	G	A	4968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-2.188;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,133:0.46:291
chr11	56468259	rs503776	C	T	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.830;NF=71;NR=59;PP=1844;ReadPosRankSum=1.913;SC=TGCTTTATGCCCAGGCCATGT;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=181;TCR=147;TR=130;WE=56468267;WS=56468248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,137:0.40:339
chr11	56468368	rs11228733	C	T	3468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=88;PP=2415;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TAACTTCTGCCGTGAAAACAT;SOR=0.955;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=350;TCF=167;TCR=183;TR=158;WE=56468376;WS=56468358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,162:0.45:360
chr11	56468403	rs11228734	G	A	4300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TCTGTGATTTGCTTCCCTTGG;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=135;TCR=170;TR=125;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,124:0.40:310
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chr11	56468493	rs10792053	A	G	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=1786;ReadPosRankSum=1.081;SC=TCTGCCCCGCAGTGCTCATCC;SOR=0.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=251;TCF=146;TCR=105;TR=120;WE=56468501;WS=56468483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,121:0.47:258
chr11	56468554	rs12420076	A	C	6833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=4.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,181:0.44:408
chr11	56468560	rs10896516	TA	CG	7115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=5.147;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,186:0.44:424
chr11	56468637	rs76884192	C	T	8392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,238:0.38:625
chr11	56468646	rs78493274	C	T	8275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,235:0.37:632
chr11	56468694	rs79060400	C	T	7109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,201:0.35:574
chr11	56468699	rs79251113	T	A	7208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,196:0.35:563
chr11	56468704	rs79288825	T	C	7101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,200:0.36:555
chr11	56468720	rs66943455	T	C	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=106;PP=2835;ReadPosRankSum=-1.071;SC=ATGTTGAATCTCATGATCTAC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=507;TCF=227;TCR=280;TR=194;WE=56468728;WS=56468710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,202:0.39:523
chr11	56468817	rs74605930	G	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr11	56468819	rs78460796	CC	TT	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr11	56468828	rs530142	G	C	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,81:0.42:194
chr11	56468832	rs79579174	G	T	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,74:0.42:177
chr11	56468835	rs588308	G	T	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-2.215;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,74:0.43:174
chr11	56468870	.	GTG	ACA	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=6.337;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=1.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr11	56468877	.	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=10.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=2.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr11	56468881	.	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr11	56468883	.	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr11	56468893	rs79757227	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr11	56468897	.	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr11	56468909	rs79696743	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr11	56468909	.	TG	CA	981	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=981;QD=172.411312477;SC=GTTACAGACATGTACAATAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=6;WE=56468918;WS=56468860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,6:0.25:24
chr11	56468910	rs79587945	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr11	56510672	rs577576	T	C	8847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.000;SC=ACCCTGGTGTTTGTACAGGAC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=163;TCR=137;TR=298;WE=56510680;WS=56510662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr11	56756664	rs2853083	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.690;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,38:0.21:183
chr11	56954846	rs716745	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,105:0.20:514
chr11	57004344	rs948847	G	T	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2765;ReadPosRankSum=-3.619;SC=CCAGACCGTTGCCCGTGGTGC;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=160;WE=57004352;WS=57004334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,160:0.74:217
chr11	57004577	rs11544374	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TGGCTTGAGCCTCAGAGAGTA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=57004585;WS=57004567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr11	57076524	rs151252290	C	T	7449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=1.026;SC=TCCCCAACTCCGATTCCCCCC;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=463;TCF=215;TCR=248;TR=331;WE=57076532;WS=57076514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,325:0.71:459
chr11	57077464	rs10896602	T	C	13368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=229;NR=216;PP=2965;SC=TCCCCAAATCTTGGCCCTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=229;TCR=217;TR=445;WE=57077472;WS=57077454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr11	57094842	.	TA	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr11	57100225	rs2230650	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,90:0.27:336
chr11	57135663	rs55655702	A	AG	1279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=1420;SC=TCTGGGGGGCAGGGTCTGCTG;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=57135671;WS=57135653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	57137296	rs2276040	G	A	6789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=61;PP=2965;SC=GTCAAATGGGGTCACAAAAGA;SOR=2.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=165;TCR=61;TR=226;WE=57137304;WS=57137286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	57137352	rs137869992	T	C	8315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.771;SC=CTCTTTCGCCTGCAGGTGAAT;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=256;TCR=209;TR=350;WE=57137360;WS=57137342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,368:0.76:484
chr11	57137538	rs67821929	A	AG	2529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=67;PP=2769;SC=TGCCTGAGCAAGGGGCATGGG;SOR=4.434;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=1;TCR=72;TR=68;WE=57137546;WS=57137528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	57144152	rs1867126	G	C	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=18;PP=1263;SC=ACTCGGCCATGGCTCACTTTC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=57144160;WS=57144142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	57147016	rs540687	A	G	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=100;PP=2965;SC=GTAGCGGCAGATCTTGCACCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=202;WE=57147024;WS=57147006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	57147353	rs544079	G	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=1133;SC=CTCCAGCAACGTCGCTCGAGC;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=57147361;WS=57147343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	57148053	rs571651	G	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=698;SC=AAATAAAAGCGGGGGGAGGGG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=57148061;WS=57148043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	57148175	rs669661	A	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=52;PP=1826;SC=AGCAAGAGGCATTGCATATCT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=109;WE=57148183;WS=57148165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	57155001	rs536455	G	A	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=128;PP=2965;SC=CGACGCCAGTGGCCTCCTGTG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=131;TCR=128;TR=259;WE=57155009;WS=57154991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	57155288	rs630396	T	C	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=87;PP=2601;SC=CAGCCCAGTATGCAAAGTTCC;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=156;WE=57155296;WS=57155278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	57156438	rs3741089	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=464;SC=CATATCCCACACCCGTTCCAT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=57156446;WS=57156428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	57157405	rs490358	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,69:0.26:268
chr11	57176628	rs2241899	C	T	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=44;PP=2192;ReadPosRankSum=2.013;SC=GCCAGGGATCCCCATCCTCCC;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=120;TCR=59;TR=135;WE=57176636;WS=57176618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,140:0.75:187
chr11	57184218	rs4938865	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=436;SC=GAGGGAATAGCATGGTGAATC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=57184232;WS=57184208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	57193237	rs72923982	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=1.445;SC=GCTTGTCGGTCGCAAACTTGT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=23;WE=57193245;WS=57193227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr11	57243588	rs2258835	A	G	14242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=318;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.236;SC=TCTGCACCCTACCTCAGGCCC;SOR=1.187;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=531;TCF=327;TCR=204;TR=518;WE=57243596;WS=57243578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,525:1.00:527
chr11	57258617	rs2729384	T	C	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=41;PP=2292;SC=AAGCAACAAGTTGCTGGATGT;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=123;WE=57258625;WS=57258597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	57265400	rs2581922	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=436;SC=ATACAATAGCCCCAGGAGACG;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=57265408;WS=57265390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	57268170	rs2250673	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=530;SC=CCCCAGCCCATTCATACTGCC;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=57268178;WS=57268160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	57313469	rs12223229	C	G	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=77;PP=2577;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CCGGGGGCCCCGGGCACAGAA;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=125;TCR=108;TR=172;WE=57313477;WS=57313450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,188:0.75:250
chr11	57313659	rs2649658	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=633;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GGCCCTTCATGGCCTCCTGCC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=33;WE=57313667;WS=57313649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr11	57320044	rs2234412	T	C	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=44;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TGGCTGCCCGTTCCCAATGTC;SOR=0.207;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=48;WE=57320052;WS=57320034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr11	57334508	rs4939152	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.856;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr11	57346723	rs112429940	GCACCCTA	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr11	57365723	rs28362944	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr11	57369730	rs11229063	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGAAAGGACAGAGGGAATGTT;SOR=0.634;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=7;WE=57369738;WS=57369720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr11	57374332	rs11603020	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,44:0.21:206
chr11	57379170	rs2511988	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=18;PP=1209;SC=GACTGTTAAGATGCATCTCTT;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=57379178;WS=57379160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	57381989	rs4926	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=438;ReadPosRankSum=0.705;SC=CTTCCTCTTCGTGCTCTGGGA;SOR=0.789;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=41;WE=57381997;WS=57381979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr11	57414387	rs7947357	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,35:0.22:156
chr11	57424389	rs55969690	GA	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;MQRankSum=0.408;QD=20.44;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr11	57460224	rs12801694	C	T	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1295;ReadPosRankSum=1.910;SC=GAACTTTTATCTTCTTTGGGC;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=86;WE=57460232;WS=57460214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,86:0.79:109
chr11	57461225	rs141993890	GTC	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTCTCGCTGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.248;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=7;WE=57461234;WS=57461215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr11	57463500	rs1783978	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=6.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.479;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,30:0.20:153
chr11	57467035	rs11604333	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-1.332;SC=TTGACTCTACCTGCCTTCATG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=57467043;WS=57467025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr11	57507983	rs4827	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=0.282;SC=AAGCTTGGGTCAGTGTGTTAA;SOR=0.877;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=14;WE=57507991;WS=57507973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr11	57509429	rs635663	A	G	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=133;PP=2965;SC=CGGCAGCAGTAAGTGGGGACC;SOR=1.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=72;TCR=133;TR=204;WE=57509437;WS=57509419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	57518392	rs56392705	T	C	469.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.6306;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=373;ReadPosRankSum=2.222;SC=GTAATTGTCCTAGAAACAAAC;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=57518400;WS=57518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr11	57563991	rs10896644	C	T	5328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TGGGACCAGACGGGTTGCCTG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=156;TCR=143;TR=230;WE=57563999;WS=57563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,240:0.76:315
chr11	57571232	rs11229137	C	T	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=66;PP=2329;SC=AGCCACGCCACATTGAGTGGG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=138;WE=57571240;WS=57571222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	57798723	rs921135	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,41:0.19:218
chr11	57798942	rs2513726	A	G	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,116:0.25:466
chr11	57876682	rs61738000	C	T	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TGACACCCCACAGATGAAGGC;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=184;WE=57876690;WS=57876672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,188:0.68:276
chr11	57947264	rs11229273	C	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,60:0.25:238
chr11	57958775	rs7120468	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=2.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,74:0.20:374
chr11	57958972	rs1451317	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=2.713;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr11	57971195	rs11229279	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=3.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,55:0.17:323
chr11	57971201	rs11229280	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=3.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,57:0.17:326
chr11	57982229	rs1966836	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,60:0.27:222
chr11	57982584	rs1966835	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-3.861;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,68:0.27:250
chr11	57982620	rs1966834	A	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-4.003;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,84:0.28:305
chr11	57982726	rs1993089	G	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-8.120;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,52:0.24:218
chr11	57982763	rs1993088	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=9.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-10.373;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,34:0.20:174
chr11	57982832	rs2867400	T	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=8.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-12.727;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,62:0.18:354
chr11	57982896	rs2903566	G	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-11.455;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,121:0.22:561
chr11	57983194	rs7103033	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=3.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-0.370;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,58:0.24:246
chr11	57995330	rs17555381	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=725;SC=AGTTCTGTGTCATTTAGAGTT;SOR=3.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=27;WE=57995338;WS=57995320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr11	57996312	rs4245219	C	G	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=113;PP=2965;SC=ACTCAGTGGGCTCAGACTGGT;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=204;WE=57996320;WS=57996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr11	58190112	rs10466659	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-2.555;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
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chr11	58190747	rs1893902	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GTATTATCTGAGAAACTTAAG;SOR=0.117;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=58190755;WS=58190737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr11	58207203	rs11229457	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,70:0.34:208
chr11	58207203	.	CA	TG	681	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.89;NF=29;NR=31;PP=681;QD=12.2411312477;SC=TATGGCCAGGCAAGCACATAC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=60;WE=58207212;WS=58207193;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:135,60:0.31:195
chr11	58207204	rs4938895	A	G	7073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=102;PP=2202;SC=ATGGCCAGGCAAGCACATACA;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=189;WE=58207212;WS=58207193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	58378382	rs2245938	G	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=954;SC=AGACATGTTCGCTACAACCAG;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=58378390;WS=58378372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	58378424	rs8373	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr11	58381686	rs1938596	A	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	58386177	rs3168135	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,51:0.19:268
chr11	58391501	rs1800169	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=480;ReadPosRankSum=2.307;SC=CTGTATCCTCGGCCAGGTGAA;SOR=0.332;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=30;WE=58391509;WS=58391491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr11	58478026	rs675423	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=29;PP=2171;SC=TTACTTGAGAGGTGTGAGTGG;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=105;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	58478039	rs675757	T	C	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=39;PP=2586;SC=GTGAGTGGTATAGACTGGATT;SOR=1.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=127;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	58478084	rs675815	T	C	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=84;PP=2965;SC=TTTGCCACCATTGGGAGATAA;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=194;WE=58478100;WS=58478074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	58492073	rs58778620	GTT	G,GT	921.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024,0.4976;FS=7.215;HP=12;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.464;NF=0,0;NR=25,25;PP=272,13;ReadPosRankSum=0.856;SC=TAATGACCAGGTTTTTTTTTT;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=25,25;WE=58492082;WS=58492063;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.88:33
chr11	58492105	rs117851698	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.953;NF=2;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CAACTGCAGTCCTCAGCAAAT;SOR=0.088;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=58492113;WS=58492095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	58605922	rs10896850	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=71;PP=2119;SC=ATAAGACATGACATGAGAAAT;SOR=2.004;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=101;WE=58605930;WS=58605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	58674952	rs35731745	G	GT	1380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=1218;SC=GCTCTTTTTTGTTTGTTTTGT;SOR=2.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=58674960;WS=58674942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	58715285	rs565355	C	T	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=17;PP=2071;SC=AGATCCTCATCTCTGGGGATC;SOR=2.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=92;WE=58715293;WS=58715275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	58919813	rs10896928	A	G	8538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=140;PP=2965;SC=TCAAGGATGCACTGTGCAAGG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=152;TCR=141;TR=292;WE=58919821;WS=58919803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	58940278	rs12796683	G	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=11;PP=372;SC=GCCAAGACACGGGTGAGCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=58940286;WS=58940268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	58962910	rs3841744	TA	T	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.765;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.501;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr11	59056153	rs1894123	C	T	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=80;PP=2965;SC=GGAGTTGGTTCGGTTTGAGAG;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=128;TCR=80;TR=208;WE=59056161;WS=59056143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	59132798	rs7941190	G	C	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1853;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TAAATCCCTTGATTTACAGTT;SOR=0.936;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=93;WE=59132806;WS=59132788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,99:0.76:131
chr11	59132882	rs10896964	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.389;SC=ACAGATTCTGAGATTTCTGCC;SOR=0.777;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=92;WE=59132890;WS=59132872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,97:0.76:128
chr11	59189405	rs9988824	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=8;PP=1054;SC=TTTAAAATTATGTAAATGTCT;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=59189413;WS=59189395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	59189912	rs1453547	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,58:0.22:259
chr11	59190499	rs11602535	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=0.025;SC=TTGTTTGTTATTGTAAGAGTG;SOR=0.127;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=8;WE=59190507;WS=59190489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr11	59190529	rs34222593	TACAA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TAGAAGATCATACAAACAGTC;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=59190540;WS=59190519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr11	59210550	rs7947825	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=376;SC=CTCCCTCTCAGGCATTTTGTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=59210558;WS=59210540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	59210761	rs11605572	C	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,86:0.24:359
chr11	59211188	rs6591536	G	A	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTTCTTCTGCGACCTCCCACC;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=164;TCR=140;TR=219;WE=59211196;WS=59211178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,232:0.73:320
chr11	59211265	rs7941591	T	C	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=99;PP=2523;ReadPosRankSum=0.065;SC=TGGTGGTCACTGTCGGAGGAA;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=162;WE=59211273;WS=59211255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,164:0.73:225
chr11	59211421	rs17591107	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=657;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CAGCCCTTTTCGTGTACTTGC;SOR=0.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=53;WE=59211429;WS=59211411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,59:0.35:170
chr11	59224608	rs1453544	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,74:0.23:320
chr11	59224720	rs1453543	A	G	9731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=161;NR=171;PP=2965;SC=TCCTACAATGACTGCATGGCA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=163;TCR=172;TR=332;WE=59224728;WS=59224710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	59224885	rs1453542	G	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,50:0.26:195
chr11	59225221	rs1453541	T	C	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,93:0.26:359
chr11	59270933	rs77965371	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAACTTGAAATTGTAATATCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=59270941;WS=59270923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	59271637	rs7120079	T	C	10111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=180;PP=2965;SC=TGCTCTTGAGTTCTTGATGAT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=169;TCR=180;TR=349;WE=59271649;WS=59271627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr11	59368218	rs367608218	CA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.329;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr11	59369401	rs7106463	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1170;SC=CTTATTCTGGAAACTTTTAAC;SOR=2.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=59369409;WS=59369391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	59383196	.	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=1.452;SC=GCCGTCGCCGCCCGGAGCGCC;SOR=0.129;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=27;WE=59383204;WS=59383186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr11	59419124	.	CA	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	59480951	rs499033	T	C	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=99;PP=2965;SC=CGCTATAAACTGGTCATAAGC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=218;WE=59480959;WS=59480941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	59558128	rs370918929	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.687;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr11	59623378	rs34324219	C	A	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=1887;ReadPosRankSum=2.082;SC=TTGTTAATATCCAAGAAGGTC;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=124;WE=59623386;WS=59623368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,136:0.75:181
chr11	59812051	rs117758787	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.794;SC=AGCCATTTTTGAGATCATGAA;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=5;WE=59812059;WS=59812041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr11	59829804	rs506053	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GATAAGCTCTCGTTCTGTTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=59829812;WS=59829795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr11	59830103	rs481950	A	G	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=72;PP=1917;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TCCCCTGGCTATATGTTATTT;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=122;WE=59830111;WS=59830093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,129:0.76:169
chr11	59830198	rs533855	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-4.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=355;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GGTTTTGATTTGCAATTCTTG;SOR=0.243;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=23;WE=59830206;WS=59830188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr11	59831716	rs1151065	C	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=822;ReadPosRankSum=0.377;SC=TATCTGTTTTCCTTCCTATTT;SOR=0.459;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=48;WE=59831724;WS=59831706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
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chr11	59860178	rs502581	G	T	125.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TACCCCAAATGTTACCTATGT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=59860186;WS=59860168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr11	59940407	rs592346	A	G	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=2.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	59940599	rs7232	T	A	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=85;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AGAGAGAGAGTTCCCTGAAAG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=90;TCR=123;TR=146;WE=59940607;WS=59940589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,161:0.69:234
chr11	59942757	rs662196	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=1.150;SC=ATAAACCTGGCTTTCCCCCAG;SOR=0.132;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=59942765;WS=59942747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	59942815	rs7935829	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=1.264;SC=AAGGAATAACAAGAAATCAAG;SOR=1.714;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=59942823;WS=59942805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	59943109	rs2278867	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTGGGTAAGGATCATTGCTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=59943117;WS=59943099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	59945745	rs12453	T	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1322;ReadPosRankSum=0.383;SC=AAAGCTTGGTTAACCTTTTCT;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=91;WE=59945753;WS=59945735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,97:0.74:131
chr11	59946302	rs598862	C	T	7236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=36.18;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	59946310	rs5792172	CA	C	2150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.935;NF=7;NR=73;PP=928;ReadPosRankSum=1.709;SC=CTCTAAACATCAAAAAAAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=121;TCF=8;TCR=113;TR=80;WE=59946320;WS=59946292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,110:0.72:152
chr11	59946466	rs587634	T	A	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=173;SC=TGTAGTGTAATGTAGTAGCTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=59946474;WS=59946456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	59947252	rs583791	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr11	59997223	rs11230202	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.443;SC=GTGATAGAATATTATATATTT;SOR=0.247;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=59997231;WS=59997213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	59997296	rs11230203	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=493;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GTATTATGAGGCTAGCGGGAC;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=42;WE=59997304;WS=59997286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr11	59997335	rs608659	T	C	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=78;PP=2965;SC=TCTGATCAAATGTGAGTTTAC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=115;TCR=78;TR=193;WE=59997343;WS=59997325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	60050125	rs10792260	A	G	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=78;PP=2636;SC=CAGATGTCTCAATATAGGAAT;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=139;WE=60050133;WS=60050115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	60060016	rs2044981	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=646;SC=AACTATATAGTATTCTGTCAC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=60060024;WS=60060006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	60070176	rs6591561	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,51:0.23:218
chr11	60073597	rs4644658	C	T	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=48;PP=2859;SC=GGTGCTCCTCCTAAGTGTGCT;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=146;WE=60073605;WS=60073587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	60073702	rs3018806	A	T	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=103;PP=2965;SC=TTTGAAGATGACTGTATTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=76;TCR=103;TR=179;WE=60073710;WS=60073692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	60102384	rs2304935	A	G	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=2814;ReadPosRankSum=1.424;SC=ATCACAACCTATTTCCAATGA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=88;WE=60102404;WS=60102374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
chr11	60102396	rs2304934	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=2605;ReadPosRankSum=2.067;SC=TTCCAATGAGACCATCATAAT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=84;WE=60102404;WS=60102374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,90:0.77:117
chr11	60102507	rs2304933	G	T	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1827;ReadPosRankSum=2.731;SC=AAAAGTCAAAGTTATTGGGGT;SOR=0.745;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=113;WE=60102515;WS=60102497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,121:0.74:164
chr11	60102631	rs10792268	A	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=715;ReadPosRankSum=-0.454;SC=TGCTGGAGGGACTTTGGGGTA;SOR=0.298;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=44;WE=60102639;WS=60102621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr11	60103096	rs11230280	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.550;NF=0;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=1.441;SC=GGTTTCTAGAATTGCCTCTGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=60103104;WS=60103086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	60103112	rs12798157	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=50.01;MQRankSum=-1.242;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCTGCACTTATGTGATCTGAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=60103120;WS=60103102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	60105199	rs2289614	G	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=659;ReadPosRankSum=0.882;SC=TTCTTACCCAGCATGTCTCTT;SOR=0.729;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=30;WE=60105207;WS=60105189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr11	60107290	rs17533331	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,37:0.17:213
chr11	60107470	rs2289612	C	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,36:0.25:145
chr11	60152468	rs79791578	A	ATTT	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=919;SC=ATTATAATGTATTTTATACTC;SOR=5.610;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=30;WE=60152476;WS=60152458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	60152531	rs2233244	A	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=60;PP=2870;SC=TTTGAAGTGCAGTCTAGATTT;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=110;TCR=60;TR=169;WE=60152539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	60163958	rs6591579	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=2;PP=1264;SC=GCTCATCTCTGAGGGCTCCAT;SOR=5.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=60163966;WS=60163948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	60172076	rs61898304	T	C	5358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.277;SC=CCTTAATGTGTCAAGTATCCA;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=325;TCF=174;TCR=151;TR=221;WE=60172084;WS=60172066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,232:0.67:344
chr11	60197299	rs34169848	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,33:0.22:153
chr11	60202747	rs894590	C	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=26.25;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	60202798	rs11377519	C	CA	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;MQRankSum=0.549;QD=23.28;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr11	60230722	rs10792278	G	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=36;PP=1175;SC=TTGGGTTAAAGTAATTAAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=50;WE=60230730;WS=60230712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	60268679	rs2186918	G	C	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=98;PP=2965;SC=TAGAACACCAGTCCTTCTTGG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=167;WE=60268687;WS=60268669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	60285575	rs10736706	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.367;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1170;ReadPosRankSum=0.750;SC=CATCTTTCACATTTTCATGTG;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=60285583;WS=60285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr11	60291413	rs6591595	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=17;PP=780;SC=ACAAAGTATCCGACTCGATCT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=60291421;WS=60291403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	60309947	rs4939400	A	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=405;SC=GTTGTATAATATTAAGAAACA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=60309955;WS=60309937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	60531264	rs12363342	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5055;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=690;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AAACAACGCCAGTGGCCTCTG;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=47;WE=60531272;WS=60531254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,48:0.86:56
chr11	60531346	rs1032939	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr11	60534901	rs4939450	G	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=732;SC=CTTTCCCAGTGGCCAACAAGC;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=60534909;WS=60534891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	60558375	rs11602321	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr11	60559805	rs931861	A	G	11748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=200;PP=2965;SC=GTGAGTGGGCACACTGAGATC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=412;TCF=210;TCR=202;TR=410;WE=60559813;WS=60559795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr11	60561613	rs751026	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=1465;SC=CTGACTTCAGCGAAGGTGCTG;SOR=2.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=60561621;WS=60561603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	60562975	rs4939457	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr11	60563311	rs185151426	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=0.409;SC=AGCCAAGGCACGGGGGCAAGA;SOR=0.385;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=15;WE=60563319;WS=60563301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr11	60565847	rs200129366	G	A	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.559;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.064;SC=GAGCAGCAGGGGCGGCGACTT;SOR=0.449;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=248;TCF=132;TCR=116;TR=197;WE=60565855;WS=60565837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,204:0.79:258
chr11	60565924	rs139578350	T	C	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=84;PP=2198;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GGCCTGCCGGTGGAGCCCCCG;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=161;WE=60565932;WS=60565914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,166:0.72:232
chr11	60567230	rs11230483	C	T	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=72;PP=2965;SC=TATTTAATCTCAATGTCATTT;SOR=1.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=126;TCR=72;TR=198;WE=60567238;WS=60567220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	60567275	rs579967	G	A	7977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=135;PP=2965;SC=AGCTGCTGTTGCTATTAATAT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=155;TCR=135;TR=289;WE=60567283;WS=60567265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	60610065	rs2074420	G	A	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,148:0.27:555
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chr11	60620585	rs2467642	A	G	9940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	60620590	rs2428461	C	G	10132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	60635091	rs550479	T	C	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=50;PP=2483;SC=TACTGCTGGTTGCCACCCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=142;WE=60635099;WS=60635081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	60637164	rs489172	C	T	11366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TCTGTCTCAACCCCACAAACC;SOR=0.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=660;TCF=359;TCR=301;TR=484;WE=60637172;WS=60637154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,491:0.73:677
chr11	60638461	rs10897122	C	T	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,118:0.27:444
chr11	60638470	rs566411	A	G	16088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=289;NR=204;PP=2962;SC=TCGTCCTCGTAGTGTCCCAAG;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=289;TCR=204;TR=493;WE=60638478;WS=60638451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr11	60640480	rs2072098	C	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=566;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CTGAGCCTGCCTTGGAAATGC;SOR=2.030;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=27;WE=60640488;WS=60640470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr11	60642325	rs2074418	G	A	4547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGCCCAGCTCGGGGATTCCAT;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=145;TCR=87;TR=178;WE=60642333;WS=60642315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,187:0.78:241
chr11	60666116	rs3763841	G	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=68;PP=1600;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGAGGGAAGAGAGACCTGTGG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=39;TCR=99;TR=95;WE=60666124;WS=60666106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,100:0.69:144
chr11	60666341	rs3763840	G	A	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=50;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TACAGCAGCCGGAGGTCTCAT;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=123;WE=60666349;WS=60666331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,130:0.72:180
chr11	60670846	rs2240045	C	T	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=45;PP=2170;ReadPosRankSum=-3.188;SC=CTAAATAATGCTCCATCCTTC;SOR=1.150;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=131;WE=60670854;WS=60670836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,137:0.72:189
chr11	60673868	rs17155470	T	C	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,136:0.71:192
chr11	60687572	rs4939478	G	C	276.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5813;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTATTTGATTGCTGTCCTAGG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=60687580;WS=60687562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr11	60689445	rs555835	T	C	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=97;PP=2965;SC=GGTCGGTGCCTGACCCTTCCA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=197;WE=60689453;WS=60689435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	60695301	rs575123	C	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=47;PP=1518;SC=CACACCCTGCCGGCACTGCTC;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=60695309;WS=60695291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	60696554	rs112814977	CAAACT	C	1522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=1327;ReadPosRankSum=0.636;SC=ATGTGTCCACCAAACTAAACT;SOR=0.784;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=29;WE=60696566;WS=60696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr11	60697905	rs4939480	T	C	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.894;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.408;SC=TGGCTTTGGCTCCTTGTCTTT;SOR=1.041;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=260;TCF=155;TCR=105;TR=194;WE=60697913;WS=60697895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,199:0.74:269
chr11	60698054	rs2074416	G	A	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=2001;ReadPosRankSum=-1.641;SC=CTGCCAAGCTGGACCGCTTCA;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=118;WE=60698062;WS=60698044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,127:0.76:167
chr11	60700991	rs512233	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=0.148;SC=TAGCCCGCCCACCTGCCCTCT;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=60700999;WS=60700981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	60701136	rs9513	C	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TGTGGGCCCCCCTGCTACCGC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=76;WE=60701144;WS=60701126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,81:0.66:122
chr11	60701920	rs2469884	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=2.307;SC=GCTGGGGCCGCTCAGCGCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=60701928;WS=60701912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	60701987	rs7715	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=482;ReadPosRankSum=0.437;SC=CAGAGGCGTCGGATGAGGCCG;SOR=3.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=23;WE=60701995;WS=60701977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr11	60702346	rs555622	GA	TT	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GTGTGTGGGGGAGTTGTGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=31;WE=60702355;WS=60702336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr11	60703076	rs11230522	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TGGAGGTGATCAAGCAGTGGC;SOR=0.616;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=60703084;WS=60703066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	60703260	rs525574	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CATGTGGCCTATCTCTGTGGG;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=60703268;WS=60703250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	60703777	rs55920775	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr11	60704213	rs2469887	C	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1446;ReadPosRankSum=2.320;SC=GTGACATTTGCGCCAGCCCCT;SOR=0.349;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=81;WE=60704221;WS=60704203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,85:0.75:114
chr11	60705454	rs2905692	A	G	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=89;PP=2965;SC=CCATGATGGCACCCTGCATGG;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=155;WE=60705462;WS=60705444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	60707243	rs515587	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=721;ReadPosRankSum=0.974;SC=GGAAAAGAATGCTGGACTGGG;SOR=0.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=45;WE=60707251;WS=60707233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr11	60750048	rs2905506	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr11	60750240	rs3019541	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,37:0.26:141
chr11	60750298	rs72195127	GTCTGCAGGGAC	G	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.938;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr11	60776186	rs11230562	C	T	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.990;SC=TTGCACTTCACGCCCGGCCGC;SOR=0.452;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=283;TCF=120;TCR=163;TR=203;WE=60776194;WS=60776176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,206:0.71:291
chr11	60776209	rs11230563	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,66:0.26:251
chr11	60776306	rs2074225	C	T	7784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=133;PP=2965;SC=GACGCGGGCGCGGTGTGCTCA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=267;WE=60776314;WS=60776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	60776333	rs72926536	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,72:0.27:266
chr11	60776334	rs2905518	A	G	8555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=128;PP=2720;SC=GGGCGGAGTCACTGAAGCCCG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=253;WE=60776342;WS=60776323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	60776465	rs11230564	A	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=871;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AGACAAACATAATTCAGGAGA;SOR=1.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=44;WE=60776473;WS=60776455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr11	60777073	rs12360861	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr11	60778513	rs74860834	T	C	4588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=1.210;SC=GTAACATGCATTGAGTGACTG;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=248;TCF=170;TCR=78;TR=187;WE=60778521;WS=60778503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,191:0.76:250
chr11	60778650	.	C	CGTGTGTGTGTGT	1358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.677;ClippingRankSum=0.000;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,76:0.62:123
chr11	60783108	rs2074229	C	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.727;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,108:0.25:428
chr11	60783126	rs3019556	C	T	21946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=44.52;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr11	60783135	rs3019557	A	G	22709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=42.61;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr11	60784934	rs2074231	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=16;PP=1072;SC=CCTCCCCACCACCGCCTCTGC;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=61;WE=60784942;WS=60784924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	60785038	rs2074232	A	G	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=60;PP=2755;ReadPosRankSum=0.836;SC=TCAGGATGGGAAGGGGTGTGA;SOR=0.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=135;WE=60785046;WS=60785028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr11	60785352	rs1050922	A	G	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=92;PP=2915;SC=GCACCTCTTCAGGGGAGGATT;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=152;WE=60785360;WS=60785342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	60785463	rs12417503	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TGGAGCTGGCCGGCACCCAGC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=5;WE=60785472;WS=60785453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr11	60785464	rs2074233	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=573;ReadPosRankSum=1.143;SC=GGAGCTGGCCGGCACCCAGCC;SOR=0.197;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=15;WE=60785472;WS=60785453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr11	60886519	rs79811054	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,66:0.23:293
chr11	60886913	rs2241002	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,93:0.26:358
chr11	60891310	rs7106643	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=7.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.352;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr11	60891421	rs12364279	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,93:0.22:428
chr11	60892606	rs637186	A	G	9457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=195;PP=2965;SC=AGGAACTCCCACCTGTCAGCT;SOR=1.020;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=146;TCR=195;TR=341;WE=60892614;WS=60892596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	60899767	rs754382	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;ReadPosRankSum=0.686;SC=AGGCATGGCTAATGGTGGCTG;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=35;WE=60899775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr11	60906279	rs80029472	G	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,86:0.24:360
chr11	61100308	rs2512810	G	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.28;SOR=3.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	61106525	rs2512809	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=12;PP=869;SC=CACTCCACTCCTTCCACCTCC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=61106533;WS=61106515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	61106892	rs2513329	G	C	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=118;PP=2965;SC=TGTGCGGCACGGTGCTTATAC;SOR=1.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=57;TCR=118;TR=175;WE=61106900;WS=61106882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	61108974	rs2260655	G	A	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=51;PP=1455;SC=GAACGTGGTCGCCAAGGCCAT;SOR=1.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=61108982;WS=61108964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	61110169	rs4939514	A	C	12705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.054;SC=ACCCCTCCTAAACCTCTGGGG;SOR=0.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=195;TCR=240;TR=434;WE=61110177;WS=61110159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr11	61112802	rs2305465	C	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=74;PP=2965;SC=AGTTGTCTGTCCTGCTCCTGG;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=180;WE=61112810;WS=61112792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	61118756	.	C	T	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5001;HP=23;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=56.8;NF=0;NR=4;PP=42;QD=19.1928031368;SC=AACACCCTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=61118764;WS=61118746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr11	61123965	rs76030461	A	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=18;PP=1261;SC=GTCCAGCCTGAGCCCTATCCC;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=61123973;WS=61123955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	61165280	rs3741265	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=847;SC=GAAAGATGCCGCTCAGTATTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=61165288;WS=61165270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	61165731	rs11382548	C	CA	9073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=70;PP=2957;SC=TTTCTGCCATCGTATGGACAG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=106;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	61165741	rs10897158	G	C	8990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=83;NR=71;PP=2738;SC=CGTATGGACAGGATTTGAAGT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=154;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	61179285	rs3019198	G	A	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=25;PP=1848;SC=ACTTGGCTTCGATGCCATGAA;SOR=1.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=86;WE=61179293;WS=61179275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	61197460	rs34378918	GC	G	1370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=995;SC=CCCAGGTCCCGCCCCCCCCGC;SOR=1.464;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=44;WE=61197468;WS=61197450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	61204361	rs896831	A	C	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=38;PP=1657;SC=ATAAGTTGTCAACTTCTCTGG;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=61204369;WS=61204351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	61205434	rs879647	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=472;SC=ATTAGACACAGCCTTCTCAAC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=61205442;WS=61205424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	61205676	rs5792226	C	CT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.714;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr11	61249383	rs3019200	C	A	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=135;PP=2965;SC=GCTACTGCACCGCCTACGGTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=145;TCR=135;TR=280;WE=61249391;WS=61249373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	61253200	rs3019187	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=8;PP=703;SC=CACCTGCTGGGACACTGAGCC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=61253208;WS=61253190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	61253973	rs2957858	A	G	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=75;PP=2965;SC=TCCTGGTGCCAGTGGCTGCTT;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=195;WE=61253981;WS=61253963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	61254376	rs3019188	G	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1307;SC=GCTGCCTCAGGCTGGCCACCT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=61254384;WS=61254373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	61487690	rs198430	G	A	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TCGTCCTACCGGCCATCTTCC;SOR=0.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=216;WE=61487698;WS=61487680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr11	61491097	rs566009	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=851;SC=CTGTCTGGTGAGCAGAGGTCT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=61491105;WS=61491087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	61496657	rs198417	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=55;PP=1543;SC=ACGAGAACCACCCACTTCACA;SOR=5.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=61496665;WS=61496647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	61505168	rs198444	G	A	7743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=150;NR=123;PP=2965;SC=GTGAGGATGCGATGGAGTATT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=151;TCR=123;TR=273;WE=61505176;WS=61505158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	61505696	rs198443	G	T	12954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=236;NR=238;PP=2965;SC=CCCCACCTGGGCACCCTGCCT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=476;TCF=237;TCR=239;TR=474;WE=61505704;WS=61505686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr11	61508522	rs198440	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=533;SC=GACCCAAGTGACTCCATGAGG;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=61508530;WS=61508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	61533797	rs4963418	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=36;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CTGGCATGGGATGGGCTGGGT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=5;WE=61533805;WS=61533787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr11	61534872	rs547589	A	C	7019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.340;SC=GGCCACTGCTACCGTCAGGAT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=178;TCR=214;TR=285;WE=61534880;WS=61534862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,300:0.74:407
chr11	61536583	rs579383	G	A	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=40;PP=1746;ReadPosRankSum=3.149;SC=TGGGTGGTGCGGAGAAATGCC;SOR=0.407;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=111;WE=61536591;WS=61536573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,120:0.83:144
chr11	61539020	rs149803	C	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,121:0.23:533
chr11	61543499	rs174528	T	C	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=67;PP=2646;ReadPosRankSum=0.648;SC=AGCCCCATCCTGAGGTGCCAC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=158;TCR=92;TR=182;WE=61543507;WS=61543489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,180:0.72:249
chr11	61543961	rs174529	T	C	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=80;PP=1803;ReadPosRankSum=0.056;SC=AGGAAGACACTGCCCTGGGTG;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=127;WE=61543969;WS=61543951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,136:0.76:179
chr11	61547068	rs7943728	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=916;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GATGGCAGGCGGGTTGGAAAG;SOR=0.455;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=58;WE=61547076;WS=61547058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr11	61547237	rs108499	C	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=70;PP=2507;ReadPosRankSum=2.301;SC=ACCGCTCCTCCGACCTCCAGC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=136;TCR=98;TR=166;WE=61547245;WS=61547227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,175:0.73:241
chr11	61548559	rs509360	A	G	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=45;PP=2965;SC=GGAGGTTGCTATGTTCTGTCT;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=118;TCR=45;TR=163;WE=61548567;WS=61548549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	61548874	rs174532	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr11	61549025	rs174533	G	A	4872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTCTTAGCCTGTGCCTGGTTC;SOR=0.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=265;TCF=170;TCR=95;TR=210;WE=61549033;WS=61549015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,212:0.79:268
chr11	61551356	rs174535	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TCCCTGTCAGTAGTGGCACCC;SOR=1.432;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=67;WE=61551364;WS=61551346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr11	61551927	rs174536	A	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ACTGGGCCCCAAAATGGGCAA;SOR=1.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=42;WE=61551935;WS=61551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr11	61557803	rs102275	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=0.166;SC=GAAATAAGGCTATAACCTGCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=13;WE=61557811;WS=61557793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	61557826	rs102274	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=429;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGGGCATCACTAGCCCTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=23;WE=61557834;WS=61557816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr11	61560081	rs174538	G	A	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=108;PP=2696;ReadPosRankSum=0.451;SC=GAACACGTCGGCAGGAGCAGG;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=53;TCR=134;TR=149;WE=61560089;WS=61560071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,153:0.80:192
chr11	61569830	rs174546	C	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1061;ReadPosRankSum=1.402;SC=TCCCCTCTGCCTTGGCTCCAG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=71;WE=61569838;WS=61569820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr11	61570783	rs174547	T	C	5987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.392;SC=CACCTACGCATCCTTTTCAAT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=187;TCR=161;TR=255;WE=61570791;WS=61570773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,262:0.73:357
chr11	61571348	rs174548	C	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=861;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCCAGACTCACTCATCTTCAG;SOR=0.302;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=42;WE=61571356;WS=61571338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr11	61571382	rs174549	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CAATCCTGCAGTATCTAGTGC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=19;WE=61571390;WS=61571372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr11	61579463	rs174554	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=1.741;SC=AGGATTACAGACATGAGTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=30;WE=61579471;WS=61579453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr11	61580635	rs174556	C	T	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=61;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TGACTGTGATCCCATCTAGAC;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=146;WE=61580643;WS=61580625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,150:0.77:195
chr11	61582708	rs174561	T	C	5751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.323;SC=GCCGCGGCATTCCCGGCCCCA;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=157;TCR=150;TR=236;WE=61582716;WS=61582698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,250:0.77:323
chr11	61593816	rs174568	C	T	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2777;ReadPosRankSum=0.690;SC=GGCCGGTCCACGCTTCTCAGC;SOR=0.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=186;WE=61593824;WS=61593806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,195:0.76:256
chr11	61605215	rs2072114	A	G	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.273;SC=GACAGAGTTCAGGTCTTAGCC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=160;TCR=102;TR=187;WE=61605223;WS=61605205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,196:0.70:279
chr11	61615542	rs7935946	C	T	4762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.163;SC=TTGAAGGTTCCGGGAACTGCT;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=178;TCR=66;TR=181;WE=61615550;WS=61615532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,191:0.75:253
chr11	61624414	rs174602	T	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=31;PP=1520;ReadPosRankSum=-1.238;SC=GGCTGCAGGATGGGTTGGGGA;SOR=0.334;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=135;TCF=98;TCR=37;TR=103;WE=61624422;WS=61624404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,104:0.74:140
chr11	61624885	rs526126	G	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=37;PP=2459;SC=GCACAGGCAGGGTGGAATGGA;SOR=1.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=128;WE=61624893;WS=61624875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	61632596	.	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TGAGTCCTCACGCTCTGCCCA;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=65;WE=61632604;WS=61632586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,70:0.71:99
chr11	61641211	rs6591665	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=770;SC=TGGAGGGGTGAGGGTATCGAT;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=61641219;WS=61641201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	61641396	rs75306442	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AAGATCCTAACACCCCTGTAT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=75;WE=61641404;WS=61641386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,80:0.76:105
chr11	61658629	rs693672	T	C	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=43;PP=1610;ReadPosRankSum=0.304;SC=GGCTTCCTTATGGCTTCCTTA;SOR=0.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=121;WE=61658637;WS=61658619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,127:0.63:202
chr11	61671956	rs174472	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=4.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,51:0.23:224
chr11	61672235	rs174473	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.993;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
chr11	61672265	rs174474	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr11	61675644	rs174477	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=401;ReadPosRankSum=3.278;SC=CTCCTGGCCTTGGGCCTCCTC;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=41;WE=61675652;WS=61675634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,44:0.29:150
chr11	61687674	rs2524290	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=1.575;SC=TGCTTGCAAGGCCAGACTGAG;SOR=0.398;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=22;WE=61687682;WS=61687664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr11	61724514	rs195162	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.487;SC=GTGGGAAGGGCTGTGGTCCAC;SOR=0.096;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=7;WE=61724522;WS=61724504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr11	61724787	rs741886	G	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGTACCTGGAGAAGAGGTGGG;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=72;WE=61724795;WS=61724777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr11	61725599	rs113492158	A	ATCCTCCTCC	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr11	61726871	rs195158	G	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=1.492;SC=CAGGAAGGGCGTCATGGGGTG;SOR=1.281;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=9;WE=61726879;WS=61726861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr11	61730036	rs149698	G	A	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=2211;ReadPosRankSum=-1.399;SC=CCCCACAGACGCCCCTCAGCC;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=135;WE=61730044;WS=61730026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,143:0.78:183
chr11	61730183	rs1800008	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,47:0.25:189
chr11	61730234	rs1800009	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=3.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,75:0.22:336
chr11	61730553	rs17185413	T	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,92:0.26:357
chr11	61731534	rs195155	G	T	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=39;PP=1470;SC=GAAATGAAGGGACCTTCCATA;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=83;WE=61731542;WS=61731524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	61731810	rs1801327	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GACTGAACCATTGGAAACATT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=61731818;WS=61731800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr11	61735553	rs11271453	T	TGCTGCAGATTGGGAA	6770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=24;PP=2974;SC=TGTGACACCTTGCTGCAGATT;SOR=0.802;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=38;WE=61735561;WS=61735543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	61736135	rs77709427	GT	TG	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=0.417;SC=CAGGGTGGATGTGAATTTATG;SOR=0.276;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=12;WE=61736144;WS=61736125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr11	61895541	rs1675130	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=754;SC=GTTGTGGGTCAGGTGGGTATT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=61895549;WS=61895525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	61895741	rs1675131	A	G	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=121;PP=2965;SC=GGCTTGAGGAAATCCAAGAGG;SOR=1.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=87;TCR=122;TR=207;WE=61895749;WS=61895731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	61896215	rs1792946	G	A	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=57;PP=2843;SC=AGGCAGCCTCGAGTGACACCC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=94;TCR=58;TR=151;WE=61896223;WS=61896205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	61897197	rs1792944	C	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=11;PP=1443;SC=CTTGGAGAGACTGGGTGCCAC;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=61897205;WS=61897187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	61897359	rs1675133	C	T	13199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=0.656;SC=ACGGCTCCGTCCTGCGGCGTG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=471;TCF=260;TCR=211;TR=469;WE=61897367;WS=61897349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,482:1.00:484
chr11	61906299	rs1614060	A	G	11524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=238;NR=157;PP=2965;SC=GCTCTGCACTACGGCCATCCT;SOR=1.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=240;TCR=157;TR=395;WE=61906307;WS=61906289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr11	61906374	rs1675126	T	C	13864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=250;PP=2965;SC=CTGAGAACAATGGAAATAACT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=502;TCF=251;TCR=251;TR=501;WE=61906382;WS=61906364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr11	61907909	rs1675124	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=47;PP=1319;SC=CCAAGGAGGCAGCTCCATGCT;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=61907917;WS=61907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	61908672	rs1675123	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=551;SC=TGTGGCCACCGGCTGTCTTGA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=61908680;WS=61908662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	61913196	rs7129085	G	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=30;PP=1060;SC=AGGAAGAGGAGGCACGTAGGC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=61913204;WS=61913186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	61914056	rs11230931	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=11;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CCTGGGCTTCGGGGGAGTAGG;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=58;WE=61914064;WS=61914046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr11	61914279	.	CGAGCAGGAGCGGCGG	C	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.332;NF=10;NR=21;PP=2017;ReadPosRankSum=-1.474;SC=AGGAGCGGCGCGAGCAGGAGC;SOR=0.643;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=31;WE=61914301;WS=61914269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr11	61960763	rs11441356	T	TC	4152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=31;PP=2936;SC=CCTCTACCCTTCAATTGTCTT;SOR=1.466;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=75;WE=61960771;WS=61960753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr11	61960827	rs2232941	T	C	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.192;NF=117;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CTCCAGGAGCTGCATGACCGA;SOR=0.304;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=118;TCR=90;TR=206;WE=61960835;WS=61960817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr11	62010667	rs2232949	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=849;SC=TGTGAACATATAACCCAGGGG;SOR=5.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=62010675;WS=62010657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	62037583	rs11603383	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=649;ReadPosRankSum=0.488;SC=GTGGAATTAAGATGCCTACCT;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=55;WE=62037591;WS=62037573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,66:0.39:169
chr11	62040694	rs59964144	T	TAC	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=2.362;SC=ATATTTTACATACACACACAC;SOR=2.093;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=62040702;WS=62040684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	62063899	rs35328961	C	CA	3256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.720;NF=30;NR=49;PP=1583;ReadPosRankSum=2.002;SC=CACCTGAAATCAAAAAAAAGA;SOR=0.710;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=140;TCF=44;TCR=96;TR=79;WE=62063907;WS=62063889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,133:0.67:200
chr11	62064841	rs4477443	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.56;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr11	62064844	rs4280004	G	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.30;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr11	62105391	rs2513749	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=565;SC=ACCCGCGCGGCTTCCTTGGGC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=62105399;WS=62105386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	62156445	rs189638601	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=411;ReadPosRankSum=1.386;SC=TAACTTACACGTAGAATGAGA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=18;WE=62156453;WS=62156435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr11	62158886	rs2958531	G	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=15;PP=1282;SC=GACCTTTGTCGGTACTTGAGC;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=62158894;WS=62158876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	62158924	rs2958532	C	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=42;PP=2205;SC=TTTCATGTAGCGTCCGACTTC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=120;WE=62158932;WS=62158914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	62190700	rs2302364	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=1.900;SC=TTGGTCTCCTTGTTATGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=20;WE=62190708;WS=62190690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr11	62292882	rs566144	G	T	10135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=197;NR=156;PP=2965;SC=ATGTCCACTTGGGGACCCCTG;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=198;TCR=156;TR=353;WE=62292890;WS=62292872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr11	62293948	rs486903	G	A	8615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=128;PP=2965;SC=AGCCAGGCATGCTGAACTTTG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=169;TCR=128;TR=297;WE=62293956;WS=62293938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	62328038	rs11231144	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr11	62334908	rs1061093	G	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,30:0.26:114
chr11	62339241	rs375231594	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,117:0.25:473
chr11	62349970	rs192866102	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr11	62365619	rs11231155	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr11	62365665	rs2849031	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=642;ReadPosRankSum=-1.701;SC=CATAGGCGGCGGGGAGGGAGG;SOR=0.427;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=32;WE=62365673;WS=62365655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr11	62369881	rs35156678	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,114:0.27:429
chr11	62369884	rs35880596	C	G	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,113:0.27:422
chr11	62370155	rs71490394	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,87:0.22:396
chr11	62370490	rs71458425	C	CGAGGGCCG	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=10.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=1.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,57:0.18:312
chr11	62371773	rs2516633	A	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=56;PP=1775;SC=GATGGCAAATAAGAGAAGCTC;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=62371781;WS=62371763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	62378660	rs12808829	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.059;SC=ATTGGGTCCCGCTAGGCTCTT;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=32;WE=62378668;WS=62378650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,34:0.28:123
chr11	62378801	rs11553576	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,57:0.31:183
chr11	62380732	rs4387351	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=551;SC=CACCTCTGCATTCCCTTGGGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=62380740;WS=62380722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	62381106	rs1799959	G	C	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=52;PP=2670;SC=CTGGTCGTCGGCCTCGGGCTA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=62381114;WS=62381096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	62381808	rs1801144	G	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,95:0.23:406
chr11	62383714	.	TG	T	335	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=55.78;NF=4;NR=6;PP=335;QD=36.5;SC=AGACTCTGTCTGAAAAAAAAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=10;WE=62383724;WS=62383704;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,10:0.27:37
chr11	62384869	rs4963224	T	C	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=149;PP=2965;SC=ACCATTTGCCTGCTCCAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=74;TCR=149;TR=223;WE=62384877;WS=62384859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	62389461	.	G	A	6403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GGGTCTGCAGGGGACGAGGGG;SOR=0.999;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=348;TCF=131;TCR=217;TR=258;WE=62389469;WS=62389451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,265:0.74:358
chr11	62394881	rs7949030	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.274;SOR=1.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr11	62396248	rs199956781	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.577;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,22:0.22:100
chr11	62397177	rs948683	C	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=42;PP=2415;SC=AGAGAAGAGACGGGTAGTGAG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=62397185;WS=62397167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	62400016	rs10897289	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,25:0.23:108
chr11	62401716	rs2957121	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=16;PP=960;SC=ACCTCCCCCCAAAGGCTAGAG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=62401724;WS=62401706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	62430659	rs597259	T	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	62433781	.	CA	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.269;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr11	62437647	rs489778	G	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=178;SC=GCTTTCAGGGGAGGGGAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=62437655;WS=62437637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	62438819	rs693698	G	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=34;PP=1050;SC=TGTTGAAAACGCGCGGGTGAC;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=62438827;WS=62438809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	62439569	rs13941	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=1026;SC=AGGCGGCGCCGGCGGGAGGTC;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=62439577;WS=62439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	62459994	rs2850597	A	G	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;SC=TCCTGCCGCTAGCACTCTTAC;SOR=0.883;Source=Platypus;TCF=40;WE=62460002;WS=62459984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	62460066	rs2850596	T	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=50;PP=2160;SC=CCTGGAGGCTTCTCAGGTAGA;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=62460074;WS=62460056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	62489267	rs496032	C	T	8336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=102;PP=2965;SC=ATACTGTATCCGACAAATCCC;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=190;TCR=102;TR=292;WE=62489275;WS=62489257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	62554814	rs2584916	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=4.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,57:0.22:260
chr11	62555242	rs2241908	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=647;ReadPosRankSum=0.938;SC=GTCTTAAAGCACTAGGTGGAG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=34;WE=62555250;WS=62555232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr11	62559301	rs2956139	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,65:0.26:252
chr11	62559385	rs2584918	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
chr11	62560251	rs1815870	C	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=1.956;SC=ATAAAAGCACCCAAGTTTGCC;SOR=1.692;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=8;WE=62560259;WS=62560241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr11	62563353	rs539465	G	A	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=58;PP=2894;SC=CTACAAACTCGGGACTCTAAA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=98;TCR=58;TR=156;WE=62563361;WS=62563343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	62564009	rs4693	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,14:0.16:87
chr11	62602133	rs76320591	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TCATCTTAGATGTATGCCTCT;SOR=0.132;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=62602141;WS=62602123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	62621309	rs560006	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,69:0.24:291
chr11	62638321	.	AATAATAATTATTATTATT	A	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.27;ReadPosRankSum=2.823;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	62648748	rs73487878	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=2.561;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,17:0.15:114
chr11	62650252	rs79118350	CG	C	1945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.424;NF=48;NR=7;PP=1904;ReadPosRankSum=0.900;SC=GAATTTTGCCCGGGTTCAAAT;SOR=1.280;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=55;WE=62650260;WS=62650242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr11	62651453	rs73487880	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=345;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TACTCACACCTTCCCCAGGCC;SOR=0.600;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=32;WE=62651461;WS=62651443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr11	62652063	rs489381	A	G	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=70;PP=2478;SC=CTAGAGCCTCATAATATTCTC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=135;WE=62652071;WS=62652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	62744899	rs3017670	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=659;SC=TTAGAGTTCCAGCATGAATGC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=62744907;WS=62744889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	62744943	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=29;QD=15.9428031368;SC=GGTGGCAGCTCAGGCTCAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=62744951;WS=62744933;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr11	62747145	rs3017671	A	G	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=78;PP=2832;SC=CTTCTGAGATATTGGGTTATG;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=136;WE=62747153;WS=62747135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	62748289	rs4149174	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr11	62748601	rs11568617	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=403;ReadPosRankSum=0.790;SC=CTCAGGGCCCGGGATCCTCCC;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=24;WE=62748609;WS=62748591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr11	62749494	rs11568622	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=5.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,41:0.22:188
chr11	62751658	rs10897312	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,10:0.14:69
chr11	62752182	rs4149171	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chr11	62768095	rs11231298	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr11	62768113	rs4149182	C	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr11	62847453	rs7945121	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=52;PP=1378;SC=TCCTGCTTTATGTTTCTTGAA;SOR=1.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=62847461;WS=62847443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	62847562	rs7926818	G	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=211;SC=TGTGCCTGAGGACAAGCTGCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=62847570;WS=62847552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	62848367	rs10897341	A	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=115;SC=TCCCCACTCAAGTGACAGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=62848375;WS=62848357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	62848487	rs11231341	A	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1433;SC=GGAAGACTCCATAGGAAATCC;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=62848495;WS=62848477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	62848995	rs6591733	G	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=35;PP=2119;SC=TCAGAAATTTGTGTTTTGAAA;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=62849003;WS=62848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	62886319	rs948060	G	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=40;PP=2501;SC=CCAGGTGTCAGAATTTTCCTT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=127;WE=62886327;WS=62886309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	62886609	rs10897367	A	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=47;PP=2321;SC=TTCAAGGTCAATTCAAGACAT;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=62886617;WS=62886599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	62902172	rs1939782	A	C	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=64;PP=2872;SC=GACCTCCCAGAAGTGACCCAG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=155;WE=62902180;WS=62902162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	62910849	rs1939749	T	C	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=71;PP=2965;SC=GGGCCTCTTATCTCAGTCACG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=182;WE=62910857;WS=62910839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	62911079	rs1939748	G	C	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=130;PP=2965;SC=GTCAGACACAGTGTCATTGTC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=269;WE=62911087;WS=62911069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	62933774	rs2226866	C	G	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=68;PP=2100;SC=ATCTGTGGAACCTAAATCCTA;SOR=1.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=107;WE=62933782;WS=62933764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	62951064	rs1525072	C	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=39;PP=2965;SC=ACCCATAACTCTACCTGTGTT;SOR=2.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=110;TCR=39;TR=149;WE=62951072;WS=62951054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	62984868	rs11231409	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=5.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,37:0.19:198
chr11	62985544	rs12417255	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-1.287;SC=AAAAGATACACGCACTCACAT;SOR=0.954;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=13;WE=62985552;WS=62985534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr11	62987638	.	CA	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=25;QD=14.0;SC=TTTGCAAAGACAAAAAAAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=62987646;WS=62987628;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	62995875	rs7106186	G	A	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=13;PP=1256;SC=TAGATGAAAAGTGTTTCATGA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=62995883;WS=62995865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	62996162	rs7126435	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr11	63129876	rs516763	T	G	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=115;PP=2965;SC=CTGCTCAATGTCTGCTCATCA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=245;WE=63129884;WS=63129866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	63175800	rs7109920	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=51;PP=1406;SC=AAAATAAATCATAACAGTCAT;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=63175808;WS=63175790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	63176367	rs4088469	G	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=59;PP=1821;SC=TAAATAGCCCGGTTGCCCCTC;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=63176375;WS=63176357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	63177242	rs78795943	A	AT	8150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CATTTTTGTGATTTTTTGTTG;SOR=1.306;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=137;WE=63177250;WS=63177232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr11	63233710	rs2275999	A	G	5607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=90;PP=2965;SC=TCCACCGGCAAGGGCAGGTAC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=205;WE=63233718;WS=63233700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	63233996	rs11231499	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCAAAGAACCGCAGAGAATCA;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=63234004;WS=63233986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	63258298	rs116362768	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=5.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,24:0.17:140
chr11	63258416	rs10897424	T	C	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	63274120	rs12272556	G	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=553;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CCCAGCACCTGCCCTGGGTTC;SOR=1.681;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=24;WE=63274128;WS=63274110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr11	63278621	rs2239679	C	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=78;PP=2088;ReadPosRankSum=0.868;SC=GGGGGCGCAGCCTGGGTGAGC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=29;TCR=108;TR=98;WE=63278629;WS=63278611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,98:0.70:140
chr11	63313644	rs584905	T	C	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=83;NR=42;PP=2056;SC=AGGTTGAAGTTGGTGTGGCCA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=125;WE=63313652;WS=63313634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	63357919	rs593759	C	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=85;PP=2402;SC=CCCAGCCGGGCATCTGCCCTT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=32;TCR=85;TR=116;WE=63357927;WS=63357909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	63413962	rs147319344	AAAAT	A	2108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=43.93;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	63487386	rs542998	T	C	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=112;PP=2965;SC=GTGAAAGTGGTTTTACCTGAT;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=135;TCR=112;TR=247;WE=63487394;WS=63487376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	63520131	rs118031086	G	A	5695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.505;SC=AGTTGTTTCTGCAGCTCTTGG;SOR=0.526;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=344;TCF=181;TCR=163;TR=235;WE=63520139;WS=63520121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,256:0.69:370
chr11	63636181	rs12792726	G	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=862;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GTCTGCCTGCGTTGTTGCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=45;WE=63636189;WS=63636171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr11	63657494	rs4980528	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGAGACCCAGGGCCAAGCTGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=63657502;WS=63657484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	63668557	rs224174	C	T	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=78;PP=2277;ReadPosRankSum=1.487;SC=TGCTCCCCGCCCCATTCTCTG;SOR=1.517;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=98;WE=63668565;WS=63668547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr11	63670387	rs1486936	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=0.029;SC=TCGCTCCCAGCAGTAAATGCA;SOR=0.124;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=10;WE=63670395;WS=63670377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr11	63673603	rs10625190	C	CTG	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr11	63676313	rs56263226	G	GC	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.519;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr11	63679369	rs320108	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	63680045	rs320109	C	A	7342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AATACCCCTTCGAACTAGTTA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=211;TCR=223;TR=305;WE=63680053;WS=63680035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,315:0.71:442
chr11	63680297	rs320110	A	G	17261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=301;NR=336;PP=2965;SC=CTCTGCCTCCAGAGAGAAACC;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=638;TCF=302;TCR=336;TR=637;WE=63680305;WS=63680287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr11	63681513	rs10897461	T	C	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=110;PP=2965;SC=CCGTGAGGCCTTCAGGGCTCA;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=199;WE=63681521;WS=63681503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	63681648	rs4980533	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=521;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GAGGCTGCCAGTGAAAGGAGA;SOR=0.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=41;WE=63681656;WS=63681638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr11	63682312	rs4375445	G	C	24988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr11	63682312	.	GAGCCTG	CAGGCTG,CAGGCTC	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=237,237;NR=248,245;PP=2944,2459;QD=20;SC=AGGGGCAGCTGAGCCTGAGCT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=513;TCF=244;TCR=269;TR=485,482;WE=63682327;WS=63682302;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.95:513
chr11	63682315	rs34212439	C	G	25025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr11	63682317	rs113350066	TG	T	14852.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=185;PP=2971;ReadPosRankSum=2.802;SC=CAGCTGAGCCTGAGCTGCCCC;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=304;TCF=52;TCR=252;TR=226;WE=63682327;WS=63682302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,408:0.76:539
chr11	63682318	rs11231638	G	C	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-2.832;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:408,131:0.24:539
chr11	63682319	rs57942405	A	C	14861.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=2.814;SC=GCTGAGCCTGAGCTGCCCCGG;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=513;TCF=241;TCR=272;TR=370;WE=63682327;WS=63682302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,412:0.76:544
chr11	63682869	rs3802941	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr11	63713239	rs3740636	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr11	63713317	rs3740637	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=863;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGCAGAGAAAGTCAAGCAAAG;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=56;WE=63713325;WS=63713307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr11	63714319	rs4980500	T	C	5017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.303;SC=AGTCTCCCGTTGTGGGTCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=274;TCF=161;TCR=113;TR=207;WE=63714327;WS=63714309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,209:0.75:277
chr11	63720086	rs4980513	T	G	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=127;PP=2965;SC=CCTGGCGATGTTCCAGGCACT;SOR=1.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=54;TCR=127;TR=181;WE=63720094;WS=63720076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	63767186	rs709594	A	G	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=74;PP=2088;ReadPosRankSum=0.815;SC=CGGCAGCCTGACTGGCGCTGG;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=128;WE=63767194;WS=63767176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,134:0.85:158
chr11	63767249	rs11600062	C	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=968;ReadPosRankSum=0.040;SC=CGGGGGGCGACGGGGTCAGAC;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=58;WE=63767257;WS=63767239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,60:0.82:73
chr11	63769144	rs539432	C	G	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=92;PP=2662;ReadPosRankSum=0.129;SC=ACGCTGAGAACGGCTCAGGCC;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=96;TCR=130;TR=153;WE=63769152;WS=63769134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,161:0.67:240
chr11	63883985	rs614397	T	C	20875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=391;NR=382;PP=2965;ReadPosRankSum=1.384;SC=TCCCTGATGATGCCACCACCC;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=776;TCF=391;TCR=385;TR=773;WE=63883993;WS=63883975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,794:1.00:795
chr11	63884027	rs614035	C	T	18895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=317;NR=356;PP=2965;SC=TCAACAACGCCGGCATCCCCC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=673;TCF=317;TCR=356;TR=673;WE=63884035;WS=63884017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,691:1.00:691
chr11	63885632	rs4379854	A	G	13957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=249;NR=234;PP=2965;SC=GCGCCAAAGAAGAGTACGTGG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=484;TCF=250;TCR=234;TR=483;WE=63885640;WS=63885622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr11	63885704	rs677447	C	T	13897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=209;NR=289;PP=2965;SC=CCATTGGCTACGGCACCACGC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=498;TCF=209;TCR=289;TR=498;WE=63885712;WS=63885694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr11	63994692	rs1860368	T	C	14317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr11	63994696	rs2429456	T	C	14257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	63995302	rs2429455	C	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=513;SC=AATTCTAGCCCTCAGTACCCT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=63995310;WS=63995292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	63997329	rs633561	A	G	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=43.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	63997338	rs633557	T	C	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=40.98;SOR=1.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	63997882	rs11311686	AT	A	1866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.654;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,101:0.86:118
chr11	64002238	rs7482791	T	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=113;SC=GCTCTGGCTGTCGCCGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=64002246;WS=64002228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	64004557	rs112715386	AAGAGAGAG	A	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=41.82;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	64011441	rs654573	T	C	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=125;PP=2965;SC=CCCCTACAGGTGGTGCAACCC;SOR=1.210;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=87;TCR=126;TR=211;WE=64011449;WS=64011431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	64012225	rs605187	G	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=11;PP=1545;SC=GTCGGGGACCGTCACTTCTTC;SOR=3.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=66;WE=64012233;WS=64012215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	64012910	rs60031276	A	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=817;SC=GGAGGAAAACAGATCAGGCCC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=64012918;WS=64012900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64012949	rs57467371	TG	T	206.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAAAGCGGGGTGGGGGGGGGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=64012957;WS=64012939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	64022459	rs632439	A	G	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=101;PP=2965;SC=GGCCAGACCCAGTGAACACAG;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=193;WE=64022467;WS=64022449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	64024056	rs588177	C	A	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=131;PP=2965;SC=CAGGTGGGACCCCAGCTGACC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=151;TCR=131;TR=282;WE=64024064;WS=64024046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	64026144	rs2244625	G	A	14506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=254;NR=271;PP=2965;SC=TCAAGACCTCGCCCTACCCCG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=529;TCF=255;TCR=274;TR=525;WE=64026152;WS=64026134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr11	64030944	rs2510067	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=20;PP=1218;SC=GTCAGCCCTGTGGCTCAGCTC;SOR=1.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=64030952;WS=64030934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	64052306	rs652611	T	G	10680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=239;PP=2965;SC=CTCGTCCGCATCCTTTTTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=391;TCF=152;TCR=239;TR=391;WE=64052314;WS=64052296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	64066859	rs2232417	G	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=7;PP=1601;SC=GGACTGGCACGGTGACAGCGC;SOR=3.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=59;TCR=7;TR=66;WE=64066867;WS=64066849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	64082437	rs650008	C	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=63;PP=1907;SC=CTCTGGTGCGCTTGCTCAGCC;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=98;WE=64082445;WS=64082427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	64083252	rs72924126	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-8.903;QD=0.36;ReadPosRankSum=3.212;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,18:0.14:127
chr11	64083269	rs201336331	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-7.813;QD=5.89;ReadPosRankSum=2.969;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr11	64083276	rs200055490	A	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-7.243;QD=7.13;ReadPosRankSum=2.338;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr11	64083290	rs150848359	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-7.165;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr11	64083293	rs201971362	G	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-6.883;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr11	64083295	.	CGGG	C	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.008;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-6.945;NF=1;NR=10;PP=1518;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGAGCGGCGGCGGGCGGGCAG;SOR=0.229;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=11;WE=64083308;WS=64083259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr11	64083300	rs199950340	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-6.507;NF=4;NR=10;PP=940;ReadPosRankSum=0.223;SC=GGCGGCGGGCGGGCAGGCTGC;SOR=0.220;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=14;WE=64083308;WS=64083259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr11	64083318	.	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.904;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-6.566;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr11	64083320	rs201072913	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-6.487;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
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chr11	64085785	rs7938623	A	G	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=57;PP=2965;SC=GCAAGACGGTACAGTGAAGGA;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=159;WE=64085793;WS=64085775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	64085938	rs7941847	T	C	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=72;PP=2246;SC=AGAGTATCGCTTTATTTCCTG;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=64085946;WS=64085928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	64088435	rs566049	A	G	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=90;PP=2965;SC=GGGGGCCCTTAGCCTCTTCAA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=152;WE=64088443;WS=64088425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	64107735	rs663743	G	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	64109118	rs647152	T	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=CTGGGCCAGATCCTGGGGAGC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=182;WE=64109126;WS=64109108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	64110348	rs11602301	T	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	64110422	rs11601860	A	T	172.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.20;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	64110668	rs574835	G	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=7;PP=955;SC=GGGTGCTCTCGGGGGTGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=64110676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64110683	rs479552	G	C	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=10;PP=1240;SC=TGCTGGAGGCGTCCAAGGCGC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=64110691;WS=64110673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64111928	rs685870	T	C	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=GCCTGAGGCCTGGGGGTTGAG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=185;WE=64111936;WS=64111918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	64116843	rs1318165	A	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=32;PP=1469;SC=GAGTTGGGGGACCGGCTGGAG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=64116851;WS=64116833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	64118422	rs614047	G	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=2;PP=1175;SC=CTGCCGCAGAGAGACAGAAGT;SOR=4.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=64118430;WS=64118420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	64120435	rs489419	T	C	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=36;PP=1421;SC=TGGGGTCCTGTCTGGCCTCCC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=64120443;WS=64120425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	64120451	rs61886887	C	T	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=43;PP=1663;SC=CTCCCCTCCCCGGCATAACTT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=64120459;WS=64120441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	64124515	rs612448	T	C	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=147;NR=105;PP=2965;SC=CTCTAGGCCCTGAGGTACAGG;SOR=0.977;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=252;WE=64124523;WS=64124505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	64124622	rs61886888	G	A	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=126;PP=2965;SC=GAGTGTCAGCGGAGGCCCCAG;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=99;TCR=126;TR=225;WE=64124630;WS=64124612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	64124823	rs519763	C	T	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.06;NF=91;NR=59;PP=2715;SC=GTGGCTCCCGCTGAGGCAGCG;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=150;WE=64124831;WS=64124813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	64124940	rs600377	T	G	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=87;PP=2965;SC=GACTGTGGCCTGGGCTGATCT;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=167;WE=64124948;WS=64124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	64124980	rs542907	G	A	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=71;PP=2631;SC=AGGGGCATGAGAATAAAGCTG;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=128;WE=64124988;WS=64124970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	64127744	rs521950	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1528;SC=CCAAGACGCAAGAGCACACGC;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=64127752;WS=64127734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	64127881	rs564687	T	G	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=124;PP=2965;SC=CCCAACGGGGTTGGGGTGGCT;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=148;TCR=125;TR=272;WE=64127889;WS=64127871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	64128423	rs516124	G	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=294;SC=GATCCACGGGGCCCTCCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=64128431;WS=64128422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64135435	rs508168	G	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=829;SC=ATAAAACCAGGTGGAATAAAA;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=64135443;WS=64135427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64135541	rs3217512	GTC	G	11697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=88;PP=2965;SC=CCCCACCAGAGTCTCCTCACC;SOR=1.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=174;WE=64135550;WS=64135531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	64136877	rs11606015	C	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=348;SC=GGCTTGCCGCCGTGGGTGGGT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=64136885;WS=64136867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	64137875	rs11606081	T	C	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=71;PP=2913;SC=CTGGAGGTCATAGACCATGGT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=141;WE=64137883;WS=64137865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	64138805	rs11542299	T	C	10112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=205;PP=2965;SC=GCGTGGAGAATGCACCCCTGG;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=169;TCR=208;TR=373;WE=64138813;WS=64138795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	64138905	rs17857342	T	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=69;PP=2012;SC=CCCCGTCGCCTCCAAAGGGGC;SOR=2.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=93;WE=64138913;WS=64138895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	64359286	rs3825016	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,56:0.23:241
chr11	64360274	rs11231825	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,120:0.26:464
chr11	64361384	rs2021860	G	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr11	64365943	rs1529909	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GGCCAGGCACTGGGGGCCACA;SOR=0.481;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=14;WE=64365951;WS=64365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr11	64367050	rs1705361	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=82;SC=AGAGCAGCACACCCCCACCCT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=64367058;WS=64367041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	64367325	rs1630320	A	G	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=101;PP=2965;SC=TGTTGCTGGCAGGGCTCTGCA;SOR=1.363;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=161;WE=64367333;WS=64367315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	64387932	rs2277311	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=385;ReadPosRankSum=2.481;SC=ACGGTGGCACGGGGGATGCCC;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=31;WE=64387940;WS=64387922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr11	64418900	rs526338	G	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,104:0.27:388
chr11	64480308	rs2666560	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=523;SC=AGCCCTGGAGCGCTCGCACCC;SOR=1.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=64480316;WS=64480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	64480641	rs2518907	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,49:0.25:198
chr11	64496357	rs2230414	G	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=531;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AGCCTCGCCTGCCAGGGCGGG;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=30;WE=64496365;WS=64496347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr11	64496587	rs559977	T	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=73;PP=2120;SC=CGCAGGCTTGTGCCCCCCTAC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=121;WE=64496595;WS=64496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	64497161	rs534221	C	T	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=23.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	64497189	rs533515	A	C	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.011;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,82:0.64:129
chr11	64503179	rs553618	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=21;PP=835;SC=GAGGCAGGGGAAGCCCAGAGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=64503187;WS=64503169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	64503363	rs10897524	G	A	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr11	64503496	rs556356	A	G	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=60;PP=1851;SC=CCCTGCCCACAGCCACAGAGC;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=112;WE=64503504;WS=64503486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	64503543	rs33956572	CT	C	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.480;NF=1;NR=14;PP=475;ReadPosRankSum=1.900;SC=CACAGCTCAGCTCAGAGCTCG;SOR=1.890;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=15;WE=64503551;WS=64503533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr11	64507315	rs550930	T	C	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=114;PP=2965;SC=AGCACCTTGCTGGCCTCTCCC;SOR=1.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=176;WE=64507323;WS=64507305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	64507680	rs547280	A	C	13687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=231;PP=2965;SC=CATGCGCATGACTCGTGGCCC;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=488;TCF=256;TCR=232;TR=487;WE=64507688;WS=64507670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr11	64507799	rs546323	G	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=154;PP=2965;SC=CATCTCCCCCGACCCCGTCAT;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=82;TCR=155;TR=236;WE=64507807;WS=64507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	64510898	rs2904961	C	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=55;PP=2304;SC=GGCGTCCTGCCCGCCTCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=115;WE=64510906;WS=64510888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	64511050	rs2073797	G	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,50:0.24:206
chr11	64514506	rs569602	A	G	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=75;PP=1856;ReadPosRankSum=0.698;SC=GGGGGCTAGGATAAGTTCTAT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=58;TCR=117;TR=109;WE=64514514;WS=64514496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,114:0.63:182
chr11	64519062	rs532747	T	C	5959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGAGCCTGGCTTCTCACCTTC;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=158;TCR=160;TR=253;WE=64519070;WS=64519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,259:0.78:331
chr11	64519345	rs686171	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=476;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GTACTATGCCGCAGGAACACG;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=26;WE=64519353;WS=64519335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr11	64520942	rs2959652	G	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr11	64525216	rs589691	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=6.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,61:0.26:235
chr11	64525464	rs490980	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.485;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,20:0.21:95
chr11	64525644	rs489192	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TTCGGACCTTGCCAGAGATGA;SOR=1.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=6;WE=64525652;WS=64525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr11	64527080	rs477549	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=426;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GCCAGCTCCCTGGCAGCGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=20;WE=64527088;WS=64527070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr11	64535357	rs575375	T	C	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=150;PP=2965;SC=TGCCTGCGCCTCCTAGTGGCA;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=118;TCR=150;TR=268;WE=64535365;WS=64535347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	64535849	rs561158	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=56;PP=1638;SC=ATGGAAAGTTCTGAAGAATTC;SOR=2.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=64535857;WS=64535839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	64536866	rs484886	T	C	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=AGGTTTCTGCTAGGAGGCTTC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=188;WE=64536874;WS=64536856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	64543927	rs34514973	G	GT	2247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AGAATAAATCGTAACAATCTC;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=43;WE=64543935;WS=64543917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr11	64544135	rs474707	C	T	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=75;PP=1809;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GATGTAAATACAAGTAGTTAT;SOR=1.074;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=111;WE=64544143;WS=64544125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,120:0.77:156
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chr11	64563934	rs483544	A	G	11852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=189;PP=2965;SC=GCCCCTGCGGACCCTGCCTCC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=405;TCF=216;TCR=189;TR=405;WE=64563942;WS=64563924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr11	64564208	rs677298	A	G	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=88;PP=2685;ReadPosRankSum=0.593;SC=GCATGGGGTCAGAGGTCAGAC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=124;TCR=135;TR=171;WE=64564216;WS=64564198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,170:0.65:261
chr11	64569000	rs1143937	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=922;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCAGGGTAGCCGGGGAGGGTC;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=49;WE=64569008;WS=64568990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr11	64572018	rs2959656	T	C	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=151;PP=2965;SC=GGTGATGCTGTGGGTGCTGGC;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=103;TCR=151;TR=254;WE=64572026;WS=64572008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	64572403	rs654440	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=-1.517;SC=CATCGGCACCCAAGGGGATGG;SOR=1.430;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=26;WE=64572411;WS=64572393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr11	64572557	rs540012	A	G	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=97;PP=2965;SC=CCCAGCCCACATGCAGCACAG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=198;WE=64572565;WS=64572547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	64573589	rs669976	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5985;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=0.208;SC=GCCTAGGGACTGGATGGAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=19;WE=64573597;WS=64573584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr11	64577620	rs509606	G	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=1.170;SC=AGGCAAGCCGGGGGAGGGAGG;SOR=1.371;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=25;WE=64577628;WS=64577610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr11	64591972	rs10792447	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=3.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,77:0.26:301
chr11	64594490	rs646709	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=974;SC=AGCCTCACCAAAGTGGCTTGT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=64594498;WS=64594480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	64596916	rs10897529	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr11	64597506	rs3741395	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.722;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,72:0.25:285
chr11	64598944	rs684071	A	G	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.486;SC=CGCAGGCCTGAACTGCTTCCT;SOR=0.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=149;TCR=88;TR=236;WE=64598952;WS=64598934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr11	64600002	rs494252	G	T	4833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CACAGAACAGGTCAGAAATCT;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=201;WE=64600010;WS=64599992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,208:0.75:276
chr11	64602757	rs561895	T	C	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=5.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,212:0.73:292
chr11	64602782	rs11605623	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,100:0.24:422
chr11	64603844	rs138577794	A	ACTCACCCAC	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=5.421;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,23:0.18:131
chr11	64604178	rs2904960	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	64605689	rs541525	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=15;PP=457;SC=CCCGAGGCCCAAGGCCCAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=64605697;WS=64605679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64606177	rs653343	C	T	5438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.711;SC=TGTCCATGGGCCCCCGCAGCT;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=285;TCF=171;TCR=114;TR=226;WE=64606185;WS=64606167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,236:0.78:301
chr11	64606765	rs676977	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=54;PP=1690;SC=GACTGCTGGCTCCTCGCGATG;SOR=2.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=71;WE=64606773;WS=64606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	64606910	rs142726755	C	CCTGCTCCCA	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=12.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,15:0.12:128
chr11	64607587	rs589984	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=17;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GGGTTGGGGCCCCACCTGTGG;SOR=0.360;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=86;TCR=21;TR=79;WE=64607595;WS=64607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr11	64608172	rs57183951	GC	G	3319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.587;NF=11;NR=69;PP=2282;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGCCCAGGATGCCCCCCTTGC;SOR=0.437;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=14;TCR=99;TR=80;WE=64608180;WS=64608162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,122:0.74:164
chr11	64621856	rs3897618	A	G	6559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=85;PP=2965;SC=GCAGGTCGGCAGGCAGCTCGT;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=155;TCR=86;TR=240;WE=64621864;WS=64621846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	64622869	rs10897533	G	C	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=49;PP=2112;SC=AGATCTCTCCGAGGTTGTTCA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=64622877;WS=64622859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	64645871	rs1211284	A	G	9715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=189;PP=2965;SC=GCAGCCCCTCAGCCACCGTCT;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=162;TCR=189;TR=351;WE=64645879;WS=64645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr11	64664774	rs658006	C	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1089;ReadPosRankSum=0.422;SC=AGAGGAGAAACTGAGGCCCTG;SOR=0.324;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=78;WE=64664782;WS=64664764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,79:0.74:107
chr11	64669417	rs682673	T	C	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=28;PP=2965;SC=AACTGGTCCATCCCTCCCACC;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=117;TCR=28;TR=145;WE=64669425;WS=64669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	64677293	rs656195	G	C	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=78;PP=2965;SC=CCAGGGGTCCGGCTCAGGCCG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=157;WE=64677301;WS=64677283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	64678047	rs138707420	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr11	64678920	rs638583	T	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=116;SC=AGACCAGGCCTTCTGCCCAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=64678928;WS=64678910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	64680407	rs594820	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=461;SC=AGTAAATCCCGCACTTGACAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=64680415;WS=64680397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	64680819	rs618006	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=51;PP=1408;SC=GCTGATGCACGTCCACCGGCG;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=64680827;WS=64680809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	64700767	rs675090	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=885;SC=GCAGGGAGGAGTCAGACCCCC;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=64700775;WS=64700757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64702200	rs673995	C	T	10882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=149;PP=2965;SC=CCCACCAGAACGTCAAGCCCT;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=226;TCR=150;TR=375;WE=64702208;WS=64702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr11	64702765	rs2307669	C	CTCTG	1401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=1445;SC=CCACCGTCCACTCAGCTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=24;WE=64702773;WS=64702755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64707978	rs586616	A	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=37;PP=1887;SC=GCTGCTCTACATATCAGAGAA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=64707986;WS=64707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	64713485	rs596321	T	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=602;SC=ACCGGAATCCTGACTTGTAAC;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=64713493;WS=64713475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	64718050	rs138174447	TTTTC	T	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=42.55;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	64721908	rs495330	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=515;SC=GTTTCCCAGAGCCCTGGAAGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=64721916;WS=64721898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	64726701	rs602404	A	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=815;SC=GGTGAAGGTAAAGAAGAGGTG;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=64726709;WS=64726691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64757504	rs574381	G	C	15853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=304;PP=2965;SC=TCCGCCTGCTGTCATCCCACC;SOR=1.008;Source=Platypus;TCR=304;WE=64757513;WS=64757494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr11	64761779	rs626670	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=707;SC=AGCCACAGGATCCTTTTCTCA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=64761787;WS=64761769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	64789194	rs664226	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=5;PP=1201;SC=TCCTCCCAGGTCCTGGAGCTG;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=64789202;WS=64789184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	64794918	rs3832791	T	TG	2336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=6;PP=2313;SC=AGCGCAGGCCTGGCGAGGCGG;SOR=4.047;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=54;WE=64794926;WS=64794908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	64799789	rs532373	C	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=14;PP=1668;SC=TGTCCCTGGGCGAGGGGCTGC;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=64799797;WS=64799779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	64799894	rs678614	A	C	10551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=163;PP=2965;SC=AGTCTCATGTACCTCATAGGT;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=214;TCR=163;TR=377;WE=64799902;WS=64799884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	64799998	rs534236	T	C	9727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=156;NR=203;PP=2965;SC=AGGAGTTCCCTGCTTTCCCCC;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=157;TCR=203;TR=359;WE=64800006;WS=64799988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr11	64802267	rs6591869	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=4;PP=847;SC=TGGGGCAGAAGCCCCTGTGGG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=64802275;WS=64802257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64807294	rs653111	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=58;PP=1634;SC=TGGGACTCTCGCTCCTGCACT;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=64807302;WS=64807284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	64808647	rs10160811	A	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=27.25;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64808681	rs34998502	AC	A	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=21;PP=977;SC=GCCGCTCCCCACCCCCCGGCC;SOR=0.732;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=32;WE=64808689;WS=64808671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	64809090	rs12271134	T	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=45;PP=1558;SC=CGAGCTGTGCTCCTGGACCTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=64809098;WS=64809080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	64809133	rs10792455	T	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=24;PP=972;SC=CCGAGGCAGCTGTGGTGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=64809141;WS=64809123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	64809167	rs10792456	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=17;PP=892;SC=CACGCTGCTGACCGTAGTGGC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=64809175;WS=64809157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	64809441	rs3862374	C	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=441;SC=TCACCATTAGCCCCCTCCCAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=64809449;WS=64809431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	64810771	rs11231929	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=3.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	64820654	rs477539	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=239;SC=CCTCCGGGGGCGAAGGTCCCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=64820662;WS=64820644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	64833935	rs548150	G	A	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=68;PP=2907;SC=GCCTTCCGGGGGTTTGGGTCA;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=155;WE=64833943;WS=64833925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	64834432	rs573957	T	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=48;PP=1322;SC=CACCTCCTGCTTCAGCCACCT;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=64834440;WS=64834422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64835306	rs492799	C	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=999;ReadPosRankSum=1.404;SC=GGGTGCCCAGCCAAAGGCCCC;SOR=0.346;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=53;WE=64835314;WS=64835296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,54:0.78:69
chr11	64835463	rs149675910	ACT	A	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,33:0.22:149
chr11	64851305	rs947799	C	T	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=115;PP=2965;SC=TTTAAGGGCGCCTCCTCCGGC;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=199;TCR=117;TR=313;WE=64851313;WS=64851295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	64851453	rs35819335	CT	C	15248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=230;PP=2951;SC=CCAGACATAACTTAGGCTCCG;SOR=1.162;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=272;TCF=33;TCR=239;TR=263;WE=64851461;WS=64851443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr11	64855986	rs2282498	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,69:0.23:306
chr11	64856108	rs2282499	A	C	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,97:0.24:401
chr11	64856500	rs525781	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=52;PP=1540;SC=TCTTGCAGCCACATCTTGCCC;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=73;WE=64856508;WS=64856490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	64876740	rs72932837	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=1.283;SC=ACCTGGGCACCTTCTCTTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=64876748;WS=64876730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr11	64878661	rs625004	T	C	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=125;PP=2965;SC=TATCCCTCCCTTCTTATCTGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=284;WE=64878669;WS=64878651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	64880090	rs4930284	G	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=33;PP=1374;SC=CGTCCCTGCCGGGGCTGGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=64880098;WS=64880080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	64882789	rs1129195	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr11	64883864	rs1706937	A	G	4609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.438;SC=CTCAGAAACAAGCAACAGGGC;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=180;WE=64883872;WS=64883854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,190:0.75:255
chr11	64884052	rs1546532	G	A	7325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=100;PP=2965;SC=CGCAGTCTAGGGCCAGGGGTG;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=147;TCR=101;TR=246;WE=64884060;WS=64884042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	64889034	rs13807	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-1.660;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr11	64889416	rs769440	G	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=661;ReadPosRankSum=0.040;SC=GGCTCACGTGGGGAAGGCCAG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=42;WE=64889424;WS=64889406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr11	64896237	rs3802936	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TCCAAGGTTGGGCAGATTCTC;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=16;WE=64896245;WS=64896227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr11	64897453	rs1206196	C	T	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1784;ReadPosRankSum=0.506;SC=CAAGAAGAACCCAGAGAGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=113;WE=64897461;WS=64897443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,119:0.64:185
chr11	64898226	rs9971407	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-3.010;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,44:0.24:186
chr11	64898357	rs11369296	G	GC	11005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=109;PP=2974;SC=TGGGGCCTGTGCCTGCTGTGC;SOR=1.039;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=185;WE=64898365;WS=64898347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	64977644	rs625750	C	T	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=36;PP=1673;SC=AGGCCCTTGTCCCTGGGGTGC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=64977652;WS=64977634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	64977937	rs542380	A	G	8713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=187;PP=2965;SC=AGTGTCCCCAACTGCCTCCCA;SOR=1.322;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=110;TCR=189;TR=297;WE=64977945;WS=64977927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr11	64981472	rs239258	G	C	11132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=216;NR=194;PP=2965;SC=AGAACTTCACGGCCGCTGTCC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=216;TCR=194;TR=410;WE=64981488;WS=64981462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr11	64981853	rs239259	G	T	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=40;PP=1213;SC=CCGTCTACATGGCCGGGGTGC;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=64981861;WS=64981843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	64985220	.	C	G	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=16;MQ=58.59;NF=0;NR=15;PP=163;QD=13.1847475031;SC=AGGGCGGGGGCGGGGGGACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=15;WE=64985228;WS=64985210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr11	64990041	rs514076	G	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr11	64993195	rs10633296	C	CAGTA	5406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=63;PP=2957;SC=CTTCTGGAAACAGCAAAAGCC;SOR=1.467;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=70;WE=64993203;WS=64993185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	65000478	rs2904978	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=373;SC=CTTAGGAGACCGTGAAGGGGT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=65000486;WS=65000468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	65000719	rs2904979	C	T	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=162;PP=2965;SC=ATCATCAACACCCCGGCCATG;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=117;TCR=163;TR=279;WE=65000727;WS=65000709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	65003812	rs625427	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=9;PP=1532;SC=GGCTCCACCCTTCTCCACTAC;SOR=3.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=62;WE=65003820;WS=65003802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	65004301	rs2904982	G	T	10285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;NR=185;PP=2965;SC=GGCCGTCTGCGTCCTGACCGA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=177;TCR=185;TR=362;WE=65004309;WS=65004291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr11	65118971	rs620888	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=643;SC=TGATATTTCATAATATTTGAA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=65118979;WS=65118961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	65143701	rs80042162	CT	C	2173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=1414;SC=CACAGGCCCCCTGGCTTCCGG;SOR=1.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=36;WE=65143709;WS=65143691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	65144075	rs624307	T	C	13136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=245;PP=2965;SC=GACTTGATCATGTCTAAGGGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=475;TCF=229;TCR=246;TR=474;WE=65144083;WS=65144065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr11	65147294	rs547221	G	A	7060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=142;NR=104;PP=2965;SC=AGCCCCAGATGCCTCCCCGAA;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=142;TCR=106;TR=246;WE=65147302;WS=65147284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	65147862	rs573864	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=768;SC=GGACAAGGGACTAAGACCCCA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=65147870;WS=65147852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	65161129	rs2073800	C	T	9219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=135;PP=2965;SC=GTGCCCCAGACGATGACGTGG;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=195;TCR=136;TR=330;WE=65161137;WS=65161119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	65168284	rs61740646	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,72:0.26:276
chr11	65178620	rs2957274	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	65270090	rs3842272	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.671;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,17:0.15:113
chr11	65271779	rs36002528	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr11	65271832	rs3200401	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,52:0.29:180
chr11	65273568	rs11367099	TA	T	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.215;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr11	65302893	rs947791	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr11	65307402	rs11227217	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,33:0.26:126
chr11	65308174	rs147365999	C	CGGGCGGGGCCTACAGGAG	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.899;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.952;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr11	65314814	rs66973976	CG	C	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.221;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	65314830	rs58621819	A	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.255;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr11	65320780	rs4244811	G	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=31;PP=1394;SC=ACTGGGGAGGGGCACAGCAGA;SOR=0.839;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=78;WE=65320788;WS=65320770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	65325325	.	CCAG	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.500;QD=2.71;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr11	65340048	.	G	GGCGGGGCCGCGGGGT	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.089;NF=1;NR=8;PP=2971;ReadPosRankSum=0.496;SC=GCTGGGCTCCGGCGGGGCCGC;SOR=0.527;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=65340056;WS=65340038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr11	65347636	rs1194100	G	C	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=74;PP=2965;SC=CCAAGTCCCAGTGAGGCTGCG;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=121;TCR=74;TR=195;WE=65347644;WS=65347626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	65349063	rs3741380	G	A	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=2070;ReadPosRankSum=1.608;SC=CCTCGGCTCCGGAAAGGCTCT;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=124;WE=65349071;WS=65349053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,127:0.72:176
chr11	65349756	rs6591182	T	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=47;PP=1859;SC=AGGCCCCAGGTGAGCAGCTGG;SOR=0.953;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=88;WE=65349764;WS=65349746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	65349849	rs1194099	A	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=38;PP=1712;SC=GGTTCAGGGGACCTGGAAACA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=65349857;WS=65349839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	65351074	rs10896018	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=887;ReadPosRankSum=0.684;SC=CCCAGGAAGCGGAGGCTGGGG;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=104;TCR=117;TR=74;WE=65351082;WS=65351064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,76:0.33:230
chr11	65357697	rs1151503	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1147;SC=GCATACATCTAGGGATCCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=65357705;WS=65357687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	65359625	rs4261292	C	G	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=98;PP=2965;SC=CAGAGGGCTGCGTGTGGACCC;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=60;TCR=98;TR=158;WE=65359633;WS=65359615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	65366882	rs35487354	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.140;SC=CTCCTCCTCACGTCGGGGGCT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=23;WE=65366890;WS=65366872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr11	65373621	rs1151527	A	G	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=35;PP=1039;SC=CAGGCTTCAGAGATAAACTTT;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=65373629;WS=65373611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	65380916	rs2004649	G	A	12263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=244;PP=2965;SC=GGGGCGGGCCGCCACCCCGAG;SOR=0.993;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=435;TCF=189;TCR=246;TR=433;WE=65380924;WS=65380906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr11	65383896	rs7947140	G	C	15067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=286;NR=257;PP=2965;SC=ACCTCTATGTGTGGATCTTCC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=543;TCF=286;TCR=257;TR=543;WE=65383904;WS=65383886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr11	65385606	rs1151489	A	G	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=83;PP=2965;SC=ACCCTGACCCAGCCTGACCGG;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=124;TCR=84;TR=207;WE=65385614;WS=65385596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	65387378	rs61744384	T	A	9754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=196;PP=2965;SC=CTGAGGGTGCTGTGCACTATT;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=136;TCR=196;TR=332;WE=65387386;WS=65387368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr11	65389890	rs11227241	G	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=67;PP=2290;SC=CTGGACCTTGGCTCCCCAGAC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=65389898;WS=65389880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	65394322	rs10896024	A	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=16;PP=1344;SC=GGACTTCCTCAGGGAAGGCAG;SOR=1.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=71;WE=65394330;WS=65394312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	65412467	rs2306364	G	A	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=103;PP=2965;SC=ACTGCCGGGCGGGCCAGGGCT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=236;WE=65412475;WS=65412457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	65415028	rs4930157	T	G	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=97;PP=2947;SC=GCGGCCAGACTCTGCCCAGCC;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=58;TCR=97;TR=155;WE=65415036;WS=65415018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	65417434	rs746429	G	A	9906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=173;PP=2965;SC=TGTCGGAGGCGGGCAGTGGGA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=168;TCR=173;TR=341;WE=65417442;WS=65417424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	65423082	rs1144792	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=25;PP=1345;SC=ATGGGGCCCAGGAGTCTTCAT;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=65423090;WS=65423072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	65480090	rs2236682	G	T	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;SC=GGCCTGGAAAGGGGTGGCACT;SOR=0.717;Source=Platypus;TCF=88;WE=65480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	65480768	rs4244812	A	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=7;PP=1849;SC=CCCCTTCCCCATCCCACTGCC;SOR=4.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=78;TCR=7;TR=84;WE=65480776;WS=65480758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	65480791	rs551115	A	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=37;PP=2965;SC=CCCCGCCCCAAAGGAAGACCC;SOR=2.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=105;TCR=37;TR=141;WE=65480799;WS=65480781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	65481166	rs1151500	T	C	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	65481465	rs487264	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=656;SC=GGCAGAACATTGTTCAAATGA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=65481473;WS=65481455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	65484569	rs563427	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=31;PP=843;SC=CTCTAGGGGAACCAGCCAGAA;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=65484577;WS=65484559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	65554680	rs10896044	C	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=700;SC=GGTGGAACCGCCGCGCGCCGT;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=65554688;WS=65554678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	65601644	rs150700040	GGTGGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGT	G	12362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=110;PP=2969;SC=CCAATCATGCGGTGGTGTGTG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=22;TCR=119;TR=129;WE=65601676;WS=65601634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	65617113	rs11327250	AG	A	6045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=72;PP=2969;SC=GGCCTCCCCCAGGGGGTGGTA;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=122;WE=65617121;WS=65617103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	65618053	rs117613663	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=605;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CCTGGGGTCACCCTTGGGCCA;SOR=0.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=34;WE=65618061;WS=65618043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr11	65620624	.	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=3.342;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,31:0.20:153
chr11	65623347	rs652021	G	A	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=18;PP=2352;SC=AGGAGCCACAGAAGTTCCCAT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=88;WE=65623355;WS=65623337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	65623519	rs4621	G	A	13533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=255;PP=2965;SC=TGGCGTAGGGGTCGTCGACAG;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=482;TCF=227;TCR=255;TR=482;WE=65623527;WS=65623509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr11	65624934	rs7125986	A	C	6786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=125;PP=2965;SC=TGCGCTCCCGAACGGGCCGCG;SOR=1.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=102;TCR=125;TR=227;WE=65624942;WS=65624924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	65628334	rs13817	G	A	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=71;PP=2965;SC=CGCAGCAGGCGCCGCACGCGC;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=134;TCR=71;TR=205;WE=65628342;WS=65628324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	65629932	rs659857	T	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	65629932	.	TCG	CCC	2721	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=82;NR=48;PP=2721;QD=20;SC=CTGGGAGTGCTCGACCCTGGC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=130;WE=65629942;WS=65629922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,130:0.98:133
chr11	65629934	rs545500	G	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	65630101	rs633877	G	C	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=89;PP=2406;SC=TTGAGATTGGGGGGGGTGGGC;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=149;WE=65630109;WS=65630091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	65630698	rs538394	T	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1155;SC=GGCAGAGGAGTGGGGAAAACA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=65630706;WS=65630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	65631167	rs648732	C	T	11101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=153;PP=2965;SC=TGTGGGTGGCCCAGGAGACCA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=223;TCR=153;TR=376;WE=65631175;WS=65631157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	65631879	rs630758	C	A	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=3.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65631879	.	CCG	ACA	875	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=32;NR=4;PP=875;QD=25.7907743017;SC=GAACAGGGTCCCGGCACCATT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=36;WE=65631889;WS=65631869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr11	65631881	rs630755	G	A	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	65631973	rs630303	G	A	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=66;PP=2926;SC=CCTAGTTCCGGCTGAAGCGCT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=65631981;WS=65631963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	65632262	rs558114	G	T	9930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=211;PP=2965;SC=CCCTCTTGACGCGGGGCCTGC;SOR=1.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=146;TCR=214;TR=356;WE=65632270;WS=65632252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	65635559	rs594689	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=745;SC=ACACAAATGAGCTCCTTGCCC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=65635567;WS=65635549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	65636053	rs601314	T	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=76;PP=2477;SC=GGCTCGTTGATGCAGCGGTAC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=145;WE=65636061;WS=65636043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	65637273	rs501630	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=16;PP=1276;SC=GAGGCACGGCATAGCTAGGGC;SOR=2.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=66;WE=65637281;WS=65637263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	65637984	rs630394	C	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=26;PP=2176;SC=GCCGGGACTACAGAAGCTGCT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=98;WE=65637992;WS=65637974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	65638719	rs633800	G	A	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.221;SC=GTCCCTCGCCGTGTAGGTCGT;SOR=0.342;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=205;WE=65638727;WS=65638709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr11	65639374	rs2234458	C	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=30;PP=2181;SC=TGGGGCTGTCCCTTGGAAAGC;SOR=1.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=109;WE=65639382;WS=65639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	65647260	rs658524	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=609;SC=CTCCAGCCCCACCCTCACACC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=65647268;WS=65647250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	65647885	rs145650095	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=847;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CTCCACCTCCCGGGTTCAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=37;WE=65647893;WS=65647875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr11	65649774	rs604630	A	G	9649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=163;PP=2965;SC=GAAGGTGGCCAGCGCCATCTC;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=190;TCR=163;TR=351;WE=65649782;WS=65649764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr11	65649984	rs687672	T	C	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=162;PP=2965;SC=ATTTTGTGGATGTCTCCGTGC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=181;TCR=162;TR=343;WE=65649992;WS=65649974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr11	65650147	rs41302419	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=4.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,64:0.19:333
chr11	65651830	rs658938	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=16;PP=1126;SC=GCTGGGGCAAAGCCAAGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=65651838;WS=65651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	65655259	rs2308217	G	GCC	10673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=93;PP=2977;SC=GTCTGGCGGGGCCTAGCAGGG;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=142;WE=65655267;WS=65655249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	65684929	rs9667389	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1236;SC=ATTTGGCCCCCCTAGGTCAGT;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=65684937;WS=65684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	65685225	rs7947504	T	C	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=130;PP=2965;SC=CACCTGAAGCTGGCCTTCAAC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=107;TCR=131;TR=237;WE=65685233;WS=65685215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	65713207	rs9795469	T	C	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCCGTCGGTGTGACCAGGGCA;SOR=0.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=124;TCR=129;TR=251;WE=65713215;WS=65713197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr11	65733393	rs688862	C	T	9143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=150;PP=2965;SC=AGGGCCTCACCGTGGAGCATG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=164;TCR=150;TR=313;WE=65733401;WS=65733383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	65744275	rs543952	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=27;SC=CGTTTGGGGGTGCTCAAGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=65744283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	65744597	rs7952056	C	T	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=71;PP=2178;SC=GCAGCCATGACTTGGGTGGGC;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=107;WE=65744605;WS=65744587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	65767153	rs507672	A	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=54;PP=1875;SC=TCCCCTGTAGATAAGAAGAGA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=110;WE=65767161;WS=65767143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	65767215	rs506873	G	T	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=48;PP=1516;SC=CCATAGGAAGGGGTTCTATCT;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=81;WE=65767223;WS=65767205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	65780702	rs9667817	A	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=15;PP=1459;SC=GGCCTGGAGCAGCCTGGCAGG;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=65780710;WS=65780692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	65787666	rs3829937	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,55:0.21:257
chr11	65788072	rs3814747	C	T	12126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=222;PP=2965;SC=ATGTAAATTACGAGGATGGGA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=214;TCR=222;TR=436;WE=65788080;WS=65788062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr11	65790527	rs2845570	G	T	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=67;PP=1674;ReadPosRankSum=0.433;SC=CGCTGGAGCCGGCCGGCTGAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=35;TCR=90;TR=92;WE=65790535;WS=65790517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,100:0.75:133
chr11	65803383	rs10791840	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,43:0.27:157
chr11	65810045	rs4565902	T	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,74:0.24:305
chr11	65810209	rs61895584	C	T	5919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=138;PP=2965;SC=TGGGCTGCCACGGCTGCAGCT;SOR=2.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=58;TCR=138;TR=196;WE=65810217;WS=65810199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	65810239	rs78578425	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=402;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGATCTGCGCGGCAGGCCGCA;SOR=0.296;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=35;WE=65810247;WS=65810229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr11	65810749	rs7937692	T	C	10899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=201;PP=2965;SC=AGGCGTTGGGTACGCGCCGGA;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=148;TCR=201;TR=349;WE=65810757;WS=65810739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	65811208	rs4930170	G	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=956;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CTTGACCCCTGCCCTTACCCA;SOR=1.408;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=53;WE=65811216;WS=65811198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr11	65824994	rs2302883	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AAACTAAGGGTATGGCAGAGG;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=65825002;WS=65824984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	65825458	rs4930171	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr11	65829637	rs11227395	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.150;SC=AAAAACAAATAATGGTTTTTG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=65829645;WS=65829627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	65868310	rs475817	T	A	11524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=212;PP=2965;SC=GAACACCTGTTATGGCCTTTC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=397;TCF=185;TCR=212;TR=397;WE=65868318;WS=65868300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr11	65983522	rs548858	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=482;SC=GGTCTTGTGCATTCCTTGGCT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=65983530;WS=65983519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	65985000	rs557082	A	C	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=TAGGGACCAAACCCCTGAGAG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=192;WE=65985008;WS=65984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	65997898	rs561948	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=467;SC=ACTTGCTTTCAGGAAAAGAAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=21;WE=65997906;WS=65997888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	66010633	rs524268	T	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=87;PP=2965;SC=CTGTCACCCCTAGTGTCCATC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=165;WE=66010641;WS=66010623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	66029130	rs572827	G	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	66031450	rs525698	T	C	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=140;PP=2965;SC=CTGGGCAGGCTGGGGGTCTGG;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=103;TCR=140;TR=243;WE=66031458;WS=66031440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	66031660	rs1151539	C	T	6542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.959;SC=GGCCCGATGACCCCAATGTGG;SOR=0.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=344;TCF=176;TCR=168;TR=259;WE=66031668;WS=66031650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,276:0.77:357
chr11	66033301	rs474005	C	T	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=2103;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CATTCACTGCCTGATGCCCCT;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=125;WE=66033309;WS=66033291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,131:0.66:198
chr11	66036293	rs150627444	A	AC,ACC	2590.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.620;QD=27.86;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,35,53:0.38,0.57:93
chr11	66040049	rs555853	G	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.014;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr11	66040053	rs555826	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.33;SOR=5.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	66043253	rs55931871	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GCAAAATAACTTTGGCCCCTG;SOR=0.249;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=12;WE=66043261;WS=66043243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr11	66046044	.	T	G	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5130;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=15;MQ=58.47;NF=0;NR=4;PP=41;QD=18.9428031368;SC=GGGGGCGGGGTGGGGGGCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=66046052;WS=66046034;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr11	66050712	rs4073582	G	A	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1958;ReadPosRankSum=0.055;SC=GCCCCTGTCTGCCCCAGGTAC;SOR=0.459;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=116;WE=66050720;WS=66050702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,121:0.74:163
chr11	66050948	rs3016315	C	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=39;PP=1961;SC=CCTTTTGCCCCTGAGGACTGA;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=66050956;WS=66050938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	66054823	rs510398	C	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=4;PP=1600;SC=GGGAGGGATACAGTCCAAATC;SOR=4.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=62;WE=66054831;WS=66054813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	66055685	rs11544832	G	A	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=75;PP=2517;ReadPosRankSum=1.666;SC=GTATCCCCCGGGCTGGCTGGA;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=160;WE=66055693;WS=66055675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,165:0.70:237
chr11	66059782	rs6591210	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=176;SC=GCCCCCGGCGTCCCCTCATCC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=66059790;WS=66059772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	66062023	rs34837704	G	A	7001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.349;SC=TGTACATCCCGCTGGCCTTCG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=176;TCR=178;TR=282;WE=66062031;WS=66062013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,299:0.80:373
chr11	66083129	rs3741367	T	C	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=68;PP=1583;ReadPosRankSum=0.708;SC=CAGTGTGGGATGCGTGGCAGA;SOR=1.134;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=99;WE=66083137;WS=66083119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,98:0.73:134
chr11	66083782	rs3741368	G	A	6434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CGCAGCCCCCGTTGTCAGGGC;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=371;TCF=171;TCR=200;TR=271;WE=66083790;WS=66083772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,277:0.73:380
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chr11	66100152	rs1784030	T	C	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=91;PP=2965;SC=CAATCGAGGCTTCTGGGGGCA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=177;WE=66100160;WS=66100142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	66101974	rs3016317	C	T	6492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=105;PP=2965;SC=TATGGAGAGACGGAGCCTCAC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=130;TCR=105;TR=235;WE=66101982;WS=66101964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	66102557	rs117873455	C	T	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.116;SC=GAATTTCTCCCGCTTGGTGGG;SOR=0.605;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=195;WE=66102565;WS=66102547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,207:0.74:280
chr11	66103046	rs3016763	C	T	7480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=108;PP=2965;SC=AGGAGCAGGGCCCGTGGACAC;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=169;TCR=108;TR=277;WE=66103054;WS=66103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	66103481	rs140145986	C	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.396;SC=ATGTGCAGTGCGGCCGCTGCG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=100;WE=66103489;WS=66103471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,109:0.81:134
chr11	66104057	rs3016316	T	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=725;SC=GGGTCAGGGGTCCCCTCCATG;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=66104065;WS=66104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	66105194	rs1052566	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr11	66105817	rs2276106	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CCCTGCCCCACCCCCCACCTC;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=10;WE=66105825;WS=66105807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr11	66107527	rs1785633	C	A	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CCAACCCCCTCCCCTGGGTCT;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=183;TCR=133;TR=314;WE=66107535;WS=66107517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr11	66107674	rs1784035	A	G	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=92;PP=2626;SC=GCAGTTTGTCATCCCACCATT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=133;WE=66107682;WS=66107664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	66108660	rs947978	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=46;PP=2737;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GAAGAGGGTACAGAACCACCC;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=129;WE=66108668;WS=66108650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr11	66109033	rs11537993	T	C	7065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.450;SC=ACTGCTTCTCTAGGTCCAGCA;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=385;TCF=194;TCR=191;TR=283;WE=66109041;WS=66109023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,300:0.74:407
chr11	66109527	rs112182142	C	CTGTGTG,CTG	3657.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34,34;NR=12,12;PP=26,1658;SC=TGTAGGGGCTCTGTGTGTGTG;SOR=3.412;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=46,46;WE=66109535;WS=66109517;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:84
chr11	66109779	rs1784037	AT	GA	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=2046;SC=AGGCAGCAGGATGCTGAACAC;SOR=5.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=35;WE=66109788;WS=66109769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	66130736	rs1039593	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=388;SC=TTTCTTCCCCACAGCACTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=66130744;WS=66130726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	66131149	rs1039594	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=48;PP=1362;SC=CCCTTCTTTCCGGGCCTCAGT;SOR=2.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=66131157;WS=66131139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	66131906	rs7125100	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=51;PP=1409;SC=CTGTGGTAGAAGCTGAAGTCA;SOR=3.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=58;WE=66131914;WS=66131896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	66133311	rs4930358	T	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=12;PP=1855;SC=TACCAGGCCATTTGGACTACC;SOR=3.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=69;TCR=12;TR=81;WE=66133319;WS=66133301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	66133336	rs2279861	A	G	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=32;PP=2307;SC=AATCACCTCCATGCTCTTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=128;WE=66133344;WS=66133326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	66135179	rs2279862	C	T	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=66;PP=2965;SC=CTCTCAGGGCCTCAGGCTCAG;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=159;WE=66135187;WS=66135169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	66135898	rs2292123	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=19;PP=1432;SC=CCATATCACCTGCTTACCTCC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=66135906;WS=66135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	66138894	rs7946434	G	C	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=45;PP=2472;SC=CTACAACCCCGATCACCCCGG;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=111;WE=66138902;WS=66138884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	66188761	rs77600363	G	T	9441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGGTCCGGCTGTCCTACCTGC;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=509;TCF=275;TCR=234;TR=399;WE=66188769;WS=66188751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,411:0.79:523
chr11	66188904	rs111442339	T	C	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=77;PP=2001;ReadPosRankSum=0.060;SC=GCTGGGGCTGTCGCATGTCTA;SOR=1.190;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=27;TCR=95;TR=97;WE=66188912;WS=66188894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,99:0.80:124
chr11	66192819	rs145460765	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=252;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GCAAATCAATTCCCCCTCTCT;SOR=0.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=21;WE=66192827;WS=66192809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr11	66193600	rs3215144	TG	T	301.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.555;NF=3;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGCAGGATTTTGGGGGGGGGG;SOR=0.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=66193608;WS=66193590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
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chr11	66240882	rs2277302	T	C	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1368;ReadPosRankSum=-1.800;SC=CTGGCTTCGATGCCTCTAGCA;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=83;WE=66240890;WS=66240872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,92:0.75:122
chr11	66247844	rs2279864	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=995;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CCGAGGCCAGGCAGTTGGCCA;SOR=0.939;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=51;WE=66247852;WS=66247834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr11	66254085	rs11550299	G	T	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=68;PP=1849;ReadPosRankSum=0.262;SC=GCCTCTGGCAGACCTGCGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=121;WE=66254093;WS=66254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,126:0.70:180
chr11	66255515	rs4930378	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.587;NF=27;NR=56;PP=1196;ReadPosRankSum=1.050;SC=TGCTCCCTCCTGGGCATTTCC;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=83;WE=66255523;WS=66255505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,93:0.73:127
chr11	66258916	rs75546553	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=397;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CAGAGCGGGTGTGGAGGTGGG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=38;WE=66258924;WS=66258906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr11	66261265	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=152;ReadPosRankSum=0.572;SC=CTTGCCCTCCCTCAAGATGTC;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=15;WE=66261273;WS=66261255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr11	66262806	rs10791878	T	C	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=48;PP=2031;SC=AGTGGCCACCTTAAGCCCGAC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=112;WE=66262814;WS=66262796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	66263243	rs11227495	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=970;ReadPosRankSum=1.436;SC=GTGGAGCCCCCTGGAGGCGGA;SOR=0.936;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=50;WE=66263251;WS=66263233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr11	66272142	rs1671063	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1313;ReadPosRankSum=2.275;SC=GGTATGCAACAGTCACTGATG;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=87;WE=66272150;WS=66272132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,95:0.74:128
chr11	66272237	rs2305535	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1182;ReadPosRankSum=0.016;SC=CCCAACACTCGCCTTGAAGGT;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=90;WE=66272245;WS=66272227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,101:0.74:136
chr11	66277035	rs17065	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=2.606;SC=CAGGTGGCACGTGACAGCTAG;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=19;WE=66277043;WS=66277025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr11	66278059	rs1791688	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=846;SC=TTGTACTCGCCCTTCCCTGTG;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=66278067;WS=66278049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	66282095	rs2298806	G	A	5447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.634;SC=AGTTCAGCCTGCCCCAATTGC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=295;TCF=139;TCR=156;TR=222;WE=66282103;WS=66282085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,236:0.76:310
chr11	66283257	rs2276406	C	T	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGGAAGCAGCCGCCAGAATGT;SOR=0.490;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=109;WE=66283265;WS=66283247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,117:0.66:176
chr11	66285268	rs10736656	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AAGAGATGGGGTCTCACCATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=66285276;WS=66285258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	66285417	.	C	CT	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5064;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=51;QD=15.75;SC=ACTAACGTCACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=66285425;WS=66285407;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	66288733	rs10896125	G	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.146;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=656;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGCGCTTCTTGTTTGCAGATG;SOR=0.257;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=40;WE=66288741;WS=66288723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr11	66297363	rs3816492	C	T	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1821;ReadPosRankSum=0.233;SC=TGCAGGCCCTCGAGTCCAGCC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=125;WE=66297371;WS=66297353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,131:0.69:189
chr11	66298594	rs2305532	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AGGGTCAGAGCGTGCGGGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=28;WE=66298602;WS=66298584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr11	66298623	rs2305533	A	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=1.226;SC=TGGCCAGCAGACCTACTCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=66298631;WS=66298613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	66299515	rs8432	A	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CTGAGACCTGAGCTGCTGTGA;SOR=1.104;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=64;WE=66299523;WS=66299505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr11	66303895	rs7116940	T	C	458.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=377;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GGCATGATGGTGGGTGCCTGC;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=19;WE=66303903;WS=66303885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr11	66313203	rs2305534	T	C	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,116:0.76:152
chr11	66319184	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=1.320;SC=AGCAAATCACCTCTGTGAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=66319192;WS=66319174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	66324529	rs10896128	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=730;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ACCGCGCTCGGCGGGGCTCTG;SOR=2.546;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=37;WE=66324537;WS=66324519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr11	66324583	rs678397	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.960;SC=AATGCCAGCCTTCTGCCCACT;SOR=1.122;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=93;WE=66324601;WS=66324573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,101:0.69:146
chr11	66324762	rs677488	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=728;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCCTGCTAACCCCAAGCGTGG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=39;WE=66324770;WS=66324752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr11	66325484	rs61890399	T	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,168:0.23:721
chr11	66326581	rs2275998	T	C	305.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GCAGAGCAAATCCCTAGGACG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=66326589;WS=66326571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr11	66327673	rs1671064	G	A	5520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.390;SC=ACCATTGACCGGCTGCAACTG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=188;TCR=127;TR=231;WE=66327681;WS=66327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,244:0.74:329
chr11	66328055	rs2229455	A	G	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=1892;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GCCTGCTGACAGCGCACGATC;SOR=0.376;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=119;WE=66328063;WS=66328045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,125:0.74:170
chr11	66328095	rs1815739	T	C	4867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=87;PP=2917;ReadPosRankSum=-1.281;SC=CGAGGCTGACTGAGAGCGAGG;SOR=0.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=144;TCR=115;TR=194;WE=66328103;WS=66328085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,207:0.76:271
chr11	66328719	rs618838	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=-1.957;SC=GGTGCCCAGCTGTGACCAGAC;SOR=0.874;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=13;WE=66328727;WS=66328709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	66328741	rs2229456	A	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr11	66329639	rs77239910	G	A	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=89;PP=2572;ReadPosRankSum=-1.207;SC=ACTTTGACAGGGTCAGCAGGG;SOR=0.995;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=196;TCF=84;TCR=112;TR=151;WE=66329647;WS=66329629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,157:0.76:207
chr11	66329732	rs540874	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=815;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CTACAGAAGCAGAATGGGATG;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=50;WE=66329740;WS=66329722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr11	66331458	rs572846	A	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.043;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=12;PP=1217;ReadPosRankSum=1.275;SC=CCCCGGACCCACGATGCAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=67;WE=66331466;WS=66331448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr11	66333072	rs4630309	C	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GTCTCCCCCCCATTATGAAGT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=66333080;WS=66333062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr11	66333598	rs545009	C	T	6817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.046;SC=CAGGCTCTTTCCTCAGGAGAG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=200;TCR=181;TR=276;WE=66333606;WS=66333588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,287:0.73:395
chr11	66335548	rs1127894	A	G	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=92;PP=2259;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GCGACCCCTGACCCGCCTGGA;SOR=0.862;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=28;TCR=114;TR=113;WE=66335556;WS=66335538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,118:0.79:150
chr11	66358126	rs486584	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,51:0.25:205
chr11	66373305	rs1127145	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AGGAGTCAGCGCAGCCCCCTG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=60;WE=66373313;WS=66373295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,62:0.81:77
chr11	66392880	rs11550057	C	T	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=67;PP=2123;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CTTCTGCCACCCTGGCAGCTC;SOR=0.206;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=136;TCF=49;TCR=87;TR=110;WE=66392888;WS=66392870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,113:0.82:138
chr11	66406070	rs670900	A	C	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=93;PP=2965;SC=AGAGGATCTGAGGGAACGCCG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=191;WE=66406078;WS=66406060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	66456387	rs2276138	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,32:0.24:132
chr11	66456493	rs372434013	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=6.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,28:0.19:151
chr11	66456738	rs140939152	ATTTC	A	2703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=1;NR=43;PP=1888;ReadPosRankSum=0.112;SC=GGGACAGGTGATTTCTTTCTT;SOR=0.286;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=44;WE=66456749;WS=66456728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr11	66458676	rs76228630	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=510;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGCTCTACCCTAGCTCCTGGG;SOR=1.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=25;WE=66458684;WS=66458674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr11	66458696	rs12804382	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GAACTCTCCCCGGCATTTCCC;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=13;WE=66458704;WS=66458686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr11	66469032	rs532439	T	C	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=GTCAGTTTCCTGGTCCTGCCC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=66469040;WS=66469022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	66472274	rs4930388	T	C	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=74;PP=2965;SC=GGCACCCGGCTCTGCACCTCG;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=144;WE=66472282;WS=66472264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	66481264	rs615536	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=21;PP=674;SC=TGTGAGATCTCGAAGAGGAAG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=66481272;WS=66481254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	66481633	rs34775878	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,62:0.23:275
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chr11	66812338	rs11227668	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1339;SC=ATGCAGATGGATAGGGGGTGG;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=66812346;WS=66812328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr11	66833327	rs12287978	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,77:0.22:350
chr11	66834252	rs2282502	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,71:0.22:325
chr11	66837965	rs4930409	T	C	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=96;PP=2965;SC=GACTGACCTGTGCAAGGACAA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=204;WE=66837973;WS=66837955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	66995603	rs3741189	T	C	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=99;PP=2965;SC=CCCACCTAACTAAGGAATTTC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=101;TCR=99;TR=200;WE=66995611;WS=66995593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	67017445	rs34463980	C	CA	2739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=2;PP=2758;SC=CCCTCTCCAACGTGACCTTTC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=58;TCR=2;TR=60;WE=67017453;WS=67017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	67021066	rs34925153	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,44:0.23:190
chr11	67034266	rs2228418	C	A	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=101;PP=2965;SC=GCAAGAAGATCCTGCTGCCCG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=118;TCR=101;TR=219;WE=67034274;WS=67034256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	67050292	rs2071007	G	A	9163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TGACGATGGTGGGTGCAGGTC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=143;TCR=185;TR=327;WE=67050300;WS=67050282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr11	67052466	rs10896164	G	A	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=71;PP=2965;SC=TAAGGAGCCCGTGCGGGGGTC;SOR=1.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=193;TCR=71;TR=263;WE=67052474;WS=67052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	67057092	rs368498130	GC	G	439.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.961;HP=16;HapScore=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=434;ReadPosRankSum=2.303;SC=CCGTCCTGGAGCCCCCCCCCC;SOR=4.166;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=12;WE=67057112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr11	67057104	rs11227758	C	G	602.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=1.697;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr11	67068859	rs2298815	T	C	8611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=161;PP=2965;SC=GCTCTGCTGTTGCCGCATCAG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=143;TCR=161;TR=304;WE=67068867;WS=67068849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	67071584	rs4244822	C	G	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=63;PP=2088;SC=CTGCTCTCTCCGCAGGACCAG;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=67071592;WS=67071574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	67076810	rs3737460	T	G	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=52;PP=2965;ReadPosRankSum=1.215;SC=CAGGTCCGATTGCCAGTGGGC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=137;TCR=53;TR=188;WE=67076818;WS=67076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr11	67160933	rs2066490	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=7.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr11	67177278	rs7122299	G	A	6942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=160;PP=2965;SC=GGCTGATGCCGGCCCGGCAAA;SOR=1.524;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=84;TCR=160;TR=244;WE=67177286;WS=67177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	67192555	rs1626067	G	A	5684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GGATAGCTCTGAAGCCTGCTG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=148;TCR=180;TR=237;WE=67192569;WS=67192545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,250:0.73:342
chr11	67196237	rs1476792	T	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=9;PP=1276;ReadPosRankSum=1.212;SC=CTCTATTAAGTTCTGATCCCA;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=69;TCR=12;TR=60;WE=67196245;WS=67196227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr11	67196544	rs917570	C	G	5981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.438;SC=GGAAGGGGAACTGGGGAGCAC;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=315;TCF=143;TCR=172;TR=248;WE=67196552;WS=67196534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,246:0.80:307
chr11	67199706	rs1638588	C	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1157;ReadPosRankSum=0.835;SC=CTGTTCTGTTCTGTTGGGATT;SOR=0.489;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=74;WE=67199714;WS=67199696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,78:0.76:102
chr11	67200819	rs4930427	C	T	7036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AGCCGCCCTTCACCGCAGAGA;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=413;TCF=222;TCR=191;TR=294;WE=67200827;WS=67200809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,309:0.72:431
chr11	67201008	rs1790753	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=703;ReadPosRankSum=0.070;SC=GCCAGGGCCACCCCGGCCTGT;SOR=1.136;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=35;WE=67201016;WS=67200998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr11	67202044	rs1790752	G	A	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.488;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=99;PP=2362;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCCTGCCTCCGCCCCCCAGGG;SOR=1.220;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=221;TCF=82;TCR=139;TR=150;WE=67202052;WS=67202023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,139:0.65:215
chr11	67202156	rs13859	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.349;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=606;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGCCCCCGGGCCCCCGTCAGG;SOR=0.027;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=36;WE=67202164;WS=67202146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr11	67205978	rs872375	G	A	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=GCCTCCTGTGGGGACATGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=262;TCF=105;TCR=157;TR=192;WE=67205986;WS=67205968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,197:0.74:267
chr11	67207426	rs2302264	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TCCGCAGGCCGACCCCTAAGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=28;WE=67207434;WS=67207416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr11	67209167	.	TG	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chr11	67210791	.	CCCCCCTCAG	C	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=2531;ReadPosRankSum=0.682;SC=GACCCGCGATCCCCCCTCAGC;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8;WE=67210807;WS=67210781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	67223920	rs1638564	CA	GC	6364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.639;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=95;PP=2944;ReadPosRankSum=1.482;SC=CGCAGTCAGTCAGGGAGCCCG;SOR=1.193;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=208;TCF=76;TCR=132;TR=141;WE=67223929;WS=67223910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,159:0.71:225
chr11	67224988	rs17501521	C	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1663;ReadPosRankSum=0.810;SC=GGATGTCCCTCCTTGGGCTTC;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=83;TCR=50;TR=103;WE=67224996;WS=67224978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,109:0.78:140
chr11	67257037	rs4084113	C	T	5168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.962;SC=GCTGGGGGAGCGGACAGAGAC;SOR=0.499;Source=Platypus;TCF=181;TR=212;WE=67257045;WS=67257027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,222:0.75:297
chr11	67257273	rs611697	G	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=41;PP=1153;SC=CATGATCTCTGCGAGGGCAGG;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=67257281;WS=67257263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	67257823	rs641081	C	A	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=135;PP=2965;SC=CCAGCTGGACCAGCAGATCAC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=281;WE=67257831;WS=67257813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	67258391	rs4930199	A	G	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=92;PP=2965;SC=CGAGAGCTGCAGGCCCTGGAG;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=215;WE=67258399;WS=67258381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	67262282	rs202207490	C	CGA	3537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=1219;SC=CGAGAGTGGGCGAGTGGGCGA;SOR=3.105;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=27;WE=67262297;WS=67262254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	67262289	.	GC	AC	1216	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.45;NF=61,20;NR=25,4;PP=220,1216;QD=2.96245595985;SC=GGGCGAGTGGGCGAGGGGGCG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=86,24;WE=67262297;WS=67262254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,86:0.74:117
chr11	67262289	.	GC	GCGAGAGGAC,GCGAGTGGAC	4095.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=61,20;NR=25,4;PP=220,1216;SC=GGGCGAGTGGGCGAGGGGGCG;SOR=2.662;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=86,24;WE=67262297;WS=67262254;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.24:91
chr11	67263767	rs618633	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1084;SC=CGCAGGGGTCAGCCGCGTGGA;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=67263775;WS=67263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	67264679	rs2276120	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr11	67267043	rs79324721	T	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=446;SC=CATCCATCCATCCATCCATCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=67267051;WS=67267033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	67288594	rs2276118	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,76:0.25:301
chr11	67351529	rs145589007	A	AG	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=9.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.296;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr11	67351531	rs1079719	G	A	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-2.057;QD=32.85;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
chr11	67351540	rs1871041	A	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=42.02;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	67351585	rs4147581	C	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.738;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,52:0.25:207
chr11	67351674	rs8191445	G	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,91:0.23:401
chr11	67351774	rs2370143	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=61;PP=1512;ReadPosRankSum=2.337;SC=CCTTCCTGTTCCCCGCCTCTC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=80;WE=67351782;WS=67351764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,78:0.85:92
chr11	67352256	rs762803	C	A	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=70;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GAGTCTTGAACCTCCAAGTCC;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=113;WE=67352264;WS=67352246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,121:0.76:160
chr11	67352689	rs1695	A	G	8785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=1.238;SC=CTGCAAATACATCTCCCTCAT;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=560;TCF=305;TCR=255;TR=399;WE=67352697;WS=67352679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,407:0.72:566
chr11	67353579	rs1138272	C	T	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1753;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGGCAGGAGGCGGGCAAGGAT;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=111;WE=67353587;WS=67353569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,114:0.75:151
chr11	67353844	rs1871042	C	T	5966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GAGTCCCTGGCCCCCCTGCCC;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=179;TCR=146;TR=247;WE=67353852;WS=67353834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,261:0.77:341
chr11	67353970	rs4891	T	C	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=104;PP=2275;ReadPosRankSum=0.474;SC=GGCGCCTCAGTGCCCGGCCCA;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=231;TCF=87;TCR=144;TR=169;WE=67353978;WS=67353960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,172:0.72:240
chr11	67372477	rs12421329	G	T	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=99;PP=2913;ReadPosRankSum=1.520;SC=TGCTCCAGTGGGTGGGGACCA;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=255;TCF=115;TCR=140;TR=176;WE=67372485;WS=67372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,185:0.69:267
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chr11	67374581	rs1871043	T	C	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CACGGGTGTTTGGGGCCGGGT;SOR=1.596;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=85;WE=67374589;WS=67374571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,90:0.86:105
chr11	67375162	rs1382089	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=396;SC=AGGGCCAAGCTGCCACACTCG;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=67375170;WS=67375152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	67375184	rs7948073	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=0.071;SC=CTTGTGGGGCTGTGTGGTGCC;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=67375192;WS=67375174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr11	67395714	rs7124513	C	T	4746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.229;SC=GTGCAAACACCTCATCTACCT;SOR=0.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=132;TCR=144;TR=198;WE=67395722;WS=67395704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,205:0.72:286
chr11	67399735	rs2514021	T	C	7375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=110;PP=2965;SC=CCCTTTGCCTTCCGCCCACTG;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=156;TCR=110;TR=266;WE=67399743;WS=67399725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	67399970	rs3765088	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=8.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,29:0.25:115
chr11	67401635	rs12787511	G	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1424;ReadPosRankSum=0.030;SC=AGGCCCTTCCGTCCCCACCGT;SOR=0.418;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=82;WE=67401643;WS=67401625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr11	67402362	rs3758938	T	G	4090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=87;PP=2639;ReadPosRankSum=0.731;SC=GCCCAGGATCTTCACCTGGAA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=180;WE=67402370;WS=67402352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,187:0.71:265
chr11	67406829	rs1993839	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=690;ReadPosRankSum=-2.006;SC=CCCACCCTCTTGTGAAGGACC;SOR=0.965;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=40;WE=67406837;WS=67406819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr11	67407146	rs2447591	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=23;PP=698;SC=GTGGTCTTCCTACTCGAGCTG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=67407154;WS=67407136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	67412203	rs143278298	C	CCA	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=2.477;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	67414492	rs948445	C	T	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=55;PP=1613;SC=CAGGGGCTCCCGGGGCACAGG;SOR=2.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=67414500;WS=67414482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	67430589	rs78402723	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=27;PP=1554;SC=GGCTGGGGGAACCTGCGGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=67430597;WS=67430579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	67430762	rs1551886	T	C	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=84;PP=2965;SC=GGGTGGGTAGTGGATCTCCTT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=174;WE=67430770;WS=67430752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	67431038	rs1979375	G	A	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=44;PP=2777;SC=GAGGCCCAGGGTGTGGATCAA;SOR=1.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=136;WE=67431046;WS=67431028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	67431110	rs1979376	G	A	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=126;PP=2965;SC=CTTCCCTAGGGGTGGAAATGG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=287;WE=67431118;WS=67431100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	67432804	rs2447571	T	C	9875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=181;PP=2965;SC=GCCACGCGGCTGCAGCCCAGC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=182;TCR=181;TR=362;WE=67432812;WS=67432794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	67432854	rs6591270	T	C	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=138;PP=2965;SC=GTTGATGATGTGGCCCAGGTT;SOR=1.087;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=99;TCR=141;TR=237;WE=67432862;WS=67432844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	67433708	rs5792424	C	CG	8331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=82;PP=2981;SC=GGGGCGGGCTCGGGGCCAGCC;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=145;WE=67433716;WS=67433698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	67433758	rs1551887	G	A	8186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=121;PP=2965;SC=TGGGGACGTCGGGCACTGCTG;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=265;WE=67433766;WS=67433748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	67433869	rs1551888	C	T	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=124;PP=2965;SC=CACCACGCAACTCCCTGCAGG;SOR=1.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=93;TCR=125;TR=217;WE=67433877;WS=67433859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	67434010	rs1871032	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.038;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr11	67434416	rs4646823	C	A	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=101;PP=2965;SC=TCCAGGCCTGCAGGTTCTTGA;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=212;WE=67434424;WS=67434406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	67564034	rs79787139	A	G	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	67564056	rs74682508	T	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.13;QD=31.32;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	67564068	rs77439896	C	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=0;PP=542;SC=CCTAGCTTTTCCCCGGCCCCC;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=67564076;WS=67564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	67564135	rs77521350	G	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=27;PP=1170;SC=ATGCAGGCCCGGGTGGGCGTG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=67564143;WS=67564125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	67564162	rs75324740	A	G	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=36;PP=1799;SC=CACATAGCTCAGTGGTGAACA;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=102;WE=67564170;WS=67564152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	67564197	rs72657419	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=49;PP=1868;SC=GGGTTGCAGATGGTAAGGGCC;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=67564205;WS=67564187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	67564238	rs77785393	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.69;MQRankSum=0.843;QD=39.26;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,95:0.94:101
chr11	67564241	rs80309804	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.63;MQRankSum=0.819;QD=38.87;ReadPosRankSum=-2.071;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,96:0.94:102
chr11	67765163	rs5792426	A	AG	4319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=34;PP=2936;SC=ATGGCCAGGAAGCCACTGCCA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=72;WE=67765171;WS=67765153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	67786064	rs11433668	A	AC	6115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=69;PP=2936;SC=GCCCTCAGGAACTCCGGGCCT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=99;WE=67786072;WS=67786054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	67789293	rs58160034	G	GC	11672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=111;PP=2967;SC=CTGGGCTGCGGCGTGTGGCCA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=49;TCR=117;TR=157;WE=67789301;WS=67789283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	67790294	rs199673257	A	AG	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=7;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGTGGCAGCAGGGGGGGCAC;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=13;WE=67790302;WS=67790284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr11	67795378	rs11436139	G	GC	10572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=145;PP=2974;SC=GGCCATGGAGGCCAAGGCTGC;SOR=1.002;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=44;TCR=151;TR=188;WE=67795386;WS=67795368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	67799731	rs3133266	C	G	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=76;PP=2965;SC=CCTGGTATGACGTCACGCCCT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=158;WE=67799739;WS=67799721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	67800494	rs3115545	T	G	6783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=98;PP=2965;SC=GTCCTGGGCATGAGGGGACAG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=131;TCR=98;TR=229;WE=67800502;WS=67800484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	67801282	rs3133267	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=4;PP=1111;SC=GCAGCCGCCGCCGCTACTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=67801290;WS=67801272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	67801496	rs12803743	T	C	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=160;PP=2965;SC=AGACAGTGAGTGCTGTCCACA;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=126;TCR=161;TR=286;WE=67801504;WS=67801486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	67801517	rs3115546	G	T	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=137;PP=2965;SC=GACAGACCCGGTGCTGTGCCA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=105;TCR=137;TR=242;WE=67801525;WS=67801507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	67803215	rs2075627	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=373;SC=GGCCGGGCACGGTGGCTCACG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=67803223;WS=67803205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	67804156	rs3133269	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=308;SC=GGGCCGTTCCCGGCCTGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=67804164;WS=67804146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	67814979	rs2471829	G	C	15279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	67814979	.	GTTCG	CTTCA,CTTCG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=148,208;NR=107,155;PP=2944,1178;QD=20;SC=TCATGTTCCTGTTCGCCCTGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=363;TCF=208;TCR=155;TR=255,363;WE=67814991;WS=67814969;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.70:363
chr11	67814983	rs140963213	G	A	6506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,282:0.72:389
chr11	67815400	rs34211419	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,70:0.19:367
chr11	67842369	rs2512611	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=293;SC=AGCACTCTCACAGGAGTGTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=67842377;WS=67842359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	67888793	.	G	GCTGCGGCGA	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=1679;SC=GGCGGCGGCGGCTGCGGCGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=67888801;WS=67888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	67931979	rs149725372	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=728;ReadPosRankSum=1.366;SC=CTAAGAGAACGCATGTAAGAA;SOR=1.343;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=44;WE=67931987;WS=67931969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr11	67941390	rs3832715	G	GA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.569;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr11	67957518	rs2512606	A	T	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=149;PP=2965;SC=CACCACCATGATCTTGGATTC;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=113;TCR=149;TR=262;WE=67957526;WS=67957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	68080214	.	C	CGCT	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=867;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCGCCGTGGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=18;WE=68080222;WS=68080204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr11	68115764	rs643981	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr11	68131167	rs10791978	A	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=3;PP=1140;SC=GCAATGACTGACGGGGGACCC;SOR=4.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=47;WE=68131175;WS=68131157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	68133035	rs314776	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,41:0.22:187
chr11	68154188	rs4988319	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
chr11	68170825	rs687482	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.07;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	68170825	.	AAAGTTGCG	GAAGTTGCG,GAAGTTGCT	317	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=23,15;NR=2,0;PP=111,317;QD=5.83084850189;SC=AGGTGCAGGTAAAGTTGCGGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25,15;WE=68170841;WS=68170823;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:25
chr11	68170833	rs686921	G	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.573;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr11	68171013	rs545382	T	C	11575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=215;NR=210;PP=2965;SC=CGCACATTTTTGGGTTCACGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=215;TCR=210;TR=425;WE=68171021;WS=68171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr11	68173861	rs471966	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=521;ReadPosRankSum=0.436;SC=GGACCTGACCCGGGGGTGAGT;SOR=0.342;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=24;WE=68173869;WS=68173851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr11	68174189	rs4988321	G	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=1522;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TAACAACGACGTGGCCATCCC;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=458;TCF=207;TCR=251;TR=138;WE=68174197;WS=68174179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,143:0.30:476
chr11	68177318	rs371789773	CA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.985;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	68177510	rs2306862	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,107:0.20:524
chr11	68179166	rs689179	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CTCGCCGCACATACCCTGTGG;SOR=0.409;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=61;WE=68179174;WS=68179156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,62:0.85:73
chr11	68181621	rs41478448	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr11	68192518	rs554734	T	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr11	68192690	rs556442	G	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=76;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCCTGGTGGTGGACAACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=146;WE=68192698;WS=68192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,152:0.76:199
chr11	68201295	rs3736228	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=339;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TCAGACGAGGCGGACTGTGAC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=29;WE=68201303;WS=68201285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr11	68305494	rs60212556	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.663;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr11	68305521	rs11403965	G	GT	827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.694;NF=0;NR=24;PP=957;ReadPosRankSum=-0.592;SC=CATTCTAGCAGTAAGTCCAGG;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=68305529;WS=68305511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr11	68312645	rs10896340	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.967;SC=AAGCACTCACATACTATTTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=68312653;WS=68312635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	68315798	rs10736668	C	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=468;SC=TCTGGGGAGCCGGTAACAGGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=68315806;WS=68315788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	68326236	rs12271290	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=153;ReadPosRankSum=1.348;SC=GCTGTAATAGCGTACCTTTGA;SOR=1.016;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=12;WE=68326244;WS=68326226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr11	68331663	rs12804775	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=4.530;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=330;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CTTTTTTCCCGCAGCCAGAAA;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=16;WE=68331671;WS=68331653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr11	68331715	rs10501398	C	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=873;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGGTCGATAACCTTGAATGAT;SOR=1.101;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=40;WE=68331723;WS=68331705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr11	68341722	rs3740631	T	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr11	68343593	rs3740629	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-1.160;SC=AAAAGATCTTCCATTTACCTC;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=68343601;WS=68343583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	68358106	rs5792446	CTTTTA	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-1.043;SC=GCTTCCTACACTTTTATTTTG;SOR=0.582;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=5;WE=68358118;WS=68358096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr11	68377602	rs7104877	A	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,34:0.22:153
chr11	68382193	rs12941	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=581;ReadPosRankSum=0.153;SC=TTGCACGCCTCCTCAGGAACC;SOR=1.018;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=47;WE=68382201;WS=68382183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr11	68456410	rs3136540	T	C	7259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TGAAATATCATCAACTTAACA;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=191;TCR=195;TR=298;WE=68456418;WS=68456400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,310:0.77:400
chr11	68458470	rs1042577	T	C	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=91;PP=2110;ReadPosRankSum=-2.049;SC=CTCCTGGGCATGTTTGTCTGT;SOR=0.318;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=166;TCF=52;TCR=114;TR=136;WE=68458478;WS=68458460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,136:0.80:169
chr11	68476011	rs4930597	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=-2.079;SC=ACAGTGCACCATTTCTACCTA;SOR=0.380;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=19;WE=68476019;WS=68476001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr11	68530318	rs7112615	C	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=84;PP=2559;SC=GGCAAGGAGACGTGGACTTCA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=131;WE=68530326;WS=68530308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	68548260	rs3019576	C	A	4994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=105;PP=2965;SC=AAAGAGGCAACAATGAGGAGA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=64;TCR=105;TR=169;WE=68548268;WS=68548250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	68549340	rs2228502	A	G	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=136;NR=117;PP=2965;SC=CTAACGTCACAAAGAACGCTG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=136;TCR=118;TR=253;WE=68549348;WS=68549330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	68562328	rs2229738	C	T	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=69;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GCATGGATGGCGTTGCCGGCT;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=140;WE=68562336;WS=68562318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,154:0.74:207
chr11	68566647	.	GAAA	G	2891.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.01;SOR=3.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	68566648	.	A	AC	1461	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=27;NR=5;PP=1461;QD=46.625;SC=CTTCATACGGAAAAATTTCAT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=32;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,32:0.86:37
chr11	68566649	.	AAA	GCT	2468	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=35;NR=5;PP=2468;QD=63.2866968716;SC=TTCATACGGAAAAATTTCATC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=40;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,40:0.71:56
chr11	68566651	.	A	ACGCT	2891.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.20;SOR=3.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	68566839	rs3019603	G	A	2502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=82;PP=1568;ReadPosRankSum=2.339;SC=ATTATTGGGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=121;WE=68566847;WS=68566824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,103:0.93:111
chr11	68658686	rs61887147	C	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,27:0.20:134
chr11	68663952	rs76789024	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=940;ReadPosRankSum=0.604;SC=GGCTGAGTCCCTGAATATCCA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=58;WE=68663960;WS=68663942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr11	68671477	rs1249463	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,60:0.22:274
chr11	68678962	rs560096	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.831;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,40:0.23:177
chr11	68703009	rs598255	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr11	68705674	rs17612126	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GATCTGCCCACGGAGGAGGAC;SOR=0.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=52;WE=68705682;WS=68705664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,56:0.30:189
chr11	68747485	rs1939734	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=431;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ACCTGTGGGCGGCTCTCAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=25;WE=68747493;WS=68747475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr11	68748003	rs34847539	T	C	12111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=199;PP=2965;SC=GGAGACAGAGTGTCCACAGCA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=433;TCF=234;TCR=199;TR=433;WE=68748011;WS=68747982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr11	68773810	rs371172006	AGG	A,AG	509.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.4997,0.5003;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=1,1;NR=8,8;PP=13,137;SC=AGCGTGGGGGAGGGGGGGGGT;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9,9;WE=68773819;WS=68773800;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:12
chr11	68816370	rs4930642	A	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=41;PP=1748;SC=GCGTCAGCAAAAACGCCAGGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=68816378;WS=68816360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	68822739	rs1470892	T	C	19360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=295;NR=392;PP=2965;SC=ACCGCGCTGCTCCCTGGGAGC;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=687;TCF=295;TCR=392;TR=687;WE=68822747;WS=68822729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr11	68825037	rs3750973	A	C	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=56;PP=2965;SC=CCGCCCGTCTATCTTGCAGGG;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=171;WE=68825045;WS=68825027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	68830226	rs10792015	G	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=3;PP=1250;SC=CTCCACTTTGGGCTCAGTGAC;SOR=4.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=68830234;WS=68830216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	68831293	rs11228472	C	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=14;PP=1172;SC=GTCACCGAGCCCTGCAGGCAG;SOR=2.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=68831301;WS=68831283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	68834968	rs6591368	T	C	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=72;PP=2965;SC=CTTCTGCTCTTAGCAGGATGA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=167;WE=68834976;WS=68834958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	68835182	rs10750840	T	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=363;SC=AGGCCTTTTTTTCGATAAGTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=68835190;WS=68835172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	68839334	rs10896415	G	A	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGGAAGGGTCGGGGGTTCTGA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=184;TCR=105;TR=211;WE=68839342;WS=68839324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,218:0.74:294
chr11	68840014	rs3750963	G	A	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=56;PP=2593;SC=CAAGCCAGACGCCAGGGCAGG;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=145;WE=68840022;WS=68840004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	68840397	rs1466221	T	C	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	68840397	.	TGG	CGA,CGG	1696	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=29,94;NR=15,53;PP=500,1696;QD=12.5788153378;SC=TGCGTTCCTATGGCAGTGTTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=96;TCR=53;TR=44,147;WE=68840420;WS=68840387;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:149
chr11	68840399	rs61746574	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-2.505;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr11	68840412	rs1466220	C	G	7264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=65;PP=2962;SC=GTGTTCTGCTCTCAGCTGAGG;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=165;WE=68840420;WS=68840387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	68840617	rs3750966	T	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=775;SC=GGGAATGGAGTTCTCTTTGGC;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=68840625;WS=68840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	68845867	rs7945151	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=0;PP=1375;SC=TCAAATCCCAGAATAAGAGGG;SOR=7.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=49;TCR=0;TR=49;WE=68845875;WS=68845864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	68846098	rs4930649	A	G	17558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=275;NR=345;PP=2965;SC=CAGAGCTGGCACGGAAGTGCC;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=621;TCF=275;TCR=346;TR=620;WE=68846106;WS=68846088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr11	68846519	rs7124310	A	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=87;PP=2765;SC=GCCGGCCTCTACTGGGCGGGT;SOR=2.459;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=26;TCR=87;TR=113;WE=68846527;WS=68846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	68847138	rs12804893	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=638;SC=AAAGAAGTCCTGACATCTGGA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=68847146;WS=68847128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	68849073	rs3829240	G	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=59;PP=1639;SC=GACTGTGCCCGTCACCCTGGG;SOR=4.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=65;WE=68849081;WS=68849063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	68851414	rs2376558	T	C	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=69;PP=2620;SC=TGTCCTCAGCTGATGGCCGTG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=148;WE=68851422;WS=68851404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	68851466	rs896973	G	T	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=61;PP=2123;SC=ACATGCGTGCGTTTGGCGGGA;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=113;WE=68851474;WS=68851456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	68852674	rs140673036	C	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,113:0.25:446
chr11	68855233	rs1551305	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=17;PP=727;SC=CTGTGTCCCTGTGACACTCAC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=68855241;WS=68855223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	68855363	rs3829241	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GAGGAGCCCGGGGAGGATGAG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=42;WE=68855371;WS=68855353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr11	69462910	rs9344	G	A	11595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=242;PP=2965;SC=AGTGTGACCCGGTAAGTGAGG;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=149;TCR=243;TR=391;WE=69462918;WS=69462900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr11	69466115	rs7177	C	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=431;SC=CAGGTGCTCCCCTGACAGTCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=69466123;WS=69466105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	69469030	rs7178	A	G	4124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=66;PP=2625;ReadPosRankSum=0.869;SC=TGTTGTGTGTATCGAGAGGCC;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=126;TCR=81;TR=167;WE=69469038;WS=69469020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,175:0.81:217
chr11	69588729	rs2073464	G	A	9057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=182;NR=141;PP=2965;SC=GAGAAGCCACGAGCCTGCTAG;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=182;TCR=143;TR=323;WE=69588737;WS=69588719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr11	69589959	rs9666584	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	69625511	rs7932320	T	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1262;ReadPosRankSum=0.390;SC=GGGGAGACTGTGGCAGCGTCA;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=84;WE=69625519;WS=69625501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,85:0.78:109
chr11	69630973	rs3926882	G	A	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=16.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.68;ReadPosRankSum=0.171;SOR=2.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr11	69630978	rs7483837	G	A	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=11.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.78;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr11	69924226	rs2509134	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=274;SC=CCCCCTTTCACACCCGGTATG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=69924234;WS=69924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	69924352	rs11233117	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.928;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr11	69931876	rs2509128	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=1.522;SC=CCCTCCCCCTCTCCCCCACTG;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=69931884;WS=69931866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr11	69933891	rs76718681	G	A	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=59;PP=2299;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CCCTGATGCCGAGTGCAAGTA;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=151;WE=69933899;WS=69933881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,158:0.77:204
chr11	69934066	rs373880950	C	T	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.290;SC=GGCAAGGGGGCGTCGCTGGAT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=257;WE=69934074;WS=69934056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,267:0.76:351
chr11	69949135	rs55698329	GCC	G	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.933;NF=7;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GAGATGCACCGCCCCCCCTCA;SOR=0.571;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=16;WE=69949144;WS=69949125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr11	69949327	rs2509147	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr11	69951994	rs61034641	G	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr11	69954412	rs2509182	A	G	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=53;PP=2965;SC=CTGCTCGTGGAAGGTGCCTTA;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=154;WE=69954420;WS=69954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	69957917	rs9666157	A	G	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=62;PP=1732;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TGACTCCCCAAATCCCGCCGG;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=98;WE=69957925;WS=69957907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,104:0.80:130
chr11	69957940	rs2515251	C	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=66;PP=1978;SC=CACACCCCCCCGGGAGCTGCA;SOR=1.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=69957948;WS=69957930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	69962432	rs9666084	A	T	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1368;ReadPosRankSum=0.142;SC=TCTGTGTGAAATGTTGCCCCA;SOR=0.390;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=84;WE=69962440;WS=69962422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,89:0.80:111
chr11	69962642	rs2515245	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TGGCTCTGTCAGAGCCTGGAG;SOR=0.452;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=41;WE=69962650;WS=69962632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr11	69970412	rs2509160	G	A	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=59;PP=2472;ReadPosRankSum=0.988;SC=GAGCAACCTCGGAGTGCCACA;SOR=0.511;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=151;WE=69970420;WS=69970402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,163:0.71:228
chr11	69970637	rs2515258	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=848;ReadPosRankSum=2.020;SC=GTTTGAACTCAAAGAGCTTGT;SOR=2.948;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=35;WE=69970645;WS=69970627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr11	69978265	rs2509174	C	T	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=71;PP=1800;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCTGTCTTTGCGAAATCATCC;SOR=1.104;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=116;WE=69978273;WS=69978255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,116:0.73:159
chr11	69978358	rs2515264	G	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=-2.204;SC=TTACTGGGGTGCGCAGTGCAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=69978366;WS=69978348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr11	69995755	rs34756275	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	69998470	rs12807936	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=424;ReadPosRankSum=3.034;SC=AAAAGTTGTCCTTAGTGGACA;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=20;WE=69998478;WS=69998460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr11	69999122	rs10160639	A	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=528;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTCAGACTCAAAATTAACAAG;SOR=2.165;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=25;WE=69999130;WS=69999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr11	69999252	rs3781663	G	A	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1860;ReadPosRankSum=1.237;SC=GGCCACTGTGGGTTAACTTTC;SOR=0.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=111;WE=69999260;WS=69999242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,117:0.76:153
chr11	70001976	rs10751195	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.869;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=938;ReadPosRankSum=-1.909;SC=GCCGCCTCCCACTTCACCGCA;SOR=0.109;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=65;WE=70001984;WS=70001966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr11	70002184	rs59375526	TA	T	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=45;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CTGTTGTATATATTTTTTTTT;SOR=1.206;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=46;WE=70002193;WS=70002169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr11	70007311	rs2276066	A	G	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=53;PP=2685;ReadPosRankSum=-2.419;SC=TCATCTACAGAATCTCCATGG;SOR=1.008;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=214;TCF=133;TCR=81;TR=152;WE=70007319;WS=70007301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,158:0.72:220
chr11	70007392	rs2276067	A	G	6340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.976;SC=CAGCCACCGCAGTCATCATCA;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=368;TCF=188;TCR=180;TR=271;WE=70007400;WS=70007382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,282:0.74:379
chr11	70007562	rs2276069	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TGCTTAACTTCTCTGGGCCCC;SOR=3.899;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=21;WE=70007570;WS=70007552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr11	70007865	rs2155461	A	C	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=77;PP=2557;ReadPosRankSum=0.898;SC=GCCTTTCCCCAACCTCGCTTC;SOR=1.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=136;WE=70007873;WS=70007855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr11	70015951	rs56751551	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=953;ReadPosRankSum=1.178;SC=GCCAGGCACACGGTGACATTC;SOR=1.512;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=52;WE=70015959;WS=70015941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr11	70016058	rs17333013	A	C	6052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.856;SC=TTCCACTCAGAAACCTTTTCC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=189;TCR=158;TR=256;WE=70016066;WS=70016048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,266:0.74:361
chr11	70016247	rs35843284	T	TG	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.241;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=1180;ReadPosRankSum=0.679;SC=AGGGGAAGTTTGGGCTCTGGA;SOR=0.165;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=32;WE=70016255;WS=70016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr11	70016345	rs57900749	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.470;SC=CTTCCCAGCATGGGCAGGGGG;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=70016353;WS=70016335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr11	70028543	rs1317743	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=9;PP=1131;ReadPosRankSum=0.398;SC=GGGTCACCCCCTGTTGCGGCC;SOR=0.410;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=53;WE=70028551;WS=70028533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,57:0.84:68
chr11	70049523	rs1131677	A	G	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=27;PP=1785;SC=CAGAGGGCGCACGGAGGGCCG;SOR=1.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=98;WE=70049531;WS=70049513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	70118251	rs670012	T	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=0.474;SC=TGAGCTTAATTACTGTAGCCT;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=70118259;WS=70118241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	70118489	rs546502	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,28:0.23:121
chr11	70170681	rs71467481	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=743;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GTGTCAAAACGAAAGGACGAC;SOR=0.169;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=35;WE=70170689;WS=70170671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr11	70179672	rs2282481	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,52:0.28:186
chr11	70185445	.	G	C	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=2095;ReadPosRankSum=1.276;SC=CTCTGCTTACGTGAAAGTTAC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=117;WE=70185453;WS=70185435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,122:0.67:183
chr11	70200594	rs7943389	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=53;PP=1531;SC=CAGAGCGCACCTGTCTTTTCG;SOR=3.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=61;WE=70200602;WS=70200584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	70208311	rs7130178	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,28:0.20:137
chr11	70208350	rs10751231	G	A	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=TACTTTGTAGGCTGTACCTCA;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=192;WE=70208358;WS=70208340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr11	70253586	rs569732	T	C	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=89;PP=2965;SC=TGTGTCACAATCCAGGCTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=183;WE=70253594;WS=70253576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	70260609	rs7932550	T	C	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=29;PP=1705;ReadPosRankSum=0.634;SC=GCCGCAGTGTTGTTGGTGTCT;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=99;TCR=39;TR=98;WE=70260617;WS=70260599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,103:0.70:147
chr11	70268910	rs12802851	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CAAGTGAAGCCTCGCTTGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=17;WE=70268918;WS=70268900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	70279766	rs643301	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,56:0.24:231
chr11	70280992	rs3802780	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GAGGCAGCAGGAGCCTCCGCG;SOR=0.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=10;WE=70281000;WS=70280982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr11	70281007	rs7131282	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=492;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TCCGCGGTGGTCCGCATCTCT;SOR=0.435;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=29;WE=70281015;WS=70280997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr11	70282629	rs6894	A	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=817;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGCACACCTCATAGGTATGAT;SOR=0.165;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=44;WE=70282637;WS=70282619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr11	70349061	rs7110158	A	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=58;PP=2056;SC=AGAGGATGGCATCAGTGAGAG;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=70349069;WS=70349051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	70507605	rs3837380	TACACACACACACACACACACACACACACACAC	T	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=39.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;SOR=5.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr11	70544937	rs7117514	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=672;SC=CCCACAGCACATGAGGCTGGT;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=70544945;WS=70544927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	70644566	rs149996975	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,90:0.23:392
chr11	70644619	rs146580493	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,128:0.24:539
chr11	70666886	rs183854642	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GCGTCCAAGCCCCCATGCGAG;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=12;WE=70666894;WS=70666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr11	70672399	rs3019835	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=649;SC=GTTATATTCCGGACCAACTCA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=70672407;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	70757705	rs4246962	C	T	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=88;PP=2965;SC=ATTAATTATCCGTTTTCCCAG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=162;WE=70757713;WS=70757695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	70766554	rs4077321	C	T	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	70766664	rs4495913	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=327;SC=AAGTCATTAAAAATCAAAAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=70766672;WS=70766654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	70789000	rs11238042	G	A	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=74;PP=2965;SC=GTTACTGAGGGTTCTGGGTCT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=166;WE=70789008;WS=70788990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	70798895	rs35132270	CG	C	5100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=37;PP=2300;SC=TTCGTGTGTCCGGGGGGGCCT;SOR=1.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=70;WE=70798910;WS=70798885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	70798902	rs34650500	G	T	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=44;PP=2321;SC=GTCCGGGGGGGCCTGAGCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=121;WE=70798910;WS=70798885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	71146248	rs141483210	AAGCAAGGAACAG	A	6218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=53;PP=2963;SC=TTGAAGGCAAAAGCAAGGAAC;SOR=0.945;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=68;WE=71146267;WS=71146238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	71146691	rs760241	A	G	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=115;PP=2965;SC=GCCTCTGCCCATCGGCGGATG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=136;TCR=115;TR=249;WE=71146699;WS=71146681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	71146952	rs1792268	G	A	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=70;PP=2658;SC=TGTGGGCTCGGGGGCCCAGCG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=122;WE=71146960;WS=71146942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	71149069	rs949176	A	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=70;PP=2025;SC=CACTCCACGCAGATGCAGCAG;SOR=2.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=92;WE=71149077;WS=71149059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	71149886	rs375895720	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=-2.025;SC=CAGAGCCTGCCGGCATCGGCG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=11;WE=71149894;WS=71149876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr11	71152258	rs736894	C	T	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=33;PP=2076;SC=GCTGGACCCGCTGCTAAGAAC;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=108;WE=71152266;WS=71152248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	71152461	rs949177	A	G	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=80;NR=114;PP=2965;SC=CTTGCAGGCCATTGATCTGAT;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=194;WE=71152469;WS=71152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	71155153	rs1790334	A	G	11062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=205;NR=201;PP=2965;SC=CCACAGGGCCAGTCAGGGCGC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=206;TCR=201;TR=406;WE=71155161;WS=71155143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr11	71166337	rs1790373	A	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=731;SC=CGCCACACCCACTGTTGGGCC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=71166345;WS=71166327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	71174553	rs1629220	C	T	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=89;PP=2965;SC=GCCCCCACCCCGGGAGGGTGA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=159;WE=71174561;WS=71174543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	71174589	rs1629304	T	C	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=61;PP=1597;SC=GGCTCTCAGCTGAGGGCTGCC;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=84;WE=71174597;WS=71174579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	71183645	rs2282619	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=286;SC=ATCCAGGTAATGGAAGGCACC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=71183653;WS=71183635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	71184498	rs2276358	G	A	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=46;PP=1420;SC=TCCTGGGGCCGTGGCCGTGGC;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=52;WE=71184506;WS=71184488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	71184678	rs7950441	A	C	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=57;PP=2367;SC=GCAGCCACCAAGTGCTGCGCA;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=135;WE=71184686;WS=71184668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	71185479	rs2276354	T	C	10566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=218;NR=171;PP=2965;SC=AGAAGGGTTGTGACGGGGACC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=220;TCR=172;TR=389;WE=71185487;WS=71185469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	71185518	rs2186778	T	C	13849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=0.906;SC=GTGCCATGATTGCCATGAACG;SOR=0.247;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=266;TCR=240;TR=505;WE=71185526;WS=71185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr11	71187061	rs2017686	C	G	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=19;PP=1672;SC=CACCCGGCCTCTCTTTCTGTT;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=71187069;WS=71187051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	71188361	rs68009340	TCACA	T	11706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=100;PP=2967;SC=TTTTATGGCTTCACACGGACC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=56;TCR=107;TR=152;WE=71188372;WS=71188351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	71188502	rs3794065	G	A	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=96;PP=2965;SC=CCCCTGTTACGGCGGTAGGAG;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=148;WE=71188510;WS=71188492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	71189436	rs2276353	T	C	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=67;PP=2680;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AATTTCCTTCTCCAGGAAGTC;SOR=0.264;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=144;WE=71189444;WS=71189426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr11	71191604	rs74471702	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=353;SC=TGAGAATCCCGGTTTCTCACC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=71191612;WS=71191601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	71192602	rs3814731	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=317;SC=GCTTAGTCTGTGCTAGCCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=71192610;WS=71192592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	71192851	rs3814734	A	G	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=35;PP=2318;SC=GGAAAGTGCTAACACCCACGT;SOR=1.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=113;WE=71192859;WS=71192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	71193135	rs7949129	G	C	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=66;PP=1685;SC=CCTGAGTTAGGGACCTAGGAG;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=71193143;WS=71193125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	71238735	.	GCTGCTGTTCCTCAGGCTGTGGGTCATC	G	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-7.453;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,33:0.12:277
chr11	71259822	rs10792769	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.551;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr11	71260243	rs2664	T	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,83:0.25:327
chr11	71260348	rs2665	T	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=113;ReadPosRankSum=1.356;SC=CCTGAGGAAATGGAATGAACC;SOR=0.661;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=10;WE=71260356;WS=71260338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr11	71279936	rs72475645	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-8.495;QD=1.98;ReadPosRankSum=2.505;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,46:0.18:257
chr11	71279995	rs200834593	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=6.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=-4.926;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.293;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,26:0.12:210
chr11	71280000	.	T	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=7.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQRankSum=-4.905;QD=2.11;ReadPosRankSum=-2.780;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,24:0.12:200
chr11	71290670	rs2015464	C	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.259;NF=28;NR=13;PP=671;ReadPosRankSum=0.343;SC=AAAACAGTCACCCCAGGGCTG;SOR=0.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=41;WE=71290678;WS=71290660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr11	71290740	rs4081429	A	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-4.610;NF=36;NR=32;PP=936;ReadPosRankSum=0.048;SC=ATGAGAGCCAATATGACTGTG;SOR=0.628;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=68;WE=71290748;WS=71290730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr11	71290790	.	A	ACAGCAGCTGGACTGGGAGCAGCAGGACCTG	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-7.356;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr11	71498562	rs12786239	G	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-3.207;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	71498567	rs12788471	A	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-2.702;QD=19.03;ReadPosRankSum=-1.840;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	71498591	rs12270466	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-2.210;QD=22.74;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr11	71498601	rs12283300	G	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-2.037;QD=19.59;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr11	71498648	rs12277291	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.968;NF=12;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=1.848;SC=GCTTCCTGGCAGCGCGCGCCC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=22;WE=71498656;WS=71498638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr11	71498671	rs12283346	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.920;NF=9;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CGCTCCTTCCGCTGGCAGGTG;SOR=0.399;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=19;WE=71498679;WS=71498661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr11	71498694	rs11234942	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CGGCGGGGCTAGCGGAGAGGT;SOR=0.036;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=71498702;WS=71498684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr11	71507261	rs111708284	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-4.573;QD=0.55;ReadPosRankSum=2.969;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,15:0.14:104
chr11	71668362	rs3216157	CT	C	3131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=44;PP=2065;SC=GTTAACCCAGCTTAATTGAGT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=49;WE=71668370;WS=71668352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	71701523	rs2276384	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=329;SC=TAGTTTGCCCGCACTTGCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=71701531;WS=71701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71706758	rs61890895	C	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	71707465	rs1055452	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=134;SC=CTCAAAGGGGTGCTTGGGCCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71707473;WS=71707455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	71712175	rs1892919	G	A	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=25;PP=2350;SC=GAGCTGGCAGGGAGGGCACAG;SOR=2.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=105;WE=71712185;WS=71712165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	71714526	rs949324	G	C	11874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.39;SOR=1.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	71714526	.	GGT	CGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=163;NR=70;PP=2947;QD=20;SC=GACCAGGTGAGGTCAGCATCG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=176;TCR=76;TR=233;WE=71714536;WS=71714516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,233:0.92:252
chr11	71714528	rs949323	T	G	11874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	71715215	rs2845857	C	G	11596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	71715218	rs2852365	T	C	11474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	71719619	rs2155145	G	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=690;SC=CCCGTTTTTCGTTATTCTTCT;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=71719627;WS=71719609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	71727422	rs1057992	A	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=478;SC=CACACCAACCAGCAGCACACA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=71727430;WS=71727412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	71728543	rs34393610	G	GA	1631.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.131;NF=54;NR=30;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.237;SC=ATTGACTGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=84;WE=71728551;WS=71728533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,73:0.87:84
chr11	71728908	rs11278712	AGTCAAC	A	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=1073;SC=CATCACCCAGAGTCAACGCTG;SOR=2.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=71728921;WS=71728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	71729656	rs949325	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=642;SC=AAGGGAGGAGACGGCATAGGG;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=71729664;WS=71729646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	71730715	rs2298456	T	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=699;SC=TAAGAAGGTGTAAAGATTTGC;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=71730723;WS=71730705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	71733519	rs10128658	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=36;PP=1079;SC=CTTCTCAGTGCCCCCATTCTG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=71733527;WS=71733509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	71734211	rs2298457	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=55;PP=2269;SC=GACAACAACGTAGAAAACAGG;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=124;WE=71734219;WS=71734201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	71740378	rs35948003	A	AAC	8364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=71;PP=2930;SC=CGTTAGAAGCAACATGGTTTG;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=24;TCR=79;TR=91;WE=71740386;WS=71740368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	71740521	rs1939247	A	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=383;SC=AGCCACCTGAAATGCAACCAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=71740529;WS=71740511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	71797422	rs597513	T	A	9501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=167;PP=2965;SC=CAGCAAGCACTCAACAAATGT;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=157;TCR=168;TR=324;WE=71797430;WS=71797412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	71814148	.	C	A	5923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.134;SC=TCCGGCTGCCCGTCCTCCGCA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=194;TCR=161;TR=245;WE=71814156;WS=71814138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,254:0.71:360
chr11	71849741	rs652197	C	T	522.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=441;ReadPosRankSum=1.535;SC=TTATTTGAGCCCAGGATGTTG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=71849749;WS=71849731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr11	71850722	rs1802608	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=892;ReadPosRankSum=0.763;SC=TCTGGAGCCACTCCTTCAAGG;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=44;WE=71850730;WS=71850712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr11	71883540	rs633738	G	A	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=73;PP=2433;SC=TGGCTTTGGTGACTGCTGCGG;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=125;WE=71883548;WS=71883530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	71929526	rs651646	T	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=316;SC=CACCGTAGGGTTGGGGAGACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=71929534;WS=71929516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	71932120	rs2508202	G	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=89;PP=2806;SC=GTCTCCCCCCGACCCACCCCA;SOR=2.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=13;TCR=90;TR=101;WE=71932128;WS=71932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr11	72281818	rs380126	A	G	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=59;PP=2698;ReadPosRankSum=-1.057;SC=GAATCCCAACACTCATCCTGC;SOR=1.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=215;TCF=135;TCR=80;TR=167;WE=72281826;WS=72281808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,172:0.76:227
chr11	72281884	rs433640	C	T	6193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AGCAGGGATTCGCTGTATGGG;SOR=0.913;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=313;TCF=179;TCR=134;TR=252;WE=72281892;WS=72281874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,260:0.80:324
chr11	72281941	rs79982683	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,82:0.26:319
chr11	72282039	rs409512	T	C	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=133;PP=2965;SC=CCTTCATTCCTGCCCCAACCC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=139;TCR=133;TR=272;WE=72282047;WS=72282029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	72289176	rs379276	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=832;SC=ATCAGTTGGACCTGGGCCAGG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=72289184;WS=72289166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	72289291	rs1135029	T	C	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=44;PP=2340;SC=AGATGGGCATTGCAATGTGCT;SOR=1.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=122;WE=72289299;WS=72289281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	72290199	rs11605051	G	A	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=1376;ReadPosRankSum=1.252;SC=TCTGCCTGGGGGGGGCCGTGC;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=60;WE=72290207;WS=72290189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr11	72291477	rs56350365	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=444;SC=CCAGGAAAATGAGCCAGACAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=72291485;WS=72291467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	72291883	rs644698	C	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=726;SC=ATGAGACTCCCAGACACCCCA;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=72291891;WS=72291873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	72291927	rs577536	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=19;PP=1442;SC=GGCAGGGTCTTACCGAGGCCA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=72291935;WS=72291917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	72292167	rs3781939	G	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=3.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	72292176	rs7108477	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.91;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	72292185	rs3781938	C	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	72292353	rs57803658	G	GA	5445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=38;PP=2970;SC=CTGTCCCAGGGAGGGGACCCC;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=91;WE=72292361;WS=72292343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	72292860	rs376724	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=606;SC=CCGGGGGCAACGGATGTGACA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=72292868;WS=72292850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	72293039	rs379638	G	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=53;PP=1540;SC=GTATCAAGACGGGGCCCTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=72293047;WS=72293029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	72293079	rs414178	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=27;PP=778;SC=CCACACTCAAAATCTGGAGTC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=72293087;WS=72293069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	72293602	rs4944557	A	G	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=57;PP=1857;SC=TATACTCATCATCGGAGACCT;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=72293610;WS=72293592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	72294714	rs408269	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=244;SC=AGTAAAGACCCCACCCCCACT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=72294722;WS=72294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	72294734	rs56267207	A	AC	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=312;SC=TTTCATCCAGACCCCGCGCCG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=72294742;WS=72294724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	72295502	rs366711	T	C	11094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.083;SC=TCCGGGACGCTGGAGGCGGTG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=189;TCR=221;TR=404;WE=72295510;WS=72295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,418:1.00:420
chr11	72295906	rs452228	A	G	8836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=165;PP=2965;SC=CTCCCTCCACACCCTCTCACC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=161;TCR=166;TR=326;WE=72295914;WS=72295896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	72296039	rs907850	G	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=60;PP=1667;SC=CCCTCTGATCGCCCTCACGTC;SOR=2.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=79;WE=72296047;WS=72296029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	72296700	rs424234	C	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=63;PP=1840;SC=TATCCAACCTCCTGCCTCCAA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=72296708;WS=72296690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	72307528	.	TCA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr11	72326210	rs572421	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=39;PP=1120;SC=GGGTGTCCCCATCCACAGGAG;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=72326218;WS=72326200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	72347091	.	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,84:0.29:290
chr11	72354028	rs907853	C	A	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=125;NR=135;PP=2965;SC=GACACGTGCGCACAGACACCG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=125;TCR=135;TR=260;WE=72354036;WS=72354018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	72361883	rs341038	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=592;SC=GTGCCTCAGGTTAGAGTCAGT;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	72361893	rs72349218	TCCCTGAC	T	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=1677;SC=TTAGAGTCAGTCCCTGACCCC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	72361920	.	TACAC	T	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.39;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr11	72363759	rs12146545	G	A	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=111;PP=2965;SC=GAGGTCATTCGTCCAAAGTCA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=205;WE=72363767;WS=72363749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	72366929	rs907858	C	A	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=44;PP=1573;SC=ACCCTCGGGCCCCCCAGAGTG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=72366937;WS=72366919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	72367102	rs907857	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=13;PP=349;SC=GCCCGGCATCCGGAGAGGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=72367110;WS=72367092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	72368986	rs3781916	T	G	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=50;PP=2965;SC=GGGCAGGGCATGTCCCTCCTG;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=96;TCR=50;TR=146;WE=72368994;WS=72368976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	72396800	rs12802369	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=4.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,64:0.26:246
chr11	72396990	rs12805218	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=741;ReadPosRankSum=0.710;SC=GAGGGCAATCGGGGAGGGCAA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=57;WE=72396998;WS=72396980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,59:0.29:201
chr11	72397009	rs11824205	A	G	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=2024;ReadPosRankSum=0.362;SC=AATCAGGGCAATCATCTACTG;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=121;WE=72397017;WS=72396999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,129:0.68:190
chr11	72399607	rs2306609	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=6.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,17:0.16:109
chr11	72399697	rs2306610	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CATCCCAGCACAGGGCGCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=17;WE=72399705;WS=72399687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr11	72404003	rs11235567	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=29;PP=799;SC=AATGAGGGAGAAGGGTGGCCC;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=72404011;WS=72403993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	72404958	rs12276972	A	C	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=55;PP=1836;SC=CTCCAACCATATGCAAGTGCC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=72404966;WS=72404948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	72405868	rs2306608	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=471;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TGCCAGCACCCTATCACCACC;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=21;WE=72405876;WS=72405858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr11	72407770	rs2306612	G	C	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CTGGGCTGCTGTGCCTCTCAT;SOR=0.504;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=75;WE=72407778;WS=72407760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,76:0.81:94
chr11	72407977	rs11602233	C	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=849;ReadPosRankSum=0.974;SC=CGCAGGAGTCCGGAGGGATGG;SOR=1.460;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=41;WE=72407985;WS=72407967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr11	72408266	rs2306614	C	T	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=2112;ReadPosRankSum=1.636;SC=GCCAAGCGTTCGGGGCCTGAG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=108;WE=72408274;WS=72408256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,107:0.80:134
chr11	72409159	rs7121351	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,33:0.26:125
chr11	72411082	rs7110501	T	C	4159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2714;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CAGAAGCATCTATCACTCTGT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=168;WE=72411090;WS=72411072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,179:0.80:225
chr11	72412675	rs11235574	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=1086;ReadPosRankSum=-1.639;SC=GCTAAAGCAGAGTCTGGGGTG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=51;WE=72412683;WS=72412665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr11	72414189	rs3765105	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1149;ReadPosRankSum=2.270;SC=AAGGGGCTACGGGGGAGGAGA;SOR=1.236;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=66;WE=72414197;WS=72414179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr11	72415329	rs2306615	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=996;ReadPosRankSum=-1.046;SC=TGGGGGGCACGTTGGCTGCCC;SOR=1.276;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=61;WE=72415337;WS=72415319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr11	72465877	rs2291290	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=699;ReadPosRankSum=0.158;SC=GGGGAGAAAGTGCAGGAGCGG;SOR=1.460;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=45;WE=72465885;WS=72465867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr11	72466636	rs58375567	A	G	5649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.605;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=197;TCR=108;TR=244;WE=72466644;WS=72466626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,254:0.79:320
chr11	72466897	rs2291291	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=0.846;SC=GGGAGGCCACTGTCTTCCCCA;SOR=1.681;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=21;WE=72466905;WS=72466887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr11	72528973	rs891655	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=940;SC=ACGGGTACTCCTGTGTTTGCT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=72528981;WS=72528963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	72532569	rs1864651	G	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=54;PP=1987;SC=CCTGTGCAAGGTCCCAAACCT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=127;WE=72532577;WS=72532559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	72532621	rs1864652	T	G	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=54;PP=1898;SC=GGCGGGCAGGTGAGCAGCCGA;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=72532629;WS=72532611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	72532708	rs11235603	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=23;PP=705;SC=CCTGTCCGCCCCCAGATGGCC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=72532716;WS=72532698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	72533624	rs139902397	TCTGCCTC	T	1706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.858;NF=3;NR=33;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACCCTTGCGTTCTGCCTCCCG;SOR=0.681;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=13;TCR=112;TR=36;WE=72533638;WS=72533614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,52:0.29:177
chr11	72533711	rs4944806	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=33;PP=1504;SC=ATGTGGTCGGAGCCCACGAGA;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=72533719;WS=72533701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	72538141	rs3862793	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=670;SC=GGGAGGACACTGGGTTCTGGG;SOR=3.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=72538149;WS=72538131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	72540225	rs891657	G	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=34;PP=1298;SC=GAGCTAACTTGACAGATGAGG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=72540233;WS=72540215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	72554407	rs3217361	A	AGGG	17464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=150;PP=2976;SC=ACAAGTTTACACACACAATTT;SOR=0.773;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=59;TCR=159;TR=208;WE=72554415;WS=72554397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr11	72598704	rs7129851	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=876;SC=ATAATTCAAAGGGCTTTAGTG;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=72598712;WS=72598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	72788823	rs6592510	C	T	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=70;PP=2059;SC=ATTATAAGGACACACAGGAAA;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=121;WE=72788831;WS=72788813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	72788863	rs79339967	T	C	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=1056;ReadPosRankSum=-1.869;SC=GTGTTCATTATCTTGCTTGTG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=58;WE=72788871;WS=72788853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,62:0.83:75
chr11	72852971	rs199517517	CAGGAGG	C	2333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.890;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,77:0.21:361
chr11	72945341	rs2511241	C	T	5663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GTGTGCGTGCCTGGGCTGTGT;SOR=0.445;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=325;TCF=200;TCR=125;TR=232;WE=72945349;WS=72945331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,243:0.72:336
chr11	72946020	rs1783596	C	T	15965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=297;NR=293;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ACTCCTTCCGCTCGCTGGACC;SOR=0.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=591;TCF=298;TCR=293;TR=590;WE=72946028;WS=72946010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,594:1.00:595
chr11	72946204	rs1626154	C	T	6375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCCGGCTCGCCGCAGGCTGGG;SOR=0.715;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=336;TCF=175;TCR=161;TR=253;WE=72946212;WS=72946194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,263:0.76:345
chr11	73075599	.	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr11	73362766	rs670811	C	T	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=70;PP=2965;SC=CTATTCCTGTCCCTGCTTTAC;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=184;WE=73362785;WS=73362756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	73364368	rs6592527	C	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=14;PP=1097;SC=TCCAGCTGCTCCTCACAACAG;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=73364376;WS=73364358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	73364629	rs7942217	T	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=842;SC=ATTTGCAGTGTCTGGCCCTTT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=73364637;WS=73364619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	73364673	rs7952228	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=544;SC=GGCTTAAACCGAGGACTGAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=73364681;WS=73364663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	73366697	rs2008734	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr11	73390772	rs71469461	GAA	G	7833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=93;PP=2950;SC=AGAGCTGTGGGAAAGAGAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=13;TCR=98;TR=106;WE=73390781;WS=73390762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	73429958	.	TAAA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	73441772	rs2037709	A	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=28;PP=1262;SC=ACTTGTAACAAAAAATAGACA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=73441780;WS=73441762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	73611349	rs2067912	G	C	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=43;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GATGTGAATTGTTGCAGGTTT;SOR=0.907;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=84;TCR=59;TR=110;WE=73611357;WS=73611339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,122:0.77:159
chr11	73669310	rs10793068	C	A	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.800;SC=CTCTGGTCCGCCCTCAGAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=225;WE=73669318;WS=73669300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,240:0.74:323
chr11	73669334	rs10793069	A	C	6458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.044;SC=CCAGCTGATAAGACTTGTATT;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=353;TCF=193;TCR=160;TR=269;WE=73669342;WS=73669324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,285:0.76:376
chr11	73670645	rs653263	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1698;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACGTCTTCCATGGCAAACCTG;SOR=0.494;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=109;WE=73670653;WS=73670635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,116:0.77:151
chr11	73670793	rs112136608	TTATTA	T	3190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.18;MQRankSum=3.418;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,90:0.74:122
chr11	73679219	rs2306817	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=2.121;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr11	73679232	rs2306818	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.886;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr11	73681090	rs2306819	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,81:0.28:289
chr11	73681135	rs72982975	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,82:0.30:271
chr11	73686859	rs10535527	ACTT	A	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=687;SC=GTAATCCAGGACTTCTTTTGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=73686869;WS=73686849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	73689104	rs660339	G	A	8508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=148;PP=2965;SC=CTGGGCGCTGGCTGTAGCGCG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=138;TCR=148;TR=286;WE=73689112;WS=73689094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	73715134	rs1726743	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CCAACTCAACCGTGAACTCCC;SOR=0.575;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=16;WE=73715142;WS=73715124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr11	73715542	rs2075577	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=32;PP=1926;SC=TGAGCAGGTGGTAGTCCAGCA;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=101;WE=73715550;WS=73715532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	73715666	rs2734828	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr11	73717024	rs1726747	AT	TC	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=20;PP=2110;SC=ACTAAGCAGCATTCTGGGACA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=39;WE=73717033;WS=73717014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	73785326	rs4453265	T	C	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=59;PP=2520;SC=TTGCTCTTTCTACTAGGATGC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=127;WE=73785334;WS=73785316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	73789777	rs1726735	T	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=74;PP=2405;SC=CGGGAGAAAATAAAGATTCTC;SOR=1.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=73789785;WS=73789767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	73795819	rs185090643	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,14:0.14:99
chr11	73796608	rs1095424	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=22;PP=1718;SC=AGGGCTATACTATTCACAATG;SOR=1.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=80;WE=73796616;WS=73796598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	73796917	rs826058	C	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=45;PP=1268;SC=AGCGGGTTCCCGTTCAGCCAA;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=73796925;WS=73796907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	73803398	rs1790400	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=2;PP=292;SC=CCGCACCCGGCTATTTTATAT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=73803406;WS=73803388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	73814689	rs186977512	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=32;ReadPosRankSum=0.091;SC=CACAAAAGGAGAAGAGTCAAT;SOR=0.155;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=6;WE=73814697;WS=73814679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr11	73833957	rs145193996	C	CTGTCTGGCAAGTGA	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=1830;SC=AAATGCATAGCTGTCATGCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=73833965;WS=73833947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	73882260	rs1726746	T	G	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.955;SC=TTTGTATGAGTGCTGTTGCGC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=107;TCR=130;TR=235;WE=73882268;WS=73882250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr11	74022429	rs7944333	C	T	5795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=88;PP=2965;SC=TGAGGCCCCTCGGTCGCTCCC;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=206;WE=74022437;WS=74022413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	74047683	rs1044782	A	G	7160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GTGTCATGACATATTGGTGTA;SOR=0.635;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=428;TCF=221;TCR=207;TR=324;WE=74047691;WS=74047673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,326:0.75:435
chr11	74049569	rs3867270	A	G	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=59;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GTTCTGTTCCACTTGTCCGAA;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=119;TCR=81;TR=144;WE=74049577;WS=74049559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,154:0.72:214
chr11	74053547	rs592644	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=667;ReadPosRankSum=0.349;SC=CCAGTGGTAACGTCCCGTACA;SOR=0.884;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=45;WE=74053555;WS=74053537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr11	74054175	rs75415490	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=0.053;SC=GATGAAACTCATCAATACTGA;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=74054183;WS=74054165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	74054346	rs641271	G	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.011;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=615;ReadPosRankSum=1.183;SC=AAATTTTGAAGATTTTAATAT;SOR=0.133;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=36;WE=74054354;WS=74054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr11	74057647	rs519083	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=360;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GTGGTTATTTTGGGATAATGG;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=17;WE=74057655;WS=74057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr11	74057931	rs3741130	C	T	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=72;PP=1933;ReadPosRankSum=1.102;SC=TCAATGTTAACGTTCCTGTAT;SOR=0.491;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=120;WE=74057939;WS=74057921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,125:0.77:162
chr11	74085420	rs35170680	T	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=739;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AGCCACCATGTCCAGTCAAAA;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=37;WE=74085428;WS=74085410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr11	74109342	rs904155	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=555;SC=GCAGGGTGTTCGTAACAGCTC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=74109350;WS=74109332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	74203308	rs586088	T	A	5181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GTGACGCCTGTCCCAACCAGT;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=129;TCR=160;TR=215;WE=74203316;WS=74203298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,226:0.75:302
chr11	74204198	rs10736797	G	A	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=65;PP=2625;SC=CCTCACCTCCGTTGGTCCAGC;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=156;WE=74204206;WS=74204188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	74204269	rs10736798	T	G	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=96;PP=2965;SC=ACCGCCCTGCTCCGCGGCGCT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=111;TCR=96;TR=207;WE=74204277;WS=74204259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	74204727	rs4944895	A	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	74207856	rs643738	G	A	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=50;PP=2965;SC=AACATCCCCAGTGGGAAAAAA;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=156;WE=74207876;WS=74207846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	74208029	rs655025	C	T	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=2147;ReadPosRankSum=1.317;SC=GCATTACTCACTGCATTTTTT;SOR=1.186;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=104;WE=74208037;WS=74208013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,107:0.73:147
chr11	74208214	rs656506	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=1242;ReadPosRankSum=0.932;SC=AACATCTTACGGAAGAGTATG;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=61;WE=74208222;WS=74208204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr11	74208592	rs657339	G	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=554;ReadPosRankSum=0.276;SC=TTACTGGCAAGTTCAGTAATG;SOR=0.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=34;WE=74208600;WS=74208582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,42:0.86:49
chr11	74303841	rs2298572	T	C	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.99;SOR=2.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	74303841	.	TCTGTCTGCT	CCTGTCTGCC,CCTGTCTGCT	1990	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=5,33;NR=26,114;PP=429,1990;QD=15.5634798343;SC=GCCTTGACCCTCTGTCTGCTT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=148;TCF=33;TCR=115;TR=31,147;WE=74303858;WS=74303831;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:148
chr11	74303850	rs2298573	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,33:0.24:137
chr11	74329615	rs4944052	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,58:0.22:263
chr11	74330980	rs10501417	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,23:0.19:123
chr11	74340196	rs2298792	A	G	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=57;PP=2575;ReadPosRankSum=-1.488;SC=AAAACCCATAAGAGCATGTGA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=146;TCR=85;TR=159;WE=74340204;WS=74340186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,171:0.70:246
chr11	74345550	rs3824999	T	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=627;ReadPosRankSum=1.911;SC=GACATGTCAATTTAGAGAACC;SOR=1.318;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=33;WE=74345558;WS=74345540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr11	74347434	rs4944920	G	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=71;PP=2142;SC=TGTGAATCATGCCCAAGTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=91;WE=74347442;WS=74347424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	74379809	rs56330626	G	GT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,22:0.21:106
chr11	74408384	rs10751240	C	T	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=65;PP=2644;SC=AGGCAAAAACCTACAGTCGGT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=74408392;WS=74408374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	74408619	rs3741124	C	G	23269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=260;NR=267;PP=2965;SC=AATCCTAGCTCTGGTCATTAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=529;TCF=261;TCR=268;TR=527;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr11	74408633	rs3741123	A	G	22656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=238;NR=267;PP=2965;SC=TCATTAGAACATGTATACGTC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=508;TCF=241;TCR=267;TR=505;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr11	74413872	rs34528207	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,28:0.23:121
chr11	74419357	rs1944937	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr11	74429987	rs12417156	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=648;ReadPosRankSum=0.307;SC=GGCCACTCAGGCAAAAGAGAA;SOR=0.144;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=41;WE=74429995;WS=74429977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr11	74460517	rs111614451	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.709;SC=TCCCGGGCCCTACTCGGGCGG;SOR=0.495;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=4;WE=74460525;WS=74460507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr11	74500550	rs191957762	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=1.085;SC=AAGACTTAGCGTTTATTCTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=5;WE=74500558;WS=74500540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr11	74521373	.	C	T	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.628;NF=90;NR=74;PP=2415;ReadPosRankSum=1.591;SC=AAATCTGGAACGTGTAAGTAA;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=164;WE=74521381;WS=74521363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,175:0.72:242
chr11	74546905	rs1125609	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=659;ReadPosRankSum=0.314;SC=GAAGCCTGCAGAAGCAGACTT;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=187;TCF=79;TCR=108;TR=57;WE=74546913;WS=74546895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,61:0.31:200
chr11	74559623	rs571437	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.050;SC=CGGACTGAGGCGGGGGTGGAA;SOR=0.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=74559631;WS=74559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	74562067	rs557037	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr11	74645032	rs140602440	G	GTTCA	1658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.092;NF=0;NR=33;PP=1761;ReadPosRankSum=-1.851;SC=TTGTTTGCTTGTTCATTCATT;SOR=1.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=0;TCR=79;TR=33;WE=74645050;WS=74645022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr11	74660504	rs1282689	A	C	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.689;SC=GCGGCGAGCCAACCTTCCCAT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=136;TCR=82;TR=162;WE=74660512;WS=74660494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,167:0.75:223
chr11	74660631	rs1282690	G	A	5941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.983;SC=ACCTGGACCCGGTCCTCTTTA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=136;TCR=183;TR=238;WE=74660639;WS=74660621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,253:0.75:337
chr11	74674612	rs71848982	GTTTA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=62.13;MQRankSum=0.319;NF=2;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTGTTTGTTTGTTTATTTATT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=74674623;WS=74674602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	74676794	rs514534	G	C	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1461;ReadPosRankSum=0.552;SC=TTGATTCCTTGTTTTTCTCAC;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=93;WE=74676802;WS=74676784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,103:0.68:152
chr11	74700896	rs681566	A	G	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=22;PP=1776;ReadPosRankSum=-2.820;SC=AGAAAGCGGGAAGGACTTGAT;SOR=0.999;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=87;TCR=31;TR=90;WE=74700904;WS=74700886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,96:0.76:126
chr11	74705696	rs544115	T	C	6486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGAAGCGTTCTACGAGGAGAG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=155;TCR=191;TR=257;WE=74705704;WS=74705686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,268:0.73:365
chr11	74862356	rs2851069	T	C	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1391;ReadPosRankSum=0.299;SC=GAAGATTTGCTTCCTCTCCCC;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=87;WE=74862364;WS=74862346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,88:0.79:112
chr11	74862391	rs1944612	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=63;PP=2951;SC=TCCTGAGATTAAATTAGGGGC;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=155;WE=74862399;WS=74862381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	74904362	rs1621378	T	C	9539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=143;PP=2965;SC=GGCATGGCCATCTTCCTGCCC;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=203;TCR=144;TR=344;WE=74904370;WS=74904352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	74982882	rs36123903	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=13.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr11	74992267	rs746168	A	C	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=47;PP=1327;ReadPosRankSum=0.142;SC=CTCATTTTACAAACGAGGACA;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=62;WE=74992275;WS=74992257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,63:0.79:80
chr11	74994352	rs877711	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,59:0.26:226
chr11	74995350	rs647630	C	T	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=76;PP=2569;ReadPosRankSum=0.813;SC=GAGTAAGCGGCCTCTCCCAAC;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=129;TCR=99;TR=175;WE=74995358;WS=74995340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,194:0.78:248
chr11	74995509	rs899115	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=93;ReadPosRankSum=0.867;SC=TTCCCCCATCCCAGGCCAGTA;SOR=0.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=8;WE=74995517;WS=74995499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr11	75017436	rs536852	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=532;SC=CCCCATCTCCACCCCGCACTG;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=75017444;WS=75017426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	75023093	rs546812	A	G	7593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CCCCTCCTCTAAGTGCTGATC;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=410;TCF=220;TCR=190;TR=316;WE=75023101;WS=75023083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,329:0.77:426
chr11	75141630	rs11236430	T	C	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=85;PP=2965;SC=CGCACGGCGCTTCGCAGCCCG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=206;WE=75141638;WS=75141620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	75141762	rs3018101	T	C	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=74;PP=2268;SC=TTATTTCCTCTCTTGACCATT;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=110;WE=75141770;WS=75141752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	75152243	rs571353	C	T	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=63;PP=2965;SC=TGGGACAGGGCGTGGGAGTTG;SOR=1.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=183;WE=75152251;WS=75152233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	75154067	rs532454	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=31;PP=2320;SC=GTGGAGGTCGCGAAAGCTCTG;SOR=1.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=112;WE=75154075;WS=75154057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	75155743	rs479574	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=314;SC=GCCTACCTCATTGGTTTTACT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=75155751;WS=75155733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	75160213	rs473462	G	A	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=50;PP=1473;SC=CCCTGGGCAGGTTGGGGTGCA;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=72;WE=75160221;WS=75160203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	75160575	rs518611	G	A	7013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=107;PP=2965;SC=TCCGCTCTGCGCGGGCGAACT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=148;TCR=107;TR=255;WE=75160583;WS=75160565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	75167704	rs1793410	T	C	9351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	75188569	rs1790149	C	T	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=44;PP=2449;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CTGTCCAGAGCGAGTCAGCAG;SOR=0.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=131;WE=75188577;WS=75188559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr11	75277628	rs584961	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,21:0.21:98
chr11	75277992	rs651581	C	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.671;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,116:0.26:438
chr11	75278040	rs35462148	G	GTCC	2008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.661;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,62:0.27:231
chr11	75298797	rs1231128	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=539;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TGGGACCTTCATCCTTGACAG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=36;WE=75298805;WS=75298787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr11	75378674	rs12225010	A	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr11	75428958	rs554202	A	G	5140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.508;SC=GCCCTTGTTTATGCCGTGGGA;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=171;TCR=111;TR=208;WE=75428966;WS=75428948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,222:0.74:302
chr11	75430950	rs650861	A	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=7;PP=1012;ReadPosRankSum=0.897;SC=TGCTAGTGCCAGGCCTATGGG;SOR=0.229;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=67;TCR=8;TR=58;WE=75430958;WS=75430940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,62:0.77:81
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chr11	76157922	rs367735381	CT	C	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
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chr11	76207709	rs72930511	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=297;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TTTTCTTGTCGTGATTATAAT;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=19;WE=76207717;WS=76207699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr11	76227182	rs2508740	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr11	76237725	rs11363199	CA	C	1890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.913;NF=1;NR=51;PP=1978;ReadPosRankSum=0.656;SC=TAAATATTTTCAATTCTTATA;SOR=1.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=52;WE=76237733;WS=76237715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr11	76257215	rs3753051	T	C	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=87;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GTCCATCCACTGTTGGCTCTT;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=238;TCF=111;TCR=127;TR=160;WE=76257223;WS=76257205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,169:0.68:250
chr11	76370792	rs4304809	A	G	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CACAGTCCTCAGGACGCACGT;SOR=0.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=145;TCR=124;TR=266;WE=76370800;WS=76370782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr11	76372052	rs3740779	A	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,81:0.24:340
chr11	76372418	rs3740778	T	C	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=162;PP=2965;SC=GACGAAGTGCTGTGTAGAAGC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=167;TCR=164;TR=328;WE=76372426;WS=76372408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	76372564	rs10751259	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=216;ReadPosRankSum=0.990;SC=TGGGGAGGGGTAGGGTGGGGA;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=20;WE=76372572;WS=76372554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr11	76405542	rs78808837	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=425;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CCAGCTATGCGGGATGTATGT;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=29;WE=76405550;WS=76405532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr11	76405613	rs12221921	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr11	76405740	rs148326908	T	TA	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.431;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr11	76405872	rs10736809	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-1.922;SC=TTTCCTGCCTTTTGAGTCATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=76405880;WS=76405862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr11	76406341	rs10751260	G	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=8;PP=1466;SC=TTCCTGAAAAGTAGGGTACGC;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=63;WE=76406349;WS=76406331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	76414249	rs80176488	GT	G	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=-0.215;SC=ACCCTATTGAGTTTGGGGGTA;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=76414257;WS=76414239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr11	76415209	rs10899257	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr11	76415468	rs11236879	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-1.413;SC=ACAGAATCCCCGCTTGAAGGA;SOR=0.260;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=14;WE=76415476;WS=76415458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr11	76418737	rs2120898	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.018;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,40:0.26:153
chr11	76427731	rs10751261	T	C	10608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=147;PP=2965;SC=GATGCCAACGTCCCCTCCCAG;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=222;TCR=147;TR=369;WE=76427739;WS=76427721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr11	76429160	rs10899266	T	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.27;SOR=3.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	76430529	.	C	G	946	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.04;NF=34;NR=3;PP=946;QD=26.5073300688;SC=GTCTGCACGACGAGCATGCCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=76430537;WS=76430519;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	76430572	.	C	T	899	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=59.61;NF=42;NR=13;PP=899;QD=16.9776584099;SC=CCCGGACCCCCACTCAAGGCA;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=55;WE=76430580;WS=76430562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr11	76506572	rs1149620	T	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=311;ReadPosRankSum=0.035;SC=CTTCCAACAGTGTCTAGACTG;SOR=0.256;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=27;WE=76506580;WS=76506562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr11	76507692	rs1149621	T	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr11	76579419	.	ATCTC	A	307	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=25;MQ=59.93;NF=1;NR=9;PP=307;QD=31.6;SC=TAGTTTTAATATCTCTCTCTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=76579446;WS=76579409;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	76637651	rs4379869	G	A	7076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=111;PP=2965;SC=GTTCGGTGCAGTTCAGAGTGT;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=145;TCR=111;TR=255;WE=76637659;WS=76637641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	76637680	rs4479014	G	A	7370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=131;PP=2965;SC=GTCTGGAAAAGCGGTACATTG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=132;TCR=131;TR=263;WE=76637688;WS=76637670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	76637730	rs4604914	C	G	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=117;PP=2965;SC=AACACTGTATCTGAAGAAATG;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=187;WE=76637738;WS=76637720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	76637785	rs4457775	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=58;PP=1672;SC=TTCTAAAAGCGGTTTTCAATT;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=73;WE=76637793;WS=76637775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	76668478	rs4945125	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=436;SC=TAATTTTTAACTTTTTGTGTG;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=76668486;WS=76668468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	76687399	rs1517909	A	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=422;SC=AGTACTTTTAAAATTTCATTG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=76687407;WS=76687389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	76687448	rs1517908	A	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=106;SC=CTCATAGTGGATTAATATAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=76687456;WS=76687438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	76701365	rs3824889	G	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=466;SC=TAAAACATTCGACTCACCATA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=76701373;WS=76701355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	76701606	rs3740767	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=47;PP=1448;SC=TAAAAGAGCCGATATTCCATC;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=76701614;WS=76701596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	76705180	.	CT	C	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=16;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=16;MQ=58.31;NF=3;NR=2;PP=72;QD=15.4;SC=ATTAAACTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=76705188;WS=76705170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	17010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=198;PP=2951;SC=GGGCATGTGTCTTGGAGCGCG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=98;TCR=204;TR=294;WE=76751549;WS=76751531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	20055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=221;PP=2951;SC=CGAGGGCATCCTGGCCCTTCG;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=62;TCR=221;TR=283;WE=76751592;WS=76751574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr11	76751603	rs11292200	CT	C	19942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=215;PP=2951;SC=CGGCGTGCAGCTTGCCTGGCG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=55;TCR=217;TR=269;WE=76751611;WS=76751593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr11	76799004	rs7121748	T	C	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=88;PP=2806;SC=GGCCATTCGCTGGCCCCTCAC;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=168;WE=76799012;WS=76798994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	76804644	.	CGTCTGTGTCTGTCAT	C	1346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=7.398;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,49:0.20:245
chr11	76814110	rs2233549	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,100:0.24:409
chr11	76827223	rs11606456	G	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.060;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TTCTGGTGGGGCTGCCTCTTA;SOR=0.397;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=173;TCF=106;TCR=67;TR=124;WE=76827231;WS=76827213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr11	76827360	rs11604536	A	G	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=84;PP=2142;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GTGAGTGTGTATGTGCCCTGG;SOR=0.310;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=155;WE=76827368;WS=76827350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,160:0.75:214
chr11	76874149	.	CAT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr11	76885779	rs2276283	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.421;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=924;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TGGCCCTGATGCCCTTGGCTG;SOR=1.440;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=55;WE=76885787;WS=76885769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr11	76890242	rs10793239	T	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.345;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=43;PP=882;ReadPosRankSum=0.118;SC=GCCATGGCAGTGGGACTGGCC;SOR=2.564;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=46;WE=76890250;WS=76890232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr11	76891308	rs3831388	T	TCTGCCAAATTATTTGG	1327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=1028;ReadPosRankSum=1.693;SC=ACTTGTCCTATCAAAGTCATG;SOR=1.946;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=16;WE=76891316;WS=76891298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr11	76891585	rs1109163	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=867;ReadPosRankSum=0.364;SC=TCCCCTCCCCGAGGCTGGCTT;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=47;WE=76891593;WS=76891575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr11	76891661	rs1109162	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=0.186;SC=AGACCCACTCAGCCAGCATTG;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=76891669;WS=76891651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr11	76892943	rs7117606	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=538;ReadPosRankSum=0.648;SC=CGATCCTCCCACCTGAGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=32;WE=76892951;WS=76892933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr11	76893280	rs57741157	A	AG	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=1166;SC=TGGTGGCCGTAGTGATGAGGG;SOR=2.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=26;WE=76893288;WS=76893270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	76893401	rs2276287	G	A	204.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5316;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCCCCAAACCGCCAGGTCATT;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=76893409;WS=76893392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	76893731	rs112227803	G	GA	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.693;NF=0;NR=14;PP=444;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CTCCTCTGCAGAAAAAGGATC;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=76893739;WS=76893721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	76894235	rs948972	G	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=992;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TGGCAGCCCAGGGGTGGCTGC;SOR=0.313;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=75;WE=76894243;WS=76894225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,78:0.86:91
chr11	76895770	rs143953991	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	5295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.968;NF=25;NR=47;PP=2922;ReadPosRankSum=1.337;SC=GGTCAGTGCCGGGAGGCGGGG;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=72;WE=76895799;WS=76895760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,134:0.71:189
chr11	76901273	rs2276286	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CTCGAGTGCCCCAGAAACATT;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=13;WE=76901281;WS=76901263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	76901623	rs55637648	T	TGCTGGGGCCTGGAGC	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.160;NF=8;NR=1;PP=2859;ReadPosRankSum=0.078;SC=CCCAGTGAGGTACTGGGGCCT;SOR=0.113;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=9;WE=76901631;WS=76901613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr11	76901648	rs7947922	C	G	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.645;NF=46;NR=6;PP=1046;ReadPosRankSum=0.421;SC=TGCTGGGGCACCTCCAACCCC;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=52;WE=76901656;WS=76901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr11	76901927	rs2276285	C	T	3697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=104;PP=2713;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TATGGCCGCCCGGAAGCACCT;SOR=0.494;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=73;TCR=145;TR=159;WE=76901935;WS=76901917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,156:0.73:213
chr11	76904945	rs10899359	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AACGGTGGTAATGGTGATGGA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=16;WE=76904953;WS=76904935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr11	76905604	rs1109977	G	T	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1578;ReadPosRankSum=1.590;SC=GAGAAGGGATGTGGACCTGAA;SOR=1.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=91;WE=76905612;WS=76905594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,97:0.76:128
chr11	76905725	rs948958	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=1.463;SC=ACTCATTCTCCTTCCATCTGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=76905733;WS=76905715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	76910766	rs7927472	C	T	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2236;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCACCTCCAGCAATGCTGAGG;SOR=0.640;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=189;TCF=99;TCR=90;TR=148;WE=76910774;WS=76910756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,163:0.78:208
chr11	76912636	rs2276288	A	T	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1735;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CCCCACCGACAGTGTGTACGT;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=107;WE=76912644;WS=76912626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,112:0.71:157
chr11	76916424	rs11237121	A	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=578;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGAGGGGTACATGGCCCCCTC;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=31;WE=76916432;WS=76916414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr11	76917220	rs2276293	A	G	8506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=1.305;SC=TTTTCCACAAAGTCTACTTCC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=538;TCF=277;TCR=261;TR=374;WE=76917228;WS=76917210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,381:0.69:555
chr11	76918322	rs2276291	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=879;ReadPosRankSum=2.011;SC=CAGTGCTCACTGCCCCTCCCA;SOR=0.380;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=57;WE=76918330;WS=76918312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,64:0.83:77
chr11	76918497	rs2276290	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1209;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TGGGGCCATAGGAACTTACGG;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=79;WE=76918505;WS=76918487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,86:0.68:126
chr11	76919468	rs1320703	A	T	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.42;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,117:0.75:155
chr11	76919478	rs948962	C	A	5047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.52;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,130:0.76:171
chr11	76919619	rs948961	G	A	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.49;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr11	76919629	rs948960	C	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.70;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr11	76919865	rs1320702	T	A	5595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ACCTCTGCACTCTAGTTGCCT;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=338;TCF=154;TCR=184;TR=237;WE=76919873;WS=76919855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,248:0.71:351
chr11	76920003	rs11237122	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=402;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CCCCAAGGGATGGCCCAACCC;SOR=0.080;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=28;WE=76920011;WS=76919993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr11	76923352	rs12418037	A	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=55;PP=1758;ReadPosRankSum=1.043;SC=CAGACCCTGGAAAGAGTGCTC;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=76;WE=76923360;WS=76923342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr11	76924130	rs2276289	A	T	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=1071;SC=TGCCTGAACCACAGACACGGT;SOR=2.448;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=45;WE=76924138;WS=76924120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	76924874	rs883223	G	A	7537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.925;SC=GGCCCAGGCCGTGCCTCTCTA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=407;TCF=241;TCR=166;TR=314;WE=76924882;WS=76924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,327:0.78:419
chr11	76925040	rs883224	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=510;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GGCGCATCCTGCTGGGCCTAG;SOR=0.526;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=178;TCF=54;TCR=124;TR=50;WE=76925048;WS=76925030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
chr11	76925075	rs948959	G	T	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=66;PP=1904;SC=TGCCTGCAGCGTAGCCAGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=82;WE=76925083;WS=76925065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr11	76928149	rs2282576	A	G	5794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=CCAGGCTTCAAAGGTGTGACA;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=190;WE=76928157;WS=76928139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	76944015	rs4945161	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AGGGCTGGGGGGCCTGCACTG;SOR=1.117;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=66;WE=76944023;WS=76944005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,72:0.71:101
chr11	76944049	rs4945162	C	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1431;ReadPosRankSum=2.317;SC=CCTGGAAGAACAATCTGGACA;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=94;WE=76944057;WS=76944039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,101:0.72:141
chr11	76954898	rs7104577	A	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=87;PP=2965;SC=AAAAATCTCTAAGGAGAAACA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=188;WE=76954906;WS=76954888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	76979465	rs1618188	A	C	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=68;PP=2965;SC=TTGAACTTATACCCTCCTCCC;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=110;TCR=68;TR=178;WE=76979473;WS=76979455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	76979889	rs1621624	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=56;SC=TCCAGGGGCTTCCATGGTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	76979900	rs1613357	C	G	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=90;SC=CCATGGTTCTCTTTTCTTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	76980743	rs1620915	T	C	1736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.880;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=-5.339;QD=25.17;ReadPosRankSum=1.054;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr11	77051820	rs51500	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,69:0.27:255
chr11	77090211	rs562939	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=332;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CATCCCAGACTAATAGGCATG;SOR=1.532;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=18;WE=77090219;WS=77090201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr11	77301341	rs2276415	G	A	8180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.869;SC=CAACCCGTGCGGCGTGATGAT;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=428;TCF=224;TCR=204;TR=331;WE=77301349;WS=77301331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,341:0.78:437
chr11	77301689	rs2276416	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=71;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTGGCACTTCCAGAGCCTCTA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=28;TCR=91;TR=92;WE=77301697;WS=77301679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,93:0.77:120
chr11	77335982	rs2013296	C	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.550;NF=31;NR=9;PP=653;ReadPosRankSum=-1.794;SC=AAACAAAAAACCCACTTTAAA;SOR=0.343;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=40;WE=77335990;WS=77335972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr11	77337009	rs7131169	A	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=56;SC=TTCTGATTATACAGTGAGCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=77337017;WS=77336999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	77378388	rs4945197	T	C	8048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.946;SC=CAATCCGGTGTAGCCGTTTGC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=403;TCF=188;TCR=215;TR=316;WE=77378396;WS=77378378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,335:0.79:426
chr11	77378505	rs28930682	A	G	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.566;NF=34;NR=65;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TAGCTAGCTCATCATCTTCAG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=99;WE=77378513;WS=77378495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,103:0.77:134
chr11	77396033	.	G	GAAATAAAT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=221;SC=ACTCCATCTCGAAATAAATAA;SOR=1.981;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=77396041;WS=77396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	77402419	rs1544274	T	C	99.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAAGCTTTTCTTGTGTTTAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=77402427;WS=77402409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	77409568	rs4945203	T	C	4521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=76;PP=2518;ReadPosRankSum=-0.479;SC=ATTTTTTGCATGGTTCATCAT;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=250;TCF=143;TCR=107;TR=185;WE=77409576;WS=77409548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,200:0.75:267
chr11	77531526	rs73495923	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=392;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CGGAGAGTAGCAGAGCGCCAG;SOR=0.906;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=22;WE=77531534;WS=77531516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr11	77531810	rs10751277	T	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=16;PP=538;SC=GGGGAAGTTGTGGTGCCGAGG;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=77531818;WS=77531800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	77553638	rs585721	T	C	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1578;ReadPosRankSum=2.268;SC=GGCCAGGGGGTAGTCGGACTT;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=104;WE=77553646;WS=77553628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
chr11	77583266	rs2186564	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=718;ReadPosRankSum=0.020;SC=TGGCATTGATGTGCGGGTCCT;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=52;WE=77583274;WS=77583256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,61:0.76:80
chr11	77589649	rs72939439	A	G	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.909;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=26;PP=2212;ReadPosRankSum=0.544;SC=ATAACCAGTTATCAGGAGGTA;SOR=1.385;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=148;TCF=110;TCR=38;TR=114;WE=77589657;WS=77589639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,121:0.78:156
chr11	77595080	rs2051484	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.588;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=67;PP=1569;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTGTGAACCTCAAAACACAAG;SOR=1.342;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=97;WE=77595088;WS=77595070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,104:0.74:140
chr11	77595642	rs608389	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=1205;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TGCTCTATGTAAATATACTTA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=61;WE=77595650;WS=77595632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr11	77595717	rs658398	C	T	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=71;PP=2321;ReadPosRankSum=1.383;SC=GTTGAAACTGCGGAAGGCATG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=129;TCR=99;TR=165;WE=77595725;WS=77595707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,175:0.71:246
chr11	77605501	rs1793336	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.396;NF=3;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TAGCATATTATACTATAAAAA;SOR=0.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=77605509;WS=77605491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr11	77611597	rs111879239	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=6.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-0.204;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
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chr11	77629861	rs112286182	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.080;NF=27;NR=7;PP=628;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGATGATTACCCTACCTGAT;SOR=1.002;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=34;WE=77629869;WS=77629851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr11	77692785	rs4945227	T	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=GACAGCTTTCTTTTATTTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=77692793;WS=77692775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr11	77698651	rs6592756	T	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,156:0.76:205
chr11	77702033	rs2276441	T	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=306;ReadPosRankSum=-1.860;SC=TACCTAGCACTTGGAAGACAC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=77702041;WS=77702023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr11	77705536	rs2016147	C	A	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=27;PP=1652;ReadPosRankSum=1.773;SC=CAGCACTTAACACGGGCGTAT;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=90;WE=77705552;WS=77705526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,92:0.69:134
chr11	77734001	rs11237360	G	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr11	77734007	rs11237361	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.99;ReadPosRankSum=-2.173;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	77734209	rs11237362	T	C	4657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=77;PP=2823;ReadPosRankSum=-1.855;SC=CACTTACCGTTGGCCGCCTGG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=139;TCR=102;TR=186;WE=77734217;WS=77734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,198:0.79:251
chr11	77749617	rs10793277	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=349;SC=GCCCAAGTGCGTAGGCCCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=77749625;WS=77749609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	77775466	rs545869	C	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=49;PP=1355;SC=GTGCAACCCACTGGGAGAGGA;SOR=3.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=55;WE=77775474;WS=77775456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	77790653	rs534418	T	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=925;SC=TCCGCCGGATTAGGTTATCAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=77790661;WS=77790643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	77790863	rs499799	C	G	7489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=155;PP=2965;SC=ACCACTACCCCGGCCTAAGCG;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=122;TCR=155;TR=277;WE=77790871;WS=77790853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	77811990	rs1263505	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=14;PP=1144;SC=GCTTGGCACATATCTAAGCAG;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=77811998;WS=77811980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	77823557	rs624350	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=541;SC=TGCTCCCCCTGTTCATCCTGA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=77823565;WS=77823547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	77825275	rs10899440	A	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=45;PP=2397;SC=GTAAGGGAAAAATCGAAAATG;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=77825283;WS=77825265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	77825642	rs653721	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=11;PP=697;SC=TGGGTGAGGGATATATAGGAA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=77825650;WS=77825632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	77832076	rs518624	T	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=20;PP=1248;SC=ACATCAGAATTAGTAAGGGAA;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=77832084;WS=77832066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	77838373	rs59662312	TA	T	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.344;NF=13;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=0.093;SC=AGATGAATCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=28;WE=77838381;WS=77838363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr11	77850517	rs10793289	C	A	15444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=1.035;SC=CCCGCCCAGCCCCTGGCCGTG;SOR=0.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=562;TCF=293;TCR=269;TR=561;WE=77850525;WS=77850507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,572:1.00:573
chr11	77850679	rs202130704	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,34:0.24:139
chr11	77884782	rs230661	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr11	77921527	rs2512526	G	C	14075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=242;NR=248;PP=2965;SC=CCGCCCTGCCGCTTCTCTGGG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=242;TCR=249;TR=490;WE=77921535;WS=77921517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr11	78204073	rs66546995	CACAGAT	C	3964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=21;PP=2965;SC=ATTTTAATGTCACAGATACCT;SOR=1.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=51;WE=78204086;WS=78204063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	78204299	rs56279811	T	TA	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1263;SC=TTTAAGTATTTAAATATTCAG;SOR=3.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=29;WE=78204307;WS=78204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	78204380	rs4474465	C	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=131;SC=TTTGCTGCTACATATTTCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=78204388;WS=78204370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	78277277	rs10751296	A	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=73;PP=2378;ReadPosRankSum=0.948;SC=ATTGTCGCAGATACTCCAGAG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=122;WE=78277285;WS=78277267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr11	78279790	rs10501429	T	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=23;PP=635;SC=ACTCCCAAAATTTAATTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=78279798;WS=78279780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	78372536	rs2277277	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1152;ReadPosRankSum=0.204;SC=GTGTGTGGATGAGCTCGTAGG;SOR=0.241;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=76;WE=78372544;WS=78372526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,75:0.74:101
chr11	78443235	rs1790557	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=1.501;SC=TTTTGCATAACAGGCTGATGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=78443243;WS=78443225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	78489793	rs1573527	C	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.06;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr11	78489798	rs1573528	C	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.65;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr11	78602525	rs10736817	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.996;SC=GGTCAGTGTGCAAGCCACATG;SOR=0.169;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=8;WE=78602533;WS=78602515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr11	78614976	rs72943591	G	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=904;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GCCCCAGGCTGACTGAATCAT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=51;WE=78614984;WS=78614966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,54:0.77:70
chr11	78776192	rs7130258	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CATGCCTTTGTTCAAGTGATT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=78776200;WS=78776182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	78780837	rs61745036	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,62:0.27:226
chr11	79133292	rs139029687	TACACACACACAC	T	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=2143;ReadPosRankSum=0.489;SC=ACATGGTTCTTACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=79133311;WS=79133282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	82443417	rs3780	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,25:0.22:115
chr11	82443672	rs6592081	C	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=768;ReadPosRankSum=1.080;SC=CAAATGGCCCCGCCCGTCCTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=64;WE=82443680;WS=82443662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,63:0.29:214
chr11	82443817	rs2291793	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,55:0.26:215
chr11	82444021	rs66918959	T	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,74:0.25:293
chr11	82444216	rs986097	C	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,24:0.21:115
chr11	82444226	rs986096	C	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,26:0.22:118
chr11	82535963	rs4759	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,26:0.20:130
chr11	82752734	.	TAA	T,TA	579.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,12,16:0.38,0.50:32
chr11	82952108	rs625102	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=0.965;SC=TTGGAGGAACTAGAACTAATA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=82952116;WS=82952098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	82959338	.	TACACACAC	TACAC,T	120	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0,0;NR=8,8;PP=120,108;QD=15.375;SC=ATTAAAGGAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8,8;WE=82959355;WS=82959328;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:18
chr11	82968164	rs628223	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=2.089;SC=ACTTGCTTACGGACCCTTAGC;SOR=0.169;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=17;WE=82968172;WS=82968154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	82968418	rs657824	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr11	82973045	rs645954	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=754;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GGTCTTGTATCTGTAATTATT;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=41;WE=82973053;WS=82973035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr11	82984985	rs543562	T	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=913;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AGAAAAAAAATTCACTTACCA;SOR=0.434;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=59;WE=82984993;WS=82984975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr11	82996986	rs494791	A	C	8221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTTGGGAGAGAAAGAGCCGCC;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=481;TCF=231;TCR=250;TR=342;WE=82996994;WS=82996976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,355:0.71:497
chr11	83183676	rs2888834	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,35:0.15:236
chr11	83197206	rs144203408	A	ATGAT	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=1.006;SC=CTAGTTAAAAATGATAGTCCT;SOR=0.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=16;WE=83197214;WS=83197196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr11	83197307	rs141813606	GA	G	1000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=26;PP=569;SC=GAAAATAAAAGAAAAAAAATC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=83197315;WS=83197297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	83585289	rs144508115	G	GGGAAGGAAGGAAGGAGAGAGGGAA	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.03;QD=76.75;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	83810113	rs3750917	T	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=21;PP=779;SC=AAAGCAGATATTAAATGATGT;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=83810121;WS=83810103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	83878075	rs1869472	G	A	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=33;PP=1240;SC=TTCCAGTTCTGGCCCTAACTG;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=83878083;WS=83878065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	83962251	rs7933566	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=243;SC=CACAGTTTTAAAAGAAGGTAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=83962259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	84027768	rs1515083	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=2.298;SC=TACAGGCATACCCGTGGTACT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=16;WE=84027776;WS=84027758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
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chr11	85456703	rs647912	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=0.507;SC=GTGCTGCATCTTCTTCTGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=25;WE=85456711;WS=85456693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
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chr11	85671702	rs618679	A	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=16;PP=912;SC=CCATCTCCCAAAACAAGTAGC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=85671710;WS=85671692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	85692181	rs76719109	A	C	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=79;PP=2800;SC=CCATTGTTGCAGCATTCCAAG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=99;TCR=79;TR=178;WE=85692189;WS=85692171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	85692342	rs2508688	A	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=608;SC=ATACTTATATAGAACAGAGTA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=85692350;WS=85692332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	85714288	rs7951988	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=12;PP=1248;SC=TATGATTAAATCCATTTTATA;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=85714296;WS=85714278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	85718641	rs10792821	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=20;PP=582;SC=AAGAAAAGCATTGTATTTAAT;SOR=1.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=85718649;WS=85718631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	85718663	rs10751133	A	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	85725937	rs592297	C	T	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=20;PP=1028;SC=GTGCATCCATCTGATTCTGAA;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=85725945;WS=85725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	85737502	rs541674	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=160;SC=AACACATTCTATTAAGCTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=85737510;WS=85737492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	86013361	rs291241	A	G	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=46;PP=2023;SC=TGGCCCAGTCACTATGTAGTG;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=86013369;WS=86013351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	86017658	rs291247	A	T	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=48;SC=ATTGTTTTTTAAAAAAGACAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=86017666;WS=86017648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	86037733	rs11419370	G	GC	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=910;SC=GATTTGGATGGGATGGAAGTG;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=22;WE=86037741;WS=86037723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	86098680	rs292109	T	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=85;PP=2733;SC=TAGTGCAGATTCATGGACTCA;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=131;WE=86098688;WS=86098670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	86098732	rs11234627	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=37;PP=1011;SC=ATTCTGATATGTAGGATTTTC;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=86098740;WS=86098722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	86119396	rs4412777	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=319;SC=TTTTATTGGCGCAGGGTCTCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=86119404;WS=86119386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	86133784	rs1056194	C	T	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=CTTCGTTTCCCGGGGAAAGTT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=192;WE=86133792;WS=86133774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	86157998	rs4944580	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=1011;SC=CTTTCTGAAATTCAGTTTGCT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=86158006;WS=86157988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	86161147	rs4944581	A	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=29;PP=1351;SC=CCCCCACCTCAATGACTCCCA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=86161155;WS=86161137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	86175193	rs11234662	A	G	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=116;PP=2965;SC=AAGTTGGCCAACCTTTAGCAA;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=220;WE=86175201;WS=86175183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	86175300	rs605251	G	A	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=66;PP=1820;SC=ATTTGTTAAAGCATCATCAAG;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=87;WE=86175308;WS=86175290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	86198596	rs2279048	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.18;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	86208897	rs609848	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=513;SC=ATGCCAAGAAAGAAATGGCCC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=86208905;WS=86208893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	86650282	rs4631906	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=741;SC=AACAAAAAATTCTAATTACAG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=86650290;WS=86650272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	86662182	rs61749246	C	A	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=0.268;SC=GGCTGACTAGCCTTATACCAC;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=161;TCR=88;TR=184;WE=86662190;WS=86662172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,194:0.74:263
chr11	86782716	rs5793233	AT	A	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.635;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=606;ReadPosRankSum=0.477;SC=CCCAACTATAATTTTTTTTTT;SOR=0.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=41;WE=86782736;WS=86782706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr11	86782728	rs2513239	T	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=47;PP=1256;SC=TTTTTTTTTTTTAATTATCAC;SOR=1.644;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=64;WE=86782736;WS=86782706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	86868347	rs556139	C	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	86868361	rs59532014	GT	G	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.33;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	87006776	rs10792935	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr11	87013252	rs2276103	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TTGCCAAAGCGTATTTGTTTA;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=4;WE=87013260;WS=87013242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr11	87013438	rs2276102	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,72:0.22:321
chr11	87032210	.	T	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr11	87032215	rs7112344	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=9;PP=849;SC=TATATTAATATTTGTTTACTG;SOR=3.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=87032223;WS=87032200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	87846757	rs9144	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=4;PP=890;ReadPosRankSum=1.121;SC=AGAGAATATACTGAAATCTGG;SOR=1.951;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=44;WE=87846765;WS=87846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr11	87847018	rs3740925	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=32;PP=1377;SC=TTCTCTCTCACTGAAAAAACA;SOR=0.986;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=87847026;WS=87847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	87847063	rs1027027	C	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=814;ReadPosRankSum=0.431;SC=CATGTGGTATCTCTATCCTGA;SOR=0.213;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=52;WE=87847071;WS=87847053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr11	87908448	rs302646	A	G	8764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=183;NR=136;PP=2965;SC=GGTAGTGCGAAGAGAAGTTCT;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=183;TCR=136;TR=319;WE=87908456;WS=87908438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	87908563	rs3812730	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,40:0.18:227
chr11	88033661	rs217116	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=14;PP=1080;SC=AAATAGTTCCAAACAAATTAA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=88033669;WS=88033651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	88045583	rs217086	A	G	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=AAGGTGTGCTATGTTGACATA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=194;WE=88045591;WS=88045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	88045815	rs5793312	C	CT	328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=396;SC=AAATGTGCCCCTTTCAAAACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=88045823;WS=88045805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	88059683	rs217060	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	88061405	rs580743	A	C	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=65;PP=1542;SC=CATTATGTTGAGATTAAGCAT;SOR=2.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=81;WE=88061413;WS=88061395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	88068052	rs217076	G	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=417;SC=ATCAGAAGAGGTTTCAGATAT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=88068060;WS=88068042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	88068329	rs217077	T	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=278;SC=AATTTCAATTTTAATTGTGCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=88068337;WS=88068319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	88070563	rs580808	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=728;SC=ATGCTCTGGCCACCCACAAGC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=88070571;WS=88070553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	88242024	rs2941563	T	G	12789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=254;NR=192;PP=2965;SC=GCTGCGCGCCTCCCGTGACTT;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=254;TCR=193;TR=446;WE=88242032;WS=88242014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr11	88258689	rs4753486	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr11	88338165	rs3816649	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=876;SC=TAGCTTTGAGGTACAAATCTA;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=88338173;WS=88338155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	88645129	rs626218	T	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.32;QD=28.09;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	88911696	rs1042602	C	A	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,87:0.27:317
chr11	88925328	rs10765197	A	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CTAAATATTTATCCTACAAAT;SOR=2.476;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=88925336;WS=88925318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	88961188	rs3793975	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=835;ReadPosRankSum=0.143;SC=TTTAAATAGAGGGTGCCTATC;SOR=0.339;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=53;WE=88961196;WS=88961178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr11	89060002	rs28517716	G	A	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.878;NF=75;NR=86;PP=2541;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GAAGAGTCTTGGATAGTGAAT;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=161;WE=89060010;WS=89059992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,170:0.73:233
chr11	89133449	rs317139	C	T	11954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=216;PP=2965;SC=AGGGATGACTCATGACCGAAA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=429;TCF=213;TCR=216;TR=429;WE=89133457;WS=89133439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr11	89221958	rs597046	G	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=106;SC=TATTCATTAAGTTACACCTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=89221966;WS=89221954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	89223616	rs490934	C	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=23;PP=1678;SC=TCCAAGTTCACCTTACTTACC;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=89223624;WS=89223606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	89223931	rs2304500	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=0.581;SC=CTGAGACTAAGCATTTGGGTT;SOR=0.036;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=14;WE=89223939;WS=89223921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr11	89224101	rs3816123	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,81:0.21:394
chr11	89224131	rs34495256	T	TCTC	2203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,73:0.21:341
chr11	89224229	rs35177439	G	GT	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,45:0.23:199
chr11	89224326	rs10830279	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,77:0.25:302
chr11	89224453	rs2289125	A	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=58;PP=1823;SC=TGCCCGCCGGACCGAGAAGGA;SOR=1.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=89224461;WS=89224443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	89385711	rs72643352	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQRankSum=-2.010;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr11	89403414	rs10734120	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=316;SC=ACGCCTTTTCCCCTGTTAATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=89403422;WS=89403404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	89896457	rs489009	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=6.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,30:0.21:144
chr11	89909096	.	A	ATG	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=799;ReadPosRankSum=1.491;SC=TTACTTGTTTATGTGTGTGTG;SOR=1.751;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=23;WE=89909105;WS=89909084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr11	89935586	rs1045861	G	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=104;SC=ATCTGTTGTGGCATCTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=89935594;WS=89935576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	89936093	rs3758757	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=35;PP=961;SC=TGAAGATTTATGCTATCAAAC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=89936101;WS=89936083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	89938615	rs36109540	AAG	A	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=473;SC=CTATTTTTGGAAGAGTTACTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=89938624;WS=89938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	89939448	rs1943381	G	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=22;PP=1113;SC=TGTCTAAAAAGGAAACAAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=89939456;WS=89939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	89939569	rs723715	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=25;PP=750;SC=AGAAAATTCATAAATCCATCC;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=40;WE=89939577;WS=89939559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	89943548	rs3832739	T	TCAGA	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=792;SC=ATGATGCTACTCAGAGTCTCT;SOR=1.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=89943556;WS=89943538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	89946502	rs199835809	CAAA	C	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	89951367	rs34787918	GA	G	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr11	89951510	rs10830446	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=49;SC=AGCACAAAGTGTACTATATTA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=89951518;WS=89951500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	89955872	rs3740821	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCGCTCGCCAAGGGAACGCGG;SOR=0.956;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=10;WE=89955880;WS=89955862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr11	90602241	rs2105799	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=5.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,55:0.28:200
chr11	91545212	rs4753345	C	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=51;PP=1644;SC=CACAGCAAGACTATTTAACTG;SOR=1.408;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=91545220;WS=91545202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	92257703	rs561408	T	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=712;SC=GTTTTTCATATGCCAAGATTA;SOR=3.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=92257711;WS=92257693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	92292618	rs508848	A	G	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=56;SC=TGGCATGATCATAGCTCACTG;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=92292626;WS=92292608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	92497990	rs3847524	C	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=723;SC=CAGATCCAAACTCTACAACAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=92497998;WS=92497987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	92531356	rs7949157	A	G	10641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=182;PP=2965;SC=ATCACCACTCAGAAGGCCCTG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=205;TCR=184;TR=387;WE=92531364;WS=92531346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr11	92532677	rs12362722	T	C	10012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=192;NR=141;PP=2965;SC=GCGGAAAACCTTCTTTGTCTA;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=192;TCR=142;TR=333;WE=92532685;WS=92532667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr11	92534442	rs3847531	A	G	10086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=0.775;SC=CAAAGGGGGCATATTCGTCAT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=204;TCR=159;TR=359;WE=92534450;WS=92534432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,376:0.99:381
chr11	92538405	rs62622785	C	A	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1390;ReadPosRankSum=1.343;SC=CAGAGAAGAACAGGACATTTA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=85;WE=92538413;WS=92538395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,92:0.74:125
chr11	92539384	rs4753415	A	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=115;SC=TAATATATTGAAATATGTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=92539392;WS=92539378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	92564767	rs6483189	T	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=27;PP=2646;SC=GCCCACTCATTTTCCTGTGTC;SOR=2.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=116;WE=92564775;WS=92564757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	92573911	rs10765565	G	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=44;PP=1334;SC=TCTGGAATACGTGTTGTGTGT;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=92573919;WS=92573901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	92590448	rs4753069	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=39;PP=1509;SC=GCAGTGTGTCAGTTATGAAGC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=89;WE=92590456;WS=92590438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	92592536	rs35216054	GT	G	2062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=49;PP=1843;SC=TCATGTTAGTGTTTTGGCTCT;SOR=2.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=49;WE=92592544;WS=92592526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	92599851	rs3847553	G	A	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=77;PP=2965;SC=CAGGGTGTAGGGAACATATTC;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=141;TCR=77;TR=218;WE=92599859;WS=92599841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	92615715	rs12224637	C	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=84;SC=ACTTGGGGACCACAGTGGCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=92615723;WS=92615713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	92622244	rs73560556	G	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=909;ReadPosRankSum=1.113;SC=TTTGCATGCCGCACCTTCATT;SOR=0.466;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=213;TCF=159;TCR=54;TR=66;WE=92622252;WS=92622234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,68:0.30:223
chr11	92623608	rs7118363	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=1.030;SC=CCAGCAAAGCACCAACTCCAG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=92623616;WS=92623600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	92702962	rs8192552	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=845;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GGCTGGTCGGGGGCTGGCAGC;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=48;WE=92702970;WS=92702952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr11	92914765	rs61920515	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=261;SC=CCCAACTTTATCATATTTTTA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=92914773;WS=92914755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	93118515	rs3020057	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=513;ReadPosRankSum=2.176;SC=TGCATTGTACGTTATGATAAC;SOR=0.656;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=34;WE=93118523;WS=93118505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr11	93122128	rs72972364	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.113;SC=ACAATATAATCGTTACAATTT;SOR=2.030;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=93122136;WS=93122118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	93122446	rs3020056	TC	AA	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=297;SC=CCGACATTTTTCTGTGTGAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=93122455;WS=93122436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	93141580	rs2259633	C	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=717;ReadPosRankSum=-1.707;SC=AAAAGTGGAACAAAATGAAGA;SOR=0.965;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=41;WE=93141588;WS=93141570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr11	93170909	.	T	TC	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=16;MQ=58.8;NF=0;NR=3;PP=22;QD=12.0;SC=TTTATTTGCTTCCCCCCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=93170917;WS=93170899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr11	93170925	.	G	A	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=58.47;NF=0;NR=4;PP=47;QD=20.4428031368;SC=CCCCACCCCCGCCAAGAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=93170933;WS=93170915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr11	93212161	rs2605594	A	G	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TGGGGTCCGCAGCCGGCTGCG;SOR=0.427;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=329;TCF=196;TCR=133;TR=326;WE=93212169;WS=93212151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,340:1.00:341
chr11	93212245	rs3207348	C	T	10176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=225;PP=2962;ReadPosRankSum=3.447;SC=CCACGGCCAGCGTGGGCAGCA;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=567;TCF=274;TCR=293;TR=441;WE=93212262;WS=93212235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,456:0.78:586
chr11	93212254	rs2658797	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-2.428;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,114:0.21:549
chr11	93400052	rs7123801	G	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=51;SC=TTACATTAGAGTGTTCTAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=93400060;WS=93400042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	93402096	rs1944101	C	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=259;SC=AACAAAAAACCTGGTAAAGTA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=93402104;WS=93402086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	93403067	rs1954994	G	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=335;SC=TTGTACAGGAGTATATCTGGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=93403075;WS=93403057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	93408831	rs10831088	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=1893;SC=GACACAAAACGGGTGATTGAC;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=93408839;WS=93408821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	93408922	rs17650557	C	G	661.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=0.297;SC=TATGGTGTTCCCAGATTTCAA;SOR=3.383;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=25;WE=93408930;WS=93408912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr11	93408958	rs35646565	C	CA	282.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=376;SC=TAATAATAATCAAAACCTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=93408966;WS=93408948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	93412774	rs1944100	A	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1429;SC=ATAGCATTGCAGGACTGATTA;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=93412782;WS=93412764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	93425159	rs4753495	C	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=58;PP=2170;SC=CCTCAAGAAGCAGCAGCCAGG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=126;WE=93425167;WS=93425149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	93454831	rs71064775	G	GGT,GGTGT	557.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=-2.206;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,12,10:0.46,0.38:26
chr11	93462607	rs7131178	A	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=19;PP=1365;SC=TAGGTGAGTGAGTTTCTGCCT;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=93462615;WS=93462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	93463145	.	AT	A	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.358;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr11	93463332	rs7101779	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	93463666	rs7119918	C	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=16;PP=561;SC=GGCAACAATCCTGGATTATTA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=93463674;WS=93463656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	93463726	rs34898352	T	TAG	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=658;SC=AGGAGTGCTATGGCTTCCTAT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=93463734;WS=93463716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	93466722	rs186098182	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,55:0.26:214
chr11	93466866	rs2155248	G	T	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=56;PP=1612;SC=AGGGGTTCGAGGCTACAGTGA;SOR=3.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=65;WE=93466874;WS=93466856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	93474570	rs11280945	T	TGCGTGA	21987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=137;PP=2965;SC=ACTGGCCTGGTGTCCTAGAGC;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=83;TCR=147;TR=212;WE=93474578;WS=93474560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr11	93474678	rs630648	G	C	8090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=169;PP=2965;SC=TATTTCCGTGGCCCAAGTAAT;SOR=1.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=89;TCR=169;TR=258;WE=93474686;WS=93474668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	93474791	rs623510	G	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=610;SC=GCGCAGGGAGGACTGACTAAC;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=93474799;WS=93474781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	93474827	rs631116	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=392;SC=GCTCGCGTATTCTGAGGAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=93474835;WS=93474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	93480708	rs624856	T	C	295.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=192;SC=TTACTACTTATGTATATCTAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93480717	rs5793654	A	ATATCTTACT	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=962;SC=ATGTATATCTATATCTTACTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	93487008	rs623993	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=11;PP=665;SC=CTGTTGATCAGTTGGCAAGGA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=93487016;WS=93486998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	93490682	rs604414	T	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	93494878	rs72097212	AAG	A	2461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=42;PP=2085;SC=TATTTAGAAAAAGAAATAATT;SOR=2.872;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=42;WE=93494887;WS=93494868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	93517874	rs7116967	C	G	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=44;PP=1279;SC=GGACCGAGGGCGACGCGCAGG;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	93517886	rs2848477	G	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=39;PP=1206;SC=ACGCGCAGGAGTGGCCGGGCG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	93521405	rs676586	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=649;SC=GGCTTTGTGCCTGTTGTTCCA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=93521413;WS=93521395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	93527219	rs657177	T	C	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=113;PP=2965;SC=TATGTTCTATTCTCTAATTTC;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=195;WE=93527227;WS=93527209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	93527282	rs5793656	GA	G	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=43;PP=1375;SC=ATATAGGTAGGAAAAAATAGA;SOR=3.098;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=44;WE=93527290;WS=93527272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	93534929	.	T	TGA	440.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.97;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93534930	.	TTC	GAT	426	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=58.59;NF=6;NR=0;PP=426;QD=81.5779791437;SC=TCATAAAATTTTCGAATCATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=93534940;WS=93534920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,6:0.60:10
chr11	93534930	.	TTC	T	440.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.07;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	93534990	rs655699	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=980;SC=TTAACTTCTTGTATTTAAAAG;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=93534998;WS=93534980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	93583790	rs10831106	T	G	384.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=2.280;SC=CAGATGCAGATGAGCTGGTTG;SOR=0.610;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=13;WE=93583798;WS=93583780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	93754508	rs2511403	G	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=7;PP=1276;SC=TGTGCAGGCTGCCTGCCTGCT;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=93754516;WS=93754498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	93797619	rs1945783	A	G	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=78;PP=2965;SC=TTTCTGCACCAACCCTGATTC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=178;WE=93797627;WS=93797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	93801012	rs10765650	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=182;ReadPosRankSum=0.542;SC=TTAGATAGAGCCTTGTATGTA;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=15;WE=93801020;WS=93801002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr11	93803717	rs1878799	C	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=61;PP=1934;SC=AGGTAAGCACCCTTTGTTGGT;SOR=1.496;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=93803725;WS=93803707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	93803771	rs1878800	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=406;ReadPosRankSum=1.295;SC=AGGCTTTCTCTGTGATCTAAT;SOR=0.359;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=26;WE=93803779;WS=93803761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr11	93806416	rs1914725	T	C	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=CTCTTCTGCTTTACTTCTTTC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=185;WE=93806424;WS=93806406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	93834223	rs7927016	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=373;SC=CTCTAAAGTGGAGTAGAGTTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=93834231;WS=93834213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	93844034	rs7925817	G	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=16;PP=1982;SC=AGCAAAGAAGGCTACTAGCTG;SOR=2.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=87;WE=93844042;WS=93844024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	93862493	rs1138800	A	C	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=70;PP=2965;SC=CCATCGCTCAACTGGCCACGG;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=187;WE=93862501;WS=93862483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	93886838	rs7928030	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr11	93913458	rs3020015	T	C	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1173;ReadPosRankSum=1.737;SC=TACGGGAGTCTACCGAGAGCC;SOR=0.714;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=66;WE=93913466;WS=93913448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
chr11	94179125	rs1014666	T	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=966;ReadPosRankSum=2.860;SC=CATACAACACTAAAAAATGAA;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=58;WE=94179133;WS=94179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr11	94194303	rs529126	G	T	90.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCAAACTTTAGCAACTGCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=94194311;WS=94194293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	94197568	rs640627	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ATTTATCCTACTGAGAAACTA;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=19;WE=94197576;WS=94197558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr11	94203868	rs610611	A	T	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=78;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GTGATGTGCAAACGAAAGCTT;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=75;TCR=106;TR=135;WE=94203876;WS=94203858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,144:0.75:193
chr11	94212048	rs535801	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=890;ReadPosRankSum=0.612;SC=TCTGCCTATGCAAAATAATTT;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=60;WE=94212056;WS=94212038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,63:0.78:81
chr11	94212154	rs680695	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=0.431;SC=AAAAACATAGATGAGGATAGT;SOR=1.038;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=22;WE=94212162;WS=94212144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr11	94223855	rs608452	A	G	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=2;PP=99;SC=ATACAAAATCAGCTTTGAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=94223863;WS=94223845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	94225807	rs496797	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.062;SC=ATTCCAAATACCCTTTTTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=94225815;WS=94225797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	94225920	rs497763	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=1.469;SC=CCCCAAATAACAAGGGATTCC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=37;WE=94225928;WS=94225910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr11	94229665	rs540199	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GAGAAAAACAAGAGTTTAGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=94229673;WS=94229658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	94231257	rs2509943	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.035;SOR=1.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr11	94250684	rs582049	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TATCATGTAGATATAATGGCT;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=5;WE=94250692;WS=94250674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr11	94250709	rs582077	T	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.418;SC=GATTGGGCAGTATTTATACTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=6;WE=94250717;WS=94250699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr11	94261255	rs647484	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=9.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,19:0.17:110
chr11	94264927	rs595672	T	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=4.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.772;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,53:0.24:222
chr11	94330978	rs112072842	A	G	5291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGGAATACCAATGCTCGCTTT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=154;TCR=105;TR=212;WE=94330986;WS=94330968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,229:0.81:282
chr11	94354019	rs504010	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=624;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCTTAATTATTATCAATACTT;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=38;WE=94354027;WS=94354009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,39:0.29:136
chr11	94474044	rs11300560	GT	G	3000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=22;PP=2178;SC=GCTGGTGCTTGTGCGGGTTCG;SOR=1.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=50;WE=94474052;WS=94474034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	94501610	rs17608451	G	A	11381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=174;PP=2965;SC=ATTGTCCGGCGCCACTTCCCC;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=411;TCF=236;TCR=175;TR=409;WE=94501628;WS=94501600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr11	94501849	rs2915239	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=1026;SC=TGGGGGCCCGGGGCTGAGATC;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=94501857;WS=94501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	94696474	rs58293261	G	GA	296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=24.73;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	94699391	rs58215154	TACACACACACAC	TAC,T	856.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.417;NF=7,7;NR=9,9;PP=526,45;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CATACACATATACACACACAC;SOR=1.561;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16,16;WE=94699410;WS=94699381;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:24
chr11	94699507	rs34805065	A	AT	3329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=31;PP=1922;SC=GGCCAGTGAGATAAGGAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=48;WE=94699515;WS=94699497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	94703049	rs7107185	T	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=82;SC=TTAGACACGGTAAAGGAGATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=94703057;WS=94703042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	94704037	rs3737505	C	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1075;SC=ATAACAGTAACTAAACATAAA;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=44;WE=94704045;WS=94704027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	94704092	rs4753645	T	A	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=1.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	94704092	.	TAG	AAA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=71;NR=35;PP=2947;QD=20;SC=TATTTTAGAATAGCATGGTAA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=106;WE=94704102;WS=94704082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,106:0.94:113
chr11	94704094	rs4753646	G	A	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	94704689	rs3831469	A	AAC	2024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.596;NF=3;NR=37;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ATGTTACTTAAACACACACAC;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=40;WE=94704697;WS=94704679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,65:0.93:70
chr11	94730403	rs11371511	C	CA	85.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	94759059	rs10752685	A	G	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.49;QD=26.78;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	94782539	rs620838	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=5;PP=1560;SC=TCAGGCATTTGGAGGACACCG;SOR=4.479;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=62;WE=94782547;WS=94782529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	94800902	rs5793709	G	GC	25673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=256;PP=2973;SC=TCGCGCTACAGCGCTCTCCCT;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=413;TCF=144;TCR=269;TR=385;WE=94800910;WS=94800892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr11	94823448	rs3016947	A	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=40;PP=1136;SC=GCCGCTGGACATGCCCCCAGT;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=94823456;WS=94823438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	94862577	rs3740861	G	T	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TACACCATGGGCGCTATTCCA;SOR=0.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=124;TCR=131;TR=254;WE=94862585;WS=94862567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr11	95509037	rs3789960	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TGCTATTACTCAAGTTTAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=95509045;WS=95509027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr11	95512060	rs1150360	A	G	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TCTTCTTTCAATTGACTTATA;SOR=0.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=126;TCR=120;TR=246;WE=95512068;WS=95512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr11	95519195	rs3748252	A	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=412;ReadPosRankSum=0.738;SC=GAATAGATCCAGTCTCAGTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=18;WE=95519203;WS=95519185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr11	95519243	rs1255150	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=353;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TGGCATTTTATTTAATTTCCA;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=70;TCR=17;TR=26;WE=95519251;WS=95519233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr11	95519506	rs3748253	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.6703;FS=3.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=835;ReadPosRankSum=0.750;SC=TATACCCAGTGTTGTAGACAT;SOR=2.597;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=37;WE=95519514;WS=95519496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr11	95520695	rs1313288	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=11;PP=637;SC=TGAGCCACTGTGCCCAGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=95520703;WS=95520685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	95521648	rs1727165	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=21;PP=934;SC=GTCAAAAACTATTCAGTATAC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=95521656;WS=95521638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	95521953	rs3748256	A	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1299;ReadPosRankSum=1.852;SC=TATATTACAGACAAATTAAGA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=73;TCR=22;TR=65;WE=95521961;WS=95521943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr11	95524067	rs12272061	G	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=723;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CATTCACTGTGGCTGTGTCGA;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=35;WE=95524075;WS=95524057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr11	95528714	rs522536	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr11	95528891	rs12271427	G	T	32.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr11	95546226	rs117321017	G	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.771;SC=TGGATGAACAGATACAAGAAA;SOR=0.093;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=7;WE=95546234;WS=95546216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr11	95551136	rs666398	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=-1.332;SC=AATTATTTTACATCACTGGAT;SOR=0.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=31;WE=95551144;WS=95551126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr11	95555841	rs56284050	G	GTGCCTTTACCAGTGTGTGGATCA	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=12.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.40;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr11	95561265	.	TA	T	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5032;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=37;QD=35.0;SC=TTGACTTTATTAAATCTTACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=95561273;WS=95561255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr11	95562205	.	CA	C	55.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	95562327	rs534488	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
chr11	95562535	.	G	GA	114	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=61.78;NF=1;NR=5;PP=114;QD=21.0;SC=TAATGATTAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=95562543;WS=95562525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr11	95564259	rs644799	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=873;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGATGAAGAAAGAAACAGCAG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=58;WE=95564267;WS=95564249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr11	95569183	rs499637	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=771;SC=TCTACTATACGATTGTTAACT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=95569191;WS=95569173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	95569253	rs627568	A	C	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=1585;ReadPosRankSum=1.564;SC=GCTGCTTTTAAGGAGACAAAG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=113;WE=95569261;WS=95569243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,120:0.78:153
chr11	95580926	rs566204	G	A	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=81;PP=2297;ReadPosRankSum=0.172;SC=ACAACCAGTGGGTTTCCTCAA;SOR=0.951;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=148;WE=95580934;WS=95580916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,155:0.75:206
chr11	95591872	rs11021336	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.303;SC=ACTTGGAACTATCTTGTAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=95591880;WS=95591862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	95598629	rs687559	A	G	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=32;PP=2851;SC=TAAGATGCTGAGAAGACTGCA;SOR=2.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=97;TCR=32;TR=129;WE=95598637;WS=95598619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	95621301	rs12385798	T	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr11	95657111	rs3824874	T	G	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=66;PP=1712;ReadPosRankSum=2.126;SC=GCTCGAGCTCTTCTCCATCGC;SOR=1.197;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=95;WE=95657119;WS=95657101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,104:0.73:142
chr11	95825356	.	TTGC	T	1040	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=61.55;NF=14;NR=16;PP=1040;QD=35.0333333333;SC=GCTGTTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=30;WE=95825366;WS=95825346;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr11	95825374	.	TTGCTGCTGCTGC	T,TTGC	1669.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=12,12;NR=18,18;PP=1390,45;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.345;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=30,30;WE=95825393;WS=95825364;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.14,0.86:49
chr11	95825797	rs7931870	A	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=3.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,67:0.24:278
chr11	96092376	rs10765801	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=18;PP=477;SC=TATCTGACAACGAATATATAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=96092384;WS=96092366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	96106661	rs11021560	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-1.686;SC=AATATTAGAACAGAGCAGACA;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=6;WE=96106669;WS=96106651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr11	96116444	rs10831519	T	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=822;ReadPosRankSum=-2.053;SC=AAGAGAATTCTGTTTTACTAA;SOR=0.171;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=53;WE=96116452;WS=96116434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr11	96123734	rs3842515	T	TG	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.061;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr11	96123737	rs189538024	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=857;ReadPosRankSum=-1.760;SC=AGACTGTTGAAGTGAGCCTGT;SOR=1.659;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=26;WE=96123745;WS=96123724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr11	96125435	rs10545425	CTT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTGACAAACTCTTTGCAATAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=96125444;WS=96125425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	99426941	rs372134165	T	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1416;ReadPosRankSum=0.826;SC=TTCTAGTGACTGAGGATGGCT;SOR=0.987;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=102;WE=99426949;WS=99426931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,108:0.78:139
chr11	99427091	rs2047166	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=419;SC=ATCCTCAGGTATTAATTTAAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=99427099;WS=99427081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	99428929	rs11375374	C	CT	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	99690286	rs10790978	T	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GTATTCAAAATCTCTTCCTGG;SOR=0.505;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=104;TCR=25;TR=61;WE=99690294;WS=99690276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,65:0.47:137
chr11	99690428	rs7125822	T	G	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=82;PP=1997;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CCCAGCTGGCTAGGGGCAGCT;SOR=0.710;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=339;TCF=140;TCR=199;TR=129;WE=99690436;WS=99690418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,122:0.36:342
chr11	99690461	rs10893933	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=37.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-6.331;SOR=1.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,49:0.20:240
chr11	99932146	rs3758923	A	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=680;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TCAGCAAAGCATGATTGCTCT;SOR=1.901;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=36;WE=99932154;WS=99932136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr11	99941322	rs2059014	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1288;ReadPosRankSum=1.120;SC=ACCTGTTCTGCTGTAATTTTA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=79;WE=99941330;WS=99941312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr11	100168289	rs1944178	C	T	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=41;PP=2965;SC=TCTGACTTATCTCAGGATTTT;SOR=1.995;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=113;TCR=41;TR=153;WE=100168297;WS=100168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	100168320	rs75986029	T	TC	11106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=85;PP=2979;SC=GGTTGGGAGTTTTTTTCTCCT;SOR=1.155;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=152;WE=100168328;WS=100168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	100169829	rs1944180	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=949;SC=TTAATTAAGAATTTGGAGAAA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=100169837;WS=100169819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	100226773	rs10894795	A	G	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=27;PP=1874;ReadPosRankSum=1.382;SC=TTAGTCTTACATACTAAAAAC;SOR=1.488;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=151;TCF=110;TCR=41;TR=113;WE=100226781;WS=100226763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,117:0.76:153
chr11	100226883	rs1216183	T	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,102:0.24:433
chr11	100730087	rs661237	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TCACATTGTTGTTAGGATCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=100730095;WS=100730077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	100730213	rs646392	G	A	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=42;PP=1487;SC=ACATTGGATAGAGTAGCCATT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=100730221;WS=100730203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	100804088	rs626529	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=21;PP=554;SC=CTAGTGGAAAATACAACCCAC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=100804096;WS=100804078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	100807130	rs581921	T	C	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=87;PP=2877;SC=GTGACTTGGTTAGTAGTATTT;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=153;WE=100807138;WS=100807120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	100811574	rs35159175	CAT	C	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1213;SC=ATTAAGAACTCATATTCTAGT;SOR=1.364;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=100811583;WS=100811564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	100811690	rs661973	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100812338	rs151209547	A	AAC	310.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	100812340	.	GAC	CAG	222	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=222;QD=55.0935749724;SC=CTGATTCTAAGACACTCTACC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr11	100812342	rs370937549	CACTCTACCCTAT	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.82;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	100812344	.	CTCTACCCTAT	C	1480	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=1480;QD=378.75;SC=TTCTAAGACACTCTACCCTAT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr11	100814409	rs619066	G	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=30;PP=1520;SC=ACATTTTAATGTGGCAACTTG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=100814417;WS=100814399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	100814609	rs618155	G	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=17;PP=462;SC=GGTTTGAGCTGTTCTTTTCAC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=100814617;WS=100814599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	100819305	rs633967	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=535;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GGTTTTATTGTCCTAATAATT;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=100819313;WS=100819295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr11	100819392	rs504081	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=100;SC=AAAGGAAATCAGGGGAGTAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=100819400;WS=100819382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100819430	rs482050	A	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=51;SC=AGTCTCACTCATGGCCCATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=100819438;WS=100819420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	100820555	rs11820715	C	G	3896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=69;PP=2447;ReadPosRankSum=-1.654;SC=TCAAGACACTCTTTTCATCTA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=152;WE=100820563;WS=100820545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,167:0.75:222
chr11	100820725	rs694556	A	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=498;SC=TTTTATCATGAAGTTATTTTT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=100820733;WS=100820715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	100827326	rs151243237	AAATAT	A	11075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=37;NR=103;PP=2965;SC=GGGTGCTGAGAAATATAATCT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=39;TCR=105;TR=140;WE=100827338;WS=100827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	100830440	rs7950832	T	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=30;PP=2809;SC=GAGGGTGAAGTTCCCTCCTCT;SOR=2.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=96;TCR=30;TR=126;WE=100830448;WS=100830430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	100830579	rs6590829	G	A	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=154;PP=2965;SC=TGAGTTCAGCGTAAACACCTA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=108;TCR=154;TR=262;WE=100830587;WS=100830569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	100830693	rs563460	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=485;SC=GTTGCCTGATTGGTACAGCAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=100830701;WS=100830683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	100909809	rs484389	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=631;ReadPosRankSum=1.196;SC=AAAAAGACATACCACAAAATT;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=28;WE=100909817;WS=100909799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr11	100909991	rs500760	T	C	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=81;PP=2271;ReadPosRankSum=0.974;SC=ACAGATGAAGTTGTTTGACAA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=133;WE=100909999;WS=100909981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,138:0.75:185
chr11	100921665	rs645213	C	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-0.058;SC=ACCACTAGAACAATATAAATA;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=21;WE=100921673;WS=100921655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr11	100922202	rs1042839	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=686;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GCCCACTGACGTGTTTGTAGG;SOR=0.780;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=46;WE=100922210;WS=100922192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr11	100922404	rs578029	A	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=5;PP=102;SC=TAGGGTAATAAAATGTTTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=100922412;WS=100922394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100933412	rs1042838	C	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1575;ReadPosRankSum=0.528;SC=GGAACGCCCACTGGCTGTGGG;SOR=0.837;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=96;WE=100933420;WS=100933402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,97:0.70:138
chr11	100933598	rs11571221	G	GAATGA	39.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=19.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100998076	rs3740752	T	A	381.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.803;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=0.404;SC=AGCGGTGCGCTGGGGCTGGGG;SOR=3.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=100998084;WS=100998066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr11	100998623	rs1379130	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,68:0.28:240
chr11	100998771	rs3740753	C	G	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.979;SC=ACAGGGTGAACTCCGCGGCGG;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=163;WE=100998779;WS=100998761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,169:0.79:213
chr11	100999838	rs11437764	A	AG	2807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=51;PP=1614;SC=CCCCGTCTCCAGGAGGAGGGA;SOR=1.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=53;WE=100999848;WS=100999828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	101323770	rs12805398	C	T	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=98;PP=2965;SC=CTTCTGTATTCTGAGATTTTT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=122;TCR=98;TR=220;WE=101323778;WS=101323760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	101323856	rs59743346	TAAG	T	8843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=95;PP=2967;SC=GCAAGAGTGATAAGAAGTCAA;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=15;TCR=105;TR=108;WE=101323866;WS=101323846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	101323983	rs12804391	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=670;SC=TAATTGAGCAGGTTTTTGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=101323991;WS=101323973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	101325970	rs7105083	G	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=163;SC=ATCTTGCTTAGTATTCTGTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=101325978;WS=101325960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	101340007	rs11224773	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=419;SC=CTACCTCTCAATAACAGAATT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=101340015;WS=101339997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	101344177	rs12362848	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=26;PP=1207;SC=TTACATAAACGCTGTTAAACT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=101344185;WS=101344167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	101347093	rs12366144	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TCAAAGTATCATTTGCGTCAA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=15;WE=101347101;WS=101347083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr11	101359750	rs36111323	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=-0.805;SC=GAACTTGACCGCCATTGTCTG;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=20;WE=101359758;WS=101359740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr11	101359932	rs7931830	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.328;SC=CAATGAAATACATTGTTAGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=101359940;WS=101359922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	101374626	rs4542378	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=1.677;SC=TAAAGAGCTTGTTGAATAAAC;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=101374634;WS=101374616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr11	101375549	rs10501986	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr11	101390471	rs11224815	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr11	101453995	rs17096918	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CGGACTCGGCCACTCCTGCGA;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=21;WE=101454003;WS=101453985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr11	101771248	rs3858418	G	A	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=131;PP=2965;SC=ATCACAGTCCGTCCACCTCCT;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=123;TCR=131;TR=254;WE=101771256;WS=101771238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	101771381	rs3858419	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=39;PP=1025;SC=AAAAGAGACGGTACTGCCACT;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=40;WE=101771389;WS=101771371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	101775663	rs1661409	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=38;PP=1110;SC=ACACATTTAAGTAAATTTATA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=101775671;WS=101775653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	101778710	rs1661410	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=22;PP=612;SC=ACTACAGAGCATAGAGTCTTC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=101778718;WS=101778700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	101786014	rs117883580	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=1154;ReadPosRankSum=0.580;SC=CTGAAGTGAAGGATGCTGGCG;SOR=1.209;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=59;WE=101786022;WS=101786004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,60:0.74:81
chr11	101818728	rs11225080	A	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=30;PP=2470;SC=AGATAAAGTGATTCTGTACTG;SOR=2.063;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=121;WE=101818736;WS=101818718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	101826949	rs930469	T	C	19847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=380;NR=344;PP=2965;SC=AGCATTCTACTGCAGCCACTC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=726;TCF=382;TCR=344;TR=724;WE=101826957;WS=101826939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,740:1.00:740
chr11	101832478	rs7926728	G	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=12;PP=868;SC=CCAGAAATTTGGTGATGAAGT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=101832486;WS=101832468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	101833644	rs7109233	C	T	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=32;PP=1912;SC=TTCCAAAGACCATTAAAAAAC;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=90;WE=101833652;WS=101833634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	101848990	rs3740931	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=911;SC=TTTTCTTGATATTTGAAAGTA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=101848998;WS=101848980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	101857758	rs6590942	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=187;SC=AATGATCTCAGTGAAAGACTA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=101857766;WS=101857748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	101863706	rs1274901	C	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=514;SC=TTCTCCTCAACTGGCTTTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=101863714;WS=101863696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	101868415	rs1783742	C	T	7653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=122;PP=2965;SC=CATGTACTTCCCTAGGACTAG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=151;TCR=122;TR=273;WE=101868423;WS=101868405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	101918327	rs12804542	A	G	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=95;PP=2965;SC=GAACCGAGGCACAGGGAGAGA;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=149;WE=101918335;WS=101918317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	101982041	rs34558896	T	TGGA	1547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.622;NF=1;NR=36;PP=1739;ReadPosRankSum=1.523;SC=CGAGGCGAAGTGGAACTGGAG;SOR=1.078;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=37;WE=101982049;WS=101982031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr11	101984718	rs2033082	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.816;SC=AAAAGTATCCATTTGAAAACC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=101984726;WS=101984708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	102080325	.	GAA	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.036;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	102207024	rs7124969	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TAATTTATGACTACTGAAAAT;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=102207032;WS=102207014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	102323160	rs2436036	C	T	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=51;PP=2766;SC=CAGACACACGCGGAACTTTCT;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=95;TCR=51;TR=146;WE=102323168;WS=102323150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	102449650	rs7934921	T	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=142;ReadPosRankSum=3.042;SC=TGAAAGGACCTAAGACCAAAT;SOR=0.250;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=11;WE=102449658;WS=102449640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	102465226	rs1711437	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=0;PP=114;SC=CATACCCAACCTGAGGACAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=102465234;WS=102465220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	102477377	rs1784424	G	T	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=50;PP=2267;SC=ATGGGGCAGAGTGGGCTTCCC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=102477385;WS=102477367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	102477395	rs1784423	A	G	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=62;PP=2602;SC=CCCCAGGAATACTTTCCGAGG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=144;WE=102477403;WS=102477385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	102482738	rs1711416	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=868;SC=CTACAATTTAGATTTTTCTCT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=102482746;WS=102482728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	102495745	rs2509023	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=73;SC=TAACATGGTACACCTAATATG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=102495753;WS=102495744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	102495998	rs2245803	T	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=45;PP=1468;SC=AGTGGAAAACTTCAAAGCCAT;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=102496006;WS=102495988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	102562700	rs2509010	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GTCTTAATGTCGTATTCAAAT;SOR=0.497;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=43;WE=102562708;WS=102562690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr11	102563739	rs1276289	C	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1962;ReadPosRankSum=1.377;SC=TCTGCGGGAACCCTTTGTCCA;SOR=0.901;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=121;WE=102563747;WS=102563729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,132:0.73:180
chr11	102565856	rs10895351	A	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=596;ReadPosRankSum=0.374;SC=CACTTTACACATGCAGCCTAT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=30;WE=102565864;WS=102565846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr11	102567207	rs1276286	T	A	4746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.783;SC=CTTAGCAGGTTCCTTAGGCAG;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=270;TCF=116;TCR=154;TR=206;WE=102567215;WS=102567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,209:0.77:272
chr11	102567626	rs1940480	C	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=61;PP=1558;ReadPosRankSum=0.465;SC=ATGGCTGCATCTGAGATTAGA;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=84;WE=102567634;WS=102567616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,90:0.80:112
chr11	102573396	rs2701994	C	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=910;SC=GGGAACTTTACAGTTAAAAAG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=102573404;WS=102573386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	102573569	rs3809018	C	A	5108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CATGGCCAAGCACTCCCAAGG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=269;TCF=160;TCR=109;TR=202;WE=102573577;WS=102573559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,217:0.75:289
chr11	102573912	rs61893941	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=-0.406;SC=ACACACATAACTACAAAAAAC;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=36;WE=102573920;WS=102573902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr11	102576358	rs2846707	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr11	102576375	rs1939015	G	A	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=32;PP=2108;SC=TTCATTTTCCGTCATCCGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=107;WE=102576383;WS=102576365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	102576468	rs11225389	C	A	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCAGCTGAAGCCGGTTCTGTT;SOR=0.955;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=124;WE=102576476;WS=102576458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,133:0.76:174
chr11	102584023	rs1939018	T	A	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=80;PP=2965;SC=ACGAAAATGCTTGCTGAACTT;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=130;TCR=80;TR=210;WE=102584031;WS=102584013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	102584466	rs3832755	G	GT	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,44:0.22:198
chr11	102584607	rs2509013	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,32:0.24:132
chr11	102591994	rs1892886	A	T	463.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=382;ReadPosRankSum=0.410;SC=ATCATGAGGTAGCAAAAATTT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=16;WE=102592002;WS=102591985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr11	102592049	rs72369292	TTGTG	T,TTGTGTGTG	2632.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=33,33;NR=6,6;PP=2527,716;SC=GTTACCTTTATTGTGTGTGTG;SOR=2.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=39,39;WE=102592060;WS=102592039;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:65
chr11	102593053	rs1940474	G	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CAAAGGCAGGGATATTTATCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=5;WE=102593061;WS=102593043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr11	102593248	rs1940475	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,49:0.25:200
chr11	102594376	rs6590983	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,41:0.26:159
chr11	102594427	rs6590984	T	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=53;PP=2197;SC=CAAAAATTAATCCAGTCACAC;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=102594435;WS=102594417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	102595413	rs11225394	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=587;ReadPosRankSum=1.031;SC=TTTTAATTAACAAGAGAAAAC;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=28;WE=102595421;WS=102595403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr11	102595492	rs3765620	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=10.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,30:0.17:172
chr11	102595666	rs2155052	C	G	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=60;PP=1794;SC=AGCACCCTGACGTTCACAGCA;SOR=2.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=77;WE=102595674;WS=102595656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	102623115	rs531335	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=362;SC=TTCTCAAGCTACACAGGTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=102623123;WS=102623105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	102641452	rs470171	G	C	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1694;ReadPosRankSum=0.205;SC=AACCATTTTGGCTCATAATAC;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=91;TCR=35;TR=98;WE=102641460;WS=102641442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,97:0.77:126
chr11	102642716	rs17860997	A	AT	3734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=26;PP=2730;SC=AGATTCCTGCATGACAATGAA;SOR=1.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=59;WE=102642724;WS=102642706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	102647310	rs470154	T	G	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=27;PP=1199;SC=TCATTGTAGATCTGCAATGCC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=102647318;WS=102647300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	102649235	rs7119084	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.348;SC=TTAAAACTCAGGTAATAAAAA;SOR=0.155;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=6;WE=102649243;WS=102649225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr11	102649543	rs470277	T	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=863;SC=CTGTTCCAATTAAACAACAGT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=102649551;WS=102649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	102650424	rs486055	C	T	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1991;ReadPosRankSum=0.071;SC=ACTGTCCTTTCTTCTAAACTG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=121;WE=102650432;WS=102650414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,131:0.78:167
chr11	102661080	rs2239008	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	102661099	rs470215	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=323;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GAAAACACCTTCTTTGGACTC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=25;WE=102661107;WS=102661089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr11	102661595	rs470747	A	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1388;ReadPosRankSum=0.853;SC=CACTCTGAAAATCATTACAGA;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=72;WE=102661603;WS=102661585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr11	102661665	rs1938901	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=-1.532;SC=TGTGAAATGGGGAGTGGATGG;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=5;WE=102661673;WS=102661655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr11	102663476	rs17884110	A	AG	6991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=82;PP=2971;ReadPosRankSum=0.754;SC=GAATCTGATTAGAAAAAAAGC;SOR=0.729;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=18;TCR=116;TR=92;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,176:0.77:228
chr11	102663482	rs1144391	A	T	6846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=1.410;SC=GATTAGAAAAAAAGCAAGAAA;SOR=0.678;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=180;TCF=66;TCR=114;TR=128;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,168:0.77:218
chr11	102663503	rs7125062	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,40:0.22:184
chr11	102666043	rs491152	A	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=66;PP=2872;SC=TAAAATACCTAGAGTTAGTTT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=130;WE=102666051;WS=102666033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	102666316	rs470558	T	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=55;PP=1549;SC=GTTCATGAGCTGCAACACGAT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=102666324;WS=102666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	102668702	rs470358	T	C	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1064;ReadPosRankSum=1.713;SC=TATTGTCACATGCAATGCAGC;SOR=0.845;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=73;WE=102668710;WS=102668692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,72:0.76:95
chr11	102707339	rs639752	C	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=6.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.813;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,66:0.25:268
chr11	102707914	rs575027	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr11	102709425	rs520540	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=427;ReadPosRankSum=-1.428;SC=TTCCTCTGATAGCCCAGAATT;SOR=0.378;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=44;WE=102709433;WS=102709415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,49:0.32:153
chr11	102711338	rs591058	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TTTAAGAAATTGAGAACAATA;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=18;WE=102711346;WS=102711328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr11	102713046	rs3020919	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.965;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr11	102713447	rs41380244	G	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.435;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,65:0.25:258
chr11	102713465	rs602128	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.428;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,63:0.25:249
chr11	102713620	rs679620	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr11	102735103	rs476185	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,26:0.19:134
chr11	102738793	rs5794199	G	GT	8035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=86;PP=2967;SC=TGAGGAACAAGTGGTGCCTAA;SOR=1.291;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=16;TCR=98;TR=101;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	102738795	rs5003690	G	T	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=87;PP=2965;SC=AGGAACAAGTGGTGCCTAAGA;SOR=1.338;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=137;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	102822733	rs3819089	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr11	102824826	rs478927	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=411;SC=AACTTCATACTAGTGTGTTCA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=102824834;WS=102824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	102825091	rs640198	T	G	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=82;PP=2815;SC=AGTGTTGAATTCTTTAAAAAG;SOR=1.135;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=143;WE=102825099;WS=102825081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	102954119	rs11225545	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AAATCGTCATGCTAAAGGTAC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=32;WE=102954127;WS=102954109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr11	102960146	rs200511043	G	GT	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr11	102980505	rs112718117	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CACGGTACGGTTCCTTGCACT;SOR=1.557;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=12;WE=102980513;WS=102980495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr11	102985018	rs2245404	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGTCTCATTAATACATTAGTA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=102985026;WS=102985008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	102988504	rs12146610	A	T	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CTAACAGGTCAGGTGTGGCAG;SOR=0.454;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=96;WE=102988514;WS=102988494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,108:0.73:148
chr11	102993426	rs118117890	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GTGAATCTTCCGTTTCACTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=102993434;WS=102993418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	103004929	rs2450918	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.962;SC=ATTGATATGTCTTGTATAGAT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=4;WE=103004937;WS=103004919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr11	103013954	rs2514006	G	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.851;SC=TTAACATATTGGTTCTGTGTC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=103013962;WS=103013944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	103026040	rs5794210	CT	C	136.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr11	103029373	rs688094	G	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=169;SC=AATTGTTAAAGTAGATGTGAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=103029381;WS=103029363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	103029516	rs688906	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-2.019;SC=AGATGTCAGAAATCATTAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=6;WE=103029524;WS=103029506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr11	103033914	rs657936	A	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,48:0.25:192
chr11	103036743	rs72989738	C	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=525;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AATATACTAACATTGATACAA;SOR=0.701;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=31;WE=103036751;WS=103036733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr11	103046866	rs72989749	T	C	64.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTAGTGCATTTAATGATTAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=103046874;WS=103046858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	103047007	rs585692	C	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=30;PP=1739;SC=GGCTTAATACCATGTCAAAGT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=91;WE=103047015;WS=103046997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	103057048	rs658804	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-3.558;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,69:0.22:320
chr11	103058126	rs586592	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,67:0.22:304
chr11	103060309	rs617059	A	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=89;SC=AGAGCAGCACAGTTTCAAAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=103060317;WS=103060302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103062371	rs146014868	T	TTGTGTG	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.624;NF=0;NR=11;PP=659;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGTGTGTATCTTGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=103062379;WS=103062361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr11	103074349	rs631712	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=314;SC=GAAAAAGCATCATTTATTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=103074357;WS=103074339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	103082412	rs72971518	T	C	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=50;SC=TATAACTATATAGCATGGAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=103082420;WS=103082410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	103082590	rs589623	G	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=20;PP=808;SC=ACACCAAGCCGATACATGACC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=103082598;WS=103082580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	103086381	rs679691	G	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=134;SC=CTTTTCTATAGGGCTTTATTT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=103086389;WS=103086371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	103086399	rs78873690	G	GTA	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=601;SC=TTTACTGTGTGTGTAAAATTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=103086407;WS=103086389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	103086725	rs635193	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.119;SC=GATATTATGTCCTTAAGCTTT;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=103086733;WS=103086715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr11	103091237	rs636510	A	G	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=179;SC=TAAGAGAGAGAACATTAGTAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=103091245;WS=103091227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	103091546	rs670464	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=29;PP=846;SC=ATATTATTTCGGCAATGAATG;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=103091554;WS=103091536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	103092945	rs654061	A	G	171.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=88;SC=GCTTTTTAAAATGTGGTGCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=103092953;WS=103092935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103092968	rs669940	C	T	139.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	103104930	rs1784259	C	A	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=71;PP=2185;SC=TACCTTTAAACTGCAGGAAAT;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=112;WE=103104938;WS=103104920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	103114624	rs146123206	CT	C	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=698;ReadPosRankSum=-1.687;SC=CTGGGTCCTACTGTATGGGAC;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=18;WE=103114632;WS=103114614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr11	103123999	rs648387	G	T	998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.823;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=874;ReadPosRankSum=2.192;SC=CCAATTGTGTGTTTTTTTTAA;SOR=2.376;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=45;WE=103124007;WS=103123987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr11	103153896	rs72973684	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=390;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CTCCTTATTCGTAATCAGTGT;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=20;WE=103153904;WS=103153886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr11	103174035	rs12362743	T	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=998;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GTTCCCACACTTGATGATATT;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=61;WE=103174043;WS=103174025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr11	103187169	rs72975657	T	C	176.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AGGAGTTATATATTTTTAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=103187177;WS=103187159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr11	103194804	rs7926700	C	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GTACTGTAGACCCCACAAGCT;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=17;WE=103194812;WS=103194794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr11	103229027	rs2566913	T	C	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=42;PP=1856;ReadPosRankSum=0.762;SC=CCAAATTTGATAGAGAAATCT;SOR=0.664;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=113;WE=103229035;WS=103229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,121:0.70:173
chr11	103229110	rs2671333	G	A	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=85;PP=2805;ReadPosRankSum=1.869;SC=ATATTCTTCTGATTCTTTTGC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=186;WE=103229118;WS=103229100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,190:0.72:264
chr11	103229173	rs2514408	A	C	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=81;PP=1962;ReadPosRankSum=-1.646;SC=GAGTCATACAAGTAATCACAT;SOR=0.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=71;TCR=104;TR=136;WE=103229181;WS=103229163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,145:0.77:189
chr11	103229188	rs2512128	G	C	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=94;PP=2965;SC=TCACATTGCAGAGGTTCCTAA;SOR=1.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=142;WE=103229196;WS=103229178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	103229238	rs2512129	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=52;PP=1517;SC=CTTCATACCAGTGCACATCAA;SOR=3.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=103229246;WS=103229228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	103270607	rs10895417	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,19:0.14:135
chr11	103306594	rs501413	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr11	103325908	rs11225812	C	T	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=53;PP=2245;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ATTTCCCCCCCTCTAGAACTG;SOR=0.567;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=206;TCF=133;TCR=73;TR=142;WE=103325916;WS=103325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,147:0.69:213
chr11	103326160	rs1384074	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	103327166	rs7121138	G	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=-1.637;SC=ATCTCAAAGTGACCTATCTTT;SOR=1.140;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=39;WE=103327174;WS=103327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr11	103344942	.	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr11	103345030	rs11225822	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ATACATTAGAACTCCGATTTC;SOR=1.508;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=103345038;WS=103345020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	103780455	rs10791649	A	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=46;PP=2146;SC=AGATACAATCACATCGTTCAT;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=103780463;WS=103780445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	103780610	rs4754997	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=56;PP=1809;SC=CAGATGCCACCTACTTATTAC;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=103780618;WS=103780600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	103780695	rs4754998	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=433;SC=TGCACACGTTGCTATTAGAAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=103780703;WS=103780685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	103818344	rs11226083	G	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=4.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-2.275;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,88:0.28:309
chr11	103870755	rs11226108	G	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AAATAGTACCGTAAAAATTTT;SOR=0.246;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=46;WE=103870769;WS=103870745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr11	103870761	rs3839944	AT	A	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.703;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.479;NF=26;NR=13;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TACCGTAAAAATTTTTTTCCC;SOR=0.157;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=39;WE=103870769;WS=103870745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr11	103871039	rs10791660	C	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.723;SC=ACAGGAAAGTCAAAAAAAGAG;SOR=0.216;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=103871047;WS=103871029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	104757836	rs5794352	T	TA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=509;SC=CAAGATGAATTAGAGCTTTGG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=104757844;WS=104757826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	104758035	rs484438	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=22;PP=646;SC=AACATTATCTGCAAATAAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=104758043;WS=104758025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	104758111	.	G	GA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=15;MQ=61.53;NF=1;NR=2;PP=34;QD=17.0;SC=ATAACTTTGGGAAAAAAAATC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=104758119;WS=104758101;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr11	104761013	rs635846	T	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=525;SC=GAAATGCTCTTTTCGGTGATA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=104761021;WS=104761003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	104761100	rs513131	T	C	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=43;PP=2086;SC=AAATCACTTATGTGGTGTGGA;SOR=1.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=128;WE=104761108;WS=104761090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	104761206	rs647039	C	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=102;PP=2965;SC=GTATCTGCACCGGCTTTTCCA;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=169;WE=104761214;WS=104761196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	104761271	rs693506	A	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=44;PP=1278;SC=CATTATGTCTAATTAAAGAAG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=104761279;WS=104761261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	104762228	rs544216	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=405;SC=AGCCAGCACTGAGGAATCAGA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=104762236;WS=104762218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	104763117	rs497116	G	A	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=63;PP=2904;SC=AGTAGATCTCGCATCCCCAAA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=165;WE=104763125;WS=104763107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	104763716	rs617983	A	G	6188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=128;PP=2965;SC=ATTTCCAGAAAAGCTGAAAGA;SOR=1.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=85;TCR=128;TR=213;WE=104763724;WS=104763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	104768000	rs693001	G	A	8606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=157;PP=2965;SC=TTTGCCTGCAGTTTGAGCTGT;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=314;TCF=157;TCR=157;TR=313;WE=104768008;WS=104767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	104768098	rs555367	T	C	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=94;PP=2965;SC=CTGTATTTAATACATTATTTT;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=147;WE=104768106;WS=104768088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	104768909	rs650940	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=3;PP=989;SC=AGAACAGAAATCCAGGTGTTT;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=104768917;WS=104768899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	104819327	rs9507	T	C	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=51;PP=2483;SC=CATCTTCCTCTAGGTTCTCAG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=131;WE=104819335;WS=104819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	104819542	rs5794358	G	GAAAC	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.06;QD=43.23;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	104819544	rs33955446	G	GACAC	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.97;QD=46.43;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	104819546	rs5004914	G	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=59.24;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	104820163	rs649739	A	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=5;PP=1400;SC=AATGTACTTTATTTACACTGG;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=53;WE=104820171;WS=104820153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	104839222	rs658560	A	G	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=98;PP=2965;SC=CTACTCCCAAACTCCTAGTCA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=188;WE=104839230;WS=104839212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	104866461	rs540819	A	T	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=36;PP=2278;SC=AACTCTCAATACTTACATTTT;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=104866469;WS=104866451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	104869708	rs523104	G	C	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=113;PP=2965;SC=GAAGAGATGAGTGCCAAGGAT;SOR=0.775;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=222;WE=104869716;WS=104869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	104872981	rs544211	C	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=61;PP=1925;SC=CTTTTCAACCCCCATATGCCT;SOR=1.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=94;WE=104872989;WS=104872971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	104877717	rs2282658	C	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=331;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGAAATGAAACTGTAGGTAGA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=15;WE=104877725;WS=104877707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr11	104877803	rs2282657	A	G	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=44;PP=2079;ReadPosRankSum=1.580;SC=GTTAGATGCAACCTTACGTTT;SOR=1.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=109;TCR=68;TR=122;WE=104877811;WS=104877793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,132:0.71:187
chr11	104877927	rs507879	T	C	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.101;SC=TCAATTTTGGTATCATAATAT;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=187;WE=104877935;WS=104877917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,199:0.75:264
chr11	104879686	rs372526393	CT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.677;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr11	104896375	.	G	T	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=51;QD=21.4428031368;SC=GAAAGAATTTGGTTAAAGACA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=104896383;WS=104896365;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr11	104971233	rs34491690	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=3.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=0.568;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,42:0.18:235
chr11	104972190	rs1792773	C	T	9944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AAAGCATGCACCACCTTTCTT;SOR=0.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=193;TCR=156;TR=348;WE=104972198;WS=104972180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr11	105481921	rs78093474	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=0.339;SC=AGCAGTTCCCTTCCCCTCTGT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=105481929;WS=105481911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr11	105774533	rs61751525	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CATTTTCATTTGGTTAGTACA;SOR=0.478;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=24;WE=105774541;WS=105774523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr11	105789750	rs674307	A	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AATTTGCAGCAACATTCCAAG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=105789758;WS=105789740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr11	105836923	rs632549	G	A	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=925;SC=TACGTATGCAGTTACTGTCAA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=105836931;WS=105836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	105836960	rs1939826	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=4.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ACCATTATCAATTTAGTGACA;SOR=2.985;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=105836968;WS=105836950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr11	105842740	rs61736488	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr11	105842916	rs559190	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=744;SC=GGATGGTCTTCCCAGGAAACT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=105842924;WS=105842906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	106407855	rs142008430	AATATATATATAT	A,AATATATAT	584.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=2,2;PP=153,2194;ReadPosRankSum=1.421;SC=ATAATTGACAAATATATATAT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9,9;WE=106407874;WS=106407845;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.88:17
chr11	106408031	rs11279851	TCAAATG	T	2084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.024;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,72:0.20:365
chr11	106408071	rs1791468	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,64:0.20:325
chr11	106579204	rs12420232	C	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=625;ReadPosRankSum=0.976;SC=AAACAAAGGCCAAGACAGGAA;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=40;WE=106579212;WS=106579194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr11	106647137	rs139329770	A	ACTCAAACT	2070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=1313;SC=TGCACTTACTACTCAAACTAG;SOR=1.508;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=17;WE=106647145;WS=106647127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	106697172	rs61678754	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=25;PP=1105;SC=CTTCTCCATATGATGAAAGAT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=106697180;WS=106697162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	106807443	rs11331245	AT	A	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.027;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,56:0.36:157
chr11	106849520	rs10890630	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr11	107197536	rs630782	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=351;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GCTGCTGTGACTCTCTCTGCC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=16;WE=107197544;WS=107197526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr11	107197640	rs3758911	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,46:0.23:204
chr11	107216388	rs474364	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	107216404	rs72990438	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	107224225	rs4576794	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GAGAATGTAAGCAAAGGATAA;SOR=0.441;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=16;WE=107224233;WS=107224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr11	107286893	rs11439588	T	TG	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CCGGTGGTAGTTTACACAAGG;SOR=0.283;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=107286901;WS=107286883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	107313608	rs144259680	G	GAGGAAGGA	1989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.63;MQRankSum=2.721;QD=37.54;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr11	107381533	rs655009	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=1.332;SC=GCTAAAACAGGGTCCAAAATC;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=107381541;WS=107381523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr11	107381765	rs654093	G	A	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CAACCAATCTGTAACAGAGAA;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=126;WE=107381773;WS=107381755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,135:0.81:167
chr11	107402995	rs589788	A	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=781;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TCTCATAAAGAAAAAGAATCC;SOR=0.420;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=50;WE=107403003;WS=107402985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr11	107403202	rs5794554	TAG	T	1970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.887;NF=0;NR=34;PP=1425;ReadPosRankSum=1.520;SC=GAATGATTAATAGAGTTTGGC;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=34;WE=107403211;WS=107403192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,50:0.81:62
chr11	107420530	rs645056	A	G	6212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.241;SC=CGGAATGTGTATCAATATGAG;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=163;TCR=181;TR=256;WE=107420538;WS=107420520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,269:0.75:361
chr11	107431637	rs662349	C	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGTAAAAAAACAAGACAGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=107431645;WS=107431627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr11	107462878	rs542650	A	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=48;PP=1441;SC=CTCAGTGTTTATGCTCAACCT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=107462886;WS=107462868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	107462895	rs4085361	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-0.344;SC=ACCTCTAAGCGGCGAGTTCGG;SOR=1.016;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=10;WE=107462903;WS=107462885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr11	107462977	rs5794560	G	GT	208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=187;SC=TAATGAATATGTTGTCAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=107462985;WS=107462967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	107502123	rs10539761	ACCC	A,ACC	456.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12,12;NR=0,0;PP=148,46;ReadPosRankSum=0.437;SC=AAATTGCACTACCCCCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12,12;WE=107502133;WS=107502121;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:13
chr11	107578721	rs583362	C	G	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=55;PP=1680;SC=CCTCTGGCTTCTCCTCACCTC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=107578729;WS=107578711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	107643102	rs28695914	T	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	107643289	rs60511673	T	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=2.635;SC=AACCATGTTGTCCAGGCTGGT;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=26;WE=107643297;WS=107643279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr11	107650473	rs650686	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.15;MQRankSum=-0.943;NF=20;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=0.917;SC=GCGCCTGGCCGGGACCCCAGT;SOR=0.951;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=29;WE=107650481;WS=107650463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	107650505	rs519422	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.17;MQRankSum=-0.895;NF=14;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=1.482;SC=TTTTTTCTAACCGACATAGTC;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=28;WE=107650513;WS=107650495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr11	107686741	.	TAC	T	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=104;QD=17.8333333333;SC=AGTTATACCTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=107686750;WS=107686731;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr11	107729205	rs11603925	C	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=357;ReadPosRankSum=0.668;SC=TGCTTCCCGACGCCAGGTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=17;WE=107729213;WS=107729195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr11	107729561	rs3741065	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CGGGAGGCGGTGCCTGTGCGG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=107729569;WS=107729551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	107904646	rs10890800	C	T	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	107917087	rs7117111	A	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=63;PP=1871;SC=TTATTAAGCAAGCACAGGCAG;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=107917095;WS=107917077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	107948858	rs10890807	T	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=228;SC=TTTATCTGTATATTTTCAATA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=107948866;WS=107948848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	107992312	rs3741054	C	G	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCTGTGGAGCCGATACTCAGC;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=129;WE=107992333;WS=107992302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,140:0.85:164
chr11	107992325	rs3741055	T	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.773;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,24:0.15:156
chr11	107992346	rs3741056	G	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,18:0.14:132
chr11	108006047	rs10890817	A	C	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=88;PP=2851;SC=AGGCATATTCATATTTTAGAA;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=132;WE=108006055;WS=108006037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	108012510	rs34420529	A	AAAGT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=90;SC=GGATTTTGAAAAATTCTAGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=108012518;WS=108012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	108014662	rs5794587	T	TA	122.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	108014684	.	ACC	A	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=32.13;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	108014799	rs10890819	C	T	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=52;PP=1710;SC=AGGGGCGATACTCCATTATGC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=108014807;WS=108014789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	108043988	rs2070661	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=664;SC=CTCTTGTGAACTTCACTAGAA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=108043996;WS=108043978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	108057430	rs4753833	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	108059000	rs3781869	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.92;SOR=3.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	108061379	rs659584	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=103;SC=ATTTTTTGGGCAAGCAACTGT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=108061387;WS=108061369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	108067940	.	A	AT	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4999;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=21;QD=11.0;SC=GCCAATTTCAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=3;WE=108067948;WS=108067930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	108068954	rs683312	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=620;SC=AAATCTAATCTCAAGAGTTGT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=108068962;WS=108068944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	108093208	rs228589	A	T	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=65;PP=2965;SC=ATAACCCTCCATCCCGCGTCC;SOR=1.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=124;TCR=65;TR=189;WE=108093216;WS=108093198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	108098459	rs2066734	TAA	T	3767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=2093;SC=TTCCTTGAAATAAGTGTGATT;SOR=0.867;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=48;WE=108098468;WS=108098449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	108100105	.	G	GTT	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=0.9992;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=62.13;NF=0;NR=3;PP=36;QD=13.3333333333;SC=TGTCGCGTGAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=108100113;WS=108100095;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr11	108124486	rs4987951	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=303;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CTAATACATATAAGGCAAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=108124494;WS=108124476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	108129657	rs672655	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=854;SC=ACTGTCTGCCAAGAATAATTG;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=108129665;WS=108129647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	108137775	rs642496	T	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=622;SC=CACCTGGCTCTGCCTCCCAAA;SOR=2.546;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=108137783;WS=108137765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	108143182	rs664677	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=138;SC=AAGTAACTTACAATAACCTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=108143190;WS=108143172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	108151707	rs3218681	T	TA	786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.47;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	108151797	.	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=8.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,28:0.16:171
chr11	108183167	rs659243	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=25;PP=866;SC=GGAAGCCAGAATACAACTATT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=108183175;WS=108183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	108188039	rs17107917	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=383;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CTGTTTTTTTCTCTGGTTTTC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=18;WE=108188047;WS=108188029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr11	108196712	rs3212322	CATT	C	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=943;SC=TTGCTGCTTTCATTATTATTA;SOR=3.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=108196722;WS=108196702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	108218196	rs227075	T	C	61.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	108224697	rs179108	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=1001;SC=AATCCCAGCTGCTCAAGAGGC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=108224705;WS=108224687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	108225483	rs664982	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=556;SC=GATAAAGATACGTTGACAACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=108225491;WS=108225473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	108225661	rs664143	A	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=44;PP=1668;SC=TGTGTATCTCATCAGGAAGTC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=108225669;WS=108225651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	108256837	rs113995	A	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=152;SC=GTAACTCTCAAGACTTTCTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=108256845;WS=108256827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	108345515	rs11374964	G	GA	3832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=33;PP=2283;SC=TTTCCTTAAAGTGTAGCCGGG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=108345523;WS=108345505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	108352160	rs3901850	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=620;SC=TTTAATATGGCAAGCATAATC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=108352168;WS=108352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	108352891	rs186063712	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1100;ReadPosRankSum=-1.208;SC=ATTGACTTTTCGATGCTCCAA;SOR=1.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=69;WE=108352899;WS=108352881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr11	108361578	rs11212676	G	A	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=22;PP=1966;SC=AGCTCCAGGAGGTATGTATAC;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=108361586;WS=108361568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	108380335	rs1943382	T	C	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=114;PP=2965;SC=GTGTCACAATTTGAGTCCACT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=133;TCR=114;TR=247;WE=108380343;WS=108380325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	108535792	rs2306118	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.468;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr11	108546468	rs11212754	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=849;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GTACATTGTCATTGGGTCAGA;SOR=0.441;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=59;WE=108546476;WS=108546458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr11	108549179	rs2306117	T	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.249;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr11	108577360	rs3214898	T	TA	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=232;ReadPosRankSum=1.510;SC=CTCTGACATTTATGGTTAGAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=108577368;WS=108577350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	108577646	rs61914000	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CCTAATTTGCCCCTTCCCCTA;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=108577654;WS=108577636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr11	108594237	rs11212765	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=40;PP=899;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GTCTTACTATGTGCTTATTGT;SOR=0.157;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=45;WE=108594245;WS=108594227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr11	108722851	rs10890899	C	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=0.866;SC=TTATATGCTGCTAATTTTTCT;SOR=0.446;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=15;WE=108722859;WS=108722841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr11	108723102	rs2553755	T	C	74.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATATTCCAATTGGATTCAAGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=108723110;WS=108723092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	109964007	rs7116424	A	G	6634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.04;NF=95;NR=136;PP=2965;SC=TGTGCAACCCAGGGAGGGGGC;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=96;TCR=137;TR=231;WE=109964015;WS=109963997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	109964079	rs7116552	C	A	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=73;PP=2442;SC=GGGAGGGCCGCGGTGGCCGCT;SOR=2.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=100;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	109964089	rs11395531	T	TG	4707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=62;PP=2965;SC=CGGTGGCCGCTTCTCCGCGGG;SOR=1.947;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=76;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	109964257	rs7116683	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=26;PP=878;SC=CCCGGGCGCCAGGCGGAGGGC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=109964265;WS=109964247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	110023628	rs665013	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1847;SC=TTAAGTGTTCCGTAATAATCT;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=110023636;WS=110023618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	110033860	rs11213287	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=274;SC=TTTTTTACTCTGTAAACGTGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=110033868;WS=110033852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	110050502	rs11213291	C	T	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	110103924	rs10450619	A	C	184.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=211;SC=AATGCAAACTATATTTCAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=110103932;WS=110103922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	110118364	rs17110988	A	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=17;PP=1051;SC=ACTAAAAAAAATACCACTATC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=110118372;WS=110118354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	110126197	rs2306085	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=1003;SC=TGAATGACCAATCTTAAGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=110126205;WS=110126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	110128994	rs10789756	C	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	110452999	rs2008772	C	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	110453009	rs4079590	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	110453250	rs4142632	C	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=504;SC=TTAACAAAAACCACATCTACC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=110453258;WS=110453240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	110479839	rs71960440	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr11	111151978	rs7121531	A	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TTGAATTCTTATTCTCAGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=111151986;WS=111151968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	111152263	rs5794734	ACT	A	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CACTTCCAAAACTCTGCTCCT;SOR=0.455;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=10;WE=111152272;WS=111152253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr11	111156836	rs3087967	T	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1318;SC=TTCCAAAGATTGTTTTAGGTG;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=111156844;WS=111156826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	111179054	rs3087587	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,54:0.22:250
chr11	111229470	rs12282082	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.272;NF=65;NR=4;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CACATTCTCTTTCACACACAC;SOR=1.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=69;TCR=4;TR=69;WE=111229478;WS=111229458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,72:0.96:75
chr11	111249785	rs11213863	C	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=516;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCCCCGTGGCCCCATCACCTC;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=111249793;WS=111249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr11	111249819	rs10789825	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=1007;SC=CCAATTCCAGACCAAGCTGTG;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=111249827;WS=111249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	111250017	.	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr11	111275250	rs4938535	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=27;PP=1698;SC=GGGCAGGGAATCATCTGACAT;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=111275258;WS=111275240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	111324146	rs61896867	A	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,71:0.20:361
chr11	111326284	rs7925584	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=640;SC=TCAGCAGCAGTTGAAAGCACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=111326292;WS=111326280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	111327213	rs11213913	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=24;PP=2349;SC=GCCCAGGGCTGAGCAGGCAAT;SOR=2.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=106;WE=111327221;WS=111327203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	111368047	rs489078	G	T	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=93;PP=2965;SC=CTCTACTAACGGCATAACTGA;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=174;WE=111368055;WS=111368037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	111383789	rs11606481	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.320;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr11	111383846	rs2187473	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=7.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr11	111385450	.	C	CGGGGCA	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=445;ReadPosRankSum=1.816;SC=CTCGGAGGGGCGGGGCAGGGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=111385458;WS=111385440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	111420364	rs634679	A	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=17;PP=1634;SC=TGGATGAGCCATCCTGCGGCA;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=111420372;WS=111420354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	111422217	rs663763	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=0.333;SC=CCACCCATGCCCAGAATAGTT;SOR=1.002;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=15;WE=111422225;WS=111422207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr11	111487106	rs571462	C	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr11	111575634	rs36106790	C	CT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	111623088	rs4936675	T	A	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	111625085	rs4936678	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=135;SC=CAATGTTGCACATTAACACAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=111625093;WS=111625075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	111635655	rs7106104	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=59;PP=1783;SC=ACAGGACTCATCAACATGGAT;SOR=2.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=80;WE=111635663;WS=111635645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	111636627	rs643506	T	G	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=119;PP=2965;SC=CGTCTCGGCCTGGCACCGCGC;SOR=2.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=33;TCR=119;TR=152;WE=111636635;WS=111636617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	111637117	rs139691367	T	TCCCGCCCCGCGCCCAGGC	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=43.69;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	111659476	.	C	A	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=53;QD=29.2570708491;SC=GACATTGTCCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=111659484;WS=111659466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	111735981	rs45574638	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=828;ReadPosRankSum=0.794;SC=GAATCTAAAAGAAACCCAGAA;SOR=1.172;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=43;WE=111735989;WS=111735966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr11	111741106	rs72994380	A	C	156.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=17.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	8509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=73;PP=2967;SC=GCAGCCGGGGCGCGTATCCCC;SOR=1.311;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=138;WE=111742153;WS=111742135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	111747297	rs7124696	A	G	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=69;PP=2515;SC=GAGAACCTTCAAAAGGTAAGC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=136;WE=111747305;WS=111747287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	111747427	rs634983	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=20;PP=925;SC=TTTTAGAGACCGAATCAATTA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=111747435;WS=111747417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	111749349	rs611010	A	T	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=119;PP=2965;SC=ATGCGGGAAGATGAAATAAAT;SOR=1.205;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=203;WE=111749357;WS=111749339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	111750430	rs7107213	A	G	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=77;PP=2395;SC=GGATGAACAAAATGTGGCCTA;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=114;WE=111750438;WS=111750420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	111754368	rs11600652	A	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=762;SC=AGTAAACAGGATTTTTTCTTC;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=111754376;WS=111754358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	111754574	rs1045282	A	C	9885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=191;PP=2965;SC=CAGAAAAGTCAACTTACATGA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=162;TCR=194;TR=353;WE=111754582;WS=111754564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr11	111780837	rs2070894	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1064;SC=CATCTAAGGCGATCAAATCAA;SOR=4.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=111780845;WS=111780827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	111781047	rs11603779	A	C	10863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=187;PP=2965;SC=AACAAGCTACATACCTGGCGC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=188;TCR=188;TR=375;WE=111781055;WS=111781037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	111848361	rs11364849	AG	A	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=15;PP=1301;SC=TAGCTTTGCTAGGCTGGCCTT;SOR=1.298;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=33;WE=111848369;WS=111848351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	111853106	rs11455434	G	GC	6319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=93;PP=2936;SC=CGGCCAGGGAGCCTGGAACCT;SOR=1.237;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=20;TCR=99;TR=113;WE=111853114;WS=111853096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	111915765	rs11455845	C	CA,CAA	980.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=6.434;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,31,14:0.60,0.27:52
chr11	111916001	rs11335731	AG	A	2830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=1884;SC=GGGCATCTTTAGGTTGTTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=48;WE=111916009;WS=111915991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	111941959	rs1425917	G	A	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=69;PP=2110;ReadPosRankSum=2.977;SC=CTTTTCTGCTGCATGAAGAAC;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=95;TCR=101;TR=137;WE=111941967;WS=111941949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,145:0.70:207
chr11	111956989	rs14396	C	A	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=65;PP=2965;SC=GTGACGGCGACACCAAAACCC;SOR=1.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=176;WE=111956997;WS=111956979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	111957143	rs487201	T	C	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=93;PP=2893;SC=ATCTTCCCTGTTTTACACCTT;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=137;WE=111957151;WS=111957133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	112014328	rs5744290	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=1.198;SC=GCTAGTCTTCGTTTTGAACAG;SOR=0.656;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=20;WE=112014336;WS=112014318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr11	112020916	rs549908	T	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5138;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=594;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CAAAGTAATCTGATTCCAGGT;SOR=1.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=33;WE=112020924;WS=112020906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr11	112025916	rs360721	G	C	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=210;SC=TTCAATAAATGCCAGAAGTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=112025924;WS=112025906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	112040027	rs360712	A	G	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=74;PP=2392;ReadPosRankSum=1.283;SC=CTGATAATAGAAATTGCAAGA;SOR=0.235;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=194;TCF=84;TCR=110;TR=142;WE=112040035;WS=112040017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,155:0.74:210
chr11	112050057	rs35361223	C	G	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGGGCAGTGTCGGGGTCTGCC;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=113;WE=112050065;WS=112050047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,123:0.76:161
chr11	112064431	rs7105056	T	C	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;SC=GTGATAGTGATGATTATTTAA;SOR=0.985;Source=Platypus;TCF=56;WE=112064439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	112065434	rs10891338	T	C	7943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=140;PP=2965;SC=CATTATGACCTGGATGGAACA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=152;TCR=143;TR=291;WE=112065442;WS=112065424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr11	112071294	rs12420140	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GACAACTCTAGTTTGCCAAAT;SOR=0.136;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=13;WE=112071302;WS=112071284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr11	112071570	rs7948124	AA	TT	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=62;PP=2947;SC=TTGATTTTTTAAAAATCTTCC;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=70;WE=112071579;WS=112071560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	112087101	rs2676377	T	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=398;ReadPosRankSum=-2.017;SC=TAGCACTGAGTCATCTGATAA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=30;WE=112087109;WS=112087091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr11	112088499	rs2217401	A	C	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=34;PP=2328;SC=AAGCAATTTTATCCTAGTTTT;SOR=1.515;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=115;WE=112088513;WS=112088489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	112123095	rs2564872	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,37:0.17:221
chr11	112130987	rs2518361	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr11	112832307	rs11381910	G	GA	6211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=111;PP=2957;SC=ACCGCGGCAAGACATCCCTCC;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=28;TCR=111;TR=139;WE=112832315;WS=112832294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	112832339	rs11284059	GC	G	5687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=93;PP=2967;SC=TTACAATGCTGCCAAACTAAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=21;TCR=93;TR=114;WE=112832366;WS=112832328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	112832353	rs7105734	T	C	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	112832358	rs6589347	T	C	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	112832391	.	AT	A	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr11	112952272	rs5794840	C	CT	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr11	112983809	rs10891508	G	A	344.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=0.072;SC=AGCCGATATCGCACCACACTG;SOR=1.387;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=112983817;WS=112983799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr11	112984037	rs1245087	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=447;SC=CAAATTAGATGATCAGTAAGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=112984045;WS=112984027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	113073066	rs5794855	T	TTTTTG	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.541;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,11:0.14:80
chr11	113103996	rs584427	T	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=1.982;SC=GGAGAGCAGTTGGTGAAGAAG;SOR=0.812;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=35;WE=113104004;WS=113103986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr11	113111665	rs2303378	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=53;PP=1375;ReadPosRankSum=0.358;SC=CTCAGTTGGTGGAAAGCAGCG;SOR=0.680;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=73;WE=113111673;WS=113111655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr11	113113515	rs635596	G	A	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=97;PP=2965;SC=TCTGTCTGTCGTGTTTCCATA;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=148;TCR=98;TR=245;WE=113113523;WS=113113505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	113133676	rs2288158	T	G	5723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TAAATTTGCTTAAAAGCCCAG;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=149;TCR=150;TR=234;WE=113133684;WS=113133666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,249:0.79:314
chr11	113186776	rs2236709	G	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=51;SC=ATTGCCGCACGTAAATGAGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=113186784;WS=113186770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	113200558	rs7928978	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=1074;ReadPosRankSum=0.914;SC=CTGACATTCTACTGTTCGAAT;SOR=0.382;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=51;WE=113200566;WS=113200548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr11	113200709	rs2303380	G	A	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=93;PP=2965;SC=AAGGTAAGAGGGTATTTCTTT;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=169;WE=113200717;WS=113200699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	113209428	rs10891536	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.511;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,61:0.20:302
chr11	113211329	rs2288159	G	T	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=1707;ReadPosRankSum=1.368;SC=GTGTTGCAGCGAGACACCAGC;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=104;WE=113211337;WS=113211319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,109:0.74:147
chr11	113211370	rs10891537	T	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,55:0.26:213
chr11	113212553	rs6589372	T	C	5170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCTTTGTCCATTCTAGGTGTT;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=161;TCR=111;TR=208;WE=113212561;WS=113212543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,219:0.76:287
chr11	113230600	rs2276070	C	T	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GAAGAAGCTCCGCTGAGAATT;SOR=0.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=70;WE=113230608;WS=113230590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,74:0.77:96
chr11	113233059	rs2298490	G	A	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=26;PP=1427;SC=CTCCCCGTTAGCTTTTAAAGG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=113233067;WS=113233049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	113234466	rs713233	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.70;ReadPosRankSum=1.804;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	113234471	rs719803	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.28;ReadPosRankSum=1.964;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	113234679	rs719802	T	C	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=93;PP=2667;SC=AGGGAGCCCTTGTCCCAGAGG;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=84;TCR=93;TR=177;WE=113234687;WS=113234669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	113234775	rs719804	A	G	1031.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=820;ReadPosRankSum=0.870;SC=GACTTCAGCAATGTTTACAGA;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=37;WE=113234783;WS=113234765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,37:0.93:40
chr11	113235419	rs2298489	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=926;SC=GCTGATGAGTAAGTGAACAAG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=113235427;WS=113235409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	113235864	rs7949242	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=1.583;SC=CTGGGACTGCATGCCACACAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=17;WE=113235872;WS=113235854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr11	113239082	rs10891540	G	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,180:0.26:681
chr11	113264272	rs17115439	T	C	8237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=121;PP=2965;SC=ACATCGTGTCTATCTACGGGG;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=163;TCR=121;TR=284;WE=113264280;WS=113264262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	113264470	rs4938013	A	C	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=92;PP=2923;ReadPosRankSum=1.805;SC=CGGGCAACATACTCCTGGACA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=144;WE=113264478;WS=113264460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr11	113264511	rs11214596	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=478;ReadPosRankSum=-1.375;SC=AGGGCTCTGGCCAATCCTCCG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=17;WE=113264529;WS=113264501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr11	113264521	rs4938014	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=1489;ReadPosRankSum=0.424;SC=CCAATCCTCCGCTCCCTTTCA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=39;WE=113264529;WS=113264501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,42:0.81:52
chr11	113265292	rs10891546	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=405;SC=ATGAATAGCTTACCGAAGGTG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=113265300;WS=113265282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	113266702	rs11214598	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=0.546;SC=CATGCCCTGTTGGGATCCTCA;SOR=1.037;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=17;WE=113266710;WS=113266692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr11	113268059	rs11604671	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=10.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.886;SOR=1.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,26:0.19:138
chr11	113270015	rs4938016	G	C	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=5.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,96:0.25:390
chr11	113270160	rs2734849	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=3.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,86:0.23:366
chr11	113270374	rs2734848	C	T	7662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=145;PP=2965;SC=AGAGCGGCTACGGCCCACTGC;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=115;TCR=145;TR=260;WE=113270382;WS=113270364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	113271065	rs2734847	T	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=295;SC=GATCACCTGATATCAAGAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=113271073;WS=113271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113281397	rs6276	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGAGGCTGGCCGGCCTGGGCA;SOR=0.866;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=9;WE=113281405;WS=113281387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr11	113283459	rs6277	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,29:0.19:153
chr11	113283477	rs6275	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr11	113285299	rs2511521	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=207;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CAGAGATCAGGAGGGTGGGGG;SOR=1.172;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=15;WE=113285307;WS=113285289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr11	113294976	rs11608185	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=1.745;SC=AAAAACCACCTGGGGAAGCAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=7;WE=113294984;WS=113294966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	113294998	rs12808482	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=1.458;SC=AGGAAACTCATTGGTAAAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=10;WE=113295006;WS=113294988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr11	113561054	rs7110736	A	G	8858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.67;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,219:0.71:309
chr11	113561057	rs7110738	A	G	8858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.39;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,220:0.71:312
chr11	113563688	rs11604602	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TAAGGTTTACAGTGTTCAGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=113563696;WS=113563678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr11	113566327	rs45503699	C	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=577;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CTTCCTGCCCCCACCCAAACA;SOR=0.340;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=30;WE=113566335;WS=113566317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr11	113569575	rs10891587	T	G	318.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CCCTCAGCTGTGACAGGTCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=113569583;WS=113569565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	113569927	rs72103801	CTGTCTG	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.589;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr11	113570405	rs4936280	T	C	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=123;PP=2686;ReadPosRankSum=-1.563;SC=GCCAGCACACTGCCTGAGAAA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=81;TCR=153;TR=187;WE=113570413;WS=113570395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,193:0.79:243
chr11	113570490	rs3802856	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=804;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AAGTCACCACTATGGGGCTAG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=38;WE=113570498;WS=113570480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr11	113570852	rs3802854	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=0.944;SC=CCTCTGCATACTGGGCCTCCA;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=22;WE=113570860;WS=113570842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	113576932	rs7926267	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TGGCACAGAGACGTAACCTTA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=73;WE=113576940;WS=113576922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,84:0.74:113
chr11	113609854	rs4351850	T	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=713;ReadPosRankSum=-0.130;SC=ATTTCTAATTTTCTCATTCAA;SOR=0.760;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=43;WE=113609862;WS=113609844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr11	113618470	rs2459977	T	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=505;SC=AAAGAATCATTTACATATATT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=113618478;WS=113618460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	113618968	rs2513584	G	C	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=24;PP=2438;SC=TGTGCTGTCTGGGCTCTTTAC;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=85;TCR=24;TR=109;WE=113618976;WS=113618958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	113631431	rs5794880	GA	G	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr11	113670052	rs2459971	T	A	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=143;PP=2965;SC=TGGGTCGAATTGTTGGAGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=144;TCR=143;TR=287;WE=113670060;WS=113670042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	113678924	rs2513582	G	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=21;PP=997;SC=GTTGGTTAAAGGCAGCAGAGA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=113678932;WS=113678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	113679119	rs2465647	C	T	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=105;PP=2965;SC=CATGCTCAGACGACAAGCAGC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=207;WE=113679127;WS=113679109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	113680018	rs2513581	G	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=523;SC=CACAAGGAACGAAAACATCCT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=113680026;WS=113680008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	113706122	rs10789965	G	A	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=106;PP=2965;SC=AAAAGCCCCAGGTATATTTCC;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=47;TCR=106;TR=153;WE=113706130;WS=113706112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	113802601	rs1176746	A	G	7467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TAAGTGTGCCAGTGTGTATTT;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=427;TCF=211;TCR=216;TR=322;WE=113802609;WS=113802591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,322:0.75:430
chr11	113803028	rs1176744	A	C	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=1.319;SC=ATTGAAAGATACCCTGACCTT;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=160;TCR=85;TR=186;WE=113803036;WS=113803018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,198:0.77:257
chr11	113803887	rs2276307	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=0.422;SC=GGGCCAAGGAATTTCTGCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=19;WE=113803895;WS=113803877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr11	113846006	rs1062613	T	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=42;PP=2481;SC=GTGGGCCTCGTCCTGAGCACT;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=113846014;WS=113845996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	113848184	rs4020460	G	GCT	4049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=20;PP=2930;SC=TGGGCCACCTGCTCCGACCTT;SOR=2.128;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=58;WE=113848192;WS=113848174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	113848273	rs1985242	A	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.562;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,67:0.25:273
chr11	113850006	rs61905785	A	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=90;PP=2157;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GCAGGTGAGCAGACCCGCCCC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=150;WE=113850014;WS=113849996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,151:0.80:189
chr11	113851853	rs11607240	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=234;ReadPosRankSum=0.326;SC=AGGGTGAAGTCTGCCTGAGTT;SOR=1.493;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=113851861;WS=113851843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr11	113852187	rs1176719	G	A	463.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9981;FS=8.681;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=1.024;SC=AATTCCCTTTGTCTTCCCCCC;SOR=3.500;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=18;WE=113852195;WS=113852177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr11	113856681	rs10160548	G	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=11;PP=862;SC=TCATCACAGGGTCCAGCAGGC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=113856689;WS=113856671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	114120999	rs670984	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GTGCCCTCACCGCCTTCTGTC;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=21;WE=114121007;WS=114120989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
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chr11	114314853	.	C	CT	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.027;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,78:0.25:314
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chr11	114421769	rs76481835	C	G	4380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,113:0.46:245
chr11	114421773	rs74572030	A	G	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,119:0.46:256
chr11	114421789	rs113431368	A	AC	5435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=2;HapScore=4;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GTGAGGGCTTACTGTGTGATC;SOR=0.906;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=94;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,139:0.48:290
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chr11	114421817	rs73568242	G	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.399;NF=85;NR=70;PP=2628;ReadPosRankSum=-1.727;SC=AAGGTGATTTGCTCCTACCTT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=173;TCR=139;TR=155;WE=114421825;WS=114421807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,164:0.51:323
chr11	114421857	rs78453693	T	C	7921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=2.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.620;QD=21.01;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,202:0.54:377
chr11	114421861	rs76118887	G	A	7896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.593;QD=20.46;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,210:0.54:386
chr11	114421895	rs78257939	G	A	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=6;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.567;NF=104;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.467;SC=GATCAGCAGCGTTTTTTGAAG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=384;TCF=187;TCR=197;TR=210;WE=114421920;WS=114421885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,223:0.55:404
chr11	114421909	rs79082937	T	C	8530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.489;QD=22.39;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,220:0.58:381
chr11	114421912	rs78658939	A	G	8384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.503;QD=22.66;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,212:0.57:370
chr11	114421927	rs78842965	G	A	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AGGACATGACGAATGTCCTAG;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=340;TCF=157;TCR=183;TR=194;WE=114421935;WS=114421917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,204:0.57:355
chr11	114421962	rs75409523	G	A	5737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,150:0.57:261
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chr11	114422003	rs73568250	A	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=0.243;SC=TATTTTATTTATAACTTGTAA;SOR=0.964;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=71;WE=114422044;WS=114421993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
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chr11	114422036	rs77481744	C	T	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.59;ReadPosRankSum=1.227;SOR=1.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr11	114422052	rs10790022	G	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=0.845;SC=GTGAGTCACTGTCTTCTTTCC;SOR=0.375;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=28;WE=114422060;WS=114422042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr11	114422068	rs76698432	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr11	114422068	.	CTA	TTC	967	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=114;MMLQ=27;MQ=59.87;NF=1;NR=19;PP=967;QD=51.0233937431;SC=TTTCCCTCTGCTAACTAACAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=20;WE=114422078;WS=114422058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr11	114422070	rs75429280	A	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr11	114550334	rs1612325	A	G	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=207;SC=GCCATGTCGTACTTATTTGAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=114550342;WS=114550324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr11	115085467	rs45525440	A	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=62;PP=1812;ReadPosRankSum=0.368;SC=GAGGCATTTCATCATCGACTC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=87;WE=115085475;WS=115085457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,91:0.80:114
chr11	115088647	rs113893105	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1152;ReadPosRankSum=1.357;SC=TTAACTCAAGCGCGTCCCCTT;SOR=0.862;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=70;WE=115088655;WS=115088637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr11	115102224	rs11607928	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr11	116628401	rs2075295	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=880;ReadPosRankSum=0.537;SC=GAAATCCTTCTTTGCATATAG;SOR=0.646;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=46;WE=116628409;WS=116628391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr11	116629734	rs35268246	TA	T,TAA	311.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.739;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,10,13:0.36,0.46:28
chr11	116629905	rs17519093	G	A	5068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.959;SC=CCTATGCAACGGAAAAGGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=132;TCR=170;TR=210;WE=116629913;WS=116629895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,219:0.70:315
chr11	116631542	rs35004487	G	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AGAGAGGTCAGAATCAGAGCT;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=74;WE=116631550;WS=116631532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr11	116631707	rs3825041	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=743;SC=TCTGATGTCCTCTAGGTGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=116631715;WS=116631697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	116633825	rs918144	C	T	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GAGAAGGATCCGGGGTGTCAT;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=140;TCR=96;TR=234;WE=116633833;WS=116633815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr11	116633947	rs10488698	G	A	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GTATCGTGACGAAAATGTCTG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=111;TCR=164;TR=198;WE=116633955;WS=116633937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,206:0.72:286
chr11	116641026	rs74447461	A	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.996;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr11	116641028	rs1263151	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=309;SC=AGTTCAAAATCCTACAGGATC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=116641036;WS=116641016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	116653762	rs76836072	C	T	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AATGAGAGGTCAGTTTAAGCT;SOR=1.088;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=92;WE=116653770;WS=116653752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,101:0.78:130
chr11	116661826	rs2072560	T	C	9521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=150;PP=2965;SC=ACTGCTAGCCTCCATCATCTC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=318;TCF=166;TCR=152;TR=316;WE=116661834;WS=116661816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	116662352	rs34282181	G	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chr11	116662579	rs651821	C	T	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=2407;ReadPosRankSum=1.820;SC=CTTGCCATTACCTGCTCTGAG;SOR=0.378;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=127;WE=116662587;WS=116662569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr11	116692334	rs5104	C	T	5666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.788;SC=GGCCTGCGTGCTGACCTGGGT;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=162;TCR=145;TR=226;WE=116692342;WS=116692324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,235:0.73:320
chr11	116692694	rs5100	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=-0.696;SC=ACACGTGCTAGGACAGGTGAG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=28;WE=116692702;WS=116692684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr11	116693354	rs5093	G	A	6322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.700;SC=CGTCACCACCGCACACTGTAG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=186;TCR=159;TR=257;WE=116693362;WS=116693344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,275:0.75:366
chr11	116693464	rs5092	C	T	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=86;PP=2283;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCCACATCACCGTGGCCACCT;SOR=0.975;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=80;TCR=126;TR=136;WE=116693472;WS=116693454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,146:0.67:217
chr11	116701153	rs2070668	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=0.839;SC=GAGCCCGTATTAGCAGGGAGC;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=16;WE=116701161;WS=116701152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr11	116701674	rs2070666	T	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CACCCGCCCCTGCCCTGGTGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=27;WE=116701682;WS=116701664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr11	116703640	rs5128	G	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=1015;ReadPosRankSum=1.755;SC=TCCATCCTGCGAGCTCCTTGG;SOR=1.048;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=55;WE=116703648;WS=116703630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
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chr11	116718366	rs628418	C	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,50:0.24:205
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chr11	116744447	rs1263160	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=1.009;SC=AAGGGAGCCATGGGTCATGAC;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=8;WE=116744455;WS=116744437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr11	117030624	rs35139041	AT	A	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.834;NF=21;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CCAGTTAATAATTTTTTTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=31;WE=117030633;WS=117030614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr11	117032125	rs3736120	G	T	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=227;SC=TACTGTCATTGCTTGAGAATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=117032133;WS=117032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	117034388	rs3057863	CAAAAAA	C	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=42.03;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	117034619	rs7122944	G	T	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.683;SC=GTATGTAGTCGTTGGTGGGTA;SOR=0.915;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=239;TCF=107;TCR=132;TR=183;WE=117034627;WS=117034609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,184:0.76:241
chr11	117034729	rs10790175	T	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=922;ReadPosRankSum=0.436;SC=TATCATACTTTCGTTGACCTC;SOR=0.410;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=49;WE=117034737;WS=117034719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr11	117042238	rs10750103	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.324;NF=19;NR=5;PP=380;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GGCAACAGAGCGAGACTCTTG;SOR=0.105;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=24;WE=117042246;WS=117042228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr11	117042377	rs4936367	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.603;SC=CTCAGAGATAGTGAGACTAGA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=108;WE=117042385;WS=117042367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,109:0.63:173
chr11	117052069	rs35248926	GTCTCT	G	6509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.878;NF=41;NR=51;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGGGCTCATAGTCTCTGGAGC;SOR=0.663;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=92;WE=117052081;WS=117052059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,160:0.80:200
chr11	117053165	rs7946257	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=714;ReadPosRankSum=0.404;SC=ATAGGGGACTATTCCCTTCTA;SOR=0.140;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=36;WE=117053173;WS=117053155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr11	117059347	rs90192	C	T	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=7;PP=1541;SC=ATAATTGTTACAATTGCCTCA;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=62;WE=117059355;WS=117059337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	117059552	rs474339	G	A	7750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.701;SC=GGTCTGACCCGTGGGCCTGGC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=467;TCF=202;TCR=265;TR=332;WE=117059560;WS=117059542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,347:0.72:483
chr11	117063003	rs17120425	G	A	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,101:0.30:340
chr11	117064693	rs521171	C	G	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=90;PP=2651;ReadPosRankSum=-0.870;SC=AGCACTCACCCTCAGGCTCCT;SOR=0.796;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=107;TCR=106;TR=177;WE=117064701;WS=117064683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,181:0.82:221
chr11	117074109	rs12970	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,79:0.27:296
chr11	117074299	rs2269397	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=1.655;SC=GGGGTGTGCTTGCCCGCACAC;SOR=0.846;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=117074307;WS=117074289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	117077034	rs28590104	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-3.233;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,37:0.28:132
chr11	117078338	rs199953984	A	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQRankSum=-8.421;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr11	117090558	rs74830	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=385;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TCCCGGCTACCTGGGAGGCCC;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=37;WE=117090566;WS=117090548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr11	117095283	rs59781045	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr11	117095361	rs236919	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,21:0.14:155
chr11	117097931	rs45528535	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,36:0.24:150
chr11	117100594	rs500389	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-1.398;SC=GAAAAAGGATATGGAAGAGAT;SOR=0.689;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=22;WE=117100602;WS=117100584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr11	117109270	rs678837	G	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr11	117152540	rs505045	G	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr11	117160347	rs539765	A	G	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=83;PP=2965;SC=CGGAGGCAGCACCACTGACAC;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=204;WE=117160355;WS=117160337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	117163824	rs638405	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,28:0.13:211
chr11	117209268	rs573801	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=12.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.960;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
chr11	117222592	rs490262	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr11	117225982	rs74761525	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTCCAGAAGGCGACAGAGAAA;SOR=0.855;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=87;WE=117225990;WS=117225972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,91:0.73:125
chr11	117232492	rs2305825	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=1.300;SC=TATCTGTCTCCGACACTCCCA;SOR=0.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=9;WE=117232500;WS=117232482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr11	117241760	rs2305826	T	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=221;ReadPosRankSum=0.548;SC=CACATTCCTTTTGTCTTCCTT;SOR=0.865;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=16;WE=117241768;WS=117241750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr11	117251143	rs2305828	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCAGCTGTGAACCTAGCCAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=117251151;WS=117251139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	117251521	rs2061293	G	C	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=89;SC=TCAGTGTACAGTTGCTTGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=117251529;WS=117251511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	117252489	rs897836	T	C	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=54;PP=2013;SC=AAGAAGAGCCTCCCCAGGGCC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=114;WE=117252497;WS=117252479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	117257876	rs2305829	G	T	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GAGGTGGGTGGACATTAACCC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=76;WE=117257884;WS=117257866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,81:0.72:112
chr11	117280724	rs5795079	TC	T	8172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.816;QD=24.92;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,247:0.75:328
chr11	117282800	rs522885	G	T	15460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=245;NR=295;PP=2965;SC=CTCTCTTCTCGTCAACACCCA;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=545;TCF=246;TCR=299;TR=540;WE=117282808;WS=117282790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr11	117299015	rs2925768	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.527;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr11	117299039	rs3741283	G	C	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=1769;ReadPosRankSum=2.939;SC=CTCTTCCTGCGGGCCCTACAC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=120;WE=117299047;WS=117299029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,121:0.70:173
chr11	117303242	rs60580523	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=10.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,38:0.25:150
chr11	117303393	rs880615	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=366;SC=ATTGTGATCACTGCTCACTGC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=117303401;WS=117303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	117304196	rs2242133	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,23:0.16:140
chr11	117306291	rs661789	G	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=429;SC=TGTGAGCCAGGGAAGGGGGGG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=117306299;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	117308927	rs10892101	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	117309494	rs74490241	CG	AA	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=12;PP=1550;SC=GCCCCCAGATCGTTTCTGTCA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=69;WE=117309503;WS=117309484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	117309527	rs75808396	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=4.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
chr11	117329415	rs520328	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr11	117329597	rs115831160	G	C	7920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=1.102;SC=GCTCCCGCGTGGTGGTGATGT;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=468;TCF=234;TCR=234;TR=347;WE=117329605;WS=117329587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,357:0.73:487
chr11	117332343	rs2298766	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr11	117332352	rs588048	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.48;SOR=2.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	117335722	rs538847	T	C	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=75;PP=2965;SC=GATTGAAGGCTTGGACCACCA;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=174;WE=117335730;WS=117335712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	117340562	rs146818905	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=826;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GGGAGCTTTCGTCCTGGATTG;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=62;WE=117340570;WS=117340552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,74:0.85:87
chr11	117351147	rs75603981	C	T	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=77;PP=2929;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CCCTCCTGGCCCAGCGCCTAC;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=234;TCF=136;TCR=98;TR=177;WE=117351155;WS=117351137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,180:0.74:242
chr11	117376413	rs34138305	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=6.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,64:0.25:261
chr11	117376506	.	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.353;SC=TGGCCGCCAACGCCGCCTCAC;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=17;WE=117376514;WS=117376496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr11	117403235	rs3741280	G	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,59:0.21:279
chr11	117580356	rs605500	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=1073;SC=GAGAGGGTTACAGAACCATAA;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=117580364;WS=117580346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	117580509	rs655086	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCGGCTGTGAAAAAGAATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=8;WE=117580517;WS=117580499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr11	117668104	rs11216549	C	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCGGCCCGGGCCAGACCGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=117668112;WS=117668094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	117691386	rs869789	G	A	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1260;ReadPosRankSum=0.458;SC=CATACCTGCTGTTACGGCTCA;SOR=0.664;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=84;WE=117691394;WS=117691376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr11	117698762	rs7117314	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=814;ReadPosRankSum=0.863;SC=AGGAGTGCAGGAGAGCAGGGA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=55;WE=117698770;WS=117698752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr11	117707191	rs10790214	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=39;PP=1543;SC=TCTCCTGCTTTAGGCTCCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=117707199;WS=117707181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	117709028	rs516655	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,26:0.18:146
chr11	117711092	rs71482118	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,52:0.19:268
chr11	117713653	rs149530999	C	CT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.883;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	117772787	rs71041806	GCA	G	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	117773110	rs494457	G	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=740;SC=CAAGGAGGGAGAGCAAAGGGA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=117773118;WS=117773100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	117774146	rs2186627	C	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,46:0.23:199
chr11	117774291	rs2845712	A	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=8.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,79:0.24:324
chr11	117774394	rs59590191	A	G	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AAATCCAGGGAAGAACTTCTG;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=125;TCR=145;TR=196;WE=117774402;WS=117774384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,209:0.73:288
chr11	117774560	rs3809041	G	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=451;ReadPosRankSum=0.185;SC=GGATGGGACAGGTGGTCCATG;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=23;WE=117774568;WS=117774550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr11	117774829	rs3809040	G	A	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TCAGTGAAGTGGGGTGGAGGA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=68;WE=117774837;WS=117774819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,74:0.84:88
chr11	117776471	rs3802873	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,31:0.28:112
chr11	117776526	rs3802872	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AAGGAGCACAACCACTCTGGG;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=21;WE=117776534;WS=117776516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr11	117781435	rs2155194	A	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=44;PP=2221;SC=AACACTGGAGAGAGATATACC;SOR=1.138;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=126;WE=117781443;WS=117781425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	117781618	rs2155195	A	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=974;SC=CCCTTTCCCCATGTGACATTG;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=117781626;WS=117781608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	117782638	rs2277288	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=1160;SC=CAAGTCCTCCAGCAGGCTAGA;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=117782646;WS=117782628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	117784434	rs11605749	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=0.046;SC=TTGAGACACCCTATGAAGAGC;SOR=0.540;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=33;WE=117784442;WS=117784424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr11	117785260	rs4936410	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,70:0.23:305
chr11	117789312	rs201746372	CGGGCTGGAGATGCCT	C	4313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=68;PP=2933;SC=CGGAGATGCCCGGGCTGGAGA;SOR=1.802;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=126;TCF=8;TCR=118;TR=75;WE=117789334;WS=117789302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	117790658	rs10790220	C	G	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=61;PP=1831;SC=ATGGGGCCCCCTGGCCCTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=117790666;WS=117790648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	117790674	rs12418028	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTGCAGGGCCAGGAACACCTT;SOR=0.427;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=22;WE=117790682;WS=117790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr11	117799923	rs7928668	T	C	9528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=161;PP=2965;SC=CAGAGGTAGCTGTCCCACCTG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=175;TCR=161;TR=334;WE=117799931;WS=117799913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	117800083	rs10892196	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=68;PP=2393;SC=TCCATCTTGGTCCCTGGCTTC;SOR=1.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=104;WE=117800091;WS=117800073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	117800169	rs11600129	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=494;SC=CCGGTTGGGACGTGTGAAGTA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=117800177;WS=117800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	117863829	rs2508450	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=469;ReadPosRankSum=-1.381;SC=TTGACAAACCTGTGGCCAAGT;SOR=2.975;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=22;WE=117863837;WS=117863819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr11	117863888	rs4252307	C	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.848;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=15;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AAAGTCTCGGCGGGGACACCC;SOR=1.378;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=121;TCF=92;TCR=29;TR=76;WE=117863896;WS=117863878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,78:0.63:124
chr11	117864063	rs3135932	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr11	117864113	rs2228054	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GCAAGGTGCCGGGAAACTTCA;SOR=1.207;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=59;WE=117864121;WS=117864103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr11	117864846	rs2228055	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AGAGGAGTGCATCTCCCTCAC;SOR=1.142;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=64;WE=117864854;WS=117864836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr11	117869670	rs2229113	A	G	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=81;PP=2613;ReadPosRankSum=0.442;SC=GCTGGGAAACAGGGAGCCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=145;WE=117869678;WS=117869660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,150:0.73:206
chr11	117896135	rs58768562	C	T	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.662;SC=AGTGTGTAAACGTTCCCTTTC;SOR=0.816;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=84;WE=117896143;WS=117896125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,93:0.67:138
chr11	117896521	rs56137014	T	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=-1.144;SC=ATCAGGTCCCTTTTGTCAGTT;SOR=1.421;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=26;WE=117896529;WS=117896511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	117899803	rs617357	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.605;SC=TAAAGGACATGGCAATCACAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=117899824;WS=117899793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	117899816	rs617345	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=296;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AATCACACGCTTGAAGTATAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=117899824;WS=117899793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	117965595	rs2276123	C	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=84;PP=2915;SC=GGCTTTCATTCGTCCACCTTA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=155;WE=117965603;WS=117965585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	117965646	rs2276125	G	A	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1588;SC=TAAGCCACTCGCGCCTGGCCC;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=117965654;WS=117965636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	117973673	rs2276129	G	A	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=13;PP=2048;SC=GCCCAAGTCTGTGTGCTACCA;SOR=3.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=77;TCR=13;TR=90;WE=117973681;WS=117973663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	117979744	rs10892216	C	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=1044;SC=TTGGGCTTGTCGGTCAATGCC;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=117979752;WS=117979734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	117979814	rs10892217	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=348;SC=TTTCCAAGCCCCAGTTTCCCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=117979822;WS=117979804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	117982495	rs1941635	T	G	11452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=242;NR=157;PP=2965;SC=GTGGTGGGTGTGGAGGAGGCC;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=243;TCR=159;TR=399;WE=117982503;WS=117982485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr11	117988082	rs642215	T	C	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=103;PP=2965;SC=GCATCGTTAGTTGGGGCTATG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=128;TCR=104;TR=231;WE=117988090;WS=117988072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	117988223	rs643014	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=72;PP=2178;SC=TCTACCTGGGGGGTGCCAATC;SOR=1.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=105;WE=117988231;WS=117988213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	117988539	rs671111	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=29;PP=1294;SC=AGAAAAGGAAGACTCACGTTA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=67;WE=117988547;WS=117988529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	118011776	rs668468	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=150;SC=TGAGAGATGGGGAGGGGGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=118011784;WS=118011766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118011805	rs644287	C	T	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=154;SC=GAACAGAGAGCGGTAGGAATG;SOR=3.056;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=118011813;WS=118011795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118016068	rs1793137	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=335;SC=CAGTGCCAACCTCGGGAGGAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=118016076;WS=118016058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118037813	rs8192613	G	T	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.799;SC=TGGAAAGGAAGCAGAGCCACT;SOR=1.028;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=54;TCR=176;TR=162;WE=118037821;WS=118037803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,165:0.71:232
chr11	118067426	rs648947	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=375;ReadPosRankSum=1.722;SC=CACCTGGCTCAGCTGAGGCCA;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=27;WE=118067434;WS=118067416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr11	118067621	rs951657	A	G	5205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=2.184;SC=CCTATTTGCTAGGCATCGACC;SOR=0.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=139;TCR=145;TR=210;WE=118067629;WS=118067611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,224:0.74:301
chr11	118068949	rs1617182	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=646;ReadPosRankSum=0.332;SC=GCCAGGGCTACCCGGCTCACC;SOR=1.556;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=32;WE=118068957;WS=118068939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr11	118071097	rs1626649	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=-1.399;SC=GAGAATGGCATAAGTAGGGCC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=118071105;WS=118071087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	118074117	rs1793173	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=390;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGGTCCCTCAATGCTCCCCAG;SOR=0.203;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=22;WE=118074125;WS=118074107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr11	118074337	rs1793174	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=63;PP=1787;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGAGTACTCCACAGACATCCT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=107;WE=118074345;WS=118074327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,110:0.72:153
chr11	118081345	rs17121881	A	T	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1956;ReadPosRankSum=0.122;SC=ATTGCATAAGATGTCCCCCAT;SOR=0.523;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=124;WE=118081353;WS=118081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,135:0.73:185
chr11	118081468	rs17121882	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AAAAGAGGTGCCAGACCGAGG;SOR=0.590;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=61;WE=118081476;WS=118081458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,69:0.70:98
chr11	118083664	rs1715429	A	G	5675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TTGCTCTTAAATCTCCCACTG;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=159;TCR=164;TR=237;WE=118083672;WS=118083654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,246:0.73:337
chr11	118107805	rs1793140	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=912;ReadPosRankSum=0.709;SC=GAATATTATGATGCACATCTG;SOR=1.020;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=58;WE=118107813;WS=118107795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,64:0.70:92
chr11	118108003	rs1793141	G	A	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1451;ReadPosRankSum=0.516;SC=TGAGAGAAAAGGTTAACTTGG;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=85;WE=118108011;WS=118107993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,90:0.74:121
chr11	118110977	rs2853006	T	C	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.324;SC=CTATAGTAAGTTTGTCAGTGA;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=181;WE=118110985;WS=118110967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,185:0.73:255
chr11	118134597	rs4936426	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTGCCTGAATCACTGGCAGCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=118134605;WS=118134587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	118134763	.	A	G	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1146;ReadPosRankSum=0.377;SC=AACTTTATAGAGTGAGCAGTG;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=306;TCF=169;TCR=137;TR=90;WE=118134771;WS=118134753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,91:0.29:310
chr11	118134785	rs1624780	T	G	5496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.552;SC=AGGAGGAAACTCTGAGAGAAG;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=339;TCF=181;TCR=158;TR=244;WE=118134793;WS=118134775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,249:0.72:344
chr11	118179197	rs1599810	A	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.04;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr11	118179200	rs1599809	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.92;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr11	118182801	rs1945764	G	A	556.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9848;FS=3.598;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=-1.745;SC=CACTAGAAAAGTTTTACCTAC;SOR=2.400;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=21;WE=118182809;WS=118182791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr11	118182829	rs1945765	T	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=584;ReadPosRankSum=1.355;SC=ACTTAAACCATGATATTTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=31;WE=118182837;WS=118182819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr11	118209960	rs2276424	A	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=30;PP=995;SC=AGGAGAAGAGAAAACGGTCAG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=118209968;WS=118209950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	118210106	rs2276423	G	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=20;PP=1428;SC=CATTCAGTGTGAGCCTCTCTA;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=118210114;WS=118210096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	118210424	rs67065773	TAC	T	4682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.260;QD=24.78;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,166:0.88:189
chr11	118215075	rs150376137	AGGCT	A	1367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=997;ReadPosRankSum=0.953;SC=GCTGCTGCACAGGCTGGCTGG;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=20;WE=118215086;WS=118215065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr11	118220536	rs142915569	T	C	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GCCAAAAATATCACATGGTTT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=159;TCR=138;TR=207;WE=118220544;WS=118220526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,216:0.70:307
chr11	118221137	rs3753060	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=442;ReadPosRankSum=0.181;SC=AGGATCTTCCCTTGCCCTGCC;SOR=1.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=22;WE=118221145;WS=118221127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr11	118221349	rs3753059	TG	CT	5353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=2944;ReadPosRankSum=0.714;SC=TCGTCCTTGCTGTTGGGGTCT;SOR=0.468;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=114;WE=118221358;WS=118221339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,135:0.73:185
chr11	118221474	rs1561966	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=521;ReadPosRankSum=2.155;SC=TGTACCCAATGGAAGAGACTG;SOR=3.309;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=22;WE=118221482;WS=118221464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr11	118223214	.	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=9.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,45:0.25:182
chr11	118239266	rs2276421	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=909;ReadPosRankSum=1.136;SC=CATCTTCTTGGTTACATTTAT;SOR=1.130;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=48;WE=118239274;WS=118239256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr11	118240332	rs11216860	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=273;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CTCCAACTTATGCTTGTGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=17;WE=118240340;WS=118240322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr11	118245971	rs143426471	C	CTG	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.148;NF=0;NR=26;PP=1068;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTTCTCAAAACTGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=26;WE=118245979;WS=118245961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr11	118250586	rs7949539	A	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=112;SC=TTTTGGAGAAACAACTCAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=118250594;WS=118250576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118255278	rs6589663	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=671;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAAGCAAATGGCTACACATAA;SOR=0.347;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=36;WE=118255286;WS=118255268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr11	118257048	rs3216092	G	GT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=375;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ATGGTCCCTCGTTTTCCCAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=118257056;WS=118257038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr11	118359161	rs572126	G	A	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=109;SC=ATCTCCCGCAGTGTCCAATAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=118359169;WS=118359154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118362414	rs562780	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=17;PP=1073;SC=TTCCTCTCTCTCATTCTTCAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=118362422;WS=118362404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	118369265	.	TAA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr11	118373018	.	AAT	A	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=50;QD=30.0;SC=GTTACCTATAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=2;WE=118373027;WS=118373008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr11	118391375	rs576950	A	G	226.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=209;SC=CAAAAAAAAAAGGGGGGCGCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=118391383;WS=118391374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118402625	rs140430387	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,51:0.25:201
chr11	118416372	.	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.637;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.713;SC=ACCTTTGAGTGCTGCCAAAGA;SOR=0.061;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=6;WE=118416380;WS=118416362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr11	118500963	rs680465	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=788;SC=GCCTGCGGGAGAAGGCAACAA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=118500971;WS=118500953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118505676	rs58507527	GT	G	3558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=34;PP=2306;SC=GAGGCACCTGGTAGGCCCGCC;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=118505684;WS=118505666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	118518964	rs11314049	GC	G	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=330;SC=CCCCAAAACAGCACCCACCAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=118518972;WS=118518954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118529017	rs6589669	T	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=26.34;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118529044	rs11448549	C	CG	1366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=797;SC=GAAGGGTGGCCCCAGGCAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=118529052;WS=118529034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	118529069	rs6589670	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=43.65;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	118529078	rs6589671	G	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=47.03;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118622744	rs6589689	G	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=32;PP=1231;SC=CACAAAGAGAGGAGCATTCCC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=118622752;WS=118622734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	118625609	rs580079	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=34;PP=935;SC=AAAAAACATGCGTTTAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=118625617;WS=118625599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	118651809	rs555649	T	C	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=86;PP=2768;SC=TTATTCTACTTGTATTTTACA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=165;WE=118651817;WS=118651799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	118757191	rs1790192	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr11	118757201	rs3176908	C	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=31;PP=462;SC=GGGGTGGGGACGGGCTGCTAA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=118757209;WS=118757181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	118757219	rs1623316	C	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TAATTCTCATCAATGAAAGGT;SOR=1.312;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=13;WE=118757227;WS=118757209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr11	118765267	rs598207	G	C	5821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GGCTCCTGACGAAGCTGGGCT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=113;TCR=203;TR=230;WE=118765275;WS=118765257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,237:0.73:326
chr11	118768466	rs35636302	C	CT	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr11	118769442	rs7104819	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.732;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1587;ReadPosRankSum=0.439;SC=ACATCTGTCCAGGGTGGCACA;SOR=0.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=95;WE=118769450;WS=118769432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,92:0.75:122
chr11	118770321	rs11217083	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GCCAGAGGTCAAAGTCTTCAC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=118770329;WS=118770311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	118781601	rs11376918	C	CA	16403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.11;NF=37;NR=195;PP=2971;SC=GACAGGGAGACAAGACACGCA;SOR=1.065;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=249;TCF=38;TCR=211;TR=232;WE=118781609;WS=118781591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr11	118781638	rs11376919	C	CG	10477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=150;PP=2974;SC=AGAGGCGCGCCGAGGCCAGGG;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=15;TCR=150;TR=165;WE=118781646;WS=118781628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	118781655	rs11376920	C	CG	7351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=133;PP=2971;SC=AGGGAAGCGCCGCCGGAGCGG;SOR=1.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=9;TCR=135;TR=142;WE=118781663;WS=118781645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	118828184	rs45586434	C	A	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.167;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.688;SC=GAAAGCTGGGCCTCTTGGAGG;SOR=0.365;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=93;WE=118828192;WS=118828174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,102:0.77:132
chr11	118842745	rs36158515	A	AG	4801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.408;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.237;NF=1;NR=110;PP=2974;ReadPosRankSum=0.371;SC=GGCGTGGCGGAGGGTGGCCTA;SOR=2.192;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=133;TCF=2;TCR=131;TR=111;WE=118842753;WS=118842735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr11	118842780	.	A	AG	3068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=73;PP=2957;SC=CCCGGGGCAGACGGCTCCCCA;SOR=2.554;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=74;WE=118842788;WS=118842770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	118851138	rs4456264	C	T	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TAGAACATGCCCCAGAGAAGG;SOR=0.428;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=75;WE=118851146;WS=118851128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,80:0.75:106
chr11	118852081	rs4938606	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=40;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TTGGAGATGGAATGCCTTCAG;SOR=1.247;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=46;WE=118852089;WS=118852071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr11	118867695	rs4938617	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=925;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CAAGAATGTGCGTTACTGACA;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=67;WE=118867703;WS=118867685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,73:0.78:93
chr11	118867803	rs4938618	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=-1.625;SC=GGCAGACGTTGAATCATTTCC;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=23;WE=118867811;WS=118867793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr11	118868842	rs58467585	A	AG	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=466;SC=CCGAGGGGTCAGGGTCAGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=118868850;WS=118868832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118869460	rs3737504	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GGTAGGGGTCATATGCTGCCA;SOR=1.432;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=26;WE=118869468;WS=118869450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr11	118872404	rs6589713	T	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=694;ReadPosRankSum=1.514;SC=CAGTTCAAACTTGTGCTGTGC;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=50;WE=118872412;WS=118872394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,61:0.76:80
chr11	118875472	.	TA	T	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.469;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr11	118886117	rs10111	C	T	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=62;PP=2443;ReadPosRankSum=1.527;SC=CTTTTGGCCGCGTCTGGAATA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=118;TCR=78;TR=158;WE=118886125;WS=118886107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,164:0.80:206
chr11	118886656	rs7131534	G	A	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=88;PP=2870;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGTCCTAGGGGGAGAGAATAG;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=178;WE=118886664;WS=118886646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,197:0.74:268
chr11	118888619	rs11602764	A	G	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TTACTAGAGGATTACGAGAGA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=87;WE=118888627;WS=118888609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,96:0.75:128
chr11	118888831	rs11820805	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.544;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=936;ReadPosRankSum=1.860;SC=TACTGCGCCCTCAGCCCCCGC;SOR=0.086;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=44;WE=118888839;WS=118888821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr11	118889114	rs10892321	A	G	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=116;PP=2965;SC=TCCGGGGCAAAAGGCGGAGCC;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=195;WE=118889122;WS=118889104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	118889132	rs11217124	A	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=68;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GCCAGGCAGAAGAAGTCCCAC;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=103;WE=118889140;WS=118889122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,107:0.75:142
chr11	118889185	rs11217125	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=551;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGACAGGAAGTGGATTCTAGT;SOR=1.222;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=32;WE=118889193;WS=118889175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr11	118889396	rs72350455	G	GAGGAGA	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.19;MQRankSum=1.520;QD=33.05;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr11	118890085	rs4938619	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=0.422;SC=TTTCTTAAATCGTCGTTCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=22;WE=118890093;WS=118890075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr11	118894287	rs569	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TTCTGTATATACCATGGTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=25;WE=118894295;WS=118894277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr11	118895686	rs8192696	C	T	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=87;PP=2958;ReadPosRankSum=1.274;SC=AGAAGGCAGCCGTGCTGGCCG;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=132;TCR=120;TR=187;WE=118895694;WS=118895676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,197:0.74:265
chr11	118896115	rs2276072	AA	GC	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=578;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AAGCAAGAAGAAGGCTTGGTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=118896124;WS=118896105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr11	118897631	.	C	T	3414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=53;PP=2154;ReadPosRankSum=1.347;SC=CACCCTTGTCCCCATGCTCAT;SOR=0.891;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=122;TCR=78;TR=142;WE=118897639;WS=118897621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,149:0.73:205
chr11	118898319	rs741811	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CCCAGTGGTCGGTCTGGGTGG;SOR=0.400;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=81;WE=118898327;WS=118898309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,88:0.80:110
chr11	118898435	rs56966114	AC	A	12152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=156;PP=2972;SC=AGACAACCACACCACAGTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=51;TCR=156;TR=206;WE=118898443;WS=118898425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	118899218	rs4936459	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=63;PP=1473;ReadPosRankSum=-3.480;SC=GTCAGGTGTGCAGGGGTGCCC;SOR=1.008;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=90;WE=118899226;WS=118899208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,95:0.81:118
chr11	118915755	rs13929	G	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
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chr11	118919206	rs568922	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,45:0.21:215
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chr11	118939939	rs5795166	T	TC	4323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=35;PP=2936;SC=CTTGCCACGTTCCTACAGCTT;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=118939947;WS=118939929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	118940957	rs1784302	C	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,59:0.24:249
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chr11	118949331	rs1177562	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,35:0.27:131
chr11	118949799	rs1168568	G	A	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,130:0.25:522
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chr11	118952371	rs4614	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr11	118958869	rs1006195	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr11	118959331	rs17075	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=30;PP=2360;SC=ACTAATCCAAGTCTCTACCCG;SOR=1.940;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=108;WE=118959339;WS=118959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	118959732	rs549893	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=574;SC=CGTAGCACAGCGCTAGGCTCA;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=118959740;WS=118959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	118962816	rs1784304	C	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.556;NF=37;NR=14;PP=735;ReadPosRankSum=-2.438;SC=CCTTTTGACTCCCTGTTCCGC;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=51;WE=118962824;WS=118962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr11	118967758	rs643788	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
chr11	118970875	rs10892330	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=229;SC=ATAATTACTATGCATATTGCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=118970883;WS=118970865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	118973112	rs3825060	AA	GC	13767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=142;PP=2947;SC=TCCCGGAAACAAAGCTACGAT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=142;TCR=149;TR=281;WE=118973121;WS=118973102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	118973133	rs10790282	G	A	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=104;PP=2902;ReadPosRankSum=-2.363;SC=TTGGAAGGATGGTGTAAATTC;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=186;WE=118973141;WS=118973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,192:0.76:254
chr11	118978411	rs7940073	G	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	118981025	rs617948	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=873;ReadPosRankSum=0.776;SC=GGATCTAAGGATTGGTTTCAG;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=51;WE=118981033;WS=118981015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr11	118983434	rs2239896	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,65:0.25:264
chr11	118983681	rs682795	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=427;SC=TTAATTCCAACTCCCCCTGTT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=118983689;WS=118983671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	118984287	rs4938630	A	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	118986630	rs608444	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=376;SC=GAGGAAGCCTGGCTTCTGGGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=118986638;WS=118986629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	118986659	rs608793	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=416;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TGATCCTGTCCACATCCTCTT;SOR=1.814;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=17;WE=118986667;WS=118986649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr11	118986972	rs3741333	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,70:0.23:300
chr11	118997869	rs547345	C	T	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.658;SC=GGGAGGAGCTCAAGGAAAGGT;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=85;WE=118997877;WS=118997859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,96:0.84:114
chr11	119002768	rs73562872	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr11	119004686	rs658922	T	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GTCACTTGGATTCCAGGACTT;SOR=0.708;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=10;WE=119004694;WS=119004676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr11	119005088	rs512703	C	T	13258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=204;NR=269;PP=2965;SC=AGCAAGAGATCGTCTACTATG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=473;TCF=204;TCR=269;TR=473;WE=119005096;WS=119005078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr11	119024931	rs4148167	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=2.315;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,56:0.26:213
chr11	119027545	rs4148170	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,74:0.20:363
chr11	119028813	rs626776	C	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=632;SC=CTTAATGGTACAAGATTCTCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=119028821;WS=119028809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr11	119043500	rs644252	T	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr11	119043656	rs643423	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,53:0.24:221
chr11	119050352	rs140191229	T	TGAACAGGCACATGGAAGGCC	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=7.170;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,15:0.16:93
chr11	119052826	rs4245191	C	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=847;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CCGCTGACGGCGGCAGGTGTT;SOR=0.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=225;TCF=129;TCR=96;TR=70;WE=119052834;WS=119052816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,79:0.34:235
chr11	119054208	rs45439091	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=40;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TCCCTCTGTGGCCTCCTGGCT;SOR=0.798;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=7;WE=119054216;WS=119054198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr11	119056056	.	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	119056273	rs73564493	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=152;ReadPosRankSum=1.515;SC=GCAGGGGGCCGACTTGGAGGC;SOR=0.451;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=18;WE=119056281;WS=119056263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr11	119059404	rs1815811	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,74:0.28:264
chr11	119060963	rs45535039	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr11	119064394	rs11217175	C	T	7834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.428;SC=CTCCTTGTTTCCCTTCCTTGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=251;TCR=145;TR=317;WE=119064402;WS=119064384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,328:0.80:410
chr11	119065484	rs60630529	A	AC	5628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=31;PP=2936;SC=CTCACTGCCCACCCTCTCTCA;SOR=2.260;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=86;TCR=33;TR=116;WE=119065493;WS=119065474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	119065709	rs10750139	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,75:0.26:289
chr11	119145705	rs3842642	G	GT	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr11	119146659	rs2511854	G	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=-1.390;SC=GCCTTCCACCGTAATACCAGC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=18;WE=119146667;WS=119146649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr11	119148573	rs2510152	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,60:0.24:250
chr11	119155618	rs2298650	G	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr11	119181170	rs2249466	T	C	6348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=124;PP=2965;SC=GAGACGGGGGTAGCGTGCTGG;SOR=1.009;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=100;TCR=125;TR=224;WE=119181178;WS=119181160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	119181674	rs2510146	G	C	15954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=316;PP=2965;SC=ACCATCGTTGGCCCAGCCAGT;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=577;TCF=258;TCR=319;TR=574;WE=119181682;WS=119181664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr11	119185133	rs6589731	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=683;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CCCAAAGCACCGAGATTACAG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=34;WE=119185141;WS=119185123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr11	119185347	rs6589732	G	A	6314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCATCTCAGCGGCTGCGCACC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=173;TCR=157;TR=257;WE=119185355;WS=119185337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,269:0.78:346
chr11	119205735	rs12797083	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=460;ReadPosRankSum=2.237;SC=TCATTTTCCTTCCAAATTAAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=20;WE=119205743;WS=119205725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr11	119205830	rs12795576	A	G	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2100;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCATAGCCCTATCATGGAGGC;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=120;WE=119205838;WS=119205820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,122:0.75:162
chr11	119206375	rs2511841	G	A	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.494;SC=GGAGGATGACGGACGTAGTGG;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=270;TCF=127;TCR=143;TR=207;WE=119206383;WS=119206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,212:0.77:277
chr11	119207928	rs6649	C	T	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=70;PP=2210;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TCACTAGGGTCCAAATACAGA;SOR=0.889;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=133;WE=119207936;WS=119207918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,143:0.71:201
chr11	119210583	rs1135258	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.569;SC=GGGCGGCAGGGTGAGAGTAGC;SOR=0.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=119210591;WS=119210573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	119214771	rs948413	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=596;ReadPosRankSum=2.120;SC=GGCTGGGGGGATGGGGTGGTG;SOR=1.453;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=28;WE=119214779;WS=119214761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr11	119215165	rs10790289	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1166;ReadPosRankSum=0.503;SC=ATAGGGCTGGCGGTGATTACA;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=64;WE=119215173;WS=119215155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr11	119215253	rs2509388	G	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.83;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr11	119215256	rs10892350	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr11	119216231	rs2510143	A	G	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=101;PP=2965;SC=GCTGTATTGCATGGTCTGTGG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=231;WE=119216239;WS=119216221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	119252151	rs565296	C	T	11047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=212;NR=175;PP=2965;SC=CCCCGAATCCCCCCTCCCGGA;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=212;TCR=176;TR=387;WE=119252159;WS=119252141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr11	119252199	rs670906	T	G	9722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=162;NR=168;PP=2965;SC=CTTCTTGGAGTATGGACGAGT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=163;TCR=168;TR=330;WE=119252207;WS=119252189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	119252448	rs7943722	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=1152;SC=AGTCGCGTCACGGCTATTGGC;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=119252456;WS=119252438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	119291403	rs3138093	T	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=13;PP=1468;SC=AACTGTGTTTTCAAAAACCAC;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=63;WE=119291411;WS=119291393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	119291445	rs3138092	T	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=38;PP=2074;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CGCGGTGGATTGGCTGACTTC;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=116;WE=119291453;WS=119291435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr11	119291688	rs3751026	A	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=75;PP=2290;SC=CACACTTACCACCAGGGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=115;WE=119291696;WS=119291678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	119509625	rs1022080	C	T	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1078;SC=AGAGCAGGCCCGGGAGCTCTG;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=119509633;WS=119509615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	119510644	rs7940667	A	C	11631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=210;NR=192;PP=2965;SC=GAGCACAGCAACTAGGATGAG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=403;TCF=211;TCR=192;TR=402;WE=119510652;WS=119510634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr11	119548052	rs10892429	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.075;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr11	119548698	rs2292293	T	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=810;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCAGCTGTGCTGCACCAAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=34;WE=119548706;WS=119548688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr11	119584506	rs4245205	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=621;SC=GGGCAGCTCCTATCTCTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=119584514;WS=119584496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	119879425	rs648374	T	C	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1037;ReadPosRankSum=0.950;SC=TTCTCCGAGATTGCGAGTGCC;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=67;WE=119879433;WS=119879415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr11	119984202	rs506127	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CATGCCCTGCAGATCCCAATA;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=119984210;WS=119984192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	119986182	rs3216120	C	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,75:0.28:268
chr11	119987576	rs488222	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=573;SC=GAGAAGGGACCGGCACACCCT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=119987584;WS=119987566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	119989123	rs10466596	G	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=993;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CTCTCTAGCCGCTGGCCACAA;SOR=1.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=57;WE=119989131;WS=119989113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,59:0.76:78
chr11	119992839	.	A	AGTGTGT	1152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.93;ReadPosRankSum=0.819;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr11	119992871	rs2508493	T	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=1.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	18462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=184;PP=2967;SC=GTTTCCCCAACCTCTCAGAGA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=95;TCR=189;TR=276;WE=119993906;WS=119993887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr11	119999191	rs569044	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=46;PP=2155;SC=TCCTTTTGCAATGACAGCTCC;SOR=1.035;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=108;WE=119999199;WS=119999181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	120007889	rs470645	G	T	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=17;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GAGGGGTGGGGTGAGAGAGGA;SOR=0.091;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=120;TCF=102;TCR=18;TR=93;WE=120007897;WS=120007879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
chr11	120040442	rs2444240	T	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=883;ReadPosRankSum=0.614;SC=GGCAAAGGCTTGCGGGATGCG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=44;WE=120040450;WS=120040432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr11	120041110	rs7949789	T	A	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,165:0.23:709
chr11	120041444	rs4936509	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=7.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.380;SOR=1.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr11	120097498	rs873059	T	C	6002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.427;SC=TGAAGCCAGGTAGGAGTGACT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=187;TCR=119;TR=243;WE=120097506;WS=120097488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,252:0.80:315
chr11	120099658	rs2508489	A	G	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=69;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GTGGGGGACCACGGGAAGCCC;SOR=0.378;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=149;WE=120099666;WS=120099648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,157:0.78:202
chr11	120099679	rs2508490	G	A	6097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=75;PP=2323;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TGCGTCTGCCGCTATGGCCTG;SOR=0.354;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=158;WE=120099687;WS=120099669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,164:0.76:216
chr11	120107411	rs882856	G	A	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1197;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCTAAAGGAGGAAGGGGTAAA;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=77;WE=120107419;WS=120107401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr11	120117335	rs73576276	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=381;ReadPosRankSum=-2.005;SC=CAACCAGACCCCAAAGCTAGG;SOR=0.342;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=35;WE=120117343;WS=120117325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr11	120175749	rs7110845	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.522;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr11	120186190	rs17245511	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=0.770;SC=TAAAAAATGGGATATTAGAAC;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=25;WE=120186198;WS=120186180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr11	120187971	rs2282537	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1704;ReadPosRankSum=0.071;SC=AACAACAGCAGGCCTTCATCT;SOR=0.528;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=103;WE=120187979;WS=120187961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,111:0.78:142
chr11	120188964	rs61898345	A	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=377;ReadPosRankSum=1.104;SC=TATTACTCCTACCTGCAAAAG;SOR=1.371;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=20;WE=120188972;WS=120188954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr11	120198093	rs1893261	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=-1.867;SC=AAATGACCCAGTGCTGTTTTC;SOR=0.361;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=26;WE=120198101;WS=120198083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr11	120278359	rs6589812	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=237;SC=TTCCTGGTTTTTCTTGTAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=120278367;WS=120278349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	120278688	rs7937612	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TTGCATTTAGTAGGAATGCAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=120278696;WS=120278678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	120292477	rs76693355	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TAAATGCAAATGAATCACATT;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=72;WE=120292485;WS=120292467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr11	120292570	rs532006	T	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=972;SC=AGGTAAGGAATAGGCTATTAT;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=120292578;WS=120292560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	120312746	rs723937	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=708;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CTACTCAATGGTGACCTAGCA;SOR=0.420;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=32;WE=120312754;WS=120312736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr11	120319064	rs2305008	A	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=74;PP=2249;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CAAGGTAAGAATGAAATAATG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=132;WE=120319072;WS=120319054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,139:0.71:196
chr11	120330149	rs2305010	G	C	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=206;SC=GAGAATGTAAGATAAATAAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=120330157;WS=120330139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	120338040	rs2305011	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr11	120340060	rs2305013	A	T	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.939;SC=ATCTTAAATTATGTAAATCAG;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=125;WE=120340068;WS=120340050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,139:0.74:188
chr11	120347886	rs111312404	T	TTGTTG	1354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.920;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=1376;ReadPosRankSum=0.375;SC=GATATTTCTTTTTTCTTTTTT;SOR=2.432;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=25;WE=120347894;WS=120347876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr11	120355028	rs141469382	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=443;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GTTAATATTTTTGAAATTTGG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=20;WE=120355036;WS=120355018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr11	120382409	rs7952113	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=7;PP=532;SC=CGCGCCTCGCTGCGCTCCTCC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=120382417;WS=120382399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	120690372	rs56326825	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr11	120707644	rs3934628	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,21:0.18:115
chr11	120732508	rs3824978	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=335;ReadPosRankSum=1.052;SC=TGTTAACTCCCAGAAAAACTG;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=16;WE=120732516;WS=120732498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr11	120745874	rs2230297	C	T	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=84;PP=2460;ReadPosRankSum=0.732;SC=TTACCGGCCACATTGAATTCA;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=170;WE=120745882;WS=120745864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,181:0.73:248
chr11	120745967	rs3824977	A	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1089;ReadPosRankSum=0.863;SC=GCCTAGCTGCACCGTGGTGAT;SOR=0.791;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=60;WE=120745975;WS=120745957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr11	120776001	rs2156634	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=807;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGCTGCAGGAGAACCCATATT;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=136;TCR=95;TR=69;WE=120776009;WS=120775991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,69:0.30:233
chr11	120823528	rs10750178	A	G	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=42;PP=2965;SC=TTGACTGAATATGTGCGGTGA;SOR=1.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=102;TCR=42;TR=144;WE=120823536;WS=120823518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	120823608	rs2298725	G	A	9361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=181;NR=166;PP=2965;SC=CATTTTCTCCGGGCGTCTGGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=181;TCR=166;TR=347;WE=120823616;WS=120823598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	120823721	rs2298724	A	G	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=64;PP=1875;SC=CCTCGTGTCCACCTCTGGGAA;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=88;WE=120823729;WS=120823711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	120827609	rs644057	A	G	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=103;PP=2965;SC=TCATGCAGCAAGGCTCCACCA;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=180;WE=120827617;WS=120827599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	120837821	rs2276319	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=33;PP=1949;SC=GGGTGGCCAGGAGGTGTGCCG;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=97;WE=120837829;WS=120837811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	120929197	rs3758891	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,37:0.26:145
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chr11	120996292	rs536069	A	G	7718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.547;SC=TGTACCACGCAGACTGGAAGT;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=422;TCF=230;TCR=192;TR=314;WE=120996300;WS=120996282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,330:0.75:441
chr11	120998942	rs10502247	C	T	7195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=1.511;SC=ACTTGGAAATCGACATCAACA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=459;TCF=196;TCR=263;TR=313;WE=120998950;WS=120998932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,324:0.68:477
chr11	121000212	rs643744	T	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=809;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GTTGGTATCTTTGTGGGTTCC;SOR=2.799;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=35;WE=121000220;WS=121000202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr11	121000784	rs586473	T	C	7025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.147;SC=TCACTGCCTATTACCGCACCT;SOR=0.456;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=387;TCF=188;TCR=199;TR=296;WE=121000792;WS=121000774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,307:0.77:397
chr11	121032978	rs526433	G	A	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=151;PP=2965;SC=GGCTGCTACAGCCACAAGAAG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=118;TCR=151;TR=268;WE=121032986;WS=121032968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	121037529	rs2186747	C	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=733;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GCAGAGGCAGCGACAGCTTCG;SOR=1.258;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=38;WE=121037537;WS=121037519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr11	121360884	rs560573	T	A	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=128;PP=2965;SC=TAGCTCCTTCTTGGTGGACAA;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=230;WE=121360892;WS=121360874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	121393212	rs630813	C	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=11;PP=909;SC=CAGCTGCACTCCCCTCACACA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=121393220;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	121403229	rs636588	T	C	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=166;PP=2965;SC=TCATCACGGCTATTGCCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=143;TCR=166;TR=309;WE=121403237;WS=121403219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr11	121403345	rs631232	T	C	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=48;PP=1365;SC=TATCTCTCTATAGCACTATGT;SOR=2.239;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=67;WE=121403353;WS=121403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	121437819	rs1699107	C	G	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=112;PP=2965;SC=CTGTGTCAAACAAGGTACTTC;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=183;WE=121437827;WS=121437809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	121445084	rs1792126	T	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=61;PP=1956;SC=TAAGGGGACATCACATCCTGA;SOR=1.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=121445092;WS=121445074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	121447807	rs1790212	A	G	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=61;PP=1889;SC=ACCCATTTGCAGCACACTGAC;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=121447815;WS=121447797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	121448090	rs2070045	T	G	10063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=187;PP=2965;SC=GGGACTGGTCTGATGAAGCCA;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=187;TCR=188;TR=374;WE=121448098;WS=121448080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr11	121448183	rs3824966	C	G	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=111;PP=2965;SC=TTTAAACGATCGGAAAATCTA;SOR=1.744;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=49;TCR=114;TR=160;WE=121448191;WS=121448173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	121475798	rs1784929	T	A	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=17;PP=1188;SC=ACTTTGTTTGTCTTTTTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=121475806;WS=121475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	121475922	rs3824968	T	A	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=72;NR=74;PP=2594;SC=TGCCCTCTGCTTCTTGTGTAT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=146;WE=121475930;WS=121475912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	121478958	rs2282649	C	T	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=36;PP=1049;SC=TCAGTATGACCGGAAAATGGA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=121478966;WS=121478948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	121489416	rs1784933	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=2;PP=1094;SC=CTTAAATTGGGGATTTCAAGG;SOR=4.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=121489424;WS=121489406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	121491782	rs1792120	G	A	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=67;PP=2965;SC=GTTGTATGCAGTTGCAGTCAA;SOR=1.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=127;TCR=67;TR=193;WE=121491790;WS=121491772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	121493072	rs11454566	T	TA	563.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.442;NF=2;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=-0.251;SC=ATAGATAGTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=121493080;WS=121493062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr11	122165766	rs532540	G	A	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=50;PP=1749;SC=ATGACAGTATGGACAGCCTCA;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=122165774;WS=122165756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	122172113	rs558962	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	122172318	rs615683	C	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	122172321	rs693194	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	122650172	rs4935813	C	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=745;SC=CTCCCCTTGTCTCTGAGTGAA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=122650180;WS=122650162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	122653689	rs12575062	C	A	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=34;PP=1939;ReadPosRankSum=0.424;SC=CCTTTCTATGCCTTTCCTTAA;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=108;TCR=47;TR=115;WE=122653697;WS=122653679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,119:0.74:160
chr11	122665437	rs872414	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr11	122665549	rs11218816	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=1.781;SC=GCAGGTAAGGCTGATTGCTAG;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=18;WE=122665557;WS=122665539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr11	122677047	rs3819248	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=579;ReadPosRankSum=-1.293;SC=GAAATAAAAGTTTAGAGTGAT;SOR=0.432;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=35;WE=122677055;WS=122677037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr11	122678911	rs2276408	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CTTTGGGGTCCGTGATGGCTA;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=33;WE=122678919;WS=122678901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr11	122709178	rs3134425	T	C	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1524;ReadPosRankSum=0.335;SC=TCTCCCCCTTTAAAAGAAACT;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=90;WE=122709186;WS=122709168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,97:0.70:138
chr11	122720710	rs34583080	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.319;SC=AATGAATGAACGAGACAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=122720718;WS=122720700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	122738062	rs57365669	CAA	C	252.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	122738261	rs2272094	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=49;PP=1864;SC=ATATGGAAGAAAGGTCAGTGG;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=122738269;WS=122738251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	122775227	rs3107630	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=235;SC=TGTCTAGATATCGCTTCCTTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=122775235;WS=122775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	122795688	rs11218891	T	C	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=88;PP=2960;SC=ATCCTGAAGATAAATGGCATC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=122795696;WS=122795678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	122795782	rs11218892	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=666;SC=AGTAATGATCGTGACTGAGTT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=122795790;WS=122795772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	122805910	rs4502006	C	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=433;SC=GTTCACCTAACAACTTCCTTA;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=18;WE=122805918;WS=122805900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	122830214	rs7107502	G	A	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=85;PP=2293;SC=GAAAAGAAACGCCAACCACCT;SOR=2.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=106;WE=122830222;WS=122830204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	122830274	rs1057704	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=531;SC=CTGCCGTCCATGTTTGCTTTC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=122830282;WS=122830264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	122849816	rs7939002	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr11	122929624	rs1461496	A	G	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=81;PP=2908;SC=TGGTCGCTCAAACATCCAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=138;WE=122929632;WS=122929614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	123065683	rs2302605	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
chr11	123154834	.	CTCCTTCCTTCCT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=-1.981;QD=22.10;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	123154894	rs149387350	TTC	T	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.79;MQRankSum=4.430;QD=18.66;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	123306172	rs17671708	T	C	4635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.648;SC=CTGCACAAAGTTGAAAATATG;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=144;TCR=115;TR=200;WE=123306180;WS=123306162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,201:0.75:269
chr11	123448305	rs76968140	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=809;ReadPosRankSum=0.561;SC=ACCCCGTTGAGGCGGTACCTC;SOR=3.664;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=36;WE=123448313;WS=123448295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr11	123454935	rs75440287	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=979;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GCCCACCCTCCGCTGTCTGTG;SOR=0.194;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=53;WE=123454943;WS=123454925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr11	123455101	.	T	TG	1563	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=143;MMLQ=26;MQ=58.46;NF=0;NR=18;PP=1563;QD=88.5555555556;SC=GAATGGAGGTTGGGGGAAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=18;WE=123455117;WS=123455091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr11	123455109	.	G	A	1007	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=143;MMLQ=28;MQ=58.4;NF=1;NR=16;PP=1007;QD=61.2806595616;SC=GTTGGGGGAAGGGGTGTGGGG;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=17;WE=123455117;WS=123455091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	123464637	rs1148101	G	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=472;SC=ACACCGAGGCGCCGTTCCTCA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=123464645;WS=123464627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	123464786	rs118067934	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,40:0.26:151
chr11	123479150	rs1148088	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=989;ReadPosRankSum=0.823;SC=GGTAGTGTCAGCTAAAGGAAA;SOR=0.349;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=56;WE=123479158;WS=123479140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr11	123485444	rs732211	T	C	5081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TCTTTAATTCTCCCCACAGGT;SOR=0.930;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=201;WE=123485452;WS=123485434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,216:0.79:272
chr11	123485561	rs1275061	T	C	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=98;PP=2944;ReadPosRankSum=0.939;SC=ATTCTAGGTTTTCCTATCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=93;TCR=130;TR=167;WE=123485569;WS=123485551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,172:0.74:232
chr11	123489111	rs1275077	C	T	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=81;PP=2138;ReadPosRankSum=0.435;SC=TCTTTTCCTCCCCACCGTACC;SOR=0.473;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=59;TCR=118;TR=126;WE=123489119;WS=123489101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,140:0.73:192
chr11	123504673	rs1148111	C	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=1014;SC=ACAGAGCTTTCTGACTTAAAG;SOR=5.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=36;WE=123504681;WS=123504663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	123504959	rs1148110	C	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=48;PP=1343;SC=CAGTGCCCAGCGTGGGAACAC;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=123504967;WS=123504949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	123513161	rs1275085	G	A	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=36;PP=2172;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CACCCTCCTCGGTGACTCTTA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=110;TCR=48;TR=120;WE=123513169;WS=123513151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,130:0.76:170
chr11	123513506	rs1783901	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr11	123596703	rs3183878	A	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,25:0.20:122
chr11	123597804	rs679597	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=35;PP=996;SC=AAGACTAAATAGAATGCCTGT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=123597812;WS=123597794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	123599044	rs675172	T	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=52;PP=1661;SC=TTGAAGGTCATACAATAGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=123599052;WS=123599034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	123600475	rs1144507	A	G	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=108;PP=2965;SC=CTCAGGCTCCACTCCTAAATG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=126;TCR=108;TR=234;WE=123600483;WS=123600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	123676388	rs76301014	G	A	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=86;PP=2965;SC=GAGGGGATACGCAGGATGGTA;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=174;WE=123676396;WS=123676378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	123753937	rs1939927	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=1.969;SC=ATTGCAGTGCATTCTGGTAAT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=34;WE=123753945;WS=123753927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr11	123754844	rs10893099	T	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=100;PP=2965;SC=GATCCTATAATTAGAGAAGTG;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=173;WE=123754852;WS=123754834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	123777049	rs10750249	G	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TTTTCATAGAGAGAAAACACT;SOR=0.241;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=8;WE=123777057;WS=123777039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr11	123777302	rs17127947	T	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,62:0.23:275
chr11	123777412	rs17127950	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,78:0.26:305
chr11	123777497	rs10750250	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=3.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,57:0.24:236
chr11	123777536	rs7926767	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,40:0.22:183
chr11	123777861	rs61748875	T	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=3.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=2.246;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,106:0.27:389
chr11	123777986	rs7942047	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,42:0.27:157
chr11	123778031	rs7927385	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr11	123847473	rs55944888	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,34:0.24:140
chr11	123848121	rs17686210	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,58:0.24:245
chr11	123848212	rs17759513	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,46:0.16:291
chr11	123848516	rs35674999	C	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=5.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.275;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,41:0.23:178
chr11	123886307	rs79057843	CA	TG	4012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-5.646;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,126:0.23:537
chr11	123886681	rs1893766	A	G	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-0.261;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,158:0.25:632
chr11	123886865	rs4084209	T	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-1.831;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,145:0.22:661
chr11	123886984	rs4936880	A	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=3.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.600;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,102:0.26:391
chr11	123887164	rs4936881	A	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=6.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-7.024;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.114;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,98:0.28:354
chr11	123887184	rs4936882	T	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=5.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-7.104;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.418;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,88:0.27:322
chr11	123887314	rs517598	T	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=914;SC=AGTGTTAAACTTTATTCCAAA;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=123887322;WS=123887304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	123909627	rs11219420	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQRankSum=-3.444;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,45:0.16:280
chr11	123909637	rs4936889	G	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQRankSum=-1.695;QD=4.54;ReadPosRankSum=-3.318;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,63:0.20:320
chr11	123909695	rs3894197	G	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-6.833;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,95:0.25:380
chr11	123988331	rs2276049	G	A	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=2.014;SC=GATCTACAAGGAGGCAATCTA;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=150;TCR=134;TR=198;WE=123988339;WS=123988321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,220:0.71:312
chr11	124007398	.	CCCTT	C	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124015994	rs1056615	C	T	9731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=174;PP=2965;SC=TCTGGCTGCACAGCAATGGTA;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=172;TCR=174;TR=346;WE=124016002;WS=124015984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr11	124016366	rs2282505	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=458;SC=AGACTTGGTGCGTGTTCTCCT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=124016374;WS=124016356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	124016740	rs9326269	A	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=1435;SC=GTTCTTGTGTATTATAACTCT;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=124016748;WS=124016730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	124029037	rs4936895	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=18;PP=1425;SC=CATAGCCAAAGCACTCATCAG;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=124029045;WS=124029027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	124029075	rs4935866	G	A	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=50;PP=2965;SC=TGACATTGGTGTTTAGACTTT;SOR=1.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=158;WE=124029083;WS=124029065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	124029541	rs4936896	A	G	10936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=186;PP=2965;SC=GCCACAGAGCATGTATCATCC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=390;TCF=204;TCR=186;TR=389;WE=124029549;WS=124029531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr11	124056377	rs2512228	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,34:0.19:176
chr11	124056566	rs7937809	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.015;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,50:0.20:251
chr11	124056732	rs2512227	T	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=775;ReadPosRankSum=-2.021;SC=TCTGTGCCTATGGGCCCATCA;SOR=0.465;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=55;WE=124056740;WS=124056722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,55:0.32:170
chr11	124056787	rs2512226	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=769;ReadPosRankSum=2.121;SC=GCTGGGAACCGTGGTACAAAT;SOR=0.873;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=62;WE=124056795;WS=124056777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,62:0.34:184
chr11	124086175	rs2508890	T	C	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.132;NF=66;NR=60;PP=2678;ReadPosRankSum=-2.310;SC=CCAAAGCCTTTAGCACTTGCA;SOR=0.667;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=126;WE=124086183;WS=124086165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,123:0.73:168
chr11	124095319	rs141204263	AG	A	3779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.611;NF=43;NR=37;PP=2948;ReadPosRankSum=1.019;SC=TATAAACCAAAGGTCATCTAA;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=80;WE=124095327;WS=124095309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,125:0.79:159
chr11	124095647	rs2466615	A	C	7612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.318;SC=CTTCATTGATATCTGCCATTC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=388;TCF=206;TCR=182;TR=294;WE=124095655;WS=124095637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,310:0.76:406
chr11	124095884	rs2466614	A	G	9141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.291;NF=208;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGGAGTTTACATTTTAGGCAT;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=524;TCF=274;TCR=250;TR=393;WE=124095892;WS=124095874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,407:0.75:542
chr11	124096247	rs2466613	G	A	6293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.661;NF=147;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CATGGACCAGGGGAAAGTGTC;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=332;TCF=192;TCR=140;TR=258;WE=124096255;WS=124096237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,263:0.77:341
chr11	124096275	rs2512268	T	C	12698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-4.225;QD=30.24;ReadPosRankSum=2.893;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,309:0.74:420
chr11	124096275	.	TTG	CTA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=56.34;NF=155;NR=137;PP=2944;QD=20;SC=TTTTATACTATTGTTGTGCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=403;TCF=218;TCR=185;TR=292;WE=124096285;WS=124096265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:111,292:0.72:403
chr11	124096277	rs2466612	G	A	12698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-3.927;QD=29.53;ReadPosRankSum=2.409;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,318:0.74:430
chr11	124120302	rs2512239	A	G	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=235;SC=TACTCAAAGGAGATACCTAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=124120310;WS=124120292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	124120338	rs2512240	A	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=0.707;SC=AACCTTTTCTAAATGAAGAAT;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=124120346;WS=124120328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	124121199	rs4268525	G	C	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=27.41;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	124134686	rs7931968	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-2.798;SC=TGCTAAATTGGGATAAATTAT;SOR=0.036;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=124134694;WS=124134676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr11	124134743	rs2466637	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=11;PP=1010;SC=ATAAACAAGGGATCACTTTCC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=124134751;WS=124134733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	124135009	rs2512168	G	A	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=107;PP=2965;SC=CCTATGTACTGTTTCCTCAGC;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=183;WE=124135017;WS=124134999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	124135438	rs2512167	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=30;PP=1210;SC=ATCTTTAGTGGAATTAACATC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=124135446;WS=124135428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	124135481	rs2466701	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=17;PP=950;SC=TCAGCTCTTACATCTTCATCA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=124135489;WS=124135471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	124135662	rs2512166	A	G	7021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.146;NF=159;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGTGTTTTATACTATTGTTGT;SOR=0.511;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=403;TCF=220;TCR=183;TR=294;WE=124135670;WS=124135652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,297:0.71:416
chr11	124179835	rs4936918	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,37:0.24:156
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chr11	124310622	rs4296049	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=769;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CATAGCGGTCATACGCCATTG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=113;TCR=111;TR=70;WE=124310630;WS=124310612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,72:0.31:234
chr11	124440617	rs12792184	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,77:0.26:292
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chr11	124494780	rs113773557	A	AT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	124539236	rs512225	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,52:0.23:230
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chr11	124624705	rs72422616	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
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chr11	124740410	rs3923890	A	T	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=20;PP=2005;SC=CCTGTCTTTAAGTACCTTGAC;SOR=2.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=71;TCR=20;TR=91;WE=124740418;WS=124740400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	124740691	rs7925879	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=1141;SC=ATGGTTGGCAAGAGACTGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=124740699;WS=124740681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	124747333	rs10790713	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=1152;SC=ACTGTCCTGAAACTCCCGAAT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=124747341;WS=124747323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	124747837	rs7933204	G	A	11499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=197;PP=2965;SC=CTGCAGAAGCGGGAATCTCCC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=201;TCR=197;TR=398;WE=124747845;WS=124747827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr11	124749584	rs3802905	C	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,43:0.28:156
chr11	124750232	rs4366494	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=816;SC=AGAGCTGAGCCTGTGGTCAGG;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=124750240;WS=124750226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	124766591	rs4078483	C	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=104;PP=2965;SC=GAAGGTGACACGGAGCAGGGC;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=86;TCR=104;TR=190;WE=124766599;WS=124766581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	124789755	rs3802904	T	C	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=61;PP=2103;SC=GAGGAGGGAATGGAATACACA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=135;WE=124789763;WS=124789745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	124789828	rs78859654	A	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1257;ReadPosRankSum=2.349;SC=GATTACTGCCACTCCTATGAA;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=83;WE=124789836;WS=124789818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,93:0.72:129
chr11	124790922	rs10893303	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=0.389;SC=CCAGCGCCCCCCCGGGACCTC;SOR=0.846;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=10;WE=124790930;WS=124790912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	124792173	rs10893304	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr11	124792540	rs78569253	C	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GGGGAAGGGTCCCTGCAGAGC;SOR=1.117;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=54;WE=124792548;WS=124792530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr11	124793682	rs10790715	T	C	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=96;PP=2965;SC=TTCTCCACCATGCAGCTGTAC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=123;TCR=96;TR=219;WE=124793690;WS=124793672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
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chr11	124794688	rs112686308	C	T	8104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=1.209;SC=AGATCTCGACCTCATAGGTGC;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=463;TCF=221;TCR=242;TR=331;WE=124794696;WS=124794678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,338:0.72:472
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chr11	124949690	rs56367722	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,56:0.25:226
chr11	124950488	rs112513477	C	T	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=34;PP=1738;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TATACCTCTTCCCTTCTCTCC;SOR=1.191;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=106;WE=124950496;WS=124950478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,105:0.67:157
chr11	124954282	rs948270	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=592;ReadPosRankSum=0.791;SC=CCTCTGGCCTATGTGCACGTC;SOR=0.406;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=182;TCF=66;TCR=116;TR=57;WE=124954290;WS=124954272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,60:0.31:194
chr11	124954652	rs4936976	G	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,63:0.25:255
chr11	124955032	rs948268	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=7.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,50:0.24:207
chr11	124955274	rs3824925	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
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chr11	124958122	rs3802808	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-0.165;SC=ACAAGCAGGGAAGGCAAACCC;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=13;WE=124958130;WS=124958112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr11	124967487	rs1043821	T	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,43:0.25:175
chr11	124967678	rs3737350	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,15:0.17:87
chr11	124972208	rs14065	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,26:0.20:130
chr11	124972377	rs2155663	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AACCCAAAGCCTTTCTCTTTG;SOR=0.857;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=13;WE=124972385;WS=124972367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr11	124972518	rs2155664	A	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,47:0.27:171
chr11	124972522	rs2155665	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,47:0.28:168
chr11	125009370	rs56165462	C	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,33:0.16:202
chr11	125009529	rs11219919	G	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CCCTTCCTCTGTCCGGGACAG;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=56;WE=125009537;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr11	125298871	rs595849	A	G	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.481;SC=AGATCAGCATATGCCCAGCCC;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=125;TCR=57;TR=180;WE=125298881;WS=125298861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr11	125301192	rs3832749	AGAG	A	1563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.600;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,52:0.23:226
chr11	125323965	rs11220082	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CCCTGCGTTGCTGGGGAGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=125323973;WS=125323955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr11	125326026	rs2241514	C	T	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=102;PP=2541;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CCGTCTCCCGCATAACACCTG;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=101;TCR=143;TR=175;WE=125326034;WS=125326016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,187:0.71:263
chr11	125326058	rs679182	G	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,59:0.33:179
chr11	125351472	rs597570	A	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr11	125365285	rs11220099	T	C	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,166:0.24:681
chr11	125442503	rs369141998	CT	C	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	2548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.226;NF=15;NR=50;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TGAAGCAAAGACCCTGGCAAA;SOR=0.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=65;WE=125452309;WS=125452290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,104:0.97:107
chr11	125462162	rs573173	A	G	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=45;PP=2893;SC=GCAGTTACCAAGGCACAGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=141;WE=125462170;WS=125462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	125467144	rs513209	C	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.680;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=932;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GAAAAAAAAACCCTTAAATTC;SOR=1.536;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=50;WE=125467152;WS=125467133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr11	125482345	rs538232	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=1.383;SC=TACTGCAACTGTTTCAAGTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=125482353;WS=125482335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	125514573	rs521102	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=-0.529;SC=ACCTTTTCCTGAAGAAGAATT;SOR=3.434;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=23;WE=125514581;WS=125514563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr11	125525195	rs506504	A	G	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=128;PP=2965;SC=CAGCCAGAAGATTTGGCTTCC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=127;TCR=128;TR=255;WE=125525203;WS=125525185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	125616379	rs76179820	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.386;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr11	125616483	rs498803	G	T	9692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=105;PP=2965;SC=TTGAGTGGATGTTCATAGAAG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=107;TCR=106;TR=212;WE=125616491;WS=125616473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	125616502	rs2553829	T	A	9767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	125617317	rs496459	A	G	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.311;NF=33;NR=35;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.536;SC=GTAAGTATGAAGAGGACCTGT;SOR=0.782;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=68;WE=125617325;WS=125617307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr11	125617376	rs5795459	CT	C	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=1517;SC=ATTCCTCCACCTTTCTTTCCC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=37;WE=125617384;WS=125617366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	125617606	rs537916	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GATAGAAATTGTTCAGTGTAG;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=61;WE=125617614;WS=125617596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr11	125617769	rs542285	C	T	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1909;ReadPosRankSum=0.104;SC=TATACAGGGACGTATCAGCCA;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=126;WE=125617777;WS=125617759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,144:0.74:195
chr11	125617881	rs541350	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=0.307;SC=GAAAATTAGATGGAGGTGGTC;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=30;WE=125617889;WS=125617871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr11	125617908	rs2282539	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=1.035;SC=GAGGGTGGGGGCCTACAGCTA;SOR=0.576;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=5;WE=125617916;WS=125617898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr11	125618709	.	TCA	T	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=121;QD=31.75;SC=CTAAAAAAAATCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=4;WE=125618718;WS=125618699;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr11	125647712	rs522690	T	C	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=25;PP=1831;SC=AAAAGAACACTACTGTTTCTC;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=125647720;WS=125647702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	125648216	rs517463	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=CAGTAATGAACCCCTTATCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=125648224;WS=125648206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	125648503	rs494361	G	A	9108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=186;NR=139;PP=2965;SC=CCATGTTACAGTCTCACATAC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=186;TCR=139;TR=325;WE=125648511;WS=125648493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	125659423	rs495869	A	C	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AGGGTCAGGGAAGGTGTTGTA;SOR=0.424;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=83;TCR=108;TR=189;WE=125659431;WS=125659413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr11	125707761	rs11220236	A	C	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=34;PP=2146;SC=TCCACCCTGCAGTTATGGGTC;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=111;WE=125707769;WS=125707751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	125708198	rs10160391	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=43;PP=2461;SC=TCTTCATTTTCAGGAGACAAA;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=120;WE=125708206;WS=125708188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	125763746	rs3088241	C	G	9495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AATTAGTATTCTCTTCCTCTA;SOR=0.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=186;TCR=161;TR=345;WE=125763754;WS=125763736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr11	125766044	rs549990	C	A	9473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=156;PP=2965;SC=CCAGCTCCTGCTGAATTTTCT;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=160;TCR=156;TR=315;WE=125766052;WS=125766034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr11	125766173	rs622756	A	C	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=91;PP=2965;SC=GTGTCATTATAAGCCATGATA;SOR=1.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=44;TCR=91;TR=135;WE=125766181;WS=125766163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	125766204	rs600761	G	C	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	125766207	rs471980	C	T	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	125769354	rs667782	T	C	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=88;PP=2415;ReadPosRankSum=0.542;SC=TACCCACATCTGTGCAGGGCA;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=167;WE=125769362;WS=125769344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,171:0.70:246
chr11	125776216	rs34692223	A	ATT	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=504;SC=GATATTCAATATTTTTTTTTG;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=125776224;WS=125776206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	125776259	rs681416	G	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=192;SC=CTGTCCCCCAGGCTGGAGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=125776267;WS=125776249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	125778074	rs5795465	AT	A	2356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=22.66;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,99:0.95:104
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chr11	125791378	rs141403895	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AGTAGTAGAAGCAGAATGCAT;SOR=2.765;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=25;WE=125791386;WS=125791368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr11	125810571	rs4937070	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	125825412	rs73019364	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=445;SC=GTGAGTGTGGAACCCCAGTCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=125825420;WS=125825402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	125830970	rs684535	A	T	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=71;PP=2684;SC=TACAATGTTGATCTCTGTTTC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=161;WE=125830978;WS=125830960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	125831701	rs2276061	G	A	10600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=160;PP=2965;SC=GCTGAGTAGGGACTGGTTCCA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=209;TCR=161;TR=369;WE=125831709;WS=125831691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr11	125848261	rs3740904	C	T	9124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=150;PP=2965;SC=GAGGCACGGCCGTGTACATTC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=168;TCR=150;TR=318;WE=125848269;WS=125848251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	125851246	rs142134591	GACACACACGCACAC	G	4737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.716;NF=5;NR=52;PP=2977;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GAACAAAAAAGACACACACGC;SOR=0.554;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=57;WE=125851267;WS=125851236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr11	125851300	rs624070	T	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=26.63;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	125864326	rs2155355	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=736;SC=GAAAAATTAATGTAACCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=125864334;WS=125864316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	125867039	rs140720667	TATATAA	T	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=1405;SC=TGTCTCAAAATATATAAATAT;SOR=3.981;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=26;WE=125867061;WS=125867029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	125867053	rs11220309	G	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=5;PP=950;SC=TAAATATATGGATCTAAAGTT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=125867061;WS=125867029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	125873622	rs112706148	G	A	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=3;PP=109;SC=GGCTGAGGCCGGAGAACTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=125873630;WS=125873621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	125873639	rs512761	G	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=169;SC=TGCTTGAACCGGGGAGGCGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=125873647;WS=125873629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	125891103	rs3832751	C	CA	2828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=18;PP=2132;SC=ACAGTAATTTCAAGAAAACCC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=52;WE=125891111;WS=125891093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	125891269	rs3740912	C	T	8117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=152;NR=136;PP=2965;SC=TGAATCTTAACATGTTCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=152;TCR=137;TR=288;WE=125891277;WS=125891259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	126045822	rs560813	T	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=66;PP=2235;SC=GGGTGTCTGTTCACCTTTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=126045830;WS=126045812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	126080757	rs608367	T	C	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=60;PP=2736;SC=AGCTGCAGGTTCCTCCACCTT;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=144;WE=126080765;WS=126080747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	126081336	rs587891	T	C	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=89;PP=2965;SC=CTGGTCCCTTTGGACTCACCG;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=134;TCR=89;TR=223;WE=126081344;WS=126081326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	126134698	rs638766	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=870;SC=ACATCTGTTATCCAAAAGCAG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=126134706;WS=126134688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	126139100	rs1786702	T	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=14;PP=1257;SC=CTCAGAGGGGTTATGATTCGG;SOR=2.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=56;WE=126139108;WS=126139090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	126139313	rs1786703	T	A	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=97;PP=2965;SC=GGAAGGGGGTTAGCTTACCTA;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=158;WE=126139321;WS=126139303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	126146244	rs56321210	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=9;PP=1218;SC=GGAGGGTTGCCGGCCATGCTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=126146252;WS=126146234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	126147713	rs594318	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=20;PP=607;SC=TCCTCTCAGGCAGGCCATTGC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=126147721;WS=126147703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	126161490	rs614700	T	C	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=63;PP=1664;SC=CGAAGCTCTCTGCTCCTCAGC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=126161498;WS=126161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	126163124	rs609634	C	T	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=15;PP=1478;SC=AGTAACTTGGCCAAGTTACTC;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=126163132;WS=126163114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	126163691	rs611953	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=55;PP=1620;SC=GGAGTGAGTCACAGCGCTTTG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=83;WE=126163699;WS=126163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	126164349	rs625413	T	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=12;PP=1533;SC=CAGGGTTCAATGCCTTCACCT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=68;WE=126164357;WS=126164339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	126174164	rs695029	C	T	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.754;SC=AAATCATTTTCCTACACGGGA;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=78;TCR=124;TR=201;WE=126174172;WS=126174154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr11	126176578	rs637462	G	A	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=69;PP=2861;SC=CTGAGCTCCAGTTGCAGTTCT;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=157;WE=126176586;WS=126176568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	126213395	rs240536	T	C	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TTTCCTCACCTTTCCCAGAGT;SOR=1.291;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=177;WE=126213403;WS=126213385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr11	126278203	rs2298475	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:408,104:0.20:512
chr11	126294817	rs948052	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,62:0.20:312
chr11	126310082	rs878830	A	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.299;SC=TGCCCTTAGGATGCGGAATTT;SOR=0.215;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=16;WE=126310090;WS=126310072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr11	126315024	rs3802819	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,94:0.27:346
chr11	126316610	rs1574534	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCACTGTCCCCGCCCCCTGCC;SOR=0.578;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=21;WE=126316618;WS=126316600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr11	126343135	rs12786235	A	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.14;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	126391297	rs12269776	T	G	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=68;PP=2701;ReadPosRankSum=0.125;SC=AGCTCTGCCCTCAGGATCTTC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=160;WE=126391305;WS=126391287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr11	126391409	rs4606486	A	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=0.214;NF=31;NR=51;PP=1572;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TGGAGGGGACACCCATGACAA;SOR=1.322;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=82;WE=126391417;WS=126391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr11	126391450	rs3839943	GC	G	1634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=1251;SC=CCAAGCAGGGGCCATTCTACA;SOR=1.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=126391458;WS=126391440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	126526181	rs523249	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=26;PP=718;SC=CATAACCTCCATGATTCAGTT;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=126526189;WS=126526171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	126873226	rs7115473	G	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.380;SC=GGCTGCCCGCGGCCTCACCTC;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=126873234;WS=126873216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	126873592	rs494442	C	T	7283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TGCAAGCCGGCGGGATGCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=429;TCF=207;TCR=222;TR=308;WE=126873600;WS=126873582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,307:0.72:429
chr11	126873721	rs11377295	G	GC	3397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=86;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TGAGCCCCTGGCCCGCCCCCC;SOR=2.179;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=8;TCR=102;TR=94;WE=126873729;WS=126873711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr11	126968477	rs10893631	C	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=67;PP=2393;ReadPosRankSum=0.125;SC=TCACTCCTGCCATCCTGCTCC;SOR=0.890;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=129;TCR=97;TR=165;WE=126968485;WS=126968467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,173:0.73:237
chr11	128355859	rs1122832	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TAAGAAGATATTATTTTTGAT;SOR=0.702;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=14;WE=128355867;WS=128355849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr11	128391937	rs61907765	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,28:0.20:142
chr11	128396738	rs7117118	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=1.403;SC=TTAGAGCTCAATGGGAGTTTA;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=7;WE=128396746;WS=128396728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr11	128443083	rs7935676	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,18:0.14:125
chr11	128443099	rs7935393	A	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,16:0.14:111
chr11	128638216	rs35044982	TG	T	1370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.468;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,65:0.32:203
chr11	128652012	rs639336	G	T	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=146;PP=2965;SC=ACCAGCTTGCGTGTTCCACTC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=64;TCR=146;TR=210;WE=128652020;WS=128652002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	128652053	rs3216814	A	AG	2672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.878;NF=1;NR=55;PP=2362;ReadPosRankSum=0.422;SC=GACAAGCCAAAATTTTCGCCA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=1;TCR=75;TR=56;WE=128652061;WS=128652043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr11	128679211	rs630797	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.695;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,35:0.20:172
chr11	128708947	rs1231254	T	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=0.806;SC=CCCTAAATTGTTGACTGCTTC;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=24;WE=128708955;WS=128708937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr11	128781339	rs6590357	T	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=2.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,108:0.24:445
chr11	128781978	rs7118824	T	G	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,109:0.27:411
chr11	128782002	rs7118833	T	C	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,95:0.27:357
chr11	128782012	rs7102584	C	G	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,83:0.26:315
chr11	128786294	rs4937391	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,45:0.26:170
chr11	128842243	rs77561606	A	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr11	128842251	rs76301868	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr11	128846547	rs665619	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,40:0.20:196
chr11	128868090	rs669678	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGAAAGCTTAGTACATGCATT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=128868098;WS=128868089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	128868239	rs670440	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,69:0.23:296
chr11	128932128	rs35714464	A	AG	2056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.478;NF=15;NR=22;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TGAATCATAAAAAAACTTTCC;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=37;WE=128932136;WS=128932118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,71:0.32:224
chr11	129312660	rs3827487	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=694;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTGGAGCCTGCCAGCAGGATC;SOR=0.136;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=43;WE=129312668;WS=129312650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr11	129722553	rs558813	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=0.598;SC=TTTTCCGTCACTGGTAAGAGC;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=35;WE=129722561;WS=129722543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr11	129735677	rs3817614	G	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.975;SC=GCCCCAGAAAGACCAGCCACT;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=11;WE=129735685;WS=129735667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	129743012	rs1650826	A	G	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=50;PP=1773;SC=GCATGAGGCCAAGAGCTTAAT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=47;TR=97;WE=129743020;WS=129743002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	129744252	rs1030467	T	C	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=70;PP=2356;ReadPosRankSum=0.908;SC=CAAAGAAAACTCACCTGGTGT;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=140;WE=129744260;WS=129744242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,148:0.80:186
chr11	129744872	rs1016364	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AAGTTATTTGAACTCTAGGAA;SOR=1.264;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=17;WE=129744880;WS=129744862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr11	129752991	rs2293664	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr11	129753900	rs2303663	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,37:0.20:183
chr11	129754103	rs3214551	T	TG	5461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=92;PP=2974;SC=TCTGGTCACTTTCAAAAGTAA;SOR=2.338;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=102;TCF=3;TCR=99;TR=94;WE=129754111;WS=129754093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	129754644	rs1131972	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=685;SC=TCTCACCTGCAGTTTTCATAT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=129754652;WS=129754634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	129755669	rs1783914	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=814;SC=CGAAGAATCTGTATTGATTAC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=129755677;WS=129755659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	129758327	rs1650823	G	A	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=24;PP=2728;SC=TTGTTTTTTAGAACACAGCCT;SOR=2.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=97;TCR=24;TR=121;WE=129758335;WS=129758317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	129784456	rs2241575	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1758;ReadPosRankSum=1.290;SC=AGCCTGAAAGGGGAAGGGGCA;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=94;WE=129784464;WS=129784446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,96:0.74:129
chr11	129785816	rs10561615	AAACT	A	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.685;NF=0;NR=16;PP=666;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGCTTAAAGCAAACTAACAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=129785827;WS=129785806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr11	129793305	rs2241573	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-1.703;SC=TCACCTGGTGATAAGAACCAC;SOR=1.088;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=27;WE=129793313;WS=129793295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr11	129794950	rs2241571	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,77:0.20:391
chr11	129801043	rs2277033	C	T	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=90;PP=2965;SC=ACTGGGTTTCCTGTGGCAGCT;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=133;TCR=90;TR=222;WE=129801051;WS=129801033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	129827492	rs35154637	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=344;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCG;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=21;WE=129827500;WS=129827482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr11	129827700	rs78900720	T	A	5883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TCCACTGATGTGTAGGAGGCA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=172;TCR=148;TR=245;WE=129827708;WS=129827690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,254:0.77:332
chr11	129830796	rs11221912	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1326;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TTCACCTGTGCGGCATTCTGT;SOR=0.984;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=83;WE=129830804;WS=129830786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,90:0.57:159
chr11	129830836	.	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=729;ReadPosRankSum=1.621;SC=GCCACACATGCGAGCTTTCAT;SOR=1.050;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=48;WE=129830844;WS=129830826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr11	129873028	rs12805829	C	T	7515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.242;SC=CGGCGCTCGCCTGCGTTTCTA;SOR=0.478;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=418;TCF=237;TCR=181;TR=302;WE=129873036;WS=129873018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,320:0.72:445
chr11	129939826	rs80070284	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,21:0.16:133
chr11	129940728	rs73023487	CG	TC	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=109;PP=2944;SC=TCGTCCTCTTCGGGTGTCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=66;TCR=110;TR=171;WE=129940751;WS=129940715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	129940743	rs79537552	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,36:0.24:153
chr11	129979265	rs58832753	A	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GACCTGAATGACTGTTGCCTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=129979273;WS=129979260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	129980685	rs59834300	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	129990587	rs747180	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,8:0.12:64
chr11	129997817	rs2298586	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=0.599;SC=ACGAAATTAGGATTGGACACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=129997825;WS=129997807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	129998900	rs651935	T	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=30;PP=2414;SC=AGGCTTCCTCTGGGTGCCACA;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=116;WE=129998908;WS=129998890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	130011597	rs7934366	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=788;SC=CCAGCTTTCCGTACTTTTGGA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=130011605;WS=130011587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	130059874	rs140853902	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr11	130060569	rs7126904	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=73;PP=1893;ReadPosRankSum=-1.630;SC=TGAGCCCCATGGAGCCCCACG;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=107;WE=130060577;WS=130060559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,111:0.78:142
chr11	130060612	rs858704	A	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=1444;SC=GGGGGCGGGTAGGGCTGTGGG;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=130060620;WS=130060602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	130064223	rs610005	A	G	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=99;PP=2915;SC=CCCTCGGGCCACAGAGAAGGG;SOR=3.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=18;TCR=99;TR=117;WE=130064231;WS=130064213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	130064647	rs597661	G	A	9825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=217;PP=2965;SC=GAGCTATGGGGCGTGTGAACG;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=149;TCR=219;TR=366;WE=130064665;WS=130064637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	130064705	rs597576	A	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=111;PP=2965;SC=CTCCCTGTGCAGATGTGTGTG;SOR=2.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=28;TCR=111;TR=139;WE=130064713;WS=130064695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	130064746	.	C	CGTGT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.36;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	130064747	rs7113578	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=1047;ReadPosRankSum=-1.386;SC=ATATGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=44;WE=130064755;WS=130064736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr11	130066372	rs858713	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,48:0.23:206
chr11	130066452	rs11368852	G	GC	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,43:0.15:285
chr11	130067892	rs858715	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.286;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,16:0.16:103
chr11	130067987	rs595073	A	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-2.664;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr11	130069790	rs613501	T	G	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=1.337;SC=TGTCCCCTTGTGGTTTGATGT;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=121;TCR=65;TR=185;WE=130069798;WS=130069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr11	130270855	rs59317921	T	C	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1535;ReadPosRankSum=0.364;SC=AACTTGAAATTTCCAGTGTCC;SOR=0.396;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=86;WE=130270863;WS=130270845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,89:0.76:117
chr11	130271647	rs747249	A	G	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1458;ReadPosRankSum=0.409;SC=GCTGGCTTAGATGGGTGACTT;SOR=1.075;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=76;WE=130271655;WS=130271637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,82:0.73:112
chr11	130271678	rs747250	T	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=43;PP=2058;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACATTCCACATGCAGCTCTCC;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=125;WE=130271686;WS=130271668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,131:0.75:175
chr11	130275749	rs11222085	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,60:0.22:267
chr11	130278924	rs2291344	T	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AGCACTTTTCTTCTTTCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=34;WE=130278932;WS=130278914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr11	130281488	rs2131535	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=97;PP=2684;SC=GCCTCCATCTGCCACGGGCTG;SOR=2.222;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=133;WE=130281496;WS=130281478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	130284344	rs7106106	T	C	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=53;PP=2965;SC=GTGGTTTCCTTCTGGAGAACA;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=119;TCR=54;TR=171;WE=130284352;WS=130284334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	130286766	rs2291347	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,80:0.20:408
chr11	130297948	rs7927048	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,55:0.22:253
chr11	130297957	rs7942034	T	C	7672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=127;PP=2962;SC=ACTCGGGCGCTAGGAAGCTGT;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=104;TCR=127;TR=231;WE=130297965;WS=130297938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	130298117	rs10548872	GGCA	G,GGCAGCA	1799.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.408;NF=5,5;NR=20,20;PP=1238,395;ReadPosRankSum=0.442;SC=GCGGGCCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.647;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=25,25;WE=130298127;WS=130298107;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.61:62
chr11	130332338	rs11604959	A	G	9640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.021;SC=ATTCTGGGCTAGCCAAACCTC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=543;TCF=329;TCR=214;TR=403;WE=130332346;WS=130332328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,408:0.74:549
chr11	130339312	rs731446	T	C	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GATCCTGCAATCTGGAGCCCT;SOR=0.876;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=107;WE=130339320;WS=130339302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,114:0.79:145
chr11	130342855	.	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ACCGAAAGCTAGGTTTACTGA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=9;WE=130342863;WS=130342845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	130343023	rs61746092	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,130:0.26:493
chr11	130749715	rs2282528	A	G	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=78;PP=2015;ReadPosRankSum=1.266;SC=TAGGTATTTCAGGCCTACCTC;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=47;TCR=104;TR=112;WE=130749723;WS=130749705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,112:0.74:151
chr11	130750642	rs2298566	A	C	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.720;NF=76;NR=65;PP=2066;ReadPosRankSum=2.186;SC=CTGAAGAAGCAGGAGGTACTG;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=141;WE=130750650;WS=130750632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,155:0.79:196
chr11	130763772	rs3794143	C	T	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=94;PP=2601;ReadPosRankSum=-0.127;SC=ACCAATTTACCCAACTCCCTC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=114;TCR=132;TR=172;WE=130763780;WS=130763762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,178:0.69:259
chr11	130775688	rs3198419	C	T	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=24;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TACTACTCATCTCTGTGCCCC;SOR=0.754;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=100;TCR=32;TR=96;WE=130775696;WS=130775678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,99:0.71:140
chr11	130775782	rs1865298	C	T	6704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.382;SC=ACTCCAACTACCCCAAGTACC;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=401;TCF=217;TCR=184;TR=282;WE=130775790;WS=130775772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,298:0.71:421
chr11	130776524	rs4414223	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=587;ReadPosRankSum=0.402;SC=TCTTACCACATTGCCTTCCTG;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=26;WE=130776532;WS=130776514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr11	130776613	rs4373936	A	G	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=47;PP=1789;ReadPosRankSum=-1.536;SC=ACCTCAGCCTAGACCTGGTAC;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=115;WE=130776621;WS=130776603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,118:0.72:163
chr11	130776646	rs4586174	T	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=64;PP=1913;ReadPosRankSum=1.002;SC=CAGAAACAGGTTGTAATTTAT;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=130;WE=130776654;WS=130776636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,136:0.70:194
chr11	130776690	rs6590536	C	T	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CTGGCAAGTACTGATAATAAA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=110;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,116:0.71:164
chr11	130776701	rs6590537	A	T	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TGATAATAAAACACAACAAGA;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=94;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,97:0.71:137
chr11	130777886	rs2276098	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=6;PP=1234;ReadPosRankSum=1.594;SC=GCTTGCTTTCGGTCTCGGCCT;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=57;WE=130777894;WS=130777876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr11	130780015	rs1781	C	T	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=20;PP=1455;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TAGCGATCTCCGGAATGGCAC;SOR=1.069;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=89;TCR=32;TR=82;WE=130780023;WS=130780005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
chr11	130780225	rs681982	C	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=45;PP=1341;SC=CCATGTTTCCCAATGGAAGAT;SOR=3.422;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=54;WE=130780233;WS=130780215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	130780269	rs202209451	CCAAAA	C	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=696;SC=TTCACATCTTCCAAAAAAAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=130780281;WS=130780259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	130781475	rs3751038	C	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=9.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=944;ReadPosRankSum=0.645;SC=GGCCAATCAGCGTGGCTCGAC;SOR=2.885;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=42;WE=130781483;WS=130781465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr11	130781675	rs12420822	C	T	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.51;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,161:0.76:211
chr11	130781685	rs12420847	G	C	6556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,167:0.76:220
chr11	130781767	rs12420834	C	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1355;ReadPosRankSum=1.513;SC=AGCAAGAGTACGAAACTAAGA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=78;WE=130781775;WS=130781757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,85:0.78:109
chr11	130784396	rs62621284	G	A	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=1816;ReadPosRankSum=-2.003;SC=TAAGCATGACGGCCGTGAGGG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=116;WE=130784404;WS=130784386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,127:0.68:186
chr11	130784488	rs61734874	A	G	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-0.601;NF=99;NR=89;PP=2877;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTGCTGTGTCAATATGGATCT;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=188;WE=130784496;WS=130784478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,202:0.73:277
chr11	130784616	rs3190345	T	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.651;NF=41;NR=44;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GCCTGGGAACTCTCTAGGGCA;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=85;WE=130784624;WS=130784606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,98:0.80:123
chr11	130784647	rs1050081	G	C	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.200;NF=43;NR=43;PP=1573;ReadPosRankSum=1.448;SC=CCTGAATCCTGTCAGAGAGAA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=86;WE=130784655;WS=130784637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,99:0.78:127
chr11	130784694	rs61736758	C	T	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.518;NF=47;NR=30;PP=2570;ReadPosRankSum=0.128;SC=GTTTCTTTGCCCAGTTCAGAC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=77;WE=130784715;WS=130784684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,82:0.77:106
chr11	130784707	rs61736752	C	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=2667;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GTTCAGACAGCGGAGACTCCA;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=79;WE=130784715;WS=130784684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,82:0.80:103
chr11	130784754	rs3751037	C	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=47;PP=2495;ReadPosRankSum=-1.485;SC=GGACCTCGAACATTTGGCTGT;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=116;TCR=58;TR=136;WE=130784762;WS=130784744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,136:0.79:172
chr11	130784971	rs3751036	C	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=1387;ReadPosRankSum=1.294;SC=GCAGAGATGTCGGCACTGAGG;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=60;WE=130784979;WS=130784961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr11	130785205	rs3751035	G	A	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.032;NF=47;NR=107;PP=2919;ReadPosRankSum=1.812;SC=CACGCGTATAGGTGACTTCAG;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=56;TCR=131;TR=154;WE=130785213;WS=130785195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,159:0.82:194
chr11	130785304	rs3751034	T	C	1066.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=1.974;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=814;ReadPosRankSum=1.242;SC=CATTCTTCCCTGCAGTGGCCT;SOR=0.245;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=41;WE=130785312;WS=130785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,42:0.89:47
chr11	131530083	rs2472253	G	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=1350;SC=GTAGGACTCGGGTGGGCCAGT;SOR=1.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=131530091;WS=131530073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	131531000	rs2739287	T	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=56;PP=1703;SC=GTCTTCCCCCTAGATTCGGTG;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=131531008;WS=131530990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	131531015	rs2658857	T	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=45;PP=1216;SC=TCGGTGGAGATTCCTTTCCTC;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=131531023;WS=131531005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	131781634	rs11222836	G	A	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=66;PP=1690;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGCGTGCCTGGGTTGGCGGAG;SOR=1.820;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=78;WE=131781642;WS=131781624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr11	132081873	rs3824870	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.413;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=894;ReadPosRankSum=0.112;SC=ACTAAGAAATGTTTCAGGAGG;SOR=1.668;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=46;WE=132081881;WS=132081863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr11	132177563	rs2305272	C	T	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=64;PP=2524;ReadPosRankSum=1.273;SC=TTTCACCACACGTTACCGGTT;SOR=0.441;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=210;TCF=129;TCR=81;TR=160;WE=132177571;WS=132177553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,162:0.76:213
chr11	132177633	rs2305271	A	C	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=139;PP=2965;SC=GGGCATCACCAGGGAGCAGTC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=119;TCR=139;TR=258;WE=132177641;WS=132177623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	132184394	rs730253	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr11	132200128	rs3837377	T	TA	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=680;ReadPosRankSum=0.154;SC=GTGGGGTATGTAAAACTCTTC;SOR=0.416;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=23;WE=132200136;WS=132200118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr11	132205215	rs8894	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr11	132306153	rs1940024	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,70:0.25:285
chr11	132306403	rs2298479	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.397;SC=TTTTTTTCTCGTTGTAAAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=132306411;WS=132306393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	132812786	rs145368132	A	AGGGGCTC	7851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.574;NF=44;NR=46;PP=2963;ReadPosRankSum=1.007;SC=ACCACAGCCCAGGGGCTCGGC;SOR=0.982;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=90;WE=132812794;WS=132812775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,176:0.76:232
chr11	133712348	rs2257010	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=-1.962;SC=CCCCAGTCAGGAACACAAATC;SOR=0.917;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=18;WE=133712356;WS=133712338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr11	133712473	rs2257004	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,48:0.22:215
chr11	133712594	rs2282601	C	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,35:0.25:138
chr11	133714522	rs2282602	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=4.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.080;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,53:0.22:239
chr11	133714672	rs2282604	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=164;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TCCTTACCTCACTGTTCCCAC;SOR=0.418;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=16;WE=133714680;WS=133714662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr11	133715153	rs2298738	G	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,41:0.21:192
chr11	133781706	rs35883589	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr11	133788869	rs10791338	A	G	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1619;ReadPosRankSum=0.374;SC=GACGGCAGGGAAGAAGGATGA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=100;WE=133788877;WS=133788859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,108:0.80:135
chr11	133788992	rs12800905	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr11	133792021	rs596430	T	C	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=110;PP=2965;SC=GGTCTACCTATGCGCCCCCTG;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=169;TCR=110;TR=279;WE=133792029;WS=133792011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	133794599	rs329670	T	C	7049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.23;SOR=1.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	133794599	.	TG	CG,CT	2266	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=115,83;NR=44,33;PP=415,2266;QD=2.82874976445;SC=AACCAGGCACTGCCTTAGTTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=119;TCR=46;TR=159,116;WE=133794608;WS=133794589;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:165
chr11	133794600	rs3737491	G	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,132:0.75:176
chr11	133800773	rs12796441	C	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr11	133800773	.	CCG	ACA	529	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=13;NR=0;PP=529;QD=44.8052211432;SC=GGAAGGGAGCCCGCAGAGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=133800783;WS=133800771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,13:0.50:26
chr11	133800775	rs11223628	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr11	133805585	rs329637	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,49:0.27:183
chr11	133814191	rs595986	A	G	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=70;PP=2109;SC=CTTTGCACTCATACCAGCCCT;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=125;WE=133814199;WS=133814181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	133815981	rs10894768	C	G	5586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CCACGTGCGGCGGGTAGTAGC;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=163;TCR=132;TR=232;WE=133815989;WS=133815971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,240:0.78:307
chr11	133816224	rs10894769	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5454;FS=1.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=-1.324;SC=GCCCCATGTCCGTGTCACAGG;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=28;WE=133816232;WS=133816214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr11	134010780	.	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.674;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	134018850	rs373298428	AACAC	A	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=-1.200;QD=22.67;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	134054705	rs10685498	T	TAC,TACAC	848.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.775;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=-2.242;SOR=0.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,11,18:0.34,0.56:32
chr11	134072910	rs2305380	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=357;SC=AAATGAATTTCAACCTCTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=134072918;WS=134072900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	134073154	rs2305378	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=38;PP=1168;SC=GTAATTATCCACGGAGGAATC;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=134073162;WS=134073144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	134105030	rs1259022	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=35;PP=1106;SC=CCACTTTGAGAATCTTCACAG;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=134105038;WS=134105020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	134128313	rs11223738	G	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=32;PP=2099;SC=TTACTCCACTGCCCTGCCCTT;SOR=1.542;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=100;WE=134128321;WS=134128303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	134147878	rs140570171	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=0.268;SC=CCTGAGCCTCCGATTTTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=10;WE=134147886;WS=134147868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr11	134151975	rs472287	G	C	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=21;PP=1764;SC=CGTCCAGGCCGCTACATCTGC;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=134151983;WS=134151965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	134177275	rs2510356	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=322;SC=ATAGAAATTACATGGTTCCCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=134177283;WS=134177265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	134179862	rs148189870	G	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-1.254;SC=GGCTTTCCGGGACTTAGAGCT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=134179870;WS=134179852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	134180695	rs526507	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=767;SC=GAACCCTGGGGTTAAAATCTG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=134180703;WS=134180685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	134182135	rs751719	T	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=932;SC=ATTTCCCATTTGAAGAACCCT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=134182143;WS=134182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	134182375	rs2509062	G	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=39;PP=1255;SC=CGCTCATGACGTGGCACAGGT;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=134182383;WS=134182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	134188542	rs481252	T	C	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=68;PP=2965;SC=ATTATGGATTTGTGTTCATCA;SOR=1.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=131;TCR=68;TR=199;WE=134188550;WS=134188532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	134188851	rs5795879	A	AT	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.716;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	134201864	rs3098651	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=263;ReadPosRankSum=1.329;SC=AGGCGACCAGTGCGCGGCTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=12;WE=134201872;WS=134201854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	134202036	rs7124693	C	T	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,125:0.82:153
chr11	134234186	rs60460137	G	A	4878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTTTGAGACAGTGCTTTGTCT;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=158;TCR=116;TR=207;WE=134234202;WS=134234176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,215:0.76:284
chr11	134240803	rs61908682	A	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=495;ReadPosRankSum=1.019;SC=ACACCCACCAAACCTCCGCTT;SOR=0.722;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=27;WE=134240811;WS=134240793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr11	134244426	rs876543	G	A	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=23;PP=1343;ReadPosRankSum=-1.516;SC=AGAGAAGCACGCATGCATGTC;SOR=0.182;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=79;WE=134244434;WS=134244416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,82:0.84:98
chr11	134244631	rs876542	T	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=73;PP=2048;ReadPosRankSum=0.482;SC=TTCCAGCCCCTTCCTGTTCCC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=111;WE=134244639;WS=134244621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,113:0.74:153
chr11	134251777	rs729687	C	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.355;SC=AACCTGGTGCCGCCCTGCCCA;SOR=1.680;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=57;WE=134251785;WS=134251767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr11	134856661	rs1971950	C	A	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=119;NR=170;PP=2965;SC=ATGCTTGGACCCCAGCTTGTA;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=119;TCR=170;TR=289;WE=134856669;WS=134856651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	176139	rs17852242	A	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.722;NF=51;NR=50;PP=1685;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CCTCATCCACACCCAGCGAGA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=101;WE=176147;WS=176125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr12	235022	rs12822449	C	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=46;PP=1650;SC=GGCGCTGTGCCCCCACGCCCC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=235030;WS=235012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	235126	rs112633842	G	GC	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=1316;ReadPosRankSum=0.939;SC=AAGGGGCCCTGCTTTGGGGGC;SOR=1.264;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=19;WE=235151;WS=235116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr12	235128	rs11608642	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GGGGCCCTGCTTTGGGGGCTG;SOR=0.332;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=12;WE=235151;WS=235116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr12	235142	rs11609616	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr12	235142	.	AG	GC	1041	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=13;PP=1041;QD=57.6035723612;SC=GGGGCTGTCGAGGGTACCAGG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=19;WE=235151;WS=235116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	235143	rs11610983	G	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.154;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr12	247900	rs7313003	G	A	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1867;ReadPosRankSum=-2.158;SC=GGGCGCCGGAGAGCGCGGGCC;SOR=1.019;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=93;WE=247908;WS=247890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,92:0.62:149
chr12	248202	rs56204927	C	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=668;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GCAGAGGCTGCGGCTAGTGGG;SOR=0.340;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=41;WE=248210;WS=248192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr12	250130	rs12321262	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=293;SC=ATCCTCTGCGTGAGGACATTC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=250138;WS=250120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	271022	rs12579600	G	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=103;SC=GGTCTCTTCTGTCTGGCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=271030;WS=271016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	271373	rs4980805	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=435;SC=ACTGTGTGCCAGACACTGCAT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=271394;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	271386	rs11307485	CT	C	271.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=4;PP=39;SC=CACTGCATCTCTTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=271394;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	274572	rs11061700	G	C	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=46;PP=2303;SC=TGTTCATCAGGGCATGCCTGT;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=274580;WS=274562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	274647	rs4980859	T	C	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=57;PP=2052;ReadPosRankSum=0.760;SC=CGTACACCTTTTGCAAGTCAG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=106;TCR=87;TR=127;WE=274655;WS=274637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,138:0.67:206
chr12	274839	rs2291923	T	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=1019;ReadPosRankSum=1.675;SC=TGGCTGGCTCTGGCCCTCGGC;SOR=1.418;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=52;WE=274847;WS=274829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr12	275065	rs2291922	A	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GTGTAAGGACACGGGCTCCCG;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=92;WE=275073;WS=275055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,96:0.70:137
chr12	280349	rs2291919	C	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=25;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CCTGGTTGCCCAGGTGAGTGA;SOR=0.457;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=82;WE=280357;WS=280339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr12	283642	rs2291917	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=1.371;SC=GGAGAGATGGCGAGAGGGTCA;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=283650;WS=283632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr12	284058	rs216230	T	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=130;PP=2965;SC=CCCTGGGCGGTCCCGGCTCTC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=96;TCR=131;TR=225;WE=284066;WS=284047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	301843	rs646569	A	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=62;PP=1912;SC=AGCCATGGGTAAGATAGGGGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=98;WE=301851;WS=301833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	305254	rs533572	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=470;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CTCCCTCCCCTGGAGCCTGGC;SOR=0.492;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=37;WE=305262;WS=305244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr12	309753	rs7967868	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr12	310113	rs4980863	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CCCGTAGACCAAACTACTACC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=6;WE=310121;WS=310103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
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chr12	311816	rs216249	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	311949	rs216250	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GCAGCTCAGAAGTGAAGGAGC;SOR=0.665;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=36;WE=311957;WS=311939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr12	319111	rs526690	T	C	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.806;SC=CCCAGGAGACTGCAGGAGGCC;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=243;TCF=111;TCR=132;TR=146;WE=319133;WS=319101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,155:0.60:257
chr12	319125	rs557881	A	G	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.730;SC=GGAGGCCCACACTCTTGCACT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=126;WE=319133;WS=319101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,135:0.60:224
chr12	330315	rs570680	T	G	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2750;SC=CAACATCTGCTGCCTCCCCAC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=330323;WS=330305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	351711	rs525797	T	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=1024;SC=GGGGATATAGTGACAAGCCCA;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=351719;WS=351701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	464254	rs3759371	T	C	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=43;PP=2313;SC=CCATGATATATCAGGATAGAA;SOR=1.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=120;WE=464262;WS=464244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	495217	rs10774152	G	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=520;SC=TTAAAGGGGGGTTTTGCCACA;SOR=4.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=495225;WS=495207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	496439	rs7965303	A	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=346;SC=AATCTGCCAAAACTAAAATTA;SOR=3.056;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=18;WE=496447;WS=496429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	537828	rs11062934	G	T	296.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=289;SC=TTAATTTGGGGTTACAATTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=537849;WS=537818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	537841	rs35713455	T	TA	314.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACAATTGTTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=537849;WS=537818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr12	539984	rs55854088	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=0.338;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=10;WE=539992;WS=539974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr12	540994	rs7310504	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=899;SC=AGAAAAGCTGAGTAAAATCTT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=541002;WS=540984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	547683	rs735295	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=64;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TTGCCCGTTATGCATGAGAGT;SOR=1.874;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=9;WE=547691;WS=547673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr12	661458	rs10588224	TACAC	T,TAC	397.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,8:0.43,0.57:14
chr12	664363	.	G	GA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.915;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr12	666943	rs7300933	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=465;SC=GGGGACCACCAGCCAGGGGGT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=666951;WS=666933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	667952	.	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-1.104;SC=CCTGCCCTCCTGTGGCCTTCA;SOR=0.375;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=10;WE=667960;WS=667942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr12	719663	rs2535404	C	T	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=53;PP=1485;SC=GCCTTCTGCCCCCGTGGGTCC;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=719671;WS=719653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	719681	rs2535405	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=39;PP=1102;SC=TCCCCACAGCGGCCAGCCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=719689;WS=719671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	752327	rs6489690	C	A	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=60;PP=2492;SC=GTCCCCCTGCCGCTGCCCAAG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=128;WE=752335;WS=752317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	752998	rs9669247	G	T	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=53;PP=1779;SC=CCAGCTCATCGCTCAGGTCTT;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=64;WE=753006;WS=752988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	772673	rs4980959	C	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=506;SC=ATTCATCCCTCTGATGTGGGA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=772681;WS=772663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	862641	rs3088353	T	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=204;SC=CGGCCGCGGTTCCCTGCAGAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=862649;WS=862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	862989	rs3168640	T	C	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=133;PP=2965;SC=GCGTCATCTGTGACTCCAATG;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=257;WE=862997;WS=862979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	863505	rs72647375	A	ACTT	1790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1905;ReadPosRankSum=1.847;SC=AGCCCCACCTACTTTATTTGA;SOR=1.082;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=8;TCR=78;TR=27;WE=863525;WS=863495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr12	863517	rs3858703	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TTTATTTGACGGTCCTTTGGA;SOR=0.465;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=70;WE=863525;WS=863495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,77:0.64:120
chr12	936468	rs2158502	C	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1383;SC=CTGGCTTTCTCACATTCCTTT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=68;WE=936476;WS=936458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	939302	rs10774466	A	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=66;PP=2075;SC=AAAATGCTGCACAGATCTACC;SOR=2.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=939310;WS=939292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	968400	rs11064573	C	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=819;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TCTTTTCCCTCTGTTTGGAAG;SOR=0.598;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=58;WE=968408;WS=968390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,61:0.58:106
chr12	968489	rs2286006	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=717;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CAGAAGAAGATGATGGAGAAA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=58;WE=968497;WS=968479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr12	974137	rs11441896	C	CA	242.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=0;PP=261;SC=TAGCTCTCCTCAAAAAAAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=13;WE=974145;WS=974127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	974355	rs11441897	T	TC	2644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.601;QD=7.39;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,101:0.28:358
chr12	974404	rs7300829	T	C	5632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCTTCCCTCCTCCGGACTGCC;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=148;TCR=165;TR=233;WE=974412;WS=974393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,246:0.71:348
chr12	987482	rs1012729	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=48;PP=1675;SC=CAGTGAGTCAGCCTCAAGCTC;SOR=0.711;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=101;WE=987490;WS=987472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	990912	rs956868	A	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=633;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGTAGCACAGACCCAAGCTAC;SOR=1.052;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=161;TCF=100;TCR=61;TR=46;WE=990920;WS=990902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,48:0.29:168
chr12	993930	rs7300444	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,114:0.27:427
chr12	994014	rs10849577	C	T	4231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=91;PP=2712;ReadPosRankSum=0.253;SC=GAGTCCCAACCACAGCAGCAG;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=109;TCR=133;TR=167;WE=994022;WS=994004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,177:0.72:247
chr12	994487	rs7955371	G	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=TCACAGCTGTGCATTCAGCTT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=994495;WS=994477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	995291	.	G	GT	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=8;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=100;QD=16.7142857143;SC=AATATGATCAGTTTTTTTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=995299;WS=995281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	999762	rs2255390	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1296;ReadPosRankSum=1.258;SC=TTTCAAAGACACATTTCCACG;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=78;WE=999770;WS=999752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr12	1013493	rs72650787	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=625;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GGGCTACCAGGTCCTACCTAT;SOR=0.573;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=43;WE=1013501;WS=1013483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr12	1017197	rs4766334	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=1054;SC=ACATGAATTACGAGGTAAGTC;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=1017205;WS=1017187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	1035947	rs6489763	C	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	1040219	rs11571409	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.889;SC=AGGCCCCTTCGGATGAGAATG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=1040227;WS=1040209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	1040373	rs7303748	T	C	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TCCAGGCACATGAATTCTCCT;SOR=0.338;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=80;WE=1040381;WS=1040363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr12	1042261	rs56170870	GA	G	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=180;ReadPosRankSum=-0.879;SC=ATAAAAAGCGGAAAAAAAAAA;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=18;WE=1042269;WS=1042251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	1221221	rs74679668	T	TAG	96.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=74;SC=CCTGTGAACTTAGAAACTACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=1221229;WS=1221211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	1675847	rs73030956	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=0.160;SC=CCAGAGTGCCGGAGGCGCAGA;SOR=0.344;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=33;WE=1675855;WS=1675837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr12	1703322	.	A	AGCC	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=611;SC=GCTTCTCCCCAGCCGCCGCCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=15;WE=1703330;WS=1703312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	1748728	rs58317077	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.994;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.884;SC=GGAAGCGAAGCCCCCTGCCCC;SOR=2.527;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=15;WE=1748736;WS=1748718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr12	1748766	rs6489313	G	A	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=40;PP=1957;SC=CGTGGCGTGCGGGTCCGTCGG;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=1748774;WS=1748756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	1748834	rs2270036	T	C	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2510;ReadPosRankSum=1.085;SC=CTTACCGCCCTGGCCTCATTC;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=162;WE=1748842;WS=1748824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr12	1863728	rs11061971	A	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.203;SC=ATGTGGAGGAAGTGGCAGAGG;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=1863736;WS=1863718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	1889823	rs767870	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=21;PP=593;SC=TGTAAAGTCCGTATTTTGGCC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=1889831;WS=1889813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	1889920	rs10848575	TT	AA	315.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	1902766	rs2058111	T	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=879;ReadPosRankSum=0.308;SC=TGCTGACTTTTTGGGATGGCT;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=68;WE=1902774;WS=1902756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,71:0.38:185
chr12	1904726	rs3078853	G	GAC	612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=707;SC=CCCTGTGGAGGACACGGGCGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=1904734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr12	1909656	rs111637110	GC	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr12	1919543	rs2286377	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=321;ReadPosRankSum=0.063;SC=ATGCCAGGGCCCTCACCCACC;SOR=0.964;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=27;WE=1919551;WS=1919533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr12	1937511	rs10437823	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.199;SC=CTTCCTGGGGTACCCGAGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=22;WE=1937519;WS=1937501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr12	1950011	rs58188909	A	AC	5732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.208;NF=11;NR=69;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CAACCCAGTCATGGGGAAGAG;SOR=1.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=80;WE=1950019;WS=1950001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr12	1955664	rs7137553	G	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	1955668	rs7138458	C	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.02;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	1955890	rs7137876	T	C	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GGTCACCACATGGCTGTGGCA;SOR=0.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=126;TCR=137;TR=260;WE=1955898;WS=1955880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr12	1967947	rs2286369	C	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=27;PP=754;SC=CCTCATGCCCCCTTCTTTACC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=1967955;WS=1967937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	1969262	rs10848582	T	C	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=139;PP=2965;SC=GAGTTGCTGGTATTCATGTTC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=150;TCR=139;TR=289;WE=1969270;WS=1969252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr12	1987712	rs117638123	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.572;SC=CCATGCTTCCATCATTGATTG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=1987720;WS=1987702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	1993337	rs2429184	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=916;SC=TGCTCAGCACTTCCAGGGCTG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=1993345;WS=1993327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	1995042	rs10774003	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=1;PP=345;SC=ATAAGCAAAAAGGGCCACAGA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=1995050;WS=1995032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	1995403	rs10735005	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=45;PP=1551;SC=ATGATATTAATGAAGTCATTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=1995411;WS=1995393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	2016550	rs112521420	A	ATTGTC	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=824;SC=CAGTGCCCCTATTATTTCCAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=2016558;WS=2016540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	2016938	rs113797488	AGCCTGGTGAGTAT	A	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=2957;SC=CTGGTGGGCCAGCCTGGTGAG;SOR=2.910;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=2016958;WS=2016936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	2019322	rs8181786	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=319;SC=ACAGACAAAAGGCACACACAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=2019330;WS=2019312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	2022411	rs1558142	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=40;PP=976;SC=TTCCGGCACATGGAGCCTGGT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=2022419;WS=2022401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	2024316	rs758157	A	G	7456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=129;PP=2965;SC=ATGCATATGCATACACACACG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=143;TCR=129;TR=272;WE=2024324;WS=2024306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	2039238	rs111237959	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=2.104;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr12	2039690	rs2429172	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=308;ReadPosRankSum=1.487;SC=CAGAGAGCTCACTCTGCCTGG;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=20;WE=2039698;WS=2039680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr12	2100324	rs11062046	A	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=599;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGAGCAGTACAGGTGGTGTGG;SOR=0.728;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=54;WE=2100332;WS=2100314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,62:0.35:177
chr12	2102623	rs12813534	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.329;SC=TATTTTCAGTATAAGTACATT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=7;WE=2102631;WS=2102613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr12	2113348	rs7298333	A	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=843;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CCAGGGCGTCAACGTCTCCTC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=65;WE=2113356;WS=2113338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,64:0.29:221
chr12	2224228	rs2299661	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=3.044;SC=GGCCCTCTTCCCTCAGCATCT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=6;WE=2224236;WS=2224223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	2558186	rs1544514	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=1703;ReadPosRankSum=0.705;SC=CGGTGGAAGCGTTTTTAAAAG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=186;TCR=143;TR=132;WE=2558194;WS=2558176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,141:0.41:346
chr12	2558298	rs1544515	G	A	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=6.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,57:0.34:166
chr12	2558298	.	GTT	ATC	1859	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=12;NR=36;PP=1859;QD=39.8430807263;SC=ATCACTGTCTGTTTCTTTCCC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=154;TCF=51;TCR=103;TR=48;WE=2558308;WS=2558288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:106,48:0.31:154
chr12	2558300	rs1544516	T	C	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=5.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr12	2613521	rs1008832	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=607;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GTCCCCTCCCAATCTGCTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=37;WE=2613529;WS=2613511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
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chr12	2659082	rs11062272	G	T	6165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.762;NF=147;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.671;SC=CTCAATGCCTGGCTCTGCTTC;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=424;TCF=227;TCR=197;TR=265;WE=2659090;WS=2659072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,279:0.64:439
chr12	2659622	rs12304811	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=562;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TGATAAATGTGACCTGGGAGA;SOR=1.015;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=36;WE=2659630;WS=2659612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr12	2659848	rs10848675	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=27;PP=829;SC=CATTTCTGAATTGCTCCACCT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=2659856;WS=2659838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	2659942	rs79331677	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.77;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr12	2695136	rs56291949	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	2705356	rs215981	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=606;ReadPosRankSum=0.612;SC=AAGCAAATAAAAGAGCATGTA;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=28;WE=2705364;WS=2705346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr12	2706720	rs215983	G	C	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=87;PP=2859;SC=TCTGCTCTGTGTGGCTGGATC;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=149;WE=2706728;WS=2706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	2714753	rs41276704	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=0.444;SC=ATTACTCCCCGTTGTGGCAAA;SOR=1.227;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=24;WE=2714761;WS=2714743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr12	2715687	rs758560	A	G	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=48;PP=1754;ReadPosRankSum=2.716;SC=TCCCTAGCACAGTGCTGGGCT;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=105;TCR=72;TR=118;WE=2715695;WS=2715677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,124:0.67:185
chr12	2719934	rs55641425	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1263;ReadPosRankSum=2.114;SC=GAAAGTGTAACGGAGCGGCAG;SOR=1.166;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=28;TCR=86;TR=66;WE=2719942;WS=2719924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,68:0.58:118
chr12	2720988	rs216007	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=0.651;SC=GCGAGGGCCTTCGAGAAGGCT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=2720996;WS=2720986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	2721137	rs216008	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=44;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CTGGCCTCTTCACCGTGGAGA;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=106;WE=2721145;WS=2721127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,112:0.69:163
chr12	2750893	rs2239124	C	T	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=56;PP=1948;SC=AGGCGATGCTCAACCTGCAGG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=2750901;WS=2750883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	2751024	.	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GCTTAAGAGTATGGCTGGCCC;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=2751032;WS=2751014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	2760965	rs34428885	GA	G	2337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=45;PP=1886;SC=GCGGCCCGGGGAATCGCAGGG;SOR=2.412;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=46;WE=2760973;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	2783476	rs7136355	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=474;ReadPosRankSum=-1.089;SC=AGGAATGGCATTGGACGGGGC;SOR=1.390;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=24;WE=2783484;WS=2783466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr12	2791130	rs10848683	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.91;ReadPosRankSum=0.114;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	2791130	.	CGA	TGG	751	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=14;NR=1;PP=751;QD=53.6311916575;SC=AGGCACGTTCCGATGTGTGAG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=2791140;WS=2791120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr12	2791132	rs10774053	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.75;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr12	2791205	rs10774054	A	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=19;PP=1195;SC=CTGCTCAGGAAAGCAAACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=2791213;WS=2791195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	2794791	rs11062315	T	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GCACAAAGTGTGCGTCCCTTC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=7;WE=2794799;WS=2794783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	2795255	rs2270373	C	T	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=48;PP=2230;SC=CTCCTGGCACCCCACCAGGGT;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=125;WE=2795263;WS=2795245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	2799987	rs55830098	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=1.206;SC=TACCCCCTCGCTCTAGCCCTC;SOR=0.117;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=11;WE=2799995;WS=2799977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	2851166	.	T	C	253	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=44.84;NF=6;NR=0;PP=253;QD=47.9618687579;SC=AAGTGCTTTCTGGGGGTGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=6;WE=2851193;WS=2851156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,6:0.20:30
chr12	2851180	rs55952811	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQRankSum=-3.263;QD=2.55;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr12	2851185	rs12319038	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=1022;SC=AGCTGCCCCTATGGGTGGCCA;SOR=3.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=2851193;WS=2851156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	2851259	rs12319097	A	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.657;NF=34;NR=35;PP=1097;ReadPosRankSum=0.424;SC=CCAGGATGACAAAAATCGGCA;SOR=0.695;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=69;WE=2851267;WS=2851249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr12	2851357	rs10774059	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQRankSum=-3.508;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr12	2851365	rs4765989	T	C	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.51;QD=39.89;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	2876636	rs4313632	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=49;PP=2120;SC=GGTGAGAAGCAGCTTTGTTCT;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=2876644;WS=2876626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	2905367	rs11062358	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=826;ReadPosRankSum=-2.241;SC=CTGAGCTCCGCGTGTGCGGCA;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=49;WE=2905375;WS=2905357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr12	2907087	rs41456246	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=775;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CCTTATCTCAGCCCAATGCCT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=61;TCR=109;TR=66;WE=2907095;WS=2907077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,67:0.38:175
chr12	2910115	rs11275794	T	TTCCTTCCTAGA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAATGAGGTCCCTGGATTG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=2910123;WS=2910105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	2910237	rs11833878	C	G	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=1932;ReadPosRankSum=2.010;SC=AGATGAGCTACAAGCCCTGAG;SOR=0.933;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=117;WE=2910245;WS=2910227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,119:0.67:178
chr12	2926543	rs2286604	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TCCAGGGACCACCTAGGGTGA;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=2926564;WS=2926533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	2926556	rs2286603	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TAGGGTGAGCCCCACACAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=2926564;WS=2926533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	2929160	rs143987452	GA	G	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=519;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GATCGGGTGTGAAGCCGCACT;SOR=1.501;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=14;WE=2929168;WS=2929150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	2930269	rs2286602	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=678;ReadPosRankSum=0.795;SC=GCAGCCCCATCCCTGTCTTTT;SOR=1.457;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=32;WE=2930277;WS=2930259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr12	2930645	rs61916645	C	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=498;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTGCAGAACACCCCTCTCCCC;SOR=0.595;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=26;WE=2930653;WS=2930635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr12	2932177	rs2286601	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CCTTTCTGACGTATCCCCTGA;SOR=0.478;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=38;WE=2932185;WS=2932167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr12	2936276	rs3814249	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=845;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GGCAGACACCATAGTCCCCAG;SOR=0.904;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=52;WE=2936284;WS=2936266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr12	2937298	rs11062370	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=873;ReadPosRankSum=0.368;SC=TCTCTACTATGGTTTCATCTC;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=51;WE=2937306;WS=2937288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr12	2968458	rs2215292	T	C	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.717;SC=GATGCTGTTTTCTCCGAGACC;SOR=0.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=157;TCR=141;TR=296;WE=2968466;WS=2968448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr12	3047466	rs2074987	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=812;SC=GCCTCCAGGAGGGGTTGGGTG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=3047474;WS=3047456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	3127652	rs2159411	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=15;PP=1683;SC=CCACCCCCACACCACAGGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=84;WE=3127660;WS=3127642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	3130938	rs4759380	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=2;PP=1101;SC=CGTGGTGGGCACGCAGAGCCA;SOR=5.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=49;WE=3130946;WS=3130928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	3131206	rs3741952	T	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=75;PP=2543;SC=TAACCCCTTCTTTCCTGCCAC;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=115;WE=3131214;WS=3131196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	3131238	rs4759379	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=41;PP=1334;SC=TGGTAGTGAGAACGGGGCGAG;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=3131246;WS=3131228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	3149483	rs7294804	A	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=62;PP=2434;SC=CAGCCATGGCATGCCCCTTCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=134;WE=3149491;WS=3149473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	3310439	rs740776	C	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	3310482	rs740775	C	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	3315433	rs2058243	A	G	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1581;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CTGAATGCCCACTCTGTGCAC;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=111;WE=3315441;WS=3315423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,115:0.65:178
chr12	3387521	rs651196	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=421;SC=GGGACCTGCACTGTTCCCAGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=3387529;WS=3387513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	3387555	rs651243	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=771;SC=GTGAGAGCAGCGCCAGGCTAA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=3387563;WS=3387545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	3387697	rs16930370	T	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=81;PP=2881;SC=ACCTGGTCATTGCCATAGGCA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=169;WE=3387705;WS=3387687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	3389601	rs66501720	C	T	5946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=117;PP=2965;SC=TGTACCACACCGAGAACAACG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=209;WE=3389609;WS=3389591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	3391032	rs564247	T	G	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=95;PP=2965;SC=GGCCTCAGCCTCAGAGGGAAG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=84;TCR=95;TR=179;WE=3391040;WS=3391022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	3392118	rs11611152	C	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=6;PP=1630;SC=CCCGCTTGCTCTAGGTGCCCT;SOR=4.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=63;WE=3392126;WS=3392108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	3392351	rs632887	A	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=71;PP=2239;SC=GCTTTGTGTCACCTGCCTGCG;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=107;WE=3392359;WS=3392341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	3409149	rs55979725	G	A	11351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=237;NR=171;PP=2965;SC=ATACTGACCCGCCGGATCCCT;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=238;TCR=172;TR=408;WE=3409157;WS=3409139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr12	3409277	rs7306401	C	T	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=144;PP=2965;SC=CTGCAGGTGCCGGAGAAGGCC;SOR=1.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=61;TCR=144;TR=204;WE=3409285;WS=3409267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	3490820	rs10848860	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=335;SC=TTGTTTCAATTAAACTTTTAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=3490828;WS=3490810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	3600691	rs374098818	AT	A	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,28:0.19:145
chr12	3600967	rs757609	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=472;SC=CTTTCCCCAGTTTCATCCCGC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=3600975;WS=3600957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	3725866	rs4766146	A	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=789;ReadPosRankSum=1.292;SC=CTTTAAGACTAAGAAGAAGAC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=57;WE=3725874;WS=3725856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr12	3725967	rs4766147	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=0.239;SC=TACAAAGGCCCAGGACCCCGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=15;WE=3725975;WS=3725957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	3728397	rs17770235	T	C	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TCCCTCGGGGTCACACTCTGT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=75;WE=3728405;WS=3728387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr12	3736527	rs56082948	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=646;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GCAGAGGCCCACGTGGGAGAT;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=46;WE=3736535;WS=3736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr12	3736745	rs10848894	T	C	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=121;PP=2965;SC=GGGTCAGGCATGCACGGCCTT;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=228;WE=3736753;WS=3736735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	3749874	rs7138453	T	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTTCATTTCATGCTTGCAGTC;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=64;WE=3749882;WS=3749864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,72:0.39:183
chr12	3750070	rs4766151	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	3751046	rs7297853	T	C	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1260;ReadPosRankSum=0.590;SC=GCCTATTTGCTCCGATGTTTG;SOR=0.721;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=225;TCF=117;TCR=108;TR=85;WE=3751054;WS=3751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,93:0.39:240
chr12	3753975	rs7975304	T	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=407;SC=AGGATAGTTTTTGTGTACAGA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=3753983;WS=3753965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	3757548	rs887304	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=11;PP=1194;SC=AGTGGCTACTTGGTGGTCCAA;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=3757556;WS=3757538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	3782456	rs55825408	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=439;SC=TTAAAAATACATATATCGTGA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=3782464;WS=3782446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	3782480	rs56040859	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=698;SC=ACACAGGGCCTGGTCCCCACT;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=3782488;WS=3782470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	3782647	rs36030417	A	T	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=43;PP=1476;SC=TCTTCTCCTCATGGGCTTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=3782655;WS=3782637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	3782701	rs17697920	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=28;PP=942;SC=CAAAGTTGGACAGTAAATGAG;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=3782709;WS=3782691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	3782779	rs61907258	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=323;SC=AGGGACGCTCATGTGGAAGTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=3782787;WS=3782769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	3787956	rs242019	A	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=9;PP=1028;SC=GCGGGCCTTTACCTGCACTGC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=3787964;WS=3787946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	3788145	rs242018	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=4.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,56:0.26:214
chr12	3788188	rs3803135	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=6.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,70:0.29:244
chr12	3788222	rs242017	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,73:0.31:239
chr12	3789452	rs17836273	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=1.574;SC=TTGCCATCAGCATCCAGGGCA;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=34;WE=3789460;WS=3789442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr12	3789562	rs61537702	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	3789562	.	GG	CA	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=145;QD=49.6169687156;SC=ACTCACTGGTGGGGGAGGTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=4;WE=3789571;WS=3789552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr12	3789563	rs57335133	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	3789607	rs17780600	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	3806147	rs9788233	T	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.561;SC=GAGACTACCCTCCCGTCAGGG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=76;WE=3806155;WS=3806137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,78:0.43:183
chr12	3948327	.	C	CGCCGCCT	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	3948718	rs3809251	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,51:0.28:182
chr12	3949778	rs144217958	CTA	C	2209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.052;NF=5;NR=32;PP=1417;ReadPosRankSum=0.758;SC=GAGAATCTAACTATTGCTACT;SOR=0.544;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=116;TCF=11;TCR=105;TR=37;WE=3949787;WS=3949768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,64:0.32:197
chr12	3982657	rs4766179	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=473;SC=ACGCTTATCCATACGCGCGCG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=3982665;WS=3982647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	4388084	rs3217805	C	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=2.228;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,82:0.32:259
chr12	4430547	rs10774222	C	T	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=114;PP=2962;SC=AAAACGGGTCCACCACCCTCT;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=61;TCR=114;TR=175;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	4430561	rs11063080	C	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=686;ReadPosRankSum=0.043;SC=ACCCTCTCCCCTCCCTGCTCG;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=38;TCR=95;TR=48;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,49:0.37:134
chr12	4446116	rs7296163	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AAAATTTAGATAAATGCAGCT;SOR=0.052;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=4446124;WS=4446106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	4461485	rs7133330	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=417;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TGAAAGAAGCGGATCAAAAAG;SOR=0.903;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=33;WE=4461493;WS=4461475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr12	4537658	rs2970806	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=711;SC=TTCAACGTCAGACCCACCTGG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=4537666;WS=4537648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	4553332	rs2241280	A	G	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1709;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TGTTCATGGCAACGAAGAGGG;SOR=0.441;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=113;WE=4553340;WS=4553322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,125:0.71:176
chr12	4553383	rs2241279	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1150;ReadPosRankSum=-1.939;SC=CTCGCTCCACAGTGGAAATTT;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=65;WE=4553391;WS=4553373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,69:0.73:95
chr12	4554548	rs7358740	G	C	17459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=292;NR=343;PP=2965;SC=CAGCTAGCCCGGCGCGAGACC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=637;TCF=292;TCR=345;TR=635;WE=4554556;WS=4554538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,659:1.00:659
chr12	4626131	rs12831479	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AATTTCCTATCTTCCACCAAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=4626139;WS=4626121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	4627414	rs35924298	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1136;ReadPosRankSum=1.243;SC=TGGTCTTCAACTGGGCTCCTG;SOR=0.408;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=74;WE=4627422;WS=4627404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,80:0.75:106
chr12	4655670	rs2907492	C	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ACAGAGGAAACAGGTAAAATG;SOR=0.512;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=18;WE=4655678;WS=4655660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr12	4657203	rs7314915	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATTTTCCTATATCTAGACATT;SOR=0.197;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=4657211;WS=4657193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	4667887	rs71459908	A	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGTTCTTTTGATCTAGTTTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=4667895;WS=4667877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	4667910	rs7308641	A	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=0.683;SC=CTTGATAGACACTGGAAAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=4667918;WS=4667900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr12	4671429	rs34206253	G	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.227;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=693;ReadPosRankSum=0.623;SC=TCCTCCCGCCGCCTATCCGCA;SOR=1.023;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=61;WE=4671437;WS=4671419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,66:0.32:207
chr12	4671490	rs740059	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=502;ReadPosRankSum=1.584;SC=GCAGTCAGGCGCGAGTACGAG;SOR=0.471;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=48;WE=4671498;WS=4671480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,54:0.31:176
chr12	4671611	rs7306848	CG	GA	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=651;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CTGTGGTGCGCGGACAAGAAA;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=19;WE=4671620;WS=4671601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr12	4672096	rs7295624	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTTAAAGGCTATTCTGTGACA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=4672104;WS=4672086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	4672394	rs7299185	T	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=1.243;SC=CACTCTACCTTATTGTTTCTG;SOR=1.381;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=32;WE=4672402;WS=4672384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr12	4689963	.	AT	A	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.705;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr12	4697987	rs2041295	A	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.495;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr12	4697991	rs2041294	AT	GG	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	4700221	rs2302248	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.667;SC=GGAGAGGTAGGTAAAGAGCCT;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=12;WE=4700229;WS=4700211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr12	4702173	rs2240763	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=500;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CACAGAGGCCCTAAAGCTTTT;SOR=0.769;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=38;WE=4702181;WS=4702163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr12	4714008	rs2286576	T	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.73;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr12	4714018	rs2286575	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr12	4716513	rs2255588	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=551;ReadPosRankSum=0.593;SC=TGCCGCCAGCCGGCTTCATTC;SOR=0.561;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=48;WE=4716521;WS=4716503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr12	4716572	rs997373	C	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TAGTGTGTCTCATGAGGTGTC;SOR=0.631;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=16;WE=4716580;WS=4716562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr12	4725134	rs7301885	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=52;PP=1575;SC=TGCCAAGGCTGGAGCAGAGAG;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=60;WE=4725142;WS=4725124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	4735734	rs2072359	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr12	4735894	rs2072357	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGCTTCTGCTGACCCTGTGCC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=22;WE=4735902;WS=4735884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr12	4736086	rs1990313	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=-1.408;SC=GTGGCCATCTATCTGGCTGAC;SOR=1.111;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=27;WE=4736094;WS=4736076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr12	4736495	rs1990312	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=32;PP=1315;SC=ATCAGGTCCTCGGCCCAGGAG;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=4736503;WS=4736485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	4736631	rs11063265	A	G	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=75;PP=2965;SC=TGGGAGCTTCAAATGCTGCAT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=187;WE=4736639;WS=4736621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	4736677	rs11063266	G	C	6793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=98;PP=2965;SC=TTTCTGCTGAGTTTTATGCCA;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=137;TCR=98;TR=234;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	4736690	rs10774251	A	G	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=99;PP=2965;SC=TTATGCCACAAGGTAAGCCCC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=133;TCR=100;TR=232;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	4737042	rs7972737	G	A	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=2285;ReadPosRankSum=-1.711;SC=CTGTGACGCTGTGGAGATTCC;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=111;TCR=114;TR=154;WE=4737050;WS=4737032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,160:0.68:234
chr12	4737318	rs7960207	A	G	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=1907;ReadPosRankSum=0.089;SC=CATAATCTCCATTACGAGATT;SOR=0.889;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=128;TCR=96;TR=130;WE=4737326;WS=4737308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,140:0.57:244
chr12	4737459	rs2072356	C	T	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1997;ReadPosRankSum=2.300;SC=GTGATGATCCCGAGACTCTGT;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=110;WE=4737467;WS=4737449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,113:0.68:165
chr12	4737715	rs2072355	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1305;ReadPosRankSum=0.271;SC=TACTGAACTCCCGTTGCCAAG;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=86;WE=4737723;WS=4737705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,92:0.61:150
chr12	4740324	rs12580890	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	4740515	rs11063270	A	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=926;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TTGTGCTCACATGGAAGGAGA;SOR=0.689;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=90;TCR=92;TR=68;WE=4740523;WS=4740505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,73:0.37:197
chr12	4763400	rs2302246	G	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TATTTGTGTTGACAGTTTTAA;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=21;WE=4763408;WS=4763390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	4764137	rs4147672	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AATTACTAAGGTCATTTTTAG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=36;WE=4764145;WS=4764127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr12	4764195	rs4147673	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=0.367;SC=CAGAATGGACCAAAGGCATCC;SOR=0.776;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=16;WE=4764203;WS=4764185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	4768354	rs7972657	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.893;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	4768437	rs7958182	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.836;NF=4;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TTATCACAGACATATGTAGAA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=9;WE=4768445;WS=4768427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	4768504	rs4147683	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=-0.792;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	4768511	rs12318966	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.674;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	4768521	rs147001712	TTC	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.674;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	4794351	rs2240760	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GTCTTCCTGCAGTTCTCATAG;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=24;WE=4794359;WS=4794341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr12	4830000	rs10849133	T	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=764;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GAATAAACGCTACGGGGCAGT;SOR=0.327;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=44;WE=4830008;WS=4829990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
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chr12	4881766	rs2286581	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	4881775	rs2286582	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	4919267	rs758534	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	4959874	rs10774275	T	C	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=37;PP=2457;SC=ACTAACTACATGTCCTTTTGT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=126;WE=4959882;WS=4959864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	4959904	rs34855288	G	GA	3067.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=2185;ReadPosRankSum=0.301;SC=TCCCTGGCAGGAAAAATGCTG;SOR=0.718;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=66;WE=4959912;WS=4959894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr12	4959987	rs10774276	C	T	6159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,157:0.63:249
chr12	4959993	rs3168377	C	A	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,156:0.64:245
chr12	4960023	rs14054	C	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=65;PP=1549;ReadPosRankSum=0.986;SC=AGGCATCTGGCCTGACACCGC;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=65;TCR=108;TR=103;WE=4960031;WS=4960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,111:0.61:182
chr12	4960089	rs700480	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ACCAGACCCGTTGTCCCTAAA;SOR=0.356;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=38;WE=4960097;WS=4960079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr12	4960117	rs12336	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=0.041;SC=CCCAGAATGTTGGGGTGAAGC;SOR=0.069;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=18;WE=4960125;WS=4960107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr12	5021228	rs1048500	T	C	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1365;ReadPosRankSum=0.450;SC=AAACGCTGTGTATCATCTGGT;SOR=0.877;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=301;TCF=148;TCR=153;TR=96;WE=5021236;WS=5021218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,100:0.32:317
chr12	5021348	rs2227910	G	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=89;PP=2965;SC=ATTTCATCACGCTGGGCACCG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=177;WE=5021356;WS=5021338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	5021984	rs4766309	T	A	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.353;SC=ATTGCACCACTGCTAACCAAA;SOR=0.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=238;WE=5021992;WS=5021974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr12	5022041	rs4766310	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=687;ReadPosRankSum=-0.094;SC=AAAAAACAAAGGCAAGCAAAC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=56;WE=5022049;WS=5022031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,62:0.31:202
chr12	5154462	rs2359641	T	C	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=148;PP=2965;SC=AGCCAGGGGGTGGAGGAGGCG;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=81;TCR=148;TR=229;WE=5154470;WS=5154452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	5674754	rs2277398	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=0.430;SC=CCAGACGGGCGGACAGAATAA;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=35;WE=5674762;WS=5674744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr12	5721962	rs3741837	A	C,G	1734.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=14,22;NR=7,20;PP=298,844;SC=TTAGAACAAAAGGGAGCTCTG;SOR=1.033;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=21,42;WE=5721970;WS=5721952;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:66
chr12	5722181	rs3741838	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AGGGTGGCTCAAGGACATGTC;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=26;WE=5722189;WS=5722171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr12	5756783	rs2277400	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.647;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=711;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TGTGGCTTCCCCTTTACCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=17;WE=5756803;WS=5756773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr12	5756795	rs444834	T	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.556;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=1381;ReadPosRankSum=1.087;SC=TTTACCAGCCTCTCATTATTT;SOR=0.154;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=39;WE=5756803;WS=5756773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr12	5756824	rs367978	C	T	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=28;PP=1827;SC=GAATATAATACCCACAGTAGT;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=5756832;WS=5756814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	5757029	rs367206	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=640;ReadPosRankSum=1.484;SC=TTAATTTGCTCTCATTTGCAT;SOR=0.158;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=34;WE=5757037;WS=5757019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr12	5841841	rs2277401	G	C	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=102;PP=2965;SC=AAGGAAGAATGACCTTGGCCT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=223;WE=5841849;WS=5841831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	5860179	rs2277402	T	C	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=237;SC=ATTAAGAACATCATATACTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=5860187;WS=5860169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	5916350	rs2277403	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.847;SC=GGTCAGTCAAGGTATTTTAAT;SOR=0.645;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=13;WE=5916358;WS=5916340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr12	5936910	rs11608829	C	T	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=1900;ReadPosRankSum=-1.399;SC=CCGTCAGCACCCTGCCCGCGG;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=129;WE=5936918;WS=5936900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,133:0.67:199
chr12	5961048	rs7485945	G	A	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=70;PP=2724;SC=CACTTTTCCTGTGTCTCTAGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=154;WE=5961056;WS=5961038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	6030154	rs3825331	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=903;SC=CTAGGAGCCCGGTTCTGTGGT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=6030173;WS=6030144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	6030165	rs3825332	G	A	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1010;SC=GTTCTGTGGTGCCATTCCATC;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=6030173;WS=6030144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	6030302	rs3741902	T	C	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=50;PP=2459;SC=CATCGAGCGGTCCCAGCTCAA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=6030310;WS=6030292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	6030405	rs3741903	A	G	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=88;PP=2965;SC=GGCCAGGTGCACCCCGCGTTT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=189;WE=6030413;WS=6030395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	6030437	rs3741904	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,59:0.24:249
chr12	6054395	rs6489680	A	G	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=107;PP=2965;SC=ATGTGGACGCAGACCCCGCCG;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=77;TCR=107;TR=184;WE=6054403;WS=6054385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	6055132	rs6489682	T	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=10;PP=1315;SC=AGGAGTGCCATCTCCCCGGGA;SOR=3.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=6055140;WS=6055122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	6060960	rs2270151	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=33;PP=2237;SC=AAGAGCCCCTGGACTTGCTCT;SOR=1.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=109;WE=6060968;WS=6060950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	6061069	rs2270152	T	G	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=136;NR=128;PP=2965;SC=CAGCAAAATTTCAGGTTAGGC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=264;WE=6061077;WS=6061059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	6061491	rs2286646	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=17;PP=879;SC=TGGGATGCACACTATTCAGAA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=6061499;WS=6061481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	6062853	rs3759320	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=58;PP=1621;SC=TCATCTCTCTCATCCAGTAGT;SOR=1.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=6062861;WS=6062843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	6062878	rs3759321	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=964;SC=CCTAGAATTCGGAAAGTCAAC;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=6062886;WS=6062868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	6076640	rs55687637	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=595;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GTCCCCATTGAGCCTCTCTTA;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=38;WE=6076648;WS=6076630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr12	6078616	rs2270239	T	G	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=76;PP=2246;SC=CAGGGTCCCATTGGGAATGTG;SOR=3.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=92;WE=6078624;WS=6078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	6085445	rs3819540	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr12	6085445	.	GTG	ATA	885	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=13;NR=17;PP=885;QD=31.2822624954;SC=ATAAGTTTTCGTGAGTGAACT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=30;WE=6085455;WS=6085435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:63,30:0.32:93
chr12	6085447	rs3819539	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr12	6085513	rs216855	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=823;SC=AGCCGCTCTAAGTGCTGAGAA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=6085521;WS=6085503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	6090892	rs2286937	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=395;ReadPosRankSum=-0.237;SC=AGGATAAACTGACAGCAATAA;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=26;WE=6090900;WS=6090882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	6091000	rs216867	A	G	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=87;PP=2965;SC=CATTGGTGGCAGTTGAGGCCA;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=135;TCR=88;TR=222;WE=6091008;WS=6090990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	6092562	rs2192205	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=1.870;SC=AGATTACATGGGTTAGGATAG;SOR=0.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=7;WE=6092575;WS=6092552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr12	6092567	rs138350612	G	GGATAGATAGATA,GGATAGATAGATAGATA	429.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=7,7;PP=308,397;SC=ACATGGGTTAGGATAGATAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7,7;WE=6092575;WS=6092552;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:8
chr12	6094152	rs2070885	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CACCTTCAACGTGGTGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=16;WE=6094160;WS=6094142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr12	6094390	rs2070884	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=186;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GAGTTCTGTACGGTCATCCCA;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=16;WE=6094398;WS=6094380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
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chr12	6105143	rs3741906	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr12	6127943	rs216310	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.236;NF=27;NR=8;PP=586;ReadPosRankSum=-2.668;SC=GGTACTCCACAGTCACCATGT;SOR=1.409;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=35;WE=6127951;WS=6127933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr12	6128443	rs216311	T	C	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.894;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.722;NF=46;NR=48;PP=1361;ReadPosRankSum=2.679;SC=AGGAGCAGGGTGATGCGGGAG;SOR=0.375;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=94;WE=6128451;WS=6128433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,95:0.59:160
chr12	6128984	rs216312	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CAGTGTACAATGACTTCCATA;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=6128992;WS=6128974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	6143984	rs216321	T	C	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=104;PP=2814;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CTTCCGGTCCTGACAGACACT;SOR=0.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=163;TCR=144;TR=218;WE=6143992;WS=6143974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,226:0.71:319
chr12	6144164	rs499648	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.51;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr12	6144169	rs669667	T	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.88;ReadPosRankSum=1.158;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	6145529	rs216325	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=611;ReadPosRankSum=1.636;SC=CTGGGTCCCCGGCGCAGCCCC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=42;WE=6145537;WS=6145519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr12	6153659	rs216293	G	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=992;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GTGAAGGAGAGAATGGACCTA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=61;WE=6153667;WS=6153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr12	6153750	rs216294	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-1.057;SC=GGGGACCAGCAGCTGCCTGAG;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=6153758;WS=6153740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr12	6161963	rs10622633	G	GAGA	2331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=12.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.474;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr12	6172202	rs1800378	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=10.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr12	6172348	rs2239159	C	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=584;SC=GACTTAGGGGCAGATGGGGTG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=6172356;WS=6172338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	6174414	rs1800376	T	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,81:0.70:115
chr12	6174423	rs1800375	T	A	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.82;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr12	6182828	rs1800387	A	T	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1421;ReadPosRankSum=1.501;SC=GACACATTTCATTGATGTGCA;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=81;WE=6182836;WS=6182818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,85:0.72:118
chr12	6204902	rs5796209	CA	C	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=362;SC=GGCTGGAGTGCAGCGGCTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=6204910;WS=6204892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	6230288	rs6489694	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=69;NR=6;PP=1984;SC=CACCAGGGCTAAGCTCAGCCA;SOR=4.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=69;TCR=6;TR=75;WE=6230296;WS=6230278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	6232426	rs2286608	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=64;PP=2019;SC=CTGGTGTGGCGACTATCAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=106;WE=6232434;WS=6232416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	6309598	rs11539945	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=13;PP=1084;SC=CGCCAGGTCCCGCCAGTCCCA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=6309606;WS=6309584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	6344600	rs2072372	C	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=575;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CGTCTTCTTACAATTTGTTTC;SOR=0.704;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=52;WE=6344608;WS=6344590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,54:0.32:170
chr12	6352292	rs9668222	T	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=658;SC=TACTTTGAGTTACAGACGTAT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=6352300;WS=6352282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	6421495	rs740842	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.405;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,19:0.23:84
chr12	6422272	rs10849440	T	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=68;PP=2853;SC=TGGCTGTGGCTTCAGCCTTTC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=131;WE=6422280;WS=6422262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	6424577	rs1003563	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.364;SC=CCTACACATCAGAGCACTGGT;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=18;WE=6424585;WS=6424567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr12	6427052	rs1468603	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,68:0.27:249
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chr12	6428621	rs12828469	A	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
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chr12	6459326	rs61918248	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-1.366;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr12	6463862	rs11614164	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=14;PP=928;SC=GCTTTGCAGGGCCAGCCAGGG;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=6463870;WS=6463852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	6483463	rs3741914	T	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=785;ReadPosRankSum=0.324;SC=GCCTGCCCAGTGAGCACCTCA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=40;WE=6483471;WS=6483453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr12	6484709	rs10849447	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=9.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr12	6495275	rs2364480	C	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=844;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CCTGCAAGGCCGGGCACTTCC;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=63;WE=6495283;WS=6495265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,68:0.33:207
chr12	6495635	rs5796232	C	CGG	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr12	6500105	rs12354	T	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=610;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CATGACTGACTGAGTCTGAGA;SOR=0.479;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=155;TCF=56;TCR=99;TR=53;WE=6500113;WS=6500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
chr12	6551874	rs3136549	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=236;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GCCCAGCCAGGCATGGTGGCT;SOR=0.399;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=16;WE=6551882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	6554429	rs2534719	G	C	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1715;ReadPosRankSum=-2.040;SC=GGCCAGGTGAGTGGCGAAAGA;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=99;WE=6554437;WS=6554419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr12	6554628	rs25680	G	A	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GCATAGAAAGGCTGCTCAGTG;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=335;TCF=175;TCR=160;TR=222;WE=6554636;WS=6554618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,230:0.66:347
chr12	6560041	.	T	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CTAACCCCTGTGTGTCCCCTC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=81;WE=6560049;WS=6560031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,82:0.59:140
chr12	6560473	rs2532502	A	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	6562753	rs2532501	A	G	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1324;ReadPosRankSum=1.418;SC=CATGGCCAACATGCAGGTCTC;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=85;WE=6562761;WS=6562743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,95:0.69:138
chr12	6562810	rs2532500	A	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=528;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TCCCAGGGTCACCAAGAATGA;SOR=1.126;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=35;WE=6562818;WS=6562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr12	6565750	rs10774432	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-1.195;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr12	6570163	rs2534710	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.939;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=821;ReadPosRankSum=0.690;SC=TCTAACCACCCCCCCGCCCAG;SOR=1.651;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=44;WE=6570171;WS=6570153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr12	6572048	rs1045452	A	G	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CAAGGGCGAAAGGAAAGGAAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=128;WE=6572056;WS=6572038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,135:0.62:217
chr12	6572191	rs12964	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTCCGCTCTGTTCCCAGCCTG;SOR=0.258;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=23;WE=6572199;WS=6572181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	6575191	rs2534718	A	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1130;ReadPosRankSum=1.628;SC=GAAACAAAGCAGCTAAGCTTC;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=72;WE=6575199;WS=6575181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr12	6579565	rs2534720	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=9;PP=1382;SC=CCGGTCCGGAAGCGGCGCGCG;SOR=2.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=57;WE=6579573;WS=6579555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	6579757	rs2532489	T	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=124;PP=2965;SC=AGACACCCGGTGAGGGACGCT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=213;WE=6579765;WS=6579747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	6579812	rs2072376	T	C	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1213;ReadPosRankSum=0.173;SC=TCGCGCCGACTACCCCGCGGT;SOR=0.125;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=59;WE=6579820;WS=6579802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr12	6601743	rs1001127	A	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=633;SC=ATAGACAAGGAACATTACAGT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=6601751;WS=6601733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	6601960	rs71579342	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=517;ReadPosRankSum=0.204;SC=TACACAGGAGGAAAAGATAGT;SOR=0.717;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=36;WE=6601968;WS=6601950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr12	6601980	rs4764600	C	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=660;ReadPosRankSum=0.025;SC=TCGTTACAGCCTAATTGCCAT;SOR=0.954;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=52;WE=6601988;WS=6601970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
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chr12	6618871	rs7309414	C	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=53;PP=2095;ReadPosRankSum=0.870;SC=TTTGTTTTTTCCATCTTCATA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=125;WE=6618879;WS=6618861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,134:0.73:183
chr12	6619054	rs7298053	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=839;ReadPosRankSum=0.517;SC=ATAGGTTCACTGATAAATGCC;SOR=1.188;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=62;WE=6619062;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr12	6619081	rs144245376	TCTA	T	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=557;ReadPosRankSum=1.642;SC=TATTGATATCTCTACTGATGA;SOR=0.255;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=14;WE=6619091;WS=6619071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr12	6619284	rs714774	C	G	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=80;PP=2934;SC=AGATACTCTGCAATTCCTGAT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=6619292;WS=6619274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	6619402	rs714775	T	C	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1456;ReadPosRankSum=1.379;SC=CATGATGATATCAAGGCTGTT;SOR=0.337;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=85;WE=6619410;WS=6619392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,85:0.62:136
chr12	6620495	rs7358768	G	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=29.17;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	6623382	rs4764604	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.435;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr12	6623389	rs4764605	T	C	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=11;PP=1091;SC=ACAATTGGATTCAGACAGCTG;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=71;WE=6623397;WS=6623372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	6624139	rs9788151	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TTAAGTCCAGTGTTGAAAGGC;SOR=0.198;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=13;WE=6624147;WS=6624129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr12	6626369	rs758739	G	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=411;SC=TTTAAGGACTGTAATGTGTCT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=6626377;WS=6626359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	6631169	rs917634	C	A	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	6631888	rs2072373	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=439;ReadPosRankSum=-1.366;SC=CAGGGAAAATGCGGAAGGCCT;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=27;WE=6631896;WS=6631878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr12	6635567	rs7311174	A	T	9756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=160;PP=2965;SC=CTTGGGCAGAATTGGGCCCTT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=182;TCR=160;TR=342;WE=6635575;WS=6635557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr12	6637845	rs2072374	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=52;PP=2151;SC=CCATTCCTAGTCTCCGGGACC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=6637853;WS=6637835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	6638116	rs740850	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr12	6638666	rs7316224	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.740;SC=ATCCTCATCTCCCCTTCCTGC;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=175;TCR=127;TR=102;WE=6638674;WS=6638656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,113:0.35:323
chr12	6639088	rs1043262	A	G	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=91;PP=2965;SC=TGTCAGTTGTAGGCAAGCTGC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=189;WE=6639096;WS=6639078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	6639981	rs2240871	C	G	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AAACCATCCACTGGTACGTAA;SOR=0.713;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=107;WE=6639989;WS=6639971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,121:0.65:185
chr12	6640267	rs10849485	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.811;SC=CCTGTTCCCGGCCGAGAAGGC;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=6640275;WS=6640257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	6640677	.	T	A	180	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=2;NR=6;PP=180;QD=26.8464015684;SC=CTCTTTTTTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=6640685;WS=6640667;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	6643927	rs3741915	T	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=697;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGGAGGCGTGTGTGTCGGCCG;SOR=0.328;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=37;WE=6643935;WS=6643917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr12	6643991	rs1136666	C	G	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1564;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCACATCGCTCAGACACCATG;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=84;WE=6643999;WS=6643981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr12	6644256	rs3741918	T	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CTTCCCCTAGTCCCCAGAAAC;SOR=0.124;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=23;WE=6644264;WS=6644246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr12	6646320	rs1065691	T	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1602;ReadPosRankSum=1.809;SC=CCTCTGCTGATGCCCCCATGT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=99;WE=6646328;WS=6646310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,100:0.66:151
chr12	6647109	rs1803621	T	C	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CCTCCACCTTTGACGCTGGGG;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=77;WE=6647117;WS=6647099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
chr12	6709945	rs12816349	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;SC=AGCAAGCACCGTTATACAGGG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=6709953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	6747578	rs1882553	G	C	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1629;ReadPosRankSum=0.878;SC=CACCTACACAGAGATTCAGTG;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=104;WE=6747586;WS=6747568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,113:0.64:177
chr12	6749093	rs2365087	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=556;SC=GAGGCAGGAGATTCAGTGAGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=6749101;WS=6749087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	6756240	rs3803130	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=349;SC=CGAGACCAGGACAGACAGACC;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=6756248;WS=6756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	6762026	rs4764506	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=24;PP=1204;SC=GTGCCAAACTTCCCACCAGAT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=6762034;WS=6762016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	6764831	rs4764616	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=551;SC=TCAGGGAACTGTGTCCAGGGT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=6764839;WS=6764825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	6777069	rs3835029	TTGC	T	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=967;SC=GTGGTGGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.112;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=30;WE=6777082;WS=6777059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	6786498	.	A	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr12	6787622	rs7964510	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=0.810;SC=TTACCAAACCCGGACCTAGGA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=37;WE=6787630;WS=6787612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr12	6804902	rs10849498	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=51;PP=1522;SC=CCCCAGCCTCACCCAGTCACT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=6804913;WS=6804892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	6835068	rs7487866	A	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.592;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.169;SC=ATGAAAAAGAAGCACTTGGCT;SOR=0.173;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=103;TCF=21;TCR=82;TR=48;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr12	6835081	rs2365100	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.039;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=1447;ReadPosRankSum=0.335;SC=ACTTGGCTGGGTGCGGTGGCT;SOR=0.097;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=33;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr12	6836852	rs7138427	A	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,96:0.26:374
chr12	6836913	rs2178691	G	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,57:0.23:249
chr12	6839453	rs871365	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr12	6840209	rs3168600	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=505;ReadPosRankSum=0.351;SC=GAATTGAAAGGACTGTCGTTT;SOR=1.284;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=37;WE=6840217;WS=6840199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr12	6840371	rs11227	G	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=571;ReadPosRankSum=0.333;SC=TAGGGAGGAGGCAAATGTAGG;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=47;WE=6840379;WS=6840361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr12	6857898	rs35247189	C	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=570;ReadPosRankSum=0.613;SC=GAGGACCGTCCGCAGGTGCAC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=37;WE=6857906;WS=6857888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr12	6859308	rs2302370	T	C	8435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CGCTCAATCCTACCTTCTCTG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=512;TCF=243;TCR=269;TR=357;WE=6859316;WS=6859298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,361:0.70:519
chr12	6859797	rs2302368	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-1.596;SC=AGCATACTGTTTCCCTCTTGC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=6859805;WS=6859787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr12	6861043	rs2302367	T	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=861;ReadPosRankSum=1.728;SC=CTTTCCTAACTAACCTCCAAC;SOR=1.106;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=53;WE=6861051;WS=6861033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr12	6879202	rs4764622	T	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=1186;ReadPosRankSum=0.023;SC=TGGCAAAGTCTGGGCTCAAAG;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=68;WE=6879210;WS=6879192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr12	6879279	rs4764621	A	G	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=65;PP=2059;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GGGCTCTGCCAGAGCTTCCTG;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=146;WE=6879287;WS=6879269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,153:0.71:217
chr12	6883700	rs2365095	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=810;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GGCTTGGCAGCCCTGCTGTGT;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=49;WE=6883708;WS=6883690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr12	6883796	rs148432416	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.360;SC=CAGAGCCTCCGACTGGGTCAT;SOR=0.510;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=261;TCF=147;TCR=114;TR=81;WE=6883804;WS=6883786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,82:0.30:272
chr12	6887020	rs870849	T	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=690;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTGTTTCTCATCCTTGGTGTC;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=58;WE=6887028;WS=6887010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,64:0.31:204
chr12	6909380	rs3216776	TG	T	10518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=92;PP=2957;SC=GGGGTCTCAATGCAGATGACG;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=147;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr12	6909388	rs2365568	A	G	10562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=97;PP=2965;SC=AATGCAGATGACGTGGGAGGA;SOR=1.009;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=136;TCR=97;TR=232;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	6909442	rs2255301	T	C	7604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=128;PP=2965;SC=AGCGGCGACATTGAGACCTGA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=268;WE=6909450;WS=6909432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
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chr12	6925149	rs10744715	C	T	4793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=75;PP=2961;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTGCTGCCTCCACATGCCAAC;SOR=0.961;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=351;TCF=213;TCR=138;TR=207;WE=6925157;WS=6925139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,217:0.59:368
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chr12	6928135	.	TA	GA,GG	629	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=15;MQ=59.54;NF=23,11;NR=30,12;PP=346,629;QD=7.18436250089;SC=GGGAGGGAGTTAGAGAGGAGG;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=53,23;WE=6928144;WS=6928125;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:77
chr12	6928136	rs2071077	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr12	6928586	rs7136817	CA	AG	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=1960;SC=AGCAGATCCCCAGCCTCTGGC;SOR=3.352;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=39;WE=6928595;WS=6928576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	6933787	rs1051409	A	G	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=56;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CTTTTGAGGTACCAGCCATTG;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=243;TCF=147;TCR=96;TR=150;WE=6933795;WS=6933777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,160:0.63:255
chr12	6934644	rs71445129	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=392;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCCACCCTTCCCCAGGTGGTG;SOR=0.538;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=20;WE=6934652;WS=6934634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr12	6935977	rs11612427	A	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1149;ReadPosRankSum=1.266;SC=CCTGGGACAAAGACACAGGTT;SOR=0.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=74;WE=6935985;WS=6935967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,75:0.36:209
chr12	6938023	rs57050687	C	CG	2132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=20;PP=1472;SC=GGGCGCGGCGCGCTTCGCGTG;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=6938031;WS=6938013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	6939850	rs10744716	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=740;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TGTGGGGGAAACAGCCACACG;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=60;WE=6939858;WS=6939840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,65:0.34:193
chr12	6940254	rs7305463	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=682;ReadPosRankSum=1.026;SC=GCCAGTGGGAAGGGGGCTCTT;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=48;WE=6940262;WS=6940244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,51:0.32:158
chr12	6941021	rs1047771	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.593;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=482;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GATCCCTGGGGGAGAAGAGGC;SOR=1.298;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=48;WE=6941029;WS=6941011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,48:0.28:174
chr12	6942672	rs4963513	A	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=416;ReadPosRankSum=3.529;SC=AACAGAAGAAACTTAATGAGA;SOR=0.713;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=30;WE=6942680;WS=6942662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr12	6942823	rs4963512	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=919;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GATATGCCCCATGGTGGGAGG;SOR=0.665;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=73;WE=6942831;WS=6942813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,74:0.37:201
chr12	6946247	rs1129646	G	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=442;ReadPosRankSum=-1.874;SC=TTAAGGCTGCGCAGGTGAGCA;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=40;WE=6946255;WS=6946237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,45:0.30:151
chr12	6946545	rs4963510	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.732;SC=CCACCCTCCCCTTGCCTTCCT;SOR=0.078;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=10;WE=6946553;WS=6946535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	7026893	rs376463507	A	AG	1450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=1267;SC=GCAATAAGCCAGCCTGCGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=7026901;WS=7026883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	7044647	rs367827860	A	AG	2074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=14;PP=1993;SC=TATGCAAGAGAGCCCCAAATC;SOR=2.221;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=7044655;WS=7044637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	7045891	.	A	ACAG	1915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=4.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=2.236;QD=21.05;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr12	7046745	rs12426246	G	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=530;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGGTGGGGCGGAGGTGGGCCT;SOR=1.019;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=43;WE=7046753;WS=7046735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,43:0.30:141
chr12	7047143	rs7969685	C	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=989;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CCGAGCAGCGCGCGCGCGAAG;SOR=0.373;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=63;WE=7047151;WS=7047133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,72:0.69:105
chr12	7053362	rs915997	A	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=98;PP=2965;SC=GTCAAGGCATAGGCTGCTGGC;SOR=1.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=45;TCR=99;TR=142;WE=7053370;WS=7053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	7053908	rs744167	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=670;ReadPosRankSum=1.894;SC=AGCGGTTGTCCCCTTTCTCGC;SOR=0.860;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=90;TCR=104;TR=57;WE=7053916;WS=7053898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,57:0.29:199
chr12	7054859	rs2019743	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=9;PP=1247;SC=TTCATGCTTAGACTACCACCC;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=7054867;WS=7054849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	7055860	rs2301262	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=587;ReadPosRankSum=0.355;SC=TGCGGCCCTCTGCCGTGGCTT;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=45;WE=7055868;WS=7055850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr12	7065281	rs10744724	C	T	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=53;PP=2564;SC=CAGACCATCTCGCCTCCTCTC;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=145;WE=7065289;WS=7065271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	7065406	rs7963446	G	A	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=68;PP=2441;SC=GGGCCACGTGGGAGGAGAGGC;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=124;WE=7065414;WS=7065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	7065576	rs2110071	G	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=81;PP=2965;SC=CCACGCTTGCGTCCAGAACCA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=204;WE=7065584;WS=7065566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	7065635	rs2110072	T	C	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=145;NR=130;PP=2965;SC=CCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=145;TCR=130;TR=275;WE=7065643;WS=7065625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr12	7069422	rs35119590	TG	T	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr12	7069425	rs28579154	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5635;FS=29.342;HP=13;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=699;ReadPosRankSum=0.484;SC=CAGGGCCTGGGGGGGGGGGGG;SOR=2.977;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=72;WE=7069433;WS=7069412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr12	7069426	.	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
chr12	7069620	rs759052	T	C	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=131;PP=2965;SC=TGACTGCCACTGCCCGGCATC;SOR=1.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=80;TCR=132;TR=211;WE=7069628;WS=7069610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	7069654	rs759053	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=76;PP=2369;SC=TGCCCAGCCCGATCCTCACTT;SOR=2.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=7069662;WS=7069644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	7079215	rs7301709	T	G	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=80;PP=2965;SC=CTGGAGGTTCTCGCAGCACCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=173;WE=7079223;WS=7079205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	7080210	rs60117710	A	AG	6396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=53;PP=2957;SC=CGGAGGCCGTAGTTTATTGTG;SOR=0.735;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=76;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	7080212	rs17857448	T	C	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=53;PP=2217;SC=GAGGCCGTAGTTTATTGTGGT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=103;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	7090659	rs60570787	A	AG	3013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=21;PP=2314;SC=AATGAGGGAGAGCTCCGCTCT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=50;WE=7090667;WS=7090649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	7188422	rs185368296	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=659;ReadPosRankSum=0.240;SC=GTTGCTTTGCGCTTCGTGTTC;SOR=0.867;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=50;WE=7188430;WS=7188412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
chr12	7242299	rs1801046	G	A	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=97;PP=2882;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTCCTCCCCTGATTTGCTCCG;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=115;TCR=127;TR=186;WE=7242307;WS=7242289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,188:0.77:243
chr12	7242950	rs4332595	A	G	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=135;SC=ATCATGCACCACAATGGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=7242958;WS=7242940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	7244956	rs12422724	A	T	11541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	7244962	rs12426834	T	G	11418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	7246581	rs56876910	T	TTG	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.595;NF=0;NR=26;PP=1074;ReadPosRankSum=0.908;SC=TAGCAGCAGTTTGTGTGTGTG;SOR=1.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=26;WE=7246589;WS=7246571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr12	7249598	rs3742089	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=761;ReadPosRankSum=1.755;SC=TTGGGGTAGATGGTGTGGGCA;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=69;WE=7249606;WS=7249588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,72:0.35:207
chr12	7254787	rs1075425	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CCCATCTAGACGGGCCGTGCC;SOR=3.947;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=18;WE=7254795;WS=7254777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	7261607	.	TG	T	98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=61.07;NF=4;NR=1;PP=98;QD=23.0;SC=GATGTGTGTGTGGGGGGGGTA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=7261615;WS=7261597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr12	7277236	rs2290237	T	A	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	7284301	rs2167285	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=334;SC=TGCCCTTCCACCGCTCTCTCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=7284309;WS=7284291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	7284484	rs10772466	A	C	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=71;PP=2908;SC=GGTTGGAGGAAAGAATGGAAA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=161;WE=7284492;WS=7284474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	7287886	rs6488452	A	C	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=62;PP=2965;SC=AGGCTGGCTGACGTGTCTTCA;SOR=1.411;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=183;TCF=121;TCR=62;TR=182;WE=7287894;WS=7287876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	7287914	rs2278822	C	T	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=148;NR=102;PP=2965;SC=TTCTCTCTGGCATATGCAGGG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=149;TCR=103;TR=250;WE=7287922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	7290391	.	T	TGTGAGA	266	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5486;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=61.92;NF=8;NR=2;PP=266;QD=26.9;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=7290399;WS=7290381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	7309199	rs7296261	G	A	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=112;PP=2965;SC=GGCCTGGCTCGGGTGTGGGGC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=116;TCR=112;TR=228;WE=7309207;WS=7309189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	7309471	rs1868799	C	A	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	7309471	.	CGG	AGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=39;NR=63;PP=2947;QD=20;SC=CCAGACGTCCCGGAGCCCCAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=102;WE=7309481;WS=7309461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,102:0.94:109
chr12	7309473	rs1868800	G	C	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	7310306	rs117949904	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=425;ReadPosRankSum=0.673;SC=CCTGGGGAAGCGGGGTTCTGT;SOR=0.889;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=33;WE=7310314;WS=7310296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr12	7351780	rs73050080	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CCTCCATCCACGTTCTCGAAC;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=7;WE=7351788;WS=7351770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr12	7355898	rs4883087	C	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=236;SC=TTTTAAAAAACTTATTCAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=7355906;WS=7355888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	7360143	rs3825405	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=477;SC=CAATTAATTCCGGAACCTGTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=7360151;WS=7360133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	7361516	rs117808726	G	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=259;ReadPosRankSum=0.054;SC=TTGGGGATATGGTTGATCAAT;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=22;WE=7361524;WS=7361506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr12	7362204	.	G	T	1062	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=49;NR=11;PP=1062;QD=18.2795202091;SC=CAGAGTTTGAGCTGAGTCGGT;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=91;TCF=80;TCR=11;TR=60;WE=7362212;WS=7362194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr12	7362204	rs141721291	G	GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT	2926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=63.62;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	7463241	rs7968241	A	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=21;PP=1306;SC=AGGTGGCCCCAGCGGTGGAGT;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=7463249;WS=7463231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	7463491	rs7962994	C	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=189;SC=GCTGGGTGCGCTGGCTCACAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=7463499;WS=7463481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	7470534	rs7968312	A	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=448;SC=CTTAAGATATAGGGGCAAAGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=7470542;WS=7470524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	7477298	rs10743732	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=531;SC=ATTAATTCTCGTTATGAAGCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=7477306;WS=7477288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	7520771	rs7961164	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.193;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,17:0.17:99
chr12	7521563	.	TGA	T	113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=113;QD=29.25;SC=GCGACTGTCCTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=7521574;WS=7521553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr12	7525795	rs10845007	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-2.128;SC=TAAATCAGCACTTATTGTCAT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=7525803;WS=7525785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	7525865	rs11053518	G	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=417;ReadPosRankSum=2.366;SC=TTTATGGTAAGTTATATTTCA;SOR=0.414;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=27;WE=7525873;WS=7525855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr12	7528471	rs7306824	G	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.248;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=780;ReadPosRankSum=0.106;SC=CATCTCCACAGTTTAATTCTC;SOR=0.990;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=60;WE=7528479;WS=7528461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,67:0.33:205
chr12	7551022	rs6488268	A	T	11687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=198;PP=2965;SC=AACACATGCAAAGGCTTTCCA;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=199;TCR=198;TR=397;WE=7551030;WS=7551012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr12	7551050	rs6488269	A	C	11956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=198;NR=205;PP=2965;SC=ATTGTTTACAAACAACAGCTG;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=403;TCF=198;TCR=205;TR=403;WE=7551058;WS=7551040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr12	7585247	rs58195891	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1588;ReadPosRankSum=1.084;SC=CACATATAGTTCCCCACCTTT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=339;TCF=184;TCR=155;TR=116;WE=7585255;WS=7585237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,124:0.35:356
chr12	7585971	rs10845159	A	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=30;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GACTCTTACCATAACAGTTCA;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=111;TCR=50;TR=96;WE=7585979;WS=7585961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,98:0.59:166
chr12	7592035	rs10772330	G	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=42;PP=1633;SC=TCCAGGTCTGGTTTGGACTTG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=7592043;WS=7592025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	7592139	rs10772331	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1359;SC=CTTCTTTGGGGAAGTATCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=7592147;WS=7592129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	7596638	.	C	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TACACATATTCTTAGTATACC;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=70;WE=7596646;WS=7596628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,76:0.70:108
chr12	7596855	rs7954905	T	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=61;PP=1802;SC=GTTCATAGTTTTCCAAAGGGG;SOR=2.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=76;WE=7596863;WS=7596845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	7638020	rs10743939	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=43;PP=1413;SC=ATTCTGCAGCGAAACATAGAA;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=7638028;WS=7638010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	7649484	rs4883263	T	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=66;PP=2965;SC=CATTGCCAGATAGCAGGTTCA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=145;WE=7649492;WS=7649474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	7649653	rs4883264	T	C	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=108;PP=2965;SC=TCCCCCATTCTCCTTGGAATC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=115;TCR=109;TR=223;WE=7649661;WS=7649633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	7655137	rs3210140	A	G	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=101;PP=2965;SC=AAGGGACTCAAGTTGACAAAA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=210;WE=7655145;WS=7655127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	7655278	rs11836971	T	A	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=69;PP=2965;SC=AAACTCTTCATTCTAAATTGC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=156;WE=7655286;WS=7655268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	7803562	rs10431308	C	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TCAGGAAAGACCTTTGAAGAA;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=21;WE=7803570;WS=7803552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	7805154	rs61753204	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=645;ReadPosRankSum=1.549;SC=GTCACACCAGGGTGCCGACTC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=52;WE=7805162;WS=7805144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,53:0.33:162
chr12	7805236	rs2302515	C	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1393;ReadPosRankSum=0.405;SC=TGGAGCAGCTCATGGATGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=79;WE=7805244;WS=7805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr12	7805467	rs2080127	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.833;NF=27;NR=33;PP=716;ReadPosRankSum=1.071;SC=TGTCATGCCACATTTAGAGAG;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=60;WE=7805475;WS=7805457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr12	7805511	.	TTTTTA	T,TATTTTA	2746.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=3,3;NR=26,26;PP=1041,767;SC=CCCTCTTCTTTTTTTATTTTA;SOR=1.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=29,29;WE=7805523;WS=7805501;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:77
chr12	7807138	rs10845624	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=890;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ACCATGCACAGCTCTTAAATA;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=55;WE=7807146;WS=7807128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
chr12	7843373	rs3815479	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=518;SC=AATAGAAATGCCAGACACCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=7843381;WS=7843363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	7847940	rs6488591	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=217;SC=TTAAATGAGACAAAATATGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=7847948;WS=7847930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	7868777	rs34619457	A	AT	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=445;SC=CAATAAACATATTTTTTTCCC;SOR=0.968;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=7868785;WS=7868767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	7894056	rs73056605	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1002;ReadPosRankSum=1.608;SC=GTCAGGCTTGGATGATACTGT;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=74;WE=7894064;WS=7894046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,77:0.31:246
chr12	7894132	rs80204298	GA	G	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=744;ReadPosRankSum=0.632;SC=GAGGCACTGGGAAAGAGAAAT;SOR=1.222;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=25;WE=7894140;WS=7894122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr12	7894188	rs73056607	C	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.721;SC=TTGTACTATACAATCTTATGC;SOR=0.299;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=13;WE=7894196;WS=7894178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	7898824	rs7134479	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.38;QD=22.92;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	7945829	rs4242903	G	C	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.116;NF=140;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTTGTCCTTGGAATAAGGTGA;SOR=0.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=140;TCR=167;TR=306;WE=7945837;WS=7945819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr12	7947243	rs371511914	A	G	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.231;NF=74;NR=76;PP=2441;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTGTCCTTGTACCCTTTCTGT;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=125;TCR=128;TR=150;WE=7947251;WS=7947233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,155:0.60:257
chr12	7966958	rs10845981	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=18.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=4.552;QD=23.24;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,95:0.88:108
chr12	7966975	rs10845982	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=27.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQRankSum=-5.134;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.364;SOR=3.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,15:0.12:129
chr12	7967076	rs10845983	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQRankSum=1.336;QD=2.61;ReadPosRankSum=2.212;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,33:0.20:164
chr12	7967135	rs11055945	T	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.173;NF=28;NR=43;PP=1174;ReadPosRankSum=0.754;SC=ATAGTACTAGTGAAAGGACAG;SOR=0.238;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=71;WE=7967143;WS=7967125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,70:0.74:95
chr12	7970331	rs3040823	C	CAA	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-2.610;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	7970339	.	T	TAGATAGATAGATAG	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-2.317;QD=25.20;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	7970343	rs3040793	T	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-2.200;QD=21.63;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	7970347	rs3040789	T	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-2.203;QD=19.66;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	7970721	rs10845990	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AAGCTCCTCCTGTCCTGACGT;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=7970729;WS=7970711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	7980035	rs10846003	T	C	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=64;PP=2965;SC=CCACCATGCCTGGCATTTTAA;SOR=1.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=180;WE=7980043;WS=7980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	7980306	rs56049529	T	TA	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.15;QD=32.34;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	7982753	rs71038781	CT	C	161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;QD=17.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	7984447	rs10772787	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=808;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=0.975;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=41;WE=7984455;WS=7984437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr12	8043688	rs7297809	G	C	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=48;PP=1530;SC=TCACACCCAGGAGTACTTCTA;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=8043696;WS=8043678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	8074055	rs199523896	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=24.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-15.267;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.408;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,40:0.15:270
chr12	8074192	rs25684	G	A	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=102;PP=2965;SC=TGAGGAAGCCGGTGAAGATAA;SOR=1.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=158;WE=8074200;WS=8074182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	8082367	rs17847967	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=28.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQRankSum=-8.762;QD=0.16;ReadPosRankSum=0.543;SOR=3.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,20:0.09:215
chr12	8088766	rs2541281	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=147;SC=TCCAAAGTCTTACCATTACAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=8088774;WS=8088756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	8245239	rs2231750	C	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-1.676;SC=TTCAGGAAATCTCAAACTAAG;SOR=0.237;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=8;WE=8245247;WS=8245229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr12	8248367	rs2231754	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=615;ReadPosRankSum=1.218;SC=TCAATTGAAATCTTTGATCTG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=47;WE=8248375;WS=8248357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
chr12	8276432	rs7295783	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=12;PP=894;SC=TAAGAAAGATCTGAAACAGAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=8276440;WS=8276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	8278181	rs2024301	A	T	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=100;PP=2965;SC=ACTGCCCCTCACAAAAGTAAT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=219;WE=8278189;WS=8278171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	8286762	rs7315526	G	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=67;PP=2145;SC=TTTCTCTTTCGGGCCTGCACG;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=8286770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	8287048	rs11043498	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1972;SC=TGGGACTCCTCCGGGTTTTGC;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=8287056;WS=8287038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	8288098	rs10840746	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=316;SC=ATGTGCTCTCTCTTGGCTCTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=8288106;WS=8288094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	8288403	rs17728942	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CTAAGAAGGAGGTTTTTGTTA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=16;WE=8288411;WS=8288393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	8289226	rs4322490	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=603;SC=CGATGTCTTTGATTCTGCCCT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=8289234;WS=8289225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	8289300	rs4573763	T	C	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=65;NR=28;PP=1953;SC=ATCCTCTCCTTTTCTTCTTGT;SOR=1.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=93;WE=8289308;WS=8289290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	8374770	rs9668474	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=13;PP=675;SC=CCTCGTGCCTGTCTGGGGTGA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	8374781	rs71265055	C	CACG	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TCTGGGGTGACGTACGTGGTC;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=4;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr12	8543143	rs4403873	T	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=58.31;NF=5;NR=4;PP=128;SC=GAGCGGCCTCTCGGCGGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=8543151;WS=8543133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	8608502	rs4628756	T	A	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=136;SC=ACCCCACGTATCGAAATCACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8608510;WS=8608492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8608583	rs4528410	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=634;SC=TTAGTCCTATAAGAGTGTGTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=8608591;WS=8608573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	8612336	rs10770736	G	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=59;PP=1644;SC=TTTTTTCTCAGGGAGAGATCA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=102;WE=8612344;WS=8612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	8612481	rs12300621	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.68;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	8617976	rs7302011	A	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8617982	rs7315873	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8693240	rs5014225	C	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=2;PP=142;SC=TTCCTCTGTCCCCCCACTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=8693253;WS=8693230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	8693245	.	A	AC	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=424;SC=CTGTCCCCCCACTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=8693253;WS=8693230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	8693333	rs4620776	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=25.89;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	8693418	rs11834597	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.210;NF=9;NR=9;PP=614;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TGGTTTTTTGTTTCTCTCTCT;SOR=0.352;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=18;WE=8693427;WS=8693408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr12	8693419	rs145952293	T	TTCTC	296.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.451;NF=0;NR=6;PP=490;ReadPosRankSum=1.632;SC=GGTTTTTTGTTTCTCTCTCTC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=8693427;WS=8693408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr12	8757481	rs2028373	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	8757522	.	C	CA	102	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.9999;HP=13;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=15;MQ=56.71;NF=1;NR=6;PP=102;QD=15.2857142857;SC=AAATAATCTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=8757530;WS=8757512;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,7:0.64:11
chr12	8759445	rs2518144	C	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=26;PP=1612;SC=CTTGCAAAGCCGACTTTAATT;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=87;WE=8759453;WS=8759435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	8765447	rs1345004	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=17;PP=559;SC=TTCTCTGTCTTAGTCTGACAG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=8765455;WS=8765437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	8807195	rs17802192	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=746;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TGGCTTTGTGTTTTATGTATA;SOR=1.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=47;WE=8807203;WS=8807185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr12	8807982	rs34501309	A	AT	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr12	8808006	rs11046589	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr12	8808362	rs151087918	CAAACA	C	2189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.922;NF=17;NR=18;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AACAAACAAACAAACAAAAGT;SOR=0.967;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=35;WE=8808374;WS=8808352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,59:0.59:100
chr12	8808630	rs35365089	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-0.272;SC=ATACCAAAGGCATTGTGATTT;SOR=1.721;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=8808638;WS=8808620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	8813498	rs12833793	T	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=1.877;SC=ATCCAGTCTATAGCAAAGGAA;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=31;WE=8813506;WS=8813488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr12	8813595	rs12809190	T	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=1.200;SC=ATGGTTATACTTTATCTTTGT;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=8813603;WS=8813585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	8850706	rs112263725	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=0.528;SC=CTGGGCGAGTGTGCGAGGACG;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=16;WE=8850714;WS=8850696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	8926011	rs2969089	T	C	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=GTGGCATTGATCTGCTGATGA;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=8926019;WS=8926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	8988403	rs4883188	A	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=85;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=8988411;WS=8988393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	8988777	rs1894814	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=754;SC=CACTGTTTATACCCCTCTGCT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	8989916	rs11047510	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=332;SC=GCACTGGCCCAGATTGTCAGA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=8989924;WS=8989906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	8990813	rs10743504	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=328;SC=GAGTTTTTCTATATTAGAAAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=8990821;WS=8990803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	8995694	rs7307991	A	G	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=54;PP=2635;SC=TGGTTGGAGCACATGCTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=153;WE=8995702;WS=8995684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	8995756	rs7308106	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=7.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,57:0.25:231
chr12	8995966	rs7136813	G	A	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.051;SC=ATGTGAGACCGGGAAACGGGG;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=179;WE=8995974;WS=8995956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr12	9004512	rs1860927	G	A	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=68;PP=2852;SC=CTTTCAAGCCGTTCTTTGTTG;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=153;WE=9004520;WS=9004502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	9004892	rs1860926	C	A	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=77;PP=2335;SC=GTGCTGATGACGCAAAAACCC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=133;WE=9004900;WS=9004882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	9009820	rs1558526	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=9.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr12	9009999	rs3079157	T	TAA	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.399;NF=3;NR=13;PP=669;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GACAGATTGATGATACAGGGA;SOR=0.930;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=16;WE=9010007;WS=9009989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr12	9010671	rs11612600	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=0.572;SC=ATGCCAACGTGGGAAATCTCC;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=28;WE=9010679;WS=9010661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr12	9016573	rs10219561	A	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=22;PP=667;SC=GCCAAGCAACACAATGCATAT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=9016581;WS=9016563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	9020489	rs7308811	A	G	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=56;PP=2361;SC=TACCGCCTACATGCCATCTGA;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=131;WE=9020497;WS=9020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	9020912	rs1476910	A	G	6221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=110;PP=2965;SC=GATGTGAGCAACCGACTTCAC;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=203;WE=9020920;WS=9020902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	9021053	rs5796325	C	CGTGT,CGTGTGT,CGT	2017.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=23,23;PP=782,156;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGTGTGTGTACGTGTGTGTGT;SOR=0.076;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=31,31;WE=9021061;WS=9021043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.69,0.25:52
chr12	9021256	rs12816475	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=934;SC=ATTTATCTAGCTGTGAGGGGA;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=9021264;WS=9021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	9021316	rs10664353	T	TAC	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=382;SC=ATGGCGTGTATACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=9021324;WS=9021306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	9068472	rs10771204	G	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=763;SC=CAGAATTCAGGTTTGGGAAGA;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=9068480;WS=9068462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	9068813	rs7304121	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=260;SC=AAACTAAAGACTGGGGGGGGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=9068821;WS=9068803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9070366	rs4883198	T	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=40;PP=1691;SC=AAATGTCACTTTATGAACGAC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=9070374;WS=9070356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	9074259	rs1805741	C	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=49;PP=2965;SC=TGAGCTCTCCCAGTGCTACCA;SOR=1.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=124;TCR=49;TR=173;WE=9074267;WS=9074249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	9082855	rs1805778	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=0;PP=442;SC=AATCAGATACAGAGCCAGAGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=9082863;WS=9082854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	9083336	rs1805777	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.42;QD=30.43;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9086683	rs1805735	A	T	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.838;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=84;PP=2886;ReadPosRankSum=0.233;SC=AAAAGATAAAACTGGTTGAGT;SOR=0.445;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=162;WE=9086691;WS=9086673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,170:0.78:218
chr12	9086898	rs1049925	A	G	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.002;NF=105;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GAATGCTAATACTCCAAGCAG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=196;WE=9086906;WS=9086888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,185:0.72:258
chr12	9087906	rs113120861	ATAG	A	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=614;ReadPosRankSum=-2.015;SC=TCGGTGTAAAATAGTAGTTAC;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=14;WE=9087916;WS=9087896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	9090086	rs12371786	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5050;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=1.412;SC=CTTTGTCTCCGGACCTCTTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=9090094;WS=9090076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	9094548	rs1805765	A	G	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.474;SC=TGTAGGGGGAAAAAAAAGAAG;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=92;WE=9094556;WS=9094536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,108:0.71:153
chr12	9097933	rs1805725	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	9098995	rs149871778	G	GAAC	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.821;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr12	9142297	rs1805723	T	C	4408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=76;PP=2331;ReadPosRankSum=-1.417;SC=AGAATGACTATGGACCACAGC;SOR=0.543;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=143;TCR=100;TR=181;WE=9142305;WS=9142287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,198:0.74:269
chr12	9248233	rs226405	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=52;PP=1519;SC=CAGTCTTCATTGTCCTGGTCA;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=9248241;WS=9248223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	9248332	rs55933766	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GCAAACTTATTTGTGACTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=9248340;WS=9248322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr12	9253739	.	C	T	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1754;ReadPosRankSum=2.302;SC=GAAATACTCACTGTCTTCCTG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=107;WE=9253747;WS=9253729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,117:0.65:181
chr12	9253894	rs226397	C	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=35;PP=1117;SC=GAGTCCCTGCCGGCAATAATT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=9253902;WS=9253884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	9258821	rs12427063	A	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1469;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GTGAACTGGAAAATACTCCAC;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=96;WE=9258829;WS=9258811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr12	9303440	rs3741851	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=991;SC=CTTTTTCACCAGTGTCTTTAG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=9303448;WS=9303430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	9305473	rs10771357	T	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=65;PP=2237;SC=CATCGCAAGTTTGGGGCACAG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=9305481;WS=9305463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	9307373	rs2377741	T	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=45;PP=1424;SC=GGAGCCTGGGTTTGGTAAAGA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=9307381;WS=9307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	9310565	rs4882981	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=28;PP=804;SC=CTCTCTCTCTCTCTCGACAGG;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=9310583;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9310575	rs200837969	GT	G	1238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=692;SC=CTCTCGACAGGTTCTTGCTCT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=9310583;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	9310959	rs7298673	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=262;SC=CTCCCTTCACCCCTGGGGGAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=9310967;WS=9310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9311265	rs3741850	A	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=498;SC=CACAGTGTGCACCCAAGAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=9311273;WS=9311255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr12	9313518	rs7972015	T	A	38.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=19;NR=3;PP=594;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CTCAAAAAAATAAAAAAGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=9313526;WS=9313508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr12	9352908	rs6487668	C	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=306;SC=CTACATAATCCCTCAAAATTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=9352916;WS=9352898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr12	9353875	rs3759274	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=1.556;SC=AACCTCCTACTCTCTAAAAGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=8;WE=9353883;WS=9353865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr12	9446977	rs3874129	G	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.60;QD=25.21;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr12	9450603	rs142596611	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=42.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	9452062	rs75887043	A	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.31;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9452110	rs79328008	G	A	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.39;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	9453726	rs61917369	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.07;QD=45.80;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	9453743	rs28415351	C	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.21;QD=37.22;SOR=3.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	9454868	rs200022321	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.41;MQRankSum=-1.755;QD=15.84;ReadPosRankSum=2.236;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr12	9455342	rs80134739	A	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=72;PP=2131;SC=TGCAAAACCCACCGGGCTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=117;WE=9455350;WS=9455332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	9455428	rs11050141	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.11;QD=30.58;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9456640	rs201046098	C	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.69;QD=31.66;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9456729	rs11050148	T	C	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.39;QD=29.35;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	9456838	rs10843357	G	A	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=188;PP=2965;SC=TCCACATCCAGTTTCCTTCCT;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=129;TCR=188;TR=317;WE=9456846;WS=9456828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	9458412	rs10743653	G	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.88;QD=30.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	9458891	rs370295997	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.49;QD=32.73;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	9462680	.	GTAA	G	1627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.30;QD=43.99;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9462681	.	T	TGCC	1070	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=43.65;NF=0;NR=20;PP=1070;QD=57.2987128203;SC=TTTCTGTGGGTAATACCTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=20;WE=9462694;WS=9462671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,20:0.59:34
chr12	9462685	.	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.37;QD=45.45;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9462686	.	C	CCGTTTT	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.37;QD=45.21;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9462709	rs2889720	A	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=118;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=648;SC=CCAGGCACAGAGGCGGAGGAG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=9462717;WS=9462699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	9463010	rs4883234	C	G	7924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=164;PP=2965;SC=TGGAATTCACCTTCCAGAAAA;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=128;TCR=166;TR=292;WE=9463018;WS=9463000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	9463077	rs10771513	A	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.755;NF=4;NR=19;PP=221;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GCCTGGCCTCAGGCAGCAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=23;WE=9463085;WS=9463067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr12	9463105	rs11050177	A	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.41;QD=31.49;SOR=5.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	9463774	rs55809356	G	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=37;PP=1106;SC=AACCTGTGCGGTGTGGTTTCT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=9463782;WS=9463764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	9463806	rs10771515	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=26;PP=752;SC=CTGTTTCTTCTCCTCCTACGA;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=9463814;WS=9463796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	9464060	.	G	C	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=50.95;NF=6;NR=0;PP=57;QD=15.2952020912;SC=TCTCCAGTCCGCTGGCCAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=6;WE=9464068;WS=9464055;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,6:0.25:24
chr12	9464109	rs12824979	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.058;NF=32;NR=2;PP=698;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CTGGCACCCTAAACCTGTCTC;SOR=2.509;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=94;TCF=79;TCR=15;TR=34;WE=9464117;WS=9464099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr12	9464126	rs201695391	A	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.942;NF=47;NR=12;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.914;SC=TCTCTGGGAAATGTCCTCTGT;SOR=1.730;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=136;TCF=103;TCR=33;TR=59;WE=9464134;WS=9464116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,51:0.38:134
chr12	9464178	rs112191067	G	A	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=5.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-6.321;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,165:0.49:339
chr12	9464241	rs61917427	C	A	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.646;NF=53;NR=78;PP=1874;ReadPosRankSum=0.272;SC=GAGCTTGGGTCTGAGACCATG;SOR=0.733;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=437;TCF=222;TCR=215;TR=131;WE=9464249;WS=9464231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,161:0.33:481
chr12	9464271	.	C	CGTT	1941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=16.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-14.954;QD=4.63;ReadPosRankSum=-3.035;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,75:0.18:419
chr12	9464828	rs12581470	C	T	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=53;PP=2046;SC=TCTTGTCTCCCCCCCACGTGT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=9464836;WS=9464818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	9549634	rs11308534	AG	A	324.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=431;SC=GAGTACTGGAAGAAAAAAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=9549642;WS=9549624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9555110	rs12821647	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.54;QD=30.41;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	9555175	rs374009125	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.24;MQRankSum=-4.063;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr12	9555185	rs72475431	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=28;NR=57;PP=2790;SC=CCTTAGAGAAAAGCCCCTCTT;SOR=1.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=9555209;WS=9555165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	9555195	rs58903301	T	TC	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQRankSum=-1.514;QD=6.35;ReadPosRankSum=3.877;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr12	9555201	rs199717489	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQRankSum=-4.091;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr12	9570971	rs7487238	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=21;SC=GAGACCAAGCGGGAGGCCTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=9570979;WS=9570961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	9571547	rs61916776	C	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=97;PP=2965;SC=CAGAGGCTGGCGCTCCGAGCA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=96;TCR=97;TR=193;WE=9571555;WS=9571537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	9571599	rs73242993	C	A	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=76;NR=98;PP=2774;SC=GGCGACCCCCCCTCACCTTCC;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=174;WE=9571607;WS=9571589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	9571670	rs77617533	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=31;PP=856;SC=CTTCTCCAGCTCCCATCTGTC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=9571678;WS=9571660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	9572244	rs7305608	A	G	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1262;SC=CAGCTGCTCCATTCTACCCCT;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=9572252;WS=9572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	9572788	rs145731114	C	CGCACCTGGAT	3108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=30;PP=2900;SC=GCATGACGCCCGCACCTGGAA;SOR=5.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=2;TCR=78;TR=31;WE=9572796;WS=9572778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	9572819	rs10843740	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=27.89;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	9572871	rs10843741	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.64;QD=26.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	9573130	rs7358608	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.42;MQRankSum=0.943;QD=17.92;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	9573223	rs4763936	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-5.390;QD=0.66;ReadPosRankSum=2.011;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,20:0.14:140
chr12	9573224	rs7358609	C	T	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=5.397;QD=18.88;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,120:0.86:140
chr12	9573291	rs67766754	AAGGG	A	2779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.10;MQRankSum=2.549;QD=38.61;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr12	9573306	.	GGA	CCC	1665	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=26;MQ=66.33;NF=17;NR=25;PP=1665;QD=41.1539970205;SC=AGGGAGGGAGGGAGCCCCCAT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=42;WE=9573317;WS=9573277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,42:0.79:53
chr12	9573308	.	AG	A	1560	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=65.69;NF=3;NR=33;PP=1560;QD=44.0555555556;SC=GGAGGGAGGGAGCCCCCATGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=36;WE=9573317;WS=9573277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr12	9573309	.	G	GCCC	3187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.60;QD=41.94;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	9573338	rs4763950	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=764;SC=TCAGCCACCCGCAAACCGCGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=9573346;WS=9573328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	9574002	rs10771709	C	T	7075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=105;PP=2965;SC=GCAGGTCTCTCTTCTGGAACG;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=159;TCR=105;TR=263;WE=9574010;WS=9573992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
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chr12	9574119	rs4764050	A	G	7502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.915;NF=123;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CCGAAAACTGAAGATGCAGGT;SOR=0.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=273;WE=9574127;WS=9574109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
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chr12	9577027	rs3825308	C	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=2;PP=295;SC=TTCTGGCTTGCGGCCCCAGGA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=9577035;WS=9577017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9577310	rs7296629	A	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=68;PP=2081;SC=AAGGGGGTCCACAGTTGAGTC;SOR=1.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=108;WE=9577318;WS=9577300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	9577992	rs201150453	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQRankSum=-0.179;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	9578197	rs76671194	A	T	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.078;NF=49;NR=40;PP=1071;ReadPosRankSum=4.245;SC=GGGCTGCAAGAGCTGCACAGA;SOR=0.309;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=245;TCF=100;TCR=145;TR=89;WE=9578205;WS=9578187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr12	9578234	.	T	A	749	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=47.31;NF=1;NR=37;PP=749;QD=20.6255582249;SC=GCCTCCCTCTTGTCAGGTCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=38;WE=9578242;WS=9578224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:85,38:0.31:123
chr12	9580203	rs58705479	G	C	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=131;PP=2965;SC=ATTGGATGTGGAATGTGGAAA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=182;TCR=131;TR=313;WE=9580211;WS=9580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr12	9580395	rs61914681	C	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.89;QD=42.64;SOR=7.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9582244	rs201653123	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.52;QD=23.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	9583216	rs3864916	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.38;QD=44.98;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9583221	rs3864915	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.24;QD=39.41;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9583324	rs4012577	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.25;MQRankSum=1.781;QD=22.30;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr12	9584916	rs3882934	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.68;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	9585598	rs200479049	T	C	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.01;QD=23.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	9590197	rs61914700	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=46;PP=1365;SC=GCTCTCCTTCTCCAACCAGCA;SOR=1.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=70;WE=9590205;WS=9590187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	9590505	rs201948852	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQRankSum=-0.760;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	9633258	rs4015230	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=33;PP=1101;SC=TCCAGAGAGAATGTGGTCTTC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=9633266;WS=9633248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	9633375	rs4015231	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.21;QD=24.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	9664292	rs10843926	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.09;QD=29.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	9688883	rs2536903	A	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=21;PP=723;SC=AGAAAAATGAAAATGAAATAT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=9688891;WS=9688873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	9693196	rs138943288	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	9697765	rs145716121	T	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	9707098	rs7309655	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.88;QD=31.45;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	9711954	rs2536846	A	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.62;QD=29.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9725847	rs78525383	T	G	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=80;SC=GAGAGCTGGTTTACTTAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=9725855;WS=9725837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9747744	rs3214342	T	TA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.241;SC=ATAACAGTTGTCAATTCTCAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=9747752;WS=9747734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr12	9750669	rs1135816	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AGAGCCGTTTATCCACTTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=19;WE=9750677;WS=9750659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	9751035	rs3072716	C	CAT	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=1133;SC=AATGCACAGACATTAATATGG;SOR=3.841;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=24;WE=9751043;WS=9751025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	9754017	.	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.105;NF=24;NR=1;PP=500;ReadPosRankSum=-1.420;SC=GTAGGGGCAACCCACCCCTAC;SOR=1.297;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=25;WE=9754025;WS=9754007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr12	9754221	rs3072720	A	AAAAC	4147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.96;QD=43.66;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	9822387	rs16914640	C	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-2.550;SC=TGCCTGCAAACCCAGGTAAGA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=37;WE=9822395;WS=9822377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,41:0.31:133
chr12	9832822	rs2114872	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9832882	rs2114873	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=118;SC=CCATGTAGAATTGTGAGTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=9832890;WS=9832872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9833524	rs3764022	C	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TCCAGGTTGTCTGCATTCAAA;SOR=1.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=26;WE=9833532;WS=9833514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr12	9833628	rs3764021	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=374;ReadPosRankSum=0.416;SC=CTGCTTTAAGCGGTAAGTGAA;SOR=0.339;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=26;WE=9833636;WS=9833618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr12	9846521	rs7968401	C	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=80;SC=CCCATCTCAGCCTCCTGAGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=9846529;WS=9846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9869271	rs2268146	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	9885526	rs12304510	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1088;ReadPosRankSum=-2.757;SC=TTCTCAAAGGCACCCTAAATC;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=77;WE=9885534;WS=9885516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr12	9885707	rs71045297	A	ATAAGT	4812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.450;NF=15;NR=44;PP=2954;ReadPosRankSum=0.444;SC=GAAACTTCTGATAAGTAAATT;SOR=0.560;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=59;WE=9885715;WS=9885697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,118:0.71:166
chr12	9906067	rs1051065	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=161;SC=TAAGTGAACATGTTTCCTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=9906075;WS=9906057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	9906350	rs57931161	GA	G	94.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=86;SC=GACAAGAATTGAAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=9906358;WS=9906340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	9980243	rs2232543	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=25;PP=989;SC=ATTTAATTTCATTTTTTCAAT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=9980251;WS=9980233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	2037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=15;PP=1388;SC=ACCAAGGGAAGTGTTGTTATT;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=9994455;WS=9994435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	10041364	rs1797517	G	A	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=31;PP=1681;SC=GAATGTAAACGTCAGCAGTCT;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=10041372;WS=10041354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	10045919	rs577575	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=0.909;SC=AAATGCTAATGTATATGAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=11;WE=10045927;WS=10045909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	10046052	rs576601	C	A	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=37;PP=2203;SC=CAGTTTAAAACCTGGACATTT;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=119;WE=10046060;WS=10046042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	10051433	rs1407899	A	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	10069196	rs141736643	GGAAAACA	G	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.306;NF=4;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.607;SC=AATTCCACATGGAAAACAGAA;SOR=0.035;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=5;WE=10069210;WS=10069186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	10069302	rs526680	C	T	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=69;PP=2965;SC=AACTCACCAACCATTGAATGT;SOR=1.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=188;WE=10069310;WS=10069292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	10074626	rs688577	C	T	366.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=282;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TTTATACAAACAATCTCTGAA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=10074634;WS=10074616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr12	10074776	rs61747889	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.546;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,33:0.24:137
chr12	10078946	rs138624907	CAAATT	C	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.183;NF=1;NR=9;PP=380;ReadPosRankSum=1.346;SC=TTGGGAACTGCAAATTAAATC;SOR=1.044;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=10;WE=10078958;WS=10078936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr12	10124336	rs2984956	T	C	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=57;SC=ATAGAAGTGGTTATAGACTTG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=10124344;WS=10124326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10124373	rs2961542	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	10131684	rs607567	T	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=74;PP=2245;SC=CCCCTGTTTTTGTCAAGAGGA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=102;WE=10131692;WS=10131674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	10131939	rs536947	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=530;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GTGGAGTTCACGTAACTTTGA;SOR=1.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=28;WE=10131947;WS=10131929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr12	10136672	rs2961544	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=404;SC=AAAGAAAACTGAAAAAGTATA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=10136680;WS=10136662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10137557	rs479499	A	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=16;PP=475;SC=CACTTATAAAAAAAGAATGAT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=10137565;WS=10137547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	10137645	rs588272	T	G	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=86;SC=CAAATACATTTAAGGAGTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=10137653;WS=10137635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10138830	rs576031	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=88;SC=TGCGTCAGAACAGAAAAAGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=10138838;WS=10138820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10146014	rs11447004	A	AC	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=1417;SC=ACAAAAAAAAAAACGATTCTC;SOR=0.919;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=34;WE=10146022;WS=10146004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	10146236	rs617956	C	T	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=67;PP=2965;SC=GGTCAGGACTCAGATGAACTG;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=102;TCR=68;TR=169;WE=10146244;WS=10146226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	10146470	rs542700	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=754;SC=TTTATTTGGAGAATACCTGCA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=10146478;WS=10146460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	10147850	rs521040	T	C	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=80;PP=2326;SC=GTACTCCTATTGTAAACATAA;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=10147858;WS=10147840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	10148031	rs522837	T	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AAAAAAAACTTATAGGACACA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=10148039;WS=10148021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	10149406	rs581949	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=46;NR=21;PP=1504;SC=AGGTTTCTCTTCCTTGCCTCC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=10149414;WS=10149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	10149657	rs582968	T	C	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=67;PP=2354;SC=TACATTTTCTTCACATTCAAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=10149665;WS=10149647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	10149851	rs583903	C	T	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=63;PP=2032;SC=TTCATTCTCACCTTGTAGGTA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=122;WE=10149859;WS=10149841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	10150961	rs2273987	G	A	5643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.471;NF=64;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=1.003;SC=ACGCCACCAGGAGGAGGATGC;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=143;WE=10150982;WS=10150951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,150:0.62:241
chr12	10150974	rs2273986	A	G	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.707;NF=55;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GAGGATGCAGAGCCAACTGTA;SOR=0.894;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=91;TCR=110;TR=125;WE=10150982;WS=10150951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,131:0.61:214
chr12	10151642	rs612593	T	C	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=39;PP=2173;SC=TTACCGGAGATGAGAGCTGGT;SOR=1.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=132;WE=10151650;WS=10151632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	10151762	rs11379994	T	TC	4160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.342;NF=3;NR=62;PP=2432;ReadPosRankSum=1.275;SC=AGTTTCCAACTTTACAATTTC;SOR=0.793;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=6;TCR=96;TR=65;WE=10151770;WS=10151752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,119:0.63:189
chr12	10165469	rs476474	A	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1033;ReadPosRankSum=0.823;SC=GGCTGGTGACATTGGGGATGA;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=74;WE=10165477;WS=10165459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,79:0.79:100
chr12	10165593	rs620449	T	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=-1.997;SC=CGTCTGATACTTTTCTGCTGT;SOR=0.557;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=24;WE=10165601;WS=10165583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	10167277	rs637790	G	C	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GATCTCCAGTGTACTGAAGAG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=88;TCR=97;TR=125;WE=10167285;WS=10167267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,137:0.69:199
chr12	10206925	rs7315231	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=473;ReadPosRankSum=0.624;SC=GATTATTAACAGCATCCATTT;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=54;TCR=86;TR=42;WE=10206933;WS=10206915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,44:0.29:150
chr12	10217326	rs10622534	C	CTT	3812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=24;PP=2305;SC=ATTTTTGTCTCATAGGATTTT;SOR=1.065;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=10217334;WS=10217316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	10241593	rs1352477	A	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=383;SC=GTTGCCATTTAAAAAAAGATA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=10241601;WS=10241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10241829	rs2277416	G	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=56;PP=1690;SC=GCTCTGCAGGGAACAGAAGAG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=10241837;WS=10241819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	10245158	rs11347002	GA	G	390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=351;SC=AAGTAGTAATGAAATGAAATG;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=10245166;WS=10245148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	10245237	.	G	GT	96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=96;QD=41.0;SC=AGGAGTTGTTGTTTTCTGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=10245245;WS=10245227;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	10251256	rs10706436	GA	G	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=230;SC=GAATATAACTGAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=10251264;WS=10251246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10251287	rs6488257	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=10;PP=543;SC=TGTCACAGGGCGAGTAATTGG;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=10251295;WS=10251277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10251385	rs3816845	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=29;PP=1426;SC=GTGGTCTATTTGGACTCCAGG;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=10251393;WS=10251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	10251445	rs2306894	C	G	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=49;PP=2053;SC=TGTGGCAGAGCCTTGAGAATG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=10251453;WS=10251435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	10271055	rs7959451	T	C	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=99;NR=57;PP=2945;SC=CCACCCTTCCTCTTACATTGA;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=156;WE=10271063;WS=10271045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	10275684	rs11053608	T	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	10279513	.	T	TA	31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=20;MQ=60.9;NF=2;NR=0;PP=31;QD=18.0;SC=GGAGGTATAGTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=10279521;WS=10279503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr12	10282688	.	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	10312648	rs13306593	C	A	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	10312691	rs17174597	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=712;SC=TTCAGAAACTTAGCTTTTGAA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=10312699;WS=10312681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	10312878	rs2634156	C	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=22;PP=1098;SC=AGGCAGTGACCTCACTAGCAG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=10312886;WS=10312868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	10312914	rs3816844	G	A	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=46;PP=1818;SC=GGAAACTGACGAGAGAGGCAT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=10312922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	10313075	rs3736235	T	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=53;PP=1621;SC=TGGGGAGTAATGTTTCTGAGT;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=10313083;WS=10313065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	10313134	rs3736234	G	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=34;PP=1115;SC=AGTTAGTGTTGGATCCACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=10313142;WS=10313124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	10313358	rs3736232	C	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=25;PP=2185;SC=CAATACTCCACCCCAACAAAT;SOR=2.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=10313366;WS=10313348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	10373324	rs7301041	T	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=566;SC=ATTAGATACCTCTTGTTTTTT;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=10373332;WS=10373314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	10460543	rs2302489	A	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=932;SC=TTCATTCTCTATTTTTGCTAA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=10460551;WS=10460533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	10461883	rs10734825	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=763;SC=CTCCGTTATCAAATGAAAGAA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=10461891;WS=10461873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	10462052	rs10772256	T	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=47;PP=1474;SC=TTCGTTGATGTCTACGTTGGG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=10462060;WS=10462042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	10462431	rs7980604	G	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=186;SC=ATTTTACATTGCTCAATCTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=10462439;WS=10462421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10467533	rs2537752	T	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=171;SC=AATTGTCATGTATGTGAAACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=10467541;WS=10467523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10511662	rs10743886	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=399;ReadPosRankSum=-0.552;SC=AATTCCAGAGCAGGGAGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=37;WE=10511670;WS=10511652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,41:0.29:140
chr12	10525644	rs1351113	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=521;ReadPosRankSum=0.306;SC=CTTTAGTCTCAGTTGGCAGTG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=46;WE=10525652;WS=10525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr12	10525740	rs1049172	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=763;ReadPosRankSum=-2.838;SC=TGCAGATGTACGTATTTGGAG;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=61;WE=10525748;WS=10525730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,65:0.33:198
chr12	10525878	rs71450040	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=2.318;SC=TATTAACGCGGGAAAATAAAA;SOR=0.188;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=16;WE=10525886;WS=10525868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	10531896	rs2255364	C	T	131.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=84;SC=CAAGTATTCCCTCATTGTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=10531904;WS=10531886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10532111	rs2255353	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=194;SC=TATTAAAAGTTTGTATTGTTA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=10532119;WS=10532101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	10532326	rs2255336	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	10532434	rs2617151	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=25;PP=782;SC=GAAGCATAAAAGGTTTGGGTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=10532442;WS=10532424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	10560824	rs2617169	T	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=169;SC=TTATGGCTCATTGTTATAGTT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=10560832;WS=10560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	10560957	rs2617170	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=1.581;SC=CAGGGAAAAATTGTTCTGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=7;WE=10560965;WS=10560947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	10562025	rs1841957	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,54:0.23:232
chr12	10562089	rs1841958	A	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.147;NF=44;NR=35;PP=983;ReadPosRankSum=-1.797;SC=TGAAATGGAGATTTTATTGCC;SOR=0.801;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=79;WE=10562097;WS=10562079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,81:0.30:268
chr12	10570965	rs2682495	C	G	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=83;PP=2965;SC=ATTATCTATACAAAGCAGACT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=111;TCR=83;TR=194;WE=10570973;WS=10570955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	10571042	rs2741882	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=68;PP=2102;SC=TACCAATGTAATAACAACTGT;SOR=1.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=101;WE=10571050;WS=10571032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	10571091	rs2682494	T	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=45;PP=1368;SC=ATGGCCACAATGACGTGCTAA;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=10571099;WS=10571081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	10571106	rs2682493	G	C	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=35;PP=1093;SC=TGCTAATAAAGATATGAATTA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=10571114;WS=10571096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	10571158	rs10743890	C	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=16;PP=767;SC=AAAATTAGTTCACATATTTGC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=10571166;WS=10571148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	10571177	rs4394921	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=12;PP=907;SC=GCAACAGTATAAACATATATG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=10571185;WS=10571167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	10571504	rs4579992	C	T	235.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.69;QD=39.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10571514	rs4275705	C	G	264.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.59;QD=37.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	10571622	rs4093355	G	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	10572687	rs2682492	G	T	65.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.83;QD=16.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10572839	rs2253365	A	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=654;SC=ATATTAGAATATTAGATCCCA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=10572847;WS=10572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	10572982	rs2741881	A	G	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=81;PP=2965;SC=CATATATTTTATCAATCCCTT;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=208;WE=10572990;WS=10572972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	10573094	rs2682491	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQRankSum=1.202;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr12	10573095	rs2682490	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=68;PP=1125;SC=CTTTGCTGCCACTTTGGGTCC;SOR=4.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=87;WE=10573103;WS=10573075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	10573145	rs2682489	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.12;QD=31.51;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10573211	rs10734829	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.40;QD=31.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10583611	rs3003	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.599;SC=ATTTTTGTATCAGAGCAAATA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=10583619;WS=10583601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	10583696	rs2981593	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TGATGCACTGCAAACGCAAAT;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=18;WE=10583704;WS=10583686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr12	10586946	rs113946028	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQRankSum=-3.075;QD=6.84;ReadPosRankSum=-2.464;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr12	10586956	rs72475445	C	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQRankSum=-2.926;QD=7.01;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr12	10586961	rs1356930	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQRankSum=-0.109;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr12	10586978	rs144149096	A	AT	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.880;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.134;NF=28;NR=13;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TTATGGCTGAATTTATGGCTT;SOR=1.487;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=41;WE=10586988;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr12	10587111	rs61917677	A	G	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.694;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.984;NF=47;NR=85;PP=2185;ReadPosRankSum=-0.894;SC=ATTCGGGGAAAAATTGTTCTG;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=201;TCF=67;TCR=134;TR=132;WE=10587119;WS=10587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,131:0.66:197
chr12	10587158	rs35801775	A	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.139;NF=3;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AATGATTTTTATAAAAACTGA;SOR=0.199;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=35;WE=10587166;WS=10587148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr12	10588530	rs75545535	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-2.153;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,32:0.13:242
chr12	10588647	rs28730284	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.726;NF=4;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=1.717;SC=GAAGCTATAAATGGTGTATAT;SOR=0.122;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=16;WE=10588655;WS=10588637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	10602077	rs2734440	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=0.284;SC=TAAACCTATACGTATGCAACA;SOR=0.175;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=14;WE=10602085;WS=10602067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	10602624	rs3216778	TTTTAAG	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=83;SC=ATCATAATAATTTTAAGTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=10602637;WS=10602614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10603670	rs2253849	T	C	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=59;PP=2511;SC=TAAAATGGAGTTTTTATTGCC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=127;WE=10603678;WS=10603660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	10658942	rs7135490	C	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1417;ReadPosRankSum=0.886;SC=CTATGCTGAACGGTGCAGCAG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=64;WE=10658950;WS=10658932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr12	10659438	rs10772299	T	C	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=CATGTGTAAATCAATCTTTTC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=180;WE=10659446;WS=10659428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	10659964	rs10772300	C	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=50;PP=1496;SC=CTGGAAGTTGCAATTTCTCTT;SOR=4.332;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=55;WE=10659972;WS=10659954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	10675250	rs7980396	G	C	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=97;PP=2965;SC=ATGGGGCCCAGTTCTTACCAA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=199;WE=10675258;WS=10675240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	10746385	rs2244387	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=9;PP=452;SC=CTCACTCTGGGCTCCAGCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=10746393;WS=10746375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	10748314	rs2168749	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=8;PP=449;SC=ACTTTAAAAACGATCTCATTT;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=10748322;WS=10748304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	10748403	rs2682484	A	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=690;SC=GAGAACGTCAAATTTTAAAGT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=10748411;WS=10748393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	10759032	rs10772333	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=10;PP=313;SC=ATTCTTTAAATGCCTAAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=10759040;WS=10759022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	10760328	rs3947920	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10760335	rs2125090	T	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	10760380	rs2125089	G	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	10762069	rs7311796	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=31;PP=874;SC=AGGGATGCAAGTAAGAATTTT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=10762077;WS=10762059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	10763236	rs10845182	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=398;SC=TTCTGATCATGACATCATTTT;SOR=2.200;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=10763244;WS=10763226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	10763419	rs72054859	CTAGACATG	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=1756;SC=AAGATCATTGCTAGACATGTA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=10763448;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10763440	rs12811247	G	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=207;SC=GACAATAAATGTTTGCTGGTT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=10763448;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	10766244	rs10772335	A	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=77;PP=1880;SC=TTCCTCCTGCAGTGCAGCCCT;SOR=2.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=26;TCR=77;TR=103;WE=10766252;WS=10766234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	10774698	rs2900467	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=182;SC=ACTACATACAATTCAGTTGCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=10774706;WS=10774688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10775195	rs1078437	T	C	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=111;PP=2965;SC=CACGCTTGCATATTTGCATAC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=218;WE=10775203;WS=10775185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	10783729	rs2290717	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=21;PP=990;SC=CACAGCTACCACTGCAAATCT;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=10783737;WS=10783719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	10786757	rs5796407	T	TGAA	4955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=51;PP=2974;SC=GAGAAGAGAATGAAGAAGCCT;SOR=1.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=60;WE=10786765;WS=10786747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	10787158	.	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.518;SC=TGTGGAATCCGTACTTACCAC;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=30;WE=10787166;WS=10787148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr12	10854625	rs10845205	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=673;ReadPosRankSum=-1.611;SC=AGGGACGCCGGTATCCACGGC;SOR=0.970;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=40;WE=10854633;WS=10854615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr12	10854763	rs73044645	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=904;ReadPosRankSum=0.397;SC=AAATAGAACAGGTGCCAACAG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=57;WE=10854771;WS=10854753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr12	10854878	rs3782670	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.475;SC=CCAGCACTTCAGGAGGCTGAG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=10854886;WS=10854868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	10856219	rs2418102	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr12	10856845	rs141466000	CA	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=0.343;SC=AAGTAAAAAACAAAATGCTTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=10856853;WS=10856835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	10868142	rs112162659	TA	T	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.682;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	10871667	rs33016	A	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=18;PP=716;SC=GCAAATATACACACACACATA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=10871675;WS=10871657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	10958658	rs2537817	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=187;SC=TTTCATATCATGCAGGCAATT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=10958666;WS=10958648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	10961777	rs149844170	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=362;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AAACACTTCACAAATCTTAAC;SOR=0.844;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=23;WE=10961785;WS=10961767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr12	10962115	rs3741845	A	G	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1559;ReadPosRankSum=1.161;SC=GGGAACCATCACCCCCAGGTT;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=104;WE=10962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,111:0.65:171
chr12	10978402	rs597468	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=11;PP=450;SC=GTCATTCTTCGTTTTATAATC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=10978410;WS=10978392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10978915	rs114154801	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=0.636;SC=TCTTAGATTACCTGCTGCAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=24;WE=10978923;WS=10978905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr12	10999708	rs1047699	T	C	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=62;PP=2409;SC=TCTGTCCCTCTGGAAGAATGA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=133;WE=10999716;WS=10999698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	11000934	rs2227296	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	11034980	rs61914782	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=26.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	11035107	rs2946841	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.20;MQRankSum=1.309;QD=15.31;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	11035235	rs144818487	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.301;NF=49;NR=41;PP=1234;ReadPosRankSum=0.436;SC=GGTTGAGATTGCTGTCCTCCC;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=90;WE=11035243;WS=11035225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,91:0.54:169
chr12	11083356	rs116998526	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.53;QD=28.16;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	11083515	rs200488155	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.84;MQRankSum=-0.645;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	11083677	rs10772391	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=235;SC=GATTCAATGATAGGTATGATT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=11083685;WS=11083667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	11091432	rs3741843	C	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=39;PP=2031;SC=CCTTTTTAACCCTCCACTTTA;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=103;WE=11091440;WS=11091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	11091693	rs7138535	T	A	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=AGATCTTTCTTCCCTTGACCC;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=222;WE=11091701;WS=11091683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	11126111	rs4763232	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=243;SC=CACACAATAACAATACCCTCC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=11126119;WS=11126101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	11126428	rs7314608	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=446;SC=AGAGTCTTTATAGGTGAAGAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=11126436;WS=11126418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	11138683	rs10772397	C	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1392;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCATGACAACCGGGTCATTCC;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=102;WE=11138691;WS=11138673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,103:0.56:184
chr12	11138852	rs1376251	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=892;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GAGATGTTTACACAGAGAACA;SOR=0.715;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=64;WE=11138860;WS=11138842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr12	11149532	rs1450839	A	G	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=915;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CACACAATGCACCTCTTGTGA;SOR=0.904;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=62;WE=11149540;WS=11149522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr12	11149711	rs10845279	C	A	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.85;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,69:0.73:94
chr12	11149720	rs10845280	A	G	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.25;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr12	11149769	rs10845281	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=584;ReadPosRankSum=2.432;SC=GCAAGTAATATGAGGAAGGAG;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=35;WE=11149777;WS=11149759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr12	11150033	rs12226919	G	T	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=2.182;SC=ATATACGTGTGTTTCATCACA;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=126;WE=11150062;WS=11150023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,134:0.59:228
chr12	11150046	rs12226920	G	T	5363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,139:0.60:233
chr12	11150054	rs79420812	C	T	5490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.17;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,143:0.60:237
chr12	11150240	rs7135018	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=192;ReadPosRankSum=-1.244;SC=ATTATTACTTTTAAATTAGAT;SOR=0.509;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=16;WE=11150248;WS=11150230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr12	11150319	rs11054143	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=653;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CTCTGGAGACTGCCAGAGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=44;WE=11150327;WS=11150309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr12	11150540	rs34965724	CA	C	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=377;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CTCTGATATTCAAGACTTTAA;SOR=0.874;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=11150559;WS=11150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	11150551	rs4388985	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=611;SC=AAGACTTTAAGTTAAATATGC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=11150559;WS=11150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	11150579	rs1463237	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=434;SC=TCCTGAATGTCCAATAACATT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=11150587;WS=11150569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	11174202	.	G	C	1450	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=27;MQ=58.34;NF=18;NR=2;PP=1450;QD=74.2385606274;SC=CCATCAGTTTGTTTTCTGCTA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=20;WE=11174231;WS=11174192;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,20:0.28:71
chr12	11174261	rs75441696	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=4.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.346;QD=4.73;ReadPosRankSum=-3.498;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,36:0.18:204
chr12	11174264	rs77074409	C	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.422;QD=4.51;ReadPosRankSum=-2.898;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,36:0.17:210
chr12	11174271	rs79475879	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-4.730;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.676;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,42:0.19:227
chr12	11174276	rs10772420	G	A	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-2.640;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,104:0.42:247
chr12	11174277	.	T	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-4.691;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,47:0.19:251
chr12	11174282	rs74386164	T	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-4.715;QD=6.64;ReadPosRankSum=-2.353;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,59:0.22:274
chr12	11174286	rs77837442	C	A	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-5.490;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,63:0.21:295
chr12	11174302	rs72475480	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-3.767;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,82:0.25:334
chr12	11174327	rs72475481	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-5.149;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,102:0.28:366
chr12	11174372	rs74772077	C	G	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=7.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-5.369;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,93:0.32:291
chr12	11174380	rs76970958	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=6.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-5.146;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,81:0.30:269
chr12	11174390	rs74992161	G	A	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=3.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-5.814;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,78:0.32:244
chr12	11174397	rs76455106	T	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-5.866;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,71:0.32:224
chr12	11174416	rs112900131	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.801;NF=9;NR=37;PP=636;ReadPosRankSum=0.565;SC=CTGTGTCCTAAGATTCCAAGT;SOR=1.603;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=154;TCF=48;TCR=106;TR=46;WE=11174424;WS=11174406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
chr12	11174466	rs199592952	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=27.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-8.590;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.296;SOR=3.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,16:0.17:96
chr12	11174476	rs200081075	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=32.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-9.921;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.896;SOR=4.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,11:0.11:100
chr12	11174478	.	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=32.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-10.072;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.821;SOR=4.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,11:0.11:103
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chr12	11175087	rs12313469	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.266;NF=27;NR=27;PP=749;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CATTTACTAGGGCTATGAAGC;SOR=0.545;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=54;WE=11175095;WS=11175077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,58:0.38:153
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chr12	11183217	rs10772423	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.901;NF=40;NR=53;PP=1166;ReadPosRankSum=2.528;SC=AGAAAGTAAACGGCACATAAC;SOR=0.619;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=296;TCF=133;TCR=163;TR=93;WE=11183225;WS=11183207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,84:0.28:295
chr12	11183255	rs10845293	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.562;NF=41;NR=35;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=0.738;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=76;WE=11183263;WS=11183245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,77:0.35:221
chr12	11183451	rs10743938	A	T	8007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=140;PP=2965;SC=TTCCAAGTCAAGTTTCCTTCA;SOR=0.924;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=128;TCR=140;TR=267;WE=11183459;WS=11183441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	11183496	rs199736450	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=49.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-14.318;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=4.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,19:0.09:216
chr12	11183506	rs115707514	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=64.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-14.490;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=4.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,29:0.13:218
chr12	11183512	rs12370363	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=3.132;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,44:0.20:217
chr12	11183524	rs75159539	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=51.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-13.661;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=3.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,40:0.18:220
chr12	11183576	rs72475488	T	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.323;NF=51;NR=38;PP=1141;ReadPosRankSum=0.946;SC=CCTCTTTAAGTGAAGAAAAAT;SOR=1.011;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=89;WE=11183584;WS=11183566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,89:0.39:226
chr12	11183642	rs73049067	A	G	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.162;NF=59;NR=67;PP=2055;ReadPosRankSum=2.477;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;SOR=0.734;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=308;TCF=157;TCR=151;TR=126;WE=11183650;WS=11183632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,130:0.40:324
chr12	11183676	rs73049072	C	T	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-6.220;NF=43;NR=62;PP=1345;ReadPosRankSum=0.284;SC=ACTGCCCAGACATTATAAGCA;SOR=1.086;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=300;TCF=142;TCR=158;TR=105;WE=11183684;WS=11183666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,111:0.35:313
chr12	11183697	rs73049074	C	A	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.617;NF=36;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GTAGTTCTTACTTCTACACTA;SOR=1.076;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=275;TCF=126;TCR=149;TR=91;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,96:0.34:284
chr12	11183708	rs80125932	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=7.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-5.832;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,55:0.21:264
chr12	11183722	rs78562467	A	C	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.286;NF=21;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.061;SC=AAGCTGGATTAAACACAGTTG;SOR=1.213;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=221;TCF=87;TCR=134;TR=68;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,71:0.32:225
chr12	11183752	rs72475489	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=16.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-10.241;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.231;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,32:0.19:166
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chr12	11183797	.	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=26.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-9.876;QD=1.64;ReadPosRankSum=-2.017;SOR=4.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,11:0.11:99
chr12	11183832	rs10845295	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.825;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.364;NF=23;NR=18;PP=512;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CTCTTGACCCGCTCAATGGAA;SOR=0.391;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=41;WE=11183840;WS=11183822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr12	11199734	rs2597984	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=47;PP=1173;SC=TTTAAAAAGCTGGCGCCTTCT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=11199742;WS=11199724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	11201689	rs2597986	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=9;PP=685;SC=AGTAAACCAACTCTGGACACC;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=11201697;WS=11201679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	11201928	rs74318546	C	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-4.486;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr12	11201933	rs79649094	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-4.261;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
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chr12	11201962	rs2597987	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=432;SC=TTTAAATGTGTAGTAACATTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=11201970;WS=11201940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr12	11244067	.	A	ATT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.466;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=3.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQRankSum=-5.346;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,25:0.09:286
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chr12	11244149	rs73064964	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-7.844;QD=4.69;ReadPosRankSum=2.466;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,34:0.21:163
chr12	11244166	rs35720106	G	C	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.867;NF=49;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.161;SC=TGTGGACCTTGGTGCTGGGAT;SOR=0.123;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=122;WE=11244177;WS=11244156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,131:0.82:160
chr12	11244169	rs201144595	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=17.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-6.622;QD=5.31;ReadPosRankSum=2.431;SOR=2.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,29:0.19:151
chr12	11244190	rs202034865	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=20.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-7.381;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,21:0.13:159
chr12	11244194	rs71443637	T	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.038;NF=69;NR=57;PP=2132;ReadPosRankSum=0.810;SC=TCCTTTACCATGGAGCTGCAT;SOR=0.286;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=126;WE=11244202;WS=11244184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,139:0.89:157
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chr12	11244378	rs201455884	C	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-11.947;QD=3.49;ReadPosRankSum=-3.812;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,36:0.18:203
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chr12	11285802	rs2600356	G	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=701;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGGTATACATGTGGAAATTAT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=41;WE=11285810;WS=11285789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr12	11286088	rs2599404	A	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1536;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCAGCCTCCCAAAATTACAAA;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=343;TCF=169;TCR=174;TR=112;WE=11286096;WS=11286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,117:0.32:369
chr12	11286249	rs77777159	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=8.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-15.692;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,41:0.11:377
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chr12	11286702	rs113026132	G	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=27.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-12.023;QD=0.95;ReadPosRankSum=3.852;SOR=2.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,24:0.14:173
chr12	11286713	rs113799622	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=12.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-12.080;QD=1.97;ReadPosRankSum=2.707;SOR=1.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,28:0.17:163
chr12	11286736	rs112605675	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=5.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-11.641;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,40:0.24:170
chr12	11286745	.	AA	GG	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-11.250;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,43:0.25:172
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chr12	11286790	rs2600355	A	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-2.456;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,32:0.15:211
chr12	11286797	.	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=7.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-9.615;QD=3.44;ReadPosRankSum=2.803;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,33:0.16:212
chr12	11286807	rs113282241	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=11.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQRankSum=-8.822;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.946;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,30:0.15:205
chr12	11286820	rs111958076	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=11.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQRankSum=-7.850;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=1.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,29:0.15:199
chr12	11338539	.	C	A	358	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=13;NR=4;PP=358;QD=23.1041889734;SC=AAACAGTGGACGTGATCCCCA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=11338547;WS=11338529;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	11338555	.	ACCTC	TCCTC,TCCTT	392	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=19,6;NR=8,2;PP=392,47;QD=15.8063412055;SC=CCCCAAATGCACCTCGTTGAG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27,8;WE=11338567;WS=11338545;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.93:29
chr12	11338589	rs1817104	G	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr12	11338613	rs1650017	CA	GG	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=26;PP=2947;SC=AAAGGTAAAGCATTTGGTGTT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=81;WE=11338622;WS=11338603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	11338669	rs1669412	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=580;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGCTGTCTGTCGCAGCTTGCT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=46;WE=11338677;WS=11338659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr12	11338750	rs1451772	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=605;ReadPosRankSum=-1.932;SC=AAACTTTATGTACTTGTTGTT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=47;WE=11338758;WS=11338740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr12	11338781	rs1669413	C	A	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=51;PP=1968;SC=AAAAATATCCCATTGGCCACT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=11338789;WS=11338771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	11338957	rs5020531	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=607;ReadPosRankSum=0.268;SC=GGAGGTCAGGAACAGAGAAAA;SOR=0.470;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=39;WE=11338965;WS=11338947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr12	11338983	rs1650019	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=33;PP=1036;SC=TAAAACTGGTTAAGCTGAGAA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=57;WE=11338991;WS=11338973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	11339020	rs35969491	T	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GAGTTTATCATAGAGAGTTTT;SOR=0.420;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=21;WE=11339028;WS=11339010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr12	11339553	rs34736072	C	CA	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TCTCCAGAGACAAAAAATCCA;SOR=0.262;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=18;WE=11339561;WS=11339543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr12	11418867	rs7294995	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TAAGCTGTTTATTTTATTGGT;SOR=0.411;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=23;WE=11418875;WS=11418857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr12	11418954	rs1896551	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=272;SC=TCATCTTCTTATTCACTTCCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=11418962;WS=11418944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	11421086	rs142192897	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.817;NF=5;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=1.350;SC=GGCTTTCCTGGAGGAGGTGGA;SOR=0.978;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=19;WE=11421101;WS=11421076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr12	11421093	rs61463237	T	TGGG	2888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=36;PP=2317;SC=CTGGAGGAGGTGGACACACGG;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=40;WE=11421101;WS=11421076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	11461292	rs1052808	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=21;PP=739;SC=TTGCCTCCTGCTGGGGGTGGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=11461300;WS=11461282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	11461470	rs1052807	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.18;QD=26.65;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	11461706	rs12308381	G	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=8.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-4.839;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.636;SOR=1.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,21:0.17:123
chr12	11461836	rs6488386	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=43;PP=1468;SC=GTGGGGGACATACGGCATTCA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=79;WE=11461844;WS=11461826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	11462275	rs1834857	A	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=2391;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AAGGGAGTCAAAACAGATTGA;SOR=0.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=115;WE=11462283;WS=11462265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr12	11506211	rs76504934	A	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.290;NF=9;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=1.354;SC=CCTGGAGGAGATCGGGCACTT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=18;WE=11506219;WS=11506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	11506893	rs10845341	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-3.822;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr12	11803220	rs2856305	A	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	11903726	rs199664048	CTTTTTTTTTTTTTTT	C	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.27;ReadPosRankSum=0.664;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr12	11904752	rs2856338	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=257;ReadPosRankSum=0.346;SC=ATATTCATTATTGTTGCAGAT;SOR=2.147;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=11904760;WS=11904742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr12	11904767	rs10845410	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr12	11904770	rs2724599	A	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=1.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr12	11904983	rs2724600	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AGAAGAGAAAACATGGCTTTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=11904991;WS=11904973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	12044003	rs72550782	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.462;SC=TCCACCTCAGCGGGCCAGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=15;WE=12044011;WS=12043993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr12	12044534	rs372555234	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,13:0.15:86
chr12	12230938	rs1641721	C	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=571;SC=GGAAATTGAACAAAATCAGTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=12230946;WS=12230928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	12232647	rs61729499	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=643;ReadPosRankSum=2.340;SC=GTCTTTCTAACGTGGAGCAGT;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=41;WE=12232655;WS=12232637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr12	12240199	rs879732	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=745;ReadPosRankSum=1.313;SC=AAATTGTTTACTCCTGGCCAC;SOR=0.983;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=58;WE=12240207;WS=12240189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr12	12247594	rs11054682	A	G	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=45;PP=1844;SC=TCTTTTGTACACAGCTGAAGA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=12247602;WS=12247584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	12247616	rs11054683	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=495;ReadPosRankSum=2.062;SC=AGATAAGGCTTTGATGGGCCA;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=44;WE=12247624;WS=12247606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr12	12247921	rs71435888	AT	A	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.061;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr12	12251711	rs2448031	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=488;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TAGCTGATGTCTTCCTTGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=25;WE=12251719;WS=12251701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	12251761	rs1797646	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.049;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=722;ReadPosRankSum=-1.708;SC=AACCCTCCCCCAAACTAACAT;SOR=0.302;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=47;WE=12251769;WS=12251751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr12	12265022	.	A	AT	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.014;NF=5;NR=27;PP=433;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GTTGCTGTTTATTTTTTTTTG;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=32;WE=12265030;WS=12265012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr12	12265118	rs55833207	CA	C	263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	12278468	rs2302684	A	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.022;SC=ACAGTGAAGTAGTCTGATTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=12278476;WS=12278458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	12283853	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AAATAGTTTCCTTATTTTTAA;SOR=1.152;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=16;WE=12283861;WS=12283843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	12291479	rs2075241	G	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=828;ReadPosRankSum=-1.387;SC=CTTGGAAAAGGAGAAAATTCA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=41;WE=12291487;WS=12291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr12	12301898	rs2302685	C	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=9;PP=501;SC=TTTACCACAACGGCTCGAGGT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=12301906;WS=12301888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	12317162	rs143433509	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TCTAGAAGTTCTCCCTTTTAG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=12317170;WS=12317160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	12397668	rs10219768	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	12397668	.	TTA	ATT	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=95;QD=29.6935749724;SC=TCAAATCGGTTTAAGTGAGCA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=5;WE=12397678;WS=12397658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,5:0.25:20
chr12	12397670	rs10219748	A	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	12419525	rs60730865	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=14.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.685;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr12	12483275	rs1861676	G	A	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=62;PP=2440;SC=TTCAAAGTTAGGTTGGAGATT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=121;WE=12483283;WS=12483265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	12483713	rs4763282	A	G	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=67;PP=2965;SC=AGTTTCTCCAAGTGATCTGAG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=154;WE=12483721;WS=12483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	12483927	rs4763818	G	A	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=53;PP=1506;SC=GAAGGCTTATGTAACTCCATG;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=12483935;WS=12483917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	12510097	rs10772552	C	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1232;SC=TGCGGCAAAGCCAGTGTCATC;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=52;WE=12510105;WS=12510087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	12618715	rs967648	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=43;PP=1067;SC=CTGTAGCTGCTGCCCGGCCTG;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=12618723;WS=12618705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	12630028	.	G	A	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=2201;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TGTAGGCAGAGTAACTGGCAC;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=137;WE=12630036;WS=12630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,141:0.70:201
chr12	12814818	rs4763862	C	T	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1787;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GCATCAAAGACCCACGATGCC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=98;WE=12814826;WS=12814808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr12	12939892	rs4763876	G	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=983;ReadPosRankSum=0.127;SC=GACGCGCTGCGGCGCTTCCAG;SOR=0.532;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=64;WE=12939900;WS=12939882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,68:0.79:86
chr12	12966967	rs7978823	A	G	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=26;PP=2135;SC=TTTAAATCAAATACAATGGTT;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=100;WE=12966975;WS=12966957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	12977400	rs1010878	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=0.541;SC=GTTTGTTCTCGTGTTTGTCTA;SOR=3.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=12977408;WS=12977390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	12982210	rs58862672	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.328;SC=AACATCTTTGTATATTTGGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=12982218;WS=12982203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	13028653	rs10845659	A	G	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=51;PP=1677;SC=TACCCCCTCCAGGCCCCCAGC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=13028661;WS=13028643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	13061294	rs2075288	C	T	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=108;PP=2965;SC=TGGCCACAGCCGGGGTTGTGA;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=172;TCR=108;TR=279;WE=13061302;WS=13061284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr12	13061453	rs12366842	C	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TCGGACTGGACGGGAGCACAG;SOR=0.849;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=392;TCF=198;TCR=194;TR=125;WE=13061461;WS=13061443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,126:0.31:409
chr12	13061727	rs12368599	A	G	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,121:0.29:411
chr12	13101454	rs7294444	G	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=1.152;SC=TATGTGTGCTGTACAATATAT;SOR=0.787;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=26;WE=13101462;WS=13101444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr12	13102605	rs4630382	G	A	7527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=124;PP=2965;SC=CGACCGGGTCGTCCCACTGGG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=134;TCR=124;TR=258;WE=13102613;WS=13102595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	13136615	rs759601	C	G	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.912;SC=TGTGTGAGAACTCCGTGTTAA;SOR=0.666;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=115;WE=13136631;WS=13136605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,113:0.44:255
chr12	13136623	rs735689	T	C	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AACTCCGTGTTAAAAATTCCA;SOR=0.684;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=247;TCF=127;TCR=120;TR=130;WE=13136631;WS=13136605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,137:0.55:251
chr12	13136729	rs2052329	G	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.939;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=484;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GATAGTACCCGTATACCCCTT;SOR=1.143;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=36;WE=13136737;WS=13136719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr12	13142174	rs850918	C	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=684;SC=CAAAGCTGGTCCCCGAGACCA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=13142182;WS=13142164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	13153169	.	T	C	272	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=13;PP=272;QD=20.4514141698;SC=GGCGGCAGGGTGGCAGGGCGG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=15;WE=13153177;WS=13153159;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,15:0.33:46
chr12	13153388	rs147879664	G	GGCAGCAGTGCAGCAGT,GGCAGCAGTCCAGCAGTGCAGCAGT	1393.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=807;SC=CGGGCAGCAGGGCAGCAGTGC;SOR=1.179;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=6;WE=13153405;WS=13153378;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.73:30
chr12	13153397	.	G	C	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=29;MQ=64.19;NF=3;NR=5;PP=64;QD=12.3464015684;SC=GGGCAGCAGTGCAGCAGTGCA;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=8;WE=13153405;WS=13153378;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,8:0.24:34
chr12	13153773	rs1291364	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=360;SC=TCTTGGTAGCTGTCCCTCTAC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=13153781;WS=13153763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	13154077	rs67498669	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	13154105	rs9919709	A	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GCGCGGGTGCAGCGGGCTGTG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=18;WE=13154113;WS=13154095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	13154123	rs61912779	G	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GTGGAGCCGCGGGCCGAGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=17;WE=13154131;WS=13154113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	13154582	rs59113920	CG	C	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.877;NF=24;NR=18;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.672;SC=ATCTGCTGAGCGGGGGCCCCC;SOR=1.255;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=42;WE=13154590;WS=13154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr12	13154790	rs1291363	G	C	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=1.856;NF=77;NR=74;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CCAACTACCTGATCGTGTCCA;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=151;WE=13154798;WS=13154780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,162:0.63:257
chr12	13154911	rs1291362	A	G	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.006;SC=CGTCTTCTCCATGAATGTCAT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=190;TCR=163;TR=245;WE=13154919;WS=13154901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,250:0.70:359
chr12	13155166	rs1291361	G	T	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.759;NF=57;NR=83;PP=2300;ReadPosRankSum=0.846;SC=CTCCACCGCAGTGGCATCCTA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=90;TCR=131;TR=140;WE=13155174;WS=13155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,151:0.64:236
chr12	13211212	rs6488582	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=707;SC=TTTGTTTTATGTACAGTGTCC;SOR=4.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=30;WE=13211220;WS=13211202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	13214537	rs3741818	A	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=916;SC=CTAATCTTGTATGCCTTTCGG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=13214545;WS=13214527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	13215685	rs2200498	C	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=443;SC=TGTTCAGCCCCTTGCGTCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=13215693;WS=13215675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	13221606	rs1386005	T	C	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=102;PP=2965;SC=AGACATTAGATTTCCTTCTGC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=217;WE=13221614;WS=13221596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	13233605	rs113370937	G	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
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chr12	13248445	rs2291396	C	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=697;ReadPosRankSum=0.119;SC=GACAACAGATCGATGAGGCAG;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=106;TCR=73;TR=55;WE=13248453;WS=13248435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,54:0.30:180
chr12	13256353	rs10772620	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=17;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGCAGTAAAGATATGTGTATG;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=71;WE=13256361;WS=13256343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr12	13294280	rs7978768	C	A	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=40;PP=2315;SC=CCTCTGGTGCCTGACCATAAC;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=13294288;WS=13294270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	13369196	rs8885	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=0.071;SC=TTCTCCTCATCCATTTCTTTT;SOR=0.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=13369204;WS=13369186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	13529105	rs12579519	A	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.229;SC=AGTCCAAAGCAGACCTTGTCT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=5;WE=13529113;WS=13529095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr12	13716638	rs1806191	G	A	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=CGTGCTTGATGTGAGACCTGT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=190;WE=13716646;WS=13716628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	13716674	rs45600931	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=981;ReadPosRankSum=0.243;SC=CTCCGCTGACGGAGTCGCGCT;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=131;TCR=107;TR=74;WE=13716682;WS=13716664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,75:0.30:248
chr12	13720272	rs4764010	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=541;SC=GAGAAAGAGGAGTATTGAGCA;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=13720280;WS=13720262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	13764774	rs1805482	G	A	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=1580;ReadPosRankSum=1.139;SC=ATACGTCAGCGCTGAATGGCT;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=119;WE=13764782;WS=13764764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,126:0.59:213
chr12	13768354	rs1468845	C	T	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=18;PP=1791;SC=AAAGTGAGCACGTTTTAAACT;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=13768362;WS=13768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	13769664	rs1805199	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=697;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CAGTATTGTCTGAACAATCCC;SOR=1.262;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=44;WE=13769672;WS=13769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr12	13769725	rs1805536	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.739;SC=ACATACTAGAGATAGGAATAC;SOR=0.197;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=13769733;WS=13769715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr12	13828659	rs11055581	T	C	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=2179;ReadPosRankSum=3.143;SC=TGCTCAAGAATTGTCAAAGAC;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=132;WE=13828667;WS=13828649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,143:0.71:200
chr12	14018777	rs7301328	G	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1156;SC=TGCCCAGGATGGGGGTGAGAG;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=14018785;WS=14018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	14577892	rs2231909	A	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=32;PP=1211;SC=ATTGATGCTAATGAAGAAACT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=14577900;WS=14577882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	14579235	rs11055969	A	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=382;SC=GAAACTTTCTAAGCCTGTGGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=14579243;WS=14579225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	14590981	rs10734876	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=3;PP=298;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=14590989;WS=14590971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	14591220	rs4479040	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=250;SC=ATTGACTTGAGTTGTATACTC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=14591228;WS=14591210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	14599904	.	C	CT	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=20;MQ=53.68;NF=1;NR=0;PP=48;QD=52.0;SC=TCATTTTTGTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=1;WE=14599912;WS=14599894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1:0.33:3
chr12	14628705	rs7298275	A	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=148;SC=CAGCCATTTAAGGGTCCAGAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=14628713;WS=14628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	14634392	rs140044044	C	CAGTT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=481;SC=ATGCATATGTCAGCTAGATTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=14634400;WS=14634382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	14656768	rs1600	G	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=39;PP=1748;SC=TAGACCTCTGGCATGCCCTGA;SOR=0.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=91;WE=14656776;WS=14656758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	14664250	rs2287541	A	G	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.598;SC=AATTTGCTCCACAATGTACAG;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=87;WE=14664258;WS=14664240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,90:0.62:144
chr12	14664595	rs10846013	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=989;ReadPosRankSum=0.585;SC=GTCTGCAGCAATATCAATCCA;SOR=1.449;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=55;WE=14664603;WS=14664585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr12	14688644	rs7957558	C	T	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=42;PP=2437;SC=TTATCTATGACGTTGAAGTCC;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=14688652;WS=14688634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	14689451	rs1345531	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=888;ReadPosRankSum=0.848;SC=GGGCGCTATATAGAAAAAGTC;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=58;WE=14689459;WS=14689441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr12	14694993	rs1862014	G	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=195;SC=CATGCCATTAGCAAAAAGTGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=14695001;WS=14694983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	14720366	rs10846023	C	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=128;SC=AGGGCTGGAGCGAGACCGCCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=14720374;WS=14720358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	14720554	rs147342083	GGCA	G	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.386;NF=9;NR=36;PP=2193;ReadPosRankSum=0.666;SC=TAACAACAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.716;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=45;WE=14720564;WS=14720544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr12	14720583	rs7954623	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1161;SC=GCAGAAGCGGTGGCGGCTGTG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=14720591;WS=14720573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	14769468	rs1558795	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=585;SC=GAGTACAGAAGAGGATTAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=14769476;WS=14769458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	14774849	rs7302418	T	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=458;SC=ACTAGAGCGGTCAAGAGTAGT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=14774857;WS=14774839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	14775214	rs2287538	T	C	33.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	14781503	rs4764105	A	T	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=109;SC=TTCTCATTCTAAGGTGCCACT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=14781511;WS=14781493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	14781678	rs3217210	G	GA	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.130;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.327;NF=4;NR=24;PP=370;ReadPosRankSum=1.222;SC=ACACCTGGAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.086;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=28;WE=14781686;WS=14781668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr12	14794062	rs10772800	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=17;PP=786;SC=CTTTCCGCAGGATGATCTCCT;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=14794070;WS=14794052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	14804994	rs7313027	G	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=362;SC=TTAGGAGACAGTGTTGTGGTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=14805002;WS=14804984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	14822855	rs7314345	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=424;SC=ACACAATGACGCTTGATTTCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=14822863;WS=14822845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	14827463	rs3217157	AATC	A	2480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.839;NF=12;NR=23;PP=1464;ReadPosRankSum=-2.351;SC=TTAGCTGTGGAATCATCTATT;SOR=0.560;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=35;WE=14827473;WS=14827453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,69:0.38:184
chr12	14829893	rs1420635	A	C	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=78;PP=2538;SC=CATTGTCCTCAAAGTACTGGT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=147;WE=14829901;WS=14829883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	14832830	rs11336448	CT	C	154.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.632;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr12	14834421	rs56944147	GA	G	8405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=95;PP=2969;SC=CCTGGAATAGGAAAAAGAGAA;SOR=1.002;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=10;TCR=105;TR=105;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	14834427	rs58911033	G	T	8438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=96;PP=2847;SC=ATAGGAAAAAGAGAAACTAAA;SOR=1.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=167;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	14923522	rs12818627	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=287;SC=GTTCTCCCCGTGCCCGCCAAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=14923530;WS=14923512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	14927825	rs6645	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=437;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGCTGGCTCCCCCAGCAAAGG;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=39;WE=14927833;WS=14927815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr12	14947675	rs34868934	TA	T	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.395;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.553;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr12	14949720	.	C	CA	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.12;NF=4;NR=0;PP=33;QD=11.25;SC=GTTTATCTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=4;WE=14949728;WS=14949710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr12	14954063	rs3834754	G	GA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AATCAAATTTGAAAAATAAAA;SOR=0.105;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=14954071;WS=14954053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	14959391	rs2241221	T	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=0.138;SC=CTTTTGGATTTTCATAATGGC;SOR=0.614;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=47;WE=14959399;WS=14959381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,48:0.29:167
chr12	14975721	rs11610238	C	T	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=159;SC=TTTGTTTCAACGTATGTATAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=14975729;WS=14975717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	14976063	rs7304054	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=588;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CAAATGCTCAAAATTTTTAAG;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=36;WE=14976071;WS=14976053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,37:0.30:124
chr12	14976178	rs7307438	T	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=801;ReadPosRankSum=0.665;SC=AGAGTACCAATGTAGAGGAGT;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=66;WE=14976186;WS=14976168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,68:0.31:219
chr12	14976417	rs139293175	CTA	C	1658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.680;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,51:0.26:193
chr12	14976497	rs61920259	T	C	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGCAGCAGATTTGTTGGAACA;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=88;WE=14976505;WS=14976487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,95:0.74:128
chr12	14993439	rs11276	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=251;ReadPosRankSum=1.464;SC=TGCAACCAGTCTCCTCTTGGG;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=21;WE=14993447;WS=14993429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr12	14993608	rs3088189	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=193;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GGGATGTGGAGAGGAATTGGC;SOR=0.923;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=20;WE=14993616;WS=14993598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr12	14993854	rs1861698	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=616;ReadPosRankSum=3.392;SC=TGTTCAATGTATAAAACAAAA;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=49;WE=14993862;WS=14993844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,55:0.34:164
chr12	15034996	rs2430735	T	A	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=841;SC=TATGTATTTCTGTAATGCTGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=15035004;WS=15034986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	15035081	rs4236	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=603;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TCTCATTTGGTCCCTCGGCGC;SOR=0.434;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=49;WE=15035089;WS=15035071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,52:0.35:149
chr12	15038788	rs1800801	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=0.487;SC=GAGGCTCCTACGGGATGTTAG;SOR=0.787;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=6;WE=15038796;WS=15038778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	15067511	rs148149515	T	TGTGC	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=2.080;QD=19.39;ReadPosRankSum=0.819;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	15073831	rs2445382	G	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=705;ReadPosRankSum=0.774;SC=CCGACTCAGGGTCTGAAGGGA;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=44;WE=15073839;WS=15073821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr12	15081897	rs2445371	A	C	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.47;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	15081897	.	AG	CA,CG	2529	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=36,127;NR=37,127;PP=744,2529;QD=10.9242174639;SC=CCAGCTGGCAAGTCTCCTTCA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=127;TCR=128;TR=73,254;WE=15081906;WS=15081887;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.29:255
chr12	15081898	rs11056243	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,79:0.30:265
chr12	15082004	rs11056244	T	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GCTTCCTGACTATTTTTCTAG;SOR=0.542;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=14;WE=15082012;WS=15081994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr12	15090762	rs3748296	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.102;SC=AATCAAACTGGGTGGCTGTCT;SOR=0.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=15090770;WS=15090752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	15090837	rs3748297	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=401;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TGGTTCCCTTAAGGTAGAACA;SOR=1.288;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=28;WE=15090845;WS=15090827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr12	15091221	rs11432737	A	AT	4646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=26;PP=2957;SC=GGCAAAATGCACTTATCCAGG;SOR=2.142;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=15091229;WS=15091211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	15095558	rs4703	C	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1782;ReadPosRankSum=0.822;SC=ACGTGCCTCGCGCCAGCATGC;SOR=0.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=95;WE=15095566;WS=15095548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr12	15095707	rs10772822	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=635;SC=AGGAAAAACATACACTGCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=15095715;WS=15095697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	15100683	.	C	T	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=67;QD=50.8856062736;SC=CATTCCAGACCCAGCTTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=15100692;WS=15100678;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr12	15100684	rs7979291	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTCCAGACCCAGCTTGGGGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=15100692;WS=15100678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	15101034	.	G	GCGCGCA	334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=17;MQ=61.04;NF=0;NR=7;PP=334;QD=48.1428571429;SC=TTTAGTCCTTGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=15101042;WS=15101024;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	15101036	rs10846090	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=13.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.71;MQRankSum=3.195;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	15101038	rs10846091	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=12.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.48;MQRankSum=3.268;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	15101072	rs4764142	T	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=271;SC=ACACACACACTTAATGCCTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=15101080;WS=15101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	15103605	rs2430711	A	G	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=53;PP=1700;SC=GCTCATCATCATCATCCTCCT;SOR=1.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=15103613;WS=15103595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	15131995	rs2233623	C	A	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=GAGTTTCTCACATACAAACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=15132003;WS=15131985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	15262168	.	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr12	15273932	rs2247574	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr12	15273957	rs2247568	A	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.157;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1436;ReadPosRankSum=0.078;SC=GGGGCCATAAATTTTTATTGA;SOR=0.413;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=97;WE=15273965;WS=15273947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,100:0.66:152
chr12	15652330	rs4764197	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=276;SC=AAGTGTGTGATGTTTAGAAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=15652338;WS=15652320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	15656832	rs4764199	T	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=447;SC=CTTTTTTATATATGATTTAGA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=15656840;WS=15656822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	15661441	rs888163	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=473;SC=TTTTTAAACCAGAATCTTTTA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=15661449;WS=15661431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	15669737	rs1050646	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=992;ReadPosRankSum=-0.855;SC=ATCCTTTGGGTCCTACGGCCG;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=50;WE=15669745;WS=15669727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr12	15673103	rs2302688	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
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chr12	15679120	rs6488782	C	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1191;ReadPosRankSum=0.616;SC=TGCCTCCAGGCGACATCTATA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=75;WE=15679128;WS=15679110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,80:0.66:121
chr12	15679208	rs7134888	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TAAGAAGAGTGCACAGAGATG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=35;WE=15679216;WS=15679198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr12	15702202	rs10541885	AAT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr12	15731724	rs5796639	T	TG	2932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=17;PP=2282;SC=AATAAACCAGTTGAACAATAA;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=15731732;WS=15731714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	15731744	rs1024843	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.450;NF=22;NR=10;PP=423;ReadPosRankSum=1.188;SC=ATCCAATTCACACCACGTATG;SOR=0.472;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=32;WE=15731752;WS=15731734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,35:0.34:103
chr12	15748019	rs188951203	G	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr12	15748019	.	GC	TT	582	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=21;PP=582;QD=15.4992164601;SC=CTCCACGAGTGCTCAGTCTTA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=41;WE=15748028;WS=15748009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr12	15748020	rs1558787	C	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.63;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	15777486	rs4623959	T	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=91;SC=TATCCTCGCCTGGTATAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=15777494;WS=15777476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	15803992	rs4237955	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=37;PP=967;SC=AATGTATCCATGCTCACAGTT;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=15804000;WS=15803982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	15814935	.	A	G	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.780;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=43;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AAAGCCAGTGATCTAAAGGCG;SOR=0.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=115;TCR=66;TR=122;WE=15814943;WS=15814925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,126:0.67:188
chr12	15818880	rs4363660	T	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=157;SC=CTATAACATATCAATTAACTC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=15818888;WS=15818870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	15822229	rs4237957	A	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=569;SC=AAATCTAGTAACTAATATGCA;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=15822237;WS=15822219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	15822244	rs4237958	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=710;SC=TATGCAGATATATTATCAAAA;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=15822252;WS=15822234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	16036261	rs10734889	C	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=365;SC=TATTCCCAGCCAATTACAGAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=16036269;WS=16036251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	16050808	rs10772879	T	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=75;SC=ACTTAAATTTTTTTTCAGTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=16050816;WS=16050798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	16055926	rs71042275	G	GT	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=145;SC=TCAATCATATGTGCAGTTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=16055934;WS=16055916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	16189694	rs2290979	T	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr12	16347308	rs3942536	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1232;ReadPosRankSum=0.400;SC=ATCCCAGGACGTTCAACAATG;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=87;WE=16347316;WS=16347298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,92:0.60:154
chr12	16369828	rs1671511	A	T	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=62;PP=2686;SC=TATTTTTACCATCTGAGATGA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=157;WE=16369839;WS=16369818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	16392545	rs11056836	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ATAGCTAGTTCGGATCTTAGC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=16392553;WS=16392535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	16397677	rs1527014	G	A	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=48;PP=1811;SC=GCAGTATTGCGGGTGGCATGT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=16397685;WS=16397667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	16397746	rs1852451	C	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=47;PP=1341;SC=TGCAAGTAATCGGAGATATTA;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=16397754;WS=16397736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	16430284	rs1671487	G	A	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=85;PP=2965;SC=ACAAGCAAATGTACACCAGTT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=117;TCR=85;TR=202;WE=16430292;WS=16430274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	16510395	rs2075239	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=0.734;SC=TAGATATGGGTACTCCCTATG;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=16510403;WS=16510385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	16743165	rs2058798	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTCTTGAAGCAAAACTAACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=16743173;WS=16743155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	16743217	rs2058799	A	G	32.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	16747034	rs10846380	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AATTAGCTGGCGTCAGGTGTT;SOR=1.532;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=8;WE=16747042;WS=16747024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr12	17142520	rs35949588	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=37;PP=1234;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=17142528;WS=17142510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	17142546	rs7955087	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=34;PP=883;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGCG;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=17142554;WS=17142536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	18234422	rs11043839	C	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr12	18234461	.	T	A	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=16;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=59.06;NF=0;NR=6;PP=58;QD=15.4618687579;SC=CTCTTTTTTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=18234469;WS=18234451;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,6:0.26:23
chr12	18237688	rs6486881	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.959;SC=GACCCACTTCCGCTGGAAGAT;SOR=0.386;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=8;WE=18237696;WS=18237678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	18435398	rs35277916	GCCC	G	3035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.098;NF=6;NR=45;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TCCTGGGGAAGCCCCATAGGA;SOR=1.106;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=9;TCR=74;TR=51;WE=18435408;WS=18435388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,77:0.63:122
chr12	18435452	rs11044004	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=689;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ATTTTAGCTCCATCATTCACA;SOR=0.948;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=36;WE=18435460;WS=18435442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr12	18499777	rs10770357	C	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=74;PP=2393;SC=ACAGGTGAGTCGTGGTGAGTT;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=124;WE=18499785;WS=18499767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	18641326	rs7137852	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=547;SC=TCCGGCTGGATGTGGTTTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=18641334;WS=18641316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	18801017	rs501379	T	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=171;SC=TTTTCACTTCTGGGCCTCTGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=18801025;WS=18801007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	18854540	.	ATCCTCCTCCTCC	A,ATCC	2576.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;QD=40.26;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,52:0.19,0.81:64
chr12	18872325	rs10841078	G	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=22;SC=GAACTTCCAAGTATTTTTAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=18872333;WS=18872315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	18889517	rs144525318	A	AAATTTGAG	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=1202;SC=ATTAAAGTTAAAATTTGAGAA;SOR=4.255;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=14;WE=18889525;WS=18889507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	18890472	rs5796766	GT	G	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=558;SC=ACACACAGTGGTTTTTTTTGC;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=18890480;WS=18890462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	19282670	rs28512290	C	T	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=32;PP=2785;SC=CTCGCTCGTTCCCTCCTCCCT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=104;TCR=32;TR=136;WE=19282678;WS=19282660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	19283135	rs61913270	C	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=49;PP=1435;SC=CCCGGCTCCCCGCAACCTGCC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=19283143;WS=19283125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	19406863	rs6486942	C	T	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=33;NR=17;PP=996;SC=TTTCTTTTTTCCTTTTTTCAG;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=19406871;WS=19406853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	19418588	rs6486945	G	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=47;SC=GTTCATTTATGTACAAGAACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=19418596;WS=19418582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	19418874	rs7316780	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=170;SC=AAAAAAGCTACCTTATAGTGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=19418882;WS=19418864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	19428009	rs2279537	T	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=396;SC=AATATTGGTTTAAATTGTGTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=19428017;WS=19427999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	19467762	rs371284756	A	G	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1974;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AAGAAAATGAACCTATTATCA;SOR=0.476;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=116;TCR=83;TR=128;WE=19467770;WS=19467752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,134:0.64:209
chr12	19512563	rs11044515	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=558;SC=AAAATAAAGTGTGTTTCTTTC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=19512571;WS=19512553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	19522484	rs113006194	A	AAAAG	182.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=226;SC=TTTAAAAAGAAAAAATCACAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=19522492;WS=19522474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	19592600	rs143333997	GGGA	G	2006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=988;SC=GGCGGCGGTGGGGAGGAGGAG;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=21;WE=19592610;WS=19592590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	19626311	.	AT	A	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.48;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	19626315	.	ATTT	A	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.48;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	19626322	rs11044583	T	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	19626326	rs12370241	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	19626330	rs12818887	T	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	19626334	rs71530937	T	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	19646943	rs66556640	CTGGTGTATTTCA	C	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=2957;SC=CTGAGAAAATCTGGTGTATTT;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=19646962;WS=19646933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	19873411	rs4301848	G	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=236;SC=AATTCTCGCAGGTTGTGGGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=19873419;WS=19873401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	19873497	rs4369485	A	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	20522114	rs138187101	A	AGCGT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr12	20709733	rs4762972	G	A	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=105;PP=2965;SC=AATAAAATGTGGAGCGAGGAA;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=161;WE=20709741;WS=20709723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	20766559	rs10743380	C	T	9179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=202;PP=2965;SC=TGAATCCCGTCACTTCGCTCA;SOR=1.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=118;TCR=202;TR=320;WE=20766567;WS=20766549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	20766685	rs7308381	G	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=1460;SC=TTTTTTAATTGTCTTCTAGGT;SOR=2.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=20766693;WS=20766675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	20769026	rs68125264	TTAGA	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=247;SC=CACTCAAATTTTAGATAGATA;SOR=2.303;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=20769037;WS=20769019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	20774464	rs10743381	A	G	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=119;PP=2965;SC=TGGTTTGTCTATTCTAATAAC;SOR=2.360;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=39;TCR=119;TR=158;WE=20774472;WS=20774454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	20774539	rs10734705	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=716;SC=CTTATGTGATAATACAGATTC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=20774547;WS=20774529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	20783099	rs7304499	A	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=0.524;SC=AATAATAAAAACGATGATAGT;SOR=0.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=11;WE=20783107;WS=20783089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr12	20786787	rs4265636	T	C	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=57;PP=1863;SC=AAAACAGTGATCTACATTTCT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=86;WE=20786795;WS=20786777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	20786807	rs3858661	T	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=5;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGATATTTTGTGGGGCGCTGG;SOR=0.449;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=37;WE=20786830;WS=20786797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr12	20786813	rs78782960	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=754;ReadPosRankSum=1.719;SC=TTTGTGGGGCGCTGGGAGACG;SOR=0.657;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=13;WE=20786830;WS=20786797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr12	20786822	rs10841580	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=1363;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CGCTGGGAGACGGGGTCTCAT;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=21;WE=20786830;WS=20786797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr12	20786841	rs10743382	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=589;SC=ATGATGTTGGTCAGGTCGGTC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=20786849;WS=20786831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	20786880	rs10841581	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTGATCCTCCCGCCTCAGCCT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=20786888;WS=20786870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	20787783	rs151261214	GC	G	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.277;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.312;NF=13;NR=6;PP=555;ReadPosRankSum=0.214;SC=GCTTAAATGAGCCCCCTTTCC;SOR=0.055;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=19;WE=20787791;WS=20787773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	20788137	rs11045352	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=1.199;SC=GGCAGATCACGAGGTCAGGAG;SOR=0.076;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=20788145;WS=20788127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	20801855	rs9284155	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=31.84;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	20803323	rs9804769	A	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=196;SC=TTTCTCTTCTATTCAACTTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=20803331;WS=20803313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	20852546	rs34243130	C	T	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1807;ReadPosRankSum=0.578;SC=TCCAGTTGTTCTGCAAAACTT;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=113;WE=20852554;WS=20852536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,118:0.60:197
chr12	20870033	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr12	20893052	rs2037154	C	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=7;PP=1562;SC=ACATTTTTAACATAACTGTCT;SOR=3.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=63;WE=20893060;WS=20893042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	20893108	rs2271656	C	T	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=32;PP=1999;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TTTTCCCTATCGTGTTACAGA;SOR=1.174;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=190;TCF=130;TCR=60;TR=114;WE=20893116;WS=20893098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,115:0.60:192
chr12	20893354	rs12368368	G	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CAATCATCTCGAGCAATGATT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=20893362;WS=20893344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	20903757	rs10841611	T	C	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.233;SC=CCGCATCTCATTGCTACAGCA;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=362;TCF=173;TCR=189;TR=194;WE=20903765;WS=20903747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,200:0.53:375
chr12	20903865	rs10841612	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=871;ReadPosRankSum=0.803;SC=GTGATCTGTAGTCATAGAATA;SOR=0.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=50;WE=20903873;WS=20903855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr12	20905250	rs6487138	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=300;ReadPosRankSum=-0.280;SC=ACATATATATCTGGGACTAAC;SOR=0.334;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=22;WE=20905258;WS=20905240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr12	20968828	rs10734710	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=375;SC=AGGCCACTAACTGTCAAAAAG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=20968836;WS=20968818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	21011480	rs4149117	T	G	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=63;PP=2404;SC=TATTTTGACATCTTTACCACA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=21011488;WS=21011470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	21011581	rs4149118	G	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=43;PP=1218;SC=TTTTATACTTGTAAGTGGGCA;SOR=1.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=21011589;WS=21011571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	21013948	rs3764009	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=561;SC=GTTGCTCTTACAGTTATAGGT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=21013956;WS=21013938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	21014139	rs3764008	C	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=867;SC=TATAAAGTTTCTGATATTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=21014147;WS=21014129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	21014163	rs3764007	T	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=532;SC=CAAAATTGATTTAAGAACAAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=21014171;WS=21014153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	21015610	rs1036261	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=26;PP=1317;SC=AGTGTATTGTATAATATTACT;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=61;WE=21015618;WS=21015600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	21015760	rs7311358	G	A	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=64;PP=2023;SC=TTGCTAAAATGTACGTGGATA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=21015768;WS=21015750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	21031020	rs2417938	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=71;SC=TCCATCTTGTAATATCATCGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=21031028;WS=21031010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	21032242	rs4149142	T	G	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=118;SC=TCCCAGGTTCTCCACCCTTCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=21032250;WS=21032232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	21036411	rs2053098	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=545;SC=ATTACTCAGCACACTTGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=21036419;WS=21036401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	21051489	rs4149153	C	T	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=170;SC=ATGTTAAATACTAAAGACTGA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=21051497;WS=21051479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	21054369	rs3764006	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=22;PP=808;SC=GAGCACAAGGGGCTTGTAGGA;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=21054377;WS=21054359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	21054918	rs2082518	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=34;PP=1040;SC=TTACCTCTTATAGAAGCATTA;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=21054926;WS=21054908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	21065235	rs142241896	TTTTATTTATTTATTTA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	21065365	rs10841706	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	21168758	rs34168692	T	TA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	21176135	rs1546308	T	C	8784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=135;PP=2965;SC=ACTGTGAATGTAATGGGAATG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=166;TCR=136;TR=301;WE=21176143;WS=21176125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr12	21176247	rs1546307	A	G	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.381;SC=ACGAGGTACCATGATAGTGCT;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=47;TCR=98;TR=70;WE=21176255;WS=21176237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr12	21201663	rs11045689	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.650;NF=7;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-1.194;SC=CGCCCTACCTGCTGTTGCAAT;SOR=0.738;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=21201671;WS=21201653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	21220349	rs1910163	A	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GAAATTTAACATGTAAATATT;SOR=0.640;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=20;WE=21220357;WS=21220339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr12	21245380	rs11045748	G	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=889;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTTTGTGGCCGAATGGAGTTC;SOR=1.318;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=56;WE=21245388;WS=21245370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr12	21317810	rs4149033	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGCAATTATAAAACTCAATAC;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=19;WE=21317818;WS=21317800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr12	21327740	rs4149036	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-0.976;SC=AGGCAGTTACCTTTTGAGAAG;SOR=3.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=21327748;WS=21327730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	21329738	rs2306283	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=649;ReadPosRankSum=0.614;SC=AACTAATATCAATTCATCAGA;SOR=1.385;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=44;WE=21329746;WS=21329728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr12	21331389	rs61760242	TTACTTG	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=77;SC=TGAATATAAATTACTTGTACT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=21331402;WS=21331379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	21331549	rs4149056	T	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=446;ReadPosRankSum=0.129;SC=TGGATATATGTGTTCATGGGT;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=37;WE=21331557;WS=21331539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr12	21331599	rs4149057	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr12	21331625	rs2291075	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TTGATGATTTCGCTAAAGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=39;WE=21331633;WS=21331615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr12	21331987	rs2291076	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-1.317;SC=ACCATGATAACGTCTTTCTAA;SOR=1.474;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=20;WE=21331995;WS=21331977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr12	21526472	rs12306121	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=416;ReadPosRankSum=-0.381;SC=ACTATATCATACTTAAGAACA;SOR=0.993;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=23;WE=21526480;WS=21526462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr12	21526651	rs12319824	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=0.584;SC=AACATGAAGCGGGAAAAAAAT;SOR=0.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=51;WE=21526659;WS=21526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
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chr12	21529212	rs12305367	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
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chr12	21602437	rs147619410	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=-1.289;SC=GTTTAAAGTGAAGTTGTATCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=21602445;WS=21602427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	21605116	rs147310223	C	CAT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=0.566;SC=AATATGATAACATTTAAATTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=21605124;WS=21605106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	21609127	rs4367993	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=916;SC=CAACGAACTGTTAGGTCACTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=41;WE=21609135;WS=21609117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	21615207	rs3213210	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTTGATTTACAGTATTTTTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=21615215;WS=21615197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	21623122	rs13035	T	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.725;NF=49;NR=24;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TTTAGTAACATTCATATCAGG;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=73;WE=21623130;WS=21623112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,72:0.69:105
chr12	21623885	rs200957510	AAATT	A	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.435;NF=15;NR=5;PP=770;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATAAAACTGAAAATTAATAGC;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=20;WE=21623896;WS=21623875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr12	21624309	rs11046076	A	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=651;ReadPosRankSum=1.034;SC=TGCAATTTTTAAAAAAAAACC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=39;WE=21624317;WS=21624299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr12	21626324	rs917852	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	21626330	rs917853	C	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.12;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21627745	rs2159943	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=636;ReadPosRankSum=2.037;SC=GCTTTAATTGATAAAAGTTAT;SOR=0.426;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=34;WE=21627753;WS=21627735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	21628812	rs10160843	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=46;PP=1371;SC=CCTGGAAGATGGTTTTCAACA;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=21628820;WS=21628802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	21629987	rs917854	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=27;PP=795;SC=TGGCTGTCTATGTACAACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=21629995;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	21639385	rs369525826	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	21643039	rs71581965	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TTGATTTTTATATATGTATGA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=21643047;WS=21643030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	21644666	rs71581964	C	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=1545;ReadPosRankSum=0.437;SC=GGAGGCAGCGCGGATACAATG;SOR=1.007;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=50;WE=21644675;WS=21644656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr12	21644667	rs10841834	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=2749;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GAGGCAGCGCGGATACAATGA;SOR=0.478;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=74;WE=21644675;WS=21644656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr12	21654825	rs71539408	G	C	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.154;SC=GGCTTTCCGAGGTGCTGTCGC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=477;TCF=257;TCR=220;TR=164;WE=21654839;WS=21654815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,165:0.34:486
chr12	21654831	rs1060126	G	T	7276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=2.118;SC=CCGAGGTGCTGTCGCCGCTGT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=264;TCR=228;TR=325;WE=21654839;WS=21654815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,334:0.67:498
chr12	21655020	rs71539409	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGGCTGCTGGGACCCTAAGGG;SOR=0.716;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=25;WE=21655028;WS=21655010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr12	21657590	rs67392337	AT	A	9835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=174;PP=2951;SC=AAGTTACTGAATTACCTCTAG;SOR=1.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=10;TCR=180;TR=183;WE=21657598;WS=21657580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	21657660	rs143010879	TAAAG	T	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=52;PP=991;ReadPosRankSum=0.505;SC=ACAATTTTGTTAAAGAAATTA;SOR=0.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=53;WE=21657671;WS=21657650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr12	21659950	rs17627561	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.613;SC=ATTTATAAGGAAATTTTAACT;SOR=0.948;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=16;WE=21659958;WS=21659940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	21680609	rs7966780	C	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=1.061;SC=AGGTTTAAGCCCGGGTTGTCC;SOR=0.993;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=26;WE=21680617;WS=21680599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr12	21689882	rs10431213	T	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=717;SC=GCAGCACATGTAGAATTCAGT;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=21689890;WS=21689872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	21692166	rs36023861	CA	C	757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.359;NF=12;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=-0.542;SC=ATATAGCTTTCAAAAAAAAAT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=20;WE=21692174;WS=21692156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr12	21711009	rs7967170	C	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=524;SC=AAACTGAACCCATTTTCCTTT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=21711017;WS=21710999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	21711111	rs7977474	G	C	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=58;PP=2965;SC=TTTAAAGTTCGCCACATGAAC;SOR=1.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=165;WE=21711119;WS=21711101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	21711385	rs7977846	G	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=655;SC=TGATGACTAAGTCTTGTGTGT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=21711393;WS=21711375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21712545	rs1871136	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=15;PP=1016;SC=GAATAGTGAAACCTTAAGTGA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=21712553;WS=21712535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	21712574	rs1871137	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=22;PP=1145;SC=GAAAGCATTTCAAGCACCTAC;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=21712582;WS=21712564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	21712728	rs111250042	GACATTCTTTGAAATT	G	1184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=2957;SC=TTGTTTTGTTGACATTCTTTG;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=21712750;WS=21712718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	21713308	rs4639981	T	A	7692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=118;PP=2965;SC=CATTCACAGGTTGTGAGATTA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=156;TCR=118;TR=274;WE=21713316;WS=21713298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	21713402	rs2306180	T	C	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=148;PP=2965;SC=AAAAACACCATCACTGTGATG;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=103;TCR=148;TR=251;WE=21713410;WS=21713392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	21715801	rs1473421	A	G	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=78;PP=2965;SC=CTTCCCACAGAAGAAAGTTCT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=146;TCR=78;TR=222;WE=21715809;WS=21715791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	21716055	rs1473422	A	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=35;PP=1484;SC=TTAATGTACAAAGGGGGCTGG;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=21716063;WS=21716045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	21716098	rs1473423	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=23;PP=1299;SC=CAATTCTGTTTTCTCTCTACC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=21716106;WS=21716088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	21727315	rs7963756	C	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=52;PP=1470;SC=CTTGATTGTGCTCATGGTCCA;SOR=2.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=21727323;WS=21727305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	21733121	rs2126887	T	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=575;SC=TGTCTCAAATTCAATCCATTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=21;WE=21733129;WS=21733120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	21757272	rs153944	A	G	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=147;SC=TAGCCTAAATATATATTCCGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=21757280;WS=21757263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	21789968	rs1677134	G	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=194;SC=AATACAATGCGAGAAATCATA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=21789976;WS=21789958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21791272	rs1650289	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=416;SC=TAAAATCAAGTTCCCTTTCAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=21791280;WS=21791262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	21791455	rs1427830	A	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21791565	rs1677129	A	C	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=3;PP=57;SC=ATAGTTCCCCAAAAAGGCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=21791573;WS=21791555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	21794865	rs1626023	A	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=786;SC=ACAAGTAATTATTTCTTTTTT;SOR=3.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=21794877;WS=21794855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21796814	rs4762862	G	A	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=19;PP=2727;SC=AATAACAACAGAAACACCAAA;SOR=2.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=95;TCR=19;TR=114;WE=21796822;WS=21796804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	21797029	rs1650294	A	G	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=108;PP=2965;SC=TAGAATTGGCAGTCACAGAAT;SOR=2.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=45;TCR=108;TR=153;WE=21797037;WS=21797019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	21799803	rs67155709	T	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=766;ReadPosRankSum=-1.398;SC=AAAAAAATATTAGATCACTTT;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=80;TCR=14;TR=41;WE=21799811;WS=21799793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr12	21799999	rs1540405	G	C	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=199;PP=2965;SC=TCTAGGATGCGTCAGCTCACA;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=139;TCR=200;TR=338;WE=21800007;WS=21799989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr12	21807432	rs1677078	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=790;SC=AAACTGTGTATACATGCTGAA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=21807440;WS=21807422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	21807640	rs1650315	G	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=77;PP=2353;SC=AACATTACACGTATATCTGCA;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=120;WE=21807648;WS=21807630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	21807687	rs7953579	C	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1098;SC=TAAAATGTTACTGTTGCAATT;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=21807695;WS=21807677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	21970994	.	T	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr12	21995555	rs1643235	C	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=386;SC=TCTTCACTCACTTCCCATAGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=21995563;WS=21995545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	22005510	rs704183	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=49;PP=1279;SC=CCTCTCGAAAATAGTAATACA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=22005518;WS=22005500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	22016004	rs4148670	GA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr12	22017422	rs697250	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=28;PP=963;SC=CTGCAAGTATAGCAAACAATG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=22017430;WS=22017412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	22017486	rs697251	C	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=696;SC=CGTCAGGTAACAGATACAATA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=22017494;WS=22017476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	22035873	rs1356368	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=51;PP=2435;ReadPosRankSum=1.179;SC=TTACTGAACACTTACTCACAT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=63;WE=22035891;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr12	22035883	rs1283802	T	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=942;ReadPosRankSum=0.387;SC=CTTACTCACATTGCTACCTAA;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=22;WE=22035891;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr12	22047151	rs704216	G	T	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=75;PP=2217;SC=TGGAAAAAGTGTCACACATGC;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=112;WE=22047159;WS=22047141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	22047174	rs704217	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=513;ReadPosRankSum=2.408;SC=ACATTCAGTCCTAGAAACCTA;SOR=0.394;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=34;WE=22047182;WS=22047164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr12	22063115	rs10770865	A	G	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.285;SC=CCCATAGATTAGGACACAGGA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=175;TCR=127;TR=298;WE=22063123;WS=22063104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr12	22063337	rs4148656	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CAAACATTTAATTTTTTTGAG;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=11;WE=22063345;WS=22063327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	22063737	rs4762719	G	T	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=30;PP=1932;SC=AGGAAACAAAGAGTATTCACA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	22063749	rs4762720	T	C	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=41;PP=2484;SC=GTATTCACAGTCTTTACATAC;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=125;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	22063971	rs4148654	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=0.819;SC=GACCAGGTGTACAGTTTGCAT;SOR=0.061;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=13;WE=22063979;WS=22063961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	22065699	rs3835048	G	GAA	224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=36;SC=TCAATTCTCTGAAAAAAAGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=22065707;WS=22065696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	22068849	rs3759236	G	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=1.339;SC=ATATCTCTGTGGCAAGAAAAA;SOR=0.535;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=34;WE=22068857;WS=22068839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr12	22078245	rs2900493	G	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=0.125;SC=ATATTTTAGAGAGCCTCTGAT;SOR=1.385;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=16;WE=22078253;WS=22078235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	22078571	rs2176394	T	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.355;SC=AAATACAACTTCTGCAAGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=9;WE=22078579;WS=22078561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr12	22078838	rs2277405	T	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AAAACAAATATCTCTTTAAGG;SOR=0.187;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=18;WE=22078846;WS=22078828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr12	22086976	rs6487252	A	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=529;SC=GAAACCTTAAAACTTTCTAGA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=22086984;WS=22086966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	22089348	rs4586220	G	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=165;SC=TTGCTTGTTCGTTTCTCACAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=22089356;WS=22089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	22354921	rs704219	A	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=811;ReadPosRankSum=1.728;SC=TGTGGTTATAAATTTTCATGT;SOR=0.248;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=50;WE=22354929;WS=22354911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr12	22440281	rs2287166	A	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1072;ReadPosRankSum=1.027;SC=TGAGGAGCAGATTCATTCACT;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=73;TCR=131;TR=76;WE=22440289;WS=22440271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,79:0.38:210
chr12	22440315	rs2072542	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=593;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GAGATGTGCCACCTTACCTCA;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=46;WE=22440323;WS=22440305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr12	22478425	rs4762904	A	G	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGGGATAAAAATCGATTCCTT;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=98;WE=22478433;WS=22478415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,102:0.58:175
chr12	22478698	rs4762905	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=215;ReadPosRankSum=-1.035;SC=ACAATAATAACTAATAATAAA;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=22478706;WS=22478688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	22478847	rs77294784	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=633;ReadPosRankSum=0.409;SC=TGGGCAGCAAGTGTCAACAGT;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=60;WE=22478855;WS=22478837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,67:0.32:207
chr12	22489150	rs3809202	A	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=97;PP=2965;SC=GGGAAGGGGGAGCTTTTCCTA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=182;WE=22489158;WS=22489140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	22602796	rs2063573	A	G	8794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=174;PP=2965;SC=AAACCACTGCATCACCACTTA;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=142;TCR=174;TR=316;WE=22602804;WS=22602786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr12	22606738	rs12424580	G	C	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=28;PP=2002;SC=GGGCTCTAAAGAGCAATTCTC;SOR=1.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=100;WE=22606746;WS=22606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	22778701	rs2271098	C	G	11528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=168;PP=2965;SC=CCCTTCCCGTCGCAGTTGCTC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=229;TCR=168;TR=397;WE=22778709;WS=22778691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr12	22796994	rs11429701	A	AT	4724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=87;PP=2936;SC=TTTGAAAAATAGGGCATTTAA;SOR=2.423;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=5;TCR=91;TR=92;WE=22797002;WS=22796984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	23689301	rs4636755	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=266;SC=CAAAATGTCTTTTTGCAACTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=23689309;WS=23689292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	23696116	rs7485662	C	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=41;PP=2583;SC=TTATTCCATACGTCACTTAGT;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=132;WE=23696124;WS=23696106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	23737664	rs34653390	AGT	A	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=6;PP=261;ReadPosRankSum=-2.711;SC=GACAGGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=23737673;WS=23737654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	23757245	rs1479452	C	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1150;SC=TGCTGGCATACAATAGACATT;SOR=1.382;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=23757253;WS=23757235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	23915547	rs71059921	G	GA	160.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7598;FS=0.000;HP=17;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AATACAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.634;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=23915555;WS=23915537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	24102665	.	C	CCT	818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=9.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.255;SOR=3.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr12	24103911	rs35800209	GCA	G	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.04;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr12	24982706	rs35406045	TA	T	3848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=16;PP=1247;SC=TAAGGTGACATAAAAAAAAGA;SOR=2.332;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=57;WE=24982734;WS=24982696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	24982721	rs7398085	A	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=41.63;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	24982726	rs28678340	G	A	5901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=42.77;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	25031449	rs6487436	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CCCAAAATAAAGAGTCAGTTT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=130;TCR=84;TR=82;WE=25031457;WS=25031439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,85:0.37:227
chr12	25047480	rs61127951	GA	G	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr12	25054891	rs2291894	G	A	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=65;PP=1744;SC=CCTACGTGACGCTCACCATGA;SOR=3.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=77;WE=25054899;WS=25054881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	25147300	rs699030	G	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=936;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TTTCTGAAGAGACTGCATTTG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=48;WE=25147308;WS=25147290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr12	25147362	rs1846016	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.212;SC=GGAGGCCGAGGCAGGCAGATC;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=25147370;WS=25147352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	25148755	rs864161	C	G	13438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=284;NR=216;PP=2965;SC=AGTATATCCCCAACAGGAATC;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=501;TCF=284;TCR=217;TR=500;WE=25148763;WS=25148745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr12	25149982	rs75288396	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGCTGAGATCGTGCCACTGCA;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=25149990;WS=25149972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	25240964	rs866510	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GGAGAGGACAGGAAGTAGGAA;SOR=0.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=24;WE=25240972;WS=25240954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr12	25241224	rs859154	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.02;NF=0;NR=14;PP=376;SC=CAATAGGACCGATTATTGATT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=25241232;WS=25241214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	25242595	rs7969931	C	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=-0.475;SC=ATCGGTTAACCTTAGACAAAG;SOR=0.824;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=23;WE=25242603;WS=25242585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr12	25242776	rs10743538	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=0.176;SC=CCAGACTCACCTGCTACAGTC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=25242784;WS=25242766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	25243115	rs1908946	G	C	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=107;PP=2834;ReadPosRankSum=1.445;SC=ATCACTAACTGTTTAAAACTA;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=246;TCF=73;TCR=173;TR=150;WE=25243123;WS=25243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,153:0.61:252
chr12	25249743	rs10842464	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=612;SC=ACCGAAATAATTGAGATTAGA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=25249751;WS=25249733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	25249785	rs10771166	T	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=19;PP=1458;SC=TAGTCAGTGTTAGAATCACTC;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=67;WE=25249793;WS=25249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	25253983	rs11047833	T	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CATGTCTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=10;WE=25253991;WS=25253977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	25254975	rs7303889	A	C	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=97;PP=2965;SC=TGTTATGAAGAATGAAATGAA;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=57;TCR=97;TR=154;WE=25254983;WS=25254965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	25257166	rs12828225	T	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.967;NF=12;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AAGTAGGAGATCTGTGAATGT;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=13;WE=25257174;WS=25257159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	25257182	rs34133737	GA	G	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.881;NF=18;NR=0;PP=409;ReadPosRankSum=-1.162;SC=AATGTGCCAAGAAAAAAATAA;SOR=2.342;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=18;WE=25257190;WS=25257172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	25261735	rs859146	G	T	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=77;PP=2379;SC=CTCAGTACATGCTTCAGTAAG;SOR=1.510;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=128;WE=25261743;WS=25261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	25272027	rs2291365	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=681;ReadPosRankSum=0.252;SC=GTTTCAACTTAAGGGTTTTTA;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=30;WE=25272035;WS=25272017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr12	25272297	rs2291364	A	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=109;ReadPosRankSum=-1.621;SC=AAATGTAAATAGTACTGAATA;SOR=0.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=25272305;WS=25272287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	25274593	rs2220195	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=323;SC=GTGTTTAATAAGGTTAAAGCT;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=25274601;WS=25274583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	25297713	rs7971062	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TTTAATTTTGCTCCAATTTTG;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=25297721;WS=25297703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	25299921	rs11047863	G	A	9333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGAAAGTATTGCCCACAAGGG;SOR=0.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=195;TCR=147;TR=341;WE=25299929;WS=25299911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr12	25302481	rs10842485	T	C	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=108;SC=CATTTTTCAATTTAAAAAATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=25302489;WS=25302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	25311333	rs12367971	G	A	169.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGGCTGAGAAGGACATTAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=25311341;WS=25311323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	25311489	rs10842496	G	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=24;PP=941;SC=TATTTCAAACGGGCTTCCTCT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=25311497;WS=25311479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	25362777	rs1137282	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=301;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TCTTTTTACCATCTTTGCTCA;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=29;WE=25362785;WS=25362767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr12	25368462	rs4362222	C	T	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=91;PP=2965;SC=GTCGGATCTCCCTCACCAATG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=217;WE=25368470;WS=25368452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	25368593	.	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=2.786;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr12	25380071	rs11836509	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	25388290	rs7133635	G	T	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=42;PP=1269;SC=CATCAAAGACGGTTGTAGACT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=25388298;WS=25388280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	25388316	rs7133640	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AATTATAATAGGGAAGAAACA;SOR=0.956;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=24;WE=25388324;WS=25388306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	25671759	rs1479500	T	A	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=45;PP=2262;SC=GTTGACCGAGTCCTGGGCTGT;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=127;WE=25671767;WS=25671749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	25673075	.	TATAC	T	161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=59.83;NF=0;NR=7;PP=161;QD=26.7142857143;SC=TGTTATGAGATATACATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=25673086;WS=25673063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr12	25679932	rs1705419	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=258;SC=CTTCAGATAGGAGTGTCTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=25679940;WS=25679922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	25699523	rs278990	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=53;PP=1835;SC=GTAACCAGGAAAGAAGTAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=25699531;WS=25699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	26231843	rs7133685	G	T	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=31;PP=1344;SC=AAAAAAAGGCGCTAACCGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=82;WE=26231851;WS=26231833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	26231898	rs4963952	G	A	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=53;PP=1795;SC=TCATGATTATGTATACAAAAA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=115;WE=26231906;WS=26231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	26275555	rs11048413	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	26492555	rs34679762	A	AT	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.424;NF=0;NR=21;PP=487;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CAAAAAAGGGATTTTTTTAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=21;WE=26492563;WS=26492545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr12	26568132	rs75530413	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAGGAATAAAAGAAAACATTT;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=9;WE=26568140;WS=26568128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	26568456	rs66797056	TAAGAAAAGA	T	1974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.240;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.179;NF=0;NR=34;PP=2968;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AAAACACTAATAAGAAAAGAA;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=34;WE=26568472;WS=26568446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr12	26580814	rs1818135	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAACTAATTCTGTAACAGTAC;SOR=0.166;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=19;WE=26580822;WS=26580804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr12	26581306	rs4963995	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TCATATGAGGGTGATTTGCTA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=24;WE=26581314;WS=26581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
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chr12	26647311	rs12371474	T	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=1.273;SC=ACCTTAATTGTAGACATTATT;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=39;WE=26647319;WS=26647301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr12	26709497	.	T	TTGTG	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=160;QD=24.1428571429;SC=CTATTTTTTTTTTTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=26709505;WS=26709487;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,7:0.35:20
chr12	26732987	rs2230376	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=239;ReadPosRankSum=1.594;SC=TGTCTGAAAAGGGAGAATTAA;SOR=1.051;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=22;WE=26732995;WS=26732977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr12	26733062	rs2230375	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.482;SC=TGTCTGCATGTTTCCTGTCTG;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=24;WE=26733070;WS=26733052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr12	26749831	rs2230377	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=744;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGATGCAGTCGTCATGGGTCA;SOR=0.901;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=56;WE=26749839;WS=26749821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr12	26752897	rs12832680	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=0.446;SC=ACTAGAAATACTAGAAGCCAC;SOR=0.412;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=26752905;WS=26752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	26755247	rs202007793	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.013;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=736;ReadPosRankSum=-1.309;SC=CTTTGCAAAACATTTGAAATT;SOR=0.330;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=166;TCF=126;TCR=40;TR=59;WE=26755255;WS=26755237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr12	26755546	rs3736185	C	T	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=55;PP=2690;SC=TTGTATCTGCCGACCTCCTTT;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=26755554;WS=26755536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	26777379	rs2880875	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GTGAAAATATTTTTGTCTTCA;SOR=0.439;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=26777387;WS=26777369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr12	26806955	rs2230380	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	26809412	rs2230378	T	G	9840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=189;PP=2965;SC=CAGACAGCTGTGTAGAAATCT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=162;TCR=189;TR=351;WE=26809420;WS=26809402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr12	26816496	rs1375656	T	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=13;PP=1567;SC=TTGCCCAACATAAAATATTTC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=26816504;WS=26816486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	26819095	.	A	ATAGATAGATAGATAGATAGAT	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=2748;SC=AGATAGATAGATTTTTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=26819103;WS=26819085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	26848410	rs1982385	A	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=261;SC=TTACCTGTGAACCATAGGCTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=26848418;WS=26848400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	26848663	rs3830260	A	AT	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=1262;SC=AATTCAATTAATATTCTATCC;SOR=3.321;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=28;WE=26848671;WS=26848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	26868322	rs1900941	T	C	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=94;PP=2965;SC=TTTTCTCATATTCATCACAAG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=201;WE=26868330;WS=26868312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	26869233	rs7957289	C	T	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=91;PP=2655;SC=GTGCTATATTCGAAGCTAGAA;SOR=1.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=41;TCR=91;TR=132;WE=26869241;WS=26869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	26874138	rs11407207	G	GT	870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.53;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr12	26875235	rs2291262	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=3;PP=1624;SC=AGTAAAAACTATATTTTCTTT;SOR=5.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=58;WE=26875243;WS=26875225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	26875565	rs2291261	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=785;SC=TTTTATACATGTATCATATAT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=26875573;WS=26875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	26878577	rs17480784	C	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=55;PP=2965;SC=GAATCCTGGTCCTTACCTGTA;SOR=1.150;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=148;WE=26878585;WS=26878567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	26878766	rs17480798	G	A	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=65;PP=1838;SC=TTCCCTTATAGCTCAGCTTTT;SOR=1.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=91;WE=26878774;WS=26878756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	27058563	rs7397665	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AAAATAATATATTCACAGAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=27058571;WS=27058553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	27059149	rs1488053	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TAATAAAAAACTGCTGATTAT;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=27059157;WS=27059139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	27059224	rs1488052	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=25;PP=1302;SC=TTGACAATAAGTAACACAAAC;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=27059232;WS=27059214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	27059422	rs1488051	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TAATTTATTATTTCCAAATTT;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=27059430;WS=27059412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	27064232	rs3210635	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1233;ReadPosRankSum=-1.862;SC=CTTTTCCACGCTCTAAGATTC;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=43;TCR=82;TR=72;WE=27064240;WS=27064222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr12	27066350	rs3736227	C	T	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=39;PP=2295;ReadPosRankSum=1.613;SC=TGTGATATAACAAAAGGCACC;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=190;TCF=139;TCR=51;TR=134;WE=27066358;WS=27066340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,134:0.69:194
chr12	27081566	rs2029309	C	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=406;SC=GCTGTCTCTACTATTCTGAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=27081574;WS=27081558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	27087703	rs708158	T	C	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=207;SC=ATGTGTAGTATATGCCAGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=27087711;WS=27087693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	27128594	rs5797208	G	GT	5638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.963;NF=15;NR=98;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.279;SC=ATGTTCAGCTGTGGAAGAGTG;SOR=0.784;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=213;TCF=24;TCR=189;TR=113;WE=27128602;WS=27128584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,180:0.56:319
chr12	27143579	rs12299714	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AAAAATAACACATGATTAGTG;SOR=1.802;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=13;WE=27143587;WS=27143569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr12	27152666	rs7314394	T	C	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=81;PP=2131;SC=CATAAATTACTGAGCTGATCC;SOR=1.424;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=130;WE=27152674;WS=27152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	27175494	rs3963548	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=32;PP=2077;SC=TTTTGGCGTCTGTTTGCTGCG;SOR=1.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=27175502;WS=27175484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	27175640	rs1872191	A	G	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=GCAAAACTTGAAAGTGGGGAG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=202;WE=27175648;WS=27175630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	27234505	rs34457591	A	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=1.262;SC=AAAATAGCCCAAGTGTCAATG;SOR=0.333;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=24;WE=27234513;WS=27234495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr12	27234878	rs74075111	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=426;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTCTTGACAAGCATCATATTC;SOR=1.262;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=36;WE=27234886;WS=27234868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr12	27234914	rs61741737	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=672;ReadPosRankSum=0.940;SC=AACCATTTCCGGAGGGGAGCC;SOR=1.081;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=49;WE=27234922;WS=27234904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,50:0.34:149
chr12	27300420	rs841618	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=761;SC=TATGCTCTCTTAATGTTCCTT;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=27300428;WS=27300410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	27461984	rs6487599	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=454;SC=TTAAGGGAAGTTACTTTTCTT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=27461992;WS=27461974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	27468313	rs2346053	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-0.686;SC=AGAGAATTTTATGCCTTGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=20;WE=27468321;WS=27468303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	27470682	rs2242185	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=7.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	27470866	rs6487601	G	A	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=85;PP=2965;SC=CTCAAGAAACGTACAGAAAAG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=187;WE=27470874;WS=27470856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	27486168	rs62758860	GA	G	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=311;SC=TCTCGGGCCGGAGCATCGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=27486176;WS=27486158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	27533367	rs4964060	A	G	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=156;PP=2965;SC=CCACACTTCGATAAGTGAAAT;SOR=1.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=82;TCR=157;TR=238;WE=27533375;WS=27533357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	27553794	.	C	T	107	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=15;MQ=57.15;NF=0;NR=6;PP=107;QD=23.6285354245;SC=GCTAGTTTTTCTTTTTCTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27553802;WS=27553784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27569025	rs1256955	G	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=6;PP=140;SC=TTTAAGTGGCGTTGTGGAATA;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=27569033;WS=27569015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27623433	rs35052632	G	GT	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=1168;SC=TGAACAGCCAGTTGAAAGGGG;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=28;WE=27623441;WS=27623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	27623490	rs776199	A	G	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=25;PP=2504;SC=TCTGGTGTCAATGAAGAGGAT;SOR=2.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=84;TCR=25;TR=109;WE=27623498;WS=27623480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	27623558	rs395098	C	T	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=67;PP=2723;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CTTACAGTGCCGAAGAAATGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=190;TCR=132;TR=164;WE=27623566;WS=27623548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,177:0.51:350
chr12	27623728	rs396407	T	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.804;SC=GCAGAAGCAGTTTCTAGGGTC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=64;WE=27623736;WS=27623718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr12	27623751	rs411432	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=639;ReadPosRankSum=0.133;SC=AACTGCAGACGTTCTTGGGCC;SOR=1.023;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=33;WE=27623759;WS=27623741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr12	27625823	rs386428	A	T	8332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=164;PP=2965;SC=ACACTGAAAAATGGGTAAGAG;SOR=0.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=137;TCR=165;TR=301;WE=27625831;WS=27625813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	27625879	rs381905	G	A	7330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	27625887	rs401739	T	C	6878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	27627805	rs411816	G	A	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=139;PP=2965;SC=ACCCTCAAGCGTCTACATCTC;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=97;TCR=140;TR=236;WE=27627813;WS=27627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	27641473	rs412978	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=833;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CAAGGGACAAGCACTGAGGTA;SOR=0.985;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=62;WE=27641481;WS=27641463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr12	27641574	rs113898122	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ATAACAAGAAGTAAGACTCAT;SOR=0.245;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=22;WE=27641582;WS=27641564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr12	27647420	rs201140404	TTTATTATTA	T,TTTATTATTATTATTA	466.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.89;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,6:0.50,0.50:12
chr12	27648777	rs61997182	C	T	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.85;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr12	27648786	rs306646	A	G	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.57;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr12	27654898	rs61731840	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=586;ReadPosRankSum=0.527;SC=ATGTCCTCACCGTCACTGGAC;SOR=0.093;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=36;WE=27654906;WS=27654888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr12	27746844	rs7976122	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.939;NF=18;NR=9;PP=513;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TGGAAGGTGCGTCTTCCCAGG;SOR=0.919;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=27;WE=27746852;WS=27746834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr12	27786115	rs3751231	C	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=0;PP=1071;SC=TTAACTGATACAGGTATCGCA;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=27786123;WS=27786105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	27800503	rs7959186	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AATAGGAATGTGAGGGACCAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=4;WE=27800511;WS=27800500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr12	27800535	rs58956640	AT	A	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TACTTCTCAGATTTTTTTTTC;SOR=0.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=34;WE=27800543;WS=27800525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr12	27800576	rs34792131	C	CT	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.317;NF=30;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=-1.780;SC=AGGATCATTCCTTTTTTTGTT;SOR=1.288;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=37;WE=27800584;WS=27800566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr12	27800746	rs2194816	G	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=40;NR=80;PP=2542;SC=CAGAGAGAAGGTGAATGCCAC;SOR=1.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=120;WE=27800754;WS=27800736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	27803097	rs367885450	CCT	C	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,24:0.11:214
chr12	27807906	rs7979973	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=779;SC=TTGAATTTAAGCACCACTGAT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=27807914;WS=27807896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	27811649	rs10771354	G	T	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=112;SC=TTAGATTTCCGTTATTTTAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=27811657;WS=27811639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27813754	rs7132997	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=508;SC=TGGAGAGTAAATAACTTCTTA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=27813762;WS=27813744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	27813903	rs7133222	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=29;PP=1395;SC=TTTAAATATACGTGTGGATGT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=27813911;WS=27813893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	27813961	rs7133231	A	G	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=41;PP=1479;SC=GAGCTATGCCATTTTAAAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=27813989;WS=27813951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	27813973	rs7133328	C	T	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	27813981	rs7133545	G	C	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	27814085	rs6487629	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=468;SC=CCTGCCCCCACGAATTCAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=27814093;WS=27814075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	27817408	rs34613698	CT	C	3126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AGTTTTTCTACTTTGGTTGAC;SOR=0.620;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=30;TCR=92;TR=63;WE=27817416;WS=27817398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr12	27820302	rs2033024	C	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=821;SC=GACTGTGTTACTGAAAAGTTA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=27820310;WS=27820292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	27826780	rs2052673	T	G	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	27832308	rs10743607	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=511;SC=CTCTTTGTAAGTCACTGATTA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=27832316;WS=27832298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	27845924	rs3764010	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=49;PP=1338;SC=TTTGTTGTTCCAACTTCTGCT;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=27845932;WS=27845914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	27849795	rs929948	CA	TG	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=86;PP=2947;SC=TTTGGGGATCCAACAAGCAAA;SOR=0.781;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=179;WE=27849804;WS=27849785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	27867706	rs11049106	C	T	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=51;PP=2555;SC=TTATCTTTTACGTACAGCGGA;SOR=1.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=148;WE=27867714;WS=27867696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	27915718	rs10842975	A	T	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=38;PP=2965;SC=ATTTGCAAGGATCCTGATTTT;SOR=1.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=107;TCR=38;TR=145;WE=27915726;WS=27915708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	27919491	rs9668702	T	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=436;ReadPosRankSum=1.626;SC=GGAAAATAATTATTTTAGGGA;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=16;WE=27919499;WS=27919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr12	27950067	.	C	CAAA	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr12	28122893	rs6246	A	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1155;ReadPosRankSum=0.106;SC=TTTGCGAACCAGGCCCTTTCG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=110;TCR=132;TR=88;WE=28122901;WS=28122883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,91:0.37:248
chr12	28412395	rs202223182	AG	A	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	28457618	rs6487674	A	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=38;PP=1068;SC=ACTTCACTGAAGTTGCTGATG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=28457626;WS=28457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	28544464	rs3741760	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=650;SC=GAGAAAAAATGTGCTTATGTA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=28544472;WS=28544454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	28605370	rs144054230	G	GCAGT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AAATTATTATGCAGTCTTTCA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=2;WE=28605378;WS=28605360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	28605426	rs10771427	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=11;PP=586;SC=AAAAGAAGCAGTGAAGGATGC;SOR=1.292;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=28605434;WS=28605416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	28636830	rs1511551	G	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=5.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CTAACAGATCGCAAAAGATTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=12;WE=28636838;WS=28636820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr12	28637115	rs1511550	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=345;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ATCTCCTGAAGAGTTTTAATT;SOR=0.210;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=21;WE=28637123;WS=28637105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr12	28724216	rs6487691	T	C	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=45;PP=1995;SC=TACTACTGTATATCCTTCTTG;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=104;WE=28724224;WS=28724206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	28726042	rs6487692	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=755;SC=TAAAAAAAGGCTTTAGCACCG;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=28726050;WS=28726032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	29423460	rs2216854	G	A	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=65;PP=1988;SC=GCAAAGTGCTGATGGAGAAGC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=29423468;WS=29423450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	29423583	rs2194519	A	G	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=170;SC=TATGCCTTATAGGAAAGCGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=29423591;WS=29423573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	29444284	rs7972032	G	A	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=21;PP=1496;SC=TACTGAGCCAGGGTCTCTGAG;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=29444292;WS=29444274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	29446477	rs10679359	T	TA	942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=548;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATAGTTTCTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.542;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=28;WE=29446485;WS=29446467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr12	29462224	rs6487807	C	G	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=89;PP=2668;SC=TAACAAAATTCTTAGTGCTGG;SOR=1.438;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=50;TCR=89;TR=139;WE=29462232;WS=29462214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	29485449	rs10743656	G	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=21;PP=1280;SC=AAGGTCACTCGTCTATGTAGA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=29485457;WS=29485439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	29486745	rs1052583	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=70;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TAGCCATCGCTTTTTATCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=96;WE=29486753;WS=29486735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr12	29496224	rs3782511	G	A	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1821;ReadPosRankSum=0.075;SC=TCCTAAAAGGGAGGCAAAAGG;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=111;WE=29496232;WS=29496214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,118:0.60:198
chr12	29501906	rs3815843	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CCACTTAAAGATTATCTTTAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=29501914;WS=29501896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	29501941	rs3764952	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GACATTAAAAATGTATTAATA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=29501949;WS=29501931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	29502236	rs3764953	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	29509450	rs1035606	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=187;ReadPosRankSum=-1.651;SC=ACATTCAATACAGTTACCATT;SOR=0.384;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=14;WE=29509458;WS=29509440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	29520017	rs12831751	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr12	29521193	rs12831730	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr12	29524365	rs3214493	TA	T	2065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.767;NF=46;NR=9;PP=2036;ReadPosRankSum=-1.309;SC=AATTCATTGATAAATTCTTCC;SOR=0.462;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=100;TCF=80;TCR=20;TR=55;WE=29524373;WS=29524355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr12	29618273	rs10771537	G	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=18;PP=424;SC=GAGGAAAAGAGGTTTATGAAG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=29618281;WS=29618263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	29630081	rs7975356	G	A	9768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=205;NR=138;PP=2965;SC=ATGACACCTTGTGTTACTGGG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=205;TCR=138;TR=343;WE=29630089;WS=29630071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr12	29630475	rs186150682	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=530;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TACACGTTTGTTTTGTTTTCC;SOR=1.091;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=29;WE=29630483;WS=29630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr12	29639186	rs3847680	T	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1713;ReadPosRankSum=1.814;SC=CACATACCCTTTCCTCTCTGG;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=159;TCR=130;TR=123;WE=29639194;WS=29639176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,128:0.41:313
chr12	29642542	rs967182	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=464;ReadPosRankSum=-2.933;SC=GGCTGGTTTACACTTTTGTAC;SOR=0.535;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=37;WE=29642550;WS=29642532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr12	29642573	rs967181	A	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=411;ReadPosRankSum=1.351;SC=TCCATTCCCCAATCAGGGAAG;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=29;WE=29642581;WS=29642563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr12	29648275	rs10843438	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=757;ReadPosRankSum=-1.390;SC=ATATATTCACGGCTGTTGTAT;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=55;WE=29648283;WS=29648265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,56:0.31:178
chr12	29650361	rs10771544	A	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=506;SC=AATGCAAAAAATTTCAAAAAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=29650369;WS=29650351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	29650702	rs822879	C	T	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=83;PP=2389;SC=CGCCCTTTATCCCCTCCTGCG;SOR=3.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=15;TCR=83;TR=98;WE=29650710;WS=29650692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	29725237	rs16934474	C	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=108;SC=TTTCATGAACCTGTATTTGAA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=29725245;WS=29725227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	29736480	rs2113879	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=445;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TGCTCAGTCCATGCACAAAAA;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=34;WE=29736488;WS=29736470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr12	29736523	rs2288230	G	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AAACAGGGTGGAAGGAACGGG;SOR=1.038;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=12;WE=29736531;WS=29736513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	29736553	rs2113880	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GGGGTGCAATAGCTTCCCCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=29736561;WS=29736543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	29819036	rs80264597	A	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=24;PP=1321;ReadPosRankSum=0.739;SC=TTTTCCTTACAGTGCTTTAAC;SOR=1.240;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=78;WE=29819044;WS=29819015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,80:0.65:124
chr12	29819084	rs79437323	T	G	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,115:0.60:191
chr12	29921074	rs302316	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=395;SC=CACAAGGAACACAGACGGAAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=29921082;WS=29921064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	29936613	rs184221	T	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=33;PP=1176;SC=CGGCCGGCGCTAGCCCGCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=29936634;WS=29936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	29936626	rs654825	C	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=0.697;SC=CCCGCAGCCCCGCCGCCGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=29;WE=29936634;WS=29936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	30783743	rs2278558	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCACACTCCTCTTGTGAAATA;SOR=1.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=18;WE=30783751;WS=30783733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr12	30787228	rs10843797	C	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=79;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CCTCTGTGAACCCATTAATTA;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=164;TCF=38;TCR=126;TR=98;WE=30787236;WS=30787218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,102:0.61:168
chr12	30809492	rs7974489	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TCCAAAAATTGAAGTGATTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30809500;WS=30809482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	30814043	rs67741303	CTATTA	C	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=993;SC=TTAAATGCTACTATTATATCA;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=30814055;WS=30814033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	30814259	rs10771753	C	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=53;PP=1808;SC=CCCCGCTTTACAAAAGTTAGC;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=30814267;WS=30814249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	30815157	rs2118780	A	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=633;SC=AATGTTGTTAAGCAGCACATG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=30815165;WS=30815147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	30818081	rs10843807	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=339;SC=AGGTCAATTTATCCAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=30818089;WS=30818071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	30818406	rs10843808	T	G	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=147;SC=TATTACCTTATATCAGTTTGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=30818414;WS=30818396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	30822240	rs7955420	C	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=29.15;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	30823971	rs1054426	A	G	8550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=182;PP=2965;SC=ATGCTTGCTGAAGAACACGGG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=119;TCR=183;TR=301;WE=30823979;WS=30823961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr12	30827086	rs2289301	G	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=268;SC=AAATATAGTCGCTTATTCAAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=30827094;WS=30827076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	30841200	rs6487931	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GCAGACCAAACATTCAAATTT;SOR=2.400;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=18;WE=30841208;WS=30841190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	30841285	rs12809355	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
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chr12	30848675	rs12809335	C	T	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TTCCGCGACCCCTGGATTACC;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=134;TCR=172;TR=109;WE=30848683;WS=30848665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,118:0.37:316
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chr12	30868002	rs13656	C	T	6811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=129;PP=2965;SC=GTCTGGGAAACACATTCGTCT;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=115;TCR=130;TR=244;WE=30868010;WS=30867992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	30877391	rs7299800	G	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=385;ReadPosRankSum=0.857;SC=GACTCCTAAAGATATGATTTT;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=35;WE=30877399;WS=30877381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,42:0.33:126
chr12	30878859	rs7304879	G	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=647;SC=CCAGTCAGAAGCCCCATGAAT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=30878867;WS=30878849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	30879088	rs10843822	T	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TAGGAAACAGTTTATCACTAC;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=64;WE=30879096;WS=30879078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr12	30881809	rs2304630	T	C	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=TCGCTCTGCATGGAAGGTGTC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=199;WE=30881817;WS=30881799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	30888001	rs12146709	T	C	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=73;PP=2377;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CAAACCCCCTTTGAAGTCTTT;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=403;TCF=219;TCR=184;TR=164;WE=30888009;WS=30887991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,177:0.41:432
chr12	30893875	rs10771762	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=1.542;SC=ACACCATTACTAGACACTGAC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=33;WE=30893883;WS=30893865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr12	30948824	rs73082102	G	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=903;ReadPosRankSum=-0.479;SC=ACCCATCCTGGCTCCTCTCAG;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=61;WE=30948832;WS=30948814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr12	30948848	rs256653	G	C	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.724;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=959;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TCCTTCCCCTGCCCCCATTCC;SOR=0.412;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=62;WE=30948856;WS=30948838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,64:0.36:179
chr12	30949206	rs256654	A	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=888;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CATCCTCTCGATGGCCGCGCC;SOR=0.332;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=124;TCF=25;TCR=99;TR=58;WE=30949214;WS=30949196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr12	31117041	rs111666688	AGTGGGAGGGGCTGAGGCT	A	989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=0;NR=18;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CCAGCCCTGGAGTGGGAGGGG;SOR=0.843;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=18;WE=31117066;WS=31117031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr12	31131712	rs35097	T	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=56;PP=1680;SC=TCCCCCTACATATCTGCATCC;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=65;WE=31131720;WS=31131702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	31132479	rs35096	A	C	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=48;PP=2965;SC=GCTGATGGGGACTTCGCTCCT;SOR=1.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=158;WE=31132487;WS=31132469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	31135478	rs35089	T	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=64;PP=2082;SC=TCAAGTGCTGTGGAAGCAACA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=31135486;WS=31135468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	31135579	rs2075333	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ACAGTGGTGGTGCGCTGCGGC;SOR=0.537;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=44;WE=31135587;WS=31135569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr12	31135905	rs888473	A	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TCCTCTGGCCAGTCCTCAGCC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=31135913;WS=31135895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	31136256	rs35088	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=48;PP=1176;ReadPosRankSum=0.102;SC=CTGAATCCCACGGTCAGTCTC;SOR=0.245;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=99;TCF=21;TCR=78;TR=64;WE=31136264;WS=31136246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr12	31144735	rs61916754	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=17;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCTGAGGGCCGGCAGCTTCCA;SOR=0.398;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=148;TCF=116;TCR=32;TR=69;WE=31144743;WS=31144725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr12	31144884	rs35076	A	G	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=93;PP=2044;ReadPosRankSum=0.335;SC=CTGCCCCTCAAGACAACATGT;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=509;TCF=217;TCR=292;TR=158;WE=31144892;WS=31144874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,167:0.32:525
chr12	31237026	rs28559720	A	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.273;NF=48;NR=75;PP=1863;ReadPosRankSum=2.689;SC=AAGTGGGAGTACTGGAGGAAA;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=284;TCF=119;TCR=165;TR=123;WE=31237034;WS=31237016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,93:0.36:259
chr12	31237372	rs3930906	A	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.161;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.949;NF=22;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AGGTCCCGGGAGGGGATGCGG;SOR=0.013;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=25;WE=31237380;WS=31237362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr12	31237700	rs3881296	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-4.813;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.008;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr12	31238075	rs4931428	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.587;NF=4;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=1.031;SC=GACAGAGGCGGTAGCACTACC;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=11;WE=31238083;WS=31238065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr12	31242314	rs2005897	T	C	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-4.659;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,94:0.37:257
chr12	31242399	rs3881298	T	C	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.872;NF=80;NR=86;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.924;SC=ACGACCGCTGTGTGGACATGC;SOR=0.768;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=467;TCF=245;TCR=222;TR=166;WE=31242407;WS=31242389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,156:0.34:463
chr12	31242440	rs2075318	A	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.853;NF=50;NR=79;PP=1627;ReadPosRankSum=1.295;SC=CACTGGGACCATGGTGTAGCC;SOR=0.887;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=386;TCF=161;TCR=225;TR=129;WE=31242448;WS=31242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,119:0.31:380
chr12	31243131	rs2075319	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQRankSum=-0.302;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	31244846	rs1808348	C	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=943;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCTGCTGTGACGTAAAGGGAC;SOR=1.734;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=158;TCF=42;TCR=116;TR=56;WE=31244854;WS=31244836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,55:0.34:161
chr12	31244924	rs1808349	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GAGGGTGCACGAGTCAAGGCG;SOR=1.961;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=12;WE=31244932;WS=31244914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	31245741	rs2075321	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.002;NF=42;NR=7;PP=715;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CTTAGCCCTCAGCTGCTTGCT;SOR=0.450;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=112;TCF=101;TCR=11;TR=49;WE=31245749;WS=31245731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr12	31246371	rs10843882	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=780;ReadPosRankSum=0.194;SC=AAGGGTCGGCCGGGTGCGGTG;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=53;WE=31246379;WS=31246361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr12	31246438	rs7970074	T	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=10.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-0.736;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	31249708	rs71455622	C	T	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.122;NF=105;NR=71;PP=2421;ReadPosRankSum=1.941;SC=CAGGCAGAGCCGGCTGCACGC;SOR=0.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=457;TCF=265;TCR=192;TR=176;WE=31249716;WS=31249698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,169:0.37:459
chr12	31249861	rs2075322	C	G	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.723;NF=57;NR=84;PP=2082;ReadPosRankSum=0.339;SC=GATGCACATCCAAGGCTTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=367;TCF=157;TCR=210;TR=141;WE=31249869;WS=31249851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,143:0.37:388
chr12	31253995	rs1046456	C	T	4492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.777;NF=111;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=4.473;SC=TCCTGCCCCTCGTCATCTGCA;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=589;TCF=278;TCR=311;TR=221;WE=31254003;WS=31253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,226:0.37:607
chr12	31254642	rs7952861	T	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.218;NF=11;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=0.439;SC=CCAAGTCCTCTTCCTTGGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=12;WE=31254650;WS=31254632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr12	31254701	rs7966366	G	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.174;NF=18;NR=8;PP=323;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AGGTGAAGACGCGGTTTGTGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=26;WE=31254709;WS=31254691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr12	31254752	rs7966272	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-2.916;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,76:0.32:236
chr12	31255263	rs10771803	G	A	5459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.950;NF=150;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.694;SC=CGTCATGCTGGGCTTGGGTCT;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=663;TCF=371;TCR=292;TR=273;WE=31255271;WS=31255253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,277:0.41:683
chr12	31255739	rs138557642	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.981;NF=8;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGGTACAGAGTGGAGAGAGGC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=10;WE=31255747;WS=31255729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	31255772	rs58740356	A	AG	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.132;NF=7;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=0.725;SC=ACAGTCGGAGAGGCTGAGGGA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=10;WE=31255780;WS=31255762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr12	31256075	rs3825318	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.851;NF=4;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.018;SC=TGCCCCCTCCGGAAGCTTGGA;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=15;WE=31256083;WS=31256065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	31256417	rs139488871	T	C	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.093;NF=39;NR=20;PP=893;ReadPosRankSum=0.529;SC=CTGTTTCCTATATAAGTCTGA;SOR=0.463;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=109;TCR=49;TR=59;WE=31256425;WS=31256407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,61:0.37:165
chr12	31256517	rs140335402	C	T	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.473;NF=56;NR=42;PP=1297;ReadPosRankSum=-2.298;SC=GCAGGCAGGGCCATCAGGCAC;SOR=0.779;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=297;TCF=158;TCR=139;TR=98;WE=31256525;WS=31256507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,98:0.32:305
chr12	31256546	rs1046457	G	A	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-13.135;NF=59;NR=56;PP=1413;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TTTTGCCAGCGTAGTGCTCCT;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=310;TCF=150;TCR=160;TR=115;WE=31256554;WS=31256536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,109:0.35:314
chr12	31256905	rs1046458	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-9.018;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,16:0.18:90
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chr12	31264743	rs4930953	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-4.822;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
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chr12	31265925	rs2302850	C	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.834;NF=42;NR=21;PP=855;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CTTTTTCGTACTAATCGTAGA;SOR=1.058;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=168;TCF=104;TCR=64;TR=63;WE=31265933;WS=31265915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,62:0.35:175
chr12	31265983	rs1053534	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.933;NF=44;NR=37;PP=935;ReadPosRankSum=0.663;SC=GCTCTGCTCAGCAGAAAAAGT;SOR=0.753;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=215;TCF=111;TCR=104;TR=81;WE=31265991;WS=31265973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,83:0.37:224
chr12	31266042	rs2302853	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.678;NF=15;NR=25;PP=451;ReadPosRankSum=0.077;SC=ATTATAATTACATTGTAGCAG;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=40;WE=31266050;WS=31266032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,41:0.33:124
chr12	31267744	rs7968684	A	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.384;NF=14;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TGTCTTTGTGATGAAAGATTA;SOR=0.471;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=32;WE=31267752;WS=31267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr12	31269189	rs25559	C	CATCAT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-7.448;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,8:0.14:59
chr12	31270149	rs7316147	GC	CA	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-10.545;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,13:0.11:123
chr12	31270171	rs7301557	T	C	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=62;PP=1651;SC=GGATCCCCATTGCAGGGCGGG;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=92;WE=31270179;WS=31270161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	31282765	rs2536839	A	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.371;NF=29;NR=14;PP=647;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AATGAATACAAATTTTTTCAT;SOR=1.135;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=43;WE=31282773;WS=31282755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr12	31282784	rs35666624	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.796;NF=41;NR=25;PP=948;ReadPosRankSum=-3.524;SC=ATTCTCTCCAATGTCTTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=66;WE=31282792;WS=31282774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr12	31283446	rs140298932	T	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.047;NF=40;NR=32;PP=1145;ReadPosRankSum=0.273;SC=TCTCACCATATGCTTCCTTTC;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=72;WE=31283454;WS=31283436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,49:0.35:139
chr12	31285101	rs2933405	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=14;PP=1848;SC=TCTCTATTCTATTATTTTAAG;SOR=3.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=31285109;WS=31285091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	31285169	rs2287449	A	T	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=117;PP=2965;SC=ACAAAATTTGATCAACTTACC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=149;TCR=117;TR=266;WE=31285177;WS=31285159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	31286189	rs3844571	T	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=49;PP=1727;SC=CCAGCTCACTTAAGCATGGCT;SOR=1.165;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=83;WE=31286197;WS=31286179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	31288835	rs200865477	G	GA	1361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.24;QD=34.92;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	31288884	rs4931444	G	T	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=50;PP=2965;SC=ACAGAACAACGCACCTCTACA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=142;WE=31288892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	31297722	rs55758709	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.20;QD=30.56;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	31297871	rs12309295	G	C	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=116;PP=2965;SC=TCAGATTTCAGTAGAAGGACG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=129;TCR=116;TR=245;WE=31297879;WS=31297861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	31298506	rs139087089	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.911;NF=33;NR=57;PP=1298;ReadPosRankSum=0.763;SC=AAATAGGAGACGAAGAGATAC;SOR=0.984;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=66;TCR=108;TR=90;WE=31298514;WS=31298496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr12	31300754	rs116358569	T	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=65;PP=2965;SC=GACTGATGCATGATTTCTAAG;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=116;TCR=65;TR=181;WE=31300762;WS=31300744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	31300891	rs56144986	C	A	10188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=217;NR=164;PP=2965;SC=GAGTAATGCACAGTAACAACC;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=218;TCR=164;TR=381;WE=31300899;WS=31300881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr12	31359159	rs3065666	C	CAATGGTAA	2280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.16;NF=0;NR=33;PP=2530;SC=TCATACCAACCAATGGTAAGC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=33;WE=31359167;WS=31359149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	31359210	rs2164498	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=331;SC=CTCTTTGTGTAAAGACCCACA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=31359218;WS=31359200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	31539122	rs3741877	A	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=859;ReadPosRankSum=1.236;SC=TTTGCTTTTCAGCCACAACTG;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=71;WE=31539130;WS=31539112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,71:0.40:179
chr12	31539303	rs708200	G	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=0.597;SC=ACAACTTTTGGTCTTTCAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=31539311;WS=31539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	31542191	rs10843937	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=385;ReadPosRankSum=-0.870;SC=ATGATCTGGTATAACCTTTTC;SOR=0.243;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=60;TCR=4;TR=23;WE=31542199;WS=31542181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr12	31545103	rs708218	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=364;SC=AATATATATATCCTTATCACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=31545111;WS=31545093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	31545381	rs792874	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=75;PP=2660;SC=CTATGTCTAAAAAAAACACTA;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=31545389;WS=31545371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	31545682	rs7975761	A	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=944;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AATAAACCAAAGTACTATGGG;SOR=0.649;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=68;WE=31545690;WS=31545672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,79:0.33:239
chr12	31551350	rs1798769	C	T	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=43;PP=1430;SC=GACAGGGTTCCCGCTCAGCCC;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=31551358;WS=31551340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	31568221	rs793159	C	T	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=25;PP=1982;SC=CAGCCATAATCATTTGAGCAA;SOR=2.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=31568229;WS=31568211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	31577378	rs34764768	A	AT	1355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.904;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr12	31586007	rs2682695	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=592;ReadPosRankSum=1.015;SC=CATTAAGAATCTACACAATGA;SOR=1.262;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=34;WE=31586015;WS=31585997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr12	31600400	rs7976644	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=243;ReadPosRankSum=1.368;SC=TTTGTTGTACGTAAGGCCAGC;SOR=0.298;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=17;WE=31600408;WS=31600390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	31632449	rs3741878	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TCTAATAATATACCCCATGGA;SOR=0.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=25;WE=31632457;WS=31632439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr12	31633258	rs113784337	G	GT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.132;NF=0;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AATAAATGTTGTTTTTTTAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=31633266;WS=31633248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	31648723	rs4931506	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.315;NF=47;NR=27;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AAGAGTAAATGAGGGGAAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=74;WE=31648736;WS=31648713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,75:0.36:207
chr12	31648728	rs143241018	GA	G	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.910;NF=22;NR=29;PP=2156;ReadPosRankSum=0.161;SC=TAAATGAGGGGAAAAAAAACA;SOR=0.767;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=153;TCF=55;TCR=98;TR=51;WE=31648736;WS=31648713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,79:0.35:225
chr12	31648826	rs4930979	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.26;MQRankSum=3.107;NF=40;NR=51;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GAATGTTCTTCTCAAAGGACT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=91;WE=31648834;WS=31648816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,96:0.39:247
chr12	31648948	rs4931507	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GACTGATAATGTTGAGATCTG;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=31648956;WS=31648938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	31693975	rs34225458	T	TA	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.627;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr12	31814741	rs7959989	G	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=569;SC=CTCTTCCTCAGAATTCTCAGT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=31814749;WS=31814731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	31850220	rs2388926	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.701;SC=ATTGGTTATCCGCTAGGTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=8;WE=31850228;WS=31850210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	31908050	rs6488005	A	C	14401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=275;NR=242;PP=2965;SC=CCAAGCCCATAGATAGATCAG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=519;TCF=276;TCR=243;TR=517;WE=31908058;WS=31908040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr12	31944985	rs3759295	T	G	4557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.030;SC=CCTGTAGCGATGAGGCTTCAC;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=630;TCF=304;TCR=326;TR=231;WE=31944993;WS=31944975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,239:0.37:650
chr12	32134240	rs2388982	C	T	12107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=237;NR=177;PP=2965;SC=TTACCCAAAACGTATGGTTGA;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=414;TCF=237;TCR=177;TR=414;WE=32134248;WS=32134230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr12	32134638	rs2166807	T	C	11312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AGTCAGCTTCTAAATTCTGTA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=193;TCR=189;TR=380;WE=32134646;WS=32134628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,390:0.99:392
chr12	32134815	rs16919122	G	A	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CCTCAGAGTCGAGAAATGCTG;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=351;TCF=158;TCR=193;TR=219;WE=32134823;WS=32134805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,225:0.62:361
chr12	32134943	rs10771894	A	G	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1498;ReadPosRankSum=1.297;SC=GCCTTTTAACAGTCCCATTAG;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=97;WE=32134951;WS=32134933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,99:0.52:190
chr12	32135441	rs3759301	T	C	9022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=146;PP=2965;SC=AATGCCAGACTCATCTCATGA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=167;TCR=147;TR=313;WE=32135449;WS=32135431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr12	32138924	rs7302975	T	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=81;PP=2737;SC=GTGTCTACAATATTGTAAAGA;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=140;WE=32138932;WS=32138914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	32138974	rs35804480	CT	C	1959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1827;SC=CTCATGCTGTCTTGGGCTGCT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=32138982;WS=32138964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	32261435	rs1144715	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TGGGTAGCAAATAACCACTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=32261443;WS=32261428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	32446835	rs261877	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=444;SC=CCCATGAGGTGTTTTTATTAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=32446843;WS=32446825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	32446901	rs261878	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=14;PP=1762;SC=GAGAGTTATATATTGACTGTT;SOR=2.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=32446909;WS=32446891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	32459070	rs41521147	T	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=-2.435;SC=AGAACTTTGTTTAGGGCCGCT;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=39;WE=32459078;WS=32459060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr12	32481093	rs3748275	G	C	10031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.147;SC=GGCGGGGTGTGTCATCCCCGG;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=710;TCF=407;TCR=303;TR=426;WE=32481101;WS=32481083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,442:0.60:737
chr12	32481369	rs34447944	C	T	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1577;ReadPosRankSum=0.385;SC=GGGAGCTAGCCCCCATGATTG;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=267;TCF=109;TCR=158;TR=112;WE=32481377;WS=32481359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,118:0.43:273
chr12	32481577	rs3748276	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=0.114;SC=GAGTATCGTCAAGATGAGAGT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=32481585;WS=32481567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	32487644	rs10844188	T	A	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=73;PP=1769;ReadPosRankSum=1.301;SC=GTAGGTGGGGTAAAGGCTTTA;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=182;TCF=51;TCR=131;TR=103;WE=32487652;WS=32487633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,108:0.57:189
chr12	32490348	rs2388988	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=366;ReadPosRankSum=0.194;SC=TCTAAATTTCGGTCAAATTTA;SOR=0.201;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=18;WE=32490356;WS=32490338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr12	32490369	rs2388987	G	A	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.78;SOR=3.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	32490369	.	GCTTAAC	ACTTAAC,ACTTAAG	725	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=52,31;NR=7,4;PP=362,725;QD=6.72493580588;SC=TTACTTTTCAGCTTAACTCCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=59,35;WE=32490383;WS=32490359;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:59
chr12	32490375	rs4604975	C	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr12	32490764	rs2270786	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=916;ReadPosRankSum=-1.831;SC=TGCATGCAGCGATCTTCATAG;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=57;WE=32490772;WS=32490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr12	32490849	rs7309590	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr12	32490850	rs1057779	C	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.68;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	32491626	rs1471909	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=450;SC=TTAAATGCCAGTATAAATAAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=32491634;WS=32491616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	32491969	rs2291419	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-1.422;SC=AATAGACTCTCCCCTTCCTTC;SOR=0.358;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=32491977;WS=32491959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	32530257	rs7298381	G	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=581;SC=AGGGAAGAGTGCATATATCAT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=32530265;WS=32530256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	32530385	rs7298319	C	G	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=221;NR=134;PP=2965;SC=TTCTCAAAATCTATGCAAAAA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=221;TCR=135;TR=355;WE=32530393;WS=32530375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr12	32552769	rs2651369	C	G	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=95;PP=2965;SC=GGGTGGCGATCCGGCGGAAGT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=141;TCR=95;TR=236;WE=32552777;WS=32552759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	32639156	rs6488061	C	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GCAAAGTATACAATAGATGAG;SOR=1.113;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=12;WE=32639164;WS=32639146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr12	32735236	rs904582	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCACAACAGACAGCTGTGATG;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=94;WE=32735244;WS=32735226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,98:0.39:253
chr12	32755259	rs12823621	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=740;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CAGGTAATAGGACTGTTTTGT;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=50;WE=32755267;WS=32755249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr12	32764184	rs10844253	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=974;ReadPosRankSum=0.580;SC=TAGCTGCTCGGAACACTTCAG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=124;TCR=126;TR=77;WE=32764192;WS=32764174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,83:0.32:263
chr12	32777362	rs11052110	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TTAGTTCTGCGCAAGACAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=6;WE=32777370;WS=32777352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	32778039	rs7970584	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=0.120;SC=AACCTCTTTCATATCTTTGCA;SOR=0.138;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=24;WE=32778047;WS=32778029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	32854366	rs10844308	A	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=559;ReadPosRankSum=1.611;SC=GAAAGAGCTCAGTGCTAGAAA;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=42;WE=32854374;WS=32854356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
chr12	32854602	rs9737752	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=386;SC=CTGTAGCATAGTTAGAAGTCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=32854610;WS=32854592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr12	32859757	rs10844309	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGGTAACCAACAGGAAACCAA;SOR=0.243;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=10;WE=32859765;WS=32859747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	32860302	rs2272238	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr12	32863824	rs11052197	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=343;ReadPosRankSum=1.037;SC=TACTTCATAGTTCATTGAAAT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=22;WE=32863832;WS=32863814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr12	32866399	rs7971495	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	32866403	rs7958074	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	32871481	rs10844314	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=1.236;SC=AAGTGGGATTGTAGATGAGGG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=14;WE=32871489;WS=32871471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	32875406	rs10844318	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.774;SC=AGTTGAAAACAAGAATAAATG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=15;WE=32875414;WS=32875396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr12	32884187	rs138148657	AAAAAGCATTTTTCATG	A	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=2966;ReadPosRankSum=1.020;SC=ATTTGAAATTAAAAAGCATTT;SOR=0.368;Source=Platypus;TR=13;WE=32884210;WS=32884177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr12	32884741	rs144761384	A	AAAAAAAC	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=542;ReadPosRankSum=0.408;SC=ATGACTTAAAAAAAAAACAAA;SOR=0.743;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=13;WE=32884749;WS=32884731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr12	32890161	rs7302970	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.615;SC=CAGAATATTACTCAGTCCTAG;SOR=1.130;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=22;WE=32890169;WS=32890151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr12	32890678	rs59000311	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr12	32890685	rs2177704	C	T	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr12	32890912	rs4506737	T	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=49;PP=1588;SC=CTGCATGCCTTGTTCTCTGGT;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=32890920;WS=32890902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	32893426	rs148634653	C	T	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CATATTTTCTCATTGTCAGAA;SOR=0.524;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=172;TCF=56;TCR=116;TR=87;WE=32893434;WS=32893416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,90:0.50:179
chr12	32896365	rs1059422	GA	CT	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=1036;ReadPosRankSum=0.626;SC=GTAATACTGAGACTTTGTTGA;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=29;WE=32896374;WS=32896355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr12	32897557	rs11052213	G	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=235;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TGAGGCAGGAGAATTGCTTGA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=12;WE=32897565;WS=32897547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	32897586	rs10844336	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=0.902;SC=GGTGGAGGTTGTGGTGAGCTA;SOR=0.990;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=16;WE=32897594;WS=32897576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	32897647	.	C	CA	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.744;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr12	32908237	rs11539445	C	A	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=97;PP=2356;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GCGGAAGTGACCCCCCACTGC;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=464;TCF=228;TCR=236;TR=180;WE=32908245;WS=32908226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,186:0.39:472
chr12	32908518	rs11539444	G	A	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.201;SC=AATGAAACAGGCCCAGCAGCG;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=618;TCF=339;TCR=279;TR=238;WE=32908526;WS=32908508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,241:0.38:634
chr12	32955647	rs7975824	C	A	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=170;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=32955655;WS=32955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	32974245	rs10772008	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=1082;SC=GGTATGTCTACAATATCATTA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=32974253;WS=32974235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	33021934	rs1046116	A	G	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CCTGGATGGCAGCATGTGGTC;SOR=1.060;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=102;TCR=44;TR=80;WE=33021942;WS=33021924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,87:0.54:160
chr12	33049781	rs187291890	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	33529647	rs10844567	A	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=1.437;SC=AGTGCACATCAAGTTTGTTCA;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=11;WE=33529655;WS=33529637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr12	33535289	rs10844571	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=833;ReadPosRankSum=1.109;SC=CATACCTATCGTAATCCATGA;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=68;WE=33535297;WS=33535279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,72:0.36:200
chr12	33576990	rs7980799	A	C	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=100;PP=2965;SC=TGATTGATATAAAAGTTCTAG;SOR=2.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=125;WE=33576998;WS=33576980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	33578997	rs376170383	TCACACA	T,TCACACACA	683.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,12:0.47,0.40:30
chr12	33579034	rs10844595	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr12	33579297	rs11052695	C	G	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1399;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TCTGTGGAAGCGTAGTGATGT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=88;WE=33579305;WS=33579287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,92:0.42:217
chr12	33579408	rs10844596	A	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGACAACGACAGCTAACAGGC;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=77;TCR=120;TR=87;WE=33579416;WS=33579398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,90:0.43:210
chr12	33579459	rs11052696	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AAAAATGATTAATTAATATTG;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=38;WE=33579467;WS=33579449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr12	33592590	rs73313956	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GCGCCGCTGAGAGCCGGCAAC;SOR=1.131;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=18;WE=33592598;WS=33592580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr12	34175794	rs11831435	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TCACTCGTCCTGTTCCACCCC;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=21;WE=34175802;WS=34175784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr12	34176796	rs7308242	A	G	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.870;NF=61;NR=20;PP=1394;ReadPosRankSum=-0.553;SC=ACTTCTCAAAATTTCTGATTG;SOR=0.923;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=81;WE=34176804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,89:0.58:153
chr12	34179157	rs78273253	C	T	7232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.439;NF=173;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ATTCCATGTCCTTTAAAAACT;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TCR=257;TR=321;WE=34179165;WS=34179147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,325:0.56:582
chr12	34182460	rs113101586	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=768;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTACTATAATAGAGAACTAAA;SOR=0.934;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=47;WE=34182468;WS=34182450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr12	38711020	rs11183276	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.569;SC=TGTTCCTGTCTCTGAGATCTG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=38711028;WS=38711010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	38712142	rs6582584	C	G	14907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=274;NR=275;PP=2965;SC=TGGATCTTTGCATGGTCTGAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=550;TCF=274;TCR=276;TR=549;WE=38712150;WS=38712132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr12	38714351	rs140475027	T	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-1.110;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,151:0.25:594
chr12	38715000	rs35518352	A	G	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.584;NF=20;NR=81;PP=2074;ReadPosRankSum=-1.250;SC=AGGACATTCAAAGGTTTATGT;SOR=1.306;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=128;TCF=29;TCR=99;TR=101;WE=38715008;WS=38714990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,103:0.77:134
chr12	38717678	rs6582607	T	C	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.038;NF=66;NR=33;PP=1708;ReadPosRankSum=0.441;SC=AAGTAACTTTTTGTCTGATAA;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=99;WE=38717686;WS=38717668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,102:0.67:152
chr12	39087687	rs826877	A	C	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=59;PP=1741;ReadPosRankSum=-0.820;SC=AGGGTAAATAAATTTAACAAA;SOR=1.090;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=79;WE=39087695;WS=39087677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr12	39117384	rs844115	C	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=1.897;SC=GTTAAAGTTACAATTTGCCCC;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=7;WE=39117392;WS=39117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	39124173	rs5797589	G	GA	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=757;SC=AAAATTAAAGGAAAAAAGTAC;SOR=1.493;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=23;WE=39124181;WS=39124163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	39154733	rs862332	T	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr12	39156128	rs114254112	T	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCAGTTCCGCTGTTGCTGCTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=39156136;WS=39156118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	39751120	rs61740919	C	A	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=99;PP=2965;SC=ATGCATCAACCGTCTCTTGCA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=122;TCR=99;TR=221;WE=39751128;WS=39751110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	39764105	rs35519089	C	CA	236	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5749;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.787;NF=0;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAATAAATGGCAAAAAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=39764113;WS=39764095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	40037727	rs10735878	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.19;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr12	40077028	rs10047563	A	G	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	40442111	rs10878036	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=279;SC=CATATATGGGCTTGGTTTTCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=40442119;WS=40442101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40499132	rs186341127	G	A	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1960;ReadPosRankSum=-1.038;SC=CGCGGAGCCGGCGGTGAAGAG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=100;WE=40499140;WS=40499122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr12	40619082	rs2256408	G	A	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=61;PP=1835;SC=TACTCCGAGCGCGGTAATCAC;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=40619090;WS=40619072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	40619301	rs2723273	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=6;PP=679;SC=CTAAAAAGGAGAGGGGGTGCT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=40619309;WS=40619291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	40619542	rs2256286	A	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=1006;SC=GGTTATTCCCAAAATTTGGCT;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=40619550;WS=40619532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	40626230	rs1352879	T	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=66;PP=2108;SC=GAGTATTTATTTGTACACATG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=108;WE=40626238;WS=40626220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	40626285	rs1352878	C	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=33;PP=931;SC=AAGGCTACTCCTGTGGAATTC;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=40626293;WS=40626275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	40631791	rs10878245	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=590;SC=CTTGCTGATATTGGATGAAGA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=40631799;WS=40631781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	40634500	.	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	40645257	rs7955902	C	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=853;SC=TTTTTTCTCCCCTAATCCAGG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=40645265;WS=40645247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	40657537	rs10784461	A	G	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	40657771	rs10784462	C	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=17;PP=546;SC=GAACTAGGGGCGCTTTTTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=40657779;WS=40657761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40681142	rs138343113	C	CT	1995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1879;SC=TGGTGTATCTCTTATTTTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=45;WE=40681150;WS=40681132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	40692434	.	C	T	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=219;SC=ATTAGCCCAGCGTGGTGGTGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=40692442;WS=40692424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40699593	rs4640000	C	G	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=82;PP=2760;SC=TAAGATTCCTCCTGAGATTGG;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=159;WE=40699601;WS=40699583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	40702846	rs7305344	A	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=290;SC=ATTTTTTTTTAAAAAAGGATT;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=40702854;WS=40702836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40703087	rs10650388	C	CGT	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=664;ReadPosRankSum=2.102;SC=TGTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=2.448;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=40703095;WS=40703077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	40708922	rs1427266	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=543;SC=TCTTCACCTGCAAAATGAGGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=40708930;WS=40708912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40709185	rs721713	A	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=70;PP=2246;SC=GCATTTTAGAATTTGGGTTTA;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=114;WE=40709193;WS=40709175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	40713759	rs1896252	T	C	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=144;SC=AAAATAAATTTTAGTGATTAT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=40713767;WS=40713749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	40713834	rs1427263	C	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=255;SC=ACCCTAAGGGCATTATTTCGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=40713842;WS=40713824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	40713873	rs11176013	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=8;PP=242;SC=TTCTTTCAAAAAAAAGGAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=40713881;WS=40713863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	40713901	rs11564148	T	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=304;SC=GAACTACATGTCACAGTATTT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=40713909;WS=40713891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	40714785	rs10878368	A	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=46;PP=2113;SC=TTGCTCAACAAGGTTGGGTGT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=125;WE=40714793;WS=40714775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	40715013	rs7307276	T	A	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=192;SC=TGAAGACTTATTAGATTTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40715021;WS=40715003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40716015	rs7137665	C	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=24;PP=1174;SC=TTTTCAATTGCAACACTAAAG;SOR=1.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=57;WE=40716023;WS=40716005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	40716260	rs10878371	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=65;PP=1587;SC=TTAATGATGGTGAAGAACATC;SOR=2.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=90;WE=40716268;WS=40716250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	40742254	rs10878405	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=382;SC=CTATGGTTGAGAAATTAATTA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=40742262;WS=40742244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	40753303	rs3789330	A	G	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=97;SC=TTTTTTCCTTATAATCATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=40753311;WS=40753293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	40757114	rs10626458	A	ACATG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=488;SC=TAGTGTTTTTACATTAAGAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=40757122;WS=40757104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40757186	rs11317573	AT	A	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.311;NF=27;NR=13;PP=722;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ATGACTTTCTATTTTTTTTTC;SOR=1.276;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=40;WE=40757195;WS=40757176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr12	40758652	rs3761863	T	C	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=40;PP=2376;SC=AGGGAGGTAATGGTAAAAGAA;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=91;TCR=40;TR=131;WE=40758660;WS=40758642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	40758836	.	G	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=71;PP=2245;SC=TCAGAGTCATGATGACAGCAC;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=40758844;WS=40758826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	40761007	rs3789328	A	G	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=183;SC=TTGGTAGTTTATAGTGTAAAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40761015;WS=40760997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40761358	rs4768238	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	40787385	rs7968721	C	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=346;SC=TCTGTAGATCCAACATTTTTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=40787393;WS=40787375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	40793993	rs1820544	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=171;SC=AAAATATAATCTCTCTTATTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=40794001;WS=40793983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40799969	rs10784595	C	T	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=42.85;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	40799975	rs10784596	G	C	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=45.55;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	40802150	rs1019709	G	A	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=57;PP=1924;SC=GGATGCTGGAGGTTCAAAGTC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=40802158;WS=40802140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	40808832	rs994798	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=33;PP=1297;SC=AGTGACAATTATTTTATATTC;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=40808840;WS=40808822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	40812123	rs10878551	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TGCTACTTCTCTTTGGATACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=40812131;WS=40812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	40815548	rs6581732	T	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=109;SC=GATAGAATTGTATTTGAGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=40815556;WS=40815538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	40820208	rs11176575	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=5;PP=783;SC=TTATTTTGTAGCACTGTAACA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=40820216;WS=40820198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	40821176	rs7955308	G	A	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=50;PP=2965;SC=ATTTCTCCAGGAACACAAAGA;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=112;TCR=50;TR=161;WE=40821184;WS=40821166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	40821867	rs7958987	G	A	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=77;PP=2586;SC=GCCAGGAGAAGTCCGAGAAGG;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=148;WE=40821875;WS=40821857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	40822012	rs7960062	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=213;SC=AAATAAAAAGCAATCTCACTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=40822020;WS=40822002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	40827479	rs2162470	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=929;SC=TTCACTTGGGTGAAGAACTGA;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=40827487;WS=40827469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	40830583	rs11564168	T	C	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=66;PP=1989;SC=TACTTCCTTCTCAGTTTCGCT;SOR=1.386;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=103;WE=40830591;WS=40830573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	40830599	rs201817965	CGTGTGT	C,CGT	2315.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.4507,0.5493;FS=6.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.404;NF=2,2;NR=42,42;PP=5,1713;ReadPosRankSum=1.672;SC=TCGCTATAGTCGTGTGTGTGT;SOR=2.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=44,44;WE=40830614;WS=40830589;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:58
chr12	40832126	rs10878584	C	T	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=83;PP=2723;SC=GTTACATAAACGACGAGGTCA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=40832134;WS=40832116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	40832161	rs11176635	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=63;PP=2032;SC=CTCATCCATATTGATGACAAT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=40832169;WS=40832151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	40834376	rs10878592	C	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=858;SC=TTATTTCCAGCGTCTGTCGGG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=40834384;WS=40834366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	40834955	rs10784618	C	A	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=87;PP=2922;SC=ACTGTCCATGCTCTTTTGGTG;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=167;WE=40834963;WS=40834945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	40835596	rs4768263	T	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=495;SC=ATTATTTTGTTCTTCTTTACA;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=40835604;WS=40835586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	40835734	rs7966110	C	G	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=86;PP=2965;SC=TCTGCCACATCTATGGGGAAG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=176;WE=40835742;WS=40835724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	40838146	rs10784620	A	T	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=95;PP=2965;SC=GCAGTGACTTACACAGGGTTT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=183;WE=40838154;WS=40838136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	40838216	rs10784621	T	C	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=74;PP=2347;SC=TACCATGATGTGTGCATTGAA;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=138;WE=40838224;WS=40838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	40839467	rs7972395	A	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=64;PP=1909;SC=CTTTAAGAATATGCATAAAGT;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=40839475;WS=40839457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	40839521	rs1346307	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=729;SC=TTGTTTCTCCTAATTTCGTGT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=40839529;WS=40839511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	40840325	rs10878597	T	C	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=102;PP=2965;SC=TGCTCCTTACTTGGATGAGAA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=122;TCR=102;TR=224;WE=40840333;WS=40840315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	40841781	rs1820547	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	40841938	rs11176682	G	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=10;PP=514;SC=AAAAATTCCTGTCAATAACAG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=40841946;WS=40841928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	40844667	rs10784623	A	C	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=26;SC=CGGACCATCCAAACAGTTTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=40844675;WS=40844657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	40852398	rs1035811	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	40854126	.	G	GTGATCTTCCCACCTGT	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=76.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=6.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,34:0.16:215
chr12	40854128	.	C	CCTCCCAAAGTGCTAGAGACA	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.299;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=47.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.125;SOR=5.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,21:0.10:204
chr12	40857126	rs144249723	TAAGTA	T	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=382;SC=ATAACGAGATTAAGTAAAGAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=40857138;WS=40857116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	40857214	rs10878623	T	C	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=30;PP=1553;SC=TATCCATATATATTAAGCACC;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=40857222;WS=40857204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	40857943	rs2933353	A	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=29;PP=1627;SC=GTATCTGGAGAAACCCCTGCA;SOR=1.218;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=82;WE=40857951;WS=40857933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	40858122	rs12228358	G	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=34;PP=1341;SC=GCTGAGGAAAGTTGGAGGGAT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=40858130;WS=40858112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	40858454	rs1492332	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=295;SC=GTAGTAATCGGCCATGCAGAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=40858462;WS=40858444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40859036	rs2131202	C	T	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=65;PP=2382;SC=GATGTCATTCCGAGGCTGTGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=40859044;WS=40859026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	40859551	rs2131203	T	A	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=106;SC=CATTGTAACCTTTTATGTAGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=40859559;WS=40859541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	40868767	rs1444222	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AAGTGTCAGAACAAAGGGAAA;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=72;WE=40868775;WS=40868757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr12	40894745	rs111256342	A	ACTGAGAATAC	2076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=10;PP=2957;SC=TGTCCTCCTGACAGGAAGATT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=22;WE=40894753;WS=40894735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	40894964	rs719228	G	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.22;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	40894964	.	GGGT	TGGC,TGGT	646	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8,30;NR=13,44;PP=200,646;QD=12.069898803;SC=GCTACGACTGGGGTGGCTCCT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=21,74;WE=40894975;WS=40894954;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:74
chr12	40894967	.	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr12	40895026	rs719227	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=652;SC=TGCAGGTTGGCAGGGAAGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=40895034;WS=40895016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	40911882	rs7300780	G	A	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=143;PP=2965;SC=GAGTGGCACTGCTGGAACTGA;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=97;TCR=143;TR=239;WE=40911890;WS=40911872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	40920110	rs2933351	T	C	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=34;PP=1816;SC=CGGGGCCACCTGAGCAGGATT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=94;WE=40920118;WS=40920100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	40924191	rs12813020	T	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=17;PP=1097;SC=GCCTGGGTGATCCTACCATAC;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=40924199;WS=40924181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	40925908	rs7139187	A	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=47;PP=1905;SC=AAGGGAATGCATCTTATTTAA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=40925916;WS=40925898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	40930709	rs7971316	G	C	7958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=125;PP=2965;SC=CTTCCCTACTGTATTTGTTCC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=148;TCR=125;TR=273;WE=40930717;WS=40930699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr12	40933367	rs17128443	G	A	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=26;PP=1254;SC=AAGACAGGTAGATTTCAGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=40933375;WS=40933357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	40944497	.	A	AGGAGAGGGAAGAAAATTGGTGATACTAGTATTGTCAATTACCATTATAAGATATT	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.123;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=91.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.531;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,32:0.12:268
chr12	40952895	rs11613339	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=9;PP=962;SC=TTGTGTGTCTGTAATTCACAA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=40952903;WS=40952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	40952934	rs1352938	A	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TGCAGCACTGACCCAGAAAGT;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=79;WE=40952942;WS=40952924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr12	40955544	rs17128462	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=267;SC=TGCCATTTTTTATTCTGTGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=40955552;WS=40955534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	41303825	rs2304819	A	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	41312365	rs10879356	A	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=281;SC=TTTTCAAGTAATTTTTTTTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=41312373;WS=41312355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	41330531	rs2289522	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=785;SC=CTGGAGATTATGATGGATCTT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=41330539;WS=41330521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	41331612	rs1442193	T	C	114.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=57;SC=ATGTTGGTTGTTTACTGATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41331620;WS=41331602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	41337435	rs1056019	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=29;PP=1221;SC=TGGAAATCAACAACATTACAA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=41337443;WS=41337425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	41338039	rs117742571	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=334;SC=TGAAAGTTCTATTACTATAAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=41338047;WS=41338029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	41582590	rs10879830	G	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=967;SC=CTGCCCGCCGGCTCCGCAGCC;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	41582603	rs10879831	G	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=538;SC=CCGCAGCCGCGGGGGCTGCGC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	41588124	rs3847980	A	G	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=106;SC=AGGCATTATCATTTTTACTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=41588132;WS=41588114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	41946315	.	TA	T	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=27;QD=16.5;SC=ATAATATTGGTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=41946323;WS=41946310;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	41946453	rs285585	T	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=15;PP=1055;SC=GTGTTGTTCTTTCAGGAGGTC;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=41946461;WS=41946443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr12	42538386	.	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-2.615;QD=18.19;ReadPosRankSum=-3.062;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	42538395	.	C	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-3.001;QD=13.26;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	42538406	.	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-2.876;QD=12.42;ReadPosRankSum=-2.359;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	42538412	.	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-3.416;QD=13.24;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr12	42538415	.	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-3.582;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.845;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr12	42538423	.	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-3.785;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr12	42538428	.	G	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-3.144;QD=3.30;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr12	42629550	rs7960176	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	42629601	rs73114498	A	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=23;PP=993;SC=GTGGGCCTCAAGCCTCTTTTA;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=42629609;WS=42629591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	42717811	rs17091074	A	T	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=95;PP=2965;SC=ACTCGATAAGATTTACTTACC;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=241;WE=42717819;WS=42717801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	42717961	rs3747557	G	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=57;PP=1071;ReadPosRankSum=0.496;SC=TTCTTTTTTTGTTGTTTGAGA;SOR=0.793;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=70;WE=42717969;WS=42717943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr12	42729891	rs7296357	T	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=46;PP=1291;SC=ACCAGTGTAGTTTACAAAAGA;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=42729899;WS=42729881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	42778922	rs1669906	G	A	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=48;PP=1335;SC=ACCACAGTTAGCAGTAGACCT;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=42778930;WS=42778912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	42781149	rs2305423	T	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=118;SC=AATGAAAAGTTTTAGTACTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=42781157;WS=42781139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	42839836	rs1669885	A	C	10402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr12	42853058	rs68074167	GT	G	1055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=19;WE=42853066;WS=42853048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr12	42853084	rs12658	C	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.86;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr12	42853213	rs17091220	C	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=35;PP=1226;SC=ACTATCAAGACCTGAGCCGAC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=42853221;WS=42853203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	42853520	rs1043652	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=144;SC=AGCACTTTAAACTATTTTCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=42853528;WS=42853510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	42854205	rs3747562	A	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=38;PP=2171;SC=TGACATCATCAGAAAACTTGA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=113;WE=42854213;WS=42854195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	42862750	rs2708062	T	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=247;SC=TGCTACCTCTTTTAGTGATTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=42862758;WS=42862740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	42863516	rs67128387	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1052;SC=ACACCCCCACGATTTTAAAAT;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=42863524;WS=42863506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	43769718	rs7972295	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=571;SC=AACAACATCTAGTTTAGGTCC;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=43769726;WS=43769708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	43817445	rs6582463	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=447;SC=AACAGAGACACAGTAAGCAGA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=43817453;WS=43817435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	43819298	rs10785430	G	A	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=97;PP=2965;SC=CATGTTAACAGACAAGAGTGC;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=147;TCR=98;TR=244;WE=43819306;WS=43819288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	43823316	rs12308771	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=632;SC=CATCAAAATACCTGAGAATAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=43823324;WS=43823306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	43824042	rs10880489	G	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=569;SC=ACATACACGTGTTTAAGGCAT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=43824050;WS=43824032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	43824316	rs11182071	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=45;PP=1363;SC=TTGTTTCCCAAAAGTTACACA;SOR=3.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=43824324;WS=43824306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	43837769	rs139933650	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=436;SC=TGAAAAATTCGAATAGCATAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=43837777;WS=43837759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	43846272	rs7307955	C	T	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=34;PP=2203;SC=TGTGTTCTTACGTCTCAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=43846280;WS=43846262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	43847941	rs6582464	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=411;SC=TAAAGATCAACAGAAGAACAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=43847949;WS=43847931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	43860526	rs11182088	A	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	43886199	rs71091159	G	GAAAAA	445.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.15;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=2.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr12	43945603	rs275602	A	C	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=37;PP=2632;SC=GCCCCCACTTAGCCGCTGAAG;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=129;WE=43945611;WS=43945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	44338153	rs6582491	T	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=33;PP=960;SC=GGGGTAGGTTTTCTTTCCCCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=44338161;WS=44338143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	44926334	rs2270479	T	A	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	45170006	rs4768572	T	C	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=53;PP=1744;SC=ACTCCGCAGGTATCTTTTTTT;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=45170014;WS=45169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	45173571	rs1123078	C	A	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=39;PP=1757;SC=AAAGAAGGAACGTGAGTAGAC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=45173579;WS=45173561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	45173858	rs1122352	T	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=40;PP=1169;SC=TCAAAAACGATTGAAGTGATC;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=45173866;WS=45173848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	45173884	rs1122351	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=823;SC=CTACGGGATGGAATAGATGTA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=45173892;WS=45173874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	45269284	rs7295923	C	T	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=49;PP=1705;SC=CCGCCGAGAGCCTTACCTGAG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=45269292;WS=45269274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	45269703	rs2272517	A	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=38;PP=1284;SC=TAAAAATAAAAATCGAAGAGG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=45269711;WS=45269693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	45410075	rs1224442	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=118;PP=2965;SC=CCATTCAGACAGCCCCAGTAA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=242;WE=45410083;WS=45410065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	45417666	rs2731038	T	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=44;PP=1219;SC=AGAGGCAGCATGCTCTCTTCT;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=71;WE=45417674;WS=45417656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	45444238	rs11182810	T	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=605;SC=CCGCCGGCGCTCCCAGATCCC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=45444246;WS=45444228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	45444264	rs11182811	G	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=711;SC=CACCCGGCCTGGGGGCGCGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=45444272;WS=45444254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	45664213	rs10748415	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=9;PP=883;SC=ATATTGGCCTGTTGTATTTAT;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=45664221;WS=45664203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	45695735	rs4140756	C	A	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=18;PP=1782;SC=TTTAAAAGTACAGAACTACGT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=83;WE=45695743;WS=45695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	46287170	rs138252675	TTC	T	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,36:0.14:258
chr12	46321514	rs7315731	A	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=20;PP=1151;SC=AATATTATTGAAATCTTCATT;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=46321522;WS=46321504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	46367903	rs10880879	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=13;PP=792;SC=TATGTTTATATTATACTGTAG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=46367911;WS=46367893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	46367939	rs11183268	G	T	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=27;PP=1246;SC=ACAGCATTATGTCTAAAAACT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=46367947;WS=46367929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr12	47158995	rs12582305	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=2.128;SC=TTGAAAAAAAGGTAGTGAACT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=47159003;WS=47158994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	47159123	rs4768756	A	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=56;PP=2082;SC=ATACTTTTACAGAGAACCACT;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=137;WE=47159131;WS=47159113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	47159196	rs2430921	A	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=784;ReadPosRankSum=-1.588;SC=ACTGAACTAAATCCTATTTTA;SOR=0.419;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=58;WE=47159204;WS=47159186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr12	47162211	rs2465583	C	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1327;ReadPosRankSum=0.157;SC=AAACACAGGGCAAGGTCAATG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=96;WE=47162219;WS=47162201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,96:0.46:210
chr12	47162889	rs2465582	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=386;ReadPosRankSum=1.148;SC=GTGGCTCCCAATGTCAGTTAG;SOR=2.867;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=17;WE=47162897;WS=47162887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	47162938	rs2216433	T	G	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=16;PP=2203;SC=CCAGAGCCTCTCAGGGATAAA;SOR=3.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=90;TCR=16;TR=106;WE=47162946;WS=47162928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	47163306	rs180403	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr12	47168898	rs180414	G	A	9725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.469;SC=CCATGAGAAGGGGGATGTCTA;SOR=0.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=167;TCR=171;TR=337;WE=47168906;WS=47168888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
chr12	47170621	rs12316767	C	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=11;PP=915;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AAAATCATACCTACCCAGGTC;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=140;TCF=107;TCR=33;TR=57;WE=47170629;WS=47170611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr12	47170887	rs180419	C	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=525;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTATATTGCTCATCATGAAGA;SOR=1.142;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=25;WE=47170895;WS=47170877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	47170910	rs2430922	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TATTTAGTACATAAACTTATA;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=47170918;WS=47170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	47173662	rs180426	A	G	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2331;ReadPosRankSum=1.105;SC=GTGAGAGACAAGGATATTAGA;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=179;TCR=154;TR=164;WE=47173670;WS=47173652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,167:0.49:342
chr12	47173830	rs2287471	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGGAAAATGTGACAGCTTAAT;SOR=0.308;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=43;WE=47173838;WS=47173820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr12	47178307	rs180430	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1056;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GGATCCATTGAAAAGTATATC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=66;WE=47178315;WS=47178297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr12	47581629	rs832733	T	C	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=33;PP=1661;SC=CATTTCCACCTAGACGGGCCT;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=47581637;WS=47581619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	48110325	rs1235153	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=593;SC=CCCCAAACACAGGGCAGCGAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=48110333;WS=48110315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	48119049	rs7967546	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=471;SC=CTTGTCCCACGGCCCTGCCCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=48119057;WS=48119039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	48132451	rs2072116	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=30;PP=1654;SC=TAGTAGTGAATGCCTGCTCTC;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=93;WE=48132459;WS=48132441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	48134300	rs12828238	G	A	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=51;PP=1898;SC=GAAGGCAGAGGCTCCAGGGGA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=48134308;WS=48134290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	48134381	rs35703007	CG	C	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=57;PP=2947;SC=AAAAGGTAGCCGGGGGGACTC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=93;WE=48134389;WS=48134371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	48134634	rs11168219	C	T	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=77;PP=2965;SC=GAGAGGTCAGCGAGTGCTGAG;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=123;TCR=77;TR=200;WE=48134642;WS=48134624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	48134695	rs2074533	T	C	8467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.479;SC=CTGCCTCCCATACCTGGTGGA;SOR=0.239;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=158;TCR=144;TR=300;WE=48134703;WS=48134685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr12	48142343	rs12424297	T	C	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=48;PP=1874;SC=AAATGGCCAATCTTTGGCACT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=48142351;WS=48142333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	48142418	rs757281	C	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=35;PP=1165;SC=CATTTTTCTCCATTAGCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=48142426;WS=48142408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	48142636	rs12422983	C	T	5851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=CGGGAAGGGCCGGCGCCCTGA;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=124;TCR=76;TR=200;WE=48142644;WS=48142626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	48143095	rs149061709	G	GCTCTGGT	7857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=31;PP=2971;SC=CAGGCCCTCTGCTCTGGTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=75;WE=48143103;WS=48143085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	48143360	rs757280	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	48143978	rs12423645	C	T	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=24;PP=1528;SC=GACAGGGCAGCGCCGGGGGCA;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=48143986;WS=48143968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	48144243	rs757279	A	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=25;PP=808;SC=CACACTGTGAACTGTGGGCCC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=48144251;WS=48144233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	48144925	rs2016123	T	C	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=89;PP=2965;SC=TCATGAGTTCTCACGGGCTCG;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=175;WE=48144933;WS=48144915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	48145104	rs1018939	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=702;SC=AGTAGTGCCTGCTTCCCAGGA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=48145112;WS=48145096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	48145153	rs757287	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=10;PP=1201;SC=AGCCCAGCCCGGGGCACCCCA;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=48145161;WS=48145143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	48145171	rs757286	C	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=22;PP=1509;SC=CCACCCTGGGCTCGGGCTCAC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=48145179;WS=48145161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	48151822	rs11168230	C	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=43;PP=1405;SC=TCCTCCACAGCCAGGCCCACC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=48151830;WS=48151812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	48164758	rs2544025	G	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=55;PP=1715;SC=ATGCACTCCGGACCACGGGGC;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=62;WE=48164766;WS=48164748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	48259126	rs12717991	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=831;SC=GGGCACCAAACGATTCCTACT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=48259134;WS=48259116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	48272743	rs10783218	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=58;PP=2685;SC=CCTGGGAGGAGGGCTCACCTG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=141;WE=48272751;WS=48272733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	48295083	rs12721409	C	T	9602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=149;PP=2965;SC=CCACCCTTTGCATCTGGACCA;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=183;TCR=150;TR=332;WE=48295091;WS=48295073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr12	48358279	rs11609253	C	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=764;SC=GCCCAGACAACTTTTCTTCTA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=48358287;WS=48358269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	48360441	rs199816978	A	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=59;PP=2309;SC=TTGGCCACAGACCAACTCTGG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=119;WE=48360449;WS=48360431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	48360620	rs2286024	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=664;SC=TCAGCTTTTGACTTATAGGTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=48360628;WS=48360610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	48371595	rs1793949	G	A	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=61;PP=2050;SC=TCCTCCTTCCGGAAGCAGCCC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=48371603;WS=48371585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	48373718	rs11443755	A	AC	2048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=10;PP=1713;SC=ATCCCAGAACACCCCCGCCAT;SOR=2.566;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=46;WE=48373726;WS=48373708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	48374513	rs1635554	A	G	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=53;PP=2025;SC=CCAGAAGAGCAGGAGACTCTG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=48374521;WS=48374503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	48374826	rs2276458	T	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=348;SC=CAAGAGCCCCTTGGGCCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=48374834;WS=48374816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	48375475	rs1793937	C	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=76;NR=39;PP=2332;SC=TGAGGGAGGACAAGACAGAAC;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=48375483;WS=48375465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	48375568	rs1635553	A	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=79;PP=2635;SC=CCTTCTCGCCATTAGCACCAG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=146;WE=48375576;WS=48375558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	48375965	rs2276457	C	T	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.70;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	48375975	rs2276456	A	G	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	48376137	rs2276455	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=12;PP=1092;SC=AAAAGGCAGGGAGCTTTGGAA;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=48376145;WS=48376127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	48376291	rs2276454	G	A	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=77;PP=2591;SC=TTACCCTGTCGCCTTTGGGCC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=48376299;WS=48376281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	48376443	rs3842680	A	AC	1888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.25;NF=17;NR=12;PP=1168;SC=CTCTCCCTGAACCCATGTTCA;SOR=1.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=29;WE=48376455;WS=48376433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	48376447	rs3829737	A	G	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=12;PP=760;SC=CCCTGAACCCATGTTCATGGA;SOR=1.662;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=35;WE=48376455;WS=48376433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	48376503	rs3829736	C	T	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=41;PP=2783;SC=CCCTTCCTCCCATGTAGACCT;SOR=1.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=94;TCR=41;TR=135;WE=48376511;WS=48376493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	48376530	rs11168337	C	A	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=137;NR=81;PP=2965;SC=CAGCTCCCCCCACTTCTGTTC;SOR=1.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=140;TCR=81;TR=218;WE=48376538;WS=48376520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	48377970	rs1635550	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=49;PP=1661;SC=TTTTCTTCCCACTTGCAGTCC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=48377978;WS=48377960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	48379810	rs3829734	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=670;SC=CCAGGCTCCAGTGGGTCCATC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=48379818;WS=48379800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	48379961	rs1635547	A	C	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.18;SOR=2.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	48379964	rs1635546	A	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.41;SOR=2.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	48380031	rs1635544	A	G	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=AAAAGTCACGAGACTTGACCA;SOR=1.081;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=190;WE=48380039;WS=48380021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	48380682	rs10875714	G	A	8538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=157;PP=2965;SC=CTTGAAAAGAGAGGCAGGTCC;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=134;TCR=157;TR=291;WE=48380690;WS=48380672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	48383235	rs1635537	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=839;SC=TCCCCAGGAAACTTTGCCTGG;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=48383243;WS=48383225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	48386553	rs1635534	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=14;PP=1437;SC=TTAAGGGATAACAATACTCCC;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=48386561;WS=48386543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	48386577	rs1793915	G	T	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=32;PP=2147;SC=GCCTCACAGGGTTGTTTCGAG;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=112;WE=48386585;WS=48386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	48387052	rs1793912	A	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	48387057	rs1793911	G	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	48388995	rs3216168	TC	T	2094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=13;PP=2004;SC=CCAGGCCCTTTCAAAGGAGGC;SOR=2.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=48389003;WS=48388985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	48389489	.	TCA	T	5571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=26;PP=2965;SC=GTGCTGGTACTCACAGAGACA;SOR=2.397;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=90;WE=48389498;WS=48389479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	48389643	rs1034762	A	C	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=127;PP=2965;SC=GGCAAAAAGAATTGCAGATAC;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=92;TCR=127;TR=219;WE=48389651;WS=48389633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	48390585	rs2213163	T	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=606;SC=TGGGAATGGATTATTAGATGA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=48390593;WS=48390575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	48391416	rs3737548	G	T	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=82;PP=2965;SC=GACCAGGGGGGCCGGGAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=170;WE=48391424;WS=48391406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	48397780	rs77534899	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=5;PP=922;SC=CTAGCGCAACGTAGGGACCTG;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=48397788;WS=48397770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	48398002	rs3803184	G	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=56;PP=1771;SC=AGGCAGGCAGGGGCGGGGGAA;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=48398010;WS=48397992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	48398080	rs3803183	T	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=36;PP=1280;SC=AGCACCAGCGTCTGGGGAGCC;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=66;WE=48398088;WS=48398070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	48465559	rs138171426	TC	T	315.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=176;SC=AGTTATACTTTCTAGATATCT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=48465567;WS=48465549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	48468652	rs4258439	A	G	209.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCATGTAAACAGAATCCTAGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=48468660;WS=48468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr12	48477422	rs886588	A	G	6911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=125;PP=2965;SC=TGGGGCTCAAAAGACTTCGAC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=124;TCR=126;TR=249;WE=48477430;WS=48477412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	48499131	rs2408955	G	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=25;PP=1565;SC=ACGAGGCATAGATCCAGAGAT;SOR=1.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=48499139;WS=48499121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	48499931	rs4760619	A	T	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=74;PP=2785;SC=GTGGCTGAAGAGGAGGGGGCT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=158;WE=48499939;WS=48499921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	48502100	rs725454	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=584;SC=CAAGGGGGAAAGTCTGTGTGT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=48502108;WS=48502090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	48512285	rs4760682	C	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=67;PP=2627;SC=GGTAGAGATACAAGTAAGCAA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=141;WE=48512293;WS=48512275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	48512331	rs11168414	C	T	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=66;PP=2273;SC=AGAGGAGACCCGACTGTGGAG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=48512339;WS=48512321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	48512521	rs11168415	A	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=144;SC=GGCCTCACAGACACGCCCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=48512529;WS=48512511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	48516464	rs2269935	G	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=8;PP=808;SC=GACTGAGGTGGCTCTAGCCAG;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=48516472;WS=48516454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	48525861	rs10875747	A	G	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=72;PP=2865;SC=TGAAGGCTCTACCTAGGTGCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=164;WE=48525869;WS=48525851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	48526712	rs2228500	G	A	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=99;PP=2965;SC=GGACGACTCCGAGCTGCCTAC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=229;WE=48526720;WS=48526702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr12	48527059	rs2269933	G	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=19;PP=1197;SC=CATGCCAGGTGCCTCACCCAG;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=48527067;WS=48527049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	48534814	rs34700912	A	AG	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1102;SC=CAGTAGGAACAGCAGGAATTA;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=48534822;WS=48534804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	48537624	rs4075913	A	G	5400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=102;PP=2965;SC=TTGTTCCTAAATGAAGAAGAA;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=187;WE=48537632;WS=48537613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	48538979	rs11168427	A	G	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=118;PP=2965;SC=CTGACTGCCCATCCCTCATTG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=122;TCR=118;TR=239;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	48543978	rs61918826	T	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=52;PP=1426;SC=GGAAAAGAACTGTCCTCAAAC;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=48543986;WS=48543968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	48545553	rs10783230	G	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=42;PP=1252;SC=ATCTTAACACGGTTTTTCCTT;SOR=2.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=48545561;WS=48545543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	48545630	rs10875750	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=290;SC=TTTGCTGGTGCTTCTATTCAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=48545638;WS=48545620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	48578325	rs10783231	A	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	48596241	rs11168459	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=40;PP=2091;SC=ATGATGGTGTACAGGAGGGAG;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=107;WE=48596249;WS=48596231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	48597053	rs17122812	A	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=48;PP=1679;SC=AAATTCCGTCACTATGCTGCC;SOR=0.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=48597061;WS=48597043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	48723595	rs1471997	G	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=858;SC=GTGTGGAGACGGAACGCGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=48723603;WS=48723585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	48738555	rs34591795	GA	G	256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=186;SC=CTATATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=48738563;WS=48738545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	48740855	rs2634675	A	G	176.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=116;SC=CCTTTCTTGTAGGTCCATTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=48740863;WS=48740845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	48740879	rs10875799	C	A	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=TTCCAAGGGTCTTATGACCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=48740887;WS=48740869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	48741219	rs901962	A	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=260;SC=AAGGGTCACAACTTCTGTATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=48741227;WS=48741209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	48884535	rs2731102	G	C	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=78;PP=2965;SC=AGCTAATACAGTGCAGGTCTG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=191;WE=48884543;WS=48884525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	48884756	rs2731103	C	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=326;SC=CAAAGTCTCACCCTAGGATCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=48884764;WS=48884746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	48888763	rs2705132	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=45;PP=1223;SC=CTTCCGCCAGATGCTTTACCC;SOR=2.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=55;WE=48888771;WS=48888753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	48919556	rs2731073	A	G	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=124;PP=2965;SC=GCTGCTGCTCATGATCAGGGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=128;TCR=124;TR=252;WE=48919564;WS=48919546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	48919793	rs2705143	T	C	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=35;PP=1750;SC=TGCTGCCATCTGCCGCCCACT;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=48919801;WS=48919783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	48963021	rs2232565	T	C	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=119;PP=2965;SC=ATGGTACAGATCACTGAGGGA;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=103;TCR=119;TR=222;WE=48963029;WS=48963011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	49091972	rs11420004	G	GA	75.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=15.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	49164825	rs9804777	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=874;SC=CACTCATTTCTTGCCACGCCT;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=49164833;WS=49164815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	49167143	rs3729969	T	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=723;SC=CCCACAGGGGTGTTGTGGCAT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=49167151;WS=49167133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	49167202	rs3729980	A	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=25;PP=1607;SC=AGTGACCTAGAAAGGTGAGGG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=49167210;WS=49167192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	49167683	rs3730074	C	A	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=36;PP=1559;SC=AATGTCTGTGCCAGGACAGCC;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=49167691;WS=49167673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	49168128	rs3730072	G	C	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=29;PP=2111;SC=TACTCCCAGTGTCCAGGACAG;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=98;WE=49168136;WS=49168118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	49168848	rs3730070	G	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=66;PP=1818;SC=CTGAGGGAGAGGAGGCTGAGC;SOR=1.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=49168856;WS=49168838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	49169262	rs3730069	T	A	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;PP=2965;SC=GTTTCACCAGTTGCATGGGCA;SOR=1.266;Source=Platypus;TCF=98;WE=49169270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	49170719	rs11168733	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=493;SC=CTAGGGGTCCGCATGGGTCTT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=49170727;WS=49170709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	49176872	rs3730308	G	T	11688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=223;NR=180;PP=2965;SC=CAGCAGGATCGCCCACTCCTG;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=223;TCR=180;TR=403;WE=49176880;WS=49176862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr12	49212806	rs12369114	C	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=64;PP=2521;SC=GGTGACACCTCCTCTCCCTTC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=49212814;WS=49212796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	49212874	rs68162448	AG	A	1938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=41;PP=1351;SC=CAGGGTTTGTAGGGGGGCGCT;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=43;WE=49212882;WS=49212864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	49218171	rs2070615	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=81;PP=2951;SC=GAGTTGGGCCATGAGTCAGTA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=166;WE=49218179;WS=49218161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	49219138	rs11168751	C	G	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=64;PP=2965;SC=GTATGTGGAGCGCATTGACTC;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=153;WE=49219146;WS=49219128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	49259194	rs2453489	T	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=308;SC=ATCTGATGGGTCCTCTGGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=49259202;WS=49259184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	49297720	rs4018506	A	AAAAT	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=165;SC=CTCTATGTCAAAAATAAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=49297728;WS=49297710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	49298340	rs3825184	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=604;SC=TCATCCTGACCTCCCCTCCTC;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=49298348;WS=49298330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	49319036	rs12829682	A	C	14481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=217;NR=284;PP=2965;SC=ATTACCACCCAACAAGGCTCG;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=503;TCF=218;TCR=285;TR=501;WE=49319044;WS=49319026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr12	49332451	rs148694584	T	TGA	3092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.676;NF=10;NR=42;PP=2194;ReadPosRankSum=1.346;SC=ACCCAGAGGGTGAGAGAGAGA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=52;WE=49332459;WS=49332441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,88:0.94:94
chr12	49334044	rs708242	G	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=34;PP=999;SC=TAATCGTTAAGCTAGCAGCCT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=49334052;WS=49334034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	49334762	rs12122	G	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=23;PP=1736;SC=CGATCTCCCCGAGTTTCAGCT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=49334770;WS=49334752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	49362779	rs833834	T	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=15;PP=925;SC=GGAGAGAGGTTGGGGAGTGAT;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=49362787;WS=49362769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	49364391	rs833843	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=19;PP=483;SC=CAGGAATAGGGCGGCTCGCTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=49364399;WS=49364381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	49390677	rs10783299	T	C	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=135;PP=2965;SC=GTTTCCAACCTCGGGCAGGGT;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=86;TCR=136;TR=221;WE=49390685;WS=49390667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	49398862	rs2293445	G	A	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=73;PP=2815;SC=CCAGAAACCCGCCATCCCTTT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=152;WE=49398870;WS=49398852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	49416046	rs34546217	TC	T	4479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=63;PP=2970;SC=AATCCCTCCTTCCTCGTCATC;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=74;WE=49416054;WS=49416036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	49424616	rs11614738	G	A	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=73;PP=2965;SC=TGCACAGCTGGGGGACAGGGT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=156;WE=49424624;WS=49424606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	49425978	rs3741622	T	C	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TGGGAGGTTGTGGCCCTGTAT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=214;WE=49425986;WS=49425968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr12	49427652	rs3782357	C	T	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=58;PP=2846;SC=CAGCTGAGTGCTGTTGCTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=143;WE=49427660;WS=49427642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	49434074	rs10747559	C	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1358;SC=CTGCTGGGAACCCCCCAGCCC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=49434082;WS=49434064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	49436724	rs12580349	A	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=44;PP=2262;SC=CCACAGGTCTACAAATGATCA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=49436732;WS=49436714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	49439659	rs833818	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1072;SC=AGATGATGTCCGACGTCTGGT;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=49439667;WS=49439649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	49442356	rs5798089	C	CA	3145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=17;PP=2438;SC=TGGGTATCCCCAAAGTAGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=60;WE=49442364;WS=49442346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	49442813	rs2304275	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=1061;SC=TAGGCAAGCATGCAAGGGACT;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=49442821;WS=49442803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	49444545	rs2241726	G	A	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=50;PP=2481;SC=CAGCTGTGATGATGGGTGAGA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=140;WE=49444553;WS=49444535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	49446220	rs373466438	C	T	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=124;PP=2965;SC=GCAGACACAACAACACGATGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=130;TCR=125;TR=254;WE=49446228;WS=49446210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	49463352	rs71080168	CT	C	14021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.82;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr12	49463353	.	TC	CT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.07;NF=139;NR=63;PP=2947;QD=20;SC=CACCACCAACTCTTCCAATCC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=225;TCF=151;TCR=74;TR=202;WE=49463381;WS=49463343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,202:0.90:225
chr12	49463356	.	TCCAATCCTCCACTCTTCC	TTCCTCCACTCTTCC,T	14404.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=65;PP=2930;SC=CACCAACTCTTCCAATCCTCC;SOR=1.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=131;WE=49463381;WS=49463343;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:316
chr12	49463361	rs200055056	TCCTCCACTCTTCC	T	14290.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=44.52;SOR=1.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr12	49494862	rs35472356	C	CA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=566;SC=GCCCTCCTTTCAAATTAAGTC;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=49494870;WS=49494852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	49497643	rs2047101	T	A	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=42;NR=61;PP=2036;SC=CAGGGCAGTGTGGGAACATTG;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=49497651;WS=49497633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	49498130	rs10783302	G	T	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=29;PP=2205;SC=TCAAACTTCCGTTAACTAAAC;SOR=1.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=97;WE=49498138;WS=49498120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	49498751	rs2279596	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=242;SC=TCCTGAGGGCGCCTGTGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=49498759;WS=49498741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	49500398	rs10783304	G	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=21;PP=1803;SC=ATGACACAGAGCCTGTGCCCG;SOR=1.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=49500406;WS=49500388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	49500509	rs10747561	C	T	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=103;PP=2965;SC=GACATTGTTACGCCCATTTTG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=212;WE=49500517;WS=49500499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	49521672	rs2753	G	A	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=37;PP=2225;SC=AAGCTTTAACGTCTGTCAGTT;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=49521680;WS=49521662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	49522578	rs1057725	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.91;QD=31.87;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	49522605	rs1057548	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=12;PP=1211;SC=CCAGCTTGGACTTCTTGCCAT;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=49522613;WS=49522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	49522786	rs1865157	C	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1201;SC=ATTTCTATTTCAACTTTTTAG;SOR=2.221;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=55;WE=49522794;WS=49522776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	49523523	rs34070757	GAT	G	4653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=47;PP=2920;SC=AAGGAAAAAAGATATCACAAT;SOR=1.015;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=62;WE=49523532;WS=49523513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	49525008	rs2241727	G	C	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=57;PP=2694;SC=GCTGTATACAGGGCCCCAGCG;SOR=1.213;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=160;WE=49525016;WS=49524998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	49579696	rs697624	C	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=48;PP=2389;SC=CCATGAGCAGCGAGGTGAACC;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=129;WE=49579704;WS=49579686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	49580180	rs1056875	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=22;PP=1167;SC=CAGCATCTTCTTTGCCTGTGA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=49580188;WS=49580170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	49580752	rs34741313	AC	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=227;SC=CCAGCACGATACAAAGATTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=49580760;WS=49580742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	49582692	rs1039225	T	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=50;PP=2954;SC=AGCTTAAAGGTTTTCCAAGTA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=95;TCR=50;TR=145;WE=49582700;WS=49582682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	49667103	rs9668136	A	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=723;SC=ATAAAATTGAAGTTTCCATTT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=49667111;WS=49667093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	49689597	rs7488343	G	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=54;SC=GGCTGCTCTTGCCTCCCCTCG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=49689605;WS=49689587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	49690337	rs2070760	T	C	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=109;PP=2965;SC=TCAGGGGCGGTTTCTGAGGTT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=67;TCR=109;TR=176;WE=49690345;WS=49690319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	49691250	rs73112143	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=59;PP=1749;SC=GACAGCTAAAAGAGGAGATGG;SOR=3.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=67;WE=49691258;WS=49691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	49691567	rs2236746	T	C	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCTCGGGCTCTTGCTCTGGCT;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=139;WE=49691575;WS=49691557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr12	49721122	rs73309977	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=505;SC=GGGTGAGATGCGACTCTCCTG;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=49721130;WS=49721112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	49723581	rs11835303	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=345;SC=GTGGGACTCAGGCTGGTCTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=49723589;WS=49723571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	49723963	rs4243545	A	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=38;PP=2320;SC=TGAGACAGGAAGTAGAGGGGC;SOR=1.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=104;WE=49723971;WS=49723953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	49724955	rs3088008	A	C	8414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TGGTGGAAGTATAGGACCCCA;SOR=0.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=168;TCR=114;TR=280;WE=49724963;WS=49724945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr12	49726717	rs56911877	C	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=347;SC=CCTCCGGGAACGGAAGGGTCC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=49726725;WS=49726707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	49730135	rs146137821	G	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=881;SC=GCGCGCCGTCGGGACCAGGGC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=49730143;WS=49730125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	49856194	rs57841760	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=36;PP=1085;SC=CTGTGACCCCCGAAGCTCCAG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=49856202;WS=49856184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	49883371	rs2272478	A	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=25;PP=675;SC=TCCTGACTTAATTTTAAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=49883379;WS=49883361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	49884269	rs74089525	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=347;SC=GGAGGGGTCTAAGTAGGCAGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=49884277;WS=49884259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	49916373	rs74089551	A	C	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=141;SC=AAAATGAATGAATTTATTCGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=49916381;WS=49916371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	49916459	rs12309053	A	T	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=21;PP=1393;SC=ATGATTGTTTAATCTGTATAG;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=49916467;WS=49916449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	49934565	rs7132792	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=746;SC=CTTAACACACGCAGGATTCCT;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=49934573;WS=49934555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	49937654	rs11337899	GC	G	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=1152;SC=AAGAGTGGCTGCCCCCCCAGC;SOR=2.157;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=42;WE=49937662;WS=49937644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	49937813	rs1150057	A	G	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.351;SC=ATGTCATCGCAGCGCTGCCCT;SOR=0.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=109;TCR=113;TR=221;WE=49937821;WS=49937803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr12	49943840	rs2278070	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=13;PP=688;SC=AACCCCCCCACCCCCGCACCT;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=49943848;WS=49943830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	49948105	rs3815832	A	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1265;SC=GCTGACCTCTACTTCCTCTCC;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=49948113;WS=49948095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	49950408	rs56743994	G	A	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=57;PP=2007;SC=GGTGTCGTGCGGGCAGGGGAG;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=49950416;WS=49950398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	49951232	rs2241418	T	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=82;PP=2965;SC=ACAGGGAGGGTCCGTGCCCTC;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=49951240;WS=49951222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	49951377	rs59261129	C	T	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=80;PP=2965;SC=GCCCCACCCTCGTCCGGGGCC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=112;TCR=80;TR=192;WE=49951385;WS=49951367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	49952394	rs13906	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=8;PP=581;SC=GGAAACAGGCCGGAGAGGGCC;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=49952402;WS=49952384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	49952668	rs2303305	G	A	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=102;PP=2965;SC=TGGAGCCACAGAGCACCGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=216;WE=49952676;WS=49952658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	49956971	rs61331732	CCT	C	6798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=71;PP=2973;SC=TTCACACATGCCTCTCTGCCT;SOR=0.771;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=16;TCR=79;TR=86;WE=49956980;WS=49956961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	49957103	rs57965817	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=562;SC=CAATGTGCACACGTGTGCATG;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=49957111;WS=49957093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	49960551	rs13066	C	A	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TCCAAACCACCGGGCTAGGAG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=88;TCR=114;TR=200;WE=49960559;WS=49960541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr12	49993678	rs52824916	C	T	5996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=96;PP=2965;SC=AGATTGGGTCCGGCTTGGGGC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=201;WE=49993686;WS=49993668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	50038292	rs4073998	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=47;PP=1462;SC=GCTGTTGGACGCAGCCTGGGT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=50038300;WS=50038282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	50040811	rs3841320	A	AG	5263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=88;PP=2966;SC=AAGAATGTGGAGGGGAAGGAA;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=11;TCR=95;TR=98;WE=50040819;WS=50040801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	50040968	rs143718193	T	TC	1055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=1210;SC=GTCTGTCCACTCCAAGTTTTC;SOR=1.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=30;WE=50040976;WS=50040958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	50043884	rs61512987	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=454;SC=CGGGGGAACACTCCATGCTCC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=50043892;WS=50043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	50047182	rs4641552	C	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=523;SC=GAACCCTAGTCAAGACCTGAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=50047190;WS=50047172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	50151977	rs2720305	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=27;PP=1956;SC=AGAATTGATCGTAATACTGTG;SOR=1.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=98;WE=50151985;WS=50151967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	50174299	rs61402274	A	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=26.55;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	50188391	rs12314502	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=387;SC=GTCACTGACCCCCCCACCAGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=50188403;WS=50188381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	50188395	rs60633549	CA	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=660;SC=CTGACCCCCCCACCAGCTGCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=50188403;WS=50188381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	50188434	rs2603105	T	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=8;PP=783;SC=TTTTGACCTCTGGGAAGCCCC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=50188442;WS=50188424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	50189807	rs2720298	C	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=60;PP=2268;SC=CATAGGGGTACGATTCTGGGA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=50189815;WS=50189797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	50189834	rs2603104	T	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=58;PP=2021;SC=GACTGGGGGGTACTCCAGGGC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=50189842;WS=50189824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	50192009	rs1075366	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=18;PP=2198;SC=ATCTGCTTTTTTTGGCATTCG;SOR=2.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=97;WE=50192017;WS=50191999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	50197880	rs7953534	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=45;PP=1431;SC=CAGGGAATGAGGAGGAAGTGA;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=75;WE=50197888;WS=50197870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	50271372	rs1248263	G	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=423;SC=TGTGAGGAAGGTAGGGCATAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=50271380;WS=50271362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	50283465	rs643971	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=23;PP=631;SC=CCTGGCCCCAGTCTGGTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=50283473;WS=50283455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	50290728	rs297935	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=1;PP=628;SC=CTACGGGCTCAGATTAGGTCA;SOR=4.332;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=28;WE=50290736;WS=50290718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	50297670	rs706795	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=208;SC=GCGTGGGTTCTAGCAACATCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=50297678;WS=50297660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	50304588	rs487165	A	T	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=95;PP=2965;SC=AGGCATCGGCATTCTGAGTCG;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=214;WE=50304596;WS=50304578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	50304949	rs450798	G	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=33;PP=1057;SC=TTTCCCCAGGGTCTCACGGGT;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=50304957;WS=50304939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	50305007	rs394119	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=430;SC=TCCGTTTCTCCACCAGATGGA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=50305015;WS=50304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	50348078	rs426496	T	C	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=69;PP=2965;SC=TAGGCTTCTCTGTGGCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=173;WE=50348086;WS=50348068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	50348674	rs402813	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=394;SC=TCAGTTTCCACGTCTGTGAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=50348682;WS=50348664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	50349090	rs410837	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=415;SC=CGGGGAGGAGAGGTGCGGCCG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=50349098;WS=50349080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	50349123	rs371777	C	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=808;SC=CCGGGGCCTGCGGGCTCCGCG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=50349131;WS=50349113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	50349143	rs403201	C	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1085;SC=GTGCCGGTGCCGGCGCGGGTG;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=50349151;WS=50349133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	50349411	rs457487	C	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=401;SC=GCGGCCTCTACGGCCCCGACG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=50349419;WS=50349401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	50349765	rs467323	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=14;PP=366;SC=TTGGGGGTTCCGGGAATGATG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=50349773;WS=50349755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	50356174	rs139560378	TGGG	T	1076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=16;PP=463;SC=GTGAGTGCCCTGGGGGGGGGG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=50356184;WS=50356164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	50358073	rs296753	C	G	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=56;PP=1685;SC=GGGTGGGCCACGGAGTGGTGG;SOR=2.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=50358081;WS=50358063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	50368013	rs296748	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=20;PP=956;SC=TGTCACCCCCCTCCAGCTGAG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=50368021;WS=50368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	50386015	rs296737	C	T	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=125;PP=2965;SC=CACACACACACGCACCTGCCT;SOR=1.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=79;TCR=125;TR=204;WE=50386023;WS=50386005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	50393372	rs378943	G	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=300;SC=TTTTACACAGGCCAGTTTAGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=50393380;WS=50393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	50452708	rs653576	C	G	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=TCCTGGGCTCCCTGGCTGTGC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=96;TCR=87;TR=182;WE=50452716;WS=50452698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	50471630	rs2272391	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=2;PP=584;SC=ACCCAGAAGGAGGCTAGGGGG;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=50471638;WS=50471623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	50473660	rs404751	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=15;PP=1398;SC=CACTCAACTGAGACCTCTCAC;SOR=2.080;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=60;WE=50473668;WS=50473650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	50513687	rs7961065	C	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TTTACCTAGACATAGGGGCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50513695;WS=50513683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	50529314	rs11169281	C	T	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=55;PP=2165;SC=GCTAGAAATACGGTCTGAGGC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=50529322;WS=50529304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	50529736	rs3741562	G	A	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=119;PP=2965;SC=CCAGCAAGAAGTCTGAGACAT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=104;TCR=119;TR=223;WE=50529744;WS=50529726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	50529936	rs7136570	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=31;PP=923;SC=ATTATTCTCTAAGAATCTTAC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=50529944;WS=50529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	50537815	rs7302981	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1238;SC=ATGCCAATACAGAGTGCACAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=50537823;WS=50537805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	50579398	rs12817211	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=897;SC=AAATCAGCCTCACTCGTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=50579406;WS=50579388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	50599709	rs2302900	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=16;PP=852;SC=GTCCAAAAGATGTTACTACTA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=50599717;WS=50599699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	50599984	rs1362984	T	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=341;SC=GAATTTTTTTTAAATTACAAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=50599992;WS=50599974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	50616346	rs3812825	A	G	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=39;PP=1601;SC=GTAAAATGAAAGTTAAAACTC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=50616354;WS=50616336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	50727706	rs6580741	G	C	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=35;PP=2049;SC=GGTTGAATACGTGTATCATTT;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=50727714;WS=50727696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	50727811	rs6580742	C	T	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=86;PP=2965;SC=GTCTGCTCAGCATCATGTGGA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=171;WE=50727819;WS=50727801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	50744094	rs7296277	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=785;SC=AAAACTAGACGTAAATAATTA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=50744102;WS=50744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	50746348	rs7304951	A	G	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=88;PP=2965;SC=TGAGGGGTGAAAGGGATCCCC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=50746356;WS=50746338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	50749221	rs4435082	G	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	50749227	rs4625558	T	G	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	50749294	rs4421818	A	G	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=46;PP=2180;SC=CCTTTCTTCAATGATACGTTA;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=105;WE=50749302;WS=50749284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	50750040	rs7964439	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=525;SC=TACTGAAGAACAAAACATAAA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=50750048;WS=50750030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	50829263	rs113327207	T	TTATTC	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=211;SC=ACTATTTTGTTTTTTCAGAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=50829271;WS=50829261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	50856259	rs5798139	C	CA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.044;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	51019633	rs34609458	TC	T	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=266;SC=AACCATACATTCCCCCCCCCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=14;WE=51019641;WS=51019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	51034721	rs2731436	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=36;PP=621;SC=TAATACTTGTCTTTTTTTTCC;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=56;WE=51034729;WS=51034710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	51076844	rs2731447	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=473;SC=ATAAATATTACATACTTAGAC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=51076852;WS=51076834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	51086931	rs2090852	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=635;SC=TTCCAGAGGCTATATAACCTT;SOR=4.332;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=51086939;WS=51086921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	51088979	rs34553264	T	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=508;SC=GCTAACAAAATACCAGCTCAA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=51088987;WS=51088969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	51089287	rs2139930	G	T	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=43;PP=1251;SC=TAGGTACCTTGCCTGTTCATC;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=51089295;WS=51089277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	51089572	rs2684890	G	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=8;PP=1568;SC=TTATTGTGGTGTATTACATAT;SOR=3.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=65;WE=51089580;WS=51089562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	51089616	rs2684891	T	C	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=54;PP=2965;SC=AACTTCATCCTTTTTGAATTT;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=155;WE=51089624;WS=51089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	51089734	rs11169524	T	A	7232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=138;PP=2965;SC=TAATTGTGACTGATGGAGCTA;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=110;TCR=138;TR=248;WE=51089742;WS=51089724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	51117229	rs7310279	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=257;SC=TCTGGAGACTACCTCCTTTTT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=51117237;WS=51117219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	51121629	rs3832875	CA	C	4170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=77;PP=2686;SC=CCACATCTGCCAAAAAATAGA;SOR=1.276;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=6;TCR=82;TR=83;WE=51121637;WS=51121619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	51128832	rs3742062	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=40;PP=1592;SC=AGCCCTATATATAGTAAATAC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=51128840;WS=51128822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	51135167	rs1975351	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=1071;SC=GTATATGTCCAAGCCACATTT;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=51135175;WS=51135157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	51135275	rs1866422	T	C	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=56;PP=2251;SC=ACCACCCAATTGATATTGAGA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=121;WE=51135283;WS=51135265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	51138687	rs2280503	A	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=456;SC=CCTCTGGCTAAGAGCAGGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=51138695;WS=51138677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	51182122	rs10747592	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	51203226	rs4986837	GT	G	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=328;SC=TAGAGTTCTGGTTTTTTTTAC;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=51203234;WS=51203216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	51203371	rs1129406	C	T	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	51203376	rs4986838	T	C	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	51236931	rs829121	G	A	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=64;PP=1948;SC=GGCGCATGCAGAGGGCAGTAC;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=78;WE=51236939;WS=51236921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	51319346	rs2359005	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=719;SC=GAGGAGGACTAGTTAGTAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=51319354;WS=51319336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	51364349	rs7306293	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=ATTATGAAGAATAAATTTTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=51364357;WS=51364339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	51382232	rs161044	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=49;PP=1770;SC=AAAGACAAAATATGGTCATCA;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=51382240;WS=51382222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	51386066	rs1048230	A	G	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=43;PP=1322;SC=GGATGATGGCAATAGAGCGAG;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=51386074;WS=51386056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	51386527	.	AAAG	A	331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr12	51386839	rs224569	C	G	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=232;SC=TGCTGTGCTGCGCACTGTGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=51386847;WS=51386829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	51386868	rs224570	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=137;SC=GGCTCAAGTCTGGACCTCATT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=51386876;WS=51386858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	51398441	rs12831269	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=466;SC=CCGTTGGTACCGTCTGTCTTC;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=51398449;WS=51398431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	51398511	rs41439649	G	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=15;PP=1032;SC=AGCACATACCGCCAGACACAC;SOR=1.571;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=51398519;WS=51398501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	51399997	rs224590	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=228;SC=CAGGAGAATCACTTGAATGCG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=51400005;WS=51399987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	51400084	rs140582579	AAAAC	A	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=392;SC=CTCCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=51400095;WS=51400074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	51402905	rs445520	T	G	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=58;PP=2965;SC=CTTACTCAAATAATCGACCGT;SOR=1.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=169;WE=51402913;WS=51402895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	51403088	rs11169667	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=58;PP=1741;SC=CCCTCGTGATGGCAGGGCTCA;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=51403096;WS=51403078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	51442944	rs12379	G	A	6977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=120;PP=2965;SC=CCGCTTCTATGTCCTGTACAC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=246;WE=51442952;WS=51442934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	51447506	rs7971308	A	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=24;PP=2703;SC=TGGATTGTCTATTGTATTAAC;SOR=2.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=92;TCR=24;TR=115;WE=51447514;WS=51447496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	51453366	rs3190077	A	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=375;SC=CATGGCACACATGTGGGAACT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=51453374;WS=51453356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	51457697	rs34413582	A	G	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CAGGGTTACAATCTTCGGGCA;SOR=0.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=174;WE=51457705;WS=51457687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr12	51461425	rs4768956	C	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=520;SC=CCCTGGTGTACATATACTATC;SOR=1.893;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=51461433;WS=51461415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	51467596	rs11169696	A	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=14;PP=1017;SC=ATCCCAGAACACTTAGGCACC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=51467604;WS=51467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	51504799	rs7978782	T	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=60;PP=1874;SC=TTGAACAATTTTGAGGGCCAC;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=99;WE=51504807;WS=51504789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	51510234	rs12826153	C	A	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=71;PP=2307;SC=CAGATGATAACAAGACCTCTT;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=115;WE=51510242;WS=51510224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	51511264	rs12810700	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=365;SC=AAAATTCATGTGAATACTGGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=51511272;WS=51511254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	51663215	rs2114876	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.94;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	51681846	rs4611251	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=239;SC=TTTTAATGTACAAAAAAATAG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=51681854;WS=51681836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	51681903	rs7954976	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=12;PP=692;SC=TCCGAGGAGTTAGCTGAGATA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=51681911;WS=51681893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	51685831	rs3210837	T	C	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=87;PP=2965;SC=ACTTGGCCCTTTCAGTGGTAG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=164;WE=51685839;WS=51685821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	51686204	rs7306505	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=69;PP=1795;SC=TTACGATGCATGTAATAAAAA;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=107;WE=51686212;WS=51686194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	51686285	rs7135343	A	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=537;SC=GTGAAATGAAAAAAGGCCAAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=51686293;WS=51686275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	51691149	rs3782469	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=835;SC=TCAGGAGATCAAGACCATCCT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=51691157;WS=51691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	51707801	.	C	CTTAT	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=377;SC=AAGGGCTGTACTTATTTATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=8;WE=51707809;WS=51707791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	51722311	rs7138439	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=20;PP=1131;SC=GCAAGTCCTACTGCAGATCTA;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=51722319;WS=51722301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	51735022	rs934089	A	T	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=66;PP=2890;SC=AATGTAGGCAACTTACTCTTG;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=158;WE=51735030;WS=51735012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	51740388	rs907354	C	A	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=85;PP=2965;SC=AGGGTTGCGACTGGACCATAT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=180;WE=51740396;WS=51740378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	51748395	rs7971653	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=921;SC=GGCACAAAGAGGACACTTCCC;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=51748403;WS=51748385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	51754629	rs2241545	A	G	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=60;PP=2010;SC=GGATCTGGAGAGACAGAGGGA;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=51754637;WS=51754619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	51773557	rs2278216	G	A	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=44;PP=1529;SC=GTCTGCGGAGGAGCCTCATCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=51773565;WS=51773547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	51796889	rs376258966	ATTAGGTAATAGGTATAAACTGCTCAGAACAGTGCTCAGAACATAATAAATGC	A	1719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=2900;SC=TGAAATTTAGATTAGGTAATA;SOR=2.613;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=51796948;WS=51796879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	51846090	rs1995691	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=670;SC=GGGTAGGCAAGTGTGTACCCT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=51846098;WS=51846080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	51851126	rs4512904	G	A	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=24;PP=1566;SC=GTGAGTGCCTGCTTTCCAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=51851134;WS=51851116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	51852511	rs6580835	C	T	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=82;PP=2673;SC=TTGCTGGAATCTGGGTAAGGT;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=51852519;WS=51852501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	51855984	rs2271149	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=351;SC=TCAGATCCCCGTGACAGAGAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=51855992;WS=51855974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	51857706	rs191669713	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=191;SC=TCACCTACCATGTTTTGTCTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=51857714;WS=51857696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	51863643	rs4491281	T	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=39;PP=951;SC=CCAGGTCCACTGTGGGGGAAA;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=51863651;WS=51863633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	51864979	rs2292217	T	C	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=46;PP=2546;SC=TTCCAGTGCTTGTTTAGATGA;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=138;WE=51864987;WS=51864969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	51869098	rs868884	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=552;SC=GGAGAACTCCGGATGTCCTGA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=51869106;WS=51869088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	51874054	rs4761970	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=493;SC=TTGGGAAAAACTGGAGCAAAT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=51874062;WS=51874044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	51879826	rs10783445	G	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=397;SC=ACCTTGTCATGTAGAAAAGCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=51879834;WS=51879816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	51882355	.	CT	C	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=16;HapScore=2;MGOF=107;MMLQ=16;MQ=54.16;NF=3;NR=0;PP=36;QD=13.0;SC=TATTTCATGCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=51882363;WS=51882354;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	51888998	rs2102376	G	T	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=143;SC=TAAGTGTACAGTTGAGTGGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=51889006;WS=51888988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	51890721	rs10783448	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=13;PP=1426;SC=TTTAAGTCCAGGAAGGAAATT;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=51890729;WS=51890711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	51898014	rs3896351	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=45;PP=1285;SC=AGAGCTAAATATTCAGCCTCC;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=51898022;WS=51898004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	51898108	rs3858636	G	A	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=109;SC=CAGGTTATGGGAATCACAAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=51898116;WS=51898098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	51901390	rs7305599	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=291;SC=GTGCATTGGAAGGCATCCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=51901398;WS=51901380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	52080965	rs4761829	C	T	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=104;PP=2965;SC=TTTTACGGGACCCATGGAACT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=133;TCR=104;TR=237;WE=52080973;WS=52080955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	52099153	rs2291265	C	T	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=56;PP=2928;SC=GTTTTCAGCCCGGTTCATTTG;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=149;WE=52099161;WS=52099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	52100566	rs10783474	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=548;SC=ATGTGTATATGTATATTATAC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=52100574;WS=52100556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	52156255	rs303767	A	C	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=58;PP=2965;SC=TCTACTATTTATTTTTCTTAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=52156263;WS=52156245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	52159438	rs56879517	G	GT	560.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=0.558;QD=21.57;ReadPosRankSum=-2.130;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr12	52163789	rs303808	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=737;SC=GATGAGGAGCGGATGGGCTGG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=52163797;WS=52163779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	52173781	rs76315468	G	GTTC	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=32;SC=TGGAGCCACAGTTCTTGGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=52173789;WS=52173771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	52182452	rs9943714	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=51;PP=2254;SC=TTATAGGCACCGTCTAATGAC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=52182460;WS=52182442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	52182545	rs9943809	A	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=56;PP=2066;SC=AAGGATGTACATGGCGAAAAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119;WE=52182553;WS=52182535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	52184342	rs2241855	A	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=40;PP=1236;SC=GAAAAGTACTAGTAGAGTTAC;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=52184350;WS=52184332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	52200028	rs303828	C	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=18;PP=1324;SC=GGGTGTCTCCCATCTCAATAA;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=52200036;WS=52200018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	52204246	rs172559	T	C	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=95;PP=2623;SC=TAAGTGGCAATGCTTTGCCAA;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=45;TCR=95;TR=140;WE=52204254;WS=52204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	52215102	rs303819	T	G	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=124;PP=2965;SC=CCTTTGGGAGTCTCCCCCGAC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=250;WE=52215112;WS=52215092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	52281920	rs697633	G	A	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=51;PP=2965;SC=TGGGGCCCCAGTCCCAGCTGC;SOR=1.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=123;TCR=51;TR=173;WE=52281928;WS=52281910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	52282060	rs697634	C	T	12054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TTGTGCTCCGCGGAGCCTGGG;SOR=0.267;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=426;TCF=218;TCR=208;TR=425;WE=52282068;WS=52282050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,440:1.00:441
chr12	52282748	rs697635	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=59;PP=2488;SC=GGGTCTTCACGGGGTTTGGGG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=52282756;WS=52282738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	52282873	rs697636	A	T	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=89;PP=2965;SC=GTCGCATGCTACCACGGCTTC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=187;WE=52282881;WS=52282863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	52283302	rs4762026	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1284;SC=GGCAGGTGTGCGGGGCCTGGA;SOR=1.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=64;WE=52283310;WS=52283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	52284233	rs706832	T	C	8248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=91;PP=2965;SC=CTGGCCTCCCTGATTCCACCT;SOR=1.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=192;TCR=91;TR=282;WE=52284241;WS=52284223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	52284274	rs7303111	G	A	13912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=221;PP=2965;SC=GGCTTCGAATGTAACCCACAT;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=506;TCF=284;TCR=222;TR=504;WE=52284282;WS=52284264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr12	52284483	rs7303030	A	G	12731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=216;NR=206;PP=2965;SC=GGCGGCCCCAAGTGGAGCAGC;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=426;TCF=216;TCR=210;TR=422;WE=52284501;WS=52284473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr12	52284668	rs12368048	C	A	11243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=229;PP=2965;SC=ACTGCCACAACCAGCCTGGCC;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=174;TCR=230;TR=403;WE=52284676;WS=52284658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr12	52307145	rs2071218	C	T	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=118;PP=2965;SC=GTACGTCCAGCTGCCCTAGCA;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=204;WE=52307153;WS=52307135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	52307308	rs2071219	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=389;SC=GAGCTGACCTAGTGGAAGCTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=52307316;WS=52307305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	52308500	rs143547287	T	TTTTAA	138.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.56;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	52345497	rs10540557	TGCG	T	1662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=1027;SC=GCTGCTGGGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.743;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=20;WE=52345510;WS=52345487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	52404618	rs1298913	T	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=8;PP=914;SC=CTATGGGACTTCTACACCTTT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=52404626;WS=52404608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	52408422	rs1283166	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=143;SC=GACCCTTTGCAGAGGCCACCA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=52408430;WS=52408412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	52565322	rs3741737	G	T	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=116;PP=2965;SC=GGGAACATAAGGGGTAGGGGA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=228;WE=52565330;WS=52565312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	52566047	rs3741736	G	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=21;PP=1668;SC=CCAGCTTGACGTTCATCAGCT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=80;WE=52566055;WS=52566037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	52566650	rs73103470	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=357;SC=CCTCATAACTACTTTAGGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=52566658;WS=52566640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	52574780	rs4762060	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=713;SC=TCAGCTGGATATGGTGGGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=52574788;WS=52574770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	52579294	rs17704675	G	A	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=GCCCGAGGTCGAAGATGGCTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=168;WE=52579302;WS=52579284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	52600033	rs10747632	T	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=72;PP=1981;SC=CGAGGGGACGTGAAGTAAGTG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=52600041;WS=52600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	52602013	rs1902767	C	T	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=69;PP=2931;SC=TTGGCGCCTCCGTAATCTCCC;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=169;WE=52602021;WS=52602003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	52627007	rs7308751	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=25;PP=2080;SC=GGATAAAAGGCGCGGAGTGTC;SOR=2.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=103;WE=52627015;WS=52626997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	52627215	rs7308888	A	G	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=72;PP=2569;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCGGCGCCTCACGGCCGCGCG;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=118;WE=52627223;WS=52627205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr12	52631242	rs12313552	C	T	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=11;PP=1807;SC=GGAGGGGGGACGGGAGCATGG;SOR=3.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=82;WE=52631250;WS=52631232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	52631313	rs6580870	A	G	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=79;PP=2965;SC=GAAATTAACCACCGCACAGCT;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=119;TCR=79;TR=198;WE=52631321;WS=52631303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	52631394	rs10637094	C	CAT	11604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=94;PP=2957;SC=TGTCTGAAAACATGGGACAAA;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=19;TCR=103;TR=111;WE=52631402;WS=52631384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	52632573	rs7300317	A	G	7844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=154;PP=2965;SC=AGGACCATGGAGCTGGGTGAC;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=124;TCR=154;TR=277;WE=52632581;WS=52632563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr12	52635360	rs999665	G	A	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=95;PP=2965;SC=AGGTCAAGGCGCAGTATGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=210;WE=52635368;WS=52635350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	52635443	rs2243588	T	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=87;PP=2965;SC=CAGGGGCGTATTTCCTCCTGC;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=144;WE=52635451;WS=52635433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	52635560	rs999666	A	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=494;SC=TGTGGTGCTCAGCCCTGGAGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=52635568;WS=52635550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	52639302	rs2608009	G	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=41;PP=1493;SC=CTGCAGCGGGGCAAGCAGGAT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=52639310;WS=52639292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	52681968	rs6580874	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=63;PP=2105;SC=TAGTTGAGAATACAGCCCCAC;SOR=2.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=52681976;WS=52681958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	52699548	rs2032360	T	C	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=124;PP=2965;SC=GGCTGACGGCTGAGGTGGAGA;SOR=1.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=67;TCR=125;TR=191;WE=52699556;WS=52699538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	52708420	rs2857671	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=20;PP=959;SC=GCCACTTAATGCCTCCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=52708428;WS=52708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	52708565	rs2857670	A	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=62;PP=2342;SC=ACACGCAGAGATCCCCGCACA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=121;WE=52708573;WS=52708555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	52708730	rs113407094	A	AGGTGT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=543;SC=TCTATTCTGAAGGAGGGAACC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=52708738;WS=52708720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	52708978	rs3825221	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=683;SC=GACCAACCTATCCTCTTTACT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=52708986;WS=52708968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	52709032	rs3741721	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=17;PP=1392;SC=TCTGCATATATTCATAGTCAA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=52709040;WS=52709022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	52709222	rs3741720	T	C	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=47;PP=1493;SC=ATCTCAGGGCTATTTCTGACC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=52709230;WS=52709212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	52709981	rs2270266	C	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=445;SC=GATCATTCAACTTCTATCTTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=52709989;WS=52709971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	52711450	rs2248619	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=214;SC=CCCACCATGGTTGAGAGCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=52711458;WS=52711440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	52712975	rs3741715	G	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=24;PP=1156;SC=CCTGCACGTGGTTGAGCTCTG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=62;WE=52712983;WS=52712965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	52713218	rs10876276	C	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=863;SC=GTTCCCAGCACGAGGGCCTGA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=52713226;WS=52713208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	52755097	rs1791627	A	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=838;SC=CACTCAGCTCAGCTTTCTCTA;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=52755105;WS=52755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	52755341	rs2298796	T	C	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=78;PP=2072;SC=TTGAGACTGATGGTTGCTTGG;SOR=1.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=117;WE=52755349;WS=52755331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	52774235	rs951773	A	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=71;PP=2965;SC=TGGTACTCGCACAGCTGCCGC;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=103;TCR=71;TR=174;WE=52774243;WS=52774225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	52776679	rs1732297	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=232;SC=CACTGTCTTGATGTGAGTAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=52776687;WS=52776675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	52778772	rs1732303	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=550;SC=AGCACTCTAGCGCATTTTGGC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=52778780;WS=52778762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	52788928	rs2658658	G	A	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=81;PP=2439;SC=GAGGACAGGCGTGCTGACCCC;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=139;WE=52788936;WS=52788918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	52789509	rs1732264	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=12;PP=1020;SC=CCCCCAAGACTCCAGAGCCAG;SOR=1.938;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=52789517;WS=52789499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	52789597	rs1732265	A	G	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=43.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	52789605	rs1732266	T	A	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=43.72;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	52789691	rs34479712	A	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=27;PP=1025;SC=TTTTCAATGAATGTGGGTAGG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	52789693	rs11304728	GT	G	2641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=1416;SC=TTCAATGAATGTGGGTAGGGG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	52790899	rs1791635	T	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=86;PP=2771;SC=AGTTCAGGTGTTCTCTGGTTC;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=127;WE=52790907;WS=52790889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	52790940	rs2249384	C	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=48;PP=1392;SC=TACCTTCTTCCGCTTCTGGGC;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=52790948;WS=52790930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	52863212	.	A	G	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=120;PP=2965;SC=GACTTGTCCAACGCCTTCGCC;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=92;TR=212;WE=52863220;WS=52863202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	52866060	rs11608915	C	T	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=87;PP=2965;SC=CTCTAGGAACCGCACCTGGAA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=182;WE=52866068;WS=52866050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	52882410	rs144849815	T	TGAA	1613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1704;SC=TATTTCCTAGTGAAGGGGCCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=35;WE=52882418;WS=52882400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	52913668	rs11170164	C	T	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=48;SC=TTGGATACCTCCAGGAGGGCA;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=103;TCR=48;TR=151;WE=52913676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	52941894	rs3803083	C	T	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=65;PP=2573;SC=ATCTGCTGCCCGCTGGCATCA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=118;WE=52941902;WS=52941884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	52942998	rs635206	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=276;SC=TTGAGGGGGGCTAACAGAGCA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=52943006;WS=52942988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	52964718	rs597048	G	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=78;PP=2283;SC=AGGCTGCTAGGATCCACGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=98;WE=52964726;WS=52964708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	52964934	rs669865	T	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	52965173	rs670741	T	G	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=48;PP=1848;SC=GGAACTTGATTTCTTTGTCCA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=52965181;WS=52965163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	52965722	rs673363	T	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.72;ReadPosRankSum=2.810;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr12	52965761	rs673449	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1771;ReadPosRankSum=-1.488;SC=TCTCTGCTGTCGTGCGCCGGT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=107;WE=52965769;WS=52965751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,118:0.97:122
chr12	52965782	rs673476	T	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TAATCTCCACTTCATATCTGC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=98;WE=52965790;WS=52965772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr12	52966137	rs685720	T	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=23;PP=1569;SC=CTGACCCTGGTGCATACTCCC;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=52966152;WS=52966127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	52966144	rs34211466	TC	T	2863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=25;PP=2143;SC=TGGTGCATACTCCCCCATCTC;SOR=1.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=57;WE=52966152;WS=52966127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	52966390	rs11170176	A	T	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=103;PP=2965;SC=GTTCAGGTCCAGCTGCTGCAG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=235;WE=52966398;WS=52966380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	52966428	rs11170177	G	C	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=135;PP=2965;SC=CTAGAACCTGGTTCTGCTGCT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=143;TCR=135;TR=278;WE=52966436;WS=52966418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr12	52979741	rs2292502	G	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=15;PP=793;SC=GAAGCCTTCTGCTCACAGAGC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=52979749;WS=52979731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	52980078	rs17116392	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	52985293	rs12824366	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=38;PP=2456;SC=TCTTTAGGGCAATCTCCTCGT;SOR=1.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=124;WE=52985301;WS=52985283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	52986132	rs617820	T	A	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=35;PP=1970;SC=GCCAGAAACCTCTTGTTAAAG;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=52986140;WS=52986122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	52986187	rs12833456	T	C	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=67;PP=2965;SC=TACCCCTTCATAAAGGCACTT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=52986195;WS=52986177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	52992812	rs11170187	T	C	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=116;PP=2965;SC=GGCTCCAGGTTCTTCCTGCAG;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=64;TCR=117;TR=180;WE=52992820;WS=52992802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	52994955	rs61747192	G	A	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=113;PP=2965;SC=GGATGCCCCCGGGTGGGCACA;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=243;WE=52994963;WS=52994945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	53002956	rs591636	T	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=19;PP=1649;SC=CTCAGGGGGCTGGGCGGTGGA;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=53002964;WS=53002946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	53003059	rs35061049	G	T	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=73;PP=2965;SC=TATATTCTCCGGACATCCTGC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=158;WE=53003067;WS=53003049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	53004694	rs9739031	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=62;PP=2000;SC=CTCTCAATGGTTGAGCCCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=53004702;WS=53004684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	53011955	rs61736102	G	A	11485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=243;NR=176;PP=2965;SC=CCAGCTCCACGTTCAGGGGTG;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=245;TCR=176;TR=419;WE=53011963;WS=53011945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr12	53043636	rs632952	G	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=14;PP=1344;SC=TGGCTGCTTAGACACAATGGG;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=53043644;WS=53043626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	53069222	.	CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT	C	2244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=20;PP=2926;SC=CCATAGCTGCCACCTCCGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=30;WE=53069250;WS=53069212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	53070121	rs698170	T	G	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=119;NR=86;PP=2965;SC=GGGCCAGCTTTGTGTTCATCA;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=205;WE=53070129;WS=53070111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	53070145	rs936958	G	A	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=122;NR=103;PP=2965;SC=CCTGGTAGTCGCGCAGCAGGC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=122;TCR=103;TR=225;WE=53070153;WS=53070135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	53071338	rs626480	A	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;SC=AAGCAGTCAGAAAATAAAAGA;SOR=0.886;Source=Platypus;TCF=33;WE=53071346;WS=53071328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	53071382	rs2741159	A	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1742;ReadPosRankSum=1.362;SC=TTGTGGGTTCAGGCTTAAAAA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=92;WE=53071390;WS=53071372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr12	53071560	rs2741158	A	G	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=78;PP=2423;SC=ATGAAGGCACATTCTCTCCAG;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=133;WE=53071568;WS=53071550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	53073471	rs3837476	C	CA	1353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=1292;SC=TTCAAACCTACTGTGTTTTGA;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=53073479;WS=53073461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	53085089	rs636127	T	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=49;PP=1393;SC=CCTCCACTCCTGCCTCGTGCC;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=53085097;WS=53085079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	53086645	rs3782489	G	A	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=146;PP=2965;SC=TCTCCCTGCCGTGATCTGGAG;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=110;TCR=146;TR=256;WE=53086653;WS=53086635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	53089405	rs10783530	T	C	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=103;SC=GTGGAGAGGATGGCTGACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=53089413;WS=53089395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	53089460	rs5798218	GACCC	G	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=734;SC=TCCCTAGTGGGACCCTAGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=53089471;WS=53089450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	53090190	rs7138818	C	T	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=58;PP=2287;SC=CGCTGCCAGTCCTCTTGTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=127;WE=53090198;WS=53090180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53091566	rs1567759	C	A	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=114;PP=2965;SC=CGCAGGTCACCGATGTAGTTC;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=197;WE=53091574;WS=53091556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	53096913	rs1625862	G	A	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=146;PP=2965;SC=CACCAGCCCCGGTGCTGCCAA;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=135;TCR=146;TR=280;WE=53096921;WS=53096903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	53162528	rs2280480	G	A	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=84;PP=2965;SC=GCTTGAGCTCGTGGTCTGGGA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=116;TCR=84;TR=199;WE=53162536;WS=53162518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	53162773	rs1464423	A	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.079;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2646;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CTCCATAGCCACTGCTGCTGC;SOR=0.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=147;WE=53162782;WS=53162762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,127:0.97:131
chr12	53165621	rs12828901	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=1;PP=1181;SC=GGCCCAGAAGACCTCTGGGAT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=53165629;WS=53165617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	53165940	rs6580904	C	T	7039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=110;PP=2965;SC=TCATACTGGGCGCGGACCTCG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=235;WE=53165948;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	53167313	rs7399317	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=5;PP=892;SC=ACTCTCTCCATGGGGGCAGCT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=53167321;WS=53167303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	53167395	rs11170271	C	T	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=66;PP=2672;SC=TCATTCTCTGCGGCAGTGCGT;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=149;WE=53167403;WS=53167385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	53184491	rs11170279	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=27;PP=1496;SC=AAAGCCAATCACTTCCCTCTC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=53184499;WS=53184481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	53185492	rs61929765	C	T	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.012;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTGACACCCTCGATCTCTGCC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=188;WE=53185500;WS=53185482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr12	53201680	rs3816880	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=54;PP=1606;SC=AGGTGGTCAGCAGTGCCCTGC;SOR=1.533;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=53201688;WS=53201670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	53202183	rs7956809	C	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=57;PP=2228;SC=GTTGGTCAACCGAGATCTGGA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=118;WE=53202191;WS=53202173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	53204614	rs2307027	C	T	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=37;PP=1612;SC=GGGGTGGGCACGGGGAGAAAA;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=53204622;WS=53204604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	53205757	rs7959052	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=450;SC=CTCTAAGAACTGCACCTGTGT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=53205765;WS=53205747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	53207583	rs11267392	C	CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG	9694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=78.82;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	53207628	rs2638525	G	A	9023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=151;NR=110;PP=2965;SC=CCCAAAGCAGGCACCTTGTCG;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=151;TCR=111;TR=261;WE=53207636;WS=53207618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	53216184	rs4415849	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=37;PP=1301;SC=CAGAAAGGCCAGGAGAGCAGT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=53216192;WS=53216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	53223661	rs7970710	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=20;SC=GGTAACACAGCGAAACTCCGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=53223669;WS=53223656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	53227788	rs139252457	C	T	10569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=112;PP=2965;SC=GCCAAAGCCCCCCAGAGCCCG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=237;WE=53227796;WS=53227778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	53227803	rs2638497	A	G	10722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=119;PP=2965;SC=AGCCCGCCCCAACAAGGCCCC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=131;TCR=119;TR=250;WE=53227811;WS=53227793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	53242440	rs2013335	A	G	10070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=194;PP=2965;SC=TGGGGTCAGCAGATTCTGGTT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=162;TCR=194;TR=356;WE=53242448;WS=53242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr12	53400440	rs61927957	T	G	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=111;PP=2965;SC=TTACTGCCTCTGGATGTTTGG;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=63;TCR=112;TR=174;WE=53400448;WS=53400430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	53416119	rs7975725	T	C	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=100;PP=2965;SC=CCACCTGGGGTTGAATTGGAG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=181;WE=53416127;WS=53416109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	53416251	rs10506315	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=504;SC=AGATAACTTACGGTTTTTGTT;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=53416259;WS=53416241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53421746	rs59856997	CT	C	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.048;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.239;NF=13;NR=40;PP=953;ReadPosRankSum=0.442;SC=GTAACTTTGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.121;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=53;WE=53421755;WS=53421736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr12	53432088	rs7968918	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=763;SC=TGTTTCTTGGTTGTTTTCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=53432096;WS=53432078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	53432107	rs55927246	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=15;PP=1125;SC=CCCTGAAACAACTGATGAATG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=53432115;WS=53432097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	53433089	rs1548204	C	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=34;PP=1701;SC=GTGGTCCAGGCGACGGAGGGA;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=94;WE=53433097;WS=53433079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	53433486	rs8916	C	T	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=38;PP=1023;SC=ATCCAGCTTCCGTAAGTGTTG;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=53433494;WS=53433476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	53433709	rs1356993	C	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=277;SC=GTTCTCATCCCTTCTGCAAGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=53433717;WS=53433703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	53433788	rs1356994	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=22;PP=1507;SC=CTCCTCTCCAATGGACAATGC;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=53433796;WS=53433778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	53448320	rs11170386	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.00;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53455042	rs117152710	A	G	11996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=211;PP=2965;SC=TGTCCCCCAAACCCCAGGTAT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=211;TCR=212;TR=422;WE=53455050;WS=53455032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr12	53662624	rs6580942	C	A	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=28;PP=1579;SC=TTGCTGCCCGCCTTGAAGGTG;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=53662632;WS=53662614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	53662735	rs4758965	C	T	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=101;PP=2965;SC=CTCTGAGTAACCCTATTTCTA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=230;WE=53662743;WS=53662725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	53664148	rs4758963	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=42;PP=2060;SC=CCAACCTTCCGCTTCCTTCCT;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=116;WE=53664156;WS=53664138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	53664308	rs146243389	GTTTGGGGTTGCTCCACTGCCCTCAAACAGC	G	1911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	53666713	rs4759086	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=303;SC=GAAGGGCCTCACCAGCACCCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=53666721;WS=53666703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	53670545	rs1318648	C	A	11070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=187;PP=2965;SC=TGGAGCTGAGCCCCGAGGAGA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=391;TCF=204;TCR=187;TR=391;WE=53670553;WS=53670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr12	53671549	rs2272313	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1532;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GAGGAAGGGAAGTTCTCTCCA;SOR=0.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=53671557;WS=53671539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr12	53677072	rs1609473	T	G	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=80;PP=2965;SC=AGGGCCCTCTTGGAATGGACA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=165;WE=53677080;WS=53677062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	53677089	rs4454760	G	A	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=GACAGGCTATGTGAGAGGGCT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=172;WE=53677097;WS=53677079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	53681883	rs1110719	A	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=26;PP=1345;SC=CTGAGCCTAAAGACGGATGCC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=53681891;WS=53681873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	53682267	rs3080422	CAA	C	7579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=70;PP=2950;SC=GAAGGAAGAACAAAGAGAATG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=92;WE=53682276;WS=53682257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	53682326	rs1110720	G	A	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=56;PP=2084;SC=CCCCAGGTGGGAAGACTCCAG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=112;WE=53682334;WS=53682316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	53682986	rs3214023	C	T	12413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=232;NR=194;PP=2965;SC=TGGCCTTGTGCCTGGGCCACC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=232;TCR=194;TR=426;WE=53682994;WS=53682976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr12	53686703	rs1056685	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=60;PP=1859;SC=CTGGCTGTGCGTGGAAACCTG;SOR=1.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=91;WE=53686711;WS=53686693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	53689190	rs1870240	C	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=663;SC=TGAACTCACACAACAGTCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=53689198;WS=53689180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	53690188	rs59765323	CT	C	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=275;SC=TGAGGATACCCTTTTTTTTTT;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=17;WE=53690196;WS=53690178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	53691944	rs142144136	T	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=37;PP=1150;SC=GGTAAGTTTTTCCTGGGGCAC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=53691952;WS=53691934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	53691962	rs2694861	C	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=767;SC=CACCTCTTGACCCTATCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=53691970;WS=53691952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	53692955	rs1020745	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=25;PP=1534;SC=ACAAACTGTAGTTAGTCGGTC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=72;WE=53692963;WS=53692945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	53693277	rs56249432	TG	T	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=455;SC=GGTGATGAGATGGGGGGTGTG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=53693285;WS=53693267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	53693532	rs1534284	AA	GC	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=10;PP=1578;SC=ATGGGACACCAATTCCTGCGC;SOR=3.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=73;TCR=11;TR=78;WE=53693541;WS=53693522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	53700848	rs1534282	C	T	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=106;PP=2965;SC=AGCGGCTTCACTGGCGGTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=179;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	53700860	rs711316	A	G	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=92;PP=2965;SC=GGCGGTCACCACACCCGAGAG;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=153;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	53702371	rs4759287	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=73;PP=2601;SC=ACTGGTCCCCTGCCAGCTCAC;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=136;WE=53702379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53703021	rs1546808	G	A	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=59;PP=1800;SC=CACCTCCTCGGAACCAGGGAA;SOR=2.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=84;WE=53703029;WS=53703011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	53708011	rs7953255	G	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=29;PP=1681;SC=CCTTTCAGACGTCCTCACCAC;SOR=1.289;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=87;WE=53708019;WS=53708001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	53709708	rs7960963	G	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=526;SC=GCACTCTACGGGCTGTCCTTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=53709716;WS=53709698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	53714290	rs4759232	T	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=403;SC=TAAAGGGGTGTTGACTCATTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=53714298;WS=53714280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	53714496	rs4759231	A	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=55;PP=2175;SC=AAAAGTGAGGAGTGTGACGGT;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	53714509	rs7298879	T	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=49;PP=1812;SC=GTGACGGTGATTCAGTCTCTT;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	53714993	rs4759020	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=326;SC=GCCCTTCTAGCCTCCTGCCGG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=53715001;WS=53714989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	53722098	rs7138938	A	G	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=88;PP=2965;SC=CTGGTTCTCCATGGGTGCGCT;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=127;TCR=88;TR=214;WE=53722106;WS=53722088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	53722128	rs7139272	G	A	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=115;PP=2965;SC=TCAGGTGGTCGCTTCGGGTAA;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=154;TCR=116;TR=268;WE=53722136;WS=53722118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	53775621	rs75266120	G	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=31;PP=1072;SC=ATAGAGTGGGGAAGGTGTTGA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=53775629;WS=53775611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	53775742	rs3832826	CAA	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=413;SC=TCCCCAAAGACAAAGGAGTTT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=53775751;WS=53775732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	53777171	rs3741651	A	G	12014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=210;NR=198;PP=2965;SC=CACAAGCCCAAACAATCACCT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=210;TCR=198;TR=408;WE=53777179;WS=53777161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr12	53817916	rs2272002	T	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=386;SC=ATGGCAGGGCTCAGGTTCCAG;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=53817924;WS=53817906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	53819467	rs2071558	C	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=62;PP=2965;SC=ACAGTGTCCCCAGCAGGTAAT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=53819475;WS=53819457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	53822670	rs3741664	G	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=482;SC=TTCTCTCTGCGTTTCCCCAGG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=53822678;WS=53822660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	53824143	rs11170555	A	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=504;SC=TCTCTGCCAGAGTGTCTGTCT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=53824151;WS=53824133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	53825325	rs10876455	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1386;ReadPosRankSum=0.363;SC=CTGTCTTGTCTGCCTCATCAC;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=74;WE=53825333;WS=53825315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr12	53836696	rs35565249	GTC	G	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=503;SC=TTGAGATGGAGTCTCTGTTGC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=53836705;WS=53836686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	53839770	rs113942405	T	TCTTTCCC	2779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=1864;SC=GATGCTATCTTCTTTCCCCTT;SOR=1.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=27;WE=53839778;WS=53839760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	53861636	rs138035823	TA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	53874892	.	CAT	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=53;QD=31.0;SC=TTATGTGGCGCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=53874901;WS=53874882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr12	53877562	rs784565	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=519;SC=AGGGCCATAACAGATCTCAGT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=53877570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	53878012	rs7313459	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=15;PP=804;SC=AAGGGGAGTTAGGTATTTATT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=53878020;WS=53878002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	53880122	rs3816806	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=814;SC=ATTCCACCTATGGATCTCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=53880130;WS=53880112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	53896984	rs2280448	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=836;SC=ACTCTGCCCCGAGGCCTGGCC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=53896992;WS=53896974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	53901105	rs8192593	G	A	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=116;PP=2965;SC=TAGAGCACAAGTCTCAACCGA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=132;TCR=116;TR=248;WE=53901113;WS=53901095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	53946595	rs3741652	C	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=274;SC=GGTGCTAGAACGCAGGGAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=53946603;WS=53946585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	54066271	rs10876480	C	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=154;SC=CTCCTCTCCCCCAGCCTTGCT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=54066279;WS=54066261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	54067544	rs2857000	A	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=86;SC=GGCAGAGGCTACGGTGAGCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=54067552;WS=54067534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	54067827	rs12422531	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=422;SC=CAACTTGGACCTTCCTGGTCA;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=54067835;WS=54067817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	54069803	rs916134	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=545;SC=GCGCGTGCGCAGCGCACAGAG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=54069811;WS=54069793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	54070062	rs4020138	C	CTG	4558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=69;PP=2957;SC=GGAGCGCCGACTGCAGAAATG;SOR=2.348;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=3;TCR=74;TR=71;WE=54070070;WS=54070052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	54108228	rs2277368	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=592;SC=GAGATCATCCGCTGTCCTGCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=54108236;WS=54108218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	54109733	rs3741658	A	G	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=76;PP=2965;SC=CTGCTGCTGCACTGGCCAACT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=54109741;WS=54109723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	54339052	rs4759058	C	A	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=87;PP=2594;SC=CACCCACCCGCTGCTTGCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=144;WE=54339060;WS=54339042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	54348554	rs72049639	CGGGAT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	54348571	rs199806153	G	GA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	54348578	rs55661050	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	54349365	rs10876524	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=676;SC=CAAACCCGACCTCTTACCAGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=54349373;WS=54349355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	54367061	rs4759315	T	G	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=68;PP=2965;SC=ACTTCTGCTCTCCGTCGCGCA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=106;TCR=68;TR=174;WE=54367069;WS=54367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	54575458	rs971	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=39;PP=1257;SC=CAGCTAAAGGTAACTGTTCTA;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=54575466;WS=54575448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	54575800	rs2233921	C	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=377;SC=TTGCTCCAGTCCAGGAGATGT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=54575808;WS=54575790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	54635846	rs2293602	G	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=112;SC=AAGAAGAAATGTAAGTAAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=54635854;WS=54635836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	54651471	rs1140681	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=56;PP=1628;SC=TAAGGCCACCAGGTCCCTGCA;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=54651479;WS=54651461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	54677980	rs7967622	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=431;SC=TTTTATTATCCCAAATATGAA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=54677988;WS=54677970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	54687232	rs10506328	A	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=48;PP=1627;SC=TCTCTCAGGAACAAGCTGGAT;SOR=0.901;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=54687240;WS=54687222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	54734522	rs35078728	C	CT	215.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=219;SC=ATACTTCCATCTTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=54734530;WS=54734512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	54764618	rs2706248	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=7;PP=773;SC=TGGGGAAAACTCTGAAGAAGG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=54764626;WS=54764613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	54764962	rs2244933	G	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=31;PP=1125;SC=ACATTCCCAGGTACAATATGA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=57;WE=54764970;WS=54764952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	54765005	rs3830651	TCTAA	T	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=1029;SC=GTGGGTTCTTTCTAACTAAGC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=54765016;WS=54764995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	54767613	rs2706258	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=893;SC=ATCACTGTGCCTGGCTCCAGG;SOR=2.613;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=40;WE=54767621;WS=54767603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	54767981	rs3832831	C	CAG	1010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=931;SC=GATCTCCCCACAGAGCTCCCT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=20;WE=54767989;WS=54767971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	54772755	rs2706256	C	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=335;SC=GCAGAGGGAGCGGTAGCCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=54772763;WS=54772745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	54799450	rs1249378	A	G	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=CCACTCACCCATCCCCATTGA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=184;WE=54799458;WS=54799440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	54805753	rs1922254	G	T	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CTGACCCTGTGGGGGGGAAAA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=109;WE=54805773;WS=54805742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr12	54805765	rs1249181	C	T	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=53;PP=1942;SC=GGGGGAAAAGCGAGGCAGTTG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=54805773;WS=54805742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	54920566	rs12369172	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=710;SC=TGCCTTACTTTGTGTTGGCAC;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=54920574;WS=54920556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	54920591	rs12367426	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=470;SC=TCCTTTACACGGTAGGACCTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=54920599;WS=54920581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	54925750	rs10747697	A	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=458;SC=GAAGAGGGAGAGTAATTTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=54925758;WS=54925740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	54932788	rs4758966	T	C	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=69;PP=2390;SC=GGTGTGAGAATAGGGAATGGA;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=128;WE=54932796;WS=54932778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	54955324	rs10747699	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=588;SC=CTGGGGCTCCTGGGGTCAGGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=54955332;WS=54955314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	54955461	rs9668037	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=37;PP=1604;SC=GGAGGAGGGAAAGGACAGGTT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=80;WE=54955469;WS=54955451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	54955545	rs3036634	C	CGT	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.870;NF=0;NR=24;PP=1029;ReadPosRankSum=0.466;SC=ATGTTTTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.316;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=24;WE=54955553;WS=54955535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr12	54955563	.	T	TGC	457	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=60.21;NF=0;NR=24;PP=457;QD=19.2916666667;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=54955571;WS=54955553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,24:0.69:35
chr12	54955647	rs1552957	G	T	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=169;SC=CCCCACCTTTGTAAAAATTGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54955655;WS=54955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	54969998	rs1249949	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=44;PP=1396;SC=GGGGAGGCAGACTGCTTCAAG;SOR=1.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=69;WE=54970006;WS=54969988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	54970454	rs1249950	T	C	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=66;PP=2752;SC=TTCAGGAGAATAAGCAGAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=154;WE=54970462;WS=54970444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	54971347	rs1249951	C	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=44;PP=1286;SC=AAAGGAGGTACCTTCTCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=54971355;WS=54971337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	54974803	rs8407	C	T	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=100;PP=2965;SC=TACTGCCTCTCTCGTGAGTTT;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=163;WE=54974811;WS=54974793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	54975837	rs1249958	T	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=36;PP=1356;SC=CTCCTGGGTTTCTGTGCTCTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=54975845;WS=54975827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	54977925	rs2292490	T	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=390;SC=CTGCCTTCAGTACTGAGGACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=54977933;WS=54977923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	54978225	rs1976821	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=53;PP=1238;SC=AAAAATGCCATGTTAATGCAG;SOR=1.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=54978233;WS=54978215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	54982040	rs142801029	A	AC	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.524;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	55002065	rs1716356	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=4;PP=731;SC=TTAGGGCCTCGTGACATCATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=55002073;WS=55002055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	55002409	rs11170988	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=362;SC=ATACCTGCCCGGGGGCTTGCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=55002417;WS=55002399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	55004150	rs937308	C	A	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=40;PP=1446;SC=AGAGAGGTGGCGGCTAGGCTG;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=71;WE=55004158;WS=55004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	55028808	rs11832807	C	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=250;SC=TCAACAAGGGCTAGGTTGGGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=55028816;WS=55028798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	55039144	rs7966668	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=1016;SC=GGCACCCCTAAGGTGAAGTGG;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=55039152;WS=55039134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	55039817	rs5798318	TG	T	3225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=45;PP=2141;SC=CCCCCTAGTGTGGGGAGGTTT;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=56;WE=55039825;WS=55039807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	55041079	rs903768	T	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=45;PP=1278;SC=AATCTCTGCTTCACAAGGGGC;SOR=2.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=55041087;WS=55041069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	55249002	rs7133564	A	G	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=94;PP=2965;SC=TTCCAGCCTCATGTCAAACAG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=90;TCR=95;TR=184;WE=55249010;WS=55248992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	55250612	rs1349910	A	G	15862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=318;NR=255;PP=2965;SC=CAACCACTGCAACCACTGCTG;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=573;TCF=318;TCR=255;TR=573;WE=55250629;WS=55250602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr12	55714772	rs7132431	G	A	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=56;PP=2483;SC=CCTCTGCATTGCTTGAGTATC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=135;WE=55714780;WS=55714762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	55714876	rs7132347	C	G	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=55;PP=2317;SC=TTTAAAGCTTCATTACTGTAG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=55714884;WS=55714866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	55715048	rs7132600	C	T	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=ATTATCAGAACAATTTTGAGA;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=108;TCR=70;TR=178;WE=55715056;WS=55715038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	55715119	rs7132916	G	A	8206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=131;PP=2965;SC=CATGGTTGTTGTCTCCATCTC;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=275;WE=55715127;WS=55715109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	55725690	rs4318060	C	T	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=78;PP=2965;SC=TTAGAAATCTCATTTACAACC;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=112;TCR=78;TR=190;WE=55725698;WS=55725680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	55804955	rs201481336	GC	G	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.93;QD=34.88;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	55846623	rs11171467	T	C	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=67;PP=2942;SC=ATTATCACCCTAGTTTGTGTG;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=150;WE=55846631;WS=55846613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	55863381	rs10747756	A	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=46;PP=2181;SC=TTGTAGGATAAGAGAAATGTC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=55863389;WS=55863371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	55944926	rs7313959	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=709;SC=TGTTCATTAAGATAAGCTTTA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=55944934;WS=55944916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	55945119	rs7313899	A	G	9866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=144;PP=2965;SC=CATGCTAAGTATCCTAGGAAA;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=186;TCR=144;TR=330;WE=55945127;WS=55945109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr12	56030938	rs10876838	C	T	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=76;PP=2965;SC=CTGGGCTCCCCGCATCCCCAG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=56030946;WS=56030928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	56031273	rs7970885	G	A	12690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=218;NR=222;PP=2965;SC=CGAGATCTCCGTGATGACAGC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=442;TCF=219;TCR=223;TR=440;WE=56031281;WS=56031263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr12	56079084	rs3852533	C	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=90;PP=2820;SC=TATAAGGACACCAGGCCAGAC;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=137;WE=56079092;WS=56079074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	56080148	rs3782239	T	C	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=52;PP=1675;SC=GATGGAAAGATTGAGGAAGGA;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=91;WE=56080156;WS=56080138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	56080164	rs7306191	T	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=37;PP=1127;SC=AAGGACAGGATCCCCTATCTC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=56080172;WS=56080154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	56082506	rs35887029	CA	C	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	56082520	rs11306628	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.80;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	56082785	rs3782240	C	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=780;SC=TCAGCTCAACCCTGCTGAGAC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=56082793;WS=56082775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	56086833	rs147248252	C	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=76;PP=2555;SC=TCCTCCCCACCGCCTTCCTCC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=140;WE=56086841;WS=56086823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	56088206	rs7953669	T	C	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=110;PP=2965;SC=CACCTCACCCTTCCGGCCCCG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=218;WE=56088214;WS=56088196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	56088773	rs2293410	C	T	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=93;PP=2954;SC=TCAGACCCCACTCCTGCTAAG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=166;WE=56088781;WS=56088763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	56089357	rs1800974	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=64;PP=2643;SC=GAAGCGGGCGCGGACCAGCTG;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=154;WE=56089365;WS=56089347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	56089554	rs2293411	T	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=880;SC=CTGCTGCTTATTAGCCATGTG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=56089562;WS=56089544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	56090038	rs7974721	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=1;PP=233;SC=CAGCTCCTCCCCCTGGGCTAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=56090046;WS=56090028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	56091617	rs2293412	A	G	9472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=154;PP=2965;SC=CTAGAGAACCAGCTGTCAGCC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=200;TCR=155;TR=354;WE=56091625;WS=56091607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr12	56093817	rs11171660	T	G	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=59;PP=2135;SC=ACATCCAGAGTAGGGGCCACA;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=103;WE=56093825;WS=56093807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	56096600	rs149446335	AAC	A	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr12	56096816	rs2293413	T	C	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=104;PP=2965;SC=TCCCCCACTCTGTTCATGCAG;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=177;WE=56096824;WS=56096806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	56110675	.	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.972;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=4.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.155;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,36:0.20:181
chr12	56182846	rs3741504	G	C	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=102;PP=2965;SC=TACTTCCATCGAGCCTACATT;SOR=1.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=62;TCR=102;TR=164;WE=56182854;WS=56182836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	56236043	rs2291268	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=515;SC=ATGGTTTAGGGTCAGGAGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=56236051;WS=56236033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56236318	rs7310325	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=271;SC=AGGAGGGACCTGATATGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=56236326;WS=56236308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	56236531	rs7294345	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=43;PP=1933;SC=GACTTACCACAGGCGCCACCT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=56236539;WS=56236521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	56295544	rs147424544	GAAGT	G	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=967;SC=GCAGGAGGTGGAAGTAAGCCA;SOR=3.912;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=20;WE=56295555;WS=56295534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	56295734	rs7302270	A	G	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=85;PP=2965;SC=GCTCTTTGCTAGGCTGGCTGA;SOR=1.052;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=156;WE=56295742;WS=56295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	56298115	rs61956424	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.22;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	56298120	rs61956425	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	56326493	rs57799285	GCA	G	184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	56330572	rs7297871	G	A	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=75;PP=2965;SC=GCAAGGTCTCGGCTCTCTACC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=91;TCR=75;TR=166;WE=56330580;WS=56330562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	56334902	rs184682411	G	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	56335107	rs1136082	A	G	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=135;PP=2965;SC=AGCAGGGGCAAAGGTGAGGAG;SOR=1.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=72;TCR=136;TR=207;WE=56335115;WS=56335097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	56348028	rs1052206	G	A	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=33;PP=1634;SC=GGAGGGGGCTGTTCTCACCAA;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=96;WE=56348036;WS=56348018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	56364321	rs2069408	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=779;SC=TTATCCCCCCAGTGCATTACC;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=56364329;WS=56364311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	56374695	rs773109	G	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=72;PP=2636;SC=AATCAATTCCGATGGTGGAGA;SOR=1.114;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=127;WE=56374703;WS=56374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	56379427	rs1873914	G	C	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=61;PP=2684;SC=CTGATTCAGTGTATTCTTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=142;WE=56379435;WS=56379417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	56384687	rs705698	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=508;SC=CAGAGGACATTCATTGTCTCA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=56384695;WS=56384677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	56398454	rs773115	G	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=66;PP=1924;SC=CTGTCCAGTCGGCCATCACAG;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=108;WE=56398462;WS=56398444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	56417403	rs2658479	T	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=49;PP=2049;SC=AGGATATGAATGGGAAATGGT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=56417411;WS=56417393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	56426577	rs1619653	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1243;SC=AGTATCTCCCACACTGAGGGA;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=56426585;WS=56426567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	56428344	rs2452822	G	C	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=68;PP=2965;SC=CTGAGTTCCTGTTCTCCACAG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=180;WE=56428352;WS=56428334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	56436472	rs705706	T	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=646;SC=GGCTCTGTTCTTTGGAGCCTC;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=56436480;WS=56436462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	56488913	rs705708	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=914;SC=GCCATGTCTTGGGATCAGCTC;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=56488921;WS=56488903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	56493822	rs2292238	A	C	10907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=173;PP=2965;SC=GGGTAAGACAACTTCTAATTA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=198;TCR=173;TR=370;WE=56493830;WS=56493812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr12	56494991	rs2271189	G	A	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=75;PP=2965;SC=CAATGTGTAGGAGCCGGAGCA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=161;WE=56494999;WS=56494981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	56500502	rs34728522	T	TA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr12	56564056	rs60041436	CTTTT	C	703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.865;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=1428;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTGTCTAACACTTTTCTTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=56564068;WS=56564045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr12	56575742	rs773644	T	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=50;PP=2263;SC=GGGTAGACTGTTCCTGGCATT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=56575750;WS=56575732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	56601237	rs703823	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=1040;SC=CCACCCAAACACATAAGACAT;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=56601245;WS=56601227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	56604416	rs10532115	GAT	G	2765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=39;PP=1925;SC=GCCTGGATATGATATAACTCT;SOR=2.658;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=40;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	56604420	rs79677444	T	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1204;SC=GGATATGATATAACTCTACAA;SOR=2.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=49;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	56607927	rs4759218	C	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=65;PP=2101;SC=ACACTCATTGCCAAGATCCAT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=108;WE=56607935;WS=56607917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	56625045	rs1274497	T	C	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=65;PP=2965;SC=GCCCCTAAGCTATTCCCCTCA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=162;WE=56625053;WS=56625035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	56629276	rs901073	A	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=492;SC=GGCTTGCCACAATCCATGCAA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=56629284;WS=56629274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	56647911	rs808919	G	C	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=64;PP=2469;SC=CGCCATTGGTGGAGACTGCAG;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=149;WE=56647919;WS=56647901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	56649601	rs1274490	A	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=17;PP=930;SC=CATGGTGCAGAGCACTGCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=47;WE=56649609;WS=56649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	56650742	rs1274491	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=670;SC=ACCCTTAACCCCCACCTTTAA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=56650750;WS=56650732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	56717466	rs773665	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=42;PP=1243;SC=CGTCTTCAAACTGGGATTCCT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=56717474;WS=56717456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	56722060	rs1918496	T	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=57;PP=1936;SC=TCAATCTCTATTATGTGATTC;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=56722068;WS=56722050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	56726518	rs2643626	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1106;SC=CTGGCTATCTGCAAAGCAGCT;SOR=2.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=54;WE=56726526;WS=56726508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	56814256	rs10631263	G	GGAT	2203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=9;PP=1369;SC=ATGACGATAAGGATAAGGAGG;SOR=2.110;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=31;WE=56814264;WS=56814246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	56814653	rs2291739	G	A	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=70;PP=2965;SC=CCATAGGAGCGGGATAGAAAA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=164;WE=56814661;WS=56814643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	56815281	rs2291738	T	C	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=97;PP=2965;SC=AGGACATCTATAAAAAGCAAG;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=185;WE=56815289;WS=56815271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	56818982	rs12824030	G	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=1000;SC=GCTAAAGAGGGCTTTCCCCAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=56818990;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	56822641	rs774028	G	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=233;SC=CTAGCTCACTGTATCTCCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=56822649;WS=56822631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	56826061	rs774040	G	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1218;SC=GCCTTCCCCAGATAATGCAGC;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=56826069;WS=56826051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	56827694	rs2279665	C	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=27;PP=965;SC=AATAGCGGATCAGATCCTTCA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=56827702;WS=56827684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	56827974	rs2638312	C	T	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=76;PP=2369;SC=GACCAACCAACAGAGAAGGAA;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=142;WE=56827982;WS=56827964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	56845296	rs2643622	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	56845303	rs2088155	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	56862886	rs2657881	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=37;PP=2225;SC=AGAGATGATATGGGTGTCAAA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=128;WE=56862894;WS=56862876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	56865338	rs2657879	A	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=35;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.629;SC=AGTTTCAGAGAGTGTGTAGGA;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=106;WE=56865346;WS=56865328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr12	56866334	rs2638314	T	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=670;SC=TCTCCTTTTTTAAAAAAATTT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=56866342;WS=56866324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56866962	rs2657878	C	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=19;PP=1379;SC=CGTGAGCCACCGCACCTGGCC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=56866970;WS=56866952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	56869577	rs5798384	C	CT	2892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=46;PP=2441;SC=GCTTTCCTCTCTGAGGCCAGC;SOR=1.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=53;WE=56869585;WS=56869567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	56869949	rs34325581	C	CT	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=282;SC=CTTTCTCTTTCTTTTTTTTGA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=56869957;WS=56869939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56869971	rs79174190	TTTGTCACCC	T	369.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=752;SC=ACAGTCTTGCTTTGTCACCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=56869987;WS=56869961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	56872770	rs34646954	GA	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.115;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	56915761	rs374537234	TTC	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.29;MQRankSum=-1.564;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	56915782	rs808929	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=9;PP=607;SC=TCTCTCTCTCGCTCGTTCCCT;SOR=1.445;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=31;WE=56915790;WS=56915772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	56933651	rs2657902	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=62;PP=2266;SC=CTGAGAGGCCGGATGCTTCAT;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=56933659;WS=56933641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	56933722	rs2657903	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=40;PP=1116;SC=GCTTTTAACCGTGTGCTCCCT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=47;WE=56933730;WS=56933712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	56956213	rs3759091	T	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=822;SC=ATATGTGTCATTGGCTCAGCA;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=56956221;WS=56956203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	56982290	rs2470385	C	T	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=164;SC=ATACGAAGAACGTAGGAAGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=56982298;WS=56982280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	57034015	rs201281818	AT	A	42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	57037583	.	T	C	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=114;PP=2965;SC=TTTCCTCCCATATTAGGTTTG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=146;TCR=114;TR=260;WE=57037591;WS=57037573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	57065713	rs2958154	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=699;SC=TCTCACCTTTCTCATTTCTTT;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=57065721;WS=57065703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	57106660	rs4788	A	T	6921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=119;PP=2965;SC=TGACCAATTCAATGTCCTTAA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=115;TCR=119;TR=234;WE=57106668;WS=57106650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	57106810	rs898609	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=1135;SC=AATGCTATACGGCGAGAGTTA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=57106818;WS=57106800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	57108203	rs4902	A	G	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=GTTCTTCATCAATTTCAGCTG;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=185;WE=57108211;WS=57108193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	57109792	rs2958149	A	G	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=97;PP=2965;SC=AATCAGAGGCAGCAGCTCATC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=203;WE=57109800;WS=57109782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	57109931	rs2926747	A	T	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=62;PP=2390;SC=ACTGGTGGGGAGGGTGCTGCA;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=57109939;WS=57109921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	57112637	rs11171951	G	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=57;PP=2562;SC=GGGAAGGGCAGATTCACCACT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=57112645;WS=57112627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	57114100	rs2926743	A	G	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.629;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AGATAATGAAAAAGAGGTAGC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=95;TCR=113;TR=206;WE=57114108;WS=57114090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr12	57114307	rs2958127	A	T	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=58;PP=2857;SC=AATGGTCTTCACTGTAGGGTC;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=148;WE=57114315;WS=57114297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	57132186	rs56401813	AT	A	2474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=1605;SC=AAAACCCTGTATTTAAAGTGA;SOR=0.840;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=40;WE=57132194;WS=57132176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	57133140	rs1131514	T	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	57137828	rs1026565	T	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=20;PP=1090;SC=CTTAAAGTGCTTGGAGACTTT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=57137836;WS=57137818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	57140461	rs2958129	A	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.91;ReadPosRankSum=0.538;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr12	57140506	rs2958130	G	A	7433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=88;PP=2965;SC=ATAGTTAATAGTAGTCAGAGG;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=142;TCR=88;TR=230;WE=57140514;WS=57140496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	57486647	rs324019	A	G	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=21;PP=1385;SC=GTGCTCTGCCAGTCGAGTGGC;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=77;WE=57486655;WS=57486637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	57492996	rs841718	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=485;SC=AGGATGACACGCGGGCAGGGA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=57493004;WS=57492992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	57502182	rs324011	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=320;SC=TCCTAGGGACCGTCCCCACCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=57502190;WS=57502172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	57577070	.	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=21;PP=1363;SC=GGATGATATCAAAGGAGAAGC;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=57577078;WS=57577060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	57581028	rs6581127	C	G	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=37;PP=2965;SC=CCTGACAAATCGCTGCTCCTG;SOR=2.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=121;TCR=37;TR=158;WE=57581036;WS=57581018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	57585144	rs1800139	C	T	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=95;PP=2965;SC=TCGGGCTGGCCGTGTATGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=183;WE=57585152;WS=57585134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	57587839	rs1800187	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=32;PP=935;SC=TCCTCCCCATCGCTCACTGCA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=57587847;WS=57587829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	57589784	rs7397167	A	C	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=138;PP=2965;SC=TGCACCAGCCAAGGTGGGCCC;SOR=0.975;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=118;TCR=138;TR=256;WE=57589792;WS=57589774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr12	57589865	rs1800189	C	T	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=91;PP=2965;SC=TCCGCCCCTCCGCAGAGCACA;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=181;WE=57589873;WS=57589855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	57590735	rs7308552	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=1202;SC=CCCTGCCACATGCCCAGCCCA;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=57590743;WS=57590725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	57590869	rs7308698	T	C	10811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=217;NR=164;PP=2965;SC=GCATCAACACTCATGGCAGCT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=217;TCR=164;TR=381;WE=57590877;WS=57590859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr12	57592557	rs1800168	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=72;PP=2105;SC=ACATAAAAAGCGGAGGATATG;SOR=1.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=105;WE=57592565;WS=57592547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	57593101	rs1140648	G	A	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=154;PP=2965;SC=ACAAGACCACGGGCACCAACA;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=109;TCR=154;TR=263;WE=57593109;WS=57593091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr12	57593894	rs1800159	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=476;SC=CTCTGTCCTAATGTCCTCATG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=57593902;WS=57593884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	57602815	rs7956957	C	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=17;PP=1164;SC=CTTTCCACCCCGAGCCTGGGT;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=57602823;WS=57602805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	57604802	rs1800164	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=1038;SC=AGCCAGGCCCAAGCTGCTGGC;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=57604810;WS=57604792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	57605168	rs10783814	T	C	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=87;PP=2965;SC=TCCACCCAGCTGGGCCCCTGC;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=160;WE=57605176;WS=57605158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	57606386	rs7304504	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=24;PP=677;SC=GCCCCCTGCCAGTGAAGTCCT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=57606394;WS=57606376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	57610616	.	GCCGCCGCTC	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	57614958	rs7134826	G	T	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=83;NR=45;PP=2327;SC=AGGCTGTCCTGTCCACCCCAC;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=128;WE=57614966;WS=57614948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	57619209	rs7979061	C	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=49;PP=2317;SC=CGGCGGGGCCCGGGCTTGGGG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=57619217;WS=57619199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	57637593	rs3204635	G	A	6315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=141;PP=2965;SC=GCGCCCGCACGCCTAAATTTC;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=84;TCR=141;TR=224;WE=57637601;WS=57637583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	57639190	rs7139342	C	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=193;SC=GGTCTCCCTCCGTCACCCAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=57639198;WS=57639180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	57649840	rs4075325	C	T	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=81;PP=2965;SC=GGTTTCCATGCTTCAGTCCAC;SOR=1.326;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=140;TCR=82;TR=221;WE=57649848;WS=57649830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	57652963	rs6581131	G	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=103;SC=CTCAAGCTACGTCTTGCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=57652971;WS=57652953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	57693060	rs4760126	G	A	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=32;PP=1551;SC=CAGTAAGGCTGGCAGGTGCCA;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=57693068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	57704005	rs57612216	GA	G	2110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.509;NF=15;NR=37;PP=809;ReadPosRankSum=2.056;SC=GTCTCTAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.521;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=52;WE=57704013;WS=57703995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,91:0.93:98
chr12	57829129	rs560048	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=465;SC=CCAGGTGTCCCGACAACCCCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=57829137;WS=57829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	57843014	rs776037	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=28;PP=1593;SC=GTTGGTAGAACTGACAGTCAG;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=57843022;WS=57842999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	57843711	rs2229357	G	A	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=57;PP=1886;SC=CCCACGGCCCGGCGCCCCCTG;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=57843719;WS=57843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	57848639	rs3809114	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=16;PP=810;SC=CCTAGCCCCAGTGCTAGAAAT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=57848647;WS=57848629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	57848708	rs3809113	C	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=37;PP=1565;SC=CACTGGAACTCACAGCTGCCT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=57848716;WS=57848698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	57857354	rs10876987	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=872;SC=GGGTGGGGGATACCAGGGATG;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=57857362;WS=57857344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	57858414	rs3817475	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=49;PP=2608;SC=ATGGAGAGACATGCCCCTTTA;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=150;WE=57858422;WS=57858404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	57858835	rs3817474	G	A	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=50;PP=2462;SC=CCTCCAAATAGCCCAATCCTT;SOR=1.210;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=136;WE=57858843;WS=57858825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	57859431	rs2228225	G	A	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=87;PP=2965;SC=AGTGCCGGGAGGAACCCTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=190;WE=57859439;WS=57859421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	57859932	rs2292657	G	A	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=5;PP=1329;SC=AGGTGGAGTCGTGGAAGAGGA;SOR=3.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=52;WE=57859940;WS=57859922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	57865321	rs2228224	G	A	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=91;PP=2965;SC=TTTCTGGGGGGTTCCCAGGTT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=197;WE=57865329;WS=57865311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	57865821	rs2228226	G	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=44;PP=1332;SC=TGGGGAAACAGAATTCCTCAA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=57865829;WS=57865811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	57865928	rs474058	A	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=8;PP=222;SC=CTGCAGTCCCATGCACAAGAT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=57865936;WS=57865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	57869241	rs527226	T	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=30;PP=1814;SC=GCTCCCGGACTCTCCCTCCCC;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=57869249;WS=57869231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	57869447	rs2277318	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=52;PP=1984;SC=GAGAAATCTGTATCCCTAGCT;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=57869455;WS=57869437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	57869476	rs2277317	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	57869486	rs2277316	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.85;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	57869500	rs524522	A	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=32;SC=CGGCCCAGGCAAGGGCTCTCC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=57869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	57869530	rs3216740	CA	C	2205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=1758;SC=ACCCTGCCCCCAACTGCTCCT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=57869538;WS=57869520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	57869582	rs2277315	T	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=40;PP=2094;SC=TCCCGGCCGGTCGGAGCCTCC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=57869590;WS=57869572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	57870121	rs486699	A	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=20;PP=1959;SC=GCCCGCACCCATCCTGCGCCT;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=57870129;WS=57870111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	57870155	rs11544238	A	C	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=46;PP=2673;ReadPosRankSum=-0.664;SC=ACCCAGCCTGAGGAGGGCGCT;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=139;WE=57870163;WS=57870145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr12	57870463	rs10706671	AG	A	4702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.195;NF=5;NR=68;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GGGATCTGTAAGTCACCCTCG;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=73;WE=57870471;WS=57870453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr12	57870648	rs512490	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=497;SC=GAAATGGGAGATTCACATGGG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=57870656;WS=57870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	57871555	rs3825080	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=37;PP=1147;SC=TCCCTCCCCCATTGTCTTCTC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=57871563;WS=57871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	57883801	rs899653	G	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=35;PP=1260;SC=TGGTGTAGGGGTTACAGAATG;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=57883809;WS=57883791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	57891804	rs537161	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=838;SC=CCTGTGGGTTTGTGTGCAGAA;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=57891812;WS=57891794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	57905687	rs1284467	A	G	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=77;PP=2965;SC=ATTCAGCCTTAGTGTTGAAAC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=164;WE=57905695;WS=57905677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	57920262	rs2127318	T	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=17;PP=1201;SC=CTTTGAGGGTTTTCTGGGTTG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=57920270;WS=57920252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	57938014	.	C	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1270;ReadPosRankSum=1.196;SC=TCCCTTGATACCAAAATCTGC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=70;WE=57938022;WS=57938004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr12	57940749	rs775325	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=15;PP=521;SC=CTGGTTTCTGCTGGGGGTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=57940757;WS=57940739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	57968738	rs11172254	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=249;SC=GCTAAAGGTCGTTTGGAAAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=57968746;WS=57968732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	57970540	rs201366820	G	A	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=CTGATGCTCTGTAGCCTAAAT;SOR=0.890;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=168;WE=57970548;WS=57970530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	57975570	rs775247	A	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=197;SC=CAGCTCTATCACTGAGGATGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=57975578;WS=57975560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	57994743	rs775235	T	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=73;PP=2607;SC=CTCCTGCTCTTGTGGGCTCCT;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=135;WE=57994751;WS=57994733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	57995089	rs812873	T	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=57;PP=2557;SC=AGTATGATGCTAAGAAGAAAG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=137;WE=57995097;WS=57995079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	58000378	rs703834	G	A	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=78;PP=2965;SC=GGAGGGGCAAGTTGTTTCTAT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=173;WE=58000386;WS=58000368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	58003922	rs10437954	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=559;SC=GCAACTCCCCGGACGCGCGCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=58003930;WS=58003912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	58008952	rs703833	C	T	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=16;PP=1367;SC=GGCAACTGGCCGAGGAGGCCT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=58008960;WS=58008942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	58013175	rs2277324	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=582;SC=TCCAAGCCGCGGCTCTCGCCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=58013183;WS=58013165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	58015494	rs923828	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=36;PP=1645;SC=CTTGCTGACTGCGCTGCCTCG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=58015502;WS=58015484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	58019472	rs774895	T	G	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=84;PP=2837;SC=GGGGAGCCTGTTAAGGGGCAG;SOR=1.150;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=144;WE=58019480;WS=58019462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	58026001	rs2307095	G	A	6949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.852;SC=CGTCCTCAGAGGCTCCTGCCG;SOR=0.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=121;TCR=112;TR=233;WE=58026009;WS=58025991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr12	58089413	rs3825078	A	T	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=64;PP=2703;SC=CTCCTTACTGAAAGTCTGGAG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=166;WE=58089421;WS=58089403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	58090232	rs72303843	AGTCGG	A	3678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	58090242	.	GGGGC	G	226.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=2.157;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr12	58090243	.	GGGC	G	853.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr12	58110062	rs141328077	T	TG	308.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=1.163;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr12	58112189	rs799265	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=955;SC=GGGAACTGGAAAACATCATCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=58112197;WS=58112179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	58124803	rs238523	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1264;SC=AAGCAGTCAACATGGTACAGA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=58124811;WS=58124793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	58126234	rs17852479	C	A	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=116;PP=2965;SC=GGGAGCTGGGCAGGGACTTGC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=131;TCR=117;TR=246;WE=58126242;WS=58126212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	58127766	rs238526	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=663;SC=GTAGCCTCCTTAGGGCCTCCC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=58127774;WS=58127756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	58135659	rs238530	T	C	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=41;PP=2034;SC=TGCTAGTCCCTGATACACCCA;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=112;WE=58135667;WS=58135649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	58139743	rs11172318	G	A	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=720;SC=TGGGAGGGCTGTCATCTAAGG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=58139751;WS=58139733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	58145156	rs2270777	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=57;PP=1727;SC=CTTTTCAATCCCCTTTAACCC;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=58145164;WS=58145146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	58149446	rs1689582	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=20;PP=663;SC=CCTTCGCTGGCTGCTCCACCC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=58149454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	58150989	rs35101706	CCA	C	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=45;PP=2249;SC=CCGCCAGTTACCACAGTCTCC;SOR=2.507;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=48;WE=58150998;WS=58150979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	58151687	.	G	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=19;PP=1496;ReadPosRankSum=0.216;SC=CAGAGCACTTGCCCAATCCTG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=80;WE=58151695;WS=58151677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,88:0.77:115
chr12	58202419	rs2277326	C	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=200;SC=TATGAAGCCACATGATATAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=58202427;WS=58202409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	58204283	rs2172521	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=56;PP=1914;SC=ACTCCTATTTTAGCACGGCCC;SOR=1.469;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=58204291;WS=58204273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	59197223	rs1148531	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=196;SC=CCTTGGTGCCAGATTTCCATG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=59197231;WS=59197213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	59917023	rs12580155	T	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=920;SC=TTACACAGGGTTGGATAATTA;SOR=2.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=59917031;WS=59917013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	59917126	rs12580166	T	A	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GTACAGGCAATCAGTGATGGT;SOR=0.369;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=139;TCR=96;TR=234;WE=59917134;WS=59917116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr12	60113674	rs11173121	G	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=200;SC=AATTTTCCGTGGTCCACTGGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=60113682;WS=60113664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	62928747	rs11364534	TA	T	1645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=857;SC=CTGTGTCAGTTAAAAAAAACA;SOR=1.498;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=37;WE=62928755;WS=62928737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	63113828	rs342170	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=500;SC=CCTTGTCTTTTACCACAAACC;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=63113836;WS=63113824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	63114156	rs2270484	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=37;PP=991;SC=GCAAATTGAGACAGGCCATAT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=63114164;WS=63114146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	63359011	rs699595	A	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=780;SC=TGAAAAAAAAAAATCAAACCT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=63359019;WS=63359001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	63359168	rs699596	G	A	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.117;NF=121;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.099;SC=ACCTCATGCCGGAAAATTGGT;SOR=0.255;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=223;WE=63359176;WS=63359158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr12	63359409	rs699597	C	A	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.44;NF=31;NR=43;PP=1580;SC=GAAAGGAAAGCCAAGATGACA;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=63359417;WS=63359399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	63359549	.	ACTGCTGCTG	A,ACTG	3690.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=19,19;NR=31,31;PP=64,2922;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=50,50;WE=63359565;WS=63359539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.87:92
chr12	63359820	.	A	ATAATAGTGAG	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=51.59;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	63543551	.	TTC	T	132.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	63544209	rs1042615	A	G	8571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=153;NR=146;PP=2965;SC=AGGCCGACGCAAACATGCCGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=153;TCR=146;TR=299;WE=63544217;WS=63544199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	63964640	.	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-2.103;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr12	64383670	rs3741607	T	C	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=65;PP=2801;SC=GTGGTAATTCTGTGTTTCTTC;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=64383678;WS=64383660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	64472803	rs789710	A	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=89;PP=2932;SC=CCACAGAATCAGTGAAGTCCA;SOR=1.104;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=158;WE=64472811;WS=64472793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	64485593	rs5798729	A	ACC	958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=921;SC=GAATTGTAAGACTATGATCTA;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=64485601;WS=64485583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	64587633	rs699638	C	A	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=17;PP=1285;SC=TAACCTTTGGCTCCAGGTTTC;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=64587641;WS=64587623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	64609562	rs2335390	C	T	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=31;PP=1438;SC=AGAAGTCTGCCATCTCCATCC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=64609570;WS=64609552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	64661209	rs1657057	AT	CC	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=251;SC=GCATTTTCAGATCTCCAATCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=64661218;WS=64661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	64669018	rs5798743	AT	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=176;SC=ATAATATATAATAGTCATGTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=64669026;WS=64669008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	64669090	rs1002392	C	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=196;SC=GCTGAAAGACCAGAAGTATCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=64669098;WS=64669080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	64669270	rs10878132	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=423;SC=GAGACAAGGTCTCATGCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=64669278;WS=64669260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	64671412	rs10624687	C	CTA,CTATA	1987.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17,17;NR=15,15;PP=1064,104;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GCCAGGGCCCCTATATATATA;SOR=1.765;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=32,32;WE=64671420;WS=64671402;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.82,0.15:66
chr12	64697635	rs10878142	T	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=166;SC=ATGATTACTGTCAGGTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=64697643;WS=64697625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	64710319	rs7310610	C	G	4505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=58;PP=2965;SC=TGCTACTACACCACACCTGGC;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=145;WE=64710327;WS=64710309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	64712511	rs7955105	A	G	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=62;PP=2725;SC=ACTCATTTCCATTCCCATTGC;SOR=0.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=147;WE=64712519;WS=64712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	64712546	rs113411861	A	AGTT	7707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=59;PP=2957;SC=TCACTTATGGAGTTGTGATCT;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=89;WE=64712554;WS=64712536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	64724815	rs11392869	T	TA	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5217;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.560;NF=2;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TTCCTTGACTTAAAAAAAAAA;SOR=0.409;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=64724823;WS=64724805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr12	64833249	rs10878172	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=267;SC=CACCATTTTGAAATTATGAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=64833257;WS=64833239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	64838922	rs6581565	G	T	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=75;PP=2534;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GTAGGTATTTGTGAAGCTCAC;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=129;WE=64838930;WS=64838912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr12	64858100	rs57810028	A	AT	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=2.973;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CCAATCAATGATTTTTTTTTT;SOR=2.004;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=64858108;WS=64858090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr12	64875787	rs7486100	T	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=354;SC=AGATTTATATTCATAGCTATA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=64875795;WS=64875777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	65004316	rs3741747	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=3;PP=1087;SC=TGCCCGGGGCTGCGCGCCGGG;SOR=3.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=39;WE=65004324;WS=65004306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	65004387	rs3741748	C	T	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	65134536	rs1690277	C	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=329;SC=TGGATTACTACAGTAGATAAT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=65134544;WS=65134526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	65146532	rs1147096	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=20;PP=933;SC=TTTTCTTTAGCGGTGTCTGTA;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=65146540;WS=65146522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	65146676	rs1147095	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=24;PP=774;SC=AAAGAGAGTCTTGTATGATTC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=65146684;WS=65146666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	65150485	rs2620733	C	T	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=65;PP=2509;SC=TGCTCTTGTCCTAGCTCTTCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=65150493;WS=65150475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	65222347	rs1144426	C	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=1249;ReadPosRankSum=0.741;SC=TTCTTTAGAGCCTCTGGAATG;SOR=3.506;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=50;WE=65222355;WS=65222337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr12	65232699	rs3741740	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=972;SC=TGTGCTCTAACGTGTAAAGCA;SOR=3.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=65232707;WS=65232689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	65270436	rs7311657	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=509;SC=CCAGCTCTAGACTGCAGACGC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=65270444;WS=65270426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	65460368	rs3782498	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=852;SC=AACTTATTCTAATCAAACATT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=65460376;WS=65460358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	65462429	rs72205564	ATGTGTGTGTG	A	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	65477613	rs150722125	TTTC	T	886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=42.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	65514266	rs7301320	T	C	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TTCTCTGTTGTGCTTTTCTGA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=128;WE=65514274;WS=65514256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr12	65604694	rs11175678	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=31;PP=1015;SC=TCTTTTTTTCCTTCCTTGATA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=65604702;WS=65604684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	65609707	rs34604927	G	GT	164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=133;SC=ATTATTTGGTGTTTTTTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=65609715;WS=65609697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	65633880	rs34562240	GTGAT	G	2066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=10;PP=1431;SC=ATTATGTCAAGTGATTGATTC;SOR=1.562;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=28;WE=65633891;WS=65633870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	66517828	rs2464304	T	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=32;PP=940;SC=AACTATTAACTCCATGTATGA;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=66517836;WS=66517818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	66531694	rs1185629	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=645;SC=CTTTTTTCTCATTAAATTTTT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=66531702;WS=66531684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	66533329	rs11176056	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=390;SC=TTTCCAGGCCAGCGTGTAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=66533337;WS=66533319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	66546100	rs8793	A	G	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	66605228	rs1152888	A	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=13;PP=756;SC=TTCCTAAGGAATACTGCTTAA;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=66605236;WS=66605218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	66725160	rs1185244	C	T	6641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=91;PP=2965;SC=GCAGATTTTCCGTCCCCACGG;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=137;TCR=91;TR=228;WE=66725168;WS=66725150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	66725202	rs1168312	C	T	8302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=121;PP=2965;SC=GGACCCAGCACACCGTCAGCA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=160;TCR=121;TR=281;WE=66725210;WS=66725192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	66731864	rs1168329	C	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=14;PP=556;SC=TCAAGCCCACCGATAATCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=66731872;WS=66731854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	66732057	rs1183274	C	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=160;SC=AACACGTCATCATGAGAACTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=66732065;WS=66732047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	66771108	rs35635542	AT	A	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=166;SC=CTTGCCAGACATTTTTTTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=66771129;WS=66771098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	66771121	rs148141593	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=267;SC=TTTTTTTTTTTTTTTGAGACG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=66771129;WS=66771098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	66786073	rs7970076	A	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=41;PP=2009;SC=TCTGGGGGACAAAGTAAAGAC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=116;WE=66786081;WS=66786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	66786091	rs13277	G	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=60;PP=2749;SC=GACATACCTTGAGTTCCATAG;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=146;WE=66786099;WS=66786081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	66786341	rs7970771	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=29;PP=1110;SC=AATATACCAAGATACTCCGTG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=66786349;WS=66786331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	66786644	rs2270594	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=41;PP=1211;SC=TCCCTGTATGGTACTGAATAT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=66786652;WS=66786634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	66826527	rs143524823	GAAGT	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=257;SC=TGTAGGAACTGAAGTAAGATG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=66826538;WS=66826517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	66826555	rs6581694	A	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TTAAAATCCTAGTAAATTAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=66826563;WS=66826545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	66909389	rs12316942	C	T	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=41;PP=2007;SC=CCCTCAGGACCCCAACATACC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=66909397;WS=66909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	66933149	rs10219689	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=490;SC=TCCTAGGAGACGGTGGGCCCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=66933157;WS=66933139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	66935833	rs10878446	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=591;SC=ATGAGAAAAGATATTTATGGC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=66935841;WS=66935823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	68045455	rs7307918	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=596;SC=ATTTGGGTTTCGATGGTGGTT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=68045463;WS=68045445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	68552041	rs2234686	TA	T	384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	68688939	rs7958232	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=737;SC=AAGTAGAAAACGTTAGGAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=68688947;WS=68688929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	68707287	rs2306392	G	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=26;PP=1158;SC=CCTCTGTTCTGGGGCTGGAGG;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=68707295;WS=68707277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	68708761	rs2306393	C	T	12483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=251;NR=188;PP=2965;SC=AGATTTCTCACGTACATCCAA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=251;TCR=189;TR=439;WE=68708769;WS=68708751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr12	68715417	rs7964052	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=227;SC=CTCTGAAATGGAAATCATTTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=68715425;WS=68715407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	68719216	rs2870812	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=8;PP=510;SC=CATCCATTAAGCTACCTGATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=68719224;WS=68719206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	68720627	rs962976	G	A	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=77;PP=2965;SC=TCTTTCTTGAGTAACATCCTT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=162;WE=68720635;WS=68720617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	68721040	rs962977	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=406;SC=ATTAAAAATCAGGGGGTCACA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=68721048;WS=68721030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	68724951	rs3741808	G	T	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=68;PP=2735;SC=TACAAGACTCGGACAAATAAG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=143;WE=68724959;WS=68724941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	69126558	rs112960972	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CTCCTGGGCTCCATTCTTCTT;SOR=1.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=55;WE=69126566;WS=69126548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr12	69141678	rs57821268	T	A	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=231;SC=TTGAATTTAATCTGAACAACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=69141686;WS=69141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	69202164	rs937283	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=11;PP=925;SC=GAGTGGAATGATCCCCGAGGC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=69202172;WS=69202154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	69202326	rs2870820	C	T	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=53;PP=1688;SC=ACGGTGTCCCCTCTATCGCTG;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=69202334;WS=69202316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	69207162	rs1470383	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=92;SC=ATTGGATACTGTCTGTGATCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=69207170;WS=69207152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	69250548	rs3741598	C	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=46;PP=1293;SC=CACTAAAATGCAGCCTTTGTG;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=69250556;WS=69250538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	69265578	rs2228654	A	G	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CGATGCTGTAATAACAGTCAG;SOR=0.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=220;WE=69265586;WS=69265568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr12	69279736	rs2701085	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=561;SC=GAACTCTGGTAAGACTAGGAA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=69279744;WS=69279726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	69326547	rs7978197	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=60;PP=1883;SC=CCCTTCCTGGCGGTGGTAGTT;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=69326555;WS=69326537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	69753595	rs622656	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=418;SC=GAGGAGTTGACGGTTACTCAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=69753603;WS=69753588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	69753830	rs623853	G	A	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=82;PP=2435;SC=CCCCTCTTCCGGGGTGGCTCT;SOR=1.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=130;WE=69753838;WS=69753820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	69753847	rs554591	T	C	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=65;PP=1957;SC=CTCTCCCGCCTCGGTTCCTCC;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=69753855;WS=69753837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	69756762	rs10784775	G	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=542;SC=ACAACCTGTAGTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=22;WE=69756770;WS=69756752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	69759551	rs11286051	AT	A	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=627;SC=ATAATTTACTATTTTTTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=28;WE=69759559;WS=69759541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	69764388	rs2291005	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=292;SC=TTTGACATGTATATACTTATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=69764396;WS=69764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	70065126	rs5798946	CT	C	67.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	70070942	rs710718	A	G	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=77;PP=2965;SC=AAAGAATTCCATGAAAAGTAT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=184;WE=70070950;WS=70070932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	70078172	rs710714	C	T	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=230;SC=TTATTGCCCTCGAGCCAAAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=70078180;WS=70078164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	70088085	rs3050191	AGT	A	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=27;PP=2401;SC=TCCCATGCAGAGTCATCGGTG;SOR=1.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=50;WE=70088094;WS=70088075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	70091356	rs710710	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	70091432	rs775429	T	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	70149518	rs76006484	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=530;SC=AAGTTTTACTATTTTTAGAAA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=70149526;WS=70149508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	70188142	rs17107111	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=271;SC=TTGCTTCAATTGTAAACATTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=70188150;WS=70188132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	70195293	rs10879014	T	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=328;SC=AGTGGAACTTTGGAGAAGAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=70195301;WS=70195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	70272783	rs75388650	C	T	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=47;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GAAACAAAAACGCAATGTATG;SOR=0.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=129;WE=70272791;WS=70272773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr12	70272919	.	CCTCCTCG	C	4958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TGTTGCTCTTCCTCCTCGACT;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=52;WE=70272938;WS=70272909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,172:0.98:175
chr12	70272928	.	C	CGGCGGG,CGGCGGGTG	8266.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=2965;SC=TCCTCCTCGACTCTGGGCCGT;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=52;WE=70272938;WS=70272909;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:172
chr12	70272929	.	TC	CA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=36;NR=35;PP=2947;QD=20;SC=CCTCCTCGACTCTGGGCCGTG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=71;WE=70272938;WS=70272909;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:47,71:0.60:118
chr12	70272929	.	T	TG	8315.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.97;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	70272930	.	C	CA	8218.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.02;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	70273171	rs7970982	C	T	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TGGACCAATCCGTGTCCTCCC;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=159;TCR=186;TR=343;WE=70273179;WS=70273161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr12	70273276	rs116814265	G	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TTTGCGGAAAGCCTCGGAGCA;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=52;WE=70273284;WS=70273266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr12	70273303	rs1240286	C	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=873;SC=CTCTGGCAGGCACCTAGAGAG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=70273311;WS=70273293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	70274160	rs1240287	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=520;SC=GAGCAGCCCTGCAAAAGTTTC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=70274168;WS=70274150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	70280797	rs1612447	T	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=28;PP=876;SC=AAGACAGTGCTAAATCTCAGT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=70280805;WS=70280787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	70321450	rs1239822	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=233;SC=AACCAATTTTCTCTCTCTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=70321458;WS=70321440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	70330087	rs813147	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=86;PP=2965;SC=CACAGGAGCCAGCTCTGCTGC;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=172;WE=70330095;WS=70330077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	70351684	rs10879065	C	A	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=43;PP=1803;SC=AACCAAAGGGCTGGAAAGCCA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=70351692;WS=70351674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	70351905	rs2307086	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=9;PP=806;SC=AGCAACACCCATCAAAAGCTG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=70351913;WS=70351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	70352021	rs2307087	C	T	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=96;PP=2965;SC=CTTTTATTCACTATTTAGGGA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=208;WE=70352029;WS=70352011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	70352198	rs35912210	CT	C	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.72;MQRankSum=0.539;NF=5;NR=25;PP=385;ReadPosRankSum=-2.104;SC=ATTAATCTTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=30;WE=70352207;WS=70352188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr12	70915347	rs369876	A	G	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=41;PP=1855;SC=ATAATTGTTTACGCTGTTTAT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=70915355;WS=70915337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	70928724	rs582954	A	G	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=53;PP=1617;SC=GCCAGTAATGATCACACTTTA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=70928732;WS=70928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	70932572	rs17226374	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=170;SC=CTATTTCTTATTAAAGGCATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	70932573	rs11332712	TA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=260;SC=TATTTCTTATTAAAGGCATTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	70933687	rs919595	A	G	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=2348;ReadPosRankSum=2.286;SC=CCATCTTTCAACAAATTATAC;SOR=0.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=134;WE=70933695;WS=70933677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr12	70938176	rs4761221	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=640;SC=CTTCTAGAGAGGTTGTACAAT;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=70938184;WS=70938166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	70949620	rs2278341	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=228;SC=AGTGACAGGAGGCTCTGTGCG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=70949628;WS=70949610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	70949973	rs11424259	A	AT	1689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.297;NF=3;NR=46;PP=604;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CTCAGGGAGAATTTTTTTTTT;SOR=1.014;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=49;WE=70949981;WS=70949963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,71:0.95:75
chr12	70953277	rs2303963	T	C	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=AGACAGTAAGTGCATCTCTGG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=202;WE=70953285;WS=70953267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	70953456	rs2303962	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=51;PP=1570;SC=TGCCATAACATATACAAATAA;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=81;WE=70953464;WS=70953446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	70953477	rs34465365	C	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1067;SC=GATAGCTGAGCAACATCAGAC;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=70953485;WS=70953467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	70954814	rs12580379	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=1126;SC=TGGGTGAGTCGTACATATTGT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=70954822;WS=70954804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	70956935	rs11178291	G	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=26;PP=752;SC=ATGCAGTGAGGAGAAGGGAGC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=70956943;WS=70956925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	70970044	rs11837718	A	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=94;SC=ACTTCATAACAGTTTTGTGAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70970052;WS=70970034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	70970449	.	C	G	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=19;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.09;NF=0;NR=4;PP=35;QD=17.4428031368;SC=AGGTGGGGGGCGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=4;WE=70970457;WS=70970439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	71003360	rs2717431	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=13;PP=1877;SC=CTTTGACAGCTGGATAAGCTG;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=78;WE=71003368;WS=71003350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	71016340	rs7298147	C	T	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=36;PP=1255;SC=AATACCAGGCCATCTGGAACT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=71016348;WS=71016330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	71078135	rs7958846	G	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=1255;SC=AAATAGCTGGGCTAGTACAAA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=71078143;WS=71078125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	71139664	rs3803036	T	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=42;PP=1713;SC=GGTGGTAGCTTTGATCTCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=71139672;WS=71139654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	71509607	rs71931636	ACTCT	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr12	71509652	rs34349223	T	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr12	71509814	rs141855745	G	GTTCCCTGTATAATTTT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
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chr12	71519096	rs1051344	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,51:0.24:216
chr12	71523043	rs1705263	C	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=0.408;SC=TGTTCACCATCAATATTTCTT;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=25;WE=71523051;WS=71523033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr12	71526677	rs1397566	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=601;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TTAAATTATAATCTTCTGAAA;SOR=2.432;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=28;WE=71526685;WS=71526667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr12	71531889	rs1798093	T	C	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=51;PP=2440;ReadPosRankSum=0.063;SC=AGGTAGTATTTCAATTTTTCA;SOR=0.484;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=138;WE=71531897;WS=71531879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,143:0.84:170
chr12	71532099	rs2270584	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr12	71532922	rs2971392	A	C	4915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGATTTTACCACAACCCACAC;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=705;TCF=424;TCR=281;TR=268;WE=71532930;WS=71532910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,267:0.38:709
chr12	71533534	rs3763978	C	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr12	71947173	rs1148985	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=998;SC=ACATTTTAAGGGAGGAAAACC;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=71947181;WS=71947163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	71955394	.	T	C	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=23;QD=28.8856062736;SC=TTTTTTATCCTCTAGAGAGTA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=71955402;WS=71955384;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	71960208	rs1797372	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=17;PP=764;SC=ATCCCATCCAGTTTGTTGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=71960216;WS=71960198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	71960329	rs1797373	G	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=29;PP=1055;SC=AATATTATAGGTTGAAGTGCT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=71960337;WS=71960319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	71960533	rs1797374	G	A	8974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TGCCATTAGAGCTTGATCAGT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=178;TCR=121;TR=298;WE=71960541;WS=71960523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr12	71960584	rs1726469	T	C	11768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=176;PP=2965;SC=GTGTGATGCCTGAATGAAAGA;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=225;TCR=177;TR=400;WE=71960592;WS=71960574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr12	72009099	.	G	GA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	72013832	rs1298463	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=30;PP=1441;SC=ATGCAACAAGAGCTTCCAGCA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=79;WE=72013840;WS=72013822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	72019989	rs55719302	T	TAC	1841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=0.632;QD=21.17;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,73:0.84:87
chr12	72022556	rs1148996	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=248;SC=ACTGTATTGTCTAAAAACCCA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=72022564;WS=72022546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	72023336	.	T	TAC	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.820;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	72026872	rs1011331	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=547;SC=TCAAACACCGTGGCTTTTGAG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=72026880;WS=72026862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	72028607	rs34399921	TA	T	479.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=260;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAAGCTTGCTAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=72028616;WS=72028597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr12	72030252	rs1149006	T	C	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=20;PP=1583;SC=AAAAGTAGCATTAAATTTTTG;SOR=1.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=72030260;WS=72030242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	72083565	.	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TAAATTCTGAATATATGAGAC;SOR=0.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=72083573;WS=72083555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	72179446	rs61754230	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=2.280;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,47:0.24:195
chr12	72372601	rs4760816	C	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=1000;SC=ATATGTCACTCAGTTGTCAAG;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=72372609;WS=72372591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	72372862	rs7305115	A	G	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=156;NR=168;PP=2965;SC=TCTACACCCCAGAACCGTGAG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=156;TCR=168;TR=324;WE=72372870;WS=72372852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr12	72388374	rs1007023	G	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=76;PP=2296;SC=TAAAACCAGTGCTATTTATGT;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=110;WE=72388382;WS=72388364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	72416235	rs4290270	A	T	6111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=105;PP=2965;SC=AACTGCGGGCATATGGAGCAG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=214;WE=72416243;WS=72416225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	72666485	rs74594364	A	G	944.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.31;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,24:0.92:26
chr12	72666488	rs78720771	G	A	944.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.31;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,24:0.92:26
chr12	72666499	rs79761722	A	G	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr12	72956782	rs79522035	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=20;PP=574;SC=TCTATGATATCAGTGCTAAAA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=72956790;WS=72956772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	74932159	rs590352	G	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=52;PP=1646;SC=ATCAGCAGCTGCAGCGCTCAC;SOR=2.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=74932167;WS=74932149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	75601389	rs61735712	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=15;PP=634;SC=CGTCTGCGGGGCAGTGCAGCT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=75601397;WS=75601379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	75601443	rs61932914	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=18;PP=912;SC=AGACGCCCGGGTGCCGGTCGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=75601451;WS=75601433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	75601864	rs73187152	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=890;SC=AACCCAGAGCGAGTCCAGGGA;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=38;WE=75601872;WS=75601854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	75601879	rs73187154	G	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=717;SC=CAGGGATGCAGAGTTGGCAGA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=75601887;WS=75601869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	76357686	rs17115989	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=233;SC=TTCCCTCAACATTCAAAATAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=76357694;WS=76357676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	76424937	rs71716769	TTGC	T	3893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.254;NF=32;NR=54;PP=2985;ReadPosRankSum=2.570;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.456;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=86;WE=76424947;WS=76424921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chr12	76447792	rs35076461	AT	A	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=266;SC=CTAAATGATAATTTTTTTTTC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=76447800;WS=76447782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	76449900	rs1059143	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=501;SC=TTTCTTCATCTTTTTTCTCAT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=76449908;WS=76449890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	76451696	rs2163913	T	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=62;PP=1651;SC=CAAAGAAATATGTGACAAGGG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=76451704;WS=76451686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	76461145	rs7972289	C	T	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=0;PP=139;SC=TATGGAAAAGCTGTACCTTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=76461153;WS=76461135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	76462515	.	T	TACACAC	72	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=72;QD=75.0;SC=ACCCGCCCCTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=76462523;WS=76462508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr12	76763092	.	G	GA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.7323;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=62.47;NF=0;NR=3;PP=34;QD=13.0;SC=CTACATAAATGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=76763100;WS=76763082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr12	76767065	rs71311107	A	AT	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=247;SC=TTTAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=2.124;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=14;WE=76767073;WS=76767055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	76769209	rs7299563	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=432;SC=TATGGCTCACGATAAACAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=76769217;WS=76769199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	76786349	rs4761423	G	A	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=36;PP=2304;SC=CTCAGCGGCAGTATCTACTTA;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=115;WE=76786357;WS=76786339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	77438607	rs2242383	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=1246;SC=AGCATCAAAGTATATGATTTT;SOR=2.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=59;WE=77438615;WS=77438597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	77966154	rs4761386	G	A	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=84;SC=CTGTTTCACGGAAATCAACCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=77966162;WS=77966144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	78225110	rs12227066	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=505;SC=ATTATATTATTAGCTTTTTAA;SOR=4.615;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=78225118;WS=78225100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	78225374	rs10735309	A	G	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=97;PP=2965;SC=TTTGGAACTTACTGAAACAGA;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=177;WE=78225382;WS=78225364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	78334053	rs1731740	G	C	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=77;PP=2965;SC=TATTGTCTCTGTTTTCCCTCA;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=207;WE=78334061;WS=78334043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	78334194	rs1382639	A	G	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=80;PP=2498;SC=GAGTACTCCTAGCAGAAATCA;SOR=1.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=122;WE=78334202;WS=78334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	78388720	rs1677884	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=416;SC=ATATTTTGTCCTATCTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=78388728;WS=78388710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	78511755	rs300442	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=11;PP=1232;SC=CCTTAATTCATACTTTATAAA;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=78511763;WS=78511745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	78513833	rs55670442	T	TATATA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=451;SC=ATGTATAAGGTATATATATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=78513841;WS=78513823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	78530979	rs1852464	G	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=55;PP=2158;SC=ATTTGTCTCAGTTTAACCTTC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=78530987;WS=78530969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	78531156	rs2290103	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=957;SC=GTAAGCGTTGAGGGGGATTAA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=78531164;WS=78531146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	78531207	rs300462	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=236;SC=GGGAAACCATTGTGTCACTCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=78531215;WS=78531197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	78534233	rs1726427	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=819;SC=GTTGTGTAGCAAAATAACGGC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=78534241;WS=78534223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	78537016	rs451753	A	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=8;PP=610;SC=GCTAGATCTAACCCATTTGTC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=78537024;WS=78537006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	78537138	rs10661027	C	CGGT	3237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=27;PP=1723;SC=AGGCCAAGCGCGGTGGCTCAT;SOR=1.134;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=30;WE=78537146;WS=78537128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	78540124	.	A	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	78540174	rs34144410	TA	T	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=197;SC=CATTCAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=78540182;WS=78540164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	78542594	rs444864	T	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=767;SC=TACTTGCCTATTCCATTGATT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=78542610;WS=78542584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	78542602	rs3214877	A	AT	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=13;PP=669;SC=TATTCCATTGATTTTTTTAAT;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=78542610;WS=78542584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	78542699	rs366527	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=513;SC=TTTCAGCAAATGTAAGTCACT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=78542707;WS=78542689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	78562687	rs1726431	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=30;PP=803;SC=AATATAATAGACATCTATTTT;SOR=2.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=78562695;WS=78562677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	78569059	rs2442134	G	A	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=17;PP=1088;SC=TTCATGAGCCGATGTGATACT;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=78569067;WS=78569049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	78574927	rs75947805	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=299;SC=AAAATGTTACACTCTAATTCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=78574935;WS=78574917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	78582362	rs300513	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=401;SC=TCTGTTTTGATTTTATTTTTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=78582370;WS=78582352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	78582566	rs400289	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=645;SC=AGGTAAAAGCAATAATGAAAA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=78582574;WS=78582556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	78590946	rs300498	A	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=375;SC=GAGGACAAAGAGTGCTATTCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=78590954;WS=78590936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	79611374	rs2037743	C	T	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=128;PP=2965;SC=TGCCAAGCAACGCCACAGAGC;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=87;TCR=128;TR=215;WE=79611382;WS=79611364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	79611536	rs2400390	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=339;SC=GGAAAGAAAGTAGAACTCCGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=79611544;WS=79611526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	79747441	rs11609641	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr12	79747487	rs1732664	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=817;ReadPosRankSum=-0.437;SC=ACTCCCCACTTCTTAATTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=36;WE=79747495;WS=79747477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr12	80014907	rs2307223	A	T	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=67;PP=1893;SC=CTTCATTCTGAATAGTGTTCT;SOR=1.377;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=109;WE=80014915;WS=80014897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	80169497	rs5799439	TA	T	206.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=20.67;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80175764	rs2111687	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=403;SC=ACAGGTTCGTGAGTAAAGCAA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=80175772;WS=80175754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	80201271	rs34190005	TTA	T	180.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=209;SC=AGTACTAAGATTATATACCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=80201280;WS=80201261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80216060	rs3849223	C	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=32;PP=908;SC=TATATAAAGACGTTGGATAAC;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=80216068;WS=80216050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	80603406	rs4842344	A	T	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=71;SC=GAATTGTACTAAATGATACTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=80603414;WS=80603396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	80613570	.	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=13.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr12	80626970	rs1451105	T	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=371;SC=GTCATAGCTTTGGGAAAATTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=80626978;WS=80626960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	80632596	rs143126749	TTG	T	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.313;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
chr12	80645734	rs11438265	A	AT	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=785;SC=CAAGTATGCAATTTTTTTGCA;SOR=3.098;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=27;WE=80645742;WS=80645724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	80645799	rs2100258	A	T	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=29.50;SOR=2.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	80647155	rs10862083	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=593;SC=ATGCGTAGGTATTCAACAGAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=80647163;WS=80647145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	80648399	rs7295623	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=22;PP=759;SC=TTTCTTTAGACTGGGGAGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=80648407;WS=80648389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	80650276	rs147846753	T	TCAAA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=542;SC=TTTCTTTACATCAAACAAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=80650284;WS=80650266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	80655692	rs10778721	G	A	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=21;PP=1643;SC=AATATCTGAAGGTTATGAACA;SOR=2.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=80655700;WS=80655682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	80660499	rs7313132	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=87;SC=TATTTCTTATTGTCTTTACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=80660507;WS=80660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80661189	rs11114377	T	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.615;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr12	80663825	rs11324174	GA	G	423.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.708;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr12	80665397	rs4483657	A	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=37;PP=2480;SC=ACAAAAAGTTAAGGACATTTT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=120;WE=80665405;WS=80665387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	80672064	rs1376384	A	G	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=81;PP=2533;SC=TGGTAAGGAGATCCATTTATT;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=80672072;WS=80672054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	80707153	rs1037335	C	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=103;SC=CAGTGTTAAGCTGATAATATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=80707161;WS=80707151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80712307	rs7963215	A	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	80712420	rs10778725	G	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=30;PP=1154;SC=TCTGTTTGCCGAGAAGCAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=80712428;WS=80712410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	80722385	rs71094975	C	CT	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr12	80729942	rs377179670	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr12	80730664	rs10862093	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=434;SC=GTTTAACTCCGTAAAGTTTTA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=80730672;WS=80730654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	80735771	rs10778727	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=631;SC=GGATGCAAAATGGCACAATTA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=80735779;WS=80735761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	80746234	rs147703967	G	GAAT	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=1162;SC=ACTGTTAACTGAATATTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=80746242;WS=80746224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80747242	rs7297767	A	G	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=83;PP=2780;SC=AGTTGGAACTATTCTTCACAG;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=140;WE=80747250;WS=80747232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	80749392	rs6539501	A	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=248;SC=TCTGAGAAAAACAATAGACTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=80749400;WS=80749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80750598	rs73139245	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,28:0.17:169
chr12	80750741	rs5799468	G	GA	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=879;SC=AAGGATCTAGGAAAAAAATCT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=30;WE=80750749;WS=80750731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	80752660	rs2034528	A	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=78;SC=TGAAAACCTTATTATGCCAAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=80752668;WS=80752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	80760291	.	T	TTATATATATATA	39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.9991;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=62.13;NF=0;NR=1;PP=39;QD=45.0;SC=TATATATAGGTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=1;WE=80760299;WS=80760281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1:0.20:5
chr12	80760470	rs34113015	GT	G	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=291;SC=ATTAGTATCTGTTTTTTCACT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=80760478;WS=80760460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	80761430	rs1551118	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=19;PP=821;SC=CTTTTGTTATGCTATAGAGTG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=80761438;WS=80761420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	80761465	rs2717482	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=1.695;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr12	80762163	rs57527553	T	TCC	3819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.269;NF=23;NR=109;PP=2033;ReadPosRankSum=0.700;SC=TTGGAAAATGTCCCCCCCCAC;SOR=1.116;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=151;TCF=24;TCR=127;TR=132;WE=80762178;WS=80762153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,143:0.95:150
chr12	80762246	rs10778730	G	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=66;PP=1946;SC=GTTACATTTTGAAGTATCTGA;SOR=4.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=73;WE=80762254;WS=80762236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	80765683	rs5799469	TGAA	TAA,T	98.25	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=115;SC=TATTTTTCTATGAAGGCTTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=80765695;WS=80765673;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:3
chr12	80765685	rs201680829	AAG	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	80765687	.	G	A	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=52;QD=28.9237375157;SC=TTTCTATGAAGGCTTTGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=80765695;WS=80765673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	80765741	rs1037336	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=356;SC=TTTTCTAGTACAAGAGAACAT;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=80765749;WS=80765731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	80765800	rs1551122	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	80765933	rs10862100	C	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=393;SC=AATTCAATTCCTATGATGCAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=80765953;WS=80765923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	80765945	rs10778734	G	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=380;SC=ATGATGCAAAGAGAGAAACAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=80765953;WS=80765923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	80771813	rs2717477	G	A	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=TAGACTGTACGTGCCAGTGGA;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=80771821;WS=80771803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	80816492	rs4482093	C	T	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=65;PP=2539;SC=TCTCTGGAATCGAGTTGATGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=80816500;WS=80816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	80818876	rs10746164	A	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=50;PP=1601;SC=GGGACTGAAAAGAAGCCATCC;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=80818884;WS=80818866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	80818964	rs10746165	G	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=443;SC=AGAGAGAAATGGTTGTATTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=80818972;WS=80818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	80821391	rs61127339	C	CT	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.592;NF=2;NR=37;PP=789;ReadPosRankSum=2.262;SC=TATTTCACTCCTTTTTTTTTG;SOR=0.884;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=39;WE=80821399;WS=80821381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr12	80821446	rs7294514	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=489;SC=TGTGCCACTTTGTTAATGTAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=80821454;WS=80821436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	80828629	rs4128302	T	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=66;SC=CTCTACCTTGTAGTAGTAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=80828637;WS=80828619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	80828679	rs4128303	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=240;SC=GCTTTTTAAACTTTGGAAAAT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=80828687;WS=80828669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	80838012	rs10746166	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=274;SC=TTGAGTAATATGGGCTCATTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=80838020;WS=80838002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80849328	rs4482094	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=25;PP=890;SC=TTCAGTTGTAGCAGCTGAAAC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=80849336;WS=80849318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	80855597	rs4499068	T	C	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=41;SC=TAATCCTAAATGGAGAAAAGT;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=128;WE=80855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	80855803	rs7137294	G	A	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=98;PP=2965;SC=AGGTCAGTGCGTGCAGTGCGC;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=162;WE=80855811;WS=80855793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	80878174	rs7311413	T	A	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=841;SC=ATATTTTTAATTTCCCCCTTT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	80878181	rs56351124	C	CT	2364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=10;PP=1273;SC=TAATTTCCCCCTTTTCTTTTC;SOR=1.651;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=33;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	80889165	rs145970310	T	TTTG	802.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.447;NF=1;NR=13;PP=652;ReadPosRankSum=1.323;SC=AAAACAATGTTTTGTTGTTGT;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=80889173;WS=80889155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr12	80889829	rs10778752	T	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=38;PP=1392;SC=TCAACCCACGTTGGAGAAAGT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=80889837;WS=80889819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	80890325	rs56929349	T	TG	4662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=60;PP=2976;SC=GCTTTTGTTTTCTTTGTTTGT;SOR=1.437;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=65;WE=80890333;WS=80890315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	80899901	rs11114486	C	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	80900397	rs12824064	C	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	80933465	rs2222752	G	A	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=54;SC=ATGATAAATAGTAAAATCGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=80933473;WS=80933460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	80935300	rs11114502	A	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=13;PP=958;SC=AGGGTAACTGATGATTTTTGT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=80935308;WS=80935290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	81205198	.	GTA	G	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=58.92;NF=0;NR=1;PP=67;QD=76.0;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=1;WE=81205207;WS=81205194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,1:0.17:6
chr12	81226432	rs12297928	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.54;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr12	81226436	rs12311734	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.80;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr12	81329536	rs2682818	A	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=70;PP=2515;SC=CACAGGGTAAACCTGCTTGTC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=138;WE=81329544;WS=81329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	81533078	rs2107415	G	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=625;ReadPosRankSum=0.554;SC=TCTTGCTTATGGTAATATGCT;SOR=0.466;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=36;WE=81533086;WS=81533068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr12	81552338	rs11835646	C	T	4991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GTGCTTGACTCCTCAGCATTT;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=105;TCR=172;TR=198;WE=81552346;WS=81552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,209:0.73:287
chr12	81610702	rs61742651	G	A	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=64;PP=2156;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CAATTACTGCGTCATGTGTTG;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=132;TCR=96;TR=153;WE=81610710;WS=81610692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,163:0.68:239
chr12	81624964	rs2293651	A	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-1.808;SC=ACTTTTCTATAATTCTTGCCT;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=81624972;WS=81624954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr12	81627238	rs1921038	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,72:0.22:327
chr12	81647065	rs2895868	G	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=48;PP=2075;ReadPosRankSum=1.801;SC=TATTCTAAATGAATGCCTTTC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=123;WE=81647073;WS=81647055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,122:0.78:156
chr12	81647471	rs2400895	T	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-1.799;SC=AAGATATTTATTCCTGGGTTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=81647479;WS=81647461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	81653313	rs11114808	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr12	81655692	.	CT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr12	81655861	rs2272501	G	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=71;PP=2087;ReadPosRankSum=0.189;SC=TTGGATGATTGAGTACAAGAT;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=128;WE=81655869;WS=81655851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,130:0.71:182
chr12	81655913	rs10862276	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=254;ReadPosRankSum=0.886;SC=ACAGGGATTCCGAACATATTA;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=22;WE=81655921;WS=81655903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr12	81660963	rs35647579	C	CA	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	81661039	rs12826016	G	A	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	81661903	.	T	TTTTC	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=2.014;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr12	81688958	rs1882188	C	G	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=148;SC=CCCTAGAGGACATAGATGCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=81688966;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	81695836	rs10862288	G	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=101;SC=CAGAAGAGGTGCTAAATAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=81695844;WS=81695826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	81696399	rs1921053	G	A	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=85;PP=2965;SC=GTGGAAAAACGGATCAGATGG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=173;WE=81696407;WS=81696389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	81696487	rs1921052	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TTTGAGAGAAGTAACAATTAT;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=74;WE=81696495;WS=81696477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,80:0.71:112
chr12	82747128	rs17774157	A	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=394;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CATTAGCAACAAACAGTAGAT;SOR=0.039;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=28;WE=82747136;WS=82747118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr12	82750959	.	C	A	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=104;PP=2481;ReadPosRankSum=0.196;SC=AATTGAGATTCCAGTGACGTT;SOR=1.229;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=204;TCF=67;TCR=137;TR=147;WE=82750967;WS=82750949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,147:0.71:206
chr12	82751955	rs6539662	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=244;ReadPosRankSum=0.274;SC=TTATATCCTAAAACTTAGCAA;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=15;WE=82751963;WS=82751945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr12	82752543	rs112592060	T	G	5327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=89;PP=2256;ReadPosRankSum=0.467;SC=GAAGTCAGCGTCGGAGACGGA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=74;TCR=131;TR=138;WE=82752551;WS=82752533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,147:0.68:217
chr12	82752559	rs113882703	T	G	4708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=72;PP=1932;ReadPosRankSum=0.274;SC=ACGGAGGCCCTGCCCTCAGAG;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=114;WE=82752567;WS=82752549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,119:0.70:171
chr12	82752633	rs4882530	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GGGCGGGAAGGGAGGCGGAGG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=25;WE=82752641;WS=82752623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr12	82783668	rs10778908	C	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=47;PP=1504;SC=CAGAGCTGATCAGCAGTATTG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=82783676;WS=82783658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	82792666	rs10506872	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=487;ReadPosRankSum=-1.276;SC=CTTCAAATACCAATACTCATG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=37;WE=82792674;WS=82792656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr12	82792787	rs4296098	C	A	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=37;PP=1808;SC=AAGGAAAGTGCAAAATAAAGT;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=91;WE=82792795;WS=82792777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	82792942	rs10506873	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1251;ReadPosRankSum=0.664;SC=ATTCTCAGCCACATCAAGAAG;SOR=0.468;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=78;WE=82792950;WS=82792932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,85:0.73:117
chr12	82824891	rs73153530	T	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TTTTGTGCATTGGAAATTATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=82824899;WS=82824881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	82828426	rs10683876	T	TATAAG	4097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=20;PP=2754;SC=TTATAAATCTTATAAGACTCA;SOR=1.781;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=47;WE=82828434;WS=82828416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	82832418	rs2717448	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	82850427	rs2731290	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	83324499	rs10746259	G	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=193;SC=CTTTGTTTCGGGCCACATCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=83324507;WS=83324489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	83358930	rs2403023	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=1171;ReadPosRankSum=1.549;SC=ACCTCTTTCCATATTTGAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=54;WE=83358938;WS=83358920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr12	83424455	rs11115554	A	T	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.78;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr12	83525962	rs7970515	T	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=51;PP=2128;SC=GGCCTCCTAATTGTTTTCCTT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=83525970;WS=83525952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	85257445	rs3782370	A	G	48.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=34;SC=AAAAATGTGCATTATATTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=85257453;WS=85257435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	85438499	rs3765044	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	85439774	rs2305102	A	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=9;PP=899;SC=TTCTTTAATCATTGGTACTCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=85439782;WS=85439764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	85449465	rs7974418	T	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=20;PP=779;SC=AAGCATTTGTTGCCTATCAAA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=85449473;WS=85449455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	85451017	rs6539881	G	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=883;SC=GCTCTTTAAAGTATAACTTTT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=85451025;WS=85451007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	85466723	rs17012533	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=44;PP=1895;SC=TGTTGACAATGCAGGGTTCTG;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=85466731;WS=85466713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	85492094	rs34798402	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=279;SC=GTCTGGAAGACTGTATGACAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=85492102;WS=85492084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	85531790	rs168615	A	G	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=77;SC=CTTAAAATACATTAAGTGTAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=85531798;WS=85531780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	85554331	rs2404773	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=12;PP=618;SC=AATATGTGGACATTTAGAGAA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=85554339;WS=85554321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	85638645	rs5799725	GA	G	1484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=600;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TGTGAACAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=38;WE=85638653;WS=85638635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,64:0.93:69
chr12	86230035	.	T	G	289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=58.58;NF=0;NR=24;PP=289;QD=13.4904671895;SC=AGGGTGGGGGTGGGGGTGTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=24;WE=86230043;WS=86230025;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,24:0.39:62
chr12	88177515	rs368363293	CGCTGCGCTGCACAGCAAAT	C	4212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=23;PP=2972;SC=ACCATTTCCTCGCTGCGCTGC;SOR=1.240;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=43;WE=88177546;WS=88177505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	88177538	rs193130559	A	T	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=23;PP=1301;SC=AGCAAATGAGAGCTCCCTGTC;SOR=1.289;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=58;WE=88177546;WS=88177505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	88177722	rs1796320	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=35;PP=2084;SC=TTGTTTCCACGGCAGTTTGCT;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=88177730;WS=88177712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	88177791	rs1675574	C	T	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=69;PP=2965;SC=TGCAGGAAGGCGCAGTGCGGC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=180;WE=88177799;WS=88177781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	88178271	rs112316052	TGCC	T	6331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=73;PP=2982;SC=AGGCCGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.027;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=15;TCR=85;TR=83;WE=88178281;WS=88178261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	88379566	rs10858676	A	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=207;SC=CAAGCTGTCAAGAAATTCCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=88379574;WS=88379565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	88389467	rs55922307	G	GT	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=550;SC=GTTTCCTTTTGTTTTTTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=88389475;WS=88389457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	88453608	rs2471512	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=261;SC=GGATCTACTTCCAGTTTTTCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=88453616;WS=88453598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	88454594	rs11405846	T	TA	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=408;SC=ATGATCACATTAAAAAAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17;WE=88454602;WS=88454584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	88473049	rs2468245	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=948;SC=TAAAGGAAAACTGACATTTTA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=88473057;WS=88473039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	88478316	rs11356711	TA	T	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=259;SC=AGCATTTGCTTAAAAAAACTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=88478324;WS=88478306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	88483272	rs10717563	TA	T	2568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=63;PP=1524;SC=TGCCTGATATTAAAAAAAATA;SOR=1.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=66;WE=88483280;WS=88483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	88496838	rs2471532	C	G	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=87;SC=TTTTTCTGGTCAAGCACTAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=88496846;WS=88496828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	88505078	rs2468255	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=580;SC=AAACAACATTTGATCCTTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=88505086;WS=88505068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	88522823	rs71082425	A	AC	1487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=904;SC=CTAAAAGACAAAGTTATTTCA;SOR=1.493;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=88522831;WS=88522813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	88547277	rs2468230	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	88560303	.	A	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=2.034;SC=TTTTCTGGGGATGTTGGGAGT;SOR=0.468;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=23;WE=88560311;WS=88560293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr12	89743223	rs704075	G	A	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=73;PP=2796;SC=TGTCATAGGCGTCGTTCATCG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=145;WE=89743231;WS=89743213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	89745477	rs2279574	C	A	8381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=168;NR=132;PP=2965;SC=AGCCCGAGCACCGACTCGCCG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=168;TCR=132;TR=300;WE=89745485;WS=89745467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr12	89853408	.	G	A	678	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MMLQ=25;MQ=58.82;NF=6;NR=18;PP=678;QD=29.6988005228;SC=AAAAAAACCCGACTTACTGTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=89853416;WS=89853398;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	89853694	rs7953615	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=373;SC=GATCATTTTGGTAAGGTTGAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=89853702;WS=89853684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	89861265	rs9308287	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=353;SC=CTTCATGGTACTAATTAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=89861273;WS=89861255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	89861529	rs10506972	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=390;SC=AAGAAGACTATGGATATCAAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=89861537;WS=89861519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	89864432	rs10777167	T	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=208;SC=ATCACATAGCTCTAAGCTTCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=89864440;WS=89864422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	89885923	rs6538189	C	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=444;SC=ATTTATAACTCATTTGATTTA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=89885931;WS=89885913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	89885942	rs6538190	T	C	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=254;SC=TAATTATAGTTAATACTTAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=89885950;WS=89885932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	89917518	rs2230281	A	G	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=64;PP=2854;SC=GGGCTCCCCTATCTGCATATA;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=144;WE=89917526;WS=89917508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	89918677	rs11105310	C	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=196;SC=AGGCCCAGACCGCTGGATAGG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=89918685;WS=89918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	89919630	rs67346689	ACC	A	620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=243;SC=CCAGGGAGGGACCCCCCCCAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=89919639;WS=89919620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	91334194	rs4520662	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=315;SC=AGTAGACTCCTTGAATAGGAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=91334202;WS=91334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	91449990	rs2735333	C	T	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=105;PP=2965;SC=AGACCTGCCTCACACTTCTAG;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=237;WE=91449998;WS=91449980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	92382213	rs76986700	C	T	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=81;PP=2653;SC=CTGTTTGGAACCAATTCTAAA;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=140;WE=92382221;WS=92382203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	92539344	rs709223	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=44;PP=1041;SC=CCGGGGCGGCTGGGGCTCGGC;SOR=1.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=92539352;WS=92539334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	93131203	rs2036553	A	C	6901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=104;PP=2965;SC=CTCCCGACCGATCAATTAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=140;TCR=105;TR=244;WE=93131211;WS=93131193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	93147907	rs9669519	A	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1135;SC=TCCACGTGCCAGAGCTGCTAG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=93147915;WS=93147897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	93150102	rs924326	T	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=1009;SC=AAAGAACACATGGCAGAAAAC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=93150110;WS=93150092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	93155399	rs200925190	GAAGAAAGAAAGAAAGA	G	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.70;QD=37.56;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	93155535	rs1504907	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=26.22;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	93196422	rs10745623	T	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=22;PP=724;SC=TTCAGGATTTTTTTTTCTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=93196430;WS=93196412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	93202801	rs7970286	C	T	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=47;PP=2295;SC=ACATTTCCTTCTCCATTTCAA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=120;WE=93202809;WS=93202791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	93206878	rs3925797	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=17;PP=464;SC=ATCTGTAACAGCATTTACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=93206886;WS=93206868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	93236402	rs7300619	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=8;PP=201;SC=ACTAAATTGTCTAAAAGATAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=93236410;WS=93236392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	93236419	rs7316894	T	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=7;PP=172;SC=ATAAAAAAAATGAAAGTATAT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=93236427;WS=93236409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	93247775	rs3065021	G	GATA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=243;SC=AAAAGGAAAAGATAATACTGT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=93247783;WS=93247765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	93258498	rs11106721	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=321;SC=TAGTGGAGGAAGGATATGCTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=93258506;WS=93258488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	93289284	rs78542460	GAA	G	118.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	93609340	rs7305552	A	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=462;SC=TTCCCAATTCAACAGTTGGGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=93609348;WS=93609330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	93721949	rs11380531	A	AC	287.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=294;SC=TGAAGTCCTAACCCCAGTACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=93721957;WS=93721939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	93835790	rs201709668	CT	C	3468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=62;PP=2952;SC=GCCGAGGCCCCTCGGGAAATG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=67;WE=93835798;WS=93835780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	93863162	rs4761721	C	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=283;SC=TGTTTAAAAACTTTTAAACTT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=93863170;WS=93863152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	93864474	rs1552861	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=444;SC=TCCTACTTGTAAGTTAGAACA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=93864482;WS=93864464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	93873019	rs112351142	G	T	57.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	93894779	rs6538424	A	T	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=99;SC=AGAAAAGAAAACAAATTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=93894787;WS=93894769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	93894823	rs6538425	G	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;PP=175;SC=CTAAGAAATGGCTGATACGTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=93894831;WS=93894813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	94253033	rs10859603	T	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1132;SC=AATTGTTTTTTAAAAAGCTAT;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=94253041;WS=94253023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	94562802	rs2361358	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=385;SC=TAGTCTAAGAGAATATATGTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=94562810;WS=94562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	94562875	rs2361359	C	G	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=11;PP=1634;SC=ATAATGAGAACTATTGTTGTT;SOR=2.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=71;WE=94562883;WS=94562865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	94563134	rs3214968	A	AT	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.85;QD=28.30;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	94580286	rs3751189	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CTCGCATTTTTGAAAAAGTGT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=74;WE=94580294;WS=94580276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr12	94603249	rs2610671	G	A	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=16;PP=1475;SC=CACTGTACAAGGTCTGGCATT;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=94603257;WS=94603239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	94603300	rs2305971	C	T	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=53;PP=2848;SC=AACTAATGCACGTATGGGGTC;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=103;TCR=53;TR=156;WE=94603308;WS=94603290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	94613764	rs3833789	AT	A	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=14;PP=772;SC=AAAAATCATCATTTTTTCCCC;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=25;WE=94613772;WS=94613754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	94637557	rs864106	C	T	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=82;SC=AAAAGATTCCCAAAATTGTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=94637565;WS=94637547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	94645255	rs2230757	A	G	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=76;PP=2783;SC=TTCCTTCCACATGGTATTTTC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=171;WE=94645263;WS=94645245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	94648103	rs11107483	C	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=544;SC=GCAGGTTTGGCCCATGTAGCC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=94648111;WS=94648093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	94648493	rs7980141	A	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=34;PP=1645;SC=AACTGTAAAGATTGCTATTTG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=94648501;WS=94648483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	94649103	rs865569	T	C	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=101;PP=2965;SC=TTCCGAAGGTTGAGTCTTGAA;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=181;WE=94649111;WS=94649093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	94653227	rs2306664	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=850;SC=CTATCATCTCTATTATTATTA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=44;WE=94653235;WS=94653217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	94688232	rs1880934	C	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=10;PP=525;SC=AAATTTTGAACACTCATATAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=94688240;WS=94688222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	94692628	rs144449115	AAAAG	A	2417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.72;NF=3;NR=31;PP=1628;SC=AATATTAACTAAAAGAAAGAC;SOR=1.199;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=34;WE=94692639;WS=94692618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	94694872	rs55787485	T	G	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=72;PP=2173;SC=TGCAGTCTTATGAGTTTGACA;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=109;WE=94694880;WS=94694862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	94698880	rs3803071	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=332;SC=TTACCACTCACAGCATCAGGT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=94698888;WS=94698870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	94729286	rs56215078	A	T	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=107;SC=CTGATGGCAAAATTTTTTTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=94729294;WS=94729276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	94763899	rs117829816	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=16;PP=512;SC=AACAAGAAAACGCTCTGGTAG;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=94763907;WS=94763889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	94769758	rs4761611	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	94769769	rs74340001	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	94769945	rs10507037	A	G	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	94955585	rs12314280	T	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=680;SC=CATTAAATTATTGAAGGCCCT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=94955593;WS=94955575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	94955607	rs75258105	G	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=912;SC=GGGCACCCCAGGCCTTCAATA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=94955615;WS=94955597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	94955644	rs12307230	G	T	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=28;PP=1065;SC=GAGCATCTACGATCTCATCTA;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=94955652;WS=94955634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	95390810	rs7973115	G	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=348;SC=CTAAAATTCTGTGATTTATGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=95390818;WS=95390800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	95396669	rs6538588	A	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=278;SC=AAATAAAGTGAGAGTAACAAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=95396677;WS=95396659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	95397552	rs835044	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=22;PP=617;SC=CAGAAGGTTCTCACGCGAACG;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=95397560;WS=95397542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	95498747	.	GAAA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.431;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.255;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	95500700	rs10694512	A	AAACAAAACAAAAC	6131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.18;QD=54.26;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	95500727	rs7138545	C	G	8029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=69;PP=2965;SC=CAGATGCACACACCTTCATTC;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=179;WE=95500735;WS=95500717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	95510811	rs6419371	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=273;SC=TTGGTCATAGTGAACCACCTA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=95510819;WS=95510801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	95531442	rs11829776	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=750;SC=CAGCAATTCTTTGTTGTTCAG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=95531450;WS=95531432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	95602672	rs2306884	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=24;PP=1556;SC=GAGCTTCATACGGCTCTTCTA;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=95602680;WS=95602662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	95639261	rs7979908	G	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=36;PP=1781;SC=AAACTCTTTTGGGAAAAACTG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=95639269;WS=95639251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	95651888	rs6538624	T	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=146;SC=TATTATTTTTTGGCTGACTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=95651896;WS=95651878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	95694394	rs14121	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=36;PP=1059;SC=ACTTTTGGTGGTGAGGAGGAA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=95694402;WS=95694384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	95771236	rs2727663	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=667;SC=GACATGTGGATGGAAATTTGG;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=95771244;WS=95771226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	95878552	rs7978914	T	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=914;SC=CTGTTTCATCTCAGAACCATT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=95878560;WS=95878542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	95878751	rs301036	T	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=327;SC=ATCATTTCTGTAACAAGCCAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=95878759;WS=95878741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	95897997	rs2769469	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=11;PP=315;SC=TTGTCGAGTGTTTTCTTTGGG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=95898005;WS=95897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	95914687	rs7974596	T	C	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=220;SC=TTGTTTATGATTTAGTAGTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=95914695;WS=95914677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	95927762	rs3812813	T	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=125;PP=2965;SC=TCTCCAGTTGTGTTATCATTC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=226;WE=95927770;WS=95927752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	95966944	rs4762567	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1098;ReadPosRankSum=1.630;SC=GCTGGACTACATCTCTAGTTT;SOR=0.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=73;WE=95966952;WS=95966934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr12	96077312	rs17851048	C	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=20;PP=839;SC=CACAGCTCCCCGCACAGTCAC;SOR=0.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=96077320;WS=96077302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	96184102	rs11108265	G	A	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=41;PP=1231;SC=GGGAGGAGCCGGGAGCAGCCG;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=96184110;WS=96184092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	96253003	rs66876037	A	AG	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=920;SC=CTCTGCTTTTAGGTTTCTGAG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=24;WE=96253011;WS=96252993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	96260947	rs7960706	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=7;PP=207;SC=GTTTTGAATGAAAGACAAGTC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=96260955;WS=96260937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	96263437	rs10735335	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	96263437	.	GAC	AAA	1417	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=25;PP=1417;QD=56.5564567255;SC=TGAGCCATGTGACTAGAAGAC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=26;WE=96263447;WS=96263427;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr12	96263439	rs10735336	C	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.99;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	96284650	rs6538681	A	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=32;PP=1188;SC=CTGAAAGGACAGCTGTCCTCC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=96284658;WS=96284640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	96371894	rs4762659	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=56;PP=1593;SC=GTGCTCCTCACAGGATGAGCT;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=96371902;WS=96371884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	96374554	rs6538693	G	A	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	96374563	rs6538694	T	C	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	96374614	rs7297245	C	T	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=72;PP=2449;SC=CCTCCAGAAACTGTCTCTCCC;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=96374622;WS=96374604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	96374672	rs6538695	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=43;PP=1096;SC=TTGAAGATAATGTTTGCTGGT;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=96374680;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	96379806	rs3213737	G	A	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.92;NF=74;NR=63;PP=2325;SC=CACAAAACACGTAACCAAATA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=137;WE=96379814;WS=96379796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	96384345	rs17676826	T	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=245;SC=AGTTCAAGAGTACTGCATTCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=96384353;WS=96384335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	96653501	rs4762144	C	T	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=61;PP=2107;SC=GTTTGCTTTACTTCCCAGACA;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=125;WE=96653509;WS=96653491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	96660711	rs7974921	A	G	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=237;SC=TCATCTTCCAATTATTCTGTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=96660719;WS=96660701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	96691355	rs5800246	T	TA	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=439;SC=TCCAATTTACTATGTTTTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=96691363;WS=96691345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	96691562	rs113684975	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=19;PP=755;SC=CTGAAGTAAGTTGAACATACG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=96691570;WS=96691552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	96704958	rs11285567	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	96883245	rs3825265	G	C	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=0;PP=181;SC=GAGCATCATTGTTTTCTGGAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=96883253;WS=96883239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	96894453	rs7959697	A	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=245;SC=GGAAGCAATAATTTTAACTGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=96894461;WS=96894444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	96912598	rs11108564	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=430;SC=TTTTTGGTTTGAGTAATCAGC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=96912606;WS=96912588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	96927498	rs2160500	T	C	143.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=56;SC=TGCCTGAAAGTGTCTATAGTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=96927506;WS=96927488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	96927778	rs5800251	GT	G	1445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.164;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;MQRankSum=0.334;QD=24.10;ReadPosRankSum=0.751;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
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chr12	96927972	rs2160501	A	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=27;PP=766;SC=AGGACAGTCAACTCAAATTTA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=96927994;WS=96927962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	96927986	rs2160502	A	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	96929200	rs11453356	A	AT	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=684;SC=CATTTGTGTCATTTTTTTAGC;SOR=5.353;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=24;WE=96929208;WS=96929190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	96974751	rs17025572	A	G	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AAACCAATGAAAAGTATGTAT;SOR=0.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=81;WE=96974759;WS=96974741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr12	96988037	rs815896	C	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=19;PP=1424;SC=CACCTATGTTCAATCTGAGTA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=96988045;WS=96988027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	96992494	rs815890	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=25;PP=858;SC=ATACTGCGAGCTTTGAAAGTA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=96992502;WS=96992484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	97037840	rs11108609	A	T	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=111;SC=CAGAAACATTAGCATAAGGGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=97037848;WS=97037835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	97038054	rs12372726	G	A	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=48;PP=2393;SC=AGGTTCCATCGTCTATCACTT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=130;WE=97038062;WS=97038044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	97043961	rs11108616	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=170;SC=TTTTAGTTGTGACTTTGAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=97043969;WS=97043951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	97051632	rs10710617	AT	A	109.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GAAATTACACATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=97051640;WS=97051622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr12	97051927	.	G	GAA	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	97079043	rs7974634	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=394;SC=AAGGATCCCCGTACTAGCTAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=97079051;WS=97079033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	97085107	rs4762319	A	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.02;SOR=2.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	97102578	rs7968231	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=32;PP=1050;SC=ACCAAACTTGGAAGGTAATTG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=97102586;WS=97102568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	97112159	rs11108651	G	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	97136239	rs1990828	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=305;SC=AAAGATGACAGTGAGTTTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=97136247;WS=97136229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	97180430	rs11108696	C	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=552;SC=TGAACCTAAACTAAGGTATTT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=97180438;WS=97180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	97211399	rs369211137	CATGTT	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	97211407	.	C	CTAA	152.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.22;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	97211410	rs142077887	G	T	161.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	97211528	rs970620	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=337;SC=TTCAAATAAAATACATATATA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=97211536;WS=97211518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	97254620	rs1420653	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=34;PP=1456;SC=TCTCACTGCCGTCTATATTCA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=97254628;WS=97254610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	97345955	rs2304697	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=217;SC=GAGTAAAAGGATGATGGGATT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=97345963;WS=97345945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	97639049	rs1012314	T	C	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=81;PP=2965;SC=TAATGCAGTCTCTCCATTTGT;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=199;WE=97639057;WS=97639039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	97639144	rs1012315	A	G	8408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=146;PP=2965;SC=AAAAAAACTGATTATAGAAGC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=150;TCR=146;TR=295;WE=97639152;WS=97639134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	98389341	rs1477006	A	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=350;SC=CAAGACCCAAAGCAAAAGTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=98389349;WS=98389331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	98849413	rs112462579	G	A	10383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=174;PP=2965;SC=AGCATAGGATGCCGTGTCACA;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=194;TCR=174;TR=368;WE=98849421;WS=98849403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr12	99007356	rs1048908	T	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=452;SC=ATCTCAATAATGTCAAACTAA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=99007364;WS=99007346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	99007623	rs1048906	C	T	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=42;PP=2067;SC=GCTCTGTCACCTTCTAAGCTT;SOR=0.987;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=99007631;WS=99007613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	99043207	rs2278361	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=1140;SC=TTATGGTATTACTTCAGTAAT;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=99043215;WS=99043197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	99059900	rs11109564	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=233;SC=TGTGTGTGTGATAATACCTGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=99059908;WS=99059890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	99129541	rs7300187	G	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=270;SC=CAAAACAAAAGTCTTGCTCTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=99129549;WS=99129531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	99175840	rs7954506	A	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=20;PP=1063;SC=ACCAGCAGTCAGTTTACTTCA;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=99175848;WS=99175830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	99447139	rs3794799	C	A	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=39;PP=1103;SC=TGTGTCCCAACAACAGAATGC;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=99447147;WS=99447129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	99478626	rs3803094	C	T	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=68;PP=2965;SC=GTACTAAATACAAATACTCCT;SOR=1.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=181;WE=99478634;WS=99478616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	99478889	rs7970088	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=428;SC=GAGAAAACCAGTGAGTGACCT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=99478897;WS=99478879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	99638276	rs2712643	C	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-0.895;SC=ATGAAGGGAGCAAATATTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=99638284;WS=99638266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	99639930	rs923724	G	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=10;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TTTCATTCCAGTTGGAGCCGT;SOR=0.512;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=61;WE=99639953;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,64:0.85:75
chr12	99639944	rs35408837	CT	C	1804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GAGCCGTATGCTTTTTTTTTT;SOR=0.337;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=47;WE=99639953;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,84:0.85:99
chr12	99640557	rs1552759	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=913;ReadPosRankSum=1.464;SC=ACTCACAGGCTGGAGAGGATC;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=68;WE=99640565;WS=99640547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr12	100041939	rs34319076	AT	A	5845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=41;PP=2951;SC=AACTGTCTTGATTTAAAGGAA;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=76;WE=100041950;WS=100041929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	100041942	rs79915291	T	A	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=42;PP=2269;SC=TGTCTTGATTTAAAGGAAGAC;SOR=1.249;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=117;WE=100041950;WS=100041929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	100042040	rs11109968	C	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=77;PP=2965;SC=GAAGCTGCAGCGGCAACTGTA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=164;WE=100042048;WS=100042030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	100042163	rs11109969	A	G	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=118;PP=2965;SC=AATGGTAACAATGGGCATCGT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=151;TCR=118;TR=268;WE=100042171;WS=100042148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	100219207	rs7138513	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=1489;SC=CAGTGAAGCCAGATCTTGCCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=100219215;WS=100219197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	100452027	rs60592197	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TAGTTTAAGATACTACTTGAA;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=25;WE=100452035;WS=100452017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr12	100453529	rs183456860	A	G	46.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTTAAAAAACATAACATGAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=100453537;WS=100453525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	100550996	rs12370675	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=10.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.340;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,34:0.18:191
chr12	100604221	rs7970382	T	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=1.159;SC=TTAAGGCCAGTCATTGTGACT;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=100604229;WS=100604211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	100646134	rs66721214	CA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=1.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr12	100657464	rs7307415	T	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,64:0.24:267
chr12	100709313	rs7968030	T	A	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.000;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr12	100795794	rs11110366	A	G	178.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.27;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	100930213	rs17030285	C	G	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.476;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,99:0.68:146
chr12	100988773	rs35690	T	A	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=64;SC=TTAGCAAAGATAAAATTATCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=100988781;WS=100988763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	101012490	rs7961640	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.527;SC=AATATAAACCGGTACTATTCT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=11;WE=101012498;WS=101012480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr12	101017445	rs1469385	T	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=611;ReadPosRankSum=0.797;SC=GTTTGCCACATTAGAACAAAA;SOR=0.971;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=49;WE=101017453;WS=101017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,52:0.31:168
chr12	101133494	rs17478305	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=594;SC=ATGATGCCTGCCTGTTTATTA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=101133502;WS=101133484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	101133748	rs73145643	A	C	11071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGATGCAGGCATCCCTGTGTA;SOR=0.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=188;TCR=191;TR=378;WE=101133756;WS=101133738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr12	101133912	rs4764751	G	A	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=44;PP=1197;ReadPosRankSum=1.911;SC=TTGGAGATTCGGGACTGGGTG;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=48;WE=101133920;WS=101133902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr12	101365007	rs10778090	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=1.333;SC=AGGTCCATGCATTCTAAGTTC;SOR=0.052;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=101365015;WS=101364997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	101433990	rs665071	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=688;SC=TCTTCACAAGAGGAAACTCAT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=101433998;WS=101433980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	101473243	rs73156642	T	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=38;PP=978;SC=TTTTGATTCCTTAGTGGAATC;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=101473251;WS=101473233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	101473262	.	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr12	101473272	rs651784	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=22;PP=453;SC=TGATTAAGTGGAGAATTCCAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=101473280;WS=101473252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	101491375	rs1842888	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=623;SC=TGTAATATTCGCTGAAAGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=101491383;WS=101491365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	101510371	rs349661	T	G	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=38;PP=2752;SC=ACAATTGCAGTGACGTCTGGG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=126;WE=101510379;WS=101510361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	101550961	.	A	AAC	71	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=71;QD=16.0;SC=CTCATGATACAACACACACAC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=5;WE=101550970;WS=101550951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr12	101551854	rs10860693	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=0.478;SC=ATAAAACAGATATAGATCATC;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=101551862;WS=101551844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr12	101552075	rs2671444	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=37;PP=1163;SC=TGGTTAGTATGTATCTGGGGT;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=101552083;WS=101552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	101560328	rs164365	C	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1032;ReadPosRankSum=0.901;SC=CTGTGGTTGTCATCAAATTTG;SOR=0.945;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=60;WE=101560336;WS=101560318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr12	101561940	rs9634221	A	T	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2735;ReadPosRankSum=0.620;SC=CACCAACCATACCAAATACGC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=113;TCR=122;TR=172;WE=101561948;WS=101561930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,181:0.72:251
chr12	101581317	rs35400143	CAA	C	6562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.841;NF=6;NR=96;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.292;SC=AACAAACCAGCAAAAGACAAC;SOR=0.903;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=145;TCF=11;TCR=134;TR=102;WE=101581326;WS=101581307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,162:0.74:218
chr12	101584210	rs1069475	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=13;PP=2736;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CAACTGATGGTTATTAATGAT;SOR=0.926;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=65;WE=101584231;WS=101584200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr12	101584223	rs12313149	A	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=1020;ReadPosRankSum=2.306;SC=TTAATGATTCATATACCATGG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=31;WE=101584231;WS=101584200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr12	101587518	rs1709189	C	T	5343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.009;SC=ATGATCCCAACTTGAAAAACA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=145;TCR=164;TR=219;WE=101587526;WS=101587508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,234:0.72:327
chr12	101673879	rs145805967	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.994;SC=CGTCCACGTGACCCACTCAGG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=11;WE=101673887;WS=101673869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr12	101680273	rs142220773	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,52:0.25:211
chr12	101687043	rs2290720	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=715;SC=TTACTAAGTTCGGAGTATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=101687051;WS=101687033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	101701930	rs7975348	T	C	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=20;PP=1591;SC=AAATACTGACTGGTCTTCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=101701938;WS=101701920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	101702045	rs77005911	G	A	3451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=2131;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AATGATTATAGAGAGAAGCTT;SOR=0.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=137;WE=101702053;WS=101702035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,153:0.68:224
chr12	101713141	rs2290719	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	101715202	rs55721648	C	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=257;SC=AGTTATTACTCTGTGTACATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=101715210;WS=101715192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	101728166	rs2002895	A	G	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1217;SC=AATTTGGTATATGTATTTGGT;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=101728174;WS=101728156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	101732655	rs56265469	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=26;PP=1169;SC=AGTATCTCAGCAAAACCACAA;SOR=0.955;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=67;WE=101732663;WS=101732645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	101734277	rs7963896	T	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=25;PP=2260;SC=ATGTTCCTTATATATCCGTTT;SOR=2.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=84;TCR=25;TR=108;WE=101734285;WS=101734267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	101734452	rs7977402	C	T	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=106;PP=2965;SC=GGTTTAATTGCGAGCAGCAAT;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=60;TCR=106;TR=166;WE=101734460;WS=101734442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	101736381	rs2270861	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=644;SC=TGTACTATTCATTTTTACTCC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=101736389;WS=101736371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	101750814	rs10082778	T	A	8303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=161;PP=2965;SC=CACTTCCTCCTATATGTTTTA;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=116;TCR=161;TR=277;WE=101750822;WS=101750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	101755683	rs7313312	T	C	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=53;PP=2572;ReadPosRankSum=0.620;SC=CTAGATCTTATGTTTTCCTAG;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=149;WE=101755691;WS=101755673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr12	101757530	rs2305862	G	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=66;PP=1844;SC=AGGTAAGGACGTAAATGCAAT;SOR=3.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=74;WE=101757538;WS=101757520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	101761516	rs2305859	T	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=542;SC=TAAAAATGTTTTATCATTTCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=101761524;WS=101761506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	101761867	rs1457564	G	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=730;SC=TGATTGAGGTGTTTTTGTTTG;SOR=2.985;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=30;WE=101761875;WS=101761857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	101779964	rs4764794	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=41;PP=1167;SC=GAAATTACAGTAGGTTGTCTG;SOR=1.532;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=60;WE=101779972;WS=101779954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	101790373	rs73159756	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=16;PP=449;SC=AAATTGAAAATATTTAATTTC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=101790381;WS=101790363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	101870804	rs7979430	G	A	125.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.469;SC=TATCGATCATGTTAATAAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=101870812;WS=101870794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	101871237	rs76202035	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
chr12	101880128	rs61748064	A	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=746;ReadPosRankSum=0.940;SC=TTAGGCAGGAAGAAGCTCCGA;SOR=0.574;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=192;TCF=117;TCR=75;TR=62;WE=101880136;WS=101880118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr12	101988774	rs1697477	G	T	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1289;ReadPosRankSum=-2.380;SC=ACCATCTCTCGCCTGCCTGTG;SOR=0.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=89;WE=101988782;WS=101988764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,97:0.73:132
chr12	102020488	rs825073	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=0.059;SC=TTGCCTGAAAAACTCAGGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=102020496;WS=102020480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	102020810	rs825074	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=392;ReadPosRankSum=0.061;SC=AACAGTTTTCGCCTGTGCTGG;SOR=2.712;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=22;WE=102020818;WS=102020800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr12	102025926	rs61935677	C	G	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=76;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GGTAAGAGAGCCTTCTTGCCT;SOR=0.335;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=119;WE=102025934;WS=102025916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,123:0.73:168
chr12	102041967	rs3834936	C	CA	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=948;ReadPosRankSum=0.165;SC=GTTTAATAGACAAAAAAATTG;SOR=0.463;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=37;WE=102041975;WS=102041957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr12	102042985	rs3215353	A	AT	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=971;ReadPosRankSum=0.597;SC=TGGACAAGGTATTTTTCCTGA;SOR=1.412;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=29;WE=102042993;WS=102042975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr12	102043301	rs2272336	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TTCTATTTGCGATGATTTTTA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=102043309;WS=102043291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	102045231	rs10860759	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=772;ReadPosRankSum=0.508;SC=TCTCCATTTTCTAAATTACAT;SOR=1.261;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=39;WE=102045239;WS=102045221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr12	102046303	rs145871881	C	CCT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=461;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GGCTTCTCATCCTCTCTCTCT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=102046311;WS=102046293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	102046394	rs1997205	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=23;PP=2091;SC=GTCTTTTCAGCTTGGGTCATA;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=96;WE=102046402;WS=102046384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	102046595	rs1997204	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=81;PP=2050;SC=TGCATAGTTGTGTTCTTTTTT;SOR=1.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=116;WE=102046603;WS=102046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	102046874	rs3835190	AC	A	2476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.323;NF=32;NR=18;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GATAACAAAGACTATGCTTAA;SOR=1.110;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=50;WE=102046882;WS=102046864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr12	102053675	rs17511481	C	T	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1615;ReadPosRankSum=1.954;SC=AGTAGACTTTCCTTCTTTGTC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=93;WE=102053683;WS=102053665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,102:0.80:127
chr12	102053753	rs12372616	C	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.76;ReadPosRankSum=0.186;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	102053753	.	CAT	GAC	789	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=19;PP=789;QD=42.1233937431;SC=GAGGACTTATCATTGGAGAAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=20;WE=102053763;WS=102053743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr12	102053755	rs12367753	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.76;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	102054812	rs10778135	C	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=78;SC=ATTCAGTAAACATGGGAAAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=102054820;WS=102054802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	102057166	rs2254631	T	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=748;SC=AGCTGTGTAGTAAATAGTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=102057174;WS=102057156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	102060672	.	T	C	357	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=48;MMLQ=18;MQ=60.87;NF=1;NR=8;PP=357;QD=43.5301347275;SC=ATCACATACATACACACACAC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=102060682;WS=102060662;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,9:0.64:14
chr12	102061793	rs147564199	GTTAATGCT	G	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=2978;SC=TTGATATTTTGTTAATGCTTT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=102061808;WS=102061783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	102063901	.	C	CCACACA	228	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=-0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr12	102064118	rs7139095	T	C	8526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=152;PP=2965;SC=AGATTCGCATTCCAAGACACC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=152;TCR=153;TR=304;WE=102064126;WS=102064108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	102069077	rs764291	A	G	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=70;PP=2315;ReadPosRankSum=0.026;SC=TAGACCGTCCAGGTCCACCCC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=149;WE=102069085;WS=102069067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,162:0.72:225
chr12	102074442	rs2303631	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGGTGAGGGCAAGGGAAGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=102074450;WS=102074432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr12	102078094	rs2303629	G	C	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.411;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1102;ReadPosRankSum=0.479;SC=AAGTACTCAAGTTTGGTGTTA;SOR=0.274;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=69;WE=102078102;WS=102078084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr12	102079418	rs2764	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TAATTGATTCGTATCTGCGAG;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=108;WE=102079426;WS=102079408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,118:0.71:166
chr12	102120364	rs222508	A	G	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=205;SC=TGAAGCCCCCATTGTATCATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=102120372;WS=102120354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	102295218	rs7295569	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,46:0.22:211
chr12	102301910	rs61936574	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	102301915	rs61936575	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	102304685	rs56695970	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
chr12	102308095	rs7955730	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,91:0.28:323
chr12	102433811	rs4237982	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=35;PP=837;SC=GGGTCTATCATGTTACTTAAA;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=102433819;WS=102433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	102468734	.	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr12	102514184	rs4764863	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=9;PP=1222;SC=GTGGGACCGAAGTATTATGGT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=102514192;WS=102514174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	103234479	rs798709	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=54;PP=1436;SC=AAGCCTCTGTATGTGTGTATG;SOR=4.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=103234487;WS=103234469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	103237468	rs772897	G	C	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=80;PP=2965;SC=CCACGTAATAGAGGGGCTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=103237476;WS=103237458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	103238017	rs12580432	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CATATCAAAACGGATACAAAT;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=95;TCR=23;TR=41;WE=103238025;WS=103238007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr12	103240630	rs1522306	C	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=675;ReadPosRankSum=1.218;SC=AGGGCCATAGCCTATAGCACT;SOR=0.164;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=44;WE=103240638;WS=103240620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr12	103246700	rs1042503	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1733;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCAGGCCAGCCACAGGTCGGA;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=113;WE=103246708;WS=103246690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,115:0.50:232
chr12	103248924	rs1126758	C	T	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=36;PP=1687;ReadPosRankSum=1.058;SC=TCTGCAGGAACTGAGAAACGT;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=130;TCR=63;TR=110;WE=103248932;WS=103248914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,117:0.58:203
chr12	103249164	rs2251905	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=607;ReadPosRankSum=-1.785;SC=CACAGCAGAACGCAGGTTAGG;SOR=0.382;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=31;WE=103249172;WS=103249154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr12	103260273	rs10860933	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.222;SC=GGCAGGACTCTTCATGCTGGT;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=12;WE=103260281;WS=103260264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	103260608	rs2247836	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=0.632;SC=CTACCAGATATTGTGAGTGAC;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=12;WE=103260616;WS=103260598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	103271193	rs1718301	G	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1503;ReadPosRankSum=-2.930;SC=GGAGGGGAGTGGAGGAGAGGC;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=96;WE=103271201;WS=103271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,103:0.73:142
chr12	103271350	rs2037639	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=614;ReadPosRankSum=0.240;SC=AGAAGGCAACGTCCTGAGTAC;SOR=0.490;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=54;WE=103271358;WS=103271340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,55:0.36:153
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chr12	103988385	rs17034187	A	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GAAGAATGTTAACATCCGTTT;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=31;WE=103988393;WS=103988375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
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chr12	104042736	rs697199	T	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=582;SC=GTCATGCAGGTGAGAGGGAAA;SOR=2.910;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=104042744;WS=104042726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	104046601	rs1032450	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=657;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TTCTTTCCTCATGTATTATTT;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=39;WE=104046609;WS=104046591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr12	104048592	rs831425	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCTAGGATCCCGAGCAGAGAG;SOR=1.420;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=17;WE=104048600;WS=104048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	104063486	rs59772330	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=509;ReadPosRankSum=0.260;SC=TGATATAATGCCAGCTACTCT;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=32;WE=104063494;WS=104063476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr12	104064696	rs12424164	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.810;SC=CTTGGGTTACACCATCATCAC;SOR=0.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=9;WE=104064704;WS=104064686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr12	104067812	rs11614418	C	T	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=1903;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GTGGGCCCTACGTGCAGTTCT;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=118;TCR=118;TR=131;WE=104067820;WS=104067802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,135:0.55:247
chr12	104071158	rs72177976	TTCTC	T	2730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=1971;ReadPosRankSum=0.296;SC=TGTCTGGAAATTCTCTCTTAT;SOR=0.858;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=40;WE=104071169;WS=104071148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr12	104081793	rs697206	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=6;PP=1374;SC=ACGCATTCACATCAGCATCAG;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=62;WE=104081801;WS=104081783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	104086631	rs703651	C	T	8582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=138;PP=2965;SC=ATGGGGACAACGCAGCCACAA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=171;TCR=139;TR=309;WE=104086639;WS=104086621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr12	104099544	rs11111718	C	A	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=155;PP=2965;SC=TACTGCAGCACCATTGGGAAA;SOR=1.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=76;TCR=155;TR=231;WE=104099552;WS=104099534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	104100775	rs66517507	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=688;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GGTGAGCACCGTCCTCTCCAC;SOR=0.255;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=115;TCF=24;TCR=91;TR=47;WE=104100783;WS=104100765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,48:0.40:121
chr12	104111687	rs703653	C	A	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=38;PP=1228;SC=CCCCACTTCTCGGGGATGCAG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=104111695;WS=104111677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	104124061	rs4981042	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr12	104140517	rs2056128	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=1.634;SC=AAATAGCAGCATGGTGTGGGA;SOR=0.202;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=16;WE=104140525;WS=104140507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	104146813	rs34738204	A	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AACATATGCTAGTTTTATAGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=104146821;WS=104146807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	104146964	rs35756765	C	A	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=45;PP=2326;ReadPosRankSum=1.238;SC=ACCTGGTGGGCTGACCTGGGC;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=245;TCF=164;TCR=81;TR=143;WE=104146972;WS=104146954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,151:0.60:252
chr12	104147171	rs3751200	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=68;PP=1505;ReadPosRankSum=1.284;SC=GACAGAGTCTGCAGGGGCGGA;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=33;TCR=127;TR=85;WE=104147179;WS=104147161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,87:0.52:166
chr12	104147207	rs3751198	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=598;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TAAGATGGGGAAGACTTGAGC;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=28;WE=104147215;WS=104147197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr12	104149022	rs11111748	G	A	15022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=301;NR=229;PP=2965;SC=CATTAACCAAGTGATGCCACA;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=533;TCF=303;TCR=230;TR=530;WE=104149030;WS=104149012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr12	104149251	rs7296626	C	T	14956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=252;NR=275;PP=2965;SC=GAAAGGTAACCGCCCCAGCTA;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=527;TCF=252;TCR=275;TR=527;WE=104149260;WS=104149241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr12	104149520	rs7313163	T	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=569;ReadPosRankSum=0.761;SC=CTGCTTGGTTTGCCTCAGGCA;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=42;WE=104149528;WS=104149510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr12	104208868	rs10861107	C	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=70;PP=1879;SC=CATCTGGATTCAACAAGTTGC;SOR=1.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=104208876;WS=104208858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	104237882	rs2576974	G	A	6442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=94;PP=2965;SC=TTTCAGCATTGTTTTGTGTCT;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=221;WE=104237911;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr12	104237896	rs7966100	G	A	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=101;PP=2965;SC=TGTGTCTTCCGTTGTATCTTT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=140;TCR=101;TR=241;WE=104237911;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	104309712	rs2583273	C	T	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=157;PP=2965;SC=CAGCCACCGACCCCCACTGCT;SOR=1.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=91;TCR=157;TR=248;WE=104309720;WS=104309702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	104324148	rs2722187	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=7;PP=749;SC=CCCGCCCGCGGGAAGTGGGGG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=104324156;WS=104324138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	104335750	rs58392270	TAA	T	7922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=90;PP=2966;SC=ATTTGTGGAGTAAAACCAGAT;SOR=1.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=8;TCR=92;TR=98;WE=104335759;WS=104335740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	104359931	rs4135039	T	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=65;PP=1803;SC=GTCTTTTAAATCCCGGCCGGA;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=92;WE=104359939;WS=104359921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	104359982	rs4135040	C	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=847;SC=GTGGCCTGGTCGGCCTTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=104359990;WS=104359972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	104461711	.	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=2.248;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
chr12	104476264	rs2253274	T	C	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	104618454	rs6539128	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=1;PP=1502;SC=GAGCCACCGCACCTATAGCTG;SOR=7.024;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=64;TCR=1;TR=65;WE=104618462;WS=104618444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	104645363	rs7960443	G	A	7829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=141;PP=2965;SC=TCACCAGCACGGCCACTGCAG;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=128;TCR=141;TR=268;WE=104645371;WS=104645353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	104645405	rs7975161	T	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=101;PP=2965;SC=CCTATATAGATGGTCACTCTG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=173;WE=104645413;WS=104645395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	104651594	rs7297584	A	G	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=1;PP=87;SC=TTGACAATTGAATAGAATCAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=104651602;WS=104651586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	104684773	rs11111981	A	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=1;PP=792;SC=TTCTTTAGAGATGGAGGTCTC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=104684781;WS=104684763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	104698582	rs11111987	A	G	8343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=127;PP=2965;SC=ATGTTAACCAAATGGGTGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=151;TCR=127;TR=277;WE=104698590;WS=104698572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr12	104703957	rs35882028	T	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	104703957	.	TCT	AGA	1276	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=21;PP=1276;QD=55.8111614526;SC=GGAGTCTCACTCTGTGAGACT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=104703980;WS=104703947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	104703958	rs34794131	C	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	104703959	rs34873076	T	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	104703965	rs66665385	ACTCCCAGG	A	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=2965;SC=ACTCTGTGAGACTCCCAGGCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=17;WE=104703980;WS=104703947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	104703991	rs10861190	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=255;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=129;SC=GCAGTGGCGCAATCTTGGCTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=104703999;WS=104703981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	104707151	rs5018287	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1099;SC=TCCCCTGGCAATAATCTAACT;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=104707159;WS=104707141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	104707180	rs6539137	A	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=610;SC=AAGCCTAATTAAAAAAATCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=104707188;WS=104707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	104713419	rs143122999	A	G	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1255;ReadPosRankSum=1.180;SC=TTGCTTTCGCATTTTTCTTCA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=87;WE=104713427;WS=104713409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr12	104721575	rs7962256	G	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-2.199;SC=TGGCATCCTAGATGTCCTTTA;SOR=0.100;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=104721583;WS=104721565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr12	104732818	rs35337648	A	AT	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=1178;SC=TTTGAGTTGGATTTTTAAGAA;SOR=3.737;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=30;WE=104732826;WS=104732808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	104733165	rs10861202	A	G	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=90;PP=2960;SC=TGATTCCTCAAAAGAGGGCTT;SOR=1.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=138;WE=104733173;WS=104733155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	104851112	rs111789728	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=0.749;SC=CGGGCTCCGGTCCGCGCGGCG;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=16;WE=104851120;WS=104851102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr12	104985289	rs1615960	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=965;SC=TAGGGGCATGATGGTGGCATC;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=104985297;WS=104985279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	104985655	rs313323	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=649;SC=AAACTTGTCTCGGTTTTCTAT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=104985663;WS=104985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	104995800	rs5800627	A	AT	1515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,74:0.80:92
chr12	105260159	rs149586274	TACACAC	T	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.250;QD=19.11;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	105431835	rs10861315	T	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=713;ReadPosRankSum=0.278;SC=GTGAGCCACCTCACCTGGCCC;SOR=0.467;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=166;TCF=117;TCR=49;TR=53;WE=105431843;WS=105431825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,53:0.32:165
chr12	105433463	rs4964120	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ACAGGATCTGCAGTGAATCAA;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=142;TCR=60;TR=76;WE=105433471;WS=105433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,76:0.37:205
chr12	105433523	rs4964317	T	A	3921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=93;PP=2443;ReadPosRankSum=-1.034;SC=TAGGAGTGGATCCAGTGAAAC;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=477;TCF=258;TCR=219;TR=197;WE=105433531;WS=105433513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,200:0.41:487
chr12	105433607	rs4964318	G	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=81;PP=1874;ReadPosRankSum=0.599;SC=GGAATAAAACGGGAATTAAAA;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=313;TCF=120;TCR=193;TR=136;WE=105433615;WS=105433597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,138:0.43:323
chr12	105433702	rs7315784	A	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCCG;SOR=0.239;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=11;WE=105433710;WS=105433692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	105434467	rs11112330	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.315;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CAGTCAAGGGCGTGACCTGAG;SOR=0.486;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=239;TCF=132;TCR=107;TR=92;WE=105434475;WS=105434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,95:0.38:248
chr12	105434533	rs10861316	C	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=878;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TAGCCCAGAACCCAGTTTTCC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=81;WE=105434541;WS=105434523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,85:0.32:267
chr12	105440421	rs10861324	T	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=0.983;SC=ATAAATATATTTCACTTTTTT;SOR=1.615;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=21;WE=105440429;WS=105440411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr12	105443966	rs7485673	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=0.936;SC=CTTATAGAGATCATGGTCCAG;SOR=0.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=105443974;WS=105443956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	105445798	rs61938827	C	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCAGCCTGGCCAACGTAGTGA;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=14;WE=105445806;WS=105445788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr12	105446092	rs140372840	AT	A	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.865;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.892;NF=1;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-0.286;SC=AGTATTACTGATTTTAAAAAA;SOR=0.112;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=10;WE=105446100;WS=105446082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr12	105446552	rs56188643	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=20;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TAAAAATCCATGACCAGTGAT;SOR=0.969;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=221;TCF=157;TCR=64;TR=81;WE=105446560;WS=105446542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,84:0.36:233
chr12	105446719	rs56118650	G	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TCTGAGAGAAGTATATTAATA;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=63;TCR=115;TR=77;WE=105446727;WS=105446709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr12	105454863	rs71468237	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=59;PP=1573;ReadPosRankSum=0.669;SC=ACACAAAAAGGAAACTCTTAT;SOR=0.496;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=31;TCR=93;TR=80;WE=105454871;WS=105454853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,83:0.64:129
chr12	105455651	rs6539183	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=34;PP=982;SC=GGAAAAATACAGATTAAAAGC;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=105455659;WS=105455641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	105477951	rs11112362	C	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=793;ReadPosRankSum=1.567;SC=AGACAATGGCCTGCGTGCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=105477959;WS=105477941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr12	105478327	rs7303961	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=493;SC=GACTGCCTGGCTCGCGGCTCG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=105478335;WS=105478317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	105504764	rs1196839	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=524;SC=TTTAACTTTGGAACTTTATTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=105504772;WS=105504754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	105504787	rs1196838	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-0.099;SC=AGGAAGTCCAGACATTCCAGA;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=9;WE=105504795;WS=105504777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	105509160	rs1196801	G	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=AGGTAAAAAAGCTGAGGAAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=105509168;WS=105509150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	105514480	rs1196837	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=0.603;SC=ACTCTTAAAGAGGCGTGTGTG;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=11;WE=105514492;WS=105514470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	105514786	rs1196836	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TACTAATTCAGTAATCAGCCC;SOR=2.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=105514794;WS=105514776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	105527385	rs1211276	G	C	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=91;SC=CAGTACCTGGGATGTTTGTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=105527393;WS=105527375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	105534025	rs1196808	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=15;PP=1888;SC=AATTTTGCCTGAAATTTTTAA;SOR=2.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=82;WE=105534033;WS=105534015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	105534573	rs1014502	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=0.063;SC=GTATTTGTGTATGCTCTCTTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=105534581;WS=105534563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	105536430	rs5800652	C	CTA	335.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;QD=37.30;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	105538417	rs148267591	AGTT	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=295;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTCAAGGACAAGTTGTTGTTT;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=10;WE=105538427;WS=105538407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	105540322	rs199922129	A	AT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.352;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr12	105541046	rs3215374	AT	A	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=515;ReadPosRankSum=0.224;SC=ATGAATTTCCATTTTTTTTCT;SOR=0.446;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=29;WE=105541054;WS=105541036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr12	105541201	rs3830657	ATG	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.431;NF=3;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-0.480;SC=ACATTAATATATGTGTGTGCA;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=105541210;WS=105541191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	105543326	rs1196802	T	G	287.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=239;SC=CAGTAAAATTTATTTGAATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=105543334;WS=105543317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	105546172	rs1663564	G	A	8286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=122;PP=2965;SC=AAAACTTGGAGTAACACCTGA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=158;TCR=122;TR=280;WE=105546180;WS=105546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	105556485	rs1373552	T	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GAAGATTTTCTTAGCAAAATT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=105556493;WS=105556475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	105568122	rs935241	G	A	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=56;PP=2965;SC=CTCTATGTTCGTTTGGATTTC;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=113;TCR=56;TR=169;WE=105568130;WS=105568112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	105568176	rs935240	G	A	6556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=98;PP=2965;SC=CATATTTTCCGTCATTGGTTA;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=132;TCR=99;TR=230;WE=105568184;WS=105568166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	105582245	rs1196852	A	G	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=152;PP=2965;SC=AGCATTTTCCACTCAGGATCT;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=94;TCR=153;TR=246;WE=105582253;WS=105582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	105583877	rs2272495	G	A	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.696;SC=ACTGGCTGTTGCTTTGGGAAC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=98;TCR=117;TR=130;WE=105583885;WS=105583867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,133:0.58:228
chr12	105597680	rs3736628	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CCGCCTCGCACGCGGCACTGG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=41;WE=105597688;WS=105597670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr12	105600935	rs2293643	G	A	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=81;PP=2297;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGGAGGAGAGGTGCTGCTTCC;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=250;TCF=119;TCR=131;TR=150;WE=105600943;WS=105600925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,159:0.59:268
chr12	105611333	rs4964342	T	C	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1746;ReadPosRankSum=-1.305;SC=ACAAAAAAACTATGAAGAAAA;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=91;TCR=40;TR=99;WE=105611341;WS=105611323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,105:0.77:137
chr12	105623073	rs2293644	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1184;ReadPosRankSum=0.709;SC=GGAAGATCCACACACCCGCAC;SOR=0.598;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=96;WE=105623081;WS=105623063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,106:0.58:184
chr12	105629865	rs1196785	C	G	267.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr12	105742457	rs75924647	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=1.694;SC=GGAAGTTGCTGTTTTTCATGA;SOR=0.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=37;WE=105742465;WS=105742447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr12	105759838	rs1432588	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=5.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=761;ReadPosRankSum=1.423;SC=ATGCATGTGGCGTGTGCTAAT;SOR=0.665;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=37;WE=105759846;WS=105759828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr12	105760369	rs7962661	A	G	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=36;PP=1559;ReadPosRankSum=-2.021;SC=GTACCATTTAAATTGGTTTGA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=94;WE=105760377;WS=105760359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,97:0.67:144
chr12	105789562	rs1534253	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=450;ReadPosRankSum=0.218;SC=CTGACTTTGGCAAGCAGAATG;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=28;WE=105789570;WS=105789552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr12	106460938	rs3741883	G	C	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=102;PP=2851;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGGCATTTCAGGGCTGACCAG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=174;TCR=165;TR=211;WE=106460946;WS=106460928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,215:0.62:348
chr12	106461760	rs3741884	G	A	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1329;ReadPosRankSum=1.985;SC=AAAAAGAATCGGGCATTATGT;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=128;TCR=146;TR=108;WE=106461768;WS=106461750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,111:0.40:281
chr12	106464785	rs4964437	G	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=40;PP=1274;SC=ACCCCCAGCAGCCCCAGGAAC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=106464793;WS=106464775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	106480450	rs2251027	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=468;SC=TAATAGGAAAAAAATCATGCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=106480458;WS=106480444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	106500158	rs35769739	GT	G	938.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr12	106500159	.	TTA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.440;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr12	106500408	rs1427785	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=112;SC=TTGGCAGAACTGACAATAACC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=106500416;WS=106500398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	106532072	rs1215597	C	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=4;PP=854;SC=CGGGGCTTCCCAATGAGCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=106532080;WS=106532062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr12	106641489	rs368519473	GGGC	G	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=1.772;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	106647783	rs2704898	T	G	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1555;ReadPosRankSum=1.168;SC=AAATCAGACATCTCAGTCCGA;SOR=0.874;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=102;WE=106647791;WS=106647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,111:0.67:166
chr12	106708354	.	TGA	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=6;WE=106708364;WS=106708344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	106717517	rs71843294	TA	T	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	106717522	.	T	A	138.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	106717525	rs72143923	TA	T	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	106838340	rs10861607	T	C	10547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=173;NR=210;PP=2965;SC=GAAACACTTATCAGTGTGCCA;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=173;TCR=210;TR=383;WE=106838348;WS=106838330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr12	106890059	rs721438	C	T	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=885;SC=AGCTCTTCTGCCCCTTGCCAG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=106890067;WS=106890049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	106890135	rs2288270	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=216;SC=TGAGGAGCACATCTATACCTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=106890143;WS=106890125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	106890151	rs2288269	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=126;SC=ACCTCCCTTTGAGAGTGGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=106890159;WS=106890141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	106893863	rs7137638	G	T	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=39;PP=2413;SC=CCTGTCGGGCGCTCTGTGTCC;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=121;WE=106893871;WS=106893853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	106893930	rs7137444	A	T	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=96;NR=93;PP=2965;SC=CGTTGTGTGGATTAAGTAGCA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=189;WE=106893938;WS=106893920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	106903321	rs13561	T	C	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=99;PP=2609;SC=CCAAGTACAATGAATGAGGAT;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=166;WE=106903329;WS=106903311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	107078562	rs5800715	A	AAAG	3620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=2085;ReadPosRankSum=1.129;SC=CGCTCAGCACAAAGAATTTTC;SOR=0.616;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=145;TCF=39;TCR=106;TR=48;WE=107078570;WS=107078552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,96:0.42:229
chr12	107083059	rs7961392	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTACACACCCCCACAGGTTTC;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=170;TCR=107;TR=106;WE=107083067;WS=107083049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,106:0.37:285
chr12	107395106	rs8192440	A	G	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=6.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,128:0.57:226
chr12	107398862	.	TA	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.434;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr12	107713542	rs79492704	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=738;ReadPosRankSum=1.048;SC=CAGGCCCGAGCTCGGGCCCTG;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=40;WE=107713550;WS=107713532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr12	107714310	rs11383016	T	TC	1364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.048;NF=35;NR=7;PP=1440;ReadPosRankSum=-2.227;SC=TGCTCCCACTTCCCCACTCCC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=42;WE=107714318;WS=107714300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr12	107914123	rs7133143	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=0.389;SC=GAGTCCAGAGCGTTGGTTCCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=107914131;WS=107914113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	107914141	rs1861586	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=0.147;SC=CCTACATTGGCTTTCTTTGCA;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=107914149;WS=107914131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	107914392	rs200797164	G	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=62;PP=1637;ReadPosRankSum=0.005;SC=GGCCACGCGCGTAGGCAGCAT;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=126;TCR=153;TR=113;WE=107914400;WS=107914382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,113:0.39:289
chr12	108003911	rs4964599	T	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=33;PP=2965;SC=CGGAGTTTGCTCCTGTGCCCC;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=110;TCR=34;TR=141;WE=108003919;WS=108003901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	108042960	rs17039588	C	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=0.879;SC=GCTGTTGACACTGTTCTCTGT;SOR=0.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=50;WE=108042968;WS=108042950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr12	108045292	rs2241186	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=590;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TCTTTGTCCTTTTCCTCTAGT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=27;WE=108045300;WS=108045282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr12	108045336	rs2241185	T	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=1021;ReadPosRankSum=0.090;SC=GTCCCCTACCTGTGACACTGC;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=60;WE=108045344;WS=108045326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr12	108045392	rs2241184	T	C	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=51;PP=2141;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TAGTTCCTTATTGTTACCTCC;SOR=0.493;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=237;TCF=156;TCR=81;TR=142;WE=108045400;WS=108045382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,146:0.59:246
chr12	108086697	rs2287216	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=827;ReadPosRankSum=1.417;SC=ACATCTTTTTTCTAATTATGC;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=45;WE=108086705;WS=108086687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr12	108127965	rs17306603	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.839;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=742;ReadPosRankSum=0.317;SC=TTTTCATCCAAAATTGCTTGT;SOR=1.565;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=37;WE=108127973;WS=108127955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr12	108136172	rs2302734	A	G	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TTTGAAATGCATACTAAGTAC;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=58;TCR=113;TR=99;WE=108136180;WS=108136162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,107:0.58:184
chr12	108140032	rs3803120	T	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=1651;ReadPosRankSum=0.158;SC=AATAGTGTTTTACAGTTCCAA;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=108;WE=108140040;WS=108140022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,114:0.57:199
chr12	108147982	rs4964617	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.566;SC=GGTTTTTACACATGGGCAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=108147990;WS=108147972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	108150758	rs1814335	C	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=1.663;SC=AAAGAGCACACACAACTAGTT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=32;WE=108150766;WS=108150748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr12	108154199	rs2302733	A	G	7636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AATGGCACCAAAAACAACGGC;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=597;TCF=330;TCR=267;TR=335;WE=108154207;WS=108154189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,346:0.56:619
chr12	108675046	rs11614838	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,43:0.24:176
chr12	108675724	rs12816282	A	G	4411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=95;PP=2891;ReadPosRankSum=0.304;SC=TACTCTGAGCAGGGACTCCAG;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=105;TCR=126;TR=176;WE=108675732;WS=108675714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,187:0.77:244
chr12	108686008	rs1057401	C	G	5809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.324;SC=GCAGTTTGCACACGATGGTGA;SOR=0.827;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=303;TCF=165;TCR=138;TR=221;WE=108686016;WS=108685998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,236:0.73:325
chr12	108910962	rs2303634	C	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,68:0.28:245
chr12	108913377	.	GT	G	161	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=161;QD=31.5;SC=AAATGTTTTAGTTTTAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=108913385;WS=108913367;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,6:0.40:15
chr12	108917520	rs34982944	G	GA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.230;NF=0;NR=12;PP=151;ReadPosRankSum=1.823;SC=GTTAAAAGGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=12;WE=108917528;WS=108917510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	108918146	rs2303633	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=731;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCCTGGTCTCCGGCTTCTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=46;WE=108918154;WS=108918136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,53:0.75:71
chr12	108923950	rs1549096	A	G	5831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTTTCTCATCATCCTCATCTG;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=334;TCF=183;TCR=151;TR=252;WE=108923958;WS=108923940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,270:0.76:357
chr12	108930284	rs58100842	A	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr12	108932053	rs2287551	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ATTGCCAGCACGACCAAGTGA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=108932061;WS=108932043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	108932916	rs7133076	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=748;ReadPosRankSum=-0.805;SC=GGAAGCACAACACATCTGCAA;SOR=1.519;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=44;WE=108932924;WS=108932906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr12	108936484	rs888555	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.218;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr12	108936516	rs888556	T	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr12	108936519	rs888557	C	T	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr12	108941679	rs12579216	G	A	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1997;ReadPosRankSum=-0.387;SC=AATCCTTCACGGCTTTCTCAA;SOR=0.491;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=126;WE=108941687;WS=108941669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,139:0.82:169
chr12	108941700	rs11113986	C	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,38:0.21:185
chr12	108942770	rs147236609	GT	G	2070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.590;NF=21;NR=11;PP=1907;ReadPosRankSum=0.127;SC=AACGTTCCAGGTTTTCTACAA;SOR=1.265;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=32;WE=108942783;WS=108942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr12	108942775	rs3214424	C	G	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.568;NF=35;NR=15;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TCCAGGTTTTCTACAAGGAGC;SOR=1.211;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=50;WE=108942783;WS=108942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr12	108943028	rs2052423	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1086;ReadPosRankSum=2.022;SC=TTAAAACACCGTCATCAAGTA;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=64;WE=108943036;WS=108943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr12	108954502	rs1160332	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=917;ReadPosRankSum=0.601;SC=GTCACGAAAAGCGGGTTTGCA;SOR=0.683;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=49;WE=108954510;WS=108954492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr12	108954823	rs1063936	C	T	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=2.569;SC=ATAACACCTTCCTCCTTGTCC;SOR=0.542;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=401;TCF=219;TCR=182;TR=259;WE=108954831;WS=108954813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,272:0.64:423
chr12	108954862	rs2072579	G	C	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.410;SC=CCTCCTCTCCGTCAGCCTTGG;SOR=0.793;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=385;TCF=193;TCR=192;TR=248;WE=108954870;WS=108954852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,255:0.64:401
chr12	108956417	rs10778647	TT	GG	6626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=29;PP=2947;SC=GGCTGGGGCTTTCCGTCTGAG;SOR=1.794;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=122;WE=108956426;WS=108956407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	108956526	rs60547936	A	AG	11066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=139;PP=2975;SC=GGGACAAAAGAGGGACGCGCG;SOR=0.781;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=43;TCR=147;TR=182;WE=108956534;WS=108956516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr12	108956610	rs2287556	C	G	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=66;PP=1694;ReadPosRankSum=1.007;SC=TGGGAGCTGTCCCCTCCCACG;SOR=0.492;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=117;TCF=27;TCR=90;TR=88;WE=108956618;WS=108956600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,86:0.75:114
chr12	108960906	rs10861945	G	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=0.544;SC=TTTTTTATTGGCTGGCCCTCA;SOR=2.147;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=108960914;WS=108960896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	108961228	rs876161	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCCTAAGAGAATCATGCCAGA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=40;WE=108961236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr12	108961293	rs888546	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=449;ReadPosRankSum=-1.824;SC=ATTTCTAAACCTCACAAATAT;SOR=0.895;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=21;WE=108961301;WS=108961283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr12	108961354	rs888547	T	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=544;ReadPosRankSum=-1.457;SC=ATGAGGAAGCTAAGGCTTGGG;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=36;WE=108961362;WS=108961344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr12	108961383	rs888548	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=702;ReadPosRankSum=2.542;SC=CCCACATCACATGGCTAATAA;SOR=1.011;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=52;WE=108961391;WS=108961373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr12	108961823	rs72643413	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr12	108985945	rs7975237	A	G	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=116;PP=2965;SC=CCCCAGGGTTATGGGCTGGGG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=206;WE=108985953;WS=108985935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	108985976	rs112073168	G	A	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=84;PP=2673;ReadPosRankSum=1.000;SC=GTGGGGCTGAGGGCCGGGGTC;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=133;WE=108985984;WS=108985966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr12	108986112	rs10861953	G	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=32;PP=1651;SC=CAGACCCCAGGAGCAGCAACA;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=85;WE=108986120;WS=108986102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	109182049	rs3741778	T	C	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=108;PP=2965;SC=CAATCTCCTGTGTCCGCTGCT;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=205;WE=109182057;WS=109182039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	109200267	rs79637528	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=718;SC=AAACAGAACACGGCTTGGCAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=109200275;WS=109200257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	109211031	rs12316621	T	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=49;PP=1548;SC=GTGTTCTACCTTTCCCTCTGG;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=109211039;WS=109211021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	109219982	rs12320461	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=75;PP=2882;SC=TTTCCTTTGGAAAAAAAAAGG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=153;WE=109219990;WS=109219972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	109270506	rs7136681	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=323;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CTCATCTAGCACACAGACACC;SOR=1.299;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=27;WE=109270514;WS=109270496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr12	109277492	rs11114083	C	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1125;ReadPosRankSum=-1.218;SC=AGGGGCTGTCCCCTAAGCCCC;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=72;WE=109277500;WS=109277482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,76:0.72:105
chr12	109278747	rs2111902	T	G	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGTGATGATGTTGTGCCTCAA;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=302;TCF=185;TCR=117;TR=226;WE=109278755;WS=109278737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,233:0.74:316
chr12	109286576	rs11114087	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=340;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGGAGATTTTGTGGACCACCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=109286584;WS=109286566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr12	109287984	rs3825251	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=630;ReadPosRankSum=1.254;SC=GAGAACAGGGAATACCAGGGT;SOR=0.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=31;WE=109287992;WS=109287974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr12	109293109	rs11420034	G	GA	3626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.752;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.751;NF=28;NR=63;PP=1525;ReadPosRankSum=1.609;SC=ATGGCAGCAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=55;TCR=112;TR=91;WE=109293117;WS=109293099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,156:0.64:242
chr12	109293320	rs3918347	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=1.438;SC=TTTTCAGGGAACAGTCATGTC;SOR=1.893;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=18;WE=109293328;WS=109293310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr12	109338835	rs36131538	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=785;SC=AACCTCCTGCCGGAATCCACA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=109338843;WS=109338825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	109339023	rs36191519	C	T	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=108;PP=2965;SC=AATTTGCAGCCGACATTCCTC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=81;TCR=108;TR=189;WE=109339031;WS=109339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	109354632	rs36181716	T	C	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=15;PP=2152;SC=TAACTCCTGATCCAGACCATG;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=78;TCR=15;TR=93;WE=109354640;WS=109354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	109371381	rs149284306	C	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=69;PP=2217;SC=CCCTCTCTACCCATTGCCAAG;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=118;WE=109371389;WS=109371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	109371442	rs36182807	G	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1078;SC=TTAAAACCATGCATTACCATT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=109371450;WS=109371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	109458559	rs138861157	A	ACC	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=11.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=0.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	109490426	rs140371213	C	CCGGCGG	1434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.698;NF=5;NR=9;PP=866;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ATCCCTCGGTCCGGCGGCGGC;SOR=0.382;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=14;WE=109490434;WS=109490416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr12	109511144	rs7967182	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=11;PP=807;SC=TATTTTTTCTTAAGAGGTAGT;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=109511152;WS=109511134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	109511256	rs7967322	T	C	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=60;PP=2815;SC=CACCTCACCCTACATCCAATC;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=141;WE=109511264;WS=109511246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	109520769	rs16939904	A	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=2.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,120:0.25:479
chr12	109520876	rs59162254	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,29:0.22:132
chr12	109522684	rs78073059	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr12	109528018	rs76283368	C	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=1.394;SC=TGCTCCTGTGCAGAGGAAACA;SOR=0.639;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=21;WE=109528026;WS=109528008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr12	109530278	rs145676752	G	GCA,GCACA	3493.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45,45;NR=19,19;PP=994,1145;ReadPosRankSum=0.255;SC=AGCCCTCAATGCACACACACA;SOR=0.900;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=64,64;WE=109530300;WS=109530268;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.53:133
chr12	109577735	rs2878960	C	T	10053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=187;PP=2965;SC=ACTACTCCTCCGACGAGGACT;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=162;TCR=187;TR=349;WE=109577743;WS=109577725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr12	109605898	rs34285	C	T	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=58;PP=1782;SC=CCCTCGCCTCCTTCCCCTGTG;SOR=1.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=87;WE=109605906;WS=109605888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	109617865	rs11065772	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=434;SC=TGATTGCTGATGTTAATCTGC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=109617873;WS=109617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	109625976	.	CTCCTTCCTTCCT	C,CTCCT	1381.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;QD=40.64;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,19:0.44,0.56:34
chr12	109629457	rs7135947	C	T	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CCATCCGAGGCGACTTTAGGA;SOR=0.378;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=230;WE=109629465;WS=109629447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr12	109635031	rs2268393	A	G	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=72;PP=2196;SC=AAAACACAGCACTGGCCTGTG;SOR=1.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=107;WE=109635039;WS=109635021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	109635076	rs2268392	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=979;SC=GGTGCCTTTCTGGTAAATTCT;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=109635084;WS=109635066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	109637188	rs7299171	G	C	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=96;PP=2965;SC=CTCCCTACCCGACTCCTCCTC;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=145;TCR=96;TR=241;WE=109637196;WS=109637178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	109650546	rs2300454	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=1.611;SC=GGACCAGTGCTCGTTTGGGTA;SOR=0.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=13;WE=109650554;WS=109650536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr12	109658070	rs2300452	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.152;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,24:0.20:123
chr12	109670468	rs3742027	T	C	13778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=235;NR=227;PP=2965;SC=TGCCATCACCTTACAGGATGA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=462;TCF=235;TCR=227;TR=462;WE=109670476;WS=109670458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr12	109670657	rs3742026	G	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=680;ReadPosRankSum=1.162;SC=ATGGGGGCTGGGCAGACTTCC;SOR=1.699;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=42;WE=109670665;WS=109670647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr12	109672951	rs7138373	T	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.842;SC=ATTTGCCTATTCTGGACGTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=109672959;WS=109672941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	109675029	rs2241220	T	C	8380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=170;NR=125;PP=2965;SC=AGCTGGAACTTAACCGGATGC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=170;TCR=125;TR=295;WE=109675037;WS=109675019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr12	109683575	rs10744772	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=67;PP=2018;SC=GCGGAGCCTAACCCCTGGCTG;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=101;WE=109683583;WS=109683565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	109685330	rs4766587	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=2;PP=646;SC=CCATCCCTACGATGTTCACAT;SOR=3.611;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=28;WE=109685352;WS=109685320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	109685545	rs2284689	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1233;SC=AATTTTGCTCATGGTTAATTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=109685553;WS=109685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	109691991	rs2075259	A	G	11500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=154;PP=2965;SC=ACCACAGACTAAGTCAGAGAC;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=234;TCR=154;TR=388;WE=109691999;WS=109691981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr12	109694230	rs10849967	T	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=662;SC=TCAGCCAGCCTCCTCCTGAGG;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=109694238;WS=109694220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr12	109696838	rs2075260	G	A	14544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=268;NR=254;PP=2965;SC=CGCCCAGGCCGTCAAGGACTT;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=523;TCF=269;TCR=254;TR=522;WE=109696857;WS=109696828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr12	109697796	rs2075261	A	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=CCGAGGTAAGAGTCTGATGAG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=181;WE=109697804;WS=109697786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	109701959	.	CAA	C,CA	1959.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.710;QD=15.80;ReadPosRankSum=1.350;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,27,80:0.22,0.65:124
chr12	109723077	rs10774643	T	C	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.452;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	109723079	rs10774644	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	109834444	rs201206533	CAA	C	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CTAAGTGAGACAAATCCTGTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=109834453;WS=109834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	109858665	rs11066538	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=0.741;SC=CCAAGGTTGAGAAACTATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=109858673;WS=109858655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	109858918	rs367698876	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr12	109874230	rs2075432	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1077;ReadPosRankSum=2.635;SC=ACCCCTGGAGATCACAACCAC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=131;TCR=67;TR=76;WE=109874238;WS=109874220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,78:0.38:203
chr12	109879972	rs78063180	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=650;ReadPosRankSum=0.373;SC=GACTTTTCCACAGGATTGGTA;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=64;WE=109879980;WS=109879962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,70:0.33:209
chr12	109883374	rs3825393	T	C	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=GACACTGGACTGGAAGAACAA;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=191;WE=109883382;WS=109883364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	109902645	rs66769661	C	G	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.491;SC=ATCCAGACTTCTGCAGGGAGT;SOR=0.651;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=95;WE=109902653;WS=109902635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,106:0.42:254
chr12	109907308	rs80095910	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.270;SC=GGCACATGGTGGGTGAGCTTA;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=17;WE=109907316;WS=109907298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	109907664	rs79210497	A	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=724;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TTTGCTTCCAATGTGGACAAC;SOR=1.017;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=35;WE=109907672;WS=109907654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr12	109926207	rs200794116	A	AT	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=315;ReadPosRankSum=1.672;SC=ATTCCCTGTTATTTAACTCCT;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=109926215;WS=109926203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	109927827	rs73196268	C	A	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ACTCCTGCCCCCCAGTGTGCA;SOR=0.654;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=93;WE=109927835;WS=109927817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,100:0.38:261
chr12	109936238	rs73196275	G	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=394;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTATTCTAGAGATTTGGTTGT;SOR=0.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=26;WE=109936246;WS=109936228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr12	109937534	rs7298565	G	A	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=68;PP=2965;SC=TGCTACTGTCGGAAGTATGTG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=158;WE=109937542;WS=109937524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	109959365	rs200710207	G	GT	3679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.665;NF=14;NR=56;PP=2459;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGGTAGGAACGTTAAGAAACA;SOR=0.660;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=195;TCF=35;TCR=160;TR=70;WE=109959373;WS=109959355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,135:0.42:324
chr12	109971481	rs12303137	C	G	5037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CAGCTGGACCCCTCAGAGCCA;SOR=0.823;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=370;TCF=162;TCR=208;TR=216;WE=109971489;WS=109971471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,222:0.59:375
chr12	109994870	rs9593	A	T	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=44;PP=2572;SC=GTCATTTTTCATGTATATTTT;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=128;WE=109994878;WS=109994860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	109995097	rs888192	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=680;SC=TCTTGCACTTAATGGATGGCA;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=109995105;WS=109995087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	109999674	rs72650187	A	G	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1795;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGCGACAGAAAGTGACAGTCA;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=113;WE=109999682;WS=109999664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,113:0.59:192
chr12	110002819	rs10850380	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=1093;SC=GAGGGAGAGTAACTAGCCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=46;WE=110002827;WS=110002809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	110004960	rs874170	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=541;SC=GGGCAACAAGCGCGAAACTCC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=110004968;WS=110004950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	110006512	rs11836136	A	G	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=51;PP=2381;ReadPosRankSum=-2.243;SC=AGAGCTTCACATTCATTACGT;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=251;TCF=176;TCR=75;TR=165;WE=110006520;WS=110006502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,172:0.65:263
chr12	110011229	rs10774774	GC	TT	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=2944;ReadPosRankSum=0.195;SC=CGAAGCACCCGCGCAGGCCAA;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=138;WE=110011238;WS=110011219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,152:0.57:265
chr12	110012467	rs3759387	G	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=53;SC=GTTGACTCCTGCATTGCCTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=110012475;WS=110012464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	110012510	rs66616264	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=1.198;SC=CGGTAACTACCTTTTTTGTTA;SOR=0.132;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=110012518;WS=110012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	110012766	rs61940512	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=0.337;SC=CTAATTTTGTAAGAAGGTAAA;SOR=1.075;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=48;WE=110012774;WS=110012756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr12	110014055	rs3752662	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=813;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGCTATTTCCCGGGTGTTTTC;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=44;WE=110014063;WS=110014045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr12	110016947	rs7296044	T	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	110016952	rs10774779	T	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	110017759	rs67886029	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=591;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GAGGTGTGTGCGTGGTCTGGG;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=36;WE=110017767;WS=110017749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr12	110024541	rs2270375	A	G	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=71;PP=1541;ReadPosRankSum=-1.311;SC=GCTCTGACCCACTGGTTTTTC;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=361;TCF=161;TCR=200;TR=124;WE=110024549;WS=110024531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,130:0.35:373
chr12	110029279	rs72648031	C	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=557;ReadPosRankSum=0.727;SC=GAGGTCAGGACCTGCCTCTGG;SOR=0.489;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=41;WE=110029287;WS=110029269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr12	110221631	rs10774894	G	C	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=101;PP=2671;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GGTGGAGAGAGAGCGTGCGTA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=93;TCR=172;TR=154;WE=110221639;WS=110221621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,160:0.57:279
chr12	110226379	rs3742037	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=105;PP=2803;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CGCCCATGCCGATGGTCAGCT;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=526;TCF=262;TCR=264;TR=194;WE=110226387;WS=110226369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,204:0.37:546
chr12	110230712	rs56186049	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGCCCTCCAGGGTATCAGGAC;SOR=0.326;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=18;WE=110230720;WS=110230702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr12	110231717	rs10850750	C	G	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=7.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,132:0.49:271
chr12	110238265	rs16940583	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=417;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GACCAAGACCAACGTGCAGCC;SOR=0.968;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=24;WE=110238273;WS=110238255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr12	110238302	rs3825395	A	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=933;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GCCTGCGCTCATGGCCAGAGT;SOR=0.325;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=101;TCF=86;TCR=15;TR=61;WE=110238310;WS=110238292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr12	110238487	rs3742034	A	G	6538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.258;SC=GGGCGTGGACATCAGCTCCCT;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=540;TCF=241;TCR=299;TR=302;WE=110238495;WS=110238477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,313:0.56:560
chr12	110240838	rs3825394	T	G	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=73;PP=2965;SC=ATGAACTCCCTCATGTTGCCG;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=119;TCR=73;TR=192;WE=110240846;WS=110240828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	110293678	rs3782893	G	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=468;SC=CAGGAACATGGGCGCCCCAGA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=110293686;WS=110293668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	110295897	rs73202468	A	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=752;ReadPosRankSum=0.601;SC=AAGGCCTCTGAGATGGAGCCA;SOR=0.882;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=61;WE=110295905;WS=110295887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr12	110296095	rs4766488	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=774;SC=CTGGGCCCTAGGTGGATTCTC;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=110296103;WS=110296085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	110318261	rs71458309	G	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=566;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CGTCAGCGCCGGGGCCGTCAC;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=47;WE=110318269;WS=110318251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr12	110340852	rs11539159	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=683;ReadPosRankSum=0.874;SC=CGACGCTGCCGTCCTACTGGT;SOR=1.059;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=40;WE=110340860;WS=110340842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr12	110341933	rs10774978	A	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.892;SC=AAATCAGCCAAAGAAGAGCAG;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=241;TCF=104;TCR=137;TR=90;WE=110341941;WS=110341923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,89:0.37:242
chr12	110346787	rs1567471	T	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GCCTCTTTTGTAAAAAAGGCC;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=79;WE=110346795;WS=110346776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,84:0.40:211
chr12	110353172	rs3809300	T	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.736;SC=CCTGTGGGCCTTGTCTTGGGG;SOR=0.559;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=63;WE=110353180;WS=110353162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr12	110403264	rs10851035	C	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=447;ReadPosRankSum=1.239;SC=AACCTGCATTCAGAGTAGGTA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=37;WE=110403272;WS=110403254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr12	110403769	rs138178074	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.576;SC=CGTTGGGAGGCCGAGGTGGGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=110403777;WS=110403759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	110418635	rs7960775	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=732;SC=ATTAAAAGCCATATGTATAGC;SOR=3.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=34;WE=110418643;WS=110418625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	110434141	rs7314485	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=562;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TGACGGCGGCGCCTCTCCCCT;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=38;WE=110434149;WS=110434131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr12	110451125	rs12300179	A	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1373;ReadPosRankSum=0.382;SC=ACACAGTTTGACATCCTTGTG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=72;TCR=139;TR=89;WE=110451133;WS=110451115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,91:0.42:216
chr12	110454085	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	110456175	rs2302689	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=746;ReadPosRankSum=-1.986;SC=GAATATGCCCAAATGATGTCT;SOR=0.767;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=61;WE=110456183;WS=110456165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr12	110486272	rs7137233	T	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=859;ReadPosRankSum=-1.691;SC=GAGGCCAAGGTACAGCCACGG;SOR=0.774;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=66;WE=110486280;WS=110486262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,72:0.41:176
chr12	110489208	rs11064860	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.403;NF=8;NR=24;PP=469;ReadPosRankSum=-1.371;SC=ACTGAGCACTCGCTATAGGAA;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=32;WE=110489216;WS=110489198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr12	110584728	.	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr12	110618235	rs16940805	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=391;ReadPosRankSum=-2.047;SC=AGTTCAAACGATATGTCAATA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=25;WE=110618243;WS=110618225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr12	110720351	.	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=7.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.608;SOR=1.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr12	110780107	rs56243033	G	A	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=2151;ReadPosRankSum=1.449;SC=CTGGCACTGCGGTGGCTAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=124;WE=110780115;WS=110780097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,125:0.63:198
chr12	110905869	rs7958683	G	A	17266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=349;NR=265;PP=2965;SC=AGGGTTCCCAGTACACACACC;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=616;TCF=351;TCR=265;TR=614;WE=110905877;WS=110905859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,640:1.00:640
chr12	110922742	rs34734286	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.794;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CCTGACCTCGTGATCCACCCA;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=4;WE=110922750;WS=110922732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr12	110939421	rs6606687	T	C	12857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=180;PP=2965;SC=TGTTCTGCATTCGAGAGGCCA;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=448;TCF=268;TCR=180;TR=448;WE=110939429;WS=110939411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr12	110974890	rs10849900	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=88;PP=2656;SC=TGATGTCATCTGGCTTTCCAC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=164;WE=110974898;WS=110974880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	111290871	rs886132	G	C	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=49;PP=1514;SC=ACAGATCTGTGCTCACCCATT;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=111290879;WS=111290861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	111296332	rs4766432	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=246;SC=GTGCCTGGAGTGCTCCGTCAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=111296340;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	111321724	rs76024719	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.277;SC=GATTACAGGCGTGAGTCACCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=111321732;WS=111321714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	111331016	rs11065750	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.6170;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=866;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TGTGTCTGACGGGAGCTTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=50;WE=111331024;WS=111331006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr12	111350771	rs3825389	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=445;ReadPosRankSum=1.018;SC=GAGGCCAGGCCTCAGAAGACG;SOR=1.697;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=19;WE=111350779;WS=111350768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	111351003	rs142220381	A	AG	7299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=132;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TAGGGGGGACAGGGGGCAAGC;SOR=0.803;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=60;TCR=195;TR=174;WE=111351011;WS=111350993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,263:0.76:344
chr12	111351029	rs3833910	TC	T	7088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=129;PP=2971;ReadPosRankSum=2.314;SC=ACCCCCTTCCTCCCCCACAGA;SOR=0.543;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=264;TCF=66;TCR=198;TR=175;WE=111351037;WS=111351019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,251:0.70:358
chr12	111351186	rs2071629	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=58;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.559;SC=ACTGGCACCCCAGGCAGCAGG;SOR=1.007;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=76;WE=111351194;WS=111351176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,82:0.79:104
chr12	111351937	rs11065770	C	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=19;PP=1148;ReadPosRankSum=1.006;SC=CCAGCCCCCCCGAAGAAACAT;SOR=0.491;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=76;WE=111351945;WS=111351927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,80:0.69:116
chr12	111351963	rs111836845	G	GAC	3015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.914;NF=24;NR=29;PP=2237;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CATACACACAGACACACACAC;SOR=0.633;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=53;WE=111351974;WS=111351953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,104:0.59:177
chr12	111353320	rs3216888	GA	G	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=0.267;SC=TATTTCAAGAGAAAAAAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=111353328;WS=111353310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	111353556	rs2301610	A	G	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=77;PP=2282;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CGTTCTTGTCAATGAAGCCAT;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=147;WE=111353564;WS=111353546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,155:0.79:195
chr12	111357074	rs10849917	T	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=293;ReadPosRankSum=-0.580;SC=ACTCTGGGTGTGTTCATCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=15;WE=111357082;WS=111357064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	111375170	rs1056618	A	G	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.653;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.34;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr12	111375170	.	AGC	GGT	1713	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=58;NR=38;PP=1713;QD=18.4007070298;SC=TCCCCCGCCAAGCCTGCCAGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=96;WE=111375180;WS=111375160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,96:0.93:103
chr12	111375172	rs1056620	C	T	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.721;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.54;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr12	111651876	rs73197969	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr12	111701486	rs56249976	GA	G	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=3.462;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,46:0.25:181
chr12	111733292	rs73199852	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=6.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,48:0.21:227
chr12	111742222	rs1362006	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=313;ReadPosRankSum=0.459;SC=TGGTTGATTGTGTGCATCCAT;SOR=0.499;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=34;WE=111742230;WS=111742212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr12	111747809	rs201270698	C	CGTCT	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr12	111758620	rs4766505	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr12	111758629	rs150114230	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	111786082	rs6490073	G	C	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=139;PP=2965;SC=CATTTACCGAGTAGAGCGGGC;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=124;TCR=139;TR=263;WE=111786090;WS=111786072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr12	112036753	rs10560189	GGCT	G	1444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=1026;SC=CGCGGGCGGCGGCTGCTGCTG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=112036763;WS=112036743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	112036797	rs4098854	C	T	1085.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.429;NF=20;NR=21;PP=709;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=112036805;WS=112036787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr12	112036929	rs695872	G	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=18;PP=899;SC=GCGGGGACGCGCGGGCGCCGA;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=112036937;WS=112036919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	112037000	rs695871	G	C	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	112148301	rs34767337	AT	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.733;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr12	112186274	rs34245489	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=0.974;SC=CTGGAAGATGCACCAGGTGAG;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=47;WE=112186282;WS=112186264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr12	112515954	.	GA	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.657;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	112590640	rs73207615	A	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=579;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TTCTGTGCACAGCAGCACTTG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=32;WE=112590648;WS=112590630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr12	112600425	rs73207617	G	A	775.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=533;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GCCTCCTTGGGTAGCCCCAAG;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=30;WE=112600433;WS=112600415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr12	112610714	rs11066188	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,9:0.14:63
chr12	112638688	rs3835014	CGTGT	C,CGT	810.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.95;ReadPosRankSum=1.240;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,20:0.25,0.71:28
chr12	112667675	rs1005902	T	G	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.356;SC=ATCAGTGCTCTAGACAGAACC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=92;WE=112667683;WS=112667665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,97:0.80:121
chr12	112674718	rs73207624	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1493;ReadPosRankSum=0.446;SC=AAGCCAGCTTCTCCCAGAGCT;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=101;WE=112674726;WS=112674708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,106:0.75:142
chr12	112685781	.	TAC	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=197;ReadPosRankSum=1.118;SC=TTATTTTACCTACACACACAC;SOR=0.859;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=8;WE=112685792;WS=112685771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	112746526	.	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CTCTAAAATATGTTTTAAAAA;SOR=0.993;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=66;WE=112746534;WS=112746516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr12	113304538	.	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,30:0.25:119
chr12	113313470	rs2891411	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,73:0.25:291
chr12	113319471	rs886476	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-3.099;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr12	113319600	rs2240194	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,34:0.19:183
chr12	113319778	rs10850088	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,42:0.20:212
chr12	113325460	rs7979186	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.387;SC=AGGTACTTGGTCCAGTGATAA;SOR=0.141;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=5;WE=113325468;WS=113325450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	113325629	rs4141253	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,83:0.28:299
chr12	113328981	rs3741982	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.493;SC=ATGTGGGTCTGGAGTCTCAGG;SOR=1.432;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=113328989;WS=113328971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr12	113348870	rs1131454	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1004;ReadPosRankSum=2.452;SC=GTTGACTGGCGGCTATAAACC;SOR=0.882;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=298;TCF=165;TCR=133;TR=89;WE=113348878;WS=113348860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,97:0.31:317
chr12	113357193	rs10774671	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.276;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr12	113357209	rs1131476	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=0.021;SC=AAGCAACAGTGCAGACGATGA;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=20;WE=113357217;WS=113357199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr12	113357237	rs1051042	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,23:0.18:128
chr12	113357442	rs2660	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr12	113369644	rs7968145	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=36;PP=1655;SC=ACAGGCTCCTCAATATGAGAG;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=113369652;WS=113369634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	113369715	rs11352835	TA	T	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.707;NF=6;NR=16;PP=705;ReadPosRankSum=0.311;SC=GAAGGAACTATACCAATAATT;SOR=0.712;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=22;WE=113369723;WS=113369705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr12	113369759	rs7967461	G	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.643;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr12	113376320	rs3815178	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TCCCCTTGCACCTGCGCCGGG;SOR=0.658;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=13;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr12	113376331	rs1859331	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CTGCGCCGGGCGGCCATGGAC;SOR=0.790;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=15;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr12	113376388	rs1859330	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=323;ReadPosRankSum=0.293;SC=GTGGCCAGAAGGCTGCAGCCG;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=27;WE=113376396;WS=113376378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr12	113376452	rs1859329	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TGGCCGCTGCCCTGAGGGAGC;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=35;WE=113376472;WS=113376442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr12	113376543	rs3038120	C	CCAAAGGG	1444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr12	113385918	rs7961861	C	T	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=76;NR=100;PP=2965;SC=AGTGAGGGGGCCCCAGGACCC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=113385926;WS=113385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	113386624	rs7965570	C	T	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=27;PP=2965;SC=GATGCAGAAACCACTGCGCCT;SOR=2.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=116;TCR=27;TR=143;WE=113386632;WS=113386614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	113386779	rs2285933	C	G	14127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=242;NR=262;PP=2965;SC=GAGCAGGGAGCAAACCTCCCT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=504;TCF=242;TCR=262;TR=504;WE=113386787;WS=113386769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr12	113386950	rs2285932	T	C	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AAAAGGCCATTGACATCATCT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=83;TCR=106;TR=187;WE=113386958;WS=113386940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr12	113387034	rs3214199	A	AG	2247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=40;PP=1471;SC=GTGGAGACACAGGGGGGACCC;SOR=1.426;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=46;WE=113387042;WS=113387024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	113403684	rs2240188	C	T	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=74;PP=2965;SC=CCGAGCCCAGCTGGAGGCATG;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=116;TCR=74;TR=190;WE=113403692;WS=113403674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	113405181	rs1557866	A	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=8;PP=2834;SC=CACTGGGACAACATGGGAGCC;SOR=4.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=104;TCR=8;TR=111;WE=113405189;WS=113405171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	113416653	rs2384075	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=649;SC=CAGCAAGGCCGAGCTACTGGG;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=113416661;WS=113416643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	113424893	rs2072138	C	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=CCGATGGTACCCTTGTCCTCT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=185;WE=113424901;WS=113424883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	113425154	rs1293767	C	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=49;PP=1489;SC=GCCAAAGAAGCGGGTGCCAGA;SOR=1.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=74;WE=113425162;WS=113425144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	113435293	rs1293756	C	A	7793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=107;PP=2965;SC=CTAGATCCCCCAATGAGCTGC;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=156;TCR=107;TR=262;WE=113435301;WS=113435283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	113435450	rs1293755	A	T	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=117;PP=2965;SC=TCAGAACCGTACTGGAGCTGA;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=223;WE=113435458;WS=113435440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr12	113440921	rs2072137	T	C	6315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=132;PP=2965;SC=AGCACTGGCCTTTCTCATGTC;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=83;TCR=132;TR=215;WE=113440929;WS=113440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	113444418	rs929291	T	C	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=83;PP=2965;SC=AAGGACAGTCTTTGTTCTGAC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=158;WE=113444426;WS=113444408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr12	113544874	rs2468355	C	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,106:0.28:378
chr12	113545393	rs736285	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=1.641;SC=GTGCCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=1.471;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=19;WE=113545403;WS=113545383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr12	113553481	rs1284879	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,29:0.18:157
chr12	113559531	.	AT	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.483;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr12	113566050	rs4007310	GACAC	G	626.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=921;ReadPosRankSum=1.023;SC=TGGAGACCCAGACACACACAC;SOR=5.667;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=21;WE=113566061;WS=113566040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	113617917	.	GA	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr12	113726152	rs34649612	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,47:0.26:181
chr12	113726182	.	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=4.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=2.566;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,48:0.22:214
chr12	113818552	rs145046658	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=787;ReadPosRankSum=0.512;SC=CTGCACAGGGGACTACCCGCT;SOR=0.290;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=46;WE=113818560;WS=113818542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr12	113867073	rs113152874	G	C	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,148:0.70:212
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chr12	114282496	rs2075387	C	T	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=80;PP=2447;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GGCCGTCTTCCGCCGCAGGGC;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=74;TCR=105;TR=138;WE=114282504;WS=114282486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,146:0.76:191
chr12	114282678	rs2075386	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=38;PP=1152;SC=GCCTGCCTGCGTCTCAGATGC;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=114282686;WS=114282668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	114296745	rs10744803	C	T	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=46;PP=1755;SC=AATAGAGGCCCGCAAGGGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=98;WE=114296753;WS=114296735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	114362483	rs3782456	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=5.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,47:0.19:244
chr12	114362621	rs1458713	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=7.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.334;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,64:0.17:383
chr12	114362632	rs3782458	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=2.337;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,54:0.16:344
chr12	114374887	rs2290787	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,23:0.19:121
chr12	114375067	rs7132790	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=0.469;SC=AGAATGGAGCCGGAAGGAGCC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=114375075;WS=114375057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	114377835	rs2290788	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,28:0.20:137
chr12	114377877	rs2290789	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,37:0.24:157
chr12	114377899	rs7299217	G	C	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=70;PP=2536;SC=TCCTGCAGCTGGGCCGCCAGG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=146;WE=114377907;WS=114377889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	114379991	rs2290791	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
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chr12	114383651	rs12321179	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=1188;ReadPosRankSum=0.785;SC=ACACTTGACTCTTGGTGGCGT;SOR=0.381;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=39;WE=114383667;WS=114383641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,39:0.30:129
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chr12	114386639	rs7966348	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.059;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
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chr12	114387869	rs11066844	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=1.680;SC=GAGAGAGCACATGGCCAGGGC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=23;WE=114387877;WS=114387859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr12	114387979	rs2290796	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,36:0.18:198
chr12	114388141	rs61085351	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	114393028	rs1037747	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGAGTGATCACAAAAACAAAC;SOR=0.608;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=24;WE=114393036;WS=114393018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
chr12	114395549	rs11066852	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.048;SC=GCAGGAGAGCGCACCTCCTCC;SOR=0.648;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=6;WE=114395557;WS=114395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr12	114395651	rs10850256	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,54:0.25:219
chr12	114793240	rs883079	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=933;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AAATCTTGTCCGTGGGGTTCT;SOR=2.219;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=45;WE=114793248;WS=114793230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr12	114823187	rs2277377	G	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=845;ReadPosRankSum=0.982;SC=CGGGCAGGAAGGCTGGTGGAG;SOR=0.246;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=45;WE=114823195;WS=114823177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr12	114832510	rs2236017	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AAAGAGCAGACGGCCCCAGGC;SOR=0.471;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=28;WE=114832518;WS=114832500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr12	114837219	rs71940792	TA	T	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr12	115118997	rs515746	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TAAACCACCCGTAATCTTGGG;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=21;WE=115119005;WS=115118987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr12	116408538	rs2304460	A	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=995;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGTTCAGTGCAGTACTTCGGC;SOR=0.947;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=63;WE=116408546;WS=116408528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,73:0.80:91
chr12	116412921	rs1992068	AT	TC	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=18;PP=2947;SC=GTTAATGACAATAGCTGAGCC;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=79;WE=116412930;WS=116412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	116420448	rs56159580	T	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.233;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=851;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AAAATAAATATAAATTACACG;SOR=1.505;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=44;WE=116420456;WS=116420438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr12	116420817	.	T	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.892;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	116429689	rs1865787	A	G	5108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=2.475;SC=GCGCTGTTCAACGTCACGGGT;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=286;TCF=145;TCR=141;TR=199;WE=116429697;WS=116429679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,217:0.70:312
chr12	116440740	rs75081071	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5182;FS=1.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=508;ReadPosRankSum=2.317;SC=GCACCACTAAGTATGAGAATA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=31;WE=116440748;WS=116440730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr12	116446445	rs3741768	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1332;ReadPosRankSum=2.217;SC=GAGTAGACAACTGCTGGAGTT;SOR=0.555;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=77;WE=116446453;WS=116446435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr12	116586414	.	CTATATA	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=299;SC=ATGGAGATATCTATATATATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=116586427;WS=116586404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	116866112	rs202127912	CCA	C	397.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr12	116866113	rs370202370	CA	C	470.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	117013730	rs7303998	G	C	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=0.316;SC=TCGCCGCCGCGGCCCAGATCC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=133;TCR=65;TR=196;WE=117013738;WS=117013720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr12	117158387	rs2270618	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=474;ReadPosRankSum=0.736;SC=ACCGGAGAGCTGGAAACTGGA;SOR=1.157;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=29;WE=117158395;WS=117158377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr12	117175828	rs111959200	C	T	312.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6699;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=0.964;SC=CCCCGCCGCCCGCAGCCCAGT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=117175836;WS=117175818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr12	117175856	rs11832734	G	A	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=78;SC=CGGCAGCCTTGGGCGCAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=117175864;WS=117175846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	117186316	rs1532395	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-1.658;SC=CCACCCCCAGAAATTCTATTC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=7;WE=117186324;WS=117186306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	117217141	rs4767452	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=74;PP=2031;SC=TCATCCTGGCTGTCAAGTCCA;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=121;WE=117217149;WS=117217131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	117286981	rs4767461	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=846;ReadPosRankSum=0.468;SC=TTTGGAGTCGCATTGTCTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=45;WE=117286989;WS=117286971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr12	117289599	rs139947917	GGAAA	G	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=3.641;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr12	117289613	rs903775	G	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.602;NF=49;NR=26;PP=2295;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AGAAAGAAAGGTCAGCTTTGG;SOR=1.018;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=75;WE=117289621;WS=117289589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,78:0.74:105
chr12	117290601	rs903772	T	C	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=61;PP=1601;SC=TCAGCCTCCCTGTAGCCATCT;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=117290609;WS=117290591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	117349014	rs11068230	C	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=19;PP=807;SC=GCTGGCCCAGCGTCTCCTGGA;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=117349022;WS=117349004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	117383320	rs4076700	G	A	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=46;PP=1479;SC=CACATGTTACGAACCAACTGG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=117383328;WS=117383310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	117402755	rs6490101	T	C	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=151;SC=TCCCTCCATATGTACACGTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=117402763;WS=117402745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	117423264	rs7131746	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=818;SC=TGGGTCTAATGTAAGCACGTA;SOR=2.419;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=117423272;WS=117423254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	117465857	rs4529958	T	C	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=44;PP=2293;SC=TCCGCGCCTATGAGTTTGCGG;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=131;WE=117465865;WS=117465847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	117465981	rs2291916	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,55:0.23:237
chr12	117681353	rs34385734	A	ACCAT	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	117701714	rs2293054	A	G	8961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=164;PP=2965;SC=TCTTGAAGCCAATGGCTCGCC;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=163;TCR=164;TR=327;WE=117701722;WS=117701704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr12	117705774	rs3741480	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=318;SC=TCTCTTGATCCTCTGCATCAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=117705782;WS=117705764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	117718473	rs11282297	G	GGGTAAAA	8797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=58;PP=2973;SC=AAAAGTCTGTGGTCTGGGGAC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=83;WE=117718481;WS=117718463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	117718686	rs2293051	G	C	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.94;NF=108;NR=141;PP=2965;SC=GGTGGAGAGAGGGGAACACCC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=108;TCR=141;TR=249;WE=117718694;WS=117718676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	117768105	rs111326073	G	GCA,GCACA	1125.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17,17;NR=3,3;PP=495,128;ReadPosRankSum=0.351;SC=ACACAAGCATGCACACACACA;SOR=1.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=20,20;WE=117768113;WS=117768095;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.72:32
chr12	117905636	rs36058871	T	TA	336.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.530;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr12	117914474	.	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr12	117996471	rs73405365	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=947;ReadPosRankSum=0.494;SC=TGGGTGGATGGGTGGATGAAT;SOR=0.373;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=55;WE=117996479;WS=117996461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr12	118017201	rs4767569	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=0.786;SC=CAGATAATAACAGTATTGACC;SOR=0.646;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=20;WE=118017209;WS=118017191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr12	118020037	rs1875142	C	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=1.162;SC=GGGGCCAGAGCCCCCACCCCT;SOR=0.490;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=123;TCF=100;TCR=23;TR=34;WE=118020045;WS=118020027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,38:0.29:132
chr12	118020115	rs11068551	G	A	6740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.539;SC=TGGAGTTGCCGAGATCTCTGC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=364;TCF=209;TCR=155;TR=276;WE=118020123;WS=118020105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,296:0.76:390
chr12	118199286	rs617641	C	G	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=66;PP=2965;SC=CCGTCTCTGTCGTGGGCCACT;SOR=0.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=153;WE=118199294;WS=118199276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	118455759	rs2393374	T	G	12714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=243;PP=2965;SC=TGGAAATCCTTTACCCATTGA;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=210;TCR=243;TR=451;WE=118455767;WS=118455749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr12	118458758	rs34660755	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,57:0.24:242
chr12	118464688	rs5745870	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CCCTCTGTCTACACAGAGCAC;SOR=0.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=9;WE=118464696;WS=118464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr12	118464872	rs5745871	A	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,32:0.24:136
chr12	118467369	rs4766894	T	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTCCTTTTTGTCTACCCTATA;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=118467377;WS=118467359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	118467457	rs11331177	AG	A	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr12	118467553	rs4767654	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,38:0.22:169
chr12	118473054	rs9788041	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.110;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,42:0.22:192
chr12	118480874	rs7312586	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1524;ReadPosRankSum=1.567;SC=GGGGCAGGGAGGCGACATAGT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=70;WE=118480882;WS=118480864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr12	118506186	rs67405503	A	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=31;PP=1518;ReadPosRankSum=0.513;SC=GCTTACCTTGAAGATCCTGGA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=98;TCR=43;TR=101;WE=118506194;WS=118506176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr12	118506327	rs72125532	TTCCTCC	T	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.485;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr12	118508659	rs12809627	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=631;ReadPosRankSum=-1.521;SC=ATCTGGAAAATGGAGATGTCA;SOR=1.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=31;WE=118508667;WS=118508649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr12	118508796	rs7135008	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.671;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,70:0.23:306
chr12	118509086	rs7135400	A	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=760;SC=GGTGGGAGCAAGGCAGGGGCC;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=118509094;WS=118509076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	118509124	rs11613924	A	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=4;PP=1180;ReadPosRankSum=0.467;SC=ACCTTTTCAAAAGTCTGGAAG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=48;WE=118509132;WS=118509114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr12	118509148	rs7308222	C	T	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=3.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	118509157	rs7296643	T	C	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	118509191	rs7307331	G	A	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=168;NR=82;PP=2965;SC=GGGCTATAATGCAACAGAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=168;TCR=82;TR=250;WE=118509199;WS=118509181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	118509347	rs9669474	T	C	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=97;PP=2214;ReadPosRankSum=-1.688;SC=TCCCTTTCTCTGCGTGGATCC;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=67;TCR=139;TR=145;WE=118509355;WS=118509337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,150:0.71:211
chr12	118511880	rs141835961	T	TTTTTGTTTTG	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CTGCAGTAGTTTTTTGTTTTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=5;WE=118511888;WS=118511870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	118520170	rs7488309	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,26:0.23:114
chr12	118520240	rs6490164	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.112;SC=GCCGCCTGGGGATGACAGGGG;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=12;WE=118520248;WS=118520230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr12	118541188	rs35800761	G	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.987;SC=GAGGCTGGGGGTATCTCGCCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=118541196;WS=118541178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	118541239	rs7961197	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=367;ReadPosRankSum=1.869;SC=GCAAAGACGGCCGAGCTGCGA;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=26;WE=118541247;WS=118541229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr12	118589069	rs2249624	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	118589090	.	GCGCGCACACACACACACA	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	118589092	rs140297022	GCGCA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.510;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr12	118639312	rs17440433	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=755;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ATGAAGAAATGTCCTTAGGTG;SOR=1.360;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=45;WE=118639320;WS=118639302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr12	118676100	rs61945206	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-1.050;SC=ACATTCACCTAGATCTTCTAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=118676108;WS=118676090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	118676940	rs16948197	A	G	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=964;ReadPosRankSum=1.456;SC=CCATCATTCAATTAGACTGCC;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=68;WE=118676948;WS=118676930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
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chr12	118827971	rs7304342	T	C	220.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=174;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGAATACTCATCCCTAACTGC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=118827979;WS=118827961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	118828755	rs492939	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CAAAAGTCACGTGGGTCTGAT;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=16;WE=118828763;WS=118828745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr12	118828801	rs61943397	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=769;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TCTCAGACACACTGTTACTGC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=53;WE=118828809;WS=118828791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr12	118838638	rs7309484	C	T	5338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGCTAGGGTACACATGGCCGT;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=118;TCR=171;TR=218;WE=118838646;WS=118838628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,232:0.76:304
chr12	118839867	rs61943404	G	A	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=107;PP=2827;ReadPosRankSum=1.286;SC=TTGGAAAAGGGTGTGAATACC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=85;TCR=142;TR=169;WE=118839875;WS=118839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,176:0.75:234
chr12	118841410	rs7136676	C	T	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=104;PP=2674;ReadPosRankSum=-2.985;SC=TTTCAGATCACGGCTGCTGCT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=94;TCR=138;TR=174;WE=118841418;WS=118841400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,189:0.77:247
chr12	118851925	rs7312555	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=292;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GGCTGAGAAACGAGTTCAAGG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=14;WE=118851933;WS=118851916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	119419632	rs1568924	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=1087;SC=CGTTTGGAATCCACGTTTCAG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=119419640;WS=119419622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	119563064	rs7311828	A	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=10;PP=1572;SC=GAGATGGAGAACTTCGGGAGG;SOR=2.973;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=64;WE=119563072;WS=119563054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	119563084	rs7296134	C	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=22;PP=2230;SC=GGATGGTGACCAGTGCAAAGG;SOR=2.522;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=88;TCR=24;TR=108;WE=119563092;WS=119563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	119563128	rs34183325	C	T	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=110;PP=2965;SC=ATCTCTCACTCTCCCTTTTTT;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=154;TCR=111;TR=263;WE=119563140;WS=119563118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	119563288	rs34186549	A	AC	3141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=66;PP=2707;SC=AGAGCAGGTAACCCCTTGCCC;SOR=2.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=68;WE=119563296;WS=119563278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	119563325	rs12422371	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=41;PP=1153;SC=CAGCCACAGCCGAGCCCAGGC;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=119563333;WS=119563315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	119568421	rs7298308	C	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=420;SC=GTTGGTCCTGCATACATCTCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=119568429;WS=119568411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	119568670	rs7298583	C	A	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=62;PP=2042;SC=CCTCTGCCAGCCTTGGCCACG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=119568678;WS=119568660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	119568691	rs4298970	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=50;PP=1819;SC=ACACTTGGGGAATGTGGAGGC;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=119568699;WS=119568681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	119568721	rs11064675	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=36;PP=1010;SC=GGGCAGTGTATGGTACACTTT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=119568729;WS=119568711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	119591176	rs34002484	A	AC	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=615;SC=ATTATTAACCACCGGTGGGGA;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=119591184;WS=119591166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	119866533	rs1064319	A	G	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=119;PP=2965;SC=GGACAAGGAAATAATAAACCT;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=78;TCR=119;TR=197;WE=119866541;WS=119866523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	119958068	rs573590	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=489;SC=ACTGCAGGGATGCTCCTCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=119958076;WS=119958058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	119968655	rs17484076	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=22;PP=1625;SC=CTTCCTAACTTGTCCTCTCCT;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=119968663;WS=119968645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	120067561	rs2301653	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=879;SC=GCTACAACGATGGAGACTACG;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=120067569;WS=120067551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	120067727	rs2301654	C	T	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=71;PP=2809;SC=CTTTCTCGAACGCCCGTTGGA;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=150;WE=120067735;WS=120067717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	120067864	rs2893805	G	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=937;SC=CTTCTAGTGCGGGAGTGGGTG;SOR=1.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=120067872;WS=120067854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	120078577	rs2301655	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=38;PP=1219;SC=CCAAAGGAGTTTCTAAGGAAT;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=63;WE=120078585;WS=120078567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	120156141	rs278102	G	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=30;PP=986;SC=GCACGATGGCGGACATGGCGA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=120156149;WS=120156131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	120171995	rs278109	T	C	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=83;PP=2965;SC=TGTCCAGCATTCTCTGCAGCT;SOR=1.448;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=154;TCR=83;TR=237;WE=120172003;WS=120171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	120172173	rs11064891	G	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=113;PP=2965;SC=CTGCAAATCAGTAGCACTGAT;SOR=1.471;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=63;TCR=113;TR=175;WE=120172181;WS=120172163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	120190059	rs147146275	CAG	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr12	120195354	rs34851548	TG	T	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=24;PP=1197;SC=GCCTTCCTGGTGGGGGTGGTG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=120195362;WS=120195344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	120270528	rs4767849	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=17;PP=1481;SC=GGACCAAGAATACTTTTTAGT;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=69;WE=120270536;WS=120270518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	120313947	rs56193743	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.095;SC=CAAAGGATTCCGCGCTCCATA;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=24;WE=120313955;WS=120313937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr12	120499446	rs11431036	A	AG	953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,38:0.23:168
chr12	120502726	rs2286040	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.807;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=0.140;SC=AGAGCCAGATAAAAGGAGCAC;SOR=1.361;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=31;WE=120502734;WS=120502716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr12	120502821	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr12	120527599	rs17841967	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=0.684;SC=ACTAACCCTCTGCAGGCAACA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=7;WE=120527607;WS=120527592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	120537042	rs7971249	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr12	120567406	rs2240312	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=488;ReadPosRankSum=1.048;SC=ACACTGACCCCCCCTGCTCCT;SOR=1.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=26;WE=120567414;WS=120567396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	120575549	rs3864938	A	C	10052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=157;PP=2965;SC=TCCAGCAGATACTCGATGATG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=194;TCR=159;TR=350;WE=120575557;WS=120575539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr12	120588852	rs4503602	A	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=25;PP=1935;ReadPosRankSum=1.089;SC=CGCACAAGCAACGGCCTCCAC;SOR=0.986;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=92;WE=120588860;WS=120588842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr12	120589160	rs2286046	A	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TGGCTGGCACAAGGGGTGGCA;SOR=0.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=74;WE=120589168;WS=120589150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr12	120591251	rs10735071	C	T	9334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=0.856;SC=GTCAACCCTACAGGCTGCATC;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=137;TCR=203;TR=338;WE=120591259;WS=120591241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
chr12	120606163	rs6490286	T	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=69;PP=2036;SC=AGAGCTGATCTACTCCATCCT;SOR=3.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=82;WE=120606171;WS=120606153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	120660780	rs78768932	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-2.376;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,70:0.26:266
chr12	120661977	rs4767884	T	C	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	120720038	rs7960743	T	C	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=61;PP=2965;SC=CACTGCCGCCTGGCCCCTCCA;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=175;WE=120720046;WS=120720028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	120750239	rs2261612	A	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=28;PP=2012;SC=CTGTTCAGTCAGCGTCTTCCT;SOR=1.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=108;WE=120750247;WS=120750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	120762765	rs5637	C	T	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=AGCCAGAGCACGAGTATGAAT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=208;WE=120762773;WS=120762755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	120783527	rs1076205	G	A	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=61;PP=1749;SC=GAAGTGAGGCGCTGACCTCTC;SOR=1.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=120783535;WS=120783517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	120783561	rs1076206	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=1022;SC=ATCGCCCCCCTACTGCAGGTC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=120783569;WS=120783551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	120794653	rs1179441	T	C	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=33;PP=2965;SC=CCCCTGCTAGTCCTGGGAGCA;SOR=2.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=116;TCR=33;TR=149;WE=120794661;WS=120794643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	120796703	rs1179445	T	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=5;PP=1041;SC=ACGCAGATCCTGGGGGATAGG;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=120796711;WS=120796693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	120800696	rs1557769	T	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=614;SC=GGCTGCAAGGTGGATTGGCCT;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=120800704;WS=120800686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	120800823	rs757123	A	G	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=67;PP=2729;SC=CCCCAGCAGCAAGCGCCCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=159;WE=120800831;WS=120800813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	120800909	rs147631271	C	G	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=2063;ReadPosRankSum=0.227;SC=ACAGCCCCCCCACAAAGATCT;SOR=0.528;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=134;WE=120800917;WS=120800899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,147:0.82:179
chr12	120801064	rs34243955	GC	G	138.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6261;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTCTTTAAAGGCCCCCCCCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=120801072;WS=120801054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	120806129	rs111293994	C	CT	3452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=26.698;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.17;MQRankSum=0.740;QD=32.57;ReadPosRankSum=3.168;SOR=2.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,102:0.96:106
chr12	120806706	rs11065094	C	G	14235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=283;PP=2965;SC=ACAAAGGGCCCGCGTGAGCGC;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=214;TCR=283;TR=496;WE=120806714;WS=120806696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr12	120897652	rs28390349	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.68;NF=30;NR=5;PP=781;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=120897660;WS=120897642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	120907271	rs11548262	G	T	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.914;SC=AGGCCGTGCCGGTTCTTGAGC;SOR=0.433;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=186;TCR=121;TR=306;WE=120907279;WS=120907261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr12	120947948	rs500003	G	A	7967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=166;PP=2965;SC=AGTGAGTTCCGGGTCTCAGTG;SOR=1.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=101;TCR=166;TR=267;WE=120947956;WS=120947935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	120954490	rs3742049	C	T	11936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=206;NR=204;PP=2965;SC=TACTCTTTGGCAATTTCTTCC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=207;TCR=205;TR=410;WE=120954498;WS=120954480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr12	120994932	rs7956998	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=1;PP=875;SC=ATGTACCTACGTTGTAAACAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=120994940;WS=120994922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	120998481	rs787949	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=34;PP=1712;SC=CTACACCATCGTGAGCTTTGA;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=97;WE=120998489;WS=120998471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	121008870	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	121008958	rs2280168	G	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	121012456	rs11611781	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=137;SC=TGGCTGGGCACGGTGTCTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=121012464;WS=121012446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	121017171	rs7174	A	G	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=34;PP=2102;SC=TCCTCCTCTAATAAGCAGCTT;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=121017179;WS=121017161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	121017439	rs563920	A	G	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTTGTGAAAGATCTCGACCTT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=151;WE=121017447;WS=121017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr12	121019323	rs591992	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=19;PP=541;SC=CTGTCAGCTCTCTCAAGCCCC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=121019331;WS=121019313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	121093629	rs112935060	CGTGCGT	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=1264;ReadPosRankSum=0.374;SC=CCAGTGCGTGCGTGCGTGTGT;SOR=0.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=37;WE=121093644;WS=121093619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,28:0.22:128
chr12	121097622	rs529584	G	A	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=59;PP=2965;SC=CCCAGGTTAGGTATTTTGTGA;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=161;WE=121097630;WS=121097612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	121131891	rs2393749	C	T	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CTTTTGTCCTCAGCCTCAGAC;SOR=0.423;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=77;WE=121131899;WS=121131881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr12	121132100	rs7964786	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TGCTGCTTGACCAGTAGGACA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=22;WE=121132108;WS=121132090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	121133037	rs504403	G	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=36;PP=1086;SC=TTGAGCTGATGACTATTTTGG;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=121133045;WS=121133027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	121151062	rs3833788	CTCTCTTG	C	4781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.236;NF=37;NR=32;PP=2973;ReadPosRankSum=-2.420;SC=GTTGGTTTCTCTCTCTTGTTT;SOR=1.068;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=69;WE=121151076;WS=121151052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,119:0.77:154
chr12	121157535	rs56179458	GC	AA	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=427;ReadPosRankSum=0.463;SC=CAGCTGGGGGGCCTCTGTGGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=121157544;WS=121157525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	121157851	rs3752531	A	G	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=57;PP=1398;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GCAAGAGTAGATAGGGGAGGT;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=79;WE=121157859;WS=121157841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
chr12	121163518	rs2239760	C	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCGTCGGTTCCTCGCCTTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=121163526;WS=121163508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr12	121174899	rs3914	T	C	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=1592;ReadPosRankSum=0.432;SC=AGATCAGCCGTGGCTGCGCCT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=138;WE=121174907;WS=121174889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,150:0.68:221
chr12	121175984	rs555404	T	C	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1884;ReadPosRankSum=1.366;SC=CCTGAGCTTCTGAGGGAGGTG;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=126;WE=121175992;WS=121175974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,126:0.67:188
chr12	121176083	rs1799958	G	A	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.582;SC=CTCCTTTCAGGGCATCAGTGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=208;WE=121176091;WS=121176073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,213:0.73:293
chr12	121176549	rs487915	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=2.039;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,40:0.22:180
chr12	121176679	rs3915	C	T	4800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.872;SC=TGACCTGGCGCGCTGCCATGC;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=270;TCF=131;TCR=139;TR=205;WE=121176687;WS=121176669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,215:0.75:285
chr12	121177272	rs3916	G	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=0.289;SC=GACTGCCCCAGGACTGCGGGA;SOR=1.371;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=121177280;WS=121177262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr12	121220375	rs2393717	G	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=372;SC=TGTAGTGATGGTTGTACAGCT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=121220383;WS=121220371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	121221628	rs7137504	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=500;SC=AACTTCATTCCGCCAAACACT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=121221636;WS=121221618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	121222411	rs3213570	C	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=64;PP=2170;SC=AAGAGAAAAACAGACAGATTA;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=120;WE=121222419;WS=121222401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	121222556	rs3213567	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=290;SC=CCAACGAGATTATGAGCTCCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=121222564;WS=121222546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	121248584	rs674021	G	A	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=47;PP=2282;SC=CCTCCAACTTGTATCAACCCC;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=123;WE=121248592;WS=121248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	121341762	rs7966446	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=0.590;SC=CGGCCGGGGTCCGGTGCTTGC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=16;WE=121341770;WS=121341752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	121341849	rs2686458	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=143;SC=CGGGCTCCGAAGCGGCCCCGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=121341857;WS=121341839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	121416622	rs1169289	C	G	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=CGGCCCTGCTCGAGTCAGGGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=235;WE=121416630;WS=121416612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	121416650	rs1169288	A	C	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=112;PP=2965;SC=AGAGGCACTGATCCAGGCACT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=222;WE=121416658;WS=121416640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	121416988	rs2244608	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=245;SC=TTGAGTCCCCATGACCTTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=121416996;WS=121416978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	121426594	rs1169294	G	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=12;PP=2531;SC=TATGGGGAGAGACAGCCCTTG;SOR=3.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=87;TCR=12;TR=98;WE=121426602;WS=121426584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	121431300	rs1169301	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=15;PP=998;SC=CAGTACCCCACTCACGGCTTT;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=121431308;WS=121431290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	121432302	rs1169302	T	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=927;SC=CTCTTTGCACTTCAGTTTGGT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=121432310;WS=121432292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	121434630	rs55853809	C	CTCATTCAT	3573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=17;PP=1908;SC=GCCACTGGGACTCATTCATTC;SOR=1.673;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=41;WE=121434638;WS=121434620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	121434833	rs2259852	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.461;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=821;ReadPosRankSum=-1.126;SC=AGGGTAAGGGGGACTGATGTT;SOR=2.247;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=39;WE=121434841;WS=121434823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr12	121435342	rs2259820	C	T	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=33;PP=2308;SC=CCTGACCACCCTGCAGCCCGT;SOR=1.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=123;WE=121435350;WS=121435332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	121435427	rs2464196	G	A	7966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=159;NR=129;PP=2965;SC=GTGACCCAGAGCCCCTTCATG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=159;TCR=129;TR=288;WE=121435435;WS=121435417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	121435475	rs2464195	G	A	10125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=169;PP=2965;SC=CACGGTGAGCGCCCTGTGCCC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=198;TCR=169;TR=367;WE=121435483;WS=121435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr12	121435587	rs2259816	G	T	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=148;PP=2965;SC=GGACAAGTGTGTTTCCGTGAT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=120;TCR=148;TR=268;WE=121435595;WS=121435577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	121437221	rs1169304	T	C	9737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=208;PP=2965;SC=GGCCCTCCCTTGGCCTGTGAC;SOR=1.163;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=146;TCR=211;TR=354;WE=121437229;WS=121437211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr12	121437382	rs1169305	A	G	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GGACCCTGCCAGCATCCAGCA;SOR=0.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=104;WE=121437390;WS=121437372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr12	121438844	rs735396	T	C	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=57;PP=2965;SC=GGTGGGTGGCTAGCAGCCTTG;SOR=1.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=135;TCR=57;TR=192;WE=121438852;WS=121438834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	121439433	rs1169310	G	A	10162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=109;PP=2965;SC=GAGAGGCCCTGGATCAGCGTG;SOR=1.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=245;TCR=112;TR=352;WE=121439441;WS=121439423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr12	121444026	rs2708082	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.96;QD=24.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	121450165	rs2264750	C	T	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=26;PP=2230;SC=TGACGTGGGCCAATGGGAGGA;SOR=2.163;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=84;TCR=26;TR=110;WE=121450173;WS=121450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	121450354	rs2264778	C	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=66;PP=1990;SC=CAGATAGATGCACTTTTAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=121450362;WS=121450344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	121450384	rs2254971	G	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=1018;SC=GGCCGGGCGCGGTGGCTCACG;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=121450392;WS=121450374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	121454257	rs2258227	T	A	14083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=252;NR=244;PP=2965;SC=AATCGCTCACTGTGCCACTGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=496;TCF=252;TCR=244;TR=496;WE=121454265;WS=121454247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr12	121454313	rs2258287	C	A	11918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=235;PP=2965;SC=AGAACACCGCCGTTATCAAGC;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=171;TCR=235;TR=406;WE=121454321;WS=121454303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr12	121471337	rs3213545	G	A	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=80;PP=2965;SC=TGGTGAAGACGAGAGCATCGG;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=177;WE=121471345;WS=121471327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	121593019	rs1718125	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=1.203;SC=TTGATTCACTCGCGCTTGATT;SOR=0.598;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=21;WE=121593027;WS=121593009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr12	121600180	rs208293	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,42:0.22:187
chr12	121600253	rs208294	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,57:0.23:244
chr12	121605355	rs7958311	G	A	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CATCACTGCCGTCCCAAATAC;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=128;WE=121605363;WS=121605345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,139:0.80:174
chr12	121605373	rs7958316	G	A	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=1989;ReadPosRankSum=0.897;SC=TACAGTTTCCGTCGCCTTGAC;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=131;WE=121605381;WS=121605363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,141:0.80:177
chr12	121614934	rs7132846	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-1.399;SC=AGTAAACTCTCCCACTCTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=7;WE=121614942;WS=121614924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr12	121615131	rs2230911	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=204;ReadPosRankSum=0.891;SC=CTCATCGACACTTACTCCAGT;SOR=1.699;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=19;WE=121615139;WS=121615121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr12	121618278	rs112146943	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr12	121622239	rs3751144	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=4.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,87:0.26:330
chr12	121622419	rs3751142	G	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=718;ReadPosRankSum=1.407;SC=AGCCCTTGCTGGCGCTGGATG;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=116;TCR=128;TR=70;WE=121622427;WS=121622409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,71:0.29:248
chr12	121622520	rs1653624	A	T	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=88;PP=2965;SC=GACTTTGCCAACCTGCCCAGC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=174;WE=121622528;WS=121622510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	121659684	rs7298368	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,61:0.23:268
chr12	121659999	rs1629287	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,80:0.28:289
chr12	121660787	rs25643	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,43:0.25:174
chr12	121666476	rs3815989	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=964;ReadPosRankSum=-1.386;SC=TGGCTCTTCTCTCTTCTCTGA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=233;TCF=141;TCR=92;TR=72;WE=121666484;WS=121666466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,74:0.31:242
chr12	121666646	rs25644	A	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,67:0.30:227
chr12	121670193	rs5801428	CT	C	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=5.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.950;QD=7.01;ReadPosRankSum=2.216;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,59:0.26:228
chr12	121682051	rs2686340	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCATGGGCCCTGTGACAGAGC;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=121682059;WS=121682041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	121690548	rs2686344	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr12	121690555	rs2686345	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr12	121691096	rs1132780	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=9.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,26:0.24:108
chr12	121764799	rs4980993	A	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=22;PP=1338;SC=GTCGAGCAGAACTGTCCAACA;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=121764807;WS=121764789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	121768248	rs2280067	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=678;SC=TAATTAAAGTCATATGAAACT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=121768256;WS=121768238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	121773552	rs3751162	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=972;SC=ATCAATGTATTTTAAACGCTG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=121773560;WS=121773542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	121785795	rs1169961	C	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=1009;SC=TCACTCCAAACATGCAAATAA;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=121785803;WS=121785785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	121789927	rs1799525	C	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=7;PP=2123;SC=AGCCAGCGGGCGCCTCTCACC;SOR=4.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=73;TCR=7;TR=80;WE=121789935;WS=121789917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	121840634	rs11831315	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=1.301;SC=CTATAGCACATGTTATTGTAA;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=34;WE=121840642;WS=121840624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr12	121858208	rs3751135	A	T	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.97;ReadPosRankSum=1.351;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,90:0.70:129
chr12	121858212	rs3751134	G	T	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.64;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,90:0.71:127
chr12	121861424	rs28557279	C	A	6336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.761;SC=ACTTGACCCCCAACATTTCAA;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=412;TCF=179;TCR=233;TR=279;WE=121861432;WS=121861414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,283:0.67:420
chr12	121867829	rs1138515	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1184;ReadPosRankSum=0.590;SC=CCTCCTCTCCGACAGGAATGT;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=76;WE=121867837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,86:0.69:124
chr12	121877562	rs7962571	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.731;SC=AGCACTGTGACCACATAGCTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=8;WE=121877570;WS=121877552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr12	121880885	rs3842645	T	TG	2798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=1754;ReadPosRankSum=1.568;SC=TCGTGGGATTTGGTCTCCTCG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=47;WE=121880893;WS=121880875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr12	121882141	rs55671311	C	G	9501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.202;SC=CTTCCTCCTCCCCAGGCCGAC;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=602;TCF=305;TCR=297;TR=415;WE=121882149;WS=121882131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,421:0.69:610
chr12	121883027	rs7954896	C	T	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=30;PP=1505;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TCTCCAGCAACCCTACCTGCC;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=87;TCR=39;TR=92;WE=121883035;WS=121883017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr12	121962499	rs117296042	G	A	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=77;PP=2650;ReadPosRankSum=1.884;SC=ATGGCCTCTCGACAGCCCAGG;SOR=0.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=167;WE=121962507;WS=121962489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,181:0.71:256
chr12	122064773	rs141919534	CCCGCCA	C	12967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=43.96;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr12	122079189	rs3741595	C	T	9530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.124;SC=CCACCGTCATCGGCACGCTGC;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=511;TCF=251;TCR=260;TR=393;WE=122079197;WS=122079179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,403:0.76:527
chr12	122079441	rs3825175	T	C	15635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=286;NR=289;PP=2965;SC=GCCATAAGACTGACCGACAGT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=578;TCF=287;TCR=291;TR=575;WE=122079449;WS=122079431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr12	122097043	rs63632160	GCACACA	GCA,G	1157.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37,37;NR=10,10;PP=1173,44;ReadPosRankSum=0.963;SC=ACACACGCGCGCACACACACA;SOR=0.525;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=47,47;WE=122097056;WS=122097031;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.76:83
chr12	122186268	rs28651018	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,37:0.20:183
chr12	122186317	rs28655666	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=4.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.839;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,39:0.18:214
chr12	122208968	rs11608693	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=171;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AGACAGCGGTGGGGGGTGTGC;SOR=0.560;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=15;WE=122208976;WS=122208958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr12	122217856	rs59641582	G	GGT	3503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=27;PP=2010;SC=GGTTCCCCCAGGTGTCTCCCA;SOR=0.821;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=42;WE=122217864;WS=122217846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	122231368	rs2707067	C	A	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=61;PP=2723;SC=AGGGGCGTCCCTCGCCCCCAC;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=150;WE=122231376;WS=122231358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	122231573	rs2707066	C	T	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=1021;SC=GGCGGCGCGCCGGGCACTAGC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=122231581;WS=122231563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	122243905	rs1168666	C	T	12187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=220;NR=210;PP=2965;SC=ACCTGGGCATCGCCAAGGTGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=430;TCF=220;TCR=210;TR=430;WE=122243913;WS=122243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr12	122248192	.	G	A	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.350;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.481;SC=CCAAGGAGAAGCCAGGCACGC;SOR=0.662;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=173;WE=122248200;WS=122248182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,177:0.76:233
chr12	122248582	rs895952	C	G	15266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=266;NR=278;PP=2965;SC=CAACACCCCTCCCAGACTCCG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=544;TCF=266;TCR=278;TR=544;WE=122248590;WS=122248572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr12	122261456	rs3741593	G	A	5971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TGCCACCTGCGGGCTCGCCCG;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=336;TCF=171;TCR=165;TR=239;WE=122261464;WS=122261446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,246:0.71:348
chr12	122281575	rs1795963	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=536;ReadPosRankSum=1.781;SC=TGCAGAGCTCATACTCCCCCC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=36;WE=122281583;WS=122281565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr12	122284715	rs2247291	T	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=23;PP=2159;SC=TTTGCAGAGATCGTCCCTGGC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=100;WE=122284723;WS=122284705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	122287132	rs3832816	CT	C	403.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.485;NF=2;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AAGAGAGACTCTTTTTTTTGC;SOR=2.093;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=122287140;WS=122287122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	122295335	rs1154510	T	C	10433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=167;NR=220;PP=2965;SC=TAGAATGACGTGGCCTGAATC;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=389;TCF=167;TCR=222;TR=387;WE=122295343;WS=122295325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr12	122296784	rs3741591	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=767;ReadPosRankSum=2.223;SC=AGTGCTGGGCCGGAGTATTTA;SOR=1.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=37;WE=122296792;WS=122296774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr12	122326812	rs2230681	T	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=87;PP=2965;SC=CAGGCCGGCGTCGTGACTGTC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=208;WE=122326820;WS=122326802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
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chr12	122348746	rs4069666	A	G	9189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.443;SC=TATTTTGCAAATATCACCCCT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=550;TCF=302;TCR=248;TR=404;WE=122348754;WS=122348736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,407:0.73:556
chr12	122348938	rs142734893	T	TTTTTG	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=775;ReadPosRankSum=1.601;SC=CTGTGTAGTTTTTTTGTTTTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=14;WE=122348946;WS=122348928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr12	122353796	rs14259	A	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CGCAGGGGGGAAAAACACCAG;SOR=0.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=91;WE=122353804;WS=122353786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,88:0.69:127
chr12	122359172	rs6486782	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr12	122359397	rs142042908	G	GGAGGAGGAGGAGAAA	5643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.23;QD=54.27;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	122361929	rs34885077	CT	C	872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=746;SC=TCCCCCAGTGCTTTTGAGAGT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=122361937;WS=122361919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122369762	rs7313748	C	T	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1558;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TCATCTACAACGTGTTCAGGA;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=104;WE=122369770;WS=122369752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,116:0.79:147
chr12	122386807	rs76025563	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.084;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	122389248	rs1185260	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=615;SC=ATTTCCCAAGACAGCAAGTTC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=122389256;WS=122389238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	122391963	rs1154513	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=7;PP=1152;SC=AAAATATCGTATTGATAAATG;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=122391971;WS=122391953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	122394921	rs11043271	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=1.152;SC=ATTAGGTATTATATAGATGCT;SOR=0.389;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=8;WE=122394929;WS=122394911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr12	122396395	rs17852561	C	T	5768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.337;SC=TGAGAAGGGGCTTGGAGTCCA;SOR=0.568;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=297;TCF=141;TCR=156;TR=233;WE=122396403;WS=122396385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,247:0.78:316
chr12	122405912	rs1169081	G	T	6441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCCTTTCTAGGTGGGACTTCA;SOR=0.530;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=363;TCF=218;TCR=145;TR=271;WE=122405920;WS=122405902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,283:0.74:384
chr12	122409664	rs658957	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=849;SC=ATCTTTGTGATATGGTTTGGC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=122409672;WS=122409654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	122413431	rs192003263	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TTGTGTTTCCGTTGTATTCCT;SOR=0.161;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=52;WE=122413439;WS=122413421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr12	122439369	rs1182927	T	C	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=88;PP=2965;SC=GCCTCAAGAGTTAAACAATCA;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=159;TCR=88;TR=247;WE=122439377;WS=122439359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	122468756	rs59397548	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=856;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GGGGAGGGAGATTGTCCACTG;SOR=1.107;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=48;WE=122468764;WS=122468746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr12	122492598	rs2280573	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=533;SC=TGTAGCCTTCAAAGACCACTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=122492606;WS=122492588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122611620	rs75503016	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=325;SC=CAGTATCCCCACCATGCCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=122611628;WS=122611619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	122611641	rs78324047	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=475;SC=CCCTGTGTGGCTCTGAAGAAA;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=122611649;WS=122611631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	122612325	rs7488393	G	A	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=12;PP=2020;SC=GAAGGAAAGGGTACCTGGGAA;SOR=3.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=69;TCR=12;TR=81;WE=122612333;WS=122612315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	122612350	rs7486198	G	T	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=31;PP=2965;SC=GTCTGCCCTAGGGGAGGGGTG;SOR=2.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=119;TCR=31;TR=150;WE=122612358;WS=122612340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	122612598	rs7484733	T	C	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=64;PP=1961;SC=GCTGGTCCTGTAGGAGAGGCT;SOR=2.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=84;WE=122612606;WS=122612588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	122612625	rs10847611	C	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=3.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	122612635	rs6489238	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.02;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	122613540	rs6489244	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=5;PP=776;SC=TGGGACGTACTTTCTGAGTGA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=122613548;WS=122613530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	122613599	rs10847853	A	G	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=35;PP=1771;SC=AGGCCTGATTATAGTGCCGGA;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=122613607;WS=122613589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	122614060	rs7487608	G	T	8252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=108;PP=2965;SC=CTCCCTGAGAGTTCTGTATAT;SOR=1.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=183;TCR=108;TR=290;WE=122614068;WS=122614050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr12	122614209	rs5801481	CT	C	9442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=143;PP=2951;SC=AGGACCCCCACTTTGACATGA;SOR=1.235;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=24;TCR=151;TR=167;WE=122614217;WS=122614199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	122614387	rs7487292	T	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=21;PP=1717;SC=TCACTTCCACTGAGCACCCCT;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=122614395;WS=122614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	122618131	rs36045144	A	G	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,209:0.72:292
chr12	122658383	rs6489173	A	G	6818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=98;PP=2965;SC=AATCTCTAGGACACTCACATC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=144;TCR=98;TR=242;WE=122658391;WS=122658373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	122668965	rs10847623	T	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=668;SC=CTAAACTCTATCCCTAATCGT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=122668973;WS=122668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	122674032	rs10847725	C	T	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=59;PP=2562;SC=TTCTCAGAGCCGAGATCAATT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=135;WE=122674040;WS=122674022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	122674143	rs11060051	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CCCCTCCCAGGCCCCTTTCCT;SOR=0.858;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=22;WE=122674151;WS=122674133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr12	122674190	rs80035252	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGAGAAGCCATCTCCTGCTTC;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=10;WE=122674198;WS=122674180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr12	122674758	rs4758651	G	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,161:0.30:537
chr12	122674780	rs11060094	C	A	8832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CCTGGTGCTGCAGGGAAACCC;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=514;TCF=248;TCR=266;TR=373;WE=122674788;WS=122674770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,381:0.72:526
chr12	122675882	rs67032306	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=0.623;SC=TATCTGCCAACTTCCATTCCA;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=122675890;WS=122675872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr12	122676013	rs11060167	A	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,42:0.25:171
chr12	122684966	rs11060679	G	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=32;PP=2176;SC=CATGGGAGCCGCACTCCCTGG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=122684974;WS=122684956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	122689109	.	C	CCCG	2474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=1246;ReadPosRankSum=0.492;SC=TCGCTTCGACCCCGCCGCCGC;SOR=0.536;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=29;WE=122689117;WS=122689099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr12	122689161	rs12827843	C	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.986;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,40:0.25:163
chr12	122689181	rs7136356	C	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.938;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr12	122689244	rs12828049	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr12	122689265	.	T	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr12	122691738	rs4758675	C	A	10630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=1.169;SC=GTGCCTGAGGCGGCTGGGGCT;SOR=0.273;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=182;TCR=197;TR=373;WE=122691746;WS=122691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr12	122694214	.	CA	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,27:0.18:152
chr12	122701001	rs2271411	T	A	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,28:0.16:170
chr12	122703014	rs7963565	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,24:0.17:140
chr12	122720310	rs2271408	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr12	122723317	.	T	TAC	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=-0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	122760929	rs112247423	C	CCA,CCACACACACACACACA	3219.90	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=8.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.635;NF=24,24;NR=36,36;PP=528,2994;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TAGTGGGAAACCACACACACA;SOR=1.259;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=60,60;WE=122760940;WS=122760919;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.81:138
chr12	122762604	rs2271409	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr12	122817507	rs7956480	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr12	122839909	rs3817012	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr12	122862560	rs55834409	C	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CAGACAACCTCTAACTTAAAG;SOR=0.997;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=17;WE=122862568;WS=122862550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	122865029	rs1803290	T	C	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=96;PP=2912;ReadPosRankSum=0.888;SC=TGTTTCTCCTTTGCCTGTTGC;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=98;TCR=119;TR=171;WE=122865037;WS=122865019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,175:0.76:231
chr12	122964708	rs10846978	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr12	122983460	rs7314638	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr12	122991279	.	C	T	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=21;QD=13.9428031368;SC=AACTCAAAAACGCTGACACCT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=122991287;WS=122991269;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	122991478	rs9988963	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.877;SC=GTCCTGTTAACAAACACTGAA;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=6;WE=122991486;WS=122991468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr12	122995468	rs10709275	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGTGATGTGGGACCTGCAGTC;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=3;WE=122995488;WS=122995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	122995480	rs113783639	C	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=671;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCTGCAGTCCCAGCTACTCGG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=19;WE=122995488;WS=122995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr12	123028096	rs61956128	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr12	123071365	rs7311684	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr12	123071366	rs7315477	T	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr12	123079020	rs10847242	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GATTATTTTATGAGGTCCATA;SOR=0.348;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=9;WE=123079028;WS=123079010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr12	123079035	rs4319547	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr12	123087442	rs7307735	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,43:0.22:200
chr12	123103115	rs376934174	CA	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.118;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	123105143	rs2270775	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,46:0.24:190
chr12	123110910	rs189253549	T	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.147;SC=ATGTAATAAATAAAACAATAT;SOR=0.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=9;WE=123110918;WS=123110900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr12	123200247	rs56308926	G	C	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.084;NF=115;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=2.592;SC=CGGAGTTGGCGATTAACGCCT;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=293;TCF=161;TCR=132;TR=216;WE=123200255;WS=123200237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,191:0.71:269
chr12	123265952	rs1798563	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=50;PP=1264;ReadPosRankSum=1.799;SC=ATTAGATTTGACCGGGCACGG;SOR=0.460;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=8;TCR=67;TR=57;WE=123265960;WS=123265942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr12	123281967	rs10744394	G	A	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.410;SC=ATCCTTCTCTGTCACATAAGA;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=121;WE=123281975;WS=123281957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,132:0.74:179
chr12	123297718	rs4759391	T	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=0.139;SC=AGCCTGGGCGTCAGAGCAAGA;SOR=0.495;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=18;WE=123297726;WS=123297708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	123307754	rs7954285	CA	TG	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=1;PP=187;SC=GTGATCCGCCCACCCTGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=123307763;WS=123307744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	123333065	rs2135014	C	T	5370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCTGGTCCTACGCCATTGGGC;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=219;WE=123333073;WS=123333055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,233:0.74:313
chr12	123334929	.	G	T	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=54.6;NF=2;NR=7;PP=109;QD=15.9745791719;SC=GCCGCTGGGTGGGGGGGGCCC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=9;WE=123334937;WS=123334919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr12	123335287	.	A	G	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=58.24;NF=7;NR=0;PP=72;QD=15.2530303639;SC=GCCCTGGTTCAGTGGCCGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=123335295;WS=123335277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	123335483	rs2271048	A	G	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,108:0.71:152
chr12	123335488	rs2271049	G	A	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.42;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,103:0.73:142
chr12	123335527	rs2271050	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=782;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CCGCGTCTCACGCCCAGGCGT;SOR=1.009;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=46;WE=123335535;WS=123335517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr12	123339344	rs2292136	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=734;ReadPosRankSum=2.132;SC=GCCCGGTCTCAGGTGATCTCT;SOR=0.055;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=42;WE=123339352;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr12	123339712	rs2292138	A	G	6174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.414;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.437;SC=CCCTTTGAGGACCCCAGGCAC;SOR=0.472;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=351;TCF=147;TCR=204;TR=253;WE=123339720;WS=123339702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,261:0.72:363
chr12	123340453	rs11418615	G	GC	3411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.305;NF=23;NR=44;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AGCTGGAGGTGCGGGGTGGGG;SOR=0.283;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=67;WE=123340461;WS=123340443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,107:0.75:142
chr12	123341289	rs897386	A	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.13;ReadPosRankSum=0.425;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr12	123341297	rs897385	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.63;ReadPosRankSum=0.653;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr12	123341833	rs7138398	G	C	4457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=1.288;SC=CTGTCTCCGTGATCTGCCTGT;SOR=0.605;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=118;TCR=126;TR=179;WE=123341841;WS=123341823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,187:0.72:260
chr12	123341863	rs2343109	G	C	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=83;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TTCATGTAAAGGGGATCATAC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=82;TCR=116;TR=140;WE=123341871;WS=123341853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,147:0.70:211
chr12	123342628	rs34131980	CCTCTT	C	3903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.823;NF=20;NR=36;PP=2894;ReadPosRankSum=0.770;SC=TCTAACCTGTCCTCTTCACCC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=56;WE=123342640;WS=123342618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,99:0.60:164
chr12	123343571	rs2343110	T	G	9977.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.479;SC=AGCCTGTCGGTGGGGGGGGCT;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=134;TCR=146;TR=193;WE=123343581;WS=123343560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,249:0.76:328
chr12	123343572	rs5801491	G	GGC	4508.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=101;PP=2980;ReadPosRankSum=1.757;SC=GCCTGTCGGTGGGGGGGGCTC;SOR=0.918;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=37;TCR=138;TR=126;WE=123343581;WS=123343560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,210:0.71:295
chr12	123344910	rs937765	A	C	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=39;PP=1925;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CTTGAGGGCCACTTTCCACCT;SOR=1.013;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=114;WE=123344918;WS=123344900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,118:0.70:169
chr12	123345347	rs7306948	G	A	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.423;SC=CTTGCACGCCGACAGCAGCAC;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=107;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,112:0.72:156
chr12	123345360	rs7298176	T	C	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.138;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AGCAGCACACTGGGCTCTGGG;SOR=0.437;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=109;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,114:0.72:159
chr12	123345736	rs10847910	C	G	11062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.827;NF=122;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.687;SC=AGATGGAGACCCAGGTAGGCG;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=412;TCF=178;TCR=234;TR=281;WE=123345744;WS=123345726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,317:0.71:447
chr12	123345756	rs3215148	G	GC	9607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.801;NF=23;NR=113;PP=2963;ReadPosRankSum=1.481;SC=GCCCATGGCTGCCCCGTGACC;SOR=0.515;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=223;TCF=33;TCR=190;TR=136;WE=123345764;WS=123345746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,245:0.72:342
chr12	123352179	rs3825143	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=852;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AACCTGGTTACAGGGACAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=61;WE=123352187;WS=123352169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr12	123425575	rs4148866	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,42:0.21:196
chr12	123433137	rs10848106	T	C	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=15;PP=1498;SC=GCTGCCAGGGTGCACAGTCCC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=123433145;WS=123433127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	123460823	rs883563	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=290;ReadPosRankSum=0.745;SC=CTGCTGCCCCACTCCCTCCTC;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=29;WE=123460831;WS=123460813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr12	123460962	rs884956	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,49:0.23:215
chr12	123466111	rs55742290	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,31:0.23:136
chr12	123470586	rs12828755	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=0.687;SC=ACTTGGGGCCCGCGGCTGCCC;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=123470594;WS=123470576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	123471094	rs12811109	G	A	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.262;SC=CATAGGCCGCGTGCACGCGCA;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=133;TCR=132;TR=196;WE=123471102;WS=123471084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,209:0.75:278
chr12	123471402	rs2049506	T	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=52;PP=1767;SC=CGTCTCATGGTCACCCCTTCC;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=123471410;WS=123471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	123473254	rs1463877	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.840;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr12	123474529	rs11612594	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr12	123476586	rs7135296	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr12	123477311	rs937564	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	123485188	rs883263	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=0.065;SC=GCCTCTCCCCAGACAGTACCC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=38;WE=123485196;WS=123485178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,39:0.28:137
chr12	123645803	rs1051431	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,102:0.27:375
chr12	123647725	rs1727296	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,18:0.17:107
chr12	123651162	rs1716167	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr12	123665695	rs1727306	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,40:0.23:175
chr12	123694724	rs2682434	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,57:0.35:165
chr12	123699200	rs77954523	GTTT	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.759;SC=TAGGCAAGTTGTTTTTTAAAA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=5;WE=123699210;WS=123699191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr12	123699520	rs1727322	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=289;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCCAGGCGTGATAGCTCACGC;SOR=1.063;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=21;WE=123699528;WS=123699510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr12	123703103	rs2851451	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	123707509	.	ATG	A	242	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=59.71;NF=15;NR=4;PP=242;QD=13.1052631579;SC=GTATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=19;WE=123707518;WS=123707499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,19:0.40:47
chr12	123707527	rs34047404	GTA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=570;ReadPosRankSum=2.973;SC=GTGTGTGTGTGTATATGTACG;SOR=3.062;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=21;WE=123707536;WS=123707517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr12	123707552	rs36043549	TA	T	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,32:0.26:121
chr12	123710835	rs1626703	A	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.699;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	123746357	rs4759416	C	G	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,105:0.24:429
chr12	123746510	rs4759417	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=462;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCCTGAAGGACGCTAACAATC;SOR=0.235;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=108;TCF=14;TCR=94;TR=33;WE=123746518;WS=123746500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr12	123794022	rs6488867	T	C	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=102;PP=2965;SC=CTTCACAACATTTTCTAAACT;SOR=1.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=162;WE=123794030;WS=123794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	123799974	rs6488868	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,65:0.26:246
chr12	123801672	rs10846515	T	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.699;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,35:0.25:138
chr12	123806219	rs1060105	C	T	6925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.220;SC=GTCGTCAGAACTGCTACCAGT;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=390;TCF=213;TCR=177;TR=286;WE=123806227;WS=123806209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,301:0.73:414
chr12	123810662	rs111400678	A	AC	3223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=31.30;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	123810873	rs61388686	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,72:0.25:291
chr12	123812207	rs7959415	C	T	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=54;PP=2965;SC=GAATAACACACTTCTTAGATT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=118;TCR=54;TR=172;WE=123812215;WS=123812197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	123812611	rs10846517	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=421;SC=TCACATTAGTATTAAGTAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=123812619;WS=123812601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	123812629	rs28419092	G	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AGAATCTCCAGTCTTTCAAGA;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=123812637;WS=123812619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	123813493	rs7301163	C	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=701;SC=TTTCTCTCTGCAACATTCATC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=123813501;WS=123813483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	123815668	rs6488869	A	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=607;SC=CACCATGACGACCGGCTGATT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=123815676;WS=123815658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	123816007	rs11282939	T	TATGTTG	1588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=1659;SC=GGAGTAGGAATATGTTATGTT;SOR=3.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=26;WE=123816015;WS=123815997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	123821234	rs7486223	T	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=755;SC=GACAATGAGGTCCTACTCTGT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=123821242;WS=123821224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	123825339	rs7312145	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=267;SC=CACTCCATCAATCTGCAAGTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=123825347;WS=123825329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	123825389	rs7315453	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=290;SC=TCCAGCGAGGTTTAAGCATAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=123825397;WS=123825379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	123825559	rs12322888	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=613;ReadPosRankSum=-1.855;SC=AACTCCTCATCTTCATGTCGT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=38;WE=123825567;WS=123825549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr12	123832710	rs11325003	TA	T	8291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=16;NR=147;PP=2966;SC=AGACAAAAAATAAAAGGACAG;SOR=1.406;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=17;TCR=149;TR=163;WE=123832718;WS=123832700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	123832746	rs10846523	G	A	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=105;PP=2965;SC=CAAGGACAAGGTTTGCATTTA;SOR=1.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=50;TCR=106;TR=155;WE=123832754;WS=123832736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	123875394	rs28660993	C	T	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=117;PP=2965;SC=AGCCTCTGTCCTCTGCAAGAA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=85;TCR=117;TR=202;WE=123875402;WS=123875384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	123881176	rs28372579	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9977;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=595;ReadPosRankSum=2.404;SC=TGCTGGGGTCACTGCAGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=26;WE=123881184;WS=123881166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr12	123907563	rs28625019	G	A	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1945;ReadPosRankSum=3.409;SC=TATTTGGCGGGACCGGGGGGC;SOR=0.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=103;WE=123907571;WS=123907553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,105:0.82:128
chr12	123960474	.	A	G	172	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=25;MQ=59.75;NF=0;NR=8;PP=172;QD=25.8464015684;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=123960482;WS=123960464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	124008073	rs2292500	A	G	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=121;PP=2965;SC=CCTCTGAGAAATTGACATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=252;WE=124008081;WS=124008063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	124069111	rs71088937	GGGC	G	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=839;SC=GAAGGCAGCGGGGCGGCGGCG;SOR=1.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=18;WE=124069121;WS=124069101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	124069213	rs786446	T	C	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=45;PP=2584;SC=TGCTGGTGCTTCTGGCCGCTC;SOR=1.205;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=81;TCR=45;TR=126;WE=124069221;WS=124069203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	124086620	rs786427	G	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=402;SC=CTGGAGCTGCGGGAAGCGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=124086628;WS=124086610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	124086998	rs786428	C	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=391;SC=AGAGGGGCCGCGACCCACCCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=124087006;WS=124086988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	124090453	rs786436	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=39;PP=1794;SC=TCCTTTAACCAGTGCTTTGCA;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=107;WE=124090461;WS=124090443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	124090605	rs4047521	ACT	A	6983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=80;PP=2969;SC=GGAAACCAAAACTCTCTGTTT;SOR=0.931;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=18;TCR=84;TR=94;WE=124090614;WS=124090595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	124207098	rs7301641	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1101;SC=TTCTCAAAACTATGGAAGATG;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=124207106;WS=124207088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	124209332	rs1139789	T	C	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=78;PP=2191;SC=TGAAACGCAATGTTGAGGTAC;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=148;WE=124209340;WS=124209322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	124209352	rs11837144	C	T	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=65;PP=2000;SC=CTGAACAGCTCGTGAGGAAAT;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=111;WE=124209360;WS=124209342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	124210782	rs1399961	T	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=37;PP=1231;SC=CCTTAGAGAGTGATTCTTTGT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=124210790;WS=124210772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	124218359	rs10744159	T	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=16;PP=1159;SC=AAATAAGGAGTATTGACTGTA;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=124218367;WS=124218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	124220055	rs2271660	T	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=67;PP=2831;SC=GATGTGAGACTGTGTTCAACT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=109;TCR=67;TR=176;WE=124220063;WS=124220045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	124220354	rs2333838	A	C	217.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=178;SC=ACTTGTTAGGAACCTGAGTAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=124220362;WS=124220344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	124229429	rs7135542	T	C	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=TTTGTTACAGTGACAGCGTCG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=218;WE=124229437;WS=124229419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	124258887	rs7131750	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=1.426;SC=CACAAATAGGTAGCGGGCAGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=124258895;WS=124258877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	124265687	rs11057353	T	C	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.752;SC=GGGAGTCACATCTGGAGAAGT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=160;TCR=136;TR=210;WE=124265695;WS=124265677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,225:0.71:315
chr12	124267638	rs11057354	A	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=36;PP=1684;SC=CTGACTGATCACTTTTATTTT;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=124267646;WS=124267628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	124267703	rs11057355	T	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GAGAGGTGTCTGACCTGGCAG;SOR=0.830;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=93;WE=124267711;WS=124267693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,105:0.76:138
chr12	124268458	rs7303002	A	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=1002;ReadPosRankSum=0.449;SC=CCACCCTAATAATGAGAGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=46;WE=124268466;WS=124268448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,49:0.88:56
chr12	124274474	rs10846559	A	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=43;PP=1993;ReadPosRankSum=1.522;SC=GATTGGACAGATTTTGGAGGA;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=120;WE=124274482;WS=124274464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,124:0.78:159
chr12	124274758	rs35056478	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=2.460;SC=GATGCTTAGTCTTTTTTTTTA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=124274766;WS=124274748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	124319864	rs4930730	T	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr12	124325977	rs4930729	T	G	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=74;PP=2678;SC=TCGGAAGATCTTGCGGGCTGA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=124325985;WS=124325967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	124330440	rs4930728	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,90:0.26:351
chr12	124332702	rs10846561	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=627;ReadPosRankSum=1.886;SC=AAAGCAGGACATGGCATTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=28;WE=124332710;WS=124332692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr12	124333519	rs7960854	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=1.147;SC=GTTTCTGGGCCGTTGACACTC;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=124333527;WS=124333509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr12	124350360	rs7313897	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-1.517;SC=CAGTTAAAAAGCTCATGGAAG;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=124350368;WS=124350350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	124350444	rs7314963	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=983;ReadPosRankSum=-1.400;SC=CCTTAAACATCTAGTTTATCT;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=58;WE=124350452;WS=124350434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr12	124350704	rs10773043	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TGTTTGTAGTTGAAGGCGATG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=124350712;WS=124350694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	124352338	rs10846565	T	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=729;ReadPosRankSum=-0.182;SC=ACCAACATGTTGGGTCTTATG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=33;WE=124352346;WS=124352328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr12	124360117	rs10846567	G	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=579;ReadPosRankSum=-0.773;SC=ACTTATCCATGTAGGCACAGC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=29;WE=124360125;WS=124360107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr12	124362256	rs113178558	T	TG	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.742;QD=20.05;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr12	124363724	rs72053758	GTGTC	G	851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=741;SC=TGCGCTCTGTGTGTCTGTCTG;SOR=3.716;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=14;WE=124363735;WS=124363714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	124364131	rs1317312	G	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=1069;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CAAGTTTCAGGCCGTGTACTG;SOR=0.614;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=54;WE=124364139;WS=124364121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr12	124366150	rs74854634	CTT	C,CT	1533.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.940;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,28,56:0.29,0.58:97
chr12	124398843	rs113172657	A	ACTG	5348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.902;NF=28;NR=53;PP=2921;ReadPosRankSum=0.319;SC=CAGAAGGTAAACTCACGGCAG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=81;WE=124398851;WS=124398833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,131:0.72:183
chr12	124399155	rs79478560	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=888;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GGGGGTCTACGTGGGTGTCAC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=45;WE=124399163;WS=124399145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr12	124399550	rs1316952	T	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1503;ReadPosRankSum=0.297;SC=TCTGCGGGTATGGTGGCTCCT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=94;WE=124399558;WS=124399540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,100:0.80:125
chr12	124409502	rs7133378	G	A	937.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=651;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ATGGATTCTCGTCCCTTTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=35;WE=124409510;WS=124409492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr12	124414098	rs3802999	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=1021;ReadPosRankSum=0.709;SC=GACTTTCCTCCGGGTTCAACC;SOR=0.472;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=52;WE=124414106;WS=124414088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr12	124417973	rs56219209	C	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1291;ReadPosRankSum=-2.317;SC=GCCGGAAGAACGGCTGGCCAC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=71;WE=124417981;WS=124417963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,74:0.75:99
chr12	124418472	rs77020228	C	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=762;ReadPosRankSum=0.261;SC=GCCAGAACTTCAGGTCCCTTA;SOR=1.378;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=31;WE=124418480;WS=124418464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr12	124418674	rs12298484	C	T	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.012;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TCCGGGCCACCACTCTCTCTG;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=160;WE=124418682;WS=124418664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,169:0.79:214
chr12	124419062	rs11057396	A	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1154;ReadPosRankSum=0.202;SC=GCTGGGGAGGAGGCCAGCCAG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=86;WE=124419070;WS=124419052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,95:0.75:126
chr12	124420076	rs113646068	C	CAGGA	1557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1522;ReadPosRankSum=-2.139;SC=CTGGGGTTGTCAGAGTGATCG;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=27;WE=124420084;WS=124420066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr12	124422262	rs35794481	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,105:0.26:401
chr12	124427887	rs111854458	G	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CCTGCTCCCCGATGTACCTGT;SOR=1.087;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=75;WE=124427895;WS=124427877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr12	124428162	rs4930725	T	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAACCACGGCTCCTGAAGGGC;SOR=0.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=16;WE=124428170;WS=124428152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr12	124799387	rs904647	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=786;SC=ATGGGTCCATGGAGTGCCCTT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=124799395;WS=124799377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	124809923	.	G	GC	28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=17;MQ=55.02;NF=0;NR=3;PP=28;QD=12.3333333333;SC=ACCTGACACCGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=3;WE=124809931;WS=124809913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr12	124810174	rs10846657	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=31;PP=1046;SC=CTGTGAGCCCGGCAGCCCCTG;SOR=1.217;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=124810182;WS=124810164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	124810968	rs1006100	C	T	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=51;PP=1561;SC=AAGACAGCACCGACGCTACGG;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=124810976;WS=124810958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	124824721	rs143952466	C	CGCCGCTGCT	3467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.317;NF=26;NR=42;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CCCCCACCCCCGCCGCTGCTG;SOR=0.772;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=68;WE=124824729;WS=124824711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr12	124825447	rs1702334	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=459;SC=TCCCAGCACCAGCCATGGAAC;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=124825455;WS=124825437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	124829234	rs1263992	C	T	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=52;PP=2891;SC=CCTCATAGGTCAGGGGGCTCT;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=147;WE=124829242;WS=124829224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	124829255	rs1244085	A	G	7475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=76;PP=2965;SC=GCCGCGGCTTACCCAGCTCAG;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=182;WE=124829263;WS=124829245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	124832474	rs1244065	G	A	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=64;PP=2249;SC=AGGAGAGGGTGAGGCCATCAT;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=131;WE=124832482;WS=124832464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	124832492	rs1244064	C	G	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=65;PP=2082;SC=CATTCCGTGGCTCCCTGAGCC;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=124832500;WS=124832482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	124832606	rs1244063	A	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=27;PP=1708;SC=CGCTACCTCCAGATGGAGCCT;SOR=1.396;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=87;WE=124832614;WS=124832596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	124838772	rs1244082	C	G	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=141;PP=2965;SC=GGGCTGAGGGCGTGTCTGTGG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=138;TCR=141;TR=278;WE=124838780;WS=124838762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	124838897	rs1244081	A	G	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.030;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=2463;ReadPosRankSum=1.804;SC=TGAGGGAGACAGCTGTGAAGA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=53;TR=124;WE=124838905;WS=124838887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr12	124839867	rs870050	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=16;PP=1471;SC=CTGAGTGGAGATGACCCAGGC;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=68;WE=124839875;WS=124839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	124848137	rs1794956	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.71;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr12	124856660	rs3741513	T	A	12629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=231;PP=2965;SC=AGCTCTTGGCTGTGGTGGCCC;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=439;TCF=208;TCR=231;TR=438;WE=124856668;WS=124856650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr12	124857234	rs1702329	C	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=977;SC=CCTGACCCTCCGGATGAGGCC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=124857242;WS=124857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	124859045	rs2695993	A	G	8923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.96;NF=163;NR=174;PP=2965;SC=GAAGTGAGGCAGCACCAAGTA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=163;TCR=174;TR=337;WE=124859053;WS=124859035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr12	124859135	rs11057606	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=58;PP=1586;SC=GCTGCTGCTCGCTCTCCTGCC;SOR=3.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=67;WE=124859143;WS=124859125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	124873074	rs118132240	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr12	124873079	rs7960906	T	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.206;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=16;PP=2503;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGAGAGGGCATGGGGGAAAGG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=66;WE=124873087;WS=124873064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr12	124873411	.	TGAGG	T	390	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=16;MQ=60.72;NF=0;NR=8;PP=390;QD=49.75;SC=CGTCCCACGGTGAGGGAGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=124873422;WS=124873401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,8:0.62:13
chr12	124885249	rs2293514	C	T	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=117;PP=2965;SC=GATAGGATGGCTTCACCCGAG;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=99;TCR=118;TR=216;WE=124885257;WS=124885239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	124885290	rs2293513	T	C	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=96;PP=2735;SC=TGGAGGAGACTGTTTCTTTAG;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=163;WE=124885298;WS=124885280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	124887058	rs35831183	G	GGCT	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.301;NF=1;NR=16;PP=714;ReadPosRankSum=0.477;SC=GCGGGGCATGGGCTGCTGCTG;SOR=0.529;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=17;WE=124887066;WS=124887048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr12	124915268	rs370864739	G	A	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,120:0.23:512
chr12	124922325	rs1702322	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=1.377;SC=TTCCTCCTTTCCTGGCCGGCC;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=124922333;WS=124922323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr12	124934449	rs114071181	G	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,45:0.23:194
chr12	124934459	rs1147284	C	G	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=100;PP=2390;SC=GCTGGCCACTCGCCACTACAG;SOR=1.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=61;TCR=101;TR=161;WE=124934467;WS=124934439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	124950652	rs4765569	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,46:0.17:264
chr12	124968349	rs747443	T	C	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=115;PP=2965;SC=CAACGTCACATAGGAGATTGC;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=76;TCR=115;TR=191;WE=124968357;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	124979789	rs872225	T	G	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1452;ReadPosRankSum=2.095;SC=GCTGTGTGGATCCCGACATGG;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=83;WE=124979797;WS=124979779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr12	124979833	rs872224	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr12	125263204	rs701104	A	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=301;SC=CCCGCCCACCACAGCCCTGTA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=125263212;WS=125263194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	125324553	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=45.36;NF=96;NR=64;PP=2965;QD=20;SC=TTTCTCCGCACCCTCACCCCA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=160;WE=125324561;WS=125324543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,160:0.98:163
chr12	125324570	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=51.48;NF=130;NR=102;PP=2965;QD=20;SC=CCCAACGGCACACATGGGCCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=232;WE=125324578;WS=125324560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,232:0.99:235
chr12	125398039	rs1071862	G	C	6091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.897;NF=121;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.300;SC=CACTGGGCTCGACCTCAAGGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=171;TCR=192;TR=259;WE=125398047;WS=125398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,267:0.71:376
chr12	125400206	rs6488957	A	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=328;SC=TAGAATCCCAACCTTATTTCA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=125400214;WS=125400196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	125432618	rs10846782	G	A	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.100;SC=CCCTGGCCCTGGTCAAACTCA;SOR=0.598;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=155;TCR=150;TR=236;WE=125432626;WS=125432608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,237:0.77:309
chr12	125434434	rs4562928	C	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=1109;SC=ATGTTTTAAGCCTCCCTGTGT;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=125434442;WS=125434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	125434580	rs4447263	C	T	10490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=165;PP=2965;SC=CAGACAGCTCCGGTATGAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=205;TCR=165;TR=370;WE=125434588;WS=125434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	125434716	rs4078216	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,116:0.25:464
chr12	125435388	rs10773125	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr12	125436850	rs4375522	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=1;PP=882;SC=ACAGCTGAGAGGGAACAAGCC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=125436858;WS=125436840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	125436897	rs4502074	A	G	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=24;PP=1624;SC=CCTGCCCCTCACCAGGTGCCC;SOR=1.847;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=90;WE=125436905;WS=125436887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	125437019	rs4429156	T	C	8453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=143;PP=2965;SC=CCCCCAGGCCTGCCGTCACGA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=157;TCR=144;TR=300;WE=125437027;WS=125437009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	125437160	rs74403469	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=69;PP=1902;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GCAAGGCCCGGAGCCAGCTCT;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=114;WE=125437168;WS=125437150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,122:0.78:156
chr12	125437236	rs6488960	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=946;SC=GCTTGTCTCAACCCCTCCCCA;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=125437244;WS=125437226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	125438414	rs12367953	A	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=23;PP=1604;SC=GCGTGCCGGCACGGGGCCGTA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=125438422;WS=125438404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	125438516	rs4516060	T	C	11283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	125438523	rs4258464	C	T	6990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.99;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr12	125438549	rs4606565	A	G	7498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=119;PP=2965;SC=GCGCCTGGGGAACGAAGAGGG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=258;WE=125438557;WS=125438539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	125441159	rs7973725	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.952;NF=25;NR=10;PP=533;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTCAGCCTCCTGAGTAGCTGG;SOR=0.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=35;WE=125441167;WS=125441149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr12	125441182	rs12298675	A	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.182;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.938;NF=32;NR=21;PP=814;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CTCTCAGCCCAGAGCCCCCGT;SOR=0.267;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=53;WE=125441190;WS=125441172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr12	125441347	rs12300199	T	C	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.200;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=50;PP=2874;ReadPosRankSum=0.282;SC=CGTAGCGGGGTGCCACGGGGA;SOR=0.339;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=111;WE=125441367;WS=125441337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,126:0.78:162
chr12	125441359	rs10773127	T	C	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=1.683;SC=CCACGGGGAATGTGGCCATTG;SOR=0.263;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=105;WE=125441367;WS=125441337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,119:0.78:152
chr12	125441459	rs12304873	G	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.760;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGTGCTCTGAGAGGAGCTCTG;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=56;WE=125441467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr12	125444975	rs4765007	T	C	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=75;PP=2382;SC=ACAGCCTGGATGGAGAGAAAC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=163;WE=125444983;WS=125444965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	125445096	rs4765008	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=995;SC=ACTGGATCTTCACCTGACAGC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=125445104;WS=125445086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	125448960	rs4076777	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr12	125451162	rs61942952	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTCCCACCTTGGCCTCCCAAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=125451170;WS=125451152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	125451277	rs56213993	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ATGGGGCTGGTAGCTGCCATC;SOR=0.390;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=23;WE=125451285;WS=125451267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr12	125451487	rs35364982	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=1.064;SC=AGCACACTGCCCTTTGTTGTT;SOR=0.323;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=25;WE=125451495;WS=125451477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr12	125451532	rs35177301	G	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.367;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=1.386;SC=CCATTTATTCGGGGGTGAGGT;SOR=0.154;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=19;WE=125451540;WS=125451522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	125451561	rs17879868	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GCAAAGGTGCTGATGCTTCCA;SOR=1.247;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=20;WE=125451569;WS=125451557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	125451589	rs35874447	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GCTCAGAGGCAGGAGCTGCAC;SOR=0.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=17;WE=125451597;WS=125451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr12	125451767	rs60252902	G	A	5834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.770;SC=GATGCCACCTGTGGAAAGAAT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=162;TCR=188;TR=252;WE=125451775;WS=125451757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,263:0.72:366
chr12	125453115	rs11057939	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,66:0.23:286
chr12	125453232	rs10773130	A	G	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=1.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	125453232	.	ACAC	GCAA,GCAC	1844	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=41,47;NR=61,84;PP=1844,189;QD=18.6026262241;SC=AGTGGGGGGGACACGAGCTTC;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=102,131;WE=125453256;WS=125453222;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.77:132
chr12	125453235	rs11057940	C	A	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,110:0.85:130
chr12	125453277	rs10846794	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr12	125453540	rs10846795	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr12	125456911	rs6488966	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=811;SC=TAAGTAACTCACCCAAAGTCA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=125456919;WS=125456910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	125457203	rs7304979	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=48;PP=1443;SC=CTGTCGCCACGGGGCCACTAC;SOR=3.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=54;WE=125457211;WS=125457193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	125465023	rs4072887	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr12	125467158	rs11558556	C	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1796;ReadPosRankSum=1.004;SC=GCTTCTGTAGCATCTCTGCTC;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=114;WE=125467166;WS=125467148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,113:0.73:154
chr12	125467238	rs12424339	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=1.126;SC=AAGTGAGACTGTAATAAAATT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=47;WE=125467246;WS=125467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr12	125509502	rs7303493	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,46:0.22:206
chr12	125562809	rs7303092	G	A	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=136;PP=2965;SC=CACATCTTCCGGGGCTGGGGC;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=102;TCR=137;TR=238;WE=125562817;WS=125562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	125562966	rs4765025	T	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GACATGGTCATGGCAGAGTAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=125562974;WS=125562956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	125587706	rs7138557	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=0.063;SC=CTGGATCTTCTACTTGGGGTC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=14;WE=125587714;WS=125587696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	125591844	rs2297478	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1367;ReadPosRankSum=0.394;SC=TCTGCAGGGCCTCCTGTTGTC;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=84;WE=125591852;WS=125591834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,85:0.75:114
chr12	125619308	rs2291248	C	T	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TCCAGAGCTGCGGTGTGGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=142;WE=125619316;WS=125619298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,147:0.68:216
chr12	125621419	rs41473449	A	G	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=92;PP=2512;ReadPosRankSum=1.238;SC=CGGTATGGCCATCTCCCGCCA;SOR=0.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=105;TCR=129;TR=169;WE=125621427;WS=125621409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,176:0.72:243
chr12	125811056	rs550677	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr12	125834395	rs3803155	T	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,147:0.26:569
chr12	126003890	rs964997	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=540;SC=TCATTCTTTTGGTTGACAAAT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=126003898;WS=126003880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	126003934	rs964998	T	C	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=25;PP=1605;SC=TCTTGACATTTTGCTGAGTCT;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=126003942;WS=126003924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	126068417	rs6489006	T	C	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=8;PP=2076;SC=TTTTGAACACTGCCATTCTCA;SOR=4.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=74;TCR=8;TR=81;WE=126068425;WS=126068407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	127229327	rs10773323	T	A	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=27;PP=2362;SC=AAAGGAAGAATCAACACTTTC;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=127229335;WS=127229317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	128108780	rs3803151	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.24;QD=28.43;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	128900005	rs1683723	G	A	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=143;PP=2965;SC=GATCGGCACCGTCGGCCTTTA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=151;TCR=143;TR=294;WE=128900028;WS=128899995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr12	129181625	rs902058	A	G	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=113;SC=ATGGGCCAGCATATAGAGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=129181633;WS=129181615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	129181701	rs902059	A	G	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=17;PP=1402;SC=AAGAAATATTACTGGTAAAGG;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=129181714;WS=129181691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	129181810	rs885546	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,44:0.25:178
chr12	129181834	rs902060	A	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=89;PP=2965;SC=ATGACAAAGTATCGGTGACAG;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=89;TCR=89;TR=178;WE=129181842;WS=129181824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	129189591	rs4533104	A	G	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=15;PP=1396;SC=TCTAAGGGAAAAGGCATCCCC;SOR=2.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=62;WE=129189599;WS=129189581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	129189850	rs7959567	C	T	6405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.447;SC=CCGAGGCCTGCCAGAAATCTA;SOR=0.792;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=331;TCF=177;TCR=154;TR=261;WE=129189858;WS=129189840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,271:0.79:343
chr12	129189941	rs12424159	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,77:0.22:356
chr12	129190021	rs11059841	A	G	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=150;NR=158;PP=2965;SC=GCACAGGCCAAGATGGGCACC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=150;TCR=158;TR=308;WE=129190029;WS=129190011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr12	129190474	rs3812792	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,108:0.25:428
chr12	129190717	rs55760351	C	T	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=2035;ReadPosRankSum=1.378;SC=ACGACAGCTGCCCCACGGTGA;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=132;WE=129190725;WS=129190707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,144:0.77:186
chr12	129278864	rs1059312	A	G	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,142:0.71:199
chr12	129283711	rs2291350	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr12	129293267	rs7311875	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=0.198;SC=GCGTGTGAGCACTATATTCTG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=6;WE=129293275;WS=129293257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	129293346	rs11059924	C	T	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=23;PP=1967;SC=CAGCAAAGGCCGAGCACATGA;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=129293354;WS=129293336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	129298468	rs10688448	C	CAATA	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=554;SC=AATTATTCCTCAATAAAGAGT;SOR=3.126;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=129298476;WS=129298458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	129298727	.	A	AGACCTGAGCGCCGTATGATG	1891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.306;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;MQRankSum=-0.406;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,84:0.94:89
chr12	129298759	.	C	T	1560	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=55.09;NF=65;NR=39;PP=1560;QD=15.3343385822;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=300;TCF=152;TCR=148;TR=104;WE=129298767;WS=129298749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:196,104:0.35:300
chr12	129298759	.	C	CGTATGATGGACCTGACCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAGCGCCGTATGATGGACCTGACCGCT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;QD=5.52;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,0:0:13
chr12	129298775	.	C	CCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAG	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;QD=4.09;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,0:0:32
chr12	129298819	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=55.45;NF=125;NR=109;PP=2962;QD=20;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=234;WE=129298827;WS=129298805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,234:0.73:320
chr12	129298819	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCCATATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT	6022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-1.083;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,205:0.90:228
chr12	129299675	rs2306683	C	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=57;PP=1704;SC=GGATGAAAACCATATACGGTC;SOR=2.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=129299683;WS=129299665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	129338293	rs10847702	A	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=164;SC=GGCCCCCTCCAGCCGCGCCGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=129338301;WS=129338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	129348899	rs715804	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=243;SC=AGAGGGCCCCGGAAATCCAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=129348907;WS=129348889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	129360331	rs12818190	G	A	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=159;SC=GGCAACATGAGTGAAACTCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=129360339;WS=129360321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	129360498	rs482401	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GCGTTTTGAAGGATGCCTTTG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=90;WE=129360506;WS=129360488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr12	129383717	rs66757130	GTTTC	G	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=297;SC=CCAAAGAGCTGTTTCATAGTT;SOR=3.611;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=129383731;WS=129383707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	129383723	rs188637203	T	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=235;SC=AGCTGTTTCATAGTTCTTTTA;SOR=2.985;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=129383731;WS=129383707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	129410738	rs141839609	CAAT	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=83;SC=GACTCTGTCTCAATAATAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=129410748;WS=129410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	129410789	rs12425716	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.522;NF=14;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=0.509;SC=ATAAGAGTAGGAGAAGCTGGC;SOR=1.888;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=15;WE=129410797;WS=129410779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr12	129411117	rs11609238	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=900;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CGTGAGCAGAACTGTTTCTAG;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=39;WE=129411125;WS=129411107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr12	129432149	rs470655	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=116;SC=TGGAGTTCAAAAGTACTTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=129432157;WS=129432139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	129566284	.	ATT	A	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.836;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.446;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	129822051	rs11060257	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=455;ReadPosRankSum=0.948;SC=AACTTTGTGGTTTCGTTTCTC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=21;WE=129822059;WS=129822041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr12	130521184	.	G	A	80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=15;MQ=54.23;NF=4;NR=0;PP=80;QD=28.6928031368;SC=GCAGTGAGCCGAGGTCATGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=130521192;WS=130521174;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr12	130521234	rs34472041	C	CAAA	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.95;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	130521306	rs600949	G	C	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=40;PP=2406;SC=TGCAAACAAAGAGTGAGAAAC;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=85;TCR=40;TR=124;WE=130521314;WS=130521296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	130838987	rs2173082	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=29;PP=1944;SC=TTGGCATCAGCTCTTTATTTT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=99;WE=130838995;WS=130838977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	130839645	rs1874521	A	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=748;SC=GGCAGAAAGTAACTTTCTCCT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=130839653;WS=130839635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	130847389	rs2242363	A	G	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=61;PP=2415;SC=AAGGTTAGTCACCTGTGGGGT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=128;WE=130847397;WS=130847379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	130916685	rs7966010	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=668;SC=GGGTTTGTAATCTGAGCAGAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=130916693;WS=130916675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	130926715	rs138793493	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,69:0.22:316
chr12	130929546	rs10848102	C	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=622;SC=TCAAAGAGGGCAAACCTGGTA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=130929554;WS=130929536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	130929599	rs7952756	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=16;PP=1078;SC=CTGGGTGGCCAGGAGTATGTT;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=130929607;WS=130929589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	130935710	rs2398519	C	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=63;PP=2965;SC=GCACAGGCAGCCCCGGCAGCC;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=168;WE=130935718;WS=130935700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	131276448	rs4759786	G	T	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=101;PP=2965;SC=ATGGTTGCTAGGACAATGTTG;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=185;WE=131276456;WS=131276438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	131280714	rs10848205	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=587;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TAATTTCATATTGCCACATTA;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=33;TCR=111;TR=41;WE=131280722;WS=131280704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,46:0.30:152
chr12	131280752	rs34749116	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=769;ReadPosRankSum=0.990;SC=AAAATAAAACGACCTGGCCAG;SOR=3.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=34;WE=131280760;WS=131280742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr12	131285663	rs1881060	T	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=29;PP=1779;SC=ACATGACTGATATCTCTCTTG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=131285671;WS=131285653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	131296880	rs7961690	G	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-1.852;SC=TGCCTGGGATGGGCTTCAGAA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=53;WE=131296888;WS=131296870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,58:0.85:68
chr12	131296908	rs9668291	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr12	131306314	rs17564	C	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=0.815;SC=TTTATCAATACTGTTTCTAAT;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=39;WE=131306322;WS=131306304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr12	131323708	rs10848214	T	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=27;PP=800;SC=CGGCCGGGCCTCGGGCTCTCC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=131323716;WS=131323698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	131356572	rs184546792	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.652;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,59:0.25:234
chr12	131356701	rs144406413	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-2.690;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,57:0.25:225
chr12	131356731	rs116897340	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,21:0.18:117
chr12	131358674	rs7135682	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GATTACAGACGTGAGCCACAT;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=11;WE=131358682;WS=131358664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr12	131358701	rs59236418	A	AT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr12	131359298	rs7958223	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.020;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr12	131360360	rs73461299	G	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,60:0.20:303
chr12	131438971	rs56090874	G	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr12	131439239	rs10848261	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=656;SC=TGAGCACCGCTCTCCCCCTGC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=131439247;WS=131439229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	131453378	rs7309920	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=1;PP=1155;SC=GGCTGGGGGATGTGAGGTCCG;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=131453386;WS=131453368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	131466562	rs4759534	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=47;PP=1441;SC=TGGAGCTGTATACGCGGGACA;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=69;WE=131466570;WS=131466552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	131471606	rs188982419	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,18:0.17:107
chr12	131471608	rs1547577	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=38;PP=1249;SC=ATTCCCACAGTACTCAGAATG;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=100;WE=131471616;WS=131471596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	131471883	rs201053759	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ATGTACTTCACTGCTGCCATT;SOR=0.119;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=16;WE=131471891;WS=131471873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr12	131476665	rs55788836	CAAA	C	470.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=21.335;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.68;SOR=5.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr12	131485014	rs4759821	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=580;SC=TGGTCGGTCATGGTGGCTCAT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=131485033;WS=131485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	131485025	rs4759822	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=535;SC=GGTGGCTCATACCTATAATCC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=131485033;WS=131485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	131488858	rs12311722	T	C	7417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=187;PP=2965;SC=GTGGCTGCGCTGGACTCCCTT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=92;TCR=187;TR=277;WE=131488866;WS=131488848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	131490413	rs7978321	A	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=15;PP=1572;SC=GAGGGTTCTTAGGAGTGAGGG;SOR=2.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=131490421;WS=131490403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	131498946	rs1212936	C	T	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=63;PP=1964;SC=CTGAGGAATGCTGGGTTGTCT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=90;WE=131498954;WS=131498936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	131498995	rs1195923	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=25;PP=705;SC=CCTTGGTGCCGGCCCGAACTG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=131499003;WS=131498985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	131555329	rs10744491	C	A	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=50;PP=2303;SC=GCTGATTGGACTGTGGAGTAC;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=128;WE=131555337;WS=131555319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	131569234	rs2293656	G	A	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=129;PP=2965;SC=CAGGGGTCGCGGGACCTGGGG;SOR=2.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=51;TCR=130;TR=180;WE=131569242;WS=131569224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	131603031	rs7295131	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,32:0.24:135
chr12	131620588	rs868158	A	G	6938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=110;PP=2965;SC=CCAGGTTGACAGCCAAGGCAG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=148;TCR=110;TR=258;WE=131620596;WS=131620578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	131620738	rs2280683	A	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=78;PP=2305;SC=GCGGGGAGGCAGGGCCGCCAG;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=109;WE=131620746;WS=131620728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	131622735	rs7302341	T	C	7111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CGAGCAGCTCTGCCCGCACCT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=423;TCF=188;TCR=235;TR=310;WE=131622743;WS=131622725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,321:0.73:440
chr12	131622833	rs2277337	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=822;ReadPosRankSum=1.134;SC=CAGGCTCGGTTGTCAGCAGGA;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=54;WE=131622841;WS=131622823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr12	131623850	rs35160436	A	AC	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.191;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr12	131687263	rs61937058	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,37:0.18:208
chr12	131687287	rs7486559	G	C	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=143;NR=110;PP=2965;SC=CCTCCTCCCCGCGACGTGACG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=143;TCR=111;TR=253;WE=131687295;WS=131687277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	131692116	rs11061381	T	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.90;QD=32.18;SOR=4.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	132209932	rs138640311	ATG	A	7184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=38;PP=2971;SC=TGACGTGAATATGTGTGTTTT;SOR=2.158;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=115;WE=132209941;WS=132209922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	132237848	rs1982528	T	C	7415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=151;PP=2965;SC=ACCACACCACTACCGCCCCCA;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=106;TCR=152;TR=257;WE=132237856;WS=132237838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	132241229	rs7136191	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=425;SC=ACATTCCACCATAAGTTGGCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=132241237;WS=132241219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	132269830	rs66665803	G	GA	6068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=125;PP=2974;SC=AAAGGTCTGGGAAAAAATCAA;SOR=2.141;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=5;TCR=136;TR=129;WE=132269838;WS=132269820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	132271113	rs7136643	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=24;PP=1328;SC=CTGGGGCCAGTAGGAAGCGGA;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=132271121;WS=132271103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	132283560	rs147985401	GCT	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=5.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.928;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.261;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,21:0.10:203
chr12	132283914	rs372117997	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,66:0.25:267
chr12	132313098	.	G	GGCTGCCGCT	1164.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=1217;SC=GGACTCTCGCGGCTGCCGCTG;SOR=1.220;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=132313106;WS=132313088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	132323082	rs7971187	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	132323089	rs7965611	C	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.62;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	132323294	rs4964884	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=24;PP=681;SC=GAGGTGGGTGTGTGGCCAGGG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=132323302;WS=132323284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	132325239	rs6598163	G	A	21158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=406;NR=349;PP=2965;SC=GGCGGGCAGCGCCGCCGACAT;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=756;TCF=406;TCR=350;TR=755;WE=132325247;WS=132325229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr12	132326051	rs4964929	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=648;SC=CCCTCTGGCGCAGCCGGCATC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=132326059;WS=132326041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	132326281	rs76305475	G	A	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=2035;ReadPosRankSum=1.036;SC=ACCAGGGCCCGGTGGGTGACC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=122;WE=132326289;WS=132326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,124:0.77:160
chr12	132395052	rs7295593	G	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-2.086;SC=AGCAGGCTTGGGATGGGGATG;SOR=1.675;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=11;WE=132395060;WS=132395043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr12	132396343	rs11615995	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GAGCGGAGCACAGGAAGAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=13;WE=132396351;WS=132396333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr12	132396603	rs11616018	C	T	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=113;PP=2965;SC=GTGACACAGACGACTTCGTCA;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=69;TCR=113;TR=182;WE=132396611;WS=132396593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	132398255	.	AC	A	249	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=7;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=55.81;NF=6;NR=12;PP=249;QD=14.7777777778;SC=CCCAAAAAAAACAAAAAAATG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=18;WE=132398264;WS=132398237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:32,18:0.36:50
chr12	132398256	rs4964880	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=-2.225;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr12	132399065	rs12303764	T	G	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=142;PP=2965;SC=GCTGGGGCCTTGTGTGGCAGG;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=61;TCR=142;TR=203;WE=132399073;WS=132399055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	132401050	rs61731334	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,101:0.24:417
chr12	132401642	rs7959651	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=29.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=2.118;QD=14.52;ReadPosRankSum=3.211;SOR=1.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr12	132401647	.	G	GTTGGGGGGAGC	2120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=17;MQ=53.39;NF=1;NR=30;PP=2120;QD=69.3870967742;SC=TGGGATGGGGGTCGGAGGCTG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=31;WE=132401656;WS=132401632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr12	132401663	rs7959661	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=19.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=3.683;QD=28.27;ReadPosRankSum=0.718;SOR=3.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr12	132402020	rs4964918	T	C	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.46;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	132402020	.	TTCCCCG	CTCCCCA,CTCCCCG	1339	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=24,78;NR=19,55;PP=459,1339;QD=11.9178575549;SC=CCAGCAGCCCTTCCCCGGTGG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=43,133;WE=132402034;WS=132402010;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:133
chr12	132402026	rs55770096	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
chr12	132403161	rs11609348	A	G	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=121;PP=2965;SC=CGACCCCATTACTGCGAACCT;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=237;WE=132403169;WS=132403151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	132403305	.	A	ATAGGGTGTGTGGGGTG	1188	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9992;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=19;MQ=55.84;NF=0;NR=5;PP=1188;QD=244.6;SC=TGTGTGGGGTATAGGGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=5;WE=132403313;WS=132403295;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,5:0.25:20
chr12	132403323	rs113517126	C	A	200.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	132403331	rs368488790	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-2.515;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr12	132403334	.	T	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,1:0.14:7
chr12	132404212	rs7299195	A	G	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=69;PP=2123;SC=GTGACAGGGTAACAGGGAGGC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=98;WE=132404220;WS=132404202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	132406275	rs7311029	A	C	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=28;PP=2965;ReadPosRankSum=1.069;SC=CTGCTTAGGGAAGGTCAGCAG;SOR=1.353;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=110;TCR=28;TR=137;WE=132406283;WS=132406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr12	132417451	rs113696185	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=0.155;SC=AAGAAAAGAGGTTGAATTGAC;SOR=0.356;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=43;WE=132417459;WS=132417441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr12	132425830	rs201541270	C	T	8380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.116;SC=GACCACCTCCCCCCTAGGACT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=444;TCF=261;TCR=183;TR=334;WE=132425838;WS=132425820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,357:0.76:468
chr12	132427909	rs7961398	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=545;SC=CTTTCCCTGCACAGGTTCCTG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=132427917;WS=132427899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	132508533	rs369407709	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.354;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=1.785;SC=TGACAAAAGCGCCTCACCATG;SOR=0.061;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=132508541;WS=132508523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	132512261	rs35569693	T	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=121;SC=GCCACAATCTTTTTTTGTATT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=132512269;WS=132512249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	132538097	rs199758676	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr12	132547093	.	A	ACAG,ACAGCAG	1101.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.353;NF=7;NR=14;PP=763;ReadPosRankSum=0.562;SC=AGCAGCAACAACAGCAGCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=21;WE=132547101;WS=132547083;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.72,0.16:50
chr12	132562126	rs73164912	G	A	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1877;ReadPosRankSum=-1.448;SC=CCAGGTGCCCGCCAGCTCCGA;SOR=0.492;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=117;WE=132562134;WS=132562116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,124:0.77:161
chr12	132589649	rs34521142	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.305;NF=25;NR=1;PP=569;ReadPosRankSum=0.027;SC=GGACTATCATCACCAGGAGAT;SOR=2.376;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=26;WE=132589657;WS=132589639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	132598995	rs7136649	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=783;ReadPosRankSum=-0.015;SC=ATTTTTGTCTCCTAATAGCAA;SOR=0.787;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=45;WE=132599003;WS=132598985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr12	132624396	.	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,120:0.24:510
chr12	132625105	rs9788169	G	A	5734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGAAGGCTGCGGCCAAGTGAT;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=157;TCR=153;TR=235;WE=132625113;WS=132625095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,244:0.76:321
chr12	132625643	rs57037358	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CCTCATGCTACGCACTGTAGA;SOR=2.200;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=18;WE=132625651;WS=132625633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	132626191	rs1133694	C	T	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=87;PP=2354;ReadPosRankSum=-1.524;SC=GAAGCTTTCTCAAGGGCTTCC;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=193;TCF=81;TCR=112;TR=154;WE=132626199;WS=132626181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,166:0.80:207
chr12	132626425	rs60927391	G	A	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CTGCTCCTTGGCCAGAGACTT;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=132;WE=132626433;WS=132626415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,137:0.76:180
chr12	132626668	rs1133690	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr12	132630822	rs10794454	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,94:0.25:371
chr12	132633458	.	GCTCAC	ACTCAC,ACTCCT	2950	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=18;MQ=59.25;NF=63,11;NR=56,5;PP=2950,452;QD=20;SC=CCGCCGCCTCGCTCACACCAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119,16;WE=132633471;WS=132633448;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:119
chr12	132635521	rs7397057	T	C	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=92;PP=2965;SC=TCTGTCTGTCTGCAGGGGGGG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=118;TCR=92;TR=210;WE=132635532;WS=132635511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	132635779	rs12818246	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,38:0.26:149
chr12	132635989	rs11246947	A	G	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=2479;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGTGGGGGCTAGCAGTCCGGG;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=116;WE=132635997;WS=132635979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,119:0.79:150
chr12	132636400	rs11246948	G	A	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=58;PP=1481;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGGGCCTCCCGAGCCATCCTT;SOR=0.856;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=73;WE=132636408;WS=132636390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,77:0.75:103
chr12	132682481	rs12308155	T	G	8599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.28;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,215:0.76:284
chr12	132682484	rs12306514	A	G	8651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.46;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,215:0.76:284
chr12	132683632	rs4074045	A	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=394;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AGCAGGCTGGACCCGTGCCTC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=20;WE=132683640;WS=132683622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	132683690	rs4074046	G	A	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=12;PP=1441;ReadPosRankSum=1.168;SC=CCCCTTGGGAGCTGCATGGGT;SOR=1.251;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=88;TCR=20;TR=77;WE=132683698;WS=132683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,83:0.73:113
chr12	132683862	rs6598205	G	A	4555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.429;SC=CCGAGGGTGCGGCCCCAGGGA;SOR=0.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=102;TCR=154;TR=192;WE=132683870;WS=132683852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,193:0.74:261
chr12	132683961	rs6598206	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=530;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCGGGTGGGCTGCCTGGGAAG;SOR=2.432;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=32;WE=132683969;WS=132683951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr12	132685566	rs7953158	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=554;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GCTACCTCTCCGTGTGCATGT;SOR=3.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=25;WE=132685574;WS=132685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	132685826	rs11246988	T	C	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.745;SC=CAGAAGTAGGTGAGAGGGTAC;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=83;TCR=147;TR=173;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,176:0.73:240
chr12	132685837	rs10794457	A	G	6054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.176;SC=GAGAGGGTACATGGGTGTCAC;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=203;TCF=65;TCR=138;TR=150;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,151:0.71:212
chr12	132685899	rs11246989	G	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=973;ReadPosRankSum=1.588;SC=GGGACCAAGTGCCCTCACAGG;SOR=0.929;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=46;WE=132685907;WS=132685889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr12	132685940	rs61329617	A	AGGCCCCATCC	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=28.18;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr12	132685953	rs59310537	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	132685958	rs35906641	A	ACC	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-0.000;QD=24.77;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	132688137	rs7486927	A	G	8041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=0.875;SC=TGCGCTTGGCATAGTAGTCAA;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=479;TCF=228;TCR=251;TR=351;WE=132688145;WS=132688127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,356:0.73:486
chr12	132688279	rs10902510	A	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=1072;ReadPosRankSum=0.728;SC=TCCCAACGGAAGCGGGCAGCC;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=54;WE=132688287;WS=132688269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr12	132839265	rs28431148	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.782;NF=4;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GGGACCCCGGAAGCCATAGCT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=21;WE=132839273;WS=132839255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr12	132852957	rs28561974	C	A	11975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGCTCGCCGCCTATCTCCACG;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=693;TCF=390;TCR=303;TR=517;WE=132852965;WS=132852947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,526:0.75:699
chr12	132911861	rs28672358	G	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=0.926;SC=GTGTGTGCCTGTGTGTGTGCC;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=13;WE=132911869;WS=132911851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	132911948	rs28722154	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TGTACATATATGTGCATGTGT;SOR=0.718;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=28;WE=132911956;WS=132911938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr12	132912031	rs28420217	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GCATGCATGCATGTGCATTGT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=18;WE=132912039;WS=132912021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	132912181	rs71453143	CGTGT	C	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.364;NF=8;NR=4;PP=505;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TGTGTGTGTGCGTGTGTGCCT;SOR=1.140;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=12;WE=132912192;WS=132912171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr12	133031898	rs10870487	A	G	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=32;PP=1656;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CAGTAGCTCCAACCTCACAGC;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=106;WE=133031906;WS=133031888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,106:0.78:136
chr12	133032047	.	T	TGTGTGCATGTTGAC	5954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.008;NF=9;NR=54;PP=2971;ReadPosRankSum=0.244;SC=TGTGGACATATGTGTGTGCAT;SOR=0.951;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=13;TCR=100;TR=63;WE=133032055;WS=133032037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,148:0.77:192
chr12	133032110	rs9706362	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=45;PP=817;ReadPosRankSum=0.456;SC=CTTGTGTGTGTGTGCATGTGT;SOR=1.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=48;WE=133032118;WS=133032100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr12	133067343	.	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=606;SC=CGCGCCCCGCACCGCGCGTCC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=133067351;WS=133067333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	133067473	rs28435470	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.553;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,27:0.21:126
chr12	133084973	rs61952075	G	A	420.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-1.575;SC=GCTCTGCGGCGGGTCAGTGCT;SOR=1.387;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=13;WE=133084981;WS=133084963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr12	133102462	rs4883569	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.769;SOR=2.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr12	133104406	rs7135930	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.037;SC=GTGGATCTGCGGGGCAGGGCT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=6;WE=133104414;WS=133104396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr12	133104461	rs4883566	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=0.023;SC=TGAGGGCTGCAGGGCAGCTGT;SOR=0.213;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=27;WE=133104469;WS=133104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr12	133104735	rs4883565	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.700;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,25:0.24:105
chr12	133146416	rs7312710	A	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GCCCAGACATAGCCTGGGCAC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=57;WE=133146424;WS=133146406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,58:0.81:72
chr12	133146457	rs3751316	G	A	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=1752;ReadPosRankSum=0.819;SC=CTGGGCCACAGGAGGGGCAGG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=113;WE=133146465;WS=133146447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,125:0.79:159
chr12	133153281	rs10870473	A	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=42;NR=4;PP=1135;SC=TGCTCCCCTTACTGGACTGGC;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=133153289;WS=133153271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	133158177	rs11146956	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.769;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr12	133158632	rs3751304	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1089;SC=TCATGCTCCCCGGCCTCTGCC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=133158640;WS=133158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	133159004	rs7308900	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=10.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=1.866;SOR=4.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	133159733	rs11550079	C	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=24;PP=1201;SC=AAGGAGGAGGCCGCCAAGATG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=133159741;WS=133159723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	133160468	rs1133733	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GGGCGGCGCCGCCTCTCCACC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=133160476;WS=133160458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	133181399	rs11146963	T	C	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.164;SC=TCGTGTCTCCTGCATGGCTCC;SOR=0.110;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=241;WE=133181407;WS=133181389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr12	133181425	rs11146964	A	G	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=131;NR=126;PP=2965;SC=GCCCTGAAACACCACTCACCA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=257;WE=133181433;WS=133181415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	133182783	.	CCAG	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.679;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,17:0.12:137
chr12	133182818	rs12819734	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,34:0.26:131
chr12	133195367	rs7314492	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=0;PP=1051;SC=CCCTCAGCCCTGCAGCGCCTT;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=36;WE=133195375;WS=133195357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	133195414	.	C	T	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=26;PP=1685;SC=TGGCCGCCGCCCAGCCCAAGT;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=133195422;WS=133195404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	133195579	rs200710959	CGCGGGGCGCGGGGT	C	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=19;PP=2976;SC=TCGTGTGGTGCGCGGGGCGCG;SOR=2.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=19;WE=133195600;WS=133195569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	133195625	rs11146976	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.99;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	133196596	rs7964634	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=29;PP=1062;SC=GCCTGAGGACTGGGCGCTGTG;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=133196604;WS=133196586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	133196733	rs7955816	C	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=12;PP=820;SC=ATCCTTTTCCCCTGACCAGAG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=133196741;WS=133196723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	133196773	rs7964872	T	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=12;PP=1338;SC=AGTGACAAGATCTGGGGAGGG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=133196781;WS=133196763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	133197018	rs6560891	G	A	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=CTCGCCTCCTGCCGCCTCCTC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=238;WE=133197026;WS=133197008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	133197494	.	TG	CC	1048	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=30;MQ=53.11;NF=20;NR=0;PP=1048;QD=55.0733937431;SC=CGTGTGCCCTTGTGACCCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=20;WE=133197515;WS=133197484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,20:0.54:37
chr12	133197507	.	C	T	348	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=29;MQ=54.43;NF=16;NR=0;PP=348;QD=23.9232007842;SC=GACCCCCTTCCCTGGCCTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=16;WE=133197515;WS=133197484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:28,16:0.36:44
chr12	133198021	rs4883632	C	T	12501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=216;NR=219;PP=2965;SC=CCCCATCAGACGCCGTCAGAC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=436;TCF=217;TCR=219;TR=435;WE=133198029;WS=133198011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr12	133201440	.	GAGGAGGCCA	G	2979	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.07;NF=16;NR=81;PP=2979;QD=20;SC=TCCACTCAGAGAGGAGGCCAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=18;TCR=95;TR=97;WE=133201460;WS=133201430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,97:0.86:113
chr12	133201441	rs199947622	AGGAG	A	9239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=43.38;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	133201447	rs375041812	CCAAGG	C	9238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=43.37;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	133201452	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.11;NF=79;NR=80;PP=2965;QD=20;SC=GGAGGCCAAGGAGGCCAGGCT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=159;WE=133201460;WS=133201430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,159:0.92:173
chr12	133201489	.	AC	A	1645	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=154;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=15;NR=51;PP=1645;QD=25.6671348465;SC=GGGAGAGCCCACCTGGGTGTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=66;WE=133201497;WS=133201479;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr12	133201618	rs144237037	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=39;PP=1123;SC=CAGCCCTCCCGCGCTGGCCAG;SOR=1.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=133201626;WS=133201608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	133201947	rs4883544	T	C	7661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=121;PP=2965;SC=GGCCGAGCTGTGCAACTCCCT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=152;TCR=121;TR=273;WE=133201955;WS=133201937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	133208979	rs5745022	T	C	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=21;PP=1136;SC=GAAACATCTCTGAGAGCTCAG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=133208987;WS=133208969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	133210985	rs5745005	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=494;SC=TGAGACAACGCGGCTGTGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=133210993;WS=133210975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	133212382	rs5744993	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=335;SC=TGCTGCTCACGGCCAGGCCCG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=133212390;WS=133212372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133212582	rs5744990	G	A	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=108;PP=2965;SC=GAAATTGTCAGAGAATGGAAG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=100;TCR=108;TR=208;WE=133212590;WS=133212572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	133212692	rs4883625	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=36;PP=905;SC=TGTATCTATCTGTACCCTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=133212700;WS=133212682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	133214522	rs5744974	G	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=814;SC=CCCAGGAGGAGAGCTGGCACC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=133214530;WS=133214512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	133214768	rs5744970	A	G	5195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=110;PP=2965;SC=CGCCACAGTCATGGAGAGCCA;SOR=1.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=62;TCR=111;TR=172;WE=133214776;WS=133214758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	133220321	rs4883614	T	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=519;SC=ACGAGTCCACTGTCGCTGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=133220329;WS=133220317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	133220418	rs5744936	G	A	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=32;PP=2063;SC=TGGCTGGGGAGTCACCTGAGT;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=133220426;WS=133220408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	133220652	rs5744932	A	AG	2454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=1790;SC=TCGGAGTCCTAGACTTCTGGT;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=39;WE=133220660;WS=133220642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	133220670	rs10870483	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=29;PP=764;SC=GGTGCCCCTAGCGACGGGGTA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=133220678;WS=133220660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	133226159	rs4883613	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=529;SC=ATGCCCGCCATGACTTTCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=133226167;WS=133226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	133233705	rs5744889	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=845;SC=AGCCCAGCCTTGGGGCCCCAC;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=133233713;WS=133233695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	133241144	rs5744832	C	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=870;SC=AGGAGAGATGCGACAGGGACA;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=133241152;WS=133241134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	133242016	rs5744822	C	T	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=100;PP=2965;SC=CCACGGCCGCCGAGAGCTTCT;SOR=1.205;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=168;WE=133242024;WS=133242006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	133242192	rs5744819	G	A	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=231;SC=CTCCTAGACTGGCCAACTGTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=133242200;WS=133242182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	133250017	rs5744776	C	A	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=48;PP=2105;SC=GGAGACACAGCCTGCTGGGTG;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=120;WE=133250025;WS=133250007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	133252556	rs4883545	T	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=14;PP=636;SC=AAGACGGTCATACCCTGAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=133252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	133252796	rs4077170	C	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=2128;SC=TAGCCCTAGCCAAGTTCATTA;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=113;WE=133252804;WS=133252786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	133253310	rs5744757	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=484;SC=ACCCACCCCCAGCCTGCTCTA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=133253318;WS=133253300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	133253995	rs5744751	G	A	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=134;PP=2965;SC=TACCGGAAAAGCATTTCCTCG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=133;TCR=135;TR=267;WE=133254003;WS=133253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr12	133254083	rs5744750	T	C	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=82;PP=2965;SC=AAGTCTATTCTTCTGTGGATT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=146;WE=133254091;WS=133254073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	133257887	rs5744733	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=51;PP=1543;SC=AAGGGAACCCCGTGCTTAATT;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=133257895;WS=133257877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	133263743	rs111877885	A	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=342;SC=GGCTGCGGGAACCGGGCCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=133263751;WS=133263733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	133264332	rs11538534	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=8;PP=276;SC=CGCCCAGTACCTGCTCTTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=133264340;WS=133264322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	133267164	rs34659814	CT	C	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=17.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	133272380	rs10781627	G	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=471;SC=GGAAGCAGGGGTTAGGACCTG;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=133272388;WS=133272370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	133272470	rs74727297	G	T	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=37;PP=1828;SC=GGGGCCTCAGGTTCTTCTTCA;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=107;WE=133272478;WS=133272460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	133277983	rs7958567	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=24;PP=805;SC=CAGCCTCTGCTAACATTACTT;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=133277991;WS=133277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	133279107	rs117965866	C	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=85;PP=2930;ReadPosRankSum=1.507;SC=CAGGAGGAGGCCTGGCAGAGC;SOR=0.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=164;WE=133279115;WS=133279097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr12	133281462	rs10007	G	A	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=81;PP=2433;ReadPosRankSum=1.797;SC=AAAGGCAGTCGCTGCCTTCAG;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=131;WE=133281484;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr12	133281476	rs7979132	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=75;PP=2404;SC=CCTTCAGGTGGTGCTGCCCCA;SOR=1.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=125;WE=133281484;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	133287459	rs7486453	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=49;SC=CGGGAGCAAGCGGCATGGCGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=133287467;WS=133287449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	133287721	rs7973452	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=21;PP=548;SC=GTTGGGATCGAGATCGGGACC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=133287729;WS=133287711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	133294333	rs61978651	C	T	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.419;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr12	133295161	.	G	GT	686	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=25;MQ=51.78;NF=21;NR=0;PP=686;QD=34.1428571429;SC=CTGGGTGGGGGGTCCTGGGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=21;WE=133295169;WS=133295151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr12	133297103	rs10781631	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=376;SC=CCGTGTTAGCTGGGATGGTCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=133297111;WS=133297096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	133297182	rs10870498	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=17;PP=1322;SC=GTGAGCCACCATGCCCGGCCT;SOR=2.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=133297190;WS=133297172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	133297240	rs368555916	TTC	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=5.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,16:0.11:147
chr12	133303973	rs77646743	C	G	11637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=223;NR=190;PP=2965;SC=GCTGTGAGGGCCACTGAGATC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=223;TCR=190;TR=413;WE=133303981;WS=133303963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr12	133304891	rs10870499	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=440;SC=TCTCGGCTCATCGCAAGCTCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=133304899;WS=133304881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133306710	rs78905764	C	T	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=52;PP=2453;SC=GCCTCCTGCTCCAAGGGGAAG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=113;WE=133306718;WS=133306700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	133310659	rs372085055	TA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=-0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	133311888	rs10781636	C	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	133311944	rs10747081	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=29;PP=1003;SC=TTAATCAAAATGCAACCAACT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=133311952;WS=133311934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	133312191	rs10781637	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=192;SC=AGTAGCTGCCTGTCTCCGCAC;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=133312199;WS=133312181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	133313372	rs7313956	C	A	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=28;PP=1672;SC=TGGGGCTCCACAGGACATGGT;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=133313380;WS=133313362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	133319691	rs80094802	A	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=271;SC=AAATTTATATATTTCCATTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=133319699;WS=133319681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	133319934	rs200666063	T	TACTC	3645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=58;PP=2988;SC=TGAAAATACATATTCATTCAT;SOR=1.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=62;WE=133319942;WS=133319924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	133319967	rs74731892	T	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=41;PP=1158;SC=TTATTTATTTTGAGACGGAGT;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=133319975;WS=133319957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	133324693	rs4075751	A	G	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=131;PP=2965;SC=CCGGGACCGCACACCTGCCCG;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=126;TCR=131;TR=257;WE=133324701;WS=133324683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	133327470	rs7304425	A	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=9;PP=223;SC=AAATCAGAGAAGAGTGACTGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=133327478;WS=133327460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	133331364	rs34152718	G	A	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=TGTCACTAGGGGGCACCGAGC;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=189;WE=133331372;WS=133331354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	133349620	rs3741483	C	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=22;PP=1215;SC=AAACATCGACCACACAATCAA;SOR=1.457;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=133349628;WS=133349610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	133349893	rs3741484	A	G	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	133353168	.	C	T	270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=57.47;NF=7;NR=1;PP=270;QD=38.0964015684;SC=GCCCCTCCAGCTCCTTCCTCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=133353176;WS=133353166;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	133354470	rs900444	T	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=111;PP=2965;SC=AGGGGGTGAATGCACTCCCGG;SOR=1.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=176;WE=133354478;WS=133354460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	133360530	rs11147073	T	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=530;SC=TCTGTAACCATTCCACCAAAG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=133360538;WS=133360520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	133363376	rs7976379	G	T	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=69;PP=2197;SC=TGCAACGACTGTGGAAGGGAA;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=115;WE=133363384;WS=133363366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	133365497	rs968522	A	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	133372395	rs4758905	A	C	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=51;PP=2965;SC=CATTCCTGCAAGGAGGGTTCT;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=118;TCR=51;TR=169;WE=133372403;WS=133372385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	133373375	rs2242292	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=866;SC=AGAAACCCACCGCCCTGGCAT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=133373383;WS=133373365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	133374905	rs77330849	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=8;PP=1116;SC=TAAGCTTCCACGGCCCCGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=133374913;WS=133374895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	133378465	rs145501010	G	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=78;PP=2527;SC=CGCCTGCGACGCCTTCAGCTT;SOR=1.155;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=139;WE=133378473;WS=133378455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	133378610	rs75002364	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=374;SC=GGGGGAGTCCGCAGCTCCGCG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=133378618;WS=133378600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	133383923	rs10781653	T	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=37;PP=1265;SC=CCTCATTTTCTTTCACACTCC;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=133383931;WS=133383913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	133384864	rs3741486	G	A	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=110;PP=2965;SC=ATCGGGAGCCGGGACATTTCC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=120;TCR=110;TR=230;WE=133384880;WS=133384854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	133393323	rs2291256	C	T	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=93;PP=2965;SC=TGGCGTTGGCCCGTTCTGACA;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=155;WE=133393331;WS=133393313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	133418069	rs1045979	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=31;PP=1755;SC=CCTTGACGTGCTTGTCTCTGT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=133418077;WS=133418059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	133418104	.	C	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=445;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CTCTCTTCACCTCCAGTGCTG;SOR=0.876;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=40;WE=133418112;WS=133418094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr12	133420533	rs150643970	CA	C	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.666;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.357;NF=21;NR=15;PP=443;ReadPosRankSum=0.674;SC=GAAACTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.616;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=36;WE=133420542;WS=133420523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr12	133423695	rs2306537	A	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=36;PP=1434;SC=TTCCATGTCAAACCTCTGGTT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=80;WE=133423703;WS=133423685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	133423866	rs10747087	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=193;SC=AGGGCTGCACGTTCACGGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=133423874;WS=133423856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133428131	rs2306540	C	T	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=90;PP=2965;SC=ACCCTAAGGCCAACACCGCTT;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=129;TCR=91;TR=219;WE=133428139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr12	133433173	rs2062163	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=36;PP=1649;SC=TGATTTTATTTCTGGCATCCA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=133433181;WS=133433163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	133435534	rs78083828	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=614;SC=GACAGAGTAACCTCAGCAGAT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=133435542;WS=133435524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	133435716	rs35011845	T	G	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=108;PP=2965;SC=CCATCTTGTCTGGCTTCCCAG;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=108;TCR=108;TR=216;WE=133435724;WS=133435706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	133439115	rs9943858	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=420;SC=ACTTGAGCCCGGGAGTTCGAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=133439123;WS=133439105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	133454390	.	ATT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr12	133682655	rs710945	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=73;PP=2965;SC=CTCGACATCAAAGAATTCACA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=155;WE=133682663;WS=133682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	133683261	rs905226	T	C	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=136;PP=2965;SC=AGAAAAACTATGAATGTATGG;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=43;TCR=136;TR=179;WE=133683269;WS=133683251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	133683280	rs905225	A	T	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=93;PP=2518;SC=GGAATTTTTTAAAAAGAAGTA;SOR=4.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=18;TCR=93;TR=111;WE=133683288;WS=133683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	133696743	rs144074942	G	GAAC	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=389;SC=AGTATTTACAGAAAATGTTAT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=133696762;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133696754	rs55957232	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=438;SC=AAAATGTTATATTAAAAAAAG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=133696762;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	133732624	rs3763151	C	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=17;PP=693;SC=GAGAGAAACCCTATGAATGTA;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=133732632;WS=133732614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	133761207	rs137892024	ATTTG	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	133767966	rs11147291	C	T	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=144;SC=GTTTTCAATACAATTTTTGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=133767974;WS=133767956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	133768273	rs10870589	G	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=684;SC=AAACTGGAGGGCTTCTATGAA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=133768281;WS=133768263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	133770306	rs7960924	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=5;PP=108;SC=AACTTCCATTCGGAAGATTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=133770314;WS=133770296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	133778684	rs7963812	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=306;SC=CTAGTATACCGCAATCATGTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=133778692;WS=133778674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	133778796	rs7975069	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=32;PP=1197;SC=CTGGGAAGTACGGCAAAAAGC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=133778804;WS=133778786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	19600475	rs9511168	C	A	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=24;PP=1378;SC=CTGGTCTTGTCGCATCTTCTC;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=19600483;WS=19600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	19601129	rs35887366	TA	T	2628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=56;PP=1363;SC=TCAACACCTGTAAAAAAAATA;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=58;WE=19601137;WS=19601119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	19601182	rs2039524	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=640;SC=TATTTGGCTTCTAGTAAAAAT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=19601190;WS=19601172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	19606506	rs12865916	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	19751544	rs2297224	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.977;NF=19;NR=13;PP=445;ReadPosRankSum=0.330;SC=GTTCCAGGGTCGTGTGGGTGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=32;WE=19751552;WS=19751534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr13	19752625	rs605109	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=788;ReadPosRankSum=1.436;SC=TACAAAGTACATGCTGTTCAA;SOR=0.986;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=41;WE=19752633;WS=19752615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr13	19752660	rs36215410	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=1.259;SC=ATGTTGTAGGTCAACAGTGGC;SOR=0.006;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=6;WE=19752668;WS=19752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr13	19756026	rs783595	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=382;SC=TTGGTCCGGACGTCCTGGGAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=19756034;WS=19756016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	19775652	rs66950030	CA	C	162.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.74;MQRankSum=-1.036;QD=16.25;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr13	19775755	rs115152530	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=36;PP=1677;SC=TTTTTTCTGGATAGCCAGGAA;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=88;WE=19775763;WS=19775745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	19775867	rs114445450	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=42.76;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	19775875	rs138429293	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.79;QD=43.95;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	19778557	rs61946465	T	C	739.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.43;MQRankSum=2.176;QD=19.99;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr13	19778601	rs141790008	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=12.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.61;MQRankSum=-4.776;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=2.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr13	19778703	.	A	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=14.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQRankSum=1.294;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=2.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr13	19778705	.	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=10.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.26;MQRankSum=1.044;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.604;SOR=2.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	19782646	rs9512066	G	A	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=129;NR=135;PP=2965;SC=TGCTCCACAGGGACCCATATC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=129;TCR=135;TR=264;WE=19782654;WS=19782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr13	19933372	rs4771142	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=48;PP=2564;SC=AGTTCTGAGCGAGGGAGAAAT;SOR=1.438;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=141;WE=19933380;WS=19933362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	19941233	rs3002090	C	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=27;PP=944;SC=CCTAGTGATCCTACTGAATTA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=19941241;WS=19941223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	19949155	rs34247662	T	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=506;SC=CAAATAAAAGTCATGTGCCCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=19949163;WS=19949145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	19949218	rs35633897	C	T	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.85;QD=44.54;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	19949227	rs34936230	C	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.11;QD=42.88;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	19949262	rs34280326	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=26;PP=1036;SC=GAGGTAAGGCGAGAAGATGCA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=19949270;WS=19949252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	19949287	rs34088473	G	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=28;PP=967;SC=GCCCGCTCTCGGCTTTCAAAG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=19949295;WS=19949277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	19962055	rs9512903	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=28;PP=863;SC=GTTTGTTCATGAAGATGAAGG;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=19962063;WS=19962045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	20000630	rs2497218	T	C	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=141;PP=2965;SC=TTAATTAATATTTTGTCTGTT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=119;TCR=141;TR=260;WE=20000638;WS=20000620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr13	20000702	rs4408395	G	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=63;PP=1879;SC=CCTAGATAACGATAACAAAAG;SOR=4.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=68;WE=20000710;WS=20000692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	20004762	rs7139692	T	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=64;PP=1586;SC=CTTAACATCATGGATTAAAAA;SOR=1.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=20004770;WS=20004752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	20004798	rs2497068	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=1049;SC=AAGCTAACAACGTATCAATAG;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=20004806;WS=20004788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	20012206	rs186171901	G	C	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CATCATAAGAGAAAGTTTGTA;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=106;TCR=66;TR=77;WE=20012214;WS=20012196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,81:0.45:181
chr13	20038584	rs7339103	A	G	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=85;PP=2965;SC=TTTGTCAGATAAAGACCCTTA;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=198;WE=20038592;WS=20038574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr13	20039289	rs2497079	A	T	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=8;PP=1727;SC=TATATTCTCAAGAATAAAGAA;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=70;WE=20039297;WS=20039279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	20041323	rs2497251	G	T	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=46.89;NF=11;NR=0;PP=211;SC=AATGCTAAAAGTAATGAAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=20041331;WS=20041313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	20041563	rs2492391	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=377;SC=CCACAAACTACTGACTCATCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=20041571;WS=20041553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	20066994	rs78472618	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQRankSum=-6.521;QD=0.28;ReadPosRankSum=-3.042;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,16:0.12:135
chr13	20067011	rs76437836	A	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQRankSum=-6.502;QD=1.24;ReadPosRankSum=-3.519;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,29:0.19:155
chr13	20067081	rs76668072	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-3.182;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,35:0.30:116
chr13	20233804	.	CA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr13	20240743	rs9508812	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=-1.539;SC=GACTGTGCCATAGTTAAGTCA;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=20;WE=20240751;WS=20240733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr13	20247171	rs4769866	A	G	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.20;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	20247226	rs10706287	CG	C	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=8.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.42;ReadPosRankSum=0.552;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr13	20247238	rs10531847	GTT	G	649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=11.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr13	20251752	rs2290811	T	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=307;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GACCATTACATATCTTCATTA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=15;WE=20251760;WS=20251742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr13	20251791	rs2290810	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=392;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCAGGAAGAATTGACTAGAAA;SOR=2.405;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=21;WE=20251799;WS=20251781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr13	20277413	rs75085951	T	C	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.690;NF=111;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.058;SC=ACACCACTCATTGGTGCTTGA;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=521;TCF=233;TCR=288;TR=247;WE=20277421;WS=20277403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,218:0.45:482
chr13	20325625	rs2340650	C	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.028;NF=22;NR=40;PP=961;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AACATTAAAACATACAGAAAT;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=62;WE=20325633;WS=20325615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr13	20356941	rs9508887	T	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=1.657;SC=CCTAGATTTATAGACAGTGTG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=26;WE=20356949;WS=20356931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr13	20398669	rs9508907	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=-2.060;SC=ATATAATCTGTGTTCTGCAGC;SOR=1.161;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=46;WE=20398677;WS=20398659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr13	20398742	rs9508908	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=611;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTATTGTTGACGTGCATTTCA;SOR=0.634;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=38;WE=20398750;WS=20398732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr13	20601004	rs7981272	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=AACAGCTTTTTATTTTATATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20601012;WS=20600994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	20608354	rs11272380	T	TTTTCTTGAGGTG	1763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=2967;SC=TTCTTAAGCTTGTCGTCATAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=18;WE=20608362;WS=20608344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	20657188	rs9509028	T	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=40;PP=1150;SC=GTAACAGATTTCTATTTTTAT;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=20657196;WS=20657178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	20716411	rs11617415	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1015;ReadPosRankSum=0.150;SC=AAGCCTTGAGCGCCGGGGGCT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=105;TCR=65;TR=81;WE=20716422;WS=20716401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,85:0.47:179
chr13	20716533	rs968566	G	T	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=87;PP=2938;SC=AGGGCTAGCAGTTTGAAGTCC;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=147;WE=20716541;WS=20716523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	20762956	rs3751385	A	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=958;ReadPosRankSum=0.237;SC=GGGAAATGCTAGCGACTGAGC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=56;WE=20762964;WS=20762946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr13	20978664	rs3737036	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-1.492;SC=AGATCAAGGGTAAAGATTCCA;SOR=1.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=20978672;WS=20978654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	21005941	rs4578496	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-1.236;SC=AGTGGGCCACATAGGTTATTA;SOR=1.705;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=21005949;WS=21005931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr13	21005987	rs4614565	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=1.603;SC=AGGAGAGAAGCCTGTCATCGT;SOR=1.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=33;WE=21005995;WS=21005977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr13	21006475	rs7983215	T	C	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=111;PP=2965;SC=AAGGAGATGATCCTGGGTTTG;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=179;WE=21006483;WS=21006465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr13	21086599	rs7139733	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=423;ReadPosRankSum=0.892;SC=TTTCCAGGGCGTTCCTTATCT;SOR=0.557;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=28;WE=21086607;WS=21086589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr13	21099828	rs9315667	A	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=878;ReadPosRankSum=1.514;SC=GCCCCACGCGAGGGCACCACG;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=69;WE=21099836;WS=21099818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr13	21148408	rs4326897	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATAGTGAGCCGTGATTGTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=21148416;WS=21148398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr13	21156999	rs9509289	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=1.350;SC=CAATAGATGAGTTATAGAGGC;SOR=0.167;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=16;WE=21157007;WS=21156989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr13	21157257	rs35700311	GA	G	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=347;ReadPosRankSum=-1.419;SC=TAGTGTTAAAGATTATAACCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=21157265;WS=21157247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	21173826	rs2497475	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AGATTTATACGTGTAGTATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=21173834;WS=21173816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	21189941	rs2442455	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=0.146;SC=GGAAAGCCATGGCAGAAAAAT;SOR=0.549;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=30;WE=21189949;WS=21189931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr13	21205046	rs2497489	T	C	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.351;NF=56;NR=25;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCACCCCTTTTGTGCCCTTCC;SOR=1.010;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=174;TCF=115;TCR=59;TR=81;WE=21205054;WS=21205036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,89:0.48:186
chr13	21205124	rs35290473	TG	T	2207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.661;NF=13;NR=54;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.894;SC=CATATTACAGTGGTAGTAACC;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=157;TCF=34;TCR=123;TR=67;WE=21205132;WS=21205113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,112:0.42:265
chr13	21205140	rs1329519	A	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1293;ReadPosRankSum=-3.050;SC=TAACCTTCAGATATTCCATTT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=103;TCR=115;TR=92;WE=21205148;WS=21205130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,101:0.42:238
chr13	21205192	rs9509307	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=688;ReadPosRankSum=0.515;SC=AAAAAGGACAGTAGAGTGAAA;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=44;WE=21205200;WS=21205182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,48:0.35:136
chr13	21212739	rs34800529	C	CT	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=200;SC=TTAAAGAGCTCTAACACATTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=21212747;WS=21212729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	21237413	rs17055251	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=3.021;SC=TTCTGGCAGCGTGAGGACAGG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=21237421;WS=21237403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr13	21358061	rs17318617	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=661;ReadPosRankSum=0.842;SC=TATTCAGCCTATTGAAGAGAT;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=39;WE=21358069;WS=21358051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr13	21361513	rs4146442	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=716;ReadPosRankSum=0.878;SC=ATGGTTTCCTTGCCCCCGAAA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=39;WE=21361521;WS=21361503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr13	21416945	rs2762995	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=757;SC=TATGTTTTATGAAAGCTGCAG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=21416953;WS=21416935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	21442945	rs9509410	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTTTTGGGGGGCAAGAGGAAC;SOR=0.425;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=21442953;WS=21442935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	21476997	rs7326480	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=31;PP=913;SC=CGCTGTCGACACCGGCGTCGC;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=21477005;WS=21476987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	21555544	rs870846	CT	GA	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr13	21555554	rs870848	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=9.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr13	21562832	rs2770928	C	T	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=69;PP=2689;SC=GAGGTGCTGCCCAATTCATAC;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=148;WE=21562840;WS=21562822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	21562948	rs558614	G	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=39;PP=1613;SC=CTGGTGGGCCGCGGGACCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=21562956;WS=21562938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	21620085	rs7317471	T	C	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=106;PP=2965;SC=TGGATGGCTGTTTTAACCCCT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=219;WE=21620093;WS=21620075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	21729064	rs9552370	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=1.313;SC=AACACTAATAATCCTTAAAGA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=12;WE=21729072;WS=21729054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	21729252	rs11147976	T	C	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=8.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,100:0.38:263
chr13	21729267	rs11147977	G	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=10.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,88:0.40:221
chr13	21729290	.	C	CAGTTTTCTTTGTTGCTGACATCTCGGATGTTCTGTCCATGTTTAAGGAACCTT	1493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.545;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-2.575;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,44:0.30:146
chr13	21732094	rs4770121	C	T	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=53;PP=2965;SC=TAGTTACTTCCGGAGGTGTAG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=136;WE=21732102;WS=21732084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	21736133	rs4561294	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=585;SC=CTTTATGGTACAGAAGTCCCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=21736141;WS=21736123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	21742311	rs61950353	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=59;PP=2202;ReadPosRankSum=1.217;SC=GTTACAATTACGGGCTCTTCC;SOR=0.852;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=385;TCF=223;TCR=162;TR=153;WE=21742319;WS=21742301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,160:0.40:397
chr13	21746453	rs2026600	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=143;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=534;SC=CTAAAACAAATGCTATAAAAT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=21746461;WS=21746443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	21746600	rs151272242	TG	T	818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AATGCCTTCTTGATTTTCCAA;SOR=0.742;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=11;WE=21746608;WS=21746590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr13	21750538	rs61950356	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=7.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr13	21751005	rs9550717	G	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=35;PP=2640;SC=CTCCAGGTCCGGCCGCGCCAG;SOR=2.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=101;TCR=35;TR=136;WE=21751013;WS=21750995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	21949267	rs3759473	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr13	21951016	rs9509669	A	G	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=84;SC=TTTTAAAAGGAAGAATCTTAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=21951024;WS=21951006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	21952990	rs4770149	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAATACAAAATAGGCTTATGG;SOR=0.132;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=21952998;WS=21952980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	21974399	rs79578210	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTATAAAACTCTAACTTGTAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=21974407;WS=21974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	22033122	rs57438463	G	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=7;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GGCGGGTGTGGGGCGCAGAGG;SOR=0.634;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=148;TCR=13;TR=76;WE=22033130;WS=22033112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr13	22096611	rs1359190	T	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=326;SC=CATTATCATTTTGCAGATATA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=22096619;WS=22096601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	22096843	rs1200028	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=446;SC=TTAGAATATATAGAGACATTA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=22096851;WS=22096833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	22140911	rs66467009	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr13	22178308	rs2761924	G	A	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=150;SC=GCGCAGCTAGGCGGCGCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=22178316;WS=22178298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	22255167	rs3818460	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=-1.714;SC=CTGCCTTCTACCCTTTGTCTA;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=17;WE=22255175;WS=22255157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr13	22255301	rs2274296	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr13	22275394	rs9509841	A	G	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=66;PP=2460;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ATACGTACTCATCAAACCTAT;SOR=0.960;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=363;TCF=223;TCR=140;TR=182;WE=22275402;WS=22275384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,186:0.50:373
chr13	22275583	rs9509842	G	A	8755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=188;PP=2965;SC=GACAAAGACAGTTTCTTCACT;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=106;TCR=188;TR=294;WE=22275591;WS=22275573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=941;SC=AATCCCAGCACTTTTGGGAGG;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=25;WE=23251024;WS=23251006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	23253313	rs9506904	T	C	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=39;PP=2545;SC=GTGAGAAGACTATGCACGGTA;SOR=1.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=127;WE=23253321;WS=23253303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	23808623	rs143561165	C	CTATT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=427;SC=TTTAAATACACTAGGAGAAAT;SOR=3.442;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=23808631;WS=23808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	23808914	rs4769246	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=1.021;SC=TTAAGCACAAAAATTCAGTAC;SOR=1.702;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=15;WE=23808922;WS=23808904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr13	23824783	rs1800351	T	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1273;ReadPosRankSum=0.260;SC=CATCTCTGCTTCTACAATCAA;SOR=0.459;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=91;WE=23824791;WS=23824773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,96:0.45:214
chr13	23824818	rs17314986	G	A	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GTAAATGCGCGCAACTCAGAA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=133;TCR=104;TR=131;WE=23824826;WS=23824808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,140:0.56:249
chr13	23898454	rs9510700	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GGATTTGCTGCTGACCAGGGT;SOR=0.413;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=38;WE=23898462;WS=23898444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr13	23898489	rs9580603	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1083;ReadPosRankSum=2.283;SC=TCTTCGTCTCTCATCTTCTCC;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=70;WE=23898497;WS=23898479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr13	23898509	rs1800353	T	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=60;PP=2233;SC=CCAACCAGCTTGTGCTTGATG;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=143;WE=23898517;WS=23898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	23898664	rs1800354	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=926;SC=CAGGAGCACAACCACATCTGC;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=23898672;WS=23898654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	23905711	rs2737699	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=877;ReadPosRankSum=0.526;SC=GTCATTGCCAATGCTAACAGG;SOR=1.281;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=56;WE=23905719;WS=23905701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr13	23907677	rs2737701	C	T	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=74;PP=2965;SC=ATGATGATGACTGTGTCCATT;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=180;WE=23907685;WS=23907667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr13	23907909	rs17078605	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=655;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TGAAGTTTGGACCATATAATG;SOR=0.507;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=44;WE=23907917;WS=23907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr13	23909162	rs9552929	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=925;ReadPosRankSum=0.252;SC=TGTCCTTTACAACATGAATAG;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=65;WE=23909170;WS=23909152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr13	23911820	rs4143768	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=952;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CAATTTCTTGAATATTTGGAA;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=48;WE=23911828;WS=23911810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr13	23985391	rs17078720	T	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=968;ReadPosRankSum=0.199;SC=TCACTTCTCCTGGGATATTTG;SOR=0.359;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=76;WE=23985399;WS=23985381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr13	24164216	rs7333639	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr13	24164515	rs7318172	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=1.282;SC=GCTCTTTTGCTCAGGCTGGAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=24164523;WS=24164505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	24167505	rs9550987	T	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=962;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GACTTGTGAATCAGGAGACTG;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=68;WE=24167513;WS=24167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,76:0.44:171
chr13	24234369	rs3751366	G	T	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	24234375	rs3751365	A	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	24234517	rs3751364	A	G	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=68;PP=2522;SC=CTCTGCGGTCACAGGACATTC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=147;WE=24234525;WS=24234507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	24242801	rs7329483	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=13;PP=932;SC=CCCCATCAAAAACTTTAAGTT;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=24242809;WS=24242791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	24243200	rs3751363	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=66;PP=1727;SC=AGGAGAGTGGTGCTGTCATCC;SOR=1.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=24243219;WS=24243190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	24334215	rs11620036	T	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1747;ReadPosRankSum=-1.926;SC=ATGGGGACATTTTAGAACTTA;SOR=0.510;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=243;TCF=137;TCR=106;TR=123;WE=24334223;WS=24334205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,135:0.52:258
chr13	24410278	rs7982516	G	A	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=40;PP=2687;SC=TACTAACAGAGGGTGAGTTCT;SOR=1.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=132;WE=24410286;WS=24410268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	24410498	rs368642102	GA	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.056;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr13	24411772	rs7333040	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=49;PP=2096;SC=TCCATCATGCTAGGAGTTAGC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=24411780;WS=24411762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	24436230	rs1886972	C	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=84;SC=TAAAATATGTCGACTCCTCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=24436238;WS=24436220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	24465743	rs3864971	A	G	10860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=255;PP=2965;SC=GGTTGAATTCATTATACAGGA;SOR=1.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=211;TCR=255;TR=466;WE=24465751;WS=24465733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr13	24468711	rs3864973	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-2.299;QD=2.51;ReadPosRankSum=-2.258;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,46:0.21:218
chr13	24797786	rs9511156	G	A	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.073;SC=ATTCTCGTGAGGGACCCTGAA;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=606;TCF=309;TCR=297;TR=281;WE=24797806;WS=24797776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,295:0.47:622
chr13	24853011	rs9580911	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.887;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	24853015	rs9580912	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.703;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	24860240	rs9507300	A	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=168;SC=TGCCACCAGCATATCCAAGTG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=24860248;WS=24860235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	24868752	rs34017703	TA	T	2135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=1911;SC=AAACAGTGGCTAATGACGTAA;SOR=3.767;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=47;WE=24868760;WS=24868742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	24869025	rs7993660	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AAAGCACCCCACATGATCCCA;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=24869033;WS=24869015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr13	24869048	rs9553233	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=0.061;SC=CCACTCGCCCTTCCCGCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=12;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr13	24869062	rs9553234	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CGCACCTTTGATCTGGTGCAG;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr13	24890157	rs1974332	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.735;NF=52;NR=45;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.443;SC=GATCTGGTGGCTTCTGCTTGC;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=120;TCR=103;TR=97;WE=24890165;WS=24890147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,100:0.43:230
chr13	24890228	rs4275724	A	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQRankSum=-2.576;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr13	24895437	rs202198487	G	A	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQRankSum=-4.624;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,116:0.47:247
chr13	24895684	rs2862239	A	G	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.819;NF=136;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.712;SC=TTTTCTCCAGAAATGTTCAGG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=581;TCF=295;TCR=286;TR=265;WE=24895692;WS=24895674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,270:0.45:601
chr13	25000617	rs7571	C	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=18;PP=1290;SC=GAAATAGAAGCGTCATCCATT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=25000625;WS=25000607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	25005720	rs7996670	C	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.55;MQRankSum=-0.689;NF=4;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-1.269;SC=AACATATTTTCACTACTTGGG;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=25005728;WS=25005710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr13	25008588	rs1372085	A	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=14;PP=1223;SC=CCAGTGTTGTATGCACACTAT;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=57;WE=25008596;WS=25008578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	25008630	rs1822135	A	G	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=34;PP=1829;SC=CAGAAAGCACAGGATACTGTC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=25008638;WS=25008620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	25008903	rs9318536	G	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.71;QD=29.56;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	25009099	rs9511259	A	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=48;PP=1727;SC=CAATAGGGTGAAGAAGGTGGG;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=25009107;WS=25009089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	25009297	rs1050112	G	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=924;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCAGTCGGGGGAAGATAGGAA;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=72;WE=25009305;WS=25009287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr13	25009441	rs13428	C	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TTTTCCACACCTCCACGTTCC;SOR=1.845;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=10;WE=25009449;WS=25009431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr13	25009485	rs1050110	C	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=270;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TACACCTAAGCCATCCTCTTC;SOR=0.582;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=15;WE=25009493;WS=25009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr13	25009662	rs9581036	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.650;NF=1;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGAATAAAAAGAACAATCAA;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=25009670;WS=25009652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	25015967	rs61614647	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.935;NF=16;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=1.197;SC=TCAACTTATTCGGTAATCAGC;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=21;WE=25015975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr13	25016008	rs59195808	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.752;NF=15;NR=8;PP=234;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CTTCTTGGGGCTCCCCCTGCC;SOR=0.560;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=23;WE=25016016;WS=25015998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr13	25016092	rs55888616	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=7.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-9.832;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,25:0.20:122
chr13	25016142	rs56259964	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-9.346;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr13	25016163	rs56092924	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-7.514;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=2.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr13	25016230	rs9511267	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=341;SC=GAGCTTGTGCCGTGGGCCACA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=25016238;WS=25016220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	25016585	rs3816226	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=1.085;SC=GCTGGGACTCGTGGGGCCTGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr13	25016598	rs3816225	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=1.210;SC=GGGCCTGCTGACCTGTCTGCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	25016620	rs3816224	C	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=385;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCCACACTTCCCAGGCCCAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	25016632	rs3816223	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=4;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=413;ReadPosRankSum=-0.704;SC=AGGCCCAGGGTGTGGATGTCG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=17;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr13	25016677	rs3816222	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.297;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr13	25016687	rs4770683	C	T	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=42.87;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	25016707	rs73458979	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=-1.172;NF=28;NR=13;PP=642;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AATTTAACCTCGAATTACCAA;SOR=1.090;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=41;WE=25016715;WS=25016697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr13	25016870	rs3816221	C	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.120;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.744;NF=19;NR=33;PP=845;ReadPosRankSum=1.333;SC=ATTTCTATTTCGCTATGTCAG;SOR=0.150;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=52;WE=25016878;WS=25016860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr13	25016924	rs112553634	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.749;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TATTGAATTGCAGGTCCCATC;SOR=0.039;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=25016932;WS=25016914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr13	25016940	rs113302724	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.763;NF=0;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CCATCTAAATCGGTGGCTCAA;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=25016948;WS=25016930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr13	25020757	rs9511273	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=0.435;SC=GAGCATTATATATGGAAATAT;SOR=0.280;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=7;WE=25020765;WS=25020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr13	25020782	rs9318553	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TCATAACTTTCAAACAATGGG;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=14;WE=25020790;WS=25020772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr13	25020863	rs9318554	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=468;ReadPosRankSum=1.199;SC=ACCATTGTACGAAATTCTTTC;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=38;WE=25020871;WS=25020853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr13	25020910	rs9507346	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.479;NF=11;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=0.994;SC=CTGAAATGGGGAAAAAAATAA;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=27;WE=25020918;WS=25020900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr13	25021075	rs9805619	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.520;NF=18;NR=5;PP=442;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTGGTGAGAAGGGGAGGGAAG;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=23;WE=25021083;WS=25021065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr13	25021144	rs78060735	GTCT	G	1904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.485;NF=19;NR=17;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CAAACTCTGCGTCTTCTTACC;SOR=1.429;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=36;WE=25021154;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr13	25021200	rs9318558	A	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=81;PP=2962;SC=TCGATCATTGAGAAACAAGGA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=201;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr13	25021211	rs7333856	C	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.391;NF=48;NR=45;PP=1086;ReadPosRankSum=0.313;SC=GAAACAAGGACGGCACCTGGG;SOR=0.456;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=222;TCF=129;TCR=93;TR=93;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,91:0.43:214
chr13	25021245	rs7334587	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.819;NF=39;NR=42;PP=1035;ReadPosRankSum=0.542;SC=GGCCTCGGGCACATCTGGATT;SOR=0.656;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=227;TCF=121;TCR=106;TR=81;WE=25021253;WS=25021235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,81:0.37:218
chr13	25021263	rs77269056	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=9.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-3.398;QD=0.93;ReadPosRankSum=3.124;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,31:0.15:205
chr13	25021323	rs73172125	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.604;NF=14;NR=27;PP=446;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTGGTCTTCTATCTATTTATA;SOR=0.275;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=41;WE=25021331;WS=25021313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr13	25023936	rs9581043	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.878;NF=11;NR=5;PP=162;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATCCTTAAGACGTGACGATTT;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=25023944;WS=25023926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr13	25026521	rs9581052	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-1.457;SC=TCTGGACTATGTGACCAGCTC;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=25026529;WS=25026511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr13	25027697	rs73460716	G	A	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=46;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AAAAGACCCAGGAGATACAGG;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=157;TCR=93;TR=124;WE=25027705;WS=25027687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,126:0.48:262
chr13	25027744	rs4770684	A	G	10873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.19;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr13	25027744	.	AT	GC,GT	2080	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=67,147;NR=63,142;PP=1498,2080;QD=11.9343682682;SC=CTCTGCTGCCATGGTATTGCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=291;TCF=147;TCR=144;TR=130,289;WE=25027753;WS=25027734;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:291
chr13	25027745	rs1130943	T	C	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,140:0.44:316
chr13	25027897	rs12322991	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TGTAAAGGATATTATATATTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=18;WE=25027905;WS=25027887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr13	25029083	rs3818938	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGTACCCACAGTTGTCAGCTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=25029091;WS=25029073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr13	25029113	rs73172140	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=362;ReadPosRankSum=0.251;SC=TGATTCACATGTAGGGGAAGC;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=21;WE=25029121;WS=25029103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr13	25029128	rs7338384	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=428;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGAAGCACACGCAGGACCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=26;WE=25029136;WS=25029118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr13	25029210	rs74543435	A	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=2695;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AGGACAGCGCATGCAAGGCGA;SOR=0.439;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=92;WE=25029226;WS=25029200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,96:0.59:163
chr13	25029218	rs2275660	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GCATGCAAGGCGATTTGCTTG;SOR=0.924;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=68;WE=25029226;WS=25029200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,74:0.43:173
chr13	25029295	rs7140044	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1245;ReadPosRankSum=0.805;SC=TTCGCTCTCACTGGCTAGGTC;SOR=0.794;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=79;WE=25029303;WS=25029285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr13	25029401	rs7317188	C	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=420;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ACTTCAACTGCAAAAGGTCTA;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=29;WE=25029409;WS=25029391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr13	25030447	rs9581057	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=362;ReadPosRankSum=0.656;SC=TTTTCAATAGTGTCTCCTATG;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=21;WE=25030455;WS=25030437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr13	25030635	rs9581058	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=591;ReadPosRankSum=0.934;SC=CAAACACCGCGACAACAAGGT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=35;WE=25030643;WS=25030625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr13	25030722	rs71698077	CTA	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=2.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=1.712;SC=TTACATAACTCTATTAAGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=25030731;WS=25030712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	25033200	rs1130941	T	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr13	25033227	rs1050107	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr13	25033290	rs4986819	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=0.821;SC=AGTTGTCTTAGTCTACGATCT;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=26;WE=25033298;WS=25033280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr13	25033393	rs9581061	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=0.601;SC=TTATATTTTAGGTACTAACCT;SOR=0.948;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=14;WE=25033401;WS=25033383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr13	25033470	rs3783078	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	25034384	rs750771	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCAAATTCTTCCTCAGAAAAC;SOR=0.994;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=36;WE=25034392;WS=25034374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr13	25043029	rs4770694	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	25043033	rs4770695	C	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr13	25043130	rs9578741	T	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr13	25049676	rs73463182	G	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=760;ReadPosRankSum=0.166;SC=AGTTCCCAGAGGCATCCTGGA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=44;WE=25049684;WS=25049666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr13	25049812	rs8001930	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.282;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=0.111;SC=TATTCCTTCTTCAAGCCTTCA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=25049820;WS=25049802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	25052261	rs4770696	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.914;NF=36;NR=16;PP=667;ReadPosRankSum=0.883;SC=AGGCTGTTTGCGAAACTCCAT;SOR=0.988;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=52;WE=25052269;WS=25052251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr13	25059023	rs4769362	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=503;SC=TGGTTGTTTCCGGAAACACAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=25059031;WS=25059013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25068620	rs2862906	G	C	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.967;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	25068934	rs4770700	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.999;SC=AAATAAAGCAGTAGGTCCTTG;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=25068942;WS=25068924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	25072200	rs1965154	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr13	25075859	rs1539096	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1082;ReadPosRankSum=1.512;SC=GTCTCTTTTCCCTGATAGATT;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=72;WE=25075867;WS=25075849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,79:0.42:189
chr13	25077926	rs2119491	A	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.927;NF=24;NR=17;PP=545;ReadPosRankSum=1.197;SC=CTGTAGGAAAAAAAGTTTTTA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=41;WE=25077934;WS=25077916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr13	25078073	rs2012359	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.488;SC=GAATAATATCCTAGCTTGCAA;SOR=0.049;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=25078081;WS=25078063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	25170030	.	C	CTAATCTTCAATGTCT	396.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.37;QD=39.67;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	25255052	rs61948065	A	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.259;SC=CGGCCTGGGCACCGCTTCTCT;SOR=0.326;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=32;WE=25255060;WS=25255042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr13	25263299	rs2070810	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=541;SC=ATACCAGGGCGTAACTGCCAG;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=25263307;WS=25263289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25263539	rs41305040	G	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=390;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CTATCCTCTGGCCTCTGGTGA;SOR=1.911;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=22;WE=25263547;WS=25263529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr13	25264875	rs77066059	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=556;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AGGCCTCTGGCTCTCAGCCCA;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=42;WE=25264883;WS=25264865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr13	25265008	rs7986008	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=546;SC=TGCTTGGCCTTGGGAATGTGG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=25265016;WS=25264998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	25265271	rs12872010	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1181;ReadPosRankSum=-2.098;SC=CTGTCTCCATCGGCATCCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=78;WE=25265279;WS=25265261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr13	25272870	rs2289901	C	T	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=74;PP=2248;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTGAGCGCATCCTAGAGAAAT;SOR=0.759;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=402;TCF=218;TCR=184;TR=169;WE=25272878;WS=25272860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,174:0.43:408
chr13	25281377	rs78743227	G	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TGGTCTGGGGGACTAGAAGTA;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=86;WE=25281385;WS=25281367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr13	25283596	rs2289909	C	T	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1141;ReadPosRankSum=0.753;SC=GTGAACCAGCCGCTCGCTGTG;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=82;WE=25283604;WS=25283586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,92:0.50:185
chr13	25283657	rs2289910	G	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=0.245;SC=CCCATCACACGAGGGCCTGCC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=19;WE=25283665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr13	25285768	rs2722	G	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=-2.719;SC=TCAAAATTCAGACAAGAGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=25285776;WS=25285758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr13	25338586	rs9578783	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=81;SC=TGGTGTCACCAGAAACTGCGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=25338594;WS=25338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	25341365	rs142005435	A	AATC	2363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.343;NF=24;NR=8;PP=1542;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CTGTCTCAATAATCATCATCA;SOR=1.542;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=32;WE=25341373;WS=25341355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr13	25355965	rs5802305	GT	G	285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25363776	rs6490979	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=387;SC=TGATTTTTGTCTAGAGAACAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=25363784;WS=25363766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	25370255	rs1446294	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=12;PP=751;SC=TATTAATGTGACTTAAACATT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=25370263;WS=25370245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	25399702	rs9553451	C	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=198;SC=ATTCATTCAACACTTACATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=25399710;WS=25399692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	25399752	rs2121253	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=857;SC=CCCTTTATTTACTAGATAGAG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=25399760;WS=25399742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	25404743	rs4769382	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=422;SC=AGAAGGTAATTTATTTATTAT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=25404751;WS=25404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25419176	rs6490984	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=877;SC=ATCTAAAGACAATGGGAAGAC;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=25419184;WS=25419166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	25442921	rs2275938	A	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=48;PP=1431;SC=TAAACACTATAAGTGACTCTT;SOR=4.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=53;WE=25442929;WS=25442911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	25453116	rs9553461	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=1;PP=797;SC=TAGGAAGACCTTGTGAGAAGG;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=25453124;WS=25453114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	25457207	rs9318911	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=595;SC=TTTTAGAATCTAATCTTTTCC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=25457215;WS=25457197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	25460428	rs9511502	A	G	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=77;PP=2937;SC=AAAGTGTAACAGAGCTGGATG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=176;WE=25460436;WS=25460418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	25517938	rs113483335	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.71;NF=6;NR=17;PP=483;SC=GAGATATGAACTTCTCTGTTT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=25517946;WS=25517928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	25525370	rs9511519	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=374;SC=ATTTAGTAGACTTATGAAGAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=25525378;WS=25525364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	25525481	rs56247049	G	A	9864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=45.25;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr13	25525488	rs2167398	G	A	10163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=43.07;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr13	25525544	rs41288282	T	C	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=125;PP=2965;SC=CCAAAAAGTATCTCCACGGCA;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=99;TCR=125;TR=224;WE=25525552;WS=25525534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	25525636	rs41288284	G	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=38;PP=1101;SC=CCTAAGAATAGAAAAAAAATT;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=25525644;WS=25525626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr13	25671200	rs76111404	C	T	4545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=9.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-19.942;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.886;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,138:0.22:641
chr13	25671206	rs76614854	A	G	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FS=10.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-20.085;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,149:0.24:632
chr13	25671210	rs80062522	C	T	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=10.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-20.084;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.340;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,152:0.24:628
chr13	25671214	rs201081849	T	G	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=11.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-19.618;QD=7.92;ReadPosRankSum=3.263;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,150:0.24:618
chr13	25671271	rs79246694	A	G	7363.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-15.390;NF=91;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.280;SC=CGTCTCCGGAAAGCGTTTTCT;SOR=0.497;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=574;TCF=265;TCR=309;TR=180;WE=25671282;WS=25671261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,205:0.35:593
chr13	25671272	rs376589131	AG	A	7367.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-15.398;NF=38;NR=89;PP=2948;ReadPosRankSum=0.221;SC=GTCTCCGGAAAGCGTTTTCTC;SOR=0.495;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=390;TCF=91;TCR=299;TR=127;WE=25671282;WS=25671261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,204:0.35:590
chr13	25671274	rs76994938	C	T	7364.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-15.465;NF=91;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTCCGGAAAGCGTTTTCTCCA;SOR=0.501;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=575;TCF=266;TCR=309;TR=179;WE=25671282;WS=25671261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,205:0.35:592
chr13	25671292	rs80261016	C	T	3907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-16.570;NF=100;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.905;SC=CCATTTGGTACAATCACTAGT;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=543;TCF=246;TCR=297;TR=215;WE=25671300;WS=25671282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,204:0.38:540
chr13	25671310	rs371130768	TTATGA	T	6565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-13.874;NF=15;NR=112;PP=2943;ReadPosRankSum=3.771;SC=AGTGCAAAGGTTATGATGGAA;SOR=0.896;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=363;TCF=76;TCR=287;TR=127;WE=25671340;WS=25671300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,179:0.36:503
chr13	25671320	.	A	G	4720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.121;NF=69;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=4.527;SC=TTATGATGGAAGGTGGTCGCA;SOR=1.034;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=492;TCF=220;TCR=272;TR=177;WE=25671340;WS=25671300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,175:0.36:489
chr13	25671332	rs371570689	CA	C	4549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.450;NF=16;NR=114;PP=2964;ReadPosRankSum=2.841;SC=GTGGTCGCAGCAAAGGGTTTG;SOR=1.537;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=336;TCF=81;TCR=255;TR=130;WE=25671340;WS=25671300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,162:0.37:433
chr13	25671369	rs76804900	G	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=75.526;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.048;NF=28;NR=92;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CTCCCCAGAAGAAGCCACTAA;SOR=2.582;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=376;TCF=162;TCR=214;TR=120;WE=25671377;WS=25671359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,111:0.30:365
chr13	25671398	rs77306665	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=96.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQRankSum=-8.655;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=4.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,56:0.17:320
chr13	25671742	rs140135080	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-17.800;QD=0.30;ReadPosRankSum=-3.729;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,37:0.08:486
chr13	25745098	rs201629500	G	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr13	25802491	rs4770813	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=0;PP=706;SC=CTTGGTCCCCATCCTCAGGGA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=25802499;WS=25802481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	25802706	rs188588215	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=63;PP=1480;ReadPosRankSum=0.800;SC=CTTGAAGGATGAGTAAGAGGT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=92;TCR=148;TR=102;WE=25802714;WS=25802696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,104:0.41:252
chr13	25825889	rs4312169	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=11;PP=512;SC=TTCGATCAAATTGATGGTACA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=25825897;WS=25825879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	25831888	rs7995033	T	C	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=140;PP=2965;SC=GCCAAGAAGATTGCAGCATCC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=164;TCR=140;TR=303;WE=25831896;WS=25831878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr13	25840496	rs75290152	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.159;SC=ATGTAATTTTTCAGTTTTCTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=25840504;WS=25840486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	25848404	rs4387458	A	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=337;SC=CTTACATGCAACATTCTCAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=25848412;WS=25848394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	25876011	rs11556093	G	A	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CGGAACGGGAGCGTCTAGGTA;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=353;TCF=176;TCR=177;TR=144;WE=25876019;WS=25876001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,152:0.41:374
chr13	25886932	rs4341628	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=1400;SC=TGAACTTTTAAGGATCCTTAT;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=25886940;WS=25886922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	25893363	rs59567333	GTTTATA	G	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=481;SC=ATGCTTAACAGTTTATATTTA;SOR=4.047;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=25893376;WS=25893353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	25901781	rs7997070	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=308;SC=GAAAACTACTATAATCCATAA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=25901789;WS=25901771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	26043182	rs7317185	A	C	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.121;SC=CGTCTGTTGGAGACCAGCTGG;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=513;TCF=240;TCR=273;TR=255;WE=26043190;WS=26043172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,254:0.49:518
chr13	26104547	rs9581376	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=0.812;SC=TGTAAAATACGTAGCTAGTTT;SOR=0.836;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16;WE=26104555;WS=26104537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr13	26107595	rs7319869	CT	TG	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.395;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr13	26107606	rs7319993	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr13	26108557	rs4257084	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TATTTCTCTAGGGTTCTTCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=26108565;WS=26108547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	26125731	rs9581389	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTGTCCCTGCTGTCCTTCTGT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=26125739;WS=26125721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	26127821	rs9740054	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TTGAACTCACGGTTCCTGACA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=11;WE=26127829;WS=26127811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	26128096	rs9742643	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=510;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TATTTTCCAATGCTATTTCAG;SOR=0.853;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=44;WE=26128104;WS=26128086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr13	26128128	rs7331675	CA	AG	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=679;ReadPosRankSum=0.425;SC=TTTAATTGAGCACTCAAAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=19;WE=26128137;WS=26128118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr13	26133009	rs12862551	C	T	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=113;SC=GAAATCTACCCGTTTCATACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=26133017;WS=26133002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	26137989	rs12871941	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=243;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TGAATCCCTATAGGACTTTAG;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=14;WE=26137997;WS=26137979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr13	26148966	rs6491066	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AACAAACATTCGGAATCCTTA;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=43;WE=26148974;WS=26148956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr13	26155953	rs7335339	G	C	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=661;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TTTTTTCAATGTAGAATTTGC;SOR=0.799;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=46;WE=26155961;WS=26155943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr13	26182773	rs68126613	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr13	26182894	rs67280567	C	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.864;SC=CATTTGCATACTTCTCAAGCA;SOR=0.807;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=16;WE=26182902;WS=26182884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr13	26273385	rs6491088	G	C	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=90;PP=2965;SC=ACGTGGCCCTGATCATCGATG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=211;WE=26273393;WS=26273375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr13	26273403	rs7335858	C	A	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1571;ReadPosRankSum=0.876;SC=ATGGCCACACCCTGAAGTACG;SOR=0.777;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=111;WE=26273411;WS=26273393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,115:0.49:233
chr13	26273538	rs2296003	C	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=46;PP=1369;SC=GTATCCCGTGCTTATACAAAA;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=26273546;WS=26273528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	26402089	rs17585718	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=0.557;SC=TTTCTGTGATATCGGGAATCT;SOR=0.741;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=12;WE=26402097;WS=26402079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr13	26436641	rs2249800	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=602;ReadPosRankSum=1.215;SC=CTTACAGCCACGATGAGCTTC;SOR=0.438;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=42;WE=26436649;WS=26436631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr13	26445247	rs145017510	GGT	G	1676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=1.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr13	26501227	rs1185907	C	T	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=78;PP=2965;SC=TTCATTCATTCACCTTCTTCC;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=191;WE=26501235;WS=26501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr13	26535625	rs9511998	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=384;SC=TTGTTTTTGTGTTGTGAAATA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=26535633;WS=26535615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	26586775	rs2274135	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=815;ReadPosRankSum=-1.924;SC=GTACCGCGGGCGGGGGCTGAT;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=31;WE=26586796;WS=26586765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr13	26586788	rs9553698	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=543;ReadPosRankSum=0.262;SC=GGGCTGATGGAGGAGTGGGTG;SOR=0.705;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=18;WE=26586796;WS=26586765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr13	26624935	rs111516934	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr13	26959593	rs7327769	T	G	57.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=1.150;SC=AAGAGCAGACTGAGTGTGATG;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=26959601;WS=26959583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	26974562	rs998692	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=43;PP=2965;SC=AAGCAATACCGTCATGTTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=107;TCR=43;TR=150;WE=26974570;WS=26974552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	27246216	rs1276045	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GGTTGAGATATTGGATATAGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=27246224;WS=27246206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	27250945	rs3794413	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.699;SC=AAATGCATCAATAGCTTCGGG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13;WE=27250953;WS=27250935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr13	27643597	rs9512534	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr13	27745806	.	AGCG	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr13	27829190	rs146725259	C	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=0.615;SC=TTAAATGTATCTTGGCACTCG;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=25;WE=27829198;WS=27829180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr13	27829310	rs3094293	G	A	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=32;PP=1566;SC=AGAATACTTTGCAGTTACTTA;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=27829318;WS=27829300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	27845284	rs9507866	C	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=840;ReadPosRankSum=1.531;SC=GGAGAGAGGGCGCCTCGGCCG;SOR=0.234;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=41;WE=27845292;WS=27845274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr13	27845548	rs9512592	C	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=902;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCACTCCCCCCAGTTTGTCCG;SOR=0.632;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=60;WE=27845556;WS=27845538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
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chr13	27997999	rs3759433	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=714;ReadPosRankSum=0.462;SC=CTCAGGTTTTGATATGCACTG;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=49;WE=27998007;WS=27997975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr13	28003997	rs9581848	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
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chr13	28011158	rs74811644	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.292;SC=AAAATGCTGGGATTACAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=28011166;WS=28011148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	28133956	rs373436911	TA	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=9.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr13	28136989	rs11838661	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=673;ReadPosRankSum=-0.924;SC=TGTTTATGTGACATTTCCACA;SOR=0.250;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=44;WE=28136997;WS=28136979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr13	28141698	rs35007323	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=0;PP=654;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TAGGTTCCAAAACAGCACAAT;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=28;WE=28141706;WS=28141688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr13	28143229	rs8002697	A	G	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=77;PP=2864;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTCCATGTGGAAAGAGACGCT;SOR=0.926;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=299;TCF=167;TCR=132;TR=181;WE=28143237;WS=28143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,186:0.59:315
chr13	28155920	rs11617897	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr13	28367061	rs1231058	A	G	8833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=169;NR=138;PP=2965;SC=CGCTGCCTCTACTCAAGGCTT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=169;TCR=138;TR=307;WE=28367069;WS=28367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr13	28367275	rs3742112	G	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=929;ReadPosRankSum=0.004;SC=ACCGGGCAGAGGTGATCCGAA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=59;TCR=88;TR=79;WE=28367283;WS=28367265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr13	28498323	rs9805632	G	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CCCCTTGAAGGGGTTGGGCTG;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=28498331;WS=28498313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	28519354	rs2504220	A	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=44;PP=2372;SC=ACATTGCCAGAGTCTTGGCGA;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=134;WE=28519362;WS=28519344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	28537242	rs1805108	A	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=479;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CCGCTGCAGAACCCGGTGGGT;SOR=2.019;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=27;WE=28537250;WS=28537232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr13	28537317	rs1805107	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=844;ReadPosRankSum=0.568;SC=ACAGAGCCAGGCACTGAGGCT;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=61;WE=28537325;WS=28537307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr13	28537537	rs2504212	T	G	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1246;ReadPosRankSum=2.320;SC=AAAAGCACATTGTGGTGAAGA;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=93;WE=28537545;WS=28537527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr13	28539185	rs2481953	T	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1012;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGCTGAGAACTGCAAGGCAGC;SOR=0.867;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=62;WE=28539193;WS=28539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr13	28541583	rs2481967	T	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=526;ReadPosRankSum=-1.002;SC=AATTGGGGCATCAAGGAGCGA;SOR=0.381;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=31;WE=28541591;WS=28541573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr13	28589267	rs4073630	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=1.404;SC=CTGATTTCAACCAAATTACAG;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=28589275;WS=28589257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr13	28589495	rs9579142	C	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=924;SC=GTGCCAGACACTGTTGCAGGC;SOR=2.252;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	28589509	rs9579143	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=879;SC=TGCAGGCACACGGGCTGCGGC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	28589662	rs4497507	C	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=5;PP=627;SC=AGGGGTGGGGCGGCACCGAGA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=28589670;WS=28589652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	28597447	rs35829721	ATC	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr13	28602226	rs60462219	AAG	A	1532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=0.390;QD=29.48;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
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chr13	28609825	rs2491227	A	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=97;PP=2943;SC=AAAAAAAAATAGCAAAGAATT;SOR=2.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=33;TCR=97;TR=130;WE=28609833;WS=28609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	28609846	rs2491228	A	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=81;PP=2351;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAGACAGGTGAGCTGTCATCA;SOR=3.973;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=92;WE=28609854;WS=28609836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr13	28609991	rs2491229	T	C	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	28609997	rs2491230	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	28610183	rs2491231	A	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=76;PP=2454;SC=AGGTTTCCCTATAGAAAAGAA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=136;WE=28610191;WS=28610173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	28622356	rs2153000	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=889;ReadPosRankSum=0.731;SC=TCTCAAGGGCGACAAGCAAGG;SOR=0.944;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=55;WE=28622364;WS=28622346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr13	28623699	rs9507985	G	T	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=1145;ReadPosRankSum=0.392;SC=AACAGAGTTTGCATTTAATGT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=67;WE=28623707;WS=28623689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr13	28623759	rs9513004	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1516;ReadPosRankSum=2.643;SC=AGAATACAAACTTGTCCTATT;SOR=0.393;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=97;WE=28623767;WS=28623749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,100:0.52:193
chr13	28623938	rs67491524	G	GA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr13	28624294	rs1933437	G	A	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=70;PP=1790;ReadPosRankSum=-1.649;SC=CCTTATGTCCGTCCCAAATAA;SOR=0.935;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=129;WE=28624302;WS=28624284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,139:0.45:307
chr13	28636084	rs7338903	G	A	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=81;PP=2633;SC=TCCCTGGGGCGTCGACCAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=135;WE=28636092;WS=28636074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	28644510	rs2387350	C	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=433;SC=AGATGTGAGGCCATAATATAC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=28644518;WS=28644500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	28835527	rs5802469	T	TC	2125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=16;PP=1154;SC=TATACTTATTTTGTTTCATAG;SOR=1.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=28;WE=28835535;WS=28835517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	28882948	rs9579177	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.357;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=760;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GGTCTATCGGGGTGCACTAGG;SOR=0.440;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=59;WE=28882956;WS=28882938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr13	28883061	rs7993418	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=1.448;SC=AAGCATTTACGTATCTAATGA;SOR=1.215;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=28;WE=28883069;WS=28883051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr13	28885672	rs4771238	C	T	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	28886113	rs7328692	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=0;PP=522;SC=TTTTGATGTAAATAAATTTAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=28886121;WS=28886103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	28893484	rs2296188	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=401;SC=AAAGGCTGTCTAACCAAAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=28893492;WS=28893474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	28958955	rs3751395	C	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=0.492;SC=GGTGACGGGACTGTTAAGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=23;WE=28958963;WS=28958945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr13	28964325	rs7983774	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.405;SC=AGAATTGTTCGTGCACAAATT;SOR=0.339;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=20;WE=28964333;WS=28964315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr13	28970917	rs7990486	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=655;SC=GAAATAACTCCTTACGAGATC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=28970925;WS=28970907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	28980036	rs55955231	T	TA	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.854;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,49:0.35:140
chr13	28980150	rs5802481	A	AG	519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=608;SC=TTTATGTGTGATCTTCTTTTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=28980158;WS=28980140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	29041007	rs3751398	A	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=581;ReadPosRankSum=0.465;SC=TGCAAAGCAAAAGCAAACAGA;SOR=0.558;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=42;WE=29041015;WS=29040997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr13	29041776	rs677228	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-1.111;SC=ATTTTTAAAATGTATTATTTG;SOR=0.929;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=29041784;WS=29041766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	29041794	rs677186	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-1.717;SC=TTGTAAATTGTCTTCTTACCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=29041802;WS=29041784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	29069032	rs56051053	C	A	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,113:0.50:225
chr13	29236489	rs1340815	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=424;ReadPosRankSum=-2.665;SC=GACACAGCTGCCTGGGTGTGT;SOR=0.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=30;WE=29236497;WS=29236479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr13	29238576	rs3737528	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=1.048;SC=TTTATAGATATGATTTTGAGC;SOR=0.148;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=27;WE=29238584;WS=29238566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr13	29275102	rs947027	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=802;SC=CTCTATAAAATAAAGCATTAC;SOR=0.929;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=29275110;WS=29275092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	29278063	rs34444192	T	TA	1920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=1369;SC=ATAAAATGATTAAAAATAATG;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=36;WE=29278071;WS=29278053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	29278264	rs34310301	G	GA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.904;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr13	29607948	rs17072576	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=1.723;SC=GTTCAGCCTCGGTCTCGTGGT;SOR=1.230;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=14;WE=29607956;WS=29607938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr13	29674840	rs1536720	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=373;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TTCGAATTCATAATCTGTAGA;SOR=0.385;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=21;WE=29674848;WS=29674830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr13	29674855	rs1536719	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=518;ReadPosRankSum=-2.343;SC=TGTAGAATTCATTATCTCATT;SOR=0.437;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=32;WE=29674863;WS=29674845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr13	29675131	rs3829381	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GGCAGGGTGGGGTGCCTTCAC;SOR=1.802;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=29675139;WS=29675121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr13	29898768	rs928661	A	C	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=79;PP=2965;SC=AAAGATGCTCAGAAAGATCAA;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=125;TCR=79;TR=203;WE=29898776;WS=29898758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr13	29898881	rs928660	A	G	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr13	29898889	rs928659	G	C	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr13	30014373	rs7337496	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTCACGTCTCCGTTGTTATAA;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=30014381;WS=30014363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	30071310	rs2258198	G	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=19;PP=966;SC=GATCACAGCTGCCCAGGCTGT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=30071318;WS=30071300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	30075114	rs882953	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=713;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TAAAGCATTGCGAACTGATGT;SOR=0.466;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=45;WE=30075122;WS=30075104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr13	30077088	rs2482096	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=899;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GTTCAGTGTCCACTAGCATGA;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=59;WE=30077096;WS=30077078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr13	30088607	rs41318021	G	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CCGGGGGGCGGGGCTGTGCGT;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=104;TCR=55;TR=78;WE=30088615;WS=30088597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,81:0.50:162
chr13	30090404	rs2989592	T	C	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=84;PP=2588;SC=AGGAGGTGGCTTCAATCCATG;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=120;WE=30090412;WS=30090394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	30091516	rs2490267	T	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=86;PP=2965;SC=GCATCCACTGTTCTCCCCTAA;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=148;WE=30091524;WS=30091506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	30091714	rs2482089	G	A	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=52;PP=2862;SC=TCTTACCTATGAGGCTGGTTG;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=97;TCR=52;TR=149;WE=30091722;WS=30091704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	30091819	rs2482090	G	C	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr13	30096430	rs200845749	T	C	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=38;PP=1364;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AACATTTCCATGTGAAATGAG;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=202;TCF=126;TCR=76;TR=105;WE=30096438;WS=30096420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,115:0.53:216
chr13	30098215	rs2776957	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=317;SC=CAAGCATTGGCTTGTTTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	30098226	rs2776958	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=432;SC=TTGTTTGCCCAGGGTGCAGGA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	30109939	rs2274837	G	A	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=55;PP=2965;SC=CACGAGCTCCGGACCCCTGGG;SOR=1.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=153;WE=30109947;WS=30109929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	30346392	rs140223719	CTATAT	C	2244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=1725;ReadPosRankSum=1.351;SC=TAAGGTACTACTATATTGTTT;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=34;WE=30346404;WS=30346382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr13	30351248	rs35681461	T	TA	5905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=40;PP=2936;SC=AGGTAGGGCATAAGAATCAAC;SOR=1.652;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=88;WE=30351256;WS=30351238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	30805627	rs202087	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=53;PP=1574;SC=TTCAAAAGACAAATTAAATGA;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=30805635;WS=30805617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	31036681	rs1929606	A	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=126;PP=2965;SC=TTACCTTTTCATATTTTTCCT;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=76;TCR=126;TR=202;WE=31036689;WS=31036671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr13	31195409	.	GT	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.348;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,18:0.16:114
chr13	31231513	rs7983138	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=33;PP=1801;SC=CTCCTTTGGTCGGTATTCAAT;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=92;WE=31231521;WS=31231503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	31231806	rs7984952	T	C	13767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=281;NR=186;PP=2965;SC=CCAGTATCTTTAACATCGTGT;SOR=1.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=282;TCR=186;TR=467;WE=31231814;WS=31231796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr13	31233063	rs3742302	G	A	11838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GATATTGCCAGTGAGTCTGCA;SOR=0.361;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=413;TCF=203;TCR=210;TR=411;WE=31233071;WS=31233053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr13	31287979	rs147763360	G	GTA	4577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.464;NF=8;NR=112;PP=2987;ReadPosRankSum=1.299;SC=ATCAGTGCTGGTGTGTGTGTG;SOR=1.087;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=14;TCR=173;TR=120;WE=31287989;WS=31287968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,146:0.61:239
chr13	31309830	rs4769055	C	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=600;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AAGCCCTTCACTCAGGGAAGA;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=44;WE=31309838;WS=31309820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,50:0.33:150
chr13	31318020	rs4360791	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=0;PP=1256;SC=ACCAAACACAGTGTTCAGTAG;SOR=5.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=31318028;WS=31318010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	31318308	rs3803277	C	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=88;PP=2476;SC=TGAGTCCTAACCCTGATGTTG;SOR=1.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=124;WE=31318316;WS=31318298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr13	31318401	rs3803278	T	C	418.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=359;ReadPosRankSum=1.712;SC=CTGAGCCAAGTTTCTGAGCGC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=31318409;WS=31318391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr13	31480827	rs9531945	A	G	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=84;PP=2965;SC=CGTGGTGGCCAGGCCCGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=31480835;WS=31480817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	31531195	rs6560988	T	C	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=99;PP=2743;ReadPosRankSum=1.531;SC=CTTTTTTTCCTGGGTCATGTG;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=163;WE=31531203;WS=31531185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr13	31543095	rs2274869	C	T	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=102;PP=2776;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AAAGTGACTACGACAAAACCT;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=319;TCF=147;TCR=172;TR=183;WE=31543103;WS=31543085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,188:0.57:330
chr13	31725617	rs2146895	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=281;ReadPosRankSum=-1.464;SC=CAACCGTTTCCTGTTAACATC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=14;WE=31725625;WS=31725607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr13	31733057	rs41292151	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=98;ReadPosRankSum=0.750;SC=ATTTTAAACTGATAAGAGAAA;SOR=0.556;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=9;WE=31733065;WS=31733047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr13	31735759	rs2280059	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=63;PP=1199;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GTCTCGGTCTGCGTCCTCCGG;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=321;TCF=114;TCR=207;TR=101;WE=31735767;WS=31735749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,104:0.31:335
chr13	31789169	rs35344913	CT	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.574;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr13	31796969	rs2147515	G	C	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=54;PP=2857;SC=TCCAAGCTCCGTTTTTCAAAT;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=31796977;WS=31796959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr13	31821148	rs117111131	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=1119;ReadPosRankSum=1.061;SC=TCTTTGATCATTGTTTTCTCA;SOR=1.445;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=62;WE=31821156;WS=31821138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr13	31821240	rs9564692	C	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1405;ReadPosRankSum=0.317;SC=TACCGCAGTACGTTTGTTTAA;SOR=0.470;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=203;TCF=95;TCR=108;TR=100;WE=31821248;WS=31821230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
chr13	31821992	rs4943266	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=689;SC=TTTTGGTCAGTTTTTCTGTAA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=31822000;WS=31821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	31835375	rs4943289	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.282;SC=AGATGCTTGAGGGTTTCTGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=31835383;WS=31835365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	31843320	rs281865462	TA	T	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=558;SC=TTCTTTTGGTTAAAAAAAATC;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=23;WE=31843328;WS=31843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	31848535	rs912600	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=1069;SC=ATATGGTTCAGCCTACTCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=31848543;WS=31848525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	31848823	rs728930	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=57;PP=1630;SC=GATGCTGTGCATAATGTCATC;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=75;WE=31848831;WS=31848813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	31850714	rs1028751	G	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=821;SC=AAAACTTTATGCCGGAAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=31850722;WS=31850704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	31850803	rs137981677	C	CACAT	3231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=25;PP=2348;SC=AACGCTGACTCACATATGCAT;SOR=0.720;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=37;WE=31850811;WS=31850793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	31860769	rs9543606	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=328;SC=TAAGCTCTTAGAACACTTCAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=31860777;WS=31860759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	31861059	rs1397890	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=332;SC=TAACGGGGACGGGGTTTACCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=31861067;WS=31861049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	31891561	rs1041074	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=519;SC=TTTATTTATTTTATAAGTCAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=31891569;WS=31891551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	32332292	rs9548977	C	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=25;PP=1658;ReadPosRankSum=2.874;SC=AAGAATAATACCAGATGAACT;SOR=0.885;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=182;TCF=128;TCR=54;TR=92;WE=32332300;WS=32332282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,94:0.51:186
chr13	32335880	rs9532479	G	A	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=78;PP=2507;ReadPosRankSum=1.487;SC=GTGGATGGGCGACCATATTTG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=166;TCR=146;TR=164;WE=32335888;WS=32335870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,171:0.52:327
chr13	32340193	rs35564049	T	TA	1113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=658;SC=CATATTTATTTAAAAAAAATC;SOR=1.501;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=32340201;WS=32340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	32348859	rs9549049	T	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=622;ReadPosRankSum=2.199;SC=ATTGTAGGTATAATTTTAAGC;SOR=0.766;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=45;WE=32348867;WS=32348849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr13	32360547	rs7325513	A	G	8362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=152;NR=140;PP=2965;SC=CGATAACGGAACTATCACCTC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=152;TCR=140;TR=292;WE=32360555;WS=32360537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr13	32360691	rs140904878	T	TAA,TAAA	1268.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=28.83;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,16:0.64,0.36:44
chr13	32363217	rs45505793	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TATTAAAACGTTTCATCTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=11;WE=32363225;WS=32363207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr13	32605850	rs137934888	TCA	T	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=0.579;SC=CGCGCTGACATCACAACCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=32605859;WS=32605840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	32606069	rs424118	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=1.298;SC=TGGAGACAGAAAATCTCAACT;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=32606077;WS=32606059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr13	32606087	rs433551	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ACTGGACACATATGTTTGTGA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=32606095;WS=32606077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	32606131	rs200662366	C	CT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.652;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	32606136	rs11272632	C	CTT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr13	32660137	rs423932	T	G	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.413;SC=AATACTTGAGTCCTACCCAGG;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=343;TCF=153;TCR=190;TR=341;WE=32660145;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,351:1.00:352
chr13	32676114	rs364995	A	G	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=88;PP=2965;SC=AGCCATTGACAAAATCTCTGC;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=219;WE=32676122;WS=32676104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr13	32698544	rs629265	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=16;PP=535;SC=TACTTTTAGATAATATTTATT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=32698552;WS=32698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	32721353	.	G	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=812;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCAGATAAGAGCCATCTCTAG;SOR=1.206;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=52;WE=32721361;WS=32721343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr13	32723799	rs204558	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=810;SC=ACCACCTGTTCGCTTGGTGCA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=32723807;WS=32723789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	32731667	rs11409421	T	TA	88.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.383;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr13	32758834	rs798971	A	G	7841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=169;PP=2965;SC=GACAGGTAGGATCAGAATTCT;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=117;TCR=169;TR=286;WE=32758842;WS=32758824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr13	32776253	rs2520704	A	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.11;NF=31;NR=63;PP=1908;SC=ATTACCTAATAGCTGTTTATT;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=32776261;WS=32776243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	32776306	rs2762035	A	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=657;SC=GTGGCTATGAAGAGTGAGAAA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=32776326;WS=32776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	32776318	rs2762036	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=470;SC=AGTGAGAAAGTAACTATATAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=32776326;WS=32776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	32776603	rs2428249	T	C	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=76;PP=2758;SC=GCGTGTCACTTGCCCTCTTGT;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=32776611;WS=32776593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr13	32785086	rs798981	G	A	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=131;PP=2965;SC=AGCAGACAGAGCCCGTGAACC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=126;TCR=133;TR=256;WE=32785094;WS=32785076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr13	32786416	rs798983	T	A	13285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=242;NR=229;PP=2965;SC=TTTTCTTCCATTCCCATCTAC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=471;TCF=242;TCR=229;TR=471;WE=32786424;WS=32786406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr13	32786614	rs798984	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=28;PP=792;SC=CATAAATTTTACACGTACATA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=32786622;WS=32786604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	32798225	rs9533917	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TGCCAGCGAGACCCTGTCCCT;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=4;WE=32798243;WS=32798215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr13	32798235	rs5802638	T	TA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr13	32811607	rs2806639	G	A	5445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AACCACCAGCGGCAACACCGC;SOR=0.421;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=407;TCF=226;TCR=181;TR=240;WE=32811623;WS=32811597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,241:0.58:414
chr13	32813818	rs45467296	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=390;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGGGCTATTTTATTCCTAATT;SOR=0.880;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=19;WE=32813826;WS=32813808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr13	32823882	rs2806630	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=42;PP=1242;SC=TTGAGTCCATGTGGCTGGGTC;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=32823890;WS=32823872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	32825913	rs2806632	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=743;ReadPosRankSum=-1.440;SC=CATTCTGTCTATACGTTAAGT;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=47;WE=32825921;WS=32825903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr13	32825941	rs2806633	C	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CCCTGTATGGCTAGTGGCTAG;SOR=0.536;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=185;TCF=123;TCR=62;TR=75;WE=32825949;WS=32825931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,78:0.40:194
chr13	32828553	rs2157961	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=316;ReadPosRankSum=-3.254;SC=TCTCTGTAAAAATAATCCCCG;SOR=1.277;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=24;WE=32828561;WS=32828543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr13	32832149	rs2520686	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=377;ReadPosRankSum=0.380;SC=TGCTAGTAGATGTTTTGCATC;SOR=1.006;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=39;WE=32832157;WS=32832139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr13	32834538	rs5802640	C	CTATCT	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=21;PP=1473;SC=TCCTTTATTCCTAACAGAAAG;SOR=2.073;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=32834546;WS=32834528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	32834617	rs4941521	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-1.536;SC=ATTTATTAACTGATGGTTTGT;SOR=0.116;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=32834625;WS=32834607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr13	32848907	rs147812266	TC	T	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=0.080;SC=AAGCTACCCCTCCCCCAAAAT;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=15;WE=32848915;WS=32848897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr13	32849316	rs71436473	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.930;NF=2;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GAGATCGAGACCATCCTGGCT;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=32849324;WS=32849306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr13	32849345	.	A	C	98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=18;MQ=50.18;NF=0;NR=5;PP=98;QD=26.5542425094;SC=GAAACCCCGTATCTATTAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=32849353;WS=32849335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr13	32852585	rs11617081	C	T	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=1866;ReadPosRankSum=-3.149;SC=CTATGTCTTTCCCTCTCTTTC;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=125;WE=32852593;WS=32852575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,133:0.62:214
chr13	32866221	rs6561216	A	G	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=56;SC=CCAGGTTCAAACGATTCTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=32866229;WS=32866211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	32877888	rs9526061	A	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=1.483;SC=ATTGTTACACAATCTACAAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=13;WE=32877896;WS=32877878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr13	32882912	rs34528008	G	GT	1569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.019;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=-1.345;SC=AGAGAAATATGTTTTTTTTTA;SOR=1.032;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=38;WE=32882920;WS=32882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr13	32883052	rs206103	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=750;ReadPosRankSum=0.282;SC=TCTACCCTTGGGGTTTCAAGG;SOR=2.443;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=39;WE=32883060;WS=32883042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr13	32884653	rs206110	G	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=2;PP=961;SC=CACCTGGCACGGGGGATGCCA;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=32884661;WS=32884643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	32884771	rs206111	T	C	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,142:0.57:250
chr13	32885654	rs445909	T	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CTGCGGCCGGTGGCGGGCGAA;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=98;WE=32885662;WS=32885644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,99:0.58:172
chr13	32890572	rs1799943	G	A	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=90;PP=2965;SC=TATTTACCAAGCATTGGAGGA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=168;WE=32890580;WS=32890562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	32890746	rs189026060	C	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.616;SC=CCCAGTACGTCACAGTGTTGC;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=32890754;WS=32890736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	32905265	.	G	A	192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=9;PP=192;QD=22.6771212547;SC=CCGTGATCTCGGTTTACCGCA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=32905273;WS=32905255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	32911888	rs1801406	A	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=69;PP=2965;SC=AGTTTAGAAAACCAAGCTACA;SOR=1.301;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=187;WE=32911896;WS=32911878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	32913055	rs206075	A	G	6529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=AACCTACTCTATTGGGTTTTC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=217;WE=32913063;WS=32913045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr13	32915005	rs206076	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	32915410	rs138193280	CAATT	C	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=781;SC=GGTATGCTAACAATTAAGAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=32915421;WS=32915400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	32920844	rs206080	T	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=0;PP=24;SC=ATTGAGCATCTGTTACATTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=32920852;WS=32920834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	32929232	rs1799955	A	G	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AAACTAAATCACATTTTCACA;SOR=0.489;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=123;WE=32929240;WS=32929222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,132:0.74:178
chr13	32929387	rs169547	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=46;PP=1572;SC=AATCAAGCAGTAGCTGTAACT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=32929395;WS=32929377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr13	32951111	rs3764791	A	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	32953388	rs4942486	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=642;ReadPosRankSum=0.189;SC=TAAAGCCATCTAGTTACAATA;SOR=0.375;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=33;WE=32953396;WS=32953378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
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chr13	33017043	rs3742318	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=893;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TTTTTGTTTATTCTCCTCTTC;SOR=0.881;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=57;WE=33017051;WS=33017033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr13	33052294	rs380627	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=267;ReadPosRankSum=1.618;SC=TCAATCTCAACGAAGAACTTG;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=20;WE=33052302;WS=33052284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr13	33095620	rs621450	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=0.789;SC=CAAAAACCCAGAGAAGTACTT;SOR=1.082;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=23;WE=33095628;WS=33095610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr13	33101731	rs391612	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=1.982;SC=AGAAATAAACTATCAGAAATA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=33101739;WS=33101721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr13	33315186	rs2320469	C	T	95.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	33315189	rs2320470	G	T	95.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	33590851	rs2772364	T	C	11239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=183;PP=2965;SC=CCATCTGGGATACGTTCACCC;SOR=0.744;Source=Platypus;TCR=183;WE=33590859;WS=33590841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr13	33627760	rs7323281	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=1.036;SC=GAAATAATGTATTGGTTCTAG;SOR=0.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=7;WE=33627768;WS=33627750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr13	33627829	rs570875	T	G	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=30;PP=2527;SC=TATAATCTGATTTGGGGATTC;SOR=2.100;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=120;WE=33627837;WS=33627819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	33635463	rs648202	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=936;ReadPosRankSum=-0.131;SC=AAGAGGTGGCTGAGAGAGTTT;SOR=1.105;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=66;WE=33635471;WS=33635453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,72:0.35:206
chr13	33635835	rs649964	T	C	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=99;PP=2965;SC=TAATATCCAATGGAATCGATG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=33635843;WS=33635825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	33635939	rs650439	T	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=697;ReadPosRankSum=1.741;SC=TAGCTGCGGCTATCTCCTGAA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=44;WE=33635947;WS=33635929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr13	33679940	rs9568847	T	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=885;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TGGGCCCCGATGACCAGTGAA;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=65;WE=33679948;WS=33679930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr13	33701347	rs2764617	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=413;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GTAGGGTCCACTGCATCGAGG;SOR=1.536;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=21;WE=33701355;WS=33701337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr13	33703656	rs495680	T	C	8186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.620;SC=GGGAGTGAAATTCATGCATAC;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=580;TCF=307;TCR=273;TR=344;WE=33703664;WS=33703646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,362:0.60:605
chr13	33713038	rs2858805	C	G	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1717;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGGAGGGTAGCGGTGTTGTCA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=119;WE=33713046;WS=33713028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,124:0.60:206
chr13	33923314	rs9597272	T	C	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=114;PP=2965;SC=AACTTTCTTCTGCCCCATGTG;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=85;TCR=115;TR=198;WE=33923322;WS=33923304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr13	34013847	rs876133	G	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=34;PP=1093;SC=CTTTGGGTCTGTTATCAGAGA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=34013855;WS=34013837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	34013959	rs651327	T	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=143;SC=AAAATTAGAATCAAATGGCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=34013967;WS=34013949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	34392122	rs3135529	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=596;ReadPosRankSum=1.576;SC=CAGAACTAGAGGGCATCGACG;SOR=0.067;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=75;TCF=71;TCR=4;TR=31;WE=34392130;WS=34392112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr13	34404249	rs2274728	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.775;SC=ATCAGTAATTTAAGAACACCT;SOR=1.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=10;WE=34404257;WS=34404239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr13	34404768	rs3135601	A	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=1.715;SC=AGAGTAATACAGTTATAAGGG;SOR=0.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=16;WE=34404776;WS=34404758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr13	34404912	rs1805376	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=396;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTCCTTCACAACTGGCTCATA;SOR=0.805;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=28;WE=34404920;WS=34404902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr13	34405243	rs3135603	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=-2.405;SC=CGACAGGAGGTGGAACTCAGG;SOR=0.869;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=25;WE=34405251;WS=34405233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr13	34409242	rs3135628	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=0.382;SC=AAAAATTACCTCTTATTTTCT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=34409250;WS=34409232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	34409603	rs3135629	T	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=958;ReadPosRankSum=1.672;SC=AGAAGAGAATTTCAGAGTGTT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=100;TCR=106;TR=78;WE=34409611;WS=34409593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,85:0.39:219
chr13	35252882	rs9572094	T	C	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=55;PP=2209;ReadPosRankSum=0.949;SC=GATGAGAAATTTACCTCTCCC;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=137;WE=35252890;WS=35252872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,146:0.57:257
chr13	35618991	rs7996448	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=1.495;SC=AGAGAGAGATAACAATGATAA;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=5;WE=35618999;WS=35618981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr13	35619385	rs9543121	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=0.321;SC=AACATGGTATATTAAGTATGA;SOR=2.303;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=10;WE=35619393;WS=35619375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr13	35806549	rs9565113	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr13	36006652	rs117768651	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.177;SC=GTCAGAAATATTTTGTTCTGC;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=36006660;WS=36006642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	36026457	rs150315571	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=0.076;SC=GTAAATAAATGTGTGCCAATG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=36026465;WS=36026447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr13	36141009	rs9544667	G	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.61;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	36141009	.	GTA	ATA,ATG	438	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=37,16;NR=13,7;PP=438,216;QD=9.45542425094;SC=CATTTTGTGTGTACAAATTTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=50,23;WE=36141019;WS=36140999;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:53
chr13	36141011	rs35877639	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr13	36202176	rs74332217	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAAGGTGTACTAAGTTTTGAT;SOR=2.000;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=23;WE=36202184;WS=36202166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr13	36220281	rs3818423	A	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=439;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CACCCGTTGAATTTTCTGGAC;SOR=1.589;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=12;WE=36220300;WS=36220271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	36220292	rs3818424	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=677;ReadPosRankSum=0.150;SC=TTTTCTGGACTTTTTTTCATG;SOR=0.165;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=16;WE=36220300;WS=36220271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr13	36224051	rs200267946	TACTGGG	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=366;SC=TAAAAAAGTGTACTGGGACTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=36224064;WS=36224041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	36239095	rs41292205	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr13	36244990	rs3794387	A	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=634;ReadPosRankSum=0.567;SC=AATAGCAACCACAGAAATGAT;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=46;WE=36244998;WS=36244980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr13	36367641	rs1926459	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.172;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr13	36382312	rs4421866	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1263;ReadPosRankSum=0.932;SC=AAAAATAATTCCGTTAAGACA;SOR=0.302;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=78;WE=36382320;WS=36382302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr13	36401731	rs2225046	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=700;ReadPosRankSum=-1.390;SC=GGCAAGTGCGGTGCCATCAAT;SOR=1.069;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=38;WE=36401739;WS=36401721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr13	36401746	rs9574698	A	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=896;ReadPosRankSum=-0.907;SC=ATCAATAAAGACTTACTTTCT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=50;WE=36401754;WS=36401736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr13	36428595	rs1926466	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=545;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TGCACCAAGGCTGAGACAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=32;WE=36428603;WS=36428585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr13	36521433	rs1936004	T	G	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=35;PP=2368;SC=CTTGGCCTGGTGCAGCTCATT;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=114;WE=36521441;WS=36521423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	36521460	rs1936003	A	G	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=50;PP=2965;SC=AGCTGCCTCAAATTTCCCCTG;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=151;WE=36521468;WS=36521450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	36686138	rs3748308	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1035;ReadPosRankSum=0.978;SC=CAGCTTTCCGTGGCTTCACGC;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=70;WE=36686146;WS=36686128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr13	36700338	rs144431309	TTA	T	885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.831;NF=1;NR=37;PP=1672;ReadPosRankSum=1.452;SC=TTGATGTAGGTTATATATATA;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=38;WE=36700364;WS=36700328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr13	36700349	.	TATA	T	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=-1.760;QD=12.77;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr13	36700354	rs74044530	A	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=-1.760;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr13	36700356	rs11438243	T	TG	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=-1.791;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr13	36744800	rs2296967	G	A	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=58;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CAGTTGCATCGTAGGAAGGGG;SOR=0.571;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=201;TCF=119;TCR=82;TR=133;WE=36744808;WS=36744790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,136:0.66:206
chr13	36745029	rs1328641	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=205;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CCTCACATTACAAATCTGTAC;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=14;WE=36745037;WS=36745019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr13	36747798	rs1410633	C	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=417;SC=AGGTCCCCCTCTAAGTGGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=36747806;WS=36747788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	36788529	rs3762116	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=415;ReadPosRankSum=-1.725;SC=CTCCCCAGGCCGGGCTTTGAG;SOR=0.581;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=30;WE=36788537;WS=36788519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr13	36801256	rs9546784	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	36801415	rs9546785	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=585;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GCTTTTTGTCCGAGGCATGTC;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=45;WE=36801423;WS=36801405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr13	36801579	rs9546786	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr13	36801587	rs9546787	T	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr13	36801596	rs45549236	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATATTCCAACCAGTTTATTGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=36801604;WS=36801569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	36805289	rs67328439	GA	G	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.415;NF=6;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=1.417;SC=ATTATAAATGGAAAAAAAAAG;SOR=1.138;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=9;WE=36805297;WS=36805279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr13	36805625	rs4397984	C	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.677;SC=TCATCTCCACCGCTACAGAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=36805633;WS=36805615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	36814682	rs9546834	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,62:0.26:243
chr13	36818037	rs9546862	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=544;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GTAATATTCAATGGAAAACCA;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=49;WE=36818045;WS=36818027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,53:0.34:157
chr13	36818057	rs55981518	C	T	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AAACTGCCCTCGTAGACCTAC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=101;WE=36818065;WS=36818047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,108:0.68:159
chr13	36818080	rs9546863	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=0.900;SC=TCTGGTGACACACATATGTGT;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=42;WE=36818088;WS=36818070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr13	36822711	rs9315402	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=246;ReadPosRankSum=-2.154;SC=CAAATGTAACGAATTAGAAAG;SOR=1.396;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=17;WE=36822719;WS=36822701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr13	36822849	rs9315403	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=0.304;SC=GTGTTTATCCCCTTGGTTCAT;SOR=2.331;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=16;WE=36822857;WS=36822839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr13	36822884	rs9315404	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.764;SC=ATAAGAGAGACAGTCAATTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=36822892;WS=36822874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	36827896	rs9546887	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=243;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ACATAATTTACAGTAAGAAGA;SOR=0.671;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=19;WE=36827904;WS=36827886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr13	36828092	rs138966884	G	GTTTTGTAAGCA	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.334;QD=13.90;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr13	36828237	rs9546897	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=1.948;SC=TTCAAGAGTCTTCTTTTCTTC;SOR=1.055;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=15;WE=36828245;WS=36828227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr13	36829209	rs1078302	C	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=369;ReadPosRankSum=0.912;SC=GTGGACATGGCGGTCATCCAG;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=30;WE=36829217;WS=36829199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr13	36829258	rs751518	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=-1.424;SC=GGGTCTTGCTGTGAAAACTGG;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=48;WE=36829266;WS=36829248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr13	36829301	rs751519	A	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=1.941;SC=GGCCAGTTCTAGGAACAACTT;SOR=0.809;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=42;WE=36829309;WS=36829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr13	36855173	rs9566036	A	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr13	36855284	rs67248236	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=930;ReadPosRankSum=1.820;SC=CTTTAAACACGAGGACAAAAG;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=60;WE=36855292;WS=36855274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,60:0.82:73
chr13	36855375	rs9575792	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr13	36855405	rs1925845	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr13	36855426	rs35267999	G	GA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	36857639	rs1998800	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr13	36869843	rs9566063	G	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GGAATTTAATGCACCATAGAT;SOR=0.382;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=12;WE=36869851;WS=36869833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr13	36871764	rs2281865	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=396;ReadPosRankSum=0.678;SC=CGCGCCGCCCGCCGACTCACT;SOR=0.335;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=36;WE=36871772;WS=36871754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr13	36886469	rs2274293	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,67:0.28:237
chr13	36939688	rs3736919	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=74;SC=CTATAAACCGCCTATTGATAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=36939696;WS=36939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	36939758	rs3736920	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=721;SC=TGAAATATTTATCCAACTTTA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=36939766;WS=36939748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	36940028	rs1041140	G	A	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=52;PP=1494;SC=TACAGAGCCAGTCACCAAATC;SOR=2.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=36940036;WS=36940018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	36940123	rs1041139	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=258;SC=CCTGGATTCCTGCAGTAGCTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=36940131;WS=36940113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	36942533	rs1056850	G	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=532;SC=AATAAAATACGCTCCAAAATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=36942541;WS=36942523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	37007040	rs4245378	A	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	37007501	rs9576049	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-3.719;SC=AAAGTTGATTGATTTATTTTC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=37007518;WS=37007491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	37007507	.	TTTTC	T	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.566;NF=0;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-3.588;SC=GATTGATTTATTTTCTTTCTT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=37007518;WS=37007491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	37014366	rs2282411	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=687;ReadPosRankSum=0.309;SC=GCCAAGGAGCGTAAAAATCAA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=31;WE=37014374;WS=37014356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr13	37401917	rs11285105	GT	G	2227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=1439;SC=CATCTACATGGTTTTTTATCT;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=45;WE=37401925;WS=37401907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	37439964	rs3748305	C	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=33;PP=971;SC=ATGATTCCACCAGGAAACTTA;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=37439972;WS=37439954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	37453293	rs10658358	C	CCTCT	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=0.188;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr13	37524255	rs3818380	A	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=606;SC=AAAACGTATCAGTTTAAAGTC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=37524263;WS=37524245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	37526560	rs6563506	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=9;PP=378;SC=GGCTTGATGAGGGGAGCAAGG;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=37526568;WS=37526550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	37563791	rs2243710	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=55;SC=CTTGCTTTGGCTCAAACACTG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=37563799;WS=37563781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	37569200	rs2323165	A	G	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=23;PP=797;SC=ATTAAAAATCACTTTTGAAAA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=37569208;WS=37569190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	37581051	rs9576154	T	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=875;SC=AAGTCTAAGCTAATAGCATGT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=37581059;WS=37581041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	37582470	rs77746430	G	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	37584838	rs7317750	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=29;PP=999;SC=AAAGTTTGAAGGCTACCAGGG;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=37584846;WS=37584828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	37598113	rs4943441	A	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=986;SC=AAGCTGTCTTAAGAAACACTA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=37598121;WS=37598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	37600199	rs4941856	A	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=57;SC=TACAACAGAGACCCATAAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=37600207;WS=37600189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	37618442	rs34587536	CA	C	147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=144;SC=AAGCAAGGATCAAAAAAAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=37618450;WS=37618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	37621528	rs1199983	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	37625601	rs1543738	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=12;PP=742;SC=AACACAAATTTGAACATACTG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=37625609;WS=37625591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	37625770	rs5802853	A	AG	369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=11;PP=536;SC=GGCTATTAAGAGAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=37625778;WS=37625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	37804353	rs1408229	A	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=76;PP=2632;SC=ACCACAAGTAACAGAAGTGGC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=37804361;WS=37804343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	38137270	rs139221248	A	ACCACAGGAGGCTAACT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	38138730	rs4390468	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AGAAATACTTCGCAATTATGG;SOR=0.315;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=26;WE=38138738;WS=38138720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr13	38143325	rs58863577	CT	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=2.362;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr13	38154905	rs9315504	T	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=914;ReadPosRankSum=3.048;SC=TGTAACTACATAATTAAGTTT;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=52;WE=38154913;WS=38154895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr13	38154959	rs9576307	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CTGAGGCCACGGGAACAGCTT;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=9;WE=38154967;WS=38154949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr13	38156706	rs2274082	T	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.595;SC=ACATTGAAGTTTCTCCCGGTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=38156714;WS=38156696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	38164445	rs1006416	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=760;SC=AAGTTAATAAGTCAGTTAAAA;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=38164453;WS=38164435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	38166357	rs9603229	T	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=420;SC=GATACATTTTTACATAAATTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=38166365;WS=38166347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	38172896	rs3829365	G	C	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=72;PP=1888;ReadPosRankSum=-2.103;SC=AGTCCCCGAAGAGAACTGGCA;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=68;TCR=117;TR=112;WE=38172904;WS=38172886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,119:0.60:198
chr13	38237872	rs2985171	A	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=56;PP=1990;SC=CTGTACTGGAAAAAACAGAGA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=38237880;WS=38237862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	38266000	rs7329237	G	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=170;SC=CTTTGGGGGTGAGGTTCTTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=38266008;WS=38265990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	38320594	.	TA	T	93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=93;QD=14.1428571429;SC=AGGAGGCACCTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=38320602;WS=38320584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr13	38357494	rs12583681	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=673;ReadPosRankSum=1.854;SC=CTATTTCTTCGTCTCTGAAAG;SOR=0.483;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=46;WE=38357502;WS=38357484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr13	38924083	rs2231330	A	T	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=90;PP=2965;SC=ACCGACTGCCATAATTCCTGG;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=148;TCR=91;TR=236;WE=38924091;WS=38924073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr13	38924263	rs2231332	T	C	6357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=116;PP=2965;SC=TGATCCGAGCTTTTCCAACAA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=103;TCR=116;TR=219;WE=38924271;WS=38924253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr13	38930893	rs2481880	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=194;SC=TCAAAAAATACGAGAAACACT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=38930901;WS=38930883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	38931144	rs9548318	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=349;SC=CCACATTTCATTGATTTAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=38931152;WS=38931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	38931650	rs34489703	G	GTT	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=32.32;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	38932174	rs71720939	TTG	T	33.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=187;SC=TCTTATAGTTTTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38932183;WS=38932164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	38932545	rs11381230	G	GT	213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	38932648	rs2485786	C	T	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=54;SC=AAAATTGTTTCTTGTAGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=38932656;WS=38932638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	38932681	rs2485785	G	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	39262057	rs1868464	G	A	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;PP=2965;SC=TCGTGGAAGAGCTGCTGGGGA;SOR=0.826;Source=Platypus;TCF=119;WE=39262065;WS=39262047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr13	39263714	rs2496423	T	C	15276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=274;NR=255;PP=2965;SC=AGTGACTCAGTCCCCCACAGA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=275;TCR=255;TR=529;WE=39263722;WS=39263704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr13	39266484	rs1868463	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1232;ReadPosRankSum=0.887;SC=TCTACACTTCGCACTCTAGCC;SOR=0.359;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=78;WE=39266492;WS=39266474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr13	39338612	rs2442370	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=507;SC=TTATTTCTGTTTTAAAATTTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=39338620;WS=39338602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	39450583	.	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	39542531	rs7323023	A	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=804;ReadPosRankSum=2.223;SC=ACTGCACAACACTTACCTTGG;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=48;WE=39542539;WS=39542521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr13	39546530	rs8000175	C	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=481;SC=CAGGTCTCTGCGGGTACTCAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=39546538;WS=39546520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	39618366	rs370553701	TTGTG	T	764	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.713;NF=0;NR=23;PP=372;ReadPosRankSum=1.970;SC=CTGAATATGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=23;WE=39618379;WS=39618356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr13	39622075	rs9532318	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=670;SC=GTTTCTTTCCTGGGAATATTT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=39622083;WS=39622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	40229724	rs7327779	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,39:0.24:162
chr13	40229842	rs67765306	A	AG	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=0.775;SC=AGGTGGCAGCAGGGGGCGGGA;SOR=0.441;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=14;WE=40229850;WS=40229832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr13	40229891	rs3812882	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=237;ReadPosRankSum=0.246;SC=GGAAGTGGTCGCAGTGTCTGC;SOR=0.620;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=17;WE=40229899;WS=40229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr13	40229957	rs3812883	T	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=0.954;SC=GGCGACGACCTGCAACCCGCT;SOR=0.948;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=16;WE=40229965;WS=40229947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr13	40230043	rs3812884	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GGGCCGGAGTCACAGGTTCCT;SOR=2.526;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=7;WE=40230051;WS=40230033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	40230122	rs3812885	A	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=1.170;SC=TCCCGGCAGCAGAGGGACCGC;SOR=0.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=9;WE=40230130;WS=40230112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr13	40230216	rs3812886	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr13	40230229	rs3812887	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr13	40230294	rs3812888	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=1.945;SC=TGAACGGTGGTGCCTCGAGAA;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=42;WE=40230302;WS=40230284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr13	40233404	rs7330515	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=220;SC=TTAATGAAAATAAATCATTTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=40233412;WS=40233394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	40238162	rs4636783	C	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=860;SC=TTATTGACAGCATACCTAGAA;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=40238183;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	40238175	rs67976778	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=0.251;SC=ACCTAGAAAGCAATAAGACAG;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=17;WE=40238183;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr13	40238387	rs4566029	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=635;SC=AACAGACTGATTCACCTTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=40238395;WS=40238377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	40239139	rs7991151	G	A	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=118;SC=GATCTCATTTGTTTTAAGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=40239147;WS=40239129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	40253901	rs4941940	A	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=190;SC=GTGAAGTTATACTCTGACAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=40253909;WS=40253891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	40256483	rs4346098	G	A	225.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.674;SC=TATCAAAAGCGTATATAATAG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=40256491;WS=40256473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr13	40263979	rs9548882	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	40268930	rs9548886	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=0.567;SC=AGCACAGTATAAGATTTTTTT;SOR=1.236;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=40268938;WS=40268920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	40293288	rs5803008	AT	A	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=486;SC=TAACTTTTACATTTTTTTTTA;SOR=4.407;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=27;WE=40293296;WS=40293278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	40297684	rs7985075	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=1.326;SC=TAGCTGTGTTCTCCTGGGAAA;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=33;WE=40297692;WS=40297674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr13	40298805	rs9532421	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=117;SC=TATCTCTTGACATGCTGTATT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=40298813;WS=40298795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	40301763	rs9548899	T	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=1.121;SC=TGGAAAAAAATTTATTTTCAA;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=40301771;WS=40301753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	40325310	rs4245396	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AATTTTTACTCTATAATTTGA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=40325318;WS=40325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr13	41382711	rs17849654	A	T	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=2121;ReadPosRankSum=2.224;SC=CAGAACCTTTATAAATGTTGT;SOR=0.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=122;WE=41382719;WS=41382701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr13	41382807	rs60754171	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=10;NR=29;PP=720;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTGATC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=41382815;WS=41382797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	41515286	rs1056820	T	A	5501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.919;SC=TTTAGAACTGTAGTGGCTCCT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=330;TCF=161;TCR=169;TR=231;WE=41515294;WS=41515276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,239:0.69:344
chr13	41517985	rs3764056	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=544;ReadPosRankSum=0.916;SC=TACCCTTTCCATCTTTGTTTT;SOR=1.361;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=38;WE=41517993;WS=41517975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr13	41523876	rs9525435	T	C	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.094;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1559;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CTATGTAGAATAAAAGTGATA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=104;TCR=56;TR=107;WE=41523884;WS=41523866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,114:0.67:170
chr13	41525586	rs3736953	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=-1.973;SC=CAACACATTTAAAGAGAAAAT;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=32;WE=41525594;WS=41525576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr13	41533052	rs7799	T	C	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AATCATGTCATTGGGCTCTTC;SOR=0.674;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=302;TCF=180;TCR=122;TR=198;WE=41533060;WS=41533042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,211:0.65:325
chr13	41705495	rs584594	A	G	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=106;PP=2965;SC=CAGACAGCTAAAGTGGTGACA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=117;TCR=106;TR=223;WE=41705503;WS=41705485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr13	41706800	rs9566703	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=230;SC=ACCCCGCAGAACCGCCTCCCG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=41706808;WS=41706790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	41767338	rs2039134	A	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-1.142;QD=25.30;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr13	41767341	rs2039135	A	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-1.280;QD=25.65;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr13	41791440	rs2274903	T	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-1.251;SC=ATTTATTTAATTTCTTTGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=20;WE=41791448;WS=41791430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr13	41797601	rs2026469	A	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TTTCTAAAAGACATATATACA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=41797609;WS=41797591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr13	41807950	rs3751344	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=738;ReadPosRankSum=0.024;SC=CAGACACTCATATAGGACTAT;SOR=1.348;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=42;WE=41807958;WS=41807940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr13	41834578	rs66465270	GT	G	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.385;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	41834744	rs2297555	C	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=1619;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTCGGTTTTCCTCATTCACAG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=104;WE=41834752;WS=41834734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,111:0.59:187
chr13	41835076	rs3215932	T	TA	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=683;ReadPosRankSum=-0.138;SC=ACACAGTCTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=16;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr13	41835089	rs1332940	T	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=676;ReadPosRankSum=0.172;SC=AAAAAAATCATCTCTAAAGAT;SOR=1.469;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=18;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr13	41837220	.	C	T	20	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=20;QD=27.3856062736;SC=ATTTCAAGCACGTTAGAGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=41837228;WS=41837212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	41893105	rs2065498	T	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-1.745;SC=CTAATTCAAATTAAATTTGTA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=41893113;WS=41893095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	41902939	rs3812896	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=30;PP=944;SC=ATGCAGAAAATTGGTGTTATT;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=41902947;WS=41902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	41948051	rs9525478	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr13	41949804	rs6560982	G	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=512;SC=CTTTTCCAGGGTGCATTTTAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=41949812;WS=41949794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	42032572	rs7136	T	C	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1509;ReadPosRankSum=0.502;SC=GCAGCGCCAGTGTCAGCGACA;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=121;WE=42032580;WS=42032562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,131:0.65:202
chr13	42042873	rs150442518	ACT	A	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.255;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,24:0.16:151
chr13	42043086	rs2324791	C	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=289;SC=TCATCCTAAGCCTTCTATAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=42043094;WS=42043076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	42044508	rs396963	A	G	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=27;PP=1414;SC=TGGGAAGCCCAGCATTGAGTT;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=42044516;WS=42044498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	42144853	rs9562321	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=504;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CTGGAGGTAAAAGAAGTTGCA;SOR=0.496;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=41;WE=42144861;WS=42144843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr13	42189232	rs3862741	C	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
chr13	42275473	rs7322461	A	G	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=111;SC=ATTTTAATCCATCTTTTAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=42275481;WS=42275463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	42277675	rs9315858	A	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGAGTTATACATCATTTTATT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=42277683;WS=42277665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	42361743	rs112297676	T	TAC	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.873;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	42390740	rs78527162	G	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=558;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TAAAATACCAGCTTAAAAAAT;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=37;WE=42390748;WS=42390730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr13	42390761	rs75585975	T	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=799;ReadPosRankSum=0.976;SC=AGATTTTAAGTACTGAATTCT;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=48;WE=42390769;WS=42390751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr13	42393618	rs2274812	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.805;SC=GGGCTATCATACTGTTAATAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=42393626;WS=42393608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr13	42404710	rs41288297	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTCCTTTAAACGCATATACCT;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=46;WE=42404718;WS=42404700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,48:0.32:152
chr13	42438834	rs117455837	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=2.036;SC=AGCTACTGTTTAATGAGTACA;SOR=1.161;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=31;WE=42438842;WS=42438824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr13	42439498	rs76291279	G	A	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	42465490	rs7332372	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=1005;SC=CCATGTCTTACACAATAAAAT;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=42465498;WS=42465480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	42481712	rs2003064	C	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=69;PP=2569;SC=TAGAGTGTGACAGAACTTGCC;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=158;WE=42481731;WS=42481702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	42486399	rs2875457	C	T	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=236;SC=ATATATATAACGTATATAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=42486407;WS=42486389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	42703682	rs3742261	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=24;PP=1826;SC=TTTTTTTCATTAACAGTCTCT;SOR=1.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=42703690;WS=42703672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	42729441	rs3208827	C	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=23;PP=1448;SC=TCACTCCATTCAGAAGGCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=42729449;WS=42729431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	42748077	rs373481342	ATG	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr13	42748118	.	TG	CG	1164	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=11,17;NR=8,9;PP=12,1164;QD=2.46164276564;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=19,26;WE=42748126;WS=42748108;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr13	42748118	rs140630635	TG	TGCG	2073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=11,17;NR=8,9;PP=12,1164;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SOR=1.473;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=19,26;WE=42748126;WS=42748108;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:50
chr13	42748136	rs9590674	T	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=21;PP=1587;SC=TATGAGATGCTAACAGTTAGT;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=42748144;WS=42748126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	42764439	rs1170119	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=721;SC=TCTGGAATTTTGTTTGGCATA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=42764447;WS=42764429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	42764564	rs7324235	C	G	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=82;PP=2698;SC=CAGTTCACCCCTGTGAACCAG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=170;WE=42764572;WS=42764554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	42774088	rs150203768	TA	T	187.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=144;SC=TTATCTTACTTAAAAAAAATA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=42774096;WS=42774078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	42780367	rs17063019	A	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=611;SC=GCTGTTGAATAGTAGTTTAAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=42780375;WS=42780357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	42780398	rs9594704	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=177;SC=ATATTTTGCATTGGGTAAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=42780406;WS=42780388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	42783012	rs168329	G	A	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	42803130	rs369829	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=463;SC=CCAATTTTCTATTTTCAATAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=42803138;WS=42803120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	42803341	rs545602	T	C	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=86;PP=2865;SC=TGGTGCTATTTCTTGGAAGAG;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=147;WE=42803349;WS=42803331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr13	42869720	rs3835266	A	AG	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=265;SC=ATCCTTTTCAAGCAGACAGCA;SOR=2.670;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=42869728;WS=42869710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	42876988	rs185419553	A	G	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2165;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CAGTATGCCAATAGGCTTGCC;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=140;WE=42876996;WS=42876978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,141:0.63:223
chr13	42882762	rs238314	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=19;PP=580;SC=ACACTTTTGCATATAATTGTG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=42882770;WS=42882752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	42888230	rs9566957	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=275;SC=GTCCACTTTTAGATCCTTTGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=42888238;WS=42888220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	43148565	rs2296533	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-0.273;SC=ACCAGCCCCCTGCCGCCTCCC;SOR=0.974;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=24;WE=43148573;WS=43148555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr13	43155443	rs2277439	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AGTCCACATCGAGGCTGATAA;SOR=1.185;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=37;WE=43155451;WS=43155433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr13	43358176	rs1324422	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=382;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GCTATGCTTTGTTGTTTCTTG;SOR=1.155;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=30;WE=43358184;WS=43358166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr13	43463299	rs1323864	T	C	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=65;PP=2169;SC=GCCTCACCTATTGTATCAGAG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=126;WE=43463307;WS=43463289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	43469157	rs1128105	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=44;PP=1550;ReadPosRankSum=-1.087;SC=AGCTGTTACCGCTATTCATAT;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=116;WE=43469165;WS=43469147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,128:0.68:189
chr13	43469211	rs1359184	G	A	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GTTGACTTTTGCCTTGGAGTC;SOR=0.471;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=125;WE=43469219;WS=43469201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,135:0.70:193
chr13	43474371	rs4942174	C	T	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=19;PP=1774;SC=TATCGTAATGCTTTCCTAAAA;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=84;WE=43474379;WS=43474361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	43566099	rs942311	T	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1319;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GAAGCCAGGTTGTTAAAATAC;SOR=0.849;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=105;TCR=41;TR=86;WE=43566107;WS=43566089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,96:0.60:160
chr13	43566373	rs3825511	A	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=807;SC=AGCGAGTCTCAAGATGGGATT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=43566381;WS=43566363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	43597706	rs17553284	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=1.378;SC=CTAGTTTGTCCCTACGGCCGC;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=25;WE=43597714;WS=43597696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr13	43597865	rs12015	A	G	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1471;ReadPosRankSum=-1.317;SC=CGACCAGCAGAGACTGGTGAG;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=248;TCF=136;TCR=112;TR=110;WE=43597873;WS=43597855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,113:0.44:259
chr13	43597932	rs2281777	C	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CTTCAGCCCCCTCTACCGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=264;TCF=129;TCR=135;TR=102;WE=43597940;WS=43597922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,106:0.39:275
chr13	43597977	rs2281778	C	G	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr13	43597980	rs2281779	G	A	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,54:0.33:162
chr13	43597995	rs2281780	G	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GTGCCCTAGCGCTCACTTGTT;SOR=1.154;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=41;WE=43598003;WS=43597985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr13	43788036	rs703206	T	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=831;SC=GGTTGCGTGCTGGACCAACCC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=43788044;WS=43788026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	43788158	rs703207	G	A	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=2048;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AAGGCACACAGCTTCCATCTT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=135;WE=43788166;WS=43788148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,142:0.64:221
chr13	43798077	rs9533433	A	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=376;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGGGCTGATCAACCCCCATAG;SOR=1.300;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=24;WE=43798085;WS=43798067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr13	43798348	rs2289774	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TGCTGTCTAATCCCAGTGACT;SOR=0.123;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=43798356;WS=43798338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr13	43839494	rs4306408	G	A	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=69;PP=2965;SC=TTCAACCAACGTCAAGCAAGA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=116;TCR=69;TR=184;WE=43839502;WS=43839484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr13	43843569	rs41288327	G	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=52;PP=2273;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GGGGTGTTTGGACTGATTCAT;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=127;WE=43843577;WS=43843559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,136:0.62:221
chr13	43843812	rs730210	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GAAGATGTTTACAAGTCTTGA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=17;WE=43843820;WS=43843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr13	43872419	rs4451860	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	43930337	rs2281713	A	G	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CAATGGCCACAGTTTTGGTCC;SOR=0.884;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=78;WE=43930345;WS=43930327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,87:0.74:118
chr13	43986771	rs2296041	G	A	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	44411432	rs9567280	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1036;ReadPosRankSum=0.259;SC=TTGCATTCCAATGCATTTTCT;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=66;WE=44411440;WS=44411422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr13	44434281	rs142300402	TAATG	T	78.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	44434295	rs118138766	A	T	87.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	44457925	rs3764147	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=804;ReadPosRankSum=1.052;SC=TTCCAATGACATCTGGATTAT;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=59;WE=44457933;WS=44457915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr13	44734696	rs4942287	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=365;ReadPosRankSum=2.168;SC=AAGTGGTTCTATTAAAATAGC;SOR=0.289;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=29;WE=44734704;WS=44734686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr13	44948295	rs201663302	T	TG	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.06;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	44948302	rs199705926	GA	G	1057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.08;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	44964723	rs2281848	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=37;PP=973;SC=AGGTGACCTGCAGCCTCCTTT;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=44964731;WS=44964713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	44969907	rs1467624	G	A	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=56;PP=2685;SC=GATTTGACTCGTAATTCTAAC;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=146;WE=44969915;WS=44969897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	45010283	rs1555781	T	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=38;PP=1137;SC=TATCTTAAGCTTCCAAGATAA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=45010291;WS=45010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	45090580	rs1336164	C	T	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=255;SC=GGGACTTCGGCATAAAGGCTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=45090588;WS=45090570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	45147305	rs144252895	T	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TTACCTCTCATCCTCGCCATC;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=44;WE=45147313;WS=45147295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr13	45517486	.	AAC	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr13	45556056	rs148833607	T	TCATGTTTAACATAAAACATAAAA	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=0.842;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr13	45563464	rs1140993	G	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=30;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AGAACATCCAGCTGTCCCGCG;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=113;TCR=45;TR=103;WE=45563472;WS=45563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,106:0.67:159
chr13	45912634	rs9595305	T	C	428.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=3.299;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CCCTAAGAATTTTTTACATAT;SOR=2.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=45912642;WS=45912624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr13	45914957	rs2234216	T	C	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=94;PP=2263;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACCGTGCGCCTGGCGCCGCCA;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=76;TCR=137;TR=145;WE=45914965;WS=45914947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,150:0.67:225
chr13	45973271	rs75119407	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.850;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.578;SC=GCTACAACCACCATCAAAGGC;SOR=0.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=45973279;WS=45973261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr13	45980223	rs35419409	A	AT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr13	45982934	rs6561227	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TGAAAAATCTGTCATGCTATT;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=45982942;WS=45982928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	45985705	rs4941527	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TATTTGGAGAGTGCTATCACC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=45985713;WS=45985695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	46039407	rs11619408	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=0.438;SC=CGGGCGCCCCGGCAGGACCCC;SOR=1.139;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=19;WE=46039415;WS=46039397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr13	46060474	.	C	CGGGAGACGGAGA,CGGAGA	946.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.901;NF=20;NR=3;PP=789;ReadPosRankSum=-1.152;SC=AGACGGGAGACGGGAGAGGGA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=23;WE=46060482;WS=46060464;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:28
chr13	46066163	rs3014948	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CCAACCATTTTCCGTTCTTCA;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=21;WE=46066171;WS=46066153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr13	46077381	rs3014960	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=0.769;SC=TTATACAGCAGATTGCACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=46077389;WS=46077371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr13	46085699	rs2985969	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-1.242;SC=ATGTTTCCAGGGATGACTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=46085707;WS=46085689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	46085864	rs2985970	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=925;ReadPosRankSum=1.526;SC=GTTTTGTCAAATGCCACAGGC;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=57;WE=46085872;WS=46085854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr13	46093284	rs3818456	C	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=0.141;SC=CCTTAGATTTCCTTTTGAATT;SOR=1.207;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=37;WE=46093292;WS=46093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr13	46098994	rs3014966	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=297;ReadPosRankSum=1.007;SC=CATTGTGTTTTAATAGGTTTA;SOR=1.387;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=13;WE=46099002;WS=46098984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr13	46099243	rs2985984	A	G	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=785;ReadPosRankSum=-2.127;SC=GTTTGCATTTATATAGTCCTT;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=48;WE=46099251;WS=46099233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr13	46103935	rs2274285	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GCAAAGGTCAATGACCTTGCG;SOR=0.654;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=64;WE=46103943;WS=46103925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr13	46104130	rs2274286	G	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.945;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=-2.001;SC=TTTTCCTTTTGCTGTAGACAT;SOR=2.030;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=36;WE=46104138;WS=46104120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr13	46105021	rs66498730	AT	A	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=623;ReadPosRankSum=2.176;SC=AATTTAAAAAATATTACCTTC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=16;WE=46105029;WS=46105011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr13	46108643	rs3014901	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TTTTTTTTTTTCCATTCTAAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=46108651;WS=46108633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	46108853	rs3014902	T	C	5311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.63;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	46108853	.	TG	CA,CG	1206	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=39,64;NR=42,70;PP=1206,531;QD=15.5489861094;SC=CTTCTGCTGTTGGTTTCTAAA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=81,134;WE=46108862;WS=46108843;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:135
chr13	46108854	rs2985989	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr13	46148943	rs140782618	TG	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr13	46170609	rs3014939	C	T	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.857;NF=65;NR=49;PP=1441;ReadPosRankSum=1.283;SC=GCCTTTTCCTCTTCTAGATAT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=203;TCR=156;TR=114;WE=46170617;WS=46170599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,123:0.32:380
chr13	46170719	rs142875900	CCCAGATACTCTTCCTCCT	C	1725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.30;MQRankSum=9.692;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,58:0.26:222
chr13	46276503	rs872556	G	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CATGAGCCCTGAAAAACACCA;SOR=0.745;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=76;WE=46276511;WS=46276493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,79:0.29:274
chr13	46276766	rs17068928	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TCTACACGTTCTTTCAGACTC;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=46276774;WS=46276756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr13	46277016	rs755428	A	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GAAGGATGTAACCTATCAGTG;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=80;WE=46277024;WS=46277006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,83:0.34:242
chr13	46287153	rs9316154	A	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=473;SC=TGACAAGGATAGGCCACATTT;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=46287161;WS=46287148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	46288145	rs7317245	A	G	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=49;PP=2142;SC=CGCCCTGCGGAAGATGGTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=46288153;WS=46288135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	46541673	rs9534264	T	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=24;PP=1185;SC=ATTTATTTGTTTCTTCAAATC;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=46541681;WS=46541663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	46550061	rs11428563	G	GT	280.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=247;SC=TTTTATCTGTGATAGGGTCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=46550069;WS=46550051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	46562935	rs1134071	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=55;PP=2216;SC=CCCTCCTTTCATGGCGTCGAT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=131;WE=46562943;WS=46562925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	46616462	rs3783200	A	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=658;SC=AACAACAAAAATCTGTATTTA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=46616470;WS=46616452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	46619026	rs962694	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=792;SC=CAGATTTTTATACTAGATAAA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=46619034;WS=46619016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	46619068	rs116151828	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr13	46619316	rs3736944	T	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=100;SC=GATATATTACTCCCCAAATAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=46619324;WS=46619306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	46627677	rs1049669	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1263;SC=TAAAAATAATTTGATACAATG;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=46627685;WS=46627667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	46629944	rs1926447	A	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=42;PP=1631;SC=ATTTTTACTAATTTTCTCAAT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=103;WE=46629952;WS=46629934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	46629995	rs1926446	C	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=46;PP=1617;SC=CTGGAAGCAACAAGATATAGA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=46630003;WS=46629985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	46641324	rs151045790	TA	T	423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=305;SC=CAATAAAAGTTAAAAAAAATT;SOR=3.383;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=14;WE=46641332;WS=46641314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	46641466	rs9316179	A	G	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=64;PP=2433;SC=AGTCATAACCATCCACATTAA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=150;WE=46641474;WS=46641456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	46641481	rs7337140	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=68;PP=2424;SC=CATTAACCACTGGCATAACAT;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=148;WE=46641489;WS=46641471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	46648094	rs3742264	C	T	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TTTTTGGCTGCTTGTTCTTTT;SOR=1.499;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=97;WE=46648102;WS=46648084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr13	46656669	rs2296642	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=42;PP=1217;SC=GATCTTCCACATCTGCCAGCA;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=46656677;WS=46656659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	46705068	rs11558762	C	A	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TACTAATCTTCGGGTCCTATG;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=101;WE=46705076;WS=46705058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,104:0.61:170
chr13	46708291	rs4941543	T	C	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=67;PP=2965;SC=GAACTTTTCTTTGCTTCCCTC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=171;WE=46708299;WS=46708281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	46717047	rs9534341	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr13	46717246	rs2182485	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=0;PP=579;SC=AATAAGCAATTGACTGAAATA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=46717254;WS=46717236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	46722703	rs10631906	C	CTTAA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=154;SC=CAGAATGTAACTTAACAAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=46722711;WS=46722693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	46728771	rs4258501	T	C	183.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GTCTCCCTTCTTTGCTGCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=46728779;WS=46728761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr13	46728924	rs2296122	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-0.371;SC=ATTATGGTAACGGTGGGAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=50;WE=46728932;WS=46728914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,52:0.29:182
chr13	46836201	rs2764598	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=253;SC=AGAGAAAATCAATCCTTTCAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=46836209;WS=46836191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr13	46919092	rs259738	A	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=370;ReadPosRankSum=0.493;SC=AAGGAAAAGGATGTTGTTTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=46919103;WS=46919082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr13	46919762	rs259735	T	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AAAGAGGAATTCAGAAACCCA;SOR=1.705;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=31;WE=46919770;WS=46919752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr13	46919786	rs11617125	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.618;SC=ACACAGAGGACAGGGAAGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=21;WE=46919794;WS=46919776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr13	46928784	rs259697	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=617;ReadPosRankSum=-0.044;SC=ATCACTTTCCGATGAAACCTC;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=32;WE=46928792;WS=46928774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr13	46928887	rs182949672	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=804;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTTTGTGTTACATACACTTAC;SOR=0.690;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=75;WE=46928895;WS=46928877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,82:0.34:242
chr13	46930372	rs9526171	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr13	46930536	rs181977	C	A	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GTCATCACATCATAAGCAGGC;SOR=0.987;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=99;WE=46930544;WS=46930526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,106:0.62:172
chr13	46937058	rs34182015	CATATATATATATATAGATATATATATATATATAT	C	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	46937193	rs259699	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=589;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TTAGTGTGTGTATGCGGATGG;SOR=0.374;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=39;WE=46937201;WS=46937183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr13	46942081	rs2476664	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=495;ReadPosRankSum=2.401;SC=TTCCACTGGGAGTCTTGGAAT;SOR=1.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=22;WE=46942089;WS=46942071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr13	46946157	rs1408184	C	T	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=1911;ReadPosRankSum=1.130;SC=GCCAAAATCCCAGGGCTTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=123;WE=46946165;WS=46946147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,129:0.59:220
chr13	47127813	rs45540131	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.887;SC=CCCCCGGGCACGACCTCTCGG;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=25;WE=47127821;WS=47127803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr13	47243001	rs182354487	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.645;NF=5;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GTTTTCTTACATACTTGTCAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=47243009;WS=47242991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr13	47260054	rs842381	T	C	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=56;PP=2965;SC=AGTAGATCTTTCCTTGGTAAA;SOR=1.134;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=150;WE=47260062;WS=47260044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	47261970	rs842375	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=606;ReadPosRankSum=2.272;SC=ATATGATTGCTATTAATTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=32;WE=47261978;WS=47261960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr13	47273458	rs706621	G	C	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1345;ReadPosRankSum=0.621;SC=AACCCTGTGTGTTTTGTCCAC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=81;WE=47273466;WS=47273448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,85:0.62:136
chr13	47279375	rs11483731	C	CT	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.824;NF=11;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CACTTTGTATCTTTTTTTTTC;SOR=0.356;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=30;WE=47279383;WS=47279365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr13	47279454	rs842387	A	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.783;NF=32;NR=29;PP=961;ReadPosRankSum=0.833;SC=GGCTGCTGGTAGATTCACCAG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=61;WE=47279462;WS=47279444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr13	47279680	rs3832915	A	AT	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.724;NF=0;NR=17;PP=434;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GATTCTGTAGATTTTTTTACC;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=17;WE=47279688;WS=47279670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr13	47286574	rs183765460	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=2.750;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr13	47289958	rs9526223	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.571;SC=GAAAAGTGCACGTGGATTGTT;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=47289966;WS=47289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr13	47297352	rs7319836	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=958;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CCTTTGTATTGTAGTGTTTCT;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=70;WE=47297360;WS=47297342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr13	47302934	rs3742273	T	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=811;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TTACTCACAGTTACCTCAGTG;SOR=1.169;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=49;WE=47302942;WS=47302924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr13	47308109	rs2298086	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	47315984	rs3742274	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=644;SC=GTCCGCATAATGTCTGCACGT;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=47315992;WS=47315974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	47358540	rs8192889	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=668;ReadPosRankSum=-0.842;SC=ATGTGCACCATTAATACTGGG;SOR=0.498;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=43;WE=47358548;WS=47358530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr13	47408902	rs58145637	A	AT	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr13	47470824	rs6312	C	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=43;PP=1858;SC=TCTTCAGGGTCCACACATGAG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=47470832;WS=47470814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	48547467	rs7320366	A	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	48563008	rs6561424	G	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=1;PP=160;SC=CTTAAAAAATGTGACTTACGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=48563016;WS=48562998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	48563246	rs6561425	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=268;SC=GTCCAAAAATAAGGCATTCTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=48563254;WS=48563236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	48571213	rs8001509	C	T	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=70;PP=2170;SC=GTCACTCTTGCTAACTACTTG;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=104;WE=48571221;WS=48571203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	48575207	rs11316376	GA	G	5911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=75;PP=2969;SC=AGGGCACCCAGAAAAATGTCA;SOR=1.156;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=118;WE=48575215;WS=48575197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr13	48575292	rs9567972	C	T	8234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=152;PP=2965;SC=ACCCTCGAGACGACAGCGGAC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=134;TCR=152;TR=286;WE=48575300;WS=48575282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr13	48664556	rs3215817	TA	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr13	48670852	rs148239626	G	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.894;SC=ACAGTGTAGGGATATTTGTGT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=8;WE=48670860;WS=48670847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	48671081	rs1571256	A	G	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=TACTCTAGTCAATCATTTCTT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=180;WE=48671089;WS=48671071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	48828102	.	ATT	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.632;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	48878271	rs2854351	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=555;SC=TCGGCGGGGATCCGTCCTCGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=48878279;WS=48878261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	48878292	rs2252544	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=332;SC=CAGGGGCCGGGTCCCGGCGGG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=48878300;WS=48878282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	48919358	rs198617	T	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=17;PP=505;SC=TTTTATTAGGTTTACACTCTG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=48919366;WS=48919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	48921884	rs198616	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=344;SC=AAAAGAAGATAAATAAAGCAT;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=48921892;WS=48921874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	48947469	rs185587	G	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=169;SC=CTTGGGAGATGGAAAACATTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=48947477;WS=48947459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	48953655	.	C	CA	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=30;QD=17.0;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=48953663;WS=48953645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr13	48955676	rs2804086	T	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=197;SC=CTCAAGAACATATAGGGAATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=48955684;WS=48955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	49033747	rs198580	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=680;SC=TAATTAGAGCGATTTCATGAT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=49033755;WS=49033737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	49034022	.	A	AT	3000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=58.58;NF=1;NR=102;PP=3000;QD=20;SC=TTGTTAACTGATTCTTTCTTT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=1;TCR=106;TR=103;WE=49034030;WS=49034012;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,103:0.96:107
chr13	49051012	rs3020646	C	T	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=93;PP=2797;SC=TTCCAGTAGCCGAGATGGTCA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=54;TCR=94;TR=147;WE=49051020;WS=49051002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	49107241	rs7997110	T	C	9578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=211;PP=2965;SC=GGCGCCGCGATGAGTTGGCGC;SOR=1.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=122;TCR=211;TR=333;WE=49107249;WS=49107231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr13	49684341	rs3834947	C	CT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.315;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	49684436	.	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.609;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr13	49752915	rs1407826	A	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=8;PP=212;SC=CTGTCACCCAAGCTGCTGCAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=49752923;WS=49752905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	49765308	rs200334250	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=604;ReadPosRankSum=1.817;SC=AGGAAGTATTCGTCTTGTTAA;SOR=0.393;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=51;WE=49765316;WS=49765298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,52:0.34:155
chr13	49794650	rs9568169	C	A	5179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ACGTGGTGACCGTGATGCTGA;SOR=0.978;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=368;TCF=203;TCR=165;TR=225;WE=49794658;WS=49794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,235:0.62:379
chr13	49839889	rs9535182	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AGCTTTTTGGAGTCCTCAATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=49839897;WS=49839888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	49839979	rs7326191	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=886;ReadPosRankSum=1.434;SC=ATACACAAATGTCTGTCTAAA;SOR=0.218;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=55;WE=49839987;WS=49839969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr13	49840024	rs6561512	A	G	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=63;PP=2965;SC=GGATTACTGGAAGCAGCTAAG;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=164;WE=49840032;WS=49840014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr13	49852377	rs2274150	A	G	395.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=1.130;SC=TACTGTAGAAAATTGAATGAA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=49852385;WS=49852367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr13	49852430	rs2274149	T	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=-1.291;SC=AAAAATACATTGCAAAGTGTC;SOR=0.281;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=19;WE=49852438;WS=49852420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr13	49854941	.	A	AATTATTATTATT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.383;NF=0;NR=7;PP=1603;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AGTTTCAACAAATTATTATTA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=49854949;WS=49854931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	49865727	rs143390986	G	GCC	1649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=888;ReadPosRankSum=0.422;SC=TTTAACTTAAGCATTGTTTTG;SOR=0.296;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=20;WE=49865735;WS=49865717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr13	49865748	rs6561514	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=18;PP=1005;SC=CTCTTACAACATGTAAGGCTG;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=49865756;WS=49865738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	49866869	rs3751418	G	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.677;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GAAACATTCAGAAAATTATTC;SOR=1.539;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=19;WE=49866877;WS=49866859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr13	49885216	rs912547	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=64;PP=1796;SC=CCTCACCCACACTACTCGCGT;SOR=3.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=77;WE=49885224;WS=49885206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	49934045	rs9535208	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	49951027	rs111664849	G	GTAGATAGATAGATAGATAGA	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=450;ReadPosRankSum=0.532;SC=AAGTTGAATAGTAGATAGATA;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=3;WE=49951035;WS=49951017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr13	49951142	rs8002829	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.805;NF=36;NR=31;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TCAGTGTCACTAGCAGGCCAC;SOR=0.738;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=67;WE=49951150;WS=49951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr13	49951193	rs8002858	T	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=679;ReadPosRankSum=-0.984;SC=CTGCTTCTGTTGGGGGTTCTT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=59;WE=49951201;WS=49951183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr13	49951310	rs8002153	G	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GAATAAAAATGTTTAGGCCAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=49951318;WS=49951300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr13	50007393	rs7998660	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr13	50008112	rs3764091	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=567;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTTTTAGTTCGCACCTTTACT;SOR=0.363;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=36;WE=50008120;WS=50008102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr13	50008301	rs3764090	A	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=75;PP=1782;ReadPosRankSum=0.934;SC=TACGTTCTGAACAGCAACTTA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=112;TCR=167;TR=126;WE=50008309;WS=50008291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,129:0.45:285
chr13	50035151	rs721457	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GATTAAATGAGATAAAATATG;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=50035159;WS=50035141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr13	50035208	rs2077848	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=0.274;SC=AGGTAATGGTGATGCTGTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=32;WE=50035216;WS=50035198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr13	50038080	rs12429813	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=1.843;SC=CTGCCTCTGGGATAAGTCATC;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=50038088;WS=50038070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	50050620	rs7998427	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=604;ReadPosRankSum=-1.254;SC=AGAACAACAGAAAATAAGGAA;SOR=0.459;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=31;WE=50050628;WS=50050610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr13	50054308	rs4142285	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=866;ReadPosRankSum=0.948;SC=CTCTTGACTTGACTTGCTGCT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=61;WE=50054316;WS=50054298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,64:0.41:155
chr13	50054346	rs7996852	G	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1311;ReadPosRankSum=0.509;SC=TCCATTGCCTGCCTTTTAGAA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=120;TCR=77;TR=84;WE=50054354;WS=50054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,89:0.42:210
chr13	50057097	rs2057413	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGAGCTTACTGTGTAAGTAAC;SOR=1.781;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=27;WE=50057105;WS=50057087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr13	50057633	rs11619265	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=1.031;SC=CAAGAATTCAATATCATTCAG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=28;WE=50057641;WS=50057623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr13	50080847	rs2031532	A	G	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1321;ReadPosRankSum=-1.891;SC=ATAATGTCCTATACTTTGCAC;SOR=0.821;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=89;WE=50080855;WS=50080837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,93:0.57:162
chr13	50092127	rs66480424	TACTC	T	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=917;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AACAGGTACTTACTCAGTAAA;SOR=1.489;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=50092138;WS=50092117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr13	50095127	rs3765526	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.367;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr13	50098407	rs144805189	TAAAAC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	50100090	rs7322908	T	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=0.129;SC=GGATCATCTGTGGTCAGCAGT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=13;WE=50100098;WS=50100080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr13	50100389	rs7323493	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=0.428;SC=GCTGCTGCTGTTGCCATCTAA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=22;WE=50100397;WS=50100379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr13	50100627	rs10546233	GTT	G	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.542;QD=16.39;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr13	50100637	rs371713260	ATATT	A	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr13	50100647	rs61960012	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.955;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr13	50100667	rs6561533	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ACAATATACTGTACAGGTGAT;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=50100675;WS=50100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	50102810	rs1046295	G	A	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1708;ReadPosRankSum=0.292;SC=AGGGATTACCGTTTCCTAAGC;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=140;TCR=116;TR=126;WE=50102818;WS=50102800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,132:0.49:267
chr13	50108252	rs7317982	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=602;ReadPosRankSum=0.816;SC=CCAGCAGCCTTGCGCTTCAGT;SOR=0.349;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=59;WE=50108260;WS=50108242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr13	50115669	rs1536195	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.570;SC=CACAATACTACTTTTAAAGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=50115677;WS=50115659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	50121211	rs1570883	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	50121511	rs1570884	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=427;ReadPosRankSum=0.552;SC=TTAACCTTCAATATCAATTGC;SOR=1.209;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=29;WE=50121519;WS=50121501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr13	50123622	rs3751384	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=486;ReadPosRankSum=-1.326;SC=ACGAGACGGCGGGAGTGGCAA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=32;WE=50123630;WS=50123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr13	50126382	rs2274278	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=852;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TTGTTTCCCAGGCCCAGCTGA;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=53;WE=50126390;WS=50126372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr13	50129615	rs2274284	A	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=52;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.541;SC=ATTGAAAAAGAAGGTAGAAAG;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=221;TCF=124;TCR=97;TR=115;WE=50129623;WS=50129605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,121:0.52:231
chr13	50134358	rs12146924	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=379;ReadPosRankSum=1.261;SC=TAAGTAACCATGGACAGAGTA;SOR=0.968;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=24;WE=50134366;WS=50134348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr13	50141345	rs4942848	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=789;ReadPosRankSum=0.246;SC=GAAGACACACGCCTTCCGAAT;SOR=0.784;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=61;WE=50141353;WS=50141335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr13	50244041	rs9535292	T	C	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.687;SC=AGGATGGCACTGTAGACACAT;SOR=1.411;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=70;TCR=111;TR=177;WE=50244049;WS=50244030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr13	50260905	rs6561552	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=55;PP=1643;SC=CAACTCAATTTACATTTTTCA;SOR=3.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=64;WE=50260913;WS=50260895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	50275515	rs7446	C	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1161;ReadPosRankSum=0.159;SC=TCAGATCACACTGCACCTCTT;SOR=0.303;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=82;WE=50275523;WS=50275505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,86:0.55:156
chr13	50276679	rs12877931	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.629;SC=ATCAAAACCACACTCATTTTA;SOR=0.999;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=21;WE=50276687;WS=50276669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr13	50295961	rs9535309	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=0.101;SC=GTTATCAAACAAACAAACAAA;SOR=0.984;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=9;WE=50295969;WS=50295951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr13	50296026	rs9535310	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=30;PP=2176;SC=GTCCCCTGTATATGAATTCCT;SOR=1.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=106;WE=50296034;WS=50296016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	50296115	rs1127021	C	T	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.508;SC=CCATAGGCGGCGGGGGATCCT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=109;TCR=84;TR=190;WE=50296123;WS=50296104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr13	50299648	rs3215711	AC	A	1028.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.859;NF=0;NR=21;PP=785;ReadPosRankSum=-2.598;SC=CTGTAAAAAAACAATAACACA;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=21;WE=50299656;WS=50299638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr13	50299677	rs2273817	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.760;NF=14;NR=19;PP=494;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GACACATAACTACCACTTAAA;SOR=0.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=33;WE=50299685;WS=50299667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr13	50306528	rs34024081	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TTCTAGACATTTGACTAGAAT;SOR=0.936;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=15;WE=50306536;WS=50306518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr13	50306823	rs11342957	GA	G	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.836;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr13	50466880	rs189086228	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.930;NF=30;NR=20;PP=895;ReadPosRankSum=0.775;SC=GACCTCCTTTCCCTCCACCTC;SOR=0.590;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=50;WE=50466888;WS=50466870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr13	50467038	rs375406271	CT	C	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=13.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-19.896;QD=2.17;ReadPosRankSum=3.693;SOR=2.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,57:0.12:481
chr13	50467044	.	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=15.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-19.833;QD=2.28;ReadPosRankSum=4.322;SOR=2.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,57:0.12:468
chr13	50467124	rs7316930	T	C	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=127;PP=2965;SC=TCCAGAACCATGGCAAGAAAC;SOR=2.102;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=47;TCR=127;TR=174;WE=50467132;WS=50467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	50656582	rs2066575	T	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1490;ReadPosRankSum=1.407;SC=AATGAGACCTTGTATATGGAT;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=102;WE=50656590;WS=50656572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,105:0.50:210
chr13	51287408	rs41284836	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=556;ReadPosRankSum=0.426;SC=ATCTCAAATGCTTGCTTTGCA;SOR=0.452;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=40;WE=51287416;WS=51287398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr13	51397440	rs9563002	C	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.501;NF=42;NR=37;PP=1069;ReadPosRankSum=1.088;SC=ACTCCCGATGCCTTTAACACT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=79;WE=51397448;WS=51397430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,78:0.39:198
chr13	51417535	rs898861	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=248;ReadPosRankSum=0.214;SC=TGGGGAGTTCGCCCGCGCCGC;SOR=0.721;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=21;WE=51417543;WS=51417525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr13	51508967	rs41292768	T	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.313;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=381;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TCTCTTTTTTTCTGAATGTCT;SOR=2.737;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=20;WE=51508975;WS=51508957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr13	51530586	rs200320729	T	TA	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.610;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr13	51594741	rs1328361	T	G	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1130;ReadPosRankSum=0.730;SC=GTGGTGTCGTTGGGGGCGATG;SOR=0.963;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=68;WE=51594749;WS=51594731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr13	51603768	rs9568497	T	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1249;ReadPosRankSum=0.501;SC=ATCCGAGTAGTAATGGAGAAA;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=77;WE=51603776;WS=51603758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,79:0.43:185
chr13	51796468	rs7320388	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	51825548	rs3825409	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=686;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTGGACACTTTAATGAAATAA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=36;WE=51825556;WS=51825538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr13	51929359	rs6145055	T	TTCCACAGAGCCTTCAGTGGTAAACAA	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr13	51936272	rs2408363	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.004;SC=AGTTAATGTAGATTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=51936280;WS=51936262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr13	51969696	rs3825524	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=559;ReadPosRankSum=-0.499;SC=ATTACACTTACGTTAGAACTG;SOR=1.311;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=31;WE=51969704;WS=51969686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr13	51997092	rs9535663	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCTTTCTTTACGCTGTCTCAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=51997100;WS=51997082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	52277693	rs9535738	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TTCACTTAAAGAATTTATTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=52277701;WS=52277683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	52293532	rs912097	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=598;SC=TAACTGTTGTTCTCTTTGATT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=52293540;WS=52293522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	52313195	rs1885854	C	T	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=1664;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GTGGGGTGACCGCTCTCTGTT;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=132;TCR=117;TR=132;WE=52313203;WS=52313185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,136:0.53:256
chr13	52333955	rs147876825	TTTAACCCAAATCA	T	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.074;NF=3;NR=19;PP=2964;ReadPosRankSum=0.088;SC=AAACGGTTGTTTTAACCCAAA;SOR=1.556;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=22;WE=52333975;WS=52333945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr13	52342206	rs1058142	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1067;SC=GCCTCGCTGTGAGGCACAACG;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=52342214;WS=52342196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	52342241	rs141642989	GTCT	G	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=868;ReadPosRankSum=2.817;SC=TTGAAGTGGGGTCTTCTTATT;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=22;WE=52342251;WS=52342231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr13	52343391	rs10676	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=439;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AGGCGGTCCCCGAACCTGGCG;SOR=0.487;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=34;WE=52343399;WS=52343381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr13	52343551	rs9596572	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TGCTCCTTCTATTTTATAGCA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=52343559;WS=52343541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	52345637	rs2296028	G	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=930;ReadPosRankSum=-1.887;SC=CCTGTCTGACGTGGAAATGAC;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=52;WE=52345645;WS=52345627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr13	52345781	rs57280031	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TCTGTGTCTGTATGAGGCTTC;SOR=0.976;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=17;WE=52345789;WS=52345771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr13	52345838	rs2296027	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=528;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GAAATGAAGCTACTCCTCAGT;SOR=1.015;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=33;WE=52345846;WS=52345828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr13	52351037	rs2296026	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TCTTGGCATGCCTCCACTTCC;SOR=1.646;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=10;WE=52351045;WS=52351027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr13	52373814	rs9535761	G	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=73;PP=2753;SC=CTAGAAAGAGGAGACCCACAG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=144;WE=52373822;WS=52373804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	52391341	rs975504	C	T	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=92;PP=2897;SC=GGGGTGTTGGCAGGGAGAGAG;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=140;WE=52391349;WS=52391331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	52400948	rs73494174	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	52425546	.	CAAG	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,11:0.10:114
chr13	52425587	rs36141261	A	AT	1252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr13	52440130	rs1054515	A	G	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=1593;ReadPosRankSum=0.854;SC=CAATGGCCACATTGCCGGAGA;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=118;WE=52440138;WS=52440120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,127:0.43:293
chr13	52482399	rs35577493	CAG	C	1558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=5.459;NF=25;NR=31;PP=1207;ReadPosRankSum=-3.281;SC=CATTTGAAGGCAGACTCAACC;SOR=4.008;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=56;WE=52482408;WS=52482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr13	52482429	rs6561654	T	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=31.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQRankSum=-7.376;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr13	52482451	rs201406153	GT	G	1774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=35.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=-9.026;QD=14.79;ReadPosRankSum=-2.305;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr13	52482454	.	GGGGC	G	1722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=41.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQRankSum=-8.857;QD=14.85;ReadPosRankSum=-2.864;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr13	52492525	rs9596613	A	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,96:0.40:241
chr13	52511362	rs9535795	C	G	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1419;ReadPosRankSum=-2.135;SC=ACCTGGGAGACAGAAGCCTTT;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=79;WE=52511370;WS=52511352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr13	52511606	rs2282057	G	A	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=77;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CTGCAGCCACGCTCACTCTGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=87;TCR=137;TR=125;WE=52511614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,128:0.56:228
chr13	52515354	rs1801249	A	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GGTCTGGGGGACTGCATCTAT;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=91;WE=52515362;WS=52515344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,95:0.57:168
chr13	52520704	rs2296246	C	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-2.149;SC=CAGGGGGGCACTGGACACAAC;SOR=1.390;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=27;WE=52520712;WS=52520694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr13	52523808	rs732774	C	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=31;PP=1799;ReadPosRankSum=0.903;SC=AGGAAAGTATCTCTGAACAAC;SOR=0.545;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=184;TCF=133;TCR=51;TR=105;WE=52523816;WS=52523798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,110:0.57:193
chr13	52524488	rs1061472	T	C	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=1029;ReadPosRankSum=-1.590;SC=AGGGACCACCTTGACGATATC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=32;TCR=100;TR=58;WE=52524496;WS=52524478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr13	52524560	rs9526811	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=1.550;SC=ACTTATCACTCACATGGCCAC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=13;WE=52524568;WS=52524550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr13	52542796	rs2147363	T	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GGCCTCTAGGTTGACACAGTC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=52542804;WS=52542786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	52544805	rs1801244	C	G	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=82;PP=2545;ReadPosRankSum=-0.735;SC=ACTTCCTGCACAGATGTAGGT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=145;TCR=160;TR=156;WE=52544813;WS=52544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,161:0.51:313
chr13	52544978	rs3742288	T	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=0.954;SC=GAGGGTTCATTGTCCCGGCTC;SOR=0.247;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=10;WE=52544986;WS=52544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr13	52548140	rs1801243	A	C	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CTAATTACAGAGGGATTATAA;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=138;TCR=102;TR=118;WE=52548148;WS=52548130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,128:0.50:255
chr13	52585548	rs2277448	G	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.862;NF=34;NR=64;PP=1475;ReadPosRankSum=-1.174;SC=GAGGAGAGCGGGGTGTTAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=71;TCR=119;TR=98;WE=52585556;WS=52585538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,107:0.52:206
chr13	52585591	rs148013251	T	TCGGCG	1501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.375;NF=0;NR=30;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TGTGAGGGCATCGGCGCGGCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=30;WE=52585599;WS=52585581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr13	52602919	rs3825528	A	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=657;ReadPosRankSum=0.596;SC=CTTGGTATACATGAGAGAGGC;SOR=0.734;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=43;WE=52602927;WS=52602909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr13	52603194	rs3742289	G	T	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=1704;ReadPosRankSum=0.714;SC=GAAAAGCTGGGCCTTGCAGAT;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=109;WE=52603202;WS=52603184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,111:0.49:226
chr13	52603775	rs3742291	C	T	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1513;ReadPosRankSum=-2.782;SC=AACTGTGGCACTGGAAGAAAT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=109;WE=52603783;WS=52603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,115:0.46:249
chr13	52657287	rs9563091	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=0.030;SC=TCTCATAGAAAAAAAAAAAAA;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=15;WE=52657295;WS=52657274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr13	52657689	rs12585654	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	52663491	rs9535861	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=-1.559;SC=AAACTTGAACAAATCTTAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=25;WE=52663499;WS=52663481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr13	52684801	rs71665641	TAC	T	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.319;NF=0;NR=15;PP=520;ReadPosRankSum=0.122;SC=ATAGAAATTATACACACACAC;SOR=0.604;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=15;WE=52684812;WS=52684791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr13	52701490	rs3076657	A	ACTT	2143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=1350;ReadPosRankSum=0.146;SC=AGAAATTTGAACTTAACTTTA;SOR=0.806;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=30;WE=52701498;WS=52701480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr13	52701637	rs1886544	T	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.263;SC=ATGGGCTGAGTTTCCTGGAAT;SOR=0.937;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=89;TCR=109;TR=88;WE=52701645;WS=52701627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,96:0.45:213
chr13	52701782	rs1886543	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr13	52707240	rs3368	C	G	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CTGAGTGAAGCCTCTCCTCAG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=100;WE=52707248;WS=52707230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,102:0.46:221
chr13	52707751	.	T	TCACA	253	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=11;NR=2;PP=253;QD=19.6923076923;SC=CTAATTTAAATCACACACACA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=13;WE=52707760;WS=52707741;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,13:0.36:36
chr13	52709742	rs2408611	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ACAATGTGACGTACTTAGTGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=52709750;WS=52709740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	52710044	rs2296350	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=1036;ReadPosRankSum=1.269;SC=AAAAAAGATTTTTCAGCATGT;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=27;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr13	52710058	rs2296349	T	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=1036;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGCATGTACTTTCCAGATCAT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=21;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr13	52717950	rs3783242	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	52718050	rs3837575	C	CT	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=370;ReadPosRankSum=-1.765;SC=AAAATTCTTACTTTTTTTCTT;SOR=1.382;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=17;WE=52718058;WS=52718040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr13	52952928	rs113543720	CA	C	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=456;SC=TGGAAAGCTGCAAAAAAAAAC;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=52952936;WS=52952918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	52971893	rs3803264	G	A	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=114;PP=2965;SC=CATCCACTACGATGTTGGGCT;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=217;WE=52971901;WS=52971883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	52989863	rs1056335	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=492;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TGTGAAGTTCCAATAAATTCT;SOR=0.404;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=23;WE=52989871;WS=52989853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr13	53007968	rs12430144	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=315;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGTGTTTTCAATGGCGGGAAA;SOR=1.688;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=17;WE=53007976;WS=53007958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr13	53009048	rs11148252	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=0.247;SC=CTTTAAATGACTCAGTCAGAT;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=18;WE=53009056;WS=53009038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr13	53029770	rs72440971	CGCGGTGGCGGTGGCGGTG	C	2883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.416;NF=2;NR=36;PP=2987;ReadPosRankSum=0.287;SC=AGGTGAAGGCCGCGGTGGCGG;SOR=0.471;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=7;TCR=109;TR=38;WE=53029795;WS=53029760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr13	53030565	rs9536079	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AACCAGCTTTGGAAGTAAACT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=53030573;WS=53030555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr13	53035783	rs7337054	T	C	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=113;PP=2965;SC=TCAGTAGAACTTCTGCCAATG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=236;WE=53035791;WS=53035773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr13	53035925	rs7335867	A	G	6818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=104;PP=2965;SC=ATCTGAAGTTATAGCCAGGCC;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=125;TCR=104;TR=229;WE=53035933;WS=53035915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr13	53036398	rs3803262	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=265;ReadPosRankSum=1.057;SC=TATGCCATTAAAGTAAGATTA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=13;WE=53036406;WS=53036388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr13	53233194	rs9536223	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	53240884	rs9316580	G	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=269;SC=ATTATTTTGTGTAGGTTTTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=53240892;WS=53240874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	53254082	rs4539485	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=580;SC=TGTTGATTAATTACTTCTGCC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=53254090;WS=53254072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	53254296	rs7986540	A	G	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=116;SC=CCTTTGTAAGAATATAAACTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=53254304;WS=53254286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	53278067	rs3742297	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=0.674;SC=CTGTAAAGGGTTTGATCTTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=53278075;WS=53278057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	53287023	rs2147692	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=359;ReadPosRankSum=-0.923;SC=AAAAACGATTGCATTTGAGCA;SOR=0.560;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=16;WE=53287031;WS=53287013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr13	53297962	rs61959657	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGCTCAGGAAGCTGAGACAGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=53297970;WS=53297952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr13	53602970	rs2298229	A	G	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1667;ReadPosRankSum=1.839;SC=TAAGAGGACAAGATGAGGCCC;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=131;TCR=86;TR=106;WE=53602978;WS=53602960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,110:0.48:229
chr13	53608479	rs2298230	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=578;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GTTATTATTTGCAGTTGTTTT;SOR=0.534;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=47;WE=53608487;WS=53608469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr13	53608632	rs2298231	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=468;ReadPosRankSum=-0.490;SC=AAGAACTTTCCAAAGTAAGCA;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=36;WE=53608640;WS=53608622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr13	53608757	rs2298232	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	55748673	rs1572687	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=333;SC=AATTAGTCAATAATTTCTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=55748681;WS=55748663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	58299434	rs5803842	G	GA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=8.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr13	60240961	rs9538494	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ACCCTTCTGTCAACTGCACTT;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=74;WE=60240969;WS=60240951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,74:0.46:162
chr13	60385060	rs10665848	A	ATTAC	1119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=879;SC=ATTGCTTGCTAAAAAAATTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=60385068;WS=60385050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	60582651	rs339540	C	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=175;SC=CATTTAAAAACAGATTTTATA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=60582659;WS=60582641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	60590299	rs2762134	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	60617060	rs2800294	A	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=283;SC=ACTATAATTAACACTATTTGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=60617068;WS=60617050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	60667910	.	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	60667910	.	AGC	GGA	605	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=605;QD=59.8607158966;SC=ATCTAAGTAGAGCAGCAATTC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=60667934;WS=60667900;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	60667912	.	C	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	60667926	.	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=526;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AATTCTACATGCACTACAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=8;WE=60667934;WS=60667900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr13	60971593	rs9538679	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr13	61041312	rs9538715	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=859;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GTTGTTTCCCGCCCTGTGTCC;SOR=1.014;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=55;WE=61041320;WS=61041302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr13	61057808	rs9528147	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CCTATTTCTTATAAGAATCTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=61057816;WS=61057798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	61058724	rs7329723	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	61986918	rs3812872	C	A	3555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=87;PP=2561;ReadPosRankSum=1.029;SC=TCAGATAAACCACACCATCTA;SOR=0.854;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=355;TCF=169;TCR=186;TR=156;WE=61986926;WS=61986908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,164:0.45:366
chr13	61988107	rs4281600	T	G	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=160;PP=2965;SC=ATGCTGGAGTTGGGGGAGGGA;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=90;TCR=160;TR=249;WE=61988115;WS=61988097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr13	63745832	rs298898	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr13	67800935	rs9571740	G	A	8636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=145;PP=2965;SC=GGGTCCCATTGTCCCTGGCAG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=156;TCR=145;TR=301;WE=67800943;WS=67800925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr13	67802339	rs8000556	A	T	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=103;PP=2965;SC=TGCTGCTGGAAACTTTCACCA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=84;TCR=103;TR=187;WE=67802347;WS=67802329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr13	70535355	rs9592668	T	A	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=475;ReadPosRankSum=1.372;SC=GAATTTTTTTTAAAAAAGCGT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=70535363;WS=70535345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr13	70681305	rs9564649	G	A	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.725;SC=ATTGAGAGATGCTTGGAAGCC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=105;TCR=52;TR=91;WE=70681313;WS=70681295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,94:0.58:162
chr13	70681873	rs3751428	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CTCACGCAGGAGTAGGCTGGT;SOR=0.400;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=19;WE=70681881;WS=70681863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr13	72038653	rs915052	C	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=378;SC=ATTTCATTAGCTCTTAAATAA;SOR=2.948;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=72038661;WS=72038643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	72440658	.	TGCCGCC	T	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=4;PP=336;SC=CCGCCTCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=72440671;WS=72440648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	73284411	rs7931	A	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=0.387;SC=TGCAATCTTCAAACCCTCTTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=10;WE=73284419;WS=73284401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	73301480	rs9652239	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=459;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ACGCAGCGGCGGAGACAACTC;SOR=1.302;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=26;WE=73301488;WS=73301470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr13	73301655	rs1465897	A	C	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=GCGCAACGGAAACTCACCGTC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=116;TCR=119;TR=235;WE=73301663;WS=73301645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr13	73301728	rs1465896	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=78;PP=2113;SC=CCAGCACCGCTGCTACTCGCC;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=114;WE=73301736;WS=73301718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	73302157	rs11350390	CT	C	12180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=160;PP=2965;SC=TAGGTACGCTCTTTGTGGTCC;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=53;TCR=168;TR=211;WE=73302165;WS=73302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr13	73302261	rs2277417	G	A	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.044;NF=49;NR=55;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CAGTCAGGGAGTAGGTGTGGA;SOR=0.813;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=104;WE=73302269;WS=73302251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr13	73302481	rs4885034	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=837;SC=AGGTCTTGGCGAAAGGAGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=73302489;WS=73302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	73309347	rs9543106	C	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1013;SC=ATAGCACTTGCATACTGTTGT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=73309355;WS=73309337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	73650108	rs148760123	C	CA	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr13	73650112	rs9573097	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr13	74289799	rs6562780	A	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=0.025;SC=TGCTACCACTATCTTGGGCAG;SOR=0.397;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=25;WE=74289807;WS=74289789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr13	74339104	rs3764134	G	T	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=108;PP=2965;SC=TCATTCGATTGCCCCGGACCC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=128;TCR=111;TR=236;WE=74339112;WS=74339094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr13	74518030	rs10219943	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=401;ReadPosRankSum=0.101;SC=GGGAAACCGTAGAAGTGCTCT;SOR=0.563;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=21;WE=74518038;WS=74518020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr13	74988714	rs1931954	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=597;ReadPosRankSum=-1.960;SC=CCCACCCTGCCGCAGCAGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=41;WE=74988722;WS=74988704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr13	75860804	rs534538	C	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=641;SC=TGTGACTAGGCGCTCAGCACC;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=75860812;WS=75860794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	75876389	rs2297208	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=669;ReadPosRankSum=1.849;SC=CTAAATCCACGAGAATCGCAT;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=47;WE=75876397;WS=75876379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr13	75880667	rs2297209	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1151;SC=AACTTTAGACGTTTGATTGTA;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=75880675;WS=75880657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	75884216	rs1062087	C	T	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=72;PP=2091;SC=GACAGGAATACAACCAGCGGT;SOR=1.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=118;WE=75884224;WS=75884206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	75887127	rs2274757	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=220;SC=TCACAAGTTCTGTCACGGGCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=75887135;WS=75887117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	75894015	rs2274758	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=544;SC=TTCCCTACTATATAGCCCTCA;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=75894023;WS=75894005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	75898596	rs2297210	C	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=553;SC=AATCTTCATTCACTATGAAAA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=75898604;WS=75898586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	75901749	rs2297206	G	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=562;SC=AATCTTCTTAGTTAAAATAAT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=75901757;WS=75901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	75910909	rs693134	C	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=880;SC=AAAAAAGATCCTTTTGTTAAA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=75910917;WS=75910899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	75910950	rs9573525	T	G	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.74;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	75915215	rs80163254	TAT	CCA	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=2934;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TTAACAAAATTATTAAACAAC;SOR=0.621;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=60;WE=75915225;WS=75915205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,76:0.48:159
chr13	75915250	rs35018625	T	TA	3667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=2768;ReadPosRankSum=-1.735;SC=AAGTAGGAAATATCTTCTCAC;SOR=0.524;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=66;WE=75915258;WS=75915240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,117:0.53:220
chr13	75915859	rs9888477	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTCCTGCCTACAAGAAACCTT;SOR=0.435;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=75915867;WS=75915849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
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chr13	76055397	rs9573565	C	T	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=20;PP=2262;SC=CTCCGAGCCCCTGTCTTGCCT;SOR=2.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=102;WE=76055405;WS=76055387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	76055820	rs7327548	G	C	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=170;PP=2965;SC=TTGGCTTCCCGGGGCCGGGCT;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=140;TCR=170;TR=310;WE=76055828;WS=76055810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr13	76101863	rs1408042	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=496;SC=CTGGAGGACATTGTGCAAAGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=76101871;WS=76101853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	76102137	rs57959582	GCACA	G	173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	76124151	rs8192738	C	T	10294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=200;PP=2965;SC=CGCTCGGGACCTCGGAGTCTT;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=164;TCR=200;TR=364;WE=76124159;WS=76124141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr13	76135028	rs4884008	T	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=31;PP=855;SC=GTAATTGTTATGTAAAATAGA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=76135036;WS=76135018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	76140814	rs56945758	CT	C	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.72;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	76169234	rs7330411	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=236;SC=AAATTAACTGGTTGCCTATAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=76169242;WS=76169224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	76210742	rs2224797	A	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CGCGGGGACAACCCCTCCCCT;SOR=1.287;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=20;WE=76210750;WS=76210732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr13	76287432	rs3837544	ATG	A	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.001;NF=0;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AAGCAAAGATATGTGTGTGTG;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=14;WE=76287441;WS=76287422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr13	76334818	rs7997101	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TTTAACGTGCCAGTCACAAAG;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=19;WE=76334826;WS=76334808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr13	76335196	rs10594987	GAT	G	556.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=693;ReadPosRankSum=0.193;SC=CAGTTTGTTAGATATATATAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=76335205;WS=76335186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr13	76369702	rs17065053	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TCAGTTACAAACAGTAAATAT;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=76369710;WS=76369692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	76369746	rs668008	C	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TATGGTTAGGCTGTTCAGCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=76369754;WS=76369736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	76378459	rs625033	T	C	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=87;PP=2965;SC=AATTTACATTTAAGATGCAGG;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=197;WE=76378467;WS=76378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	76382100	rs2241913	C	T	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1872;ReadPosRankSum=0.768;SC=TCTCTGTGTACTTGAAAGGAC;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=121;WE=76382108;WS=76382090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,130:0.51:253
chr13	76409436	rs2273997	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=962;ReadPosRankSum=2.348;SC=CTTCAAATCTATCTGTAACAA;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=50;WE=76409444;WS=76409426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr13	76410725	rs2273996	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=364;SC=TAAAAGGTTAACACGCAGATC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=76410733;WS=76410715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	76412547	.	T	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TGTGTGTCCTTTGTATACCTC;SOR=0.376;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=129;TCF=35;TCR=94;TR=68;WE=76412555;WS=76412537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,71:0.57:125
chr13	76415379	rs3736858	C	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=515;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TTCTCTTTACCTTGTTGGTGA;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=38;WE=76415387;WS=76415369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr13	76417101	rs920701	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=26;PP=901;SC=TGGCTTCAGACAATATTCCAG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=76417109;WS=76417091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	76419421	rs3832886	AT	A	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=648;SC=AAAGGAGGTTATTTAATGAGA;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=76419429;WS=76419411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	76423248	rs7986131	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=50;PP=2435;SC=ATTGGGAACATGACCTCTTCA;SOR=1.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=135;WE=76423256;WS=76423238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	76429311	rs9573671	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.609;SC=ATTATTATCAGTGTTAATAGC;SOR=0.986;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=63;WE=76429319;WS=76429301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr13	76429619	rs4885354	C	A	65.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	76445155	rs9544057	G	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=34;PP=2238;SC=TTAAAAACGGGCAGTTTTTAA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=76445163;WS=76445145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	76445189	rs9600566	A	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TTCTTTTTAGATGATTATCCC;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=76;WE=76445197;WS=76445179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr13	76445316	rs9600567	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ACTCCTGCTCCTTCTCTGAAT;SOR=0.864;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=69;WE=76445324;WS=76445306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,67:0.43:156
chr13	76457148	rs7987971	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=9;PP=903;SC=GGTATTCAATAATGCTGGTTC;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=76457156;WS=76457138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	76457183	rs9530477	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1531;SC=TTCTTTCCCCTAGCTTTGTAT;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=76457191;WS=76457173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	77522725	rs67524409	GACTT	G	11733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.207;NF=50;NR=113;PP=2972;ReadPosRankSum=0.233;SC=CATTTTATGTGACTTACTTAA;SOR=0.251;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=59;TCR=124;TR=163;WE=77522736;WS=77522715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr13	77522925	rs588702	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=899;SC=GGGAATGAATTATGACAAGTT;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=77522933;WS=77522915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	77527707	rs9530614	A	G	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=63;PP=2965;SC=TATTCACACTATCACTGGTTG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=157;WE=77527715;WS=77527697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr13	77565972	rs654196	A	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=41;PP=2150;SC=GGACAGGTCAATTCATAAAAG;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=115;WE=77565980;WS=77565962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	77569901	rs605153	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=13;PP=1189;SC=GGATATGACAGTAGCAGCATG;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=77569909;WS=77569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	77589725	rs599115	A	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=63;PP=1810;SC=ACTGAAAAGCAAAAAAAATAA;SOR=3.202;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=76;WE=77589733;WS=77589715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	77725106	rs9574006	C	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=48;PP=1463;SC=ATTATAGAAACCAAATACCAT;SOR=1.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=77725114;WS=77725096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	77732333	rs3861128	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=315;SC=TTTCAGATAGGCCTTTACGGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=77732341;WS=77732323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	77739291	rs9318468	A	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=684;SC=CCACTGCACCAGGCCCCAATT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=77739299;WS=77739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	77751892	rs4885445	C	T	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=73;PP=2965;SC=CATCATCAACCAACACCTCTA;SOR=1.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=149;TCR=73;TR=222;WE=77751909;WS=77751882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	77835520	rs11436373	T	TA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.156;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr13	78142653	rs11325667	GA	G	181.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=167;SC=GACTTTTGCAGAAAAAAAAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=78142661;WS=78142643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	78146301	rs678047	C	T	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=92;PP=2965;SC=ACAATGCCTCCTCGAGCACAG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=180;WE=78146309;WS=78146291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr13	78163243	rs41288252	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=412;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TACCATGTTTCCATGGTGAAA;SOR=2.284;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=21;WE=78163251;WS=78163233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr13	78165635	rs147154057	TG	T	283.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ACTGTAGTAATGATAAAGTAT;SOR=0.364;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=78165645;WS=78165625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr13	78165637	rs115680772	A	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=338;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGTAGTAATGATAAAGTATGC;SOR=0.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=8;WE=78165645;WS=78165625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr13	78165725	rs41288254	T	G	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	78178451	rs6563011	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=500;SC=TAGTGCTATACTTTAACATCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=78178459;WS=78178441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	78183167	rs912293	G	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=9;PP=665;SC=TTTTATTTATGATGTTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=78183175;WS=78183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	78188078	rs8002725	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AAAGCTGTCAAAAACACTGAT;SOR=0.462;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=32;WE=78188086;WS=78188068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr13	78191824	rs4142585	G	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=906;SC=TAATGTACTTGGGTCAGAAAG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=78191832;WS=78191814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	78192207	rs9574090	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=644;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TAAATGACCTTGACTATCTTG;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=48;WE=78192215;WS=78192197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr13	78216873	rs1053985	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=467;ReadPosRankSum=0.291;SC=TGGAAAATCTACAAGCGGGTG;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=34;WE=78216881;WS=78216863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr13	78216915	rs2813739	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=913;ReadPosRankSum=4.040;SC=AGACAATACACTGTGAACCTT;SOR=0.509;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=66;WE=78216923;WS=78216905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,70:0.60:117
chr13	78272267	rs201380414	T	TGG	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=990;SC=CGCCCCCCGCTGGCCTGCAGC;SOR=1.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=15;PP=783;SC=CTGGCCTGCAGCCTTTGGGTC;SOR=1.302;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=19;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	78315707	rs79939430	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=500;ReadPosRankSum=-0.766;SC=AGTTCTTCCACATACTTAAGG;SOR=0.281;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=33;WE=78315715;WS=78315697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr13	78475313	rs5351	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=21;PP=781;SC=AGAAACTGAATAGCCACCAAT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=78475321;WS=78475303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	78477674	rs5348	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=79;PP=2743;SC=TGATTCCCACAGAGGCTTTCT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=160;WE=78477682;WS=78477664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	79177291	rs9601093	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TTTCGGAGACGGGGAGGGGCG;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=20;WE=79177299;WS=79177281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr13	79194670	rs9593348	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.699;NF=19;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=1.605;SC=AATTGATATCGGAACTGTATT;SOR=0.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=26;WE=79194678;WS=79194660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr13	79194750	rs35712557	TGA	T	5439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=52;PP=2973;SC=ACATTCTGGATGAGAGAGAAA;SOR=0.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=71;WE=79194759;WS=79194740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	79209382	rs9805409	A	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=277;SC=AATAAAAGTGACTTGTAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=79209390;WS=79209372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	79216178	rs9601108	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=0;PP=128;SC=TTTACTCTAAGAAGTCTGGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=79216186;WS=79216168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	79216356	.	GA	G	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr13	79216418	rs7327732	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=529;SC=ATCCTTTTTCATATTGTTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=23;WE=79216426;WS=79216408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	79766188	rs2988039	A	G	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.778;SC=AGAGAATCAGATCACTTGTTC;SOR=0.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=230;WE=79766196;WS=79766178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,238:0.99:241
chr13	79894736	rs3187338	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr13	79915389	rs7981067	G	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AATATTTTAGGTGACAGTAAT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=17;WE=79915397;WS=79915379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr13	79916792	rs374223990	T	TA	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=8;PP=710;SC=ACAATGAAATTAAATACCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=79916800;WS=79916782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	79916973	rs3742118	A	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ACATCTGCCAAATTTTTAAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=79916981;WS=79916963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	79916994	rs3742119	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAGAAAAATAAAGCTAATTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=79917002;WS=79916984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr13	79918323	rs2274555	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TAGCATAAGATTAAGTTCACT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=79918331;WS=79918313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	79927157	rs11341470	CA	C	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=1.479;SC=AAATGGAAACCAAAAGGTAGG;SOR=0.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=79927165;WS=79927147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	79928477	rs9574411	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TCATATTTCTATGTAAAATAT;SOR=0.042;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=79928485;WS=79928467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	79929183	rs9530900	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.606;SC=AATTATGAGAGAACAGGTTAG;SOR=0.188;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=79929191;WS=79929181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	79929326	rs9530901	G	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1004;ReadPosRankSum=1.320;SC=TAAGAAATGCGCGTACTTTTA;SOR=0.688;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=75;WE=79929334;WS=79929316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,84:0.51:166
chr13	79939606	rs7319252	C	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AAATAAATCACCATTCCTTAT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=79939614;WS=79939596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr13	79939921	rs11279869	TAAGAGA	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.004;NF=0;NR=13;PP=582;ReadPosRankSum=2.839;SC=TTAATATTGATAAGAGAAAAA;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=13;WE=79939934;WS=79939911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	79940150	rs3831152	CTG	C	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=459;ReadPosRankSum=0.379;SC=TCATCTAAAACTGTGTTACAT;SOR=0.473;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=12;WE=79940159;WS=79940140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr13	79940811	rs7327603	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CTGGCGGTGGTACTGGGGGCC;SOR=0.638;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=41;WE=79940819;WS=79940801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr13	79945868	rs73234614	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=351;ReadPosRankSum=1.308;SC=CTAGACCAATAAAAGAGTAGA;SOR=1.071;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=18;WE=79945876;WS=79945858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr13	79946163	rs7325232	G	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=223;SC=TGCCTGTAATGCCAGCACTTT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=79946171;WS=79946153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr13	93142312	rs2149060	T	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=2;PP=312;SC=TTGTGCATTTTAAAAAATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=93142320;WS=93142302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	93142362	rs722178	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=9;PP=760;SC=CATTGTTTCCCGAAAACTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=93142370;WS=93142352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	95090692	rs1540979	T	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=352;SC=TAGCAGTCCTTTTGCATGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=95090700;WS=95090682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	95096505	rs7339198	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=154;SC=CAAGTATTCCGAAATCTGAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=95096513;WS=95096495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	95097956	rs755684	C	T	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=127;PP=2965;SC=AGTAGAGCCTCCCAGGCTCAT;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=217;WE=95097964;WS=95097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr13	95118735	rs12864325	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
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chr13	95230877	rs16949940	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=265;ReadPosRankSum=0.608;SC=AATTTAGTGGGGCATTCAATT;SOR=1.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=17;WE=95230885;WS=95230867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr13	95243270	rs9301979	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1199;ReadPosRankSum=1.047;SC=TTTTACTATAGCATCCCCCTA;SOR=1.095;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=91;WE=95243278;WS=95243260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,96:0.41:236
chr13	95254382	rs9556404	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=507;SC=CCGCCGGCTGAGTCCGCCGGC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=95254390;WS=95254372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	95264604	rs9524559	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=882;ReadPosRankSum=0.335;SC=ACCCAGATGCCGAAGGGAATC;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=55;WE=95264612;WS=95264594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr13	95275576	rs4296139	C	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=67;PP=2113;SC=GAAAGAAAATCGTTTATTCTG;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=104;WE=95275584;WS=95275566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	95279505	rs9524568	T	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TTTTTTTTCATACATTTAGTA;SOR=0.348;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=21;WE=95279513;WS=95279495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr13	95364046	rs1060474	C	G	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=88;PP=2965;SC=CCTTCTTGAGCAGCGTCTTGG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=130;TCR=88;TR=218;WE=95364054;WS=95364036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr13	95364337	rs2253604	T	G	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=169;PP=2965;SC=GCCCGCCGCCTCCCGGGCCCT;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=146;TCR=170;TR=315;WE=95364345;WS=95364327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr13	95673791	rs3742106	A	C	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1412;ReadPosRankSum=-2.292;SC=AAACTAGTGGAAAATGCCTTC;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=89;WE=95673799;WS=95673781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,96:0.44:220
chr13	95673939	rs9524765	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=55;PP=1427;SC=AAGTATACCTAGAAAAAAAAA;SOR=2.973;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=72;WE=95673948;WS=95673929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	95714976	rs1751034	C	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=9;PP=1257;SC=TGATTGACATCTTCTTCCTTA;SOR=2.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=55;WE=95714984;WS=95714966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	95725359	rs2274401	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=284;ReadPosRankSum=-2.107;SC=TTACCAAAGATGTAAAAATAA;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=14;WE=95725367;WS=95725349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr13	95726541	rs1189466	A	G	12130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=225;NR=209;PP=2965;SC=GACGGACGGCAAACCAGCGGG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=225;TCR=209;TR=434;WE=95726549;WS=95726531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr13	95727780	rs1678339	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=75;PP=2418;SC=GAGAAGATGATAAGTGGGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=119;WE=95727788;WS=95727770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	95735604	rs1189437	G	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=60;PP=1775;SC=AAAAATACTTGCATGAGTTGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=95735612;WS=95735594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	95815535	rs3765535	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=1.507;SC=ACATTTTTTTAAAAATGAACC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=95815543;WS=95815525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	95816860	rs4148501	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=609;ReadPosRankSum=2.082;SC=AAAGCTGTGGGGAAACAGGCA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=31;WE=95816868;WS=95816850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr13	95847020	rs2274403	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=13;PP=1238;SC=GTAACACCTCAAAATTCTCTA;SOR=2.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=95847028;WS=95847010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	95858686	rs3818493	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=822;SC=TTATGAGAGAGTTAAATGTCA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=95858694;WS=95858676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	95858704	rs3818494	G	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=11;PP=1091;SC=TCATTACACTGGAACATAGTG;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=95858712;WS=95858694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	95858978	rs2274405	T	C	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=100;PP=2965;SC=CACTGAAAAATGAAGCCAAAT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=201;WE=95858986;WS=95858968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr13	95858996	rs2274406	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=105;PP=2965;SC=AATTCATCCCTCTGAGGCAGG;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=195;WE=95859004;WS=95858986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	95859035	rs2274407	C	A	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=97;PP=2815;SC=AAATCTCCTTCCTGAAAGAGA;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=152;WE=95859043;WS=95859025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	95859974	rs2274408	T	C	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=136;SC=TGTGAAAACATAGTAAAACTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=95859982;WS=95859964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	95860288	rs2274410	C	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=898;SC=AGCGCTTTTGCTTCCGACAAC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=95860296;WS=95860278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	95861804	rs899494	A	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=55;PP=1819;SC=CAGTCACTGCAATCGCCTGCA;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=93;WE=95861812;WS=95861794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	95861981	rs1678403	C	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=55;SC=TGGGTTTACACCTGCTAAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=95861989;WS=95861971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	95862873	rs4148472	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=19;PP=1082;SC=GTGAGCCCCTGCCTCCAGAAA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=95862881;WS=95862863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	95862896	rs899496	A	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=30;PP=2126;SC=ATAAAAGGGGAAAGAGGGGTG;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=95862904;WS=95862886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	95863143	rs899497	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=39;PP=1171;SC=GACCAGATCTAAGCACAAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=95863151;WS=95863133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	95921534	rs3047283	TACA	T	7365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=74;PP=2957;SC=ATACAGAGCCTACAACCTGTC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=103;WE=95921544;WS=95921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	95921687	rs200078196	AAATATATAT	A	208.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=1482;SC=CTCAAAAAAAAAATATATATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=95921703;WS=95921677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	96251524	rs4497528	A	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=402;ReadPosRankSum=1.046;SC=ATTTTGATGTAGTGGAATAAA;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=26;WE=96251532;WS=96251514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr13	96258366	rs141190496	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr13	96485417	rs3099359	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=413;SC=GCAGAGTCCTACTAAGTACTG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=96485425;WS=96485407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	96505952	rs3099360	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=50;PP=1174;SC=ATGTTGTTTATGTAGTTTTAG;SOR=3.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=59;WE=96505960;WS=96505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	96513187	rs34859372	T	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=23;PP=675;SC=TATGGAAACATTGTATGCCTA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=96513195;WS=96513177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	96529725	rs4773930	A	G	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	96540141	rs9525075	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.53;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	96540141	.	TTT	CTC	953	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=15;NR=9;PP=953;QD=41.9361614526;SC=TTCACTCAGATTTACCTTTCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=24;WE=96540151;WS=96540131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr13	96540143	rs9525076	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	96546801	rs189350892	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=376;ReadPosRankSum=2.182;SC=CAAACAAATACGAATACATTC;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=25;WE=96546809;WS=96546791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr13	96579462	rs9525086	T	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	96579669	rs199651248	ATTAC	A	85.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=63.51;NF=0;NR=3;PP=77;SC=TAACACAAAGATTACTTAATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=96579680;WS=96579659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	96638636	rs816142	A	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=23;PP=785;SC=AATTTAATGGAATCATAAACT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=96638644;WS=96638626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	96641695	rs555120	T	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=11;PP=699;SC=AATTGAAAAGTACTTAAAAGT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=96641703;WS=96641685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	97639414	rs9284174	C	T	9461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=159;PP=2965;SC=CAGTCAAAATCAGGTTGTACC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=161;TCR=159;TR=319;WE=97639422;WS=97639404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr13	98087096	rs3803251	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1038;SC=GTCCCGGGGCTGGAACTCCCC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=98087104;WS=98087086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	98094156	.	GT	G	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TAGATATTGTGTTTATGTAGG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=98094164;WS=98094146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr13	98621940	rs12866550	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1080;ReadPosRankSum=3.343;SC=AATTAAGTACCATCTAATGGT;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=96;TCR=40;TR=73;WE=98621948;WS=98621930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,76:0.54:142
chr13	98629334	rs9517155	G	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=42;PP=1380;SC=GGGCGGGCCCGGGGCCCCAAC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=98629342;WS=98629324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	98631978	rs645882	G	A	93.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TAGAGACAGGGTCTTGCTGTG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=98631986;WS=98631968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr13	98632349	rs555647	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=527;SC=GCCACAACTGATAACATTCAC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=98632357;WS=98632339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	98637917	.	CTT	C	33.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	98637931	rs60936969	T	A	41.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	98640204	rs34796635	AT	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr13	98640318	rs592246	C	G,T	1765.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,40,38:0.51,0.49:78
chr13	98640386	rs588144	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	98641223	rs3832890	G	GT	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=485;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ACTACTCCAGGTTTGAATGAG;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=15;WE=98641231;WS=98641213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr13	98645253	rs626716	A	G	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1415;ReadPosRankSum=2.006;SC=AAGCAACTCTACAGCTAAGTC;SOR=0.812;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=86;WE=98645261;WS=98645243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr13	98645580	rs56411106	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=1.569;SC=AGAATATAATGAATATCCTTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11;WE=98645588;WS=98645570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr13	98649740	rs568379	A	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=1.080;SC=GATATGGATAAGATAAAGTCA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=23;WE=98649748;WS=98649730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr13	98650024	rs651241	G	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=479;SC=TGTGTCACATGTTATAAGTAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=98650032;WS=98650014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	98654608	rs583478	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TATACCCTTTTCAAAAAAGTT;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=6;WE=98654616;WS=98654601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	98658358	rs633161	G	A	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=18;PP=2226;SC=TTTCCTTTGAGGTAATAATTT;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=81;TCR=19;TR=99;WE=98658366;WS=98658348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	98666549	rs6491395	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=226;ReadPosRankSum=0.735;SC=AAAAAAAATTTGAGACAGGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=15;WE=98666557;WS=98666539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr13	98670641	rs528546	G	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=1;PP=890;SC=TTGCCTGTATGAGGAATATCA;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=98670649;WS=98670636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	98829176	rs628778	T	C	11201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=209;PP=2965;SC=CCATGTCCTCTGGCCCCACAG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=407;TCF=198;TCR=209;TR=407;WE=98829184;WS=98829166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr13	98865726	rs2295980	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.784;SC=TTTGGTGTGAGGAGGTTCGGC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=15;WE=98865734;WS=98865716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr13	98896776	rs7318267	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=467;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CTCAAAGCCACCGGCTCCTCC;SOR=0.576;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=37;WE=98896784;WS=98896766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr13	99017533	rs587377	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.884;SC=AATGGAACAGGCGGCCTCATA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=99017541;WS=99017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr13	99036838	rs600644	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=602;ReadPosRankSum=0.373;SC=GGCATCCCGTCTCTGAGATCT;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=37;WE=99036846;WS=99036828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr13	99037154	rs599255	C	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=975;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CTGCCTCCAACCTACATGGGT;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=61;WE=99037162;WS=99037144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
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chr13	99038087	rs584800	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=-1.646;SC=CTTGAGAACACGGCCTGGTTC;SOR=1.048;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=25;WE=99038095;WS=99038077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr13	99042390	rs2256823	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=361;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GTCGCCACTTTGTGCCTCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=28;WE=99042398;WS=99042380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr13	99061556	rs5806061	C	CT	3951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1454;ReadPosRankSum=0.619;SC=AAAAAAATTACTTTTTTTTTC;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=91;WE=99061564;WS=99061546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr13	99076686	rs9584843	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=562;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CAACGATAACATTCCATGACC;SOR=0.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=39;WE=99076694;WS=99076676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr13	99076965	rs7984394	A	G	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=44;PP=1286;SC=CGGGGCTGCCATGGGCATAGG;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=99076973;WS=99076955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	99076998	rs74111050	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=268;ReadPosRankSum=0.052;SC=TCCATCAGCATGCATCACCTG;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=17;WE=99077006;WS=99076988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr13	99088006	rs1792	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1123;ReadPosRankSum=0.620;SC=GAGCAGAAAGGAGGCATCGGA;SOR=0.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=65;WE=99088014;WS=99087996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr13	99088113	rs1998535	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1223;ReadPosRankSum=0.733;SC=ACAACAGTGTCGTTAGTTCAG;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=103;TCR=71;TR=86;WE=99088121;WS=99088103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr13	99090040	rs35861926	T	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=512;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TTTCCCTTATTAGGACTCCAC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=38;WE=99090048;WS=99090030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr13	99090166	rs59023150	TG	T	2206.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=1428;SC=CCCTGATTCTTGGCACTCATC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=33;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	99090168	rs1969794	G	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.210;NF=11;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=0.569;SC=CTGATTCTTGGCACTCATCAG;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=29;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr13	99092052	rs4772080	G	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=305;ReadPosRankSum=0.487;SC=TTTCCGATTTGGGTTTTTCCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=15;WE=99092060;WS=99092046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr13	99093094	rs2146998	T	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=62;PP=1684;SC=AGTGGAGGTATGCAGGGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=109;WE=99093102;WS=99093084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	99098318	rs2274053	C	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1043;ReadPosRankSum=0.451;SC=GGCAGGTGCCCGCTGTGCTTC;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=73;WE=99098326;WS=99098308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr13	99098470	rs2274054	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=775;ReadPosRankSum=1.590;SC=GTAAGTGTCTCGCACAGGGCA;SOR=1.217;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=49;WE=99098478;WS=99098460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr13	99098882	rs2281766	A	C	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=56;PP=2568;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCAGAAGCTGACCCCGAAAAG;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=203;TCR=106;TR=163;WE=99098890;WS=99098872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,167:0.53:316
chr13	99100547	rs12261	T	C	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1272;ReadPosRankSum=-1.089;SC=ACGTGTTGAGTCACAAAGAGT;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=83;WE=99100555;WS=99100537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,85:0.47:179
chr13	99112468	rs112280830	T	TGCCTGAC	1289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.302;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CGCAAGGTGGTGCTGACAGCC;SOR=1.641;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=22;WE=99112476;WS=99112458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr13	99112680	rs4771305	C	T	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=89;PP=2505;SC=AAGGCCTCTTCGGGATGTCTT;SOR=1.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=131;WE=99112688;WS=99112670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	99112754	rs4772083	TT	GC	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=638;ReadPosRankSum=2.244;SC=TGGCAATAATTTAATAAACCT;SOR=0.997;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=21;WE=99112763;WS=99112744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr13	99115927	rs2296149	A	G	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1742;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TGCTTGGGTCACTCAGGGGCC;SOR=0.710;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=114;WE=99115935;WS=99115917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,121:0.54:223
chr13	99354931	rs1768042	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=CTCTGGAGGCCGGGCACAGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=99354939;WS=99354921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	99356612	rs1339067	A	G	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=59;PP=2078;SC=CGTCAGTTACAGCAGTGACTG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=99356620;WS=99356602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	99361959	rs2297319	G	A	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=113;PP=2965;SC=TCTCAAAGACGACTCTGATCC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=161;TCR=113;TR=274;WE=99361967;WS=99361949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr13	99363919	rs6145194	GGTTTT	G	1511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=1290;SC=AATTGCTTTTGGTTTTGTTTT;SOR=3.383;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=27;WE=99363931;WS=99363909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr13	99448623	rs9554524	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=0.077;SC=CTGAAGGACGATAATGGAGGG;SOR=0.961;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=47;WE=99448631;WS=99448613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr13	99449579	rs1289314	T	C	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=2104;ReadPosRankSum=-1.822;SC=CAGCATCTCCTTCCCGAATGA;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=264;TCF=138;TCR=126;TR=135;WE=99449587;WS=99449569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,144:0.52:277
chr13	99449755	rs1289315	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=742;ReadPosRankSum=0.372;SC=TAGACAAAGAGCAAAGATTTT;SOR=1.052;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=45;WE=99449763;WS=99449745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr13	99457552	rs7990741	T	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACATTTTATTTGTAAATATAA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=21;WE=99457560;WS=99457542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr13	99459891	rs9557078	A	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=637;ReadPosRankSum=0.282;SC=CATTGCTATGAAACTTATCCA;SOR=0.710;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=36;WE=99459899;WS=99459881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr13	99460127	rs61040361	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=661;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCTAGGAAGCGTTCTTTTATT;SOR=0.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=48;WE=99460135;WS=99460117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr13	99460173	rs772306	T	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=0.430;SC=CTAAAAATCCTGCTGAAATGG;SOR=0.665;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=17;WE=99460181;WS=99460163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr13	99461532	rs371432796	GTTTTT	G	2620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=10;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.472;NF=20;NR=21;PP=908;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CTTTATTATAGTTTTTTTTTT;SOR=0.548;Source=Platypus;TR=41;WE=99461544;WS=99461522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr13	99462593	rs2282134	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTATGGGGAACGTGACATGGC;SOR=0.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=18;WE=99462601;WS=99462583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr13	99462609	rs1290519	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=2.715;SC=ATGGCACCCGTTGCAGAATGC;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=13;WE=99462617;WS=99462599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr13	99482030	rs9517459	G	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ACACAAACATGAGCAAATCAA;SOR=0.317;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=62;WE=99482038;WS=99482020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr13	99483856	rs2296986	C	T	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1562;ReadPosRankSum=0.170;SC=CCTTCAATTCCGGGGGAAGAA;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=137;TCR=101;TR=107;WE=99483864;WS=99483846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,117:0.46:253
chr13	99497760	rs2183093	G	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=2.724;SC=GAATGTGGACGCTTGATCAAT;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=22;WE=99497768;WS=99497750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr13	99498683	rs3842311	TA	T	1647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.271;NF=23;NR=17;PP=1354;ReadPosRankSum=1.662;SC=AAAAGACATGTATTTTTTTTA;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=40;WE=99498691;WS=99498673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,57:0.39:147
chr13	99505632	rs9513497	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=850;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CTGAAACGAGCAAAACAGAAA;SOR=0.501;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=54;WE=99505640;WS=99505622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr13	99520099	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.295;QD=0.49;ReadPosRankSum=3.137;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
chr13	99532622	rs6491460	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GAACACAGTGGTGTTTTGCAG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=16;WE=99532630;WS=99532612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr13	99534048	rs6491461	G	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=32;PP=1686;SC=TTTCTTAAATGTAATGTTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=99534056;WS=99534038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	99536031	rs9517474	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1484;ReadPosRankSum=1.279;SC=TTTGTCACAGGGCAGCAACTG;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=99;WE=99536039;WS=99536021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,101:0.55:185
chr13	99536215	rs2296996	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
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chr13	99537202	rs2274641	C	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=326;ReadPosRankSum=-1.351;SC=ATTGGGATGACCCAATCTTAA;SOR=0.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=26;WE=99537210;WS=99537192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
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chr13	99538711	rs6491465	C	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=10;PP=1401;SC=CTTGAATTTTCCTTTACCAGG;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=99538719;WS=99538701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	99538935	rs6491466	C	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=674;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AGAAATTAAACTTGGATATAT;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=43;WE=99538943;WS=99538925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr13	99540395	rs1928104	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=0.159;SC=GTGAACATATATTAAAAAAAA;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=99540403;WS=99540385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	99540500	rs2274643	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=718;ReadPosRankSum=-0.295;SC=ACAAAACAGAATAAGAAAAAA;SOR=0.489;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=43;WE=99540508;WS=99540490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr13	99555187	rs35240640	AT	A	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.001;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.189;NF=22;NR=21;PP=561;ReadPosRankSum=0.764;SC=ACCTCTGCCTATTTTTTTTTT;SOR=1.190;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=43;WE=99555196;WS=99555177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr13	99574524	rs7983462	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=1.179;SC=TTTACTGAAGCACCCATTGAC;SOR=0.243;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=20;WE=99574532;WS=99574514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr13	99575568	rs12428661	G	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=41;PP=1347;ReadPosRankSum=0.806;SC=CATCTTTGTCGACCTCCTCGT;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=98;WE=99575576;WS=99575558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,106:0.47:226
chr13	99578219	rs12429249	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=0.000;SC=AACAGAAAGACGTGATTTTTG;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=19;WE=99578227;WS=99578209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr13	99578265	rs7318788	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGCATACCCATAGAAACATCA;SOR=0.238;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=99578273;WS=99578255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr13	99667982	rs4772168	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=838;SC=TCACCGGTACTGGAACAGAAG;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=99667990;WS=99667972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	99738554	rs117633128	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=1021;ReadPosRankSum=1.118;SC=CTCAGCGCCCGGGTGAACTTC;SOR=0.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=66;WE=99738562;WS=99738544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr13	99853443	rs7338947	T	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=64;PP=2045;SC=CCCCAGGTGCTCTGCCCAGGA;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=100;WE=99853451;WS=99853433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	99890849	.	G	GT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr13	99896625	rs146409182	A	ATATATACACACATATGCATGTGTG	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,1:0.14:7
chr13	99947261	rs2230341	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=433;ReadPosRankSum=0.518;SC=AAGGGAAGTCCTGCAAAGTTT;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=23;WE=99947269;WS=99947251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr13	99948097	rs2230343	A	G	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2148;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TACACAAGGCATCTCCGATTC;SOR=0.639;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=340;TCF=171;TCR=169;TR=160;WE=99948105;WS=99948087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,169:0.48:350
chr13	99948178	rs2230342	C	A	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1856;ReadPosRankSum=1.259;SC=TATCAGAAATCACCAAATTTG;SOR=0.468;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=115;WE=99948186;WS=99948168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,112:0.49:227
chr13	99966291	rs9517681	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=823;ReadPosRankSum=0.526;SC=TCAAAGATACATCTGCCATTT;SOR=0.203;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=57;WE=99966299;WS=99966281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr13	99970429	rs56695114	CT	C	1241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=746;SC=TCTCACCATTCTTTTTTTTTG;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=36;WE=99970437;WS=99970419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	100004108	rs727263	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1113;ReadPosRankSum=0.546;SC=GGTGTTAACTGGTTGATTATC;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=74;WE=100004116;WS=100004098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr13	100008313	rs7993715	C	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1163;ReadPosRankSum=0.335;SC=ATCAGCTGTGCTAGGTATGTC;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=78;WE=100008321;WS=100008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,83:0.56:148
chr13	100020212	rs7318947	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TTTCAGAGTTGAAGCAGTTTC;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=22;WE=100020220;WS=100020202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr13	100181915	rs4772217	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=1.551;SC=TGCTTTGACTATATAAATTAC;SOR=2.115;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=100181923;WS=100181905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	100199445	rs41280148	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GATGGTGATGCTTTGTAAATA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=15;WE=100199453;WS=100199435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr13	100517028	rs12430038	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TCCCTCTGACGCACGCGTTTC;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=46;WE=100517036;WS=100517018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr13	100517195	rs3831038	CTG	C	2991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.742;NF=26;NR=36;PP=2332;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CTCTCTTTTTCTGTGTGTGTG;SOR=0.733;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=62;WE=100517206;WS=100517185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,99:0.60:164
chr13	100518400	rs2390354	T	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	100518580	rs3783185	A	G	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=677;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TCTCCAAGCCATAGATCTGGT;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=57;WE=100518588;WS=100518570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr13	100523386	rs3742254	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=168;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GAAACAAATATGTTGTGTGAA;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=100523394;WS=100523376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr13	100537221	rs912283	T	C	9234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=136;PP=2965;SC=ACTTGTGTCCTTCTATTCAGG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=191;TCR=138;TR=325;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr13	100537232	rs912284	T	C	10367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=211;NR=158;PP=2965;SC=TCTATTCAGGTAGGTCGGTAT;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=211;TCR=158;TR=369;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr13	100537376	rs912285	G	A	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=93;PP=2596;SC=GAGGCCTGGCGCCTCCCCACA;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=28;TCR=93;TR=121;WE=100537384;WS=100537366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	100622667	rs71114653	TGGC	T	2859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.044;QD=32.13;ReadPosRankSum=2.286;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,74:0.83:89
chr13	100637102	rs9585308	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCCCCTCAGGTCCTTCTCCCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=11;WE=100637110;WS=100637098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr13	100638193	rs72656054	A	T	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=40;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.386;SC=ATAAAAAAATAAAAACCCACA;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=179;TCR=82;TR=127;WE=100638201;WS=100638174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,138:0.49:279
chr13	100638251	rs72656056	T	G	5229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CCACGTTCTTTCCCACCCTGT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=494;TCF=277;TCR=217;TR=244;WE=100638259;WS=100638241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,257:0.50:519
chr13	100755044	rs2184382	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=329;SC=GATCAGACACGTTCGCTAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=100755052;WS=100755034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	100807416	rs3215976	T	TA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr13	100921056	rs4306370	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2425;SC=CCTAAGAAACATTTATAAAGC;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=100921064;WS=100921046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	100945533	rs9300598	G	A	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=120;PP=2965;SC=TTGAAATTCTGTGAAGGCTAT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=89;TCR=120;TR=209;WE=100945541;WS=100945523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr13	100945603	rs8002928	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=674;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TTCCAGAAAGATTTTAGAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=44;WE=100945611;WS=100945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr13	101020695	rs9518061	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1364;SC=ATATAAAATTATTAACTCTTT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=101020703;WS=101020685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	101144108	rs12428535	A	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=169;SC=AAAATATTTTAGTGAATATGA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=101144116;WS=101144098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	101264623	rs72661053	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr13	101264633	rs1572641	C	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.26;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr13	101264908	.	TACACACACACACAC	T	1709	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=1709;QD=342.4;SC=GATCATGTAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=101264929;WS=101264898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	101266525	rs79807894	C	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=863;ReadPosRankSum=1.498;SC=TGGCATTTTACTGTGGAGCCA;SOR=0.301;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=55;WE=101266533;WS=101266515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr13	101286924	rs1890861	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=1.452;SC=AAACCATACATAACAAAGAAA;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=101286932;WS=101286914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	101286974	rs17475563	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=4.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=509;ReadPosRankSum=0.118;SC=TAAATACTGCGCGACAGGAAA;SOR=1.467;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=27;WE=101286982;WS=101286964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr13	101287365	rs946838	T	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=59;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GGACACGCTCTGCGACCACGA;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=164;TCF=49;TCR=115;TR=88;WE=101287373;WS=101287355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,88:0.55:161
chr13	101288992	rs3803256	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=889;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTACGGCCTGCCAGTCAAAAG;SOR=1.019;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=65;WE=101289000;WS=101288982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,69:0.39:179
chr13	101316313	rs1298168	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GCCACGCTGGCCTTCTCTGCA;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=20;WE=101316321;WS=101316303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr13	101321067	rs2791680	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AAAACAACACTGTATAAATAT;SOR=0.214;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=25;WE=101321075;WS=101321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr13	101712426	rs2274085	G	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CCTGCATGACGGGTGACCTCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=101712434;WS=101712416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr13	101727043	.	CAG	C	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr13	101727071	.	C	CAG	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=46;PP=525;ReadPosRankSum=0.499;SC=GAGACAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=1.246;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=2;TCR=98;TR=47;WE=101727082;WS=101727033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr13	101735026	rs12430032	T	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=-0.458;SC=ACCGCTTAAGTAGGAAATATC;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=23;WE=101735034;WS=101735016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr13	101735211	rs17677552	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1710;ReadPosRankSum=0.958;SC=CCAAAGGTACGGTCACCGGGT;SOR=0.616;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=220;TCF=117;TCR=103;TR=110;WE=101735219;WS=101735201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,114:0.50:230
chr13	101735315	rs17484482	A	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1077;ReadPosRankSum=0.110;SC=CCACTTTGCCATTGACAGTGA;SOR=1.219;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=77;WE=101735323;WS=101735305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr13	101735355	rs17581591	C	T	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1660;ReadPosRankSum=1.631;SC=AGAACATAACCGTGAATGCAT;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=135;TCR=100;TR=115;WE=101735363;WS=101735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,122:0.50:246
chr13	101736075	rs686141	A	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1002;ReadPosRankSum=0.172;SC=GGCGAGGCGGAAGATGAAGAG;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=71;WE=101736083;WS=101736065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr13	101753023	rs113145864	C	CTG	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=525;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CCTTGACCTCCAGTTTCAAGT;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=26;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr13	101753025	rs57703343	GT	G	1703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=11;PP=1176;SC=TTGACCTCCAGTTTCAAGTAA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=25;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	101755480	rs9300647	G	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TGCATTAGAGGTGGACTACTG;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=47;WE=101755488;WS=101755470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr13	101755813	rs7331375	C	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=659;SC=TTGTACGTGCCATCTGTTAAC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=101755821;WS=101755803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	101769546	rs658424	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=702;SC=AGAACTTCATTGTAGGCAGAA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=101769554;WS=101769536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	101844246	rs5806198	G	GA	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.493;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=471;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AGATATAATTGAAAAAAAAAT;SOR=1.213;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=32;WE=101844254;WS=101844236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr13	101844479	rs979680	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CATGTGATGTTTGAAGACTTT;SOR=1.385;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=25;WE=101844487;WS=101844469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr13	101890040	rs9518352	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=85;SC=TGTTAAAATAATGTGACAGGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=101890048;WS=101890030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	101944752	rs570252	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-2.505;SC=TGAGTCACAGCTGACTTTTGA;SOR=1.123;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=17;WE=101944760;WS=101944742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr13	102106276	rs2297700	G	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=573;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGGCCGAGTCGGAGCGACGCT;SOR=1.915;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=29;WE=102106284;WS=102106266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr13	102106464	rs2297701	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AAGAGGGCGGCGCTGTCTCCT;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=61;TCR=105;TR=81;WE=102106472;WS=102106454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr13	102231794	rs187463764	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=61;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TCATTCATACATGTTACTACA;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=80;TCR=127;TR=98;WE=102231802;WS=102231784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,103:0.47:220
chr13	102344867	rs981073	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=-1.639;SC=TAGTGTGCTCACCTCCTTGAA;SOR=1.508;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=102344875;WS=102344857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr13	102368056	rs1436266	G	T	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=73;PP=2127;SC=CATTAGAACAGATAAATGCGA;SOR=1.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=106;WE=102368064;WS=102368046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	103279589	rs16960258	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=1.341;SC=TTTATAAGTGCTCCTAGTTTA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=9;WE=103279597;WS=103279579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	103282643	rs72452045	TGTTG	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=0.803;SC=AGTTTTTTTCTGTTGGTTTTT;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=103282654;WS=103282633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr13	103286280	rs2274461	T	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=472;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CTAAGCAAACTTCAATGGCTT;SOR=0.626;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=35;WE=103286288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr13	103286474	rs58545410	C	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=869;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ATTGTCCTTACATTATTGCAG;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=71;WE=103286482;WS=103286464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
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chr13	103292580	rs41281652	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TGTGGTCTTATAATAAATATA;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=103292588;WS=103292570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr13	103292875	rs16960293	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	103297435	rs10713633	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=15.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=4.272;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=2.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,21:0.17:122
chr13	103301537	rs664660	G	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=34;PP=1102;SC=ACTGCCCATCGTATACACTGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=103301545;WS=103301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	103307322	rs677248	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=541;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGCCCAAGCAATAGACCTGTT;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=35;WE=103307330;WS=103307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr13	103307483	rs672129	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=681;ReadPosRankSum=1.033;SC=ATGAGTCAGTGTGGAGATAGG;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=47;WE=103307491;WS=103307473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr13	103328660	rs2230856	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGACATTTGCATATAAACATG;SOR=1.042;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=18;WE=103328668;WS=103328650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr13	103346659	rs7981120	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=354;ReadPosRankSum=-1.551;SC=TTTACTTGAAGATGTCATCGC;SOR=0.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=32;WE=103346667;WS=103346649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr13	103346806	rs2390760	C	G	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=62;PP=1800;SC=AGTCCTTCCCCCCGGCGCCCA;SOR=1.377;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=97;WE=103346814;WS=103346796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	103383417	rs9554897	T	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1558;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CCTTTTTCTTTTACTGAGTGG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=95;WE=103383425;WS=103383407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr13	103384824	rs9300756	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGATCTTTACGTTTGGGAGAA;SOR=0.885;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=27;WE=103384832;WS=103384814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr13	103385015	rs6491707	A	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=CTTTAGAGATAGAAGATGCGG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=204;WE=103385023;WS=103385005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr13	103385299	rs7335290	A	C	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=75;PP=2965;SC=ACTTCGGAAGAAATTCCAGAA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=157;WE=103385307;WS=103385289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr13	103385534	rs17592438	C	T	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=1312;ReadPosRankSum=0.529;SC=TTCACACCGTCGGATCACTTG;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=265;TCF=145;TCR=120;TR=100;WE=103385542;WS=103385524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,112:0.39:287
chr13	103385798	rs7983175	T	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=65;PP=2893;SC=TCCTTTTGAATTTGCAGGGGT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=142;WE=103385806;WS=103385788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	103386116	rs7982465	C	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=130;PP=2965;SC=TTCTTCTGACCTGACTCGTGA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=133;TCR=130;TR=262;WE=103386124;WS=103386106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr13	103386283	rs7982670	A	G	9252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=171;PP=2965;SC=TTGAGGGTACATGGAGAGTTC;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=155;TCR=171;TR=326;WE=103386291;WS=103386273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr13	103388220	rs9300758	A	G	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=84;PP=2965;SC=AATGAAGCAGATTTCCTCGGA;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=172;WE=103388228;WS=103388210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr13	103390386	rs74471135	C	A	6266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.878;SC=TCTTGTCCTGCACCTCTTCTG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=296;TCR=284;TR=281;WE=103390407;WS=103390362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,296:0.49:605
chr13	103391605	rs17592480	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=694;ReadPosRankSum=-0.808;SC=ATTTCTTTCCTTTCAAAGTGA;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=49;WE=103391613;WS=103391595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr13	103391634	rs7322112	C	T	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=53;PP=2069;SC=AGGCCCATTACATCTTTCACA;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=103391642;WS=103391624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	103392127	rs74435572	T	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1010;ReadPosRankSum=-1.290;SC=CAATTGTTTCTTTATTCAATT;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=64;WE=103392135;WS=103392117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr13	103392709	rs79592880	A	T	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=56;PP=2138;ReadPosRankSum=0.787;SC=TGCTTAGCTGATCTGCAGAAA;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=168;TCR=117;TR=140;WE=103392717;WS=103392699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,152:0.50:305
chr13	103394003	rs1449707	G	A	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=108;PP=2965;SC=CTCCTGGCAAGTCTTCTGTTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=204;WE=103394011;WS=103393993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr13	103394613	rs9585986	T	G	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=97;PP=2965;SC=TGGGAAACTGTTATTCTTTTT;SOR=1.172;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=164;WE=103394621;WS=103394603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	103394716	rs9585987	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=50;PP=2051;SC=GAGAAATAGATGTGTAGGGAT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=103394724;WS=103394706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	103395819	rs1375720	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1716;ReadPosRankSum=1.003;SC=GTAAACTGCCCACTGATTTTA;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=77;WE=103395827;WS=103395809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr13	103396716	rs6491708	C	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=37;PP=1872;SC=GCAGTTTTCTCAGAAATAGAA;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=103396724;WS=103396706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	103397583	rs9582626	C	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=73;PP=2854;SC=TTTAACAATGCCTCCTGTTTC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=136;WE=103397591;WS=103397573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	103397890	rs75285783	G	A	4599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.133;SC=TATTGAGCATGTATGAAATTG;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=430;TCF=185;TCR=245;TR=215;WE=103397898;WS=103397880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,218:0.49:443
chr13	103399837	rs58265842	C	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=970;ReadPosRankSum=2.042;SC=TAATTTCCTGCCTTTTAAAAT;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=68;WE=103399845;WS=103399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr13	103400033	rs17592564	A	G	4101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=72;PP=2786;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TGGCATTGTAAGTGGATTCTT;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=386;TCF=217;TCR=169;TR=175;WE=103400041;WS=103400023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,187:0.45:411
chr13	103400083	rs1026158	G	A	5075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.079;SC=GTCTATCTGTGCTTTGCTTCA;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=401;TCF=209;TCR=192;TR=214;WE=103400091;WS=103400073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,229:0.54:422
chr13	103400729	rs12583104	G	A	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=51;PP=2653;SC=TTTGCTTCCTGGGGAAATGAG;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=140;WE=103400737;WS=103400719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	103402522	rs9300760	C	T	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=74;PP=2965;SC=GGCTTAGACACGTTTCCTCTA;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=117;TCR=74;TR=190;WE=103402530;WS=103402512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr13	103402772	rs9284197	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=205;SC=CAAATGAATATTAGAATATAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=103402780;WS=103402762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	103410710	rs9585989	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=2.251;SC=ATAGAACACAACCAACCTATT;SOR=1.236;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=103410718;WS=103410700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	103410782	rs1375719	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=242;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GATGAATTAATAACTGACCAA;SOR=0.882;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=18;WE=103410790;WS=103410772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr13	103410914	rs12855785	A	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=483;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CTTTTGGGGCAACTGTCTTCC;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=33;WE=103410922;WS=103410904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr13	103445609	rs11441956	G	GT	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=632;SC=CCCTGATAGTGTATAATTTGT;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=103445617;WS=103445599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	103449202	rs1047740	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=483;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGGAATTTAATTTCCACCTTC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=31;WE=103449210;WS=103449192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr13	103449375	rs12583419	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=1.960;SC=ATGAAAAGGCAATGGGGGAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=103449383;WS=103449365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	103450973	rs7994595	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=951;ReadPosRankSum=-2.237;SC=CGGCGAGTGCTGGAACTGTCG;SOR=0.972;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=92;WE=103450981;WS=103450963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,96:0.39:245
chr13	103451050	rs7993350	C	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=483;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AATGATCCACCGATAAATGAA;SOR=0.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=38;WE=103451058;WS=103451040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr13	103468958	rs7320687	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATATATGTTGGCAATAACGTA;SOR=0.061;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=12;WE=103468966;WS=103468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr13	103473497	rs9557936	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.571;SC=GTATGTCAATTTATCAGTACC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=15;WE=103473505;WS=103473487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr13	103474031	rs2148449	C	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=17;PP=1792;SC=AACATTGAGACAGGCTGTATT;SOR=2.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=103474039;WS=103474021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	103474382	rs2274390	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TTGTAGAATTGTTGCCATGAA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=23;WE=103474390;WS=103474372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr13	103484060	rs2181676	G	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=81;PP=2390;SC=AAGCATTGACGTGTTTTAGAA;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=29;TCR=81;TR=110;WE=103484068;WS=103484050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	103486912	rs76812904	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.712;SC=AGTATGTTAACTTCCCTTTAT;SOR=0.346;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=19;WE=103486920;WS=103486902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr13	103491172	rs2281886	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=653;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TAGGTTGCAAGTAACAGAAAC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=43;WE=103491180;WS=103491162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr13	103491223	rs7337774	C	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=863;SC=TAAGGACACACGGCTGTCTTT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=103491231;WS=103491213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	103491876	rs4771435	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=0.957;SC=AATTAGTACAATTAATTTCCC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=29;WE=103491884;WS=103491866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr13	103492092	rs34572873	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1516;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGCAGCATGGGCGTCTGGGCC;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=105;WE=103492100;WS=103492082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr13	103498417	rs76752300	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-1.387;SC=GAGACGTGTTGCAGCCAGAGT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=103498425;WS=103498407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	103498545	rs2296148	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr13	103504517	rs1047768	T	C	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=123;PP=2965;SC=GGGATCGCCATGGGAACTCAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=248;WE=103504525;WS=103504507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr13	103506509	rs1535729	A	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=723;SC=AGCCCCGCCAAGGTTCCTTCC;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=103506517;WS=103506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	103510896	rs3736865	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=177;SC=AGCATTTCTACATCTCAGATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=103510904;WS=103510886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	103511301	rs4150299	T	C	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=93;PP=2965;SC=TGCCATTGGCTCTCCACATTC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=218;WE=103511309;WS=103511291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr13	103514091	rs7982448	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.68;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	103515085	rs2227869	G	C	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1991;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TCTCCAACTTGTACAAATTCT;SOR=0.944;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=232;TCF=131;TCR=101;TR=116;WE=103515093;WS=103515075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,123:0.50:244
chr13	103515561	rs4150321	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.795;SC=AGATAAGGAACGAGAGACGTA;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=16;WE=103515569;WS=103515551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr13	103518769	rs6491716	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1271;SC=TACCACCTTCTTCAGACCCCT;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=103518777;WS=103518759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	103524762	rs4150360	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=959;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TCCTTTGCTTCTTAAAAGAGA;SOR=0.379;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=57;WE=103524770;WS=103524752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
chr13	103527849	rs9514066	G	C	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=137;PP=2965;SC=TAAGGCAAAAGGAAAAACCCA;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=109;TCR=137;TR=246;WE=103527857;WS=103527839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr13	103527930	rs9514067	G	C	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=110;NR=98;PP=2965;SC=AGATTCTAAAGGAAAGAATAC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=208;WE=103527938;WS=103527920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr13	103528002	rs17655	G	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1528;ReadPosRankSum=1.982;SC=TTCAAGTGAAGATGCTGAAAG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=96;WE=103528010;WS=103527992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,102:0.49:208
chr13	103528337	rs873601	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=389;ReadPosRankSum=0.703;SC=ATTAACTGGTGGCACGGTCTT;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=103528350;WS=103528327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr13	103528342	rs4150390	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=472;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTGGTGGCACGGTCTTTGTAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=103528350;WS=103528327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	103698630	rs279940	C	T	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=71;PP=1967;SC=AATACACAGACAGTTAAGTAA;SOR=2.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=88;WE=103698638;WS=103698620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	103703481	rs279938	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=0.752;SC=CTCTGAAACCATGAGACAATA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=103703489;WS=103703476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr13	103705044	rs188096	A	C	9995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=178;NR=173;PP=2965;SC=ACAACGAGAGAAACCAGAGAT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=178;TCR=174;TR=351;WE=103705052;WS=103705034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr13	103705098	rs66842575	T	A	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=1733;ReadPosRankSum=1.747;SC=GCAGAACAGGTGACACAGGAA;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=281;TCF=116;TCR=165;TR=119;WE=103705106;WS=103705088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,123:0.41:297
chr13	103705132	rs67736127	G	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1102;ReadPosRankSum=0.673;SC=AGAACAAGCAGCCTGAAGAAA;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=71;TCR=121;TR=85;WE=103705140;WS=103705122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,89:0.44:204
chr13	103710635	rs60380298	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1452;ReadPosRankSum=0.245;SC=TAGGGAATTACGATGCTCCCA;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=101;WE=103710643;WS=103710625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,106:0.55:191
chr13	103718108	rs72659706	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TCCTGTTTGATTCCTTAGTCA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=103718116;WS=103718098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	103718211	rs56182000	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=619;ReadPosRankSum=0.807;SC=TTAGAGGTATAGATAATCTTA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=39;WE=103718219;WS=103718201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr13	103718471	rs41281680	G	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=68;PP=1657;ReadPosRankSum=0.768;SC=ACATCACCAAGGCCAACAGGA;SOR=0.908;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=246;TCF=105;TCR=141;TR=112;WE=103718479;WS=103718461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,119:0.46:261
chr13	103718616	rs41281682	G	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.493;SC=GTCTGCTGCTGGAAAGGCCAA;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=103718624;WS=103718606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr13	106118612	rs45476401	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=930;ReadPosRankSum=0.276;SC=TTCACAATGCCGATGATTTAG;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=62;WE=106118620;WS=106118602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr13	106119446	rs2391191	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=0.629;SC=GGTTTTCAAAGGAGCATTCTT;SOR=0.293;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=25;WE=106119454;WS=106119436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr13	106125088	rs72549480	G	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AAATGCTAATGTTGGAACTTA;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=21;WE=106125096;WS=106125078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr13	107145463	rs7995379	G	C	7528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=95;PP=2965;SC=GCCCGTAGTCGCCGCTGACCT;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=159;TCR=95;TR=253;WE=107145471;WS=107145453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr13	107165255	rs9520090	C	G	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	107209378	rs9587157	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=529;ReadPosRankSum=-1.263;SC=ACACTTTTCATGTATGCTTTA;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=41;WE=107209386;WS=107209368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr13	108183631	rs912446	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	108863591	rs1805388	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=1.293;SC=AGATGCAACAGTTTGTGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=20;WE=108863599;WS=108863581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr13	108863609	rs1805389	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=1.381;SC=AGTTTGTGAGGCAGCCATCAA;SOR=0.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=18;WE=108863617;WS=108863599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr13	108959080	.	A	ATT	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=14;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=1.728;SC=CTATGTTAACATTTTTTTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=108959088;WS=108959070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr13	109446065	rs181583162	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.329;SC=AATTCATTAAATTAACCTTTA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=109446073;WS=109446055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	109459020	rs9301323	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr13	109472601	rs2146327	G	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=502;SC=CCGGCTGTTAGTTGGACAGCA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=109472609;WS=109472591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	109472849	rs9521065	A	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=956;SC=CACAGCTACAAAGTGAGAGCT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=109472857;WS=109472839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	109472933	rs9514924	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=15;PP=449;SC=TACGATGATATAGGCGATGTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=109472941;WS=109472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	109496928	rs7989802	C	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=970;SC=AAAACAAATGCGCACTAATTT;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=44;WE=109496936;WS=109496918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	109550561	rs7322768	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=62;PP=1813;SC=CGCTATGGACACACTGTGTAT;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=109550569;WS=109550551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	109609951	rs9559450	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=507;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TCATTTTAGAGATCAAATACG;SOR=0.380;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=38;WE=109609959;WS=109609941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr13	109717874	.	GA	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.730;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr13	109717928	rs1431267	A	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.675;SC=AAGTCCCTACAGGAGATGTTT;SOR=0.328;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=186;WE=109717936;WS=109717918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr13	109779906	rs3815983	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr13	109793474	rs28705148	T	C	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr13	109793720	rs7986595	A	C	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.098;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGTAAGC;SOR=0.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=117;TCR=103;TR=219;WE=109793728;WS=109793710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr13	110408608	rs1865434	C	T	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1268;ReadPosRankSum=-2.558;SC=TTTAATGATACTCTCTGACAT;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=82;WE=110408616;WS=110408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,91:0.67:136
chr13	110435914	rs12853546	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1434;ReadPosRankSum=1.568;SC=TGCGCCCCACGGGGGAGCTCA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=94;WE=110435922;WS=110435904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,102:0.67:152
chr13	110807474	rs615742	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=503;ReadPosRankSum=1.236;SC=GGCCAGGCTTTGAGGCATGCT;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=74;TCR=19;TR=32;WE=110807482;WS=110807464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr13	110807496	rs616089	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=668;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TGGAAGGGGATGGTTGGAGGA;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=103;TCR=36;TR=51;WE=110807504;WS=110807486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr13	110813709	rs1133219	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=-1.706;SC=GGCAGCTGCCGGCCGTGCCTA;SOR=0.735;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=27;WE=110813717;WS=110813699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr13	110817171	rs1816884	G	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=549;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCCCCTCTGGGCTCCCCATAC;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=35;WE=110817181;WS=110817161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr13	110818598	rs3742207	T	G	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=114;PP=2965;SC=CCGGGACGCCTTGATCGCCTT;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=90;TCR=114;TR=204;WE=110818606;WS=110818588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr13	110821844	.	A	AACACAC	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr13	110824974	rs2289799	C	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=837;SC=GGCCAACAGGCATGGGGCTTC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=110824982;WS=110824964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	110827574	rs874203	T	A	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	110827580	rs874204	C	T	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	110828891	rs1975514	T	C	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=91;PP=2965;SC=GTCTGACAGGTTGACATCTAC;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=219;WE=110828899;WS=110828881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr13	110828922	rs1562173	G	A	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=100;PP=2965;SC=GGGGAACACAGGCCTCATCCT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=216;WE=110828930;WS=110828912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr13	110830612	rs138277123	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=1.845;SC=AACTTTTAGCAGAATTTACAG;SOR=0.735;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=5;WE=110830620;WS=110830602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr13	110831451	rs503053	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=397;SC=AGGAGACCCATGCACACGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=110831459;WS=110831441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	110831837	rs2131939	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=589;ReadPosRankSum=0.301;SC=AACCAATAGCGTAAGTGAAGA;SOR=1.849;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=41;WE=110831845;WS=110831827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,43:0.31:139
chr13	110833564	rs16975491	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	110833702	rs16975492	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	110835460	rs72654112	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=848;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GTGAGAAAGACCAACAGTCAG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=134;TCR=87;TR=65;WE=110835468;WS=110835450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,71:0.30:233
chr13	110838703	rs2305080	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=186;SC=TACAACTTCATGCTGCATCAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=110838711;WS=110838693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	110839428	rs9521638	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=46;NR=24;PP=1208;SC=CTCATTTCTCAATGCTTTGCA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=110839436;WS=110839418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	110839550	rs536174	T	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=48;PP=1695;SC=GCTCTCCCTGTCATGCCGGGC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=110839558;WS=110839540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	110843985	rs1373744	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=20;PP=838;SC=ATTTATGGATTTGAAAAAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=110843993;WS=110843975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	110844721	rs2241967	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.888;SC=GCATAAAAATCTGTATAGGAA;SOR=0.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=24;WE=110844729;WS=110844711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr13	110845314	rs685884	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=59;PP=1816;SC=AGAAGTCTCCGCAGTGCACTG;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=102;WE=110845322;WS=110845304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	110847227	rs505050	G	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr13	110850770	rs683309	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=0.731;SC=GGCACCCTGGTGTCTGCTTGC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=110850778;WS=110850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr13	110856085	rs648263	A	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=201;SC=TCTCTCTTTAATATCTCTCAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=110856093;WS=110856075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	110857823	rs482757	C	T	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	110857895	rs677877	A	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=60;PP=1934;SC=CCTGTAGAATAAAGATGTAAA;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=103;WE=110857903;WS=110857885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	110859690	rs598819	A	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=22;PP=1460;SC=TTTTCTCTTTATCTTTTGGAA;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=110859698;WS=110859680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	110859743	rs598893	C	T	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=61;PP=2965;SC=ATGAAGCCCACTCATACCTTT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=149;WE=110859751;WS=110859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	110861785	rs645114	C	G	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=37;PP=1370;SC=CTGGGAGAGACAGCATTTTAA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=80;WE=110861793;WS=110861775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	110864225	rs532625	A	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=29;PP=1429;SC=CGGGATTTCCAGCGAAACCAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=110864233;WS=110864215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	110864264	rs34458255	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=590;ReadPosRankSum=1.086;SC=GCGGCCCTCTCTCCCCCTGGG;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=46;WE=110864272;WS=110864254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr13	110864396	rs626444	T	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=25;PP=700;SC=AAACAGTTTGTCACAAGCTGT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=110864404;WS=110864386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	110895092	rs41275104	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=2.300;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,53:0.24:218
chr13	110959356	rs9515185	C	G	365.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=222;ReadPosRankSum=2.706;SC=AGCAGCCAGACGCTGAGCCGG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=110959364;WS=110959346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr13	111077197	rs4238272	G	A	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=62;PP=2419;SC=CCGGAGTAACGGGACCCAAGG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=111077205;WS=111077187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	111077400	rs58151684	AT	A	1121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.664;NF=1;NR=26;PP=885;ReadPosRankSum=1.839;SC=TAGGCAATACATTTTGTGACT;SOR=0.687;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=27;WE=111077408;WS=111077390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr13	111077450	rs7326522	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TTTTGTTTATGACATAAAACA;SOR=3.611;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=111077458;WS=111077440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr13	111082157	rs3929758	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=0.362;SC=CAGTCATCCACATTACCATAG;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=9;WE=111082165;WS=111082147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr13	111090854	rs7983487	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=1.380;SC=CGGTCTGGACACCATCGGGGC;SOR=2.076;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=12;WE=111090862;WS=111090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr13	111090909	rs7984937	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=516;ReadPosRankSum=-1.649;SC=GTGGGCCCTGTTGGCTGGAGG;SOR=0.745;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=37;WE=111090917;WS=111090899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr13	111090924	rs7984100	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=445;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TGGAGGGGCCGCCCCTGGGTT;SOR=0.795;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=44;WE=111090932;WS=111090914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr13	111091157	rs9521759	C	A	37.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-0.842;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	111091995	rs7991229	T	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTGTTGCTATTCTTCAAAATC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=111092003;WS=111091985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	111098110	rs7489705	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=19;PP=954;SC=ATAATAATGCCATTGCAGTCC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=111098118;WS=111098100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	111098226	rs4103	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=782;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CCCGGGGACCCAAGGTGAGCC;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=61;WE=111098234;WS=111098216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr13	111098338	rs7988186	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=373;SC=CCTAAAAAGTACAAGATCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=111098346;WS=111098328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	111099057	rs45612833	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=11;PP=737;SC=GACGGTCCACGCTCGGGTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=111099065;WS=111099047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	111099122	rs7326449	G	A	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=30;PP=1237;SC=CTCACATCCTGTTTTTCTCTT;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=111099130;WS=111099112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	111099338	rs35275552	T	TA	295.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr13	111101931	rs56676181	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=0.521;SC=GCATATGGAGCATTTGGTAAA;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=111101939;WS=111101921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr13	111101952	rs75082326	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=462;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TATGTAGTCAATGAAAAAGTG;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=33;WE=111101960;WS=111101942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr13	111102042	rs76425569	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=783;ReadPosRankSum=0.860;SC=GAGGTGACCCGGGATTCCCAG;SOR=0.407;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=48;WE=111102050;WS=111102032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr13	111102126	rs74941798	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr13	111102183	rs34734302	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=560;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AAGCACCTGCACTCAGGTCCT;SOR=0.657;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=37;WE=111102191;WS=111102173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr13	111109157	rs28502737	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr13	111109576	.	G	C	471	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=45.43;NF=19;NR=5;PP=471;QD=21.0738005228;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=24;WE=111109584;WS=111109566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,24:0.50:48
chr13	111109618	.	G	C	1474	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=55.7;NF=54;NR=32;PP=1474;QD=17.5438513087;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=86;WE=111109626;WS=111109608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,86:0.64:134
chr13	111109859	rs9515218	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=799;ReadPosRankSum=2.234;SC=GGTGAAATCCATCCCCCACTC;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=57;WE=111109867;WS=111109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr13	111109882	rs9555703	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=29;ReadPosRankSum=0.960;SC=GTGTTTGGACATGAAAATGAG;SOR=0.793;Source=Platypus;TCR=56;WE=111109890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
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chr13	111110303	rs7319009	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTGACCCTTTCCAGTCACCT;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=111110311;WS=111110293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	111110384	rs71440063	G	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=480;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TGCAGGCTGTGCTCCTGCTCA;SOR=0.492;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=37;WE=111110392;WS=111110374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr13	111110418	rs7325055	G	C	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=34;PP=1943;ReadPosRankSum=0.544;SC=AGAACATGGGGAGCACTTCCT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=175;TCF=116;TCR=59;TR=114;WE=111110426;WS=111110408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,128:0.68:189
chr13	111110666	rs7326779	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	111111023	rs9521781	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=647;ReadPosRankSum=0.332;SC=AAGCACCAAGTGTGCCACCCA;SOR=1.426;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=32;WE=111111031;WS=111111013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr13	111111043	rs9521782	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.238;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=898;ReadPosRankSum=1.481;SC=AGCTCTCCCCGCTGCCTGATA;SOR=1.928;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=47;WE=111111051;WS=111111033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr13	111111173	rs7990214	G	A	4659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.358;SC=AAGGTCTTCCGGGACTGCCAG;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=293;TCF=144;TCR=149;TR=200;WE=111111181;WS=111111163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,212:0.67:316
chr13	111111235	rs7990383	G	A	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=67;PP=1639;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAAGGGGACAGAGGAGACCCC;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=42;TCR=93;TR=95;WE=111111243;WS=111111225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr13	111114751	rs7992330	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CACAAACTGCGGCAGCTCCGT;SOR=0.347;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=31;WE=111114759;WS=111114741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr13	111115467	rs9521786	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=1595;ReadPosRankSum=1.245;SC=TCACAGCTCTGGAGGCTGAAA;SOR=1.440;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=48;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr13	111115480	rs9515223	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=1456;ReadPosRankSum=1.601;SC=GGCTGAAAGCCGACATCAAGG;SOR=1.133;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=37;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr13	111117745	rs3803236	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=400;ReadPosRankSum=1.018;SC=ACTGAATTTTCACACAGGGTG;SOR=0.657;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=24;WE=111117753;WS=111117735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr13	111118221	rs1983932	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TCCCTGCCCATTTCAAAGCCT;SOR=0.301;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=16;WE=111118229;WS=111118211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr13	111118546	rs1927350	T	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-1.845;SC=TGGCACAACATAGTGGCCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=21;WE=111118554;WS=111118536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr13	111118574	rs1927351	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	111118580	rs1927352	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=183;SC=TTGCATGAATGACAACCTGGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=111118588;WS=111118564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	111118615	rs1927353	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATTTAACCAAACCCCTCTTGT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=111118623;WS=111118605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	111119296	rs3803232	A	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1307;ReadPosRankSum=1.515;SC=CGGTTTGCACAGCTCGTGCTT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=88;WE=111119304;WS=111119286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr13	111120684	rs34167123	AT	A	3280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.373;NF=15;NR=52;PP=2419;ReadPosRankSum=1.713;SC=CCATCCATGGATTTCAACACC;SOR=0.870;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=23;TCR=92;TR=67;WE=111120692;WS=111120674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,109:0.62:176
chr13	111121444	rs9559813	C	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=505;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGCTGATATTCCCCCCAGCCT;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=35;WE=111121452;WS=111121434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr13	111121483	rs9559814	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=917;ReadPosRankSum=-0.537;SC=TGAGATCCACATTAAGTCAGA;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=68;WE=111121491;WS=111121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr13	111121717	rs9515229	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCCAGCGGGAACCTGTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=14;WE=111121725;WS=111121707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr13	111130226	rs9559818	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=764;SC=GTGTTTTCCTGATTCTCTAGA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=111130234;WS=111130216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	111130519	rs2281974	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=463;SC=AAGGTAAGACCCCAGCCCTCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=111130527;WS=111130509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	111132820	rs1475438	G	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=42;PP=1258;SC=TCTGCTGGGCGCCTCTGTGGG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=111132828;WS=111132810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	111137167	rs1983930	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=394;SC=CGTGCAGCCCTATGGCTCAGG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=111137175;WS=111137157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	111137240	rs2296853	A	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=840;ReadPosRankSum=1.079;SC=ACAGCACTCTATTCCCTTCCA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=50;WE=111137248;WS=111137230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr13	111137891	rs11619327	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=22;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=67;SC=AAAAAAAAAAAAAGATTCACA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=111137899;WS=111137881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	111144382	rs146887419	T	C	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1439;ReadPosRankSum=1.006;SC=CAAGGTGTCCTGTGTGCTCAG;SOR=0.515;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=97;WE=111144390;WS=111144372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,99:0.69:144
chr13	111153934	rs378601	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=9;PP=574;SC=TCCACCACAGGTGATGGTGTG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=111153942;WS=111153924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	111154058	rs439831	T	A	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	111154061	rs409858	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	111154159	rs388222	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ATCTGTGCTTCGACATCTCTA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=53;WE=111154168;WS=111154149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr13	111154160	rs2281968	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=576;ReadPosRankSum=0.061;SC=TCTGTGCTTCGACATCTCTAG;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=19;WE=111154168;WS=111154149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr13	111155363	rs406174	G	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=3;PP=1653;SC=CCATGCCACAGACTTGCCAGA;SOR=5.318;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=58;TCR=3;TR=61;WE=111155371;WS=111155353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	111155428	rs401316	C	T	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=78;PP=2965;SC=GGCCTTGGGGCCCTGTTTAAA;SOR=1.360;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=137;TCR=78;TR=214;WE=111155436;WS=111155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr13	111155711	rs4773198	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,59:0.27:215
chr13	111155773	rs438758	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	111155773	.	TGGGGCG	CGGGGCA,CGGGGCG	867	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1,14;NR=14,65;PP=203,867;QD=17.0978583241;SC=CTGGACCCACTGGGGCGGTGG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=15,79;WE=111155787;WS=111155763;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.19:79
chr13	111155779	rs4773199	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.239;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr13	111156021	rs4773200	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.462;SC=AATATTCAAACGGCAGGCGCT;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=111156029;WS=111156014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr13	111156047	rs9284254	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=1.334;SC=ACGGCTCAGGCCCGTTAGTGT;SOR=1.194;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=14;WE=111156055;WS=111156037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr13	111156153	rs9301460	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr13	111156499	rs4771683	C	T	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=68;PP=2965;SC=TTGCAGGTTTCCGTGGGGCTC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=156;WE=111156507;WS=111156489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	111156773	rs4771684	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=448;SC=CTACACTCCTATGCCCAGCAG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=111156781;WS=111156763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	111158874	rs445348	A	G	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=108;PP=2965;SC=CCATGTGCCCAGTGGGCATGA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=110;TCR=108;TR=218;WE=111158882;WS=111158864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	111160304	rs391859	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1124;ReadPosRankSum=-1.872;SC=CCTGCCTGGCGCGGTTCAGCA;SOR=0.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=75;WE=111160312;WS=111160294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,82:0.73:113
chr13	111164614	rs422733	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr13	111164628	rs3074455	TAA	T	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=2.870;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr13	111176393	rs419244	A	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=91;PP=2965;SC=CCACGATGGCAAAGAGGCAGT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=175;WE=111176401;WS=111176383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr13	111176519	rs375814	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=0.739;SC=AGTACATGGAGCCCAGGCCGT;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=20;WE=111176527;WS=111176509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr13	111267758	rs28384426	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCCGAACCTCTTAGGCCAGAG;SOR=1.501;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=17;WE=111267766;WS=111267748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr13	111276726	rs10544782	ATATCT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AATCTAAATAATATCTTAGGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=111276738;WS=111276716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	111277810	rs330561	C	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=378;SC=ACAGAGACGGCGGGGTGGAGA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=111277818;WS=111277800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	111289698	rs3825467	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=489;ReadPosRankSum=0.206;SC=AACACTGACAATGAACTCTAG;SOR=0.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=33;WE=111289706;WS=111289688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr13	111290880	rs330563	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=886;ReadPosRankSum=0.238;SC=ACCTGAGCCCGCGCAGACCAG;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=74;WE=111290888;WS=111290870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,80:0.33:243
chr13	111291044	rs330564	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=643;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TATTGCAGCTTTTGGTTAAAC;SOR=0.999;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=46;WE=111291052;WS=111291034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,47:0.36:131
chr13	111293585	rs10709696	TG	T	299.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=310;SC=GCTCTTCTGTTGGCTGTGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=111293593;WS=111293575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	111293640	rs7998306	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=7.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr13	111294920	rs11414164	G	GC	7626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=82;PP=2969;SC=GATTGTGGATGCCCCCTCCCC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=129;WE=111294928;WS=111294910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr13	111303496	rs376496407	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=786;ReadPosRankSum=0.289;SC=TTTACGCTTCGCACTGTTCAG;SOR=0.400;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=178;TCF=76;TCR=102;TR=68;WE=111303504;WS=111303486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,73:0.38:192
chr13	111315249	rs7989346	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=319;ReadPosRankSum=0.437;SC=AGACAGGCCAGAAGACAAAGG;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=22;WE=111315257;WS=111315239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr13	111315299	rs4622384	T	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=49;PP=2138;SC=TCCGTGGGTGTGCCTGTTTTC;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=129;WE=111315307;WS=111315289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	111315405	rs7993933	G	A	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=66;PP=2265;SC=AGCCTATTAAGGGCAAACAGC;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=111315413;WS=111315395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	111315489	rs2296659	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=779;SC=CAGCAGATGCACCAAGAGGGA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=111315497;WS=111315479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	111315506	rs376834	A	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=824;SC=GGGAGACAACAATTATAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=111315514;WS=111315496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	111319754	rs4628819	T	C	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=CAATTTCGTTTTCATGATGTG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=186;WE=111319762;WS=111319744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr13	111319884	rs9521884	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=696;SC=TTCTAACCTCGTCTATTTATT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=111319892;WS=111319874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	111329610	.	AGA	GGG	327	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=55.76;NF=0;NR=6;PP=327;QD=63.411312477;SC=CCCCCACCACAGAGACCCAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=111329620;WS=111329600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr13	111340342	rs2304767	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr13	111358488	rs3818496	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=12;PP=424;SC=GCCACGCCGGGTACGCTGCCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=111358496;WS=111358478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	111364877	.	A	AGG	393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;NF=13;NR=2;PP=197;SC=TTTGGCCGGAAGGGGGGGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=111364885;WS=111364867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	111365104	rs12875067	A	G	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=70;PP=2944;SC=GGTGTCCATGACACAGGGCGG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=163;WE=111365112;WS=111365094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	111368164	rs7338333	T	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=60;PP=2193;SC=GTGTCGCCCCTGCCCCTCTCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=111368172;WS=111368154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	111368316	rs9555726	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=41;PP=1258;SC=GGCCGCATCTCTGCTGACCCG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=111368324;WS=111368306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	111562803	rs35930208	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=1.578;SC=GGAAAGGGCCTACTATCCTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=9;WE=111562811;WS=111562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	111566989	rs59070384	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=-1.953;SC=GGCACGCCCCACGTCCCCCGC;SOR=0.667;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=24;WE=111566997;WS=111566979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr13	111567039	rs56924528	G	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=409;ReadPosRankSum=2.162;SC=TGGACAGCCGGGGAAAATGGC;SOR=0.274;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=35;WE=111567047;WS=111567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr13	111806245	rs61966721	A	G	9972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=172;PP=2965;SC=TGTGCTCTGTATTGCAGGTCT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=172;TCR=174;TR=344;WE=111806253;WS=111806235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr13	111893710	rs57317822	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCTGCGCCCCGAGGTCAGGAA;SOR=0.475;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=26;WE=111893718;WS=111893700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr13	111933098	rs2296353	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=2.144;SC=AGCAAGTGATCAGTTGCTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=111933106;WS=111933088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	111953903	rs3742181	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=503;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CATCTTTAAATCTTTTTTTTC;SOR=0.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=31;WE=111953911;WS=111953893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr13	111955465	rs1555751	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=563;SC=CTATAAGGGATGTCCTCAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=111955473;WS=111955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	111968680	rs7991693	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.057;SC=GGCATGCACACGCCTCCCGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=8;WE=111968688;WS=111968670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr13	111980478	rs2479955	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AGCGGAGAGCAGAGTGGCTTT;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=26;WE=111980486;WS=111980468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr13	111980537	rs1359428	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=613;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CAGTGTGTGACGTTCCTCTGT;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=47;WE=111980545;WS=111980527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr13	111992247	rs35344026	C	A	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=1915;ReadPosRankSum=0.481;SC=TTGTGATCATCGCTGGGGCCT;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=95;TCR=122;TR=128;WE=111992255;WS=111992237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,131:0.58:225
chr13	112297403	rs8000950	C	T	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=34;PP=2512;ReadPosRankSum=1.770;SC=TCGTCCCCTACTGGGGCCAGC;SOR=1.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=122;WE=112297411;WS=112297393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr13	113030981	rs80217834	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr13	113032962	rs9550063	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CGAAGGTCTCGAGGTTCCCAA;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=28;WE=113032970;WS=113032952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr13	113033010	rs76491939	A	C	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1106;ReadPosRankSum=2.155;SC=TTCTTCACTCACCTGTGGGAT;SOR=0.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=76;WE=113033018;WS=113033000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr13	113153114	rs9549532	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=321;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGGCAGGAGATTTGTAATTCT;SOR=0.084;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=16;WE=113153122;WS=113153104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	113158861	.	CAT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.300;SC=CATACATACACATATATATAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=3;WE=113158870;WS=113158851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr13	113159187	rs7320173	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=87;ReadPosRankSum=0.827;SC=ACCAATTTCTGTGCAGGTCAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=8;WE=113159195;WS=113159177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr13	113333684	rs7338610	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=0.630;SC=CATCCTGGGACCTTGTTAGGA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=32;WE=113333692;WS=113333674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr13	113439586	rs11616475	G	T	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1484;ReadPosRankSum=0.477;SC=CTTGGCTTGGGTCTGAGTGTC;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=102;WE=113439594;WS=113439576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
chr13	113479820	rs368865	A	G	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=999;ReadPosRankSum=0.607;SC=GCTGAAATACATGTGGCAGAG;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=72;WE=113479828;WS=113479810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,79:0.53:150
chr13	113487043	rs2297223	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=445;ReadPosRankSum=0.153;SC=AACCCCTCACCGCCCACAAGC;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=26;WE=113487051;WS=113487033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr13	113496566	rs946006	C	G	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1087;ReadPosRankSum=1.334;SC=TGTGATTAAACTCCTCATTTT;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=81;WE=113496574;WS=113496556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,86:0.46:187
chr13	113508537	rs11424633	A	AT	1820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CCTTATTTGGATTCCTGGGTC;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=38;WE=113508545;WS=113508527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr13	113508839	rs9549573	G	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=761;ReadPosRankSum=-2.438;SC=GAGACAACCTGTCCGGGTAGG;SOR=0.404;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=42;WE=113508847;WS=113508829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr13	113512004	rs7325522	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TCGTAAATTACCTCTAAGTAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=113512012;WS=113511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr13	113525952	rs1765767	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=810;SC=GTGTTGGCACACAAGAAAAAT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=113525960;WS=113525942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	113527967	rs1320525	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.580;NF=36;NR=61;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TTGTCTTTTCGCTTCTCTGGG;SOR=0.605;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=201;TCF=67;TCR=134;TR=97;WE=113527975;WS=113527957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr13	113534907	rs9577174	T	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=28;PP=1613;ReadPosRankSum=-0.477;SC=AGAGCAGCGATGGGCCCCTCC;SOR=1.107;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=199;TCF=141;TCR=58;TR=106;WE=113534915;WS=113534897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,110:0.52:210
chr13	113534984	rs9577395	C	G	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.375;SC=GGCTGCTGGACGCCGCCCGTG;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=236;TCR=183;TR=222;WE=113534992;WS=113534974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,232:0.53:438
chr13	113536132	rs1290177	T	C	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=71;PP=2270;ReadPosRankSum=1.225;SC=CTCAGCAGAATGGGTGCGCAC;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=351;TCF=208;TCR=143;TR=172;WE=113536140;WS=113536122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,174:0.49:354
chr13	113563351	rs2993328	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=2;PP=678;SC=GCTTATGTTTATCCATGCTGC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=113563359;WS=113563341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	113563690	rs149417963	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CATGGGTTGAAGCCAGGCTAA;SOR=1.496;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=24;WE=113563698;WS=113563680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr13	113639869	rs3011543	A	G	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.02;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr13	113639872	rs3011542	A	G	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.35;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr13	113656216	rs7986677	C	T	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=55;PP=1908;SC=CTGACTCGCACTGGGCAGCAT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=113656224;WS=113656206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	113669061	rs72661975	T	C	7349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=97;PP=2965;SC=ACGTGCCGTCTGCTCTTTCCG;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=160;TCR=98;TR=256;WE=113669069;WS=113669051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr13	113681243	rs9549343	C	A	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=58;PP=2965;SC=AGGGGTGCCGCGGGGGTCTCT;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=112;TCR=59;TR=169;WE=113681251;WS=113681233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr13	113681400	rs3011512	G	T	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=105;PP=2965;SC=TCTGTATCCCGCACATTACAT;SOR=1.447;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=166;WE=113681408;WS=113681390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	113699488	rs3814266	T	C	12919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=280;NR=173;PP=2965;SC=ATCATGAATATGGGGGATCGC;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=453;TCF=280;TCR=173;TR=453;WE=113699496;WS=113699469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr13	113735390	rs494129	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=15;PP=1265;SC=GCGTCCAGCCTGTGGGCTTTG;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=113735398;WS=113735380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	113738175	rs491455	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=883;SC=GCGTGGCTGCGGCGTCTCCAA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=113738183;WS=113738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	113739126	rs72663544	G	A	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=871;SC=CCCTCACCGCGTAATGCGGTG;SOR=4.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=113739134;WS=113739116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	113739518	rs546818	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=41;PP=1206;SC=ACCGTGGCCCGGCCTCCCCAG;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=113739526;WS=113739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	113740706	rs1745949	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1103;SC=GTCCCTAGATAAGCCCACTCC;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=113740714;WS=113740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	113741851	rs514181	C	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=49;PP=1888;SC=TCTGAGGTGGCCACGCTGACA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=80;WE=113741859;WS=113741841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	113742805	rs7986589	C	G	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=167;PP=2965;SC=CACAGTCCCCCCATGCGCAAG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=217;TCR=169;TR=383;WE=113742813;WS=113742795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr13	113743768	.	T	C	794	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=56.14;NF=28;NR=3;PP=794;QD=26.7345552435;SC=TCTCATCCAGTCCGTCCGGGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=113743776;WS=113743758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr13	113744139	rs4907483	G	A	8819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=144;PP=2965;SC=TTCCTGCAGTGTGAAGAAGCT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=174;TCR=144;TR=318;WE=113744147;WS=113744129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr13	113745402	rs41306043	C	T	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=1819;ReadPosRankSum=1.177;SC=ACTCTCTCTCCGGTTGTATTT;SOR=0.646;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=281;TCF=173;TCR=108;TR=131;WE=113745410;WS=113745390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,122:0.44:277
chr13	113748690	rs7327099	C	T	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=24;PP=2023;SC=TTTATGAACCCGGGAAGATGA;SOR=2.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=93;WE=113748698;WS=113748680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	113749475	rs2146752	G	A	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=110;PP=2965;SC=CATTGTTAATGTCAGAAGCAA;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=34;TCR=110;TR=144;WE=113749483;WS=113749465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	113792754	rs2251102	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=302;SC=ATTTTTAAATTTCTTTTTTCC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=113792762;WS=113792744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	113792893	rs2026160	C	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=16;PP=445;SC=CTTTTGTTCTCATTTTACTCA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=113792901;WS=113792883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	113801737	rs5960	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=873;ReadPosRankSum=0.779;SC=GTGGTGGAACCATTCTGAGCG;SOR=0.676;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=65;WE=113801745;WS=113801727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr13	113801843	rs2031184	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=65;PP=2367;SC=GGCCGTGGTGAGGGGCACCGT;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=113801851;WS=113801833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	113812962	rs2273971	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=12;PP=836;SC=CTGTCCCAGCGCTCCGGGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=113812970;WS=113812952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	113813268	rs3024711	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GCCCAAATGGAAAGAAGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=113813276;WS=113813258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	113814588	rs35691399	G	GC	1003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.538;NF=2;NR=25;PP=918;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TAATTAATTAGCCTATTTACT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=27;WE=113814596;WS=113814578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr13	113815200	rs513479	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr13	113817537	rs2480948	T	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=34;PP=806;SC=GGTGTAGCCATGAAGGTGCCT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=113817545;WS=113817527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr13	113818817	.	T	TTC	600	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5001,0.4999;HP=11;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=18;MQ=59.82;NF=14,14;NR=46,46;PP=600,26;QD=10.1;SC=TTTTTTTTTTTCCTTTTCAGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=60,60;WE=113818827;WS=113818793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
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chr13	113818900	rs564081	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	113819009	rs494860	T	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=0.693;SC=AGCGACCCCGTCCACATCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=16;WE=113819017;WS=113818999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr13	113819513	rs3024735	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.528;SC=TAGAAATGTTGACAACTAAGT;SOR=1.201;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=18;WE=113819521;WS=113819503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr13	113833221	rs9549352	A	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=16;PP=1390;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGAAGCTTCAAATTCTGGGCT;SOR=0.976;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=96;TCR=26;TR=70;WE=113833229;WS=113833211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr13	113833499	rs486407	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=0.469;SC=GTGTTCTAAAGGAGTAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=113833507;WS=113833489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr13	113851633	rs9549356	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AGCTCACTTCATTGCACAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=113851641;WS=113851623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr13	113852425	rs546686	C	T	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=31;PP=2038;SC=GCTTCAAGCACAAGATAATGC;SOR=1.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=104;WE=113852433;WS=113852415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	113854560	rs3751411	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=2.379;SC=ACCACAGTGTGCGTACATAGT;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=113854568;WS=113854557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	113854600	rs3751412	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=729;SC=TGAAATTACATAAATCATAAA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=113854608;WS=113854590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	113854715	rs3751413	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1055;ReadPosRankSum=1.508;SC=TCTGCAGACACCTGTGTGCAC;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=80;WE=113854723;WS=113854705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,86:0.41:212
chr13	113862801	rs9549692	G	A	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=29;PP=2003;SC=CCGAACGGAAGAAGGGTGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=113862809;WS=113862791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	113888201	rs2146408	T	C	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=77;PP=2965;SC=TAACTCTGCTTGTTTCTTAGG;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=178;WE=113888209;WS=113888191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	113888425	rs9549705	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TTCTGAAAGCTGCAATCTTGC;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=113888433;WS=113888415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	113889355	rs2287249	A	G	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTACTGATACATTTAATTGTT;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=115;TCR=61;TR=90;WE=113889363;WS=113889345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,88:0.51:174
chr13	113889474	rs2287250	C	T	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=83;PP=2453;ReadPosRankSum=-1.363;SC=GTACCGTTTGCTCGCTGAGCG;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=152;TCR=160;TR=163;WE=113889482;WS=113889464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,170:0.52:324
chr13	113889499	rs2287251	A	G	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=73;PP=1947;ReadPosRankSum=1.058;SC=TATCTTCACCATGGCTGGAAG;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=143;TCR=152;TR=142;WE=113889507;WS=113889489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,148:0.48:306
chr13	113891075	rs2287253	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.560;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=487;ReadPosRankSum=0.718;SC=CCCATCTTTTGCAGAGAACCA;SOR=1.047;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=36;WE=113891083;WS=113891065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr13	113891359	rs2287254	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.884;SC=TTAGCCATCCACGGGAGAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=113891367;WS=113891349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr13	113893625	rs7317558	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=453;ReadPosRankSum=1.193;SC=AGGCAGCGATGTGGAGACCCG;SOR=0.194;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=32;WE=113893633;WS=113893615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr13	113893729	rs3794422	G	A	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=1899;ReadPosRankSum=1.628;SC=CTCTGCTGACGTGTACTGCAC;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=168;TCR=111;TR=133;WE=113893737;WS=113893719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,139:0.48:289
chr13	113897320	rs3764124	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1149;ReadPosRankSum=0.157;SC=CTGAGAAAGACAAAGACATGG;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=93;WE=113897328;WS=113897310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,100:0.43:230
chr13	113899004	rs3932499	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=316;SC=AAATACAAAACATTAGCCAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=113899012;WS=113898994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	113900197	rs2302756	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=299;ReadPosRankSum=0.928;SC=AAAATTACACGGTTTATTTTG;SOR=0.130;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=20;WE=113900205;WS=113900187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr13	113907391	rs9549365	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=475;ReadPosRankSum=1.535;SC=TCCTATGCTTAACAGATGATT;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=38;WE=113907399;WS=113907381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr13	113909339	rs2302757	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1183;ReadPosRankSum=0.094;SC=AAAAGTCCCAAAGGAAAGGAA;SOR=1.015;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=74;WE=113909347;WS=113909329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr13	113917767	rs4907602	T	C	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=13;PP=1471;SC=TTTAATGCCATTGTAATTAGG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=113917775;WS=113917757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	113951722	rs7983578	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	113965176	rs9577503	C	A	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=75;PP=2404;SC=CAGCTTCAGCCGGGGAGGTAG;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=113965184;WS=113965166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	113978969	rs912010	G	A	3110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=64;PP=2064;SC=TGGCAGGCAGGCAGACAGGCC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=114;WE=113978977;WS=113978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	113999051	rs4406954	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=596;SC=AAAAAAAAAACGGTTTGTAAC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=113999059;WS=113999041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	114018038	rs9549753	C	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GCCCAACCCACCTGCGCCCTC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=8;WE=114018046;WS=114018028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr13	114157846	rs9805588	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=531;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GAGAATTTGGGGTGTTTTTTA;SOR=0.882;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=38;WE=114157854;WS=114157836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr13	114201576	rs12876871	T	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=995;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TGGGGGAGGCTGTCCTGCGGT;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=64;WE=114201584;WS=114201566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr13	114303764	rs17852631	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=474;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCACGTGCTCCGCCATGACCT;SOR=0.793;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=35;WE=114303772;WS=114303754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr13	114309226	rs11164142	G	A	11811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=217;PP=2965;SC=TCATCACCACGTAGAAGGCCA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=428;TCF=210;TCR=218;TR=427;WE=114309234;WS=114309216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr13	114312354	rs9285616	T	G	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=21;PP=1407;SC=GTACCCCACCTGGACAGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=114312362;WS=114312344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	114312605	rs58459344	G	GA	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.55;QD=43.51;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	114312606	rs58758822	T	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;QD=43.87;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	114312606	.	TT	AT	835	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=70.0;NF=2,1;NR=18,18;PP=521,835;QD=27.7885606274;SC=GCCAGGGCCGTTTATCAGCGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20,19;WE=114312614;WS=114312596;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,20:1.00:20
chr13	114312606	.	TT	TGT	835	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=70.0;NF=2,1;NR=18,18;PP=521,835;QD=27.7885606274;SC=GCCAGGGCCGTTTATCAGCGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20,19;WE=114312614;WS=114312596;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,19:1.00:19
chr13	114322289	rs9796035	A	G	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=TCAGGGTCCTAGGGAAAGGGG;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=164;WE=114322297;WS=114322279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	114323997	rs9796234	T	C	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=102;PP=2965;SC=CGTCTCACTTTTCAGGGTGCT;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=154;TCR=103;TR=256;WE=114324005;WS=114323987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr13	114498034	rs9577895	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=455;SC=AAGAAGCCCCGACCTCGAGCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=114498042;WS=114498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	114498362	rs28653123	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=31;PP=913;SC=CTCCTCTCAGTAAGTCTCATT;SOR=3.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=114498370;WS=114498352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	114502416	rs7400029	T	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=51;PP=1458;SC=CTGAGATTCATGTGGGTTTTG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=114502424;WS=114502406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	114503915	rs9577890	CA	TG	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=54;PP=2947;SC=CCCATATCTACACCTGCGGGA;SOR=1.423;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=80;WE=114503924;WS=114503905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	114503989	.	TA	CG	349	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.8374;HP=4;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=25;MQ=50.7;NF=1;NR=7;PP=349;QD=50.3084843578;SC=TGGGGACCCCTATATCTACAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=114503998;WS=114503979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,8:0.89:9
chr13	114507836	rs7323732	A	G	14833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=1.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr13	114507840	rs7332019	G	A	15185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr13	114514918	rs34217684	T	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.02;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	114540869	rs144814409	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=0.330;SC=GTGGTGCCGAGCAGCTCCCTG;SOR=0.102;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=21;WE=114540877;WS=114540863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr13	114620051	rs11259844	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.180;SC=CAAAATGAGACGTCTAGCGGG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=114620059;WS=114620041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr13	114623880	rs7399982	G	A	6715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.299;SC=CGTGTATTCAGTGCTGCTTCA;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=619;TCF=311;TCR=308;TR=311;WE=114623888;WS=114623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,318:0.50:633
chr13	114751040	rs71449038	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=315;ReadPosRankSum=0.407;SC=GCAATCTCCCGCCCACTACAC;SOR=0.291;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=18;WE=114751048;WS=114751030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr13	114751359	rs10781677	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=35;PP=942;SC=CCCCACCCACAGTACACATCC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=114751367;WS=114751349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	114772918	.	A	G	213	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=54.06;NF=19;NR=0;PP=213;QD=13.0405901341;SC=CCTGCCGGACACCACCTTACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=19;WE=114772926;WS=114772908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
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chr13	114774813	rs6560943	C	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=576;ReadPosRankSum=-0.796;SC=AAGAGAACTCCGTCTCCTGAG;SOR=0.786;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=35;WE=114774821;WS=114774803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr13	114778593	rs7322518	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=765;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CTCAGAAAGCCTCGGTCCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=43;WE=114778601;WS=114778583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr13	114778859	rs146849472	C	CTCTCCCTCTCTCTG	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.03;MQRankSum=3.411;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.875;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr13	114780638	rs2274720	G	C	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr13	114780648	rs2274719	A	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr13	114780764	rs2274717	A	G	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CCCCAGACTCAGTGATGGCGT;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=114;WE=114780772;WS=114780754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,123:0.51:242
chr13	114783444	rs7986543	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-1.611;SC=GTGAAAGAAAACCTGAATCAA;SOR=0.160;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=114783452;WS=114783434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	114784122	rs3818624	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=1.118;SC=GCTGGGAGGCGTGGGAAAGGC;SOR=1.276;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=14;WE=114784130;WS=114784112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr13	114784435	rs12875472	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=1.707;SC=CATGAGGCTGCATCTGCCAAG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=25;WE=114784443;WS=114784425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr13	114787031	rs2274713	T	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=-1.003;SC=GGGCAGCCCGTGTGGAGCAAA;SOR=0.348;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=30;WE=114787039;WS=114787021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr13	114792842	rs3829340	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=45;PP=1745;ReadPosRankSum=1.606;SC=TTCCACTTAACGTTGACCCAT;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=152;TCR=93;TR=114;WE=114792850;WS=114792832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,118:0.45:261
chr13	114793141	rs3751342	G	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=690;ReadPosRankSum=2.565;SC=GAGCATGAAGGCTTCATTTTC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=35;WE=114793149;WS=114793131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr13	114793475	rs9590417	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=649;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CAGCTCTGGGTCAGGCAGGAG;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=32;WE=114793483;WS=114793465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr13	114795094	.	T	C	522	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=522;QD=79.5387446496;SC=ACCTCTAAAATGGCGTCATCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,7:0.39:18
chr13	114795107	.	GT	G	547	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.62;NF=11;NR=1;PP=547;QD=48.3333333333;SC=CGTCATCCTGGTGGGCCAGGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=12;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,12:0.48:25
chr13	114795460	rs2274712	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	114795470	rs2274711	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	114839442	rs9525237	A	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=2.277;SC=TTTTTTTGCCACCACAAGTCA;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=15;WE=114839450;WS=114839432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr13	115000468	.	AGGCACG	A	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=339;ReadPosRankSum=0.374;SC=CGGCGGCTGCAGGCACGGGCA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=115000481;WS=115000458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	115010254	rs3211416	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=679;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TGAAGTGTTACAACCCACAGC;SOR=1.082;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=50;WE=115010262;WS=115010244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr13	115027516	rs12430336	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TCATGAGATCAACCAGCTTTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=115027524;WS=115027506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	115037613	rs2274638	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=0.857;SC=GAAATGATAAGTGATGGAATT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=115037621;WS=115037603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	115039281	rs7994957	A	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TTGTTAAAAAAAAAAATGCTT;SOR=0.284;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=18;WE=115039289;WS=115039265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr13	115039448	rs17291689	AAGAT	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.803;NF=0;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TCTTTCATGAAAGATTTCTCT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=8;WE=115039459;WS=115039438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr13	115047700	rs9590410	A	T	4894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GATTTCTCCTATATGGGAGTC;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=411;TCF=183;TCR=228;TR=214;WE=115047708;WS=115047690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,230:0.53:433
chr13	115064542	rs2701318	T	C	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1062;ReadPosRankSum=0.523;SC=TTTGTCAGTATGAGTATGCCT;SOR=1.074;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=192;TCF=78;TCR=114;TR=93;WE=115064550;WS=115064532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,101:0.49:207
chr14	19685583	.	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	19889888	.	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQRankSum=1.934;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr14	20202040	rs8011997	T	A	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=36;PP=2622;SC=TACTTGCTTATTCATAATGCA;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=20202048;WS=20202030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	20228354	rs12889503	A	G	10100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=10.227;NF=196;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=3.359;SC=TTTGACTGTCATGGCTTTTGA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=455;TCF=222;TCR=233;TR=401;WE=20228362;WS=20228344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:34,411:0.92:445
chr14	20295510	rs7145672	C	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=975;SC=TGAAGTACTGCATGTGCCAAA;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=20295518;WS=20295500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	20295763	rs11621854	C	T	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=63;PP=1966;SC=TAAAGTCAGACCCTGGGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=90;WE=20295771;WS=20295753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	20295778	rs11621883	CC	AG	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=42;PP=2947;SC=GGCTCACAGCCCCCCTCTATT;SOR=2.173;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=58;WE=20295787;WS=20295768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	20295834	rs2801164	T	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=25;SC=TACTCCTTCATTGTGGCTCCC;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=20295842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	20296004	rs2318279	C	T	8280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=155;PP=2965;SC=TCTGCACTATCCTACTGTCAT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=146;TCR=156;TR=301;WE=20296012;WS=20295994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr14	20296658	rs10140079	A	G	135.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=-0.210;NF=1;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGGAACTGAAAAAAGAAATTA;SOR=1.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=20296666;WS=20296648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr14	20403909	rs2792148	T	C	6730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TTTTCTTTTTTGCCATCTTCT;SOR=0.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=235;WE=20403917;WS=20403899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr14	20404736	rs2792146	G	A	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=106;PP=2965;SC=CTGAGAAACCGTCATGTGAAC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=192;WE=20404744;WS=20404726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	20404767	rs2792145	A	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=75;PP=2537;SC=ACTAGGGATCATTACGAAGGA;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=20404775;WS=20404757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	20404874	rs2792144	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=742;SC=ACAGAATTGGCTTTTTGTTTT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=20404882;WS=20404864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	20444393	rs45453894	T	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=81;PP=2965;SC=CTCCTCTTGGTTGTCTCCTAC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=174;WE=20444401;WS=20444383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	20444490	rs11158071	C	T	10685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=160;PP=2965;SC=TCACTGTGGTCACTTTATTCT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=204;TCR=160;TR=364;WE=20444498;WS=20444480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr14	20470399	rs7493807	G	A	9057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=120;PP=2965;SC=TTGAAGCAGGGCTATTTGTAC;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=323;TCF=200;TCR=123;TR=320;WE=20470407;WS=20470389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr14	20482330	rs77759123	T	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=408;SC=ATCAATGTAGTGTCAGAATGA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=20482338;WS=20482320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	20501962	rs2775261	G	C	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=195;SC=AAACAAGAGAGTGTCTCTTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=20501970;WS=20501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	20528207	rs1958715	G	A	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=1100;SC=TGAGTAAATGGATCTTAAAAA;SOR=2.107;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=52;WE=20528215;WS=20528197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	20528321	rs1958716	A	G	7721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=96;PP=2965;SC=TGCTACTGTGATGGGAAACAT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=156;TCR=97;TR=251;WE=20528329;WS=20528310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	20528359	rs1959630	G	T	17294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=44.57;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr14	20528362	rs1958717	A	G	17392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=44.83;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr14	20528448	rs112192573	TCATAGATTTGCTCACTGAC	T	11149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=100;PP=2967;SC=CCCAAGATGATCATAGATTTG;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=36;TCR=108;TR=133;WE=20528474;WS=20528438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr14	20528505	rs2775253	T	A	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=195;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=121;PP=2965;SC=GTGACCCAGATGTTCTTCATG;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=84;TCR=121;TR=205;WE=20528513;WS=20528495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	20528528	rs2775254	G	A	8659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=157;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=122;PP=2965;SC=CTTCTTTGGGGGTGCTGAGAT;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=87;TCR=123;TR=209;WE=20528536;WS=20528518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	20529019	rs1959629	C	T	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=49;PP=2003;SC=AAACTCTTGCCGTATTTTATA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=20529027;WS=20529009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	20529043	rs1959628	C	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=38;PP=1512;SC=TTATCACACCCTTACTGAATC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=20529051;WS=20529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	20529177	rs1959627	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=528;SC=TTAAATGCTACGATAAGATAG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=20529185;WS=20529167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	20665790	rs4981822	T	A	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=100;PP=2965;SC=CCCATGTACATCCTGCTCGCC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=121;TCR=101;TR=220;WE=20665798;WS=20665780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	20665840	rs4981088	G	A	6637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=112;PP=2965;SC=CACCTCCACAGTCCCCAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=235;WE=20665848;WS=20665830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr14	20665887	rs4981823	G	C	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=113;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTTCTCTGGCT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=217;WE=20665895;WS=20665877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	20666175	rs55781225	C	CA	15563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.094;NF=65;NR=213;PP=2975;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTCTCACTTGCAAAAAAGGCC;SOR=0.801;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=303;TCF=68;TCR=235;TR=278;WE=20666183;WS=20666165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,512:1.00:514
chr14	20666556	rs2318886	C	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=490;SC=AAGGTCCTTGCGTAATTAATC;SOR=2.925;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=20666564;WS=20666546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	20666623	rs2318887	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=143;SC=CGCGGTGGCTTACGCCTGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=20666631;WS=20666613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	20697600	rs12434822	T	G	6462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=85;PP=2965;SC=GCAGTTTGTGTTGTTGGGGTT;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=133;TCR=85;TR=217;WE=20697608;WS=20697590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr14	20760066	rs1953549	T	A	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=27;PP=1498;SC=ATTATTTCTATATCTTTTATA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=20760074;WS=20760056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	20763446	rs1953551	T	C	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=AAGGGTAAAATGGGGGAAATC;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=191;WE=20763454;WS=20763436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	20764585	rs1953552	A	C	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=87;PP=2480;SC=GATTGCTAGAAGCTTTTCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=20764593;WS=20764575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	20767618	rs2318864	G	A	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=108;PP=2965;SC=CTGCAAATAGGAAGGGCACAT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=129;TCR=108;TR=237;WE=20767626;WS=20767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	20767706	rs945459	C	T	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=75;PP=2286;SC=TTTTACCTTTCTAAGTTTTTT;SOR=2.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=105;WE=20767714;WS=20767696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	20769870	rs3825766	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=346;SC=CTGAGAAGTAGTATTACGTTG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=20769878;WS=20769860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	20770036	rs3742945	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=46;PP=1804;SC=CATCTCCTTCTGCACATCCTG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=20770044;WS=20770026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	20784117	rs12889262	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=25;PP=796;SC=TTACTTTTATACAGAAGAGAG;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=20784125;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	20824181	rs3093930	T	C	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=171;PP=2965;SC=ATGAAAGTTATGAGTTCAAAG;SOR=1.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=102;TCR=171;TR=273;WE=20824189;WS=20824171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	20841355	.	T	A	11652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=224;NR=173;PP=2965;SC=ACTGCTGGGATAAGAGATATC;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=398;TCF=225;TCR=173;TR=397;WE=20841363;WS=20841345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr14	20843852	rs74336549	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=15;PP=1139;SC=GACGAGGTGGGGAGTGTTGTC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=20843860;WS=20843842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	20854734	rs945011	A	G	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=53;PP=2058;SC=CCCGCTCCCCATGCATGTCTC;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=122;WE=20854742;WS=20854724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	20896857	rs7140768	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=0;PP=914;SC=ATTTCCTCAACGGAGATCATA;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=34;WE=20896865;WS=20896852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	20897064	rs7145318	C	T	6515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=120;PP=2965;SC=TGCTGCACAGCGGGCAGTGTC;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=115;TCR=121;TR=235;WE=20897072;WS=20897054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	20898308	rs17242648	C	T	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=89;PP=2965;SC=CCCGGCTGCCCGCACCCTCCG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=195;WE=20898316;WS=20898298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	20903349	rs1713408	T	C	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=139;PP=2965;SC=ACATCTTCCCTGGCATTTCCA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=271;WE=20903357;WS=20903339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr14	20916958	rs938883	T	C	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=80;PP=2965;SC=GCAGCTCAACTAGCTTCTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=146;WE=20916966;WS=20916948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	20916987	rs938882	G	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=2241;SC=GGGAATAAGCGTACGAGGCAC;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=20916995;WS=20916977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	20917442	rs938881	A	T	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=114;PP=2965;SC=GTGATGAGGAAGTCCATGAAA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=220;WE=20917450;WS=20917432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	20919551	rs3120068	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	20919623	rs3120067	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=146;SC=TGCCACCACATCAAATTAATT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=20919631;WS=20919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	20919667	rs3120066	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	20919712	rs3120065	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=23;SC=ATGATCCACCCGCCTCGACCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=20919720;WS=20919702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	20920043	rs1320150	C	T	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=168;SC=CATCTTTGTTCCTGACATTCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=20920051;WS=20920033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	20920250	rs2275007	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=24;PP=904;SC=TATTCCACAGTTGGGCCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=50;WE=20920258;WS=20920240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	20920340	rs2275006	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=19;PP=587;SC=TTATAATCCTAGAGATTGGAA;SOR=1.096;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=20920348;WS=20920330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	20920360	rs3215948	A	AG	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=927;SC=AAAAAACAATAGTGGGGGACA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=20920368;WS=20920350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	20920749	rs1878703	C	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=627;SC=CACATTTTCACATCTACTCTT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=20920757;WS=20920739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	20925154	rs1130409	T	G	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=123;PP=2965;SC=CTATAGGCGATGAGGAGCATG;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=92;TCR=123;TR=215;WE=20925162;WS=20925144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	20978531	rs2319198	G	A	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=24;PP=1520;SC=GGAGACCCCAGATACAATGCT;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=20978539;WS=20978521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	21026773	rs891297	C	T	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=66;PP=2492;SC=TCGGAACATACTCTCACAAGA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=131;WE=21026781;WS=21026763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	21058337	rs4981259	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=215;SC=TCCCCTTCCGCTCAAGGCATT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=21058345;WS=21058329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	21109141	rs17277522	C	T	7329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=96;PP=2965;SC=GGCCTTCTGACGGCCTGAAGC;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=148;TCR=97;TR=244;WE=21109149;WS=21109131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr14	21109170	rs11628297	T	A	7826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=119;PP=2965;SC=TGCTCAGGACTGCCAGCACAA;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=270;WE=21109178;WS=21109160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr14	21162053	rs11701	T	G	8987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=171;PP=2965;SC=TACATGGAGGTTCCCCCTGGC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=137;TCR=171;TR=307;WE=21162061;WS=21162043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr14	21167576	rs3748338	A	T	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=2484;ReadPosRankSum=0.822;SC=TTTGCTGCTGACCCTGCTGGG;SOR=0.247;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=124;WE=21167584;WS=21167566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr14	21250366	rs7156801	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=27;PP=673;SC=ATTGCATCCATGTTTTCTTTT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=21250374;WS=21250356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	21360216	rs2073342	C	G	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=115;PP=2965;SC=TCAAACTGCACGTATGCAGAC;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=95;TCR=115;TR=210;WE=21360224;WS=21360206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	21387994	rs10459477	A	G	7850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.690;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGGAAAAACCAAAATACTTTT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=158;TCR=112;TR=268;WE=21388002;WS=21387984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr14	21388266	rs3748340	G	C	14551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=271;NR=244;PP=2965;SC=AGTTCACCTGGATACCATCAT;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=515;TCF=271;TCR=244;TR=515;WE=21388274;WS=21388256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr14	21388302	rs3748341	G	A	14832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=258;NR=273;PP=2965;SC=AGCACTCCTCGTCATCACTCA;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=531;TCF=258;TCR=273;TR=531;WE=21388310;WS=21388292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr14	21458131	rs2741733	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=780;SC=ACAGGCACCTGTATTTCCGTT;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=21458139;WS=21458121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	21460160	rs2741737	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=572;SC=TTGTCGTCTCCCTTGAGCTTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=21460168;WS=21460150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	21463430	rs2741739	G	T	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=89;PP=2920;SC=CACCCATATGGCACCAATTAC;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=148;WE=21463438;WS=21463420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	21463474	rs2783801	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=61;PP=1808;SC=AGACTGTCATGTATTGACAAG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=21463482;WS=21463464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	21467913	rs2234632	T	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=35;PP=1451;SC=CATCACCGGCTAGTCCTCAGA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=21467921;WS=21467903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	21468156	rs2149666	T	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=20;PP=1822;SC=TGACAGCTCTTGTGTGGGATG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=21468164;WS=21468146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	21486137	rs1243445	G	C	9055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=166;PP=2965;SC=CTCTTGTCCCGATACTCACTG;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=151;TCR=166;TR=317;WE=21486145;WS=21486127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr14	21486483	rs117662786	C	A	14566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=249;NR=267;PP=2965;SC=TCTTCCCTAGCTTCTTCACTC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=516;TCF=249;TCR=267;TR=516;WE=21486491;WS=21486473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr14	21488046	rs1243448	G	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=71;PP=2347;SC=TGCTGCTCCCGTCGACTCTTC;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=114;WE=21488054;WS=21488036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	21490125	rs1243449	A	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=32;PP=1663;SC=CTCCCAGAATAACCACTGCCC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=21490133;WS=21490115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	21500395	rs1243462	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=24;PP=1535;SC=GAGGCAGCACAGGAGGGTGGG;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=21500403;WS=21500385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	21500541	rs35274235	T	TA	5020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=65;PP=2966;ReadPosRankSum=0.351;SC=GATGTGGAGGTAAAAGTATCT;SOR=0.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=81;WE=21500549;WS=21500531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr14	21500597	rs3818616	C	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=63;PP=1942;SC=TCCACCCCCACCCCTCAAAAG;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=21500605;WS=21500587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	21501095	rs3748346	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=16;PP=635;SC=ACATCTTACATACTCAGATGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=21501103;WS=21501085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	21501195	rs3748348	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=19;PP=865;SC=GGATTTGGGAGGAGCTTCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=21501203;WS=21501185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	21501229	rs61735945	T	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=16;PP=666;SC=CAGGAACCTCTGGGGAATGGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=21501237;WS=21501219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	21502345	rs8007176	A	G	7505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.04;NF=115;NR=139;PP=2965;SC=TCAATGCTTAAGGTATAGAAG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=115;TCR=140;TR=254;WE=21502353;WS=21502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	21503743	rs1243463	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=1;PP=831;SC=CCTTTGCTGGGCAGCAGAAAA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=21503751;WS=21503733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	21511458	rs1263872	G	C	14924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=304;PP=2965;SC=GAGCCACGGGGCCGTGTCCCT;SOR=1.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=521;TCF=216;TCR=305;TR=520;WE=21511466;WS=21511448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr14	21511497	rs1243469	C	T	12179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=253;PP=2965;SC=CTCAGGGAAGCATCCGAACTG;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=432;TCF=179;TCR=253;TR=432;WE=21511505;WS=21511487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr14	21526044	rs12435011	T	C	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=18;PP=2199;SC=CTGTCTCCCTTAAGAGAGATG;SOR=2.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=91;WE=21526052;WS=21526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	21526079	rs12437266	C	T	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=53;PP=2965;SC=AGGATGCTGCCCCCTGCTGCT;SOR=1.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=110;TCR=53;TR=162;WE=21526087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	21542037	rs4982405	C	T	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=57;PP=2841;SC=ACTGCCCTCTCCTGCTGGTTT;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=150;WE=21542045;WS=21542027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	21544056	rs7140850	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=288;SC=AGACTTCAAGCCATTGACCTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=21544064;WS=21544046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	21544842	rs11483416	T	TG	5466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=88;PP=2967;SC=CCATCAGTAGTGGGGAGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=23;TCR=99;TR=107;WE=21544850;WS=21544832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	21549893	rs7143633	G	C	9935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=189;PP=2965;SC=CCAGCAACACGTGGGAGAGGA;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=162;TCR=189;TR=351;WE=21549901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr14	21551058	rs1958395	G	A	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=54;PP=2524;SC=GTCTGGCTGCGCTCAGTCCCT;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=132;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	21551069	rs1958396	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=55;PP=2782;SC=CTCAGTCCCTTAAGCAAGGTA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=134;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	21555087	rs145744937	AAATC	A	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=54;PP=2166;SC=AAAAAGAAAAAAATCAACCAT;SOR=0.742;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=97;WE=21555098;WS=21555077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	21556963	rs35186993	A	AT	6129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=65;PP=2936;SC=ATGTCCCTAAATTCACTGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=89;WE=21556971;WS=21556953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	21558558	rs6571653	G	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=1195;SC=CGCCCGCCGCGCCTTCCACCT;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=21558566;WS=21558548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	21562560	rs7149011	T	C	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=122;PP=2965;SC=CGTATAGGATTCATCCCCTTG;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=230;WE=21562568;WS=21562550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	21570273	rs745696	T	C	9695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=173;PP=2965;SC=CACCCCGCCTTTGGAAGGTGA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=169;TCR=173;TR=342;WE=21570281;WS=21570263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr14	21570614	rs4982408	A	C	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=79;PP=2965;SC=TGGGTTTCATAGTGGTGGTGG;SOR=1.210;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=133;TCR=81;TR=212;WE=21570622;WS=21570604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr14	21571119	rs12432043	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.71;NF=16;NR=3;PP=505;SC=GGGTAAGAGGAAACTGGGAAT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=21571127;WS=21571109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	21571208	rs12880628	G	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=21;PP=1433;SC=AAACAGGATAGAAAATTGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=21571216;WS=21571198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	21623010	rs8007993	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=27;PP=1886;SC=TTCACAGGGGTGGGCATGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=101;WE=21623018;WS=21623000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	21623290	rs7145814	T	C	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AAGAGGCAGATGGCAGTGAGG;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=231;WE=21623298;WS=21623280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr14	21623648	rs7161544	G	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=82;PP=2965;SC=AGAGCAGGGGGTTACAAATAG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=154;WE=21623656;WS=21623638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	21623836	rs4982419	G	A	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=99;PP=2965;SC=AAGAAGGAGAGGCTCTTCAGG;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=194;WE=21623844;WS=21623826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	21624197	rs10135366	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=847;SC=AGAGGATCTTTTCTCCTTGGT;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=21624205;WS=21624187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	21770730	rs6571751	A	G	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=AGTAGCCAGTAAACCCAGTGA;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=213;WE=21770738;WS=21770720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	21775816	rs8005773	G	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=486;SC=ATTCTTACTAGGGCATAGTCA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=21775824;WS=21775806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	21790040	rs10151259	G	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=38;PP=1834;SC=GATGACAAAAGCTGACAATGA;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=108;WE=21790048;WS=21790030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	21792811	rs9322965	G	A	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=88;PP=2965;SC=GCACCCGACCGTTGTCGTTAT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=194;WE=21792819;WS=21792801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	21793236	rs7157052	G	A	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=64;PP=2482;SC=ATTGGTAAGTGCCGTTGGCTT;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=118;WE=21793244;WS=21793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	21796784	rs3748361	G	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=600;SC=AAATACACCAGAGGTAAGACC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=21796792;WS=21796774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	21821821	rs3736824	A	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=49;PP=1772;SC=AAATGACATTAGATTAGGAAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=97;WE=21821829;WS=21821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	21825924	rs3762156	T	C	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=150;SC=TGTGAGCCATTATGCCTGCCC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=21825932;WS=21825914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	21826718	rs3762157	T	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=26;PP=712;SC=TGGGCAGGATTTGCAGGTTTG;SOR=1.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=21826726;WS=21826708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	21828520	rs927412	T	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=20;PP=1111;SC=AGAAGCTGAGTGAAATGAAGT;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=21828528;WS=21828510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	21829129	rs3762158	C	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=21;PP=1122;SC=GTTTTACAATCCCCTAAGCAA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=21829137;WS=21829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	21829404	rs1543494	T	C	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=122;PP=2965;SC=TATAGACATTTCTTTTTCAGG;SOR=1.137;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=204;WE=21829412;WS=21829394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	21830635	rs1983768	C	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=107;SC=TTTTTAATAACGAAGTATCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=21830643;WS=21830625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	21831052	rs10138699	T	C	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=49;PP=2741;SC=CCCGAATATGTGGTTCCTTAG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=105;TCR=49;TR=154;WE=21831060;WS=21831042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	21831112	rs10146717	G	A	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=97;PP=2965;SC=GAGCTCTGGAGTGGGATAAAA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=204;WE=21831120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	21831692	rs10139379	T	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=113;SC=GAAGACACATTATTTAAAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=21831700;WS=21831682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	21833147	rs2295866	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=22;PP=1057;SC=AATGTGGAGAGGTGTGAGACA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=21833155;WS=21833137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	21836400	rs8008670	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=662;SC=TACACAACTTTCAAACCTCCT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=21836408;WS=21836390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	21838160	rs2181125	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=26;PP=721;SC=TTATTTAGCAAACTATCACTG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=21838168;WS=21838150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	21838781	rs4982445	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=221;SC=CTACTTTTTACTTTTAAAGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=21838789;WS=21838771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	21859536	rs3762159	T	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=18;PP=1365;SC=GAAACGATGATACAGTATGTC;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=21859544;WS=21859526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	21860360	rs1998332	G	A	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=102;PP=2965;SC=CCAAGTTAGGGTAAAACTCCC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=216;WE=21860368;WS=21860350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr14	21861211	rs7152833	C	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=273;SC=CCCGGATATACTGTTACACTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=21861219;WS=21861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	21864124	rs10134108	C	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=265;SC=AGGATGAAGACCTAGCCACAC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=21864132;WS=21864114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	21869705	rs113076568	C	CT	833.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.926;NF=0;NR=26;PP=373;ReadPosRankSum=0.069;SC=GTAAAGCTGACTTTTTTTTTT;SOR=0.516;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=26;WE=21869713;WS=21869695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,35:0.90:39
chr14	21871653	rs8022395	C	T	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=58;PP=2899;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CTAGGCAGCGCACCATCTGAG;SOR=0.372;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=155;WE=21871661;WS=21871643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr14	21874068	rs7155123	G	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=45;PP=1337;SC=AAACATGAAGGACTTCTGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=52;WE=21874076;WS=21874058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	21930596	rs10143000	G	A	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=106;PP=2965;SC=GACATAAATCGTATCATCAGT;SOR=2.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=41;TCR=106;TR=147;WE=21930604;WS=21930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	21936762	.	GA	G	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr14	21944955	rs17516362	G	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATGCCCGCCCGAGCCTTGAAG;SOR=0.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=174;WE=21944963;WS=21944945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr14	21945415	rs2282046	A	G	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	21967133	rs1061027	C	A	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=87;PP=2965;SC=TAAATAATAGCCCCTTGAGGA;SOR=1.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=139;TCR=87;TR=226;WE=21967141;WS=21967123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	21967438	rs3168880	G	A	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=59;PP=2965;SC=TGGAGGCCTGGGAAGCACATA;SOR=1.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=170;WE=21967446;WS=21967428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	21967916	rs1139130	A	G	12498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=219;NR=241;PP=2965;SC=ACCCCCAGAGATTTAGACATT;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=460;TCF=219;TCR=241;TR=460;WE=21967924;WS=21967906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr14	21971729	rs2242526	C	G	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=89;PP=2965;SC=GGCTAGAGAACGAGGGGAGGT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=175;WE=21971737;WS=21971719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	21991626	rs1263810	C	G	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=117;PP=2965;SC=GGGAAACTCCCTGCCCCGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=223;WE=21991634;WS=21991616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	21993498	rs1263811	G	A	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=AAATGCCCTGGAGACTCCTCT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=171;WE=21993513;WS=21993488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	22037905	rs8009501	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=13;PP=907;SC=TCTAATTGTGGCAGCTTCCCT;SOR=1.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=22037913;WS=22037895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	22038210	rs17792766	G	T	7454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.528;SC=TGGCCTGAATGATCTGTATGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=147;TCR=107;TR=252;WE=22038218;WS=22038200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr14	22038659	rs17792778	T	C	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=132;PP=2965;SC=GAGGAGATGCTCATATCAATG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=259;WE=22038667;WS=22038649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr14	22038915	rs4982462	A	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=78;PP=2422;SC=CAAAACAAGAATTAACATAGA;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=22038923;WS=22038905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	22070146	rs10134340	C	T	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=95;PP=2965;SC=AAAACACAGCCGCTGCCCCAT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=194;WE=22070154;WS=22070136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	22070509	rs11157069	G	A	9083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.565;NF=155;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCATGGAGCCGGCGACCCAAG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=156;TCR=166;TR=320;WE=22070517;WS=22070499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr14	22070595	rs35103338	AC	A	7910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.162;NF=39;NR=123;PP=2951;ReadPosRankSum=1.086;SC=ATTGCCAGGTACCTGTCATAG;SOR=0.385;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=41;TCR=125;TR=162;WE=22070603;WS=22070585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr14	22090208	rs8016939	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=25;PP=765;SC=TCCTGAATATACATTTTCCTA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=22090216;WS=22090198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	22090594	rs1063365	C	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=65;PP=2965;SC=TCTTACAATGCTCTGGATGGT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=22090602;WS=22090584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	22133648	rs2874103	G	A	10615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=211;PP=2965;SC=GCTGATCATTGTGGCGTATGA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=175;TCR=211;TR=384;WE=22133656;WS=22133638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr14	22133997	rs970382	A	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=62;PP=2478;SC=GAAGGGCGCCAGAAAGCCCTG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=22134005;WS=22133987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	22167296	rs6572018	G	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=106;PP=2965;SC=TTGGAGGCACGAACAAGATAT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=197;WE=22167304;WS=22167286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	22192106	rs926027	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=6;PP=786;SC=GACCCCCCCAATCCCGCCCGC;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=38;WE=22192114;WS=22192096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	22217356	rs2075477	G	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=27;PP=1530;SC=TAGGCTGACGGCAGAAGCAGA;SOR=1.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=22217364;WS=22217346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	22218051	rs2075478	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=27;PP=745;SC=TAAAGCCACACTCTATTTCCT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=22218059;WS=22218041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	22236771	rs11623408	C	T	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=74;PP=2585;SC=GTCTACATTTCAGGCCACATT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=140;WE=22236779;WS=22236761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	22237127	rs760008	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=57;PP=2667;SC=CAAACTATTCCCCAGCATACT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=144;WE=22237135;WS=22237117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	22237187	rs4329837	C	T	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=95;PP=2965;SC=TCTTGCTACTCATACGTGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=122;TCR=95;TR=217;WE=22237195;WS=22237177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	22265500	rs34668860	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=332;SC=CCTCACGCTCGCTATTCTCAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=22265508;WS=22265490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	22279817	rs7156201	G	A	6209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=80;PP=2965;SC=CTAAGATCACGTCTAAGGTAA;SOR=1.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=137;TCR=81;TR=217;WE=22279825;WS=22279807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	22293510	rs2178782	T	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=877;SC=TTTGCATTCGTCCCGCCTGCA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=22293518;WS=22293500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	22293554	rs35339724	G	GC	3533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=24;PP=2378;SC=ACATAGCGAAGCTGGTCTCTG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=50;WE=22293562;WS=22293544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	22315479	rs7151170	G	A	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.596;NF=49;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=2.183;SC=TCAAGAACTCGACCTTGAAGT;SOR=2.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=50;TCR=120;TR=168;WE=22315487;WS=22315469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr14	22320728	rs2017224	T	C	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.93;NF=61;NR=14;PP=1790;SC=GTTTCCCTTGTTCAGCCATGC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=22320736;WS=22320718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	22320876	rs2017238	A	G	10598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=177;PP=2965;SC=CTGATAGTACATTGTTTTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=389;TCF=212;TCR=177;TR=388;WE=22320884;WS=22320866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr14	22321124	rs2017263	T	C	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=CTTCCTTCAATCTGAGGAAAC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=169;WE=22321132;WS=22321114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	22321261	rs2017432	C	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.49;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	22321269	rs2072609	T	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	22321331	rs12892111	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=271;SC=GCCGACCCAGGCATTTCTATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=22321339;WS=22321321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	22322168	rs760003	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=10;PP=1153;SC=CATGGTAGAGAGTCACTGGAC;SOR=2.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=22322176;WS=22322158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	22322369	rs11626323	T	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=46;PP=1711;SC=GTAGGAACCCTCAAATATAGA;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=22322377;WS=22322359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	22322411	rs11629404	G	C	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=39;PP=1330;SC=AATGGTACACGTTAGCCAAAT;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=22322419;WS=22322401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	22322523	rs11629446	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=1063;SC=GAAGGTAAATGGAACATTATA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=22322531;WS=22322513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	22322563	rs11620886	C	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=19;PP=2053;SC=GATATGTACTCGTGTAATGTC;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=83;WE=22322571;WS=22322553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	22322690	rs12878216	G	A	10377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=177;PP=2965;SC=TGCCCACAGGGACTGTGATGG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=188;TCR=177;TR=365;WE=22322698;WS=22322680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr14	22322794	rs12879611	C	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=74;PP=2132;SC=ATATAGAAGTCGAATAGTCCA;SOR=2.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=19;TCR=74;TR=93;WE=22322802;WS=22322784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	22322856	rs12884453	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=681;SC=CCTTGCCTCTTCCGTGAATGT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=22322864;WS=22322846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	22409539	rs371270332	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	22470693	rs5807105	T	TA	6226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=41;PP=2957;SC=TATGATGTGATAGGACAGAAA;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=83;WE=22470701;WS=22470683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	22509188	rs4982545	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=24;PP=1483;SC=GTAGCAGTCTTAACTGCAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=22509196;WS=22509178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	22520684	rs2072611	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	22520692	rs2072612	G	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.74;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	22521012	rs2072613	C	G	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=50;PP=2291;SC=GTCTATTGCTCTTTTTCTGAA;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=22521020;WS=22521002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	22521051	rs2072614	G	A	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=56;PP=2598;SC=AGGAGGTGACGCAGATTCCTG;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=145;WE=22521059;WS=22521041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	22533887	rs3811312	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=17;PP=1855;SC=AAGAGGTGTCCTTTCTGACTG;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=82;WE=22533895;WS=22533877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	22534497	rs3811306	T	G	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=67;PP=2842;SC=GAGGCTGAATTTAAGAAGAAT;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=154;WE=22534505;WS=22534487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	22555013	rs2272549	T	C	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=95;PP=2965;SC=AGGAGGGATTTCAATTATAAA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=151;TCR=95;TR=246;WE=22555021;WS=22555003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	22573582	rs2075498	A	C	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=ATTTTGGCTGAAAAACGTTTT;SOR=1.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=119;TCR=72;TR=189;WE=22573590;WS=22573572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	22573824	rs112427980	T	TA	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=835;SC=TGACTCTTTTTTAAAAAAACA;SOR=1.387;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=34;WE=22573833;WS=22573814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	22573825	rs11408894	T	A	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=1126;SC=GACTCTTTTTTAAAAAAACAG;SOR=1.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=42;WE=22573833;WS=22573814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	22580570	rs1040301	C	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=1250;SC=ATGGATAAAGCTTGAGGGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=22580578;WS=22580560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	22580623	rs1040302	G	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=2.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	22600490	rs8014493	C	T	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=96;PP=2965;SC=TAGAATAGAGCTCTCAGCTTC;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=146;TCR=96;TR=242;WE=22600498;WS=22600480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	22749121	rs117263938	A	G	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=103;PP=2965;SC=CTAGTATTCAATAGAACAGAG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=200;WE=22749129;WS=22749111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	22749282	rs2075503	G	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=56;PP=2965;SC=GTCTGTTTCTGTCTCTCACAT;SOR=1.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=122;TCR=56;TR=178;WE=22749290;WS=22749272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	22749818	rs79235594	A	G	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=50;PP=1912;SC=TAATTTTTGAAATAGTAATAA;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=22749826;WS=22749808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	22783027	rs66584005	TACA	T	11081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=92;PP=2971;SC=CTCCAAAAGATACAACAACTC;SOR=1.225;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=65;TCR=101;TR=147;WE=22783037;WS=22783017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr14	22947814	rs227858	G	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CTCCCAGCCCGTGATGGAAGG;SOR=1.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=76;WE=22947822;WS=22947804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr14	22948471	rs227859	T	C	11649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=205;NR=203;PP=2965;SC=CAAGGGGAGTTTGGGCAACTG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=205;TCR=203;TR=408;WE=22948479;WS=22948461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr14	22958350	rs3833810	ATGCC	A	1512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=1;PP=1210;SC=GGGAAAGGAGATGCCTGCCTG;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=25;WE=22958361;WS=22958340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	22961854	rs17255862	A	G	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=96;PP=2965;SC=ATGGAAACAAACTGGTCTTTG;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=232;WE=22961862;WS=22961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	22963632	rs11372266	G	GC	318.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=281;SC=TCTGGCCAGAGCCAGCTGCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=22963640;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	22964840	rs137998884	T	TG	2581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=12;PP=2415;SC=CCTGCCATGCTGGAGGTGGCT;SOR=3.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=57;WE=22964848;WS=22964830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	22965118	rs11334443	TC	T	923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=847;SC=GTTGATGAATTCCTGGCAATC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=22965126;WS=22965108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	22965144	rs11334442	AC	A	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=446;SC=GATTAGGTCAACGAAGAAGTA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=22965152;WS=22965134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	22972622	rs226990	A	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1392;SC=CAGCCCGATTAAAAGTTTTCA;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=22972630;WS=22972612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	22972742	rs2170810	G	A	8437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=141;PP=2965;SC=GTGTGGCTCTGGCAACACAGG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=159;TCR=142;TR=299;WE=22972750;WS=22972727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr14	22972783	rs5807141	AC	A	9623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.35;NF=32;NR=129;PP=2951;SC=GGACAACTTTACCAAGTAAAA;SOR=0.866;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=32;TCR=134;TR=161;WE=22972791;WS=22972773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	22972815	rs2170811	C	T	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=102;PP=2965;SC=TGGATGTTTCCAAGTGAAGTG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=184;WE=22972823;WS=22972805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	22972844	rs5020726	A	G	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=74;PP=2285;SC=CACTCTGTTCATTTTTTGTTT;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=121;WE=22972852;WS=22972834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	22973960	rs4343184	T	C	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=65;SC=CACTCCAGCCTGGACAACAAA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=22973968;WS=22973950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	22974041	rs4343185	T	G	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=44;PP=2438;SC=AGGAAGGAGATGAAGAAAATT;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=141;WE=22974049;WS=22974031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	22974150	rs11324184	TC	T	7759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=99;PP=2966;SC=TCACCGTTATTCCCCTGTAAG;SOR=0.883;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=22;TCR=106;TR=120;WE=22974158;WS=22974140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	22974256	rs3811207	A	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=34;PP=929;SC=CATGTGTTAAACTGATAAAAC;SOR=2.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=22974264;WS=22974246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	22975700	rs969914	T	G	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=105;PP=2965;SC=AAGTATATCTTTTCTCATTTC;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=175;WE=22975708;WS=22975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	22975728	rs3794450	G	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=27.02;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	22975755	rs3794451	T	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=54;PP=1513;SC=GTTCTTCTTATGCACACACAC;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=62;WE=22975764;WS=22975745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	22975756	rs112338851	G	GCACACACA,GCACACACACA	2208.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=28,28;PP=909,150;SC=TTCTTCTTATGCACACACACA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=28,28;WE=22975764;WS=22975745;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.81:31
chr14	22976559	rs1872160	A	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=999;SC=ATGTATCCCCAAATCTCCTTT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=22976567;WS=22976549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	22976790	rs170543	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=510;SC=AGTTTTGCTCCTTGTTGCGCA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=22976798;WS=22976780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22978335	rs226997	C	T	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=45;PP=2079;SC=TGAATTATGGCGGTGCTACAA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=112;WE=22978343;WS=22978325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	22978451	rs11443893	G	GC	4208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=47;PP=2525;SC=GGAAGCGACAGCACCCTTAGG;SOR=1.199;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=55;WE=22978459;WS=22978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	22978577	rs226999	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=282;SC=TCAGGGGAGGAGAAACATGCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=22978585;WS=22978567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	22982069	rs11444527	A	AG	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=640;SC=TCTCCCCTCCAGGCTGGAAAA;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=22982077;WS=22982059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22984499	rs227027	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=440;SC=GCCTATTGTCCGGTTGTTACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=17;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	22984500	rs144430862	G	GGTT	952.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=723;SC=CCTATTGTCCGGTTGTTACAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	22984586	rs3764159	A	C	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=43;PP=2485;SC=TTTTGCAAAGAAAGGAAACTC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=22984594;WS=22984576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	22985358	rs3764160	T	C	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=142;PP=2965;SC=ATCAATCAAATCATTAGTTTG;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=101;TCR=143;TR=243;WE=22985366;WS=22985348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr14	22985463	rs227029	G	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=1009;SC=CTTTAAAATGGGATATGAGTG;SOR=4.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=39;WE=22985471;WS=22985453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	22985487	rs11453171	A	AC	1056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=1142;SC=GTATGCACACAGCATGCCCAC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=22985495;WS=22985477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	22988022	rs227009	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=491;SC=GAGGTGTGGACGGGAAGAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=22988030;WS=22988012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	22988748	rs227010	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=732;SC=CTTGCCGCCCGGGAGGTGCAG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=22988756;WS=22988738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	22988972	rs1483979	G	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=51;PP=1666;SC=GGGGGAAATTGCAGTTTGGAG;SOR=1.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=22988980;WS=22988962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	22990930	rs11380759	A	AT	5215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.17;NF=50;NR=27;PP=2966;SC=GGCCTAATTCAAAAGGAAGCA;SOR=1.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=77;WE=22990938;WS=22990920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	22993278	rs5807151	A	AG	2762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=20;PP=2148;SC=AGGTTTGTGTAGGCGACCTCG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=49;WE=22993286;WS=22993268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	22994810	rs33919257	T	TC	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=112;SC=AGGACCCCAGTCCTAGGTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=22994818;WS=22994800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	22997524	rs227024	A	G	8251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=167;PP=2965;SC=TTGCAAGGGGAACCATGTTAA;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=119;TCR=167;TR=286;WE=22997532;WS=22997514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr14	22997654	rs2129000	T	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=551;SC=TATCCATATTTCATGGGGAGC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=22997662;WS=22997644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	22998590	rs5807161	AG	A	4089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=47;PP=2392;SC=CCAACCAGGCAGGGAACTGCT;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=58;WE=22998598;WS=22998580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	22998619	rs5807162	AC	A	3207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=43;PP=1980;SC=TGGGAAGGGAACCCACCTTAT;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=50;WE=22998627;WS=22998609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	22999179	rs11412657	T	TC	2882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=16;PP=1685;SC=AAAGGGGGAATCCAGCCAGAG;SOR=1.498;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=22999187;WS=22999169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	22999202	rs11412658	A	AG	3929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=25;PP=2656;SC=CCCATGAGGGAGATAGCTGCA;SOR=1.485;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=58;WE=22999210;WS=22999192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	23000062	rs227003	T	C	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=145;NR=118;PP=2965;SC=ACCTTTGGAATTGGAACAAAG;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=145;TCR=118;TR=263;WE=23000070;WS=23000052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr14	23000185	rs227004	C	T	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=102;PP=2965;SC=GCCTGCTCTTCTCTGGCTGTT;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=171;WE=23000193;WS=23000175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	23001388	rs227006	T	A	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1121;SC=CTTTTCCCTATGTAGATCATG;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=23001396;WS=23001378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	23001547	rs1154153	T	C	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=117;PP=2965;SC=TGTTTTCCCCTTATCTGGTTT;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=89;TCR=117;TR=206;WE=23001555;WS=23001537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	23002265	rs11289756	GC	G	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=1398;SC=GGGTCCAATGGCCCTCTTTGG;SOR=5.084;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=35;WE=23002280;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	23002272	rs1154154	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=40;NR=2;PP=1193;SC=ATGGCCCTCTTTGGCCTCTTA;SOR=5.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=42;WE=23002280;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	23005041	rs5807163	A	AG	9380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=69;PP=2957;SC=TGGCAATCCTAGCTATGGCCC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=23005050;WS=23005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	23006406	rs1263635	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=13;PP=1356;SC=TGTTTATACCTTTTAGGGAGG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=23006414;WS=23006396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	23006663	rs11396434	G	GC	2717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=47;PP=2392;SC=AATGGCCACAGCACCCCCATC;SOR=1.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=52;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	23006674	rs1154157	G	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=47;PP=1414;SC=CACCCCCATCGCTACCCTGTG;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	23009291	rs1263637	G	C	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=55;PP=2021;SC=ACACAGAAAGGCCCTACTCTG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=23009299;WS=23009281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	23011096	rs1263639	T	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=13;PP=1124;SC=CCAGCCAGGCTTGCCCTGCCC;SOR=1.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=58;WE=23011104;WS=23011086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	23014062	rs1263641	G	C	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=61;PP=2446;SC=CCCATGCCCAGAGTTTCCTGA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=23014070;WS=23014052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	23014148	rs1263642	A	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=43;PP=1381;SC=GCCCAAACACAGGGGACAGAT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=23014156;WS=23014138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23018665	rs1263653	C	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=49;PP=1410;SC=ACAGGATTGCCGAAGTGATGA;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=23018673;WS=23018655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	23020489	rs371247	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1344;SC=CACCATCACATCCCTAACAGT;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=23020497;WS=23020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	23020688	rs11462449	G	GC	12112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=110;PP=2957;SC=CCCCGGCAATGCACCAACTGG;SOR=0.893;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=70;TCR=120;TR=176;WE=23020696;WS=23020678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr14	23020820	rs5807168	G	GC	11167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=49;NR=109;PP=2957;SC=GGCTGCTGCAGCTCCGCTGGC;SOR=0.804;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=177;TCF=51;TCR=126;TR=158;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr14	23020825	rs3699	G	C	11352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=113;PP=2965;SC=CTGCAGCTCCGCTGGCTGTGC;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=213;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	23020919	rs3700	C	T	7826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=136;PP=2965;SC=CTCTAGGTCCCGGAGAATGTT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=269;WE=23020927;WS=23020909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr14	23020970	rs3702	G	T	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=144;PP=2965;SC=CATAAAGAAAGACATAGTATT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=137;TCR=144;TR=281;WE=23020978;WS=23020960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr14	23025758	rs10873025	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	23025932	rs12888861	A	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=17;PP=1320;SC=AGGAATCTGCAGGTCTCAGGG;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=23025940;WS=23025922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	23026369	rs33982989	C	CG	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=778;SC=GGCTGGAGTCCGGATCCACCA;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=20;WE=23026377;WS=23026359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23027743	rs4982639	G	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=62;PP=1901;SC=GCCAGAACACGCCACGTCACT;SOR=1.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=23027751;WS=23027733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	23044002	rs7621	G	T	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=24;PP=1651;SC=ATGAGAATGAGTCAGCCAACA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=23044010;WS=23043992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	23058084	rs1051101	A	G	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=108;PP=2965;SC=AAGGTACTCCAGTCCGCGCCC;SOR=1.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=53;TCR=110;TR=161;WE=23058092;WS=23058074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	23235697	rs1957373	C	T	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=96;PP=2965;SC=CTTCAACTTCCTTTCAATCTC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=172;TCR=96;TR=268;WE=23235705;WS=23235687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr14	23235808	rs1957374	G	A	11320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=201;PP=2965;SC=CGCCTGATCTGCGGCTACAAT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=206;TCR=201;TR=407;WE=23235816;WS=23235798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr14	23236524	rs8572	C	T	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=70;PP=2754;SC=CTATTCCCAGCAGCCCCGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=162;WE=23236532;WS=23236514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	23239512	rs2075846	A	G	8902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=149;PP=2965;SC=TTCCTTCCTTATTTCATCCAG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=151;TCR=149;TR=300;WE=23239520;WS=23239502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	23239880	rs1957502	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=8;PP=975;SC=GTGAACTGGGGTTGGAGGGTA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=23239888;WS=23239870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	23242828	rs1061040	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=63;PP=2361;SC=TTTAGTTAGATTTGGGATCCC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=118;WE=23242836;WS=23242818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	23244929	rs3751485	A	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=6;PP=903;SC=ACAAGAAGAAAGAGGTTGTGG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=23244937;WS=23244919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	23245301	rs3850290	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=44;PP=1856;SC=CTAAATGAACTCCTTTCAAGG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=23245309;WS=23245291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	23248112	rs1805061	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=38;PP=1218;SC=CAAATGATGAACCCTCAAAGG;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=23248120;WS=23248102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	23282110	rs8018462	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=18;PP=1251;SC=CCCACTTACAAATGCAGGCAG;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=23282118;WS=23282100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	23282449	rs1805059	C	T	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=181;PP=2965;SC=CAAAGATGCCCGAGCCGATCA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=166;TCR=181;TR=347;WE=23282457;WS=23282439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr14	23282699	rs3829407	A	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=39;PP=1085;SC=GCAATTACATAGAACCTCTAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=23282707;WS=23282689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	23282750	rs7157654	A	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=17;PP=475;SC=TCACCAACCAATGCGGAGACC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=23282758;WS=23282740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23299135	rs1135641	G	T	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=138;NR=97;PP=2965;SC=GCTGCTTTAGGGACTGTTCTC;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=139;TCR=98;TR=235;WE=23299143;WS=23299125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr14	23299286	rs4982685	T	C	7447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=116;PP=2965;SC=CACTGCAGCGTAGCCGCTTGG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=247;WE=23299294;WS=23299276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	23300095	rs9646148	T	G	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=44;PP=2915;SC=TAGTAGCAAATCCAGGACTAG;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=135;WE=23300103;WS=23300085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	23302585	rs12050397	T	A	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=27;PP=1299;SC=GGTGATGCAGTCCATCTCTAA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=23302593;WS=23302575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	23306048	rs1042703	C	T	8968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=190;NR=128;PP=2965;SC=CCCAAGACCCCCCCGTTGTCT;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=191;TCR=129;TR=318;WE=23306056;WS=23306038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr14	23311042	rs17879412	CT	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=947;SC=CACAGCAAGTCTTACCCAACA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23311044	rs57542488	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=612;SC=CAGCAAGTCTTACCCAACACT;SOR=1.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=22;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23312869	rs2236305	G	T	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=4.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	23312875	rs2236306	G	C	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=4.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	23312923	rs2236307	T	C	7434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=72;PP=2965;SC=CCCCAGGGGGTGAGTCAGGGT;SOR=2.096;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=190;TCR=73;TR=260;WE=23312931;WS=23312913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr14	23313182	rs2236308	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=61;PP=1695;SC=AGGCAGGTGGATCACCTGAGG;SOR=8.318;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=61;WE=23313190;WS=23313172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	23314675	rs911912	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=45;PP=1503;SC=TGGAAAACAACGGCGATGATA;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=23314683;WS=23314665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	23315331	rs743257	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=7;PP=265;SC=GGGTGGGCTGTTCCCATCGTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=23315339;WS=23315321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	23371055	rs1127066	G	C	10284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.022;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TGGAGAGCTGGAAACACTGGG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=208;TCR=127;TR=335;WE=23371063;WS=23371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,360:1.00:361
chr14	23371255	rs61680322	G	GGGC	6902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.700;NF=65;NR=160;PP=2978;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GCAGCAGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=101;TCR=253;TR=225;WE=23371275;WS=23371245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,278:0.96:291
chr14	23373986	rs1043209	G	A	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=47;PP=2965;SC=GTATGCAGCAGGTTAATCACG;SOR=1.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=105;TCR=47;TR=151;WE=23373994;WS=23373976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	23374435	rs2295680	G	A	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=132;PP=2965;SC=TCCGATCTGAGATGATACGTA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=170;TCR=133;TR=301;WE=23374443;WS=23374425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr14	23374862	rs2295682	C	T	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=139;PP=2965;SC=TGTGTCCATACCTATAACTAA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=98;TCR=140;TR=237;WE=23374870;WS=23374852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	23391533	rs144411999	C	CACAA	3094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=33;PP=2725;SC=TCTCTAATCACACAAAGATCT;SOR=1.117;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=49;WE=23391541;WS=23391523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	23391913	rs8007089	T	C	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=70;PP=2422;SC=AAGAAGCCCGTACCCCTCTAG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=23391921;WS=23391903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	23394007	rs1956880	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=678;SC=GCTTTCTGAGTTTTAGTAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=23394015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	23394069	rs1956881	A	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=9;PP=631;SC=TTCCTCCTCTAAGTGCACTCC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=23394077;WS=23394059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23396680	rs12589539	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=682;SC=AAGAAGGTACTTAGCACAATC;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=23396688;WS=23396670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	23416252	rs2008951	C	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=10;PP=899;SC=CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=23416260;WS=23416242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	23416521	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,2:0.10:20
chr14	23424186	rs2016392	A	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=26;PP=1620;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=90;WE=23424194;WS=23424176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	23426182	rs2273626	C	A	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=141;PP=2965;SC=TCGGCTGGGGCGGGCTGGCCA;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=99;TCR=141;TR=240;WE=23426190;WS=23426172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	23459101	rs34851432	G	T	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=94;PP=2965;SC=CTTTGTAAGAGCCAGACAAAC;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=160;WE=23459109;WS=23459091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	23495610	.	GA	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr14	23504238	rs4144360	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=8;PP=227;SC=CAAAAAGAAGGGCCAGATGCG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=23504246;WS=23504228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	23511357	rs4981456	G	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=499;SC=CAGCTTCTCTGTAGCGTCCCT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=23511365;WS=23511347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	23512466	rs72684308	T	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=334;SC=CTGGCTTCATTTATTGCAAGT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=23512474;WS=23512456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	23518592	rs11626296	C	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=284;SC=ATAGAGCCAGCCCATAGGTCC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=23518600;WS=23518582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	23518791	rs2295689	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=0.898;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr14	23518918	rs11623976	T	C	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=88;PP=2965;SC=CAACTTCATCTCTGTCCAGGG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=204;WE=23518926;WS=23518908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	23523244	rs11625828	C	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=14;PP=1868;SC=TCTCTAAGCTCCAACAGAGAG;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=74;WE=23523252;WS=23523234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	23524137	rs11418548	T	TG	1154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.503;NF=13;NR=29;PP=1018;ReadPosRankSum=0.827;SC=GAACAACCGATGGGGGGGGAT;SOR=1.055;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=42;WE=23524145;WS=23524127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr14	23530622	rs60168438	T	C	8119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=135;NR=165;PP=2965;SC=ATTCACGCTCTGATCGAGTCC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=135;TCR=167;TR=300;WE=23530630;WS=23530612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr14	23532865	rs57315948	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GTTCCCCGGTAAGAGTAGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=55;WE=23532873;WS=23532855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr14	23549379	rs941719	C	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.041;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=2658;ReadPosRankSum=1.184;SC=ATGAGGACAGCGGGGGCTGGG;SOR=0.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=126;WE=23549387;WS=23549368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr14	23559973	rs8020434	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=202;SC=GTTGGAAGGCTTTTTTCTAAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23559981;WS=23559963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	23571671	rs4444236	A	T	8183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=142;PP=2965;SC=CCTTGTCACTAGTTGCCTTGT;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=143;TCR=142;TR=285;WE=23571679;WS=23571661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr14	23572776	rs148655160	T	TAAAAC	2649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=1525;SC=AAAAGCAAAATAAAACAAAAC;SOR=3.383;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=39;WE=23572784;WS=23572766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	23596320	rs761874	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=2;PP=881;SC=ATGTGTTGGCAGGACCAAGGC;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=23596328;WS=23596312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	23596621	rs2180395	G	A	10569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=239;PP=2965;SC=AAGTGGCCCCGGCCCTTCCTG;SOR=1.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=114;TCR=239;TR=353;WE=23596629;WS=23596611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr14	23598849	rs7157207	T	G	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=32;PP=2210;SC=CCAAAGGGAGTTTCTCTCACC;SOR=1.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=108;WE=23598857;WS=23598839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	23598952	rs7157021	A	G	7126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=120;PP=2965;SC=TGAAGCCCACATAGTTGATGA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=253;WE=23598960;WS=23598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	23607271	rs1569951	C	T	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=61;PP=2046;SC=AAGGAGAGGTCACCACTCCCC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=23607279;WS=23607261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	23609916	rs10151002	A	T	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=8;PP=224;SC=CCCACCTCTCACCCCTCCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23609924;WS=23609906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	23612489	rs2273394	C	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=16;PP=423;SC=ACAAGCAGAACTGCTCCCTCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=23612497;WS=23612479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23624583	rs8011016	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=28;PP=893;SC=CCCCTCCTCCCTTCCTGGCTC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=23624591;WS=23624573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	23727919	.	T	C	1384	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=18;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=59.03;NF=4;NR=46;PP=1384;QD=28.3754242509;SC=TTTTTTTTTTTTTCTAAGAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=50;WE=23727929;WS=23727892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,50:0.70:71
chr14	23729188	rs2144038	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=13;PP=395;SC=TATTATTTTCTCTCTTACTTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=23729196;WS=23729178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23729750	rs2064483	G	A	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=21;PP=1662;SC=CCTACTGGGAGTCTTAGCAAC;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=23729758;WS=23729740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	23731855	rs139713000	C	CT	3859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.357;NF=27;NR=51;PP=1495;ReadPosRankSum=0.445;SC=AGAGCCGCCTCTTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=78;WE=23731863;WS=23731845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,147:0.95:155
chr14	23732091	rs11625337	AT	GC	12027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=94;PP=2947;SC=CAAGGCAGGCATACCATTGAT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=243;WE=23732100;WS=23732081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	23732300	rs34260336	G	GT	425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.27;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr14	23733725	rs3811180	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=424;SC=ATGCCCACTGCAGTAGAACAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=23733733;WS=23733715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	23733978	rs59984693	GT	G	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.424;NF=1;NR=19;PP=341;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CATTTCACTTGTTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=20;WE=23733986;WS=23733968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr14	23734032	rs11628689	T	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	23734037	rs5807215	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	23744826	rs67447855	TTCC	T	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=20;PP=2033;SC=CATCATCATCTTCCTCCTCCT;SOR=1.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=42;WE=23744839;WS=23744816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	23746269	rs1057119	C	G	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=113;PP=2965;SC=GGGCTGCTTGCGTCCACACAA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=219;WE=23746277;WS=23746259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr14	23777099	rs2231301	G	A	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=104;PP=2965;SC=CAGCTGACCCGCTGCACCAAG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=221;WE=23777107;WS=23777089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	23777374	rs910332	A	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=66;PP=2149;SC=CTGGAGACGCAGCTGGCTGAC;SOR=2.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=23777382;WS=23777364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	23789096	rs10640563	C	CTT	6126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=89;PP=2930;SC=TAATGAGTCACTTGATTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=6;TCR=100;TR=94;WE=23789104;WS=23789086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	23792019	rs8020117	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=0;PP=514;SC=TTCAATTTATTGAATATTTAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=23792027;WS=23792009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	23816998	rs12896494	T	C	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=75;PP=2805;ReadPosRankSum=1.181;SC=CGCAGCCTTCTACAGTGCTGA;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=126;WE=23817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr14	23826822	rs2231809	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=53;PP=1884;SC=ACAGGAGCTGCAGATCTCCGG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=23826830;WS=23826812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	23830042	rs2231798	T	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	23830048	rs2231797	T	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	23842017	rs7145531	C	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=23;PP=1891;SC=TGTTTTTTAACCTCAAGTCAC;SOR=1.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=90;WE=23842025;WS=23842007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	23842040	rs7145551	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=34;PP=2444;SC=CCTAAAAAGACAGTGGAAATA;SOR=1.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=125;WE=23842048;WS=23842030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	23844979	rs79877597	C	A	10534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=184;PP=2965;SC=TGTCTTCTACCGGCGGCCATG;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=194;TCR=184;TR=378;WE=23844987;WS=23844969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr14	23845244	rs3811178	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=487;SC=TTTGGGGAAAGCCTGCACTTC;SOR=2.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=23845252;WS=23845234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	23851874	rs178636	A	G	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=84;PP=2592;SC=AGGCACCCATACCTCATGCAT;SOR=2.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=22;TCR=84;TR=106;WE=23851882;WS=23851864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	23852651	rs35182223	T	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=175;SC=ATGATCCAGGTCAAAGAGGTG;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=23852659;WS=23852641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	23853629	rs8006357	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23854324	rs178638	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=1254;SC=TTTCTCCAGAAAGAATTAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=59;WE=23854332;WS=23854314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	23854352	rs178639	A	T	544.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,26:0.87:30
chr14	23855569	rs178640	A	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=49;PP=2035;SC=GGGCCTCGGCAGCCATGCGGT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=23855577;WS=23855559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	23855849	rs2071634	C	T	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	23861811	rs365990	A	G	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr14	23865885	rs452036	G	A	11747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=202;NR=225;PP=2965;SC=CAACCACCCAGTGGGGCTCTA;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=427;TCF=202;TCR=225;TR=427;WE=23865893;WS=23865875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr14	23866713	rs412768	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=13;PP=1089;SC=GGGCTGGGCCATTCCACCAGG;SOR=2.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=23866721;WS=23866703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	23869806	rs28671012	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=16;PP=779;SC=CTGTCACCACACAGTCCCCAC;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=23869814;WS=23869796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	23872666	rs434273	T	C	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.35;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	23874117	rs440466	T	C	9839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=1.455;SC=CTTCCCAGCCTGGCCATCAGA;SOR=0.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=356;TCF=151;TCR=205;TR=355;WE=23874125;WS=23874107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr14	23874541	rs17277970	C	T	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=158;NR=128;PP=2965;SC=TGTACACCGGCAGCCACTTGT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=158;TCR=128;TR=286;WE=23874549;WS=23874531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr14	23876267	rs28711516	C	T	10384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=215;NR=162;PP=2965;SC=ACCTTGCCTCCCTCCCGGGAC;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=215;TCR=163;TR=377;WE=23876275;WS=23876257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr14	23882144	rs2284651	T	C	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GGACAGGGCATGGGAACAAAG;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=103;WE=23882152;WS=23882134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr14	23882186	rs7149517	T	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGGGCCTGCTTTGTGGGCAGG;SOR=2.170;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=50;WE=23882194;WS=23882176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr14	23884137	rs3729832	T	A	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=106;PP=2965;SC=AACTCTTCATTCTCCTCAGCT;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=157;TCR=107;TR=263;WE=23884145;WS=23884127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	23884889	rs3729830	C	T	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=38;PP=2731;SC=GCTCCTGCTCCGCCAGCTTCC;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=23884897;WS=23884879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	23885997	rs3729828	G	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=699;SC=TGAACAAAACGGACAAAGCGG;SOR=4.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=23886005;WS=23885993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	23887645	rs7159367	T	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=27;PP=1020;SC=AGGAGGTGGGTTCAGCTTTCT;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=23887653;WS=23887635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	23888323	rs34598192	T	TG	9366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=69;PP=2936;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGGGAAGTGATTTGATGCAAG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=123;WE=23888331;WS=23888313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr14	23888665	rs2277475	A	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=26;PP=1549;SC=TGTGGTGGGAACCATGGAGCC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=23888673;WS=23888655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	23892645	.	AACACAC	A,AAC	1269.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=13.998;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.354;QD=33.41;SOR=2.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,15,21:0.39,0.55:38
chr14	23892888	rs7157716	A	G	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=97;PP=2965;SC=TCAGCTTGGCAATGATCTCAT;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=23892896;WS=23892878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	23893453	rs45457293	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=595;SC=AAATAGGAGGGTAACTCTAGG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=23893461;WS=23893443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	23895479	rs28475411	C	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=328;SC=ATGATTCACACCTATTATCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=23895487;WS=23895469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	23897996	rs3729814	G	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=42;PP=1222;SC=TCCATGTCAAGGCAGTGAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=23898004;WS=23897986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	23898994	rs2231126	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=445;SC=CTTCAGTGCCGTCTGGCTCCG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=23899002;WS=23898984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	23899725	rs3729810	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=18;PP=2411;SC=TTTGCCCCTCACTGCCAATCC;SOR=3.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=93;TCR=18;TR=111;WE=23899733;WS=23899715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	23900794	rs2069542	G	A	8328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=135;PP=2965;SC=GACCACTCACGAAGCGGGAGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=153;TCR=135;TR=287;WE=23900802;WS=23900784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr14	23902753	rs2069540	G	A	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=45;PP=2793;SC=TGCCATACTCGGTCTCGGCAG;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=130;WE=23902761;WS=23902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	23924767	rs60519724	AT	A	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	23924818	rs8005802	C	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	23924830	rs10131038	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	23938813	rs8015781	A	G	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=37;PP=2547;SC=GGAAGTGAGAAAGCCCTTATT;SOR=1.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=123;WE=23938821;WS=23938803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	23939927	rs5807217	GT	G	89.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GAAGTGGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=23939935;WS=23939926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	23940081	rs1028587	A	G	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.32;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	23940086	rs1028588	A	G	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	23940089	rs3215682	AC	A	5038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=26;PP=2957;SC=TAATCTAATCACTTGTTTTAT;SOR=1.919;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=70;WE=23940097;WS=23940071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	23944514	rs2236261	C	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=78;PP=2639;SC=TGGAGATTCGCACGGTATGAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=23944522;WS=23944504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	23945366	rs2295706	A	G	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=111;PP=2965;SC=ATTATGGTATAAACTTTGGCT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=230;WE=23945374;WS=23945356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	23947374	rs1956950	G	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=AATTGATTTTGCTTATGAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=23947382;WS=23947364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	23991105	rs223122	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=637;SC=AGCTCCCACCGAACACCCCTT;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=23991113;WS=23991095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	23999306	rs3742488	G	A	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=43;PP=2044;SC=AGGAGGACTGGGGGGAAGGGA;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=23999314;WS=23999296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	24000990	.	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.531;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr14	24002459	rs142802231	GGAGGA	G	1475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=9;PP=1252;SC=TTGGCCCTGGGGAGGAGAGAA;SOR=1.949;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=24;WE=24002471;WS=24002449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	24002887	rs3742489	G	T	13290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=210;PP=2965;SC=GATGCCTCTGGTGGACTTCCC;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=234;TCR=212;TR=444;WE=24002895;WS=24002877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr14	24026493	rs34015250	A	G	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=83;PP=2547;ReadPosRankSum=1.179;SC=GAGAAGATCCACAGGCTCAGC;SOR=1.186;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=142;WE=24026501;WS=24026483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,151:0.97:155
chr14	24107922	rs3818304	G	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=965;SC=TAACCAGCCTGACTCTCTGCC;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=24107930;WS=24107912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	24512897	rs62000819	C	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=0;PP=373;SC=ACTTGGGAGGCTGAGGCAGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=24512905;WS=24512887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	24519959	rs6573541	T	C	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=157;NR=73;PP=2965;SC=CCTGAAAAGTTATCTGATAAT;SOR=1.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=158;TCR=73;TR=230;WE=24519967;WS=24519949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr14	24522821	rs9972282	C	T	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=110;NR=67;PP=2965;SC=CTCTCTTATCCCATTTGACCC;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=110;TCR=68;TR=177;WE=24522829;WS=24522811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	24523594	rs11158525	G	A	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=178;PP=2965;SC=CTGACGCTTCGTCTCCCCCAG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=180;TCR=179;TR=358;WE=24523602;WS=24523584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr14	24525634	rs4982851	C	A	13490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=240;NR=244;PP=2965;SC=TGTCCCCATCCCAATGCAGAC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=485;TCF=240;TCR=245;TR=484;WE=24525642;WS=24525624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr14	24525782	rs4982852	A	G	6757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=107;PP=2965;SC=TGCCACCTGCACCCACTGCCC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=131;TCR=108;TR=237;WE=24525790;WS=24525772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr14	24526287	rs7161473	G	C	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=99;PP=2965;SC=TAAGCTTCAGGAGCTGGGAGG;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=142;TCR=99;TR=241;WE=24526295;WS=24526277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	24526593	rs12431698	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=645;SC=GTATAAAGCAATGTCCATAGT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=24526601;WS=24526583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	24529890	rs1951635	A	G	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=42;PP=2372;SC=CCCTGAGACTATGCCCCCTGG;SOR=1.273;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=133;WE=24529898;WS=24529880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	24542458	rs3742497	T	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=590;SC=CTGGAGATGGTGTCCCAGAGG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=24542466;WS=24542448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	24543873	rs2025256	G	A	9880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=1.103;SC=AAAGTAAGAAGACACAGACAG;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=190;TCR=165;TR=353;WE=24543881;WS=24543863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,363:0.99:365
chr14	24544248	rs2073350	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=3;PP=1062;SC=TCCGGGCAGGCTGAGGATGTC;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=24544256;WS=24544238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	24545375	rs2070341	C	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1032;SC=TTGACTTCACCGCCTCCAATG;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=24545383;WS=24545365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	24546566	rs117606853	T	C	20665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=444;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CCCGAGACATTGTCCAGTTCG;SOR=0.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=736;TCF=446;TCR=290;TR=734;WE=24546574;WS=24546556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,740:1.00:741
chr14	24563212	rs4982856	T	C	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GTTTGCCACCTAGTGTCTCTC;SOR=0.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=104;TCR=95;TR=198;WE=24563220;WS=24563202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr14	24563339	rs4982857	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=41;PP=1264;SC=AATGGGAGAGATGGGTTTGGC;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=24563347;WS=24563329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	24564376	rs189385990	C	T	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=92;PP=2926;SC=TCGGAAGTGACCCACATCTGT;SOR=1.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=150;WE=24564384;WS=24564366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	24567304	rs2759409	C	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=733;SC=GGTGGGGAAACATAAGGCCAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=24567312;WS=24567294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	24567498	rs3021119	A	C	13709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=231;NR=225;PP=2965;SC=GACACGGTACAACTCCCGCCT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=456;TCF=231;TCR=225;TR=456;WE=24567506;WS=24567488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr14	24572495	rs2071586	G	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=59;PP=1757;SC=TCCCTCTCCTGTGTGTGCACA;SOR=2.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=77;WE=24572503;WS=24572485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	24586833	rs3742499	C	T	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=57;PP=2451;SC=GCTGAAGTGGCCCTCTATTTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=121;WE=24586841;WS=24586823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	24587545	rs2277481	A	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=85;PP=2965;SC=TCTAATCTAGAAAAGTTACAA;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=141;TCR=85;TR=226;WE=24587553;WS=24587535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	24601318	rs11574503	G	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=696;SC=AGGAGAGAACGAGTGATGATG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=24601326;WS=24601317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	24605456	rs11432961	G	GC	8156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.154;NF=27;NR=93;PP=2975;ReadPosRankSum=0.565;SC=GCGGCGCTAGGCCCCCCGTCC;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=31;TCR=104;TR=120;WE=24605464;WS=24605446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr14	24606928	rs11548692	G	A	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=92;PP=2965;SC=GTGGCCCAGTGAACTGCAATG;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=164;WE=24606936;WS=24606918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	24606949	rs150529650	G	T	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=102;PP=2965;SC=AAAAGATCGTGGTCCTTCTGC;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=80;TCR=102;TR=182;WE=24606957;WS=24606939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	24607116	rs11574509	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=598;ReadPosRankSum=2.029;SC=GGGCACAGCAAGTGAAACCAG;SOR=2.066;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=27;WE=24607124;WS=24607106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr14	24607340	rs11574511	C	G	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=102;PP=2965;SC=AGAGCGCTGCCCCACTTCCCT;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=171;TCR=103;TR=273;WE=24607348;WS=24607330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr14	24614361	rs7146672	T	G	8102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=125;PP=2965;SC=TCCACACTTATGGACTGTGAG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=281;WE=24614369;WS=24614351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr14	24615435	rs4575	T	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=70;PP=2464;SC=AAAGATTCTGTCTGAAGACCT;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=134;WE=24615443;WS=24615425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	24617611	.	C	G	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=50;PP=1631;SC=AGAGCTCAGCCTGCTATTGCA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=24617619;WS=24617601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	24624741	rs2295979	C	G	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.887;SC=CTGCCCAGGGCAGCTACTGTG;SOR=0.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=94;TCR=125;TR=217;WE=24624749;WS=24624731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr14	24625031	rs4982862	C	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=19;PP=574;SC=TTACAGACTACTCAGAAAGAC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=24625039;WS=24625021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	24635589	rs111232493	C	CT	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.612;QD=16.30;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA	7604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=49;PP=2969;SC=TGATCGCAGAGGAAGAAGCTA;SOR=1.343;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=91;WE=24646414;WS=24646396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	24647522	rs3736840	G	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=69;PP=1987;SC=TCAGGTGGGTGGGGGGAGGAT;SOR=3.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=82;WE=24647530;WS=24647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	24647814	rs1885711	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1483;SC=CTACACAGCCTATGGTGCAGC;SOR=2.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=24647822;WS=24647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	24647957	rs1885710	C	T	13027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=270;NR=194;PP=2965;SC=CCTCAAACCCCGTGCCTACTA;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=270;TCR=196;TR=464;WE=24647965;WS=24647947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr14	24649835	rs2273911	T	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=55;PP=2149;SC=TGCCCCAGGCTCTCTGAGCCC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=24649843;WS=24649825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	24650047	rs7145633	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=1.870;SC=GAGTGGCAGAATCTCTTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=24650055;WS=24650037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr14	24652107	rs34130297	A	AG	7065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=37;NR=93;PP=2974;SC=TCATGGGGGTAGGGGGTGGAC;SOR=0.834;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=39;TCR=110;TR=130;WE=24652115;WS=24652097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	24653523	rs11550452	G	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=39;PP=1452;SC=CGCAAGTCAGGGTCGTCTACC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=89;WE=24653531;WS=24653513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	24653954	rs7146310	G	A	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=57;PP=2765;SC=CAGCAGCGAGGCCTGGGCAGC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=143;WE=24653962;WS=24653944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	24654489	rs2025258	T	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=59;PP=2316;SC=GCAGTGGCATTACCTCCCTTG;SOR=1.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=24654497;WS=24654479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	24656251	rs2295978	C	T	12799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=244;NR=216;PP=2965;SC=GACACTTCTGCACTCTCCTTC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=460;TCF=244;TCR=216;TR=460;WE=24656259;WS=24656241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr14	24657407	rs6573607	T	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=111;NR=81;PP=2965;SC=CCGAGAGAAGTGGGTAGGTAC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=192;WE=24657415;WS=24657397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr14	24657740	rs150162934	G	A	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=144;NR=123;PP=2965;SC=GCTCGGAGGGGAGAGTCAGGG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=146;TCR=123;TR=267;WE=24657748;WS=24657730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr14	24659408	rs67843857	ACT	A	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=1119;SC=TAAGTGAGACACTCTCATATC;SOR=4.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=24659417;WS=24659398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	24686480	rs149980708	TTTG	T	1101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1020;SC=TTAGGAGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=2.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=23;WE=24686490;WS=24686470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	24687504	.	T	A	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=92;PP=2965;SC=GCAGACAGCATGAGAGCAAAA;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=135;TCR=92;TR=227;WE=24687512;WS=24687494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	24702987	rs11158615	A	G	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=94;PP=2912;SC=GGCCATCTGAATTAGTGAGAT;SOR=1.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=147;WE=24702995;WS=24702977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	24710819	rs5807249	CA	C	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.090;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr14	24718379	rs41294726	TCTCCGGGAGCCCTGGACTCCCC	T	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=2967;SC=ACTGACTCCCTCTCCGGGAGC;SOR=3.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=34;WE=24718408;WS=24718370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24718515	rs2229463	G	A	9594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=191;NR=147;PP=2965;SC=CTCCTGGCACGGGGCTAAGCT;SOR=0.958;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=192;TCR=147;TR=338;WE=24718523;WS=24718505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr14	24731622	rs17256811	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=708;SC=GACCCAGAAACCCTCCATCCA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=24731630;WS=24731612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	24736027	rs14193	G	A	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=104;PP=2965;SC=GGGTTCGGAGGCGATTGTGTG;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=170;WE=24736035;WS=24736017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	24736961	rs729421	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=14;PP=886;SC=TCCAGATACGTTGCCCGCATG;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=24736969;WS=24736951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24737203	rs941502	A	T	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=43;PP=1981;SC=TTCTCTTGGAACCTCCTCTGC;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=24737211;WS=24737193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	24760009	rs4568	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=20;PP=1190;SC=GAGACAGGACGAACCACCAAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=24760017;WS=24759999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	24760255	rs2295310	C	T	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.362;SC=TCCTCAGATACCCTCACCTTG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=197;WE=24760263;WS=24760245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr14	24771137	rs4247000	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=14;PP=845;SC=CTGGATTTTGGGAAAGCCGCT;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=43;WE=24771145;WS=24771127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	24771256	rs4247001	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=43;PP=2140;SC=TTTGCGCTCATCTCTGCAATG;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=112;WE=24771264;WS=24771246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	24772829	rs4981501	A	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=14;PP=1533;SC=CATGGAGCTAACATTCTTGTG;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=24772837;WS=24772819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	24772922	rs4982895	C	T	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=97;PP=2965;SC=TCATCATATTCTGTCTTCTCC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=237;WE=24772930;WS=24772912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr14	24791136	rs4981504	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=707;SC=TTGTGAAAACAAAGACGCTTG;SOR=3.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=24791144;WS=24791126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	24791798	rs45442399	G	A	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=88;PP=2965;SC=ACTCATAGGTGGGCCCTGGTG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=227;WE=24791806;WS=24791788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr14	24793600	rs1884366	G	A	5807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=118;PP=2965;SC=CTGGGGGCCTGAAGGGAGACA;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=204;WE=24793608;WS=24793590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	24793647	rs6573722	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=70;PP=1952;SC=AGGCTCCCTGTGTGCTATGAA;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=106;WE=24793655;WS=24793637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	24794732	rs17102926	C	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=34;PP=967;SC=TACCCATCACCTTGAAGGCAT;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=24794740;WS=24794722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	24794763	rs60014309	G	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=451;SC=CAAGGGGTGGGCTCCTCAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=24794771;WS=24794753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	24794905	rs17102928	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=754;SC=GCACAAGCTCCTCACCCCTAG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=24794913;WS=24794895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	24795190	rs116912035	C	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=60;PP=2965;SC=GGTGGTCAGGCGAGTCTTCCC;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=152;WE=24795198;WS=24795180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	24795231	rs67156008	CCA	C	9059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=69;PP=2967;SC=CATCCCTTCTCCACCATATGA;SOR=1.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=132;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	24795237	rs55970272	T	C	9416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=80;PP=2965;SC=TTCTCCACCATATGACCTCAG;SOR=1.106;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=123;TCR=89;TR=195;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	24795258	rs11622863	C	T	8491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=136;PP=2965;SC=GGCCTGCGGCCCCCCCAGCCC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=169;TCR=137;TR=304;WE=24795266;WS=24795248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	24795585	rs78289669	GT	G	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=1217;SC=GGCATGGTGGGTGTTTTCCCT;SOR=4.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28;WE=24795593;WS=24795575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	24798245	rs17102976	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=21;PP=1433;SC=AGCTCTGGGGCTCAGGATGAA;SOR=1.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=70;WE=24798253;WS=24798235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	24800879	rs3181256	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=15;PP=1116;SC=ATACAAAAGAGGAAACAGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=24800887;WS=24800869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24801635	rs1950502	A	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=300;SC=TTGCACCTTGACTTGGAGTCA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=24801643;WS=24801625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24802263	rs8003158	A	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=40;PP=1284;SC=AGGAAAAGCCAGCAGCCCAGC;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=24802271;WS=24802253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	24838496	rs115176817	G	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=10;PP=2009;SC=TAGGATCCAGGGGCCAGTGGG;SOR=3.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=74;TCR=10;TR=83;WE=24838504;WS=24838486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	24882373	rs3818251	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=37;PP=1428;SC=GGCATGGGAGGGATTAGGGCT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=24882381;WS=24882363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	24882440	rs4982909	G	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=17;PP=1747;SC=GGGTCTCAGCGCCATGGAGAA;SOR=2.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=24882448;WS=24882430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	24882805	rs10146609	T	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=635;SC=TTAATACATATATGAAAGCAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=24882813;WS=24882795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	24883887	rs8017377	G	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.079;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=2456;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GAGTGATGACGCTGACTCTGG;SOR=0.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=123;WE=24883895;WS=24883877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr14	24887462	rs3814811	T	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=47;PP=1926;SC=GGCATCTCTATCTGAAGAGCT;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=24887470;WS=24887452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	24898558	rs2273632	C	T	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=42;PP=2743;SC=AGCTTCAGGGCAGCCCTGCTG;SOR=1.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=145;WE=24898566;WS=24898548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	24898693	rs2273631	C	T	11275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr14	24898696	rs2273630	T	C	11177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	24898751	rs2273629	G	A	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=80;PP=2264;SC=GCATCTTTCCGTTTGTTGGAA;SOR=2.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=109;WE=24898759;WS=24898741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	24898780	rs5025771	C	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1181;SC=TACTCCACCACGGGTACCCTC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=24898788;WS=24898770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	24900209	rs1956905	C	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=1118;SC=AGAGCAGGGCCGAGGAGAGCA;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=24900217;WS=24900199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	24901249	rs3742520	A	C	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=73;PP=2965;SC=GAGGGAGGGAAACAGGGTGGT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=24901257;WS=24901239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	24901276	rs7151995	G	T	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=61;PP=2482;SC=GAGATGGATTGGGGGTGGAAG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=24901284;WS=24901266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	24901844	rs2255591	A	G	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=134;PP=2965;SC=CTAAGGGCCTAGGAGAGGGAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=125;TCR=134;TR=259;WE=24901852;WS=24901834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr14	24905533	rs2277488	G	A	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=76;PP=2965;SC=TACTGGTCTCGGTTGTCTGGG;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=201;WE=24905541;WS=24905523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	24905548	rs2277489	G	A	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=95;PP=2965;SC=TCTGGGAGGTGGGCAAGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=151;TCR=96;TR=246;WE=24905556;WS=24905538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	24909281	rs1043839	C	T	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=32;PP=1517;SC=GCCCTTGCCACGACCTACTTA;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=24909289;WS=24909271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	24909362	rs1043831	T	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=54;PP=2324;SC=CAGTGTTCGCTGTGGGATCAC;SOR=1.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=142;WE=24909370;WS=24909352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	24909475	rs3211056	C	G	8113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=124;PP=2965;SC=GGGCAGCACCCAAGGTCTGGG;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=169;TCR=125;TR=293;WE=24909483;WS=24909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr14	24909731	rs2273628	C	T	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=110;PP=2965;SC=TACAGGGGTCCTCTCAGCCTT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=127;TCR=110;TR=237;WE=24909739;WS=24909721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	24910210	rs712487	C	A	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=101;PP=2965;SC=TCCCCTTGGCCTCACCTTCTC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=191;WE=24910218;WS=24910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	24910317	rs10668100	C	CTT	3355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=43;PP=2309;SC=TGGAGGAACTCTGGTTGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=46;WE=24910325;WS=24910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	24910846	rs11628143	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=268;SC=GTTCCCCTGGCGAATATAAGG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=24910854;WS=24910836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24910876	rs11158703	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=592;SC=TTTGGGGGGCGTACCTACACC;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=24910884;WS=24910866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	24910973	rs11625819	TT	GA	6620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=46;PP=2947;SC=CGGCTGCCGATTACCTCTTTT;SOR=1.226;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=125;WE=24910982;WS=24910963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	24911116	rs11158704	C	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=50;PP=1583;SC=CCCTGAATTTCGGCTTAAGAG;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=24911124;WS=24911106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	24911169	rs11158705	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=23;PP=1129;SC=CATTCATTTCCTGGGCATCCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=24911177;WS=24911159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	24911764	rs1956903	G	A	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=35;PP=1279;SC=CTGACACCAGGCTTCTCCCCA;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=24911772;WS=24911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	24911852	rs12897925	C	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=25;PP=2965;SC=GCTAGGAGGCCAAGGCCAGGT;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=113;TCR=25;TR=138;WE=24911860;WS=24911842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	24970942	rs4600392	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=48;PP=1608;SC=CTCCCAACCAAGTAAAGGGGT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=24970950;WS=24970932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	24971008	rs4519248	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=25;PP=759;SC=GCTGCTGGAACAATGGGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=24971016;WS=24970998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	24975435	rs5249	G	T	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=79;PP=2385;SC=AGTTGAATTGGGATGGGAAGG;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=119;WE=24975443;WS=24975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	24975509	rs1885108	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=1030;SC=AATGAAGGACTGTCAGTCCTC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=24975517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	25043802	rs150423799	C	A	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=45;PP=2061;SC=TCCCCGCCACCCCGGAGCCTT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=25043810;WS=25043792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	25102160	rs8192917	C	T	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=52;PP=2965;SC=GAAGTCGTCTCGTATCAGGAA;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=102;TCR=52;TR=154;WE=25102168;WS=25102150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	25281843	rs712491	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=1029;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GCGGAGGTCCCGAATTCTTGT;SOR=1.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=52;WE=25281851;WS=25281833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr14	25287095	rs854398	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=273;SC=ATGAATGAGATGACAAGACAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=25287103;WS=25287085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	26939474	rs1245213	T	A	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=158;SC=CAAAGCTAAATTAATCAGGAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=26939482;WS=26939464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	26941360	.	A	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=249;SC=AATGCATATAAAATTTTAGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=26941368;WS=26941350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	30047580	rs2273815	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=504;SC=AAAAAAATTACCAGTAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=30047588;WS=30047570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	30063202	rs2273814	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=26;PP=1968;SC=GAGACAAATTATAAATGATTT;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=90;WE=30063210;WS=30063192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	30098349	rs1191601	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=34;PP=1360;SC=GTAAGAGATGTAATAGCAAAA;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=72;WE=30098357;WS=30098339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	30102025	rs1209180	T	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=31;PP=1705;SC=TACATTCCCATGAAAAAGCAA;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=30102033;WS=30102015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	30103441	rs1191599	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=392;SC=TTTCCTAACTTCGTTGCTTGC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=30103449;WS=30103431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	31355096	rs1045644	C	G	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=113;PP=2965;SC=AAGCTGTGCACTCATGAACAA;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=154;TCR=114;TR=266;WE=31355104;WS=31355086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr14	31380215	rs3830860	TA	T	2397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=24;PP=1269;SC=TCCATTCACTTAAAAAAAATA;SOR=1.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=56;WE=31380223;WS=31380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	31381351	rs2273171	T	C	6812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=126;PP=2965;SC=ATACTTGGGATTCCATGTCTT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=99;TCR=126;TR=225;WE=31381359;WS=31381341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	31404277	rs9322868	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=34;PP=2645;SC=TGCCACCATATATTTATACAC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=124;WE=31404285;WS=31404267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	31483761	rs179724	G	T	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=53;SC=TTTTACGTCTGTTTATAAAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=31483769;WS=31483751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	31535603	rs6571386	G	C	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=119;PP=2965;SC=TTTGTTATTAGTGAGTCTCAG;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=79;TCR=119;TR=198;WE=31535611;WS=31535593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	31538939	rs7150619	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=707;SC=TTAATATTCTATATTTCTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=31538947;WS=31538929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	31538984	rs7155228	C	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=16;PP=1244;SC=CTAGAACTTACGCATGTCATT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=31538992;WS=31538974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	31549745	rs11621299	T	G	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=46;PP=2436;SC=CAGTGTCTTTTTTCTAACCCT;SOR=1.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=31549753;WS=31549735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	31582380	rs1315794	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=612;SC=AGTAAACTGAAGCTGTTCATC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=31582388;WS=31582370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	31597685	rs7157007	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=641;SC=TATTCCTGAACTGCTAAATTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=31597693;WS=31597675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	31793053	rs57656564	GAT	G	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=644;SC=TCAACTGAAAGATATATATAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=31793062;WS=31793043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	31795361	rs3736917	A	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=18;PP=1588;SC=ATAATGTCCAATACTTACCAG;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=31795369;WS=31795351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	31806943	rs4595710	T	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1162;SC=GGACACAATTTATAAATACAT;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=31806951;WS=31806933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	31809486	rs8012940	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=232;SC=TTTGCTTATACTGGTATCAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=31809494;WS=31809476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	31809568	rs11408327	G	GA	3874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=25;PP=2898;SC=AGATGCAGAGGAAACAAACAT;SOR=1.777;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=68;WE=31809576;WS=31809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	31819047	rs3736918	C	T	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=70;PP=2834;SC=TCATCTACCACTTGGGCTAAT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=156;WE=31819055;WS=31819037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	31819913	rs7158257	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=59;PP=1825;SC=AGCTGTTCCAATATAAGAAGC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=31819921;WS=31819903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	31819966	.	TTTTGTTTG	T	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=16;PP=2652;SC=GTAGGTAAGTTTTTGTTTGTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=16;WE=31819981;WS=31819956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	31828076	rs942907	A	C	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=67;PP=2582;SC=ATTGAATCTAATCAAGAGTAA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=118;WE=31828084;WS=31828066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	31841162	rs5025288	T	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=79;PP=2010;SC=TAATCAACCATGAAAGGCACA;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=123;WE=31841170;WS=31841152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	31849524	rs4981841	T	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=455;SC=AAAGGCTTTTTAAGGTGACTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=31849532;WS=31849518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	31858025	rs3887865	C	T	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1674;SC=AAGAGTTAGACTGAGATACTG;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=31858033;WS=31858015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	31864300	rs7142126	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=747;SC=GAGATAGTCCTAGCTGACTAC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=31864308;WS=31864290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	31864485	rs7141532	G	C	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=148;PP=2965;SC=CTGTGACAAGGTGCAGCGGCA;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=133;TCR=149;TR=281;WE=31864493;WS=31864475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr14	31922408	rs34278949	G	A	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=41;PP=2965;SC=GCCTCCCAACGTGTTGGGATT;SOR=1.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=110;TCR=41;TR=151;WE=31922416;WS=31922398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	32019884	rs76342166	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=437;SC=TTTGGCGAAAGGAAAACAGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=32019892;WS=32019874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	32032129	rs10143899	C	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=15;PP=399;SC=GCTCATTTTTCCCCATTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=32032137;WS=32032119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	32034147	rs3759779	A	T	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=134;SC=ATTACATGAAAATATTAAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=32034155;WS=32034137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	32068640	.	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=435;SC=ATTAATACTTACTGGGTGTCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=32068648;WS=32068630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	32296018	rs1540425	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=753;SC=TTAGTCCTGTACAGAAGTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=32296026;WS=32296008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	32315901	rs8006872	A	G	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=63;PP=1854;SC=GGAGTCTCACACCTGTAATCC;SOR=2.359;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=85;WE=32315909;WS=32315891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	32328508	rs4981131	G	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=1050;ReadPosRankSum=1.850;SC=TCTAAGGAAAGAATGTCTTCA;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=46;WE=32328516;WS=32328498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr14	32414463	rs1278928	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=559;SC=TGGGCAGGCATCCATTATGTG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=32414471;WS=32414453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	32419235	rs1278941	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1200;SC=CAGCCTGCCCAGGTTTATTAA;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=32419243;WS=32419225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	32419331	rs1278942	C	T	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=TAAGAGCATACTCCCTGAAGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=117;TCR=103;TR=217;WE=32419339;WS=32419321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	32419398	rs2236532	G	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=85;PP=2855;SC=CTGAGCAATAGGAATTTCTTC;SOR=1.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=132;WE=32419419;WS=32419388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	32419548	rs1278943	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=159;SC=CCCCTTCATACTGATCTAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=32419556;WS=32419538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	32563640	rs8004384	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=552;SC=GCTTGTTGTTACTTTTTTAAA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=32563648;WS=32563630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	33015014	rs7150894	G	A	11845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=199;NR=222;PP=2965;SC=ACTCTCCCACGCAGCCTACAT;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=199;TCR=222;TR=421;WE=33015022;WS=33015004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr14	33046388	rs1950703	A	G	8036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=118;PP=2965;SC=AAACTACAGAAAATTGGACTC;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=161;TCR=118;TR=278;WE=33046396;WS=33046378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr14	33046471	rs768787	T	G	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.98;NF=67;NR=124;PP=2965;SC=GTGTTGTTCTTGCTGTCAATA;SOR=1.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=67;TCR=124;TR=191;WE=33046479;WS=33046461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	33147414	rs1950697	C	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=505;SC=AAAAGGAGCACTATAATGATG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=33147422;WS=33147404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	33165182	rs3742929	C	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=492;SC=CTACATTTTGCGCCTTATCTT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=33165190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	33242863	rs2273163	T	C	5919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=79;PP=2965;SC=ACTCATAGATTGGTTTCTCTC;SOR=1.125;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=119;TCR=79;TR=198;WE=33242871;WS=33242853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	34047362	rs4346123	T	C	14768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=270;NR=269;PP=2965;SC=TTTGCCTCCTTCTCTCTTCAG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=270;TCR=269;TR=539;WE=34047370;WS=34047352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr14	34047414	rs1958541	T	C	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=173;PP=2965;SC=TTTTTCCCTCTTTGAGACGGA;SOR=1.183;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=121;TCR=173;TR=293;WE=34047422;WS=34047404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr14	34149916	rs2297118	T	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=72;PP=2641;SC=CAAGGGGCTCTTGTGGCTTTT;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=118;WE=34149924;WS=34149906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	34204634	rs67458622	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=53;PP=1608;SC=ATATAATGAATACATGTGATC;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=34204642;WS=34204624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	34204724	rs138336826	CA	C	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=587;SC=TCACTTCAGACATTGCTGGTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=34204732;WS=34204714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	34243477	rs8019077	T	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=759;SC=GCATTTCTCATAAGAAATGCT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=34243485;WS=34243467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	34396100	rs10137361	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=258;SC=TTTAAAACTACATAAAATTGA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=34396108;WS=34396090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	34985645	rs7797	G	A	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=88;PP=2965;SC=CTGCCTTCTCGGCAGCATCTT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=173;WE=34985653;WS=34985635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	34993859	rs111420332	A	ATGTGTGTGTG	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;QD=29.60;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	34993863	rs61981524	A	G	1306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=39.60;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	34998705	rs12147949	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=43;PP=1143;SC=TATTAGGATATGGCTAAGAAT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=34998713;WS=34998695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	35037008	rs11156848	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=11;PP=604;SC=TTATTTAATTTACATAATAGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=35037016;WS=35036998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	35050586	rs4403967	G	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=0;PP=24;SC=TCTTGATCTCGTGACCTCGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=35050594;WS=35050576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	35062312	rs12432539	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=16;PP=539;SC=GGTTATGATACTCCAAAAGAA;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=35062320;WS=35062302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	35075022	rs7151774	G	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=45;PP=1268;SC=AAGCTAAGGGGATCCAGAATG;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=35075030;WS=35075012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	35343629	rs2145031	A	C	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	35476673	rs28456062	G	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=162;SC=ATATAAAAATGTAAAGCCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=35476681;WS=35476663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	35477785	rs1712351	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=112;SC=TATATGTATAGTTTGTTATAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=35477793;WS=35477775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	35515606	rs4007475	TGG	T	1435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=970;SC=AGGCGGGCGCTGGGCGGGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=23;WE=35515615;WS=35515596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	35576458	rs10132769	A	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	35596092	rs10147080	C	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=291;SC=AGGATAATTACAAGTTTGTAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=35596100;WS=35596082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	35871407	rs1022714	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=29;PP=792;SC=ACAGGCTGAGAGAGTTTGCCT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=35871415;WS=35871397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	35871441	rs70937092	A	AGTAAGCTATTAAAAAAAGG	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=5;PP=2979;SC=TTAAAAAAAGAGGGGGGGCAG;SOR=4.294;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=35871449;WS=35871431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	35872792	rs2233415	A	G	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=AGGTGAGGGTAAATAGTGCTC;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=191;WE=35872800;WS=35872782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	35873770	rs1957106	G	A	14868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=307;PP=2965;SC=CGTGGCGGTCGTCCAGTAGCC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=527;TCF=220;TCR=307;TR=527;WE=35873778;WS=35873760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr14	36004075	rs1958260	A	G	9041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=130;PP=2965;SC=GCACCCACGGACTGCGCGTCT;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=191;TCR=130;TR=320;WE=36004083;WS=36004065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr14	36044417	.	T	C	56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=25;MQ=63.51;NF=0;NR=2;PP=56;QD=45.3856062736;SC=TACATGTTTATTGACCCAGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=36044425;WS=36044407;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	36121087	rs35892589	CA	C	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=186;SC=GATCTGTAAGCAAAAAAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=36121095;WS=36121077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	36147012	rs1957830	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=471;SC=AAAAAAGTTACATTAACAAAT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=36147020;WS=36147002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	36153177	rs2274068	T	C	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=80;PP=2780;SC=CCAGTGTCGGTTCCAAAGCCA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=152;WE=36153185;WS=36153167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	36231816	rs11847872	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=17;PP=767;SC=AGACAATTCAGAGATCTTTAG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=36231824;WS=36231806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	36244815	rs7142261	C	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=83;SC=TATTAACATACGCCAAGATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=36244823;WS=36244805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	36298932	rs10146494	G	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=20;PP=875;SC=TTTAGAAAATGAGAAAAAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=50;WE=36298940;WS=36298922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	36300895	rs34375843	T	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=449;SC=GGAGGCAGGGTTTTTTTGTGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=36300903;WS=36300885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	36944188	rs1012914	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=593;SC=CTATTTCTGCGTAACAAATTA;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=36944196;WS=36944178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	36988928	rs149047715	A	AAG,AAGAG	1781.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=44,44;PP=32,1586;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TTAGGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=1.244;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=45,45;WE=36988936;WS=36988918;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.88:68
chr14	37051427	rs11624339	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=275;SC=CGCAATCCACCACGCACTTAC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=37051435;WS=37051417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	37051634	rs35669843	G	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=414;SC=GGCAGGCTGGGAACGGAGGGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=37051642;WS=37051624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	37131993	rs12883298	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=218;SC=GTAGTTAGTAGGGGACGGGTG;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=37132001;WS=37131983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	37132048	rs12882923	A	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=852;SC=AGTGGCAGGCAGCTGTCCCAA;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=37132056;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	37135753	rs4904210	G	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=558;SC=CGCCCCGCACGCGGTGAACGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=37135761;WS=37135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	37140504	rs8004187	C	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	37283181	rs118130312	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=11;PP=461;SC=CTGTTTGGATCGGTTGCACAT;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=37283189;WS=37283171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	37344229	rs5807914	A	AG	3495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=41;PP=2032;SC=GATAAAGAAAATCCAATAAAC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=37344237;WS=37344219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	37344275	rs712384	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=24;PP=769;SC=TCCTTGATCCCGTCGATTTCT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=37344283;WS=37344265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	37344347	rs2021404	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=201;SC=TAGTAATAGGCTAGTGGCAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=37344355;WS=37344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	37641880	rs1403	C	A	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=68;PP=2046;SC=GGCGCCCACGCCCTTCTCTAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=115;WE=37641888;WS=37641870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	37838604	rs35277854	C	CA	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	38016044	rs10151200	C	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=227;SC=CTTTATCAGCCAGGACATTCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38016052;WS=38016034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38061742	rs7144658	C	T	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=55;PP=2667;SC=GGCATGCCGGCTACTGCGCCG;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=95;TCR=55;TR=150;WE=38061750;WS=38061732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	38064009	rs762083	G	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1388;SC=CCCCCGGCCCGCCTGCCTGCC;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=38064017;WS=38063999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	38064215	rs79519281	G	C	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=115;PP=2965;SC=ATCCAGCCCTGTGCGAAGCGA;SOR=1.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=53;TCR=117;TR=168;WE=38064223;WS=38064205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	38165784	rs960787	A	G	186.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=151;SC=GAAACTATCAATTTACTTTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38165792;WS=38165774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	38205027	rs1570399	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=82;SC=TTCTCTTTGGTTCTTTTGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=38205035;WS=38205017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	38206818	rs4901157	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=261;SC=TAGCTTATCAGATAGTATCTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38206826;WS=38206808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	38207008	rs11439106	A	AT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=193;SC=TAATCACCTTATTTTTTTTTA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	38207018	rs17107021	A	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=294;SC=ATTTTTTTTTAAAAGCATCTA;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38218872	rs17768594	T	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=93;SC=TAGGATATCCTCCTTTAACAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=38218880;WS=38218862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	38222291	rs4901176	G	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	38256944	rs12586423	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=265;SC=ATGTAATATGTATACTACTAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=38256952;WS=38256934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38260089	rs7153624	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=309;SC=TGTAAAAAATCGAAAACCTGA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=38260097;WS=38260079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	38264358	rs969446	C	T	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=106;SC=TTAAGAAAAACATGTATGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=38264366;WS=38264348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	38265344	rs1951639	T	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	38266074	rs9805910	C	T	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=36;PP=1456;SC=AGGTCTTGGACGGAATCAGCT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=85;WE=38266082;WS=38266064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	38273825	rs145633990	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=11;PP=949;SC=AGGCTGTAACGTTAAATCAAT;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=38273833;WS=38273815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	38295646	rs10483494	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=63;SC=CTTTTTAAAGTGACTTATGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=38295654;WS=38295636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	38310606	rs10151474	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=TTTCTGTATAGTAAGTTGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38310614;WS=38310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	38678356	rs12437095	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=25;PP=1049;SC=TCCTCTCCACGGTCGCCTGTG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=38678364;WS=38678346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	38678492	rs12434340	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=380;SC=TGGGCGGCTGTGGGCTGCAGG;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=38678500;WS=38678482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	39502539	rs11418467	G	GA	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=383;SC=ACTCCTAGAGGAAAAAAGATA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=39502547;WS=39502529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	39502626	rs11283010	A	AAATAGAAC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=130;SC=AAATCATTTGAAATGCCTATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=39502634;WS=39502616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	39511952	rs3837584	CT	C	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=512;SC=AGTAAAAAGACTTTACATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=39511960;WS=39511942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39512122	rs4902326	T	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=377;SC=GGAAAAATAATCTACTCAATA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=39512130;WS=39512112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	39514231	rs1884384	T	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=130;SC=GCGAATACATTAATAGGTTGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=39514239;WS=39514221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39514274	rs77051476	T	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=512;SC=TTCTTATATTTAGTAACTATA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=39514282;WS=39514264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr14	39543508	rs12164875	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=111;SC=ATGTGTTGCCTTGAAGTAGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=39543516;WS=39543498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39543814	rs147995893	T	TAAG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=140;SC=CAAAATGATCTAAGGACTAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=39543822;WS=39543804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39554893	rs66970820	TAC	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.420;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	39556185	rs8018720	G	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=28;PP=1053;SC=GCTTGAGTAAGTGGTACTTTA;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=39556193;WS=39556175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	39565403	rs3818163	T	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=140;SC=GTTCAAAATATGAATGTTCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39565411;WS=39565393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	39583481	rs2277458	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=564;SC=GTCTATTAGTACGCCTGCGCT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=39583489;WS=39583471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	39587348	rs10136536	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=213;SC=CTGTTCTTAGACTGTAGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=39587356;WS=39587338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	39591081	.	T	TG	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=2;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=30;QD=46.9228802356;SC=CACATCCGGCTAATTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=39591091;WS=39591071;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	39591083	.	A	T	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=14;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=26;QD=30.3856062736;SC=CATCCGGCTAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=39591091;WS=39591071;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	39605542	rs9322993	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=327;SC=TTTAACCAGTTTCTTATTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=39605550;WS=39605532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	39620936	rs8003807	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	39623533	rs12147991	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	39627695	rs9322994	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=171;SC=AATGCCAGAACAGCACTGAAC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=39627703;WS=39627685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	39627747	rs761804	A	G	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=106;SC=TTTGAGACAGATTCTGGCTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=39627755;WS=39627737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39644498	rs1061583	G	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=1130;SC=CGGTCGCCGTGAGAACTTTGC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=39644506;WS=39644488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	39645863	rs2252040	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=345;SC=AAATATAAATGTTTATTAACA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=39645871;WS=39645853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	39645921	rs3215670	G	GC	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=83;SC=GCCACTCCCTGCCCCCCCCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=39645929;WS=39645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	39650234	rs2180792	A	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=45;PP=1675;SC=AGAATGTAAAACCCTTTCTCC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=39650242;WS=39650224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	39651193	rs532	A	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=351;SC=CTTTTTGGAAAATACAGACTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=39651201;WS=39651183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	39703324	rs7141840	A	G	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=56;PP=2509;SC=TTAGCATGGCAAAATTTGGCG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=136;WE=39703332;WS=39703314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	39703498	rs7143646	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=46;PP=1420;SC=TAAAATCTTATTGTGGTCACG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=39703506;WS=39703488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	39716201	rs11845046	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=8;PP=399;SC=GTGAAAATATATATCCTTATG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=39716209;WS=39716191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	39722023	rs10134365	G	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=16;PP=962;SC=ATCTTCTAAAGATAGTGATGA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=39722031;WS=39722013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	39736680	rs7140561	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	39748480	rs7158558	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=103;SC=GACGTTAAATGAATTGATTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=39748488;WS=39748470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39760393	rs2274399	A	G	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=4;PP=85;SC=ACTATTTGAAAAAAATGTGAA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=39760401;WS=39760383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	39763111	rs956108	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=310;SC=CACTTATGGAGCTAAAGTGTT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=39763119;WS=39763101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39773639	rs2274398	G	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=10;PP=272;SC=TACATCTCTTGGCAGAGAATG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=39773647;WS=39773629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	39784004	rs75318507	GTA	G	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	39784040	.	GTA	G	269	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5033;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=269;QD=34.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=39784050;WS=39784030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr14	39784042	rs2415540	A	G	149.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.062;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	39784965	rs10150863	G	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=5;PP=143;SC=CAAATTGTATGTTTTTTTCAG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=39784973;WS=39784955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	39796048	rs36031495	GT	G	1169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=14;PP=486;SC=AGATTTGTATGTTTTTTTTTC;SOR=1.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=25;WE=39796056;WS=39796038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	39818028	rs1140952	A	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=49;PP=1566;SC=TCTTGCTCCAATCAGAGGTCC;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=39818036;WS=39818018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	39818222	rs7156249	G	T	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=139;SC=TCAATATGTGGTTTATTAATC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=39818230;WS=39818212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	39856043	rs10146207	G	C	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=29;PP=1394;SC=TCAGCAACTCGTCTCTCTTCT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=39856051;WS=39856033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	39868646	rs3814860	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=104;SC=AGGATTAATTCACACTACTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39868654;WS=39868636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39900672	rs8006123	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=467;SC=AACACTGAAGTTGGCCGGGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=39900680;WS=39900662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	42355771	rs721222	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=252;SC=AATTAAATCACTGGATGCTAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=42355779;WS=42355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	42360633	rs6572117	T	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=33;PP=1535;SC=TCATGCAGTCTCAGTTTTTGG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=80;WE=42360641;WS=42360623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	42997963	rs9323070	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	42998026	rs10148466	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=8;PP=242;SC=AACTGCTCATTGTTTTCTTAC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=42998034;WS=42998016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	45575202	rs72672919	C	A	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=61;PP=1860;SC=AAATGAAAAGCTAGGTGGAAG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=45575210;WS=45575192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	47314938	rs1388568	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=41;PP=2263;SC=TTTAACGTTACAACAAACCAA;SOR=1.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=47314946;WS=47314928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	47315127	rs1388567	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=58;PP=1666;SC=TTGCAGATCAGTTTCTCTTGA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=47315135;WS=47315117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	47324127	.	G	A	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=TGCTTATATCGTGGAATTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=47324135;WS=47324117;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	47341131	rs2933208	C	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=169;SC=TGGGAAGATTCCTTGAGACCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=47341139;WS=47341121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	47528470	rs8009302	T	C	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=88;PP=2932;SC=TCTCAGACTTTGTAGAGCTTC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=183;WE=47528478;WS=47528460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	47528551	rs10144183	T	A	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=71;PP=2306;SC=TTGGAAGAAGTCAATATATTT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=47528559;WS=47528541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	47530841	rs7147260	A	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	47530845	rs7147741	G	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.41;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	47582348	rs8006750	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=13;PP=632;SC=ATCCACTGACTCCACAGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=47582356;WS=47582338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	47687187	rs8011854	A	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=519;SC=GAAATCCATAATAGGCTTAAT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=47687195;WS=47687177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	50044392	rs2883438	T	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=19;PP=1062;SC=ACCCTGTTGTTAATACCTCTG;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=50044400;WS=50044382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	50050396	.	GA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.483;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.474;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr14	50065359	rs2281837	C	G	15764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=291;NR=276;PP=2965;SC=GACGTGCGCCCGCAACGCGTA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=569;TCF=293;TCR=276;TR=567;WE=50065367;WS=50065349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr14	50065717	rs2281836	G	C	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=56;SC=CCAGCTTGACGTGGTTGTGGC;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=50065725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	50068299	rs11625804	C	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=47;PP=2137;SC=GATTCCTGCTCTCATGGAGTT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=50068307;WS=50068289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	50069282	rs2354444	A	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=978;SC=TGAAGTACAGAGGCATAGTCA;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=35;WE=50069290;WS=50069272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	50070384	rs7146398	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	50074014	rs2354445	G	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=374;SC=GTAAATCATTGTATCACATTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=50074022;WS=50074004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50080871	rs6572592	G	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=131;SC=TATACTAATCGCTTAATAATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50080879;WS=50080861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50087753	rs7519	T	C	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.607;SC=GCGGCGCCGATGCTCGAGCTG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=216;WE=50087761;WS=50087743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr14	50092471	rs9989177	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=42;PP=1588;SC=GTTTAAGTTATCTTTTTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=50092479;WS=50092461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	50094913	rs2985696	C	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=252;SC=CTAATAAGTCCCACTTGACAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=50094921;WS=50094903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	50100386	rs2985687	T	C	8475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=140;PP=2965;SC=ACTCCTCGCGTGTTTCCACAC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=150;TCR=140;TR=290;WE=50100394;WS=50100376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr14	50100683	rs2985686	C	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=68;PP=2316;SC=CTCCGTCCTCCGCGCGACTCC;SOR=1.039;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=121;WE=50100691;WS=50100673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	50101370	rs2985685	G	A	9237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=162;PP=2965;SC=CCAGGGCCGTGGCGTCCAGCA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=175;TCR=162;TR=337;WE=50101378;WS=50101360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr14	50101682	rs2985684	C	G	9974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CCACCCCGCGCTCACGCTCTA;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=193;TCR=163;TR=353;WE=50101690;WS=50101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,363:0.99:366
chr14	50175792	rs11157703	T	C	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=223;SC=TAGTATTTTATTAGCAATTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=50175800;WS=50175782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50195679	rs4301946	A	G	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=73;PP=2965;SC=CCGCGCATACATGTGCAGTTC;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=99;TCR=73;TR=172;WE=50195687;WS=50195669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	50199337	rs60013005	A	AT	240.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=234;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GTGAGGGCAGATTTTTTTTTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=50199345;WS=50199327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr14	50199375	rs10146753	A	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=748;SC=AAAACCTTTTATTTTGATTAA;SOR=2.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=33;WE=50199383;WS=50199365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	50206702	rs4898631	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AAGTTCAATCGTGTCTCTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=50206710;WS=50206692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50241258	rs4499141	A	C	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=56;PP=2907;SC=ACTTACATACATTTAATTTAT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=50241266;WS=50241248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	50244835	rs4900949	C	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=20;PP=1038;SC=CTAAGATAAACTGCTTGTATC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=50244843;WS=50244825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	50245374	rs6572613	C	A	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=79;SC=TTTCCAAGGACTCTAGAACTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=50245382;WS=50245364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50247290	rs4900952	G	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=12;PP=911;SC=TAATTGCAGGGGGGGGAAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=50247298;WS=50247280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	50251369	rs10143621	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=26;PP=1054;SC=TCCTTTTTACATTCAGAAGAT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=50251377;WS=50251359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	50251888	rs8009346	C	T	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=40;PP=2253;SC=ACTAAATAGACGTTACAAAAC;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=114;WE=50251896;WS=50251878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	50272950	.	GTATATA	G	234.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;QD=39.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50280577	rs3126194	T	C	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=108;SC=ACACTTCAGCTTCCCAAAGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=50280585;WS=50280567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	50280688	rs3126195	T	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=13;PP=649;SC=GAATTCTGAATAGAAAGAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=50280696;WS=50280678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	50298153	rs11365862	AT	A	196.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=197;SC=ACAGAATTTTATTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=50298161;WS=50298143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50298962	rs3100906	T	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=54;PP=1633;SC=GCTTCCAAGCTTGGTTTTATT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=101;WE=50298970;WS=50298952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	50299051	.	CT	C	128	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;FR=1.0000;HP=16;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=19;MQ=60.72;NF=0;NR=12;PP=128;QD=11.0;SC=AGATTTACTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=50299059;WS=50299041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr14	50300310	rs3100904	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=710;SC=AAGTGCTTACAAAATAATGTT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=50300318;WS=50300300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	50318287	rs75778865	G	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	50319327	rs3126160	T	C	8436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=110;PP=2965;SC=TAAGGAAACATATCAAGCTGG;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=188;TCR=112;TR=298;WE=50319335;WS=50319317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr14	50319499	rs3100887	G	T	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=153;PP=2965;SC=ACTACCGCAAGTTCCTCTACT;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=93;TCR=153;TR=246;WE=50319507;WS=50319489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr14	50477643	rs4900978	G	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=18;PP=1392;SC=CACATGCCATGTCACTTACTT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=50477651;WS=50477633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	50555664	rs2883738	G	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=288;SC=CCCAAATTCCGATGTTGAAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=50555672;WS=50555654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	50558444	rs201234068	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=82;PP=2290;SC=AGGACACTGGTGGGCTGTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=134;WE=50558452;WS=50558434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	50585574	rs10658395	C	CA	292.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ATATTTCCCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=50585582;WS=50585564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
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chr14	50605267	rs35961944	A	AT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	50611845	rs2064667	C	T	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=13;PP=881;SC=ATGCTAATTTCATCATCCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=50611853;WS=50611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	50612401	rs1014879	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=91;SC=AAAAAGACAATTAACCCAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50612414	rs726797	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=49;SC=ACCCAAAAGACAGATGAACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	50616878	rs2229869	G	A	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=121;PP=2965;SC=GGCTTACTCCGTTTGCCTGAG;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=217;WE=50616886;WS=50616868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	50619927	rs11628935	A	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1306;ReadPosRankSum=1.298;SC=TTAGTGAAACATAAGTGTTCA;SOR=0.363;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=50619935;WS=50619917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr14	50623657	rs3736759	G	A	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.63;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr14	50623679	rs3736760	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.61;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr14	50623683	rs3736761	A	G	1049.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,47:0.90:52
chr14	50626836	rs4900992	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=14;PP=346;SC=GCTTATTCAACAGCTAGCAAC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=50626844;WS=50626826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	50641347	rs10782418	T	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=96;PP=2870;SC=AACAGAAACGTCTACTAAAAA;SOR=2.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=39;TCR=96;TR=135;WE=50641355;WS=50641337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	50655146	rs139780957	CTATT	C	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=6;PP=557;SC=AAAAAAGTGACTATTTATGAT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=50655157;WS=50655136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	50670965	rs1075537	G	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=808;SC=TCATACAGTGGTTGAGTGACT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=50670973;WS=50670955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	50671133	rs12888783	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=34;PP=995;SC=TGAACCTTTAAAAAAAAGTTA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=50671141;WS=50671123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	50704331	rs4901000	C	T	8381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=125;PP=2965;SC=AAGCTACAAGCGCTACCAGTC;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=173;TCR=125;TR=298;WE=50704339;WS=50704321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr14	50732042	rs12432673	G	A	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=82;PP=2965;SC=CATAGGTCAGGACTGTATTTA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=100;TCR=82;TR=182;WE=50732050;WS=50732032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	50745123	rs10658363	A	ATTACTT	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=157;SC=TTCTCTCAGAATTACATTAGA;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=50745131;WS=50745113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	50750577	rs12433038	A	G	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=12;PP=1715;SC=AGAAAAGACAAGGATGGCTTA;SOR=3.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=50750585;WS=50750567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	50760030	rs12894758	C	T	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=91;PP=2786;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CACCTTGACCCCTAACTTATA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=32;TCR=92;TR=123;WE=50760038;WS=50760020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr14	50769717	rs2297995	G	A	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=142;PP=2965;SC=CGCCACCAACGATGACTATAT;SOR=1.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=244;WE=50769725;WS=50769707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	50769868	rs1962578	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=211;SC=GCGGCCGGTCGCAGTGGCTCA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=50769876;WS=50769858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	50778816	rs2275591	A	C	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.502;SC=ACCGGCGAAAAGCCCGCGGGC;SOR=0.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=135;TCR=109;TR=242;WE=50778824;WS=50778806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr14	50786004	rs12433794	A	G	10575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=214;PP=2965;SC=GGCTGTAGTGAAAAAGGGATG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=168;TCR=214;TR=382;WE=50786012;WS=50785994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr14	50788213	rs2275592	C	T	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=113;PP=2965;SC=CAAATGATGCCGTTTGGAAAA;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=148;TCR=113;TR=261;WE=50788221;WS=50788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr14	50789078	rs11357954	GT	G	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	50789101	rs10685266	A	AATAC	1666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=1658;SC=GGATCTCACTAATTTATCTTC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=30;WE=50789109;WS=50789091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	50789578	rs8017316	G	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=300;SC=TCCTGTGTTTGATATTTATTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=50789586;WS=50789568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	50792273	rs8003113	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=555;SC=AGTAAATTGAATTTATTTTTA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=50792281;WS=50792263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	50798743	rs4901016	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=22;PP=1518;SC=CATGCAGGCTGGAAACCCTGG;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=50798751;WS=50798733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	50799126	rs7161563	G	C	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=111;PP=2965;SC=GTCAGCCTTTGAGTAGGGTCC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=83;TCR=111;TR=194;WE=50799134;WS=50799116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	50799338	rs7141289	T	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=20;PP=1333;SC=ATTAAATAAATAGTTTCTAGA;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=50799346;WS=50799328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	50801102	rs7141402	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=902;SC=ACTGACCTCAGGTGATCTGCC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=50801110;WS=50801092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	50802727	rs7148089	A	C	7736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=99;PP=2965;SC=TCCATAGCTTAAATATTTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=156;TCR=99;TR=255;WE=50802735;WS=50802717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr14	50802840	rs7148292	A	G	7114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=144;PP=2965;SC=GATGAGGCCAACTGGTTGCCT;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=111;TCR=145;TR=254;WE=50802848;WS=50802830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	50808802	rs7142237	G	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=769;SC=GTTGTATCAAGAACTTTTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=50808810;WS=50808792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	50824839	rs11157737	G	A	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=59;PP=2516;SC=TCTTCTTCCAGTGCACACAAA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=50824847;WS=50824829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	50824954	rs11157738	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=67;PP=1856;SC=TTTTCACCTATGCTTGCTTCA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=50824962;WS=50824944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	50825033	rs11570816	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=694;SC=CCGGATTGCTTCCAGTGAAAT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=50825041;WS=50825023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	50828838	rs10137638	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	50844367	rs59930863	G	GA	2668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=37;PP=1920;SC=GGGGTGGGAGGAGCCCAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=42;WE=50844375;WS=50844357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	50844856	rs1890978	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=9;PP=1001;SC=TAGGAAAAGCAACTCAGTTCC;SOR=2.265;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=50844864;WS=50844846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	50845231	rs7151046	C	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=556;SC=AGGACACCTGCAGACAGTTCT;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=50845239;WS=50845221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	50857189	rs2015870	C	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=75;PP=2244;SC=TACAATTATTCTATTGTATTA;SOR=1.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=122;WE=50857197;WS=50857179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	50863716	rs10136595	C	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=454;SC=CCCGGCCGCCCTCCCGGCTGC;SOR=3.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=50863724;WS=50863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	50877491	rs1265878	C	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=787;SC=AGATGAGATGCGATCTCTCAT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=50877499;WS=50877481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	50923249	rs12881869	C	T	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=95;PP=2965;SC=ATTTCTGAAGCTGTCCGTTCA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=98;TCR=95;TR=192;WE=50923257;WS=50923239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	50929508	rs11624731	C	A	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=96;PP=2965;SC=TGCTAAAAGACAACAAAATGA;SOR=1.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=148;WE=50929516;WS=50929498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	50942047	rs12717408	C	T	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=68;SC=AAAAAATTTACTGGCACTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=50942055;WS=50942037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50949196	rs11364906	TA	T	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=190;SC=ACAGTCTACTTAAAAAAAATG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=50949204;WS=50949186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	50971446	rs7146431	C	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=21;PP=1531;SC=AAGACTTCTTCTGGGAAGAAG;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=76;WE=50971454;WS=50971436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	51057727	rs1060197	G	A	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GTGGATCTGAGCGAGAGACCA;SOR=0.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=195;WE=51057735;WS=51057717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr14	51058234	rs2934684	G	T	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=38;PP=2593;SC=TATCAATAATGTACTCTTCTT;SOR=1.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=132;WE=51058242;WS=51058224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	51060452	rs2291672	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=200;SC=AAGCATGTACATAAGAGAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=51060460;WS=51060442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51062236	rs3834518	TTC	T	2084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.95;ReadPosRankSum=0.477;SOR=2.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,69:0.96:72
chr14	51062455	rs10131107	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=51;PP=1495;SC=ATTTCATTGAGAAACCATTTT;SOR=3.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=51062463;WS=51062445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	51087263	rs11157759	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=0;PP=430;SC=ATTCTGTGGCATGGAGGACTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=51087271;WS=51087253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	51089727	rs3736307	G	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=TGAAACTTTTGTACTACTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=51089735;WS=51089717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	51096610	rs3080579	G	GTTCTT	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=13;PP=1087;SC=TATCTGTTCTGAAATGCTCAC;SOR=1.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=51096618;WS=51096600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	51097536	rs2934692	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=9;PP=953;SC=GCAAATTTCAGCTTTGTAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=51097544;WS=51097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	51107452	rs871643	T	C	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=32;PP=1945;SC=CAAATTTGTGTTGTAAATGTA;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=101;WE=51107460;WS=51107442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	51107737	rs4075253	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TACACCACCTGAAAGGTAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=51107745;WS=51107727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	51196142	rs2984274	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=372;SC=TGTGTGCCATTAGATTTAGGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=51196150;WS=51196132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	51202311	rs2295847	G	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=73;PP=2198;SC=TCTAATTCTTGTTCAAGGGAA;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=96;WE=51202319;WS=51202301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	51206021	rs3015485	A	G	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=63;PP=2936;SC=AGCTTCTCCAATTACCTTCTC;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=156;WE=51206029;WS=51206011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	51208236	rs76858548	T	TGTA	2171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=2;PP=1604;SC=ATAACCAAGTTGTCCTAAGAT;SOR=4.849;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=40;WE=51208244;WS=51208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	51223106	rs2295846	G	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=510;SC=TGCTCTCTTCGTGAAGACTAC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=51223114;WS=51223096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	51223789	rs2073347	C	T	10291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.609;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AACATTCAGCCCCTCATTTTC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=206;TCR=151;TR=355;WE=51223797;WS=51223779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr14	51224374	rs12882191	T	G	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CTGTAAAAACTGCTCTGTTTG;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=147;TCR=96;TR=241;WE=51224382;WS=51224364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr14	51224658	rs2073348	T	A	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=106;PP=2965;SC=TCTGAAGCATTGAGAGAGGAG;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=82;TCR=106;TR=188;WE=51224666;WS=51224648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	51225132	rs2073349	G	T	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=77;PP=2965;SC=GCAGCTCCTGGGCTTCCGCAC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=173;WE=51225140;WS=51225122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	51226439	rs12892462	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.92;NF=12;NR=1;PP=256;SC=GATCTCCTGACCTCGTGATCC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=51226447;WS=51226433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	51228682	rs6572694	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=810;SC=CAATAACACAGTGTGGCATCT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=51228690;WS=51228672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	51230431	rs150650334	CTT	C	1616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	51230445	rs117261593	T	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.59;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	51237701	rs17793018	A	G	7877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.91;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr14	51239067	rs8020503	C	G	5723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=88;PP=2965;SC=GCCAGGTGTCCAGTATTCTCT;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=200;WE=51239075;WS=51239057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	51245666	rs7143959	T	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1122;SC=AGTGTATCCATCTAGATGAGT;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=51245674;WS=51245656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	51290141	rs9672090	A	G	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=71;PP=2051;SC=GTGATCGTCCATACGGCAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=99;WE=51290149;WS=51290131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	51338875	rs11850408	A	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=662;SC=GTGGCGGCGTATCGGGACACG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=51338883;WS=51338865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	51347023	rs12889998	T	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=291;SC=CTTTTTGTGGTGTTAGATTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=51347031;WS=51347013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	51347107	rs2185300	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=20;PP=1033;SC=GGAGACTTTCGGCCTTTGGAA;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=51347115;WS=51347097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	51353493	rs7158183	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=180;SC=TTTGAACATATAGACACCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=51353501;WS=51353483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51355517	rs10144606	C	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=45;PP=1920;SC=TTACTGATTTCTTTCTTTCTT;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=110;WE=51355525;WS=51355507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	51382358	rs1890701	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=852;SC=GTTAGCTCTATGGAGGTGCCA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=51382366;WS=51382348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	51448413	rs10150121	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=805;SC=AGACCACCTGTTTGATTTCCT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=51448421;WS=51448404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	51475794	rs2297889	A	T	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=30;PP=1755;SC=ATGCAAGGACATACCTTTCAC;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=51475802;WS=51475784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	51475992	rs17123439	C	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=43;PP=1212;SC=AAATACACCACCACACTTGAA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=51476000;WS=51475982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	51492135	rs11268748	C	CCACACAGGTGTTTT	3042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=2900;SC=ACCAACAAGGCCAGCGAGACT;SOR=3.091;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=23;WE=51492143;WS=51492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	51710732	rs45564035	G	T	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=89;PP=2684;SC=TGCTGTTTGGGTTGATATATT;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=51710740;WS=51710722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	52165083	rs6572784	T	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=375;SC=TGATTTTCATTTTTAGTGTAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=52165091;WS=52165073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	52182081	rs731715	T	A	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=98;PP=2965;SC=GCTTGCCTTCTGCCCGGAAGC;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=143;TCR=98;TR=241;WE=52182089;WS=52182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr14	52186966	rs2277495	G	A	12530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=240;NR=219;PP=2965;SC=CCCGGGACACGGGGCCAGAAG;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=462;TCF=242;TCR=220;TR=459;WE=52186974;WS=52186956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr14	52294397	rs6572795	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=5;PP=1323;SC=ATTACACGCAGTGGAAAAGCA;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=52294405;WS=52294387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	52308314	rs10498437	G	A	8190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=0.939;SC=GAAGTCCACAGTAATATTTCA;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=140;TCR=156;TR=295;WE=52308322;WS=52308304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr14	52308447	rs17124603	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=45;PP=1281;SC=ATTGTGAAATAGACATGACTT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=52308455;WS=52308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	52383228	rs11322270	GA	G	2431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.448;NF=22;NR=42;PP=986;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AAATAATCCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=64;WE=52383237;WS=52383218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,106:0.95:112
chr14	52384018	rs75873876	A	C	5996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=74;PP=2965;SC=GAAGAGGGATAGGGAAGAAAC;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=133;TCR=74;TR=207;WE=52384026;WS=52384008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	52418655	rs3825601	G	A	8520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=123;PP=2965;SC=TCATCTGTGCGTTCCCAACAC;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=174;TCR=124;TR=297;WE=52418663;WS=52418645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr14	52478315	rs1051069	A	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=64;PP=2386;SC=GTTCCAGACCAGCACGGCTGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=52478323;WS=52478305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	52495375	rs7144352	C	T	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=72;PP=2965;SC=AAAACACTGACAGATTAAAGA;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=121;TCR=73;TR=191;WE=52495383;WS=52495365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	52495462	rs145004311	T	G	6979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GCCGGTCATCTGCAAACTCAT;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=119;TCR=137;TR=254;WE=52495470;WS=52495452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr14	52496387	rs2273430	C	A	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=83;PP=2698;SC=GCAAGGATTCCCCGGAGTGGG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=156;WE=52496395;WS=52496377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	52496407	rs2273431	C	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=78;PP=2584;SC=GGTCTGAATCCTCTGCATGAG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=147;WE=52496415;WS=52496397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	52505360	rs753051	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=4;PP=1006;SC=TACCTAGCACATAACACAGCA;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=52505368;WS=52505350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	52505375	rs753050	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=8;PP=1314;SC=ACAGCATGGCACTAGGTAACC;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=58;WE=52505383;WS=52505365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	52505589	rs17853446	G	A	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GTCTGGGGGCGTGCCTGCACA;SOR=0.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=121;TCR=141;TR=260;WE=52505597;WS=52505579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr14	52505771	rs2029978	TT	AG	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=34;PP=936;SC=TTTTCTGCAGTTTTTTTCATC;SOR=2.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=52505780;WS=52505761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	52505811	rs2029976	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=579;SC=CCTTGGGAACCTCCTGAGTTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=52505819;WS=52505801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	52507429	rs3742536	A	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=55;PP=2269;SC=AAATTTGCTGAGACGTAAGGC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=52507437;WS=52507419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	52509101	rs1982963	G	A	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=102;PP=2965;SC=AGGCTTGGACGTCATCCTGGC;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=57;TCR=102;TR=159;WE=52509109;WS=52509091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	52509483	rs56834750	TG	CA	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=41;PP=2947;SC=CAGGAGTTCCTGGCCCCAGTC;SOR=1.274;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=110;WE=52509492;WS=52509473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	52520368	rs2101919	C	T	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TGTAGTGTGACCTGAAGCAGG;SOR=0.349;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=198;WE=52520376;WS=52520358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr14	52520853	rs904059	A	G	6760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=127;PP=2965;SC=CATTCACATCATAGTAATCCA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=245;WE=52520861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	52534997	rs7151874	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=23;PP=587;SC=CCTTCCCCACTGGCCAGGGAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=52535005;WS=52534987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	52535387	rs984051	A	C	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=25;PP=2357;SC=GGGCTCCAGGAGTGGGGTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=83;TCR=25;TR=108;WE=52535395;WS=52535363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	52535415	rs984050	G	A	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=66;PP=2965;SC=CCCTCTGGAGGCAGGGTTTCC;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=120;TCR=66;TR=186;WE=52535423;WS=52535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	52535648	rs3920038	G	T	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=99;PP=2909;SC=CATTAGCAACGGCAGCAGCAG;SOR=1.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=45;TCR=99;TR=144;WE=52535656;WS=52535638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	52536512	rs1497082	T	C	9745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=165;PP=2965;SC=GACCATGAAATACTACTGTGT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=182;TCR=166;TR=347;WE=52536520;WS=52536502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr14	52781195	rs1254598	G	A	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=15;PP=1311;SC=GGAACGCTCCGGCTCTCAGAC;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=52781203;WS=52781185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	52794234	rs708502	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=41;PP=1213;SC=AAATTGTTCCTTGGAGAAATG;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=52794242;WS=52794224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	53004157	rs10150229	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=493;SC=GTTAAAGTACTGAGAGGTTAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=53004165;WS=53004147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	53019944	rs147785041	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=5;PP=560;SC=CGGCGGGGGCAGCGGAGGCGG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=53019952;WS=53019934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	53197042	rs2277493	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=546;SC=CTGGGACCCTGTAGTCTGCGT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=53197050;WS=53197036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	53325090	rs6572868	C	T	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=32;PP=2965;SC=AAACAGTATTCCTATTCACAC;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=106;TCR=32;TR=138;WE=53325098;WS=53325080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	53326454	rs3818453	C	A	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=81;PP=2440;SC=AAGAAAAGAACGGTTAAAAAC;SOR=2.100;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=29;TCR=83;TR=110;WE=53326462;WS=53326444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	53345266	rs2357946	G	C	6414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=80;PP=2965;SC=ACCCTTTACCGGAATAAGTCC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=134;TCR=81;TR=213;WE=53345274;WS=53345256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	53345378	rs2357947	G	A	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=96;PP=2965;SC=TGGCCTGCTCGTAAAGCTGAT;SOR=1.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=49;TCR=96;TR=145;WE=53345386;WS=53345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	53386172	rs5808695	A	ATAAT	85.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=28.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	53513478	rs10599915	AAG	A	5124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=27;PP=2969;SC=CATGTCCTTCAAGAGAGTTCA;SOR=2.133;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=91;WE=53513487;WS=53513468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	53518551	rs78491021	AT	A	1621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=14;PP=1375;SC=TATTCCTGACATATACCATAC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=53518559;WS=53518541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	53522324	rs5808701	T	TA	2029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=6;PP=1863;SC=CCCCCAAACTTATGTCTAGGA;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=41;WE=53522332;WS=53522314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	53525392	rs915436	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=34;PP=983;SC=GAAGTGTTATCTTTCAACAAA;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=53525400;WS=53525382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	53529669	rs4898778	A	T	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=64;PP=2965;SC=ACCGTCGTTTAGTTATATAGA;SOR=1.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=147;TCR=64;TR=211;WE=53529677;WS=53529659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	53539471	rs875663	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=688;SC=AGTCTCTGTTACAGGAAAGTA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=53539479;WS=53539461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	53619463	rs2358188	G	A	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=77;PP=2965;SC=GCTGCGGCGGGTGCAGCGACA;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=139;WE=53619471;WS=53619453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	53619480	rs140904345	T	TGCCGCC	5288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=43;PP=2947;SC=GACAAGGAGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.730;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=70;WE=53619488;WS=53619470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	53619544	rs2358189	G	A	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=99;PP=2965;SC=CGGCGGAGCTGAAGTCATAGT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=207;WE=53619552;WS=53619534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	54417522	rs17563	A	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=48;PP=2095;SC=AGAGGAGATCACCTCGTTCTC;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=119;WE=54417530;WS=54417512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	54418986	rs2761880	T	C	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=110;PP=2965;SC=AAAGAATAAATAAACACCAAT;SOR=2.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=29;TCR=110;TR=139;WE=54418994;WS=54418976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	54863577	rs2235961	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=25;PP=1500;SC=CTAGGAACCAGTCAGCGATTA;SOR=1.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=54863585;WS=54863567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	54869027	rs35529322	C	CGT,CGTGT	577.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,13,8:0.54,0.33:24
chr14	54875276	rs4251623	C	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=81;SC=AGAATCCTTGCTTAGGATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=54875284;WS=54875266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	54875514	rs2179896	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=18;PP=691;SC=ACAGGTAGGTATAATATCACG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=54875522;WS=54875504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	54875607	rs4251626	AA	GC	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	55034879	rs3742558	T	C	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=318;SC=CAACCCCCGCTCCTCCCTCCG;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=55034887;WS=55034869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	55154053	rs11626473	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=52;PP=1909;SC=CTTGGCATCTCGGGGAGGACC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=111;WE=55154061;WS=55154043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	55168673	rs1022754	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=0;PP=776;SC=AAATATAGCCAGACTATGTAG;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=55168681;WS=55168663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	55203703	rs10133272	G	T	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=23;PP=2036;SC=CAGGATAAAGGGGGGGGAATA;SOR=2.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=79;TCR=23;TR=102;WE=55203711;WS=55203693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	55218435	rs2295822	A	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=906;SC=TGCTTCTTTGAAAGCTGATGC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=55218443;WS=55218425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	55221345	rs911612	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=213;SC=TGACGGCACCGGTGGCAGACT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=55221353;WS=55221342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	55241558	.	GA	AC	1048	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=59.75;NF=34;NR=13;PP=1048;QD=23.4354866992;SC=AAAAAATGAGGAGACCTCCAA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=47;WE=55241567;WS=55241548;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,47:0.71:66
chr14	55255673	rs11431	C	T	10968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=206;PP=2965;SC=AAGCTGAAGACGAGAGTGACC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=396;TCF=190;TCR=206;TR=395;WE=55255681;WS=55255663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr14	55310492	rs841	G	A	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=63;PP=2068;SC=TTTTGTGCACGTACTTACACT;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=55310500;WS=55310482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	55344901	rs28477407	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=23;PP=965;SC=GGAGTTCCCTCTGAACCCATA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=55344909;WS=55344891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	55493350	rs1187878	T	C	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=17;PP=2609;SC=GAGTCATTTTTAGCTGACTGC;SOR=3.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=85;TCR=17;TR=102;WE=55493358;WS=55493340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	55493408	rs1201378	T	C	8358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=116;PP=2965;SC=ACCTAAAACGTTGTTTCTCAA;SOR=1.175;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=175;TCR=117;TR=291;WE=55493416;WS=55493398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr14	55612006	.	TAA	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	55902542	rs7149317	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=15;PP=694;SC=CTAATTATTGGAAGGAATACT;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=35;WE=55902550;WS=55902532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	55907025	rs8020152	T	A	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=89;NR=43;PP=2705;SC=ATGGTCGCTATGAGTTTTAAG;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=132;WE=55907033;WS=55907015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	55907172	rs8019270	C	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=64;PP=2058;SC=CTCCATGGACCGTAATCCCAC;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=110;WE=55907180;WS=55907162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	56083119	rs2274072	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=0;PP=533;SC=AGAGCGTTATATGTCAGACTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=56083127;WS=56083116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	56100160	rs10135907	G	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=434;SC=AGACTTTTGTGTTTTTACATT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=56100168;WS=56100150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	56103882	rs10483647	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=540;SC=AGGCAAAGAAAGAGACCTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=56103890;WS=56103872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	56108033	rs2341890	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=394;SC=CTCTGAAACAGTGTTTCTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=56108041;WS=56108023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	56126456	rs7160678	C	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=30;PP=1045;SC=TTTATAAAGTCGTAACTATTT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=56126464;WS=56126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	56142480	rs3736877	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=368;SC=TTCATTCTTCAGTCCTAGAGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=56142488;WS=56142470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	56167983	.	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr14	56645265	rs17762499	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=510;SC=TCTTTCCTTTCGTCTTTTCAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=56645273;WS=56645255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	56755425	rs34574403	C	CA	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=220;SC=TTAATTGGAGCAAAAAAAAAT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=56755433;WS=56755415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	56763990	rs151133207	CAG	C	2272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=1815;SC=AGGAGGGTGACAGGGGCTGGA;SOR=2.670;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=41;WE=56763999;WS=56763980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	56958173	rs1889382	C	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=373;SC=CCCTCAGGCCCATGTCTGTTC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=56958181;WS=56958163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	56958328	rs12894026	G	A	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=43;PP=1716;SC=CAGTTTCAGCGCCACATCGGG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=56958336;WS=56958318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	57046829	rs2275025	C	A	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=42;PP=1225;SC=CTGTCCCTCTCCCCTGGTCCC;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=57046837;WS=57046819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	57052511	rs3737171	G	T	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=82;PP=2965;SC=CTTTGTTCACGCTGGTGGCTA;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=199;WE=57052519;WS=57052501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	57070501	rs10782433	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=34;PP=2232;SC=TTTTTGTTGGAAAAGAAGATT;SOR=1.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=108;WE=57070509;WS=57070491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	57072203	rs3818777	T	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=168;SC=GAATGCTTGGTTTTAATATAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=57072211;WS=57072193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	57092038	rs2274706	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=9;PP=1439;SC=ATTACTTGATAAACTTGATTC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=57092046;WS=57092028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	57099859	rs1041316	G	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=53;PP=1583;SC=CTTACAAAAAGTATCTATAAC;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=57099867;WS=57099842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	57101682	rs913742	A	G	9872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=175;PP=2965;SC=TGACTATTCTACATTTTTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=183;TCR=175;TR=357;WE=57101690;WS=57101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	57116979	rs1958530	A	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=114;SC=TTCGGCCTGAAGAGCCAGTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=57116987;WS=57116969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	57271127	rs2277499	G	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=30;PP=825;SC=GTTTCCGCGGGTTCTCCGACG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=57271135;WS=57271117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	57676823	rs200089845	CT	C	1660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=955;SC=ATCTAACTTACTCTATGTTTA;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=57676831;WS=57676813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	57866398	.	A	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=117;SC=TATAGCTAAAATTTTTCCCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=57866406;WS=57866389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	57866623	rs2152360	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.70;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	57876265	rs11620639	G	A	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=85;NR=135;PP=2965;SC=ACTATCATCCGCACAGAATCG;SOR=1.243;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=85;TCR=135;TR=220;WE=57876273;WS=57876255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	57938260	rs1152530	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=34;PP=1057;SC=CCAGGGACAGTAGTTATTCAC;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=57938268;WS=57938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	57945689	rs1152525	G	A	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=26;PP=2562;SC=TTTGGCCCACGGCACAGCGAT;SOR=2.574;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=93;TCR=27;TR=119;WE=57945697;WS=57945679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	57957654	rs1203339	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	57957664	rs1203338	T	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.85;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	58056257	rs1190313	G	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=24;PP=646;SC=GAATACAAATGTGAGGAAAGC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=58056265;WS=58056247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	58063689	rs75538780	G	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=431;SC=ACGTATTCAGGGGTTGGGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=58063697;WS=58063679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	58471699	rs727203	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=19;PP=949;SC=GTGTGCTTTATTAAGTAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=58471707;WS=58471689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	58478873	rs3837616	GA	G	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=91;SC=TTCTCACTAGGAAAAAAATAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=58478881;WS=58478863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	58758279	rs149972156	TAC	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr14	58831142	rs1051858	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=27;PP=1062;SC=AATGGAAAAAACAGAAGAAGT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=58831150;WS=58831132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	58869510	rs7153357	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=300;SC=TTGTGAGTTATGACAGCTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=58869518;WS=58869500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	58907825	.	AT	A	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=29;QD=23.0;SC=AATATATACAATTTTTTTTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=58907833;WS=58907815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	58917225	rs1748970	C	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=446;SC=AAAGTATAGGCAAGAGTAATA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=58917233;WS=58917215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	58917454	rs1748971	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=51;PP=1469;SC=TGGAAGTGTCGTGTCACAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=58917462;WS=58917444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	58920240	rs1748975	A	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=541;SC=GAGTTTTGTTAAGATTTTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=58920248;WS=58920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	58923395	rs1743721	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=571;SC=ATCTTCTGTAGCGTTGAAACT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=58923403;WS=58923385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	58926527	rs1748980	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	58932772	rs1743716	A	G	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=978;SC=AATATGTGGGATGGATTTTAT;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=58932780;WS=58932762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	58934371	rs1632390	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=259;SC=TGAGAATATAGCCATTAAGAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=58934379;WS=58934361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	58937416	rs1748986	T	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=57;PP=1899;SC=GAAGCATCTCTTCCTCCTGTG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=58937424;WS=58937406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	58953617	rs1743702	T	C	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	58953746	rs1617510	C	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	58954588	rs5808973	T	TA	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.228;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.458;NF=14;NR=13;PP=564;ReadPosRankSum=1.349;SC=TCTGTCCTTTTAAAAAAAAAC;SOR=1.151;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=27;WE=58954596;WS=58954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr14	59730422	rs67718668	AAGG	A	1345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=25;PP=1250;SC=GGAGCCAGAGAAGGAGAAGAG;SOR=2.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=59730432;WS=59730412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	59730453	rs1253006	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=445;SC=GAATGAGTTGGTTTGGTTTGA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=59730461;WS=59730443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	59789586	rs8021976	A	G	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=35;PP=1626;SC=GCACTTAAGCATGGTGCATTT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=59789594;WS=59789576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	59814502	rs941886	C	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=415;SC=AACTTAATGACCTTATTCTCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=59814510;WS=59814492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	59931931	rs1752428	T	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	59939727	rs8660	T	C	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=67;PP=2720;SC=TCATCTTCTATTATAAAGCTT;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=153;WE=59939735;WS=59939717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	59942953	rs10634233	T	TCAAC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=89;SC=CAAAAAAAGATCACATGCAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=59942961;WS=59942943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	59946099	rs1752436	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=56;PP=1442;SC=GGAAAGAAGATGTGTTTGTTA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=59946107;WS=59946089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	59978366	rs10635523	A	ATG	3105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=21;PP=1858;SC=TTCCACCCTGATGCGTGCATG;SOR=1.117;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=37;WE=59978374;WS=59978356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	59993855	rs17834184	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	60004844	rs4261431	C	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	60030295	.	AACC	A	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=44;QD=47.764837301;SC=CTGAAGAGGAAACCACAATTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=60030305;WS=60030285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	60032046	rs1980579	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=541;SC=TAAGAAAGGAATAGTCTGTGT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=60032054;WS=60032036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	60034840	rs982862	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=401;SC=TCTCCTACAAGCCATCTTCAC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=60034848;WS=60034830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	60034964	rs17834244	C	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	60043422	rs4898996	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=9;PP=305;SC=GGGAGGGGCCAGTGGAGACGG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=60043430;WS=60043412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	60063472	rs6573275	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=35;PP=1125;SC=TTTACTCAGCATGCCTCTTAG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=60063480;WS=60063462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	60071972	rs1950787	T	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=848;SC=CTTCTGACTCTAGAATATAAT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=60071980;WS=60071962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	60072023	rs1950786	G	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=20;PP=1362;SC=GCAGTTTACAGTATTACACCT;SOR=1.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=60072031;WS=60072013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	60444652	rs219328	A	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=72;SC=GAGTTTGTTAATTATTAAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=60444660;WS=60444642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	60451770	rs219341	G	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=134;SC=ACTTCAGTTTGATGTAGAATG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=60451778;WS=60451760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60451816	rs219342	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=8;PP=298;SC=ATTTTATTTTGCTTCAGAGTC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=60451824;WS=60451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	60468661	rs219369	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=471;SC=CCTTTTTTCACTGTATTTTTT;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=60468669;WS=60468651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	60483598	rs219388	C	T	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=124;SC=ATACAACTTACCTAAATATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60483606;WS=60483588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	60484931	rs219391	C	T	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=171;SC=TTCAGCCGATCATTTAACCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=60484939;WS=60484921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60485240	rs219392	G	A	43.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	60498876	rs219409	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=167;SC=TAGTTTTATGCTTCTGTATGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=60498884;WS=60498866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	60519920	rs95425	C	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;PP=1099;SC=CAAAGAAAAACTCGGTAATAA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=60519928;WS=60519910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	60574539	rs12465	A	G	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=74;PP=2965;SC=GAACACTTTTATACCAGTTAG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=148;WE=60574547;WS=60574529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	60581673	rs35459418	CT	C	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr14	60581863	rs219314	G	A	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=39;PP=1802;SC=CCAGTGGTCCGGAAAAACATT;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=60581871;WS=60581853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	60581935	rs150687	C	T	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=42;PP=1687;SC=TAGAAACTAGCTTGCTTCATC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=60581943;WS=60581925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	60582053	rs150688	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=25;PP=900;SC=AATTCAAAGCGTATATATCAT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=60582061;WS=60582043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	60616886	rs34583017	C	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=24.89;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	60712515	rs8018093	G	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=842;SC=CCAGGGTAGGGGGCACACCCT;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=60712523;WS=60712505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	60750349	rs4899009	C	A	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=130;SC=AATTCTGAAACCAGTTTTTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60750357;WS=60750339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	60750365	rs8012816	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=TTTGGCACAACTGTAGGATAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=60750373;WS=60750355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60752196	.	A	ATGCG	158	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=64.19;NF=4;NR=0;PP=158;QD=50.25;SC=ACACGCACGCATGCGTGCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=60752204;WS=60752189;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr14	60921673	rs1262175	T	C	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=54;SC=ACTCAAAGTTTCACAGCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=60921681;WS=60921663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	60923783	rs11625921	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=407;SC=TCATTTTCTACTGACTTCCCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=60923791;WS=60923773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	60928201	rs1956549	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=264;SC=AGAGATTAAAGCATTTTCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=60928209;WS=60928191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	60932569	rs10529202	AACACACACACACACACACACAC	A	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.73;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	60935281	rs12878738	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	60944959	rs11845369	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=138;SC=ACATTCTTACACACCATGTCC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=60944967;WS=60944949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60945203	rs11158285	G	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=106;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=2;PP=71;SC=AAAGAGAAACGAATCTTTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=60945211;WS=60945193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	60975956	rs1956558	T	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	60976537	rs33912345	C	A	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=134;PP=2965;SC=GCGCACGCGGCACCTGCTACG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=280;WE=60976545;WS=60976527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr14	60978071	rs1061108	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=32;PP=920;SC=TCCAGCGCCACAGAAGCCAGG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=60978079;WS=60978061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	61118783	rs4899014	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=550;SC=CCTCGGAGGCCGTGACTGGGC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=61118791;WS=61118773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	61124940	rs10143202	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=80;PP=2616;SC=ATTCATGGACATATTTAAAGG;SOR=1.100;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=141;WE=61124948;WS=61124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	61180657	rs3742636	T	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=40;PP=1914;SC=GGCCAGTGGATGCAGGCCACT;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=61180665;WS=61180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	61278684	rs2020892	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	61285352	rs973063	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=208;SC=TGAAATGCTTATGGAAAAGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=61285360;WS=61285342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	61445967	rs7142228	A	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=51;NR=32;PP=1564;SC=TGTTTGAAAGACAGCTGATGA;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=83;WE=61445975;WS=61445957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	61448510	rs2296924	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=499;SC=GGGAGGGAAAATAATAAACAT;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=61448518;WS=61448500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	61449167	rs2296923	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=640;SC=GGAATTTCTTTACGAAATTTT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=61449175;WS=61449157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	61449328	rs976272	T	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=41;PP=1357;SC=AGCTTATGTTTTGGCTAATAC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=61449336;WS=61449318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	61451329	rs2182985	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=244;SC=ACATAATTCTGCTACTCAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=61451337;WS=61451319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	61451589	rs2149303	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=321;SC=ACATATAGAACTGGATGTCTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=61451597;WS=61451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	61453739	rs33922839	C	CT	2176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=16;PP=1501;SC=ATCTGTTTCTCTTCTTTTTTC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=35;WE=61453747;WS=61453729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	61497058	rs1465147	T	C	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	61497147	rs1465146	A	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=231;SC=TAGGAACACTATTTATTCTTT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=61497155;WS=61497137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	61497285	rs1465145	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=389;SC=TGTATTAATTTGATAAATATG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=61497293;WS=61497275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	61509924	rs2296921	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	61643045	rs4902033	C	A	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=99;PP=2965;SC=AATTTCCCCCCTCAATACACA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=189;WE=61643053;WS=61643035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	61747644	rs3196765	A	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=61;PP=2347;SC=CCGAGCAGTTACCGGTGCCCG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=124;WE=61747652;WS=61747634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	61789318	rs1886466	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=262;SC=TCTTCGTCCACGTGGCCGCGG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=61789326;WS=61789308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	61915751	rs2296273	G	A	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=804;SC=AAGGATGGGCGCACCAGCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=61915759;WS=61915741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	61924092	rs146597366	GGT	G	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr14	61952429	rs1536016	T	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=90;PP=2838;SC=CCTCTCCTGGTATGATCCATC;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=143;WE=61952437;WS=61952419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	61997226	rs1088680	C	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=16;PP=784;SC=AGGCAGAGAACGAAGATGACC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=61997234;WS=61997216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	61997393	rs1088679	T	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=424;SC=TTTTCAGTACTTCCCACCAGT;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=61997401;WS=61997383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	62037297	rs798792	C	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=0;PP=200;SC=TCCTGAACAGCATCCAGTTTG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=62037305;WS=62037287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	62205175	rs10138153	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=304;SC=TTCAAACACTTATTTGAACCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=62205183;WS=62205165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	62208005	rs4902080	T	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=174;SC=AACTTTCTGATATATATGCCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=62208013;WS=62207995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	62212675	rs4902082	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=201;SC=GGCGCGGTGGCTCACACCTGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=62212683;WS=62212665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	62213848	rs2057482	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=768;SC=TGGTGGCTCATTACCTAAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=62213856;WS=62213838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	62213929	rs5809121	A	AT	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=376;SC=GGTTAGTTCAATTTTGATCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=62213937;WS=62213919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	62233806	rs1254677	A	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=8;PP=186;SC=CAAGTACCATATTTTTATAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=62233814;WS=62233796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	62462766	rs8019076	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=14;PP=851;SC=TCTCAGGATGTTCAGAACTTC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=62462774;WS=62462756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	62463303	rs61743836	G	A	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.93;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	62463311	rs62639692	A	G	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	62546001	rs1892051	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=0;PP=271;SC=TGCATGCTCACAGGAAAGGAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=62546009;WS=62545991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	62546256	rs2353777	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=649;SC=TAAGGAAATACGAACCCAGAG;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=62546264;WS=62546246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	62547469	rs7148330	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=141;SC=GGATTCTGAAGGAGCACAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=62547477;WS=62547459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	63174616	rs7161127	T	C	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=67;PP=2836;SC=AATCTGTTTTTCTTAGTGGGT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=138;WE=63174624;WS=63174606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	63174960	rs4902176	C	T	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=55;PP=2260;SC=GTGATGGAGGCTCCATTCTGT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=63174968;WS=63174950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	63468298	rs41285468	A	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=361;SC=TCAACACCAAAACAACAGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=63468306;WS=63468288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	63779846	rs5809192	G	GA	2224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=42;PP=1806;SC=CCCATAGATAGAAACAGAGAA;SOR=2.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=42;WE=63779854;WS=63779836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	63784407	rs11382440	A	AG	3434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.205;NF=32;NR=28;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GGTGATCCGAAGCCCCTGCAG;SOR=1.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=60;WE=63784416;WS=63784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr14	64421392	rs1255874	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=891;SC=GGGGTGTTACGTTCTTTTTAA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=64421400;WS=64421382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	64423187	rs2792201	C	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=40;PP=1497;SC=CAACTCTCTTCAGCTGATGTG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=64423195;WS=64423177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	64428154	rs1255884	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=315;SC=CCTGTGAACCAAATGGCAGAG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=64428162;WS=64428144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	64476680	rs7146588	T	A	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=104;SC=TTTTCTATTCTTAGTCTTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=64476688;WS=64476670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64494278	rs10151127	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=577;SC=GCTCATAGAACTAAAGAAGAA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=64494286;WS=64494268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	64496763	rs11850509	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=849;SC=TGAGGAAAAATTGCAGAAACT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=64496771;WS=64496753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	64496872	rs3866737	G	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=120;SC=AGAAATTCCAGTGGTATTCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=64496880;WS=64496862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	64498037	rs4027405	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=55;PP=1922;SC=GGAATCAGCTGCAGTGGAAAA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=64498045;WS=64498027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	64519035	rs1890908	A	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=60;PP=2104;SC=CTATGAGGGCAGTGATTTAAA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=64519043;WS=64519025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	64520020	rs11847087	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=10;PP=606;SC=GCAGAAGAAAATGATAAGTTA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=64520028;WS=64520010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	64522550	rs10676670	T	TAATAA	46.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;QD=23.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	64523043	rs35787394	TA	T	283.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=197;SC=AAGATATAATTAAACTATATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64523051;WS=64523033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	64532414	rs8017952	T	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=36;PP=963;SC=TAACATGTTATTTAAATTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=64532422;WS=64532404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	64537657	rs1255964	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=371;SC=TATTAAGGACGTGTGCTTGAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=64537665;WS=64537647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	64542872	rs1255960	G	A	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=142;SC=ATGACTATCAGGAGGAAAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64542880;WS=64542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	64548132	rs17101624	C	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1046;SC=AGGCATCTGACTAAGTTTGGT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=64548140;WS=64548122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	64554266	rs72720309	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=222;SC=TTTCATTATCGAACTAGAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=64554274;WS=64554256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	64554517	rs17101637	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=16;PP=624;SC=GTAATCAAGTAACAGCTTTAC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=64554525;WS=64554507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	64556271	rs72720312	T	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=156;SC=ATTGCATCAGTGTGTTCTTCT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=64556279;WS=64556261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	64557567	rs10137916	C	T	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=696;SC=GTAACATGCTCCTCTTATATA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=64557575;WS=64557557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	64557734	rs10137972	A	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=31;PP=967;SC=ACTATTGGAAAATGTGACTCA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=64557742;WS=64557724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	64564527	rs8007972	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=140;SC=GGAGCTATACCGTACCAGAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=64564535;WS=64564517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64565675	rs67360116	A	C	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=111;SC=TGATTGAAGTAGTTCTCTTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64565683;WS=64565665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	64591968	rs9323446	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=40;PP=1201;SC=ATTGTAATAACATAAACAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=64591976;WS=64591958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	64598936	rs45472593	G	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=107;SC=GTTTTTAAGAGTTTTCACAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=64598944;WS=64598926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	64601042	rs11158531	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	64612858	rs10151658	C	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=29;PP=1326;SC=GAACAACTGGCTGGAAGCACA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=64612866;WS=64612848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	64633984	rs17179194	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=31;PP=1439;SC=CCAATCACCTGATATTGAACA;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=64633992;WS=64633974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	64655161	rs1255986	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=484;SC=AGGTTGAGTGCGGAGAGCTAC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=64655169;WS=64655151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	64656855	rs2256191	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=57;PP=2100;SC=GGGTGACCAGTTGATCAAGGC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=64656863;WS=64656845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	64657684	rs1255988	C	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1400;SC=TACAGCGAACCGTCACTTGGC;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=64657692;WS=64657674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	64674981	rs1152595	T	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=142;SC=GCTGTGGGCATCCACACTGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64674989;WS=64674971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	64676098	rs1152592	A	G	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=26;PP=1246;SC=GTGCAAAAGCACAGGCTTGGA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=64676106;WS=64676088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	64680848	rs1152591	A	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=8;PP=1009;SC=CAGACTTCTCATGCTCTTCTA;SOR=2.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=50;WE=64680856;WS=64680838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	64681193	rs1152590	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=293;SC=TGTCAGGTAACAGCTGGGTTC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=64681201;WS=64681183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	64685212	rs45453691	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=32;PP=1127;SC=ACTGGCCGGTATCACAGAGCA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=64685220;WS=64685202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	64686207	rs915057	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=318;SC=AGCAGATCCCATGTATTCGTG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=64686215;WS=64686197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	64688175	rs1152588	G	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=814;SC=CTCGTATTCAGTGGGTAAGGC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=64688183;WS=64688165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	64689831	rs150499329	C	CT	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=375;SC=TTTTCTGGTACTGAGAAAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=64689839;WS=64689821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	64691320	rs8020646	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=272;SC=TAAAGTCACTAAGATGAGGGA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=64691328;WS=64691310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	64694082	rs8018687	T	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=173;SC=ATCAAATTGTTGGATTGATAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=64694090;WS=64694072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	64694195	rs928554	C	T	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=35;PP=1975;SC=CAGAGGGAAACTGAAGTGAAA;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=64694203;WS=64694185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	64746933	rs34967796	G	GA	160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=6;PP=118;SC=GGCTTTCTAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=64746941;WS=64746923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64805001	rs1256120	A	G	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=75;PP=2762;SC=CCAGCTCGGCAGGGCCTGAAA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=154;WE=64805009;WS=64804991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	64814311	rs1256112	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=618;ReadPosRankSum=-1.035;SC=ACTGAGCTGTCTCTGAAGTTT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=36;WE=64814319;WS=64814301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr14	64855041	rs1076991	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=38;PP=1307;SC=TGTGATCCCCTGGCCAGTCCC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=64855049;WS=64855031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	64882380	rs1950902	A	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=36;PP=1710;SC=AATGCTGGGAAACTTGCTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=64882388;WS=64882370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	64908845	rs2236225	G	A	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=71;PP=2965;SC=ATTGCAGACCGGATCGCACTC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=161;WE=64908853;WS=64908835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	64909151	rs2236224	G	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=821;SC=TCTGATTATCGGCAGTGTGCT;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=64909159;WS=64909141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	64911627	rs1256143	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=239;SC=AGGGAAGATGTACCTCACAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=64911635;WS=64911617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	64926433	rs75480958	GTGCT	G	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=74;SC=AAACATTTCAGTGCTTGCTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=64926444;WS=64926423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	64935720	rs1256149	C	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=87;PP=2965;SC=AGCAATAGCACAACTTCTGGA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=156;WE=64935728;WS=64935710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	64988114	rs10624421	C	CAA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=910;SC=ATTGTAATAGCAGTCATGCAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=64988122;WS=64988104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	65008251	rs1063391	C	T	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=97;PP=2965;SC=CGGCCGGCGACACCCACCTGG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=210;WE=65008259;WS=65008241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	65009534	rs35270454	C	CT	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	65016702	rs7156953	T	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=54;PP=2679;SC=CCGTATGGCTTCCAGGGCGAG;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=147;WE=65016710;WS=65016680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	65028728	rs2038271	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=352;SC=ATATGAATTTCTTTCCTGTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=65028736;WS=65028718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	65031534	rs6573560	C	T	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=77;PP=2965;SC=TTTGCAGAAACTGATGGTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=65031542;WS=65031524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	65031572	rs4902293	A	G	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=88;PP=2842;SC=TAACTTCCCAATCATGCCAGA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=155;WE=65031580;WS=65031562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	65032226	rs8007313	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=46;PP=2120;SC=CATACATACACATATCCATAC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=65032234;WS=65032216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	65068221	rs11158545	C	A	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;SC=TTCGAATCCACCATTTCTGCG;SOR=1.123;Source=Platypus;TCF=57;WE=65068229;WS=65068211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	65068330	rs372346293	CTG	C	3563.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=30;PP=1789;SC=CAATTCCTATCTGTCAGTTCC;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=37;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	65068333	.	T	C	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.63;QD=45.21;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	65068336	rs369006858	G	A	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.03;QD=45.78;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	65068341	rs377267839	TTCTC	T	3542.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=2025;SC=TGTCAGTTCCTTCTCGGCATT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	65068346	.	G	A	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=31;PP=1077;SC=GTTCCTTCTCGGCATTTCTTT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=56;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	65289978	rs179338	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=23;SC=GCAGAACGCCATGTCATCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=65289986;WS=65289968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	65801811	rs12881755	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=32;PP=1093;SC=AATGTAGGTAAGAAAGGTGCT;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=65801819;WS=65801801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	65878807	rs1953416	C	T	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=60.06;NF=84;NR=76;PP=2816;SC=CTGTCGCAGCCGCGGGTCGGG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=65878815;WS=65878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	66028446	rs2229677	A	G	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCTTAAAACAACAGAATGAAG;SOR=0.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=104;WE=66028454;WS=66028436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr14	66028505	rs3825639	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1038;SC=AAATACTGAATGAAGAATGAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=66028513;WS=66028495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	66082573	rs8012278	A	G	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=238;SC=ATTTGGTACTACTTTTGTGCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=66082581;WS=66082563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	66209190	rs1054218	C	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=516;SC=CAAACCATTTCAGCCAAACTG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=66209198;WS=66209180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	66424605	rs7141711	C	A	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=61;PP=2076;SC=GTGAGCTTTTCAAATGAGAAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=66424613;WS=66424595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	66424770	rs12880953	T	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=147;SC=GAGGTTCCTCTCCTCTCTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=66424778;WS=66424760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	66455502	rs17827111	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TAGAAAAATAATAAAGGCGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=66455510;WS=66455492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	67790332	.	AAT	A	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=30;QD=17.5;SC=CCCTTAATCTAATATATATAT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=67790341;WS=67790322;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr14	67819567	rs10718799	CA	C	217.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	68022410	rs3742868	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=548;SC=CTGACACTCTCGAGCCACTTG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=68022418;WS=68022400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	68029313	rs2236235	G	A	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=38;PP=1666;SC=GGCACCCCGCGGGACAGCATC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=68029321;WS=68029303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	68035879	rs3825725	A	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=40;PP=1694;SC=TGCTGTGGCCACATCGGGCAT;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=92;WE=68035887;WS=68035869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	68038697	rs2236234	C	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=310;SC=TGAACATGGGCGTCCCCACTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=68038705;WS=68038687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	68038729	rs2236233	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=193;SC=GTGACCCCCCAGCAGCTCCAC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=68038737;WS=68038719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	68039027	rs2236231	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=1415;SC=GCAGGGTGGAAGCAGAATGCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=68039035;WS=68039017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	68040389	rs11625701	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=566;SC=TCACCCATCATAACACAGCCA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=68040397;WS=68040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	68042255	rs4902490	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=807;SC=CTGCCACTCTATGTCCTGATG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=68042263;WS=68042245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	68042496	rs4902491	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=524;SC=AGACTCCCTCATCCCCCACTG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=68042504;WS=68042486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	68044005	rs4902492	C	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=35;PP=1347;SC=TCTCTGGTTCCGTGCTTTGGG;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=68044013;WS=68043995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	68045753	rs7152499	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=607;SC=CTGCCCCAGCTACAGTTTTGG;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=27;WE=68045761;WS=68045743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	68045840	rs10635755	C	CTTCT	5066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=26;PP=2260;SC=TCCCCTCTTCCGTCTTTTTAG;SOR=1.089;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=55;WE=68045848;WS=68045830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	68045935	rs6573781	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=44;PP=1475;SC=CCAGGCCATCGCGCATGGAAG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=68045943;WS=68045925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	68053977	rs6573783	A	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=68;PP=2585;SC=CGATTCCCCAACACCACTAGT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=139;WE=68053985;WS=68053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	68066949	rs11547225	G	A	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=125;PP=2965;SC=CCCGCACCGCGCGGCGCTGCA;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=90;TCR=125;TR=215;WE=68066957;WS=68066939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	68066979	rs7154825	C	T	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=80;PP=2358;SC=CCGGCCCTGGCCGTCTCGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=122;WE=68066987;WS=68066969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	68108747	rs12896052	G	A	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=1;PP=193;SC=TAATAGGATCGAGATAATCTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=68108755;WS=68108737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	68151984	rs2273160	C	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=1;NR=14;PP=412;SC=TAGCCCAAAACAGAAAAGGAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=68151992;WS=68151974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	68191109	rs148944474	GTTT	G	1681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	68191115	rs201143586	T	G	864.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr14	68192653	rs7156725	G	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=475;SC=CTATCAAAATGTTACCCCAAC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=68192661;WS=68192643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	68220251	rs12880908	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=125;SC=GGCAAAGTGGCCTAGAGTCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=68220259;WS=68220241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	68220499	rs111891063	A	AATC	3368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1868;SC=AAGGAAAGGGAATCATGCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=36;WE=68220507;WS=68220489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	68234539	rs3742883	T	C	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=88;PP=2952;SC=AGGGCTTTCATTCTTGGAGCT;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=68234547;WS=68234529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	68242898	rs12886915	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=196;SC=TTCTCACTGGGAAGGGGAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=68242906;WS=68242888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	68244202	rs767972	C	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=105;SC=CTCAGGTATGCCTTCCCAACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=68244210;WS=68244199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	68246855	rs2295106	T	A	1343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=13;PP=833;SC=GTTATTTTTTTAAAAAGTGAA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=68246863;WS=68246845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	68246876	rs2295107	C	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=17;PP=966;SC=CATTGATATGCAGAAAGGGGC;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=68246884;WS=68246866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	68248281	rs2235962	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	68257352	rs17192170	T	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=1075;SC=CTCCGAATGGTGCTGCTACCC;SOR=2.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=68257360;WS=68257342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	68264867	rs12891164	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=34;PP=1884;SC=GCTTCTCAGGAGGGCTGCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=92;WE=68264875;WS=68264857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	68265484	rs7160083	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=248;SC=TGAGGTTACAGTGAGAAGAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=68265492;WS=68265474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	68273430	rs181576	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=342;SC=GAAACCAAGAACTCTTCTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=68273438;WS=68273420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	68274020	rs181572	C	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=334;SC=ATTAGATGTCCTGAGCCACAC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=68274028;WS=68274010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	68331675	rs1474939	A	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=179;SC=TTTATCTAAAAAACTTTTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=68331683;WS=68331665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	68773296	rs3837659	AC	A	4360.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=42;PP=2518;SC=ATATCTTTTGACCAATTTGCA;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=56;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	68773298	rs60593979	C	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=42;PP=1753;SC=ATCTTTTGACCAATTTGCATT;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=88;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	68773353	rs2180770	G	A	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=44;PP=1391;SC=TGATCCTCTGGCCTAATAAAC;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=78;WE=68773361;WS=68773343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	68773469	rs3784104	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=331;SC=ATGAACTTGCATGGCCGAAGT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=68773477;WS=68773459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	68878369	rs10146772	C	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=286;SC=CTATTAGGGCCTAAAGAAACC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=68878377;WS=68878359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	68935789	rs2525505	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=32;PP=1239;SC=GCTCAGGATATACATCTGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=68935797;WS=68935779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	69012355	rs2525529	C	G	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=57;PP=1890;SC=AGAACGGGGACAGGGCATGCC;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=69012363;WS=69012345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	69259502	rs11851414	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=444;SC=GCTGCACCACTTTCCCCATTG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=69259510;WS=69259492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	69259533	rs3215689	T	TG	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=13;PP=944;SC=CCCAAACTTTTGGGGGTTCTT;SOR=1.075;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=69259541;WS=69259523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	69259662	rs1051533	C	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=31;PP=961;SC=TCATCCTGTGCGTTCGCGCGA;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=69259670;WS=69259652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	69262441	rs3742887	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=721;SC=CCCGCCGACCAAGGGTTTGTT;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=69262449;WS=69262431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	69263074	rs6573857	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=383;SC=TGGGCCGCAGGACCCCAGAAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=69263082;WS=69263064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	69328441	rs393673	A	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=19;PP=1180;SC=AGGGTCTCTCAGTTGTCTGGG;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=69328449;WS=69328431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	69328594	rs412638	G	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=71;PP=2883;SC=TATGCCAACAGTAGCAATTAC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=147;WE=69328602;WS=69328584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	69328613	rs440689	C	T	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=76;PP=2792;ReadPosRankSum=-0.713;SC=ACAAAAATGACGTCATGATCA;SOR=0.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=139;WE=69328621;WS=69328603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr14	69329149	rs1742501	C	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=126;SC=CAAAGGATCCCGAAGGCCTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=69329157;WS=69329139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	69445646	rs4902685	A	G	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	69521345	rs61741172	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=26;PP=992;SC=CTGCCTCCCCGGTCACCAAGG;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=69521353;WS=69521335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	69795199	rs12879377	G	A	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=69;PP=2631;SC=TGGGGCGGACGTGGCTGCAGC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=156;WE=69795207;WS=69795189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	69799892	rs1275677	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=36;PP=1214;SC=ATAAGGTCAGAGCTGCGGTGG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=69799900;WS=69799882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	69861687	rs3837663	TA	T	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=406;SC=CATAGTATGATAAAAAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=69861695;WS=69861677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	69921508	.	T	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=14;PP=850;SC=GTATTTTATGTTTCCTTGTTT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=69921516;WS=69921498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	69988954	rs10146531	T	G	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=75;PP=2965;SC=GATCTCAGGGTTCCTTTGCTG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=176;WE=69988962;WS=69988944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	69992873	rs8004574	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=417;SC=GACACCATTGACTTTGGGGTC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=69992881;WS=69992863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	69994473	rs1885400	C	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=14;PP=1034;SC=AGTCGGAACCCCACCCTTCCT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=69994481;WS=69994463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	69994821	.	G	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=286;SC=TTTCTCAAAGGATATGGAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=69994829;WS=69994814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	70037611	rs7494244	A	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=56;PP=2003;SC=AAAACTATCAAAACTGGTGAG;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=110;WE=70037619;WS=70037601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	70235741	rs3104	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=33;PP=1096;SC=ACGTTAGCCAGTTGTTCTTGA;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=70235749;WS=70235731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr14	70522484	rs1000521	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	70522684	rs10142899	A	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=26;PP=759;SC=ACGCAAAAAGAAGCCTTTGGA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=70522692;WS=70522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	70530706	rs150956	C	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=197;SC=AGTCAGCCAGCAGACAAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=70530714;WS=70530696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	70634087	rs2114024	A	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=2131;SC=GGTAGAAGGCACGGCTCTTCT;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=70634095;WS=70634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	70712731	rs199916258	T	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQRankSum=-4.986;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,84:0.32:263
chr14	70713720	rs34309925	AATC	A	5293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.924;NF=22;NR=39;PP=2928;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TAAATGAAGAAATCATGGTTC;SOR=1.107;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=61;WE=70713730;WS=70713710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,124:0.97:128
chr14	70713961	rs199806705	GT	AC	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=46;PP=2947;SC=GAGTGAGGCCGTTTATTTTTA;SOR=1.429;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=73;WE=70713970;WS=70713951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	70713981	rs12586570	A	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=39;PP=1313;SC=AATACTCCTCAAAAGCCCCCA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=70713989;WS=70713971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	70714162	rs4899340	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQRankSum=0.048;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr14	70714172	rs4899341	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQRankSum=0.354;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr14	70714259	rs7144638	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=694;SC=CACCACTTCCAGGGAAGTGAA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=70714267;WS=70714249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	70795756	rs7157430	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=CTTTTTATTTGCTTTTCAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=70795764;WS=70795746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	70795769	rs56128802	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	70795772	rs10648369	T	TAC	172.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=146;SC=CAAATGATTATAGTTTATCAA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=70795780;WS=70795762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	70809496	rs72733767	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=16;PP=479;SC=CCAGAATTCAAATTCAGCCTA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=70809504;WS=70809486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	70826458	rs17475333	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=526;SC=TGGTTTCCGCTAGGCAAAAGC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=70826466;WS=70826448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	70924450	rs58247196	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.39;QD=30.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	70924462	rs3751523	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.50;QD=31.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	70924501	rs8010994	C	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=440;SC=ACACAGATGACCGTGCACTCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=70924509;WS=70924491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	70924602	rs72735759	T	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=21;PP=1490;SC=AGTGCTTGTTTTGGGGGCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=70924610;WS=70924592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	70924852	rs3829455	A	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.18;QD=28.19;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	70925257	rs12436346	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.12;QD=32.80;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	70925501	rs72735760	G	C	10578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.536;NF=164;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.111;SC=ACAGCAGTGTGAACAAGACGC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=167;TCR=187;TR=349;WE=70925509;WS=70925491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,372:0.99:374
chr14	70925818	rs2022624	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=33.27;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	70925863	rs45466397	A	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.52;QD=33.47;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	70936714	rs2293873	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=661;SC=GAGCTACGTATGGAAAATTAG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=70936722;WS=70936704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	70937121	rs7152848	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=16;PP=679;SC=CAACGTGGCCTGGCCTGCTAG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=70937129;WS=70937111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	70937413	rs7153448	T	A	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;QD=44.78;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	70937420	rs7153459	T	C	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;MQRankSum=-0.277;QD=26.34;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr14	70937437	rs45447692	C	T	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=67;PP=2651;SC=CTCTCCTGGTCTTTCTTCTGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=70937445;WS=70937427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	70937494	rs8015742	T	G	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=55;PP=2380;SC=AGCCTCCAGGTGTTTGATTTC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=70937502;WS=70937484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	70937725	rs10467821	T	C	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=64;PP=2726;SC=CACGTGTCTTTGGCCCCGGAA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=145;WE=70937735;WS=70937715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	70937988	rs28473545	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=378;SC=GCAGAAAGAGGATTCCTCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=70937996;WS=70937978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	71048130	rs56405439	C	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=68;NR=45;PP=1896;SC=CTTTGGCATTCCTTGGCTTGT;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=71048138;WS=71048120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	71050792	rs56322329	T	C	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=117;SC=GTTTTTCCTTTTCTTCATCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=71050800;WS=71050782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	71050892	rs11158867	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=459;SC=AACATCCTTTATGTCTTCAAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=71050900;WS=71050882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	71052278	rs112233021	T	TTTTTC	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=435;SC=GAGACTTTTTTTTTTTTTTCA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=71052286;WS=71052268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	71057900	rs55831916	T	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=80;SC=TTAGGTCACATCTGAAACAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=71057908;WS=71057890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	71063227	.	C	A	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=194;SC=GTCTTGGAGACCCCCCAAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=71063235;WS=71063217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	71064314	rs1007402	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=285;SC=GAAAAAGTGCCACCTTCTTAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=71064322;WS=71064304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	71064577	rs7154970	T	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=84;SC=ACATCAAATGTAGTAGGCACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=71064585;WS=71064567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	71067155	rs111681910	A	AG	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;MQRankSum=0.596;QD=26.82;ReadPosRankSum=0.969;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr14	71109153	rs4902834	C	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=66;PP=2634;SC=GGACTCGCGCCCGGCCTCCCC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=146;WE=71109161;WS=71109143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	71109276	rs3742852	G	T	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	71275773	.	GCCT	G	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.4999;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=23;QD=31.0;SC=CGCCGCCGCCGCCTCCTCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=1;TR=1;WE=71275783;WS=71275763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,1:0.20:5
chr14	71374702	rs2526882	G	A	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=41;PP=1310;SC=TGCTGGGCCTGCCCTTCACCC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=71374710;WS=71374692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	71485692	rs1859914	A	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=299;SC=CTTATACTTAAGATATACTTA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=71485700;WS=71485682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	71524529	rs76769553	A	G	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=163;SC=AGAAGTTGTCATAGAATTAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71524537;WS=71524519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	72055681	rs144648264	C	T	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=112;PP=2965;SC=CTGGAGCTTCCGCAGCTGCCG;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=189;WE=72055689;WS=72055671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	72117156	rs8017465	T	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=50;PP=1863;SC=TTGAAGAATTTCTTCAACTAT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=72117164;WS=72117146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	72201985	rs2097887	C	A	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=95;PP=2965;SC=TTTCTTCTCTCCTTTCCAGTC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=206;WE=72201993;WS=72201975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	72457218	rs1476745	C	G	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=33;PP=2965;SC=CTGCTCACAGCTGCACAGGGA;SOR=2.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=123;TCR=33;TR=156;WE=72457226;WS=72457208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	72457682	rs7156200	A	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=1267;SC=TGACAGGCCTAATCACTCACC;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=72457690;WS=72457672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	72932330	.	G	GTGGATGGATGGA	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=4.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=1.917;NF=22;NR=10;PP=766;ReadPosRankSum=0.347;SC=GGGTGGATGGGTGGATGGATG;SOR=3.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=32;WE=72932338;WS=72932316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr14	72936954	rs8012037	T	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=373;SC=GGATAAGTTTTGTCTTCATAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=72936962;WS=72936944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	72939495	rs10131300	C	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=35;PP=2360;SC=TAGCCCCTAGCAACAGGAGCA;SOR=1.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=72939503;WS=72939485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	72941206	rs141283571	G	GA	748.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.532;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=1.740;SC=ATGGCAAAATGGAAAAAAAAA;SOR=2.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=72941215;WS=72941196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr14	72941207	rs8008067	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.767;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=337;ReadPosRankSum=1.371;SC=TGGCAAAATGGAAAAAAAAAT;SOR=2.788;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=16;WE=72941215;WS=72941196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	73006729	rs72106336	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.810;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr14	73007198	.	GAAA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.312;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.330;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,7:0.12:60
chr14	73079291	rs10649920	G	GAA	6586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=74;PP=2930;SC=GGGAAGGGAGGAAACAGTGCA;SOR=1.094;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=15;TCR=78;TR=87;WE=73079299;WS=73079281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	73181428	rs4903049	T	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=652;SC=TGTTCACAACTCCAAGAGGTG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=73181436;WS=73181418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	73198506	rs6574094	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=103;PP=2965;SC=CCAGCAGGTGTGGGAATACCT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=221;WE=73198514;WS=73198496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	73220153	rs3742835	C	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=45;PP=1293;SC=TGACTAACCCCGTCATTCACA;SOR=1.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=79;WE=73220161;WS=73220143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	73240486	rs8015749	A	G	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=69;SC=GTTAACCTATATTATAGCATA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=73240494;WS=73240476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	73358945	rs11158986	A	C	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=GGGGAAACTGAAAATCAGTTG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=176;WE=73358953;WS=73358935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	73360819	rs5809598	T	TTGTC	16315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=134;PP=2965;SC=TAACAGAATATTGTCTCAGAG;SOR=0.971;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=195;TCF=30;TCR=165;TR=161;WE=73360827;WS=73360809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr14	73360949	rs2215901	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=37;PP=1038;SC=AGTTATTAGGAGAGCTGTCAA;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=73360957;WS=73360939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	73404795	rs2302587	G	A	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=63;PP=1988;SC=GTGCCGCTCTGGGGAGCCACT;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=73404803;WS=73404785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	73408355	rs3742832	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=510;SC=TTTAGTGCCTGTTTCCTTCAT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	73408369	rs3832967	A	AT	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=991;SC=CCTTCATTACATCCTATGGAA;SOR=3.841;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=21;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	73409613	rs2333012	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=16;PP=2072;SC=AGAGATGGGCGTCAGCGGGGC;SOR=2.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=90;WE=73409621;WS=73409603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	73412739	rs2246976	C	T	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=153;PP=2965;SC=CCGGAAGGTACGTTGCCCATC;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=98;TCR=153;TR=251;WE=73412747;WS=73412729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr14	73413965	rs2243443	G	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=986;SC=CTGGGTATCTGTGGGCTTCAT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=73413973;WS=73413955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	73418732	rs3214336	GT	G	370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=236;SC=AGAAGCATGTGTTTTTTTTAC;SOR=3.126;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=73418740;WS=73418722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	73422350	rs2806034	T	G	7942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=151;PP=2965;SC=CAGTGACCTCTGTGCGGATCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=141;TCR=152;TR=292;WE=73422358;WS=73422340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	73444535	rs77288334	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=3;PP=1356;SC=TTCTGAAATTCATGGTTAACC;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=52;WE=73444543;WS=73444525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	73448640	rs72359146	GTAGAGAGCTCCGCAC	G	1680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=2957;SC=ATGGCACTCAGTAGAGAGCTC;SOR=1.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=73448662;WS=73448630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	73566331	rs76107386	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=14;PP=707;SC=ATATTGAAGTAGGGTGTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=73566339;WS=73566321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	73572606	rs150988201	AAG	A	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,8:0.13:61
chr14	73712922	rs12895249	T	C	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=102;PP=2965;SC=GGGCCTCTTGTATACCTACGT;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=78;TCR=104;TR=180;WE=73712930;WS=73712912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	73716774	rs177393	G	A	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.141;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTGATGGGACGCCCTGCGAGC;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=77;TCR=114;TR=190;WE=73716782;WS=73716764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr14	73718555	rs182587944	G	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GTAAATGGGGGTGTGGGGAGA;SOR=0.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=150;WE=73718563;WS=73718545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr14	73719334	rs2242611	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=62;PP=2965;SC=GCGTCTGCCCGCCATGGCTGG;SOR=1.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=134;TCR=62;TR=195;WE=73719342;WS=73719324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	73721162	rs2293796	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=17;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTAGCTGTCCGAACTGGCGTG;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=80;WE=73721170;WS=73721152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr14	73721775	rs11628713	C	T	6902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=121;PP=2965;SC=CTCTCTCCCACTCGCTACAAA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=238;WE=73721783;WS=73721765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	73726151	rs17182244	A	G	9215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=181;PP=2965;SC=TCAGGGCCCCACGACTGCAGA;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=150;TCR=182;TR=331;WE=73726159;WS=73726141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr14	73727509	rs177389	T	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=48;PP=1936;SC=ACCGGGGGCATGCCCAGGTCA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=73727517;WS=73727499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	73728957	rs177387	G	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=14;PP=1595;SC=TGCTTTATAAGTGGGGAAGGG;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=73728965;WS=73728947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	73729349	rs11620852	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=57;PP=1726;SC=ACAGGGGCCGCGGTGCAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=73729357;WS=73729339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	73730290	rs177385	C	A	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=108;PP=2965;SC=GAACACACTGCTTAGGGTGGT;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=158;TCR=108;TR=266;WE=73730298;WS=73730280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr14	73732302	rs177383	C	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=43;PP=1359;SC=GAGCTGCTAGCGCATGGTCAT;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=73732310;WS=73732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	73735366	rs4903104	C	T	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=106;PP=2965;SC=GGCTCCTACACGTGCAGTGCC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=206;WE=73735374;WS=73735356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr14	73957682	rs10144461	C	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=7;PP=972;SC=TTTAGCTTCGCCCCCGGCCGG;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=73957690;WS=73957672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	73957772	rs10144469	A	G	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGGCGGCCGAAGCGCCGGCGC;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=136;TCR=68;TR=200;WE=73957780;WS=73957762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr14	73957981	rs150704374	G	GC	5152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=79;PP=2936;SC=GGCGGTGGCGGCGTCCCGGAC;SOR=1.464;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=13;TCR=86;TR=92;WE=73957989;WS=73957971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	73958101	rs10147070	C	T	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.28;NF=36;NR=35;PP=1279;SC=CCCGCTTCCGCGCCGCCCGCG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=73958109;WS=73958091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	73958375	rs758109	T	C	7846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=95;PP=2965;SC=CAGATCACTTTTACCGGCGCC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=164;TCR=96;TR=258;WE=73958383;WS=73958365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	73958812	rs3813563	T	C	18347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=298;NR=344;PP=2965;SC=CGACCCCGAGTCCCAACCGAG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=645;TCF=299;TCR=346;TR=642;WE=73958820;WS=73958802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr14	73961765	rs11365617	CA	C	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.73;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	73961841	rs1019056	T	C	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=26;PP=1684;SC=TTTCATCCTCTAAGGCTTGCT;SOR=1.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=73961849;WS=73961831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	73963383	rs8014577	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=891;ReadPosRankSum=1.953;SC=GGTACATTTCTCTGAAAGATA;SOR=0.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=73963391;WS=73963373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr14	73969610	rs11626122	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=47;PP=2289;SC=TGATTATGTCGTGCACCTCTT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=73969626;WS=73969600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	73989859	rs1074501	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=1103;SC=CTGGTCATACCGCGTCCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=73989867;WS=73989849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	74041748	rs149033118	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.49;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	74042189	rs7494	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.28;QD=25.98;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	74058832	rs3742819	C	T	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=35;PP=2903;SC=CGCCGACGCCCGCGGCGAGCT;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=123;WE=74058840;WS=74058822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	74061968	rs2010070	T	C	8299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=133;PP=2965;SC=TCGTGGACATTGTGGATATAA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=149;TCR=134;TR=282;WE=74061976;WS=74061958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr14	74083846	rs12891009	C	T	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=47;PP=2153;SC=GAATGATGTACATCTGGAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=127;WE=74083854;WS=74083836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	74121761	rs11622678	T	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TGTGTAAAACTTAATGCACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=74121769;WS=74121751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	74192165	rs10136165	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=411;SC=CGCCCATGGTTTCTGCAGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=74192173;WS=74192155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	74192968	rs143224767	AGGG	A	1638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=1328;SC=GTGAGATCACAGGGGGTGGGG;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=32;WE=74192978;WS=74192958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	74192994	rs2336074	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=627;SC=CAGAAAACAGACCTCAGGTCC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=74193002;WS=74192984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	74193427	rs887508	A	G	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=118;PP=2965;SC=CCACAGGAGCATGAGGAGGGA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=108;TCR=118;TR=226;WE=74193435;WS=74193417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	74196686	rs2075025	T	C	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=103;PP=2965;SC=TCATGTCCTCTGCCTGGAGAA;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=205;WE=74196694;WS=74196676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	74196792	rs8019058	T	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=TTAGTCTGCCTACCACACCCA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=163;WE=74196800;WS=74196782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	74196844	rs6574140	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=60;PP=1993;SC=AAAAGCCCTTTTTATCATCTC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=93;WE=74196852;WS=74196834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	74196872	rs76529453	G	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1159;SC=GCAGAAGTCAGCAAACTTTTT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=74196880;WS=74196862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	74203789	rs17782124	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=45;PP=2703;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GTTCTGTTCAGGACCCTTCCC;SOR=1.250;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=136;WE=74203797;WS=74203779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr14	74205198	rs72365435	GCAGCCGCC	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=1360;SC=AGCAAATCCTGCAGCCGCCCA;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=74205213;WS=74205188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	74205878	rs17782128	C	T	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=4.155;SC=AGGGTTGCTGCGGCATGGAAT;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=153;WE=74205886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,165:0.98:169
chr14	74206481	rs758774	T	C	7009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=119;PP=2965;SC=CAGGCCCATATACCACAGAGT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=242;WE=74206489;WS=74206471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr14	74206658	rs758773	G	A	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CCTGGCCCCCGAAGAGGCAAC;SOR=0.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=227;WE=74206666;WS=74206648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr14	74206847	rs758772	A	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=1284;SC=GACGCTGGACAGTGAGGTCGG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=74206855;WS=74206837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	74413258	rs151173835	G	A	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=59;PP=1888;SC=GCCCATCCCCGGACAGCTCCT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=74413266;WS=74413248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	74527203	rs8017248	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=32;NR=4;PP=891;SC=GAAACTTTGCGGGGGTTAATA;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=74527211;WS=74527193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	74665543	rs10145171	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=18;PP=2090;SC=AAATCAATCTGCATTTTTAAA;SOR=2.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=76;TCR=18;TR=94;WE=74665551;WS=74665533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	74726515	rs11383441	G	GC	2311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=43;PP=1906;SC=TTGGGGTCCTGCCCTGCGGTG;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=45;WE=74726523;WS=74726505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	74753278	rs929449	T	C	15813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=262;NR=315;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCTGGCAGAGGAG;SOR=0.896;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=579;TCF=263;TCR=316;TR=577;WE=74753286;WS=74753268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr14	74970448	rs5809669	G	GC	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=538;SC=AGCCTGGAAGGCCCTCCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=74970456;WS=74970438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	74971650	rs36016624	TGACCCTTCGAG	T	12768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=133;PP=2957;SC=CTTGCAGAGCTGACCCTTCGA;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=30;TCR=138;TR=162;WE=74971668;WS=74971640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr14	74973579	.	TGTGC	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=-0.798;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr14	74973581	rs201664630	TGC	T	648.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.328;NF=2;NR=32;PP=1520;ReadPosRankSum=1.900;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=34;WE=74973590;WS=74973569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr14	74973740	rs3815329	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=1070;SC=GGCATCTTTCATAAGCTCTGC;SOR=2.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=56;WE=74973748;WS=74973730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	74976986	rs7160756	A	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=56;PP=1693;SC=GGCAGGCTCCAAGCATCTCAG;SOR=3.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=67;WE=74976994;WS=74976976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	74983491	rs147745131	GT	G	5062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=61.34;NF=53;NR=29;PP=2974;SC=GGGTGGTGGGGTGGCAGGGCG;SOR=2.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=82;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	74983495	rs63395061	C	G	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=34;PP=2590;SC=GGTGGGGTGGCAGGGCGCTTC;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=115;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	74983841	rs2302114	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=724;SC=TAGCTCAGGCCCCTGATAAAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=74983849;WS=74983831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	74989433	rs699371	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=999;SC=ACTCGGCCTCTTAGCCCCTGC;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=74989441;WS=74989423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	74991855	rs862031	A	G	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=124;PP=2965;SC=CCAGCACATCAGTGGAGGGGG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=130;TCR=124;TR=254;WE=74991863;WS=74991845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr14	75002775	rs4899522	G	A	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=91;PP=2904;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GCTGGGAAGCGGGTGCAGTCT;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=140;WE=75002783;WS=75002765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr14	75016482	rs2196861	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=18;PP=1669;SC=GCCTCTGACATCCTGGAGGGG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=78;WE=75016490;WS=75016472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	75017650	rs934999	G	C	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=33;PP=2204;SC=AAATGGGAGAGTCTGCAGACA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=111;WE=75017658;WS=75017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	75019157	rs11622992	T	C	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.130;SC=GCTCTGTGGCTGGTGACCACC;SOR=0.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=274;TCF=119;TCR=155;TR=272;WE=75019165;WS=75019147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr14	75022192	rs150408645	C	T	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=60;PP=2642;SC=GGACCCAAGACAGGGTATCCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=75022200;WS=75022182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	75070493	rs3742793	G	C	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=109;PP=2965;SC=CCACCTTCTAGAGGCAGGGCC;SOR=1.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=47;TCR=109;TR=156;WE=75070501;WS=75070483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	75137664	rs2302832	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=98;PP=2965;SC=ACTCTCCACATTCCCTCTATT;SOR=1.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=43;TCR=98;TR=141;WE=75137672;WS=75137654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	75151047	rs9671386	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=422;SC=AGTTCCTGGAGGGAGTTGAAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=75151055;WS=75151037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	75182937	rs2287400	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=441;SC=CACCATAGCAGTGACCATGTT;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=75182945;WS=75182927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	75200697	rs3825708	G	A	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=119;PP=2965;SC=TTCTCAGACTGGTCAGTCGTT;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=133;TCR=119;TR=252;WE=75200705;WS=75200687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr14	75230837	rs12885527	A	G	16811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=313;NR=303;PP=2965;SC=CTTCCTCGCAATCCTATTTGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=616;TCF=313;TCR=303;TR=616;WE=75230845;WS=75230827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr14	75231103	rs35864887	G	A	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=58;PP=1851;SC=CTTTCACCTAGAGGGCCCTGA;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=75231111;WS=75231093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	75276079	rs957345	C	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=39;PP=2262;SC=ATTCTGTTCTCTAGCCTCCAG;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=120;WE=75276087;WS=75276069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	75278211	rs12588415	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=288;SC=AACATTTACTGTGTGGAGTAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=75278219;WS=75278201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	75278302	rs8022046	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=33;PP=1802;SC=TTGCTGAAGCGCTTCCTATTA;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=75278310;WS=75278292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	75279395	rs2302834	T	A	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=48;PP=2563;SC=GCCACCAGCCTCCTCCAGCTC;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=138;WE=75279403;WS=75279385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	75282873	rs5809679	AT	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr14	75378296	rs3081755	GTGTGTA	G	3882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=17;PP=2989;SC=ATGTGTGTTTGTGTGTATGTG;SOR=2.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=57;WE=75378309;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	75378331	rs759057	T	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=41;PP=2965;SC=TGTGTGTGTGTGCATGCATGT;SOR=2.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=116;TCR=41;TR=157;WE=75378339;WS=75378321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	75386576	rs2286913	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=36;PP=2178;SC=ACTGCTCAGCGGCCGCTGCAG;SOR=1.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=119;WE=75386584;WS=75386566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	75388183	rs7156590	C	T	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=2.279;SC=GGACCGTGCTCGTGAGCAAGG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=101;TCR=160;TR=261;WE=75388191;WS=75388173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr14	75412908	rs8005277	A	G	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=49;PP=2965;SC=GGGACCCCGCACACTCACAGG;SOR=1.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=110;TCR=50;TR=157;WE=75412916;WS=75412898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	75415194	rs2159907	G	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=40;PP=2418;SC=CTACCCACCCGACCCCGGAGA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=75415202;WS=75415184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	75470446	rs175041	C	A	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=80;PP=2618;SC=GTCACAGGCACATAAGGGAAC;SOR=1.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=121;WE=75470454;WS=75470436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	75483812	rs13712	T	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=2225;ReadPosRankSum=0.695;SC=GAGGCATGGATTGCTGCAGGC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=116;WE=75483820;WS=75483802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr14	75485406	rs175052	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=341;SC=GAAACTTCCAGTGCAGATTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=75485414;WS=75485396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	75485489	rs175053	A	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=30;PP=1970;SC=AGAAAGAGAAAATAAACTTTG;SOR=1.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=98;WE=75485497;WS=75485479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	75497130	rs175070	C	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=3;PP=1065;SC=CCTGGCACACCGCAGGTAAAT;SOR=4.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=75497138;WS=75497120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	75505008	rs3742780	G	C	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	75505016	rs175075	A	G	9741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	75513883	rs175081	T	C	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=87;PP=2965;SC=TTCTCTGAGTTAAGGATGTGG;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=124;TCR=87;TR=211;WE=75513891;WS=75513873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	75528580	rs10129657	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=300;SC=CAAGGTGGGCGGATCACCTGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=75528588;WS=75528570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	75537381	rs11546525	C	T	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=149;PP=2965;SC=AAGACTCTTACGAACAAGGTG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=169;TCR=149;TR=318;WE=75537389;WS=75537371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr14	75538217	rs3742778	G	T	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=CAAAATTCAGGTCCATTCCAG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=217;WE=75538225;WS=75538207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	75544101	rs12589815	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=518;SC=AGTCAGTTACCGCTGTTGCTC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=75544109;WS=75544091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	75544189	rs12589876	G	A	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=34;PP=1903;SC=ACTCAGGAAGGAGATAGGTGC;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=75544197;WS=75544179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	75551254	rs175487	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=26;PP=1951;SC=GGGGGCTCTACAGGCTCAGGA;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=93;WE=75551262;WS=75551244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	75551442	rs175486	A	C	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=143;PP=2965;SC=CTAGTCACAGAAGTAGTTCAG;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=106;TCR=143;TR=248;WE=75551450;WS=75551432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	75553655	rs175485	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=6;PP=1429;SC=TTCAGTACTTTGTGTTTTGTT;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=53;WE=75553663;WS=75553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	75572559	rs119077	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=420;SC=CGGAAATAAATACCTTGATAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=75572567;WS=75572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	75574087	rs10146482	C	T	7812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=146;PP=2965;SC=TGACACCTGACGGATAGCTTT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=136;TCR=146;TR=282;WE=75574095;WS=75574077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr14	75580152	rs175464	G	A	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=68;PP=2097;SC=GGAAATGGGCGACATCGGATC;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=103;WE=75580160;WS=75580142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	75587351	rs175454	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=3.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	75590822	rs8017642	G	A	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=TAATGTTGTCGTGCTGCAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=206;WE=75590830;WS=75590812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	75601737	rs12435391	A	G	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=92;PP=2965;SC=CATTGTAAACATAATGAAGTG;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=160;WE=75601745;WS=75601727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	75601862	rs876402	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=416;SC=TTTTAAGTTCATTATCCTGGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=75601870;WS=75601852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	75605792	rs1047418	A	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=57;PP=1967;SC=TGGTTCCTCAATTCCCACATT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=117;WE=75605800;WS=75605782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	75614504	rs3832966	A	ACCCG	612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=669;SC=TTACCCACCCACCCGCCCGCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=75614512;WS=75614494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	75904660	rs3625	A	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=27;PP=2059;SC=TTCGGTGACCACAGGCTCCCT;SOR=2.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=77;TCR=27;TR=104;WE=75904668;WS=75904650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	75989286	rs175722	G	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=713;SC=CACCCATTCTGCCAAAGCCCC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=75989294;WS=75989276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	76091197	rs117232115	T	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=35;PP=1039;SC=CAAATGTGCATGTAAAGCTGT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=76091205;WS=76091187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	76149830	rs1477464	T	C	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=38;PP=2965;SC=CTGCCATTGCTTTTCCTGGAG;SOR=2.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=113;TCR=38;TR=151;WE=76149838;WS=76149820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	76186376	rs2241442	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=727;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGTCTGAAAGACATAACTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=76186384;WS=76186366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr14	76203747	rs967889	A	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=385;SC=GTGTGAAAGAAAATAAATGTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=76203755;WS=76203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	76204090	rs4903345	A	G	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=6;PP=138;SC=GTGAATGAAAATGAATGCATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=76204098;WS=76204080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	76232398	rs2359870	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=14;PP=1554;SC=TGATTCTTCGTATTTAGTGAT;SOR=2.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=68;WE=76232406;WS=76232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	76238003	rs17783198	G	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=20;PP=1610;SC=AAGGCCACTTGGAGAGAAGCA;SOR=2.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=79;WE=76238011;WS=76237993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	76238203	rs45480992	G	C	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=82;PP=2390;SC=AGATGGTAAGGCTTTTCTTAC;SOR=1.424;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=125;WE=76238211;WS=76238193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	76368544	rs1133834	T	C	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=98;PP=2965;SC=CCTGCAGCCTTTGTGCCCATC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=202;WE=76368552;WS=76368534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	76370358	rs8015239	A	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=763;SC=CGCTATAACTACTGTAACTAC;SOR=2.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=36;WE=76370366;WS=76370348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	76432136	rs3917187	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=54;PP=1672;SC=TCTGCTCCTATAGGGACTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=76432144;WS=76432126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	76488551	rs2058941	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=538;SC=CTGAGGTCGCACCACTGCACT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=76488559;WS=76488541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	76643198	rs7144326	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=372;SC=ACCTGTGGCAGTGATTTTCTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=76643206;WS=76643188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	76662370	rs17104243	T	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=74;PP=2311;SC=AGGCACTAAATTATGTGTTTT;SOR=1.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=107;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	76662376	rs145653552	G	GT	3489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=60;PP=2550;SC=TAAATTATGTGTTTTGTATAC;SOR=1.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=62;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	76948262	rs11480158	C	CT	5744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=70;NR=34;PP=2936;SC=GAGCAAGGCCCTGAAGGACCC;SOR=2.068;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=104;WE=76948270;WS=76948252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	76948862	rs10134248	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1181;SC=CCAACTTTGCTTCCTGACCCA;SOR=2.628;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=49;WE=76948870;WS=76948852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	76957887	rs2361293	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=42;PP=1423;SC=CGCTGCCCTATGACGACAAGC;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=76957895;WS=76957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	76964926	rs10139705	C	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=54;PP=1481;SC=GTCCCAGAGGCGGGGGTTTCT;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=63;WE=76964934;WS=76964916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	77229539	rs2270324	G	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=52;PP=1653;SC=GGCCAAGAGTGAAGCCACACT;SOR=1.275;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=84;WE=77229547;WS=77229529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	77236147	rs7142166	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1108;SC=AAGAGTCTTCGAATGAGTGGG;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=77236155;WS=77236137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	77236380	rs3815550	C	T	9018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=187;PP=2965;SC=TGCAGCGCTACATCAGAGAGC;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=135;TCR=187;TR=322;WE=77236388;WS=77236370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr14	77239567	rs2075772	A	G	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=107;PP=2965;SC=ATCCTTCCTCACCTGAAGGGG;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=73;TCR=107;TR=180;WE=77239575;WS=77239557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	77242101	rs72737517	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=0;PP=821;SC=CGCCAGGCGTATGGAGATGAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=77242109;WS=77242097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	77279064	rs8008004	A	G	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=1.692;SC=CGCAGAGGCGAGCCCTGGCCG;SOR=1.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=146;TCR=70;TR=215;WE=77279072;WS=77279054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr14	77294950	rs2142189	C	T	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=58;PP=2542;SC=GGGAGAGCAGCTGCAGCTTCC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=118;WE=77294958;WS=77294940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	77295192	rs2067007	G	A	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=10;SC=TGCCCAGCACGTTGGCTGATC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=77295200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	77304292	rs4903497	T	C	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ACAGTTCTTCTATCTGGAGCC;SOR=0.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=166;WE=77304300;WS=77304282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr14	77311296	rs12896621	A	G	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=62;PP=2008;SC=GGGAAGAATCACTTGGCAGAG;SOR=2.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=77311304;WS=77311286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	77319773	rs372697027	GGTGTGTGT	GGT,G	1403.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=35,35;PP=1358,123;SC=AGCTGGAAAGGGTGTGTGTGT;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=35,35;WE=77319788;WS=77319763;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:36
chr14	77332367	rs1882844	C	T	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=94;PP=2965;SC=GCTTGAACCCCACTGGGACAA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=117;TCR=94;TR=211;WE=77332375;WS=77332357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr14	77336428	rs11625243	G	A	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=94;PP=2965;SC=CCATGAGGCTGTACGGGTGCT;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=177;WE=77336436;WS=77336418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	77493647	rs61991619	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=30;PP=1161;SC=GTTCCACCGCAGCGGCGGCGG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=58;WE=77493655;WS=77493637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	77493761	rs200317113	TTGCTGC	T	1519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=20;PP=1328;SC=TGAGCTGTTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.371;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=22;WE=77493774;WS=77493751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	77686012	rs117744819	C	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=701;SC=GCCCGAGCTGCAGCAGGTGTC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=77686020;WS=77686002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	77686303	rs2287377	A	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=24;PP=1902;SC=GCAGCTGAGAACTTTTCTCTC;SOR=1.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=94;WE=77686311;WS=77686293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	77697967	rs375566	A	G	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=114;PP=2965;SC=GGGACGACGCACGCATCTACA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=151;TCR=114;TR=265;WE=77697975;WS=77697957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr14	77704974	rs8010477	G	C	8844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=187;NR=104;PP=2965;SC=CCAAAAGACTGAGGTGTCTGG;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=187;TCR=104;TR=291;WE=77704982;WS=77704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	77708804	rs61731611	C	T	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=61;PP=2296;SC=ACCCCAAAGACATTATTTGGT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=128;WE=77708812;WS=77708794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	77709120	rs2287380	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=1028;SC=GTTGCATGCAAGTCTGGGCCC;SOR=4.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=39;WE=77709128;WS=77709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	77737088	rs4903565	G	A	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=64;PP=2965;SC=CCAGCGCCCCGGCAGCGGCCA;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=119;TCR=64;TR=183;WE=77737096;WS=77737078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	77745193	rs3209079	A	C	7700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=141;PP=2965;SC=CGCCTCCTCGAAGCAGGACCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=133;TCR=142;TR=274;WE=77745201;WS=77745183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	77746112	rs11625197	T	C	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=138;PP=2965;SC=TCCCCAGGGGTGCAGGTGCCC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=123;TCR=138;TR=261;WE=77746120;WS=77746102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	77750057	rs2216089	T	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=12;PP=1008;SC=AATGGATCTGTAGCATGGCAT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=77750065;WS=77750047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	77751925	rs2270419	C	T	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=116;PP=2965;SC=TTCCAAATTTCCTGTTTACGA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=141;TCR=116;TR=257;WE=77751933;WS=77751915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	77755221	rs2287387	T	G	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=110;PP=2965;SC=CTCACCAGGCTAGTATTAATC;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=69;TCR=110;TR=179;WE=77755229;WS=77755211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	77786863	rs2270420	C	A	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=160;PP=2965;SC=ACCAGCCGACCGCCTCGAAGC;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=114;TCR=160;TR=274;WE=77786871;WS=77786853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	77794283	rs1046428	T	C	8549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=167;NR=145;PP=2965;SC=CTAGAGGAGATGCGTCCCACT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=167;TCR=145;TR=312;WE=77794291;WS=77794273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr14	77795311	rs5809824	CT	C	2130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=6;PP=1977;SC=CCTCAGGGCCCTTGGTTGAAG;SOR=3.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=50;WE=77795319;WS=77795301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	77809939	rs3815628	C	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1554;SC=GCTTGACTTCCTTTCACAAGT;SOR=2.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=77809947;WS=77809929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	77843353	rs10141317	G	T	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=45;PP=1625;SC=GCGGGCTGTGGGGCTCCAGGA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=77843361;WS=77843343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	77843384	rs3742737	G	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=51;PP=1711;SC=TCAGCCGCCTGCAGGTCAGAC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=77843392;WS=77843374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	77843814	rs11844594	T	C	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=38;PP=1971;SC=GATGGAGAGCTGGAGCCTGAG;SOR=1.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=107;WE=77843822;WS=77843804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	77844869	rs4903576	A	G	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GTCAAATGAGAAAAAAAATCC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=169;TCR=156;TR=321;WE=77844877;WS=77844858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,321:0.99:323
chr14	77845121	rs2193595	A	G	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=108;PP=2965;SC=ACTAAGTGACAAATTTAGAAA;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=77;TCR=108;TR=185;WE=77845129;WS=77845111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	77872509	rs13379432	T	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=41;PP=1266;SC=AAATACCAGTTAGCACCACCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=77872517;WS=77872499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	77872933	.	TACACAC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	77872979	rs45557839	G	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=-2.588;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr14	77880524	rs10592368	CTT	C	2146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=23;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=43;PP=891;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ACTAGTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=44;WE=77880544;WS=77880512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr14	77880536	.	T	A	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=46;PP=1351;SC=TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGA;SOR=2.115;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=57;WE=77880544;WS=77880512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	77889040	rs8017215	T	C	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=51;PP=2965;SC=AGCAGTGAGATTCTTGTCCAT;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=157;WE=77889048;WS=77889030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	77902418	rs2063997	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=1159;SC=AAGACATCGCATGAATGGCGT;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=77902426;WS=77902408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	77919587	rs2364158	T	C	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=151;NR=68;PP=2965;SC=GTAGAGCCTTTATCAGTGATA;SOR=1.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=151;TCR=68;TR=219;WE=77919595;WS=77919577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	77935659	rs11539461	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=36;PP=1055;SC=TGGGGCTTGCGACTCACAGGA;SOR=3.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=77935667;WS=77935649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	77951364	rs7156032	G	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=64;PP=1965;SC=GGGTCTGACCGGGTCATAAAC;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=86;WE=77951372;WS=77951354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	77951431	rs74063377	C	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=605;SC=AATCTCCACACTGCCTGCTTT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=77951439;WS=77951421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	77984573	rs926114	C	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=73;PP=2361;SC=TACAGAGGACCTGCTGTCCTC;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=120;WE=77984581;WS=77984563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	78018614	rs2178876	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=908;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TTGCATTCACCGGCAATGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=78018622;WS=78018604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr14	78023519	rs2272587	C	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=73;PP=2236;SC=ACAGTTATACCGCATCTTCCT;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=78023527;WS=78023509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	78028803	rs2364602	A	G	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=83;PP=2965;SC=GTGATGCATGATTCAGTTCAT;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=195;WE=78028811;WS=78028793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	78140329	rs6493	G	A	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=75;PP=2965;SC=TCTTCAAGTAGCTGGCACACA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=152;WE=78140337;WS=78140319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	78140355	rs6494	T	A	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=61;PP=2818;SC=CAGTCCTCCATAGAACAAGGC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=125;WE=78140363;WS=78140345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	78141858	rs3783981	A	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=86;SC=ACTATAATTTATTAAAATTCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=78141866;WS=78141852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	78170896	rs8021036	C	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=53;PP=1643;SC=AACCTCCAAACACATTTCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=78170904;WS=78170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	78174473	rs11159286	A	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=54;PP=2150;SC=CTCAGCAGCGAGAGGTGCTGC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=78174481;WS=78174463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	78184566	rs176960	C	A	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=70;PP=2965;SC=CCTCAAACTGCACTGGTCCTT;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=173;WE=78184574;WS=78184556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	78184661	rs17825620	T	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=TATGAACTACTTTGCTTTCAC;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=199;WE=78184669;WS=78184651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	78186969	rs45465691	C	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=54;PP=2204;SC=GCATTTACATCCAAATGTAAA;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=78186977;WS=78186959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	78189136	rs72687205	G	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=23;PP=905;SC=CTAAAACTCTGCTCTAAAAGG;SOR=0.877;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=46;WE=78189144;WS=78189126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	78189697	rs11626900	T	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	78221501	.	ACT	A	444.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=40.43;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	78221502	.	C	CAA	311	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=6;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=7;PP=311;QD=49.4285714286;SC=ATTTAAAAAACTCTTATGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=78221512;WS=78221492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr14	78221503	.	TC	GA	300	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=300;QD=58.911312477;SC=TTTAAAAAACTCTTATGTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=78221512;WS=78221492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	78221504	.	C	CAAGA	444.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=40.43;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	78234796	rs8015313	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=7;PP=186;SC=TTTTTACAGGCATGATCAACC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=78234804;WS=78234786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	78235834	rs72687241	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=14;PP=853;SC=GGGATTACAGGTGTGAGCCAC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=78235842;WS=78235824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	78288709	rs9323652	A	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=41;PP=2783;SC=CCTGTACTGCAAGGTTTGGGC;SOR=1.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=104;TCR=42;TR=145;WE=78288717;WS=78288699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	78374327	rs6574411	G	A	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=141;PP=2965;SC=TGCCCAGGAAGTGCCTGTGTG;SOR=1.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=62;TCR=141;TR=203;WE=78374335;WS=78374317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	78390631	rs150422608	TAAACTC	T	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=365;SC=TAAGAAATCTTAAACTCAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=78390644;WS=78390621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	78392008	rs11850022	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=2;PP=1457;SC=AAGGCACAGTCCTCACCGTCG;SOR=5.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=52;WE=78392016;WS=78391998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	78710044	rs11626446	G	A	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GGACCCTGTGGTGAGCGTCCC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=194;WE=78710052;WS=78710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	78744823	rs10134857	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=622;SC=GGGTGAAGGTGGAACTAAGTG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=78744831;WS=78744813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	79176133	rs12147248	G	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=431;SC=AATGGCTGTTGTAAAATTATG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=79176141;WS=79176123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	79181046	rs1465481	A	T	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=93;PP=2965;SC=TAGGTTTCTTACATTTGGTTA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=165;TCR=93;TR=258;WE=79181054;WS=79181036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr14	79276733	rs4133797	C	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.68;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	79423495	.	T	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=61.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=6.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr14	79454519	rs154325	G	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=45;PP=1459;SC=GGAACTTTGTGAAGATGTTTG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=79454527;WS=79454509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	80669580	rs225014	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	80993330	.	G	GA	85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=19;MQ=58.82;NF=0;NR=4;PP=85;QD=22.75;SC=AGGAATCCTGGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=80993338;WS=80993320;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr14	81259078	rs4523859	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1171;SC=ATTGAAAACCGTTCCTTAGGA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=81259086;WS=81259068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	81297385	rs7156572	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=290;SC=TGCTCACACTGGAGTTCATAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=81297393;WS=81297375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	81307218	rs7142753	T	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=135;SC=TGGATATGAGTTACACAAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=81307226;WS=81307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	81574687	rs3837640	T	TTCTC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=219;SC=ACCTAATTCATTCTCTCTCTC;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=81574695;WS=81574677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	81574844	.	TT	AC	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=12;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=26;MQ=56.11;NF=7;NR=1;PP=122;QD=21.9334843578;SC=TTTTCTTTTTTTTTTTTTGGA;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=8;WE=81574853;WS=81574834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,8:0.23:35
chr14	81574959	rs3783942	A	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=40;PP=1546;SC=TGTATAGGCTACCTCTTGGAA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=81;WE=81574967;WS=81574949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	81575005	rs3783941	C	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=28;PP=915;SC=GAAGGCCCCACGCTCCAGTAT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=81575013;WS=81574995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	81610583	rs1991517	G	C	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=70;PP=2611;SC=TTACCCACGAGATGAGGCAGG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=81610591;WS=81610573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	81667852	rs8019633	A	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=170;SC=AACTTCAAGTAGTTAATATAG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=81667860;WS=81667842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	81728194	rs17111619	C	A	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=59;PP=1641;SC=ATCTTCACCACCCTCTTTGAT;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=104;WE=81728202;WS=81728184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	81744736	rs3813535	A	G	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=36;PP=1545;SC=CTCCAAGGTGAAGCCTCAGTT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=81744744;WS=81744726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	81969168	rs150526325	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=31;PP=1049;SC=AGCATATGACACTCTCTCCAG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=81969176;WS=81969158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	86088056	rs10141266	T	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=51;PP=2005;SC=AGGGCGTAACTGTACTCTACC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=86088064;WS=86088046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	87386566	rs61981246	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=533;SC=TAAATGCTCAATAATGCAATT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=87386574;WS=87386556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	88400449	rs413750	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=473;SC=TATCTATTACTGCAGAAATAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=88400457;WS=88400439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	88400486	rs1042029	A	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=135;SC=TTAAAGAGGCATTTTTAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=88400494;WS=88400476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	88401213	rs421262	T	C	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=90;PP=2554;SC=ATGCCAGAGGTGAAATGACCC;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=155;WE=88401221;WS=88401203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	88406120	rs45626938	C	T	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	88406127	rs45567441	G	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	88406404	rs417276	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=285;SC=GTGGGGTTCTTGAGTGGCATC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=88406412;WS=88406394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	88407716	rs34752717	T	TA	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.005;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.545;QD=38.86;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr14	88407734	rs448805	G	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.340;NF=37;NR=21;PP=1274;ReadPosRankSum=-2.105;SC=AAAAAAGTCAGTTACCTAAAT;SOR=0.113;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=58;WE=88407742;WS=88407724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr14	88407875	rs421466	T	A	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=84;PP=2864;SC=TCTCTATGTATACATCACACT;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=148;WE=88407883;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	88407917	rs12432149	G	A	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=55;PP=1824;SC=AAAATAAAACGGTTGATTAGT;SOR=1.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=88407925;WS=88407907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	88411803	rs444902	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=734;SC=GTTCTTGAAATAGGAGGACCA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=88411811;WS=88411793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	88411947	rs367327	T	C	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=63;PP=2033;SC=CGGCAGCCCATGTAATGGGTC;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=88411955;WS=88411937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	88414283	rs398343	G	A	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=44;PP=1434;SC=CATGTGGACAGAATAGCTTTA;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=88414291;WS=88414273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	88416390	rs440426	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=492;ReadPosRankSum=1.907;SC=CTATTTATCAAGAGAAACACC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=88416398;WS=88416380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr14	88416441	rs451073	C	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=173;SC=TAGGAAAACACTGTTCAAGCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=88416449;WS=88416431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	88417095	rs11300320	GA	G	1376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.005;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.279;NF=5;NR=28;PP=495;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TTATGACTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=33;WE=88417103;WS=88417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr14	88417161	rs431748	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=792;SC=AAAAGTTCAACAGTTAATGCC;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=88417169;WS=88417151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	88417244	rs443019	C	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=75;SC=GACTTTTTTACAATATAATAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=88417252;WS=88417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	88429690	rs17687109	A	G	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=24;PP=1909;SC=CCAATAGTAAAGAAGTGAGTT;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=88429698;WS=88429680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	88431704	rs17760463	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=329;SC=AATATTCTTATAAAACACTGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=88431712;WS=88431694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	88434893	rs17687364	G	A	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=53;PP=1691;SC=ACTTATATACGTATAGATTTG;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=88434901;WS=88434883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	88442582	rs76114917	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=8;PP=1329;SC=TCAGGTAAGTGAATACAGGAG;SOR=3.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=59;WE=88442590;WS=88442572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	88442646	rs76521220	A	G	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=74;PP=2965;SC=AAAGATAGTCAATACACAGAG;SOR=1.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=132;TCR=74;TR=206;WE=88442654;WS=88442636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	88442712	rs34362748	C	T	10539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=198;NR=182;PP=2965;SC=CCTATAACATCAACCACCTTG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=198;TCR=183;TR=380;WE=88442720;WS=88442702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr14	88448451	rs17797981	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=339;SC=AAAATACGGTATTTCCAACAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=88448459;WS=88448441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	88448486	rs17797987	A	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=9;PP=787;SC=TTTCTGTGTTAGGAACCATAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=88448494;WS=88448476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	88448525	rs45568734	A	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=25;PP=1475;SC=GTTAAAAACAAAAAGATACTA;SOR=1.578;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=75;WE=88448533;WS=88448515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	88448643	rs79515863	C	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=41;PP=1243;SC=TGTCAGAAAGCAGATTATCGT;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=88448651;WS=88448633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	88448695	rs17797993	C	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=776;SC=TTATCTGATACGCCATTTTTT;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=88448703;WS=88448685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	88450639	rs17798011	G	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=196;SC=TAGCCTCATGGCATAAAATGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=88450647;WS=88450629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	88450928	rs77468347	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=43;PP=1213;SC=ACGGTGCTGGCGCTATTGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=88450936;WS=88450918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	88452981	rs77466023	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=46;PP=1375;SC=AAGTAATGATCCATGAATGGT;SOR=1.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=69;WE=88452989;WS=88452971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	88453424	rs2119703	G	A	1591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr14	88454469	rs74337989	A	T	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=66;PP=2965;SC=GAGAAATCCTATCTCCCAAAT;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=106;TCR=66;TR=172;WE=88454477;WS=88454459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	88454910	rs2289511	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=653;SC=AAGAAATCCAGTCATGAATAT;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=88454918;WS=88454900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	88454937	rs74689143	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=451;SC=ACAGTGTTCACGCACACCACC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=88454945;WS=88454927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	88458573	rs78557856	A	G	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=57;PP=2965;SC=TCCGAGTTCAACCTTAACATT;SOR=1.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=106;TCR=57;TR=163;WE=88458581;WS=88458563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	88458745	rs78187751	C	T	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=84;PP=2311;SC=CTTGAGGCACCAGTCCTGCCT;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=120;WE=88458753;WS=88458735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	88459280	rs143228205	C	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=223;SC=GGGCTCTTGCCGCCCCCCGCG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=88459288;WS=88459270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	88459434	rs111976362	G	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	88459448	rs111887056	C	G	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=86;PP=2965;SC=GCCGAACCCGCGGCCGCAGTC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=199;WE=88459456;WS=88459424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	88459467	rs112992946	C	G	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=102;PP=2965;SC=TCATAGCTTTCGCTCGGCGTT;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=237;WE=88459475;WS=88459457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	88459656	rs76999174	A	G	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=58;PP=2965;SC=GAGTGTTGAGAAAAGAAGCAG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=88459664;WS=88459646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	88477413	rs6574978	C	T	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=111;PP=2965;SC=TTGATTATACCTGGAATAAAG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=153;TCR=111;TR=264;WE=88477421;WS=88477403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr14	88651826	rs144490234	A	AAC	2722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.880;NF=25;NR=24;PP=2166;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GAATATTAAAAACACACACAC;SOR=0.730;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=49;WE=88651835;WS=88651816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,90:0.87:103
chr14	88652389	rs3742692	C	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=53;PP=2020;SC=GGATGGTGGCCGCCCGCTGCA;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=88652397;WS=88652379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	88654235	rs424752	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=393;SC=TCCAGCCCACAGGACAGAGAC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=88654243;WS=88654225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	88658559	rs2277525	G	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=951;SC=GCCTGCCCAGGGTGCTTACCT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=88658567;WS=88658549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	88693676	rs3825678	C	T	6780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	88693683	rs3825677	A	G	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	88693725	rs2277524	G	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=124;NR=99;PP=2965;SC=TCACTCGAAAGACCTTCTCCA;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=124;TCR=99;TR=223;WE=88693733;WS=88693715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	88707225	rs3837636	CA	C	246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=22;PP=291;SC=TTTTTTTCTTCAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=23;WE=88707234;WS=88707201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	88729931	rs761971	G	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=25;PP=774;SC=GAAGAAGAGAGTTTGTTTATA;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=88729939;WS=88729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	88737193	rs1298237	T	C	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=129;PP=2965;SC=ACATGGACCCTTGCTAACAAT;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=78;TCR=129;TR=207;WE=88737201;WS=88737183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	88792816	rs3742690	T	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=46;PP=1488;SC=AAGATGCCGCTCCAAGCGGTT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=88792824;WS=88792806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	88852031	rs709886	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=739;SC=ACGGCCTGGCAACGGTTTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=88852039;WS=88852021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	88852166	rs4904448	G	A	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=82;PP=2965;SC=ACTAAGCATGGATGGCAGCCG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=175;WE=88852174;WS=88852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	88852279	rs5810413	TG	T	1605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=37;PP=1398;SC=GGCCGCCCCTTGGGGCGCTTC;SOR=2.608;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=37;WE=88852287;WS=88852269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	88859906	rs187237972	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=564;SC=AAATATATCTATAGCAAAAAT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=88859914;WS=88859896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	88895669	rs386579	T	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.03;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	88967336	rs816069	C	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1157;SC=AGTAACTATTCAGGAAGACAA;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=88967344;WS=88967326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	88983673	rs4904452	C	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=869;SC=TTCAGTCGCACTAATCCCTGA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=88983681;WS=88983663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	89063167	rs2297124	A	G	9088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=157;PP=2965;SC=GTAATGTTTCAAGTTGTACTG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=176;TCR=157;TR=333;WE=89063175;WS=89063157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	89077043	rs4899956	G	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=400;SC=AGCTACTCGGGAGACTGAGGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=89077051;WS=89077037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	89082289	rs12885870	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=193;SC=TTCAGGTTACATGTGTAATAT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=89082297;WS=89082279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	89088388	rs2983488	G	C	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=141;PP=2965;SC=CCTCCCCCTTGTCCGCCTCCA;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=94;TCR=141;TR=234;WE=89088396;WS=89088378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	89089149	rs11382327	C	CT	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.401;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.292;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr14	89091202	rs149369776	G	GGAA	2493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=2342;SC=CATATGAGGAGGAAGGTCGGA;SOR=3.651;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=49;WE=89091210;WS=89091192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	89094243	rs1144916	G	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=447;SC=ATATTCATCTGTGAAACATGG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=89094251;WS=89094233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	89129304	rs17260373	G	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=47;PP=2155;SC=CTAAACGATAGAAAGTAGGTA;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=89129312;WS=89129294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	89591829	rs17777553	G	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=58;PP=1749;SC=CAAGGAATAAGTATTGAGTAT;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=89591837;WS=89591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	89647259	rs140257053	G	GGCAGAGAACATGCATGGA	2061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=2973;ReadPosRankSum=0.145;SC=AGAGACAGAGGGCAGAGACAG;SOR=2.303;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=79;TCF=8;TCR=71;TR=33;WE=89647267;WS=89647249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr14	89647275	.	AAC	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr14	89647297	rs34338248	T	TAC	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=8.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=839;ReadPosRankSum=1.108;SC=CACGTGCACATACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=29;WE=89647305;WS=89647287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr14	89747473	rs7147341	T	C	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=78;PP=2026;SC=TGACACCCTTTGAAAATGCAT;SOR=2.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=106;WE=89747481;WS=89747463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	89867978	rs12147030	T	C	13498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=239;PP=2965;SC=CCCTCTACTATAGCCACGATT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=480;TCF=241;TCR=239;TR=480;WE=89867986;WS=89867968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr14	89884022	rs7422	A	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=42;PP=1952;SC=AAGAATTACGATGCGGGCGAG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=89884030;WS=89884012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	90095445	rs100016	T	C	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=60;PP=2377;SC=CAGTGTGAGATGGATCATCTC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=146;WE=90095453;WS=90095435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	90097911	.	GA	G	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.416;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr14	90263500	rs9026	T	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=10;PP=2073;SC=ATCACAAGTCTGTAGCATGAC;SOR=3.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=77;TCR=10;TR=86;WE=90263508;WS=90263490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	90263525	rs1555616	C	A	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=31;PP=2930;SC=TTAGTAGAGTCGAGTCTGCTG;SOR=2.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=107;TCR=31;TR=138;WE=90263533;WS=90263515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	90303065	rs8021113	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.88;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	90303113	rs8019848	A	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=106;SC=CTGTAATCCCAGCACTTTGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=90303121;WS=90303103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	90303383	rs8020323	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=17;PP=988;SC=TGCACAGGTGAGGGGTGTGCC;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=52;WE=90303391;WS=90303373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	90303435	rs12437204	T	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	90303445	rs12437206	T	C	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	90416309	rs8003068	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=216;SC=CCCGCCCCCATGATTCAGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=90416317;WS=90416299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	90429749	rs3825663	A	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=57;PP=2965;SC=ATGAGCTGCAACCAGAAATGC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=90429757;WS=90429739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	90429858	rs28365054	G	A	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=107;PP=2965;SC=TGGCGCTCCCGCCTGCCACAG;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=96;TCR=107;TR=203;WE=90429866;WS=90429848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	90432426	rs35782158	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=423;SC=GAATGAGTTAGTAGTGATTAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=90432434;WS=90432416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	90432615	rs35257587	C	T	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=49;PP=1566;SC=ATATGAGAGGCATAGTTTGGG;SOR=1.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=90;WE=90432623;WS=90432605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	90432652	rs34705515	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=40;PP=1248;SC=AAAGACTGAGATGGCACATAC;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=90432660;WS=90432642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	90442211	rs11851399	A	G	9673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	90442217	rs11851415	C	T	9737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.72;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	90446803	rs34657096	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=8;PP=1508;SC=TCCTTTAGCTATGTATTACAT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=90446811;WS=90446793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	90447060	rs146934547	A	AT	700.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.580;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.142;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
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chr14	90451500	rs17126522	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	90455460	rs35972056	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=853;SC=CATTGAGGTAGTTTACTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=90455468;WS=90455450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	90456188	rs2401863	G	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=870;SC=CTACTATTGCGTAGAAATTTG;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=90456196;WS=90456178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	90458397	rs35621567	GT	G	604.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.733;NF=0;NR=31;PP=440;ReadPosRankSum=1.100;SC=TCACTGGTTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=31;WE=90458405;WS=90458387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr14	90489298	rs11851131	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=818;SC=CTCCTACCTGGACGTTCCAGT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=90489306;WS=90489288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	90509564	rs9488	C	T	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=77;PP=2416;SC=TACTGGATGTCCACTTCCCTT;SOR=2.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=105;WE=90509572;WS=90509554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	90528967	rs12878088	C	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=72;PP=2011;SC=CTCATCCTTTCATTCATCCAT;SOR=1.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=90528975;WS=90528957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	90722824	rs2277516	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=504;SC=AGCACAACTTGGTCAGCGCAG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=90722832;WS=90722814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	90723000	rs2277515	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=60;PP=1933;SC=GGGTCTCAGCAGCCTGAGGCG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=90723008;WS=90722990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	90723059	rs2277514	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=1011;SC=TCTTCTCCTTTTGCCGGCCTG;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=90723067;WS=90723049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	90723109	rs6575119	T	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=477;SC=ACCGCGCTCATGTCCACCGCG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=90723117;WS=90723099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	90723152	rs3825662	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=150;SC=TTGCCCGGGGATCCTGGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=90723160;WS=90723142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	90726676	rs11844225	G	A	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=111;PP=2965;SC=CTCTAGCTTTGTGATTCATTT;SOR=1.299;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=70;TCR=111;TR=180;WE=90726684;WS=90726666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	90729931	rs8022531	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=22;PP=685;SC=GGCTGCTTTGTAAATCTAGCG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=90729939;WS=90729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	90729984	rs8015510	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=11;PP=560;SC=CTGCTTTTTTCCCTTGGCATT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=90729992;WS=90729974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	90730071	rs4811	C	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=1;PP=998;SC=TGGAAGAGATCATTGATGACA;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=90730079;WS=90730061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	90730265	rs2282030	G	A	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=42;PP=1308;SC=TTCCTGTCCCGTGGAAGTAGA;SOR=1.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=63;WE=90730273;WS=90730255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	90752908	rs7160304	G	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=709;SC=AGAGATGCCTGAGTGATGATA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=90752916;WS=90752898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	90754538	rs17799226	C	T	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=17;PP=1509;SC=GCGGGGCACACGAACAGAACG;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=90754546;WS=90754528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	90770210	rs4904670	C	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=537;SC=AATTGCTGCACAGTCCATCAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=90770218;WS=90770200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	90863489	rs12886342	G	A	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=18;PP=1722;SC=CAGCAGCAGCGGCATCGGAGG;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=90863497;WS=90863479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	90865283	rs2300497	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=760;SC=CACTTAAGAGTATAAACTTCA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=90865291;WS=90865273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	90865462	rs2300498	C	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=50;PP=1782;SC=TTACTGCCTCCAACGAAGTGT;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=90865470;WS=90865452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	91007618	rs1294572	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=768;SC=GGCCTCAGTGTGGCAGATTCA;SOR=2.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=91007626;WS=91007608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	91007944	rs145392805	CAG	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,33:0.10:326
chr14	91110582	rs3830889	TACATAC	T	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=1899;SC=AAAAAGGTTTTACATACACAC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=91110595;WS=91110572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	91113471	rs2277512	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=31;PP=983;SC=CTAAGGGCCCGTATTTATTTA;SOR=1.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=91113479;WS=91113461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	91113537	rs1286422	A	G	458.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=0.509;SC=CATGTAAACCATTTCCCTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=91113545;WS=91113527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chr14	91144341	rs35336897	AG	A	306.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=356;SC=TGAAGGAAACAGGGGCCTGTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=91144349;WS=91144331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	91156151	rs942738	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=573;SC=ATCACATTGTGCTAAGCACTA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=91156159;WS=91156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	91161862	rs10146731	C	T	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=101;PP=2965;SC=GGTTTTGAGTCGTTCTTGTTT;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=128;TCR=101;TR=229;WE=91161870;WS=91161852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr14	91165572	rs1749699	G	A	9842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=169;NR=181;PP=2965;SC=GTCCCTCTGTGATCAAACCAA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=169;TCR=181;TR=350;WE=91165580;WS=91165562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr14	91165606	rs1742100	G	A	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=166;PP=2965;SC=ATGGGAAGAAGGCCAGAGCTC;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=112;TCR=166;TR=278;WE=91165614;WS=91165596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr14	91196317	rs10135495	T	C	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=164;SC=GTAGTTCATATTTAAAATTCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=91196325;WS=91196312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	91409615	rs111743702	A	AT	77.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=15.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	91592748	rs57615276	C	CTTCTT	2696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=1924;SC=ATGTCTGTGCCTTCTTATAAT;SOR=3.461;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=33;WE=91592756;WS=91592738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	91655551	rs2273482	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=45;PP=1255;SC=TTTCCCCAAACGGGCTTTGTG;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=91655559;WS=91655541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	91662615	rs2295527	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=31;PP=2107;SC=ATGTTGTTCAACAACAGTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=91662623;WS=91662605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	91662832	rs2295525	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=1146;SC=CGTATGTCGCATCCCAGTTTA;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=91662840;WS=91662822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	91662886	rs3818201	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=18;PP=479;SC=CACTTAGCCAACAAAGTGTCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=91662894;WS=91662876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	91710562	rs71656519	GAC	G	156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=0;PP=240;SC=CCAGAACACAGACACACACAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=91710571;WS=91710552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	91739081	rs941920	A	G	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=76;PP=2965;SC=GGCCCGGCCGAGGTGGGGAGC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=91739089;WS=91739071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	91751788	rs11341843	TC	T	10008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=146;PP=2969;SC=ATCCTGAGGCTCCCCCTAAAA;SOR=0.719;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=192;TCF=38;TCR=154;TR=184;WE=91751796;WS=91751778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr14	91763637	rs3742656	C	T	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=31;PP=1890;SC=GCTCCCCTGGCGCTGGCCTCA;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=91763645;WS=91763627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	91763971	.	CT	C	197	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9998;HP=12;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=17;MQ=61.26;NF=0;NR=13;PP=197;QD=15.6153846154;SC=CCTCTCTGGGCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=91763980;WS=91763961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,13:0.76:17
chr14	91773568	rs1970912	T	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=89;PP=2965;SC=ACTCCTTCTTTAGCTACAGGT;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=152;WE=91773576;WS=91773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	91806204	rs12883434	C	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=653;SC=CCAGGCTGACCGGGCCACCGA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=91806212;WS=91806194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	91883267	rs1285844	A	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=23;PP=1022;SC=CAGAGACTGGACGGGTCAGTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=91883275;WS=91883257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	91883499	rs1742546	G	A	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=112;NR=120;PP=2965;SC=AAATCAGTGCGCCCACCCCAG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=112;TCR=120;TR=232;WE=91883507;WS=91883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr14	91884116	rs3742653	C	A	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=63;PP=1945;SC=GGCTCCGCAGCGAGCAGCGGG;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=82;WE=91884124;WS=91884106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	91925027	rs10135595	G	T	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	91927717	rs8006817	G	A	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=59;PP=2535;SC=TGGGAGTCAAGAATGTACCTT;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=141;WE=91927725;WS=91927707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	91928933	rs4904784	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=197;SC=AACATTTATGTTGACCCTTAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=91928941;WS=91928923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	91928992	rs5020186	T	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=11;PP=655;SC=CTGTTCCTTGTCAAGCCAAAT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=91929000;WS=91928982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	91929281	.	CTTAAT	C	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=130;QD=53.0;SC=CAAGATGAGGCTTAATTTAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=91929293;WS=91929271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr14	91937143	rs10873409	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=15;PP=988;SC=ATACCAACATGTCAATATACA;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=91937151;WS=91937133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	91941909	rs71989693	TAAAAC	T	343.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=273;SC=ACTTCAGAATTAAAACAAAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=91941921;WS=91941900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	91942318	rs139615837	C	CA	2108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1539;SC=GCCCTGCAGACAAAAAACATT;SOR=1.609;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=46;WE=91942326;WS=91942308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	91942342	rs10145724	T	A	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=39;PP=1072;SC=TTTTCCTGTATTTATAAAAAT;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=91942350;WS=91942332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	91942407	rs10145809	T	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=316;SC=TGAAAAAACTTCAATGTAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=91942415;WS=91942397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	91948643	rs6575195	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=757;SC=ACCTATAATGGTCATTTTCAA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=91948651;WS=91948633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	92040589	rs34650717	TC	T	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.14;NF=50;NR=12;PP=2541;SC=CTCGGGCGCCTCCGCCCCGCG;SOR=2.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=62;WE=92040597;WS=92040579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	92041075	rs1704614	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=291;SC=GCAGTGCCTACAGAGATCTGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=92041083;WS=92041065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	92047523	.	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=634;SC=TTTAATGTTCCCCACAATTAA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=92047531;WS=92047513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	92058445	rs1285637	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=790;SC=TGAAGAAGTGGAATTCCTGAG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=92058453;WS=92058435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	92074545	rs1743159	T	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=125;SC=AGCTTCACCTTCTCATTTAAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=92074553;WS=92074535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	92084004	rs1620238	C	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=31;PP=1114;SC=CATCAAAAGTCACTTCAGCTG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=92084012;WS=92083994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	92088016	rs1296082	G	A	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=26;PP=1903;SC=TGTATTTCACGATGTTGAGGG;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=92088024;WS=92088006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	92126443	rs55665101	ATC	A	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=589;ReadPosRankSum=0.738;SC=GCCTACATTCATCTCTCTCTC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=19;WE=92126469;WS=92126433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr14	92174343	rs4605095	C	T	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=134;SC=ATTGTGAGTGCCTCAAGGGTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=92174351;WS=92174333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	92189548	rs35078318	G	GA	203.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	92268615	rs2402073	T	G	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=56;PP=2740;SC=ATACAGTCTCTTCACTTCTGA;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=95;TCR=56;TR=151;WE=92268623;WS=92268605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	92280037	rs10134181	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=34;PP=1578;SC=GAAGTCAAAATAAAACTCACA;SOR=1.119;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=86;WE=92280045;WS=92280027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	92336775	rs929608	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=163;SC=GCCTGCATGGTGGCCCTGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=92336783;WS=92336765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	92343764	rs2430341	C	T	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	92403660	rs2474028	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=534;SC=ACACCTAGGGTGGTCCCAACT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=92403668;WS=92403650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	92408309	rs13379081	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=10;PP=860;SC=CTCCTCCCAAAATCCTTCCCA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=92408317;WS=92408299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	92409103	rs8014548	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=288;SC=GCTTCCACTGTTAACCTCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=92409111;WS=92409093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	92409333	rs17127768	T	C	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=70;PP=1813;SC=CAAATATAAATGCCCAAGACA;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=92409341;WS=92409323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	92420861	rs2430336	C	T	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=134;SC=CCTCAAGCAACCCTCTCACCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=92420869;WS=92420851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	92474236	rs185221167	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=145;SC=ATACTTTCAATTGGAGACACC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=92474244;WS=92474226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	92477168	rs2277526	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=6;PP=1431;SC=TCTGAACTTTACCCAGGTACT;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=92477176;WS=92477158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	92491852	.	T	TCCC	112.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	92491853	rs2295171	T	C	206.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	92537105	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=21;MQ=56.73;NF=4;NR=0;PP=29;QD=15.9428031368;SC=TTTTTTTTTTCTTTTGGTAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=92537113;WS=92537095;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	92537354	.	C	CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.89;QD=41.65;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	92537379	.	T	C	759	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=28;MQ=53.34;NF=7;NR=23;PP=759;QD=26.4590404182;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTTTT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=30;WE=92537395;WS=92537369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,30:0.75:40
chr14	92537385	.	CTTT	C	485	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=51.97;NF=0;NR=3;PP=485;QD=169.666666667;SC=GCTGTTGCTGCTTTTGCTGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=3;WE=92537395;WS=92537369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr14	92549586	rs16999141	G	A	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	92559678	rs4904834	G	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=10;PP=256;SC=AAAGAAAACAGACAATATTAA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=92559686;WS=92559668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	92560294	rs111923598	T	TG	846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.36;QD=35.28;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	92560311	rs2402108	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=23;PP=577;SC=TTTTTGTGACAGAGTCTTGCT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=92560319;WS=92560301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	92572927	rs3814834	G	A	11521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=294;PP=2965;SC=CGGCCCCCACGCCGAACCACC;SOR=1.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=139;TCR=294;TR=431;WE=92572935;WS=92572909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr14	92585186	rs146811889	C	T	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=129;SC=GGCGTAGTGGCACATGCCTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=92585194;WS=92585176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	92597228	rs3759722	C	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=359;SC=TAATTTTAATCAATTTGTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=92597236;WS=92597218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	92627668	rs2025071	T	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=50;PP=1369;SC=GTAATTCTTGTTTGGTATTTT;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=92627676;WS=92627658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	92792255	rs941646	G	A	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=100;PP=2965;SC=TGCCAGACACGTGGAGAAATA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=92792263;WS=92792245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	92792432	rs941645	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=651;SC=GTTTATGGACTTGAGTGGGAA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=92792440;WS=92792422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	92905817	rs4900122	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=85;PP=2679;SC=ATAAATGCCAAGCCAAGAAGG;SOR=1.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=128;WE=92905825;WS=92905807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	92909073	rs941650	T	C	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=129;PP=2965;SC=TCATCACCCATGGGGACGTCG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=143;TCR=129;TR=272;WE=92909081;WS=92909063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr14	92915625	rs72053272	TAC	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr14	92922681	rs7156906	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=5;PP=1044;SC=TGAGGGACCCAGCGTATAGCA;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=92922689;WS=92922671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	92922713	rs7158400	T	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=15;PP=1697;SC=CTTTATCACATGCCTTGGTGT;SOR=2.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=77;WE=92922721;WS=92922703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	92922782	rs62623445	G	A	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=74;PP=2965;SC=AATGGTGTGAGCAGTAAGCCG;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=123;TCR=75;TR=197;WE=92922790;WS=92922772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	92922900	rs77671856	G	A	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=106;PP=2965;SC=AGCCACCACCGCCAGAGCCAG;SOR=1.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=178;WE=92922908;WS=92922890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	92959216	rs11623883	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	92960025	rs4904942	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=52;PP=1709;SC=ACACTGGCGTTCTCCTCTCCC;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=92960033;WS=92960015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	92981606	rs55930890	C	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=84;PP=2965;SC=TGGGGAAGAGCCCCCCAACCC;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=92981614;WS=92981596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr14	93118198	rs3814830	C	T	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=160;PP=2965;SC=CCTCTGATGCCACCTCACCCA;SOR=1.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=82;TCR=160;TR=242;WE=93118206;WS=93118188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	93118668	rs3742717	C	T	9831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=1.315;SC=CCTGAGGACACGCCCCGGGAG;SOR=0.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=164;TCR=165;TR=328;WE=93118676;WS=93118658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr14	93154537	rs71698059	TGGC	T	11128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=134;PP=2985;SC=TGGACGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.066;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=14;TCR=176;TR=145;WE=93154550;WS=93154527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr14	93170741	rs2250672	T	C	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=104;PP=2965;SC=TGGTGAACCGTGTCAACTCTG;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=201;WE=93170749;WS=93170731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	93170901	rs2402189	A	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=41;SC=AGAAGTGAAAATGCCCACTTG;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=112;WE=93170909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	93173010	rs17128502	C	T	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=84;PP=2850;SC=TGGGGAGAAACGCGGCCTGTC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=152;WE=93173018;WS=93173000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	93176042	rs148659834	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=352;SC=GATCTCCTCCGTGAGCTGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=93176050;WS=93176032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	93178191	rs1951708	A	G	13607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=218;NR=262;PP=2965;SC=CCACGTCCGAATCTTCCATCC;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=480;TCF=218;TCR=262;TR=480;WE=93178199;WS=93178181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr14	93183565	rs2295987	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=511;SC=TTTCAAAACTCTCATAATTTA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=93183573;WS=93183555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	93185297	rs78143291	C	CCT	1346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=27;PP=1311;SC=TGAATCATCCCGTCGGTCAGG;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=27;WE=93185305;WS=93185287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	93198972	rs12885208	A	T	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=12;PP=1559;SC=CTTAACAAAAAAAAGATTAGT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=73;WE=93198980;WS=93198962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	93199203	rs1613441	T	A	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CAACAAGAACTGATAAACATT;SOR=0.977;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=37;TCR=97;TR=133;WE=93199211;WS=93199193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr14	93276654	rs1040835	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=100;NR=69;PP=2965;SC=TCTGCAGACTTTTCAGGAGAG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=169;WE=93276662;WS=93276644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	93276806	rs1040833	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=1261;SC=CATTAACTGTCTAATATAATT;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=93276814;WS=93276796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	93285962	rs12880298	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=0;PP=474;SC=TGGGTGACGTGAGACTCTGAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=93285970;WS=93285952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	93286291	rs10716250	AC	A	2356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=45;PP=1871;SC=GCTTAGGGTTACCCCACAAGT;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=50;WE=93286299;WS=93286281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	93290723	rs3818256	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=826;SC=TATTCACTTAATTATATACTC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=93290731;WS=93290713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	93290856	rs2273646	T	C	9381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	93290859	rs2273645	C	T	9347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	93303604	rs4904994	C	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=1;PP=1385;SC=AATTGTTCTTCTGTGGTAGCC;SOR=6.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=93303612;WS=93303594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	93303850	rs113573267	T	TG	3578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.11;QD=43.64;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	93303854	rs74598769	T	C	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.79;QD=45.76;SOR=4.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	93303855	rs34061602	G	T	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.96;QD=46.57;SOR=4.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	93389403	rs7159323	A	C	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=26;PP=2026;SC=GGGACTGGACACCTGGGGAGT;SOR=2.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=98;WE=93389411;WS=93389393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	93392834	rs7146118	C	A	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=34;PP=2258;SC=GGATCATGGACTCCCAAAGAC;SOR=1.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=114;WE=93392842;WS=93392824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	93399101	rs729940	C	T	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=126;PP=2965;SC=GCCATCCTCCCGGGAGGACAG;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=222;WE=93399109;WS=93399091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	93401178	rs941581	A	G	8325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=166;PP=2965;SC=CGGCCATTGAAGCAGAGCTGG;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=124;TCR=166;TR=290;WE=93401195;WS=93401154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	93401316	rs7610	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=726;SC=ATGGCCCGGATGCTGCTTCCG;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=93401324;WS=93401306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	93404674	rs6575304	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=628;SC=TCAGCAGTTGTGGCCAGTGGC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=93404682;WS=93404664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	93407062	rs1043542	A	G	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=98;PP=2965;SC=CACTAGAGACAAGGGGGTGGA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=156;TCR=100;TR=254;WE=93407070;WS=93407052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr14	93407301	rs13316	C	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=909;ReadPosRankSum=1.225;SC=CAGCCCAGACCCCAGCGCGGA;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=93407309;WS=93407291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr14	93532651	.	A	ATGTGTG	4200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.60;SOR=4.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr14	93532665	.	A	G	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.58;SOR=3.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	93681742	rs3783901	T	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=831;SC=TAAAATAGTATATGTTCTGGC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=93681750;WS=93681732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	93684814	rs10132640	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=778;SC=TGGGATTTTATTGTCCGTTAG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=93684822;WS=93684805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	93723806	rs12147676	T	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=804;SC=TATAGACTTATGTGCCTCTGC;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=93723814;WS=93723796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	93799284	rs146686071	ACCG	A	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=1193;SC=TCCTCCTCCCACCGCCGCCGC;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=26;WE=93799294;WS=93799274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	93953904	rs61992611	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=37.32;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	93953907	rs33942732	A	AT	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=38.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	93962691	rs8006093	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=156;SC=TCTTATATATGTATATCAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=93962699;WS=93962681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	93994870	rs17094893	A	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=35;PP=1700;SC=ACCCAGGAACAGGAGAGTTCA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=93;WE=93994878;WS=93994860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	93994954	rs28420706	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=62;PP=2197;SC=AACCACCCCCGTTGTATCTCT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116;WE=93994962;WS=93994944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	93998806	rs942068	C	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=982;SC=ACAGAGTGAGCCACTGTCTCA;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=93998814;WS=93998796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	94007075	rs1951716	C	T	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=49;PP=1777;SC=GGCAGCTGGGCCTCTCCTCTT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=94007083;WS=94007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	94008753	rs12893237	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=24;PP=1354;SC=TAATGCACCTATAATAATTTT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=94008761;WS=94008743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	94088369	rs28670114	T	C	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=83;PP=2965;SC=GACTCGCCGGTAAAGCCTGCT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=181;WE=94088377;WS=94088359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	94097287	rs2148563	G	A	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=117;PP=2965;SC=TTTCATCTATGCATTTATTTT;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=67;TCR=117;TR=184;WE=94097295;WS=94097277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	94103602	rs4905082	G	A	8510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=167;PP=2965;SC=ACGTGCCAACGTGCCTAAACC;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=132;TCR=167;TR=299;WE=94103610;WS=94103592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	94109829	rs943318	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=480;SC=AAAAACAGCCGTGTGTGTAGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=94109837;WS=94109819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	94160521	rs943323	C	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=936;SC=TCTGGTTTGACGTTTCAGAGG;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=94160529;WS=94160511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	94160611	rs960888	G	A	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=49;PP=1987;SC=GGTCTTCTGCGGCTGCAAACT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=118;WE=94160619;WS=94160601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	94187832	rs1887197	C	T	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=34;PP=1484;SC=TGTTGCTCTGCGAAGCACTCA;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=94187840;WS=94187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	94192137	rs10873436	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=668;SC=CTGGCCCCACCGGCTGGCAGC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=94192145;WS=94192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	94245452	rs34914817	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	94245649	rs4905087	A	G	14445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr14	94245652	rs4900195	C	T	14495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr14	94391699	rs10141024	G	A	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=106;PP=2965;SC=GGAGAAAAGGGCGAGCACAGC;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=192;WE=94391707;WS=94391689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	94400431	rs11625548	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=841;SC=CACATCTGCCTCGCTCCCGCT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=94400439;WS=94400421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	94405871	rs10873442	G	C	8296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=172;PP=2965;SC=CGCGCTCGGGGGCCAGCGGCG;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=131;TCR=172;TR=303;WE=94405879;WS=94405861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	94406096	rs7155320	A	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=497;SC=CCAGCAGGAGAGCTCGGGCGC;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=94406104;WS=94406086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	94410447	rs10134105	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=901;SC=CTTAGACACCTTGAAGCCTCA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=94410455;WS=94410437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	94417421	rs7147919	G	A	8742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=181;PP=2965;SC=TGCCGTAGGCGTTCTTGGATT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=130;TCR=181;TR=311;WE=94417429;WS=94417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr14	94417531	rs11555542	T	C	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.89;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	94417541	rs4277287	A	G	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	94417586	rs4483793	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=816;SC=TCTTGCGCTCGCAGGCTGTGC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=94417594;WS=94417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	94419888	rs4243701	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=457;SC=CATGTAGGAGAAAGATACTCA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=94419896;WS=94419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	94464432	rs733166	A	G	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=77;PP=2965;SC=ATCCTGCCTGACTCACGGGTC;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=109;TCR=77;TR=186;WE=94464440;WS=94464422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	94465789	rs8013933	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=266;SC=CCTAAGTCTATGGCCAACTGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=94465797;WS=94465784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	94466081	rs4905137	C	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=892;SC=ACTGCGACACCGTGTGTGGCC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=94466089;WS=94466071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	94469801	rs12890024	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=798;SC=ATACGCACGCAGACACACACA;SOR=3.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=94469809;WS=94469791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	94475182	rs78569439	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=59;PP=1695;SC=TGCAGGCCCCATGGCATCACG;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=72;WE=94475190;WS=94475172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	94503578	rs10138711	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=719;SC=GGGCGTCTAGGATGCTGGTAA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=94503586;WS=94503568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	94510964	rs2273226	T	C	7045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=102;PP=2965;SC=TAGAGAAGGATGGCTCAGTGT;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=157;TCR=102;TR=259;WE=94510972;WS=94510954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	94512415	rs8021300	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=598;SC=ACGAGGCCTATCCACTATGGA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=94512423;WS=94512405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	94517533	rs112814907	C	CCACGG	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=1412;SC=ACACACTTGACCAGTTAATTT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=94517541;WS=94517523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	94519199	rs3790045	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=860;SC=AGTAGGCTCACCTGGGACCAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=94519207;WS=94519189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	94524216	rs1056810	T	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=40;PP=1099;SC=GACCCCGAGCTGCCACATCTG;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=94524224;WS=94524206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	94527525	rs11846519	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1196;SC=AGTGTAATGCCCTAGAGCATT;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=94527533;WS=94527515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	94563193	rs7157940	T	C	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=GCAGCTTTATTCAAACCAGAT;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=185;WE=94563201;WS=94563183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	94563265	rs79237142	C	T	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=101;PP=2965;SC=GGAGGCTCACCGAGGCGAAGG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=187;WE=94563273;WS=94563255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	94564035	rs2896258	A	G	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	94564039	rs2402407	A	G	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	94564058	rs2402408	G	A	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=51;PP=1910;SC=TTGCTGTGAAGGAGAGAAACC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=94564066;WS=94564048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	94567032	rs3818119	CC	TT	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=29;PP=2947;SC=GTACCCACTCCCATAGGTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=81;WE=94567041;WS=94567022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	94582130	rs3833507	T	TGGCCATGGC	3166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=2802;SC=CCTGCAGTTGTGGCTGTGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=39;WE=94582138;WS=94582120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	94583098	rs150792259	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=299;SC=GGAGGGGGCATGTTAGGCTCA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=94583106;WS=94583088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	94594768	rs958187	T	G	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=24;PP=2965;SC=TCACGGAACTTCAGGGTGAGA;SOR=3.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=109;TCR=24;TR=133;WE=94594776;WS=94594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	94595945	rs143824994	G	T	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=128;PP=2965;SC=AAATGACAGCGTTCTTGGGGT;SOR=1.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=98;TCR=128;TR=226;WE=94595953;WS=94595935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr14	94595989	rs2273514	T	C	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=94;PP=2965;SC=GGGACGCGCCTACTCTGCCCT;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=146;WE=94595997;WS=94595979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	94700138	rs4905172	C	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=439;SC=TTATTACATTCGTTTAAAATG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=94700146;WS=94700128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	94700838	rs10139110	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=801;SC=ATGATAATTGTTTGGGAATAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=94700846;WS=94700828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	94716442	rs45483104	G	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=818;SC=AAATTGATTTGGTGGGGTCAA;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=94716450;WS=94716432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	94722764	rs6575403	C	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=TAGTTATTAACTTCACTCAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=94722772;WS=94722754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	94725570	rs74390442	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=495;SC=TGAAAGGAATATTTTAAACTT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=94725578;WS=94725560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	94732107	rs3827899	T	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=53;PP=2336;SC=AATACATTTTTCTTTTTTCTG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=118;WE=94732115;WS=94732097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	94732228	rs61680676	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=914;SC=GTGCTAGGTACGATCTGTAAG;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=94732236;WS=94732218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	94756119	rs2232704	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=30;PP=1659;SC=TAGAAAATCACGTAGCGTTAA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=94756127;WS=94756109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	94756794	rs941590	T	C	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CTCTTCCTCCTTGGGAGCCTG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=177;WE=94756802;WS=94756784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,191:0.98:194
chr14	94847415	rs6647	A	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1374;ReadPosRankSum=0.437;SC=CACGGTGGTCACCTGGTCCAC;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=78;WE=94847423;WS=94847405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr14	94909630	rs3818257	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=67;PP=2018;SC=CTCTGTCTGTCGGCAGCCTGA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=93;WE=94909638;WS=94909620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	94915172	rs17825331	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=653;SC=ATGATTCTCTATTGCTCATAC;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=94915180;WS=94915162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	94929541	rs2224418	G	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=81;PP=2497;SC=AGTAAGAGGGGCCATCCTTCG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=94929549;WS=94929531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	94930980	rs11628686	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=713;SC=AAATAAGAGCATGTGATTAAT;SOR=2.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=94930988;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	94931016	rs8020984	T	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=21;PP=1701;SC=AGCTTGGACTTTTTTGCAAAT;SOR=1.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=94931024;WS=94931006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	94931105	rs11628722	A	G	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=84;PP=2965;SC=TTTGTCAAAGACATTTTGGAT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=115;TCR=84;TR=199;WE=94931113;WS=94931095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	94933709	rs6575433	C	T	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=64;PP=2194;SC=GAAAGGGCTTCTCCCACTTGG;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=94933717;WS=94933699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	94936110	rs45438398	G	A	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=77;PP=2576;SC=GGCATTGGCCGGGGACACACA;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=123;WE=94936118;WS=94936100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	94942663	rs11850199	C	A	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=66;PP=1966;SC=GCTAGACATGCAAATGATATA;SOR=2.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=85;WE=94942671;WS=94942653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	94964789	rs12433651	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1137;SC=AGAAAAAAAGAACATGATAAC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=94964797;WS=94964779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	95053890	rs6115	G	A	9771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=176;PP=2965;SC=CCCAGCCAGAGCATCTTCTTC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=173;TCR=177;TR=349;WE=95053898;WS=95053867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr14	95054176	rs6112	T	C	14902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ACACTTTCCCTACCAACTTTA;SOR=0.422;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=526;TCF=251;TCR=275;TR=525;WE=95054184;WS=95054166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,541:1.00:542
chr14	95057270	rs6107	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=43;PP=1290;SC=GCTTCCCAAGGTCTATTCTGT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=95057278;WS=95057260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	95057374	rs201105278	TTCCAC	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=253;SC=CTCTATTCAATTCCACTCCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=95057386;WS=95057364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	95057401	rs2854940	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=103;SC=CCAGTTCACTTTATTCAATTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=95057409;WS=95057391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	95058360	rs6109	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=457;SC=ACCTGCCCCTAGTGGCCTGGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=95058368;WS=95058350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	95058462	rs6116	A	C	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=44;PP=2260;SC=CGGGGACAATATTCACTTTCA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=118;WE=95058470;WS=95058452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	95058631	rs6108	A	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=56;PP=1746;SC=AAGGGGGCTAAGCTATGGCCC;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=95058639;WS=95058621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	95078677	rs1884082	G	T	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=72;PP=2850;SC=TCCCAAGCAGGGGGAGGAGTT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=172;WE=95078685;WS=95078667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	95080803	rs4934	G	A	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=54;PP=2965;SC=ACCTCTCCTGGCTCTGGGGCT;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=128;TCR=55;TR=182;WE=95080811;WS=95080793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr14	95107973	rs4905226	C	T	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=64;PP=2476;SC=GGGGTTCACCCTCACCGTGGT;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=95107981;WS=95107963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	95569719	rs143454689	C	T	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=88;PP=2965;SC=GGCCCTCATGCGCATCAGGGT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=118;TCR=88;TR=206;WE=95569727;WS=95569709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	95581961	rs11624081	G	A	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=81;PP=2965;SC=CTTAAACTGTGCAACATTCCC;SOR=1.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=131;TCR=81;TR=212;WE=95581969;WS=95581951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr14	95593158	.	GC	AA	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=56;MMLQ=29;MQ=54.91;NF=0;NR=2;PP=76;QD=64.7339374311;SC=TTTTCAAAAAGCAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=95593167;WS=95593148;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr14	95682152	rs367902287	CTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTG	726.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=1,1;NR=12,12;PP=506,107;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=13,13;WE=95682175;WS=95682142;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:18
chr14	95688959	rs945456	C	G	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=57;PP=2524;SC=TGGGGAGCCTCTGTGCTGGGA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=140;WE=95688967;WS=95688949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	95696275	rs72710126	G	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=20;PP=2387;SC=CCGGCAGGGGGAGGCACTTAT;SOR=2.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=77;TCR=20;TR=97;WE=95696283;WS=95696265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	95884323	rs12434757	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=723;SC=CACACAGCACGCCCTCCGGAA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=95884331;WS=95884313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	95898487	rs1187747	G	A	4029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr14	95923756	rs56921077	G	GGT	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=667;ReadPosRankSum=0.860;SC=AGCCTGCCTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.399;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=16;WE=95923764;WS=95923746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr14	95999676	rs373834979	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=3.094;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr14	96000090	rs45528633	G	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=769;SC=TGAGTGCTGGGTAGGAAGTCA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=96000098;WS=96000080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	96009307	rs716315	C	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=42;PP=2207;SC=CATTTTGTTACAGTCATCATC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=96009315;WS=96009297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	96103099	rs4905366	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=32;PP=1733;SC=TCACCTCACCATCTGCTCAGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=96103107;WS=96103089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	96103269	rs11160283	G	A	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=53;PP=1501;SC=TCTACTACACGCCCAGCCCTG;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=96103277;WS=96103259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	96131432	rs1743491	A	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=54;PP=1855;SC=TGGAGGTGATATGCTTGAGAT;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=96131440;WS=96131422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	96135857	rs1748965	C	T	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TGAGCCACCACGCCCGGTCAC;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=137;TCR=75;TR=211;WE=96135865;WS=96135847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr14	96137935	rs911678	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=256;SC=TTTGTTTTGAGATGAATTTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=96137943;WS=96137925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	96152636	.	CT	C	42.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	96157187	rs1064017	G	A	9645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=182;PP=2965;SC=GCTCTACCCCGGGAGGAAGTA;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=144;TCR=182;TR=326;WE=96157195;WS=96157177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr14	96157482	rs1743530	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=552;SC=GGGAAATCCACAAGCTGGAGT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=96157490;WS=96157472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	96157698	rs1748958	A	G	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=48;PP=1653;SC=TGTGCGTCTCAGTGTAGGGAT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=95;WE=96157706;WS=96157688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	96556828	rs2369421	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=3;PP=1214;SC=GGCCAGACGCCGCTGTAGCCA;SOR=4.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=96556836;WS=96556818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	96556914	rs2093722	T	C	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=92;PP=2965;SC=TCCAAGCCAATGCTGTCCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=163;TCR=92;TR=255;WE=96556922;WS=96556904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr14	96557121	rs10148419	T	C	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=GCTTGGAGGCTGGCCAGACCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=172;WE=96557129;WS=96557111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	96671139	rs1799722	C	T	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=43;PP=2029;SC=GATGACATCACTACCCAGCCC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=107;WE=96671147;WS=96671129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	96671222	rs5223	G	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=42;PP=1285;SC=GGGACGGTGGGGACGGTGGGG;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=71;WE=96671230;WS=96671212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	96704361	rs871547	G	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=203;SC=TGGACCAAGGGGACTACCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=96704369;WS=96704351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	96707457	rs5224	A	G	10560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=197;PP=2965;SC=AGATCCAGACAGAGAGGAGGG;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=386;TCF=189;TCR=197;TR=386;WE=96707465;WS=96707447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr14	96730142	rs2071084	A	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=89;PP=2965;SC=GAGTGCTGCCAACATTTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=186;WE=96730150;WS=96730132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr14	96757361	rs10454690	T	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=317;SC=TTAAAACAAATTCTACAAATT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=96757369;WS=96757351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	96758160	rs2275022	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	96761514	rs45468796	T	A	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=66;PP=2101;SC=ACTGAAAATGTAATGTGCATG;SOR=1.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=96761522;WS=96761504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	96761557	rs1770547	A	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=1028;SC=TTCTTAGCAAACATTTAAATC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=96761565;WS=96761547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	96771959	rs2289622	A	G	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=49;PP=2516;SC=GGGAGGGACTATTCCAAAATC;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=134;WE=96771967;WS=96771949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	96781912	rs9323945	T	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=71;PP=2400;SC=ATCACTCCATTCACTATGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=96781920;WS=96781902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	96783464	rs17094014	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=554;SC=AAAAACACTTCGGATTTGTAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=96783472;WS=96783454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	96783727	rs17094017	A	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=530;SC=TCATGAAAATATTTTATATAA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=96783735;WS=96783717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	96790337	rs34296665	T	TA	1749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=906;ReadPosRankSum=0.765;SC=GGAACGATCCTAAAAAAAAAG;SOR=1.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=45;WE=96790345;WS=96790326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,67:0.93:72
chr14	96795997	rs17094019	G	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=756;SC=CACCATTTAAGATTATTAGTG;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=96796005;WS=96795987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	96797724	rs1822372	G	A	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=32;PP=1944;SC=TAAGGTGATCGTGTGAGCAAG;SOR=1.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=96797732;WS=96797714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	96813703	rs4905483	A	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=969;SC=CAGGTTCATTATGAATCACAA;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=96813711;WS=96813693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	96858667	rs3742473	A	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=72;PP=2081;SC=CGGTCCGCAAACCCAGCGAGG;SOR=2.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=96;WE=96858675;WS=96858657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	96864327	rs41301765	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=1;PP=526;SC=AGCACTCGGGAAAGGTAAGTT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=96864335;WS=96864317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	96916228	rs10444759	C	T	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	96922752	rs2369679	C	G	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=103;PP=2965;SC=AATTGGCCAACTACTACAAAC;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=184;WE=96922760;WS=96922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	96939108	rs60920648	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=345;SC=TTTATTTCCCTAAGATCACAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=96939116;WS=96939098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	96987437	rs10139164	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=201;SC=TATATGAAATAATTTCATATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=96987445;WS=96987427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	96993995	rs7146883	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=160;SC=ACCTTTCTAAACACTTGGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=96994003;WS=96993985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	96998621	rs10533972	TTG	T	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.90;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	97022123	rs146485027	AT	A	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=342;SC=GATTATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=5.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=97022131;WS=97022113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	97299853	rs2145635	A	G	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=62;PP=2965;SC=AGAGCTCTGCAAAGAGACATC;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=172;WE=97299861;WS=97299843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	97312642	rs1951311	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=78;SC=TGGGATTTGTGTGAAAGAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=97312650;WS=97312632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	98112541	rs12435621	T	G	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=61;PP=2253;SC=TGACTTCTCCTTCTTCATTCT;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=129;WE=98112549;WS=98112531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	98435696	rs2124843	T	C	11132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=191;PP=2965;SC=AATATGGCTGTAAAGCTCGGT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=195;TCR=192;TR=386;WE=98435704;WS=98435686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr14	98444253	rs8015127	C	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	98444369	rs8016584	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=43;PP=1476;SC=ACCAAGCTGGTTTCCTCTCCG;SOR=1.192;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=98444377;WS=98444359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	99392468	rs200318	C	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=465;SC=TGCATCACCTCTGTGTTGGCG;SOR=5.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=99392476;WS=99392458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	99642647	rs2487507	T	A	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=63;PP=1884;SC=GGGATCCCAGTGCCCTGCCTG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=81;WE=99642655;WS=99642637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	99697985	rs182910245	T	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	99697990	.	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	99961830	rs2069492	T	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=13;PP=840;SC=TTGTTTCCCTTTTAGGTGACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=99961838;WS=99961820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	99981858	rs11621993	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=931;SC=GCTAACTATCGGGCCTGAGCA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=99981866;WS=99981848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	99988724	rs2400681	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=254;SC=CCGCTTATCCATCCCCCGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=99988732;WS=99988714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	100002473	rs12882209	A	G	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=81;PP=2714;SC=AGCAGACTCCATCCCCATTGC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=157;WE=100002481;WS=100002463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	100046271	rs34139518	T	TC	14065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=109;PP=2936;SC=TCTGGCTCAGTCCAAGACTTT;SOR=1.585;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=129;TCR=122;TR=229;WE=100046279;WS=100046261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr14	100069742	rs8007401	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=13;PP=772;SC=GCCCGCTCAGGCTGGCCTGGC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=100069750;WS=100069732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	100119238	rs3825570	G	T	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=105;PP=2965;SC=GGGCCTGGGTGGGGGCAGGCA;SOR=2.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=34;TCR=105;TR=139;WE=100119246;WS=100119228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	100125731	rs11621678	C	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=18;PP=1458;SC=CTCAGGGCGACCCCGAGCCGC;SOR=1.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=100125739;WS=100125721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	100125814	.	C	T	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CCGTAAGGAGCGCGGCCTGCC;SOR=0.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=128;TCR=90;TR=217;WE=100125822;WS=100125804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr14	100126173	rs56204154	C	T	134.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=33.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	100126183	rs112888640	A	C	134.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=33.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	100141689	rs7158073	T	C	5520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=75;PP=2965;SC=GAGGTGTTCGTGGGCGGACGC;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=204;WE=100141697;WS=100141679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	100166300	rs943881	T	C	13661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=301;NR=355;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CATCAAGCAGTCGCTCCCCAC;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=661;TCF=304;TCR=357;TR=656;WE=100166317;WS=100166290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,524:1.00:526
chr14	100166489	rs943880	G	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=52;PP=1455;SC=AGGCAGTAGGGGCTGCCGAAG;SOR=3.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=100166497;WS=100166479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	100172899	rs2273839	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=601;SC=TCTGCACAGTATCCTCTCTGT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=100172907;WS=100172889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	100174092	rs34955990	A	AT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=1.047;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	100184589	rs7151522	A	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=34;PP=945;SC=GCCTTGGCACATGCTGTTCCC;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=100184597;WS=100184579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	100189423	rs12896665	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=61;PP=1779;SC=CCGATTTTGTATCTGCTGCCA;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=85;WE=100189431;WS=100189413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	100192685	rs141174869	G	GGGGCTGCT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=506;SC=CCCCTGCTCTGGGGCTGCTGG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=100192693;WS=100192675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	100317376	rs72708401	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=804;SC=ACCAAAGGTGGGCGTTTGAGT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=100317384;WS=100317366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	100331876	rs11160553	T	C	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=118;PP=2965;SC=AGACCCTGCCTTTAAGAACCA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=133;TCR=118;TR=251;WE=100331884;WS=100331866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr14	100344698	rs1191118	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=626;SC=TGATCTCCGTTGCTAGGCCTG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=100344706;WS=100344688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	100363336	rs17652784	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=359;SC=GTATTTGTCATGGAATATTTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=100363344;WS=100363326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	100363671	rs2273707	GA	CG	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=1047;SC=CTCAGAAGGCGAAGGTAGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=27;WE=100363680;WS=100363661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	100376715	rs2145859	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=36;PP=1197;SC=ATGGTTTTTGGTAATGTTGTA;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=100376723;WS=100376705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	100380948	rs2250718	T	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=42;PP=1655;SC=TGCCTCAAAATCTCAGTTCTT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=100380956;WS=100380938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	100384032	rs75719251	TTGTG	T	3327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=19;PP=2485;SC=GTGTGAGCGTTTGTGTGTGCA;SOR=1.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=48;WE=100384043;WS=100384022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	100387242	rs34263849	A	AT	9292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=155;PP=2979;SC=TCACTACTTTATTTTTTTAAT;SOR=1.434;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=10;TCR=171;TR=165;WE=100387250;WS=100387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr14	100404351	rs2295787	T	C	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=118;PP=2965;SC=TCTTGTCAGATTGCTCGGCTG;SOR=2.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=43;TCR=118;TR=161;WE=100404359;WS=100404341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	100406193	rs4900449	T	A	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=24;PP=1904;SC=CAGAGCAGGTTCCCAAGTGAG;SOR=2.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=96;WE=100406201;WS=100406183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	100592959	rs726514	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=22;PP=1370;SC=CTCTGAAGCCGGGGCCGGCGG;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=100592967;WS=100592949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	100599164	rs941897	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=530;SC=TGAGATGAGCGCATCGCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=100599172;WS=100599154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	100607360	rs1951486	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=1;PP=1465;SC=GGGCGTTAAATCCTTCTCAGG;SOR=5.820;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=57;TCF=55;TCR=2;TR=56;WE=100607368;WS=100607350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	100608274	rs4905933	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=448;SC=TTACCATCTCTAGTTGAGGAA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=100608282;WS=100608264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	100615665	rs4905936	T	C	7686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=131;PP=2965;SC=TGCGGGCGGGTGTGCAGAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=135;TCR=132;TR=266;WE=100615673;WS=100615655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	100625902	rs7157599	C	T	9653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=184;PP=2965;SC=CTCGAAGTCGCTGCGGCTCGC;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=165;TCR=184;TR=349;WE=100625910;WS=100625892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr14	100759046	rs3825555	C	A	13829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=260;PP=2965;SC=CGAAGCTGGGCGTCTCACGCA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=232;TCR=260;TR=491;WE=100759054;WS=100759036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr14	100759277	rs3742379	C	T	10232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.247;SC=GGCCCAGGGCCCGGAGGGTGT;SOR=0.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=186;TCR=175;TR=360;WE=100759285;WS=100759267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,375:1.00:376
chr14	100792093	rs9324019	C	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=18;PP=1959;SC=CGGCCCCACTCTCCTCACCGT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=74;TCR=20;TR=91;WE=100792101;WS=100792083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	100792220	rs7155877	C	T	15543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CACCTGTCCACGGCCAGGAGA;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=583;TCF=323;TCR=260;TR=580;WE=100792228;WS=100792210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,594:1.00:596
chr14	100792482	rs1951519	C	A	8340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CTGAAGCCCACTTCTCCTGCA;SOR=0.529;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=134;TCR=155;TR=288;WE=100792490;WS=100792472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr14	100795630	rs4905950	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=968;SC=GGGCCGGAAGCGTGAGTCCAG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=100795638;WS=100795620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	100795663	rs10147903	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=17;PP=2071;SC=TGGGCGCCCCGATCAGGCTCC;SOR=2.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=88;WE=100795671;WS=100795653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	100801423	rs2234532	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=39;PP=961;SC=ATGTCCTGAGTGGCTCCTTCC;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=40;WE=100801431;WS=100801413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	100803364	rs2234530	A	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=34;PP=2965;SC=TGGGTGGCAGAAGGCGGCTGT;SOR=2.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=99;TCR=34;TR=133;WE=100803372;WS=100803354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	100803655	rs2234528	C	A	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=55;PP=1546;SC=ATTCTGGACCCGGGAAAGGCC;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=63;WE=100803663;WS=100803645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	100808493	rs5810992	G	GA	3107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=31;PP=1601;SC=AGGAAAAAAAGAAAAAAAATT;SOR=1.524;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=65;WE=100808501;WS=100808469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	100808510	rs1373	T	A	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=50;PP=2645;SC=AATTCAAAATTTTACCTAAAT;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=132;WE=100808518;WS=100808500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	100808845	rs9453	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=27;PP=797;SC=GTGGAGTGCAGCAGGGCTGGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=100808853;WS=100808835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	100813077	rs941923	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=22;PP=2129;ReadPosRankSum=1.185;SC=GCAGTGGGCCTCTTACCAATG;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=73;TCR=22;TR=94;WE=100813085;WS=100813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr14	100820980	rs1009812	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=969;SC=TTTGGAAATGGAAAATATAGA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=100820988;WS=100820970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	100826773	rs2234524	C	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=706;SC=TCAGTCTTACCACAGCTGGCC;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=100826781;WS=100826763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	100831835	rs1998902	C	T	72.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.59;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	100832252	rs724392	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=1012;SC=GTTACGGAATCACCCAAAGGT;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=100832260;WS=100832242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	100832282	rs2146105	C	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=21;PP=1290;SC=AGTGACCTTGCGCACTTACAG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=100832290;WS=100832272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	100832391	rs724391	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=75;PP=2395;SC=GCCAAGGGAGTGTCACAGTTT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=100832399;WS=100832381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	100847523	rs2181170	T	C	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=100;PP=2965;SC=GAGAAGCGATTGGGGATCTTG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=207;WE=100847531;WS=100847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr14	100934602	rs4905966	C	T	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=55;PP=1621;SC=TATACGCTTGCGTGGCAGAGG;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=74;WE=100934610;WS=100934592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	101007034	.	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.229;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-2.028;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr14	101007072	rs6575788	C	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=48;PP=1370;SC=CCCTCTCTGGCCTCCACACTC;SOR=4.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=54;WE=101007080;WS=101007062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	101194944	rs10151914	T	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=4;PP=116;SC=TGGGGCGAGCTGGGGAGATGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=101194952;WS=101194934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	101198417	rs6575799	A	G	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=132;NR=57;PP=2965;SC=TGCCAACAACAGGACCTGCGT;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=132;TCR=57;TR=189;WE=101198425;WS=101198407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	101200445	rs17577779	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=11;PP=1928;SC=TGTTGTAGCCTAGCCCCTGAG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=79;WE=101200453;WS=101200435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	101200645	rs1802710	T	C	18020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=314;NR=344;PP=2965;SC=GCACTGACATTGGGGGCGACT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=659;TCF=314;TCR=345;TR=658;WE=101200653;WS=101200635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr14	101200860	rs1058009	G	A	10547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.731;SC=CGTCTGCCCAGCGGCTATGGG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=205;TCR=160;TR=363;WE=101200868;WS=101200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr14	101201273	rs7501	G	T	11456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=243;PP=2965;SC=TTGGAGTTCCGCAGAGCTTAC;SOR=1.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=161;TCR=244;TR=404;WE=101201281;WS=101201263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr14	101335604	rs12886011	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=427;SC=TGTGGGCATGAGTGCAGAGGA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=101335612;WS=101335594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	101340805	rs41286558	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=9;PP=534;SC=CTTGCACTGCGCTTCCGGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=101340813;WS=101340795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	101347037	rs34696219	AG	A	3600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=28;PP=2605;SC=TGCTGGAGACAGGGAGGCGTC;SOR=1.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=65;WE=101347045;WS=101347027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	101349017	rs6575805	A	G	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=59;PP=2603;SC=GGGAGAGCGCAAACGGCTGGT;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=136;WE=101349025;WS=101349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	101349764	rs34163305	C	T	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=75;PP=2965;SC=GCTGTGGGTACGGCTTCTCGT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=153;WE=101349772;WS=101349754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	101350298	rs3825569	T	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=37;PP=1688;SC=ACTCAAACACTTCGGACATGG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=101350306;WS=101350288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	101350670	rs35401447	C	CTCT	2650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=2046;SC=TCTGGTTTTGCTCTTGAGGAG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=39;WE=101350678;WS=101350660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	101391354	rs34857222	G	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=408;SC=ACAAAGAAATGTGTAAGTGAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=101391362;WS=101391344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	101396148	rs35436326	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=324;SC=CAAGGATCTTGTTCTTAGTTT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=101396156;WS=101396138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	101403072	rs1956732	T	C	261.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	101403075	rs1956731	C	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	101406011	rs1951026	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=16;PP=476;SC=ATGAGTCTAGGACCTTGTTCA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	101406022	rs1951025	T	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=383;SC=ACCTTGTTCATGGGCCTTTTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	101409763	rs35829821	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=31;PP=1227;SC=GAAGGTATACATGAATGAAGA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=101409771;WS=101409753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	101412173	rs11847325	G	C	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=147;SC=TTTTAGTAAAGAAGTATATGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=101412181;WS=101412163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	101418192	rs10713875	TG	T	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=12;PP=935;SC=GGCCCAAGCTTGGGACCAATG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=101418200;WS=101418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	101420572	rs8015089	G	A	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=TATCAAAGTGGCAGATTATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=101420580;WS=101420564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	101423634	rs12887775	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=36;PP=1044;SC=TATTTAAGAATATATAAGGAT;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=101423642;WS=101423624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	101429287	rs34448411	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=195;SC=ATACTGTTCTGTGGAATTTGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=101429295;WS=101429277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	101429459	rs72700530	G	C	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	101429568	rs16791	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=420;SC=TAGTTCATGAGTTTTGATTGT;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=101429576;WS=101429558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	101429659	rs17172	G	A	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=135;SC=ATTATGAAATGTGAGGTGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=101429667;WS=101429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	101431194	rs4547276	A	G	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=74;PP=2303;SC=GTCTGTTAGAAAAGATACATG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=111;WE=101431202;WS=101431184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	101431216	rs34144313	C	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=55;PP=1537;SC=CCCATTCTCTCTGTTTCAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=101431224;WS=101431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	101432440	rs111435301	C	CAGA	8408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=78;PP=2965;SC=AGGTCCATCACAGAAGTAGAG;SOR=0.947;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=10;TCR=85;TR=88;WE=101432448;WS=101432430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	101433552	rs2145502	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=39;PP=1058;SC=GTTCACTTCACTGTATTATTA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=101433560;WS=101433542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	101434356	rs4143956	A	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=492;SC=TTCAAGAATCATATTCTTTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=101434364;WS=101434346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	101435167	rs34991312	A	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=139;SC=ATATATAACGAATATTGGTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=101435175;WS=101435157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	101435371	rs12432302	A	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=42;PP=1375;SC=AGAAAAGAAAACCAGTTCTTT;SOR=1.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=101435379;WS=101435361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	101435515	rs35820579	T	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=116;SC=CAAGAAGTAATATTAATATGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=101435523;WS=101435505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	101436435	rs61991083	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=658;SC=AATAAATGAATGTATAAATGA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=101436443;WS=101436425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	101439870	rs1956727	G	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=871;SC=GACTGATGTGGATTTCTTATT;SOR=3.467;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=101439878;WS=101439860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	101439916	rs1956726	T	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=36;PP=1951;SC=GTATTAGTGTTAAATCAAAGA;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=101439924;WS=101439906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	101442218	rs12893444	A	G	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=122;PP=2965;SC=TACATGTCTGAAATTCTGAGG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=242;WE=101442226;WS=101442208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	101442793	rs12895798	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=21;PP=1392;SC=TAGAAATGAATTGAGGAAAAG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=101442801;WS=101442783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	101447373	rs34158896	T	C	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=99;PP=2965;SC=GGCGTATGAGTCATCTACAGT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=117;TCR=99;TR=216;WE=101447381;WS=101447363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	101447517	rs10131435	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=889;SC=ATACATTTTCATTCTATTTTT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=101447525;WS=101447507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	101453344	rs3742401	G	A	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=30;PP=1652;SC=TAAATTTAAAGACAACATAGA;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=101453352;WS=101453334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	101454403	rs35097045	G	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=848;SC=AAAGCTCTTGGATTTTTAAAA;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=101454411;WS=101454393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	101459660	rs12880424	C	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=54;PP=1630;SC=TAATAGAAATCTAATCTATTC;SOR=1.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=101459668;WS=101459650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	101495787	rs4906031	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=379;SC=GTGAAGGCTTGAAGAGCTTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=101495795;WS=101495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	101506158	.	TC	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=7.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,22:0.12:185
chr14	101507747	.	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=59;PP=1646;SC=TTACTTGCAATGATTATACAA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=101507755;WS=101507737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	101528524	rs117311466	C	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=49;PP=1483;SC=ACACCCCTCCCGTGAGCAAGA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=101528532;WS=101528514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	101531854	rs61992671	A	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=102;PP=2965;SC=CTGGTCCACTAGCCGTCCGTA;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=172;WE=101531862;WS=101531844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	102028109	.	G	A	13096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=225;PP=2965;SC=AAGGCGAGGAGGTGCCTCCCG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=459;TCF=234;TCR=225;TR=459;WE=102028117;WS=102028099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr14	102496394	rs3830916	AGT	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=3.845;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,10:0.12:82
chr14	102548224	rs2298877	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=51;PP=1839;SC=GGTAATACTCTTGGTTTCTAT;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=102548232;WS=102548214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	102549262	rs10782495	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=446;SC=AGCCACACACAACATAGTTTT;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=102549270;WS=102549252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	102550569	rs3742429	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=322;SC=ATTTAGTAGAGATGGGGTTTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=102550577;WS=102550559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	102550803	rs4947	G	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=66;PP=2239;SC=ACAATTTGATGTTGTTCTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=126;WE=102550811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	102551795	rs35308930	T	TTAA	5091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=42;PP=2924;SC=AAAAATTGACTTAATACATTC;SOR=0.822;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=66;WE=102551815;WS=102551785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	102552773	rs8004640	A	G	21676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr14	102552773	.	AAT	GAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=191;NR=248;PP=2947;QD=20;SC=GGCAACACGAAATTCCATCGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=196;TCR=256;TR=439;WE=102552783;WS=102552763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,439:0.97:452
chr14	102552775	rs3736807	T	G	21675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr14	102568296	rs10873531	G	A	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=55;PP=2630;SC=CCAGTGACGCGGTGACAGGGA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=137;WE=102568304;WS=102568286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	102568367	rs8005905	T	A	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=81;PP=2759;SC=CCAGACACCATCAGATGCCAG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=147;WE=102568375;WS=102568357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	102808554	rs34220197	CGTGGA	C	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=460;SC=CGGTCGTCACCGTGGAGCCAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	102808562	rs56144634	C	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=9;PP=269;SC=ACCGTGGAGCCAGAGCCCTCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	102815042	rs7011	C	T	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=70;PP=2820;SC=GGCCACCGTGCGCTTCAGGAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=151;WE=102815050;WS=102815032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	102891646	rs4906197	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AAGGGACGCCACCATATCTTC;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=102891654;WS=102891636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr14	102894593	rs1309353	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=12;PP=751;SC=ACAGGCCACAGTTGCTGGTTT;SOR=2.242;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=40;WE=102894601;WS=102894583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	102901201	rs10149146	A	G	9334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=168;PP=2965;SC=AGAGCAGGACATCCTAACCAG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=148;TCR=168;TR=316;WE=102901209;WS=102901191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr14	102904551	rs142320181	CCCCGCTCCCTGCT	C	1900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=2973;SC=AGGTTCGCCTCCCCGCTCCCT;SOR=2.356;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=25;WE=102904571;WS=102904541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	102918686	rs1190554	T	C	11529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=246;NR=150;PP=2965;SC=GCAGGCGGCTTGGTGCAGACA;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=247;TCR=151;TR=396;WE=102918694;WS=102918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr14	102919047	rs2295976	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=628;SC=CAAAACTGCCCGGCCTGTGTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=102919055;WS=102919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	102963128	rs11626608	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=921;SC=CACCTGACATTCTGGAGACAA;SOR=3.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=102963136;WS=102963127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	102964359	rs146599191	C	CGCCCAAGCTCCCAGCTCCATCTGT	2699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=485;SC=CCCAGACCTGCGCCCAAGCTC;SOR=4.548;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=9;WE=102964367;WS=102964349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	102964654	rs2403058	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=38;PP=1038;SC=CAGGGGCTTCAGAGTGACTCC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=102964662;WS=102964644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	103059220	rs1057881	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.80;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr14	103413941	rs8007924	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=274;SC=AGGCTGGAGGTTGAGACCCTA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=103413949;WS=103413931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	103414179	rs12886225	G	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=58;PP=1642;SC=GGAGACACGCGCACAGGACCC;SOR=1.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=103414187;WS=103414169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	103434530	rs2093414	T	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=31.36;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	103440282	rs1018550	G	T	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=113;PP=2965;SC=TTCCATCATCGGCATGAACGT;SOR=1.414;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=205;TCR=113;TR=316;WE=103440290;WS=103440272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr14	103440473	rs8009219	G	C	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=138;PP=2965;SC=GCTGTCGCTCGAGCCTGTTTG;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=64;TCR=138;TR=202;WE=103440481;WS=103440463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	103440618	.	TAC	T	39.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=1.150;SC=TTTTTTTACTTACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=103440627;WS=103440608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	103449773	rs2269322	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=0;PP=702;SC=GTCCAAACCCCGTCACCTCTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=25;WE=103449781;WS=103449767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	103449863	rs59675332	CA	C	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=6.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.056;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr14	103566904	rs1057640	G	A	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=98;PP=2965;SC=GTGTCAGCCAGCAGGCATCCA;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=169;WE=103566912;WS=103566894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	103568729	rs10142200	A	G	8970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=183;PP=2965;SC=CGGAGGAGGAAGCCCACCCTT;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=138;TCR=183;TR=321;WE=103568749;WS=103568719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr14	103570134	.	C	CGTGTGT,CGTGTGTGTGT	1540.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=49.70;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,23:0.26,0.74:31
chr14	103573070	rs117509675	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=672;SC=GGCTCTATTCCCCAGCCTGGT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=103573078;WS=103573060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	103574714	rs10144543	C	T	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=29;PP=2566;SC=TTGGGGCAGGCGGTGGCTCTG;SOR=2.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=93;TCR=29;TR=122;WE=103574722;WS=103574704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	103576395	rs729185	G	A	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=56;PP=2406;SC=CCATTCTGGCGCTGCGCCGAC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=136;WE=103576403;WS=103576385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	103576415	rs729184	A	G	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=58;PP=2680;SC=CTGGGCCGCCAGCGGAACCAG;SOR=1.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=149;WE=103576423;WS=103576405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	103576443	rs729183	TC	CG	7460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=57;PP=2947;SC=TGCAGCACACTCAAGACCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=146;WE=103576452;WS=103576433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	103576775	rs3870	C	T	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=86;PP=2769;ReadPosRankSum=1.094;SC=GTTTTGGGGCCGCAGAGCTCT;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=46;TCR=88;TR=132;WE=103576783;WS=103576765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr14	103576803	rs11355422	CG	C	2401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=57;PP=1369;SC=GCCTATCGGGCGGGGGGGGGC;SOR=1.759;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=66;WE=103576812;WS=103576793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	103852607	rs12436956	G	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=25;PP=1362;SC=GTTCGCGGGCGGGTCTGCGAA;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=103852615;WS=103852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	103852725	rs3825566	C	T	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=117;PP=2965;SC=ATTGTGCAAACGTGTGTGTCA;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=135;TCR=117;TR=252;WE=103852733;WS=103852715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	103928657	rs4906326	T	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=994;SC=TGAGTATTCATTATGTGTGAA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=103928665;WS=103928647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	103931879	rs1116095	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=26;PP=2244;SC=TTTTGTCTTGATGTTTTCCCT;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=101;WE=103931887;WS=103931869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	103932888	rs1951393	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=805;SC=AAGCACAAGTCATATGAACAG;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=103932896;WS=103932878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	103933556	rs8010247	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=793;SC=GAGCTGAAATACCCTGTATGT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=103933564;WS=103933546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	103934488	rs10137161	T	C	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=81;PP=2786;SC=AGAAGTGTTTTTTCAAGCCAA;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=147;WE=103934496;WS=103934465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	103946636	rs8014010	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=1;PP=858;SC=TAAAAGACTGACATTCCTATT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=103946644;WS=103946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	103986255	rs1803283	C	T	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=63;PP=2740;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CCAGCCGCTGCTCCATCTCGA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=155;WE=103986263;WS=103986245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,162:0.99:164
chr14	103987078	rs2071408	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=55;PP=1569;SC=AACACGGGGCGGGCGGGGGAA;SOR=4.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=61;WE=103987086;WS=103987068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	103988180	rs1136165	G	T	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=25;PP=1075;SC=TCTCGATGGCGCGGCGCTCCC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=103988188;WS=103988170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	103995489	rs2765038	C	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	103996396	rs2765037	G	A	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=62;PP=2516;SC=CAATGGTGGCGGTGCGTGTGC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=103996404;WS=103996386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	103996733	rs2756138	C	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1227;SC=CCTACAGACACATGTGGCTCC;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=103996741;WS=103996723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	104000802	rs11350625	AG	A	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=935;SC=CTCAGACCCTAGGGTGGGAGT;SOR=3.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=23;WE=104000810;WS=104000799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	104001517	rs2756119	G	A	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=99;PP=2965;SC=AGGAGGGAGGGGGGCATTGAC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=189;WE=104001525;WS=104001507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	104135774	rs145739696	A	AAAAAGAAAAAAAAAG	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=662;SC=CTGTCTAAAAAAAAAGAAAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=104135782;WS=104135764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	104136469	rs11333716	CT	C	9584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=89;PP=2965;SC=TAAATGTACTCTTATTTGGTT;SOR=1.238;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=149;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr14	104139570	rs11160757	G	T	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=82;PP=2748;SC=GAGTGCTTTCGTCCCAAGTCC;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=136;WE=104139578;WS=104139560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	104143928	rs4906357	A	C	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=97;PP=2965;SC=TTTTACATGAATTTTATTGAA;SOR=2.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=39;TCR=98;TR=136;WE=104143936;WS=104143918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	104166783	rs3212103	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=194;SC=GGGGAGGGTGACACAGCTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=104166791;WS=104166773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	104177190	rs139961690	A	AAC,AACAC	1038.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.55;ReadPosRankSum=0.942;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,12,19:0.35,0.56:34
chr14	104194196	rs1535100	C	G	6778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.797;SC=AGTGCGCCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=225;WE=104194204;WS=104194186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr14	104194278	rs1535099	C	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=65;PP=2000;SC=TGCACAGTCCCGCGCGCTCCG;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=104194286;WS=104194268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	104261002	.	TAA	T,TA	3192.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.298;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,37,113:0.23,0.70:161
chr14	104378852	rs8095	G	A	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=48;PP=2965;SC=CCAGGTAGCAGTGCATCTCAC;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=118;TCR=48;TR=166;WE=104378860;WS=104378842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	104394835	rs9324065	T	C	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=58;PP=2160;SC=TGCCGACGCCTGGGCCTTGAG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=144;WE=104394843;WS=104394825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	104394850	rs9324066	C	T	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=69;PP=2675;SC=CTTGAGGATGCTGCGGAAGCT;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=161;WE=104394858;WS=104394840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	104407788	rs78523783	A	G	5641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=76;PP=2965;SC=AAGAACTTCAAGTTGTCTTTG;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=198;WE=104407796;WS=104407778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	104429302	rs140667603	A	AGTGT,AGTGTGT	336.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5,5;NR=1,1;PP=107,86;SC=TTTGTATTTGAGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6,6;WE=104429310;WS=104429292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr14	104429453	rs6576013	A	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=36;PP=1369;SC=GCAGTGTGACATGCATCCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=104429461;WS=104429443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	104436931	rs11851097	C	T	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=83;PP=2714;SC=TCCGCAAACTCTTAAGAACAA;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=48;TCR=83;TR=131;WE=104436939;WS=104436921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	104441925	rs10147923	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=917;SC=TTATAGTGAGCGTACTCTTGT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=104441933;WS=104441915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	104452405	rs10143030	C	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=5;PP=984;SC=AGCACGTGTTCAGACATTGCT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=104452413;WS=104452395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	104452640	rs10143389	G	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=65;PP=2040;SC=TTGATGACTTGGATATGAAGG;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=104452648;WS=104452630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	104465037	rs10133836	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=42;PP=1431;SC=TGAGTTGGGCTTCTAAAACCA;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=85;WE=104465045;WS=104465027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	104470686	rs28391043	G	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1007;SC=ATTCACTTTGGTCATTGTCAA;SOR=4.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	104470698	rs151098927	GTTTATTTATTTA	G	857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=2995;SC=CATTGTCAAAGTTTATTTATT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=13;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	104471857	rs12147828	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=892;SC=CTCACTTTCCCGCTAACTCTG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=104471865;WS=104471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	104473253	rs4900607	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=11;PP=355;SC=TACCACAAACATATGAGGTAG;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=104473261;WS=104473243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	104475034	rs4906401	A	G	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=72;SC=TATTTCCCCTATGTATACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=104475042;WS=104475024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	104481016	rs7150795	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=0;PP=1236;SC=CTGCTCTGATGACATATGTAC;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=46;WE=104481024;WS=104481006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	104481083	rs11160779	T	C	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=79;PP=2965;SC=ATATGAAGAATTGAAGACTAG;SOR=1.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=139;TCR=80;TR=218;WE=104481091;WS=104481073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	104481200	rs59025288	A	AT	9164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=135;PP=2767;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TTTCCTGGATATTTTTTTTCC;SOR=1.114;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=178;TCF=17;TCR=161;TR=152;WE=104481208;WS=104481190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr14	104491086	rs72042212	TACACACACACAC	T	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=3000;SC=ACAGGAAGTTTACACACACAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=12;WE=104491105;WS=104491076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	104497543	rs10135507	C	T	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=117;PP=2965;SC=AGAAATATCTCATCCGGATTT;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=92;TCR=117;TR=209;WE=104497551;WS=104497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	104498472	rs4906405	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=514;SC=CTGCTTTTCTGTTTATAGATC;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=104498480;WS=104498462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	104498530	.	ATCTTT	A	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=142;QD=51.0;SC=GGAATGTGTTATCTTTTCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=104498542;WS=104498520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr14	104500427	rs10150865	A	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	104559623	rs941952	T	C	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=57;PP=2671;SC=CATCCTGACCTACGTCCTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=104559631;WS=104559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	104561998	rs1770983	T	C	10474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=168;NR=205;PP=2965;SC=GCCCAGGTAATCCCAGGGGCC;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=168;TCR=206;TR=373;WE=104562006;WS=104561988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr14	104563874	rs7156718	C	T	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=40;PP=2571;ReadPosRankSum=1.625;SC=TCAGCTACTCCGTGGCCTCTC;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=126;WE=104563882;WS=104563862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr14	104569709	rs1467844	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=176;SC=AGCCTGGCACAGGCCGGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=104569717;WS=104569699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	104569801	rs8012482	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=301;SC=GCTCTGAAAACAAGGGAGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=104569809;WS=104569791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	104570904	rs1744299	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=66;PP=1936;SC=CCACCCCTCATGGGCTGGGGG;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=114;WE=104570912;WS=104570894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	104571826	rs1744300	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1219;SC=GCAGCTGGGGACTGTGCACCC;SOR=2.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=55;WE=104571834;WS=104571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	104573690	rs1744301	A	G	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=74;PP=2753;SC=CAGGTAATGGAGCTAGGGCTG;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=137;WE=104573698;WS=104573679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	104575466	rs1771012	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=967;SC=GGCCGGTCCCCGTCCCTGTGC;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=104575474;WS=104575456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	104640481	rs2254205	G	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=64;PP=2440;SC=GCCTCGACCCGCAGGGACCAC;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=132;WE=104640489;WS=104640471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	104641792	rs2487305	C	T	8408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=163;PP=2965;SC=CCAGGAAGGCCGTGGGCACCC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=129;TCR=163;TR=292;WE=104641800;WS=104641782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr14	104642341	rs2487304	A	G	14596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=280;NR=247;PP=2965;SC=GGTCCCGGCCAGTCAGCATCA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=527;TCF=280;TCR=247;TR=527;WE=104642349;WS=104642331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr14	104643409	rs2487303	A	G	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=123;PP=2965;SC=AGGTAGAAGCAGCACACCGTC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=139;TCR=124;TR=262;WE=104643429;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr14	104643421	rs2487302	T	C	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=134;NR=127;PP=2965;SC=CACACCGTCTTGCCGGACACG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=134;TCR=128;TR=261;WE=104643429;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr14	104643721	rs2487301	C	A	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=68;PP=2640;SC=GCCCTGTGGCCGGTCCCAGAG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=104643729;WS=104643711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	104643859	rs2487300	A	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=36;PP=1797;SC=CCCCGGGCCGAGGTGGCTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=84;WE=104643867;WS=104643849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	104644099	rs2497297	T	C	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=116;PP=2965;SC=GTGGCAGCAGTGGCTATGAGA;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=224;WE=104644107;WS=104644089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr14	104647224	rs884996	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=22;PP=610;SC=AAAGATGCATCGATGGTTCCC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=104647232;WS=104647214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	104710505	rs7142555	T	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=498;SC=CATCTCTCAATAGTACTGCTG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=104710513;WS=104710495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	104710651	rs7141507	C	T	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=49;PP=2965;SC=CGGCTGGCTCCTGGCCTCGAC;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=143;WE=104710659;WS=104710641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	104940930	rs28453989	C	T	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=147;PP=2965;SC=CCTCACTCTCCCCTTAGAGCG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=146;TCR=148;TR=293;WE=104940938;WS=104940920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	104940967	rs28699424	G	A	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.098;SC=AATTAAGCTGGGGGCAAATGG;SOR=0.331;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=212;WE=104940975;WS=104940957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr14	104941016	rs28715110	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=63;PP=1892;SC=GAGGATGGGGGACTGCCCGGG;SOR=2.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=87;WE=104941024;WS=104941006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	105055118	rs111285011	TGACGGGCAG	T	4927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=2987;SC=CCTGCGGCTCTGACGGGCAGG;SOR=0.825;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=56;WE=105055134;WS=105055108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	105055171	.	CG	C	984	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=96;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=11;NR=30;PP=984;QD=24.6341463415;SC=TCAAGCACTCCGGGGGCTCCG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=41;WE=105055179;WS=105055161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,41:0.46:89
chr14	105070791	rs3803313	G	T	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=971;SC=GTCCCTTGCAGAGGAAGAAGA;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=105070799;WS=105070781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	105167807	rs4983530	C	T	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=52;PP=2462;SC=GCGCGGACCCCGAGCTGTGCA;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=137;WE=105167815;WS=105167797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	105172315	rs79559717	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=903;SC=AGGCTGCCCCGCCTGCGTGTT;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=105172323;WS=105172305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	105173862	.	ACCCCACCCCCAC	A	3624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=49;PP=2988;SC=GCAGGCGTCCACCCCACCCCC;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=85;TCF=0;TCR=85;TR=49;WE=105173881;WS=105173852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	105196365	rs33958252	T	C	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=55;PP=2011;SC=GAGTCTCCAGTTACTGAGTGG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=112;WE=105196373;WS=105196355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	105201596	rs7149183	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=384;SC=AGCCTCCACCTGCCCCACCAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=105201604;WS=105201586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	105207134	rs3803307	A	G	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=125;PP=2965;SC=GAGGACCAGCATGGACCATGA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=205;WE=105207142;WS=105207124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	105208037	rs4983539	A	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=1113;SC=CGGCCACTCCACCAGGACAGG;SOR=4.514;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=40;WE=105208045;WS=105208027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	105208057	rs4983384	C	T	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=10;PP=1644;SC=GCCAGGCTGGCGACCCCACGG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=68;WE=105208065;WS=105208047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	105208393	rs75268661	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=671;SC=CCAGGCAGGGGTGCCGGGGGT;SOR=2.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=105208401;WS=105208383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	105211426	rs7155192	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=283;SC=TCTCCCCACAGCGTTCCCCAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=105211434;WS=105211416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	105213101	rs76912679	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=869;SC=CCTGTTTTCCGCTGCGGGAGG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=105213109;WS=105213091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	105213343	rs6644	A	G	4986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=101;PP=2965;SC=TGTTTTAGTCACAGACTGAGC;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=177;WE=105213351;WS=105213333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	105213376	rs10254	C	T	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=69;PP=2099;SC=GCCCTGGCAGCGTCTGGACTT;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=101;WE=105213384;WS=105213366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	105219467	rs3809453	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=518;SC=ATGGGCGCGCAGCTGTGACGT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=105219475;WS=105219457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	105219976	rs12889167	T	C	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=42;PP=2965;SC=CCTGGTGCTTTCTCAGGACTG;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=109;TCR=42;TR=151;WE=105219984;WS=105219966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	105220210	rs7151424	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=74;PP=2365;SC=GCCACAGGTGGTCGGGGCAGG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=109;WE=105220218;WS=105220200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	105222037	rs1132975	C	T	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=50;PP=2579;SC=AAGGCTGTGCCGTCGTTCACC;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=144;WE=105222045;WS=105222027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	105223194	rs34992074	C	CAT	2491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=45;PP=2064;SC=AGAACACACACGTGTGGCCCC;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=45;WE=105223202;WS=105223184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	105223525	rs12590163	T	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=10;PP=896;SC=GGAGTGTTTGTGTAGTCTCCC;SOR=2.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=105223533;WS=105223515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	105223694	rs143402483	CAT	C	16389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=176;PP=2967;SC=CATCCAGACACATGTGGAACT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=51;TCR=180;TR=225;WE=105223703;WS=105223684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr14	105233095	rs2498804	C	A	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=65;PP=2110;SC=TCTAAGTGCTCAAGTCACTTT;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=122;WE=105233103;WS=105233085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	105238591	rs55839843	CCTGAG	C	2661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=10;PP=2257;SC=GCAGCAGGCTCCTGAGGTGAG;SOR=2.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=42;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	105238604	rs2498800	C	T	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=14;PP=1309;SC=GAGGTGAGGGCGAGTGTGTGG;SOR=2.082;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=64;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	105239192	rs2494732	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=559;SC=GTGTAGCCTGTAGCTGGGATG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=105239200;WS=105239182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	105239894	rs1130233	C	T	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=76;PP=2465;SC=AGAACACACGCTCCCGGGACA;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=128;WE=105239902;WS=105239884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	105242228	rs2498797	T	C	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=102;PP=2965;SC=CAAGCGTGGTTCCACAGCTGT;SOR=3.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=19;TCR=103;TR=121;WE=105242236;WS=105242218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	105242831	rs3001371	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=533;SC=CCAAACCCCACAGGCAGGACT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=105242839;WS=105242827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	105242966	rs2494735	T	C	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.078;SC=GCTGCCCAAGTGCCTGGCCTG;SOR=0.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=135;TCR=98;TR=232;WE=105242974;WS=105242956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr14	105246325	rs2494737	T	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=579;SC=AGCCCAGGACTTGGAGGCTCC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=105246333;WS=105246315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	105258892	rs2494748	CA	TG	21792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=285;NR=164;PP=2947;SC=CTACTACCCCCATCTCTCCCT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=470;TCF=295;TCR=175;TR=449;WE=105258901;WS=105258882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr14	105267579	rs12878684	A	G	10501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=214;NR=145;PP=2965;SC=GCCGCCTGAGACAGCAGCGCG;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=214;TCR=145;TR=359;WE=105267587;WS=105267569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr14	105268228	rs4983387	G	A	7375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=128;PP=2965;SC=CTCACTGTCCGAACAGGAGGA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=130;TCR=128;TR=258;WE=105268236;WS=105268218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr14	105309252	rs12895703	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=2.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	105309256	rs12894371	A	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=2.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	105309608	rs12878750	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=851;SC=TGATGGTCTGCGGGTGTGAGC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=105309616;WS=105309598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	105335049	rs12431850	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=250;SC=CCGGATGCACCGAGGGCTCTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=105335057;WS=105335039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	105344111	rs78118267	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=692;SC=TGGTGCCCCCGCGGCCCTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=105344119;WS=105344107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	105344157	rs75824199	G	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;QD=18.08;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	105344188	rs370824172	TCCCC	T	2574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=41.53;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	105344293	rs61995995	C	T	14744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=163;PP=2965;SC=TCATCCGCTTCGGCTACGATA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=180;TCR=163;TR=343;WE=105344301;WS=105344283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr14	105344318	rs2304758	G	A	14196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=160;PP=2965;SC=GCCCCTGAGCGTCCCTCCTCC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=151;TCR=160;TR=311;WE=105344326;WS=105344308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr14	105344347	rs2304757	C	G	7059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=141;PP=2965;SC=TTCTCAGTCCCCAGGACCACA;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=104;TCR=141;TR=245;WE=105344355;WS=105344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	105344419	rs34009344	A	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=69;PP=2205;SC=ACAGAGCACCAAGGATGACCC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=92;WE=105344427;WS=105344409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	105344603	rs41310934	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=961;SC=AGTCCTGGCCCGACCTTGGGA;SOR=3.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=39;WE=105344611;WS=105344593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	105344761	rs41317300	C	T	12492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=233;NR=214;PP=2965;SC=GCTCTGTGTTCGCCTTAACAC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=447;TCF=233;TCR=214;TR=447;WE=105344769;WS=105344751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr14	105344872	rs61995998	C	T	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=102;PP=2965;SC=GGCTCAGCCACGAGGGCTCAG;SOR=2.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=138;WE=105344880;WS=105344862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	105349220	rs2028415	T	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=34;PP=1523;SC=CAGAGGGTGGTGTGTGAAGGG;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=105349228;WS=105349210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	105349388	rs2028414	A	C	6843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=106;PP=2965;SC=CCAAGGGACCAGTGCAGCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=134;TCR=107;TR=240;WE=105349396;WS=105349378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	105349877	rs10145119	C	T	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	105349886	rs10145122	C	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	105349891	rs10145270	G	A	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	105349897	rs10145031	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.31;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	105350178	rs45449696	C	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=27;PP=2181;SC=GCCACAAGCACGAGGACGGCA;SOR=2.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=105350186;WS=105350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	105350355	rs2841236	A	G	11811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=214;NR=213;PP=2965;SC=ACGAGGACACACCCCGAAAGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=427;TCF=214;TCR=213;TR=427;WE=105350363;WS=105350345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr14	105350799	rs9788593	C	T	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=99;PP=2965;SC=AGGAGGAGGACGACAGCCTCA;SOR=0.829;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=211;WE=105350807;WS=105350789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	105350868	rs9788594	C	T	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=74;PP=2438;SC=TGGAGGAGGCCCGGAAGATGA;SOR=1.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=142;WE=105350876;WS=105350858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	105351637	rs2582549	A	G	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=16;PP=1548;SC=GGGGGTGGCCAGTGTCAGTGG;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=105351645;WS=105351627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	105351673	rs894038	C	T	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=46;PP=2761;SC=GCTTCTCTGACCCTCGGTGCC;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=141;WE=105351681;WS=105351663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	105352255	rs2251389	T	A	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=63;PP=2965;SC=CGGCAGGCCCTGGGTGGCGCG;SOR=1.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=174;WE=105352263;WS=105352245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	105352884	rs150426191	CGCAGGA	C	17770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.160;NF=70;NR=156;PP=2957;ReadPosRankSum=0.438;SC=GGACAGCAGACGCAGGAGCCC;SOR=0.295;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=248;TCF=81;TCR=167;TR=226;WE=105352897;WS=105352874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,402:1.00:403
chr14	105354293	rs2582548	A	G	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=76;PP=2479;SC=GGGCCCGCTCAGGCAGTGCCC;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=139;WE=105354301;WS=105354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	105356137	rs2919629	G	C	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=146;PP=2965;SC=GTGCCAGTGCGTTTTCTTGAG;SOR=1.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=72;TCR=146;TR=218;WE=105356145;WS=105356127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr14	105356240	.	CAAATGGATGGAT	CGATGGAT,C	341.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.039;NF=0;NR=6;PP=378;ReadPosRankSum=-2.614;SC=GATGGATGGACAAATGGATGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=105356259;WS=105356230;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:15
chr14	105356241	.	A	G	212	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=38;MMLQ=24;MQ=60.15;NF=0;NR=10;PP=212;QD=24.6771212547;SC=ATGGATGGACAAATGGATGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=105356259;WS=105356230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,10:0.62:16
chr14	105356247	.	ATGGATGG	A	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=1.039;QD=22.72;ReadPosRankSum=0.075;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr14	105359306	rs3742939	G	C	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=76;PP=2965;SC=TTTCCTGCCGGCTGCAGGCTG;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=185;WE=105359314;WS=105359296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	105359827	rs2247712	T	C	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=19;PP=2676;SC=AGCCTCTGCCTGGGGCCCACG;SOR=3.076;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=99;TCR=21;TR=118;WE=105359835;WS=105359817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	105360746	rs2841244	T	C	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;PP=2965;SC=CCCCTTGGCCTGCCCCCAGCC;SOR=1.506;Source=Platypus;TCF=69;WE=105360754;WS=105360736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	105363157	rs7152667	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=653;SC=CCCTGCACATAGGACAGACCA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=105363165;WS=105363147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	105363202	rs10147348	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=382;SC=TGCCACCAGGAGGCGGCCTGG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=105363210;WS=105363192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	105393556	rs2841280	G	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=47;PP=1976;SC=GTGGGACAGAGAGGCTGGCAC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=105393564;WS=105393546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	105415352	rs12890949	G	C	14171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=259;NR=254;PP=2965;SC=TTGGTAGTCAGGTCCTTGTTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=513;TCF=259;TCR=254;TR=513;WE=105415360;WS=105415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr14	105452035	rs10150682	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=6;PP=699;SC=GCGGGTCCTGAACGGCGGGGG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=105452043;WS=105452025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	105457771	rs2247140	A	G	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=20;PP=1406;SC=GCCGTGCCTCATGATCTCCTC;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=105457779;WS=105457761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	105461067	rs894039	C	T	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=CAAGCTCAAACTGACACTCTT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=105461075;WS=105461057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	105478102	rs3803294	G	A	15529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=284;NR=279;PP=2965;SC=AGCGGCACAGGTTGGGCTCCA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=563;TCF=284;TCR=279;TR=563;WE=105478110;WS=105478092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr14	105523663	rs7147439	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=50;PP=1359;SC=ATCAGATTGAGTCACAAGTTA;SOR=2.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=105523671;WS=105523653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	105608564	rs3742943	C	T	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=19;PP=2161;SC=CCACGAGTCCCACCGACAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=95;WE=105608572;WS=105608554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	105608921	rs145952626	G	GT	9809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.065;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.159;NF=59;NR=132;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GTTTTTGGTGGTTTTTTTACA;SOR=0.393;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=227;TCF=64;TCR=163;TR=191;WE=105608929;WS=105608911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,334:0.99:337
chr14	105609335	rs10149229	A	G	17255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=320;NR=323;PP=2965;SC=CCGGCCGCTCAATGGGGTTGC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=643;TCF=320;TCR=323;TR=643;WE=105609343;WS=105609310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr14	105611282	rs2272591	A	G	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=104;PP=2965;SC=CCACCTCCACAGCACTGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=220;WE=105611290;WS=105611272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr14	105612885	rs78262814	G	A	11631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=204;NR=196;PP=2965;SC=TCTGGCCCTCGGGGCTGGGTG;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=402;TCF=206;TCR=196;TR=400;WE=105612893;WS=105612875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr14	105614032	rs2242636	C	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	105614339	rs199708947	GGGCAGGT	G	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=1179;SC=AGGGGGCAGGGGGCAGGTGGC;SOR=1.839;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=23;WE=105614353;WS=105614329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	105615026	rs2242634	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=684;SC=TCAGGGTGATAAGGGGCCCAC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=105615034;WS=105615016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	105615648	rs9972231	C	T	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=86;PP=2733;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCACAAAGGTCGACATCCACC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=166;WE=105615656;WS=105615638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr14	105617550	rs3830678	C	CGCAGCCCCA	923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=624;SC=CAGCAGCCCCCGCAGCCCCAG;SOR=0.793;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=21;WE=105617558;WS=105617540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	105617891	rs2293806	C	T	12130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=241;NR=189;PP=2965;SC=ACCCCATCCCCAGCGAGTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=241;TCR=189;TR=430;WE=105617899;WS=105617881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr14	105618670	rs2238287	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=56;PP=1456;SC=TGAGCTGTGGTGCCTGAAAGG;SOR=1.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=105618678;WS=105618660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	105622056	rs2816679	A	G	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=194;PP=2965;SC=CCCTCCACGCAGCCCAGCGGC;SOR=1.036;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=149;TCR=195;TR=343;WE=105622073;WS=105622046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr14	105643619	rs10139596	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=32;PP=963;SC=AAGGACACACGGGCAGCTGAG;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=105643627;WS=105643609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	105643652	rs10139450	A	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=530;SC=CTCGCAGCTGAGGCCGGGTGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=105643660;WS=105643642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	105644151	rs1882848	T	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=50;PP=1644;SC=CACAGACCCATTGCACCCACT;SOR=1.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=73;WE=105644159;WS=105644141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	105905126	rs4983620	C	T	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1661;SC=GTGGGGGCTACGCCAGCTCCT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=105905134;WS=105905116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	105911639	rs6576102	G	A	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=10;PP=2158;SC=CCCGAGGGGTGGTGTGGTTAC;SOR=3.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=82;TCR=10;TR=92;WE=105911647;WS=105911629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	105916420	rs4983409	C	T	15457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=310;NR=245;PP=2965;SC=AAATGGAGAACCCGGAAATGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=557;TCF=310;TCR=247;TR=555;WE=105916428;WS=105916410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr14	105924538	rs7492915	G	A	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=7;PP=1307;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CCCCGCACCCGGGGAGGAGAG;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=57;WE=105924546;WS=105924528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr14	105924786	rs4074001	G	A	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=73;PP=2436;SC=GGTGGGTGTTGGGGACGTGAC;SOR=1.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=113;WE=105924794;WS=105924776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	105929443	rs7143366	C	T	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=6;PP=2222;SC=GCCTTCTGGCCGCAGCCCTGC;SOR=4.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=80;TCR=6;TR=86;WE=105929451;WS=105929433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	105929505	rs56013805	G	A	8815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=205;NR=127;PP=2965;SC=TGTGTGACACGCCTCCTCCCA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=207;TCR=130;TR=332;WE=105929513;WS=105929495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr14	105929745	rs74092385	C	T	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=44;PP=1963;SC=GTGGTGCTCTCCTCTCCGTAG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=88;WE=105929753;WS=105929735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	105931585	rs4983339	A	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=38;PP=1144;SC=ACCCAAGCTCATGCACTGGTG;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=105931593;WS=105931575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	105932636	rs34378689	C	CAG	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=1062;SC=GATGGGGCCTCGGGTGGGGGC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=105932644;WS=105932626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	105935721	rs10150545	A	G	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=30;PP=2322;SC=CCATTGTCCCAAGGTGGCTGA;SOR=1.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=111;WE=105935729;WS=105935711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	105935824	rs13707	G	A	9808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=178;PP=2965;SC=CCACGGACAGGCCAGGCACAT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=184;TCR=178;TR=362;WE=105935832;WS=105935814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr14	105936064	rs10150915	A	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=223;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=708;SC=GGTCCGTGTAACTCACTGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=105936072;WS=105936054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	105936100	rs144496498	A	ACCTTGGCTGGTGGCC	3656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=2900;SC=CAGGCACAGCACCTCCCAGCG;SOR=3.578;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=35;WE=105936108;WS=105936090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	105953474	rs7160858	G	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=277;SC=CGAGGGGCGGGGTCTCCAAGG;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=105953482;WS=105953464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	105953595	rs7140395	T	C	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	105954682	rs1128308	C	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=84;PP=2540;SC=AAGGCAAACCCTACTGCAACC;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=135;WE=105954690;WS=105954672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	105954739	rs7145303	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=28;PP=796;SC=TGCTCCCGTCATCCCCACCCC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=105954747;WS=105954729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	105962234	rs7494350	T	C	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=55;PP=2779;SC=GAGCGGGAGCTGCCCAAAACC;SOR=1.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=156;WE=105962242;WS=105962224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	105962369	rs7494717	A	G	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=99;PP=2965;SC=ACTGGGCAGCACCCTTGGATC;SOR=1.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=156;WE=105962377;WS=105962359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	105996049	rs10569304	TGCC	T	6596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=103;PP=2988;SC=CGCAACTCGGTGCCGCCGCCG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=12;TCR=149;TR=111;WE=105996059;WS=105996039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	106053559	rs201836307	A	G	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=141;PP=2965;SC=GAACCAGCACATCCTTGGGGC;SOR=1.304;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=104;TCR=141;TR=244;WE=106053567;WS=106053549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	106053577	rs145663539	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=115.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQRankSum=-10.532;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.494;SOR=7.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,46:0.22:205
chr14	106054748	rs74519992	G	A	7810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=928;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-9.255;QD=8.43;ReadPosRankSum=4.841;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,381:0.41:927
chr14	106054791	rs73357622	G	T	14572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=4.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-8.411;QD=21.62;ReadPosRankSum=4.922;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,380:0.56:674
chr14	106054796	rs74091253	A	G	14280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=4.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-8.006;QD=22.67;ReadPosRankSum=4.924;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,356:0.57:630
chr14	106054812	rs111444508	C	T	12481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.893;NF=72;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.914;SC=CTCTCCTCTACACTGGAGGAA;SOR=0.488;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=368;TCF=130;TCR=238;TR=171;WE=106054820;WS=106054802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,300:0.60:502
chr14	106054854	.	A	T	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.006;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-5.643;QD=16.83;ReadPosRankSum=-3.570;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,72:0.47:154
chr14	106054858	.	T	C	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.187;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-5.873;QD=17.95;ReadPosRankSum=-4.091;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr14	106066427	.	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.678;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=43.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-1.372;QD=0.62;ReadPosRankSum=-3.410;SOR=4.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,27:0.12:225
chr14	106066454	rs4983454	T	C	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=3.339;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.96;MQRankSum=-1.785;QD=28.29;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr14	106067618	rs12884681	G	A	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.470;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TCTTGCCCCCGCGTCCTGGCC;SOR=0.759;Source=Platypus;TCF=127;TR=107;WE=106067626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,108:0.43:249
chr14	106091555	rs35035896	C	T	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.421;NF=74;NR=68;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CCCCCAGGAACTCAGGTGCTG;SOR=0.507;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=292;TCF=162;TCR=130;TR=142;WE=106091563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,151:0.50:304
chr14	106110330	rs8014709	T	C	9184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=127;PP=2965;SC=CCAGCTGGGGTCTGTCCCTGG;SOR=1.053;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=178;TCR=127;TR=305;WE=106110338;WS=106110320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr14	106173790	rs17349690	A	G	10533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.032;NF=223;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=1.418;SC=GAACCAGCACATCCTTGGGGC;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=482;TCF=225;TCR=257;TR=478;WE=106173798;WS=106173780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,402:0.99:406
chr14	106173808	rs371291470	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=92.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQRankSum=-10.783;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=6.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,41:0.10:399
chr14	106174081	rs148399076	C	T	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.791;NF=142;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GCTTTGCAAACCAGAGCACTG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=530;TCF=316;TCR=214;TR=237;WE=106174089;WS=106174071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,233:0.44:530
chr14	106174518	rs12433324	A	G	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=130;PP=2965;SC=GTCAGCACATACTTCCCCATG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=91;TCR=130;TR=221;WE=106174526;WS=106174508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	106174628	rs77866673	A	G	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=30;PP=2068;SC=TGTGGGGAACACGGGTGCAGG;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=106174636;WS=106174618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	106175037	rs58621233	C	CATGCCATG	9409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.04;QD=46.35;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	106175040	rs59809572	C	CCCAGGAGGACAG	7432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.37;QD=53.09;SOR=3.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	106175044	rs57258431	A	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.50;QD=51.65;SOR=4.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	106175045	.	T	TG	3987.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.64;QD=51.79;SOR=3.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	106175046	.	A	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.10;QD=49.69;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	106188076	.	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=13;PP=1123;SC=GTCTGGCCAGCCCTCCCCACT;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=106188084;WS=106188066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	106188155	rs78793953	C	T	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQRankSum=-0.773;QD=16.06;ReadPosRankSum=2.539;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,106:0.73:146
chr14	106188230	rs1134590	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.79;QD=30.74;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106188622	rs112469783	T	C	596.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.098;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.94;MQRankSum=-1.322;QD=23.87;ReadPosRankSum=0.667;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr14	106209340	rs11552998	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=22;PP=879;SC=AGCCCAGGGCTGCTGTGCCCC;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=106209348;WS=106209330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	106235485	rs112228168	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=12;PP=1056;SC=CCATGCTGGGTGCCCGGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=106235493;WS=106235475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	106235504	rs8082	C	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.837;NF=20;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=0.632;SC=AGTATGTACACGGGGTACGTG;SOR=0.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=29;WE=106235512;WS=106235494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr14	106235528	rs368273969	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQRankSum=-2.840;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr14	106235535	rs371721170	C	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQRankSum=-2.614;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.544;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,29:0.24:123
chr14	106235611	rs1051112	A	T	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.74;QD=43.54;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	106235614	rs4042056	C	T	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.08;QD=44.36;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	106235729	rs139413052	T	C	62.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.86;MQRankSum=-1.282;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr14	106235921	rs60232559	C	T	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=1.254;NF=62;NR=38;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GTTGGCACAGCGGTCACTCCC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=100;WE=106235929;WS=106235911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr14	106236141	rs60746425	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=807;SC=TGCTCCTCCCGCGGCTTTGTC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=106236149;WS=106236131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	106236910	rs376878843	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.26;MQRankSum=-0.664;QD=29.01;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=4.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr14	106237105	rs2753552	A	G	7637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=108;NR=158;PP=2965;SC=GAGAGAAGGTATCTGAGCTGA;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=108;TCR=159;TR=266;WE=106237113;WS=106237095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr14	106237568	rs201430154	G	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.48;QD=27.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	106237642	rs2983777	T	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=359;SC=TCACCGGTTCTGGGAAGTAGT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=106237650;WS=106237632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	106303846	rs1005582	C	T	7604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=121;PP=2965;SC=GTGGACAGGGCGGTCCACAGG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=153;TCR=121;TR=274;WE=106303854;WS=106303836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr14	106303948	rs1005581	A	G	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=92;PP=2803;SC=GGGGAGGAACAGGGGCTGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=45;TCR=92;TR=137;WE=106303956;WS=106303938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	106307418	rs2753492	G	A	8910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=138;PP=2965;SC=GGACCTTCCCGGCCACCTCCC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=170;TCR=138;TR=308;WE=106307426;WS=106307408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr14	106310962	rs3751509	C	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=458;SC=AGTCTGCTGGCTGTTTGGCAT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=106310970;WS=106310952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106311374	rs2856940	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=3;PP=84;SC=GAAGAAGGGAAGGGCCGCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=106311382;WS=106311364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	106318342	rs2256593	T	C	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=123;PP=2965;SC=ATGCTTTCCCTGTGGTCGGGA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=92;TCR=124;TR=215;WE=106318350;WS=106318332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	106318440	rs2256589	T	C	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	106318450	rs2753504	G	A	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	106321590	rs12365	C	A	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=43;PP=2463;SC=CTCACCGGGGCCACACATGGA;SOR=1.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=128;WE=106321598;WS=106321580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	106321913	rs1136534	G	A	6382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=98;PP=2965;SC=GAGGCAGCTCGGCAATCACTG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=120;TCR=98;TR=217;WE=106321921;WS=106321903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr14	106322388	rs2753506	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=34;PP=1036;SC=CCTGCCTGTCGGGGCTGAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=106322396;WS=106322378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	106329435	rs1950943	T	G	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=101;NR=68;PP=2965;SC=GTGGTCCCTTTGCCCCAGACG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=169;WE=106329443;WS=106329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	106329449	.	ATG	A	8518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	106329451	.	GTA	ACC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=89;NR=69;PP=2937;QD=20;SC=AGACGTCCATGTAGTAGTAGT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=158;WE=106329461;WS=106329440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,158:0.88:180
chr14	106329453	.	A	ACC	8578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	106330320	rs2857385	A	C	14666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=302;NR=210;PP=2965;SC=GCCCCCCAGGATGCTCCGGGG;SOR=1.023;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=302;TCR=210;TR=512;WE=106330328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr14	106330370	rs2857384	G	A	18879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=323;NR=353;PP=2965;SC=TTTCCCCCCAGAAATGCAGCA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=681;TCF=325;TCR=356;TR=676;WE=106330378;WS=106330359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr14	106346740	rs2244932	A	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=988;SC=CCCGGCCCCCATCCTCACCAT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=106346748;WS=106346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	106346795	rs2244930	G	T	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=40;PP=1915;SC=GGTCATGAGGGCTGGGAAGGT;SOR=1.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=106346803;WS=106346771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	106346990	rs2244917	G	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=667;SC=TGGGCTGCTGGGTGGGGTCTC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=106346998;WS=106346980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	106347467	rs2516984	A	C	10235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=192;PP=2965;SC=GGGGCCTTCCATTGCTGGGCT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=173;TCR=192;TR=364;WE=106347475;WS=106347457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr14	106350569	rs2516978	C	T	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=12;PP=2645;SC=GTGCAGGGCACCAGCCCATCG;SOR=3.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=92;TCR=12;TR=103;WE=106350577;WS=106350559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	106350623	rs2753523	G	C	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=105;PP=2965;SC=GGTCTGGGCAGAAACCCTCGG;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=185;TCR=106;TR=289;WE=106350631;WS=106350613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr14	106350696	rs2857368	A	G	14011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CTGCGAGTCCAGTCAGTTTTT;SOR=0.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=523;TCF=262;TCR=261;TR=520;WE=106350709;WS=106350686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,530:1.00:531
chr14	106354353	rs2516972	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=15;PP=982;SC=AGCCCCTCAGCCCCAGGAGTG;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=106354361;WS=106354347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	106356974	rs2753529	G	C	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=88;PP=2965;SC=TGGGTTCAGGGCGGCTGCTCC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=181;WE=106356982;WS=106356964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr14	106357749	rs2254707	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=90;PP=2520;SC=AGAGGCCAGCCACCTCACAAC;SOR=3.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=15;TCR=90;TR=105;WE=106357757;WS=106357739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	106359259	rs2857366	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=264;SC=TCCCACTGAGAGAACCCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=106359267;WS=106359249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106359495	rs34536736	C	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.50;QD=21.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	106361418	rs2753533	T	C	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=94;PP=2965;SC=CGATCAAAATTGTAACATGGC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=225;WE=106361426;WS=106361408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr14	106361561	rs61993631	GC	AT	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=44.54;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	106361564	rs61993633	A	T	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=45.95;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	106380144	rs149711953	G	A	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	106380174	rs2157630	C	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=32;PP=1469;SC=GCTGTGGCAGCAGGTTCCCAG;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=106380182;WS=106380164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	106436780	rs67875134	A	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=97;PP=2965;SC=TCCATCTTGCATATAAACGTT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=167;WE=106436788;WS=106436770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	106437036	rs71405043	TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA	T	5291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.31;QD=44.85;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	106452628	rs7144717	T	G	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=28;PP=2914;SC=CCTCCTCCCTTGGGTTTCTGA;SOR=2.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=97;TCR=28;TR=125;WE=106452636;WS=106452618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	106452817	rs1065059	A	G	15180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=267;NR=288;PP=2965;SC=GGGTTGATCCATCCCATCCAC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=555;TCF=267;TCR=288;TR=555;WE=106452825;WS=106452807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr14	106471268	rs1143505	A	G	18356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=45.21;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr14	106471273	rs77346190	C	T	18555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=44.08;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr14	106471353	rs34069216	C	T	19668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.352;NF=357;NR=341;PP=2965;ReadPosRankSum=0.368;SC=CCCTGGAACTCCTGTGAATAT;SOR=0.243;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=702;TCF=361;TCR=341;TR=698;WE=106471361;WS=106471343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,723:1.00:724
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chr14	106471522	rs111605692	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=11.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-0.466;QD=1.05;ReadPosRankSum=-3.394;SOR=1.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,29:0.09:310
chr14	106471528	rs35966079	C	A	10953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=15.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=0.598;QD=37.51;ReadPosRankSum=4.489;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,268:0.92:292
chr14	106471534	rs36065697	A	G	11479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;QD=41.00;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:20,260:0.93:280
chr14	106471547	rs1143496	A	G	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=141;SC=CTGGGAGTGGACACCTGTAGA;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=122;TCR=142;TR=263;WE=106471555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr14	106471580	rs56320742	GC	TT	8252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=93;PP=2947;SC=GTGGATGGAAGCCCCCTTGAC;SOR=0.771;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=94;TCR=100;TR=186;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	106471595	rs34652473	T	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=96;PP=2965;SC=CTTGACTGGCTTCGATCCCTT;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=182;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	106471685	rs34315295	G	A	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=90;PP=2965;SC=AGTCCATGGTGAGGAGTTGTG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=163;WE=106471693;WS=106471675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	106478137	rs147818197	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=70.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.945;NF=53;NR=6;PP=1310;ReadPosRankSum=0.334;SC=CGGCCGTGTCCGCGGCGGTCA;SOR=5.668;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=59;WE=106478145;WS=106478127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr14	106478194	rs76899215	C	T	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=60;PP=2965;SC=TGTCTACTGACATGGTGACTC;SOR=1.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=120;TCR=60;TR=179;WE=106478202;WS=106478184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	106478311	.	A	ACCACTG	13032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=107;PP=2967;SC=AGTAGTAACTACTGATGGAGC;SOR=1.175;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=15;TCR=124;TR=121;WE=106478319;WS=106478301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr14	106478355	rs202003233	C	G	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=72.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQRankSum=3.026;QD=36.67;ReadPosRankSum=-2.053;SOR=3.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,103:0.91:113
chr14	106478356	rs200185933	C	T	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=84.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.11;MQRankSum=2.988;QD=38.02;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=3.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,98:0.90:109
chr14	106478401	rs78225485	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=63.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=4.220;QD=12.69;ReadPosRankSum=-2.582;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr14	106494269	rs12895651	T	C	7476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=128;NR=118;PP=2965;SC=TTATCATCATTCCAATAAATG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=128;TCR=119;TR=246;WE=106494277;WS=106494259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr14	106518415	rs188349361	C	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=20.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQRankSum=-4.247;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,63:0.21:302
chr14	106578952	rs11160922	A	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=18;PP=1412;SC=TGATTCATTCAACAATCCCTG;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=106578960;WS=106578942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	106667902	rs58794564	A	AC	17302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=184;PP=2936;SC=ACACAGAGACACCTGGTCAGA;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=116;TCR=192;TR=291;WE=106667910;WS=106667892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr14	106780586	rs202192620	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-8.548;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,26:0.21:124
chr14	106780597	rs200197121	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=8.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-10.213;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,34:0.22:155
chr14	106780647	rs112563792	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-14.286;QD=1.28;ReadPosRankSum=2.654;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,42:0.14:291
chr14	106780672	rs369837485	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=6.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-15.447;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.187;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,34:0.11:310
chr14	106780803	rs200533358	C	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=23.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-11.566;QD=0.75;ReadPosRankSum=-3.501;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,20:0.14:146
chr14	106780817	rs8009554	A	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=25.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-10.668;QD=2.40;ReadPosRankSum=-2.265;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,26:0.20:131
chr14	106791006	rs10148365	C	T	10185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.376;NF=281;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.400;SC=CACTGTGTCTCTCGCACAGTA;SOR=0.835;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=596;TCF=405;TCR=191;TR=407;WE=106791014;WS=106790996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,417:0.68:611
chr14	106791119	rs4502119	A	G	7820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.128;NF=237;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=0.040;SC=CGGAGTCTGCATAGTATTTAT;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1479;TCF=749;TCR=730;TR=451;WE=106791139;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1009,459:0.31:1468
chr14	106791131	rs10148460	A	G	8351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.460;NF=225;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=1.255;SC=AGTATTTATTACTTCCATCAT;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1447;TCF=714;TCR=733;TR=448;WE=106791139;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:984,457:0.32:1441
chr14	106791200	rs8017285	GC	AG	9282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-1.290;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,273:0.30:910
chr14	106805236	rs61740539	C	T	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.052;NF=36;NR=13;PP=821;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CGGCCGTGTCCGCGGCAGTCA;SOR=1.017;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=99;TCR=39;TR=49;WE=106805250;WS=106805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
chr14	106805242	rs61740532	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=17.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-8.159;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,24:0.16:153
chr14	106805278	rs61739320	A	G	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=7.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.148;NF=101;NR=32;PP=2874;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ACTGGTTCTTAGACGTGTCTA;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=245;TCF=181;TCR=64;TR=133;WE=106805290;WS=106805268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,130:0.54:241
chr14	106805282	rs199855112	G	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-15.380;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,28:0.10:268
chr14	106805299	rs61739267	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=4.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-18.211;QD=0.93;ReadPosRankSum=-2.069;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,38:0.11:352
chr14	106805341	rs200481782	G	A	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-17.260;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,104:0.15:680
chr14	106805343	rs200864088	A	G	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-17.151;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:586,107:0.15:693
chr14	106805380	rs201158628	G	T	3765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-17.512;QD=4.60;ReadPosRankSum=3.983;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:680,138:0.17:818
chr14	106805381	rs77489245	T	G	11759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.814;NF=219;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=2.083;SC=CTTCCCTGGGTGCTGGCGGAT;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=832;TCF=431;TCR=401;TR=437;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,425:0.52:820
chr14	106805386	rs199616126	G	C	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-17.355;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.953;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:660,149:0.18:809
chr14	106805395	rs61995641	G	A	4860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.738;NF=126;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GGCGGATCCAGCTCCAGTAGT;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=837;TCF=416;TCR=421;TR=268;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:553,272:0.33:825
chr14	106805402	rs117757529	T	G	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-11.906;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:656,167:0.20:823
chr14	106805408	rs61995642	C	T	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FS=2.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=5.173;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:551,247:0.31:798
chr14	106805439	rs142283571	T	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQRankSum=-6.414;QD=2.42;ReadPosRankSum=2.013;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,124:0.20:612
chr14	106805440	rs6576153	A	G	23958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=250;NR=349;PP=2962;SC=CAGAGACAGTACAGGTGAGGG;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=599;TCF=250;TCR=349;TR=599;WE=106805448;WS=106805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr14	106805481	rs111274188	G	A	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQRankSum=-5.905;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,69:0.19:368
chr14	106805485	rs113376532	C	G	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=3.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-5.720;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,63:0.18:355
chr14	106805502	rs200772933	C	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQRankSum=-6.487;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,47:0.15:304
chr14	106805508	rs4462488	G	A	9059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=201;PP=2962;SC=TGCACCTGGGGCAGGACCCCT;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=97;TCR=202;TR=298;WE=106805516;WS=106805492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr14	106805533	rs144243881	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=38.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-7.386;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.172;SOR=5.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,20:0.09:233
chr14	106845193	rs10129987	C	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.28;QD=33.26;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	106845209	rs10129994	C	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.726;NF=28;NR=0;PP=737;ReadPosRankSum=0.945;SC=ATGTGCACCTCCTCTGGGGTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=28;WE=106845217;WS=106845199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr14	106859131	rs61997353	G	C	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=7;PP=407;SC=TATGAATATCGTAGGGCTGCC;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=106859139;WS=106859121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106859191	rs61997354	G	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.94;QD=32.30;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106859351	rs1008525	G	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.77;QD=28.38;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	106866565	rs58308167	C	A	15574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=273;NR=296;PP=2965;SC=CCCACTCCAGCCCCTTCCCTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=570;TCF=274;TCR=296;TR=569;WE=106866573;WS=106866555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr14	106877551	rs8020298	A	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=56;PP=1890;SC=TGCACCTGCGACCGCCCCCTC;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=106877559;WS=106877541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	106922052	rs10782500	T	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=819;SC=AATTGCATATTTAGGCTATTT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=106922060;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106922368	rs6576168	C	T	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=75;PP=2054;SC=AGTAAAAACACAGGACTCATA;SOR=2.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=105;WE=106922376;WS=106922358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	106926107	rs7401587	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=16;PP=1678;SC=GTGTCTTGAGTGGCCTCTGCA;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=77;WE=106926115;WS=106926097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	106926328	rs61999676	A	C	19042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=363;NR=335;PP=2965;SC=CCACCATCCCAACTAATAAGA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=699;TCF=363;TCR=336;TR=698;WE=106926336;WS=106926318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr14	106926362	rs61999677	C	T	16785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=288;NR=321;PP=2965;SC=GACCCTTCCCCGGAGCTTGAC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=611;TCF=288;TCR=323;TR=609;WE=106926370;WS=106926352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr14	106926388	rs2467910	T	C	14386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=231;NR=274;PP=2965;SC=CAGTGCATGGTATAATCATCA;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=506;TCF=232;TCR=274;TR=505;WE=106926396;WS=106926378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr14	106926456	rs79008247	A	C	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=136;PP=2965;SC=CTGTACCACGACTCCCCCAGA;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=107;TCR=137;TR=242;WE=106926467;WS=106926446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	106937400	rs10134807	T	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1259;SC=ATGATTTTTTTAAAAAGCACA;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=106937408;WS=106937390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	106937467	.	G	GC	257.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=316;SC=ACTTTGAGAGGCAAGGTGGGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=106937475;WS=106937457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	106940351	rs142032068	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=37.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-13.617;QD=0.53;ReadPosRankSum=-2.980;SOR=3.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,25:0.11:222
chr14	106963101	rs7141669	C	T	12056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=196;PP=2965;SC=AGCGCTTGTCCGGGGGCCTGT;SOR=0.925;Source=Platypus;TCF=196;WE=106963109;WS=106963091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr14	107034981	rs2731202	G	C	13757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=259;NR=234;PP=2965;SC=GAGACTCCCCGGGCTTTTTCA;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=496;TCF=262;TCR=234;TR=493;WE=107034989;WS=107034965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr14	107048885	rs200064890	C	T	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=5.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQRankSum=-7.746;QD=9.57;ReadPosRankSum=-2.182;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,153:0.47:329
chr14	107048944	rs35850880	A	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.59;QD=30.49;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	107082871	rs144729059	A	ATGC	2345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=13;PP=897;SC=AAATCAAGAGATGAGAAGCTT;SOR=1.402;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	107082879	rs59681319	C	CG	2302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.20;QD=46.05;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	107082880	.	T	G	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=48.44;NF=11;NR=13;PP=434;QD=19.5321338561;SC=GATGAGAAGCTTGATATATAT;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=24;WE=107082905;WS=107082861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,24:0.71:34
chr14	107082881	rs59072447	T	TA,TTAG	2212.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=765;SC=ATGAGAAGCTTGATATATATT;SOR=1.562;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:48
chr14	107082882	rs61261254	G	GA	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.67;QD=47.12;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	107082889	rs4043174	A	ATTT	1783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=779;SC=CTTGATATATATTTAATCTGT;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	107082897	rs2337902	T	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=783;SC=ATATTTAATCTGTAAGCTATA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	107113851	rs2072045	C	T	13087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=234;NR=225;PP=2965;SC=TTCACAGAGTCTGCATAATAT;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=462;TCF=237;TCR=225;TR=459;WE=107113859;WS=107113841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr14	107114009	rs11846079	T	C	10420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=198;NR=147;PP=2965;SC=GACCAAGCCTTCCCCAGACTC;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=198;TCR=149;TR=345;WE=107114017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr14	107114193	rs2073670	A	G	9355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=217;PP=2965;SC=CCCAAACTCCATCATGACTCT;SOR=1.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=113;TCR=217;TR=329;WE=107114201;WS=107114183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	107131164	rs6423677	A	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.88;QD=28.23;SOR=5.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	107131246	rs141606676	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.12;QD=32.10;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	107131290	rs149638514	T	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.45;QD=42.86;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	107131300	rs34376395	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.26;QD=42.76;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	107170055	rs8009570	G	A	23057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=43.59;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,526:0.99:529
chr14	107170062	rs55891010	A	G	22862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=43.97;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,517:0.99:520
chr14	107170077	rs11845244	C	T	13803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=3.001;SC=GGGATGATCCCTCCCATCCAC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=474;TCF=227;TCR=247;TR=468;WE=107170085;WS=107170067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,494:0.99:499
chr14	107170128	rs11558005	C	T	9837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.636;SC=CAGCTGATAGCATAGCTGCTG;SOR=0.360;Source=Platypus;TCF=148;WE=107170136;WS=107170118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr14	107170207	rs11845287	C	T	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.691;SC=CAGCCCCAGACTGCACCAGCT;SOR=0.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=200;WE=107170227;WS=107170197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr14	107170219	rs2187989	C	G	6802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.627;SC=GCACCAGCTGCACCTGGGACT;SOR=0.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=92;TCR=125;TR=216;WE=107170227;WS=107170197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr14	107170398	rs4448834	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=63;PP=1857;SC=GGGGCTTCTTCAGAGGAGGAA;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	107170410	rs10220412	G	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=56;PP=1701;SC=GAGGAGGAATGTGGTTGTTAT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	107178795	rs10144331	A	G	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=36;PP=2706;SC=TTGTACAGGAAGCGCCCTGGG;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=118;WE=107178803;WS=107178785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	107178832	rs10144402	A	G	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=70;PP=2965;SC=TCCGTGCACAATAATACGTGG;SOR=1.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=189;WE=107178840;WS=107178822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	107178941	rs10133751	T	A	9424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=168;PP=2965;SC=TGTGCTGTAGTATTTATCATC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=161;TCR=168;TR=328;WE=107178949;WS=107178931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
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chr14	107179106	rs10144703	C	T	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.096;NF=85;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.899;SC=ACCAGACTCCCTCAAGGTGAC;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=141;WE=107179114;WS=107179096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
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chr14	107282785	.	TG	CT	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.819;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=27.217;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-13.808;QD=2.35;ReadPosRankSum=-2.934;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,24:0.12:202
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chr14	107282809	rs201928713	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=31.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-14.508;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=3.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,32:0.14:221
chr14	107282813	rs199801132	CA	AG	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=32.049;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-14.521;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=2.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,36:0.16:221
chr14	107282846	rs200859769	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=44.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-15.671;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=2.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,69:0.27:259
chr14	107282852	rs201336503	T	C	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=26.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-15.689;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=1.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,79:0.30:266
chr14	107282859	rs201095197	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=26.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-14.855;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,90:0.32:281
chr14	107282872	rs61741319	T	A	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=10.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=-13.304;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,122:0.39:314
chr14	107282909	rs202202987	T	C	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-5.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.583;NF=72;NR=75;PP=1872;ReadPosRankSum=2.774;SC=CCTGGGCATATGTTGGGTTCC;SOR=0.488;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=371;TCF=193;TCR=178;TR=147;WE=107282917;WS=107282899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,199:0.47:422
chr14	107282926	rs149038822	A	T	7646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=4.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-12.935;QD=15.77;ReadPosRankSum=6.577;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,206:0.42:485
chr14	107282935	rs201762529	A	T	7547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-13.147;QD=15.07;ReadPosRankSum=7.004;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,202:0.40:501
chr14	107282973	rs200848671	G	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=7.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-11.659;QD=5.85;ReadPosRankSum=-3.565;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,155:0.31:498
chr14	107282988	.	C	G	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=8.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-12.111;QD=6.77;ReadPosRankSum=-6.897;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,116:0.25:459
chr14	107282994	.	G	C	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.598;ClippingRankSum=0.000;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=39.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-12.783;QD=6.78;ReadPosRankSum=-5.448;SOR=3.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,75:0.18:407
chr14	107282996	.	G	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.536;ClippingRankSum=0.000;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=44.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-12.502;QD=5.19;ReadPosRankSum=-5.635;SOR=3.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,71:0.18:403
chr14	107283002	.	AC	GG	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.265;ClippingRankSum=0.000;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=90.637;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-12.924;QD=4.50;ReadPosRankSum=-6.983;SOR=4.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,59:0.16:374
chr14	107283008	rs113134619	A	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=86.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-14.443;QD=3.04;ReadPosRankSum=-6.321;SOR=5.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,44:0.12:360
chr14	107283150	rs35227799	G	T	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;QD=44.39;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	107283156	rs10133664	A	G	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.54;QD=47.06;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	107283160	rs10133737	C	T	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.34;QD=44.07;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	20170150	rs10431885	C	T	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=93;ReadPosRankSum=0.741;SC=AGAAGCCTTGCAGGAGATCCT;SOR=0.684;Source=Platypus;TCR=162;WE=20170158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,171:0.58:297
chr15	20229964	rs371237168	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.90;MQRankSum=-0.674;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	20279507	rs200188568	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQRankSum=-5.499;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr15	20433733	rs3926481	A	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.346;NF=15;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=1.249;SC=CCTTCATAAAAACACATCAAA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=50;TCR=0;TR=15;WE=20433741;WS=20433728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr15	20433755	rs4114043	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.360;NF=58;NR=3;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GTGAGTTTACGCTATGAGAAA;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=72;TCR=3;TR=61;WE=20433763;WS=20433745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,61:0.81:75
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chr15	20444794	rs2722084	C	T	4581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.514;NF=77;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.490;SC=ATAATCTCCTCCCCGGGCTCC;SOR=0.971;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=593;TCF=213;TCR=380;TR=227;WE=20444802;WS=20444784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,223:0.37:596
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chr15	20456640	rs8041606	A	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-2.730;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
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chr15	20456677	rs8037872	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-13.676;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,29:0.13:216
chr15	20456740	rs2954579	A	G	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.684;NF=103;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CTCTTTCACCAGCGCCTGGCT;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=302;TCF=158;TCR=144;TR=196;WE=20456748;WS=20456730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,199:0.65:307
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chr15	20457155	rs11856094	A	C	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQRankSum=-6.901;QD=24.90;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr15	20457155	.	ACC	CCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=48.32;NF=64;NR=21;PP=2944;QD=20;SC=GCCAGCATTTACCGCCCACTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=85;WE=20457165;WS=20457154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr15	20457157	rs11854770	C	T	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQRankSum=-7.072;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,70:0.61:114
chr15	20457291	rs6599891	T	C	8121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.708;NF=199;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.662;SC=TGGGCTTGTGTAAGCATCATT;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=593;TCF=312;TCR=281;TR=381;WE=20457299;WS=20457281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,345:0.62:557
chr15	20457319	rs8038741	C	A	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.815;NF=109;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCACGCTGAGCATGGCAGGGC;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=683;TCF=326;TCR=357;TR=230;WE=20457327;WS=20457309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,212:0.33:645
chr15	20462613	rs28374902	G	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-3.876;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,70:0.28:253
chr15	20462690	rs6422224	T	G	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.337;NF=96;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.100;SC=CAGAACCCCATTGAGGGAGTC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=331;TCF=153;TCR=178;TR=213;WE=20462698;WS=20462680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,214:0.64:336
chr15	20462720	rs28522508	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=-5.883;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,80:0.27:294
chr15	20462810	rs28679605	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.482;SC=TTATTTATTTTTTTTGAGACA;SOR=0.653;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=8;WE=20462818;WS=20462800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr15	20464792	rs59686762	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-0.509;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,50:0.18:284
chr15	20464844	rs151047586	AG	A	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQRankSum=-1.447;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,49:0.18:277
chr15	20464860	rs7177447	G	T	4491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.506;NF=65;NR=110;PP=2880;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TGTTTTACTTGTTTATTTTTT;SOR=0.729;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=89;TCR=156;TR=175;WE=20464868;WS=20464850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,162:0.71:227
chr15	20465176	rs139363573	TTA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=4.756;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr15	20466516	rs4983836	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.21;QD=29.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	20466604	rs4983834	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.44;QD=37.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	20467100	rs4983661	A	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.798;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,103:0.28:371
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chr15	20481882	rs11248739	G	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.887;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,31:0.23:135
chr15	20482111	rs11629632	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=1.016;QD=4.07;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,89:0.25:351
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chr15	20874863	rs62000628	T	C	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.532;QD=2.83;ReadPosRankSum=2.843;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,128:0.22:587
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chr15	20875055	rs7496378	C	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=877;ReadPosRankSum=-1.293;SC=AATTTAAACGCAAATTAGTAA;SOR=0.379;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=151;TCF=38;TCR=113;TR=57;WE=20875063;WS=20875045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
chr15	20875094	rs12148785	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr15	20875100	rs7497715	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=274;ReadPosRankSum=0.735;SC=AGAGGTTAAAAATAACTTTCT;SOR=1.792;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=23;WE=20875108;WS=20875084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr15	20875126	rs7497743	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr15	20876515	rs6422240	A	G	12457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.158;NF=249;NR=281;PP=2962;ReadPosRankSum=1.032;SC=CAGCAAAGGTACTCCATGAGA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=684;TCF=324;TCR=360;TR=530;WE=20876523;WS=20876505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,542:0.78:698
chr15	21145503	rs74912473	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.976;NF=7;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.757;SC=TGCAACTCTAGCTCTTAACAT;SOR=0.346;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=8;WE=21145511;WS=21145493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	21145647	.	A	G	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.482;ClippingRankSum=0.000;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQRankSum=-2.379;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,158:0.27:588
chr15	21145789	rs76524194	C	T	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.397;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CGTGTGTTAACCTGTACTTCT;SOR=1.066;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=231;TCF=58;TCR=173;TR=113;WE=21145813;WS=21145779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,115:0.49:234
chr15	21145795	rs149393314	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,40:0.19:214
chr15	21145805	rs79921246	A	G	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.125;NF=10;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CTTCTGCCGCAGAGTTTGGAG;SOR=1.211;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=159;TCF=27;TCR=132;TR=72;WE=21145813;WS=21145779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr15	22318872	rs376015381	T	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.194;NF=44;NR=17;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TAACATCTTTTCCAGTCCTGA;SOR=0.400;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=61;WE=22318880;WS=22318862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr15	22318963	rs1429506	A	T	8703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=147;PP=2965;SC=TATCACAGAAAAGAACAAGGT;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=187;TCR=147;TR=334;WE=22318971;WS=22318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr15	22319174	rs6602966	T	C	11373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=200;PP=2965;SC=AGGTGCCAATTATGAAGACAG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=202;TCR=200;TR=402;WE=22319182;WS=22319164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr15	22319253	rs6602967	A	G	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=169;PP=2965;SC=CTTCAATGGGACGGGATCACA;SOR=0.975;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=130;TCR=169;TR=298;WE=22319261;WS=22319243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr15	22319389	rs8025521	T	A	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=51;PP=2965;SC=ACTTGTTTAGTCATGATGCAT;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=95;TCR=51;TR=146;WE=22319397;WS=22319379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	22319410	rs8029027	G	A	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=59;PP=2965;SC=GGATAACGTAGAGGGCGGCAG;SOR=1.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=134;TCR=59;TR=193;WE=22319418;WS=22319400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	22319445	rs6602968	G	A	10286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=141;PP=2965;SC=GTCAAAGGCCGTGATGCAAAG;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=223;TCR=141;TR=364;WE=22319453;WS=22319435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr15	22332751	rs930109	T	C	8607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=125;PP=2965;SC=TGAGATGTTTTTGCTGACAGT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=168;TCR=126;TR=292;WE=22332759;WS=22332741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr15	22344879	rs1366870	C	G	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=171;PP=2965;SC=CTATTCCTCACCCACAGCACC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=166;TCR=171;TR=337;WE=22344887;WS=22344869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr15	22344951	rs1366871	T	C	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.90;QD=34.71;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	22345158	rs1529528	T	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=130;PP=2965;SC=GCTGCCCTTCTGTAATGCTCA;SOR=1.069;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=94;TCR=130;TR=223;WE=22345166;WS=22345148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	22368862	rs1835183	G	A	21870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=348;NR=388;PP=2965;SC=TCTTTTGATGGATGCATTGCA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=737;TCF=348;TCR=389;TR=736;WE=22368870;WS=22368852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr15	22368905	rs1835182	G	A	21599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=361;NR=388;PP=2965;SC=CTGGGGCTTCGGAGATGTTCT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=749;TCF=361;TCR=388;TR=749;WE=22368913;WS=22368895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,781:1.00:781
chr15	22369248	rs491208	T	C	10505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.12;QD=29.35;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr15	22382704	rs62006708	G	C	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.45;QD=33.08;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	22382739	rs2671839	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.32;QD=33.41;SOR=2.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	22382897	rs62006710	A	G	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=153;PP=2965;SC=AGAGCCTGCTATGCAATGATG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=125;TCR=154;TR=278;WE=22382905;WS=22382887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr15	22383482	rs3841636	GA	G	2045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.976;NF=6;NR=40;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GTTTTTCACTGAGTACCTCCC;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=22383490;WS=22383471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr15	22413700	rs267612	A	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.80;QD=33.92;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	22413954	rs1810247	C	T	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=98;PP=2965;SC=CCTCATCATCCGCTTGCCTTT;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=73;TCR=98;TR=171;WE=22413962;WS=22413944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	22414005	rs59278647	C	T	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=66;PP=2965;SC=CTGTGATGTCCGACAGGTCAT;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=116;TCR=66;TR=182;WE=22414013;WS=22413995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	22414190	rs28695837	T	C	18040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=315;NR=308;PP=2965;SC=GCACCACCCATATCATTGTTA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=626;TCF=317;TCR=309;TR=623;WE=22414198;WS=22414180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,643:1.00:643
chr15	22414393	rs200221521	C	CA	500.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-0.591;QD=17.27;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr15	22440816	rs4505267	A	G	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=130;PP=2965;SC=GTTTTGTGGCACTTGTGCCAG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=115;TCR=130;TR=245;WE=22440824;WS=22440806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	22448436	rs62007810	G	A	14839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=293;NR=235;PP=2965;SC=GCTCAGCTCCGTGTAGGCTGT;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=528;TCF=293;TCR=235;TR=528;WE=22448444;WS=22448426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr15	22466126	rs1985064	A	C	18077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=343;NR=286;PP=2965;SC=GCTGTGCTCGAAGATGTGTCC;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=630;TCF=343;TCR=287;TR=629;WE=22466134;WS=22466116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,654:1.00:654
chr15	22489807	rs151126248	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=57.21;MQRankSum=-4.716;NF=4;NR=0;PP=292;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTAGTGTCAGAAGAAGGGTCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=4;WE=22489834;WS=22489797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr15	22489820	.	AA	CG	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=11.073;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-5.125;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr15	22489826	.	A	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-4.609;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.331;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr15	22489842	rs368258155	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-4.864;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr15	22489847	rs372456640	C	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-4.953;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.462;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr15	22489900	rs113115466	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.306;NF=24;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTAAATACTGTTTTCTTCAGG;SOR=1.254;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=34;WE=22489908;WS=22489890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr15	22489921	rs76846225	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-3.321;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr15	22489958	rs111826301	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr15	22489966	rs72687799	A	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr15	22489988	rs72687801	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=0.197;SC=CAGGGCTGTGGCCCTGGTGAC;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=21;WE=22489996;WS=22489978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr15	22490019	rs112521162	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=0.993;SC=GGGATTGTTCTGCATTTAGTG;SOR=0.400;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=17;WE=22490027;WS=22490009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr15	22490035	rs72687802	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=269;ReadPosRankSum=2.216;SC=TAGTGCCTGTAAGAAGGTTTC;SOR=0.704;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=15;WE=22490043;WS=22490025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr15	22926229	rs2289824	G	A	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=50;PP=2614;SC=TTTTCTTAGTGTAAAAACAAT;SOR=1.008;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=139;WE=22926237;WS=22926219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	22926307	rs7403459	A	G	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=137;NR=124;PP=2965;SC=TCAAGGGTGCACCTGCCCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=137;TCR=124;TR=261;WE=22926315;WS=22926297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr15	22928537	rs79791617	G	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.039;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TCTGGGGGGGGTGTAACACCG;SOR=1.247;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=72;WE=22928545;WS=22928527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr15	22929905	rs2305094	C	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr15	22929905	.	CA	GG	1180	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.9;NF=31;NR=48;PP=1180;QD=15.6135174033;SC=GGTGAGCACCCACCTCGCGCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=79;WE=22929914;WS=22929895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:72,79:0.52:151
chr15	22929906	rs2305093	A	G	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.91;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	22933511	rs1867599	A	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=20;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TTTTTTTTTTAAATGTGGCAC;SOR=1.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=8;WE=22933519;WS=22933501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	22933528	rs2084063	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=672;ReadPosRankSum=-2.477;SC=GCACGTTGGTGCATTTTGGGA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=35;WE=22933536;WS=22933518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr15	22933691	rs1109036	G	A	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=76;PP=2604;ReadPosRankSum=0.972;SC=AGGTTGATGGGCCAAGCAGCC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=176;TCR=140;TR=173;WE=22933699;WS=22933681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,175:0.54:324
chr15	22939192	rs11633474	G	A	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=58;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AGGTGGTTCCGCTATTTGGGG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=139;TCR=98;TR=140;WE=22939200;WS=22939182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,146:0.59:246
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chr15	22940866	rs45464395	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.760;NF=57;NR=70;PP=1891;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CGACCTGGAGCTGCACAGGCA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=150;TCR=183;TR=127;WE=22940874;WS=22940856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,128:0.37:346
chr15	22945314	rs8029108	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TTAAGTACATCTCATTTATGT;SOR=0.382;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=22945322;WS=22945304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr15	22955013	rs2289816	T	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-1.281;SC=GCCCCCAGAGTAATTTGTATT;SOR=0.117;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=10;WE=22955021;WS=22955003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr15	22955211	rs36080947	C	T	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=92;PP=2317;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCTTGCGGGGCGAGAAGGACC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=115;TCR=151;TR=160;WE=22955219;WS=22955201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,164:0.60:275
chr15	22955307	rs3217548	AC	A	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=487;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CCCCGCCTGCACCCTCTCCCT;SOR=0.504;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=16;WE=22955315;WS=22955297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr15	22958104	rs4134803	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GCAGGCACCCAGCACACAGCC;SOR=1.390;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=25;WE=22958112;WS=22958094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr15	22958151	rs55859252	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=887;ReadPosRankSum=0.201;SC=TTTTTGCTTGCGGGAGATAAC;SOR=1.328;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=54;WE=22958159;WS=22958141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr15	22960700	rs2289817	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=2;PP=736;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TGAGAGGTGGAAAATGGAGTT;SOR=2.093;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=34;WE=22960708;WS=22960690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr15	22960868	rs2289818	G	C	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.612;SC=AGCAGTTCCTGTACGACGAAA;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=156;TCR=149;TR=172;WE=22960876;WS=22960858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,177:0.55:319
chr15	22962184	rs7359217	T	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-1.657;SC=ACGAAACATTTTGTTTTTCAC;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=22962192;WS=22962174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr15	22991234	rs7171025	C	T	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1716;ReadPosRankSum=1.773;SC=TGAGTGCGGGCGTGTGGAGCT;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=283;TCF=138;TCR=145;TR=120;WE=22991242;WS=22991224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,132:0.44:297
chr15	22993170	rs3751568	A	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GTGGCCCCCCAACGCCGCCCC;SOR=0.935;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=14;WE=22993178;WS=22993160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr15	22999940	rs11307802	TG	T	299.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=2;PP=245;SC=AACAGCCACCTGGCTGCCCGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=22999948;WS=22999931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	23000272	rs999842	A	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.630;SC=CGCACCATCTATGGACCTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=72;WE=23000280;WS=23000262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr15	23006215	rs78803812	CCTTT	C	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.014;NF=10;NR=10;PP=778;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTTAATTACACCTTTCTTAAA;SOR=0.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=20;WE=23006226;WS=23006205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr15	23021113	rs7170784	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CACTCACGAGGAATGAAGATG;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=27;WE=23021121;WS=23021103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	23021238	rs7170838	C	T	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=1.215;SC=GAAGGAGGCCCTTTTTTTTCA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=38;WE=23021246;WS=23021228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr15	23049369	rs12592629	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=50;PP=1551;SC=ACAGTCACCCGGAGCCACCGC;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=23049377;WS=23049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	23052632	rs11263683	T	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=31;PP=1266;SC=CAGCCTGAGTTGTCACACTCT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=23052640;WS=23052622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	23059394	rs1991922	C	T	8462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=144;PP=2965;SC=CTTCAATACACCCATCATGGA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=295;WE=23059402;WS=23059384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr15	23086364	.	GGCC	G	5275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.442;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,138:0.61:226
chr15	23131705	rs144278477	CA	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.457;NF=8;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGATATTCTCCAATGTCATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=23131713;WS=23131695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	23131745	rs7181884	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.94;QD=29.43;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	23138992	rs202076313	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.46;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	23181922	rs1994761	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQRankSum=-4.095;QD=2.91;ReadPosRankSum=3.370;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,90:0.23:383
chr15	23182267	rs12050782	G	A	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.115;NF=58;NR=86;PP=2371;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AAATGGAAAAGTCATCATATG;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=266;TCF=115;TCR=151;TR=144;WE=23182275;WS=23182257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,146:0.54:269
chr15	23182537	rs189988840	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQRankSum=1.464;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr15	23200698	rs58552405	A	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.97;QD=27.85;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	23259270	rs200991698	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.20;MQRankSum=-2.097;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr15	23300079	rs417713	TT	GC	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=10.830;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-8.786;QD=4.16;ReadPosRankSum=-3.203;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,26:0.16:158
chr15	23685004	rs34879341	G	GCAT	3905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=44;PP=1366;SC=TCCTTCTCTCGCATCTCCTCC;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=51;WE=23685012;WS=23684994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	23685541	rs375981990	CT	C	13057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=203;PP=2977;SC=CCCACATCTTCTTCTTCCTGC;SOR=1.249;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=25;TCR=205;TR=228;WE=23685549;WS=23685531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr15	23686228	.	G	GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=9;PP=1443;SC=CTCCCGCATCGTCTCCTCCTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=9;WE=23686236;WS=23686218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	23686687	rs113964342	T	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=10;PP=474;SC=CTTCTCCTCCTGCTCCCGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=23686695;WS=23686677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	23687812	rs2344891	T	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=46;PP=1079;SC=GGTCTCATTTTTTTTTCTTTT;SOR=5.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=49;WE=23687826;WS=23687802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	23687818	rs72495057	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr15	23855811	rs35138615	C	A	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=44;PP=2089;ReadPosRankSum=-0.856;SC=AAGCGGTGAGCCACTGACAGG;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=119;WE=23855819;WS=23855801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr15	23932467	rs3743340	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=655;SC=TGCTGCGCGCGGCGCCTTCCG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=23932475;WS=23932457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	24921771	rs1563102	G	C	10081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=160;PP=2965;SC=CCGGCATCTTGGAAAGCCTGA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=198;TCR=160;TR=358;WE=24921779;WS=24921761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr15	25287279	rs182885322	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=1319;SC=CTCTGTGAGCGTGCCTTTTCT;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=25287287;WS=25287269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	25307562	rs7402542	A	G	10814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=159;PP=2965;SC=CGTTCTCATCAGAACTGAGGT;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=400;TCF=241;TCR=159;TR=400;WE=25307570;WS=25307552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr15	25310440	rs6576402	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=583;SC=TACACAGGTCAGAGAGTCATA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=25310448;WS=25310430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	25415693	rs2739837	T	C	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=113;SC=ATGGTGACCATGGAGGAAGAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=25415701;WS=25415692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	25415759	rs2714734	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=377;SC=GCCAGCCCCCGGTGCGCTGAA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=25415767;WS=25415749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	25415809	rs2739838	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=1104;SC=CTGCACTGAGCTGTGGTGAGC;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=25415817;WS=25415799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	25415825	rs1883009	C	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=12;PP=1380;SC=TGAGCCCATCCGGGTCCTGCT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=25415833;WS=25415815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	25652101	rs8032479	C	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=267;SC=AATTACATAACAACTAAAAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=25652109;WS=25652092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	25933094	rs3743438	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=1213;SC=GAACACAGTGCGAGCGTGGCC;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=25933102;WS=25933084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	25953068	rs2291355	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=442;SC=CCCCTCCAGGGCCGTCCCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=25953076;WS=25953058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	25961964	rs10873607	A	G	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=CAGACAGCTCAGGCGAGAGGT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=200;WE=25961972;WS=25961954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	25963599	rs8024374	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=32;PP=907;SC=TGGGCGGAGCAGAAAGAAACC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=25963607;WS=25963589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	25967085	rs1564828	T	C	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=90;PP=2446;SC=ACAGGATGAATGACCGTGAGG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=151;WE=25967093;WS=25967075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	25981190	rs7173593	A	G	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=49;PP=1804;SC=GCAGGCAGACACACGATACTC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=25981198;WS=25981180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	25981367	rs7177724	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=446;SC=TTTTCTGTCTCGCATCCGCGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=25981375;WS=25981357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	26866738	rs45542840	C	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=566;SC=GGTGTATTTCCTCCACGACCA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=26866746;WS=26866728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	27018187	.	TGCC	T	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	27019040	rs4906901	C	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=105;SC=TTCATTTATACAATTGGACCT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=27019048;WS=27019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	27182212	rs140681	G	A	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=18;PP=2015;SC=TTTAGGTCATGGAACCTTGAC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=76;TCR=18;TR=94;WE=27182220;WS=27182202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	27182357	rs140682	T	C	8103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CTGAAGTCGTTTACGTCTGGA;SOR=0.301;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=138;TCR=133;TR=270;WE=27182365;WS=27182347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr15	27772676	rs140679	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=60;PP=2928;SC=TTTTTGTGACCGTGTGCTTCC;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=158;WE=27772684;WS=27772666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	27772892	rs2303879	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=893;SC=CAAATACCCAGTTCAACAAGA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=27772900;WS=27772882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	27890491	rs1871017	G	T	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=63;PP=2248;SC=GTGTGAAGCTGATCGTTGTGT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=27890509;WS=27890481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	27890571	rs5811500	GT	G	2137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=36;PP=701;SC=GATTGTTGGGGTTTTTTTTTA;SOR=2.393;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=37;WE=27890579;WS=27890561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	27890589	rs1871018	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=995;SC=TTAAGATATAACTAGACATGG;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=27890597;WS=27890579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	28096453	rs8025804	A	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=181;SC=AATCTGATACACACTAACTGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=28096461;WS=28096443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	28096538	rs1800419	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=18;PP=966;SC=CTCCCAGGCAAGCACCGAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=28096546;WS=28096528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	28116173	rs12594397	C	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=2;PP=1049;SC=TGCTCACTTTCGTCCTCTACA;SOR=5.994;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=28116181;WS=28116163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	28116275	rs7175046	G	C	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=96;PP=2965;SC=AAGTTGAGCCGTCGACATGGA;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=141;TCR=96;TR=236;WE=28116283;WS=28116265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr15	28171147	rs2594928	T	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=83;SC=ATTACAACCTTCATTGTTTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=28171155;WS=28171137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	28211758	rs4778218	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=16;PP=719;SC=GATACTTCCTAATAAGAACTT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=28211766;WS=28211748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	28228553	rs74653330	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=31;PP=1476;SC=ATGGCAGTGGCAGCTCCTCCA;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=28228561;WS=28228543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	28230184	rs1800410	T	C	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=25;PP=1704;SC=TGGCCGCAACTCCCACGGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=85;WE=28230192;WS=28230174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	28231793	rs10852218	T	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=64;PP=2965;SC=AGATCATCTATGGGGAAAAGA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=177;WE=28231801;WS=28231783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	28235773	rs1800404	C	T	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=82;PP=2584;SC=CCAGCATGGCCGCCAGAGTTC;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=136;WE=28235781;WS=28235763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	28267533	rs113044747	G	GTGGGTGAGAA	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=2957;SC=CAAAATTCGAGTGGTAATGGC;SOR=2.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=28267541;WS=28267523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	28357230	rs4778245	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=997;SC=CGGCTGCAGTTTACTTTACTG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=28357238;WS=28357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	28359744	rs7495441	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=250;SC=CAACAGAGACGGATGACCACC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=28359752;WS=28359734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28360081	rs7497014	T	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=158;SC=TGCAAGTGCATGGCACACACC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=28360089;WS=28360071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	28360888	rs5811542	C	CT	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=388;SC=CTAAAAGCCTCTAACTCTTCA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=28360896;WS=28360878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28361764	rs4778247	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=314;SC=AACTCAAGAGCAGGCACAGGC;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=28361772;WS=28361757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28362459	rs7495875	G	A	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=82;PP=2793;SC=AGACCCTGCCGTCTGGGGCGC;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=147;WE=28362467;WS=28362449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	28375872	rs6416603	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=846;SC=TTAGTGCAACATAAAATCATA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=28375880;WS=28375862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	28377196	rs10627923	C	CCT	5310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=28;PP=2713;SC=CCTGGGGGCCCGACTGCGGTG;SOR=1.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=71;WE=28377204;WS=28377186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	28377772	rs8025035	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=3;PP=817;SC=ATGCAGCCTCCGGCCTCTGCA;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=28377780;WS=28377762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	28378122	rs4778141	T	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=190;SC=AACTCAAAAGTTCACCACTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=28378130;WS=28378112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	28414665	rs7494786	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=58.23;NF=18;NR=2;PP=452;SC=TAAGAATATGTGATAAGGCCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=28414673;WS=28414655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr15	28419619	rs141441362	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-2.047;QD=3.03;ReadPosRankSum=2.713;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,47:0.24:197
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chr15	28517287	.	T	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQRankSum=-2.054;QD=28.31;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr15	28517291	.	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=-1.781;QD=28.80;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr15	28517295	.	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-1.791;QD=30.06;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr15	28517303	.	T	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-1.766;QD=28.63;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr15	28517305	.	T	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-1.766;QD=29.24;ReadPosRankSum=0.432;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr15	28517310	rs199951842	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-2.105;QD=24.99;ReadPosRankSum=1.969;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr15	28517436	rs75181529	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.182;NF=22;NR=25;PP=663;ReadPosRankSum=0.663;SC=AGGGCAAAAGTGGGGCGCTGG;SOR=0.757;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=47;WE=28517444;WS=28517426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr15	28517539	rs80340439	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=9.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-5.726;QD=3.11;ReadPosRankSum=-2.903;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr15	28517546	rs79819039	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-6.646;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.715;SOR=1.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,9:0.13:71
chr15	28518102	rs75893088	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-6.736;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr15	28518112	rs200859595	C	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-6.663;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,5:0.11:46
chr15	28518114	.	TC	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-6.738;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.212;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr15	28518126	.	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-6.508;QD=2.49;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr15	28518130	.	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-6.508;QD=2.43;ReadPosRankSum=-2.345;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr15	28518135	.	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-6.430;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.632;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr15	28518136	rs201979656	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-6.508;QD=2.43;ReadPosRankSum=-2.516;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr15	28632872	rs377704216	T	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQRankSum=-4.830;QD=1.00;ReadPosRankSum=2.061;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr15	28632899	.	C	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQRankSum=-4.217;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr15	28632938	.	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.36;MQRankSum=-2.946;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr15	28953403	rs202182931	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.52;QD=46.23;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	28953412	rs200486442	C	T	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.83;QD=40.98;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	29008641	rs372586219	GCCCCTCCATGGATCACCGGCA	G	3502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=26;PP=2966;SC=GAGCTGGCAGGCCCCTCCATG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=41;WE=29008669;WS=29008631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	29008851	rs145357312	C	T	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.03;QD=30.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	29009050	rs112804410	A	AC	10714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=109;PP=2957;SC=TATAGGACTTAGACACCCTTG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=53;TCR=109;TR=162;WE=29009058;WS=29009040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr15	29009311	rs142374134	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.99;QD=28.25;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	29043336	rs11630550	C	T	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.72;NF=7;NR=0;PP=167;SC=CTGTGTATTCCAGCTGTTTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=29043344;WS=29043326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	29043486	rs11630596	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=546;SC=GAATTTCCACCTTCTGAACAA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=29043494;WS=29043476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	29043511	rs1877706	T	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=393;SC=AATGTATCCTTAAGAGCTGTA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=29043519;WS=29043501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	29052021	rs4036877	A	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=423;SC=TGAACATTTAATAATTGCATT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=29052029;WS=29052011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	29385149	rs4779760	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=327;SC=TGCAGATGGCAATGGTTGGGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=29385157;WS=29385139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	29385204	rs4779761	A	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=17;PP=1348;SC=TCCTTGTGCTATGGCCAGGCA;SOR=1.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=63;WE=29385212;WS=29385194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	29386593	rs8037972	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=36;PP=1068;SC=GTGGGGGCTGGGGGGTTCCCC;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=29386601;WS=29386583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	29428556	rs8023368	C	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=7;PP=657;SC=TTGTCTGGGGCCCCAGGCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=29428564;WS=29428546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	29444130	rs59230279	GC	G	1273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=1169;SC=CCCAGAATGAGCCGAGGTCGA;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=28;WE=29444138;WS=29444120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	29544523	rs11071669	A	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=18;PP=1804;SC=CTCTTGTACAAAATCAAATCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=29544531;WS=29544513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	29544656	rs4583203	T	C	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=115;PP=2965;SC=TTACACACACTGCAGAAAGCA;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=202;WE=29544664;WS=29544646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	29862654	rs111717681	C	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=197;SC=AGCGCCTAGCCCCCCCGGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=29862662;WS=29862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	30008856	rs7166878	C	A	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=26;PP=1241;SC=TCTGAGAATGCGCTGGCTTTG;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=30008864;WS=30008846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	30008889	rs2229518	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=30;PP=1484;SC=GATGGCTGGCGGCAATGTGTG;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=30008897;WS=30008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	30011427	rs11073215	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=336;SC=TATTAAACTACGATTTAATAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=30011435;WS=30011417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	30018553	rs4073316	A	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=28;PP=1468;SC=TTTACTGAACAAGTCAAAAAA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=30018561;WS=30018543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	30064495	rs1383315	C	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=102;SC=AATTTCTCTTCAGATCAATGA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=30064503;WS=30064485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	30069920	rs34542662	AT	A	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=497;SC=CAAATGTACTATTCTTTTGAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=30069928;WS=30069910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	30070198	rs1904812	A	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=433;SC=TTTGGTAGTTATTTTATTTTC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=30070206;WS=30070188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	30337377	rs10775120	G	C	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=123;PP=2965;SC=GTCGACCCCAGTCCGGACCCC;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=123;TCR=124;TR=246;WE=30337385;WS=30337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr15	30663397	rs199781709	A	AAAC	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.91;MQRankSum=0.379;QD=20.17;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	30664453	rs149526715	C	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.31;QD=25.91;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	30665280	rs201490160	TCA	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQRankSum=-0.398;QD=18.97;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	30700263	rs2564642	T	C	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=120;PP=2965;SC=TGCCCTCTCCTTCTCTGCCCC;SOR=4.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=12;TCR=120;TR=132;WE=30700271;WS=30700253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	30700278	rs62016505	C	T	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.50;QD=32.15;SOR=8.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	30927867	rs141692578	A	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=58;PP=1709;SC=ATGGAGGTACAGTGATTTGCT;SOR=3.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=30927875;WS=30927857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	31048067	rs116457401	T	C	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.72;QD=45.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	31048088	rs61998400	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.16;QD=36.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	31048241	rs11633095	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=25;PP=793;SC=CACCTCACCCACTGCTGGGTC;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=31048249;WS=31048231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	31060115	rs4779494	T	C	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=42;PP=2061;SC=AACCACTTCCTTTGCTCATCC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=31060123;WS=31060105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	31212744	rs200971774	T	C	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=33;PP=2201;SC=TGTCTTCATTTTAGATGCCAC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=111;WE=31212752;WS=31212734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	31233220	rs2955792	C	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=265;SC=CAATTAGAGACGACAGAAAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=31233228;WS=31233210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	31233352	rs3840035	GTGAC	G	7479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=66;PP=2972;SC=GGCTGCTAATGTGACTGACTA;SOR=1.080;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=99;WE=31233363;WS=31233342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	31234981	rs11293	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=79;SC=TCAGAAACCCGCATTAGCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=31234989;WS=31234980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	31235005	rs3512	G	C	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=163;SC=ACTCTTGGAAGTGCCTTTACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=31235013;WS=31234995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	31235357	rs2293319	C	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=78;SC=CTCATCATTACACAGGTTAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=31235365;WS=31235347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	31238783	rs11637469	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=14;PP=1266;SC=TTTCTGTTTCTCTCAATGGTC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=31238791;WS=31238773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	31244263	rs2955789	C	T	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=55;PP=1576;SC=AAAGGAAAAGCAGTGTTAAAA;SOR=2.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=31244271;WS=31244253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	31245880	rs1404467	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=338;SC=TTATTTTATACGATCCCTATC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=31245888;WS=31245870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	31246840	rs34294266	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=329;SC=TATAATTTGTACAAATAGTTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=31246848;WS=31246830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	31283844	rs28564430	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=27;PP=778;SC=CGGGCGGGGATACGGCGCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=31283852;WS=31283834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	31294702	rs61734298	G	T	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=65;PP=2757;SC=TTTAAACTTGGGGAAATAGTT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=31294710;WS=31294692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	31330280	rs2288242	A	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=40;PP=1647;SC=TGCCATCCTCATTTTCCTTGG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=31330288;WS=31330270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	31339151	rs11636121	A	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=437;SC=GGGGAGCTGGAGAATGCCGTG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=31339159;WS=31339141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	31341461	rs10851487	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=609;SC=CTGCCATTAAGTACGGACCTC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=31341469;WS=31341451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	31341516	rs2288241	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=20;PP=1140;SC=ACAATATGCACCAGTGACAAA;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=31341524;WS=31341506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	31342744	rs1035705	C	T	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=97;PP=2892;SC=TCTCCTTCTCCGTGGCTTTGC;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=159;WE=31342752;WS=31342734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	31357138	rs919001	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=10;PP=652;SC=GCAAGGATTGATATTTTCAAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=31357146;WS=31357128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	31359457	rs3784599	T	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=50;PP=1620;SC=TCATGAAATTTAGGGACACTT;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=31359465;WS=31359447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	31362352	rs2241493	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=39;PP=1152;SC=CACCTGTTTGCTTTCCTCTTC;SOR=1.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=31362360;WS=31362342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	31368915	rs2241497	C	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=651;SC=GTGGTGGACACAAACTCTTTT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=31368923;WS=31368906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	31369123	rs4779816	A	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=AGAGTCTTTCATGCTAGGAAT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=168;WE=31369131;WS=31369113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	31369223	rs4779817	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=94;PP=2902;SC=TGGACCAATACATTCCCAAGC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=168;WE=31369231;WS=31369213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	31369258	rs4779818	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=59;PP=1888;SC=ATTCTTATACCTTTATAAAAC;SOR=1.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=93;WE=31369266;WS=31369248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	31373727	rs4779504	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=302;SC=TGCCCTCCCTTTGTTCCAGTC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=31373735;WS=31373717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	31453147	rs75638145	G	A	7896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.518;SC=AGCGAGCCCCGCTTGAAGGAG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=278;WE=31453155;WS=31453137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr15	31521505	rs3835087	CGG	C,CG	898.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,23:0.32,0.68:34
chr15	31793930	rs7164569	A	G	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=50;PP=2091;SC=CCATGGACACAAGGGCAGAGA;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=31793938;WS=31793920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	31862448	rs1459198	C	T	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=50;PP=1489;SC=GCATGAATAACGGTCTCATCA;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=31862456;WS=31862438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	32392693	rs139698028	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=358;SC=CCAGTCTTGACGGGTCTCTTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=32392701;WS=32392683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	32393663	rs28650375	C	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=382;SC=GGAAAAAAAACCAAAAAAACA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=32393671;WS=32393653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	32450062	rs199927660	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.14;QD=28.40;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	32450704	rs201822909	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.24;MQRankSum=-7.135;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr15	32921855	rs140472511	G	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=48;PP=1532;SC=ATTGCCAGTAGATTCTTCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=32921863;WS=32921845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	32926076	rs11632524	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	32984196	rs6494593	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=348;SC=AGTCTGTAGCAATTCTAGCAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=32984204;WS=32984186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	33023486	rs12915554	C	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=784;SC=AGGAATGCAGCCCCAGGAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=33023494;WS=33023476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	33096624	.	AGGAGGTCTG	A	394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	33096635	.	ATTCGGGGGGGG	A	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	33096663	rs12898436	G	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	33096666	rs12900156	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	33190993	rs140128513	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=29;PP=1167;SC=ATGTCAACAATGAGTAAGAGG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=33191001;WS=33190983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	33191023	rs173224	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=35;PP=1436;SC=TCCACGTAATACCATTTCTTA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=33191031;WS=33191013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	33200867	rs66965190	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=174;SC=TCAAAGTCTCGAAGTGTGGTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=33200875;WS=33200857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	33218589	rs36016183	C	CTCT	406.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=336;SC=GCTGCATGCACTCTTTAAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=33218597;WS=33218579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	33256247	.	CACAT	C	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5131;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=25;MQ=66.02;NF=8;NR=0;PP=187;QD=23.75;SC=CACACACACACACATATATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=33256258;WS=33256240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr15	33256251	rs11637012	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.18;QD=23.53;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	33261121	.	T	G	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=55.86;NF=0;NR=3;PP=25;QD=19.9237375157;SC=GAAGTGGGGGTGGGGGTGGGG;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=3;WE=33261129;WS=33261111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr15	33359574	rs11858145	C	A	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=69;PP=2562;SC=AGATAAAACACCACTAGGGGA;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=33359582;WS=33359564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	33446879	rs1399077	G	T	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=63;PP=2450;SC=TGTCTTTCGTGGGAGTCTGCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=122;WE=33446887;WS=33446869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	33446947	rs1399078	A	C	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=55;PP=2560;SC=ATGATGTCTGACTCCTCCCTG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=33446955;WS=33446937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	33795710	rs2572204	A	G	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=23;PP=1931;SC=ACCTTTTTGCATTCCTATTCA;SOR=2.326;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=97;WE=33795718;WS=33795700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	33840414	rs1435100	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=63;PP=1974;SC=AGGTAATGGAAGGCCTGGGAA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=33840422;WS=33840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	33842222	rs1865496	C	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=219;SC=AGCAAGCCAGCAGCCTGGTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=33842230;WS=33842212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	33858935	rs11853872	G	A	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=57;PP=1981;SC=AGAGATGCCAGCGTGAGGAGT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=121;WE=33858943;WS=33858925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	33872143	rs8041153	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=18;PP=851;SC=GCTGCTGGCCAGTGCCTAAAC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=33872151;WS=33872133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	33872191	.	C	T	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=33;PP=1752;SC=AACAATCGCACAGCTGCCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=97;WE=33872199;WS=33872181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	33872438	rs8023510	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=275;SC=CTGCATGCACGTGTTTATGAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=33872446;WS=33872428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	33873656	rs748299	AC	GT	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=27;PP=2947;SC=AGCATAAGGGACTGTGCTTTC;SOR=1.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=102;WE=33873665;WS=33873646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	33873751	rs2077268	G	A	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=CCGCTTAAATGTCTACAATAG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=211;WE=33873759;WS=33873741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	33873901	rs748298	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=28;PP=716;SC=TTTCCACGTGCAATCCCAAGA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=33873909;WS=33873891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	33876517	rs2643364	A	G	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=42;PP=2942;SC=AGCAAGTGAAATATTCGACAG;SOR=1.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=101;TCR=42;TR=143;WE=33876525;WS=33876507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	33876543	rs624954	C	T	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=76;PP=2965;SC=CAAGTTCTCACGCCCATCATT;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=199;WE=33876551;WS=33876533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	33920662	rs35706688	T	C	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=ACTTGCTCCTTTTCCTTTAGG;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=187;WE=33920670;WS=33920652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr15	33923314	rs1495279	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=13;PP=755;SC=GGCTAAATGAATGGCTCTTGT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=33923322;WS=33923304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	33925364	rs2291732	G	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=63;PP=1846;SC=GATCATCCACGTGCCGTTTTG;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=33925372;WS=33925354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	33939495	rs2291736	C	T	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=15;PP=1066;SC=TGGTTGCAATCACTTGTGTTT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=33939503;WS=33939485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	33954652	rs4780144	C	T	5807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=CAGGAATATCCGCCTCTTCCC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=189;WE=33954660;WS=33954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr15	33962559	rs11072596	G	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=545;SC=AATGTTCTTTGTGACACTATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=33962567;WS=33962549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	33990250	rs1111611	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=30;PP=858;SC=GCAGGAGCACGAGGTGACTTG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=33990258;WS=33990240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	34014913	rs2293028	C	T	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=34;PP=1733;SC=CTGTCTTCCTCAGGTGAGAGT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=98;WE=34014921;WS=34014903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	34015013	rs2293027	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=57;PP=2498;SC=GGGGAAACGGGCTCTTGGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=34015021;WS=34015003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	34021276	rs7498093	T	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=386;SC=ATTGTGAAATTAGTAATGTTG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=34021284;WS=34021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	34030865	rs4780171	T	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=1062;SC=ACAGCCGTCATCTGTTTAGCA;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=34030873;WS=34030855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	34047410	rs76911447	G	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=130;SC=TAACCCAAAAGAATTCAATAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=34047418;WS=34047400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	34060740	rs2278317	C	T	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1212;SC=TAGTGCATCTCCCTAGAATGC;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=34060748;WS=34060730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	34064043	rs1429754	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=658;SC=TCTGCCCAGATGACACTGCCA;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=34064051;WS=34064033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	34111876	rs10631080	A	AAAAT	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=3;PP=305;SC=CTCTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=34111884;WS=34111866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	34112825	rs1036005	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1256;SC=ATGTTCCTGGCTTTACACAAC;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=34112833;WS=34112815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	34112865	rs1036006	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=44;PP=2044;SC=TGTGAATTACGTCCTGTCCCC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=111;WE=34112873;WS=34112855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	34112906	rs1036007	C	A	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=69;PP=2559;SC=TATTAGATTTCCCTTTAATTT;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=148;WE=34112914;WS=34112896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	34113010	rs2288613	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=44;PP=1294;SC=AAAAAACATTCGAAGTAAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=34113018;WS=34113000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	34113054	rs3815965	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=951;SC=CACCCTCCAAGGCCAATAGGC;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=34113062;WS=34113044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	34113454	rs35254800	AT	A	1790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=834;SC=TTTCCCTGTGATTTTTTTTCC;SOR=1.066;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=37;WE=34113462;WS=34113444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	34113536	rs2288614	A	G	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=46;PP=1797;SC=GTGGTGCTGCAGAGATGGTCC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=105;WE=34113544;WS=34113526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	34115088	rs8032198	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=515;SC=ATTCCATAAGCAGAGCGTCCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=34115096;WS=34115078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	34118994	rs4041449	C	CAG	4133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=55;PP=2338;SC=ACACAGCACTCGGGCAAAACT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=59;WE=34119002;WS=34118984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	34133130	rs3764232	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1075;SC=ATGGTAGATAATTCTTAGGCC;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=34133138;WS=34133120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	34135607	rs17817680	A	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=1761;SC=ACTTCTAACCAGAACTGACCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=96;WE=34135615;WS=34135597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	34135826	rs2303868	G	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=1068;SC=TACTAAGTATGCTATGTGTAG;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=34135834;WS=34135816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	34136971	rs7181900	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=597;SC=ACTATTTGTATAGCACATGCT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=34136979;WS=34136961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	34137079	rs3217346	TAGA	T	6577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=51;PP=2973;SC=GAAGAACCTTTAGAAGAAGAG;SOR=1.067;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=80;WE=34137089;WS=34137069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	34137200	rs41279228	T	G	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=72;PP=2153;SC=CAACCCTGCGTGCCCTGGCCA;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=115;WE=34137208;WS=34137190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	34140735	rs2278314	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=262;SC=TTTGATTTCTAGGACTTTTCT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=34140743;WS=34140725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	34152697	.	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-2.537;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr15	34159941	rs61729119	T	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=69;PP=2329;SC=AGATTTCAGCTCAAAGATGGG;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=125;WE=34159949;WS=34159931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	34168207	rs11295548	GA	G	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,24:0.18:134
chr15	34330855	.	A	AGGCGCC	982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=558;SC=CGTCCCGCGCAGGCGCCGGCG;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=34330863;WS=34330845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	34331113	.	CCCGCCGCCGCCT	C	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=2923;SC=CGCCTCCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=34331132;WS=34331103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	34331290	rs112609265	C	T	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=52;SC=AGCCGAGCTGCGGCGGAGACG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=34331298;WS=34331280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	34354772	rs112271785	A	G	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34380216	rs377063587	TA	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr15	34437863	rs4780222	A	G	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=108;SC=TTAAAAAAAAATCAAATAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=34437871;WS=34437853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34441102	rs6495551	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=346;SC=CAGTTGACCACAGTAAACAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=34441110;WS=34441092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	34521253	rs7167503	A	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	34528948	rs4577050	G	A	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=38;PP=1780;SC=GCATGTGCCGGAGCATCTGGG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=34528956;WS=34528938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	34537435	rs4371122	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=20;PP=1063;SC=AATAAACATGCATTATTTATC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=34537443;WS=34537425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	34542606	rs17236791	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=880;SC=TAACATGAGATAGAAAGTAGA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=34542614;WS=34542596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	34543055	rs10851964	G	A	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=18;PP=911;SC=AAATCACTCCGTGGGTCTGAC;SOR=0.976;Source=Platypus;TCF=27;TR=45;WE=34543063;WS=34543045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	34543298	rs11382535	G	GA	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5044;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.505;NF=2;NR=26;PP=320;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GCAGCAGTATGAAAAAAAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=28;WE=34543306;WS=34543288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr15	34547757	rs11421665	G	GA	128.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=151;SC=AGTAAAAGGTGAAAGTGTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=34547765;WS=34547747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34640054	rs150911418	AAAAAAT	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=198;SC=ACTCCATCTCAAAAAATAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=34640067;WS=34640044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34640218	rs374230	C	T	9919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=220;NR=122;PP=2965;SC=AGTGCCGCCCCGTCTCCATCC;SOR=1.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=220;TCR=122;TR=342;WE=34640226;WS=34640208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr15	34640378	rs430083	T	C	8166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=171;PP=2965;SC=TGACAGGGGATGGGGGCCCTT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=131;TCR=171;TR=301;WE=34640386;WS=34640368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr15	34640959	rs371061	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=507;SC=AGTTTAGGCTGTTTAGGACTA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=34640967;WS=34640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	34643103	rs347796	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	34654339	rs10626628	T	TTC,TTCTC	5656.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.568;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=31.08;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,46,119:0.25,0.65:182
chr15	34655092	rs2339434	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=420;SC=GCTCCTTCCCTGGCTCCCACA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=34655100;WS=34655082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	34656524	rs6495665	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=311;SC=TTGGGAAGGATACAAAGAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=34656532;WS=34656514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	34657589	rs4984237	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=91;SC=ATCAGGGCACATTACTTAGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=34657597;WS=34657579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	34673722	rs76522922	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.05;QD=22.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	34782792	rs2655313	C	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	35045312	rs651724	T	A	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=64;PP=2805;SC=CTAGGAAGACTGTAGAGTAGC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=35045320;WS=35045302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	35149008	rs8035240	C	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=57;PP=2257;SC=TGGTCTCTTCCGGGGCAGATG;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=35149016;WS=35148998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	35168056	rs2290321	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=383;SC=ATCAGCACACCCAAACTGTAC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=35168064;WS=35168046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	35185807	.	T	TGCAC	350.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.86;MQRankSum=1.069;QD=23.38;ReadPosRankSum=1.045;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	35196492	rs12898639	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=137;SC=ATAAAAGTTACTTAAATTATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=35196500;WS=35196482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	35207397	rs2044920	C	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=20;PP=551;SC=AGGAAAAAAACATCCATATTT;SOR=2.200;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=24;WE=35207418;WS=35207387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	35230924	rs12594085	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=16;PP=749;SC=TGCACTGAGTAAAAAAGAAGA;SOR=0.990;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=39;WE=35230942;WS=35230914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	35230934	rs10701045	A	ATAGT	2046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=19;PP=1638;SC=AAAAAAGAAGATACCAGAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=35230942;WS=35230914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	35245178	rs73375055	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=607;SC=CGTTTCAGAGTTATTAACACA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=35245186;WS=35245168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	35252767	rs11636350	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=370;SC=AACCCTATGGGATTTGATACC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=35252775;WS=35252757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	35256624	rs9920529	C	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=662;SC=TATCTGAAGGCACTACACAGG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=35256632;WS=35256614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	35261649	rs7164169	A	G	10161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=212;NR=140;PP=2965;SC=CCTCCTCCGGACTCCTAAATC;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=214;TCR=141;TR=352;WE=35261657;WS=35261639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr15	35261952	rs7164070	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=242;SC=ATATCCTCAGCCTTCAGAGTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=35261960;WS=35261942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	35273620	rs4923849	C	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=27;PP=2347;SC=AGTGAGTAAGCTGATGTCTCT;SOR=2.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=112;WE=35273628;WS=35273610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	35834547	rs1020307	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=16;PP=1336;SC=GGTATACCTGTACAATGTAAT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=35834555;WS=35834537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	36871957	rs3743337	C	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=21;PP=1533;SC=GGCGAGGACCCGGGCCTGTGC;SOR=1.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=36871965;WS=36871947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	36937405	rs11073191	G	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	36937606	rs11073192	A	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=86;SC=TGTTTTAAGTATTTTATTCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=36937614;WS=36937596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	36946153	rs10220771	G	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=23;PP=1588;SC=TTTCCCTTCAGTGCTTTCCTA;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=79;WE=36946161;WS=36946143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	36946441	rs10220785	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=345;SC=ACAATTATAACTACCTTTGGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=36946449;WS=36946431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	36949952	rs6495863	T	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=962;SC=AATTGACTTATTCTTCAGTGT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=36949960;WS=36949942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	36984409	rs3743338	T	C	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=62;PP=2100;SC=AGGTGCGCAATTGACGAGCTT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=36984417;WS=36984399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	37110637	rs1194621	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.91;NF=11;NR=31;PP=882;SC=ACCACTGCCGTCGGCTCCGGC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=37110645;WS=37110627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	37173379	rs16964235	T	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=29;PP=925;SC=AGTCATAGAGTTCTCACCCCC;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=37173387;WS=37173369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	37187197	rs61146116	A	AT	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=145;SC=TCAAAGAGGAATTTTTTCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=37187205;WS=37187187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	37387971	rs3751544	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=639;SC=TAGTGGAGTCCCTGAAGAAGA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=37387979;WS=37387961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	37391752	rs111602525	CT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr15	38230565	rs59125264	TG	T	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=1253;SC=CTTGAACCACTGGAGTGCTGA;SOR=3.145;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=31;WE=38230573;WS=38230555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	38233869	rs2937991	T	C	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=34;PP=1858;SC=TTTGATTTCCTAGGTAATGAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=99;WE=38233877;WS=38233859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	38258772	rs2959336	A	C	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=22;PP=1574;SC=AGGCTACAGCAAGAAACCTCA;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=38258780;WS=38258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	38590722	rs8040553	T	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=516;SC=TAAAAAAAATTAACTTCTGGT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=38590730;WS=38590712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	38590771	rs8036280	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	38590854	rs8034630	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=28;PP=895;SC=AAGGATTTTTGAAGTGATGAA;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=52;WE=38590862;WS=38590844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	38614525	rs7182445	G	A	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=49;PP=1827;SC=TTGATGACAAGAAGTTTGGTC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=38614533;WS=38614515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	38617113	rs1879938	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38617113	.	CTC	TTG	235	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=235;QD=36.0584843578;SC=TTCTAAGACACTCTATTTGTC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=38617123;WS=38617103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38617115	rs1879937	C	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38631840	rs7163339	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=7;PP=627;SC=TATATACTTATTGACTTGCTA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=38631848;WS=38631830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	38631920	rs7179118	G	A	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	38631930	rs7180446	C	A	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	38632148	rs7181472	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1226;SC=GTAGAAATTGAATGATGTCAT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=38632156;WS=38632138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	38641773	rs61670754	G	GTT	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	38641774	.	A	T	479	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=16;PP=479;QD=32.1107007842;SC=TAATTAATAGATAGGTAAAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr15	38641774	rs34352434	A	AAAT	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	38641776	.	A	AAATTAGT	1092	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=15;PP=1092;QD=79.4666666667;SC=ATTAATAGATAGGTAAAGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	38641777	.	G	A	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=15;PP=434;QD=31.2514141698;SC=TTAATAGATAGGTAAAGTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr15	38641777	rs59928364	G	GTA	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.88;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	38643574	rs3751526	T	C	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=93;PP=2965;SC=AAGAAAATGTTAGGGGAAAAT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=106;TCR=93;TR=198;WE=38643582;WS=38643564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	38794566	rs12324402	A	G	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=88;PP=2965;SC=CAATCTTTTCAAATTCTTCCT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=109;TCR=88;TR=197;WE=38794574;WS=38794556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	38804020	rs11413668	T	TA	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=23;PP=1064;SC=GAGTCTCCCTTACGCTGGTTA;SOR=1.923;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=38804028;WS=38804010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	38804104	rs6495977	C	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=83;SC=GTGGATTCCACATCTGGGAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=38804112;WS=38804094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	38808365	rs191059700	G	A	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1785;ReadPosRankSum=1.743;SC=AATATCCCAGGGAAGATTTTT;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=38808373;WS=38808355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr15	38990803	rs12595568	T	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=301;SC=GTGTGGTGTGTAAGATGTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=38990811;WS=38990793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40030440	rs1906163	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=46;PP=1383;SC=ATATACTCAAGGAAATTCACA;SOR=2.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=61;WE=40030448;WS=40030430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	40030457	rs34646792	GA	G	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=27;PP=466;SC=CACAGTTCAGGAAAAAAAAAA;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=27;WE=40030465;WS=40030447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	40031715	rs8033687	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=183;SC=AGTACTGGTTCATAAAAGTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=40031723;WS=40031705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	40056219	rs34937456	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	40056223	rs62004778	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	40062825	rs1565560	C	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr15	40062838	rs7179838	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=24;PP=674;SC=AAAAAAAACAGTTTCCGAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=40062846;WS=40062814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	40062855	rs1565561	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=501;SC=AAAATACTGTCTTTTTTTAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=40062863;WS=40062845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	40062884	rs7180846	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=10;PP=258;SC=TTCTAGAATATTTTGACACTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=40062892;WS=40062874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	40094564	rs17717859	C	T	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=98;SC=TTCTTCTATTCGGCCTAAGAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=40094572;WS=40094554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	40226495	rs566792	T	C	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TGGAGGCCATTTACGGCGCGG;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=166;TCR=188;TR=353;WE=40226503;WS=40226485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr15	40248122	rs8030025	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=CAATATATTAGGTGTATTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40248130;WS=40248112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	40254155	rs510949	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=918;SC=AGTTAATCACAAAGGAATGGG;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=40254163;WS=40254145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	40265799	rs2307105	A	G	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=51;PP=2863;SC=TCAGATTCTGAAGGACAAGAT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=141;WE=40265807;WS=40265789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	40269052	rs34298786	G	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.197;NF=58;NR=76;PP=2246;ReadPosRankSum=1.584;SC=TCCTGTAAGCGCACGGCGCGG;SOR=0.394;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=134;WE=40269060;WS=40269042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr15	40269102	rs149792847	A	AT	1406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.300;QD=24.68;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr15	40270214	rs7174071	A	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40282625	rs4144472	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=792;SC=GACTCAGATGTCTTGATAATC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=40282633;WS=40282615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40284523	rs7178419	C	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=1015;SC=AGGTTTTATTCTACGGCAGAT;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=40284531;WS=40284513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	40284802	rs11070241	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=273;SC=TGTGGCCATACGTGACTTATG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=40284810;WS=40284798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	40285120	rs11633992	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=48;PP=1368;SC=AGCATTTGGGATTTAGTCCCG;SOR=2.566;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=60;WE=40285128;WS=40285110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	40291140	rs2412457	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=3;PP=48;SC=CTTAAAATGTCATTAGACTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40291148;WS=40291130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	40293036	rs72248603	AAAT	A	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=627;SC=AAAGCAGAAAAAATAATGACC;SOR=2.833;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=40293046;WS=40293026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	40300092	rs2279581	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=513;SC=CAGGTCAAATTTGTCTTTCAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=40300100;WS=40300084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	40300443	rs2279579	T	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=737;SC=CTATATTTCTTCACCAAGTGT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=40300451;WS=40300433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	40313083	rs12916520	G	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=706;SC=ACTGTAACCGGTCTGTTTCTG;SOR=2.242;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=40313091;WS=40313073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40313141	rs3207297	C	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=21;PP=1210;SC=TAAGTGTTGGCCAGATGTCTA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=40313149;WS=40313131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr15	40322552	rs2250402	G	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=925;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AAACTCTCTTGGTCTCAGGTT;SOR=0.765;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=68;WE=40322560;WS=40322542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr15	40324837	rs2291621	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AGCCCTTTTACAGCACAATAG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=99;WE=40324845;WS=40324827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,104:0.59:175
chr15	40328575	rs7535	G	C	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=2081;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GCTGTTGTTGGTGCTGTTGCT;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=123;TCR=124;TR=134;WE=40328583;WS=40328565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,149:0.56:267
chr15	40328665	rs8208	G	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1630;ReadPosRankSum=0.420;SC=CTCTTCTTCAGCCCATCCATG;SOR=0.653;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=104;WE=40328673;WS=40328641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,105:0.52:200
chr15	40328973	rs2291620	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=509;ReadPosRankSum=0.403;SC=TAGGTAGCATATATCTACAGC;SOR=0.495;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=23;WE=40328981;WS=40328963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr15	40329033	rs2291619	A	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-6.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=12;PP=1172;ReadPosRankSum=0.234;SC=CGGTATTAGCATTGAAATTCA;SOR=0.498;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=128;TCF=110;TCR=18;TR=76;WE=40329041;WS=40329023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr15	40330564	rs7321	C	T	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=59;PP=2482;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CCACAGTACCCTTCTTTGGAA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=156;TCR=98;TR=155;WE=40330572;WS=40330554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,161:0.60:267
chr15	40330629	rs8041057	C	T	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.677;SC=TGAACACGGCCGCGTACGTGG;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=344;TCF=161;TCR=183;TR=207;WE=40330637;WS=40330619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,211:0.60:349
chr15	40330693	rs937215	C	T	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=83;PP=2093;ReadPosRankSum=1.151;SC=GATGACCTAACCCAGCCCCGC;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=65;TCR=136;TR=123;WE=40330701;WS=40330683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,123:0.62:200
chr15	40384132	rs16970349	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=766;ReadPosRankSum=-0.359;SC=ACTCCCAAACGCAATCTTAGA;SOR=0.405;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=66;WE=40384140;WS=40384122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
chr15	40397936	rs539846	G	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=486;ReadPosRankSum=1.545;SC=TTTGGGGAGGGAAAGTCCCCT;SOR=0.750;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=31;WE=40397944;WS=40397926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr15	40453307	rs2277559	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=924;ReadPosRankSum=0.189;SC=GGAGTCGTGTACGTGCCTTGG;SOR=0.553;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=68;WE=40453315;WS=40453297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,77:0.45:172
chr15	40457129	rs3214012	A	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATAATAATTATGTGTCAGTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=40457137;WS=40457124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	40457431	rs17668261	A	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=-1.671;SC=ACCTGTCGTCATTCATCCTAA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=43;WE=40457439;WS=40457421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr15	40462780	rs1801389	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AAGGTGGGAAGGAGAGTAATA;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=76;WE=40462788;WS=40462770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,76:0.40:192
chr15	40477831	rs1801376	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1131;ReadPosRankSum=1.498;SC=GAGACTGCACGACAGCCAGTT;SOR=0.742;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=189;TCF=99;TCR=90;TR=83;WE=40477839;WS=40477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,82:0.41:198
chr15	40494952	rs2412482	A	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=364;ReadPosRankSum=0.284;SC=TTTATTCAAAACCACAAAAGC;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=25;WE=40494960;WS=40494942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr15	40556685	rs7162809	A	G	14078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=263;PP=2965;SC=ATTTTATAAAAACACACCCCC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=500;TCF=236;TCR=264;TR=499;WE=40556693;WS=40556675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr15	40556713	rs12902461	T	C	11641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=232;PP=2965;SC=GCCTGCTCCATAGGGGACTTG;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=163;TCR=233;TR=395;WE=40556721;WS=40556703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr15	40558744	rs748556	G	A	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=124;PP=2965;SC=AGTGGGTGTAGGGACACAGGC;SOR=2.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=43;TCR=124;TR=167;WE=40558752;WS=40558734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	40564576	rs3743137	C	T	5831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.464;SC=CGCACAGCCCCGGCCACAGGC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=731;TCF=336;TCR=395;TR=288;WE=40564584;WS=40564566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:449,294:0.40:743
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chr15	40573716	rs4924446	A	G	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=62;PP=2965;SC=ACCGAGACAGACAGAGCGTTG;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=159;WE=40573724;WS=40573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	40582128	rs71927133	AAGAGAGAGAGAGAG	A,AAG	2589.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=17;NR=9;PP=632;SC=CCTACTTGTGAAGAGAGAGAG;SOR=2.356;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=26;WE=40582177;WS=40582118;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:52
chr15	40582159	rs71403571	A	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-5.410;QD=3.29;ReadPosRankSum=3.995;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
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chr15	40582163	rs62021885	A	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=9.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-3.062;QD=21.63;ReadPosRankSum=4.947;SOR=2.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr15	40582165	rs62021886	A	T	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=44.27;SOR=2.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr15	40582169	rs8036867	A	T	5370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.14;QD=42.62;SOR=2.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	40582713	rs34370826	TAG	T	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=485;ReadPosRankSum=1.306;SC=GATCCATTTGTAGAGAGGCCC;SOR=0.139;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=13;WE=40582722;WS=40582703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr15	40583093	rs2412506	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	40583458	rs936209	A	G	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=118;PP=2965;SC=CACCGCCACGAGCCTTACCTC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=144;TCR=118;TR=262;WE=40583466;WS=40583448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr15	40583560	rs62021888	G	T	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=2265;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GCCGCGCCCCGCTGCAGCAGC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=143;WE=40583568;WS=40583550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,149:0.58:259
chr15	40583876	rs9972418	T	G	10138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=197;PP=2965;SC=GGCTGGGCTGTCAGGTGCTCT;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=158;TCR=197;TR=355;WE=40583884;WS=40583866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr15	40589002	rs2229691	A	G	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=99;PP=2263;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CCTCCCCACCAGTATCCTTAC;SOR=0.537;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=401;TCF=143;TCR=258;TR=163;WE=40589010;WS=40588984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,166:0.41:407
chr15	40589830	rs2305649	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=80;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.361;SC=AAGCGGGGATGGGGTTCAGCC;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=338;TCF=135;TCR=203;TR=128;WE=40589838;WS=40589820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,132:0.38:345
chr15	40590134	rs2229690	G	A	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.472;SC=TCTTAAAGGCGCTTTCTGCAA;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=270;TCF=141;TCR=129;TR=101;WE=40590142;WS=40590124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,103:0.37:276
chr15	40590265	rs2305648	C	G	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=2404;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CATATAACTGCATGGCCGCCA;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=130;WE=40590273;WS=40590255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,131:0.63:207
chr15	40593939	rs2305647	C	T	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=57;PP=1594;SC=GTAGGGGATACAGACAAACCT;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=71;WE=40593947;WS=40593929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	40595414	rs1869902	G	C	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=36;PP=2744;SC=CTTCCCACCCGCACAGGGACC;SOR=1.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=122;WE=40595422;WS=40595404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	40595565	rs2305645	C	T	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=96;PP=2553;ReadPosRankSum=0.056;SC=CTCCTGGGGGCAGGGTGCGGA;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=109;TCR=146;TR=169;WE=40595573;WS=40595555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,177:0.68:261
chr15	40595627	rs1869901	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=0.318;SC=GGTCAAGAATGAGCAATAGGG;SOR=0.357;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=46;WE=40595635;WS=40595617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr15	40632300	rs62017975	A	G	5642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,159:0.34:473
chr15	40632300	.	AAG	GAC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=15;MQ=59.95;NF=65;NR=83;PP=2944;QD=20;SC=CCACCCAAGGAAGAGATCCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=453;TCF=200;TCR=253;TR=148;WE=40632310;WS=40632290;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:305,148:0.33:453
chr15	40632302	rs12440659	G	C	5642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,159:0.34:472
chr15	40645311	.	GGTGTGTGTGT	G	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr15	40645347	rs11853293	T	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=0.470;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=27;WE=40645355;WS=40645337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr15	40646520	rs71132169	CT	C	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.311;NF=21;NR=46;PP=1054;ReadPosRankSum=1.173;SC=AAAGCTGCTTCTTTTTTTTCC;SOR=0.578;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=167;TCF=39;TCR=128;TR=67;WE=40646528;WS=40646510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,102:0.43:239
chr15	40655845	rs1898883	C	G	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=78;PP=2301;ReadPosRankSum=0.228;SC=CAAGGCTGTGCCCCCTGAGGC;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=392;TCF=212;TCR=180;TR=165;WE=40655853;WS=40655835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,170:0.43:400
chr15	40655873	rs1898882	G	C	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=91;PP=2652;ReadPosRankSum=2.437;SC=GAGAGAAGCTGCTCCCTCCAC;SOR=0.705;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=441;TCF=227;TCR=214;TR=177;WE=40655881;WS=40655863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,185:0.41:453
chr15	40656141	rs12443160	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=0.751;SC=TGCAGCACCATGTGGTCAGCG;SOR=0.242;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=23;WE=40656149;WS=40656131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr15	40661013	rs61734053	G	T	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=94;PP=2851;ReadPosRankSum=0.280;SC=ATGGCAGCCTGGCCGCCCTGG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=483;TCF=237;TCR=246;TR=188;WE=40661021;WS=40661003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,194:0.40:489
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chr15	40681554	rs61149329	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=0.579;SC=TTTCTCTTATCTTGGTCAGGC;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=9;WE=40681562;WS=40681544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr15	40683780	rs2289332	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=704;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GTGAAAGGGCGCAAGGGCTGA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=60;WE=40683788;WS=40683770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,60:0.36:168
chr15	40699940	rs2289331	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.011;NF=17;NR=27;PP=740;ReadPosRankSum=1.358;SC=AGTTGGGAGGTCCGGGCAGTC;SOR=0.469;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=44;WE=40699948;WS=40699930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr15	40700006	rs3214685	G	GTT	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.35;MQRankSum=0.971;NF=4;NR=11;PP=567;ReadPosRankSum=0.197;SC=AGCTCACACAGTTCTGGTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=40700014;WS=40699996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr15	40700022	rs10518693	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;ReadPosRankSum=0.694;SC=GTAAATGAAGCCTCTCTAAGA;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=15;WE=40700030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr15	40703339	rs8034416	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=0.162;SC=ACTTTACCGACACCCTGGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=14;WE=40703347;WS=40703329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr15	40703609	rs4924466	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=902;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CATTATCAGGATAATGGAGCA;SOR=0.403;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=52;WE=40703617;WS=40703599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr15	40705105	rs2289330	A	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=674;ReadPosRankSum=-3.906;SC=TAGGAAGGTGAGTGCCTTCTT;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=41;WE=40705113;WS=40705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr15	40705159	rs2289329	T	C	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1190;ReadPosRankSum=0.395;SC=GGCTAATCTGTAACCAGGACC;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=83;WE=40705167;WS=40705149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,87:0.50:173
chr15	40708422	rs11070270	A	G	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=68;PP=1632;ReadPosRankSum=0.322;SC=GGGGCAGTGGACCAGCTGCTG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=134;TCR=176;TR=121;WE=40708430;WS=40708412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,124:0.38:325
chr15	40711270	rs2075625	C	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.894;SC=AGGAGGCGGACGTTGCAGTGA;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=107;TCR=27;TR=63;WE=40711278;WS=40711260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr15	40712737	rs11790	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=459;ReadPosRankSum=0.468;SC=GTCCTATTCCTGTCCTCCAGC;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=41;WE=40712745;WS=40712727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr15	40716253	rs2304645	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=861;ReadPosRankSum=-2.005;SC=CCACCACCCAGCCACTCTCAG;SOR=0.882;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=97;TCR=23;TR=48;WE=40716261;WS=40716243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
chr15	40751555	rs3803357	C	A	3418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=96;PP=2354;ReadPosRankSum=1.658;SC=GCCATCTCATCAGCCCCTGAG;SOR=0.893;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=473;TCF=222;TCR=251;TR=168;WE=40751563;WS=40751545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,173:0.36:480
chr15	40764549	rs582736	G	A	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=108;PP=2525;ReadPosRankSum=1.705;SC=AGTGACCATGGGTGTGGGGCC;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=443;TCF=170;TCR=273;TR=177;WE=40764557;WS=40764539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,179:0.40:453
chr15	40820805	rs7164166	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-1.480;SC=AGGGGAAGACACCAGGTCTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=40820813;WS=40820801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	40824710	rs8029208	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=1.866;SC=TTCACAGCTGTTCACCATGAG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=40824718;WS=40824700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr15	40849326	rs76717634	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=0.700;SC=AAAAAAGTCTGTTCTTAAAAA;SOR=0.492;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=20;WE=40849334;WS=40849316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr15	40849680	rs8029384	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ATGAGGACATCCACACTCCCT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=40849688;WS=40849670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	40855210	rs10152546	T	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=68;PP=1694;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTCAAACATTTTCATTTGGAA;SOR=0.505;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=108;WE=40855218;WS=40855200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,114:0.62:185
chr15	40856989	rs3803354	C	T	7877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=1.112;SC=TGGCCCCTTACCCCAGGGCAG;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=581;TCF=245;TCR=336;TR=346;WE=40856997;WS=40856979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,361:0.60:602
chr15	40862064	rs1058734	C	T	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=2.033;SC=AGCCCCTGGCCTACTATGAGG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=159;TCR=210;TR=209;WE=40862072;WS=40862054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,221:0.58:380
chr15	40898643	rs7177192	G	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=814;SC=GGGAATGAAAGAGTTCAGGTA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=40898651;WS=40898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	40903684	rs12911738	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=7;PP=199;SC=AGAAACAGAAACAGGAGAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=40903692;WS=40903674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40903814	rs12912058	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr15	40914772	rs11855334	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1457;ReadPosRankSum=0.692;SC=GCCACACTGTCGTCATTGGAT;SOR=0.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=105;WE=40914780;WS=40914762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,109:0.40:271
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chr15	40915190	rs8040502	A	G	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=93;PP=2965;SC=ATATACATGTAGGCAGGATGA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=119;TCR=93;TR=212;WE=40915198;WS=40915180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	40915894	rs11070285	T	C	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2285;ReadPosRankSum=2.122;SC=TCCTGCCAAATGAAATAGCTA;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=457;TCF=237;TCR=220;TR=202;WE=40915902;WS=40915884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,207:0.43:476
chr15	40916237	rs17747633	A	G	4262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=90;PP=2858;ReadPosRankSum=0.372;SC=GGTCATAGGGAAAGTTGTAGA;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=300;TCF=147;TCR=153;TR=171;WE=40916245;WS=40916227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,186:0.58:319
chr15	40937115	rs141130902	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.163;SC=TCTCTTACGTCTTTCCTTTCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=40937123;WS=40937105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	40937727	rs6492959	C	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=13;PP=1331;SC=TAGACAATTACATGGAATTAA;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=40937735;WS=40937717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	40939448	rs8041095	G	A	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=58.89;NF=0;NR=6;PP=142;SC=CAAGCCGGGCGGATCACCTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=40939456;WS=40939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	40947023	rs10444817	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=2.025;SC=GCCAAGACTGCGCCATTGCAC;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=5;WE=40947031;WS=40947013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr15	40949526	rs2412544	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=1.318;SC=CATAATTTCACTGGATTTTTT;SOR=1.204;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=26;WE=40949534;WS=40949516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr15	40991153	rs2304579	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TCAAGACCCAAATTAGACTTT;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=40991161;WS=40991143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr15	40998302	rs55943660	TA	T	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.284;NF=15;NR=2;PP=589;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TCTTTATATATATTTTTTTGC;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=17;WE=40998310;WS=40998292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr15	41001187	rs45455000	T	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=787;ReadPosRankSum=0.482;SC=TACATGTTTGTATTATGCTAA;SOR=0.536;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=45;WE=41001195;WS=41001177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr15	41063244	rs1866170	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.367;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=552;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGGGCAAAGCCGGGGTGACTG;SOR=0.330;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=38;WE=41063252;WS=41063234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr15	41067253	rs61763052	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1039;ReadPosRankSum=0.621;SC=GTAGGAGGACGTCTTTGGAGT;SOR=0.546;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=77;WE=41067261;WS=41067243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,83:0.40:205
chr15	41104789	.	A	AAG	512	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=63.14;NF=13;NR=3;PP=512;QD=32.4375;SC=GAAAGAAAGAAAAAATTATTA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=16;WE=41104797;WS=41104779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr15	41105926	rs690347	T	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.171;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=710;ReadPosRankSum=1.563;SC=TGAAGAAGCTTCCCTGGATGA;SOR=1.050;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=48;WE=41105934;WS=41105916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
chr15	41106485	rs7915	A	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=390;ReadPosRankSum=0.219;SC=TTCTGGGCCCAGCCACAGGAC;SOR=0.867;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=30;WE=41106493;WS=41106475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr15	41146581	rs3736287	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=552;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTGACCTCCCTTCCACCCGTC;SOR=0.323;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=137;TCF=96;TCR=41;TR=45;WE=41146589;WS=41146571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,48:0.35:137
chr15	41146880	rs8028552	T	C	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=94;PP=2064;ReadPosRankSum=-1.218;SC=ATTTCCCCAGTGACAAAGGTG;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=278;TCF=114;TCR=164;TR=156;WE=41146888;WS=41146870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,166:0.56:294
chr15	41148199	rs659232	C	T	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.275;SC=GTGGTTGTTACGGCAACAAGA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=631;TCF=307;TCR=324;TR=222;WE=41148207;WS=41148189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,231:0.36:649
chr15	41149161	rs690458	G	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=601;ReadPosRankSum=-0.972;SC=ACCACACCACGCGGCCCCTCT;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=52;WE=41149169;WS=41149151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr15	41165739	rs1814692	A	C	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1952;ReadPosRankSum=-1.734;SC=TAGCCCCCCGACACATGGAAT;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=297;TCF=133;TCR=164;TR=122;WE=41165747;WS=41165729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,123:0.41:298
chr15	41193274	rs9806730	T	C	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=73;PP=1893;SC=GCTTTAGATGTGGAAGGGCTT;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=112;WE=41193282;WS=41193264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	41193316	rs9806683	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=39;PP=1214;SC=GCTGGCTTCCCTTGCAGAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=41193324;WS=41193306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	41224124	rs3212278	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=812;SC=CAGACCTCCTGTCTCTTCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=41224132;WS=41224114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	41227050	rs2277538	C	T	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1373;ReadPosRankSum=0.518;SC=TCACACATCCCTGCCCCCCAG;SOR=0.997;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=70;WE=41227058;WS=41227040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr15	41246237	rs3033592	A	ATC	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=1.120;SC=GACCACTGACATGTCAGTGTT;SOR=1.270;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=7;WE=41246245;WS=41246227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr15	41276158	rs11855248	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr15	41313064	rs3214068	C	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=656;ReadPosRankSum=0.918;SC=CTTGCCAAAGCGAGGAACACA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=37;WE=41313072;WS=41313054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr15	41315591	rs72527311	A	AAT	3847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=61;PP=2898;SC=TTTAAAAAGTAAGTCTAGACT;SOR=2.706;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=61;WE=41315599;WS=41315581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	41339481	rs11070320	C	T	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=220;SC=TTATTCTTAACAAAAGAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=41339489;WS=41339471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41346092	rs2899010	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=10;PP=1205;SC=TTGGTGCCTATTGAGGCTTAA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=41346100;WS=41346082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	41347658	rs2306083	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=1.749;SC=GTATTAGTGTGTAAGTGCCTA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=41347666;WS=41347648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr15	41350719	rs145395470	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.385;NF=13;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TAAAACTTCTCATATCTTGAT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=41350727;WS=41350709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr15	41350766	rs72522214	TGC	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=2.028;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr15	41350768	rs67053863	CGT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=-0.660;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr15	41350772	rs58264392	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=2.066;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr15	41371789	.	C	A	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=22;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=20;MQ=56.94;NF=5;NR=0;PP=45;QD=15.9542425094;SC=AAAAAAAAAACAAAAAATTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=5;WE=41371797;WS=41371779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,5:0.21:24
chr15	41373029	rs1983400	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.524;SC=CCAGCCTGGGTGGCTGAGACT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=41373037;WS=41373020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	41476101	rs521088	T	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=11;PP=1155;SC=AAGCCATCTGTATGGCCTTAA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=41476109;WS=41476091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	41476209	rs522063	T	C	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=68;PP=2965;SC=GAAACCACAGTCTTTCTGATA;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=41476217;WS=41476199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	41476465	rs690733	G	A	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=71;PP=2514;ReadPosRankSum=-1.168;SC=AATCCTCACTGGTTTCCCCTT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=145;WE=41476473;WS=41476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,147:0.58:254
chr15	41476875	rs2467297	T	C	153.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=535;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=27;WE=41476883;WS=41476865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	41483631	rs11371504	T	TA	4037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=10;PP=2965;SC=GGACATCCTTTACACCCACCT;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=76;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	41483636	rs2412609	C	T	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=14;PP=2378;SC=TCCTTTACACCCACCTGAATT;SOR=3.212;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=81;TCR=15;TR=95;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	41483682	rs1971131	A	G	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.746;NF=101;NR=54;PP=2637;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AGAGATATTTAGGGGCTACTT;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=230;TCF=151;TCR=79;TR=155;WE=41483690;WS=41483672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,159:0.67:237
chr15	41507865	rs113857856	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr15	41507883	rs113812559	C	CA	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.286;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.857;NF=23;NR=10;PP=424;ReadPosRankSum=0.184;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.269;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=33;WE=41507891;WS=41507873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr15	41509288	rs7173086	T	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=864;ReadPosRankSum=-1.796;SC=AAATTATTCCTTCTTACCTAA;SOR=0.127;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=90;TCF=76;TCR=14;TR=52;WE=41509296;WS=41509278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr15	41523741	.	T	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=382;ReadPosRankSum=-1.275;SC=CGGGTGCCTGTGAGGTTGGGG;SOR=0.876;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=27;WE=41523749;WS=41523731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr15	41535964	.	TCA	T	1895	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=4;NR=25;PP=1895;QD=66.5517241379;SC=TTTATTTTCCTCACAGAAACC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=29;WE=41535976;WS=41535954;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr15	41535965	.	CA	C	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,57:0.35:163
chr15	41535967	.	CA	C	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
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chr15	41634689	rs77608486	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=1.646;SC=GTTAGCTAGCAAAATAATCAT;SOR=0.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=24;WE=41634697;WS=41634679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr15	41663884	rs371284414	TA	T	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr15	41663896	rs13379756	A	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=2.325;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr15	41679685	rs12900702	G	C	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1363;ReadPosRankSum=-1.271;SC=ATTTTCATAGGCAAATTCTTC;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=95;TCR=49;TR=84;WE=41679693;WS=41679675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,87:0.58:151
chr15	41766966	rs167581	G	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=70;PP=2035;SC=GGGGGCTGCTGTTCTCTCTGT;SOR=3.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=80;WE=41766974;WS=41766956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	41794454	rs1757457	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=0.890;SC=CGCTGTCTTTCCCGATCCCCC;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=19;WE=41794462;WS=41794444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr15	41795900	rs316617	T	C	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1137;ReadPosRankSum=0.759;SC=AGATGAAGGATGCTCATAATG;SOR=0.503;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=202;TCF=80;TCR=122;TR=96;WE=41795908;WS=41795890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,99:0.47:212
chr15	41796498	rs316618	T	A	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=72;PP=2099;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CCCTCCCTCCTGACCCACAAG;SOR=0.511;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=396;TCF=226;TCR=170;TR=155;WE=41796506;WS=41796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,159:0.39:407
chr15	41796901	rs170296	G	T	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.001;SC=CACATGAGGTGGCTGGAAAGG;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=596;TCF=274;TCR=322;TR=205;WE=41796909;WS=41796891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,208:0.34:610
chr15	41797296	rs2278659	T	C	5962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.704;SC=ACTGCCAGAATCTAGAAGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=590;TCF=258;TCR=332;TR=286;WE=41797304;WS=41797286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,286:0.48:592
chr15	41799079	rs316622	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=800;ReadPosRankSum=2.214;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCTGA;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=58;WE=41799088;WS=41799069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr15	41799711	rs4924549	C	T	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=82;PP=2831;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCCCAGCTCACTGGAGAGGAG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=467;TCF=281;TCR=186;TR=206;WE=41799719;WS=41799700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,209:0.44:471
chr15	41803914	rs2254078	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.363;SC=AGCCCAGCGCAGGGATAGGGG;SOR=1.264;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=17;WE=41803922;WS=41803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr15	41805115	rs2253936	G	A	3848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=99;PP=2689;ReadPosRankSum=1.699;SC=TCGAGCCCCTGGCTGGGCCAG;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=454;TCF=219;TCR=235;TR=185;WE=41805123;WS=41805105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,192:0.41:468
chr15	41810439	rs932959	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=312;ReadPosRankSum=0.586;SC=ACATACATAAGGTGTGTGGAT;SOR=1.044;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=19;WE=41810447;WS=41810429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr15	41813279	rs3743031	C	T	7760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=2.333;SC=ACCGAGGGACCCTGCTGCTTC;SOR=0.628;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=569;TCF=317;TCR=252;TR=334;WE=41813287;WS=41813269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,349:0.59:590
chr15	41814172	rs2289740	G	C	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1368;ReadPosRankSum=0.064;SC=CTGAAGGGCAGAGGTCCAGGG;SOR=0.955;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=221;TCF=102;TCR=119;TR=97;WE=41814180;WS=41814162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,103:0.45:231
chr15	41815516	rs8027526	G	C	11156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=202;PP=2965;SC=GACAGGCGCTGCATGTCCTGG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=386;TCF=184;TCR=202;TR=386;WE=41815524;WS=41815506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr15	41815649	rs2297377	A	G	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=63;PP=1530;ReadPosRankSum=0.658;SC=ACAGCCCAAAAGAGCACATTT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=167;TCF=56;TCR=111;TR=89;WE=41815657;WS=41815639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr15	41816190	rs2297378	T	G	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=103;PP=2458;ReadPosRankSum=-2.514;SC=TGCCAAAGGGTGCCACAGTGA;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=387;TCF=152;TCR=235;TR=173;WE=41816198;WS=41816180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,178:0.45:399
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chr15	41819283	rs2297379	G	A	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=96;PP=2537;ReadPosRankSum=1.057;SC=GAGACAGGAGGTAAAAGGGAG;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=478;TCF=230;TCR=248;TR=179;WE=41819291;WS=41819273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,182:0.38:481
chr15	41819322	rs2297380	C	T	6629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.874;SC=AAGACAAGGCCCAGCTAGGCT;SOR=0.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=490;TCF=246;TCR=244;TR=296;WE=41819330;WS=41819312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,293:0.60:486
chr15	41819716	rs1200345	C	T	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=94;PP=2334;ReadPosRankSum=-2.091;SC=TCTTCATCCTCGTCCTCATCC;SOR=0.467;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=333;TCF=128;TCR=205;TR=159;WE=41819724;WS=41819706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,166:0.48:347
chr15	41819998	rs11070334	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=545;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CCATGCCCAGGAACAGGAATA;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=31;WE=41820006;WS=41819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr15	41821752	rs1200349	T	C	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1409;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GAAGACTGAATCGAGCCTGCA;SOR=0.682;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=237;TCF=122;TCR=115;TR=99;WE=41821760;WS=41821742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,106:0.41:256
chr15	41822323	rs11632399	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=1.776;SC=ATGGCATGGCCCAGGGACTGG;SOR=0.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=41822331;WS=41822313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	41827243	rs7181115	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=58;PP=1790;SC=ATAGACCCAAACTTTCCTCAG;SOR=4.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=41827251;WS=41827233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	41827655	rs2297381	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AAAAATGACCCTATGATTGTG;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=16;WE=41827663;WS=41827645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	41828571	rs2297383	A	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=488;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CCAGCCCCCAACCTGACCTCA;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=29;WE=41828579;WS=41828561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr15	41829230	rs721772	A	G	4728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TTCTTCACCAACTGCACTGCT;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=419;TCF=191;TCR=228;TR=213;WE=41829238;WS=41829220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,217:0.50:430
chr15	41851709	rs113721358	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	41856543	rs11070339	A	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=59;PP=1678;ReadPosRankSum=1.847;SC=AGTTAGAATCATTCTGTGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=68;WE=41856551;WS=41856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr15	41857303	rs2277536	T	C	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.244;NF=123;NR=67;PP=2458;ReadPosRankSum=0.056;SC=TGCCAGGTGCTGATGGCCGAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=282;TCR=156;TR=190;WE=41857311;WS=41857293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,196:0.43:451
chr15	41860698	rs2289743	C	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=564;ReadPosRankSum=1.202;SC=TCCTCCTCACCCTCCTCTGCA;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=31;WE=41860706;WS=41860688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr15	41865488	rs2246444	C	T	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.680;SC=TGACTCTCTCCCTCAATGCCC;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=263;TCR=172;TR=242;WE=41865496;WS=41865470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,244:0.56:434
chr15	41991315	rs2178004	A	T	6707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=120;PP=2965;SC=AGATTTGAAGACTTTGCGGCA;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=234;WE=41991323;WS=41991305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr15	41991391	rs11285992	CT	C	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr15	42005772	rs1918313	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.174;SC=AATACAACCTACCTTAATCCC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=42005780;WS=42005762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	42026764	rs1918314	C	T	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=128;PP=2965;SC=TCACCTGTGACTTGGAGGATG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=115;TCR=128;TR=242;WE=42026772;WS=42026754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr15	42028354	rs2577960	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.998;SC=TCAACTTTTTCTTTTTTATTA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=42028362;WS=42028344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	42032383	rs17677991	C	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=0.269;SC=GGCGTTTGTCCCAGCAAAACG;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=34;WE=42032391;WS=42032373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr15	42041712	rs2695163	G	A	9280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=164;PP=2965;SC=TTCAGATGAAGAGAGAATCTC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=154;TCR=165;TR=318;WE=42041720;WS=42041702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr15	42046568	rs2695164	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=440;SC=AGGGGAACAAACATTTGAAAA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=42046576;WS=42046558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42059352	rs61757238	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1158;ReadPosRankSum=1.871;SC=TTGGGTCAGTTGGACACAAAA;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=234;TCF=108;TCR=126;TR=89;WE=42059360;WS=42059342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,93:0.38:242
chr15	42059521	rs2605570	A	T	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=56;PP=1677;SC=GAGGGGAAATAGATCTCACCT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=42059529;WS=42059511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	42103822	rs1197672	C	T	4357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TCTGTCCTGGCGGCGTAGTCT;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=130;TCR=185;TR=185;WE=42103830;WS=42103812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,194:0.58:332
chr15	42105918	rs1201689	C	G	6184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=2.059;SC=CCTGCACTTCCTTAGCACCTT;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=585;TCF=288;TCR=297;TR=302;WE=42105926;WS=42105908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,307:0.51:597
chr15	42109223	rs1197689	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TCACTGCTGTTAAGTTTGCAG;SOR=1.018;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=77;WE=42109231;WS=42109213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
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chr15	42115426	rs1197688	A	G	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1333;ReadPosRankSum=0.317;SC=ACAGGGTGAGAAGCCTGATGG;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=77;WE=42115434;WS=42115416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr15	42116733	rs143368521	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1016;ReadPosRankSum=1.713;SC=GAGCTCCGCGGCAGCGTGCGC;SOR=0.282;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=69;WE=42116741;WS=42116723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr15	42120437	rs13380315	C	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1000;ReadPosRankSum=1.350;SC=GGGAGGGGCCCTGGGATGCCG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=68;WE=42120445;WS=42120427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr15	42132896	rs1122884	C	T	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CCCACATCCTCGCCAGCCACT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=187;TCR=144;TR=206;WE=42132904;WS=42132886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,215:0.62:346
chr15	42133885	rs1648837	TG	CA	6786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=93;PP=2947;SC=CTCGGGGGACTGTGGTGGGGG;SOR=1.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=141;WE=42133894;WS=42133875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	42134097	rs3816533	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1228;ReadPosRankSum=0.314;SC=TGGCACCTTCCGCTTCCACTG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=108;TCR=138;TR=93;WE=42134105;WS=42134087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,102:0.40:258
chr15	42134301	rs1648835	A	C	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=54;PP=2965;SC=CCCTCCCATAACTCTATGGCT;SOR=1.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=145;WE=42134309;WS=42134291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	42134371	rs1648834	G	C	9755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=163;PP=2965;SC=TCTTAGGTCTGCATTCTTTGT;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=186;TCR=163;TR=349;WE=42134379;WS=42134361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr15	42134504	rs41277688	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=846;ReadPosRankSum=0.209;SC=GGAAGCAAGGCGCCTGGATGG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=22;TCR=83;TR=53;WE=42134512;WS=42134494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr15	42134523	rs1648833	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=55;PP=1615;SC=GGGGCTGGGACCCAGGCCACA;SOR=3.073;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=67;WE=42134531;WS=42134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	42134652	rs1672464	G	A	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=991;SC=CTGTGGAGACGGTGGCGGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=49;WE=42134660;WS=42134642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	42134839	rs1672465	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1562;SC=ACAACCAGGGTGCGGGGCTGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=42134847;WS=42134829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	42134930	rs1648832	G	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=390;SC=TTGCGCTCGAGGGGGCACGAA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=42134938;WS=42134920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42135988	rs1672466	C	T	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=72;PP=2265;SC=TGCAGCTGGACGGAGACCTGC;SOR=1.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=119;WE=42135996;WS=42135978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	42137036	rs3214841	CT	C	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=639;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTGGCTTTGGCTTTTCCCAGG;SOR=0.450;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=21;WE=42137044;WS=42137026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr15	42137282	rs1648829	G	A	6277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=86;PP=2965;SC=CGGGGGCTGCGGCCTGGGGGC;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=214;WE=42137290;WS=42137272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	42137576	rs1648828	C	T	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=2.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	42137581	rs1648827	A	C	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=2.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	42138321	rs1197670	A	G	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=58;PP=2965;SC=GGGGGTTCACACCTCTTCCCC;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=121;TCR=58;TR=179;WE=42138329;WS=42138299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	42138456	rs1197669	G	A	8687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CAGCCGGCAGGATAGCTGAGT;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=686;TCF=351;TCR=335;TR=395;WE=42138464;WS=42138446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,402:0.57:702
chr15	42139038	rs890508	G	A	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=109;PP=2965;SC=TTCCAGGTTGGGAAGGGTGGG;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=48;TCR=110;TR=157;WE=42139046;WS=42139028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	42139390	rs3214531	GT	G	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=539;SC=GGTGTGGAGAGTTTTTTTCCA;SOR=3.180;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=20;WE=42139398;WS=42139380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42139642	rs883329	C	T	3828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=95;PP=2553;ReadPosRankSum=-1.190;SC=ACACCTTCTCCGACCCCACCT;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=551;TCF=281;TCR=270;TR=193;WE=42139650;WS=42139632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,197:0.35:555
chr15	42143145	rs58422701	C	CCA	13630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.709;NF=72;NR=112;PP=2970;ReadPosRankSum=0.665;SC=AGCCTGGCACCCACAGTCACA;SOR=0.745;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=339;TCF=125;TCR=214;TR=184;WE=42143153;WS=42143135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,356:0.63:562
chr15	42143227	rs2054151	T	C	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.411;NF=96;NR=95;PP=2308;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CTGCTGGGGGTGATGCCGGAG;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=470;TCF=233;TCR=237;TR=191;WE=42143235;WS=42143217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,195:0.40:489
chr15	42143533	rs1197665	T	G	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2293;ReadPosRankSum=1.074;SC=GCCCTGCAAGTTCCCGCGGCA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=90;TCR=139;TR=145;WE=42143541;WS=42143523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,151:0.63:240
chr15	42143597	rs890507	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=965;ReadPosRankSum=0.306;SC=AGGTCGCATGAGCCACACGCA;SOR=1.070;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=59;WE=42143605;WS=42143587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr15	42144332	rs1197662	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=0.060;SC=ACTGCATGCTTCAGGGAGACC;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=16;WE=42144340;WS=42144322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr15	42145936	rs1197660	G	C	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1634;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CAGTCGGCAGGCCTCCGTCTG;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=100;WE=42145944;WS=42145926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,106:0.60:178
chr15	42146189	rs62002122	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GATAGGTCCCCTCAGCCACCG;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=12;WE=42146197;WS=42146181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr15	42147206	rs1648826	T	C	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=71;PP=2041;SC=CAGGGTCACTTGAGATGGTAT;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=116;WE=42147214;WS=42147196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	42147639	rs2305655	A	C	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=127;PP=2965;SC=GTGGGAAGAGAGCGACAGTCT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=265;WE=42147647;WS=42147629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr15	42147663	rs1672467	G	C	8516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=121;PP=2965;SC=CTGCAGCCCTGCCTTTCCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=278;WE=42147671;WS=42147653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr15	42148800	rs56230030	C	T	3651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=78;PP=2096;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CCAGGTTCTGCGGGGGAGGAG;SOR=0.525;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=275;TCF=139;TCR=136;TR=164;WE=42148808;WS=42148790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,178:0.60:295
chr15	42149472	rs1456235	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=9.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=1.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr15	42149506	rs12442525	G	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=555;ReadPosRankSum=1.632;SC=ACAAAGGCCTGGGCCTGGCCC;SOR=1.095;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=84;TCR=57;TR=43;WE=42149514;WS=42149496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr15	42149596	rs1197675	C	G	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=82;PP=2398;ReadPosRankSum=2.259;SC=TCGCCCACCCCAGGCAGGGCC;SOR=0.710;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=261;TCF=131;TCR=130;TR=157;WE=42149604;WS=42149586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,157:0.59:268
chr15	42149952	rs1197674	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=0.094;SC=TCAGGACTGCTGGTACCAGGG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=42149960;WS=42149942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	42150888	rs890503	G	A	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=60;PP=2015;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CAGCATGGCTGTGTCCAGCAA;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=141;WE=42150896;WS=42150878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,157:0.55:283
chr15	42153519	rs2278965	G	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=276;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CGAAGGGGAGGATCCCTGGCC;SOR=0.145;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=15;WE=42153527;WS=42153512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr15	42155812	rs2278966	G	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.178;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=2;PP=707;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GGCCAGTGAGGGGGGAGACGC;SOR=1.586;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=85;TCF=78;TCR=7;TR=37;WE=42155820;WS=42155802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr15	42155841	rs1648841	T	C	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=20;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTCTAGGCAGTGCCCCCTCCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=121;TCR=35;TR=90;WE=42155849;WS=42155831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,96:0.60:159
chr15	42156321	rs1197657	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=324;SC=CCCCGGAGCATGAGGAACTGC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=42156329;WS=42156311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42159290	rs2290553	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=450;ReadPosRankSum=0.548;SC=CCGGGGGCGCCGGAGCGTCTT;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=32;WE=42159298;WS=42159280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr15	42159623	rs8032462	T	C	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=25;PP=2965;SC=ACCCCAGCCTTGCAGGCTCAT;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=121;TCR=25;TR=146;WE=42159631;WS=42159613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	42166500	rs12593397	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=755;ReadPosRankSum=1.550;SC=CTTGTGCTTGCGGTGAAGGCT;SOR=0.817;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=56;WE=42166508;WS=42166490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr15	42168400	rs2290559	C	T	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=88;PP=2745;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GATGTTTCTGCGCGCTCCGGA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=170;TCR=151;TR=186;WE=42168408;WS=42168390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,196:0.58:340
chr15	42170499	rs1201690	T	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr15	42170506	rs747780	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=2.002;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr15	42171462	rs12708402	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1211;ReadPosRankSum=0.569;SC=CCGTACTTTACGACCACACTT;SOR=0.599;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=84;WE=42171470;WS=42171452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,90:0.63:143
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chr15	42171800	rs2271283	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=389;ReadPosRankSum=0.560;SC=AGACTGGCTGTCCCTTGCCCC;SOR=0.238;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=21;WE=42171808;WS=42171790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr15	42171877	rs1197685	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=789;SC=AGTCAGGCCCAGGCTGGGCAC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=42171885;WS=42171867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	42175104	rs1197691	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.695;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr15	42178155	rs1210795	T	C	10694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=216;PP=2965;SC=GGCTGCCTTGTGCTGGAAGCG;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=170;TCR=216;TR=386;WE=42178163;WS=42178145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr15	42182442	rs12905012	T	C	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=58;PP=1091;ReadPosRankSum=-1.601;SC=ATGAAGCCCATGTCCAGAGAG;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=30;TCR=96;TR=77;WE=42182450;WS=42182432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr15	42185439	rs1672459	C	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-6.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=649;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AGCTGGGGGCCTGGTATGGGT;SOR=0.401;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=53;WE=42185447;WS=42185429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,54:0.40:135
chr15	42187492	rs1197701	T	C	7010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TGCCAGACCTTGCCTCAGCCA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=527;TCF=245;TCR=282;TR=324;WE=42187500;WS=42187482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,327:0.61:535
chr15	42187661	rs1704380	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=54;PP=1585;SC=TCCTTTCCCATTCTCCATCAT;SOR=4.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=42187669;WS=42187651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	42211486	rs1704396	A	G	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=69;PP=2753;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGATGTCTCTAAAGAGGTCCT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=158;WE=42211494;WS=42211476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,162:0.59:274
chr15	42235173	rs11631075	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1149;ReadPosRankSum=-1.870;SC=CCTGGAGGACGGATAGAATAA;SOR=1.245;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=77;WE=42235181;WS=42235163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,85:0.62:136
chr15	42235316	rs11549015	C	T	3106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=69;PP=2055;ReadPosRankSum=2.442;SC=CTGTCGATGACGCTGATGCTC;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=211;TCR=168;TR=157;WE=42235324;WS=42235306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,162:0.41:399
chr15	42279598	rs28438985	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=825;ReadPosRankSum=1.560;SC=GGGATGAAGGGCAGGTCATGA;SOR=0.949;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=39;WE=42279606;WS=42279588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr15	42287578	rs1668586	G	A	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=69;PP=2823;SC=CTGATAGACCGGTGATGTAGC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=42287586;WS=42287568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	42289522	rs1704357	C	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=38;PP=1157;SC=GACACAGCTTCAGGGTCCATT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=42289530;WS=42289512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	42292532	rs1668557	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=381;SC=ACTACCCACCTGCAACTTGGT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=42292540;WS=42292522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42297092	rs2598464	G	A	8688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=151;PP=2965;SC=GAAGCTACTTGATGGCCAGGA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=147;TCR=151;TR=298;WE=42297100;WS=42297082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr15	42298133	rs1704366	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=5;PP=1165;SC=GGAATCAGCAACAGCTATGAG;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=42298141;WS=42298123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	42302590	rs1668568	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=783;SC=AGATAAAGAAATATTCCTGGC;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=42302598;WS=42302580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	42305769	rs75965569	GC	AT	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=3.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42305773	rs62004282	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=3.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	42305852	rs10625152	A	AGAG	7657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=57;PP=2976;SC=TCCGGTAAGCAGAGAAGGAGA;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=89;WE=42305860;WS=42305842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	42305998	rs1668565	T	C	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=60;PP=1810;SC=CAAGCATTACTCCAAGGCCAT;SOR=1.279;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=100;WE=42306006;WS=42305988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	42306015	rs1668564	G	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=46;PP=1342;SC=CCATTGCCCCGGGGGAGACTT;SOR=1.793;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=66;WE=42306023;WS=42306005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	42311454	rs2724935	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=599;SC=CTCAGCCTCCTCATTGGAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=42311462;WS=42311444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	42342929	rs17690068	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=0.704;SC=GACTCAGGACGGGCTGTGTGG;SOR=0.269;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=42342937;WS=42342919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr15	42362821	rs2459692	C	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=516;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TTCGGGACCCCGGCGGTGTGG;SOR=0.351;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=36;WE=42362829;WS=42362811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr15	42363769	rs1668589	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=751;ReadPosRankSum=-1.630;SC=ACCAAAAGAGATCAGCCTCAG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=46;TCR=106;TR=60;WE=42363777;WS=42363759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr15	42364329	rs1712401	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.454;SC=GCACAGAGAGATGCCCTGAGC;SOR=1.845;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=6;WE=42364337;WS=42364319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
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chr15	42378384	.	C	T	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=56;QD=18.1542425094;SC=GTGGGGCCCACGGGGACTTCC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=42378392;WS=42378374;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	42433382	rs694456	A	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=37;PP=1434;ReadPosRankSum=1.665;SC=TGATGCCCCTACTAGACACAC;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=252;TCF=159;TCR=93;TR=106;WE=42433390;WS=42433372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,110:0.42:261
chr15	42433802	rs2280248	A	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=35;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CTGGCTTCTCAGTGCCCTCAG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=122;TCR=59;TR=107;WE=42433810;WS=42433792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,108:0.59:183
chr15	42434254	rs655427	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=731;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGGTCTCCACGTTGTTCAGGA;SOR=1.031;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=55;WE=42434262;WS=42434244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,56:0.37:153
chr15	42434505	rs654527	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GGCTGGCTCCCTGCGGGCCCT;SOR=0.495;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=42434513;WS=42434495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr15	42434824	rs28674123	C	T	6112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ATAGCACTCACGGGCCTCCTC;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=227;TCR=194;TR=265;WE=42434832;WS=42434814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,275:0.62:440
chr15	42436043	rs681264	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=0.608;SC=TGGAACCCAGGCCGTCCACAA;SOR=0.593;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=21;WE=42436051;WS=42436033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr15	42437711	rs621560	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=459;ReadPosRankSum=1.416;SC=ATTCTTCTTGTCTCTGCCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=32;WE=42437719;WS=42437701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr15	42439376	rs4923929	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=912;ReadPosRankSum=1.057;SC=TGAGGGACACGCTGTGGCCAC;SOR=0.516;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=70;WE=42439384;WS=42439366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr15	42470336	rs142302634	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=552;ReadPosRankSum=0.230;SC=ACTAACCCAAAATAAATATGA;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=38;WE=42470344;WS=42470326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr15	42519136	rs1678988	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=35;PP=1258;SC=GTACAACATTTATACACATTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=42519144;WS=42519126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42520760	rs1678987	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=7;PP=1175;SC=TTAAAAACCACAGATCCTTCT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=42520768;WS=42520750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42520829	rs1712417	T	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=62;PP=2965;SC=ACTTTCTATGTCCACCCATGG;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=165;WE=42520837;WS=42520819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	42523341	rs56119841	T	TC	9960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=75;PP=2965;SC=GAAACCCATCTCAAGGGGAGA;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=142;WE=42523349;WS=42523331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr15	42524065	rs1630294	T	C	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=62;PP=2761;SC=CAGGCGTCAATTGCTGAGAGG;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=153;WE=42524073;WS=42524055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	42524165	rs1712420	C	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=62;PP=1960;SC=GTTAAAGTTGCTAGAAGTCTA;SOR=1.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=98;WE=42524173;WS=42524155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	42528676	rs1679012	C	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=73;PP=2294;SC=AGGCCAGATGCCAATACTAGA;SOR=1.470;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=119;WE=42528684;WS=42528666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	42529892	.	C	CT	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=57.22;NF=0;NR=6;PP=78;QD=13.5;SC=TCAATATATACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=42529900;WS=42529882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,6:0.32:19
chr15	42531768	rs11070363	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=16;PP=1063;SC=CTGAATTGCACAGGAACAATT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=42531776;WS=42531758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42553218	rs5812215	AT	A	1354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr15	42560312	rs2412681	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1175;SC=ATATCCTATTCATTTCGTACC;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=42560320;WS=42560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	42564369	rs4244587	CA	TG	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=22;PP=1751;SC=CTTCAATTACCAAAGCATCAT;SOR=0.790;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=49;WE=42564378;WS=42564359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	42564902	rs7181758	A	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=341;SC=CTATTTCTTCAATTTTAACCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=42564910;WS=42564893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	42565552	.	CAGA	C	8203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.19;MQRankSum=2.397;NF=26;NR=96;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CTCCCAGAAGCAGAAGAATGA;SOR=0.731;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=250;TCF=58;TCR=192;TR=122;WE=42565562;WS=42565542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,212:0.55:383
chr15	42568547	rs8043515	C	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=864;SC=TTTATTTAGTCTTGAAGATGA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=42568555;WS=42568537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	42568630	rs8023678	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=281;SC=AAATATAGTAGCTAGATCAAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=42568638;WS=42568620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42570201	rs12916523	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=440;SC=GCTTTCTAACATATTCCCTCT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=42570209;WS=42570191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42570433	rs8024390	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=187;SC=TCAAGAAAGACAAGATGTCAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=42570441;WS=42570423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42570718	rs8024732	A	G	9303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TCCACCTATCAGGCATTATTG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=178;TCR=162;TR=338;WE=42570726;WS=42570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr15	42573067	rs8037020	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=368;SC=TACTGTAGATCAGTTTCTCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=42573075;WS=42573057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42575963	rs2412689	A	G	9110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=147;NR=163;PP=2965;SC=CTCAGCAGATAAGGCACAACT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=312;TCF=149;TCR=163;TR=310;WE=42575971;WS=42575953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr15	42579822	rs11070371	T	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=6;PP=1127;SC=CTAATTATTGTAATTGGTGCA;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=42579830;WS=42579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	42579948	rs8037627	T	C	9947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=161;PP=2965;SC=TTAAAATTAATGAAGAGACTC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=205;TCR=161;TR=366;WE=42579956;WS=42579938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr15	42580106	rs8036596	A	C	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=68;PP=2178;SC=TGCACTTCTTATTTTGGCTGC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=81;WE=42580114;WS=42580096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	42584909	rs4923939	C	T	9267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=125;PP=2965;SC=CAGCTTGTTTCTCTCTTCCTG;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=195;TCR=125;TR=320;WE=42584917;WS=42584899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr15	42589729	rs142433199	GA	G	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.739;NF=11;NR=5;PP=519;ReadPosRankSum=1.293;SC=TCAAAAGTTGGAAATGAAAAA;SOR=0.169;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=16;WE=42589737;WS=42589719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr15	42589987	rs4924651	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.32;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	42589996	rs4924652	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.63;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	42590034	rs72029141	TATTCATTC	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=2348;SC=TTCATTCATTTATTCATTCAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=42590049;WS=42590024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42603083	rs2412694	C	T	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=127;PP=2965;SC=TGTTCTGTTACATATCCAATG;SOR=1.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=53;TCR=127;TR=180;WE=42603091;WS=42603073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	42606094	rs7173358	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=447;SC=AGGCTGCAGTAAGCACTGTTC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=42606102;WS=42606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42606153	rs141877658	A	AAACAACAAC,AAACAACAACAAC	3807.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=23,23;NR=11,11;PP=444,404;SC=CTATCTCTAAAAACAACAGCA;SOR=1.875;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=34,34;WE=42606169;WS=42606143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.63,0.37:65
chr15	42606161	rs11637731	G	A	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=40.61;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	42619508	rs1659215	C	T	6419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=82;PP=2965;SC=ACAATGCATCCTACTGTGAGG;SOR=1.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=137;TCR=82;TR=219;WE=42619516;WS=42619498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	42694944	rs2241827	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=293;ReadPosRankSum=0.320;SC=CAGGACAGGATGTTCCTCCCG;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=19;WE=42694952;WS=42694934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr15	42701374	rs28364531	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=0.802;SC=TGCATTTGCCCGTCCCCAGCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=5;WE=42701382;WS=42701373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	42701688	rs3115883	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=336;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CTTTGGACTTTGGTGGAGCCA;SOR=0.192;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=24;WE=42701696;WS=42701678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr15	42703406	rs3115884	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=936;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ACTGGGCACATGGTCCTCTGA;SOR=0.625;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=115;TCR=41;TR=64;WE=42703414;WS=42703396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr15	42703899	rs28364547	G	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=1.452;SC=GGGGGGGGGGGGTCACTCTTT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=20;WE=42703907;WS=42703876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr15	42704105	rs3098423	C	T	7351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=148;PP=2965;SC=ATCAGTCATGCTCCTCCTCCA;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=105;TCR=149;TR=253;WE=42704113;WS=42704095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr15	42744094	rs12440118	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TCTCGTCTCCATTGGGGTCGT;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=80;WE=42744102;WS=42744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,90:0.35:254
chr15	42749476	rs62022313	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=-2.167;SC=AAAATTAGTGCTAATTAATTT;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=25;WE=42749484;WS=42749466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr15	42758159	rs2244773	T	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=19;PP=1125;SC=ACATTTGCTTTTGACGGATTA;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=42758167;WS=42758149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	42764519	rs7177521	G	C	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=111;PP=2965;SC=CAACGTCACAGCTGCAATGAG;SOR=0.774;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=135;TCR=112;TR=244;WE=42764527;WS=42764509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	42805000	rs4573906	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.371;SC=CTCCTGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=42805008;WS=42804990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	42820451	rs9302112	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=879;ReadPosRankSum=0.933;SC=ACTCCTGACTCTTATATAGAA;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=61;WE=42820459;WS=42820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr15	42820589	rs1060291	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=930;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AACCAACAACGGGAGCAGCCA;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=66;WE=42820597;WS=42820579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,71:0.37:190
chr15	42837497	rs41315252	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=219;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGGAAAAAGCATAAGCACTAT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=18;WE=42837505;WS=42837487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr15	42850380	rs3986280	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=1.616;SC=TACTTTCCTTATTCATTTACC;SOR=0.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=21;WE=42850388;WS=42850370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr15	42851464	rs11070374	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=411;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GCTGGGATTACAGGAGTGAGC;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=27;WE=42851472;WS=42851454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr15	42930891	rs1197550	A	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=27;PP=1362;SC=TTTCTACTTAACTCTAGTTTT;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=42930899;WS=42930881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	43020324	rs62020665	C	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=481;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CCCACACACCCTCCCGCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=32;WE=43020332;WS=43020314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr15	43025476	.	CT	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=7.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.571;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.204;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr15	43026625	rs62020666	T	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CCACAGAGGATCTCTAAGGCA;SOR=0.378;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=25;WE=43026633;WS=43026615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr15	43037302	.	TA	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.674;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.104;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr15	43075531	rs9920092	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=186;SC=TCACCAGATACCAAATCTGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=43075539;WS=43075521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	43109127	rs140189140	CAT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr15	43170624	rs62020680	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TATAAGTAATGTATGTAATAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=43170632;WS=43170620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	43170690	rs10650948	T	TAC,TACAC	2070.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.58;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,21,41:0.30,0.59:70
chr15	43237805	rs11352938	AT	A	318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=362;SC=AAAAAGGGATATTTTCCCTTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	43237813	rs67230215	TTCACCATTGA	T	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=2337;SC=ATATTTTCCCTTCACCATTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43244699	rs2277532	A	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=36;PP=1096;SC=AACAAAACAAATAAGTACCAT;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=43244707;WS=43244689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	43256121	rs2054389	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	43322113	rs3736054	C	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=24;PP=1832;SC=TCTTGAGGTACATAGAGATAA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=87;WE=43322121;WS=43322103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	43324942	rs6493077	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=16;PP=492;SC=TCATCCAGTCCAGTATTTTTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=43324950;WS=43324932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	43328663	rs3784265	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=371;SC=TATCTTCTCTCCTTAGAAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=43328671;WS=43328653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	43330175	rs7166596	A	T	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=60;PP=1654;SC=TTCTCACGTGAAAAATGGAAG;SOR=5.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=64;WE=43330183;WS=43330165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	43352041	rs4924704	G	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=36;PP=1200;SC=TGAAGGGAACGAACCAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=43352049;WS=43352031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	43398108	rs68062403	A	G	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.988;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2425;ReadPosRankSum=1.297;SC=GACCGGGGGGAGGACAAAAGA;SOR=0.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=203;WE=43398116;WS=43398097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,172:0.91:188
chr15	43430934	rs117093529	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=755;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CAGGGGTCTCGCTATTTTGCC;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=57;WE=43430942;WS=43430924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr15	43453056	rs11070392	C	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=464;SC=ATACAGTAGTCCTCCCTTATC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=43453064;WS=43453046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	43478113	rs540587	G	C	10745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=1.415;SC=CCTTGCCTCAGTTCCTCCAGC;SOR=0.535;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=140;TCR=228;TR=366;WE=43478121;WS=43478103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr15	43478511	rs530118	C	T	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=97;PP=2965;SC=ACCTTTTGCACGCACGCCAGG;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=174;WE=43478519;WS=43478501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	43483537	rs495286	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=469;SC=ATAATAGGCCTCGCCTTTTTT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=19;WE=43483545;WS=43483527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	43512847	rs3832982	AC	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=2.609;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr15	43527236	rs579178	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=512;SC=CAAGTACCAAATCCCAGGGAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=43527244;WS=43527226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	43545728	rs555001	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr15	43558823	rs473016	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=313;ReadPosRankSum=1.576;SC=GTTAGCAAGCAGCTGTGTGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=17;WE=43558831;WS=43558813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr15	43568999	rs530683	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=793;ReadPosRankSum=1.291;SC=GGTCCTGTGACGCCATGGGGC;SOR=1.240;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=41;WE=43569007;WS=43568989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr15	43571390	rs567357	C	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,59:0.43:137
chr15	43579566	rs513970	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=915;ReadPosRankSum=-2.001;SC=GGATGGCCACACTGCCCTTCC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=107;TCR=69;TR=74;WE=43579574;WS=43579556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,76:0.42:183
chr15	43585520	rs538238	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.044;SC=GCATGAGGGGTCTGGGGCTCC;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=6;WE=43585528;WS=43585510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr15	43621947	rs3742969	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CGTCAGGAAAACGCTCCAGGC;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=137;TCR=107;TR=79;WE=43621955;WS=43621937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,77:0.31:248
chr15	43622265	rs3742970	C	A	5071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=-0.763;NF=135;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=2.546;SC=CGGGCTCCCCCCTCTCGAAAG;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=711;TCF=387;TCR=324;TR=260;WE=43622273;WS=43622250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,268:0.37:725
chr15	43627855	rs1549525	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=832;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTATGAATCTATTGGATATTT;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=53;WE=43627863;WS=43627845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr15	43632549	rs2278857	T	C	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=68;PP=1635;ReadPosRankSum=0.915;SC=AAAATGCTACTGGTAGAATTT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=167;TCR=160;TR=136;WE=43632557;WS=43632539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,139:0.41:343
chr15	43635136	rs8041132	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=195;ReadPosRankSum=0.602;SC=TGCTGAAGGTGAGGGATGAAA;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=14;WE=43635144;WS=43635126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr15	43637985	rs6493083	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCTGTCTGGCTGTACTCAGAA;SOR=0.289;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=16;WE=43637993;WS=43637975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr15	43654182	rs6493085	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TTTTCTTAATCATATGTGCCA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=8;WE=43654190;WS=43654172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr15	43656043	rs2899082	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GTTCTCAATCAGATGATATTT;SOR=0.076;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=43656051;WS=43656033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	43659046	rs2278860	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=670;ReadPosRankSum=1.148;SC=CATAGTTTGGACTGATTATCA;SOR=0.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=52;WE=43659054;WS=43659036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr15	43661459	rs28461955	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.497;SC=GAGGTTAACGCGAACAAGGGT;SOR=0.124;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=43661467;WS=43661449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr15	43661802	rs3809482	T	C	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=54;PP=1871;ReadPosRankSum=0.755;SC=ACCGAAGATCTAGGTCTTCCA;SOR=0.907;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=329;TCF=187;TCR=142;TR=131;WE=43661810;WS=43661792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,138:0.40:349
chr15	43677975	rs200679530	CT	C	4852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GATGTGTACTCTTTCCTTGAC;SOR=0.631;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=167;TCF=53;TCR=114;TR=66;WE=43677987;WS=43677965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,128:0.45:284
chr15	43677979	rs201393666	C	A	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TGTACTCTTTCCTTGACTAGC;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=272;TCF=159;TCR=113;TR=116;WE=43677987;WS=43677965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,130:0.44:293
chr15	43690215	rs999026	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	43694108	rs2444036	G	C	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=967;ReadPosRankSum=1.364;SC=CCCTTAGGCAGTTTGAGTTGA;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=30;TCR=108;TR=57;WE=43694116;WS=43694098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
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chr15	43700427	rs45585139	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGTAATCCCAGCACTTTGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=43700435;WS=43700417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr15	43748304	rs690367	A	G	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=66;PP=1992;ReadPosRankSum=0.411;SC=GCTGTGAAGAATCTTGCTCTA;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=208;TCR=189;TR=139;WE=43748312;WS=43748294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,143:0.35:407
chr15	43762196	rs689647	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ACTGGTTCACCACTTTGAAGT;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=33;WE=43762204;WS=43762186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr15	43767774	rs560191	G	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=1.178;SC=TGGAAAGACTGTCCTGAACAA;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=29;WE=43767782;WS=43767764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr15	43784000	rs555252	C	T	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=80;PP=2965;SC=ACCAACAAACCTTAATACAAA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=132;WE=43784008;WS=43783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	43784435	rs34075231	T	TA	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.119;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr15	43784475	rs2439831	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.297;NF=29;NR=16;PP=622;ReadPosRankSum=0.031;SC=AACAAGGTATCACTCACCAAC;SOR=0.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=45;WE=43784483;WS=43784465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr15	43813387	rs694985	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AAGTCTCATATTGCATGACCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=43813395;WS=43813377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	43816917	rs1060939	G	A	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTGATGAGGGGCTTACAGGCT;SOR=0.897;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=246;TCF=145;TCR=101;TR=85;WE=43816925;WS=43816907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,87:0.34:256
chr15	43817406	rs480108	T	C	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=72;PP=2777;ReadPosRankSum=0.803;SC=AGGCCGAGGATACCTCTCACC;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=458;TCF=278;TCR=180;TR=187;WE=43817414;WS=43817396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,186:0.41:458
chr15	43818052	rs2245715	G	A	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=83;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AGAACAAAAGGATACAGCCCT;SOR=0.750;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=460;TCF=228;TCR=232;TR=170;WE=43818060;WS=43818042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,177:0.37:475
chr15	43820717	rs55707100	C	T	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=75;PP=2273;ReadPosRankSum=1.989;SC=AAGCCAAGCCCCTTCCAGGTT;SOR=0.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=448;TCF=235;TCR=213;TR=162;WE=43820725;WS=43820707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,164:0.36:455
chr15	43891235	rs56397895	G	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.514;NF=35;NR=26;PP=837;ReadPosRankSum=-2.795;SC=CGGGATGTAAGATAATCTGAA;SOR=0.894;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=193;TCF=96;TCR=97;TR=61;WE=43891243;WS=43891225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,60:0.31:193
chr15	43891512	rs76542740	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.165;NF=17;NR=36;PP=753;ReadPosRankSum=0.856;SC=CCCAGGAGTTCTGCTCATTCT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=43;TCR=92;TR=53;WE=43891520;WS=43891502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr15	43892847	rs12438025	G	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-6.133;NF=29;NR=34;PP=759;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CAGAGCACTGGAGATGCAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=63;WE=43892855;WS=43892837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,69:0.37:186
chr15	43892893	rs12437957	A	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.042;NF=16;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.186;SC=GTAGAACAGTAGGAAGGAAGG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=36;WE=43892901;WS=43892883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr15	43893072	rs3097773	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.778;NF=59;NR=61;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAAATGACCTGAACTCCCAAC;SOR=0.746;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=352;TCF=180;TCR=172;TR=120;WE=43893080;WS=43893062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,114:0.34:336
chr15	43893818	rs2447196	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TGGGTTTTAAGTCTTGCCTCT;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=49;TCR=122;TR=78;WE=43893826;WS=43893808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
chr15	43895642	rs28495368	GC	AT	4966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.704;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.330;NF=65;NR=64;PP=2944;ReadPosRankSum=1.362;SC=GGAGGTCAGCGCAGTAATAAA;SOR=0.505;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=365;TCF=173;TCR=192;TR=129;WE=43895651;WS=43895632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,138:0.36:384
chr15	43896446	rs2614819	C	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.692;NF=20;NR=7;PP=337;ReadPosRankSum=2.187;SC=GTTTTGCAGTCTCCCCCCAGA;SOR=0.235;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=27;WE=43896454;WS=43896436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr15	43896798	rs2614822	G	C	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.192;NF=79;NR=39;PP=1568;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TGGTGGCTGAGGGACTGGGTA;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=307;TCF=201;TCR=106;TR=118;WE=43896806;WS=43896788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,123:0.39:313
chr15	43897499	rs2920780	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=13.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQRankSum=-1.577;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr15	43903040	.	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-6.693;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.257;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,52:0.42:124
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chr15	43941125	rs2470122	G	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=37;PP=994;SC=CCCGCCCGCCGGACGAAGGCG;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=43941133;WS=43941115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	43988604	rs28578041	G	A	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.017;NF=32;NR=53;PP=1226;ReadPosRankSum=1.554;SC=GAGGACATAAGGAAAACCAAA;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=77;TCR=132;TR=85;WE=43988612;WS=43988594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,92:0.41:225
chr15	43989518	rs2467426	A	G	4967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.185;NF=152;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=4.137;SC=TGTTCAGCACATAAGATATCC;SOR=0.821;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=820;TCF=408;TCR=412;TR=299;WE=43989538;WS=43989508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:531,281:0.35:812
chr15	43989530	rs2927085	T	C	5365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.050;NF=144;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.561;SC=AAGATATCCCTGGTGGCATGG;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=808;TCF=383;TCR=425;TR=307;WE=43989538;WS=43989508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,291:0.36:800
chr15	43995789	rs2470135	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.413;NF=14;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AGCTCTGCTGCTTTTCTAGAA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=28;WE=43995797;WS=43995779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr15	43996898	rs139728513	G	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.516;NF=15;NR=2;PP=305;ReadPosRankSum=0.474;SC=AGCAAGAATTGCCCAGGGCAG;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=17;WE=43996906;WS=43996888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr15	44001071	rs370956504	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQRankSum=-1.999;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr15	44002670	rs373529135	TTG	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQRankSum=-2.157;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,25:0.18:136
chr15	44021501	rs151172008	G	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.702;NF=44;NR=56;PP=1532;ReadPosRankSum=1.108;SC=TGATGCAGATGTTATTAAATC;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=213;TCF=100;TCR=113;TR=100;WE=44021509;WS=44021491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr15	44023810	.	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQRankSum=-1.879;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.107;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr15	44028569	rs56181031	G	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.74;QD=31.65;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	44038899	rs2411284	C	T	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.465;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.664;NF=104;NR=100;PP=2846;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AGTTCTTCGCCCCCTGGTGAG;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=347;TCF=182;TCR=165;TR=204;WE=44038907;WS=44038889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,209:0.59:353
chr15	44043793	rs28718261	C	G	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=772;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TCCATTCCTGCTGGATTTGAA;SOR=0.850;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=50;WE=44043801;WS=44043783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr15	44053887	rs12101756	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=713;ReadPosRankSum=-1.148;SC=ATAATGTACTATATAGTACAT;SOR=0.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=39;WE=44053895;WS=44053877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr15	44060883	rs12441861	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.807;NF=14;NR=36;PP=728;ReadPosRankSum=0.021;SC=ATGAAGACTTCGTTGGCCATC;SOR=0.509;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=33;TCR=90;TR=50;WE=44060903;WS=44060873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr15	44061802	rs1053492	C	T	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.490;NF=101;NR=43;PP=2313;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GGTGTGGTCACTGTAAGAACC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=237;TCF=163;TCR=74;TR=144;WE=44061810;WS=44061792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,156:0.62:251
chr15	44062874	rs7181912	A	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.74;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	44068160	rs3844075	C	G	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=156;NR=93;PP=2965;SC=AGGGTGGAGACCTCTTAAGCA;SOR=1.243;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=156;TCR=94;TR=249;WE=44068168;WS=44068150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	44069069	rs2277531	G	C	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=2419;ReadPosRankSum=1.533;SC=AGCCGGAGCTGTCCTCTCAGA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=188;TCR=198;TR=159;WE=44069077;WS=44069059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,161:0.41:396
chr15	44084705	rs4644832	G	A	11650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=1.173;SC=CGCGCTCTGTGGCCACCCTCA;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=139;TCR=265;TR=402;WE=44084713;WS=44084695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,416:1.00:417
chr15	44089222	rs2043878	C	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=458;ReadPosRankSum=0.857;SC=GTCTCCCCATCCTTTGGTGGG;SOR=0.635;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=30;WE=44089230;WS=44089212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr15	44090798	rs3759791	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=-0.871;SC=ACCAAAAATATAGGAAAGAGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=31;WE=44090806;WS=44090788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr15	44090854	rs654276	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=870;SC=TGAGAGGGGGTTGGGACAGGC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=44090862;WS=44090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	44091351	rs656473	A	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=47;PP=1535;SC=AGTGTGTGTGAGAGAAATGGC;SOR=1.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=80;WE=44091359;WS=44091341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	44091386	rs3784275	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=340;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TGCATGGAAAGGTACCTACTT;SOR=0.219;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=20;WE=44091394;WS=44091376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr15	44093927	rs12702	T	C	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1184;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GATGGAGATATCTCGAGCAGC;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=242;TCF=85;TCR=157;TR=80;WE=44093935;WS=44093917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,83:0.34:245
chr15	44100531	rs28674750	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.477;SC=AGCCCCTTGATAGGTGACACT;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=4;WE=44100539;WS=44100527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr15	44102010	rs2228368	A	C	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=68;PP=1526;ReadPosRankSum=-1.843;SC=TGCCCTTAACAGCTTTGTTGG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=395;TCF=209;TCR=186;TR=139;WE=44102018;WS=44102000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,147:0.36:408
chr15	44106624	rs3736180	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=695;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ATAGCAAGACAGAAAACAGAC;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=56;WE=44106632;WS=44106614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,59:0.39:152
chr15	44119313	rs3832984	CA	C	5093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=2.675;NF=17;NR=89;PP=2948;ReadPosRankSum=1.200;SC=CTGGTGCTTCCAAGGTGTGCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=293;TCF=50;TCR=243;TR=106;WE=44119321;WS=44119303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,178:0.36:494
chr15	44120559	rs678084	T	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=68;PP=2241;SC=TACCACACCATCCCTGGTAAG;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=44120567;WS=44120549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	44127489	rs67611508	ACCCGCCC	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.842;NF=0;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=-1.834;SC=ACATACGGAGACCCGCCCCCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=5;WE=44127503;WS=44127479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	44151063	rs13329084	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=627;ReadPosRankSum=1.462;SC=AATCTAAAGAGTCTATAGCTA;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=50;WE=44151071;WS=44151053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,56:0.36:157
chr15	44778936	rs2453275	T	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	44794330	rs144086133	C	CTT	280.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=161;SC=TGCATATACTCTTATTTTTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=44794338;WS=44794320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	44903285	rs12909507	C	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	44943757	rs3759871	A	G	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.576;SC=GCCAAGGGAAAAACACTGCAT;SOR=0.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=195;WE=44943765;WS=44943747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr15	44951174	rs7165146	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=3;PP=844;SC=AACTAACCACACTTCCTATAT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=44951182;WS=44951164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	44966389	rs8026845	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=83;PP=2919;SC=ATTCCCAGCATACCAGGGGCC;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=44966397;WS=44966379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	45028919	rs11388295	C	CT	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=0.993;QD=12.83;ReadPosRankSum=-2.705;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr15	45047573	rs3100139	C	T	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=222;SC=CATTTCTTCACGGTGGGTGAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45047581;WS=45047563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	45048757	rs3759881	T	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=468;SC=ATATATTATCTACACACTAAA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=45048765;WS=45048747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	45059390	rs6493127	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=18;PP=1275;SC=GTTTACCCCCCTTTCTCCCAT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=45059398;WS=45059380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	45060014	rs3100143	A	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=1023;SC=TTAAAGAGGTATTGAAATATT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=45060022;WS=45060004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	45123692	rs2689311	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=706;SC=CACTCCCCTACGCTGATTCCC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=45123700;WS=45123682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	45250755	rs373082	CA	TG	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=987;SC=CAGCCAAATCCAGCTAATCTC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=45250764;WS=45250745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	45353230	rs2854446	C	T	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=25.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=13.810;NF=101;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=3.783;SC=TGCTCCCACCCTCGGACATGG;SOR=0.010;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=178;WE=45353238;WS=45353220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,197:0.95:208
chr15	45353284	.	GC	AT	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.258;ClippingRankSum=0.000;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=61.443;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-14.919;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=3.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,69:0.20:338
chr15	45353476	.	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.386;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.958;NF=10;NR=41;PP=816;ReadPosRankSum=-3.616;SC=CCCTTCATTAGCTTGGTGCTG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=27;TCR=109;TR=51;WE=45353484;WS=45353466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr15	45357410	rs2854437	T	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=24;PP=1544;SC=GCATATATAATACTATTGTTA;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=45357418;WS=45357400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	45361011	rs28662287	C	T	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.18;QD=22.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr15	45365762	rs78724098	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.902;NF=6;NR=11;PP=136;ReadPosRankSum=1.988;SC=CCCACAGTCTTGGGATCTCAG;SOR=0.250;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=17;WE=45365770;WS=45365752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr15	45365783	rs143548681	C	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-6.089;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr15	45365790	rs56131648	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-5.857;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr15	45365792	rs139397987	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-5.857;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr15	45387550	rs199138	A	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=14;PP=1531;SC=TGGAGCCAGGAGCTTTCTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=68;WE=45387558;WS=45387540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	45388382	rs2554451	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=648;SC=TCTGAGCAAGCGGGGCTCCTG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=45388390;WS=45388372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	45391566	rs269869	A	T	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=32;PP=1573;SC=AGGAGAAACCATCCCCAGAAC;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=45391574;WS=45391556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	45392075	rs269868	G	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=73;PP=2570;SC=CGAGGGTGGCGAGGCAAAGCC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=45392083;WS=45392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	45398965	rs269862	G	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=19;PP=1174;SC=CAAATAGCCAGCCCCTCAGGC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=45398973;WS=45398955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	45399467	rs190599	A	G	13777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=281;NR=212;PP=2965;SC=GACAGCACCAAGTGATTCCCC;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=281;TCR=213;TR=493;WE=45399475;WS=45399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr15	45400164	rs269861	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=624;SC=CAAGGGCTCATAGGGGCTGTC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=45400172;WS=45400158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	45400358	rs269860	C	G	8026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=128;PP=2965;SC=CCAGGAGCCCCCCAAGGAGCA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=153;TCR=128;TR=281;WE=45400366;WS=45400348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr15	45404066	rs2001616	G	A	7464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=168;NR=104;PP=2965;SC=GTCGAACACGGGGTCTCCAGG;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=169;TCR=106;TR=272;WE=45404074;WS=45404056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr15	45404979	rs182090	T	G	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=98;PP=2965;SC=CCCAAACCTCTCCCTAAGCCT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=73;TCR=98;TR=171;WE=45404987;WS=45404969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	45405463	rs269856	G	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=23;PP=1354;SC=TCAGGGAGCCGCTTGCCGCAC;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=45405471;WS=45405453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	45408414	rs2576090	C	G	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=137;PP=2965;SC=AGCCCGTGTCCGTCTGCTCGT;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=101;TCR=138;TR=238;WE=45408422;WS=45408404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr15	45408691	rs2576091	C	G	6789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	45408699	rs2252371	C	T	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	45408710	rs2554459	A	G	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=70;PP=2893;SC=GCCTCACCCCACAGGGACCCC;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=168;WE=45408718;WS=45408681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	45408933	rs2576092	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=485;SC=CTATGGTAAGTGCTGGAGGGA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=45408941;WS=45408923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	45409271	rs955152	C	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=25;PP=1471;SC=CACAGCGGGTCCCCCCACTCC;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=45409279;WS=45409261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	45434493	rs2292464	C	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=130;SC=AAGTCAGCTCCAGGGAGAATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=45434501;WS=45434483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	45435217	rs2292465	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=547;SC=AAGCTCCCCATGGGATGCAGA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=45435225;WS=45435207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	45439910	rs938129	A	G	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=82;PP=2594;SC=TCTGTTGGAGATGGGGAAGCC;SOR=1.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=124;WE=45439918;WS=45439900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	45443012	rs8041911	T	C	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=70;PP=2486;SC=TCAAACAAATTAGAAAAGGAC;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=45443020;WS=45443002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	45444133	rs16939752	T	C	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.222;SC=CCAACGCAGCTGTCTCCACCA;SOR=0.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=131;TCR=113;TR=243;WE=45444148;WS=45444123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr15	45444518	rs1706804	A	G	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CGGGCATCACAGACACCACCC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=211;TCR=134;TR=341;WE=45444526;WS=45444508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr15	45445456	rs16939774	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=269;SC=GGTCAGAAGTCGAGACTCCTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=45445464;WS=45445455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	45445720	.	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.505;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr15	45445722	.	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA	G	558.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.02;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr15	45446028	rs8038802	T	C	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=2;PP=393;SC=GAGGTTGCAGTGAGCCAAGAT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=45446036;WS=45446018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	45446156	rs2458236	C	T	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=51;PP=2331;SC=CAGGTCTGAGCTCCCCCAGAA;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=121;WE=45446164;WS=45446146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	45453032	rs3784584	T	C	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=TTCCTCCATCTAGCTCATCAT;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=45453040;WS=45453022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	45457127	rs7169193	C	T	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=68;PP=2040;SC=CTGCCCACTGCCCAGTTGAGC;SOR=1.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=101;WE=45457135;WS=45457117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	45467540	rs1632144	C	G	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=35;PP=1606;SC=TCACCTTCCGCGGTGGCCCCA;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=45467548;WS=45467530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	45493122	rs74011388	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=672;SC=CATAGGAATCCTTTGGTTGCA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=45493130;WS=45493112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	45544319	rs2899376	T	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	45557286	.	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,54:0.36:151
chr15	45561868	rs2413769	C	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=1;NR=9;PP=232;SC=ACTACAAAGCCAGCAGAACAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=45561876;WS=45561858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	45567529	rs12440356	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=40;PP=2396;SC=GTATAACTTATTGATATGTTT;SOR=1.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=126;WE=45567537;WS=45567519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	45654327	rs1145086	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=44;PP=1717;SC=TAGGACTGTAAGGTGCCTCGG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=45654335;WS=45654317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	45740911	rs56273246	C	T	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=51;PP=1835;SC=AAGAACCAGCCCTGCCCACGT;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=45740919;WS=45740901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	45777344	rs1153829	T	C	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AGGCAGGAGTTCCCAAAATAC;SOR=0.901;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=81;WE=45777352;WS=45777334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr15	45779810	rs2453531	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	45847921	rs8042811	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=32;PP=1179;SC=AAGTAGGAACTGCAGAGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=63;WE=45847929;WS=45847911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	45880122	rs16945097	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=695;SC=TTGGTCAGCTCGGTGATATTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=45880130;WS=45880112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	45890118	rs113052860	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=57.38;NF=1;NR=12;PP=330;SC=TTGATGAACATTGATGCAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=45890126;WS=45890108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	45951064	rs16946633	T	G	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=120;SC=CCCACGATGGTTTCTACCTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=45951072;WS=45951054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	47873477	rs4775698	T	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=369;SC=ATAAGTCCTGTGGTTTACATT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=47873485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	47873549	rs4775699	C	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=16;PP=617;SC=GGCAGAACTACATATAAACAA;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=47873557;WS=47873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	47873605	rs4774498	T	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=18;PP=920;SC=TGGGAAGTAGTTTGAGAAAAG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=47873613;WS=47873595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	48053229	rs501916	C	A	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=61;PP=2797;SC=AAGTAATACCCAACAAGGTGA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=150;WE=48053237;WS=48053219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	48053334	rs599111	G	T	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=94;PP=2965;SC=AAACTGCTTTGGTTTTGCTTG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=205;WE=48053342;WS=48053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	48055119	rs3743276	T	C	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=190;SC=TTGAATGTAATTGTGCAACAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=48055127;WS=48055112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	48056735	rs565627	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=811;SC=CTCCTTCCTCACTTGACCTCT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=48056743;WS=48056725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	48056958	rs3743281	C	T	7013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=126;PP=2965;SC=CACCCATTGCCGATGAGCCCT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=122;TCR=126;TR=248;WE=48056966;WS=48056948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr15	48058214	rs531596	C	T	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=90;PP=2965;SC=AAAGTAAGCTCGTGTTTCTTT;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=206;WE=48058222;WS=48058204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	48058259	rs616871	T	A	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=104;PP=2965;SC=GAAACCTTTGTTGATGAGAAA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=210;WE=48058267;WS=48058249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	48058484	rs528882	G	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=340;SC=CTTTTTTTTTGTTGTTATGGG;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=48058492;WS=48058474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	48058652	rs472081	G	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=423;SC=GTTTTTAACAGAAATAGTCAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=48058660;WS=48058642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	48058684	rs145748369	GTTGT	G	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=258;SC=ATGTTAAAATGTTGTTTTTTT;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=48058695;WS=48058672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	48058929	rs603569	G	A	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=86;PP=2659;SC=ACATTTGCACGTCGACATTAT;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=148;WE=48058937;WS=48058919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	48062749	.	C	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr15	48063076	rs568215	T	C	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=68;PP=2965;SC=CTGCTCTTCCTACTCCTGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=174;WE=48063084;WS=48063066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	48443699	rs2470103	T	C	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=137;PP=2965;SC=TCCAAAGCCTTGATTTATTCC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=171;TCR=137;TR=308;WE=48443707;WS=48443689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr15	48450517	rs3736482	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=610;SC=AACTCTCTGATATTTTAATTA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=48450525;WS=48450507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	48460786	rs11070626	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=683;SC=CCCCTGCCTATATGAAGATTA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=48460794;WS=48460776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	48460927	rs8023906	C	T	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=106;PP=2965;SC=TTTTCTCCAGCGCCCGAATTC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=217;WE=48460935;WS=48460917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	48520699	rs1484547	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TAATACATCATACTCTATAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=48520707;WS=48520689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	48529390	rs11852323	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=4;PP=79;SC=GATGAACAGGAGTTTGCCGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=48529398;WS=48529380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	48533901	rs34059983	G	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=44;PP=1205;SC=TTTTTAAAAGGCAACAATTTT;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=48533909;WS=48533891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	48538979	rs35669481	A	AAAC	839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=850;SC=TGTCTCAAACAAACAACAACA;SOR=2.948;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	48539043	rs8028035	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=25;PP=1498;SC=GTTGAAAGCCGTTTGCTTATG;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=48539051;WS=48539033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	48539587	rs6493311	T	C	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=73;PP=2090;SC=CAAAGGGATATGGGAAAAACA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=144;WE=48539595;WS=48539577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	48544052	rs8026268	G	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=422;SC=AGCTTCTATGGGCTTAGGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=48544060;WS=48544042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	48547976	rs2291340	T	C	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=71;PP=2965;SC=AAGGTCAGTGTTTTTTATGCC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=102;TCR=72;TR=173;WE=48547984;WS=48547966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	48551318	rs34482067	C	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=257;SC=AGCCTCTGTACCTGTCATCCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=48551338;WS=48551308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	48551330	rs34081916	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=319;SC=TGTCATCCCACTGGAATGGTT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=48551338;WS=48551308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	48551365	rs35286394	G	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=618;ReadPosRankSum=1.174;SC=TTCTTGCAGGGGCTCATTTTC;SOR=2.151;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=48551373;WS=48551355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr15	48551614	rs34466479	A	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=346;SC=ATAGCAAAAAAACAGTTTATA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=48551622;WS=48551604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	48561834	rs1484551	A	G	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=43;PP=2528;SC=GATTGCCCACATTTTTATGTC;SOR=1.510;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=132;WE=48561842;WS=48561824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	48561849	rs34047900	G	T	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=52;PP=2965;SC=TATGTCCTCTGTTTAGGCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=149;WE=48561857;WS=48561839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	48580713	rs1552311	T	C	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	48580813	rs34099259	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=269;SC=ACAATAGACTCAAAGACAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=48580821;WS=48580803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	48583930	rs35718278	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=528;SC=TGATTGAAAATAGTTAAATAT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=48583938;WS=48583920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	48584083	rs2291342	A	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=1163;SC=TTAACAAGAGACATTGATTAC;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=48584100;WS=48584073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	48584162	rs36036907	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=244;SC=TTTACTGCAGCGACTTCTTGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=48584170;WS=48584152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	48591267	rs35405890	C	T	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=31;PP=1502;SC=GAGCCAGTCACACCTGGAGTA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=48591275;WS=48591257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	48623341	rs28381094	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=27;PP=1595;SC=TTAGGGCGCCGCTAAACTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=48623349;WS=48623331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	48623518	rs28381097	C	G	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=55;PP=1826;SC=AAGACGCCAACGGCGCCGTCT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=90;WE=48623526;WS=48623508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	48623536	rs28381098	GCC	G	2914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=39;PP=1852;SC=TCTTCCTGGGGCCCCAGGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=45;WE=48623545;WS=48623526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	48624044	rs28381100	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	48624051	rs28381101	T	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	48624409	rs2071296	C	G	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	48624417	rs28381103	G	C	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	48624677	rs28381105	G	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=58;PP=2099;SC=ACAGTCACCGGAGAGATCACA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=48624685;WS=48624667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	48624996	rs28381106	T	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=41;PP=1298;SC=GCATCTGCCTTAAAAAGTTAT;SOR=1.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=70;WE=48625004;WS=48624986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	48626647	rs28381112	A	G	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=70;PP=2965;SC=CTATGGAGAAAGCTGTTGTGA;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=167;WE=48626655;WS=48626637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	48712699	rs3214528	AT	A	346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=282;SC=CTCAATTATAATTTTTTTTCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=48712707;WS=48712689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	48713996	rs1820488	G	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=344;SC=GGCCAACAACGCTTCACATAC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=48714004;WS=48713986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	48720526	rs363832	G	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=3;PP=776;SC=GGAAAGTGCGGTGCCAACTGT;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=48720534;WS=48720516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	48729648	rs2042746	T	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=708;SC=TCTCCACAAGTATTTTGAGGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=48729656;WS=48729638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	48736684	rs2303502	A	T	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=61;PP=2965;SC=TCATTCTGCTAAGTCCAGTGG;SOR=1.420;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=180;WE=48736692;WS=48736674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	48749040	.	C	CGTGTGT	42.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	48807637	rs4775765	C	T	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=73;PP=2626;SC=CTCACACCGGCAACTCCCAGG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=48807645;WS=48807627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	48903126	rs1018148	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=42;PP=1320;SC=GGTCCCTCACAAACTTTGCTA;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=48903134;WS=48903116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	49044538	rs2306187	C	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=17;PP=711;SC=GGAACAAAATCCAATTACCAG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=49044546;WS=49044528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	49074539	rs2289179	C	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=570;SC=TTCTGCTTTACTACTACTGTC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=49074547;WS=49074529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	49083577	rs58156069	C	T	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=46;PP=1477;SC=TTTTCATCTACGGTATTAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=49083585;WS=49083567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	49097734	rs72739872	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	49098016	rs1426200	C	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=640;SC=GGTGATTCACCGAAAATAGCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=49098024;WS=49098006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	49118087	rs3743292	C	T	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1030;SC=ATTTTATCTACAAACAAAGTT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=49118095;WS=49118077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	49135892	rs882824	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=378;SC=CATGCCCCACCCTATACAATG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=49135900;WS=49135882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	49143232	rs17467239	G	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=9;PP=815;SC=GCAACATTCTGGGCCTATCTG;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=49143249;WS=49143222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	49149828	rs4774526	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=242;SC=CAAATAAATACATACAGATAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=49149836;WS=49149818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	49168649	rs34156861	TAC	T	146.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=62.13;NF=4;NR=0;PP=164;SC=CATATATATATACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=49168658;WS=49168641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	49168841	rs34224664	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=11;PP=376;SC=TCCAATGTTCGAGGGCAGGAA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=49168849;WS=49168831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	49325289	rs11638215	A	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=71;PP=1951;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GCTGTTGTAAAAGCTGTTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=86;WE=49325297;WS=49325279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr15	49422885	rs2289389	T	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=28;PP=1093;SC=GCAAAGAAAGTAATAGAATCC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=49422893;WS=49422875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	49426048	rs11858814	G	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=114;SC=TATGTACAAAGAAACAACATT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=49426056;WS=49426038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	49527624	rs55979115	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=362;ReadPosRankSum=1.987;SC=TGTTTTTTTTTCTTAAATTGT;SOR=2.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=49527632;WS=49527614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr15	49716478	rs17478047	C	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=2092;ReadPosRankSum=0.819;SC=CATGAACACCCGGAGCACTAC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=119;WE=49716486;WS=49716468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr15	49867122	rs12901416	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=84;SC=ATCCAGAAAAACATTTTTGTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=49867130;WS=49867112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	49867148	rs12902794	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	49867323	rs12902107	G	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=484;SC=AAAAAAACAAGAGAGAGATGC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=49867331;WS=49867313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	49869141	rs12912703	C	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=194;SC=CTATCACTCACTAACATAATT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=49869149;WS=49869131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	49869576	rs12148716	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=69;PP=2122;SC=ATATGTCATATCTAAAATAAA;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=111;WE=49869584;WS=49869566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	49923026	rs1976551	C	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=276;SC=TACAGCCGCTCCCCATCACTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=49923034;WS=49923016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	50152583	rs4774549	G	T	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=997;ReadPosRankSum=1.028;SC=CAAAAGCATAGCCAGACCTTC;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=52;WE=50152591;WS=50152573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr15	50189303	rs2413975	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TTCCAGCTAGATACATATTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=50189311;WS=50189301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	50189448	rs2413976	C	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.16;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	50193553	rs2009833	G	A	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=156;SC=AGAGAATATGGCATAAGACCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=50193561;WS=50193543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50303318	rs72734857	G	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=109;SC=AGTGAGTTAGGGGTACTCCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=50303326;WS=50303308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50311135	rs12591825	C	A	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=TACCAGAGTACTTCCTGTCAT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=207;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr15	50311148	rs11070741	A	G	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.868;SC=CCTGTCATTAAACCCTCAGCT;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=184;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr15	50399011	rs56757311	C	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=84;SC=ATATAATCGTCGAAGTTCACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=50399019;WS=50399005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	50474900	rs34490804	C	T	11954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=227;PP=2965;SC=ATCAAGTGGCCCGGGCGCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=425;TCF=197;TCR=228;TR=424;WE=50474908;WS=50474890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr15	50489677	rs1863511	A	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=973;SC=TTGTTTTGATATTTTTCTTAT;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=50489685;WS=50489667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	50497354	rs2278166	G	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=1;PP=975;SC=AATTTCTACCGTTCAAAGTTG;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=50497362;WS=50497344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	50518146	rs8043431	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=554;SC=GGGAAAAATTATAAAAGATTT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=50518154;WS=50518136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	50521265	rs5812509	T	TA	8142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=101;PP=2936;SC=GATCTGTACCTAACCCATAGA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=24;TCR=104;TR=123;WE=50521273;WS=50521255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr15	50526030	rs16963464	T	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=478;SC=ATAAATAGCCTTAACACTTCT;SOR=2.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=50526038;WS=50526020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	50526249	rs17848313	A	T	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=55;PP=1762;SC=GATTCCTACCACTTAGGGAAC;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=50526257;WS=50526239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	50546935	.	TTCTCTCTC	T,TTCTC,TTC	525.74	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.4757,0.5243;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=6,6;PP=8,136;ReadPosRankSum=0.811;SC=TTCTAGTTTTTTCTCTCTCTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6,6;WE=50546948;WS=50546925;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:15
chr15	50546971	rs80072362	C	G	531.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.45;ReadPosRankSum=1.504;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	50546971	.	CTC	GTG	444	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=9;PP=444;QD=49.7467874862;SC=CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=50546981;WS=50546961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	50546973	rs79724974	C	G	531.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.45;ReadPosRankSum=1.504;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	50555710	rs854160	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=653;SC=AAGAAGGAGATGGATTTGGCC;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=50555718;WS=50555700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	50570999	rs11372405	G	GT	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=23.98;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	50581869	rs374196509	GA	G	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.847;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr15	50646900	rs113692002	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=917;SC=GCATGCTAGGGCCGAGGAGGG;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=50646908;WS=50646890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	50754339	rs3098169	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=336;SC=ATTATTATTCGTCTGCGTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=50754347;WS=50754329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	50773755	rs3131561	G	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=20;PP=813;SC=ACCATGAGCAGCAATCTCCTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=50773763;WS=50773745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	50781963	rs3098176	T	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	50821945	rs3098200	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=9;PP=864;SC=AGATAATTCTGGAGTTTTCTT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=50821953;WS=50821935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	50822215	rs141101722	A	ATT	519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=410;SC=TTTAAAAGTAATTTCTTGACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=50822223;WS=50822205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	50831175	rs3101860	T	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=463;SC=AGTCAACAAATCCAGAAGACA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=50831183;WS=50831165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	50833113	rs2003359	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=135;SC=GAGCCACCGCACTCAGTCTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=50833121;WS=50833112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50836243	rs3109878	T	G	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=AAAAAAAGGATGCCAGGCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50836251;WS=50836233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	50867082	rs473357	G	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=27;PP=1578;SC=TATCTTCTTTGTAAATACTTG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=83;WE=50867090;WS=50867072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	50873262	rs2414060	A	G	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=136;SC=TTTATTTATTATAACTGTATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=50873270;WS=50873252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50878478	rs539383	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=0;PP=79;SC=CAGAATTTTCGTCTTCTGACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=50878486;WS=50878468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	50878509	rs1395297	T	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=185;SC=TCACTGCTCATGTGTTTGACA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=50878517;WS=50878499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	50878574	rs3109894	G	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=18;PP=671;SC=CTATTCATATGGTCAAAATAC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=50878582;WS=50878564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	50882045	rs113973270	T	TTTTTTTG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=282;SC=AGGTTACAGTTTTTTTTGTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=50882053;WS=50882035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	50885976	rs567109	G	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=251;SC=AGAAAATCAAGGAAGAGCTAT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=50885984;WS=50885966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	50888619	rs675011	A	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=572;SC=ACAACTTAAAAATAGTAATTC;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=50888627;WS=50888609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	50899211	rs12439744	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=291;SC=ACAAAGTATACAGCATACTCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=50899219;WS=50899201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	50899309	rs11633404	C	A	1319.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=1080;ReadPosRankSum=0.250;SC=ACACACACACCCCCCTACGTA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=60;WE=50899317;WS=50899297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,56:0.92:61
chr15	50901929	rs35281039	TA	T	765.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.737;NF=16;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=1.029;SC=TTCCTAAAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.655;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=27;WE=50901937;WS=50901919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,39:0.91:43
chr15	50903600	rs4775894	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=690;SC=ATTAATACTTCCTACTTTTTA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=50903608;WS=50903590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	50911865	rs34352984	AT	A	247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=22.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	50916575	rs137968959	GATTTAC	G	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.65;NF=0;NR=4;PP=169;SC=AAGTCCTTAGGATTTACATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=50916588;WS=50916565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	50920436	.	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.22;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	50924995	rs2292175	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=156;SC=TATTTCACCAGTTTAGAATGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=50925003;WS=50924985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	50926523	rs140773609	AAAAT	A	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=135;SC=CTCCGTATCAAAAATAAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=50926534;WS=50926513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	50941108	rs2063011	C	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=36;PP=1089;SC=GAGATTAAAACACCCTTCAAA;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=50941116;WS=50941098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	50941131	rs2063010	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=606;SC=ATTAGAGTTAATGAAAAAATG;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=50941139;WS=50941121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	51012201	rs145209254	G	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=953;SC=AACTGAGGCAGTAATAAGTGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=51012209;WS=51012191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	51028163	rs142468582	TAAG	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=63;SC=TCTGCTTATTTAAGAAGTAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=51028173;WS=51028153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	51040798	rs8035452	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=374;SC=ACTCAGCCTCTAAACCACACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=51040806;WS=51040788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	51057582	rs145059998	G	A	327.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GAGGCCGGGCGAGGAGTAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=51057590;WS=51057572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr15	51217361	rs2306331	T	C	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=68;PP=1962;SC=GATTTTCCCCTGCGAAATGAT;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=133;WE=51217369;WS=51217351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	51217475	rs2306332	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=461;SC=AGAAGTTTATGCTAGAAAATT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=51217483;WS=51217465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	51276128	rs2306335	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=225;SC=TATTAGTTCCAGGCTTGAATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=51276136;WS=51276118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	51293164	rs3840015	G	GT	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=457;SC=TTTGAAATTTGTTGTTTAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=51293172;WS=51293154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	51350655	rs76241791	AT	A	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=1424;ReadPosRankSum=2.427;SC=GGTAAAAAAAATATATATAAA;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=33;WE=51350663;WS=51350645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,36:0.92:39
chr15	51634255	rs2446421	T	G	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=114;PP=2965;SC=GTAGGCGGGGTCTCTGTTCCC;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=78;TCR=114;TR=192;WE=51634263;WS=51634245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	51675625	rs2445738	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=2245;ReadPosRankSum=1.151;SC=ATTTTTTTTCCGTTGTAGGAC;SOR=0.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=112;WE=51675633;WS=51675615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr15	51676216	rs2445739	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=50;PP=1603;SC=GCCGGTTTAACTCTTACCTAG;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=51676224;WS=51676206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	51676232	rs2168623	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=44;PP=1302;SC=CCTAGAAGCCATTGCGTTCCG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=51676240;WS=51676222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	51689624	rs1147142	A	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=18;PP=1252;SC=TCCCCCTTCTACCTCTTGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=51689632;WS=51689614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	51751091	rs111734926	TAGCAGC	T	775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=1073;SC=GAAGAAAATGTAGCAGCAGCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=17;WE=51751104;WS=51751081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	51758345	rs10706765	CA	C	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=254;SC=AAAGAAAAGCCAAAAAAAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=14;WE=51758353;WS=51758335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	51770456	rs11291027	AT	A	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=10;PP=447;SC=ATTTTGGGTGATTTTTTTTTA;SOR=1.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=22;WE=51770464;WS=51770446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	51780722	rs17524750	C	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=54;PP=2341;SC=TGTTGAATCACGTTAAGTGTC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=134;WE=51780730;WS=51780712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	51829812	rs17524906	G	A	6303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=90;PP=2965;SC=AGTTAGCAGCGTTTCAATCTT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=129;TCR=90;TR=219;WE=51829820;WS=51829802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr15	51829995	rs12904173	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=39;PP=1224;SC=AAGCATTAAATAATTCATTTA;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=51830003;WS=51829985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	51981597	.	GGT	G	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr15	52005713	rs2305720	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=35;PP=1044;SC=AAAGTCTCCCCGCAGAGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=51;WE=52005721;WS=52005703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	52060657	.	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.910;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr15	52185961	rs112242715	CA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=10.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.026;SOR=2.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr15	52264094	rs17612102	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=955;SC=GTGAACCTGTTCTCGCCTGGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=52264102;WS=52264084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	52420918	rs56260508	A	T	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.208;SC=AATAATGCATATTTTCTGCTG;SOR=0.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=167;WE=52420926;WS=52420908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr15	52486335	rs59434591	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=17;PP=407;SC=GCAAAACACAGCTATCTCTAG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=52486343;WS=52486325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	52487523	rs3751604	T	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=714;SC=ATCAACATCTTATACCATAGT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=52487531;WS=52487513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	52504142	rs2278295	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=563;SC=CCTAAGGAACTTGTGACTAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=52504150;WS=52504132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	52505563	rs3751608	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1307;SC=TCTCCTACCCCATTCTGGCTG;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=52505571;WS=52505553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	52506655	rs6493546	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=189;SC=AGGATCCTTTCGTTAGCCCAG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=52506663;WS=52506645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	52515678	rs4405492	G	T	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=10;PP=1541;SC=TGAATTTGACGCCACTGACAA;SOR=3.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=52515686;WS=52515668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	52531941	rs11635028	A	G	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=57;PP=2867;SC=TGATCTTCCAACTTTTTCTGC;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=150;WE=52531949;WS=52531931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	52534344	rs3751631	G	A	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=51;PP=2660;SC=CAAGATACCCGCGGCAGTGCT;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=146;WE=52534352;WS=52534334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	52539673	rs10163109	C	T	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=28;PP=2220;SC=CAACTGTGGTCCGGAAATGCT;SOR=1.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=107;WE=52539681;WS=52539663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	52539699	rs145997599	T	C	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=43;PP=2634;SC=TTTGGCTTGATGACTTGCTTT;SOR=1.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=142;WE=52539707;WS=52539689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	52548784	rs142512191	A	ACGCGCGCG,ACACGCGCGCG	3623.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=29,23;NR=21,21;PP=843,222;SC=ACACACACACACGCGCGCGCG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=50,44;WE=52548792;WS=52548772;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.74:46
chr15	52553007	rs4497629	C	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=12;PP=1512;SC=AAAAACCATGCGGCTCTCAAC;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=52553015;WS=52552997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	52556429	rs4776032	A	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=68;PP=2314;SC=TGATCTGCACATTGCCCAGAT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=52556437;WS=52556419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	52564191	rs3751629	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=7;PP=175;SC=AGGCCCTTCCTCTCAGCTGAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=52564199;WS=52564181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	52569261	rs16964849	C	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=32;PP=1381;SC=TACAGAGCCCCGGTCCAATAT;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=52569269;WS=52569251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	52575170	rs3751624	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=50;PP=1501;SC=AGGAAGGTTTCTTTCTGTGCA;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=52575178;WS=52575160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	52638972	rs12593477	A	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=103;SC=TGTGAAAAAAAATATATATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=52638980;WS=52638962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	52641120	rs139493603	T	TAA	340.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=196;SC=TTATAACAGATAAAAGCTAAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=52641128;WS=52641110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	52664408	rs11637651	G	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=24;PP=1035;SC=AGCGAGCCTCGATTTTGAGCT;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=52664416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	52667552	rs2414145	G	A	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=69;PP=2714;SC=ACTGAAGAACGATAGTGGCAG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=135;WE=52667560;WS=52667542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	52675261	rs4774621	T	C	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=46;PP=2779;SC=TATGTACTTTTTCACTGGGTG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=140;WE=52675269;WS=52675251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	52681573	rs1724623	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	52684004	rs1669872	C	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=542;SC=GAAAGCATAACCCCTACTTGT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=52684012;WS=52683994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	52689526	rs2924130	T	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=65;PP=2401;SC=CGCGGGCATTTGTGGCCTGCA;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=137;WE=52689534;WS=52689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	52689631	rs1724577	T	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=50;PP=1794;SC=CACCCATGAGTTCACAGAAGA;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=52689639;WS=52689621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	52689772	rs1669875	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=450;SC=TTCTTTGTTATAACAAACACC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=52689780;WS=52689762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	52725587	rs1917972	A	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=23;SC=TGAAAAAAGAAATCTTGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=52725595;WS=52725577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	52820904	rs1693513	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=1260;SC=GCTCCCGCCCCCTCCCCAGCC;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=52820912;WS=52820894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	52892477	rs35694811	CT	C	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=311;SC=AGCCACAATACTTTTTTTTTT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=52892485;WS=52892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	52901283	rs61731670	TT	CC	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=26;PP=1762;SC=ATTGAGGAAGTTGATAAACTA;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=52901292;WS=52901273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	53081800	rs61735385	G	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=26;PP=778;SC=TCATACCTGGGGGAGTCTCGC;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=50;WE=53081808;WS=53081790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	53082214	rs149161886	GTC	G	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=1133;SC=GTGGGGCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=24;WE=53082223;WS=53082204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	53230504	rs113229762	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=617;SC=TATGAATGGTGATACCATGTT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=53230512;WS=53230494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	53815527	.	AAG	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.212;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr15	53905729	rs62005937	T	C	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=108;SC=GCTAGTGTAATCACAAACATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=53905737;WS=53905719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	53905779	rs35292476	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=448;SC=TATTTTGACACTGCTAACCAG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=53905787;WS=53905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	53905820	rs34829468	GA	G	1084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=375;SC=TCCTTTCACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=19;WE=53905829;WS=53905810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	53997089	rs578595	C	A	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=123;SC=CAAATGCCAGCAAATTATTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=53997097;WS=53997079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	53998314	rs690235	G	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=861;SC=ATTCTAACTAGAGAGAGATGG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=53998322;WS=53998304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	54003091	rs551225	G	A	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=64;PP=2942;SC=CAGTAAATGAGGATAAATGGT;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=54003099;WS=54003081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	54005244	rs2459380	T	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=174;SC=AGAAGTTACTTGGCAATAGAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=54005252;WS=54005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	54008795	rs690337	T	C	7160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.04;NF=149;NR=112;PP=2965;SC=AGGAAGTGAGTGTACTTACAC;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=149;TCR=112;TR=261;WE=54008803;WS=54008785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr15	54008845	rs690346	T	C	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=124;PP=2965;SC=GCCTTCTCCATGCACTGTCCA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=110;TCR=125;TR=234;WE=54008853;WS=54008835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	54008889	rs34828731	GA	G	5725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=96;PP=2967;SC=CTCCCTAGCAGAAGATAACTT;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=3;TCR=105;TR=99;WE=54008897;WS=54008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	54008966	rs6145564	A	AGTGCTGCACTTAAGT	1976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=2967;SC=GTTTTTCTTTAGCAGCCTGAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=54008974;WS=54008956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	54306925	rs12437941	G	A	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=78;PP=2965;SC=TTTGAATGGAGGTGTTCAGGG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=169;WE=54306933;WS=54306915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	54529629	rs7162346	T	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=18;PP=1508;SC=AGTTGTGGGATCGTTCCAGTT;SOR=2.012;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=73;WE=54529637;WS=54529619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	54556259	rs12917364	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=14;PP=919;SC=ACTCCACAGAATGAAAGCACT;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=54556267;WS=54556249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	54624313	rs11856987	T	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=17;PP=589;SC=GTATAGGGTATGTACAAATTT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=54624321;WS=54624303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	54685463	rs489526	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=216;SC=ATATACTGACGACAATAATAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=54685471;WS=54685453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	54792428	rs8025195	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=417;SC=CACATTGCTTACTTTTAACCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=54792436;WS=54792418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	54914716	rs2681964	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=210;SC=AAAAACTGCACAATTATTTTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=54914724;WS=54914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	54915975	rs2414332	A	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=24;PP=1812;SC=CTAAAATGTGATATTTCCTTT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=54915990;WS=54915965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	54918911	rs11856235	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=505;SC=ATATCCTATTTGCCAACATAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=54918919;WS=54918903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	54918943	rs11852743	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=3;PP=970;SC=AATGTATACAGTTTTCAGCAG;SOR=4.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=54918951;WS=54918933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	54919047	rs1520411	A	G	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=76;PP=2965;SC=AGGAAAATCGACCAGGGGCTT;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=178;WE=54919055;WS=54919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	55484826	rs77714541	G	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=23;PP=1319;SC=TGTTATAGGAGGCCTTGTTAT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=70;WE=55484834;WS=55484816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	55489065	rs9300	G	A	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=105;PP=2965;SC=GCCCCGAACAGAAATAACACT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=110;TCR=105;TR=215;WE=55489073;WS=55489055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	55489104	rs13733	A	G	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=105;PP=2965;SC=ACCCGCGTGTAACCCCACCAA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=209;WE=55489112;WS=55489094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	55497691	rs1050931	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=9;PP=985;SC=CTACTATGTCGCTTACTTGAC;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=55497699;WS=55497681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	55516023	rs75601168	C	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=22;PP=1948;SC=TTTTTCATTACCATTCACCTG;SOR=2.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=93;WE=55516031;WS=55516013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	55613659	rs73415540	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	55621889	rs28459661	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=943;SC=CCATTTCCAATTTCATATATG;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=55621897;WS=55621879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	55625933	rs569333	C	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=409;SC=CTGTCTCAAACAAAACAAAAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=55625941;WS=55625926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	55632859	rs678892	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=19;PP=766;SC=CTGCAGAACTGGGGAACATTT;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=55632867;WS=55632849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	55652719	rs34958422	A	G	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=120;PP=2965;SC=TTTTCAGTATATACATTGGGA;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=89;TCR=120;TR=209;WE=55652727;WS=55652709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	55652845	rs11545679	A	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=50;PP=2017;SC=GCTTCTGTCAACAGAGTCTCC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=55652853;WS=55652835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	55653031	rs501231	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=32;PP=1202;SC=TCCTTCTCCAAGGATACTCTT;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=55653039;WS=55653021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	55701175	rs75035759	G	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=96;PP=2796;SC=AAGGTGTAAAGACCATCGAGA;SOR=3.442;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=17;TCR=97;TR=113;WE=55701183;WS=55701165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	55710196	rs111445249	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=55.94;NF=9;NR=0;PP=172;SC=AGGCAGGAACCGGCCATTTTC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=55710204;WS=55710186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	55710369	rs6493785	T	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=38;PP=1788;SC=ATTAAATTTTTTTTTTTTCAG;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=55710377;WS=55710359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	55722872	rs77641439	G	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=312;SC=TAGTCATTAAGATTTTAGTTC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=55722880;WS=55722862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	55724853	rs77745826	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=904;SC=TTAATTTAAACAAGCAAAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=55724861;WS=55724843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	55731560	rs76150030	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=9;PP=786;SC=ATCCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=55731568;WS=55731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	55840995	rs2617227	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=690;SC=ATGAATGATTAAAAGTACAAT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=55841003;WS=55840985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	55974742	.	T	TTTTATTTATTTATTTA	219.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=36.51;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	56030543	rs12906885	G	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=15;PP=1229;SC=TTTTATTTATGAAGTTAGAAA;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=56030551;WS=56030533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	56030756	rs4774222	T	C	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=51;PP=1610;SC=CTACAAACTCTAAAAGGTGGG;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=56030764;WS=56030746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	56032519	rs10152116	G	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=826;SC=TATTAATAAAGCAAGAAATCA;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=56032527;WS=56032509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	56032975	rs7182733	G	A	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=228;SC=TTCAGGGTATGAGATGACGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=56032983;WS=56032965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	56034878	rs11632579	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=193;SC=TGGCGGTTCCGGACAGGCCGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=56034886;WS=56034868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	56035010	rs12910180	G	A	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=55;PP=2084;SC=ACAGCGGTAAGAGAAAGCAGA;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=125;WE=56035018;WS=56035000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	56122664	rs12910830	T	C	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=87;PP=2965;SC=AACAGAGGAATCTCACTCTCT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=175;WE=56122672;WS=56122654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	56130286	rs11071227	A	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=10;PP=467;SC=AATAAAATACATACTAATAAA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=56130294;WS=56130276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	56130689	rs12906245	T	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=23;PP=1120;SC=CCATTTTAACTGATCAAAATT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=56130697;WS=56130679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	56139153	rs2288346	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=422;SC=GTATTTATTATAAACATGACT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=56139161;WS=56139143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	56140520	rs12911101	A	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=748;SC=GCTCTTGAAGAGACAGGTGAG;SOR=1.378;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=56140528;WS=56140510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	56152598	rs4774228	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=23;PP=1339;SC=ATCTAAGAGCATCTTACTGAG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=56152606;WS=56152588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	56152729	rs2303579	T	C	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=58;PP=2617;SC=GAAGGCCTGGTTGCTATACAT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=121;WE=56152737;WS=56152719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	56152872	rs2303580	C	T	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=2.247;SC=GGAAGACTCTCGGTTGTCAAC;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=170;WE=56152880;WS=56152862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr15	56207983	rs7174459	C	T	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.799;SC=TCTTCTGTAACGAGCCCTTCC;SOR=0.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=118;TCR=93;TR=210;WE=56207991;WS=56207973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr15	56208933	rs1912403	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=73;PP=2584;SC=TTGAAGCACATGTGAACATGG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=56208941;WS=56208923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	56216793	rs2271289	C	T	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=27;PP=1160;SC=CTGGCTGCTCCACTGAAATGT;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=56216801;WS=56216783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	56243831	rs71476755	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	56258809	rs6493829	A	T	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	56386577	rs7170589	T	G	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=92;PP=2965;SC=CGACCAAAATTAGTGTCATGA;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=187;WE=56386585;WS=56386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	56387931	rs11071247	C	T	7678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=110;PP=2965;SC=CCTGGGTCTCCTGCAATGTAG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=243;WE=56387939;WS=56387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	56390616	rs748344	T	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=427;SC=AATACTCTCCTTTATAGAAGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=56390624;WS=56390606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	56394295	rs17238601	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=560;SC=AAATGAGACTTTGCAGGATGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=56394303;WS=56394285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	56535174	rs2460649	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=253;SC=ACCTCCAGAGATCCTACAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=56535182;WS=56535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	56657581	rs2682033	A	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=826;SC=GCGGGAGGCAACCGGGATGTG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=56657589;WS=56657571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	56680944	rs1477589	T	C	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=148;SC=GGAAAAAATGTTAGGTGAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=56680952;WS=56680934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	56681624	rs141431012	CT	C	176.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=86;SC=CAAAGTATTTCTTTTTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=56681632;WS=56681614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	56719797	rs795785	G	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=15;PP=600;SC=TTTTTTCCTTGTGTAGGACAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=56719805;WS=56719787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	56720715	rs1554410	T	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=301;SC=TGGTTTGAATTATTTTTATTC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=56720723;WS=56720705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	56721264	rs795787	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=17;PP=930;SC=GTGGTAACATGCAAAAAATCT;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=56721272;WS=56721254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	56721406	rs808730	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=854;SC=GAGAAAAATACTTTGTGGGTT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=56721414;WS=56721396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	56923536	rs3803457	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=446;SC=TGGTGAATTGATTTGTTTGAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=56923544;WS=56923532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	56923714	rs8043381	G	A	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=84;PP=2965;SC=TTTCTTTTTCGTCTTCCAGGT;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=198;WE=56923722;WS=56923704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr15	56946296	rs8028457	C	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=52;SC=AAAACAACAACATACTTTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=56946304;WS=56946286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	56946980	rs12911381	T	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=64;PP=2858;SC=GAGTCAGTCTTGGCTCCACAA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=165;WE=56946988;WS=56946970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	56961272	rs12911191	T	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=53;SC=ACTTGCGGTTTAACATCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=56961280;WS=56961262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	56981703	rs1871861	T	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.80;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	57210297	rs3803455	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=720;SC=CGGAACGGCCGAGGAGGATGG;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=57210305;WS=57210287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	57210562	rs213150	C	A	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=82;PP=2432;SC=ACGGTACCTGCCACCCCGCTC;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=139;WE=57210570;WS=57210552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	57210627	rs2165461	G	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=37;PP=1174;SC=GCTTCTCGAGGTGCCTGCGAG;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=57210635;WS=57210617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	57212228	.	TTTTG	T	6557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=91;PP=2988;SC=CTGCTGAGGTTTTTGTTTGTT;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=5;TCR=117;TR=95;WE=57212239;WS=57212218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	57364814	rs2951904	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=731;SC=AAGGACACACGAATTTTGAAA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=57364822;WS=57364804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	57484613	rs12914481	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.17;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	57523542	rs1037958	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=53;PP=1519;SC=GAGAATACCTATATTCAGGCC;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=57523550;WS=57523532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	57524756	rs2248620	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=955;SC=GGCTTACCGCGTTTACCATGC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=57524764;WS=57524746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	57524857	rs2290938	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=23;PP=1792;SC=GTCCATTTTATGTGAATATTA;SOR=1.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=90;WE=57524865;WS=57524847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	57555523	rs7182038	C	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=21;PP=579;SC=CATAGGTAAACATACTTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=57555531;WS=57555513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	57731335	rs1280395	A	C	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=87;PP=2965;SC=CAGAATTAATACAGATGACAG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=139;TCR=87;TR=225;WE=57731343;WS=57731325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr15	57731573	rs7182648	C	T	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=127;PP=2965;SC=TGTGCCCACTCCAGGCCTCCC;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=217;WE=57731581;WS=57731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	57731728	rs1280396	A	G	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=62;PP=1925;SC=GAACCGGGCAACAGCAACTTC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=57731736;WS=57731718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	57732743	rs1280398	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=59;PP=2404;SC=TTTCCGAGGCTTTAATGGTTA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=57732751;WS=57732721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	57743933	rs1280406	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=269;SC=TAATCACTGAATAAATTCCTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=57743941;WS=57743923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	57817050	rs10518925	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=435;SC=TCGTGAGACAGCTTTGGTGCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=57817058;WS=57817040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	57836823	rs8029295	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1228;SC=ACTGCAGTGCGGAGGCCCCAG;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=57836831;WS=57836813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	57838258	rs2635390	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=12;PP=831;SC=TCAGCCCACATTCTCTCCCGG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=57838266;WS=57838248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	57884181	rs1690328	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=511;SC=GCACGCTTATTCTGCCCGGGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=57884189;WS=57884171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	57910444	rs935548	A	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=72;PP=2276;SC=CATGCAAGAGAATGGAGTTGG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=111;WE=57910452;WS=57910434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	57914094	rs2934439	G	T	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=173;SC=AAGAATAATCGTATTCATATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=57914102;WS=57914084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	57918090	rs2958059	A	G	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=60;PP=1774;SC=TTGGCCTGCAAGTACTCATCT;SOR=2.038;Source=Platypus;TCF=23;TR=83;WE=57918098;WS=57918080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	57924586	rs2733593	T	A	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=7;PP=926;SC=TGCCAATTCCTCTGGGCCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=57924594;WS=57924576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	57953564	rs986868	C	T	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	57967219	rs1991252	T	C	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=115;NR=102;PP=2965;SC=AGGCCAAGACTGAAGTGGAAA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=116;TCR=102;TR=217;WE=57967227;WS=57967209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	57967285	rs5812908	AT	A	2645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=72;PP=1421;SC=GAATTTCCTGATTTTTTTTTT;SOR=1.679;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=5;TCR=85;TR=77;WE=57967294;WS=57967275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	57976523	rs6493944	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=955;SC=CATTTTCTAGAGTTGTCTTAC;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=57976531;WS=57976513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	57976583	rs2554032	A	C	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=38;PP=2289;SC=CCTGACCTGCATTTTCTCATT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=115;WE=57976591;WS=57976573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	58000981	rs1062707	C	T	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=58;PP=2487;SC=TGAAAGCTGCCATTGCAGAAT;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=58000989;WS=58000971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	58287435	.	C	A	260	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=22;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=45.93;NF=0;NR=8;PP=260;QD=36.8464015684;SC=AAAAAAAAAACAAACAGAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=58287443;WS=58287425;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	58465171	rs2292712	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=814;SC=GTAGTTCTCTGCCTAGAAGAC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=58465179;WS=58465161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	58465483	rs2292713	C	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=108;SC=TAGGCACAGGCGAGAAAAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=58465491;WS=58465473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	58467095	rs2280195	G	A	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.659;SC=ACACTAATGTGCCAGAGCTTT;SOR=0.469;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=138;TCR=83;TR=220;WE=58467103;WS=58467085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr15	58471368	rs2249783	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=25;PP=1478;SC=TCTTTGCCATCTTTGACTCCA;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=58471376;WS=58471358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	58476010	rs3742956	A	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=410;SC=GGCAGTTGCCATGCTGCACTG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=58476018;WS=58476000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	58476281	rs1867380	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=89;PP=2744;SC=AGTCTTTAAGACAGAACAATC;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=145;WE=58476289;WS=58476271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	58724371	rs8192701	C	T	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=81;PP=2605;SC=CTTTTTAAAACGTGTGTCACA;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=137;WE=58724379;WS=58724361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	58834741	rs690	G	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=15;PP=1563;SC=AGGAATCTGTGCAACTCTCTC;SOR=1.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=74;WE=58834749;WS=58834731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	58837910	rs2414592	T	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=41;PP=1324;SC=TCCTTGCTCCTGCGTAACCCT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=93;WE=58837918;WS=58837900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	58838010	rs6083	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=56;PP=2265;SC=GATGATGCCAATTTTGTGGAT;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=128;WE=58838018;WS=58838000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	58840450	rs1007543	A	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=22;PP=1587;SC=CTCCTGTGGGATGAGAACCAA;SOR=1.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=78;WE=58840458;WS=58840440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	58853079	rs3829462	C	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1231;ReadPosRankSum=1.649;SC=ATTACCAGTTCAAGATCCAGT;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=68;WE=58853087;WS=58853069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr15	58853109	rs3829461	A	G	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=44;PP=1826;SC=AAACTGAGACACCAATACAAA;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=112;WE=58853117;WS=58853099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	58853212	rs71964604	GAC	G	3931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=38;PP=2307;SC=CTAGGGTGATGACACACTTAT;SOR=1.295;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=46;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	58853218	rs55913623	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=39;PP=1469;SC=TGATGACACACTTATTTTTCT;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=71;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	58853307	rs4774305	C	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=477;SC=AAACCAAAAACTATCTGAGAC;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=58853315;WS=58853297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	58853363	rs1869129	C	T	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=167;SC=AAAGACATTACCGTGACACAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=58853371;WS=58853353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	58857230	rs4775080	G	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=576;SC=ACCCTCTTCCGTCACCCCCTG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=58857238;WS=58857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	58857255	rs4775081	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=788;SC=TCACTGCCAGATGCCGGCCTG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=58857263;WS=58857245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	58860963	rs6074	C	A	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=35;PP=1319;SC=TTCGCCCAACCCAGGAAAAAA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=58860971;WS=58860953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	58891949	rs35772938	GA	G	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=26;PP=416;SC=TTTTTCCACTGAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=58891958;WS=58891939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	58904237	rs8039791	C	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=35;PP=965;SC=ACTAGTTATTCCCTATATACT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=58904245;WS=58904227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	58932932	rs7165402	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=16;PP=1406;SC=AACTCCCCTTTGTTTCAAGTA;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=58932940;WS=58932922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	58935986	rs2303532	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=392;SC=ACTACTTAATTCATAAAGATA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=58935994;WS=58935976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	58938436	rs12912286	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=599;SC=TGACAATTAGTATGCTTCAAT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=58938444;WS=58938426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	58947476	rs12915950	C	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=494;SC=ATTGGCTCATCGTTCTGCAGG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=58947484;WS=58947466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	58947625	rs12916010	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=25;PP=867;SC=TCTGTGGGGGAAGATGCCACA;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=58947633;WS=58947609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	58983425	rs7161889	G	C	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=107;PP=2965;SC=CAAACTTTACGTTGCTCTCCT;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=174;WE=58983433;WS=58983415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	58983588	rs7163162	T	A	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=78;PP=2965;SC=CTTCTTCCACTCTTGCTCCAC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=167;WE=58983596;WS=58983578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	58984394	rs12437998	G	C	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=79;PP=2965;SC=AAGGGAGCCTGATGAGGGATG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=175;WE=58984415;WS=58984384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	58984407	rs12437955	C	T	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=75;PP=2965;SC=GAGGGATGAACAGCAATGCCC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=171;WE=58984415;WS=58984384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	58985164	rs4774310	T	G	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=113;PP=2965;SC=TTCCCGAGGGTTGGGGATGAT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=123;TCR=114;TR=236;WE=58985172;WS=58985154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr15	59009930	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr15	59010111	rs6494034	C	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=32;PP=1162;SC=TAATTCCAACCGCACACACAA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=59010119;WS=59010101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	59080203	rs7169205	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=12;PP=349;SC=TTTCAAAACAAAAGTTTTCAA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=59080211;WS=59080193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	59172382	rs34042545	T	TG	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=508;SC=GCACTGTTCTTGGTACTTTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=59172390;WS=59172372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	59185929	rs4238332	T	C	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=165;SC=ACAAAGCTTATATCTGGATTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=59185937;WS=59185919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	59190930	rs10518991	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=7;PP=378;SC=AAGAAAACACCGCGCAACTAC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=59190938;WS=59190920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	59213678	rs11630160	G	A	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=65;PP=2576;SC=GGCAACAAGAGGCAGCACTGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=143;WE=59213686;WS=59213668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	59225818	rs2279719	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=597;SC=GGCGGCGGCAGCAGCGCCAAC;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=59225826;WS=59225808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	59296491	rs1446240	G	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	59453236	rs7182408	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=355;SC=GGGGGAGCGGCGGCAGTTCTG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=59453244;WS=59453226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	59453384	rs2306791	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=40;PP=1332;SC=GGGAGCCCCCTGCACTCCAGG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=59453392;WS=59453374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	59453578	rs7165444	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=155;SC=CTGAGGATGCGCACCGCATCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=59453586;WS=59453568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59455520	rs11858347	A	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=724;SC=GAGATTGGACAAACACACTTG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=33;WE=59455528;WS=59455510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	59463436	.	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=50;PP=1578;SC=GAAGACCTCCTATGCTAAGAA;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=73;WE=59463444;WS=59463426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	59466489	rs58124311	C	A	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=121;PP=2965;SC=GCCCCAATCCCTGAACAACAC;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=221;WE=59466497;WS=59466479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	59494673	rs2306787	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=630;SC=GCCTGCCTTTCTAGAGGATGG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=59494681;WS=59494663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	59499179	rs3809530	G	A	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=26.94;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	59499228	rs3809529	C	T	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=66;PP=2461;ReadPosRankSum=-1.347;SC=GCCCTGTGTCCGCGTCAAGCA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=145;WE=59499236;WS=59499218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr15	59499274	rs3809528	C	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=2090;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGCTCTTCACCCCCGTGAGCA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=135;WE=59499282;WS=59499264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr15	59499334	rs117906902	G	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=43;PP=1601;SC=CTTCCGAGAAGCCCGTTCATC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=79;WE=59499342;WS=59499324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	59500116	rs3825937	T	C	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=49;PP=2619;SC=TCCACCATAATTAAGGGCCTC;SOR=1.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=132;WE=59500124;WS=59500106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	59515434	rs2306779	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=37;PP=1171;SC=TGGTCACCAGCTTTAAAAGCA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=63;WE=59515442;WS=59515424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	59524056	rs7165587	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=678;SC=TACGCCAAACTTTCTCTAAGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=59524064;WS=59524046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	59528994	rs11356613	AT	A	200.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=146;SC=GCAGAAAAGAATTTTTTTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=59529002;WS=59528984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	59548475	rs4508371	C	T	11447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=205;NR=209;PP=2965;SC=TAAGGATCTTCTTCATACCTG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=205;TCR=209;TR=414;WE=59548483;WS=59548465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr15	59664607	rs7175010	C	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=242;SC=CCCCTGGCCCCGGCAGCGCGC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=59664615;WS=59664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59750930	rs11071448	G	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=61;PP=2134;SC=TTACATTATCGGAGAATGGTT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=106;WE=59750938;WS=59750920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	59750960	rs7359171	A	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=45;PP=1513;SC=GGCAAGAGAAACACTATTGTG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=59750968;WS=59750950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	59752053	rs3803445	G	A	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=826;SC=TGTATTTCCAGACTTCTCTGG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=59752061;WS=59752043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	59784334	rs4291860	C	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=191;SC=TTAAGTGTGCCTTAGGTGACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=59784342;WS=59784326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59784493	rs4296198	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=36;PP=1513;SC=AGATTCGTGCCCGGGACAACA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=59784501;WS=59784483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	59784648	rs4417505	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=30;PP=1010;SC=AAACTCCATTATAGTGGGGAA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=59784656;WS=59784638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	59911892	rs3743119	G	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=43;PP=1230;SC=TGCTATTAGAGTGTGGGTAAG;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=59911900;WS=59911882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	59931556	rs8033208	G	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=140;SC=GAGATACAAAGATGCTTAGCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=59931564;WS=59931546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59960261	rs6151568	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=601;SC=GCAATGCAAATGGACTAGTCT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=59960269;WS=59960251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	59960956	rs71425879	T	TAC	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9967;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTTTCTTTGTTACACACACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=59960964;WS=59960946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	59963488	rs1135148	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=571;SC=TCTGCTACTAATAGCTCCAAA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=59963496;WS=59963478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	59964798	rs4774342	C	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=707;SC=AATTAGCTCACAATTCTGTCC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=59964806;WS=59964788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	59964987	rs6151535	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=47;PP=1326;SC=TTACTCTTAGGCATTTTTAGA;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=59964995;WS=59964977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	59970298	rs2307272	C	A	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=38;PP=1084;SC=TGTCAAAATACAAAGTTTTTG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=59970306;WS=59970288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	59972372	rs6151510	A	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59974525	.	CA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.674;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.108;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr15	59974566	rs2307275	C	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=15;PP=1138;SC=AAATTTTGAACTTTTGCTCTA;SOR=1.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=55;WE=59974574;WS=59974556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	59974777	rs6151483	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=846;SC=GAAAAGGCGTAATAATCTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=39;WE=59974785;WS=59974767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	59981242	rs2306358	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=343;SC=CCCCGGACGTCGTGGGCACGC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=59981250;WS=59981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	59981515	rs3087328	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TGACCCGGACACAGTGAGAAG;SOR=0.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=59981523;WS=59981505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr15	59981590	rs754641	G	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=35;PP=1273;SC=GAGGCGGCGGGGGCGTGGCGG;SOR=1.054;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=65;WE=59981598;WS=59981580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	59981719	rs754642	C	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=189;SC=TGTGGGCGGACCCGTCGCGTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=59981727;WS=59981709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	60297110	rs75582291	G	A	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=15;PP=1946;SC=TCCCAGATCCGAGCAGTCCGC;SOR=2.858;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=89;WE=60297118;WS=60297100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	60643302	rs3743269	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=24;PP=1533;SC=GTCCCCTTCCTCCATCCATGA;SOR=1.439;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=80;WE=60643310;WS=60643292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	60649579	rs5813020	TC	T	2720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=42;PP=1775;SC=GAATCTATACTCCTACCCCTT;SOR=1.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=60649587;WS=60649569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	60656827	rs12898870	T	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=910;SC=TATATACTGTTTTCCAAACTG;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=60656835;WS=60656817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	60678298	rs11855679	T	A	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=29;PP=1355;SC=GGAAAAAAAGTACAACAAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=60678306;WS=60678288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	60678328	rs11858864	C	T	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=41;PP=1551;SC=AAGAGGCTCTCCTTTACTCTG;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=60678336;WS=60678318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	60678350	rs7182242	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=39;PP=1431;SC=AGCACAGCGATTCATTATGCT;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=60678358;WS=60678340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	60689877	rs12904258	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=3;PP=206;SC=AGGGCTTCTTAGAGAAGCCCG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=60689885;WS=60689867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	60689927	rs12904756	G	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=8;PP=712;SC=CCGGCCCGAGGGCCGGTGGCC;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=60689935;WS=60689917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	60690089	rs12904657	A	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=62;PP=2008;SC=CAGCGTCTCCACACCCCGCTA;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=60690097;WS=60690079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	60720488	rs59228235	T	C	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=172;SC=TACAACTTTATCCTTCCTATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=60720496;WS=60720478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	60724118	rs12437617	C	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=182;SC=AGCAAAATGCCTAAAAAATAC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=60724126;WS=60724108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	60724317	rs60675189	T	TA	125	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=145;SC=ATACAAAAAATCTGAAACTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=60724325;WS=60724307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	60734697	rs1063100	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=6;PP=248;SC=CTTCAACTCCATAACAAGCTT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=60734705;WS=60734687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	60740915	rs1901993	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=369;SC=ATCAATAGATCGAAAAAATGA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=60740923;WS=60740905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	60741843	.	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=625;SC=TTGGTGCCACAGTTGTAGTTC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=60741851;WS=60741833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	60742063	rs1869484	G	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=39;PP=1380;SC=AATTGGTAAAGTATTAGTAAA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=60742071;WS=60742053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	60771289	rs3743267	A	G	10736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=211;PP=2965;SC=GCGCGCCCAAAAAAGACCATA;SOR=1.084;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=376;TCF=163;TCR=213;TR=374;WE=60771297;WS=60771279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr15	60771438	rs11389291	G	GC	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=704;SC=GCAGCGAAGTGCGAGACTGGG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=60771446;WS=60771428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	60789798	rs11071539	G	T	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=62;PP=2570;SC=AGGCTCTTAAGGTAGACACCT;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=142;WE=60789806;WS=60789788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	60797607	rs7171309	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=19;PP=1808;SC=CCTGATGACATTCATTCTTTA;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=84;WE=60797615;WS=60797597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	60824108	rs10851682	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=57;PP=1429;SC=CTTATAAAAGTGTTCCCTGAT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=60824116;WS=60824098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	60885301	rs142090415	GCTC	G	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.25;NF=0;NR=26;PP=1217;SC=AGTGGAGTAAGCTCCTCCGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=26;WE=60885311;WS=60885291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	61521567	rs73436629	A	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=83;SC=CGACCGGCGAAAGCAGGAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=61521589;WS=61521557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	61521579	rs77362668	A	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	61521581	rs117108602	A	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	62211450	rs963024	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=465;SC=CCATTTCTTGGTACACTGAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=62211458;WS=62211440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	62221592	rs28411984	A	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=253;SC=ATGTTTAAATATAAAAGACTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=62221600;WS=62221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	62228696	rs11071641	G	C	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=164;SC=TACTGAATTAGTTCATACCAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=62228704;WS=62228689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	62239697	rs7172145	C	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=50;SC=AAAATTAGCACGTTCCCCTTC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=62239705;WS=62239687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62243090	rs10639244	A	AATAT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=213;SC=ATATAAGGGTAATATAACTTC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=62243098;WS=62243080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62244281	rs17238252	C	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=118;SC=GGAAGAAATTCACACAATGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=62244289;WS=62244271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	62255172	rs17304010	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=247;SC=TCAACTCCCAATGGATAAATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=62255180;WS=62255162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	62259637	rs3784634	C	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	62265507	rs11071645	G	A	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=112;SC=AAGAGACTCAGAGTCACACTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=62265515;WS=62265497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62270765	rs3784632	G	A	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=19;PP=1223;SC=ATATATACACGTATATTACAC;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=62270773;WS=62270755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	62304420	.	G	GAC	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=18;MQ=59.2;NF=0;NR=4;PP=38;QD=10.25;SC=TTCAGACTCAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=62304428;WS=62304410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr15	62456358	rs8040712	A	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=1434;SC=GCGCCTCCGAACAGGCTCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=62456366;WS=62456348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	62456945	rs8025811	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=342;SC=CTGCGAGCGCGGGTCCCAGTC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=62456953;WS=62456935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	62535864	rs11635709	T	C	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=99;PP=2965;SC=TCCGGTGGGTTTCCCCACACA;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=175;WE=62535872;WS=62535854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	62539151	rs7402021	T	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=4;PP=1862;SC=CATCCACCTCTCTGGCATTCT;SOR=4.834;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=72;TCR=5;TR=67;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	62539153	rs59880159	T	TGG	3555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=5;PP=2516;SC=TCCACCTCTCTGGCATTCTAA;SOR=4.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=64;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	62539162	rs2955803	A	C	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=14;PP=2517;SC=CTGGCATTCTAAGCCATCCCC;SOR=3.492;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=83;TCR=15;TR=97;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	62539185	rs2945418	T	C	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=40;PP=2965;SC=AGCCCTCTGATGCCAGTCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=115;TCR=41;TR=155;WE=62539193;WS=62539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	62932586	rs6494334	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=710;SC=AAGAGGGGGACGGTGGCCAGC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=62932594;WS=62932576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	62936830	rs11852582	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1053;SC=CTCTCCTGTGCACCTTGCGGA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=62936838;WS=62936820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	62939440	rs938979	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=186;SC=ATTATTATCGTGAACATCAGG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=62939448;WS=62939430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	62944448	rs10775179	G	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=481;SC=TTAACACGCCGAGTTCTGCCT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=62944456;WS=62944438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	62967342	rs1878785	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=34;PP=1531;SC=CACCACATACAGTAACTACCT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=62967350;WS=62967332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	62967395	rs1878784	C	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=50;PP=1815;SC=TAACTGGTCCCGACCACTGTC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=102;WE=62967403;WS=62967385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	62967554	rs1878783	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=510;SC=GTGTTCACCTTGGCCCCTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=62967562;WS=62967544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	62979016	rs12917611	A	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=19;PP=433;SC=GCAGAGGGCAAGGAGAGCACT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=62979024;WS=62979006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	62989775	rs8034474	T	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=916;ReadPosRankSum=1.791;SC=GTGCCTCTTTTAGTTGGCCTT;SOR=1.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=62989783;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr15	62991210	rs9630428	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=414;SC=TGAGTCTTTGCCTCTCAGTTG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=62991218;WS=62991200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	62994428	rs12594220	G	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=173;SC=CAATCACTCAGGTTCTGATGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=62994436;WS=62994418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	62994814	rs56013393	G	A	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=8;PP=1316;SC=GGATTTCACCGGGATGTCTTC;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=62994822;WS=62994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	63009733	rs938983	A	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=33;PP=2059;SC=ATGCATGTATATTGCATATGC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=101;WE=63009741;WS=63009723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	63009804	rs1320191	C	T	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=69;PP=2893;SC=CAGCGGCAGCCACACAGACCA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=158;WE=63009812;WS=63009794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	63014548	rs10775181	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=31;PP=1196;SC=TCATCTCTCTATAGCCTGGAA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=63014556;WS=63014538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	63030398	rs12900862	T	C	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=TGCTTCTCTCTCTCCACGAAT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=192;WE=63030406;WS=63030388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr15	63044379	rs7171264	A	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=10;PP=1743;SC=AATCCAAATAAAGGAGAAAAT;SOR=3.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=63044387;WS=63044369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	63047793	rs4775538	C	T	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=117;PP=2965;SC=CCTGCCGCATCGCCTCATCCA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=149;TCR=117;TR=266;WE=63047801;WS=63047783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr15	63055658	rs10152548	T	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=540;SC=GAGGTGACTGTGTCAGGGAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=63055666;WS=63055648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	63075918	rs111436593	CTCTGTGTG	CTG,C	1504.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=12,14;NR=11,11;PP=47,825;SC=ATGCGTTTCTCTCTGTGTGTG;SOR=1.044;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=23,25;WE=63075933;WS=63075908;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:38
chr15	63111739	rs3816988	T	C	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=159;PP=2965;SC=AACCCCAGAATTCAAGCAGCA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=319;WE=63111747;WS=63111729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr15	63127983	rs8038919	G	A	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=82;PP=2965;SC=AGTGGTCACAGGGGCTGATTT;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=203;WE=63127991;WS=63127973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	63131117	rs937418	T	A	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=77;PP=2937;SC=AGAAGGCAGCTTTTGGCAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=158;WE=63131125;WS=63131107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	63131237	rs10679176	C	CAG	1795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=1703;SC=TGGGTTATAACAGAGACAAAA;SOR=2.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=34;WE=63131245;WS=63131227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	63340469	rs140483658	C	G	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=58;PP=2373;SC=ACCAGGTACCCCCGCAGCGCG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=139;WE=63340477;WS=63340459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	63340647	rs4374117	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=1133;SC=GGGCGCCGCCATCGCACAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=63340655;WS=63340637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	63349132	rs28485524	T	A	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=55;PP=2416;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TTCCTGAAGCTACCACCCTCA;SOR=0.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=137;WE=63349140;WS=63349122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr15	63351687	rs4775614	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=18;PP=1006;SC=AAGCCTCACAAGCCACAGCAG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=63351695;WS=63351677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	63353760	rs4774472	C	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=698;SC=TCCTGGAAAACCTAAACATTT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=63353768;WS=63353750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	63355092	rs12442826	C	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=39;PP=1170;SC=ATGCTCATTACAAGTGTGGCA;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=63355100;WS=63355082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	63356181	rs28660606	G	A	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,252:0.99:254
chr15	63363401	rs201620283	C	CATTTT	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=1156;SC=CACATTCTTTCGTTTTGTTTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=63363409;WS=63363391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	63413997	rs8182083	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=5;PP=333;SC=CCGCCCCCTGCCCTTCCCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=63414005;WS=63413987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	63414083	rs34317102	A	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=18;PP=958;SC=GTACCGGCTCATGTCAGCAGT;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=63414091;WS=63414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	63414723	rs189796619	TGG	CTC	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=1377;SC=GGGGCCCAGGTGGAGGGGGCG;SOR=2.200;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=63414733;WS=63414713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	63433766	rs2729835	G	A	7487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=139;PP=2965;SC=GTTGTGGAAAGGAAACAAACG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=117;TCR=139;TR=256;WE=63433774;WS=63433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	63434110	rs8468	C	T	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=247;SC=TAGAGTATAACTGAATGCAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=63434118;WS=63434100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	63449543	rs7170846	A	C	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=79;PP=2965;SC=TCCGTCCCATATGACTCTCGG;SOR=1.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=145;TCR=79;TR=224;WE=63449551;WS=63449533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr15	63449680	rs2292038	C	G	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=130;PP=2965;SC=GATCTGCGCTCGGCATCAACT;SOR=1.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=81;TCR=131;TR=211;WE=63449688;WS=63449670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	63515946	rs11632192	A	G	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=113;SC=GTTAAGTGACACATGACTGTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=63515954;WS=63515936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	63516266	rs17828874	G	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=587;SC=TCAAAACAAGGAAATGCTTAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=63516274;WS=63516256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	63554824	rs72363505	GTA	G	266.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=328;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=63554833;WS=63554814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	63639016	rs2270764	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=421;SC=TCTTTTCTGAATCCCCGGAGG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=63639024;WS=63639006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	63829538	rs11853890	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=329;SC=TTTACTTTGCATTGTTCCTTT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=63829546;WS=63829528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	63848805	rs3751043	C	G	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=20;PP=862;SC=TTTATTCTTTCACCTGTGGTG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=63848813;WS=63848795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	63866708	rs74018128	G	C	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=117;SC=TAATGAATCTGTGTTGTAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=63866716;WS=63866698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	63889934	rs8035931	G	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=23;PP=815;SC=CCTCCTCCGGGTGTGCGACAG;SOR=1.287;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=63889942;WS=63889924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	63907940	rs7178853	T	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=23;PP=1209;SC=AGCATTCATGTGTACCTCCCG;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=63907948;WS=63907930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	63922752	rs10851731	T	A	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=105;PP=2965;SC=CCACATCTTCTATGATTACTC;SOR=0.882;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=196;WE=63922760;WS=63922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr15	63929232	rs8030077	T	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=39;PP=1725;SC=AGAGTCATTATGAGTTCAGTT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=96;WE=63929240;WS=63929222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	63930798	rs80088271	G	A	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=52;PP=2081;SC=CATGTACTACGTACCAAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=63930806;WS=63930788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	63935030	rs76285931	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=318;SC=TAGTTGCACTGTTTTGGACAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=63935038;WS=63935023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	63937209	rs2229749	C	G	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=98;PP=2965;SC=TTGATTCCTGCTCCCACCATC;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=137;TCR=98;TR=235;WE=63937217;WS=63937199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	63937657	rs8029051	G	T	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=23;PP=1546;SC=AAACTAAGACGTATAGATGCA;SOR=1.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=63937665;WS=63937647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	63953153	rs2272209	A	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=29;PP=1477;SC=AAAATAAAGAAGCTCTCAAAA;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=63953161;WS=63953143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	63954029	rs2228511	C	T	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=56;PP=2965;SC=ACAGGTAGTACGGATTTCCAC;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=155;WE=63954037;WS=63954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	63958762	rs1815130	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=572;SC=CCTAGTATTGTCCAAGTTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=63958770;WS=63958752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	63966513	.	CAA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.748;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr15	63988357	rs2255243	C	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=7;PP=644;SC=CTCTCCCTTGCCTCCTGTGTG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=63988365;WS=63988347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	63998863	rs17186968	T	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=114;SC=AAGACAATCATATCTAAATAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=63998871;WS=63998853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	64011104	rs7176133	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=721;SC=AATCTGAAAATAAAAATGATG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=64011112;WS=64011094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	64019758	rs113752258	T	TA	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=286;SC=TTAGGATAGATAGACTCCAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=64019766;WS=64019748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	64020073	rs9920746	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=21;PP=679;SC=GGGACAATTGCTTCAAATGAA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=64020095;WS=64020063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	64021709	.	T	C	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=67;PP=2660;ReadPosRankSum=0.464;SC=ACTAATGTTATTGATATGGCA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=143;WE=64021717;WS=64021699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr15	64039005	rs74321359	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=259;SC=CAGGAGTAAGGGAAACAACAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=64039013;WS=64038995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	64050300	rs12912999	G	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=606;SC=AAAATACTCAGTATTATTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=64050308;WS=64050290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64215375	rs4776669	G	C	8481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.598;SC=ATCCCAGGTCGACCCGAGCCA;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=128;TCR=160;TR=286;WE=64215383;WS=64215365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr15	64275645	rs55986634	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=678;SC=GGTTGCTGCTGCCCCCTGGGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=64275653;WS=64275635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	64283625	rs7168753	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=461;SC=CCTCGTTTCATGAGCCTGTTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=64283633;WS=64283615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	64367745	rs332233	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=415;SC=AACTGGAAAGTGGGAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=64367756;WS=64367735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	64367748	rs35387822	G	GA	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=399;SC=TGGAAAGTGGGAAAAAAAGTA;SOR=0.941;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=14;WE=64367756;WS=64367735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	64367775	rs332234	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=317;SC=AAAACATTAATGCATTCTAAG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=64367783;WS=64367765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	64385851	rs332259	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1322;SC=TACCATAAACTTCTAGCGCTT;SOR=2.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=60;WE=64385859;WS=64385841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	64388052	rs332258	G	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	64404958	rs376284102	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.619;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.189;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr15	64448365	rs2253557	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=35;PP=979;SC=AAGGTGGAAGCAGGAGGGCAT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=64448373;WS=64448355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	64508763	rs6494466	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=66;PP=2541;SC=CAACTTACCAGCTGGATGGCT;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=150;WE=64508771;WS=64508753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	64675313	rs11635527	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=295;SC=ATGAATTGCTCGAACTTAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=64675321;WS=64675303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	64679594	rs112815338	A	T	2111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.93;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	64693149	rs11380356	G	GT	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.02;ReadPosRankSum=1.734;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr15	64706259	rs2046356	G	A	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=47;PP=2908;SC=ACCAATTGTTGCATCCTTTTG;SOR=1.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=104;TCR=47;TR=151;WE=64706267;WS=64706249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	64706505	.	C	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr15	64737103	rs7167394	G	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=137;SC=ATGGAAAGTAGTATCATCAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=64737111;WS=64737097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	64737225	rs7167612	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=20;PP=795;SC=TCAGTCAAGAGTCTGATTCTC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=64737233;WS=64737215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr15	64915106	rs525878	C	T	10157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=1.305;SC=TCTCATCTCCCTGTGAGCAGA;SOR=0.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=158;TCR=175;TR=332;WE=64915114;WS=64915096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr15	64915286	rs188678362	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=647;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CTCCCTTCTCAACCTGCTTCT;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=42;WE=64915294;WS=64915276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr15	64962630	rs11633399	A	C	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=85;PP=2090;ReadPosRankSum=-2.086;SC=GGGCACCCCCAAGGTAAGCAC;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=170;TCR=236;TR=147;WE=64962638;WS=64962620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,155:0.36:427
chr15	64973611	rs11631564	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.592;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=564;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTAATTTGGGGCAACACATAA;SOR=0.543;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=41;WE=64973619;WS=64973601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr15	64981243	.	CT	C	5031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.891;NF=19;NR=69;PP=2954;ReadPosRankSum=1.832;SC=CCAGGCCCCACTGTCTGGGCT;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=169;TCF=40;TCR=129;TR=88;WE=64981251;WS=64981233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,145:0.56:258
chr15	64983837	.	AT	A	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr15	65033311	rs6494489	C	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GGAGGAACTACGGCCCTTCAG;SOR=0.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=78;WE=65033319;WS=65033301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr15	65040928	rs12911708	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=56;PP=1627;SC=CACGTTAAATCGGCCTGTCAT;SOR=2.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=70;WE=65040936;WS=65040918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	65041622	rs6494493	C	A	8620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=147;PP=2965;SC=TGTTCTCCACCTACTCACGTT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=147;TCR=147;TR=294;WE=65041630;WS=65041612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr15	65054533	rs72744744	C	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1572;ReadPosRankSum=0.537;SC=GCCTTGTGCCCCACTAGCTAT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=97;TCR=28;TR=76;WE=65054541;WS=65054523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr15	65054562	rs57945504	T	TG	8357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=50;PP=2957;SC=TGGGGATGGGTGCTGGAGCAG;SOR=1.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=109;TCR=50;TR=159;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	65054571	rs71133474	A	AG	9443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=61;PP=2936;SC=GTGCTGGAGCAGGCCCAGCCA;SOR=1.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=112;TCR=70;TR=165;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr15	65113493	rs1872592	G	A	14068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GGAGAGGAGCGTGGGGTGCTT;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=275;TCR=215;TR=488;WE=65113501;WS=65113483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,500:1.00:501
chr15	65114833	rs35204896	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AGCTATCTCAGAGCATCCTCC;SOR=1.831;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=33;WE=65114841;WS=65114823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr15	65116328	rs12899195	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=29;PP=1247;SC=CGCGCAGAGGAAAGCAGCGCG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=65116336;WS=65116318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	65140715	rs35048171	C	G	11408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=166;PP=2965;SC=GGACACATCCCTTGTGTGACC;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=257;TCR=168;TR=421;WE=65140723;WS=65140705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr15	65204285	rs11071820	G	T	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=38;PP=1365;SC=TGGGGCGTCTGTGTGGCTCCG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=65204293;WS=65204275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	65208227	rs1471834	G	A	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=82;PP=2611;SC=AGGGAGGCTCGGGCTCTGTCC;SOR=1.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=120;WE=65208235;WS=65208217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	65209718	rs34503100	G	GTGTC	6035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=2947;ReadPosRankSum=0.316;SC=CTGTGTGTACGTGTCTGTCTG;SOR=0.511;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=49;WE=65209726;WS=65209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr15	65209818	rs2056496	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=45;PP=1339;SC=GCAGACATTCAGGTGCAGAGT;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=65209826;WS=65209808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	65209880	rs2056497	A	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=507;SC=ATTCTGTTTTACTCCTGTACA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=65209888;WS=65209870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	65213950	rs57765921	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=11.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr15	65235776	rs34988193	A	G	8154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.135;NF=116;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CCTGAGAGATAAGGTACCTCT;SOR=0.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=116;TCR=162;TR=275;WE=65235784;WS=65235766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr15	65235861	rs35136467	TC	T	2531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=34.68;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	65236875	rs2414865	T	C	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=47;PP=1924;SC=TGGCAGTGGCTGTCCGCAGCA;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=112;WE=65236883;WS=65236865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	65242260	rs67821096	C	T	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=59;PP=1660;SC=GCAGCAGGGCCCTCCAAGGGC;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=80;WE=65242268;WS=65242250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	65268979	rs4776255	C	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=335;SC=GACTCAAACACTGACATTTCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=65268987;WS=65268969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	65298672	rs4776660	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=653;SC=GGAACAGACCGTAAACATGAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=65298680;WS=65298662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	65308981	rs12912782	T	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=54;PP=1506;SC=CAACTTTTCTTTATGTTCAAA;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=65308989;WS=65308971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	65344035	rs2946676	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=54;PP=1513;SC=TCACTTAGGGGTCATTGCTGT;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=62;WE=65344043;WS=65344025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	65350743	rs2232759	C	G	9360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=193;NR=123;PP=2965;SC=CTGGAGATAACGGCCAAGCAG;SOR=1.182;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=193;TCR=123;TR=316;WE=65350751;WS=65350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr15	65350968	rs2232758	T	A	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=125;PP=2965;SC=GGGGTGAAGGTGAGAAGCCCC;SOR=1.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=59;TCR=125;TR=184;WE=65350976;WS=65350958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	65351484	rs7175752	C	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=364;SC=CATGTCTCTCCAGGCCCTGTC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=65351492;WS=65351474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	65357434	rs2232754	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=9;PP=762;SC=GTCATCCTGGCGGCTTCTCCC;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=65357442;WS=65357424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	65357491	rs2232753	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=24;PP=1864;SC=CCCACGGGGTGGGTCCCAGGA;SOR=1.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=65357499;WS=65357481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	65369951	rs2919359	A	G	19362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=363;NR=326;PP=2965;SC=TCGGCGGCGAATTCCAGAGGA;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=691;TCF=363;TCR=328;TR=689;WE=65369959;WS=65369941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,703:1.00:703
chr15	65370353	rs2919360	T	C	18466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=391;PP=2965;SC=TGGTGCGCGGTGACACCGTCT;SOR=1.135;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=659;TCF=268;TCR=391;TR=659;WE=65370361;WS=65370343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr15	65370652	rs12901617	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=70;PP=2101;SC=ACACCCAGGTTTGGTGCCTTC;SOR=5.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=74;WE=65370660;WS=65370642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	65412325	rs34530548	AT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=8.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=2.926;SOR=0.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr15	65449169	rs2946670	C	T	15843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=287;NR=269;PP=2965;SC=GAACAAAATACTCAACTGCTT;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=559;TCF=287;TCR=272;TR=556;WE=65449177;WS=65449159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr15	65477364	.	AC	A	1298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=7.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.892;QD=2.84;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,99:0.22:458
chr15	65489128	rs938952	C	T	9822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=182;PP=2965;SC=ACCACTCCACCCTGGCGCTGG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=164;TCR=182;TR=346;WE=65489136;WS=65489118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr15	65489688	rs2679117	T	C	24793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=498;NR=422;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CCCCACTGTCTGCCGATGAGT;SOR=0.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=921;TCF=498;TCR=423;TR=920;WE=65489696;WS=65489678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,930:1.00:931
chr15	65490901	rs2679118	T	C	17815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=357;NR=254;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTGATGGGCTTTTTCCGACGA;SOR=0.193;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=617;TCF=363;TCR=254;TR=611;WE=65490909;WS=65490891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,625:1.00:627
chr15	65494212	rs2073711	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=293;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGGCTTACCTATGACAATCAG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=18;WE=65494220;WS=65494202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr15	65495820	rs2072048	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr15	65495827	rs2073707	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr15	65496475	rs2585035	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GATAATATAGTGCCATGTGGG;SOR=0.606;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=61;TCR=8;TR=20;WE=65496483;WS=65496465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr15	65496587	rs2585034	C	T	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=61;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.093;SC=ACCAGCCCTACCCCAAAGAAT;SOR=0.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=440;TCF=262;TCR=178;TR=159;WE=65496595;WS=65496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,166:0.37:454
chr15	65497849	rs2681038	A	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=985;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTCTTGAGGGAACTCTGTCAG;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=58;WE=65497857;WS=65497839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr15	65497891	rs68021609	G	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=513;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TTCTTCTCTGGTAAAGACAAG;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=35;WE=65497899;WS=65497881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr15	65553246	rs2304896	C	T	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1237;ReadPosRankSum=0.749;SC=TCTGTGAATACACCAGGAGGT;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=107;WE=65553254;WS=65553236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,108:0.42:259
chr15	65559068	rs145434412	C	T	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.141;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=90;PP=2252;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CAGGAACAGGCGTGTGAGGAG;SOR=0.369;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=261;TCF=91;TCR=170;TR=144;WE=65559076;WS=65559058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,143:0.54:266
chr15	65621138	rs11853777	G	A	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=62;PP=2534;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GGATAGAAATGCTGGGGAGCC;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=295;TCF=199;TCR=96;TR=179;WE=65621146;WS=65621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,182:0.62:294
chr15	65621441	rs12907128	C	A	4125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=96;PP=2796;ReadPosRankSum=2.018;SC=AGTGGCAGCACGGAGAGCTGG;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=327;TCF=162;TCR=165;TR=185;WE=65621449;WS=65621431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,191:0.55:345
chr15	65621857	rs509652	T	C	10439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=207;NR=156;PP=2965;SC=CATTTAGGGCTAGAATGCCAG;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=207;TCR=157;TR=363;WE=65621865;WS=65621847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr15	65623124	rs3058049	C	CTCTA	1670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.760;NF=3;NR=20;PP=1219;ReadPosRankSum=0.800;SC=CCAGTGGAAGCTCTATCTTTC;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=23;WE=65623132;WS=65623114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr15	65623166	rs11634591	G	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=0.836;SC=ACCCCCAAAAGCCTGACAGCC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=25;WE=65623174;WS=65623156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr15	65624228	rs686739	G	C	17130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=358;NR=263;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCGCTTTCCCTGC;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=622;TCF=358;TCR=264;TR=621;WE=65624236;WS=65624218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr15	65667724	rs666623	A	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=1239;SC=ATGCCAGTTCAGCAGAGTGGC;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=65667732;WS=65667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	65669905	rs28550877	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=601;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CCCCCGCGCGGGGTCCGCCCT;SOR=1.073;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=40;WE=65669913;WS=65669895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr15	65676617	rs2292933	T	C	15522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=270;NR=296;PP=2965;SC=CAGGAGCCTCTGGAGGCAGGG;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=568;TCF=271;TCR=297;TR=566;WE=65676625;WS=65676607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr15	65676726	rs33918653	C	T	11269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=214;PP=2965;SC=CTGGTTCCTGCAGGCTGGGGG;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=183;TCR=214;TR=397;WE=65676734;WS=65676716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr15	65678141	rs7183130	A	T	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	65681801	rs11071841	G	A	9524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=219;PP=2965;SC=CTCCCAGCAGGGCAGACTCCT;SOR=1.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=326;TCF=105;TCR=221;TR=324;WE=65681809;WS=65681791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr15	65685968	rs11638647	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=934;SC=CGGTTCCTCCGTGCCCGTGGG;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=65685976;WS=65685958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	65688558	rs35517676	C	CT	1698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=29;PP=1397;SC=GTCTCTGCCCCCCCCCCAGTA;SOR=2.560;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=48;WE=65688566;WS=65688548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	65688791	rs66699194	T	G	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=151;PP=2965;SC=ACCCCACCCCTAAATTTACCC;SOR=3.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=31;TCR=152;TR=181;WE=65688799;WS=65688781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr15	65688824	rs1550028	C	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=70;PP=2083;SC=CCTGCCCTCCCATATGTCCCA;SOR=5.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=74;WE=65688832;WS=65688814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	65693397	rs667436	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=867;ReadPosRankSum=3.357;SC=GCAGCAATGATTCCATCTGTC;SOR=0.286;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=56;WE=65693405;WS=65693387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr15	65694613	rs12439363	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=1.293;SC=GGCCTGGACCCCTTGAGGTCC;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=10;WE=65694621;WS=65694603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr15	65703625	rs34355056	C	G	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=73;PP=2105;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGCACTGCAGCCTGCTCTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=81;TCR=110;TR=123;WE=65703633;WS=65703615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,124:0.61:202
chr15	65739371	.	CA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.270;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr15	65744267	rs377663509	TA	T	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=10.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.323;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr15	65782451	rs60062953	A	AT	2374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=2034;SC=AAGATTTAGAACTGTGCACTT;SOR=3.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=65782459;WS=65782441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	65792839	rs11071846	G	A	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=6;PP=2324;SC=CTTTGTTGGTGGGTAAACTGA;SOR=4.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=86;TCR=6;TR=92;WE=65792847;WS=65792829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	65804213	rs352478	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=642;SC=ACATATTTAACATAGGCAGAC;SOR=3.334;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=65804221;WS=65804203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	65804537	rs352477	A	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=327;SC=GTCACTGATTAATTTATTCAT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=65804545;WS=65804527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	65804892	rs118088815	G	A	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.892;NF=87;NR=79;PP=2419;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CTGCTGCCATGTTGCATTTTC;SOR=0.687;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=372;TCF=185;TCR=187;TR=166;WE=65804900;WS=65804882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,170:0.45:381
chr15	65822777	rs452306	C	T	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1213;SC=AGGCCCGCTGCTGGCGCCGCC;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=65822785;WS=65822769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	65822823	rs422390	C	G	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=26;PP=2965;SC=GCGCGGCCCGCGAGCGTGGGG;SOR=2.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=98;TCR=26;TR=124;WE=65822831;WS=65822813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	65856459	rs11637917	C	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=6.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=1;PP=1072;ReadPosRankSum=-2.954;SC=TCCTTTCTTACAGTTATTTTC;SOR=0.339;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=80;TCR=1;TR=46;WE=65856467;WS=65856449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr15	65962625	rs143992966	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.395;SC=ATTAAAACCCAGAAGGATTCA;SOR=0.099;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=17;WE=65962633;WS=65962615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr15	65964121	rs201705903	AAAG	A	2738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.856;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.19;MQRankSum=2.806;NF=18;NR=28;PP=1737;ReadPosRankSum=1.526;SC=CTTTTGCACAAAAGTGTACCT;SOR=1.017;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=51;TCR=90;TR=46;WE=65964131;WS=65964111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,79:0.34:232
chr15	65983325	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,26:0.12:216
chr15	66162034	rs112864059	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=889;ReadPosRankSum=1.192;SC=GTGGACCCTCGTGCCGGCCAC;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=46;TCR=112;TR=58;WE=66162042;WS=66162024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,61:0.38:160
chr15	66170080	rs74845010	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=0.391;SC=TTCTGATACTAAATATGTTTC;SOR=0.397;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=16;WE=66170088;WS=66170070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr15	66198552	rs2241446	C	T	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=65;PP=1608;ReadPosRankSum=1.216;SC=GTTCTTCTTTCTTTTCTTGCT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=89;TCR=149;TR=104;WE=66198573;WS=66198541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,108:0.44:247
chr15	66208422	rs11632730	C	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GAAGTGGGAGCCATCCTCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=13;WE=66208430;WS=66208412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr15	66210134	rs148740298	CTAATAATCCATCATGT	C	1220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.272;NF=17;NR=2;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ATGATCAATCCTAATAATCCA;SOR=0.597;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=19;WE=66210157;WS=66210124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr15	66214785	rs11637551	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=696;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GGGCGCAGCCGTGGCCATAGA;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=42;WE=66214793;WS=66214775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr15	66215138	rs11637615	C	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTGAGCTCTTCGGGGTCAGGG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=101;WE=66215146;WS=66215128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,107:0.40:267
chr15	66223350	rs11631506	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1205;ReadPosRankSum=1.976;SC=TAGGCAGGATAATGACCCCTG;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=43;TCR=126;TR=69;WE=66223358;WS=66223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,72:0.40:178
chr15	66257236	rs36088570	C	CA	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=355;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CGCCCATTCCCAGCTCATACC;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=66257244;WS=66257226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr15	66257408	rs333550	T	C	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=43;PP=1618;SC=GCAGTCACAGTGCTGTGAGCA;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=105;WE=66257416;WS=66257398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	66274690	rs551474	T	C	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=60;PP=2578;SC=GGGTGCCAGGTGCGCAGAGCT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=140;WE=66274698;WS=66274680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	66274847	rs111245450	A	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=746;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CGGGACAGTCAGGGATCAGGA;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=57;WE=66274855;WS=66274837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr15	66386853	rs7168565	G	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.402;SC=ATGGGGAGAGGGAGGAAGAAC;SOR=0.708;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=93;WE=66386861;WS=66386843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,99:0.40:249
chr15	66416470	rs12912920	C	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=0.456;SC=TGACCTCCCCCCTCCCAACTA;SOR=2.391;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=21;WE=66416478;WS=66416460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr15	66601254	rs8025589	G	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=303;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AGATCCCTTTGGTAACACAGA;SOR=0.624;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=18;WE=66601262;WS=66601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr15	66604032	rs28616181	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,16:0.16:100
chr15	66612818	rs750295	A	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=353;ReadPosRankSum=1.398;SC=CTTGGAACCCAGTATTGTTTG;SOR=1.013;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=22;WE=66612826;WS=66612808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr15	66618342	rs3803412	A	G	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=82;PP=1860;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AAAGACTTGGATGAGAAGAGC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=547;TCF=267;TCR=280;TR=162;WE=66618350;WS=66618332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,163:0.29:554
chr15	66624166	rs28723485	G	T	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=24;PP=1871;ReadPosRankSum=1.731;SC=TTTCTTTGGGGAATGCCAGGG;SOR=1.163;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=111;TCR=36;TR=107;WE=66624174;WS=66624156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,112:0.73:153
chr15	66625161	rs11071885	A	G	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.004;SC=AATGGAAACCAGGATCCCTTC;SOR=0.585;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=234;TCF=118;TCR=116;TR=157;WE=66625169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,170:0.67:255
chr15	66644521	rs9806123	C	G	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=TGGAGGTACACGAACAGGTGC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=190;WE=66644529;WS=66644511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	66644563	rs9806130	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AACAAACCACGATTCAGTATT;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=122;WE=66644571;WS=66644553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,125:0.71:175
chr15	66645341	rs28614039	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr15	66694431	rs16949879	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=546;ReadPosRankSum=-1.883;SC=TGTGGTTACTACATTGTTCCA;SOR=0.558;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=29;WE=66694439;WS=66694421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr15	66727597	rs16949924	G	C	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=87;PP=1577;ReadPosRankSum=0.534;SC=TTGATTAACAGGTAATTGGAT;SOR=1.345;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=297;TCF=90;TCR=207;TR=113;WE=66727605;WS=66727587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,114:0.38:304
chr15	66735551	rs6494573	C	T	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=49;PP=2570;SC=CAGCCACAGCCGAAAGTTATC;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=140;WE=66735559;WS=66735541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	66745890	rs7169326	G	A	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=132;PP=2965;SC=CAGTGAGTAGGTGATTCCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=125;TCR=132;TR=256;WE=66745898;WS=66745880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
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chr15	66779698	rs41315964	C	T	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.992;SC=CCCAGGTGGCCGGGTGCAGTG;SOR=0.550;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=391;TCF=117;TCR=274;TR=233;WE=66779706;WS=66779688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,241:0.60:403
chr15	66782048	rs41306345	C	T	7142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.391;SC=TGTCTTTCTTCCTTTAAGCTT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=627;TCF=338;TCR=289;TR=326;WE=66782056;WS=66782038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,328:0.52:632
chr15	66792113	rs111385971	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.879;NF=0;NR=30;PP=627;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGTAATCCCAGCACTTTGGGA;SOR=3.239;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=5;TCR=69;TR=30;WE=66792121;WS=66792103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr15	66792761	rs28706938	A	G	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AATCAACCAAAGAACAGGAAG;SOR=0.911;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=320;TCF=147;TCR=173;TR=116;WE=66792769;WS=66792744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,123:0.37:334
chr15	66793480	rs11071895	C	T	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=57;PP=2553;SC=AGCCTGTATTCCAACAAAAGA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=130;WE=66793488;WS=66793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	66793677	rs12101954	G	C	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1507;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GACTTGCAGAGTATACCTAGT;SOR=0.554;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=102;WE=66793685;WS=66793667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,106:0.41:260
chr15	66795937	rs28673176	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=90;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CATACGCCAACAATACCATTA;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=345;TCF=134;TCR=211;TR=142;WE=66795945;WS=66795927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,146:0.41:353
chr15	66795980	rs8043062	A	G	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=126;PP=2965;SC=TGGTATGGTGAGGCAAACAAC;SOR=2.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=38;TCR=127;TR=164;WE=66795988;WS=66795970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	66796911	rs139436991	GC	G	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=952;ReadPosRankSum=0.554;SC=TTCCACTACTGCTTCCCGGCG;SOR=0.375;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=60;TCR=4;TR=26;WE=66796919;WS=66796904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr15	66806308	rs4238406	C	T	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=84;PP=2965;SC=TAATGTTGCTCGATACCTGTT;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=109;TCR=84;TR=193;WE=66806316;WS=66806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr15	66806517	rs4420479	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=355;SC=AATCAGCATCGGTGAAAATGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=66806525;WS=66806507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	66815908	rs28509265	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=336;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TCCTTTATGAAATATATTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=15;WE=66815916;WS=66815898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr15	66816183	rs6494579	C	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=420;SC=CTCAAAACTTCTTCAGATGTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=66816191;WS=66816173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	66821174	rs6494580	G	C	8337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=94;PP=2965;SC=TTCTCTGAAGGTTGCTTCTTT;SOR=1.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=196;TCR=94;TR=290;WE=66821182;WS=66821164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr15	66824526	rs4488397	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=0.285;SC=CTTCTCTTTTACTTGTTGGGT;SOR=0.370;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=17;WE=66824534;WS=66824516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr15	66825594	rs12592213	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.854;SC=ACTGAAGCCAGTGTACTATCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=66825602;WS=66825584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	66829396	rs12439324	T	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=231;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CGCTGATGTTTTAGTTAGTAG;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=11;WE=66829404;WS=66829386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	66832466	rs75532475	A	G	3812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=69;PP=2642;ReadPosRankSum=0.694;SC=GAGTGGAAATATATAGTGGTC;SOR=1.014;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=307;TCF=177;TCR=130;TR=171;WE=66832474;WS=66832456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,175:0.56:312
chr15	66853339	rs75625666	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=6;PP=1756;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AAGGACCCACCTCACCTTAAT;SOR=0.289;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=157;TCF=148;TCR=9;TR=81;WE=66853347;WS=66853329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,80:0.51:156
chr15	66856983	rs77223596	G	A	10446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-0.853;NF=304;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GCACGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=833;TCF=528;TCR=305;TR=477;WE=66856992;WS=66856965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,463:0.57:819
chr15	66874670	rs8041988	C	T	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=116;PP=2965;SC=AGAGTGTGAGCTGTGAATGGA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=115;TCR=116;TR=231;WE=66874687;WS=66874660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr15	66956824	rs7178388	A	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=5;PP=142;SC=TATTTGTTTTATTATTATTGT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=66956832;WS=66956814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	66976149	rs2414910	G	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=712;SC=TCCAAAGGGAGCTCTGTCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=66976157;WS=66976139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	67003841	rs2245159	C	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=5;PP=1220;SC=CCCAAGCCTGCGGCTTTAACT;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=67003849;WS=67003831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	67008708	rs2278603	G	A	4605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GAAGAAAAAAGAGAGCGCTGC;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=395;TCF=248;TCR=147;TR=205;WE=67008716;WS=67008698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,206:0.51:400
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chr15	67009941	rs2469123	C	G	4000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-6.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=119;PP=2945;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTGCTCATGGCTGCCTGGCCA;SOR=0.438;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=261;TCF=59;TCR=202;TR=158;WE=67009949;WS=67009931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,162:0.61:264
chr15	67234251	rs266383	A	G	19093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=333;NR=346;PP=2965;SC=TTCACCCAGAACAGTTTCTCC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=680;TCF=333;TCR=347;TR=679;WE=67234259;WS=67234241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,691:1.00:691
chr15	67358478	rs1061427	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr15	67391394	rs5813427	GT	G	10115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=148;PP=2951;SC=CCTTTCTGTGGTTGCCGCCCT;SOR=0.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=31;TCR=158;TR=178;WE=67391402;WS=67391384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr15	67391497	rs1866319	C	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=45;PP=1238;SC=CTCTTGTTCACAGTCACAGGG;SOR=4.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=48;WE=67391505;WS=67391487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	67430223	rs1866318	T	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=9;PP=1515;SC=TTGGATTTCTTCTGTCTGGGT;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=64;WE=67430231;WS=67430213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	67435075	rs745103	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=933;ReadPosRankSum=-1.375;SC=ACTGTGCTAAGTAACAGTGGA;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=55;WE=67435083;WS=67435065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr15	67457335	rs1065080	A	G	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=95;PP=2965;SC=ACCACGAGCTACGGGCCATGG;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=140;TCR=96;TR=235;WE=67457343;WS=67457325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr15	67473790	rs117185005	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=5.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,59:0.24:245
chr15	67476952	rs2289791	G	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGGGAAGCTGGCAGTCACTGG;SOR=0.724;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=11;WE=67476960;WS=67476942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	67476970	rs2289790	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=342;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TGGGAGCAGCTCTGCTGTTCT;SOR=2.412;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=17;WE=67476978;WS=67476960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr15	67501033	rs2289262	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=-1.245;SC=CAATTTAATCGTAGTCTATTT;SOR=0.917;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=20;WE=67501041;WS=67501023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr15	67501782	rs28693872	T	C	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GGAAAAAAGATCCAAGAAAAA;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=201;TCR=171;TR=274;WE=67501790;WS=67501763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,282:0.73:388
chr15	67501977	rs28418884	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=0.803;SC=TTATTTGTTACCAAAGTTCTA;SOR=1.101;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=18;WE=67501985;WS=67501967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr15	67528374	rs7173826	T	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,152:0.29:521
chr15	67547301	rs3743347	C	A	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=943;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:693,242:0.26:935
chr15	67596815	rs10438290	T	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GTTGTTTTAATGAGCTCTTAT;SOR=0.825;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=25;WE=67596823;WS=67596805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr15	67652097	rs3743349	G	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,44:0.28:159
chr15	67692502	rs7495023	T	C	12153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=200;PP=2965;SC=AAATACAGCGTTGGCTCTTTA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=226;TCR=201;TR=426;WE=67692510;WS=67692492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr15	67768151	rs3985641	G	C	6778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=128;PP=2965;SC=TGGCTATGATGTTGAGGTATG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=237;WE=67768159;WS=67768141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	67782440	rs10574862	AGGAAAT	A	6856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=88;PP=2945;SC=CAATAAGCTAAGGAAATAGAC;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=8;TCR=88;TR=96;WE=67782453;WS=67782430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	67872983	rs7172298	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=302;SC=TCAAGGCTGATATGTATATAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=67872991;WS=67872973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	67879418	rs28730805	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=747;SC=TTTAGACTGGGTGCTGAGAAG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=67879426;WS=67879408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	67885058	rs28637534	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=230;SC=TTATTGCTTTTGATTACTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=67885066;WS=67885048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	67951150	rs12438118	G	T	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.752;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,186:0.26:720
chr15	67951228	rs5813451	GA	G	6182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.340;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.298;NF=5;NR=161;PP=2986;ReadPosRankSum=0.130;SC=AACTTCTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=2.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=6;TCR=191;TR=166;WE=67951237;WS=67951218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr15	67962763	rs35395156	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=807;ReadPosRankSum=0.211;SC=TTTAGCAAACAAAGACCTGTG;SOR=0.946;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=56;WE=67962771;WS=67962753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr15	67984705	rs4343227	G	A	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=58;PP=2965;SC=ATTTCGGATTGAGCAGATGAT;SOR=2.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=177;TCR=58;TR=235;WE=67984713;WS=67984695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
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chr15	68041070	rs8037011	A	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1105;SC=GCTCTGAGCTATGTTACGTGA;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=68041078;WS=68041060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	68112037	rs2127164	C	T	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.096;SC=GCGCTGGTCTCACCTATGATC;SOR=0.696;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=298;TCF=180;TCR=118;TR=211;WE=68112045;WS=68112027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,213:0.69:309
chr15	68112096	rs2127165	A	G	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.062;SC=ACGGCCTCCCACCAAATCCGG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=160;TCR=162;TR=224;WE=68112104;WS=68112086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,228:0.69:329
chr15	68112152	rs2127166	G	C	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=81;PP=2201;ReadPosRankSum=-0.830;SC=AGTGAGGTGGGCCCGGAGCTC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=69;TCR=113;TR=130;WE=68112160;WS=68112142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,136:0.72:190
chr15	68116010	rs28399056	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=2.196;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr15	68116400	rs28675295	C	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=6.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.122;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,104:0.29:360
chr15	68117300	rs7170185	T	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,73:0.25:297
chr15	68118194	rs4776984	A	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,34:0.22:153
chr15	68119053	.	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,20:0.13:152
chr15	68119741	rs80000622	G	A	7546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=0.970;SC=CGGCGGCAGCGGCAGCTGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=412;TCF=138;TCR=274;TR=289;WE=68119749;WS=68119731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,293:0.70:419
chr15	68120014	rs62015251	C	T	7961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGGAGGCGTACGGCGCGGGGC;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=461;TCF=274;TCR=187;TR=336;WE=68120022;WS=68120004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,341:0.72:471
chr15	68121428	rs28539889	T	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=0.313;SC=CTCCGTCGGCTTTCCCTCTTG;SOR=0.336;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=77;TCR=20;TR=28;WE=68121436;WS=68121418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr15	68121483	rs7183168	A	C	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=102;PP=2965;SC=GCAGGGCGCCACCCTAATCGC;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=159;TCR=102;TR=261;WE=68121491;WS=68121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	68122509	rs28587941	T	C	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=58;PP=1867;ReadPosRankSum=1.647;SC=TCTCTTGAAATTCGGTTTGTT;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=485;TCF=292;TCR=193;TR=155;WE=68122517;WS=68122499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,156:0.32:484
chr15	68124853	rs12901293	G	C	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=10;PP=1593;ReadPosRankSum=1.253;SC=GTGGGAGTTGGGGGTAGGGGT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=98;TCR=14;TR=79;WE=68124861;WS=68124843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,84:0.71:118
chr15	68346549	rs11855475	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=2;PP=1557;SC=GGGCGGAGGCTAGAGGCGGGC;SOR=4.943;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=63;WE=68346557;WS=68346539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	68434212	rs113300929	T	TG	789.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.491;HP=11;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=516;ReadPosRankSum=2.220;SC=GACATGTGTGTTTTTTTTTTT;SOR=4.595;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=41;WE=68434220;WS=68434195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr15	68445912	rs11633620	T	A	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.141;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr15	68492028	rs11071986	G	A	11428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=229;PP=2965;SC=CTCTGCACACGGCCCAGAGGG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=174;TCR=230;TR=403;WE=68492036;WS=68492018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr15	68510770	rs8025947	A	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=16;PP=2468;SC=TCAGTTTACTAGGAGATAAAG;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=82;TCR=16;TR=98;WE=68510778;WS=68510760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	68522090	rs144971454	GGCGGAGCGGA	G	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=41.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	68583175	rs6494729	T	C	17173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=280;NR=307;PP=2965;SC=TGGCTGTCAATTCCAATACTC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=587;TCF=280;TCR=307;TR=587;WE=68583183;WS=68583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr15	68603625	rs898591	C	T	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=65;PP=2712;SC=AGGCCATCACCACCTCGTCCG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=68603633;WS=68603615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	68609833	rs1516871	T	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=59;PP=1412;SC=TATGAAAGCCTGGACCACAGC;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=70;WE=68609841;WS=68609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	68612385	rs35808090	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.806;NF=21;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ACCTCAGCCTCCCAAAGTGCT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=56;TCR=2;TR=22;WE=68612393;WS=68612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr15	68613566	rs72741168	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=730;ReadPosRankSum=0.216;SC=ATATTACAGAAGAGACTTTCC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=35;WE=68613574;WS=68613556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr15	68613778	rs3736494	G	T	6745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=10.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.44;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,176:0.64:276
chr15	68613787	rs3736493	A	G	6523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=12.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.90;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,168:0.62:273
chr15	68613922	rs8041788	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=626;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GCTCTGTCTCCACCACACTAG;SOR=0.109;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=41;WE=68613930;WS=68613912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr15	68618961	rs2271722	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=754;ReadPosRankSum=0.789;SC=CTATAGGAGCTTGGGCTCTGC;SOR=0.454;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=219;TCF=135;TCR=84;TR=67;WE=68618969;WS=68618951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,72:0.32:223
chr15	68624175	rs7167822	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr15	68624396	rs7168069	A	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,71:0.23:303
chr15	68624641	rs6494733	A	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,169:0.25:672
chr15	68628143	rs2306023	C	T	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=90;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CCACGTACACCCGCCCCTGCC;SOR=0.555;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=517;TCF=207;TCR=310;TR=158;WE=68628151;WS=68628133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,158:0.30:521
chr15	68631740	rs2125998	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GAATATACACAGCAGGCCCCT;SOR=0.171;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=62;TCR=1;TR=17;WE=68631748;WS=68631732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr15	68641362	rs61119953	AG	A	2389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=69;PP=1995;SC=CTCTCTTTCGAGGGGGGGCTC;SOR=4.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=2;TCR=82;TR=71;WE=68641370;WS=68641352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	68649587	rs12907890	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,132:0.29:448
chr15	68656864	rs2306013	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1006;SC=CCGGAATGGCATAAGCAGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=68656872;WS=68656854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	68656960	rs2306012	A	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=80;PP=2965;SC=CAGGATGGACATGAGGGTGTG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=68656968;WS=68656950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	68724262	rs2305078	G	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,68:0.31:218
chr15	68987315	rs11072043	A	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=6;PP=1005;SC=TGTGGCCCAGACTGACTTGGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=68987323;WS=68987305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	68987341	rs7359311	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=9;PP=1636;SC=AGGGCCCAAAAACAAAAATAA;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=68987349;WS=68987331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	69003871	rs3736272	G	T	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=74;PP=2965;SC=CCATGCATCTGCCCTCGCAGG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=139;TCR=75;TR=213;WE=69003879;WS=69003861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	69007656	rs1542746	T	G	13809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCTAGGTAAGTGGCCCCGAGG;SOR=1.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=553;TCF=213;TCR=340;TR=551;WE=69007664;WS=69007645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr15	69011389	rs1491640	A	C	9554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	69011394	rs1491639	C	T	9935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=2.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr15	69076875	.	G	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.765;ClippingRankSum=0.000;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.096;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:480,143:0.23:623
chr15	69094079	rs12904108	A	T	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.07;NF=95;NR=46;PP=2743;SC=TTCCTATTAAACTGTAGCACT;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=141;WE=69094087;WS=69094069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	69094158	rs10689979	T	TCA	9005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=84;PP=2967;SC=ACCAACTGAGTCACACCAGAG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=31;TCR=92;TR=111;WE=69094166;WS=69094148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	69112946	rs4777089	C	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=49;PP=1397;SC=CGCCCCCCCCCAAAAAAAGTG;SOR=3.383;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=67;WE=69112954;WS=69112935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	69112971	rs35802209	G	GCA	3645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.605;NF=38;NR=59;PP=2992;ReadPosRankSum=1.864;SC=CCCCCAGCGCGCACACACACA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=97;WE=69112981;WS=69112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,123:0.84:146
chr15	69238445	rs3743093	G	A	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,152:0.25:602
chr15	69325581	rs311893	C	T	15670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=293;PP=2965;ReadPosRankSum=1.432;SC=CCAAGGGCTGCGGCCAGTGCC;SOR=0.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=580;TCF=285;TCR=295;TR=578;WE=69325589;WS=69325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,586:1.00:587
chr15	69327825	rs311889	C	T	12735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=190;NR=277;PP=2965;SC=TCGTGCACACCGTGGCTCACA;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=190;TCR=278;TR=467;WE=69327833;WS=69327801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr15	69328226	rs12907196	C	T	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=106;PP=2965;SC=GCTGCTCCTCCTCATGTTCAT;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=107;TCR=107;TR=213;WE=69328234;WS=69328216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr15	69329623	rs34924807	GA	AG	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.568;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=45;PP=2676;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GGAGCAGCTGGATACCCTGTC;SOR=4.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=50;WE=69329632;WS=69329613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr15	69347593	rs311905	G	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=30;PP=2425;SC=AAGCCCCAGGGTAAGGTAGTG;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=113;WE=69347601;WS=69347583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	69347675	rs145743798	C	T	5969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.116;SC=GCCCAACAGGCCGCTTCCTGG;SOR=0.513;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=355;TCF=205;TCR=150;TR=252;WE=69347683;WS=69347665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,260:0.71:364
chr15	69349087	rs311906	T	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=51;PP=1352;SC=TCTGCTTCATTGCATTAGTAT;SOR=1.408;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=69349095;WS=69349077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	69561518	rs3865014	G	A	11825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=212;NR=201;PP=2965;SC=TGAGTCCCCAGTCTTCAAAGA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=212;TCR=201;TR=413;WE=69561526;WS=69561508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr15	69676944	.	T	C	554	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=59.74;NF=34;NR=11;PP=554;QD=13.0838047233;SC=GCGGGTCCTCTGTGTTCATGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=110;TCR=33;TR=45;WE=69676952;WS=69676934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:98,45:0.31:143
chr15	69683945	rs2242464	C	G	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=139;PP=2965;SC=AACCTGGACACTCTTGGACCT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=214;TCR=140;TR=352;WE=69683953;WS=69683935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr15	69684376	rs7183388	G	A	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=58;PP=2565;SC=AGCCCGGGCAGTGGAGCCAAG;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	69684389	rs11634798	A	T	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=72;PP=2943;SC=GAGCCAAGAAAAAAAAGAAAT;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=174;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr15	69684477	rs58280155	T	A	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=76;PP=2256;SC=GCTGGTTTTATTTTATTTTTT;SOR=1.138;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=131;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	69684481	rs112633523	AT	A	2927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.359;NF=2;NR=63;PP=1281;ReadPosRankSum=1.719;SC=GTTTTATTTTATTTTTTTTTG;SOR=1.199;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=65;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr15	69684507	rs11634850	A	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=48;PP=1417;SC=AGTAGAGACAAGGTTTCGCCA;SOR=1.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=69;WE=69684515;WS=69684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	69709686	rs3759825	G	A	6901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=94;PP=2965;SC=GCAAAAGGTCGAACTTTCTTC;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=151;TCR=94;TR=245;WE=69709694;WS=69709676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr15	69714638	.	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr15	69715488	rs7180624	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	69728949	rs3825858	A	G	9676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=167;PP=2965;SC=CACCTTTGCCATCATGCGAAA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=198;TCR=168;TR=364;WE=69728957;WS=69728939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr15	69732483	rs4776448	G	A	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=184;PP=2965;SC=AGTTAGGTTCGATATTTTGAA;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=90;TCR=184;TR=274;WE=69732491;WS=69732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	69732736	rs937724	C	T	9091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.502;SC=CTATTGTTACCGAACCTAAAA;SOR=0.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=162;TCR=164;TR=325;WE=69732744;WS=69732726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr15	69740350	rs13613	A	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=44;PP=1183;SC=CTTGTATAGTATATGTTTTGC;SOR=7.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=44;WE=69740358;WS=69740340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	69747675	rs1463911	A	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=41;PP=1401;SC=GAGATTTTTTAAAAAATAGTA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=69747683;WS=69747665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	69754221	rs8041861	T	C	19788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=373;NR=374;PP=2965;SC=CAATGATGAATGGAACCAGAA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=748;TCF=373;TCR=375;TR=747;WE=69754229;WS=69754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,764:1.00:764
chr15	70345626	rs1057865	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,76:0.27:281
chr15	70346923	rs2228178	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=4.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,80:0.27:301
chr15	70347362	rs4777227	C	A	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=39;PP=2965;SC=CAGCTGGAGGCGGCGCAGCAG;SOR=2.023;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=106;TCR=39;TR=143;WE=70347370;WS=70347352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	70347816	rs11440222	A	AG	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1320;SC=CGAGGTAGACATGATTAACAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=29;WE=70347824;WS=70347806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	70348523	rs2270871	G	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=25;PP=2196;SC=TCCAAAGGGAGGTGCACCAGG;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=111;WE=70348531;WS=70348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	70349744	rs8036209	T	C	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=133;NR=84;PP=2965;SC=GTCCAACCACTGGCTCCCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=217;WE=70349752;WS=70349734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	70351649	rs7176098	C	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,50:0.26:191
chr15	70351788	rs2133977	T	C	21173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=403;NR=381;PP=2965;SC=CACTCTTGTCTCCATCACTGT;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=785;TCF=403;TCR=382;TR=784;WE=70351796;WS=70351778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,803:1.00:803
chr15	70368571	rs3830411	A	ATGC	5540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.248;NF=4;NR=95;PP=2921;ReadPosRankSum=0.281;SC=GCAAGTGGAAATGCAAACTCC;SOR=1.073;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=167;TCF=10;TCR=157;TR=99;WE=70368579;WS=70368561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,137:0.72:189
chr15	70388449	rs71149952	AG	A	7830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=52;PP=2974;SC=GGAGCCGCGCAGGGGACCCAC;SOR=2.430;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=192;TCF=130;TCR=62;TR=171;WE=70388457;WS=70388439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	70958937	rs2241530	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=447;SC=ATTTTTGCACGCAAGTTGCTA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=70958945;WS=70958927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	70960068	rs934005	G	A	15329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=292;NR=249;PP=2965;SC=CAATTGGGGCGTATTTTACCT;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=543;TCF=292;TCR=251;TR=541;WE=70960076;WS=70960058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr15	70991925	rs4776525	G	C	27953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=511;NR=574;PP=2965;SC=CAAGGATTGAGGTCACTTTTT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1090;TCF=512;TCR=578;TR=1085;WE=70991933;WS=70991915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1080:1.00:1080
chr15	71125093	rs3825970	G	A	8767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=181;PP=2965;SC=CCACGATGGCGCACTCCTGGG;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=115;TCR=181;TR=296;WE=71125101;WS=71125083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr15	71125204	rs1549317	A	G	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=100;PP=2965;SC=CAAAAGTCCCAAAAAGCTTGA;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=229;WE=71125212;WS=71125194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr15	71175296	rs1528828	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=81;PP=2340;SC=ACCTTATAGGATTTTATCTTT;SOR=2.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=24;TCR=82;TR=105;WE=71175304;WS=71175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	71186811	rs1881568	C	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=1;PP=1939;SC=AAGATTATTTCCCCATAATGT;SOR=6.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=65;TCR=1;TR=66;WE=71186819;WS=71186801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	71193188	rs3830648	A	AAT	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=730;SC=AAATTCTCCAAATATAAGATG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=71193196;WS=71193178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	71548937	rs4777350	T	C	9951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=102;PP=2965;SC=GCATATTTAATATCTGCTTTA;SOR=1.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=242;TCR=102;TR=343;WE=71548945;WS=71548927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr15	72023422	rs2277540	C	T	13833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=283;NR=222;PP=2965;SC=GGTGTGCATACGTGCCAAGTG;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=283;TCR=222;TR=505;WE=72023430;WS=72023412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr15	72037610	rs2291994	G	A	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=91;PP=2965;SC=GCCTATTACCGGGTCACTTCA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=72037618;WS=72037600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	72050163	rs2625533	C	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=25;PP=2072;SC=AGCATTCCATCCTCCTTTCCA;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=99;WE=72050171;WS=72050153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	72073003	rs2291275	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-2.798;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,131:0.28:463
chr15	72105928	rs11351249	AC	A	13923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.12;NF=94;NR=174;PP=2969;SC=TTGGCGGTGGACCCCCACGGA;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=106;TCR=193;TR=268;WE=72105936;WS=72105918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr15	72142280	rs71281963	A	ATTTATGAACCCATTCACTAT	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.489;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=2897;ReadPosRankSum=0.884;SC=AAACACCTGAATTTATGAACC;SOR=2.719;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=13;WE=72142288;WS=72142270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr15	72143855	rs16956328	A	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=969;ReadPosRankSum=0.559;SC=TAACTATTTAACTCCTTTTGC;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=44;WE=72143863;WS=72143845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr15	72152224	rs3214958	CG	C	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.815;NF=0;NR=20;PP=762;ReadPosRankSum=0.252;SC=TTTAGACCTACGTTTTTTTCT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=20;WE=72152232;WS=72152214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr15	72191073	rs2415128	T	C	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=97;PP=2425;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CCTCCAAGGATCTGGGTCTCT;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=620;TCF=300;TCR=320;TR=187;WE=72191081;WS=72191063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,193:0.30:640
chr15	72191266	rs2415129	C	T	11282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=213;PP=2965;SC=ATCCTCCCATCCTGAAGGGTC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=175;TCR=213;TR=388;WE=72191274;WS=72191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr15	72227837	rs2306490	A	G	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=73;PP=1819;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TGTAAAAAATATAATTTGCTT;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=38;TCR=107;TR=96;WE=72227845;WS=72227827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,98:0.66:148
chr15	72252498	rs12916951	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=0.509;SC=AACAAGATGACGGGTGATAAC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=25;WE=72252506;WS=72252488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr15	72292115	rs2306488	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=512;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TCATGCTGTTAAGAGAAAACC;SOR=1.073;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=31;WE=72292123;WS=72292105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr15	72300031	.	A	C	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=36;QD=23.5904041824;SC=TCTTTTGGAAATGCTATTTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=3;WE=72300039;WS=72300026;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr15	72302667	rs2200056	T	C	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2457;ReadPosRankSum=1.496;SC=ATTAGAGATATAAAAATACAA;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=135;TCR=80;TR=153;WE=72302675;WS=72302657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,156:0.72:218
chr15	72302894	rs2957742	G	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.593;SC=ATGTATAAATGCAAATTAGAG;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=10;WE=72302902;WS=72302884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr15	72324962	.	TA	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=3.251;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr15	72431883	rs7175792	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.411;SC=GCATTTTACAGTCAGGTATTT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=72431891;WS=72431873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr15	72432583	rs930871	A	G	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=148;PP=2965;SC=AGATCTCATTACCACACTTGC;SOR=1.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=77;TCR=148;TR=225;WE=72432591;WS=72432573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr15	72454729	rs897731	C	G	10988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=213;PP=2965;SC=CTGAAGAAAGCGGCAATACGG;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=385;TCF=171;TCR=214;TR=384;WE=72454737;WS=72454719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr15	72457551	rs2959944	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=979;SC=GGCAGGTTTAAGAGATGCCCT;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=72457559;WS=72457541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	72459971	rs35713471	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=231;ReadPosRankSum=0.052;SC=GGGCTTCACCCGGGGCCCAGC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=15;WE=72459979;WS=72459965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr15	72462350	rs34487006	G	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1386;ReadPosRankSum=1.264;SC=GCCCCACCATGCCCATGGCCG;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=76;WE=72462358;WS=72462340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr15	72462831	rs7182776	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GGAGCCGTCTTATACCAGGAA;SOR=0.437;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=17;WE=72462839;WS=72462821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
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chr15	72543084	rs713048	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TCTGCTGACTGGTTGATGGAC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=72543092;WS=72543077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	72543656	rs2959904	T	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=56;PP=1763;SC=AGCTATCCTTTCTGAACAAGC;SOR=2.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=72543664;WS=72543646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	72545876	rs1426166	T	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=74;PP=2555;SC=CGTTATCTCCTTGGAGAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=111;WE=72545884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	72546765	rs2912227	A	G	8585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=163;PP=2965;SC=TGGGCAGGCAAAGGAGAGGGG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=146;TCR=164;TR=309;WE=72546773;WS=72546755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr15	72548765	rs12904652	T	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=19;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.880;SC=CTATCTTTTATCATTTCTGTT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=72;WE=72548773;WS=72548755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr15	72556799	rs11072352	G	A	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=28;PP=2965;SC=TTTTGGAAGGGGGCATTCCAT;SOR=2.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=105;TCR=28;TR=133;WE=72556807;WS=72556789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	72556847	rs12591338	T	A	5161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=-2.466;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,224:0.76:293
chr15	72557955	rs1426170	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=46;PP=1406;SC=GTCTTAGCTATAGCCTTACAC;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=72557963;WS=72557945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	72559243	rs67268368	AAC	A	2321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.815;NF=5;NR=34;PP=1673;ReadPosRankSum=0.355;SC=TATGGTGAGGAACAGATTCCC;SOR=1.230;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=39;WE=72559252;WS=72559233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr15	72559326	rs62022788	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TTTGTGAGAGTCTCAGTCTCT;SOR=0.061;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=72559334;WS=72559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	72637795	rs4777502	T	C	10155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=193;NR=163;PP=2965;SC=ACCTCAGCAATTCACAGCGGA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=194;TCR=163;TR=356;WE=72637803;WS=72637785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr15	72638892	rs1800431	T	C	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=31;PP=1814;SC=GGTTCCACTATGTAGAAATCC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=72638900;WS=72638882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	72743458	rs16956956	G	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=65;PP=1578;ReadPosRankSum=0.723;SC=TCTCCAGGCAGGTGAAGGATG;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=161;TCF=59;TCR=102;TR=105;WE=72743466;WS=72743448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,106:0.63:167
chr15	72859640	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.442;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	72864578	rs34776818	ATT	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr15	72875521	.	GT	G	1356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,76:0.74:103
chr15	72879653	rs139334001	A	ATTG	2886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=2318;SC=TCTTAACTATATTGTACTTTT;SOR=1.249;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=43;WE=72879661;WS=72879643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	72978552	rs56368716	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr15	72987530	rs151164191	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=-1.239;SC=AACTCAATTTCCTGTATCTAC;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=37;WE=72987538;WS=72987520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr15	72987588	rs4777527	G	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=68;NR=65;PP=2281;SC=GCAGTTTCATGGTATGTGTAT;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=133;WE=72987596;WS=72987578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	73002035	rs8033604	G	A	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=29;PP=2051;SC=AAAATATGCTGCCTAGCTCCA;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=99;WE=73002043;WS=73002025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	73021855	rs6495015	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=0;PP=1778;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTA;SOR=8.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=62;TCR=0;TR=62;WE=73021863;WS=73021845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	73023937	rs12914333	T	C	13222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=0.945;SC=TGGCACCCTTTGATTGGAAGA;SOR=0.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=478;TCF=220;TCR=258;TR=477;WE=73023949;WS=73023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,485:1.00:486
chr15	73024181	rs9806635	G	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=57;PP=1682;SC=TAGAGATCCTGTAGGAATCTG;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=76;WE=73024189;WS=73024171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	73027478	rs2277598	T	C	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=56;PP=2265;SC=CTGGAAGATATAGAAAATGCC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=73027486;WS=73027468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	73028375	rs12324395	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=649;SC=ATCAAGCCCAGATCATCCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=73028383;WS=73028365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	73044575	rs9460	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=523;SC=ACCTGATACAGTTTAATCTGC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=73044583;WS=73044565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	73067234	rs11634630	T	C	12965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=243;NR=235;PP=2965;SC=GGAACTCTGATGCAACCTGGG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=480;TCF=243;TCR=237;TR=478;WE=73067242;WS=73067224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr15	73408756	rs143744012	CTA	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=606;ReadPosRankSum=1.119;SC=AGTGAGATGACTATATTTATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=15;WE=73408765;WS=73408746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	73409213	rs3840037	A	AT	726.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.001;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=38;PP=509;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GTTTTAAGTGATTTTTTTTTT;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=38;WE=73409221;WS=73409203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr15	73418741	.	AT	A	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.497;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr15	73428224	rs8035499	T	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.605;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr15	73528937	rs747873	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=44;PP=1101;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTGTACCAATTTTTAGTCCA;SOR=1.251;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=46;WE=73528945;WS=73528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr15	73541513	rs3736510	A	G	5663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.092;SC=AGAATTATAAATTGTACTACA;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=144;TCR=208;TR=242;WE=73541521;WS=73541503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,247:0.69:360
chr15	73545732	rs2623989	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1572;ReadPosRankSum=0.220;SC=TTTTTTTTTGTTTCTCTAGTT;SOR=0.368;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=74;WE=73545740;WS=73545720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,57:0.93:61
chr15	73551250	rs2251205	A	G	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=96;PP=2672;ReadPosRankSum=-1.536;SC=CTGGAACACAATAGATACTAG;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=87;TCR=140;TR=158;WE=73551258;WS=73551240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,160:0.69:231
chr15	73562532	rs2680348	C	T	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,186:0.27:696
chr15	73564881	rs1131854	C	T	8784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.021;SC=AGCCTCCCTCCGAAGCCAATG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=529;TCF=248;TCR=281;TR=378;WE=73564889;WS=73564871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,390:0.72:541
chr15	73566942	rs497539	G	A	12910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=285;NR=170;PP=2965;SC=GGGGGTTTTAGTTTTTTTCCT;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=456;TCF=285;TCR=171;TR=455;WE=73566950;WS=73566932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr15	73581444	rs489531	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,44:0.26:167
chr15	73590564	rs145481092	T	C	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=10;PP=2363;ReadPosRankSum=0.538;SC=CATGTTCTCTTGGACTAGCAC;SOR=1.460;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=149;TCF=130;TCR=19;TR=103;WE=73590572;WS=73590554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,107:0.69:154
chr15	73595089	rs3833036	T	TA	9593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.332;NF=23;NR=152;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.790;SC=TCTTGGAACTTACCCTTGAAA;SOR=0.690;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=263;TCF=33;TCR=230;TR=175;WE=73595097;WS=73595079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,291:0.71:409
chr15	73614834	rs529004	T	C	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=92;PP=2965;SC=ATAGATTGGATGGCAGTTTGG;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=150;TCR=93;TR=240;WE=73614842;WS=73614824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	73616635	rs481579	T	C	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=85;PP=2335;SC=ATGCACAGCCTGCCCAGGCCA;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=73616643;WS=73616625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	73848808	rs922687	A	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=0.126;SC=CCTTTGTTCAATTCTTTGTTT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=20;WE=73848816;WS=73848798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr15	73982965	rs6495076	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=7.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr15	74000839	rs2291011	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,58:0.24:244
chr15	74032783	rs28594180	A	G	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:642,261:0.29:903
chr15	74033033	rs11858458	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=104;PP=2965;SC=GGGTCCCTGCATCAGCCAGGT;SOR=1.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=48;TCR=104;TR=152;WE=74033041;WS=74033023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	74043523	rs7497362	A	G	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=119;PP=2965;SC=CTGGGCACACACTGCGTCTGC;SOR=4.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=11;TCR=119;TR=130;WE=74043531;WS=74043513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	74173638	rs7170291	C	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.802;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,33:0.25:130
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chr15	74177071	rs72745335	C	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=24;PP=1357;ReadPosRankSum=0.870;SC=CACCCATAGACCTGCTGGATG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=267;TCF=191;TCR=76;TR=95;WE=74177079;WS=74177061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,96:0.35:273
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chr15	74219546	rs1048661	G	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,80:0.28:289
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chr15	74234171	rs8042181	A	G	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=36;PP=2084;SC=ATTCCAATGCAGAATGGAGTC;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=115;WE=74234179;WS=74234161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	74238734	rs2304720	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.588;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,32:0.13:239
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chr15	74276560	rs9630437	T	C	12285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.98;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,301:0.71:424
chr15	74277795	rs10851866	T	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1108;ReadPosRankSum=0.791;SC=CGGCCTCCACTGCCAGCTCCA;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=69;WE=74277803;WS=74277785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr15	74280867	rs11072460	T	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=764;ReadPosRankSum=1.679;SC=CTGACTCTTTTCTCAAAGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=31;WE=74280875;WS=74280857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr15	74282833	rs3214695	G	GC	2199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.878;NF=4;NR=44;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AACTGGACCTGCACGACAGCT;SOR=0.813;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=6;TCR=79;TR=48;WE=74282841;WS=74282823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr15	74282880	rs3816197	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GTACCTTACGCCCACCTTCCC;SOR=1.218;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=31;WE=74282888;WS=74282870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr15	74284209	rs3816198	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=376;ReadPosRankSum=0.047;SC=ATAGGAGCAACGCTGGCTGGC;SOR=1.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=17;WE=74284217;WS=74284199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr15	74284406	rs2304715	C	G	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TCCCCCCCGGCTCCGCCGTGC;SOR=1.004;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=175;TCR=55;TR=171;WE=74284414;WS=74284386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,169:0.75:225
chr15	74317043	rs2277599	T	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=599;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCCTTCCAGCTGCCCCTCCAG;SOR=0.581;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=38;WE=74317051;WS=74317033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr15	74325182	rs2304716	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=825;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GTGTTTGCTCAACGCCTTCTC;SOR=2.631;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=36;WE=74325190;WS=74325172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr15	74326711	rs2304718	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=14;PP=1168;ReadPosRankSum=0.815;SC=CAGGGCATCCGTTTCCCCCAG;SOR=0.301;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=66;WE=74326719;WS=74326701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr15	74328116	rs743580	A	G	9363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GGCAGGGGAAAGCAGAGCCCA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=575;TCF=254;TCR=321;TR=394;WE=74328124;WS=74328106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,398:0.69:581
chr15	74328141	rs743581	G	T	7552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTTGGAGCAGGTGTTCCCCCT;SOR=0.920;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=458;TCF=195;TCR=263;TR=309;WE=74328149;WS=74328131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,312:0.67:465
chr15	74421010	rs2279379	C	G	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,133:0.28:468
chr15	74466271	rs923118	G	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=855;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TTGGGCGCCCGTGGCCCTGCA;SOR=0.407;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=47;WE=74466279;WS=74466261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr15	74467796	rs11854957	C	T	13677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=326;PP=2962;ReadPosRankSum=0.657;SC=TGACCACGGCCGTGTCCATCC;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=779;TCF=321;TCR=458;TR=560;WE=74467804;WS=74467786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,572:0.72:794
chr15	74468494	rs3848160	C	T	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=72;PP=1766;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAGCCCCACCCAGGGCTTCCC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=35;TCR=91;TR=99;WE=74468502;WS=74468484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,97:0.78:125
chr15	74472716	rs351242	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,33:0.23:142
chr15	74473073	rs12912578	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=507;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CATCCTTCCTAGAAGAAGCTG;SOR=2.621;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=22;WE=74473081;WS=74473063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr15	74473302	rs12913041	A	G	6563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GCGGATGGCAATGCTGGGGGA;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=173;TCR=182;TR=275;WE=74473310;WS=74473292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,285:0.79:362
chr15	74477216	rs351238	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr15	74477239	rs351237	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=10.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,35:0.27:131
chr15	74483415	rs351228	T	C	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=127;PP=2965;SC=ACAAGGATTCTGGGGAGCAGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=152;TCR=128;TR=279;WE=74483423;WS=74483405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr15	74486444	rs974456	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=6.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=56;PP=1353;ReadPosRankSum=-1.488;SC=TTCCCCTTCTCGAGCCCTGCA;SOR=0.356;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=2;TCR=84;TR=58;WE=74486452;WS=74486434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr15	74487846	rs971757	G	A	8652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CCATGCTGGAGGGGCAGACAT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=482;TCF=259;TCR=223;TR=349;WE=74487854;WS=74487836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,354:0.72:490
chr15	74487969	rs971756	A	T	8563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.866;SC=ACTAGTCTCAACTCTGTGATC;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=496;TCF=214;TCR=282;TR=359;WE=74487977;WS=74487959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,369:0.72:514
chr15	74488238	rs35255788	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.549;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=941;ReadPosRankSum=0.851;SC=GCCCATCTCATTGACAGCTGT;SOR=4.382;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=74488260;WS=74488236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr15	74488252	rs34147822	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=941;ReadPosRankSum=0.608;SC=CAGCTGTTCCTGTTACTCTCA;SOR=1.542;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=24;WE=74488260;WS=74488236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr15	74488424	rs11857410	G	A	4586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.554;SC=AGGGAGCTCAGGAGGACCATG;SOR=0.494;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=187;WE=74488432;WS=74488414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,196:0.71:277
chr15	74489883	rs351218	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=1113;SC=CACTCATGTGACATCTTGGGG;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=74489891;WS=74489873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	74494388	rs12912258	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=12;PP=1211;ReadPosRankSum=0.860;SC=AGTGGCAGAGCCAGACCTAGC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=74;TCR=17;TR=67;WE=74494396;WS=74494378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr15	74494684	rs34975666	GA	G	9031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.608;NF=68;NR=194;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GCTTAAAAGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=413;TCF=106;TCR=307;TR=262;WE=74494693;WS=74494673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,402:0.74:541
chr15	74500105	rs12915846	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,80:0.27:294
chr15	74528985	rs351175	T	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=60;PP=2928;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CAGGACTGATTCCTGATCACC;SOR=0.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=152;WE=74528993;WS=74528975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr15	74529130	rs11633321	T	G	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=79;PP=2965;SC=CGTCCCTCCTTCAAAGTCCTT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=159;WE=74529138;WS=74529120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	74536400	rs10552820	TAAG	T	14742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=136;PP=2967;SC=TGTCTCCCTCTAAGAAGGAGA;SOR=0.978;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=74;TCR=146;TR=202;WE=74536410;WS=74536390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr15	74558927	rs440793	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=45;PP=2650;SC=CCCTACTCTCAACAATGTCTC;SOR=1.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=139;WE=74558935;WS=74558917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	74560566	rs1038436	C	T	9183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=216;NR=110;PP=2965;SC=ATTATCAGCTCGGAGCCCCAG;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=217;TCR=110;TR=326;WE=74560574;WS=74560556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr15	74572242	rs351165	T	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=6;PP=1721;SC=CAAATATCTGTGTATGCCTTG;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=62;TCR=6;TR=68;WE=74572250;WS=74572232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	74572917	rs351164	A	G	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=26;PP=2965;SC=GAAAGCAGGCAGCGGGAGACA;SOR=2.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=119;TCR=27;TR=144;WE=74572925;WS=74572907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	74588024	rs1484212	T	C	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=11;PP=1475;ReadPosRankSum=0.023;SC=GGGGTGTAGATGGTGTGCTTA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=89;TCR=16;TR=76;WE=74588032;WS=74588014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,78:0.73:107
chr15	74622365	rs2277601	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=422;SC=AGGATCAAGTCATAACCACCC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=74622373;WS=74622355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	74622457	rs2277602	A	C	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=32;PP=1787;SC=ACTGACTTTCAAGTGTAGATG;SOR=1.413;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=97;WE=74622465;WS=74622447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	74622678	rs1564782	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=22;PP=577;SC=GGCAAAGCCAGTGAGGCCCAG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=74622686;WS=74622668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	74623272	rs2277605	G	A	9510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=195;NR=156;PP=2965;SC=GGGCCAAGGTGGACTCCCAGG;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=195;TCR=156;TR=351;WE=74623280;WS=74623262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr15	74623302	rs2277606	T	C	10563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr15	74627222	rs2279356	G	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=75;NR=2;PP=2129;SC=TTTGCTTTCTGCCTGGACAGC;SOR=6.466;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=76;TCR=2;TR=77;WE=74627230;WS=74627212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	74628242	rs900802	C	T	11282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=279;NR=124;PP=2965;SC=GGGGTACTCACGCACCCCGCT;SOR=1.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=280;TCR=125;TR=403;WE=74628250;WS=74628232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr15	74628891	rs2959003	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=73;PP=2315;SC=TATCATTGTGAAATACTCCAT;SOR=3.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=88;WE=74628899;WS=74628881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	74710593	rs28362912	C	T	12220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr15	74743125	rs200547859	T	C	5865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TACCCTCTAATAGGACAGGTA;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=183;TCR=171;TR=245;WE=74743133;WS=74743115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,256:0.68:377
chr15	74889853	rs145671041	TAC	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=2.990;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr15	75041917	rs762551	C	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=335;SC=CTCTGTGGGCCCAGGACGCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=75041925;WS=75041912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	75042058	rs41279196	T	G	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=56;PP=2965;SC=GGTCCCTCCTTTTTTCCCTGC;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=123;TCR=56;TR=179;WE=75042066;WS=75042048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	75044238	rs2472304	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=61;PP=1811;SC=GAAGCCTTGAGACCCAGGTTG;SOR=3.643;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=69;WE=75044246;WS=75044228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	75047426	rs2470890	C	T	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1430;SC=TCTCCATCAACTGAAGAAGAC;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=62;WE=75047434;WS=75047416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	75080872	rs2168519	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=345;SC=TCAGCTGTAATTCCCGTGTTC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=75080880;WS=75080862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	75081078	rs2168518	G	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=37;PP=1550;SC=GCCTCCAGCCGTCAGTCTCCC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=75081086;WS=75081068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	75114322	rs11636952	T	C	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=72;PP=1843;SC=CAGAGAGGACTGGGCTGGGCC;SOR=2.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=94;WE=75114330;WS=75114312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	75115895	rs7162232	G	A	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=ACCACCCCCGGTTAGGGATGC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=208;WE=75115903;WS=75115885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	75129594	rs2290573	G	A	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=71;PP=2965;SC=AGCTACGGGGGTGAGGGGGAC;SOR=1.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=141;TCR=72;TR=210;WE=75129602;WS=75129584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	75130015	rs11312224	AG	A	7728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.134;NF=54;NR=105;PP=2979;SC=ATACACCAGCAGGGGGGGACG;SOR=0.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=63;TCR=120;TR=159;WE=75130030;WS=75130005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr15	75130093	rs12898397	T	C	11320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=206;NR=208;PP=2965;SC=TGTGCCCACCTTGACCTGCTC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=206;TCR=209;TR=414;WE=75130101;WS=75130083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr15	75130573	rs2290572	A	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	75131661	rs4886615	A	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=103;PP=2965;SC=GTGATAAGGCAGCTGCTGAAT;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=170;WE=75131669;WS=75131651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	75131959	rs936227	A	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=29;PP=1023;SC=GGTGCGCAAAAAAGTCCTGGA;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=75131967;WS=75131949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	75132490	rs12908814	C	G	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=0.956;SC=ATACTCCAGTCTCTGCAGGTC;SOR=1.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=155;TCR=66;TR=220;WE=75132498;WS=75132480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr15	75135447	rs2290574	T	C	8533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=168;PP=2965;SC=GCCCCGCCATTCCGGCCGCCT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=130;TCR=168;TR=298;WE=75135455;WS=75135437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr15	75140854	rs3765066	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=365;SC=GGGCACTGGCGGGGCTCTGTG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=75140862;WS=75140846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	75183935	rs11638130	G	A	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=69;PP=2062;SC=AGGACAGAGTGCGGTGCAGAG;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=75183943;WS=75183925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	75185670	rs7495739	A	G	8690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=132;PP=2965;SC=AGGTGGACACAGTTATATTCC;SOR=0.975;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=176;TCR=134;TR=308;WE=75185678;WS=75185660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr15	75189930	rs1130741	A	G	9390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=187;NR=151;PP=2965;SC=AGGGGACAGTAATAGCCAGCA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=187;TCR=151;TR=338;WE=75189938;WS=75189920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr15	75230502	rs6495131	A	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=141;SC=GGGCGGGAGGAGCCACCGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=75230510;WS=75230492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	75310075	rs12593566	C	A	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=GAACTAACCCCTTCTGACCTC;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=185;WE=75310083;WS=75310065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	75336729	rs2304899	A	G	15810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=291;NR=275;PP=2965;SC=TCTGCCAGATATGGAAGAGCC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=568;TCF=293;TCR=275;TR=566;WE=75336737;WS=75336719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr15	75498548	rs1466663	A	G	11476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=227;NR=195;PP=2965;SC=GCCCCATGGCAGGTACTCCTA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=228;TCR=195;TR=422;WE=75498556;WS=75498538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr15	75498744	rs1873379	G	C	13488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=244;NR=219;PP=2965;SC=CAGTCCCCAGGCTCACTCCTA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=245;TCR=220;TR=463;WE=75498752;WS=75498734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr15	75499602	rs12591506	C	A	13621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=218;NR=261;PP=2965;SC=GAACAATGTGCGGGCTGTGCC;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=481;TCF=218;TCR=263;TR=479;WE=75499610;WS=75499592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr15	75499619	rs11072531	T	C	11808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=237;PP=2965;SC=TGCCACAGCCTGGTGCCTTCC;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=195;TCR=237;TR=432;WE=75499627;WS=75499609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr15	75499861	rs11072532	G	A	14354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=292;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CAGAAGGAGGGCGCAAGGCCA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=549;TCF=294;TCR=255;TR=545;WE=75499869;WS=75499851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,549:1.00:551
chr15	75503147	rs3743211	G	A	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=98;PP=2965;SC=GTGGCCAGAGGTGAGCCAGAG;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=142;TCR=98;TR=240;WE=75503155;WS=75503137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	75518241	rs1994639	G	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.76;QD=49.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	75518246	rs1994640	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.30;QD=38.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	75521833	rs6495165	G	C	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=46;PP=2965;SC=TCCCCCTGGGGAGGTGAAAAG;SOR=1.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=124;TCR=47;TR=170;WE=75521841;WS=75521823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr15	75630562	rs143588533	C	T	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.653;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.619;NF=37;NR=95;PP=2964;ReadPosRankSum=0.908;SC=TTCTCTGGGGCTAGGGCCTCA;SOR=2.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=39;TCR=96;TR=132;WE=75630570;WS=75630552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr15	75630635	rs7166436	A	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=921;SC=GCTCTGAGCCAGTCCCCAGGA;SOR=5.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=75630643;WS=75630625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	75640423	rs79244935	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=60;PP=1893;SC=GGCCCTTTCCCTCCCCCAGGC;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=75640431;WS=75640413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	75643714	rs11634109	T	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=26.33;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	75651022	rs149997575	C	CCCACATGCTGCCCAGCCCATA	9180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=70;PP=2966;SC=CTCCACCATCCCCACATGCTG;SOR=0.950;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=142;TCF=33;TCR=109;TR=93;WE=75651030;WS=75651010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	75653378	rs7174408	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=22;PP=2175;SC=AGCCAAGGCCTGGCCTGACCT;SOR=2.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=75653386;WS=75653368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	75655765	rs34386653	G	GT	3595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=64;PP=2974;SC=CCCCACCATTGTGACACCAAC;SOR=2.502;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=74;TCF=6;TCR=68;TR=68;WE=75655773;WS=75655755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	75660662	rs75458893	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=934;SC=GGCCGCTCCGCGGCACAGTCC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=75660670;WS=75660652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	75664570	rs4886696	AA	TT	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	75702754	rs79147131	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=648;SC=GTTCTTAGCACCCGTTCTGAC;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=75702762;WS=75702744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	75722398	.	AT	A	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=2;PP=343;SC=GTACACAGTTATTTTTTTTTT;SOR=4.977;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=22;WE=75722406;WS=75722388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	75890612	rs3210683	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=384;SC=TCTAAAGAATGAAGTCACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=75890620;WS=75890602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	75890689	rs1128585	G	T	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CCTTAAGGAGGCTTCTCTCTT;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=64;WE=75890697;WS=75890679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr15	75902469	rs76965612	G	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=80;PP=2236;SC=CCGGGCACGGGGGCTCATGCT;SOR=4.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=9;TCR=80;TR=89;WE=75902477;WS=75902459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	75913430	rs77935734	C	T	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1037;SC=ATGGTTCATTCATTTCATATC;SOR=1.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=58;WE=75913438;WS=75913420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	75916931	rs4886719	T	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.08;SOR=4.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	75916940	rs4886720	T	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=4.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	75916965	rs113978196	G	A	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=18;PP=1825;SC=AGTGAGTCGAGATCGTGCCAC;SOR=2.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=83;WE=75916973;WS=75916955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	76084875	rs12708521	C	T	9346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.096;NF=205;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.303;SC=TGGTCTTGGGCGTGAGACCAA;SOR=0.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=206;TCR=140;TR=344;WE=76084883;WS=76084865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr15	76175828	rs1868020	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=435;SC=TTTTTTATAGGGACGAGATCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=76175836;WS=76175818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	76182949	rs335713	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=707;SC=TTTAAAATAGCGTCTACTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=76182957;WS=76182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	76183191	rs62028936	T	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	76189390	.	C	T	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=129;SC=TGTACAGATACATGAGAAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=76189398;WS=76189380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	76189624	rs335692	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=114;SC=CTGTCACCCCAGCTGGAGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=76189632;WS=76189614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	76191802	rs335689	G	A	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	76191852	rs335688	T	C	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=86;PP=2887;SC=AAAATCTTTCTAACATGCAGA;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=168;WE=76191860;WS=76191842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	76191966	rs335687	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=517;SC=TTACAGCCTTTGCATTTTGCT;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=76191974;WS=76191956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	76197071	rs3073843	A	ATCT	2481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=35;PP=1938;SC=TTAAAGGAACATCTCGTTCCG;SOR=1.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=35;WE=76197079;WS=76197061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	76205523	.	A	AT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.820;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr15	76222140	rs335679	G	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=467;SC=TGGAGTGCAAGTCAGTAACAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=76222148;WS=76222135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	76248427	rs10711025	GT	G	701.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.549;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.408;NF=0;NR=33;PP=402;ReadPosRankSum=-1.209;SC=TAGAAAGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=33;WE=76248436;WS=76248417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr15	76251344	rs11638364	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=428;SC=TTTTTAGAGACAGGGTCTTGC;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=76251352;WS=76251334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	76251452	rs12913434	A	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	76462286	rs12902022	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=815;ReadPosRankSum=1.258;SC=TGTCCCATCCATTCCAGGGTG;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=76462294;WS=76462276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr15	76510073	rs1533600	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=489;SC=CTTGTGCAAAGTATCAATTAC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=76510081;WS=76510063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	76518346	rs11281932	C	CCCTTA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=552;SC=ATTTTAACTTCCAATATATTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=76518354;WS=76518336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	76584686	rs3215000	T	TA	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=929;SC=ATTGGCTACATAAACAGTCTG;SOR=4.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=76584694;WS=76584676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	76630303	rs4636879	T	C	15132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=330;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.981;SC=AGCGGGACTATGTCAGGTGAG;SOR=1.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=575;TCF=243;TCR=332;TR=572;WE=76630311;WS=76630293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,578:1.00:580
chr15	76632907	rs7180257	A	G	8602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=187;PP=2965;SC=GACGGTGAGCAGCCGCTGGGC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=114;TCR=187;TR=301;WE=76632915;WS=76632897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr15	76673627	rs17460201	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=735;SC=TTATTCCTTATGCCCCAATTC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=76673635;WS=76673617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	76957958	rs280021	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=118;SC=ACATCACTAAAAGTTTTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=76957966;WS=76957948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	77064389	rs66496622	TGAA	T	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=553;SC=CTATTAACTATGAAGAAGAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=77064399;WS=77064379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	77085740	rs3102707	C	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=279;SC=TCACTGGAAACAACAAGGCAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=77085748;WS=77085730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	77231158	rs4886841	C	T	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=80;PP=2442;SC=TAACTTTGGGCAAGTTATTAA;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=38;TCR=80;TR=118;WE=77231166;WS=77231148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	77234101	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=13.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr15	77241568	rs1711018	T	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=108;PP=2651;SC=CTTTAATCTCTGAGCCTGTCT;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=150;WE=77241576;WS=77241558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	77308387	rs7173067	G	A	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=82;PP=2965;SC=ATAAGGACAGGAGAAGGGTTC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=82;TCR=83;TR=164;WE=77308395;WS=77308377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	77310345	rs12900395	C	G	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=1068;SC=AAAGCCAGGTCTGGAGTCCCA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=44;WE=77310353;WS=77310335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	77310636	rs3812911	G	C	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=51;PP=2437;SC=GAAGCAGGTGGCTTCCGCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=77310644;WS=77310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	77323009	rs2469237	T	C	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=127;PP=2965;SC=GGGGCCCAAGTGAGGCAGTTG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=229;WE=77323017;WS=77322999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr15	77324880	rs4078354	A	G	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=138;PP=2965;SC=GGTTGTGGGGAGTTGGGTCCC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=126;TCR=138;TR=264;WE=77324888;WS=77324870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr15	77328108	rs11373069	G	GA	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=9;PP=828;SC=AGTGTCCCCAGAAGGGGAGGG;SOR=1.096;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=21;WE=77328116;WS=77328098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	77344793	rs11737	T	A	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.019;SC=GCTTCTTCACTACTAGAGCCT;SOR=0.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=113;TCR=124;TR=236;WE=77344801;WS=77344783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr15	77363451	rs11072641	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=398;SC=CCCCAGCAAGTGCCTCGCTCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=77363459;WS=77363441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr15	77450964	rs12909704	C	T	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=69;PP=2965;SC=AGTGCAGCCCCTGCCATCTTG;SOR=1.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=178;WE=77450972;WS=77450954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr15	78189084	rs4243062	T	C	10281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=192;NR=180;PP=2965;SC=CGGCTAGAAATCTCCGTGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=192;TCR=182;TR=372;WE=78189092;WS=78189074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr15	78189206	rs4886959	C	T	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=62;PP=2029;SC=CCAGGAACACCGCCTGGGCCT;SOR=2.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=78189214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	78189268	rs11630652	A	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=29;PP=1205;SC=AAGACCTCAGAGTCAATGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=78189276;WS=78189258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	78189370	rs4441238	A	C	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.27;QD=26.88;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	78196212	rs7178928	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=492;SC=CAGGGCCAGGAAGGAAGGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=78196220;WS=78196202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	78207762	rs57642131	C	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.45;QD=41.98;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78207864	rs66955965	C	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=28;PP=1328;SC=CAAGGGGCAACACCAGCTCTT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=78207872;WS=78207854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	78207914	rs67793790	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=42;PP=1832;SC=GGTGATCAGCTCCCACCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=78207922;WS=78207904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	78207974	rs71400903	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=39;PP=1825;SC=AGATGTTGCATGCCCTACCTT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=78207982;WS=78207964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	78208021	rs58158543	T	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=64;PP=2965;SC=TGATGACATCTTCCATCTCCT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=134;WE=78208029;WS=78208011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	78208141	rs58331113	C	T	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=91;PP=2965;SC=TGCAGCTCCCCGTGCCCATGC;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=80;TCR=91;TR=171;WE=78208149;WS=78208131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	78208236	rs76380402	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.96;QD=44.95;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	78208239	rs74587726	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.03;QD=43.63;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	78211339	rs71400918	T	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=45.24;SOR=1.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	78211344	rs144363575	CA	TG	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=45.06;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	78211411	.	GCCTCCTGCTCTCGGAGCATCT	G	5330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=40;PP=2967;SC=CACCCTCTGCGCCTCCTGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=56;WE=78211439;WS=78211401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	78211471	rs67630434	C	T	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=61;PP=1322;SC=CTCCTGGAGTCTCTCCTCCTG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=78211479;WS=78211461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	78232240	rs12907147	G	C	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=107;PP=2965;SC=GTGGGTCCAGGGTGGCCCTGG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=120;TCR=107;TR=227;WE=78232248;WS=78232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	78235104	rs60257193	T	G	13140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=256;PP=2965;SC=AGGGAGGGAGTCAGGTAATCA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=479;TCF=223;TCR=256;TR=479;WE=78235112;WS=78235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr15	78269731	rs11852862	G	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.50;QD=42.31;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	78269737	rs11852790	AC	TT	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.23;QD=44.91;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	78269747	rs11852867	G	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.63;QD=48.12;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	78269760	rs71402931	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.34;QD=47.18;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78269762	rs78023616	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.50;QD=43.81;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	78269763	rs75184028	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.50;QD=43.81;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	78269793	rs67603081	CT	C	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=499;SC=CCAGGGTGCCCTTGGGCAGTG;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=78269810;WS=78269783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	78269798	rs142983118	G	A	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.76;QD=46.31;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	78269801	rs140951103	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.03;QD=43.66;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	78269802	rs143146370	T	TG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=478;SC=CCTTGGGCAGTGGGACAGAGG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=78269810;WS=78269783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	78276660	rs12916320	A	G	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=96;PP=2965;SC=AAGGGGGTGTATGAGAACCAG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=215;WE=78276668;WS=78276650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	78310306	rs35403054	GA	G	1599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.333;HP=13;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.486;NF=1;NR=71;PP=878;ReadPosRankSum=-2.085;SC=TATCCTGTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=1;TCR=98;TR=72;WE=78310315;WS=78310295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,79:0.92:86
chr15	78369972	rs7176425	G	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.085;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=1.274;SC=GCCCTCCTCCGCCCGGGCTCC;SOR=2.215;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=21;WE=78369980;WS=78369962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr15	78390414	rs2289524	T	C	11202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=334;PP=2962;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTCAAAGAGATGCTGACTGCT;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=653;TCF=189;TCR=464;TR=478;WE=78390422;WS=78390404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,492:0.74:668
chr15	78398146	rs10456	G	A	22139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=492;NR=440;PP=2962;ReadPosRankSum=2.915;SC=TGCCGTCACCGTCCAAGTCAG;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1264;TCF=669;TCR=595;TR=932;WE=78398154;WS=78398136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,961:0.74:1297
chr15	78401540	.	AC	CC	540	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16,9;NR=0,1;PP=540,319;QD=38.1193755274;SC=ATGTTCCCCCACCGCATATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16,10;WE=78401548;WS=78401530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr15	78401540	.	AC	ACCC	540	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16,9;NR=0,1;PP=540,319;QD=38.1193755274;SC=ATGTTCCCCCACCGCATATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16,10;WE=78401548;WS=78401530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr15	78401540	rs12592068	A	C,ACC	762.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,16:0.20,0.80:20
chr15	78402001	rs11072729	A	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=581;ReadPosRankSum=0.469;SC=TAAGATGGGCACAGCCAGGGA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=27;WE=78402009;WS=78401991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr15	78403004	rs1992469	A	G	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=TCACCTGGGAACTTGCTCGAA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=107;TCR=78;TR=185;WE=78403012;WS=78402994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	78403179	rs2867986	C	G	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5419;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=93;PP=2693;SC=AGCCAGACAACGGGGAGACAG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=168;WE=78403187;WS=78403169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	78403213	rs148709604	ACAGGTCTGCCAACTACAG	A	2657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CAAAGCAGACACAGGTCTGCC;SOR=1.060;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=34;WE=78403238;WS=78403203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr15	78403668	rs75314194	C	T	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=91;PP=2236;ReadPosRankSum=-1.214;SC=ATCCCTAAGCCCCAGCAGCCC;SOR=0.490;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=187;TCF=59;TCR=128;TR=136;WE=78403676;WS=78403658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,136:0.72:188
chr15	78423433	rs112308337	G	A	4977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GGGAGGCCTCGGCCAGCGACC;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=215;TCR=57;TR=199;WE=78423441;WS=78423423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,198:0.73:273
chr15	78423479	rs8040395	T	C	11448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=312;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=1.350;SC=GCGGGGCCTGTGTTGGGGGCC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=662;TCF=420;TCR=242;TR=490;WE=78423490;WS=78423469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,489:0.74:661
chr15	78423596	rs11547207	A	C	14130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=341;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CCGGGCTCCGACTCCCATCAG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=815;TCF=346;TCR=469;TR=590;WE=78423604;WS=78423586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,604:0.73:830
chr15	78441769	rs11555541	T	C	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=22;PP=1088;SC=CGTGGATCTCTAAGGTGAGCG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=78441777;WS=78441759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	78441886	rs113037555	T	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=1.474;SC=AGGCGGTGGCTGCCCGCGGGG;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=24;WE=78441894;WS=78441876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr15	78452244	rs62009339	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=437;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GGCTGAGGCATGAGAATCGCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=20;WE=78452252;WS=78452234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr15	78457242	rs12904700	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=-0.883;SC=ACTTCCTTTTAGTGGAGAATG;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=20;WE=78457250;WS=78457232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr15	78457536	rs62009341	G	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.479;SC=ACAAAATGATGCTTTTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=59;WE=78457545;WS=78457526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr15	78457537	rs11394499	C	CT	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,68:0.91:75
chr15	78458485	rs3816253	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=637;ReadPosRankSum=0.552;SC=CTTTTCCCGATGTGTAGGTTC;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=118;TCR=29;TR=47;WE=78458493;WS=78458475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr15	78458797	rs2304825	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=172;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CCAGATTGAACAGGGTATGTG;SOR=0.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=13;WE=78458805;WS=78458787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr15	78463890	rs11638547	G	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,53:0.24:222
chr15	78466127	rs2304824	T	C	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.619;SC=CAGAACTCCATAGCTTGTTCA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=211;WE=78466135;WS=78466115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,224:0.99:226
chr15	78466597	rs11631653	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=0.702;SC=GCAGGCAGCACGGACTTGAGT;SOR=0.493;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=17;WE=78466605;WS=78466592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr15	78466781	rs17850483	G	A	12301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TGAGCATGGCGTTGCTGATGA;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=737;TCF=352;TCR=385;TR=521;WE=78466789;WS=78466771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,541:0.71:759
chr15	78466919	rs62009343	C	G	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=63;PP=1494;ReadPosRankSum=0.034;SC=GGTGCCCCAGCTGAACCACAA;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=24;TCR=94;TR=81;WE=78466927;WS=78466909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr15	78471110	rs17850484	G	A	7821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GGCAGATCTCGCCAATGCCCT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=463;TCF=204;TCR=259;TR=340;WE=78471118;WS=78471100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,346:0.74:468
chr15	78471954	rs17479031	G	A	4626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.402;SC=CACTGAGGCCGTAGCCCGCAT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=139;TCR=134;TR=201;WE=78471962;WS=78471944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,203:0.73:280
chr15	78472157	rs370177754	TCA	T	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=30.14;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	78473018	rs17479135	G	A	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=3;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CAGGCATGGCGTATCAGACCC;SOR=1.978;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=109;TCF=102;TCR=7;TR=81;WE=78473026;WS=78473008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,81:0.75:108
chr15	78473309	rs12915634	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=4.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.569;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.949;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,61:0.25:243
chr15	78474517	rs6495277	T	C	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=137;PP=2965;SC=ATCCCAGCAGTGTCCACAAGC;SOR=1.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=70;TCR=137;TR=207;WE=78474525;WS=78474507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr15	78474776	rs66983917	AC	A	1097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.741;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,62:0.25:248
chr15	78474787	rs45444496	C	T	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.831;NF=146;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.435;SC=CCCCCCCCACCCCACCGGGCA;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=294;TCF=195;TCR=99;TR=222;WE=78474795;WS=78474766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,230:0.77:298
chr15	78475236	rs62009346	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=624;ReadPosRankSum=1.506;SC=CTGGGTGCCCCGTCTCTGACC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=28;WE=78475244;WS=78475226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr15	78485814	rs28700056	A	G	8093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GATACCCAGCATCTGACCCCA;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=513;TCF=319;TCR=194;TR=362;WE=78485822;WS=78485804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,367:0.70:527
chr15	78486189	rs2271902	G	A	3570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=45;PP=2656;ReadPosRankSum=1.366;SC=GTGGGTGGGGGCTGCTAAAAA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=148;TCR=63;TR=153;WE=78486197;WS=78486179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,152:0.72:212
chr15	78501420	rs139633551	C	CCTGT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr15	78501433	rs3902931	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.161;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr15	78504780	rs10706612	GA	G	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,39:0.24:160
chr15	78526556	rs10162606	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=705;SC=ATGACCAGTTCTTCCATCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=78526564;WS=78526546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	78556580	rs200375873	GGGGGCGGCCTC	G	2379.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.522;NF=16;NR=12;PP=2975;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGAAGGGCAAGGGGGCGGCCT;SOR=0.339;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=28;WE=78556598;WS=78556570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr15	78556589	rs12898295	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.452;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr15	78557005	rs28484827	A	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=10;PP=2810;SC=GTGACGCGCGAGCGGGCGGCG;SOR=4.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=96;TCR=10;TR=104;WE=78557013;WS=78556995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	78557086	rs66489434	GC	G	17643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.70;ReadPosRankSum=-2.223;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,588:0.99:594
chr15	78558509	rs2037347	G	A	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=34;PP=2515;SC=CATTCATTGTGGTCCGCTTCT;SOR=2.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=124;WE=78558517;WS=78558499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	78563103	rs3169166	A	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1298;SC=ATCATGCTTTAAAAGGATATG;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=78563111;WS=78563093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	78565478	rs7163689	C	T	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=51;PP=2211;SC=TCTTGAAGATCTATATAATGG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=78565486;WS=78565468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	78572359	rs9806426	C	G	12117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=269;NR=161;PP=2965;SC=CTGCCTTCCTCCTTCCTAATT;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=269;TCR=161;TR=430;WE=78572367;WS=78572349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr15	78580481	rs2277551	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=282;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AAAAATGGGCGCTGAACGGGG;SOR=2.368;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=78580489;WS=78580471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr15	78581892	rs1879153	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=3;PP=1023;SC=AATGGCATTTCAATGAAAGAA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=78581900;WS=78581882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	78581938	rs16969675	C	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=22;PP=2594;SC=CCCAGTTTGTCAAAATAAGAT;SOR=2.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=91;TCR=22;TR=112;WE=78581946;WS=78581928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	78585106	rs2280364	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=52;PP=1324;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCAGACTCCACTGTAGGTCCA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=67;WE=78585114;WS=78585096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr15	78587111	rs138711577	TTTG	T	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=2;PP=1638;SC=TGTTCAGGTTTTTGTTGTTGT;SOR=4.565;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=35;WE=78587121;WS=78587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	78587760	.	TG	T	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=16;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=53.91;NF=2;NR=0;PP=56;QD=29.5;SC=TTTTTTTTTTTGTACAACATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=2;WE=78587768;WS=78587750;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr15	78587910	rs1040262	A	G	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=82;PP=2965;SC=TTTAGGAGCCAGGCAAGAATG;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=202;WE=78587918;WS=78587900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	78633595	rs2139440	T	G	13262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=286;PP=2965;SC=AGCGTCCCCGTGTCCCCGCTC;SOR=1.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=457;TCF=171;TCR=286;TR=456;WE=78633603;WS=78633585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr15	78730591	rs954144	C	T	9393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=145;PP=2965;SC=CTTGCCAGTCCGCCTGTCTTC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=179;TCR=146;TR=324;WE=78730599;WS=78730581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr15	78758677	rs2958720	G	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	78758853	rs2938672	A	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=366;SC=TTTTTCTTAAAGTTTATTAAT;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=78758861;WS=78758843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	78777312	rs9788758	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=54;PP=1640;SC=AATTATTGTTGGCTTTTCTGT;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=78777320;WS=78777302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	78780104	rs2230940	T	C	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=GGATGTTCAATTTGTGTGGGA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=193;WE=78780112;WS=78780094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	78786410	rs4887060	A	C	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=90;PP=2965;SC=TGAGAATGCAAACAAAGTATT;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=160;WE=78786418;WS=78786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	78789488	rs13180	C	T	8200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=187;NR=104;PP=2965;SC=CTGTTTTGGCCGAAAGTTATG;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=188;TCR=105;TR=291;WE=78789496;WS=78789478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr15	78807250	.	C	CTCTCTA,CTCTCTATA,CTCTCTCTA	85	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.0;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6,6;NR=3,3;PP=56,91;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9,9;WE=78807258;WS=78807240;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr15	78807392	rs200087101	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,61:0.25:243
chr15	78825498	rs12907169	G	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=1;PP=866;SC=GAAATGGAAGGGGAATGAATT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=78825506;WS=78825491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	78825562	rs12906951	C	T	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=34;PP=2873;SC=GTATCAATCACGGAGATCTTA;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=130;WE=78825570;WS=78825552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	78873119	rs569207	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=266;ReadPosRankSum=1.547;SC=GGGAGAGAAGCGAGTACATTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=14;WE=78873127;WS=78873109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr15	78879242	rs555018	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGTGCCTATTGTGTGCCAGAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=78879250;WS=78879232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	78880481	rs647041	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=8.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TGAGAACCACTACACAAGGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=78880489;WS=78880474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	78880577	rs12898919	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr15	78909452	rs3743075	T	C	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=AGGGGTTCCATTTCAGCTTGT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=176;WE=78909460;WS=78909442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	78909480	rs3743074	G	A	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=90;PP=2965;SC=CCAGATCTCGGGGAAGGAAGC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=172;WE=78909488;WS=78909470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	78909539	rs3743073	G	T	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=58;PP=1778;SC=TTTACTTCCCGTGGCACCACC;SOR=1.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=94;WE=78909547;WS=78909529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	78911038	rs34844435	C	CA	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,28:0.15:185
chr15	78911181	rs8040868	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-3.221;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,75:0.26:293
chr15	78911230	rs8192475	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,26:0.18:144
chr15	78911261	rs2869547	T	C	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=57;PP=1592;SC=CTGGCCACTGTGGGAAGCAGC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=78911269;WS=78911251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	78912943	rs7170068	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=783;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CCCCGGCGACGGCGCCAGCCC;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=48;WE=78912951;WS=78912933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr15	78913044	rs12907519	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-1.362;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,65:0.27:242
chr15	78913067	rs66793222	ACAG	A	8979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=83;PP=2990;SC=GGCAGCAGAGACAGCAGCAGC;SOR=0.850;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=137;TCF=33;TCR=104;TR=113;WE=78913080;WS=78913057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	78917316	rs55952530	C	T	3908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.888;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=54;PP=2442;ReadPosRankSum=0.695;SC=ACAGCCCAGGCCCCCATCCTT;SOR=0.445;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=204;TCF=134;TCR=70;TR=153;WE=78917324;WS=78917306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,166:0.76:217
chr15	78917399	rs1948	A	G	12935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=0.532;SC=GGGCCTCATCAGCCACAACCC;SOR=0.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=490;TCF=276;TCR=214;TR=487;WE=78917407;WS=78917389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,490:1.00:491
chr15	78923505	rs12914008	G	A	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.766;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:721,246:0.25:967
chr15	79044330	rs11632672	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.245;SC=CCCATGTTCCAGAACACACAC;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=8;WE=79044338;WS=79044320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr15	79054900	rs7495616	C	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-8.535;QD=2.63;ReadPosRankSum=-2.881;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,30:0.19:159
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chr15	79058968	rs112827102	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-0.348;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr15	79059449	rs1810165	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.243;NF=20;NR=45;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GCCAGGGGACGCTGGGGCAAG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=65;WE=79059457;WS=79059439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr15	79063474	rs1809409	A	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AAGCCCCTGCAGGTGGGGCTG;SOR=0.289;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=15;WE=79063482;WS=79063464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr15	79064080	rs11635931	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,40:0.22:184
chr15	79064143	rs11635870	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.228;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,27:0.17:163
chr15	79065380	rs7177201	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.224;NF=18;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=0.352;SC=GAAGGGGCCATCAGGTGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=66;TCR=5;TR=19;WE=79065388;WS=79065372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr15	79065562	rs8036224	A	G	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=188;PP=2965;SC=CACACAAGGAAGGGAGGGCCC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=155;TCR=188;TR=343;WE=79065570;WS=79065552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr15	79069121	rs11854507	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-3.165;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,41:0.23:177
chr15	79069734	rs7161774	G	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.066;NF=53;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GCTGCCCCCTGAGCCCTCCTG;SOR=0.605;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=72;WE=79069742;WS=79069724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,87:0.73:119
chr15	79070000	rs62012628	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.017;NF=9;NR=36;PP=887;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TTGGTGGGGCCGGGACAGGAG;SOR=1.136;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=45;WE=79070008;WS=79069990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr15	79080798	rs3743058	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=0.183;SC=CCACAAGGTGCGCAGTCCTAG;SOR=1.911;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=16;WE=79080806;WS=79080788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr15	79083120	rs2127898	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.674;NF=27;NR=36;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGCATGGTGCGTGATCTTTAG;SOR=1.038;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=63;WE=79083128;WS=79083110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr15	79083376	rs2277546	C	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=374;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CAGGCCAAGGCGGCCTTCACT;SOR=1.630;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=62;TCF=57;TCR=5;TR=21;WE=79083384;WS=79083366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr15	79083591	rs2277545	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.930;NF=18;NR=26;PP=490;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GGGGGTCAGGTTGTCACGAGG;SOR=0.447;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=44;WE=79083599;WS=79083581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr15	79089007	rs3743057	T	C	18153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=296;NR=371;PP=2965;SC=CATCAGCTACTACCAGGGTCT;SOR=0.965;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=667;TCF=296;TCR=371;TR=667;WE=79089015;WS=79088997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,685:1.00:685
chr15	79089111	rs3825807	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr15	79092481	rs3971703	G	C	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=107;SC=GAGCCAATCTGCACATCCCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=79092489;WS=79092471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	79092603	rs6495329	G	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.608;NF=27;NR=11;PP=644;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CGCCAAGCAGGTGGCAGGCCG;SOR=1.325;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=38;WE=79092611;WS=79092593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr15	79092750	rs7173267	G	C	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,121:0.26:458
chr15	79217690	rs2044226	G	C	14888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=310;NR=243;PP=2965;SC=AGTAGATGCCGGTTCTATACA;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=556;TCF=311;TCR=245;TR=553;WE=79217698;WS=79217680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr15	79231518	rs11638844	A	G	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=12.654;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.324;QD=23.93;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,214:0.98:218
chr15	79231523	rs35398112	G	GA	4687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.479;HP=15;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.600;NF=26;NR=83;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TCTGTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.505;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=34;TCR=101;TR=109;WE=79231531;WS=79231507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,184:0.94:196
chr15	79231616	rs10400902	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=71;PP=2103;SC=CGAAAACTGGACTAAATTTAA;SOR=2.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=79231624;WS=79231606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	79237180	rs1036937	C	A	13064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=272;NR=201;PP=2965;SC=GTTCTCCCAGCGTCCACTCTA;SOR=1.017;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=473;TCF=272;TCR=201;TR=473;WE=79237188;WS=79237170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr15	79237247	rs1036938	C	G	16540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=278;NR=308;PP=2965;SC=GGAGTTCACGCACAGTTCGGC;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=588;TCF=279;TCR=309;TR=586;WE=79237255;WS=79237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr15	79237324	rs1036939	C	A	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=173;PP=2965;SC=TGGCCCACATCGCAGCGCTGG;SOR=1.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=83;TCR=173;TR=256;WE=79237332;WS=79237314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr15	79237403	rs67943698	GGA	G	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=804;ReadPosRankSum=0.626;SC=GCGCGGGGGGGGAGCGGCACG;SOR=2.124;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=37;WE=79237413;WS=79237382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr15	79254480	rs4778732	T	A	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=44;PP=2965;SC=TGGGCTGGGCTCAGCTTCAGG;SOR=2.147;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=132;TCR=44;TR=175;WE=79254488;WS=79254470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	79264097	rs4238514	G	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=5;PP=1244;SC=AGCTGGGCTCGAGAGAATTCT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=79264105;WS=79264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	79277247	rs4778750	A	C	12017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.002;SC=TCAGCCCAGTACTTTGCCCAC;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=238;TCR=172;TR=407;WE=79277255;WS=79277237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,426:1.00:427
chr15	79277608	rs4778751	G	A	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=108;PP=2965;SC=ATGATAAATGGTCACTATTTG;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=54;TCR=108;TR=162;WE=79277616;WS=79277598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	79288011	rs6495359	A	C	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=61;PP=2965;SC=GATGCCTGTGATGGGTCAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=158;WE=79288019;WS=79288001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	79291262	rs12914556	C	T	7322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=189;PP=2965;SC=TCTGGCTGAGCTGGGGTGAGT;SOR=1.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=84;TCR=189;TR=272;WE=79291270;WS=79291252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr15	79298523	rs894780	G	A	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GGGCACCTCAGCCACCTGGCA;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=312;TCF=203;TCR=109;TR=226;WE=79298531;WS=79298513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,233:0.72:322
chr15	79307632	rs3816283	A	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=32;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CAGTCTCTGGAATGCTGCCTG;SOR=1.360;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=96;WE=79307640;WS=79307622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,100:0.60:166
chr15	79310337	rs11855004	A	G	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=110;PP=2885;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CGTACGTACCAGTGGAGGCTC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=98;TCR=158;TR=177;WE=79310345;WS=79310327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,179:0.69:258
chr15	79312330	rs2304993	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGGAGTGAGCGTGTGTGTATC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=17;WE=79312338;WS=79312320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr15	79317602	rs2304992	C	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=17;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GCCAGGACAGCGCCTGCATGA;SOR=0.943;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=84;TCR=26;TR=79;WE=79317610;WS=79317592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,82:0.73:112
chr15	79324419	rs2304991	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=672;ReadPosRankSum=1.369;SC=CATCCCCCACACCTGCCTCCC;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=38;WE=79324427;WS=79324409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr15	79327633	rs16970460	T	G	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=85;PP=2383;ReadPosRankSum=-1.163;SC=ACCTCCTGCGTGACTTCAGCA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=138;WE=79327641;WS=79327623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,138:0.76:181
chr15	79327686	rs736554	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=40;PP=950;ReadPosRankSum=0.289;SC=GAAAACTGCACCGGCAGGATG;SOR=1.146;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=46;WE=79327694;WS=79327676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr15	79350624	rs16970524	G	A	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=16;PP=2353;SC=AGGAGCCCAGGGTTTGAGATG;SOR=3.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=85;TCR=16;TR=100;WE=79350632;WS=79350614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	79502096	rs12903401	G	C	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=60;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TTTACATCTTGTCCTGCAAAG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=153;TCR=85;TR=170;WE=79502104;WS=79502086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,183:0.71:257
chr15	79502168	rs41280052	G	T	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,105:0.29:364
chr15	79586361	rs8038778	T	C	6568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CCCGTTTGCCTCAACTGAAGA;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=398;TCF=199;TCR=199;TR=276;WE=79586369;WS=79586351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,279:0.68:409
chr15	79606137	rs3825933	G	A	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=90;PP=2965;SC=ACTGCTATGTGGAGGACCCCC;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=169;TCR=90;TR=259;WE=79606145;WS=79606127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr15	79606408	rs3784544	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=40;PP=1134;SC=CTTCATTGGCCTCTGTCTAGG;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=79606416;WS=79606398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	79614206	rs906440	T	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=6;PP=2090;SC=GCACAGACTCTTAGTTAGCAT;SOR=4.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=76;TCR=6;TR=81;WE=79614214;WS=79614196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	79614418	rs906439	A	G	14464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=286;PP=2965;SC=GGGCCCGAGCAGAAGACCTTA;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=521;TCF=232;TCR=289;TR=518;WE=79614426;WS=79614408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr15	79675301	rs9302288	T	C	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,182:0.27:675
chr15	79749261	rs79982509	A	C	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=2677;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CCAGAAAAGGAATATCTTCAA;SOR=0.727;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=123;WE=79749269;WS=79749251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,133:0.77:173
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chr15	79750253	rs74911404	G	A	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.093;SC=CCCACCACTCGGAAGAAGAGC;SOR=0.751;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=343;TCF=176;TCR=167;TR=109;WE=79750264;WS=79750243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,107:0.30:355
chr15	79750256	rs3750002	A	G	5825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ACCACTCGGAAGAAGAGCTGA;SOR=0.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=331;TCF=168;TCR=163;TR=227;WE=79750264;WS=79750243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,238:0.70:342
chr15	79750307	rs1004724	T	C	9981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=156;PP=2965;SC=TTGGCGAAATTGAACGGAAGC;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=190;TCR=157;TR=346;WE=79750315;WS=79750297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr15	79755287	rs10519241	G	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=10;PP=1200;ReadPosRankSum=0.074;SC=TTTTGATTTGGCTGGAAGTAA;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=79;TCR=15;TR=61;WE=79755295;WS=79755277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr15	80189103	rs75958782	G	T	5687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.997;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CGGGGGGTGGGGGGGCGCCTA;SOR=0.494;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=351;TCF=227;TCR=124;TR=239;WE=80189111;WS=80189093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,247:0.69:356
chr15	80215300	rs2733102	T	C	16054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=998;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=344;PP=2962;ReadPosRankSum=0.974;SC=ACAAGCCCTGTACTTGCAAGC;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=974;TCF=467;TCR=507;TR=672;WE=80215308;WS=80215290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,685:0.69:994
chr15	80259955	rs146807490	TGTAA	T	5707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.244;NF=37;NR=80;PP=2954;ReadPosRankSum=0.819;SC=TTGATAAAGCTGTAAGTGCCT;SOR=0.848;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=207;TCF=60;TCR=147;TR=117;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,188:0.57:332
chr15	80259964	rs16971619	C	T	5881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=1.199;NF=110;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGTAAGTGCCTTCTCTACTC;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=185;TCR=145;TR=195;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,201:0.58:344
chr15	80260014	rs8026803	T	C	4893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.117;NF=109;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CCAGCATAGGTGTGTGATTGT;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=359;TCF=168;TCR=191;TR=226;WE=80260022;WS=80260004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,230:0.62:372
chr15	80263217	rs3826007	C	T	9430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.728;SC=GTTAATGATGCCGTCTTCAAA;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=605;TCF=300;TCR=305;TR=400;WE=80263225;WS=80263207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,411:0.66:619
chr15	80263345	rs1138358	A	C	6549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=2.391;SC=AGAACGCAACATTTTGTAGCA;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=187;TCR=231;TR=265;WE=80263353;WS=80263335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,282:0.65:437
chr15	80263406	rs1138357	C	T	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=101;PP=2589;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CTGTAGGACGCACTGCAGATA;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=81;TCR=147;TR=156;WE=80263414;WS=80263396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,166:0.70:238
chr15	80365745	rs2866367	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.538;SC=AATTGTAGTGTATTTCAGTAC;SOR=0.144;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=80365753;WS=80365735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr15	80367831	rs2469600	G	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGAGTGGAAAGTAGTTTTCTA;SOR=0.399;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=25;WE=80367839;WS=80367821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr15	80367861	rs17217049	A	T	297.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GAAAACTTTTAAATTGACCTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=80367869;WS=80367851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr15	80405098	rs12594035	C	G	9707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCTCATGTCTCTTTATTACCC;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=540;TCF=288;TCR=252;TR=402;WE=80405106;WS=80405088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,413:0.75:549
chr15	80413935	rs934003	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CAACATACTACATATTAAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=80413943;WS=80413925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr15	80414173	rs1522636	C	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=797;ReadPosRankSum=0.537;SC=GTAAGATGTACTCTCTGAATT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=50;WE=80414181;WS=80414163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr15	80415304	rs72630427	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-1.210;SC=AACATGTTGGGGAGCCATTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=80415312;WS=80415294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr15	80460524	rs1545119	A	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=2.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-2.481;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,75:0.35:214
chr15	80465248	rs58363292	GA	G	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.500;NF=36;NR=5;PP=1289;ReadPosRankSum=1.214;SC=GATCTTTGTGGAGATGGCAGT;SOR=1.863;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=147;TCF=111;TCR=36;TR=41;WE=80465256;WS=80465238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,46:0.24:188
chr15	80472431	rs2043691	C	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,95:0.25:384
chr15	80736696	rs72008429	GGTGT	G,GGTGTGTGT	3249.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.877;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.71;MQRankSum=0.853;QD=30.37;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,80,22:0.75,0.21:107
chr15	80762526	rs5814026	TC	T	6210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=6.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=3.184;QD=18.11;ReadPosRankSum=3.178;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,232:0.68:343
chr15	80806183	rs11072922	T	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=42;PP=2791;SC=ATCTACTTGATGGCAGCACCA;SOR=1.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=104;TCR=42;TR=146;WE=80806191;WS=80806173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	80845136	rs3924894	CT	TC	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,88:0.27:328
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chr15	80987812	rs62007944	T	C	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=111;PP=2965;SC=TCTCGCTGGGTGAGCTGTGCT;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=134;TCR=111;TR=245;WE=80987820;WS=80987802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr15	81176721	rs35343835	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr15	81179876	rs11631636	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr15	81179926	rs2271159	G	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=34;PP=1917;ReadPosRankSum=2.150;SC=AGCAGGGAGGGACCCTCCTTC;SOR=0.385;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=161;TCF=118;TCR=43;TR=118;WE=81179934;WS=81179916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,124:0.73:169
chr15	81180981	rs8028511	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=0.154;SC=TTGCCTTGGAGTCACAACTTT;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=25;WE=81180989;WS=81180971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr15	81182015	rs117978356	T	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=291;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTCTTGTCACTTGGGTGCTGT;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=16;WE=81182023;WS=81182005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr15	81188827	rs74931956	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=540;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GGGAAGCATATGTCTGTCACC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=35;WE=81188835;WS=81188817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr15	81199236	rs2271164	A	G	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=67;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CTATGATGTCAGCCTCTAGAC;SOR=0.978;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=45;TCR=95;TR=96;WE=81199244;WS=81199226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr15	81212608	rs1553647	G	A	16854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=358;PP=2965;SC=ACTCCTACCCGGGGTACATCC;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=600;TCF=242;TCR=358;TR=599;WE=81212616;WS=81212598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr15	81217848	rs2271163	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr15	81234741	rs1553646	C	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=52;PP=1455;SC=CTGTGTCCTGCGGCTGCTGGC;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=53;WE=81234749;WS=81234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	81294774	rs11541231	G	C	4823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:670,276:0.29:946
chr15	81410106	rs1533055	G	A	24898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=495;NR=445;PP=2965;SC=CTTCCTCCTCGCTGACTTCAT;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=942;TCF=496;TCR=446;TR=940;WE=81410114;WS=81410096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,946:1.00:946
chr15	81410202	rs2280440	C	T	19464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=308;NR=381;PP=2965;SC=TCTCCTAGTCCTTCTCATCTT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=689;TCF=308;TCR=381;TR=689;WE=81410210;WS=81410192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr15	81410488	rs2250029	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=32;PP=1373;SC=TTTTTCTGCAGACATATTCAG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=81410496;WS=81410478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	81426539	rs2683255	G	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=539;SC=CAGGGCGAGGGTGCGCGCTGT;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=81426547;WS=81426529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	81430305	rs55908952	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.103;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr15	81565652	rs67847307	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=163;ReadPosRankSum=0.898;SC=TCTTGAGTTGTCAGGATACGG;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=14;WE=81565660;WS=81565642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr15	81578189	rs75838746	A	G	9020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCACTGGGTTATCCTCTTCTT;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=584;TCF=276;TCR=308;TR=387;WE=81578197;WS=81578179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,398:0.66:602
chr15	81582406	rs11632576	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr15	81582868	rs8031107	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,75:0.23:329
chr15	81584373	rs11635336	G	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=667;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AGCAGGCAGGGTAGACAGAGG;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=16;TCR=93;TR=38;WE=81584381;WS=81584363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr15	81584389	rs4072680	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=428;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGAGGGAGGACGGAGCTGAGG;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=28;WE=81584397;WS=81584379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr15	81589448	rs17875502	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.889;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,23:0.22:105
chr15	81598593	rs17875581	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=1.769;SC=TACTCAGTAATTTGTGACCCC;SOR=0.082;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=81598601;WS=81598583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	81600995	rs4238526	A	G	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=119;PP=2965;SC=ATGAAATCTTACAGCTGGGTG;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=113;TCR=120;TR=232;WE=81601003;WS=81600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	81624768	rs4417518	C	T	8088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=119;PP=2965;SC=GCCTAGACATCTGAACAAATC;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=162;TCR=120;TR=281;WE=81624776;WS=81624758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr15	81625385	rs11636318	C	T	12246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=216;PP=2965;SC=GTAAGAGTCACATTCATTAAT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=432;TCF=216;TCR=216;TR=432;WE=81625393;WS=81625375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr15	81631681	rs4489964	C	T	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=11;PP=2699;SC=TCAATATGATCTAATTCCCTT;SOR=4.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=89;TCR=11;TR=100;WE=81631689;WS=81631671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	81636267	rs7161991	C	T	21783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=369;NR=411;PP=2965;SC=CAAACTTGCTCTCCAGATCCC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=780;TCF=369;TCR=411;TR=780;WE=81636275;WS=81636257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,801:1.00:801
chr15	81637284	rs4278705	G	A	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=70;PP=2965;SC=CTTCTTCAGGGGCTGTCCTGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=153;WE=81637292;WS=81637274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	81649001	rs7167034	T	C	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=98;PP=2471;SC=CTAGCACCCATGGAGCCTTTG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=157;WE=81649009;WS=81648991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	81651651	rs12903128	G	A	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=70;PP=2965;SC=CATTTTATGCGACTGCTGTAA;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=110;TCR=70;TR=180;WE=81651659;WS=81651641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	81665211	rs71451583	C	CGTGTGTGT	205.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	81666529	rs11634486	G	A	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=83;PP=2294;SC=TGCTCTGCCCGCTAGTTCTCA;SOR=2.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=111;WE=81666537;WS=81666519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	82335444	rs11073028	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	82387862	rs3087595	G	C	10794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=216;PP=2965;SC=ATGCCATCGAGGAACTGAAAA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=186;TCR=216;TR=402;WE=82387870;WS=82387852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr15	82387951	rs1969090	G	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=95;PP=2965;SC=GTCCAATGAAGCACTGACATT;SOR=3.403;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=17;TCR=95;TR=112;WE=82387959;WS=82387941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	82512429	rs2292189	C	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=22;PP=2178;SC=CTCTTGGCTCCTCTCCTTTTG;SOR=2.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=103;WE=82512437;WS=82512419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	82523358	rs11073036	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AACGATTATTGATTTCTGTGA;SOR=1.333;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=66;WE=82523366;WS=82523348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,67:0.63:106
chr15	82523405	rs12324875	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=0.389;SC=GTGTATTACTAAACTTAATCC;SOR=3.169;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=19;WE=82523413;WS=82523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr15	82530630	rs1972460	A	G	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=26;PP=2047;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGATTTAATCAGATGCAAACA;SOR=1.768;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=163;TCF=121;TCR=42;TR=119;WE=82530638;WS=82530620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr15	82544927	rs3902959	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.528;NF=66;NR=5;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GAATAAAATACGTGGAATATA;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=93;TCR=7;TR=71;WE=82544935;WS=82544917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,75:0.69:108
chr15	82545214	rs4344697	A	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=60;PP=1627;SC=ACTTATATTTAATTTGTTATT;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=71;WE=82545222;WS=82545204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	82555242	rs11631813	A	G	9822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.340;SC=GAGTATGAGGAGCTGGTGTCT;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=636;TCF=308;TCR=328;TR=425;WE=82555250;WS=82555227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,431:0.67:648
chr15	82558034	rs3858954	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=14;PP=648;SC=GAGTCTTAAAGCCAAGCAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=82558042;WS=82558024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	82563991	rs16973457	C	T	7212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=73;PP=2965;SC=CGCCATGTGCCAGAAGAATAT;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=166;TCR=74;TR=239;WE=82563999;WS=82563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	82574879	rs11630197	T	C	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=95;PP=2965;SC=TTTTCAACCATGGGAAATCCC;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=47;TCR=95;TR=142;WE=82574887;WS=82574869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	83215251	rs1267657	T	C	9974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=183;NR=169;PP=2965;SC=GAGAATCTTCTAGGTAGGGGT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=183;TCR=169;TR=352;WE=83215259;WS=83215241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr15	83224696	rs1145171	C	T	8403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=123;PP=2965;SC=GGTCCCAGGACGGCCACACAG;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=171;TCR=124;TR=294;WE=83224704;WS=83224686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr15	83240293	rs783544	A	C	10430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=207;PP=2965;SC=CTGTTTTGGAAAGGAGCACAG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=149;TCR=207;TR=356;WE=83240301;WS=83240283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr15	83241984	rs11336258	AT	A	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.286;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr15	83297138	rs10400906	C	T	9109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=167;PP=2965;SC=AGAAGACAATCTGATAGAGAT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=156;TCR=167;TR=323;WE=83297146;WS=83297128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr15	83491812	rs149649485	TAATAA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.584;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr15	83495011	rs113597176	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=372;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCATAGACTGCGGAGGAGACA;SOR=1.220;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=19;WE=83495019;WS=83495001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	83495214	rs113378787	T	A	7434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.648;NF=142;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GAAGAAAGCATAAGATACTCT;SOR=0.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=442;TCF=211;TCR=231;TR=308;WE=83495222;WS=83495204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,324:0.70:462
chr15	83561606	rs41310978	A	G	13444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=307;PP=2965;SC=GCAATAAGAGAGTGGGCGTGT;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=496;TCF=189;TCR=307;TR=496;WE=83561614;WS=83561596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr15	83680287	rs4842860	A	G	7879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATCTCGGCGCAAAGAAGCCGA;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=478;TCF=215;TCR=263;TR=350;WE=83680295;WS=83680277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,352:0.72:489
chr15	83680426	rs12906626	C	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=0.703;SC=AGCGGCCCCACCGCCCGGCGC;SOR=1.209;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=26;WE=83680434;WS=83680416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr15	83735449	.	AGCCCGGCCCGGCCCG	A,AGCCCGGCCCG	2302.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.07;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=25,25;NR=6,6;PP=2989,1468;SC=GGGATCTCCCAGCCCGGCCCG;SOR=3.219;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=31,31;WE=83735471;WS=83735439;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.74,0.26:57
chr15	83735926	rs8040457	C	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CGGTTGCCCACGTTATGGACA;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=30;WE=83735934;WS=83735916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr15	83805209	.	AT	A	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.196;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr15	83832934	rs3816450	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=0.847;SC=ATCAAAACTCAGATAGTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=33;WE=83832942;WS=83832924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr15	84257295	rs7182322	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=770;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TGTAAAAATCGTCCCTTTCAT;SOR=1.010;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=38;WE=84257303;WS=84257285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr15	84257351	rs7182482	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=35;PP=2113;ReadPosRankSum=0.922;SC=AAGGCAGAGAGGATGTGTGTT;SOR=0.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=200;TCF=143;TCR=57;TR=120;WE=84257359;WS=84257341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,123:0.60:205
chr15	84324441	rs2730080	G	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,118:0.28:418
chr15	84324459	.	T	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:466,65:0.12:531
chr15	84373319	rs3079595	C	CAG	4282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=68;PP=2957;SC=GGTCAGGAAACTGTCTCTAAA;SOR=2.278;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=70;WE=84373327;WS=84373309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	84473505	rs28504011	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr15	84473531	rs7179507	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=632;SC=CTCTAAAACTGATGGTCTCTT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=84473539;WS=84473521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	84488636	rs4483821	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,67:0.30:226
chr15	84539619	rs4144691	C	G	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=140;PP=2965;SC=CGGCGTCTTTCTCGTAGAAAA;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=180;TCR=141;TR=320;WE=84539627;WS=84539609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr15	84554018	rs8028931	G	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=74;PP=2282;SC=AGATAAATTAGACATTTACAT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=84554026;WS=84554008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	84566444	rs7162129	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=0;PP=850;SC=GAAATACAAGTATCACAGAAA;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=84566452;WS=84566434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	84566544	rs11259927	C	T	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=79;PP=2965;SC=CCTTTGCATTCGATAAAATAA;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=129;TCR=80;TR=208;WE=84566552;WS=84566534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr15	84568504	rs6603004	A	G	14180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=302;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GACCTTTTGTAGGAATAATCA;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=537;TCF=232;TCR=305;TR=533;WE=84568512;WS=84568494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,536:1.00:538
chr15	84581889	rs12439867	G	A	11899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=85;PP=2965;SC=CGTGTGGGCCGGGTGTGCAGG;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=171;TCR=85;TR=256;WE=84581897;WS=84581879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr15	84581904	rs4842923	T	C	13813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=121;PP=2965;SC=TGCAGGTCCGTGAGGTGAAGT;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=214;TCR=121;TR=334;WE=84581912;WS=84581894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr15	84582124	rs4842838	G	T	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=188;PP=2965;SC=AGCAACATGCGTGGGAGGTAT;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=106;TCR=188;TR=294;WE=84582132;WS=84582114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr15	84651006	.	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr15	84651290	rs7176737	T	C	12374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=246;NR=191;PP=2965;SC=TAAAAATCCATGGTCTTGCTG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=437;TCF=246;TCR=191;TR=437;WE=84651298;WS=84651280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr15	84705426	rs2279926	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=-1.847;SC=CCTTTAATACGTAGTATAGAG;SOR=0.148;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=84;TCF=73;TCR=11;TR=23;WE=84705434;WS=84705416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr15	84740769	rs118157350	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGCATTTTAATCAGAGACCTC;SOR=0.415;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=13;WE=84740777;WS=84740759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr15	84749820	rs139071720	TTTA	T	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.022;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.482;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,28:0.24:119
chr15	84753177	rs12437525	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=33;PP=996;SC=AATTGCTGGCAAGAAAAACAG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=84753185;WS=84753167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	84758840	rs1567086	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=430;ReadPosRankSum=-0.738;SC=AGACCCCGTCACTACAAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=26;WE=84758848;WS=84758830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr15	84784919	rs62026533	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.103;NF=22;NR=33;PP=878;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGAAAGTTGGGCTGGGCTAGG;SOR=0.857;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=55;WE=84784927;WS=84784909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr15	84784964	rs11637158	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.357;NF=6;NR=28;PP=712;ReadPosRankSum=0.647;SC=GCAGTTGGGCCGTGGGTAGTG;SOR=1.421;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=34;WE=84784972;WS=84784954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr15	84873210	.	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.617;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.61;MQRankSum=-0.419;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
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chr15	85159397	rs10083683	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr15	85159553	rs118149048	C	T	5427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.262;SC=CAGCTTCCTGCGTACATGGCT;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=337;TCF=161;TCR=176;TR=231;WE=85159561;WS=85159543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,241:0.69:350
chr15	85163998	rs2044502	G	C	13698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CAGGGACACAGCCCAGGTGAG;SOR=0.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=495;TCF=243;TCR=252;TR=492;WE=85164006;WS=85163988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,500:1.00:501
chr15	85166478	rs145905835	C	T	264.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ACCACCACACCCAGCTAATTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=85166486;WS=85166468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr15	85175102	rs2121452	G	A	8400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=117;PP=2965;SC=TTTAGAGTGCGGTTGCAAAGC;SOR=1.182;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=178;TCR=117;TR=295;WE=85175110;WS=85175092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr15	85186637	rs510875	G	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGTCCTACATGAGCACCCTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=85186645;WS=85186629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr15	85188775	rs4842982	G	A	8723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.717;SC=GGCTAGGTACGGATACTGGGC;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=518;TCF=276;TCR=242;TR=355;WE=85188783;WS=85188765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,367:0.70:528
chr15	85188994	rs2271432	T	C	20919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=373;NR=386;PP=2965;SC=CCAGCCGGCCTGAAGCACAGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=762;TCF=374;TCR=388;TR=759;WE=85189002;WS=85188984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,779:1.00:779
chr15	85191274	rs7169629	C	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=4.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,69:0.27:251
chr15	85198362	rs1107179	G	T	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.507;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=7;PP=1760;ReadPosRankSum=0.503;SC=ACCAGGCATTGTATGTAAAGA;SOR=3.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=67;TCR=7;TR=74;WE=85198370;WS=85198352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr15	85200754	rs2292462	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TGGTGGCAAAGCCTGCTCCCT;SOR=0.158;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=8;WE=85200762;WS=85200744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr15	85235757	rs12900890	C	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1082;SC=CTCCAACAAACTCTAAAATTC;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=85235765;WS=85235747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	85259053	rs6496355	C	A	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=26;PP=2965;SC=GCCCCGCCCCCGGTAGGCCCT;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=109;TCR=27;TR=134;WE=85259061;WS=85259043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	85326955	rs61737677	G	A	6561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.592;SC=GACAGCCCTCGTAGCATCTGC;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=363;TCF=185;TCR=178;TR=266;WE=85326963;WS=85326945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,272:0.73:373
chr15	85328148	rs76222775	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=64;PP=1577;ReadPosRankSum=1.966;SC=CTCACTGTTACGGGTATCGGG;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=37;TCR=98;TR=86;WE=85328156;WS=85328138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,88:0.63:139
chr15	85333953	rs2241645	A	G	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,153:0.27:559
chr15	85341519	rs145372697	C	G	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=40;PP=2069;ReadPosRankSum=-2.676;SC=CCTTGGCCACCTCACCCCCTA;SOR=0.217;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=174;TCF=127;TCR=47;TR=132;WE=85341527;WS=85341509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,137:0.76:181
chr15	85341859	rs8182086	G	A	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=997;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:731,262:0.26:993
chr15	85360004	rs55736017	A	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,28:0.27:103
chr15	85360101	rs11857356	T	C	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=88;PP=2965;SC=GGCTTGTCTATGTGCTGGGCC;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=145;TCR=88;TR=233;WE=85360109;WS=85360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	85360271	rs28431354	A	G	11108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=264;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CTCATATGCCACACGGGACAT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=753;TCF=353;TCR=400;TR=495;WE=85360279;WS=85360261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,500:0.65:766
chr15	85370597	rs891286	C	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=1018;SC=CGGGGTGCTGCAGCTCTGGCC;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=42;WE=85370605;WS=85370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	85382193	rs1896864	C	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-3.706;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,63:0.26:245
chr15	85383839	rs3803406	G	A	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.547;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,98:0.25:386
chr15	85401259	rs306197	C	T	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=132;PP=2965;SC=GAGGTTTCCCCTGAGGGGCCT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=119;TCR=132;TR=250;WE=85401267;WS=85401249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	85401419	rs167379	T	C	18648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=370;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CTCTGACAGGTCTCCCGGCAG;SOR=0.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=665;TCF=371;TCR=294;TR=664;WE=85401427;WS=85401409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,674:1.00:675
chr15	85401597	rs55752937	C	T	6282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.577;SC=GACTCCAGGGCGGGAGAGACG;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=342;TCF=127;TCR=215;TR=254;WE=85401605;WS=85401587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,260:0.75:348
chr15	85402431	rs2289141	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=0.687;SC=GATATGGCCAGAGGAGAGGTG;SOR=0.347;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=16;WE=85402439;WS=85402421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr15	85407564	rs2289138	A	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=12;PP=1497;SC=GCTGAGAATTACATTCTTGGA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=85407572;WS=85407554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	85411692	rs3748380	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=438;ReadPosRankSum=0.218;SC=CGGTAGCCTCCGCAGAGGCTG;SOR=1.135;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=28;WE=85411700;WS=85411682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr15	85431934	rs17215920	A	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=979;ReadPosRankSum=0.507;SC=GTGGCCCCCGACCCCCAGCTG;SOR=0.380;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=52;WE=85431942;WS=85431924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr15	85438118	rs7166433	T	G	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.134;SC=GGCTGCAGGGTTCTGAAGAGG;SOR=0.831;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=71;WE=85438140;WS=85438108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr15	85438132	rs7166440	T	C	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.924;SC=GAAGAGGTGGTGTCCTGGCTG;SOR=0.919;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=154;TCF=108;TCR=46;TR=91;WE=85438140;WS=85438108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,92:0.59:155
chr15	85438397	rs8187753	A	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=0.283;SC=GGGAGGGCCCATGAGCTGAGG;SOR=0.973;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=10;WE=85438405;WS=85438387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr15	85447220	rs1545470	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=903;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCTGTTTCTCCTCCTCCCAGC;SOR=1.383;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=47;WE=85447228;WS=85447210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr15	85447431	rs2290272	G	A	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=4.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,104:0.26:395
chr15	85447434	rs45523532	G	T	6952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.698;SC=CGTGTTCGTCGCTCTCCTCTT;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=379;TCF=195;TCR=184;TR=279;WE=85447450;WS=85447421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,293:0.74:396
chr15	85448684	rs2290270	G	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=6;PP=1258;SC=TCTGGGCAGGGCAATGCCCCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=85448692;WS=85448674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	85448875	rs8187758	C	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-2.036;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,103:0.28:366
chr15	85448992	rs67047009	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=120;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GAAGGCTTGGGACCTGGAGGG;SOR=0.839;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=11;WE=85449000;WS=85448982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr15	85451818	rs149982746	G	GC	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.664;NF=30;NR=13;PP=717;ReadPosRankSum=0.098;SC=GCCAGGTGGTGCCCCCCCCCG;SOR=0.525;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=43;WE=85451826;WS=85451808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr15	85451844	rs115887567	G	A	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.661;NF=64;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=0.270;SC=GGGCCTGGGGGGACTACGTCC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=95;WE=85451860;WS=85451834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr15	85451852	rs4980349	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.603;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr15	85452095	rs2305365	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=0.251;SC=AGAGGGGAGTCTGGGCATGGT;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=5;WE=85452103;WS=85452085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	85461898	rs1562885	G	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.822;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,63:0.24:260
chr15	85461971	rs1562884	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=367;ReadPosRankSum=-1.043;SC=CCCTTCCAGAGTCCCCTGTTC;SOR=1.209;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=23;WE=85461979;WS=85461961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr15	85467207	rs3825875	T	C	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:431,166:0.28:597
chr15	85469711	rs2343674	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=695;ReadPosRankSum=1.459;SC=TAGGATTACAGGCATGAGCCA;SOR=1.385;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=35;WE=85469719;WS=85469701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr15	85478153	rs7163966	G	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=29;PP=2965;SC=AGGATTTCCCGCTCTGAAATG;SOR=2.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=106;TCR=29;TR=135;WE=85478161;WS=85478143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	85478410	rs2242048	A	G	12074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=220;PP=2965;SC=TGGACATCCAAGGGCTCAGCT;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=422;TCF=200;TCR=222;TR=420;WE=85478418;WS=85478400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr15	85478729	rs2242046	G	A	12440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=270;PP=2965;SC=GTGGGTCGGCGACAGGAAGCA;SOR=1.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=161;TCR=270;TR=431;WE=85478737;WS=85478719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr15	85487960	rs11479919	GC	G	33673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=148;NR=461;PP=2966;SC=CGGGGGCCCTGCCCCACCCAC;SOR=0.784;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=654;TCF=156;TCR=498;TR=609;WE=85487968;WS=85487950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,989:1.00:989
chr15	85488298	rs62021453	G	A	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=31;PP=2180;ReadPosRankSum=0.916;SC=GCACAGCCTGGTGGTGGCCCG;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=165;TCF=124;TCR=41;TR=116;WE=85488306;WS=85488288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,114:0.70:163
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chr15	85659150	rs35865189	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=2.260;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr15	85679984	rs11073962	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr15	86087212	rs7162720	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,98:0.20:489
chr15	86087309	rs2291049	T	C	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=1576;ReadPosRankSum=0.695;SC=CAGCTCTGTATCTTGCCTTCT;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=417;TCF=186;TCR=231;TR=131;WE=86087317;WS=86087299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,134:0.31:432
chr15	86098507	rs7180143	G	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=1;PP=1276;SC=CATTAAGGTTGGACACTATTA;SOR=6.229;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=86098515;WS=86098497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	86098647	rs7164821	T	C	8039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.357;SC=CTTTCCTCTATTTTTAAAGCT;SOR=0.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=279;WE=86098655;WS=86098637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr15	86122654	rs2061821	T	C	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=156;PP=2965;SC=GACTTGGTCATGGAGCCAGGC;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=122;TCR=156;TR=278;WE=86122662;WS=86122644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr15	86122779	rs2061822	T	C	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=115;PP=2965;SC=TGCCACTGTTTGGAAGAATGT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=238;WE=86122787;WS=86122769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	86122916	rs2061823	T	C	7506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.263;SC=GTGCCCCTGCTGCCAGTTCCC;SOR=0.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=146;TCR=116;TR=261;WE=86122924;WS=86122906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr15	86123019	rs2061824	C	T	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=161;PP=2965;SC=TTCACGAAGTCGTGAGGAGAG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=159;TCR=161;TR=320;WE=86123027;WS=86123009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr15	86123170	rs745191	G	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=59;PP=1659;ReadPosRankSum=0.331;SC=GCCCTTCTTGGGCTGGAAGAA;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=484;TCF=289;TCR=195;TR=144;WE=86123178;WS=86123160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,147:0.30:488
chr15	86123833	rs4075256	T	C	8034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=142;PP=2965;SC=GACAGGGCAGTAGGCCTGTCC;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=112;TCR=142;TR=254;WE=86123841;WS=86123823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	86123924	rs4075255	C	T	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=113;PP=2965;SC=ATGAGGGTCCCGCCCCTCCAG;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=142;TCR=113;TR=255;WE=86123932;WS=86123914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr15	86123988	rs4075254	G	A	8309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=139;PP=2965;SC=CCTGCAAAGTGTGGGTAAGGC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=151;TCR=139;TR=290;WE=86123996;WS=86123978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr15	86124419	rs4843073	C	T	8714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=171;NR=118;PP=2965;SC=ACAACAGCTCCGCTCTGTTGC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=171;TCR=119;TR=289;WE=86124427;WS=86124409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr15	86124483	rs4843074	C	G	11171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=225;NR=175;PP=2965;SC=CTGCAGTCAGCCTTCTCCTCT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=225;TCR=175;TR=400;WE=86124491;WS=86124473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr15	86124555	rs4843075	G	A	12567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=214;NR=218;PP=2965;SC=GGTGAGTGGAGATGTGACGGT;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=215;TCR=219;TR=432;WE=86124563;WS=86124545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr15	86124946	rs7162168	T	C	12499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=251;PP=2965;SC=AGGGAAGTCATGCGAGCCCCG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=456;TCF=204;TCR=252;TR=455;WE=86124954;WS=86124936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr15	86124968	rs11633087	G	A	12759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=236;PP=2965;SC=CTTCAGGCAGGGAAAGGAGCA;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=448;TCF=212;TCR=236;TR=448;WE=86124976;WS=86124958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
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chr15	86129201	rs931082	T	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=16.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=41;PP=1143;ReadPosRankSum=1.652;SC=ATAAATGTGTTTATGTTGCTG;SOR=7.657;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=42;WE=86129209;WS=86129191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
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chr15	86182856	rs35727345	C	CT	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=0;NR=6;PP=246;SC=ATGTAATTACCGAATTTTGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=86182864;WS=86182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	86199049	rs17635450	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTTAGTGTCTCAGTGTCTGCT;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=14;WE=86199057;WS=86199039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr15	86212866	rs12904047	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=6.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=492;ReadPosRankSum=0.255;SC=TTATTTTACTATGTGGGTCTA;SOR=2.088;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=74;TCF=67;TCR=7;TR=26;WE=86212874;WS=86212856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr15	86213172	rs338523	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=636;SC=TTTGCTTACTACTTCTTTGAG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=86213180;WS=86213162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	86227952	rs2306225	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAAAAAATCAATCTTCTTGTT;SOR=0.340;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=18;WE=86227960;WS=86227942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr15	86253768	rs8037947	T	A	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=50;PP=2965;SC=TCAGGGCTTGTCAGAGGTGAA;SOR=1.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=123;TCR=50;TR=173;WE=86253776;WS=86253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	86253911	rs8038249	T	G	9693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=192;PP=2965;SC=ATTCCCTTTCTGACTTTCTGG;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=160;TCR=192;TR=352;WE=86253919;WS=86253901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr15	86259233	rs71141478	C	CT	177.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.640;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr15	86260700	rs3765096	C	T	9008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=177;PP=2965;SC=TTACCTAGAACATAAGTCTTA;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=149;TCR=177;TR=326;WE=86260708;WS=86260690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr15	86261128	rs79813743	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=528;ReadPosRankSum=-2.153;SC=TGAATATCCCCTGTATTCATG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=29;WE=86261136;WS=86261118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr15	86278174	rs2241267	C	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=10;PP=998;SC=ACTTGTTTTCCCCTCATTGAA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=86278182;WS=86278164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	86278309	rs2241268	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=547;ReadPosRankSum=0.812;SC=AGATGTGGTCGGTCCCGTTTC;SOR=0.651;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=44;WE=86278317;WS=86278299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,45:0.35:129
chr15	86278479	rs16943741	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=0.455;SC=ACCGCTCCCAATCAGCAAATT;SOR=2.765;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=27;WE=86278487;WS=86278469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr15	86279438	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.812;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	86284817	rs13511	T	C	6620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=155;PP=2965;SC=AGCAGAAATATAGAGCCTGTT;SOR=1.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=67;TCR=155;TR=222;WE=86284825;WS=86284807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	86286787	rs61734378	C	T	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GAGGAGCCCCCCTCGCCATCT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=167;TCR=137;TR=223;WE=86286795;WS=86286777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,229:0.74:311
chr15	86287724	rs11629690	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr15	86287910	rs11073517	C	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=68;PP=1907;ReadPosRankSum=1.094;SC=TTCTGCTGACCCTCTTCCTCT;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=106;WE=86287918;WS=86287900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,108:0.72:150
chr15	86311695	rs1978391	G	A	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:692,201:0.23:893
chr15	86312681	rs11073537	G	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=2.258;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,171:0.26:647
chr15	86313048	rs2614657	T	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=2.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,93:0.24:386
chr15	86368835	rs4627292	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-1.777;SC=TCTCTCTACTAGGAGACTGCC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=11;WE=86368843;WS=86368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr15	86368898	rs4414449	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=1.894;SC=AAGTAATTGCGGTCTTTGTCA;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=13;WE=86368906;WS=86368888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr15	86368959	rs4577031	A	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.134;SC=CTAAAGATTAATTTAGGGAGA;SOR=1.751;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=6;WE=86368967;WS=86368949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr15	86697596	rs7161846	G	C	5406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.432;SC=TTCCTCCACTGTACTCATTGT;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=181;TCR=122;TR=211;WE=86697604;WS=86697586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,227:0.72:317
chr15	86702076	rs62012457	T	A	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=2;PP=2039;ReadPosRankSum=0.978;SC=AAGTTGCCCCTTAAAGATTTA;SOR=1.342;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=42;WE=86702085;WS=86702066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
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chr15	86807884	rs11856833	A	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=6.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,106:0.28:385
chr15	86809807	rs8041327	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=2.088;SC=TGATGAAAATCCAGGTTAAAG;SOR=0.551;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=86809815;WS=86809797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	86814654	rs11852354	T	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ATATTTATGATTGCATTTAGG;SOR=0.470;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=14;WE=86814662;WS=86814644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr15	86814866	rs11858435	A	G	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=65;PP=1560;ReadPosRankSum=2.495;SC=AGCCCACCCTATATTCTGTGA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=358;TCF=163;TCR=195;TR=119;WE=86814874;WS=86814856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,124:0.34:360
chr15	86940622	rs4362360	T	C	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=90;PP=2507;ReadPosRankSum=-1.711;SC=AGGTGATCACTGCTCGAGTTC;SOR=0.457;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=291;TCF=166;TCR=125;TR=204;WE=86940630;WS=86940612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,210:0.70:299
chr15	87097468	rs9788743	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=779;SC=TTAGGGTTAATAAATGATTTA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=87097476;WS=87097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	87099537	rs752270	T	C	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=138;PP=2965;SC=AGCATTTATCTTGTGAAATTT;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=102;TCR=138;TR=240;WE=87099545;WS=87099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr15	87217488	rs11853730	T	C	4937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.498;SC=CAGTTAATGCTTTGTTTAACT;SOR=0.678;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=294;TCF=154;TCR=140;TR=216;WE=87217496;WS=87217478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,220:0.72:305
chr15	87217613	rs8028043	A	G	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=81;PP=2527;SC=CTCCTGGCTCAAGCTGCAACT;SOR=1.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=87217621;WS=87217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	87217721	rs11856329	C	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TTCCATTGCTCAATATCTCAG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=87217729;WS=87217711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr15	87531281	rs1006030	A	C	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=66;PP=2490;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTGCCATTACAAACTTTTTCA;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=219;TCF=125;TCR=94;TR=149;WE=87531289;WS=87531271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,159:0.68:234
chr15	88423463	rs1560975	C	T	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=17;PP=1503;SC=TCTTATGAGCCCTCCCCCAAT;SOR=2.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=88423471;WS=88423453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	88428702	rs2117655	C	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=142;SC=TAGAACAATACGGGAGAGTTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=88428710;WS=88428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	88669382	rs3825882	G	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=18;PP=2743;SC=ATCAGTACCAGTTAGACCCCA;SOR=3.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=96;TCR=18;TR=114;WE=88669390;WS=88669372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	88679785	rs1863480	G	A	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=69;PP=2263;SC=TGATAACAGCGTTGTCACCCT;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=113;WE=88679793;WS=88679775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	88680684	rs1128994	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=45;PP=2086;SC=AGCCATCAGCGTTGATGCAGT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=114;WE=88680692;WS=88680674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	88680943	rs7168040	G	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=652;SC=AAAAATCCTTGTAAGTCCATA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=88680951;WS=88680933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	88690736	.	CCTTCTTCTTCTTCTTCTT	C	3273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=40;PP=2746;SC=GCTTTGTTTTCCTTCTTCTTC;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=40;WE=88690767;WS=88690726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	89056040	rs13835	C	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=649;SC=ACCCTCACTCCTCTCTCTGGC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=89056048;WS=89056030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	89071124	rs34611303	A	AAAC	1674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=1721;SC=AATTTTCCAAAAACAACAACA;SOR=7.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=33;WE=89071132;WS=89071114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	89151262	rs2350271	T	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=554;SC=TGGTTTTTTTTAATTATTATT;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=89151270;WS=89151252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	89155270	rs12908122	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=15;PP=407;SC=TCACCACCCTAAACACCCATC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=89155278;WS=89155260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	89169858	rs8027765	A	G	12725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=233;NR=231;PP=2965;SC=CTACCATGGCAATGTCCTCTA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=234;TCR=231;TR=464;WE=89169866;WS=89169848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr15	89172352	rs3826040	C	T	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=9;PP=1483;SC=GCTGCCTCCCCCCACAGGGAT;SOR=2.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=60;WE=89172360;WS=89172342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	89172558	rs3743475	G	C	13751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=230;NR=261;PP=2965;SC=CCCGGGATACGACCTATGTCC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=231;TCR=261;TR=491;WE=89172566;WS=89172548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr15	89173136	rs3826039	A	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=1;PP=895;SC=TATGGTGTACAGTTGAGGTTC;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=89173144;WS=89173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	89173657	rs3826038	A	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=621;SC=CCAGAGGAGTAGGGGTCATCT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=89173665;WS=89173647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	89193497	rs12595827	A	T	8266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=193;PP=2965;SC=ACGGCAGCTGAGTGAAAGCAA;SOR=1.452;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=110;TCR=194;TR=302;WE=89193505;WS=89193487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr15	89193584	rs8041679	G	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=1035;SC=GGCTGGGGCAGTCACAGCTGG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=89193592;WS=89193574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	89195245	rs59188950	C	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=7;PP=1931;SC=CCCAAGGTCACACAGCCAGTC;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=67;TCR=7;TR=74;WE=89195253;WS=89195235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	89195526	rs1137166	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=109;PP=2965;SC=AGCGCCTCCTACACAAGAGCA;SOR=3.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=25;TCR=109;TR=134;WE=89195534;WS=89195516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	89386543	rs11324188	AG	A	5735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=31.17;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr15	89392745	rs1568116	T	C	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=72;PP=2965;SC=CTCACAATGCTACGCTGGCCA;SOR=1.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=131;TCR=72;TR=202;WE=89392753;WS=89392735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	89449137	rs3743388	C	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=103;PP=2965;SC=AAACTCCTAGCAGGGAAGGGA;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=182;WE=89449145;WS=89449127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	89450546	rs1878327	C	T	11550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=207;PP=2965;SC=CACGCACAGACGAGGCGGCGA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=426;TCF=218;TCR=208;TR=425;WE=89450554;WS=89450536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr15	89450587	rs1878326	G	T	9758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CCATTCTCCAGGCCCAGTGGC;SOR=0.370;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=160;TCR=206;TR=363;WE=89450595;WS=89450577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
chr15	89718913	rs1005399	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=10;PP=1338;ReadPosRankSum=0.359;SC=GACACACACACGTATATATAC;SOR=0.823;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=69;TCR=12;TR=65;WE=89718921;WS=89718903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr15	89718959	rs117314741	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,33:0.20:169
chr15	89734466	rs2239287	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=380;ReadPosRankSum=0.608;SC=GAATTTTCCTGGTGGAAGCTC;SOR=1.758;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=22;WE=89734474;WS=89734456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr15	89758552	rs4932483	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=77;PP=2214;SC=CAGAGACCTGACCTCCTGCCA;SOR=4.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=8;TCR=77;TR=85;WE=89758560;WS=89758542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	89817689	rs11073853	G	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=329;SC=ACTGGTAGAGGATACTTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=89817697;WS=89817679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	89838236	rs7183618	G	A	7700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=137;PP=2965;SC=CTCTGCAGAAGGTACAGCAGC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=131;TCR=137;TR=268;WE=89838244;WS=89838226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	89876827	rs41550117	T	TTGC	968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=5.395;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,38:0.23:163
chr15	90023558	rs17807723	G	A	8482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.960;SC=TCTAGGTTGCGTCGGTAGAGG;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=519;TCF=232;TCR=287;TR=363;WE=90023566;WS=90023548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,372:0.70:531
chr15	90029828	.	A	AGTGT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.03;MQRankSum=1.393;QD=4.70;ReadPosRankSum=-2.755;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr15	90029830	.	A	AGTGTGTGTGT,AGTGTGAGTGT,AGTGTGT	232.73	.	AC=1,0,0;AF=0.500,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.619;NF=1,1;NR=72,70;PP=1127,127;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SOR=3.912;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=120;TCF=3;TCR=117;TR=73,71;WE=90029838;WS=90029820;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.32:38
chr15	90118767	rs56144360	G	A	6828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=1.170;SC=AGGGACTAAGGGACGGTGGCG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=270;TCR=96;TR=276;WE=90118775;WS=90118757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,276:0.75:367
chr15	90119614	rs11855211	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=134;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CAAATAAATAGGAACAGTTTT;SOR=0.090;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=14;WE=90119622;WS=90119604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr15	90126121	rs10775247	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=2.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,121:0.26:473
chr15	90128799	rs893724	T	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=0;PP=1026;SC=TCTACCTCTATTAATGATCAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=37;WE=90128807;WS=90128789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	90128834	rs11639246	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=354;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TAGTTTTCACGTTAATAATAA;SOR=0.995;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=28;WE=90128842;WS=90128824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr15	90128910	rs893723	T	C	5058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=1.586;SC=GACAATAATATTCTCAACTAA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=210;TCR=100;TR=209;WE=90128918;WS=90128900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,213:0.68:311
chr15	90128966	rs11629584	C	T	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,181:0.30:608
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chr15	90135196	rs8041127	A	G	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=13;PP=2431;SC=CAGTCAGTCCAGGGGAGGAGC;SOR=4.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=101;TCR=13;TR=114;WE=90135204;WS=90135186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	90135432	rs34494298	A	G	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=143;PP=2965;SC=TATCTCTTGAATATTGATTAT;SOR=2.090;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=56;TCR=144;TR=199;WE=90135440;WS=90135422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	90138670	rs8042146	C	T	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=69;PP=2731;SC=ATACCATGTGCCGTTCCTTAA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=148;WE=90138678;WS=90138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	90138926	rs16974170	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTTATTGACTATCTGCTACAT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=90138934;WS=90138916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr15	90144851	rs4932233	T	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=68;PP=2430;SC=TCAAAACCTATGTATGGTGTT;SOR=1.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=105;WE=90144859;WS=90144841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	90144894	rs4932234	T	C	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=46;PP=2965;SC=AGGACTACTTTTTAGGCTGGG;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=127;WE=90144902;WS=90144884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	90144944	rs4244876	G	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=79;PP=2965;SC=TAACTGTTCCGTATTCGATCA;SOR=1.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=158;TCR=79;TR=237;WE=90144952;WS=90144934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	90159575	rs56036125	T	C	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=50;PP=2920;ReadPosRankSum=-1.941;SC=CCCTTGGCCTTACTGCTGCTT;SOR=0.888;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=251;TCF=171;TCR=80;TR=164;WE=90159583;WS=90159565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,169:0.65:259
chr15	90161355	rs2289486	G	A	9528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=193;NR=140;PP=2965;SC=GTGGTATGGAGTAATCCTTGT;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=193;TCR=140;TR=333;WE=90161363;WS=90161345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr15	90168108	rs894157	C	T	8342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=150;PP=2965;SC=GATGCCTTCCCGTGACGTGCA;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=283;WE=90168116;WS=90168098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr15	90168693	rs1866928	T	A	6217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ACTGCTTGAGTCAGAGGGCAA;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=185;TCR=163;TR=246;WE=90168701;WS=90168683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,259:0.71:364
chr15	90169331	rs55653159	A	G	6603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TTCCTGTGACAGACTGTCTGA;SOR=0.930;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=437;TCF=193;TCR=244;TR=292;WE=90169339;WS=90169321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,293:0.67:439
chr15	90170237	rs3743372	C	T	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=84;PP=2545;ReadPosRankSum=0.070;SC=TCCTTTCAGTCGCGCTTTCTC;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=153;WE=90170245;WS=90170227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,160:0.69:232
chr15	90172133	rs12914042	C	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=777;ReadPosRankSum=0.447;SC=AATAAAGGCTCGAGGGAGAGT;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=54;WE=90172141;WS=90172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,55:0.29:187
chr15	90172419	rs143394914	GGGGTGGGGGCTGTGGGCTGGGT	G	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=642;ReadPosRankSum=2.638;SC=CAGGGCTGTGGGGGTGGGGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=90172448;WS=90172409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	90172600	rs74251725	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=617;ReadPosRankSum=0.479;SC=GGGCCGGGCTGCTCACCTCGA;SOR=0.660;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=34;WE=90172608;WS=90172590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr15	90172834	rs72750748	T	G	9661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGCTCAGCCCTCATCATGACC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=612;TCF=298;TCR=314;TR=422;WE=90172842;WS=90172824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,429:0.69:619
chr15	90173734	rs35820949	C	CAG	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.733;NF=0;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCTGCAGAGACGGGCACGCGT;SOR=0.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=12;WE=90173742;WS=90173724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr15	90174789	rs9672286	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=6.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.767;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,55:0.24:229
chr15	90174824	rs12900805	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=5.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,85:0.27:310
chr15	90174955	rs9672296	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=895;ReadPosRankSum=1.081;SC=GGGGCAGAATCACCAGGGATT;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=111;TCR=143;TR=74;WE=90174963;WS=90174945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,77:0.28:272
chr15	90176073	rs3803530	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.841;SC=CAGGCGCTTGCTCTCCAGCCC;SOR=0.164;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=21;WE=90176081;WS=90176063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr15	90176432	rs3803531	T	G	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=113;PP=2965;SC=TCCTCTGGAATGCCGCGATCT;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=220;WE=90176440;WS=90176422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr15	90177157	rs894156	C	T	4505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.289;SC=ACGGGGCTACCGCGAGCCTGC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=107;TCR=196;TR=198;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,198:0.66:302
chr15	90177159	rs11633151	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.891;SC=GGGGCTACCGCGAGCCTGCCA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=100;TCR=186;TR=99;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,99:0.35:283
chr15	90188514	rs894159	A	G	7162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=93;PP=2965;SC=GCTGGCCCAGAACCGTGGAGG;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=152;TCR=94;TR=245;WE=90188522;WS=90188504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr15	90190048	rs1110060	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,43:0.26:164
chr15	90191827	rs8037349	T	C	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=130;NR=63;PP=2965;SC=CCGCTCGCCGTCTCTTCGGGT;SOR=1.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=130;TCR=63;TR=193;WE=90191835;WS=90191817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	90192905	rs4932240	T	C	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=34;PP=2965;SC=AGGTAAGCACTCCACTCCAAA;SOR=2.233;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=106;TCR=34;TR=139;WE=90192913;WS=90192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	90195712	rs11634571	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=6.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,41:0.26:160
chr15	90195765	rs11630003	AA	GG	14421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=104;PP=2947;SC=GCAAGAGGACAAGGCAGAAAT;SOR=1.361;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=199;TCR=113;TR=294;WE=90195774;WS=90195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr15	90195967	rs8179066	C	G	10697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=220;PP=2965;SC=CCTCCTGCCCCGCATCCTCGG;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=151;TCR=220;TR=371;WE=90195975;WS=90195957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr15	90196008	rs8179065	C	T	5992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.127;SC=AAGTGTCGGTCACGGCCCAGA;SOR=0.860;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=335;TCF=153;TCR=182;TR=248;WE=90196016;WS=90195998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,261:0.75:348
chr15	90208310	rs1052700	A	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=621;ReadPosRankSum=0.206;SC=CTGGGAGCCTAGATCATCAGA;SOR=0.428;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=33;WE=90208318;WS=90208300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr15	90210257	rs2304796	G	A	6854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.67;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,175:0.76:231
chr15	90210263	rs2304795	A	G	6798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.56;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,170:0.74:230
chr15	90210437	rs4032998	C	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=831;ReadPosRankSum=-1.427;SC=AGGGTCAGTGCCTCCTGTGGT;SOR=0.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=50;WE=90210445;WS=90210427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr15	90211047	rs894162	A	T	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=66;PP=1931;SC=GGCAGCAGATAGCTGGCTCAA;SOR=4.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=73;WE=90211055;WS=90211037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	90213134	rs2304794	T	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=5;PP=1301;SC=CAGTGGCTGGTTGAGCCACCT;SOR=3.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=50;WE=90213142;WS=90213124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	90213229	rs6496589	G	C	7782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=99;PP=2965;SC=TCCTTGTCTGGAGGGAGGAGG;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=172;TCR=100;TR=271;WE=90213237;WS=90213219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr15	90214948	rs1077903	C	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=72;PP=2076;SC=TGCCCTCTTTCGCCCTTGTCT;SOR=3.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=87;WE=90214956;WS=90214938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	90226947	rs7169981	C	A	8570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=156;PP=2965;SC=GATCCCTGACCAGGCTCAGCA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=131;TCR=156;TR=287;WE=90226955;WS=90226937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr15	90245174	rs4287542	T	A	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=71;PP=2252;SC=CTGGTGAACCTTCTGTTTGAC;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=114;WE=90245182;WS=90245164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	90245253	rs4316730	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=836;SC=TCCAGCCCACCGTCTACCCTC;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=90245261;WS=90245243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	90245298	rs4306477	G	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=315;SC=GTAAGCAGTTGACCAGGAGCC;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=90245306;WS=90245288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	90246336	rs16974175	A	G	12615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=208;NR=233;PP=2965;SC=CCACAGATTTAGGGAATGAAA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=441;TCF=208;TCR=233;TR=441;WE=90246344;WS=90246326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr15	90248819	rs17238056	A	T	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=49;PP=1638;SC=ATAAGGAAGGACTTTACCTAG;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=90248827;WS=90248809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	90255099	rs8036614	T	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=1355;SC=TGTCCAATTCTTGTACAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=90255107;WS=90255089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	90260145	rs7163367	T	A	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=73;PP=2164;SC=TTCTCAGAACTCCCTTGGTCC;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=90260153;WS=90260135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	90270567	rs3743117	T	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=52;PP=1508;SC=CAGGTGAGCCTCCTAATCCCG;SOR=3.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=90270575;WS=90270557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	90272159	.	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.781;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,62:0.26:234
chr15	90274639	rs5814401	T	TG	8266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=79;PP=2969;SC=GTGCAGAGTCTGGGGGAACCG;SOR=1.089;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=137;WE=90274647;WS=90274629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	90281278	rs35365973	A	C	6079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.688;SC=ACAGGAGACTATTCACATGAA;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=211;TCR=149;TR=250;WE=90281286;WS=90281268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,258:0.70:368
chr15	90293701	rs2305442	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=43;PP=1829;SC=CTGTGCGCGGGGGCACGGACG;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=90293709;WS=90293691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr15	90294296	.	G	GCGGGGCTCGGCA	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=12;PP=2966;QD=20;SC=GCCTGGCCGCGCGGGGCTCGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=18;WE=90294323;WS=90294271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr15	90294304	.	C	CG	2292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,59:0.76:78
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chr15	90294306	.	C	CACGGGGCTCGG	2547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.25;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
chr15	90308061	rs34284515	T	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	90308110	rs34936212	A	G	94.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	90308253	.	G	A	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=90308261;WS=90308243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	90320134	rs199821487	AGGGCAGGGGCAG	A	2955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=31;PP=2985;SC=GGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC;SOR=0.963;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=58;WE=90320153;WS=90320124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	90328551	rs10584	G	C	8652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=103;PP=2965;SC=CACCTTGCATGGGGGCCGGGT;SOR=1.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=206;TCR=103;TR=307;WE=90328559;WS=90328541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr15	90328774	rs71464487	A	AAC	7466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=92;PP=2930;SC=CTGGGTCCCTAACAGCCTTGA;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=13;TCR=109;TR=103;WE=90328782;WS=90328764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	90333616	rs8192299	T	C	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=25;PP=2913;SC=CAGGGCCACGTGGGAGAAGAA;SOR=2.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=104;TCR=25;TR=129;WE=90333624;WS=90333606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	90333654	rs8192298	A	T	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=78;PP=2965;SC=CTGGGAAGGAAGTAGGCAGAG;SOR=1.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=178;TCR=78;TR=256;WE=90333662;WS=90333644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr15	90333980	rs1992250	A	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=11;PP=527;SC=ATACGCCCACACGCCACGTTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=90333988;WS=90333970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	90334240	rs25654	A	G	13429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=244;PP=2965;SC=GACCTTGCCCAATGACGTTGT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=248;TCR=244;TR=492;WE=90334248;WS=90334230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr15	90334345	rs7168329	C	G	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=142;PP=2965;SC=CAGATGCTGTCTCAGCTACTG;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=72;TCR=143;TR=214;WE=90334353;WS=90334335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr15	90334415	rs7169161	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=55;PP=1554;SC=CTATGCCTGCATCCTCTCAAC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=69;WE=90334423;WS=90334405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	90335379	rs8179197	G	C	10289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=238;NR=127;PP=2965;SC=CCCACCCTGCGCCAAGACTCA;SOR=1.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=239;TCR=128;TR=365;WE=90335387;WS=90335369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr15	90335534	rs25652	G	A	16387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=278;NR=292;PP=2965;SC=TGCAGTAGACGGTGGACCGCA;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=572;TCF=279;TCR=293;TR=570;WE=90335542;WS=90335524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr15	90335788	rs25651	C	T	9936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=229;PP=2965;SC=ATTAACCTCGCTGTACCTGCC;SOR=1.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=126;TCR=231;TR=355;WE=90335796;WS=90335778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr15	90336373	rs16943605	T	C	8214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=150;PP=2965;SC=GAAAAGAAAATATGAATCTCA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=121;TCR=150;TR=271;WE=90336381;WS=90336363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr15	90340719	rs893615	G	A	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	90340725	rs3934	A	C	7634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	90346861	rs2305443	C	T	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=228;NR=147;PP=2965;SC=CCGTGCCCCACGAGGAGCGGG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=228;TCR=148;TR=375;WE=90346869;WS=90346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr15	90349558	rs25653	C	T	13215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=228;NR=250;PP=2965;SC=CAGCGTCACCCGGTAGGAATC;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=479;TCF=228;TCR=251;TR=478;WE=90349566;WS=90349548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr15	90393949	.	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.478;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr15	90454119	rs139739395	CTATTTACCCAGCCCTGAGAAGGCTGGG	C	8045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.727;NF=4;NR=75;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.984;SC=CCCGTGTCTCCTATTTACCCA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=7;TCR=134;TR=79;WE=90454153;WS=90454109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,202:0.71:286
chr15	90455940	rs1256836	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=-2.243;SC=AGCCGGGGCAGGGGAGGCCGA;SOR=1.029;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=15;WE=90455948;WS=90455930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr15	90616617	rs2277556	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=58;PP=1253;ReadPosRankSum=0.147;SC=GAGCCCCGGCTGGGTGAAACT;SOR=0.277;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=66;WE=90616625;WS=90616607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr15	90617539	rs6496620	C	T	7914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GGGCCAAGCGCAATGGACAGA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=242;TCR=247;TR=339;WE=90617547;WS=90617529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,353:0.70:507
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chr15	90761136	rs1543115	G	A	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=84;PP=2164;ReadPosRankSum=1.088;SC=GGCCAGAGGCGGGAGGTGGGA;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=28;TCR=124;TR=103;WE=90761144;WS=90761126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,106:0.68:157
chr15	90762951	rs3833824	A	AG	1966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.458;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.005;NF=66;NR=5;PP=1746;ReadPosRankSum=-2.519;SC=TGGGTGTGGAAGGGGGGGCTC;SOR=2.360;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=116;TCF=102;TCR=14;TR=71;WE=90762959;WS=90762941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr15	90764202	rs7174036	A	G	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=55;PP=2244;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCATGTGTCCACCCTCCTGCA;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=132;TCR=82;TR=143;WE=90764210;WS=90764192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,147:0.67:221
chr15	90764348	rs3825999	C	G	10421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.92;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,272:0.68:402
chr15	90764357	rs3826000	G	A	10411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.33;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,250:0.66:381
chr15	90764359	rs3826001	T	G	10146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.84;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,251:0.66:378
chr15	90765093	rs66795544	CG	C	1636.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=42;PP=2045;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TTTCCCATCCCGCCAAGGAGT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=0;TCR=72;TR=42;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr15	90765094	rs8027952	G	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=5;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=1666;ReadPosRankSum=1.927;SC=TTCCCATCCCGCCAAGGAGTA;SOR=0.340;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=33;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr15	90765104	rs35147120	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=2059;ReadPosRankSum=1.047;SC=GCCAAGGAGTACAGCTTGGCT;SOR=1.697;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=38;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr15	90766754	rs908048	A	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=12;PP=1377;SC=ATGGCTCAGCATGTGCCTAAG;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=71;WE=90766762;WS=90766744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	90768156	rs1040083	A	G	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=82;PP=2965;SC=CCTGCCTGCCACCCCGAGGTG;SOR=1.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=174;TCR=82;TR=255;WE=90768164;WS=90768146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr15	90768271	rs11547966	C	T	7876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.101;SC=TGCTGAACTTCCTCAAGGACC;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=442;TCF=217;TCR=225;TR=322;WE=90768279;WS=90768261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,333:0.74:453
chr15	90768320	rs11073918	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,108:0.29:377
chr15	90768959	rs908044	A	C	5378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CAGCCTGTACAGGAGCTGTGG;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=185;TCR=123;TR=228;WE=90768967;WS=90768949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,236:0.74:317
chr15	90770815	rs201785929	C	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,144:0.29:503
chr15	90771060	rs2271553	C	A	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=65;PP=2965;SC=AGGGGCATAGCCCAGAGGGAG;SOR=2.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=244;TCF=179;TCR=65;TR=243;WE=90771068;WS=90771050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr15	90771704	rs3751656	G	A	8615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=0.396;SC=CTAGCACCCCGCTCGATCACC;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=478;TCF=216;TCR=262;TR=360;WE=90771712;WS=90771694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,367:0.76:482
chr15	90771750	rs3751655	T	G	13891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=262;PP=2965;SC=CCCCCCGGGGTCCCGAGTCTT;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=496;TCF=233;TCR=263;TR=494;WE=90771758;WS=90771740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr15	90772156	rs11547961	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=2;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CCTTTGTTTAAAAAACAATTC;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=62;TCR=2;TR=49;WE=90772164;WS=90772150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr15	90772200	rs1044246	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,42:0.26:163
chr15	90772831	rs7024	C	T	8388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=192;PP=2965;SC=GGTTTTTATACATTTTTTAAT;SOR=1.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=93;TCR=192;TR=285;WE=90772839;WS=90772821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr15	90773782	rs2073706	C	T	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=145;PP=2965;SC=AAGAGGAGGGCAGGGACTAAA;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=120;TCR=145;TR=265;WE=90773790;WS=90773772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr15	90774259	rs1044813	G	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,58:0.25:229
chr15	90774447	rs34604050	TAGAG	T	38454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=387;PP=2969;SC=CATCAAAGTCTAGAGAGCAGA;SOR=0.829;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=584;TCF=162;TCR=422;TR=540;WE=90774458;WS=90774437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,863:1.00:863
chr15	90775397	rs2073703	G	A	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=27;PP=2009;SC=GAGTTAGGGGGTCTAGCAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=106;WE=90775405;WS=90775387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	90775700	rs4628940	G	A	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=103;PP=2965;SC=ATCAGGCAACGGTAAGCAAAA;SOR=1.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=50;TCR=103;TR=153;WE=90775708;WS=90775690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	90784207	rs7166441	A	G	11980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=215;PP=2965;SC=GGACTGGGGCAGGCAAACCAT;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=442;TCF=226;TCR=216;TR=441;WE=90784215;WS=90784197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr15	90784250	rs7171194	T	C	11585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=214;PP=2965;SC=AAGGATCTCATGGCAGAAGGG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=209;TCR=214;TR=423;WE=90784258;WS=90784240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr15	90794102	rs4932171	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,55:0.27:202
chr15	90794188	rs4932309	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CCTTCAACATCTGGAGGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=9;WE=90794196;WS=90794178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr15	90794757	rs4357917	T	G	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,132:0.25:535
chr15	90794845	rs2882858	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,83:0.28:301
chr15	90796558	rs12912620	G	A	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=69;PP=1843;ReadPosRankSum=0.194;SC=GACAGACTGCGCTGTCTCACT;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=510;TCF=298;TCR=212;TR=162;WE=90796566;WS=90796548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,166:0.32:520
chr15	90796704	rs12914094	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=929;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GTGGCTGTCCCCTTGTGCAGA;SOR=1.224;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=211;TCF=54;TCR=157;TR=61;WE=90796712;WS=90796694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,63:0.29:215
chr15	90798953	rs2063739	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=5.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,83:0.22:370
chr15	90799282	rs1996179	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=1.546;SC=CTCCAGGAAGAGCATGGACTA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=27;WE=90799290;WS=90799272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr15	90800293	rs2063741	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1008;ReadPosRankSum=1.310;SC=TTAGCTATGTGTGTGAAGCAC;SOR=0.447;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=310;TCF=192;TCR=118;TR=91;WE=90800301;WS=90800283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,97:0.29:333
chr15	90800408	rs2063742	C	G	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,142:0.26:536
chr15	90800449	rs2063743	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,128:0.28:460
chr15	90801248	rs2048706	C	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=705;ReadPosRankSum=1.911;SC=ACTGGCCTTCCTCTGAGCACT;SOR=0.671;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=142;TCR=23;TR=48;WE=90801256;WS=90801238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,51:0.29:175
chr15	90801584	rs2048707	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr15	90805084	rs12592600	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=4;PP=1281;SC=ATGTGGGGCTAGCCAAAGATG;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=90805092;WS=90805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	90806140	rs9920862	G	T	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=30;PP=2027;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCCATCCTGGGTGATGGTTTG;SOR=1.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=115;TCR=46;TR=111;WE=90806148;WS=90806124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,115:0.70:165
chr15	90806356	.	G	GA	1945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=48;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CCCAGGGCCAGAAAAAACTTC;SOR=0.605;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=89;TCF=4;TCR=85;TR=52;WE=90806364;WS=90806346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr15	90809207	rs62022288	C	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=0.801;SC=CCGCTGCTTGCGCAGCGGCCC;SOR=2.165;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=24;WE=90809215;WS=90809197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr15	90809633	rs9635390	G	A	13565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=250;NR=247;PP=2965;SC=CAGATACGGTGAGACTCAGGA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=497;TCF=250;TCR=247;TR=497;WE=90809641;WS=90809623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr15	90814664	rs11073922	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,100:0.26:388
chr15	90818400	rs4533265	A	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.938;NF=36;NR=23;PP=710;ReadPosRankSum=-1.467;SC=CTGCCGCTGGATCCTGACCCT;SOR=0.390;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=196;TCF=131;TCR=65;TR=59;WE=90818408;WS=90818390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,59:0.29:202
chr15	90818469	rs12595409	C	T	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,104:0.26:394
chr15	90818641	rs56294733	G	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:462,131:0.22:593
chr15	90818827	rs4595780	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,122:0.26:477
chr15	90891982	rs3803539	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=1;PP=682;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CTGTCTCCTCACGGTGGGAGC;SOR=2.359;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=38;WE=90891990;WS=90891972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr15	90892293	rs2589973	C	T	8257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=83;PP=2965;SC=GTACTTCCTCCTGTCCAGATC;SOR=1.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=175;TCR=83;TR=258;WE=90892301;WS=90892283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr15	90892585	rs7162211	G	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=990;ReadPosRankSum=0.214;SC=GTGCGGGAGGGCAGAAGGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=7;TCR=65;TR=43;WE=90892593;WS=90892575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
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chr15	90898527	rs16944254	C	T	5326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ATTTATTGTCCTTTTAATATC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=240;TCR=142;TR=229;WE=90898535;WS=90898517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,238:0.60:400
chr15	90903311	rs2589957	A	G	9700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=206;NR=135;PP=2965;SC=AATCAGGACAATTCTGAAACA;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=207;TCR=135;TR=341;WE=90903319;WS=90903301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr15	90905980	rs147150827	TACAC	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-3.224;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	90931457	rs2589941	C	T	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GCTGACGGCACGGGGCGGGGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=209;TCR=88;TR=293;WE=90931465;WS=90931447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr15	90931720	rs111592783	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=47;PP=1015;ReadPosRankSum=2.075;SC=GGCGGGTGGGGCAGGGCGGCT;SOR=1.379;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=51;WE=90931728;WS=90931710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr15	90969195	rs2301827	A	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=500;ReadPosRankSum=1.519;SC=CCAGGCAGGGAAAGGATGTGT;SOR=0.347;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=29;WE=90969203;WS=90969185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr15	90969335	rs2256388	G	T	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=117;PP=2965;SC=TCTCTCCTTTGGTGCAGGTGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=140;TCR=118;TR=257;WE=90969343;WS=90969325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	90982652	.	C	G	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=65;PP=2392;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGATACTTGGCAGGAAATGCT;SOR=0.908;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=268;TCF=146;TCR=122;TR=153;WE=90982660;WS=90982642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,162:0.57:286
chr15	90982756	rs6496675	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1027;ReadPosRankSum=2.028;SC=GAAAAAAATACGAATAACTTG;SOR=0.367;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=63;WE=90982764;WS=90982746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr15	90983706	rs8027211	T	C	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=36;PP=2099;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CTTAGCTTGATTGACTGATTA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=168;TCR=70;TR=126;WE=90983714;WS=90983696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,127:0.53:239
chr15	90992654	rs2301828	G	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTGCCACCTTGGCTGCATGTA;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=90992662;WS=90992644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr15	90992687	rs2301829	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=302;ReadPosRankSum=0.415;SC=ACTTATGACTATGGCTCTCTC;SOR=0.292;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=18;WE=90992695;WS=90992677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr15	90993016	rs78896416	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1049;ReadPosRankSum=0.641;SC=GGTGGCAGGAGGGTTCCTCCA;SOR=0.352;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=127;TCF=23;TCR=104;TR=59;WE=90993024;WS=90993006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr15	90997873	rs186679269	G	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=405;ReadPosRankSum=0.097;SC=CTCCTAGAAGGATTTTTGGGT;SOR=1.118;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=24;WE=90997881;WS=90997863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr15	91009147	rs2074581	T	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=605;ReadPosRankSum=0.412;SC=CATATTTAATTGAGTCTAGGA;SOR=1.075;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=26;WE=91009155;WS=91009137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr15	91009177	rs2074582	A	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=5;PP=1050;ReadPosRankSum=1.834;SC=CTTCACATGTATGTTACATGT;SOR=0.502;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=82;TCR=10;TR=50;WE=91009185;WS=91009167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr15	91009192	rs2074583	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=22;PP=2965;SC=ACATGTACCCTGATTTCATGA;SOR=3.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=111;TCR=22;TR=133;WE=91009200;WS=91009182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	91009381	rs2074584	G	A	13212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.024;SC=AAGGTGCTCCGTACAGCTTGA;SOR=0.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=453;TCF=208;TCR=245;TR=452;WE=91009389;WS=91009371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,468:1.00:469
chr15	91009484	rs2074585	G	A	13266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TCTGGTAACAGTTCTTTCCCG;SOR=0.234;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=458;TCF=235;TCR=223;TR=457;WE=91009492;WS=91009474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr15	91010776	rs1505936	T	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.247;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=63;PP=1677;ReadPosRankSum=-2.846;SC=GGGATGAACCTCCAAATTTTG;SOR=1.102;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=226;TCF=96;TCR=130;TR=100;WE=91010784;WS=91010766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr15	91017232	rs1145325	G	A	17635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=266;NR=316;PP=2965;SC=GGCCATTAGGGGCAATTTTGC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=583;TCF=266;TCR=317;TR=582;WE=91017254;WS=91017222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
chr15	91017274	rs10657378	T	TTTC	6645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.012;NF=37;NR=127;PP=2968;ReadPosRankSum=3.025;SC=AACAGAGAAATTTCTTCTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=83;TCR=283;TR=164;WE=91017288;WS=91017264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,251:0.56:452
chr15	91026477	rs8040585	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr15	91037754	rs28516870	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=1.036;SC=AAGCAATTTAGTAATATTTCC;SOR=0.116;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=91037762;WS=91037746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr15	91073464	rs139118057	GCGGCCA	G	8999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.97;MQRankSum=5.349;QD=23.32;ReadPosRankSum=-2.680;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,235:0.61:386
chr15	91083186	rs7174198	C	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=28;PP=2273;ReadPosRankSum=0.864;SC=ATTCTTGAACCGTTCCCCTAC;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=194;TCF=152;TCR=42;TR=123;WE=91083194;WS=91083176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr15	91141810	rs7180867	A	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=1268;SC=AGATCCTAACATGAGTGTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=91141818;WS=91141800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	91147512	rs1104880	A	G	4683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.935;SC=ACTCTTGCAGAGCGAGGTGAG;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=412;TCF=240;TCR=172;TR=211;WE=91147520;WS=91147502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,218:0.52:418
chr15	91168976	rs3743405	T	C	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=29;PP=1637;ReadPosRankSum=1.004;SC=AAATACATTGTAGAAAGTCAT;SOR=0.422;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=224;TCF=168;TCR=56;TR=100;WE=91168984;WS=91168966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,100:0.45:223
chr15	91181567	rs6496717	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=600;ReadPosRankSum=0.748;SC=CACAGAACACCGCGGTGAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=26;WE=91181575;WS=91181557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr15	91185291	rs71407320	C	T	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=1846;ReadPosRankSum=1.220;SC=TGAGCCTGGACGGACTCAACA;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=338;TCF=194;TCR=144;TR=142;WE=91185299;WS=91185281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,145:0.42:344
chr15	91185485	rs2286287	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=470;ReadPosRankSum=0.032;SC=GAAGGAAGCAATGCCACGGCT;SOR=1.493;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=26;WE=91185493;WS=91185475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr15	91337479	rs2227933	G	A	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1323;ReadPosRankSum=0.329;SC=AAAATATAACGGAATGCAGGA;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=93;WE=91337487;WS=91337469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,106:0.57:185
chr15	91337623	rs3214113	AT	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr15	91341599	rs17273842	T	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=-0.633;SC=TTTGAGTTACTTCAATTGAAA;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=38;WE=91341607;WS=91341589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr15	91346923	rs2227934	C	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1128;ReadPosRankSum=1.717;SC=GAAATAAAGCCCAAACTGTAC;SOR=1.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=69;WE=91346931;WS=91346913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr15	91354505	rs1063147	C	T	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=16;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTGAGGAGCTCGACGAGGAAA;SOR=1.137;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=155;TCF=120;TCR=35;TR=89;WE=91354513;WS=91354495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,94:0.60:157
chr15	91358271	rs10685387	G	GGAA	8065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=29;PP=2967;ReadPosRankSum=1.652;SC=CAGGTTGAGAGGAAGGTCATT;SOR=2.888;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=156;TCF=119;TCR=37;TR=134;WE=91358279;WS=91358261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr15	91424574	rs6226	G	C	19048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=480;NR=392;PP=2962;ReadPosRankSum=0.911;SC=GCCCTCCAGGGTTCGCCCCCC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1579;TCF=867;TCR=712;TR=872;WE=91424586;WS=91424564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:713,869:0.55:1582
chr15	91425232	rs6227	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=573;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GTGGAGACTGCTTCCCATCCT;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=31;WE=91425240;WS=91425222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr15	91428290	rs11539637	C	T	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=18;PP=1762;ReadPosRankSum=0.728;SC=GCTTCTCTTCCGAGCTGTGCA;SOR=0.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=202;TCF=160;TCR=42;TR=97;WE=91428298;WS=91428280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,99:0.48:207
chr15	91428521	rs11330240	CT	C	10544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.306;NF=48;NR=173;PP=2954;ReadPosRankSum=2.815;SC=TGGGTGCTGGCTGTATCTGCC;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=400;TCF=89;TCR=311;TR=221;WE=91428529;WS=91428511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,304:0.57:532
chr15	91428589	rs7183988	T	G	4712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.174;NF=118;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GGCAGGCCAATGCTTGGGAGC;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=557;TCF=286;TCR=271;TR=229;WE=91428597;WS=91428579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,226:0.41:553
chr15	91428636	rs7177338	G	A	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.108;NF=119;NR=105;PP=2839;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CATCTGTGCTGTATAGTCCTG;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=588;TCF=313;TCR=275;TR=224;WE=91428653;WS=91428626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,221:0.38:580
chr15	91428955	rs1894400	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=844;ReadPosRankSum=0.200;SC=AACCTTGATGCAGCTTCCTCT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=41;WE=91428963;WS=91428945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
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chr15	91430436	rs2071383	T	C	29025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1060;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=502;NR=543;PP=2965;ReadPosRankSum=1.570;SC=GTGACAAGGCTAAGGACAAGT;SOR=0.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1049;TCF=503;TCR=546;TR=1045;WE=91430444;WS=91430426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1052:1.00:1053
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chr15	91459475	rs12909056	G	A	5672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCGGCGAACCGTGGGCAGTGA;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=424;TCF=185;TCR=239;TR=244;WE=91459483;WS=91459465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,253:0.58:435
chr15	91461545	rs52828316	G	A	10405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=1.290;SC=CCTGGTCTGCGCTCATTTCAT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=790;TCF=321;TCR=469;TR=455;WE=91461553;WS=91461535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,458:0.58:790
chr15	91461824	rs35968052	C	T	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GCTGCATCTCCGATCTCTGAA;SOR=0.326;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=200;TCF=136;TCR=64;TR=117;WE=91461832;WS=91461814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,119:0.59:201
chr15	91475274	rs34967259	G	A	6460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GCAGAGAAGGGGGAAAGTTAC;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=505;TCF=224;TCR=281;TR=286;WE=91475282;WS=91475264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,296:0.56:524
chr15	91479054	rs2289619	T	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TGCCAGATGTTTTTTGCACCT;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=65;WE=91479074;WS=91479044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr15	91482935	rs12440774	G	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1096;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GCCGTGATTTGTTCCATGCTT;SOR=1.063;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=73;WE=91482943;WS=91482925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr15	91483531	rs17593423	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=877;ReadPosRankSum=1.047;SC=CTTCCTTTGACGCAGGCTTCT;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=116;TCR=49;TR=63;WE=91483539;WS=91483521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,65:0.39:165
chr15	91486305	rs8034551	C	T	6247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.901;SC=TCTGGGTCATCGACCAAGGTA;SOR=0.879;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=521;TCF=231;TCR=290;TR=278;WE=91486313;WS=91486295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,284:0.53:531
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chr15	91491206	rs10635983	C	CCT	2695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.674;NF=7;NR=43;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GGGCCTCCTCCGTCCTGCTCT;SOR=0.477;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=100;TCF=9;TCR=91;TR=50;WE=91491214;WS=91491194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr15	91492877	rs749938	C	T	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=36;PP=1812;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCGCCTTCTCCCCACAGGGTC;SOR=0.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=198;TCF=128;TCR=70;TR=107;WE=91492885;WS=91492867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,105:0.53:198
chr15	91493589	rs35389361	T	C	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=87;PP=2524;ReadPosRankSum=0.011;SC=CAGCAGGAAGTTTCAGCTTTG;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=313;TCF=139;TCR=174;TR=160;WE=91493597;WS=91493579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,160:0.50:317
chr15	91500296	rs10852140	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.031;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-3.252;SC=GCTCCCCCCATCCCCGCCGCC;SOR=4.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=15;WE=91500304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr15	91503058	rs71409374	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GAGCGGATGCGATGGGGAGGA;SOR=1.178;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=69;WE=91503066;WS=91503048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr15	91503552	rs140875352	C	G	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=67;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TATTATCATTCTGAAGCCACA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=151;WE=91503560;WS=91503542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,160:0.50:318
chr15	91503752	rs1867220	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=624;ReadPosRankSum=1.297;SC=GGAGGCACTCTGCTCCACTCG;SOR=1.981;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=38;WE=91503760;WS=91503742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr15	91509920	rs3743450	G	T	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=91;PP=2349;ReadPosRankSum=0.531;SC=TAAGAGCAAAGCTATGATAGC;SOR=0.823;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=262;TCF=104;TCR=158;TR=145;WE=91509928;WS=91509910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,155:0.55:281
chr15	91510282	rs11540565	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=777;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CTAAGCTGAAGAAAAACTAAA;SOR=0.607;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=61;TCR=8;TR=39;WE=91510290;WS=91510272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr15	91512942	rs67543355	CTATCTT	C	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.002;NF=0;NR=23;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.437;SC=AAGGCTGAGACTATCTTTATA;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=23;WE=91512959;WS=91512932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr15	91513674	rs12911192	T	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=47;PP=1974;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGGGGAGTGGTAGACTGTCCC;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=147;TCR=87;TR=123;WE=91513682;WS=91513664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,121:0.52:232
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chr15	91517780	rs12898311	G	C	16674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TACTTTCTTCGTCTTTTCCCA;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=808;TCF=538;TCR=270;TR=424;WE=91517804;WS=91517770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,428:0.52:820
chr15	91517796	rs12899496	C	T	19480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=358;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.649;SC=TCCCAATTTGCGTTCACGTTC;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1027;TCF=651;TCR=376;TR=554;WE=91517804;WS=91517770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,559:0.54:1042
chr15	91524841	rs7172758	G	T	19532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=327;NR=370;PP=2965;SC=GTGGTCTAATGCTTCCATACA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=698;TCF=327;TCR=371;TR=697;WE=91524849;WS=91524831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
chr15	91525197	rs2301826	C	T	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=108;PP=2706;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GCAAGATGGTCGTCTCTCCTT;SOR=1.178;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=339;TCF=135;TCR=204;TR=165;WE=91525205;WS=91525187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,169:0.49:346
chr15	91543630	rs71154160	T	TA	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-2.398;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr15	91543761	rs11073964	C	T	7052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.137;SC=TAAGCACCACCGAAGACGTAA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=579;TCF=293;TCR=286;TR=308;WE=91543769;WS=91543751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,319:0.54:590
chr15	91546497	rs4244883	T	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AGAGTATACATTTGGTTCTAA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=32;WE=91546505;WS=91546487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr15	91549511	rs59910084	TGGGGCCCACAGCCTGGTATAAGCAG	T	1805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.122;NF=18;NR=6;PP=2963;ReadPosRankSum=0.912;SC=CTCTCAGAGCTGGGGCCCACA;SOR=1.032;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=24;WE=91549543;WS=91549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr15	91549855	rs190378588	C	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1271;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCCATCTTGCCAAGATGCAGA;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=148;TCR=79;TR=91;WE=91549863;WS=91549845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,90:0.41:222
chr15	91550953	rs3743447	C	G	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=29;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CCCACAGAGACCAATCTGTAG;SOR=0.228;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=183;TCF=139;TCR=44;TR=103;WE=91550961;WS=91550943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,103:0.57:181
chr15	91560133	rs67954926	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=606;ReadPosRankSum=-0.540;SC=ATGAAAGGCAGACGTGCCCCT;SOR=0.322;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=34;WE=91560141;WS=91560123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr15	91560860	rs7179329	G	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=618;ReadPosRankSum=0.838;SC=TCCGTCTCCCGCCGCAAAAAA;SOR=0.490;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=33;WE=91560868;WS=91560850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr15	91769465	rs2073967	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=14;PP=1595;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATAGCTCAAGGGGCAACCAGG;SOR=0.207;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=149;TCF=128;TCR=21;TR=82;WE=91769473;WS=91769455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr15	91795203	rs17693706	C	G	3835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=102;PP=2658;ReadPosRankSum=0.814;SC=GAGCCTTCCTCTTCTGCCGAC;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=121;TCR=180;TR=174;WE=91795211;WS=91795193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,176:0.58:304
chr15	91795811	rs80324630	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=0.895;SC=CACCCAAACAATAGTTCCTGT;SOR=1.681;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=21;WE=91795819;WS=91795801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr15	91801597	rs1075839	C	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=24;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GTCACTCTTCCGTAGAGGAAA;SOR=0.961;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=171;TCF=116;TCR=55;TR=84;WE=91801605;WS=91801587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr15	91810011	rs11629714	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=429;ReadPosRankSum=1.015;SC=CTGAACATCCCCACCAACCTG;SOR=1.112;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=33;WE=91810019;WS=91810001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr15	91810997	rs56175742	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=383;SC=GTGGCAAGTAGCAGAAAACCA;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=91811005;WS=91810987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	91811749	rs3743444	G	A	8639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=0.288;SC=AAATGAAGGTGTTTTTTGGTG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=751;TCF=361;TCR=390;TR=392;WE=91811757;WS=91811739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,403:0.52:772
chr15	91825027	rs1117388	C	T	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=55;PP=1874;SC=ATTTTGAAGACGTAACATCAA;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=91825035;WS=91825017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	91825123	rs1117387	A	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=641;SC=TTGAATAGAAAGTAACAGGAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=91825131;WS=91825113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	91827264	rs2301664	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=799;ReadPosRankSum=-1.796;SC=TCTACGAGCACAAGTTCATCA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=137;TCR=67;TR=66;WE=91827272;WS=91827254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,66:0.31:215
chr15	91827520	rs79830882	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=593;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TGTATTAAACAGGGAAATTTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=30;WE=91827528;WS=91827510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr15	92293742	rs113356190	G	A	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	92397106	rs368016879	AGCG	A	1931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.940;NF=22;NR=17;PP=1532;ReadPosRankSum=1.298;SC=GGAAAGCGGCAGCGGCGGCGG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=39;WE=92397116;WS=92397096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr15	92397615	rs56403444	T	TC	2511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.056;SC=ACTATTCCTCTCCCCCCATAA;SOR=0.595;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=49;WE=92397623;WS=92397605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,103:0.48:215
chr15	92397670	rs7173207	C	A	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1634;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGGAGAGGAACGAAAAAGCGT;SOR=0.933;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=241;TCF=115;TCR=126;TR=112;WE=92397678;WS=92397660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,137:0.51:271
chr15	92459187	rs4077721	T	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=28;PP=2965;SC=GGCATCTTCTTGGATTGGCTC;SOR=2.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=128;TCR=29;TR=155;WE=92459195;WS=92459177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	92647645	rs1517618	G	C	17012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=340;NR=417;PP=2962;ReadPosRankSum=1.030;SC=CGCACTCAGAGCCCGCCATGG;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1226;TCF=561;TCR=665;TR=757;WE=92647653;WS=92647635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:471,752:0.61:1223
chr15	92647834	rs917355	A	G	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=56;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.321;SC=GGGGTGATGAATGAAGGGGTG;SOR=0.486;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=20;TCR=104;TR=68;WE=92647842;WS=92647824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,67:0.54:123
chr15	92663630	rs6496893	A	G	9387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=104;PP=2965;SC=AGGAGCAGGGAGCTATAAGAT;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=228;TCR=104;TR=332;WE=92663638;WS=92663620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr15	92937268	rs3743365	G	T	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,133:0.42:314
chr15	92937276	rs3743364	C	T	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,154:0.44:352
chr15	92977670	rs2242113	T	G	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=107;PP=2965;SC=GCAAATTGCTTCTCTTCGTCA;SOR=3.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=22;TCR=107;TR=129;WE=92977678;WS=92977660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	93043545	rs7178722	T	G	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=1535;ReadPosRankSum=-1.406;SC=GGCTCCATGCTAATGACCTCG;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=291;TCF=188;TCR=103;TR=119;WE=93043553;WS=93043535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,126:0.41:307
chr15	93198671	rs501381	A	G	10036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.285;NF=166;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=1.268;SC=AGGCGTCGCCACTGCTGTTGG;SOR=0.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=166;TCR=189;TR=354;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,383:1.00:384
chr15	93198678	rs68056278	TTGGAGC	T	14354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=154;PP=2975;SC=GCCACTGCTGTTGGAGCTGGA;SOR=1.033;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=200;TCF=26;TCR=174;TR=179;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr15	93198784	rs2438194	A	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=53;PP=1808;SC=GGTTCGGGCCACGGCGCGGAG;SOR=1.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=93198792;WS=93198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	93306217	rs117364115	T	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=76;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GGAGCCACATTGTCTTCCAAG;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=129;TCR=164;TR=137;WE=93306225;WS=93306207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,144:0.47:308
chr15	93306348	rs8032507	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	93306367	rs10636472	G	GA,GAA	896.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.17;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,15:0.52,0.45:33
chr15	93306407	rs139043408	T	C	100.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr15	93306602	rs11634113	TG	CA	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=551;SC=AGGGTTTCACTGTGTTAGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=93306611;WS=93306599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	93306644	rs28493166	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=798;SC=CTCGTGATCCGCCCACCTTGG;SOR=3.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=93306652;WS=93306634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	93306681	rs12594947	G	A	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.01;QD=45.89;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	93306688	rs12910258	G	A	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;QD=43.08;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	93339279	rs77582277	C	G	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=94;PP=2752;ReadPosRankSum=0.419;SC=TGGCATCCCCCGTCCATGAAG;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=457;TCF=236;TCR=221;TR=188;WE=93339287;WS=93339269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,192:0.41:467
chr15	93339420	rs117776200	G	C	4744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CCTGTGTCAAGAAGCTTCTGG;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=461;TCF=201;TCR=260;TR=212;WE=93339428;WS=93339410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,213:0.46:465
chr15	93467894	rs73456430	T	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=412;ReadPosRankSum=0.974;SC=CCTACAGCCATTTTTTCTAGT;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=21;WE=93467902;WS=93467884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr15	93487854	rs1320819	G	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=604;SC=CTAGACACGTGCTAGGTTTAT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=93487862;WS=93487844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	93491993	.	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.621;NF=20;NR=0;PP=428;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GGCGTGAACCCGGGAGGCAGA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=20;WE=93492001;WS=93491991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr15	93496874	rs1371390	C	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=1249;SC=TTAAAGCCTTCAGTAGATCAT;SOR=2.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=56;WE=93496882;WS=93496864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	93510603	rs4777755	A	G	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=71;PP=2965;SC=AGGGGAGAGAAAATGGCTACC;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=107;TCR=71;TR=178;WE=93510611;WS=93510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	93515798	.	G	GAGGGTCTTAATTTTTACTTGCATGCCTTTA	563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	93521604	rs11074121	A	G	10578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=230;PP=2965;SC=GAATTGGTCAAAAGAAGCAGG;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=150;TCR=231;TR=380;WE=93521612;WS=93521594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr15	93521651	rs11074122	T	G	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=137;PP=2965;SC=GCTTTAGGGTTGGGGGCCAGG;SOR=2.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=44;TCR=138;TR=181;WE=93521659;WS=93521641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	93522312	rs2272461	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=2.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	93543956	rs12591124	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=61;PP=1766;SC=TCTGAAATGTGTTTGGTTTAC;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=68;WE=93543964;WS=93543946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	93552330	rs12915582	C	T	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=2.017;SC=ACAAGACTTACTTTCTGCAGA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=165;TCR=81;TR=244;WE=93552338;WS=93552320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr15	93552349	rs72647789	G	A	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=38;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GATTGTTTATGTCTTTACTCT;SOR=0.887;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=311;TCF=198;TCR=113;TR=116;WE=93552357;WS=93552339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,117:0.37:314
chr15	93563661	rs964034	G	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=858;SC=GTTTTGTTTTGTGGGTCATAG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=93563669;WS=93563651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	93567526	rs28558199	G	A	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=59;PP=2965;SC=ATGAGGAAGAGCCAAGTGGGT;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=124;TCR=59;TR=183;WE=93567534;WS=93567516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	93588309	rs62021480	C	G	6868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GCCCCGCAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=339;TCR=168;TR=315;WE=93588317;WS=93588299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,319:0.62:513
chr15	93588336	rs4238485	A	C	18785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=407;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCCGAGTCCTATCATACAGGT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=663;TCF=407;TCR=256;TR=662;WE=93588344;WS=93588326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,669:1.00:670
chr15	93595855	rs1997382	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=604;ReadPosRankSum=0.566;SC=GAGCCACCCATGCCACACACA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=39;WE=93595863;WS=93595845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr15	93616283	rs112633977	A	AAGG	7613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=4.459;NF=17;NR=87;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.953;SC=TTCAGAAAAAAAGAAGAAAAT;SOR=0.713;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=238;TCF=32;TCR=206;TR=104;WE=93616291;WS=93616273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,205:0.50:410
chr15	93632123	rs8038770	T	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=860;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GAGCCGGGTCTGCCCGGCTCC;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=78;WE=93632131;WS=93632113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,82:0.38:215
chr15	93749883	rs17540247	G	A	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=83;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TTTGGAAAACGGGACTTTGAA;SOR=1.145;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=203;TCF=51;TCR=152;TR=106;WE=93749891;WS=93749873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
chr15	94304132	rs12905790	C	T	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=25;PP=2965;SC=TAAAATAAAACAGCTGAGATG;SOR=3.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=142;TCR=25;TR=167;WE=94304140;WS=94304122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	94304189	rs12910750	T	C	15447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=351;NR=190;PP=2965;SC=GGTGATTTAATTGAAGTCACC;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=541;TCF=351;TCR=190;TR=541;WE=94304197;WS=94304179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr15	94410009	rs11857265	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=0.214;SC=TAATAATCAGCGCCACATCTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=10;WE=94410017;WS=94410000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr15	94410296	rs12908831	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=2.034;SC=AAATAATAACATAATCTCATC;SOR=0.434;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=55;WE=94410304;WS=94410286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,57:0.39:146
chr15	94857347	rs294553	T	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=9;PP=334;SC=GGATGACACCTCTGCATCCAC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=94857355;WS=94857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	94857890	rs294552	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=7;PP=741;SC=CTTAGCCACAGGATCGATTAA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=94857898;WS=94857880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	94858686	rs1655455	G	A	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=5;PP=2965;SC=CTCCAAAATCGAGAAGTATTT;SOR=5.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=104;TCR=5;TR=109;WE=94858694;WS=94858676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	94859051	rs294550	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=45;PP=1253;SC=ACCTTACTATCCTTCTTTATT;SOR=4.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=94859059;WS=94859041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	94859068	rs294549	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=741;SC=TATTATTAGGTTAATGATACG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=94859076;WS=94859058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	94882509	rs4984382	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=0.137;SC=GTTTTCTTTTCCTTTTAAAGG;SOR=0.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=22;WE=94882517;WS=94882499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr15	94883599	rs10152496	T	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.016;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=644;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ATGACAAAAATAACATATCTG;SOR=1.415;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=33;WE=94883607;WS=94883589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr15	94884108	rs8025851	G	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.773;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=25;PP=2013;ReadPosRankSum=1.428;SC=GAGTGATCGTGTTAAATTTGA;SOR=1.069;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=182;TCF=134;TCR=48;TR=108;WE=94884116;WS=94884098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,111:0.58:190
chr15	94899308	rs2117216	A	G	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=35;PP=1963;ReadPosRankSum=-2.055;SC=TATGATCATCAAAGTCACTCT;SOR=0.997;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=216;TCF=147;TCR=69;TR=123;WE=94899316;WS=94899298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,131:0.59:222
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chr15	94899551	rs3784659	A	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=50;PP=1229;ReadPosRankSum=0.645;SC=TCTTTTCCATAAGGAGAACAG;SOR=1.688;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=56;WE=94899559;WS=94899541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
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chr15	94945704	rs7180682	A	G	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=76;PP=2841;ReadPosRankSum=-1.776;SC=ACACATTGCAATTTCATTCAG;SOR=0.909;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=627;TCF=373;TCR=254;TR=207;WE=94945712;WS=94945694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,214:0.33:641
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chr15	96876611	rs7173047	T	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=554;ReadPosRankSum=0.495;SC=CCTCGCCGGCTTTCCCCGGCC;SOR=0.478;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=34;WE=96876619;WS=96876601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr15	96880510	rs3833035	ATTC	A	2585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TGATGACTGAATTCTTCTTCT;SOR=0.536;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=44;WE=96880523;WS=96880500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr15	97327393	rs3812907	C	T	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=102;PP=2871;ReadPosRankSum=1.363;SC=AACCTCGTCGCGACATTTCTC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=554;TCF=290;TCR=264;TR=217;WE=97327401;WS=97327383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,223:0.39:566
chr15	97970963	rs4128671	T	C	4590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.063;SC=AAATCTGTCTTTGATTCCGCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=460;TCF=259;TCR=201;TR=210;WE=97970971;WS=97970953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,213:0.46:468
chr15	98301845	rs2048115	C	T	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=63;PP=2300;SC=TTTTTTCCAGCTTTAAGTTCA;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=98301853;WS=98301835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	98302002	rs143322276	TAAC	T	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=599;SC=GAACAATTTTTAACAATAGTG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=98302012;WS=98301992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	98462701	rs58934940	AG	CC	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=1393;ReadPosRankSum=1.347;SC=TTGGTATGTCAGAGCCACTTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=34;WE=98462710;WS=98462691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr15	98508735	rs55823836	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CATTTTGTAGCGAGAAAAACT;SOR=0.836;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=98508743;WS=98508725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	98509063	rs61281998	C	CT	1615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.880;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.257;NF=29;NR=24;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TTAAACCATGCTTTTTTTGGC;SOR=0.365;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=53;WE=98509071;WS=98509053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,74:0.39:189
chr15	98512622	rs5814833	CT	C	1542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=70;PP=1710;ReadPosRankSum=0.423;SC=AAGCAAAGCTCTTTTTTAAAA;SOR=0.694;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=6;TCR=175;TR=73;WE=98512636;WS=98512612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,87:0.42:206
chr15	98995052	rs56374714	G	GT	18291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=147;PP=2975;SC=CACAAGGGGGGTTACCTTGGT;SOR=1.205;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=341;TCF=177;TCR=164;TR=313;WE=98995060;WS=98995042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr15	98995081	rs12101356	A	G	18031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=326;NR=228;PP=2965;SC=GGAGACATCGAGCAGCTAACC;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=554;TCF=326;TCR=228;TR=554;WE=98995089;WS=98995071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr15	99456253	rs2272037	T	C	6060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GAACTTTCTCTGAACTTAATT;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=421;TCF=255;TCR=166;TR=266;WE=99456261;WS=99456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,272:0.63:433
chr15	99456553	rs951715	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=680;ReadPosRankSum=1.034;SC=ACACTTCTTCGCAAGCTCACT;SOR=0.340;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=43;WE=99456561;WS=99456543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr15	99465274	rs28637929	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=2.819;SC=TCAATAGCTCCTTCTATTCCA;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=20;WE=99465282;WS=99465264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr15	99472734	rs4486868	T	C	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=57;PP=1974;ReadPosRankSum=-0.327;SC=AGAAATGAAATGAGCAAATTG;SOR=0.541;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=373;TCF=246;TCR=127;TR=157;WE=99472742;WS=99472724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,159:0.42:378
chr15	99477911	rs2715449	T	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=19;PP=2110;SC=AAAGTTGACATCAAGCCATGC;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=91;WE=99477919;WS=99477901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	99478225	rs2229765	G	A	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=2015;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GCATGCGTGAGAGGATTGAGT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=139;TCR=170;TR=132;WE=99478233;WS=99478215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,139:0.43:321
chr15	99478493	rs10400894	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=869;SC=AACACAGGCATCAGCAAGGGC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	99478505	rs34389972	A	AC	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=1785;SC=AGCAAGGGCCACCTGACCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=40;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	99478713	rs2293117	T	C	5005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.049;SC=TTTTCCTTTATAATCTCCCTG;SOR=0.677;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=502;TCF=256;TCR=246;TR=238;WE=99478721;WS=99478703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,251:0.48:522
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chr15	99492061	rs17847195	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=987;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CTTGCCAGGCGTGGCTAAGAG;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=37;TCR=100;TR=62;WE=99492069;WS=99492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr15	99511793	rs1521484	C	G	14398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=210;NR=210;PP=2965;SC=TCCAGCATTTCCTGGATGATG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=210;TCR=210;TR=420;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr15	99511804	rs5814919	A	AC	18898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=215;PP=2971;SC=CTGGATGATGACTCTCAAGGC;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=291;TCF=74;TCR=217;TR=285;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr15	99514431	rs199848298	GGGGGGGGGT	G	529.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr15	99544429	rs2593051	G	A	10740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=107;PP=2965;SC=GAGAGTCCGCGGCTTCATTCT;SOR=1.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=371;TCF=264;TCR=107;TR=370;WE=99544437;WS=99544419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr15	99645813	rs1044356	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=526;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TGCTGGGCCGGCTGCAGGCCG;SOR=0.599;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=40;WE=99645821;WS=99645803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr15	99645862	rs11014	A	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=477;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ACGCGACGTGAGGGAGCTGCG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=46;WE=99645878;WS=99645852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr15	99646107	rs60530833	A	AG	4553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=62;PP=2839;SC=CGCAGGAGGCAAGGCGCTGCG;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=69;WE=99646115;WS=99646097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	99653666	rs2305446	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=641;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TGTTTAATAACGCCGGGTGTT;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=80;TCR=14;TR=38;WE=99653674;WS=99653656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr15	99653800	rs2305445	T	C	5518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CTTTAGAGAGTGATTGACTGC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=606;TCF=349;TCR=257;TR=261;WE=99653808;WS=99653790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,271:0.44:619
chr15	99667524	rs260090	G	C	5136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.437;SC=CTACCTTATTGAGGCCAAGAG;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=407;TCF=194;TCR=213;TR=228;WE=99667532;WS=99667514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,237:0.56:420
chr15	99670265	rs3743244	C	T	13714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=280;PP=2962;ReadPosRankSum=0.402;SC=AAGGACTCACCGAAGGAGAAG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1088;TCF=578;TCR=510;TR=603;WE=99670273;WS=99670255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:497,606:0.55:1103
chr15	99670518	rs1670227	T	C	13109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1033;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.633;SC=AGCAGTTCACTCAGTCTCCAG;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1012;TCF=522;TCR=490;TR=558;WE=99670526;WS=99670508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:460,568:0.55:1028
chr15	99670847	rs3743247	C	T	7977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=1.243;SC=GGGGAGAAGCCGGAGGAGTTT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=707;TCF=373;TCR=334;TR=357;WE=99670855;WS=99670837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,352:0.51:693
chr15	99670989	rs3743248	T	C	30931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=591;NR=504;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CCAAGCAGCCTCAGGAGAACA;SOR=0.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1096;TCF=592;TCR=504;TR=1095;WE=99670997;WS=99670979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1108:1.00:1109
chr15	99671760	rs260087	T	C	19190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.83;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr15	99671760	.	TAGGCG	CAGGCC,CAGGCG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=119,240;NR=136,269;PP=2944,2962;QD=20;SC=GCATTCGCTTTAGGCGTTGGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=512;TCF=242;TCR=270;TR=255,509;WE=99671773;WS=99671750;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:512
chr15	99671765	rs5030698	G	C	6372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,274:0.54:508
chr15	99672599	rs7167599	G	C	10002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=229;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.762;SC=ACTGTGCACGGAGAGGGCTCA;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=768;TCF=350;TCR=418;TR=428;WE=99672607;WS=99672589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,427:0.55:772
chr15	99672722	rs2292288	A	G	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GATAGTGCAGAGGACACATCA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=708;TCF=370;TCR=338;TR=279;WE=99672730;WS=99672712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:441,290:0.40:731
chr15	99678145	rs260089	G	A	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1609;ReadPosRankSum=0.327;SC=TTTTCTAGGCGGAGGTGATTT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=259;TCF=146;TCR=113;TR=110;WE=99678153;WS=99678135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,112:0.41:270
chr15	99679489	rs34077294	GAGAT	G	7802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.119;NF=43;NR=84;PP=2971;ReadPosRankSum=0.779;SC=GAAAGGGAATGAGATAGAGAA;SOR=0.738;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=291;TCF=92;TCR=199;TR=127;WE=99679500;WS=99679479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,204:0.47:431
chr15	99679655	rs181987	C	A	8017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.854;SC=TCGCTGAGAGCAGGAAACTAA;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=698;TCF=399;TCR=299;TR=352;WE=99679663;WS=99679645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,355:0.50:712
chr15	99679830	rs260118	A	G	6086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=0.206;SC=ACTCTCTGTGACTATCTGTAT;SOR=0.596;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=508;TCF=173;TCR=335;TR=269;WE=99679838;WS=99679820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,275:0.53:521
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chr15	99715352	rs2602016	A	G	15865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=241;NR=311;PP=2965;SC=TCAGGATGATAAGATGTGCCT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=552;TCF=241;TCR=311;TR=552;WE=99715360;WS=99715342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
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chr15	100246834	rs325409	T	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=0;PP=1297;SC=GAAAATGACATTCATATGAAA;SOR=7.658;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=45;WE=100246842;WS=100246824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr15	100251015	rs325403	C	G	10496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=242;PP=2965;SC=CCTACACACTCTCTTTTCCTA;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=132;TCR=242;TR=373;WE=100251023;WS=100251005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr15	100252709	rs3138597	CCAGCAG	C	8636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.649;NF=28;NR=193;PP=2995;ReadPosRankSum=1.716;SC=CATCGGGCTTCCAGCAGCAGC;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=44;TCR=299;TR=221;WE=100252725;WS=100252699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,305:0.96:318
chr15	100252805	rs325400	G	T	9280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=162;PP=2965;SC=AGGAAATGGGGCGCTCCCCTG;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=162;TCR=162;TR=324;WE=100252813;WS=100252795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr15	100256618	rs325380	A	C	12228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=277;NR=157;PP=2965;SC=CAAATGGTGAAGACAATGCTA;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=434;TCF=277;TCR=157;TR=434;WE=100256626;WS=100256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr15	100269309	rs6598263	T	G	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=38;PP=2965;SC=AAGCTGGGCCTAGTCTTTAAA;SOR=3.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=168;TCR=38;TR=206;WE=100269317;WS=100269299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	100269680	rs2061007	G	C	21471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=353;NR=402;PP=2965;ReadPosRankSum=2.386;SC=TGACTGCACTGCACGCTCAAT;SOR=0.589;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=758;TCF=355;TCR=403;TR=755;WE=100269688;WS=100269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,771:1.00:774
chr15	100269796	rs6598264	A	G	13389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=255;PP=2965;SC=CTGTGGTCTCAGAAGACGGGC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=474;TCF=219;TCR=255;TR=474;WE=100269804;WS=100269786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr15	100272337	rs73466515	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CTCAGCATACATCATCAACAG;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=13;WE=100272345;WS=100272327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr15	100330535	rs79797081	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TAGAGATGGGGTTTCACCATG;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=100330543;WS=100330531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr15	100330730	rs79063960	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TAAGAGAAACCTTTTTCCAAA;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=31;WE=100330738;WS=100330720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr15	100330786	rs76506736	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGTTGGATAATATAGTCTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=100330794;WS=100330776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr15	100330967	rs140786979	T	TAC	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AACACATAGATACACACACAC;SOR=1.802;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=100330975;WS=100330957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	100331169	rs1060458	T	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.283;NF=38;NR=24;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.552;SC=CCACACCCCCTTTCCCTTTCA;SOR=0.407;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=62;WE=100331177;WS=100331153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr15	100331253	rs1060457	G	A	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;PP=2965;SC=GGCCCTAGTTGTGCCTCCTCG;SOR=0.850;Source=Platypus;TCF=132;WE=100331261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	100331282	rs1060456	C	T	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=111;PP=2965;SC=CACACAGCTGCCTGGTAGGCA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=146;TCR=111;TR=257;WE=100331290;WS=100331272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr15	100331752	rs746071	C	A	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=59.96;MQRankSum=-1.155;NF=64;NR=55;PP=1812;ReadPosRankSum=1.697;SC=TGGCCACCCCCCACAGGAGAT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=119;WE=100331760;WS=100331742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,128:0.60:214
chr15	100331800	rs2004045	G	A	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.756;NF=82;NR=68;PP=2443;ReadPosRankSum=-1.820;SC=GAGGCACCTCGGCCCATGCCA;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=256;TCF=144;TCR=112;TR=150;WE=100331808;WS=100331790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,149:0.57:263
chr15	100331819	rs2958994	A	G	6928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=115;PP=2965;SC=CAAGCAACCCAGAGGACCTGG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=139;TCR=115;TR=254;WE=100331827;WS=100331809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr15	100331961	rs1809156	A	G	7529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=93;PP=2965;SC=CATCCCTTCCAGGAGCCAGTG;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=178;TCR=94;TR=270;WE=100331969;WS=100331951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
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chr15	100332648	rs7178843	C	T	5223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.157;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,259:0.45:582
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chr15	100333075	rs11634114	C	T	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=11.658;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.50;MQRankSum=3.907;QD=21.16;ReadPosRankSum=1.753;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,86:0.95:91
chr15	100345096	rs201208326	C	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQRankSum=-6.377;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,71:0.36:199
chr15	100348476	rs80158080	T	C	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=1.714;NF=99;NR=70;PP=2580;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TGCTGTGTTCTGGAAGGGCTC;SOR=0.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=169;WE=100348484;WS=100348466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr15	100348554	rs75728437	T	C	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=87;PP=2330;SC=TTCAGGCTTCTGTGTGAGCTG;SOR=1.250;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=159;WE=100348562;WS=100348544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	100514561	rs2581340	G	C	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=8;PP=2947;SC=GGGTGGGTGGGTTTCAGACCT;SOR=4.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=101;TCR=8;TR=109;WE=100514569;WS=100514551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	100514614	rs2573652	T	C	8876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=77;PP=2965;SC=GTGTCACGAGTTCGGCGGTGG;SOR=2.248;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=301;TCF=224;TCR=77;TR=300;WE=100514622;WS=100514604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr15	100516472	rs11634977	G	A	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=64;PP=1960;SC=TGAGGTCAAGGGACTGGGATG;SOR=3.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=73;WE=100516480;WS=100516462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	100533218	rs7175995	C	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=17;PP=2447;SC=CCCTGCACTGCGGCACGGAGA;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=88;TCR=17;TR=105;WE=100533226;WS=100533208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	100537494	rs12900132	C	T	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=76;PP=2965;SC=GACCTGGGGGCGAGCGAGGGC;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=144;TCR=76;TR=220;WE=100537502;WS=100537484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	100603776	rs6598297	T	A	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=40;PP=2260;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AACACAGGCGTGAAACCAGCC;SOR=0.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=368;TCF=251;TCR=117;TR=142;WE=100603784;WS=100603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,143:0.38:372
chr15	100604019	rs77341156	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=59;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CACCAGAGGCCGTGCAGCATC;SOR=0.946;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=42;TCR=105;TR=81;WE=100604027;WS=100604009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr15	100649465	rs142688382	C	CCAGCTCCTCTAAACACGCGGCA	1624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GGTACGCGCTCCAGGAAGCGG;SOR=0.779;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=17;WE=100649481;WS=100649455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr15	100649473	rs75158695	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.942;NF=3;NR=16;PP=1488;ReadPosRankSum=0.268;SC=CTCCAGGAAGCGGAAAAAGAC;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=19;WE=100649481;WS=100649455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr15	100649512	rs35121839	A	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.750;NF=3;NR=14;PP=221;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ACAGTGCAGGACTGAGCTCTG;SOR=0.180;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=17;WE=100649520;WS=100649502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr15	100672237	rs12907333	T	G	15641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=286;NR=308;PP=2965;SC=TTCCTCTGCCTGAAGCGGGCT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=594;TCF=286;TCR=308;TR=594;WE=100672245;WS=100672227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr15	100692845	rs28567966	A	G	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=76;PP=2871;ReadPosRankSum=-2.102;SC=GGTGGCATTCATGCCAAACAG;SOR=0.899;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=417;TCF=249;TCR=168;TR=204;WE=100692853;WS=100692835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,210:0.49:432
chr15	100692953	rs72755233	G	A	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.156;NF=85;NR=122;PP=2604;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TAGCAAGCAGGTGCTGACTTT;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=497;TCF=204;TCR=293;TR=207;WE=100692961;WS=100692943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,211:0.43:491
chr15	100693032	rs10664668	C	CTT	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=15.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.508;QD=5.25;ReadPosRankSum=-2.059;SOR=0.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr15	100695347	rs8024690	T	C	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=46;PP=2052;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GAAGTACTTTTGATTGCATTC;SOR=0.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=144;TCR=83;TR=130;WE=100695355;WS=100695337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,136:0.57:238
chr15	100794172	rs7172834	T	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=459;ReadPosRankSum=0.206;SC=TAACTTCAAATCATTTCAGGA;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=22;WE=100794180;WS=100794162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr15	100794363	rs4369638	C	T	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=77;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.779;SC=ACGGTTCATCCTTGTGTACAC;SOR=0.511;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=327;TCF=153;TCR=174;TR=152;WE=100794371;WS=100794353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,158:0.47:337
chr15	100794474	rs80342915	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AGTAGTCATCCTGCAATGTTA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=37;WE=100794482;WS=100794464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
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chr15	100801965	rs6598316	G	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=885;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GATGACTCACGGCCCTCGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=53;WE=100801973;WS=100801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
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chr15	100942843	rs1023782	G	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=586;SC=ATGTGGGGTCGGTGTGGGGCC;SOR=2.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=100942851;WS=100942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	100942962	rs2439928	T	C	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=59;PP=2965;SC=CTCTCAGCCCTGAGGCCGTTC;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=144;TCR=59;TR=203;WE=100942970;WS=100942952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	100996038	rs12595207	C	T	9888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=226;NR=114;PP=2965;SC=TTCAACAGTCCGGGCCTCACC;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=226;TCR=114;TR=340;WE=100996046;WS=100996028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr15	101009474	rs34108242	A	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=417;ReadPosRankSum=-1.735;SC=CACTTGACACAAATAACTGGA;SOR=0.246;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=20;WE=101009482;WS=101009470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr15	101009530	rs12909732	G	A	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=17;PP=1540;ReadPosRankSum=1.871;SC=ACCATGCACTGAGGCCACCTC;SOR=1.029;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=134;TCR=35;TR=89;WE=101009538;WS=101009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr15	101019529	rs2654574	C	T	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=61;PP=2664;SC=AGGGATGACACAGTAGTGAAC;SOR=1.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=153;WE=101019537;WS=101019519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	101019793	rs12437474	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=-1.443;SC=TTACAGCAGGCAAAGATGCAC;SOR=1.712;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=14;WE=101019801;WS=101019783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr15	101019819	rs2587763	G	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=437;ReadPosRankSum=-1.819;SC=ATTGACCTTTGCCATATTCTT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=20;WE=101019827;WS=101019809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr15	101041896	rs1354332	T	C	10596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=132;PP=2965;SC=CAAATACACGTCTGATAATCA;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=237;TCR=132;TR=369;WE=101041904;WS=101041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr15	101109392	rs79985453	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CTCATTGAGACATAATTTATA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=9;WE=101109400;WS=101109382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr15	101109677	rs8451	C	A	9706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=1.429;SC=GAACCAGAGGCCTTGATGGAG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=720;TCF=342;TCR=378;TR=421;WE=101109685;WS=101109667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,431:0.59:725
chr15	101109794	rs12157	C	G	6265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.739;SC=CTAAACACTGCTCTGTGGATT;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=458;TCF=198;TCR=260;TR=257;WE=101109802;WS=101109784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,273:0.57:481
chr15	101109818	rs12460	G	A	5317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CGTCAGAATCGTCAGAGCTGT;SOR=0.423;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=375;TCF=155;TCR=220;TR=211;WE=101109826;WS=101109808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,229:0.58:397
chr15	101109893	rs6598356	C	A	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGGTGTGAGCCCCCTTGGACA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=148;TCR=158;TR=183;WE=101109901;WS=101109883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,194:0.61:319
chr15	101110265	rs2411836	T	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=615;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CATTTTCATGTGTGTGATGGT;SOR=0.393;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=42;WE=101110273;WS=101110255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr15	101110302	rs2411837	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTGAGTCAAGCTTTCAGTGGC;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=39;WE=101110310;WS=101110292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr15	101110356	rs2411838	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=1.019;SC=TGCAGATTAATGACCTTACAA;SOR=0.428;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=28;WE=101110364;WS=101110346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr15	101110372	rs3084804	AAC	A	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=607;ReadPosRankSum=0.318;SC=TACAAAAATAAACAGTTTTAC;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=101110381;WS=101110362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr15	101112342	rs1493652	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=67;PP=2017;SC=TATATATAAATTCATAGTGTC;SOR=5.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=70;WE=101112350;WS=101112332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	101113748	rs2062816	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr15	101113862	rs12719734	C	T	7324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TTACCTTTCACTTCACTTGCT;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=157;TCR=95;TR=251;WE=101113870;WS=101113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr15	101113950	rs12592868	A	G	6164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CATGATCTGGACTAGTGATAA;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=489;TCF=297;TCR=192;TR=254;WE=101113958;WS=101113940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,265:0.53:498
chr15	101114418	rs8039437	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.098;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=73;PP=1892;ReadPosRankSum=1.744;SC=AAATGGTGTCGAAATGAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=144;TCF=35;TCR=109;TR=91;WE=101114426;WS=101114408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,98:0.64:153
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chr15	101115448	rs4965678	C	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=231;SC=ATATGTGGCACACCGAGAAGG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=101115456;WS=101115438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr15	101152745	rs4965683	A	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=68;PP=2072;SC=TACTCAACATATTATTCTCTC;SOR=5.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=71;WE=101152753;WS=101152735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	101425703	rs4646656	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=327;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GCTAGCTGCGTGAATTGGCAT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=26;WE=101425711;WS=101425693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr15	101436307	rs4646669	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=625;ReadPosRankSum=-1.808;SC=ATTTGACACCCGTGAGCTTTT;SOR=0.876;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=48;WE=101436315;WS=101436297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,48:0.31:155
chr15	101436387	rs72633248	T	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=1.318;SC=TAACAACCAGTTAAAAAAAGT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=9;WE=101436395;WS=101436377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr15	101440988	rs4646674	A	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=78;PP=1935;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGTGTGTGAAACCATGGTGCT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=99;TCR=198;TR=118;WE=101440996;WS=101440978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,119:0.40:300
chr15	101441055	rs4646675	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=592;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TCCCTCTCCGTGAAAGGAATG;SOR=0.925;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=41;WE=101441063;WS=101441045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr15	101445900	rs3825924	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=0.845;SC=GAGGTACAAGGGGGCTGTGGC;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=22;WE=101445908;WS=101445890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr15	101447588	rs4646684	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=47;PP=941;ReadPosRankSum=0.421;SC=TGTATATTATATACCAAGCCC;SOR=1.139;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=23;TCR=119;TR=55;WE=101447596;WS=101447578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,57:0.40:141
chr15	101464915	rs11630691	T	C	8093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=133;PP=2965;SC=GTCCAGAACGTGCCATGGAGA;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=159;TCR=133;TR=292;WE=101464923;WS=101464905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	101527052	rs1551467	A	G	7266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.662;SC=AGAAGCTTCCAAACTTTCAGA;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=594;TCF=263;TCR=331;TR=337;WE=101527073;WS=101527042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,346:0.56:613
chr15	101527096	rs1551466	G	C	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.336;SC=TTTTTCCTACGACTCTGACCA;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=281;TCF=62;TCR=219;TR=151;WE=101527104;WS=101527086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,155:0.53:291
chr15	101527411	rs2168376	CA	TG	9300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=110;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.777;SC=AATACAGGGCCATCCTGACCC;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=429;TCF=211;TCR=218;TR=210;WE=101527420;WS=101527401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,237:0.51:462
chr15	101527635	rs7176015	G	A	9725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TAACATTTCAGCCCACACTGC;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=814;TCF=405;TCR=409;TR=461;WE=101527643;WS=101527625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,467:0.56:829
chr15	101529118	rs4357923	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-6.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=859;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GCTCTCAAATCACCTCTGTGA;SOR=0.126;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=69;TCF=3;TCR=66;TR=43;WE=101529126;WS=101529108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr15	101550858	rs12595297	G	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=21;PP=1994;SC=TCATACTTTGGGTCTTTTTTT;SOR=1.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=87;WE=101550884;WS=101550846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	101550861	rs11300776	CT	C	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=36.48;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	101555399	rs2034809	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=9;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TGCAGCGTGCGCCCCTGCCAG;SOR=0.413;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=187;TCF=167;TCR=20;TR=74;WE=101555407;WS=101555389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,78:0.41:192
chr15	101561980	rs146724273	CGTGTGTGTGTGT	C,CGTGTGT	2791.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.81;QD=32.84;SOR=6.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,56,29:0.66,0.34:85
chr15	101562793	rs11247253	G	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=68;PP=1748;ReadPosRankSum=1.763;SC=CGGCTGGCTCGAGAGCCAAGG;SOR=0.441;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=153;TCF=33;TCR=120;TR=89;WE=101562801;WS=101562783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr15	101566118	rs4427776	C	T	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=30;PP=2324;ReadPosRankSum=0.403;SC=TCTGTCCTGTCCCTTGTTCCA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=214;TCF=161;TCR=53;TR=126;WE=101566126;WS=101566108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,130:0.60:218
chr15	101567547	rs41319544	G	C	4939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=149;PP=2925;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGAAGGACGTGGGCAGCACCA;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=206;TCR=319;TR=246;WE=101567555;WS=101567537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,252:0.47:538
chr15	101569467	rs11639307	T	C	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=109;PP=2289;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CGCCAGGCTGTGCAGGTTGCT;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=353;TCF=141;TCR=212;TR=187;WE=101569475;WS=101569457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,197:0.54:365
chr15	101591784	rs13329684	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.335;NF=20;NR=2;PP=433;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TTCAGCCTGTCTCTTGGGTAC;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=57;TCR=4;TR=22;WE=101591792;WS=101591774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr15	101591834	rs13329662	G	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.182;NF=67;NR=23;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AAGGCCTCAGGGCCTGGGGTG;SOR=0.712;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=210;TCF=158;TCR=52;TR=90;WE=101591842;WS=101591824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,93:0.44:212
chr15	101591857	rs10710683	CG	C	9998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=95;PP=2975;SC=GAGTGCTGCTCGGGGGGCCCT;SOR=1.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=220;WE=101591865;WS=101591847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	101593641	rs11631875	G	A	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,170:0.56:304
chr15	101598200	rs11857803	G	A	8182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.294;SC=CTCAGCGACCGCTGGCCCTGT;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=688;TCF=368;TCR=320;TR=379;WE=101598208;WS=101598190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,389:0.55:701
chr15	101598314	rs11853661	C	T	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=111;PP=2689;ReadPosRankSum=0.469;SC=AGGAGTACACCGTGGTGTTTT;SOR=0.451;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=307;TCF=104;TCR=203;TR=174;WE=101598322;WS=101598304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,177:0.56:317
chr15	101601367	rs148929418	C	CACTT	11376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.344;NF=47;NR=94;PP=2915;ReadPosRankSum=1.416;SC=CAGTTTCTGCCACTTACAGGA;SOR=0.783;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=343;TCF=92;TCR=251;TR=141;WE=101601375;WS=101601357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,285:0.53:541
chr15	101601564	rs72766872	A	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GGTGGGGGCCACATTCATAAA;SOR=0.123;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=21;WE=101601572;WS=101601554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr15	101607513	rs2925201	T	C	9595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.91;SOR=1.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr15	101607513	.	TTGCAGT	CTGCAGC,CTGCAGT	2427	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=32,95;NR=65,176;PP=1178,2427;QD=12.6955451017;SC=GTCTACATGGTTGCAGTGATG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=271;TCF=95;TCR=176;TR=97,271;WE=101607527;WS=101607503;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:271
chr15	101607519	rs111609923	T	C	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,100:0.38:260
chr15	101607626	.	ATGTGTGTGTGTG	A,ATGTGTG	264	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.4999;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0,0;NR=10,10;PP=264,40;QD=26.7;SC=CTCAGTTCAAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10,10;WE=101607645;WS=101607616;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:26
chr15	101717680	rs8024370	G	T	10399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=173;PP=2965;SC=CCAGCTGCTGGGTGGACCCAT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=196;TCR=174;TR=368;WE=101717688;WS=101717670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr15	101717888	rs62621399	C	T	4965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GCCACCCACTCGGACAAGATC;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=568;TCF=302;TCR=266;TR=233;WE=101717896;WS=101717878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,237:0.42:571
chr15	101791262	rs7171436	C	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=2;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CGGGCGGAGGCGAGAGCCAGG;SOR=1.024;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=118;TCF=112;TCR=6;TR=59;WE=101791270;WS=101791252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,64:0.51:125
chr15	101791684	.	G	GGCCGCCGCCGCCGCCGCC	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	101813120	rs78817529	T	C	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=86;PP=2292;ReadPosRankSum=0.864;SC=TCTGGGAACATTGTATATCCA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=102;TCR=161;TR=140;WE=101813128;WS=101813110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,137:0.54:255
chr15	101826386	rs62621227	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-6.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=666;ReadPosRankSum=1.250;SC=TTCTGAAGGTGAAGTAGAGTT;SOR=0.074;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=73;TCR=3;TR=35;WE=101826394;WS=101826376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr15	101853281	rs117441572	G	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.994;NF=72;NR=16;PP=1609;ReadPosRankSum=0.717;SC=CATGCTGAGCGCGACATGGGC;SOR=0.707;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=145;TCR=31;TR=88;WE=101853289;WS=101853271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,90:0.50:179
chr15	101862690	rs36022203	G	T	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=39;PP=2207;ReadPosRankSum=-1.848;SC=CAGCGCCACCGCCCTGACATT;SOR=0.896;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=345;TCF=244;TCR=101;TR=141;WE=101862698;WS=101862680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,139:0.41:340
chr15	101862970	rs1871975	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=518;ReadPosRankSum=-1.064;SC=CAGAGGCCGCTTGTACCTGGT;SOR=0.213;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=27;WE=101862978;WS=101862960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr15	101871941	rs34318939	G	GA	4281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.117;NF=15;NR=74;PP=2968;ReadPosRankSum=1.939;SC=CCAGGCAAGAGAGACACACAA;SOR=0.997;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=214;TCF=44;TCR=170;TR=89;WE=101871949;WS=101871931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,141:0.45:315
chr15	101887767	rs2949	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TGCACGCACACGCATTCATGC;SOR=0.239;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=101887775;WS=101887757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr15	101887794	rs1030	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr15	101888081	rs875293	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=1.459;SC=GAGGAAGCGCCCGGGGTTGAC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=16;WE=101888089;WS=101888071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr15	101905084	rs4965833	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=481;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCAAGTTGGAGGACTCGCACT;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=24;WE=101905092;WS=101905074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr15	101905327	rs11247286	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=59;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GGACCCCTACCTCACACCATA;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=43;TCR=130;TR=80;WE=101905335;WS=101905317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr15	101906205	rs8029952	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=0.824;SC=GACGTTTACATGACATCGTGG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=12;WE=101906213;WS=101906195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	101906263	rs8034182	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=676;ReadPosRankSum=-0.781;SC=ATTAAAATGGTGAATTTTCTG;SOR=0.591;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=45;WE=101906271;WS=101906253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr15	101910511	rs2073591	A	C	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=82;PP=2722;ReadPosRankSum=1.155;SC=GTGAGCCCAGACCCCATCCCC;SOR=0.628;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=459;TCF=260;TCR=199;TR=184;WE=101910519;WS=101910501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,186:0.39:471
chr15	101910550	rs20543	G	A	5191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.257;SC=CTCTTTGCCAGAAGTTGAGAC;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=583;TCF=301;TCR=282;TR=258;WE=101910558;WS=101910540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,260:0.44:590
chr15	101929632	rs33912717	AT	A	6768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.289;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.453;NF=62;NR=127;PP=2616;ReadPosRankSum=-1.306;SC=CAATCTAAACATTTTTTTTTT;SOR=0.403;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=82;TCR=169;TR=189;WE=101929652;WS=101929621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,309:0.94:327
chr15	101929825	rs6598460	G	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=69;PP=2076;SC=AACTCACTCTGTGGAGAAGGC;SOR=3.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=79;WE=101929833;WS=101929815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	101970308	rs2643354	G	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=96;PP=2665;ReadPosRankSum=0.668;SC=GAAATGGCATGTGACAGCTCT;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=361;TCF=160;TCR=201;TR=182;WE=101970316;WS=101970298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,190:0.51:376
chr15	101970323	rs3825896	G	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGCTCTGTTTGAAATGGATTT;SOR=0.460;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=297;TCF=123;TCR=174;TR=155;WE=101970344;WS=101970313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,160:0.52:310
chr15	101970336	rs3825895	T	C	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=1.116;SC=ATGGATTTTATGTTCCGTTGG;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=262;TCF=98;TCR=164;TR=130;WE=101970344;WS=101970313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,134:0.49:274
chr15	101971388	rs2643356	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=409;ReadPosRankSum=1.281;SC=TCCTAATTCTTTCCAGCATAG;SOR=0.455;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=21;WE=101971396;WS=101971380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr15	102003442	rs12907397	C	T	7103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=148;PP=2965;SC=ATGGGAGAGACGAGAGAGGCA;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=100;TCR=149;TR=248;WE=102003450;WS=102003432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	102029475	rs201114579	C	CG	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.417;NF=10;NR=1;PP=317;ReadPosRankSum=0.397;SC=TTCCCACGCGCGCGCGGGGCC;SOR=1.385;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=102029483;WS=102029465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr15	102029519	rs186935141	C	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.128;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.298;NF=21;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=0.409;SC=GAGGCGCCCCCCTCGCGCGCG;SOR=0.273;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=30;WE=102029527;WS=102029509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr15	102029597	rs1135910	C	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.693;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,86:0.43:200
chr15	102029685	rs199543153	G	GGC	7270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=84;PP=2975;SC=GCGCGGCGGGGGCGGAGCAGG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=90;TCF=1;TCR=89;TR=84;WE=102029693;WS=102029675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	102185368	.	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr15	102191869	rs672314	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=910;ReadPosRankSum=0.381;SC=ATAACTACATGTATTTACTAG;SOR=0.375;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=184;TCF=125;TCR=59;TR=70;WE=102191877;WS=102191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,76:0.40:192
chr15	102192034	rs507903	A	G	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.160;SC=AGAAAACCTTATTTTGTGTGG;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=516;TCF=239;TCR=277;TR=221;WE=102192042;WS=102192024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,222:0.42:525
chr15	102192540	rs675436	T	G	5151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,269:0.41:660
chr15	102192548	rs2939587	A	C	20046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=254;NR=330;PP=2962;SC=CCTCAGCGGGAGCACCCCTCC;SOR=1.020;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=585;TCF=254;TCR=331;TR=584;WE=102192556;WS=102192530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr15	102196186	rs572705	C	T	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.553;SC=CAGGAATCTACAGCCATGCTT;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=698;TCF=400;TCR=298;TR=295;WE=102196194;WS=102196176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,303:0.43:710
chr15	102211654	rs606511	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=422;ReadPosRankSum=0.601;SC=ATTAGAATATTAGTACTATAA;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=25;WE=102211662;WS=102211644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr15	102224341	rs12901450	G	A	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=62;PP=2437;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TGGTCAAGCCGCTGAGAGTCC;SOR=0.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=333;TCF=204;TCR=129;TR=167;WE=102224349;WS=102224331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,168:0.49:342
chr15	102251993	rs11247320	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1046;ReadPosRankSum=0.639;SC=GTAAGGGCCAGCAGTATACAG;SOR=0.327;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=90;TCR=16;TR=56;WE=102252001;WS=102251983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr15	102264304	rs1143138	G	C	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=43;PP=1994;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGTGCGCCGGCCTCCTGCGC;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=195;TCF=121;TCR=74;TR=123;WE=102264312;WS=102264294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,129:0.64:202
chr15	102264591	.	C	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=74;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CGGCCGCCATCGCGGCCTCCC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=109;TCR=211;TR=112;WE=102264599;WS=102264581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,117:0.36:324
chr15	102284542	rs71154345	AG	A	2263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.560;NF=46;NR=17;PP=1933;ReadPosRankSum=0.393;SC=CAAATTGGGTAGGGTGAAGGG;SOR=0.899;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=148;TCR=62;TR=63;WE=102284550;WS=102284532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,84:0.37:226
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chr15	102291955	rs397212	G	A	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.822;NF=64;NR=104;PP=2686;ReadPosRankSum=1.997;SC=GGGGGTAGGCGGCTCCTGTGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=125;TCR=206;TR=168;WE=102291963;WS=102291945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,174:0.51:339
chr15	102312008	rs144286100	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=-6.921;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,63:0.25:248
chr15	102312095	rs199873857	G	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQRankSum=-3.442;QD=3.30;ReadPosRankSum=-2.771;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,43:0.24:177
chr15	102312240	rs59860046	GA	G	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-16.567;QD=3.06;ReadPosRankSum=2.933;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,70:0.17:401
chr15	102312315	rs57638732	GA	G	14142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=161;PP=2951;SC=GCTTCACCTGGAAGGGAGGGG;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=161;TCR=167;TR=316;WE=102312323;WS=102312305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr15	102312710	rs116458034	A	G	6210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.281;SC=ATGGGTTCACATCTCGGCAGT;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=707;TCF=391;TCR=316;TR=304;WE=102312718;WS=102312700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,313:0.44:715
chr15	102313716	rs352719	A	G	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=656;ReadPosRankSum=0.065;SC=TTCCTCCTGGAGCTCTCTCCT;SOR=0.700;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=53;WE=102313724;WS=102313706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr15	102388991	rs34449200	C	T	8131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTAGTGGTCACTGTAACCTCT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=767;TCF=426;TCR=341;TR=383;WE=102388999;WS=102388981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,387:0.50:779
chr16	97610	rs798675	G	A	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GCTACTCATGGCTGTCAAAAG;SOR=0.701;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=93;WE=97618;WS=97600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,102:0.43:238
chr16	103423	rs2541593	C	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.321;NF=36;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=0.446;SC=AGTCGGAGGACGCGGAAGGCC;SOR=0.423;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=53;WE=103431;WS=103413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr16	103449	rs11376822	C	CG	5906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=41;PP=2973;SC=GAGTCGCCCGCGCCCAGCGCC;SOR=1.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=90;WE=103457;WS=103439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	103517	rs183360	A	C	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=119;NR=112;PP=2965;SC=GTGTTGCAGGAGAAGCGGTGG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=119;TCR=112;TR=231;WE=103525;WS=103507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr16	103923	rs2562145	C	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=708;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AGACGGAGGCCGCGGGTGGGC;SOR=1.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=52;WE=103931;WS=103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr16	105320	rs216596	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	105325	rs2858042	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.41;ReadPosRankSum=-2.503;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	105444	rs2541594	C	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1187;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CACTTCTGCCCTTGGTCTTTT;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=83;WE=105452;WS=105434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr16	106777	rs216597	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=1.109;SC=GCAGAGGGCAGCTGGAGGGGC;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=106785;WS=106767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	106952	rs11435836	G	GC	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=991;SC=GATGGCCACTGCACTTCCTGG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=106960;WS=106942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	107275	rs1045001	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGCCCAACAGTAACTGTCAGC;SOR=0.023;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=107283;WS=107265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	108585	rs216598	T	C	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=1593;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGATGAACCCTGAGATGTGGG;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=275;TCF=123;TCR=152;TR=133;WE=108593;WS=108575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,138:0.49:284
chr16	108796	rs34941405	T	TG	3039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=36;PP=1884;SC=GCAGTGGGGCTGGCAGGCCCC;SOR=0.947;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=45;WE=108804;WS=108786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	109671	rs216599	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.085;SC=GAGAAGGCACACCCTAGGGCG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=270;TCF=140;TCR=130;TR=96;WE=109679;WS=109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,104:0.37:282
chr16	110165	rs216600	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TGGCATTCTCTCCCACATGAC;SOR=0.950;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=66;WE=110173;WS=110155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,71:0.43:164
chr16	110925	rs2562146	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=465;ReadPosRankSum=-0.513;SC=AATCAGATGATGGTCTACGGG;SOR=1.209;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=24;WE=110933;WS=110915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr16	112151	rs216602	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	112513	rs216604	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.730;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=777;ReadPosRankSum=0.676;SC=TCTCTGCCCCTCTTCCCTGCC;SOR=1.278;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=42;WE=112521;WS=112503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr16	113883	rs10659183	G	GCC	8085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=70;PP=2967;SC=GGGGCAGCATGCTGCCCCCAG;SOR=0.972;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=108;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	113886	rs11285099	GC	G	8112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=70;PP=2969;SC=GCAGCATGCTGCCCCCAGGCC;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=101;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	113970	rs2157115	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=949;ReadPosRankSum=0.162;SC=AGCCACCCCCTGAACTGTTAG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=78;WE=113978;WS=113960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,86:0.48:179
chr16	128179	rs2562162	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=-0.836;SC=ACTGCCCCCCTTCTCCCGGCT;SOR=0.622;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=15;WE=128187;WS=128169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	129223	rs710079	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=676;ReadPosRankSum=-0.521;SC=AGCCGTCCATCGTCAGACGTG;SOR=1.186;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=40;WE=129231;WS=129213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr16	129277	rs710080	A	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1180;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTTGTGCCTCATAACAACCCA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=91;WE=129285;WS=129267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,92:0.50:185
chr16	129654	rs710081	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GGTTGGAGTTCTTCGACCAGC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=81;WE=129662;WS=129644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,85:0.49:175
chr16	138772	rs57321480	A	AG	6632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=58;PP=2957;SC=ATGCTCCGACAGCTGGCCAGC;SOR=0.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=96;WE=138780;WS=138762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	142825	rs2541618	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=0.160;SC=GGCAGGTGGGTCAGGACAGTG;SOR=0.484;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=16;WE=142833;WS=142815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	148352	rs2541616	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=814;ReadPosRankSum=0.593;SC=ACCCTGCACCGGGTATGCACC;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=52;WE=148360;WS=148342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr16	160668	rs808892	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GCCTCAGCCTTCCAAGTAGCT;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=26;WE=160676;WS=160658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr16	167165	rs216096	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=215;ReadPosRankSum=1.105;SC=CAATGAAGTGCAGTCTGCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12;WE=167173;WS=167155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	175144	rs2562166	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=772;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ACACTGCTTTCCATGTATTCT;SOR=1.012;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=50;WE=175152;WS=175134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr16	175186	rs2562165	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=901;ReadPosRankSum=-0.443;SC=ATCCAGGAGTGGAAACATTGT;SOR=0.541;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=65;WE=175194;WS=175176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr16	203132	rs2541598	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-1.068;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr16	203135	rs2858919	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-1.068;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr16	203144	.	A	G	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=17;MQ=56.03;NF=3;NR=3;PP=34;QD=11.4618687579;SC=CTGTGGGGAGAGGACAGTGAG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6;WE=203152;WS=203134;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	203152	rs12931817	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-2.057;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	216190	rs11431675	C	CG	1871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.450;NF=14;NR=30;PP=1587;ReadPosRankSum=0.942;SC=TGCGGATCCCCGGGCTCTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=44;WE=216198;WS=216180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,71:0.49:144
chr16	223706	rs2541640	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.435;NF=9;NR=41;PP=953;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CTGAGTGGGCAGCAGCCTGTG;SOR=0.429;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=16;TCR=88;TR=50;WE=223714;WS=223696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr16	223735	rs2685121	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.975;NF=4;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=1.573;SC=GGTTCTCTCTATCCCGGAATG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=29;WE=223743;WS=223725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	230481	rs1005364	C	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr16	240280	rs1211375	A	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=0.294;SC=TCCATCAGTTAATCTCCAATG;SOR=0.474;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=29;WE=240288;WS=240270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr16	242889	.	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=1.598;SC=ATGCCCGAGGCCAATGCAGGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=242897;WS=242879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	277458	rs1203974	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	278174	.	T	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;ReadPosRankSum=0.176;SC=TGTGCAACGCTAGAGGAGGAA;SOR=0.376;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=30;TCR=73;TR=63;WE=278182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr16	284556	rs7191945	G	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.465;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr16	284833	rs7202423	T	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1413;SC=AGCGGCGCGGTCGGGTGAGAG;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=284841;WS=284823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	287382	rs73484307	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=0.396;SC=GGGTCTCATGGAGTTGCAGCC;SOR=0.784;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=16;WE=287390;WS=287372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr16	324030	rs112344350	T	TG	696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=0.455;SC=GCGGGAAGGGTGGGGGGTCCC;SOR=0.886;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=21;WE=324038;WS=324020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr16	324052	rs2685126	A	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=591;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CCTTCTCATAATCCACCAGGG;SOR=1.362;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=41;WE=324060;WS=324042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr16	325683	rs200964940	C	CG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=6;PP=288;SC=GGGGAGACCCCGGAGACCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	325695	rs201791993	A	AG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=243;SC=GAGACCCCCAAGGGCCCCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	325732	rs202190256	A	AG	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=312;SC=GGCCTCGCAGACCTCCGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=325740;WS=325722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	325771	rs111978133	GT	G	390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=331;SC=GCGCCCCCGTGTCCCCATGCT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=325779;WS=325761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	325943	.	A	AG	269.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=192;SC=GGGATGACCGACGTCCCGCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=325951;WS=325933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	330661	.	C	CG	217.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	330678	rs368146102	G	A	208.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=107;SC=GCCGCGCGCCGCCATGCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=330686;WS=330668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	332558	rs61572786	CG	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.089;NF=10;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GGGAACGGGGCGGGGGGGGGA;SOR=0.538;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=12;WE=332566;WS=332548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr16	334543	rs45614840	C	G	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GAGTACCCTACGCTCAAGTTC;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=139;TCR=127;TR=109;WE=334551;WS=334533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,114:0.40:284
chr16	336660	rs11647490	G	A	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.391;SC=TGGATGCCACGGCCAACGAGC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=211;TCR=210;TR=204;WE=336668;WS=336650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,208:0.48:432
chr16	419283	rs11434190	A	AG	2272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=44;PP=2092;SC=AGGGGGGCCCAGGCAACTGCC;SOR=2.412;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=49;WE=419291;WS=419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	456239	rs11391097	G	GC	3136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=18;PP=2706;SC=TGGGCCTTCAGCCTGGACTGG;SOR=1.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=63;WE=456247;WS=456229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	456291	rs11391098	G	GC	6083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=69;PP=2975;SC=CTGGGCAGATGCCCCGGGAGT;SOR=0.704;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=88;WE=456299;WS=456281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	456416	rs3743890	T	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=63;PP=2456;SC=GCCTCTCCCATGGTCCCCTGT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=456424;WS=456406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	456483	rs3785290	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=42;PP=1035;SC=CCAGAGGCTATGGGGATGTTG;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=456491;WS=456473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	476096	rs1883371	A	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=131;SC=CGGGGGCGGCACAACTGGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=476104;WS=476086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	532248	rs9935319	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=552;SC=GTAGAGACAAATTTCACTTTG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=532256;WS=532238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	532279	rs12917958	C	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=911;SC=TGGTCTTGAGCTCCTGGGTTC;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=532287;WS=532269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	539088	rs3830847	T	TAA	3052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=60;PP=2838;SC=CGTGCATTGGTGAGAGAACTT;SOR=3.321;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=61;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	539093	rs74390230	G	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=52;PP=1545;SC=ATTGGTGAGAGAACTTGCTTT;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=59;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	601632	rs3213574	T	C	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=89;PP=1984;ReadPosRankSum=1.355;SC=GCAGTGAGGGTGTCTTCTGGA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=367;TCF=172;TCR=195;TR=166;WE=601640;WS=601622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,178:0.47:379
chr16	602046	rs7196821	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=18;PP=648;SC=TCCCGCCACCTGCAGGTACTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=602054;WS=602036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	602799	rs116628166	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=905;ReadPosRankSum=1.448;SC=GGGAGGGTGGCGTGGGGCAGG;SOR=0.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=61;WE=602807;WS=602789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr16	603471	rs11248937	A	G	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.071;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=81;PP=2624;ReadPosRankSum=1.528;SC=ACAGCCCCCCACTCACGCCAG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=139;WE=603479;WS=603454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr16	604554	rs7763	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=544;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CAATTGTCAGTCCCGTTCCTT;SOR=0.619;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=36;WE=604562;WS=604544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr16	667467	rs143953020	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.346;SC=CCTAGAGATCGCGGCTCCCCT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=667475;WS=667457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	675985	rs149195145	G	A	6029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.330;SC=AGGCCCGCGCGTACGCAGAGA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=505;TCF=292;TCR=213;TR=278;WE=675993;WS=675975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,279:0.55:509
chr16	679814	rs12447874	T	C	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=101;PP=2965;SC=AAGCCCCTCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=111;TCR=101;TR=211;WE=679822;WS=679804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr16	718514	rs7204542	C	G	8552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=114;PP=2965;SC=AGGAGATCACCATCCCCGCGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=194;TCR=116;TR=308;WE=718522;WS=718504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
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chr16	722548	rs1128550	A	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=55;PP=1506;ReadPosRankSum=1.182;SC=AGGTCAATGGACAGGAGAAGT;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=274;TCF=143;TCR=131;TR=117;WE=722556;WS=722538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,122:0.43:287
chr16	734054	.	G	A	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=93;PP=2285;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCGCGATCAGGGGCGCACGTA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=464;TCF=224;TCR=240;TR=177;WE=734062;WS=734044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,189:0.39:486
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chr16	780736	rs35455787	C	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=497;ReadPosRankSum=0.498;SC=GGGAGGTGACCGGGCCCCCTC;SOR=0.667;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=31;WE=780744;WS=780726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr16	813778	rs148293093	A	ATCCCATCCCCCG	296.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.97;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr16	813786	.	C	CCCCACA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=1.150;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	813790	.	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	813794	.	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	814494	rs7185523	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=292;ReadPosRankSum=0.085;SC=CCCATCCCCCAGGGCAGCGCT;SOR=0.634;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=22;WE=814502;WS=814484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr16	814749	rs150637121	AC	A	870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.689;NF=8;NR=29;PP=771;ReadPosRankSum=1.352;SC=CCCTGAACCCACCCCCCCGGC;SOR=1.345;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=93;TCF=15;TCR=78;TR=37;WE=814764;WS=814738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr16	815370	rs7197395	T	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.075;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr16	815379	rs7197402	T	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.086;QD=18.44;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr16	815394	rs201082511	GGTCA	G	1373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.386;NF=17;NR=8;PP=1122;ReadPosRankSum=-3.094;SC=CAAGGCCCAGGGTCAGTCACC;SOR=2.478;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=25;WE=815405;WS=815384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr16	815413	rs7205754	C	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.301;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.936;NF=33;NR=9;PP=819;ReadPosRankSum=-2.884;SC=CCCCCGCCACCACCCCTGCCA;SOR=2.625;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=42;WE=815421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr16	815628	rs1737340	A	G	8951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=167;PP=2965;SC=GTGAGACCCCAATCCCCAGCC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=165;TCR=167;TR=332;WE=815638;WS=815618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr16	816294	rs3765322	T	G	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1754;ReadPosRankSum=0.541;SC=CCCCAGCCCCTCTGGGAGTGA;SOR=0.624;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=279;TCF=140;TCR=139;TR=119;WE=816302;WS=816284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,124:0.44:285
chr16	816874	rs117721221	C	T	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.246;SC=GTCCACCCACCGTGTCCCCAG;SOR=0.823;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=322;TCF=167;TCR=155;TR=190;WE=816882;WS=816864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,189:0.59:321
chr16	817407	rs72773454	C	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGAAGGCGCTCAGTCAGCAGA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=89;WE=817415;WS=817397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr16	818559	rs1135210	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=383;ReadPosRankSum=0.210;SC=AGACCTCAGCATGCAAGGTGG;SOR=0.575;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=29;WE=818567;WS=818549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr16	818643	rs58800379	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=999;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCCCTCTCTCTGTAGAGGCCC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=83;WE=818651;WS=818633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,84:0.40:209
chr16	818807	rs57272256	C	T	6763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GGGTGGTCCCCGTTCCACCCC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=821;TCF=428;TCR=393;TR=332;WE=818815;WS=818797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:500,339:0.40:839
chr16	819008	rs58596209	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=41;PP=774;ReadPosRankSum=0.405;SC=GCACTCAGGGTGGCCCCAGGA;SOR=1.539;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=91;TCF=4;TCR=87;TR=42;WE=819016;WS=818998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr16	819434	rs74710719	C	T	10026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=19.74;ReadPosRankSum=2.739;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,262:0.52:508
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chr16	820109	rs7185231	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=0.975;SC=GGTGCTGGGGGGCCCCCTGGT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=28;WE=820117;WS=820099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
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chr16	820353	rs9746336	A	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.314;NF=9;NR=21;PP=367;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GAAGACCCACAGGGTAGGGCC;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=30;WE=820361;WS=820343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr16	820379	rs55668207	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.398;NF=2;NR=11;PP=623;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CAGGATGGGGCAGATGGCGGG;SOR=0.582;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=13;WE=820390;WS=820369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	820382	rs11384995	A	AT	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.398;NF=0;NR=11;PP=632;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GATGGGGCAGATGGCGGGAGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=820390;WS=820369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	820636	.	CGGGTGAGGGGGGCTGGGCTCCACCAGGGGAGCCGCCTGGGGGGACG	C	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr16	820662	.	G	T	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=58.98;NF=7;NR=12;PP=160;QD=10.2511164499;SC=GGCTCCACCAGGGGAGCCGCC;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=19;WE=820670;WS=820652;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr16	820888	rs12599339	T	C	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr16	820893	rs116597278	T	C	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,51:0.32:159
chr16	820903	rs114200955	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,49:0.31:156
chr16	821057	rs74001008	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=2.101;SC=CTTTCCTCTCACCCTCTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=821065;WS=821047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	823094	rs7185842	A	G	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=90;PP=2325;ReadPosRankSum=0.683;SC=TGCCGCGCCCACCGGCCTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=349;TCF=155;TCR=194;TR=155;WE=823102;WS=823084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,155:0.43:357
chr16	823153	rs74001009	A	G	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1684;ReadPosRankSum=1.021;SC=CCTTGACCACATGCTGGCACT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=311;TCF=149;TCR=162;TR=125;WE=823161;WS=823143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,126:0.40:317
chr16	823269	rs75446442	C	T	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=69;PP=1743;ReadPosRankSum=1.703;SC=AGGAAGAGGTCGTCCCGCAGC;SOR=0.555;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=288;TCF=132;TCR=156;TR=134;WE=823277;WS=823259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,139:0.47:297
chr16	824098	rs9927150	T	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=309;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CAAGAACTTGTCCAAACTACT;SOR=1.255;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=21;WE=824106;WS=824088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr16	824141	rs72759403	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=686;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AGGGAAAAGCTGGACCGGTGA;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=45;WE=824149;WS=824131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr16	824390	rs140359955	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr16	824426	rs61734004	C	T	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=561;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CCTGCACCTGCGCCCACAGGT;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=48;WE=824434;WS=824416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,51:0.37:138
chr16	824473	rs61734013	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCCAGGGCCTGTAGCCCCTCC;SOR=0.469;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=33;WE=824481;WS=824463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr16	824593	rs191944264	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.988;SC=CCAGCAGGCCGGAGGAGCACC;SOR=0.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=7;WE=824601;WS=824583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr16	824940	rs138626915	G	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=911;ReadPosRankSum=0.411;SC=GGGGGTCTGCGGCACCGATGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=76;WE=824948;WS=824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,81:0.39:207
chr16	824955	rs185230383	C	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CGATGCTGGACGCGTCCATGT;SOR=0.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=82;WE=824963;WS=824945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,89:0.39:227
chr16	825654	rs59872948	T	C	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=127;PP=2556;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CACCCGTGCCTGCCCCTCTGC;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=491;TCF=214;TCR=277;TR=236;WE=825662;WS=825635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,243:0.48:505
chr16	828844	rs1737342	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.098;SC=GCAGAAGGGCATGGGCCGCAC;SOR=1.387;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=14;WE=828852;WS=828834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	829955	rs3765329	G	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	833291	rs35339491	C	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GGACACAGATCCACCATGTGT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=129;TCR=93;TR=86;WE=833299;WS=833281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,89:0.39:231
chr16	836199	rs55658005	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=56;PP=1873;ReadPosRankSum=0.637;SC=GGGAGGGCAGGAAGGGGTCAG;SOR=0.940;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=286;TCF=155;TCR=131;TR=129;WE=836207;WS=836189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,129:0.44:292
chr16	836342	rs57753356	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1197;ReadPosRankSum=0.684;SC=GGGTGGCCCAGGGCACTGCAG;SOR=0.953;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=57;TCR=97;TR=73;WE=836350;WS=836332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr16	836421	rs74001027	G	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=1.126;SC=GAGCGGGGCCGATCCACACCT;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=18;WE=836429;WS=836411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr16	837310	rs531278	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=897;SC=TGGGGTGGGAATCCTGAGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=837318;WS=837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	838338	.	G	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=595;ReadPosRankSum=1.199;SC=TGGCGACCCAGAGACCCTGGA;SOR=0.842;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=38;WE=838346;WS=838328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr16	839084	rs2277901	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=1.403;SC=AGGAAGAGGCAGGTGGACGCC;SOR=1.828;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=22;WE=839092;WS=839074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr16	839262	rs569951	A	G	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=84;PP=2716;SC=TGAACTTCAGATCGGAGGAGA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=165;WE=839270;WS=839252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	839949	rs11425062	C	CT	5787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.346;NF=53;NR=53;PP=2964;ReadPosRankSum=0.664;SC=CTTGCTTCCCCTCCTGCTTTT;SOR=0.691;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=299;TCF=135;TCR=164;TR=106;WE=839957;WS=839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,192:0.42:454
chr16	839996	rs4984925	T	C	5679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=3.324;NF=118;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GCCCCCAATTTCCCTTTGCAG;SOR=0.670;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=624;TCF=321;TCR=303;TR=237;WE=840004;WS=839986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,284:0.42:672
chr16	840014	rs4984926	A	C	6191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.12;MQRankSum=3.258;NF=126;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.887;SC=CAGCTGACCCATCTGGATGGC;SOR=0.734;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=657;TCF=332;TCR=325;TR=262;WE=840022;WS=840004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,301:0.43:696
chr16	840378	rs3765263	A	G	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=66;PP=2132;ReadPosRankSum=0.596;SC=GAGGCCCAGAAGCTTTCAGAC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=345;TCF=193;TCR=152;TR=146;WE=840386;WS=840368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,148:0.42:355
chr16	840409	rs3765264	T	C	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=82;PP=2492;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GGTGACTTGGTTGGCCCTTCC;SOR=0.696;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=367;TCF=189;TCR=178;TR=165;WE=840417;WS=840399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,167:0.44:378
chr16	840769	rs3765266	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=0.599;SC=TGGGCCTCGGAGACGGAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=840777;WS=840759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr16	841966	rs742319	C	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=66;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ATGTGAGGTCCGTCTCTGGCT;SOR=0.645;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=337;TCF=170;TCR=167;TR=142;WE=841974;WS=841956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,149:0.42:353
chr16	842450	rs2277897	C	T	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=75;PP=2221;ReadPosRankSum=1.685;SC=CCGCCATCAACGTCCTCCTGA;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=344;TCF=190;TCR=154;TR=163;WE=842458;WS=842440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,169:0.47:359
chr16	842686	rs4984929	C	T	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=1786;ReadPosRankSum=0.696;SC=GGTGCCAACCCTGGGGTCCCT;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=90;TCR=112;TR=109;WE=842694;WS=842676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,114:0.53:216
chr16	842706	rs742320	G	A	4078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1618;ReadPosRankSum=0.032;SC=TGGCCCTGCCGCCTCTCCTCA;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=109;WE=842714;WS=842696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,115:0.56:204
chr16	842826	rs74908091	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=527;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GTGGAGCCCCAGGAGCCGTGT;SOR=0.465;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=36;WE=842834;WS=842816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr16	843084	rs3833825	C	CGGGTG	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=7.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.529;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	843801	rs191719411	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=224;ReadPosRankSum=0.629;SC=ACTTTCCCTGGGGTCCCCTAA;SOR=0.215;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=23;WE=843809;WS=843791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr16	845901	rs2982244	T	C	10222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=151;PP=2965;SC=GAGCACACATTTGTACAGCCT;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=203;TCR=151;TR=353;WE=845909;WS=845891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr16	846652	rs79562574	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=525;ReadPosRankSum=0.604;SC=TTGGAGTGCCCGGCGGCTCTC;SOR=0.288;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=31;WE=846660;WS=846642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr16	847743	rs2294451	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=1.133;SC=ACAGCAGTCCCGAGTGCAGGT;SOR=0.681;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=25;WE=847751;WS=847733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr16	848697	rs146451993	TGA	T	1510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=923;ReadPosRankSum=1.013;SC=CAGGATGGTGTGAGAGGGGCC;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=23;WE=848706;WS=848687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr16	848755	rs36073541	G	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1199;ReadPosRankSum=-2.497;SC=CCACCCATGGGTTGTTCTTCA;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=96;WE=848763;WS=848745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,100:0.44:225
chr16	855342	rs614048	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=844;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AGTGCAGGGGATGGCCCTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=51;WE=855350;WS=855332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr16	855717	rs1005190	C	G	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=94;PP=2764;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GAGCTCCCAACCAGCTCAGGA;SOR=0.664;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=366;TCF=166;TCR=200;TR=176;WE=855725;WS=855707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,183:0.48:378
chr16	905559	rs4984949	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=348;SC=AGGCGCCAGGAGGAATTGTCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=905567;WS=905553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	942989	rs11864203	G	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=20;PP=2101;SC=CTGCCCTCACGCTGCACGGCA;SOR=2.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=95;WE=942997;WS=942979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	943107	rs4984705	A	G	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=128;PP=2965;SC=AGTCAGTCACAGGGGCTGGGG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=125;TCR=128;TR=253;WE=943121;WS=943097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr16	943130	rs4984706	C	G	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GCGGCGGCCCCGACAGAAACA;SOR=0.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=129;TCR=127;TR=254;WE=943138;WS=943120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr16	943317	rs11404654	C	CT	6169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=75;PP=2936;SC=CAGTGGCTTCCTTTGCGCCTT;SOR=0.704;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=115;WE=943325;WS=943307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	943361	rs4984707	T	C	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=89;PP=2965;SC=CCACGCATCATCACGCTACAG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=96;TCR=89;TR=185;WE=943369;WS=943351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	943534	rs4984708	C	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=818;SC=CAAAGGGAGCCGAGGCGCAGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=943542;WS=943524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	961051	rs2277893	C	T	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=-1.675;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,103:0.42:247
chr16	961054	rs2277892	C	T	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,101:0.42:243
chr16	984113	rs11248955	C	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=8;PP=1175;SC=CATCACTGCCCTCCGTGCATA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=984121;WS=984103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	997352	rs12446579	A	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=38;PP=2104;SC=GGCTACGCAGAGGCAGGTGGT;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=997360;WS=997342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	997454	rs72769410	C	T	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AATGAAGCACCGAGGGCGGTG;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=115;WE=997462;WS=997444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,123:0.55:222
chr16	997473	rs12447306	T	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.90;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	997473	.	TGC	CGC,CGT	1796	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=103,42;NR=98,39;PP=1796,1049;QD=9.10831449028;SC=TGTCCCTGGGTGCTGGCGGCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=201,81;WE=997483;WS=997463;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:204
chr16	997475	rs59925733	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,89:0.42:213
chr16	997496	rs12445470	C	A	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=103;PP=2965;SC=CCAGCGTCCCCTCCAGCCCTG;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=181;WE=997504;WS=997486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	997520	rs12447329	T	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=88;PP=2962;SC=CTGCTCTCAGTACTCTTTGAA;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=157;WE=997542;WS=997510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	997534	rs12933840	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=955;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CTTTGAAGTGGAGCCACCATC;SOR=0.925;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=61;WE=997542;WS=997510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,66:0.43:155
chr16	997682	rs34656293	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=0.304;SC=GAAGGGATGGCGGTGCTGCCG;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=997690;WS=997672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	1004554	rs3751667	C	T	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CTTCCCAGCTCGTCCTGTCCT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=104;TCR=140;TR=112;WE=1004562;WS=1004544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,118:0.46:255
chr16	1004605	rs12448005	A	G	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CTCTGCAGGGAAGCAGCCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=112;WE=1004613;WS=1004595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,113:0.53:213
chr16	1004694	rs3751666	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=89;PP=2775;SC=CAAAACAAGCATGACTAGGAA;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=156;WE=1004702;WS=1004684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	1004743	rs3751665	C	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=54;PP=1610;SC=GCTCAGAATGCGGGGCGAGGC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=1004751;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	1014119	rs11862542	A	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=0.412;SC=CATGGCCGATAAATACTTTGT;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=47;WE=1014127;WS=1014109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr16	1021000	rs36202798	CCGGAGGCCCCGCCCATTCT	CAGGCCCCGCCCATTCT,C	702.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=2367;SC=GGGCGCACTCCCGGAGGCCCC;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=7;WE=1021028;WS=1020990;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.35:26
chr16	1021004	.	AGGCCCCGCCCATTCTC	A	345.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.737;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	1021020	.	C	A	273	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=273;QD=51.2952020912;SC=CGCCCATTCTCGGAGGCCCCG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=6;WE=1021028;WS=1020990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,6:0.20:30
chr16	1031090	rs113250895	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=980;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ACTCGTATGGGCAGGGCGGCC;SOR=1.264;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=58;WE=1031098;WS=1031080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr16	1031161	rs75555675	C	A	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1697;ReadPosRankSum=2.490;SC=GTGCGCTGTCCGCAGACTCTG;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=115;WE=1031169;WS=1031151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,127:0.56:226
chr16	1031282	rs145245546	CTGTG	C	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr16	1031347	.	AGTGT	A	243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5002;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=16;MQ=44.75;NF=0;NR=6;PP=243;QD=41.0;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=1031358;WS=1031337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,6:0.67:9
chr16	1032187	.	CGCG	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-3.202;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,8:0.12:68
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chr16	1035077	rs11542179	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=1616;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGCAGCCGAGCCCCGGCCACT;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=140;TCR=105;TR=120;WE=1035085;WS=1035067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,121:0.47:255
chr16	1035422	rs11542180	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=0.260;SC=CAGGCGTCAGGGGGCAGCCTT;SOR=0.078;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=19;WE=1035430;WS=1035412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	1035456	rs11866418	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GTGTGTGACCAGGGCGGGAGG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=1035464;WS=1035446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	1115493	rs200810931	G	GT	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.127;NF=6;NR=12;PP=560;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GTGAGTGCAGGTTGGGGATGG;SOR=0.304;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=18;WE=1115501;WS=1115483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr16	1115842	rs143173222	CGGCA	C	4096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=2971;ReadPosRankSum=0.210;SC=GAGGCAGGAACGGCAGGCGGT;SOR=0.520;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=70;WE=1115853;WS=1115832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,105:0.54:195
chr16	1115904	rs66626263	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=1768;ReadPosRankSum=1.993;SC=CTGCCGGGCCGGAGGCGCCTG;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=176;TCR=122;TR=116;WE=1115912;WS=1115894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,119:0.39:308
chr16	1116169	rs7189857	A	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1170;ReadPosRankSum=1.052;SC=CTGGAGTTGCAGGTGAGGCCA;SOR=0.619;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=74;WE=1116177;WS=1116159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr16	1116220	rs34024516	T	TG	2007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CGGGCCGCCCTGGGGGACGCT;SOR=1.165;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=39;WE=1116228;WS=1116210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,58:0.44:131
chr16	1116243	rs35432067	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.167;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.195;NF=19;NR=25;PP=674;ReadPosRankSum=0.310;SC=GGTTTGACTTCTGGGGCTGGG;SOR=0.863;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=44;WE=1116251;WS=1116233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr16	1116445	rs530518	A	G	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=128;NR=99;PP=2965;SC=GTTCGGGTCGAGGTCTGCAGC;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=227;WE=1116453;WS=1116435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	1129023	rs4988484	C	T	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CTGGTGTGTGCGGCCGGGCTG;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=134;TCR=77;TR=125;WE=1129031;WS=1129011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,120:0.58:208
chr16	1129193	rs4988487	C	T	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=2208;ReadPosRankSum=-1.067;SC=GCCCTTCGGCCCCGTCCTGTG;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=133;WE=1129201;WS=1129183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr16	1129384	rs35162372	G	A	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GCATGTCGCTGCCGCTCCTGG;SOR=0.508;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=113;TCR=123;TR=145;WE=1129392;WS=1129374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,155:0.62:250
chr16	1129872	rs169068	C	T	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=105;PP=2345;ReadPosRankSum=0.709;SC=GCCACGGAGCCGCGTCCAGAC;SOR=1.069;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=327;TCF=109;TCR=218;TR=149;WE=1129880;WS=1129862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,158:0.46:345
chr16	1129912	rs642249	A	G	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=119;PP=2965;SC=AGGCCACGCCACCCGCGCACC;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=54;TCR=119;TR=173;WE=1129920;WS=1129902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	1130927	rs116550527	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr16	1130927	.	CGG	TGA	1096	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=22;NR=5;PP=1096;QD=42.5728842542;SC=GGCTCTGGCCCGGGAGAGGGA;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=27;WE=1130937;WS=1130917;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr16	1130929	rs78134725	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=2.316;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr16	1131181	rs12599155	C	T	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=91;PP=2203;ReadPosRankSum=0.907;SC=GGCACCTTGGCCTTGCTCTGA;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=275;TCF=91;TCR=184;TR=132;WE=1131189;WS=1131171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,140:0.49:288
chr16	1143456	rs138526622	A	ACGCG	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.72;MQRankSum=2.713;QD=17.92;ReadPosRankSum=-2.659;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr16	1143500	rs113157415	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.505;NF=24;NR=15;PP=493;ReadPosRankSum=0.294;SC=CCCTCACCCGGCTACAGCTCG;SOR=0.454;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=39;WE=1143508;WS=1143490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr16	1204116	rs112034409	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	1244877	rs9936834	G	A	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	1244887	rs3751661	T	A	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.05;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	1245293	rs35250176	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=1.150;SC=GCAGGGCTCAGTTCCTGGGGC;SOR=0.132;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=1245301;WS=1245283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr16	1250559	rs8044363	T	C	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=107;PP=2297;ReadPosRankSum=-2.062;SC=ACGCCTGGATTGCCATCTTCC;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=338;TCF=128;TCR=210;TR=167;WE=1250567;WS=1250549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,177:0.50:354
chr16	1252259	rs9934839	A	G	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CCAGCCTCAGACTGGCCACAG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=110;WE=1252267;WS=1252249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,118:0.54:219
chr16	1252369	rs61734410	C	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1734;ReadPosRankSum=0.992;SC=GCCGGTGGACCGCCAGGCACC;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=128;WE=1252377;WS=1252359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,133:0.52:254
chr16	1252441	rs4984636	T	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=68;PP=1719;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCGCATGTGGTCGGGGAGCAT;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=97;TCR=132;TR=118;WE=1252449;WS=1252431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,119:0.51:233
chr16	1255030	rs2974835	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=569;SC=GGTGGGAGCCACGGGTGGGGG;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=1255048;WS=1255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	1255040	rs56412134	GC	G	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.271;NF=18;NR=1;PP=518;ReadPosRankSum=-0.249;SC=ACGGGTGGGGGCCCCAGATCA;SOR=0.245;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=19;WE=1255048;WS=1255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	1255058	rs8052049	T	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.684;NF=26;NR=2;PP=534;ReadPosRankSum=1.279;SC=TCAGTGCCGGTGAGGGGTGGG;SOR=0.713;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=28;WE=1255066;WS=1255048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr16	1256839	rs115172853	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CCTTTTAAGCTAGAGAGCTCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=1256847;WS=1256836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	1257731	rs12930875	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=80;PP=2848;ReadPosRankSum=0.667;SC=CCCCACTCACGGGGCCCCTCA;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=251;TCR=177;TR=193;WE=1257739;WS=1257721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,196:0.45:435
chr16	1260021	rs8056494	G	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=2092;SC=AGAAGCCGCCGCCTCATCCCA;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=98;WE=1260029;WS=1260011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	1260481	rs8063574	T	C	14133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=271;NR=235;PP=2965;SC=CTGACATTGATCCCGGCAGCA;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=508;TCF=272;TCR=236;TR=506;WE=1260489;WS=1260471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr16	1260767	rs2738897	G	A	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=94;PP=2965;SC=CCTGAGCTCAGTGCCATTGGC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=50;TCR=94;TR=144;WE=1260775;WS=1260757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	1260904	.	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=423;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CATGGCCTCGGCTGGTGGCGC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=38;WE=1260912;WS=1260894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr16	1261024	rs2738898	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGTCCCCTGACGCCACTGCCC;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=12;WE=1261032;WS=1261014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	1261119	rs2738899	G	A	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=6;PP=1487;SC=GCCGGCGCCTGGCAGCTGCTG;SOR=4.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=62;WE=1261127;WS=1261109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	1261219	rs2753326	A	G	16123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr16	1261222	rs2753325	A	G	16337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr16	1261282	rs4984637	T	C	13650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=238;PP=2965;SC=TTTTTGGCATTTTGGGTGTGC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=474;TCF=236;TCR=238;TR=474;WE=1261290;WS=1261272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr16	1261377	rs2738900	G	A	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=104;PP=2965;SC=CAGCGCCGCTGCGGGACGGGG;SOR=2.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=37;TCR=104;TR=141;WE=1261385;WS=1261367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	1265600	rs2235634	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1161;ReadPosRankSum=0.686;SC=CCAGGTAGGTGGAGCCCGCGC;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=88;WE=1265608;WS=1265590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,90:0.37:246
chr16	1265720	rs3897150	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GCTGAAGCTGCGTCCCTGCTG;SOR=0.549;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=36;WE=1265728;WS=1265710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr16	1266803	rs11395347	C	CT	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=1300;SC=TTCCACTTGGCCGGGCCCGGA;SOR=3.797;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=1266811;WS=1266793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	1268494	rs2745136	C	T	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=119;PP=2965;SC=GCGCCAGGGACGCCCCAAACC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=245;WE=1268502;WS=1268484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	1269029	rs2738893	T	C	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=69;PP=2965;SC=CCAGATCCCATTGGCTGTGTC;SOR=1.156;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=189;WE=1269037;WS=1269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	1270162	rs1054645	G	A	10049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=174;PP=2965;SC=TTCGGACAGCGCTGCGTCTCC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=180;TCR=175;TR=354;WE=1270170;WS=1270152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr16	1270349	rs4247094	T	C	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=81;PP=2965;SC=ACAGCGTGGATGCTCAGGGCT;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=153;WE=1270357;WS=1270339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	1271890	rs1004041	G	T	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=79;PP=2965;SC=CGGGGAGGAAGAAGCCAGCCA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=145;TCR=79;TR=224;WE=1271898;WS=1271880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	1272038	rs11248860	G	A	9025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=173;PP=2965;SC=CCAGCTCACAGTGCCAGCCTG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=162;TCR=174;TR=332;WE=1272046;WS=1272028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
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chr16	1272865	rs4984639	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=24;PP=865;SC=TGGGGAGACAGAGTGATCTCC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=1272873;WS=1272855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1273025	rs35047315	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CAGCTCTTCCCTCCTAGGCTT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=1273033;WS=1273015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	1273490	rs760357	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=452;ReadPosRankSum=0.713;SC=CACACGTGCACCCTCCGCAGG;SOR=0.400;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=32;WE=1273498;WS=1273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr16	1273638	rs909920	A	G	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=92;PP=2965;SC=ATCCCAAGAAACCCACTGCAC;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=171;WE=1273646;WS=1273628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	1275135	rs9938123	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=39;PP=1574;SC=CAGCCCCCAGTTTCACCCCCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=1275143;WS=1275125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	1278599	rs4360940	A	G	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=63;PP=2965;SC=TGGTGTTTTGAACAGGAGGGG;SOR=1.471;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=127;TCR=64;TR=190;WE=1278607;WS=1278589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr16	1278767	rs201725275	C	T	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=45.98;SOR=8.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr16	1279555	rs148897236	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.34;QD=48.34;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	1279574	rs199887053	C	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.44;QD=46.07;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	1279584	rs111992451	T	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.95;QD=41.30;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	1279623	rs72633259	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.130;NF=51;NR=35;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGGAGCCCCCGCAGAAGTGCA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=86;WE=1279631;WS=1279613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr16	1279704	rs202107419	A	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQRankSum=2.564;QD=30.80;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr16	1279710	rs200630968	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQRankSum=2.538;QD=33.37;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr16	1279714	rs192643610	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQRankSum=2.544;QD=34.91;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr16	1279717	rs201728868	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQRankSum=2.149;QD=25.59;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr16	1279732	rs201836020	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.775;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.436;NF=4;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=-3.254;SC=CAGGGCCTGGCCTGGGGCTGG;SOR=3.352;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=29;WE=1279740;WS=1279722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr16	1279778	rs368004602	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.09;MQRankSum=-2.113;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.180;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	1279816	rs371907673	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.40;MQRankSum=-0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	1279817	rs200692215	A	G	219.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.40;QD=36.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr16	1291160	rs141519544	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=10.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.39;MQRankSum=0.483;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.918;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr16	1291175	rs146223687	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.35;MQRankSum=-1.052;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr16	1291178	rs112944038	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQRankSum=-1.203;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
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chr16	1291188	rs17434400	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.121;NF=44;NR=22;PP=1693;ReadPosRankSum=0.116;SC=TGGGCATCGTCGGGGGTCAGG;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=66;WE=1291196;WS=1291165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,47:0.87:54
chr16	1291308	rs201568970	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-5.244;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.314;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,9:0.09:97
chr16	1291318	rs151324823	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=-5.676;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,11:0.12:92
chr16	1291337	rs200843295	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.66;MQRankSum=-6.099;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr16	1291355	rs112842602	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQRankSum=-5.528;QD=5.66;ReadPosRankSum=3.331;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr16	1291591	rs201278990	G	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=12.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.82;MQRankSum=-2.901;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=3.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,10:0.11:93
chr16	1291597	rs144979264	C	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.101;NF=64;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=1.549;SC=AGCCGGTGAACGTCTCCAGCC;SOR=0.020;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=96;WE=1291616;WS=1291581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,93:0.88:106
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chr16	1291608	rs201820654	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=10.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQRankSum=-3.334;QD=3.10;ReadPosRankSum=-2.328;SOR=1.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,22:0.17:131
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chr16	1291831	rs202156919	G	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.54;MQRankSum=0.055;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	1291850	rs200171211	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.27;MQRankSum=0.434;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.829;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr16	1292425	rs67723611	T	C	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.06;QD=31.53;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	1306346	rs3865205	CG	GC	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=7.280;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-7.069;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.109;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,17:0.17:103
chr16	1306355	rs1800984	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=49;PP=2380;SC=CCGGCCTACGTGGCCCCTGGT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=1306363;WS=1306336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	1306410	rs3993979	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.735;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.371;NF=4;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CATTCCACAGATCAGGGCCTG;SOR=2.816;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=25;WE=1306418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr16	1306439	rs2401941	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.835;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-4.432;NF=0;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=0.058;SC=CTGGGGAGGCCGGGCTGGCCC;SOR=4.457;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=11;WE=1306447;WS=1306429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr16	1306671	rs1141966	G	A	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=43.60;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	1306681	rs1141967	G	A	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=44.67;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	1306802	rs2401930	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=17.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.31;MQRankSum=-5.359;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=3.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr16	1306817	rs3993983	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=12.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQRankSum=-4.152;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=2.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr16	1306918	rs74470113	C	T	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-4.284;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr16	1306921	rs78324915	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-3.923;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,67:0.43:155
chr16	1306927	rs79472859	C	T	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-4.026;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,72:0.44:163
chr16	1306971	rs72775466	A	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-4.439;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,62:0.39:157
chr16	1306971	.	ACA	GCG	2647	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=19;MQ=59.12;NF=19;NR=30;PP=2647;QD=20;SC=ATCTCCAGCCACATCCACACG;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=49;WE=1306994;WS=1306961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:90,49:0.35:139
chr16	1306973	rs79313952	A	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-4.484;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,62:0.39:159
chr16	1306986	rs72775467	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.463;NF=17;NR=28;PP=2665;ReadPosRankSum=0.803;SC=CACACGGTCACGCTGCCCCCT;SOR=0.994;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=45;WE=1306994;WS=1306961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr16	1311333	rs3765436	A	G	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,195:0.46:422
chr16	1358608	rs148430996	ATGAGGGAGGGAGGGAATTAG	A	3411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=12;PP=2973;SC=GATCGAATGAATGAGGGAGGG;SOR=2.026;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=28;WE=1358635;WS=1358598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	1358917	rs11644706	A	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=750;SC=GGGAGGGGGGACCGGAAGCGC;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=1358925;WS=1358907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	1358976	rs11645809	T	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=188;SC=GTCCCCCACGTCCCGCCCGCG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=1358984;WS=1358966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	1364140	rs9941160	T	C	6851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=133;PP=2965;SC=GCGGACAGGCTCCCTCGGCTG;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=98;TCR=133;TR=231;WE=1364148;WS=1364130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr16	1364281	rs4984806	T	C	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=95;PP=2965;SC=GTGGTTGTTTTCTTTTCTCTC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=205;WE=1364289;WS=1364271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr16	1364365	rs4610	A	G	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GCGCCATTCCAGGAAAGAAAG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=74;WE=1364373;WS=1364355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,77:0.56:137
chr16	1370303	rs909916	T	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	1370309	rs909917	C	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	1370597	rs4017786	G	C	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=101;PP=2965;SC=GGGAGTGGAGGACACAGGCTC;SOR=2.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=31;TCR=101;TR=132;WE=1370605;WS=1370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	1370614	rs8063770	C	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=79;PP=2264;SC=GCTCACCCTACGGACAGCCAG;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=14;TCR=79;TR=93;WE=1370622;WS=1370604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	1370630	rs8043720	A	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=55;PP=1583;SC=GCCAGGGTCCACGCCTCTGTG;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=62;WE=1370638;WS=1370620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	1374656	rs761060	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=7;PP=1325;SC=TGGTCTGCCCAGCTGGCTCCG;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=57;WE=1374664;WS=1374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr16	1388416	rs13338616	T	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=126;SC=CCATCCAGGCTGTGGGTGAGC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=1388424;WS=1388406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	1388888	rs7197416	C	T	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=115;PP=2965;SC=TGAGCTGACCCGGCTCTTTCT;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=176;TCR=115;TR=291;WE=1388896;WS=1388878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	1389153	rs7202563	C	A	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=130;PP=2965;SC=TCACCCTGGGCCCCACACACA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=106;TCR=130;TR=235;WE=1389174;WS=1389143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr16	1389751	rs113792347	C	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.780;NF=12;NR=42;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGTGCACACACACACACGCAC;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=54;WE=1389759;WS=1389741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr16	1391221	rs34468534	G	A	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=2332;ReadPosRankSum=0.526;SC=AGCAGACCTCGGCTGCGCCGA;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=152;TCR=172;TR=150;WE=1391229;WS=1391211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,156:0.47:335
chr16	1391871	rs2369699	C	G	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2500;ReadPosRankSum=-0.153;SC=ACATCTGGTACAGGCCCCTGC;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=316;TCF=173;TCR=143;TR=158;WE=1391879;WS=1391861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,164:0.50:326
chr16	1392877	rs742458	T	C	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,126:0.58:219
chr16	1393020	rs2235632	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr16	1393267	rs140321291	A	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGAAAGGGGCAGTGCTATGAG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=1393275;WS=1393257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	1394430	rs12597545	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1137;ReadPosRankSum=0.576;SC=CTTCCTCTTCCCTGCAATCCA;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=70;WE=1394438;WS=1394420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr16	1394507	rs1132356	A	C	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.508;SC=ATCCTGAATGACAAGAGTCCC;SOR=0.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=241;WE=1394515;WS=1394497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr16	1394551	rs11248872	A	G	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=115;PP=2965;SC=GACCCTGGCCATGAGGGGTAC;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=161;TCR=115;TR=276;WE=1394559;WS=1394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	1394741	rs151251565	AGCCAACAGG	A	5089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.403;NF=22;NR=64;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CTGGGGTCGGAGCCAACAGGG;SOR=0.598;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=216;TCF=45;TCR=171;TR=86;WE=1394757;WS=1394716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,139:0.44:313
chr16	1396788	rs3215518	TGCAGGTGGGGCCAGCGGG	T	989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	1397518	rs34339539	G	GC	5188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=54;PP=2966;SC=GCACCCAGGGGCCCCTCCTGA;SOR=1.172;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=97;WE=1397526;WS=1397508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	1397815	rs1132358	C	T	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=83;PP=2592;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TCCCCCTGGACGCCAACGGTG;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=346;TCF=181;TCR=165;TR=179;WE=1397823;WS=1397805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,186:0.52:358
chr16	1398077	rs34766513	C	CCT	19372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=184;PP=2930;SC=GCGAGACTCCCGACTGGCCTC;SOR=0.884;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=261;TCF=61;TCR=200;TR=245;WE=1398085;WS=1398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr16	1400693	rs2294605	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CTGAACTGTTCCCCTGTCCGT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=20;WE=1400701;WS=1400683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr16	1407792	rs4984644	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	1407809	rs4984820	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	1417408	rs4984823	T	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=20;PP=582;SC=CTGCAGACCCTCTTGCCTGTG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=1417416;WS=1417398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	1417558	.	G	GCCCT	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=79;MMLQ=24;MQ=54.77;NF=0;NR=4;PP=73;QD=22.75;SC=GTCACCTGCGGCCCTCCCTCC;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=1417566;WS=1417551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	1419947	rs11248874	A	G	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=45;PP=2794;SC=TTGCAGTCCAACCTGGGCGAC;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=132;WE=1419955;WS=1419937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	1433766	rs12918814	T	C	7584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=137;PP=2965;SC=CGGGTCCTGATGGTGCTGGGG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=135;TCR=137;TR=272;WE=1433774;WS=1433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr16	1444341	.	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=1105;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTGAAAAGGGGGGCGTGGGCC;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=53;WE=1444349;WS=1444331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr16	1447278	rs61738727	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=390;SC=CGTGCTTCACACTGGGGCAGG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=1447286;WS=1447268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	1451519	rs761068	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CTGTTCTCGCGCTGTGCCCGC;SOR=1.011;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=23;WE=1451536;WS=1451509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr16	1451847	rs117069883	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=467;ReadPosRankSum=0.900;SC=AGTGTGTGGCGCTCCGCTGTC;SOR=1.302;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=28;WE=1451855;WS=1451837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr16	1455900	rs8044833	C	T	11937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=239;NR=196;PP=2965;SC=CCTCAGGAAGCTCTCACCTGA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=436;TCF=239;TCR=197;TR=435;WE=1455908;WS=1455890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
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chr16	1476465	rs4984834	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=375;SC=AGTTAATCTCAGTCTCAAACA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=1476473;WS=1476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr16	1484338	rs7192100	A	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=35;PP=1872;SC=TCAGCCCCACAGGCCCTGGGT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=1484346;WS=1484328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	1484392	rs12598718	G	C	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=70;PP=2965;SC=GCTCTAATGAGTACAAAGCCA;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=166;WE=1484400;WS=1484382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	1484455	rs61743495	T	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CACCTGCTCCTGGCTGTGGGG;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=83;TCR=98;TR=94;WE=1484463;WS=1484445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,98:0.51:192
chr16	1484473	rs7192331	A	G	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=98;PP=2965;SC=GGGCTTCTCCAGGACCCCTCC;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=178;WE=1484481;WS=1484463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	1484613	rs7190606	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=649;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TGGGCCCCCAGCCCTGAACCC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=50;WE=1484621;WS=1484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr16	1484648	rs115991841	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=932;ReadPosRankSum=0.544;SC=AGGAGGCCGCGCCGGGATCCC;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=71;WE=1484656;WS=1484638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr16	1485243	rs9927318	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.952;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=889;ReadPosRankSum=-2.614;SC=CCCCACAGGCACCCCGATATC;SOR=1.214;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=33;WE=1485263;WS=1485233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,35:0.27:132
chr16	1485255	rs9927323	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.688;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,25:0.21:117
chr16	1486147	rs77434805	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=826;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GGCCAGGACCGGGGACAAAGG;SOR=0.471;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=16;TCR=85;TR=46;WE=1486155;WS=1486137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr16	1486352	rs909974	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=679;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TCTGTCACGATACCAGGGGAT;SOR=0.392;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=94;TCF=83;TCR=11;TR=41;WE=1486360;WS=1486342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr16	1486398	rs6600145	A	G	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=22;PP=1744;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCAGCCCAGTAACGGTCAGCA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=168;TCR=50;TR=98;WE=1486406;WS=1486388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,104:0.46:227
chr16	1486875	rs3751894	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GATGGAAAGACGGACACGGGG;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=88;TCR=131;TR=91;WE=1486883;WS=1486865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,97:0.41:234
chr16	1487790	rs116020944	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=498;ReadPosRankSum=0.579;SC=CCATAGCCCCGCCTGCCCCCG;SOR=1.209;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=30;WE=1487798;WS=1487780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr16	1487975	rs4984839	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ACAGGTGGGCACGGGGAGGCC;SOR=0.468;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=193;TCF=121;TCR=72;TR=81;WE=1487983;WS=1487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,84:0.43:196
chr16	1488015	rs4984840	A	G	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=57;PP=2376;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TGTGCGTGGGAGACCCCGTTG;SOR=0.895;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=312;TCF=185;TCR=127;TR=151;WE=1488023;WS=1488005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,154:0.48:319
chr16	1488039	rs4984841	C	T	6217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=77;PP=2578;ReadPosRankSum=0.832;SC=ACATGTTGCGCTACCCCCTCA;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=383;TCF=217;TCR=166;TR=184;WE=1488047;WS=1488029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,184:0.47:388
chr16	1488141	rs12925639	C	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=76;PP=1916;ReadPosRankSum=0.970;SC=CGGCCAGCTCCCCAGCCCGGC;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=96;TCR=144;TR=122;WE=1488149;WS=1488131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,133:0.53:252
chr16	1488224	rs4984843	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=663;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CCTGCCCACCTCTCAGCCCTG;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=50;WE=1488232;WS=1488214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr16	1488646	rs8054054	A	G	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2000;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CCAGTAGGACACGGTTCAGCG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=305;TCF=161;TCR=144;TR=146;WE=1488654;WS=1488636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,148:0.48:310
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chr16	1492377	rs114391979	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=505;ReadPosRankSum=0.610;SC=CCCTCTGGGCGGCCCCCCTGA;SOR=0.736;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=41;WE=1492385;WS=1492367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
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chr16	1493098	rs760994	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TCTGAAGGCCGCCCAGGCACG;SOR=0.333;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=24;WE=1493106;WS=1493088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr16	1493130	rs760995	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=325;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CCTTTTCTAGCTGGACCTGGA;SOR=0.269;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=19;WE=1493138;WS=1493120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr16	1493151	rs11641300	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=-2.507;SC=TGTGTATCCCCCACTCCAGCG;SOR=0.425;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=24;WE=1493159;WS=1493141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	1493397	rs115280269	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=1.652;SC=CTGGCCCCTGGGAGCTCTGGG;SOR=0.890;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=34;WE=1493405;WS=1493387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr16	1493759	rs12596752	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GCGGCGGCGACGTGGTCCTCC;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=66;WE=1493767;WS=1493749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,70:0.55:127
chr16	1497137	rs12599176	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=0.567;SC=CAGAGGCAGGCGGGACCCTCA;SOR=0.378;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=50;WE=1497145;WS=1497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr16	1498197	rs2235578	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GCGTCCACACAGCCCTCCATG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=23;WE=1498205;WS=1498187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr16	1498520	rs12597739	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=528;ReadPosRankSum=0.699;SC=TGCCCGTCACACGCCACCAAC;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=33;WE=1498528;WS=1498510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr16	1499377	rs742408	C	T	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1014;ReadPosRankSum=1.100;SC=CAGGCCCAAACCCACCAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=82;WE=1499385;WS=1499367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr16	1500708	rs61073146	G	GC	1816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.003;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=1446;ReadPosRankSum=2.254;SC=CACGACTCCCGCCTCCGCAGG;SOR=0.340;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=5;TCR=83;TR=40;WE=1500716;WS=1500698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr16	1503879	rs2235579	T	A	14056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=0.906;SC=CATTGAACACTGCTCCAAGCA;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=212;TCR=280;TR=490;WE=1503887;WS=1503869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,508:0.99:511
chr16	1504017	rs4786337	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=932;SC=GCAGGGGGCTAGGGGGTCCTG;SOR=4.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=38;WE=1504025;WS=1504007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	1504633	rs4265806	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=916;SC=ACTGGGTGTTCTGAGCAGGCC;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=1504641;WS=1504623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	1505588	rs7196094	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=480;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GACCGCTGCTTTGGGCAGGAC;SOR=0.559;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=29;WE=1505607;WS=1505578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr16	1505599	rs7190701	C	T	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=11;PP=1649;SC=TGGGCAGGACCAAGGCCTGAC;SOR=3.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=65;WE=1505607;WS=1505578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	1506130	rs41286695	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1021;ReadPosRankSum=0.694;SC=GGGCTCCAAACGCCGCTGACA;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=75;WE=1506138;WS=1506120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,82:0.52:157
chr16	1508988	rs35341445	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CTGCACACAGTGCCACCAGTA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=11;WE=1508996;WS=1508983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr16	1509123	rs12923538	G	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1141;ReadPosRankSum=2.113;SC=GCCGCACCACGTGGGGGATCT;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=90;WE=1509131;WS=1509113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,97:0.45:215
chr16	1510538	rs35280276	A	G	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=57;PP=1338;ReadPosRankSum=0.348;SC=TCTGGGGCTCATCAAGGAGGG;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=100;WE=1510546;WS=1510528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,105:0.44:241
chr16	1510567	rs2072950	T	G	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=955;ReadPosRankSum=1.448;SC=TTCCCCGTCATGACCACCCAG;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=69;WE=1510575;WS=1510557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,71:0.43:166
chr16	1510634	rs34682071	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTGCTGGGTGGAGCCATGATG;SOR=1.874;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=19;WE=1510642;WS=1510624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	1510707	rs35436553	C	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.400;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=581;ReadPosRankSum=1.083;SC=CCAGCCTGGCCGGGCCGCCTC;SOR=0.194;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=39;WE=1510715;WS=1510697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
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chr16	1511552	rs2744994	G	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=882;ReadPosRankSum=-0.031;SC=GGAGTGGGCTGGCAGGGGGCA;SOR=0.844;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=52;WE=1511560;WS=1511542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
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chr16	1515503	rs2744997	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GGGCTGGGACGGGCCTCCCTG;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=1515511;WS=1515493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	1524261	rs28550432	G	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=39;PP=1155;SC=AACTCGGTGCGAAGGGAGACT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=65;WE=1524269;WS=1524251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	1524850	rs3751884	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=22;PP=1807;SC=GCGCAGCCCCAGGCCCAGCCC;SOR=2.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=1524858;WS=1524840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	1536323	rs2667671	A	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1482;ReadPosRankSum=0.847;SC=AGCAGCTGCAAGGGCAGCTCC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=95;WE=1536331;WS=1536313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,100:0.43:234
chr16	1536380	rs2667672	G	T	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=65;PP=1837;ReadPosRankSum=0.354;SC=CCGGGCAGCAGGGAGTCTCGG;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=339;TCF=177;TCR=162;TR=138;WE=1536388;WS=1536370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,145:0.41:351
chr16	1536499	rs2745097	G	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GGCTCGCAGGGCAGTGACGAA;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=107;WE=1536507;WS=1536489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,115:0.47:243
chr16	1536535	rs2745098	C	T	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GACCACGTTCCTGGTGGAGGC;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=104;WE=1536543;WS=1536525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,112:0.50:222
chr16	1537455	rs2667673	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=654;ReadPosRankSum=1.276;SC=GGGGGGCCCCTGTGCTCAGAG;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=53;WE=1537463;WS=1537445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr16	1537874	rs7202502	G	A	4188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=89;PP=2504;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GCTCTCTTCCGCCAGGCTCCG;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=227;TCR=185;TR=198;WE=1537882;WS=1537864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,207:0.49:426
chr16	1538296	rs1040498	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=815;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGCAGGGGACGGCAGGGTGGC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=50;WE=1538304;WS=1538286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr16	1538363	rs1040499	C	A	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1647;ReadPosRankSum=3.497;SC=CCCGACAGGCCCACAGCACTC;SOR=0.894;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=225;TCF=144;TCR=81;TR=108;WE=1538371;WS=1538353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,104:0.46:227
chr16	1545448	rs2235624	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=22;PP=1594;SC=CAGCAGACGCAGCCCGGCTTC;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=1545456;WS=1545438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	1547477	rs2745108	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CCATGGAGGCTGTGCTGACCG;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=36;WE=1547485;WS=1547467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr16	1549343	rs11344586	GC	G	3418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.232;NF=13;NR=62;PP=2651;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CGGTGAGGACGCCACGGAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=190;TCF=24;TCR=166;TR=75;WE=1549351;WS=1549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,116:0.40:290
chr16	1552570	rs58893598	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=581;ReadPosRankSum=1.157;SC=GGGTGGCTCCGGCCCTGTGAG;SOR=0.261;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=36;WE=1552578;WS=1552560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr16	1552876	rs2294603	C	G	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1443;ReadPosRankSum=0.167;SC=GCCCGGAGGTCGCCCCGGGTG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=126;TCR=68;TR=84;WE=1552884;WS=1552866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,83:0.41:200
chr16	1555589	rs2248128	A	G	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=58;PP=1789;SC=AGCAAGACCCAGCGGCTCTCC;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=1555597;WS=1555579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	1556500	rs45457991	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GTCCCGCAAGATTCCTCTGTG;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=22;WE=1556508;WS=1556490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	1557090	rs11248882	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=42;PP=1311;SC=GGCCTGTGCTAACCATGGATC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=1557098;WS=1557080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	1557268	rs3736721	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=327;ReadPosRankSum=2.301;SC=GTGGGGACGGCGTCGGGACCC;SOR=0.484;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=28;WE=1557276;WS=1557258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr16	1557790	rs377623489	TGTGA	T	359.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.902;NF=0;NR=22;PP=724;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGATG;SOR=0.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=22;WE=1557802;WS=1557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	1557794	rs12927760	A	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.646;NF=2;NR=26;PP=1408;ReadPosRankSum=1.083;SC=TGTGTGTGTGAGAGATGTGTC;SOR=3.886;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=28;WE=1557802;WS=1557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
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chr16	1559965	rs7191986	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=636;ReadPosRankSum=0.540;SC=AGGACCACCCTCGCCGACAGC;SOR=0.377;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=41;WE=1559973;WS=1559955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
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chr16	1573754	rs78028801	C	T	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=38;PP=1844;ReadPosRankSum=1.112;SC=GGCCCGAGCACGGAGGCCTCG;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=102;WE=1573762;WS=1573744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr16	1573810	rs2745176	A	G	8998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=181;NR=149;PP=2965;SC=CCAGGTCCCCACCGGTGGCCA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=182;TCR=149;TR=330;WE=1573818;WS=1573800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr16	1574863	rs2235640	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=58;PP=1414;ReadPosRankSum=1.482;SC=AGTGCAGCGCGGCGTCCATCT;SOR=1.097;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=178;TCF=61;TCR=117;TR=82;WE=1574871;WS=1574853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,86:0.46:187
chr16	1574968	rs117976472	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=0.413;SC=CGCTCCAACCCGGGACGGCCC;SOR=1.292;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=14;WE=1574976;WS=1574958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	1578252	rs68112448	C	G	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.568;QD=16.23;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr16	1578304	rs147916170	CCA	C	3133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=3.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.628;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,91:0.43:210
chr16	1578316	.	GCACGCATGCACGCACGTGTGCACACA	G	992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr16	1578434	rs149176109	G	GCA	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=17;PP=2063;SC=ACACACAGATGCACACACACA;SOR=1.154;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=39;WE=1578442;WS=1578424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1584446	rs1057612	G	C	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=887;ReadPosRankSum=0.790;SC=AGGACCCGGGGAGGGCCGAGC;SOR=0.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=57;WE=1584454;WS=1584436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr16	1584618	rs2076438	T	C	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=81;PP=2079;SC=ACATGGGAGATGTTAGGCGCG;SOR=1.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=36;TCR=82;TR=117;WE=1584626;WS=1584608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	1584675	rs140776695	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=0.667;SC=CTGCCCTGAGCGTGGCCTCTG;SOR=0.324;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=12;WE=1584683;WS=1584665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	1591962	rs2076443	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1583;ReadPosRankSum=1.824;SC=TGGTGGCCACGGCCGCGCTCA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=133;TCR=100;TR=107;WE=1591970;WS=1591952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,111:0.46:243
chr16	1592087	rs2076444	T	C	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=89;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGTAAGTACCTGGGCGGGTGT;SOR=0.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=117;TCR=161;TR=155;WE=1592095;WS=1592077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,155:0.55:280
chr16	1605051	rs9932984	A	G	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=51;PP=1545;SC=GCGCTCCATCAACGCACACCT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=1605059;WS=1605041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	1608082	rs2076436	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=643;ReadPosRankSum=0.775;SC=ACACCATCTGAGGGATGTGGT;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=38;WE=1608090;WS=1608072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr16	1608177	rs2235641	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr16	1614097	rs8048410	A	G	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=0.970;SC=GCCGGGGCTCACTCTGGTCCC;SOR=0.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=190;WE=1614105;WS=1614087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr16	1634385	rs34762152	C	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=1984;ReadPosRankSum=-2.289;SC=ACGGAGATGACGCTGTTCACT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=134;TCR=148;TR=139;WE=1634393;WS=1634375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,142:0.50:286
chr16	1639793	rs12447357	C	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGGGGACAAACGTGGGGTCAC;SOR=1.122;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=40;WE=1639801;WS=1639783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr16	1642423	rs2273679	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=996;ReadPosRankSum=0.011;SC=CCACCTCCCCCGATGTAAACA;SOR=0.422;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=47;WE=1642431;WS=1642413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr16	1642700	.	C	T	93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=59.24;NF=1;NR=8;PP=93;QD=14.1968013941;SC=CCCGGCAGAGCGACTGGTGGA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=9;WE=1642708;WS=1642690;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr16	1652614	rs2236269	T	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=538;SC=GAGAGGCAAATTCCCACAGTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=1652622;WS=1652604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1656765	rs2859310	A	G	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CTGGCCTCATAGATGTCGTTT;SOR=0.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=208;WE=1656773;WS=1656755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr16	1657012	rs7192480	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.686;NF=61;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=0.336;SC=TATACACACACACACCCATAG;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=89;WE=1657043;WS=1657002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,90:0.59:153
chr16	1657034	rs34935994	CAT	C	3056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.461;NF=29;NR=37;PP=2982;ReadPosRankSum=-1.765;SC=CACACACACACATGTGCACAC;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=66;WE=1657043;WS=1657002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,92:0.42:217
chr16	1657284	rs1894649	C	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=867;SC=ACTCAGGCCTCCTCAGCGCTG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=1657292;WS=1657274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	1657350	rs743963	A	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=247;SC=TAAAACAAACAATATGACTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=1657358;WS=1657340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	1660274	rs1057983	A	G	11237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=174;PP=2965;SC=TTGATGCAACACGACCCTCAG;SOR=0.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=409;TCF=235;TCR=174;TR=409;WE=1660282;WS=1660264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr16	1660812	.	TGCAGCTCCGAG	T	2382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.069;NF=8;NR=23;PP=2954;ReadPosRankSum=0.879;SC=GGCACGCACGTGCAGCTCCGA;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=31;WE=1660830;WS=1660802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr16	1664931	rs7201813	T	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=82;PP=2846;SC=CCAGGAAGGATCCTCCGAGCG;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=151;WE=1664939;WS=1664921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	1670791	rs74702118	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GTGACAGGACAGTGTGCGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=1670799;WS=1670781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	1682281	rs3169425	A	G	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=105;PP=2965;SC=GCAAGCCAGCAAGCATGGTGA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=224;WE=1682289;WS=1682271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	1687741	rs9941003	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AAGAAACCACGTGAGCCTGGT;SOR=0.215;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=19;WE=1687749;WS=1687731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	1691106	rs2072986	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=765;SC=CTAACTACATTGTGGTCTCAT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=1691114;WS=1691096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	1691250	rs79201173	A	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=836;ReadPosRankSum=0.957;SC=ATTCTCTAAAATACAGAAGCT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=62;WE=1691258;WS=1691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr16	1691281	rs11865609	C	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CAGTGAGGACCTTCCGAGTTA;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=59;WE=1691289;WS=1691271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr16	1691361	rs34993817	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCAGTGACTGCGCCCAGAGCC;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=13;WE=1691369;WS=1691351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	1695395	rs9928010	G	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=646;ReadPosRankSum=0.302;SC=CACCATGTTGGCCAGGCTGGT;SOR=0.294;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=33;WE=1695403;WS=1695385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr16	1697025	rs13336131	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=1030;ReadPosRankSum=1.277;SC=AGCAGACATTCGTATTTACAA;SOR=0.442;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=67;WE=1697033;WS=1697015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr16	1705081	rs3743511	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AGGGCCCTGCAGACGCCCGCT;SOR=3.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=1705089;WS=1705071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	1705196	.	TC	T	2872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=1762;ReadPosRankSum=-1.658;SC=GAACCTCACTTCCTCCTGTCT;SOR=0.559;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=49;WE=1705204;WS=1705186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr16	1705417	rs34464612	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GAACAGCCATGCTGTGACATG;SOR=0.155;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=1705425;WS=1705407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	1712386	rs17135479	T	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=758;ReadPosRankSum=0.922;SC=CCGAACGGGTTGCCAAGAGAA;SOR=0.397;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=72;TCR=11;TR=38;WE=1712394;WS=1712376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr16	1716010	rs8058190	A	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=878;SC=CCCTGCGGCCACATCCTGCTG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=1716018;WS=1716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1716294	rs11861975	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1205;ReadPosRankSum=0.057;SC=ACCCTTCACCAAGAACATCTA;SOR=0.577;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=70;WE=1716302;WS=1716284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr16	1717795	rs117631661	G	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GTGTTTTTGGGAGAAATAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=1717803;WS=1717785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	1720844	rs2272893	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GCACCTGACCACCAACCCTCG;SOR=0.309;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=33;WE=1720852;WS=1720834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr16	1720875	rs36064904	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TGCCAGCACTCTCCTGCACAC;SOR=0.145;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=15;WE=1720883;WS=1720865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr16	1730470	rs7200097	A	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GATGGTGAGGAAGGAAAGCCG;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=101;TCR=107;TR=83;WE=1730478;WS=1730460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,83:0.39:213
chr16	1733351	rs12719794	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=245;SC=GGCTCAAACAGTCCTCCCACC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=1733359;WS=1733343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	1733479	rs113851179	C	CT	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr16	1735671	rs34148924	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=612;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TACTGATCCTTTCCCATATTG;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=32;WE=1735679;WS=1735661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
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chr16	1749358	rs10771	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=1.225;SC=AACCAAAACAGCCTGTCCACT;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=19;WE=1749366;WS=1749348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr16	1779399	rs11248888	C	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.199;NF=31;NR=10;PP=709;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTTCTGCCTGCACAGGGCAGC;SOR=1.156;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=41;WE=1779407;WS=1779389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,55:0.42:132
chr16	1779444	rs34520001	A	AG	3530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.030;NF=14;NR=35;PP=1934;ReadPosRankSum=-1.814;SC=GGACGGAGACAGCCCCCCACG;SOR=0.590;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=49;WE=1779452;WS=1779434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,117:0.49:239
chr16	1797050	rs2294613	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,85:0.45:191
chr16	1802518	rs747254	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=2.542;SC=CCAGGGCAGGAGGATCACCTG;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=1802526;WS=1802508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	1810116	rs57876690	C	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=42;PP=1246;SC=GAGCACCTGGCTCCAACGCCA;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=1810124;WS=1810106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	1812541	.	G	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=630;ReadPosRankSum=0.783;SC=GCAGGACTGCGGCTCCCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=41;WE=1812549;WS=1812531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr16	1812972	rs2294616	G	C	4523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=123;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GCCCGATCTCGGCAGGCAGCC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=472;TCF=209;TCR=263;TR=224;WE=1812980;WS=1812962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,229:0.48:482
chr16	1814391	rs2294618	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=888;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAGGCCGCGATCCCCTGACCT;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=63;WE=1814399;WS=1814381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr16	1815337	rs2917508	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=12;PP=323;SC=AGTCAAGTGAGGCCCTGGGCC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=1815345;WS=1815327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	1818153	rs2437734	T	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=55;PP=2412;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CCTCTCCCACTCTCCACCTGT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=160;TCR=96;TR=149;WE=1818161;WS=1818143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,149:0.56:266
chr16	1822159	rs2269123	T	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=894;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAAGACGGTTTCTTTCATCAA;SOR=0.273;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=53;WE=1822167;WS=1822149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr16	1823024	rs11552431	G	T	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=87;PP=2774;ReadPosRankSum=0.736;SC=ACCGCGTAGAGCTGGGAGTCG;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=181;TCR=166;TR=180;WE=1823032;WS=1823014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,185:0.52:358
chr16	1824115	rs2076433	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=1.892;SC=TGGCAGGAAAGGGAACACTGG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=9;WE=1824123;WS=1824112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	1825774	rs13339350	T	C	3956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=89;PP=2847;ReadPosRankSum=-1.836;SC=CATGAGGTTCTAAAAGGCTTC;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=147;TCR=180;TR=162;WE=1825782;WS=1825764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,172:0.50:347
chr16	1826023	rs9929680	G	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=1010;ReadPosRankSum=0.903;SC=TCCAGGTGCAGAAGCCCCGTC;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=66;WE=1826031;WS=1826013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr16	1826377	rs2235636	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=0.306;SC=ACCTCAGGGGAAGGGTGGGTG;SOR=0.268;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=25;WE=1826385;WS=1826367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr16	1827522	rs13332165	T	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=0.734;SC=GACCTCACGCTACAGTCACCC;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=1827530;WS=1827512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	1827836	rs1178432	T	C	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=71;PP=2907;SC=CGAACCGCGATGAGAAGCTGG;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=164;WE=1827844;WS=1827826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	1836709	rs2575351	G	C	9668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.16;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr16	1836709	.	GG	CA,CG	1946	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=59,128;NR=57,130;PP=1688,1946;QD=15.0126540936;SC=CCCGCATCCCGGTGGAGGCCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=130;TCR=130;TR=116,258;WE=1836718;WS=1836699;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:260
chr16	1836710	rs79769512	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,125:0.46:270
chr16	1837900	rs344358	T	C	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=71;PP=2816;SC=GTGTCCCTGCTGGTGCGCCTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=141;WE=1837908;WS=1837890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	1838037	rs2272977	C	G	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=91;PP=2381;ReadPosRankSum=-1.415;SC=GCGGCTTCACCTGCCCACACT;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=171;TCR=163;TR=180;WE=1838045;WS=1838027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,187:0.54:345
chr16	1838479	rs28534374	A	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=225;SC=ATCCCCTCTAAGGCCACGGGT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=1838487;WS=1838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	1838640	rs344359	T	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=66;PP=2516;SC=AGGAGTTCCCTGGGAGCCCCG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=152;WE=1838648;WS=1838630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	1838836	rs1065656	C	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=0.217;SC=CAGCGTCAGCCGGAGAGCTTC;SOR=1.942;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=23;WE=1838844;WS=1838826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
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chr16	1843549	rs3817900	T	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.09;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
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chr16	1843672	rs3817902	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=708;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CAGGGCAGGCTGCAGGCAGGC;SOR=0.407;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=67;WE=1843680;WS=1843662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr16	1844781	rs2256923	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=0.120;SC=GGGCACAGCCAGGGCTCGGGG;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=20;WE=1844789;WS=1844771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr16	1844801	rs9924224	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=419;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GAGACCACAGTTTTCCAGGGC;SOR=1.052;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=29;WE=1844809;WS=1844791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr16	1844872	rs3829561	G	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.764;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr16	1844875	rs3829562	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr16	1859150	rs1057071	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr16	1859153	rs1057070	T	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.78;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr16	1859432	rs1628812	G	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=48;PP=900;ReadPosRankSum=0.993;SC=CACGCCCACCGGAGGAGCCAG;SOR=1.289;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=104;TCF=22;TCR=82;TR=58;WE=1859440;WS=1859422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr16	1859476	rs1629513	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr16	1859482	rs1629534	A	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.63;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=2.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr16	1859730	rs2745199	G	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.462;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=843;ReadPosRankSum=-1.061;SC=AGGGGCCCGCGCCCACCACCT;SOR=0.248;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=104;TCF=82;TCR=22;TR=59;WE=1859738;WS=1859720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr16	1859850	rs1742442	A	G	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,165:0.52:315
chr16	1866873	rs11862755	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=700;ReadPosRankSum=1.819;SC=GAAGGCACTGCGCAGTGACGG;SOR=1.096;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=41;WE=1866881;WS=1866863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr16	1867014	rs11863390	G	C	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=74;PP=1596;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGAGGTGACAGGTGAGCTCGG;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=337;TCF=160;TCR=177;TR=144;WE=1867022;WS=1867004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,153:0.43:356
chr16	1867040	rs11860469	T	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=1498;ReadPosRankSum=0.213;SC=TGTTACCACCTGTGAAAGTCC;SOR=0.860;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=275;TCF=127;TCR=148;TR=126;WE=1867048;WS=1867030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,128:0.44:288
chr16	1867338	rs74002493	C	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1106;ReadPosRankSum=0.615;SC=CAGGAGGGGGCCAGGAGCAGG;SOR=0.867;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=66;WE=1867346;WS=1867328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr16	1867370	rs112575251	C	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CGGCAAGGCCCAGGCCCCGAA;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=32;WE=1867378;WS=1867360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr16	1869326	rs2076452	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=471;ReadPosRankSum=0.754;SC=TCCTCAGCTCTGAGGGAAATG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=28;WE=1869334;WS=1869316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr16	1870037	rs144480059	TGGGCTGCCTGCTGAGCTGAGG	T	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr16	1870077	.	AG	A	355	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=20;PP=355;QD=18.2380952381;SC=TGCTGAGCTGAGGGGGCTGCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=21;WE=1870085;WS=1870067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,21:0.29:72
chr16	1870133	rs55786131	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=156;ReadPosRankSum=0.249;SC=CTAGTCAAACGCAACACTTAT;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=1870141;WS=1870123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	1872160	rs238680	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=487;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GTGAGTCCCGGGTCTTTCTCA;SOR=0.488;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=30;WE=1872168;WS=1872150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr16	1872187	rs55791023	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=763;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TGCTGGGGGCTTGTCCTCACA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=49;WE=1872195;WS=1872177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr16	1872752	rs11641257	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.190;SC=CGGAGACTAATTTCCATTTAG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=1872760;WS=1872749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr16	1876949	rs7188401	G	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1054;ReadPosRankSum=2.476;SC=AACTTGTTTTGTCCGCGAGCC;SOR=0.427;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=62;WE=1876957;WS=1876939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr16	1877698	rs3743852	C	G	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.716;SC=ACGGCGAACTCAGACAGGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=86;WE=1877706;WS=1877688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,89:0.45:199
chr16	1877913	rs13166	C	G	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1195;ReadPosRankSum=0.409;SC=TGAGTTATTTCTTAACAAGTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=79;TCR=108;TR=92;WE=1877921;WS=1877903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,98:0.49:200
chr16	1894912	rs9806826	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=429;ReadPosRankSum=-2.683;SC=CCAGAACATTCGTTTCTTTAT;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=32;WE=1894920;WS=1894902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr16	1902889	rs1617255	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=194;SC=TCAAAGTTCATTGTAAGTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=1902909;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	1902901	rs7187251	A	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GTAAGTTTTTAAAAAAGTTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=1902909;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	1907652	rs428123	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=10;PP=1216;SC=CCAGCTGATCGTGACCACTCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=1907660;WS=1907642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	1907701	rs408286	AG	CA	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=40;PP=2947;SC=CTCCCCTGCCAGATTGCACTT;SOR=1.540;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=123;WE=1907710;WS=1907691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	1907946	rs411193	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=444;SC=ATTGCAAAAACACAAGAAAGT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=1907954;WS=1907936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	1910219	rs391288	A	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=182;SC=AAAGCCATTTATCATGTGACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=1910227;WS=1910209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	1910263	rs7185434	T	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=0.781;SC=TAATCAAAGATGAATTTTGTA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=11;WE=1910271;WS=1910253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	1910373	rs433268	C	G	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=57;PP=2623;SC=TGATCATTCTCGCACAATCTC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=1910381;WS=1910363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	1912021	rs1657125	T	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AGAAAGAGACTTGATGTAATC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=122;TCR=96;TR=111;WE=1912029;WS=1912011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,116:0.50:234
chr16	1912139	rs380846	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=62;PP=1941;SC=CCAATGCTTTTATTTTTCAAA;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=1912147;WS=1912129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	1912205	rs1657126	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AAAAGTTTCATTTCAATTATA;SOR=0.126;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=1912213;WS=1912195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	1915886	rs58422887	T	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=1.947;SC=CAGATGTACTTGATAAATTTA;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=12;WE=1915894;WS=1915876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr16	1917998	rs1742444	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=672;SC=AATGAGTATCTATATACTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=1918006;WS=1917988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	1918094	rs78268797	T	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=899;ReadPosRankSum=2.464;SC=AATCACCACATTATTGAAACC;SOR=0.663;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=71;WE=1918102;WS=1918084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr16	1918125	rs1742446	T	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=63;PP=1909;SC=GCCATATTTGTCTGCAGATCT;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=123;WE=1918133;WS=1918115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	1961674	rs337285	G	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=60;PP=2965;SC=CGCCGGACCAGGGCCTGGGGC;SOR=1.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=122;TCR=60;TR=182;WE=1961682;WS=1961664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	1962046	rs1742399	CG	TA	14408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=139;PP=2947;SC=AGCGTCTGGGCGTAGTCGGAG;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=164;TCR=144;TR=295;WE=1962055;WS=1962036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr16	1962132	rs8055325	G	A	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.682;SC=GCGGCGGGGGGCCTCTCGCGT;SOR=0.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=125;TCR=132;TR=256;WE=1962140;WS=1962112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr16	1968338	rs199930198	T	TC	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	1989215	.	G	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=409;ReadPosRankSum=1.363;SC=GCCGGGCGCGGGGGCGGTGGA;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=37;WE=1989223;WS=1989205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr16	1990994	rs13331553	T	C	21984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=393;NR=388;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CCCACACGCCTATTTCCCAAG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=784;TCF=394;TCR=390;TR=781;WE=1991002;WS=1990984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,802:1.00:804
chr16	1991513	rs9934331	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=190;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CCCGTTCCGAGGGTAGGCTGT;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=1991521;WS=1991503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr16	1992930	rs41286697	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CTCCTCGCCCCCAGGCTCCCC;SOR=1.426;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=1992938;WS=1992920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	1994743	rs2754179	G	A	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	1994749	rs2531332	A	C	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	1994931	rs61276345	C	CAAGAG	6579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=73;PP=2965;SC=GCCTTAGTCACTCTGGCCAGA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=8;TCR=84;TR=80;WE=1994939;WS=1994921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	1994980	rs11640479	G	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=2.006;SC=ATCACTCAGGGCCGGCCCTAC;SOR=1.300;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=30;WE=1994988;WS=1994970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr16	1996075	rs1003904	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=1197;SC=TGACTATCACGCCGCCCCTAC;SOR=6.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=48;WE=1996083;WS=1996065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	1996535	rs35725974	C	CA	2015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=12;PP=1938;SC=ATGCCCCCTACATGTATACCA;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=42;WE=1996543;WS=1996525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	2004718	rs2815301	T	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=44;PP=1363;SC=CAGCTGCCAGTTCCCAGATTA;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=2004726;WS=2004708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	2009590	rs114155571	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=3;PP=1333;ReadPosRankSum=0.891;SC=GGCCAGGGCAGCGCGTCCGGG;SOR=1.749;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=123;TCF=112;TCR=11;TR=60;WE=2009598;WS=2009580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr16	2009697	rs2302175	C	T	5997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=2.290;SC=CCAATCCCATCGTCTACATGA;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=633;TCF=341;TCR=292;TR=290;WE=2009705;WS=2009687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,292:0.46:638
chr16	2009762	rs4402569	A	G	6782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=1.354;NF=152;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=3.226;SC=AGAGGTACGAAGCCCCAGCCC;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=611;TCF=278;TCR=333;TR=326;WE=2009770;WS=2009750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,318:0.52:608
chr16	2009852	rs338788	G	C	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.126;NF=19;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=0.428;SC=GGTCCCGTCTGCCTGAGACCG;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=30;TCR=108;TR=84;WE=2009878;WS=2009842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,89:0.62:144
chr16	2009862	rs11382929	G	GC	3002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.17;MQRankSum=1.111;NF=4;NR=51;PP=2972;ReadPosRankSum=0.958;SC=GCCTGAGACCGCCCCCCGCTG;SOR=0.599;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=108;TCF=6;TCR=102;TR=55;WE=2009878;WS=2009842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr16	2009870	rs338789	C	G	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=1.189;SC=CCGCCCCCCGCTGCACCCCGG;SOR=0.917;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=14;TCR=84;TR=57;WE=2009878;WS=2009842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr16	2011082	rs731198	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=1.106;SC=CCAAAGGGCTTATGAGAAATA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=2011090;WS=2011080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	2011126	rs758335	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=5;PP=527;SC=CCGATGAGGCATTTGAGTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=2011134;WS=2011116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	2011321	rs77110262	A	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1296;ReadPosRankSum=1.579;SC=GAGTGTGGAGATCTGCACCGT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=79;WE=2011329;WS=2011311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
chr16	2011430	rs80071661	A	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTTGCTTTCAATTGTTCTCAC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=104;WE=2011438;WS=2011420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,113:0.49:230
chr16	2011925	rs74903026	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=1007;ReadPosRankSum=0.929;SC=GTGGGTGCCCCTGCTGTGTGG;SOR=0.507;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=50;WE=2011933;WS=2011915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr16	2012009	rs116746316	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TTGGCCCCACGCCCCAGATTC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=139;TCR=116;TR=102;WE=2012017;WS=2011999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,102:0.39:264
chr16	2012027	rs114278396	C	T	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,106:0.38:282
chr16	2013715	rs72764892	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TAAGGTTACCCTATTTCTGCA;SOR=0.520;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=20;WE=2013723;WS=2013705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr16	2013756	rs72764893	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=596;ReadPosRankSum=-2.737;SC=TTGCCCTTTTTCTCTTGTTTG;SOR=0.472;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=45;WE=2013764;WS=2013746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr16	2013852	rs79381233	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=966;ReadPosRankSum=3.078;SC=TAGGGCGAACGCTCACATGAC;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=78;WE=2013860;WS=2013842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr16	2014031	rs6366	C	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=478;SC=TCAGTTCTTTCGAAATGAATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=2014039;WS=2014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	2014283	rs2286466	A	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=27;PP=1453;SC=GTACCTTAATAGGCAGGGAGA;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=74;WE=2014291;WS=2014273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	2015121	rs1133099	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GCGCTCTCCTCTTCACTTAGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=2015129;WS=2015111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	2015393	rs7193011	T	C	4856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.110;SC=CCTAACCTTGTTCTTTCTCCG;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=493;TCF=219;TCR=274;TR=232;WE=2015401;WS=2015383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,234:0.47:500
chr16	2017071	rs72633262	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-1.805;SC=TAAGGCCCCCGTCTCCAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=13;WE=2017079;WS=2017061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
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chr16	2018316	rs116292986	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCAACTCACCAGAGTCAGAAA;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=14;WE=2018324;WS=2018306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	2018554	rs114840677	G	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1592;ReadPosRankSum=1.121;SC=CCTCGCAGGTGCCGCGTGGGA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=94;WE=2018562;WS=2018544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr16	2018578	rs45488492	C	G	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1680;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TGGCAGAGCACCGGCAGCATT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=95;WE=2018586;WS=2018568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr16	2018650	rs45484597	G	A	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=63;PP=2184;ReadPosRankSum=-0.474;SC=ACCCGGCCGAGCGTGCTCGCC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=159;TCR=120;TR=148;WE=2018658;WS=2018640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,151:0.52:288
chr16	2018912	rs62617079	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=0.556;SC=CAGGGCCAACATACCTTGTAA;SOR=0.544;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=26;WE=2018920;WS=2018902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr16	2022316	rs115260840	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCGAGAGGCTGTGTGTGCGCC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=9;WE=2022324;WS=2022306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	2024131	rs3743851	T	C	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=54;PP=2046;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGAAGGGCAGTGGGGCGGGCA;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=175;TCR=102;TR=145;WE=2024139;WS=2024121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,147:0.53:279
chr16	2049631	rs144186452	G	A	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,105:0.43:242
chr16	2049640	rs2286469	A	G	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=-2.667;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,107:0.44:245
chr16	2050941	rs8046471	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.247;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=369;ReadPosRankSum=2.574;SC=AACAAACAAAAAAAAAGAGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=19;WE=2050949;WS=2050931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr16	2059621	rs11366527	GC	G	6223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=93;PP=2974;SC=GGTCGCAGCGGCCCCAGCGCC;SOR=1.105;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=12;TCR=97;TR=105;WE=2059629;WS=2059611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	2059674	rs71384660	T	C	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=60;PP=1864;SC=GCTCCCGCCTTCCCGCTCAGG;SOR=1.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=2059682;WS=2059664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	2059698	rs71384661	T	G	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.06;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	2059708	rs71384662	T	G	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.03;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	2059710	rs71384663	T	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	2059736	rs71148116	CG	C	1185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.93;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	2059762	rs71148117	GC	G	896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=116;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=455;SC=CCGGGATCCGGCCCCCCTCTC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=2059770;WS=2059752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	2059778	rs71148118	GT	G	749.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.65;ReadPosRankSum=1.741;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr16	2059782	rs71384664	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	2059790	rs968417	A	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	2059939	rs968418	A	C	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=19;PP=2965;SC=CCGCTCTACCATGAGCCGACC;SOR=3.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=104;TCR=19;TR=123;WE=2059947;WS=2059929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	2059955	rs62038790	A	G	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=42;PP=2965;SC=CGACCGCTCGAAGGTCCGCGC;SOR=2.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=128;TCR=43;TR=168;WE=2059963;WS=2059945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	2088405	rs149481694	CCCCCCTTCCCCT	C	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.897;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.361;NF=1;NR=53;PP=1288;ReadPosRankSum=0.772;SC=CCAGAGACCCCCCCCCTTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=2;TCR=73;TR=54;WE=2088424;WS=2088391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,70:0.91:77
chr16	2110571	rs2074968	C	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=629;ReadPosRankSum=1.516;SC=GGGCACTGCGCGCTCAGGCGT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=35;WE=2110579;WS=2110561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr16	2111779	rs17135764	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=489;ReadPosRankSum=1.849;SC=GGGCTGAGGGTGTCTCCATGC;SOR=1.387;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=26;WE=2111787;WS=2111769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr16	2120402	rs7187438	T	C	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=31;PP=2965;SC=GGGTGCTGTCTTAGGACTGCG;SOR=2.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=123;TCR=31;TR=153;WE=2120410;WS=2120392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	2132282	rs187607083	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=367;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGGTCTGCCCAAGCAGCTTGT;SOR=0.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=23;WE=2132290;WS=2132272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr16	2201270	rs36234	G	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=318;ReadPosRankSum=1.331;SC=GTTGCAGCTCGTTAGTTACTG;SOR=0.828;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=21;WE=2201278;WS=2201260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
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chr16	2223142	rs117921232	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=13;PP=1196;ReadPosRankSum=1.007;SC=GGGAGGCACCGGCAGGGACCC;SOR=0.504;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=119;TCF=98;TCR=21;TR=68;WE=2223150;WS=2223132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr16	2233565	rs889495	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=1.422;SC=CGGGTGGGAGTTGTGGCCAGG;SOR=0.616;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=2233573;WS=2233555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	2237045	rs201639603	C	T	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=65;PP=2287;ReadPosRankSum=1.197;SC=AATCCTTGGTCGCCCGGACCT;SOR=0.825;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=149;WE=2237053;WS=2237035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,154:0.56:276
chr16	2239402	rs27381	C	T	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1972;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CGCTGCCCCGCCCCCGCTCGG;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=127;WE=2239410;WS=2239392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,130:0.61:212
chr16	2255804	rs3214648	TG	T	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=11;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.446;NF=15;NR=8;PP=934;ReadPosRankSum=-1.589;SC=GCTGCGGAGGTGGGGGGGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=23;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr16	2255807	rs112805476	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=8;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.325;NF=22;NR=9;PP=531;ReadPosRankSum=1.130;SC=GCGGAGGTGGGGGGGGGACGG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=31;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	2256047	rs3217423	AC	A	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.816;NF=22;NR=16;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CTGACCTTTGACCCCTGCCGT;SOR=1.258;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=38;WE=2256055;WS=2256037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr16	2256326	rs27699	C	T	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGCCTCAGGGCTACCTTCCCG;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=396;TCF=197;TCR=199;TR=200;WE=2256334;WS=2256316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,208:0.50:420
chr16	2256461	rs26863	C	G	5144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.393;SC=GGGTCGACCTCAGCACAGCCA;SOR=0.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=385;TCF=214;TCR=171;TR=216;WE=2256469;WS=2256451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,219:0.56:388
chr16	2257105	rs26862	C	G	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=51;PP=2022;ReadPosRankSum=0.057;SC=GCCTGCACCCCAACCAGGTGA;SOR=0.605;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=143;TCR=90;TR=134;WE=2257113;WS=2257095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,137:0.57:240
chr16	2259766	rs26858	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CTGGCTTGGCAGGGCCGGGTA;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=15;WE=2259774;WS=2259756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	2259865	rs25852	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=0.561;SC=CCTGAAACCACAGCTCCAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=2259873;WS=2259855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	2260567	rs26857	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1211;ReadPosRankSum=1.512;SC=CCAGCCACAACCCCCACAGCG;SOR=0.679;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=84;WE=2260575;WS=2260557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,88:0.59:148
chr16	2260612	rs26856	T	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2673;SC=AGGAGCAGGCTCACGGCTCTC;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=2260620;WS=2260602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	2260935	rs26855	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=356;ReadPosRankSum=0.906;SC=CTGACCCTGCGCCTCCCCCTC;SOR=1.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=23;WE=2260943;WS=2260925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr16	2282256	rs26839	G	A	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=62;PP=2965;SC=GGCAGCCCCCGCCAGCAGGGG;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=182;WE=2282264;WS=2282246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	2282375	rs189461001	C	T	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=95;PP=2667;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGTGAGCCGGCGTGCGGGGAG;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=152;TCR=163;TR=180;WE=2282383;WS=2282365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,178:0.57:313
chr16	2283345	rs146690492	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=235;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGGTCTGAGGGTTTGCACAAG;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=16;WE=2283353;WS=2283335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	2285357	rs26840	C	T	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=78;PP=2247;ReadPosRankSum=-1.629;SC=CCATCACCATCGCCACCCCCG;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=137;TCR=151;TR=143;WE=2285369;WS=2285347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,149:0.51:295
chr16	2287026	rs117794268	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1344;ReadPosRankSum=0.504;SC=CCGCACCCGCCGCTCCTCCCC;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=79;WE=2287034;WS=2287016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr16	2288224	rs27620	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CAAAGGGCCAGTGGTGACACC;SOR=1.071;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=12;WE=2288232;WS=2288214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	2317777	rs11646649	CT	GG	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=41.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	2318170	rs143373048	TA	T	16909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=210;PP=2951;SC=AGCGATGACGTAAACGCCTGG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=79;TCR=219;TR=284;WE=2318178;WS=2318160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr16	2320803	.	G	T	235	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=3;PP=235;QD=38.5387446496;SC=TTCCCAGAGCGGAGGGTCACC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=7;WE=2320818;WS=2320793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	2320810	.	C	T	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=6;PP=331;QD=36.5771212547;SC=AGCGGAGGGTCACCTGCTGAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=2320818;WS=2320793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,10:0.59:17
chr16	2320828	.	C	T	457	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=6;PP=457;QD=49.1771212547;SC=GAGCTGGGCACGGGCTTCTCG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=10;WE=2320846;WS=2320818;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr16	2331430	rs149532	A	G	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGGAGTCCGGACTGGGGGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=107;WE=2331438;WS=2331420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,109:0.47:230
chr16	2334554	rs1183064	A	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GTGAGGGGGCACCTCCCAGGG;SOR=0.112;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=2334562;WS=2334544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	2338363	rs313908	C	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=701;ReadPosRankSum=1.707;SC=GACACCGGCACCGCTTGGGGC;SOR=0.438;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=39;WE=2338371;WS=2338353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr16	2349371	rs170447	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=12;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GGGGGCCTGCTGGTGGCAGGG;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=87;TCR=18;TR=68;WE=2349379;WS=2349361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr16	2373786	rs323060	C	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=621;SC=GCTGTCACAGCCGAGAACTCA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=2373794;WS=2373776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	2374549	rs45592133	C	T	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=68;PP=1763;ReadPosRankSum=1.418;SC=AGAGAGAGCACGGGAGCTGTG;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=128;WE=2374557;WS=2374539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,135:0.53:254
chr16	2375961	rs46725	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=744;SC=CCTGCCCAGCCGCGTGGAGGC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=2375969;WS=2375951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	2479712	rs13337091	A	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=194;SC=AGCCCCTCGGAGCCTTCCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=2479720;WS=2479702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	2485896	rs12928789	A	G	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCCCACCTGCATGTTGGCGCT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=110;WE=2485904;WS=2485886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr16	2486998	rs12921396	A	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=36;NR=1;PP=1009;SC=GGAGGGCTCTACTCTCCTGAA;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	2487012	rs34456414	C	CT	2283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=2139;SC=TCCTGAAACACAGCTGCTTTG;SOR=3.690;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=47;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	2488211	rs12926008	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=77;PP=2077;SC=CAGAAGGGGGTGTCCAAGGCC;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=120;WE=2488219;WS=2488201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	2489533	rs28647184	T	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=484;SC=CTTGGATGCGTTTCTGTCCAC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=2489541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	2498828	rs28417759	A	G	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.739;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.636;SC=AGTGGGCTCCACCCTGAGACC;SOR=1.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=129;TCR=51;TR=178;WE=2498836;WS=2498816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr16	2498849	rs28670436	G	A	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=101;PP=2965;SC=CCTTCTCGGCGTTGCAGGTTT;SOR=1.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=175;TCR=101;TR=276;WE=2498857;WS=2498839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr16	2499011	rs8060813	T	C	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	2499786	.	G	GTCCCCTCCA	4308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=43;PP=1735;SC=CATCCCCTCCGTCCCCTCCAT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=88;WE=2499812;WS=2499776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	2510603	rs4786284	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=1190;SC=GGCCGTGCGACGGCTGCCCGT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=2510611;WS=2510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	2588050	.	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	2645965	rs1005273	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.022;SC=ATTTTCATCAGACATCATCTC;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=2645973;WS=2645955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	2747857	rs3094475	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AGCGTGGATTCTTTGGTTTAG;SOR=1.075;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=19;WE=2747865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr16	2749195	rs3094473	A	G	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=85;PP=2271;ReadPosRankSum=1.832;SC=GTGACTGTCCAGGATGTGGGG;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=185;TCR=179;TR=169;WE=2749203;WS=2749185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,173:0.46:376
chr16	2802684	rs2240146	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	2808363	rs3094778	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=360;ReadPosRankSum=1.236;SC=CAGAGCGAGACTCTTATTTTT;SOR=1.670;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=18;WE=2808371;WS=2808353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr16	2810623	rs2285879	T	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTTTCCTGCATTTCTCTCCTA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=2810631;WS=2810613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	2812647	rs2240142	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1082;ReadPosRankSum=2.022;SC=GCAGTAGAAGCTTAGTTAGAC;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=79;WE=2812655;WS=2812637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,92:0.42:219
chr16	2812890	rs2240141	A	G	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1946;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CATGCCCTAAACAAAAGTCAC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=235;TCF=130;TCR=105;TR=108;WE=2812898;WS=2812880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,110:0.45:245
chr16	2812939	rs2240140	C	A	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=58;PP=1963;ReadPosRankSum=0.324;SC=ATCCTCCCAACCTAAAGCTAA;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=273;TCF=160;TCR=113;TR=133;WE=2812947;WS=2812929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,146:0.50:290
chr16	2814162	rs3094775	G	A	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1554;ReadPosRankSum=1.236;SC=CCCCGCCAAGGGAAAGAAGTG;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=92;WE=2814170;WS=2814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,92:0.49:186
chr16	2815237	rs3094773	A	C	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=114;PP=2965;SC=AGCCAAGACAAGAACCCCACT;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=136;TCR=114;TR=250;WE=2815245;WS=2815227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	2818161	rs2301802	T	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GCTCCTCCTCTTCTTCATCAT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=79;WE=2818169;WS=2818151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr16	2818704	rs3094792	T	G	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=61;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GGAAGGAGACTACCCAGCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=169;TCR=130;TR=141;WE=2818713;WS=2818694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,151:0.48:317
chr16	2820882	rs1050134	G	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTCTTTGGGGGATTCCACCAC;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=36;WE=2820890;WS=2820872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr16	2821525	rs4036	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GGGTTCCCTCGTTGAACATGC;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=80;WE=2821533;WS=2821515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,85:0.45:188
chr16	2822174	rs2285877	G	A	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.795;NF=44;NR=44;PP=1158;ReadPosRankSum=-3.262;SC=TGGTGTTCACGTGTGATCATC;SOR=0.758;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=88;WE=2822182;WS=2822164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,93:0.39:237
chr16	2825594	rs3094774	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=621;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GAGGCCCTACATGGGGCAAGT;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=50;WE=2825602;WS=2825584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr16	2834711	rs45570838	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=961;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CCCCTGGACGGTTGGGCAGGG;SOR=0.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=73;WE=2834719;WS=2834701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,74:0.48:153
chr16	2834826	rs12931183	A	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=982;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GAGGAGCCTAAGTCCCAGCCC;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=67;WE=2834834;WS=2834816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
chr16	2835189	rs12599918	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1101;ReadPosRankSum=0.629;SC=GAAGAGGAGGGACCTCTGAGA;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=72;WE=2835197;WS=2835179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr16	2836027	rs7195287	T	G	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CAGGTGTTGGTGGGGAGACAC;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=88;TCR=125;TR=109;WE=2836035;WS=2836017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,109:0.52:211
chr16	2836271	rs11643898	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CTTATTTAACCCTCCCCAGAG;SOR=0.200;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=26;WE=2836279;WS=2836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr16	2837592	rs34341809	T	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.275;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GGGCTTAAAGTGCCAGGAGAG;SOR=1.642;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=38;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr16	2837603	rs11076829	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=1417;ReadPosRankSum=0.755;SC=GCCAGGAGAGCGCGAGGCTCA;SOR=1.342;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=31;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr16	2848499	.	GGGCGCTGCTGCT	G	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.965;NF=5;NR=3;PP=1914;ReadPosRankSum=1.280;SC=GGCGCGCGCGGGGCGCTGCTG;SOR=0.840;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=8;WE=2848518;WS=2848489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr16	2854507	rs61747737	T	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=581;ReadPosRankSum=0.366;SC=GATTCCATGTTTTGTGCTGGT;SOR=0.587;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=42;WE=2854515;WS=2854497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr16	2854907	rs2015682	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=601;ReadPosRankSum=0.229;SC=ACCCATGCTGCTCCCCAGGGT;SOR=2.009;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=40;WE=2854915;WS=2854897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr16	2867450	rs71386691	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.361;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	2867530	.	GA	G	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=16;MQ=60.98;NF=0;NR=3;PP=60;QD=31.6666666667;SC=TGAGGGGGTAGAGGGGGGCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=2867538;WS=2867520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	2868641	rs2074907	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=317;ReadPosRankSum=0.754;SC=CCAGCCCTCCATCCAGGGCCC;SOR=2.400;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=21;WE=2868649;WS=2868631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr16	2871121	rs11076844	T	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=55;PP=1364;ReadPosRankSum=0.339;SC=GTGAGTGTCCTTGCCACCACT;SOR=1.292;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=126;TCF=35;TCR=91;TR=71;WE=2871129;WS=2871111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr16	2871555	rs10641	G	A	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1488;ReadPosRankSum=-1.471;SC=CCTCCTGGCCGCTACTCTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=100;WE=2871563;WS=2871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,106:0.56:189
chr16	2880614	rs2190809	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=26;PP=1303;SC=CCTGGAGGGGTGGGGTCCCCT;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=2880622;WS=2880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	2880870	rs2240614	G	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=201;SC=CTCAGGGCAGGGGGTAAGCAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=2880878;WS=2880860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	2882197	rs12373	G	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=669;SC=AGGCCATCTGGGTGGTGGTGG;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=2882205;WS=2882187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr16	2903047	rs1054912	G	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=2;PP=1684;SC=AGATCCAGATGTGGATCTGGC;SOR=5.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=59;TCR=2;TR=61;WE=2903055;WS=2903037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	2903068	rs113609771	A	C	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=7;PP=2530;SC=CGCCTTTCAGATCCGAGCCCC;SOR=4.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=87;TCR=7;TR=94;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	2903081	rs3743944	G	A	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=14;PP=2965;SC=CGAGCCCCGCGTCCCGCTGCG;SOR=4.021;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=108;TCR=14;TR=120;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	2903850	rs112285893	G	C	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=33;PP=2086;SC=GGGGTGGGGGGCTCGAGGGAG;SOR=1.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=102;WE=2903858;WS=2903840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	2906934	rs732532	G	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=64;PP=1815;SC=AGTGAGGAAGGCCCCCAACAC;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=107;WE=2906942;WS=2906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	2946816	rs367601895	A	G	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GGCACCTCCCAGGGTGGCCCC;SOR=0.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=36;WE=2946824;WS=2946806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr16	2949248	rs7281	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=454;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TCTTTGCTTTTAACATTGTGT;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=20;WE=2949256;WS=2949238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr16	2973249	rs11642228	T	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.605;SC=GAGGCTGTTTTTGTTTATTTT;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=2973257;WS=2973239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	2983400	.	G	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GGCTGGGCAGGACGGCCCTGG;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=74;WE=2983408;WS=2983390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr16	2987160	.	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.163;NF=11;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=-1.195;SC=GGGGGGCAGCTTCCTGGTGTA;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=21;WE=2987168;WS=2987150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr16	3016885	rs58462745	A	G	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=100;PP=2965;SC=GGTCCTCAGGATGCTGACTGC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=201;WE=3016893;WS=3016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	3017124	rs11641195	C	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTGCTCCGCGCCTTCGATGGC;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=47;WE=3017132;WS=3017114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr16	3021116	rs4786365	T	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=33;PP=1006;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCCTTGAGGATGTGACTGAAA;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=218;TCF=134;TCR=84;TR=88;WE=3021124;WS=3021106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,92:0.42:221
chr16	3024188	rs2074528	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=350;ReadPosRankSum=0.502;SC=AGGATGTGGGTGGGCGGACCC;SOR=0.886;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=33;WE=3024196;WS=3024178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr16	3063264	rs2227269	C	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=893;ReadPosRankSum=1.864;SC=ACAAGCCTTCCCCCTCCTGCT;SOR=0.438;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=60;WE=3063272;WS=3063254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr16	3065924	rs2269911	G	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CGATGAAAGCGGTCACCTTCC;SOR=0.726;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=230;TCF=126;TCR=104;TR=89;WE=3065932;WS=3065914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,97:0.40:240
chr16	3071420	rs2232798	T	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=0.910;SC=TGGGAAATCATTCGGGAGGAG;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=31;WE=3071428;WS=3071410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr16	3073240	rs10508	G	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=475;ReadPosRankSum=0.822;SC=CTACCTGAGTGGGGGCAGGGC;SOR=0.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=31;WE=3073248;WS=3073230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr16	3074426	rs56708449	G	C	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=120;PP=2583;ReadPosRankSum=0.602;SC=TGGCTGGGACGGGGCGGGCAG;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=374;TCF=167;TCR=207;TR=208;WE=3074434;WS=3074416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,208:0.54:387
chr16	3075999	rs2245000	C	G	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.127;SC=GGTGGGTATACCTGTGGAGTC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=378;TCF=217;TCR=161;TR=198;WE=3076007;WS=3075989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,203:0.52:390
chr16	3076331	rs117469683	C	T	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=82;PP=2805;ReadPosRankSum=0.200;SC=CAGGGTGAAGCCACTTCCTCA;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=341;TCF=180;TCR=161;TR=168;WE=3076339;WS=3076321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,175:0.49:355
chr16	3078165	rs12448103	A	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GCCCAGGCGCAGCGAGAAGCG;SOR=0.617;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=110;WE=3078173;WS=3078155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,114:0.56:204
chr16	3078544	rs2079244	T	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=556;ReadPosRankSum=0.343;SC=GGGACTTCTGTACCCGGGCGG;SOR=1.121;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=29;WE=3078552;WS=3078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	3078616	rs5815143	CATT	C	2788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.775;NF=21;NR=26;PP=2028;ReadPosRankSum=0.116;SC=GAGTGGGGATCATTATAACCC;SOR=0.877;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=47;WE=3078626;WS=3078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr16	3096863	rs2250306	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=216;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGTCCCCGGGGCGGCCCCAGC;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=15;WE=3096871;WS=3096853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
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chr16	3106026	rs3888711	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-0.129;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.229;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr16	3117272	rs140230160	CTGTGTG	C,CTG	564.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=6,6;NR=2,2;PP=159,235;SC=CCATGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.911;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8,8;WE=3117285;WS=3117262;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.40:15
chr16	3117354	rs1555001	T	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=758;ReadPosRankSum=1.830;SC=ACATGGAGACTGAGTGTCACC;SOR=1.044;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=43;WE=3117362;WS=3117344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr16	3117937	rs2239303	G	A	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=60;PP=2965;SC=ACTGATGTGGGGTGCAGAGGA;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=156;WE=3117945;WS=3117927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	3139190	rs185364182	C	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=925;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TAGGGCCTGGCGCCCGTGTGC;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=68;WE=3139198;WS=3139180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,68:0.41:165
chr16	3139999	rs201495311	G	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=370;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GCCGCAGTGGGAGCACAGGAC;SOR=0.714;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=39;WE=3140007;WS=3139989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr16	3141690	rs75016283	G	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=957;ReadPosRankSum=-1.627;SC=ATCAGGGAAGGTATGGATTTG;SOR=0.937;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=71;WE=3141698;WS=3141680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,75:0.48:156
chr16	3166587	rs224178	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.365;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=551;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GGTGTTAGGGAGAGGTCCTGC;SOR=0.080;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=32;WE=3166595;WS=3166577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr16	3168836	rs224181	T	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=55;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCATCAGTTTTGGGGAGATGC;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=230;TCF=132;TCR=98;TR=125;WE=3168844;WS=3168826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,129:0.55:235
chr16	3254470	rs1834026	T	C	10616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=197;NR=167;PP=2965;SC=TGCTTCTCCTTCACCACCGTC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=197;TCR=168;TR=364;WE=3254478;WS=3254460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr16	3254972	rs2075851	T	C	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=121;PP=2965;SC=CCACCTGTGGTTCTCACCTGG;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=221;WE=3254980;WS=3254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	3266071	rs2550401	A	G	13104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=185;PP=2965;SC=GCCAACTCGAATGCTCTGCTG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=455;TCF=269;TCR=186;TR=453;WE=3266079;WS=3266061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr16	3266552	rs2741916	G	A	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=74;PP=2107;SC=TTCAATAATGGTATAGGCTTA;SOR=1.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=3266560;WS=3266542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	3282605	rs2075852	T	C	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=110;NR=132;PP=2965;SC=ACAGCCCTACTGGTAAGAAAA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=110;TCR=133;TR=242;WE=3282613;WS=3282595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr16	3283784	rs151192007	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=660;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ACACTCGTTTCGCGGGGCCTC;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=48;WE=3283794;WS=3283774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr16	3294154	rs3974658	GT	G	2114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.462;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,95:0.91:104
chr16	3296429	rs224204	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=599;SC=AGACCCCGGGGTTGGGAACAT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=3296437;WS=3296419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	3296616	rs224205	C	T	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=56;PP=1867;SC=CTGGCCTCTACTTCTGGGCTC;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=3296624;WS=3296606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	3297073	rs224206	A	G	7858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=162;NR=120;PP=2965;SC=CAATCAGCGCATCGAGCAGGG;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=163;TCR=120;TR=282;WE=3297081;WS=3297063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	3297175	rs224207	T	C	12438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	3297181	rs224208	C	T	12137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	3298642	rs224211	G	A	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=67;PP=2083;SC=TCTTTCTGCAGTAGTCACCGG;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=3298650;WS=3298632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	3298865	rs224212	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=16;PP=1531;SC=TCTTCCCACCTTCCTCCCAGG;SOR=2.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=70;WE=3298873;WS=3298855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	3299749	rs224213	G	A	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=146;PP=2965;SC=GGGCGTGGCAGCGGGGACTCG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=146;TCR=148;TR=292;WE=3299757;WS=3299739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	3301897	rs224218	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GCGGCCCTAGAAGACACCCAG;SOR=0.454;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=3301905;WS=3301887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
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chr16	3304654	rs224224	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GGCTGGCAGCTCCGCCCCCGT;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=70;WE=3304662;WS=3304644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr16	3304762	rs224225	A	G	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CTGCGGAATCATCTGTGCCGT;SOR=0.974;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=99;TCR=107;TR=90;WE=3304770;WS=3304752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,99:0.45:218
chr16	3405875	rs1009429	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=1;PP=397;SC=CCAACAGCTTTTTCTTGACTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=3405883;WS=3405865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	3405986	rs1218762	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr16	3405994	rs1228348	A	G	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=31;PP=1314;SC=TGGGCATATCAGACCATCCCC;SOR=1.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=111;WE=3406002;WS=3405976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	3406387	rs1218763	C	G	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=125;PP=2965;SC=TGATTGCCTGCCTGGGTGGCT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=286;WE=3406395;WS=3406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr16	3406516	rs11643487	A	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=1910;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GTGGCGACACAAGTCTCAACC;SOR=0.516;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=263;TCF=118;TCR=145;TR=125;WE=3406524;WS=3406506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,128:0.47:271
chr16	3406626	rs11648783	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1126;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CTGAAAATCCGCTCTGCAGAG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=70;WE=3406634;WS=3406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr16	3434699	rs27230	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=889;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ATTTCCTCATAAAAGATACAA;SOR=0.861;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=53;WE=3434707;WS=3434689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr16	3434966	rs27231	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ATAGGTCAATTAGATCTGTCA;SOR=0.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=32;WE=3434974;WS=3434956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr16	3438865	rs11643983	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=863;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGGAGAAACTGCTGGATGGTT;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=71;WE=3438873;WS=3438855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr16	3440390	rs4786412	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr16	3440394	rs27237	A	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.32;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	3441722	.	A	G	848	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=63.09;NF=27;NR=23;PP=848;QD=17.6554242509;SC=CTCTTAGACAATTTTCCAGTT;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=50;WE=3441730;WS=3441712;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr16	3445239	rs1149492	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=847;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GAGAAATTATATCAACCTCTA;SOR=1.231;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=57;WE=3445247;WS=3445229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr16	3447282	rs27241	C	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AGGTCTGGATCTCCTCTGGCA;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=114;TCR=93;TR=81;WE=3447290;WS=3447272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,84:0.38:220
chr16	3452193	rs37811	T	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=68;PP=2965;SC=CCCAAGAGGCTCTCTCCCAGC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=3452201;WS=3452183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	3455079	rs37813	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=801;SC=GCTTGTACTTTAGATCCTCAA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=3455087;WS=3455069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	3458219	rs37819	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=242;SC=AAGTTGCCAGCGGAGGGCCAC;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=3458227;WS=3458209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	3487556	rs40534	A	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TAAAAACAAAAGAAAGCAAAA;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=25;WE=3487564;WS=3487546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr16	3487576	rs37825	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.337;SC=ACATAGACAATATCTTCAAGG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=16;WE=3487584;WS=3487566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr16	3490922	rs2270494	G	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=597;ReadPosRankSum=0.155;SC=GATCCTCAAAGAGTATTGGTC;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=34;WE=3490930;WS=3490912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr16	3493240	rs3816916	A	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=970;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TAAAGGGACCAATTCCGCTGC;SOR=1.025;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=32;TCR=83;TR=54;WE=3493248;WS=3493230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr16	3493288	rs34496784	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=5;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=485;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTCGATTCCCTCCGAACCCCC;SOR=0.317;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=12;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	3493301	rs7500590	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=0.979;SC=GAACCCCCCCTTAAAAACCTA;SOR=0.336;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=9;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr16	3533577	rs1137454	C	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=933;ReadPosRankSum=-2.005;SC=TCAACGGCGGCCACCCTCCCT;SOR=1.242;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=164;TCF=47;TCR=117;TR=56;WE=3533585;WS=3533567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,54:0.32:167
chr16	3534892	rs13740	G	A	4386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=90;PP=2855;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CCCACCCTTCGGCCGCCCGCA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=225;TCR=201;TR=191;WE=3534913;WS=3534882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,200:0.46:436
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chr16	3535540	rs2240075	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1636;ReadPosRankSum=1.768;SC=CGCATGCACCGTCCCCAGGGC;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=130;TCR=128;TR=110;WE=3535548;WS=3535530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,114:0.43:264
chr16	3544040	rs56793723	G	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=60;PP=1725;SC=GGGAGGCTGGGGGGGAGGCTG;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=3544048;WS=3544030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	3551170	rs192397963	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CTGTGTAGGCGATCCCTGAGG;SOR=0.830;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=3551178;WS=3551160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr16	3558262	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	3576288	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TCTTCCCCTTCCTTGAGTTTA;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=19;WE=3576296;WS=3576278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr16	3586230	rs9790	C	T	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=66;PP=2451;SC=TCGAAGGGTCCGGAAATCTGA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=3586238;WS=3586220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	3602227	rs56070390	AG	A	4046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=51;PP=2827;SC=TTCTGCTTCAAGGGCATCTGC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=71;WE=3602235;WS=3602217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	3604438	rs192125060	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTGACCACTACGTGCCCTCAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=3604446;WS=3604428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	3611610	rs8050566	C	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=31;PP=2078;SC=TCCGTGGCAGCGCCGCTGGCC;SOR=1.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=103;WE=3611618;WS=3611600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	3613150	rs8044743	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=36;PP=1920;SC=GCGCGGGACCAGTCAGCCTGG;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=3613158;WS=3613140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	3639139	rs3810812	A	G	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCGGCCTGCTATTCCCCAGGG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=207;WE=3639147;WS=3639129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr16	3708282	rs35081909	AT	A	1531.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.736;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.100;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,84:0.88:96
chr16	3724465	rs13926	G	C	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=100;PP=2782;SC=TGCCACTCACGGACATCCTTG;SOR=1.018;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=184;WE=3724473;WS=3724455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	3726160	rs8050400	A	G	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGGCAGGCAAAGAAAGGAAAA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=100;TCR=108;TR=206;WE=3726168;WS=3726147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr16	3738887	rs2072379	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=939;SC=GAAACCAAAACAGATTCTGGT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=3738895;WS=3738877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	3778337	rs3751845	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=549;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GGTAGCCTCCGGGTCCTTGAG;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=32;WE=3778345;WS=3778327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr16	3789537	rs129967	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=449;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ATCCTAACACGGCTCACTGAA;SOR=0.262;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=22;WE=3789545;WS=3789527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr16	3795292	rs129974	G	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=753;ReadPosRankSum=0.151;SC=AAGGCCAAATGATGTCATAGT;SOR=0.880;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=46;WE=3795300;WS=3795282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr16	3795363	rs3025684	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1129;ReadPosRankSum=2.178;SC=AAACTAGGAGGCAAAGAAGGC;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=87;WE=3795371;WS=3795353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chr16	3801649	rs129982	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GTACCTTCCTTATAGTCATTG;SOR=0.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=20;WE=3801657;WS=3801639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr16	3808052	rs75459669	TA	T	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr16	3811556	rs886528	A	G	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.304;SC=ATTTCCATCAAAGCCCAGGAT;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=427;TCF=197;TCR=230;TR=236;WE=3811564;WS=3811546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,244:0.55:441
chr16	3820667	rs3025694	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TTTGAGGCTGCGGGGTCACCT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=73;WE=3820675;WS=3820657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr16	3827553	rs12051375	G	A	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1059;ReadPosRankSum=1.192;SC=GGAAAAAACAGTGAAAGTTAT;SOR=0.977;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=79;WE=3827561;WS=3827543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,84:0.47:180
chr16	3827931	rs130002	T	C	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCTAATTCTCTGTTCTTAGAA;SOR=0.491;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=82;WE=3827939;WS=3827921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,94:0.56:169
chr16	3828585	rs8052927	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.258;SC=GGCCTCAAGGGGAGGAGTCTG;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=3828593;WS=3828575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	3900190	.	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CACGTGGAGAGCCCAAGAGGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=3900198;WS=3900180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr16	4015729	rs879620	C	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=4;PP=1255;SC=ACAAATATTACTGTGTTTCGA;SOR=4.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=4015737;WS=4015719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	4016676	rs2230742	A	G	8746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=149;PP=2965;SC=CTCCGCTGTCATGGTTCTTGG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=148;TCR=149;TR=297;WE=4016684;WS=4016666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr16	4027423	rs2072346	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=678;SC=CCAGGCCCTACGCAACCTCGG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=4027431;WS=4027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	4027605	rs2240735	C	T	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=CGGCAATCAGCGCGGCCGAGC;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=203;WE=4027613;WS=4027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	4027688	rs2531990	T	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=1165;SC=ACCCCTGCTATACCCGGCCGC;SOR=2.259;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=50;WE=4027696;WS=4027678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	4027749	rs2601774	A	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=11;PP=296;SC=ACTGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=4027757;WS=4027739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	4033436	rs2230739	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=696;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GGGAGTTCTTTATGACCTGTG;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=52;WE=4033444;WS=4033426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,59:0.37:158
chr16	4039141	rs2072341	A	G	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=96;PP=2965;SC=CCAGCACCATAACTGTGCCAA;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=152;WE=4039149;WS=4039131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	4042449	rs2239307	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=536;SC=CCCCGACCTCCGCTGCGGGGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=4042457;WS=4042439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	4042470	rs2239308	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.142;SC=GCTGCTGCACTGGGCGTGGGA;SOR=0.116;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=4042478;WS=4042460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	4043292	rs2239309	C	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=20;PP=1558;SC=GTGCGGAGTGCTGTTACCCAA;SOR=1.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=4043300;WS=4043282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	4057603	rs3730119	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=1.613;SC=TGAAAGCACCGTCTGTTGAAA;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=27;WE=4057611;WS=4057593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr16	4165432	rs2530898	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=368;SC=GCTGGTGGGGTGGGGAAGCCA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=4165440;WS=4165422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	4242093	rs8051399	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=445;ReadPosRankSum=0.841;SC=AAACCAGGACCTCTCAGACAG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=21;WE=4242101;WS=4242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr16	4243020	rs72764668	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CAAAGCCCGCGCACCTCCTTT;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=28;WE=4243028;WS=4243010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	4245393	rs11076822	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GAGATGAGGTTTCACTATGTT;SOR=1.659;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=4245401;WS=4245391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	4245426	rs11076823	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=346;ReadPosRankSum=1.323;SC=CTTGAACCTCCGGCCTCAAGG;SOR=2.356;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=4245434;WS=4245416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	4245693	rs10852643	A	G	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=1866;ReadPosRankSum=0.262;SC=GTGAGAAGGAACGGGCGCTGT;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=113;WE=4245701;WS=4245683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,120:0.55:219
chr16	4253117	rs13339613	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=912;ReadPosRankSum=0.897;SC=CGCCGACAGGCCTGCGCCGTA;SOR=0.517;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=67;WE=4253125;WS=4253107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,69:0.38:180
chr16	4254523	rs60137128	C	T	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=46;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ATATCTCCCTCCCCTGGTTAC;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=296;TCF=187;TCR=109;TR=134;WE=4254531;WS=4254513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,137:0.45:305
chr16	4254725	rs8054937	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=88;PP=2733;SC=GCTGGGCCTCAAGCAGGGGCT;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=24;TCR=88;TR=112;WE=4254733;WS=4254715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	4254758	rs62039298	A	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=51;PP=1448;SC=GCCAAGTTACACTGGACTGAG;SOR=4.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=55;WE=4254766;WS=4254748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	4256705	rs13334805	G	A	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=36;PP=2538;SC=GGACGGGGTTGCTGTTAGGGA;SOR=1.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=132;WE=4256713;WS=4256695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	4256755	rs58255304	TC	T	9872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=114;PP=2972;SC=GGACTCTCCCTCCCCCTGATG;SOR=1.156;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=77;TCR=128;TR=186;WE=4256763;WS=4256745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr16	4257060	rs13334970	G	A	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=42;PP=2965;SC=GCAGATCCCCGCCTTCCTGGG;SOR=1.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=128;WE=4257075;WS=4257050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	4257281	rs9922726	A	C	15192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr16	4257286	rs9924822	T	C	15287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr16	4258173	rs889807	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=757;SC=CAAGAGTCTATAATAACCTAG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=4258181;WS=4258163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	4386814	rs669561	T	C	14096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=230;PP=2965;SC=GCACCCACTATGTGGACAAGC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=271;TCR=230;TR=501;WE=4386822;WS=4386804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr16	4410867	rs140995663	TCACTGCTGGCCCCACCTCTCCA	T	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=7;PP=2967;SC=CCGCCACTCCTCACTGCTGGC;SOR=4.615;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=35;WE=4410896;WS=4410857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	4414186	.	CA	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=3.340;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	4414727	rs2277852	G	A	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=44;PP=2198;SC=TGAGGCCCAGGCCCCCCGACT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=117;WE=4414735;WS=4414717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	4414987	rs2277851	G	A	9199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.532;SC=GGATGGGGGCGAGGAAGCAAG;SOR=0.253;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=173;TCR=145;TR=316;WE=4414995;WS=4414977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr16	4415410	rs3747575	G	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=47;PP=2174;SC=GGCCCTGTTCGAGTTCCTCCT;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=4415418;WS=4415400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	4415455	rs3747576	C	G	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=75;PP=2822;SC=GGACTCCAGGCTGTGGATGTG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=4415463;WS=4415445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	4431202	rs758044	A	G	18060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=354;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TGGACCTGACAGCCAACAGGC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=667;TCF=356;TCR=311;TR=662;WE=4431210;WS=4431192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,676:1.00:678
chr16	4432029	rs3810818	A	C	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=108;PP=2965;SC=AGCCCCACAGAGCCGGCCACT;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=207;WE=4432037;WS=4432019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	4445327	rs3747579	C	T	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=101;PP=2965;SC=GTCAAAGATCCGCAGCTGCTT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=210;WE=4445335;WS=4445317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	4455675	rs3747580	G	A	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=45;PP=1477;SC=CAGCAGCTACGAGGGTCCTTT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=4455683;WS=4455665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	4475868	rs2304631	A	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=409;SC=GCAGGCGCAGAGTCCCCGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=4475876;WS=4475858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	4476089	rs1139652	T	C	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=95;PP=2965;SC=GTGTCAGCCTTACAGGTGAGG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=194;WE=4476097;WS=4476079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	4484328	rs4785962	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=4;PP=774;SC=ATGTACTCACAGTTTTCTTTT;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=4484336;WS=4484318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	4484396	rs1139653	A	T	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=46;PP=2965;SC=AACAAAACATAACCCTTTCAT;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=117;TCR=46;TR=162;WE=4484404;WS=4484386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	4484613	rs4785964	A	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=88;PP=2710;SC=TGCCCATATGAATAGGTCTCA;SOR=2.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=25;TCR=88;TR=113;WE=4484621;WS=4484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	4494549	rs12446640	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=464;SC=GTTGGCCAGGATGGTCTCGAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=4494557;WS=4494539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	4496973	rs2304633	T	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=41;PP=1531;SC=TTCTTGGGGGTACAGCCAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=4496981;WS=4496963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	4500544	rs2304634	C	T	8436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=140;PP=2965;SC=GGCCTCAGAGCCCCCCAGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=153;TCR=140;TR=293;WE=4500552;WS=4500534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr16	4516092	rs3747584	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=10;PP=1254;SC=CCGCGGTCTGTTACACCAACG;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=4516100;WS=4516082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	4519439	rs11557236	G	A	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=87;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTCCAGGAGTGTGCGGGCCAC;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=355;TCF=169;TCR=186;TR=159;WE=4519447;WS=4519429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,162:0.44:371
chr16	4519548	rs62039231	A	G	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=95;PP=2816;SC=GGAGTGCTCCACCACAGCAAG;SOR=2.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=35;TCR=95;TR=130;WE=4519556;WS=4519538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	4524060	rs3761680	C	A	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=54;PP=2965;SC=GGCGCCCTGGCTCTGCAAGGG;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=104;TCR=54;TR=158;WE=4524078;WS=4524050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	4562351	rs8129	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=21;PP=1383;SC=AAGCTCATTGTCAGCCCCCTG;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=4562359;WS=4562341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	4562512	rs7665	A	G	8556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=137;PP=2965;SC=ACCACTGAGCACAGGGAGCAA;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=176;TCR=137;TR=312;WE=4562520;WS=4562502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr16	4562725	rs2270367	G	A	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=81;PP=2624;ReadPosRankSum=0.777;SC=GGCCTGCTGCGGAGGAGGCAG;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=153;WE=4562733;WS=4562715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,152:0.55:276
chr16	4621725	rs35531180	GA	G	1966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=36;PP=1715;SC=CTGGGGGTTGGAGCAATGAGG;SOR=2.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=39;WE=4621733;WS=4621715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	4624826	.	CT	C	1020.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.396;NF=4;NR=21;PP=856;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CCCACTCCCCCTGGGACCCCC;SOR=0.682;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=25;WE=4624834;WS=4624816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
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chr16	4625470	rs77379438	C	G	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1109;ReadPosRankSum=0.622;SC=GGGCCTGCACCTGGGACTGAA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=80;WE=4625478;WS=4625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
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chr16	4664412	rs138923012	T	TG	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=259;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ACAAAAGGGGTGGGGGGGGTC;SOR=1.085;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=4664420;WS=4664402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr16	4664833	rs860889	T	G	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=126;PP=2965;SC=GCCTCCCTCCTCCGCCCGCGC;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=90;TCR=126;TR=216;WE=4664841;WS=4664823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr16	4674954	rs3747587	C	G	9841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=144;PP=2965;SC=CCGGCAGCGCCGCGCACCATG;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=211;TCR=144;TR=355;WE=4674962;WS=4674944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr16	4675116	rs1386092	G	T	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.286;SC=CGGGCGCGGGGGCGGGGACTC;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=48;TCR=124;TR=171;WE=4675124;WS=4675106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr16	4714639	rs1659479	T	C	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.652;SC=TCCAGCTCATTTGTTGACCGA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=226;TCR=132;TR=212;WE=4714647;WS=4714629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,221:0.60:370
chr16	4715012	rs3813746	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=488;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCTGAGCCCTCGGTGCCGCAG;SOR=0.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=31;WE=4715020;WS=4715002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr16	4718388	rs34069734	A	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GCATACTCATACATAGACACA;SOR=0.868;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=227;TCF=95;TCR=132;TR=102;WE=4718396;WS=4718378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,107:0.45:237
chr16	4721468	rs715109	T	C	10610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=166;PP=2965;SC=AAGGTGTGTATCTGGGTGAGG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=211;TCR=166;TR=377;WE=4721476;WS=4721458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr16	4723451	rs2289314	A	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1189;ReadPosRankSum=0.248;SC=CAGGAGCCGTACTCTGGCCTT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=72;WE=4723459;WS=4723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,72:0.59:122
chr16	4736080	rs144808025	TTCTGGCTGCGC	T	3616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=17;PP=2938;SC=CCGCGTTGAATTCTGGCTGCG;SOR=2.191;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=45;WE=4736098;WS=4736070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	4736316	rs841225	C	T	6866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=155;PP=2965;SC=TACGTGACCTCCCAGACGCGC;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=92;TCR=155;TR=247;WE=4736324;WS=4736306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr16	4747136	rs841215	G	C	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=77;PP=2965;SC=GCCTCTCCCGGCCAGGCTCAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=152;WE=4747144;WS=4747126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	4748825	rs841214	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=21;PP=1410;ReadPosRankSum=-2.610;SC=TGGCGAGCTCCTGCATCTCAG;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=118;TCR=40;TR=85;WE=4748833;WS=4748815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr16	4750841	rs144388313	G	A	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=1961;ReadPosRankSum=0.049;SC=GAGCCTAACAGGCCATGGGGA;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=223;TCF=120;TCR=103;TR=132;WE=4750849;WS=4750831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,141:0.60:236
chr16	4751045	rs863980	C	T	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=99;PP=2965;SC=TCAGTTGCAGCGCGGGGAGGC;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=189;WE=4751053;WS=4751035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	4751804	rs149783445	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=901;ReadPosRankSum=1.541;SC=AACAGCTGCTGCACGGAGGTG;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=64;WE=4751812;WS=4751794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,71:0.49:146
chr16	4752134	rs841210	A	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.07;NF=94;NR=52;PP=2440;SC=TGCTCTCCACATCCCGCTCAT;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=146;WE=4752142;WS=4752124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	4786456	rs859314	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=989;SC=CACCCTGTGTACCCCACAGAG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=4786464;WS=4786446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	4787987	rs859310	G	A	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=60;PP=2169;SC=GTGTGTGTGCGATGTTAGTCT;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=53;TR=113;WE=4787995;WS=4787977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	4790273	rs859305	G	A	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=78;PP=2965;SC=GCTCTGGTGAGGTCAGCGCTC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=177;WE=4790281;WS=4790263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	4794873	rs2075469	C	T	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=11;PP=1606;SC=ATCCTCAGACCGCATGGTGCC;SOR=2.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=70;WE=4794881;WS=4794863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	4796393	rs737700	A	G	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=121;PP=2965;SC=TCAAGGAAGCAGGGCTCCCAG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=137;TCR=121;TR=258;WE=4796401;WS=4796383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr16	4796595	rs759988	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=87;PP=2209;SC=TGGTGGATCCTGATGGGGAGG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=26;TCR=87;TR=113;WE=4796603;WS=4796585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	4796871	rs2341988	A	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=68;PP=2965;SC=AGCCCCAACAAGAGTTGGAAC;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=175;WE=4796879;WS=4796861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	4797226	rs759989	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=3;PP=987;SC=GCTGCCTGAATTGCATTCTTG;SOR=4.351;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=39;WE=4797234;WS=4797216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	4797457	rs17853375	C	T	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=136;PP=2965;SC=GCTCAGGCCCCTGAAGACACA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=141;TCR=136;TR=277;WE=4797465;WS=4797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr16	4801723	rs921863	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1074;SC=TGTATTGGGGGACCCTAAACC;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=4801731;WS=4801713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	4802370	rs3747601	C	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=32;PP=1563;SC=AGTTTCAGGCCTGGTGATCAG;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=4802378;WS=4802360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	4802386	rs3747602	G	T	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=34;PP=1665;SC=ATCAGGCTTTGGCACCGGGGC;SOR=1.076;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=93;WE=4802394;WS=4802376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	4812209	rs12599765	G	A	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=51;PP=2025;SC=TAACAAGGAAGTGTGACACAC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=4812217;WS=4812199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	4815425	rs4786548	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=7;PP=1264;SC=GGCTGAGAAATCTTTTGCAGT;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=4815433;WS=4815415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	4815602	rs12919587	T	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,165:0.61:272
chr16	4815608	rs4786549	A	G	9725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.98;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	4833421	rs7201715	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GATGTGTGGGAAGGAAATCAC;SOR=0.157;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=9;WE=4833429;WS=4833411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	4833615	rs6500634	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=727;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCTCTGCCCCCGCTGACCCCA;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=55;WE=4833623;WS=4833605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,58:0.41:141
chr16	4833861	rs112713748	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=0.714;SC=CGGCAGCCCATGGTGGGGACC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=16;WE=4833869;WS=4833851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	4833970	rs759991	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CGCAGCAGTGCACCCGGGTGT;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=92;WE=4833978;WS=4833960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,95:0.52:182
chr16	4834165	rs8043579	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr16	4834168	rs8043725	C	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	4835794	.	G	GA	779	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=16;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7;NR=13;PP=779;QD=40.3;SC=AAAAAAAAAAGAGAGAGAACC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=20;WE=4835802;WS=4835783;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,20:0.74:27
chr16	4836155	rs71402568	G	GT	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1526;SC=GTTTTAGGCAGTTTTTCTCTA;SOR=4.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=40;WE=4836163;WS=4836145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	4837362	rs741695	T	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=773;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TGTGAGGTGCTATTATCAGGC;SOR=0.096;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=76;TCF=74;TCR=2;TR=38;WE=4837370;WS=4837352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr16	4837545	rs9673735	A	G	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=115;PP=2937;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GGTCCAGCACAGCCTCAATGC;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=446;TCF=190;TCR=256;TR=208;WE=4837553;WS=4837535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,224:0.48:471
chr16	4846068	rs2075465	T	C	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TGCCGGCCTCTGGGACCTGCA;SOR=0.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=133;TCR=100;TR=232;WE=4846076;WS=4846058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr16	4846336	rs62036088	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=632;ReadPosRankSum=-0.008;SC=CGCGGGACTCGCCGCCCCACT;SOR=0.417;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=43;WE=4846344;WS=4846326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr16	4847524	rs1982515	T	C	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=73;PP=2757;SC=GAGGGTGCTGTAGGTTGCTGA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=150;WE=4847532;WS=4847514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	4847619	.	T	TGGGGTACACCAGACCCCAAGACTGGGGCGCTCTGAGGGCGTGGCAGGGCCCTCAGAACCCCTGCCCACTGTG	3963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=60.98;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	4847640	.	GT	AC	1760	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=59.61;NF=18;NR=31;PP=1760;QD=37.0095484666;SC=AGACCCCAAGGTTGGGGCGCT;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=49;WE=4847649;WS=4847630;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,49:0.49:100
chr16	4848494	rs8053790	C	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=248;SC=GGCACCCCTCCGCGTCCATCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=4848502;WS=4848486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	4848807	rs3214843	TAA	T	2637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.924;NF=2;NR=45;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AGGGACCTGTTAAAGACAGGT;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=5;TCR=91;TR=47;WE=4848816;WS=4848797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,68:0.55:124
chr16	4851862	rs75558393	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GCTTGGTTGAGGGGGAAAGGG;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=4851870;WS=4851852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr16	4855279	rs8064024	A	G	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=159;NR=132;PP=2965;SC=TATCGTTGTCAGACTGGTCCA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=160;TCR=132;TR=291;WE=4855287;WS=4855269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr16	4861709	rs2085329	G	C	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=GGCCTGTCACGTGGGCCAGGG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=223;WE=4861717;WS=4861699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	4867565	rs6500635	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=1000;SC=CCCAGACTCCACCGATCCAAC;SOR=3.300;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=4867573;WS=4867555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr16	4908956	rs8060576	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=1.751;SC=ACATCTCTCTCGAGACCCACT;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=14;WE=4908964;WS=4908946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	4920098	rs45553841	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=646;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GTGTGACCAACAAGACAGGGT;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=31;WE=4920106;WS=4920088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr16	4920412	rs7200395	T	C	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=2110;ReadPosRankSum=-1.481;SC=TCTTAAGCAATGATGCGTCTG;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=139;TCR=157;TR=148;WE=4920420;WS=4920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,162:0.51:317
chr16	4920661	rs6500637	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=770;ReadPosRankSum=0.450;SC=CGCTTGCAGGTGCAACCCTCC;SOR=0.426;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=60;WE=4920669;WS=4920651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr16	4923091	rs2251666	G	A	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=98;PP=2965;SC=CAGTTTGCTCGGGTCACATGT;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=53;TCR=98;TR=151;WE=4923099;WS=4923081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	4926726	rs2660226	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=1.462;SC=TGCAGGGTCGGAGGGTGCCTC;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=14;WE=4926734;WS=4926716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr16	4930100	rs1876359	C	T	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=93;PP=2959;SC=CTCAGCTTCACGGGAAAGGGC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=166;WE=4930108;WS=4930090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	4933364	rs1801936	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=446;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CTGCCGTTACGAAGAGTTGCA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=23;WE=4933372;WS=4933354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr16	4935146	rs1049206	C	T	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=83;PP=2218;ReadPosRankSum=0.076;SC=CCTTCTCCTGCACCACCACTT;SOR=0.740;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=405;TCF=210;TCR=195;TR=184;WE=4935154;WS=4935136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,194:0.46:422
chr16	4938160	rs2734742	T	G	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=42;PP=1825;SC=TCACGTGGCTTCTCCTTCCAT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=4938168;WS=4938150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	4940387	rs11644917	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.196;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.602;SC=ATGCCTCACCGAGCCCTCATT;SOR=1.882;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=28;WE=4940403;WS=4940377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr16	4940443	rs75403547	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	4940809	rs2471844	A	G	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=100;PP=2965;SC=CCAGGTCCGGACAGTGCTCCT;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=161;WE=4940817;WS=4940799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	4940989	rs2471843	A	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=118;SC=GATGACACCCACTGAAGCCCC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=4940997;WS=4940979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	4942016	rs75862455	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CAACCTCCATGCTGCCTGTCT;SOR=0.572;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=96;WE=4942024;WS=4942006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,104:0.58:179
chr16	4943506	rs140914087	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=894;ReadPosRankSum=0.953;SC=CTCCCCGGTACCCCCAGAGCC;SOR=0.829;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=66;WE=4943514;WS=4943496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,71:0.37:194
chr16	4944424	rs78894793	G	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1054;ReadPosRankSum=1.021;SC=AGAAGCCCTGGGGGTGGGACT;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=95;TCR=41;TR=75;WE=4944432;WS=4944414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr16	4944518	rs1876363	C	G	9231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=154;PP=2965;SC=TCACAAAACACACGGCCGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=174;TCR=154;TR=327;WE=4944526;WS=4944508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr16	4945221	rs12709119	A	G	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TTACCCCAAAAACTTTGTAGT;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=149;TCR=110;TR=141;WE=4945233;WS=4945203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,145:0.53:274
chr16	4945225	rs2660246	T	C	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,129:0.47:274
chr16	4947534	rs8051246	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr16	4961003	rs8057613	A	G	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=53;PP=1473;SC=GGTGGGGGCTATGTCCCCACC;SOR=2.513;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=4961011;WS=4960993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr16	5061085	rs2908669	A	C	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=16;PP=1485;SC=GGCAGGGCTGATGTGTTTCAG;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=66;WE=5061093;WS=5061075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	5064917	rs2012649	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1026;ReadPosRankSum=1.132;SC=TCAGCGCCGCCACCTCGTCCT;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=80;WE=5064925;WS=5064907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,89:0.41:215
chr16	5075542	rs887854	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=866;ReadPosRankSum=1.167;SC=GAGGCTCCCCGTTCATCTCCT;SOR=0.472;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=66;WE=5075550;WS=5075532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr16	5075633	rs7188856	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GTTTGCTGCAGTGCTGATCAG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=100;WE=5075641;WS=5075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,106:0.57:185
chr16	5077395	rs71402581	TGGGAGGA	T	1311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr16	5078841	rs1995278	T	C	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=97;PP=2965;SC=GGGGCAGACCTGGACTTCAGC;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=153;TCR=97;TR=249;WE=5078849;WS=5078831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	5080523	rs2102065	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GGCTGATCACCGCCCCTTGGG;SOR=0.736;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=88;WE=5080531;WS=5080513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,92:0.47:194
chr16	5083209	rs35962888	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=1.158;SC=GAACACGGAGGCACGGCTACA;SOR=0.139;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=17;WE=5083217;WS=5083199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr16	5083483	rs2972272	T	C	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AGCCGCCGGGTCCACCGGGCT;SOR=0.997;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=172;TCF=68;TCR=104;TR=84;WE=5083491;WS=5083473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,89:0.49:181
chr16	5094570	rs8055684	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=609;ReadPosRankSum=0.486;SC=TCAGCCAGACGCGGTGGCTCA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=43;WE=5094578;WS=5094560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr16	5097947	rs1127920	A	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1131;ReadPosRankSum=1.400;SC=AGCTTTAGATAATTCTTCATC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=71;WE=5097955;WS=5097937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,75:0.48:155
chr16	5105365	rs741167	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GAAGTAAAGACGGGGGCCCTC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=71;WE=5105373;WS=5105355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr16	5105440	rs741166	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=34;PP=1060;SC=CCACCTGCCTTCATCTGCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=5105448;WS=5105430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	5106184	rs741164	C	T	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=82;PP=2724;SC=CCTGTGTGCACCCCCTCTGGG;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=157;WE=5106192;WS=5106174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	5108744	rs149120641	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=1.900;SC=GGTTGACAGAGACAATACAGC;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=29;WE=5108752;WS=5108734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr16	5108808	rs17137557	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.963;SC=GAAAGATGACGCTAGAGCTAT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=5108816;WS=5108798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	5110271	rs2270834	C	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=71;PP=2020;ReadPosRankSum=0.379;SC=GCAAATAGGGCAAGTGCAGGG;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=145;TCR=135;TR=148;WE=5110279;WS=5110261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,156:0.53:297
chr16	5122072	rs112683515	G	GGTCT	4665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=2683;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AGTGGCCAAGGGTCTGGGAGG;SOR=0.636;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=137;TCF=30;TCR=107;TR=59;WE=5122080;WS=5122062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,120:0.52:231
chr16	5122191	rs34061670	C	CG	2362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=49;PP=2287;SC=ATTAGACGAGCGGTTCTGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=53;WE=5122199;WS=5122181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr16	5125365	rs4786590	C	T	6202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=80;PP=2965;SC=GGTTTCCTCCCCTTCAAGTCT;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=127;TCR=80;TR=207;WE=5125373;WS=5125355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	5127335	rs11076869	T	A	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=50;PP=2965;SC=CTCAGGGAGCTCAAACTCTCC;SOR=1.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=118;TCR=50;TR=167;WE=5127343;WS=5127325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	5517157	.	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AATTGTTTCAATGTAGACTCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=13;WE=5517165;WS=5517147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	5649140	rs71404537	T	TTAGGAAA	12661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=110;PP=2957;SC=ACAATTTCTATCACTTGGGCC;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=18;TCR=128;TR=125;WE=5649148;WS=5649129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	6533549	rs7187508	C	A	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=75;PP=2506;SC=CCTTCAGGTACGGCGAGCGAA;SOR=1.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=133;WE=6533557;WS=6533539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	6704474	rs11640601	A	G	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=7.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr16	6704480	rs11645523	C	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr16	6704749	rs2058527	T	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=985;ReadPosRankSum=0.367;SC=ATGATGGTTTTTAGGTGATTC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=62;WE=6704757;WS=6704739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr16	7101976	rs10500344	T	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.837;NF=32;NR=1;PP=583;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GCTGAGTAATTAAAAGTAACT;SOR=1.280;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=33;WE=7101984;WS=7101966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr16	7102036	rs35212568	CT	C	3741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.877;NF=32;NR=44;PP=2712;ReadPosRankSum=1.262;SC=GACTTTTCCCCTTCATTTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=76;WE=7102044;WS=7102026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,123:0.53:232
chr16	7657432	rs4616299	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=0.109;SC=AATAACCTGAAGCAAGTGAAT;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=30;WE=7657440;WS=7657422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr16	7703785	rs3217052	G	GCT	5088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=2865;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GACAGCCTGTGCTCTCTCTCT;SOR=0.832;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=75;WE=7703796;WS=7703775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,160:0.94:171
chr16	7704032	rs2302216	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	7715108	rs8064206	T	C	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=91;PP=2482;SC=TGGTTTGTCTTGCAGGACAGA;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=153;WE=7715116;WS=7715098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	7721778	rs2286541	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGTGGCTATCCCTGTATCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=7721786;WS=7721768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	7726691	rs2191134	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=191;SC=TTTGGGTAACAGCTGCTCTGG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=7726699;WS=7726681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	7758948	rs2270127	G	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=348;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GCTTCTCACTGGAAGATGAGT;SOR=0.923;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=18;WE=7758956;WS=7758938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	7759164	rs7196923	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=70;PP=2120;SC=GTCCTCACTTTCTCCTGCCTC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=97;WE=7759172;WS=7759154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	7759206	rs62011897	G	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=527;ReadPosRankSum=0.397;SC=ACCTCAGTACGGGTTGACGTC;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=25;WE=7759214;WS=7759196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	8619750	rs7198383	C	T	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=39;PP=2332;SC=GCCCCTCCCTCCCCTCCACGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=91;TCR=40;TR=129;WE=8619758;WS=8619740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	8620096	rs9922116	T	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=34;PP=1040;SC=GCCACGCTGCTCAGCGTCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=8620104;WS=8620086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	8728953	rs1731044	C	T	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=44;PP=2025;SC=AGGTCTTGTCCGCTTCCTGTG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=8728961;WS=8728943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	8729124	rs2302607	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=963;ReadPosRankSum=0.021;SC=CACGGGGCTCGCTAGCATCAT;SOR=0.661;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=67;WE=8729132;WS=8729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr16	8729254	rs3108687	C	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=918;SC=GGCAGAGGCACTGGAAATTGG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=8729262;WS=8729244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	8729275	rs1641040	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=758;SC=ATGTTAGCTGTTGTTGATTTT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=8729283;WS=8729265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	8729323	rs1731043	A	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=259;SC=CTCTCCATTTATTCTCAGTGA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=8729331;WS=8729313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	8732733	rs1362345	C	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=115;SC=CGCACTGTCTCTCCCCATCAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8732741;WS=8732723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	8732882	rs5815485	CA	C	5082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=59;PP=2975;SC=TCTCTCTAGGCAAAAAACATG;SOR=1.134;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=95;WE=8732890;WS=8732872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	8733071	rs1641048	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=38;PP=1157;SC=TGTTTAGCAGATAGGACAGAC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=8733079;WS=8733061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	8734803	.	G	A	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5318;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MMLQ=28;MQ=68.66;NF=10;NR=0;PP=160;QD=19.4771212547;SC=GGATGGATGGGTGGGTGGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=8734811;WS=8734793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,10:0.83:12
chr16	8734830	.	G	GCTGGCTGT	1022	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=66.18;NF=15;NR=3;PP=1022;QD=57.2222222222;SC=TGGCTGGCTGGCTGGCTGGCT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=18;WE=8734838;WS=8734820;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,18:0.75:24
chr16	8735120	rs8062990	T	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=66;PP=2432;SC=GCTCTGTGGTTTTGACAGAGC;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=8735128;WS=8735110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	8735200	rs8045911	G	A	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=45;PP=2619;SC=ATGAGCACCAGCTGTCATTCT;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=124;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	8735212	rs1629322	T	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=54;PP=2637;SC=TGTCATTCTCTGAGCGCCTGC;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=142;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	8735245	rs1641055	C	T	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=97;PP=2965;SC=ACCTCACGTTCATTTTCTTCT;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=213;WE=8735253;WS=8735235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	8735355	rs1641056	A	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=53;PP=1693;SC=GTAGGGGCATAGACCCGAGTT;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=8735363;WS=8735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	8736028	rs1614616	T	C	6280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=119;NR=103;PP=2965;SC=AATTTCTGACTTGTACGATCA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=120;TCR=103;TR=222;WE=8736036;WS=8736018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	8736150	rs1615559	A	C	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=57;PP=2936;SC=CCGGGAGTTCAGTTTTAGAAG;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=8736158;WS=8736140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	8736246	rs1731007	G	A	9750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CTCTCTGTGCGGATTGCTCTG;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=200;TCR=130;TR=328;WE=8736254;WS=8736236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,347:1.00:348
chr16	8736499	rs1618219	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=49;PP=1287;SC=GTGTCCTTGTCAGTGTCATTA;SOR=5.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=52;WE=8736507;WS=8736489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	8738350	rs11645418	C	T	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=41;PP=2965;SC=GCAAGGTGGGCAGAAACAGCA;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=110;TCR=41;TR=151;WE=8738358;WS=8738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	8738398	rs1641065	A	G	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=119;PP=2965;SC=TGTGCGTCCGACTGGCTGGTT;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=154;TCR=119;TR=273;WE=8738406;WS=8738388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	8738427	rs1641066	T	C	8704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=162;NR=150;PP=2965;SC=CAACTTCACATTGAGACACTT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=162;TCR=152;TR=312;WE=8738435;WS=8738417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr16	8738499	rs1731000	G	A	6607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=143;PP=2965;SC=GGAGCAGCTCGCAGATGGCAA;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=100;TCR=143;TR=243;WE=8738507;WS=8738489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	8738579	rs1641067	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1207;SC=GCCTCCAGCAACTGGTAGGTC;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=8738587;WS=8738569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	8738622	rs9933132	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=370;SC=GGTTGCTTTACTGTGAAGCGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=8738630;WS=8738612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	8739884	.	G	GCCTGCTCC	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	8739888	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	8739889	.	A	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	8739954	rs1641070	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=613;SC=TCTTTTCTCTGTTTGCTGCAG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=8739962;WS=8739944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	8740015	rs1730994	A	C	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=22;PP=1596;SC=TCGCCTCCACAAGGCGCGGCG;SOR=1.525;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=76;WE=8740023;WS=8740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	8740418	rs1641072	T	C	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=112;PP=2965;SC=GCCATCATATTGCCGCTCGGC;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=91;TCR=113;TR=203;WE=8740426;WS=8740408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	8740503	rs1730992	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TGAGAAGGAAGAGGCAGGAGC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=88;WE=8740511;WS=8740493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr16	8740653	rs1641073	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=36;PP=1043;SC=AGTGATCTTCCTCAGAGGTGT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=8740661;WS=8740643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	8829715	rs1640998	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=563;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GAAGATACCATCCAGACTAGG;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=41;WE=8829723;WS=8829705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr16	8832491	rs7205552	T	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.84;ReadPosRankSum=1.889;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr16	8839954	rs1731017	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CCTAGATCTCAGGTGAGTTGA;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=24;WE=8839962;WS=8839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr16	8840025	rs2103340	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AAAAGCACAGCCAAGCTTAGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=8840033;WS=8840015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	8841834	rs8055737	G	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=0.696;SC=AAAGTAATATGGTTGACTAAT;SOR=0.283;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=8841842;WS=8841824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	8841960	rs1641010	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TGTTCTTGCCTGCAGGAGTTA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=45;WE=8841968;WS=8841950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr16	8842128	rs1641011	T	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TTTTTCTCATTTCCTTTGTGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=8842136;WS=8842118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	8851026	rs59134991	T	TTTTA	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.456;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr16	8851767	rs12930438	C	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=958;ReadPosRankSum=-2.087;SC=TTCATTCATTCCATAAATATG;SOR=0.438;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=64;WE=8851775;WS=8851757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr16	8858580	rs2302608	T	A	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=59;PP=2653;SC=CTCACGGCTATTTCCCTCCCC;SOR=1.164;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=156;WE=8858588;WS=8858570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	8858700	rs112675542	GCA	G	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=10.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.138;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,34:0.20:169
chr16	8862212	rs8049072	C	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=220;SC=ACATATTGTCCCACTGATTGC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=8862220;WS=8862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	8862506	rs1273406	C	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=241;SC=ATATACACCTCCTATGCACCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=8862514;WS=8862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	8862592	rs1273407	T	C	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=27;PP=2304;SC=CTGACAGCCTTGCGCTGAAAT;SOR=2.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=111;WE=8862600;WS=8862582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	8868776	rs1641022	C	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=16;PP=1544;SC=TGGACGAGGTCCAGACCGGAG;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=73;WE=8868784;WS=8868766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	8873493	rs1079349	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=531;ReadPosRankSum=0.492;SC=CATCCAGTATCTCCTGCTGTA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=41;WE=8873501;WS=8873483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr16	8873572	rs41305755	G	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	8873576	rs45545237	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	8890574	rs11642272	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATTGCCAGACGAGGGAAGGGT;SOR=1.091;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=8890582;WS=8890564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	8896066	rs2304470	G	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=842;ReadPosRankSum=1.885;SC=TGTACCCGTTGACAGCCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=49;WE=8896074;WS=8896056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr16	8896094	rs2304469	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=929;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGTCAGACCGGTCTTCATATT;SOR=1.047;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=60;WE=8896102;WS=8896084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr16	8898458	rs8053440	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CATTAAAAAAACAAGGAACTT;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=8898466;WS=8898448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	8904877	rs34742119	T	TATG	1127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=1070;SC=GCTGTTTATCTATGTTGCCCA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=20;WE=8904885;WS=8904867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	8905054	rs11074924	T	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TTCTGAAATATCTTTGGTGAA;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=70;WE=8905062;WS=8905044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr16	8907025	rs3743807	C	T	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGGAAATTGACAACTGGGCTG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=351;TCF=164;TCR=187;TR=159;WE=8907033;WS=8907002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,167:0.46:364
chr16	8907145	rs9924186	G	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=50;PP=1295;SC=TCAGACCCCCGACGCCTCTGT;SOR=6.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=8907153;WS=8907135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	8948974	rs6898	T	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=13;PP=1546;SC=GCCTCCTCCCTGCAAAGTCTC;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=68;WE=8948982;WS=8948964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	8952113	rs62033507	C	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=427;ReadPosRankSum=0.403;SC=GTCCTCACACCCAGCGCCCAT;SOR=1.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=8952125;WS=8952103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	8952117	rs4985008	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=331;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TCACACCCAGCGCCCATCAGA;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=8952125;WS=8952103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	8952248	rs988065	A	G	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=86;PP=2965;SC=CATCAGCTGGAGTAATGAAGC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=212;WE=8952256;WS=8952238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr16	8953081	rs8097	C	G	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	8988386	rs28362503	CG	C	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=206;SC=CACCAGCCCCCGGGGGGGGGA;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=8988394;WS=8988376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	8989403	rs1677473	A	G	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=104;NR=62;PP=2965;SC=TAAAAACACAAATCAAGCTAC;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=166;WE=8989411;WS=8989393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	8992342	rs2304465	G	A	8714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=139;PP=2965;SC=CCAAAACCCCGAGCCTTCTCT;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=301;WE=8992354;WS=8992332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
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chr16	8992868	rs2437724	AC	CA	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=21;PP=2947;SC=CAAGAAATGGACTGTCAGGTG;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=82;TCR=22;TR=99;WE=8992877;WS=8992858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	8994563	rs2447919	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=628;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CTTCCATGTACTTAAGTATTT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=43;WE=8994571;WS=8994553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr16	8995177	rs79920553	GAAAA	G,GA	665.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.16;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,8:0.53,0.47:17
chr16	8996377	rs2447918	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=363;SC=AATAAAAACACGCTCATATTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=8996385;WS=8996367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	8998553	.	AC	CA	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=320;ReadPosRankSum=0.469;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=11;WE=8998562;WS=8998543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	8998571	rs2437727	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=2.096;SC=AGGCTGAGGCGGGCCGATCAC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=8998579;WS=8998561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	9004564	rs2447916	C	A	10416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=138;PP=2965;SC=TAAAGAAGAACGCTACAACAG;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=223;TCR=138;TR=361;WE=9004572;WS=9004554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr16	9009286	rs45513897	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ATCTTTTAGAACTGGTAGCCA;SOR=0.576;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=31;WE=9009294;WS=9009276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr16	9010213	rs7195624	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr16	9010260	rs138207509	ATTTTCTGAATTAGGTC	A	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=2963;ReadPosRankSum=1.287;SC=AAAGATGGGCATTTTCTGAAT;SOR=1.379;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=9;WE=9010283;WS=9010250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr16	9010446	rs57510291	A	AC	2418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=33;PP=1610;SC=CTCCATTTAAAGCTCAACTTT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=36;WE=9010454;WS=9010436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	9013035	rs2164506	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=509;ReadPosRankSum=-2.866;SC=TCTTGCAGATACCCCATTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=34;WE=9013043;WS=9013025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr16	9014350	rs1677470	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=30;PP=1119;SC=AGAACACACATTTTATTCCCA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=9014358;WS=9014340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	9014434	rs2447912	T	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=425;SC=TCCCAACTTTTTTGCTAATTT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=9014442;WS=9014424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	9015252	rs30761	A	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=567;SC=CCCATTTATGATTTCATTGCT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=9015260;WS=9015242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	9017061	rs139138924	T	TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA	3253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=2957;SC=AGTAATGAAATACTGTCTTAC;SOR=2.235;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=6;WE=9017069;WS=9017051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	9024282	rs16964691	G	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr16	9030444	rs1382390	C	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=40;PP=1353;SC=ACTCACCTTCCAGCCCAAGCC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=9030452;WS=9030434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	9056439	rs74010351	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=671;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CACACTGCCAAGTACAAACTC;SOR=0.321;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=34;WE=9056447;WS=9056429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr16	9186735	rs4630540	C	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.143;NF=14;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=0.302;SC=ATGTGTGTTTCTTTTTTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=15;WE=9186771;WS=9186725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	9210373	rs8045589	A	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TGATATGTTTATCCAGAATAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=9210381;WS=9210363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	9916204	rs9806806	C	G	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1299;ReadPosRankSum=1.725;SC=GATAGTTATTCCGAATGTTTC;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=83;WE=9916212;WS=9916194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr16	9934689	rs373772021	AAG	A	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.628;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr16	9943666	rs2229193	C	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1427;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACGTCTCGGTCAGGGGGTCTA;SOR=0.680;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=214;TCF=112;TCR=102;TR=111;WE=9943674;WS=9943656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,113:0.51:221
chr16	10524656	rs56252625	GGAC	G	2969.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.270;NF=1;NR=47;PP=2075;ReadPosRankSum=-1.659;SC=GTCATAACTAGGACGACTGAA;SOR=1.776;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=100;TCF=10;TCR=90;TR=48;WE=10524666;WS=10524646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,80:0.50:160
chr16	10524957	rs34430103	G	T	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1967;ReadPosRankSum=2.451;SC=AGCATGAGGGGGCTTGTAGTC;SOR=0.427;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=124;WE=10524965;WS=10524947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,127:0.51:247
chr16	10525230	rs34404959	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=352;ReadPosRankSum=0.720;SC=TTTTGAAAACTGATGAGTGTA;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=28;WE=10525238;WS=10525220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr16	10527613	rs7205853	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=-1.751;SC=CTTTCACTTGCTGCAGAGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=12;WE=10527621;WS=10527603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	10532211	rs1532824	A	C	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=177;SC=AAGCAATCCTACCACCTCAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10532219;WS=10532201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	10566146	rs4453490	G	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=202;SC=AAATGAAAAAGTTAAATGTAC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=10566154;WS=10566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	10567984	rs62027485	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TTTAGCTCATGTGCAGATTCA;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=10567992;WS=10567974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	10574829	rs12596111	A	T	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1459;ReadPosRankSum=-2.736;SC=CAGGTACTGAATCAAAGTGCT;SOR=1.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=99;WE=10574837;WS=10574819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,106:0.44:240
chr16	10575824	rs1970817	C	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.718;SC=TTTTCAGACCCAATGGCATTG;SOR=1.046;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=68;WE=10575832;WS=10575814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chr16	10625605	rs111364972	GATGAATGAATGA	G,GATGA	1119.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=11,11;NR=3,3;PP=619,296;SC=GATTTATGTTGATGAATGAAT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=14,14;WE=10625624;WS=10625595;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.45:29
chr16	10625887	rs7195563	C	T	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=72;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GCATTCACCTCCCCATCTCCA;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=128;TCR=140;TR=137;WE=10625895;WS=10625877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,142:0.51:276
chr16	10625997	rs7194566	G	A	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=83;PP=2965;SC=CAGGGAGCGCGTTAGAAATGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=163;WE=10626005;WS=10625987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	10626059	rs35914943	AG	A	977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.883;HP=10;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1231;ReadPosRankSum=0.577;SC=GTCTGGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=1.189;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=29;WE=10626078;WS=10626049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr16	10626070	rs34039732	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1826;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GGGGGGGGGCGCTGTAGGTTT;SOR=0.389;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=67;WE=10626078;WS=10626049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr16	10626122	rs12928389	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=0.186;SC=GGTTAAGGATGACCATTCCTA;SOR=0.486;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=37;WE=10626130;WS=10626112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr16	10627085	rs4780939	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.842;SC=TGTAGAGACAAGATTTTGCCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=10627093;WS=10627075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	10631945	rs1504883	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=0.307;SC=CGGGAAAAGGGCAGGGGCGCA;SOR=0.357;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=26;WE=10631953;WS=10631935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr16	10631985	rs1504884	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=612;SC=GCCGGCACTGTGGGGTACACA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=10631993;WS=10631975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	10769958	rs2719710	T	C	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=80;PP=2266;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CTCCCGCAGCTGGATGGAGTT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=367;TCF=191;TCR=176;TR=171;WE=10769966;WS=10769948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,174:0.45:384
chr16	10770075	rs2719711	A	G	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=54;PP=1401;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GCAGTCCTGGAAGACCTCAGA;SOR=0.929;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=165;TCF=59;TCR=106;TR=79;WE=10770083;WS=10770065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,82:0.48:172
chr16	10770091	rs2719712	T	C	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=916;ReadPosRankSum=-2.454;SC=TCAGAATCTGTGGTTTCTCCG;SOR=0.932;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=61;WE=10770099;WS=10770081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr16	10775855	rs12918646	G	A	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,85:0.59:143
chr16	10775855	.	GTC	ATG	2471	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=47;NR=29;PP=2471;QD=33.216682564;SC=CTTACGTGCCGTCAATTTTCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=76;WE=10775865;WS=10775845;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:60,76:0.56:136
chr16	10775857	rs35557541	C	G	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.32;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,85:0.58:147
chr16	10788106	rs2251984	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=362;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CAAGGGAAGCAGAATGAGCGT;SOR=0.242;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=26;WE=10788114;WS=10788096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	10788129	rs2251985	G	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=721;ReadPosRankSum=0.023;SC=AGTATCCCCAGGACACAGCCA;SOR=0.223;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=46;WE=10788137;WS=10788119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr16	10788406	rs9922129	G	T	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=1880;ReadPosRankSum=1.442;SC=GCCCACAGCCGGGAGGCCTCG;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=135;TCR=147;TR=117;WE=10788414;WS=10788396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,121:0.42:288
chr16	10788550	rs138126929	C	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1194;ReadPosRankSum=0.249;SC=CAGGTCTGGACGTTGGCTATC;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=78;WE=10788558;WS=10788540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,82:0.49:168
chr16	10788652	rs61731533	C	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1095;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGCGCCTGTACAGCTGGCAGT;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=85;WE=10788660;WS=10788642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,90:0.45:199
chr16	10840847	rs4780323	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=490;ReadPosRankSum=1.180;SC=GCACTTATTTCTACCATTGTC;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=25;WE=10840855;WS=10840837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr16	10855341	rs2233539	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=796;ReadPosRankSum=1.419;SC=GGTGAGGGCGCGTGGGGCTGC;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=48;WE=10855349;WS=10855331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr16	10855739	rs1084544	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=41;PP=943;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AGTGTGGGGCGGCACCTCACT;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=15;TCR=75;TR=48;WE=10855747;WS=10855729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr16	10861914	rs2233541	T	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GAGTACTAAATGCAGATGCCT;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=90;WE=10861922;WS=10861904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,91:0.54:167
chr16	10862964	rs11716	A	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AGTTCCTGAAACGAGAGAATG;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=83;TCR=124;TR=101;WE=10862972;WS=10862954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,107:0.50:214
chr16	10864350	rs9925173	T	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=317;ReadPosRankSum=0.878;SC=AGGACGGTTCTACCCATTTCA;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=24;WE=10864358;WS=10864340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr16	10989374	rs11074937	C	T	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=88;PP=2953;SC=CTGGTCCCTGCCCTCCCGTCA;SOR=1.334;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=147;WE=10989382;WS=10989364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	10992715	rs6498121	T	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=1036;ReadPosRankSum=0.312;SC=CCAAGGTGGGTACAATAGAGA;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=63;WE=10992723;WS=10992705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr16	10995850	rs6498124	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=293;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCCCAGGAAGGCCCCTCCAAG;SOR=1.136;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=10995858;WS=10995840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	10995933	rs8046121	A	G	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=44;PP=2734;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TCTCCTAGTGAGACCAGTGAG;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=131;WE=10995941;WS=10995923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr16	10996332	rs6498125	C	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=1.409;SC=CATGGAGCCCCTTCTCTGTGC;SOR=0.148;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=10996340;WS=10996330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	11001421	rs78108426	C	A	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=106;PP=2877;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TGGGCGATGGCCAAAGGCTTA;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=430;TCF=200;TCR=230;TR=203;WE=11001429;WS=11001411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,214:0.48:442
chr16	11001743	rs2229320	G	A	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=63;PP=1693;ReadPosRankSum=1.230;SC=GGCTGCAGCCGGGGACACTGC;SOR=0.816;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=235;TCF=113;TCR=122;TR=116;WE=11001751;WS=11001733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr16	11002133	rs4781018	C	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=40;PP=1129;SC=AGAATGGATTCTCTCCATTTT;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=11002141;WS=11002123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	11002904	rs2228238	G	A	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=60;PP=2965;SC=TGAGCGACACGGTGGCGCTGT;SOR=1.558;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=176;WE=11002912;WS=11002894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	11002927	rs7197779	A	G	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=91;PP=2965;SC=GAGTCCCTGCAGCAGCATGGG;SOR=1.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=166;TCR=92;TR=256;WE=11002935;WS=11002917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr16	11004150	rs4781019	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.376;NF=41;NR=33;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGTGGGTCTGCGCAAGGTTTC;SOR=0.755;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=74;WE=11004167;WS=11004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr16	11009587	rs7500869	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GCCTCGAATTCCTGGCCTCAA;SOR=1.092;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=19;WE=11009595;WS=11009577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr16	11012169	rs12931898	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=663;ReadPosRankSum=0.922;SC=GTATCCTCCTATTTACCGAGA;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=39;WE=11012177;WS=11012159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr16	11015906	rs6498134	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=12;PP=1517;SC=ATAAATATTGATTCCTTCCCC;SOR=2.799;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=66;WE=11015914;WS=11015896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	11017058	rs4781024	G	A	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.901;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,181:0.52:350
chr16	11214668	rs56282757	A	AAC	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.651;NF=0;NR=19;PP=701;ReadPosRankSum=1.769;SC=GTTGGCTACAAACACACACAC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=19;WE=11214677;WS=11214658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr16	11250413	rs7189563	C	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=15;PP=1757;SC=ACCCGCCTTCCTCCTGCTGCC;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=11250421;WS=11250403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	11260440	rs11643123	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=0.833;SC=TGATATGGGGACATTTGGAGA;SOR=1.410;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=24;WE=11260448;WS=11260430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	11272572	rs11647285	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CTCCCTTTGTGTGTGTGGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=19;WE=11272580;WS=11272562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr16	11349196	.	G	GCCGGGA	3951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=5.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.324;QD=20.48;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr16	11349403	rs27829	A	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=54;PP=1356;SC=AGAGACAAAGAGGTGAGCTGG;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=11349411;WS=11349393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	11350059	rs27831	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=590;SC=GCTCGCTCTGTTCGGCGCCCG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=11350067;WS=11350049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr16	11362640	rs56069754	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCTGGCTGCAGCCTTCCTCTC;SOR=1.074;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=21;WE=11362648;WS=11362630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	11362729	rs11640138	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1142;ReadPosRankSum=0.089;SC=CCTGAGCTCCGCGTCTTGGTT;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=86;WE=11362737;WS=11362719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr16	11367143	rs438289	G	A	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=36;PP=1898;SC=GTTGCGGGTCGGGAGGGTGTC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	11367154	rs429744	C	T	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=38;PP=1963;SC=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCTC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=105;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	11367195	rs35598356	G	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.124;SC=CGTTGTCCTTGTGGCCCTCCT;SOR=0.881;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=75;WE=11367203;WS=11367185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr16	11367477	rs2301127	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=1.075;SC=GTCTCTCTGGGCAAGGAGGTG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=11367485;WS=11367467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	11369855	rs2070923	G	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=8.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr16	11374866	rs737008	G	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1016;ReadPosRankSum=0.751;SC=CTTCTACATCGCGGTCTGTAC;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=69;WE=11374874;WS=11374856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,69:0.40:172
chr16	11439496	rs11545336	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGGACCTGGCGGCCGTGTGGA;SOR=0.988;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=13;WE=11439504;WS=11439486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	11439639	rs918737	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=322;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GCCCGGGCCTTACCGGGCGCC;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=28;WE=11439647;WS=11439629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr16	11439679	rs918738	C	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.17;MQRankSum=1.415;NF=9;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=0.827;SC=GAGAAGTTGCCGAGGCCAGAT;SOR=0.976;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=20;WE=11439687;WS=11439669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr16	11439733	rs918739	G	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.148;NF=9;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGCGGGTCTGGCCCTCCTCCG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=18;WE=11439741;WS=11439723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	11444403	rs2032929	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=328;SC=GCCGAGATTGTGCCACTGCAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=11444411;WS=11444393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	11444425	rs28627609	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=1.275;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr16	11444430	rs2032930	T	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	11444454	rs57767216	GA	G	2982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=23;PP=768;SC=CTCAAAAGAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.306;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=46;WE=11444477;WS=11444444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	11444469	rs2032931	C	T	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=30;PP=1614;SC=AAAAAAAGAACATTACTATGG;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=11444477;WS=11444444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	11444572	rs7204628	A	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.591;NF=34;NR=31;PP=693;ReadPosRankSum=1.121;SC=TGAAGATGACAGACCTTTCTG;SOR=0.614;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=65;WE=11444580;WS=11444562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr16	11444716	rs2032932	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.193;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=539;ReadPosRankSum=0.544;SC=AATGATGTGGATTTCATGGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=13;WE=11444734;WS=11444706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	11444726	rs6498185	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=417;ReadPosRankSum=-0.514;SC=ATTTCATGGACACTTTTCAAT;SOR=0.155;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=11444734;WS=11444706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	11537347	.	A	AAGAGAGAG,AAGAGAGAGAGAGAG	3051.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;QD=70.97;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,18:0.58,0.42:43
chr16	11537471	rs12925081	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.735;NF=33;NR=52;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GGAAGAAGACCCGGATGGGGT;SOR=0.603;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=63;TCR=108;TR=85;WE=11537479;WS=11537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,90:0.50:180
chr16	11540596	rs4359463	A	C	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=96;PP=2965;SC=TGCCCCAGACACACTCACGTA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=177;WE=11540604;WS=11540586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	11540712	rs4500747	T	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=56;PP=1672;SC=GCCTATCAGCTGTGAAGGTCT;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=95;WE=11540720;WS=11540702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	11541685	rs4296278	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=1224;SC=AGGTCAGCAGAGATTCTCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=48;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	11541896	rs4238608	G	A	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=106;PP=2965;SC=GCACCAATCCGCACAGCCGTG;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=155;WE=11541904;WS=11541873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	11542894	rs4467099	C	T	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=97;PP=2965;SC=TGCACTGCTGCGTTCCAGGCT;SOR=1.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=156;TCR=97;TR=252;WE=11542902;WS=11542884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	11544673	rs12932948	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=51;PP=1981;SC=CAGGTTCAAGGCTCCTGCAAG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=11544681;WS=11544663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	11544741	rs6498192	G	A	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=46;PP=1443;SC=GCAGGCAGCTGGAGGTCCCGA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=11544749;WS=11544731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	11544824	rs6498194	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=306;SC=TTTCTAGGACGTTGGTAATGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=11544832;WS=11544814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr16	11550979	rs4559925	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.239;SC=GAGGCAGCAGCGAGCCAAGAT;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=10;WE=11550987;WS=11550969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr16	11553842	rs7206698	G	C	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1534;ReadPosRankSum=0.499;SC=TCTTGTCCCAGTGCTTCCCGT;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=106;WE=11553850;WS=11553832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,108:0.42:259
chr16	11553883	rs35839588	C	G	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1531;ReadPosRankSum=0.411;SC=TGCAGGTGGCCCGAGTCCTCC;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=71;TCR=104;TR=97;WE=11553891;WS=11553873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,101:0.56:181
chr16	11554301	rs72777212	C	G	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CTAGTGCTCTCTCCGGATGTC;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=414;TCF=230;TCR=184;TR=205;WE=11554309;WS=11554291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,213:0.50:429
chr16	11554737	rs8046254	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CAGCGTATCTCAGCTCACGGA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=11554745;WS=11554727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	11555016	rs6498202	C	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=856;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GGTCAGCCCCCAGGGACCAGC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=61;WE=11555024;WS=11555006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr16	11555861	rs4781101	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=444;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CCTTGGATGGGATGTTGATAT;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=27;WE=11555869;WS=11555851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr16	11556121	rs4254342	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGAACCGCTCAGCCTCGCCAC;SOR=0.174;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=25;WE=11556129;WS=11556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr16	11647492	rs4280262	T	C	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=85;PP=2692;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CACATTTGGATAGGGCGGTCC;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=356;TCF=185;TCR=171;TR=184;WE=11647510;WS=11647482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,192:0.51:378
chr16	11650325	rs3743582	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1090;ReadPosRankSum=1.181;SC=CCAGGGTGGAGGGCCAAGGAA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=70;WE=11650333;WS=11650315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr16	11690308	rs113749419	A	AGAGGAGGAG	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.584;QD=15.91;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr16	11690327	rs117551543	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr16	11769948	rs1050068	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1110;ReadPosRankSum=-1.953;SC=CCACCACGGGCGTGGTCACAG;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=78;WE=11769956;WS=11769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
chr16	11769963	rs1050069	C	T	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1212;ReadPosRankSum=0.255;SC=TCACAGTCATCGTCATCCTCA;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=88;WE=11769971;WS=11769953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr16	11773662	rs3190321	C	G	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=65;PP=1971;SC=GTGATGGGGACGTCTTCGGGG;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=11773670;WS=11773646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	11773733	rs8191352	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.291;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	11773743	rs7188511	G	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.32;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	11785033	.	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=324;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TAAAATGAGCTACGAAGGTGA;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=17;WE=11785041;WS=11785023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr16	11797365	rs71406275	TAC	T	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=305;ReadPosRankSum=3.080;SC=AGGCTTTTGATACACACACAC;SOR=1.287;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=9;WE=11797376;WS=11797355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr16	11824056	rs11639945	T	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	11828018	rs4780398	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=500;SC=ATTTAAAAATAGAATGATTCC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=11828026;WS=11828008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	11850003	rs7198247	A	G	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1361;ReadPosRankSum=-2.204;SC=TGGTGACACAACGAGACTCCA;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=86;WE=11850011;WS=11849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr16	11859034	rs75779711	C	A	348.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GAAAGATTATCAAAAAAAATA;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=13;WE=11859042;WS=11859024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr16	11859341	rs7199993	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=875;ReadPosRankSum=0.104;SC=TTTGGAGAACACACCTCACAA;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=97;TCR=52;TR=66;WE=11859349;WS=11859331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,67:0.43:155
chr16	11940390	rs8052900	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=0.580;SC=TGTTTAAGACTGTTCCACCTA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=11940398;WS=11940380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
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chr16	11945231	rs2075158	T	C	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=54;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACCGCCACACTGCTTCCAAGC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=154;TCR=126;TR=121;WE=11945239;WS=11945221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,128:0.44:292
chr16	11969724	rs33657	G	C	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2070;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GATCTTGTTTGACAAAACGGG;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=294;TCF=141;TCR=153;TR=140;WE=11969732;WS=11969714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,146:0.47:309
chr16	11981487	rs3752426	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1028;ReadPosRankSum=2.190;SC=AACTCTTGTGGCCAGGGGCAT;SOR=0.951;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=69;WE=11981495;WS=11981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr16	11991944	rs33635	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCATCCATTTCACTTATCTTT;SOR=0.082;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=11991952;WS=11991934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	12008941	rs33619	T	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.424;SC=CCATCTCAAGTGGGTAACTGC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=41;TCR=127;TR=71;WE=12008949;WS=12008931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,71:0.42:170
chr16	12009150	rs28653099	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	12009279	rs424518	A	G	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=61;PP=2965;SC=GGCGCCGCCAACTGGGGGTGG;SOR=1.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=174;WE=12009287;WS=12009269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	12009304	rs11544193	C	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=56;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GCTGCCGGGCCCCGCAGGAAG;SOR=0.978;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=247;TCF=137;TCR=110;TR=133;WE=12009312;WS=12009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,133:0.53:249
chr16	12009614	rs435108	G	A	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=31;PP=1964;SC=ACAGAGAGCGGGAAATGGAGG;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=12009622;WS=12009604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	12009781	rs434762	G	A	13378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=244;NR=236;PP=2965;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTCAAC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=481;TCF=244;TCR=237;TR=480;WE=12009789;WS=12009771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr16	12021332	rs256390	G	A	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=59;PP=2203;SC=TCTTGGGTTCGGGTGGTGATT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=125;WE=12021340;WS=12021322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	12031390	rs677507	C	T	7000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=104;PP=2965;SC=AAAGTTAGTACACTCACCCAA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=160;TCR=104;TR=264;WE=12031398;WS=12031380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	12031448	rs636664	T	C	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=170;PP=2965;SC=TTCTCGGAAATGCAATAATGA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=155;TCR=170;TR=324;WE=12031456;WS=12031438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr16	12060163	rs373496	A	G	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=67;PP=2151;SC=AGGAAGATAAACTCTGAACCA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=112;WE=12060171;WS=12060153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	12070503	.	G	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	12136954	rs1703492	A	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=664;ReadPosRankSum=1.837;SC=CGGGATGCGAACTGGGATGGG;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=47;WE=12136962;WS=12136944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr16	12142130	rs56363861	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=57.89;MQRankSum=-3.525;NF=19;NR=1;PP=355;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GATCAACGTGCCTCCTCTTCT;SOR=0.337;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=20;WE=12142138;WS=12142120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr16	12142172	rs3826097	T	G	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-3.541;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr16	12142175	rs3826098	C	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-3.465;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr16	12142470	rs36013478	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.524;NF=35;NR=61;PP=1337;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CCAGGAATGTCAGTGCTGGTG;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=197;TCF=75;TCR=122;TR=96;WE=12142478;WS=12142460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,100:0.49:206
chr16	12154875	rs3894905	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ATTTCGGAACGTGGAGCAGAT;SOR=0.204;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=12154883;WS=12154865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	12162969	rs1641843	A	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1255;ReadPosRankSum=1.376;SC=ACGTTCTCCCAGATCCTGGAC;SOR=0.579;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=80;WE=12162977;WS=12162959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,89:0.52:171
chr16	12296803	rs1701115	G	T	8825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=108;PP=2965;SC=CTGGTGGCGTGGGAGGTGACA;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=204;TCR=108;TR=312;WE=12296811;WS=12296793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr16	12297234	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=55.77;NF=283;NR=205;PP=2962;QD=20;SC=GGAGGTGACAACTCTGAAGTT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=1157;TCF=596;TCR=561;TR=488;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:669,488:0.42:1157
chr16	12297247	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=25;MQ=56.13;NF=310;NR=236;PP=2962;QD=20;SC=CTGAAGTTGTATAGTGTGGCC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=1198;TCF=602;TCR=596;TR=546;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:652,546:0.46:1198
chr16	12297313	.	T	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=55.37;NF=126;NR=233;PP=2962;QD=20;SC=TTGTGTAGTGTGGCCTTGCTG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=954;TCF=410;TCR=544;TR=359;WE=12297321;WS=12297303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:595,359:0.38:954
chr16	12297562	rs1701113	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=62;PP=1848;SC=TTTGCTGTAAGACAACCATCC;SOR=3.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=71;WE=12297570;WS=12297552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr16	12449925	rs11075062	C	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=981;ReadPosRankSum=0.678;SC=AGATGTTTTGCTGACAGGTGT;SOR=0.957;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=96;TCR=53;TR=66;WE=12449933;WS=12449915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr16	12450163	rs4781211	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CCCTGTGTGTCTGTCAAGCCT;SOR=0.173;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=10;WE=12450171;WS=12450153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr16	12571726	rs146076349	C	T	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=86;PP=2440;ReadPosRankSum=0.981;SC=GGTACCATCCCGTGCTGGGAA;SOR=0.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=313;TCF=137;TCR=176;TR=152;WE=12571734;WS=12571716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,167:0.50:336
chr16	12618465	rs11075087	G	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=0.519;SC=TTGGTTGCCTGGATGGCGCTG;SOR=1.519;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=17;WE=12618473;WS=12618455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr16	12621176	rs2269446	C	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=1.123;SC=AGACTGCTGTCTCAGCTGGAA;SOR=2.424;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=28;WE=12621184;WS=12621166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr16	12662328	rs2288422	C	G	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1546;ReadPosRankSum=-2.291;SC=CTTTTCATCCCCAGACTTAAC;SOR=0.546;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=326;TCF=187;TCR=139;TR=126;WE=12662336;WS=12662318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,135:0.39:347
chr16	12662420	rs2288423	C	T	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=93;PP=2599;ReadPosRankSum=2.568;SC=CTTCCCGCTTCCCCAAACTGT;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=421;TCF=206;TCR=215;TR=188;WE=12662428;WS=12662409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,189:0.45:424
chr16	12662586	rs1075844	AC	CA	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=805;ReadPosRankSum=1.154;SC=AACCACGTCCACCTGGTGATC;SOR=1.931;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=17;WE=12662595;WS=12662576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr16	12758966	rs1713480	T	C	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=119;PP=2965;SC=GAACACGACTTTGACACCTGC;SOR=1.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=85;TCR=120;TR=204;WE=12758974;WS=12758956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	12759027	rs1713479	A	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=54;PP=1503;SC=TAGGTAACCTAGGGTCTCCAG;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=12759035;WS=12759017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	12897578	rs3748976	G	T	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,137:0.45:305
chr16	13002359	rs9938751	T	C	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CTGCTGTTTATGGAGGCACAG;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=120;TCR=109;TR=227;WE=13002367;WS=13002349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr16	13002387	rs72782632	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1067;ReadPosRankSum=-2.373;SC=TCCAAGAGGACGAACCTGCCC;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=80;WE=13002395;WS=13002377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,86:0.38:227
chr16	13307325	rs140527178	TTG	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr16	14026007	rs254942	G	A	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.066;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr16	14031520	rs31869	G	A	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=98;SC=TCAAATATTTGTTATTTGAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=14031528;WS=14031510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	14678349	rs374880534	A	AC	1175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=1025;ReadPosRankSum=2.694;SC=AGATTCACTGACCCCCCCAAA;SOR=0.516;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=101;TCF=11;TCR=90;TR=42;WE=14678364;WS=14678339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr16	14701984	.	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=385;ReadPosRankSum=-0.426;SC=GAAAATTAAGTGAGTATTCAA;SOR=1.231;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=32;WE=14701992;WS=14701974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr16	15068908	rs28418438	C	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.910;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr16	15081995	rs71374758	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.416;NF=10;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=1.531;SC=TGCGTCACTGGTTTCCCCCAA;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=10;WE=15082003;WS=15081994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr16	15082021	rs55973981	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=0.847;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr16	15082865	rs4985167	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-0.636;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,109:0.25:440
chr16	15083531	rs375114359	C	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.350;NF=6;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=0.720;SC=GCCACGGGGCCAGGACCTGGG;SOR=0.935;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=15;WE=15083539;WS=15083521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr16	15083569	.	C	CGCA	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.300;NF=2;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=1.551;SC=ACGCACGCGGCGCAGCAGCCC;SOR=0.686;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=12;WE=15083577;WS=15083559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr16	15083868	rs9928601	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr16	15090275	rs11279533	ATATTATATG	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.939;NF=2;NR=8;PP=2739;ReadPosRankSum=0.728;SC=CTTATATATGATATTATATGT;SOR=0.264;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=10;WE=15090291;WS=15090265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr16	15091589	rs11421981	C	CT	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-0.949;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
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chr16	15100202	rs71271216	A	G	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.01;MQRankSum=-5.002;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
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chr16	15116521	rs4985160	C	T	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.776;NF=103;NR=92;PP=2850;ReadPosRankSum=0.779;SC=TCATGTCCCACGTCCATCTAA;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=319;TCF=167;TCR=152;TR=195;WE=15116529;WS=15116511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,199:0.60:331
chr16	15116625	rs1058637	G	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.679;NF=19;NR=58;PP=1437;ReadPosRankSum=1.445;SC=TAGTATATAAGTTCATCTGTT;SOR=0.379;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=28;TCR=103;TR=77;WE=15116633;WS=15116615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr16	15120411	rs62039476	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=11.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQRankSum=-5.726;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.000;SOR=3.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	15126890	rs12926897	C	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1562;ReadPosRankSum=1.045;SC=ACTTGGTAACCGGCTTTGAAG;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=96;TCR=124;TR=106;WE=15126898;WS=15126880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr16	15128416	rs35811052	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=674;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGCAGGTAGGACGGCATAGCC;SOR=0.503;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=56;WE=15128424;WS=15128406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr16	15129459	rs4985155	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TCCCCTGTTGACTGTTACTTG;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=19;WE=15129467;WS=15129449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr16	15129940	rs3198697	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CAGTCAGTCACATTGAAGACT;SOR=0.537;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=73;WE=15129961;WS=15129930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr16	15129970	rs7200543	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=930;ReadPosRankSum=0.091;SC=TGGAGCGCCTATCCAGTGGGC;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=65;WE=15129978;WS=15129960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr16	15131962	rs1135999	A	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=1126;ReadPosRankSum=1.460;SC=TTATTTCCAGAAAACAGTGTG;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=33;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr16	15131974	rs1136001	G	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=1126;ReadPosRankSum=0.850;SC=AACAGTGTGTGAGCTGGAGAT;SOR=0.994;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=35;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,38:0.31:122
chr16	15132108	rs2740	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=0.987;SC=AGCCAACCTTACTGTCCCCTG;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=32;WE=15132116;WS=15132098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr16	15133783	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr16	15133889	rs14347	T	G	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=54;PP=2218;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CTTGAAAGGATGCTCTGTAAA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=166;TCR=109;TR=137;WE=15133897;WS=15133879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,142:0.49:289
chr16	15135071	rs7498279	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=347;SC=GGAGCTCCTCGATGCAGAAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=15135079;WS=15135061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	15135269	rs9926473	T	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=3;PP=665;SC=TCCTTCCTGGTAGACGAGGGG;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=15135277;WS=15135264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	15155898	rs2966157	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=691;SC=AAAGCCAGTGTAGTGGCACAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=15155906;WS=15155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	15159022	.	CAA	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-0.339;QD=1.78;ReadPosRankSum=3.017;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr16	15168760	rs4985147	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=237;SC=AAAAATTCAATGTCAAAGTGG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=15168768;WS=15168750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	15173746	rs2941253	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=766;SC=GAGTCACCACGCCTGGCCAAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=15173754;WS=15173736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	15178688	rs8061051	C	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=947;SC=TTTGGGAGGCCGAGGTGGGTG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=15178696;WS=15178678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	15187912	rs11075256	G	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=16;PP=1195;SC=CACGCCATGAGCTTTGTCCCA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=15187920;WS=15187902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	15493046	rs153001	G	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=187;SC=AATGAGGCACGTAAACTACAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=15493054;WS=15493038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	15596142	rs12448500	G	C	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=31;PP=1362;SC=TAGCCAGGATGTGAAGCCTGT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=15596150;WS=15596132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr16	15696480	rs71293163	A	AAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG	2074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.07;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr16	15705605	rs7185421	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=578;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CAAAGCAAATAGTTTATTTAT;SOR=0.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=37;WE=15705613;WS=15705595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr16	15718591	rs2071333	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CCTATTACATGTAACCACCCC;SOR=1.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=10;WE=15718599;WS=15718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr16	15724113	rs3752422	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.186;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=757;ReadPosRankSum=1.566;SC=GCCTGGCAACCCCCTTATTAT;SOR=1.257;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=48;WE=15724121;WS=15724103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr16	15725159	rs143281775	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=-0.359;SC=ATACATTTTACTTTCACATGT;SOR=0.357;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=24;WE=15725167;WS=15725149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr16	15727456	.	TA	T	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.601;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr16	15730245	rs4781677	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=0.185;SC=TGAGGTCCGTGGTTTTTTGGT;SOR=1.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=20;WE=15730253;WS=15730235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr16	15743871	rs150913909	C	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CCCGCCAGCCCGCCGCAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=15743879;WS=15743861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	15771601	rs6498567	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=525;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGTGCTACTGTGTCTAGCCTT;SOR=0.472;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=35;WE=15771609;WS=15771591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr16	15781054	rs8044738	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=881;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CCCATTCTGCAGGTAAAGAGC;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=68;WE=15781062;WS=15781044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr16	15811023	rs1050163	C	T	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=2052;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCTGCTCCTCCAGCTGTGCAA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=159;TCR=158;TR=146;WE=15811031;WS=15811013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,158:0.47:336
chr16	15811062	rs1050162	C	T	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=84;PP=2356;ReadPosRankSum=-1.838;SC=CGATGGTGGACTTGAACTTGG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=160;TCR=182;TR=159;WE=15811070;WS=15811052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,170:0.47:363
chr16	15813211	rs11646134	G	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=710;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GAAAGGCCAAGCCCCACCAAG;SOR=1.390;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=37;WE=15813219;WS=15813201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr16	15813633	rs17284411	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CTGCTGCCCAGTTCAGCTTTG;SOR=0.326;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=23;WE=15813641;WS=15813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	15813945	rs2075512	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=516;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTGCTGACTTCGGTGGCCTGA;SOR=0.445;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=33;WE=15813953;WS=15813935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	15818141	rs2075511	A	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=834;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GTTTATCATAAGCGGCCGCCT;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=65;WE=15818149;WS=15818131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,68:0.46:149
chr16	15818310	rs11130	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-2.083;SC=GGGACCATGAGTGGCCCCTGT;SOR=1.251;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=20;WE=15818318;WS=15818300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr16	15820863	rs16967494	C	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1457;ReadPosRankSum=0.952;SC=GCCAGGTCTGCGTTCTCTTTC;SOR=0.497;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=260;TCF=118;TCR=142;TR=113;WE=15820871;WS=15820853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,120:0.44:273
chr16	15838940	rs2384934	G	C	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1977;ReadPosRankSum=0.098;SC=GAGTGAAGAAGCAGGGCTGGG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=147;TCR=113;TR=128;WE=15838948;WS=15838927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,136:0.49:279
chr16	15839034	rs1050113	G	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=67;PP=1758;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGAGGTAGGCGGCGCAGTTCC;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=90;TCR=126;TR=118;WE=15839042;WS=15839024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,124:0.56:222
chr16	15843899	rs6498570	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TGGGGTCCTCGGGGTAGGTGG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=79;WE=15843907;WS=15843889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr16	15850204	rs2272554	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=573;ReadPosRankSum=0.519;SC=GTACCTTCCCAGCATAATGGA;SOR=0.362;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=50;WE=15850212;WS=15850194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr16	15853596	rs2280764	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTGCAGAGGGCAACCAGGGGA;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=25;WE=15853604;WS=15853586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
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chr16	15917197	rs1050111	G	A	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=72;PP=2160;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TGTACATGTCGACGATCTTCT;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=303;TCF=170;TCR=133;TR=158;WE=15917205;WS=15917187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,163:0.52:316
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chr16	16108282	rs4148337	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
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chr16	16110253	rs246215	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	16126758	rs924137	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	16126764	rs924138	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	16130524	rs246232	C	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=993;ReadPosRankSum=0.262;SC=CCTGTGGCCTCAATCCAGGAT;SOR=0.604;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=60;WE=16130532;WS=16130514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr16	16138322	rs246221	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=320;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CGGTGAAGGTTGTGTACTCCT;SOR=0.321;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=29;WE=16138330;WS=16138312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr16	16139714	rs35587	T	C	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1351;ReadPosRankSum=0.158;SC=AGTTCGTGAATGACACGAAGG;SOR=1.056;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=233;TCF=130;TCR=103;TR=102;WE=16139722;WS=16139704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,105:0.44:238
chr16	16139878	rs35588	A	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1057;ReadPosRankSum=-2.223;SC=AAGGTAGGGGACGCTGTGCCA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=65;WE=16139886;WS=16139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr16	16149901	rs3765129	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GAGTGATGGGCTGATCCCAGG;SOR=0.741;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=21;WE=16149909;WS=16149891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr16	16161976	rs35604	G	A	6721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.060;SC=ACTCTCACTCGGGGCACAGCA;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=150;TCR=88;TR=236;WE=16161984;WS=16161966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr16	16162019	rs35605	T	C	9935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GCAGGTGGCCTTGTGCACATT;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=198;TCR=156;TR=351;WE=16162027;WS=16162009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,367:0.99:369
chr16	16173221	rs8187863	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=1.393;SC=TCACCTTCTCCATCCCCGAAG;SOR=0.598;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=43;WE=16173229;WS=16173211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr16	16173516	rs2644983	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	16173516	.	CG	TT	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=36;QD=29.8226249541;SC=TGTTCTGTTCCGTGCTGTCCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=3;WE=16173525;WS=16173506;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	16173517	rs7204081	G	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	16180896	rs45573034	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=0.949;SC=CTCGCCCTTTGGTTAAGTCAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=22;WE=16180904;WS=16180886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr16	16184232	rs2074087	C	G	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=26;PP=1992;SC=CATGTGCACTCACGTGGCCGG;SOR=1.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=94;WE=16184240;WS=16184222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	16200756	rs11075296	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=54;PP=1489;SC=TAAGTGATGACAGTGGCTGGA;SOR=2.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=16200764;WS=16200746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	16205449	rs3851716	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=459;SC=GGTTGGTGCCGCTGTCTCCCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=16205457;WS=16205439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	16219596	rs113369901	G	GAAAAAAAA	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=55.21;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	16228242	rs2230671	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=51;PP=1956;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CTGGGAAGTCGTCCCTGACCC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=166;TCR=98;TR=138;WE=16228250;WS=16228232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,143:0.52:275
chr16	16230290	rs212087	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=662;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CCATGTCAGCGTGACACAGGT;SOR=0.140;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=39;WE=16230298;WS=16230280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr16	16244129	rs212097	T	C	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=82;PP=2965;SC=GAGAGGCTCTTTGGACACCAG;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=163;WE=16244137;WS=16244119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	16251435	rs3896244	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=19;PP=1053;SC=CTGTGGAGGTGGCTGGTGCCC;SOR=1.366;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=16251443;WS=16251425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	16251599	rs2238472	C	T	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=70;PP=2650;SC=CCCAAAGTCCCGGAACTCGAT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=154;WE=16251607;WS=16251589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	16253283	rs56822940	GC	G	3548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.212;NF=64;NR=32;PP=1876;ReadPosRankSum=0.895;SC=GGGACCCATTGCCCCCCCCCA;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=96;WE=16253300;WS=16253273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr16	16255195	rs3851721	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=601;SC=ACACACCATGTTGGTTTGGAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=16255203;WS=16255189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	16263837	rs7201980	T	C	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	16267079	rs11866320	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=773;SC=TTTGGTGGGAAGACTTGGGCC;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=16267087;WS=16267069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	16271357	rs6416668	T	C	9128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=152;PP=2965;SC=AGAAGACACATGAGGGCCCCC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=181;TCR=152;TR=332;WE=16271365;WS=16271347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr16	16272508	rs2283508	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=792;SC=TTGTTACATAGCATTGTCACA;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=16272516;WS=16272498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	16272670	rs7500834	T	C	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=CCTGGAGTAGTCCACCAGGCC;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=169;WE=16272678;WS=16272660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	16278695	rs2239323	A	T	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=21;PP=1629;SC=CAGCCCAGCCAAACCCACCCT;SOR=1.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=16278703;WS=16278685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	16278863	rs8058694	G	T	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	16278869	rs8058696	G	C	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	16278975	rs368726658	GC	G	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=420;SC=ACCATCCCCCGCCCCCCCCAG;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=18;WE=16278983;WS=16278965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	16280889	rs7192265	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	16280895	rs7192961	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	16280921	rs8056103	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=911;SC=CATTATGGGCTGGGGTGGCCC;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=16280929;WS=16280911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	16281007	rs12931472	A	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=57;PP=2460;SC=TGAGTCTACGACACCAGGGTC;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=134;WE=16281015;WS=16280997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	16281154	rs4369696	C	A	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=56;PP=1803;SC=TGTGTGGCAACAGCTTCCTGT;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=16281162;WS=16281144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	16284272	rs7193932	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=936;SC=CAGTTGAGAACTCTTCCCTGC;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=16284280;WS=16284262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	16286614	rs6498618	G	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=37;PP=1881;SC=TCTCCCCTCCGCATCTCCCAC;SOR=1.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=100;WE=16286622;WS=16286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	16291816	rs58394656	G	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr16	16291858	rs12929920	G	C	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.261;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TTCAAATCCCGTCTTCCTCCT;SOR=0.386;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=224;TCF=143;TCR=81;TR=132;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,129:0.60:215
chr16	16291871	rs9940089	G	C	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.455;SC=TTCCTCCTCTGGCATACCTGC;SOR=0.433;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=274;TCF=175;TCR=99;TR=156;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,151:0.57:263
chr16	17190040	rs3889206	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=57.88;MQRankSum=-3.733;NF=23;NR=0;PP=473;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTGAAAATCCGTCAGAATAAT;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=23;WE=17190048;WS=17190030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	17221423	rs4782034	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=407;SC=TCCAAGTCCTCTTCTCCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=17221431;WS=17221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	17432427	rs4782002	T	C	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=90;PP=2965;SC=CTGTTCTCTGTCGGGAATGGT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=177;WE=17432435;WS=17432417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	18804737	rs2650628	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=AGCAATTAACCTGCTAAAGGT;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=18804745;WS=18804727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	18823192	rs2291662	A	G	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=132;PP=2965;SC=TTGCACCGCTATGAAGCAACA;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=126;TCR=133;TR=258;WE=18823200;WS=18823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	18823379	rs2606556	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=72;PP=2497;SC=CAAGATTTTTTTGGATCAGCT;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=18823387;WS=18823369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	18839362	rs12445870	T	C	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=86;PP=2877;SC=CCTGAACTGTTGCAATAGAAG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=177;WE=18839370;WS=18839352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	18839496	rs12448649	G	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=40;PP=1149;SC=TGCCACTGTTGAGAGAAAAAG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=18839504;WS=18839486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	18849858	rs35168818	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=38;PP=1977;SC=AATGTAAAGTCTACTTTTATA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=18849866;WS=18849848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	18858727	rs2650615	A	C	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=43;PP=2355;SC=TATACTTTGAAACAAAGTGGC;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=119;WE=18858735;WS=18858717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	18860472	rs12931729	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=CTTAAAAACTTTGACCTCACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=18860480;WS=18860462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr16	18865326	rs58740437	AGGAGGC	A	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	18865332	.	C	A	803	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=26;PP=803;QD=28.8886625016;SC=GCATAGGAGGCTCCTACTGTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=29;WE=18865340;WS=18865314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr16	18865935	rs17731755	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=362;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATATACATGATTTTTATTATA;SOR=0.643;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=18865943;WS=18865925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	19041491	rs4381586	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=313;SC=ACTACTCTTCTGGTTCCCTGC;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=19041499;WS=19041481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	19041595	rs28583298	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=500;ReadPosRankSum=0.435;SC=ACCATTGATGGGGTGAAATTT;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=28;WE=19041603;WS=19041585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr16	19046960	rs12933286	T	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=971;ReadPosRankSum=1.484;SC=TCTTTTGCTGTTGTTTCTATA;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=62;WE=19046968;WS=19046950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr16	19049378	rs8043993	A	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AGGTAAATTAACTTGTACTCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=88;WE=19049386;WS=19049368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr16	19051520	rs11074355	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=1.115;SC=TTGTTTGCCCAACACACATAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=19051528;WS=19051510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	19056769	rs12051270	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=567;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAGTAAGTGCGAGGGGTGCCC;SOR=1.338;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=38;WE=19056777;WS=19056759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr16	19067933	rs17854511	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=839;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TCCCCAAGACGGTGAGCACCT;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=56;WE=19067941;WS=19067923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr16	19073252	.	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1007;ReadPosRankSum=0.282;SC=CCTGGGTTTTGAGTGGACATT;SOR=0.724;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=65;WE=19073260;WS=19073242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr16	19079037	rs17357834	G	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr16	19079095	rs4531717	T	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=1080;SC=CCTGCGCCGGTCTAGCGAGCT;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=19079103;WS=19079085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	19080184	rs4630530	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=1.503;SC=GAAGCCAGTGCCACTTGCCAC;SOR=1.309;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=9;WE=19080192;WS=19080174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr16	19080227	rs75015998	C	CTG	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=704;SC=AAAAAACAAACAAATTAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=19080235;WS=19080203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	19083221	rs4782202	A	G	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=43;PP=2612;SC=TTACCTGATCATAACGAAGAA;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=102;TCR=43;TR=145;WE=19083229;WS=19083211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	19085298	rs11074359	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1121;ReadPosRankSum=1.163;SC=TTGATGGTTACGTTCAGGGTC;SOR=0.713;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=82;WE=19085306;WS=19085288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr16	19089562	rs8051232	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	19222713	rs229018	T	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1091;ReadPosRankSum=0.426;SC=TGGATTTGTTTCTGGTGCTGT;SOR=0.929;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=187;TCF=124;TCR=63;TR=74;WE=19222721;WS=19222703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr16	19222946	rs10716359	AT	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.319;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr16	19236181	rs2072076	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=961;ReadPosRankSum=-1.186;SC=TTCCAAAACCCGATGAACTCC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=57;WE=19236189;WS=19236171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr16	19310092	rs1548450	T	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1441;ReadPosRankSum=0.110;SC=AGACCTGGGCTGAGGCCGACC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=123;WE=19310100;WS=19310082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,130:0.49:263
chr16	19315621	rs16971804	C	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.619;SC=GTCACAGTTACAGCATGACCA;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=19315629;WS=19315611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	19333111	rs8049175	T	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=47;PP=2396;SC=GGCCAAATATTATTCAGGGTG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=121;WE=19333119;WS=19333101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	19333153	rs8047832	A	C	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=80;PP=2938;SC=ACATTTGAATAGGTAGACTGA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=178;WE=19333161;WS=19333143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	19333224	rs8048432	G	A	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=82;PP=2441;SC=TGCCCAACTAGAACTAAAAGG;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=19333232;WS=19333214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	19333241	rs6497343	G	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=65;PP=2050;SC=AAGGCTGACCGTCCCCTGAAT;SOR=1.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=104;WE=19333249;WS=19333231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	19455284	rs8052298	T	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=229;SC=GATGGATAAATGGATGGATAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=19455292;WS=19455274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	19455318	rs144130376	AATGGATGG	A	940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=1141;SC=TACATGATTGAATGGATGGAT;SOR=3.912;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=19455333;WS=19455308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	19455615	rs4782247	G	A	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=175;SC=GGAAAAAACTGAAATCACTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=19455623;WS=19455605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	19460842	rs6497373	A	G	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=96;PP=2965;SC=AATCGGCAATATCTCCTTCCT;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=191;WE=19460850;WS=19460832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	19471665	rs6497375	T	C	8155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=136;PP=2965;SC=AGGTATGGACTAAAGGCTTTT;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=158;TCR=136;TR=294;WE=19471673;WS=19471655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr16	19477624	rs118174930	A	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=-2.420;SC=CAAGAAATTCAAAAATTACCC;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=29;WE=19477632;WS=19477614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr16	19481234	rs4444328	T	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.842;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=861;ReadPosRankSum=1.710;SC=TTTTTTTTTTTGAATTGGAGT;SOR=2.788;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=35;WE=19481242;WS=19481210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr16	19503598	rs1475962	C	T	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=93;PP=2965;SC=CCTTTTTAAACGCTGTATAAA;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=191;WE=19503606;WS=19503588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	19503770	rs1967950	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.73;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	19503773	rs1967951	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	19505406	rs1475964	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=196;SC=GGGGATAATTTGGTTTTACTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=19505414;WS=19505396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	19505730	rs2245423	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=41;PP=1336;SC=GGACACGAGCTTGCCTCCATG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=19505738;WS=19505720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	19505751	rs2856608	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=1067;SC=TAAAAAGCGCGTCAGAGAACT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=19505759;WS=19505741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	19508573	rs2187659	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	19508583	rs2187660	C	G	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=4.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	19509333	rs2245086	C	T	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=98;PP=2965;SC=GGGGAGGAGACGAAAATGGAA;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=182;WE=19509341;WS=19509323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	19533131	rs142292419	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1099;ReadPosRankSum=0.854;SC=GGGCCCTGCAAGAGGGCACCG;SOR=0.832;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=65;WE=19533139;WS=19533121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr16	19547747	rs226891	C	G	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=77;PP=2965;SC=GAGGTAGTATCAACAGAATTG;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=176;WE=19547755;WS=19547737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	19553183	rs17325092	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=12;PP=1053;SC=AGGTTTAGCATGTTACAATAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=19553191;WS=19553173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	19580490	rs62026186	T	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=39;PP=2664;SC=GCTGTAGCCATCTCAGTCCAG;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=121;WE=19580498;WS=19580480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	19589695	.	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr16	19598562	rs111461972	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CCAACACTGGGGATTACAATT;SOR=1.552;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=10;WE=19598570;WS=19598552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr16	19644431	.	C	T	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=49;PP=1984;ReadPosRankSum=1.941;SC=AGGTGAATACCGTTTTGGCAG;SOR=0.978;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=259;TCF=150;TCR=109;TR=129;WE=19644439;WS=19644421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,135:0.50:271
chr16	19648817	.	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	19716505	rs739565	A	G	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=75;PP=2185;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CCAACACTGGAGATGATGGAG;SOR=0.638;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=330;TCF=169;TCR=161;TR=162;WE=19716513;WS=19716495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,168:0.51:331
chr16	19775269	rs10500403	G	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=567;ReadPosRankSum=1.193;SC=GAATTCAGTCGTGTTAATTTG;SOR=0.353;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=38;WE=19775277;WS=19775259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr16	19799962	rs4782283	T	A	230.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=228;SC=CTGTTTTTTTTAAAAAAATCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=19799970;WS=19799961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	19868687	rs2729	G	C	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=96;SC=TCTGCCCATGGTTTACAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=19868695;WS=19868677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	19883082	rs172907	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=466;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GAAGAAGAGTATCTTTTGAGA;SOR=1.866;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=23;WE=19883090;WS=19883072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr16	19884285	rs2240047	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=440;SC=CAAGCGCACACGGCACCTTTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=19884293;WS=19884275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	20084743	rs34142406	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=924;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GGGAGGACGGGGGATTCTGGG;SOR=1.240;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=58;WE=20084751;WS=20084733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr16	20322425	rs11647569	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=246;SC=CTAACCTAGCTTGGCCTTGAT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	20322439	rs11642182	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=388;SC=CCTTGATTCTATTAATACCAA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	20328685	rs1129818	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=829;ReadPosRankSum=0.647;SC=TGGAATCACGTTGATTTGAGC;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=51;WE=20328693;WS=20328675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr16	20334679	rs4411505	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=833;ReadPosRankSum=1.979;SC=GTGCCCCTAACTGGGGTAATT;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=53;WE=20334687;WS=20334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr16	20334807	rs368914613	AC	A	4149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.818;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.999;NF=25;NR=123;PP=1544;ReadPosRankSum=2.936;SC=TTTTTGCTGTACCCCCCCCCC;SOR=0.195;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=252;TCF=46;TCR=206;TR=148;WE=20334816;WS=20334796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,201:0.71:282
chr16	20334932	rs4393582	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=52;PP=1498;SC=TTTATAAACTGGGAAATTTCA;SOR=5.926;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=54;WE=20334940;WS=20334922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	20335325	rs12930599	G	A	4949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.370;SC=ACATGGGAGCGTCTGTCTGGC;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=396;TCF=227;TCR=169;TR=223;WE=20335333;WS=20335315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,231:0.57:406
chr16	20339131	rs4643330	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=1.193;SC=TCTTCATAATTAATCAATGAA;SOR=1.000;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=23;WE=20339139;WS=20339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr16	20359633	rs28544423	C	T	12992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCTCACACGTCCCCTCCACGG;SOR=0.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=458;TCF=252;TCR=206;TR=456;WE=20359641;WS=20359623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,482:1.00:483
chr16	20359831	rs13335818	C	T	6443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=122;PP=2965;SC=CACAGGCCTTCACCTGGACGG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=225;WE=20359839;WS=20359821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	20360993	rs71149135	G	GCCACATTC	4672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=30;PP=2900;SC=TTTTAAAATAGCCACATTCAG;SOR=1.306;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=49;WE=20361001;WS=20360983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	20361087	rs111285796	T	TTCTGCCAGA	5723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=55;PP=2966;SC=ATTTTATGTTTTCTGCTTCCC;SOR=1.161;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=63;WE=20361095;WS=20361077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	20361213	rs34234553	T	TA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr16	20361950	rs36060036	C	T	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=114;PP=2965;SC=ACATATACAACGCACACACAC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=136;TCR=115;TR=250;WE=20361958;WS=20361940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	20386115	rs4522429	T	C	9022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=149;PP=2965;SC=ACCAGAGACCTCTCACTAGCA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=165;TCR=149;TR=314;WE=20386123;WS=20386105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr16	20410488	rs7185940	G	A	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2104;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TTAGCACTAGGAGACTGCGTT;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=321;TCF=163;TCR=158;TR=147;WE=20410496;WS=20410478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,154:0.47:330
chr16	20410547	rs9926580	C	T	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=69;PP=1801;ReadPosRankSum=1.144;SC=GAAACACCGGCGTTAACCTCT;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=264;TCF=112;TCR=152;TR=123;WE=20410555;WS=20410537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,126:0.47:269
chr16	20410669	rs9928648	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-1.176;SC=TTATCAACACAGGTGGTGGAG;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=14;WE=20410677;WS=20410659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	20441053	rs8062344	C	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=40;PP=1372;SC=GCCCTCAACCCTGACGTGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=20441061;WS=20441043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	20441084	rs8063682	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=34;PP=1075;SC=AACACCAGACTGGTGTGGAGC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=20441092;WS=20441074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	20441215	rs8062563	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=398;SC=CTTCTCAGGGACCACCCTTCC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=20441223;WS=20441205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	20488803	rs1634306	T	A	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.52;QD=26.17;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	20492000	rs146233716	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.28;QD=30.88;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	20498079	rs2072080	T	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.073;NF=7;NR=34;PP=774;ReadPosRankSum=-1.815;SC=TTCCTATGATTATATGAGATT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=41;WE=20498087;WS=20498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	20551855	rs28750179	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GTCAGCCACCATGTCCGGCCC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=10;WE=20551863;WS=20551845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	20552075	rs16970280	G	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.778;NF=40;NR=56;PP=1284;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GCGAGGCCAGGATCACAAATG;SOR=0.458;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=225;TCF=86;TCR=139;TR=96;WE=20552083;WS=20552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,100:0.42:236
chr16	20554613	rs62035054	G	A	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.355;NF=25;NR=73;PP=1677;ReadPosRankSum=0.601;SC=CAGAGTCATTGTGCCTGCAAA;SOR=0.313;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=37;TCR=124;TR=98;WE=20554621;WS=20554603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,98:0.64:152
chr16	20557688	rs12927522	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQRankSum=-3.471;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr16	20557875	rs141712049	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQRankSum=-1.838;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr16	20565396	rs6497500	C	T	158.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=57.88;MQRankSum=-0.157;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATCATGGGAGCCTGAGTCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=20565404;WS=20565386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
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chr16	20570466	rs28712600	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.454;NF=17;NR=4;PP=335;ReadPosRankSum=1.869;SC=GCTCCAAGGCAGAGACTTCTT;SOR=0.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=21;WE=20570474;WS=20570456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	20570661	rs62035059	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.35;QD=29.77;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	20576048	rs112352583	C	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=4.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQRankSum=-2.372;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr16	20576267	rs12920996	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.900;NF=4;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CCCAACCTTATAGGATTCTTC;SOR=0.135;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=24;WE=20576275;WS=20576257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr16	20599486	rs11643396	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.789;NF=4;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=1.131;SC=CCTTGAATAAGTGCCTACATT;SOR=0.349;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=14;WE=20599494;WS=20599476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	20599530	.	T	G	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=29;MQ=41.63;NF=0;NR=3;PP=25;QD=19.9237375157;SC=ACTAGTTTTTTTTGGGCACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=20599538;WS=20599520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr16	20602082	rs7498598	T	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.703;NF=59;NR=72;PP=1887;ReadPosRankSum=-2.414;SC=AAAAGTAGCCTTCCTTGTCCA;SOR=0.800;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=131;WE=20602090;WS=20602072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,136:0.50:271
chr16	20602163	rs28669334	A	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.063;NF=33;NR=50;PP=1248;ReadPosRankSum=0.350;SC=GATTGTCCTGAAAGACAAAGA;SOR=0.467;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=167;TCF=63;TCR=104;TR=83;WE=20602171;WS=20602153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr16	20602287	rs28736286	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.655;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.464;SC=CTAAAGTCCCAGCTGCCCAGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=20602295;WS=20602277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	20605328	rs11074464	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.738;NF=8;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=0.648;SC=CATACCACCCCGCCCTCTGGT;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=22;WE=20605336;WS=20605318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr16	20635418	rs3743690	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=620;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CCTCACTCACCTTCCTTGGGT;SOR=0.928;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=35;WE=20635426;WS=20635410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr16	20636814	rs2301672	G	A	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=85;PP=1939;ReadPosRankSum=0.927;SC=CCACCAAAGCGCTTTCAACCT;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=101;TCR=158;TR=140;WE=20636822;WS=20636804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,148:0.54:276
chr16	20638576	rs1692729	A	T	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CATCCATCTTACCTCTGTCCC;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=74;WE=20638584;WS=20638566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr16	20647921	rs62033279	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GGAGAATGCACGGTGAGCTTC;SOR=1.071;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=12;WE=20647929;WS=20647911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	20749461	rs9788809	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	20750498	.	AT	A	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9997;HP=14;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=21;MQ=57.56;NF=0;NR=6;PP=65;QD=11.5;SC=CTCAGTATTGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=20750506;WS=20750488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr16	20753123	rs234271	T	C	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=171;PP=2965;SC=TCCTCGTCTATCGCCGGCGCG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=185;TCR=171;TR=356;WE=20753131;WS=20753113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr16	20792188	rs5715	T	C	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=110;PP=2965;SC=AGGTATACTTTCACAAAAGTG;SOR=1.272;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=181;WE=20792196;WS=20792178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	20796508	rs8058758	T	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=53;PP=1596;SC=ACAGTCTCCTTATGATTATTT;SOR=2.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=20796516;WS=20796498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	20810067	rs3213646	T	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=46;PP=1812;SC=CTTTTGCATATAGATAGGTGA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=20810075;WS=20810057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	20810730	rs7198770	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=874;ReadPosRankSum=-1.746;SC=TTTCCTTAGTACTAAAGAAAT;SOR=1.032;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=43;TCR=103;TR=54;WE=20810738;WS=20810720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,56:0.38:148
chr16	20811681	rs2301771	C	T	10308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=202;NR=172;PP=2965;SC=TTAACAGCTGCTTTCTTTTAC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=203;TCR=172;TR=374;WE=20811689;WS=20811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr16	20827647	rs5816137	AT	A	442.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.138;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.471;NF=1;NR=19;PP=203;ReadPosRankSum=1.352;SC=CACAAAAACAATTTTTTTTTT;SOR=4.081;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=20;WE=20827656;WS=20827637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr16	20855309	rs9929443	A	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=43;PP=1314;SC=TGGCCATAGAATCCTTGGATG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=20855317;WS=20855299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	20860897	rs6654	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=440;SC=CAGCAGACAGCTTTATGGAAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=20860905;WS=20860887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	20873767	rs7187522	T	G	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=142;PP=2965;SC=CCTGCACCCCTCCTGCTATGT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=133;TCR=143;TR=274;WE=20873775;WS=20873757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	20974740	rs111539520	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AATGAACTCCCGGACCGCTGG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=65;WE=20974748;WS=20974730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,68:0.44:155
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chr16	20998720	rs111770788	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1286;ReadPosRankSum=0.360;SC=GACGATCATAGAAGACCCGAT;SOR=0.769;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=94;WE=20998728;WS=20998710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,98:0.44:225
chr16	20999464	rs4783517	C	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=546;ReadPosRankSum=1.601;SC=AGGATGCACACGAGGTGGCTT;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=32;WE=20999472;WS=20999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr16	21008690	rs3115446	T	C	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=2285;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TTGTGTCTTTTTTGTCAAACC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=140;WE=21008710;WS=21008680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,142:0.52:273
chr16	21030897	rs3095922	T	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=14;PP=999;SC=GTTTAGAACATGTAATTCCAA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=21030905;WS=21030887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	21035826	rs330135	G	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GTTGCCTCCAGGGACTATGAA;SOR=0.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=21035834;WS=21035818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	21069645	rs72780846	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=1.689;SC=TCAGACGCTACAAGGCTTGAC;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=21069653;WS=21069635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	21071766	.	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.492;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=1.136;SC=TCTCTGGACACGGCTGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=15;WE=21071774;WS=21071756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr16	21136477	rs7191215	A	G	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=40;PP=1915;SC=AAAGGTCCAAATGCAGGTCCC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=21136485;WS=21136467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	21161559	.	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr16	21185384	rs1046480	G	A	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=57;PP=2146;SC=CTGTGGTTTGGGCTTCGTATC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=118;WE=21185392;WS=21185374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	21262126	rs74405183	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=16;PP=475;SC=GGCAGCTGGTCGACACCAGCC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=21262134;WS=21262116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	21388110	rs2686119	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=49;PP=1373;SC=CTCCCTGGAGTGCTACCTGCA;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=21388118;WS=21388100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	21531111	rs7197243	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.12;MQRankSum=-3.899;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,36:0.18:204
chr16	21531494	rs42138	T	C	7256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.590;NF=162;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.161;SC=ATGCCCGAGCTCATGATGGCG;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=431;TCF=218;TCR=213;TR=314;WE=21531502;WS=21531484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,324:0.73:443
chr16	21531609	rs42139	C	T	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.084;NF=27;NR=47;PP=1046;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGGCGGCCATCATCTTCTCCC;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=74;WE=21531617;WS=21531599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,80:0.45:176
chr16	21531681	rs42140	C	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.033;NF=4;NR=22;PP=456;ReadPosRankSum=0.480;SC=GGCCCGCACCCGCCATGCTCT;SOR=2.135;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=26;WE=21531689;WS=21531671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr16	21559162	.	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-5.390;QD=0.14;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,55:0.14:404
chr16	21608472	rs194548	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=1.375;SC=GCTGTCCCCAGTGGGCAATCT;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=21608480;WS=21608462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	21652720	rs1055740	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=188;SC=TTACATTCTGACATCCTTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=21652728;WS=21652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	21658266	rs3091404	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=559;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCCAG;SOR=1.421;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=30;WE=21658274;WS=21658256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr16	21689791	rs215894	T	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	21696083	rs201146251	ATTATTT	A	259.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=-0.000;QD=28.81;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr16	21696089	.	T	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=61.78;NF=0;NR=2;PP=46;QD=40.3856062736;SC=TATTATTATTTTTTAGGTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=2;WE=21696097;WS=21696073;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr16	21730449	rs215901	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=0.166;SC=ATTCTCTTCTCGCAGGCTCTG;SOR=0.474;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=22;WE=21730457;WS=21730439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr16	21739430	rs4408531	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=5;PP=1384;SC=AAATGATCTGTCTGCCTCGGC;SOR=4.294;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=55;WE=21739438;WS=21739420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	21747556	rs56065183	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1115;SC=ATTATTATTCCTCTTCTTTCA;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=21747564;WS=21747546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	21764325	rs201448090	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.20;MQRankSum=-3.346;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr16	21771908	rs74415880	A	G	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.14;QD=23.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	21817544	.	A	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.723;NF=2;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.665;SC=TTATGAACGTAACATTCCTAA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=21817552;WS=21817534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	21821976	rs148768203	C	CA	153.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.922;NF=12;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=0.980;SC=CAAGTGGATACAAAAAAAAAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=12;WE=21821984;WS=21821966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr16	21970546	rs2967178	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=25;PP=1268;SC=GCATGAGATGTTGTTTTTAGC;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=21970554;WS=21970536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	21992122	rs2965803	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=271;SC=GTATTATTCTTATGTTTGGTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	22012146	rs143239876	AATG	A	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;QD=35.04;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	22128052	rs11649656	TT	GC	10785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=80;PP=2947;SC=GACCTGGGATTTCCACTTCTC;SOR=1.193;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=231;TCF=143;TCR=88;TR=221;WE=22128061;WS=22128042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	22157689	.	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CTGCCCTGAAGGGTGGAGGAG;SOR=0.200;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=29;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr16	22161136	rs1991020	T	C	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=68;PP=2154;SC=TGCAGAGAGCTTTCAGTCATG;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=116;WE=22161144;WS=22161126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	22178256	rs6497575	G	A	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=86;PP=2965;SC=GCCCTGTACCGTGCCTTCGAA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=193;WE=22178264;WS=22178246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	22192791	.	A	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1366;ReadPosRankSum=1.911;SC=GACGGAATGTAAAGCCACACC;SOR=0.528;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=94;WE=22192799;WS=22192781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,94:0.44:214
chr16	22260058	rs79637818	G	A	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=67;PP=2919;SC=GTGCCCCATGGTGGATGGGTC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=154;WE=22260066;WS=22260048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	22269867	rs4783453	A	G	8302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=150;PP=2965;SC=GGGAGCCCCCAAGTAAGGACC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=145;TCR=150;TR=295;WE=22269875;WS=22269857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	22324794	.	TG	T	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=898;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CCTGGCCTGGTGGTCCCAAGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=27;WE=22324802;WS=22324784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr16	22328094	rs2290830	G	T	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=49;PP=1555;SC=GAGGACTGTGGCCCCTCCTGT;SOR=1.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=22328102;WS=22328084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	22579730	rs372533285	ATG	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-0.178;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.161;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr16	22826339	rs208951	A	G	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=126;PP=2965;SC=TTATCCGAGTACACCCGGACG;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=166;TCR=126;TR=292;WE=22826347;WS=22826329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr16	22844383	rs71378486	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=407;ReadPosRankSum=1.336;SC=CCAGAGGCTTGTGTGCTACAA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=25;WE=22844391;WS=22844373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr16	23079353	rs8047644	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=747;SC=TAAAACACTTTGATTGCAGAA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=23079361;WS=23079343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	23079408	rs114976439	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=550;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GTTTGCATGCTAGAAGATAAC;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=42;WE=23079416;WS=23079398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr16	23205657	rs4247210	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-1.854;SC=GGGGCAGCAGGACAGTGGGGA;SOR=0.501;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=19;WE=23205665;WS=23205647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr16	23221183	rs5740	A	G	8519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ACAGATTGGCAGGGGCACCCA;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=136;TCR=185;TR=319;WE=23221191;WS=23221173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
chr16	23221238	rs4281710	A	G	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=96;PP=2965;SC=GTTATATCTAAGCTGGGGTGT;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=137;WE=23221246;WS=23221228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	23223233	rs9941210	G	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GGCATAAGGGGCAGGTTCATG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=23223241;WS=23223223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	23223262	rs9941215	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CAAGGTTAAGGGAGGCTGACC;SOR=0.030;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=23;WE=23223270;WS=23223252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	23223300	rs9931527	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr16	23224106	rs12708649	T	C	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=63;PP=1268;ReadPosRankSum=0.141;SC=GTGAGACGGGTGGCTGGGTTG;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=99;WE=23224114;WS=23224096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
chr16	23224416	rs13306653	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=992;ReadPosRankSum=-1.866;SC=TTCTCTCTCCGTTGTAGAAGT;SOR=1.099;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=70;WE=23224424;WS=23224406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,70:0.43:163
chr16	23224517	rs13306654	T	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=893;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTCTGTCTCTTCCCACCACAG;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=54;WE=23224525;WS=23224507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr16	23225984	rs11643517	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=599;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GAGGACTGGTAATCTGGTAGG;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=34;WE=23225992;WS=23225974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr16	23226787	rs5723	C	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=65;PP=1506;ReadPosRankSum=0.505;SC=TGGATGAGCTCTGAGGCAGGG;SOR=1.055;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=36;TCR=112;TR=83;WE=23226795;WS=23226777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr16	23360199	rs238547	T	C	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=56;PP=1600;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TGGACTTCCCTGCCGTCACCA;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=313;TCF=178;TCR=135;TR=135;WE=23360207;WS=23360189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,140:0.43:324
chr16	23400494	rs250586	C	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=652;SC=CTGAATACGACACAGAGAAGC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=23400502;WS=23400484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	23486197	rs11074559	A	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.72;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr16	23489711	rs1135045	C	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=1101;SC=GCTGGCTGTGCTGAGAGGAGG;SOR=1.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=48;WE=23489719;WS=23489701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	23490353	rs4968008	T	G	7673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=146;PP=2965;SC=AGCAACTTACTGAAGGTCATG;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=126;TCR=146;TR=272;WE=23490361;WS=23490343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr16	23506940	rs722069	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=630;SC=CCCTAAAACAGTCTTGAGAGA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=23506948;WS=23506930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	23521643	rs1071685	G	C	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=105;NR=76;PP=2965;SC=GCTACTCACTGAGCCACAGCT;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=181;WE=23521651;WS=23521633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	23521750	rs2285522	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=56;PP=1421;SC=GCCCCGACGCTGCGGCCGCGG;SOR=1.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=81;WE=23521758;WS=23521740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	23521780	rs2285521	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=941;SC=CCTCTTCAGCCGCTGTAGCGT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=23521788;WS=23521770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	23533008	rs11074565	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=696;SC=TTGTCCTTTTGTGACTGACAT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=23533016;WS=23532998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	23535680	rs1468138	A	C	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=39;PP=2309;SC=CACTGCCCGAAACATCCTCTC;SOR=1.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=118;WE=23535688;WS=23535670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	23536366	rs6497670	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=222;SC=TAATTCTATATTGTATTCACT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=23536374;WS=23536356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	23536684	rs6497671	T	C	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=65;PP=2294;SC=AAGCTCATACTAGATCTTTCT;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=23536692;WS=23536674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	23540798	rs2072062	C	T	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=55;PP=2965;SC=GTGTGGAACCCTGAGCTCAGC;SOR=1.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=122;TCR=55;TR=176;WE=23540806;WS=23540788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	23541223	rs2072061	G	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=60;PP=1809;SC=TGCAGTCTGCGGAAGAAATCA;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=76;WE=23541231;WS=23541213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	23544061	rs77939239	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=569;ReadPosRankSum=1.875;SC=TGATCAGCTCCGGCAGGGTCC;SOR=0.723;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=39;WE=23544069;WS=23544051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr16	23546561	rs2073951	G	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=65;PP=2497;SC=TCCAGCCATAGACCAGGTCCT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=23546569;WS=23546551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	23555726	rs2369009	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=12;PP=1180;SC=AGATGCCTGACCCACAGAAAC;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=23555734;WS=23555716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	23557718	rs7196534	T	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=52;PP=1773;SC=AGCTCAGAGATCTTGGGCAAG;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=23557726;WS=23557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	23557790	rs4968019	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=977;SC=AACTTTCTCATGAGGATCATC;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=23557798;WS=23557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	23563501	rs7187920	C	T	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=35;PP=1647;SC=CAATATTCTCCGCTGCCCCAG;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=23563509;WS=23563491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	23606895	rs240744	G	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=91;PP=2965;SC=ATCCTTATTGGTCAAAGGTCA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=181;WE=23606903;WS=23606885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	23625463	rs249936	A	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=432;SC=ACAAACCAGTATTCAGAAAAT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=23625471;WS=23625453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	23717833	rs36047689	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=52;PP=1610;SC=TCTTGCAGGAGTGGGGGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=23717841;WS=23717823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	23721601	rs4967959	T	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=56;PP=2313;SC=ACCAATGGGTTCTTGCCCCCT;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=123;WE=23721609;WS=23721591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	23722042	rs3899652	T	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=40;PP=1439;SC=CCCCATTTTATAGATGAGGAT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=23722050;WS=23722032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	23724753	rs3809682	G	A	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=65;PP=1943;SC=TGGAGAACTTGCCACGTGCCG;SOR=2.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=23724761;WS=23724743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	23768380	rs5816221	T	TG	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=2.385;SC=GGAAAATTATTGGGGGATATG;SOR=0.560;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=9;WE=23768388;WS=23768370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr16	23848762	rs3729883	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=393;ReadPosRankSum=0.169;SC=CTATTTGTGGGAAGAGAGGGT;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=37;WE=23848770;WS=23848752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr16	23848861	rs3729885	T	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TAGGAATTCTTCACCACAACA;SOR=2.054;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=22;WE=23848869;WS=23848851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr16	24104328	rs880824	A	G	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=73;PP=2199;SC=TGCCACCTGAAATCAGGGAGT;SOR=3.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=12;TCR=73;TR=85;WE=24104336;WS=24104318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	24105669	rs7196765	G	A	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=88;PP=2583;SC=TCCATCAAACGCGGGGTCAAG;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=138;WE=24105677;WS=24105659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	24135112	rs1013316	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=385;ReadPosRankSum=-1.614;SC=TACAAGATCGTCCTCAAACCC;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=21;WE=24135120;WS=24135102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	24166130	rs432998	T	C	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=90;PP=2488;SC=TGGCCCTGCCTGGGAAGCCGC;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=54;TCR=90;TR=144;WE=24166138;WS=24166120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	24192020	rs113575395	AAC	A	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.137;NF=11;NR=5;PP=601;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CACAACACCTAACACAGTGTT;SOR=0.344;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=16;WE=24192029;WS=24192010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr16	24196289	rs66639742	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=346;ReadPosRankSum=1.365;SC=GCCTCTGCAAAGCATGTCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=23;WE=24196297;WS=24196279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr16	24202458	rs3729904	C	T	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GACCTGAAGGCGAACGTGATA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=192;TCR=139;TR=134;WE=24202466;WS=24202448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,141:0.40:351
chr16	24202615	rs198145	A	G	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=112;PP=2965;SC=CCTGTGCCTCATGTTTTCCAA;SOR=2.444;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=35;TCR=112;TR=147;WE=24202623;WS=24202605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	24231449	rs424741	C	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ATGCAAACTCCATCGTTGAGC;SOR=0.614;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=51;TCR=136;TR=76;WE=24231457;WS=24231439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,78:0.41:188
chr16	24357998	rs5816249	T	TG	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=20;PP=2402;SC=GGACCCAGGCTGGCCCCCAGA;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=24358006;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	24564879	rs72133882	GTA	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	24675399	rs56765650	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=1.183;SC=GTAATCCCAGCACTTTGGGAG;SOR=1.078;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=13;WE=24675407;WS=24675389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	24741005	.	TCGG	T	928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=3;PP=396;SC=GGCGGCGGTGTCGGCGGCGGC;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=24741015;WS=24740995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	24741234	.	C	CGCGGCGGCGGCAGCAGAG	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	24741686	rs7202252	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=86;PP=2746;SC=CCGATTCGCCTTTTCTGGGTT;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=142;WE=24741694;WS=24741676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	24801979	rs13336754	C	T	8195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=138;PP=2965;SC=CAGTGGAGAGCGATGGTAGTA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=149;TCR=139;TR=287;WE=24801987;WS=24801969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	24807165	rs1030211	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=15;PP=780;SC=AGGTCTTCCAGTTCCAAACCC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=42;WE=24807173;WS=24807155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	24809395	.	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.413;SC=GGAGGCTGTGCTCTCCAATAG;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=8;WE=24809403;WS=24809385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	24817434	.	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=248;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TAGATCACGTCGTGCCTCTGT;SOR=0.247;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=24817442;WS=24817424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	24838988	rs12933971	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1128;SC=GGGAGGGTAACGGCATTGGTG;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=24838996;WS=24838978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	24873908	rs140369052	T	TC	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.207;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	24881152	rs11866271	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=2;PP=682;SC=GGAGCATGGAAATAATTGGGG;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=24881160;WS=24881142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	24886886	rs60449337	TG	T	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=8;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=629;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGGGCTTGTGTGGGGGGGTCA;SOR=1.675;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=13;WE=24886901;WS=24886876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	24886893	rs34534629	G	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.488;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=615;ReadPosRankSum=1.310;SC=GTGTGGGGGGGTCACGTGCTG;SOR=2.368;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=16;WE=24886901;WS=24886876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	24888454	rs274074	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=495;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CAAGGGATGACGTATGACTCT;SOR=0.267;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=25;WE=24888462;WS=24888444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr16	24888593	rs8052587	A	G	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ACATGTATGCAGGTGCCATCT;SOR=0.575;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=105;WE=24888601;WS=24888583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,114:0.59:192
chr16	24895361	rs72770465	C	T	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=91;PP=2685;ReadPosRankSum=1.011;SC=CCTCCGTGCTCATCCCACCAG;SOR=0.526;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=333;TCF=155;TCR=178;TR=180;WE=24895369;WS=24895351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,184:0.53:346
chr16	24902194	rs274081	T	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=96;NR=67;PP=2771;SC=TTCTAGGTTTTGCCGCGGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=163;WE=24902202;WS=24902184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	24902434	rs274082	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	24921854	.	AT	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr16	24975425	rs12599343	G	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=215;ReadPosRankSum=1.543;SC=TATTCTGATAGAAATTATTTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=11;WE=24975433;WS=24975415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	24980189	rs12103073	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CAACAGGAACGCATTAGGGTG;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=50;WE=24980197;WS=24980179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr16	25043277	rs11074669	G	A	10648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=189;PP=2965;SC=CGACGAGGGCGTGGGCTGCAC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=187;TCR=189;TR=376;WE=25043285;WS=25043267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr16	25066321	rs67051289	A	AG	105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.10;QD=26.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	25137289	rs7189229	G	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=238;SC=CTTCAGAACTGCCATCAGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=25137297;WS=25137279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	25137385	rs11861481	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.724;NF=36;NR=17;PP=684;ReadPosRankSum=0.575;SC=GGACAGTGAGGTCCTTCTTCC;SOR=1.296;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=53;WE=25137393;WS=25137375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,45:0.28:158
chr16	25137449	rs7188975	A	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=1.555;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,47:0.24:197
chr16	25151398	rs10681142	A	ACT	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=426;ReadPosRankSum=1.050;SC=ATCCTTAAACACTATTGCTCT;SOR=0.136;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=25151406;WS=25151388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	25163017	rs139504024	G	GGTGTGT,GGTGTGTGT	992.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.88;QD=52.25;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,13:0.32,0.68:19
chr16	25172274	rs277899	G	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TTGGAAGATAGGATTTTGGTT;SOR=0.722;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=29;WE=25172282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr16	25180610	rs6497812	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=28;PP=808;SC=CTTTGCAGATGTGATCATGGA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=25180618;WS=25180600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	25239805	rs2287798	G	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CATCCTGAAGGCTCGGTGAAG;SOR=0.881;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=82;WE=25239813;WS=25239795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr16	25255080	rs141745999	T	TAAAACTCCTTGGTTTTGCACC	2257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,52:0.36:146
chr16	25255506	rs11642611	C	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1281;ReadPosRankSum=2.557;SC=ACAATTTGCTCTTCCGATGAC;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=76;TCR=114;TR=86;WE=25255514;WS=25255496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,96:0.47:206
chr16	25258035	rs11649280	A	G	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=55;PP=1852;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TACCACTGAGATTCTGAAACA;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=299;TCF=167;TCR=132;TR=131;WE=25258043;WS=25258025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,134:0.45:300
chr16	25263278	rs2112811	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=694;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TCCCGGTAGAGGTCCCTTTGG;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=41;WE=25263286;WS=25263268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr16	25264440	rs11643089	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=0.846;SC=GAGATGAGTATGTATTGAAAC;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=24;WE=25264448;WS=25264430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr16	25268368	rs4787310	A	G	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=76;PP=2331;ReadPosRankSum=0.646;SC=ATGCCCACTCAGGGTCCTTTT;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=363;TCF=190;TCR=173;TR=153;WE=25268386;WS=25268358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,165:0.43:380
chr16	25704145	rs2943336	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=846;SC=GGAGGCGCCCAGGACGCCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=25704153;WS=25704135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	25944544	rs117559033	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=1.311;SC=TATGTGGAGGCGAAGAGGAAG;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=29;WE=25944552;WS=25944534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr16	25944700	rs4303490	A	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=83;PP=2965;SC=CATAATCTCAAACAGAGGTGT;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=161;WE=25944708;WS=25944690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	27215267	rs877585	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=11;PP=1009;SC=GCGCTTTAGCGGTTCTTGGCG;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=49;WE=27215275;WS=27215257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	27215380	rs908382	A	C	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=71;PP=2263;SC=GCCGCAAGGCAGGCTGGAAAC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=150;WE=27215388;WS=27215370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	27215543	rs151217562	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.944;SC=CCCTAAGGAAAGGTGCTTGTA;SOR=0.287;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=27215551;WS=27215533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr16	27227168	rs11645703	T	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=58;PP=2965;SC=GGGTGACGGGTGCTGCAGCTG;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=169;WE=27227176;WS=27227158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	27244548	rs28456036	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=890;SC=AGTCTGGCAGAGGCACAGTAA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=27244556;WS=27244538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	27246617	rs17856580	T	C	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=72;PP=2747;SC=TACGGTGGCATTGCCTGGAAA;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=138;WE=27246625;WS=27246607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	27253059	rs28363677	G	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=526;SC=ACTTAGTGACGAACCGTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=27253067;WS=27253049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr16	27356359	rs2074572	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.554;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;ReadPosRankSum=1.794;SC=GGGCGGAGTGCGGCAGGGGTG;SOR=1.509;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=41;WE=27356367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr16	27356398	rs2072130	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GCTGCCTGGGCTGAGGGTGGG;SOR=1.708;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=22;WE=27356406;WS=27356388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	27356667	rs3024560	T	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=528;ReadPosRankSum=-0.608;SC=ACTGGGAACATTCCTTCCATT;SOR=1.476;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=38;WE=27356675;WS=27356657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,41:0.31:132
chr16	27366562	rs3024634	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.519;SC=AGCGATGGGCAGGGGGCAACG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=16;WE=27366570;WS=27366552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	27367334	rs4787423	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=461;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CAATAATACGCATTTACTGAG;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=32;WE=27367342;WS=27367324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr16	27370932	rs138640688	AGTG	A	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=0.705;SC=TCTGGAATCTAGTGGTGTTGG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=27370942;WS=27370922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	27371158	rs3024660	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GTGTAACAAACGACCCCGAAA;SOR=1.199;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=51;WE=27371166;WS=27371148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr16	27373558	rs3024676	C	A	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=60;PP=1709;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CCCTGACCAACCTTTGCTTTT;SOR=0.483;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=246;TCF=141;TCR=105;TR=132;WE=27373566;WS=27373548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,135:0.53:256
chr16	27373872	rs1805011	A	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.408;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=929;ReadPosRankSum=0.019;SC=GAGGGAAGGGAGGGCATTGTG;SOR=0.358;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=64;WE=27373880;WS=27373862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr16	27373915	rs2234898	G	T	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1133;ReadPosRankSum=1.076;SC=TCCTGGACCTGCTCGGAGAGG;SOR=0.541;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=78;WE=27373923;WS=27373905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,84:0.44:191
chr16	27373972	rs2234900	T	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1718;ReadPosRankSum=-1.728;SC=CATGCCTTCTTCCACCTTCGG;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=237;TCF=134;TCR=103;TR=110;WE=27373980;WS=27373962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,117:0.47:248
chr16	27374180	rs1805015	T	C	4398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CTTCAGCAACTCCCTGAGCCA;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=388;TCF=205;TCR=183;TR=198;WE=27374188;WS=27374170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,202:0.51:397
chr16	27374400	rs1801275	A	G	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=88;PP=2624;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGTGGCTATCAGGAGTTTGTA;SOR=0.626;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=337;TCF=169;TCR=168;TR=182;WE=27374408;WS=27374390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,183:0.53:346
chr16	27375070	rs3024679	T	C	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=88;PP=2208;ReadPosRankSum=-2.474;SC=ATCCTGCCCCTGGCAATGCTC;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=331;TCF=169;TCR=162;TR=182;WE=27375078;WS=27375060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,195:0.56:350
chr16	27375159	rs3024680	T	C	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1304;ReadPosRankSum=0.711;SC=TAGGTGCATGTCCTCTTGTTG;SOR=0.375;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=80;WE=27375167;WS=27375149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,87:0.60:146
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chr16	27441283	rs179760	A	G	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=58;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TCCAAGAATCAGGGGCAAGTC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=147;WE=27441291;WS=27441273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
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chr16	27456613	rs963154	G	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=-2.030;SC=GCCAGGGGATGAGGAAGGCAG;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=22;WE=27456621;WS=27456603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr16	27457158	rs3093375	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GAGACTTACTTCTCCCATTTT;SOR=0.048;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=27457166;WS=27457148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	27480797	rs61739285	C	T	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=89;PP=2753;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CATGCTCCGGCGCTTGCCCCC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=181;TCR=170;TR=185;WE=27480805;WS=27480787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,189:0.52:364
chr16	27510117	rs11452553	C	CA	1668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.972;NF=1;NR=32;PP=1314;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTTGGCTCCACAGTCGATTCC;SOR=1.164;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=3;TCR=66;TR=33;WE=27510125;WS=27510107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr16	27561584	rs4787969	G	A	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=111;PP=2965;SC=CCTAGGCCATGAACCCCTGGA;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=193;WE=27561592;WS=27561574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr16	27629661	rs4787980	G	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=1009;SC=CTCTCAGCCTGCTGCGCCGGT;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=27629669;WS=27629651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	27642249	rs233453	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=12;PP=1075;SC=TGCCACAACCACGCTGTAGTC;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=27642257;WS=27642239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	27666204	rs233470	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=475;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=27666212;WS=27666194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	27709826	rs149033392	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CTGCAGGTGCGCTCCGGGCTG;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=15;WE=27709834;WS=27709816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr16	27751534	.	A	G	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=66;PP=2302;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CACTCGGAAGAAAGCAAAGGC;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=128;TCR=132;TR=132;WE=27751542;WS=27751524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,138:0.51:273
chr16	27752314	rs5816442	T	TC	306.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=262;SC=GCCAGTTAGCTCCTGGACCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=27752322;WS=27752304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	27772901	rs4787984	G	A	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=102;PP=2965;SC=CGACTCCCGGGCCCTGGACAA;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=211;WE=27772909;WS=27772891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	27777831	rs8043555	A	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=87;PP=2661;SC=TCAGTCCAGCATCAGGGAAGC;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=147;WE=27777839;WS=27777821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	27786106	rs117484464	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.735;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=515;ReadPosRankSum=0.700;SC=GGCACTCCCCGTTTCCCCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=25;WE=27786114;WS=27786096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	27802805	rs1644600	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.323;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr16	27856156	.	T	C	180	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=54.18;NF=9;NR=0;PP=180;QD=23.8634680608;SC=CCTCCAACTCTCCCCATTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=27856164;WS=27856146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	27861762	rs9923711	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=570;SC=CATCTGCATGCGAATGATAAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=27861770;WS=27861752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	27861779	rs9923632	A	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr16	27861785	rs9923715	C	A	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	27974418	rs2051742	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=14;PP=909;SC=GCCACCAAGGTAGGAAAGATG;SOR=1.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=27974426;WS=27974408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	28123226	rs205384	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TGAGGCTGGCGTGGTTGATGG;SOR=0.632;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=129;WE=28123234;WS=28123216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,133:0.48:275
chr16	28132951	rs33048	T	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=838;ReadPosRankSum=0.531;SC=GGGGGCAAGGTCTTTCCTAAA;SOR=1.118;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=57;WE=28132959;WS=28132941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr16	28133152	rs39998	C	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ACAGACAAGGCTGGTACCAGC;SOR=0.466;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=29;WE=28133160;WS=28133142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	28137248	rs39631	C	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GTCCAGCAAGCCACACACAGC;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=73;WE=28137256;WS=28137238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr16	28143489	rs9930464	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=600;SC=CACAGCTTTTCATCATAAGCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=28143497;WS=28143479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	28157351	rs28379290	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=245;SC=CATGGCTGTCTCTTAGGCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=28157359;WS=28157341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	28167914	rs10445001	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=2.790;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	28167920	.	C	CAA	339	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=339;QD=72.0;SC=AATTCTCCTTCAAAAAAATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=28167928;WS=28167904;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	28181306	rs28479048	A	G	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=54;PP=1567;SC=CATTAAAGCTATGAAGCATCT;SOR=1.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=28181314;WS=28181296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	28181378	rs9927275	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TAGAGGCCAGCTCCAATGGCT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=10;WE=28181386;WS=28181368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	28495131	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr16	28495380	.	TCTG	T	1948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.895;NF=11;NR=24;PP=1464;ReadPosRankSum=0.237;SC=GGCTGCGCTCTCTGCTTCTTC;SOR=0.626;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=35;WE=28495390;WS=28495370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,54:0.54:100
chr16	28508716	rs40832	T	C	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=53;PP=1946;SC=TTGGAAGGGGTGCTTGGGCAA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=28508724;WS=28508706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	28603393	rs27742	T	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=71;SC=GCCATCTTCTTCGCATAGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=28603401;WS=28603383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	28617485	rs1801030	C	T	6019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=103;PP=2965;SC=TGCTGAACCACGAAGTCCACG;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=136;TCR=104;TR=239;WE=28617493;WS=28617475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr16	28618238	rs7499134	A	G	17099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=309;NR=302;PP=2965;SC=ACCACCCCTTAGCTCCACACT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=611;TCF=309;TCR=302;TR=611;WE=28618246;WS=28618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr16	28618708	rs11648192	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=292;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGAGGACCCACCCTCTAGCTT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=21;WE=28618716;WS=28618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr16	28620800	rs3760091	C	G	5258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.564;SC=AGCAAAAGCACAGGCCTAGGC;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=340;TCF=139;TCR=201;TR=216;WE=28620808;WS=28620790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,221:0.64:348
chr16	28621311	rs2077412	T	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr16	28631314	rs141320733	T	TTGTGTG	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=408;SC=GTATTGTATATTGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=28631322;WS=28631304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	28631360	rs28410083	A	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	28834539	rs75139976	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=1.091;SC=GGCCCCCTCTCTCCCTCCCTT;SOR=0.957;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=24;WE=28834547;WS=28834529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr16	28835900	rs12920514	G	A	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=86;PP=2965;SC=AGGTCGAGGGGATGGGGTGTG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=174;WE=28835908;WS=28835890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	28838073	rs12448482	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=10;PP=968;SC=CGTACTCTGGACTTCTTAAAC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=28838081;WS=28838063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	28842311	rs4344749	A	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1487;SC=CAAAGGCACAACGGCCTCTGA;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=28842319;WS=28842301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	28844068	rs7498491	T	A	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=658;SC=CCTCTGTTCTTTTGGCACTGT;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=28844076;WS=28844058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	28845584	rs35725751	C	T	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=124;PP=2965;SC=GATTTGGTTGCGCTGGTTGAG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=245;WE=28845592;WS=28845574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	28856819	rs8061877	C	T	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=99;PP=2965;SC=AGGAAAAGAACACACCTCTCA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=201;WE=28856827;WS=28856809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	28883327	rs28433345	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=21;PP=525;SC=TGAGTGTGCATGTCTCCAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=28883335;WS=28883317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	28903656	rs6565261	C	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=52;PP=1701;SC=TGACCTCAGGCCAAGAACCCC;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=28903664;WS=28903646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	28906084	rs9931989	G	C	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=GGTGGAAGGAGGGTATGACAG;SOR=1.018;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=192;WE=28906092;WS=28906074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	28913787	rs7189927	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CCCATGCAGGTGCTGAGAGGG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=28913795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr16	28915527	rs10499	G	A	8213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=124;PP=2965;SC=AAGGAAGTGAGCATCCTTTTG;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=168;TCR=126;TR=291;WE=28915535;WS=28915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr16	28922149	rs11646653	C	T	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=131;NR=104;PP=2965;SC=CCTTCCACCACGTGCAACTGA;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=131;TCR=104;TR=235;WE=28922157;WS=28922139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	28925978	rs3924376	T	C	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=104;PP=2965;SC=CAGCGCCCCCTGGCCGTGCCC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=144;TCR=104;TR=247;WE=28925986;WS=28925968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	28944396	rs2904880	C	G	7365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=118;PP=2965;SC=GCCTCCGTGTCTCCCACCGAG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=141;TCR=118;TR=259;WE=28944404;WS=28944386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr16	28993049	rs6565300	A	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=73;PP=2727;SC=AATTCGGTCGATACTGTCCCC;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=117;WE=28993057;WS=28993039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	28995757	rs7140	C	A	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=81;PP=2965;SC=CAGACACTACCTGGGTAGCTC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=151;WE=28995765;WS=28995747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr16	29001460	rs9929088	A	C	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=100;PP=2965;SC=TACCTGCTGAACCCCGTCAGC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=228;WE=29001468;WS=29001450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	29088128	rs67548829	TACAACTATTGCTGTTATACTAAAGACCAATAGAAATAGCAAGATTAATTAAGATACCAGTTGAAA	T	1649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=7.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=4.241;QD=8.25;ReadPosRankSum=-4.345;SOR=1.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,53:0.26:200
chr16	29088221	rs2442141	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQRankSum=-2.561;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr16	29102189	rs56374327	C	CT	1148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.60;QD=29.45;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	29113263	rs149472124	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.945;NF=39;NR=2;PP=896;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CAGAGTCACTCCAGCATGTTA;SOR=1.940;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=41;WE=29113271;WS=29113253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr16	29113497	rs11366120	AT	A	2510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-13.598;NF=8;NR=90;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GAGGAGGTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=17;TCR=213;TR=98;WE=29113506;WS=29113487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,134:0.47:287
chr16	29127350	rs1540389	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.964;NF=6;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TCTGAATAGATAGAGTTGAGA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=29127358;WS=29127343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	29142059	rs1642020	G	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-4.243;NF=17;NR=15;PP=489;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGGCGGGGAGAGCCAGGAGA;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=32;WE=29142067;WS=29142049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr16	29142189	rs1642021	A	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.808;NF=1;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CTTCTTGCACAGGAAGGTGCT;SOR=0.223;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=29142197;WS=29142179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	29150636	.	A	AC	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.72;NF=3;NR=0;PP=41;QD=22.0;SC=ACCAAGGGTGACCCCCCACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=3;WE=29150644;WS=29150626;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr16	29150785	rs1646119	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.054;NF=21;NR=21;PP=511;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TTGGCCGCTCGTTCTAGTTTA;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=42;WE=29150793;WS=29150775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr16	29332380	rs257878	T	C	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=72;PP=2197;SC=GAGCTTCTCGTGGAGAATGCC;SOR=1.037;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=132;WE=29332391;WS=29332370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	29375969	.	A	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.62;MQRankSum=0.305;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	29376400	rs10648178	C	CTGTG	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQRankSum=-1.850;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr16	29624247	rs28455095	C	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.54;QD=28.28;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	29624530	rs62037075	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.551;NF=8;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CGATGTACTGCGATGAAGGCC;SOR=0.093;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=17;WE=29624538;WS=29624520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	29644794	rs11150561	A	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;QD=30.73;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	29645078	rs12597368	C	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.83;QD=28.26;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	29645104	.	CAA	C,CA	2344.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.355;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-1.625;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,36,81:0.27,0.61:132
chr16	29647700	rs200123374	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.92;QD=32.22;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	29705854	rs9936468	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=581;SC=CCGCAGTCCCCCCCCTGGGAC;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=29705862;WS=29705852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	29708350	rs9932770	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=778;SC=GGCTGACTTCACTCTGAAGGT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=29708358;WS=29708340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	29790669	rs235634	T	A	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	29790678	rs183527	T	G	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	29790767	rs235635	A	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=28;PP=1306;SC=AACAGGGGTGATGCAGAGAAA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=29790775;WS=29790757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	29790864	rs235636	G	A	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	29791561	rs235637	T	G	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=106;PP=2965;SC=GAAGAAGCTGTTATTTGTGAC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=140;TCR=106;TR=246;WE=29791569;WS=29791551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr16	29791721	rs235638	G	C	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=87;PP=2706;ReadPosRankSum=0.520;SC=GTTTACCCCAGTAGCTGCAGC;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=139;WE=29791729;WS=29791711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr16	29791818	rs35586094	TA	T	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=259;SC=AATGGCTCAATAAAAAAAATA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=29791826;WS=29791808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	29809634	rs5816499	TACAC	T	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.91;ReadPosRankSum=2.109;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr16	29811319	rs235648	C	T	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=108;PP=2965;SC=AAGAGGAGATCGGGAGCCCTG;SOR=2.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=45;TCR=108;TR=153;WE=29811327;WS=29811309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	29814234	rs2450399	G	A	9074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=163;PP=2965;SC=TGAAGACAGTGGAAGAGAAGG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=158;TCR=163;TR=321;WE=29814242;WS=29814224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr16	29817998	rs111993640	C	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=12;PP=1281;SC=CGCTGAGCCCCGGGGGCCCCG;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=29818006;WS=29817988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	29821744	rs2516825	G	A	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=114;PP=2965;SC=CTCCTCTTCTGTCAGACCTGA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=211;WE=29821752;WS=29821734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	29822841	rs11150572	A	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=457;SC=CCCCAGCCGCATCCCTCCCCA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=29822849;WS=29822831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	29823202	rs12923293	A	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=749;SC=CTGCTCGTAGAGACGCCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=29823210;WS=29823192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	29825126	rs11150573	T	C	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=146;PP=2965;SC=CAGCTCCCAGTTGGCAGGTCC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=144;TCR=146;TR=290;WE=29825134;WS=29825116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr16	29828671	.	G	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.238;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=81;PP=1774;ReadPosRankSum=-2.296;SC=AGTTACCCAAGATCGGCTCCC;SOR=0.388;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=234;TCF=74;TCR=160;TR=124;WE=29828679;WS=29828661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,127:0.53:240
chr16	29872361	rs3815822	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=14;PP=1082;SC=ACACCCTTCCGTCTAGGCTCA;SOR=2.107;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=29872369;WS=29872351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	29906546	rs4787484	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=320;ReadPosRankSum=-1.783;SC=CAGTATGGCCCCTGCCCTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=21;WE=29906554;WS=29906536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	29907298	rs34549819	G	GT	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.453;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.913;NF=3;NR=24;PP=962;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TTTTTGTTTTGTTTGAGACAG;SOR=0.273;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=27;WE=29907306;WS=29907288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr16	29908433	rs11649499	C	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=23;PP=677;SC=CGTGGGGTCCCGATCAGATCC;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=29908441;WS=29908423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	29912802	rs140411458	G	GGGT	3914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=2303;ReadPosRankSum=0.513;SC=GGGCAGCTCAGGGTGGCCCAG;SOR=0.666;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=163;TCF=52;TCR=111;TR=53;WE=29912810;WS=29912792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,103:0.43:238
chr16	29918034	rs1129700	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=34;PP=1373;SC=GGGGTTGGGATGGGTGGAGAA;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=29918042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	29923510	rs4548895	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=28;PP=779;SC=AGCTCCGCCAGCCTCTCTGCC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=29923518;WS=29923500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	29934754	rs12596042	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=618;ReadPosRankSum=1.365;SC=TAAAAAAAAATTTTTGTAGAG;SOR=0.303;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=35;WE=29934762;WS=29934744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr16	29937081	rs5816505	G	GA	1394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.870;NF=18;NR=10;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GGGGTCTGGGGTGGGGGCACG;SOR=0.637;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=28;WE=29937089;WS=29937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr16	29982961	rs9932702	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GGGTTGTAACCGGGGTAGAGC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=25;WE=29982969;WS=29982951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr16	29989739	rs11860782	A	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=651;ReadPosRankSum=-0.251;SC=ATCGTAGTCCAGTCTCTTAGG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=54;WE=29989747;WS=29989729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,58:0.30:196
chr16	29993108	rs11642046	C	G	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TGGGCCCAGGCGTTAGGCCAT;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=144;TCR=158;TR=157;WE=29993116;WS=29993098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,161:0.52:309
chr16	29994736	rs3814884	T	A	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-7.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=23;PP=2328;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AGTGCAGCACTCCTCTGAGTC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=168;TCR=45;TR=113;WE=29994744;WS=29994726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,118:0.54:220
chr16	29994922	rs3814883	C	T	12680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=306;PP=2962;ReadPosRankSum=1.742;SC=CCACCTCTTCCGCCCGCCGCC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1133;TCF=534;TCR=599;TR=584;WE=29994930;WS=29994912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:563,601:0.52:1164
chr16	29998200	rs4077410	A	G	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=59;PP=2349;SC=AGGCTGGGACATGGAGCTTGT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=119;WE=29998208;WS=29998190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	29999225	rs11864149	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-2.496;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	30000901	rs3814881	G	A	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.594;SC=CCCTTGATCCGTCCACTGCAT;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=82;WE=30000909;WS=30000891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,81:0.51:158
chr16	30004819	rs150030843	C	T	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=103;PP=2737;ReadPosRankSum=0.509;SC=AAGGAGGCCACCTCAGCTGCC;SOR=0.856;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=343;TCF=151;TCR=192;TR=176;WE=30004827;WS=30004809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,185:0.52:359
chr16	30006601	.	CCCT	C	4457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.912;NF=16;NR=58;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCCGTCAGGCCCCTCCTCCTC;SOR=0.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=44;TCR=159;TR=74;WE=30006611;WS=30006591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,118:0.45:260
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chr16	30012922	rs11866084	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=-2.205;SC=AGGCTGAAGGCGGGGGCCTGT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=17;WE=30012930;WS=30012912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
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chr16	30017895	rs3814880	T	C	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=84;PP=2464;ReadPosRankSum=1.513;SC=CCTCCCTCCATGTCCCGTCCC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=182;TCR=155;TR=181;WE=30017903;WS=30017885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,186:0.53:348
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chr16	30018720	rs12921753	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=5.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=373;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTAAACACTACGTCTCATCTG;SOR=1.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=19;WE=30018728;WS=30018710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	30021402	rs1140239	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr16	30037128	rs11544328	A	C	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=122;PP=2965;SC=AGTCTCCCTTACCCTGTCGCC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=91;TCR=122;TR=213;WE=30037136;WS=30037118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	30080780	rs11860935	C	T	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=81;PP=2836;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCTATCCTCTCCTCCACCCCA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=188;TCR=167;TR=173;WE=30080788;WS=30080770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,177:0.48:366
chr16	30093779	rs2278557	C	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=37;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGCTTGAGTTCCAACCCCACT;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=205;TCF=124;TCR=81;TR=98;WE=30093787;WS=30093769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,102:0.48:212
chr16	30094180	rs11861842	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=62;PP=1358;ReadPosRankSum=0.618;SC=TGGCAGTCCCCGGCTTCTGCA;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=70;TCR=136;TR=92;WE=30094188;WS=30094170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,88:0.44:202
chr16	30096468	rs34627357	T	TG	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=15;PP=341;SC=AGGCTGGGCGTGGGGGGGGCT;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=30096476;WS=30096458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	30098189	rs3833842	GTGA	G	2350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.454;NF=5;NR=29;PP=1454;ReadPosRankSum=2.004;SC=AACAGTGGTGGTGATGATGAT;SOR=0.480;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=34;WE=30098199;WS=30098179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr16	30119525	rs8061772	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=530;SC=GTGGTGGTCACGGCCTCACCT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=30119533;WS=30119515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	30198151	rs1132812	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GGGAGATCCCAGATGGGGGCC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=70;WE=30198159;WS=30198141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr16	30208527	rs2304624	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQRankSum=-3.482;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	30366039	rs35480350	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=742;ReadPosRankSum=2.233;SC=CTGAGGAAAGGATGCAGAGGA;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=40;TCR=86;TR=48;WE=30366047;WS=30366029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr16	30376486	rs8049108	T	C	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=83;PP=2676;ReadPosRankSum=0.400;SC=ACTGCCAGGCTTTGGCTCTGA;SOR=0.436;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=330;TCF=150;TCR=180;TR=166;WE=30376494;WS=30376476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,175:0.50:348
chr16	30376959	rs11646130	T	C	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=1819;ReadPosRankSum=-1.191;SC=AGCAATAGTGTAAAACCTGCA;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=182;TCF=60;TCR=122;TR=105;WE=30376967;WS=30376949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,112:0.57:195
chr16	30380486	rs4238961	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=1.329;SC=ATCGTTTTCGTTTCGCCCTCC;SOR=0.093;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=15;WE=30380494;WS=30380476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	30381303	rs12930787	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=0.375;SC=GCAGAGGTCTCGGCCGACCCC;SOR=0.486;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=18;WE=30381311;WS=30381293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	30390314	rs12447833	T	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=680;ReadPosRankSum=1.344;SC=TTGGAGGCTCTGATACTGTCC;SOR=0.963;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=38;WE=30390322;WS=30390304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr16	30390417	rs142100728	T	C	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=88;PP=2817;ReadPosRankSum=0.569;SC=GTAGAGCAGATCGTGCGTCAC;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=447;TCF=249;TCR=198;TR=193;WE=30390425;WS=30390407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,203:0.44:462
chr16	30390818	rs137903946	A	C	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=57;PP=1966;ReadPosRankSum=1.347;SC=ATCCCTCACCACCTCGCATGA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=193;TCR=135;TR=137;WE=30390826;WS=30390808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,138:0.41:337
chr16	30393660	rs4787643	G	A	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=103;PP=2894;ReadPosRankSum=1.366;SC=GGTTGGGGAGGGCAGCAAAAC;SOR=0.533;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=396;TCF=172;TCR=224;TR=189;WE=30393668;WS=30393647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,194:0.48:406
chr16	30393771	rs4788409	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.281;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=911;ReadPosRankSum=2.452;SC=GCTAGGAAGAGTCAGTGGGGT;SOR=1.638;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=42;WE=30393779;WS=30393761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr16	30409699	rs9936065	C	T	3671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=97;PP=2658;ReadPosRankSum=1.607;SC=CCCTTCTTCGCCACCGCCTCA;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=449;TCF=222;TCR=227;TR=182;WE=30409707;WS=30409689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,181:0.39:463
chr16	30410445	rs4788413	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=814;ReadPosRankSum=-1.489;SC=CCAGGGAGGGCGGAGGCCCAG;SOR=0.463;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=59;WE=30410453;WS=30410435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
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chr16	30485393	rs11574938	G	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1252;ReadPosRankSum=0.082;SC=CGCCCTGGAGGGGAAGCGCAG;SOR=0.633;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=118;TCR=124;TR=97;WE=30485401;WS=30485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,98:0.39:250
chr16	30493000	rs11574941	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=0.455;SC=CAGTAGGTAGGTACAGCAAGG;SOR=1.542;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=22;WE=30493008;WS=30492990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr16	30495412	rs2285459	T	C	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.477;SC=ATTTCAGCTCTTCACTCTCCA;SOR=0.671;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=71;WE=30495420;WS=30495402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr16	30495657	rs7197010	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=0.076;SC=AGGCCGGGCTTGGTGGCTCAC;SOR=0.053;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=30495665;WS=30495647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	30505512	rs1978079	CA	TG	9819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=111;PP=2944;ReadPosRankSum=2.358;SC=CCTAACTCCACACCCCACACA;SOR=0.810;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=615;TCF=328;TCR=287;TR=250;WE=30505521;WS=30505502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,263:0.41:642
chr16	30515649	rs35427005	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CAAGAAGAGCCGCCCATGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=18;WE=30515657;WS=30515639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr16	30518041	rs2230433	G	C	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=86;PP=2761;ReadPosRankSum=-3.294;SC=CACAGATCCAGAGCCCTGCGT;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=391;TCF=202;TCR=189;TR=185;WE=30518049;WS=30518031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,195:0.47:411
chr16	30529869	.	T	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.445;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=1051;ReadPosRankSum=1.098;SC=CTCCCCACTGTGTTGTGGTGG;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=118;TCR=30;TR=60;WE=30529877;WS=30529859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,56:0.38:149
chr16	30532727	.	CA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr16	30536672	rs3751847	A	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=1819;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CGCAGATGCCACAGATGTTAG;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=176;TCR=172;TR=138;WE=30536680;WS=30536662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,144:0.41:355
chr16	30544291	.	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=718;ReadPosRankSum=0.134;SC=CAGCTCGGGGGACAGGGGGGT;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=54;WE=30544299;WS=30544281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr16	30581676	rs33997546	C	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CACTTCAGGACTCTCCTTCAC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=67;WE=30581684;WS=30581666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,74:0.46:160
chr16	30666367	rs3747481	C	T	3981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=83;PP=2812;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CGACCACGGCCGCGGCGGCAC;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=317;TCF=145;TCR=172;TR=157;WE=30666375;WS=30666357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,167:0.50:331
chr16	30666803	rs62057174	C	T	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=62;PP=2137;ReadPosRankSum=0.880;SC=ACTCTTTCACCCTCTGCCCCA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=163;TCR=132;TR=142;WE=30666811;WS=30666793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,148:0.49:305
chr16	30672719	rs885107	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=0.555;SC=AGCATAAAGGTCTTCTGCGTG;SOR=0.661;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=37;WE=30672727;WS=30672709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,37:0.31:121
chr16	30724070	rs4889500	G	T	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=79;PP=2965;SC=AGTTGAAACGGTGGTGCCCCA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=169;WE=30724078;WS=30724060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	30724221	rs4889501	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	30732406	rs1470129	C	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=30;PP=1788;SC=GCTGGGGACACGGGTCTAGTA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=30732414;WS=30732396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	30734963	rs4889502	C	A	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=184;NR=89;PP=2965;SC=TGCCATCCTCCCTCCCTGGGC;SOR=1.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=185;TCR=90;TR=273;WE=30734971;WS=30734953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr16	30744826	rs62057183	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1196;ReadPosRankSum=0.458;SC=TCTCCTTTTCCCAGGATTTGG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=69;WE=30744834;WS=30744816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,68:0.44:155
chr16	30745976	rs62057184	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=0.224;SC=TGAGCTGATTCTTACAGAATA;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=28;WE=30745984;WS=30745966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr16	30762640	rs4889504	C	T	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=70;PP=2207;SC=GCAGACGACCCCCCACCTCCT;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=120;WE=30762648;WS=30762630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	30766247	rs9941201	G	A	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=59;PP=2808;SC=TGGCAAATCAGTGCAACTTGG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=30766255;WS=30766237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	30768492	rs71820772	GCTCTGGC	G	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=26;PP=1531;SC=GCTCCTCTGGGCTCTGGCCTC;SOR=2.133;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=27;WE=30768506;WS=30768482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	30770267	rs7188077	C	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=993;SC=GTCCTGATGTCATCCAAACCC;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=30770275;WS=30770257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	30772004	rs35446957	GAA	G	2039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.843;NF=10;NR=27;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TATAGTAAAAGAAAAAGAGTA;SOR=0.660;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=37;WE=30772013;WS=30771994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,61:0.37:163
chr16	30772040	rs4889505	A	G	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=72;PP=2495;SC=TATCATGACAAGGCTGTGACA;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=138;WE=30772048;WS=30772030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	30773822	rs1550477	T	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=3;PP=1019;SC=CTCCTCCCGTTTGACGCCCCT;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=30773830;WS=30773812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	30779716	rs7195142	A	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=CGGGAGCTTCAGGAACGGGAA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=178;WE=30779724;WS=30779706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	30780828	rs4889506	A	G	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=113;PP=2965;SC=TGCAGAAGCTAGAGGAGAAGG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=201;WE=30780836;WS=30780818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	30795630	.	G	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.892;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=0.051;SC=CACGGGGTTTGGTCTCTCTTC;SOR=1.154;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=18;WE=30795638;WS=30795620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr16	30832463	rs6565205	A	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=68;PP=2965;SC=GACACCGTCCAGCAGGTGGGC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=108;TCR=69;TR=176;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	30832475	rs6565206	T	C	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=78;PP=2965;SC=CAGGTGGGCATGCCGTGGTGT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=191;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	30832701	rs8045550	A	C	12530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=205;NR=223;PP=2965;SC=TGGGCGGGGGAAGAGTGAAGG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=205;TCR=224;TR=428;WE=30832709;WS=30832691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr16	30833246	rs9319587	C	T	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CATCCCCCTTCGTTCACACCT;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=532;TCF=301;TCR=231;TR=256;WE=30833280;WS=30833236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,260:0.48:543
chr16	30833272	rs8046609	A	G	17627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.082;NF=346;NR=311;PP=2965;ReadPosRankSum=1.325;SC=AACCGACAGCAACATGGGAGC;SOR=0.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=662;TCF=350;TCR=312;TR=657;WE=30833280;WS=30833236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,668:1.00:670
chr16	30833321	rs8046001	C	T	5778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.046;NF=117;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.313;SC=GATACTCCTCCGGACTCTGGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=562;TCF=252;TCR=310;TR=267;WE=30833329;WS=30833311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,276:0.48:576
chr16	30833388	.	TG	T	2264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.114;NF=3;NR=56;PP=2034;ReadPosRankSum=-2.433;SC=CAGCGCCTGCTGGACACCGCC;SOR=0.553;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=139;TCF=4;TCR=135;TR=59;WE=30833396;WS=30833378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr16	30833425	rs4889510	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=87;PP=2549;SC=CTCCCGTGTTGCAGGGGCTGC;SOR=5.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=7;TCR=87;TR=94;WE=30833433;WS=30833415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	30886643	rs897984	T	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.761;SC=ACTGCTGAGGTTGCCCGAGGT;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=79;WE=30886651;WS=30886633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr16	30938811	rs12930545	A	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=939;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GGTGGGGCAGATTGTCAGGGA;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=62;WE=30938819;WS=30938801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr16	30939303	rs140893916	TCA	T	2828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.059;NF=11;NR=40;PP=2026;ReadPosRankSum=1.552;SC=CGGAGCACGCTCACTAGGCTT;SOR=0.701;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=26;TCR=84;TR=51;WE=30939312;WS=30939293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr16	30964940	rs9926903	A	G	14896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=263;NR=244;PP=2965;SC=CACCGTCCCAAGCTGAGCCAG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=263;TCR=244;TR=507;WE=30964948;WS=30964930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr16	30977799	rs11150601	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=336;ReadPosRankSum=1.993;SC=AGAGGAGACAGGTGATGGAGG;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=17;WE=30977807;WS=30977789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	30980902	rs897986	T	C	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=1957;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTGTTAGTCCTCATTTGTCTT;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=257;TCF=113;TCR=144;TR=126;WE=30980910;WS=30980892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,128:0.50:258
chr16	30999142	rs9938550	A	G	4090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=69;PP=2722;ReadPosRankSum=0.106;SC=GCAGCGGGCAACCCTGATGGG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=221;TCR=140;TR=179;WE=30999150;WS=30999132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,187:0.51:366
chr16	30999434	rs34212827	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=948;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TATGAGCCCCTGTTCTCGTGG;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=74;WE=30999442;WS=30999424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr16	30999462	rs2305880	T	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1158;ReadPosRankSum=1.436;SC=GCCGGACCCGTACCATTCTCT;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=77;WE=30999470;WS=30999452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr16	31004812	rs12445568	T	C	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=78;PP=1456;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGATCTAGGGTGACGAGGGAG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=110;TCR=178;TR=125;WE=31004820;WS=31004802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,136:0.44:307
chr16	31004926	rs7194921	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=636;SC=GCACATTATTCACCTGCTCTT;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=31004934;WS=31004916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	31008243	rs73528516	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=-1.772;SC=TCAAGGAGTTCGGGGTCCTGG;SOR=0.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=31008251;WS=31008233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr16	31009025	rs7203711	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=0.713;SC=CCAGGGCGAGTTGCGGGCAGC;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=31009033;WS=31009015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	31012781	rs12920772	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr16	31088347	rs749671	G	A	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1893;ReadPosRankSum=0.527;SC=CTCCTGCTGAGGAGGAGCGGC;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=112;WE=31088355;WS=31088337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,123:0.56:218
chr16	31088625	rs749670	A	G	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=73;PP=2293;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CGCTGGGAGGAGAAAGGGATG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=142;WE=31088633;WS=31088615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,148:0.59:252
chr16	31091209	rs3751855	T	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=855;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GGCTGGAGACTGCCGAGAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=84;TCR=73;TR=67;WE=31091217;WS=31091199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,73:0.43:168
chr16	31092075	rs7196726	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=729;ReadPosRankSum=1.963;SC=CATAGTGGAGGCTGGGTTCCT;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=45;WE=31092083;WS=31092065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr16	31095171	rs11865038	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=567;ReadPosRankSum=0.718;SC=CTCATCCTCACGGCTTTGGTC;SOR=0.954;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=50;WE=31095179;WS=31095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
chr16	31095204	rs11864806	G	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=491;ReadPosRankSum=0.430;SC=CCCATTCCTCGAAGGAACAGG;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=39;WE=31095212;WS=31095194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr16	31095251	rs11864839	G	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AGAATACTGAGGCTCAAAGCG;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=32;WE=31095259;WS=31095241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr16	31096164	rs7199949	G	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=572;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TGGTGGTCAGGATAGGGCAGG;SOR=0.546;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=45;WE=31096172;WS=31096154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr16	31097574	rs4889535	G	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=21;PP=994;SC=CTGATTGCAGGTCTTTCCCCC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=31097582;WS=31097564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	31104509	rs8050894	C	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=123;SC=CAGGACGCTCCGTGATGAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=31104517;WS=31104499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	31104878	rs9934438	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-1.527;SC=CTAGTCCAAGGGTCGATGATC;SOR=0.540;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=10;WE=31104886;WS=31104868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	31121793	rs14235	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TGTTGGCCACGCATCACCTGG;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=74;WE=31121801;WS=31121783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr16	31122229	rs1549296	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=300;SC=TTCTTTGTCACAGGGGCTGCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=31122237;WS=31122219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	31131614	rs4527034	A	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1357;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GCGTGGGTGCAGGGAGTTGGC;SOR=0.813;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=92;WE=31131622;WS=31131604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,98:0.53:184
chr16	31141826	rs1549295	A	G	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=81;PP=2965;SC=CGGAGAAGCCACTGTCTGACC;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=178;WE=31141834;WS=31141816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	31141880	rs1549294	A	G	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=GGGTGCTGCTAGAGATCCTGC;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=174;WE=31141888;WS=31141870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	31141993	rs1549293	C	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CCTGCTTCCTCATACCCTGTC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=81;WE=31142001;WS=31141983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,86:0.47:184
chr16	31142381	rs2855479	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=5;PP=717;SC=GGGCTTCCCTACCCCTCCCCA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=31142389;WS=31142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	31146739	rs8049043	C	G	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=55;PP=1757;ReadPosRankSum=1.044;SC=ACTTACCTGTCCCCGACCGGA;SOR=0.866;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=313;TCF=165;TCR=148;TR=129;WE=31146747;WS=31146729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,147:0.44:337
chr16	31151521	rs8047469	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	31152697	rs150305650	T	TAAAC	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=365;ReadPosRankSum=0.535;SC=TAATTTTTTTTAAACAAACAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=9;WE=31152705;WS=31152687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	31152717	rs889547	T	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=32.59;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	31153105	rs1549300	A	G	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=157;PP=2965;SC=CAGGGCCCCAATCCCAGGCTA;SOR=0.939;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=132;TCR=157;TR=287;WE=31153113;WS=31153095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr16	31153780	rs889546	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=531;SC=CGCGTTCCGCGGGCCCCGCCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=31153788;WS=31153770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr16	31191482	rs929867	A	G	8448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=132;PP=2965;SC=AGGCGTCGGTACTCAGCGGTG;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=160;TCR=132;TR=291;WE=31191490;WS=31191472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr16	31195279	rs1052352	C	T	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=103;PP=2965;SC=AGTCCTCCTACCCTGGCTATG;SOR=2.370;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=137;WE=31195287;WS=31195269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	31195692	.	TGGTGGA	T	1707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=62;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCAGCAGTGGTGGTGGAGGTG;SOR=0.902;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=185;TCF=9;TCR=176;TR=66;WE=31195705;WS=31195682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,81:0.44:184
chr16	31230463	rs7186832	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=41;PP=1856;SC=CATGCATGCGCAAGGAGAAGA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=102;WE=31230471;WS=31230453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	31271545	rs11865830	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=162;SC=AGGAGAAAGGGTTCAAGAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=31271553;WS=31271535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	31273129	rs3764327	T	C	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=122;PP=2965;SC=GTGAGACCCTTAGATGGAGCC;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=79;TCR=123;TR=201;WE=31273137;WS=31273119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	31276811	rs1143679	G	A	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=116;PP=2965;SC=GAGCCCATCCGCCTGCAGGGT;SOR=1.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=47;TCR=116;TR=163;WE=31276819;WS=31276801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	31283164	rs35314490	G	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=56;PP=2673;SC=CGCCCCCTCCGCAGTTCTCTT;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=152;WE=31283172;WS=31283154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	31283323	rs35472514	C	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=49;PP=1465;SC=TGTAAGCTTCCCCTTTTCCCT;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=31283331;WS=31283313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	31284618	.	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=2.564;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr16	31288121	rs9939679	A	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=1011;SC=AAGAAGAGATAGGAGAGATGT;SOR=1.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=31288129;WS=31288111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	31335906	rs41476751	T	C	10554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=193;PP=2965;SC=CCCCTGGGTCTTCCAAGCATG;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=165;TCR=193;TR=358;WE=31335914;WS=31335896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr16	31336888	rs1143683	C	T	9867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=179;PP=2965;SC=GTGTCTGGGGCCTTGAAGAGC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=166;TCR=179;TR=345;WE=31336896;WS=31336878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr16	31342608	rs7188189	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=29;PP=809;SC=TGCTCCCCGCTGCTCCCCCAC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=31342616;WS=31342598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	31343005	rs1143678	C	T	9841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TGAAGGGGGTCCCCCGGGGGC;SOR=0.232;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=368;TCF=188;TCR=180;TR=368;WE=31343013;WS=31342995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr16	31368835	rs11574636	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=464;SC=GACGCTGCTGCCCGCACATCC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=31368843;WS=31368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	31371193	rs4264407	C	G	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=108;PP=2965;SC=GTGGGTGCTTCGATCCTGGTG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=193;WE=31371201;WS=31371183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	31371674	rs2230428	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=666;ReadPosRankSum=-1.840;SC=TAGGGATGCCGCCAAAATTCT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=56;WE=31371682;WS=31371664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr16	31380596	.	C	T	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=57.18;NF=4;NR=0;PP=60;QD=23.6928031368;SC=GGCAGCTGGCCGGGCGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=31380618;WS=31380586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	31380610	.	AC	A	163	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=11;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=54.23;NF=8;NR=0;PP=163;QD=21.5;SC=CGGGGGGCTGACCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=31380618;WS=31380586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	31384422	rs148124533	AAAG	A	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=8;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.171;NF=6;NR=1;PP=247;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCTTAAAAAAAAAGAAGAAGA;SOR=2.147;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=7;WE=31384432;WS=31384412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr16	31384554	rs2070896	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=823;ReadPosRankSum=-2.137;SC=TCTCCTTTCCTTCACCTGATA;SOR=0.947;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=61;WE=31384562;WS=31384544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr16	31392189	rs11150620	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=250;ReadPosRankSum=0.370;SC=GAGGATGGGAGTGCTCTGACA;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=18;WE=31392197;WS=31392179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr16	31404467	rs8050328	T	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=2.243;SC=CCCTGCAGGTTGTGGAGGGGG;SOR=1.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=11;WE=31404475;WS=31404457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	31404571	rs8050500	T	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TGTGCCCCTCTTCCTGCTGTG;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=80;WE=31404579;WS=31404554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr16	31405463	.	A	AAAAAAAAAG	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,1:0.05:19
chr16	31418975	rs45625038	C	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=1884;ReadPosRankSum=0.303;SC=TGGCATCATCCGCTACGCTAT;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=287;TCF=126;TCR=161;TR=129;WE=31418983;WS=31418965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,139:0.46:303
chr16	31422429	rs12444660	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=399;SC=CCCTCTGCTCTGTGGATGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=31422437;WS=31422419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	31427678	rs8056122	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=0.468;SC=GATGCTTGTGCTGCTCTCTGG;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=4;WE=31427686;WS=31427668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr16	31435366	rs116943658	GA	AG	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-4.675;NF=14;NR=18;PP=1453;ReadPosRankSum=0.320;SC=GGGCACCCCCGAAGCTCTGAG;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=32;WE=31435387;WS=31435356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr16	31439239	.	G	GCCC	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	31439243	.	GACC	G	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.06;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	31439248	.	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	31439253	.	C	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=62.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	31439256	.	CA	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	31470540	rs3813002	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=834;SC=TCGGAGGCCCTGGCCCACCTG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=31470548;WS=31470534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	31471378	rs9926717	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=535;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CTTGCTCTCTAGACCCGGGCA;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=39;WE=31471386;WS=31471368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr16	31476458	rs11150624	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TGCAGCCCCGCGCCCAGGATC;SOR=0.951;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=68;WE=31476466;WS=31476448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr16	31483622	rs11646911	C	T	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=89;PP=2311;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TGTCTTCTTACTTCTGCTTTT;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=305;TCF=145;TCR=160;TR=165;WE=31483630;WS=31483612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,173:0.54:321
chr16	31488916	rs10596	C	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=612;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TCGGCTCGCCCTCTCCCCCGG;SOR=0.455;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=34;WE=31488924;WS=31488906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr16	31503751	rs4536493	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=753;SC=TGTCTGCCCCAAGACCTTGGC;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=31503759;WS=31503741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	31519048	rs11861164	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=738;ReadPosRankSum=0.232;SC=GCAGGGCTGAAAGCAGCAATA;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=55;WE=31519056;WS=31519038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr16	31539386	rs8050390	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=0.858;SC=TTAAGGGGAGGAAGTGGGTTG;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=25;WE=31539394;WS=31539376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr16	31540030	rs10843	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.286;SC=ACCCAGCCCCTCCTCTCTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=16;WE=31540038;WS=31540020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	31574802	rs116973944	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.699;NF=14;NR=3;PP=288;ReadPosRankSum=-1.678;SC=CTGGGCCGCTTGCTGTGCCCG;SOR=0.409;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=17;WE=31574810;WS=31574792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	31574933	rs115422951	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.957;NF=18;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=-2.119;SC=TTTGCACTTTCGGCTCATGTC;SOR=0.974;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=41;WE=31574941;WS=31574923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,33:0.39:84
chr16	31575186	rs7192364	C	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=34;PP=1453;SC=CCTTTCCTGCCCAAACTCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=31575194;WS=31575176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	31575310	rs149703472	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.593;NF=21;NR=15;PP=485;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CCCATCTGAGCTGGACTCTGA;SOR=0.537;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=36;WE=31575318;WS=31575300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr16	31580272	rs4889673	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=691;ReadPosRankSum=0.323;SC=GCCATGGCGCCTTCCATAGTA;SOR=0.346;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=39;WE=31580280;WS=31580262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr16	31580530	rs4889548	A	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=580;ReadPosRankSum=0.256;SC=CTGACGTTGAACCATTTGACA;SOR=0.439;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=39;WE=31580538;WS=31580520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr16	31613625	rs34368131	GT	G	2699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.863;NF=14;NR=37;PP=1786;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGAAGAATAAGTAAAACATTT;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=38;TCR=91;TR=51;WE=31613633;WS=31613615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,86:0.41:208
chr16	31633856	rs34640385	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.643;NF=8;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=1.424;SC=GAACATTACTGAGCCTTAAAA;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=8;WE=31633864;WS=31633846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr16	31634148	rs35224985	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.115;NF=1;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=0.133;SC=ACTTAACACTAATAAACTGTA;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=31634156;WS=31634138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	31724836	rs2884713	T	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=52;PP=1751;SC=GAGGTTAGCTTCGGGGTCTGG;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=31724844;WS=31724826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	31734197	rs34186495	G	GA	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.177;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTGTTTCCAGGAAAAAAAAAT;SOR=2.753;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=19;WE=31734205;WS=31734187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr16	31745039	rs11859426	C	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=483;ReadPosRankSum=0.662;SC=TAATACTTGTCAAAATGTCTC;SOR=0.462;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=27;WE=31745047;WS=31745029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	31765220	rs11861974	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=809;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GGGAAAGTGAGGGTAAGTGTG;SOR=0.984;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=52;WE=31765228;WS=31765210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
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chr16	31804933	rs8056595	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.451;NF=20;NR=5;PP=528;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GACAAGTGGGGTTCACCTGAA;SOR=1.802;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=25;WE=31804941;WS=31804923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	31926619	rs3850114	G	A	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=45;PP=1547;SC=GAGAAACCCTGTAAATGGAAA;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=31926627;WS=31926609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	32891522	rs138173595	G	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-2.450;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	32893876	rs375167306	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQRankSum=0.817;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr16	32893880	rs149083075	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQRankSum=-0.614;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr16	32894005	.	C	G	394	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=43.74;NF=1;NR=22;PP=394;QD=18.6422266325;SC=CAGCGTGGTGCTAAAGGACTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=23;WE=32894013;WS=32893995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr16	33391336	.	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.35;QD=27.64;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	33391415	rs357994	A	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=31;PP=1305;SC=AGAATCGATTATTCCCACCCA;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=33391423;WS=33391405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	33392148	rs200774570	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.931;NF=3;NR=36;PP=601;ReadPosRankSum=-4.434;SC=AGATCAGGCATGTCAGGGTGG;SOR=2.111;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=39;WE=33392156;WS=33392138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr16	33410777	rs74905055	G	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=7.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-10.992;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,41:0.28:148
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chr16	33500900	rs4079165	C	T	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.83;QD=45.42;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr16	33500973	rs58427145	CAG	C	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=34;PP=1630;SC=CTGTACATGACAGGGGGGGAA;SOR=1.487;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=36;WE=33500982;WS=33500963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	33534128	rs4247491	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.455;NF=7;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=-2.311;SC=GAACAGGACTGGACTCTGATT;SOR=0.068;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=12;WE=33534136;WS=33534118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	33534161	rs4247492	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.204;NF=4;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CTTTTAACCATATCTTCATTT;SOR=1.437;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=11;WE=33534169;WS=33534151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr16	33534194	rs112954068	C	CA	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.621;NF=9;NR=10;PP=1832;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TTTTGGTCTTCAAACAAGGTT;SOR=0.627;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=19;WE=33534220;WS=33534184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr16	33534198	rs146867572	C	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-7.804;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr16	33534205	rs75274563	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQRankSum=-7.503;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr16	33534209	rs111304289	T	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-7.304;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr16	33534212	rs74015084	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-7.299;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr16	33534278	rs10445205	A	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=952;SC=GATGAAATGCATGTAATTAAG;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=33534286;WS=33534268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	33534325	rs375310866	CT	C	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=-3.594;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	33534330	rs28594967	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.63;QD=36.54;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	33534344	rs78083012	G	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQRankSum=-3.067;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	33534346	.	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQRankSum=-3.067;QD=14.89;ReadPosRankSum=1.532;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	33534352	rs78884180	G	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQRankSum=-2.881;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.437;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	33534354	rs74594913	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.06;MQRankSum=-2.881;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.437;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	33534369	rs74800708	C	CAA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQRankSum=-1.834;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr16	33539535	rs55950724	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.05;MQRankSum=-0.042;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
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chr16	33784609	.	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.67;QD=23.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr16	33961030	rs77469183	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	33961041	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	33961317	rs75989665	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=16.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-2.646;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.370;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
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chr16	33961327	rs79375500	G	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=12.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-2.721;QD=8.42;ReadPosRankSum=2.780;SOR=1.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr16	33961350	.	G	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-2.523;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.876;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,8:0.10:79
chr16	33961352	.	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-2.882;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.972;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
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chr16	33961363	.	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=1.913;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.625;SOR=1.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr16	33961370	rs72797450	A	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.877;HP=2;HapScore=3;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.643;NF=32;NR=13;PP=1807;ReadPosRankSum=1.311;SC=TGGCTGTGCCAGGCGTTCCGT;SOR=1.767;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=45;WE=33961426;WS=33961342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr16	33961372	.	G	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=8.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=2.243;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.837;SOR=1.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr16	33961378	.	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-3.891;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,13:0.15:89
chr16	33961386	rs76705741	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-6.419;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr16	33961390	.	GACCCGCTCCGCTGCGAGCCGGCTCTCC	G	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQRankSum=-5.359;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,32:0.25:130
chr16	33961400	rs113037697	G	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=1.092;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr16	33961418	rs113700972	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-1.286;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,41:0.33:125
chr16	33961453	.	A	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-8.010;QD=10.55;ReadPosRankSum=3.307;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,40:0.32:126
chr16	33961465	rs74932417	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-8.670;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,31:0.19:159
chr16	33961467	rs74834425	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-4.026;QD=7.29;ReadPosRankSum=3.109;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,37:0.23:159
chr16	33961470	.	ACG	A	938.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-8.927;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,31:0.19:164
chr16	33961471	rs137972467	C	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQRankSum=-4.167;QD=6.96;ReadPosRankSum=3.265;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr16	33961474	rs78784184	G	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-3.949;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.717;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,36:0.22:161
chr16	33961475	.	G	GCA	1028.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.944;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=-8.960;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,33:0.20:165
chr16	33961481	rs366164	A	C	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=-11.367;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,75:0.42:178
chr16	33961482	rs78161808	T	C	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=-11.419;QD=17.24;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr16	33961483	rs77018326	G	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.71;MQRankSum=-9.572;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,41:0.23:180
chr16	33961499	rs75192280	CA	TG	3847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.082;NF=76;NR=30;PP=1954;ReadPosRankSum=-2.006;SC=CCATGGGAAGCATCCCAAGTG;SOR=0.953;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=261;TCF=178;TCR=83;TR=106;WE=33961547;WS=33961489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,100:0.43:235
chr16	33961506	.	A	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQRankSum=-8.543;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,44:0.18:249
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chr16	33961751	rs79409546	C	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQRankSum=-1.474;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr16	33961752	rs77324679	T	C	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=7.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQRankSum=-8.800;QD=30.90;ReadPosRankSum=-3.577;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,112:0.72:155
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chr16	33965685	.	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.876;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
chr16	33965687	rs78198861	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.450;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,18:0.14:128
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chr16	33965727	.	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=1.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
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chr16	33965735	.	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=10.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=2.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
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chr16	34257013	rs1019991	A	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=763;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTCAGTCCCGAGCGCGTCCAC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=50;WE=34257021;WS=34257003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr16	34318731	rs6563853	T	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=70;PP=2303;SC=CATGCACATGTAGGAATGGGA;SOR=1.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=103;WE=34318739;WS=34318721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	34681938	rs237988	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=15;PP=665;SC=ATGAGTTCTTCCATGTTTAGA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=34681946;WS=34681928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	34682019	rs237989	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=15;PP=507;SC=AGTATGAGTGGTTTCATGGTT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=34682027;WS=34682009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	46565019	rs1436436	T	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	46618143	rs141582979	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTTTTACCAGCCATTTTTAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=46618151;WS=46618133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	46637746	rs4967259	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=570;SC=CTACTGCTGATGAAAGGCAGG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=46637754;WS=46637736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	46642114	rs147085903	GGT	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AGTGAGTGTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=2;WE=46642123;WS=46642104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr16	46642456	rs8052092	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=85;SC=CACACAACATAGAGACCTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=46642464;WS=46642446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	46651417	rs34949348	TA	T	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=401;SC=ACATGGCAATTAGATGTGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=46651425;WS=46651407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	46652286	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.760;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr16	46655088	rs144172091	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=0.101;SC=GAAGGCCCGCGACCCAGGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=46655096;WS=46655078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr16	46655210	rs6598679	A	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=46;PP=2377;SC=CGCCCAGCCCATGCGCTCCGG;SOR=1.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=140;WE=46655218;WS=46655200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	46696284	rs168745	G	A	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=66;PP=2470;SC=TCAGAGGTTCGTGATTCTCTT;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=129;WE=46696292;WS=46696274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	46702984	rs185098674	GA	G	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.505;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr16	46705502	rs36310	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TTTAATTCAGTTGCAATTCCT;SOR=1.214;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=46705510;WS=46705492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	46705576	rs4966616	C	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=678;ReadPosRankSum=-1.564;SC=TGTGATTTCACTAGGAGCTGA;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=45;WE=46705584;WS=46705566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr16	46708574	.	TA	T	48.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	46714529	rs700582	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=388;ReadPosRankSum=-1.207;SC=ACACTTTTATACATTCTACAA;SOR=1.392;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=21;WE=46714537;WS=46714519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr16	46715191	rs700581	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=10;PP=575;SC=TTGTTAAGAAGTTACCCTTAA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=46715199;WS=46715181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	46743675	rs4141491	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=457;ReadPosRankSum=1.609;SC=CTGAGTCAGTGGAACAGATTA;SOR=1.046;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=32;WE=46743683;WS=46743665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr16	46755213	rs194055	C	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=763;SC=ACATGAATGGCTCAGGGCAGC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=46755221;WS=46755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	46764482	rs36460	A	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=31;PP=1885;SC=TAAGCCCCCCAACCAAGGCAG;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=92;WE=46764490;WS=46764472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	46865075	rs183432211	A	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=893;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCTCTCCCTTAGCGGCGGCAG;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=67;WE=46865083;WS=46865065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,74:0.40:187
chr16	47007364	rs373434758	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=159;ReadPosRankSum=1.798;SC=TGGCCGCGCAGGCCCCGCGCC;SOR=0.154;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=47007372;WS=47007354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr16	47163315	rs16952501	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=1004;ReadPosRankSum=0.710;SC=ATTACAGCAAAAGAGAATCAT;SOR=0.897;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=63;WE=47163323;WS=47163305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,66:0.37:177
chr16	47192757	rs16952886	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=1.757;SC=ATTAACCAAAATTAATGCTTC;SOR=1.250;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=19;WE=47192765;WS=47192747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr16	47271876	rs8044842	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.719;SC=ATTTACTTACTGTTATCTTAC;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=11;WE=47271884;WS=47271866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr16	47347780	rs2058769	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=797;ReadPosRankSum=-0.113;SC=ACAAAATAAAGTGTTCTTGTA;SOR=1.088;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=42;WE=47347788;WS=47347770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
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chr16	47684686	rs150516784	TATTA	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=5;NR=10;PP=628;ReadPosRankSum=1.838;SC=AGTATTAGATTATTAATTTAC;SOR=1.468;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=15;WE=47684697;WS=47684676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	47694821	rs7195074	G	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TGTCCTGTCAGTGAAGGTAGC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=15;WE=47694829;WS=47694811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr16	47695459	rs8054582	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-1.431;SC=AATATGAATCGTTGTATAATG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=47695467;WS=47695449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	47697618	rs16945474	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr16	47698716	rs1011532	T	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=226;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TTTAGAATGCTGACTGTTATG;SOR=0.591;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=17;WE=47698724;WS=47698706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr16	48221232	rs55713504	G	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,85:0.28:300
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chr16	48234381	rs41282045	G	A	4868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TTGAGGCCCCGCTCTCCAATC;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=291;TCF=126;TCR=165;TR=207;WE=48234389;WS=48234371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,212:0.72:296
chr16	48247523	rs11866529	T	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CCATTCCCTGTCACCCGCATC;SOR=1.259;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=28;WE=48247531;WS=48247513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr16	48248918	rs8047091	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=817;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTCCAATAGTTTCCTTTCCT;SOR=0.821;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=47;WE=48248926;WS=48248908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr16	48250011	rs11863233	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=861;ReadPosRankSum=-1.308;SC=ATGGGTGACAGAGAAAGACAT;SOR=0.775;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=58;WE=48250019;WS=48250001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr16	48250026	rs11863236	G	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=889;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AGACATTACCGCCAGTGGGAA;SOR=0.897;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=61;WE=48250034;WS=48250016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr16	48250218	rs28654935	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	48250221	rs28376623	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	48250247	rs28626252	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCTGGGTACACAGAAGGGGTG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=48250255;WS=48250237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	48256484	rs16945972	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGCATGGCCCAGAATAGGCAG;SOR=0.387;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=48256492;WS=48256474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	48256602	rs16945974	T	C	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=32;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TGGCTGTGCGTTGGTTGATGA;SOR=1.003;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=105;WE=48256610;WS=48256592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,113:0.62:183
chr16	48258381	rs73546424	T	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1492;ReadPosRankSum=0.481;SC=TCTCTTTGCATGTGACATCCA;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=98;WE=48258389;WS=48258371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,108:0.65:167
chr16	48258419	rs9927238	C	A	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,64:0.67:95
chr16	48258424	rs9933821	T	C	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr16	48264617	rs13336759	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.275;SC=TTCCATACCGAGAATAAGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=48264625;WS=48264607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	48265777	rs16945988	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=1112;ReadPosRankSum=0.316;SC=GTCGATGCCACGATTCACGAG;SOR=0.951;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=61;WE=48265785;WS=48265767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr16	48292513	rs16946038	A	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.951;SC=CTATTGATTGACTCACATTTC;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=62;WE=48292521;WS=48292503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr16	48329918	rs5816590	TC	T	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.997;NF=27;NR=5;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TTTTTTGTTCTCCCCTAGGTG;SOR=0.719;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=32;WE=48329926;WS=48329908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
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chr16	49412531	rs27813	A	G	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=78;PP=2668;SC=GGCCCCGGCCACCAGAATCCT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=136;WE=49412539;WS=49412521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	49430229	rs27795	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=245;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGAACAGGTACGGTTTGAAGT;SOR=2.235;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=49430237;WS=49430219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	49432926	rs4785287	C	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=0.655;SC=CTGGGAGAGACAGCCCCTTGC;SOR=3.660;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=15;WE=49432934;WS=49432916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr16	49670390	rs3803667	A	G	4978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.508;SC=AGGCCGCCCCACAGATGTCAC;SOR=0.870;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=323;TCF=152;TCR=171;TR=209;WE=49670398;WS=49670380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,213:0.64:333
chr16	49672520	rs3803665	A	G	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=52;PP=1719;ReadPosRankSum=0.237;SC=TGTGCCGGTCACGGCTCCTCT;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=114;WE=49672528;WS=49672510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,120:0.69:174
chr16	49856691	rs8060387	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=559;SC=AGGCTAGTAAGCATGTGCAAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=49856699;WS=49856681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	50059279	rs9934704	C	A	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	50059314	rs9924833	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=567;SC=GCTCCGGAGGAGCCGGCGTCG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=50059322;WS=50059304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	50059500	rs7194313	C	T	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=28;PP=1478;SC=TTTCTTTTCACTGGCAGACAC;SOR=1.389;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=50059508;WS=50059490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	50067905	rs9302745	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.16;NF=17;NR=3;PP=479;SC=CTTGTGATCCGACCGCCTCGG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=50067913;WS=50067895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	50069312	rs2041918	C	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=19;PP=934;SC=AAAATTCTGTCTTTTCATTTT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=50069320;WS=50069302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	50100253	rs4389139	T	A	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=168;PP=2965;SC=GCGCGCCTTCTGACCCTTTTC;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=211;TCR=168;TR=379;WE=50100261;WS=50100243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr16	50102618	rs60730387	G	GAAAT	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=2918;SC=GCTAAAAATAGAAATGTGAGA;SOR=4.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=67;TCR=7;TR=56;WE=50102626;WS=50102608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	50106594	rs2287197	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=22;PP=1128;SC=TAAGTAGGTTTCCTACCAATG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=50106602;WS=50106584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	50109478	rs12931497	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=32;PP=1695;SC=TTTTTGCCTCGTAGCATATTG;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=50109486;WS=50109468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	50112971	rs66756058	GT	G	199.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=159;SC=TAATACAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=50112979;WS=50112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	50118245	rs877639	G	A	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1125;SC=GCATGGGAAAGGCTTAAGCAA;SOR=1.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=50118253;WS=50118235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	50120122	rs2287196	C	T	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=2;PP=125;SC=CACTTCCTTTCCAGAATGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=50120130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	50128872	rs10852606	T	C	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	50251590	rs3887556	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=26.06;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	50251671	rs10530119	G	GTCTCTCTCTCTCTCTCTC	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=37.82;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	50261735	rs4624170	C	T	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=56;PP=2957;SC=TTATAACTCACGTGACTTGTG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=160;WE=50261743;WS=50261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	50326661	rs8051594	A	G	9775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=195;PP=2965;SC=TGCAGGATGCATCCCGGGACC;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=164;TCR=195;TR=359;WE=50326669;WS=50326651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr16	50327439	rs2302712	A	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=68;PP=2040;SC=TGTGATTAGCATATCCCGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=104;WE=50327447;WS=50327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	50327456	rs2302713	C	T	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	50327462	rs2302714	G	A	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	50328421	rs2302716	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=216;SC=CTATGGAGGCTGAGGAAGGAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=50328429;WS=50328411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	50334840	rs3833062	AG	A	1451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.290;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.751;NF=8;NR=35;PP=1487;ReadPosRankSum=0.657;SC=CTGTGGATGGAGGGTTCTGCG;SOR=1.417;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=43;WE=50334848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr16	50335150	rs35262781	TG	T	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.066;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AGGCCGCAGCTGGGGGGGACC;SOR=0.164;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=20;WE=50335158;WS=50335140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr16	50338723	rs9924714	C	T	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=21;PP=1619;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TGGACGACCCCGACACCTTGT;SOR=1.125;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=97;TCR=33;TR=89;WE=50338731;WS=50338713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,98:0.69:142
chr16	50339289	rs12444679	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=831;ReadPosRankSum=1.179;SC=CTCAGTGGGACCCACCCATTC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=48;WE=50339297;WS=50339279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr16	50339668	rs56135636	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=0.344;SC=CCATCTCACCGCAGCTGCCCC;SOR=0.301;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=37;WE=50339676;WS=50339658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr16	50342658	rs17289102	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=876;ReadPosRankSum=-2.087;SC=TGACCCTGGCCGTCCTGACCA;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=63;WE=50342666;WS=50342648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr16	50342847	rs2302681	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=659;SC=CCCCTTTGTACACTCAGGGCT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=50342855;WS=50342837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	50345778	rs2302679	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.650;NF=3;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGGGGTGGGGTGGGCTCAGGT;SOR=0.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=23;WE=50345786;WS=50345768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr16	50346114	rs67323835	AGGGGCT	A	4091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.057;NF=7;NR=73;PP=2970;ReadPosRankSum=0.809;SC=TGTGCTGAGAAGGGGCTGGGG;SOR=0.725;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=137;TCF=9;TCR=128;TR=80;WE=50346127;WS=50346104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,114:0.64:179
chr16	50346748	rs3214383	T	TCC	988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=763;SC=TTGCCACTCTTCCTGTCCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=50346756;WS=50346738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	50348409	rs9926131	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.534;SC=GCCATCTATTATGAAAGGTTT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=50348417;WS=50348399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	50354039	rs55820113	CAAAA	C	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GAAAACAAAACAAAAAAACTG;SOR=0.703;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=14;WE=50354050;WS=50354029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr16	50355741	rs9922362	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	50355996	rs7184802	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=1.141;SC=ACATGAAGGCGAATATCAAGG;SOR=1.739;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=16;WE=50356004;WS=50355986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	50359901	rs8046783	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=1.465;SC=TACTTCATTGGCTGGTTTGCA;SOR=1.493;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=14;WE=50359909;WS=50359891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr16	50360418	.	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=571;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CGTGAAGGAGGCTGGGAAGCG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=56;WE=50360426;WS=50360408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,59:0.33:179
chr16	50367633	rs56370009	T	TA	47.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	50402240	rs62029995	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr16	50402478	.	CG	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CGCGGCCGCACGGGGGGCAGC;SOR=0.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=2;WE=50402493;WS=50402468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	50402485	rs112456327	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	50402569	rs113637419	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr16	50642201	rs933566	G	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=CTGTCTTCTTGTAGGAGCTCG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=194;WE=50642209;WS=50642191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr16	50709723	rs6596	G	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=36;PP=1496;SC=GAGCTGAAGCGATCTCAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=50709731;WS=50709713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	50731096	rs5743266	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=238;SC=GGCTTTTGGCGTTCTGCACAA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=50731104;WS=50731086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	50733374	rs2076753	G	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=362;SC=GAGAAGTCCCGCACTGACCTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=50733382;WS=50733364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	50733969	rs2111235	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=583;SC=AACTTGGTCCATGGGATTTCC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=50733977;WS=50733959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	50744624	rs2066842	C	T	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=74;PP=2598;SC=CATGGCTGGACCCCCGCAGAA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=50744632;WS=50744614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	50745199	rs2066843	C	T	8997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=144;PP=2965;SC=TGAGGAAGCGCCATCATGAGC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=169;TCR=144;TR=312;WE=50745207;WS=50745189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr16	50745926	rs2066844	C	T	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=GGCCCTGCTCCGGCGCCAGGC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=168;WE=50745934;WS=50745916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	50756672	.	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=359;ReadPosRankSum=0.530;SC=GAAGAGGGAGGAGCTGGGGCC;SOR=0.252;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=34;WE=50756680;WS=50756662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr16	50756774	rs5743289	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=248;SC=AGAGGACACTCGAGTCTTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=50756782;WS=50756764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	50759547	rs1077861	A	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=305;SC=GCATTTCTGAATAAGATCTGG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=50759555;WS=50759537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	50827601	rs2302759	A	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=75;PP=2257;SC=CTTAATGGATAAACTTTTGTT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=107;WE=50827609;WS=50827591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	51098557	rs74876208	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr16	51171175	rs4614723	C	T	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=78;PP=2965;SC=AGCCCACTAACAGGTGAGCTG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=155;WE=51171183;WS=51171165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	51173559	rs1965024	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1164;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCGACATCTCGAGGGGCAAAG;SOR=0.810;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=76;WE=51173567;WS=51173548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,82:0.40:204
chr16	51174196	.	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=973;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GCAGTCTGCCGCTGGGGAGCT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=69;WE=51174204;WS=51174186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,70:0.34:207
chr16	51176119	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr16	51177113	rs4399530	A	C	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=250;SC=TGTCCTGAACATTTTATTATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=51177121;WS=51177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	51177327	rs34204387	G	GAA	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.600;QD=25.84;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr16	52061047	rs12149256	A	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=56;PP=1664;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GCTCATGTTGAATGCAAAAAA;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=103;WE=52061055;WS=52061037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,111:0.73:153
chr16	52107849	rs33338	C	A	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=47;PP=1414;SC=TGAGGCTTGACTGCAAGGATT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=52107857;WS=52107839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	52473263	rs9925256	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=72;PP=2449;SC=GAGAGGCGACAGGGGAGTGCT;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=120;WE=52473271;WS=52473253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	52502318	rs2287144	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=598;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CTTGTGCCACATAAGAGAGAG;SOR=0.536;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=37;WE=52502326;WS=52502308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr16	52502571	rs9928698	A	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TGGTGTTGCTAAATAAAAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=52502579;WS=52502561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	52837310	rs4784258	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=342;SC=TGTTTTGTTTCGTTTTTTAAT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=52837330;WS=52837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	52837322	rs4784259	A	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=317;SC=TTTTTTAATTATAGACCCCTA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=52837330;WS=52837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	52992947	rs9933492	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=41;PP=2113;SC=TTCTGATTCCTTTCCGCTTGT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=52992955;WS=52992937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	52993016	rs9931362	A	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	53035592	rs12149531	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=362;SC=GCACATTCCTAGCCCCCAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=53035600;WS=53035582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	53037529	rs6499205	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=300;SC=TGGTGAGATGTAGTTTCATGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=53037537;WS=53037519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	53076131	rs62049054	T	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1242;ReadPosRankSum=-1.348;SC=TTCCTTTCCTTCTCGCCCACC;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=75;WE=53076139;WS=53076121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr16	53319390	.	T	TAATGA	38	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=38;QD=63.0513761702;SC=GATTAAAAAATAATGAAATCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=53319398;WS=53319380;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	53341748	rs6499548	T	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=76;PP=2965;SC=AATACAGCGATCCCAGTGTAC;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=160;WE=53341756;WS=53341738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	53404203	rs10775327	C	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=870;SC=GGAACTTTTACCTGACTAAAA;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=53404211;WS=53404193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	53476804	rs17800577	G	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	53481010	rs17800727	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	53487218	rs9941254	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=185;SC=AAATTCTTAGCGTTGAAATAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=53487226;WS=53487214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	53493346	rs66521736	AT	A	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=0;PP=235;SC=ATTCTGTGTAATTTTTTTTTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=53493354;WS=53493336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	53496598	rs7204496	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=25;PP=659;SC=ATTGATCAGCGCAATGAAACA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=53496606;WS=53496588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	53499599	rs1072910	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=281;SC=GAGGGTGGCAATTAGGTTTAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=53499607;WS=53499589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	53503934	rs1131220	G	A	12238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr16	53503943	rs11540358	C	G	12372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr16	53504721	rs10748	T	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=92;PP=2965;SC=TTCAGATGAATTGAGGAAAAA;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=170;WE=53504729;WS=53504711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	53513033	rs8043918	C	T	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=64;PP=2605;SC=TGGTAGTTGCCATGTCTCTCA;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=150;WE=53513041;WS=53513023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	53513055	rs8049033	T	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=77;PP=2965;SC=AGCACTCTTATTGTTTGCCAG;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=170;WE=53513063;WS=53513045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	53524308	rs3929	G	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=54;PP=1641;SC=TCCAGCTGATGAGTTACAGCC;SOR=3.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=53524316;WS=53524298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	53526551	rs9931702	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=36;PP=1213;SC=CAAATGAAGACATTTTAGAAA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=53526559;WS=53526541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	53635933	rs4784319	A	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=1.381;SC=CTCATGTAGGAACTTTCATGT;SOR=0.402;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=14;WE=53635941;WS=53635923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	53672355	rs7203525	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=1.532;SC=GCATGTATGTCATTTTTTATT;SOR=1.262;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=53672363;WS=53672345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	53699003	rs4133017	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=0.304;SC=TTTTAGTGGCGCAGAGACCAC;SOR=2.129;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=22;WE=53699011;WS=53698993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr16	53738283	rs4783818	A	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr16	53860481	rs3826169	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=552;ReadPosRankSum=1.716;SC=AGATACACACGCATATACATG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=31;WE=53860489;WS=53860471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr16	53878247	rs62033438	A	G	198.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TTGAAACTCTAGTGTCTAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=53878255;WS=53878237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr16	54273823	rs16953238	G	T	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAGAAGAGGTGCATACCCCTC;SOR=0.666;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=98;WE=54273831;WS=54273813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,104:0.58:180
chr16	54274354	rs16953243	A	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.936;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=357;ReadPosRankSum=-1.957;SC=CACAGCCTGGAAAAAGCAGAG;SOR=2.817;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=18;WE=54274362;WS=54274344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	54279662	rs16953253	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=407;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GCCTGCCCTGCTTGACACGGA;SOR=0.356;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=27;WE=54279670;WS=54279652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr16	54280705	rs2302804	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CTCCCACCTGGAGACCATGGA;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=17;WE=54280713;WS=54280695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	54318102	rs8050831	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=8;PP=1087;SC=TGCTCGGCGTCCTCTCCTTTC;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=54318110;WS=54318092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	54318528	rs1450355	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=10;PP=532;SC=GAGCGGGTGCAGGCGGGGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=54318536;WS=54318518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	54319571	rs1868692	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=46;PP=1435;SC=AGGGAGCGCGAGTGAGCCCCA;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=54319579;WS=54319561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	54319994	rs1868691	G	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=27;PP=884;SC=GGAGAGGGGGGCCGACCCCCG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=54320002;WS=54319984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	54602769	rs112946517	G	GGGAGAA	3497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.26;SOR=3.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	54967096	rs13336114	C	A	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=58;PP=1552;SC=TTTTAAGGAGCCGCCCTCGGA;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=98;WE=54967104;WS=54967086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	55359126	rs31078	A	T	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=91;PP=2814;SC=GCCTCTGATCATCCTCCTCTT;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=133;WE=55359134;WS=55359116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	55359141	rs31079	T	C	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=78;PP=2500;SC=CCTCTTGTGTTCTGGGGGAAG;SOR=1.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=115;WE=55359149;WS=55359131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	55360208	rs31081	G	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=5;PP=672;SC=GGTGGGGGGGGGGTCTCTGAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=55360216;WS=55360198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	55515695	rs708269	A	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1295;ReadPosRankSum=1.234;SC=TGATGATGTTAGGCAAGTGAC;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=90;WE=55515703;WS=55515685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr16	55516708	rs857403	T	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=541;SC=CCTGGCTTATTTCCTGTCTGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=55516716;WS=55516698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	55519607	rs1053605	C	T	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=52;PP=1506;ReadPosRankSum=-2.672;SC=GCACTGATACCGGCCGCAGCG;SOR=0.514;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=224;TCF=106;TCR=118;TR=105;WE=55519615;WS=55519597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,113:0.49:232
chr16	55523705	rs243849	T	C	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=122;PP=2965;SC=ACTACGATGATGACCGCAAGT;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=47;TCR=123;TR=169;WE=55523713;WS=55523695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	55525913	rs243846	G	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=51;PP=1507;SC=GAGGAGGGGGGAGGTCATGTA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=78;WE=55525921;WS=55525903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr16	55527113	rs2287074	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=859;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CCACCCCCACGCTGGGCCCTG;SOR=0.486;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=66;WE=55527121;WS=55527103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr16	55527298	rs243843	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=851;SC=TGAAGACTCCGCCAAATGCTT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=55527306;WS=55527288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr16	55532458	rs2287076	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=301;ReadPosRankSum=-2.257;SC=GTTCAGAGGTTGGTGGGCTCT;SOR=1.568;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=19;WE=55532466;WS=55532448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr16	55536622	rs243835	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=844;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTGGGTGCTCCCATCCAGGCC;SOR=0.409;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=49;WE=55536630;WS=55536612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr16	55536687	rs243834	A	G	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1590;ReadPosRankSum=0.179;SC=CTGTTTCTTTACAGATACAAT;SOR=0.521;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=106;WE=55536695;WS=55536677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,107:0.54:198
chr16	55536727	rs14070	C	T	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1426;ReadPosRankSum=1.475;SC=ATCCTGGCTTCCCCAAGCTCA;SOR=0.562;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=106;TCR=105;TR=104;WE=55536735;WS=55536717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,110:0.50:222
chr16	55539191	rs243832	C	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1189;ReadPosRankSum=0.395;SC=TTCCCAGGAACCTTCTGTGTG;SOR=0.996;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=69;WE=55539199;WS=55539181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
chr16	55543073	rs17302903	G	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=995;ReadPosRankSum=-2.602;SC=GCTTCGGCCGGGTTCTACGCC;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=69;WE=55543081;WS=55543063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr16	55543322	rs2241147	G	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.810;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=574;ReadPosRankSum=1.223;SC=GTCAGAGGGGGGTCCAGGTAA;SOR=1.536;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=37;WE=55543330;WS=55543312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr16	55562257	rs837549	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=576;SC=TTAATTAACAGAGCTAATTAC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=55562265;WS=55562253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	55562466	rs837550	G	A	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1697;ReadPosRankSum=0.999;SC=TACCTTCTATGGTATCTCGAA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=267;TCF=125;TCR=142;TR=117;WE=55562474;WS=55562456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,125:0.45:279
chr16	55579899	rs2397722	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=329;SC=CAATCTATAAGTATTTTCCCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=55579907;WS=55579889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	55583149	rs2160277	T	A	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	55583448	rs9934904	A	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=75;SC=GTCAGAGTTGAGAATTTATCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=55583456;WS=55583438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	55601388	rs1502003	A	G	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=1285;ReadPosRankSum=-1.454;SC=CTATCAAAGAATGGCTGCAGT;SOR=1.103;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=178;TCF=62;TCR=116;TR=82;WE=55601396;WS=55601378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,89:0.46:193
chr16	55728081	rs28613651	T	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	55729124	rs2279805	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=365;ReadPosRankSum=-2.132;SC=CTATAGCCAGTCCAGCAGTCA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=26;WE=55729132;WS=55729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr16	55730124	rs5568	A	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr16	55731835	rs5569	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=303;ReadPosRankSum=1.368;SC=CTGTCATCACGGGCCTGGCAG;SOR=0.968;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=25;WE=55731843;WS=55731825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr16	55731946	rs998424	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=511;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGGTGAGTAGGGGCTGGGCTC;SOR=0.926;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=42;WE=55731954;WS=55731936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,45:0.41:111
chr16	55735912	rs2242447	C	T	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=CCCTGCTGTGCACTGCCCAAG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=166;WE=55735920;WS=55735902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	55806311	rs28538364	G	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.680;NF=63;NR=62;PP=2169;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CGGGGAACTGGGGTCACCTGG;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=125;WE=55806319;WS=55806301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,132:0.68:195
chr16	55806409	rs28366434	T	C	3458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=1873;ReadPosRankSum=0.874;SC=GGAGGGTCAGTGGGAGGAGAA;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=116;TCR=98;TR=148;WE=55806417;WS=55806399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,155:0.70:222
chr16	55806532	rs143032941	C	CAATACCT	3935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.714;NF=8;NR=38;PP=2954;ReadPosRankSum=0.417;SC=CTTCTGATTACAGTCTCAGGA;SOR=0.877;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=88;TCF=11;TCR=77;TR=46;WE=55806540;WS=55806522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,98:0.67:146
chr16	55807252	rs62030211	G	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQRankSum=-1.537;QD=14.69;ReadPosRankSum=2.316;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr16	55807256	rs60044394	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQRankSum=-1.762;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr16	55813552	rs28666799	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.895;NF=34;NR=23;PP=789;ReadPosRankSum=1.077;SC=TTGCCCCACTCACCCAGCTCA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=57;WE=55813560;WS=55813542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr16	55813600	rs28538101	T	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.225;NF=35;NR=33;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CATCCTCTGCTTTTGTCTTCA;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=68;WE=55813608;WS=55813590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr16	55813644	rs28418425	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.263;NF=23;NR=30;PP=820;ReadPosRankSum=-0.642;SC=ACAGGGAGACCTCAAAGAGGT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=53;WE=55813652;WS=55813634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr16	55813712	rs28613114	G	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.021;NF=6;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-1.886;SC=AAGTTCCAATGAACTGTGAGT;SOR=2.047;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=21;WE=55813720;WS=55813702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr16	55813750	rs28594163	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=-1.099;NF=2;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GGTGGTTATAGTAACTCCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=55813758;WS=55813740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	55844609	rs2244613	G	T	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.88;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	55844609	.	GGGTGAGCG	TGGTGAGCA,TGGTGAGCG	966	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=24,38;NR=32,50;PP=966,346;QD=18.2047834797;SC=CACCAGCCCCGGGTGAGCGAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=56,88;WE=55844625;WS=55844599;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.64:88
chr16	55844617	rs2244614	G	A	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr16	55844924	.	TA	T	800.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr16	55844926	rs112236246	A	AC	592.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr16	55844928	rs375953001	A	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.348;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr16	55845084	.	T	TG	697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=653;SC=ATGAATCAAATGGGCTTATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=55845092;WS=55845074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	55847045	rs3859092	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=39.46;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	55847051	rs3859093	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.94;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	55850708	rs2302719	T	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=286;SC=TACCCCTCTCTGGGCCTCAGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=55850716;WS=55850698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	55854246	.	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.28;MQRankSum=-1.221;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr16	55854412	rs2307229	A	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQRankSum=-1.025;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr16	55854452	rs2307233	G	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-0.131;QD=28.73;ReadPosRankSum=5.177;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr16	55854455	rs2307235	A	C	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-0.340;QD=29.12;ReadPosRankSum=5.328;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr16	55854514	rs8192940	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=494;SC=TCCAGTAGTGGGCTGACCCTC;SOR=4.977;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=55854522;WS=55854504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	55855150	rs3217164	TG	T	2319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.622;NF=32;NR=12;PP=1759;ReadPosRankSum=0.188;SC=GATGCTGGGCTGTGAGTAGGG;SOR=1.127;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=44;WE=55855158;WS=55855140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr16	55857396	rs150951789	A	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.311;NF=28;NR=5;PP=604;ReadPosRankSum=1.322;SC=CTGGCATGACAAGAGCTGGGT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=73;TCR=13;TR=33;WE=55857404;WS=55857386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr16	55862605	rs3848300	G	A	5400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=72;PP=2965;SC=GGATCAGCCCGTCAGGGGACT;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=118;TCR=72;TR=190;WE=55862613;WS=55862595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	55862717	rs76828834	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-7.430;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,95:0.35:271
chr16	55862720	rs74019278	T	C	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-7.188;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,94:0.37:256
chr16	55862762	rs3826194	C	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.724;NF=43;NR=39;PP=1240;ReadPosRankSum=1.080;SC=GTCCAAGAGGCGGCTTGGCAA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=82;WE=55862770;WS=55862752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,73:0.36:202
chr16	55862791	rs114632091	T	C	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.920;NF=48;NR=37;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CCCAGGAAAATGGCCACAGGC;SOR=0.548;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=208;TCF=126;TCR=82;TR=85;WE=55862799;WS=55862781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,75:0.36:208
chr16	55862824	rs3826192	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.127;NF=67;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCTAAGCTGACGAACTTCCCC;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=191;TCR=124;TR=112;WE=55862844;WS=55862814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,109:0.34:325
chr16	55862836	rs3826191	G	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.112;NF=74;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=0.472;SC=AACTTCCCCAGCACTTTGCCA;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=361;TCF=210;TCR=151;TR=130;WE=55862844;WS=55862814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,128:0.34:376
chr16	55862883	rs3826190	C	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.735;NF=73;NR=85;PP=1705;ReadPosRankSum=2.224;SC=GGACGGATGCCCTGCTGGACA;SOR=0.885;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=498;TCF=243;TCR=255;TR=158;WE=55862891;WS=55862873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,165:0.32:522
chr16	55862901	rs3826189	T	G	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-12.582;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,141:0.28:505
chr16	55862955	.	G	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.728;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=22.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-13.289;QD=5.61;ReadPosRankSum=-3.263;SOR=1.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,59:0.20:293
chr16	55862958	rs3826188	GC	AG	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=26.639;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-13.105;QD=5.91;ReadPosRankSum=-3.253;SOR=2.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,53:0.19:275
chr16	55862961	rs3826187	T	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=22.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-12.596;QD=6.02;ReadPosRankSum=-4.556;SOR=2.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,52:0.20:258
chr16	55866894	rs56278207	T	TA	5990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.517;NF=27;NR=54;PP=2853;ReadPosRankSum=-1.321;SC=GTGCCCCGCATTTTGATTTCA;SOR=0.893;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=81;WE=55866902;WS=55866884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,168:0.71:235
chr16	55883618	rs2160276	T	C	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	55883761	rs7186875	A	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=312;SC=CCACCTATCAAGTCTTGGATG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=55883769;WS=55883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	55905636	rs3859108	A	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=62;PP=2516;SC=CCTTGAGCATATGTTGATCTA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=139;WE=55905644;WS=55905626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	55907600	rs6416763	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=400;SC=AGGGGATTACCAAACCACTCG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=55907608;WS=55907591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	56226638	.	G	GCA	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5020;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=78;QD=41.0;SC=TTTAATTCGTGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=56226646;WS=56226628;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
chr16	56227965	rs59779556	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr16	56228066	rs1190761	A	G	3302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=42;PP=1949;SC=TCTTATTTTTATTCGAGAGCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=107;WE=56228074;WS=56228050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	56362725	rs2241952	T	C	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=120;PP=2965;SC=AGCGGGCGCATGGCCTGGAGC;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=192;WE=56362733;WS=56362715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	56368495	rs4784656	T	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=9;PP=1241;SC=CCCCACTCCCTATGGCCTGGA;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=56368503;WS=56368485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	56401294	rs2241957	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=259;ReadPosRankSum=-1.293;SC=AAGACCACTGTCGGGACCACA;SOR=1.248;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=14;WE=56401302;WS=56401284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	56548501	rs4784677	C	T	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=85;PP=2875;SC=CTGGTTAATGCTGAGAAGAGA;SOR=1.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=56548509;WS=56548491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	56599221	rs182221	C	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=42;PP=1185;SC=CTGGCCACCTCTGGGGCAGCT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=56599229;WS=56599211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	56601720	rs666636	A	G	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	56601720	.	ATT	GTC	1585	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43;NR=60;PP=1585;QD=15.9074550957;SC=TGTAAAACATATTGGAAGAGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=103;WE=56601730;WS=56601710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,103:0.96:107
chr16	56601722	rs666647	T	C	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	56623191	rs7195310	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=617;SC=AGTGCGCGCACAGCGGCGGCG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=56623199;WS=56623181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	56624079	rs11644094	A	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1355;SC=GAAGACTCCAATGGCAGCTGG;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=56624087;WS=56624069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	56660685	rs117777471	A	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.600;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=957;ReadPosRankSum=1.574;SC=AGACGAAAAAAAGCATCCTCT;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=234;TCF=105;TCR=129;TR=70;WE=56660693;WS=56660675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,79:0.31:254
chr16	56666886	rs1827208	C	T	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=110;SC=GGCAGTCCCGCTCCACATCAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=56666894;WS=56666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	56667282	rs1827210	C	A	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=64;PP=2552;SC=GGCTCCTGCACGTGCAAAGAG;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=56667290;WS=56667272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	56667614	rs2270836	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=685;ReadPosRankSum=0.932;SC=TGGGGCAGGGCGGTGCCCGGT;SOR=0.917;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=36;WE=56667622;WS=56667604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr16	56667854	rs2270837	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=53;PP=1545;SC=TTCTTTTTATATTAAATATGT;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=56667862;WS=56667844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	56673227	rs11640851	C	A	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=35;PP=2623;SC=TGCAAATGCACCTCCTGCAAG;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=123;WE=56673235;WS=56673209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	56673249	rs11647171	T	C	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=49;PP=2691;SC=AGAGTGAGTGTGGGGCCATCT;SOR=1.475;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=148;WE=56673257;WS=56673239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	56673436	rs58069153	A	AAG	2703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=48;PP=2471;SC=AACTGAGGCCAAGAGTGCACC;SOR=2.694;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=51;WE=56673444;WS=56673426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	56683626	rs7189840	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CAAGAGAGCTGGTATGTGTGA;SOR=0.033;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=7;WE=56683634;WS=56683616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr16	56686002	rs2070838	G	C	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	56686005	rs4619400	T	A	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	56686030	rs964372	C	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=39;PP=1259;SC=TTTCCTCTTGCCCAAGCTCCT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=56686038;WS=56686020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	56686380	rs2013775	T	C	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=79;PP=2489;ReadPosRankSum=0.575;SC=GGAGCTCTGATGGCTGGCCCT;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=284;TCF=166;TCR=118;TR=186;WE=56686388;WS=56686370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,191:0.65:294
chr16	56686470	rs12051311	C	T	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CTGCCTTTTTCGCTTCCTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=316;TCF=143;TCR=173;TR=106;WE=56686479;WS=56686460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,113:0.33:342
chr16	56686471	rs964374	G	T	5008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.859;SC=TGCCTTTTTCGCTTCCTTGCA;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=312;TCF=141;TCR=171;TR=206;WE=56686479;WS=56686460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,225:0.67:338
chr16	56693261	rs2291957	G	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=0.330;SC=CAGAGACTGGGGTGGGGGATC;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=19;WE=56693269;WS=56693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr16	56702000	rs904770	T	C	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=127;PP=2965;SC=CCAGCGGCTGTTTTTATAGTC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=76;TCR=128;TR=203;WE=56702008;WS=56701990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	56709728	rs8046181	GA	CG	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	56852822	rs1561139	G	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-1.361;SC=ATCAAATAGGGTAATAGAATT;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=56852830;WS=56852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr16	56855496	rs2118017	C	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TCGCAGAGCTCGATGATAAGG;SOR=0.313;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=20;WE=56855504;WS=56855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr16	56864398	rs1561140	C	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=48;PP=2355;SC=AGCAGTCAGCCTTTCCTTGTT;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=56864406;WS=56864388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	56864618	rs4461062	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=638;SC=TGAGGTGGCACGCCCAGGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=56864626;WS=56864608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	56868700	rs1347591	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=22;PP=650;SC=GGTGAGTTAAATGCATCCTTA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=56868708;WS=56868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	56878378	rs74498124	C	T	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1391;ReadPosRankSum=2.104;SC=GAAAGTTAACCGATTTCCTTC;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=93;WE=56878386;WS=56878368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,98:0.53:184
chr16	56892593	rs76987351	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=711;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GGGAGTCTGTGTGTGAAAGCT;SOR=0.468;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=42;WE=56892601;WS=56892583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr16	56904587	rs1529927	C	G	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=69;PP=2842;SC=CGCATCATTGCCGTGGTCTCG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=139;WE=56904595;WS=56904577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	56913419	rs3816119	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,41:0.25:167
chr16	56913513	rs5801	C	T	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=2240;ReadPosRankSum=2.111;SC=TCGGGGCCACCCTCTCCTCTG;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=145;WE=56913521;WS=56913503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,153:0.79:193
chr16	56917953	rs2304483	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=604;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CTGGTGCCCTTGGCCCAGGGT;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=51;WE=56917961;WS=56917943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,56:0.35:161
chr16	56920969	rs5803	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,70:0.32:222
chr16	56924160	rs3764264	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=334;ReadPosRankSum=-1.423;SC=GGGGGAGAAGCTGGACCTCAC;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=25;WE=56924168;WS=56924150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr16	56925894	rs2304482	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=480;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GGTGGGGCATCGGGACTTTCT;SOR=0.448;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=77;TCR=27;TR=38;WE=56925902;WS=56925884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr16	56926176	rs12443855	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCTTGTGACGGTGGTGCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=56926184;WS=56926166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	56926793	rs2278490	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGGGCGTTGGCGGGGCCCTGG;SOR=0.239;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=15;WE=56926801;WS=56926783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr16	56926828	rs2278489	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GATGCGCGGCTGCTGGCTCTG;SOR=0.454;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=29;WE=56926836;WS=56926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr16	56928519	rs5804	C	T	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=4.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,122:0.36:338
chr16	56933315	rs9922270	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=835;SC=GCATGAGAATTGCTTGAACCT;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=56933323;WS=56933305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	56966011	rs37025	G	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.314;NF=65;NR=41;PP=1459;ReadPosRankSum=0.787;SC=CCGCAGAGCCGGGCGCGGGGC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=175;TCR=107;TR=106;WE=56966019;WS=56966001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,110:0.37:298
chr16	56994394	rs61631085	GT	G	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=1.263;SC=TAGTTATTTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.141;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=56994402;WS=56994384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	56994819	rs12708968	T	C	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1773;ReadPosRankSum=0.326;SC=TCTCTGAGCCTTGGGAAACAG;SOR=0.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=111;WE=56994827;WS=56994809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,116:0.61:191
chr16	56994990	rs17245715	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=804;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGCCCACATCCCTGCAGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=45;WE=56994998;WS=56994980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr16	56995038	rs4783962	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=0.536;SC=CAGCACTTGGTCATCTGGTCA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=56995046;WS=56995028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	56995236	rs1800775	C	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
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chr16	56996211	rs711752	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=662;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GTTCTTTGGTGAGAAGGTCCT;SOR=0.959;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=44;WE=56996219;WS=56996201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr16	56996288	rs708272	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr16	57003723	rs891141	G	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1261;SC=GTTTGCAGGGGTGGGGACCCC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=57003731;WS=57003713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	57003977	rs891142	T	C	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=43.78;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	57003980	rs891143	T	C	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=44.49;SOR=1.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	57004889	rs7205804	G	A	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=2021;ReadPosRankSum=0.711;SC=CACACTAGGCGCTCCATGGAT;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=142;WE=57004897;WS=57004879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,153:0.65:235
chr16	57005301	rs1532625	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CTGGTGAGTGCGTTTCTGTCT;SOR=0.536;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=96;WE=57005309;WS=57005291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,103:0.63:163
chr16	57007451	rs289714	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=48;PP=1419;SC=GCTGCTAGGGGATCCAGATGG;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=57007459;WS=57007441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	57015463	rs7195984	G	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=16;PP=1073;SC=CTATGAGACAGAAGCACTGGC;SOR=1.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=57015471;WS=57015453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	57016092	rs5882	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,59:0.34:173
chr16	57017474	rs289741	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.885;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AGCCCAGCTCGCCCCTCTCTC;SOR=0.235;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=31;WE=57017482;WS=57017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr16	57017662	rs1801706	G	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=928;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CTCCTCCAGCGTGGTGGAAGT;SOR=0.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=67;WE=57017670;WS=57017652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr16	57017762	rs289742	C	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=198;SC=CCAAGAGCTGCGGAGTCCTTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=57017770;WS=57017752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	57056064	rs4784750	G	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=29;PP=968;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CCCTTGCTGGGTATCTCCCTG;SOR=0.605;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=129;TCR=77;TR=79;WE=57056072;WS=57056054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,82:0.38:213
chr16	57056295	rs149634155	AGGAGGCTGT	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.514;NF=0;NR=11;PP=2637;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TCCAAGCTGGAGGAGGCTGTG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=11;WE=57056311;WS=57056285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr16	57057619	rs1684575	G	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=892;ReadPosRankSum=2.073;SC=GTGGACTGGAGTTCCCCAAAG;SOR=0.333;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=62;WE=57057627;WS=57057609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr16	57057654	rs1672865	A	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.811;SC=CTCAGCCCAGATCCCCAGACC;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=79;WE=57057662;WS=57057644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,83:0.73:113
chr16	57057679	rs12445252	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=0.191;SC=TCCTCCACCCCTTCCTTTGCT;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=32;WE=57057687;WS=57057669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr16	57068048	rs4784753	C	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=43;PP=2434;SC=GCTGTTTGCCCTGAGCCCTTC;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=57068056;WS=57068038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	57071113	rs1684579	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr16	57071114	rs1672867	A	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=17;PP=678;SC=CAGCCTCAGTAACAACGGGCT;SOR=1.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=57071122;WS=57071103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	57071232	rs1684580	C	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=518;ReadPosRankSum=0.974;SC=CCCATCCCCCCCCCCATCATG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=49;WE=57071240;WS=57071216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,52:0.33:158
chr16	57071335	rs1651670	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=0.315;SC=CGTTACAGCCGGCACCCCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=20;WE=57071343;WS=57071325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr16	57071375	rs1672866	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=90;ReadPosRankSum=0.988;SC=AGGCTGCTCATGGTTTATACC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=9;WE=57071383;WS=57071365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr16	57073683	rs864750	G	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=804;ReadPosRankSum=0.656;SC=CCCCTCTTTTGTCTTCACAGC;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=208;TCF=118;TCR=90;TR=62;WE=57073691;WS=57073673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,64:0.30:211
chr16	57074451	rs289726	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CAAGGTCTGATTGACTCTAGG;SOR=0.927;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=28;WE=57074459;WS=57074441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr16	57075781	rs289727	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGCCTGGCAGCCCAGGGCTGT;SOR=0.267;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=8;WE=57075789;WS=57075771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr16	57076115	rs158482	T	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=17;PP=495;SC=CAATGTAAGTTCTCGGTGAAG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=57076123;WS=57076105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	57079443	rs191242097	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=0.060;SC=GTCCCCTCCCGCTCTGGTCCC;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=13;WE=57079451;WS=57079433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr16	57095842	rs142124514	AAAAG	A	1943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.234;NF=8;NR=19;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.622;SC=ATTTAAGAAAAAAAGAAAGAA;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=27;WE=57095853;WS=57095832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr16	57103579	rs289710	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=-1.740;SC=TCCAAGCTCTGTGGTGGCTTA;SOR=1.471;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=22;WE=57103587;WS=57103569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr16	57103854	rs289711	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GTGGAGGGATTGGGGACAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=5;WE=57103862;WS=57103844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	57111232	rs11864231	C	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1567;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGATTGGAGACGCTGGTGTCC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=337;TCF=153;TCR=184;TR=119;WE=57111240;WS=57111222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,127:0.36:354
chr16	57111364	rs34702866	G	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GCCCCTAGCTGAGGCCAGCAT;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=16;WE=57111372;WS=57111354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr16	57111825	rs27392	T	C	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.164;SC=GCAGGCCCAGTACTCAATGCT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=285;TCF=148;TCR=137;TR=190;WE=57111833;WS=57111815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,193:0.66:291
chr16	57113229	rs42221	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=938;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CTGCCTGCCTAGGGGACCAGT;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=47;WE=57113237;WS=57113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr16	57114924	rs154045	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=10.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	57114982	rs154044	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=295;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GCTCTCCTGCCGCTGACTTTG;SOR=0.791;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=26;WE=57114990;WS=57114972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr16	57115274	rs154043	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5128;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=466;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TCAGCCTTCCTGCTGCACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=23;WE=57115282;WS=57115264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr16	57116287	rs27195	A	G	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=2070;ReadPosRankSum=0.844;SC=ACAGATGGCAAAGATGGGAGG;SOR=0.626;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=123;WE=57116295;WS=57116277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,128:0.70:184
chr16	57116514	rs27194	T	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.480;SC=ACTGGGATAATTGACTCAGGA;SOR=0.153;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=57116522;WS=57116504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr16	57155457	rs4783976	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=307;SC=GTGGACATCCTGGGAGGCTCC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=57155465;WS=57155447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	57157206	rs2305696	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1224;ReadPosRankSum=0.255;SC=TTAGATCAGGCCCATCAGCTT;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=79;WE=57157222;WS=57157196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,85:0.54:158
chr16	57159248	rs4784771	C	T	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	57159402	rs4784772	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=439;SC=GCAAAGTTAGACGGGAAGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=57159410;WS=57159392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	57160026	rs2278985	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=4.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCAAATGGCATAGGTGCAGTT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=11;WE=57160034;WS=57160016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr16	57161828	rs62037313	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=549;ReadPosRankSum=0.033;SC=GAGTGAAACCGGAGTTAGTTT;SOR=0.288;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=39;WE=57161836;WS=57161818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr16	57171233	rs2305693	C	G	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=141;PP=2965;SC=CCAGGAAACACGCACGTCCTC;SOR=2.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=37;TCR=141;TR=178;WE=57171241;WS=57171223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	57197745	rs62037356	G	T	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=30;PP=2179;SC=TATAAACTCTGGCCTGGTAAT;SOR=1.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=104;WE=57197757;WS=57197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	57255363	rs7206038	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=38;PP=974;SC=ATGGGAGCAGTGGCAGTTTGC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=57255371;WS=57255353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	57261146	rs11643790	A	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=855;SC=CATCATCCAGAAAGCTTAGAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=57261154;WS=57261136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	57318135	rs11644185	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=350;ReadPosRankSum=2.862;SC=AGGGATGCAGGGCGATCTTGG;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=17;WE=57318143;WS=57318125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	57392733	rs4359426	A	C	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.309;SC=CAGAGCATGGATCGCCTACAG;SOR=0.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=165;WE=57392741;WS=57392723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr16	57481305	rs178602	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=14;PP=841;SC=CTCCACGCCTTGCGCCTCTCG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=57481313;WS=57481295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	57486613	rs686402	C	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=93;SC=AATGTCTTCCCAGCATGTGCT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=57486621;WS=57486603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	57494178	rs223868	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=587;SC=TCCAAAAACCTCACTTCTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=57494186;WS=57494168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	57495026	rs223870	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=285;SC=TGAGATGCTGTTCCTGGGAGC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=57495034;WS=57495016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	57496494	rs178601	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=343;SC=GACGCTCGGCAGTTCTGGCCT;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=57496502;WS=57496484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	57499841	rs223839	A	G	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=28;PP=1263;SC=GCTAAACTCCATGTCTGCTTC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=57499849;WS=57499831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	57499902	rs4937	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=32;PP=1591;SC=ATTCCTCAGTTCTTCATGATG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=57499910;WS=57499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	57503213	rs601194	C	T	7367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.042;NF=142;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCGGTCAGTGCGGGAGAGCAT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=143;TCR=123;TR=264;WE=57503221;WS=57503203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,282:0.99:284
chr16	57503773	rs223874	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=74;PP=2172;SC=GCTTTAGACCGTTTTTCCAGA;SOR=3.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=9;TCR=74;TR=83;WE=57503781;WS=57503763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	57507777	rs11458669	T	TC	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=8;PP=620;SC=CGTTCCCCCCTCCCCCCGTAC;SOR=0.941;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=18;WE=57507785;WS=57507767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	57508960	rs477025	T	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.79;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	57509164	rs223877	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=27;PP=840;SC=ATGCAGCTCCAGAGCCCGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=57509172;WS=57509154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	57509956	rs2074545	G	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=40;PP=999;SC=GCCTGCCACAGGGGGCGGTGC;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=57509964;WS=57509946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	57551966	rs28649020	A	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TGGCCACTCCACTCCTTGCCC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=15;WE=57551974;WS=57551956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr16	57552088	rs28756858	T	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=58;PP=1290;ReadPosRankSum=0.645;SC=CTCCGACCTGTGCCCGCAGCT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=406;TCF=229;TCR=177;TR=130;WE=57552096;WS=57552078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,136:0.32:428
chr16	57555076	rs28446687	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=254;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCCTGCTCAACGCCAGTTTAT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=22;WE=57555084;WS=57555066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr16	57562423	rs8045906	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr16	57562804	rs12935069	G	A	8995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=161;PP=2965;SC=TCCGACCACCGGCGCATGGTC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=155;TCR=161;TR=316;WE=57562812;WS=57562794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr16	57624833	rs72791654	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TGCTGGAGCCGAGATCACACC;SOR=0.038;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=9;WE=57624841;WS=57624823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr16	57625470	rs11646739	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=451;SC=TGATCATTCCCATAGCAACCA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=57625478;WS=57625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	57689385	rs1801257	C	G	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=49;PP=2567;SC=AAGGCCGGAGCGGGGAGGCTG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=131;WE=57689393;WS=57689375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	57689883	rs1376041	T	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=51;PP=1875;SC=TGGTGCTCACTTTCCAGCACC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=84;WE=57689891;WS=57689873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	57690606	rs11866912	C	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=61;PP=1767;SC=TTCATATATTCAGTCATTTAT;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=74;WE=57690614;WS=57690596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	57691265	rs2305309	C	A	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=45;PP=1838;SC=GGCCAGCTCTCTCCTGTCTCC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=57691273;WS=57691255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	57695604	rs2290177	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=239;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TGCCTTTGCCCGCAGGTGCTG;SOR=0.341;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=21;WE=57695612;WS=57695594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr16	57697532	rs10852554	T	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=76;PP=2269;SC=AAGCAGAGATTCGGCCTCGTC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=117;WE=57697540;WS=57697522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	57697568	rs10852555	C	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=34;PP=1063;SC=CCCCCGAGCCCGGCCCAGCCC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=57697576;WS=57697558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	57702473	rs7205731	T	C	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=71;SC=CTCAGCACCTTCTCTAGCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=57702481;WS=57702463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr16	57713536	rs4784006	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.175;SC=ACAGTCGCACGCTTCACACGC;SOR=0.971;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=14;WE=57713544;WS=57713526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr16	57722328	rs12444859	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr16	57760669	.	T	G	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.913;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=17;PP=1768;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GTGGCAGGGGTAGATTTGAAC;SOR=1.275;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=90;TCR=27;TR=85;WE=57760677;WS=57760659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,91:0.73:125
chr16	57760699	rs146031795	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=715;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CCTATGCCCCGATCATGGCAG;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=137;TCR=63;TR=59;WE=57760707;WS=57760689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,62:0.29:211
chr16	57771126	rs1061546	G	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TATTTTGTGGGTGGGGCTTCA;SOR=1.091;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=21;WE=57771134;WS=57771116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr16	57771337	rs58845971	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ACCATTATGTAAATCATGACT;SOR=0.336;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=57771345;WS=57771327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr16	57775537	rs61620199	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.715;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=791;ReadPosRankSum=-1.421;SC=GCAGGGTCACCCCTCCTTCAC;SOR=1.129;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=190;TCF=125;TCR=65;TR=59;WE=57775545;WS=57775527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,63:0.32:199
chr16	57778488	rs2967152	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CTGCAGTTGTACTGCTTCCTC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=72;WE=57778496;WS=57778478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr16	57778550	rs2967153	C	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=42;PP=1253;SC=AGCACTAACCCGGCAGTGTGG;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=57778558;WS=57778540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	57786517	rs2965797	C	T	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=91;PP=2387;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CCGTCAGGTACGCAGGCTGTG;SOR=0.980;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=65;TCR=120;TR=138;WE=57786525;WS=57786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,142:0.74:191
chr16	57786711	rs2965798	C	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TCAACCCAGACGGCTGCTGCC;SOR=0.854;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=68;WE=57786719;WS=57786701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr16	57789633	.	G	A	318.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=296;ReadPosRankSum=1.142;SC=GTTAGGTGCAGTGCTGAATAC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=57789641;WS=57789623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr16	57790920	rs6994	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CCCACTCCTGTTCCTTGTGCA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=57790928;WS=57790910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	57794888	rs2965799	A	T	4168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=86;PP=2660;ReadPosRankSum=0.979;SC=GGCACCCACCAGATCAGGCCT;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=131;TCR=136;TR=174;WE=57794896;WS=57794878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,184:0.65:285
chr16	57795394	rs2967172	G	A	5335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.101;SC=GCCCACTGCCGTCTGGGCACA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=175;TCR=195;TR=237;WE=57795402;WS=57795384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,245:0.63:387
chr16	57797913	rs11649013	C	T	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=44;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGGGCTAACACAGATAACTAC;SOR=0.414;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=226;TCF=163;TCR=63;TR=151;WE=57797921;WS=57797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,161:0.68:238
chr16	57797949	rs58535973	C	T	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=45;PP=1515;ReadPosRankSum=0.062;SC=GTTGTGAGGACCAAATGAGGC;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=396;TCF=253;TCR=143;TR=122;WE=57797957;WS=57797939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,128:0.31:411
chr16	57803911	rs3803590	A	G	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=64;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GGTGCGGGAGAGAGAGGGGCA;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=102;WE=57803919;WS=57803901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
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chr16	57805048	rs2967166	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=401;ReadPosRankSum=1.330;SC=CTTATGGGCTAGCCCTGCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=20;WE=57805056;WS=57805038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr16	57805078	rs2965790	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=551;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GGGCCTTGGGCTGAGGCACAG;SOR=1.687;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=34;WE=57805086;WS=57805068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr16	57805176	rs2967165	A	G	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1457;ReadPosRankSum=1.702;SC=GGCGCCGACTAAGCCGCTCCT;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=75;WE=57805184;WS=57805166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr16	57806030	rs2965789	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=0.158;SC=AGGGTGGGATATGCGGGCTCA;SOR=3.056;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=57806038;WS=57806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	57822440	rs74022043	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=458;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TCCCTCCTGCGCTGGCTTCAC;SOR=0.419;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=30;WE=57822448;WS=57822430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr16	57822734	rs74022044	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=1.012;SC=CAGGGCCCAGCGGGTCCAGTC;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=25;WE=57822742;WS=57822724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr16	57837462	rs8043981	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.398;SC=CGGGCAACTCCAGGTGGGTTC;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=57837470;WS=57837452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	57850141	rs1477404	C	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=757;ReadPosRankSum=0.256;SC=AACCGAGGCCCGGAAAGTGTC;SOR=0.474;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=61;WE=57850149;WS=57850131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr16	57918035	rs13338071	T	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=703;ReadPosRankSum=0.977;SC=ACACACCTGCTGGAACTGCGC;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=228;TCF=150;TCR=78;TR=70;WE=57918043;WS=57918025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,74:0.31:238
chr16	57921752	rs11076207	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=757;SC=GTTCCCAACCACATTACCTGT;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=57921760;WS=57921742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	57937856	rs413562	G	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=0.745;SC=AGGTCTGTCCGGCGGTGGCGG;SOR=0.711;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=45;WE=57937864;WS=57937846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr16	57937895	rs437920	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=0.722;SC=TCTGGGGGAAGGGTTATGGGA;SOR=1.276;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=37;WE=57937903;WS=57937885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr16	57946973	rs434961	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=794;ReadPosRankSum=0.193;SC=ACGGGCGCCGAGACTCAGGGC;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=40;WE=57946981;WS=57946963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr16	57949251	rs483053	G	A	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1425;ReadPosRankSum=1.167;SC=TGAAATCCCAGTGGGACACCA;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=99;WE=57949259;WS=57949241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,99:0.69:144
chr16	57950057	rs376270	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1522;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ACTTCAGGTAGTTATTTCGCA;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=97;WE=57950065;WS=57950047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,106:0.71:149
chr16	57950178	rs440565	G	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.856;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1380;ReadPosRankSum=-1.071;SC=ACCCCACCCTGAAACGAGCAT;SOR=1.039;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=83;WE=57950186;WS=57950168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,94:0.59:159
chr16	57951421	rs691490	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CATCAGCCAGGCAAGGCTCTT;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=57951429;WS=57951411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	57952870	rs489106	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=321;ReadPosRankSum=0.552;SC=TGAAAGGTATAAAAGATCATG;SOR=0.536;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=16;WE=57952878;WS=57952860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	57954268	rs166000	A	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1116;ReadPosRankSum=0.034;SC=ATCCAGGTAGACCCCCTCCAG;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=78;WE=57954276;WS=57954258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr16	57957138	rs247065	G	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CACCCTCCCCGCAGTCTTTCA;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=14;WE=57957146;WS=57957128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	57973989	rs2303779	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=516;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCAAGAGGGGGCCTCGCAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=123;TCR=45;TR=47;WE=57973997;WS=57973979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,49:0.27:180
chr16	57974240	rs2303778	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=695;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GACCCGGGGCGGGGTGGGGAG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=46;WE=57974248;WS=57974230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,49:0.35:140
chr16	57984483	rs152143	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=23;PP=644;SC=TGGGATGTGCGGGAGAGTGGG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=57984491;WS=57984473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	57991123	rs34759686	GC	G	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=903;SC=GACCCTAACTGCCCCCCTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=57991131;WS=57991113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	57991317	rs503686	C	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=51;PP=1554;SC=AATCCTGCCACGGCCTCTTCA;SOR=1.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=79;WE=57991325;WS=57991307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	57992119	rs399634	T	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=2;PP=584;SC=CCTCCCCCGCTGACTGTGAAC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=57992127;WS=57992117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	57996932	rs17821448	G	A	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	57996960	rs13336595	C	T	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=52;PP=1835;SC=CAGTACCCTGCGGCTGGGACT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=57996968;WS=57996950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr16	58019070	rs2304485	G	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	58019253	rs2304486	G	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=44;PP=2106;SC=GGGGTTGAGGGGGGAGGAGAC;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=58019261;WS=58019243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	58019396	rs9934227	G	A	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.657;SC=TACTGCCTCAGCCAGAACCCC;SOR=0.315;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=244;TCF=116;TCR=128;TR=240;WE=58019404;WS=58019386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr16	58021395	rs2241771	A	C	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=105;PP=2715;SC=CTGGCCAGACAGAGGACTTAT;SOR=2.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=35;TCR=105;TR=140;WE=58021403;WS=58021385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	58030401	rs3743555	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=751;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GTCAGGCTGGTAGGGGCCACA;SOR=0.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=40;WE=58030409;WS=58030391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr16	58030634	rs3743556	C	T	4308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACTTGTAGGGCTTCTCGCCTG;SOR=0.632;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=191;WE=58030642;WS=58030624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,192:0.67:286
chr16	58035429	rs3743559	C	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=388;ReadPosRankSum=0.222;SC=GCAGCGGCTCCGAGGATGAGT;SOR=0.808;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=34;WE=58035437;WS=58035419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr16	58035652	rs12599089	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	58036347	rs3743560	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.730;SC=ATGCTAACAGGATAAATGTAC;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=183;TCF=125;TCR=58;TR=111;WE=58036359;WS=58036337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,114:0.62:185
chr16	58036349	rs187145857	T	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,72:0.38:191
chr16	58036349	.	TAA	AAT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=47;NR=18;PP=2944;QD=20;SC=GCTAACAGGATAAATGTACTC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=185;TCF=125;TCR=60;TR=65;WE=58036359;WS=58036337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
chr16	58036351	rs3743561	A	T	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,73:0.37:195
chr16	58051178	rs4784022	C	T	401.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.8457;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=0.968;SC=TGCTCGGCTGCGCAGATGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=15;WE=58051186;WS=58051168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr16	58053161	rs3743562	C	T	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=120;SC=TTATTAACAACACAGATCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=58053169;WS=58053151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	58054099	rs16959641	C	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,37:0.25:147
chr16	58147899	rs71850787	AG	A	1601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.072;NF=15;NR=24;PP=1094;ReadPosRankSum=-1.203;SC=AGTCACATCCAGGGGTCTATC;SOR=0.932;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=39;WE=58147907;WS=58147889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,66:0.32:206
chr16	58150130	rs113401330	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=269;ReadPosRankSum=0.163;SC=CAATAACACACGGTCCAAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=22;WE=58150138;WS=58150120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr16	58150723	rs111955536	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr16	58198139	rs2279803	G	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-1.626;SC=AACGGAAAGAGAGACAGACTG;SOR=1.302;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=17;WE=58198147;WS=58198129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr16	58200617	rs58415199	A	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,74:0.27:277
chr16	58208536	rs3736397	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=1.202;SC=ATGACTTTTTTACTACCTGAT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=20;WE=58208544;WS=58208526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr16	58218057	rs74348602	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TTATTTCCTCCTCTCACCAAT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=17;WE=58218065;WS=58218047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr16	58231487	rs149021498	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=550;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GGGGGTGGCCGGGCGGGGGCA;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=39;WE=58231495;WS=58231477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr16	58231677	rs186663369	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=1.413;SC=GGGCGCAGAGGGTGGCGGCGG;SOR=0.515;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=16;WE=58231685;WS=58231667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr16	58296542	rs9923694	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.42;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr16	58296545	rs3815802	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.65;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr16	58313566	rs6499945	T	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	58318604	rs3815803	T	C	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CTCAGGACACTCATCGTCATG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=136;WE=58318612;WS=58318594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,144:0.66:219
chr16	58318721	rs11313996	AT	A	271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=13;PP=148;SC=GAGAGTGAGAATTTTTTTTTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=13;WE=58318730;WS=58318711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr16	58327646	rs2288012	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TGGTGGAAGAATAGAGAAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=77;WE=58327654;WS=58327636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,77:0.73:106
chr16	58533932	rs982697	A	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=422;SC=AGCAGCCAATATGGGAGCTGG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=58533940;WS=58533922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	58537897	rs2427787	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGCCCTGTCAGCCCCACTCAC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=58537905;WS=58537887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	58538662	rs9928398	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=528;SC=TCCCTGCTCTCGCTTCTCCTC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=58538670;WS=58538652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	58540062	rs2550426	C	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	58544640	rs12597973	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr16	58545426	rs42945	A	G	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=48;PP=2279;SC=GCACCCACTCAGAGAGCAGCG;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=135;WE=58545434;WS=58545416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	58549932	rs4784046	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=32;PP=1020;SC=CGGAGAGCTGTTGTTCGTGGT;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=58;WE=58549940;WS=58549922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	58550052	.	G	GCGGGGCGGTT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.83;QD=51.59;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	58550300	rs77328516	A	AAC	9734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=85;PP=2967;SC=CTGCTGCAAGAAGTTTCCCCG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=41;TCR=90;TR=123;WE=58550308;WS=58550290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	58550386	rs147467868	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.362;NF=48;NR=40;PP=1428;ReadPosRankSum=0.779;SC=CTGCAGGCCAGAGGAGGAGCG;SOR=0.605;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=88;WE=58550394;WS=58550376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,102:0.42:242
chr16	58550484	rs3743567	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1274;ReadPosRankSum=2.345;SC=CCATCGTGCTGCCCTTCATGG;SOR=0.800;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=89;WE=58550492;WS=58550474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,96:0.39:246
chr16	58552921	rs3607	G	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=60;PP=1861;SC=AGTTGTTGGAGCTGACAAGTT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=58552929;WS=58552911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	58561954	rs37057	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=0;PP=335;SC=GAAGGGGAGGTTGCAGTAAGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=58561962;WS=58561944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	58566304	rs37060	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=56;PP=1693;SC=AAGGACCTACGTAAAACACAA;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=83;WE=58566312;WS=58566294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	58571185	rs2244453	C	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	58571189	rs2243463	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	58573901	rs246194	G	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=227;SC=AGAGACAAAAGAATGTTAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=58573909;WS=58573891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	58573946	rs246195	C	T	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=54;SC=TAGAGGTCTACTAGTATGTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=58573954;WS=58573936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	58575342	rs118112947	T	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=314;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AAAACATATATTAAATGTCAA;SOR=2.160;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=17;WE=58575350;WS=58575332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr16	58576498	.	T	G	369	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=15;MQ=58.44;NF=0;NR=27;PP=369;QD=14.9544893536;SC=GGTGGGGGGGTGGGGGGAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=27;WE=58576506;WS=58576488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,27:0.59:46
chr16	58577315	rs5817153	GA	G	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.559;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr16	58577421	rs41260	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1427;SC=TAAGTGGTAACGCCCAGTGCC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=65;WE=58577429;WS=58577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	58579158	rs42947	A	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=647;SC=CAAACTCTACAACCTAGGAAT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=58579166;WS=58579148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	58579274	rs246258	C	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=35;PP=1556;SC=CTGTTGGATTCAGAGTAATGT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=58579282;WS=58579264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	58580519	rs246197	A	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=873;ReadPosRankSum=0.867;SC=CTTCACTGTAAGTTTTAATAA;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=59;WE=58580538;WS=58580509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr16	58580530	rs173475	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=31;PP=1656;SC=GTTTTAATAATGTGAAGGCAA;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=58580538;WS=58580509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	58743454	rs30842	A	C	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1562;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GTCAGCCATGACTTTCACTTC;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=86;WE=58743462;WS=58743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr16	58750604	rs1058192	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.238;NF=22;NR=4;PP=534;ReadPosRankSum=-0.984;SC=ATTGGCAGAGGCAAACATTAA;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=26;WE=58750612;WS=58750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr16	58757668	rs14221	A	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CGCTAGGCAGAACGTAAGGCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=76;WE=58757676;WS=58757658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,81:0.65:125
chr16	58757683	rs257636	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=982;ReadPosRankSum=-1.098;SC=AAGGCTTTCCATTATCATCCC;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=70;WE=58757691;WS=58757673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr16	58767916	rs3217426	AGT	A	1275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=870;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GTGGCAGAAAAGTGTGTGTGT;SOR=1.034;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=22;WE=58767937;WS=58767906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr16	60393404	rs2407146	T	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=33;PP=1020;SC=ATCCCACCTGTCTGGAAAAGA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=60393412;WS=60393394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	61859191	.	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=1.354;SC=CAAGTCCCTAGTCAGATAATT;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=61859199;WS=61859181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	65015908	rs35214	C	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=31;PP=1503;SC=CCTCTTGACTCTAAAATTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=65015916;WS=65015898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	65016087	rs35213	A	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=57;PP=2055;SC=TCTTCTACTGAGATCTTGACG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=113;WE=65016095;WS=65016077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	65016285	rs35212	C	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=976;SC=TTTATAGGGACGAGTGAATAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=65016293;WS=65016275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	65022114	rs28216	C	T	11357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=212;PP=2965;SC=TGATTTCAAACGATTCCATAC;SOR=0.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=175;TCR=212;TR=386;WE=65022122;WS=65022104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr16	65025658	rs35196	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=9;PP=944;SC=GAAAGCCAAGTCCACCTACTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=65025666;WS=65025648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	65025718	rs35195	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=45;PP=2032;SC=CAGTGTGATCGTCACTTTGGT;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=65025726;WS=65025708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	65025849	rs35194	A	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=53;PP=1869;SC=CTGGACAGGTAAGCAGGCAAC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=65025857;WS=65025839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	65038674	rs35182	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=928;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CATGGAAGGAGGGCCGCAGGT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=66;WE=65038682;WS=65038664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr16	65839644	.	CTCT	C	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-0.586;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr16	66420885	rs1130844	C	T	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=79;PP=1917;ReadPosRankSum=0.339;SC=AGGACACTGGCGAAAACCTGG;SOR=0.917;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=286;TCF=123;TCR=163;TR=133;WE=66420893;WS=66420875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,143:0.47:306
chr16	66424235	rs2304527	T	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr16	66432303	rs113303884	GACCACCCC	G	1862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=2086;ReadPosRankSum=0.683;SC=CTAAACCTCAGACCACCCCAC;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=26;WE=66432318;WS=66432293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr16	66432381	rs16956504	T	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1422;ReadPosRankSum=1.167;SC=ATCTCCGCAATAGACAAGGAC;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=99;WE=66432389;WS=66432371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,101:0.45:226
chr16	66432423	rs1049970	TC	CT	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TTCAAATTCATCTTGAATACT;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=94;WE=66432432;WS=66432413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,107:0.48:223
chr16	66434571	rs6499082	G	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=556;ReadPosRankSum=-1.226;SC=AGCAGCCCAGGGAGCACGCAG;SOR=0.075;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=29;WE=66434579;WS=66434561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr16	66436460	rs113672170	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.066;SC=GAGGGCGTGGGGGTGGGGTTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=66436468;WS=66436450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	66437131	rs1063438	A	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=466;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGCCAGTCAGACGCCAGGCAC;SOR=0.483;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=30;WE=66437139;WS=66437121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr16	66646591	rs3743719	C	T	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=142;PP=2965;SC=TCCACCCCTGCGCCTCACAGG;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=78;TCR=142;TR=220;WE=66646599;WS=66646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr16	66757728	rs77481802	GA	G	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=27;PP=344;SC=CTTTTGTCCTGAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=28;WE=66757749;WS=66757717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	66759682	rs2305311	C	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=20;PP=1588;SC=TCCATCCTTGCAGCACTACTC;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=66759690;WS=66759672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	66759976	rs2305310	C	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=194;SC=AACATTCATTCGCTACGATGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=66759984;WS=66759966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	66762847	rs12599882	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=7;PP=1211;SC=GCAAGCTCTTTGTGACTTCCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=66762855;WS=66762837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	66776657	rs4407052	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGAAGATCTTGAAGGTGACAG;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=59;WE=66776665;WS=66776647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr16	66789125	rs11075643	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=250;SC=TGAGATGCAAATAAGTGCTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=66789133;WS=66789115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	66792714	rs363156	T	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=40;PP=1497;SC=ACTGAGTCGTTGTCTTCTACG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=66792722;WS=66792704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	66793226	rs363157	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=70;PP=1796;SC=TATGTGTAGATGTCACAAAAT;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=66793234;WS=66793216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	66812653	rs363161	T	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=1;PP=1194;SC=TCCTTCCACCTGTGAGAAACT;SOR=6.316;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=44;WE=66812661;WS=66812643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	66812797	rs363162	C	T	14376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=278;NR=231;PP=2965;SC=CCACAGTCTTCGTCACAACCA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=510;TCF=278;TCR=232;TR=509;WE=66812805;WS=66812787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr16	66842794	rs363169	A	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=534;SC=CGTTATCTTTAATATCATCAC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=66842802;WS=66842784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	66851224	rs9889170	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=23;PP=1098;SC=ACCATACAACTCCATAAGGAA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=66851232;WS=66851214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	66861966	rs152164	G	A	9107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=159;NR=167;PP=2965;SC=GCTGTCAAATGTATGGAGGAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=159;TCR=167;TR=326;WE=66861974;WS=66861956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr16	66885652	rs151460	A	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=118;PP=2965;SC=CCCCTGACCCAAGCAGCCCGA;SOR=1.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=59;TCR=119;TR=177;WE=66885660;WS=66885642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	66886496	rs375038584	AAAAG	A	406.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=1.739;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr16	66886505	rs369232559	GAAAAGAA	G	406.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=1.740;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr16	66886559	rs152168	G	A	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=41;PP=2965;SC=GAAGTTGCTGGTTTGGTCCCA;SOR=1.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=112;TCR=41;TR=153;WE=66886567;WS=66886549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	66946894	rs150509525	CGT	C	1585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.501;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,82:0.36:226
chr16	67197776	rs5817616	C	CG	2521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.300;NF=9;NR=65;PP=1523;ReadPosRankSum=-1.664;SC=TGAGAGGGAACGGGGGGGGTG;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=11;TCR=87;TR=74;WE=67197784;WS=67197766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,96:0.94:102
chr16	67213659	rs77670236	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=909;ReadPosRankSum=0.555;SC=GACCTGGGACCGCCCACAAGA;SOR=1.093;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=167;TCF=113;TCR=54;TR=57;WE=67213667;WS=67213649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,54:0.33:163
chr16	67221050	rs9924876	A	G	9884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=173;PP=2965;SC=GCCTGGAGATAGGTGGCCTGG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=162;TCR=173;TR=334;WE=67221058;WS=67221040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr16	67221444	rs34746889	G	C	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=87;PP=2036;ReadPosRankSum=0.514;SC=CGCCAGTCCCGGGGGACCTGG;SOR=0.780;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=545;TCF=278;TCR=267;TR=190;WE=67221466;WS=67221434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,196:0.35:561
chr16	67223175	rs56377861	A	G	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=555;ReadPosRankSum=0.348;SC=TTATTTATTTATTTGTTTGTT;SOR=1.781;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=32;WE=67223183;WS=67223165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr16	67229793	.	ACAG	A	1591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=4.031;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,58:0.24:243
chr16	67233266	rs12923138	A	C	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=1610;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GATTGCCATCAAGATGCGTGA;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=415;TCF=181;TCR=234;TR=126;WE=67233274;WS=67233256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,134:0.31:429
chr16	67264530	rs111846078	C	T	5099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.800;SC=GGTGCACTATCCTTAGCATGG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=161;TCR=149;TR=216;WE=67264538;WS=67264520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,224:0.71:316
chr16	67315128	rs78476762	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.424;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr16	67316600	rs7200919	G	A	4159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=125;PP=2768;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGAGCCCCCAGTCCATAGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=636;TCF=289;TCR=347;TR=225;WE=67316608;WS=67316590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,230:0.35:654
chr16	67324957	rs27860	T	C	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=88;PP=2285;SC=AGATGCAGAGTGGGGACTTCT;SOR=2.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=121;WE=67324965;WS=67324947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	67470327	rs45574737	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	67472302	rs72650132	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTAGGACAGCGTACTACACC;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=7;WE=67472310;WS=67472292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	67491571	rs749242	T	C	9370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AAGCCAGGAATGTGTGCACGT;SOR=0.464;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=558;TCF=226;TCR=332;TR=413;WE=67491579;WS=67491561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,426:0.75:571
chr16	67517055	rs11575892	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=722;ReadPosRankSum=1.702;SC=CATGCACAAAGCACCCACCTC;SOR=0.422;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=130;TCF=38;TCR=92;TR=49;WE=67517063;WS=67517045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
chr16	67572233	rs113729483	G	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=6.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=22;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGTGCCTAGCGACAGGAAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=329;TCF=251;TCR=78;TR=103;WE=67572241;WS=67572223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,110:0.32:340
chr16	67578168	rs77463232	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,31:0.26:119
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chr16	67683449	rs118040419	A	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1400;ReadPosRankSum=1.359;SC=CGCGCTGGATATCAGCGGCAA;SOR=0.537;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=253;TCF=107;TCR=146;TR=104;WE=67683457;WS=67683439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,110:0.41:268
chr16	67691668	rs6979	A	G	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=74;PP=2523;ReadPosRankSum=0.551;SC=CACTCACCTGACAGCTTGGAC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=382;TCF=206;TCR=176;TR=163;WE=67691676;WS=67691658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,165:0.43:385
chr16	67863451	rs3743733	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=403;ReadPosRankSum=0.754;SC=TCACAGGGATTCCAGGCCTGA;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=33;WE=67863459;WS=67863441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr16	67979541	rs76074266	C	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-0.810;SC=ACCTTGCCTCCGGGAAATGAG;SOR=0.283;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=16;WE=67979549;WS=67979531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr16	68025801	rs255051	G	C	9335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=163;PP=2965;SC=GTAGAAGGTAGGTAAGATGGA;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=183;TCR=163;TR=345;WE=68025809;WS=68025791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr16	68057096	rs237831	T	C	10159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=219;PP=2965;SC=ACCGGCCGCGTTAGAGCCATG;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=136;TCR=220;TR=355;WE=68057104;WS=68057086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr16	68100461	rs2285912	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=950;ReadPosRankSum=-2.125;SC=TGTGGTCCTCCTCCTCAGCTA;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=68;WE=68100469;WS=68100451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,71:0.43:167
chr16	68172540	.	A	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1962;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ATTACTATCAATCATCACCAC;SOR=0.479;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=201;TCF=117;TCR=84;TR=124;WE=68172548;WS=68172530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,130:0.62:210
chr16	68325665	.	G	GGTGTGT	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=31.71;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr16	68344696	rs3803650	C	T	16475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=285;NR=309;PP=2965;SC=TCTCTCCAAACCCTCCGACGT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=596;TCF=285;TCR=311;TR=594;WE=68344704;WS=68344686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr16	68344945	rs3743741	G	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=101;PP=2965;SC=CCCGCCCCGCGTGCTGGCCGC;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=52;TCR=101;TR=153;WE=68344953;WS=68344935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	68345036	rs3743742	G	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=487;SC=AGGTGGGGTCGCTTTGGGGTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=68345044;WS=68345026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	68356187	rs7203220	A	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=321;SC=ACTGCAGCCTAGACTTCTTGG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=68356195;WS=68356177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	68356419	rs4783618	A	G	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=159;SC=CTTGTTTACCATGTGTATATC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=68356427;WS=68356409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	68363181	rs1111571	G	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=48;PP=1358;SC=TAGCATAGAAGTGGGACCTCT;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=68363189;WS=68363171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	68382447	rs2863975	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=757;SC=GTCCTCCACATGCAACCTTAC;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=68382455;WS=68382437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	68387373	rs1562479	C	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CGGGTGTGGACGGGGCTGCTC;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=131;TCR=80;TR=126;WE=68387381;WS=68387363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,130:0.59:219
chr16	68387496	rs1868159	A	C	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=64;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TCTGCATAGTACCCCCGACCT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=101;WE=68387504;WS=68387486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,102:0.60:169
chr16	68389772	rs1131933	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CCGAGGGCACCGTGGAGCTCA;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=81;WE=68389780;WS=68389762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr16	68391189	rs7192234	C	G	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=82;PP=2043;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGCTTTCTAGCGGGGAAGGCT;SOR=0.493;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=180;TCF=41;TCR=139;TR=110;WE=68391197;WS=68391179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,115:0.62:185
chr16	68395094	rs2279539	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1002;ReadPosRankSum=-2.057;SC=CAGAGGCCCCGCTGCTCCGGA;SOR=0.953;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=69;WE=68395102;WS=68395084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,74:0.72:103
chr16	68397530	rs3826167	T	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=444;ReadPosRankSum=1.290;SC=GGGGGTGGCCTCTGTGGGTGG;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=30;WE=68397538;WS=68397520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr16	68397909	rs1465470	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.79;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr16	68397916	rs1465469	T	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr16	68398924	rs1868158	C	T	5833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CCCTACCTTGCGGGGCATGCA;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=487;TCF=219;TCR=268;TR=265;WE=68398932;WS=68398914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,271:0.55:492
chr16	68573945	rs1182968	C	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=56;PP=1612;SC=GTGGTGCGATCTTGTGGGAGG;SOR=6.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=57;WE=68573953;WS=68573935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	68591156	rs1728784	T	A	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=37;PP=2270;SC=GGCTCAAGCGTTCTGCCGGCC;SOR=1.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=120;WE=68591164;WS=68591146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	68591230	rs1728785	A	C	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=106;PP=2965;SC=GCATTTTATTATTAATACGGC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=113;TCR=106;TR=219;WE=68591238;WS=68591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	68591386	rs11859322	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=508;SC=TGTAGAACAATATGTATGGTA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=68591394;WS=68591376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	68710165	rs3118229	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=1001;SC=AAGCCAAGTCTCCCTTCTGCA;SOR=3.912;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=39;WE=68710173;WS=68710155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	68712217	rs2296410	T	C	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=61;PP=2115;SC=CATTGGTGGCTCCAGGGACCC;SOR=1.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=86;WE=68712225;WS=68712207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	68712594	rs76528263	C	G	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=50;PP=1774;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TAAATGTCCCCTCAGAAGTGG;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=114;WE=68712602;WS=68712584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr16	68712730	rs8049247	C	A	7603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TCTCCATCATCGTGACCGACC;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=590;TCF=308;TCR=282;TR=339;WE=68712738;WS=68712720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,350:0.58:606
chr16	68713730	rs2296409	G	A	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=1.158;SC=TGACAGCCACGGATGAGGATG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=233;TCR=130;TR=218;WE=68713738;WS=68713720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,227:0.61:375
chr16	68713823	rs2296408	C	A	6307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TCATGTTCACCATTCACCGGA;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=214;TCR=263;TR=276;WE=68713831;WS=68713813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,286:0.58:492
chr16	68716179	rs1886697	T	C	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=35;PP=1839;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TCTGCTCTGATAGTGCTGTGC;SOR=1.008;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=102;WE=68716187;WS=68716169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
chr16	68718750	rs2281850	A	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=78;PP=2101;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TGGGCTCAGTAAGCAGCACGT;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=180;TCF=53;TCR=127;TR=113;WE=68718758;WS=68718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,116:0.62:186
chr16	68721340	rs2296406	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=854;ReadPosRankSum=-0.438;SC=AGAGCTGGGCGGTAAACAGGA;SOR=0.203;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=45;WE=68721348;WS=68721330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr16	68721470	rs2296405	T	C	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TTGATGTCAATGACCATGGCC;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=437;TCF=229;TCR=208;TR=261;WE=68721478;WS=68721460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,268:0.60:445
chr16	68725783	rs2274239	G	A	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=954;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GACCCTGGAAGGGAGGTTTCA;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=54;WE=68725791;WS=68725773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr16	68729112	rs8060790	A	G	3558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=41;PP=2449;ReadPosRankSum=1.790;SC=GTCTTGGCCCACTGTGTGGTT;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=236;TCF=175;TCR=61;TR=152;WE=68729120;WS=68729102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,159:0.65:244
chr16	68729785	rs17715450	C	A	9201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.395;SC=GTACCGTCCTCGGCCAGCCAA;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=668;TCF=352;TCR=316;TR=413;WE=68729793;WS=68729775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,424:0.62:686
chr16	68732049	rs3114409	A	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1328;ReadPosRankSum=-2.340;SC=AGCTGGCAAGAGGCAGGACCC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=185;TCR=109;TR=99;WE=68732057;WS=68732039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,105:0.34:309
chr16	68771372	rs3743674	C	T	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=45;PP=1797;SC=TGCAGGTACCCCGGATCCCCT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=103;WE=68771380;WS=68771362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	68771418	rs147838237	C	CGCCCCAGCCCCGT	4794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=2967;SC=GCAAGCTCCGCGCCCCAGCCC;SOR=0.979;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=30;WE=68771426;WS=68771408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	68771547	rs3743675	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	68846252	rs35160345	T	G	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=101;PP=2478;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATGGGCGAAGTCTTTGAAAAC;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=72;TCR=157;TR=149;WE=68846260;WS=68846242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,156:0.66:235
chr16	68857441	rs1801552	T	C	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=1725;ReadPosRankSum=-1.278;SC=AAGGGGCCGCTGGCGTCTGTA;SOR=0.767;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=211;TCF=106;TCR=105;TR=132;WE=68857449;WS=68857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,132:0.60:219
chr16	69166366	.	G	GC	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.958;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=680;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGCCTCCCGTGCCCCCCGCCC;SOR=1.763;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=24;WE=69166374;WS=69166356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr16	69194486	rs77742534	A	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr16	69196825	rs11640113	A	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=667;ReadPosRankSum=0.259;SC=AAAAGAAATGAAAGTTCATTG;SOR=1.775;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=32;WE=69196833;WS=69196815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
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chr16	69350035	rs3817030	A	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1217;ReadPosRankSum=-1.592;SC=GAGTCACACGAGGGGTCCTCA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=94;WE=69350043;WS=69350025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,106:0.61:173
chr16	69350069	rs12708896	C	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.612;SC=CAGAGGGGAGCGGAGGAGAGG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=73;WE=69350077;WS=69350059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,81:0.62:131
chr16	69354963	rs1127231	A	G	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=57;PP=2272;ReadPosRankSum=2.311;SC=GGTTTGAAAAACGAATTTATA;SOR=0.870;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=257;TCF=150;TCR=107;TR=144;WE=69354971;WS=69354953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,157:0.56:278
chr16	69356695	rs11075714	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=615;ReadPosRankSum=0.441;SC=TCTCCAGGCCAGGCATGGTAG;SOR=0.239;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=34;WE=69356703;WS=69356685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr16	69363734	rs2242414	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=439;ReadPosRankSum=1.273;SC=AGCGGGCTCTACCCCACAGGA;SOR=0.364;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=24;WE=69363742;WS=69363724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr16	69364443	rs8057004	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=252;ReadPosRankSum=1.162;SC=CACAGTGGCCAAAGACTCAGC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=18;WE=69364451;WS=69364433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	69365123	rs9928658	G	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=530;ReadPosRankSum=0.412;SC=GGCCGGGGAGGGGGGGGCGGA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=24;WE=69365131;WS=69365113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr16	69372927	rs3759979	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=386;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ACAGTACCTATCTCGAAGGCT;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=19;WE=69372935;WS=69372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	69373414	rs11542583	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GAGCCGCTGCTGTGGCCGTGG;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=108;WE=69373422;WS=69373404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,118:0.57:207
chr16	69375658	rs8053850	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=786;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CAACACTCTGGCCTCTTCAGG;SOR=1.197;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=46;WE=69375666;WS=69375648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr16	69377553	rs153060	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-1.414;SC=CCTATGAGAGAGACAATTTTA;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=25;WE=69377561;WS=69377543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr16	69395434	rs251796	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=616;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AAACAAATTCACCCTGGATTG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=41;WE=69395442;WS=69395424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr16	69404241	rs12325060	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-1.895;SC=GCCTGCTTTTGCATTTTTAAG;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=69404249;WS=69404231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	69481876	rs35119053	AT	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.94;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	69599803	rs8048032	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=195;SC=GGGGGCCGCCACGGCTCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=69599811;WS=69599782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	69600312	.	GGGGAGACA	G	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.433;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr16	69600335	rs142292515	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.396;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr16	69602245	.	ATATATG	A	814	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=61.31;NF=8;NR=1;PP=814;QD=91.8888888889;SC=GTGTATATATATATATGTGTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=69602258;WS=69602237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,9:1.00:9
chr16	69602249	.	A	ATATGTGTG	405	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=102;MMLQ=28;MQ=61.31;NF=8;NR=1;PP=405;QD=45.3333333333;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=69602258;WS=69602237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,9:1.00:9
chr16	69602277	.	GTGTATATA	G	150.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	69681623	rs140123065	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.825;SC=CATTGAAATACATGAAAATTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=69681631;WS=69681613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	69704090	rs144073736	T	TA	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.44;MQRankSum=-1.506;NF=5;NR=22;PP=274;ReadPosRankSum=-0.039;SC=AGCTACAGAGTAAAAAAAATA;SOR=0.922;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=27;WE=69704098;WS=69704080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr16	69704122	rs72523664	C	CTG	1993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=1227;SC=TAATAAATCACTTTTTATTTC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=69704130;WS=69704112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	69704204	rs3217435	CT	C	723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=427;SC=AAAATTTAAGCTTTTTTTATA;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=69704212;WS=69704194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	69748923	rs200863930	ACACT	A	4906.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.630;SC=TCTCCTATGAACACTCGCTCA;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=33;TCR=131;TR=74;WE=69748936;WS=69748913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,129:0.48:268
chr16	69748928	rs11555215	C	G	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.824;SC=TATGAACACTCGCTCAAACCA;SOR=0.731;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=261;TCF=124;TCR=137;TR=115;WE=69748936;WS=69748913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,129:0.48:266
chr16	69752373	rs689453	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=422;ReadPosRankSum=1.183;SC=CTGCAGCAGCCTCCTTCATGG;SOR=0.772;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=37;WE=69752381;WS=69752363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr16	69752464	rs689452	C	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=619;SC=AAAGCACACACGGAAAACCCA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=69752472;WS=69752454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	69760261	rs141050014	G	T	5059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TCAGGGCCAAGCCCCTACAAC;SOR=0.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=369;TCF=188;TCR=181;TR=225;WE=69760269;WS=69760251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,234:0.61:383
chr16	69760341	rs114238154	A	G	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=81;PP=2065;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTCACCGACCATGGCTCTGGT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=84;TCR=127;TR=133;WE=69760349;WS=69760331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,137:0.62:222
chr16	69782123	.	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=659;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGCCAGGGCACCAGCTACATA;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=44;WE=69782131;WS=69782113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr16	69783587	.	G	GT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr16	69788771	rs145036586	G	A	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=74;PP=2066;ReadPosRankSum=2.363;SC=GCATGCCGCAGGAAAGCCCCA;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=95;TCR=131;TR=125;WE=69788779;WS=69788761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,128:0.55:232
chr16	69820848	rs79025825	C	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=419;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TTAAACTCCTCTGTCTTCTTA;SOR=0.945;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=30;WE=69820856;WS=69820838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr16	69832970	rs8062334	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=545;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GTGTCTGCCTGTTTTGGTTCC;SOR=0.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=28;WE=69832978;WS=69832960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr16	69833300	rs8062596	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAGGGGCTGCAGTACCTCTGT;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=21;WE=69833308;WS=69833290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr16	69873912	rs116653642	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=711;ReadPosRankSum=1.148;SC=TGTGAAGATGTGGAGAAAGCA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=40;WE=69873920;WS=69873902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr16	69873992	rs2291959	T	G	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=70;PP=2965;SC=GGGTGCATTCTCTTTAGCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=189;WE=69874000;WS=69873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	69876164	rs9940315	A	G	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=46;PP=1320;SC=AGTAGTTAAGAAAGCTAATAG;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=69876172;WS=69876154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	69942608	rs5817677	AG	A	11070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=140;PP=2966;SC=CCTTTCTAACAGGGGCCTATG;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=54;TCR=147;TR=191;WE=69942628;WS=69942598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr16	69959223	rs2270838	G	A	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1398;ReadPosRankSum=2.673;SC=CCTGCAAAGCGCTCAAATGTG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=128;TCR=80;TR=105;WE=69959231;WS=69959213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,108:0.50:218
chr16	69963355	rs1566452	G	A	6946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=117;PP=2965;SC=TGGCAGAGAAGAGACAGGACA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=128;TCR=118;TR=245;WE=69963363;WS=69963345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr16	69965024	rs2270840	A	T	10087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=156;PP=2965;SC=GAGAAATCGCATGAACCCCTG;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=200;TCR=156;TR=356;WE=69965032;WS=69965014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr16	69965281	rs8052727	T	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=29;PP=2030;SC=TCTAGGAAGCTAGTTTTCATT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=69965289;WS=69965271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	69965346	.	T	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.104;NF=70;NR=25;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TGCCTGTTCATACAGACAGGA;SOR=1.069;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=95;WE=69965354;WS=69965336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
chr16	69965396	rs368331143	CT	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=6.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.104;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,32:0.21:154
chr16	69965592	rs2291961	A	G	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=39;PP=2931;SC=CCAGGGCGTGAGTCTTGGTGA;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=112;WE=69965600;WS=69965582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	69967093	rs2102066	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=43;PP=1322;SC=CCTCTGCGTCGACGGACTCCT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=69967101;WS=69967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	69967732	rs8047818	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=366;SC=AGGTTAGCCCGGGTGCTTGTC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=69967740;WS=69967722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	69967897	rs2270841	T	C	8579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=131;PP=2965;SC=TCCTGTCTCATGAGGTGCTCA;SOR=1.019;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=184;TCR=131;TR=313;WE=69967905;WS=69967887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr16	69970000	rs2270842	T	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=71;PP=2616;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CTGAGCTCTTTTCCAGCCTCT;SOR=1.937;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=98;WE=69970008;WS=69969990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr16	69970329	rs1983016	A	G	10898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=228;PP=2965;SC=TCCGGGTCACAGAGGAGAACA;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=155;TCR=228;TR=383;WE=69970337;WS=69970319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr16	69973127	rs2270843	A	G	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=148;PP=2965;SC=AGTGGGATGGAGAAGAGCTGT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=154;TCR=148;TR=302;WE=69973135;WS=69973117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr16	69973622	rs10712484	GC	G	5991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=9;PP=2951;SC=GGCCTGACTGGCAGCCCCTGA;SOR=5.311;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=135;TCR=10;TR=140;WE=69973630;WS=69973612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	69973655	rs4985461	C	G	9099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.18;NF=223;NR=62;PP=2965;SC=GTGGTGCAAGCCCTGTGGCCC;SOR=2.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=223;TCR=62;TR=285;WE=69973663;WS=69973645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr16	69988373	rs2549097	T	C	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=94;PP=2965;SC=GCGGGCTTGGTGTCCTTTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=211;WE=69988381;WS=69988363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr16	70010458	rs3206834	G	A	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=64;PP=2308;SC=GAGGGTGGAAGGGGAATAAGA;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=70010466;WS=70010448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	70016416	rs3748385	T	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.370;NF=21;NR=34;PP=855;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GAAGAAACTCTTTTCTTTGTG;SOR=0.388;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=55;WE=70016424;WS=70016406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr16	70016451	.	G	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.127;NF=4;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCTCAGCCCTGGGTGAGAGTG;SOR=1.586;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=25;WE=70016459;WS=70016441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr16	70068086	rs34921671	G	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GATTACAAAGGTATTGGCCCA;SOR=1.010;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=133;TCF=96;TCR=37;TR=46;WE=70068094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr16	70076912	rs58544385	GA	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQRankSum=-0.057;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	70099535	rs889378	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=291;SC=TCCTCAGGCGAGGCCTGTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=70099543;WS=70099525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	70161263	rs2549532	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=53.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=-12.596;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,53:0.14:375
chr16	70162581	rs71151174	TC	T	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.801;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,16:0.17:95
chr16	70163691	rs4985506	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=9.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-21.527;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.149;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:605,80:0.12:685
chr16	70163825	rs4985403	G	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.758;NF=16;NR=54;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TTTAAACTGAGTTGCTATTTT;SOR=0.077;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=184;TCF=29;TCR=155;TR=70;WE=70163833;WS=70163815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,34:0.22:155
chr16	70164248	rs7206450	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQRankSum=-3.200;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr16	70164334	rs10852462	A	G	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.058;NF=66;NR=13;PP=1347;ReadPosRankSum=-2.005;SC=AGGTGTTCAGATCTATGACCG;SOR=2.018;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=264;TCF=194;TCR=70;TR=79;WE=70164342;WS=70164324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,79:0.29:269
chr16	70165439	rs62050965	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.592;NF=1;NR=7;PP=51;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATTTCTAGAGCATGTTACAGG;SOR=0.017;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=8;WE=70165447;WS=70165429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr16	70165793	rs4985507	G	C	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.270;NF=111;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGGTTTGCTTGTGGGGACTAG;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=718;TCF=331;TCR=387;TR=250;WE=70165801;WS=70165783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:469,250:0.35:719
chr16	70165914	rs2113175	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.867;NF=2;NR=32;PP=486;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TGAATGCCTGTGTTCATTGAA;SOR=1.401;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=104;TCF=12;TCR=92;TR=34;WE=70165922;WS=70165904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr16	70166225	rs2549550	C	A	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.869;NF=57;NR=110;PP=2448;ReadPosRankSum=1.319;SC=GCATTATAACCGTAGTGCCTT;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=472;TCF=159;TCR=313;TR=167;WE=70166233;WS=70166215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,168:0.35:477
chr16	70177648	rs2303200	G	A	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.469;NF=9;NR=73;PP=1858;ReadPosRankSum=0.011;SC=GCGCTTCTCCGGGAACCATAA;SOR=0.030;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=123;TCF=9;TCR=114;TR=82;WE=70177656;WS=70177638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr16	70181537	rs145995386	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.79;QD=26.02;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	70182249	rs62050975	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.239;NF=19;NR=1;PP=421;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTTGCCTTGACGTCTGTCTCC;SOR=0.412;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=20;WE=70182257;WS=70182239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr16	70182325	rs55843501	T	C	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.64;QD=33.28;SOR=3.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	70182375	rs62050977	T	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=20.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQRankSum=-3.962;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=1.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,61:0.17:361
chr16	70182390	rs62050978	T	G	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=5.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=-1.962;QD=4.67;ReadPosRankSum=-2.796;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,81:0.20:415
chr16	70182489	rs145754705	ACTTCCCTTCC	A	2668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=4.663;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,75:0.40:189
chr16	70182522	.	C	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.712;NF=18;NR=56;PP=1314;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCCCTTCCCACAACCACTGTG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=44;TCR=131;TR=74;WE=70182530;WS=70182512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,69:0.38:181
chr16	70187164	rs2287979	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=1;PP=1147;ReadPosRankSum=1.118;SC=TCAAGGATGAGACATCCTGGG;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=90;TCR=2;TR=52;WE=70187172;WS=70187154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr16	70187270	rs2287980	T	G	5245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.466;SC=CTGCTGCTTATGAACTTTCTG;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=675;TCF=402;TCR=273;TR=258;WE=70187278;WS=70187260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,265:0.38:692
chr16	70190401	rs6499302	C	T	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=81;PP=2909;ReadPosRankSum=1.975;SC=TTGGTCGCGACGCCCTCCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=635;TCF=385;TCR=250;TR=210;WE=70190409;WS=70190391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,207:0.32:638
chr16	70191029	rs4985509	T	G	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=99;PP=2510;ReadPosRankSum=1.312;SC=TCACTCAGCTTCTCGTGGTGG;SOR=0.768;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=430;TCF=175;TCR=255;TR=160;WE=70191037;WS=70191019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,156:0.37:421
chr16	70191114	.	C	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.995;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTTTCAAATTCTGCATCTCAA;SOR=0.535;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=160;TCF=49;TCR=111;TR=81;WE=70191122;WS=70191104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr16	70191161	rs11647087	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=276;ReadPosRankSum=0.175;SC=TCTCAGGGCACGAGTCCCTCT;SOR=0.992;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=21;WE=70191169;WS=70191151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr16	70219659	rs371530724	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.31;QD=28.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	70219777	.	A	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=14.519;ClippingRankSum=0.000;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=49.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQRankSum=-10.867;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.250;SOR=7.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,43:0.10:429
chr16	70219914	rs200703987	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.693;NF=1;NR=20;PP=332;ReadPosRankSum=-2.122;SC=TTCTCTGATCTCTGACCCTGG;SOR=0.315;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=21;WE=70219922;WS=70219904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr16	70285901	rs4985407	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=19;PP=545;SC=TGGGCTGTCGAGAGAGCGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=70285909;WS=70285891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	70287177	rs4081753	A	G	15540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=285;NR=277;PP=2965;SC=TGACCTGGGGAACTTGACACA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=563;TCF=286;TCR=277;TR=562;WE=70287185;WS=70287167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr16	70303580	rs2070203	G	A	7659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=137;PP=2965;SC=TGGTCCGAGCGTGGTCAGCCA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=281;WE=70303588;WS=70303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr16	70348599	.	CTA	C,CTATA	284.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9,9;NR=1,1;PP=106,320;SC=AAATATCTATCTATATATATA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10,10;WE=70348608;WS=70348589;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr16	70350114	.	G	GT	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr16	70400463	.	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.454;NF=50;NR=10;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.739;SC=CCCAGCTGGGGAGGCTGTGCT;SOR=1.343;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=118;TCF=94;TCR=24;TR=60;WE=70400471;WS=70400453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr16	70400857	rs8058224	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.783;SC=AGCGCCATGGAAAGAAGGGAA;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=12;WE=70400865;WS=70400847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr16	70500026	rs201285613	G	A	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=62;PP=1941;ReadPosRankSum=1.403;SC=CCAGTCCCCCGACTTCCAGGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=217;TCR=169;TR=142;WE=70500034;WS=70500016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,148:0.37:398
chr16	70501400	rs17884111	C	T	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=95;PP=2471;ReadPosRankSum=1.823;SC=ACAGTGGAGCCGGCTGGGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=116;TCR=150;TR=167;WE=70501408;WS=70501390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,174:0.64:274
chr16	70502610	rs12446395	C	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=4;PP=1483;SC=TGGAGTCTGGCTGCTGGAGTG;SOR=4.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=55;WE=70502618;WS=70502600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	70506557	rs17883780	G	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=887;ReadPosRankSum=2.390;SC=AGCTGGGGTGGCTGCTGCTCT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=58;WE=70506565;WS=70506547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr16	70506907	rs7192865	T	C	4248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=92;PP=2565;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TGTGGGACCCTGAGACGCTGC;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=165;TCR=151;TR=188;WE=70506915;WS=70506897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,197:0.60:327
chr16	70514828	rs7919	A	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CCCCCAAGCCAGACAGCCTCG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=70514836;WS=70514821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	70515355	rs11054	C	T	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=91;PP=2571;ReadPosRankSum=2.511;SC=AGGCAATGAGCGACCTCAGCT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=169;TCR=159;TR=187;WE=70515363;WS=70515345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,197:0.57:346
chr16	70515600	rs6416698	T	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.612;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=51;PP=2907;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GTCCTGGGGGTGGTGGCATGA;SOR=0.332;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=159;WE=70515608;WS=70515576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr16	70516109	rs12447090	G	A	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1497;ReadPosRankSum=0.522;SC=TGGTCACCATGGGCCTCATAA;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=108;WE=70516117;WS=70516099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,118:0.45:261
chr16	70530359	rs2303793	A	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=63;PP=2020;SC=TGCATAGAGGAATTGACAGTG;SOR=2.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=77;WE=70530367;WS=70530349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	70531366	rs2303792	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=1.515;SC=GGTACACTGGCCCTAGCTCTG;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=70531374;WS=70531356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	70531754	rs2303791	T	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=11;PP=1484;SC=GCAGGACCAATAAATATGACA;SOR=2.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=61;WE=70531762;WS=70531744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	70542721	rs8053883	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=706;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AAGGAAAAAACAAAGTTCTGA;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=44;WE=70542729;WS=70542711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr16	70546234	rs3762171	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1044;ReadPosRankSum=1.299;SC=ACCTGGGGCAGATCACCTTCC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=72;WE=70546242;WS=70546224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,75:0.39:191
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chr16	70560361	rs8051506	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.794;SC=CACCACGCCCGGTCACATATG;SOR=0.269;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=70560369;WS=70560351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	70566271	rs116505546	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	70569215	rs33910368	A	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1009;ReadPosRankSum=1.373;SC=TCACAGTTCCAGGAGGGTCAG;SOR=0.572;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=79;WE=70569223;WS=70569205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr16	70575852	rs11645437	A	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AAGCAGTTAGAGGTAGAAGTT;SOR=0.063;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=8;WE=70575860;WS=70575842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr16	70578296	rs112288724	A	C	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TGTGTTTGAAAACAGCACTGG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=91;WE=70578304;WS=70578286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr16	70588281	rs79853361	A	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=1058;ReadPosRankSum=2.731;SC=GAGAACTCTTAGTGTTTCATT;SOR=0.493;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=107;TCR=21;TR=60;WE=70588289;WS=70588271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr16	70601254	rs7197262	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=430;ReadPosRankSum=0.480;SC=TGGGCAGAGAGGTGAGGCCTG;SOR=0.968;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=25;WE=70601262;WS=70601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr16	70602155	rs144495859	C	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.737;SC=AAGATTACACCCACCATCACT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=84;WE=70602163;WS=70602145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,86:0.48:178
chr16	70602221	rs12909	C	T	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1107;ReadPosRankSum=-1.908;SC=TCCAGACTATCGGACATAGGG;SOR=1.153;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=76;WE=70602229;WS=70602211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,83:0.44:188
chr16	70603220	rs4985534	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=477;SC=GTAGCGAGTTTCTTAGAGAGA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=70603228;WS=70603210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	70604105	rs74588199	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=999;ReadPosRankSum=0.144;SC=TTTCTTGGTGCTGGATCTACC;SOR=0.994;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=63;WE=70604113;WS=70604095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr16	70680736	.	C	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	70680744	rs3813904	G	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.44;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	70688340	rs713499	T	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=1.234;SC=GGTGCTTGTCTCCTATGCAAA;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=24;WE=70688348;WS=70688330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr16	70690573	rs112188979	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TCGCCAACGTCACCAGGCTGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=77;TCR=120;TR=110;WE=70690581;WS=70690563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,114:0.56:202
chr16	70690795	rs113117314	G	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.36;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	70690803	rs113866885	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.16;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	70690916	rs77769000	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=566;ReadPosRankSum=0.910;SC=TCTTGGTGAGCCTCAGTGCCA;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=43;WE=70690924;WS=70690906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr16	70690989	rs8046424	G	C	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=75;PP=2700;SC=GCAGGAGGTGGAGACGCTGCT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=144;WE=70690997;WS=70690979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	70693872	rs3214847	C	CT	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.273;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.177;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr16	70708093	rs67662127	CAGTCTCAACAGCTATAGT	C	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	70714811	.	CG	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=27.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.268;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,23:0.14:161
chr16	70726795	rs2278983	C	A	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=36;PP=1310;ReadPosRankSum=0.405;SC=CGCTGCTCTGCGGCAGGAGCA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=92;WE=70726803;WS=70726785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,94:0.44:216
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chr16	70732483	rs7201952	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=409;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GCTCACACAGGGTGTGCCCCC;SOR=1.397;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=29;WE=70732491;WS=70732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
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chr16	70796535	rs2305690	C	T	8636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=122;PP=2965;SC=CAGGGGTGCCCGTGAGTGCTC;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=68;TCR=122;TR=190;WE=70796543;WS=70796525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	70816893	rs1875941	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=19;PP=1610;SC=GCAGTGGCAGCAGCAGTGGCA;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=79;WE=70816901;WS=70816883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr16	70899378	rs117694048	G	A	116.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQRankSum=-0.180;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	70928414	rs374514961	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=0.543;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,72:0.59:123
chr16	70935224	rs75445533	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.638;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-1.834;SC=ATAGGTAAACACATGTCATGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=70935232;WS=70935214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr16	70954915	rs1798531	G	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.13;QD=32.09;SOR=6.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	70972595	rs79004160	T	C	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.311;NF=76;NR=68;PP=1869;ReadPosRankSum=2.405;SC=GGCATCATATTCTTCCTCATC;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=419;TCF=227;TCR=192;TR=144;WE=70972603;WS=70972585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,115:0.34:336
chr16	70972784	.	A	G	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=51.38;NF=0;NR=6;PP=58;QD=15.4618687579;SC=CTCATCCCTGATTGCAGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=6;WE=70972792;WS=70972774;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr16	71015329	rs112779887	G	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.04;MQRankSum=-4.485;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr16	71025394	rs149427312	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=27.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-4.361;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,29:0.22:129
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chr16	71100838	rs74361942	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-7.855;NF=32;NR=39;PP=866;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCTGGAGCACTATGTTGAAAG;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=105;TCR=132;TR=71;WE=71100846;WS=71100828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,59:0.29:202
chr16	71101433	rs139282877	G	GA	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.90;QD=28.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	71109662	rs141412506	C	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.08;MQRankSum=-1.645;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	71163744	rs138029722	T	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.31;MQRankSum=0.944;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr16	71218926	rs3785347	T	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=62;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CCAAAGATTCTTAAGTGGATG;SOR=0.503;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=93;WE=71218934;WS=71218916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,99:0.70:141
chr16	71220880	rs12927616	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ATACAGGTCATAATTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=44;WE=71220888;WS=71220870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr16	71318577	rs3803704	T	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1571;ReadPosRankSum=-1.375;SC=TAGCCAATTATTTCTGGAAAG;SOR=0.890;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=85;WE=71318585;WS=71318567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,95:0.62:154
chr16	71319539	rs3826247	C	T	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=120;PP=2965;SC=TGATTTTCCCCGCTTTATTAG;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=101;TCR=121;TR=221;WE=71319547;WS=71319529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	71319646	rs3096380	G	A	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=71;PP=2965;SC=AATGCATTAAGTTCAGTGTGG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=109;TCR=72;TR=180;WE=71319654;WS=71319636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	71319900	rs9928675	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=714;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CGAAATCTCATGAGCAGCAAA;SOR=0.245;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=43;WE=71319908;WS=71319890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr16	71406024	rs7203012	C	T	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=1941;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CTATTTAGTGCTGAGATTGAT;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=127;WE=71406032;WS=71406014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,128:0.61:209
chr16	71406249	rs8061026	A	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.334;SC=TTGACACAGCATTTTATTTGT;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=71406257;WS=71406239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	71408475	rs12444419	T	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=346;ReadPosRankSum=0.371;SC=ATGACTTAATTTGAAGGGAAC;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=18;WE=71408483;WS=71408469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	71408527	rs8046337	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=0.514;SC=TCAGAGCATCAGCACAACTTG;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=142;TCF=109;TCR=33;TR=49;WE=71408535;WS=71408517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,51:0.34:149
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chr16	71416431	rs12919213	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=622;SC=ATGAGATCACTGTCGAGATAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=71416439;WS=71416421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr16	71418572	rs111526151	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr16	71419595	rs4327058	A	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=83;PP=2477;SC=CCCAGGGCACAGGAGAGGCTT;SOR=2.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=111;WE=71419603;WS=71419585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	71423487	rs34538886	C	T	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=97;PP=2949;ReadPosRankSum=-2.301;SC=CTTTAACCTCCATCTGTCTGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=131;TCR=152;TR=179;WE=71423495;WS=71423477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,188:0.64:293
chr16	71464943	rs7195767	A	G	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=2006;ReadPosRankSum=0.566;SC=CAGAAAAGGAAAGGGGGGTGA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=121;TCR=64;TR=119;WE=71464951;WS=71464933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,128:0.66:194
chr16	71465613	rs7203200	T	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1544;ReadPosRankSum=0.387;SC=AGAGCCTCACTGGCAAGCCCT;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=89;WE=71465621;WS=71465603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,88:0.68:130
chr16	71466088	rs4620964	A	G	26202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=415;NR=537;PP=2965;SC=TGATGTAGCCAGAGCCACACG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=953;TCF=416;TCR=537;TR=952;WE=71466096;WS=71466078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,966:1.00:966
chr16	71484621	rs66920642	CA	C	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=1.170;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr16	71487206	rs2070832	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=CCCAGCTCACTTCCTCCCTCC;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=71487214;WS=71487196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	71487952	rs11641967	G	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=883;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TACCCAGGGAGGCCACATTCC;SOR=1.033;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=204;TCF=157;TCR=47;TR=60;WE=71487960;WS=71487942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,63:0.29:216
chr16	71488175	rs34380814	C	T	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=118;PP=2642;ReadPosRankSum=-3.208;SC=CTTGTGAGAGCACAAAATTAG;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=242;TCF=70;TCR=172;TR=167;WE=71488183;WS=71488165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,163:0.68:238
chr16	71509588	rs2288487	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=832;ReadPosRankSum=1.269;SC=TGCCGAAGTAGGGGTGAATTA;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=47;WE=71509596;WS=71509578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr16	71509634	rs2288488	G	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=666;ReadPosRankSum=1.150;SC=TACACTCATAGGGTTTCTCCC;SOR=0.489;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=58;WE=71509642;WS=71509624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,58:0.31:187
chr16	71509685	rs2288489	C	G	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=98;PP=2965;SC=CGGAACTACTCGTGAAACTAT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=137;TCR=99;TR=235;WE=71509693;WS=71509675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	71509796	rs8050871	C	G	8540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=129;PP=2965;SC=ACTCCTCACACTGATAGGGTC;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=162;TCR=129;TR=291;WE=71509804;WS=71509786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr16	71603912	rs172650	C	A	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=95;PP=2873;SC=TTAAAAATAGCCCCCTCATTG;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=129;WE=71603920;WS=71603902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	71607384	rs2432520	T	G	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=82;PP=2965;SC=CAGAAACAAGTAAAAAGGGAT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=186;WE=71607392;WS=71607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	71610276	rs74344827	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.182;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,90:0.28:321
chr16	71660115	rs4788820	G	C	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=79;PP=2543;SC=CTCCCGGGCGGGGACACGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=171;WE=71660123;WS=71660105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	71660404	rs61753635	G	A	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=93;PP=2965;SC=GGCCCCCGCCGGGACACACAC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=213;WE=71660412;WS=71660394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	71668800	rs7206470	G	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=67;PP=1963;SC=GAAGTTTCCAGTGCTGGAAAA;SOR=1.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=96;WE=71668808;WS=71668790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	71678679	rs7204608	G	C	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=64;PP=2248;SC=TGCAGTGTCAGGGAATGTGGT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=71678687;WS=71678669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	71683718	rs61733127	A	G	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1935;ReadPosRankSum=0.200;SC=GCTCTGCGCTAATGTGCACAG;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=133;TCR=135;TR=122;WE=71683726;WS=71683708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,128:0.46:281
chr16	71690657	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr16	71701248	rs1423983	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=63;PP=1801;SC=TAAGGGGGGAGCATACAAACA;SOR=2.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=90;WE=71701256;WS=71701238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	71703436	rs2032918	T	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=47;PP=1312;SC=TAGGTGCTCATTGAATGCTGC;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=71703444;WS=71703426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	71715915	rs11439127	G	GA	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	71718366	rs7195059	C	T	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=45;PP=2245;SC=CAGAACATCCCATTACTTTTC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=117;WE=71718374;WS=71718356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	71736702	rs10626314	G	GTATTTT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	71757939	rs7201649	C	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=396;SC=AAGCAGCTGCCGGCGCCGAGT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=71757947;WS=71757929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71772784	.	G	GA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr16	71772795	rs904764	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=7.304;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.62;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=2.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr16	71779310	rs74980679	G	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.208;SC=ACTCAGCTAAGAGACAAGCTG;SOR=0.055;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=7;WE=71779318;WS=71779303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr16	71784000	rs2270829	A	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=1105;SC=CTAGAGTGTTAGAAATAAAGA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=71784008;WS=71783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	71790166	rs8053186	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=696;SC=CAGATGTGCTGACGTCCTTGC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=71790174;WS=71790156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	71792696	rs12919271	C	A	7755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=171;NR=100;PP=2965;SC=CTGAGAAAGGCTCTCAGTTTG;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=171;TCR=100;TR=271;WE=71792704;WS=71792686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr16	71799347	rs12149092	A	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=12;PP=1547;SC=ACTTAAAGATATTAAATTCAT;SOR=2.568;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=68;WE=71799355;WS=71799337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	71801946	rs12149533	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=43;PP=985;ReadPosRankSum=-1.330;SC=TAGAGCCTTACTAGATCTAAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=43;WE=71801966;WS=71801936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr16	71801958	rs7192956	T	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=52;PP=1582;SC=AGATCTAAAGTACAAAGTGAG;SOR=7.903;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=52;WE=71801966;WS=71801936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	71804956	rs9635524	C	G	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=103;PP=2965;SC=ACAGCAGAAACGCGACTCCAC;SOR=1.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=164;TCR=103;TR=267;WE=71804964;WS=71804946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	71805160	rs4788443	G	A	497.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.935;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr16	71807232	rs113235758	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,34:0.26:131
chr16	71879868	rs4788563	A	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=810;SC=GGGCGGGACGAGCTTGACGCC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=71879876;WS=71879858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	71901648	rs17357420	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=570;SC=TTTTTCTGGATAAACACATGC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=71901656;WS=71901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	71917058	rs2288029	G	A	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=86;PP=2965;SC=CACAGACTTTGGCAAGAAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=147;WE=71917066;WS=71917048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	71928693	rs71386939	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=26;PP=1447;SC=CCCGCCCCGCCTCTCAAAGTG;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=71928701;WS=71928683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	71928850	rs11075908	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=917;SC=TACTGAATTATACCACACAGA;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=71928858;WS=71928840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	71955426	rs56089063	C	CAT	2340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=1493;SC=ACAAAAAAAACATTCTTTGCA;SOR=1.077;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=30;WE=71955434;WS=71955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	71956511	rs148848854	AATGCCC	A	6794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.377;NF=15;NR=83;PP=2982;ReadPosRankSum=-1.844;SC=GAACGGTGCCAATGCCCATGC;SOR=0.655;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=43;TCR=222;TR=98;WE=71956524;WS=71956501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,189:0.44:425
chr16	71958052	rs7197486	A	G	8555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=0.072;SC=CATGCGTCACATAACCCACAG;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=137;TCR=169;TR=306;WE=71958060;WS=71958042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr16	71963924	rs34029919	C	T	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=11;PP=1505;SC=AGTGATATAACAGCATGCTAG;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=71963932;WS=71963914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	71967783	rs12445641	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=18;PP=1966;SC=GACCACAGCACACGGAGAAGG;SOR=2.535;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=92;WE=71967791;WS=71967773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	71967927	rs17358402	C	T	9547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=167;PP=2965;SC=GGGGCTATGACGCAGCAGGTT;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=159;TCR=167;TR=326;WE=71967935;WS=71967917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr16	71968091	rs12149307	A	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=42;PP=1141;SC=CAGTTTCCCCAGCGCCCCTGC;SOR=1.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=59;WE=71968099;WS=71968081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	71968147	rs12149325	G	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=563;SC=AATGCTTGTTGATGTGAGAAC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=71968155;WS=71968137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	71969497	rs11865456	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=801;SC=GTGTGATGAACGCAGCTGATG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=71969505;WS=71969487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	71971091	rs7191848	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=0;PP=1017;SC=CCCGAGTAGCTGGGACCACAG;SOR=7.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=38;WE=71971099;WS=71971081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	71981374	rs8050058	T	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=14;PP=1017;SC=ATTAGGTAGTTGTTAGAACTA;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=71981382;WS=71981364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	71981414	rs149635567	C	CTTTG	4835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=29;PP=2602;SC=CCAAGATCCTCTTTGTTGTTC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=48;WE=71981422;WS=71981404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	71981630	rs9934803	T	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=482;SC=TAATTTCACATTAATTTTTGC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=71981638;WS=71981620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	71981652	rs9934812	T	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=329;SC=CAATGATGGGTACCAGGAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=71981660;WS=71981642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	71983929	rs35377660	A	T	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=89;PP=2965;SC=GAAGCACAAAAGTTGAGGGAA;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=204;WE=71983937;WS=71983919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	71986764	rs11648353	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	71986946	rs7204708	A	G	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=79;PP=2716;SC=TGACAGCAGTATGGATGCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=165;WE=71986954;WS=71986936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	71987044	rs35601686	CAA	C	2982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=41;PP=1870;SC=AAAATAATCGCAAAGTCATTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=44;WE=71987053;WS=71987034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	71987960	rs34041171	A	AC	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=127;SC=AAAAAAAAAAAGGATTGCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=71987968;WS=71987950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71988106	rs9921412	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=52;PP=2163;SC=AGCCGTTGGACCCTTGTAAAC;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=71988114;WS=71988096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	72007399	rs9925415	C	T	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=69;PP=2469;SC=GGATTCAGCACCCACGTGTAC;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=129;WE=72007407;WS=72007389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	72011040	rs3929023	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=9;PP=813;SC=TGAGCCTGACAGTTTGAGGCT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=72011048;WS=72011030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	72011181	rs1559401	G	T	7433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=64;PP=2965;SC=TCAGGTGGAAGTGAGTGCAGT;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=165;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	72011193	rs1559400	A	C	7825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=74;PP=2965;SC=GAGTGCAGTTAGGCTGATACT;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=103;TCR=74;TR=177;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	72011261	rs1559399	A	G	6809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=115;PP=2965;SC=CTCACTATCAAGGATTTCTCC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=126;TCR=116;TR=241;WE=72011269;WS=72011251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr16	72011439	rs77282701	G	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.656;NF=4;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=2.075;SC=ATATTGATAAGGTAAGGAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=72011458;WS=72011429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	72011450	rs1559398	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=272;SC=GTAAGGAAACGTCCTAGCTCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=72011458;WS=72011429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:0,5:1.00:5
chr16	72011457	rs55908226	C	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	72012072	rs8053841	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=1018;SC=TAACATAATTCCCTTTAAGTT;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=72012080;WS=72012062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	72012374	.	A	ATGTGTGTGTG	296	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=61.58;NF=0;NR=6;PP=296;QD=50.3333333333;SC=ATATGTATATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=6;WE=72012382;WS=72012364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,6:0.22:27
chr16	72012394	rs4045545	GTA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr16	72012398	rs2878405	A	G	67.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=33.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012400	rs62053844	A	G	67.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012402	rs62053845	A	G	66.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012404	rs62053846	A	G	66.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012406	rs370830204	A	G	66.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72013797	rs7185272	G	C	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=164;PP=2965;SC=CAGCGGTAAAGTTGATATGTT;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=336;TCF=172;TCR=164;TR=336;WE=72013805;WS=72013787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr16	72018099	rs12443563	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=44;PP=1132;SC=CAAAATTACTCATACAAAATT;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=72018107;WS=72018089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	72020134	rs12708923	T	C	7446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=145;NR=110;PP=2965;SC=CCAGATGCCTTCTGCAATGAC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=145;TCR=111;TR=255;WE=72020142;WS=72020124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	72020294	rs4788590	G	A	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=59;PP=2133;SC=GTTCAGATGCGGCTGATGTTA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=72020302;WS=72020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	72020323	rs4788591	A	G	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=49;PP=1805;SC=GTGATACTTGATAGTACTGAA;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=72020331;WS=72020313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	72027191	rs7191148	T	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGGAATTATTTCCATTTCTTT;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=82;WE=72027199;WS=72027181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,81:0.44:185
chr16	72033801	rs72787027	G	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ATGTGGTGCTGGGCTGTTTAG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=79;WE=72033809;WS=72033791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr16	72042682	rs3213422	A	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=740;ReadPosRankSum=0.249;SC=GAGACACCTGAAAGTGAGTCC;SOR=1.023;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=46;WE=72042690;WS=72042672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr16	72042825	rs3213423	T	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.293;SC=GTTTCCGGGGTCTCCTGCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=72042833;WS=72042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	72050885	rs11075914	G	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=940;SC=CTATGGTGCCGTCTCACTCTG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=72050893;WS=72050875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	72054984	rs1862752	G	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=69;PP=2965;SC=GCACAGGAAAGGGTGTGCGGG;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=190;WE=72054992;WS=72054974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	72057282	rs2288002	A	G	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;SC=TCGTGATGGGAATCATCATTC;SOR=1.170;Source=Platypus;TCF=50;WE=72057290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	72078043	rs763665	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=516;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TTATAAAAAACGGGATTATTA;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=30;WE=72078051;WS=72078033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr16	72088467	rs5472	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.300;NF=46;NR=26;PP=1028;ReadPosRankSum=1.140;SC=CGAAATGGAGAAGGGGGAGAA;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=72;WE=72088475;WS=72088457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr16	72088652	rs9927981	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.003;NF=23;NR=41;PP=828;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AACAAAGAAACGGGCAAATGG;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=63;TCR=116;TR=64;WE=72088660;WS=72088642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr16	72088675	rs4788458	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=75;PP=1891;SC=TAAATTATAGTGAACCAAAGG;SOR=2.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=99;WE=72088683;WS=72088665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	72089958	rs148260617	ATG	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,9:0.10:88
chr16	72092017	rs2070938	A	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=217;SC=ATTGTTTAAAAATAATACAGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=72092025;WS=72092014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	72107692	rs146688744	CGT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.819;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr16	72107865	rs11642506	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=560;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AATGATGTCACGGATATTTCA;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=51;WE=72107873;WS=72107855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,54:0.30:178
chr16	72110948	rs12646	C	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.875;NF=28;NR=68;PP=1572;ReadPosRankSum=-3.111;SC=TTCCATCCAGCACTGGGTTCA;SOR=1.913;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=258;TCF=115;TCR=143;TR=96;WE=72110956;WS=72110938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,80:0.34:236
chr16	72120766	rs139660120	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGAAGACTTTCAGGATAAACA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=72120774;WS=72120756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	72123992	rs7191127	G	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=707;ReadPosRankSum=0.814;SC=TCTTACACGGGATGGTAGCAG;SOR=1.959;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=38;WE=72124000;WS=72123982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr16	72124157	rs7190995	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,99:0.54:183
chr16	72124219	rs7192730	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=783;ReadPosRankSum=1.273;SC=TATCCCACTATTGCGAGCACT;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=49;WE=72124227;WS=72124209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr16	72124495	rs2303285	A	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.870;SC=ATAAAAACCAATTATTTTAGA;SOR=1.446;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=141;TCF=102;TCR=39;TR=65;WE=72124503;WS=72124485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,68:0.44:154
chr16	72130203	rs1050361	C	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1266;ReadPosRankSum=1.438;SC=CTTCATTACTCGGACTGGACT;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=83;WE=72130211;WS=72130193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr16	72130815	rs1050362	C	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1119;ReadPosRankSum=-1.482;SC=GCGGGAGCGGCGGGAACATGG;SOR=0.719;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=76;WE=72130823;WS=72130805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr16	72131740	rs34749771	ACT	A	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=1499;ReadPosRankSum=0.847;SC=AGAGTGAGTGACTCTCGTCTT;SOR=1.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=36;WE=72131749;WS=72131730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr16	72132356	rs11862813	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.275;SC=AGGAAAAATACATCCTGGACC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=72132364;WS=72132353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	72132713	rs2072142	C	T	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.052;SC=GGCAGAGCAGCCCAGTTTCGC;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=378;TCF=178;TCR=200;TR=225;WE=72132721;WS=72132703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,225:0.58:387
chr16	72133211	rs2072141	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.904;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GGGCTGATCGGGGCTGGTGGC;SOR=1.170;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=14;WE=72133219;WS=72133201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	72135014	rs1050363	T	C	8756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TGAAGGATGCTACTTCTGACC;SOR=0.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=186;TCR=121;TR=305;WE=72135022;WS=72135004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr16	72135319	rs8043606	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=532;ReadPosRankSum=0.121;SC=CGGGGTGAAGTCTGCTCTCCC;SOR=0.377;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=36;WE=72135327;WS=72135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr16	72137561	rs2240243	G	A	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=50;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTCAGCTGACGCAGTACCTGC;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=141;TCR=97;TR=123;WE=72137569;WS=72137551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,126:0.52:243
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chr16	72142038	rs36033103	G	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=270;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CTATGTGTGGGTAGGTGGTAG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=72142046;WS=72142028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	72142072	rs8051882	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=403;ReadPosRankSum=1.779;SC=GGGATGTGCTCAGTGGGCCTG;SOR=0.904;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=23;WE=72142080;WS=72142062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr16	72142895	rs9926156	G	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=743;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCTTCACTGCGTTCTGGCATG;SOR=0.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=38;WE=72142903;WS=72142885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr16	72146441	rs7940	C	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=49;PP=1564;SC=ATTGGGTCCTCAGCCTTCTGG;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=72146449;WS=72146431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	72146570	rs6680	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=880;ReadPosRankSum=2.337;SC=GGTGGAGTTCTTCCATGCAGG;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=43;WE=72146578;WS=72146560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr16	72153125	rs4788459	C	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=364;ReadPosRankSum=0.729;SC=AGGCTGGGACCGTGATATACT;SOR=0.634;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=34;WE=72153133;WS=72153115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr16	72156666	rs35909200	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=290;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GTCACATAGATGCAGATTCGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=72156682;WS=72156656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	72156674	rs72787077	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=1.691;SC=GATGCAGATTCGAGACCTGGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=72156682;WS=72156656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	72156842	rs16973716	T	G	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=68;PP=2533;SC=TGGCAATGTATTTCACCTGCT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=149;WE=72156850;WS=72156832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	72157000	rs12935266	C	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=464;SC=CTGCATCCCACGTCCCCCACG;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=72157008;WS=72156990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	72158920	rs3812987	C	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=562;ReadPosRankSum=0.468;SC=CTTCCTGGGCCTTGGGATACG;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=29;WE=72158928;WS=72158910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr16	72158950	rs3812986	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=32;PP=1022;SC=TATTTTCTTCTCAGTGGCCAG;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=72158958;WS=72158940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	72162855	rs6499562	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=29;PP=1056;SC=TGTCCCTCCCGTCTTTCCTAA;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=72162863;WS=72162845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	72162966	rs34832584	G	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=887;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CCCACTCACCGTCTTGTCTTT;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=49;WE=72162974;WS=72162956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr16	72184566	rs35370634	C	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr16	72198642	rs3852785	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AGGGGTGAGCGGCTGCTGCCA;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=9;WE=72198650;WS=72198632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	72205021	rs71391445	GA	G	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=527;ReadPosRankSum=1.616;SC=CTGGAATTTTGAATCATAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=16;WE=72205029;WS=72205011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr16	72821625	rs201772357	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr16	72827758	rs699444	T	C	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=54;PP=2325;SC=CAGGCCGATCTCCGCTGTCAC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=72827766;WS=72827748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	72832135	rs740178	T	A	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=77;PP=2945;SC=TATGGTCCTCTGCCAGAGTGG;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=125;WE=72832143;WS=72832125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	72845749	rs9972835	T	G	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1453;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTTTGTTCCCTACCAATGTCT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=96;WE=72845757;WS=72845739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,101:0.54:187
chr16	72984342	rs78266764	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=0.663;SC=GAAAGAGCGCCTGAGCCATAA;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=25;WE=72984350;WS=72984332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr16	72984668	rs2228200	C	T	3611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=84;PP=2430;ReadPosRankSum=1.686;SC=ACTCGTCCTCCGACAGGCTGC;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=195;TCR=201;TR=168;WE=72984676;WS=72984658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,176:0.43:410
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chr16	72991660	rs10852515	C	G	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;PP=2965;SC=TTGGTTTGGTCGGCGAGGGGG;SOR=0.999;Source=Platypus;TCF=69;WE=72991668;WS=72991650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr16	74366694	.	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.401;NF=0;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-3.163;SC=ATTTCATCCCAAAAGTGGTTA;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=6;WE=74366702;WS=74366684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	74371543	rs72791060	C	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.504;NF=23;NR=46;PP=1283;ReadPosRankSum=1.755;SC=GGGAATGAAACAGAGAGAGTG;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=69;WE=74371551;WS=74371533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr16	74372596	.	CA	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=0.157;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,19:0.18:105
chr16	74382969	rs144852560	G	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.93;MQRankSum=-0.713;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=2.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
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chr16	74386326	.	G	A	140	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=40.35;NF=1;NR=10;PP=140;QD=15.8882920497;SC=AATGTAGGACGGGAGAGTGGA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=11;WE=74386334;WS=74386316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,11:0.23:47
chr16	74394425	rs3852692	A	G	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.329;NF=50;NR=4;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CATGCTACTTAGCAACATTTA;SOR=0.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=82;TCR=6;TR=54;WE=74394433;WS=74394415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr16	74394671	rs62055171	T	C	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.429;NF=39;NR=97;PP=2036;ReadPosRankSum=0.442;SC=CGGCAGCTGATGCGCTGTTTC;SOR=1.965;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=299;TCF=115;TCR=184;TR=136;WE=74394679;WS=74394661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,125:0.42:295
chr16	74394745	rs71391080	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=15.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-10.625;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=1.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,39:0.20:199
chr16	74425358	rs6564065	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQRankSum=-6.431;QD=19.91;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr16	74425447	rs918678	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQRankSum=-0.632;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,79:0.24:332
chr16	74425548	rs2868591	A	G	10491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.58;NF=115;NR=158;PP=2965;SC=CTGAAGGAGTATCTCCTGGTC;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=116;TCR=158;TR=273;WE=74425556;WS=74425538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr16	74425569	rs11641596	C	T	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=0.791;QD=18.10;ReadPosRankSum=-2.222;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,158:0.75:211
chr16	74425621	rs141339834	CCCTCTTCCACCCTCT	C	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=13.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-2.705;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr16	74443401	.	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.94;MQRankSum=-3.983;QD=24.26;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr16	74447514	rs2650549	T	C	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.861;NF=56;NR=80;PP=2075;ReadPosRankSum=0.646;SC=TCTATCGCTGTCTGGCCTGCA;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=335;TCF=144;TCR=191;TR=136;WE=74447522;WS=74447504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,111:0.36:312
chr16	74451884	rs141132121	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQRankSum=-3.310;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr16	74452071	rs372741573	G	A	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.947;NF=95;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.974;SC=CCAAGCCCGCGGGCAGCAGCT;SOR=0.997;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=414;TCF=174;TCR=240;TR=235;WE=74452079;WS=74452061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,173:0.56:307
chr16	74485788	rs3851731	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=1.135;SC=CGCCAAAATACAACATTTAGC;SOR=0.257;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=16;WE=74485796;WS=74485778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr16	74490529	rs3760055	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=1.050;SC=TAAAAAAGGAGATTCTCTTGG;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=31;WE=74490537;WS=74490519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,34:0.31:108
chr16	74491733	rs2288054	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=1.452;SC=TCTTCCCAAGAGAGTTCAGAC;SOR=1.678;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=11;WE=74491741;WS=74491723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr16	74501856	rs6564117	C	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=27;PP=795;SC=CTGGCTTCTACATAGCAAAGT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=74501864;WS=74501846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	74504005	rs2303279	T	C	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=101;PP=2816;SC=TCAGAAGTTTTGTGGCAACTT;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=168;WE=74504013;WS=74503995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	74504097	rs12716764	G	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=940;SC=TGACCCACACGTGAGACATCA;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=74504105;WS=74504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	74506447	rs8059315	G	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-2.306;SC=TCTAGTATTTGAAGTAGATAG;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=14;WE=74506455;WS=74506437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr16	74516796	rs75124206	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=1.318;SC=GATTGGAGTGTGTTAGCTGTC;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=8;WE=74516804;WS=74516786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr16	74537591	rs4887772	C	T	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=GGTGATCCACCAAGCAGGAAA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=176;WE=74537599;WS=74537581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	74566081	.	TAA	T	112.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=7;PP=156;SC=AGAGATGATGTAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=74566100;WS=74566071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	74660174	rs12933037	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=688;SC=AAAAGTTCATGTTTTCCCTTA;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=74660182;WS=74660164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	74664743	rs7193541	T	C	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=47;PP=2184;SC=TATACCAGAATTGAACCATTG;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=117;WE=74664751;WS=74664733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	74664810	rs7188880	A	T	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=56;PP=2192;SC=AGCTCCAGACAGGACGTCCAG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=119;WE=74664818;WS=74664800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	74664969	rs7193959	T	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=403;SC=ACACTCATACTCCCAAACTAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=74664977;WS=74664959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	74666634	rs4072450	G	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=391;SC=ATTCAAACTAGTTTTTCAAGT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=74666642;WS=74666624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	74670458	rs4888262	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=419;SC=TTTGATGTGACGTAAGTTTTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=74670466;WS=74670448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	74695079	rs8058922	G	T	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=75;PP=2965;SC=GTTCTCCACAGTGTCTTCTCC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=74695087;WS=74695069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	74706298	rs4888274	A	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=18;PP=1049;SC=CACTCCTTGCACCCATAGATA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=74706306;WS=74706288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	74709737	rs7184423	C	A	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=73;PP=2168;SC=ATTGTTGCTACACACAATTGC;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=28;TCR=73;TR=101;WE=74709745;WS=74709727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	74712905	rs6564158	A	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=826;SC=CGGGGAGCATAAGTACCTTTG;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=74712913;WS=74712895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	74725282	rs35430251	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1192;ReadPosRankSum=-2.767;SC=GCAGAATCCACGGGGATCCTG;SOR=0.504;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=81;WE=74725290;WS=74725272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr16	74750405	rs2301865	G	A	12162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=211;NR=225;PP=2965;SC=CTACTGCCTCGGGCAGGATGA;SOR=0.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=436;TCF=211;TCR=225;TR=436;WE=74750413;WS=74750395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr16	74760292	rs11295057	CT	C	241.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=173;ReadPosRankSum=1.354;SC=GTACAGCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=74760300;WS=74760282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr16	74808425	rs929881	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=-2.143;SC=TACTGCTCCAGCCAGCGGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=30;WE=74808433;WS=74808415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr16	74908439	rs2870148	C	T	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=81;PP=2276;SC=GTCTTCCTCTCAAGACTCTAG;SOR=2.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=21;TCR=81;TR=102;WE=74908447;WS=74908429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	74920191	rs14308	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=679;ReadPosRankSum=1.570;SC=CATGCTGGTCGCGTTCTCGCT;SOR=1.032;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=49;WE=74920199;WS=74920181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,53:0.37:142
chr16	74920374	rs4888305	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=14;PP=384;SC=TAAGACAGCACGTGGCCAATG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=74920382;WS=74920364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	74921661	rs9940014	A	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=434;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGGCTACAGAAGGGAAGAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=43;WE=74921669;WS=74921651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,48:0.30:158
chr16	74926520	rs11149776	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=269;ReadPosRankSum=2.453;SC=CCCAAATCAACGACTCCCAGT;SOR=0.653;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=21;WE=74926528;WS=74926510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr16	74927507	rs10718591	CA	C	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=5.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.992;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.077;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
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chr16	74938083	rs9930498	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TTGATACCAAAAGGAGAAGAC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=24;WE=74938091;WS=74938073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
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chr16	75200378	rs9929570	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=819;SC=CCCGCCCACCTAGCCTCCCAA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=75200386;WS=75200368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr16	75202998	rs12716783	A	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=936;SC=GTTTGAAAGGAAACATTTGCA;SOR=4.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=75203006;WS=75202988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr16	75240935	rs57900557	G	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=799;ReadPosRankSum=0.853;SC=CTGGCCTCGGGGCTGGGAGTG;SOR=0.225;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=54;WE=75240943;WS=75240925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr16	75263974	rs6564241	T	C	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=66;PP=2056;SC=GAGTTGGAACTACAGGCCGAG;SOR=1.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=93;WE=75263982;WS=75263964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	75267676	rs4888361	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=11;PP=1154;SC=TCGGCCCTGCAGGGCAAGAGC;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=75267684;WS=75267666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	75267956	rs58383536	C	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-1.679;SC=CGCGCACACACACGCACACGT;SOR=2.546;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=25;WE=75267964;WS=75267946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	75267994	.	G	GAC	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=52;QD=12.2;SC=AGCACACGTGGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=75268002;WS=75267984;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr16	75269697	rs200836207	G	A	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GTCAGGAGCCGGGGGCGGCAC;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=107;TCR=181;TR=168;WE=75269705;WS=75269687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,168:0.58:289
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chr16	75276775	rs1035539	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=27;PP=1420;SC=GGAGGGCCGGGGCCAGGCCCT;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=75276783;WS=75276765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	75277344	rs4888363	A	T	10351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=187;NR=184;PP=2965;SC=ATCACGACAAAGCTGCCAAGT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=187;TCR=184;TR=371;WE=75277352;WS=75277334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr16	75281964	rs1862737	A	C	5093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=127;PP=2749;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CCATCTTACTAGACAGGAAAA;SOR=0.485;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=591;TCF=269;TCR=322;TR=251;WE=75281972;WS=75281954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,269:0.43:631
chr16	75285164	rs1862738	A	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=29;PP=2291;SC=CCGCCAACGCACCCGAGGCGC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=75285172;WS=75285154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr16	75301605	rs9319482	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=2.179;SC=TAGGTGCCCCAGCCAGAATGG;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=9;WE=75301613;WS=75301599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr16	75445605	rs1109341	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTGAGTTCAAGTATAACTCTC;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=14;WE=75445613;WS=75445595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	75445675	rs1109342	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=1.111;SC=AGAGAGAGACGCTCATTTTTG;SOR=0.302;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=34;WE=75445683;WS=75445665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr16	75445906	rs247435	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=395;SC=ATATTGTTTACAGATACTTTT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=75445914;WS=75445896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	75448273	rs8056236	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=1.783;SC=TACCTATTAACATTTTCTTTA;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=6;WE=75448281;WS=75448271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	75448659	rs8051407	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGACATTTTCATTAATACAAG;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=10;WE=75448667;WS=75448649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	75467076	rs3833048	G	GC	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GAGAACAGGAGCCCCCCTGGA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=75467084;WS=75467066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr16	75498252	rs150429885	C	CT	3365.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=0.292;SC=CGGAGGACAGCGCCCACGCCG;SOR=0.584;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=167;TCF=38;TCR=129;TR=48;WE=75498261;WS=75498242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,93:0.37:249
chr16	75498253	rs34904236	G	T	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGAGGACAGCGCCCACGCCGC;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=67;WE=75498261;WS=75498242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,91:0.37:248
chr16	75563330	rs3826107	G	A	8107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GAGCTGTGGCGTGAGGGTCAG;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=542;TCF=236;TCR=306;TR=351;WE=75563338;WS=75563320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,360:0.64:559
chr16	75563746	rs8048818	T	G	11587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.47;MQRankSum=-6.219;NF=230;NR=256;PP=2962;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCAGGCTGAATGGCTGCCGCG;SOR=0.644;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=790;TCF=394;TCR=396;TR=486;WE=75563754;WS=75563736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,494:0.61:809
chr16	75564287	rs3784932	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GCCCATCCCATGCCCCAATTA;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=94;WE=75564295;WS=75564277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,94:0.62:151
chr16	75565420	rs2641806	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=286;ReadPosRankSum=0.223;SC=GATGGAGCCCAAGAAGCAGAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=75565428;WS=75565410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	75575410	rs7202717	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1408;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GGCAGTTGAAGGCTATAAAGA;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=96;WE=75575418;WS=75575400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,107:0.60:179
chr16	75579233	rs2738801	A	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.248;NF=41;NR=17;PP=795;ReadPosRankSum=0.126;SC=GAGCTGGACAATGAGAAGCGC;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=58;WE=75579241;WS=75579223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr16	75579924	rs8055668	A	C	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.162;NF=75;NR=60;PP=1994;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CACTTCTGTAAATACACAATG;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=135;WE=75579932;WS=75579914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,143:0.55:260
chr16	75580041	.	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=508;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GTGCATGGTCCCTGAACTTCA;SOR=0.278;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=34;WE=75580049;WS=75580031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr16	75590113	rs3743602	C	G	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=69;PP=2044;ReadPosRankSum=0.470;SC=GCCATGAGCACCGCTCGCAGG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=130;WE=75590135;WS=75590103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,141:0.60:235
chr16	75634014	rs7206481	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1090;ReadPosRankSum=0.733;SC=CTCAGAAAGAATGTTCCCTGA;SOR=1.389;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=58;WE=75634022;WS=75634004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr16	75636882	.	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=670;ReadPosRankSum=0.494;SC=TGCCACTGGCTTGCTGAACCA;SOR=0.587;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=77;TCR=20;TR=40;WE=75636890;WS=75636872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
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chr16	75652359	rs138033682	A	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chr16	75690059	.	C	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=602;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TGTAAGAAATCAAGACTTGGT;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=33;WE=75690067;WS=75690049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr16	75703213	.	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr16	75730037	rs5817959	T	TA	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.599;NF=1;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=0.070;SC=CAGAAGCTGTTGGGGAATTTT;SOR=0.357;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=9;WE=75730045;WS=75730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr16	75794738	rs7205764	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr16	76311602	rs59314262	G	GT	6004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=51;PP=2957;SC=CGCTACTTCTGTATCTACTCA;SOR=0.955;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=82;WE=76311610;WS=76311592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	76343767	rs9927750	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.086;SC=CTCTTGCAGCCGCCATGATTC;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=8;WE=76343775;WS=76343757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	76343812	rs8053810	GG	AA	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr16	76350438	rs747980	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=418;ReadPosRankSum=1.079;SC=TGCTTTTCTCCTCTGACTGGC;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=35;WE=76350446;WS=76350428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr16	76389441	rs2866712	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=523;ReadPosRankSum=0.441;SC=TAGTCTCTCGGGGAAAAAGTA;SOR=1.053;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=38;WE=76389449;WS=76389431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr16	76461273	rs7192076	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ACACATTGCTAATAGACATTA;SOR=0.332;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=76461281;WS=76461263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	76461519	rs9927638	C	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TTATCCAATACACTGACATAG;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=27;WE=76461527;WS=76461509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr16	76461588	rs9938200	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=0.671;SC=TTTTAGCTACATAAAGAGGTA;SOR=0.045;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=76461596;WS=76461578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	76482546	rs56137120	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=0.619;SC=GTATTTGAAACGGAATGCGTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=76482554;WS=76482536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	76482605	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	76482910	rs3947083	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.884;SC=TAATCTCCCAGAGGAAAATAC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=76482918;WS=76482900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	76495842	rs35994137	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TAACTGATTTCATCTCCCTAG;SOR=2.147;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=12;WE=76495850;WS=76495832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr16	76496025	rs57292037	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCCAGGCTCTATGAGCAACTG;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=76496033;WS=76496015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	76496131	rs34782687	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=135;SC=TCTTTGATCACGGACATTTTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=76496139;WS=76496121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	76501222	rs72797097	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ATTGTGATGCGTACTGGATTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=16;WE=76501230;WS=76501212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	76523792	rs7201030	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=356;SC=TAAGTAAACCATGGTGTCTGT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=76523800;WS=76523782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	76532392	rs12932943	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=703;SC=TAGTTCAGAACATCTTGGTTT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=76532400;WS=76532382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr16	76555015	rs11353699	CT	C	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.34;ReadPosRankSum=2.077;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
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chr16	76587647	rs4243123	G	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=15;PP=941;SC=ATAATTCTCTGTGGTTTAAAA;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=76587655;WS=76587637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	76592633	rs12599021	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=679;SC=AATAGCCAGGGGTTCTCAATG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=76592641;WS=76592623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr16	77225217	rs3214483	A	AG	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=1.802;SC=AAAGTGTTGGAGGGGGGACGT;SOR=0.407;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=15;WE=77225225;WS=77225207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr16	77227180	rs2241416	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=311;ReadPosRankSum=0.294;SC=AGATCATTGCGGGGTCCTAGG;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=17;WE=77227188;WS=77227170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	77228629	rs2232503	A	G	10916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=0.789;SC=CCCAGGAGCGAAATGTGCTGG;SOR=0.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=190;TCR=192;TR=381;WE=77228637;WS=77228619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr16	77228866	rs2232504	T	C	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=64;PP=1647;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GGCGCCTGGTTGAAGATGGGA;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=130;WE=77228874;WS=77228856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,131:0.51:259
chr16	77231935	rs2232509	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=1.068;SC=CATGCAGCTGCACTGGGGTAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=77231943;WS=77231925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	77233394	rs4888607	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=43;PP=1610;SC=GCCAGAAGCTACTGAGGAGGC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=77233402;WS=77233384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	77240217	rs9928151	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=334;SC=AAACCTGTCTGTCATTCCATC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=77240225;WS=77240207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	77242035	rs9933799	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=539;SC=CAGACACAGTGCTTCTCCGTC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=77242043;WS=77242025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	77242083	rs9934426	C	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=16;PP=1056;SC=CTCTGGCTCACTCTTTCTTCC;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=77242091;WS=77242073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	77242284	rs1424146	G	A	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=111;PP=2965;SC=GAAGATGACTGTGCAATGTCA;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=255;WE=77242292;WS=77242274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr16	77242513	rs2343035	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=585;SC=GCACAGGCTGCTCCCTGGCCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=77242521;WS=77242503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	77245971	rs9924848	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGGGAGGGGCGGGCCGTGTAG;SOR=0.275;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=14;WE=77245979;WS=77245961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr16	77246218	rs13331769	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=255;SC=GTGGAGCGGCGGCTGCACTCG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=77246226;WS=77246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	77246517	rs62049594	C	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=429;ReadPosRankSum=0.917;SC=CCGGAGCGCCCCCGAGGTCGG;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=31;WE=77246525;WS=77246507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr16	77246795	rs2278049	C	G	9314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=218;NR=138;PP=2965;SC=AGGAGGATCCCGAGCCGCCGG;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=218;TCR=138;TR=356;WE=77246803;WS=77246785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr16	77246847	rs2278048	T	G	13289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=248;NR=245;PP=2965;SC=GACCCGCCCGTTCCCGACCTT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=248;TCR=246;TR=493;WE=77246855;WS=77246837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr16	77246953	rs2278047	G	C	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=143;PP=2965;SC=GGCGGGGCGTGCTGGGATCTC;SOR=1.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=84;TCR=143;TR=227;WE=77246961;WS=77246943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	77246988	rs7203616	T	G	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=88;PP=2656;SC=GCCGGACCCCTCCCACCAGTC;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=124;WE=77246996;WS=77246978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	77323093	rs68045879	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=788;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CTGCACTACTAACAAAGTAGC;SOR=1.176;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=39;WE=77323101;WS=77323083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr16	77323235	rs3743749	C	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GAGCAGACAACTTGAGGAAGG;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=94;WE=77323243;WS=77323225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,99:0.52:192
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chr16	77327018	rs35296483	G	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TGTTCTTGGGGCATCGTCCAA;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=80;WE=77327026;WS=77327008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,86:0.47:184
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chr16	77359919	rs11640912	A	T	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.770;SC=GGACAGAATAAGCCACCATAC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=113;WE=77359927;WS=77359909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,119:0.47:254
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chr16	77389956	rs8059275	A	G	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=91;PP=2885;SC=TCCCTTCTCCATCGTGAATCA;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=177;WE=77389964;WS=77389946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	77393207	rs2650907	G	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=18;PP=1560;SC=GTTCAAAGAGGCACTTACTTG;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=74;WE=77393215;WS=77393197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr16	77397899	rs1948718	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATGTACATATAAATACAATT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=13;WE=77397907;WS=77397889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	77398081	rs1948719	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.744;SC=ACACCCCCGCTTACCATGTTC;SOR=1.034;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=77;WE=77398089;WS=77398063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
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chr16	77465036	rs1366545	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=1.138;SC=TCTGGGAGCACATTAGATTAA;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=77465044;WS=77465026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	77756613	rs2914456	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=746;SC=TGATTTTGCAGCTCCCGCCAG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=77756621;WS=77756603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr16	77775459	rs11648791	G	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=16;PP=1487;SC=TAATTTGTCTGTTTTGTTTTC;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=77775467;WS=77775449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	77896622	rs404962	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=0.603;SC=ATGTGTGACATAGCTATTGTC;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=10;WE=77896630;WS=77896612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	77918801	rs1864228	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=0.757;SC=TTTTCCCAGATGGGTTTGTTT;SOR=0.260;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=77918809;WS=77918791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr16	78062190	rs2735403	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=68;PP=2158;SC=GACAAATCAATAATGTGGCCA;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=78062198;WS=78062180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr16	78143607	rs2287972	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=633;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GGGCTCCTTCCCTTCCTGACC;SOR=0.414;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=50;WE=78143615;WS=78143597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr16	78148794	rs1469117	T	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=310;SC=AATGGGGTTTTCCTAAAGTAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=78148802;WS=78148784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	78149173	rs7203387	A	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-1.742;SC=TCCTTTTCAGATATCGTTTCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=78149181;WS=78149163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr16	78198192	rs2303191	T	C	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=127;PP=2965;SC=AATGGGTAAGTGCTTGACTGT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=237;WE=78198200;WS=78198182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr16	78420642	rs35121047	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=379;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CTCTCTGGGCGTCTTATATTA;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=19;WE=78420650;WS=78420632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr16	78420775	rs11545029	G	A	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CAAGGTAGAAGCAATGACCCT;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=236;TCF=131;TCR=105;TR=112;WE=78420783;WS=78420765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,115:0.47:246
chr16	78420882	rs12446823	C	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=759;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ATCATAATTTCTTGCTATTGT;SOR=0.437;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=58;WE=78420890;WS=78420872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr16	78466409	rs186745328	G	T	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=32;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.763;SC=ACGACTCCTTGGGAAAACTGG;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=140;TCR=69;TR=102;WE=78466417;WS=78466399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,111:0.50:224
chr16	78725014	rs6564577	G	A	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=29;PP=2722;SC=AATACCAGTCGTTATTGCTTT;SOR=2.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=100;TCR=29;TR=129;WE=78725022;WS=78725004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	78790765	rs7199110	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=782;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GACATCAGAGCATGTGACTTA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=54;WE=78790773;WS=78790755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr16	79245465	rs384216	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=15;PP=1148;SC=ATCACTCCTTTTCTTAAAATT;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=79245473;WS=79245455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	79245820	rs383362	G	T	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=99;PP=2965;SC=AATAAGAGCAGTCACAACAGA;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=195;WE=79245828;WS=79245810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	79245956	rs2288034	C	G	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	79245961	rs2288033	T	C	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	79246078	rs2288032	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=16;PP=436;SC=CACTGCAGCCGGGGGCTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=79246086;WS=79246068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	79619727	rs60080524	GAAA	G	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.99;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	79619835	rs60533944	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=524;ReadPosRankSum=-3.006;SC=ATTCCCTTGGGTACCTGATTT;SOR=1.199;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=41;WE=79619843;WS=79619825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	79628536	rs66467731	AT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	79633805	rs5818251	TGCC	T	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=1206;SC=GCCATTCTCCTGCCGCCGCCG;SOR=1.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=26;WE=79633815;WS=79633795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	79998075	rs66539665	T	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=5.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=3.984;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,114:0.46:246
chr16	80574886	rs9922406	T	C	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=124;PP=2965;SC=CCACTTCCTTTTTTGTCTCCT;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=260;WE=80574894;WS=80574876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr16	80577078	.	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=324;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AGGTTAAGGAGATAGGAGAGT;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=22;WE=80577086;WS=80577068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	80577098	rs8049769	G	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=1013;SC=TAGGTATCTTGCTAAACATTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=80577106;WS=80577088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	80581547	rs6564762	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=11;PP=965;ReadPosRankSum=1.029;SC=CTGAGCATTGCACCCTTAGTA;SOR=1.214;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=58;WE=80581555;WS=80581537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr16	80581580	rs6564763	A	C	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TTAGGATGCAAAATAAAACTG;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=120;TCR=58;TR=99;WE=80581588;WS=80581570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,106:0.57:186
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chr16	80582867	rs9937217	G	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.885;SC=ATGTCACAGAGCAAGAACTTC;SOR=0.695;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=79;WE=80582875;WS=80582857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,83:0.41:200
chr16	80583497	rs11866734	C	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1788;ReadPosRankSum=0.114;SC=TCAGAACGACCTGACTTTTCT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=101;TCR=148;TR=117;WE=80583505;WS=80583487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,127:0.48:265
chr16	80584342	rs8182107	A	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=487;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAGAAAAAAGAAGACTAGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=24;WE=80584350;WS=80584332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr16	80641906	rs9940301	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=555;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TAGCAAGTCAGTGAAGCCCTC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=36;WE=80641914;WS=80641896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr16	80641931	rs9933302	T	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=1.904;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr16	80641936	rs9940376	G	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr16	80654526	rs4888101	T	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=418;SC=AGACCTCGAGTATTGCACAGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=80654534;WS=80654516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	80654633	rs4889169	G	A	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=52;PP=2406;SC=CAGGACCCCAGGGTGTGTGAA;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=139;WE=80654641;WS=80654623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	80666886	rs59675671	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=5;PP=652;SC=ACAGCCCAGCTTGCCCTTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=80666894;WS=80666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	80704886	rs7195952	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=944;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTCAGGATTTTGTCTCCTGGG;SOR=0.612;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=71;WE=80704894;WS=80704876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr16	80718879	rs8049284	A	G	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1406;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GACATGTGCAACCCATTGAAT;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=84;WE=80718887;WS=80718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,88:0.49:180
chr16	80719086	rs8047798	G	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=574;ReadPosRankSum=1.702;SC=AACTCAGTTCGAGGCAACAAG;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=36;WE=80719094;WS=80719076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr16	81010073	rs1127390	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.967;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr16	81012303	rs9937731	C	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AAAGGAAGTCCAGATGGTCCC;SOR=1.199;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=11;WE=81012311;WS=81012293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr16	81015560	rs2549822	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=397;ReadPosRankSum=0.337;SC=TAAATACTGCCACAGACATGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=27;WE=81015568;WS=81015550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr16	81022203	rs34522854	TA	T	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=353;ReadPosRankSum=1.876;SC=GCACGTTTCCTAAAAAAAACA;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=20;WE=81022211;WS=81022193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr16	81022232	rs2549833	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AATTTAAGTCTCCATACGATT;SOR=1.002;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=26;WE=81022240;WS=81022222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr16	81025372	rs2244452	A	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=1.290;SC=TGTGGTCTTCATCCGAAAACA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=81025380;WS=81025362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	81025490	rs2113196	A	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.218;SC=ATCAAAAACAAAGAAAATGTC;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=68;WE=81025498;WS=81025480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr16	81025506	rs2113197	T	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ATGTCACAGATAACAGGAGCC;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=76;WE=81025514;WS=81025496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,80:0.58:138
chr16	81050817	rs9889194	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	81050965	rs935939	A	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=25;PP=798;SC=AAGTTTGGGAAGTTTTTCAGA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=81050973;WS=81050955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	81051203	rs11866803	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	81051327	rs935940	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	81053682	rs10602593	CT	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr16	81056111	rs9921914	C	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=1.705;SC=GAAACTATTCCCTAATTGCAG;SOR=0.604;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=20;WE=81056119;WS=81056101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr16	81056441	rs3743503	T	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr16	81061827	rs2549887	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1349;ReadPosRankSum=-1.767;SC=GGCTGAGAGGGAAGAACCCCT;SOR=0.608;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=84;WE=81061835;WS=81061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,90:0.63:142
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chr16	81062151	rs35608064	CTT	C	5809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.475;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.01;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,129:0.98:132
chr16	81062157	rs114305409	T	C	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=1.727;SC=TTCCCTTTTTTTTTTTTTTAA;SOR=0.389;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=122;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,136:0.95:143
chr16	81062171	rs2602428	C	T	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.327;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=4.019;SC=TTTTTAATTTCAGGTATTGCA;SOR=0.208;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=163;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,172:0.93:184
chr16	81066339	rs77874075	T	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=0.245;SC=AAATGGTTAATCAAATGTATG;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=7;WE=81066347;WS=81066329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr16	81069449	rs2602430	A	G	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	81074904	rs12444747	C	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CGTTTCCACTCCAGCCTGTTG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=81074912;WS=81074894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	81076821	rs2278022	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=700;ReadPosRankSum=1.411;SC=CCAGAAGTTATCCAACAAGAC;SOR=1.684;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=44;WE=81076829;WS=81076811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr16	81077204	rs16954513	T	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=0.441;SC=AGAGCCTACCTCTTTTCAAAA;SOR=1.084;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=21;WE=81077212;WS=81077194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr16	81077915	rs2257378	T	C	4532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.697;NF=101;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.061;SC=ATCTGCCTGCTCAGACATTGG;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=267;TCF=144;TCR=123;TR=181;WE=81077923;WS=81077905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,188:0.67:279
chr16	81087488	rs12927239	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GCGAGCCGATGACCATGGCAG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=10;WE=81087496;WS=81087478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr16	81094760	rs804884	A	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=39;PP=2036;SC=GTTCTACCGCAACCGCTCAGA;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=107;WE=81094768;WS=81094750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	81094951	rs10459872	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=684;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TTGGATTTGTAGCTTTGCACT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=55;WE=81094959;WS=81094941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,60:0.34:177
chr16	81095099	rs2287995	C	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=-0.669;NF=48;NR=28;PP=842;ReadPosRankSum=-1.726;SC=ATATCTGGGCCGCTGGGGAAG;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=249;TCF=151;TCR=98;TR=76;WE=81095107;WS=81095089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,83:0.31:264
chr16	81095363	rs804885	C	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=2047;ReadPosRankSum=0.176;SC=CTGGGATGGACAGCCCTCTGT;SOR=0.459;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=201;TCF=89;TCR=112;TR=126;WE=81095371;WS=81095353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,132:0.63:210
chr16	81117906	rs56032321	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=0.110;SC=CATAACTTTAAGTATTCAACT;SOR=0.657;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=81117914;WS=81117896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	81118266	rs56119129	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr16	81118289	rs7187102	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=449;SC=TCCTGTCATACAGCTATGATT;SOR=3.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=21;WE=81118297;WS=81118279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	81121145	rs7200400	T	C	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=223;SC=ACAAACAAATTACTATTCAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=81121153;WS=81121135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	81124275	rs8177876	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GTTTCTCTGTGAATTTACGCA;SOR=0.489;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=15;WE=81124283;WS=81124265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr16	81129585	.	T	TC	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=44;QD=35.9485868237;SC=GAGCCAGGGATCCCAACAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=81129593;WS=81129575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	81129822	rs8052579	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQRankSum=0.240;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	81134860	rs117677929	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=443;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCATCAGCAGCAAATCTACGA;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=40;WE=81134868;WS=81134850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,41:0.28:149
chr16	81145630	rs8053975	C	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=1;PP=1087;SC=ACAGCAAAGACACCCTGTACT;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=81145638;WS=81145620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	81145664	rs8054611	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=12;PP=1618;SC=ACCTTCCTTGAGTTCCCAGGG;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	81145675	rs8059153	T	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=18;PP=1892;SC=GTTCCCAGGGTCTCCCTAACC;SOR=2.476;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=82;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	81145737	rs8059318	T	G	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=93;PP=2965;SC=GCAGAGACCCTCCCCGAACTT;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=218;WE=81145745;WS=81145727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	81145755	rs11647962	A	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,70:0.27:255
chr16	81145807	rs8054182	C	G	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=138;PP=2965;SC=GGATGACAATCATAAAGCCTG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=127;TCR=138;TR=265;WE=81145815;WS=81145797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr16	81145976	rs145784865	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=-2.134;SC=GAAGCTGATGCCTCTGTGGGA;SOR=0.188;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=16;WE=81145984;WS=81145966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	81151122	rs4889238	A	C	10575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.20;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr16	81151122	.	AC	CC,CG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=146,32;NR=169,45;PP=2962,771;QD=20;SC=ACGTCTCTTTACTCATGCGCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=146;TCR=169;TR=315,77;WE=81151131;WS=81151112;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:315
chr16	81151123	rs189163196	C	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,83:0.25:331
chr16	81151163	rs8053191	C	T	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=113;PP=2965;SC=AAGTTGCGGCCGTGACTGCCC;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=86;TCR=113;TR=199;WE=81151171;WS=81151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	81157324	rs4889241	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=26;PP=1213;SC=GTAGACAGTGGACTCCACAAA;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=81157332;WS=81157314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	81157521	rs4889242	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=2.025;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr16	81164274	rs11150345	C	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=211;SC=ACAGTCCCTGCTCAGGCAGGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=81164282;WS=81164264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81167314	rs3826050	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=1.152;SC=GTCTGTGGAGGGAAGGACACC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=22;WE=81167322;WS=81167304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr16	81167342	rs11150346	T	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=455;SC=CCCCTACGTGTGCAGAGGAGG;SOR=4.407;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=81167350;WS=81167332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	81173030	rs4889243	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=539;SC=ATAAAGGAATAAAAGCCCAGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=81173038;WS=81173020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	81173136	rs12918619	T	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=31;PP=1632;SC=GTGACGAACATGCTCTCCACG;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=81173144;WS=81173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	81173193	rs4889244	C	T	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=59;PP=2224;SC=CTGGCCCTCCCGTAGTGCAGG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=123;WE=81173201;WS=81173183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	81180988	rs7194136	C	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=66;PP=2464;SC=CTGATGTGTTCTGTGGATAAA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=129;WE=81180996;WS=81180978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	81183266	rs8044870	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=596;SC=CCAGCCACTAACCCTGACCTC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=81183274;WS=81183256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	81185326	rs11649028	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=19;PP=920;SC=CCTGGGTGGCGGAACAAGACC;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=81185334;WS=81185316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	81185416	rs8061038	A	G	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=67;PP=2547;SC=GAAACACCTTATCGAGGACGC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=147;WE=81185424;WS=81185406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	81190294	rs4889251	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=394;SC=CAGGTGATCCGTCCACCTTGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	81190308	rs4889252	G	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=445;SC=ACCTTGGCCTGCCAAAGTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	81190328	rs4889253	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=486;SC=TGGGATTACAGGCGTGAGCCA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=81190336;WS=81190318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	81190601	rs1453325	T	C	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=91;PP=2536;SC=TGGTGGATGTTGATGGCATTG;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=165;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	81190613	rs1453324	A	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=84;PP=2729;SC=ATGGCATTGGACATCACCAGG;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=141;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	81190708	rs1453323	A	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=440;SC=CAACCCATAAAGGGGCTGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=81190716;WS=81190698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	81193156	rs10871403	C	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=20;PP=2819;SC=GCCAGAGGCACCAAAAGGGAA;SOR=2.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=95;TCR=20;TR=115;WE=81193164;WS=81193146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	81193321	rs72628271	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1176;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGGTCCCTGCCGGGGGCTGGC;SOR=0.531;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=287;TCF=123;TCR=164;TR=91;WE=81193329;WS=81193311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,97:0.33:292
chr16	81193433	rs734823	G	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=608;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CTGTAGGAAAGGGGGTTCCAG;SOR=0.374;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=36;WE=81193441;WS=81193423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr16	81194382	rs2317117	T	C	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=75;PP=2965;SC=GTGCAATGTCTGGTCTCCAGT;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=121;TCR=75;TR=196;WE=81194390;WS=81194372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	81194528	rs11647564	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=976;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CAGAAACAATCCTATTGAAGG;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=54;WE=81194536;WS=81194518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr16	81197117	rs4889255	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=1078;SC=GCTTGAGCCCAGGAGGCAGAA;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=81197125;WS=81197107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	81199520	rs12931217	T	C	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=57;PP=1515;SC=AGCAGGAGGGTGGTCTGCACA;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=81199528;WS=81199510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr16	81201774	rs34172014	C	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=983;SC=CTGTGTCATTCAAGGGACAAG;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=81201782;WS=81201764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	81201837	rs35055907	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=226;SC=CCTGGCACACGAGCTCCCTGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=81201845;WS=81201827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81201853	rs72822032	C	A	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=5;PP=114;SC=CCTGTATCTCCGGCTTGAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=81201861;WS=81201843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	81201868	rs34722210	G	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	81201872	rs76815905	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	81204172	rs11648241	A	C	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=142;SC=ATAAGGAAGCACAGGAGCTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=81204180;WS=81204166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	81204423	rs11640279	T	C	8428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GGAAAGAAGATGACAGAGGTC;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=174;TCR=133;TR=307;WE=81204431;WS=81204413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr16	81211496	rs9935113	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=-1.281;SC=AGAACGGTGCCCTCCTCTGGG;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=26;WE=81211504;WS=81211486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr16	81211548	rs9934605	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=0.830;SC=GCACAGTGCTGATCACATAGG;SOR=0.445;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=34;WE=81211556;WS=81211538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,41:0.37:111
chr16	81211720	rs9925522	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=0.206;SC=AACTTCAGACATCTCTGGATC;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=17;WE=81211728;WS=81211710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	81213081	rs4889259	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CAGGAGGCTGGGACAGGAGGA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=81213089;WS=81213071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	81213142	rs4889260	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=797;ReadPosRankSum=0.669;SC=AGTGAGATCACATCTCTCTAT;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=52;WE=81213150;WS=81213132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr16	81213378	rs4889261	A	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=55;PP=1332;ReadPosRankSum=-2.245;SC=GCAGGCATCCAGGAGGGGCTC;SOR=0.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=82;WE=81213386;WS=81213368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,86:0.61:140
chr16	81213422	rs4889262	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=701;ReadPosRankSum=0.382;SC=GGGCTGCTGACGCTACAGCCA;SOR=0.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=40;WE=81213430;WS=81213412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr16	81219187	rs13339342	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=0.748;SC=AACAGCCAGGCGCAGGGTGAC;SOR=0.791;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=38;WE=81219195;WS=81219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,43:0.34:126
chr16	81219329	rs9319563	G	T	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=153;PP=2965;SC=CAGACACTATGATCCATCAGG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=130;TCR=153;TR=283;WE=81219337;WS=81219319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr16	81219396	rs9674042	T	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1022;ReadPosRankSum=0.954;SC=TCATGAATAATAACATCAGCT;SOR=0.360;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=58;WE=81219404;WS=81219386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr16	81222672	rs4889271	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=1.297;SC=TGGGGTGCTGTTGGCATTCCC;SOR=1.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=23;WE=81222680;WS=81222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr16	81224234	rs12716909	T	C	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=769;ReadPosRankSum=1.023;SC=CATCTTTTCCTTGTGAGGTTA;SOR=0.539;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=50;WE=81224242;WS=81224224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr16	81224423	rs11647179	G	A	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=73;PP=2371;SC=CACCAGGGGCGTCAGCCTGTC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=137;WE=81224431;WS=81224413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	81224495	rs72823811	G	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=101;ReadPosRankSum=1.010;SC=GATTAAAAGTGAGTCATCTTG;SOR=0.866;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=10;WE=81224503;WS=81224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr16	81228814	rs72823822	G	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GAAGGAGCTTGGTTCTTGTCC;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=9;WE=81228822;WS=81228804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr16	81232275	rs7205673	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ACCTTCAACCGGAACAGCCAG;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=25;WE=81232283;WS=81232265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr16	81232564	rs7194871	T	G	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1750;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CCCATCAGTTTCTGGGTTTCT;SOR=0.651;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=113;WE=81232572;WS=81232554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,127:0.66:193
chr16	81232743	rs9924038	G	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=0.743;SC=GCAGCTCAGAGTCAGTCTCTG;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=30;WE=81232751;WS=81232733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr16	81240931	rs11150368	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=1.812;SC=CCGGACAGCCTACCCCAGCCA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=81240939;WS=81240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	81241098	rs11150369	C	T	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,74:0.64:116
chr16	81241100	rs11150370	G	C	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr16	81242085	rs7499175	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=544;ReadPosRankSum=0.706;SC=TCAAGCAAGTCGGGGACTCAC;SOR=0.698;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=43;WE=81242093;WS=81242075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,49:0.35:142
chr16	81242102	rs6420424	G	A	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1342;ReadPosRankSum=0.311;SC=TCACCTTCCCGGCACTGGTAC;SOR=0.517;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=86;WE=81242110;WS=81242092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,97:0.64:151
chr16	81242148	rs55980345	GTT	G	3481.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=2947;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCGGACACAGGTTTCCAAAGT;SOR=0.393;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=48;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,87:0.68:128
chr16	81242151	rs5818326	T	C	3490.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=0.631;SC=GACACAGGTTTCCAAAGTAGG;SOR=0.418;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=74;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,87:0.69:127
chr16	81242194	rs6564838	T	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=1083;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGACTGTAGCTCCTGGCACTG;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=63;WE=81242202;WS=81242184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr16	81242366	rs6564839	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=1.114;SC=GAAGACCAGGTACTGGGCTAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=81242374;WS=81242356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	81242386	rs6564840	T	G	155.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=1.465;SC=GGTACTCAGGTGAGGGAGAAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=81242394;WS=81242376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	81248716	rs12933806	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=974;ReadPosRankSum=0.319;SC=CGCCCGTAGACGGCATCCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=57;WE=81248724;WS=81248706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr16	81272628	rs58067823	T	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	81279120	rs28370522	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,62:0.32:191
chr16	81295780	rs35683292	C	A	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=50;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CCGATTTCACCGACAACTGCC;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=239;TCF=150;TCR=89;TR=140;WE=81295788;WS=81295770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,148:0.60:247
chr16	81295902	rs7500996	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=962;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TCAACACATATGTAACCAGCA;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=235;TCF=88;TCR=147;TR=79;WE=81295910;WS=81295892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,82:0.32:256
chr16	81301571	rs7202895	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=420;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GCTCCATCCCATCCCGCTCCC;SOR=1.137;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=38;WE=81301579;WS=81301561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,36:0.25:146
chr16	81304069	rs28504508	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGATATCGGCCCAGGTGGGAA;SOR=1.795;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=12;WE=81304077;WS=81304059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr16	81320830	rs8048342	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=642;SC=ATCTTCATGCACTCCTATTTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=81320838;WS=81320820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	81396287	rs12448327	C	T	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=106;PP=2733;ReadPosRankSum=0.493;SC=TGTTTTGTGTCTGAGTTCAGG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=85;TCR=156;TR=162;WE=81396295;WS=81396277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,165:0.65:254
chr16	81398520	rs4889313	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=2.271;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr16	81398635	rs2608555	C	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=807;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GAGGCTCCTACGGAAAGCTTT;SOR=1.020;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=51;WE=81398643;WS=81398625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr16	81528953	rs17777059	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GGCGACCCACAGGCTTCTTGG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=9;WE=81528961;WS=81528943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	81641452	rs7203914	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=230;SC=GCTGTAAACCAGGTCTGACTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=81641460;WS=81641442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	81679151	rs4889356	A	G	13555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=303;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GAACCCTGGCATATGTGCTTG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=806;TCF=386;TCR=420;TR=578;WE=81679159;WS=81679141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,602:0.73:830
chr16	81703861	rs11150398	G	A	4073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=92;PP=2712;ReadPosRankSum=0.802;SC=GTGGGTCTCCGGCGCGACGTC;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=166;WE=81703869;WS=81703851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,176:0.77:230
chr16	81704014	rs12920501	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.861;SC=CTCGGACACACTGGACCTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=15;WE=81704022;WS=81704004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	81704033	rs8044418	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.825;SC=AGCAACACTGCTGTTTCCTCA;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=81704041;WS=81704023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr16	81726584	rs11642818	A	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=389;ReadPosRankSum=-1.126;SC=CGCCTCCTCAAAGAAGGCCTT;SOR=1.893;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=19;WE=81726592;WS=81726580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr16	81726863	rs2288011	C	G	14016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=1.017;SC=CCTCCGTGGCCCATGCATTCT;SOR=0.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=277;TCR=224;TR=499;WE=81726871;WS=81726853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,504:1.00:505
chr16	81730005	rs72831120	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr16	81730381	rs9933631	C	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=24;PP=874;SC=CGGAGTTTCCCGGCTAACACA;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=41;WE=81730389;WS=81730371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	81736324	rs4888167	C	T	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=74;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GTGGGTTGGTCCTCTCTGTTG;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=33;TCR=106;TR=99;WE=81736332;WS=81736314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,104:0.72:145
chr16	81739376	rs3968320	T	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=728;SC=CACCATTCCATGTGCCAGGAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=81739384;WS=81739366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81739404	rs9936604	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=0.500;SC=GGGAAAAATATCCCTAACCTC;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=81739412;WS=81739394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr16	81740829	rs67721827	T	C	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=71;PP=1850;ReadPosRankSum=0.444;SC=TAATGGCAGATCAAAAAGAGT;SOR=0.511;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=41;TCR=95;TR=104;WE=81740837;WS=81740819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,106:0.77:137
chr16	81743328	rs68116357	A	G	8715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.573;SC=ACACGTGACAAGGACTCTTAT;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=527;TCF=300;TCR=227;TR=371;WE=81743336;WS=81743318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,381:0.71:540
chr16	81816733	rs8045964	C	T	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=81;PP=2965;SC=TGGTTTCTGTCTAATTGAAGG;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=208;WE=81816741;WS=81816723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	81816787	rs4476171	T	A	7152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=126;PP=2965;SC=TCCAGTGGACTATGGCCTAGA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=122;TCR=127;TR=248;WE=81816795;WS=81816777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	81819486	rs4354929	C	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=30;PP=2965;SC=GAAGTTCATGCCCTGTTAACT;SOR=2.472;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=111;TCR=30;TR=140;WE=81819494;WS=81819476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	81819768	rs1143685	T	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=121;PP=2965;SC=GCAAGACCGCTGACAAGATCG;SOR=1.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=52;TCR=122;TR=173;WE=81819776;WS=81819758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	81887903	rs4072831	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=391;ReadPosRankSum=-1.870;SC=GAAGGAGGGGACACTGAGTCC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=18;WE=81887911;WS=81887893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	81887938	rs4522412	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=546;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTTTGCGGGATCCTGTTGGGG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=31;WE=81887946;WS=81887928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr16	81887957	rs4072830	A	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=646;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GGAAGGAAGGAGCCAGGCTGT;SOR=0.140;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=41;WE=81887965;WS=81887947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr16	81888152	rs1143686	A	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1250;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCACCATCCTATATGGCACTC;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=77;WE=81888160;WS=81888142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr16	81888237	rs4072828	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GTGCCTTAGTGTCTTCCTGAA;SOR=1.445;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=19;WE=81888245;WS=81888227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	81891998	rs4341734	G	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.771;NF=59;NR=58;PP=1871;ReadPosRankSum=1.603;SC=CGTAGTTGCTGATTCCTTTAT;SOR=0.482;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=117;WE=81892006;WS=81891988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,122:0.78:157
chr16	81892043	rs67392656	GAAAA	G	3695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.924;HP=13;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.535;NF=8;NR=54;PP=1071;ReadPosRankSum=2.318;SC=CTACAGGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.150;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=10;TCR=79;TR=62;WE=81892055;WS=81892032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,92:0.88:104
chr16	81892169	.	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TAGTTTTCAGCGTTGGCCTAT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=81892177;WS=81892159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	81892895	rs41309272	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=679;ReadPosRankSum=0.049;SC=TTGTGATCTGCGGATGCCATG;SOR=0.707;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=43;WE=81892903;WS=81892885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr16	81902797	rs12445580	A	G	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=39;PP=1980;SC=AGGTGACAGAACTGGGTCTCC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=81902805;WS=81902787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	81902990	rs4889419	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TTTGAGTTCCGTGGAATAGTG;SOR=1.739;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=14;WE=81902998;WS=81902980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr16	81903055	rs4889420	G	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=200;SC=GAGGGATCATGGACATATCTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=81903063;WS=81903045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	81904375	.	C	A	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=8;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=24;QD=29.3856062736;SC=ATTTCTGAAACAAAAATTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=81904383;WS=81904364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
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chr16	81904711	rs7192535	T	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=161;SC=ATTGGCAAAATTCTTTAACCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=81904719;WS=81904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	81917099	rs6564928	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=2.000;SC=AACGATTGCAGTCTGCCAGAT;SOR=0.180;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=81917107;WS=81917089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	81929488	rs1143688	C	T	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=2.095;SC=TCAAGTTTGACGACGTCGTGC;SOR=0.408;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=128;TCR=109;TR=234;WE=81929496;WS=81929478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr16	81931362	rs8053636	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=593;SC=GTTGGCCAGGTTGGTCTTGAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=81931370;WS=81931352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	81931403	rs8049305	A	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=9;PP=1214;SC=TCCCGCCTCAACCTCCCAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=81931411;WS=81931393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	81939150	rs4435248	G	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=47;PP=1420;SC=CTGCGGCCACGCCCCTTGCAG;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=81939158;WS=81939140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	81941319	rs1143689	C	T	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=58;PP=2289;SC=GCGCCATTGCCGATGCCAAGC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=81941327;WS=81941309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	81946423	rs4243222	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.113;SC=CCTGCAGTGCCCTGCCCCCCC;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=20;WE=81946431;WS=81946413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr16	81946471	rs4243223	G	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=1.417;SC=AGCAAAAGCCGCTGCGAGAAT;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=81946479;WS=81946461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	81953081	rs12448130	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=655;SC=GTGTTCTTCCTGCTCCAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=81953089;WS=81953071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	81953368	rs12448152	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=29;PP=814;SC=TTCACCATGTATCTGATACTG;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=81953376;WS=81953358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	81954789	rs12446127	C	G	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,47:0.26:180
chr16	81956927	rs4485360	C	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=375;SC=TTGGGGCCTTCGATCCTTTGC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=81956935;WS=81956917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	81956999	rs41311272	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTGCTCCCCAATGAGAAGAAC;SOR=0.311;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=18;WE=81957007;WS=81956989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr16	81962071	rs4366702	A	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=324;SC=TTCCACAGGCAGTATCTCTGC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=81962079;WS=81962061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	81973474	rs4405546	C	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=929;SC=TGTGGCCTCTCATGAGCTTTG;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=81973482;WS=81973464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	81973805	.	A	T	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=111;QD=48.5904041824;SC=CTTGGAGAGCAGGTGTACAGC;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=81973815;WS=81973795;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr16	81973807	.	G	GTGCA	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=111;QD=73.0;SC=TGGAGAGCAGGTGTACAGCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=81973815;WS=81973795;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr16	82124518	rs117437228	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=753;ReadPosRankSum=0.256;SC=AGGGGCCCCAATGGAAAGGCT;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=49;WE=82124526;WS=82124502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr16	82124776	rs2955154	G	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=53;PP=1601;SC=TCAGTTAAAGGGGTGAAAACA;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=82124784;WS=82124766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	82182832	rs11859599	C	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=1055;SC=AGCTGCCGTGCACTGTGGGGT;SOR=4.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=82182840;WS=82182822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	82197883	rs2303266	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=215;SC=TCTTCTACTTGTTCTCCTTCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=82197891;WS=82197873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	82203705	rs2303265	A	C	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	82203711	rs2303264	G	T	6695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	82203742	rs1134847	T	C	9058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=107;NR=88;PP=2965;SC=TCATGCGCAGTAGATTCTTGG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=195;WE=82203750;WS=82203732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	82203758	rs2303262	C	T	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr16	82203768	rs2303261	G	T	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	82203786	rs2303260	C	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=600;ReadPosRankSum=0.956;SC=GCCATGGTAGCTTCCGCCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=57;WE=82203794;WS=82203776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr16	82672920	rs12444222	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=336;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GGGTCAGCCCGGGGTCATTTG;SOR=1.248;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=23;WE=82672928;WS=82672910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr16	82673047	rs4782724	C	T	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=84;PP=2847;SC=TGGGCGTGACCCACCTGCAGC;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=154;WE=82673055;WS=82673037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	82882118	rs1585533	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=758;SC=TTTTTAAATTATTACTTTGTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=82882126;WS=82882113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	82882188	rs13336316	G	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.268;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr16	82917768	rs929847	G	C	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=17;PP=1371;SC=TCCTTATGCTGTTTCTTTCCA;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=82917776;WS=82917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	82917852	rs929848	T	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=59;PP=1721;SC=TGGGCTCCCATGAGAAGGAAA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=124;WE=82917860;WS=82917842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	83065664	rs6565105	G	A	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=64;PP=2649;SC=ATGAGGTCTCGAGCCCATACT;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=83065672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	83065904	rs7197530	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.350;SC=GGGTCTTTAATTTATTATGTT;SOR=0.748;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=16;WE=83065912;WS=83065894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr16	83065965	rs2228685	T	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=168;SC=AATCCAACTCTAAAAATGTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=83065973;WS=83065955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	83159350	rs7196370	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=665;SC=GTTGAAATTAAGCAGGAAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=83159358;WS=83159340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	83251210	rs4572385	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACCCGGGACTGCATGGCTTTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=83251218;WS=83251200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	83542061	rs4782540	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.583;SC=CACTCCCATACAGGCTTTCAA;SOR=2.494;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=83542069;WS=83542051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	83658649	rs11639522	C	G	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TATTTAAGCACAAAAATGGAC;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=85;WE=83658657;WS=83658639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,102:0.71:144
chr16	83658759	rs150355903	CTG	C	2465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=39;PP=1736;ReadPosRankSum=-1.773;SC=TAAAGAAACTCTGTGTGTGTG;SOR=1.167;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=41;WE=83658768;WS=83658749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr16	83658857	rs17760896	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GTAATTTAAGCCAAAATGACG;SOR=0.052;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=83658865;WS=83658837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	83775103	.	A	ATG	91	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9998;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=63.51;NF=0;NR=2;PP=91;QD=52.0;SC=GTATATATATATATGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=83775113;WS=83775093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr16	83775105	.	A	G	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=63.51;NF=0;NR=3;PP=53;QD=29.2570708491;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=83775113;WS=83775093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	83781919	rs889490	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=571;ReadPosRankSum=2.157;SC=TTTACATTTTTAAATTTCTTC;SOR=1.058;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=28;WE=83781927;WS=83781909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr16	83816828	rs153654	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=13;PP=1089;SC=AGTCTCATCCACTCTCACCAG;SOR=1.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=83816836;WS=83816818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	83817019	rs1048612	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=47;PP=1367;SC=GCAACGCGGCAGGGGCCCTGC;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=83817027;WS=83817009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	83842792	rs8053753	G	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr16	83873259	rs435383	G	A	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=1;PP=76;SC=AGGAACAGAGGACTCATTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=83873267;WS=83873249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	83873285	rs435367	G	A	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=169;SC=GTGTGTGTGTGTGCTCCTGTG;SOR=3.912;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=83873293;WS=83873275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	83873312	rs367415	C	G	70.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	83873334	.	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	83886468	rs150603407	GTGCACACA	G	6200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=47;PP=2977;SC=GCACACACACGTGCACACATG;SOR=1.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=92;WE=83886483;WS=83886458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	83886664	rs141778832	G	GT	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.678;NF=0;NR=18;PP=613;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CATCAGAAGGGTAACAAGATG;SOR=0.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=18;WE=83886672;WS=83886654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr16	83933296	rs446036	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=704;SC=CCGCCGTCGATCCCCCGGCAG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=83933304;WS=83933286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	83940480	rs3815804	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=1.189;SC=GTCTTGCACAATTGTCTTATG;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=19;WE=83940488;WS=83940470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr16	83982460	rs4782863	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=447;SC=GGATCACGTCACAAGCTCTCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=83982468;WS=83982455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	83982960	rs4782864	C	T	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=45;PP=2260;SC=TTGAGCACTCCAGGGTGGGGG;SOR=1.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=122;WE=83982968;WS=83982950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	83983071	rs4782865	C	T	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=90;PP=2946;SC=AAGTGGAGACCGAGAGGCTGC;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=169;WE=83983079;WS=83983061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	83983755	rs2245008	G	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=6;PP=1318;SC=CATGGCCCCAGCTGTGCCTAA;SOR=4.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=83983763;WS=83983745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	83983775	rs12933677	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=11;PP=1863;SC=ACCTCTTCCCTAAGCCTTTTT;SOR=3.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=77;WE=83983783;WS=83983765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	83983867	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=24;MQ=57.54;NF=134;NR=119;PP=2965;QD=20;SC=GGCAGATACGCACACACAGAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=134;TCR=119;TR=253;WE=83983875;WS=83983857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr16	83983892	.	CA	TG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=25;MQ=56.25;NF=98;NR=109;PP=2947;QD=20;SC=GCATACATACCAGCACACACG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=207;WE=83983901;WS=83983882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr16	83983920	.	G	A	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=54.89;NF=68;NR=86;PP=2965;QD=20;SC=ACATGCACACGTGAGCACATG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=154;WE=83983928;WS=83983910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr16	83984578	.	GCA	G	660	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=41.24;NF=6;NR=2;PP=660;QD=85.5;SC=ATACATACTGGCACACACGTA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,8:0.57:14
chr16	83984776	rs28555129	A	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=70;PP=2467;SC=TCTACCAGGAACCAGCCCCAG;SOR=1.205;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=126;WE=83984784;WS=83984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	83984844	rs2244899	A	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	83984850	rs2244898	C	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	83986885	rs7203516	C	G	13150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr16	83986888	rs7203864	G	A	13134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr16	83992785	rs2665296	G	A	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=57;PP=2965;SC=TGAATGCGCCGCATCTAGATC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=130;TCR=57;TR=186;WE=83992793;WS=83992775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	83994569	rs2136662	G	T	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=50;PP=1910;SC=TGGACCAAAGGGTTCCTTTCC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=83994577;WS=83994559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	83999261	rs35132222	C	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ACCGCAGCCTCCCCAGGCACC;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=138;TCR=193;TR=115;WE=83999269;WS=83999251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,119:0.35:337
chr16	84050359	rs13380582	A	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr16	84050369	rs80036206	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.11;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr16	84050970	rs28669064	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=0.265;SC=GACAGACAGCGCCTGGCTTTA;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16;WE=84050978;WS=84050960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr16	84065710	rs907043	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=18;PP=481;SC=CTGCCTCACCATCCTCATCTG;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=84065718;WS=84065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	84067004	rs57576928	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=-0.143;SC=AGAGCAGGGGCAGGGTGAAGC;SOR=1.091;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=20;WE=84067012;WS=84066994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr16	84075563	rs1105355	C	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=6;PP=739;SC=ACTCACTTCCCGGGGACTTAC;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=84075571;WS=84075553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	84088047	rs11607	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=57;PP=2497;SC=GTCAGCCAGGCTGCCGGTCAC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=126;WE=84088055;WS=84088037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	84088968	rs8053890	T	C	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=48;PP=2569;SC=CTCCTCTTGGTAGCTATAAAC;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=125;WE=84088976;WS=84088958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	84089207	rs6563996	G	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=56;PP=1603;SC=GGGCCTTCTGGGCTGAGGGCT;SOR=2.332;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=74;WE=84089215;WS=84089197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	84089536	rs11415464	T	TG	224.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=3;PP=336;SC=GCCCGCCTCCTGGGGAGGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=84089544;WS=84089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	84089767	rs17849043	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=29;PP=971;SC=TAAAACAAAACAAAAATAAGC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=84089775;WS=84089757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	84093062	rs2280024	G	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TCAACAAAAAGGAAAATCATC;SOR=1.169;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=110;WE=84093070;WS=84093052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr16	84093152	rs2280023	T	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.512;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=580;ReadPosRankSum=2.215;SC=ACAGAGCCCCTGTGCTCTATT;SOR=2.925;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=25;WE=84093160;WS=84093142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr16	84094450	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.186;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr16	84101240	rs3835163	C	CACATTTT	2838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=2247;SC=CCCCAAAAGTCTTATCCAAAT;SOR=1.649;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=35;WE=84101248;WS=84101230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	84101875	rs3817151	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=313;SC=GGGATTCACTCCTCAGACATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=84101883;WS=84101865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	84102135	rs870584	G	C	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=51;PP=1694;SC=CACAGGGCCGGCTCTGCAAGA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=84102143;WS=84102125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	84104478	rs1980011	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=334;SC=AAACTGGTTCCGAGAAATACT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=84104486;WS=84104468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	84115279	rs3826139	T	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=591;SC=AGGCTTGTATTTTGTGCAGAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=84115287;WS=84115269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	84115483	rs3743631	G	A	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=67;PP=2670;SC=TCATACTGGCGGGATTCACCA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=129;WE=84115491;WS=84115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	84115561	rs3743632	G	A	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=64;PP=2169;SC=TAAAAGAATGGAAATTGGACC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=107;WE=84115569;WS=84115551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	84124602	rs8045891	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=24.40;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	84132533	rs4782584	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=329;SC=CCAGGAAAATGTTCACAATTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=84132541;WS=84132523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	84132628	rs10690442	G	GAC	5901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=35;PP=2971;SC=AAACAGCAGAGAGAAATTTGC;SOR=1.420;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=84132636;WS=84132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	84135493	rs907045	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=848;SC=CAACATTACTAATCAGCCATC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=84135501;WS=84135483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	84203612	rs17856705	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=29;PP=1079;SC=TGCCCGGAAAAGCCAAGTGGA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=84203620;WS=84203602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	84203939	rs11644164	C	T	12620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=259;NR=192;PP=2965;SC=CCACCACCACCGCCCCTGGGA;SOR=1.020;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=452;TCF=259;TCR=193;TR=451;WE=84203947;WS=84203929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr16	84204043	rs4578631	T	A	9620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CTGTGGGACCTGGGGCCTGAG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=137;TCR=231;TR=366;WE=84204051;WS=84204032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,351:0.99:353
chr16	84205726	rs12926474	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=415;SC=CTTGTGATCCGCCCACCTTGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=84205734;WS=84205720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	84208446	rs111554344	AT	A	3500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.768;NF=1;NR=86;PP=2948;ReadPosRankSum=0.609;SC=AAAGCATTGAATTCCCCCATA;SOR=0.721;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=146;TCF=2;TCR=144;TR=87;WE=84208454;WS=84208436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,114:0.60:189
chr16	84209634	rs2288019	C	G	4053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=95;PP=2709;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TGGAAAACCTCCCCACAGACA;SOR=0.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=101;TCR=131;TR=164;WE=84209642;WS=84209624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,173:0.71:244
chr16	84211465	rs2288024	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CAGTTATATGTAGCATAAATG;SOR=0.757;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=32;WE=84211473;WS=84211455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr16	84211483	rs8692	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ATGGTTTAATCATAAATGTCT;SOR=0.223;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=36;WE=84211491;WS=84211473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr16	84211788	rs1056612	G	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=701;ReadPosRankSum=0.628;SC=GGGGGAGTCTGTGAGGCACAA;SOR=0.178;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=32;WE=84211796;WS=84211778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr16	84212779	rs2230131	G	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1392;ReadPosRankSum=0.974;SC=CTGGGAGGGCGGGGTCGTGGG;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=79;WE=84212787;WS=84212768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr16	84212928	rs3743642	G	A	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TCTGTCTCCCGGGCTCCGAGG;SOR=0.466;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=106;WE=84212936;WS=84212918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,109:0.64:171
chr16	84213728	rs4150166	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=775;ReadPosRankSum=1.173;SC=GTCCAGGCCCCGACCGCCCCA;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=60;WE=84213736;WS=84213718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr16	84213965	rs2278043	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1379;ReadPosRankSum=0.266;SC=GGCCCGAGAAGGAAGGGGGAT;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=91;WE=84213973;WS=84213955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,92:0.61:152
chr16	84214837	rs2303234	G	C	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2285;ReadPosRankSum=2.317;SC=GTCCCAGGCCGGTGACGCTGT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=118;TCR=138;TR=159;WE=84214845;WS=84214827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,165:0.62:264
chr16	84215314	rs3815814	T	C	4482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CAGCCCTGCCTCCAGCCCCTC;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=190;WE=84215322;WS=84215304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,198:0.72:274
chr16	84217062	rs4782591	C	T	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=115;PP=2965;SC=CCGATACCGGCACCCTCCGCG;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=68;TCR=115;TR=183;WE=84217070;WS=84217052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	84218565	rs2230126	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TCAGAAACAATGCAGGGCGGA;SOR=0.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=100;WE=84218573;WS=84218555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,106:0.72:148
chr16	84224805	rs8044351	G	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr16	84224967	rs8044695	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.929;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AGTGCCTGGGGGCCCGCGCCC;SOR=0.493;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=17;WE=84224975;WS=84224957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr16	84225327	rs8049081	C	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=0.582;SC=ACGTGGGGAGCAGGGGGTCTG;SOR=0.976;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=21;WE=84225335;WS=84225317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr16	84227843	rs186672684	A	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GACTTGGTTGAATCAGCGATG;SOR=0.895;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=260;TCF=119;TCR=141;TR=93;WE=84227851;WS=84227833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,94:0.35:267
chr16	84228199	rs11864937	G	T	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=97;PP=2958;SC=GTAATGGAGGGAGGGCCAGGC;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=174;WE=84228207;WS=84228189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	84228237	rs11646787	A	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=71;PP=2116;SC=GGACAAGAGGACTGAGGCTGG;SOR=1.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=84228245;WS=84228227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	84228305	rs11864916	C	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=760;SC=GGTTGCTGTACAAACCATCTG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=84228313;WS=84228295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	84228612	rs35353940	CT	C	11512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=131;PP=2951;SC=CGGACCCAGGCTTGTAGTGTC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=64;TCR=138;TR=191;WE=84228620;WS=84228602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr16	84228770	rs11149631	G	C	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=98;PP=2965;SC=GGCCTGTAAGGGGACTGTGGC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=199;WE=84228778;WS=84228760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	84228873	rs11865115	C	T	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=105;PP=2965;SC=TTGCCTTAGGCTGGGCCGTCT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=202;WE=84228881;WS=84228863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	84229559	rs2303238	T	C	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=69;PP=2965;SC=TGTCAGCCAGTGACAAGCTGG;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=167;WE=84229567;WS=84229549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	84230067	.	GCAACCCCTTCGCT	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5042;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=8;NR=6;PP=2962;QD=20;SC=TAATCCCAGCGCAACCCCTTC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=14;WE=84230091;WS=84230057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,14:0.74:19
chr16	84230082	.	AACCCCTTC	A	1436.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.05;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	84230091	.	GCTCAA	G	1436.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.91;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	84230096	.	A	G	552	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=124;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=23;NR=8;PP=552;QD=18.9281036306;SC=CCTTCGCTCAACCCCTTCCTA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=84230104;WS=84230076;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	84230376	rs2303242	T	C	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=79;PP=2694;SC=CTGCCAAGGTTGGTTCCCCAC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=161;WE=84230384;WS=84230366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	84230500	rs2303243	A	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=46;PP=1255;SC=GGAGGCTCGCAGGCAGCTGTC;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=84230508;WS=84230490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	84271158	rs3803640	C	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,56:0.24:234
chr16	84328752	rs369797	G	T	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	84328756	rs401782	G	C	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.20;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	84328826	rs429725	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=538;SC=TGCTCCCCCAAAACGTGGCAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=84328834;WS=84328816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84357925	rs244786	G	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=577;SC=AGTGAGATGGGGAGACTGAAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=84357933;WS=84357915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	84358121	rs244787	A	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=394;SC=AGGCAGTGAAAGTTTCTTATG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=84358129;WS=84358111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	84360533	rs12933084	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=0.956;SC=GGACAACAGAAGCACTTTCAG;SOR=1.018;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=32;WE=84360541;WS=84360523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,35:0.29:119
chr16	84431973	rs12148971	C	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=195;SC=GATCATGACACTGCACTCCAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=84431981;WS=84431963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	84438512	rs11149650	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GACCAGAGTCGTCTTTTCTGC;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=89;WE=84438520;WS=84438502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr16	84444349	rs247818	A	C	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=76;PP=2435;SC=GCTGACCAAGATGGTTCCTCC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=126;WE=84444357;WS=84444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	84455961	rs2288573	A	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=19;PP=1881;SC=GGGGTGACAGAGAGATTCCAC;SOR=2.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=82;WE=84455969;WS=84455951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	84456642	rs247814	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.093;SC=ATACGCACAGGTCTTCAGTGC;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=10;WE=84456650;WS=84456632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr16	84456705	rs185063	C	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=36;PP=1891;SC=ATCACTGAAGCTGTAGGATGG;SOR=1.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=100;WE=84456713;WS=84456695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	84459424	rs1891	C	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=908;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GTGCTATGGCCGCCCCTTGCC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=55;WE=84459432;WS=84459414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr16	84459512	rs1887	G	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=9.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=0.451;SC=AGGAAGGGTTGGGAAGGTGCA;SOR=3.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=84459520;WS=84459502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	84472972	rs247905	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.014;NF=18;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=-0.554;SC=ATCCAGCCTGGGGGTTTCACA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=32;WE=84472980;WS=84472962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
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chr16	84473137	rs247904	G	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=49;PP=1634;SC=CGAGGTGAGTGCCAAAGGAAT;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=84473145;WS=84473127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr16	84473195	rs247903	T	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=336;SC=CTTTCTAAACTAAGCACACAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=84473203;WS=84473182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr16	84481995	rs247891	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=197;SC=GTCCAGCACCTGTGAACAGCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=84482003;WS=84481985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	84485573	rs247885	C	A	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=79;PP=2965;SC=TGACGTTTCTCGGTCTTGTGG;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=130;TCR=79;TR=209;WE=84485581;WS=84485563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr16	84485749	rs12149888	C	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=77;PP=2316;SC=CCATCCTTTACGATGGGGGGC;SOR=2.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=111;WE=84485757;WS=84485734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	84486867	rs2435172	A	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=72;PP=2903;SC=CTTGGCTGGCAGTGGGGCTGG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=84;TCR=72;TR=156;WE=84486875;WS=84486857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	84493032	rs3743654	C	T	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=0.489;SC=TCTCTTTACCCACCTGCGGGG;SOR=0.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=178;WE=84493040;WS=84493022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr16	84493144	rs410388	C	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=92;PP=2965;SC=TGTTGCACTGCAGTGAGACTG;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=160;WE=84493152;WS=84493134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	84493927	rs35858301	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=680;SC=GGCGGAGCCTGGAGCCTGTTT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=84493935;WS=84493917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	84493954	.	G	GA	2306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=797;SC=GCGCAACGTTGGGGGGGGTCC;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=84493962;WS=84493944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	84494020	rs393515	G	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=41;PP=1809;SC=TTGGCCTTACGGGGTGGTCTT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=84494028;WS=84494010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	84494275	rs2241640	C	T	6945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=119;PP=2965;SC=GGGTAGAGCCCGTTGACAAAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=243;WE=84494283;WS=84494265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr16	84495761	rs34205686	G	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=719;SC=GGGAACGACAGGTGACCTCGA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=84495769;WS=84495751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	84513463	rs899250	T	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GCTGCAGGCGTTGCCCTCTAC;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=84513471;WS=84513453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr16	84513562	rs34628943	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.822;SC=GCTGTGGCGCGAATGCCCACT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=59;WE=84513570;WS=84513552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr16	84514341	rs444170	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=609;ReadPosRankSum=0.836;SC=GACAGAGAATAGCATCAGCAA;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=48;WE=84514349;WS=84514331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,49:0.31:158
chr16	84516309	rs433293	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GGAAGCATCTGTTGTCCCCTG;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=82;WE=84516317;WS=84516299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,87:0.32:271
chr16	84520223	rs431629	A	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=275;ReadPosRankSum=0.357;SC=AAGGTTCAGGACACCAAGTCT;SOR=0.313;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=23;WE=84520231;WS=84520213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr16	84520325	rs431389	T	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,58:0.27:214
chr16	84520396	rs422145	A	G	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=84;PP=2965;SC=AAGAGCAGGCACCAGCGGTGC;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=186;WE=84520404;WS=84520386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	84520537	rs431818	T	C	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=87;NR=99;PP=2965;SC=GAGCACAGGATGAGAAAGCCC;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=186;WE=84520545;WS=84520527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	84520780	rs378384	G	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=317;SC=ACTGAGCACAGAAAACAGGGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=84520788;WS=84520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	84522867	rs422918	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=2.108;SC=TGCATCACCGCGTCCACGCAC;SOR=0.223;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=12;WE=84522875;WS=84522857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	84522897	rs436278	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=404;ReadPosRankSum=-2.030;SC=GCAGCTTCATGTCAGAGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=21;WE=84522905;WS=84522887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	84528235	rs62050761	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=387;ReadPosRankSum=0.651;SC=TTTCCAGTGTTGTCTTCCCTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=17;WE=84528243;WS=84528225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr16	84528293	rs2082037	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.951;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TTTTTCTTCACGGGACATGAG;SOR=1.722;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=61;WE=84528301;WS=84528283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr16	84528317	rs2435171	G	C	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=49;PP=2654;SC=TCACAACCTGGTAAAAATGAG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=131;WE=84528325;WS=84528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	84531015	rs62050764	A	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr16	84531307	.	G	C	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=30;QD=21.5904041824;SC=GATGCGTTTAGACACTGTCTA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=84531315;WS=84531297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr16	84531780	rs501782	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.110;SC=AAAATAAATGTTGAGAATTAT;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=84531788;WS=84531770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	84600347	rs247860	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=-1.318;SC=CATGGCTTCTTTTCTCCCTGG;SOR=1.708;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=22;WE=84600363;WS=84600337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr16	84600595	rs12929880	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=971;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GCGTTCCTATTAAGAAGGAAG;SOR=0.977;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=52;WE=84600603;WS=84600585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr16	84693149	rs67118461	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GACTCAGAGCGTCTCCATCCC;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=10;WE=84693157;WS=84693139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	84695126	rs12924673	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CGGCTCGGAGGGGGTAAGCCT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=84695134;WS=84695116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	84695280	rs17755815	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1423;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AGAACCTGCTATGCTACGACC;SOR=0.510;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=357;TCF=209;TCR=148;TR=116;WE=84695288;WS=84695270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,127:0.33:383
chr16	84695490	rs12928590	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=632;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CGCTGCTGCACGCCAACAGCG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=52;WE=84695498;WS=84695480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr16	84766970	rs958309	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.613;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr16	84774120	rs4510001	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=413;SC=TGTATTTAATTGCTGAATCAC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=84774128;WS=84774110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	84778222	rs3751759	G	A	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1426;ReadPosRankSum=1.257;SC=TTAACTAATAGTTTTCTTTCT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=94;WE=84778230;WS=84778212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,106:0.65:162
chr16	84778690	rs1812062	C	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.118;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,85:0.31:276
chr16	84778694	rs2326391	T	C	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.101;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,85:0.31:273
chr16	84778697	rs1812061	G	C	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.111;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,86:0.31:278
chr16	84778762	rs4553618	C	T	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=87;PP=2184;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TTGTGCCTGACAGTCCTTTCC;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=95;TCR=123;TR=155;WE=84778770;WS=84778752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,159:0.71:225
chr16	84779248	rs7185949	T	G	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.671;NF=49;NR=54;PP=1677;ReadPosRankSum=-1.134;SC=TTGTTCCGGTTTCAGAGGATC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=103;WE=84779256;WS=84779238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,108:0.69:157
chr16	84793261	rs3764333	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TGGAGCATTGATGATCTGTGT;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=84793269;WS=84793251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	84796603	rs12932018	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=812;ReadPosRankSum=-0.990;SC=AGGGTCGACAAGAAGATGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=39;WE=84796611;WS=84796593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr16	84796864	rs35594082	A	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGTAAATTACAGTTTATCCCG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=84796872;WS=84796854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	84808824	rs774298	C	G	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=50;PP=2193;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CCTATCGGCTCTTTGCAGGTG;SOR=0.928;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=133;WE=84808832;WS=84808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,140:0.66:213
chr16	84808900	rs774299	G	A	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=1916;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CTGGGCACAGGTTTGCTGCAA;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=137;WE=84808908;WS=84808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,142:0.63:224
chr16	84808969	rs2303232	G	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=1079;ReadPosRankSum=-2.168;SC=GAGTCGGGGAGTCACGTGAGA;SOR=1.758;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=50;WE=84808977;WS=84808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr16	84808984	rs774300	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=727;ReadPosRankSum=0.255;SC=GTGAGAGTTTTACCTGAAACT;SOR=2.419;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=31;WE=84808992;WS=84808974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	84882911	rs4783086	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=0.906;SC=CCCTCCCTCCTACCTGCCCGT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15;WE=84882919;WS=84882901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	84882974	rs4783087	C	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=489;ReadPosRankSum=-0.326;SC=ACTGAGTGAGCGGTTTCTGCC;SOR=0.841;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=34;WE=84882982;WS=84882964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr16	84883102	rs8061351	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=973;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GCTCGGGGCCCATGTGCACGC;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=77;WE=84883110;WS=84883092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,83:0.65:128
chr16	84883195	rs140532417	A	ATTG	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=392;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CCCCTGGGGGATTGTCAAATC;SOR=0.821;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=84883203;WS=84883185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	84884072	rs4782673	T	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=591;ReadPosRankSum=1.180;SC=ACCCTTCACCTCGTACCTCTT;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=41;WE=84884080;WS=84884062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr16	84884116	rs4783090	A	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1294;ReadPosRankSum=-1.458;SC=AGGCCAAATGATATCACCCTT;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=94;WE=84884124;WS=84884106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,100:0.64:156
chr16	84888295	rs4782674	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=907;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GGCCTCACGTCGTGGTTCCCT;SOR=0.322;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=45;WE=84888303;WS=84888285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr16	84888310	rs4782675	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=12;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TTCCCTCTGACGGTTGTTTTT;SOR=1.046;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=72;TCR=18;TR=64;WE=84888318;WS=84888300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr16	84888519	rs72337724	TAAAG	T	5518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.988;NF=15;NR=71;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ACAGGGGAATTAAAGAAGTCA;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=141;TCF=23;TCR=118;TR=86;WE=84888530;WS=84888509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,138:0.68:204
chr16	84888541	rs2646127	T	C	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=65;PP=1545;ReadPosRankSum=0.930;SC=TCACCCCTCCTGGCCCTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=104;WE=84888549;WS=84888531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,108:0.67:161
chr16	84888597	rs2646126	C	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=659;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TGAGCTGAGCCTCATCTCCAG;SOR=0.579;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=34;WE=84888605;WS=84888587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr16	84902353	rs4782676	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1203;ReadPosRankSum=0.295;SC=AGTATAGCACGGATTGGATTG;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=87;WE=84902361;WS=84902343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,91:0.59:153
chr16	84902422	rs117748842	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=1708;ReadPosRankSum=1.212;SC=TCCTGGTTTCGTGCCGTGACA;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=125;WE=84902430;WS=84902412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,138:0.57:241
chr16	84902549	rs796487	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=-1.143;SC=CTGCCACTGTAGCCTCTGAGT;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=24;WE=84902557;WS=84902539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr16	84905980	rs721004	G	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=1.855;SC=TGAAAAAAATGATAAACTCAT;SOR=1.532;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=20;WE=84905988;WS=84905970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr16	84906098	rs721005	C	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-2.168;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,34:0.31:109
chr16	84906820	rs2934490	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=0.142;SC=AGGCCGGGCGTGGTGGCTCAC;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=15;WE=84906828;WS=84906810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr16	84907450	rs2968143	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AAGTATAGGAGCAAGCGTTCA;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=84907458;WS=84907440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	84907670	rs2934486	G	C	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=68;PP=1990;SC=TTTATCATGCGTGTGAACATT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=98;WE=84907678;WS=84907660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	84911195	rs2244486	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GTGGCTCACAGCTGTAATCCC;SOR=0.235;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=20;WE=84911203;WS=84911185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr16	84911219	rs2244487	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr16	84914299	rs59111100	A	AAATT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=1.046;SC=CCTCTTAGCTAAATTAATTAA;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=9;WE=84914307;WS=84914289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	84922859	rs767050	C	T	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=36;PP=2965;SC=GCAAGACAGCCGTGCACGCGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=112;TCR=38;TR=148;WE=84922867;WS=84922849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	84940479	rs1874008	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=119;ReadPosRankSum=-1.854;SC=TGCTGGGGCCTGGGGGTCTCC;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=10;WE=84940487;WS=84940469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	85009970	rs7195377	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=950;ReadPosRankSum=-0.463;SC=ACTCCGGGCCACCTTTTCTGG;SOR=0.357;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=73;WE=85009978;WS=85009960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr16	85011423	rs57465878	CA	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AAAATAATTGCAATGATTTCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=85011431;WS=85011418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	85011480	rs8045409	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=1.362;SC=TCCCCTTTCATCCAATAACAG;SOR=2.049;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=85011488;WS=85011470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr16	85023855	rs931713	C	T	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1702;ReadPosRankSum=-1.701;SC=CAGCCACACCCGAGGACACTA;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=104;WE=85023863;WS=85023845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,104:0.74:141
chr16	85105554	rs8058770	A	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr16	85105643	rs12597135	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TCCAAAAATACTCTGAAAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=19;WE=85105651;WS=85105633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr16	85109328	rs16975200	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGTTTTGTGCATCTCCAGTGG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=85109336;WS=85109318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	85111987	rs2291968	C	T	4479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=95;PP=2758;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGGTGTGAGTCGCGTGTGTCA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=291;TCF=147;TCR=144;TR=195;WE=85111995;WS=85111977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,203:0.67:305
chr16	85112002	rs2291967	T	G	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=96;PP=2830;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTGTCATCATTGTGCCTTCTC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=140;TCR=146;TR=189;WE=85112010;WS=85111992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,197:0.65:301
chr16	85116312	rs2291964	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACAGCCCAGACGCAGGTGCAG;SOR=0.188;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=85116320;WS=85116302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	85120364	rs11410626	G	GA	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.102;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.331;SOR=1.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr16	85120500	rs7206590	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.478;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	85120609	rs2291962	A	G	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=45;PP=2694;SC=TCCCAGAGACAAGGGCCCAGC;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=98;TCR=45;TR=143;WE=85120617;WS=85120599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	85121733	rs3751753	C	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GCACGCAAGCCGTGTGGCCTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=5;WE=85121741;WS=85121723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr16	85135968	rs35852446	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=146;ReadPosRankSum=1.262;SC=TGTAAGCATCGCAGTGAGAAA;SOR=0.906;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=16;WE=85135976;WS=85135958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	85139173	rs8050910	G	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CTTGCTAATTGGGTCATCAAA;SOR=0.338;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=33;WE=85139181;WS=85139163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr16	85688163	rs113068263	C	CT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GCTGTGCCTGCTAGATGGTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=85688171;WS=85688153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	85690338	rs4843185	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.951;SC=GCCCTGAATCGCAGCACCTGC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=85690346;WS=85690328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	85690878	rs34805959	C	CA	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.370;NF=11;NR=6;PP=567;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TGTTTCCCCCCACAGAGAAGC;SOR=0.643;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=17;WE=85690886;WS=85690868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr16	85691294	rs7404958	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=40;PP=1271;SC=CTGTTTGCCCAACATCCTGCC;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=85691302;WS=85691284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	85706047	rs9940601	A	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=0.443;SC=GGTCTCAGAAAGGGAGCGGCT;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=41;WE=85706055;WS=85706037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,44:0.35:127
chr16	85720955	rs3815797	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=355;ReadPosRankSum=0.527;SC=CGGAACAGAGGGAGCACGGAC;SOR=1.085;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=19;WE=85720963;WS=85720945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr16	85721297	rs9930592	T	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=33;PP=918;SC=CCAAATGCAATTAATAAAAAC;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=85721305;WS=85721287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	85721332	rs138585263	AAGCGCCTCCTG	A	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=61.34;MQRankSum=1.021;NF=0;NR=14;PP=2935;ReadPosRankSum=0.814;SC=ACTCAGAACAAAGCGCCTCCT;SOR=1.814;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=85721350;WS=85721322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr16	85722355	rs2303204	GC	TT	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=931;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGAAGGCCACGCGGGAGCCCC;SOR=0.495;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=23;WE=85722364;WS=85722345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	85722560	rs58171120	C	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=520;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTCAGCGTCCCGGAGGAGACG;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=38;WE=85722568;WS=85722550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr16	85775064	rs388855	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=348;SC=AGCTCCAGCCAGGATTCAGGT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=85775072;WS=85775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	85775175	rs446444	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=44;PP=1832;SC=GAACTCCCACGTGGAGAGTTT;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=85775183;WS=85775165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	85813231	rs8587	A	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=375;SC=CACAGGCTACAAGATATTTTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=85813239;WS=85813221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	85813526	rs301163	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=277;SC=CGGGCGGCTTGTAACAGCATC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=85813534;WS=85813516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	85813880	rs301164	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=739;SC=GGTATCATGCTTCTGGAGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=85813888;WS=85813870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	85813963	rs301165	C	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=54;PP=2856;SC=CCAGCCCGCGCGGCAGCATGG;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=157;WE=85813971;WS=85813953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	85814899	rs3081701	T	TAGTC	11749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=90;PP=2957;SC=GTCAAAGAAATAGGCTACCAC;SOR=0.717;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=132;TCF=29;TCR=103;TR=117;WE=85814907;WS=85814889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	85814995	rs301166	A	G	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.226;NF=32;NR=80;PP=2401;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AAAGACTGGCAGAGCCAACAG;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=112;WE=85815003;WS=85814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr16	85815074	rs301167	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=406;SC=TCTTGCTCTGCTGCCCTAGCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=85815082;WS=85815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	85838093	rs2599088	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	85838115	.	G	A	22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=25;MQ=54.33;NF=2;NR=0;PP=22;QD=28.3856062736;SC=GGCACGTGCCGCCACGCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=85838123;WS=85838105;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	85838166	rs2599089	G	A	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=54.57;NF=6;NR=1;PP=118;SC=GTTTCACCATGTTAGCCAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=85838174;WS=85838156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	85838195	rs2733964	A	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=290;SC=ATCTCCTGACATCGTGATCCG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=85838203;WS=85838185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	85838503	rs2599090	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=448;SC=GACTCTCAACTTACATGGATT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=85838511;WS=85838493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	85838532	rs2733965	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=18;PP=872;SC=TTTATTCAATATGTTTTTCAG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=85838540;WS=85838522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	85838653	rs2599091	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=43;PP=1830;SC=CCAGAAGGCATTGAAGGAGAA;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=85838661;WS=85838643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	85838804	rs11419687	G	GA	2059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=1373;SC=ACTGTCTAGAGGCAGTCTTGC;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=32;WE=85838812;WS=85838794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	85839140	rs2599092	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=871;SC=CATTTTCTTCTTTCCTTGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=85839148;WS=85839130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	85839186	rs2733966	C	T	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=25;PP=1525;SC=TGTGCACGTACGTGCGTGAAC;SOR=1.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=85839194;WS=85839176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	85839211	rs2075532	G	C	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=46;PP=2199;SC=TGTGGCCTGGGTTGGTGTATC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=85839230;WS=85839201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	85839543	rs2641797	C	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1090;SC=GGTGGGCTGTCGGGGACCTCC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=85839551;WS=85839533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	85839977	rs2075553	G	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=800;SC=AGGCATTTTTGCATTCTGAAT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=85839985;WS=85839967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	85840035	rs5818557	CA	C	4872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=43;PP=2957;SC=GGGTTAATAACAGACCCGAAT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=79;WE=85840043;WS=85840025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	85953682	rs16940005	G	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=676;ReadPosRankSum=-2.198;SC=TCTCGGCCTTGCTTGCAAACA;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=47;WE=85953690;WS=85953672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr16	86369306	rs3828516	C	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-1.012;SC=ACGCAGCACCCGCAGTCTCCA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=86369314;WS=86369296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	86369583	rs71388033	TG	T	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=474;ReadPosRankSum=0.122;SC=TCTGGGCCAGTGGCTGCCATT;SOR=0.484;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=9;WE=86369605;WS=86369573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr16	86369597	rs71390813	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=0.189;SC=TGCCATTTCCGATGAATGTGA;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=8;WE=86369605;WS=86369573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr16	86565826	rs3751803	C	G	4411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.358;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=93;PP=2770;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CGGGCGTCCCCGGGGAGGTTC;SOR=0.638;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=257;TCF=130;TCR=127;TR=180;WE=86565834;WS=86565816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,192:0.71:272
chr16	86574726	rs1025057	C	G	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1859;ReadPosRankSum=2.896;SC=CCAGCAGAGACAGCATCATAA;SOR=0.481;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=121;WE=86574734;WS=86574716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,126:0.65:194
chr16	86574818	rs17192954	C	G	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=1741;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GAGATAAAAACCACAAATGCA;SOR=0.577;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=231;TCF=94;TCR=137;TR=122;WE=86574826;WS=86574808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,127:0.55:229
chr16	86575460	rs3213418	C	G	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=1666;ReadPosRankSum=0.468;SC=AAAGGGGCTGCTGGGAATGCC;SOR=0.456;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=173;TCF=67;TCR=106;TR=108;WE=86575468;WS=86575450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
chr16	86581988	.	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=732;ReadPosRankSum=0.282;SC=CCAACTGTGTGCTGCTATCTT;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=43;WE=86581996;WS=86581978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
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chr16	87339278	rs11646030	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CAGGTGGACGTCACCATGCCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=87339286;WS=87339268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	87349333	rs6540037	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-1.790;SC=CCCCACAGGGATATGTTGGGG;SOR=0.336;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=22;WE=87349341;WS=87349323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr16	87349489	rs7193801	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GGGATGCTAGAGCACAGGCCT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=26;WE=87349497;WS=87349479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr16	87349529	rs7198660	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr16	87349533	rs2277850	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr16	87350997	rs4843592	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=236;ReadPosRankSum=0.298;SC=GAGCCCAACAACGCCCGCGCG;SOR=1.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=14;WE=87351005;WS=87350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr16	87370001	rs111282332	G	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.590;SC=CCCTCTTGGTGGGGGAGGATG;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=20;WE=87370009;WS=87369991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr16	87376605	rs2303763	C	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=5.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,96:0.70:137
chr16	87376623	rs4843237	C	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=57;PP=1904;SC=CATCCCCCACCCCAGGCAGGT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=106;WE=87376631;WS=87376613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	87377455	rs2303764	G	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=573;ReadPosRankSum=-2.041;SC=GCACTGCAATGGCACAGAGAA;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=35;WE=87377463;WS=87377445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr16	87426028	rs8043569	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=27;PP=1161;SC=CCCAGATCCCTGCACCATGCC;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=68;WE=87426036;WS=87426018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	87426172	rs112529410	G	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GGGCCGAGCCGGGAGGCCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=87426180;WS=87426162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	87426256	rs72628299	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=1.235;SC=CCAGGCCGGGACCGAGCCGGG;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=87426264;WS=87426246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	87436382	rs8044820	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=284;SC=ATCAAAGGAAGTGTCCTGTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=87436390;WS=87436372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	87436720	rs1054521	G	T	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.126;NF=89;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.650;SC=AAAAAATGCAGCTCTTCTAGA;SOR=0.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=89;TCR=106;TR=193;WE=87436728;WS=87436710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr16	87436764	rs1054528	A	G	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=74;PP=2222;SC=AAAAAAAGGGATGTTACCAAC;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=115;WE=87436772;WS=87436754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	87445363	rs1050846	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=364;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TGTAAGGGGCGTGCACGACGG;SOR=1.010;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=32;WE=87445371;WS=87445353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr16	87445839	rs3748400	C	T	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=45;PP=2208;SC=AGGGGGCCCACTGGCATACTG;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=109;WE=87445847;WS=87445829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	87446053	rs2042395	G	A	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=84;PP=2965;SC=TCCCCGTGGCGGCCGTGCTGG;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=159;WE=87446061;WS=87446043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	87452546	rs4240794	C	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=76;PP=2167;SC=AATTTACAGACAATGAAAATA;SOR=2.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=103;WE=87452554;WS=87452536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	87452584	rs8046992	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=909;SC=TTTTTTGAGACGGTGTTTTGC;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=87452592;WS=87452574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	87637893	.	C	CCTGCTG	1838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.181;NF=9;NR=11;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CAGGGAGCTGCCTGCTGCTGC;SOR=0.641;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=20;WE=87637903;WS=87637883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr16	87677791	rs918367	A	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=22;PP=2056;SC=TGGCTGCTTCAACCCTGTCCG;SOR=2.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=87677799;WS=87677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	87678107	rs144296512	G	C	5775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.396;SC=ATCCTCAAGAGCAAGAAGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=192;TCR=170;TR=249;WE=87678115;WS=87678097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,254:0.68:376
chr16	87678144	rs918368	T	C	9010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=154;PP=2965;SC=CGCTGCTGAGTGGGCTGAAGC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=169;TCR=154;TR=323;WE=87678152;WS=87678134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr16	87678249	rs9934222	G	A	10748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=160;PP=2965;SC=TCAGCTCCACGGCCAGCGACA;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=208;TCR=160;TR=368;WE=87678257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr16	87729334	rs34111279	C	CA	9155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=104;PP=2973;SC=CGCTCCCTCTCCCCCTGCCTG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=159;WE=87729342;WS=87729324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	87742092	rs2290018	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=88;PP=2485;SC=CAGAATGAACGCACATACACG;SOR=1.369;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=144;WE=87742100;WS=87742082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	87744756	rs60382083	A	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=8;PP=2063;SC=CCCCAATACCAAAAGGTGCTG;SOR=4.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=80;WE=87744764;WS=87744746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	87747994	rs4843258	G	T	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	87748289	rs12928911	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=43;PP=1208;SC=GGCCTTCCCTGTAGACCAGCC;SOR=1.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=61;WE=87748297;WS=87748279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	87748315	rs12928928	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=915;SC=GCTCCAAAGCGTGCCTGCAGT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=87748323;WS=87748305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	87760324	.	T	C	243	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=57.14;NF=8;NR=1;PP=243;QD=30.8634680608;SC=GCGCCTCGCCTGTTTCCCGGT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=87760345;WS=87760314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr16	87764403	rs34481270	C	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.09;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	87764403	.	CAA	GAG	978	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=17;PP=978;QD=60.6745808742;SC=TCTGATCTATCAACTACCAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=87764413;WS=87764393;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr16	87764405	rs34457954	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.05;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	87782258	rs16943239	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=662;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CCGGAGCTCAGCTTCTCATCT;SOR=0.958;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=51;WE=87782266;WS=87782248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr16	87788756	rs2303770	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=452;SC=CCAGACTCCCACGTGGGAAGA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=87788764;WS=87788746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	87788864	rs2303771	G	A	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=46;PP=2183;SC=GTCCTTTCTGGTATTGTAGAC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=87788872;WS=87788854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	87798732	rs4843266	G	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=16;PP=1323;SC=CATAAAACTGGCCCCGGTTAG;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=87798740;WS=87798722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	87871714	rs2287121	T	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=506;SC=GCCTCTCAGTTCCCCCAACCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=87871722;WS=87871704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	87873247	rs750950	A	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=563;SC=TCCGGTCTGGAAGGGACGGGC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=87873255;WS=87873237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	87873471	rs33967518	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.264;SC=AACGCAGCCCGGGCTGAAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=30;WE=87873479;WS=87873461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr16	87874140	rs11865049	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.281;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=541;ReadPosRankSum=0.853;SC=TAAATCACCGGGGAGAGAGCA;SOR=1.074;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=43;WE=87874148;WS=87874130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,47:0.31:151
chr16	87874182	rs12931876	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=194;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TGCCCCCCGGTGGTCTGCTCG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=20;WE=87874190;WS=87874172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr16	87903082	rs3829509	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.59;MQRankSum=-1.826;NF=2;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.045;SC=CCAGCGAGCAGTGTGCGCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=5;WE=87903090;WS=87903072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	87921654	rs58800453	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-2.985;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	87921846	rs72816311	T	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-0.516;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.222;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr16	87921935	rs60779524	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-2.494;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr16	87938398	rs7186698	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=0.503;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.817;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,47:0.28:167
chr16	87960560	rs12922226	A	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=718;SC=CACTGCAGGGAGAGAGACGGA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=87960568;WS=87960550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88008712	rs71156278	C	CT	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=1255;SC=GGCCACTCTCCGTGCTCTGGA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=28;WE=88008720;WS=88008702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	88012150	rs8052854	T	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=58.32;NF=13;NR=7;PP=306;SC=TTTAAAAGTTTCATTAAGTGA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=88012158;WS=88012140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	88017809	rs3815820	C	T	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=63;PP=1932;SC=CCATCCAGGTCCCCATGGTGG;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=115;WE=88017817;WS=88017799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	88052161	rs7499814	C	A	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=76;NR=58;PP=2376;SC=AGATGGCGCTCACGCTGCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=76;TCR=58;TR=134;WE=88052169;WS=88052151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	88066655	rs11641367	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.75;QD=47.22;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	88066659	rs11646301	C	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.97;QD=41.87;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	88104956	rs7498497	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGTTGGAGCGCCCAGTGGATT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=75;WE=88104964;WS=88104946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr16	88105725	rs8050209	G	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=52;PP=1703;SC=ACCCCGCGGCGGCGGGCGTGG;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=88105733;WS=88105715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	88123598	rs8063486	C	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=50;PP=1854;SC=TGTCTTCTCTCTCAGGCGGCA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=88123606;WS=88123588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	88123697	rs8063654	C	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=33;PP=1471;SC=GAGGCCCAGACCTGAGACCCC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=88123705;WS=88123687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	88124525	rs28650772	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	88134285	rs11860533	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=829;SC=AGTGGGTTAGAAAACACCCGC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=88134293;WS=88134275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	88494947	rs11648572	T	C	13189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=252;NR=191;PP=2965;SC=TGCCCTCTCTTCCCCTGGAGC;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=444;TCF=253;TCR=191;TR=443;WE=88494955;WS=88494937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr16	88494976	rs11640794	A	C	16839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=313;NR=263;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.973;SC=CGGCCCCGAGACCCTTCTCTG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=578;TCF=314;TCR=264;TR=576;WE=88494984;WS=88494966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,613:1.00:615
chr16	88495407	rs7199961	G	C	8573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=146;PP=2965;SC=CCCGCGGGGGGCCCCGAGTGG;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=302;TCF=154;TCR=148;TR=300;WE=88495427;WS=88495397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr16	88495654	rs12927001	A	G	14062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=252;PP=2965;SC=GCGAGTCCCCACTGCCGTCAC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=526;TCF=274;TCR=252;TR=523;WE=88495662;WS=88495644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr16	88496008	rs12918876	T	C	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=97;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GTGCGCCGCCTCCGTACCCCA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=148;TCR=165;TR=182;WE=88496016;WS=88495998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,191:0.60:320
chr16	88497031	rs9924504	T	C	8831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=154;PP=2965;SC=AGGAGCTCATTCTGAAGATCG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=152;TCR=155;TR=306;WE=88497039;WS=88497021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr16	88497400	rs9938800	G	A	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=36;PP=2861;SC=CCCGTGGCCCGTCTCGAAGCC;SOR=1.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=94;TCR=36;TR=130;WE=88497408;WS=88497390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	88497446	rs7197071	A	G	6946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=85;PP=2965;SC=GGGAGGCCCCAAGTGTGCTGA;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=165;TCR=85;TR=249;WE=88497454;WS=88497436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	88498221	rs4782300	C	T	13344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=194;PP=2965;SC=GCATCGCCACCGACCTTGGAG;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=466;TCF=272;TCR=194;TR=465;WE=88498229;WS=88498211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr16	88498297	rs12445417	T	G	15635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=280;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCAGCCTGTCTGCGAACAGGG;SOR=0.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=567;TCF=286;TCR=281;TR=566;WE=88498305;WS=88498287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,586:1.00:587
chr16	88499539	rs9931465	C	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=91;PP=2965;SC=TATCCAACACCCACCCTAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=178;WE=88499547;WS=88499529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	88500348	rs13334190	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,68:0.33:206
chr16	88501034	rs12598474	G	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=710;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CCCTGAGACCGGGCGCTCTGG;SOR=0.462;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=154;TCF=102;TCR=52;TR=52;WE=88501042;WS=88501024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr16	88501971	rs3812956	T	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr16	88502482	rs3812953	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CAGGCGGTCGCTTGACTAGAA;SOR=0.625;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=131;WE=88502490;WS=88502472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,146:0.64:228
chr16	88502505	rs1983014	A	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=87;PP=2774;SC=AGGAACCCGCATGTCTACGGG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=148;WE=88502513;WS=88502495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	88504850	rs1105066	G	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CATGGTGTCTGAGGGGGGGCC;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=149;TCR=105;TR=90;WE=88504859;WS=88504840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,92:0.36:254
chr16	88504868	rs904783	A	G	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=107;PP=2965;SC=GCCCCGAGGCACCTTCCACAA;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=157;TCR=107;TR=264;WE=88504876;WS=88504858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr16	88505635	rs4782301	A	G	8999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=166;PP=2965;SC=CTGCCGAGCCACACACCCACC;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=151;TCR=166;TR=316;WE=88505643;WS=88505625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr16	88505734	rs4782362	C	T	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=106;PP=2965;SC=AAGATGCTTCCGAGTAATTTC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=71;TCR=106;TR=177;WE=88505742;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	88505786	rs78600508	C	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=261;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GTTCCTGTCTCGGCCTGCCTC;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=25;WE=88505794;WS=88505776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr16	88520027	rs189408382	G	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,70:0.34:203
chr16	88535242	rs55823018	C	T	213.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=1.036;SC=CCAGGGGCTGCCCTTGACCTG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=88535250;WS=88535232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr16	88535341	rs56292801	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=990;ReadPosRankSum=2.468;SC=GCCTTTTAGGGGCCTCGCTGT;SOR=0.986;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=55;WE=88535349;WS=88535331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
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chr16	88535591	rs36024491	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=1.159;SC=TGCCCCCCACCGCTCCACCCT;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=21;WE=88535599;WS=88535581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr16	88552370	rs3751673	A	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CATGGAGGCCAGAGAGGAGGT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=115;WE=88552378;WS=88552360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,120:0.60:200
chr16	88555301	rs34251187	C	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=773;ReadPosRankSum=-1.472;SC=AGTGAGAGCGCACCAGGAGAT;SOR=0.488;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=41;WE=88555309;WS=88555291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr16	88580985	rs8061511	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr16	88581023	rs149054415	C	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=1.228;SC=AGCTCCGGGGCTCTGGCCACT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=23;WE=88581031;WS=88581013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr16	88593165	rs7187787	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	88593208	rs138875144	CCCT	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.434;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	88593209	rs199766456	CCT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	88593218	rs59292167	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.450;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	88593483	rs72807428	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=56;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GGCAGACACTCTACTGGGACC;SOR=0.399;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=7;WE=88593491;WS=88593473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr16	88594317	rs111628891	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.718;SC=GCCCTGGCAGCCAGCCAGCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=88594325;WS=88594307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	88598704	rs149234542	C	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCCAGTCCCGCAGGCCGCCCG;SOR=0.211;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=13;WE=88598712;WS=88598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr16	88599695	rs67712719	GGA	G	4735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	88599697	.	AG	CC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=37;NR=41;PP=2947;QD=20;SC=GCCAGAGCGGAGCCTCTGGCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=78;WE=88599712;WS=88599687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,78:0.94:83
chr16	88599699	.	CCTCTGG	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.15;NF=10;NR=42;PP=2965;QD=20;SC=CAGAGCGGAGCCTCTGGCCCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=88599712;WS=88599687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	88599700	rs67322929	CT	C	4757.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	88599702	rs67873604	CTGG	C	4757.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=44.88;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	88600079	rs13335396	C	G	9194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=178;NR=167;PP=2965;SC=GGCTCTTCCCCGGGGCCCCCA;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=178;TCR=168;TR=345;WE=88600087;WS=88600069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr16	88600241	.	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr16	88601360	rs72807438	C	T	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=97;PP=2235;ReadPosRankSum=-0.863;SC=ATTACTGCTCCTCGCACGCCG;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=496;TCF=221;TCR=275;TR=177;WE=88601368;WS=88601350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,180:0.36:503
chr16	88601467	rs1061797	G	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CGCACGGACTGCCGCTCCTGG;SOR=0.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=26;WE=88601475;WS=88601457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr16	88620195	rs2879897	T	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=30;PP=1498;SC=TTTATACACTTTCCATTAAAA;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=88620203;WS=88620185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	88620312	rs2340955	T	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=43;PP=1256;SC=CCTGCAGGGCTGCCGTCTGCA;SOR=1.013;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=78;WE=88620320;WS=88620302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	88620345	.	A	C	351	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=18;NR=5;PP=351;QD=16.7726614151;SC=GGCGGGACGCACGCAGTGCAG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=23;WE=88620353;WS=88620335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr16	88620345	.	A	ACGCAGTGCAGAGCTGGGACGGACGCC	1850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=63.82;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	88643457	rs936621	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=16;PP=1267;SC=CCAGGAAAGTAGGGACAAGGT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=88643465;WS=88643447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	88644005	rs899728	A	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=30;PP=1450;SC=ATGAGGAGAAAGGCGAAGGCA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=74;WE=88644013;WS=88643995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	88652794	rs12447794	C	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=249;SC=GTGCTTCTCCCTGGTGCTGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=88652802;WS=88652791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	88653142	rs61338857	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=399;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGCCCCACCTTCTGGGGCTGT;SOR=0.473;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=22;WE=88653150;WS=88653132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr16	88664758	rs3887592	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=249;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CTTCTTTCATTGTTAGCACAT;SOR=1.212;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=20;WE=88664766;WS=88664748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr16	88666035	rs6500481	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=389;SC=CTCCCCAGAAGGACAACTGTG;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=88666043;WS=88666025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	88675177	rs9932685	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=2;PP=854;SC=GCCTGCTCTTAGATGTAGTTT;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=88675185;WS=88675172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88675194	rs9932692	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=782;SC=GTTTGTGAACAGATTTCCTAA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=88675202;WS=88675184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	88675529	rs9930974	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=355;SC=TTTTTATTTACAGTAAAAAAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=88675537;WS=88675519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	88694618	rs58149571	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GGGACGGAGCCTGAGTGAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=88694626;WS=88694595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr16	88695300	rs4782387	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=54;PP=1484;SC=GGCAGAGGGACGGGAGCCTGG;SOR=2.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=88695308;WS=88695290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	88695332	rs4782306	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.16;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	88695332	.	GAGACCC	CAGACCC,CAGACCG	320	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,0;NR=27,10;PP=320,170;QD=12.2334900878;SC=AGCTGGGTCTGAGACCCCATT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29,10;WE=88695346;WS=88695322;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:29
chr16	88695338	rs4782388	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.767;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	88697487	rs2291160	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GGGGGCTCAAGGTCTTCCCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=5;WE=88697495;WS=88697477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr16	88705804	rs2254073	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=401;SC=TGGGCCTTGGTGGTTCTCACC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=88705812;WS=88705794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	88709712	rs7195830	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GCTTCGCTGCATTTATTGCAG;SOR=0.336;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=18;WE=88709720;WS=88709702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr16	88709737	rs1049255	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=1.196;SC=GTGCACCTGGCGGGAGGGCAG;SOR=0.369;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=17;WE=88709745;WS=88709727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr16	88709828	rs1049254	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr16	88712712	.	T	TGCAGACCCAGGGGACGTGTGCGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAG	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-2.011;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	88712733	rs12926425	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.460;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr16	88712767	rs12933505	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GGGTGTTCTCAGCCTTGATGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=15;WE=88712790;WS=88712757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	88712780	rs12933512	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	88712780	.	ACA	CCG	1045	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=9;NR=5;PP=1045;QD=78.4619910616;SC=CTTGATGTGGACACTAGCGGC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=88712790;WS=88712757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr16	88712782	rs12709103	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	88713236	rs4673	A	G	5200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.058;SC=GCGGTCATGTACTTCTGTCCC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=364;TCF=179;TCR=185;TR=234;WE=88713244;WS=88713226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,234:0.63:370
chr16	88713473	rs4782308	G	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=1733;ReadPosRankSum=0.510;SC=GGGCCCCGCAGCCCCCGGAGA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=109;TCR=57;TR=111;WE=88713481;WS=88713463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,117:0.67:175
chr16	88713501	rs4782393	A	G	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=64;PP=2662;ReadPosRankSum=0.342;SC=GAGCAGGAGGAGACTCACCAG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=145;TCR=95;TR=165;WE=88713509;WS=88713491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,171:0.69:248
chr16	88714559	rs2306422	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=74;PP=2141;SC=GTGGGGCTCCCGTCCCGGGGG;SOR=2.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=100;WE=88714567;WS=88714549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	88717285	rs149933335	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CCCCACCCTGTAAGTAGCCCG;SOR=0.670;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=61;WE=88717293;WS=88717275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,65:0.29:222
chr16	88717386	rs8053867	T	C	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	88719055	.	G	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=994;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GAATGGCAGCGCCTCATCCTG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=220;TCF=113;TCR=107;TR=87;WE=88719063;WS=88719045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,96:0.41:236
chr16	88719877	rs12926212	C	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=72;PP=2336;SC=CTACAACAGTCTACAACAGGC;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=126;WE=88719885;WS=88719867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	88721012	rs12935454	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=924;SC=CTGTCTCAGCGCCACAGCCTT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=88721020;WS=88721002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	88723538	rs112485764	T	TG	235.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.65;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr16	88724275	rs56812649	A	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGATGCTCGGACCCTGCTGAC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=9;WE=88724283;WS=88724265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr16	88724347	rs2279258	G	T	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=35;PP=2316;SC=GCCTGCAGCCGCGGCTGCCCC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=110;WE=88724355;WS=88724337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	88752693	rs11076698	T	G	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=64;PP=2965;SC=CTCCCGCCCCTCAGGGTCGAG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=175;WE=88752701;WS=88752683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	88762943	rs1132579	A	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=2.091;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,88:0.88:100
chr16	88772928	rs880234	C	T	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=50;PP=1750;SC=GCGACGGGACCCGGCGTGCCC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=112;WE=88772936;WS=88772918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	88773414	rs57958330	G	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=0;PP=1175;SC=GCCTGGGTTTGTGTGTGTACC;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=42;WE=88773422;WS=88773404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	88773738	rs881633	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=798;SC=TATTCCTGCTCCTGATGGGGT;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=88773746;WS=88773728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	88776141	rs4598894	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=1;PP=1122;SC=GGGAGGGGCCGGTGAGCCTCG;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=42;WE=88776149;WS=88776131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	88776297	rs4390574	T	C	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=175;PP=2965;SC=AGGACGCTGCTCACTGTGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=178;TCR=175;TR=353;WE=88776305;WS=88776287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr16	88778167	rs73262659	T	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=38;PP=1303;SC=GGATCCTCCCTCTGGTGTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=88778175;WS=88778157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	88778427	rs11361741	GC	G	5160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=39;PP=2957;SC=CTGATGGTGAGCGGGGGCCCA;SOR=1.455;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=84;WE=88778435;WS=88778417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	88779132	rs2290895	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=29;PP=1241;SC=CCAGCAGCAGCATGTGCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=88779140;WS=88779122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	88779323	rs12148926	C	T	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=24;PP=701;SC=GGTGAGGCCCCGAGAGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=37;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	88779328	rs67815044	GC	G	1595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=705;SC=GGCCCCGAGAGCCCCCCTTCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=22;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	88779361	rs115078297	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=353;SC=CCCCACTCATGCCCCTGAGAG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=88779369;WS=88779351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	88779655	.	T	TA	1367	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=57.7;NF=22;NR=7;PP=1367;QD=48.6206896552;SC=CCCCCACTCATACCCGAGAGC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=29;WE=88779663;WS=88779645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr16	88779753	rs73262667	C	T	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=94;PP=2965;SC=CCCGAGCCCACGGCTACTCCA;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=130;TCR=94;TR=223;WE=88779761;WS=88779743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	88779952	rs74757912	C	CCT	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=1477;SC=AGTCCTGCGGCCTCGGATGGT;SOR=0.749;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=32;WE=88779960;WS=88779942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	88780090	rs2290904	G	A	6711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=92;PP=2965;SC=ACGTGGTGGTGGTGCGGCCCA;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=143;TCR=92;TR=234;WE=88780098;WS=88780080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	88780472	rs7205626	T	C	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=23;PP=2071;SC=ACGGCACCTGTCCTGGGGACT;SOR=2.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=92;WE=88780480;WS=88780462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	88780518	rs3826076	A	G	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=66;PP=2933;SC=GGGCTTTCCCATAGCCTCCAA;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=175;WE=88780526;WS=88780508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	88780634	rs11278302	AGGTGTG	A	7535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=97;PP=2972;SC=CACTGTGTACAGGTGTGGGTG;SOR=1.294;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=117;TCF=8;TCR=109;TR=105;WE=88780647;WS=88780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	88780685	rs7191439	C	T	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=47;PP=1609;SC=GTGTGCTGTGCGCGGGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=88780693;WS=88780675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	88780923	rs8050715	C	G	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=75;PP=2965;SC=TGGGGTGATGCGGGGAGGGAG;SOR=1.537;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=148;TCR=75;TR=222;WE=88780931;WS=88780913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	88781125	rs8043637	T	C	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=160;PP=2965;SC=CCCAGCGCTGTGGCCAGGGGG;SOR=1.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=100;TCR=161;TR=260;WE=88781133;WS=88781115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	88781419	rs2306046	A	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	88781534	rs61737996	C	T	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=78;PP=2965;SC=CCCACACTGCCGTGGCGCGTG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=166;WE=88781542;WS=88781524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	88782217	rs35544968	G	A	11776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=197;PP=2965;SC=ATCCGCGCACGAACTTGCCGA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=413;TCF=216;TCR=197;TR=413;WE=88782225;WS=88782207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr16	88782676	rs2290902	A	G	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=55;PP=2648;SC=GGAAGAGATTAGGGATGACCC;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=137;WE=88782684;WS=88782666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	88783374	rs8044367	A	G	5365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=58;PP=2965;SC=GTGGTGCACCACCTTGGCCAG;SOR=1.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=139;TCR=58;TR=196;WE=88783382;WS=88783364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	88783449	rs8057031	C	G	14300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=300;NR=214;PP=2965;SC=CGCCCAGCTTCAGGGTGACGG;SOR=1.083;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=515;TCF=300;TCR=215;TR=514;WE=88783457;WS=88783439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr16	88783521	rs6500491	T	C	18417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=340;NR=348;PP=2965;SC=TGAAGAGCAGTGGGAACCAGA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=690;TCF=340;TCR=350;TR=688;WE=88783529;WS=88783511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr16	88783738	rs4782432	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=692;SC=AGTATGGCACAGCGGTAGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=88783746;WS=88783728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	88783903	rs7186082	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=208;SC=AGGCAGGAGAATGAAACGCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=88783911;WS=88783893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	88785072	rs4620939	G	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=55;SC=GTTACTAGGGGCCAGGGGAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=88785080;WS=88785062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	88785126	rs4520817	A	G	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=177;SC=TCTTCTTTTTACTTTTTTAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=88785134;WS=88785116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	88786967	rs4401037	C	T	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.93;NF=55;NR=73;PP=2530;SC=TCAGCCTGGGCCCAGTACCCG;SOR=1.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=128;WE=88786975;WS=88786957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	88787228	rs145903917	A	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=0.201;SC=TGACCACCCTAAGAGGCTGGC;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=18;WE=88787236;WS=88787218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	88787704	rs8043924	G	C	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=GTCCGACCCTGGCTTCCACCT;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=171;WE=88787712;WS=88787694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	88788477	rs9935872	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=30;PP=907;SC=GCAGGCGCCTACAGGGAGACC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=88788485;WS=88788467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88788903	rs4238687	T	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=56;PP=2089;SC=TCCTTTGGGGTACAAGGGAAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=88788911;WS=88788893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	88788934	rs4238686	A	G	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=46;PP=1760;SC=GGGGATGGCTAGGCGATGCCC;SOR=1.029;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=85;WE=88788942;WS=88788924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	88789666	rs11281795	G	GCCTGCT	8095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=72;PP=2980;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TTCCTGCCTTGCCTGCTCCTG;SOR=0.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=16;TCR=98;TR=84;WE=88789674;WS=88789656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr16	88791703	rs78217493	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=430;SC=GTGATCATGCGGACAGGACAG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=88791711;WS=88791693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	88792047	rs4782430	A	G	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=81;PP=2965;SC=TCCTGCGGTGAAAGTCAATGC;SOR=1.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=146;WE=88792055;WS=88792037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	88792097	rs4782429	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=59;PP=1924;SC=AAGCCCCTGTAGGGAGGCGGG;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=88792105;WS=88792087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	88792895	rs79092320	C	G	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=48;PP=2062;SC=GGGTCAGGCCCAGGGCCCAGG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=88792903;WS=88792885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	88793090	rs4516218	A	G	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	88793103	rs4424896	C	G	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GCGGTGGGTGCGGGGGGGCCG;SOR=0.658;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=222;TCF=136;TCR=86;TR=204;WE=88793111;WS=88793080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,204:0.97:210
chr16	88793813	rs8057198	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=247;SC=GAGGTCTGCGTGCGTGCGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=88793821;WS=88793812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	88793843	rs2242169	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=345;ReadPosRankSum=0.133;SC=GCCTGCAGGCCGCCATGTGCC;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=20;WE=88793851;WS=88793833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr16	88793910	rs2242171	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	88802832	rs114153706	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=816;SC=CGGCAGAGAGGGCTGCACAGC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=88802840;WS=88802822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	88803195	rs4782410	T	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=35;PP=1242;SC=TCTGCAGGCCTCCCCACCCTG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=70;WE=88803203;WS=88803185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	88803982	rs6500493	C	G	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=49;PP=2056;SC=CGCCGCAGGACGGAGCTCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=88803990;WS=88803972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	88804734	rs7184427	A	G	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=78;PP=2965;SC=CCCCACCGCGACGCAGAGTCT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=161;WE=88804742;WS=88804724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	88804924	rs34600315	TC	T	3378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=46;PP=2743;SC=ATCAGGGAACTCCCAAGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=69;WE=88804932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	88808087	rs200575401	TG	T	1484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.945;NF=1;NR=29;PP=1126;ReadPosRankSum=0.545;SC=TGAGTGTGGATGGGTCTCCAG;SOR=1.255;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=30;WE=88808095;WS=88808077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr16	88808111	rs11076707	T	C	1016.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.085;NF=4;NR=26;PP=686;ReadPosRankSum=2.251;SC=CGGGTGGGAGTGTGGATGGGT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=88808119;WS=88808101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,27:0.82:33
chr16	88808311	.	T	C	233	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=25;MQ=58.77;NF=8;NR=1;PP=233;QD=29.7523569497;SC=TCTCCAGGTGTGGGTGGGAGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=88808319;WS=88808301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	88808743	rs6500495	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=59;PP=2432;SC=GCGGGGCACAATATGCAGGCA;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=84;TCR=59;TR=143;WE=88808751;WS=88808733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	88808862	rs7201439	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=1280;SC=AGGCTGGTCCCGGGGACGGGG;SOR=2.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=88808870;WS=88808852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	88808918	rs11648555	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=15;PP=408;SC=GCCCCCAGCCCGGCCAGAGCC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=88808926;WS=88808908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	88809368	rs28525359	G	T	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=71;PP=2965;SC=GTTGCATCCCGATGCATGGCC;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=129;TCR=71;TR=200;WE=88809376;WS=88809358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	88809434	rs9925084	A	G	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=145;NR=127;PP=2965;SC=CCTGCTGTGCACCAGGTCAGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=146;TCR=128;TR=272;WE=88809442;WS=88809424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	88809480	rs9925171	A	G	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=118;PP=2965;SC=CTGTGCACCCACACCTGGCAG;SOR=0.962;Source=Platypus;TCF=118;WE=88809488;WS=88809470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	88809686	rs9927855	T	C	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=154;PP=2965;SC=AGCTCACCCTTCAGCAGGGGT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=153;TCR=154;TR=307;WE=88809694;WS=88809676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr16	88809773	rs8048714	G	C	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.94;NF=94;NR=118;PP=2965;SC=ACCCCGGCACGTGCTGGCAGG;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=94;TCR=118;TR=212;WE=88809781;WS=88809763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	88809893	rs9933845	GG	AC	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=43;PP=2947;ReadPosRankSum=0.785;SC=TGGAGCTCAGGGACAGGTAGC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=110;WE=88809902;WS=88809883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr16	88810129	rs8053135	A	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=82;PP=2538;SC=CTGACCGTGAAGCAGCCCTCA;SOR=2.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=113;WE=88810137;WS=88810119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	88851310	rs2911442	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr16	88870099	rs865103	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr16	88872145	rs507329	T	C	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=54;PP=2049;SC=TTTTGAGGAGTGCAATGTTGG;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=127;WE=88872153;WS=88872135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	88872229	rs480727	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,41:0.26:155
chr16	88872511	rs510862	T	C	7247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=128;PP=2965;SC=TGGTGGAGCATGTCAAGGAGC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=133;TCR=128;TR=261;WE=88872519;WS=88872501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr16	88874632	rs572275	C	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=762;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCGCGGACCTCGCCCACATCA;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=64;WE=88874640;WS=88874622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,67:0.33:202
chr16	88874778	rs15829	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=0.734;SC=TACACTTTGGCCTTCCTTTCC;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=10;WE=88874786;WS=88874768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	88876666	rs8191489	C	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=544;ReadPosRankSum=0.980;SC=CTTGCTGTTACCTGGCTGTGT;SOR=0.571;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=45;WE=88876674;WS=88876656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,45:0.33:137
chr16	88880811	rs11076715	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=1.121;SC=CAGGGCCAACCGGAGATTCTA;SOR=0.883;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=7;WE=88880819;WS=88880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	88880965	rs11076716	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.011;SC=AAAGAACATGCAGTTATTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=16;WE=88880973;WS=88880955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr16	88884466	rs2303271	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,51:0.28:185
chr16	88893013	rs3859024	C	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGTCCAGAACCAGGAGGGCTG;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=21;WE=88893021;WS=88893003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr16	88901850	rs11076721	T	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=1.080;SC=TTCACGGAGTTCATTAAATCA;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=6;WE=88901858;WS=88901840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr16	88902183	rs1064315	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=1.692;SC=AGACGGGTGCGTGCGTGGCGT;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=43;WE=88902191;WS=88902173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,47:0.30:159
chr16	88902276	rs12934499	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr16	88902518	.	A	G	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=13;NR=4;PP=157;QD=11.2806595616;SC=AGGTTGATGCATTCCTGTCCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=17;WE=88902526;WS=88902508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	88902780	rs12444543	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,34:0.24:139
chr16	88902820	rs11076722	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.259;SOR=1.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr16	88902823	rs11076723	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.714;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr16	88907283	rs8054994	G	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=647;ReadPosRankSum=0.807;SC=AGAATCAGCTGCCGTTTCCCA;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=37;WE=88907291;WS=88907273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr16	88909028	rs71395332	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=336;ReadPosRankSum=2.050;SC=TTGATGCAGCCGCCCAGAGTC;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=17;WE=88909036;WS=88909018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr16	88921634	rs34150867	C	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=436;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CCCCGCCTCACCCCTCTGTCC;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=32;WE=88921642;WS=88921624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr16	88925904	rs62050163	C	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGACGTCGCCCTAGCAAAGTA;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=61;WE=88925912;WS=88925894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,63:0.72:87
chr16	88927221	rs3826061	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=520;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CTGGAGAAGGTCCCGAGCATC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=33;WE=88927229;WS=88927211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr16	88931363	rs141563331	A	AGGGAG	4560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;MQRankSum=0.323;QD=43.44;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr16	88931914	rs889753	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=1.137;SC=CGCCAGACCCTCTGGTAGAGA;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=16;WE=88931922;WS=88931904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr16	88946955	rs564705	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=766;SC=GTCCTGCCCTAAGTGTGAACC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=88946963;WS=88946945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	88948971	.	GGCATGGCTGTGGGCGTGGCTGTGTGT	G	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.000;NF=5;NR=1;PP=591;ReadPosRankSum=0.330;SC=GCTGTGTGTGGGCATGGCTGT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=88949008;WS=88948961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	88949000	rs4782504	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.000;NF=4;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=1.899;SC=CTGTGTGTGCATGGCTGTGTG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=88949008;WS=88948961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	89160158	rs76688594	G	C	163.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	89160452	rs9938075	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=196;SC=GGCCGGGCGCAGAGCTCTCGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=89160460;WS=89160442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	89167066	rs57558972	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr16	89167075	rs11273288	C	CCCCAGGAGGCTCCCGGGAG	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.283;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr16	89167094	rs7188200	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.654;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=-0.502;SC=AGTGCAATGCTGCCCCATGTG;SOR=1.721;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=26;WE=89167102;WS=89167084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr16	89167140	rs7201122	G	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=733;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GCGCCTTGGCGTCCTGCCGGC;SOR=1.316;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=177;TCF=111;TCR=66;TR=57;WE=89167148;WS=89167130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,59:0.32:187
chr16	89167395	rs6500526	C	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=3.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,76:0.24:322
chr16	89167404	rs7193255	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=5.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,75:0.22:335
chr16	89167431	rs6500527	G	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=5.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,74:0.23:324
chr16	89167443	rs6500528	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,71:0.23:314
chr16	89167458	rs6500529	C	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=4.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,61:0.21:290
chr16	89167792	rs8060043	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=388;ReadPosRankSum=0.946;SC=TTTCGGTGACCGCACAGCACT;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=28;WE=89167800;WS=89167782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr16	89168981	rs4782457	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AGTCTTGCTCTTGCTCTCAGC;SOR=0.197;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=10;WE=89168989;WS=89168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr16	89169205	rs4782456	C	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.545;NF=11;NR=18;PP=1053;ReadPosRankSum=0.334;SC=CACCCTCAGACTAGGCGCCTT;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=29;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr16	89169219	rs10578141	CCT	C	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.536;NF=2;NR=13;PP=1054;ReadPosRankSum=0.680;SC=GCGCCTTTCCCCTGTCGGGGC;SOR=0.257;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=15;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr16	89169312	rs4782455	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.219;SC=AGACTAGGCATCTTTTCCTGG;SOR=0.591;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=7;WE=89169320;WS=89169302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	89178457	.	G	GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGCCGCCGTGGGTCTC	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,4:0.08:53
chr16	89178773	rs4782449	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=32;ReadPosRankSum=0.378;SC=TTTCCTTTCAATGTTCCCTCT;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=6;WE=89178781;WS=89178763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr16	89180664	rs9940965	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,28:0.25:110
chr16	89180695	rs8182228	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,45:0.27:168
chr16	89180883	rs3743979	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=9.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.048;SOR=1.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,23:0.22:105
chr16	89180935	rs3743980	G	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=0.101;SC=CTTCCACTGTGCTCTGAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=6;WE=89180943;WS=89180925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
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chr16	89188672	rs8058601	C	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.608;NF=14;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GGCCTGGGCCCCCCGCAGTGG;SOR=1.035;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=18;WE=89188680;WS=89188662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr16	89199651	rs12447947	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=520;ReadPosRankSum=-2.761;SC=CATTCACCCTGGATGGCTGGT;SOR=0.618;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=37;WE=89199659;WS=89199641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr16	89212200	rs4302032	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=475;SC=AGCCAGCACCAGGACGAGTGA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=89212208;WS=89212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	89238190	rs12927793	G	A	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=47;PP=2409;SC=GCCTGGACGCGCTTCTTCGGG;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=133;WE=89238198;WS=89238180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	89249857	.	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.575;SC=TTTCCAGCTGGAGACAAAGTC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=11;WE=89249865;WS=89249847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr16	89258037	rs34314447	C	G	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=64;PP=2626;ReadPosRankSum=0.143;SC=GTTGGGGTCACTAAGCCGCGG;SOR=0.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=274;TCF=173;TCR=101;TR=170;WE=89258045;WS=89258027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,178:0.63:284
chr16	89265821	rs184407156	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=343;ReadPosRankSum=0.467;SC=GGGTACTCACGAGCCAGATAC;SOR=0.454;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=23;WE=89265829;WS=89265811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr16	89267769	rs34679577	GC	G	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.03;QD=31.41;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	89287613	rs10586525	CAG	C	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=946;SC=TCCTGATACACAGTGTGTGTA;SOR=2.468;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=89287622;WS=89287603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	89288418	rs9931258	A	G	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=23;PP=1186;SC=TCCTGCTAGGATGGAATGACT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=89288426;WS=89288408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	89291210	rs113560259	G	GGTGA	1774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=1542;SC=AGTTCTCCAAGGTAAGTGTGA;SOR=1.151;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=29;WE=89291218;WS=89291200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	89291309	rs28533907	A	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=271;SC=GTGTCAAGTTAAGCGGCTGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=89291317;WS=89291299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	89291945	rs11464538	A	AT	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.337;NF=18;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=0.657;SC=TTTTTAGGTCATTCTTCTTTC;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=46;WE=89291959;WS=89291935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,72:0.92:78
chr16	89291948	rs12926996	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=45.38;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	89291951	rs12926997	C	T	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=43.65;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	89293271	rs28417933	A	C	7124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=121;PP=2965;SC=ACCTTGTTCAAAATTGGAGAG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=125;TCR=121;TR=246;WE=89293279;WS=89293261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	89293614	rs4785626	A	G	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=48;PP=2510;SC=ACCCTGGGGAAAAGCCCTGTG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=121;WE=89293622;WS=89293604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	89294381	rs28415940	T	C	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=89;PP=2965;SC=AAGCCCTTTATATGTACGGTA;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=88;TCR=89;TR=177;WE=89294389;WS=89294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	89294439	rs9921361	G	T	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=59;PP=2318;SC=AGCACATTCAGATTCACACTG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=124;WE=89294447;WS=89294429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	89294511	rs28638280	C	T	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=61;PP=2393;SC=CGAGCCTAACCGAGCACATAC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=89294519;WS=89294501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	89294697	rs60437616	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=51;PP=2019;SC=GAAGGACTCACACAGGAGAGA;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=114;WE=89294705;WS=89294687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	89299054	rs71158785	T	TA	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=33.34;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	89299200	rs61078268	C	A	13412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=125;PP=2965;SC=TGCATATGCACATCAACTCAC;SOR=1.065;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=300;TCF=175;TCR=125;TR=299;WE=89299208;WS=89299190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr16	89299227	rs62068537	C	T	14337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=180;NR=152;PP=2965;SC=TGCAACTCAACTCACACCGTA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=180;TCR=152;TR=332;WE=89299235;WS=89299217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr16	89299280	rs62068538	T	A	8462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=152;PP=2965;SC=CAACTCGCACTGCGTATGCAA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=128;TCR=152;TR=280;WE=89299295;WS=89299270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr16	89299888	.	T	TCG	7189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=45.50;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	89299890	.	A	ACTGCGTGTGCAACTCAACTCG	9489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=54.85;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	89299899	rs34175485	A	G	9637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=38.86;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	89300015	rs62068548	A	G	9638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=162;PP=2965;SC=CTCATACTGCATATGCAACTC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=183;TCR=162;TR=345;WE=89300023;WS=89300005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr16	89300147	rs62068549	A	G	9823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.512;NF=163;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=8.121;SC=CTCGCACTGCATATGCAACTC;SOR=0.518;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=163;TCR=179;TR=339;WE=89300155;WS=89300137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,362:0.94:386
chr16	89345122	rs3102367	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	89345408	rs3096305	G	A	8325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.030;SC=CGGGCTGGAGGAAGCCGTGAC;SOR=0.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=149;TCR=141;TR=289;WE=89345416;WS=89345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr16	89350038	rs2279348	G	A	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CTCCCGGTGCGCCTCCTCGGG;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=117;TCR=169;TR=283;WE=89350046;WS=89350028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
chr16	89350178	rs2279349	G	A	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=TATGCTTTTCGGTCTGCTCTT;SOR=0.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=102;TCR=78;TR=179;WE=89350186;WS=89350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	89371827	rs3114912	G	A	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=66;PP=1820;SC=TGTTTCATATGCCAGGAGAAG;SOR=1.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=91;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	89371839	rs2277908	G	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=54;PP=1465;SC=CAGGAGAAGCGCATCTCTTAT;SOR=2.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	89379936	rs3102350	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=27;PP=1493;SC=ACTGCAGAGTTGTGGGCTCCA;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=89379944;WS=89379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	89389645	rs3114900	G	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	89574166	rs3809641	C	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=680;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AGTCCGAAGGCACAGGACGGA;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=51;WE=89574174;WS=89574156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,54:0.29:184
chr16	89577046	rs3922633	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr16	89590060	rs28643511	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CGCGATCACGGCTCACTGCAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=89590068;WS=89590050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	89590168	rs113476208	T	TATCTC	1165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GGTTTCCTCTTAGGTGGGAAC;SOR=0.918;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=24;WE=89590176;WS=89590158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr16	89590243	rs3803680	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.886;NF=61;NR=32;PP=1312;ReadPosRankSum=1.284;SC=ACAGCACAGCGTTAGTCTTTG;SOR=1.025;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=250;TCF=156;TCR=94;TR=93;WE=89590251;WS=89590233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,96:0.36:265
chr16	89590667	rs3803679	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.773;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=50;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TGAGTGAGGGTGCGGGAGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=8;WE=89590675;WS=89590657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr16	89596106	rs3803676	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=1.054;SC=TAGCCTGAAGCCACAATTAGA;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=7;WE=89596114;WS=89596096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr16	89597057	rs4785690	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=223;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TCCTGACTTCGCCCAGCTCCT;SOR=0.485;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=21;WE=89597065;WS=89597047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr16	89597221	rs4785691	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.064;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr16	89598760	rs463701	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=0.459;SC=TAGGGAATGGAGCTGGTAGCT;SOR=0.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=17;WE=89598768;WS=89598750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr16	89612979	.	ACC	A,AC	1342.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.15;ReadPosRankSum=1.248;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,15,40:0.26,0.69:58
chr16	89614534	rs80324518	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=806;ReadPosRankSum=0.140;SC=ACAGGGGGCGCGCCCTGGGTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=49;WE=89614542;WS=89614524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr16	89628073	rs9930567	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.322;NF=10;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GTCCCTGCAGGCCAACGTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=21;WE=89628081;WS=89628063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr16	89629218	rs258327	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=16;PP=932;SC=GAGGTCCTCCAGGTTCTCCTG;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=89629226;WS=89629208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	89645437	rs369230	G	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.635;NF=12;NR=26;PP=542;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=38;WE=89645445;WS=89645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr16	89649675	rs455868	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGGGTCCGGGGCCGTTTGAGC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=89649683;WS=89649665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	89650371	rs408800	T	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=269;ReadPosRankSum=0.819;SC=CTGGGGCCTCTGGTCCCCCAC;SOR=0.811;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=23;WE=89650379;WS=89650361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr16	89653524	.	C	CCCGCCCCATG	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=0;NR=12;PP=2973;QD=20;SC=AGTCCATGGCCCCGCCCCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=12;WE=89653532;WS=89653514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,12:0.48:25
chr16	89653540	.	CCCT	C	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.11;QD=41.64;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	89653542	.	C	A	305	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=58.12;NF=0;NR=2;PP=305;QD=169.885606274;SC=ATGCCGCCCCCTCAGTCCGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=89653573;WS=89653532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,2:0.17:12
chr16	89653543	.	TCAGTCCGTGGCCCCGCCCCGC	T	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=18;MQ=58.55;NF=0;NR=11;PP=2957;QD=20;SC=TGCCGCCCCCTCAGTCCGTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=89653573;WS=89653532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	89653545	.	AGTCCG	A	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.24;QD=41.64;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	89653552	.	GGCCCCGCCCCGCC	G	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr16	89696999	rs395593	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=375;SC=CTGGGGGAGCCGGGGCTGGGG;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=89697007;WS=89696989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	89704365	rs1126464	G	C	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=96;PP=2965;SC=GAGGGTCTTCGAGGCTGTGGA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=202;WE=89704373;WS=89704355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	89713756	rs201254382	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=992;ReadPosRankSum=0.643;SC=CAGGAGAGAGCGCAGGAGGGA;SOR=1.000;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=68;WE=89713764;WS=89713746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr16	89717781	rs141950187	AAAAC	A	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=421;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=89717792;WS=89717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	89720409	rs258338	T	A	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=70;PP=2206;SC=ACTCACTAGGTTCCTTCTAGA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=118;WE=89720417;WS=89720399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	89724572	rs154664	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=701;ReadPosRankSum=1.599;SC=TTATTCTGGATCCACGCAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=89724580;WS=89724562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr16	89735923	rs9937322	G	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=112;SC=CCTTTGCATGGCACTCGCTAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=89735931;WS=89735913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	89753971	rs258325	T	C	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=98;PP=2965;SC=GTTGGCCTTTTCTTTTTTGTT;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=179;WE=89753979;WS=89753961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	89754255	rs258324	T	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=57;PP=1706;SC=GGAAAGGGAGTTTGAGACTAG;SOR=2.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=75;WE=89754263;WS=89754245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	89757199	rs62068364	C	T	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=105;SC=CACGCAGCCTCAGCTGTCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=89757207;WS=89757189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	89758973	rs187282	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=79;PP=2545;SC=GCTGAGGCCTAACTCTGCTGC;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=135;WE=89758981;WS=89758963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	89760552	rs460057	T	C	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=45;PP=2035;SC=AGGAGCCGGCTGTATTGAGGT;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=117;WE=89760560;WS=89760542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	89763045	rs460367	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=11;PP=1209;SC=GCCGCCTGGGCGGGCTGTCCA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=89763053;WS=89763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	89763263	rs462769	T	C	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=68;PP=2360;SC=GCAGATTGGCTCCAGCAGAGC;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=125;WE=89763271;WS=89763253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	89764549	rs3751695	G	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=46;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GCCGGAGGGCGAAGCAGCCCA;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=132;WE=89764557;WS=89764539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr16	89774396	rs1110331	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=602;ReadPosRankSum=0.237;SC=GGTGTCATCTGAACGAACAGA;SOR=1.078;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=42;WE=89774404;WS=89774386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr16	89774411	rs11860230	T	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=57;PP=2019;SC=AACAGAAGGATACCCCCGGCC;SOR=1.374;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=95;WE=89774419;WS=89774401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	89775422	rs59660050	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=3.552;SC=CTGAGCCACCCCTTATACCCC;SOR=1.755;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=5;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	89775429	rs143353176	C	CCCCG	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.090;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=2.029;SC=ACCCCTTATACCCCGCCCACC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	89777761	rs12920315	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.05;MQRankSum=1.270;NF=42;NR=33;PP=803;ReadPosRankSum=0.506;SC=CCAGGCTGGTCACGAGTGACA;SOR=0.606;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=75;WE=89777769;WS=89777751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,80:0.39:207
chr16	89778202	rs376041423	G	GCC	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=8;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=386;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CTCTGGCTCCGCCCCCCACGG;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=89778210;WS=89778192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr16	89778219	rs28588261	A	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr16	89778224	rs7206836	G	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.79;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	89782989	rs7206570	A	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=43;PP=1734;SC=CAGGCTGGGGAATGGGAGCAG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=89782997;WS=89782979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	89783187	rs4785706	C	T	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=30;PP=873;SC=GCTGTGCTAGCTTCAGCATCT;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=89783195;WS=89783177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr16	89784521	rs10468304	T	A	12266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=200;NR=248;PP=2965;SC=CTGTGATCCTTTGTGCAGCGG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=450;TCF=202;TCR=248;TR=448;WE=89784529;WS=89784511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
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chr16	89805261	rs1800359	A	G	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=103;PP=2965;SC=TGTCCCCCACATGGCCCAAGG;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=197;WE=89805269;WS=89805251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	89807392	rs147217309	A	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.150;SC=TAAATCCTTTAAGTGGATCTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=89807400;WS=89807382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	89812930	rs34019730	G	A	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=40;PP=2389;SC=AGATGCCAGAGGCAGCTGTGG;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=122;WE=89812938;WS=89812920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	89818491	rs3743860	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=687;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AATATCTTAATAGCACGCGGC;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=37;WE=89818499;WS=89818481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr16	89831510	rs2159116	C	A	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=64;PP=2190;SC=TTCTTCATTGCGCAAGTTTCA;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=110;WE=89831518;WS=89831500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	89836507	rs7200990	T	C	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.94;NF=115;NR=110;PP=2965;SC=TGAAGACGAATTGAGAAGTAG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=225;WE=89836515;WS=89836497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	89836899	rs1800341	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=892;SC=GAGTCCCTGGTCTGCAGACTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=37;WE=89836907;WS=89836889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	89849480	rs2239359	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=33;PP=1055;SC=CGGTACTTGCCGGGAACCAGG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=89849488;WS=89849470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	89858759	rs17226159	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=251;SC=AGCCACATCTCACCAGACATC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=89858767;WS=89858756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	89862202	rs17226075	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=280;SC=TCAAGACAGACGTAAAAGAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=89862210;WS=89862192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	89866160	rs7186192	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=517;SC=ACGGCACTTCAGGAGGCCGAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=89866168;WS=89866150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	89869761	rs1800286	T	C	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=93;PP=2965;SC=TGAAAAACCATAAAACCAAAG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=170;WE=89869769;WS=89869751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	89883007	rs1800282	A	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=55;PP=1997;SC=GGAGTTCGGGACCCACGAGTC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=107;WE=89883015;WS=89882997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	89902482	rs12598477	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=652;SC=GTTTAGGAGGTTAAGGCAGGA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=89902490;WS=89902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	89911681	rs17719345	G	C	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=34;PP=1477;SC=AGTGTTTATTGGGGTCCCGGG;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=89911689;WS=89911671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	89922485	rs1105691	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr16	89925556	rs7200842	G	A	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=157;NR=102;PP=2965;SC=GCAGGGCCGCGTCTGGTGTGT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=157;TCR=102;TR=259;WE=89925564;WS=89925546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	89952385	.	C	CGCCCTTCTCTGCGGCT	627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	89952461	.	T	C	118	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=59.42;NF=1;NR=9;PP=118;QD=15.2771212547;SC=CCCTTCTCTGTGGCTGCCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=10;WE=89952469;WS=89952451;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,10:0.26:38
chr16	89964952	rs72813432	A	G	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=67;PP=2965;SC=ATGTGGAACTATTTTGGATCT;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=114;TCR=67;TR=181;WE=89964960;WS=89964942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	89973777	.	CTCCCAGT	C	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=18;MQ=58.02;NF=0;NR=15;PP=135;QD=10.7333333333;SC=CACCTCCCTCCTCCCAGTTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=15;WE=89973805;WS=89973767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	89973796	.	A	G	126	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=27;MQ=58.78;NF=0;NR=12;PP=126;QD=13.3976010456;SC=CCCAGCTCCCAGCTCCCACCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=12;WE=89973805;WS=89973767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,12:0.41:29
chr16	89981303	.	G	T	570	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=27;MQ=56.98;NF=23;NR=0;PP=570;QD=26.2944005455;SC=ACATTTGTGTGTGTGTGCCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=23;WE=89981311;WS=89981293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr16	89981345	.	T	TTG,TTGTG	1739	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=59.8;NF=28,28;NR=23,23;PP=1739,31;QD=34.3137254902;SC=GGGTGCACATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=51,51;WE=89981354;WS=89981335;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.78:65
chr16	89986365	rs146544450	G	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1324;ReadPosRankSum=-2.571;SC=CGGTCCACCAGGGCTTTGGCC;SOR=1.167;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=267;TCF=154;TCR=113;TR=83;WE=89986373;WS=89986355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,86:0.32:269
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chr16	89998930	rs28593634	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=817;ReadPosRankSum=0.292;SC=AAGGGCCTGGCTGGGGCTATG;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=44;WE=89998938;WS=89998920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr16	89998957	rs2302897	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=16;PP=1534;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGCCGACCCCCCCTCTCCCAC;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=96;TCR=25;TR=82;WE=89998965;WS=89998947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
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chr16	90002290	rs1135425	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=545;SC=GGAGCCATCTTGCTGCCGACA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=90002298;WS=90002280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr16	90030355	rs13330431	T	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
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chr16	90085787	rs11076656	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr16	90097748	rs2302513	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=806;ReadPosRankSum=0.101;SC=AGCTGGACCGCGAGCGGGAGG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=60;WE=90097756;WS=90097738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,65:0.34:193
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chr16	90099348	rs3785182	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TGTGGCGGGGGCACCTGGAGG;SOR=0.231;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=14;WE=90099356;WS=90099338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	90102835	rs868045	A	G	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=2081;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TGAGGGACGAACTCGACTTGC;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=100;TCR=45;TR=113;WE=90102843;WS=90102825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,123:0.77:159
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chr16	90103117	rs7498985	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1100;ReadPosRankSum=0.793;SC=TTATAAGATTGTTTGACAATG;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=73;WE=90103125;WS=90103107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr16	90103246	rs4374173	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.632;SC=GAAGTGTGTTCTGGTTTGTAA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=90103254;WS=90103236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	90108832	rs2241035	C	T	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CCCGTTGCCTCGGCCAAAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=154;TCR=159;TR=209;WE=90108844;WS=90108822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,221:0.68:326
chr16	90109711	rs3743825	A	G	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=85;PP=2761;SC=TCGGACAGACACTGGGCCAGG;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=152;WE=90109719;WS=90109701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	90128224	rs2077426	C	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=9;PP=1382;SC=CAGAGCTAACCATGTTATCCC;SOR=3.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=63;WE=90128232;WS=90128214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	90133137	rs16966444	G	T	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=21;PP=2051;ReadPosRankSum=1.699;SC=AATGATGATGGCAGACACTGC;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=93;WE=90133145;WS=90133127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr16	90141288	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.299;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,18:0.20:90
chr16	90141355	rs12925933	A	C	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.070;NF=80;NR=71;PP=2389;ReadPosRankSum=-1.732;SC=CTTCATCGGAATCTTCTGTGT;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=151;WE=90141363;WS=90141345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,155:0.62:248
chr16	90141477	rs7196459	T	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=67;PP=2148;SC=AGAGCTGGGATGAGGAACAAA;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=99;WE=90141485;WS=90141467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	90142087	rs35256427	G	A	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.827;NF=81;NR=36;PP=1937;ReadPosRankSum=-2.822;SC=CAGAGCAGTCGCTGATGCTAG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=137;TCR=61;TR=117;WE=90142095;WS=90142077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,122:0.60:203
chr17	31236	.	AT	TG	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=47;PP=2852;SC=CTGGATGCTGATGGTCGCCTT;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=80;WE=31245;WS=31226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	65610	rs62057050	G	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr17	65720	rs11868664	A	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=153;SC=CATGGCTGCCAGGCTCTGGCC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=65728;WS=65710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	131516	rs12942829	C	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=520;SC=GAGGGCATATCCAGCCCACTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=131524;WS=131506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	177359	rs67434950	G	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=69;PP=2256;SC=GGCTGGGGGTGGGGAGTCACA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=131;WE=177367;WS=177349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	260299	rs4581766	G	A	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=68;PP=2965;SC=CGGCGAGGAGGAGGAGCGGGA;SOR=1.128;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=174;WE=260307;WS=260289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	293138	rs8069166	G	A	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=53;PP=2965;SC=GGCGTGGCTCGAAGCGCACCT;SOR=1.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=152;WE=293146;WS=293128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	293274	rs76404864	A	G	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.172;SC=GTACTTGACCAAGGAGGTGTA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=238;WE=293282;WS=293264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr17	295777	rs9902142	C	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=520;SC=CGGGCCATTTCTTTTATTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=295785;WS=295767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	422896	rs2034087	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=280;SC=TGAAGTGCACGTGCCCGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=422904;WS=422886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	423051	rs2034088	T	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=68;NR=51;PP=1980;SC=GTGGACCAAATGTCCCGGCAC;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=423059;WS=423041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	424880	rs16953156	G	A	10964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CTTTGACAACGATCTTGGTGT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=186;TCR=201;TR=384;WE=424888;WS=424870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr17	440108	rs11653961	A	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=467;SC=GTGTGTGGGGAGGTGTCGGTA;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=440116;WS=440106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	455232	rs2304949	C	T	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=81;PP=2965;SC=TTTCAAACAACGGCCGTCTGA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=182;WE=455240;WS=455222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	456563	rs142478715	C	T	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=110;NR=63;PP=2965;SC=ACGTGCTGCACGCTGCTGTGT;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=110;TCR=63;TR=173;WE=456571;WS=456553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	505249	rs7214036	TA	CG	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=1227;SC=CGCTATCTGATAAAGAAGAAC;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=505258;WS=505239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	526746	rs73975715	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=13;PP=695;SC=CTGATTTCACGTGGCAGCTCC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=526754;WS=526736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	530585	rs73975718	C	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=24;PP=657;SC=AAAAGCCACCCCAGTGGTTAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=530593;WS=530575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	536198	rs8075960	T	C	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=227;SC=AAATGATCACTAGTGAGGGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=536206;WS=536188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	618100	rs2955626	C	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=462;SC=GCACTTCCGGCAGGCCAGGGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=618108;WS=618090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	767377	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=51.38;NF=36;NR=43;PP=2962;QD=20;SC=CGGTGAAGGGGCACGTTCACC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=257;TCF=107;TCR=150;TR=79;WE=767404;WS=767352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:178,79:0.31:257
chr17	767377	.	G	GCACGTTTACCGTTGCTCACTTCCGGTGAAGGGGCACGTTTACCATTGCTCACTTCCGGTGAAGGGGCACGTTTACCATTGCTCGGTCCCACGTTTACCGTTGCTCGGTTCCGGTGAAGGGA	12173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.29;MQRankSum=-0.537;QD=62.11;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr17	767384	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=51.33;NF=57;NR=91;PP=2962;QD=20;SC=GGGGCACGTTCACCGTTGCTC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=234;TCF=97;TCR=137;TR=148;WE=767404;WS=767352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,148:0.63:234
chr17	767395	.	GG	AC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=50.53;NF=13;NR=55;PP=2944;QD=20;SC=ACCGTTGCTCGGTTCCGGTGA;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=68;WE=767404;WS=767352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:127,68:0.35:195
chr17	799933	rs2467248	A	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=8;PP=1579;SC=CCCCGGCCCAAGGAAGTTTTT;SOR=3.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=799941;WS=799923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	800125	rs77274853	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=120;PP=2965;SC=AACAAACTCACGCTATTTCTC;SOR=6.341;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=135;TCF=15;TCR=120;TR=128;WE=800133;WS=800115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	902869	rs12941159	A	G	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=76;PP=2790;SC=GGCCTTGGACAACGTGCTGAG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=162;WE=902877;WS=902859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	909451	rs2586306	A	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=23;PP=652;SC=TCCCTGTCCTAGGCCTCGTCC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=909459;WS=909441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	910401	rs2586305	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=1008;SC=CGGTGCCAGGGTACCTGCGCC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=910409;WS=910391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	910636	rs2586304	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=594;SC=CGCTGTGGGAACTCCTGAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=910644;WS=910626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	915368	rs333652	A	G	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=101;PP=2965;SC=AGGGCAGAGAAAGAGGCCACC;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=197;WE=915376;WS=915358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	916446	rs9894835	G	A	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.994;SC=CCAGCTCGGAGGCCAAGCCAG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=162;WE=916454;WS=916436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr17	916466	rs4968074	C	T	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=78;PP=2639;SC=GAGATCTCCCCGTGGGTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=145;WE=916474;WS=916456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	934898	rs9903778	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr17	934984	.	C	CGG	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=9;PP=268;SC=TCGGTCATGCCGGGGGGGACG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=934992;WS=934974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	953456	rs2257540	C	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=61;PP=1873;SC=CCTGAACCTCCGAAGCTGGGA;SOR=2.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=81;WE=953464;WS=953446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	953737	rs2257222	T	C	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=28;PP=1781;SC=GAGCACGGGGTGGTGGGGTCC;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=92;WE=953745;WS=953727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	954003	rs11653072	C	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=421;SC=CATCTTGGCTCTCTCCTCCCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=954011;WS=953993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	960178	rs62069679	C	A	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=30;PP=2214;SC=TTACGGGAAGCCGGCCACGCT;SOR=1.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=109;WE=960186;WS=960168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	962184	rs62069680	A	G	8131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=163;PP=2965;SC=ACGACACTCCACTGTGTGTTA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=130;TCR=163;TR=292;WE=962192;WS=962174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	970251	rs2258097	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=568;SC=TACAACTTCCTGCCTCCACCT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=970259;WS=970241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	970413	rs2262150	C	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=42;PP=1490;SC=TGGCCTCAGACTCCTCGGGGG;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=970421;WS=970403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	975804	rs62067901	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=14;PP=654;SC=GGACGAGGGACCTGATACTTC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=975812;WS=975794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	975830	rs77792616	G	A	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=20;PP=752;SC=CTGGGTGAGGGGCCGTGCCGG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=975838;WS=975820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	976711	rs2258893	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=12;PP=1331;SC=CCTGGCGGCATGGATACCGCG;SOR=2.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=61;WE=976719;WS=976701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	1004108	rs12942046	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=669;ReadPosRankSum=1.771;SC=CTGTCACCTAGGCTGAAGTAA;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=1004116;WS=1004098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr17	1183354	rs6502774	T	C	7816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=105;PP=2965;SC=TCCGCCGCATTCCTGGACCTG;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=171;TCR=105;TR=275;WE=1183362;WS=1183344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	1183464	rs6502776	A	G	9223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=163;PP=2965;SC=GGAGCAGAACAGCCAGGGCCT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=173;TCR=163;TR=336;WE=1183472;WS=1183454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	1248583	.	T	TA	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9997;HP=18;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=53.09;NF=1;NR=1;PP=26;QD=14.5;SC=GAAAACTGTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=1248591;WS=1248573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,2:0.29:7
chr17	1265325	rs3752827	T	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=913;SC=AAATTTTTTTTAAATCAGATT;SOR=2.368;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=39;WE=1265333;WS=1265315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1359363	rs2229075	T	G	7871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=158;PP=2965;SC=CGACTCAACCTCCCCCAGTAC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=129;TCR=159;TR=287;WE=1359371;WS=1359353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	1370459	rs2302459	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=8;PP=1160;SC=GTGAGGTGCCTGGGCTCTGCC;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=1370467;WS=1370449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	1370720	rs2302457	C	T	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=80;PP=2965;SC=CCTGGGTGCCCACACAGCCCC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=172;WE=1370728;WS=1370710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	1371088	rs8069059	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=303;SC=CCTCCCCATCTACCTCCCCCA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=1371096;WS=1371078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	1371123	rs8072859	T	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=11;PP=610;SC=TCCCCATCCATGAAAAGGCAC;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=1371131;WS=1371113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1371473	rs8079811	C	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=60;PP=1922;SC=GGCTCCGCCCCTGCCCTGACC;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=1371481;WS=1371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	1371818	rs8080389	C	T	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	1372987	rs9303175	T	G	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=91;PP=2797;SC=TGCTACTGCATCCTTTGGATA;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=1372995;WS=1372977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	1373518	rs9905106	T	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=33;PP=1498;SC=CAGGACATTCTGGGGCAGCTG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=1373526;WS=1373508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	1373612	rs8081370	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	1384066	rs4790518	A	G	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=108;PP=2965;SC=TCTCCTCCTCACCCCCCTCCA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=235;WE=1384074;WS=1384056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	1386094	.	G	GCACTGA	351	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=57.9;NF=8;NR=3;PP=351;QD=40.4697273007;SC=TCCCACACTGGGCTTCTCTCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=1386103;WS=1386084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,11:0.73:15
chr17	1387334	.	CA	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.668;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr17	1412455	rs5818804	GC	G	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=568;SC=GGAACGGTCTGCCAGACCCAG;SOR=1.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=1412463;WS=1412445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	1419853	rs3815465	C	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=25;PP=794;SC=CAGCGGGTCCCGGCCAGAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=1419861;WS=1419843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	1424948	rs2277669	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=754;SC=ATCTGGAACAAAAAAAGCAGG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=1424956;WS=1424938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	1480088	rs7222193	G	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=584;SC=TGGTGACCCCGGGCTGCACCG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=1480096;WS=1480078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	1486380	rs35181236	TAAAG	T	2952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=12;PP=2384;SC=CTCAAAAAAATAAAGAAAGTC;SOR=2.517;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=48;WE=1486391;WS=1486370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	1489088	rs4790208	C	G	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=70;PP=2865;SC=GCTCCGGGAGCAGCTGGAGTG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=149;WE=1489096;WS=1489078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	1490379	rs143498029	A	ACACTGCGTTTCCCG	1655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=27;PP=2967;SC=TGCATTTCCCACACTGCGTTT;SOR=2.147;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=29;WE=1490387;WS=1490369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	1490409	rs8078582	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.6255;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=124;SC=CATTTCCCACTAAGCGTGACT;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=1490417;WS=1490399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	1493972	rs7210368	T	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=390;SC=GGCAGACAGCTCCTGGGATGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=1493980;WS=1493964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1493999	rs7406591	G	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=4;PP=709;SC=TCCATGGCCCGGCTGGCCCGG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=1494007;WS=1493989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	1494027	rs4790668	T	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=3;PP=1060;SC=TAACACATTCTGGCCGGTGGC;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=1494035;WS=1494017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	1494567	rs12953268	G	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=22;PP=1407;SC=GGGTACCTGCGGCATCCGGCT;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=73;WE=1494575;WS=1494557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	1516267	rs7214201	A	G	102.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr17	1516480	rs7219369	T	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=84;PP=2567;SC=TTAAAAAATCTGTACTCACTG;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=1516488;WS=1516461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	1530979	rs5818816	G	GC	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=11;PP=832;SC=AGCTCCAGGAGCCCCCCGCAA;SOR=0.804;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=28;WE=1530987;WS=1530969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	1538546	rs4790250	C	T	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=121;PP=2965;SC=ACTGTCCGGCCACCAAGTGGG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=99;TCR=122;TR=220;WE=1538561;WS=1538536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	1538628	rs3744644	C	G	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=64;PP=2965;SC=CTTCTGCTTCCTCTGGGCCTG;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=156;WE=1538636;WS=1538618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	1542153	rs2272012	G	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=44;PP=1853;SC=AGCAGGCAAGGCCCAGGAAGA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=1542161;WS=1542143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	1542190	rs2272011	G	A	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=55;PP=2307;SC=AAGGCTGCCCGCGATGAGGGC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=1542198;WS=1542180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	1550106	rs2293067	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=24;PP=1333;SC=AGCAGGGTGACGGGCAGAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=56;WE=1550114;WS=1550096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	1613203	.	T	TG	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5211;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGTGGGGACATGGGGGGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=1613211;WS=1613193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	1630992	rs9912287	G	A	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=146;PP=2965;SC=GCGCGGTGCTGAAGGACATCA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=286;TCF=140;TCR=146;TR=283;WE=1631000;WS=1630982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	1631340	rs35048651	TGAG	T	5689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.220;NF=23;NR=58;PP=2978;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CAGGGGCTGCTGAGGAGGAGG;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=81;WE=1631350;WS=1631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr17	1636950	rs11657394	C	A	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=GGCACCGGGCCCGAGTGGGAC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=186;WE=1636958;WS=1636940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	1637302	rs3809872	A	G	10661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=187;PP=2965;SC=TGGCACCCCTAAGCAGCGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=175;TCR=187;TR=361;WE=1637310;WS=1637292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr17	1637458	rs8065251	G	A	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=121;PP=2965;SC=TTGAGGCCCCGCAGCACGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=221;WE=1637466;WS=1637448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	1639458	rs11549259	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=52;PP=1707;SC=ACACCCGCACAGGCCTGGTTC;SOR=0.970;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=102;WE=1639466;WS=1639448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	1640640	rs62090051	C	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=29;PP=2886;SC=CCTGCTGAGGCTCTCCTCTCC;SOR=2.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=94;TCR=29;TR=123;WE=1640648;WS=1640630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	1640793	rs8077638	C	T	12424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=215;NR=228;PP=2965;SC=TGTACGGCAGCGAGGTGGTCA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=445;TCF=216;TCR=229;TR=443;WE=1640801;WS=1640783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr17	1641035	rs2287322	A	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=626;ReadPosRankSum=1.753;SC=GCGCGTGTCCACTCACCCTGT;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=1641043;WS=1641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr17	1648502	rs2070863	C	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=30;PP=1171;SC=GCCCTTGGGCCGGCAGGTACT;SOR=0.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=67;WE=1648510;WS=1648492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	1649238	rs35388948	TG	T	6310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=89;PP=2951;SC=CCAAGAGAGCTGGGAGGCCAG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=13;TCR=97;TR=101;WE=1649246;WS=1649228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	1649259	rs7503952	G	C	6200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	1649267	rs7501729	A	G	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	1651780	rs2277695	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=0;PP=769;SC=TGGGTGGGACAGGCAACGGGC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=1651788;WS=1651770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	1657899	rs1057355	G	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=36;PP=1099;SC=CTTTCCAACCGGCTTTGTGGC;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=1657907;WS=1657889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	1657979	rs67887323	TG	T	135.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=78;SC=GAGTTTAGGGTGGGGGGGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=1657987;WS=1657969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	1673104	rs11658342	G	A	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=28;PP=1863;SC=GCATCTCTGCGAGTCCCTGAA;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=1673112;WS=1673094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	1673276	rs1136287	C	T	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=77;PP=2633;SC=CGATCCAGCACGAGCCCCACG;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=1673284;WS=1673266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	1674434	rs1804145	C	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=56;PP=1729;SC=GTCACTGCCCCCCAGAAGAAC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=1674442;WS=1674424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	1675127	rs4274474	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=138;SC=TGCTTGTCGTCGAGTCTCATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=1675135;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	1675451	rs5008943	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=924;SC=TACTCTGTAGTCCTAACTGGA;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=35;WE=1675459;WS=1675441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	1678256	rs2269344	G	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=578;SC=TCCCTTGAGTGGGGCAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=30;WE=1678264;WS=1678246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	1679805	rs2071022	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=15;PP=1299;SC=GACTAACCACATGCTTTCTCA;SOR=2.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=68;WE=1679813;WS=1679795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	1680002	rs6828	T	C	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=105;PP=2965;SC=AGCTGAGTTATGAAGGCGAAG;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=179;WE=1680010;WS=1679992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	1684772	rs7224977	T	C	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=35;PP=917;SC=TTCACTGATTTGTGAGGCAAA;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=1684780;WS=1684762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	1686410	rs9902398	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=946;SC=CTCCACCACGTAGAGACTCCT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=1686418;WS=1686400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	1686600	rs12149986	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=431;SC=GGGCCACGGCGAAGTGCCCAC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=1686608;WS=1686590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	1687796	rs3815612	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=650;SC=TGCCAGGGTCAGTTATCAACA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=1687804;WS=1687786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	1690302	rs68098051	CAA	C	1721.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=1513;SC=ATATTGAAAGCAAGAGAGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=29;WE=1690313;WS=1690292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	1690305	rs117380376	G	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=940;SC=TTGAAAGCAAGAGAGAGTCAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=31;WE=1690313;WS=1690292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	1748028	rs4790827	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1498;SC=GAATGGGAACAAATTTAGGAA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=1748036;WS=1748018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	1761391	.	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=15.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.07;MQRankSum=-3.760;QD=1.39;ReadPosRankSum=-3.148;SOR=3.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,10:0.10:103
chr17	1761401	.	G	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=29.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQRankSum=-4.220;QD=2.14;ReadPosRankSum=-3.173;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,15:0.13:118
chr17	1761404	.	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=26.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQRankSum=-4.205;QD=2.01;ReadPosRankSum=-2.405;SOR=4.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,15:0.12:123
chr17	1761423	.	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.293;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=25.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.74;MQRankSum=-4.857;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=3.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,21:0.14:153
chr17	1761425	.	C	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=25.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQRankSum=-4.943;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=3.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,25:0.16:158
chr17	1761428	.	G	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=25.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.01;MQRankSum=-4.898;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=2.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,28:0.17:165
chr17	1761431	rs3809874	T	C	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=75;PP=2962;SC=TTTCCTAGGTTCCACATCAAG;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=109;TCR=80;TR=181;WE=1761465;WS=1761421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	1761436	.	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=16.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-5.527;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=2.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,36:0.21:175
chr17	1761445	.	CGG	TGA	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=6.530;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.69;MQRankSum=-5.699;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,43:0.23:186
chr17	1761446	rs11656253	G	A	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.178;NF=82;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.912;SC=ATCAAGTGTCGGATCCCATTC;SOR=0.342;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=162;WE=1761465;WS=1761421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,140:0.76:185
chr17	1761457	.	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=10.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQRankSum=-6.160;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.254;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,44:0.23:194
chr17	1761482	.	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-6.153;QD=2.47;ReadPosRankSum=2.433;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,42:0.22:192
chr17	1800217	rs7406062	G	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=756;SC=ACATTCAGGAGGAGGCTGTCA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=1800225;WS=1800207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	1839674	rs9902457	G	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=382;SC=GCAGCCGAAGGCTCTACCAGC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=1839682;WS=1839664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	1840468	rs9903800	C	T	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=83;PP=2965;SC=GGTCGTGGAACGCCTTGTGGT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=1840476;WS=1840458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	1933241	rs35350758	AG	A	915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=814;SC=ACTAAGTCGCAGGGCAAGGGC;SOR=3.690;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=21;WE=1933249;WS=1933231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	1933381	rs2273981	G	A	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=61;PP=2175;SC=GCCCCCGCTGGCCGATCGGCG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=123;WE=1933389;WS=1933371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	2195933	rs3215741	GA	G	4670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=83;PP=2974;SC=AACTAGAACAGAAAAAACAGT;SOR=1.063;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=19;TCR=87;TR=100;WE=2195941;WS=2195923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	2196088	rs216206	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=562;SC=ACAACACCCACATGGCCTACT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=2196096;WS=2196078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	2196150	rs216205	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=1130;SC=AATAACGAAGCAGAGGTAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=2196158;WS=2196140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	2200434	rs170043	A	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=727;SC=CTGTATCATTATTTTATCCTC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=2200442;WS=2200424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	2202943	rs216196	T	C	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=84;PP=2965;SC=CATCCCTGGCTGACCTCACCA;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=93;TCR=85;TR=177;WE=2202951;WS=2202933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	2203167	rs216195	T	G	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=95;PP=2965;SC=GACACTTGCTTCTTCAGTCGT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=176;WE=2203175;WS=2203157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	2203348	rs216194	T	C	8450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=141;PP=2965;SC=TCCCGCGGGCTGGGTCGTCGT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=154;TCR=141;TR=294;WE=2203356;WS=2203338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	2203453	rs216193	A	G	10929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=196;PP=2965;SC=TTTCTATCTCAGCCCTGTCTG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=198;TCR=196;TR=394;WE=2203461;WS=2203443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	2227571	rs139064559	AG	TA	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=34;PP=2947;SC=ATGGATCATAAGTCCATTTGG;SOR=1.065;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=81;WE=2227580;WS=2227561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	2265592	rs62067014	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=40;PP=1074;SC=CAAAAACTGCAGGTGACCACC;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=2265600;WS=2265582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	2266055	rs8073644	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=433;SC=TTTGTGGGGATGTCCCTACCT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=2266063;WS=2266045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	2266709	rs2003969	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=15;PP=933;SC=TTCCCAAGCCTTGAGGCCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=2266717;WS=2266699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	2266799	rs745400	G	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=54;PP=2435;SC=TCGGAGGACAGGCTGGCTGCC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=131;WE=2266820;WS=2266789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	2266812	rs2003968	T	C	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=58;PP=2146;SC=TGGCTGCCTGTGCCCGCGAGT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=131;WE=2266820;WS=2266789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	2266986	.	T	C	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=48;PP=1572;SC=CCTGAGGAGCTTGACCAGAGA;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=2266994;WS=2266976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	2267694	rs2286881	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=489;SC=AAGCTCTCAGCGGCTGAGACG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=2267702;WS=2267684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	2268139	rs2447099	G	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=16;PP=995;SC=GGCCAGCAGGGTGTGATAGCC;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=2268147;WS=2268129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	2268311	rs2248821	G	A	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=61;PP=2574;SC=CTGCTGCCTCGGGGACAGCTA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=126;WE=2268319;WS=2268301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	2268681	rs2429908	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=32;PP=738;SC=GAAGACGCTCTGGGAGGCGGG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=2268689;WS=2268671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	2270777	rs2429910	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=273;SC=ACCACAGGGGTTCGAACGGCA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=2270785;WS=2270767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	2274378	rs73296287	G	A	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=79;SC=AGTGTCAGGCGCCCTCTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=2274386;WS=2274369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	2275734	rs3213712	C	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=54;PP=2041;SC=CGGGGGCCTCCGCGGGCCTCA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=117;WE=2275742;WS=2275724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	2275844	rs3213713	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=33;PP=965;SC=GAGTGAGGGCTTCAGGGTAAA;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=2275852;WS=2275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	2278685	rs2286882	G	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=621;SC=GAGAGGGGGTGTGAAGAGTTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=2278693;WS=2278675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	2297571	.	G	GCACACA,GCACACACA	2200.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=12,12;NR=15,15;PP=623,175;SC=ACGCACGCACGCACACACACA;SOR=0.963;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=27,27;WE=2297579;WS=2297555;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:51
chr17	2318550	rs4613098	G	C	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=75;PP=2965;SC=TCCTGTACCAGAAACATAAGG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=172;WE=2318558;WS=2318540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	2318695	rs4790335	G	A	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=56;PP=1511;SC=AGCAACACACGACATGCATGG;SOR=2.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=76;WE=2318703;WS=2318685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	2322776	rs1056321	T	C	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=117;SC=CAGCTCCCTTTGTGGGATTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=2322784;WS=2322771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	2595215	rs5818873	GC	G	1284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=647;SC=AAGGGATCAGGCCCCCCCGTG;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=24;WE=2595223;WS=2595205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	2597723	rs66960934	GCAGCGGGGACA	G	4794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=39;PP=2987;SC=CAGCAGGGACGCAGCGGGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=55;WE=2597741;WS=2597713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	2598627	rs1003398	T	C	8949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=162;PP=2965;SC=TCCATCCCAGTCCCACAGCTC;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=141;TCR=162;TR=303;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	2598639	rs1003399	C	G	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=159;PP=2965;SC=CCACAGCTCCCGTTCCGCCCC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=134;TCR=159;TR=293;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	2599612	rs2302200	C	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=33;PP=1680;SC=TGCCGCCTGGCGCTGGCGGGG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=2599620;WS=2599602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	2601101	.	C	CCCTTCAAGGACCCAACCCCGGAT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=0;PP=1138;SC=CAGCGCTTCTCCCTTCAAGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=2601109;WS=2601097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	2604375	rs758417	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=1106;SC=GCAGGTGGGCCGGCTCACCCC;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=2604383;WS=2604365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	2606715	rs1065479	G	A	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=150;PP=2965;SC=AGAAGCAGGTGCGGTGACACG;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=108;TCR=150;TR=258;WE=2606723;WS=2606705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	2607560	rs12953041	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=855;SC=CTGCCACAAAATGGGGCCGGT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=2607568;WS=2607550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	2699935	rs123059	T	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=47;PP=1395;SC=TTAAGTGCATTGGCGGCCGTG;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=89;WE=2699943;WS=2699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	2868935	rs12950923	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=17;PP=512;SC=GGGTCATCCTTAGGTAGGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=2868943;WS=2868925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	2883500	rs4790400	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=19;PP=1088;SC=GCCTCCCAAAATGCTGAGATG;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=2883508;WS=2883490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	2894569	rs8071529	C	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=31;PP=1500;SC=AATTCCTGCCCTTATTCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=2894577;WS=2894559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	2908816	rs2289648	A	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=62;PP=2090;SC=GGATGGAGCCAAATTCAGGCT;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=2908824;WS=2908806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	2921210	rs60254420	CGT	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=1.264;SC=CCTCTGTGACCGTGTGTGTGT;SOR=0.204;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=10;WE=2921221;WS=2921200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr17	2921251	rs8064800	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	2923597	rs2304981	C	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=713;SC=CTGTGACTGGCCTGAGTCTCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=2923605;WS=2923587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	2923767	rs2304982	A	G	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AATTTCATCGACAGCCTCCAG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=214;WE=2923775;WS=2923757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr17	2923933	rs11652061	T	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=62;PP=1735;SC=TTGCGGGGTCTGTCAACCCCC;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=2923941;WS=2923923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	2924011	rs4790416	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=859;SC=AGGAGATGGCTCTGCCTTCAG;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=2924019;WS=2924001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	2935591	rs4239039	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=381;SC=CCTGGGGTCCTGAATCCCTTC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=2935599;WS=2935581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3100827	rs2241093	T	C	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=76;PP=2965;SC=AGAAAGAAAATCAATCCTTTA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=181;WE=3100844;WS=3100817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	3101076	rs2241092	G	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=42;PP=2321;SC=ATCTCTTGGGGAGCAAGTTCA;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=111;WE=3101084;WS=3101066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	3101578	rs2241091	G	T	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=TACAACGATGGGCATGTATTT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=204;WE=3101586;WS=3101568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	3101691	rs12150427	G	T	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=87;PP=2826;SC=TGAGAAATTGGGATATGAAGG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=158;WE=3101699;WS=3101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	3119008	rs4325604	T	C	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=39;PP=1506;SC=CATCCTCTTCTTGTTCATTTA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=88;WE=3119016;WS=3118998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	3182309	rs2014057	G	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=36;PP=1051;SC=TCAAAGCCCCGTGGCGAGTCC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=3182317;WS=3182299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	3195503	rs703903	C	T	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=43;PP=2234;SC=GGCCAGGAATCGGTCATAGGC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=121;WE=3195511;WS=3195493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	3214181	rs231678	T	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=94;PP=2965;SC=GCTCTCCTGCTCCAGTGTTCA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=102;TCR=94;TR=196;WE=3214189;WS=3214171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	3214314	rs231677	G	A	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=GCAGAGGGCAGAAAGAAAGCC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=228;WE=3214322;WS=3214304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	3300934	rs769422	A	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=48;PP=2567;SC=ATAAGTAGAGACCAATAACGG;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=133;WE=3300942;WS=3300924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	3301797	rs3907384	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=707;SC=TTGGTCTGCTGAGTGTTCTGC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=3301805;WS=3301787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	3324086	rs227788	G	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	3336148	rs140890622	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=466;SC=TTATATAAGACTCCCAAGTAT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=3336156;WS=3336138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	3397702	rs12948217	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=61;PP=2348;SC=AAGTTGATTACCCCCGGGATG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=125;WE=3397710;WS=3397692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	3417123	rs906418	C	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=760;SC=CCGGACTCCACCATCCCTCAA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=3417131;WS=3417113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	3417143	rs10573788	GCA	G	1964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=1433;SC=AAGCCTCTCTGCACAGAGTCG;SOR=2.935;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=29;WE=3417152;WS=3417133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	3417995	rs201871427	T	TAG	3381.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.267;NF=8;NR=30;PP=2403;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTCTTACTATTTCACCAGTGC;SOR=0.333;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=38;WE=3418007;WS=3417985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr17	3417996	rs200648654	TC	T	3381.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.92;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr17	3417997	.	CAC	ACT	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9995;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=20;NR=29;PP=2937;QD=20;SC=CTTACTATTTCACCAGTGCCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=49;WE=3418007;WS=3417985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr17	3417999	rs35099512	C	CT	3258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.04;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr17	3418027	rs11868818	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=961;ReadPosRankSum=1.125;SC=CTAACAAATAGCCCTGCGTTT;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=54;WE=3418035;WS=3418017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr17	3418119	rs10579788	AGTT	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=497;SC=GTCACACCAAAGTTGTTGGAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=3418129;WS=3418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	3427705	rs16953127	C	G	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=93;PP=2965;SC=TTCTCAGCATCAGGGCAAAGA;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=145;WE=3427713;WS=3427695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	3430271	rs11657715	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=28;PP=801;SC=GGCCCTCAGCAGGGGAGCTGA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=3430279;WS=3430261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	3445901	rs11078458	T	G	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=149;PP=2965;SC=GGATCCGCACTATCTCCTTGG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=173;TCR=149;TR=322;WE=3445909;WS=3445891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	3447914	rs1039519	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=45;PP=1700;SC=TCACATCATCCTGAGGAGACT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=3447922;WS=3447904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	3457954	rs11453205	T	TG	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=783;SC=AAGGGCTCCCTGGGGGGGTGC;SOR=2.242;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=27;WE=3457962;WS=3457944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	3458072	rs322965	T	C	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=71;PP=2597;SC=TCTGGCAGGATGGCAGGGTTC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=162;WE=3458080;WS=3458062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	3475018	rs224547	A	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=68;PP=1962;SC=AGCCCAAGAAACCCACCCATC;SOR=2.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=89;WE=3475026;WS=3475008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	3475367	rs224548	T	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=17;PP=1631;SC=TGTCCACAGGTGAGCCCCAAA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=3475375;WS=3475357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	3475405	rs224549	C	T	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=36;PP=2325;SC=CAGGTGGAGCCTGGGCATTAC;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=118;WE=3475413;WS=3475395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	3475564	rs224550	C	T	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=95;PP=2818;SC=ACACCAAGGGCAGAGGAGCTG;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=155;WE=3475572;WS=3475554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	3476826	.	G	GC	94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=7;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=53.68;NF=0;NR=4;PP=94;QD=31.25;SC=GCCACACACCGCCCCCACCAC;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=4;WE=3476840;WS=3476816;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,4:0.36:11
chr17	3492002	rs161390	A	G	147.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.12;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	3492319	rs7220415	C	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=394;SC=GTGGCTCATGCCTGTAATCCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=3492327;WS=3492309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3493200	rs222747	C	G	10454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=189;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGCATCAGAATCT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=185;TCR=189;TR=374;WE=3493208;WS=3493190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr17	3493533	rs161387	A	G	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=89;PP=2965;SC=GGTCTGCCACACTGTCTCCCT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=197;WE=3493541;WS=3493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	3494460	rs201049172	C	T	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=57;PP=2544;SC=GGGCCCTCCCCGAGCCCAGCG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=125;WE=3494468;WS=3494450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	3514028	rs224496	G	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=69;PP=2699;SC=CCACGCCCCAGTCCTGGAGCT;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=137;WE=3514036;WS=3514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	3527281	rs222785	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=560;SC=CTGACGCAGCCCCGGCCTATT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=3527289;WS=3527271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	3527551	rs150638104	TGAAGAAAAG	T	3766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=45;PP=2967;SC=TGACCAAAAATGAAGAAAAGA;SOR=1.450;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=48;WE=3527567;WS=3527541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	3533697	rs111935631	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=891;SC=GGGGAGGGGCGCAGGCCTCCC;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=3533705;WS=3533687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	3539627	rs111541274	A	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=695;SC=TTTCAGCCACACCCAACATGG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=3539635;WS=3539617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	3553526	rs161350	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=58;PP=1996;SC=GAGGCACATCAAGATGGGCTG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=108;WE=3553534;WS=3553516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	3553655	rs2047855	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=354;SC=GTGCACCTGTAATCCCAGCTA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=3553663;WS=3553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	3558417	rs459613	C	G	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=72;PP=2965;SC=TCAGGGTGTGCGGGCCTCACG;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=139;WE=3558425;WS=3558407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	3558698	rs467277	G	A	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=491;SC=TAGGAGCAGGGCGTTCCAGCA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=3558706;WS=3558688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	3566857	rs11541134	C	T	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=2;PP=124;SC=GAGAGAAAGCCGGTCCCAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=3566865;WS=3566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	3567049	rs143045421	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=26;PP=929;SC=CTGCTAGGACAGCATGGACTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=3567057;WS=3567039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	3567461	rs2235107	G	A	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=64;PP=2965;SC=CCCAAACCTTGTTTCTCCTCC;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=178;WE=3567469;WS=3567451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	3567615	rs73307303	C	T	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=94;PP=2754;SC=GGACTGGCCCCTTATCACACA;SOR=1.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=142;WE=3567623;WS=3567605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	3568012	rs8278	A	G	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=87;PP=2965;SC=TCTGGGAAGGATCCTGGTCGA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=195;WE=3568020;WS=3568002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	3577273	rs160587	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1177;SC=AAGTCTGAAAAGAGCTACAGT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=3577281;WS=3577263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	3591822	rs220488	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=312;SC=CCGCTCTGACACCCACCCCCA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=3591830;WS=3591813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	3592740	rs220487	T	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=14;PP=658;SC=CCAGGCCCAGTGCCCCCAGGC;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=3592748;WS=3592730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	3593074	rs220486	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=388;SC=GCGCCCCAGCACCACCCACCG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=3593082;WS=3593064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	3618298	rs1367950	C	T	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=70;PP=2489;SC=TTCAGAAAACCGGCATTCTGG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=131;WE=3618306;WS=3618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	3620138	rs2293881	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=40;PP=1249;SC=TGAAGCAAACAAGGAAAAAAT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=3620146;WS=3620128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	3627473	rs9907144	C	T	10388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=197;NR=192;PP=2965;SC=GCGGCGGAGGCGTCCCGGCGG;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=197;TCR=193;TR=389;WE=3627481;WS=3627463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr17	3628362	rs3809806	T	C	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.932;SC=TTACAGAATGTCTGCTTTTGG;SOR=0.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=160;WE=3628370;WS=3628352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr17	3629698	rs170208	A	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=62;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TTCAACCTCCATCCCCACAGG;SOR=1.378;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=80;WE=3629706;WS=3629688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr17	3631118	rs2915558	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=845;SC=GGTTAACTTGTCTTCACTCTG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=3631126;WS=3631108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3631241	rs2976230	A	G	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=104;PP=2965;SC=CTTCACTGCTACAACCTGGAG;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=146;TCR=105;TR=250;WE=3631249;WS=3631231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	3631473	rs7219600	C	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=71;PP=2236;SC=CTGCAATTGACAGGACATGCG;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=3631481;WS=3631463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	3634629	rs199875607	CTTTTTTTTTTT	C	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=42.48;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	3635768	rs3744678	A	C	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=AGGCTGTTAAAAGAGCAGATG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=3635776;WS=3635758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	3646926	rs142543323	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=29;PP=772;SC=GGGGTCACCACGGAAGGCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=3646934;WS=3646916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	3646977	rs10642081	C	CTT	307.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=305;SC=AACAATAATGCTTTTTTTCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=3646985;WS=3646967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	3649214	rs1183610	G	A	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=84;PP=2406;SC=GAAGTGCCTCGCGGAGGCCTG;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=129;WE=3649222;WS=3649204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	3657159	rs2272606	C	T	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.174;SC=ATGTTTGTACCGTGGAGCCCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=230;WE=3657167;WS=3657149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr17	3657175	rs220479	T	C	10409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=120;PP=2965;SC=GCCCCCGCGATGTAGGAGAGG;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=225;WE=3657183;WS=3657165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	3665160	rs220471	C	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1692;SC=ACCACGAGGGCTAGCACCAGC;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=95;WE=3665168;WS=3665150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	3732719	rs142773074	C	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=65;PP=2010;SC=AACTGCACATCCCATCCACAC;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=108;WE=3732727;WS=3732709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	3775848	rs7214723	T	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=116;NR=90;PP=2965;SC=GACAACTCACTCCTCAGGAAA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=206;WE=3775856;WS=3775838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	3775916	rs7214864	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=85;PP=2435;SC=CGTCGATGAATGGGCACTGTG;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=152;WE=3775924;WS=3775906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	3776867	rs9904678	C	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=58;PP=1510;SC=CTCTGTCATGCACTCACTCGA;SOR=5.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=62;WE=3776875;WS=3776857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	3801080	rs711174	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=544;SC=CCTCACGCTGCACCCAGTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=3801088;WS=3801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	3827952	rs141379404	G	GGGGAACCCTGAGTCCAGGA	950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=846;SC=AGCTCAGGACGGGGAACCCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=3827960;WS=3827944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3828086	rs1043246	C	G	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=92;PP=2965;SC=ACCCTTCACCCGCCCGGGCCC;SOR=1.046;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=138;TCR=92;TR=230;WE=3828094;WS=3828076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	3828702	rs887387	T	C	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=107;PP=2965;SC=GAGACTCCACTCTGTTCCCAG;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=246;WE=3828710;WS=3828692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	3828822	rs1076902	C	T	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=103;PP=2965;SC=CCATCCTCCACTTCTCCCAGG;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=175;WE=3828830;WS=3828812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	3832182	rs9747965	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=45;PP=1190;SC=CTTCATGAGCGCTCCTAAGAA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=3832190;WS=3832172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	3832840	.	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TAGCGGTGCATTGCTGTTGCC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=3832848;WS=3832830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr17	3833563	.	G	A	1857	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.23;NF=65;NR=25;PP=1857;QD=21.0196801394;SC=CCCACTCCTCGGCCCCAGCTC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=3833571;WS=3833553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	3838626	rs2074991	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=49;PP=1229;SC=TTCTGGCGTCTGTTTCCCCTG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=3838634;WS=3838616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	3856615	rs1800915	A	G	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=55;PP=2224;SC=CGACTACCACAGGATGGCTGG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=132;WE=3856623;WS=3856605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	3867597	rs148555138	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	3921118	rs118017571	C	T	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=63;PP=2571;SC=GGTCCGAGGTCGGGTGACATA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=3921126;WS=3921108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	3928080	rs16953649	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=492;SC=TAAGGCCCACGCGTTTCTAAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=3928088;WS=3928070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3985832	rs2727061	A	G	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=80;PP=2965;SC=TATTCAGAAAATCTAGTCCAT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=160;WE=3985840;WS=3985822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	3989636	.	AGCG	A	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=0.444;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	3989642	.	AATCCCTTTCTGGGGGATTCCCACAGCG	A	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.547;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.745;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	3989669	.	G	A	524	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=59.34;NF=20;NR=3;PP=524;QD=24.2944005455;SC=TTCCCACAGCGGCAATCCCTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=3989677;WS=3989659;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	3989968	rs2727060	C	T	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=186;SC=AGACAAAAAACATCAGAGAGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3989976;WS=3989958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	3994170	rs2727075	T	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=63;PP=2071;SC=TTGAAACTTCTCAAGGGTCTA;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=84;WE=3994178;WS=3994160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	4005770	rs1869493	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=69;PP=2029;SC=GAAACTAGCATGCCTATCTGT;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=126;WE=4005778;WS=4005760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	4007875	rs9907500	C	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=223;SC=AATGGTTTTACGATTTGTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=4007883;WS=4007865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	4027036	rs11078481	C	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=302;SC=CACCACCGTACTGGGGATGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=4027044;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	4027392	rs7208760	G	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=406;SC=TCAAGTAAACGAGGGCAGTTT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=4027400;WS=4027382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4045809	rs4239043	T	C	5365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=53;PP=2965;SC=CCCTGCCCCATCCCCGCAGTC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=137;TCR=53;TR=190;WE=4045817;WS=4045799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	4046101	rs1454121	A	G	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=63;PP=2332;SC=CGTGCCCGAGACCGCGGCCCA;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=4046109;WS=4046091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	4046270	rs1454122	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=33;PP=878;SC=CGACAGCAGCTGGCGGGCGGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=4046278;WS=4046260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	4071245	rs16953763	C	T	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=61;PP=1929;SC=GGAGCGCCAACGACAGACTCT;SOR=1.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=4071253;WS=4071235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	4071302	rs4790583	G	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=30;PP=878;SC=GGCAGCCAAGGCGCCCGCAAT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=4071310;WS=4071292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	4071326	rs4790178	C	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=573;SC=ACTCTGGCAACTCTGCCAACT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=4071334;WS=4071316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4074261	rs897030	A	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=585;SC=GCTGGCAGGAAATCTGTTCAC;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=4074269;WS=4074251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4077485	rs4790585	G	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=221;SC=TGGGAGCATAGGAGCTTCACA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=4077493;WS=4077475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4088291	rs2020118	C	T	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=42;PP=1408;SC=GGAGCTCTGCCGTGAGGTTGG;SOR=1.039;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=75;WE=4088299;WS=4088281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	4098573	rs5818941	A	AT	3097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.20;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,119:0.93:128
chr17	4166804	rs2325881	C	T	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=87;PP=2965;SC=AGGAGACCCACGCTCTTCCGC;SOR=1.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=151;TCR=87;TR=238;WE=4166812;WS=4166794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	4192401	rs148114489	TACACAC	TAC,T	989.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=7,7;NR=3,3;PP=486,144;SC=TGGGAAGAGATACACACACAC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=10,10;WE=4192414;WS=4192391;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:24
chr17	4199933	rs71749369	ATCTT	A	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=620;SC=TGAGAAACAGATCTTTCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=12;WE=4199944;WS=4199923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	4337283	rs35751906	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=917;SC=GGATGTCAGCGGAGTGCCCTG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=4337291;WS=4337273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	4337412	rs3809853	C	G	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CTGCCGCCGTCCTCTGCTACA;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=117;TCR=97;TR=214;WE=4337420;WS=4337402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr17	4349508	rs56005249	G	A	9849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=178;PP=2965;SC=GGTATCACCCGTGGGTCTACT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=172;TCR=178;TR=350;WE=4349516;WS=4349498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr17	4350182	rs2047233	T	C	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=23;PP=1951;SC=CCCTGCCCCTTTGTTGCAGTG;SOR=1.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=91;WE=4350190;WS=4350172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	4350367	rs2047232	A	G	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=66;PP=2034;SC=CATTAGGGGGACGGGGGGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=102;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	4350373	rs3055435	GGT	G	3566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=54;PP=2850;SC=GGGGACGGGGGGTGGTGGTCA;SOR=1.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=58;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	4350407	rs2047231	G	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=39;PP=937;SC=TTGGACATGTGGGGCCTCATA;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=4350415;WS=4350397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	4351396	rs6502786	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=372;SC=CCCGGGGGTCCCTTGGGCTGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=4351404;WS=4351386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4351640	rs884250	G	A	8467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=156;PP=2965;SC=AGAAAAGCCCGTTTGTCTGCC;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=146;TCR=156;TR=302;WE=4351648;WS=4351630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	4352636	rs34457931	G	A	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=82;PP=2900;SC=CGTGGTTCACGGGCTGCAGCC;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=4352644;WS=4352626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	4391132	rs2291743	C	T	9604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=176;PP=2965;SC=TGGACAGCAACGACCTGGAGA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=162;TCR=176;TR=338;WE=4391140;WS=4391122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	4391153	rs333122	A	G	8176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=159;PP=2965;SC=GACAAGGCCTACTTTCGGGCG;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=117;TCR=160;TR=276;WE=4391161;WS=4391143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	4391201	rs2291742	A	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=94;PP=2939;SC=GTCCCTGCCTACACTCGTCCT;SOR=1.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=141;WE=4391209;WS=4391191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	4402803	rs184566	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=776;SC=GCTTTTGGTCTCAGGCCTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=4402811;WS=4402793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	4436005	rs9892232	T	C	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=75;PP=1939;SC=AGGGGTCTGGTGGGAAGAGAG;SOR=1.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=51;TCR=76;TR=126;WE=4436013;WS=4435995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	4439313	rs1077200	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=540;SC=GCCCGGGGCCAGGGCCAAGCG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=4439321;WS=4439303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4439501	rs1076071	C	G	10528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=91;PP=2965;SC=CTGGCCAGGGCAGGCTGGGGG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=131;TCR=91;TR=222;WE=4439520;WS=4439491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	4439512	rs11658114	A	G	12147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=99;PP=2965;SC=AGGCTGGGGGACTGCAGGAGG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=147;TCR=99;TR=246;WE=4439520;WS=4439491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	4439532	rs1076072	T	C	14001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=144;PP=2965;SC=GGCTCTGCCCTGACATCCACC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=193;TCR=145;TR=337;WE=4439540;WS=4439522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	4439727	rs146210718	T	TG	2570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=58;PP=1777;SC=CAGCAGTGAGTGGGGGGGAGG;SOR=2.330;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=60;WE=4439738;WS=4439717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	4440907	rs34901192	A	G	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=120;PP=2965;SC=GGCATCAAGAAGAGGCTGTGT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=116;TCR=120;TR=236;WE=4440915;WS=4440897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	4448230	rs118012298	G	A	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=68;PP=1978;SC=AGGGACAGAGGCCCAGCGGTC;SOR=1.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=109;WE=4448238;WS=4448220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	4448853	rs2306267	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=345;SC=TGGTGCAGCTCGCTGCTCAGT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=4448861;WS=4448843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4455500	rs7206974	T	C	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CTTCCTTGAGTGCCAGGCGGA;SOR=0.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=154;TCR=180;TR=333;WE=4455511;WS=4455490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr17	4458598	rs3809849	G	C	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=134;PP=2965;SC=GACATCGGCTGGGCGGGATCC;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=97;TCR=134;TR=231;WE=4458606;WS=4458588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	4461748	rs7215121	G	A	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CACTGCTCTCGGGGCTCACAG;SOR=0.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=85;WE=4461756;WS=4461738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr17	4463699	rs7216284	G	A	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=120;PP=2965;SC=TGGTGCCTCCGGGGGTTTAGA;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=270;WE=4463707;WS=4463689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	4463796	rs7216474	G	A	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=101;PP=2965;SC=GATAGACCACGGGCTCTTCTG;SOR=1.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=47;TCR=101;TR=148;WE=4463804;WS=4463786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	4497084	rs9908079	G	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=45;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CTGGGGCCAGGGTTTGTTACT;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=127;WE=4497092;WS=4497074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr17	4498641	rs12939239	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=873;SC=GCCCACTCACAGACAGGCCCG;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=4498649;WS=4498631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	4498682	rs4790655	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=365;SC=CCAGACGGGGCTTGGGTGGGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=4498690;WS=4498672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4513974	rs111699059	A	AAAAG	8555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=2782;ReadPosRankSum=2.054;SC=CCTGTCTCAAAAAAGAAAGAA;SOR=1.287;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=79;WE=4513982;WS=4513964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr17	4535385	rs2619112	A	G	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=153;PP=2965;SC=GTCAGTGCCTACCAAGCACGC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=170;TCR=154;TR=322;WE=4535393;WS=4535375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr17	4535413	rs6502804	T	C	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=125;PP=2965;SC=GTGGTCCACCTGCACACAGAC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=136;TCR=125;TR=261;WE=4535421;WS=4535403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	4541744	rs899452	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=110;SC=CAACCATGCCTCCTTGACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=4541752;WS=4541734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	4544729	rs9906597	A	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=29;PP=1649;SC=GCCAGAGGCCAACGGGGGCGC;SOR=1.289;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=89;WE=4544737;WS=4544719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	4544978	rs369435246	G	GAGA	2616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=35;PP=1883;SC=CCTTCTGGTGGAGAAGGGTGG;SOR=1.649;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=36;WE=4544986;WS=4544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4545581	rs2255888	C	T	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=70;PP=2578;SC=CTCCCTGTTGCCTGCAGAATA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=4545589;WS=4545571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	4575283	rs3862485	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=36;PP=1500;SC=GCCCGGGTTCAGGTTCGGGTT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=4575291;WS=4575273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	4577112	rs11658808	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=929;SC=TAGAAAATGGGGATCATAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=4577120;WS=4577102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	4578007	rs4790673	C	G	11523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=193;PP=2965;SC=AGGCAAACAACAAGGCAAGAC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=202;TCR=193;TR=394;WE=4578015;WS=4577990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	4579638	rs8071990	G	A	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=44;PP=1569;SC=CTAACTAGCAGCCCTGGTCCC;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=4579646;WS=4579628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	4580137	rs6502806	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=71;PP=2440;SC=GGAAGAGGCCAGTGAGCCAGC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=4580145;WS=4580127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	4580224	rs11078530	C	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=43;PP=1159;SC=CCTGTAGACACAAGAAGCAAA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=4580232;WS=4580214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	4586253	rs34352526	GA	G	2609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=38;PP=1491;SC=TGGGTCTAAAGAAAAAAATAA;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=54;WE=4586261;WS=4586243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	4594847	rs7226084	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1079;SC=TGAAGTCACATCTCCTCTGAG;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=4594855;WS=4594837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	4620497	rs7208257	C	T	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=AAGTCTTCTCCTTCCTCCGCC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=204;WE=4620505;WS=4620487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	4622071	rs2036656	C	G	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=37;PP=1034;SC=CCTGAGCCATCTCCACCTTTT;SOR=1.702;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=54;WE=4622085;WS=4622061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	4622638	rs1045280	C	T	11005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=204;NR=195;PP=2965;SC=CACTGCTCAGCGACAACCGGG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=400;TCF=204;TCR=196;TR=399;WE=4622646;WS=4622628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr17	4641755	rs1050997	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=39;PP=1206;SC=CCTTGTTGCCCCCACACACGC;SOR=1.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=4641763;WS=4641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	4642069	rs2250333	A	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=34;PP=2796;SC=AGAGGCAGGTAAAATTACCTC;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=121;WE=4642077;WS=4642059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	4644491	rs9903643	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=452;SC=CTCCCTTCGGAAGCCCTCCCC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=4644499;WS=4644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4646533	.	CA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.300;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr17	4686340	rs3853643	TT	GG	8664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=104;PP=2947;SC=CAGGTGAAATTTCTTGCGGTG;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=181;WE=4686349;WS=4686330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	4688996	rs2279962	A	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=37;PP=1299;SC=CGGGCCCCCCATTCACCAAGC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=4689004;WS=4688986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	4693054	rs12951761	G	A	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=188;PP=2965;SC=TCGCCCGCAGGTTCCTGACTC;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=162;TCR=189;TR=349;WE=4693062;WS=4693044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	4693170	rs34850425	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=46;PP=1277;SC=TGGTCGCTGGTGGCCATGGCG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=69;WE=4693178;WS=4693160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	4693342	rs35910358	C	A	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=48;PP=1980;SC=GAGGCCCGGACGCGGGCGTGC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=109;WE=4693350;WS=4693332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	4693508	rs34421346	G	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=46;PP=1599;SC=GGCCGCGCTGGTCCGGGCCGC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=4693516;WS=4693498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	4712395	rs1132446	A	T	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=91;PP=2965;SC=CTTTCCACAGATTTGCCGTTG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=192;WE=4712403;WS=4712385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	4713981	rs7212512	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=985;SC=TACACGCCCTATCCCTGTGCA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=4713989;WS=4713971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	4714021	rs3081314	G	GGAAA	5332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=1.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	4718027	rs2286670	G	T	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=96;PP=2965;SC=TGGTCAGGCCGCAGGGGGAGG;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=167;WE=4718035;WS=4718017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	4720131	rs2302325	C	G	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=58;PP=2814;SC=GAGGGGTCAACGGTGGTACAG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=126;WE=4720139;WS=4720121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	4721376	rs17854914	A	G	9960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=195;PP=2965;SC=ACCATCAGGGAGAGCCAGCAC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=169;TCR=195;TR=364;WE=4721384;WS=4721366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	4722133	rs3764900	C	T	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=103;PP=2965;SC=GTGCTGGGGGCTGGGGGCTCA;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=181;WE=4722141;WS=4722117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	4722299	rs2326097	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=33;NR=5;PP=1054;SC=GTAGGAAGAGTTTCTGGAGTG;SOR=3.500;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=38;WE=4722307;WS=4722293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	4722606	rs3764899	G	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=52;PP=1982;SC=GCTGAGGCTCGTGTAGGGGTG;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=4722614;WS=4722596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	4722698	rs74476245	C	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=41;PP=2795;SC=GGCCCAAGCACACAGTGTGCC;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=120;WE=4722706;WS=4722688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	4724936	rs4790233	T	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	4724942	rs4790234	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4758174	rs73341669	C	A	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=85;PP=2785;SC=GAGTAAGAAGCGCTGAGAAAA;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=141;WE=4758182;WS=4758164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	4772111	rs74548398	G	A	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=106;SC=CATGATCATGGCTTACTGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=4772119;WS=4772101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	4784177	rs145519071	A	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=5;PP=559;SC=TCTGGGCGACAGAGCGAGACC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=4784185;WS=4784167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	4784249	rs142531662	A	C	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=39;PP=2060;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CCACCCTCTGAGCATAGACTC;SOR=0.561;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=122;WE=4784257;WS=4784239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr17	4787804	rs2302321	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=916;SC=CTTCTCCTCCGCTACCCTGGC;SOR=2.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=51;WE=4787812;WS=4787794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	4789961	rs78767298	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=643;SC=CTAGGGGACACTCCAGCCTGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=4789969;WS=4789951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4790231	rs76378292	T	TC	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=537;SC=CCAGTCCCGGTCCTGTCCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=4790239;WS=4790221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4793052	rs2277681	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=662;SC=AGGCGGAGCGCGAGCAGGTAG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=4793060;WS=4793042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4795619	rs36079581	TG	T	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=13;PP=952;SC=CCTACCCGCCTGGGGGTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=28;WE=4795627;WS=4795609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	4796274	rs11556634	T	C	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=123;PP=2965;SC=TGCCGTCCAGTCTCCTCCAAA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=138;TCR=123;TR=261;WE=4796294;WS=4796264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	4796286	rs11556635	C	T	6940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=126;NR=124;PP=2965;SC=TCCTCCAAACCGGACAGCTCC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=250;WE=4796294;WS=4796264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	4796656	rs2302320	T	C	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=83;PP=2965;SC=CCTGCTGGGGTGTCCCGGCAC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=175;WE=4796664;WS=4796646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	4800180	rs3214298	T	TG	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=527;SC=GGCAGAGTTCTGGGGAGAGGA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=4800188;WS=4800170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4801887	rs12936083	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=219;SC=ACGCCAGGGAACGGGCACACA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=4801895;WS=4801877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	4801966	rs56067981	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=15;PP=1015;SC=CCGTGGTGGCGGCAGCCTACT;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=4801974;WS=4801956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	4802317	rs55681486	T	C	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=115;PP=2965;SC=CCTCCTGATCTCTCGTGCTCT;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=234;WE=4802325;WS=4802307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	4802470	rs148340961	CGGGCCA	C	6918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;MQRankSum=0.306;QD=42.71;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr17	4805167	rs79436576	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.58;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	4805179	.	G	GCC	872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.91;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4805389	rs72835059	G	A	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=91;PP=2965;SC=AATACTGTGGGCTCGGGGAAA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=133;TCR=91;TR=224;WE=4805397;WS=4805379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	4805437	rs72835061	C	A	8489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.517;SC=TCTCAGAGTACCCCCTTCCCC;SOR=0.327;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=168;TCR=131;TR=296;WE=4805445;WS=4805427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr17	4806428	rs2302315	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=43;PP=1200;SC=GGGTGCCTGTGTGAGGGGGAG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=4806436;WS=4806418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	4835895	rs2243093	T	C	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=30;PP=2768;SC=TGCCCACAGGTCCTCATGCCT;SOR=2.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=98;TCR=30;TR=128;WE=4835903;WS=4835885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	4837210	rs2586529	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=10;PP=527;SC=CGACCACCCCAGAGCCCACCT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=25;WE=4837218;WS=4837200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4837952	rs199616811	A	AG	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=1086;SC=ACAGGGTGATAGGGAGGGGTC;SOR=3.126;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=25;WE=4837960;WS=4837942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	4859110	.	GCC	G	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=33.89;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4859112	.	C	T	1754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=59.35;NF=5;NR=24;PP=1754;QD=61.6817659499;SC=TTGTCTCTGCCCTGTCTCTGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=4859153;WS=4859102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	4859114	.	TGTCTCTGCTCTGTCTCTGCCCTGTCTCTGCC	T	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=33.46;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4859123	.	T	C	1744	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=59.02;NF=1;NR=20;PP=1744;QD=84.7033910737;SC=CTGTCTCTGCTCTGTCTCTGC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=4859153;WS=4859102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4859134	.	C	T	1076	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=58.86;NF=1;NR=12;PP=1076;QD=85.4439394267;SC=CTGTCTCTGCCCTGTCTCTGC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=4859153;WS=4859102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	4863410	rs238224	A	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=CAAACTCCTGAAGAAGAGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=193;WE=4863418;WS=4863400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	4876446	rs17633650	C	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=17;PP=1227;SC=GCCCCATATGCGCTCAGGAAT;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=4876454;WS=4876436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	4877120	rs238229	G	A	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=126;PP=2965;SC=CTGGCTTGAGGTGGCCTTGGC;SOR=1.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=60;TCR=126;TR=186;WE=4877128;WS=4877110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	4880320	rs16954309	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=18;PP=1333;SC=GGCTGTGGGCTGGATACTTGG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=4880328;WS=4880310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	4882952	rs1859434	G	A	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	4883450	rs11078541	T	C	6711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=111;PP=2965;SC=CCCCTCCATATGTCTGGCCCC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=129;TCR=111;TR=240;WE=4883458;WS=4883440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	4883818	rs238234	C	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	4886037	rs238232	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=26;PP=1817;SC=TGAGCTGAATATCTGACTCTC;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=90;WE=4886045;WS=4886027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	4890843	rs8071428	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=67;NR=23;PP=2028;SC=AGCTGCGCCCTCTGGCGCGGG;SOR=2.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=90;WE=4890851;WS=4890833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	4891092	rs76016560	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=48;PP=1266;SC=GGCTTCTAGGGCTCTGAGCCA;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=4891100;WS=4891082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	4891687	rs72838317	C	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1257;SC=CTCTCGGCATCGGTGGTTTCT;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=4891695;WS=4891677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	4892176	rs74744272	C	G	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=98;PP=2948;ReadPosRankSum=0.241;SC=ATCCACAGCCCTCTTCGCCAA;SOR=1.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=165;WE=4892184;WS=4892166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,173:0.98:176
chr17	4893357	rs427703	G	C	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=58;PP=2931;SC=GAAATTAACCGCAGACTAGGG;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=144;WE=4893365;WS=4893347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	4904564	rs17707385	T	C	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=ATCGGGACATTGGAGAAGAGA;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=191;WE=4904572;WS=4904554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	4905627	rs55675853	C	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=328;SC=GGTCGCTGAGCTAGCATCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=4905635;WS=4905617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	4905705	rs55758503	C	T	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=1085;SC=GATTAAGTTGCGTTGTCATTG;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=4905713;WS=4905695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	4906146	rs146311497	GCC	G	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=26;PP=527;SC=AGGTGGGATCGCCCCCCCCCC;SOR=3.180;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=28;WE=4906155;WS=4906136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4907958	rs72838331	A	G	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=108;PP=2965;SC=TTTTGGCTCTAGCAGGGATGG;SOR=0.974;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=198;WE=4907966;WS=4907948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	4936336	rs72822610	A	T	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=137;PP=2965;SC=CACCGGCACCAAGCAGGGAGC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=170;TCR=137;TR=306;WE=4936344;WS=4936326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	4937575	rs346822	T	C	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=130;PP=2965;SC=CGGGGCCAGCTGCCTCCACAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=133;TCR=130;TR=263;WE=4937583;WS=4937555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	4996188	rs150286815	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=81;PP=2965;SC=AGCATTCCCAACTTATCATAC;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=152;WE=4996196;WS=4996178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	5036148	.	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-8.345;QD=2.00;ReadPosRankSum=-2.337;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,6:0.08:71
chr17	5036152	.	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-8.560;QD=2.16;ReadPosRankSum=-2.797;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,10:0.12:84
chr17	5036161	rs73976312	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-10.299;QD=3.52;ReadPosRankSum=-3.313;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,21:0.18:115
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chr17	5036329	rs72830923	A	G	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.929;NF=24;NR=56;PP=1452;ReadPosRankSum=0.683;SC=TCTCTGCAGAAACAGGGGACA;SOR=1.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=172;TCF=58;TCR=114;TR=80;WE=5036337;WS=5036319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr17	5036383	rs76207017	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.720;NF=2;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TCTCAGAGGGCGGGTGGCACA;SOR=0.230;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=23;WE=5036391;WS=5036373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr17	5039138	rs3213878	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=12;PP=473;SC=GCCACATCACCGCCTTGTTCC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=5039146;WS=5039128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	5042715	rs61740308	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=21;PP=841;SC=TCCACGCCCTGTCCTGGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=5042723;WS=5042705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	5042837	rs61745111	C	T	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=30;PP=1296;SC=GTCAATGCCCCGGCTCCCAAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=74;WE=5042845;WS=5042827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	5042894	rs8073787	T	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=36;PP=1089;SC=TGATTTTGAATGGAGCTGCTG;SOR=1.103;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=5042902;WS=5042884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	5048207	rs2304447	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.62;QD=30.53;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	5051848	rs112209972	T	C	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=77;PP=2965;SC=TTTGAATTTGTAGATTTCTCC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=135;TCR=78;TR=211;WE=5051856;WS=5051838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	5066305	rs2307138	A	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=51;PP=1614;SC=AAAGGGTAAGAATTTAGGGCC;SOR=1.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=5066313;WS=5066295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	5084763	rs1689965	G	A	6428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=129;PP=2965;SC=GTTTTCTCACGTTCTTCAAGT;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=84;TCR=129;TR=213;WE=5084771;WS=5084753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	5268356	rs71151866	TA	T	246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9830;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=1;PP=194;SC=GAGTTAGATTTAAAAAAAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=14;WE=5268365;WS=5268346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	5328659	.	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr17	5421005	rs56750129	TC	AA	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=20;PP=1420;SC=TGTGCCCAGCTCCTTCATTGA;SOR=2.245;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=69;WE=5421014;WS=5420995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	5424129	rs12946467	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=2;PP=346;SC=AGCCCTGAGACCTGCCCCACA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=5424137;WS=5424119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	5424376	rs12944976	G	A	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=68;PP=2231;SC=CTTCTGCCCCGTGGAATGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=5424384;WS=5424366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	5425077	rs11651270	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=632;SC=AAGTGGGCCATTTGGAACAGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=5425085;WS=5425067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	5436263	rs2301582	C	T	7885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=135;PP=2965;SC=GGAGAAGGCACGCACAAGAGT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=132;TCR=135;TR=267;WE=5436271;WS=5436253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	5485367	rs12150220	A	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=27;PP=881;SC=TTGGTAGAGGAGTGAGGCAGA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=5485375;WS=5485357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	5998691	rs41314095	C	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=592;SC=AGGCAGGCACCAGGTACCACA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=5998699;WS=5998681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	6014176	rs2302837	A	G	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=85;PP=2553;SC=CCGGGAACACATGGGCACGGC;SOR=1.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=134;WE=6014184;WS=6014166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	6021541	rs2302838	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=883;SC=GGGTGGGAGGCTTGTCAGTAC;SOR=2.038;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=6021549;WS=6021531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	6330068	rs2292546	T	C	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=GCACCTCCCATGGCTTCTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=256;WE=6330076;WS=6330058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	6330109	rs2292545	G	A	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=101;PP=2965;SC=ATGACCTCAGGCAGCTGCCCA;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=183;WE=6330117;WS=6330099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	6330153	rs925616	C	T	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=69;PP=2935;SC=ACTGGGCAGGCCCCCCAGAGT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=132;WE=6330161;WS=6330143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	6331803	rs8075035	T	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=92;PP=2965;SC=GGCTCCGGGATAGGATGGGGT;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=161;WE=6331811;WS=6331793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	6331836	rs12453262	T	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=73;PP=2672;SC=GCTGTGGGGATAAACGGATGG;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=132;WE=6331844;WS=6331826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	6337247	rs12449580	C	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=11;PP=997;SC=ACGATGGTGTCGCACCAGAAC;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=6337255;WS=6337237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	6338530	rs7211442	G	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=61;PP=1868;SC=CAGGAGGAGTGGGGGGAAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=93;WE=6338538;WS=6338520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	6348823	rs7220100	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=874;SC=ACTTCATGAAAACAGGGACGT;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=6348831;WS=6348813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	6350727	rs12947546	C	T	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=27;PP=1254;SC=TGAGCCACCGCGCCCGGCCTA;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=6350735;WS=6350717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	6352863	rs34107703	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=41;PP=1227;SC=GCCTCAGTCTCCCTCATCTCA;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=6352871;WS=6352853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	6353679	rs7218283	A	C	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=57;PP=2543;SC=CTCTGTCTTGAAGGAAACAAG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=140;WE=6353687;WS=6353669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	6364753	rs11654099	A	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=71;PP=2911;SC=GCACCAGCCCATCGGAGAAGA;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=159;WE=6364761;WS=6364743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	6371780	rs34536093	T	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=38;PP=1104;SC=CCCCCCAACCTCACAGCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=6371788;WS=6371770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	6377986	rs12452411	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=822;SC=TGCGGGAGTGTTCACACAGCA;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=6377994;WS=6377976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	6381939	rs938288	G	A	6029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=103;PP=2965;SC=GCTCGATGACGGTGGCGACAG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=216;WE=6381947;WS=6381929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	6387482	rs11656015	G	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=34;PP=2194;SC=GAGGGCTCTTGCTAAAATCCT;SOR=1.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=109;WE=6387490;WS=6387472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	6406731	rs3809836	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=240;SC=GCAGGCAAGATGGCAGGGATC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=6406739;WS=6406721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	6441164	rs165106	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=390;SC=TCTTGGCACATCCACAGGATG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=6441172;WS=6441154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	6441207	rs9907305	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=891;SC=GCAGATACCACGTCTGAGTGG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=6441215;WS=6441197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	6441376	rs28493751	G	A	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=116;PP=2965;SC=AGGTGCCAGGGGGCACCGCCG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=228;WE=6441384;WS=6441366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	6538355	rs2301873	G	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=25;PP=1822;SC=CTTTGGGGTCGCTCCTCCCAT;SOR=1.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=6538363;WS=6538345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	6545702	rs9909640	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=10;PP=292;SC=TTTTAACTTGCTGTGGATCCA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=6545710;WS=6545692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	6546259	rs2285999	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=661;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TTTGACTGTTTTTCTCTTACA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=41;WE=6546267;WS=6546249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr17	6553583	rs2301874	G	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=17;PP=681;SC=ATTCAACTGAGAATGTGTAAA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=6553591;WS=6553573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	6555546	rs56268735	C	CG	9139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=95;PP=2974;SC=CCCGACCCCGCGGCCAAGCCG;SOR=0.725;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=148;TCF=47;TCR=101;TR=142;WE=6555554;WS=6555536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	6594322	rs4796540	G	A	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=167;SC=TCAGGGCCAGGGCAAGCTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=6594330;WS=6594312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	6596497	.	AACACACACAC	A	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.60;ReadPosRankSum=0.483;SOR=2.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr17	6597480	rs55698160	G	A	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=68;PP=2811;SC=ATAGCAGGGTGGCCACAAAGA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=152;WE=6597488;WS=6597470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	6599095	rs56224509	G	A	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=126;NR=94;PP=2965;SC=GCATGAAGCCGGGGTCTCGGG;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=220;WE=6599103;WS=6599085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	6659324	rs3785793	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=490;SC=GGGCTGGGCCATCGGAAAACT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=6659332;WS=6659314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	6661584	rs4796550	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=547;SC=AGAGTCAAGGTGAGTGTTCAG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=6661592;WS=6661574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	6662320	rs67528158	G	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	6662948	.	GGT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr17	6663144	rs71157213	CT	C	3110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1944;SC=CCTGACCACTCTTTTCACCCC;SOR=0.992;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=51;WE=6663152;WS=6663134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	6663895	rs2271231	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=327;SC=ATGTCTGTCGCAGTGAACAGG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=6663903;WS=6663885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	6683215	rs4796555	C	T	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=67;PP=2965;SC=ACTGATCCAGCCCCAAGACCA;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=162;WE=6683223;WS=6683205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
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chr17	6690354	rs28407857	T	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=409;SC=AACGAAGGGCTGAATAAGGCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=6690362;WS=6690344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	6690555	rs200110837	GTA	G	2904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.98;QD=42.10;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	6690566	rs201703257	T	TGCGC	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.98;MQRankSum=-3.122;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr17	6690568	rs74442331	T	C,TGCGCGC	1202.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.66;MQRankSum=3.219;QD=19.40;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,11,45:0.18,0.73:62
chr17	6690570	rs74809992	T	C	4248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.48;QD=44.72;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	6690572	rs72836242	T	C	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.39;QD=48.57;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	6690583	rs5016848	G	A	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=33;PP=2167;SC=GCGTGTGTGCGTGCTCATATG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=102;WE=6690591;WS=6690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	6690829	rs4239266	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=52;PP=1650;SC=GGGCACTGCCGGCCCTTTTGC;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=64;WE=6690837;WS=6690819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	6690853	rs67163717	CT	C	2180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=45.43;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	6690857	rs111623068	A	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.17;SOR=3.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	6690865	.	T	TTC	1854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=1239;SC=CCACTTTTTTTTTTTGTCAGC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=6690874;WS=6690843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	6704273	rs2136282	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=67;PP=2109;SC=CTTACAAAAAGGATTAGAGTA;SOR=1.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=6704281;WS=6704263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	6716242	rs3744395	G	A	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=53;PP=2119;SC=CACTGCTTGCGCAGATCATTG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=118;WE=6716250;WS=6716232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	6716385	rs8081510	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=42;PP=1477;SC=GAAACAGACCTCACGCTTTCA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=6716393;WS=6716375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	6733672	rs8078571	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=33;PP=1116;SC=GGAACTTGGGTGGAGGTTGTA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=6733680;WS=6733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	6899559	rs312467	C	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=616;SC=AGCTGCGGCCCGCGCGGGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=6899567;WS=6899549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	6899629	rs3218667	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=234;SC=CAGGCCCGGGCCGAGCTGGGC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=6899637;WS=6899619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	6900362	rs2070589	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=333;SC=CAGGCGGCGTCGGGGAAGGAG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=6900370;WS=6900352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	6900383	rs312468	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=175;SC=GCACAAGGTCTCGGGAACTGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=6900391;WS=6900373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	6902179	rs312470	G	A	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTAGACCTCGGAGTGAAATAA;SOR=0.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=173;WE=6902187;WS=6902169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr17	6902743	rs1042356	G	A	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1981;ReadPosRankSum=1.795;SC=TGCTGCCCTCGGGGATGGAAG;SOR=0.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=115;WE=6902751;WS=6902733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr17	6902760	rs1126667	A	G	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=48;PP=1491;SC=GAAGAGCTTCAGGCTCAACTG;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=6902768;WS=6902750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	6903537	rs2292353	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=431;SC=TCCCAACAGGGCTCCGGTACT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=6903545;WS=6903527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	6905061	rs1042357	T	G	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=96;PP=2965;SC=TGCTGAACACTCACCTGGTGG;SOR=1.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=152;WE=6905069;WS=6905051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	6906085	rs11571338	C	CT	277.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=288;SC=ATACAGGGAACTTGGCAGAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=6906093;WS=6906075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	6909378	rs5819132	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.51;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	6909379	rs3934010	C	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.10;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	6915401	rs2271316	C	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=489;SC=AAACCATGCCCGATCCCCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=6915409;WS=6915391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	6919093	rs14309	T	C	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=84;PP=2965;SC=CTTCTGACAGTGCGAAGTGGA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=197;WE=6919101;WS=6919083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	6927350	rs312461	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=628;SC=GAAGCTGCGCATGTCTCCCTT;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=6927358;WS=6927340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	6928019	rs146207245	C	CCAG	3402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.533;NF=6;NR=36;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GACGAGGCCTCCAGCAGCAGC;SOR=0.548;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=13;TCR=75;TR=42;WE=6928029;WS=6928009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
chr17	6929924	rs379478	T	C	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=93;PP=2965;SC=TTGCCAGTCATCGTACAGTGC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=127;TCR=93;TR=220;WE=6929932;WS=6929914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	6933217	rs421264	T	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=700;SC=GTGTGGAGGCTGCAGGGAGAA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=6933225;WS=6933207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	6942108	rs11078663	C	T	9662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=151;PP=2965;SC=TGGCCTTCTCCGTGCTGCCTG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=184;TCR=153;TR=335;WE=6942116;WS=6942098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	6943266	rs4796576	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=856;SC=CCAAGGAGGGGCTGGAAGAGG;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=6943274;WS=6943256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	7011064	rs199979065	GCACACTACACACACCGCACACGTA	G	6083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=59;PP=2974;SC=ACGCACACGTGCACACTACAC;SOR=1.031;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=82;WE=7011095;WS=7011054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	7011144	rs62058755	G	A	6999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=26.22;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	7011722	rs62061385	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=30;PP=1538;SC=TTGCAGACTCGGCACTGAGCC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=7011730;WS=7011712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	7017350	rs10459915	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=21;PP=1174;SC=CTGTTCACAGAGTGGGTGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=7017365;WS=7017340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	7017420	rs10459916	G	A	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7080111	rs34652175	TCA	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.882;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr17	7132460	rs148777337	A	G	9131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=163;PP=2965;SC=ACACCTGCAAAAGCATGTCCC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=148;TCR=163;TR=311;WE=7132468;WS=7132450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	7139238	rs222851	G	A	10180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=178;PP=2965;SC=GCCCCAGCCCGAACCTCTCAC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=185;TCR=178;TR=362;WE=7139246;WS=7139222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr17	7140606	rs222852	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=24;PP=1438;SC=ATAATTTCTAAGGGCCTCCTT;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=7140614;WS=7140596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	7145492	rs58574748	C	CA	4761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=33;PP=2936;SC=CTGCCTGTCCCGATCCAAGGC;SOR=1.629;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=82;WE=7145500;WS=7145482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	7185788	rs222848	T	C	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=99;PP=2965;SC=CCCCCCCTCCTCCAGCTCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=105;TCR=100;TR=204;WE=7185796;WS=7185767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	7213694	rs4796399	C	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=588;SC=AACATTCTTGCTAGCACTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=7213702;WS=7213684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7214824	rs11658072	C	T	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=131;NR=130;PP=2965;SC=CTCCCTGCTTCTGTGCTCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=131;TCR=130;TR=261;WE=7214832;WS=7214814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	7217463	rs2292064	T	C	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=56;PP=2766;SC=CAGCTGATGTTAGGGTGGTCA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=121;WE=7217471;WS=7217453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	7218538	rs2279818	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=181;SC=CCAGGAGCCCGCCACCCGGCC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=7218546;WS=7218528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	7221385	rs1127440	G	A	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=130;PP=2965;SC=GGGACTCACCGGGAAGCAGCA;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=248;WE=7221393;WS=7221375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	7221544	rs7222233	T	C	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=60;PP=2535;SC=AGGGTGAGGGTGGGGGAGTAG;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=132;WE=7221552;WS=7221534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	7221707	rs7216490	G	T	8799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=135;PP=2965;SC=GACAGAGCTTGGTCAGACCCC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=168;TCR=135;TR=303;WE=7221715;WS=7221697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	7224319	rs3809811	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=982;SC=TTTGCACAGATCCTGAGTGTG;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=7224327;WS=7224309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	7224921	rs3809813	C	G	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;PP=2965;SC=TCCTCTGGAGCTGCCCATCAC;SOR=0.951;Source=Platypus;TCF=145;WE=7224929;WS=7224911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	7225149	rs3809814	C	G	9111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=136;PP=2965;SC=TCGTGATGGGCCTCGCAGCCC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=165;TCR=137;TR=301;WE=7225162;WS=7225139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr17	7225425	rs2062771	T	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=68;PP=1630;SC=GAAATGGGGATGCCAACGCCC;SOR=2.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=87;WE=7225433;WS=7225415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	7228469	rs57003369	GCC	G	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	7228479	rs201566486	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	7231236	rs33998041	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=58;PP=1405;SC=AGGCTTAGAATGGGCCACCCC;SOR=5.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=62;WE=7231244;WS=7231226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	7249631	rs139424014	C	T	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=51;PP=2643;SC=GGACCTGGGTCCTGGATGCCT;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=131;WE=7249639;WS=7249621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	7286326	rs1554948	T	A	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=123;PP=2965;SC=GGCCCATCCTTGAGGAGCTTA;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=228;WE=7286334;WS=7286316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	7290695	rs7220814	A	G	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=78;PP=2965;SC=CCTCTCCGACAGAGACAGAAA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=183;WE=7290703;WS=7290685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	7290821	rs968580	T	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=67;PP=2100;SC=TCAAGACCAGTCCTTCAATTC;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=7290829;WS=7290811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	7292107	rs6503018	G	A	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=65;PP=2965;SC=TCTGTCACAGGTGGAGCTGAG;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=151;WE=7292115;WS=7292097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	7307103	.	AC	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.041;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.109;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	7307391	rs139552861	C	G	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=90;PP=2638;SC=AAAGCTGCAGCTGGCCCGGCC;SOR=1.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=137;WE=7307399;WS=7307381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	7317647	rs60631713	A	AC	4218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=36;PP=2532;SC=CCACCTGCCCACCCCTCCCCA;SOR=1.187;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=64;WE=7317655;WS=7317637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	7318559	rs6503019	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=698;SC=TGGCAAGGAGGGATGGGCTTC;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=7318567;WS=7318549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	7358803	rs7214344	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=44;PP=1455;SC=ACCCACATAAGAGGGAGAGGG;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=7358811;WS=7358793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	7360110	rs2302764	T	C	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=80;PP=2495;SC=TGTCAAGCCCTATCCTTCTCT;SOR=2.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=21;TCR=80;TR=101;WE=7360118;WS=7360100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	7385174	rs8065577	G	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=809;SC=TTCTAGCTCCGAAGAGTTCCT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=7385182;WS=7385173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7400041	rs9890920	C	T	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=32;PP=2444;SC=AGGGAAATGGCCCACCCTCTG;SOR=1.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=111;WE=7400049;WS=7400031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	7400137	rs9898024	T	C	8367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=131;PP=2965;SC=TGGCCTAGAGTTGTATGCGGA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=285;WE=7400145;WS=7400127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr17	7401335	rs111845660	G	GGCTCTGGGGT	4592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=28;PP=2970;SC=TTCCACTCAGGGAGGGTGGCT;SOR=1.038;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=53;WE=7401343;WS=7401325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	7402556	rs2277638	G	A	7803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=123;PP=2965;SC=TCAAGGTTTCGCTGCAGACAT;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=151;TCR=123;TR=273;WE=7402564;WS=7402546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	7402600	rs2228129	T	C	8370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=142;PP=2965;SC=TTAACTGTAGTGTGACAACTC;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=159;TCR=142;TR=299;WE=7402608;WS=7402590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	7403942	rs12936464	A	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=32;NR=3;PP=937;SC=TGTCTGCCTTACTCTTTGTCT;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=7403950;WS=7403932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	7404107	rs7217707	T	C	8448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=143;PP=2965;SC=GTACCCACAGTACCCATCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=157;TCR=143;TR=300;WE=7404115;WS=7404097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	7404209	rs6503030	G	A	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=103;PP=2965;SC=GAATTTGGACGTGGGAGCCAG;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=183;WE=7404217;WS=7404199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	7404991	rs2228130	T	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=72;PP=2851;SC=CTGAATACAATAACTTCAAGT;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=7404999;WS=7404981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	7405074	rs8075218	C	T	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=54;PP=2106;SC=TTTCCATATACGGGGCCGCTG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=7405082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7406343	rs9890028	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=394;SC=ACCACTGTACTTGGTCGGCTG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=7406351;WS=7406340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	7411855	rs4796432	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=817;SC=TCAACTGGGTATGGTGGCTCA;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=7411863;WS=7411845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7412212	rs9889368	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=18;PP=1249;SC=GTTAGAAGAGACGTTTAGAGC;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=7412220;WS=7412202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	7412403	rs2228133	T	C	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=146;PP=2965;SC=TGCCTGACTTTGATGTGGCCC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=155;TCR=146;TR=301;WE=7412411;WS=7412393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr17	7413038	rs2269459	A	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=51;PP=1568;SC=TGCAATCAACATTGAGGGGCG;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=7413046;WS=7413028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	7413057	rs7213878	C	T	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=44;PP=1265;SC=CGGCCAGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=7413065;WS=7413047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	7413120	rs7218412	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=565;SC=ACCTGAGCTCAGGAGTTCGAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=7413128;WS=7413110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7414958	rs2071502	G	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=435;SC=CTGGCTCTCAGGCCCCTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=7414966;WS=7414948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7416683	rs9894023	A	G	28084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=543;NR=508;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CCAGCTACTCACCGACATCTC;SOR=0.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1058;TCF=549;TCR=509;TR=1051;WE=7416691;WS=7416671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1074:1.00:1075
chr17	7417086	rs4344809	G	A	14312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=266;NR=234;PP=2965;SC=CTACAGCCCAGCCTCACCCAA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=505;TCF=266;TCR=239;TR=500;WE=7417094;WS=7417076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr17	7417551	rs9533	T	C	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=43;PP=1016;SC=CCCGTGCTGCTGTGCAGTTCT;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=7417559;WS=7417541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	7452977	rs9899183	C	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=876;SC=TGCATGGGTGCGTGTCTGCAG;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=7452985;WS=7452967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	7460559	rs4968189	T	G	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=52;PP=2202;SC=AGGTGTCTGGTCTGTTGGCCC;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=106;WE=7460567;WS=7460549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	7468216	rs4968212	T	C	8669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=141;PP=2965;SC=CTCTCTCCCTTCTCCGACTCC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=159;TCR=142;TR=300;WE=7468224;WS=7468206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	7470285	rs58837213	CA	C	5879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=59;PP=2951;SC=AACTCCGTACCAAAGGGTTAT;SOR=1.132;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=105;WE=7470293;WS=7470275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	7474277	rs4968213	C	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=825;SC=GGCCACCTCCCCTAGCTCTGA;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=7474285;WS=7474267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7474539	rs28625968	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=325;SC=AGAACACTAGCTTTAGAGTCA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=7474547;WS=7474529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	7477938	rs1057086	G	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=473;SC=GCATCTACGCGTATGGTTTTG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=7477946;WS=7477928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	7478498	rs78553499	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=571;SC=TTGCCATATCGATTCTGCAGC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=7478506;WS=7478488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	7483915	rs9896688	A	T	10986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=195;PP=2965;SC=TATAGCCATGACCTCAGTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=196;TCR=195;TR=390;WE=7483923;WS=7483894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	7487108	rs2075230	A	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=12;PP=1352;SC=CGGGAGGCGGAGTGTCCGCAG;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=62;WE=7487116;WS=7487098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	7496411	rs61730843	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=84;PP=2928;SC=CTCGGGTTGGGGGATCCCTGT;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=145;WE=7496419;WS=7496401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	7554772	rs1642762	C	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=913;SC=AGGGCTTCAGCGCGCGGCGCC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=7554780;WS=7554762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	7557419	rs1642763	A	G	11838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=224;NR=202;PP=2965;SC=GCCGCCCTGGACGCTATTACG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=224;TCR=202;TR=426;WE=7557427;WS=7557409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr17	7557834	rs1642764	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=11;PP=932;SC=GCTATCCTCCCGCCTCAACCT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=7557842;WS=7557824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7569698	rs8073498	A	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=57;PP=1898;SC=AGGGTAGGGAACATGTCTGCC;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=7569706;WS=7569688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	7573057	rs17881850	G	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=52;PP=1528;SC=ATGAGTGAGAGGGTCTGTGCC;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=7573065;WS=7573047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	7578115	rs1625895	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=18;PP=1452;SC=ACTGCTCACCTGGAGGGCCAC;SOR=1.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=7578123;WS=7578105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	7578415	.	A	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=67;PP=2413;SC=GCGCCTCACAACCTCCGTCAT;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=118;WE=7578423;WS=7578405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	7578645	rs2909430	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=438;SC=AACAAACATGCGTAAGCACCT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=7578653;WS=7578635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7578711	.	CTTT	C	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=22;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=16;MQ=58.82;NF=1;NR=2;PP=51;QD=18.0;SC=AGGAGCTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=7578721;WS=7578701;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr17	7579472	rs1042522	G	C	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=36;PP=1691;SC=AGGGGCCACGGGGGGAGCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=7579480;WS=7579462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	7579643	rs146534833	CCCCCAGCCCTCCAGGT	C	5462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=54;PP=2983;SC=GCCCCCCAGCCCCCCAGCCCT;SOR=0.742;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=65;WE=7579666;WS=7579633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	7579801	rs1642785	G	C	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	7606722	rs7640	C	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.070;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=71;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGTGGGGGGGCGCCAGACTCC;SOR=0.248;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=137;WE=7606730;WS=7606704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,132:0.97:136
chr17	7646166	rs2642160	A	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=162;SC=GCATGCGCGCATGTGTAGGTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=7646174;WS=7646160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	7673928	rs9909288	C	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=55;PP=1951;SC=ACATAGTACCCTACAAGGATA;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=112;WE=7673936;WS=7673918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	7674850	rs7212989	C	T	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=192;SC=GTCATGGTTGCGTGCTTCATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=7674858;WS=7674840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	7677927	rs4791759	A	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=93;SC=CATGTTAGACAGTCTGGGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=7677935;WS=7677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	7681412	rs7359662	C	G	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=69;PP=2965;SC=ATGACTGTGTCATCCGCCAGA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=149;WE=7681420;WS=7681402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	7682605	rs17806045	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=10;PP=580;SC=GCATCAACATCGAGGTGCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=7682613;WS=7682595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7700712	rs1565817	C	T	9779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.976;SC=AGTTCCCTGCCCACAGAGTCT;SOR=0.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=158;TCR=188;TR=344;WE=7700720;WS=7700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr17	7702357	rs12949280	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=4;PP=1080;SC=CCACCTGACCCGCTGCCCCCG;SOR=4.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=42;WE=7702365;WS=7702347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	7705089	rs4791834	C	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=24;PP=1134;SC=CGCCTCTCATCTCTCATCGCA;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=7705097;WS=7705079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	7708096	rs9889268	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=0;PP=565;SC=CCCTGGGGGCGGAGGTTGCAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=7708104;WS=7708086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7708163	rs367854692	CA	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.722;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr17	7720091	rs11078708	G	C	233.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=216;SC=CTTTCACTCTGCTCGCCACTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=7720099;WS=7720081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:0,10:1.00:10
chr17	7721030	rs872346	G	A	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=106;PP=2965;SC=GGCAACAGGTGAGGGTGCTGC;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=204;WE=7721038;WS=7721020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	7721199	rs148024366	GC	G	5601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=59;PP=2743;SC=GGTCAGGTTAGCCCCCCCCTT;SOR=1.333;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=120;WE=7721207;WS=7721189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	7721231	rs9916791	T	C	7674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=107;PP=2965;SC=ACCTCTCCCGTAGTGTTCCTT;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=165;TCR=107;TR=272;WE=7721239;WS=7721221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	7726665	rs55758061	C	CAGAG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=4;PP=559;SC=GAGAAAAATACAGAGAGAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=7726673;WS=7726655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7733555	rs7405476	A	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=7;PP=1077;SC=TGTACATGGCAGTGCTAGTGG;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=7733563;WS=7733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	7735063	rs57985356	T	G	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=88;PP=2841;SC=ATTGCATCTTTGATGCCCATG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=144;WE=7735071;WS=7735053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	7735934	rs61745181	G	A	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=65;PP=2965;SC=GCCTGGACCCGGGACTTGGCC;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=131;TCR=65;TR=196;WE=7735942;WS=7735924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	7750177	rs61462443	T	TACCACC	1028.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=48.99;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr17	7750847	rs2270517	T	C	6777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=112;PP=2965;SC=TCCTACCACCTGCTTCTACAC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=242;WE=7750855;WS=7750837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	7751050	rs62059713	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=50;PP=1424;SC=CCCCCCACCACCCCCTGCCTG;SOR=3.690;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=57;WE=7751058;WS=7751040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	7751778	rs3744249	G	A	7751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=156;PP=2965;SC=CCCAACCCCCGCTGAAGGAGC;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=120;TCR=157;TR=275;WE=7751786;WS=7751768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	7751858	rs377654044	TCACCACCAC	TCAC,T	1907.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.15;NF=0,0;NR=33,33;PP=1647,325;SC=GCTGTCGCCGTCACCACCACC;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=33,33;WE=7751874;WS=7751848;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:44
chr17	7760397	rs4724	G	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=57;PP=2585;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CAGTGCAGAGGAAGCAGCCGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=139;WE=7760405;WS=7760387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr17	7760704	rs8522	A	G	17610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=311;NR=330;PP=2965;SC=TGCTAACCCCAGCACTGGAGC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=644;TCF=312;TCR=332;TR=641;WE=7760712;WS=7760694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr17	7761512	rs12453250	C	A	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=66;PP=2965;SC=GTCGCTATTTCACGCCGGCGG;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=175;WE=7761520;WS=7761502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	7788145	.	CGAG	C	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=94;QD=35.0;SC=CTCTGAGGGACGAGGAGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=3;WE=7788155;WS=7788135;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr17	7788409	rs201772788	C	G	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=23;SC=CAGGTAAGCGCCCGCCCCGAC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=7788417;WS=7788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	7797287	.	G	GGGGCCAAGGATCCAGAGACAGGGATCCGTGA	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=63.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	7990553	rs72356118	CAG	C	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=40.77;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	7990567	rs58556536	C	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.85;MQRankSum=0.849;QD=18.38;ReadPosRankSum=2.638;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	7990575	rs72333111	CAG	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.61;MQRankSum=1.461;QD=5.08;ReadPosRankSum=2.456;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	7991330	rs9909784	T	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	7999957	rs3809881	G	A	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=22;PP=1624;SC=AGATGGAGACGCTGTTCTCAA;SOR=1.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=81;WE=7999965;WS=7999947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	8007650	rs2289587	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=564;SC=CACCGAGCCATGACTGTCTTG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=8007658;WS=8007640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	8007683	rs2289588	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=244;SC=GGGATGGCCACCACCAAGATT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=8007691;WS=8007673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	8027593	rs3027279	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=726;SC=AAACTGGCCTGGGAGTGCGGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=8027601;WS=8027583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	8045060	.	CT	C	2436	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.06;NF=48;NR=41;PP=2436;QD=27.6516853933;SC=GAGCTCAATTCTTTTTTCTCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=89;WE=8045068;WS=8045050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,89:0.86:103
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chr17	8048169	rs2253820	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=2258;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CTTCCTTCTGTGTGTGCAGGG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=133;WE=8048177;WS=8048159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,137:0.98:140
chr17	8048283	rs2735611	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=452;SC=CTGGGGCTAGGCCAGGCAGGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=8048291;WS=8048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	8050737	rs885747	G	C	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	8052525	rs147233293	CAAAAACA	C	4291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.75;QD=39.02;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	8053041	.	C	T	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=107;PP=2965;SC=AGTAGGGGTGCGTCGGGATGC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=220;WE=8053049;WS=8053031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	8064083	rs1061032	T	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	8066107	rs2304909	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=197;SC=GGGAACGCAGGAGAGACCCCG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=8066115;WS=8066097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	8076778	rs9894790	C	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=530;SC=AAGAATCAGACAGGAGCAATC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=8076786;WS=8076768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	8076802	rs9901637	T	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=11;PP=911;SC=GTGTTGCAAGTCCTGATTACG;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=44;WE=8076810;WS=8076792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	8076911	rs11655582	A	G	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	8076916	rs11650713	C	T	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	8079029	rs8064449	G	C	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=118;PP=2965;SC=AGGGAGTCCTGATAGAAGTGG;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=113;TCR=119;TR=231;WE=8079037;WS=8079019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	8092694	rs8531	T	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=71;PP=2965;SC=CGGGGTCGATTGGGGGAATGG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=152;WE=8092702;WS=8092684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	8108331	rs1059476	A	G	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	8108339	rs2241909	G	A	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.23;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr17	8110764	rs2289590	C	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=1009;SC=CTTCCTCATCCCATCCTGTCC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=8110772;WS=8110754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	8132763	rs3826543	T	C	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=62;PP=1577;SC=GGCAGGGGAATGCTAAATAAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=89;WE=8132771;WS=8132753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	8135061	rs3027238	T	C	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=79;PP=2965;SC=CCAGGAGCTATGAGTCGGTAC;SOR=1.083;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=128;TCR=81;TR=207;WE=8135069;WS=8135051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	8137737	rs4792621	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	8139327	rs4791626	A	G	7716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=151;NR=111;PP=2965;SC=CCTCTTTGAAAACCCACATTT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=151;TCR=111;TR=262;WE=8139335;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	8141707	rs6503093	T	C	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=69;PP=2579;SC=ACCTTCCACTTACCTCACAGC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=8141715;WS=8141697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	8157310	rs9891699	C	T	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=127;PP=2965;SC=GGGGGCAGCCCCTGGACACAC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=168;TCR=129;TR=294;WE=8157318;WS=8157300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	8158273	rs6503094	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=19;PP=1439;SC=AGACAGCAGTAGGCAGGATCC;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=8158281;WS=8158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	8159232	rs7221716	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=49;PP=1444;SC=CCAATAGGTGAGGAGAAATGG;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=8159240;WS=8159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	8161149	rs4791641	C	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=24;PP=1174;SC=TGGGAGGATCCAAGCTTCCAG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=8161157;WS=8161139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	8166378	rs7206953	T	C	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=53;PP=2591;SC=GGGGAGCGTATAGGAGCTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=123;WE=8166386;WS=8166368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	8167600	rs11078738	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=52;PP=2655;SC=CCGACACCCCTGCCAACCCCT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=133;WE=8167608;WS=8167590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	8168224	rs9902252	T	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=4;PP=869;SC=TGGACCGCTCTGTGGGAGGCC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=8168232;WS=8168214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	8168805	rs9897842	A	G	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=117;NR=73;PP=2965;SC=TGGGAGCCCCAGGGAGGGGAG;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=190;WE=8168813;WS=8168795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	8169006	rs11655563	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=76;PP=2459;SC=GTGATCTTTGTTTGGCTCCTG;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=111;WE=8169014;WS=8168996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	8172033	rs372202606	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=55;PP=1868;SC=CCAGCCAGCCCGGCCAGGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=8172041;WS=8172023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	8193473	rs11245	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=53;SC=TGGGTCTCTCGATTCCCTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=8193481;WS=8193463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	8194318	rs72835272	GT	AC	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=78;PP=2947;SC=GAGGAAGAGCGTTGTCAACCA;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=150;WE=8194327;WS=8194308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	8275001	rs2909439	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=3;PP=51;SC=CCAGTTTTGACGCTGCCAGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=8275009;WS=8274991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	8275023	rs1004151	T	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	8283379	rs409445	C	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=591;SC=AAAGAGCCCACTTCGGCAACC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=8283387;WS=8283369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8296046	rs115071709	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=116;SC=GCTTGGTGGCACCAGGGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=8296054;WS=8296036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	8296383	rs12601362	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1347;ReadPosRankSum=1.710;SC=GGGAGCTGGGCGCTCTGGCCC;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=72;WE=8296391;WS=8296373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr17	8296440	rs12601265	G	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=23;PP=1292;SC=CTCCAGGCAGGGGAGGAGGCG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=8296448;WS=8296430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	8339103	rs8065181	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=71;SC=CCCCCTGTGACACCAGCCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=8339111;WS=8339093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	8339307	rs8064417	G	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=33;PP=1213;SC=TGGCCGGGCCGGCGGAGGGGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=8339315;WS=8339297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	8349984	rs369297844	T	TC	297.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.577;NF=10;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=0.402;SC=TTCCTTGGGTTCCCCCCCACC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=8349992;WS=8349974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr17	8363624	rs3817003	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=432;SC=GTGACATGACGTCTGTTGTTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=8363632;WS=8363614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	8379005	rs146387994	A	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=714;SC=GAGCCTTAAGACACAGTTGAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=8379013;WS=8378995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	8383253	rs4791316	G	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=52;SC=GTCCTCCCAGGCTCTGAATGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=8383261;WS=8383249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	8383894	rs6503120	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=30;PP=1079;SC=AGCACAGCACAGGAGCCTCAG;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=62;WE=8383902;WS=8383884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	8384875	rs904417	T	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=232;SC=AATTAAACTGTCAAGAAAATC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=8384883;WS=8384865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	8387438	rs113838551	G	GATGA	3864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=26;PP=2631;SC=TGAACAAATGGATAAGTAACA;SOR=1.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=51;WE=8387446;WS=8387428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	8390733	rs3826463	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=12;PP=633;SC=CAGAGACTCCATGGGTGAAGG;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=8390741;WS=8390723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	8395894	rs904416	T	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=67;PP=1964;SC=TCTTCCACCATGTGGCTGATT;SOR=0.966;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=121;WE=8395902;WS=8395884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	8411812	rs11658073	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=594;SC=GTTCTGATTACAGTAAAAGCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=8411820;WS=8411802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	8412133	rs9889907	A	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=653;SC=ACTGTACACAATCACATGCTG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=8412141;WS=8412123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	8413314	rs36135285	CCA	C	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=1601;SC=CGAGATTTGACCACACATTCA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=31;WE=8413323;WS=8413304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	8416098	rs71359697	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=269;SC=TATAACATCACGGGAAGAACT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=8416106;WS=8416088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	8417006	rs66631876	GT	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=9.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,17:0.17:101
chr17	8424270	rs8067456	G	A	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=56;PP=2575;SC=CCAGGACACCGTTACAGCGAA;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=132;WE=8424278;WS=8424260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	8449716	rs35537538	TA	T	305.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;MQRankSum=0.735;QD=16.06;ReadPosRankSum=1.601;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr17	8449767	rs4791724	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=18;PP=1594;SC=AAGACAGTTTATATTGATTCA;SOR=1.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=75;WE=8449775;WS=8449757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	8451744	rs57472344	GA	G	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=368;SC=TTGATAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=20;WE=8451752;WS=8451734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	8478605	rs268460	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=545;SC=ATGTGTTCCACAGGGAATTTG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=8478613;WS=8478595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8479841	rs1431307	A	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.87;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	8701799	rs17854013	G	T	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=108;PP=2965;SC=TTCCCCCCAGGAAGCAAGGGG;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=110;TCR=108;TR=217;WE=8701807;WS=8701789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	8725214	rs56322041	A	AG	8096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=119;PP=2936;SC=AGTGGCCCGCAGGAAACGGTG;SOR=1.244;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=15;TCR=125;TR=134;WE=8725222;WS=8725204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	8726160	rs2074258	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=609;SC=GGGGATCAAGAGCAGCCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=8726168;WS=8726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	8740392	rs182810161	C	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=161;SC=GCTCACAGCTCTCTCCCAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=8740400;WS=8740382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	8787847	rs436193	G	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=597;SC=AAGAAGCACAGAGATATCCAC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=8787855;WS=8787838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	8787955	rs436384	T	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=32;PP=2240;SC=CAGCTCTGGGTCCAAGCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=105;WE=8787963;WS=8787945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	8788154	rs454347	C	A	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=96;PP=2965;SC=CGGCTCCTCACGAACGCAGTG;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=8788162;WS=8788144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	8791075	rs449373	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=603;SC=TTTGGGAGGCTGAGGTGGGTG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=8791083;WS=8791065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	8792029	rs381309	A	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=69;PP=2965;SC=GCAAGGGACAAGGTGGAGTCA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=8792037;WS=8792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	8792514	rs394811	G	A	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=70;PP=2965;SC=TGGGGATGGTGTGGAGCTTCC;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=175;WE=8792522;WS=8792504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	8812683	rs181534	T	C	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=124;SC=CTCAGCTCACTGCAACCTCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=8812691;WS=8812673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	9153861	rs8974	G	C	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=37;PP=2466;SC=TCTGTCATTGGCAGGTGTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=117;WE=9153869;WS=9153851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	9154078	rs17743659	G	C	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=52;PP=1635;SC=CCTTCAGTTTGTACGAAGTGG;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=9154086;WS=9154068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	9154118	rs17675967	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=725;SC=TGGGGCGCCGCTGCTGCTACA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=9154126;WS=9154108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	9395033	rs6503214	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=323;SC=TGTAACAATCATTGACATTAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=9395041;WS=9395023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	9395231	rs9893664	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=536;SC=CAAGGCCTGCGTCCTGTTCTG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=9395239;WS=9395221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	9408594	rs2249929	A	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=400;SC=CAATTCAAACACAATTTATTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=9408602;WS=9408584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	9408609	rs2125348	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=287;SC=TTATTGCATCATTAGTTTATG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=9408617;WS=9408599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	9471711	rs1133295	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=9;PP=324;SC=TCACCTTTTCTTTCATATTGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=9471719;WS=9471701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	9479048	rs7210038	T	C	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	9479098	rs7224817	C	A	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr17	9479364	rs6503230	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=660;SC=TTAAAATTGTTAAATAGAAAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=9479372;WS=9479354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	9488986	.	TCA	T	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=76;QD=41.0;SC=CAAGACTCTGTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=2;WE=9488995;WS=9488983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr17	9515777	rs6503235	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=73;PP=2368;SC=TGATGCTGTCGAGGATATTGT;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=125;WE=9515785;WS=9515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	9714009	rs4079466	C	A	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=49;PP=1617;SC=AATTTCTAGCCCCTTAACTGG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=9714017;WS=9713999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	9714086	rs4791362	G	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=583;SC=CTGTGTGGGAGCCTGATATAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=9714094;WS=9714076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	9801299	.	ATG	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=42;QD=12.5;SC=CCTGGGGTGGATGTGTGTGTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=4;WE=9801310;WS=9801298;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr17	10205047	rs62060457	C	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=82;PP=2607;SC=GGGGGTATGACGCTGTAGAGC;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=144;WE=10205055;WS=10205037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	10205067	rs2008528	C	T	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=74;PP=2328;SC=CCTCTCAGTCCGATTATGAGG;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=126;WE=10205075;WS=10205057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	10216686	rs9989461	G	A	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=47;PP=1797;SC=GAATGACAGCGGTGACAAATT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=10216694;WS=10216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	10219486	rs12453404	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=683;SC=GTTTCAAAAAAATCATAATCG;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=10219494;WS=10219476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10227708	rs3826442	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=504;SC=CACACATGCACGCACATGTGC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=10227716;WS=10227698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	10231498	rs2277645	A	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=815;SC=CTGCACCCCCAACCTGTCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=10231506;WS=10231488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10235360	rs8064714	G	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=300;SC=GATCAGCTAAGAAGCAGCCCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=10235368;WS=10235350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	10236465	rs2240579	G	A	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=61;PP=1982;SC=CGAGGACCCCGTTACAGCGCA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=113;WE=10236473;WS=10236455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	10243589	rs4445936	C	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=86;PP=2965;SC=CATTTAGCAACTGCCATTTCA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=172;WE=10243597;WS=10243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	10243717	rs3760423	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=914;SC=CTCCGGAGTCGCCTGGAGACA;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=10243725;WS=10243707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	10247544	rs12453187	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=22;PP=623;SC=CTGGCATGTACGCTCGGTGAG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=10247552;WS=10247534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	10249888	rs34168540	G	GA	1849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1857;SC=CTCTTAATGTGAAAGCTGATT;SOR=3.729;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=43;WE=10249896;WS=10249878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	10254197	rs2108568	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1349;SC=TGGGTGGGTGAAGACTATGGG;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=10254205;WS=10254187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	10258153	rs3214260	GT	G	4345.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=37;PP=2527;SC=ACTCTGGGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=52;WE=10258163;WS=10258143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	10258155	rs5010940	T	C	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=36;PP=1602;SC=TCTGGGTTGTTTTTTTTTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=78;WE=10258163;WS=10258143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	10304500	rs3744553	C	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=38;PP=1402;SC=GTTCCAGAGACCCTTCAAGCT;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=10304508;WS=10304490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	10310246	rs12936716	G	A	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=76;PP=2432;SC=TACACCGTACGAAGTGAGGGT;SOR=1.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=10310254;WS=10310236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	10312472	rs34693726	G	A	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	10314375	rs12601552	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=360;SC=ATGAGATACAGTTAAAACTAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=10314383;WS=10314365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10314395	rs12601678	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=9;PP=231;SC=ACGTTGCTCCCTCAAAAAATG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10314403;WS=10314385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	10317831	rs4791406	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=21;SC=TCGAGTTTGAAAAAAGTATCA;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WS=10317821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	10317842	rs4791407	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=19;PP=566;SC=AAAAGTATCAATGCTTCTGAG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=10317850;WS=10317821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	10317940	rs4791408	A	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	10318636	rs8068729	A	G	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=34;PP=1755;SC=CATTCCTCACAGTTTTGGCAT;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=94;WE=10318644;WS=10318626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	10319148	rs7216301	A	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	10346781	rs3744554	T	C	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=29;PP=1244;SC=GCCCGTTCCTTGGCCTCCTCC;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=10346789;WS=10346771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	10355371	rs11651295	C	T	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=92;PP=2965;SC=TCAATCTGCTCCCCAAGCTCA;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=166;WE=10355379;WS=10355361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	10355763	rs917361	T	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=35;PP=1123;SC=TTTGTAGCTGTATTGCAAGGG;SOR=1.162;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=10355771;WS=10355753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	10356816	rs3744557	C	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=445;SC=CAAGTAAGTACATTGAGGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=10356824;WS=10356806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10360854	rs12949680	C	T	8392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=158;PP=2965;SC=AGCCAGCCGGCGATGTTGTAG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=154;TCR=160;TR=312;WE=10360862;WS=10360844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	10362746	rs2058099	A	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=68;PP=2277;SC=GAACTACAGAACAAGATAAAT;SOR=1.016;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=125;WE=10362754;WS=10362736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	10363410	rs3744561	A	G	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=93;PP=2965;SC=CACCCACTGCATTGTACACCT;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=126;TCR=93;TR=219;WE=10363418;WS=10363400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	10364191	rs1029665	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=1;PP=738;SC=AAGTTCACTATGTCAGCTTTG;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=10364199;WS=10364181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	10396031	rs71139047	A	AT	289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;QD=24.14;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	10399897	rs3744563	A	G	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.343;NF=100;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ACATTAGTAGAGTAATGGAAG;SOR=0.356;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=100;TCR=125;TR=223;WE=10399905;WS=10399887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr17	10400522	rs3764851	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=464;SC=TGTTGGTGAACAAAAAATATA;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=10400530;WS=10400512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	10400598	rs71360265	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=13;PP=682;SC=GGTAAAATGTTCTCACGTTGC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=10400606;WS=10400588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	10405985	rs34343519	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=6;PP=1012;SC=ATATCATAACGACACAAACTT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=10405993;WS=10405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	10411335	rs68047947	G	GT	360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10411397	rs4791996	G	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=23.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	10411632	rs35152572	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=13;PP=883;SC=TCTGGCCTCTAGTTATGTTTT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=10411640;WS=10411622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	10414284	rs8082000	C	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	10415840	rs2007027	A	G	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=86;PP=2965;SC=CATCTGAAGTAAAGCCCAGAA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=174;WE=10415848;WS=10415830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	10417621	rs2302087	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=620;SC=ATCAGTCATTGTTCATTTAAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=10417629;WS=10417611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	10418275	rs1017068	T	G	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=24;PP=888;SC=CTTTCTATAGTGAAACAGGGC;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=10418283;WS=10418265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	10420035	rs3764853	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=31;PP=850;SC=AGAAATTAAGAAACTGGACCA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=10420043;WS=10420025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	10426343	rs7223755	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=231;SC=ACAGCTTGTTCACTACAAGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=10426351;WS=10426333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	10429261	rs36082989	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=37;PP=1156;SC=TTGCCACACACGCTGAAGAGT;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=10429269;WS=10429251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	10429795	rs12950718	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=21;PP=1517;SC=CTGATTGTGACTGGCACATAA;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=10429803;WS=10429785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	10431275	rs12952334	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=196;SC=ACTTCTCCCCAAAATAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=10431283;WS=10431265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	10431877	rs11372676	A	AT	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=893;SC=AAAAATGCTGATTTTTTGTGC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=27;WE=10431885;WS=10431868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	10432849	rs2277652	G	A	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=59;PP=2417;SC=TCCTTTAGAAGAAAAGAATGT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=10432857;WS=10432839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	10434925	rs3744565	T	C	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=84;PP=2965;SC=TGGTTAGTGATACCAAGGGTG;SOR=1.108;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=126;TCR=84;TR=210;WE=10434933;WS=10434915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	10435325	rs11379780	G	GA	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=541;SC=ACATGCAGATGAAAAAATTCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=17;WE=10435333;WS=10435315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	10437000	rs71360269	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=633;SC=TGACACAAATGCTAGCTAAAC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=10437008;WS=10436990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	10437029	rs71360270	T	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=455;SC=ATTCATTTTTTAAAGCAGAGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=10437037;WS=10437019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	10438691	rs3744566	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=36;PP=1188;SC=TCCTGTAAAACCAGGAAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=10438699;WS=10438681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	10438729	rs3744567	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=540;SC=TAGACATGGATATGAGCAGTC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=10438737;WS=10438719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	10439684	rs71360272	A	G	184.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=149;SC=GCCCAGCGAGATGTCAAAGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10439692;WS=10439674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	10439770	rs3744568	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=611;SC=GAACAAAAATAGAAGTTCAGA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=10439778;WS=10439760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	10442977	rs2277653	T	C	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=44;PP=1334;SC=TGCAGTGTTTTAAATATCTCT;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=10442985;WS=10442967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	10444088	rs35760495	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=558;SC=TAGACAAATTGTGAGGCACTA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=10444096;WS=10444078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	10446182	rs719277	C	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=3;PP=281;SC=AGAATTATGACATTTCTTACC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=10446190;WS=10446172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10446508	rs11078849	T	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=135;SC=TTACTACCTTTTTTTTATATA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=10446516;WS=10446498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	10448769	rs11078850	A	T	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=40;PP=1641;SC=GCTTATACACAGGCAGCCACT;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=10448777;WS=10448759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	10450816	rs12600539	T	C	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=50;PP=2893;SC=CTGCATAACGTTCTTTGAGGT;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=83;TCR=50;TR=133;WE=10450824;WS=10450806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	10595388	rs2520178	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=71;PP=2226;SC=AGGTGTTTTGAAAGCAGATGG;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=102;WE=10595396;WS=10595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	10633245	rs202312	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=35;PP=1289;SC=CGGTCCGCCTTCCTCCTTGCG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=10633253;WS=10633235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	10633321	.	C	CG	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=525;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=10633329;WS=10633311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	11459012	rs1030055	G	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=695;SC=ACCTGCCACAGACATGGTCCT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=11459020;WS=11459002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	11511412	rs4792156	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=279;SC=GAATTGGAACACCTGCCTTTC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=11511420;WS=11511402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	11513661	rs2191072	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=379;SC=ATTTTCACGCCTCAGGGTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=11513669;WS=11513651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	11515171	rs8082586	G	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=39;PP=1229;SC=ACCTCTCTCTGTCTGAATTCC;SOR=1.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=57;WE=11515179;WS=11515161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	11515208	rs8082601	G	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=777;SC=GTAAATTTCCGACCCGACACA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=11515216;WS=11515198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	11522764	rs10852799	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=669;SC=TATTATCCTCGTGAAAAATAT;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=11522772;WS=11522754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	11523082	rs9892256	A	G	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=59;PP=1772;SC=TTCCTGGGACAACTGCACGTG;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=11523090;WS=11523072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	11532613	rs9896886	T	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=67;SC=CCCCTTCCTGTGTCCATGTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=11532621;WS=11532603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	11532715	rs28665591	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=15;PP=871;SC=TTTAACTTTTTTGTGAATTGT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=11532723;WS=11532705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	11532835	rs9895535	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=37;PP=1176;SC=AAATGCATGAAGAATTTCAAG;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=11532843;WS=11532825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	11536097	rs9899241	T	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.15;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	11536102	rs9897667	C	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.45;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	11543520	rs11653848	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=239;SC=TGGTGGGAGGTGTTTGCCGAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=11543528;WS=11543510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11550340	rs11870495	T	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=939;SC=CAGGCACCGGTGAGCTGGGAG;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=11550348;WS=11550330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	11556248	rs16945138	C	T	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=52;PP=2965;SC=TCTGGATGATCGGCATGATCG;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=102;TCR=52;TR=154;WE=11556256;WS=11556238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	11572669	rs73975043	G	A	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=133;PP=2965;SC=CCTGCCTGCCGTTGTCTCGCT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=131;TCR=133;TR=264;WE=11572677;WS=11572659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	11583089	rs8071438	T	C	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=45;PP=2324;SC=CCAACCTGGATGCGTTTATAA;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=136;WE=11583097;WS=11583079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	11584124	rs9916482	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=31;PP=1065;SC=AAATGAAGTGACACTCCTCCG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=11584132;WS=11584114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	11593821	rs7220893	C	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=612;SC=TCACCCAGTTCCTGCATTGTC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=11593829;WS=11593811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	11597310	rs141388035	G	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=37;PP=1064;SC=AGGATATTCAGGGCAGGTGAG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=11597318;WS=11597300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	11642127	rs73292673	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=330;SC=CTACAGGGTTCCAGCTTTAGT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=11642135;WS=11642117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	11648332	rs3744578	C	T	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=121;PP=2965;SC=GAGACCCCAACTTCGAAGCTT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=239;WE=11648340;WS=11648322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	11648444	rs3744580	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1417;SC=ATCTCTTACTTATTGTCCAGG;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=11648452;WS=11648434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	11660722	rs11078030	G	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=CCATTTACCCGCTCACATCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=11660730;WS=11660712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	11671913	rs2277658	G	C	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=58;PP=1967;SC=TCGTCCCCCAGTTCGAATTTG;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=11671921;WS=11671903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	11684571	rs2277659	G	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=388;SC=TATTCTGCCTGAACGGCAAAC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=11684579;WS=11684561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	11701224	rs77238283	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=10;PP=262;SC=GCTCCGGCTTCTGCCTTAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=11701232;WS=11701214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	11725786	rs11870983	A	G	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=2159;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GTGGGAAACAAGCTAAGAGTC;SOR=0.268;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=119;WE=11725794;WS=11725776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr17	11725808	rs11871037	G	T	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=2243;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCAGCAGGAAGTTCCCAGCCA;SOR=0.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=121;WE=11725816;WS=11725798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr17	11737895	rs57971270	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=168;SC=AGTGACTAGTCCAGTGCCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=11737903;WS=11737885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11738227	rs56260572	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=246;SC=TAGGAGGACTGTCTGCCATAC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=11738235;WS=11738217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	11778577	rs11396360	G	GC	2813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=58;PP=2562;SC=CAGATTTTAAGCCCAGTGAAT;SOR=2.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=62;WE=11778585;WS=11778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	11887518	rs34299203	GA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=15.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.004;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr17	12620761	rs12944823	A	G	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=79;PP=2757;SC=GAAATCAGACACCAAGAGATG;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=12620769;WS=12620751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	12620897	rs12602716	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=515;SC=TCTAGGCCACGTAGATACCCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=12620905;WS=12620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	12647490	rs12709295	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=43;PP=2355;SC=TTTCCTCATCTTCTTTGCAGT;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=12647498;WS=12647480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	12656711	rs4792277	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=1016;SC=TTCTGGAAGTGGGTTACAAAT;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=12656719;WS=12656701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	12664177	rs16946572	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=573;SC=TCTCGCACATTTTTAGAGCTG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=12664185;WS=12664167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	12832063	rs1317990	G	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=0;PP=190;SC=AGCAGTTGACGCATGGAAATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=12832071;WS=12832055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	12846760	rs77860178	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=348;SC=GAAGCATGCTCGTTATTTTAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=12846768;WS=12846750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	12855719	rs2072253	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=15;PP=1279;SC=GTCAGTTACAGTGGTTGGTAT;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=12855727;WS=12855709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	12859125	rs3214256	C	CG	2399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=25;PP=1840;SC=GTCCAGTCCCCGGGGGACATG;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=51;WE=12859133;WS=12859110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	12860183	rs10602009	AACACAC	A	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=325;SC=TTCCCCTATAAACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=12860196;WS=12860173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	12862359	rs9904572	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=890;SC=AACTGTATCTGCTGTGTCTGG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=12862367;WS=12862349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	12876508	rs9889794	C	T	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=35;PP=2204;SC=AAAAATCCCACCCCAAGACCC;SOR=1.530;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=113;WE=12876516;WS=12876498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	12897293	rs9915058	A	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=596;SC=TAGCCAGCACAATCTCCCCTG;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=12897301;WS=12897283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	13399486	rs11385090	A	AT	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=22.30;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,72:0.94:77
chr17	13972811	rs6502330	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=427;SC=GCCGGAAGTGGCGGCCCGGAA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=13972819;WS=13972801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	13977813	rs143814384	C	CTTTA	1890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=1500;SC=TACTTTCTGCCTTTTTCTCTG;SOR=2.356;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=29;WE=13977821;WS=13977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	13980350	rs2072279	G	A	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=57;PP=1790;SC=ATTTTGGCTCGACTATCCAAA;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=13980358;WS=13980340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	14005373	rs1017076	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=793;SC=TTTTGTCGTTCTGGCCTTTAC;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=14005394;WS=14005363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	14005386	rs2108683	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=16;SC=GCCTTTACAGTTGGGACTCCT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=14005394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	14005439	rs2159132	G	A	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=28;PP=1153;SC=TCGCAGCTCTGGTTGTAAGTA;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=14005447;WS=14005429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	14063389	rs7212977	G	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=305;SC=AAGAAACAAAGTGATATGGAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=14063397;WS=14063379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	14095309	rs2230354	A	G	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=46;PP=2300;SC=TTTCCAGCCCATTGCTAGCTG;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=128;WE=14095317;WS=14095299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	14095550	rs200573622	G	A	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.754;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.377;NF=66;NR=114;PP=2693;ReadPosRankSum=4.185;SC=TAAGTGTCCCGCGATGTGGAG;SOR=1.041;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=262;TCF=114;TCR=148;TR=180;WE=14095558;WS=14095540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,153:0.80:191
chr17	14095566	rs151441	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=49.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.499;NF=45;NR=29;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TGGAGTCTCATATGAGCACAC;SOR=2.070;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=225;TCF=92;TCR=133;TR=74;WE=14095574;WS=14095556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,32:0.19:168
chr17	14095639	rs373313742	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=32.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQRankSum=-2.391;QD=4.43;ReadPosRankSum=-3.512;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,41:0.26:155
chr17	14095682	rs2158978	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=63;PP=2256;SC=GACTGAAATTTTGTGGACGCA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=108;WE=14095690;WS=14095672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	14139565	rs4791563	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=14;PP=525;SC=ACGCTTTCAGTTCCAGGGTTA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=14139573;WS=14139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	14139774	rs4791564	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.31;QD=26.99;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	14139891	rs62052131	A	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.12;QD=24.78;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	14140103	rs4792453	A	G	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.49;QD=27.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	14248423	rs9906855	T	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=73;PP=1768;SC=GGGAGGCCCCTGCGCGCATCT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=95;WE=14248431;WS=14248413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	14683545	rs62060073	G	A	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=137;SC=GTGGACGAGAGTGCTCCCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=14683553;WS=14683535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	15207364	rs13961	T	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=51;PP=2111;SC=CATACTCGAGTGTGGCTTTGA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=15207372;WS=15207354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	15217389	rs230897	G	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=14;PP=1814;SC=CAGCCGTGGCGTGTGCCTGAC;SOR=2.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=77;WE=15217397;WS=15217379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	15217437	rs230898	C	G	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=79;PP=2965;SC=GCGGAAGTAGCCGACACCGTC;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=148;TCR=79;TR=227;WE=15217445;WS=15217427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	15343524	rs71150251	C	CCTT	6886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=51;PP=2967;SC=CCCAACCCTACCTTCTTTCTT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=76;WE=15343532;WS=15343514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	15406044	rs149635358	CTT	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	15406123	.	C	CCT	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	15406197	rs12150518	A	T	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=23;PP=1265;SC=TCCGGATGCCAGATGAAATTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=68;WE=15406205;WS=15406187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	15441330	rs7359507	G	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.48;QD=32.20;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	15441486	rs79731346	G	A	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.765;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.495;NF=114;NR=110;PP=2705;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GACAAAAAAAGAACTCCTTAA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=224;WE=15441494;WS=15441468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,198:0.93:212
chr17	15443734	rs200768112	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.74;QD=48.03;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	15443742	rs138309602	C	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.81;QD=41.45;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	15449336	rs58269369	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=533;SC=TATTAATACACATAGCCCAAC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=15449344;WS=15449326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	15469278	rs201538928	C	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.42;QD=24.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	15477417	rs28420774	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=26;PP=1145;SC=ACTGTTCTAGAGGCTTCTGGC;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=15477425;WS=15477407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	15492409	rs151442	T	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.65;QD=43.82;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	15492410	rs76213106	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.65;QD=43.82;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	15492426	rs28445278	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.33;QD=31.17;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	15496612	rs148830167	G	A	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=22;PP=1816;SC=AAATCCAACAGAATCACTCAC;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=15496620;WS=15496602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	15496730	rs8078150	A	G	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.593;NF=122;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.033;SC=TTCCCATTGAAGAAATTGTAA;SOR=0.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=122;TCR=126;TR=247;WE=15496738;WS=15496720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr17	15498181	rs12601532	A	G	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=97;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=77;PP=2504;SC=GGCATTTCACAGCTCCCTCGT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=155;WE=15498189;WS=15498171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	15498211	rs61274670	GAAAAGATA	G	5559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=72;PP=2966;SC=GAGTCTGCAAGAAAAGATACC;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=83;WE=15498226;WS=15498201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	15499737	rs762697	A	G	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.81;QD=30.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	15508521	rs2190756	T	C	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.07;QD=31.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	15517237	rs62070406	G	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.43;QD=28.54;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	15517284	rs200934978	G	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.88;QD=29.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	15517406	rs56926918	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.80;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	15531942	rs62070417	C	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.47;QD=31.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	15554504	rs4792642	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=24;PP=1525;SC=GGCAGCAGAAGGCAGACAGTG;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=15554512;WS=15554494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	15602900	rs2601942	T	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.347;NF=9;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=1.594;SC=TCTTCGATCGTCCGATTCTCC;SOR=1.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=15602908;WS=15602891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	15602950	rs12449956	G	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.880;NF=17;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.747;SC=GAGAACCGGAGTCTGGCGATG;SOR=1.030;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=20;WE=15602958;WS=15602940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr17	15603021	rs12452845	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-9.446;QD=10.71;ReadPosRankSum=3.182;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr17	15603031	rs12450403	G	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=-9.810;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.036;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr17	15604395	rs77257979	TG	CA	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=733;SC=TATGTTGAAGTGGTTTTTAGA;SOR=3.737;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=31;WE=15604404;WS=15604385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	15604444	rs4792655	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=28;PP=1612;SC=AGGTCTCATCATTACTGCTTT;SOR=1.538;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=92;WE=15604452;WS=15604434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	15607777	rs62071718	A	G	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=37;PP=1518;SC=GACGGGCCCGAGCCGCATACT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=15607785;WS=15607767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	15611495	rs3760299	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=48;PP=2562;SC=ACCTGAGAGCTACAACTTGGA;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=135;WE=15611503;WS=15611485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	15613021	rs2654397	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=53.17;NF=5;NR=3;PP=109;SC=CATTGTATTTCGATATTAATC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=15613029;WS=15613011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	15613114	rs142143149	AT	A	45.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=29;SC=TGAACAGTTTATTTTTTTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=15613122;WS=15613104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	15620647	rs61435333	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.01;QD=29.77;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	15640815	rs201215351	A	G	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.90;QD=25.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	15643381	rs58354673	CA	C	6712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=3.489;NF=74;NR=108;PP=2988;ReadPosRankSum=2.631;SC=TGCACACACACAAAAAAAAAA;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=89;TCR=122;TR=182;WE=15643389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,267:0.98:273
chr17	15644506	rs11650318	C	T	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=91;PP=2965;SC=GAGGAAGATGCTTTCTGGGCG;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=170;WE=15644514;WS=15644496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	15645289	rs17855672	G	A	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=41;PP=1930;SC=TGGCTCGAGAGGCTCCTATCG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=15645297;WS=15645279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	15668330	rs2955833	G	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=36;PP=1832;SC=TGCTTTTGGGGTGGAATTCCT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=15668338;WS=15668320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	15668720	rs935147	C	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=19;PP=1239;SC=GAGGCGGAGACCAGGGCATTC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=15668728;WS=15668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	15668775	rs1814454	A	G	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=38;PP=1869;SC=TCTCTCATTCACTAGAACCAC;SOR=1.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=100;WE=15668783;WS=15668765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	15690220	rs62070981	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.23;QD=28.78;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	15690281	rs62070982	C	T	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=43;PP=2393;SC=CAAGCAGGTTCGCTCTGAGAG;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=15690289;WS=15690271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	15690793	rs534861	T	C	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.784;NF=143;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.609;SC=ACACGGGGCTTACCATCCTGC;SOR=0.430;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=143;TCR=125;TR=265;WE=15690801;WS=15690783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr17	15690888	rs4791638	C	G	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=129;PP=2965;SC=CAGGGTGCAGCCTTCAGCCCA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=119;TCR=129;TR=248;WE=15690905;WS=15690878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	15691119	rs1054119	C	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=256;SC=AAGGCCTCTCCGCTCAACGCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=15691127;WS=15691109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	16049661	.	TCA	T	1917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=1131;SC=AAGAAAAATATCACAGTCATT;SOR=1.828;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=23;WE=16049670;WS=16049651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	16221271	rs56228407	A	AC	929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=732;SC=CCTGCCCCAGACCCCTGTCTC;SOR=2.019;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=16221279;WS=16221261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	16251859	rs2286666	A	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=20;PP=1242;SC=GCATGCTAACAGTTGGGTGGG;SOR=1.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=16251867;WS=16251849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	16256240	rs3095172	C	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=425;SC=AGGCTCAGAGCTGAAAGGCGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=16256248;WS=16256234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	16256686	.	G	GCGGAGGCCC	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	16326253	rs7225104	G	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=39;PP=1150;SC=AGTAAGGCCTGGTTCAAGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=16326261;WS=16326243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	16329286	rs34192401	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=7;PP=1189;SC=TATGGGGGTACGTGCACGTGT;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=49;WE=16329294;WS=16329276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	16330919	rs12936240	G	T	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=89;PP=2965;SC=GCTTCAGGGGGCTTAGAGAAA;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=173;WE=16330927;WS=16330909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	16332072	rs34166276	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=532;SC=AGCATAGGCCAGTGGGGGCTC;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=16332080;WS=16332070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	16342833	rs11871958	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=2514;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CTGATGATACTTGTAATAGGA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=16342841;WS=16342823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr17	16344600	rs4617905	T	C	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=77;PP=2956;SC=GGTGAACCTATGGTTTTCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=16344608;WS=16344590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	16350239	rs2882581	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=3.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	16351592	rs2351084	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=66;PP=1666;SC=CCATGATCCCTGCCACTCCCC;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=16351600;WS=16351582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	16624049	.	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.057;NF=0;NR=16;PP=197;ReadPosRankSum=-3.418;SC=AGAACTGACGTGTGATAGTGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=16;WE=16624057;WS=16624039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr17	16734809	rs2688010	A	G	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.06;QD=24.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	16734869	rs62074145	A	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.17;QD=25.04;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	16855878	rs8072293	C	T	6232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=100;PP=2965;SC=TAGCCACCCCCGTCCACAGGC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=215;WE=16855886;WS=16855868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	16892265	rs9907308	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=59;PP=2804;SC=AGGGATGAATGTGATGCAATG;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=152;WE=16892273;WS=16892255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	16892334	rs57096150	C	T	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=100;PP=2965;SC=CAGCAACGAGCGCGGACAGGC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=214;WE=16892342;WS=16892324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	17118689	rs34311146	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=54;PP=1511;SC=CCTCCCCTGCGCTAGCCCACC;SOR=2.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=17118697;WS=17118679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	17122286	rs8065572	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=449;SC=CAGCCCATGACTGGCTCTCCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=17122294;WS=17122284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	17326363	rs35590625	G	A	8008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGCTTTGAGTGTTCTTCGAAG;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=158;TCR=131;TR=286;WE=17326371;WS=17326353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr17	17326604	rs7225976	CA	TG	9612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=88;PP=2947;SC=CATGATGGGGCAAATGCCAGA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=192;WE=17326613;WS=17326594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	17409401	rs3816511	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=19;PP=1147;SC=TACCATGGCCGCTCTGACCTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=53;WE=17409409;WS=17409391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	17409560	rs7946	C	T	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.940;SC=AGGAGAGCCACTATGTAGGTG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=168;WE=17409568;WS=17409549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr17	17409709	rs1918249	T	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=613;SC=GCCGTGACCCTGGCCCTCCGG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=17409717;WS=17409699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	17412032	rs4646407	G	C	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=CCTCTGACCCGCCGGGGGAGC;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=198;WE=17412040;WS=17412018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	17415996	rs142094793	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=56;PP=1545;SC=AGAGGGAGGACGTCATGGCCA;SOR=5.353;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=59;WE=17416004;WS=17415986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	17682484	rs1006656	G	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=35;PP=1043;SC=AATATTTTCCGTGGTGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=17682492;WS=17682474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	17696531	rs3803763	G	C	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=112;PP=2965;SC=ACACAGCAAGGCCTGCAGGGG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=85;TCR=112;TR=197;WE=17696539;WS=17696521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	17696755	rs11649804	C	A	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=59;PP=2873;SC=CGCCCAGGTGCCCTTTCGGAC;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=140;WE=17696763;WS=17696745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	17697093	.	CCAGCAG	C,CCAG	2375	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.4999,0.5001;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;NF=20,20;NR=20,20;PP=29,2375;QD=0.85;SC=TCAGCTATGACCAGCAGCAGC;SbPval=0.31;Source=Platypus;TR=40,40;WE=17697113;WS=17697083;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:82
chr17	17697098	rs35068024	AGC	A	4021.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=41.46;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	17697101	rs34083643	AG	A	3756.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;QD=41.74;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	17697102	.	G	A	1934	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5001;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;NF=51;NR=19;PP=1934;QD=28.1253030364;SC=ACCAGCAGCAGCAGCAGCAGC;Source=Platypus;TCF=65;TR=70;WE=17697113;WS=17697083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr17	17715101	rs11868035	G	A	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=55;PP=1818;SC=CCAGGGACCTGATGGGGACAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=17715109;WS=17715091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	17719503	rs7501788	G	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	17770355	rs11657074	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=759;SC=GTCCCACCTGGGGGCTAGGGA;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=17770363;WS=17770345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	17774118	rs9907287	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=744;SC=CCTCAAGCCCCGCACTGAGCC;SOR=2.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=17774126;WS=17774108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	17948475	rs2955355	G	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=54;PP=2260;SC=TGGACACGGGGAACTCTTACC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=130;WE=17948483;WS=17948465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	17997209	rs2230316	G	A	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=AATCGGCCTCGTCCAAAGGAG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=181;WE=17997217;WS=17997199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	18003671	rs2272570	T	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=1071;SC=GGGGTACTCTTCCTAGGTCTC;SOR=2.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=18003679;WS=18003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	18003845	rs854813	C	T	7911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=126;PP=2965;SC=TGTGACCCCTCGGTCAGCAGT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=148;TCR=126;TR=274;WE=18003867;WS=18003835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	18041507	rs2280777	C	T	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=92;PP=2965;SC=CCTCATCTCACTGAAGCCTTA;SOR=1.365;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=166;TCR=92;TR=258;WE=18041515;WS=18041497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	18042276	rs2075658	A	C	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=86;PP=2947;SC=GTCGGCCTGGACGCTGGTGCT;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=139;WE=18042284;WS=18042266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	18042527	rs854783	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=906;SC=TGACATCACTATGGTCACCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=18042535;WS=18042517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	18042976	rs854782	C	A	1683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=52;PP=1359;SC=ATGTCCCCACCCCCACACCCA;SOR=3.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=18042984;WS=18042966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	18043766	rs854780	C	G	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=56;PP=2810;SC=CCTGCTCTCTCTTCCTCCTCA;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=97;TCR=56;TR=153;WE=18043774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	18044270	rs854779	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=16;PP=652;SC=ATATTCACCATGATAATGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=18044278;WS=18044260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	18046058	rs854778	A	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	18046898	rs854777	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=529;SC=AGAGTGGAGGTGCCAGGTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=18046906;WS=18046888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	18047671	rs11421905	G	GC	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=590;SC=CCCCTCACCAGCCTCAGTTTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=18047679;WS=18047661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	18047772	rs11421904	T	TC	3739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=2330;ReadPosRankSum=1.510;SC=TGCCTGTCAGTCCAGCTCTGT;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=57;WE=18047780;WS=18047762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr17	18051975	rs854774	T	C	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=105;PP=2965;SC=ATAGGGTCCATTCTGTTCATG;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=183;WE=18051983;WS=18051965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	18052466	rs4303606	A	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=14;PP=1640;SC=GGGTGCAGAAAAAAATTTGGG;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=72;WE=18052474;WS=18052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	18052867	rs2955379	T	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=53;PP=1429;SC=ATAGCCTCTTTGACCCTGTGC;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=18052875;WS=18052857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	18054868	rs854773	G	T	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=72;PP=2177;SC=CCCCCAGCCCGCCAGCCCCCT;SOR=1.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=100;WE=18054876;WS=18054858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	18054917	rs865923	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=841;SC=ACCAGCTTACTGGGTTGAAGC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=18054925;WS=18054907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	18055229	rs854772	G	A	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=84;PP=2503;SC=TCCTGAAAGGGCAGATGACCC;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=133;WE=18055237;WS=18055219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	18057167	rs712270	A	T	8577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CCCAACTTCTACGGCTATCAG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=161;TCR=146;TR=303;WE=18057175;WS=18057157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr17	18057272	rs712271	A	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=72;PP=2254;SC=GGCTGAAGCGAGCAGAGGAGG;SOR=1.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=18057280;WS=18057262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	18058521	rs712272	C	T	9273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=153;PP=2965;SC=TCTACTTCTCCCGCATCTTCC;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=177;TCR=154;TR=330;WE=18058529;WS=18058511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	18059494	rs861278	C	T	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=20;PP=1496;SC=GTCATGCCACCGGCCCATCCT;SOR=1.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=76;WE=18059502;WS=18059484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	18060192	rs854771	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=9;PP=707;SC=AAGGATGTGAGGAGCAGGGGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=18060200;WS=18060182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18062443	rs854807	G	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=16;PP=1289;SC=TCCCTCCCAAGGACAGCCTCT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=18062451;WS=18062433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	18063441	rs712273	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=952;SC=ATTATCTTCCTCTCACCCTCA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=18063449;WS=18063431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	18070761	rs854796	G	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=656;SC=ATCATTCCCCGAAACCCAGGA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=18070769;WS=18070751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	18077175	rs854800	T	C	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=107;PP=2872;SC=GCTACCCCTATGTGGAGATTG;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=177;WE=18077183;WS=18077165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	18111802	rs142135062	GTTTTTGT	G	3482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=26;PP=2687;SC=TCATTGGGGGGTTTTTGTTTT;SOR=1.058;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=50;WE=18111816;WS=18111792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	18111868	rs1378602	G	A	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	18133495	rs2290502	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=24;PP=706;SC=GGGCTTCTGCGGAGGTTGGCG;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=18133503;WS=18133485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18135753	rs2290503	T	C	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=29;PP=2463;SC=TTGGGTGTCTTCCTCACTGTG;SOR=1.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=112;WE=18135761;WS=18135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	18137141	rs2290505	A	G	8096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.471;SC=GGTGGCTGCCAGCGACATAGC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=166;TCR=132;TR=295;WE=18137149;WS=18137131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,314:0.99:317
chr17	18144683	rs2605138	T	C	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=16;PP=2447;SC=GTGGGGGCTGTTGGGTCAGCA;SOR=3.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=81;TCR=16;TR=97;WE=18144691;WS=18144673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	18144720	rs2245737	C	T	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=65;PP=2965;SC=GCCCTGGGGACGAGGACAGGG;SOR=1.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=124;TCR=66;TR=188;WE=18144728;WS=18144710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	18145379	rs2746030	G	A	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=72;PP=2965;SC=TCCCACCCCCGAGATCTGCCT;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=18145387;WS=18145369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	18149854	rs2856289	A	G	7060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=135;PP=2965;SC=GCTGGGTCTGAGCCCCACCAC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=103;TCR=135;TR=238;WE=18149862;WS=18149844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	18150374	.	TGA	T	8505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=128;PP=2967;SC=CGCCTGCAGGTGAGAGGGACC;SOR=2.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=130;TCF=0;TCR=130;TR=128;WE=18150383;WS=18150364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	18156541	rs2071241	A	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=14;PP=1303;SC=ACAGACCACAAGGTGGGCTCT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=18156549;WS=18156531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	18164404	rs2605142	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=887;SC=TCCTGCTTCTCGGAGCTGGAA;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=18164412;WS=18164394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	18167505	rs2605143	T	C	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=43;PP=1934;SC=CGCTGGCTGCTTCTGTCAACT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=18167513;WS=18167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	18178012	rs3215557	C	CG	1367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=1177;SC=ACACTGTCCTCTAAGTTTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=18178020;WS=18178002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	18181794	rs8071231	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=659;SC=GGAAGCCCACACAAGTCCCCT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=18181802;WS=18181784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18184011	rs6502644	G	T	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=113;PP=2965;SC=AGGAGTGCAGGAGATGCTCTC;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=217;WE=18184019;WS=18184001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	18193941	rs2230154	G	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=51;PP=2071;SC=TGGTCTCCCCGTCCACCATCT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=18193949;WS=18193931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	18194030	rs138655779	A	G	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=39;PP=1394;SC=CAACAGTCAGATGATTCCATC;SOR=1.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=18194038;WS=18194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	18194362	rs6502645	C	T	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	18205750	rs66697088	TGGAGAGTGAA	T	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=2984;SC=AGGCAGCTCCTGGAGAGTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=18205767;WS=18205740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	18208334	rs7225932	C	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=22;PP=1521;SC=CTGCAGAGGACCTCATCCGTG;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=18208342;WS=18208324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	18208544	rs7207123	G	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=47;PP=1323;SC=TCTTAAGTTCGCAGTGGAATA;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=18208552;WS=18208534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	18220674	rs8080966	C	T	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=101;PP=2965;SC=AGTACCTGCCCCTCTGAGGCC;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=185;WE=18220682;WS=18220664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	18220770	rs1563632	G	A	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=82;PP=2965;SC=GGAGCCATCCGCTTCCAGGCA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=183;WE=18220778;WS=18220760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	18221134	rs1563631	C	T	7850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=127;PP=2965;SC=CCACCAGCTACGTGAGCAGTG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=139;TCR=127;TR=266;WE=18221142;WS=18221124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	18226177	rs4925171	G	T	9863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=170;PP=2965;SC=ACCTGCACCTGCCTACCCACG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=173;TCR=172;TR=343;WE=18226185;WS=18226167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	18231998	rs1979276	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=172;SC=CCATCTCTCAGGTGGGGGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=18232006;WS=18231988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	18232017	rs3783	G	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=175;SC=CCTCCGGCAGGCAGCTTCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=18232025;WS=18232007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	18232096	rs1979277	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	18233810	rs12937300	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=921;SC=AGCTACAACTTTGGCCAGAAG;SOR=4.021;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=18233818;WS=18233800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	18239012	rs2273028	G	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=41;PP=1569;SC=AAACATCACAGTGGGATCATA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=18239020;WS=18239002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	18259415	rs12950117	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=24;SC=TGCCCAGGCTAGAGTGCAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=18259423;WS=18259405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	18284262	rs570145	G	A	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=99;PP=2965;SC=ATGCAAGCCAGCGCCGACCAG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=178;WE=18284270;WS=18284252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	18286916	rs112094897	A	AG	1472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=1150;SC=GCCCTCGGGCAGCGGCAGGGC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	18286922	rs111736884	A	AG	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.79;QD=46.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18286930	rs200680358	A	AG	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=996;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18286938	rs145486982	A	AG	1346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=891;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGGAGG;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18291432	rs140944304	TCACAGC	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=692;SC=CTTTAATTAATCACAGCCAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=18291445;WS=18291422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	18291456	rs578670	C	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.62;QD=45.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	18291470	rs586214	C	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.40;QD=38.46;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	18291544	rs586322	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=45;PP=2080;SC=TTCTGTGTCCATCTTCCTCTC;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=18291552;WS=18291534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	18291618	rs586757	C	T	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=69;PP=2193;SC=AAATGAAGTACCAAGAAACTA;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=18291626;WS=18291608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	18314913	rs62074237	T	C	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=5.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-7.816;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,69:0.32:217
chr17	18314964	rs62074238	T	G	5578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-16.943;NF=145;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CCCAATCGTCTTCTTTCCCAG;SOR=1.004;SbPval=0.64;Source=Platypus;TCR=207;TR=234;WE=18314972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,233:0.47:499
chr17	18380008	rs10674629	T	TACC	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.41;MQRankSum=-2.697;QD=15.52;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	18380065	rs1682221	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.140;NF=26;NR=7;PP=544;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CATTGAATAACAGCCAAGTTG;SOR=1.158;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=33;WE=18380073;WS=18380055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr17	18380154	rs1682220	A	G	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.094;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-6.770;NF=40;NR=36;PP=2953;ReadPosRankSum=0.475;SC=TGGTGGCCACAGAGGCGGTGG;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=76;WE=18380172;WS=18380144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr17	18380163	rs376412531	GGA	G	2716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.726;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.735;NF=4;NR=38;PP=2957;ReadPosRankSum=0.732;SC=CAGAGGCGGTGGAGAGATGGC;SOR=0.849;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=42;WE=18380172;WS=18380144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr17	18380260	rs77759205	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.093;NF=0;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=0.068;SC=GGACACAGTTCTGGGGCTCTG;SOR=3.076;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=10;WE=18380268;WS=18380250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr17	18394431	rs140402450	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQRankSum=-1.273;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr17	18394552	rs201945348	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQRankSum=-6.068;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,85:0.53:161
chr17	18394706	rs368033760	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQRankSum=-5.638;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.024;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr17	18395647	.	G	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.069;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.562;NF=61;NR=17;PP=1273;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TGGAACCAAGGAAAGATATCG;SOR=0.435;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=120;TCR=29;TR=78;WE=18395655;WS=18395637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr17	18397711	rs75054442	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQRankSum=-5.456;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr17	18498059	rs66528329	C	CA	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.40;QD=37.05;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18498497	rs59933375	G	GA	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=7.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=0.521;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.708;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr17	18528623	rs34925025	A	G	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=57;PP=2304;SC=AGAAGCCCGAAGACCACTGGT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=115;WE=18528631;WS=18528613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	18541296	rs2386412	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.82;QD=30.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	18541775	rs9902086	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1543;SC=GACATGGGGCAACCCCGCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=18541783;WS=18541765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	18541852	.	ACCCAC	A,AGATGGTGCCCAC	2460.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=627;SC=ACTGAGAGGCACCCACCCAGG;SOR=3.398;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=24;WE=18541876;WS=18541842;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:49
chr17	18541857	.	C	CGATGGTG	2460.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.92;QD=50.22;SOR=3.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	18541868	rs55807264	A	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=16;PP=1694;SC=CCAGGCCAAAACCATGGGCGC;SOR=2.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=78;WE=18541876;WS=18541842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	18542074	rs9908833	G	A	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=103;PP=2965;SC=GTGGCCCGTGGATGCTGGGTC;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=156;WE=18542082;WS=18542064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	18542432	rs201342024	T	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.80;QD=26.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	18542519	rs74452761	T	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQRankSum=-1.150;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr17	18544520	rs201807927	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.86;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	18565143	rs55636053	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=594;SC=TAGATGCATATAGAATTGGTC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=18565151;WS=18565133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	18565350	rs9912644	G	C	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=109;PP=2965;SC=TTTCTCTCCGGTATGAGTTCT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=229;WE=18565358;WS=18565340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	18565423	rs9912852	G	A	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=113;PP=2965;SC=CATTTGTACGGTTTCTTTCCA;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=100;TCR=113;TR=213;WE=18565431;WS=18565413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	18574794	rs201620470	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.64;QD=30.76;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	18574872	rs146810330	G	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.90;QD=28.14;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	18574998	rs9635701	A	T	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=GGTATACGGGAAGCTAGAACT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=167;WE=18575006;WS=18574988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	18575127	rs9635680	G	A	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.50;QD=41.16;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	18575140	rs9635681	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.51;QD=42.87;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	18575675	rs55797270	T	G	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.509;NF=64;NR=55;PP=2191;ReadPosRankSum=2.467;SC=GGCACGCAACTCACCATCCAC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=119;WE=18575683;WS=18575665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr17	18576256	rs4924901	G	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.87;QD=29.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	18602476	rs1969051	A	G	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.045;NF=137;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GTTTTTGGCAAAATGCTGGCA;SOR=1.119;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=140;TCR=93;TR=229;WE=18602484;WS=18602466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr17	18610134	rs1973459	T	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=25;PP=848;SC=TTGTAAGAGTTGAGCTCTGGC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=18610142;WS=18610124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	18630995	rs8075739	G	A	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=79;PP=2858;SC=CTGGAGTACAGGAGTGCCGAG;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=18631003;WS=18630985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	18638151	rs9916065	A	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=45;PP=2227;SC=ATCAGCTGTCAGTTCCTGAAC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=18638159;WS=18638141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	18643642	rs150131079	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.31;QD=27.38;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18647539	rs116483657	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.66;QD=31.46;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	18647625	rs74502778	T	A	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=67;PP=2965;SC=ACCGATTCCATCCCTCTATGC;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=136;TCR=67;TR=203;WE=18647633;WS=18647615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	18653070	rs9895749	G	A	4768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.358;NF=137;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.536;SC=GTGTATATCCGAAATGAATAG;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=362;TCF=222;TCR=140;TR=228;WE=18653078;WS=18653060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,213:0.74:289
chr17	18653145	rs200535885	C	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=5.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQRankSum=0.375;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,97:0.34:282
chr17	18661908	.	T	G	170	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=42.02;NF=1;NR=10;PP=170;QD=18.615564777;SC=TCTTTTTATATTTAACAGTTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=18661916;WS=18661898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,11:0.39:28
chr17	18670278	rs4611519	A	G	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.42;QD=28.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	18671733	rs10775382	C	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=738;SC=TACCGAGTGACTGGCAGTCAC;SOR=3.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=18671741;WS=18671723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	18678548	rs4630608	C	T	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=82;PP=2855;SC=ACAAGTGGCACGGATGGTGGG;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=161;WE=18678556;WS=18678538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	18684476	rs80076465	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.886;NF=3;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=1.345;SC=TCAAAGCGGAAGTGAGGCCGG;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=6;WE=18684495;WS=18684466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr17	18684487	rs59588820	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.325;NF=10;NR=5;PP=419;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GTGAGGCCGGACTGAGGCTCT;SOR=1.109;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=15;WE=18684495;WS=18684466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	18684642	rs75174617	G	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.93;QD=23.69;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18694277	rs61075345	G	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.86;QD=26.13;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	18700843	rs115776459	C	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=46;PP=2132;SC=TGTGATAGATCTTTAAATAAT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=18700851;WS=18700833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	18702094	rs2270139	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=23;PP=2319;SC=AAATTTCACAACATGATAATT;SOR=2.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=100;WE=18702102;WS=18702084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	18702220	rs8080471	T	C	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=160;PP=2965;SC=TGATATTTGCTTTTAGTGCAC;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=146;TCR=161;TR=306;WE=18702228;WS=18702210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	18708830	rs55974180	G	GT	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-0.699;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.996;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,59:0.86:69
chr17	18769349	rs2386404	T	C	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=87;SC=TATTGTTAAATTTGAAAGCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=18769357;WS=18769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	18770733	rs2305064	G	A	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=59;PP=1931;SC=CTATTGAAACGATTTGATTCA;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=95;WE=18770741;WS=18770723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	18775900	rs4393623	A	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=38;PP=1636;SC=TGCCAGAAACAAGAGTACAAA;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=18775908;WS=18775890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	18776020	rs7503678	A	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=40;PP=1200;SC=GAGTGTTTAAAATAATGATAG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=18776028;WS=18776010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	18793061	rs3803835	C	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=18;PP=1028;SC=TTCAACTAGCCAAGCATTTTT;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=18793069;WS=18793051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	18793225	rs3826380	A	G	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=46;PP=1650;SC=TTCTGGATCTACTTCTAAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=84;WE=18793233;WS=18793215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	18814661	rs55971101	T	TTA	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1617;SC=CGTTTTTTTTTAGTTGGCAAA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=38;WE=18814669;WS=18814642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	18833810	rs1634411	C	T	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=19;PP=1163;SC=CATGAAGCTACTTGGCTTTCT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=18833818;WS=18833800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	18855611	rs2076562	T	C	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=85;PP=2438;ReadPosRankSum=0.203;SC=TTGCTCTGAATGTGGCCGTGG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=154;WE=18855619;WS=18855601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr17	18863105	rs2074276	C	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=20;PP=560;SC=TTGCTATTAGCCCGACTAATA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=18863113;WS=18863095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	18872337	rs8415	T	C	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=36;PP=2364;SC=GGAATAACAGTCCCACACAAG;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=119;WE=18872345;WS=18872327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	18874685	rs3071666	C	CGGT	5062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=34;PP=2924;SC=GGGGTCTTTGCGGTCCCGGGG;SOR=0.951;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=66;WE=18874693;WS=18874675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	18874720	rs916823	C	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=66;PP=2811;SC=GTTTAGAATCCGATGAGGCCC;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=154;WE=18874728;WS=18874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	18880268	rs2472715	C	A	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=102;PP=2965;SC=GCCTGATCATCATGCCGGGCA;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=180;WE=18880276;WS=18880258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	18882991	rs2472714	T	A	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=39;PP=1158;SC=GAGATTCTGTTTTGGGAACCA;SOR=1.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=18882999;WS=18882981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	18916893	rs11652575	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=363;SC=GCCCAATGAGTATGGGGACTG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=18916901;WS=18916883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	18918258	rs28526726	C	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=5;PP=460;SC=CTTGGAGGAGCATGCAAATGG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=18918266;WS=18918248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	18923818	rs1624825	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=351;SC=GGGATCCCGAGGCCCCAAGAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=18923826;WS=18923808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	19188902	.	CTGTG	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=25;QD=34.0;SC=GCGTGTCTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=1;WE=19188913;WS=19188892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,1:0.12:8
chr17	19213335	rs2296981	C	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=714;SC=CAGGTCTGCACTGCATTGACT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=19213343;WS=19213325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	19216917	rs3826405	T	C	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=91;PP=2965;SC=ACACCCAGCGTCCCAGCTGAA;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=19216925;WS=19216907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	19231898	rs7206963	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=0;PP=565;SC=AGTACCCTTTTGATGGCTGTC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=19231906;WS=19231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	19232078	rs6587220	T	C	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=132;NR=125;PP=2965;SC=GGAGCCACCGTACAATCTGTC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=132;TCR=125;TR=257;WE=19232086;WS=19232068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	19233096	rs2296979	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1134;SC=GAGCCTGAAGTTTCTAATTCT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=19233104;WS=19233086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	19237613	rs11656071	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=33;PP=985;SC=TGGAGGATGCCGAGCAGGGAC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=19237621;WS=19237603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	19240972	rs11652712	G	A	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.09;NF=75;NR=38;PP=2175;SC=GGCTTCCCGCGGAAGTTTCTC;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=113;WE=19240980;WS=19240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	19247075	rs4924987	G	A	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TATGGGGGATGGGGGTAAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=94;WE=19247083;WS=19247065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr17	19265797	rs10445411	C	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	19452711	rs2453572	TA	CG	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=277;SC=GGGGTTTTACTATGTTAGCCA;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=19452720;WS=19452706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	19454575	rs2247518	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=677;SC=GGGCCATAACACCCTGGCCCC;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=19454583;WS=19454565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	19454725	rs2247437	G	C	6174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	19454733	rs2247436	G	A	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	19458777	rs2440149	G	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=20;PP=881;SC=GGAGGGTGAGGCTGCTCTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=19458785;WS=19458767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	19460972	rs1054715	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.44;QD=30.23;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	19476588	rs2250486	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=49;PP=1239;SC=AATGTGGTTATGGTTTTCTTC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=19476596;WS=19476578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	19561011	rs3841513	GACTGAATT	G	5340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=32;PP=2978;SC=ATGAATATTTGACTGAATTAC;SOR=1.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=66;WE=19561026;WS=19561001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	19564634	rs1800869	C	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=48;PP=1458;SC=GCAGTTTTTGCTGACACTACT;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=19564642;WS=19564624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	19568486	rs59755039	CT	C	1320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=1019;SC=TGAGGGAGACCTTTTCCTGGT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=19568494;WS=19568476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	19576291	rs71369434	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=284;SC=GAGGTGGAGGTTGCAGTGAGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=19576299;WS=19576282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	19578873	rs7216	A	T	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTCTCCAGGCAGAATATTACT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=177;WE=19578881;WS=19578863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr17	19595540	.	CA	C	83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.9997;HP=14;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=57.84;NF=6;NR=0;PP=83;QD=14.5;SC=GACTCCATGTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=19595549;WS=19595530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,6:0.50:12
chr17	19595585	rs12602112	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=11;PP=434;SC=AATTGACCCACGCTTACCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=19595593;WS=19595575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	19608910	rs34629869	CT	C	89.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GACTCAGGGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=19608918;WS=19608900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	19609947	rs12942065	C	G	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=143;NR=100;PP=2965;SC=CGCCCCCCATCCTCTTCCACG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=143;TCR=100;TR=243;WE=19609955;WS=19609937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	19642268	rs4646791	T	TG	2694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=14;PP=2312;SC=TGCCCAGCCCTGGGGCCCAGA;SOR=2.726;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=60;WE=19642276;WS=19642258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	19643810	rs3826507	G	A	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.478;SC=AGAGGTGGGGGCTTCGGGTAA;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=96;TCR=131;TR=225;WE=19643818;WS=19643800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr17	19644226	rs3786036	C	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=209;SC=TGATCCTCCACTCTCTACCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=19644234;WS=19644216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	19644472	rs2072330	A	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=45;PP=1429;SC=GGATGTAGTCAGGGGCCACGC;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=19644480;WS=19644462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	19645938	rs887241	A	C	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=116;PP=2965;SC=AGGACCACTGAGTTCCCTGCA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=127;TCR=116;TR=243;WE=19645946;WS=19645928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	19699358	rs192511	T	C	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=34;PP=2235;SC=AATCTATGTTTTACTATTACA;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=114;WE=19699366;WS=19699348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	19699605	rs10587010	CAT	C	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.338;NF=0;NR=23;PP=942;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TCTAAAGAGACATATATATAT;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=23;WE=19699618;WS=19699595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr17	19713740	rs150122	C	T	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=1.924;SC=GCAGTCCCCACTGGCATATCA;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=182;WE=19713748;WS=19713730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr17	19729495	rs157397	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	19812541	rs203462	T	C	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=99;PP=2965;SC=TGCTGCATAATGTCACTGACT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=119;TCR=99;TR=218;WE=19812549;WS=19812531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	19850975	rs203475	A	G	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=83;SC=TTTGTGGAAGAGGAGAGTTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=19850983;WS=19850965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	19861458	rs2108978	C	T	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=72;PP=2949;SC=CATTTCAAGACGGAGAGAATG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=19861466;WS=19861448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	19999781	rs12942179	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=581;SC=CTAGTATAAAGCCTATAAACC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=19999789;WS=19999775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	20000131	rs4925085	G	T	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=60;PP=1851;SC=AAAATGCACAGGGCCAGGCAG;SOR=1.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=20000139;WS=20000121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	20059591	rs3833861	A	AC	2710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=1636;ReadPosRankSum=2.344;SC=CCGCAACCCCACCCCCCCTCC;SOR=0.780;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=54;WE=20059599;WS=20059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,94:0.96:98
chr17	20297545	rs3874846	T	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.08;QD=31.70;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	20305306	.	CAATAATAATAAT	C	205.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.18;QD=29.39;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	20354747	rs200108749	C	CCT	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQRankSum=-2.287;QD=28.77;ReadPosRankSum=0.493;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	20354836	rs150485558	A	G	63.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQRankSum=-1.150;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.674;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	20370735	rs4985833	T	C	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.18;QD=15.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	20436158	rs201599386	A	G	226.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQRankSum=-2.196;QD=16.21;ReadPosRankSum=-2.135;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	20459595	rs57570943	A	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=8.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-6.997;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr17	20459624	rs143635700	TTGGCTG	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.073;NF=0;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TATTTGAGGGTTGGCTGTGAT;SOR=0.084;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=8;WE=20459637;WS=20459614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr17	20459649	rs111556302	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-4.012;QD=2.93;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr17	20492893	rs116125666	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=8.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQRankSum=-4.785;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,66:0.29:229
chr17	20492954	rs367956889	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=15.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQRankSum=-2.164;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=1.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,48:0.16:292
chr17	20768867	rs9906896	A	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=10.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=-9.462;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr17	20768912	rs186155723	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.739;NF=0;NR=8;PP=90;ReadPosRankSum=-2.229;SC=GTGACTCTTGCATAGCTCCAG;SOR=0.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=8;WE=20768920;WS=20768902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr17	20768928	rs141057464	AAT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.644;NF=0;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.618;SC=TCCAGAAAAAAATATGTGAGA;SOR=0.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=20768939;WS=20768918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr17	20768931	rs76382049	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-2.644;NF=0;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.909;SC=AGAAAAAAATATGTGAGAGAG;SOR=0.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=4;WE=20768939;WS=20768918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr17	20799119	rs2279263	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=31.58;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	20799194	rs9907420	A	G	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.07;QD=25.69;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	20906257	rs4985957	A	G	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=163;SC=GCGGCGGGAGACTTGGGGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=20906265;WS=20906247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	20906272	rs3214918	G	GT	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=423;SC=GGGGAGGGGGGGGCCAGGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=20906280;WS=20906262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	20908081	rs66644145	CTAGTGGAGCTGCGGGCAGCCAA	C	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=2925;SC=GCGGCCTTTCCTAGTGGAGCT;SOR=2.964;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=20908110;WS=20908071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	20908325	rs9797279	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=52;PP=1815;SC=AACGGCAGGATTCAGCATCAT;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=20908333;WS=20908315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	20911204	rs11541311	G	T	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=85;PP=2738;SC=AACAGGCTACGATGGGCAGTT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=20911212;WS=20911194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	20914635	rs2291035	G	A	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=95;PP=2965;SC=GGAAGCAGAGGGAAAACAATG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=92;TCR=95;TR=187;WE=20914643;WS=20914625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	20916035	rs4985962	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=12;PP=1366;SC=CATTTATCTCATAGCCTCCTT;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=20916043;WS=20916025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	20919334	rs7213684	T	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.06;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	20919337	rs7207753	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.34;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	20921492	rs1038107	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=450;SC=TGGATCCCAGCGGCTTCCTCT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=20921500;WS=20921482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	20924523	rs2291037	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=64;PP=2536;SC=AGATGCCTCCGTACATCAGAT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=140;WE=20924531;WS=20924513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	20924620	rs899342	T	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=44;PP=1148;SC=TTAAACACAGTGAGGTTCTGT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=20924628;WS=20924610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	20946393	rs140762989	T	C	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=38;SC=TCGCGGAGGGTGTCGCGGGGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=20946401;WS=20946383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	21117837	rs4985988	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=381;SC=CCCAGAGCACTGCGCGGAGGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=21117845;WS=21117827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	21156530	rs201190568	G	GC	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=21;PP=914;SC=GGATGGGGCAGCCTGCTCCAG;SOR=1.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=21156538;WS=21156520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	21188092	.	TCGC	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.166;SOR=2.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
chr17	21194658	rs71160134	T	TACAACACAACACAAC	1347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=809;SC=TACAATACAATACAACACAAC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=13;WE=21194666;WS=21194648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	21194769	rs72840055	C	T	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-2.313;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,88:0.47:189
chr17	21194769	.	CGA	TGT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=60.32;NF=47;NR=28;PP=2944;QD=20;SC=ACTGGCCTGTCGACAGTGCAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=75;WE=21194793;WS=21194759;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:98,75:0.43:173
chr17	21194771	rs114473529	A	T	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-2.266;QD=18.07;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,87:0.46:191
chr17	21194785	rs72840057	T	C	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=1.294;SC=TGCAGGTGGCTGGCAATGGCC;SOR=0.744;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=82;WE=21194793;WS=21194759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,86:0.43:199
chr17	21194820	rs66503560	G	A	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CCGGGCCCACGTGGGGACCTT;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=84;WE=21194828;WS=21194810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,87:0.44:198
chr17	21194843	rs75693966	T	C	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=6.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.592;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,74:0.39:190
chr17	21194852	rs72840058	G	A	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.244;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,70:0.38:186
chr17	21194859	rs62056394	G	A	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,67:0.37:181
chr17	21198972	rs2363221	T	C	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr17	21198978	rs2363220	C	T	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr17	21199022	rs35804189	A	T	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.236;NF=65;NR=42;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TATACCACCCAGGCCTGCGAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=143;TCR=95;TR=107;WE=21199030;WS=21199012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,109:0.45:243
chr17	21199037	rs2885719	G	A	4892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.945;NF=89;NR=64;PP=2216;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGCGAGGAGCGTGGTCCCCAC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=166;TCR=120;TR=153;WE=21199045;WS=21199027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,149:0.52:288
chr17	21199083	rs4442881	T	A	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.328;NF=86;NR=67;PP=2181;ReadPosRankSum=0.196;SC=CCTTGACAGGTGGGGAAACTG;SOR=0.888;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=353;TCF=195;TCR=158;TR=153;WE=21199091;WS=21199073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,153:0.43:358
chr17	21199105	rs3035435	AG	A	3586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.100;NF=26;NR=76;PP=1859;ReadPosRankSum=0.064;SC=GGCTTGGTGAAGGGGGGGCCA;SOR=0.785;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=217;TCF=51;TCR=166;TR=102;WE=21199114;WS=21199095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,168:0.53:318
chr17	21199236	rs2363219	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.551;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=0.064;SC=AAGGGTGGGACTCAAGGGGCT;SOR=1.337;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=52;WE=21199244;WS=21199226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr17	21199275	rs2363218	G	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
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chr17	21199403	rs4997718	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.795;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr17	21199499	rs2885718	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.523;SC=ATCTTGCTTCGTCCTGCAGCA;SOR=0.120;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=21199507;WS=21199489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr17	21199515	rs5025581	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	21201579	rs11651154	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=377;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GAAGGCCTAACGGCCTGGCTT;SOR=1.459;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=25;WE=21201587;WS=21201569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr17	21201719	rs8076154	T	C	6466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CTTCTCTCCATTCTAGGAAAA;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=504;TCF=283;TCR=221;TR=284;WE=21201727;WS=21201709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,297:0.57:520
chr17	21201851	rs8072386	A	G	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=104;PP=2381;ReadPosRankSum=1.261;SC=ACAGGGCTCAATGGAAGGAGT;SOR=0.972;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=304;TCF=110;TCR=194;TR=158;WE=21201859;WS=21201841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,163:0.52:312
chr17	21201884	rs2305875	T	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,67:0.38:176
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chr17	21201894	rs8071865	C	T	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.275;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr17	21201907	rs2305874	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-6.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=2070;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CCTGTCCTGGGCAGCCCCTGC;SOR=0.283;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=39;WE=21201915;WS=21201874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr17	21202056	rs34676150	G	A	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.30;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr17	21202063	rs77850849	G	C	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr17	21202067	rs76764437	A	G	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr17	21202078	rs35477472	G	A	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=9.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,98:0.54:183
chr17	21202102	rs35701021	C	T	5315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=40;PP=2421;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTCGTCCCCACGCCAGGCCCC;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=209;TCR=75;TR=146;WE=21202110;WS=21202092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,156:0.53:293
chr17	21202123	rs68151103	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,46:0.12:378
chr17	21202191	rs33911218	C	A	8758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=0.987;SC=TCTCCACAGACCCCCCCGGAA;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=845;TCF=450;TCR=395;TR=435;WE=21202199;WS=21202179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,437:0.53:831
chr17	21202237	rs36047035	G	C	9810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=233;PP=2962;ReadPosRankSum=0.140;SC=ATTGGAGACAGAGTAGGTGCC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=854;TCF=402;TCR=452;TR=438;WE=21202245;WS=21202227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,461:0.53:873
chr17	21202272	rs34880480	C	G	10359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=0.004;SC=CAGGGCCTCTCACTTCACCTG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=631;TCF=259;TCR=372;TR=304;WE=21202293;WS=21202262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,326:0.50:652
chr17	21202285	rs188979506	G	A	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.162;SC=TTCACCTGACGAGCGGGTAGA;SOR=0.861;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=540;TCF=205;TCR=335;TR=187;WE=21202293;WS=21202262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,201:0.36:562
chr17	21202310	rs77343934	GC	AT	6428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=19.908;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=1.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,161:0.45:356
chr17	21202316	rs78463537	T	C	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=19.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,141:0.45:314
chr17	21202318	rs77591777	G	T	5362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=15.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,132:0.44:303
chr17	21202370	rs34794731	G	A	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=1;HapScore=3;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=45;PP=2467;ReadPosRankSum=1.257;SC=GAAGAGCCTCGTCCTGCGCTG;SOR=1.125;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=117;TCF=13;TCR=104;TR=49;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr17	21202382	rs35763451	TG	T	1473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=2472;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CCTGCGCTGCTGGCTGTGTGG;SOR=0.499;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=84;TCF=2;TCR=82;TR=36;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr17	21203689	rs71207220	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.172;SC=GGCTCAGAGAGGTTAAGTGAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=21203697;WS=21203682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	21203711	rs73311537	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=0.156;SC=TGCTGAGGGTCACACAGCAGG;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=14;WE=21203719;WS=21203701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr17	21203767	.	TC	T	1097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.13;MQRankSum=1.207;NF=28;NR=4;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CAGCTGGTCCTCTTCATGCTG;SOR=1.058;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=32;WE=21203775;WS=21203757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr17	21203820	rs78304829	G	C	4938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.836;QD=23.30;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,126:0.59:212
chr17	21203825	rs75854955	C	G	5041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.832;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,133:0.60:223
chr17	21203893	rs34105301	T	C	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=86;PP=2635;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GGTGACCATCTCAGAACTGGG;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=135;TCR=142;TR=163;WE=21203915;WS=21203883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,180:0.60:302
chr17	21203934	rs62057672	G	A	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=1669;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAGAGAAGGTGCGGCACGCCC;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=113;WE=21203942;WS=21203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,120:0.54:224
chr17	21203949	rs62057673	C	T	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.845;SC=ACGCCCAGAGCGGCACCATCA;SOR=0.924;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=171;TCF=65;TCR=106;TR=87;WE=21203957;WS=21203939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,92:0.51:180
chr17	21203998	rs62057674	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=685;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GCAGCTGGGAGGGCTCCCTGG;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=36;WE=21204006;WS=21203988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr17	21204153	rs66883103	C	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=18;PP=1716;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCCTCTGCCACGGCAACCTCT;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=139;TCR=36;TR=92;WE=21204161;WS=21204143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,93:0.53:176
chr17	21204187	rs56067280	G	T	6636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=9.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=1.533;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,165:0.50:330
chr17	21204192	rs56216806	C	T	7083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=11.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.68;ReadPosRankSum=2.195;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,175:0.49:360
chr17	21204210	rs55796947	C	T	7807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.671;SC=CGTGAACTCACAGGAGCAGAA;SOR=0.980;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=478;TCF=281;TCR=197;TR=226;WE=21204218;WS=21204200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,230:0.48:482
chr17	21204257	rs56166328	G	A	12482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,332:0.46:722
chr17	21204266	rs2230435	T	C	12814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.93;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,344:0.45:757
chr17	21204308	rs55777930	G	T	15255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,392:0.47:828
chr17	21204314	.	TTG	T	5601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.403;ClippingRankSum=0.000;DP=835;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:530,286:0.35:816
chr17	21204318	.	A	ACG	12821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DP=809;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,394:0.49:800
chr17	21204428	rs36191822	G	T	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,109:0.48:227
chr17	21204437	rs76549047	T	C	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.18;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,100:0.56:179
chr17	21204441	rs78162711	T	C	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,91:0.56:162
chr17	21205352	rs66761201	CGGA	C	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr17	21205360	rs74998514	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.629;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr17	21205361	rs67557217	GGCT	G	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=2.055;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr17	21205396	rs75974715	C	A	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=9.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=1.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,69:0.68:101
chr17	21205406	rs72831582	A	G	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,79:0.68:116
chr17	21205460	rs62057721	C	T	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=67;PP=2942;ReadPosRankSum=0.313;SC=CACAGGGAGACGTGTGGATCT;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=205;TCR=114;TR=184;WE=21205468;WS=21205450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,188:0.58:322
chr17	21205592	rs66644302	GGC	G	5049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=4.230;NF=5;NR=95;PP=2947;ReadPosRankSum=0.655;SC=TGGGTGGGCTGGCGGGGGGTC;SOR=0.470;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=10;TCR=180;TR=100;WE=21205612;WS=21205581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,134:0.53:251
chr17	21205604	rs62057722	T	C	4749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.847;NF=43;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=2.073;SC=CGGGGGGTCCTAGGTGCATAG;SOR=0.436;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=72;TCR=157;TR=134;WE=21205612;WS=21205581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,116:0.54:213
chr17	21205642	rs62057723	T	G	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.278;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.540;NF=22;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=0.758;SC=CCAGCAGGCATGGAGCCTGCC;SOR=0.175;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=126;TCF=27;TCR=99;TR=83;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr17	21205654	rs72831585	AT	GA	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.980;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.262;NF=13;NR=44;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GAGCCTGCCTATTGATGGTGT;SOR=0.130;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=90;TCF=17;TCR=73;TR=57;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr17	21206269	rs73982750	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=430;ReadPosRankSum=2.164;SC=AGGTGAGCCCGGGAGGATGAG;SOR=1.956;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=23;WE=21206277;WS=21206259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr17	21206294	rs73311581	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=598;ReadPosRankSum=2.225;SC=GGCAGGAGGCCGAGTGTGTCT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=31;WE=21206302;WS=21206284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr17	21206360	rs67280439	A	G	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.73;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,107:0.52:207
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chr17	21206385	rs72838547	C	T	5064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,145:0.49:293
chr17	21206440	rs3744222	C	T	4785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.975;SC=TCGTTTTTGACGTGACCAGGA;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=234;TCR=194;TR=225;WE=21206452;WS=21206430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,228:0.52:437
chr17	21206444	rs62057728	A	G	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TTTTGACGTGACCAGGAATAA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=446;TCF=237;TCR=209;TR=202;WE=21206452;WS=21206430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,209:0.46:454
chr17	21206556	rs736103	C	T	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=79;PP=1973;ReadPosRankSum=0.504;SC=GGTCAGTGCCCGGCAGCCACC;SOR=0.632;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=84;TCR=147;TR=126;WE=21206564;WS=21206546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,129:0.55:235
chr17	21206616	rs57761454	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=742;ReadPosRankSum=2.068;SC=GCGGGTGGACGTCTCCCTATG;SOR=1.140;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=40;WE=21206624;WS=21206606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr17	21206632	rs35678520	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr17	21206635	rs77285979	T	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.400;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr17	21206642	rs59259996	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=0.451;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr17	21206654	rs56821097	G	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr17	21207602	rs55677712	C	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=431;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GACCCTGGTGCAACCTGCCCA;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=20;WE=21207610;WS=21207592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr17	21207649	rs56342308	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=685;ReadPosRankSum=0.045;SC=GGGTCTTGGGCGAGGGAGGGG;SOR=1.453;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=39;WE=21207657;WS=21207639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr17	21207844	rs2230436	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=1780;ReadPosRankSum=-1.464;SC=CGATGGATGCCGGCTGCAAGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=408;TCF=189;TCR=219;TR=146;WE=21207852;WS=21207824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,154:0.36:425
chr17	21207909	rs41301807	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr17	21207916	rs7209761	A	G	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=104;PP=1368;SC=GGCGGGGAGAAATCTGCCCAG;SOR=2.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=26;TCR=104;TR=130;WE=21207924;WS=21207899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	21207938	rs75147012	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=8.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr17	21207945	rs9896440	A	G	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=40;PP=945;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCCCGGCCATACCCTCTGTCC;SOR=0.455;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=48;WE=21207953;WS=21207928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr17	21208292	rs7214432	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=835;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGTTTGGGGATTGGGAGGCAA;SOR=0.450;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=154;TCF=112;TCR=42;TR=57;WE=21208300;WS=21208282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,57:0.36:159
chr17	21208317	rs4456559	G	A	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.331;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=57;PP=2344;ReadPosRankSum=0.689;SC=TAGCCATGGGGGCTTACCTGG;SOR=0.472;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=254;TCF=162;TCR=92;TR=147;WE=21208325;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,149:0.57:263
chr17	21208347	rs4559960	C	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,80:0.22:366
chr17	21208349	rs7209860	C	G	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=1806;ReadPosRankSum=0.373;SC=ACGCCTCACTCTTCCCTCCTG;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=363;TCF=210;TCR=153;TR=135;WE=21208357;WS=21208337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,135:0.36:375
chr17	21208413	rs1657695	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=4.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,95:0.25:385
chr17	21208449	rs1657694	G	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,79:0.28:284
chr17	21208456	rs1657693	A	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=3.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,79:0.30:266
chr17	21208640	rs7209152	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr17	21215434	rs113634008	A	AC	1436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.396;NF=28;NR=11;PP=2830;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGGGCCTCTGACCCCCTGTCC;SOR=0.765;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=39;WE=21215454;WS=21215424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr17	21215446	rs62055363	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.938;NF=52;NR=12;PP=2826;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCCCTGTCCCCGCTGCAGATT;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=99;TCR=25;TR=64;WE=21215454;WS=21215424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr17	21215483	rs55935757	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=0.966;NF=84;NR=39;PP=1933;ReadPosRankSum=1.025;SC=GGTTCCCTTACGAGTCCTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=168;TCR=79;TR=123;WE=21215491;WS=21215459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr17	21215537	rs55736474	C	A	5132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.422;SC=AGGAGCCGTCCCCCCAGCTCC;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=455;TCF=248;TCR=207;TR=240;WE=21215545;WS=21215527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,248:0.54:461
chr17	21215552	rs56369732	C	T	10158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.82;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,260:0.53:488
chr17	21215557	rs35206134	G	A	10246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,267:0.52:511
chr17	21215637	rs66486636	G	A	5120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=-1.823;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,143:0.49:294
chr17	21215643	rs73302034	A	G	4908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,130:0.48:272
chr17	21215682	rs73302038	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1069;ReadPosRankSum=0.360;SC=TTATTCCTTTGGCAAATAAAC;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=28;TCR=105;TR=59;WE=21215690;WS=21215672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr17	21215700	rs73302043	T	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=746;ReadPosRankSum=0.151;SC=AACCCCCAGATGACTTGGCAT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=13;TCR=72;TR=39;WE=21215708;WS=21215690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr17	21216661	rs4994551	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=12.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.001;QD=21.74;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr17	21216664	rs4081986	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=15.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.971;QD=20.97;ReadPosRankSum=-1.851;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr17	21216686	rs4994549	C	A	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.128;NF=34;NR=7;PP=676;ReadPosRankSum=1.261;SC=CCCTTCTTCCCTGGGTGCACG;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=80;TCR=13;TR=41;WE=21216694;WS=21216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr17	21216710	rs4994548	T	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.190;NF=45;NR=15;PP=864;ReadPosRankSum=1.306;SC=CCCCTGCTGCTAGGCCTGGGG;SOR=0.585;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=111;TCR=38;TR=60;WE=21216718;WS=21216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chr17	21216758	rs5819747	G	GCTTC	4896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.190;NF=24;NR=36;PP=2832;ReadPosRankSum=-2.227;SC=TGGGGGCTGGGCTTCCTCCCT;SOR=0.829;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=195;TCF=69;TCR=126;TR=60;WE=21216766;WS=21216748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,125:0.42:300
chr17	21216788	rs1673840	C	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=64;PP=1915;ReadPosRankSum=0.042;SC=GCCACAGCTGCACTATTCTCT;SOR=0.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=386;TCF=211;TCR=175;TR=148;WE=21216796;WS=21216778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,186:0.43:433
chr17	21216846	rs1657688	G	C	3907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=88;PP=2407;ReadPosRankSum=-1.812;SC=ACCTGGAGCTGATGGTGAGTA;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=402;TCF=189;TCR=213;TR=170;WE=21216856;WS=21216836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,190:0.44:435
chr17	21216951	rs1673839	C	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=834;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TGGGTAGCTCCTCTGGCTGGC;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=45;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr17	21216964	rs1657686	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=53;PP=1354;ReadPosRankSum=2.100;SC=TGGCTGGCCCTGTGTTCTCTC;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=62;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr17	21217239	rs4114291	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.569;SOR=2.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	21217258	rs4114290	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=420;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTGGCTGGAGAGTGACCACAA;SOR=1.542;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=23;WE=21217266;WS=21217248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr17	21217290	rs1673837	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,55:0.56:98
chr17	21217397	rs1657685	A	G	6430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-2.738;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,173:0.48:358
chr17	21217400	rs1622401	G	A	6499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-2.422;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,171:0.48:359
chr17	21217411	rs1657684	T	C	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TGGCCACCTCTCCCTCCCGCT;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=393;TCF=225;TCR=168;TR=177;WE=21217419;WS=21217387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,184:0.45:406
chr17	21217513	rs2363198	G	A	4248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=112;PP=2914;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TGCTGCCTTCGTGAAGGAGAT;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=490;TCF=231;TCR=259;TR=208;WE=21217521;WS=21217503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,210:0.43:492
chr17	21217547	rs2363197	T	C	5335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,152:0.45:337
chr17	21217554	rs2363196	C	T	5084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,133:0.44:303
chr17	21217566	rs2363375	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.961;SC=GACCCCACTCCGGCCCTCCAG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=86;TCR=177;TR=116;WE=21217574;WS=21217537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,122:0.45:271
chr17	21217586	rs2363374	G	T	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,91:0.46:198
chr17	21217596	rs2363373	C	G	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr17	21318521	rs76804083	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=99;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=333;ReadPosRankSum=0.277;SC=CCTCCAGTCACGTCTGGGGGC;SOR=0.643;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=21;WE=21318529;WS=21318511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr17	21318546	rs112960185	A	G	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr17	21318552	rs112854769	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr17	21318555	rs58462457	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=419;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TAGAGGAGCCCGGAGCCACCA;SOR=0.474;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=81;TCR=17;TR=34;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr17	21318569	rs74584621	C	T	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=2650;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GCCACCAGCCCAGCCAGACAT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=105;TCR=19;TR=53;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr17	21318586	rs59891808	G	C	6286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.28;ReadPosRankSum=1.891;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,144:0.72:201
chr17	21318586	.	GTCTCTGTTG	CTCTCTGTTC,CTGTCTGTTG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=42,65;NR=17,15;PP=642,2944;QD=11.7875910994;SC=ACATGCTGTCGTCTCTGTTGC;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=197;TCF=152;TCR=45;TR=59,80;WE=21318611;WS=21318576;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:197
chr17	21318588	rs77791524	C	G	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=6.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,91:0.42:218
chr17	21318595	rs58780973	G	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=8.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=2.998;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,70:0.28:251
chr17	21318603	rs79809401	C	T	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TTGCAGGAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=212;TCR=76;TR=128;WE=21318611;WS=21318576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,125:0.44:283
chr17	21318629	rs58862472	C	A	5557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.124;HP=6;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=84;PP=2289;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AGCCTGGGGGCGAGCCAGGGT;SOR=0.480;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=465;TCF=300;TCR=165;TR=221;WE=21318637;WS=21318613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,251:0.66:380
chr17	21318663	rs72846666	G	A	6357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=3.370;SC=GGATGACCGCGGCCAGCCGGG;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=728;TCF=435;TCR=293;TR=319;WE=21318671;WS=21318653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,317:0.44:724
chr17	21318698	rs1657738	C	T	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=2.986;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:683,223:0.25:906
chr17	21318770	rs3752033	G	A	8768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:709,262:0.27:971
chr17	21318773	rs3752034	G	A	8689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=982;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:717,262:0.27:979
chr17	21318782	rs78117732	G	A	7337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.690;SC=CGCAGGTGCCGCAACCGCTTC;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=953;TCF=499;TCR=454;TR=366;WE=21318790;WS=21318760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,371:0.39:963
chr17	21318867	rs73979893	G	A	5940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TGGCTGACATGTTCACCACCT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=847;TCF=409;TCR=438;TR=305;WE=21318875;WS=21318857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,303:0.36:848
chr17	21318897	rs1657739	G	C	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:549,220:0.29:769
chr17	21318912	rs35011501	C	A	9452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,267:0.37:722
chr17	21318918	rs79626424	G	A	9214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,258:0.37:706
chr17	21318948	rs112314728	C	T	8057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=2.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,225:0.34:661
chr17	21318951	rs75757803	C	T	8147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,223:0.35:641
chr17	21318952	rs8076599	A	G	13004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FS=4.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,394:0.62:638
chr17	21318969	rs79666990	C	T	6096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.111;SC=TCTGGGTCATCGCGGTGGCAC;SOR=1.102;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=590;TCF=265;TCR=325;TR=192;WE=21318989;WS=21318959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,193:0.32:606
chr17	21318981	rs9909970	C	T	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CGGTGGCACACGGTGACCTGG;SOR=1.153;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=556;TCF=247;TCR=309;TR=175;WE=21318989;WS=21318959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,176:0.31:570
chr17	21319007	rs1657740	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,143:0.27:530
chr17	21319008	rs1657741	G	C	8973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,295:0.55:532
chr17	21319069	rs76265595	G	A	4865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,146:0.27:544
chr17	21319079	rs76518282	C	A	5112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,149:0.26:566
chr17	21319087	rs75029097	G	A	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,157:0.27:582
chr17	21319110	rs77283567	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=2.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,172:0.27:640
chr17	21319121	rs1714864	C	T	4369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,235:0.35:670
chr17	21319171	rs73313922	G	A	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CTGCATCATCGACTCCTTCAT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=762;TCF=394;TCR=368;TR=234;WE=21319179;WS=21319161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,235:0.31:758
chr17	21319208	rs73979896	C	T	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=119;PP=2933;ReadPosRankSum=2.632;SC=GCCAAGATGGCAAGGCCCAAG;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=777;TCF=398;TCR=379;TR=243;WE=21319216;WS=21319198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:535,246:0.31:781
chr17	21319230	rs1657742	G	C	4126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AGCGGGCACAGACGCTGCTGT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=776;TCF=384;TCR=392;TR=237;WE=21319238;WS=21319220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:546,237:0.30:783
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chr17	21319272	rs73313926	C	T	8770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CCCTGCGTGACGGCAAGCTCT;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=748;TCF=370;TCR=378;TR=238;WE=21319293;WS=21319262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:516,244:0.32:760
chr17	21319285	rs72846667	C	T	8420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CAAGCTCTGCCTCATGTGGCG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=744;TCF=375;TCR=369;TR=247;WE=21319293;WS=21319262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:508,250:0.33:758
chr17	21319302	rs1657743	T	C	16078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.055;QD=21.02;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,491:0.64:765
chr17	21319311	rs72846668	C	T	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.037;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,251:0.33:772
chr17	21319369	rs77048459	G	A	10320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=GCGGGTCACCGAGGAGGGCGA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=886;TCF=453;TCR=433;TR=298;WE=21319377;WS=21319359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:574,300:0.34:874
chr17	21319392	rs73979899	G	A	11315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.097;SC=ACATCCCGCTGGACCAGATCG;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=913;TCF=448;TCR=465;TR=309;WE=21319415;WS=21319382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:600,311:0.34:911
chr17	21319399	rs4985866	A	G	4895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:615,283:0.32:898
chr17	21319407	rs16962951	C	T	10246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.030;NF=134;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.808;SC=AGATCGACATCGATGTGGGCT;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=903;TCF=431;TCR=472;TR=292;WE=21319415;WS=21319382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:604,293:0.33:897
chr17	21319436	rs77270326	G	A	7672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-6.730;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:526,226:0.30:752
chr17	21319439	rs76684759	T	G	7611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-6.843;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:517,215:0.29:732
chr17	21319452	rs73313929	G	A	6582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=5.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-7.657;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.282;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,187:0.28:670
chr17	21319465	.	T	C	5512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;ClippingRankSum=0.000;DP=607;ExcessHet=3.0103;FS=5.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-8.818;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:444,161:0.27:605
chr17	21319470	.	T	C	5287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=7.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-8.032;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,152:0.27:570
chr17	21319473	rs1657744	G	A	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=2.709;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,195:0.35:550
chr17	21319488	rs77176173	C	T	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=7.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-6.778;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,109:0.23:467
chr17	21319519	rs78113532	G	C	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-7.619;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.671;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,76:0.23:325
chr17	21319523	rs77987694	C	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=-8.863;QD=8.22;ReadPosRankSum=-2.562;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,79:0.24:331
chr17	21319527	rs80022364	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=7.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQRankSum=-9.529;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,77:0.24:322
chr17	21319543	rs80335301	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=5.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-6.390;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,83:0.26:321
chr17	21319560	rs74801394	G	T	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=7.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=-3.342;QD=8.87;ReadPosRankSum=2.059;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,93:0.28:331
chr17	21319650	.	CGAG	C	5834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-8.654;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,170:0.32:530
chr17	21319682	rs80203231	C	T	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.617;NF=85;NR=90;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.710;SC=ATTGACTACTCGCACTTCCAC;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=524;TCF=252;TCR=272;TR=175;WE=21319690;WS=21319672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,169:0.32:525
chr17	21319716	rs78135255	G	A	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-16.063;NF=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.161;SC=TGCCCTCTACGCCCCGCTGCA;SOR=0.625;Source=Platypus;TCF=217;WE=21319736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,142:0.30:469
chr17	21319728	rs76681424	T	C	4601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.859;NF=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CCCGCTGCAGTGCGAAGGATC;SOR=0.685;Source=Platypus;TCF=179;WE=21319736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,130:0.32:400
chr17	21319743	rs76267885	A	G	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.532;NF=49;NR=71;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGGATCTGGTAGAGAACAAGT;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=143;TCR=204;TR=120;WE=21319751;WS=21319733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,113:0.33:345
chr17	21319767	rs1612176	C	G	4138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-7.707;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,109:0.46:239
chr17	21319785	rs1657745	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=4.625;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,68:0.28:241
chr17	21319786	rs78547883	G	A	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=4.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-9.194;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,94:0.39:240
chr17	21319845	rs72846670	C	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.125;NF=23;NR=37;PP=870;ReadPosRankSum=0.272;SC=GAGACCAGGACGGCCGAAGCC;SOR=0.426;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=60;WE=21319853;WS=21319835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr17	21319860	rs2917720	C	A	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-0.869;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr17	21319868	rs73979902	G	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-1.197;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr17	21319908	rs66981137	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=492;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TCCAGGCTGGCGGCGGGGTCC;SOR=0.763;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=38;WE=21319916;WS=21319898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr17	21319943	rs5021699	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr17	21319955	rs76506689	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=1;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=203;ReadPosRankSum=0.936;SC=TCAGAGATCTGAGCCAACCTT;SOR=1.150;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=22;WE=21319963;WS=21319933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr17	21319977	rs34762677	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr17	21319989	rs5021700	C	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	21319993	rs5021701	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr17	21320008	rs78435971	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr17	21320012	rs77515828	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	21536106	rs9325915	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=26.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-17.207;QD=0.86;ReadPosRankSum=2.130;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,51:0.13:389
chr17	21536168	rs9325916	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.909;NF=27;NR=41;PP=885;ReadPosRankSum=2.031;SC=GTTTTTCTTTGCTTTTCCTAT;SOR=0.219;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=68;WE=21536176;WS=21536158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,51:0.27:186
chr17	21544462	rs9285742	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-1.296;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr17	21544470	rs9285743	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-1.200;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr17	21544587	rs9285744	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.585;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=849;ReadPosRankSum=0.591;SC=TTAAACTGAAAAAGAAACAAG;SOR=1.089;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=62;WE=21544607;WS=21544577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr17	21544599	rs9912297	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=4.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-2.190;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,22:0.13:171
chr17	21544646	rs9285745	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.374;NF=29;NR=32;PP=817;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTTCTCCCTATAGAAGATATT;SOR=0.434;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=61;WE=21544654;WS=21544636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr17	21544674	rs9747056	T	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.351;NF=12;NR=28;PP=607;ReadPosRankSum=0.381;SC=TTTCCATATTTTGAAACTGTA;SOR=0.808;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=40;WE=21544682;WS=21544664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr17	21825565	rs12453514	G	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CCTGCCCGGAGGGTGTTCGGG;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=23;WE=21825573;WS=21825555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr17	21826038	rs9989454	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr17	21826256	rs9989450	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,32:0.21:156
chr17	22066776	rs75644031	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-12.083;QD=2.56;ReadPosRankSum=-4.043;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,19:0.13:148
chr17	22066780	rs78507742	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=6.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-11.619;QD=2.33;ReadPosRankSum=-3.420;SOR=1.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,20:0.13:156
chr17	22066807	rs78727354	G	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-12.493;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,28:0.14:197
chr17	22066822	rs137955476	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-12.230;QD=3.49;ReadPosRankSum=4.285;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,28:0.15:189
chr17	22066835	rs147079852	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-11.536;QD=3.84;ReadPosRankSum=3.706;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,27:0.16:170
chr17	22066856	rs138169151	CAG	C	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=5.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-10.914;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,27:0.20:135
chr17	22066870	rs79914182	G	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=-9.912;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,24:0.20:123
chr17	25628820	rs6561	T	C	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=44;PP=2288;ReadPosRankSum=-1.455;SC=TTAGTGAGATTACGTACTATA;SOR=0.400;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=126;WE=25628828;WS=25628810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,131:0.82:160
chr17	25630388	rs2270761	T	C	5619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.237;SC=CTTCCCCCACTCCAGTCTCTT;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=282;TCF=174;TCR=108;TR=235;WE=25630396;WS=25630378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,242:0.82:294
chr17	25636954	rs11080131	T	G	279.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=1.952;SC=ATGTATCATCTCTACTGAGTC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=25636962;WS=25636944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	25639104	rs11305587	CT	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=0.699;SC=TTGGTTAGTTCTTCCTGGTTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=25639112;WS=25639094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	25753033	rs13341669	T	C	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=93;PP=2547;SC=CTGGCTTCTCTGGGTGCTGAA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=164;WE=25753041;WS=25753023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	25783681	rs1829803	A	G	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.19;QD=21.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	25877647	rs56134506	T	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1167;ReadPosRankSum=0.018;SC=TGAGCGTGGCTCCCGGTGAGA;SOR=0.466;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=75;WE=25877655;WS=25877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,80:0.84:95
chr17	25887358	rs35246887	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.724;SC=CAAGCGCTGCCTGAGCAGTTC;SOR=0.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=10;WE=25887366;WS=25887348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr17	25887530	rs2945397	G	C	6220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.352;SC=TTCTCTTTCCGCTCTCCTCTA;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=324;TCF=153;TCR=171;TR=259;WE=25887549;WS=25887520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,276:0.80:346
chr17	25887541	rs2948526	C	T	5736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CTCTCCTCTACCCTTGCGTTC;SOR=0.547;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=296;TCF=132;TCR=164;TR=239;WE=25887549;WS=25887520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,256:0.81:316
chr17	25887571	rs61054489	T	C	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=103;PP=2792;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AGATGAGGCCTTCTCCCAGAG;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=77;TCR=134;TR=165;WE=25887579;WS=25887561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,176:0.79:224
chr17	25909850	rs2293181	G	T	6303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TGTCAGCTCTGCCCGCCTCAG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=197;TCR=150;TR=270;WE=25909858;WS=25909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,277:0.79:351
chr17	25912828	rs2945373	A	G	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=86;PP=2594;SC=GCTGGTGACCACCTCAGGAAA;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=21;TCR=86;TR=107;WE=25912836;WS=25912818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	25917810	rs1403321	A	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=46;PP=2109;ReadPosRankSum=0.210;SC=GCTGGTGCAAACATGTGCCTG;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=106;TCR=65;TR=125;WE=25917818;WS=25917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,127:0.73:174
chr17	25924596	rs16966333	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.643;SC=ACTTGTCCGGCGCCCCAAGCA;SOR=0.192;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=17;WE=25924604;WS=25924586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr17	25928455	rs118139250	T	A	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=102;PP=2729;ReadPosRankSum=-2.090;SC=TTCCATTAACTGCCCTTTGCT;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=214;TCF=79;TCR=135;TR=166;WE=25928463;WS=25928445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,174:0.77:226
chr17	25944235	rs4267373	A	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=1068;SC=TGAGAACATCAAAGGGACCCT;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=25944243;WS=25944225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	26088337	rs59685746	GC	G	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=45.83;NF=1;NR=2;PP=74;SC=CCACACCACGGCCCTCCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=26088345;WS=26088327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	26089867	rs1060826	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=608;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GGTGGATCTCTGTGGGCGTGT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=32;WE=26089875;WS=26089857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr17	26092555	rs2297512	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=1.725;SC=CTAGCCCGGGGCTCACCACTC;SOR=0.901;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=24;WE=26092563;WS=26092545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr17	26092631	rs1060822	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=617;ReadPosRankSum=0.549;SC=GCTCCAGGATACCTTGGACCA;SOR=0.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=34;WE=26092639;WS=26092621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr17	26099171	rs2274894	T	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=369;ReadPosRankSum=0.500;SC=GTGTAAGTTTTGGAATCCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=18;WE=26099179;WS=26099161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr17	26100321	rs2248814	A	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=999;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GGCTTGGCTCAGCTCGCGGAT;SOR=2.043;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=56;WE=26100329;WS=26100311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr17	26101237	rs3729966	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=397;ReadPosRankSum=0.177;SC=CACACATACAGCCACATCTGA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=18;WE=26101245;WS=26101227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr17	26108040	rs2297520	T	C	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.949;SC=CAATGGCCGGTGGCTGAGGCT;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=212;WE=26108048;WS=26108030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,221:0.78:284
chr17	26109030	rs3729508	T	C	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=66;PP=2652;ReadPosRankSum=0.408;SC=CCCTGGGAAATGTGCACCGAC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=145;TCR=81;TR=184;WE=26109038;WS=26109020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,195:0.83:234
chr17	26116848	rs8072199	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr17	26125918	rs3730013	G	A	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=82;PP=2232;ReadPosRankSum=-1.711;SC=GCTGAAGAAGGGAAGCAGAGG;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=50;TCR=107;TR=121;WE=26125926;WS=26125908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,120:0.76:157
chr17	26206414	rs3751972	C	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=624;SC=AGGCCAATGGCTCTTCCAAAC;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=26206422;WS=26206404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	26574430	rs140528012	T	TTCCACC	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.229;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr17	26575380	rs2292633	G	A	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=86;PP=2313;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGCATGGAAAGGGGAGGGCAG;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=54;TCR=115;TR=127;WE=26575388;WS=26575370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,133:0.76:176
chr17	26646434	rs5819836	G	GC	3588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=51;PP=2177;SC=AGGCTCTCCCGGCGCTGCGTC;SOR=1.559;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=52;WE=26646442;WS=26646424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	26669245	rs5819838	A	AG	2728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=8;PP=2479;SC=CCTCACTCCCAGCCGCTTGGC;SOR=2.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=52;WE=26669253;WS=26669235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	26676135	rs13469	C	T	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=79;PP=2226;ReadPosRankSum=1.499;SC=AAGCCTGCAGCGAGACGTGGC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=130;WE=26676143;WS=26676125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,138:0.82:168
chr17	26678960	rs2073867	G	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr17	26684283	rs11314852	GT	G	3245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=29;PP=2016;SC=TCCAGGCCCAGTTCCTCGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=26684291;WS=26684273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	26684390	rs11448856	G	GC	5123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=44;PP=2516;SC=GCACAGAGCGGCTTTGCCACC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=55;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	26684394	rs17856014	T	G	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=47;PP=1638;SC=AGAGCGGCTTTGCCACCGGGC;SOR=0.978;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=83;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	26684449	rs4795429	G	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=41;PP=1275;SC=ACGGCCAGGGGCCGCCGGGCT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=26684457;WS=26684439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	26684529	rs113967755	G	GGC	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=329;SC=GCGGCCGGGCGGTTCCGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=26684537;WS=26684519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	26687484	rs11379368	G	GC	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=1212;SC=AGAGGGCTGAGCCAGACTGTC;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=30;WE=26687492;WS=26687474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	26687898	rs11382918	G	GC	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=747;SC=AGGGCAGGGTGCCCTGGTGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=26687906;WS=26687888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	26691321	rs9910163	A	G	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1636;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GACAATGGCCAAGGCATAGAT;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=103;WE=26691329;WS=26691311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,112:0.79:141
chr17	26692224	rs11387886	A	AG	12538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=109;PP=2936;SC=GGGCCATGCCAGGCTGTGCCC;SOR=0.910;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=186;WE=26692232;WS=26692214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr17	26694861	rs704	G	A	6212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.210;SC=GGACAGCCACGTGGCGCGGGA;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=165;TCR=144;TR=250;WE=26694869;WS=26694851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,259:0.81:319
chr17	26695704	rs2227725	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=819;SC=CCTGAGGAGCAGGGTGGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=26695712;WS=26695694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	26695832	rs2071379	A	G	4784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.835;SC=CCCCAGTGAAATGTGAAAGGA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=152;TCR=87;TR=191;WE=26695840;WS=26695822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,202:0.80:253
chr17	26699121	rs7212814	G	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=959;SC=GGCCCACGGCGGGGCGCCGAG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=26699129;WS=26699111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	1770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=14;PP=983;SC=TGCGGGTGGCCCGGGCCCGCG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	26699199	rs112387743	G	GC	1891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	26699205	rs11340312	GA	G	1980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=16;PP=1018;SC=CCGGGCCCGCGAAAGTGTCGC;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=26;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	4423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=47;PP=2971;SC=CCTGGCTGCTGCGGCCGTGGG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=26699375;WS=26699357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	26708298	.	A	AGC	18942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	26708302	.	GGT	G	18956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr17	26708550	rs11658194	TC	CG	13319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=130;PP=2947;SC=CGAGCTGCTTTCGCTGCACGC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=142;TCR=140;TR=266;WE=26708559;WS=26708540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr17	26716821	rs4795433	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.593;NF=36;NR=15;PP=762;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GCAGGGGAATCGCTTGGGCCC;SOR=1.207;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=51;WE=26716829;WS=26716811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr17	26716917	rs4795434	G	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1014;ReadPosRankSum=0.644;SC=ATACAAGTTGGTGTAAATGCT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=67;WE=26716925;WS=26716907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,74:0.81:91
chr17	26727721	rs5819844	GA	G	2864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=33;PP=2015;SC=GTGAGTTGAAGAATGCCGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=26727729;WS=26727711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	26729428	rs4795436	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=60;PP=1764;SC=CCATACCCCACGTGGGGCTTA;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=26729436;WS=26729418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	26816365	rs11443311	G	GC	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,51:0.20:253
chr17	26818676	rs9890678	T	C	12709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=267;NR=177;PP=2965;SC=GATCTGCACATTCACTGGGAG;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=267;TCR=178;TR=444;WE=26818684;WS=26818666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr17	26850810	rs10527420	TTCTCTCTCTCTCTCTC	T	1090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=43.63;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	26850929	rs483434	A	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=69;PP=2965;SC=GTTGGTCCCCACTGGATGCTG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=164;WE=26850937;WS=26850919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	26851501	rs614434	G	A	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=130;PP=2965;SC=TCACAGGCTCGCTACTCTCTG;SOR=1.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=182;TCR=130;TR=312;WE=26851509;WS=26851491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	26864439	rs199499942	C	T	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.218;SC=GCTCCAAGCCCGTGGCCCTGG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=92;TCR=168;TR=207;WE=26864447;WS=26864429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,213:0.81:264
chr17	26939612	rs117006142	T	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1283;ReadPosRankSum=0.829;SC=CCCTGGGGGATGAGGAGAGAG;SOR=1.207;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=64;WE=26939620;WS=26939602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr17	26969126	rs186710072	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,27:0.17:155
chr17	27000391	rs9904043	A	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=50;PP=2130;SC=TTCCCTAGTTATCTTCAGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=27000399;WS=27000381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	27002402	rs9892089	A	G	7467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	27004703	rs7207976	C	A	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=14;PP=1817;SC=AGATAAAGTCCGTCTCACCCT;SOR=2.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=68;TCR=14;TR=82;WE=27004711;WS=27004693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	27009749	rs12051648	C	T	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=48;PP=2731;SC=CTTTAGATGGCCTGGCCAAAA;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=144;WE=27009757;WS=27009739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	27038769	rs140056460	A	G	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=84;PP=2247;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CCCAGCCGTGAACTCCAGTCT;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=44;TCR=111;TR=120;WE=27038777;WS=27038759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,128:0.79:162
chr17	27044322	rs372130208	C	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-2.033;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,99:0.18:545
chr17	27053568	rs12952249	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=555;SC=CCGGGCCACCGGCTACCCCGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=27053576;WS=27053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	27093542	rs9900141	G	A	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=94;PP=2965;SC=CTTCAAGGACGGCCCAAATGT;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=226;WE=27093550;WS=27093532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	27185827	rs2242345	C	T	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=94;PP=2965;SC=GCCAGGAGGACGTGAAAACAC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=205;WE=27185835;WS=27185817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	27187636	rs9279	G	T	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=121;PP=2965;SC=GACCAGTTCTGTCCTTGGCTG;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=64;TCR=121;TR=185;WE=27187644;WS=27187626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	27188296	rs28448745	A	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	27207916	rs141565967	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=7.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,43:0.24:182
chr17	27225937	rs4795473	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=611;SC=AGAAAGGAGTCGGGCTAGGCA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=27225945;WS=27225927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	27238135	rs148347485	T	C	4574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2876;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTCACCTCCATTGACATCCAT;SOR=0.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=125;TCR=102;TR=178;WE=27238143;WS=27238125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,198:0.80:249
chr17	27246368	rs68042462	CCTCCCCTCCTTGATCCTAACATT	C	2312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=2971;SC=TGTGGAACAGCCTCCCCTCCT;SOR=5.097;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=19;WE=27246398;WS=27246358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	27290969	rs11450637	T	TG	1742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=1888;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCCTTTCCCCTGGGCACTCAC;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=49;WE=27290977;WS=27290959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr17	27382061	rs68136852	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,25:0.22:114
chr17	27412805	rs7209661	T	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-1.487;SC=GACCAGGTAGTGGGATGCGTG;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=9;WE=27412813;WS=27412795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr17	27413403	rs8080570	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GTTCCAGAGGTGGTCAAGAGG;SOR=1.162;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=8;WE=27413411;WS=27413393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr17	27413908	rs4795495	C	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=783;SC=TCAGCAGCTACTCAAGGGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=27413916;WS=27413903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	27419695	rs12602934	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	27420304	rs12603438	G	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=287;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CATGGGCAGGGAGCCGGCCAG;SOR=0.235;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=23;WE=27420312;WS=27420294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr17	27421911	rs2019988	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=6.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,28:0.17:163
chr17	27422053	rs2320786	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,19:0.15:126
chr17	27424316	rs8067806	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,54:0.19:280
chr17	27425793	rs12450936	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,31:0.18:171
chr17	27437134	rs2279958	A	G	7491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=148;PP=2965;SC=CGAGGGGAAGAGACTGCCCTC;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=117;TCR=149;TR=265;WE=27437142;WS=27437124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	27437208	rs2279959	A	G	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=66;PP=2046;SC=CACTGCTCACAGGGTAGCAGC;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=82;WE=27437216;WS=27437198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	27437710	rs1994663	C	G	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=78;PP=2499;SC=CGCTCCTCCCCCAAGGCCCCA;SOR=1.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=124;WE=27437718;WS=27437700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	27438469	rs8076604	G	A	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=57;PP=2965;SC=GAGCCGGGGGGCATTCTGGGT;SOR=1.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=130;TCR=57;TR=186;WE=27438477;WS=27438459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	27441077	rs12601535	C	G	12650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=204;PP=2965;SC=AGTCATCCGTCGGGGGTTCCA;SOR=0.817;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=445;TCF=237;TCR=208;TR=440;WE=27441085;WS=27441067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr17	27449059	rs877492	C	A	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=80;PP=2466;SC=TATCCTCCCCCCCACTGCATC;SOR=1.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=119;WE=27449067;WS=27449049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	27455707	rs55939148	AC	A	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=1047;SC=CCACGAGGCTACCCCAGGAAG;SOR=4.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=27455715;WS=27455697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	27455736	rs8075284	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.52;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	27456255	rs11080078	G	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=684;SC=CAAGCACTGAGGAGCCCAGCA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=27456263;WS=27456245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	27492869	rs6505113	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=37;PP=2436;SC=GGCTCTGATAACAGCTCTTGG;SOR=1.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=121;WE=27492877;WS=27492859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	27816599	.	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.315;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	27829588	rs367720840	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr17	27835138	rs508706	C	T	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.541;SC=ACCAGGCTGCCATGGAGAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=70;TCR=126;TR=195;WE=27835146;WS=27835128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr17	27857698	rs536327	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,21:0.22:97
chr17	27861004	rs12945584	A	G	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	27869968	rs507577	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,96:0.21:455
chr17	27889963	rs721479	C	G	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=1.632;SC=CATCCCGGAGCGGGTCGTTGC;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=144;TCR=159;TR=250;WE=27889971;WS=27889953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,256:0.81:315
chr17	27889986	rs542939	T	C	5621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.163;SC=TCCCAGTAGGTATCCCAGCTG;SOR=1.009;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=263;TCF=120;TCR=143;TR=216;WE=27889994;WS=27889976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,228:0.82:279
chr17	27890082	rs145924627	T	C	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=71;PP=1545;ReadPosRankSum=1.088;SC=GTGTCCACAGTGTCCTCCAGG;SOR=1.170;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=51;TCR=91;TR=107;WE=27890090;WS=27890072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,108:0.74:146
chr17	27893015	rs2292973	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=898;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCCCACGCCTGTTCCAATGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=63;WE=27893023;WS=27893005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr17	27895682	rs200199476	GC	G	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=0.856;QD=24.98;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	27898828	rs565977	T	C	7711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TTTCCTCTTGTTTGTCCCCAC;SOR=0.525;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=372;TCF=177;TCR=195;TR=302;WE=27898836;WS=27898818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,320:0.82:392
chr17	27901975	rs550818	A	G	5690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.381;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.865;SC=ACTTTAAGCCACCAGCTGAGA;SOR=0.962;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=342;TCF=195;TCR=147;TR=247;WE=27901983;WS=27901965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,261:0.72:362
chr17	27904322	rs601364	A	G	7848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=186;PP=2965;SC=CTGACGCAGGACGGCAGGGAC;SOR=1.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=86;TCR=186;TR=272;WE=27904330;WS=27904312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	27904617	rs2278217	C	A	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.354;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.181;SC=GGAGGGACCGCGGGGATGAAG;SOR=0.365;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=144;TCR=92;TR=193;WE=27904625;WS=27904607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,198:0.82:241
chr17	27904711	rs11080105	G	A	7184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGAAGGGCACGGCACTGCGCT;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=184;TCR=202;TR=305;WE=27904719;WS=27904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,310:0.78:395
chr17	27905673	rs563976	A	G	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=19;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TCAGAGGCAGAGGAAGCAAGA;SOR=1.123;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=76;WE=27905681;WS=27905663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,79:0.79:100
chr17	27910706	rs2303623	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=516;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TGCTCTGGCCCGTGCCAAGCC;SOR=0.938;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=28;WE=27910714;WS=27910696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr17	27944089	rs11657079	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,103:0.18:571
chr17	27949934	rs77991986	G	GC	2286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=25;PP=1265;SC=AGAGGGCGGGGCTAGCATAGG;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=27949942;WS=27949924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	27959903	rs2289629	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.805;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,63:0.22:283
chr17	28029938	rs3102560	T	C	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=32;PP=1687;ReadPosRankSum=-0.395;SC=ACAAAAGATATAGTTACCAAG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=100;WE=28029946;WS=28029928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,107:0.82:130
chr17	28120851	rs2617882	A	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-1.992;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
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chr17	28434826	rs5819880	ACTTTT	A	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.600;NF=12;NR=2;PP=652;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CTCCACTCTTACTTTTCTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=28434838;WS=28434816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr17	28444183	rs6505162	A	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=579;ReadPosRankSum=0.027;SC=TTGCTTCCTAACCCGCGCTTG;SOR=0.184;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=30;WE=28444191;WS=28444173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr17	28444254	rs8067576	T	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=1.221;SC=CCTGGCTTCCTTAGAGGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=28444262;WS=28444244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	28505024	rs7221154	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=0.260;SC=TTCTCAAAAAGCATAGACTTT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=32;WE=28505032;WS=28505014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr17	28511978	rs1979572	G	A	6086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.075;NF=121;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.960;SC=ATCAGCACCAGCAGAAGCAAT;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=145;TCR=151;TR=242;WE=28511986;WS=28511968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,257:0.81:316
chr17	28538532	rs140701	C	T	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=58;PP=1777;SC=ACAACAGTTACAATTCTCATC;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=98;WE=28538540;WS=28538522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	28549898	rs6354	G	T	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=97;PP=2926;SC=TATTCTGCAAGAGAGGGCAAG;SOR=1.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=148;WE=28549906;WS=28549888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	28549978	rs25528	G	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=792;SC=GGTGGTTGGTGTCGCCGTCCC;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=28549986;WS=28549968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	28659019	rs117221215	A	C	535.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.7450;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=381;ReadPosRankSum=-1.109;SC=ACTTTTCTTAATCGGAAATTT;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=22;WE=28659027;WS=28659009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr17	28773060	rs71856644	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.786;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	28778720	rs2253256	G	C	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=87;PP=2965;SC=ATTTCTGTTTGTGCTTCAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=137;TCR=87;TR=224;WE=28778728;WS=28778710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	28811658	.	G	GT	198	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=59.88;NF=7;NR=4;PP=198;QD=19.0909090909;SC=TATTTTGATTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=28811666;WS=28811648;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,11:0.69:16
chr17	28890203	rs216455	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=43;PP=1728;SC=CGGTAGCCTGTTCTCCCCCTC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=28890211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	28900708	rs3764416	G	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	28901151	rs11080128	G	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.17;QD=27.81;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	28903011	rs149237084	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.400;NF=20;NR=0;PP=425;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GAAGCGGTCACATCCAGACTC;SOR=4.285;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=20;WE=28903019;WS=28903001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr17	29161990	rs143006132	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,23:0.12:191
chr17	29221227	rs9898911	A	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=761;SC=GGGGAAATCAATAGAGTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=29221235;WS=29221217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	29221277	rs62070652	C	T	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=229;SC=CATGGTAAGCCCTTAACATTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=29221285;WS=29221267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	29226630	rs28539246	T	A	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.335;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=986;ReadPosRankSum=0.121;SC=GAAATCTTTTTAAAAAAAGAC;SOR=2.469;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=29226638;WS=29226620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr17	29226652	rs9897628	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=576;SC=AAATAAAGGAACAGAAATAAT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=29226660;WS=29226642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	29271832	rs2232272	A	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-3.089;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
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chr17	29559932	rs2066736	C	A	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1738;ReadPosRankSum=0.638;SC=TATAGAAATACAAAACCTAGA;SOR=0.360;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=83;WE=29559940;WS=29559922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,86:0.82:105
chr17	29563073	.	T	TTG	2324	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=59.42;NF=2;NR=59;SC=CCGCTGTTTTTTGTTTTTTTT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=2;TCR=88;TR=61;WS=29563063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,61:0.68:90
chr17	29563076	rs59745739	T	TG	5086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=38.25;ReadPosRankSum=2.727;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,126:0.95:133
chr17	29563085	rs56874702	T	TG	4698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.249;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=39.82;ReadPosRankSum=2.821;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,113:0.96:118
chr17	29646032	rs1129506	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,47:0.14:329
chr17	29653293	rs9894648	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,27:0.22:122
chr17	29654876	rs2285894	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr17	29670190	rs7405740	C	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=43;PP=1207;SC=TTATGAAGTACTATTAAGAAA;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=29670198;WS=29670180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	29679246	rs964288	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,20:0.19:103
chr17	29684553	rs7350943	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTTTGACCTACTAGATCTATT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=29684561;WS=29684543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	29705947	rs2525574	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,66:0.18:369
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chr17	29815404	rs8075239	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,15:0.09:162
chr17	29852092	rs2023795	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,52:0.21:251
chr17	29887110	rs78092456	C	T	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1432;ReadPosRankSum=1.195;SC=CCGGGACCAGCGTCTTCTCCC;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=97;WE=29887125;WS=29887100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,98:0.75:130
chr17	30205850	.	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GTTCAACATTCATCACATCAA;SOR=0.784;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=10;WE=30205858;WS=30205840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr17	30219500	rs1034626	C	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=2;PP=80;SC=TCAAAATTTTCTACCTCAATT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=30219508;WS=30219490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	30228656	rs2074101	G	A	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=90;PP=2841;SC=TGAGGTCCGAGGTCTACAACC;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=32;TCR=90;TR=122;WE=30228664;WS=30228646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	30267187	rs141697390	A	ATATT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.28;QD=46.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	30303480	rs147986570	TATATC	T	2406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=2082;SC=TAAGGGACCATATATCATAAC;SOR=3.139;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=36;WE=30303492;WS=30303470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	30315287	rs530209	A	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=13;PP=1730;SC=TCTACAATTTATTTGAATTCA;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=30315295;WS=30315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	30320860	rs55811201	C	CT	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr17	30321567	rs1557731	T	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr17	30321762	rs473356	G	C	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=88;PP=2689;SC=GGGCATATAAGAAAAGTTTAA;SOR=2.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=26;TCR=88;TR=114;WE=30321770;WS=30321752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	30376461	rs373339302	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.33;QD=31.99;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	30376932	rs1843083	C	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=399;SC=ACTCAACTGGCATACTGGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=30376940;WS=30376922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	30377162	rs16967101	A	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=60;PP=2877;SC=TTCAGAATACAATCCTGTGTT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=135;WE=30377170;WS=30377152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr17	30469423	rs13342625	C	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.969;NF=8;NR=8;PP=271;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CGGCGCAGAGCGCGTTCGCGT;SOR=0.538;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=16;WE=30469431;WS=30469413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr17	30469470	.	CCCGCCGCCGCCGCCG	C	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.751;NF=1;NR=4;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGCCGTCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=0.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=30469492;WS=30469460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	30470028	rs149838766	G	GC	13313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.283;NF=60;NR=150;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GTCCCTATTAGCCCTAACCGC;SOR=0.663;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=341;TCF=93;TCR=248;TR=210;WE=30470036;WS=30470018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,453:0.71:638
chr17	30502955	rs8076276	G	A	153.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.8362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TTTTAGATACGATTAATTTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=30502963;WS=30502945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	30509939	rs6505286	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=591;SC=TTACTAAATTCGGGTTTTAAA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=30509947;WS=30509929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	30520411	rs72827703	G	C	74.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTATGAGTTGGGAGGGACAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=30520419;WS=30520401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	30533970	rs16967164	A	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=708;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTGAAGCTGAAATCATTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=38;WE=30533978;WS=30533960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr17	30593336	rs9889253	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=17;PP=596;SC=GCCCCCTCCCCGCCCGGCAAA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=30593344;WS=30593326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	30611885	rs60163475	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=217;ReadPosRankSum=0.740;SC=TTTGAGGGTTATGGCTTCCAC;SOR=0.649;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=22;WE=30611893;WS=30611875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr17	30632274	rs16967266	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=15;PP=1462;ReadPosRankSum=1.465;SC=GTCTTAGCACGGAGCCTGCAG;SOR=2.004;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=74;WE=30632282;WS=30632264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,76:0.74:103
chr17	30643361	rs2344973	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=525;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCAGGGCCTGAGGTTCAAAGA;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=26;WE=30643369;WS=30643351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr17	30980972	rs2249638	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GCTTCTGAAAGAGAAAGGAAA;SOR=0.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=80;WE=30980980;WS=30980962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,84:0.76:110
chr17	31039255	rs11080184	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=901;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GAAAACCATATGGTCATCTCA;SOR=1.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=50;WE=31039263;WS=31039245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,56:0.82:68
chr17	31072453	rs6505311	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GTATTAAAGGATACCAAATTT;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=31072461;WS=31072443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	31082747	rs4548927	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=0.181;SC=ACCCTGATGCTCCCATTTGTA;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=31082755;WS=31082737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr17	31107845	rs10512439	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=42;PP=993;ReadPosRankSum=1.803;SC=CTGTGGTTACAGAGAAATGAT;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=45;WE=31107853;WS=31107835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr17	31266419	rs2726134	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.87;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	31266438	rs377006515	A	AAAGG	5851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.98;QD=42.71;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	31318829	rs4999077	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=0.309;SC=GAAGGCCCTCCGTTGGCCTGG;SOR=0.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=6;WE=31318837;WS=31318819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr17	31319024	rs2188953	A	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	31319033	rs3922357	G	C	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	31319092	rs2188952	T	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	31323728	rs140981292	A	AG	1668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=1;PP=1872;SC=AGCAGGTGGGAGGCACCTGCC;SOR=6.358;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=44;WE=31323736;WS=31323718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	31324077	rs28904	C	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=647;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCTTTTGTTCCATTCCCAGTT;SOR=0.197;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=33;WE=31324085;WS=31324067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr17	31324362	.	T	TGTGTGTAG	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.002;NF=31;NR=16;PP=1047;ReadPosRankSum=3.029;SC=TGTGTGTGTGTAGAGAGAGAG;SOR=4.457;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=47;WE=31324371;WS=31324352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr17	31324657	rs28958	T	C	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=86;PP=2882;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ACTCTCCTTCTTGTTCTTCTC;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=184;WE=31324665;WS=31324647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,194:0.80:243
chr17	31343175	rs3025251	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=2.208;SC=CTGAACATACCGTAGCACAAG;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=31343183;WS=31343165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	31344549	rs2074215	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=790;ReadPosRankSum=0.293;SC=TTCCCTCTACTATGATTCTGA;SOR=0.357;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=51;WE=31344557;WS=31344539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr17	31350741	rs75112067	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=400;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GAGCGCAGAGCGTGACACACA;SOR=3.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=20;WE=31350749;WS=31350731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr17	31355227	rs58042873	A	AG	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=883;SC=GGCAGATCCCAGGGCCCTGTG;SOR=2.753;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=31355235;WS=31355217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	31438905	rs9916605	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TCCACCATCACCCAATGCCCG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=20;WE=31438913;WS=31438895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr17	31439097	rs140895516	AAG	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,9:0.12:77
chr17	32583132	rs2857657	G	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=35;NR=0;PP=987;SC=TGAGCTCTTTGTCTTCTCCTG;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=32583140;WS=32583122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	32583269	rs4586	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,59:0.24:248
chr17	32612894	rs1129844	G	A	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CCAGGGGCTCGCTGGGCCAGG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=161;TCR=128;TR=229;WE=32612902;WS=32612884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,238:0.79:301
chr17	32683447	rs115292207	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=180;ReadPosRankSum=1.139;SC=TCCTCTGAGAGTTCCAAGCTT;SOR=0.284;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=19;WE=32683455;WS=32683437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr17	32684389	rs159313	T	C	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=28;PP=2360;SC=GTAAGATCTATTTCTTCCTCT;SOR=2.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=112;WE=32684397;WS=32684379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	32688712	rs159271	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=450;SC=AACCTTATTCTGGTAAAATAC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=32688720;WS=32688702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	32904480	rs887231	G	A	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=54;PP=2829;SC=TAAGATGAGCGAAGTGCATGA;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=32904488;WS=32904470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	32904586	rs887230	C	T	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=123;PP=2965;SC=TGGTTTTGTCCTGCTCACTGT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=247;WE=32904594;WS=32904576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	32906373	rs56322375	G	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-1.481;SC=GCGCCGCCAGGCTAGGAATGC;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=23;WE=32906381;WS=32906363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr17	32908064	rs4795938	T	C	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=105;PP=2965;SC=CGACTGTTGCTCTCTCGGACC;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=206;WE=32908072;WS=32908054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	32908210	rs7218304	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.58;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	32908210	.	TGGAGGGG	CGGAGGGA,CGGAGGGG	997	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6,39;NR=13,49;PP=212,997;QD=13.9719934138;SC=CAGGCGCCACTGGAGGGGGTA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=19,88;WE=32908225;WS=32908200;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.22:88
chr17	32908217	rs7212426	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr17	32961751	rs2058164	C	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.512;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=497;ReadPosRankSum=0.440;SC=GGCAAGGGTGCGGGGTGTGTA;SOR=2.925;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=21;WE=32961759;WS=32961741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr17	32965275	.	AC	A	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.486;QD=5.08;ReadPosRankSum=2.262;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr17	33269648	rs2230553	C	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATAAAAGAAACCAGAGTTCAC;SOR=0.026;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=33269656;WS=33269638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr17	33286621	rs17852354	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,33:0.14:240
chr17	33286664	rs2230552	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,43:0.15:290
chr17	33288363	rs9635769	C	T	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	33288433	rs368850951	GA	G	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr17	33288882	rs931196	T	G	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.091;SC=CAGCGCCTCATTCCGTCAAGA;SOR=0.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=158;TCR=131;TR=287;WE=33288890;WS=33288872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr17	33289046	rs3744355	G	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,86:0.20:429
chr17	33307586	rs12945428	G	A	6047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.552;NF=123;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.176;SC=GGCTGCCCGCGGCCTGTAATG;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=167;TCR=171;TR=250;WE=33307594;WS=33307576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,263:0.75:352
chr17	33307700	rs57311484	GC	G	3047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=59;PP=2576;SC=AAGGCAGCGGGCCCGGGGCGA;SOR=1.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=66;WE=33307708;WS=33307690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	33330150	rs4796030	A	C	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AAGGGAAAAGACCAGTCTGGG;SOR=0.469;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=77;WE=33330158;WS=33330140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,85:0.74:115
chr17	33331575	rs1052536	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=59;PP=1554;ReadPosRankSum=1.403;SC=TACCATACTACTGGACTGGAC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=88;WE=33331583;WS=33331565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,90:0.73:123
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chr17	33332629	rs12948362	G	A	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=2101;ReadPosRankSum=0.129;SC=TGGACCAGTCGAATGCACCAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=116;WE=33332637;WS=33332619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,118:0.79:150
chr17	33341834	rs2074519	T	C	4889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATGGTACAAATACAGTCTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=197;WE=33341842;WS=33341824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,208:0.79:263
chr17	33353332	rs3926358	T	C	328.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GAGGGGTCAGTGGCGCTTGCC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=33353340;WS=33353322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr17	33433820	rs936656	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.549;SC=TGGAAGAATCAGTGTGAGTAG;SOR=0.033;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=33433828;WS=33433814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr17	33448818	rs1871892	T	C	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,139:0.26:525
chr17	33454415	rs2306508	C	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=453;ReadPosRankSum=0.002;SC=TTGAGCACACCGTCAACAATT;SOR=0.605;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=158;TCF=60;TCR=98;TR=45;WE=33454423;WS=33454405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,51:0.31:167
chr17	33464864	rs7215209	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.969;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr17	33469279	rs1471615	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=64;PP=2252;SC=ACACCCACCGGCACTGCTGCC;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=103;WE=33469287;WS=33469269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	33482522	rs11869662	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr17	33497331	rs7213921	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.781;SC=TGCTGGGTCCAGACCCACAGG;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=33497339;WS=33497321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr17	33501432	rs1384220	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GGCTGGGGGCCGAGGGTCCTG;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=6;WE=33501440;WS=33501422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr17	33504194	rs78278095	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,20:0.18:109
chr17	33504716	rs77782351	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.332;SC=GAGAATGCTCTTCTCTGAAGA;SOR=0.416;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=16;WE=33504724;WS=33504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr17	33504809	rs4795065	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.390;SC=AAAAATGCTACAAGGCCCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=33504817;WS=33504799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	33591987	rs11080334	T	G	5195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GCTTTCAGTTTACTTGCTAAA;SOR=1.024;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=258;TCF=100;TCR=158;TR=189;WE=33591995;WS=33591977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,200:0.74:270
chr17	33592591	rs11651240	C	T	5047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GGTTATTCTCCGAAGGATATT;SOR=0.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=138;TCR=129;TR=202;WE=33592599;WS=33592581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,211:0.75:280
chr17	33680807	rs9897352	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	33680840	rs28571667	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.30;QD=33.41;SOR=7.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	33689926	rs4796077	T	C	10484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=193;NR=169;PP=2965;SC=TTTAACACATTCACAATTTTG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=193;TCR=169;TR=362;WE=33689934;WS=33689916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	33690466	rs12453150	C	A	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=95;PP=2965;SC=CGGGGCTTGACAGAGCGATCT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=203;WE=33690474;WS=33690456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	33690863	rs4796078	G	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=58;PP=1715;SC=AAGAAATGAAGTGTTACATGC;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=33690871;WS=33690853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	33748939	rs2671817	G	A	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=38;PP=2180;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TCTTGCCCCAGATCCCATAGA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=115;TCR=51;TR=125;WE=33748947;WS=33748929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,134:0.77:175
chr17	33749546	rs2586514	A	G	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=1.148;SC=ATATCAACACAGGGCCTCTTT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=127;TCR=110;TR=185;WE=33749554;WS=33749536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,193:0.76:254
chr17	33749919	rs1849733	A	C	8441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=-0.850;NF=174;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CTCGTGAGACACTTTCATTCT;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=480;TCF=236;TCR=244;TR=351;WE=33749927;WS=33749909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,369:0.73:503
chr17	33768199	rs1822403	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=5.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,45:0.25:183
chr17	33768354	rs3744371	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-4.550;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,9:0.13:70
chr17	33879670	rs71366453	C	CAT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	33879682	rs71366454	C	CAT	93.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	33881631	rs321612	T	C	8958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=186;NR=142;PP=2965;SC=TCCTTAAATTTGTGGACTTTT;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=187;TCR=143;TR=328;WE=33881639;WS=33881621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	33881718	rs321613	G	A	7659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=115;PP=2965;SC=ACCAAACTGGGAGGAGCTAGA;SOR=1.239;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=228;TCF=86;TCR=142;TR=200;WE=33881726;WS=33881708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	33881734	rs321614	A	G	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=94;PP=2965;SC=CTAGACAATTACATGGAAAGT;SOR=1.545;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=185;TCF=63;TCR=122;TR=157;WE=33881742;WS=33881724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	33881769	rs10578465	TAAA	T	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.72;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	33921160	rs225305	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=14;PP=380;SC=AGGCAGAATGCTGCTGACCTC;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=33921168;WS=33921150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	33933006	rs225284	A	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.19;MQRankSum=0.270;NF=11;NR=41;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TCATCCAGGGAAATTCAAACC;SOR=1.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=52;WE=33933014;WS=33932996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr17	33963611	rs11345348	AT	A	1045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1155;SC=AATCGGAAACATTAAAATGGT;SOR=4.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=33963619;WS=33963601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	33968871	rs225270	A	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=7;PP=1172;SC=ATTCTTTCACACTATCACAAA;SOR=3.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=33968879;WS=33968861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	33998802	rs1049379	G	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=8;PP=919;SC=CATCATCGGTGCCTGCAACCT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=33998810;WS=33998792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	34072555	rs3744374	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,99:0.23:432
chr17	34090916	.	A	AAAATAAATAAATAAATAAATAAAT	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=-2.128;QD=19.57;ReadPosRankSum=1.255;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	34091078	rs4795087	C	G	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.04;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,100:0.78:128
chr17	34097039	rs3826404	T	G	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1583;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CAGGAGGCCTTGGGGGCAGGA;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=97;WE=34097047;WS=34097029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,107:0.76:140
chr17	34100350	rs58543174	G	GC	10634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=106;PP=2965;SC=GCCGGCTCCGGAGATGCTCAG;SOR=0.862;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=31;TCR=113;TR=136;WE=34100358;WS=34100340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	34161520	rs201041043	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=8.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=2.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr17	34161648	rs113859820	G	GT	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.895;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr17	34165594	rs4251772	G	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-2.958;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr17	34171590	rs4251785	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,95:0.77:123
chr17	34171691	.	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr17	34183905	rs16971585	A	G	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=74;PP=2091;ReadPosRankSum=1.033;SC=CCTTTGTGCTATGTAGAGTCC;SOR=0.475;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=128;WE=34183913;WS=34183895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,132:0.78:169
chr17	34183956	rs78655848	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1162;ReadPosRankSum=-2.112;SC=GAAGCAGACAGGTAAATAGGC;SOR=0.462;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=67;WE=34183964;WS=34183946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr17	34185535	rs35283303	AG	A	2030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.804;NF=4;NR=44;PP=1583;ReadPosRankSum=-1.438;SC=AGTGCCTATGAGGGGGCAGGG;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=48;WE=34185543;WS=34185525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
chr17	34191406	rs2291299	T	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1182;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TGGAATACCATCCCCACAACC;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=68;WE=34191414;WS=34191396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,69:0.78:89
chr17	34251452	rs4796137	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=500;ReadPosRankSum=0.421;SC=AAAACCCTATGTTGTAAGACA;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=24;WE=34251460;WS=34251442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr17	34252537	rs2251660	A	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=457;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCCTTTTGGAACACCCATTGA;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=21;WE=34252545;WS=34252527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	34257050	rs2280787	C	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=420;ReadPosRankSum=0.660;SC=TTCATTTCAGCGGAGCTAGGA;SOR=1.255;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=19;WE=34257058;WS=34257040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr17	34257069	rs9913559	T	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=657;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GAATTCCATATTTGGACCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=27;WE=34257077;WS=34257059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr17	34261831	rs9754	A	G	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2317;ReadPosRankSum=0.135;SC=CAGCCAGTAGAAGAGTGGCCG;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=134;WE=34261839;WS=34261821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,140:0.66:211
chr17	34261981	rs10562162	TGCTA	T	6666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.665;NF=9;NR=92;PP=2970;ReadPosRankSum=1.777;SC=TCCCCGTCATTGCTAGCTAGC;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=14;TCR=152;TR=101;WE=34261992;WS=34261971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,165:0.70:236
chr17	34266101	rs77159570	T	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=815;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GGGAAAGGCTTTTTTGAAGGG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=49;WE=34266109;WS=34266091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr17	34325532	rs2075746	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr17	34328461	rs854625	A	G	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=66;PP=2245;SC=CTCACCATTTATGAACTGGGC;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=129;WE=34328469;WS=34328451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr17	34341082	rs1719204	C	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=15;PP=417;SC=GGGTGGGCCACAGCAGGACCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=34341090;WS=34341072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	34398495	rs14304	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=810;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCCTGGAGGCCACCTCTTCTA;SOR=0.184;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=43;WE=34398503;WS=34398485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr17	34416246	rs1719130	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TGCCTATCTCTGTCTAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=34416254;WS=34416236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr17	34416537	rs1130371	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.004;NF=45;NR=9;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.598;SC=ACATGACACCGGGCTTGGAGC;SOR=1.140;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=54;WE=34416545;WS=34416527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr17	34416665	rs1719133	A	G	8595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=156;PP=2965;SC=GGAAGAGAATAAGCCCGAGTC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=150;TCR=156;TR=306;WE=34416673;WS=34416655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	34431287	rs1049750	G	T	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=60;PP=2965;SC=AAACCTCTTTGCCACCAATAC;SOR=1.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=129;TCR=60;TR=189;WE=34431295;WS=34431277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	34431403	rs1719144	G	A	5485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.586;NF=87;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTGCTATTTCGAGTCAAGGTG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=114;TCR=173;TR=219;WE=34431411;WS=34431393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,238:0.78:306
chr17	34431961	rs1719146	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.78;QD=30.15;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	34432125	rs1719147	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1448;SC=GTGATTGAGCATTGGGGAGGC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=34432133;WS=34432115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	34432581	rs1719149	T	C	13745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-7.030;QD=30.08;ReadPosRankSum=2.568;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,339:0.74:457
chr17	34432586	rs1719150	A	G	13824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-7.060;QD=28.98;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,352:0.74:477
chr17	34432663	rs1049807	AT	GA	13766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.786;NF=130;NR=181;PP=2944;ReadPosRankSum=0.583;SC=ATCCCAGTGAATCCTGGGTCC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=182;TCR=248;TR=311;WE=34432672;WS=34432653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,339:0.74:456
chr17	34848874	rs2306589	T	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=1032;SC=TTCCTTAGCCTTGAGCATCAG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=34848882;WS=34848864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	34854280	rs2306590	G	A	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=113;PP=2965;SC=AGGGGCCAGAGGCGGATTATT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=223;WE=34854288;WS=34854270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	34865131	rs17560870	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=366;SC=CTTCCGGCCTATCACGTCTTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=34865139;WS=34865121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	34866546	rs2306593	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=945;SC=GAGCACTTGTCGGGGTCCTCC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=34866554;WS=34866536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	34867415	rs34476742	A	AGT	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=650;SC=TCATGGCCCAAGTGCCCATCT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=34867423;WS=34867405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	34869150	rs6607296	C	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=12;PP=1071;SC=TGGAGGTAGCCCAGAGGGGCC;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=34869158;WS=34869140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	34935878	rs2074103	C	A	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=91;PP=2757;SC=TCCAGTATCTCAGATTGCTTA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=51;TCR=91;TR=142;WE=34935886;WS=34935868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	34942595	rs1106908	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	34943347	.	CT	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5069;HP=18;HapScore=2;MGOF=72;MMLQ=18;MQ=54.23;NF=5;NR=0;PP=53;QD=11.2;SC=CCGTGCCCCGCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=34943355;WS=34943337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr17	34943719	rs3744593	C	T	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=96;PP=2625;SC=TGTTTGGGAACGGGGTGGATG;SOR=2.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=34;TCR=97;TR=130;WE=34943727;WS=34943709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	34951327	rs2285639	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=736;SC=TGACGGGGGTCGGGGTCTGAG;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=34951335;WS=34951317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	34956585	rs377424786	CCA	C	10053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=123;PP=2965;SC=CTTGTACCTTCCACAGATTGG;SOR=1.262;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=11;TCR=134;TR=134;WE=34956594;WS=34956575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	35294340	rs113265097	C	CA	282.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	35299688	rs8075125	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=870;ReadPosRankSum=-2.069;SC=ATGGCGGGGCACGGCCAGGTC;SOR=0.572;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=62;WE=35299696;WS=35299678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr17	35300494	rs138151008	GAA	G	496.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;MQRankSum=0.624;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr17	35306312	rs2306658	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr17	35478362	rs1470452	T	C	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=91;PP=2965;SC=TGGCCTGATATGTCTTAAACG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=196;WE=35478370;WS=35478352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	35486486	rs9789070	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=455;SC=ACAATAGTTACAGACAAAGAC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=35486494;WS=35486476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	35549275	rs2305099	T	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=79;PP=2497;SC=GAAAAAACAGTTCACAAGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=119;WE=35549283;WS=35549265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	35550158	rs12603097	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=4;PP=224;SC=AGAAAGGAATCGGCTTTAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=35550166;WS=35550148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	35550179	rs12603098	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=261;SC=CTAAGACACACGTAAGGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=35550187;WS=35550169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	35550448	rs2305097	C	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=630;SC=CATTTAGAAGCCAGTTTTCTA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=35550456;WS=35550438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	35557289	rs11659129	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=19;PP=1892;SC=TATTAGTAAGCATAAGATTAC;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=84;WE=35557297;WS=35557279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	35562546	rs2278679	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=781;SC=TATCCCTAAACGCAGAACTAG;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=35562554;WS=35562536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	35567261	rs77476454	G	A	346.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6291;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGGGAGCTCAGGACTCCCTAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=35567269;WS=35567251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr17	35581887	rs144469510	TTA	T	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr17	35608781	rs72010031	CCT	C	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=9;PP=1921;SC=GTCAACATCCCCTCTCTTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=43;WE=35608790;WS=35608771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	35608889	rs1519091	G	A	7986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=107;PP=2965;SC=TGTACTCAGGGCCATTGATTA;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=167;TCR=108;TR=273;WE=35608897;WS=35608879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr17	35609746	rs2252757	G	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=992;SC=TCATGTAGTGGCAGGGATTGA;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=36;WE=35609754;WS=35609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	35632979	rs2542660	C	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=68;PP=2173;SC=TGACTGTAACCCCTTGGCCTC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=128;WE=35632987;WS=35632969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	35696804	rs58654829	G	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=38.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	35696820	rs147333574	AAAAG	A	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=872;SC=CCTAGAGAGAAAAAGAGAGAA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=35696831;WS=35696810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	35766475	rs72828246	A	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=953;ReadPosRankSum=0.395;SC=GACGTTCCAGAAGCATCTGAT;SOR=0.435;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=46;WE=35766483;WS=35766465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr17	35771468	rs7211875	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CCGTTTGGGTCCCTTTAGCAG;SOR=0.335;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=75;WE=35771476;WS=35771458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr17	35783812	rs7501983	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GGAGATCTATATCTTATTAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=35783820;WS=35783802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	35818739	.	TTGTG	T	147.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	35825459	rs142934801	TA	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr17	35899141	rs1034686	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=346;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AGCCTCACCTTAGATGCATGA;SOR=1.510;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=79;TCF=72;TCR=7;TR=23;WE=35899149;WS=35899131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr17	35902225	rs3110623	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AACATTCGTTCGGGGTTTCTT;SOR=0.793;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=19;WE=35902233;WS=35902215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr17	35936594	rs11654048	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGGTTTTTTATAAAGAGCACT;SOR=0.129;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=30;WE=35936602;WS=35936584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr17	35937637	rs12602536	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,43:0.21:209
chr17	35956263	rs4795207	T	C	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=37;PP=2245;SC=ACTAAAGAAGTAAGTACCTGC;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=114;WE=35956271;WS=35956245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	35984410	rs7216445	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=438;ReadPosRankSum=1.001;SC=AGTTCTCTCATGGCCAGAAGT;SOR=0.621;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=35;WE=35984418;WS=35984400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr17	35988672	rs7224513	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,62:0.76:82
chr17	35995638	rs4622555	T	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=538;ReadPosRankSum=0.601;SC=CATTCACCTGTTGAGGGACAT;SOR=0.608;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=45;WE=35995646;WS=35995628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr17	36003275	rs3813911	T	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=5;PP=1128;SC=CGGGTGTCCATGTGCGCCGGC;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=36003283;WS=36003265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	36003359	rs3813910	A	G	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=54;PP=2621;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CTTGGGCACAATACCTGGAAT;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=143;TCR=77;TR=155;WE=36003367;WS=36003349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,159:0.70:227
chr17	36003420	rs35498905	G	C	6664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=CCCCCGCGCCGAGCCGGCGAA;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=409;TCF=225;TCR=184;TR=283;WE=36003428;WS=36003410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,293:0.69:425
chr17	36047275	rs1800929	C	T	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.70;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	36047275	.	CG	TG,TT	1831	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=91,16;NR=40,7;PP=1831,156;QD=14.2425283401;SC=TCGCAGGTGCCGGTCAGGTCA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=131,23;WE=36047284;WS=36047265;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:133
chr17	36047276	rs2229295	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,27:0.18:146
chr17	36047417	rs3110641	A	G	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=97;PP=2625;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GAGGAGAGAGAGTGCTCAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=164;WE=36047425;WS=36047407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,177:0.77:229
chr17	36058980	rs2269843	C	T	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=0;PP=140;SC=CTCAGAAGGACCTAATTTCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=36058988;WS=36058970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	36059246	rs2269842	A	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=72;PP=2836;SC=TACACAGGCAAAGACACAGGT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=145;WE=36059254;WS=36059236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	36059377	rs2269841	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=653;SC=CAAGTCACATAACCAACTCCC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=36059385;WS=36059367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	36204767	.	C	CTTAT	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=89;QD=171.038504373;SC=CTTTTTAAGTCTTGTTAATAT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=1;WE=36204796;WS=36204757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,1:0.14:7
chr17	36233930	rs2677184	G	A	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=115;PP=2965;SC=CATGGGCCCAGCCTAAAAATA;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=85;TCR=115;TR=200;WE=36233941;WS=36233920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	36234106	rs2677185	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=196;SC=ACCACTACTAGAAAAAGCATT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=36234114;WS=36234096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	36352408	rs11407739	G	GT	5280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=4.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-1.429;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,244:0.84:289
chr17	36352489	rs4796259	A	C	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQRankSum=-0.375;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,99:0.64:154
chr17	36352537	rs62074773	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.46;MQRankSum=-2.140;QD=29.42;ReadPosRankSum=0.248;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr17	36352572	rs62074774	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.85;QD=26.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	36353560	rs111638343	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.87;QD=30.85;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	36353761	rs62074778	C	T	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.271;NF=81;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.074;SC=ATGAGTCCACCATTCCTAAAA;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=396;TCF=124;TCR=272;TR=251;WE=36353769;WS=36353751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,195:0.64:307
chr17	36357295	rs79239780	A	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=24.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-2.622;QD=17.14;ReadPosRankSum=2.922;SOR=3.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr17	36357835	rs1848308	G	A	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.639;NF=82;NR=112;PP=2944;ReadPosRankSum=1.304;SC=ATAAATAGCTGTGAAACTACT;SOR=0.450;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=317;TCF=123;TCR=194;TR=194;WE=36357843;WS=36357825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,195:0.62:316
chr17	36358189	rs5820175	GATATATATATAT	G	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-1.498;QD=34.25;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr17	36358847	rs77355093	T	A	24340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.245;NF=546;NR=307;PP=2965;ReadPosRankSum=0.734;SC=TTTACCTCTATTGCAAATTTT;SOR=0.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=855;TCF=548;TCR=307;TR=853;WE=36358855;WS=36358837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,865:1.00:866
chr17	36361992	rs201942294	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.431;NF=12;NR=45;PP=842;ReadPosRankSum=-1.831;SC=ACTGCCATTCCAGCAAATATC;SOR=0.402;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=31;TCR=123;TR=57;WE=36362000;WS=36361982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr17	36374963	rs11389346	TA	T	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-0.792;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chr17	36384810	rs142086381	A	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GTGAGACTCTATCTCTATTAG;SOR=1.146;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=53;WE=36384818;WS=36384800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr17	36384868	rs71252892	C	G	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.770;NF=64;NR=42;PP=1756;ReadPosRankSum=1.002;SC=ATGACCCCCTCCTTTGGGCTT;SOR=0.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=108;TCR=66;TR=106;WE=36384876;WS=36384858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,104:0.60:172
chr17	36398156	rs147730015	ACACACACACC	A	3649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=6.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQRankSum=-4.425;QD=10.70;ReadPosRankSum=6.620;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,168:0.49:341
chr17	36491083	rs4550493	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=4.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,71:0.25:283
chr17	36508385	rs41377745	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,52:0.22:234
chr17	36584628	.	G	GGGC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5235;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=27;SC=ACCCCGGGGGGCCCCCCACAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=36584636;WS=36584618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	36617210	rs9898977	A	G	5010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.400;SC=GGACCTGCACAGGACTCCTCT;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=169;TCR=131;TR=217;WE=36617218;WS=36617200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,226:0.73:308
chr17	36622482	rs8075324	G	C	9157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.031;SC=CAGAGCCACCGCCGATCTGCT;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=520;TCF=279;TCR=241;TR=386;WE=36622501;WS=36622472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,398:0.74:535
chr17	36623602	rs8065549	A	G	6278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GCTGTCCTGGAGGACTTAGCT;SOR=0.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=341;TCF=142;TCR=199;TR=256;WE=36623610;WS=36623592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,265:0.76:349
chr17	36638255	rs7503829	C	T	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=21;PP=1074;SC=CTGTCTCCCCCACTTCAGATG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=36638263;WS=36638245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	36646291	rs12937928	A	G	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=85;PP=2965;SC=GGCCGGGAGAACAGGGGAAGG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=107;TCR=85;TR=192;WE=36646299;WS=36646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	36646386	rs9891156	A	G	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=76;PP=2321;SC=TTGAGGACGCACGGGAGCGAA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=121;WE=36646394;WS=36646376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	36666551	rs62074752	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr17	36718610	rs6503709	T	A	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=100;PP=2965;SC=GTCACCAAGGTCACCCCTGTC;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=36718618;WS=36718600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	36731049	rs55707518	CA	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr17	36734700	rs7503695	T	C	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=23;PP=2160;SC=CCGCTGGCCGTGGCCGCAGCC;SOR=2.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=94;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	36734706	rs144253512	CAGCCGG	C	4753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=27;PP=2973;SC=GCCGTGGCCGCAGCCGGAGCC;SOR=2.079;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=74;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	36830459	rs111565436	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=924;ReadPosRankSum=-0.384;SC=AGGAACGCCGGGCCGCCCGGT;SOR=0.638;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=50;WE=36830467;WS=36830449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr17	36830562	rs79676758	G	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr17	36830727	rs76756126	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=2.085;SC=GCCAGGCGGGGCGCAGGGCAC;SOR=1.220;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=25;WE=36830735;WS=36830717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr17	36861983	rs17855918	T	C	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=89;PP=2915;SC=TGCAGCGTGGTCGTCCACCAA;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=159;WE=36861991;WS=36861973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	36863026	rs2075054	G	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr17	36863875	rs2338034	A	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GTTGGGGTGGAGGCCGGGTTT;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=43;WE=36863883;WS=36863865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr17	36873149	rs9892493	C	T	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2126;ReadPosRankSum=1.085;SC=TGGTCAGCTCCGGCCTGGGAG;SOR=0.558;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=142;WE=36873157;WS=36873139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,152:0.78:194
chr17	36881872	rs372049304	AC	A	2191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.007;NF=1;NR=71;PP=1677;ReadPosRankSum=0.078;SC=ACCCCTCCTGACCCCCCCAAG;SOR=1.040;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=116;TCF=3;TCR=113;TR=72;WE=36881880;WS=36881862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,84:0.67:126
chr17	36886720	rs11652810	C	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,22:0.18:125
chr17	36886828	rs11658500	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,41:0.23:180
chr17	36887875	rs12452967	T	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CCCCTTGCAATGAAGCCAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=24;WE=36887883;WS=36887865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr17	36889466	rs5820264	G	GCCTGC	7307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=20;PP=2981;SC=AGCTCCTGCAGCCTGCCCTGC;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=78;WE=36889474;WS=36889456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	36889559	rs2879097	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.694;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,119:0.20:610
chr17	36894768	rs7212919	A	G	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.498;SC=CCCACATTCCAGTCCTGGGCA;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=203;WE=36894776;WS=36894758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,214:0.76:283
chr17	36894839	rs1138349	G	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=1920;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CCTTCTTCTCGTCCCGGTCCC;SOR=0.974;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=113;WE=36894847;WS=36894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,122:0.78:157
chr17	36895206	rs2075056	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=0.048;SC=AGGTGAGCCCAGCCACCTTCT;SOR=1.127;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=14;WE=36895214;WS=36895196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr17	36896534	rs2075057	C	T	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=53;PP=2294;ReadPosRankSum=0.714;SC=CTCCCCTCCCCCCAACTCACA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=142;WE=36896542;WS=36896524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,145:0.72:202
chr17	36896751	rs56171152	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=135;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGTGGTTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=12;WE=36896759;WS=36896741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	36909061	rs228274	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,33:0.17:195
chr17	36912109	rs146716075	TACTA	T	1706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.786;NF=21;NR=8;PP=1325;ReadPosRankSum=1.505;SC=AATAATGACTTACTAACTCAC;SOR=0.070;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=29;WE=36912120;WS=36912099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr17	36918551	rs228280	G	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=458;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CTTACTTCAGGCATGTCTTGG;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=25;WE=36918559;WS=36918541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr17	36926731	rs228289	T	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1168;ReadPosRankSum=1.266;SC=CTTTCTTCTTTGTATCGTATG;SOR=0.976;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=73;WE=36926739;WS=36926721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr17	36926767	rs228290	G	A	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TGATGGCCATGAAATACACCT;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=85;WE=36926775;WS=36926757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,93:0.86:108
chr17	36927690	rs25540	C	CTAAG	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=779;SC=CGCGAGCTCTCTCTAATGGGG;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=36927698;WS=36927680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	36932200	rs228293	C	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	36932233	rs369394659	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	36932915	rs79147094	A	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AACAAAAAAAACACCTATTAT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=36932923;WS=36932905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr17	36934475	rs7207178	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=460;ReadPosRankSum=-1.754;SC=TGTTGACAGACGGCATGTCTG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=26;WE=36934483;WS=36934465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr17	36993655	rs645686	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1139;SC=CCAGACCGGGTGCAGTGGCTC;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=36993663;WS=36993645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	36997288	rs595306	T	C	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=138;SC=GAGCGAGACTTTGTCTCAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=36997296;WS=36997283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	37009072	rs1239179	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,56:0.20:278
chr17	37010150	rs923370	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=527;SC=TGGGAGTTGAGGTAGAAGCGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=37010158;WS=37010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	37054772	rs1130638	C	T	7892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.753;SC=AGATCAGTAACGTGAGCTCTT;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=244;TCR=215;TR=340;WE=37054780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,351:0.74:474
chr17	37054884	rs2286883	A	G	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=2681;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TGCCTCCACTACCCCTGCCCT;SOR=0.530;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=201;TCF=82;TCR=119;TR=139;WE=37054892;WS=37054874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,144:0.70:206
chr17	37055077	rs17590541	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-2.602;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr17	37070658	rs525989	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=1172;SC=GTCGGGATTCACAGGACGGCA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=37070666;WS=37070648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	37070737	rs525767	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=449;SC=GGGTGAGTGCAGGTCCTGTTG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=37070745;WS=37070727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	37071189	rs2241009	C	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=21;PP=1152;SC=GGGCTTGAGCCAGGTTGGGGG;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=37071197;WS=37071179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	37075286	rs144614922	A	AGGGCGAGGCCCGTGG	8380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.330;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.147;NF=14;NR=115;PP=2900;ReadPosRankSum=0.244;SC=TCTCTGGGGGAGGCAGGGCTG;SOR=1.899;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=231;TCF=20;TCR=211;TR=129;WE=37075295;WS=37075276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,289:0.99:293
chr17	37076331	rs646097	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.61;NF=35;NR=15;PP=987;SC=ATCTCTGAGTGGAGGAAGCCC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=37076339;WS=37076321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	37101380	rs9906595	T	C	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=98;PP=2594;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CTCCAGTTTTTGGGCACTTCC;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=50;TCR=99;TR=147;WE=37101388;WS=37101370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr17	37224211	rs75117355	C	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GTGAGGTCTACGCTGCAGAAG;SOR=1.274;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=66;WE=37224219;WS=37224201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,66:0.84:79
chr17	37226399	rs12453656	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=0.933;SC=TATCCAATACAGGAAGAGGTT;SOR=2.127;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=31;WE=37226407;WS=37226389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr17	37228765	rs9907595	A	G	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=49;PP=1982;SC=CAGAAGGAGCAAGATTAGTGG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=103;WE=37228773;WS=37228755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	37234111	rs3744078	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr17	37239671	rs9891236	A	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	37253316	rs4795349	G	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=45;PP=1290;SC=GAGGCTGTGAGGAGTCCTCCC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=37253324;WS=37253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	37261981	rs3744351	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr17	37265378	rs16490	C	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=41;PP=1277;SC=CCCATGGGAACCCCTGGAAGG;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=37265386;WS=37265368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	37317672	rs511163	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr17	37370595	rs117520652	T	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,59:0.25:234
chr17	37371141	rs8070891	G	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,87:0.24:366
chr17	37371519	rs11078892	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=986;ReadPosRankSum=0.713;SC=TGGCTCTGCCTCAAAGCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=49;WE=37371527;WS=37371509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr17	37396201	rs34473775	G	T	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TCTGGCTCAGGAGTCCTTGTG;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=122;TCR=91;TR=211;WE=37396209;WS=37396191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr17	37399364	rs2338795	T	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=627;SC=GGCTGACAGGTGGCAGGCGGG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=37399372;WS=37399354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	37399379	rs2879258	G	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=877;SC=GGCGGGTAACGGGTTTTGGGT;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=37399387;WS=37399369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	37401051	rs11078895	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=752;SC=GTTCCTCACCACCATTCGCTC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=37401059;WS=37401041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	37410700	rs752314	C	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=162;SC=TATGTCTGGACACCTCTCTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=37410708;WS=37410699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	37410892	rs2879259	C	G	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=122;PP=2965;SC=AAAAGGGGTGCAGTTGATCAG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=147;TCR=122;TR=269;WE=37410900;WS=37410882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	37417575	rs3744348	C	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=1047;SC=ATGTGTGGCTCTGGGGATCTG;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=37417583;WS=37417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	37421767	rs2061338	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=242;SC=GAGTCATACCTGATTCTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=37421775;WS=37421757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	37425238	rs1966916	T	G	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=170;SC=AATTCTTTGGTGTTTCAGAGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=37425246;WS=37425228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	37425262	rs1966915	A	C	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=57;SC=TGTCATGCTAATTTTTTTTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=37425270;WS=37425252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	37580203	rs7405667	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.77;NF=0;NR=14;PP=333;SC=TGGCGTGATCTTGGCTCACTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=37580211;WS=37580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	37671910	rs8070799	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=805;SC=TATCAATAATGTAAAAATTTT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=37671918;WS=37671900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	37673920	rs2303315	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr17	37783787	rs3751903	C	G	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=111;PP=2965;SC=GCTTCTTCGCCCTCCCAAGGC;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=49;TCR=111;TR=160;WE=37783795;WS=37783777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	37814080	rs1877031	G	A	9759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=149;PP=2965;SC=GCCGTGCTGCGGCTCCGGCAC;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=195;TCR=149;TR=344;WE=37814088;WS=37814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	37815899	rs11658786	G	A	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=136;PP=2965;SC=AAGATTACATGGGTTGGAGCC;SOR=1.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=57;TCR=137;TR=193;WE=37815907;WS=37815889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	37821435	rs931992	G	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=297;SC=CCTCTGACCGGGGGGCAGCCA;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=37821443;WS=37821425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	37822311	rs1053651	A	C	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=134;PP=2965;SC=AGCCCGGTGCACTTCGTCGCT;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=120;TCR=134;TR=253;WE=37822319;WS=37822301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	37829129	rs2247862	A	G	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=70;PP=2415;SC=GCTGTGGGCCAAAGGAGTAGC;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=37829137;WS=37829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	37830447	rs2934956	T	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=898;SC=CTGAGTCTTGTGTTCACATCA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=37830455;WS=37830437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	37830900	rs2941504	A	G	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=81;PP=2965;SC=TGGTGTGGAAAACTGTGGACC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=199;WE=37830908;WS=37830890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	37831035	rs1565922	A	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=65;PP=2008;SC=GGGGCTCTGCAGGACAAGAAA;SOR=1.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=37831043;WS=37831025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	37855713	.	TA	T	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.667;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr17	37855834	rs4252596	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.072;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,58:0.19:305
chr17	37866005	rs1810132	C	T	12672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CTCTCTGTTACTAACCCGTCC;SOR=0.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=242;TCR=207;TR=448;WE=37866013;WS=37865995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,469:1.00:470
chr17	37866182	rs150391819	G	A	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=61;PP=1682;ReadPosRankSum=0.259;SC=GGCTGGGGCCGGGTGGAATGC;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=26;TCR=80;TR=82;WE=37866190;WS=37866172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,87:0.78:112
chr17	37868715	rs4252627	C	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=52;PP=1421;SC=AGAGTGGGCACGATGACCTGA;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=37868723;WS=37868705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	37871547	rs141116145	C	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=1110;ReadPosRankSum=-1.413;SC=AGGGACCCAGCCTCCAACACT;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=64;WE=37871555;WS=37871537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,70:0.79:89
chr17	37879762	rs903506	G	A	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=ACCGGCCCCCGGCACTGACCC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=37879770;WS=37879752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr17	37985801	rs3816470	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=694;ReadPosRankSum=1.143;SC=TTATAAATATATATTAAGTAG;SOR=0.132;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=35;WE=37985809;WS=37985791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
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chr17	38024626	rs11557466	C	T	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1045;ReadPosRankSum=0.131;SC=AACGTGCGTCCTACTCTCCGC;SOR=0.620;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=70;WE=38024634;WS=38024616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr17	38028634	rs11557467	G	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=719;ReadPosRankSum=-1.335;SC=ATCTTGGATAGTCTAATTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=45;WE=38028642;WS=38028624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr17	38031674	rs10852935	C	T	5222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.869;SC=ACAGTAATTGCGCTAGCTGTT;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=295;TCF=110;TCR=185;TR=213;WE=38031682;WS=38031664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,229:0.74:311
chr17	38031714	rs10852936	C	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1224;ReadPosRankSum=0.373;SC=AATATCTAAACATTTAGGTTA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=69;WE=38031722;WS=38031704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,71:0.66:107
chr17	38062196	rs2305480	G	A	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;PP=2110;ReadPosRankSum=-1.837;SC=GGCTTGTCTGGGTCCTCCATG;SOR=1.272;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=112;WE=38062204;WS=38062186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,122:0.74:164
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chr17	38063381	rs883770	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TCCTCACCAGCGTGTGTCAAT;SOR=1.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=30;WE=38063389;WS=38063371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
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chr17	38122708	rs9914973	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=349;ReadPosRankSum=0.516;SC=TGGGCGGGACTGAGGGTCTCC;SOR=3.391;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=22;WE=38122716;WS=38122698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr17	38126911	rs10531136	AACACACAC	A,AAC	1192.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=28,28;PP=960,157;SC=GTTTGATTCAAACACACACAC;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=28,28;WE=38126926;WS=38126901;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:31
chr17	38127713	rs3916061	A	G	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=36;PP=1604;SC=CCCCCAACTCACGCTCCCAAT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=38127721;WS=38127703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	38128584	rs5820314	A	AG	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=1115;SC=CCTCAACTTTAGAAAGACAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=26;WE=38128592;WS=38128574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr17	38128714	rs3859191	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
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chr17	38145088	rs9915252	C	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=869;ReadPosRankSum=1.112;SC=GGCAGCCAAGCATCTCACTTG;SOR=1.473;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=40;WE=38145096;WS=38145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr17	38146263	rs3217173	GA	G	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
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chr17	38153473	rs12453334	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=969;ReadPosRankSum=0.427;SC=AGGGGCCCGCCGCTTCCTGCC;SOR=0.529;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=44;WE=38153481;WS=38153463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr17	38153554	rs2241244	G	C	5122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TCCTTCCCTCGCTCATCTCCT;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=302;TCF=182;TCR=120;TR=216;WE=38153562;WS=38153544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,224:0.72:313
chr17	38153714	rs10671123	T	TGA	12834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=116;PP=2957;SC=CTGGAAGGGCTGAGCTGCTCT;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=194;TCF=61;TCR=133;TR=173;WE=38153722;WS=38153704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	38153875	rs7021	T	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,16:0.14:115
chr17	38171668	rs2227322	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,35:0.21:167
chr17	38172192	rs2227324	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=773;SC=TGGAAGGGACGTGGGAGAATA;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=38172200;WS=38172182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	38172305	rs2071369	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=10;PP=382;SC=GTGGAGGCATTACATTCAGGA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=38172313;WS=38172301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	38172452	rs2071370	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=19;PP=1128;SC=GACCCGGCCATGGCGAGTCTC;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=38172460;WS=38172442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	38172942	rs2227338	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=57;PP=1662;SC=CACCACAGCCAGGCCTGTGTA;SOR=3.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=64;WE=38172950;WS=38172932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	38173143	rs25645	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=773;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GAGGGGTCCTGGTTGCCTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=49;WE=38173151;WS=38173133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr17	38176256	rs2270401	A	T	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1397;ReadPosRankSum=-2.500;SC=CTCTGGGAGAAGGTGGGACTG;SOR=0.375;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=94;WE=38176264;WS=38176246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,99:0.74:134
chr17	38176476	rs9899955	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=16;PP=1576;SC=ATGAGAAGAGAGACTCGTCCA;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=65;WE=38176484;WS=38176466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	38178149	rs2302776	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=460;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GCAGAGTGGCAGCATCGGGGA;SOR=3.312;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=25;WE=38178157;WS=38178139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr17	38178627	rs3213762	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,83:0.25:336
chr17	38179290	rs4794824	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr17	38179374	rs4247366	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,23:0.14:163
chr17	38179492	rs2302777	A	G	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CCTTGGCAAAAATGTCCGTCA;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=186;WE=38179500;WS=38179482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,186:0.71:262
chr17	38179667	rs2302778	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=76;PP=2359;SC=GGGCCGAGAGAACCTGAGGCT;SOR=1.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=38179675;WS=38179657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	38183090	rs2302774	G	T	6221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.778;SC=CCCTTGGAGTGGGCGCCCGGG;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=331;TCF=165;TCR=166;TR=261;WE=38183098;WS=38183080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,269:0.78:344
chr17	38188419	rs3935281	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5089;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=934;ReadPosRankSum=0.542;SC=GGCATCCCCCCGAACCCCTGC;SOR=0.523;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=55;WE=38188427;WS=38188409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,59:0.87:68
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chr17	38189049	rs4072639	G	A	6750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=7.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.87;ReadPosRankSum=2.405;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,173:0.77:226
chr17	38189055	rs3935280	A	G	6529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.85;ReadPosRankSum=2.910;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,158:0.77:205
chr17	38189793	rs11078934	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ATTTTGGCACTCCCTCCGGCA;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=66;WE=38189801;WS=38189783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr17	38192137	rs11078935	T	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=604;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GGACTCCTGCTCCTCTCTCCT;SOR=0.348;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=36;WE=38192145;WS=38192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr17	38209538	rs116870368	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=607;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GTGGGGGTTTGCGGGAAGCTT;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=35;WE=38209546;WS=38209528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr17	38251385	rs141144358	A	AT	1359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.760;NF=2;NR=33;PP=1364;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGGGGGAGGAAAAGATTGAAG;SOR=2.352;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=35;WE=38251393;WS=38251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr17	38252582	.	G	GT	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=909;ReadPosRankSum=0.209;SC=GACATCCCCTGGCACATGTGA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=25;WE=38252590;WS=38252572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	38252667	rs939346	G	A	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.06;NF=99;NR=60;PP=2965;SC=GGCGGAAGAAGGGGGGAGGAT;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=159;WE=38252675;WS=38252657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	38253228	rs2102928	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCAGAATAGGTCCTGGCAAGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=5;WE=38253236;WS=38253218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr17	38256185	rs4795424	A	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.761;SC=ACACTAAAGCACCGCAGCACG;SOR=0.236;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=11;WE=38256193;WS=38256175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr17	38279036	rs117827273	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=2.009;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,22:0.18:119
chr17	38323151	rs74458287	T	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.494;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr17	38323194	rs377329830	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.477;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.302;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	38324766	rs11327454	AT	A	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=473;SC=TTGAGAGAACATTTTCAGTGC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=38324774;WS=38324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	38334359	rs66989091	A	AG	2460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=14;PP=2398;SC=CCGCCCCCTGAGAGGAAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=38334367;WS=38334349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	38346802	rs56304903	C	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,94:0.24:397
chr17	38348616	rs56357916	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=146;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AAGGTGTTTAGTGTATGGGAC;SOR=1.314;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=13;WE=38348624;WS=38348606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr17	38445607	rs4134999	T	G	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=1059;ReadPosRankSum=0.917;SC=GTTAGTTATTTTCTCTTCACT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=51;WE=38445615;WS=38445597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr17	38508104	rs4890109	G	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.304;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,12:0.12:96
chr17	38508756	rs41283421	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=59;PP=1463;ReadPosRankSum=2.520;SC=GCCTGGACATCCTGGTGAGGG;SOR=0.441;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=24;TCR=82;TR=78;WE=38508764;WS=38508746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,80:0.73:109
chr17	38512836	rs117770216	C	A	11703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=260;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TTGGCTCCCCCATCCTCAGAA;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=664;TCF=316;TCR=348;TR=498;WE=38512844;WS=38512821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,512:0.75:680
chr17	38519291	rs502041	C	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=33;PP=1526;SC=GCGGGGCGCACGGCTCGGGGC;SOR=0.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=38519299;WS=38519281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	38548371	.	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.493;SOR=2.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr17	38556770	rs471692	T	C	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=82;PP=2965;SC=AAGAAATCCATAATTATTTAC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=187;WE=38556778;WS=38556760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	38560395	rs74496325	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,47:0.17:275
chr17	38563710	rs558068	C	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=258;SC=TCCTATTTAACTAATTTATTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=38563718;WS=38563700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	38566396	rs2715548	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=28;PP=817;SC=GGATAAGCAAGAAGTTTGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=38566404;WS=38566386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	38572366	rs2586112	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=319;SC=AGTGTTTTAAGAAACATTCTG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=38572374;WS=38572356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	38600092	rs598892	G	A	473.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=2.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AGGAGAAGCTGGCGCGCTGCC;SOR=1.052;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=20;WE=38600100;WS=38600082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
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chr17	38640744	rs2290207	C	T	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.259;SC=ACCTGGTCGACTCTGAGCAGA;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=145;TCR=97;TR=183;WE=38640752;WS=38640734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,186:0.74:250
chr17	38640992	rs2290206	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=628;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GTACTGTCAAATCTCCACCAT;SOR=1.121;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=25;WE=38641000;WS=38640982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr17	38644752	rs34377860	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1485;ReadPosRankSum=1.095;SC=GCATGCGTGCGTGTGCCTGTG;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=85;WE=38644767;WS=38644742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,85:0.79:107
chr17	38645125	rs3764424	A	G	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=56;PP=2630;ReadPosRankSum=1.430;SC=ACCACTGCGAAGGGAGCCGAA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=131;TCR=80;TR=149;WE=38645133;WS=38645115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,155:0.72:214
chr17	38645331	rs34879399	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1279;ReadPosRankSum=0.791;SC=TTTATAGAGACGAGGACACTG;SOR=1.218;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=66;WE=38645339;WS=38645321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,66:0.72:92
chr17	38787296	rs145383757	ATG	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr17	38801695	.	CTT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	38854406	rs2429549	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=1;PP=1255;SC=CCAGAAAGATGCCTAGATTGA;SOR=6.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=38854414;WS=38854396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	38855772	rs2462961	T	C	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=96;PP=2965;SC=AGCAATTGCTTGTACTCTGCG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=126;TCR=96;TR=222;WE=38855780;WS=38855762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	38856662	rs887376	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	38857446	rs874889	C	A	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=129;NR=120;PP=2965;SC=TCTCAATCTGCATCTCCAGGT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=249;WE=38857454;WS=38857436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	38858029	rs6416908	A	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	38858134	rs11309872	CA	C	8294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=67;PP=2957;SC=GCCAATCTGGCATTGTCAATG;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=119;WE=38858142;WS=38858124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	38905477	rs10491127	T	G	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=52;PP=2965;SC=AAATAAAAAATTAGCATTGCA;SOR=2.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=147;TCR=52;TR=198;WE=38905485;WS=38905467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	38910811	rs34344021	G	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=856;SC=TTCTCTTTAAGAAATCACAAG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=38910819;WS=38910801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	38911212	rs12951078	G	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=64;PP=2766;SC=CCAGGTCAGCGTTGGCCTCCT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=141;WE=38911220;WS=38911202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	38911363	rs12951399	G	A	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=93;PP=2965;SC=GTTTCCTCCCGATGAGCTGCC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=197;WE=38911371;WS=38911353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	38922718	rs35253595	TTC	T	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.444;QD=33.32;ReadPosRankSum=1.619;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	38925099	.	GTT	G	39.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	38934118	rs2286648	C	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=218;SC=GATTCCACTTCTTCAATATTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=38934126;WS=38934108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	38935812	rs981684	A	G	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=77;PP=2965;SC=TTTCATCTCGATAAGCTCATT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=179;WE=38935820;WS=38935802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	38936659	rs17558560	C	T	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=73;PP=2965;SC=CTTCGCAAACCATTGATGTCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=170;WE=38936667;WS=38936649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	38938216	rs17473777	T	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=526;SC=CAAAGCCCTGTTATTGTGATA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=38938224;WS=38938206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38938615	.	C	A	5667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.549;SC=ACAAGAGAAGCCACTTCCAAT;SOR=0.860;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=325;TCF=155;TCR=170;TR=237;WE=38938623;WS=38938605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,245:0.74:332
chr17	38950272	rs2250671	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-0.370;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,43:0.17:251
chr17	38953540	rs3813038	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,78:0.21:369
chr17	38954687	rs9914044	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.480;SC=TAAGACTACCCCAAGAAACAG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=18;WE=38954695;WS=38954677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr17	38955961	rs4624233	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=2.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=2.105;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,75:0.26:290
chr17	38975103	rs11275186	A	AGCTGCCGCCGCCGTATCCGCCGCCGGAGCT	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr17	38975307	.	TGCCGCCGTGGCC	T	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.271;NF=9;NR=1;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CCGCCGGAACTGCCGCCGTGG;SOR=4.332;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=10;WE=38975336;WS=38975297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr17	38976998	rs1799873	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr17	38978536	rs4261597	A	C	10460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=194;NR=191;PP=2965;SC=CCCTCCAAAGATGCCTCCATA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=195;TCR=192;TR=385;WE=38978544;WS=38978526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	38990834	rs2240078	G	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=37;PP=2670;SC=CCAGCTATGTGCCCTCTGTTG;SOR=1.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=88;TCR=37;TR=124;WE=38990842;WS=38990824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	38991003	rs10558	T	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,87:0.19:457
chr17	38991032	rs6694	T	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,73:0.18:397
chr17	39023396	rs11650915	G	A	4836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GACAGTCCGGGGGTGCGCACT;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=102;TCR=159;TR=193;WE=39023404;WS=39023386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,203:0.74:274
chr17	39032768	rs971812	A	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTGATTTATAATATTCAACTT;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=6;TCR=54;TR=48;WE=39032776;WS=39032758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr17	39081713	rs8037	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-2.457;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr17	39084504	rs9257	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr17	39116728	rs17843021	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1139;ReadPosRankSum=0.345;SC=CTCTGTCTCCGTTAGGATGCA;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=59;WE=39116736;WS=39116718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr17	39123013	rs17645930	G	A	4721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=0.603;NF=84;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.783;SC=GATGGCAGCCGTTGTTAGAAG;SOR=1.012;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=119;TCR=138;TR=188;WE=39123021;WS=39123003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,201:0.74:272
chr17	39123131	rs5820378	G	GT	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.665;NF=2;NR=39;PP=1528;ReadPosRankSum=1.750;SC=GCTTTAGTTTGTTCCAGGTCT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=41;WE=39123139;WS=39123121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr17	39134455	rs2271277	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=0.587;SC=ACATTCACAAGCAGCAGTTTT;SOR=0.872;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=43;WE=39134463;WS=39134445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr17	39134561	rs2271278	C	T	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1306;ReadPosRankSum=-0.044;SC=GGGGAAAAATCGATTTTCAAC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=88;WE=39134569;WS=39134551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,99:0.65:153
chr17	39134576	rs2271279	A	C	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,98:0.64:154
chr17	39134585	rs2271280	G	A	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,100:0.65:153
chr17	39134590	rs2271281	G	C	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
chr17	39135084	rs8064733	A	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr17	39135089	rs11649834	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr17	39135205	rs8064910	A	G	5897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.88;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,148:0.77:191
chr17	39135214	rs8068970	T	C	5914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.65;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,149:0.77:193
chr17	39135322	rs8068223	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=4.001;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=910;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGCAGTCTCTCGGGCCAGAGT;SOR=1.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=46;WE=39135330;WS=39135312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,48:0.86:56
chr17	39137104	rs9908389	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=720;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CAAGATCTCCATCTGGCAGCC;SOR=0.907;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=44;WE=39137112;WS=39137094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr17	39137154	rs721958	C	G	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=32;PP=2117;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GCTGATTCAGCTCTTCTGTCT;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=112;TCR=43;TR=111;WE=39137162;WS=39137144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,115:0.71:163
chr17	39137297	rs721957	C	T	4590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=107;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CACCGTTTCACACTGACAGCG;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=114;TCR=150;TR=190;WE=39137305;WS=39137287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,201:0.73:276
chr17	39137387	rs2010027	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1799;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AAGCTGTTCACGAAGCAAGTT;SOR=0.603;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=96;WE=39137395;WS=39137377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,107:0.77:139
chr17	39137553	rs8074364	T	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1642;ReadPosRankSum=1.121;SC=TTTTCACCACTTAGAAGGGCC;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=100;WE=39137561;WS=39137543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,108:0.73:147
chr17	39138436	rs11078972	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=2.000;SC=GCCCTGCCTCAAGTAGTTTTA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=39138444;WS=39138426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr17	39138476	rs11078973	CG	TA	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=1118;ReadPosRankSum=0.137;SC=TGCCCAAATTCGATTTACAAA;SOR=1.244;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=29;WE=39138485;WS=39138466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr17	39138712	rs4243257	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=387;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GTTCACTCTCGTACCTTTCAC;SOR=1.139;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=21;WE=39138720;WS=39138702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
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chr17	39139274	rs34812152	A	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.39;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
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chr17	39139413	rs9910145	C	A	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1481;ReadPosRankSum=0.496;SC=ATAAATGATTCTTTGAGAGAA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=97;WE=39139421;WS=39139403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,115:0.73:158
chr17	39139430	rs9908522	G	A	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.20;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,91:0.75:121
chr17	39139435	rs111938052	C	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.17;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr17	39139961	rs6503570	C	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=1040;ReadPosRankSum=0.305;SC=CTATGTATCACTAACTCTTAG;SOR=0.998;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=52;WE=39139969;WS=39139951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr17	39140221	rs1510068	C	T	5009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.551;SC=CTCCAGATAGCTGGCGAGTCT;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=259;TCF=147;TCR=112;TR=201;WE=39140229;WS=39140211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,204:0.76:267
chr17	39140417	rs1510069	T	C	7366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=0.571;SC=GTAGCACAGGTACCGGGGAGA;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=163;TCR=214;TR=297;WE=39140425;WS=39140407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,310:0.79:393
chr17	39140591	rs112679140	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.850;SC=AAACTCTCCTCTCCTGAGAGT;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=14;WE=39140599;WS=39140581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	39150167	rs12452295	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.137;NF=60;NR=24;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AGGTGGGCACGCAGGGCTGAG;SOR=1.542;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=84;WE=39150175;WS=39150157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,84:0.79:107
chr17	39150443	rs2010209	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=728;ReadPosRankSum=-1.442;SC=GGGCTCTTATGTACCCTCTCC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=33;WE=39150451;WS=39150433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr17	39156224	rs3813051	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=5.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=0.654;SC=CAACTGGAAGCCTTCCTGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=20;WE=39156232;WS=39156214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	39190954	.	G	GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCA	2502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-3.286;QD=45.50;ReadPosRankSum=4.486;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr17	39216019	rs12937861	G	A	120.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQRankSum=-0.792;QD=17.28;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	39240781	.	CCTGCTGCCGCCCCAG	C	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.054;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.621;NF=18;NR=8;PP=2966;ReadPosRankSum=-2.325;SC=TGCCAGCCCACCTGCTGCCGC;SOR=1.690;Source=Platypus;TR=26;WE=39240803;WS=39240771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr17	39240804	.	C	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=25.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-1.250;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=3.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,12:0.16:74
chr17	39240805	.	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.927;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=25.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-1.250;QD=3.79;ReadPosRankSum=-2.201;SOR=3.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,12:0.16:74
chr17	39240807	rs188505452	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=25.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-1.638;QD=3.72;ReadPosRankSum=-2.540;SOR=3.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,11:0.15:75
chr17	39240810	rs143685555	T	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=22.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQRankSum=-2.028;QD=2.96;ReadPosRankSum=-3.253;SOR=3.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr17	39240817	.	G	GTCGCC	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=11.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=-3.307;QD=0.57;ReadPosRankSum=-2.884;SOR=2.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,6:0.07:85
chr17	39254444	rs6416913	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=883;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AGGCCCGTTGTCACCACGTCA;SOR=3.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=37;WE=39254452;WS=39254434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr17	39258070	rs113753849	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ACAGACTGGACGCAGGCAGCA;SOR=1.050;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=26;WE=39258078;WS=39258060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr17	39262015	rs376253266	T	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.854;NF=25;NR=37;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CCAGCTGCTGTCGCCCCAGCT;SOR=0.725;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=62;WE=39262023;WS=39262005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,63:0.72:87
chr17	39274518	rs9897031	C	T	6334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.74;MQRankSum=-1.893;NF=141;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCAGAGGTCTCGGCCACAGCC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=183;TCR=156;TR=261;WE=39274526;WS=39274508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,269:0.78:347
chr17	39333956	rs377518	T	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=330;SC=CACAGGTGGATCATATCAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=39333964;WS=39333946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39334133	rs389784	T	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=48;PP=2020;SC=GGGCTGGCAGTACACAGACTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=107;WE=39334141;WS=39334123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	39334456	rs493514	G	A	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=146;PP=2965;SC=TTTCCAGGAAGGTGGGTTTGG;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=84;TCR=146;TR=230;WE=39334464;WS=39334446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	39340597	rs452216	G	A	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=61;PP=2965;SC=ACATGGACAAGTTGATATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=157;WE=39340605;WS=39340587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	39340707	rs398825	C	T	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;PP=2965;SC=CAGCAAGTTGCACGGCAGCAG;SOR=0.816;Source=Platypus;WE=39340715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	39340795	.	ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG	A	2822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.96;QD=39.76;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	39340812	.	T	C	859	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=26;MQ=49.43;NF=14;NR=25;SC=CAGCTGGACATACCACAGCTG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=39;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr17	39340826	.	T	C	643	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=48.14;NF=13;NR=21;PP=643;QD=19.9344474279;SC=ACAGCTGGGGTGGCAGGTGGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=34;WE=39340834;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr17	39340843	.	GCAGAGTGGG	ACAGACTGGG,ACAGAGTGGA	813	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=12;MQ=49.17;NF=4,16;NR=4,7;PP=57,813;QD=13.8084843578;SC=TGGTCTGACAGCAGAGTGGGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=8,23;WE=39340860;WS=39340833;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.24:34
chr17	39340910	rs2320231	T	C	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=34;PP=1210;SC=ACAGACTGGGTGGCAGCAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=78;WE=39340918;WS=39340900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	39341158	rs452531	G	A	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=81;PP=2577;SC=TGAGTTTTTCGAATGTGGGAA;SOR=1.521;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=124;WE=39341166;WS=39341148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	39341266	rs449817	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=554;SC=TAGATAGGCAATTATCAAGTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=39341274;WS=39341256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	39341294	rs385122	T	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=346;SC=TGTGGGAAAATATCTGTATAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=39341302;WS=39341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	39346518	rs238824	T	C	8676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=140;NR=163;PP=2965;SC=TATCAAACTATCTGCTTCAGG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=140;TCR=163;TR=303;WE=39346526;WS=39346508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	39346595	rs11283848	T	TGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA	8789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=64.63;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	39406409	rs2191379	C	A	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2425;ReadPosRankSum=0.051;SC=ACCTGTGTGTCCAGCTGCTGT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=110;TCR=122;TR=157;WE=39406417;WS=39406399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,168:0.68:247
chr17	39406447	rs3967754	A	G	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.281;NF=49;NR=69;PP=2040;ReadPosRankSum=-0.233;SC=ATCAAGTCCCAAGAGAACCAC;SOR=0.490;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=184;TCF=73;TCR=111;TR=118;WE=39406455;WS=39406437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,128:0.65:198
chr17	39421968	rs112809229	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=33;PP=1142;SC=CCTGTGCACCTGTGTACTGCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=39421976;WS=39421958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	39432562	rs9893993	A	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AAACCAACAAAGTGAACTTAG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=65;WE=39432570;WS=39432552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,70:0.77:91
chr17	39458168	.	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,45:0.27:166
chr17	39458476	rs1001191	A	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,56:0.22:257
chr17	39458573	rs144150438	TGTACAGATGGTTG	T	1616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.873;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,53:0.22:237
chr17	39458765	rs1005197	A	G	5179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.986;SC=GACAACAAGTAGATTCCGAGC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=153;TCR=116;TR=204;WE=39458773;WS=39458755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,218:0.75:289
chr17	39458893	rs758741	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,56:0.17:322
chr17	39459167	rs1005196	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=1.542;SC=AAAGACATCCGATACAGAGGG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=39459175;WS=39459157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	39464046	rs2074286	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,38:0.27:140
chr17	39464487	rs2074285	G	C	10949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=175;PP=2965;SC=GCAGACAGAAGGACAGCGCTT;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=214;TCR=177;TR=389;WE=39464495;WS=39464477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	39464736	rs2074284	C	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=730;ReadPosRankSum=1.232;SC=CTCTGAGCAACTTGGCTCACA;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=59;WE=39464744;WS=39464726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,62:0.30:207
chr17	39465094	rs12453338	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,121:0.23:519
chr17	39465389	rs12451604	T	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,49:0.22:225
chr17	39471752	rs72106118	TGCCCCCGCAGCCAGA	T	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,43:0.23:183
chr17	39471778	rs78413710	C	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,46:0.27:172
chr17	39471929	rs12449671	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,55:0.25:221
chr17	39471972	rs12452669	T	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=403;ReadPosRankSum=0.673;SC=TGGCCAGCCATCTGGATGGCA;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=39;TCR=89;TR=35;WE=39471980;WS=39471962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr17	39472018	rs12449683	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=292;ReadPosRankSum=0.526;SC=TGAGGGACGGGATGTTTTCTT;SOR=0.554;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=18;WE=39472026;WS=39472008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr17	39506659	rs16966713	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,59:0.21:276
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chr17	39580562	rs9916484	T	C	11387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=45.01;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
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chr17	39580739	rs9910204	C	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=-2.003;SC=ATGGTGCAACCCAGAGGGCAT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=40;WE=39580747;WS=39580729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr17	39580816	rs72485487	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr17	39593768	rs897416	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=14;PP=471;SC=CAGGAGGGAGACGTGGAGCAC;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=39593776;WS=39593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	39593872	rs897415	A	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=83;SC=ATGAGGAAGGAGTCCCCACTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=39593880;WS=39593862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	39594679	rs7209968	A	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1651;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AGACCTCCAAAATAAAATGCT;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=73;WE=39594687;WS=39594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr17	39594934	rs71155140	AC	A	1921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.699;QD=3.36;ReadPosRankSum=2.138;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,121:0.21:572
chr17	39595116	rs9894668	G	T	10050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.365;SC=ACTTCCTGCAGAAGGGAGGAA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=586;TCF=293;TCR=293;TR=436;WE=39595124;WS=39595106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,446:0.75:596
chr17	39595661	rs2071611	T	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,56:0.24:235
chr17	39596402	rs2071610	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,32:0.22:148
chr17	39596611	rs1350046	T	C	10702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=216;NR=156;PP=2965;SC=TTCTCTGAGCTTTACATGGAT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=216;TCR=156;TR=372;WE=39596619;WS=39596601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	39616430	rs2604953	G	T	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=50;PP=2719;SC=ACGGTGCGGGGCACGCATGGG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=147;WE=39616438;WS=39616420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	39619093	rs2604954	GT	AC	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.964;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr17	39619219	rs2857257	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.843;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,44:0.20:222
chr17	39620565	rs72830046	C	T	8095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=2.759;SC=CACGTCCCTGCGGTTGGCCTC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=443;TCF=253;TCR=190;TR=330;WE=39620573;WS=39620555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,343:0.74:464
chr17	39620733	rs2604958	G	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=8.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.795;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,67:0.19:348
chr17	39622068	rs2071561	G	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=9;PP=1421;SC=CTCCTTCAGGGACTCAACCTG;SOR=3.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=61;WE=39622076;WS=39622058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	39623363	rs3744786	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1274;ReadPosRankSum=-2.450;SC=ACTGGCTGCCTGGCAGGAACT;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=91;WE=39623371;WS=39623353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
chr17	39623622	rs1807434	A	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=63;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CTGGATGTCTACAGACCCCAT;SOR=1.041;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=96;WE=39623630;WS=39623612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr17	39623708	rs737487	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TGTTGATGTTCACACCCAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=39623716;WS=39623698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr17	39633317	rs2239711	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=706;SC=CTCAGAACCGACCCCCTGGGC;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=39633325;WS=39633307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr17	39633354	rs12451652	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=436;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCGGGGGCTGCAGTTTGTGCG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=16;WE=39633362;WS=39633339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr17	39634082	rs75126797	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.478;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,13:0.16:79
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chr17	39637244	rs743686	A	G	5175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AGCTTGCAAGAGCTGCTGGAG;SOR=0.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=253;TCF=120;TCR=133;TR=208;WE=39637252;WS=39637234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,218:0.83:262
chr17	39643646	rs2301354	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=932;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CGCGTTGACCGTACGTCTCAG;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=45;WE=39643654;WS=39643636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,47:0.84:56
chr17	39644057	rs2301353	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=52;PP=1490;SC=TCAATGACCTGAATTCAAACC;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=59;WE=39644065;WS=39644047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	39646021	rs1003842	A	G	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=112;PP=2965;SC=AGCCCACAGAACGGATGGAGG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=224;WE=39646029;WS=39646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	39659183	rs4796698	G	A	6865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=106;PP=2965;SC=TGGGAGGGCCGGGTACCTTGG;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=117;TCR=106;TR=223;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	39659194	rs4796697	T	C	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=114;PP=2965;SC=GGTACCTTGGTGTGGAACCAT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=123;TCR=114;TR=237;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	39659529	rs7211835	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=AGCCTGCAATTCCCGCTCACC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=171;WE=39659537;WS=39659519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	39659913	rs9891361	G	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=52;PP=1673;SC=GAAGTCGTCCGCAGCCAGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=39659921;WS=39659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	39661689	rs8182306	G	A	8445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=166;PP=2965;SC=CTGATCCCCCGGACACAAACC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=145;TCR=166;TR=311;WE=39661697;WS=39661679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	39670912	rs897420	G	C	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=67;PP=2965;SC=TTCCCTGATGGCAATGCCAGC;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=166;WE=39670920;WS=39670902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	39671045	rs897421	T	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=68;PP=2181;SC=CACCCACACATCTGACTCCTC;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=111;WE=39671053;WS=39671035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	39674641	rs1050784	T	C	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=103;PP=2965;SC=TCTGGGCTGGTTGGGGTCTGC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=213;WE=39674649;WS=39674631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	39680580	rs1869719	A	C	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=146;PP=2965;SC=TAGGGAACACAAAGCCCTCCC;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=169;TCR=146;TR=315;WE=39680588;WS=39680570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr17	39680796	rs1869720	T	A	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=142;PP=2965;SC=TGATTTCCTGTAAAGATACAG;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=100;TCR=142;TR=242;WE=39680804;WS=39680786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	39681475	rs4601	A	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=46;PP=2161;SC=CCAGACGGGCATTGTCGATCT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=39681483;WS=39681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	39684321	rs4602	G	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	39684410	rs11550883	G	A	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	39723451	rs6503636	A	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.652;NF=37;NR=3;PP=866;ReadPosRankSum=0.039;SC=TGAGACCTTGACTCTCCACCC;SOR=0.836;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=40;WE=39723459;WS=39723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr17	39723990	rs3890472	T	A	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1496;ReadPosRankSum=0.365;SC=TTTTTCCAGCTCCGGAGGATT;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=106;WE=39723998;WS=39723980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,121:0.74:164
chr17	39724047	rs1008753	T	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=964;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GCGGCCCCCATACACATATAT;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=55;WE=39724055;WS=39724037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr17	39726276	rs3816510	C	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ACCTGCAGACCAGCCAGGGTT;SOR=0.354;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=92;WE=39726284;WS=39726266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,92:0.72:128
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chr17	39728050	rs8070680	G	A	10407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=263;PP=2962;ReadPosRankSum=1.276;SC=AACTGCCACCGCCTCCCCTCC;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=603;TCF=268;TCR=335;TR=477;WE=39728058;WS=39728040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,485:0.80:605
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chr17	39871700	rs7220169	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=47;PP=1839;ReadPosRankSum=1.467;SC=TGCAGCGACTGTGTGTGTATG;SOR=0.943;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=121;WE=39871708;WS=39871690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,122:0.85:144
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chr17	39874137	rs7212417	G	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1763;ReadPosRankSum=0.239;SC=TGAGTGGCTGGTGCAGGCATT;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=115;WE=39874145;WS=39874127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,125:0.76:165
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chr17	39874283	rs11079007	T	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=593;ReadPosRankSum=0.512;SC=GGGGCTCTGTTATAAAAGACA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=33;WE=39874291;WS=39874273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr17	39881289	rs8075017	G	C	12827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=294;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CCTGGGGCACGAACTCCTCCG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=717;TCF=329;TCR=388;TR=538;WE=39881297;WS=39881271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,544:0.75:726
chr17	39881487	rs11869104	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=1.548;SC=TCCACACAGATCCTGATGGTT;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=13;WE=39881495;WS=39881477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr17	39883350	rs4523977	G	A	4240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=69;PP=2692;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CCTTAGAGACGTTCTGAGCTC;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=144;TCR=91;TR=173;WE=39883358;WS=39883340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,184:0.74:248
chr17	39883595	rs7216154	T	C	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1184;ReadPosRankSum=1.567;SC=CAGTGGACACTGGGGGTTGCT;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=87;WE=39883603;WS=39883585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr17	39883972	rs4796600	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=7;PP=1139;ReadPosRankSum=2.137;SC=TCTGGGCCAGCGGCTCTCCAG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=56;WE=39883980;WS=39883962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr17	39884065	rs35612698	C	A	7658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.130;SC=GCTGCTTCTGCAACTTTTCAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=453;TCF=266;TCR=187;TR=328;WE=39884073;WS=39884055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,340:0.73:468
chr17	39884091	rs4796601	G	C	9356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GCCCCATACTGGAAGGACCCA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=550;TCF=296;TCR=254;TR=398;WE=39884099;WS=39884081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,414:0.73:568
chr17	39884246	rs4796602	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=69;PP=1707;ReadPosRankSum=0.258;SC=GGGGAGTCACGCAGCCTGGTT;SOR=1.549;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=119;TCF=26;TCR=93;TR=84;WE=39884254;WS=39884236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,84:0.71:118
chr17	39884419	rs4796692	C	T	6342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CCCATGGGGCCACGACAAGAG;SOR=0.526;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=342;TCF=208;TCR=134;TR=263;WE=39884427;WS=39884409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,269:0.77:349
chr17	39884583	rs4796693	G	A	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=84;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GCTGGCCTCCGCTGGGGAGGG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=53;TCR=112;TR=123;WE=39884591;WS=39884573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,129:0.75:172
chr17	39884684	rs4796694	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TCGGCTGCTGCGCTGTGCCAG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=21;WE=39884692;WS=39884674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr17	39888455	rs3895103	G	C	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=74;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.544;SC=AGATTGGCCCGCTATCCTCTC;SOR=0.413;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=166;WE=39888463;WS=39888445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,182:0.75:244
chr17	39890715	rs4796603	A	T	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=72;PP=2327;ReadPosRankSum=0.583;SC=AGGAACTGGGATCCAGAGGTG;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=140;WE=39890723;WS=39890705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,143:0.73:195
chr17	39912145	rs1126821	T	A	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1539;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GTGGCATCCATGTCTGGGGAC;SOR=0.505;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=105;WE=39912153;WS=39912135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,112:0.74:152
chr17	39912259	rs141010071	A	AC	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-0.679;SC=GGTGGGCCTGACCCCTCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=39912267;WS=39912249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	39912581	rs9890858	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=-2.172;SC=GCTGGGTGCCATGGCTCACGC;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=19;WE=39912589;WS=39912571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr17	39913645	rs7216034	T	C	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=62;PP=2735;ReadPosRankSum=1.784;SC=CCAACTACTGTGGTCCAACCT;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=145;TCR=80;TR=171;WE=39913653;WS=39913635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,178:0.75:237
chr17	39914070	rs8067890	G	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=540;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CAGGGGAGAGGTGGAAAGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=25;WE=39914078;WS=39914060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr17	39923614	rs12942034	A	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1327;ReadPosRankSum=1.901;SC=GCCTCGGGAGAGTTGGGGAGG;SOR=0.399;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=69;WE=39923622;WS=39923604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,67:0.81:83
chr17	39925925	rs7405731	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=66;PP=2202;SC=GGTACTCCAGATCACCTGGGG;SOR=1.322;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=109;WE=39925933;WS=39925915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	39959189	rs1065029	C	G	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=64;PP=2905;SC=CAAGCTTGAGCGGTGTGGGGT;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=154;WE=39959197;WS=39959179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	39959511	rs3809877	C	T	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=16;PP=2344;SC=GGCTGCATCCCCACCCCCCAA;SOR=3.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=84;TCR=16;TR=100;WE=39959519;WS=39959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	39973196	rs148476966	TATAGGGAGGGGGGATTGTGTGCG	T	4395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CACACCTGGCTATAGGGAGGG;SOR=1.545;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=45;WE=39973226;WS=39973186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,110:0.72:153
chr17	39977862	rs8072866	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=577;SC=GCCCAGACCCCGGCCTGACTA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=39977870;WS=39977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	39983644	rs9896766	A	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=414;SC=GAGAAGAAAGACATGAAGAGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=39983652;WS=39983634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	39983808	rs1046404	G	C	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=96;PP=2965;SC=GAAGTAACCAGAGTTCTCACA;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=129;TCR=96;TR=225;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	39983820	rs1046403	G	A	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=GTTCTCACACGCAGAGCTGTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	39983849	rs1128966	G	C	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=121;PP=2965;SC=ATGTGTGTATGAGCTGGCCCT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=113;TCR=122;TR=234;WE=39983857;WS=39983839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	39987130	rs4796712	T	C	8909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=1.648;SC=GGAGATTGTGTGCTTTGGTCC;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=131;TCR=207;TR=335;WE=39987138;WS=39987120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,340:0.99:343
chr17	39988601	rs7208062	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=22;PP=1250;SC=CAGCCTACTCCATCTCAAGGG;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=39988609;WS=39988591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	39991790	rs1319763	C	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=33;PP=1830;SC=TATCAGGTCCCTCCTAAGAGA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=39991798;WS=39991780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	39991867	rs3039772	A	ATATC	7206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=52;PP=2918;SC=GGGGAGGATAAGGCCCTAGGT;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=79;WE=39991875;WS=39991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	39991988	rs1865841	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=50;PP=2265;SC=TCAAGCTCCCGGCCATTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=39991996;WS=39991978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	39998141	rs1529933	C	T	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=107;PP=2965;SC=GCATTTCTCCCGACATGATGA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=226;WE=39998149;WS=39998131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	40003421	rs4796721	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=524;SC=ACTGTACAGACTGGAATTAAG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=40003429;WS=40003411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	40003762	rs370591937	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.804;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	40010979	rs3744782	G	A	12373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=222;NR=221;PP=2965;SC=CATCAACAAAGTATCCCACAC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=443;TCF=222;TCR=221;TR=443;WE=40010987;WS=40010969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr17	40024023	rs7217218	A	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=31;PP=1388;SC=GGGGGAAGAGATCTTGTCTTC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=40024031;WS=40024013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	40024869	rs12946315	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	40024895	rs8079008	A	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=9;PP=1696;SC=CAACCCCATGAGTAAGTGGTG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=64;WE=40024903;WS=40024885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	40025264	rs9912300	G	T	8665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=191;NR=104;PP=2965;SC=ATCAACAAACGTAATGAAGAA;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=191;TCR=104;TR=295;WE=40025272;WS=40025254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	40025285	rs9914829	A	G	11203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=232;NR=159;PP=2965;SC=GAAAACAGCTACAATGCTCAC;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=233;TCR=159;TR=391;WE=40025293;WS=40025275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr17	40025453	rs3744779	T	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=66;PP=1966;SC=CTGTCACTACTATTACTACGA;SOR=3.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=75;WE=40025461;WS=40025443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	40025670	rs3744780	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=319;SC=CGTGGCTCCTGTTTCCTCCAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=40025678;WS=40025660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	40027869	rs1808787	A	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=7;PP=1068;SC=TGGCCTCCCAAAGTGCTGTGA;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=40027877;WS=40027859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	40028450	rs8071627	A	T	8259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=175;PP=2965;SC=AGTGGGGGGAACAAAGGCCAG;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=123;TCR=175;TR=298;WE=40028464;WS=40028440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	40028541	rs8071753	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=54;PP=1506;SC=GTAACTACCAATCCAAGTCTA;SOR=3.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=40028549;WS=40028531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	40028568	rs8071234	C	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=947;SC=CCACACAACTCTAAGGCAAAA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=40028576;WS=40028558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	40048506	rs145526619	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=2.577;SC=TCCCCACCCCCCACCCTCCAG;SOR=1.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=40048514;WS=40048496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr17	40048613	rs8065502	A	G	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=79;PP=2965;SC=CTACCTCCGGATGCTTCCTCA;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=196;WE=40048621;WS=40048603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	40049171	rs4796735	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=8;PP=937;SC=GGCTCAAGCAGTTCTCCCACC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=40049179;WS=40049161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	40049473	rs4796736	A	G	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=44;PP=1392;SC=ACATACCCCCAGGAGACCTGC;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=40049481;WS=40049463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	40053021	rs11652326	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=33;PP=1019;SC=AAAGCCCTCATCATCCCTCTC;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=40053029;WS=40053011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	40058204	rs3816121	C	A	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	40058212	rs3816122	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	40068613	rs2304499	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=566;SC=TGCTGACCTGGAGGTGACCAT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=40068621;WS=40068603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	40105401	rs77012779	T	TATG	8209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=46;PP=2924;SC=AAGTCTGACTTATGAACACAA;SOR=1.224;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=83;WE=40105409;WS=40105391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	40113631	rs72820838	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=351;SC=CCACCAGCAGCCCTAGCCTAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=40113639;WS=40113621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	40118807	rs4432296	C	T	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=427;SC=GGGCTCGGGTCGTGCCACCGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=40118815;WS=40118797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	40123829	rs12602950	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=5;PP=2681;SC=AGTGTTTTGCGCTGGGCCTCG;SOR=5.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=95;TCR=5;TR=100;WE=40123837;WS=40123819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	40125864	rs2070106	G	A	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=95;PP=2965;SC=TCTTCACGGGGTACTACGGGA;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=182;WE=40125872;WS=40125854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	40146970	rs6503679	G	A	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=100;PP=2965;SC=GAACTGCACCGGAAAATCAGA;SOR=2.372;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=33;TCR=100;TR=133;WE=40146978;WS=40146960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	40152431	rs374909941	CT	C	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=245;SC=GCCACCAGGACTTGGCAGCTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=40152439;WS=40152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	40169519	rs4796758	G	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=54;PP=1513;SC=CCGCGGCGCCGCGCCCAGAAG;SOR=4.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=59;WE=40169527;WS=40169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	40173851	rs9894001	A	C	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=151;PP=2965;SC=CTGAACAAATACGGAGGGAGA;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=108;TCR=151;TR=259;WE=40173859;WS=40173841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	40186128	rs4277396	C	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=680;SC=TGGAAAATACCGACCACAGCC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=40186136;WS=40186118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	40215180	rs4796765	A	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=59;PP=1658;SC=TGTATCCTCTATATCCCTCTG;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=40215188;WS=40215170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	40256498	rs2074159	G	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=520;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CCCTCTGCCTGGTTCCAGAAA;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=39;WE=40256506;WS=40256488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr17	40257163	rs2074158	T	C	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=95;PP=2003;ReadPosRankSum=0.321;SC=TTGGAACTTCTGGATCACTTC;SOR=0.918;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=185;TCF=60;TCR=125;TR=137;WE=40257171;WS=40257153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,145:0.74:196
chr17	40259980	rs2074154	A	T	7853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.623;SC=CGCCTCCGCCAGAAGGGCTGC;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=248;TCR=154;TR=313;WE=40259988;WS=40259970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,330:0.78:423
chr17	40261545	rs12600570	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5156;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.914;SC=TCTCTGTGCCCGTCTTGTTCT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=26;WE=40261553;WS=40261535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr17	40263458	rs34891485	T	C	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=72;PP=2435;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GTTGTCACGGTCCAGCGTCCA;SOR=0.645;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=231;TCF=122;TCR=109;TR=164;WE=40263466;WS=40263448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,182:0.72:252
chr17	40270040	rs146062629	G	GGA	2552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=2934;ReadPosRankSum=0.163;SC=CTGAAGCTGAGGAGAGAGAGA;SOR=1.117;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=10;TCR=78;TR=40;WE=40270061;WS=40270030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr17	40270053	rs35478347	C	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=2914;ReadPosRankSum=0.625;SC=GAGAGAGAGACGTCAGGGATG;SOR=1.243;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=55;WE=40270061;WS=40270030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr17	40270081	rs12952244	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=1.129;SC=GAAGCTGAGGAGAGAGAGAGA;SOR=1.292;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=44;WE=40270089;WS=40270071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr17	40270119	rs71835160	GGAGA	G	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=720;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CTGAAGCTGAGGAGAGAGAGA;SOR=0.169;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=19;WE=40270130;WS=40270109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	40270238	rs2074164	G	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=15;PP=1385;ReadPosRankSum=0.716;SC=TCCGGCCCAGGTGAGCTCTCT;SOR=1.751;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=68;WE=40270246;WS=40270228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr17	40271757	rs730086	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.156;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=765;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GTGGGTGGGGGATAAAACCAG;SOR=1.508;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=43;WE=40271765;WS=40271747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr17	40271970	rs8072215	A	G	424.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=6.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GCTTGAGGAGAATGGAGAACA;SOR=4.047;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=40271978;WS=40271960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	40272406	rs35184688	G	C	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.149;SC=ACAGATGGCAGAGTTAGGAAA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=185;WE=40272414;WS=40272396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,195:0.78:250
chr17	40272594	rs2285657	C	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=378;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TGGTGCACACCCCCCCCCAAC;SOR=1.156;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=27;WE=40272602;WS=40272584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr17	40274873	rs1122326	A	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=854;ReadPosRankSum=0.624;SC=ACTCGGATGCAGAGAGTCGGT;SOR=0.198;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=40;WE=40274881;WS=40274863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr17	40278081	rs2240010	T	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TGCGGCAAAGTAAGGTTAAAT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=40278089;WS=40278071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	40280291	rs2230326	G	A	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=44;PP=1930;ReadPosRankSum=1.025;SC=GGAATTCCACGGCTCTCTTGC;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=110;TCR=59;TR=125;WE=40280299;WS=40280281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,124:0.72:172
chr17	40280944	rs739637	G	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=607;ReadPosRankSum=1.647;SC=GAACCCTCAAGCCAGGAGCCA;SOR=0.520;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=31;WE=40280952;WS=40280934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr17	40359505	.	GCACACACA	G,GCA	1768.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;QD=29.98;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,16,36:0.27,0.61:59
chr17	40447558	rs2293158	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=651;ReadPosRankSum=1.569;SC=TTGGGGTCTGTAGTATTGGTG;SOR=1.525;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=129;TCF=87;TCR=42;TR=41;WE=40447566;WS=40447548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr17	40451643	rs8072785	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,11:0.15:71
chr17	40452675	rs2293157	C	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-0.771;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr17	40462796	.	TTG	T	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=283;ReadPosRankSum=0.493;SC=ATGCATGTGCTTGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=11;WE=40462807;WS=40462786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	40481529	rs2293152	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,42:0.21:199
chr17	40490539	.	T	G	221	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=54.5;NF=8;NR=1;PP=221;QD=28.4190236164;SC=GAATACTCCTTGACCTGAGGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=40490547;WS=40490532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	40490559	.	G	T	439	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=57.01;NF=16;NR=1;PP=439;QD=27.8688948557;SC=GAATACTCCTGGACCTGAGGG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=40490567;WS=40490549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	40500265	rs2306581	C	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.124;SC=AAAGGGTGCCCCTTTATCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=40500273;WS=40500255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	40619937	rs4796668	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=255;SC=ACTTTTTGTAACCAGGTCTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=40619945;WS=40619928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	40629582	rs113791932	A	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1323;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TATTTTCTGAACCTGTCTCCT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=81;WE=40629590;WS=40629572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,89:0.85:105
chr17	40642452	rs9899168	T	C	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=38;PP=2965;SC=GTGTAACCACTACCACAATTA;SOR=1.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=109;TCR=38;TR=147;WE=40642460;WS=40642442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	40689455	rs659497	T	C	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=109;PP=2965;SC=AAAGCTACTCTTTCGTGTGGT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=114;TCR=109;TR=223;WE=40689463;WS=40689445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	40696233	rs86312	C	G	5879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=105;PP=2965;SC=ATATTACCCCCGCTGGGTGGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=108;TCR=105;TR=213;WE=40696241;WS=40696223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	40699291	rs607740	G	A	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=CGCAGTGTGTGACACAGGCCT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=191;WE=40699299;WS=40699281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	40699332	rs607795	T	C	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=GGGAGGACGCTGTGGCCTCTG;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=212;WE=40699340;WS=40699322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	40699475	rs67843205	G	GC	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.29;NF=1;NR=38;PP=1588;SC=CAGGGACCGGGCCCGGAGCTC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=39;WE=40699483;WS=40699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	40700448	rs2854973	C	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=60;PP=2432;SC=GCGCGCAGCCCGGGCCAGAGC;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=40700456;WS=40700438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	40705100	rs597255	C	T	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.314;NF=108;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CCTTGGAGGCCAGAAGGGAAG;SOR=0.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=109;TCR=91;TR=199;WE=40705108;WS=40705090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr17	40706906	rs605059	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=73;PP=2206;SC=GGCCGGGCGCGGTGCGGTGGG;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=97;WE=40706914;WS=40706896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	40714804	rs615942	C	A	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=104;PP=2965;SC=CAGCCCCAGTCCAGCCCCGTG;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=164;TCR=104;TR=268;WE=40714812;WS=40714794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	40716235	rs668799	C	T	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=117;PP=2965;SC=GGATGGGGGACGGGGAAGGCC;SOR=0.807;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=103;TCR=119;TR=220;WE=40716243;WS=40716225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	40716520	rs598126	A	G	9534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=172;PP=2965;SC=TCAGACATACAGAGAATGAAG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=173;TCR=172;TR=345;WE=40716528;WS=40716510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	40720390	.	T	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr17	40720605	rs646174	G	A	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=71;PP=2371;SC=CCCCGACCTCGGGGGGCTCAG;SOR=1.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=116;WE=40720613;WS=40720581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	40720632	rs646123	G	A	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=58;PP=1884;SC=CATAATTGTAGTACCTTTCCT;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=40720640;WS=40720622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	40721042	rs650558	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCCACTCAGACAGTCCCAGGC;SOR=0.204;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=10;WE=40721050;WS=40721032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr17	40721360	rs632758	C	A	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=135;PP=2965;SC=TGGAGCCAAGCGGGGCTGTGA;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=150;TCR=136;TR=285;WE=40721368;WS=40721350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	40722029	rs665268	A	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=36;PP=2257;SC=AAGGCACACCAGGACAACCCC;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=122;WE=40722037;WS=40722019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	40725656	rs2292752	G	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=74;PP=2366;SC=AACCACATCCGCCTGGGGTCA;SOR=1.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=110;WE=40725664;WS=40725646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	40735469	rs1517002	T	G	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=47;PP=2833;SC=GGTTAAAAGGTAGCTAAAGAA;SOR=1.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=138;WE=40735477;WS=40735459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	40735641	rs10454087	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=63;PP=2012;SC=CTTCTCCCAGCGTAAAATCCC;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=99;WE=40735649;WS=40735631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	40737043	rs9889580	G	C	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=22;PP=1699;SC=AACTACCCCCGACTTCCACTT;SOR=1.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=84;WE=40737051;WS=40737033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	40766546	rs1045710	C	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=30;PP=2909;SC=TCCGGGAACGCAAGTTGGCCA;SOR=2.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=102;WE=40766554;WS=40766536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	40811781	rs2292750	C	T	15464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=289;NR=247;PP=2965;SC=TCGTGTCAGCCTCTGAGACTA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=537;TCF=289;TCR=248;TR=536;WE=40811789;WS=40811771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr17	40811919	rs525911	A	G	6866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=178;PP=2965;SC=TCGTGGAGGAATTCGCCACCG;SOR=2.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=66;TCR=178;TR=244;WE=40811927;WS=40811909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	40817990	rs7225374	G	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=43;PP=1357;SC=CAGAGCGGGCGACTTTCTTGC;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=40817998;WS=40817980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	40818451	rs1554227	G	A	13698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=4.948;NF=306;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.727;SC=ACCTGCCCTCGGCCCACCGGG;SOR=1.274;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=528;TCF=320;TCR=208;TR=499;WE=40818459;WS=40818441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,498:0.98:506
chr17	40818584	rs2292749	C	T	17355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=353;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.327;SC=ACTCCTAACCCCCTGGCTCGC;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=606;TCF=251;TCR=355;TR=602;WE=40818592;WS=40818574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,626:1.00:629
chr17	40818699	rs1046097	A	G	11061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=175;PP=2965;SC=TAAGGAGGACATGTTCAAGGA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=226;TCR=176;TR=401;WE=40818707;WS=40818689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr17	40822308	rs8071056	C	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	40826525	rs35595844	AAGG	A	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=845;SC=GGGATTGAGGAAGGAGGAGTC;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=40826535;WS=40826515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	40835819	rs36108420	A	AT	6528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=45;PP=2957;SC=GCTGACTAACAGTCGGTTTCC;SOR=1.144;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=81;WE=40835827;WS=40835809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	40835922	rs2271029	A	C	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=108;PP=2965;SC=TACTGCGCCGAGATTCGCCAG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=113;TCR=108;TR=221;WE=40835930;WS=40835912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	40836975	rs9889373	A	G	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=48;PP=2965;SC=AGCAGAGGGCAGGACGTGGTT;SOR=1.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=114;TCR=49;TR=162;WE=40836983;WS=40836965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	40841397	rs2271028	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=435;ReadPosRankSum=1.063;SC=CCTGCATCTGCGCTTATACCC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=20;WE=40841405;WS=40841387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr17	40842084	rs3760386	G	A	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=51;PP=2064;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AACTGCCTTTGTCTCAACCTA;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=138;WE=40842092;WS=40842074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,152:0.74:205
chr17	40849842	rs1553468	A	G	5423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.598;SC=CACAGAGGACAGAAGGGAGGG;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=219;WE=40849850;WS=40849832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,227:0.77:294
chr17	40850552	rs112344327	CGT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	40854534	rs3841620	G	GT	2087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=1515;ReadPosRankSum=1.791;SC=AAGTGCTGCCGTGGGGCCTGG;SOR=0.979;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=38;WE=40854542;WS=40854524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr17	40880759	rs368020600	CA	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr17	40912760	rs1078523	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CCTGAGCTGCATGGCTCAGCT;SOR=1.802;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=12;WE=40912768;WS=40912750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr17	40913366	rs9892728	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.459;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr17	40950115	.	G	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,108:0.29:373
chr17	41046440	rs324079	T	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=802;SC=CCCTACCTGCTCAGTTCAAGG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=41046448;WS=41046430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	41063466	rs2229611	T	C	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=77;PP=2348;SC=CTTCGGTGTTTAAAGTCAACA;SOR=4.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=6;TCR=77;TR=83;WE=41063474;WS=41063456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	41103938	rs534720	T	C	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=78;PP=2965;SC=GGAGATAAGCTCTGATACTGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=157;WE=41103946;WS=41103928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	41113131	rs35166621	CA	C	1271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=1277;SC=CTAGAGAACCCAAACTACGTC;SOR=3.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=33;WE=41113139;WS=41113121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	41113543	rs2670865	C	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=131;SC=CAGTCCTTTTCATTCTAAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=41113551;WS=41113533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	41116234	rs690941	G	A	10733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=212;PP=2965;SC=CGGGACAGCAGGAGACCACGG;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=165;TCR=212;TR=376;WE=41116242;WS=41116224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr17	41116291	rs11278824	CAGCCCT	C	7398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=110;PP=2980;SC=GCCCCGACCCCAGCCCTAGCC;SOR=1.931;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=156;TCF=11;TCR=145;TR=120;WE=41116304;WS=41116281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	41116565	rs690971	G	T	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=84;PP=2965;SC=AAGCAGGAGGGTAAGGAATGG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=165;WE=41116573;WS=41116555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	41116723	rs690979	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=389;SC=CAAGGCACGTGGTTTAGTGAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=41116731;WS=41116713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	41121210	rs113173233	GC	G	2185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.568;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=2773;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CATCCTGGGGGCGGGGGGGAA;SOR=0.416;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=56;WE=41121225;WS=41121200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,83:0.95:87
chr17	41121217	rs7217553	G	A	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=50;PP=1778;SC=GGGGCGGGGGGGAAAAAAGAC;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=91;WE=41121225;WS=41121200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	41121263	rs4793187	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=41;PP=1193;SC=AGGAACATTTGTGTTAACAAA;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=41121271;WS=41121253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	41122443	rs2670866	T	C	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=86;PP=2432;SC=GAAGAATGGTTGCAGCCAGAA;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=164;WE=41122451;WS=41122433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	41132578	rs692074	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=472;SC=TGACGTGCGGTGGTGTTTCCG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=41132586;WS=41132568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	41133071	rs1708875	T	C	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGACCGGCCATGGTTGCGGGG;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=142;TCR=100;TR=240;WE=41133079;WS=41133061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr17	41133242	rs550285	G	A	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=87;PP=2965;SC=TGGAGTGCGGGGCCGGCTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=144;WE=41133250;WS=41133232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	41150949	rs2271539	G	A	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=85;PP=2575;SC=TGGGGCAGTAGCCAGTGAGCA;SOR=1.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=131;WE=41150957;WS=41150939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	41150983	rs691954	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=54;PP=1720;SC=CGTGGGAGAGTTTTTGAGAGA;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=74;WE=41150991;WS=41150973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	41154817	rs11871636	A	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=44;PP=1346;SC=AGGCTTTGGTAGTGAATGGTG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=96;WE=41154825;WS=41154807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	41164126	rs692651	A	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=3;PP=734;SC=AATAGGCCCCACTTCCCCTGG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=41164134;WS=41164116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	41165493	rs588703	A	G	7248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=120;PP=2965;SC=CTCCCCCTAGATGTCCAGCCA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=123;TCR=120;TR=243;WE=41165501;WS=41165483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	41165734	rs443759	C	T	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=TGCAAGATTACGGTGCAGGGA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=110;TCR=117;TR=227;WE=41165742;WS=41165724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	41165878	rs13229	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=59;PP=2214;SC=CGTATGTGAACGGGGAGATCC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=120;WE=41165886;WS=41165868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	41167957	rs455055	C	A	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=25;PP=1774;SC=ACCACAGAGACCTTCGGGGGA;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=94;WE=41167965;WS=41167947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	41170898	rs429464	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1273;SC=GGTACAAGGCTACCTTCTTCC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=41170906;WS=41170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	41170943	rs55845054	GTAA	G	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=706;SC=AATAGTCATGGTAATAATAAT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=41170953;WS=41170933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	41251931	rs799923	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,56:0.27:208
chr17	41327684	rs10684756	C	CTG	8100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=36;PP=2957;SC=TTGTTCATTGCTGTCTCCCAA;SOR=2.238;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=97;TCR=37;TR=126;WE=41327703;WS=41327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	41332804	rs9904555	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=804;ReadPosRankSum=2.869;SC=TATTTTTTGTTCTTTTAGGAG;SOR=0.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=41332812;WS=41332794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr17	41465867	rs12600401	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-2.429;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,51:0.21:238
chr17	41465968	rs377041387	T	C	7239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=16.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-6.936;QD=17.88;ReadPosRankSum=-8.608;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,179:0.44:405
chr17	41465970	rs371420425	A	G	7137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=18.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-6.952;QD=18.44;ReadPosRankSum=-8.452;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,171:0.44:387
chr17	41465973	.	A	C	6868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.050;ClippingRankSum=0.000;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=13.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-6.700;QD=18.08;ReadPosRankSum=-8.394;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,175:0.46:380
chr17	41465975	rs142037739	T	C	6799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=10.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-6.714;QD=18.18;ReadPosRankSum=-8.067;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,172:0.46:374
chr17	41465989	rs147059896	A	G	5770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-6.782;QD=17.38;ReadPosRankSum=-5.610;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,152:0.46:332
chr17	41465993	rs145825652	T	C	5760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-6.799;QD=18.06;ReadPosRankSum=-5.119;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,146:0.46:319
chr17	41465994	.	T	C	5710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.172;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-6.811;QD=18.13;ReadPosRankSum=-4.978;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,144:0.46:315
chr17	41466000	.	C	CGAGGGG	5166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.489;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=3.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-7.095;QD=17.88;ReadPosRankSum=-2.806;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,127:0.44:289
chr17	41466002	.	C	CGAG	5344.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.729;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=9.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-7.354;QD=19.30;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,115:0.42:277
chr17	41466003	.	T	G	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=10.955;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=15.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-7.093;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,118:0.42:278
chr17	41466007	.	C	CG	4780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=29.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-6.826;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,116:0.44:266
chr17	41466009	.	GC	G	5951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.173;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=34.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-6.554;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,117:0.44:267
chr17	41466019	.	T	G	6276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=12.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-3.886;QD=21.72;ReadPosRankSum=-2.233;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,157:0.54:289
chr17	41466022	rs79526563	G	C	6045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=12.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-3.182;QD=21.67;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,154:0.55:279
chr17	41466035	rs79889672	A	C	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=9.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-2.594;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,171:0.63:272
chr17	41466049	rs62080661	A	G	6831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=6.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.524;QD=27.22;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,172:0.69:251
chr17	41466055	rs62080662	G	C	6733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=8.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.659;QD=28.06;ReadPosRankSum=3.013;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,166:0.69:240
chr17	41466073	rs4986155	T	C	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=2056;ReadPosRankSum=1.958;SC=GGGGCTGGAGTTCCTCTGCCA;SOR=0.365;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=109;WE=41466081;WS=41466063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,165:0.76:218
chr17	41466096	rs62080664	A	G	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=0.258;SC=CAGGAGGCTGACACCAGACAC;SOR=0.206;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=130;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,179:0.84:214
chr17	41466108	rs62080665	G	C	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ACCAGACACCGGGCAGAGGGA;SOR=0.186;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=123;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,165:0.86:192
chr17	41466120	rs66825422	GCGGCGCATGGA	G	6194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.571;NF=13;NR=55;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GCAGAGGGAGGCGGCGCATGG;SOR=0.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=22;TCR=83;TR=68;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,148:0.87:171
chr17	41522213	rs7207008	T	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,16:0.15:106
chr17	41561601	rs140026870	CGGAAGGA	C	13948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=228;PP=2984;SC=TTGAGGGAAGCGGAAGGAGGA;SOR=2.224;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=12;TCR=298;TR=237;WE=41561615;WS=41561591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
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chr17	41622562	rs34640745	C	CGT	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.776;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
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chr17	41858623	rs71382995	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr17	41886190	rs17675122	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AATAGGCAAAATGGAAAGACA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=41886198;WS=41886182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr17	41891437	rs17742929	G	A	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=1959;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GCTTCAGCTCGTGCAGTCGGG;SOR=0.398;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=117;WE=41891445;WS=41891427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,132:0.75:176
chr17	41891473	rs2066725	A	G	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=44;PP=2617;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GGAAACAAGAAGAAGGCTGAC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=134;WE=41891481;WS=41891463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,146:0.76:193
chr17	41893360	rs8081646	T	C	4677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2681;ReadPosRankSum=0.616;SC=TCTGGGGCCTTGGGTGGGGCA;SOR=0.944;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=241;TCF=115;TCR=126;TR=188;WE=41893368;WS=41893350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,207:0.78:264
chr17	41905188	.	G	A	10788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=0.892;SC=TCGTCCCGCCGGATGGTGGCA;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=606;TCF=335;TCR=271;TR=459;WE=41905196;WS=41905178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,466:0.75:620
chr17	41907509	rs60335331	A	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1397;ReadPosRankSum=1.638;SC=ACTGATGGCTAGAGGTGCCCC;SOR=0.450;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=92;WE=41907517;WS=41907499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,95:0.81:117
chr17	41930569	rs4793040	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.099;SC=GGGTCACACAAGAAGTGCCAG;SOR=2.200;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=16;WE=41930577;WS=41930559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr17	41931375	rs12453522	A	G	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGCAGAGGACACCAGTCCAGC;SOR=0.528;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=305;TCF=128;TCR=177;TR=237;WE=41931383;WS=41931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,249:0.78:319
chr17	41935064	rs72836564	G	A	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=41;PP=1737;ReadPosRankSum=2.244;SC=GAGGCCCAGAGAGGGTAAAGG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=105;WE=41935072;WS=41935054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,113:0.86:131
chr17	41955158	rs231521	A	G	9204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=132;PP=2965;SC=AGTGAGCCAAAGACCAGGTGA;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=194;TCR=132;TR=326;WE=41955166;WS=41955148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	41959808	rs124721	T	C	16639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=301;NR=292;PP=2965;SC=GCAGGCCTTGTTGAGCCACCA;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=594;TCF=301;TCR=293;TR=593;WE=41959828;WS=41959798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr17	41960343	rs124719	T	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	41960633	rs412849	CG	GC	9666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=82;PP=2947;SC=TGCTCAGCCACGTGCGCCAGG;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=193;WE=41960642;WS=41960623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	41961451	rs231518	T	C	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=63;PP=2359;SC=AGCCACTTTATCCCAAAGTAT;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=125;WE=41961459;WS=41961441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	41987062	rs3744416	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GTATCTCTCTAATAAAGGCCT;SOR=0.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=36;WE=41987070;WS=41987052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,35:0.27:130
chr17	42018471	rs231473	T	C	7990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=1.346;SC=CCATTTCAGCTCCAGGGAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=149;TCR=136;TR=282;WE=42018479;WS=42018461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr17	42030531	rs1058046	G	C	9163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=180;PP=2965;SC=GGAAAGAAGCGTGTCCGGGCC;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=145;TCR=180;TR=325;WE=42030539;WS=42030521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	42030743	rs229969	G	C	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=178;NR=101;PP=2965;SC=GCGTCTTCGCGGGGAGCCTCG;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=178;TCR=102;TR=279;WE=42030751;WS=42030733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr17	42031331	rs2070592	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	42083840	rs228770	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=957;SC=TCCGTGGGGGTAGGGGGGCAG;SOR=2.948;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=42083848;WS=42083830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	42084067	rs55708447	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=12.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.568;SOR=1.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,23:0.17:135
chr17	42085150	rs228773	T	C	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr17	42170181	rs67111880	TG	T	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;MQRankSum=0.456;QD=23.14;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr17	42170289	rs368328	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GGAAGAGGACGTGGATCTTGG;SOR=1.140;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=42170297;WS=42170279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	42171206	rs454192	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,53:0.24:218
chr17	42188311	rs228767	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCAGCCCGCACAGCACAGGTT;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=42188319;WS=42188301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr17	42225547	rs227584	A	C	8240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GCTCAGAGAGACAGCAAGACC;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=411;TCF=195;TCR=216;TR=342;WE=42225555;WS=42225537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,349:0.83:420
chr17	42232442	rs2246287	C	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=970;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GGCTTGAGCTCAGGGAAGGCC;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=52;WE=42232450;WS=42232432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr17	42239349	rs730228	T	C	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=100;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GCTCTGGGCATGTGTCTGGTC;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=186;TCF=53;TCR=133;TR=134;WE=42239357;WS=42239339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,137:0.73:188
chr17	42248346	rs7218599	A	T	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=CTGTCCACCAAGCCCTCTTCT;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=171;WE=42248354;WS=42248336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	42249717	rs10628218	A	ATG	667.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.504;NF=1;NR=14;PP=698;ReadPosRankSum=0.393;SC=TTGGGGAGAAATGTGTGTGTG;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=42249725;WS=42249707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr17	42254011	rs7220138	C	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1309;ReadPosRankSum=1.220;SC=GGACCTCAAGCTGAGAGGGGT;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=78;WE=42254019;WS=42254001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr17	42254281	rs7212573	A	G	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=930;ReadPosRankSum=-1.746;SC=TGCGCTGAACACGGCGTGCGC;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=61;WE=42254289;WS=42254271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,64:0.84:76
chr17	42254417	rs7212854	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=635;ReadPosRankSum=-0.782;SC=GCTTGTGCCAACGGCTGCGGG;SOR=0.588;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=34;WE=42254425;WS=42254407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr17	42254527	rs7217858	T	G	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CGTCCAGGACTCCCCCAACTG;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=93;WE=42254535;WS=42254517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,105:0.82:128
chr17	42255097	rs3826412	T	C	5713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GAAGGTATGTTTGCCTCAGGG;SOR=0.513;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=327;TCF=106;TCR=221;TR=232;WE=42255105;WS=42255087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,234:0.71:328
chr17	42264962	rs4793082	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=31;PP=2023;SC=CATGGTTAATAACATTAACCT;SOR=1.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=96;WE=42264970;WS=42264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	42266218	rs2240226	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.34;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	42266224	rs8073555	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.62;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	42268274	rs757430	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=49;PP=1429;SC=TTCTCCTTTACGGCCTCCCCA;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=42268282;WS=42268264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	42272586	rs11652516	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1236;ReadPosRankSum=0.741;SC=CTGTATAAATGCTAGATAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=76;WE=42272594;WS=42272576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr17	42287519	rs2071167	C	T	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=55;PP=2372;ReadPosRankSum=0.947;SC=CTTCGGCTGCCTTCTTAATCC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=122;TCR=70;TR=148;WE=42287527;WS=42287509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,161:0.76:212
chr17	42288128	rs2526011	T	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=1137;ReadPosRankSum=-3.117;SC=GCAGCCCCCCTGGGGGCACAG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=74;WE=42288136;WS=42288118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,82:0.75:110
chr17	42294198	rs2269908	G	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=916;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CCCATCTGAAGGCACAGACAA;SOR=1.236;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=66;WE=42294206;WS=42294188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,72:0.79:91
chr17	42294215	rs2269907	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=758;ReadPosRankSum=0.034;SC=ACAAGATATGGCTCAGCCCTA;SOR=1.333;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=47;WE=42294223;WS=42294205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr17	42329004	rs13306780	A	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=56;PP=1619;SC=GAGGCCTGGCACCAGTGGGGG;SOR=3.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=65;WE=42329012;WS=42328994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	42392042	.	TGGG	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=2.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	42400556	rs144072891	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=0.619;SC=CTCCCAAAGCGCTGGGATTAC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=42400564;WS=42400546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr17	42426631	rs63750742	C	T	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1677;ReadPosRankSum=2.033;SC=GCTGCCTGGACCCCGGAGGAG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=89;WE=42426639;WS=42426621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr17	42454566	rs376710190	CT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.759;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	42462106	rs72824741	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr17	42475983	rs936019	G	C	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=TGGGCTTTCGGGTAGCTGGGA;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=42475991;WS=42475973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	42483233	rs2045088	T	A	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	42483531	rs1377808	T	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=258;SC=GTATTAGTGTTGAACACATTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=42483539;WS=42483521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	42501692	rs1869495	C	A	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=14;PP=1409;SC=GTACCTTCTTCTGTTAGCAAG;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=42501700;WS=42501682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	42751607	rs6416902	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-1.876;SC=GATAAATATACCAAGACATGC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=42751615;WS=42751597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	42824402	rs4793144	C	A	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=163;NR=130;PP=2965;SC=GCTCCTCCCCCCAAGGGCCCC;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=164;TCR=131;TR=293;WE=42824410;WS=42824392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr17	42824648	rs9893320	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=690;SC=GCGATCTCTATGCTGCTATGG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=42824656;WS=42824638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	42824731	rs9912745	G	A	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=35;PP=2541;SC=CTCATCTAATGCCCTGTGCTC;SOR=1.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=93;TCR=35;TR=128;WE=42824739;WS=42824721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	42846994	rs8070918	T	C	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=2;PP=376;SC=TGGCCACCCCTTCCCCAGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=42847002;WS=42846984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	42847033	rs58726064	C	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=1034;SC=CCCCCCGACTCCCACCTTCAG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=42847041;WS=42847023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	42850352	rs68017435	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,74:0.25:301
chr17	42851634	rs62066014	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=2;PP=199;SC=GAGGGCAGGAGGCCATCCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=42851642;WS=42851624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	42851729	rs35936481	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=8;PP=905;SC=CCCTGTCCCACGGCGGGGGTG;SOR=2.786;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=46;WE=42851737;WS=42851719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	42852604	rs1558083	G	T	16549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	42852610	rs1558084	T	C	17079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr17	42853427	rs4792955	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	42853694	rs4793151	C	T	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=138;PP=2965;SC=GCATCGACCTCCACTGATCAG;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=89;TCR=138;TR=226;WE=42853702;WS=42853684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	42854208	rs1558085	G	A	10621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=205;NR=179;PP=2965;SC=GCAGTCTCTTGTCTCCACTCT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=385;TCF=205;TCR=180;TR=384;WE=42854216;WS=42854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr17	42854502	rs1558086	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=702;SC=GTCCTGGGGCGCGTGGGGTCA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=42854510;WS=42854492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	42854610	rs8075210	T	C	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=69;PP=2435;SC=GCAAGGGATCTGGCTGGGTCC;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=154;WE=42854618;WS=42854600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	42855248	rs2070603	T	C	8126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=120;PP=2965;SC=GCCTGGAGCCTGGGATGGCGG;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=165;TCR=121;TR=285;WE=42855256;WS=42855238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	42855472	rs2070604	T	C	8063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=159;PP=2965;SC=CTGTCTGTCCTGCTCTCTATG;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=127;TCR=159;TR=286;WE=42855480;WS=42855462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	42855554	rs2070605	T	C	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2175;SC=TTGGCTCCATTGCTGGGGCTG;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=42855562;WS=42855544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	42857430	rs35504352	G	A	13529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=0.991;SC=ACTCGGGGGCGCCTGGAGGGA;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=205;TCR=280;TR=482;WE=42857438;WS=42857420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,509:1.00:511
chr17	42857517	rs16970986	C	T	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=110;PP=2965;SC=CAGGGTCTTACCTCTCTGGGA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=38;TCR=110;TR=148;WE=42857525;WS=42857507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr17	42930859	rs78620114	G	A	7316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=TGAAGCAGATGGTCCCCTACC;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=295;WE=42930867;WS=42930849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,310:0.79:394
chr17	42932244	rs2289672	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=1130;ReadPosRankSum=0.714;SC=ACTGTGGCATCCCTGCCTCCT;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=57;WE=42932252;WS=42932234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
chr17	42932474	rs16971033	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=478;ReadPosRankSum=0.895;SC=AAGTGACATCAGTGAAAGCCA;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=43;WE=42932482;WS=42932464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr17	42934372	rs6503405	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=810;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TGGTGGGGGTAGAGGTGGAAG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=35;WE=42934380;WS=42934362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr17	42934694	rs2277615	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=2.187;SC=GCTGTCCAAATCATCACCAAA;SOR=1.528;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=40;WE=42934702;WS=42934684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr17	42945296	rs2120276	A	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1693;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TGAGTGACCCAGGGGAAAAGG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=113;WE=42945304;WS=42945286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,119:0.75:159
chr17	42945867	rs3785890	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=52;PP=1383;ReadPosRankSum=1.157;SC=GAGGAAAACGAGGACACTGAG;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=71;WE=42945875;WS=42945857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,70:0.79:89
chr17	42953409	rs2289674	A	G	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.419;SC=TGATGCACACAGTGACTGCCA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=84;WE=42953417;WS=42953399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,90:0.77:117
chr17	42957139	rs2289676	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=877;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CATAACCCCCCACAGGGTAAA;SOR=0.332;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=55;WE=42957147;WS=42957129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr17	42957855	rs1443463	A	G	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=64;PP=2901;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TTCTGCTCCGAAAAGTGAGAG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=160;WE=42957863;WS=42957845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,165:0.75:219
chr17	42961009	rs2289677	C	T	5112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=3.043;SC=CTGAAAGTTCCGTCTTACCTT;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=162;TCR=107;TR=207;WE=42961017;WS=42960999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,215:0.77:278
chr17	42979592	rs12451394	G	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.887;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=7;PP=988;ReadPosRankSum=0.399;SC=AAATGAGGCCGCCAAGGACCA;SOR=1.806;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=52;WE=42979600;WS=42979582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr17	42987512	rs78994946	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,60:0.27:219
chr17	42988959	rs2289671	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=473;ReadPosRankSum=0.205;SC=CAGGTCCTCGTCCCTGGCCCT;SOR=0.115;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=25;WE=42988967;WS=42988949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr17	43101708	rs3837839	G	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.03;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	43111162	rs9303432	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=9;PP=1430;SC=CCACTGCACAAATGAAAAAAT;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=43111170;WS=43111152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	43111688	rs9900173	G	A	8669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=170;PP=2965;SC=TTATGTCGCCGTTCTCCAGCA;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=140;TCR=170;TR=310;WE=43111696;WS=43111678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr17	43131480	rs4793172	A	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,112:0.20:558
chr17	43158902	rs916661	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TGCTTCTGAAGCCAACAGGCT;SOR=0.244;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=19;WE=43158910;WS=43158892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr17	43163756	rs6416904	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=-1.298;SC=GCCTCCCAAAATGTTGGGATT;SOR=0.208;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=15;WE=43163764;WS=43163746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr17	43163851	rs6503422	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,68:0.26:260
chr17	43170907	rs2239921	C	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=23;PP=1929;SC=GCTGGAAAGACGGTTTGCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=92;WE=43170915;WS=43170897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	43176632	rs877598	A	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGGAGGCTGGAGAGCAGGGTG;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=8;WE=43176640;WS=43176622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr17	43176804	rs2239923	C	T	5389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CCCACGGAAGCTGATTGAAGT;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=314;TCF=165;TCR=149;TR=229;WE=43176812;WS=43176794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,241:0.73:329
chr17	43181287	rs4793167	A	G	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=2416;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TGCAGGGAAGAGGCAGTGGAG;SOR=0.645;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=143;WE=43181295;WS=43181277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,151:0.72:211
chr17	43183028	rs1053733	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.354;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTGCGATTCTGGATAAAGCCA;SOR=1.829;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=58;WE=43183036;WS=43183018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr17	43183108	rs1053739	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=1.644;SC=GAGAATCCCTGGCAAAGGGAG;SOR=2.448;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=43183116;WS=43183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr17	43192549	rs35911033	T	TC	4912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=38;PP=1892;SC=GGGTGCAGGGTCGCAGGCGGG;SOR=1.152;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=73;WE=43192558;WS=43192539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	43192821	rs713101	A	G	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=2415;ReadPosRankSum=1.387;SC=GCAGCGGGCAACTTCTTTCCC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=154;WE=43192829;WS=43192811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,160:0.72:223
chr17	43196584	rs12603813	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=0.455;SC=CAGGGCAGGATTTTTTGGTTT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=26;WE=43196592;WS=43196574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr17	43198166	rs11382448	A	AG	2693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=19;PP=2070;SC=CCCTCAGGACAGGGCCCTGCC;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=51;WE=43198174;WS=43198156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	43209727	rs1056619	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=411;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GGGCGGCCACCGGGGGCTCCT;SOR=0.465;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=39;WE=43209735;WS=43209717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr17	43213772	rs2306828	A	C	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=60;PP=2965;SC=GGGACCCATCACCACCTCTGC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=126;WE=43213780;WS=43213762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	43226887	rs12051846	A	G	8006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=1.276;SC=CAGAAGTGGAACCGACGCCCG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=444;TCF=213;TCR=231;TR=328;WE=43226895;WS=43226877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,341:0.73:464
chr17	43227214	rs1044977	T	C	10108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=1.990;SC=AGGAGCCGGATCTCAAAACCG;SOR=0.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=553;TCF=252;TCR=301;TR=431;WE=43227222;WS=43227204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,441:0.78:565
chr17	43227766	rs78243847	T	TTTGG	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=1454;SC=TCCCCCTGGCTTTGGTTTCGT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=26;WE=43227774;WS=43227756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	43316520	rs1023995	T	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1233;SC=TGGGGTCAGGTAGACCTGGGT;SOR=3.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=50;WE=43316528;WS=43316510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	43318778	rs7218169	GC	CG	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=51;PP=2947;SC=CCGCCATGGGGCCCTCCAGGC;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=118;WE=43318787;WS=43318768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	43319770	rs1801353	C	T	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=124;PP=2965;SC=CTGGGTGGCACTGAAACCCAG;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=108;TCR=124;TR=231;WE=43319778;WS=43319760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	43333125	rs11651968	C	T	10501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=167;PP=2965;SC=CAGGCAGACACGTGGTTCTCC;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=211;TCR=168;TR=378;WE=43333133;WS=43333115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr17	43333785	rs76453679	AAGAC	A	5486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=61;PP=2977;SC=AGTCATCTCTAAGACAGAAGA;SOR=0.865;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=74;WE=43333796;WS=43333775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	43334649	rs60163605	C	A	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	43334653	rs58314091	T	C	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	43342141	rs1047833	G	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=82;PP=2965;SC=CGTCTTTGGTGACCAAGCTGA;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=43342149;WS=43342131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	43342306	rs2285674	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=322;SC=CTCAGAGAATCCCACCCGGCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=43342314;WS=43342296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	43344073	rs2074293	G	A	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=101;PP=2764;SC=TTGGGTACGGGCTCAGGGCCC;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=152;WE=43344081;WS=43344063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	43351127	rs2072090	G	C	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=54;PP=1553;SC=TAATCGTGGAGGAAGGGAGGA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=43351135;WS=43351117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	43363704	rs149216398	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=915;ReadPosRankSum=1.218;SC=TGTTTGATTTGTCACCACAGG;SOR=1.406;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=53;WE=43363712;WS=43363694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,55:0.86:64
chr17	43364293	rs56405343	C	CG	14471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=141;PP=2969;SC=GAGGCAGAGCCGCCGTAGGCC;SOR=1.020;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=98;TCR=147;TR=237;WE=43364301;WS=43364283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr17	43910455	rs17689966	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.67;MQRankSum=1.912;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr17	43923180	rs242944	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.96;QD=30.88;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	43923898	rs171443	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.02;QD=27.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	43924412	rs242943	T	C	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.48;QD=29.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	44248848	rs17662853	G	A	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.12;QD=27.00;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	44321273	rs370516109	A	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.44;QD=31.40;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	44363616	rs71375340	A	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	44408406	.	A	G	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.25;QD=26.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	44788253	rs78850923	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=307;SC=AGCATGTACGGATTATAACTC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=44788261;WS=44788243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	44788310	rs183211	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-1.922;SC=AAATGCTTTAGACTCCTTTTT;SOR=1.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=9;WE=44788318;WS=44788300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr17	44828931	rs199533	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,45:0.24:184
chr17	44833217	rs35732828	C	A	5515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CACACAGTGACCAAGGGAAGT;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=203;TCR=151;TR=257;WE=44833225;WS=44833207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,258:0.72:356
chr17	44950122	rs4968281	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=16;PP=586;SC=GAGGGCAGGATGGGCCTGCTC;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=37;WE=44950130;WS=44950112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	44953856	rs754474	G	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,86:0.27:323
chr17	44962362	.	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr17	45000529	rs189899	G	C	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,175:0.73:240
chr17	45000547	rs183199	G	C	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=109;PP=2965;SC=CGTGGCCTGCGGGGCCGGCGA;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=142;TCR=109;TR=251;WE=45000555;WS=45000537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	45008570	rs197922	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1064;ReadPosRankSum=0.007;SC=CAAAATGCCAGACTGTAAGTG;SOR=0.917;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=80;WE=45008578;WS=45008560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,86:0.73:118
chr17	45008742	rs197923	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=0.284;SC=GAGTGATGCCGCTCAAAATAA;SOR=1.201;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=45008750;WS=45008732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr17	45012248	rs169126	T	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=1;PP=700;SC=GCCTTTGCTTTGCTTTTTCTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=45012256;WS=45012242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	45015835	rs7221042	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-2.031;SC=CTGGCTGATATTGCTTTCTGT;SOR=0.896;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=14;WE=45015843;WS=45015825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr17	45017859	rs758392	A	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=36;PP=2001;SC=CTAGCGCAGGACTTTTGGTAA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=45017867;WS=45017849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	45050533	rs11079746	T	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=81;PP=2756;SC=AAAACTGGAATGCCGGATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=177;WE=45050541;WS=45050523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	45127217	.	AAC	A	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.843;ClippingRankSum=0.000;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=51.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-17.161;QD=0.69;ReadPosRankSum=-11.137;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,52:0.10:526
chr17	45198400	rs938904	G	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=56;PP=1675;SC=AAATAAAACAGAAGTCCACAG;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=45198408;WS=45198390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	45214604	rs75661039	AT	TC	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.623;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-9.231;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,12:0.14:87
chr17	45234406	rs112848754	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.165;NF=0;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GGTGAAATTACAGCTGAATCA;SOR=2.812;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=4;WE=45234414;WS=45234396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr17	45234417	rs193061947	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-2.833;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=2.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,2:0.10:20
chr17	45234725	.	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-3.891;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr17	45299742	rs146859926	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.716;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,36:0.18:195
chr17	45331358	rs11871407	C	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1170;ReadPosRankSum=1.206;SC=GATCTGCGCCCCGGTCAAGTT;SOR=1.202;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=76;WE=45331366;WS=45331348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,81:0.68:120
chr17	45331427	rs11871251	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=-1.523;SC=CTGGGAATGCGCGTGTCCTGG;SOR=1.619;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=27;WE=45331435;WS=45331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr17	45363546	rs35265764	G	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=942;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATCTATATTTGTCCCCTCTCT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=52;WE=45363554;WS=45363536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr17	45364722	rs2292865	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGCTCGGTTCCAGCTTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=45364730;WS=45364712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr17	45367681	rs2292864	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=423;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GGAGAGTCCACCTCATTTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=21;WE=45367689;WS=45367671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr17	45368337	rs15908	A	C	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=76;PP=2503;ReadPosRankSum=-2.109;SC=GTTCTAAAGTAGAGCTGGAAG;SOR=0.700;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=165;WE=45368350;WS=45368327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,170:0.76:224
chr17	45369777	rs4642	A	G	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.768;SC=AGCAGGACGAATGCAGCCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=126;TCR=90;TR=152;WE=45369797;WS=45369767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,158:0.70:226
chr17	45369789	rs4634	G	A	4073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.350;SC=GCAGCCCCCGGGAGGGTCAGC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=167;WE=45369797;WS=45369767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,170:0.72:235
chr17	45380002	rs3760372	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1180;SC=CATACTTCCCTGGAAGTCCTG;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=45380010;WS=45379992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	45385012	rs3809863	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,45:0.23:193
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chr17	45438886	rs10538163	CAGTG	C	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,27:0.28:97
chr17	45438952	rs6504872	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.659;SC=CATTTTTTTCCGGATATCAAT;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=45438960;WS=45438942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	45451894	rs4968318	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=0.265;SC=GTTATCAAGTGTAGCAGGATG;SOR=0.487;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=11;WE=45451902;WS=45451884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr17	45479446	rs12452315	A	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=237;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GCTTTATTGGATCTGACTTTT;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=21;WE=45479454;WS=45479436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr17	45567593	rs142960189	ATC	A	2675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.133;QD=8.66;ReadPosRankSum=2.151;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,84:0.27:309
chr17	45569815	rs2610367	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-3.844;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,27:0.16:172
chr17	45600306	rs201678252	AT	A	3138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQRankSum=-7.349;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,100:0.81:124
chr17	45623439	.	T	TGTGAGAGA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr17	45663680	rs372546318	GTA	G	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=1.653;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	45669359	rs200616431	T	G	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.221;NF=96;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.647;SC=GATGAGATATTTGATGCTATA;SOR=0.995;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=652;TCF=267;TCR=385;TR=249;WE=45669367;WS=45669349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,232:0.37:620
chr17	45669428	rs59875832	T	TA	2362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.807;NF=9;NR=59;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GGGGATAAGGTAAAAAAAAAC;SOR=0.636;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=144;TCF=12;TCR=132;TR=68;WE=45669436;WS=45669418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,102:0.68:150
chr17	45669524	rs3865314	A	C	677.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.430;NF=0;NR=29;PP=572;ReadPosRankSum=1.718;SC=GTTCCCAAATAGTTTCTGGCT;SOR=3.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=29;WE=45669532;WS=45669514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr17	45677192	rs34538095	CT	C	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.198;HP=17;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=199;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGAAATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=19;WE=45677201;WS=45677182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr17	45695832	rs3760370	C	T	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=78;PP=2715;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CAGTAAGTTACGGTGAAAACT;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=169;WE=45695840;WS=45695822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,187:0.75:250
chr17	45695914	rs3760371	T	C	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1893;ReadPosRankSum=0.171;SC=TTGAGCTGCCTTAACCCTAAC;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=106;WE=45695922;WS=45695904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,116:0.74:156
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.077;NF=0;NR=17;PP=594;ReadPosRankSum=-0.610;SC=AACAGTATATCCTAATAAGCC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=17;WE=45700395;WS=45700374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr17	45734209	rs68149542	CTTT	C	2998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=711;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TATCTTTTGTCTTTTTTTTTG;SOR=0.765;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=36;WE=45734219;WS=45734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr17	45750596	rs3809868	G	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=910;ReadPosRankSum=-0.434;SC=ACCTAGGTCTGTTTTCCAGAC;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=47;WE=45750604;WS=45750586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr17	45754569	rs11301979	AC	A	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=27;PP=1114;SC=TTAAATATCGACCAGGCTGGG;SOR=1.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28;WE=45754577;WS=45754559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	45757598	rs7210738	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1045;ReadPosRankSum=0.243;SC=GATGGCAACAGTTCACTTTTT;SOR=1.888;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=58;WE=45757606;WS=45757588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr17	45759767	rs7223246	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=0.851;SC=CATCTGTTTTCAGATCTGTTA;SOR=0.385;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=13;WE=45759775;WS=45759757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr17	45774072	rs8078309	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,77:0.23:329
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chr17	45811210	rs2074190	A	G	6236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.867;SC=TACCCGCGGGACTGGAGGTGT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=224;TCR=119;TR=245;WE=45811218;WS=45811200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,253:0.72:353
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chr17	46022889	rs2002136	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,39:0.21:188
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chr17	46052793	rs2597172	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.510;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr17	46054264	rs2525087	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,20:0.14:142
chr17	46055036	rs7503584	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=565;ReadPosRankSum=1.093;SC=GAGCAGGGATGATGGGCCATA;SOR=1.885;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=26;WE=46055044;WS=46055026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr17	46055106	rs2597173	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,43:0.26:165
chr17	46055347	rs2875746	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr17	46059071	rs2737	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.694;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,34:0.19:180
chr17	46115072	rs199699704	C	CG	2262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.41;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	46115084	rs201261614	T	TGG	2072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.11;SOR=3.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	46115122	.	A	AG	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=709;SC=GGACGTGGCCAGCCTCGGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=46115130;WS=46115112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	46132212	rs373501023	T	TG	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=1292;SC=GGAAGGGGGCTGGCTGGGCCG;SOR=2.165;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=31;WE=46132220;WS=46132202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	46152559	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	46190819	rs8080662	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=81;PP=2372;SC=GGGTGCTTATGTAGGAACTGG;SOR=1.092;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=138;WE=46190827;WS=46190809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	46198876	rs3744346	G	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=267;SC=AGTGAGCTCTGGGTTCTGCTC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=46198884;WS=46198866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46214736	rs74885375	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,50:0.19:257
chr17	46234053	rs72825550	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=0.687;SC=TGGGGCCAAGGAATGCATGGA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=24;WE=46234061;WS=46234043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr17	46239985	rs208005	A	G	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=54;PP=1612;SC=TTTCCGAGGTACCCATGTTTT;SOR=1.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=46239993;WS=46239975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	46262171	rs2278868	C	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=1257;ReadPosRankSum=0.371;SC=ATCCGTACACCGTAGCCCTTA;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=71;WE=46262179;WS=46262161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,77:0.84:92
chr17	46265433	rs2305433	G	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CACTCCCACAGGTTATCCCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=21;WE=46265441;WS=46265423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr17	46266849	rs66753385	G	A	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=85;PP=2256;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CTCCTTTTACGATGTCTTCCA;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=189;TCF=74;TCR=115;TR=144;WE=46266857;WS=46266839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,154:0.77:201
chr17	46607021	rs7226137	T	C	6730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=97;PP=2965;SC=GACCCGACCTTCCTCTCGCTC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=217;WE=46607029;WS=46607011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	46620288	rs1042815	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=5;PP=1069;SC=AGAAGAAAGGGAGTGGATTAA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=46620296;WS=46620278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	46622335	rs111979968	A	AC	334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=685;SC=ATCGGAAGGGACCCCCCTCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=46622357;WS=46622325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	46629593	rs2229304	G	T	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=64;PP=2252;SC=GCCGACAGGGGCTCGGGGGCC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=46629601;WS=46629583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	46632725	rs79077418	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=44.39;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	46632727	rs9913170	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=44.38;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	46632731	.	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=41.61;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	46651061	rs2288277	T	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=16;PP=1210;SC=GCAAACCTGCTGAAGCATCCA;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=46651069;WS=46651051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	46669430	rs9299	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.084;SC=AGACCTAAGACCAAACGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=46669438;WS=46669425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	46670520	rs7406798	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=822;SC=AGGGGAATATTTGCGGAGTCT;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=46670528;WS=46670510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	46673723	rs12949148	TC	GT	18509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=177;PP=2944;ReadPosRankSum=1.940;SC=TCTGACGCCCTCGGCTCCCCA;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=576;TCF=342;TCR=234;TR=424;WE=46673732;WS=46673713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,455:0.76:597
chr17	46688256	rs7406910	T	C	10646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=195;PP=2965;SC=GAAAATAAAGTATTCGCATAA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=167;TCR=195;TR=361;WE=46688264;WS=46688246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr17	46691587	rs112987208	A	AGGCCCCCTGCCC	2327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=1709;SC=CCGGCCTGCCAGGCCTTGGGC;SOR=3.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=32;WE=46691595;WS=46691577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	46702999	rs112409771	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.696;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr17	46709835	rs718079	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=270;SC=CCAGCTAAGCAAGGAGCAGTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=46709843;WS=46709825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	46799775	rs117391237	T	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1318;ReadPosRankSum=1.902;SC=TCTGCAAAGGTGGGGACCAGA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=83;WE=46799783;WS=46799765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,85:0.73:117
chr17	46799812	rs1054072	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=118;ReadPosRankSum=-1.665;SC=CTTGCAAGCAAGCATCGGCCT;SOR=0.333;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=15;WE=46799830;WS=46799802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr17	46801724	rs3110599	T	G	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,71:0.22:326
chr17	46805221	rs9899142	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.818;SC=CCTTCAGAGTCCTAATAACCA;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=9;WE=46805229;WS=46805211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr17	46805590	rs8556	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,125:0.22:573
chr17	46840178	rs12936178	T	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=49;PP=2965;SC=GTTGGCCCCATTGCTGCTACT;SOR=1.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=147;WE=46840186;WS=46840168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	46879079	rs12947660	G	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=232;SC=CCATTACTAGGTGCTCCCAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=46879087;WS=46879069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	46881748	rs489005	T	C	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=97;PP=2965;SC=AAACAAGAACTGGAATGCACA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=109;TCR=98;TR=206;WE=46881756;WS=46881738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	46926772	rs551605	A	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=473;SC=ACCTTGGAGCATGGAGATCAG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=46926780;WS=46926762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	46934001	rs72437948	GCATT	G	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=1297;SC=TAAATGCTGTGCATTCATTCA;SOR=4.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=26;WE=46934012;WS=46933991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	46970836	rs684682	A	G	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=57;PP=1781;SC=GCCGCGCCGCAGTGCTCTGTA;SOR=1.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=46970844;WS=46970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	46972479	rs3080082	ATCTC	A	16598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=159;PP=2977;SC=ATGCCATACTATCTCTCTGCT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=63;TCR=168;TR=218;WE=46972490;WS=46972469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	46973139	rs35074390	TG	T	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=48;PP=1463;SC=TGAGGCTCCATGGGGGGGTCA;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=52;WE=46973147;WS=46973129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	46985756	rs71144541	AG	A	904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=10;PP=765;SC=GTGGAAGCGGAGGGGGTGGGG;SOR=1.942;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=22;WE=46985764;WS=46985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	46993370	rs4378658	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=653;SC=TGGTGTTGCCGGGCCCCAGGG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=46993378;WS=46993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	47000110	rs2088139	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	47000251	rs1058018	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=34;PP=1252;SC=ACGACTTCTACGAGGTGGCCT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=47000259;WS=47000241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	47010795	rs72523750	CAG	C	2323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=1894;SC=AGGATACTGACAGAAAATTTA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=41;WE=47010804;WS=47010785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	47011897	rs57901004	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.59;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	47013382	rs140139274	G	GTTTGT	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=1294;SC=CTTATTTTTTGTTTGTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=26;WE=47013401;WS=47013372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	47013717	rs3215074	AT	A	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=406;SC=CTAGTTCCTAATTTTTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=47013725;WS=47013707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	47014675	rs2132201	C	T	8708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=189;PP=2965;SC=GGTCAGACGGCTCCAGAGGGC;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=106;TCR=189;TR=295;WE=47014683;WS=47014665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	47014754	rs2132200	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=50;PP=1466;SC=CTTTGGGACATCGAGCTAGGT;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=47014762;WS=47014744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	47035869	rs4793605	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=0;PP=421;SC=TTCCTTTTCATTGGGTGGTGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=47035877;WS=47035859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	47038391	rs6504587	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=892;SC=TAGCCTGAGCTTCGCCCAGAG;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=47038399;WS=47038381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	47039132	rs2291725	T	C	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=91;NR=73;PP=2555;SC=TTAGCTTGACTGGCCAGCTCC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=164;WE=47039140;WS=47039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	47044463	rs62078384	C	T	8894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=140;PP=2965;SC=ACCTGTCATCCCCTAACCCCT;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=177;TCR=140;TR=316;WE=47044471;WS=47044453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	47076449	.	A	AT	1462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.710;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr17	47076551	rs2411760	G	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.92;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	47076551	.	GGGGGGG	TGGGGGC,TGGGGGG	106	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=21;MQ=57.57;NF=0,4;NR=8,14;PP=76,106;QD=16.1834843578;SC=AGCTCTTTTCGGGGGGGGTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8,18;WE=47076565;WS=47076541;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:23
chr17	47076557	rs1948513	G	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.353;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr17	47109368	rs34685424	TG	T	2827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.143;NF=3;NR=73;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CTGGGTGCGGTGGGGGGGGGT;SOR=0.398;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=6;TCR=115;TR=76;WE=47109385;WS=47109358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,112:0.80:140
chr17	47109427	rs8079385	C	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=37;PP=884;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TCAGGGGGGTCTAGGCAGGCT;SOR=1.624;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=41;WE=47109435;WS=47109417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr17	47119832	rs2289637	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=763;ReadPosRankSum=0.227;SC=TGCCCTGTGCCGTGTGGCCTT;SOR=1.487;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=44;WE=47119840;WS=47119822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr17	47120776	rs2289636	T	C	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.057;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr17	47210429	rs7207842	A	G	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=79;PP=2965;SC=TCCACGTGGAAGTGGCCTCTC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=169;WE=47210437;WS=47210419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	47210469	rs117575112	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,38:0.23:166
chr17	47210506	rs7207403	C	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GGCTTCGGGGCTCTCTGCTTG;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=78;WE=47210514;WS=47210496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,83:0.79:105
chr17	47219542	rs12453819	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,18:0.16:110
chr17	47237802	rs1523137	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=633;SC=TCTCATCCCAACCAGGACTCT;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=47237810;WS=47237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	47238028	rs8071836	C	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=71;PP=2366;SC=CTTGGGGCTCCGTGGTGGCAA;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=130;WE=47238036;WS=47238018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	47241604	rs8074457	T	C	7385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=157;PP=2965;SC=TTAAAGACAATCACGTGGAGT;SOR=1.338;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=92;TCR=158;TR=249;WE=47241612;WS=47241594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	47243622	rs16970025	G	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=758;SC=ACGTGGTAAGGGACAGTTGCC;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=47243630;WS=47243612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	47280301	rs4794029	T	C	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=90;PP=2965;SC=TGGATTCATGTGATGTCTTCT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=210;WE=47280309;WS=47280291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	47293848	rs2233368	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=11;PP=976;SC=GCCAAGGACCCAGTGGAAGAT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=47293856;WS=47293838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	47297297	rs616338	T	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=65;PP=2114;SC=TCCTCTGCGTTTTCCCTGGCC;SOR=0.973;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=117;WE=47297305;WS=47297287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	47300081	rs2233374	C	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTGCTGACAGCCCAGGGCTCT;SOR=1.309;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=14;WE=47300089;WS=47300071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr17	47303082	rs199893716	CAGG	C	3653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.257;NF=7;NR=53;PP=2564;ReadPosRankSum=0.804;SC=AAGCGGGCAGCAGGAGAAGCA;SOR=0.719;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=60;WE=47303092;WS=47303072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,92:0.72:127
chr17	47588000	rs11466155	C	T	6233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TGGTTGTGGGCCTTGTGGCCT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=161;TCR=204;TR=260;WE=47588008;WS=47587990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,272:0.71:381
chr17	47688526	rs10514970	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.464;SC=TATTTAGCTGCAGTTTGTTTT;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=7;WE=47688534;WS=47688516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr17	47688881	rs140209761	T	TAGAG	2240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=33;PP=2095;SC=TGCCAGCAGATAGACGACTTT;SOR=2.494;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=35;WE=47688889;WS=47688871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	47700311	rs3815473	T	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr17	47780065	rs73335243	C	T	224.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GATCGTACCACTGCACTCACT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=47780073;WS=47780055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr17	47780707	rs375908491	TGC	T	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=39;PP=377;ReadPosRankSum=2.302;SC=ACACAAAATGTGCGCACACAC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=41;WE=47780721;WS=47780697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr17	47785064	rs9908959	C	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=12;PP=651;SC=TGGGGAGAGACTGTCGGCCCG;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=47785072;WS=47785054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	47801651	rs11079874	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CACCCCCCACACAAACCTGTT;SOR=0.036;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=5;WE=47801659;WS=47801641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	47882610	.	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TTCAGTCTGATCAGACATATA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=17;WE=47882618;WS=47882603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr17	47888852	rs4462645	A	G	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	47923640	rs11297059	AT	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr17	48068720	rs8081044	T	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=228;SC=GTCCATGCAATTGTCATCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=48068728;WS=48068710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	48151908	rs4793639	T	C	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=134;PP=2965;SC=GGTGAGATTGTTCTGCCCACC;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=134;TCR=135;TR=268;WE=48151916;WS=48151898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	48154461	rs11545792	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,127:0.22:566
chr17	48155771	rs16948648	C	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=52;PP=1495;SC=CAGGCCTCCACTTTCCCTGGA;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=48155779;WS=48155761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	48165064	rs12951197	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=28;PP=1115;SC=AGGATGGGCCTAAGCAGGCTG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=48165072;WS=48165054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	48172779	rs7221362	A	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=29;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GACCACAACCAAAGTCGCGGC;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=92;WE=48172787;WS=48172769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,90:0.79:114
chr17	48174908	rs9839	C	T	5590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GCACACCCTCCGTGCAGCTGG;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=314;TCF=135;TCR=179;TR=231;WE=48174916;WS=48174898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,245:0.74:332
chr17	48183471	rs11237	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=10.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.489;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,34:0.20:168
chr17	48184288	rs847694	G	A	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GAGAAGCCCCGGGGACCCCTC;SOR=0.730;Source=Platypus;TCF=73;WE=48184296;WS=48184278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,135:0.85:159
chr17	48184377	rs847693	A	G	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.253;SC=CCCAGTATCAATGTCAGGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=184;WE=48184385;WS=48184367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,190:0.78:245
chr17	48186131	rs3059824	T	TCTC	2177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=43;PP=2089;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GGGAGGCTTCTCTCCTCACTC;SOR=0.706;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=44;WE=48186145;WS=48186110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr17	48186817	rs56409353	C	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=65;PP=1618;ReadPosRankSum=0.756;SC=CTGATAGGACCTGGGCAGCCT;SOR=0.167;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=100;WE=48186825;WS=48186807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,103:0.84:123
chr17	48187470	rs60269840	G	A	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1904;ReadPosRankSum=0.007;SC=AAGGGCCGCCGTGCATCTGCA;SOR=0.450;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=113;WE=48187478;WS=48187460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,118:0.87:136
chr17	48187546	rs61328000	G	C	632.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.546;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=604;ReadPosRankSum=4.080;SC=CCTCCTGGGGGAGCAGGGGGT;SOR=4.091;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=27;WE=48187554;WS=48187536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
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chr17	48202149	.	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.212;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	48212647	rs11317638	GA	G	1768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=16;PP=1418;SC=GGGGAGGGAGGAACAATGGGA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=48212655;WS=48212637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	48212910	rs3744535	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=23;PP=1323;ReadPosRankSum=0.793;SC=AGGGCGCCCCAGGCCCACCTT;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=79;WE=48212918;WS=48212900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,80:0.74:108
chr17	48216944	rs1569116	C	T	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=109;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CATACTCTCCCGTCTGCGAAG;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=224;TCF=77;TCR=147;TR=169;WE=48216952;WS=48216934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,175:0.76:229
chr17	48226445	rs112058541	G	GC	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=431;SC=TGGCTGGCGAGCGGGGGCGGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=48226453;WS=48226435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	48227384	.	G	GGC	9157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=112;PP=2957;SC=GCCGCGCCGCGCTCCTTGTCG;SOR=1.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=8;TCR=119;TR=120;WE=48227392;WS=48227374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	48227403	.	G	GGC	6651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=93;PP=2973;SC=CGCCGCCTGCGCGCTGGGGCG;SOR=2.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=7;TCR=93;TR=100;WE=48227411;WS=48227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	48243461	rs79410682	G	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=54;PP=1880;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTTGTTCAGCGGGGAGGCCCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=121;WE=48243469;WS=48243451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,127:0.80:159
chr17	48243504	rs9911548	C	T	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=66;PP=2304;SC=GGTGGTAAGACGGAGGTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=139;WE=48243512;WS=48243494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	48245180	rs2696297	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr17	48245269	rs59944537	C	A	7543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.705;SC=CCACGTTTCTCCCCTAACCCA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=444;TCF=256;TCR=188;TR=327;WE=48245277;WS=48245259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,338:0.74:458
chr17	48248906	rs1046329	C	G	4555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.638;SC=ACCCTTCGAACCCCCTTGATA;SOR=0.703;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=262;TCF=132;TCR=130;TR=177;WE=48248914;WS=48248896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,186:0.68:272
chr17	48249450	rs2696293	C	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,55:0.23:235
chr17	48252804	rs2696288	T	C	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=108;PP=2965;SC=ACTGACAGCCTAGCCAGGTAG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=123;TR=231;WE=48252812;WS=48252794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	48258140	rs2586484	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=28;PP=1196;SC=CTCGCATTCTTTCCCACGCGG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=48258148;WS=48258130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	48258284	.	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=2.667;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	48262775	rs1061237	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=633;ReadPosRankSum=0.220;SC=TTGGCTTTTGAGGGGGTTCAG;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=27;WE=48262783;WS=48262765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr17	48263021	rs2249492	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,46:0.27:173
chr17	48264717	rs2696245	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=3;PP=314;SC=GATTCTTCCTCTCTTTGCCCA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=48264725;WS=48264707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	48265426	rs2586488	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,101:0.26:392
chr17	48265495	rs1800215	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=89;PP=2181;SC=ACAGGACCGGTGGGACCAGCA;SOR=3.403;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=112;WE=48265503;WS=48265485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	48265542	rs41316705	G	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=786;ReadPosRankSum=0.300;SC=TGAGCTCTTGGCCAGGGAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=34;WE=48265550;WS=48265532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr17	48266160	rs138425306	CAG	C	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,37:0.11:338
chr17	48266669	rs2586489	G	C	9353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=157;PP=2965;SC=AGGTGCCAGAGAGCAGCACAG;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=151;TCR=157;TR=306;WE=48266677;WS=48266659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	48267291	rs2075559	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,74:0.20:368
chr17	48268223	rs2734272	A	G	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=89;PP=2965;SC=CAATGGGGCCAGTCAGACCAC;SOR=1.037;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=143;TCR=89;TR=231;WE=48268231;WS=48268213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	48268626	rs2696246	A	G	7822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=171;NR=100;PP=2965;SC=AAGGGGAAGAAGGGAGGATTA;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=171;TCR=100;TR=271;WE=48268634;WS=48268616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	48269302	rs2857396	G	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,91:0.23:401
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chr17	48274309	rs2075554	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=2.085;SC=GGGGAAGAGGTTGGGACTGGA;SOR=2.535;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=14;WE=48274317;WS=48274299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	48275489	rs35231764	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,60:0.26:234
chr17	48276004	rs5820805	G	GC	3934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=76;PP=2957;SC=AGACATTCCTGCAAAGATGCA;SOR=2.261;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=2;TCR=80;TR=78;WE=48276012;WS=48275994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	48276971	rs2256835	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,26:0.15:178
chr17	48277059	rs150854949	AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG	A,AGCCCCAGGCCCCAG	1081.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=12,12;NR=6,6;PP=2315,1186;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCAGGCC;SOR=1.536;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=18,18;WE=48277087;WS=48277049;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.60:30
chr17	48355968	rs55649994	C	T	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=108;PP=2921;ReadPosRankSum=0.722;SC=GCCAGGAGAACGAGCTCTTCC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=71;TCR=139;TR=163;WE=48355976;WS=48355958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,163:0.77:213
chr17	48356260	rs6504642	G	C	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=156;PP=2965;SC=GAGCCAGACAGCCCAGTGGAT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=135;TCR=158;TR=291;WE=48356268;WS=48356250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	48423415	.	AG	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=9;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.63;MQRankSum=1.477;NF=4;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=1.159;SC=GGCGTGGAGGAGGGGGGGCGG;SOR=2.030;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=48423426;WS=48423405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	48423418	rs9912067	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.296;NF=7;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GTGGAGGAGGGGGGGCGGCTC;SOR=0.180;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=48423426;WS=48423405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	48431032	rs739990	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-2.118;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,38:0.21:180
chr17	48431197	rs739989	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chr17	48432042	rs11430429	G	GA	3064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=2179;SC=AGGTAGCCTAGGAGGGAAACT;SOR=1.550;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=50;WE=48432050;WS=48432032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	48432324	rs12451299	G	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-3.298;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,43:0.22:198
chr17	48432749	rs73344091	G	C	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=13;PP=1196;ReadPosRankSum=2.944;SC=GCCAGGGGTAGGGCACATGGC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=65;WE=48432757;WS=48432739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr17	48433081	rs886568	G	A	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=47;PP=2235;SC=TGCCAGGCGGGTGAAAGAGCT;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=111;WE=48433089;WS=48433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	48433958	rs4794136	T	C	13558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=290;PP=2965;SC=TCCACCTGTATGGCAGCTACC;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=519;TCF=229;TCR=290;TR=518;WE=48433974;WS=48433948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr17	48440467	.	TA	T	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=12.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr17	48440522	rs10656180	T	TCCA	7410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=92;PP=2967;SC=CCTGTCCTTCTCCACCATATT;SOR=1.377;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=23;TCR=95;TR=115;WE=48440533;WS=48440512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	48445674	rs111380254	CCTGGTCAG	C	4277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=61;PP=2986;SC=AACACACAGACCTGGTCAGCT;SOR=2.006;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=7;TCR=81;TR=65;WE=48445689;WS=48445664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	48446130	rs17776853	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=376;ReadPosRankSum=0.753;SC=CTAATAAAACAATCATACTAC;SOR=1.675;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=25;WE=48446138;WS=48446120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr17	48448023	rs16948951	C	G	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=951;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CATGCTGATACGTGAGAGGCG;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=49;WE=48448031;WS=48448013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,53:0.84:63
chr17	48452776	rs3760413	A	C	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=82;PP=2965;SC=CTGTCCCAGAAATAGCTGAAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=177;WE=48452784;WS=48452766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	48452978	rs3060668	A	AAGC	15697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=57;NR=129;PP=2969;SC=TGACTGGAAAAAGCCCTTTCC;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=65;TCR=144;TR=186;WE=48452986;WS=48452968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	48455985	rs2189712	A	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=-0.774;SC=AGGAGCCAACAGTACTGGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=14;WE=48455993;WS=48455975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	48456193	rs12450550	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,46:0.23:199
chr17	48457567	rs917029	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr17	48457609	rs917028	C	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=903;ReadPosRankSum=0.529;SC=TCAGTTGCCACTTGAGGGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=54;WE=48457617;WS=48457599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,59:0.78:76
chr17	48465636	rs3760412	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=0.099;SC=GTGGTGGCTCACGCCTGTAAC;SOR=0.050;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=17;WE=48465644;WS=48465626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr17	48472270	rs3760407	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=35;PP=2550;SC=GAAGGAGTCACGGCTGCATGC;SOR=1.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=90;TCR=35;TR=125;WE=48472278;WS=48472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	48474501	rs72832501	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,63:0.23:273
chr17	48504132	rs9901133	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=895;ReadPosRankSum=0.782;SC=TCATGGGCAAACTTGGGGATC;SOR=1.502;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=43;WE=48504140;WS=48504122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr17	48539035	rs9674937	T	C	4765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=92;PP=2777;ReadPosRankSum=-1.018;SC=AACTGGAGTATGTCCTCAAGA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=298;TCF=162;TCR=136;TR=203;WE=48539043;WS=48539025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,215:0.69:311
chr17	48539997	rs8082089	T	C	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=61;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.060;SC=ATGCCCCCTGTCCCTGTGACA;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=46;TCR=100;TR=88;WE=48540005;WS=48539987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,90:0.62:145
chr17	48540960	rs3744522	C	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AAACCCTCTTCTTCCTCACTC;SOR=0.456;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=60;WE=48540968;WS=48540950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr17	48541443	rs2277630	G	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1152;ReadPosRankSum=0.716;SC=CCAGCCCAGGGCCAGCTGCCA;SOR=0.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=66;WE=48541451;WS=48541433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr17	48541707	rs898455	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=790;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TGGGATGACAGCAGATGGACA;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=44;WE=48541715;WS=48541697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr17	48542572	rs898454	C	G	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=33;PP=2120;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CCCTCCAGGGCCAGGGGGTAT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=111;TCR=43;TR=121;WE=48542580;WS=48542562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,120:0.79:152
chr17	48542707	.	G	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,51:0.24:210
chr17	48546232	rs2412325	G	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.949;SC=CGCGGGCAGCGGCGAGTCCTA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=48546240;WS=48546222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	48556228	rs151222980	C	CGCGCT	1235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.612;NF=16;NR=4;PP=1100;ReadPosRankSum=-1.103;SC=GTCAGTGCGCCGCGCTGCGCT;SOR=1.685;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=48556236;WS=48556218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr17	48557326	rs2290862	G	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TGTGGCACAGGCAGCCCACCT;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=125;WE=48557334;WS=48557316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,128:0.72:177
chr17	48557348	rs2290861	T	C	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=58;PP=1868;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCTGCAGACTTGGAAGTCACA;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=134;WE=48557356;WS=48557338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,143:0.73:197
chr17	48559559	rs7210579	A	G	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GCGTGTCTGTAGACTTGATGC;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=259;TCF=155;TCR=104;TR=189;WE=48559567;WS=48559549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,197:0.74:266
chr17	48560550	.	A	AAAAG	111.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.74;MQRankSum=-0.210;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr17	48560883	rs1551717	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CTCCTCCAGGATCCCCACACC;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=66;WE=48560891;WS=48560873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,65:0.80:81
chr17	48562047	rs72834177	T	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CCCTGCTGGGTGATGGGCTTG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=87;WE=48562055;WS=48562037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,93:0.76:123
chr17	48595109	rs56994118	T	C	324.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=1.513;SC=GAAGTCATTTTGGTCTCCCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=48595117;WS=48595099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr17	48595988	rs8064455	G	C	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1671;ReadPosRankSum=0.960;SC=CAAAAGAAGAGAAGAGACCTC;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=109;WE=48595996;WS=48595978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,111:0.82:136
chr17	48597114	rs28498091	C	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=59;PP=1436;ReadPosRankSum=-1.608;SC=CCATCACTCACATCAGGAAGC;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=100;WE=48597122;WS=48597104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,104:0.75:138
chr17	48598785	rs1380657	G	A	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1669;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGAAGACACAGCATACTTGTG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=97;WE=48598793;WS=48598775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,105:0.78:135
chr17	48599195	rs9893172	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=464;SC=GGAAGCTGCGTGGGAGTGGAG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=48599203;WS=48599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	48599450	rs7216625	A	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=999;ReadPosRankSum=0.101;SC=AAGGTAAAACAGCCTCCACCA;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=63;WE=48599458;WS=48599440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr17	48602098	.	T	TGTGTGTGTGTGTGTGA	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.674;NF=20;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=21;WE=48602107;WS=48602088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr17	48606537	rs1133818	C	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=843;ReadPosRankSum=0.076;SC=ACACCCAGAGCCTGCACAGTG;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=45;WE=48606545;WS=48606527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr17	48606606	rs4793659	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=0.386;SC=TATTCATTCCGTTCAGTCTGC;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=48606614;WS=48606596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	48607280	rs6504671	G	C	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,197:0.78:253
chr17	48608717	rs1064055	T	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CCCTGGTGACTGACCTGATGG;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=76;WE=48608725;WS=48608707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr17	48608951	rs2277627	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GCCCTCAGATCCCCTCCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=48608959;WS=48608941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	48610272	rs755046	G	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GTGCCGTCCCGCTGCTGCACA;SOR=1.121;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=47;WE=48610280;WS=48610262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr17	48613837	rs3785915	A	G	5171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=2.284;SC=CCCATCCTTCAAGACTGTGAC;SOR=1.279;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=276;TCF=177;TCR=99;TR=213;WE=48613845;WS=48613827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,227:0.77:294
chr17	48615329	rs2306001	G	A	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=26;PP=2141;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GGCCTCAACGGCCGTTGTTCC;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=118;TCR=37;TR=113;WE=48615337;WS=48615319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,115:0.73:158
chr17	48616114	rs4794158	C	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.209;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=895;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GCTGACTGAGCGGCAAATGGC;SOR=0.122;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=57;WE=48616122;WS=48616104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr17	48619272	rs111678638	G	A	9714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.853;SC=CGCTAAACCAGATGCGCACCG;SOR=0.568;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=154;TCR=170;TR=240;WE=48619280;WS=48619262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,252:0.75:335
chr17	48619290	rs112657244	G	A	9900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=2.451;SC=CCGGCTCGCCGGCGCTGGGCC;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=155;TCR=169;TR=249;WE=48619298;WS=48619280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,258:0.77:335
chr17	48624523	rs9890200	A	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=543;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CAGCCTCCTGACTTCCCTTCC;SOR=0.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=37;WE=48624531;WS=48624513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr17	48625223	rs76022681	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.530;NF=9;NR=35;PP=902;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GCCTGTCCAGCCACCAACAGT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=44;WE=48625231;WS=48625213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr17	48625307	rs200637741	GGGGGAGGGGCCT	G	2077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.687;NF=23;NR=12;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGGAAGGGCCGGGGGAGGGGC;SOR=1.070;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=35;WE=48625326;WS=48625297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr17	48625828	rs8076470	C	T	11769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=267;PP=2962;ReadPosRankSum=1.423;SC=AGCACCTCTCCTGGGGCCCTG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=635;TCF=278;TCR=357;TR=472;WE=48625836;WS=48625818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,492:0.75:659
chr17	48625928	rs8076632	C	G	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCCCTGGGGACAGGAAGCCTT;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=265;TCF=112;TCR=153;TR=195;WE=48625936;WS=48625918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,208:0.74:281
chr17	48629458	rs8065903	A	G	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=2885;ReadPosRankSum=-0.912;SC=ACACAGGACAAGCTCTTTTGG;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=173;WE=48629466;WS=48629448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,185:0.76:245
chr17	48646376	.	T	TGTGTGTGTGTGTTG	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.48;QD=25.67;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr17	48647011	rs12946808	T	G	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=122;PP=2965;SC=TTGACCTCTTTTGACCCCACT;SOR=0.995;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=171;TCR=122;TR=293;WE=48647019;WS=48647001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	48652875	rs198550	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=901;SC=TCTTCAGGACATTTCCTCTTC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=48652883;WS=48652865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	48653354	rs12449998	C	A	13745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=249;NR=236;PP=2965;SC=TGGGTCCCGCCGGCTCATGCT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=488;TCF=250;TCR=238;TR=485;WE=48653362;WS=48653344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr17	48668013	rs8064333	G	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,30:0.18:166
chr17	48668021	rs34926473	AT	A	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,24:0.17:145
chr17	48668091	rs8066026	A	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
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chr17	48678325	rs198530	A	T	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=69;PP=2965;SC=CTGGGAGGGCACTGGAGGGGC;SOR=1.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=190;WE=48678333;WS=48678315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr17	48696879	.	C	CTGTGTGTGTGTTTGTG	3244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.731;NF=27;NR=5;PP=2973;ReadPosRankSum=0.414;SC=CTCTTTGTTGCTGTGTGTGTT;SOR=1.565;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=32;WE=48696887;WS=48696869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr17	48698906	rs4794172	C	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TTCCCGCCCCCCTGTGCTTCG;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=48698914;WS=48698896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr17	48701800	rs2301835	C	T	10541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=1.078;SC=CTCATCTGCTCCAGCCCCACA;SOR=0.456;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=572;TCF=279;TCR=293;TR=445;WE=48701808;WS=48701790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,464:0.77:599
chr17	48703752	rs739925	T	C	11386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=206;PP=2965;SC=AGCGCCGGCCTACGTCCTGGC;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=378;TCF=172;TCR=206;TR=378;WE=48703760;WS=48703742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr17	48712705	rs12604031	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=4.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.017;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,40:0.22:180
chr17	48712711	rs9890046	C	G	5714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=79;PP=2116;SC=CCGCGGGTTCCTGATGGAGGG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=180;WE=48712719;WS=48712695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	48733437	rs34495663	T	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr17	48746135	rs879459	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=29;PP=1703;SC=GTCCTCCTTTCCCCTGCCCCC;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=48746143;WS=48746125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	48746923	rs4794176	G	C	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=119;PP=2965;SC=AAGAGGCTAGGGCATAGAGCT;SOR=1.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=61;TCR=119;TR=180;WE=48746931;WS=48746913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	48752890	rs2072366	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr17	48755002	rs2240802	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=0.931;SC=TGGGAGTGAGGCTGGCTGGGA;SOR=0.136;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=23;WE=48755010;WS=48754992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr17	48761105	rs2277624	C	T	5977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TGCATGTGCACGGTGGCGAGA;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=353;TCF=177;TCR=176;TR=262;WE=48761113;WS=48761095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,265:0.74:358
chr17	48768486	rs1051640	A	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TAGTAGCTGAATTTGATTCTC;SOR=0.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=68;WE=48768494;WS=48768476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr17	48777822	rs6504677	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	48785100	rs3744519	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr17	48797210	rs11398903	T	TG	6286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=95;PP=2973;SC=CCGCGGGCCTTGGCCTGAGCC;SOR=1.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=114;TCF=11;TCR=103;TR=106;WE=48797218;WS=48797200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	48801314	rs12449971	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,21:0.19:109
chr17	48821201	rs9894501	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr17	48821207	rs9894508	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr17	48913571	rs4420571	C	T	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=87;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GGGTGGGAGCCGTCGGGGAGG;SOR=0.129;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=121;TCF=8;TCR=113;TR=95;WE=48913579;WS=48913561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,97:0.79:123
chr17	48917333	rs9675120	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,139:0.24:577
chr17	48940422	rs4626	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,37:0.20:188
chr17	49054439	rs9332407	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,25:0.23:108
chr17	49067763	rs9899816	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GGCATCTGAGTGTAGCCTTAG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=17;WE=49067771;WS=49067753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr17	49109232	rs117738803	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr17	49124845	.	G	GA	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=43;QD=22.0;SC=TTTAAAGAAAGAAAAAATACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=3;WE=49124853;WS=49124835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,3:0.23:13
chr17	49197654	rs5820842	A	AC	1338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	49231623	rs34431255	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr17	49231627	rs11556835	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	49233216	rs1558254	C	T	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=69;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TGTTTCTCCCCGTCTTTCTTA;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=107;WE=49233224;WS=49233206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,110:0.76:144
chr17	49237240	rs76403442	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=373;ReadPosRankSum=-1.576;SC=TGAGCCCAACCGCTCATGTTT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=16;WE=49237248;WS=49237230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr17	49237281	rs56209259	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=881;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GGGAAATTAAATGGATTATAT;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=46;WE=49237289;WS=49237271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr17	49237562	rs2041296	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.714;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr17	49239036	rs2159359	C	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,30:0.23:130
chr17	49245901	rs3744660	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=1.740;SC=GTGTGGTGGTGCACGGCTGTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=49245909;WS=49245891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr17	49281133	rs17574235	G	A	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=31;PP=2059;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATTACGGTAAGGGTAAATAAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=100;TCR=36;TR=113;WE=49281141;WS=49281123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,117:0.84:139
chr17	49338257	rs14180	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ACGACGAGGACGCGTTGCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=14;WE=49338270;WS=49338247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr17	49350802	rs2318789	A	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TTCCAAGAGGAATCTTGAAGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=98;WE=49350810;WS=49350792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,102:0.74:138
chr17	49350959	.	G	GT	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9964;HP=14;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=56;QD=10.3333333333;SC=TTATGTTATTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=49350967;WS=49350949;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	49354499	.	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,21:0.23:92
chr17	49371230	rs12940196	G	C	461.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCTCCCAGTTGTTACACTTTA;SOR=1.292;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=19;WE=49371238;WS=49371220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr17	49371505	rs917654	C	G	125.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAATAAATTCTAGTCTGTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=49371513;WS=49371495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	49567749	rs12603818	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=6.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.273;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,70:0.23:302
chr17	49710713	rs3815371	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr17	49713205	rs10514986	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,34:0.22:152
chr17	49713300	rs11870209	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,39:0.18:214
chr17	50149899	rs5820905	C	CT	146.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.140;QD=16.25;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr17	51900729	rs3803824	C	T	6632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.197;SC=CAGCGTACCGCCACGAAATGG;SOR=0.629;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=364;TCF=189;TCR=175;TR=263;WE=51900737;WS=51900719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,273:0.72:379
chr17	51901084	rs3803825	A	G	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2875;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AGACAACCTTAAAGGACCTGG;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=140;WE=51901092;WS=51901074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,143:0.76:189
chr17	51901643	rs4561518	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1542;ReadPosRankSum=1.654;SC=CAGGCAAACACCTGTCAACGC;SOR=0.397;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=85;WE=51901651;WS=51901633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,88:0.79:112
chr17	51901703	rs4561519	C	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GAAGTCAGGACGGATAATGCA;SOR=0.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=57;WE=51901711;WS=51901693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,62:0.81:77
chr17	51902252	rs3826355	C	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1835;ReadPosRankSum=2.649;SC=TAGCCAATGGCTGGAAAACAT;SOR=0.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=103;WE=51902260;WS=51902242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,105:0.80:131
chr17	51902492	rs10693171	A	AAAT	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.546;NF=0;NR=15;PP=682;ReadPosRankSum=0.037;SC=AAAACTGTCCAAATTATCTAA;SOR=0.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=15;WE=51902500;WS=51902482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr17	52989920	rs72829469	G	A	57.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AATTATGTTTGTTAATTAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=52989928;WS=52989910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	52992128	rs3834969	TA	T	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=4.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,43:0.18:234
chr17	52993346	rs2934935	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=592;SC=CCTGATTTCAGTTGATTTCTA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=52993354;WS=52993336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	53007655	rs12939352	T	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=750;SC=TGCCTACAAGTGACCCCTCTT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=53007663;WS=53007645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	53013980	rs17745189	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr17	53016495	rs117454625	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=155;ReadPosRankSum=0.181;SC=AGCACTTTGGGAGGCCAAGGC;SOR=0.124;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=12;WE=53016503;WS=53016485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
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chr17	53038082	rs2287136	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=20;SC=TTTTCTAAGGGCCATCTGAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=53038090;WS=53038072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	53038430	rs4793784	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=561;SC=AACTATCAAAACTTATTTATT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=53038438;WS=53038420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	53038654	rs1802212	A	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr17	53038745	rs17817901	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.567;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr17	53038783	rs1057980	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.373;NF=3;NR=20;PP=509;ReadPosRankSum=1.297;SC=TGACAACAGCGTGAGATTTCA;SOR=1.688;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=23;WE=53038791;WS=53038773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr17	53042017	rs55801837	C	G	1143.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5354;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=582;ReadPosRankSum=1.018;SC=AAGGAATTTACATTAATAAAG;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=53042031;WS=53042007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr17	53042023	rs56131849	TA	T	1281.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5354;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.497;NF=7;NR=11;PP=756;ReadPosRankSum=0.446;SC=TTTACATTAATAAAGTAATCT;SOR=0.627;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=18;WE=53042031;WS=53042007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,34:0.92:37
chr17	53063743	rs958556	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=76;SC=AGGATAGCAGCAATGAGTAGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=53063751;WS=53063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	53076799	rs1156287	G	A	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CATAATTACCGGAGCCAAGTT;SOR=0.920;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=81;WE=53076807;WS=53076789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,86:0.76:113
chr17	53076986	rs11658717	G	A	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=31;PP=1908;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTTCTTTTTAGTACTAGGTTA;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=108;WE=53076994;WS=53076976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,112:0.75:149
chr17	53120855	rs1894936	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=467;ReadPosRankSum=1.182;SC=TAGAGAATTAATTTTTGGTCT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=21;WE=53120863;WS=53120845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr17	53124546	rs71361750	C	CGT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=232;ReadPosRankSum=0.172;SC=TATATGTGCTCGTGTGTGTGT;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=7;WE=53124555;WS=53124536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr17	53158361	rs2628302	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=724;ReadPosRankSum=-0.442;SC=AGTAAAGATAGATGTTGTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=35;WE=53158369;WS=53158351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr17	53342796	rs10635027	G	GTTTC	9299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.944;NF=35;NR=64;PP=2974;ReadPosRankSum=0.994;SC=GGGGGCGGTTGTTTCTTTCTT;SOR=0.558;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=59;TCR=118;TR=99;WE=53342804;WS=53342786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,226:0.77:292
chr17	53392852	rs2287223	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=382;ReadPosRankSum=1.648;SC=ATGGAGAGTGGGATCCACAGA;SOR=0.850;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=30;WE=53392860;WS=53392842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr17	53478675	rs3744308	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=0.385;SC=CCACCATGCCAAGCTAAACAC;SOR=2.800;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=53478683;WS=53478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	53485186	rs2286806	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr17	53491455	rs11659004	C	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,26:0.21:124
chr17	53828493	rs12941739	A	C	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AGCTTCTCGGAGGAGCAGTTC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=77;WE=53828501;WS=53828483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr17	53828706	rs890488	C	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=34;PP=1993;SC=GACAGGGGCGCGTCTTCTCCG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=53828714;WS=53828696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	53844833	rs57156382	CT	C	2834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.204;NF=5;NR=75;PP=1805;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GCTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=6;TCR=92;TR=80;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr17	53844847	rs35430620	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr17	53844903	rs35052837	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=651;ReadPosRankSum=0.576;SC=TCAGCTCACCGCAATCTCCGC;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=32;WE=53844911;WS=53844893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr17	53851071	rs2960063	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	53851078	rs2912558	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	53851228	rs2960062	C	T	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=88;PP=2965;SC=GCCTGGCGATCGAGAGTGACG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=203;WE=53851236;WS=53851218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	53852111	rs2960061	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.069;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr17	54428067	rs2215756	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ATGATAAAATCATATGTCAAC;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=54428075;WS=54428057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr17	54428436	rs17759670	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GATGCTTGCAATTTTATAAAT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=5;WE=54428444;WS=54428426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr17	54450038	rs957724	C	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=973;SC=CAATGCACCTCAACACACTGG;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=54450046;WS=54450028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	54450134	rs8069322	G	A	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=63;PP=2409;SC=AGAAAGAGAAGCAGCTGAAAG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=54450142;WS=54450124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	54517855	rs7224536	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=330;SC=GTAGCAAATGTCTATTCTGAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=54517863;WS=54517845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	54526301	rs2024316	C	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=13;PP=1144;SC=TTGGCATCGCCTGCTTGCTCT;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=54526309;WS=54526291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	54534634	rs10852985	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=9;PP=633;SC=CTACATAGCCGTTATATTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=54534642;WS=54534624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	54558282	rs68128704	GTA	G	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=741;SC=GTGTGTGTGTGTAAATTTTCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=54558291;WS=54558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	54872391	rs55815590	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr17	54872439	rs72837329	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.930;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,51:0.25:203
chr17	54872555	rs72837330	C	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=5.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.723;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,42:0.18:236
chr17	54872595	rs72837331	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,25:0.15:164
chr17	54872604	rs72837332	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,20:0.14:139
chr17	54872614	rs72837333	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,14:0.12:116
chr17	54892126	rs4794668	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=509;SC=AACTCTAACCAAACCCCTAAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=54892134;WS=54892116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	54912339	rs1048159	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,62:0.20:308
chr17	54912737	rs7225724	A	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=609;SC=TTTTGAGGAAACAAGCTAATA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=54912745;WS=54912727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	54921322	rs3760157	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.612;NF=20;NR=6;PP=473;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TTGTTTTGTGGGTTATCATTG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=26;WE=54921330;WS=54921312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr17	54921494	rs3760158	A	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=0.861;SC=GTTATTTAACATCCATTAATC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=19;WE=54921502;WS=54921484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr17	54925262	rs6503775	G	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=769;SC=AAAATAATTTGTCTTTTTCTT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=54925270;WS=54925252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	54925480	rs56356802	C	CATAT	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=1.843;SC=ATATACTATACATATATATAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=54925488;WS=54925470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr17	54926545	.	GA	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,11:0.15:75
chr17	54939715	rs9911560	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=421;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CAGTGGTTTATGGCTCATGCA;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=25;WE=54939723;WS=54939705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr17	54939737	rs3826295	T	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTGGTCACTGTACACTAGCGG;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=54939745;WS=54939727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr17	54978794	rs205498	G	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=14;PP=1701;SC=ACTGGGGGTGGGCTCCTGGAG;SOR=2.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=79;WE=54978802;WS=54978784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	54981571	.	CA	C	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr17	55026912	rs12942251	A	G	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1365;ReadPosRankSum=1.019;SC=GAGCCCTACCAGGAACCCGTA;SOR=0.411;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=78;WE=55026920;WS=55026902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,83:0.77:108
chr17	55027850	rs8071691	T	C	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.206;NF=96;NR=93;PP=2914;ReadPosRankSum=2.489;SC=CATCACAAGATTCAGACTCCG;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=189;WE=55027858;WS=55027840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,199:0.77:258
chr17	55038062	rs9899845	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=2.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=485;ReadPosRankSum=0.477;SC=GTCTAGCGGCTTCAGGCCCGG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=22;WE=55038070;WS=55038052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr17	55058689	.	G	C	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=94;QD=18.3958875067;SC=AGTGAAGGGCGGATTTGGTCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=55058697;WS=55058679;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,7:0.70:10
chr17	55065530	rs12453004	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.077;NF=11;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=2.363;SC=GTGTGACTCAAAAAGCAATCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=14;WE=55065538;WS=55065520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr17	55065558	rs11437466	T	TA	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=14;PP=1191;SC=TAATTCTGTGTAATTCCTTTT;SOR=1.225;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=28;WE=55065566;WS=55065548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	55075928	rs12941709	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,18:0.18:98
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chr17	55079471	rs12940187	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,75:0.27:280
chr17	55123748	rs3213728	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.096;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,125:0.23:539
chr17	55123867	rs3217120	G	GGACT	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.908;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,39:0.22:179
chr17	55182811	rs3833091	CT	C	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=227;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GGTGTAATTACTTCAAGCCTC;SOR=0.821;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=9;WE=55182819;WS=55182801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr17	55183203	rs2230772	T	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,127:0.25:509
chr17	55183716	rs1050515	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AAGCCCAGGATAGAGGTGTCG;SOR=0.660;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=31;WE=55183724;WS=55183706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr17	55185241	rs75053167	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,17:0.14:124
chr17	55189723	rs3094444	T	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=16;PP=1988;SC=AAGTGTTTTGTTACCTCAAAG;SOR=2.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=82;WE=55189731;WS=55189713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	55197802	rs4583	C	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,28:0.23:120
chr17	55363421	rs11079286	G	C	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=66;PP=2146;SC=GCCTCTTTCTGTCTTTCCCTC;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=111;WE=55363429;WS=55363411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	55606875	rs55990806	G	GT	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=607;ReadPosRankSum=1.099;SC=AAAGACCACTGTTTTTTTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=41;WE=55606883;WS=55606865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr17	55704465	rs1861474	A	G	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=33;PP=1991;SC=AACCCTCATGAGAGACAAATT;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=107;WE=55704473;WS=55704455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	55822171	rs12451748	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=1007;SC=ACCCACGAGGTTCAGTCAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=55822179;WS=55822161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	55822214	rs12451753	T	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=36;PP=1587;SC=GGGCGTCACGTCCCCTGTCCA;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=91;WE=55822222;WS=55822204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	55822467	rs12449409	G	A	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=90;PP=2965;SC=TTGCACCCCGGCCACCTTCTG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=181;WE=55822475;WS=55822457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	55917353	rs2099914	C	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=66;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TCAATTAATTCGCTAAAGATA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=39;TCR=90;TR=94;WE=55917361;WS=55917343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,94:0.72:131
chr17	55950064	rs35704289	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,33:0.21:160
chr17	55950826	rs11650742	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr17	55951037	rs17762338	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=7.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr17	56083646	.	GA	G	4327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.560;NF=49;NR=60;PP=2966;ReadPosRankSum=1.193;SC=TCACGCAAGAGAAAAATTTTA;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=109;WE=56083654;WS=56083636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,166:0.77:216
chr17	56083934	rs2233911	G	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=67;PP=2000;SC=ACCAGGAGGAGAAGCTCGCTC;SOR=2.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=84;WE=56083942;WS=56083924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	56235104	rs3863503	C	A	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.805;NF=76;NR=43;PP=1886;ReadPosRankSum=0.479;SC=CCTGTGCTTCCCATCCCGCCC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=119;WE=56235112;WS=56235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,125:0.75:167
chr17	56235322	rs1987665	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=1.469;SC=CACAGCTGAAGTTTGTTCTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=56235330;WS=56235312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	56247101	rs60994383	C	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=10.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.607;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,61:0.25:241
chr17	56270121	rs12602891	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=426;SC=CGGCTGGGGGTCCTCAAAGTG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=56270129;WS=56270111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	56270442	rs11079339	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
chr17	56271060	rs11079340	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=1.299;SC=GGTCTGCCCATTTGCCTTCCC;SOR=0.454;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=10;WE=56271068;WS=56271050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr17	56271094	rs11652709	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr17	56271497	rs10853004	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=0.595;SC=GATCTCTTAAATGCGGGGAGT;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=14;WE=56271505;WS=56271487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr17	56272390	rs2240815	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,105:0.23:453
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chr17	56293960	rs7225148	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.595;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,18:0.19:94
chr17	56320158	rs8178290	C	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-1.362;SC=TTCCATCTCTCCCAGTACCTA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=11;WE=56320166;WS=56320148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr17	56321271	rs7219860	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,70:0.23:308
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chr17	56332327	rs2301870	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr17	56344656	rs8178407	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=399;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCCCCAAAGGAGGCTGTGAAC;SOR=0.583;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=33;WE=56344664;WS=56344646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr17	56348230	rs2071409	T	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAAACCTGCATGGGGAACACC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=7;WE=56348238;WS=56348220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr17	56383114	rs72839984	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=986;ReadPosRankSum=0.082;SC=CCCACTAGCTGTAGCCAATGG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=61;WE=56383122;WS=56383104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr17	56387315	rs113285500	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=431;ReadPosRankSum=0.552;SC=ACAGCCCATCCCTACCCCGTT;SOR=1.721;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=21;WE=56387323;WS=56387313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr17	56423750	rs11658873	G	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=64;PP=1851;SC=GCCACCTTGAGGGGGGTACTA;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=110;WE=56423758;WS=56423740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	56424710	rs757485	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=37;PP=1839;SC=GAAGAGCTATTCCCTCTTTTG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=56424718;WS=56424700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	56429585	rs75924914	C	G	13370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=295;PP=2965;SC=AGAATGCCCACCACTTCCGGC;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=470;TCF=175;TCR=295;TR=469;WE=56429593;WS=56429575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr17	56429673	rs2680703	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=56;PP=1633;SC=TTCTCCCGCCAGCAGGCGGGG;SOR=3.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=64;WE=56429681;WS=56429663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	56435080	rs9652855	G	C	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=73;PP=2965;SC=TGCCACACTGGGGGTGTAATG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=164;WE=56435088;WS=56435070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	56492860	rs138226300	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,61:0.21:285
chr17	56544280	rs1017089	T	G	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=148;NR=115;PP=2965;SC=GGAAGAGGCATTGGGAGTGAC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=263;WE=56544288;WS=56544270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	56569842	rs75741842	T	TGA	8893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=54;PP=2975;SC=CCCTGTTTTTTGTCATACTAA;SOR=1.537;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=113;WE=56569850;WS=56569832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	56580997	rs1860262	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=17;PP=899;SC=GGCGACAAAGTGAGATTCCGT;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=56581005;WS=56580987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	56581651	rs4277402	C	G	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=114;PP=2965;SC=TTGTCACAGGCCTTAGGACTT;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=195;WE=56581659;WS=56581641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	56584205	rs2302189	A	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=3.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,48:0.19:253
chr17	56584508	rs2302190	T	C	4208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=61;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CACGCCTCGCTGGTATCATTA;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=167;WE=56584516;WS=56584498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,178:0.75:237
chr17	56585872	rs3744108	G	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,53:0.23:233
chr17	56598213	rs10719315	GA	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr17	56598439	rs1057068	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.385;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,53:0.24:223
chr17	56598991	rs17741424	T	A	5953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TCCAAAATGCTCAATCTCCTC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=178;TCR=128;TR=246;WE=56598999;WS=56598981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,254:0.79:320
chr17	56603934	rs60711258	A	AACACAC	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	56603978	rs2079703	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CACACACTCTGCTCCCTGCCC;SOR=1.493;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=11;WE=56603986;WS=56603968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
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chr17	56619441	rs35879249	C	CA	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=706;ReadPosRankSum=0.356;SC=AAGGTGCCCTCAGCCCTTGGT;SOR=0.212;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=56619449;WS=56619431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
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chr17	56621286	.	GTCCCCG	TTCCCCA,TTCCCCG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=31,160;NR=23,133;PP=521,2962;QD=10.6382939789;SC=CCAGTCTCGGGTCCCCGAGGA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=293;TCF=160;TCR=133;TR=54,293;WE=56621306;WS=56621276;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.18:293
chr17	56621292	.	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,64:0.21:309
chr17	56621359	rs6503867	T	C	11014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=188;PP=2965;SC=AGTCTGATGCTGAATGGGGAG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=211;TCR=189;TR=399;WE=56621367;WS=56621349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr17	56636854	rs7225128	T	C	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=65;PP=2366;SC=ATTTCCTTCTTTCTGGTGTAA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=56636862;WS=56636844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	56636908	rs9903050	T	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1163;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CTTTTTGATCTTTGATATTTG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=74;WE=56636916;WS=56636898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,76:0.79:96
chr17	56637002	rs35632156	A	AAAC	278.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=34.85;ReadPosRankSum=1.534;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	56649614	.	A	AAAAC	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=252;ReadPosRankSum=1.383;SC=TTACATTATTAAAACAAACAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=56649622;WS=56649604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	56654690	rs1267542	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr17	56659018	rs6503870	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=-1.050;SC=AAAATATTCACCGTCTGGAGT;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=35;WE=56659026;WS=56659008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr17	56692800	rs302858	G	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=730;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CAGAGAAATGGTCTCCACACA;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=42;WE=56692808;WS=56692790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr17	56695008	rs302860	C	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.881;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=865;ReadPosRankSum=-1.322;SC=AGGAAAAAAACCTCAGAATTA;SOR=0.207;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=61;WE=56695016;WS=56694998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,65:0.90:72
chr17	56708019	rs694720	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=0.999;SC=TACTTTCATATATTGCTGTGA;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=33;WE=56708027;WS=56708009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr17	56798207	rs28363318	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=1.107;SC=TTTTAGTTTATCACAGTTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=56798215;WS=56798197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	56833457	rs201186780	G	GGAACCC	10602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=5.001;NF=28;NR=84;PP=2987;ReadPosRankSum=2.982;SC=AGCCGGAGCCGGAACCCGAAC;SOR=0.543;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=282;TCF=55;TCR=227;TR=112;WE=56833465;WS=56833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,252:0.72:351
chr17	57094617	rs4932691	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TAATAAATATTTACCCCACTA;SOR=0.189;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=17;WE=57094625;WS=57094607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr17	57152920	rs6416933	A	G	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=25;SC=GAGAGACTCCATCTCAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=57152928;WS=57152910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	57272079	rs2291193	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=364;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CAGTTGTGCTGGTTCCAATTT;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=19;WE=57272087;WS=57272069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	57275125	rs190826195	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1313;ReadPosRankSum=0.894;SC=CCAGTGATGACGCAGGCCTTA;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=82;WE=57275133;WS=57275115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,88:0.79:112
chr17	57287454	rs6503905	A	G	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=49;PP=2080;ReadPosRankSum=-2.471;SC=TAATGGGAGCATCAGCCTGGA;SOR=1.000;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=131;WE=57287462;WS=57287444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,141:0.81:175
chr17	57290383	rs3744383	G	A	3847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=86;PP=2638;ReadPosRankSum=-2.194;SC=CTGAGAAGAGGCCAAACTTCG;SOR=0.386;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=83;TCR=124;TR=151;WE=57290391;WS=57290373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,157:0.74:213
chr17	57292037	rs144206956	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=385;ReadPosRankSum=0.055;SC=CAAAGTGCTGGAATTACAGGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=17;WE=57292045;WS=57292027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr17	57334668	rs12450435	C	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=78;PP=2398;SC=AGGTTAGAGTCAGTGACTGCA;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=114;WE=57334676;WS=57334658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr17	57642846	.	T	TG	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.595;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.090;SC=GGGAAATCCCTGGGGGGTGGA;SOR=0.105;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=10;WE=57642854;WS=57642836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
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chr17	57719367	.	T	G	256.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=0.632;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.743;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr17	57721907	rs113812535	T	TTTTG	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=40.93;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr17	57733479	rs4349212	T	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=880;SC=TCCCCAAGATTAAAAAATAGA;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=57733487;WS=57733469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	57743691	rs9893154	G	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=48;PP=1636;SC=AGCTACTGAGGGGCCTACTCC;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=57743699;WS=57743681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	57750982	rs8065248	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=24;PP=905;SC=AAATTTAAAGTTTCCTTTTGT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=57750990;WS=57750972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	57889192	rs2063353	T	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr17	57943906	rs35806089	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=922;ReadPosRankSum=1.380;SC=TTTAAAAACCATTTGTACCAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=48;WE=57943914;WS=57943896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,52:0.83:63
chr17	57963537	rs1292053	A	G	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CTTTGACAGCATTTGATTGAT;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=100;WE=57963545;WS=57963527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,106:0.76:139
chr17	57968398	rs143803908	AC	A	3361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.598;NF=2;NR=67;PP=2766;ReadPosRankSum=0.934;SC=ACCTCTAAAAACAACCTGTAA;SOR=0.581;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=4;TCR=91;TR=69;WE=57968406;WS=57968388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,109:0.75:146
chr17	57991811	rs142206039	C	A	58.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACATTACCACCAGATGGCAGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=57991819;WS=57991804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	58011498	rs180524	G	T	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.567;NF=103;NR=47;PP=2375;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CTTATAATTCGGAGAATAATC;SOR=0.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=144;TCR=65;TR=150;WE=58011506;WS=58011488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,156:0.72:216
chr17	58012768	rs11459613	C	CA	1046.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.8773;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.424;NF=1;NR=32;PP=979;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AAATATTGAACAAAAAAGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=33;WE=58012776;WS=58012758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr17	58031412	rs11368	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTACCTGACAAATGAGAAGAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=58031420;WS=58031402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	58040730	rs4968401	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=78;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CTTTATTCACTAAAGGAGTAG;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=8;WE=58040738;WS=58040720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	58053290	.	G	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-3.922;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	58066607	rs200816848	AT	A	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQRankSum=0.478;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr17	58120391	.	T	C	946	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=54.59;NF=8;NR=1;PP=946;QD=108.974579172;SC=GCGTCCTGTGTGGCTGTGAGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=58120435;WS=58120381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,9:0.60:15
chr17	58120405	.	C	T	1733	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=58.06;NF=19;NR=2;PP=1733;QD=84.1795815499;SC=TGTGAGGCACCGTCAGCATCC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=21;WE=58120435;WS=58120381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,21:0.75:28
chr17	58120418	.	G	GC	2045	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=25;NR=2;PP=2045;QD=78.105398536;SC=CAGCATCCTCGGTCCTGTGCG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=27;WE=58120435;WS=58120381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,27:0.75:36
chr17	58120427	rs147145300	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=1905;ReadPosRankSum=-2.285;SC=CGGTCCTGTGCGGCTGTGAGG;SOR=0.269;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=33;WE=58120435;WS=58120381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr17	58121453	rs16943991	G	A	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TGTCACGACCGATGTCAGGGC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=121;WE=58121461;WS=58121443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,136:0.75:181
chr17	58128077	rs2302201	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5272;FS=9.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTCATCCCCAACTCAAGTAGA;SOR=3.236;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=58128085;WS=58128067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr17	58156064	rs3744376	G	A	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=1842;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TACCTCCGGGGCCACGCCACT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=100;TCR=45;TR=113;WE=58156072;WS=58156054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,117:0.78:150
chr17	58156330	rs1078378	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.888;NF=10;NR=30;PP=778;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TACTTCCGGGACATCCTCCCG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=40;WE=58156338;WS=58156320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr17	58180062	rs8075626	T	C	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=2.179;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,37:0.14:263
chr17	58180079	rs8074512	C	G	1008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,38:0.18:207
chr17	58180172	rs8075789	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=1.564;SC=CATTTCTATTTCTCATTCCAT;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=15;WE=58180180;WS=58180162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr17	58288658	.	G	A	304	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=47.14;NF=21;NR=2;PP=304;QD=14.7291831542;SC=CCCACAGGGTGAAAAAAGAGG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=23;WE=58288666;WS=58288648;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,23:0.29:80
chr17	58329765	rs61751977	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=619;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CTTCTTCTTCCGGAGTAGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=44;WE=58329773;WS=58329755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr17	58786625	rs2643103	A	G	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=93;PP=2965;SC=AGTACTGGGAATGAACCGCCT;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=147;TCR=93;TR=240;WE=58786633;WS=58786615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	58824567	rs7501675	T	C	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=65;PP=2370;SC=AGATCAGTGGTGAAGCACAAG;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=58824575;WS=58824557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	58969056	rs9303430	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,29:0.22:130
chr17	58969174	rs9303431	C	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr17	59092991	rs143643800	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=483;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CTTGGCATCAATTCTACCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=17;WE=59092999;WS=59092984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr17	59480289	rs200207014	GAT	G	4525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	59480291	.	T	G	1465	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=199;MMLQ=24;MQ=60.1;NF=67;NR=17;PP=1465;QD=17.854419197;SC=GAAGAACCGATAGAGAGAGAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=84;WE=59480299;WS=59480281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,84:0.89:94
chr17	59480311	rs202026270	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	426.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=5.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.71;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-2.258;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr17	59480313	rs140392356	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	2185.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=8.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.71;MQRankSum=0.000;QD=22.53;ReadPosRankSum=2.708;SOR=1.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,74:0.76:97
chr17	59482165	rs66504335	GC	G	4007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=2971;ReadPosRankSum=0.150;SC=CAGGGAGGTGGCGGCGGGGGG;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=86;WE=59482181;WS=59482155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr17	59482169	rs35619711	C	G	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.22;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	59482173	rs9891115	G	A	7200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	59485393	rs2240736	C	T	12805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=280;NR=173;PP=2965;SC=GTCTAACCCTCGTCTTGTTCT;SOR=1.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=454;TCF=280;TCR=174;TR=453;WE=59485401;WS=59485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr17	59485555	rs1057987	C	T	17265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=323;NR=278;PP=2965;SC=TCTCCCGGAGCCCCTTCCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=605;TCF=325;TCR=280;TR=601;WE=59485563;WS=59485545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr17	59489893	rs9907379	T	C	11604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CGGCAACTCCTCACAGGTCCA;SOR=0.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=405;TCF=168;TCR=237;TR=403;WE=59489901;WS=59489883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,417:1.00:418
chr17	59544863	rs758596	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,47:0.22:214
chr17	59557600	rs3744438	C	T	5402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TCACAGCTCGCGGAGCCGCAG;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=80;TCR=174;TR=209;WE=59557608;WS=59557590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,221:0.83:267
chr17	59560463	rs7218485	C	T	9529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=0.730;SC=CTGGGGTGGACGACCTGCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=488;TCF=268;TCR=220;TR=391;WE=59560471;WS=59560453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,404:0.80:504
chr17	59560974	.	A	AGTGTGTGTGTGT	227.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.01;QD=37.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	59760996	rs4986763	A	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=33;PP=1594;SC=CTTCAGGATCATAAAGTTCAG;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=59761005;WS=59760986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	59763114	rs4988357	A	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=314;SC=TTAAGGAATTAATCTATACCC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=59763122;WS=59763104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	59763347	rs4986764	A	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=45;PP=2010;SC=AAATAAGGTGAGGTACTGTAC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=59763355;WS=59763337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	59763465	rs4986765	T	C	6565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=CAGCCAAGGATTCCAGTGCAC;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=130;TCR=103;TR=233;WE=59763473;WS=59763455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	59857809	rs4988351	C	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=15;PP=392;SC=TTAGAAGAGGCTGGGCAAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=59857817;WS=59857799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	59955426	rs606072	T	G	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=127;PP=2965;SC=ACTTGTGTGTTATTTACTGGG;SOR=1.872;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=54;TCR=127;TR=181;WE=59955434;WS=59955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	59984917	rs200844149	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,28:0.18:158
chr17	60043884	rs671347	G	A	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=108;PP=2965;SC=CATTGTTACCGTCAGCTGCCT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=150;TCR=108;TR=257;WE=60043892;WS=60043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	60070111	rs11375626	G	GT	373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=396;SC=GATTCTTACAGTAACAAGTAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=60070119;WS=60070101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	60070140	rs11375627	C	CT	165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=108;SC=CTTATTATTACTTTTTTTTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=60070148;WS=60070130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	60142710	.	G	GC	538	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=13;PP=538;QD=43.3846153846;SC=AGGCCGCCGGGCGCCCGCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=60142718;WS=60142700;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	60215748	rs11079465	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.93;QD=24.19;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	60215768	rs59589773	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.342;NF=3;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=1.173;SC=CCTTGCGGGCGGGCGCGGCGC;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=5;WE=60215776;WS=60215758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	60217236	rs56068498	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GGCGTTGTACATGTCCAGCGT;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=17;WE=60217244;WS=60217226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr17	60319001	rs11658410	T	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-6.846;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr17	60324448	rs12325728	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.766;NF=55;NR=41;PP=1492;ReadPosRankSum=1.210;SC=GGATGCCTTACTTCCTCCAGA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=96;WE=60324456;WS=60324438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,104:0.75:138
chr17	60324593	rs11079467	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=52.36;NF=6;NR=20;PP=607;SC=CTATTTTGTGCTTTTCTTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=60324601;WS=60324583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	60351138	rs78496773	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=0.069;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,35:0.27:131
chr17	60360238	rs10163525	A	G	14102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=194;PP=2965;SC=GGTAGTAAGGATGAACATTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=182;TCR=195;TR=376;WE=60360246;WS=60360222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	60360261	rs62069132	T	C	13105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=186;PP=2965;SC=TTGTAGATGGTGAAGAGGAGC;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=129;TCR=187;TR=315;WE=60360269;WS=60360251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	60361602	rs150913339	G	A	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.704;NF=60;NR=15;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.759;SC=ATATTTAAAGGAGCAATCATG;SOR=1.045;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=80;TCR=21;TR=75;WE=60361610;WS=60361592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,71:0.75:95
chr17	60361652	rs139504127	C	G	4532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.654;NF=133;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.391;SC=CTGTGTTGGACTAGAAGCTGA;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=278;TCF=173;TCR=105;TR=211;WE=60361660;WS=60361642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,199:0.77:259
chr17	60362802	rs149093464	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.50;MQRankSum=-1.036;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	60363906	rs202158824	G	T	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.90;QD=30.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	60363941	rs148555715	G	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.21;QD=30.25;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	60365506	rs62069135	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=58.01;MQRankSum=-0.493;NF=8;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=0.524;SC=ACAAGCAAAAGAATTTGACCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=60365514;WS=60365496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	60365695	rs62069136	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.09;MQRankSum=1.089;QD=22.67;ReadPosRankSum=0.038;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr17	60365762	rs146065242	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	60365992	rs149569922	C	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=34.32;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	60366741	rs2668983	C	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.62;QD=28.39;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	60366787	rs200284807	CT	C	320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.72;QD=18.87;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	60451046	rs149450162	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr17	60464688	rs9909704	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=17;PP=1373;SC=AATATTTTCACATCTTTCCTC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=60464696;WS=60464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	60472623	rs11079476	C	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=35;PP=1151;SC=CAGTCAGCTCCCACTAACATC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=60472631;WS=60472613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	60491298	rs9913294	G	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.032;NF=1;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=-2.433;SC=AAAACCAAGAGAATTTTTATC;SOR=0.299;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=60491306;WS=60491288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	60503892	rs2543409	A	G	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=2.502;NF=41;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGTGTTCTTCAAAGAGCCTTG;SOR=2.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=42;TCR=120;TR=159;WE=60503900;WS=60503882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr17	60503921	rs2319055	T	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.75;QD=31.81;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	60657334	rs12451705	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr17	60683503	rs8078132	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.693;NF=20;NR=1;PP=257;ReadPosRankSum=2.130;SC=ATTTACCACCAGAGTGTTTTG;SOR=0.960;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=66;TCF=59;TCR=7;TR=21;WE=60683511;WS=60683493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr17	60742307	rs113859572	C	T	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=84;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TCTGCCCTACCACGGTGAGGG;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=56;TCR=111;TR=127;WE=60742315;WS=60742297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,139:0.77:181
chr17	60742348	rs2252814	G	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=225;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGGGGTCCCCGATGTCCAGGG;SOR=0.288;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=22;WE=60742356;WS=60742338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr17	60748926	rs729647	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr17	60753904	rs4968617	A	C	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TGAGCCCCTTATTTGACTTGC;SOR=0.913;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=277;TCF=123;TCR=154;TR=197;WE=60753912;WS=60753894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,209:0.71:294
chr17	60758273	rs2245463	G	C	10802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=194;PP=2965;SC=AGCTGACCTCGGTGCACAGCC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=400;TCF=204;TCR=196;TR=398;WE=60758281;WS=60758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr17	60759340	rs2429389	A	G	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	60759347	rs2460300	A	G	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	60759796	rs111736142	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1545;ReadPosRankSum=-1.252;SC=GAACAGGGAAAGGCTGAGCCT;SOR=0.462;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=92;WE=60759804;WS=60759786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,105:0.78:134
chr17	60766224	rs2465430	A	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=25;PP=1270;SC=CCAGCTGTGCAGTGGTCCTGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=60766232;WS=60766214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	60766483	rs2465429	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=552;SC=TGGAAAAGCAATAGCACCCAC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=60766491;WS=60766473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	60767015	rs2429387	G	A	6925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=123;PP=2965;SC=TGTGAGAGCCGCAATGCCAGC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=248;WE=60767023;WS=60767005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	60767135	rs56288724	A	G	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=66;PP=2059;ReadPosRankSum=0.506;SC=GGCTCCCGACACTTTTGCCCT;SOR=0.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=139;WE=60767143;WS=60767125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,151:0.69:220
chr17	60767151	rs740698	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=822;ReadPosRankSum=0.276;SC=GCCCTGGGCCCCAGCCTTGCC;SOR=0.826;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=219;TCF=110;TCR=109;TR=69;WE=60767159;WS=60767141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,71:0.30:234
chr17	60767461	rs2465426	C	G	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=51;PP=2746;SC=CATGGGCAAGCTGTCGGTGGC;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=132;WE=60767469;WS=60767451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	60767953	rs11357719	GC	G	6130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=58;PP=2983;SC=GGGGGACTCTGCCCCCCCCGG;SOR=1.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=137;WE=60767961;WS=60767943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	60768243	rs2465425	A	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=50;PP=2752;SC=TCTAGAACACACCTGCTCTCC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=127;WE=60768251;WS=60768233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	60769406	rs35688424	T	C	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1243;ReadPosRankSum=0.617;SC=GTGCTTTGTATGTTTACTTAA;SOR=0.392;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=77;WE=60769414;WS=60769396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,78:0.81:96
chr17	60769803	rs3826537	A	G	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.612;SC=TGAATGAGCAACAAGAATAGA;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=65;WE=60769811;WS=60769793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,71:0.82:87
chr17	60779025	rs2251391	A	G	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=60;PP=2573;SC=AAGGGCTGGCAGGAGAGGTCT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=60779033;WS=60779015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	60813245	rs17683602	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr17	60813627	rs2041283	G	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,94:0.27:349
chr17	60814273	rs9891498	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=617;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TGTCCCCCCAAATCTACTTCT;SOR=0.987;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=43;WE=60814281;WS=60814263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,42:0.30:141
chr17	61087073	rs16946713	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=548;SC=GTAACACTTTATTAATGCTTA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=61087081;WS=61087063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	61315272	rs2460111	G	A	6554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=98;PP=2965;SC=AACCTTGGCAGTCTCAAAAAT;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=124;TCR=99;TR=221;WE=61315280;WS=61315262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	61432774	rs4968765	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=870;SC=TCTGTGATAAACAATTCTGAG;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=61432782;WS=61432764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	61457217	rs8065950	G	C	7674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCATTTTTCCGCCATCTCTAG;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=103;TCR=186;TR=285;WE=61457225;WS=61457206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,288:0.99:291
chr17	61466051	rs186712546	C	T	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=87;PP=2632;ReadPosRankSum=0.037;SC=CTCTGGATCTCTTATAGCACA;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=178;WE=61466059;WS=61466041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,187:0.75:249
chr17	61473325	rs2270133	C	A	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=68;PP=1991;SC=TTTTCAAGCTCTGTATTGAAG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=61473333;WS=61473315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	61548918	rs4277405	C	T	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=1.262;SC=GGGAGCCCTGCCATGCCATGT;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=158;TCR=110;TR=196;WE=61548926;WS=61548908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,206:0.74:277
chr17	61548948	rs4459609	C	A	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TATAGTATATCTATGCCCAGC;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=157;TCR=138;TR=213;WE=61548956;WS=61548938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,225:0.73:307
chr17	61556298	rs4295	C	G	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=42;PP=2132;ReadPosRankSum=1.396;SC=GCTCCTCCTTCTAGCAGCGAG;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=116;TCR=58;TR=128;WE=61556306;WS=61556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,130:0.74:176
chr17	61556527	rs4296	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=950;SC=GCTGCACTCCAGACCATGCAG;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=61556535;WS=61556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	61559923	rs4309	C	T	4587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.800;SC=AGGATCTGCCCGTCTCCCTGC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=150;TCR=87;TR=183;WE=61559931;WS=61559913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,190:0.77:247
chr17	61560763	rs4311	T	C	5052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=1.014;SC=TCTACAAAAGTTAAATCCATC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=197;WE=61560771;WS=61560753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,212:0.79:270
chr17	61562309	rs4316	C	T	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=86;PP=2831;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TGCTGGTCCCCAGCCAGGAGG;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=122;TCR=113;TR=180;WE=61562317;WS=61562299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,190:0.77:247
chr17	61562553	rs4320	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.511;NF=59;NR=10;PP=1550;ReadPosRankSum=1.164;SC=AACCTGGAGAGGGGAGGCAGA;SOR=1.361;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=69;WE=61562561;WS=61562543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,73:0.81:90
chr17	61562774	rs4321	T	C	8158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.460;SC=AGCATGTGCATACACACAGAG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=424;TCF=174;TCR=250;TR=338;WE=61562782;WS=61562764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,344:0.79:433
chr17	61564052	rs4331	A	G	6831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.352;SC=AACGGGCAGCACTGCCTGCCC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=398;TCF=173;TCR=225;TR=291;WE=61564060;WS=61564042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,302:0.74:410
chr17	61564281	rs4332	T	C	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=30;PP=2062;ReadPosRankSum=0.978;SC=GGCCTGGGGGTAGTGCAGGCC;SOR=0.471;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=105;WE=61564289;WS=61564271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,108:0.79:136
chr17	61564522	rs4333	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=1.104;SC=CAGAGTTGGGTTCCCCTCGCT;SOR=1.420;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=33;WE=61564530;WS=61564512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr17	61565990	rs4341	G	C	7440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.29;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,185:0.73:254
chr17	61565998	rs4342	A	C	7609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.18;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,195:0.72:270
chr17	61566031	rs4343	G	A	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TGATGGCCACGTCCCGGAAAT;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=317;TCF=175;TCR=142;TR=226;WE=61566039;WS=61566021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,234:0.71:328
chr17	61573761	rs4362	T	C	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCAGGTACTTTGTCAGCTTCA;SOR=0.902;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=287;TCF=155;TCR=132;TR=211;WE=61573769;WS=61573751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,212:0.72:295
chr17	61574492	rs4363	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5014;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=977;ReadPosRankSum=1.128;SC=CTTGCTTCCCGCTCAGCTCGC;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=62;WE=61574500;WS=61574482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr17	61600717	rs71376915	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=7;PP=1537;SC=CCGAGGACAGACGGAGACGCC;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=61600725;WS=61600707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	61607708	rs7221517	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=706;ReadPosRankSum=1.229;SC=AGGGCTCTCATGGCAGGCCAG;SOR=0.579;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=223;TCF=137;TCR=86;TR=68;WE=61607716;WS=61607698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,68:0.30:227
chr17	61611423	rs7225568	T	C	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=118;PP=2965;SC=TGCTCAGCGATCAGGACGAAT;SOR=1.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=183;TCR=119;TR=300;WE=61611431;WS=61611413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	61615371	rs4465659	T	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=44;PP=2965;SC=GGTAAGCCCTTGGTGGTGTGG;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=101;TCR=44;TR=145;WE=61615379;WS=61615361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	61615660	rs148485289	T	TG	1874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=40;PP=1500;SC=GCCCCGGGCGTGGGGGGGAGC;SOR=2.194;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=51;WE=61615668;WS=61615650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	61619515	rs79634433	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=292;ReadPosRankSum=0.160;SC=AAGGATGTCCGAGGTTGGGGG;SOR=0.330;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=25;WE=61619523;WS=61619505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr17	61621330	rs76957877	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=215;ReadPosRankSum=-1.969;SC=GGCTGCAGCTCCCTGGGCAGT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=61621338;WS=61621320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	61621805	rs8070334	T	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=84;PP=2965;SC=TGGGGGCTGGTCATGGGTAGC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=159;WE=61621813;WS=61621795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	61622703	rs12603614	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=101;ReadPosRankSum=0.161;SC=TTCACAGTGCAGCATCAGGCC;SOR=0.132;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=9;WE=61622711;WS=61622693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	61623052	rs35819807	C	T	8003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=1.256;SC=GCTGTGGCAACGGACAAAACT;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=455;TCF=254;TCR=201;TR=344;WE=61623060;WS=61623042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,348:0.76:459
chr17	61660889	rs66502552	CG	C	7463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=95;PP=2972;SC=TTAGCCGGGCCGGGGGGTGGC;SOR=1.063;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=178;TCF=73;TCR=105;TR=155;WE=61660897;WS=61660879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	61710010	rs6504171	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=621;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GTATTTAAGTGTCTTAGTCCA;SOR=0.477;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=42;WE=61710018;WS=61710000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr17	61729882	rs8080211	A	G	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1473;ReadPosRankSum=0.307;SC=TTTTAAGTATACAATTAACCA;SOR=0.262;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=83;WE=61729890;WS=61729872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,86:0.82:105
chr17	61735056	rs6504173	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=418;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TTCCTCCAAATGTATTTTTAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=20;WE=61735064;WS=61735046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr17	61763031	rs11658329	G	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=868;ReadPosRankSum=0.450;SC=GTTAGCTCTGGAGGCCCAGGG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=54;WE=61763039;WS=61763021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr17	61766880	rs1877316	C	A	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=43;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GACTTGCTCTCCTCTGGCCCT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=128;TCR=58;TR=141;WE=61766888;WS=61766870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,147:0.77:190
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chr17	61776538	rs3817181	G	C	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=1636;ReadPosRankSum=0.570;SC=AAAGGGGGCCGGCAAACTCTG;SOR=0.432;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=113;WE=61776546;WS=61776528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,124:0.85:146
chr17	61781980	rs66871703	TG	T	2610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=15;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=43;PP=1690;ReadPosRankSum=2.358;SC=CTGTAGCGGGTGGGGGGGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=45;WE=61781992;WS=61781970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr17	61781984	rs372457035	G	T	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=1408;ReadPosRankSum=1.413;SC=AGCGGGTGGGGGGGGGGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=53;WE=61781992;WS=61781970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr17	61782325	rs9897229	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TCTGCCATGCTCAGGTGGATC;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=64;WE=61782333;WS=61782315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,69:0.74:93
chr17	61783908	rs3817182	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TAGTATTCCTAGTCTGTGTCC;SOR=0.093;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=61783916;WS=61783904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr17	61805607	rs2137144	G	A	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=71;PP=2322;ReadPosRankSum=0.299;SC=CGACCCTCACGTAGAAAACCA;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=126;TCR=100;TR=159;WE=61805615;WS=61805597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,176:0.71:247
chr17	61805747	rs4968597	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=882;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TACTGTGTAGGCCTACTTCAG;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=55;WE=61805755;WS=61805737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr17	61829157	rs11283431	A	ATAGTGTT	1462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.973;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ATTCTTCTTTATAGTGTTATC;SOR=2.833;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=29;WE=61829165;WS=61829147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr17	61829856	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr17	61829989	rs3785572	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=682;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAAGCAAGCACAGGCTTATAG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=35;WE=61829997;WS=61829979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr17	61838259	rs11654841	G	A	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2317;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GAAAACCAGCGGGAAGAATAC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=133;WE=61838267;WS=61838249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,149:0.77:194
chr17	61877666	rs3833115	AAT	A	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=565;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGTTCTTCTGAATATTGCTAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=14;WE=61877675;WS=61877656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr17	61884120	rs2251164	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=-2.122;SC=GTAGAACCTTGTTGATAAGGA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=61884128;WS=61884110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr17	61888693	rs2584629	T	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=426;SC=GGGATAGACGTAACAAGACTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=61888701;WS=61888683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	61889213	rs3217509	G	GA	4513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.270;SC=GATGCAGGTAGAAATATAATG;SOR=0.576;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=87;WE=61889221;WS=61889203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,153:0.77:198
chr17	61898063	rs3833114	C	CGCTTGAACCTGGAAGACGG	549.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.020;NF=8;NR=0;PP=1506;ReadPosRankSum=0.249;SC=CAAGGAGAATCAGGCTGCAGT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=61898071;WS=61898053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr17	61898135	rs2665836	C	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.121;NF=30;NR=19;PP=554;ReadPosRankSum=0.691;SC=ATCTCAAAAACAAAAAATTAC;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=49;WE=61898143;WS=61898119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,48:0.86:56
chr17	61901197	rs2727288	T	A	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=48;PP=2395;ReadPosRankSum=1.246;SC=CGGATGGTGCTCAAGGAGAAC;SOR=1.114;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=121;TCR=62;TR=146;WE=61901205;WS=61901187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,151:0.79:191
chr17	61901439	rs2584627	T	C	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.663;SC=CCCAGCTCCTTTCACCTCTTC;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=183;WE=61901447;WS=61901429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,204:0.82:249
chr17	61901641	rs894407	T	C	6370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=70;PP=2715;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TTCCCAGACTTTTCCCCTGGA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=152;WE=61901649;WS=61901631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,160:0.80:199
chr17	61901657	rs894406	A	G	6499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-0.543;NF=86;NR=78;PP=2533;ReadPosRankSum=1.207;SC=CTGGACACCCAGTCCACACCT;SOR=0.603;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=164;WE=61901665;WS=61901647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,173:0.77:226
chr17	61901880	rs752621	G	C	1026.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=712;ReadPosRankSum=0.035;SC=TAAATCAAAAGGCTCAGGCCC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=43;WE=61901888;WS=61901870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,44:0.90:49
chr17	61902822	rs716880	C	G	7981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.630;SC=AATTAGTTGACGCACTCTGCA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=402;TCF=237;TCR=165;TR=301;WE=61902830;WS=61902812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,317:0.75:423
chr17	61903445	rs2584625	G	C	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=1018;ReadPosRankSum=0.442;SC=GTGATGTCCTGCTGGAGAGTC;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=53;WE=61903453;WS=61903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr17	61904337	rs141581810	TCCACTTCCAGTTTC	T	1338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.708;NF=3;NR=16;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.704;SC=AGCACCAGATTCCACTTCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=19;WE=61904358;WS=61904327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr17	61904465	rs28362566	C	CG	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=627;ReadPosRankSum=2.110;SC=ATGCAGCTAACTACTTCCGCT;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=61904473;WS=61904455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr17	61904724	rs2665834	T	C	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.75;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,95:0.75:127
chr17	61904728	rs2727287	G	A	4054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.96;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,104:0.74:140
chr17	61906846	rs2665833	T	C	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GTCTCTTGTCTGCCACAGCTG;SOR=0.546;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=140;WE=61906854;WS=61906836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,150:0.72:207
chr17	61908271	rs968719	C	T	4628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=2.235;SC=TGGCTCTGAACTGGTACAGAA;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=130;TCR=118;TR=191;WE=61908279;WS=61908261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,190:0.77:247
chr17	61908316	rs7220892	G	A	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CTAGCAATGTGAGAAGCAAGA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=136;TCR=126;TR=201;WE=61908324;WS=61908306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,205:0.76:268
chr17	61912261	rs2665832	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=0.922;SC=CCTGGAGCTCCGGATACTGAA;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=61912269;WS=61912251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr17	61949377	rs189189754	TG	CA	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.901;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.970;SOR=2.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr17	61958669	rs2006123	G	T	9819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GCGGGGGAAAGTCACCCCTTC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=555;TCF=304;TCR=251;TR=412;WE=61958677;WS=61958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,431:0.75:578
chr17	61986027	rs2854152	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=0;PP=771;SC=CTTACACCAAATTACCCCAAT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=61986035;WS=61986017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	61987570	rs2727307	G	T	11727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=43.92;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	61987576	rs2246207	G	A	11692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=43.96;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	61988014	rs2006208	G	A	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.865;NF=93;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTGCATTTTCGCTTCAGAAAA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=218;WE=61988022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr17	61995030	rs2665802	A	T	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=50;PP=2536;SC=TCAGGGCCTGACTGCTAAAAA;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=61995038;WS=61995029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	61996204	rs6171	T	C	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.483;NF=72;NR=50;PP=1788;ReadPosRankSum=0.836;SC=ATCCTTGAGCTGGTCTCTTGT;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=122;WE=61996212;WS=61996194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,124:0.77:160
chr17	61996228	rs11568827	AC	A	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-4.090;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,34:0.19:175
chr17	61996255	rs2005172	A	C	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=77;PP=2965;SC=CCCACTGTTGACCCCACCTGT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=164;WE=61996263;WS=61996245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	62006497	rs1051684	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=2;PP=559;SC=TGGGGGGTCCAGGAAAGGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=62006505;WS=62006487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	62006812	.	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,25:0.17:147
chr17	62007498	rs2070776	A	G	11476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=239;NR=160;PP=2965;SC=ACTTCTGCTGACAGAAGTAGA;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=239;TCR=161;TR=399;WE=62007506;WS=62007488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr17	62018773	rs2070720	T	C	12124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=211;PP=2965;SC=ACTTCTCCCATGTCTCGTAGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=215;TCR=212;TR=426;WE=62018781;WS=62018763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr17	62020348	rs2058194	T	C	10193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=165;PP=2965;SC=TGGCTCTGGTTGTCTGTCTCC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=186;TCR=166;TR=351;WE=62020356;WS=62020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	62020563	rs150461653	CAGAGATGACAGAGAG	CAG,C	1979.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.386;NF=1,2;NR=72,72;PP=49,2099;ReadPosRankSum=1.480;SC=ACAGAGATGACAGAGATGACA;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=1;TCR=87;TR=73,74;WE=62020585;WS=62020553;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:53
chr17	62021374	rs11869827	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=553;SC=GGGGAGAATGCGGGACCGAGG;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=62021382;WS=62021364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	62022659	rs58028318	A	AG	2652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=7;PP=2675;SC=GTACAACGAGAGGACCGGGGT;SOR=3.826;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=63;WE=62022667;WS=62022649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	62025238	rs13341114	G	T	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=15;PP=1619;SC=GGGCCAGCGTGGGGGGACTCA;SOR=2.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=75;WE=62025246;WS=62025228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	62041068	rs6504191	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=41;PP=1962;SC=TCTCCGCTGCTGCTCTGCCTC;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=112;WE=62041076;WS=62041058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	62041317	rs2331408	G	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=582;SC=CAAACTTAGTGCAGGTGGGGG;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=62041325;WS=62041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	62042078	rs2877373	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=102;SC=TCCCATGACGTCCACCTCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=62042086;WS=62042068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	62048467	rs2302236	A	G	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=32;PP=1554;SC=CCAGGCCTGCACATGGTACGG;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=88;WE=62048475;WS=62048457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	62048707	rs2302237	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=426;SC=GATGAGGATTCCCAAGAAATT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=62048715;WS=62048697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	62049235	rs9892013	A	G	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	62075994	rs76735942	G	GA	2463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CACTGGCCGGGGGGGTTGGGG;SOR=0.449;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=43;WE=62076002;WS=62075984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,71:0.76:93
chr17	62076077	rs62070903	C	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,27:0.22:122
chr17	62079286	rs12939821	G	A	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.156;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=86;PP=2326;ReadPosRankSum=0.070;SC=ATCAGTCCCTGCCCCACGCCA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=81;TCR=109;TR=151;WE=62079294;WS=62079276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,156:0.78:199
chr17	62079334	rs11079520	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr17	62080969	rs4141180	A	C	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=84;PP=2965;SC=AAAGTGACTTATCACTCCCAA;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=156;TCR=85;TR=240;WE=62080977;WS=62080959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	62083929	rs6504194	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=99;PP=2965;SC=CACAGGGAACAGGGCACCCCC;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=144;TCR=99;TR=243;WE=62083937;WS=62083919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	62121480	rs196912	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,50:0.24:211
chr17	62122145	rs196915	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=18;PP=1233;SC=AAGATTTATAAAGAATGGATG;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=62122153;WS=62122135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	62122677	rs196917	G	A	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=22;PP=2566;SC=AGGCGGCAGCGACTTTTGCAA;SOR=2.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=89;TCR=22;TR=111;WE=62122685;WS=62122667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	62123022	rs196918	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=689;SC=CTGTTCCTCACGAAGCACAGG;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=62123030;WS=62123012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	62125272	rs196923	A	G	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=GTTTGAGCACATGCTTCGCTG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=180;WE=62125280;WS=62125262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	62126615	rs140686727	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,22:0.19:116
chr17	62130129	rs74407634	C	T	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1163;ReadPosRankSum=1.576;SC=GGGCCATAGCCTATTACTCAC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=67;WE=62130137;WS=62130119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,73:0.86:85
chr17	62130389	rs10689374	G	GCCT	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=889;SC=GCAACCCCAGGCCTCCTCCAA;SOR=3.056;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16;WE=62130397;WS=62130379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	62130937	rs196929	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=0.852;SC=CTCAAGTTCATTGCCTCATAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=62130945;WS=62130927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	62132309	rs196931	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=404;SC=AGGCACTGCACCCCAGACTGC;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=62132317;WS=62132299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	62141455	rs187826	A	G	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=85;PP=2862;SC=CCTTGTCCCCAATGGTGACGC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=143;WE=62141463;WS=62141445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	62145728	rs196940	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr17	62152578	rs75995183	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=666;ReadPosRankSum=-1.214;SC=GGGATGCCTGCACCAATTCTG;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=50;WE=62152586;WS=62152568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr17	62156923	rs78424767	A	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.45;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	62156933	rs196947	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	62157004	rs78213244	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1103;ReadPosRankSum=0.730;SC=AGTACAAAAAGCAGCTAAATA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=66;WE=62157012;WS=62156994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,66:0.74:89
chr17	62157142	rs75923435	T	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1101;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCCCAGGGCATGGAACAACAT;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=87;WE=62157150;WS=62157132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
chr17	62158012	rs196950	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=468;ReadPosRankSum=1.087;SC=AGACTTTATATGTCACTCACT;SOR=0.265;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=105;TCF=82;TCR=23;TR=34;WE=62158020;WS=62158002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr17	62158278	rs196951	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=157;ReadPosRankSum=1.274;SC=TTCTCCCTCCTGTTAACCTAC;SOR=2.152;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=13;WE=62158286;WS=62158268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr17	62158300	rs196952	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=135;ReadPosRankSum=0.735;SC=TGGGCTAGTGCACGTGAAGGT;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=10;WE=62158308;WS=62158290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	62158319	rs196953	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GTTATATGCATTTTTGTATCA;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=62158327;WS=62158309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr17	62228161	rs2291678	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=912;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCAGAGCTTCTATACTTGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=44;WE=62228169;WS=62228151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr17	62232073	rs4968693	A	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr17	62254983	rs1967130	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=477;SC=GTCCCACATTGTATTGGTGAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=62254991;WS=62254973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	62265838	rs36104018	TC	T	4460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=70;PP=2951;SC=GTAAGCGGACTCCCTGAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=79;WE=62265846;WS=62265828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	62270785	rs2166290	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=4;PP=887;SC=GTCATGAGAATGCACATTAGG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=62270793;WS=62270775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	62270823	rs72009320	GCTTC	G	3399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.489;NF=27;NR=23;PP=2306;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TTCAGGGTGGGCTTCCTTCCT;SOR=0.934;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=50;WE=62270834;WS=62270813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,84:0.82:102
chr17	62270941	rs34343500	C	T	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=0.642;NF=115;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.367;SC=CAGAGACACCCGATGACTTCT;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=316;TCF=167;TCR=149;TR=225;WE=62270949;WS=62270931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,233:0.71:327
chr17	62385609	rs113369705	A	AAAACAAAC	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr17	62401118	rs2812	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr17	62406971	rs2070783	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr17	62461735	rs8067243	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TACAGACATACGGGAGTGGGG;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=19;WE=62461743;WS=62461725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr17	62463825	rs199721035	T	TG	1280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1019;SC=CTGAGGCAGGTGATTACTTGA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=23;WE=62463833;WS=62463815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	62476375	rs9908620	A	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr17	62479028	rs70937066	T	TA	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=1.032;SC=TAAACTCATTTAACTCACCTG;SOR=0.648;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=14;WE=62479036;WS=62479018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr17	62492413	rs3744409	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr17	62492582	rs1427463	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=3.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,82:0.21:389
chr17	62499701	rs9896462	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.483;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr17	62500753	rs2075552	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,44:0.21:213
chr17	62501856	rs16947825	C	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,69:0.16:435
chr17	62501928	rs2075551	C	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,106:0.17:622
chr17	62501967	rs2075550	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,102:0.18:558
chr17	62503131	rs3744407	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.753;SC=CGCGCCCCAGTGTCGGGTCTG;SOR=1.016;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=11;WE=62503139;WS=62503121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr17	62506229	.	A	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,75:0.20:375
chr17	62528251	rs71831837	G	GT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.634;QD=2.53;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	62532737	rs140659486	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=954;ReadPosRankSum=0.515;SC=AGAAACTGTTTGAAGAAGGTT;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=63;WE=62532745;WS=62532727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr17	62532767	.	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
chr17	62587143	rs8068867	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr17	62754586	rs9908143	T	C	7830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=142;PP=2965;SC=TAAGTTTTCATCCCTTTCCAA;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=125;TCR=142;TR=267;WE=62754594;WS=62754576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	62758984	rs11374577	G	GC	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=474;SC=TAAGTTAAAAGTAAAGCTAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=62758992;WS=62758974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	62782689	rs6504255	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=37;PP=2705;SC=GCATACCTGATTGTGGTGTCA;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=128;WE=62782697;WS=62782679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	62820746	rs9915020	G	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQRankSum=-3.527;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,14:0.13:109
chr17	62924044	rs6504263	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.62;QD=27.94;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	62952689	rs3960389	C	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.17;QD=27.66;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	63052344	rs12945514	G	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=8;PP=621;SC=GCGACACAGCGGACCAGGGCG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=63052352;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr17	63173756	rs9896245	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=4.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,48:0.17:280
chr17	63173959	rs11651062	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr17	63200479	rs79965148	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=13.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.399;SOR=2.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chr17	63533303	rs34755285	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr17	63533423	rs7219582	C	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=742;ReadPosRankSum=3.097;SC=CGGGACACTGCGGTCCGCCCG;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=40;WE=63533431;WS=63533413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr17	63533789	rs9915936	T	C	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=50;PP=2178;SC=GGCCTACGCCTGGAGACTGGC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=63533797;WS=63533779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	63534036	rs76682777	AC	A	4113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.486;NF=6;NR=72;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCGGCTCCCTACGCAGGAGCA;SOR=0.939;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=9;TCR=98;TR=78;WE=63534044;WS=63534026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,116:0.74:157
chr17	63534250	rs8078753	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=9;PP=1114;SC=ACGCACCCCATGCACATGCGC;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=63534258;WS=63534240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	63534478	rs35399989	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1436;ReadPosRankSum=1.174;SC=GACGTGGAAAGGAAAGGGAGG;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=87;WE=63534486;WS=63534468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,91:0.75:121
chr17	63554591	rs2240308	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=1.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,75:0.24:308
chr17	63633073	rs2107654	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=599;SC=AGCACTGGGATGAGAAGGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=63633081;WS=63633063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	63685174	rs11079582	C	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=27;PP=1450;SC=GTGTGAGCCACTGCACCTGGC;SOR=1.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=76;WE=63685182;WS=63685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	63739352	rs12948946	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr17	64023624	rs17704679	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=301;ReadPosRankSum=-1.431;SC=ATTACCTTTTTTTCATAGATG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=19;WE=64023632;WS=64023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	64023642	rs11079628	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr17	64023781	rs11079629	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	64024255	rs56239919	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	64024255	.	AA	TA	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=63.51;NF=2,3;NR=1,1;PP=82,55;QD=48.6152534904;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3,4;WE=64024263;WS=64024254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	64024255	.	AA	ATA	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=63.51;NF=2,3;NR=1,1;PP=82,55;QD=48.6152534904;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3,4;WE=64024263;WS=64024254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	64024303	rs4277386	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.168;NF=12;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=0.159;SC=TATACAATGCGATAAAAGAAT;SOR=1.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=64024311;WS=64024293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	64024340	rs9901053	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.481;NF=26;NR=5;PP=592;ReadPosRankSum=0.638;SC=CATTTCTGAGTTTTATTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=31;WE=64024348;WS=64024330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr17	64024375	rs9899985	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=814;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGATACATCTGAATCAAGAAA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=57;WE=64024383;WS=64024365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr17	64025068	rs11651749	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=76;SC=GTAGACATTTCGAATTTTAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=64025076;WS=64025048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	64025093	rs11651820	G	A	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=141;SC=TTAAATACCAGTAAAAATTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=64025101;WS=64025083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	64025331	rs11652766	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=1.346;SC=GCTCATAATCATTTACAAGAT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=22;WE=64025339;WS=64025321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr17	64025926	rs9908964	G	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=257;SC=GCAGATAACTGATACAGTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=64025934;WS=64025920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	64049733	rs1401049	A	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=25;PP=1766;ReadPosRankSum=1.158;SC=GTAGGAAGGTAAAGTTTTTCT;SOR=1.052;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=93;TCR=36;TR=93;WE=64049741;WS=64049723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,97:0.72:135
chr17	64050007	rs11079637	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
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chr17	64208396	rs1558359	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TACATTTTACGAGTATATAGA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=19;WE=64208404;WS=64208386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr17	64210528	rs1544556	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=681;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTATGATGACGGGCAAGTGGG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=40;WE=64210536;WS=64210518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr17	64213104	rs2041398	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1395;ReadPosRankSum=0.553;SC=TTTATTCAATAAGACATATTA;SOR=1.518;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=74;WE=64213112;WS=64213094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,77:0.73:106
chr17	64216644	rs3744317	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=18;PP=1938;ReadPosRankSum=0.746;SC=GCCCTACCATGCGTATTTTGT;SOR=1.589;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=90;TCR=23;TR=95;WE=64216652;WS=64216634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,97:0.86:113
chr17	64550701	rs35476409	AGGTG	A	3888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.696;NF=6;NR=50;PP=2531;ReadPosRankSum=1.803;SC=TCCGAAGGTAAGGTGGGTGAC;SOR=0.637;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=97;TCF=8;TCR=89;TR=56;WE=64550712;WS=64550691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,97:0.68:142
chr17	64684265	rs17689224	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.333;SC=ACTCCTGTAGCGCTTTGCTTG;SOR=0.070;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=64684273;WS=64684263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr17	64685078	rs2227857	G	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=39;PP=1964;SC=GGTACAAGTTGCTTAACCAAG;SOR=1.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=64685086;WS=64685068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	64735035	rs5821506	C	CT	5574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.827;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.654;NF=24;NR=87;PP=2975;ReadPosRankSum=0.126;SC=TGGAAACTTCCTTTTTTCCCC;SOR=0.788;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=134;TCF=26;TCR=108;TR=111;WE=64735043;WS=64735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,194:0.97:199
chr17	64735143	rs4324167	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGGGACTACAGGCACACACCA;SOR=2.511;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=40;WE=64735165;WS=64735133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr17	64735157	rs9892696	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=0.246;SC=CACACCACCATGCCTGGCTAA;SOR=0.022;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=8;WE=64735165;WS=64735133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr17	64737717	rs3803821	T	A	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=49;PP=2302;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TTTGAGAATGTAAAGTATACA;SOR=0.520;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=127;WE=64737725;WS=64737707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,135:0.84:160
chr17	64738635	rs61761552	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5069;FS=2.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=713;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AGTTAATATTGCCATTGAGCT;SOR=1.714;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=37;WE=64738643;WS=64738625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr17	64783081	rs6504459	G	A	8355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=129;PP=2965;SC=GGCTGTTTCTGTCTGCAAAGG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=159;TCR=129;TR=288;WE=64783089;WS=64783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	64785191	rs11420909	T	TG	1814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=35;PP=1608;SC=AGGAGGCCGGTGCCCCTGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=36;WE=64785199;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	64875035	rs2286676	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.127;SC=TTGTATGGACCAACTTCAAAT;SOR=0.998;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=13;WE=64875043;WS=64875025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr17	64881075	rs2286678	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.553;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,58:0.21:273
chr17	65026515	rs2240648	A	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5409;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=795;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TGCCCGTCCCACTGTGGGTCT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=47;WE=65026523;WS=65026505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr17	65027740	rs740555	G	C	6072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.013;SC=CGCTGTCCCGGGGCCAGCTTC;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=124;TCR=178;TR=240;WE=65027748;WS=65027730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,251:0.78:320
chr17	65051104	rs11322532	CA	C	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.41;NF=36;NR=8;PP=1855;SC=GACACACACACAATGACACAC;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=65051112;WS=65051094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	65051180	rs2363844	A	G	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.147;NF=122;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.100;SC=AAGAGCTCCCATGCTGAGGCC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=124;TCR=82;TR=203;WE=65051188;WS=65051170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr17	65074354	rs35467630	G	GA	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=812;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TCCCTTGAGGGAAAAAAAAAG;SOR=0.540;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=39;WE=65074362;WS=65074344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr17	65104666	rs11657929	T	G	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=49;PP=2472;SC=CAGTCTGCCCTCACTGGCGGC;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=123;WE=65104674;WS=65104656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	65104743	rs11653020	G	A	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TGGGTATGGAGCGCTGCCCTG;SOR=0.333;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=105;TR=198;WE=65104751;WS=65104733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr17	65116491	rs12709454	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=21;PP=1176;SC=CATCAGTTTATGAACAGGAGA;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=65116499;WS=65116481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	65119931	rs148790310	C	CTGTGTG,CTGTGTGTG	1081.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=6,6;NR=5,5;PP=99,314;SC=TCCAAAGTGACTGTGTGTGTG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=11,11;WE=65119939;WS=65119921;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:28
chr17	65142070	rs34812114	G	GA	1369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.354;NF=2;NR=41;PP=611;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCACCCATAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=43;WE=65142078;WS=65142060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr17	65145874	rs3213754	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=746;SC=TTGAAGTACTAAAGTTATAAT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=65145882;WS=65145864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	65156919	rs1035176	G	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=797;SC=AGAGCTGCATGAAAACTGTCT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=65156927;WS=65156909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	65157277	rs2287127	A	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=19;PP=488;SC=ATTTCAGTGAACCATTAAAAC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=65157285;WS=65157267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	65211876	rs10512514	A	C	365.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=321;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TGGGAATGTCATCATCCAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=65211884;WS=65211866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr17	65342066	rs17647947	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-1.212;SC=ATATATCCATTTCAAATTTTA;SOR=0.377;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=12;WE=65342074;WS=65342056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr17	65548540	rs2916133	G	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
chr17	65549847	rs2570046	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	65574283	rs2570035	A	G	8187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=112;PP=2965;SC=GCTAATGAAAATTTGCTTTTC;SOR=1.113;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=169;TCR=112;TR=280;WE=65574291;WS=65574273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	65574437	rs8082003	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr17	65665608	rs36013607	AT	A	390.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=1.320;SC=AATTTCTTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=17;WE=65665616;WS=65665598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr17	65683387	rs12939664	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TGCCCGGTTCGCAACCTTCCA;SOR=1.522;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=58;WE=65683395;WS=65683377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,63:0.78:81
chr17	65714359	rs3760226	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=800;SC=AGTGAGGTCTGGAATCTGGCT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=65714367;WS=65714349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	65718798	.	TA	T	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.5;SC=GAAATTTCTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=65718806;WS=65718788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr17	65722849	rs3744268	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=684;SC=TTTTCATTTCGTTATTACCCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=65722857;WS=65722839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	65730404	rs4790943	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=24;PP=1197;SC=ATATTTAACTGTAACTCCCCC;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=65730412;WS=65730394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	65732959	rs7223990	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=203;SC=TATCCTTACAACTCTTAGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=65732967;WS=65732949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	65733119	rs3752647	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	65734514	rs1542610	A	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=92;PP=2603;SC=TCTTTATAGGATATAGTTATA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=133;WE=65734522;WS=65734504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	65737016	rs34886243	CT	C	269.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AAAATAACTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=65737024;WS=65737006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr17	65739627	rs10127	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=1.251;SC=TTCTGGATGCAAATTTTACTG;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=65739635;WS=65739617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	65739789	rs2286917	A	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=38;PP=1273;SC=TCCTTAAATAACTTACTCATG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=65739797;WS=65739779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	65739797	rs2286918	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=1.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr17	65821481	rs12945266	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=955;SC=AGCCCAGGCGCCCAGGGCTCC;SOR=2.786;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=45;WE=65821489;WS=65821471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	65850029	rs74842951	G	A	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=54;PP=2965;SC=GTATTGATTTGTAATGATGTC;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=170;WE=65850037;WS=65850019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	65882457	rs8072824	T	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=781;SC=CATCCATTCCTTTAAAGGGAA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=65882465;WS=65882447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	65955651	rs8068790	T	C	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=109;NR=60;PP=2965;SC=CTTTAATTGATAACAGGAAGA;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=169;WE=65955659;WS=65955641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	65962538	rs5821446	A	AT	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=1388;SC=TTAGGTAACTATTACTAGAGC;SOR=2.970;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=33;WE=65962546;WS=65962528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	65972188	rs61489754	TA	T	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	65988049	rs9891146	T	C	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=74;PP=2965;SC=TGGGTATGAATTGCACCTTGA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=167;WE=65988057;WS=65988039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	65989048	rs28368756	T	C	9010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=179;NR=143;PP=2965;SC=TGTCATTGTTTCCCATCGCTC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=180;TCR=143;TR=322;WE=65989056;WS=65989038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	66036943	rs141699894	T	TG	5246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.22;MQRankSum=0.278;QD=24.40;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,212:0.99:215
chr17	66038181	rs62084696	C	G	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=60;PP=2812;SC=ACTTTTATTTCTCTTTTTGTT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=66038189;WS=66038171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	66039350	rs4638	A	G	7027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=106;PP=2965;SC=ATCCAGAAGTATTAGCAGATA;SOR=0.974;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=138;TCR=106;TR=243;WE=66039358;WS=66039340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	66039618	rs35594666	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=617;SC=TCAGGAGTTCGAGACCAGCCT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=66039626;WS=66039608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	66121807	rs1964244	C	T	5442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CAGCCTTAAACGACTGAAGAA;SOR=0.870;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=169;TCR=126;TR=216;WE=66121815;WS=66121797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,231:0.73:316
chr17	66122027	rs374673808	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	66122038	rs7210681	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.57;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	66124489	rs2240606	G	A	5015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GTCCACAGCTGTATGCCCCAG;SOR=0.417;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=239;TCF=77;TCR=162;TR=202;WE=66124497;WS=66124479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,206:0.85:242
chr17	66195838	rs78733882	A	T	13582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=290;NR=284;PP=2962;ReadPosRankSum=0.273;SC=GAAGACTTGGAATGAGCTCCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=694;TCF=351;TCR=343;TR=574;WE=66195846;WS=66195828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,596:0.83:718
chr17	66246416	rs3213690	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr17	66247426	rs58359332	A	ACTGTATAG	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-7.391;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,7:0.11:63
chr17	66267691	rs7222013	A	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.838;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,29:0.20:148
chr17	66343310	rs139304852	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,42:0.15:281
chr17	66364749	rs1558877	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,22:0.13:165
chr17	66364804	rs1558878	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,61:0.18:346
chr17	66416357	rs62000424	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-2.702;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr17	66420766	rs3785605	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=42;PP=1205;SC=CCTGTAATCCTAGCACTTTGG;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=66420774;WS=66420756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	66422387	.	GAGC	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr17	66425995	rs3785610	T	G	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=46.06;SOR=3.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	66425995	.	TCC	GCT	1622	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=59.67;NF=52;NR=8;PP=1622;QD=27.924464581;SC=CTCCCAAGGTTCCGGGATTAC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=60;WE=66426005;WS=66425985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr17	66425997	rs3785611	C	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=44.03;SOR=3.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	66430923	rs10445211	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr17	66440514	rs1030098	T	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=1030;ReadPosRankSum=1.518;SC=GAGATAAACCTCACTAAGACT;SOR=0.463;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=49;WE=66440522;WS=66440504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr17	66446803	rs2302782	T	C	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=23;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TCTTGAAAGATGTCCATCTTT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=98;WE=66446811;WS=66446793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,99:0.86:115
chr17	66447073	rs2302783	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=709;SC=TTACATGGATTGATCACTTCC;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=66447081;WS=66447063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	66449122	rs883541	G	A	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=100;PP=2965;SC=TTTAGTTCCAGTTGCTAGGGA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=98;TCR=100;TR=198;WE=66449130;WS=66449112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	66453305	rs71378928	C	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=8;PP=917;SC=GTGGGGGGTGCGGCAAACCCC;SOR=3.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=66453313;WS=66453295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	66453320	rs67556103	A	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=901;ReadPosRankSum=-2.418;SC=AACCCCACTGAAGGGGTACGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=42;WE=66453328;WS=66453310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr17	66453344	rs76441646	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
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chr17	66538239	rs2302234	G	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=8.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,58:0.17:342
chr17	66547829	rs200576196	AATTATT	AATT,A	299.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2,2;NR=3,3;PP=52,267;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TAGTATTTTCAATTATTATTA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5,5;WE=66547842;WS=66547819;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.89:9
chr17	66596463	rs986099	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,80:0.18:455
chr17	66904031	rs140303260	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	66924083	rs35621847	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1674;ReadPosRankSum=1.363;SC=AAAGTAAATCGCCAATGCCAG;SOR=0.916;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=109;WE=66924091;WS=66924073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,116:0.76:152
chr17	66925116	rs4147980	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=624;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GTTTGTAAATGATTACAGCCT;SOR=0.440;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=37;WE=66925124;WS=66925106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr17	66925910	rs4147977	T	C	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=2059;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CTGAAATGGATTCTAAGATAA;SOR=2.321;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=56;WE=66925931;WS=66925900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr17	66925923	rs4147976	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=1603;ReadPosRankSum=0.170;SC=TAAGATAACTCTTCATTCACT;SOR=1.823;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=44;WE=66925931;WS=66925900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr17	66933003	rs4147967	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr17	66938232	rs4147958	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=569;ReadPosRankSum=1.358;SC=TTCTTAAGAAAAAGAAATATC;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=28;WE=66938240;WS=66938222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr17	66938260	rs4147957	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=315;SC=CAACAAAAAAACGTAGCCTAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=66938268;WS=66938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	66972250	rs2191212	A	T	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=2096;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TCCATGGATGATATAGAATCA;SOR=0.873;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=125;WE=66972258;WS=66972240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,131:0.67:195
chr17	66985340	rs111397165	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr17	66985399	rs9895226	A	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	66985401	rs62085381	A	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	66985992	rs2302294	T	G	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=45;PP=2955;ReadPosRankSum=0.592;SC=TGTGGCAATTTTTTTCTTCCT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=137;TCR=56;TR=154;WE=66986000;WS=66985982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,159:0.80:200
chr17	66986162	rs9902444	A	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=115;PP=2965;SC=TTTCCTTATAAAAAATCATGA;SOR=1.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=51;TCR=115;TR=166;WE=66986170;WS=66986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	66987202	rs2302293	A	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=557;ReadPosRankSum=0.614;SC=AGATTCATTCAGAGCACAACA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=25;WE=66987210;WS=66987192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr17	67023755	rs6501947	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=554;ReadPosRankSum=0.986;SC=TTTTATGGCTATGTGACATCT;SOR=1.380;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=23;WE=67023763;WS=67023745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr17	67024585	rs12940103	T	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=1329;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=1.229;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=75;WE=67024593;WS=67024575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,77:0.78:99
chr17	67024799	rs8066758	T	A	1924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5701;FS=2.726;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=67;PP=1809;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGCATGATTTTAAAAAAAATT;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=95;WE=67024807;WS=67024785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,85:0.85:100
chr17	67028260	rs2302291	T	C	5281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.336;SC=TGATGGCTTCTTTCCCACAGA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=160;TCR=105;TR=218;WE=67028268;WS=67028250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,222:0.82:270
chr17	67031369	rs1860448	T	C	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=51;PP=2458;SC=AAAGTGAAAGTGTTACCTTAA;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=143;WE=67031377;WS=67031359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	67031457	rs1860447	C	T	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=112;PP=2965;SC=TGCAGGAAGACGTGTATACAA;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=129;TCR=113;TR=241;WE=67031465;WS=67031447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	67047047	rs35873471	AT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.739;NF=4;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=0.145;SC=TTGAAAAAAAATCTAGCTTGT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=67047055;WS=67047039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr17	67075294	rs2302289	C	T	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=75;PP=2574;SC=CAGGAAAATGCATGTTGCTTT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=155;WE=67075302;WS=67075284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	67080770	rs11657954	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.389;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr17	67080811	rs71144653	CT	C	43.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.253;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	67081161	rs62082719	G	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=18;PP=1473;ReadPosRankSum=2.276;SC=CGCAGGTCCCGTCTGTACCTT;SOR=1.977;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=83;WE=67081169;WS=67081151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,83:0.82:101
chr17	67081830	rs2302134	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,23:0.15:153
chr17	67101718	rs7212506	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=529;SC=ACATAGCATACATTATATTTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=67101726;WS=67101708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	67109673	rs7504026	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-1.632;SC=CATTACAATGAAAGCTCTACC;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=67109681;WS=67109663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	67119593	.	G	C	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=27;QD=20.5904041824;SC=AATAGTAAAAGAATGCGCAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=3;WE=67119601;WS=67119583;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr17	67125840	rs4968839	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr17	67150176	rs2886232	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,18:0.16:112
chr17	67160186	rs7208382	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	67188668	rs8074259	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=38;PP=1776;SC=CATATTAATATGCTCATTTAA;SOR=1.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=105;WE=67188676;WS=67188658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	67210992	rs11657804	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.295;SC=AGGTGTGTAATCTGAGATTTA;SOR=1.329;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=9;WE=67211000;WS=67210982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	67212031	rs11077414	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=3.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.935;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,59:0.17:357
chr17	67212423	rs9909216	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr17	67219703	rs11655507	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=0.410;SC=TATTAACTTTGTATCTCACTC;SOR=1.096;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=12;WE=67219711;WS=67219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr17	67220060	rs1468513	T	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=1.465;SC=GCTTACACTGTGCATACAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=67220068;WS=67220050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr17	67245941	rs1420904	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr17	67260926	rs12449649	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,12:0.16:73
chr17	67267317	rs557491	T	C	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=56;PP=2310;ReadPosRankSum=0.880;SC=TCTGAATGCATCACATTTAAA;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=147;WE=67267325;WS=67267307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,162:0.83:196
chr17	67273882	rs536009	C	A	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	67274054	rs12452340	C	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GAAGCAGGAACATTTAAAGAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=67274062;WS=67274044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr17	67280000	rs139338135	T	TA	50.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=58;SC=CCCTTTATTCTAAAAAAAATA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=67280008;WS=67279990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	67280310	rs564426	A	C	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=177;SC=ACAGCCTGTGAAACATATCAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=67280318;WS=67280300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	67282332	rs1550828	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
chr17	67287327	rs34164530	G	GT	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr17	67290644	rs2441358	C	A	170.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACCTGGGTGACAGAGCGAGAC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=67290652;WS=67290634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	67293535	rs487382	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=316;SC=GAGTTACCATAATTAGTTTTT;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=67293543;WS=67293525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	67293580	rs568536	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.084;SC=CATATGACAACCTGCATCTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=67293588;WS=67293570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	67297176	rs12938097	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr17	67501133	rs34498161	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.8251;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=0.581;SC=ATTCTACTTCCATTGCTAACT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=67501141;WS=67501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr17	67502138	rs2074027	G	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=863;SC=ACCTGAAATAGTCATCTTATC;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=67502146;WS=67502128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	67512924	rs35105918	G	GTT	2009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.996;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,68:0.20:337
chr17	67513003	rs1133228	C	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.067;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:498,117:0.19:615
chr17	67513055	rs2251855	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,80:0.19:422
chr17	67519542	rs2251160	G	A	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=11;PP=1947;SC=GTGTTGGGCAGCTTGGGGAAA;SOR=3.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=82;WE=67519550;WS=67519532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	67521241	rs2716206	C	A	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=79;PP=2250;SC=TCCTGCTGAGCTGGTAGGAGA;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=107;WE=67521249;WS=67521231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	67522903	rs3729922	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=589;ReadPosRankSum=0.036;SC=GATGAGTTCTCATGAATTTCT;SOR=1.258;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=35;WE=67522911;WS=67522893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr17	67522919	rs2074030	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=24;PP=757;SC=TTTCTTCCATCGGGGTTGAAT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=67522927;WS=67522909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	68172326	rs173135	C	T	8972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=1.397;SC=AAGTTGCCCTCACAAGCAAAG;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=432;TCF=232;TCR=200;TR=357;WE=68172334;WS=68172316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,373:0.83:448
chr17	69334553	rs4401085	G	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	69334971	.	TATTTC	T	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.59;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	69334972	.	A	C	649	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8;NR=22;PP=649;QD=22.7923737516;SC=TGTTTCTTTTATTTCCTTTCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=69334980;WS=69334962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr17	69334981	.	CTTTCTTTCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT	C	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	70118935	rs2229989	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,42:0.11:369
chr17	70845688	rs12449747	C	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=2;PP=807;SC=ACAATTGCCCCTTCCCCTTTT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=70845696;WS=70845678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	70845949	.	CAAA	C,CA	2227.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=8.501;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.501;QD=29.70;ReadPosRankSum=0.731;SOR=2.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,17,55:0.23,0.73:75
chr17	70943990	rs2466517	T	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=91;PP=2965;SC=AGTGCCAGGGTCGTCTGGGGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=195;WE=70943998;WS=70943980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	71027543	rs9912666	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=298;SC=AGAAATCACCGATCAGTTCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=71027551;WS=71027533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	71081078	rs9891809	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,27:0.12:216
chr17	71189155	.	A	AGG	1976	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.27;NF=40;NR=22;PP=1976;QD=32.2903225806;SC=AAGATGGCGGAGGGGGCGGGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=62;WE=71189163;WS=71189145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,62:0.81:77
chr17	71189182	.	A	G	2757	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.17;NF=97;NR=47;PP=2757;QD=20;SC=GGGCGTAGGTAGATCGCCGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=144;WE=71189190;WS=71189172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	71192468	rs1052705	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=245;SC=GATCTTACAACACTCCTGACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=71192476;WS=71192465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	71192663	rs1052706	G	A	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=65;PP=2965;SC=AGCCATCCCAGGAGAAGTTCT;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=151;WE=71192671;WS=71192653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	71192873	rs11544800	A	G	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=81;PP=2573;SC=GGCAGGTGGCAGCCGCCAGCC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=121;WE=71192881;WS=71192863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	71192955	rs1010442	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=992;SC=GGGTTTATGGCGTTTGTCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=71192963;WS=71192945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	71193594	rs7221701	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=60;PP=1785;SC=TTTGCTCAGCGTCTACCGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=71193602;WS=71193584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	71195949	rs1009110	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=15;PP=1083;SC=CTCCCTGTTTCAATATGCACT;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=71195957;WS=71195939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	71196809	rs1026128	A	G	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=TTACTTACCAATGAGTCCACC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=71196817;WS=71196799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	71196995	rs1026129	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=557;SC=GATTTCTGTCGCTTCCCAAGT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=71197003;WS=71196985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	71197200	rs1026130	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=1;PP=717;SC=TGTTTTGAAATGTCCTTAAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=71197208;WS=71197195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr17	71197748	rs1037256	G	A	12052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=236;PP=2965;SC=GCATTGAAGAGGGTGTGCAAG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=424;TCF=188;TCR=236;TR=424;WE=71197756;WS=71197738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr17	71201675	rs3829571	T	C	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=GGGTGGGGACTGGGAATTCAT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=200;WE=71201683;WS=71201665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	71205854	rs8387	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=62;PP=2705;SC=TGTCCGGGCTATTGATGCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=71205868;WS=71205844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	71208647	rs10717516	GC	G	2908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=9;PP=2714;SC=AGGATTTGCAGCCAGCTGCAA;SOR=3.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=66;WE=71208655;WS=71208637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	71223501	rs17184168	T	C	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=112;SC=ATTTGCCCTCTGGCCTGAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71223509;WS=71223491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	71231604	rs3751925	A	C	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=60;PP=2965;SC=TCTCACATTTACCTTTTTCAG;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=160;TCR=61;TR=219;WE=71231612;WS=71231594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	71232687	rs745143	T	C	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=104;PP=2965;SC=TTTAAGTTTGTTCATTCCGAG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=113;TCR=104;TR=217;WE=71232695;WS=71232677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	71232804	rs904384	C	A	15729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	71232807	rs904383	T	C	15708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	71232881	rs745142	G	C	12176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=218;NR=210;PP=2965;SC=CTGATAGTCAGTTCCAAGCAT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=218;TCR=210;TR=428;WE=71232889;WS=71232871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr17	71233130	rs11869253	A	G	10565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=202;PP=2965;SC=AAAGACTCTCACAAGGTAAAC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=176;TCR=203;TR=377;WE=71233138;WS=71233120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	71238433	rs1566286	G	A	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=138;PP=2965;SC=GGAACCCCCTGCCGGACTTAC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=158;TCR=138;TR=296;WE=71238441;WS=71238423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	71238525	rs1566287	A	G	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=130;PP=2965;SC=CTTCTGTTGCAGGTTCTGGGC;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=94;TCR=130;TR=224;WE=71238533;WS=71238515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	71238649	rs5821951	T	TC	1036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=1101;SC=ATTTTGGAGTTGGACATAATT;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=71238657;WS=71238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	71238693	rs1566288	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=435;SC=CTACCATTTATTCAACAGCTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=71238701;WS=71238683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	71239000	rs2270726	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=464;SC=TAGTTTCAGTTGCTGTAACAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=71239008;WS=71238990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	71239016	rs2270727	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=641;SC=AACAACAAGCCGTGTTTCCTT;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=71239024;WS=71239006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	71239190	.	A	T	1058	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=15;MQ=59.45;NF=24;NR=36;PP=1058;QD=18.2128535425;SC=CCATTCCGTTATGTGGACCTC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=60;WE=71239198;WS=71239180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,60:0.88:68
chr17	71244630	rs8915	C	T	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=TAAGAAGCAACGCTTAGATCT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=167;WE=71244638;WS=71244620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	71334473	rs3195414	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,76:0.18:433
chr17	71344584	rs4969105	G	A	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=51;PP=2965;SC=GGAGGGGACAGATGGCCCATA;SOR=2.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=133;TCR=51;TR=184;WE=71344592;WS=71344574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	71344668	rs75637704	C	T	9701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.093;SC=AGCCCATCTACGTTCACTGCC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=524;TCF=277;TCR=247;TR=419;WE=71344676;WS=71344658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,423:0.79:533
chr17	71344889	rs9905883	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=29;PP=841;SC=GGAGTGGGGCCGAGAGGTGCA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=71344897;WS=71344879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	71346347	.	G	GC	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-3.830;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr17	71346353	rs28397959	A	C,ACCCGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCC	4066.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=97;NR=38;PP=2965;SC=CCTGGCCCCCAACCCACGCAG;SOR=3.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=135;WE=71346361;WS=71346343;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:88
chr17	71346513	rs35317925	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,83:0.20:409
chr17	71346750	rs1995163	C	G	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.365;SC=ATACATAAAACTCAAGTCCAG;SOR=0.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=150;TCR=84;TR=233;WE=71346758;WS=71346740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr17	71346943	rs4969107	A	G	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.022;SC=GAGCACAGATAGTCAGGTATA;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=145;WE=71346951;WS=71346933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr17	71358045	rs11657033	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=52;PP=1087;ReadPosRankSum=0.856;SC=CTGGAGGCCATGGGGAAGGGG;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=64;WE=71358053;WS=71358035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,66:0.84:79
chr17	71365314	rs867998	A	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1027;ReadPosRankSum=2.869;SC=GCGCTGGCACATCAGCACTTA;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=68;WE=71365322;WS=71365304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr17	71380087	rs2270716	G	C	11049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=245;PP=2962;ReadPosRankSum=0.666;SC=CCTTCATAGAGCAGCTCCCGG;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=545;TCF=245;TCR=300;TR=446;WE=71380095;WS=71380077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,465:0.82:570
chr17	71382166	rs2270720	G	A	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=38;PP=1016;SC=GGTCCAGATCGCATCGCCCTC;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=71382174;WS=71382156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	71382747	rs7212508	T	C	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=93;PP=2955;SC=CGCCCCATGCTCCCACCAAGG;SOR=1.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=146;WE=71382755;WS=71382737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	71386577	rs61752521	G	T	6492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.050;SC=CCACAGTGGCGGTGTTGGCCG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=330;TCF=148;TCR=182;TR=273;WE=71386596;WS=71386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,275:0.84:329
chr17	71394443	rs2291847	G	A	4197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=86;PP=2819;ReadPosRankSum=0.864;SC=CCTTCTCCCCGGGCCAGTCTC;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=171;WE=71394451;WS=71394433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,179:0.80:224
chr17	71397375	rs7226251	T	G	4717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=2.314;SC=CGTGTTGGCATGAGCTTGGCT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=106;TCR=129;TR=190;WE=71397383;WS=71397365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,196:0.80:245
chr17	71397914	rs140071991	A	AC	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.616;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr17	71415245	rs8071352	G	A	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=26;PP=2602;SC=GTCCACTCCCGATCTTCCCCC;SOR=2.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=89;TCR=26;TR=115;WE=71415253;WS=71415235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	71418605	rs9894213	T	C	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=131;PP=2965;SC=CAGAAGTGGGTATCTTGGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=44;TCR=131;TR=175;WE=71418613;WS=71418595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	71420035	rs6501636	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=23;PP=2526;SC=TCTGCCGGGGTCTGGGAGGGC;SOR=2.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=88;TCR=23;TR=111;WE=71420043;WS=71420020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	71437093	rs118118340	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,52:0.23:223
chr17	71468267	rs12452761	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,33:0.15:217
chr17	71503636	rs9895895	T	C	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1170;ReadPosRankSum=0.116;SC=TGAACTCCAGTGGCCAGCTGC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=80;WE=71503644;WS=71503626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,84:0.79:106
chr17	71746508	rs2683162	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-2.847;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,15:0.13:114
chr17	71746579	rs144012410	CACAA	C	1457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=5.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.163;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,49:0.21:236
chr17	71746796	rs2620035	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,50:0.17:289
chr17	72209858	rs7206926	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,73:0.21:350
chr17	72211845	rs142191918	GT	G	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.441;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,50:0.20:245
chr17	72240168	rs35682745	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr17	72240177	rs35999669	T	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,25:0.19:131
chr17	72245613	rs1870991	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr17	72245629	rs1870993	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,10:0.18:57
chr17	72245953	rs1112216	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr17	72245986	rs36208397	CCACTGTGGGGCTCCTGGGAGACGGAGCCT	C	6410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=4;PP=2916;SC=GGCCCCTCAGCCACTGTGGGG;SOR=2.817;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=18;WE=72246022;WS=72245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	72246101	rs3897753	T	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.049;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,98:0.17:568
chr17	72246382	rs139483749	TCTCG	T	2071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.435;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,71:0.20:348
chr17	72246466	rs7224615	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.174;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,62:0.23:268
chr17	72248363	rs4789639	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr17	72248483	rs4789640	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=6.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,21:0.21:102
chr17	72248524	rs4789641	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr17	72248593	rs4789642	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=2.102;SC=CTCTGCTCTACGATTTAGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=9;WE=72248601;WS=72248583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	72250110	rs8069056	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
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chr17	72285659	.	CAA	C,CA	643.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.494;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,19:0.38,0.51:37
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chr17	72297119	rs73995218	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.878;SC=GGGTGAGGGCGGAGAAGGCAA;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=6;WE=72297127;WS=72297109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr17	72297180	rs8076337	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CCCTCCTCCCACCAGGTCATG;SOR=1.201;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=71;WE=72297188;WS=72297170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,71:0.79:90
chr17	72301432	rs8073660	A	G	16440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=377;NR=302;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CGTCAGCTGAAAAGATTGTGT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=889;TCF=494;TCR=395;TR=679;WE=72301440;WS=72301422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,691:0.77:903
chr17	72303414	rs76457864	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,27:0.16:166
chr17	72303449	rs11867486	G	A	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=1992;ReadPosRankSum=-1.576;SC=GACCTGTGTCGTAGAACCTGG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=135;WE=72303457;WS=72303439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,145:0.83:174
chr17	72305534	rs2290955	C	T	7752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=1.744;SC=GAAGGTCACGCGCATGTCCCT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=389;TCF=196;TCR=193;TR=308;WE=72305542;WS=72305524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,326:0.80:407
chr17	72305688	rs2290956	T	C	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=101;PP=2322;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CGATTGCTTTTGAGCGTGTGC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=75;TCR=122;TR=162;WE=72305696;WS=72305678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,167:0.82:203
chr17	72305753	rs2290957	C	T	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CACAACAGAACCACCTGGGGG;SOR=0.401;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=96;WE=72305761;WS=72305743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,100:0.84:119
chr17	72305793	rs12051676	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=8.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=2.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
chr17	72306116	rs66769719	CCT	C	6299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.244;NF=45;NR=59;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TAACTTTGCTCCTCTCTCCTC;SOR=0.855;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=104;WE=72306125;WS=72306106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,166:0.77:216
chr17	72306270	rs61736879	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,50:0.14:350
chr17	72308319	rs1979370	G	A	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,172:0.83:207
chr17	72308403	rs4239008	G	A	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.92;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr17	72308410	rs4239009	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.83;ReadPosRankSum=0.413;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr17	72308447	rs1979371	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=723;SC=TCTGCTTGCCGACTTCCTGGG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=72308455;WS=72308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	72310476	rs2054400	G	A	3666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=108;PP=2798;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTGGTGGGCTGGGAGCATCGG;SOR=1.114;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=41;TCR=134;TR=138;WE=72310484;WS=72310466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,139:0.80:174
chr17	72321928	rs7207519	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=5;PP=468;SC=GTGCAGACACTCACAGCACAG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=72321936;WS=72321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	72321957	rs79907007	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr17	72322881	rs8082699	G	A	6235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.386;SC=CCCAGAAGGAGGGTGGCGGTT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=102;TCR=170;TR=226;WE=72322889;WS=72322858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,247:0.83:296
chr17	72324649	rs11412158	G	GC	5510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.838;NF=49;NR=47;PP=2971;ReadPosRankSum=0.896;SC=GAGCAGGTATGCAGGGCTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=96;WE=72324657;WS=72324639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
chr17	72332849	rs1111596	A	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=29;PP=1873;SC=GAGACCCACAACTCTGAATCT;SOR=1.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=91;WE=72332857;WS=72332839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	72336957	rs9892531	T	G	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CTCTTTGCTCTGTCCCAGGCT;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=122;WE=72336965;WS=72336947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,129:0.75:173
chr17	72337088	rs113482479	T	TG	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,58:0.21:277
chr17	72338164	rs11285065	TC	T	4640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=93;PP=2969;SC=CAGGAGCCCCTCCCCCACCCT;SOR=1.948;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=5;TCR=104;TR=98;WE=72338173;WS=72338154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	72348810	rs1814832	A	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=23;PP=2122;SC=CCACAGCTTAACCCCGAGGAC;SOR=2.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=72348818;WS=72348800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	72349040	rs9897137	C	T	12571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=278;PP=2965;SC=AGACATTGAGCTCTGATGCCC;SOR=1.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=165;TCR=278;TR=443;WE=72349048;WS=72349030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr17	72350402	rs2271534	G	A	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=127;PP=2965;SC=GCTGGCACCCGCGACAGAGCG;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=181;TCR=127;TR=308;WE=72350410;WS=72350392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	72351024	rs9891620	T	C	9806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.239;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATCCGGCATCTGGGAAAGGTC;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=196;TCR=170;TR=365;WE=72351032;WS=72351014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr17	72351088	rs9891819	T	C	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=182;PP=2965;SC=CGGGTCAGTATGGGCAAGGAG;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=135;TCR=182;TR=317;WE=72351096;WS=72351078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr17	72351406	rs2271536	C	T	5329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCCTGCCCCACGGCACAAGCA;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=255;TCF=139;TCR=116;TR=210;WE=72351414;WS=72351396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,231:0.83:278
chr17	72352384	rs77503402	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,47:0.19:254
chr17	72352457	rs77811367	G	A	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=88;PP=2776;SC=TGGGTGGGGGGAAAGCTCAAC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=132;WE=72352465;WS=72352447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	72353745	rs11547807	G	T	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=100;PP=2965;SC=CGCGCCTCCCGCCAGGTGCGC;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=98;TCR=100;TR=197;WE=72353753;WS=72353735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	72357585	rs6501712	A	G	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=797;ReadPosRankSum=1.534;SC=GTTTCCCAGCACGGCCTTCCC;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=72357593;WS=72357575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr17	72357615	rs28430711	C	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=12;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CTTTGAAGGACCTGAATGCTG;SOR=1.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=68;WE=72357623;WS=72357605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr17	72366695	rs2382647	C	A	9704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=170;PP=2965;SC=GCCCACGCCCCACGTCAGCGG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=173;TCR=171;TR=343;WE=72366703;WS=72366685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	72367843	rs11652774	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=493;ReadPosRankSum=2.820;SC=ATGCCTCTCCCCTCCCTCACC;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=104;TCR=23;TR=35;WE=72367851;WS=72367833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr17	72368550	rs11658891	T	C	14083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=244;NR=246;PP=2965;SC=ATGTGGCCAATATGGTGGCCA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=494;TCF=245;TCR=249;TR=490;WE=72368558;WS=72368540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr17	72439700	rs9893663	T	G	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=127;NR=86;PP=2965;SC=GGGGCTGGGGTGTCTACAGTG;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=127;TCR=86;TR=213;WE=72439708;WS=72439690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	72439808	rs3840056	TG	T	10169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=119;PP=2951;SC=ACCCCCAAGTTGGCCACTCCT;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=84;TCR=122;TR=197;WE=72439816;WS=72439798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	72443192	rs2706527	G	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=100;PP=2965;SC=GGAGAGGCGGGCGGATTTGGG;SOR=1.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=157;WE=72443200;WS=72443182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	72469958	rs1127737	A	G	10220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=173;PP=2965;SC=TGGATACACCATGGCTCCGAG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=212;TCR=173;TR=385;WE=72469966;WS=72469948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr17	72473553	rs7209406	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=32;PP=1795;SC=GCCCCGCCCTTACCATCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=98;WE=72473561;WS=72473543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	72477385	rs1879967	A	G	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=101;PP=2965;SC=CATCCTGGCCATTGTTCCGGG;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=149;TCR=101;TR=250;WE=72477393;WS=72477375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	72478030	rs55682471	CT	C	2083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=1845;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CAGGGCACCCCTGGGAGGGTG;SOR=2.055;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=44;WE=72478038;WS=72478020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
chr17	72518770	.	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr17	72588326	rs493430	A	C	8687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=130;PP=2965;SC=AGCAGCAGAGATGGGGACAGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=146;TCR=130;TR=276;WE=72588334;WS=72588316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	72608834	rs579238	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=3.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,57:0.16:362
chr17	72608926	rs509574	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,69:0.18:381
chr17	72610089	rs1878061	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-3.010;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,26:0.12:213
chr17	72613589	rs581157	T	G	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=76;PP=2040;ReadPosRankSum=0.348;SC=GCCGGGGCCCTTCAGAGACAA;SOR=1.037;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=124;WE=72613597;WS=72613579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,132:0.81:162
chr17	72615293	rs12950039	C	T	8285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.049;SC=CCAGCAGCACCTCCTTCTAGG;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=411;TCF=215;TCR=196;TR=343;WE=72615301;WS=72615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,356:0.83:429
chr17	72700943	rs35489971	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,104:0.17:598
chr17	72709195	rs67406906	T	C	501.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9842;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=1.719;SC=CCTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=1.287;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=21;WE=72709203;WS=72709185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
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chr17	72736755	rs11651291	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=1;PP=1421;SC=CAGGGTGAAGATGGCGGCTGG;SOR=5.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=52;WE=72736763;WS=72736745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr17	72769694	rs878907	A	G	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=28;PP=1604;ReadPosRankSum=1.267;SC=GGGCTAGGGGAAGTGGGGGGG;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=91;WE=72769702;WS=72769684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,96:0.86:112
chr17	72771637	rs750018	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1404;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTTTTTTCCCCCCTCATATAT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=76;WE=72771645;WS=72771627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,78:0.84:93
chr17	72773387	rs8074137	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=529;SC=GGTGAAGCCTGCTCTTTTGTT;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=72773395;WS=72773377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	72773794	rs9910691	C	A	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=13.820;NF=59;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.715;SC=CACGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=59;TCR=120;TR=179;WE=72773802;WS=72773784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr17	72781812	rs2166703	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=670;SC=CAGGAAGCCCGAACATGAGGG;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=72781820;WS=72781802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	72784932	rs2016126	G	A	15729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=276;NR=294;PP=2965;SC=CCTCAGCTTCGTGACCACCAC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=570;TCF=276;TCR=294;TR=570;WE=72784940;WS=72784922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr17	72786912	rs4494584	A	T	193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=16.15;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	72791088	rs3830567	A	AG	1875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.582;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,90:0.83:109
chr17	72791266	rs9910463	G	A	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=76;PP=2233;SC=TACCCTCCTGGCCCCCAGGTT;SOR=2.024;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=109;WE=72791274;WS=72791256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	72791618	rs7221435	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=367;ReadPosRankSum=1.800;SC=CAGCCCAGCCAGGCGGCCTCG;SOR=0.809;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=89;TCR=23;TR=32;WE=72791626;WS=72791608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,32:0.27:120
chr17	72838481	rs939536	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=0;PP=971;SC=GATTTCATGGCAGAAGCCAGA;SOR=5.943;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=38;WE=72838489;WS=72838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	72839130	rs139495021	A	AGCTCCGGGG	1625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=2957;SC=CAGGTCCTCCAGCTCCGGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=18;WE=72839138;WS=72839120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	72848758	rs75018418	C	CG	9646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=157;PP=2974;SC=CTCCTGGGGGCGGGCGGGGCC;SOR=2.481;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=193;TCF=9;TCR=184;TR=164;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	72848772	rs199662980	G	GC	8107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=134;PP=2977;SC=CGGGGCCTGAGCGGGGCGGGA;SOR=3.169;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=3;TCR=134;TR=137;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	72848778	rs201209302	C	CG	6818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=118;PP=2977;SC=CTGAGCGGGGCGGGAGGGCCG;SOR=4.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=120;TCF=0;TCR=120;TR=118;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	72851133	rs689730	A	G	6845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=117;PP=2965;SC=TAAACACCACAGCCACCGTCA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=244;WE=72851141;WS=72851123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	72861145	rs1996710	A	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=78;PP=2052;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GGCCTGGAGAAGGCTGGCGGC;SOR=1.323;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=102;WE=72861153;WS=72861135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,106:0.79:134
chr17	72862705	rs2070918	G	A	8325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=150;PP=2965;SC=CAGGTCCCCCGGGAATGGGAG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=150;TCR=150;TR=300;WE=72862713;WS=72862695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr17	72888836	rs489152	G	A	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=123;PP=2965;SC=GAGGAGGAAGGAGACGGGTCT;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=110;TCR=124;TR=232;WE=72888844;WS=72888826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	72889676	.	G	GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC,GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC	10036.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.25;QD=244.80;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,31:0.24,0.76:41
chr17	72927123	rs6501741	G	T	17620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=274;NR=344;PP=2965;SC=ACCCAACCCCGGGCTGGTTAG;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=619;TCF=274;TCR=345;TR=618;WE=72927131;WS=72927113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr17	72929380	rs2035835	G	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AGGATGGGCCGCCATCTAGCC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=72929399;WS=72929370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr17	72929391	rs2035834	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.628;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=993;ReadPosRankSum=1.444;SC=CCATCTAGCCACGGCCCAGCA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=55;WE=72929399;WS=72929370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,60:0.87:69
chr17	72937605	rs7210616	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=7.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,68:0.22:308
chr17	72937851	rs9890664	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,59:0.12:474
chr17	72938100	rs1542752	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,69:0.20:350
chr17	72939446	rs4789110	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.112;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,79:0.16:508
chr17	72939663	rs8069015	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,16:0.18:89
chr17	72939854	.	AAC	A	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.320;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr17	72943126	rs8066909	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.658;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,91:0.22:410
chr17	72945212	rs139084906	TAGA	T	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.481;NF=20;NR=1;PP=928;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GCCCAAGGGTTAGAAGAAGAC;SOR=1.387;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=21;WE=72945222;WS=72945202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr17	72945334	rs8068514	T	C	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=81;NR=59;PP=2472;ReadPosRankSum=1.042;SC=CACATCCTCTTCCCCAGCTGT;SOR=0.353;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=106;TCR=71;TR=140;WE=72945342;WS=72945322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,146:0.79:184
chr17	72948369	rs17853024	A	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=57;PP=2815;SC=CTCACTTGTCAATGCAGATCT;SOR=1.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=157;WE=72948377;WS=72948359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	72949146	rs2307010	C	T	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,186:0.85:218
chr17	72951823	rs9899490	C	T	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=37;PP=2950;SC=GGCTGTGCCCCCCTTATGTAG;SOR=2.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=104;TCR=37;TR=141;WE=72951831;WS=72951813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	72951845	rs9903414	G	A	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=72;PP=2965;SC=AAGTAGGCCCGCTGGCCACCC;SOR=1.460;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=137;TCR=72;TR=208;WE=72951853;WS=72951835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	72952017	rs9906160	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=107;PP=2965;SC=ACTTGTTGGCAGTCACCATGG;SOR=2.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=36;TCR=107;TR=143;WE=72952025;WS=72952007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	72955227	rs902727	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCCAACAAATCCCCCCCTCCA;SOR=1.218;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=30;WE=72955235;WS=72955217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr17	72956124	rs3744198	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,85:0.18:467
chr17	72957962	rs10719287	CT	C	5996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.400;NF=34;NR=69;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.257;SC=GCCAAGGGCCCTTCACCTGTT;SOR=0.352;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=103;WE=72957970;WS=72957952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,182:0.84:216
chr17	72959000	rs7503218	G	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=9;PP=1282;SC=CAACTGGCCCGGCCCCAACCC;SOR=2.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=56;WE=72959008;WS=72958990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	72983888	rs7222918	A	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=4;PP=143;SC=CGTCCCTGCCACTCCACCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=72983896;WS=72983878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	72995412	rs4789125	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=30.72;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	73089852	rs4788863	T	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:644,142:0.18:786
chr17	73094072	rs10598249	TCTC	T	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr17	73096951	rs4238978	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=1285;SC=TAGTGTGGTAAAAGGGGAACA;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=73096959;WS=73096941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	73100303	.	G	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,69:0.16:419
chr17	73110144	rs1531565	G	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr17	73110279	rs1531564	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,35:0.19:187
chr17	73124692	rs2291028	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr17	73126746	rs10715821	GT	G	14758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=160;PP=2974;SC=GCCTAGGACAGTGAAAGACAG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=91;TCR=163;TR=249;WE=73126754;WS=73126736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	73127024	rs9910084	C	G	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=99;PP=2965;SC=GGGATAGGGACTTGGCTCTAA;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=163;WE=73127032;WS=73127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	73127217	rs3736075	G	C	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=1969;ReadPosRankSum=1.016;SC=AGAAGGACGCGGTTACCGCCG;SOR=0.851;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=125;WE=73127225;WS=73127207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,139:0.78:179
chr17	73127683	rs4788867	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr17	73138711	rs372163854	AGGAGGGGAG	A	318.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=39.84;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	73138751	rs111454348	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.612;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr17	73138980	rs151283915	TAC	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=0.166;SC=TATATGAAAATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=6;WE=73138989;WS=73138970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr17	73143574	rs1382508	T	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=538;SC=TTCCAGTGGGTGAACTGAAAC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=73143582;WS=73143564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	73177444	rs1471453	C	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=17;PP=494;SC=AATGTGAAAGCGGAAAAATCC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=73177452;WS=73177434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	73205976	rs34126097	T	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=38;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AGGATGTAGATGTTTACTCTC;SOR=0.389;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=106;WE=73205984;WS=73205966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,105:0.83:127
chr17	73208176	.	T	TGC	1857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.118;NF=2;NR=104;PP=2973;ReadPosRankSum=0.038;SC=TGTGTGCGCGTGCGCGCGTGT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=3;TCR=156;TR=106;WE=73208190;WS=73208166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,91:0.61:149
chr17	73208182	rs12946479	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.71;MQRankSum=-4.384;QD=0.24;ReadPosRankSum=4.162;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,26:0.13:201
chr17	73208205	.	G	GTT	961	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=59.86;NF=0,0;NR=65,65;PP=68,961;QD=1.12307692308;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=0;TCR=88;TR=65,65;WE=73208213;WS=73208195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,65:0.74:88
chr17	73208205	rs8075486	G	T,GTGTT	3598.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=0,0;NR=65,65;PP=68,961;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SOR=2.207;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=0;TCR=88;TR=65,65;WE=73208213;WS=73208195;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.83,0.17:124
chr17	73211642	rs9909306	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr17	73221439	rs2291029	C	T	8145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=150;PP=2965;SC=TCCCTTAGCCCGGGAACACCC;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=125;TCR=150;TR=275;WE=73221447;WS=73221429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	73222847	rs1551967	C	T	8843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CAGGGATGTTCATTTAAAATA;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=152;TCR=130;TR=281;WE=73222855;WS=73222837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr17	73222865	rs1478785	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,58:0.18:321
chr17	73228101	rs899318	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=86;PP=2095;SC=CCCAGCCTACTGTCTGTGGGA;SOR=2.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=22;TCR=87;TR=108;WE=73228109;WS=73228091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	73228144	rs2291030	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=771;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GGTCACACTTTATGCCTACCC;SOR=3.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=31;WE=73228152;WS=73228134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr17	73230856	rs9988	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,74:0.17:434
chr17	73231817	rs3841603	AT	A	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.699;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr17	73236605	rs11077781	C	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GTGAAGGCGCCGGGAGAAGCT;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=11;WE=73236613;WS=73236595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr17	73240836	rs4789156	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=86;PP=2237;SC=AGTGAGGGCGTGCTCGGGGCT;SOR=2.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=116;WE=73240844;WS=73240826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	73242895	rs2242230	A	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,55:0.17:322
chr17	73242935	rs2242231	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=5.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,36:0.18:197
chr17	73257830	rs2279161	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.714;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,35:0.16:221
chr17	73257986	rs8075276	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,52:0.18:289
chr17	73258085	rs36039201	GGC	G	486.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,20:0.19:104
chr17	73258086	rs201957984	G	C	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.44;ReadPosRankSum=2.071;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,84:0.81:104
chr17	73258086	.	GC	CG	1522	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=24;NR=52;PP=1522;QD=20.7298404587;SC=GCGAGCAGCGGCGGGGGGGCG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=76;WE=73258095;WS=73258074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:24,76:0.76:100
chr17	73258087	rs62085969	C	G	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.44;ReadPosRankSum=2.013;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,84:0.81:104
chr17	73258479	rs6501772	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=5.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.127;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,77:0.16:468
chr17	73259083	rs2279162	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.557;SC=TGCATGTGTACGGGCTTTAAT;SOR=0.055;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=5;WE=73259091;WS=73259073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr17	73265629	.	CTTTTTTTTTTTTTT	C	206	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=59.83;NF=0;NR=8;PP=206;QD=26.125;SC=TATGGTTAAACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=8;WE=73265651;WS=73265619;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,8:0.24:34
chr17	73268801	rs3744231	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr17	73269530	rs1809352	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=41;PP=1816;SC=TCCTTCCTGCACTCAGCGCTG;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=73269538;WS=73269520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	73269676	rs4789164	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=211;ReadPosRankSum=-1.814;SC=CTTCCTTTTGCAGCACCTGCT;SOR=0.253;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=21;WE=73269684;WS=73269666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr17	73274181	rs2306217	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5068;FS=6.888;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=556;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGAAGGGGGTGTTCTGGTGG;SOR=1.759;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=31;WE=73274189;WS=73274171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr17	73274500	rs3214917	T	TA	1947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.858;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCCCCTCGCCTAAAATACCAG;SOR=0.233;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=42;WE=73274508;WS=73274490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,68:0.81:84
chr17	73274558	rs77860123	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.708;NF=2;NR=23;PP=479;ReadPosRankSum=2.014;SC=CAAGGGAAACGCTGGACAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=25;WE=73274566;WS=73274548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr17	73279624	rs7213318	A	G	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=83;PP=2965;SC=CCCGGGCGTCATACACGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=211;WE=73279632;WS=73279614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	73279700	rs4788882	C	T	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=112;PP=2965;SC=AAGAAGTCACCGACAGCCCAA;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=203;WE=73279708;WS=73279690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	73282299	rs2306218	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CTGCCCTGCGCGGCATTCCTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=6;WE=73282307;WS=73282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr17	73282636	rs2306219	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,39:0.12:313
chr17	73316679	rs8079197	G	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=52;PP=1641;SC=TTCCTGGTCTGTGACTGGCCA;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=73316687;WS=73316669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	73317644	rs12946365	C	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=841;SC=GAAGGGCGCCCGCATGTTGAG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=73317652;WS=73317634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	73328773	rs1529844	T	C	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=67;PP=2709;SC=TAATGGAGCTTAACTTACGGA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=159;WE=73328781;WS=73328763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	73389446	rs4788890	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=438;SC=ACCACACATCACACCAACTCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=73389454;WS=73389436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	73402246	rs7220246	C	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=30;PP=1465;SC=CCGGATTCTCCAATATAGGCC;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=73402254;WS=73402236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	73482110	rs11331365	TC	T	2135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=47;PP=2025;SC=CCCCAACCTCTCCAGCTGTGC;SOR=3.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=49;WE=73482118;WS=73482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	73482664	rs9899149	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=1046;SC=CCACTCTCTTTTGAGCAGGGC;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=73482672;WS=73482654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	73484753	rs11652993	C	G	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=62;PP=2965;SC=CTAACCCCAGCGAATGTCTGT;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=165;WE=73484761;WS=73484743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	73485033	rs11867527	T	C	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=113;PP=2965;SC=TGGTGTCTTCTGTGAAGAGGG;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=50;TCR=114;TR=163;WE=73485041;WS=73485023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	73485781	rs8079362	C	T	16047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=292;NR=297;PP=2965;SC=TGCTTCCCTCCGACCCGCAGG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=591;TCF=293;TCR=298;TR=589;WE=73485789;WS=73485771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr17	73488794	rs4078259	C	T	15615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGTGCAACATCGCCCTGCAAG;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=554;TCF=244;TCR=310;TR=550;WE=73488802;WS=73488784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,555:1.00:557
chr17	73489220	rs7215753	T	C	8134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=173;PP=2965;SC=CCAGGCGAGATCTTCCAGAGC;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=105;TCR=173;TR=278;WE=73489228;WS=73489210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	73489567	rs4078474	C	G	16395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=367;NR=245;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.572;SC=AACTCTCTCCCCCAGGCACAG;SOR=0.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=614;TCF=368;TCR=246;TR=612;WE=73489575;WS=73489557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,625:1.00:626
chr17	73490611	rs8078131	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=11;PP=838;SC=CCTGGGGCCCATATGCTCATT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=73490619;WS=73490601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	73491768	rs78773582	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr17	73491894	rs11077792	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1411;SC=CAGAAGTGCCGATGTTCACAT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=73491902;WS=73491884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	73493874	rs12949173	G	C	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=111;PP=2965;SC=TCTCTCTGCTGGGGAAGCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=202;WE=73493882;WS=73493864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	73494963	rs9894026	G	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=1126;SC=AAGCAGTGTCGGGTTCACACG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=73494971;WS=73494953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73497415	rs8081353	T	C	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.40;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73497415	.	TTT	CTC	1410	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=34;NR=11;PP=1410;QD=32.5215083303;SC=ATCTAGGTGATTTCAACACCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=45;WE=73497425;WS=73497405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr17	73497417	rs8081354	T	C	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=2.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	73497439	rs8075850	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=16;PP=1687;SC=CTCTTATCCCGTTAGTGCCTG;SOR=2.472;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=73497447;WS=73497429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	73497794	rs9892311	T	C	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=123;PP=2965;SC=AAAGGTTGGCTTGGGACTTGG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=137;TCR=123;TR=260;WE=73497802;WS=73497784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	73498483	rs7503373	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=44;PP=1899;SC=CCCTGGGCTCTCATCTAGTGG;SOR=0.887;Source=Platypus;TCF=45;TR=89;WE=73498491;WS=73498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	73498623	rs7502835	A	G	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=189;NR=151;PP=2965;SC=TTGGGGTCACACTAGGACTGG;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=340;TCF=189;TCR=151;TR=340;WE=73498631;WS=73498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	73499697	rs7207376	T	C	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=126;PP=2965;SC=CAGCTGAGGGTGACAGCACGT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=141;TCR=126;TR=267;WE=73499705;WS=73499687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	73501752	rs8069700	G	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=43;PP=1436;SC=CGGGGTGGGGGACAGGTGTCA;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=73501760;WS=73501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr17	73518203	rs9911502	G	C	8724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=173;PP=2965;SC=GCAAGGAGAAGCTCTCCAGGC;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=129;TCR=173;TR=302;WE=73518211;WS=73518193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	73518284	rs6501820	G	C	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=118;PP=2965;SC=AGGTGCAGCGGTGCTCCAGCT;SOR=1.120;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=205;WE=73518292;WS=73518274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	73519413	rs8064529	C	T	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=113;PP=2965;SC=GATGGAGGTGCCCGGTAAGTT;SOR=1.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=58;TCR=113;TR=171;WE=73519421;WS=73519403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	73539631	rs6501822	A	G	6740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=131;PP=2965;SC=TCGGCCAAGCAGCTCAGGCTG;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=111;TCR=132;TR=242;WE=73539639;WS=73539621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	73552062	rs2305528	G	C	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=1145;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGCTGCAGCTGCAGCAGCCAT;SOR=0.419;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=59;WE=73552070;WS=73552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr17	73552185	rs1671036	G	A	4872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCGTCCCTGCGCATCCTGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=137;TCR=116;TR=204;WE=73552193;WS=73552175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,211:0.81:262
chr17	73554523	rs1671033	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=13.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
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chr17	73559342	rs936060	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,69:0.19:367
chr17	73559563	rs1671028	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,26:0.21:124
chr17	73559629	rs1671027	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,8:0.16:50
chr17	73564962	rs34001927	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,43:0.16:266
chr17	73565171	rs1671021	T	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:552,110:0.17:662
chr17	73565262	rs2305526	T	A	9665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=192;PP=2965;SC=AGCTGGGTCCTGTCCCCGTGG;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=126;TCR=193;TR=318;WE=73565270;WS=73565252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
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chr17	73566561	rs2305525	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,38:0.18:210
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chr17	73570718	rs1126939	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=2.661;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,26:0.16:163
chr17	73570756	rs1661712	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=5.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,27:0.20:136
chr17	73570774	rs1671016	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-2.060;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,32:0.23:139
chr17	73570842	rs35199943	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=5.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,60:0.22:276
chr17	73571030	rs1042861	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,80:0.17:459
chr17	73587268	rs2290455	C	T	11335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=0.301;SC=TCTTTGCCATCGTGGCATCAG;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=619;TCF=303;TCR=316;TR=478;WE=73587276;WS=73587258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,493:0.78:634
chr17	73587347	rs11656113	G	A	5352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.610;SC=GGCCTTCCTGGGTGGCTGAAC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=86;TCR=190;TR=212;WE=73587355;WS=73587337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,220:0.77:284
chr17	73587640	rs707709	T	C	6928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=88;PP=2965;SC=GGTGGTCCTATGTGCCCCTCC;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=160;TCR=88;TR=248;WE=73587648;WS=73587630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	73587784	rs936056	A	G	9084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=180;PP=2965;SC=CGGGGAACCGAGAGTGTCAGG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=135;TCR=181;TR=314;WE=73587792;WS=73587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	73587910	rs12449676	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
chr17	73588027	rs746840	C	T	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=1943;ReadPosRankSum=1.375;SC=TACTGCTGCCCAGGGATGCTT;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=119;WE=73588035;WS=73588017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,126:0.79:159
chr17	73588058	rs736522	G	T	7037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.85;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,177:0.80:221
chr17	73588067	rs736523	A	G	7283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.48;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,192:0.80:239
chr17	73590436	rs820254	A	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1009;SC=AGATCTCCTCATGTGACATAT;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=73590444;WS=73590426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	73590522	rs820255	G	A	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CATTCCTGAAGCAGAGATCTC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=127;WE=73590530;WS=73590512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,136:0.74:184
chr17	73590817	rs2305524	C	T	5493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.552;NF=104;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.673;SC=GATCCCTGCCCGTGGAAAGTG;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=216;WE=73590838;WS=73590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,230:0.77:298
chr17	73590830	rs820256	T	G	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=128;PP=2962;SC=GGAAAGTGCCTTTGATGCCAG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=134;TCR=128;TR=262;WE=73590838;WS=73590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	73597544	rs11871553	A	G	5457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=2.301;SC=TTCCTCCAGAAGAGCCACTAT;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=312;TCF=165;TCR=147;TR=226;WE=73597552;WS=73597534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,238:0.73:327
chr17	73598904	rs62089251	C	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5749;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=0.887;SC=GCCCTTCACCCCCACAGCTGG;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=15;WE=73598912;WS=73598894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	73601755	rs936054	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=38;PP=1301;SC=GAAAGGAGAGGTGCATTCTGG;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=73601763;WS=73601745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	73602081	rs8068464	G	A	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1390;ReadPosRankSum=0.800;SC=ATGCAGGCTCGCATGCGTGGG;SOR=0.365;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=98;WE=73602089;WS=73602071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,100:0.77:130
chr17	73607468	rs11077795	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CGCTTGAGCTAGAGCCTCAGA;SOR=0.132;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=73607476;WS=73607458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	73607804	rs3743991	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chr17	73608203	rs820140	T	C	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=4.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=78;PP=2160;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTGCCCTCCTTCCTCCCCAGC;SOR=1.441;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=109;WE=73608211;WS=73608193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,109:0.87:126
chr17	73608744	rs11336364	CA	C	248.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	73609112	rs820142	G	A	5468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.079;SC=GATCATGGGCGCATACCTGGT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=129;TCR=133;TR=211;WE=73609120;WS=73609102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,220:0.81:272
chr17	73609139	rs3803728	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,51:0.18:277
chr17	73612642	rs11439064	A	AT	19777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=179;PP=2974;SC=TGAAGAAGCCATGAAGCAAGG;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=114;TCR=188;TR=289;WE=73612650;WS=73612632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr17	73615389	.	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,77:0.19:402
chr17	73619952	.	GCTTCT	G	11326.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	73619953	.	CT	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=111;NR=94;PP=2947;QD=20;SC=GGACCGGTGGCTTCTGGGGGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=119;TCR=103;TR=205;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,205:0.92:222
chr17	73619955	.	TCTG	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=59.96;NF=57;NR=95;PP=2948;QD=20;SC=ACCGGTGGCTTCTGGGGGTGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=59;TCR=97;TR=152;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,152:0.97:156
chr17	73619958	.	G	GGT	11324.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	73620804	rs820187	C	A	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=102;PP=2965;SC=GTGGCAGGGCCGGGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=211;WE=73620812;WS=73620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	73621432	rs820188	A	G	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=93;PP=2965;SC=GGGGCCTGTGAACATCTGTCC;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=154;WE=73621440;WS=73621422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	73625430	rs4788902	G	A	8944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=156;PP=2965;SC=TCGGGGGCTCGTGCTCGCCTC;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=144;TCR=157;TR=300;WE=73625438;WS=73625420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	73625478	rs820191	T	C	8512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=155;NR=153;PP=2965;SC=TGATCCGAGTTGTCTCCATCA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=155;TCR=154;TR=308;WE=73625486;WS=73625468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	73625629	rs820192	A	C	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CTGGAGCAGTAACTCACATTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=95;WE=73625637;WS=73625619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr17	73626208	rs820193	G	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=5;PP=920;SC=CAGCTTCTGCGTCAGAGTATG;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=37;WE=73626216;WS=73626198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	73626829	rs820195	C	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=78;PP=2965;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCTGA;SOR=0.875;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=169;WE=73626837;WS=73626819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	73626922	rs56158987	G	GT	5965.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.15;MQRankSum=0.376;QD=43.87;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr17	73626923	.	GG	TG	1135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=60.85;NF=28,39;NR=69,41;PP=1135,1105;QD=11.7628865979;SC=CTCATCTGTGGGGGGGGGGGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=97,80;WE=73626932;WS=73626908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:68,80:0.54:148
chr17	73626923	rs55982817	GG	GTG,GGTG	1842.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.800;HP=11;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.946;NF=28,39;NR=69,41;PP=1135,1105;ReadPosRankSum=-1.043;SC=CTCATCTGTGGGGGGGGGGGG;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=97,80;WE=73626932;WS=73626908;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.70:113
chr17	73626924	rs113150921	G	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=-0.861;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
chr17	73626983	rs9896073	G	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=76;PP=2965;SC=GTCCCCCACAGCCCGGATGAG;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=183;WE=73626991;WS=73626964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	73627565	rs820197	A	G	10460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=195;NR=192;PP=2965;SC=GGCCTCCCTCATACAGCTCGG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=196;TCR=192;TR=387;WE=73627573;WS=73627555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr17	73658489	rs820159	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=231;SC=GGTCTTAGACTAATCTCCATC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=73658497;WS=73658485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	73698557	rs820232	C	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=24;PP=1477;SC=CTCCTCTTCACAGGACAAGAT;SOR=1.420;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=82;WE=73698565;WS=73698547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	73700130	rs78580953	AG	A	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1033;SC=ACAGCAAAGAAGATGGAACGT;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=73700138;WS=73700120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	73702253	rs2305529	G	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=83;PP=2738;SC=CAGACAGCACGTGGATCTGGG;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=19;TCR=83;TR=102;WE=73702261;WS=73702243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	73702317	rs820230	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=32;PP=1498;SC=GGGGTGGGCCACTTCGGGGTC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=73702325;WS=73702307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	73702402	rs820229	T	C	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=84;PP=2965;SC=GTGATCCTGATTTCTGCTTTA;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=161;TCR=84;TR=245;WE=73702410;WS=73702392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	73720638	rs820166	C	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=26;PP=2712;SC=CAGGGCCCTGCCTCTGGCGGC;SOR=2.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=100;TCR=26;TR=125;WE=73720646;WS=73720628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	73720900	rs820167	A	G	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=98;PP=2965;SC=TCCTGGCAGGATCATCCCTTG;SOR=1.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=136;WE=73720908;WS=73720890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	73723239	rs2584100	G	A	8260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.997;SC=TTTGCTGAGCGCCTCCCCATT;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=184;TCR=133;TR=315;WE=73723247;WS=73723229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr17	73723453	rs34275940	GC	G	9319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=142;PP=2974;SC=AATGGGTGCTGCCCCCCAGTG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=71;TCR=159;TR=205;WE=73723461;WS=73723443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr17	73725239	rs71271523	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	73725481	rs61751843	C	T	5942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.346;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.168;SC=CTCCTGAGGGCGGCTTCGATG;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=284;TCF=92;TCR=192;TR=235;WE=73725489;WS=73725471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,243:0.83:292
chr17	73732025	rs820174	C	T	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=24;PP=2582;SC=GCTAGCGGCACCCTGGCTCCC;SOR=2.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=91;TCR=24;TR=115;WE=73732033;WS=73732015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	73732045	rs820175	T	C	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=41;PP=2965;SC=CACAGCTCTGTTCCCACAGGC;SOR=2.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=121;TCR=41;TR=162;WE=73732053;WS=73732035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	73732522	rs820176	T	G	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=92;PP=2965;SC=CACAGGGCAGTGTGGGCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=154;WE=73732530;WS=73732512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	73732810	rs820177	A	C	7621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=183;PP=2965;SC=GGTTGCTGAGAGCCTAGGCAG;SOR=1.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=101;TCR=183;TR=284;WE=73732818;WS=73732800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	73733315	rs820179	G	C	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=3;PP=1762;SC=GAGGCAGATCGCAGAGTAGGG;SOR=5.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=65;WE=73733323;WS=73733305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	73746146	rs820387	T	C	11273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=246;NR=148;PP=2965;SC=CCCCTGGTGGTGAAGGGGGAT;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=247;TCR=149;TR=394;WE=73746154;WS=73746136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	73746370	rs820388	T	C	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=77;PP=2085;ReadPosRankSum=0.573;SC=GGGCTGAGGGTCACGACAGGT;SOR=1.034;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=24;TCR=94;TR=95;WE=73746378;WS=73746360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,98:0.81:121
chr17	73750859	rs8669	C	G	23051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=0.499;NF=440;NR=536;PP=2962;ReadPosRankSum=0.486;SC=CCACACTGCCCAGGGACTACT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1221;TCF=557;TCR=664;TR=976;WE=73750867;WS=73750849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,986:0.80:1230
chr17	73751042	rs3988219	C	CACAT	6362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=74;PP=2976;SC=CACGTGCACACGCATGCACAC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=105;WE=73751050;WS=73751032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	73751990	rs1008177	T	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GGCCCCAGTGTGACACATAGG;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=73751998;WS=73751980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	73753503	rs871443	T	C	9982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=153;PP=2965;SC=ACAGATGGGCTGACCCTGGGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=189;TCR=153;TR=341;WE=73753511;WS=73753493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	73753661	rs9367	C	T	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=170;PP=2965;SC=ACCCCCGCCACGTCCCACTAG;SOR=1.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=106;TCR=170;TR=276;WE=73753669;WS=73753651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	73759038	rs35008831	TC	T	10700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=135;PP=2970;SC=GTGGGCACACTCCCACCCAGG;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=81;TCR=141;TR=212;WE=73759046;WS=73759028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	73759304	rs820386	G	T	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=51;PP=2426;SC=TCCAGGGAGAGTCCCTGCCAC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=109;WE=73759312;WS=73759294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	73759552	rs7209235	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=62;PP=1800;SC=ATGGTAAGAGGGGCTGCCTGG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=89;WE=73759560;WS=73759542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	73780506	rs11655389	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=444;SC=GAACCTAGCTGTACTAAGTAT;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=73780514;WS=73780496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	73812909	rs9908146	A	G	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=68;PP=2965;SC=CCACCCAGCCAGGTCCTGTCC;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=175;WE=73812917;WS=73812899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	73813181	.	CAGAGCCTGTGCTGATGAGCCTGTAGGACTGG	C	1896	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=62.36;NF=0;NR=6;PP=1896;QD=321.666666667;SC=GGGCAGTCCCCAGAGCCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=73813219;WS=73813171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	73816026	rs11868471	A	G	9823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=181;PP=2965;SC=AGAGCTCTGCACCCGTGAACA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=177;TCR=181;TR=358;WE=73816034;WS=73816016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr17	73826167	rs118049905	G	A	7215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGGGTCTCCCGGGCGGCCAGC;SOR=0.933;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=339;TCF=157;TCR=182;TR=287;WE=73826175;WS=73826153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,304:0.84:360
chr17	73913729	rs4788912	C	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=225;SC=AGTGAGGTCACGGGAGTGCCG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=73913737;WS=73913728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	73913965	rs11288315	TC	T	2967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=45;PP=2723;SC=CAGCAGCTGCTCCCCCTTCCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=71;WE=73913973;WS=73913955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	73916423	rs7213548	A	T	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=913;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GCGGGGCTGCACTGAAGTTGC;SOR=0.909;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=65;WE=73916431;WS=73916413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,74:0.78:95
chr17	73917426	rs3744014	A	T	6932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.640;SC=GGCCCAGGGCACTGGGCCTGC;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=178;TCR=160;TR=272;WE=73917434;WS=73917416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,281:0.81:349
chr17	73918264	rs11870961	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=503;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GTCTTGGGGCATTCTCCTCCC;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=27;WE=73918272;WS=73918254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr17	73919538	rs7218738	G	A	4335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.393;SC=GGCGTGACAGGCACTGAACTT;SOR=0.424;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=223;TCF=134;TCR=89;TR=176;WE=73919546;WS=73919528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,182:0.78:233
chr17	73922941	rs2305913	T	C	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1925;ReadPosRankSum=-1.639;SC=AGAAGTCCTCTCAATGGGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=123;WE=73922949;WS=73922931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,134:0.79:170
chr17	73926231	rs72865811	G	A	92.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6058;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGCAGACGGCGCGGCAGGAGC;SOR=1.872;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=73926239;WS=73926221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	73931847	rs7218498	C	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=831;ReadPosRankSum=0.561;SC=AGGCGTCAGACCTTTCAGATG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=44;WE=73931855;WS=73931837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr17	73942976	rs2666003	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=537;ReadPosRankSum=1.494;SC=TTGAGACTGAGTCCTGCTCTG;SOR=0.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=31;WE=73942984;WS=73942966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr17	73944569	rs12051891	A	C	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.924;SC=TAAATAAAACATATATATGTA;SOR=1.547;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=62;WE=73944577;WS=73944559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr17	73949540	rs1135640	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,23:0.20:113
chr17	73951864	rs10852766	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,65:0.16:399
chr17	73953404	rs11077798	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=1;PP=671;SC=TCAAGTGATCTGCCCACCTCA;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=25;WE=73953412;WS=73953394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	73997474	rs2069528	G	A	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CAAATTGCCCGGTGCCTTCTG;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=160;TCR=87;TR=246;WE=73997482;WS=73997464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr17	74011452	rs2071195	G	A	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=166;PP=2965;SC=TGGCTCTGCCGCAGAGGAGGC;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=230;TCR=166;TR=395;WE=74011460;WS=74011442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	74011721	rs2665970	C	A	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=116;PP=2965;SC=TAAAGAGGGGCGGGGTCAGGG;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=187;WE=74011729;WS=74011711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	74014468	rs2071194	C	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=19;PP=944;SC=GGCTTGGACACCGCAGGGCCG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=74014476;WS=74014458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	74014628	rs2071193	G	A	7180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=121;PP=2965;SC=CGACCCAGGCGTGCGGGTCAG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=134;TCR=121;TR=255;WE=74014636;WS=74014618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	74014668	rs2071192	T	C	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=122;PP=2965;SC=CCGCTCACCCTGCAGCAGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=99;TCR=123;TR=221;WE=74014676;WS=74014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	74015158	rs2290249	C	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=59;PP=1913;SC=GGGGCCCAGGCAGTGGGGGAC;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=74015166;WS=74015148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	74015590	rs2244371	C	T	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	74015595	rs2244370	T	C	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	74017677	rs200115767	G	GCC	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=133;SC=CTCGGACCACGCCCCCCCCAC;SOR=3.258;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=74017685;WS=74017667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	74017700	rs71161251	T	TC	733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=428;SC=CCGCCCCACCTCCCCCCTTCC;SOR=1.893;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=74017708;WS=74017690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74018655	rs2598417	C	T	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=119;PP=2965;SC=CCCAAAGGACCGCGGTGGGGA;SOR=2.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=32;TCR=119;TR=151;WE=74018663;WS=74018645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	74019572	rs2257388	T	C	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=82;PP=2965;SC=CTGCCGCAGCTCCACTCACTC;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=145;WE=74019580;WS=74019562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	74023107	rs2665961	A	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=27;PP=1049;SC=CGCCGCCGCCAGGTGGCTCAA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=74023115;WS=74023097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	74035444	rs17498898	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=4.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,40:0.16:249
chr17	74036468	rs2305346	C	T	7252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=113;PP=2965;SC=AATCCTGCTTCGTATTCCTCA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=265;WE=74036476;WS=74036458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	74066315	.	A	C	686.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr17	74076127	rs34700740	TC	T	2305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=45;PP=1956;SC=GCCCTCCTTTTCCCCCATCTA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=74076135;WS=74076117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	74076415	rs2257020	G	A	20164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=396;NR=359;PP=2965;SC=CCTGGCCCTCGCCACGGAGAC;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=756;TCF=396;TCR=360;TR=755;WE=74076423;WS=74076399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,762:1.00:762
chr17	74076642	rs2257028	G	A	14225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=268;NR=249;PP=2965;SC=GAACTCCCAGGTCTGTGTTCA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=517;TCF=268;TCR=249;TR=517;WE=74076650;WS=74076632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr17	74077497	rs8836	G	C	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=119;PP=2965;SC=AGTCAAGTCGGGAGGAGGCCG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=159;TCR=119;TR=278;WE=74077505;WS=74077487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	74079838	rs2665986	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=32;PP=952;SC=AAACCTGAGGAGGCACTGTGG;SOR=1.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=74079846;WS=74079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	74081345	rs2246277	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=961;SC=AGGAAGAGTGCGTGGTGGCAC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=74081353;WS=74081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	74081618	rs2598450	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=31;PP=1443;SC=TCCCACCTTCCGGGTCCTGGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=74081626;WS=74081608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	74083905	rs2243481	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=670;SC=GGCTGGGATCCGCCCAGTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=74083913;WS=74083895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	74084029	rs2243486	C	T	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=11;PP=1771;SC=CACAAAGGTGCGAGCGGCTCT;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=74;WE=74084037;WS=74084019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	74084428	rs2305348	C	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=761;SC=GCCAGTGGCGCAGCTGGCTGC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=74084457;WS=74084418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	74084441	rs2246621	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	74084449	rs2246623	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74084737	rs2246632	T	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=40;PP=1412;SC=TCCATGCACCTTCAGAGCAGA;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=74084745;WS=74084727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	74085012	rs2084666	G	A	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr17	74086633	rs2598451	C	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=58;PP=1615;SC=TGAGCCCCTCCTCTACCTCAA;SOR=4.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=65;WE=74086641;WS=74086623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	74090700	rs2250081	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=523;SC=CGGCTGCCAGGCCCTGTCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=74090708;WS=74090690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74094105	rs7208391	C	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=102;PP=2965;SC=AGTTTCTGCACAGACAACAGA;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=160;WE=74094113;WS=74094095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr17	74261929	rs71382201	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,35:0.19:185
chr17	74270069	rs71815	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=785;ReadPosRankSum=-0.720;SC=ACAGCGGGTATTTCCCTTTCC;SOR=1.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=40;WE=74270077;WS=74270059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr17	74273165	rs164011	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CTGATTTTCTGGTGGCTTTAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=74273173;WS=74273164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	74274998	rs347676	G	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=20;PP=1661;ReadPosRankSum=0.390;SC=TCTCCACACTGTCCCACAGCA;SOR=0.431;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=96;TCR=24;TR=91;WE=74275006;WS=74274988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,93:0.77:120
chr17	74275030	rs182972	T	C	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=55;PP=2696;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CACGTTCCGCTGGGCCCTCCG;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=149;TCR=70;TR=169;WE=74275038;WS=74275020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,177:0.78:226
chr17	74275160	rs347675	C	T	9540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=1.662;SC=GTTCAAACACCGTGTAGGGGC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=506;TCF=237;TCR=269;TR=404;WE=74275168;WS=74275150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,425:0.81:526
chr17	74276067	rs164010	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=705;ReadPosRankSum=1.541;SC=TCTGCCCTCACCCCCTGAAGA;SOR=1.561;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=35;WE=74276075;WS=74276057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr17	74283214	rs346786	C	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=15;PP=1852;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GAGGGCAGGGCCAAGCCAGCT;SOR=2.073;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=102;TCR=23;TR=99;WE=74283222;WS=74283204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,99:0.82:120
chr17	74283769	rs346785	T	C	590.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5353;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=394;ReadPosRankSum=0.501;SC=ACAATCCAGGTCAAAGACAGT;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=20;WE=74283777;WS=74283759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr17	74286032	rs370221376	CA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.016;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr17	74286173	rs17509527	A	G	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=79;PP=2210;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GGAAAGCAGAAGCCTTATGAT;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=54;TCR=100;TR=120;WE=74286181;WS=74286163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,122:0.78:157
chr17	74301100	rs113070211	GCACA	G	4171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.847;NF=1;NR=65;PP=2973;ReadPosRankSum=1.016;SC=ACACAGATGCGCACACACACT;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=92;TCF=2;TCR=90;TR=66;WE=74301111;WS=74301088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,104:0.88:118
chr17	74324716	rs117578720	A	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.96;ReadPosRankSum=1.684;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr17	74324729	rs346791	C	A	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,78:0.76:102
chr17	74326553	rs449114	G	A	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.14;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr17	74326556	rs399029	A	T	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,68:0.76:89
chr17	74381567	rs346803	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=681;SC=CGGTGCTCCTGCAGCCACGGC;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=74381575;WS=74381557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	74387284	rs3803739	C	T	9997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=186;PP=2965;SC=GAGGCCAGGCCCTGGGCACCG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=168;TCR=186;TR=353;WE=74387292;WS=74387274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	74401405	rs11290311	AG	A	11313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=201;PP=2974;SC=GTCCTGGGGGAGGGGAGGAGA;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=30;TCR=212;TR=229;WE=74401413;WS=74401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	74468552	rs12942767	A	G	10244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=148;PP=2965;SC=AAGATAAATGAGGCGGTGGAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=216;TCR=149;TR=364;WE=74468569;WS=74468542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr17	74471298	rs12951122	G	A	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=135;PP=2965;SC=GGGCCACCCTGGCCTGGTCAC;SOR=2.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=40;TCR=135;TR=175;WE=74471306;WS=74471288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	74473593	rs3833088	A	AG	2102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=4;PP=2208;SC=ATGGGGGCCCAGCAGCTCCAC;SOR=4.332;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=48;WE=74473601;WS=74473583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	74475024	rs3744045	G	A	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=84;PP=2965;SC=CGGTGGGTGCGGGGCGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=74475032;WS=74475014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	74477620	rs12943385	C	T	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=35;PP=1182;SC=GGGCAGGAGGCGGGAGGGCTG;SOR=1.057;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=63;WE=74477628;WS=74477610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	74524651	rs4238995	TT	GG	5703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=70;PP=2944;ReadPosRankSum=1.033;SC=GGGGGTGGAGTTAGGGGTCCT;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=124;WE=74524660;WS=74524641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,140:0.82:170
chr17	74527846	rs3217541	T	TG	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,34:0.24:139
chr17	74536333	rs77817682	C	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.28;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	74536337	rs8176324	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=2.827;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr17	74539025	rs3803740	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.11;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,35:0.11:311
chr17	74539092	rs4318240	C	T	16210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=317;NR=292;PP=2965;SC=TGCTGATCTGCTCTGGTTTTC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=611;TCF=317;TCR=294;TR=609;WE=74539100;WS=74539082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr17	74541129	rs4232870	A	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CTGGGGTGCCATGTGGGCCGG;SOR=0.491;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=85;WE=74541137;WS=74541119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,86:0.83:103
chr17	74554739	rs4648343	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=2.759;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,20:0.18:113
chr17	74557681	rs4510053	A	C	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=63;PP=2965;SC=TGTTTGTAAGATTTGTTTACA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=161;TCR=64;TR=224;WE=74557689;WS=74557671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	74557803	rs60161580	GT	G	7253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.857;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.364;NF=20;NR=169;PP=2988;ReadPosRankSum=1.060;SC=TGGCTCCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.961;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=227;TCF=20;TCR=207;TR=189;WE=74557821;WS=74557793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,285:0.98:290
chr17	74559287	rs4451979	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.214;NF=0;NR=10;PP=143;ReadPosRankSum=1.551;SC=ATGCGTTCTTTGGGCTTCATC;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=10;WE=74559295;WS=74559277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr17	74563653	rs2241918	A	G	9450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.114;SC=AAAAAGAGACATTTCAGCTCA;SOR=0.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=175;TCR=170;TR=344;WE=74563661;WS=74563643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr17	74564830	rs117281881	C	T	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=2457;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CCGGATGTAGCAGCTTGAATT;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=120;TCR=120;TR=170;WE=74564838;WS=74564820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,178:0.71:252
chr17	74569275	rs148495365	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.361;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,23:0.17:132
chr17	74570408	rs7207173	A	G	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=77;PP=2965;SC=GCAGGAAGCTAAGGCAGAAGG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=119;TCR=78;TR=196;WE=74570416;WS=74570398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	74581914	rs3135934	C	G	3383.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=2034;ReadPosRankSum=1.900;SC=GCGAGCGCCCCGTCCGCTGAC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=136;WE=74581922;WS=74581904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,147:0.89:166
chr17	74581945	rs12449329	AA	GC	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=59;PP=1154;SC=GAAGGGAGAGAACCGGGTGGG;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=92;WE=74581956;WS=74581935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	74582025	rs1867561	G	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=510;SC=TGCGGCGCCTGCCCGCCCGGC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=74582033;WS=74582015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74621635	rs2286595	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=689;ReadPosRankSum=0.460;SC=AGGAGAAACACGGCCTGTAGT;SOR=1.321;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=33;WE=74621643;WS=74621625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr17	74639530	rs719430	T	C	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=55;PP=2521;ReadPosRankSum=0.901;SC=CCCTGGGCTATCATTTTTCTG;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=148;WE=74639538;WS=74639520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,157:0.79:199
chr17	74673634	rs1065645	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=400;ReadPosRankSum=1.042;SC=TGGGGACAGCATCAGGCATGG;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=93;TCR=21;TR=35;WE=74673642;WS=74673624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr17	74681435	rs2286593	A	G	726.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.8621;FS=3.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTACAACGAGACAGCCAGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=25;WE=74681443;WS=74681425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr17	74684598	rs4788942	C	T	7533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=135;PP=2965;SC=CTGCGGCCAGCAGACAAAGGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=130;TCR=135;TR=265;WE=74684606;WS=74684588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	74684778	rs73996674	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.467;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,45:0.18:244
chr17	74684858	rs7219390	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=548;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CTTGCAGGAATGTCAGAGGAT;SOR=0.242;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=37;WE=74684866;WS=74684848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr17	74684875	rs73996675	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GGATGAGAGCGACGTGCCGTG;SOR=1.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=7;WE=74684883;WS=74684865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr17	74707050	rs71383084	G	C	95.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.619;NF=3;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CGCCGAGTGCGGGCCAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=74707058;WS=74707040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	74707086	rs372946783	CGTCGCCGCGCCCG	C	312.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=39.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	74716759	rs12943725	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=1.017;SC=GAGAAACCCAATACGGTGCCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=74716767;WS=74716749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr17	74720204	rs369330901	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=0.752;SC=ACACAAAACAATAAGTTTTTA;SOR=0.466;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=48;WE=74720212;WS=74720194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr17	74721967	rs376352692	TA	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr17	74722869	.	ACCGCC	A	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr17	74728938	rs4789351	C	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=165;SC=TTTATACAAACCCAGAAAGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=74728946;WS=74728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	74729588	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,16:0.13:123
chr17	74732507	rs237058	A	G	25205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=358;NR=528;PP=2965;SC=ACCTGGAACGACTCCGACTCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=888;TCF=359;TCR=529;TR=886;WE=74732515;WS=74732497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,913:1.00:913
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chr17	74750215	rs11399997	C	CT	10218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.08;NF=29;NR=101;PP=2967;SC=TCAGGAACAACTCGGCATTTG;SOR=0.745;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=30;TCR=108;TR=130;WE=74750223;WS=74750205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	74750331	rs116719	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=875;ReadPosRankSum=-1.879;SC=CAACATCTCTCTAACATGGGG;SOR=0.228;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=45;WE=74750339;WS=74750321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
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chr17	74898557	rs485262	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr17	74898598	rs485153	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,38:0.20:189
chr17	74898813	rs572008	G	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=424;ReadPosRankSum=0.293;SC=TGGGTGCTGGGTGGGCCCTGG;SOR=0.792;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=21;TCR=90;TR=30;WE=74898821;WS=74898803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr17	74898843	rs655690	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr17	74899234	rs568277	T	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr17	74899320	rs567361	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,46:0.13:367
chr17	74899373	rs567207	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,59:0.13:456
chr17	74900300	rs537905	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,27:0.22:122
chr17	74920957	rs3889146	G	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=1336;ReadPosRankSum=0.799;SC=CTCTGCACTTGTACAGTTCAT;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=77;WE=74920965;WS=74920947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,76:0.71:107
chr17	74921129	rs34056052	C	T	6918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.035;SC=CCGACTACCACGGCCTGCAGC;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=379;TCF=185;TCR=194;TR=295;WE=74921137;WS=74921119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,303:0.79:383
chr17	74921257	rs8067585	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=899;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CTGCCCCCACGTCCCCACTCA;SOR=0.355;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=50;WE=74921265;WS=74921247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr17	74922636	rs12450749	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=5;PP=1120;ReadPosRankSum=0.747;SC=AGGGACACACGGGGAGGTTGC;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=52;WE=74922644;WS=74922626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr17	74922652	rs11653088	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=6;PP=1358;ReadPosRankSum=1.525;SC=GTTGCTGACCCTGGTTCCTGG;SOR=1.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=72;TCR=9;TR=62;WE=74922660;WS=74922642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr17	74928931	rs8078608	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=885;ReadPosRankSum=1.027;SC=CGCATCTCCTCCTTCCAGGAT;SOR=2.885;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=36;WE=74928939;WS=74928921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr17	74929442	rs12600695	A	G	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=74;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TCCAGCAGCCACTCCAGGGGT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=30;TCR=95;TR=97;WE=74929450;WS=74929432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,100:0.79:126
chr17	74942478	rs8067984	C	T	7728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.523;SC=ACCTACCCTACGAGTACACCT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=397;TCF=215;TCR=182;TR=316;WE=74942486;WS=74942468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,337:0.80:422
chr17	74944709	rs9894270	T	C	12396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CGGTGCTGTGTGGTCCCTGCC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=447;TCF=248;TCR=199;TR=445;WE=74944717;WS=74944699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,465:1.00:467
chr17	75085226	rs3214724	TC	T	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.650;NF=40;NR=1;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TGTTACTTTTTCCCCCAAGGT;SOR=0.648;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=41;WE=75085234;WS=75085216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr17	75085260	rs2247814	C	G	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.445;NF=78;NR=13;PP=1533;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GAGAAATATCCCCCGACGATT;SOR=1.288;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=105;TCR=20;TR=91;WE=75085268;WS=75085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,90:0.71:126
chr17	75085329	rs16969660	G	T	8804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.125;NF=229;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GAGAGCATTCGAAGTGACCTC;SOR=0.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=466;TCF=282;TCR=184;TR=372;WE=75085337;WS=75085319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,372:0.80:465
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chr17	75085654	rs16969661	A	G	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TGTTACTGTCATGTCTTTCAT;SOR=0.270;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=236;TCF=86;TCR=150;TR=195;WE=75085662;WS=75085644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,205:0.83:246
chr17	75190846	rs673918	A	C	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=84;PP=2965;SC=TTCCATCACGACCTCTTCAGA;SOR=0.847;Source=Platypus;TCR=85;WE=75190854;WS=75190836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	75190962	rs674402	C	T	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=-0.629;NF=77;NR=94;PP=2868;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GCAGCCCCAGCGCACCTGAGC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=94;TCR=114;TR=171;WE=75190970;WS=75190952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,178:0.83:214
chr17	75199580	rs12602668	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,38:0.22:175
chr17	75207966	rs2280269	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GGAGAGCACGATGCGCTCGCA;SOR=0.191;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=11;WE=75207974;WS=75207956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr17	75303298	rs4789439	T	C	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=134;PP=2965;SC=CTCGCTCCGCTCTGGCCCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=45;TCR=134;TR=179;WE=75303306;WS=75303288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	75369578	rs7217986	T	C	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=59;PP=1888;ReadPosRankSum=0.706;SC=CCACCAGCCATCATGTCGGAC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=83;TCR=76;TR=124;WE=75369586;WS=75369568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,132:0.77:171
chr17	75393267	rs434143	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr17	75401190	rs2164449	G	A	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=2010;ReadPosRankSum=-2.448;SC=GGTGCTGGATGCACAGGGACG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=136;WE=75401198;WS=75401180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,149:0.84:177
chr17	75401310	rs2117924	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=1.355;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.993;SC=GAGACTGTGCCGGGAGCCAGG;SOR=0.422;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=65;WE=75401318;WS=75401300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,69:0.87:79
chr17	75441607	rs376552273	CGT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.873;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,8:0.10:78
chr17	75478481	rs425139	C	T	13882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CCCAGGGCGGCCCACAAGCCT;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=487;TCF=250;TCR=237;TR=484;WE=75478489;WS=75478471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,509:1.00:511
chr17	75478694	rs416438	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,22:0.16:134
chr17	75478806	rs392287	C	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.156;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr17	75478809	rs149896636	C	CACCGCAGCCT	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=1399;SC=CACCGCACCCCGGCCAGAGGC;SOR=1.270;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=75478817;WS=75478796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	75483719	rs9902607	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=242;SC=CATCACACACAGTCAGTGGCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=75483727;WS=75483709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	75483729	.	C	T	230.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.48;QD=46.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	75484156	rs441670	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=0;PP=1006;SC=CCAGGGGAACCGTCACCGGCC;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=38;WE=75484164;WS=75484149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	75484200	rs35261301	TC	T	3058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=14;PP=2799;SC=GCCATTAATTTCCCGGTGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=71;WE=75484208;WS=75484190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	75484700	rs378578	A	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=3;PP=1309;SC=CTCCCAGGGCATGCATTTCAT;SOR=5.318;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=57;WE=75484708;WS=75484690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	75484781	rs370531	T	C	10342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTCATGTGCCTGCTGACTCGT;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=236;TCR=144;TR=379;WE=75484789;WS=75484771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,383:1.00:384
chr17	75485014	rs426885	A	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=1376;SC=CTGGGACTGCAAGACGGTGCT;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=48;WE=75485022;WS=75485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	75488973	rs2627198	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=15;PP=1950;SC=TTGGGGGACCCCAGGCTCAGG;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=75;WE=75488981;WS=75488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	75489015	rs188747	T	C	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=52;PP=2965;SC=GGGGAGGGAATTGCCTTCCCG;SOR=2.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=152;TCR=52;TR=204;WE=75489023;WS=75489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	75489216	rs312797	C	T	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=106;PP=2965;SC=CTTCTGCTGACCCAGAGCCTG;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=155;WE=75489224;WS=75489206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	75489244	rs167498	A	G	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=79;PP=2303;SC=CGCCTGAGCCAGGGACTCGTG;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=98;WE=75489252;WS=75489234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr17	75494705	rs2627223	A	G	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=GGCCAACGGCATGGAGGAGAA;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=174;WE=75494713;WS=75494695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr17	76115181	rs2252496	A	T	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=78;PP=2952;SC=CCTCCCCGAGATCAGGCTGGT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=158;WE=76115189;WS=76115171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr17	76116017	rs743047	C	A	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=10;PP=1353;SC=GCGTGAGCCACCACACCGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=76116025;WS=76116007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr17	76117971	rs1997978	G	A	6037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=183;PP=2965;SC=CCCTCCAGGCGCAGAGAGGAC;SOR=6.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=5;TCR=183;TR=188;WE=76117979;WS=76117961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	76119930	rs55677349	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.259;SOR=2.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr17	76120065	rs2613522	A	G	7204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGGTGGAGGCATTACCTGTAC;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=195;TCR=180;TR=304;WE=76120073;WS=76120055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,317:0.81:391
chr17	76121760	rs7502920	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr17	76127849	rs146880338	T	TG	2970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=58;PP=1517;ReadPosRankSum=0.402;SC=AGACGGTGCGTGGGGGGGGTG;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=76;WE=76127862;WS=76127826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,124:0.76:163
chr17	76128360	rs2221636	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=38;PP=2317;ReadPosRankSum=0.522;SC=CACGCCGTCCGGTGGGCCCGC;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=102;TCR=44;TR=122;WE=76128368;WS=76128350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,127:0.85:150
chr17	76128386	rs1354985	G	C	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=65;PP=2965;SC=GACTCTCAGCGCGGCCCCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=135;TCR=65;TR=200;WE=76128394;WS=76128376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
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chr17	76129034	rs60591028	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=70;PP=1862;ReadPosRankSum=-1.435;SC=CTAAGAGGACCTCTGCTCCTC;SOR=0.394;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=23;TCR=83;TR=91;WE=76129042;WS=76129024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,92:0.85:108
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chr17	76137198	rs369764	T	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=34;PP=980;SC=CTGTAACCCCTACCCCTGCCT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=76137206;WS=76137188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	76142402	rs2310998	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=18;PP=941;SC=CACCCACCCAGGGAGCATCCC;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=76142410;WS=76142392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	76157266	rs4071641	T	C	9047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=198;PP=2965;SC=CTACTTCTGCTGGGCGTCCTC;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=139;TCR=198;TR=337;WE=76157274;WS=76157256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	76157348	rs12951279	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=50;PP=1416;SC=GAGTGCGGTGGGGGGCACAGG;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=76157356;WS=76157338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	76164733	.	C	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=526;ReadPosRankSum=0.332;SC=CCAAGGCGGGCGGCTCCTTCG;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=30;WE=76164741;WS=76164723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr17	76171277	rs8072887	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,59:0.21:276
chr17	76178748	rs1143697	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,53:0.22:236
chr17	76182771	rs150794517	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr17	76182776	rs139163612	G	A	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr17	76182781	rs149930991	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=2.806;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	76182805	.	G	GGAGGGGAGGC	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=4.730;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,25:0.19:134
chr17	76183043	rs1071664	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,111:0.20:569
chr17	76198735	rs111978523	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=2.278;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,53:0.19:279
chr17	76198754	rs35822441	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=7.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,52:0.19:279
chr17	76210367	rs9904341	G	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,53:0.17:316
chr17	76218857	rs4789559	G	A	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=40;PP=2365;ReadPosRankSum=0.057;SC=AAAAAATATGGTAGGGAAGGG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=109;TCR=50;TR=130;WE=76218865;WS=76218847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,134:0.83:161
chr17	76219123	.	TAGACTAGCTGGGGTGCCC	T	548	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=64.36;NF=0;NR=5;PP=548;QD=118.2;SC=CTGGGGTGCCTAGACTAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=76219148;WS=76219113;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	76219591	rs2071214	G	A	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=2083;ReadPosRankSum=0.866;SC=GGAAACTGCGGAGAAAGTGCG;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=129;WE=76219599;WS=76219581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,142:0.82:174
chr17	76219739	rs17882627	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=790;ReadPosRankSum=-2.968;SC=AATGTCTTAGGAAAGGAGATC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=49;WE=76219747;WS=76219729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr17	76228088	rs8068943	T	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=873;SC=ACCCGTCCCCTCCCGCCGGCC;SOR=1.885;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=40;WE=76228096;WS=76228078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	76235015	rs880190	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=9;PP=972;ReadPosRankSum=1.241;SC=TAGCGGGGCCGGGGATGCTGA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=55;WE=76235023;WS=76235005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr17	76267843	rs872359	G	A	8013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=1.005;SC=GGTATCTCCCGACATGAGCAC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=439;TCF=217;TCR=222;TR=325;WE=76267851;WS=76267833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,335:0.75:449
chr17	76394042	rs16971107	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.7570;FS=4.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=662;ReadPosRankSum=0.685;SC=ACCTGGTGTCGTAGCGTTTCC;SOR=2.770;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=29;WE=76394050;WS=76394032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr17	76394449	rs2292644	C	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GGCATGCAAGCCTGGCCCCTC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=66;WE=76394457;WS=76394439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,67:0.81:83
chr17	76395421	rs2292643	G	A	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.93;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,103:0.84:122
chr17	76395430	rs2292642	C	T	4804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=6.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.69;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,126:0.86:147
chr17	76395634	rs2292641	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,103:0.18:576
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chr17	76400236	rs3744219	G	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=53;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AGGGGGTGGGGAGCCCTGGCG;SOR=1.798;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=58;WE=76400244;WS=76400226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr17	76400258	rs3744217	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.44;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr17	76400268	rs3826323	C	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr17	76410871	rs3744216	G	A	4984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.312;SC=AGGGCAGGCCGCCTTTCTCTT;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=158;TCR=97;TR=206;WE=76410879;WS=76410861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,213:0.81:263
chr17	76411154	rs3833108	T	TG	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.674;NF=1;NR=17;PP=584;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AGGGTGTGGCTGGGGGCCCAG;SOR=0.162;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=18;WE=76411162;WS=76411144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr17	76421360	rs143392722	TTTATC	T	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.489;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,33:0.14:232
chr17	76421464	rs35422926	C	T	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,94:0.17:540
chr17	76421467	rs36119275	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,95:0.17:545
chr17	76421709	rs8069521	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGGGAACGACCGGGCCTTGGC;SOR=0.381;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=15;WE=76421717;WS=76421699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr17	76422473	rs4969188	T	C	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.121;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=18;PP=1575;ReadPosRankSum=-2.098;SC=GGGTGTGGGGTGTGCCGAGCT;SOR=0.159;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=110;TCF=91;TCR=19;TR=88;WE=76422481;WS=76422463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,95:0.81:118
chr17	76422933	rs72914891	G	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr17	76423097	rs2271613	G	A	6216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.002;SC=CGACTACCACGTAGGGGGTCT;SOR=0.703;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=303;TCF=148;TCR=155;TR=249;WE=76423105;WS=76423087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,270:0.82:329
chr17	76424482	rs651806	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=9;PP=1571;SC=ACCCAAGCCCAAGGCTGGGGC;SOR=3.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=72;WE=76424490;WS=76424472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	76424502	rs691674	C	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CAGAGTGTACCTCACCAGCAA;SOR=0.727;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=31;WE=76424510;WS=76424492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
chr17	76425176	rs691094	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,21:0.16:135
chr17	76425480	rs666463	A	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=7.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr17	76425490	rs1709752	TG	CA	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=9.852;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr17	76433685	rs2289757	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=550;ReadPosRankSum=0.502;SC=AGGCCGTGGCATGGGATGGGG;SOR=2.237;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=29;WE=76433693;WS=76433679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr17	76433898	rs12941494	T	C	8089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.42;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	76433898	.	TG	CA,CG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15,113;NR=23,137;PP=192,2962;QD=6.45968091743;SC=CGTGCTGTAGTGCTCCAGCTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=251;TCF=114;TCR=137;TR=38,250;WE=76433907;WS=76433888;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.15:251
chr17	76433899	rs61742072	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,44:0.16:274
chr17	76449505	rs2289751	G	C	11041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=236;PP=2965;SC=CAATGAGCAAGGTGTCCCCTT;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=167;TCR=236;TR=403;WE=76449513;WS=76449495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr17	76451921	rs8069561	A	G	7270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=139;PP=2965;SC=CGACCAGCCTAAAGTGGGATG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=114;TCR=140;TR=253;WE=76451929;WS=76451911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	76456352	rs623336	T	C	9864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=202;PP=2965;SC=GGAAGGAAGATGGACAGGAGA;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=155;TCR=202;TR=357;WE=76456360;WS=76456342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	76456403	rs148454093	C	CGTGCATGTGT,CGTGCATGTGTGTGCATGTGT	2854.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;QD=50.98;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,41:0.27,0.73:56
chr17	76457559	rs692529	T	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=4;PP=1164;SC=TGACCACACGTGGAAGCCCAG;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=76457567;WS=76457549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	76457910	rs640292	G	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=800;SC=CGTGTCTTACGACTCCCAGTG;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=76457918;WS=76457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	76462770	rs691225	G	A	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=137;PP=2965;SC=GGAAGCGGGCGCTGACGGACA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=163;TCR=137;TR=299;WE=76462778;WS=76462760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
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chr17	76468908	rs55955947	G	A	10876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=251;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TTGTGCCCCAGCTCCACCCAG;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=571;TCF=264;TCR=307;TR=469;WE=76468916;WS=76468898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,486:0.82:594
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chr17	76471366	rs61746438	G	A	4545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=76;PP=2839;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TCACCTTGAGGTCGGGGATCC;SOR=0.936;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=181;WE=76471374;WS=76471356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,194:0.82:237
chr17	76471679	rs999430	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=687;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CCACTCGGATGTCGATAATGC;SOR=0.098;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=34;WE=76471687;WS=76471669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
chr17	76472768	rs7405830	G	A	4697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.321;SC=AAAGGCGGACGAGGTCCAGTG;SOR=1.001;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=93;TCR=135;TR=188;WE=76472776;WS=76472758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,196:0.82:239
chr17	76472855	rs4969207	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=994;ReadPosRankSum=-1.776;SC=TCAGCTGTTACGAAGGCGAGC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=45;WE=76472863;WS=76472845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr17	76475067	rs56372780	A	G	4494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CAGGCACTGGACCGTAAGGCA;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=158;TCR=70;TR=172;WE=76475075;WS=76475057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,182:0.76:239
chr17	76475574	rs78514572	C	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,68:0.25:267
chr17	76480848	rs12952246	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=252;SC=ACACCAGTCCTGCCCTACTGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=76480856;WS=76480840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	76481180	rs74001373	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=55;PP=1409;ReadPosRankSum=0.233;SC=TAGGTAGGGAGGGGCGCTACC;SOR=1.479;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=61;WE=76481188;WS=76481170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr17	76481608	rs11077370	A	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=14;PP=1563;SC=CCGGGTAGGCAGGGCGTGGCC;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=76481616;WS=76481598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	76481693	rs11872051	C	G	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=118;PP=2965;SC=GGTAGTTGTCCGTGTTCAGGC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=182;TCR=118;TR=300;WE=76481701;WS=76481683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	76481997	rs12944880	T	C	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=39;PP=2584;SC=CACCGATTCCTGCCTCTAAAT;SOR=1.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=122;WE=76482005;WS=76481987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	76482256	rs691142	A	G	10144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=164;PP=2965;SC=CCAGCTAAGCAGGATGCTGAG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=195;TCR=164;TR=359;WE=76482264;WS=76482246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr17	76482432	rs691151	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,88:0.19:471
chr17	76482435	rs61743860	C	T	8994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGTACAGAATCGTTTGGATCA;SOR=0.449;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=466;TCF=210;TCR=256;TR=382;WE=76482443;WS=76482422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,384:0.82:471
chr17	76491127	rs691652	TG	CC	10788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=122;PP=2947;SC=CCCTCGGCCATGAGCATGATC;SOR=1.065;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=218;WE=76491136;WS=76491117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	76495050	rs691291	C	T	10357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=150;PP=2965;SC=ACGAGCCAGTCACCCGACGTG;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=221;TCR=150;TR=371;WE=76495058;WS=76495040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr17	76496350	rs35901117	A	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,57:0.18:323
chr17	76496361	rs34124297	C	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,62:0.17:355
chr17	76496492	rs2028734	A	G	10279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=203;PP=2965;SC=CGGGGCCGGCAGGGGCTCCAC;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=154;TCR=203;TR=357;WE=76496500;WS=76496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	76496577	rs2028735	C	T	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=127;PP=2965;SC=TGTGTGCCAGCGACCCCATGG;SOR=1.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=73;TCR=128;TR=200;WE=76496585;WS=76496567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	76497778	rs671899	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,16:0.14:116
chr17	76497920	rs690844	C	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,104:0.17:622
chr17	76498346	rs141632101	CCTT	C	5983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.879;NF=40;NR=62;PP=2964;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGTAAATTCTCCTTCTTTTCA;SOR=0.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=102;WE=76498356;WS=76498336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,152:0.78:194
chr17	76498393	rs73380870	A	G	3629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.649;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,178:0.75:238
chr17	76498406	rs930572	A	G	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.407;QD=18.78;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,225:0.81:279
chr17	76498692	rs930571	C	T	13629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=254;NR=229;PP=2965;SC=GTTATAATCTCTGATAGCGTT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=483;TCF=254;TCR=229;TR=483;WE=76498700;WS=76498682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
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chr17	76506607	rs867654	G	A	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=2368;ReadPosRankSum=-0.834;SC=AAAAAATCCAGGCAGGATTCA;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=139;WE=76506615;WS=76506597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,145:0.81:178
chr17	76521057	rs62075876	C	T	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=57;PP=2779;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TGCAGAATCCCGGGCCCCACC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=143;TCR=77;TR=165;WE=76521065;WS=76521047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,171:0.75:227
chr17	76521121	rs17729253	T	C	7480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GCTCCTTCAGTAGGCGGACCT;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=220;TCR=182;TR=311;WE=76521129;WS=76521111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,324:0.78:415
chr17	76521291	rs62075877	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=53;PP=1134;ReadPosRankSum=0.564;SC=CCCTCAGCGGTGCCCCACCCC;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=73;WE=76521299;WS=76521281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr17	76521308	rs62075878	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1158;ReadPosRankSum=0.953;SC=CCCCACTCCCCGACGTTCTGC;SOR=0.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=59;WE=76521316;WS=76521298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr17	76521349	rs75793624	C	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr17	76522785	rs61744544	C	T	3308.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=76;PP=2105;ReadPosRankSum=1.520;SC=CGGGGCCTCGCGCCTGAACCT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=138;WE=76522793;WS=76522775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,144:0.88:164
chr17	76522837	rs74965213	A	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1625;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AGAAGAGTGCAAAGTACAGAG;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=86;WE=76522845;WS=76522827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,90:0.86:105
chr17	76523191	rs62075880	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=1.564;SC=AGGGGCCGGCGCGGTGGCTCA;SOR=2.115;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=18;WE=76523199;WS=76523181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr17	76523234	rs62075881	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GGAGGCTGAGATGGAAGGATC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=76523242;WS=76523224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr17	76525475	rs884714	T	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=3;PP=1296;SC=ATGGTTGCGTTTGATGGGCTG;SOR=4.534;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=76525483;WS=76525465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	76525565	rs4273108	A	G	7678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=93;PP=2965;SC=TGCAGCTTCAAGTGGATCTCC;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=176;TCR=94;TR=269;WE=76525573;WS=76525555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	76525805	rs4969212	C	G	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=155;PP=2965;SC=ATTTGTGTGGCCCCAGCCCCC;SOR=2.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=59;TCR=156;TR=213;WE=76525813;WS=76525795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	76525864	rs4597380	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr17	76528591	rs11868065	C	T	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=19;PP=1237;SC=CCAGGGTGGGCGGTGTCTTGG;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=76528599;WS=76528581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	76528790	rs11651537	A	G	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=47;PP=1748;SC=CCTCATCTCTATGAGGTCTGT;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=76528798;WS=76528780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	76528831	rs11077379	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=44;PP=1701;SC=GAAAGGGGCAGGGGAGAAGCA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=76528839;WS=76528821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	76533269	rs111781371	A	AAAAG	2846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.81;QD=36.97;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	76535759	rs7220871	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=748;SC=CTAGAAACTATAGATTCTAAC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=76535767;WS=76535749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	76535948	rs7221209	T	C	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=99;PP=2965;SC=CTGCCCTGAATAGTTCTGCGT;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=175;WE=76535956;WS=76535938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	76554114	rs62075923	A	G	9684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=220;NR=102;PP=2965;SC=ACATCTCTGAAACACACAAAC;SOR=1.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=222;TCR=103;TR=322;WE=76554122;WS=76554104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	76554147	rs4969171	A	G	13924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=307;NR=207;PP=2965;SC=AAACCAAAACAATACAAAGCT;SOR=1.181;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=515;TCF=307;TCR=208;TR=514;WE=76554155;WS=76554137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr17	76557862	rs894966	T	C	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=104;PP=2965;SC=CCAGGCTCCATTTGAGCTGCC;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=158;TCR=105;TR=262;WE=76557870;WS=76557852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	76558159	rs2376587	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=41;PP=973;SC=TCTTCAGGAGTGAGAGAATGT;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=76558167;WS=76558149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	76563297	rs117345200	C	T	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=87;PP=2357;ReadPosRankSum=0.475;SC=ACCCAACTCACGGGTCCAGTT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=131;WE=76563305;WS=76563287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,138:0.81:171
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chr17	76567332	rs12949510	C	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=1014;ReadPosRankSum=0.838;SC=CAGCTTCGTGCAGAACTCATG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=47;WE=76567340;WS=76567322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,51:0.88:58
chr17	76567707	rs894968	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=63;PP=2710;SC=AGCAGCCGAGTGTCCCAGAAC;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=168;WE=76567715;WS=76567697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	76567883	rs4969148	G	C	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=83;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TGGAAGGTTGGGGCATTGCTC;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=148;WE=76567891;WS=76567873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,157:0.78:201
chr17	76567910	rs4969149	G	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=59;PP=1468;ReadPosRankSum=-1.382;SC=CGACACACACGTGGGTCCCAC;SOR=0.292;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=91;WE=76567918;WS=76567900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,97:0.78:124
chr17	76672002	rs1126607	T	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=34;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CAGTGATAACTGCCCACCCTT;SOR=0.839;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=102;WE=76672010;WS=76671992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,105:0.78:134
chr17	76794774	rs3744799	T	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=48;PP=1152;ReadPosRankSum=0.705;SC=ATGACCCCTGTGCACGGCGAC;SOR=0.454;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=58;WE=76794782;WS=76794764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,60:0.85:71
chr17	76794981	rs2279308	A	G	7689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.441;SC=TCAGCATCACACATCATACCT;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=413;TCF=230;TCR=183;TR=327;WE=76794989;WS=76794971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,338:0.79:426
chr17	76798548	rs71964596	TTTTTTC	T	2528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.776;QD=30.84;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr17	76799795	rs1057040	G	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1409;ReadPosRankSum=0.512;SC=TGTGGGAGGCGCGTCTCTGAG;SOR=0.782;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=86;WE=76799803;WS=76799785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,92:0.82:112
chr17	76799860	rs3088040	T	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.893;SC=AGAGGGGCTCTGGGGGGGCTC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=90;WE=76799868;WS=76799850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,97:0.77:126
chr17	76799898	rs9302885	A	G	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GGTGTGGAAGAGACACAAGGT;SOR=0.817;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=116;WE=76799906;WS=76799888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,125:0.78:161
chr17	76803263	rs35820493	G	A	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=2625;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGGTGGAGTCGCTGCTGGCCG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=144;WE=76803271;WS=76803253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,151:0.78:194
chr17	76817090	rs3744793	C	T	6995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=TCCAGCGCGACGTCCAAGTAG;SOR=0.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=192;TCR=182;TR=292;WE=76817098;WS=76817080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,300:0.78:385
chr17	76823101	rs187688071	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.211;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr17	76832133	rs900349	T	C	265.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=0.809;SC=AATATTTAAGTCCATCCACTT;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=76832141;WS=76832130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	76867185	rs55743137	G	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1055;SC=ACAACCTGTAGCTGGGGTACA;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=76867193;WS=76867175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	76970879	rs3744166	A	G	9510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=181;PP=2965;SC=ACTGGACCTCATCCAGCATGA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=164;TCR=182;TR=345;WE=76970887;WS=76970869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	76973339	rs1113032	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr17	76993546	rs8077024	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,42:0.26:164
chr17	77021967	.	CCAT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr17	77039835	rs4789924	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,45:0.18:248
chr17	77039852	rs4789854	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,53:0.18:297
chr17	77039988	rs143334812	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,85:0.18:467
chr17	77042718	rs11077409	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,60:0.23:262
chr17	77043574	rs11077410	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr17	77044218	rs3833103	T	TGCTGACCCCAGGGCTCAGCACCAG	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,11:0.13:82
chr17	77081202	.	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.278;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr17	77088790	rs11286198	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr17	77089515	rs4789891	G	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=1.354;SC=CTGCACGGAGGGCCCAAGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=77089523;WS=77089507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	77089630	rs371204042	GA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr17	77093255	rs147472360	TC	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=8.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.793;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr17	77102966	rs36122090	T	TC	2340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1705;SC=GGCCAGATTCTCCCCACCCTT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=43;WE=77102974;WS=77102956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	77707277	rs188386728	G	T	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=58;PP=2670;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GGTCCATCCCGCCGCCCTCTG;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=126;TCR=70;TR=163;WE=77707285;WS=77707267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,169:0.84:202
chr17	77751983	rs71368052	C	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=829;SC=GCGCGGCGGTCCGGGCGGGTG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=77751991;WS=77751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	77758484	rs3751956	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,78:0.20:399
chr17	77769935	rs201923015	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,115:0.79:146
chr17	77809591	.	GC	G	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=2.076;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,45:0.27:165
chr17	77811854	rs2289728	G	A	515.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGCCTGACGTAGTCCCTGA;SOR=1.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=22;WE=77811862;WS=77811844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr17	77914561	rs2241950	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.768;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr17	77914562	rs62076647	C	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=900;ReadPosRankSum=0.045;SC=AGGTTTCTACCGTCCCCTGTC;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=29;WE=77914570;WS=77914556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr17	77923478	rs894858	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=1.362;SC=TTTCCTCCGCGGCTCGGCGGG;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=15;WE=77923486;WS=77923468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr17	77987289	.	G	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=81;PP=2262;ReadPosRankSum=-1.034;SC=CCGGGGGTGAGGGTCAGGAGG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=133;WE=77987297;WS=77987279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,138:0.85:162
chr17	78010548	rs3752041	C	A	6597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.217;SC=TCTCCGTTCACCGCTCCAGGT;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=190;TCR=142;TR=274;WE=78010556;WS=78010538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,285:0.83:343
chr17	78013724	rs2289527	G	C	6651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=117;PP=2965;SC=AGGGGGAGGTGGAGACAGAAG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=123;TCR=117;TR=240;WE=78013732;WS=78013714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	78022378	rs2289530	C	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.652;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=997;ReadPosRankSum=0.488;SC=GTCTCTCCCCCCAGTGATCCC;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=55;WE=78022386;WS=78022368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr17	78024094	rs2289533	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=80;SC=TAAGGCAACCCGGCAGCCCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=78024102;WS=78024084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	78032915	rs11654770	C	T	1382.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=46;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CTGCAAACATCGGGCCCTCCC;SOR=1.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=51;WE=78032923;WS=78032905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,51:0.88:58
chr17	78039469	rs56126512	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	78041579	.	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=566;ReadPosRankSum=0.189;SC=TGACAGTCACGCCCCCGGCAG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=36;WE=78041587;WS=78041569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr17	78055758	rs35578653	T	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,70:0.21:326
chr17	78059889	rs60684213	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,39:0.20:199
chr17	78061317	rs11150839	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr17	78061353	rs11150840	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=-1.558;SC=GCCTGCGGGCGAGGACCCGTA;SOR=0.187;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=19;WE=78061361;WS=78061343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr17	78064064	rs7207166	G	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-9.045;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.297;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,49:0.14:343
chr17	78064096	rs374493149	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.037;NF=120;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=5.618;SC=GGACGCGCGCAGGCACGTGCA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=149;TCR=147;TR=237;WE=78064104;WS=78064086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr17	78069324	rs1561810	C	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=3.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,46:0.17:274
chr17	78070996	rs72849388	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,26:0.17:154
chr17	78071052	rs12952612	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,65:0.19:338
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chr17	78157995	rs4889990	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,27:0.15:186
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chr17	78171944	rs2066964	G	C	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=60;PP=2325;SC=CCCCTGGAAGGCTTGATGTCT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=118;WE=78171952;WS=78171934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	78184393	rs7503034	C	T	6419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.128;SC=CTGAGCAAAGCGCGGGTCGGT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=172;TCR=154;TR=259;WE=78184401;WS=78184383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,277:0.81:343
chr17	78184679	rs9894254	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=9.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.357;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,36:0.13:272
chr17	78187720	rs35087113	A	G	9520.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.950;SC=CTTAGAACAGACAGACCGGGG;SOR=0.959;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=177;TCR=84;TR=213;WE=78187730;WS=78187710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,229:0.84:273
chr17	78187721	rs34029730	CAG	C	9511.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.902;NF=81;NR=71;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TTAGAACAGACAGACCGGGGG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=152;WE=78187730;WS=78187710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,231:0.83:277
chr17	78187795	rs141802955	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.861;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,90:0.16:575
chr17	78187954	rs6565647	A	G	8223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=161;PP=2965;SC=CCTGAAACACAGGAGGGGCCG;SOR=1.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=282;WE=78187962;WS=78187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr17	78188963	rs4889839	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.12;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,34:0.11:297
chr17	78191030	rs9900502	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,45:0.19:240
chr17	78191036	rs9900509	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,44:0.18:240
chr17	78193831	rs4889841	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=385;SC=TCCTCCAGCCTTTGCTGCCCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=78193839;WS=78193821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	78195772	rs12946329	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GCCTGTTTGGCACACACAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=16;WE=78195780;WS=78195762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr17	78196742	rs5822330	T	TGTG	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=43.64;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	78201554	rs6565652	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=21;PP=1622;SC=AGCAGCAGGATGCTTGAGTCA;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=78201562;WS=78201544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	78201783	rs6565653	T	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=81;PP=2560;SC=GGCTGACATCTTATGCAACCT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=150;WE=78201791;WS=78201773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	78210944	rs8070283	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=52;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CTGAGGCTGCGGTGGCCCCTG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=66;WE=78210952;WS=78210934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,67:0.92:73
chr17	78215441	rs12943906	A	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=866;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AATATTTTAGATGTGTATTCT;SOR=1.217;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=41;WE=78215449;WS=78215431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr17	78215566	rs12942462	T	G	7018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TTGGTTCCCTTTAGCATCTCA;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=203;TCR=174;TR=297;WE=78215574;WS=78215556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,310:0.79:392
chr17	78219065	rs7406843	C	A	8938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=1.971;SC=GGTGAGTGACCTGTCCGCCTC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=468;TCF=214;TCR=254;TR=363;WE=78219081;WS=78219055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,379:0.78:487
chr17	78219100	rs7406844	C	T	7504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GTTGGACGCCCTAACGTTGTT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=153;TCR=225;TR=302;WE=78219108;WS=78219090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,313:0.80:390
chr17	78219908	rs34818744	T	C	13482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=269;PP=2962;ReadPosRankSum=1.138;SC=GAGGTCTCCCTTTTCCCGGCC;SOR=0.524;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=682;TCF=363;TCR=319;TR=563;WE=78219916;WS=78219898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,570:0.83:690
chr17	78221887	rs113361368	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr17	78222280	rs7209848	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr17	78222565	rs7214131	A	G	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=55;PP=2025;SC=CCCTGTCCCCAACGCTCTCCA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=120;WE=78222573;WS=78222555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	78222661	rs9904116	C	T	712.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=569;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GGGTGGTGGCCCCCCACATAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=25;WE=78222669;WS=78222651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr17	78223103	rs8064518	C	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=1038;ReadPosRankSum=0.762;SC=GTGCACTGGGCTGCCTTAGGG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=63;WE=78223111;WS=78223093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,66:0.85:78
chr17	78225055	rs8078855	G	T	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=50;PP=2571;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TGAGATGGCAGGTCTACCAGG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=136;TCR=62;TR=158;WE=78225063;WS=78225045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,156:0.79:198
chr17	78261805	rs7215243	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,34:0.22:157
chr17	78291174	rs117627863	C	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,27:0.22:122
chr17	78292945	rs6565666	G	A	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=29;PP=2397;SC=GCACTGGAGCGCTGCATCCGA;SOR=2.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=117;WE=78292953;WS=78292935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	78298938	rs6565674	A	G	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=103;PP=2965;SC=GGACAACTTCAATGACATTTT;SOR=1.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=174;WE=78298946;WS=78298928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr17	78305871	rs10782008	G	A	9015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=154;PP=2965;SC=AAATGACACCGTGACAGTGAG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=154;TCR=154;TR=308;WE=78305879;WS=78305861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr17	78306102	rs9913636	G	C	11339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=219;NR=173;PP=2965;SC=CCTTGAGCTTGAAGAGGTGTA;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=219;TCR=173;TR=392;WE=78306110;WS=78306092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr17	78306280	rs8074015	A	G	7686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=148;PP=2965;SC=GACCACCAGGACCAAAGAGAT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=112;TCR=148;TR=260;WE=78306290;WS=78306270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	78306308	rs9908287	C	G	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=114;PP=2965;SC=AGGACCGAGTCGAACAGATCA;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=187;WE=78306316;WS=78306298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	78308136	rs11658902	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=450;SC=ACTGTGTGGCGTTCCTAAACT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=78308144;WS=78308126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	78311360	rs7211876	C	T	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=22;PP=1722;SC=AACCGTGGCCCGTGTTCTCTC;SOR=1.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=78311368;WS=78311350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	78311508	rs4890009	G	A	8368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=86;PP=2965;SC=TGATCCAGGCGCCCAAAGGTG;SOR=1.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=188;TCR=86;TR=274;WE=78311516;WS=78311498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	78319136	rs9674961	G	A	12198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=200;NR=232;PP=2965;SC=GATGCCATCAGTCACTTGACT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=433;TCF=200;TCR=233;TR=432;WE=78319144;WS=78319126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr17	78319380	rs4890012	G	C	10668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=177;PP=2965;SC=GTGGGATCCCGGTTATCATCA;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=373;TCF=196;TCR=177;TR=373;WE=78319388;WS=78319370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr17	78323445	rs35993981	T	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=1126;SC=TTGGATTCTGTGCCGTTGTGT;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=78323453;WS=78323435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	78323757	rs7223115	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=777;SC=GCCGCAGCCGTGTGGCTTCTG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=78323765;WS=78323747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	78324048	rs9944443	T	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=8;PP=539;SC=GAATTTTCTTTTCCATTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=78324056;WS=78324038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	78327358	rs7216493	G	A	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=68;PP=2965;SC=AGGCGATGGAGACGGAGGCCA;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=154;WE=78327366;WS=78327348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	78332396	rs9915562	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=50;PP=1425;SC=CAACGTTGACATGGGTGCTTT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=78332404;WS=78332386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	78333840	rs8067292	T	C	7984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=115;PP=2965;SC=CCTCTTCTTATCATCCCTCAC;SOR=1.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=161;TCR=115;TR=276;WE=78333848;WS=78333830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	78348494	rs6565681	A	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=47;PP=1399;SC=CCACTGATGCAGCCCATCACG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=78348502;WS=78348484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	78354661	rs4889848	C	T	11267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=182;PP=2965;SC=AGACCGGCCACGTGCTGGGCA;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=229;TCR=182;TR=411;WE=78354669;WS=78354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr17	78362300	rs6565683	A	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=15;PP=1219;SC=AGGGATACACAGGGCAGCGCG;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=78362308;WS=78362290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	78396091	rs9907097	C	G	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=82;PP=2809;SC=TGGGGAAGAGCGGGGGGAGAG;SOR=1.362;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=133;WE=78396099;WS=78396081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	78401588	rs8065290	G	T	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=87;PP=2580;SC=CAGGCGCTGCGGCGCTCCTGG;SOR=2.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=117;WE=78401596;WS=78401578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	78444658	rs12943620	T	G	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1472;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGGTGGCCCCTCCGTAGATCT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=99;WE=78444666;WS=78444643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,103:0.82:125
chr17	78444679	rs28364735	T	C	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1824;ReadPosRankSum=1.575;SC=CGATGTGGGATTCAGCCCAGG;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=106;WE=78444687;WS=78444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,112:0.79:142
chr17	78445702	rs1131609	A	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=2228;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ACAAAAGGCAACTTGGCCACC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=140;WE=78445710;WS=78445692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,146:0.76:191
chr17	78449948	rs144443274	C	T	13633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CCGGGCCTCGCCGGCTCCGGG;SOR=0.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=667;TCF=319;TCR=348;TR=537;WE=78449956;WS=78449938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,555:0.81:681
chr17	78599562	rs17848685	C	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=847;ReadPosRankSum=0.206;SC=TGGTGAAGACCACGCCCTGTG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=57;WE=78599570;WS=78599552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,63:0.78:81
chr17	78617439	rs6565469	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=18;PP=1087;SC=CTTTGAAGTGTGTTATATAAG;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=78617447;WS=78617429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	78681590	rs2306690	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,21:0.19:113
chr17	78765219	rs4969429	A	G	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=51;PP=2965;SC=TGTTCCATTCATGCCGTTCAC;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=116;TCR=51;TR=167;WE=78765227;WS=78765209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr17	78820212	rs3829572	G	A	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=85;PP=2965;SC=GGCAGGGGTGGGCAAGACCAG;SOR=1.313;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=153;TCR=85;TR=237;WE=78820220;WS=78820202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	78820329	rs3751945	C	T	11855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TCACCATGGGCGTGGAGAACC;SOR=0.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=208;TCR=226;TR=433;WE=78820337;WS=78820319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,453:1.00:454
chr17	78829375	rs12943041	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
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chr17	78854223	rs2289759	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,106:0.21:508
chr17	78854316	rs2289760	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,49:0.24:204
chr17	78854351	rs117841134	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=66;PP=1470;ReadPosRankSum=1.120;SC=CTGCCCACACGCTGCACTGCG;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=16;TCR=91;TR=77;WE=78854359;WS=78854341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr17	78859004	rs2016817	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.055;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr17	78866811	.	T	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr17	78896488	rs2271602	C	T	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=904;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:716,182:0.20:898
chr17	78896529	rs2271603	C	T	17389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=336;NR=401;PP=2962;ReadPosRankSum=0.927;SC=CCTAGGCCACCGTGAACGCCC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=949;TCF=440;TCR=509;TR=737;WE=78896537;WS=78896519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,753:0.78:964
chr17	78897547	rs7217786	C	T	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=83;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.354;SC=ATGGCCTCAGCCTCAGGCTGC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=16;TCR=94;TR=97;WE=78897569;WS=78897537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,98:0.88:112
chr17	78897561	rs6565491	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=70;PP=1973;SC=AGGCTGCTCACATCACCATGG;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=77;WE=78897569;WS=78897537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	78914245	rs17848659	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,36:0.17:218
chr17	78921117	rs4969231	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=70;PP=2242;ReadPosRankSum=1.554;SC=AGTATCTGAACGGCCAGGACT;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=119;WE=78921125;WS=78921107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr17	78938204	rs3751936	G	C	5572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.797;SC=GGGGCACGGGGCGTCGGCTGC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=76;TCR=179;TR=210;WE=78938212;WS=78938194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,216:0.82:262
chr17	78972326	rs10871491	A	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1502;SC=GGCCGTGGGCAAGCCCTGCTG;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=78972334;WS=78972316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	79004893	rs11548824	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:550,125:0.19:675
chr17	79006850	rs11870986	T	C	17584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=304;NR=327;PP=2965;SC=GCAGGCCAGCTCAGGAAGTAA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=631;TCF=304;TCR=327;TR=631;WE=79006858;WS=79006840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr17	79007075	rs11150764	C	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.767;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,23:0.16:146
chr17	79009153	rs8073224	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,31:0.14:215
chr17	79010519	rs113714895	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,16:0.17:95
chr17	79010533	rs4969350	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,25:0.19:130
chr17	79010839	rs6565527	A	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=81;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ACCGGGCAGTAGGCCTTCACC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=8;WE=79010847;WS=79010829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr17	79031825	rs9898347	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-1.847;SC=GGCAGCTCTGGGGCCCTGTCC;SOR=0.869;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=10;WE=79031833;WS=79031815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	79059230	rs8080815	C	T	12184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=248;NR=212;PP=2965;SC=TGTTTGGAGGCGAGATTGTCC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=249;TCR=213;TR=460;WE=79059238;WS=79059220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr17	79059376	rs148844869	G	A	6589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.390;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.146;SC=GTGCCCATCCGCTCTAGCCCT;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=352;TCF=174;TCR=178;TR=275;WE=79059384;WS=79059366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,285:0.79:360
chr17	79060474	rs41292398	C	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=342;SC=GACAGCAGCCCCCCAGGTGCG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=79060482;WS=79060464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	79072011	rs72634327	A	G	10126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=183;PP=2965;SC=TCATACAACAAGCCCTGCACC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=171;TCR=183;TR=354;WE=79072019;WS=79072001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr17	79077957	rs34057293	T	C	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=125;PP=2965;SC=ACGTGCCTCCTCAGACCCTAC;SOR=1.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=56;TCR=125;TR=181;WE=79077965;WS=79077947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	79077980	rs57792378	A	C	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=93;PP=2692;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TCATGCCACAACCCTCAATAG;SOR=1.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=25;TCR=94;TR=118;WE=79077988;WS=79077970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr17	79082862	rs11664	G	A	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=139;PP=2965;SC=GGTCTCGTCCGTTTTCCTCCT;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=198;TCR=140;TR=337;WE=79082870;WS=79082852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr17	79089428	rs12450670	A	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=8;PP=1039;SC=AAAGCAGCGTATATTGTCTGT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=79089436;WS=79089418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	79090198	rs62073016	C	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=31;PP=916;SC=TGGGGCTCTCCTGGGCCCCTC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=79090206;WS=79090188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	79093142	rs144250320	C	CCGCGTGCCCTACCTCT	3230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=9;PP=900;SC=GCCCTGCCTCCCGCGTGCCCT;SOR=2.191;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=40;WE=79093150;WS=79093132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	79093427	rs62073018	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=1030;SC=CCTGGGACCCCGGCCCGGCCC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=79093435;WS=79093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	79093822	rs36000545	A	G	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=94;PP=2965;SC=CCCCCTAAGGAACGTAGGGGG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=202;WE=79093830;WS=79093812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	79095144	rs8073904	G	A	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=103;PP=2965;SC=AGGTGGCCTCGGCCGTGTCCT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=118;TCR=103;TR=221;WE=79095152;WS=79095134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	79095629	rs7503604	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,33:0.15:216
chr17	79096053	.	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=479;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CAGAGTCGTCGTCCTGGTCCG;SOR=0.926;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=39;WE=79096061;WS=79096043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr17	79096115	rs61738821	C	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1589;ReadPosRankSum=1.307;SC=TCGTGGCCGGCGGCGGGTGCG;SOR=0.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=93;WE=79096123;WS=79096105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,97:0.87:112
chr17	79096645	rs72854175	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=77;PP=2092;ReadPosRankSum=0.818;SC=TCCCCCGGGGGCCACGTCAGA;SOR=1.008;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=45;TCR=91;TR=113;WE=79096653;WS=79096635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,117:0.85:138
chr17	79098838	rs141491493	GGCAGGGTGA	G	2452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=42;PP=2988;SC=CAGGGGCAGGGGCAGGGTGAG;SOR=1.692;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=46;WE=79098854;WS=79098828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	79102193	rs66762502	TAGG	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=1.183;SC=GGGTGGCTCCTAGGAGGAGCA;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=3;WE=79102203;WS=79102183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,4:0.14:28
chr17	79105850	rs4969253	T	C	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=90;PP=2313;SC=ATGTAGAGGCTGCACCTGTAT;SOR=1.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=136;WE=79105858;WS=79105840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	79106575	rs11650662	C	T	6812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=2.809;SC=GGGAGCCCAGCGCAGGTCCCC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=140;TCR=203;TR=285;WE=79106589;WS=79106565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,292:0.83:350
chr17	79108141	rs4969397	A	G	14382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=312;NR=193;PP=2965;SC=GGATCCCACGACAGCTCCCGC;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=505;TCF=312;TCR=193;TR=505;WE=79108149;WS=79108131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr17	79108318	rs11658145	T	C	4104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=123;PP=2860;ReadPosRankSum=0.951;SC=GAGAGCAGTGTGGTGAGAGTG;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=49;TCR=146;TR=166;WE=79108326;WS=79108308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,171:0.86:199
chr17	79108344	rs55660414	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,18:0.14:130
chr17	79140505	rs12946891	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
chr17	79155017	rs7209980	C	G	10401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=225;PP=2962;ReadPosRankSum=0.265;SC=CCTATCCACCCAGGACCAGGA;SOR=0.620;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=584;TCF=302;TCR=282;TR=468;WE=79155025;WS=79155007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,456:0.80:571
chr17	79155116	rs906180	A	G	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=1.257;SC=TGCTGCCCACAGACATGAGAC;SOR=1.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=138;TCR=224;TR=360;WE=79155124;WS=79155106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,390:0.99:392
chr17	79163649	rs2292182	G	A	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=2428;ReadPosRankSum=0.295;SC=GCAGCCTGCAGCACACCCACA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=151;WE=79163657;WS=79163639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,165:0.81:204
chr17	79164390	rs112626893	G	A	596.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=-1.420;SC=GGTCCTGCCCGCTCCCCTGCC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=23;WE=79164398;WS=79164388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr17	79164950	rs79050108	G	C	6483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GCCTCAGCTCGTGGGCCTCCC;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=136;TCR=155;TR=247;WE=79164958;WS=79164940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,254:0.84:301
chr17	79165171	rs869370	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,67:0.24:278
chr17	79165225	rs113931593	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=49;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GGGCTCCAGGCTCTGAGCCAC;SOR=1.660;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=11;TCR=67;TR=56;WE=79165233;WS=79165215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr17	79166103	rs870187	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr17	79166201	rs2279916	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,88:0.78:113
chr17	79166384	rs3744150	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=912;ReadPosRankSum=2.134;SC=CTTCCAGCTCCGCCCGCTGCC;SOR=0.784;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=59;WE=79166392;WS=79166374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr17	79166467	rs3833101	AG	A	690.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.89;ReadPosRankSum=-2.222;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr17	79166473	rs3744149	C	T	729.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.18;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr17	79168693	.	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,18:0.15:121
chr17	79168912	rs143947172	C	CACACATGCCAGCTCCAG	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.36;MQRankSum=0.572;NF=0;NR=6;PP=2962;ReadPosRankSum=0.531;SC=TGCCCCGAGACAGAGCCACTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=79168920;WS=79168902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr17	79169552	rs79578325	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=406;ReadPosRankSum=1.930;SC=CTCCAAGTCCGGTCCTGTTCT;SOR=0.136;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=20;WE=79169560;WS=79169549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr17	79169641	rs61741559	G	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=20;PP=1485;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TCACCAGCTCGTGCTGCGCCT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=80;WE=79169649;WS=79169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,84:0.71:119
chr17	79169837	rs79037566	G	C	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=117;PP=2535;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CAGCCTCCGAGGGAGGCTAAC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=83;TCR=145;TR=184;WE=79169845;WS=79169827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,193:0.82:235
chr17	79170578	rs4613097	C	T	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1834;ReadPosRankSum=-1.449;SC=CGGCTCAGCGCCTTCTCTGTC;SOR=0.477;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=117;WE=79170586;WS=79170568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,121:0.75:162
chr17	79171805	rs7225364	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	79171967	rs2659016	A	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=33;PP=1917;SC=GCGGGGCAGCACGTCCGGCTC;SOR=1.550;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=112;WE=79171975;WS=79171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	79173184	rs2659015	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=34;PP=2413;SC=CTCTCACCAGTATTGTTGGCC;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=111;WE=79173192;WS=79173174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	79173224	rs2725419	T	C	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=73;PP=2965;SC=TGCCGCCTGGTGTGGGGGACA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=177;WE=79173232;WS=79173214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	79174221	rs2466773	T	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=65;PP=1981;SC=ATGGTGACAGTGGCCTGGTTC;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113;WE=79174229;WS=79174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	79180368	.	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.000;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,25:0.20:127
chr17	79180369	rs55844247	C	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-6.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=11;PP=2962;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGCAAGACGCCACCTGGCAGC;SOR=0.271;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=118;TCR=13;TR=105;WE=79180377;WS=79180358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,109:0.80:136
chr17	79180775	rs2256881	A	G	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=36;PP=2965;SC=TCCCATACAGACAGGTGGATG;SOR=1.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=102;TCR=36;TR=137;WE=79180783;WS=79180765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	79182667	rs9896314	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=550;SC=GGAGCAGGCCAGGGTGGGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=79182675;WS=79182657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	79182778	rs62075318	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,32:0.16:202
chr17	79202956	rs2048057	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,59:0.17:357
chr17	79204661	rs12937612	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCAGACACCACAGCCCTGTCC;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=79204669;WS=79204651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	79205421	rs61745945	G	A	8442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.001;SC=AGGAAGGCGCGTGGTCCCCGA;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=424;TCF=212;TCR=212;TR=354;WE=79205429;WS=79205411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,367:0.83:441
chr17	79213141	rs74778772	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGGCGGCCTCCAGGGGGCTGG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=10;WE=79213149;WS=79213131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	79213305	rs2659009	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr17	79213562	rs2255166	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.899;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,31:0.13:232
chr17	79219500	rs10569617	AATG	A	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.276;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.607;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,50:0.16:307
chr17	79220016	rs61740863	T	C	8299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGCCAGTGGCTGCCACCTCCT;SOR=0.383;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=424;TCF=207;TCR=217;TR=358;WE=79220024;WS=79220006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,366:0.84:434
chr17	79220224	rs2725405	G	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.536;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,35:0.18:191
chr17	79226362	rs3803767	G	A	11049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.318;SC=TTCCGCCCGCGTGTCTGGATG;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=553;TCF=280;TCR=273;TR=456;WE=79226370;WS=79226352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,472:0.83:569
chr17	79227075	rs72860029	C	G	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=99;PP=2841;ReadPosRankSum=-0.323;SC=ACTGCACTGCCAAGCAGCTCC;SOR=0.603;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=76;TCR=127;TR=157;WE=79227083;WS=79227065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,164:0.77:212
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chr17	79244950	rs111873357	C	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=57;PP=1415;ReadPosRankSum=1.891;SC=AGGCGTGAGCCGGGAGCAGAG;SOR=1.317;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=84;WE=79244958;WS=79244940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,88:0.79:111
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chr17	79255912	rs7213540	C	T	5836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=1.343;SC=GACCTGGGCACGAGCCTGCTG;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=206;TCR=71;TR=226;WE=79255920;WS=79255902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,229:0.83:275
chr17	79258615	rs80261071	G	A	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.464;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=41;PP=2569;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GGGTGCGGGGGTGGGGGGCAA;SOR=0.258;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=125;TCR=44;TR=148;WE=79258623;WS=79258605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,146:0.88:166
chr17	79258787	rs8077394	A	G	5286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.612;SC=GGGCGATTTCACAGAAACCCA;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=270;TCF=109;TCR=161;TR=220;WE=79258795;WS=79258777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,224:0.82:274
chr17	79268562	rs8064597	A	G	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=36;PP=2009;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGGACGACCCAGCCAGACGCC;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=162;TCF=114;TCR=48;TR=128;WE=79268570;WS=79268552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,130:0.80:163
chr17	79278357	rs11871509	C	G	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CGCACACTCTCACGGAGCCCA;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=195;TCR=112;TR=251;WE=79278365;WS=79278347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,252:0.81:311
chr17	79279017	rs2056439	C	G	5110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.789;NF=43;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.283;SC=GGCCCAGGCACAGCCCCTGAG;SOR=0.343;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=115;WE=79279027;WS=79279007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,128:0.87:147
chr17	79279019	rs3215153	G	GC	5101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.789;NF=14;NR=62;PP=2963;ReadPosRankSum=0.335;SC=CCCAGGCACAGCCCCTGAGGC;SOR=0.343;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=17;TCR=84;TR=76;WE=79279027;WS=79279007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,128:0.87:147
chr17	79288124	rs9891595	C	T	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1554;ReadPosRankSum=1.998;SC=ATTTCCCTCCCCTGCCCTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=100;WE=79288139;WS=79288114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,106:0.79:134
chr17	79288337	rs78567895	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=501;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TGTACCCCCCCCAAGGTGACC;SOR=0.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=33;WE=79288345;WS=79288327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr17	79372928	.	A	AGTGT,AGT	1252.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28,28;NR=28,28;PP=761,1657;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGTGCGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.402;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=56,56;WE=79372939;WS=79372918;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:114
chr17	79372952	rs146560663	T	TGC	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=804;ReadPosRankSum=1.914;SC=TGTGTGTGTGTGCGAGTGTGC;SOR=1.057;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=56;WE=79372963;WS=79372942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,30:0.18:168
chr17	79373203	rs182760976	C	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=5.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=714;ReadPosRankSum=1.151;SC=CCCCGCCACCCGGCCTGGCCG;SOR=1.672;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=34;WE=79373211;WS=79373193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr17	79380614	rs12450346	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=11;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ATGAGGTCGGCGCGGGGTTTG;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=62;WE=79380622;WS=79380604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,61:0.85:72
chr17	79385306	rs146875944	GCCTGCCTGCCTTCCTTCCTT	G	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.075;NF=17;NR=20;PP=1612;ReadPosRankSum=3.852;SC=CTGCCTGCCTGCCTGCCTGCC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=37;WE=79385337;WS=79385296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr17	79386952	rs730209	A	G	8107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=1.748;SC=ACGCTCCCCAACCCCAGAGTG;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=161;TCR=252;TR=336;WE=79386960;WS=79386942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,341:0.81:419
chr17	79389251	rs9897258	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=3.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-2.872;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,53:0.17:307
chr17	79389411	rs11655888	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1306;ReadPosRankSum=0.093;SC=GAGCCAACCTCGTTTTGGGAG;SOR=0.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=76;WE=79389419;WS=79389401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,79:0.80:99
chr17	79390260	rs151241907	G	GGT	1474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.974;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr17	79390298	.	T	TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGC	8117.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=48;NR=66;PP=2971;SC=GATGGGTGTGTGCATGTGTGC;SOR=1.127;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=114;WE=79390314;WS=79390288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.82:65
chr17	79390370	rs36169187	CGT	C	1808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.941;NF=11;NR=53;PP=1318;ReadPosRankSum=0.862;SC=GGTGTATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.574;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=220;TCF=56;TCR=164;TR=64;WE=79390379;WS=79390353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,77:0.21:373
chr17	79390508	rs35463915	C	T	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=73;PP=1933;ReadPosRankSum=0.310;SC=CTGGCCATCCCGAGCCTGCAC;SOR=1.349;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=108;WE=79390516;WS=79390498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,110:0.81:135
chr17	79395814	rs57878731	AT	A,ATT	3426.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.215;NF=2,2;NR=117,117;PP=1441,172;ReadPosRankSum=0.414;SC=TCCTCTCGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.533;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=150;TCF=3;TCR=147;TR=119,119;WE=79395833;WS=79395804;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.82,0.15:172
chr17	79409189	rs12952981	G	A	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=114;PP=2965;SC=ACCCCGAGGGGCCTGCGAGGG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=121;TCR=114;TR=235;WE=79409197;WS=79409179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	79409309	rs12938890	A	G	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=102;PP=2965;SC=GCGGCCTGGCACGGGGGTGGT;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=184;WE=79409317;WS=79409299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	79409434	rs12939225	A	G	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=46;PP=2084;SC=ACGCCGGGCCACCCCCGCCCC;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=111;WE=79409442;WS=79409424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	79409710	rs12943867	G	A	11646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=187;PP=2965;SC=CCCACCTGAAGGCCGAGGGCA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=221;TCR=188;TR=406;WE=79409718;WS=79409700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr17	79411662	rs11655860	G	A	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=80;PP=2965;SC=CCGAGAGTGCGAGGCCTGACC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=182;WE=79411670;WS=79411652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	79414307	rs7213444	A	G	12721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=242;PP=2965;SC=CCCCTACCCTACCGAGCGGGG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=437;TCF=195;TCR=242;TR=437;WE=79414315;WS=79414297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr17	79414897	rs11650750	C	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=5.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,27:0.14:192
chr17	79414914	rs10871497	A	G	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GAGTCCCAGCAGTGGGACCCA;SOR=1.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=42;TCR=101;TR=142;WE=79414922;WS=79414904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr17	79418260	rs6565571	A	G	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=127;PP=2965;SC=GCTTCCGTGCACGAGGCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=87;TCR=127;TR=214;WE=79418268;WS=79418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	79418599	rs28576195	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-2.201;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,28:0.18:152
chr17	79418770	rs61746096	C	T	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TGGTGGAGGCCGCTGGCCTGG;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=126;TCR=109;TR=194;WE=79418778;WS=79418760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,203:0.83:246
chr17	79418983	rs34593866	G	GC	3041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.792;NF=16;NR=60;PP=1497;ReadPosRankSum=0.652;SC=AGGCCCCTGTGCCCCCCCCAC;SOR=0.601;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=119;TCF=20;TCR=99;TR=76;WE=79418991;WS=79418973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,125:0.77:163
chr17	79419025	rs35572189	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.434;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr17	79422252	rs1478610	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr17	79422289	rs1842041	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,26:0.18:146
chr17	79424516	rs12601317	A	G	6334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.169;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GCTGCTGCACACCGGGGCCAG;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=206;WE=79424524;WS=79424506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr17	79424537	rs34224936	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,25:0.17:144
chr17	79425141	rs78579961	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=945;ReadPosRankSum=0.232;SC=CCCAACCAGCCGGGTCTCTAG;SOR=1.214;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=55;WE=79425149;WS=79425131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr17	79426021	rs34202212	GC	G	1590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.218;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,69:0.23:305
chr17	79426416	rs4969272	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.376;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,23:0.17:134
chr17	79426481	rs4969273	A	G	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=46;PP=2965;SC=GCCCTGGGCCAGGCCCCACCT;SOR=1.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=136;WE=79426489;WS=79426471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	79426756	rs11652589	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr17	79427794	rs3744147	C	G	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=2470;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GCTGGGGGAACCAGGAGGCCC;SOR=0.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=119;WE=79427802;WS=79427784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,118:0.84:141
chr17	79427822	rs3744148	C	T	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=2713;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGGCAGGGTCCGGGGAGGGGC;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=135;WE=79427830;WS=79427812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,137:0.81:170
chr17	79429711	rs3736072	C	T	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=2.138;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,132:0.84:158
chr17	79429852	rs8746	C	T	6930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.372;SC=GGGACTGTGCCGTCTTCCTGT;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=337;TCF=168;TCR=169;TR=285;WE=79429860;WS=79429842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,291:0.85:344
chr17	79479115	rs11549220	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,92:0.16:566
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chr17	79497036	rs12937453	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.252;NF=6;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CGGGGTTTCACTGTGTTAGCC;SOR=0.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=6;WE=79497044;WS=79497033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr17	79508400	rs14422	T	C	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=121;NR=112;PP=2965;SC=GAGCCCTGGGTGGCCTGCTCT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=121;TCR=112;TR=233;WE=79508408;WS=79508390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	79508506	rs2228698	G	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr17	79511135	rs8077430	A	G	5719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GGCACAGGTCAGTCATGGCCA;SOR=0.529;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=277;TCF=120;TCR=157;TR=241;WE=79511143;WS=79511125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,240:0.86:279
chr17	79512944	rs140093334	TC	T	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.377;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,24:0.15:159
chr17	79513892	rs202032434	A	AG	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=3.926;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr17	79517183	rs80125356	CA	TG	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,21:0.18:118
chr17	79518119	.	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,74:0.14:513
chr17	79526402	rs4073997	G	C	4719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CCCCGACGGCGCCGTACTCAT;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=132;TCR=110;TR=187;WE=79526410;WS=79526392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,201:0.78:258
chr17	79526569	rs4076819	C	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=732;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CAGTGCTGGTCCTGCCCACAC;SOR=0.500;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=34;WE=79526577;WS=79526559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr17	79530967	rs62073395	T	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,35:0.20:172
chr17	79530993	rs8070929	G	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGTAATCCCAGCTACTCGGGA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=103;WE=79531001;WS=79530983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,108:0.79:136
chr17	79532654	rs3934711	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr17	79564304	rs62074671	G	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,58:0.24:240
chr17	79567610	rs7213849	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=-0.342;SC=ATGCGACACGCCTCCCGGCTT;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=26;WE=79567618;WS=79567600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr17	79573860	rs10695650	C	CTTAA	3415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.943;NF=7;NR=28;PP=1883;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGAGAAGCAACTTAAACATCA;SOR=0.669;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=35;WE=79573868;WS=79573850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr17	79573884	rs62074677	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.839;NF=10;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TGGTGAAAAGTTGAGCAAGAG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=25;WE=79573892;WS=79573874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr17	79577127	rs8077038	T	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=2;PP=869;ReadPosRankSum=-1.940;SC=GTAAGTTCTTTGAACCACTCA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=37;WE=79577135;WS=79577117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr17	79589242	rs6565604	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,37:0.18:210
chr17	79589359	rs6565605	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr17	79596811	rs9894429	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,87:0.18:496
chr17	79603831	rs9895741	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr17	79604264	rs62074750	T	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr17	79612397	rs6420484	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,44:0.15:285
chr17	79612541	rs34896443	G	A	11525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=0.043;SC=CACACCCTGCGTGTGGCCATC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=601;TCF=318;TCR=283;TR=486;WE=79612549;WS=79612531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,495:0.81:610
chr17	79614932	rs34872037	TTAAC	T	1300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.502;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,58:0.14:419
chr17	79615225	rs7406494	G	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=551;SC=CTGCCCGCAGGGGGGCGGCGT;SOR=1.528;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=79615233;WS=79615215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	79618270	rs8074225	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.770;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr17	79634774	rs61742303	A	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,30:0.18:169
chr17	79634813	rs11546632	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,15:0.13:113
chr17	79637349	rs10438817	T	C	9657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=178;PP=2965;SC=AGGGGGAGTCTGACGGGGCCT;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=171;TCR=181;TR=349;WE=79637357;WS=79637339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
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chr17	79637565	rs7215601	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr17	79683997	rs140229959	T	TGCCTCACCCCTG	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=8.241;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.900;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,32:0.11:297
chr17	79687218	rs11150813	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr17	79766825	rs7406228	C	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GCGTACACACCCACCAGGACT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=72;WE=79766833;WS=79766815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,72:0.86:84
chr17	79767019	rs200551811	TCTGTCTGC	T	2321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.154;NF=3;NR=36;PP=2967;ReadPosRankSum=0.786;SC=CTGATGGCTCTCTGTCTGCCT;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=39;WE=79767034;WS=79767009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr17	79767530	rs370243345	CCTGT	C	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.80;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	79767602	.	T	TCTGTCTGCCTGC	2904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.569;NF=30;NR=26;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGTCTGCCTGTCTGTCTGCCT;SOR=0.877;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=56;WE=79767610;WS=79767592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr17	79767618	.	T	TCTGCCTGC	1671	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=64.35;NF=30;NR=25;PP=1671;QD=30.6545454545;SC=TGCCTGCCTGTCTGTCTGTCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=55;WE=79767626;WS=79767608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:56,55:0.50:111
chr17	79768848	rs2272030	A	G	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,152:0.74:206
chr17	79769466	rs28454947	T	C	4650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CCCAGGCAGGTGGGTGGGTGG;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=94;TCR=160;TR=206;WE=79769474;WS=79769456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,205:0.81:254
chr17	79770740	rs5384	C	T	5508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.984;SC=AAGTGGTCTTCGCCTTCGTGA;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=167;TCR=117;TR=226;WE=79770748;WS=79770730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,237:0.80:295
chr17	79784101	rs374374934	GCA	G	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,50:0.16:317
chr17	79784105	rs144826913	A	G	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.234;NF=134;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TTGTGTGCACACACACACACA;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=344;TCF=224;TCR=120;TR=207;WE=79784114;WS=79784091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,197:0.61:325
chr17	79791577	rs373098084	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr17	79791597	rs35031019	A	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=937;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CGGGCGGGCAAAGCTGGCTCA;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=47;WE=79791605;WS=79791587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr17	79791792	rs34856581	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=925;ReadPosRankSum=2.155;SC=GCCCCAACCCGGGTCAGAGGG;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=51;WE=79791800;WS=79791782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr17	79803101	rs1130674	A	G	7516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.263;SC=CGTTGTAATCAATGACCTGTG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=196;TCR=218;TR=325;WE=79803109;WS=79803091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,331:0.78:423
chr17	79803433	rs35649520	G	A	4408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=60;PP=2913;ReadPosRankSum=0.735;SC=GAGGGAAGGCGCACCGTCCTG;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=141;TCR=72;TR=176;WE=79803441;WS=79803423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,183:0.84:219
chr17	79805003	rs111301737	A	G	6509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.765;SC=AATGCAGAAGATTCTCCCAAT;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=319;TCF=146;TCR=173;TR=251;WE=79805011;WS=79804993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,269:0.79:339
chr17	79805134	rs2070871	G	A	6623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CGGTGAACTCGATGACAAGGG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=184;TR=268;WE=79805142;WS=79805124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,280:0.80:348
chr17	79816926	rs1533756	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GAGAACCCGGCCTGAGGAACG;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=7;WE=79816934;WS=79816916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	79817005	rs1010954	G	A	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=34;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTTCCAAGTCGGCAGGCCAGT;SOR=1.462;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=117;WE=79817013;WS=79816995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,123:0.79:155
chr17	79818159	rs35766162	T	C	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=69;PP=2959;ReadPosRankSum=0.260;SC=AGAGCCTGGCTCAGCGGCCCC;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=175;WE=79818180;WS=79818149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,181:0.85:214
chr17	79818260	rs11558886	G	T	8191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.980;SC=TTGCTTTTCCGCAGCACCAGG;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=407;TCF=200;TCR=207;TR=329;WE=79818268;WS=79818250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,350:0.82:428
chr17	79818360	rs1130664	T	G	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=85;PP=2258;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CGGACACGGATCAGGCGGGGC;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=135;WE=79818368;WS=79818350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,142:0.81:176
chr17	79827163	rs113301975	C	T	15446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=308;NR=310;PP=2962;ReadPosRankSum=0.474;SC=ACCCCAGCCCCAGCCCCGCCT;SOR=0.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=796;TCF=390;TCR=406;TR=618;WE=79827171;WS=79827153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,631:0.78:808
chr17	79862882	rs146889521	C	G	10794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=194;PP=2965;SC=GGGGAGGGCACGGTAAGTCTA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=178;TCR=195;TR=372;WE=79862890;WS=79862872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	79872129	rs1879568	A	G	15944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=277;NR=298;PP=2965;SC=ACCCTCGGGCAGGCAGGGGCT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=575;TCF=277;TCR=298;TR=575;WE=79872137;WS=79872119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr17	79872241	rs1879569	A	G	15698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=288;NR=257;PP=2965;SC=TCCCAGTTCAAAGGCTGCCCC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=547;TCF=290;TCR=257;TR=545;WE=79872249;WS=79872231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr17	79891147	rs61747618	T	C	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=105;PP=2965;SC=GGCCAGAAGGTGACAGAGCGG;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=148;TCR=105;TR=253;WE=79891155;WS=79891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	79893962	rs34419046	G	A	11664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=257;NR=154;PP=2965;SC=AGCCCCACAGGGACTCAGTCT;SOR=1.327;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=260;TCR=154;TR=411;WE=79893970;WS=79893952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr17	79894106	.	AT	A	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.794;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
chr17	79898644	rs2293098	G	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=20;PP=2135;ReadPosRankSum=0.790;SC=CCCTCGCAGAGCCTGGAGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=104;TCR=24;TR=105;WE=79898652;WS=79898634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,103:0.84:123
chr17	79899272	rs4796856	A	G	7359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.147;SC=GGCTCGGGGGAACACTCCCGC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=189;TCR=164;TR=293;WE=79899291;WS=79899262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,302:0.84:361
chr17	79899283	rs118129884	C	T	7116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.362;SC=ACACTCCCGCCGGGCAAAGTA;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=335;TCF=183;TCR=152;TR=279;WE=79899291;WS=79899262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,291:0.84:347
chr17	79899495	rs4796854	G	A	7512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=1.154;SC=CACCCCGGTGGGCCACCAGGC;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=365;TCF=142;TCR=223;TR=302;WE=79899503;WS=79899485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,309:0.82:375
chr17	79899698	rs4796852	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.371;NF=6;NR=22;PP=615;ReadPosRankSum=-0.767;SC=AGTCCTCTGCGGTAGTGGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=79899706;WS=79899688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	79911164	rs78951919	A	AG	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.559;NF=1;NR=14;PP=487;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAACCGGGGGAGGGGGTCACA;SOR=0.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=79911172;WS=79911154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	79912103	rs4796851	C	T	7707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=0.048;SC=ATGTCATGGACGCAAGCTGCC;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=164;TCR=221;TR=311;WE=79912111;WS=79912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,327:0.81:404
chr17	79914661	rs35872546	T	C	8278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;PP=2962;ReadPosRankSum=1.225;SC=CTGCCGTGGGTCTCGTCCCCC;SOR=0.464;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=166;WE=79914674;WS=79914651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,332:0.86:388
chr17	79915629	rs36023555	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CCTTCCATGCACCCTGCACAC;SOR=0.636;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=28;WE=79915637;WS=79915619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr17	79915647	rs35069988	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=680;ReadPosRankSum=-2.362;SC=CACCGTCCTCACCCCTCACCT;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=44;WE=79915655;WS=79915637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr17	79915863	rs34107062	A	G	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1534;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GCTGGCAGAGAAGTTCTTGCC;SOR=0.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=93;WE=79915871;WS=79915853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,96:0.74:130
chr17	79935636	rs9906594	C	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.70;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr17	79936986	rs55671960	T	C	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=14;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTGAATGCCCTTGGCTGACCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=70;TCR=17;TR=73;WE=79936994;WS=79936976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,79:0.85:93
chr17	79954544	rs8074498	T	A	6824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGACAGAGACTGGGGGGCCCT;SOR=0.597;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=168;TCR=166;TR=283;WE=79954552;WS=79954534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,295:0.85:347
chr17	79967461	.	G	GGGGGCGACTGAGGCACAGCTCTGACGGGGCCCCCCTGAGGTCTACGGATGGGACGTA	1993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.445;QD=31.15;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr17	79967978	rs141833216	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr17	79967979	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr17	79972901	rs9895872	C	T	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=27;PP=2006;ReadPosRankSum=1.020;SC=AGGCCCTTCCCGGGCCCTGCT;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=94;TCR=35;TR=105;WE=79972909;WS=79972891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,109:0.81:135
chr17	79974731	rs13087	T	C	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=2070;ReadPosRankSum=-1.403;SC=CTGCGGCCGATGTGCTGGTGG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=142;WE=79974739;WS=79974721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,151:0.83:181
chr17	79977698	.	C	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,30:0.15:204
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chr17	79990972	rs10708637	CG	C	2233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=48;PP=2139;SC=AATTGCGATACGGGTTCTGCC;SOR=2.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=53;WE=79990980;WS=79990962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	80000798	rs140905889	GAC	G	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=3.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.490;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,45:0.13:336
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chr17	80006812	rs8069068	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=669;ReadPosRankSum=0.709;SC=GGGCCGTGGGCGGAGGGAGCA;SOR=1.206;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=38;WE=80006820;WS=80006802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr17	80006957	rs12948507	A	C	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=58;PP=2965;SC=TCACCACGTTATGTGGGTTCT;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=163;WE=80006965;WS=80006947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	80007018	rs12939972	T	C	8342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=83;PP=2965;SC=GTGGGCAGAGTGTGTGGCCTG;SOR=1.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=201;TCR=83;TR=283;WE=80007026;WS=80007008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	80007055	rs62078730	T	C	11066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.307;SC=CGCCTGCCCCTGGCCAGGAGC;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=431;TCF=281;TCR=150;TR=428;WE=80007063;WS=80007045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,408:1.00:410
chr17	80007080	rs28404464	T	C	24229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr17	80007088	rs28696285	C	G	25301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr17	80007307	rs11653935	A	G	23897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=507;NR=525;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.505;SC=CCCAGCTGGCATGGGGCCTCA;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1301;TCF=648;TCR=653;TR=1032;WE=80007315;WS=80007297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,1048:0.79:1322
chr17	80007324	rs56148859	C	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1332;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1055,271:0.20:1326
chr17	80007887	rs9915228	A	G	24847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
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chr17	80008018	rs9893491	A	G	9847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=152;PP=2965;SC=CTTGGAGCAAAAAGAGCCGGG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=181;TCR=152;TR=333;WE=80008026;WS=80008008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr17	80008392	rs9916764	G	T	10630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=198;PP=2965;SC=GGAGGCTCCTGGCGTTCACAT;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=180;TCR=198;TR=378;WE=80008400;WS=80008382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	80008676	rs4464142	A	C	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=153;PP=2965;SC=CACGTAGAGGATGGCACTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=63;TCR=153;TR=216;WE=80008684;WS=80008666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	80009156	rs28552909	T	G,C	7947.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36,159;NR=24,97;PP=430,2962;ReadPosRankSum=1.697;SC=CGCCGGGGAGTGGGGGACACT;SOR=0.492;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=318;TCF=196;TCR=122;TR=60,256;WE=80009164;WS=80009146;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.80,0.19:326
chr17	80009320	.	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,52:0.28:185
chr17	80009668	rs117999554	C	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=1119;SC=CCCGGCGCTGCGAGCGGAGAA;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=80009676;WS=80009658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	80011975	rs34809889	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,19:0.16:120
chr17	80012449	rs11077966	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,65:0.17:379
chr17	80012769	rs11655185	G	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,91:0.19:482
chr17	80012848	rs368842983	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,112:0.18:634
chr17	80012997	rs35085155	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,98:0.22:453
chr17	80013235	rs4969464	A	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=GGGCACATGTACAGGTGTAGG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=164;WE=80013243;WS=80013225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	80014272	rs34689427	G	GCC	1344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,106:0.21:511
chr17	80014861	rs4969484	T	G	7635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=127;PP=2965;SC=GTGGGCTGGCTTGAGGGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=270;WE=80014869;WS=80014851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	80018714	rs58204115	C	T	9992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=1.831;SC=CCTGCAAGGCCGGGCTCCCAC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=486;TCF=222;TCR=264;TR=410;WE=80018722;WS=80018704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,420:0.84:500
chr17	80019207	rs11542331	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.543;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,36:0.16:222
chr17	80020974	rs4531805	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=44;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TGGGAGGCAGCCCGGGCCACC;SOR=2.019;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=46;WE=80020982;WS=80020964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr17	80022656	rs34249409	C	CG	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=12;PP=687;SC=ATTCCAGGACCGGGAACCCAA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=31;WE=80022664;WS=80022646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	80037191	rs4075080	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,64:0.15:435
chr17	80038952	rs4246444	T	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=1134;SC=CGAAGGGCGGTATGCCTGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=80038960;WS=80038946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	80039028	rs4246445	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=62;PP=2914;SC=CCGCCTGGCCACCCACACGCA;SOR=1.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=169;WE=80039036;WS=80039018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	80039481	rs1140616	G	A	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=62;PP=2442;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GCTCACCCAGGATGTGTGCCA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=138;WE=80039489;WS=80039471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,147:0.81:182
chr17	80039801	.	G	A	410	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=57.55;NF=9;NR=0;PP=410;QD=49.4190236164;SC=GGGTGGGCAGGGCTGCGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=9;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,9:0.27:33
chr17	80039810	.	GAGA	G	1409	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=58.25;NF=14;NR=1;PP=1409;QD=96.2;SC=GGGCTGCGGGGAGAAGGTGGG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=15;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,15:0.79:19
chr17	80039818	.	G	C	1127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=58.74;NF=17;NR=0;PP=1127;QD=68.339483091;SC=GGGAGAAGGTGGGGGTGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=17;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,17:0.55:31
chr17	80040607	rs4969465	T	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=32;PP=1596;SC=GTCTCTTCCCTACACGCCGGG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=80040615;WS=80040597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	80041466	rs2229425	G	A	11454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=254;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AGCACCTCACGCTGGCCTGCA;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=602;TCF=286;TCR=316;TR=482;WE=80041474;WS=80041456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,489:0.80:608
chr17	80043044	rs45573640	C	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,51:0.20:251
chr17	80043349	rs17848939	C	T	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=2379;ReadPosRankSum=-1.917;SC=CCCTGCCCGGCGGCCGCACCT;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=140;WE=80043357;WS=80043339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,144:0.83:174
chr17	80043739	rs2229422	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=823;ReadPosRankSum=0.634;SC=GACCGTGGCCAGCCAGCACCT;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=54;WE=80043747;WS=80043729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,61:0.77:79
chr17	80045086	rs4485435	G	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,45:0.19:235
chr17	80050272	rs17848925	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=0.608;SC=CCCAGCCATGGCGCAACCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=80050280;WS=80050269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr17	80050554	rs10591316	CGG	C	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=36.47;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	80051183	rs2228309	A	G	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TCAGCAGGACATTGATGCCCC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=196;WE=80051191;WS=80051173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,207:0.82:253
chr17	80053166	rs45555535	C	T	8535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CAGGAGCCCTCGGCGCAGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=428;TCF=211;TCR=217;TR=353;WE=80053174;WS=80053156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,368:0.83:443
chr17	80054375	rs17848934	C	A	4326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=2.458;SC=GGCCACGACACCCCCGTCAAC;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=54;TCR=160;TR=173;WE=80054383;WS=80054365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,180:0.81:222
chr17	80059596	rs13949	T	C	4409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=73;PP=2855;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TTGGGGGGCCTCTGGCAGCCT;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=122;TCR=87;TR=174;WE=80059604;WS=80059586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,185:0.84:221
chr17	80059758	rs7225637	G	A	4034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=92;PP=2676;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGGTAAAGAGGAAAAAACAGC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=154;WE=80059766;WS=80059748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,166:0.83:199
chr17	80065244	rs112663677	C	CGGGAGTG	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=519;ReadPosRankSum=-0.468;SC=ACAGATGCCGCGGGAGTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=80065252;WS=80065234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr17	80071244	rs7211808	T	C	5824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.177;SC=CAGCGTGACCTGCTCTCTCAG;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=318;TCF=183;TCR=135;TR=249;WE=80071252;WS=80071234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,255:0.79:321
chr17	80085283	rs73360060	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.992;NF=27;NR=3;PP=925;ReadPosRankSum=0.410;SC=AGTCAGCCTGCGCCCGGGTGT;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=30;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr17	80085295	rs74001545	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.172;NF=33;NR=5;PP=1022;ReadPosRankSum=0.200;SC=CCCGGGTGTACGGTGCTGCAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=38;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr17	80085326	rs62078305	G	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.063;NF=58;NR=17;PP=1334;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGTGCGCCCGGGTGTACGGTG;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=75;WE=80085334;WS=80085316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr17	80085341	rs62078306	A	G	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.805;NF=90;NR=28;PP=2031;ReadPosRankSum=-0.951;SC=ACGGTGCTGCACTAGGAAATG;SOR=0.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=116;TCR=36;TR=118;WE=80085349;WS=80085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,112:0.76:147
chr17	80085633	rs11077969	A	G	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CAACCTCCACATGTCCTGGAG;SOR=0.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=124;TCR=130;TR=204;WE=80085641;WS=80085623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,208:0.80:259
chr17	80085703	rs7213172	G	T	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=97;PP=2948;ReadPosRankSum=0.098;SC=TCAGGGTGCTGGGGAGCCTGG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=91;TCR=113;TR=173;WE=80085711;WS=80085693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,176:0.84:209
chr17	80086386	rs7406162	C	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.25;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr17	80086389	rs7406163	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.86;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr17	80086395	rs4625783	T	C	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.24;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr17	80086597	rs4459614	C	T	888.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5174;FS=2.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=1.238;SC=AAGACTCACACCATTTGGTGA;SOR=0.195;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=36;WE=80086605;WS=80086587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr17	80091941	rs4789754	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,16:0.15:108
chr17	80092131	rs4789753	T	C	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=76;PP=2505;SC=TCCTCTTGTGTTGAATGCAAA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=128;WE=80092139;WS=80092121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	80092171	rs4789752	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=46;PP=1388;SC=GTTCCTTTTCAAAACCAAAGT;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=80092179;WS=80092161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	80103631	rs35131420	T	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.9088;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=14;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TGCAGGCCCCTGAGTGGGGCT;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=74;TCR=15;TR=80;WE=80103639;WS=80103621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,81:0.86:94
chr17	80103737	rs6502066	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,72:0.17:415
chr17	80104593	rs12600852	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.11;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,35:0.12:298
chr17	80104631	rs12603050	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,39:0.14:282
chr17	80104762	rs12602320	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr17	80104762	.	CGT	TGC	445	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=12;PP=445;QD=29.3216396978;SC=CGCAAACAAACGTGTGTGCAC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=17;WE=80104772;WS=80104752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr17	80104764	rs12603584	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr17	80115715	.	C	T	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.284;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=34;PP=1593;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GAGATGCTTCCCCAGCTCAGC;SOR=1.210;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=100;WE=80115723;WS=80115705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,110:0.79:140
chr17	80121275	rs34448080	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,67:0.14:478
chr17	80121358	rs34867501	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,23:0.16:147
chr17	80136418	rs7209474	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,67:0.21:318
chr17	80137173	rs3935816	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr17	80141907	rs12953056	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=1.227;QD=9.24;ReadPosRankSum=3.315;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	80151805	rs4789670	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.323;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,30:0.16:183
chr17	80151881	rs4789722	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=5.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,18:0.13:137
chr17	80159566	rs8072670	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,73:0.19:378
chr17	80195582	rs9303026	T	C	12279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=228;PP=2965;SC=ACCTGGCGGGTTCTACGGCGG;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=200;TCR=229;TR=427;WE=80195590;WS=80195572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr17	80198007	rs9901910	G	C	8213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=170;PP=2965;SC=CTGGCCTTGCGCCAGCTGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=116;TCR=170;TR=286;WE=80198015;WS=80197997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr17	80211139	rs111560395	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,82:0.17:491
chr17	80218800	rs35693344	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr17	80218992	.	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.955;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,51:0.15:346
chr17	80275253	rs3176829	T	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=36;PP=1561;SC=GGGAGAGCTCTGGAGCTGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=80275261;WS=80275243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	80280865	rs11077986	G	A	28346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=324;NR=428;PP=2965;SC=ACCCAGTGTCGGGGGCGGACT;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=755;TCF=326;TCR=429;TR=752;WE=80280873;WS=80280855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,777:1.00:777
chr17	80280890	rs62079492	G	A	10661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=275;PP=2962;ReadPosRankSum=1.155;SC=TTCTGCACCTGAAGGAGGCAG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=184;TCR=339;TR=424;WE=80280898;WS=80280880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,437:0.82:532
chr17	80320561	rs7502620	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,50:0.22:228
chr17	80332067	rs117408261	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr17	80350331	rs11903	G	A	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=67;PP=2965;SC=AGGCGATGGTGATGGCGTAAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=167;WE=80350339;WS=80350321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	80352138	rs6502106	T	C	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=13;PP=2202;SC=AGTGCTGGGATTACAGGCGTG;SOR=3.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=95;WE=80352146;WS=80352128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	80352157	rs141814084	C	T	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=34;PP=2965;SC=TGAGCCACCACGCCCGGCCTA;SOR=2.363;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=122;TCR=35;TR=153;WE=80352165;WS=80352147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	80356019	rs9905077	C	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=27;PP=2053;ReadPosRankSum=1.441;SC=CCACACCCACCGTGCTTGCCT;SOR=2.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=110;WE=80356027;WS=80356009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr17	80356315	rs6502107	A	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=640;SC=TTGCTCCATCACCCAGGCTGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=80356323;WS=80356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	80373377	rs8072110	G	T	13428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=251;PP=2965;ReadPosRankSum=1.408;SC=CGACCCCGTCGTCGGCCCCCA;SOR=0.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=482;TCF=230;TCR=252;TR=481;WE=80373385;WS=80373367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,489:1.00:490
chr17	80376130	rs7220204	T	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	80377690	rs1141463	T	G	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=63;PP=2476;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CAGGTTCCACTCCATTTCAGA;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=125;TCR=79;TR=160;WE=80377698;WS=80377680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,167:0.77:217
chr17	80391684	rs4789773	A	G	7775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GCGGCTGCACATCGGGTGTGA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=395;TCF=192;TCR=203;TR=325;WE=80391692;WS=80391674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,329:0.82:401
chr17	80394530	rs4789777	G	T	7667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CCTCACGTCCGCTCTGTCTGC;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=388;TCF=194;TCR=194;TR=319;WE=80394538;WS=80394520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,327:0.82:397
chr17	80397484	rs28561791	A	G	5401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTGCGGAGCTAAGCGCCCCTC;SOR=0.490;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=272;TCF=174;TCR=98;TR=220;WE=80397492;WS=80397474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,229:0.80:285
chr17	80399193	rs7501824	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=518;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGGCATGGGGCGGGTGCAGGT;SOR=0.826;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=32;WE=80399201;WS=80399183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr17	80403912	rs79154093	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=6.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-3.233;SOR=0.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,22:0.20:108
chr17	80404326	rs11077994	G	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=0;PP=859;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AACGGTCCCAGATGAGTGCAG;SOR=3.417;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=50;TCR=1;TR=37;WE=80404334;WS=80404316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr17	80405310	rs55916473	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=0.946;SC=GCATGGAGGGCGCGGTGCCCG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=7;WE=80405318;WS=80405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr17	80426550	rs3214988	TA	T	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.763;NF=36;NR=6;PP=1496;ReadPosRankSum=1.774;SC=GACCATCTATTAACGTTGTTC;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=42;WE=80426558;WS=80426540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr17	80436297	rs77949156	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.965;SC=CGGTAGCTGCGTGTCCTGGCT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=5;WE=80436305;WS=80436287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr17	80438165	rs28451401	G	A	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=711;ReadPosRankSum=1.754;SC=GCCAGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.333;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=36;WE=80438174;WS=80438148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr17	80440296	rs149259276	T	TAAAACATGCGCGGTGGGCTGTTGACAAAATA	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.41;MQRankSum=1.155;QD=34.28;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	80443296	rs11453409	C	CA	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.868;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=978;ReadPosRankSum=1.780;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=39;WE=80443317;WS=80443286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr17	80443309	rs9890316	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.954;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=26;PP=1942;ReadPosRankSum=1.365;SC=AAAAAAAAAGGAAGTGTTCTT;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=92;WE=80443317;WS=80443286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,77:0.77:100
chr17	80517489	rs72861098	G	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5281;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=457;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CCTCGTGCCAGGCTGGTCTTC;SOR=0.804;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=30;WE=80517497;WS=80517479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr17	80521092	rs4789795	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=513;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TTGGCGACTTATAATAACACG;SOR=0.242;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=24;WE=80521100;WS=80521086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr17	80529849	.	G	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=861;ReadPosRankSum=-1.970;SC=AAGGTAGAAGGGGGGGTTGGA;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=45;WE=80529857;WS=80529839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,49:0.89:55
chr17	80540585	rs2306759	A	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5142;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=887;ReadPosRankSum=0.364;SC=AAATAAATATATGAATTCTAC;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=56;WE=80540593;WS=80540575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,61:0.87:70
chr17	80544855	rs1387545	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=8;PP=1442;SC=GTGTGATAGCTATCTGGTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=80544863;WS=80544845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	80545156	rs6502124	A	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=61;PP=1737;SC=ATGGTAAGACATGCTGGTCGG;SOR=2.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=78;WE=80545164;WS=80545146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	80574082	rs753569	T	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.39;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	80601769	rs59318270	TA	T	7731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=96;PP=2951;SC=AGGTTAAATTTAAGACTCCGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=33;TCR=99;TR=128;WE=80601777;WS=80601759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	80606364	rs150551798	A	ACGTGCGTG	423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=47.08;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	80615643	rs3751911	G	A	8519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AGCATTCGCCGAGAGGAACCG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=454;TCF=216;TCR=238;TR=345;WE=80615651;WS=80615633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,356:0.77:461
chr17	80619080	rs4789706	T	C	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=217;SC=CCAATGTCCCTGAAGGGATCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=80619088;WS=80619070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	80622483	rs74002927	G	T	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=72;PP=2601;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CTAACAGGACGCTGGAAGTCT;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=122;TCR=90;TR=168;WE=80622491;WS=80622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,183:0.80:229
chr17	80626104	rs12952159	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,67:0.17:404
chr17	80626210	rs7221877	T	C	9118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=202;PP=2965;SC=CCTTCCAGTCTGCAGGACTGG;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=135;TCR=202;TR=337;WE=80626218;WS=80626200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	80656616	rs2243606	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=0.376;SC=ACAGCGCGCATCCCCGCCCGG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=19;WE=80656624;WS=80656606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr17	80674643	rs2250000	C	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=25;PP=1939;SC=TGGAGGAGCTCCTGAGGCGCG;SOR=1.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=91;WE=80674651;WS=80674633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	80676946	rs111661651	A	ACCACCCC	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=1309;SC=GCATCTTCACACCACCCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=21;WE=80676954;WS=80676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	80676971	rs7207719	C	G	515.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=0.286;SC=GCTTTATTACCTGAGCAGGTG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=80676979;WS=80676961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr17	80680589	rs3748812	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5067;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=396;ReadPosRankSum=-1.780;SC=GTAGGAGCTCGCTGAGGTCGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=22;WE=80680597;WS=80680579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	80684245	rs7406285	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.760;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,12:0.16:77
chr17	80684638	rs2246103	T	C	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=47;PP=2566;ReadPosRankSum=0.724;SC=CTGGGGGCGGTGGGGACCTGG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=141;WE=80684646;WS=80684628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr17	80685126	rs2243446	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=847;SC=CTTCACATGCTGGACTAGCTT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=80685134;WS=80685116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	80693705	rs2256322	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=43;PP=1310;SC=GGGGCCTGGGAAGGCGGAGGG;SOR=1.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=80693713;WS=80693695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	80696410	rs2253149	A	C	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=30;PP=2068;SC=GGAGGCCCTCAGGAGCACGGG;SOR=1.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=104;WE=80696418;WS=80696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	80696542	rs2253132	G	A	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=100;PP=2965;SC=ACCCATATGCGCACATGTGTA;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=182;WE=80696550;WS=80696532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	80696622	rs7216058	A	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=1030;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGGGAGACAGAAACAGGGAGA;SOR=1.569;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=48;WE=80696630;WS=80696612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr17	80696692	rs7208565	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=0.405;SC=CCAAGAGTTCCACCCTGCCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=80696700;WS=80696682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	80699093	rs2252848	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=469;ReadPosRankSum=1.311;SC=ATATTCTAGCATGCGTAGCCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=25;WE=80699101;WS=80699090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr17	80700592	rs1994554	T	C	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=113;PP=2965;SC=CCTGTGCTTCTCTTGAAGAAG;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=246;WE=80700600;WS=80700582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	80700712	rs1994553	T	C	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=84;PP=2488;SC=TCTGTCTCCTTGTCGACGCCC;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=141;WE=80700720;WS=80700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	80706928	rs2243416	G	A	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=82;PP=2575;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GGGTTCATCTGTAAAACGGAG;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=168;WE=80706936;WS=80706918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,179:0.77:232
chr17	80708601	rs1056534	C	G	5693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GGAGCCCTTCCTTGGGCACCA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=104;TCR=211;TR=237;WE=80708609;WS=80708591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,242:0.75:322
chr17	80710278	rs2451217	G	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CCGCGTGCCCGCTTCCTCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=11;WE=80710286;WS=80710268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	80730527	rs615630	T	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=60;PP=1488;SC=TCTGAGGGAGTGTGCAGCAGT;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=73;WE=80730535;WS=80730517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	80763983	rs582192	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,12:0.16:77
chr17	80767711	rs146805099	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,28:0.17:161
chr17	80785875	rs8067667	A	G	12183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=306;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=0.606;SC=AATCGAACGCACACACACCTG;SOR=1.007;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=648;TCF=368;TCR=280;TR=527;WE=80785883;WS=80785865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,536:0.81:662
chr17	80786008	rs6502134	G	A	27627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=332;NR=386;PP=2965;SC=CACCCACACAGTTGAATGTGC;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=721;TCF=335;TCR=386;TR=718;WE=80786037;WS=80785998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,722:1.00:722
chr17	80786026	rs78229497	CACAG	C	20298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.475;NF=60;NR=270;PP=2962;ReadPosRankSum=0.923;SC=TGCATACACCCACAGACACAC;SOR=0.809;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=457;TCF=80;TCR=377;TR=330;WE=80786037;WS=80785998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,505:0.81:621
chr17	80786261	rs138156874	T	TACAC	15078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.451;NF=86;NR=113;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CACTCACAGATACATGCACAC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=123;TCR=162;TR=199;WE=80786269;WS=80786251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,359:0.83:434
chr17	80786427	rs11364632	GC	G	15817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=307;PP=2983;SC=AATGGAATGTGCCCCCCCCGA;SOR=1.110;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=444;TCF=78;TCR=366;TR=374;WE=80786443;WS=80786417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr17	80786627	rs34655768	GCA	G	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.865;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,27:0.20:136
chr17	80786641	rs7207932	C	T	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.08;MQRankSum=-1.953;NF=33;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.608;SC=ACACACACATCTAATCAGATG;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=103;WE=80786649;WS=80786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,105:0.80:132
chr17	80788465	rs12938126	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.301;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,96:0.19:500
chr17	80788492	rs12948179	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=2.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,84:0.17:504
chr17	80790442	rs3744165	T	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=457;SC=TCTTTCCCGATCACTTCTATC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=80790450;WS=80790432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	80827955	rs7222931	A	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=3;PP=2146;SC=GGAGCCCCGAACCTCTGGGTG;SOR=5.447;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=76;TCR=3;TR=79;WE=80827963;WS=80827945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	80828057	rs3744161	G	A	10693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CGTGTTGCCCGTGTGGTCTGC;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=531;TCF=310;TCR=221;TR=447;WE=80828065;WS=80828047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,455:0.84:544
chr17	80828303	rs3744160	G	A	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=114;PP=2926;ReadPosRankSum=0.036;SC=GCCCCCTGACGGCGCCGTGTG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=83;TCR=156;TR=175;WE=80828311;WS=80828293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,180:0.73:246
chr17	80858669	rs9891862	G	A	8026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=AGATTCAGTTGAGCTTATAAG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=393;TCF=156;TCR=237;TR=323;WE=80858677;WS=80858659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,340:0.83:409
chr17	80863857	rs2292971	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,48:0.17:285
chr17	80878389	rs1471197	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	80878666	.	TACCC	T	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=99;QD=71.0;SC=AAATAATGGGTACCCACCGCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=80878681;WS=80878656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr17	80878667	rs376776507	ACC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	80878671	rs10560385	ACC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	80878673	.	C	A	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=107;QD=47.2570708491;SC=GGGTACCCACCGCCCTCTCCC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=80878681;WS=80878656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr17	80884247	rs1078334	T	C	5218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.030;SC=TAGCTTATGGTTCTTCTGTGA;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=150;TCR=115;TR=220;WE=80884255;WS=80884237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,225:0.84:269
chr17	80887206	rs729124	A	G	10843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.284;SC=GATCATTGGCAGCCCGGCCTT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=586;TCF=279;TCR=307;TR=451;WE=80887214;WS=80887196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,467:0.78:597
chr17	80887244	rs1127986	T	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,123:0.22:572
chr17	80887451	rs2034962	A	G	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=90;PP=2965;SC=TCTTGGGAGCATGTATGGAGC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=188;WE=80887459;WS=80887441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	80890638	rs898095	T	C	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=115;PP=2965;SC=CATGACTTCCTTTCCGATTAA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=222;WE=80890646;WS=80890628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	80895253	rs8079398	G	A	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=93;PP=2345;ReadPosRankSum=0.758;SC=TTCAAGTGCTGCTGGCCTTAG;SOR=0.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=63;TCR=110;TR=147;WE=80895261;WS=80895243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,155:0.84:184
chr17	80895745	rs3785520	T	C	10530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=178;PP=2965;SC=GCGACACTCGTGTGTGTAGGC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=374;TCF=196;TCR=178;TR=374;WE=80895753;WS=80895735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	80895769	rs3785521	A	G	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.569;SC=GTGCAGATGTACGCACACACA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=197;TCR=196;TR=388;WE=80895777;WS=80895758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,369:0.99:373
chr17	80895933	rs3785522	A	G	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=85;PP=2590;SC=AGGTTCTGCGAGATGGTGCAG;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=126;WE=80895941;WS=80895923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	80897215	rs3744156	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=3.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,46:0.19:238
chr17	80899229	rs116857425	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,37:0.18:207
chr17	80899281	rs9390	G	A	8442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=137;PP=2965;SC=ACAGGGACGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=167;TCR=138;TR=304;WE=80899289;WS=80899271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	80904844	rs7225887	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.766;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,23:0.12:191
chr17	80914988	rs1001865	G	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.027;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,28:0.19:144
chr17	80923432	rs7217917	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=481;SC=CCCGGAGGCATGGCAAGGCGG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=80923440;WS=80923431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	80963331	rs9901757	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=42;PP=2083;SC=ACGCGCATCTCGGCGGTGAAC;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=80963339;WS=80963321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	81050833	rs74775917	A	AG	13131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=116;PP=2957;SC=GCTGAGTGTGAGATCCTTTGA;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=205;WE=81050841;WS=81050823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	81050982	rs7501742	G	C	11970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=173;PP=2965;SC=GTGAGTGTCTGCTCGGCAGCT;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=111;TCR=173;TR=284;WE=81050990;WS=81050972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	81051007	rs7502442	G	T	10084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=142;PP=2965;SC=CCTCCTGTGCGCCTGGTTTCT;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=77;TCR=142;TR=219;WE=81051015;WS=81050997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	81051887	rs7223467	T	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=3;PP=1165;SC=TGGCAGAGTCTGGGGTCAGCT;SOR=4.534;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=51;WE=81051895;WS=81051877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	81052423	rs8269	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1319;SC=TGGGAGCCGCGTGCCCTGGGC;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=81052431;WS=81052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	81083419	rs28399067	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=1.130;QD=13.90;ReadPosRankSum=2.254;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,61:0.80:76
chr17	81083660	rs141356578	T	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CAGACATGTGTTGGGCATGGA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=60;WE=81083668;WS=81083650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,67:0.94:71
chr18	166710	rs113002946	TTAAAA	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TTGAAGTACATTAAAATAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=166722;WS=166700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr18	166819	rs563155	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr18	196829	rs655781	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=-1.872;SC=TACATTTACCGTACTTACTGG;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=23;WE=196837;WS=196819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr18	203081	rs471274	A	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1742;ReadPosRankSum=-2.050;SC=GGATTTCTTTACATTTTGTCT;SOR=0.451;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=100;WE=203089;WS=203071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,102:0.76:134
chr18	204815	rs56806027	T	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=463;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TATAGTATTATTTGGATCAAT;SOR=0.610;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr18	204816	rs4039610	T	TAAAAA	490.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=482;ReadPosRankSum=-0.440;SC=ATAGTATTATTTGGATCAATC;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr18	214959	rs489947	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=1.493;SC=GCGCAATTCTAAGTATACAAC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=36;WE=214967;WS=214949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr18	219029	.	G	A	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=86;QD=24.1542425094;SC=AAATACTCATGAAGTGGTGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=219037;WS=219019;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr18	224184	rs631343	C	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=856;ReadPosRankSum=0.263;SC=GATGTTCTGTCGTGAACAAAA;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=59;WE=224192;WS=224174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr18	248019	.	TCTTAA	T	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=53;QD=48.0;SC=ATCTAAATATTCTTAACTTAG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=248031;WS=248009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr18	252559	rs657138	G	A	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=77;PP=2848;SC=GAGCTTCCTCGTCTCCCATTT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=172;WE=252567;WS=252549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	259800	rs11369649	G	GA	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=302;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TAAGTTGCCAGAGTGAAATAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=259808;WS=259790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr18	264012	rs652504	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=683;ReadPosRankSum=0.094;SC=AAAACAAAACGGAACCATACT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=46;WE=264020;WS=264002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr18	319935	rs12190	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr18	618124	rs518471	T	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=53;PP=1701;SC=TGGTTTCTTATCTGTGCTGTG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=618132;WS=618114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	619050	rs546696	G	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=325;SC=GTGGCAGCTGGGTCCATGTGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=619058;WS=619048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	624783	rs495688	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=597;SC=TTTAGAATGTATACATTTCAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=624791;WS=624773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	624824	rs495799	T	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=1145;SC=GCACATAGATTATGAAATGGA;SOR=2.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=52;WE=624832;WS=624814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	625070	rs498466	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=431;SC=CACAGTTCTTGAGGCACCTAT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=625078;WS=625060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	645176	rs565034	C	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=713;SC=AACTTGTTTCCAAATACCTGG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=645184;WS=645166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	649759	rs1058151	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=688;SC=TTTTGCTACATACAGTACCAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=649767;WS=649749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	674523	rs113915772	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr18	724612	rs537141	A	G	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=81;PP=2391;SC=ACTTGTTCTAATACTTCACGG;SOR=1.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=145;WE=724620;WS=724602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	904766	rs2231181	G	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=37;PP=2405;SC=GCTCCTCCGCGCTTCACCTCA;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=119;WE=904774;WS=904756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	905125	rs1893154	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=0.462;SC=TTCGCTTGGCATCGCGTCAGG;SOR=0.626;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=39;WE=905133;WS=905115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr18	905537	rs2231183	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=63;PP=2111;SC=AGCTGGGGCTTCCCAGGCACA;SOR=2.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=87;WE=905545;WS=905527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	907564	rs12967282	C	A	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr18	907566	rs8192596	T	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr18	907675	rs8192597	G	A	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=74;PP=2674;SC=AGGAAGAGGCGTACGGCGAGG;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=146;WE=907683;WS=907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	909561	rs2231187	A	G	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1400;ReadPosRankSum=0.015;SC=CTGTCAAGAAATACTTGGCGG;SOR=0.454;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=92;WE=909569;WS=909551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr18	1278665	rs1595005	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1549;ReadPosRankSum=1.218;SC=AATCTGAGTGCTCCCCTGTCT;SOR=0.660;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=98;WE=1278673;WS=1278655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,109:0.68:160
chr18	2539016	rs8084295	C	G	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=64;PP=2965;SC=CCAGACTCCACAGCAATAAAA;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=161;WE=2539024;WS=2539006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr18	2547500	rs2677879	G	T	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=63;PP=2141;SC=GGTATTTGCTGTATTTGCAGG;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=2547508;WS=2547490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	2585077	rs6506019	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=641;SC=GTGTTTTTCAGATCAACTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=2585085;WS=2585067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	2610978	rs3817350	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=437;SC=AGTATGATCTGGCAAAAATTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=2610986;WS=2610968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	2616320	rs1983345	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=53;SC=CACCATGCCCGGCCCTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=2616328;WS=2616310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	2616457	rs9051	G	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=5;PP=327;SC=GGAGCAGATTGCTAAAGTTGA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=2616465;WS=2616447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	2656248	rs2430853	G	C	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=57;PP=2007;SC=GATTTCGCGCGTGTGTGTGTC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=2656256;WS=2656238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	2666046	rs9947882	A	C	288.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=208;SC=AGATAAGTGTAGTGGTTACAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=2666054;WS=2666036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	2688798	rs637651	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=200;SC=GATAGACGGTGGGACAGAACT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=2688806;WS=2688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	2698125	rs626994	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=86;SC=ATCGGTTGGGTTATTCAGGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=2698133;WS=2698115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	2705675	rs8090988	T	A	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	2707619	rs2276092	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1252;ReadPosRankSum=1.586;SC=GCCTAATGAGGTTAGGCCTGC;SOR=0.691;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=84;WE=2707627;WS=2707609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,89:0.70:128
chr18	2718083	.	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTTGGTGCCAATGTGACATTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=2718091;WS=2718073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr18	2726365	rs16943716	C	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=5.119;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AAAATAAAACCAAAATATAAA;SOR=1.872;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=2726373;WS=2726355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr18	2750238	rs2304860	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=721;SC=GTTGGGACTGAATAGAAGTTG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=2750246;WS=2750228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	2751475	rs300293	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=714;SC=GTAAATATATAATGTTATATA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=2751483;WS=2751465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	2771516	rs300291	G	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=18;PP=733;SC=GCAAATTTTTGGTTTTTTATT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=2771524;WS=2771506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	2784404	rs35853884	TGAAA	T	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=1461;SC=TTGGAGCAGTTGAAATAAGTT;SOR=3.737;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=2784415;WS=2784394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	2847681	rs117760114	G	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr18	2847730	rs2289687	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr18	2885118	rs592120	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=623;SC=GGCCTCGAAACAGCTTGAAGA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=2885126;WS=2885108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	2891847	rs3826638	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=694;ReadPosRankSum=1.312;SC=GGGAAGACCGCGCAGTACGCG;SOR=1.129;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=54;WE=2891855;WS=2891837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,57:0.33:172
chr18	2909831	rs607411	C	G	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=78;PP=2656;SC=AGTGTTTGAACGGAACTGGTA;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=2909839;WS=2909821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	2946291	rs643507	C	T	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NR=83;PP=2965;SC=AGTTCCTTCTCCTCAGTAGTC;SOR=0.715;Source=Platypus;TCR=83;WE=2946299;WS=2946281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	2951447	rs138599261	TAA	T	51.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=66;SC=TTCACCATGGTAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=2951456;WS=2951437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	2960969	rs17881253	TTATTAA	T	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.98;NF=0;NR=7;PP=477;SC=ATCATTAGCCTTATTAATTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=2960982;WS=2960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	2982817	rs1539792	C	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=582;SC=GTATATAATCCAAACAGAAAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=2982825;WS=2982807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	3067278	rs2230164	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=0.842;SC=CCTTCTTGCCACCTTTCAGGG;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=3067286;WS=3067268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr18	3075503	rs10667835	C	CAAA	8755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=68;PP=2967;SC=AACAAACAGACGAAGAATTTT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=110;WE=3075511;WS=3075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	3075712	rs2298539	C	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTGCTAGGACCAGGGACTTAC;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=31;WE=3075720;WS=3075702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,35:0.31:113
chr18	3085191	rs148266515	AT	A,ATT	180.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.760;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=13,13;PP=54,179;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GGTATCTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.343;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=13,13;WE=3085199;WS=3085181;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.48:23
chr18	3089522	rs948298	G	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=446;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CTTTATCCACGGCCTATTTTT;SOR=1.082;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=28;WE=3089530;WS=3089512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr18	3100429	rs7232329	G	A	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=2017;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TTCGTCCTTCGGAACAAAATA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=127;WE=3100437;WS=3100419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,139:0.71:196
chr18	3112231	rs8096379	G	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=366;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AGCACAGAAAGGCCGAACCTT;SOR=1.355;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=23;WE=3112239;WS=3112221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr18	3112252	rs55779127	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGTTCAGTATCTTACACAGAT;SOR=0.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=15;WE=3112260;WS=3112242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr18	3112568	rs8097874	C	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=459;SC=TCAAACACTACGCAGGTGACT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=3112576;WS=3112558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	3120060	.	G	A	243	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=4;NR=12;PP=243;QD=17.3607007842;SC=TACTTGTTGAGCATTTTATTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=3120068;WS=3120050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	3129131	rs8089599	T	C	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=162;SC=AGAATGGACATTGATGAAAGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=3129139;WS=3129121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	3134953	rs200029902	A	ATT	224.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	3164385	rs11659820	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=844;ReadPosRankSum=0.284;SC=TCAGCGTTGCCCGCTCTCCAC;SOR=0.781;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=62;WE=3164393;WS=3164375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr18	3176040	rs8099021	C	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=522;ReadPosRankSum=0.713;SC=GTTCTCTTACCCATTAATCTC;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=37;WE=3176048;WS=3176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr18	3188664	rs144550875	TAC	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-2.180;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr18	3188976	rs1962519	A	G	5430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GACTGTTTAGATGTTGTGATT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=333;TCF=139;TCR=194;TR=225;WE=3188984;WS=3188966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,239:0.69:346
chr18	3253543	rs1791105	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=790;SC=TAAGGTTTGAGTAAAGTGTGG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=3253551;WS=3253533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	3253569	rs6417016	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=479;SC=TGTTTCCCACCGGATCACCAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=3253577;WS=3253559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	3272744	rs7242012	A	G	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=113;SC=GTTTAGGTGCATACTTATTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=3272752;WS=3272734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	3272798	rs6506097	AG	TA	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=988;SC=TTTTACCTACAGACTTTAGGT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=3272807;WS=3272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	3272855	rs6506099	C	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	3272874	rs7407072	T	A	2314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.92;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	3273153	rs7407045	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=590;SC=TTTTTTTGTGCGATGTACAAA;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=3273161;WS=3273143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	3277466	rs6506100	TG	CA	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=74;PP=2947;SC=AAAGTACTTCTGTGAAATAGA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=123;WE=3277475;WS=3277456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	3277691	rs6506102	A	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=20;PP=1347;SC=TACGATTGACAAGCTTTAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=3277699;WS=3277681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	3447871	rs151472	T	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=85;PP=2884;SC=TCCCCCCTTCTCCTGGAAAGT;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=3447879;WS=3447861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	3450455	rs238132	C	A	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TCCAGACCCCCGCCTTGCCTC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=170;WE=3450463;WS=3450445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr18	3581966	rs56017170	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,39:0.27:143
chr18	3582272	rs11662259	A	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=806;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AACAAAGACAATGTGATTTCT;SOR=0.973;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=39;WE=3582280;WS=3582262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr18	3742572	rs3745050	C	G	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=49;PP=1323;ReadPosRankSum=0.893;SC=GAAGCAATAACATGTGGCACT;SOR=1.065;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=73;WE=3742580;WS=3742562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr18	5196888	rs7240473	C	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GGCGACGCGCCGAGGCACTCC;SOR=1.739;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=15;WE=5196896;WS=5196878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr18	5196981	rs292285	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=598;ReadPosRankSum=1.422;SC=TCTCCTCTCCGTCCTCTACCC;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=40;WE=5197000;WS=5196971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr18	5196992	rs292286	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=23;PP=1228;SC=TCCTCTACCCTGCTCCCCTCC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=5197000;WS=5196971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	5197170	rs6506291	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr18	5232843	rs9963665	C	T	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=52;PP=2773;SC=ATTGTTACACCCGTCCACAAG;SOR=1.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=143;WE=5232851;WS=5232833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	5233105	rs3887348	C	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=562;SC=GTTTACTTGGCCCTCTGCCTC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=5233113;WS=5233095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	5238208	rs1061666	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=330;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AACGAGCTTACGGACCGGGTG;SOR=2.129;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=19;WE=5238216;WS=5238198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr18	5238412	rs9627	C	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=792;ReadPosRankSum=0.168;SC=TAATTAGCTGCCTCACCGGCT;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=50;TCR=117;TR=62;WE=5238420;WS=5238402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,63:0.36:173
chr18	5238442	rs11795	G	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=0.964;SC=GTTCGTAGTCGCCTACATCGA;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=33;WE=5238450;WS=5238432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr18	5292030	rs620652	A	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=52;PP=2169;SC=TTTTAAAGTAAGTGCTGCAGG;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=115;WE=5292038;WS=5292020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	5292207	rs11327444	CA	C	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.62;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	5407839	rs2874686	C	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=58;PP=1739;SC=GGCACGTGTACGCTCTTGCAT;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=5407847;WS=5407829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	5407911	rs2322093	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=468;SC=TAGGAAGCTTAATAAGAATAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=5407919;WS=5407901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	5410574	rs3817466	A	G	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=74;PP=2529;SC=CCTCAGTGGCAGTGGTCTCCC;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=137;WE=5410582;WS=5410564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	5420014	rs112341867	G	GA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=0.180;SC=TATCTTTACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=5420029;WS=5420004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr18	5420021	.	A	G	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=30;QD=32.3856062736;SC=ACTGAAAAAAAAAATACCAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=5420029;WS=5420004;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr18	5423631	.	A	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=23;QD=19.2570708491;SC=TTACTCTGAGAGGTCATGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=5423639;WS=5423621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr18	5433570	rs2272130	A	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.617;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,59:0.31:193
chr18	5433722	rs3931700	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=693;SC=GCACTACAAACGAACACCTGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=5433730;WS=5433712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	5437961	rs5822861	T	TC	4009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=30;PP=2574;SC=GTAAGCACGCTCTTTCCGGAG;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=58;WE=5437969;WS=5437951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	5577258	rs11876037	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=906;SC=GTATCCAATGTAGAGTTATAA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=5577266;WS=5577248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	5630531	rs4083186	G	A	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=62;PP=1987;SC=GAATTCTCCGGGGTCCAGTCT;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=5630539;WS=5630521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	5630676	rs56114101	G	T	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=5;PP=196;SC=AGCCCGCGCCGCTCAGCCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=5630684;WS=5630666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	5840617	rs9965310	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.372;SC=CTCCCATCAGGTATCTCCACT;SOR=1.508;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=5840625;WS=5840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr18	5840674	rs9966028	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.110;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.918;SC=AAGGGGTGGGCGTGAGGCGGG;SOR=1.739;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=14;WE=5840682;WS=5840664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr18	5956238	rs3737353	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=1.167;SC=GACTTCTTGGCCTGAGGCAAT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=19;WE=5956246;WS=5956228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr18	5956425	rs3737354	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.251;NF=21;NR=26;PP=748;ReadPosRankSum=1.269;SC=AAATGTTTTGCCACGGAAGCC;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=47;WE=5956433;WS=5956415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr18	5956483	rs3737357	G	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.052;NF=7;NR=17;PP=479;ReadPosRankSum=0.104;SC=TGTGGAACCCGTCATAGCCTC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=24;WE=5956491;WS=5956473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr18	5956502	rs34472471	GCT	G	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.160;NF=2;NR=12;PP=605;ReadPosRankSum=1.500;SC=TCCGTGTTGAGCTCACCAGTG;SOR=0.665;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=14;WE=5956511;WS=5956492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr18	5960048	.	T	C	185	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=58.16;NF=5;NR=0;PP=185;QD=43.9542425094;SC=CACACACATATATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=5960068;WS=5960038;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,5:0.36:14
chr18	5960165	rs505559	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,104:0.55:189
chr18	6511473	rs4798453	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=587;SC=CTGTAATAATCGTGGACATCA;SOR=3.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=6511481;WS=6511463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	6511669	rs4798454	T	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=44;PP=1227;SC=GAGCTCTTTGTTGGTGACATT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=6511677;WS=6511659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	6511759	rs58594073	T	TA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.559;SC=ATTACAGCATTCAACCTGTGA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=6511767;WS=6511749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	6513750	rs7242507	G	A	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=962;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCTTTTCTTTGTGCACAAAAG;SOR=0.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=67;WE=6513758;WS=6513740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr18	6837446	rs2303977	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr18	6851267	rs8087719	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.744;SC=TACCTTAGGTGATTTTTAAGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=6851275;WS=6851257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr18	6870524	rs62082833	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=1.036;SC=ATTTGTTTTATAGCAAATAGT;SOR=1.002;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=6870532;WS=6870514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr18	6873354	rs2282522	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=304;SC=TTGAGTGAACGCATAATAATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=6873362;WS=6873344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr18	6912143	rs1056408	A	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=36;PP=1045;SC=AAACCCCAACAAAGTTCTTAA;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=6912151;WS=6912133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr18	6928138	rs4798516	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=369;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AAGAGAGCCCAGCAGCTGCCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=30;WE=6928146;WS=6928128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr18	6928180	rs4797265	G	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=569;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TATGCAGCTCGGTGGACCATG;SOR=0.929;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=41;WE=6928188;WS=6928170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr18	6928257	rs4798517	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=455;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TTTAGGCAGACAGAATAAGGA;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=30;WE=6928265;WS=6928247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr18	6928291	rs4797266	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=514;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GTTTTCCTTTTAATGAAAAGC;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=22;WE=6928299;WS=6928281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr18	6928338	rs4798518	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=749;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TCTTTTCTAACAAAGAACAAC;SOR=0.458;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=43;WE=6928346;WS=6928328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr18	6928422	rs4797267	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1255;ReadPosRankSum=0.742;SC=GTTGTGCCAACAGAGAAAGGT;SOR=0.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=94;WE=6928430;WS=6928412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,106:0.65:163
chr18	6928547	rs4797268	T	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=0.412;SC=GCCCATTTGTTTAATAAGATT;SOR=1.781;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=13;WE=6928555;WS=6928537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr18	6942295	rs733918	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=601;SC=ATGCGATCCATAGCACAAAAG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=6942303;WS=6942285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	6947013	rs489023	C	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=287;SC=AAAAGGTTTTCTTGTAGCAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=6947021;WS=6947003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	6947143	rs2155697	A	C	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=36;PP=1724;SC=GAAGACCCTCATGGAGAGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=94;WE=6947151;WS=6947133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	6947362	rs12966847	C	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=523;SC=CATTTGGCCTCCTGGCTAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=6947370;WS=6947352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	6956504	rs11270496	ACAGCTCCAGCTC	A	3352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=58;PP=2986;ReadPosRankSum=1.203;SC=GATTTTTAGCACAGCTCCAGC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=36;TCR=101;TR=78;WE=6956523;WS=6956494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,151:0.63:241
chr18	6980457	rs693360	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=14;PP=693;SC=CTTCCTTATGTTCCTGAGTGA;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=6980465;WS=6980447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	6980523	rs607230	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=15;PP=776;SC=CACTTACCTTTAGGAATTGCT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=6980531;WS=6980513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	6982443	rs538815	C	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=33;PP=1731;SC=GGCTGCTCAGCGAGACGCTCA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=96;WE=6982451;WS=6982433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr18	6985270	rs11664063	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=596;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TGGAACTCAGCGGCATGGTCC;SOR=0.646;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=38;WE=6985278;WS=6985260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr18	6985468	rs11660907	A	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=977;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TGCATATAGAAAAGATGTGTG;SOR=0.982;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=56;WE=6985476;WS=6985458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr18	6985499	rs11664115	C	T	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=2.513;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr18	6985506	rs616722	T	C	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=1.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	6985506	.	TG	CA	1020	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=22;NR=11;PP=1020;QD=32.5293295413;SC=GTACTGTGGCTGTGCTGAGAT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=33;WE=6985515;WS=6985489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:75,33:0.31:108
chr18	6985507	rs523711	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-2.583;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr18	6985631	rs617206	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=12.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=3.378;SOR=2.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,13:0.15:86
chr18	6985655	rs617573	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=39;PP=1095;SC=GCAGCAGAAACGGCATTTTAA;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=6985663;WS=6985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr18	6986259	rs62081531	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=814;ReadPosRankSum=0.153;SC=TTGAAAGGACGTGGCTTGCTG;SOR=0.374;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=55;WE=6986267;WS=6986237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
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chr18	6999368	rs525231	C	T	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
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chr18	6999694	rs693754	T	C	365.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9837;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GCTTCTAACTTGCGACAGTAA;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=16;WE=6999702;WS=6999684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr18	7008591	rs662471	T	C	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1872;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CCAACCTCCATTGAAATGTCT;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=113;WE=7008599;WS=7008581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,124:0.71:174
chr18	7010428	rs74825364	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=1.333;SC=ACAAAGCTTTCATTCAAAAAC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=14;WE=7010436;WS=7010418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr18	7011413	rs619106	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AAACCCCCTCGGTCGTGCCCC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=93;WE=7011421;WS=7011403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,105:0.76:139
chr18	7011959	rs496865	T	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=-1.989;SC=GGGAGTGGGGTTAGAAGCAGA;SOR=0.420;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=12;WE=7011967;WS=7011949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr18	7012123	rs9946794	A	G	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1412;ReadPosRankSum=-0.641;SC=TGCACTGAGGACCAAAGACAT;SOR=0.674;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=100;WE=7012131;WS=7012113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
chr18	7024300	.	T	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr18	7037866	rs647595	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=1.833;SC=TCTCTAGGGATGGCATTAACA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=7037874;WS=7037856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr18	7042402	rs648161	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GGAAGATAAGATGATCCCAAG;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=13;WE=7042410;WS=7042392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr18	7080135	rs16951199	A	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=0.491;SC=TGTTGCTTTAAATTTCTTAAG;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=16;WE=7080143;WS=7080125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr18	7117623	rs334406	G	C	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GCCCGCCTGCGGGGGACAGGG;SOR=0.470;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=85;WE=7117631;WS=7117613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr18	7117782	rs334407	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.835;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GGAACGCTCCACGGGACGCGA;SOR=0.320;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=51;WE=7117790;WS=7117772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr18	7117880	.	CCCCGCCCCGT	C	223	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=65.19;NF=0;NR=2;PP=223;QD=121.0;SC=CTGCGCCCCGCCCCGCCCCGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=7117897;WS=7117870;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	7774104	rs875530	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=0.067;SC=ATTCTAGAGGTCTGGTTGGTA;SOR=0.371;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=21;WE=7774112;WS=7774094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr18	7888088	rs74903011	G	A	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GACTCTCCTTGATTTTGTTTT;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=65;WE=7888096;WS=7888078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr18	7906458	rs113062273	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr18	7947184	rs11661715	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.239;SC=TGAATTCATCACTCAGGTGTT;SOR=0.275;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=7947192;WS=7947174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr18	8069868	rs2230601	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=751;ReadPosRankSum=0.234;SC=ATACAGAAAACTCACACCCTC;SOR=0.679;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=245;TCF=128;TCR=117;TR=72;WE=8069876;WS=8069858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,77:0.29:265
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chr18	8089027	rs658110	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TTGATGTAAGGTGATCAAGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=8089035;WS=8089017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr18	8343381	rs16953329	T	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=475;ReadPosRankSum=2.844;SC=AGTTGAAACTTACAACAAAAA;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=26;WE=8343389;WS=8343371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr18	8343530	rs2279074	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=357;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TGAGTGGACCGTCTGCTGCAA;SOR=0.913;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=30;WE=8343538;WS=8343520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,35:0.30:116
chr18	8379046	rs3826631	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=188;SC=TTGGGGAGGGAGGGGGAAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=8379056;WS=8379036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	8379089	rs8082894	T	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.08;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
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chr18	8380473	rs657374	T	A	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=55;PP=1567;SC=GGGGGTCAAGTTTGTTTTTAC;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=8380481;WS=8380463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	8384848	rs586931	A	C	159.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TTACATTCTAATAGGAGCAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=8384856;WS=8384838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr18	8387058	rs664201	T	G	6979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	8387065	rs594742	C	T	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	8387195	rs593978	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=43;PP=1395;SC=GGCAAGAGGAGTACAATGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=74;WE=8387203;WS=8387185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	8387219	rs593950	G	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=824;SC=AAGGCCGCACGGTTGTGCACT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=8387227;WS=8387209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	8705583	.	ACGCCGC	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr18	8705679	rs8089706	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr18	8705871	rs142882599	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GAGCCCCGGCTCCCGCCGCCC;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=9;WE=8705879;WS=8705861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr18	8706143	rs11661625	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=439;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GGCCGCAAAGCCAAGCGCGGC;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=30;WE=8706151;WS=8706133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr18	8783835	rs35739383	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ATGGAGGACATGCGGGGCCAG;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=82;WE=8783843;WS=8783825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr18	8784370	rs918272	A	G	9816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=156;PP=2965;SC=ACTCGGAGGAAATGTTTGAGA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=170;TCR=157;TR=326;WE=8784378;WS=8784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr18	8784612	rs1965665	A	G	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1673;ReadPosRankSum=0.417;SC=GAAGAGGAGCAGGGTGAGGGG;SOR=0.504;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=94;WE=8784620;WS=8784602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr18	8786117	rs112600899	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.66;MQRankSum=4.623;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr18	8786117	.	C	CCCCA	283	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=60.09;NF=7;NR=7;PP=283;QD=20.8571428571;SC=ATCCCCCCCCCCCGCCCTCCC;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=14;WE=8786125;WS=8786098;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,14:0.28:50
chr18	8786354	rs2287500	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=44;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TCCGCAGACCGGGAGCACCTG;SOR=0.782;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=52;WE=8786362;WS=8786344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr18	8793236	rs556991	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=58;PP=1474;SC=GCTAGACTCCTGGGCACGTAT;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=8793244;WS=8793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	8809418	rs10583994	TCA	T	4451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TAAAAAGTAATCACACACATC;SOR=0.838;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=68;WE=8809427;WS=8809408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,120:0.67:179
chr18	8809445	rs632423	G	C	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=2357;ReadPosRankSum=0.478;SC=TTTCCCGTTAGAATTGTTGTG;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=124;TCR=99;TR=147;WE=8809453;WS=8809435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,148:0.64:231
chr18	8809568	rs690079	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=1161;ReadPosRankSum=1.320;SC=AGGTGAGAGGGGTGACTCTGA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=64;WE=8809576;WS=8809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,67:0.77:87
chr18	8826083	rs3744977	G	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=82;PP=2965;SC=CTGGCTACACGCTCACTGAGA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=172;WE=8826091;WS=8826073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr18	9104283	rs78247459	G	A	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1090;SC=GGAGCTCCTGGCGTGCCATAC;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=9104291;WS=9104273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	9105108	rs1396740	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=320;SC=ATTACTTATACAACCAGGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=9105116;WS=9105098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	9117867	rs906807	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=11;PP=492;SC=CATAAGACAGTTATGCAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=9117875;WS=9117857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr18	9182331	.	A	AACTTCAGGTAGGT	2895	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=2895;QD=20;SC=GTGGTGCGTAACCTATTGTAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=9182340;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	9182332	.	C	T	146	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=146;QD=25.8244589353;SC=TGGTGCGTAACCTATTGTATA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=9182340;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	9182332	rs60039834	C	CTTCAGGTAGGTT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	9211476	rs56105700	G	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GGGTGAGAAGGCATTCCTTGT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=9211484;WS=9211466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr18	9255982	rs4798791	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=33;PP=1117;SC=AGTAGAGAAAAGATGGATAGG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=9255990;WS=9255972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	9257470	rs142355341	C	T	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=68;ReadPosRankSum=-0.570;SC=ATGGACAGTCCAGTGCATTTA;SOR=0.472;Source=Platypus;TCF=91;WE=9257478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,142:0.71:200
chr18	9512985	rs1813100	G	A	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=57;PP=1901;SC=TTCTCTTGGTGCAGGTGTAAT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=9512993;WS=9512975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	9522606	rs329007	G	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=62;PP=1924;SC=TGAACTTGAGGAGATAGGTAA;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=9522614;WS=9522596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	9522666	rs2241943	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=0.281;SC=GGACAGTGTCAATGTATAAGA;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=12;WE=9522674;WS=9522656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr18	9553179	rs403093	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=282;SC=AGTAAGACACATATTACAGGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=9553187;WS=9553169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	9553481	rs407530	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TCTTTTACTAGAGTGCTTAAA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=9553489;WS=9553471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr18	9562042	rs2306134	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=0.009;SC=GTCTGAATCGCTGTGAATATA;SOR=2.385;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=45;WE=9562050;WS=9562032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr18	9577352	rs329000	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=170;SC=TTAGCTAGGACTGAAAAATTC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=9577360;WS=9577342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	9584557	rs188422269	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CTGCAAATATCTCCAAAATTG;SOR=0.524;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=38;WE=9584565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr18	9708582	rs62078920	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=48;PP=1406;SC=CTCGTCCGCGCGCCCCCTGGT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=9708590;WS=9708572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	9775372	rs6506697	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1418;SC=CCTGTATGTCATTCTCCTTCG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=9775380;WS=9775362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	9775411	rs6506698	A	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=686;SC=CATCAGAATGACCACTCTGTC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=9775419;WS=9775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	9859134	rs10695443	A	AAATATT	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=1693;SC=TGCACAGCCCAAAGCAGGAGT;SOR=4.174;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=27;WE=9859142;WS=9859124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	9886567	rs62078799	T	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.76;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	9886568	rs112324257	TTATG	T	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=29.52;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	9887394	rs2240910	C	T	11707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.626;NF=244;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.899;SC=TAGAGGAAGCCATCCAGCCCA;SOR=0.361;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=503;TCF=251;TCR=252;TR=476;WE=9887402;WS=9887384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,468:0.98:480
chr18	9887497	rs11081510	G	A	20411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;MQRankSum=-0.174;QD=37.04;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,550:1.00:551
chr18	9887546	rs2240906	G	A	20405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.105;NF=244;NR=288;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CCCAAGAAGGGTGACATCCCC;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=535;TCF=245;TCR=290;TR=532;WE=9887554;WS=9887536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,555:1.00:557
chr18	9887936	rs17805544	G	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.269;SC=AGGACCATCAGACCATTCTTC;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=72;WE=9887944;WS=9887926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr18	9888069	rs2240905	A	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=47;PP=1592;SC=ATAAAAAAGAAGAAAAGGTGG;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=9888077;WS=9888059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	10454960	rs28769876	C	G	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=50;PP=2156;SC=GTGCGGGAGGCCCCAGAGCAG;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=10454968;WS=10454950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	10455077	rs28379930	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr18	10455133	rs28484275	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CGCGGCACGGCCTACACTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=9;WE=10455150;WS=10455123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr18	10485357	rs489837	T	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.04;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	10485363	rs91958	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=4.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr18	10487918	rs3185480	C	T	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=100;PP=2965;SC=CAGAGGACCTCGCAGAAGACA;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=162;WE=10487926;WS=10487908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
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chr18	10680104	rs1944383	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=430;SC=ATCTAAAGTTCCCATTCTTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=10680112;WS=10680101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	10680132	rs688237	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.73;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr18	10680163	rs487037	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=16;PP=1369;SC=ACTGGGGAAAGGGATAAATTA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=10680171;WS=10680153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	10698010	rs6146217	C	CGGATGCATTTGTGAACAATTACTGA	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.62;ReadPosRankSum=1.559;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr18	10731665	rs3034920	AT	A	69.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5460;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ATGAGATTCAATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=10731673;WS=10731655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr18	10741011	rs5024299	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1616;ReadPosRankSum=3.044;SC=AGGTTGTAAGGGGATCGAGAA;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=98;WE=10741019;WS=10741001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,111:0.60:185
chr18	10743986	rs7233917	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=-2.591;SC=GCATGAGCAACTGCCCCCGCA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=17;WE=10743994;WS=10743976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr18	10744108	rs8093389	G	A	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.131;NF=52;NR=36;PP=1386;ReadPosRankSum=0.579;SC=ATCAGAAGACGGAAGGAGGAT;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=88;WE=10744116;WS=10744098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr18	10748603	rs8096037	A	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CCCCACTGGGAAGTGTACAGG;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=71;WE=10748611;WS=10748593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr18	10752666	rs7234309	C	T	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1641;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ATCACAAAAACGTTGTATGCG;SOR=0.674;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=109;WE=10752674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,120:0.60:200
chr18	10758023	rs7407105	G	A	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1448;ReadPosRankSum=2.396;SC=CCGCATCAAGGTTCATGCAGA;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=99;WE=10758031;WS=10758013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,112:0.71:158
chr18	10759840	rs35033671	C	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=747;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GATCAGCCAGCAGGCGTGGAT;SOR=1.133;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=54;WE=10759848;WS=10759830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,48:0.29:166
chr18	10759935	rs2865119	A	G	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=11;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1291;ReadPosRankSum=2.437;SC=GAGGCAAAAAAAAAAAATCAG;SOR=0.599;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=80;WE=10759943;WS=10759919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,83:0.70:119
chr18	10759961	rs2865118	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=905;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGGGAAAGGGGACTGGTGATA;SOR=0.044;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=56;WE=10759969;WS=10759951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr18	10762418	rs8095476	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=1130;ReadPosRankSum=1.577;SC=CAAATGTGATGTTAAGCGTCT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=70;WE=10762426;WS=10762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,68:0.57:119
chr18	10762962	rs7241380	G	A	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1068;ReadPosRankSum=0.939;SC=TAATGGTTTGGAGCTGGTACA;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=77;WE=10762970;WS=10762952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr18	10763007	rs7227167	T	C	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1210;ReadPosRankSum=-2.646;SC=ACGTCCAGACTGTGCAGACAC;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=87;WE=10763015;WS=10762997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
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chr18	10784733	rs3830641	GA	G	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TAGGGTTGAAGAGCTGCCTTC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=10784741;WS=10784723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr18	10789014	rs2870106	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=593;ReadPosRankSum=0.538;SC=AATCTCTGCAGAGGTAGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=28;WE=10789022;WS=10789004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr18	10795051	rs7236574	C	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr18	10795057	rs7236576	C	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.53;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr18	10795128	rs7237911	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TAGAGAGTTGTGGTGGAGTGA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=10795136;WS=10795118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr18	10807066	rs75989079	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=525;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TGGAGATTCTAGGTTACTTTG;SOR=0.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=33;WE=10807074;WS=10807056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr18	11066010	rs7236754	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=306;SC=CCATGCCATATTAGCCCTGCT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=11066018;WS=11066009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	11609903	rs8087561	CA	GG	8572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.373;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.544;NF=113;NR=91;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCCGAGGCCGCACCTGCTTCT;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=386;TCF=204;TCR=182;TR=204;WE=11609912;WS=11609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,220:0.55:399
chr18	11619799	rs112261054	ATGT	A	2468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.543;NF=1;NR=38;PP=1789;ReadPosRankSum=-1.751;SC=CAGTTATAGAATGTTGTTGAG;SOR=2.001;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=39;WE=11619809;WS=11619789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr18	11824829	rs1647555	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=0;PP=1122;SC=CTTGCAAAAAACAGTTTTTGC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=40;WE=11824837;WS=11824820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	11824880	rs1647556	T	A	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=2.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	11824886	rs1647557	T	G	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=1.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	11864707	rs4315401	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=462;SC=TGTGCATGGCAGCCCTTTCAG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=11864715;WS=11864697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	11872218	.	T	G	74.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.114;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr18	11884670	rs643652	C	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=819;SC=ACCAGGCACACGTTGAACACC;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=11884678;WS=11884660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	11886563	rs662515	C	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=907;ReadPosRankSum=0.647;SC=CTTTCCTCTGCAGGAGCAGCG;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=66;WE=11886571;WS=11886553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,71:0.32:219
chr18	11893764	rs2277729	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=1.528;SC=GGGAATTAAGTATCAGAGAAG;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=11893772;WS=11893754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr18	11999115	rs11545506	T	C	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1689;ReadPosRankSum=1.528;SC=CTGCAGATCTTGTGACAGAAA;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=125;WE=11999123;WS=11999105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,144:0.69:209
chr18	12012364	rs111737716	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=552;ReadPosRankSum=1.358;SC=TTTCAAATCCGAGAAAATAAA;SOR=0.323;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=35;WE=12012372;WS=12012354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr18	12012457	rs635370	A	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=462;SC=CCTCGTGTCAACCGTGGTCTA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=12012465;WS=12012447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	12014411	rs643107	T	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=35;PP=1290;SC=ACTTCTGAAATAAAAGTGTGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=12014419;WS=12014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	12027941	rs45446291	AT	A	1839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=1227;SC=TCGAAAGATGATCCTTACTCT;SOR=2.160;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=12027949;WS=12027931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	12028224	.	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TAAAACTCCCCTGGGATTTGA;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=12028232;WS=12028214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr18	12076504	rs12966109	A	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=317;SC=CCCCTCGGGGACGCCCATCGT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=12076512;WS=12076494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	12076541	.	G	GCGCCGCCGCCGC	370	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=24;MQ=59.56;NF=0;NR=2;PP=370;QD=190.5;SC=CAGTGCCGCGGCGCCGCCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=12076549;WS=12076531;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr18	12094006	rs9964971	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.027;SC=GAGAAGATCTCTGGCTTCAGG;SOR=1.091;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=9;WE=12094014;WS=12093996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr18	12094031	rs11664969	G	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=426;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AGGTCAGGGGGTCGTTCCTGG;SOR=0.332;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=29;WE=12094039;WS=12094021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr18	12096249	rs1986751	G	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=3.778;SC=GCAAATGGTGGCATTTTTGTT;SOR=0.605;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=23;WE=12096257;WS=12096239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
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chr18	12115509	rs4519391	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.109;SC=GTTACTCATTGAACAAAGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=12115517;WS=12115499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr18	12125657	rs7243248	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=652;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GAATGAGGAAGCATTAACAAA;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=44;WE=12125665;WS=12125647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,46:0.27:168
chr18	12126407	rs9303759	T	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.611;SC=AGATAAGTATTTTTCAAACTT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=12126415;WS=12126397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr18	12254539	rs60132277	C	G	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=94;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CCCTGCTCCCCGCATTCTCTT;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=520;TCF=235;TCR=285;TR=175;WE=12254547;WS=12254529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,182:0.34:541
chr18	12254816	rs7505615	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=248;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGCTTCCGCGATGCGAGGGGA;SOR=0.507;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=21;WE=12254824;WS=12254806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr18	12254956	rs34939372	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-1.570;SC=AGCCCTCCAGGTTGGTGGTGC;SOR=0.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=12254964;WS=12254946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr18	12264492	rs34567652	AC	A	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.115;NF=0;NR=20;PP=689;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TACTGGGTAGACTTTTTACCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=20;WE=12264500;WS=12264482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr18	12274104	rs11545881	G	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=16;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CAGCCAGCACGTCCCCACTTG;SOR=1.172;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=125;TCF=95;TCR=30;TR=76;WE=12274112;WS=12274094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr18	12277358	rs7244929	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=0.625;SC=TGTTCTGAGCCACATGCACTT;SOR=1.577;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=17;WE=12277366;WS=12277348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr18	12308075	rs117110301	G	C	126.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr18	12308273	rs11548177	G	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr18	12308608	rs77669770	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=316;ReadPosRankSum=1.459;SC=GCCGCCGGGGCGCCTGGGGTG;SOR=1.638;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=18;WE=12308616;WS=12308598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr18	12308793	rs11267036	G	C	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.874;SC=ATGAGTCATCGTGTGAGTAGC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=189;TCR=189;TR=228;WE=12308810;WS=12308783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,247:0.61:403
chr18	12329536	rs1129115	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=678;SC=CCACAGTGGACAGACTGAGAT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=12329544;WS=12329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	12353178	rs9966470	A	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.595;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr18	12363683	rs2298543	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=276;SC=ATATCTGGTGCGTATAACTCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=12363691;WS=12363673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	12367442	rs8093375	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=736;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CTCAGCAATGTCTTCATGTAT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=66;WE=12367450;WS=12367432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,74:0.34:216
chr18	12377177	rs12327346	C	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CGGGGAAAGGCCGCCAGGCAG;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=12377185;WS=12377167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	12407916	rs12967213	G	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	12421442	rs3906620	T	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=592;SC=TATCATTTCTTGAATAGTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=12421450;WS=12421438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	12427118	rs7228666	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=550;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AATGTGAGTCATCTCCTGTGG;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=37;WE=12427126;WS=12427108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr18	12429313	rs3760550	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.503;SC=GGAGGCGGGACGACCCACTCA;SOR=0.853;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=17;WE=12429321;WS=12429303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
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chr18	12453005	rs499013	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=4;PP=322;SC=AATAAGGAAGATAATTGGTAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=12453013;WS=12452995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr18	12712817	rs144051037	CATT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=341;SC=AAATAAGTAACATTAGGGATT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=12712827;WS=12712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr18	13387626	rs9957861	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=767;ReadPosRankSum=0.817;SC=GCGATGGACTTGGACAGGCTA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=38;WE=13387634;WS=13387616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr18	13460037	rs59728040	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=0.106;SC=ACGTCGTCACGCCATGGTCAT;SOR=0.580;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=22;WE=13460045;WS=13460027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
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chr18	13643179	rs11080665	C	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.977;SC=GTGATCCATCCGCCTCTGCCT;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=9;WE=13643187;WS=13643171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr18	13666768	rs1149356	A	G	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.438;SC=TGTCATCTTAAGCAAAAACAA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=66;WE=13666776;WS=13666758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr18	13759816	rs4797812	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr18	13762011	rs4461147	C	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=649;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CACACCTTGTCGTCTAAATGT;SOR=1.017;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=35;WE=13762019;WS=13762001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
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chr18	14106039	rs62086326	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=358;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTTACTAATATTTGAGTCATG;SOR=0.177;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=18;WE=14106047;WS=14106029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr18	14124330	.	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=6.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-10.006;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,19:0.13:143
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chr18	14124343	.	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=12.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-11.010;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.504;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,16:0.10:154
chr18	14124346	.	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=12.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-11.146;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.648;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,15:0.09:160
chr18	14156143	rs149108958	A	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.12;QD=26.78;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	14156241	rs115684852	A	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.41;QD=25.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	14157291	rs9959262	A	T	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.031;NF=37;NR=57;PP=1621;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCAGCTGCCTACTTCCTCCGT;SOR=1.189;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=94;WE=14157299;WS=14157281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,105:0.66:159
chr18	14157373	rs7505684	T	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=30;PP=916;SC=ATAAGATAATTTATGAAGTTT;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=14157381;WS=14157363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	14179503	rs112477629	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=0.977;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr18	14179603	rs4797872	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=199;SC=ACAGGTAGCGAGGGCTCAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=14179611;WS=14179593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	14378533	rs2137484	G	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.44;NF=21;NR=9;PP=542;SC=GCGGCCGTCGGGGAAAGCTCG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=14378541;WS=14378523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr18	14393945	rs56386651	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCGGCCGCAGGGGGAGGGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=14393953;WS=14393935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr18	14779969	rs9675365	C	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=6.086;NF=20;NR=9;PP=535;ReadPosRankSum=3.124;SC=ATCAGATGTTCCCATCAGAAT;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=14779977;WS=14779959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr18	14796214	rs9303863	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=741;SC=GTCCCTTTACGTTTAGAGTCT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=14796222;WS=14796204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	14814511	rs201268819	A	G	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	14830262	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.948;NF=0;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=1.299;SC=TTAGAGAAATCCAACTATCAG;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=8;WE=14830270;WS=14830252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr18	14837168	rs56391489	GT	G	2696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=32;PP=1115;SC=TTTTTCTGAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.396;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=62;WE=14837176;WS=14837158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr18	14848821	rs28555630	G	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=46;PP=1624;SC=TGGAACAAACGAAAAATAAGT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=14848829;WS=14848811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	14848935	rs3878726	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=381;SC=TGAGGTATGACATCCTAGTTT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=14848943;WS=14848925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	14850375	rs3126404	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=46;PP=1400;SC=CAAGTAATTTGAATCAGGTAA;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=14850383;WS=14850365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	14851756	rs148887033	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=30.88;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	14852335	rs12386087	C	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.52;QD=30.77;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	14866355	rs1770756	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=374;SC=GGTAGGAGGGTGGCCTGAGTG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=14866363;WS=14866345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	14866373	rs1713892	G	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=406;SC=GTGGTAGGAGGGGGGCTGGAG;SOR=1.426;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=14866381;WS=14866363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	15004661	rs11665121	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.103;NF=5;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TAGGGATGACCGGCCGGGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=14;WE=15004669;WS=15004651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr18	15004728	rs11080802	A	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.842;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGGGGCCACCACGCCCCAGGT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=15004736;WS=15004718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr18	15005736	rs4890719	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.967;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.886;SC=ACCCCAAGCCGGGCCCACCCG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=15005744;WS=15005726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	15005785	rs4890720	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.431;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GGAAGAAGCGCGGAGCGCTCC;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=15005793;WS=15005775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr18	18983766	rs2117317	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=515;ReadPosRankSum=0.936;SC=TTATGGATTGCGTCCCCATCA;SOR=1.497;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=28;WE=18983774;WS=18983756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr18	19029515	rs34656972	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=887;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCAAATTATGCTGAAAGCTAT;SOR=0.545;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=55;WE=19029523;WS=19029505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr18	19065494	rs7234335	C	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=16;PP=921;SC=CCTCTTACAGCGGTCATTTCT;SOR=1.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=49;WE=19065502;WS=19065484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	19079537	rs8087553	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=458;SC=ACACGGAGCAATGTGGAGAGC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=19079545;WS=19079527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	19079853	rs4800747	A	G	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=83;PP=2965;SC=TGAAGCAGGAATGTGACTCCC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=184;WE=19079861;WS=19079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	19080453	rs116851303	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
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chr18	19100717	rs17720074	T	C	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.139;NF=35;NR=61;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.848;SC=TGTTTTTCAGTGGACTCCTTT;SOR=0.949;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=96;WE=19100725;WS=19100707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,109:0.63:173
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chr18	19153494	rs973730	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1272;ReadPosRankSum=0.236;SC=TCCCTAAAAACGTACTTTGAG;SOR=0.907;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=84;WE=19153502;WS=19153484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr18	19154143	rs13381941	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AGATCCTTGCGTGCATTGAGA;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=93;TCR=127;TR=77;WE=19154151;WS=19154133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,83:0.34:244
chr18	19192255	rs2850556	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=739;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CCGCCATGCGCCTGCAGTGCT;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=139;TCR=56;TR=58;WE=19192263;WS=19192245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,67:0.32:207
chr18	19208851	rs2847117	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGGGGGGTGGAGGGAATCTGA;SOR=2.187;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=19208859;WS=19208841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr18	19243976	rs11665314	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-1.476;SC=AATCAGACATTTATTTAAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=5;WE=19243984;WS=19243966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr18	19282515	rs148633631	A	ATTTTG	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.271;SC=TCATGTCTTAATTTTAATTCT;SOR=0.072;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=19282523;WS=19282505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr18	19408891	rs78641532	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr18	19408950	rs9989532	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=22;PP=667;SC=TTTAATTCTCCCTTGGTGGTT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=19408958;WS=19408940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	19423003	rs2276157	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.169;SC=CAGTGTTCGGTGTTATTTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=19423011;WS=19422993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr18	19423963	rs3216119	GT	G	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=236;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TCTTCAGTAGGTCCAGGGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=19423971;WS=19423953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr18	19427096	rs11877131	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=418;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GGTTTGTATTATTTATTATCA;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=38;WE=19427104;WS=19427086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr18	19444661	rs76056004	A	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=0.227;SC=TAGCTAATGTATCTAGTCATG;SOR=0.336;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=16;WE=19444669;WS=19444651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr18	19763011	rs3764962	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=657;ReadPosRankSum=0.400;SC=AGGGGTAAGTATTAAAACAGC;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=58;TCR=89;TR=54;WE=19763019;WS=19763001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,57:0.36:158
chr18	19780527	rs11352746	AC	A	3878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=38;PP=2885;SC=GGCTGCACAGACCCCGTTCAT;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=74;WE=19780535;WS=19780517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	19996011	rs7227477	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.045;NF=14;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTTGTGGAGGGAGAGCTGAAT;SOR=0.641;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=18;WE=19996019;WS=19996001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr18	20555219	rs2336916	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=27;PP=883;SC=TTTTATTTTATTTAGCTATAC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=20555227;WS=20555209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	20564800	rs3052770	TTCA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=0.282;SC=GATAATGCTTTTCATCATCAT;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=20564810;WS=20564790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr18	20586245	rs72889626	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGTTTGAGTGCGTGTCATTTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=20586253;WS=20586235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr18	20715656	rs113232639	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=2.534;SC=CGCCGCTCGCGCCCGCCGCTT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=21;WE=20715664;WS=20715646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr18	20889608	rs114643934	T	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=571;ReadPosRankSum=0.545;SC=ACTCAGTAACTAATTGGCACT;SOR=0.452;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=22;WE=20889619;WS=20889598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr18	20889611	rs17259154	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=1867;ReadPosRankSum=-1.508;SC=CAGTAACTAATTGGCACTTTA;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=53;WE=20889619;WS=20889598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr18	20951270	rs114741124	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr18	20964769	rs8094375	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=465;SC=ATATTCCCACATATGTCTGGT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=20964777;WS=20964759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	21017836	rs7226498	T	C	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=98;PP=2965;SC=CGTCCCCTTCTCGGGGATCCA;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=164;WE=21017844;WS=21017826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	21033582	rs8086258	G	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=86;PP=2144;SC=GGGACCCCGCGGACCTCGGCA;SOR=1.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=42;TCR=88;TR=128;WE=21033590;WS=21033572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	21044087	rs2291992	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=525;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GTATTATAACCTTATTGTGAC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=32;WE=21044095;WS=21044077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr18	21046250	rs4800486	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.35;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr18	21046255	rs34308695	AT	A	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.409;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=532;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GGATTTATAGATTTTTTTTTT;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=33;WE=21046263;WS=21046240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr18	21047278	.	C	CA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr18	21055092	rs7235571	A	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=417;SC=CTTTTAAAAGAATTCACACAC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=21055100;WS=21055082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	21083738	rs303760	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=979;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GTCGTGGGCGCGCCAAGGCCG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=90;TCR=168;TR=79;WE=21083746;WS=21083728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,81:0.30:267
chr18	21088081	rs1652381	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=643;SC=AGCGGGGCATTGGGGTCGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=21088089;WS=21088071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	21100240	rs1367083	C	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=55;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCGTGCTTCCCGCTCGATCGA;SOR=0.344;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=90;WE=21100248;WS=21100230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,94:0.64:146
chr18	21103909	rs891387	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CCTGGATTGTTAGCTCCTTCC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=21103917;WS=21103899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr18	21103971	rs891386	T	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=767;ReadPosRankSum=0.008;SC=CATTTCTTCCTTGACTACAAT;SOR=0.879;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=46;WE=21103979;WS=21103961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr18	21107628	rs111369676	G	GTATTGTATTTCT	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=2954;ReadPosRankSum=0.620;SC=GGTCTTTAAAGTAGAGTGTCC;SOR=1.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=20;WE=21107636;WS=21107618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr18	21109250	rs1788825	T	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=860;ReadPosRankSum=-2.138;SC=TGTCAGCCTTTGTGGAAAAGA;SOR=1.260;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=57;WE=21109258;WS=21109240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr18	21109269	rs1652375	T	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=636;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GAAGGTGGGCTGCAGCTTTCC;SOR=1.296;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=43;WE=21109277;WS=21109259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr18	21113285	rs2510344	T	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AATGTCCTTCTATTGTGCCAC;SOR=0.985;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=79;WE=21113293;WS=21113275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr18	21119291	rs6507720	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1292;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TCAGCAAAACAGGAAAGATTT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=76;TCR=58;TR=90;WE=21119299;WS=21119281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,93:0.69:135
chr18	21119777	rs1140458	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=542;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GTACTGACTAGTTGTCCAGCT;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=35;WE=21119785;WS=21119767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr18	21120035	rs7239575	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GCGAGGATCATGGAGAATAAG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=17;WE=21120043;WS=21120025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr18	21120444	rs1805082	T	C	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=2576;ReadPosRankSum=1.210;SC=TCCAATCCAATATCTACTTTG;SOR=0.703;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=135;WE=21120452;WS=21120434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,121:0.71:170
chr18	21124945	.	C	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=816;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GACAGCTTTTCATGTGCCCCA;SOR=0.375;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=46;WE=21124953;WS=21124935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr18	21127910	rs2435307	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=818;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AAGTGCTTGCCGCAAGTGTCT;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=57;WE=21127918;WS=21127900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr18	21192261	rs1652366	G	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=955;SC=CCTCATACCCGTAACCTTCCT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=21192269;WS=21192251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	21209988	rs11660305	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=767;SC=TAGGGCGGGTGCAGTGGCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=21209996;WS=21209978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	21294117	rs34200895	TA	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.736;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr18	21338276	rs6507894	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=0.448;SC=CGTGATGACTCGTGTGTCAGG;SOR=0.333;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=17;WE=21338284;WS=21338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
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chr18	21413869	rs9962023	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CGGAGGCAGCTCAGCTGTTTG;SOR=0.449;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=21;WE=21413877;WS=21413859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr18	21414100	rs1109949	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr18	21414110	rs1109950	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr18	21437721	rs867448	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.134;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GGCTTTGCACACCAATTAGTC;SOR=0.350;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=45;WE=21437729;WS=21437711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr18	21437931	rs867449	G	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=840;ReadPosRankSum=2.051;SC=GTGACCCAGGGACCGGGGCTT;SOR=0.474;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=176;TCF=66;TCR=110;TR=60;WE=21437939;WS=21437921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,64:0.34:187
chr18	21474827	rs1268716	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.664;SC=GCAGTCCCACGGCTCCCCCCA;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=67;WE=21474835;WS=21474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr18	21474995	.	CA	C	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=552;ReadPosRankSum=-0.330;SC=AGATGAGGCACATGGAGACCC;SOR=0.900;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=18;WE=21475003;WS=21474985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr18	21479217	rs188310963	A	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=0.114;SC=GGAGCCCAGAATTCCCAGTCT;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=20;WE=21479225;WS=21479207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr18	21481233	rs1154226	C	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=779;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CTGCCCAAGCCAAGCAGGCAA;SOR=0.401;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=50;WE=21481241;WS=21481223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr18	21481340	rs1154227	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=290;SC=TGAGAGAAGCAGGGATCTTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=21481348;WS=21481330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	21483206	rs729814	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=1.132;SC=CTCTTAGATGGAAGAGAATAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=21483214;WS=21483196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr18	21495194	rs45521536	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr18	21495483	rs1541836	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.799;SC=GAGATGCTATTGATGTTGCTA;SOR=4.398;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=21495491;WS=21495473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr18	21511034	rs1154232	C	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2332;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGACAAGGAACCTGCAGGTCA;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=160;WE=21511042;WS=21511024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,163:0.67:244
chr18	21511089	rs1154233	A	G	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=125;NR=123;PP=2965;SC=CGATAGCGGCAGCCCAATTTT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=248;WE=21511097;WS=21511079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr18	21511172	rs1258107	G	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=54;PP=1318;ReadPosRankSum=1.567;SC=CTGGGTGAGTGGAATAATACT;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=78;WE=21511180;WS=21511162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr18	21513768	rs1131521	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=998;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TCCTGAAGTCCTAGATTTGAC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=67;WE=21513776;WS=21513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,73:0.66:111
chr18	21526006	.	C	G	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=26;QD=20.2570708491;SC=TTTGAAGGAGCATGAAAACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=21526014;WS=21525996;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr18	21531512	rs2288593	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=1.008;SC=GTCAAATGCTTCAAAAGCGGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=9;WE=21531520;WS=21531508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr18	21644091	rs56229252	G	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr18	21662816	rs2305024	A	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=24;PP=1900;SC=TGGAGTTTTGAAAAATGGAAA;SOR=1.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=21662824;WS=21662806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	21693671	rs894931	G	A	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=65;PP=2550;SC=AGATTAAACTGATGCTTTGAA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=21693679;WS=21693661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	21694618	rs4800176	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=66;PP=1933;SC=ATTGGTAAATGTGAAATGTCT;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=21694626;WS=21694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	21705624	rs2306811	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=23;PP=648;SC=ATCGGAGTCAGGGAGAGTACA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=21705632;WS=21705614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	21706607	.	ATTT	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.922;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr18	21736933	rs1049683	T	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=670;SC=AGAAGGGGAATCAACAGCTGA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=21736941;WS=21736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	21739725	rs1049684	T	C	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=57;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AACCTCTTCCTGGACATGCTG;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=119;WE=21739733;WS=21739715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,124:0.74:167
chr18	21759593	rs12604451	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	21938384	rs7226913	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=16;PP=1060;SC=CCTGTCCACTTCTTCCCCACC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=21938404;WS=21938374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	21938396	rs7226922	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=1112;SC=TTCCCCACCCTCGTGCACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=21938404;WS=21938374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	21938658	rs7227401	T	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=33;PP=1003;SC=TTAGGTGAGATAGAGAGAATT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=21938666;WS=21938648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	21946572	rs656487	T	A	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.46;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
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chr18	22010421	rs9783924	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=582;SC=ACCTGTGAACCCTTTGTTAGA;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=22010429;WS=22010411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	22017752	rs1941814	C	A	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=24;SC=CCTGTATTAACTACTCAGACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=22017760;WS=22017742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	22020543	rs677688	C	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=19;PP=759;SC=GGAAAGTTCGCTTAAAGCATT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=22020551;WS=22020533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	22804244	rs4129657	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.475;SC=GTGGAGAGTGTAAACATAAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=5;WE=22804252;WS=22804234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr18	23598160	rs607404	A	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-1.879;SC=TTATAACTAAACCACAAAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=8;WE=23598168;WS=23598150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr18	23854692	rs17224558	C	T	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=78;PP=2733;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CTGTAACTACCCTGAAGCCTT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=269;TCF=146;TCR=123;TR=172;WE=23854700;WS=23854682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,178:0.64:276
chr18	23866349	rs3744961	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CTTCTGCTGGGACCACATCTG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=81;WE=23866357;WS=23866339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,88:0.61:145
chr18	23866482	rs8089000	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.928;SC=CATTTTGTTTCTTCCCCAGTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=23866490;WS=23866472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	23873463	rs1677016	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr18	23937543	.	TA	T	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.915;NF=4;NR=8;PP=431;ReadPosRankSum=0.421;SC=ATGTTTATTTTATATTGTAAC;SOR=0.509;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=12;WE=23937551;WS=23937533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr18	23970146	rs3216114	TACAG	T	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=610;ReadPosRankSum=-1.800;SC=ATGGGACTCTTACAGACTCAG;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=23970157;WS=23970136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr18	24035675	rs3753	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=522;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGGTTGTGTGTGTTTTCCTTT;SOR=0.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=45;WE=24035683;WS=24035665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr18	24039964	rs3835044	AT	A	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.360;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CTAAGAGGTGATTTTTTTCCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=24039972;WS=24039954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr18	24445692	rs162008	C	T	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=84;PP=2572;SC=TTGCCTGCCCCGCAGCTCCCT;SOR=1.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=127;WE=24445700;WS=24445682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr18	25565082	rs1220144	A	G	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=78;NR=72;PP=2514;SC=AAACCTTCACACGCAGGATGG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=150;WE=25565090;WS=25565072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr18	25570228	rs1628684	G	C	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=85;PP=2738;SC=TTGACTGAGGGGGGTGCTGAA;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=170;WE=25570236;WS=25570218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	25572837	rs1662733	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=56;PP=1681;SC=TCAGAGGAGGGGCATGGACCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=25572845;WS=25572827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	25573308	rs1662734	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=801;SC=GGATGCCTCACGTAAGGCCCT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=25573316;WS=25573298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	25573622	rs2957286	G	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=37;PP=1114;SC=ATAAAGATAAGAACTTAAATG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=25573630;WS=25573612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	25585687	rs874314	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=1.030;SC=TTTCCCAAAAGCATTATGAAT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=25585695;WS=25585677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr18	25593931	rs1443453	A	C	107.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GCAAAAAAAAACCCCTAATAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=25593939;WS=25593921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr18	25616451	rs1944294	A	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=779;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GAAAACATACAATTCTGCTTG;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=46;WE=25616459;WS=25616441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr18	25727760	.	GA	G	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.431;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr18	28605715	rs202439	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=0.053;SC=GCATATCAATAAAAGTCCTAC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=11;WE=28605723;WS=28605700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr18	28610988	rs276938	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=0.989;SC=TGTCTGTTTCCTTTTGTCAGA;SOR=1.692;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=21;WE=28610996;WS=28610978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr18	28611061	rs276937	A	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,46:0.27:168
chr18	28611139	rs276936	A	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	28659724	rs1658128	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=309;SC=AGTGCATGTATCCAGCTTTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=28659732;WS=28659714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	28666526	rs35717505	T	TTAA	2756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.34;NF=15;NR=13;PP=1539;SC=TCAGGTTTTATTGTTTATGTT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=28666534;WS=28666516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	28671212	rs1790683	T	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ATTAGCTGGGTAGGGGTGAGA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=28671220;WS=28671202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr18	28671381	rs34593516	GA	G	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.958;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=1.875;SC=AAGCAAAACTGAAAAAAAAAT;SOR=0.245;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=28;WE=28671389;WS=28671371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr18	28711519	rs1789072	C	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=1006;ReadPosRankSum=1.471;SC=TAGCATTTAACTTCCATGTAA;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=68;WE=28711527;WS=28711509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr18	28712686	rs1992143	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.541;SC=TAAAACACAGACATTAAATCA;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=5;WE=28712694;WS=28712676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr18	28719674	rs1789043	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-1.352;SC=AAAACATGTCATATATTTATA;SOR=0.086;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=28719682;WS=28719664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr18	28720147	rs17800159	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=729;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ATAATTTTAACGGTGACAGTT;SOR=0.801;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=63;WE=28720155;WS=28720137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,68:0.34:199
chr18	28721882	rs12455973	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	28721913	rs12458870	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	28721922	rs12458919	G	A	354.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr18	28722103	rs2577074	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=38;PP=1480;SC=CCTTCATTCGTAAAATCTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=28722111;WS=28722093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr18	28723835	rs12454734	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	28728384	rs2577067	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=291;SC=AATGATAAAACGTAAACATCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=28728392;WS=28728374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr18	28734749	rs2249810	A	G	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=45;PP=2372;SC=CAAACTGTTCATATTTCTCAC;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=140;WE=28734757;WS=28734739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	28737198	rs2246736	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=109;SC=TTTATTTACACTAATTGTAAG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=28737206;WS=28737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	28737299	rs2118342	T	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=12;PP=898;SC=GTAAGCATATTACTGTGCTAG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=28737307;WS=28737289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	28739238	.	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.633;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=1.057;SC=GGATGGTCTCGATCTCCTGAC;SOR=0.031;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=28739246;WS=28739228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr18	28898201	rs1834582	A	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=992;ReadPosRankSum=0.701;SC=TGGGAGAAAGAAAAAGAACAG;SOR=0.471;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=57;WE=28898209;WS=28898191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr18	28898294	rs1426310	A	G	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AGTAGTTGCAATGCTGTTCAT;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=115;WE=28898302;WS=28898284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,123:0.61:203
chr18	28906460	rs57200666	TG	CA	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TATGGTTTCATGTTGTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=28906469;WS=28906450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr18	28907096	rs765054	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.727;SC=ACTATAGTCACCTAGATGATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=28907104;WS=28907086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr18	28908090	rs2303465	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=641;ReadPosRankSum=0.189;SC=GAAAGCTGTCGTATATCAAAT;SOR=1.047;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=34;WE=28908098;WS=28908080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr18	28913599	rs12967407	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1056;ReadPosRankSum=0.697;SC=ACCGAGATGGCGGGGCAGATG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=79;WE=28913607;WS=28913589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr18	28913929	rs5823800	TTC	T	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr18	28916230	rs74277377	G	GAT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AAGATAATAAGTTTTTTTTGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=28916238;WS=28916220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr18	28916290	rs6506917	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTCTTATAATGAAACTATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=28916298;WS=28916280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr18	28923983	rs11660224	AT	CA	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=760;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TTTGTTTAACATCTCAAATGC;SOR=0.749;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=20;WE=28923992;WS=28923973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr18	28957072	rs10502570	A	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
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chr18	28968959	rs9956865	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=577;ReadPosRankSum=0.692;SC=ACACAGCCAGCATTGAAGAAA;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=41;WE=28968967;WS=28968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr18	28969008	rs16959863	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=1.859;SC=TCCTTCTCTACGTCACAGCAT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=13;WE=28969016;WS=28968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr18	28986333	rs4799570	A	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=44;PP=1529;SC=CCTGCTACTGATTTGTAAGTA;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=28986341;WS=28986323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	28989674	rs1020839	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TAACATAAAGCGTTTGTTTTT;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=23;WE=28989682;WS=28989664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr18	29027745	rs10084010	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr18	29027757	rs8085523	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
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chr18	29028057	rs141268501	T	TTTTG	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr18	29104698	rs2230233	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=-1.806;SC=ATCAAGTCAACGTAGAAGTTA;SOR=0.738;Source=Platypus;TCR=44;TR=34;WE=29104706;WS=29104688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
chr18	29116462	rs2276150	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
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chr18	29126670	rs1791235	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CCACCAGAGTTACCAAGCATA;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=68;WE=29126678;WS=29126660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,73:0.32:228
chr18	29207155	rs1026123	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=1.127;SC=AAGGTTTCAGCCTTTTATGTG;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=12;WE=29207163;WS=29207145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr18	29237765	rs1449086	T	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CCCTTCAAAATGCGCTTTGCC;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=29237773;WS=29237755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr18	29237860	rs1449087	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=973;ReadPosRankSum=-1.769;SC=CCTGCTCCTGCTGCACTCAAA;SOR=1.183;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=62;WE=29237868;WS=29237850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr18	29264182	rs1449081	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=643;SC=GCCCCTGTTTGAACAGCTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=29264190;WS=29264172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	29340343	rs11875226	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.114;NF=15;NR=18;PP=493;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TAAGTGCAAGCGTAGTTGTCT;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=33;WE=29340351;WS=29340333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr18	29426552	rs34846731	A	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	29426868	rs682279	A	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=173;SC=AGTGGAAATAATATGGCCAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=29426876;WS=29426858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	29447468	rs2291238	T	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=393;SC=AAATTATACATTCCAATGAAC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=29447476;WS=29447458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	29451174	rs8084584	T	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	29487596	rs4581778	T	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	29489049	.	G	GA	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.4999;HP=14;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=22;QD=10.3333333333;SC=TACTGCTAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=29489057;WS=29489039;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr18	29497573	rs6506948	A	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=46;PP=1760;SC=TTCATGATCCAATGCTGGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=98;WE=29497581;WS=29497563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	29617255	rs9947278	T	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CCCCACCTATTTTCATGGTTA;SOR=0.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=17;WE=29617263;WS=29617245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr18	29625685	rs61749945	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,42:0.22:189
chr18	29672559	rs8095867	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=17;PP=833;SC=CGCGTGCGGCAGTAGCGTCTC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=29672567;WS=29672549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	29703353	rs17735362	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.085;SC=ATAGGAAAAAGGTGTATTGAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=29703361;WS=29703349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr18	29708981	rs684359	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=3;PP=296;SC=TGTAATGTGTGTCAAGATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=29708989;WS=29708971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	29784370	rs17663067	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.162;SC=GACTGAATTTCTAAGCATGTG;SOR=0.602;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=29784378;WS=29784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr18	29788107	rs4799640	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TTATGGACTCGTGCAGTTTTG;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=26;WE=29788115;WS=29788097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
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chr18	29793526	rs335518	C	T	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1776;ReadPosRankSum=2.521;SC=ACCACCGGTTCGTAACTCATT;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=212;TCF=95;TCR=117;TR=122;WE=29793534;WS=29793516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,132:0.58:228
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chr18	29795101	rs233223	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1053;ReadPosRankSum=0.351;SC=GGCTTTGTTCTCTAATGGAAC;SOR=0.501;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=70;WE=29795109;WS=29795091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr18	29797958	rs680321	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=668;ReadPosRankSum=0.809;SC=TGATTATTCATAACCTATTGG;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=47;WE=29797966;WS=29797948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,48:0.36:133
chr18	29800119	rs673408	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr18	29972774	rs3786309	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=13;PP=819;SC=CTTTCTAGTTTACAGACAATT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=29972782;WS=29972764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	30257367	.	T	TA	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=25.5;SC=GGGCTTCTTTTAAAAACAAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=30257375;WS=30257357;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr18	30275526	.	G	GA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr18	30349691	rs17851892	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=558;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TCTGGCAGACCGGGTCGGTTC;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=38;WE=30349699;WS=30349681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr18	30351955	rs7234849	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.664;NF=14;NR=8;PP=252;ReadPosRankSum=0.516;SC=GAGGAGGGCAGGGTGGGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=22;WE=30351963;WS=30351945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr18	30352057	rs200605696	GCGCCGGCC	G	4159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=43.33;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	30352114	rs71366355	C	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.937;NF=85;NR=34;PP=2542;ReadPosRankSum=2.914;SC=CGCCGCCGCCCGGCTCGGAGG;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=125;TCR=55;TR=119;WE=30352122;WS=30352101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,90:0.62:144
chr18	30554792	.	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-2.260;SC=TTTCACAGTCTCTTGATTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=30554800;WS=30554782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr18	30672631	rs1995096	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	30804756	rs466113	C	T	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=13;PP=895;SC=TGTTCTTTGTCGAGACTTCTG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=30804764;WS=30804746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	30846895	rs9965081	A	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=556;SC=ATTGGTTTTTACTGTTATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=30846903;WS=30846885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	30908047	rs8087168	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr18	30950168	rs9965655	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=57;PP=1818;SC=AGAGAACAAATAGAAGTTCAT;SOR=1.337;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=92;WE=30950176;WS=30950158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	30976968	rs4447495	C	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=132;SC=TTTAAAGAAGCGTTACGATTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30976976;WS=30976958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	30977255	rs6507018	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=257;SC=GTAAGGATACGGGAAGAAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=30977263;WS=30977245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	31225030	rs4799705	G	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=551;ReadPosRankSum=0.474;SC=ACATGTGAAGGTAAACAAAAT;SOR=1.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=30;WE=31225038;WS=31225020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr18	31241497	rs9304126	C	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=4;PP=1157;SC=TTTTCAATTGCAGAAAAGCTC;SOR=3.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=45;WE=31241505;WS=31241487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	31263320	rs8086318	G	A	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=44;PP=2965;SC=GTACGTACACGTTTCCCTCTA;SOR=1.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=107;TCR=44;TR=151;WE=31263328;WS=31263310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr18	31263603	rs62092392	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=0.974;SC=GTCTATTATCAAAGATGACTT;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=12;WE=31263611;WS=31263593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr18	31323108	rs187632583	T	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-0.544;SC=ACGAGAACTCTGGCACACATC;SOR=0.640;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=24;WE=31323116;WS=31323098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr18	32386125	rs4458079	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=1.724;SC=GTACTCCAAATGACATCATGG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=32386133;WS=32386115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr18	32459704	rs2288085	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=41;PP=1342;SC=TCCGCTTGGAAGCATTTTCTC;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=32459712;WS=32459694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	32461896	rs623966	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=317;SC=TTTAGGTATTACTAAAGAAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=32461904;WS=32461893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	32470291	rs9944927	G	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=28;PP=1624;SC=GACCAGACTCGAGCACCCCTG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=32470299;WS=32470281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr18	32650341	rs3744923	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.131;SC=GTCATGTGGAATGTGATTTTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=32650349;WS=32650331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr18	32836089	rs4799376	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=26;SC=ATTATGAGACTAGAGAAAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=32836097;WS=32836079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	32886528	rs147217916	T	TAGTC	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=7;PP=1268;SC=ACAAACATTTTAGAGTTCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=21;WE=32886536;WS=32886518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	32887914	rs1131709	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CATTAAAACCACACTGGATCC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=32887922;WS=32887904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr18	32887933	rs9963614	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=301;SC=CCGGATACGTATGGTGGCTCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=32887941;WS=32887923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	32917644	rs2032729	T	C	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AACACCCATATTGAGAGTGCC;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=94;WE=32917652;WS=32917634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr18	32917780	rs5823970	G	GA	312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=11;PP=404;SC=TCTATTAAGGGAAAAGAAACC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=32917788;WS=32917770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	32948446	.	T	TTTTA,TTTTATTTATTTA	871.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.95;QD=45.88;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,11:0.42,0.58:19
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chr18	33034932	rs77030746	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.219;SC=TTTGGTGGTTCCTGTAAAAGT;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=33034940;WS=33034922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr18	33077660	rs189576	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=771;SC=GCGCACGCGCAGCCTGGGAGC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=33077681;WS=33077650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	33077673	rs117569917	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CTGGGAGCGCGACTGCGTACC;SOR=1.045;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=11;WE=33077681;WS=33077650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr18	33077912	rs112435799	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1706;ReadPosRankSum=-2.095;SC=TCCGCTGTTACTTCCGTCTTG;SOR=1.081;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=75;TCR=95;TR=111;WE=33077920;WS=33077902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,122:0.66:185
chr18	33234532	rs17561903	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-1.461;SC=AGGGTATGAACGTGATTTCTG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=33234540;WS=33234522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr18	33243536	rs3744989	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-1.737;SC=AAATAGAATCATGAATCAATC;SOR=1.781;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=33243544;WS=33243526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr18	33269274	rs3737383	T	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.255;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CTTAAAAAAATTTAATCTTTT;SOR=1.382;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=23;WE=33269282;WS=33269264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr18	33272291	rs201969184	AAT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGAGGTAAGAAATATATATAT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=3;WE=33272300;WS=33272281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr18	33282985	rs9989616	A	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AACTCTTAAAAGGGATAATTT;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=33282993;WS=33282975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr18	33283016	rs34294638	C	CT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=0.565;SC=TTTACTTTGCCTTTTTTTTAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=33283024;WS=33283006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr18	33647254	rs1789517	A	C	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=88;PP=2965;SC=TGACGATGGGACGCGAGTGTT;SOR=1.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=273;TCF=185;TCR=88;TR=272;WE=33647262;WS=33647244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr18	33694120	rs1050631	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1301;ReadPosRankSum=-1.868;SC=ATCCAGGCCAGAGTGGCGACG;SOR=0.983;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=73;WE=33694128;WS=33694110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr18	33696772	rs1789504	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CAATACTTTAAAACAGTAATT;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=33696780;WS=33696762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
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chr18	33718201	rs74715150	T	TC	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.120;NF=8;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=-0.570;SC=ATCCTTTTTTTCACAATGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=12;WE=33718209;WS=33718191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr18	33767568	rs113873219	C	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.372;SC=GGGACCCGAGCGCACCGCGGC;SOR=0.214;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=17;WE=33767576;WS=33767558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr18	33778607	rs596644	C	A	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=111;PP=2965;SC=ACAAAAGAAGCGACCCTAAGT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=247;WE=33778615;WS=33778597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr18	33779821	rs646424	C	A	7613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=116;PP=2965;SC=AGTGGGTATGCGGAACGTGAC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=149;TCR=116;TR=265;WE=33779829;WS=33779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr18	33779855	rs623053	C	T	8206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=116;PP=2965;SC=GTCATATCCACCCCGGTCAGG;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=163;TCR=116;TR=279;WE=33779863;WS=33779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr18	33779896	rs540967	A	G	9226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AGAGGAACGTAGTGCTTCAGC;SOR=0.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=309;WE=33779904;WS=33779886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr18	33780020	rs623558	A	G	10346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=184;PP=2965;SC=GGGCGGTTGCACCCTGTGAGC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=181;TCR=184;TR=365;WE=33780028;WS=33780010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr18	33783030	rs579596	T	C	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=60;PP=2219;ReadPosRankSum=-1.838;SC=GCACATGGATTGTTTTGACCA;SOR=1.046;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=233;TCF=138;TCR=95;TR=156;WE=33783038;WS=33783020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,168:0.68:246
chr18	33785093	rs678560	G	A	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=38;PP=1559;SC=GTATACCTACGTGGCCCTGTC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=33785101;WS=33785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	33785185	rs667667	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1224;SC=TTCAGGGCCCAATCATCAATT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=33785193;WS=33785175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	33785304	rs667195	T	C	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=180;SC=GAGAGCAATGTAGTGTGACAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=33785312;WS=33785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	33793231	rs146633683	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=0.462;SC=TATCATCATTTTATTATTAGG;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=9;WE=33793239;WS=33793221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr18	33793511	rs687387	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=347;SC=TTGCTGCCTGTGTGTCTGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=33793519;WS=33793501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	33795425	rs631108	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=1.407;SC=ACTGTTTCCAGTGTCTCTATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=33795433;WS=33795415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr18	33828980	rs567458	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CTCTGAAGCACGTGAAAATCT;SOR=0.613;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=31;WE=33828988;WS=33828970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr18	33829077	rs568388	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CCAGTTGCTGTCCATTTCTCC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=11;WE=33829085;WS=33829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr18	33831044	rs518413	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.567;SC=TATTTTGTAACCAAACTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=33831052;WS=33831034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr18	33848581	rs1057251	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.813;NF=24;NR=34;PP=606;ReadPosRankSum=3.355;SC=GTGCTCCCTGTGTTGAAAGAG;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=64;TCR=85;TR=58;WE=33848589;WS=33848571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,60:0.38:157
chr18	33848663	rs111317566	A	ATACAT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=2.862;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr18	34081849	rs17565834	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=251;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TTTCACTGTCAATAGAGTCAG;SOR=0.243;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=20;WE=34081857;WS=34081839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr18	34174958	rs8087763	T	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=33;PP=1067;SC=TAAGAATTAATAGAATTCCCG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=34174966;WS=34174948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	34182800	rs34287129	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=-1.863;SC=GACCCCTGGTATCTGTGCTTG;SOR=1.390;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=29;WE=34182808;WS=34182790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
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chr18	34229142	rs200718973	GT	G	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.542;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr18	34261559	rs542241	T	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=575;SC=AGATTTTTTTTAAATAGTGAG;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=34261567;WS=34261549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	34261581	rs34100890	AG	A	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=645;SC=TAAAAATTAAAGGCATGTGAC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=34261589;WS=34261571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	34273039	rs479570	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=51;SC=GCAGGCTGACTCTCCAGCCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=34273047;WS=34273029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	34273440	rs483351	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=19;PP=541;SC=AGACAGGCTTCCTCAGGGCAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=34273448;WS=34273430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	34297753	rs3809994	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GAAGTGAGGCCCCCTTGCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=34297761;WS=34297743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr18	34408969	rs9958080	C	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=254;SC=CCTTCGCCCCCACCCTCTCGC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=34408977;WS=34408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	34539578	rs3744904	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=8;PP=235;SC=CTGTTCCTGGACCCAAAGGTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=34539586;WS=34539568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	34801866	rs3747897	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr18	34850846	rs1443638	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=680;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TGCTAGGCACGGCTGGTGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=37;WE=34850854;WS=34850836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr18	35065374	rs5824066	CG	C	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=403;SC=CGAGCTCAGGCGGGGCGGCGG;SOR=2.985;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=35065382;WS=35065364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	35065396	rs4799451	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=497;SC=CGCCCTGCCGTCCTCTCCCCG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=35065404;WS=35065386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	35145660	rs138975334	T	TCTCG	1574.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.405;NF=0;NR=22;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CGCTCCTCTCTCTCGCTCGCT;SOR=0.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=22;WE=35145668;WS=35145650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr18	39535169	rs3833864	T	TC	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=568;ReadPosRankSum=0.731;SC=AACCGGAAGTTCCGTGTTGTG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=15;WE=39535177;WS=39535159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr18	39542407	rs33946724	GAT	G	1666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=13;PP=1273;SC=TTAAAAGAAAGATATATATAT;SOR=1.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=25;WE=39542416;WS=39542397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	39570683	rs11082257	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TATAACTACAACAAGATTACA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=39570691;WS=39570673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr18	39584264	rs3819162	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GCCTAGTCAACTTCTCTATCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=12;WE=39584272;WS=39584254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr18	39584412	rs34205132	T	C	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1239;ReadPosRankSum=0.040;SC=AGCCGATGGATGTAGAGGACT;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=90;WE=39584420;WS=39584402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,92:0.64:143
chr18	39600755	rs8095411	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr18	39623942	rs534507	A	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=249;SC=ATGCTTTGACATAATAGTATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=39623950;WS=39623932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	40323497	rs1804730	G	T	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=57;PP=2965;SC=AAGAACCTTTGAGCTTCTTCC;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=160;WE=40323505;WS=40323487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr18	40613840	rs12954451	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr18	42456653	rs663651	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.276;NF=32;NR=27;PP=908;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CCCATTCCCCGCAAAACCCGG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=59;WE=42456661;WS=42456643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,78:0.56:140
chr18	42456670	rs3085861	C	CTCTT	3317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.313;NF=8;NR=36;PP=2326;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CCGGTTCTCTCACTCTTCCTT;SOR=0.797;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=44;WE=42456678;WS=42456660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,85:0.58:147
chr18	42532606	rs3744825	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=821;ReadPosRankSum=-1.505;SC=AAACTCCCACGTAAAGATGTC;SOR=0.966;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=64;WE=42532614;WS=42532596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,68:0.34:201
chr18	42532693	rs1064204	C	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1835;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TGACATGCAGCCTTCTCTGAA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=111;WE=42532701;WS=42532683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,118:0.60:196
chr18	42533130	rs8096662	A	G	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=74;PP=2965;SC=GCACGAGATCAGAGAACCTGG;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=147;WE=42533138;WS=42533120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr18	43206985	rs1484873	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=360;SC=GGTGATGTTCATCAACAATCC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=43206993;WS=43206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr18	43246779	rs2170973	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGAGGTTAAACAGCAATTTAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=43246787;WS=43246769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr18	43247001	rs2156609	C	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=764;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGAAAAGGGTCAGCAAAGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=47;WE=43247009;WS=43246991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr18	43247784	rs9964193	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=498;ReadPosRankSum=0.987;SC=CTTCCTGCCCCGGTTCCATTT;SOR=1.115;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=31;WE=43247792;WS=43247774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr18	43248504	rs6507631	T	C	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,73:0.61:119
chr18	43248509	rs10451385	T	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.08;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr18	43248578	rs9304319	C	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=0.852;SC=GTCCACTGGACTAATAACTAA;SOR=0.931;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=18;WE=43248586;WS=43248568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr18	43252786	rs1531926	A	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=26;PP=1186;SC=GGAAGGGTTCAGTGCCAAGTC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=74;WE=43252794;WS=43252776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	43253100	rs1000501	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.307;SC=TTCAACACTCCACCTGCTGAT;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=43253108;WS=43253090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr18	43262359	rs3745009	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,108:0.28:386
chr18	43262501	rs3745008	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr18	43262532	rs3745007	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr18	43307246	rs11877062	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=711;ReadPosRankSum=1.150;SC=GATGAATGGACGGTCTTTGAT;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=53;WE=43307254;WS=43307236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr18	43307338	rs11877086	C	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr18	43307455	rs3861806	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=417;SC=GTATCTTTTCCGGGCAGAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=43307463;WS=43307445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	43310845	rs3819178	G	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=455;ReadPosRankSum=-0.726;SC=ACAATGGGTTGAGAGAGAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=43310859;WS=43310835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr18	43310851	rs12963324	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGTTGAGAGAGAAATATTAAA;SOR=0.255;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=43310859;WS=43310835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr18	43314401	rs35812340	G	GA	266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=11;PP=205;SC=ATGCCTTTTTGAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=43314409;WS=43314391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	43314473	rs8096571	T	A	135.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.792;SC=CAAGATGAAATATGTTCTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=43314481;WS=43314463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr18	43316538	rs2298718	A	G	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1537;ReadPosRankSum=-0.727;SC=ATTACAATCCATTCTTTCCAG;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=112;WE=43316546;WS=43316528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,122:0.64:192
chr18	43319060	rs473429	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=400;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGTAGGAGTTTGTGGGTGTCC;SOR=0.318;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=36;WE=43319068;WS=43319050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr18	43319359	rs531281	C	T	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=19;PP=1087;SC=TCCAGATCTTCCTTGAGATCT;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=43319367;WS=43319349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	43319519	rs1058396	G	A	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;PP=1616;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCCATTTGAGGACATCTACTT;SOR=0.903;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=104;WE=43319527;WS=43319509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,113:0.60:189
chr18	43328295	rs474270	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=3.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,82:0.36:226
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chr18	43432625	rs57761448	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=2.118;SC=CTAAAAGACACGGAAGATGAG;SOR=0.420;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=43;WE=43432633;WS=43432615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,43:0.28:156
chr18	43435738	rs514001	A	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=517;SC=TATGACATAAAAAGATGAACA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=43435746;WS=43435728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	43438156	rs567801	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=178;SC=CACAGGCTAACGGCTGATGTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=43438164;WS=43438146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	43446734	rs3826633	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=41;PP=2701;SC=AGGAACAGTCTCTGCCTTTTA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=133;WE=43446742;WS=43446724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	43492121	rs67738770	CAGAG	C	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.26;NF=14;NR=1;PP=748;SC=AACATAGAGACAGAGAAAGAG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=43492132;WS=43492111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	43497710	rs3744998	A	G	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=35;PP=1997;SC=CAGGACATGAACCACTGTTCT;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=111;WE=43497718;WS=43497700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	43502190	rs1075906	G	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=461;SC=ATTATTATTTGGCCCAATTGC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=43502198;WS=43502180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	43505558	rs4476262	C	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=322;SC=GAGAATTAAACAGAAAATCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=43505566;WS=43505556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	43547127	rs11301517	TG	T	3479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=37;PP=2547;SC=CTCGGGAGGGTGGGGGAGATC;SOR=1.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=70;WE=43547135;WS=43547117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	43585439	.	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=0.975;SC=ACTCACATCCATGGTTTTCTT;SOR=0.631;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=30;WE=43585447;WS=43585429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr18	43652203	rs8085444	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=1.340;SC=AGGTAGCACAGAGCGGGGAGG;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=37;WE=43652211;WS=43652193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr18	43652345	rs3745002	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=2.877;SC=TCCCTGCGCGAGACCTGGGCG;SOR=0.538;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=43652353;WS=43652335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr18	43666861	rs8095031	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=11.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr18	43666952	rs8097521	C	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.063;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=416;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TTTAACATTTCTTTTAATCAT;SOR=1.262;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=34;WE=43666960;WS=43666942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr18	43667528	rs7244921	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=1.722;SC=AAAAATTACCTAAGTGCTAAA;SOR=0.732;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=6;WE=43667536;WS=43667518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr18	43669980	rs2298787	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,83:0.30:274
chr18	43678024	rs56181324	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=-0.391;SC=ACGGGTGCAAGATGGCGGCAT;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=10;WE=43678043;WS=43678014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr18	43678035	rs3753069	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=0.460;SC=ATGGCGGCATTCGCCACAGCC;SOR=0.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=11;WE=43678043;WS=43678014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr18	43698309	rs1866321	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr18	43833701	rs34068795	T	TCTG	4222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=29;PP=2193;SC=TGACAAAACATCTGGCAATGC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=43833709;WS=43833691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	43914438	rs8084936	A	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CCCCCACCCCATTTTAGGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=17;WE=43914446;WS=43914428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr18	44057011	rs74421427	T	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=0.751;SC=ATGAGTTCTTTATAGGATATG;SOR=0.160;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=44057019;WS=44057001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	44057673	rs74316327	C	T	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=2052;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GAAGAGGTTGCGCATTTTCTG;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=136;WE=44057681;WS=44057663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,136:0.70:193
chr18	44063598	rs1377016	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=1038;ReadPosRankSum=0.898;SC=GACATGCCAGGCAAGTTCTCT;SOR=0.780;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=67;WE=44063606;WS=44063588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr18	44063718	rs143514947	AC	A	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.668;NF=0;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCTGCAGGAAACAAAAGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=7;WE=44063726;WS=44063708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr18	44085741	rs60852510	T	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=545;ReadPosRankSum=0.897;SC=GAGGGAATAATGGCTCAGGAA;SOR=0.555;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=30;WE=44085749;WS=44085731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr18	44098079	rs59128481	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=535;ReadPosRankSum=-1.284;SC=GGGCAGGGGCCGCCTCCAGGT;SOR=1.536;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=34;WE=44098087;WS=44098069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr18	44100470	rs75572674	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CTGGCCTGACCTGTGCGTTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=44100478;WS=44100460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	44104437	rs12606417	T	C	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=1976;ReadPosRankSum=0.710;SC=ACTTGGGCCCTCTTGAACGTA;SOR=0.895;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=121;WE=44104445;WS=44104427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,127:0.65:194
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chr18	44114473	rs436433	T	C	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=AGTATGGCCTTGGCAACATCC;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=44114481;WS=44114463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	44122010	rs10775482	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=934;SC=CTGGCTGATATCATTAACATG;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=44122018;WS=44122000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	44122948	rs76922429	T	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=2.505;SC=ACTGTGCAATTATCATCCATT;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=26;WE=44122956;WS=44122938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr18	44124967	rs988213	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr18	44126909	rs1893566	T	C	6753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=113;PP=2965;SC=CCGCCTCCCCTACCCTCCTCG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=120;TCR=113;TR=233;WE=44126917;WS=44126899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr18	44135027	rs732108	A	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=25;PP=1192;SC=TAAAGCTATAATAATGTTTAA;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=44135035;WS=44135017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	44135050	rs732109	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=0.036;SC=TGTTGGGCTAGCCGAGAAATG;SOR=0.401;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=28;WE=44135058;WS=44135040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr18	44135143	rs11665444	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=60;PP=1801;SC=CCCAGCCTCATGGTTCTGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=44135151;WS=44135133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	44135328	rs62097104	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GGTCAGGACCCTGGTTCCCAG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=44135336;WS=44135318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr18	44138902	rs4243280	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=727;SC=GGCTTAGCACCGACCACAGCT;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=44138910;WS=44138892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	44149474	rs2086005	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTTTGAGGTTGTTGTCAGAGA;SOR=0.465;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=77;WE=44149482;WS=44149464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr18	44171827	rs12606558	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=-1.440;SC=CAGCTCATAGGTCAGGCCCAT;SOR=0.188;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=15;WE=44171835;WS=44171817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr18	44173449	rs328145	A	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=139;SC=TCCATCGTACATTTTTGTCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=44173457;WS=44173443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	44174499	rs12608365	G	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr18	44181227	rs10163657	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=13;PP=1357;ReadPosRankSum=-1.417;SC=CCATGCCCGACGGAGACCCGA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=97;TCR=22;TR=72;WE=44181235;WS=44181217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr18	44181596	rs674948	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=433;SC=TGTCCCTCTCGACCTCATTTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=44181604;WS=44181586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	44197963	rs328130	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr18	44272034	rs533027	A	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=1071;SC=GGGAAGATGCACGCTGAGAGC;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=44272042;WS=44272024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	44426877	rs644731	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AAGATAGATACAGGATCCTGC;SOR=0.191;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=44426885;WS=44426867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr18	44526798	rs2187092	A	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=505;ReadPosRankSum=0.357;SC=GTAACTGACTACTTTTCTCCC;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=26;WE=44526806;WS=44526788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr18	44560300	rs3744863	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GCGGAATCAGCGCCGGCCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=7;WE=44560308;WS=44560290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr18	44560429	rs892586	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr18	44560875	rs2010834	C	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1124;ReadPosRankSum=0.846;SC=GCAGGCCCCGCATGATTTCTC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=131;TCR=139;TR=86;WE=44560883;WS=44560859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,87:0.31:284
chr18	44561100	rs2571028	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.024;SC=CTCGGGCATCCGGAGGGGAGC;SOR=1.579;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=10;WE=44561108;WS=44561090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
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chr18	44580919	rs2576041	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCAATACTGACTGCAGTCATG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=37;WE=44580927;WS=44580909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
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chr18	44702502	rs12968552	A	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=451;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CCATTAGGTTACGCGCCCCCG;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=30;WE=44702510;WS=44702492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr18	44702718	rs2277717	C	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1286;ReadPosRankSum=1.294;SC=GGCGCCTCCACGGCCGGCGCC;SOR=0.947;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=76;WE=44702726;WS=44702708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr18	44746460	rs1355593	A	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.331;SC=AACATTATTGACAGTCCCATG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=44746468;WS=44746450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr18	44757226	rs7236105	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AAATATGGTGGAGAACAAAAA;SOR=0.180;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=44757234;WS=44757216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr18	44773382	rs9956387	A	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr18	46196856	rs3830253	AC	A	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=235;SC=TTACGGGAGGACCCCCCCCCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=14;WE=46196864;WS=46196846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	46196880	rs2279304	T	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=564;SC=CACACACAGCTTCTCTAGGGC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=46196888;WS=46196870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	46284587	rs1038308	T	C	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=131;PP=2965;SC=ACAGCAGCCTTGAGGCCCCCC;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=92;TCR=132;TR=223;WE=46284595;WS=46284577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr18	46284840	rs4556859	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=51;PP=1344;SC=GTAGGCACTTTGGTAGGTGGG;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=46284848;WS=46284830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr18	46343818	rs9951895	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=877;SC=CTCAGATAACTGGGACAAAGC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=46343826;WS=46343808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	46343913	rs62103298	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTGGGAGGCCAAGGCAGGTGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=46343921;WS=46343903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	46384073	rs937021	A	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=83;PP=2314;SC=ATGCCTTAACAGTTCTAGGGG;SOR=1.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=33;TCR=83;TR=116;WE=46384081;WS=46384063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	46385948	rs3752082	A	G	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=139;PP=2965;SC=GGGGCCTGGCAGGCGGCCCAC;SOR=1.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=79;TCR=139;TR=218;WE=46385956;WS=46385938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr18	46468946	rs3764482	G	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=11.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,96:0.35:276
chr18	46690257	rs151119533	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.189;SC=TTATTCTAAAATATACTTGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=46690265;WS=46690247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr18	47014953	rs35737964	G	GTGT	5684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=2964;ReadPosRankSum=0.478;SC=AAAGAAAAATGTGTTAAGTTT;SOR=0.783;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=75;WE=47014961;WS=47014943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,140:0.67:210
chr18	47015609	rs36084909	G	GA	853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=699;ReadPosRankSum=1.561;SC=TAAGACAGGTGAAAGGGTTGC;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=20;WE=47015617;WS=47015599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr18	47016046	rs6507920	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=1.780;SC=AATCATTTTTAAAAGGCAATC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=23;WE=47016054;WS=47016036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
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chr18	47088826	rs35978968	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
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chr18	47339798	rs2945506	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=951;ReadPosRankSum=0.810;SC=GGGAGGGCAGGACCCCGAGGG;SOR=0.937;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=61;WE=47339806;WS=47339788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr18	47339822	rs79060184	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.942;SC=AGGAGAGGAGGAGGGGGCTGC;SOR=1.552;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=21;WE=47339830;WS=47339812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr18	47352733	rs112174362	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-6.029;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.595;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,4:0.11:38
chr18	47363963	rs112417235	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=0.257;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
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chr18	47390805	rs4939898	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GGCTCTCTCCCTGTGTGGGCC;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=81;WE=47390813;WS=47390795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,91:0.73:124
chr18	47398504	rs3826580	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=10;PP=934;SC=GCCAGGGGAGTGTTCCAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=47398512;WS=47398494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	47398549	rs3826579	G	A	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=46;PP=1850;SC=TCAGACTATTGTAGGCCAGAT;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=113;WE=47398557;WS=47398539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	47401935	rs2276172	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=2;PP=880;SC=AAGTAGGAGCCCTCTGAGACT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=47401943;WS=47401925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr18	47402280	rs657424	A	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=481;SC=GCCTCCCTCTATATCAGCCAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=47402288;WS=47402270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	47404124	rs75971548	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=330;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AAGAGCCTGCATCACTCACCT;SOR=2.409;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=20;WE=47404132;WS=47404114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr18	47404399	rs2276175	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=953;SC=TGGCTAAATAAAGCTAGCCCT;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=47404407;WS=47404389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	47405304	rs2276176	A	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=970;SC=CAGCAGAAGCACCCCCCTTGC;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=47405312;WS=47405294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	47405425	rs3841750	T	TGAG	6680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=59;PP=2965;SC=TCTTTCTTCATGAGATTTTCC;SOR=0.734;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=82;WE=47405433;WS=47405415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	47405525	rs4939602	T	C	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=42.15;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	47405530	rs4939603	C	T	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=45.33;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	47406943	rs2276177	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-2.675;SC=AAAATTGATTTGGTTAAAGCT;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=20;WE=47406951;WS=47406933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr18	47429022	rs2298624	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=876;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CACGTTGAGACGTTTCAGATG;SOR=0.696;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=118;TCR=72;TR=66;WE=47429030;WS=47429012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,71:0.35:205
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chr18	47463587	rs1790797	A	G	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=865;ReadPosRankSum=0.087;SC=CATGCACCTCAGCCCATAGCT;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=56;WE=47463595;WS=47463577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
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chr18	47653090	rs8091678	A	G	61.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACAGCAGCACAGCTCTCCAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=47653098;WS=47653080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr18	47787402	rs1899671	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=6;PP=337;SC=ACCAACTTTGGATTCTGTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=47787410;WS=47787392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	47788256	rs698617	C	T	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=221;SC=TTAATATAAACATCTCAGCCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=47788264;WS=47788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr18	47802971	rs10775495	A	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=64;PP=2524;SC=CCAGCCTAGCATGACACTGGA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=47802979;WS=47802961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	47809871	rs12458654	G	T	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=43;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TCACTGCGTGGCACCCTCACT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=116;WE=47809879;WS=47809861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,125:0.65:191
chr18	47810251	rs3819217	C	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1162;ReadPosRankSum=0.392;SC=CTGCTGCGCCCCTGCTTGCTC;SOR=0.822;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=85;WE=47810259;WS=47810241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,88:0.34:261
chr18	47810351	rs7228084	A	G	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.365;SC=CCTGAAGGCGAGTGCGGGCAC;SOR=0.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=192;WE=47810359;WS=47810341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr18	47810731	rs2276367	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=10;PP=792;SC=CCCTTGAACCTCTCAGGAATG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=47810739;WS=47810721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	47811305	rs2276366	T	G	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=56;PP=1991;ReadPosRankSum=-1.662;SC=CTCTGTCTCCTCATTAGGGAT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=131;WE=47811313;WS=47811295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,138:0.57:241
chr18	47811374	rs17660776	G	A	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=90;PP=2885;ReadPosRankSum=0.609;SC=CTGCTCACCAGGCCATGGTCA;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=180;WE=47811382;WS=47811364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,191:0.61:314
chr18	47812587	rs11555886	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=992;ReadPosRankSum=0.186;SC=GCTCCCGTGACTTCTTGTGCC;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=277;TCF=134;TCR=143;TR=81;WE=47812595;WS=47812577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,85:0.28:303
chr18	47906690	rs1441294	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=2.193;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr18	47906719	rs1441295	T	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TAATGTTTTTTGTTTATAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=47906727;WS=47906709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr18	47908556	rs6507992	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	47917735	rs2044012	A	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=0.869;SC=AAATGTAGCTAGTTCTAGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=6;WE=47917743;WS=47917725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr18	47918639	rs10460085	A	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr18	47918717	.	G	T	71	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=15;MQ=56.62;NF=0;NR=7;PP=71;QD=15.110173221;SC=AATCTTTTTTGTTTCCTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=47918725;WS=47918707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr18	48190271	rs3752085	T	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=645;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TAGCCGAGACTTGGCCTTTCC;SOR=1.140;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=39;WE=48190279;WS=48190261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr18	48256259	rs182939342	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CACAGAGCAGGAGACCCCCAG;SOR=0.296;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=57;WE=48256267;WS=48256249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
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chr18	48439444	rs80176799	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTCAGAAAAACGTAATTTTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=48439452;WS=48439434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr18	48446953	rs674210	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=655;SC=AAAAAAACTTCAGGGTTTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=48446961;WS=48446943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	48513426	rs34524743	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=-1.006;SC=AGAAGATTTTATGGTGATAAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=33;WE=48513434;WS=48513416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr18	48723217	rs35675106	C	T	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=50;PP=2179;SC=GGGACCCGCCCGGGATCTGCT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=106;WE=48723225;WS=48723207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	48991689	rs78556356	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=397;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TTTTTTCCCTAAAGTAAAGAA;SOR=1.101;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=19;WE=48991697;WS=48991679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr18	48991891	rs7241264	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=735;ReadPosRankSum=1.257;SC=GGAGGAGCCAGGCTGCAGAAA;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=55;WE=48991899;WS=48991881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr18	48991965	rs112538007	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1207;ReadPosRankSum=0.170;SC=AAAAATAGCAAAAACTCGAAG;SOR=1.025;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=75;WE=48991973;WS=48991955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr18	49867224	rs9951523	T	C	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=97;PP=2965;SC=AGCTTCCTTGTTCAGCGCGCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=203;WE=49867232;WS=49867214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr18	50450240	rs2276204	T	G	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=58;PP=1814;SC=ATTTCACATTTAAGACTTTTT;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=50450248;WS=50450230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	50451584	rs150373707	A	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TTTACTCTGCACCTTCCCTAT;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=8;WE=50451592;WS=50451574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr18	50451821	rs2298654	T	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=61;PP=1846;SC=ATCACTGAATTGATTCCTATG;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=103;WE=50451829;WS=50451811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	50589905	.	G	GA	147	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=16;MQ=60.83;NF=0;NR=8;PP=147;QD=19.5;SC=TTTATTTCTTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=50589913;WS=50589895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr18	50731802	rs7227069	G	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=532;SC=TAGCTCTAGGGCTGGAGAAAT;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=50731810;WS=50731792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	50731823	rs2298606	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.58;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	50731829	rs4497763	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	50832102	rs1431196	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=40;PP=1162;SC=CAGTGTTCACATGGTGTAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=50832110;WS=50832092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	50912352	rs3764496	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=13;PP=1145;SC=AATGTTTGCCTTGAGTATTTT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=50912360;WS=50912342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	50917982	rs12604262	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=22;PP=1863;SC=CTTTTATTTACGTATTTATTT;SOR=2.254;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=50917990;WS=50917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	50918311	rs1393331	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=742;SC=TTTGTTTAACACATTGTTTTA;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=50918319;WS=50918301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	50923932	rs7231978	G	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=834;SC=ATATAAAATAGTTCATCCTCT;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=33;WE=50923940;WS=50923922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	50936780	rs10853631	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=193;SC=GAACTGCAGCGTGTAGGACAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=50936788;WS=50936774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	50936994	rs2229082	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=53;PP=1783;SC=TCTCTGATCCTATCCTCTTCA;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=50937002;WS=50936984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	50937026	rs11873515	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=43;PP=1190;SC=GGTTTGAATAATTTCCTATTA;SOR=1.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=50937034;WS=50937016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	50942653	rs2270951	C	T	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=2233;ReadPosRankSum=2.625;SC=ACTGGCGTGACGATTAATCTT;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=125;WE=50942661;WS=50942643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr18	50994208	rs1502229	G	T	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=35;PP=1402;SC=CTAGAAATTAGGTAAAGTGTT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=50994216;WS=50994198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	51053176	rs17515923	T	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=786;SC=ACAGATTGACTGGCGCTGTGT;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=51053184;WS=51053166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	51053218	rs113173464	T	TCACCCCAGGC	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=6;PP=2842;SC=TACTGTCCATTCACCCCAGGC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=51053226;WS=51053208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	51686057	rs9946304	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=365;ReadPosRankSum=2.048;SC=CAAGTGCTGGGATTACAGGCA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=21;WE=51686065;WS=51686047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr18	51731308	rs140691	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=1.303;SC=ATTATGATGTGAGATACTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=15;WE=51731316;WS=51731298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr18	51795847	rs3730668	G	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=490;SC=ACTGGAGACTGTAGTCCCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=51795855;WS=51795837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	51795957	rs10584411	GCGA	G	4093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=32;PP=2418;SC=GAAGGCGGCGGCGACGACGAC;SOR=0.969;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=52;WE=51795967;WS=51795947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	51807260	rs3218784	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=739;SC=TGAATCACATAAAGGAAATAC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=51807268;WS=51807250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	51820805	rs8305	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1506;SC=GTGGAAGAGAGCAGGATCAGA;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=51820813;WS=51820795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	51880841	rs7242085	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=608;SC=CATAATTTAACTTATTTTCTT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=51880849;WS=51880831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	51880986	rs1370363	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=597;SC=AAGAATATAACCATATAAAAA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=51880994;WS=51880976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	51889056	rs6508290	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=64;SC=CCAAATGATCAGAACTCTTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=51889064;WS=51889053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	51900788	rs71297084	T	TTTAA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=612;SC=GAGCACACTGTTTACACTAAA;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=51900796;WS=51900778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	51904461	rs35286005	C	CTTTA	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=689;SC=TAATAGTCAACTTTATTTATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=17;WE=51904469;WS=51904451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	51904641	rs3753056	A	G	10053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr18	51904644	rs3753055	G	A	9946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr18	52265308	rs9947055	A	C	8758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=141;PP=2965;SC=TGAATCTACAACTTCAACAGC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=294;WE=52265316;WS=52265298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr18	52555398	rs4343367	G	A	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=70;PP=2027;SC=CTGCTGTTCAGCAAATGGAGC;SOR=2.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=52555406;WS=52555388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	52571434	rs4801109	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=326;SC=TTTGTTTGATTTTCTGAAATG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=52571442;WS=52571424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	52571741	rs4801110	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=487;SC=ATACTATTCACATCAAATCTG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=52571749;WS=52571731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	52575002	rs1944382	G	A	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=67;PP=2671;SC=GGGTGGAAGAGGACAGAGACC;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=151;WE=52575010;WS=52574992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr18	52585071	rs138785518	GACACACACAC	GAC,G	650.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.644;NF=3,3;NR=7,7;PP=462,96;ReadPosRankSum=1.408;SC=CACGTGCACAGACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10,10;WE=52585088;WS=52585061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.90:20
chr18	52605188	rs1344011	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=527;SC=AAAGTCATACCTTGATTTTCA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=52605196;WS=52605178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	52605279	rs72928889	C	T	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=32;PP=1726;SC=CAAACTGCAACAAGAAGGATC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=52605287;WS=52605269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	52608329	rs8087479	C	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=21;PP=871;SC=AGAAGGAAAACAAAACCATTT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=52608337;WS=52608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	52942827	rs1788027	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=0.502;SC=TGACATTCCCGTTACCGTGTA;SOR=0.421;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=26;WE=52942835;WS=52942817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr18	52969873	rs73960228	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=1.324;SC=CGCAGATGTCCGCTGTGAGGC;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=14;WE=52969881;WS=52969863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
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chr18	53131202	rs143184224	TGTGTGTGA	T	235.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=1061;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=53131217;WS=53131192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr18	53696212	rs34257372	ATGAG	A	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.002;NF=0;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=-1.586;SC=CTAAAACAATATGAGTATTTC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=13;WE=53696223;WS=53696202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr18	53727502	rs2535724	T	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1238;ReadPosRankSum=0.502;SC=AATAAGTGTTTGTAGGTGCCC;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=83;WE=53727510;WS=53727492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr18	54339818	rs568078	C	G	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=71;PP=2344;SC=GCATCTCAGCCGTACTTTTAA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=143;WE=54339826;WS=54339808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	54339977	rs566956	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=311;SC=TATAGTCCCCAAATGATGCTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=54339985;WS=54339967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	54346482	rs683248	T	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=383;SC=GTCTTCTATTTTACTATGGCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=54346490;WS=54346472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	54346510	rs597585	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=758;SC=CACTCAAATAGAAGGTTAATT;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=54346518;WS=54346500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	54346745	rs11452823	A	AT	546.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5939;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=223;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GTAGCGAGGTATTTTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=22;WE=54346753;WS=54346735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr18	54346804	rs525682	T	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=232;SC=TAAATCTAAATGTAGATATTT;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=54346812;WS=54346794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	54348514	rs605067	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	54348650	rs474607	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=11;PP=322;SC=TGACTCTAAGTACAAACTATT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=54348658;WS=54348640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	54353382	rs609195	A	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=464;SC=TTATTTTTTGATAATTTTCTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=54353390;WS=54353372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	54354074	rs1943016	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=13;PP=652;SC=TTTTACAAATCTTTCTTTTCA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=37;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	54354076	rs5825199	T	TTC	1903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=13;PP=891;SC=TTACAAATCTTTCTTTTCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=21;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	54354239	rs576095	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=271;SC=AGCTGTATTTTTATCCTTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=54354247;WS=54354229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	54359062	rs2110414	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=168;SC=AAATTCTTGAGGTGTCATTTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=54359070;WS=54359052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	54448778	rs2302845	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1173;SC=GAGAAGCCGCGCAGGCCCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=54448786;WS=54448768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	54483146	rs3745038	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GTGAACATATATATTTTTTAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=54483154;WS=54483136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr18	54694452	rs3745033	C	T	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=69;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TGCTGCCTGCCGCCGTGACTG;SOR=1.083;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=166;TCF=68;TCR=98;TR=113;WE=54694460;WS=54694442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,121:0.69:175
chr18	54815025	rs11151997	G	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GAGCCAGAAGGCCAGGACCCT;SOR=0.342;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=26;WE=54815033;WS=54815015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr18	55019963	.	T	TCA,TCACA	968.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.728;NF=14,14;NR=4,4;PP=379,235;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GCGCGCGCGCTCACACACACA;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=18,18;WE=55019971;WS=55019953;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.49:39
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chr18	55102925	rs200740424	C	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.211;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
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chr18	55221648	rs536560	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=309;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ACCAGGGCATTGGACCAACCT;SOR=1.011;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=30;WE=55221656;WS=55221638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr18	55226254	rs1736440	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr18	55226383	rs536765	G	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,88:0.27:331
chr18	55240455	rs577152	T	C	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=28;PP=1380;SC=AGGTTATAATTGAGGTGTTTA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=55240463;WS=55240445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	55240505	rs1041951	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CATGAGGTCTCGGTCCAAGAA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=30;WE=55240513;WS=55240495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr18	55253710	rs317815	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=1.278;SC=GCGAGGGCCCGGGCGCCAGCT;SOR=1.026;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=24;WE=55253718;WS=55253700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr18	55269777	rs2276193	G	A	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=77;PP=1873;ReadPosRankSum=0.040;SC=ACACAGCACTGCCCTAGAGTT;SOR=0.438;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=133;WE=55269785;WS=55269767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,142:0.77:185
chr18	55272968	rs4940931	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=564;SC=AGAAGCAGGTCCTGCTGTTAC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=55272976;WS=55272958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	55283236	rs9319918	T	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAAGACAGTTCTTGAACATT;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=36;WE=55283244;WS=55283226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr18	55287739	rs388644	A	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=515;SC=GCAAGTCACAAGAAAATTGAC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=55287747;WS=55287729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	55288879	rs368935	A	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=26;PP=2258;SC=CCGAAACCCGACTGGAGCAGA;SOR=2.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=102;WE=55288887;WS=55288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	55289076	rs2032938	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=782;ReadPosRankSum=0.136;SC=TCTGAGGGCGCCTGCGAGAAT;SOR=0.413;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=166;TCF=68;TCR=98;TR=65;WE=55289084;WS=55289066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,72:0.39:185
chr18	55289180	rs2032937	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.559;SC=TTCCGGATCCAGAGACGCCCC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=7;WE=55289188;WS=55289170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr18	55317676	rs222581	C	T	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=96;PP=2965;SC=ACAGCAACAGCCAGGATGATA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=198;WE=55317684;WS=55317666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr18	55335366	rs28424873	G	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CAAGAGGGATGGCCCTTTCAG;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=36;WE=55335374;WS=55335356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr18	55335412	rs317845	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
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chr18	55335550	rs28473343	A	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CCGTCCAAAGAAACAGTGTTT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=16;WE=55335558;WS=55335540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr18	55338656	rs317838	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GCATCAGAGAGTAAGTTCAGA;SOR=0.417;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=53;WE=55338664;WS=55338646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr18	55352436	rs319459	G	A	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=62;PP=1967;SC=AGTGATGGTGGTAAGACCATA;SOR=1.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=93;WE=55352444;WS=55352426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	55352470	rs143958246	TTTA	T	2258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1794;SC=GGCTAAAATATTTATTATCTG;SOR=2.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=38;WE=55352480;WS=55352460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	55362532	rs319443	T	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	55362816	rs319442	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TGAGTTCAAAGTGGAAGTTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=55362824;WS=55362806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	55364830	rs319439	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TTTAAATCAGGCCCATCGAGA;SOR=0.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=13;WE=55364838;WS=55364820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr18	55364852	rs319438	A	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=23;PP=1454;SC=ACACTTACCCATCCAGTTCTG;SOR=1.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=73;WE=55364860;WS=55364842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr18	55397624	rs33964473	GATA	G	8597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=87;PP=2973;SC=AGAACACTATGATAATGATTT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=124;WE=55397634;WS=55397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	55397674	rs319433	G	C	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=97;PP=2965;SC=TAGAATTTTAGGGAACACCAT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=116;TCR=98;TR=212;WE=55397682;WS=55397664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr18	55397871	rs319434	T	C	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=109;PP=2965;SC=TTCTACTGCCTTCAGTGATGT;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=105;TCR=110;TR=214;WE=55397879;WS=55397861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr18	55398756	rs651867	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=58;PP=2965;SC=GAGAAGATTCTCTCCTAGACC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=55398764;WS=55398746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr18	55711964	rs117325095	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,68:0.23:301
chr18	55983330	rs2288774	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=373;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TTGTAGTCAGTGTATTTTCAG;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=26;WE=55983338;WS=55983320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr18	56008148	rs4149609	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=481;SC=AGTGTTTTCTATATAAATAGA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=56008156;WS=56008138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	56040649	rs1943994	T	C	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=48;PP=1414;SC=GCAGCACCTTTTTGTCATGCC;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=56040657;WS=56040639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	56118493	rs17669	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=699;SC=TAAAGTCTGGCTCTTTTGCAC;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=56118501;WS=56118483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	56149099	rs7240666	T	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=46;PP=2507;SC=GCCTTCTTTATTGTCATAGAG;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=130;WE=56149107;WS=56149089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	56182174	rs7505023	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=403;SC=TCGTCCCTCCTAGTCCCCAAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=56182182;WS=56182164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	56182507	rs4940399	C	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=22;PP=639;SC=TCTGAGACGTCAAGGAACTGT;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=56182515;WS=56182497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	56184107	rs3809985	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.841;SC=GTTCTCACACCAGAAGTGACA;SOR=0.207;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=14;WE=56184115;WS=56184097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr18	56191351	rs7228617	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=51;SC=TGCATTTTTTCCTAATATACT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=56191359;WS=56191341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	56196451	rs7236563	C	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=58;PP=1962;SC=CAGCTTGGATCTTTTTCAGTA;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=56196459;WS=56196441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	56202059	rs10469211	A	G	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=74;PP=2965;SC=CAGCAACAGAACCTCACCTCT;SOR=1.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=119;TCR=74;TR=193;WE=56202067;WS=56202049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr18	56202418	rs10469212	T	C	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=86;PP=2965;SC=CCTGCAGTAATTTAGGGGCTT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=187;WE=56202426;WS=56202408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	56202768	rs3809983	C	A	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=79;PP=2965;SC=CCAAGAGAAGCGTGAGTCATT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=174;WE=56202776;WS=56202758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr18	56202982	rs3826594	A	T	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=64;PP=2449;SC=GAATTTGTTCAGCCTCCTGCT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=120;WE=56202990;WS=56202972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	56203074	rs3809982	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=58;PP=2368;SC=AAAATGGCCGGCTGGATTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=56203082;WS=56203064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	56203120	rs3809981	C	T	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=56;PP=2319;SC=TTGATTGACCCCCTTCTCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=56203128;WS=56203110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	56203411	rs3809980	G	C	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=62;PP=2325;SC=CCAGGAGTCTGGGTTGGCTGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=136;WE=56203419;WS=56203401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	56203447	rs3809979	A	G	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=59;PP=2579;SC=GACTTCTCCAATGTACACTGA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=139;WE=56203455;WS=56203437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	56203891	rs3809978	G	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr18	56203898	rs3809977	T	G	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr18	56204250	rs3809976	A	C	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=90;PP=2965;SC=ATATGATCCAACTGCACTTGG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=120;TCR=90;TR=210;WE=56204258;WS=56204240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr18	56204387	rs67925233	ACAGTTGATGTGTCCT	A	6681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=46;PP=2933;SC=GGCAATGGTAACAGTTGATGT;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=72;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	56204410	rs55910046	C	T	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=61;PP=2965;SC=CCTCAGTCTCCCTGGTCGCTT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	56204671	rs4940404	A	T	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=38;PP=1821;SC=GGTAGGTGGAATTCTCCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=56204679;WS=56204661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	56204747	rs3826593	G	A	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=58;PP=2312;SC=GAAAGTACTGGTAAAAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=122;WE=56204755;WS=56204737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	56204932	rs3809973	T	G	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=GAGGCGAATATTTATCAACTG;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr18	56204945	rs3809972	C	G	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=92;PP=2965;SC=ATCAACTGGTCTCCCAACAAG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=203;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr18	56204977	rs3809971	C	T	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=96;PP=2965;SC=TATCAAAACACGTTCCTTGGT;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=122;TCR=96;TR=218;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr18	56204991	rs3809970	C	T	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=103;PP=2965;SC=CCTTGGTCACCAGCCTCAAAA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=228;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr18	56205262	rs12103986	A	C	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=159;PP=2965;SC=GTTTTTCTTCATGCTGTGGAC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=158;TCR=159;TR=317;WE=56205270;WS=56205252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr18	56205481	rs9962203	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=29;PP=778;SC=AGTGATATTAGTAGAATTGTT;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=56205489;WS=56205471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	56205551	rs9962964	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=476;SC=CCTCAATGACCGTAATAATGG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=56205559;WS=56205541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	56245965	.	G	GACACACACACACACACAC	669	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.9998;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=29;MQ=54.33;NF=2;NR=0;PP=669;QD=336.0;SC=TAAAGGAAGAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=56245973;WS=56245955;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr18	56274514	rs6566986	A	G	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=44;PP=2609;SC=ACAGAATATAAGGATATTAGT;SOR=1.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=128;WE=56274522;WS=56274504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	56279025	rs6566987	T	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=730;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TTCGGAGTCTTTCATCCTTTC;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=42;WE=56279033;WS=56279015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr18	56383323	rs9959997	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.029;SC=AAATGTTTTATTTTTTTGTAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=56383331;WS=56383313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr18	56400826	rs28740963	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CTAATCTTTATTAAAGAATTG;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=56400834;WS=56400816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr18	56409002	rs4940747	A	C	181.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GATACTGAGAATATAACCTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=56409010;WS=56409000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr18	56412784	rs58993112	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr18	56646583	rs35743757	A	AAAAT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAAAATAAAAAAAAAAGGAGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=56646591;WS=56646573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr18	56703194	rs9961940	A	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=50;PP=1592;SC=CCACGAGCAGACTTCCTTCTG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=56703202;WS=56703184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	56711225	rs11152115	A	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=528;SC=TTTATTCTGTACAGATTGGGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=56711233;WS=56711215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	56711284	rs11152116	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=26;PP=1437;SC=GTAATTCCTGCGACAATTCTT;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=56711292;WS=56711274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	56807308	rs3744890	C	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=0.164;SC=GCCGGGACCGCCTGTGCTAGC;SOR=1.222;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=33;WE=56807316;WS=56807298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr18	56807339	rs3744891	T	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=229;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GGCTTCCCAGTCAGGGCTCCG;SOR=1.287;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=20;WE=56807347;WS=56807329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr18	56819930	rs3760555	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr18	56887507	rs1062557	C	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=587;SC=CATGCGCGGCCGTGAGCTCCC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=56887515;WS=56887497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	56936395	rs7226481	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr18	56940307	rs2271733	G	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,88:0.25:351
chr18	57000303	rs2298712	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=511;ReadPosRankSum=0.122;SC=AATTATAAAAGGAAAAGGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=34;WE=57000311;WS=57000293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr18	57000469	rs2298711	T	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=1.003;SC=GTTTCACTCATGGAATTTCTG;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=35;WE=57000477;WS=57000459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
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chr18	57134152	rs4940876	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=16;PP=498;SC=AGAGAATACTAAGTTTCTGAG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=57134160;WS=57134142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr18	58289730	.	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.876;SC=AAAATAATTGATAAGAAAATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=58289738;WS=58289720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr18	58291479	rs9947661	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=835;ReadPosRankSum=1.718;SC=AACTCAGTGGTATTGAAAGGT;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=174;TCF=120;TCR=54;TR=60;WE=58291487;WS=58291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,66:0.35:186
chr18	58297811	.	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.767;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=1.369;SC=GTGGAAATAGTTAAGTGAAAT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=58297819;WS=58297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr18	58310604	rs11659206	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.758;SC=AGAAAGAAACCTTTATTTAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=58310612;WS=58310594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr18	59157764	rs680530	T	C	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=66;PP=2965;SC=TTCTCCTTCATTTTCTGAAAA;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=121;TCR=66;TR=187;WE=59157772;WS=59157754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr18	59158065	rs681902	T	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=377;SC=GACCCGGGTATTGGATATTGA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=59158073;WS=59158055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	59170304	rs595093	C	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=47;PP=1904;SC=CCACAACAGTCAACATCACCC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=59170312;WS=59170294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	59174817	rs1547956	C	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=0.759;SC=TTTTTCTAAACCACTTTCATG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=59174825;WS=59174807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr18	59203707	rs62097360	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1456;ReadPosRankSum=0.333;SC=AATGATGTACGTAATCCATGT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=88;WE=59203715;WS=59203697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,88:0.73:120
chr18	59206197	rs5825446	C	CT	2068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.389;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.245;NF=43;NR=8;PP=831;ReadPosRankSum=2.131;SC=AACCATTACTCTTTTTTTTCT;SOR=3.412;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=51;WE=59206205;WS=59206187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr18	59206480	rs11875000	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=-1.150;SC=ACTCCAGAAACGAACAGTTCA;SOR=0.242;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=13;WE=59206488;WS=59206470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr18	59483202	rs4538107	G	C	6447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.317;SC=CCCCCGACCAGGTGGAGCTTT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=443;TCF=221;TCR=222;TR=282;WE=59483210;WS=59483192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,297:0.64:463
chr18	59483310	rs4362478	G	A	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=2357;ReadPosRankSum=1.226;SC=CCACGGTGACGGACTTCTGCT;SOR=0.935;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=109;WE=59483318;WS=59483300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,116:0.66:176
chr18	59483508	rs116886631	G	T	6956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,188:0.61:309
chr18	59483514	rs9319985	A	G	6705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.65;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,175:0.59:296
chr18	59768375	rs17714063	A	G	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=64;PP=1872;ReadPosRankSum=0.367;SC=GACTACTCTGAGTGCTATACA;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=124;WE=59768383;WS=59768365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,138:0.68:203
chr18	59770033	rs12326381	C	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1086;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGACCTGTAACAGATGTACCA;SOR=0.939;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=69;WE=59770041;WS=59770023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,75:0.69:109
chr18	59772926	rs17714262	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TATCATTAGTGTTTCACAGAC;SOR=2.133;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=8;WE=59772934;WS=59772916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr18	59774186	rs2840359	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=377;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ATAAAAGAAATTTGCAAATGT;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=23;WE=59774194;WS=59774176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
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chr18	59813265	rs61751989	A	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=757;ReadPosRankSum=0.029;SC=GAACCTACAAATAAGATATAA;SOR=0.539;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=54;WE=59813273;WS=59813255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr18	59814268	rs9320000	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=2.093;SC=TTCCATAGAAGTGGTTAAACA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=23;WE=59814276;WS=59814258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr18	59814324	rs9320001	G	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TTAATATTGTGCTTGTAGTCT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=59814332;WS=59814314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
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chr18	59821949	rs11659731	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=2.515;SC=TAAAATATGAGCTAGTCATTC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=59821957;WS=59821939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	59824209	rs1021952	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=1.169;SC=GGAAAAAAAAATACTGTAATT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=59824217;WS=59824200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr18	59825109	rs17715866	A	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AAGCTTTAGAAACATAAGATT;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=22;WE=59825117;WS=59825099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr18	59855291	rs17644012	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TGTCACACTCCGGCAGGGTAT;SOR=1.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=19;WE=59855299;WS=59855281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr18	59894764	rs17717783	T	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1403;ReadPosRankSum=-2.014;SC=CCACAGAAAGTATTTAAACTA;SOR=1.012;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=79;WE=59894772;WS=59894754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr18	59936081	rs55806215	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr18	59936142	rs17645999	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=458;ReadPosRankSum=-1.182;SC=AAGCTACAGTCCCCATTTATG;SOR=0.534;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=32;WE=59936150;WS=59936132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr18	59946943	rs10515985	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CCTTCTTCCCGTGGCGCACTG;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=16;WE=59946951;WS=59946933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr18	59947118	rs2980981	G	A	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=2086;ReadPosRankSum=0.181;SC=TTTTATATTCGGCATCCCTTT;SOR=0.483;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=129;WE=59947126;WS=59947108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,137:0.67:204
chr18	59947988	rs1506325	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=522;ReadPosRankSum=0.099;SC=TATTGATGTGGTCATGATACA;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=37;WE=59947996;WS=59947978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr18	59954765	rs1567038	G	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AACTTGGTTGGTAAAGATTGA;SOR=0.643;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=23;WE=59954773;WS=59954755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr18	60021761	rs35211496	C	T	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGGCGCCCAGCACCCGTGTAC;SOR=1.030;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=92;WE=60021769;WS=60021751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,100:0.69:145
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chr18	60027149	rs6567271	T	A	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=34;PP=1657;ReadPosRankSum=-1.318;SC=AAAAACAAGCTTATAAAACCA;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=112;TCR=55;TR=106;WE=60027157;WS=60027139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,113:0.64:176
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chr18	60027241	rs1805034	C	T	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=1979;ReadPosRankSum=0.608;SC=AAATCCGATGCGGTTTGCAGT;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=99;TCR=119;TR=141;WE=60027249;WS=60027231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,153:0.66:231
chr18	60027361	rs9653064	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CAGATGGCACGTGGATTTGCG;SOR=0.033;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=14;WE=60027369;WS=60027351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr18	60034075	rs34939126	A	AC	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
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chr18	60051941	rs56231704	C	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=17;PP=1211;ReadPosRankSum=0.421;SC=TGCCTCCGGGCGCTGACTCAC;SOR=0.387;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=75;WE=60051949;WS=60051931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,79:0.75:105
chr18	60191428	rs7229802	G	A	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=68;PP=2426;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GGGCCCAGGAGGAACTGCTGC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=153;WE=60191436;WS=60191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,155:0.64:241
chr18	60212013	rs143702074	ATG	A	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.931;NF=5;NR=13;PP=683;ReadPosRankSum=-0.096;SC=ACCATATAATATGTGTGTTTT;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=18;WE=60212022;WS=60212003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr18	60225865	rs72941651	G	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=1.803;SC=TATTATATTTGTTTTCTTTAT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=60225873;WS=60225855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr18	60227939	rs146609669	TAATTA	T	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-0.794;SC=ATGTAACATTTAATTAAATTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=60227951;WS=60227929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr18	60232405	rs4940561	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=449;SC=TTAATAGATACTGAGCTGTTG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=60232413;WS=60232395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	60237388	rs8096750	A	G	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=58;PP=2837;SC=AAACATCTTCAGAGAGTTACA;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=104;TCR=58;TR=162;WE=60237396;WS=60237378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	60241732	rs3744926	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1489;ReadPosRankSum=0.450;SC=GTAGTACTCCCGCTTTGCATC;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=336;TCF=194;TCR=142;TR=109;WE=60241740;WS=60241722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,108:0.31:343
chr18	60243876	rs11557713	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr18	60384056	.	G	C	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=4.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.901;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,116:0.28:417
chr18	60491538	.	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr18	60505995	rs10563075	TTC	T	2154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.593;NF=16;NR=14;PP=1342;ReadPosRankSum=2.038;SC=TTGTTTCTGCTTCTCTCTGTT;SOR=0.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=30;WE=60506004;WS=60505985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr18	60562298	rs624821	A	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr18	60572437	rs3217528	GT	G	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr18	60630531	rs547690	T	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=833;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTTTATTTCTTGGATAAAGGT;SOR=0.485;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=56;WE=60630539;WS=60630521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr18	60645509	rs34061095	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=935;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GCAAGGTGAACGGAGTGACTG;SOR=0.457;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=63;WE=60645517;WS=60645499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr18	61022556	rs72946535	C	T	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=104;PP=2965;SC=GCAGAGCAGGCATTAAGAAAC;SOR=1.228;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=73;TCR=104;TR=175;WE=61022564;WS=61022546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr18	61154043	rs34587228	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=757;SC=GTGCTGAGGTTGAGGAGCCTT;SOR=4.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=61154051;WS=61154033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	61154388	rs2271254	C	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=209;SC=GTTAGACCTACAACTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=61154396;WS=61154378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	61156606	rs12454742	G	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=32;PP=1951;SC=CGAAGAGACCGTATGCAAAGG;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=93;WE=61156614;WS=61156596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	61160287	rs2289519	T	C	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=112;PP=2965;SC=GAAGAAATTTTCTGAATCAGA;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=113;TCR=112;TR=225;WE=61160295;WS=61160277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr18	61160385	rs2289521	T	C	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=93;PP=2938;SC=TGAAAAATGATAGGGACAGAG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=152;WE=61160393;WS=61160375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	61166269	rs56208842	C	T	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	61166273	rs12458191	C	T	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	61166280	.	G	GTATATATA	138	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=0;PP=152;SC=GCGCGTGTGTGTATATATATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=61166288;WS=61166259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	61170467	rs1840557	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=1;PP=141;SC=CTGCTTTGAAGCTGGGCTTAT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=61170475;WS=61170460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	61170500	rs1455557	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=383;SC=TGTTTTCAATTGAGCCAGGTC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=61170508;WS=61170490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	61170721	rs1455556	T	C	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=ATATCTTCAGTGAAGACACAT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=179;WE=61170729;WS=61170711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr18	61170782	rs1455555	A	G	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=87;PP=2965;SC=ATCAAATGTTATCCACAAAGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=111;TCR=87;TR=198;WE=61170790;WS=61170772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr18	61170925	rs8093128	T	C	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=73;PP=2441;SC=CTCGAAACATTATTTTCTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=122;WE=61170933;WS=61170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	61225801	rs7244584	C	T	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=72;PP=2273;SC=GTGATAGTTGCTTATCCCCAA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=123;WE=61225809;WS=61225791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	61226694	rs11152391	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=552;SC=AACAGAGACAGCTGACATCTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=61226702;WS=61226687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	61226740	rs12103954	G	A	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=7;PP=1074;SC=TACAAAACACGCATCTTTTAG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=61226748;WS=61226730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	61228248	rs9676250	T	C	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=166;SC=CTCAGGAGAGTCTCACTCCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=61228256;WS=61228238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	61231148	rs66718207	T	A	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=24.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61231417	rs9957786	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=60;PP=1802;SC=GGAATGATTTACAATATGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=78;WE=61231425;WS=61231407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	61233739	rs2077549	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=297;SC=TCTTGAAGGTTGTCACTGCCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=61233747;WS=61233729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61254525	rs3216123	A	AT	1776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.269;NF=21;NR=32;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TTGGGCATAGATTTTTTTTAA;SOR=0.273;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=53;WE=61254533;WS=61254515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr18	61256117	rs77936810	GC	G	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.7402;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=136;SC=AATTCATTTGGCGGGGGGGTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=61256126;WS=61256107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	61257084	.	A	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=129;ReadPosRankSum=0.497;SC=CTTTACTATTAAGCAATAATA;SOR=4.849;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=14;WE=61257092;WS=61257074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr18	61261515	rs11152394	T	C	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=59;PP=2174;SC=CAAGTCCATCTGCATCATATT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=119;WE=61261523;WS=61261505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	61261540	rs11152395	T	C	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=57;PP=2378;SC=ATACATATTATTTGTCATTTG;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=61261548;WS=61261530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	61261565	rs11152396	C	G	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=57;PP=2213;SC=ATGGGTCAACCTTTTTCTGTT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=61261573;WS=61261555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	61264298	rs1020694	G	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=51;PP=2909;SC=GGTGGAGGACGGTTACGATCT;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=142;WE=61264306;WS=61264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr18	61264468	rs1020693	C	T	8940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=144;PP=2965;SC=CAGCTGCCACCGGCATAGGCT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=164;TCR=144;TR=308;WE=61264476;WS=61264458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr18	61271065	rs7229459	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=422;SC=CAGATTCAACGGATAGTTACA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=61271073;WS=61271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	61308895	rs2518061	A	G	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=33;PP=2542;SC=TCTCCACCTGAGTCGGCCAGG;SOR=1.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=116;WE=61308903;WS=61308885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	61325905	rs7228687	T	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=456;SC=TAAGAGTAATTTATGTAACTA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=61325913;WS=61325895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	61326505	rs8089032	T	A	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=68;NR=26;PP=1703;SC=AACGGAGCTATTGCACTCTGA;SOR=1.586;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=94;WE=61326513;WS=61326495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	61326597	rs8085479	A	C	11219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=44.70;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr18	61326602	rs8085482	A	G	11227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=45.64;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr18	61326609	rs8089201	T	G	11419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=43.92;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr18	61326628	rs11370831	A	AT	8746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=101;PP=2936;SC=GCCAGGTGAAATTACCTGTAA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=38;TCR=111;TR=135;WE=61326636;WS=61326618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr18	61377579	rs1395268	A	C	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=45;PP=1474;SC=GGAGAGACTGAAGAGCAATTG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=61377587;WS=61377569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	61383181	rs8087185	A	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TTTTCTCTGCATTAGAATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=61383189;WS=61383171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	61387993	rs12607732	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=51;SC=ATCCGTGTTATGCAAGGTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=61388001;WS=61387983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	61390316	rs1395265	C	A	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=80;PP=2965;SC=ACACCTCCCCCGATTCAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=172;WE=61390324;WS=61390306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	61390332	rs1395266	C	T	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=82;PP=2965;SC=AAACTTGAAACTAAGTATGAG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=178;WE=61390340;WS=61390322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr18	61390361	rs1395267	T	C	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=80;PP=2965;SC=CCTGTTAAAATCTCTAGGGGT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=166;WE=61390369;WS=61390351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	61390570	rs953695	T	G	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=106;PP=2965;SC=ACCCCTTCCTTTTCTTTATAA;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=101;TCR=107;TR=207;WE=61390578;WS=61390560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr18	61390649	rs953696	C	T	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=62;PP=1809;SC=TGGGGTTGAGCAAGGCTCAGA;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=92;WE=61390657;WS=61390639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	61391228	rs2089318	T	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=27;PP=1224;SC=AATTTTTGGCTAATTGCTTGA;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=69;WE=61391236;WS=61391218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	61391323	rs147160513	CTCT	C	1773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=42.23;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	61391449	rs144614464	C	CTCTTCT	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.65;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr18	61391505	rs144622175	CTCT	C	2492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.69;QD=40.21;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	61391697	rs12326861	A	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=60;PP=1653;SC=TATACTCAGGATAACATGGAG;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=74;WE=61391705;WS=61391687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	61393442	rs9965604	T	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=284;SC=CCAACCCAAATCCACAGAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=61393450;WS=61393432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	61393644	rs1893563	T	A	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=32;PP=1176;SC=CTGCTATTTCTGACTCCTAAG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=61393652;WS=61393634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	61394300	rs8097334	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=22;PP=1242;SC=GTTCCCTCCACTCTCAGTTCT;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=61394308;WS=61394290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	61394403	rs8098025	A	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=43;PP=1635;SC=ACCAGAGGCAACCACACCCTC;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=61394411;WS=61394393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	61394522	rs6567386	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=453;SC=TAGTCCTTGGACAGGTCATTC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=61394530;WS=61394512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	61471529	rs61735186	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=-0.743;SC=AGGCGAATGACCTCTAAGTAT;SOR=1.112;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=21;WE=61471537;WS=61471519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr18	61602360	rs35453062	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=693;ReadPosRankSum=0.088;SC=GAGTGAGATAGATATACGAAT;SOR=0.529;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=57;WE=61602368;WS=61602350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,61:0.35:172
chr18	61647069	rs1944270	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=629;ReadPosRankSum=0.477;SC=GATATTCACCGAGGTTTCCAG;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=51;WE=61647077;WS=61647059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,54:0.31:172
chr18	61654463	rs3826616	A	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=63;PP=2095;SC=TTCATCAGGCACCACAAAACC;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=61654471;WS=61654453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	63430162	rs7229292	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=328;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GTCAAGCAGAACTCTCAAGGT;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=25;WE=63430170;WS=63430152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr18	63430340	rs2276190	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.19;ReadPosRankSum=2.513;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr18	63430344	rs2276191	T	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.49;ReadPosRankSum=2.105;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr18	63477287	rs149095441	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr18	63477317	rs11332924	GA	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.579;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr18	63489378	rs8097752	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=574;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ATTTGCTTGTCATTCAGGCAA;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=171;TCF=105;TCR=66;TR=52;WE=63489386;WS=63489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,61:0.33:186
chr18	63491797	rs974080	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTTGTGCTACAATGATGCCAA;SOR=0.479;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8;WE=63491805;WS=63491787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr18	63491851	rs144012234	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=882;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TTGGTGTAACGTGTTCATTTC;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=61;WE=63491859;WS=63491841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr18	63511176	rs2306675	T	C	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=59;PP=2684;SC=TTGTGGAAGATGTAGATGAGC;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=155;WE=63511184;WS=63511166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr18	63527083	rs8091515	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr18	63527083	.	CGA	TGT	175	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=175;QD=57.1169687156;SC=ATATTGTTACCGATAGAGGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=4;WE=63527093;WS=63527073;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr18	63527085	rs8091386	A	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr18	63530016	rs2291343	A	G	3511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=84;PP=2324;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGCAGCACCAACACCCTCACC;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=147;WE=63530024;WS=63530006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,152:0.71:214
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chr18	64748928	rs11423865	C	CT	2940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.783;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=968;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TTCAGCAGGACTTTTTTTTGG;SOR=0.650;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=58;WE=64748936;WS=64748918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,112:0.96:117
chr18	65178103	rs112210097	G	GCA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=1.645;SC=ATACACGCGTGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=65178111;WS=65178093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr18	66504093	rs485613	A	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=71;PP=2965;SC=ACATGGTGGCACCTGCCTCAC;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=168;WE=66504101;WS=66504083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr18	66504459	rs572020	A	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=53;PP=1945;SC=TAGAAGCTAAAGTTACCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=66504467;WS=66504449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	66511027	rs9962597	C	T	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=142;SC=AATATACATCCCAATTATAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=66511035;WS=66511017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	66511207	rs33926572	TA	T	149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=106;SC=ATCTAAATACTAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=66511215;WS=66511197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	66513256	rs8088575	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	66513471	rs1954878	C	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=234;SC=TAGGAAAATGCCTATAAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=66513479;WS=66513461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	66513662	rs1977942	T	C	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=92;NR=82;PP=2577;SC=GAAAGAGGTATGGGGGAATAT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=174;WE=66513670;WS=66513652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr18	66513749	rs1970675	T	C	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=63;PP=2147;SC=GCACAACAGATAAGAGGAAGG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=66513757;WS=66513739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	66513769	rs1539895	A	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=51;PP=1648;SC=GGAGGTTAAAAATTGGAATTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=66513777;WS=66513759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	66513840	rs1970674	C	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=534;SC=AATTCAGACTCTATGACATCT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=66513848;WS=66513830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	66542006	rs745894	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=2.283;SC=AGAGTGATTTGTGAGTTAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=12;WE=66542014;WS=66541996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr18	66678131	rs7234663	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=397;SC=TTTTATCAGAATAGACTATAA;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=66678139;WS=66678121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	66678453	rs930164	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=80;SC=ATAAATATTCATATCTTAATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=66678461;WS=66678443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	67068605	rs33984456	TG	T	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.463;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=609;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GCTGGCTGCCTGGGGGGGGGG;SOR=0.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=40;WE=67068614;WS=67068594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
chr18	67345034	rs8099030	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=25;PP=946;SC=GGCTCAATGATATCAGCCTTG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=67345042;WS=67345024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	67365585	rs4581806	A	G	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=50;PP=2270;SC=TCGTATGGCCATAGACACTCA;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=133;WE=67365593;WS=67365575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	67365668	rs4426448	A	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,62:0.29:212
chr18	67531642	rs763361	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,67:0.28:242
chr18	67531797	rs763362	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr18	67540368	rs1788101	T	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=0.452;SC=CAGCATAAGTTGCACTACTCA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=67540376;WS=67540358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr18	67563309	rs1630425	A	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=817;SC=ATGATTAGATACAGGTTGTCA;SOR=1.345;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=45;WE=67563317;WS=67563299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	67563348	rs1788115	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	67613926	rs10782036	A	G	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	67613944	rs57226213	T	TA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=1.327;QD=6.43;ReadPosRankSum=-2.820;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr18	67614674	rs3214811	T	TA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr18	67671294	rs7998	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=400;ReadPosRankSum=-1.447;SC=AGAGGTAGCACGTCTTCAGGT;SOR=0.264;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=26;WE=67671302;WS=67671284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr18	67718688	rs4891392	A	G	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=62;PP=2144;SC=CACGGTAACAAACGGGAGTGT;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=67718696;WS=67718678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	67724802	rs12968602	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=341;SC=TCTCTTTTCTAACATCCAGAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=67724810;WS=67724798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	67726975	rs11876398	A	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=135;SC=GAGCCTAAAAAAGAATAAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=67726983;WS=67726965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	67727003	rs1435086	A	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=296;SC=CCAGGTCACAAGAAATCTTGT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=67727011;WS=67726993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	67733234	rs11151561	T	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=527;SC=ACACACAAGATATCCTTAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=67733242;WS=67733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	67741117	rs1369292	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=23;PP=1850;SC=TCAAAATAAAGGACTTATGCA;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=67741125;WS=67741107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	67741309	rs1369293	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=518;SC=CGCATTACAGGAAACCAATTC;SOR=2.925;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=24;WE=67741317;WS=67741299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	67742801	rs285228	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=805;SC=GGGAAAGAAGGAGGAGACACT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=67742809;WS=67742791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	67759549	rs4891394	C	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=290;SC=ATGAAAACAACGTGAAAATGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=67759557;WS=67759539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	67809647	rs11665653	A	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=25.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	67812773	rs11662011	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=1;PP=381;SC=ACAAACTGAAGAATGTCACAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=67812781;WS=67812763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	67817744	rs12606964	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=234;SC=GGTTTCTTTTTAGTTTCTCAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=67817752;WS=67817734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	67818046	rs12604751	C	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=75;SC=CTTCTGTTTACAATCCCATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=67818054;WS=67818036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	67860719	rs283250	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=380;SC=ATAAAATTATTCTTTAGTAGA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=67860727;WS=67860709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	67863850	rs74941514	T	TCTC	4715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=47;PP=2844;SC=ATGCTTTCCATCTCCAAAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=59;WE=67863858;WS=67863840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	67871343	rs3911730	A	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=53;PP=2698;SC=GTTTGGTATGAGGCAGAAGAT;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=102;TCR=53;TR=155;WE=67871351;WS=67871333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	67992432	rs2231563	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1097;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGGATTTCCACGACCTCCAGT;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=240;TCF=116;TCR=124;TR=88;WE=67992440;WS=67992422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,91:0.37:248
chr18	70209321	rs7237888	C	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CGCAGCCGCCCGGCTCGCGCA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=26;WE=70209329;WS=70209311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr18	70416367	rs35742923	C	CA	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=47;PP=1389;SC=ACTATTTGCACAAAAAAATAT;SOR=3.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=47;WE=70416375;WS=70416357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	70417396	rs922999	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=20;PP=998;SC=TTGCGAGTAGCTGTGTTTCAT;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=70417404;WS=70417386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	70423192	rs7244244	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=20;PP=1365;SC=TTAAAGACTGTCTGATTGATA;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=70423200;WS=70423182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	70520686	rs111871022	G	GA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-1.868;SC=TTTTTATGTGGAAAAAAAAAT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=70520694;WS=70520676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr18	70531961	rs41499247	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr18	70532840	rs10164255	T	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=552;ReadPosRankSum=2.518;SC=CATCTCTGAATGAAGAGAGGG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=35;WE=70532848;WS=70532830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr18	70532977	rs10163845	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=1.317;SC=CAGACTGTGGAGGAGGAGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=17;WE=70532985;WS=70532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr18	71749359	rs12962744	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,40:0.26:151
chr18	71920966	rs1790871	T	C	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2556;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AAATCTTTGCTCCTTCTAACA;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=134;WE=71920974;WS=71920956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr18	71922899	rs3831450	T	TG	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr18	71927852	rs7238784	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AAATCTTTTAGATCAGAAGCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=71927860;WS=71927842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	71930734	rs2032262	T	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=72;PP=2448;SC=AGAGGTAGAATAAAAATTTTT;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=121;WE=71930747;WS=71930724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	71930758	rs2032263	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=951;ReadPosRankSum=0.545;SC=TCAGGCAAATGAATTAAGAGA;SOR=0.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=55;WE=71930766;WS=71930748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
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chr18	71996377	rs1541292	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.349;SC=TAATCCCAACGGTTTGGGAGG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=71996385;WS=71996367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr18	72020475	rs8093010	T	C	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=45;PP=2064;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TCTCTATCCTTTTCAGGAACA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=125;WE=72020483;WS=72020465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,125:0.69:181
chr18	72021548	rs12608084	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=0.301;SC=ATGCTAGACCCTTAAAACCCC;SOR=0.256;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=23;WE=72021556;WS=72021538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr18	72021717	rs12606060	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=20;PP=1236;SC=AAATCAAAACTTAAGAAATCT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=72021725;WS=72021707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	72103782	rs2278154	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTGGAGGAGTTGGCGAAGCTT;SOR=1.911;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=16;WE=72103790;WS=72103772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr18	72109174	rs1559805	C	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=987;ReadPosRankSum=0.008;SC=CCAGCCCTGGCGGACTCTCAT;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=51;WE=72109182;WS=72109164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr18	72109428	rs1013727	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=45;ReadPosRankSum=0.848;SC=CACAACTTCTGTTCACCTCGT;SOR=0.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=7;WE=72109436;WS=72109418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr18	72113730	rs3861310	A	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=22;PP=1554;SC=CTGCAGAAGCAACAGTAGTTT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=83;WE=72113738;WS=72113720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	72114455	rs8087020	C	T	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=112;PP=2965;SC=AACAGCAGCTCTCCCGCCACA;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=189;WE=72114463;WS=72114445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr18	72186059	rs733062	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=5;PP=890;SC=GACCTTGAACGCGGGCTTGCT;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=72186067;WS=72186049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	72186175	rs5826329	T	TC	5992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=69;PP=2975;SC=TTATTTCATTTCCCCCCAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=92;WE=72186183;WS=72186165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	72186404	rs2241508	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=462;SC=CCTTCCCCCCGTGTGCAGCTG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=72186412;WS=72186394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	72226455	rs12605490	A	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=862;SC=CTTGATCAACAGAAAAGTACC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=72226463;WS=72226445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	72226504	rs12605520	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=0.668;SC=TCGCTCCCCCCGCAGAGCAGA;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=27;WE=72226512;WS=72226494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr18	72226539	rs12607796	T	C	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=58;PP=2446;SC=GCTAATGGCCTGCTTGCTCTT;SOR=0.927;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=144;WE=72226547;WS=72226529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	72226809	rs7239132	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TCCTCAACCACAACCCCCCAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=72226817;WS=72226799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr18	72228124	rs4263028	A	G	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AATACCTCCCATCATCCTGGC;SOR=0.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=251;WE=72228132;WS=72228114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr18	72228269	rs4329999	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=559;ReadPosRankSum=0.520;SC=TGAGGCGCCCGGGCTACAGTG;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=33;WE=72228277;WS=72228259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr18	72238283	rs4892244	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=427;SC=TGAGAAACACAGAAAGTGAAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=72238291;WS=72238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	72247278	rs4892247	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=354;SC=ATTAACTGTACTAATCAGTTT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=72247286;WS=72247268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	72250762	rs11659237	T	C	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=71;PP=2965;SC=GTTCTTGTCCTTACCCTATTC;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=186;WE=72250770;WS=72250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr18	72264397	rs7505285	A	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	72264406	rs7505289	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.84;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr18	72343008	rs7243081	T	C	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=74;PP=2965;SC=CCGAAAATGATGAGGATGAAA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=169;WE=72343016;WS=72342998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr18	72493314	rs7228438	G	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=268;SC=TTATTCTTAAGTTCTCTTTGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=72493322;WS=72493304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	72589058	rs2303440	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGCTGCGTGTGCACCGCACC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=72589066;WS=72589048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr18	72593097	rs75375525	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TGCTGCACTGGCCCCTTCTCT;SOR=0.487;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=24;WE=72593105;WS=72593087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr18	72593118	rs2628126	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=439;SC=GCAGAGAGGACGGCAAGACAC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=72593126;WS=72593108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	72776121	rs3744913	G	A	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=107;PP=2965;SC=TCATCGTGACGGAGGAGCTGG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=216;WE=72776129;WS=72776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	72914280	rs7230037	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TGTCAGATGCGTTAACACCAA;SOR=0.303;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=21;WE=72914288;WS=72914270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr18	72998899	rs33930274	G	A	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,86:0.29:301
chr18	73130653	rs3214645	G	GT	599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=366;SC=GAATGTTCTAGTTTTTTTTTA;SOR=4.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=73130661;WS=73130643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	73130705	rs33995140	AT	A	2099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=21;PP=1026;SC=AATATGTAGTATTTTTTTTTA;SOR=1.824;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=53;WE=73130713;WS=73130695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	74090957	rs56087742	CG	C	3455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=66;PP=2019;SC=GAGTGTAGGACGGGGGGGCGC;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=73;WE=74090965;WS=74090947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	74092366	rs12970367	G	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=35;PP=1011;SC=TGTCTTCAGCGGGAGAAGCCA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=74092374;WS=74092356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	74153146	rs59762437	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr18	74208485	rs3841258	CG	C	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.252;NF=1;NR=28;PP=561;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GGCGATCAGACGGGGGGGGGC;SOR=0.293;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=29;WE=74208493;WS=74208475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr18	74208553	.	C	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=54.51;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=GGTCGGGGGGCGGGGGGGAGT;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=2;WE=74208561;WS=74208543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr18	74591992	rs5826483	G	GT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.396;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr18	74611127	rs608433	A	G	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=105;PP=2965;SC=CAAGACGAATATTCCAGTCCC;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=185;WE=74611135;WS=74611117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr18	74648536	rs630229	G	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=486;SC=TTTATGAGATGTATTTTGACC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=74648544;WS=74648526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	74680259	rs657066	C	T	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=58;PP=2307;SC=TGCAGGAGGCCGCCGGCGAGT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=76;TCR=58;TR=134;WE=74680267;WS=74680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	74680369	rs470774	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=760;SC=TTGGAATCTCCGTTTTAAAGC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=74680377;WS=74680359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	74692336	rs9199	A	G	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=46;PP=1767;SC=GTTTTAAGGCAGTTATATTAA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=108;WE=74692344;WS=74692326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	74702864	rs9676113	G	A	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=49;PP=2651;SC=CTCAGTGTGCGGCTCTCCTGA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=134;WE=74702872;WS=74702854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	74702999	rs9676140	C	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=60;PP=1882;SC=GGGCTGAATACAGGAAAATGC;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=74703007;WS=74702989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	74778515	rs7241461	G	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=893;ReadPosRankSum=0.711;SC=CGCAGGATTCGGAATTCTGGC;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=209;TCF=116;TCR=93;TR=69;WE=74778523;WS=74778505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,73:0.32:227
chr18	74779614	rs4890887	C	A	341.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CCTGGTGCTACCCACCAGCAG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=74779622;WS=74779604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr18	74779866	rs4890888	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.554;SC=ATGTACTGCAGGCTGTTTGTT;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=20;WE=74779874;WS=74779856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr18	74962645	rs5374	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,54:0.27:199
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chr18	76752544	rs186555722	GC	TT	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=393;ReadPosRankSum=0.860;SC=CTCGCAGGGCGCGCGCGCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=13;WE=76752553;WS=76752534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr18	76754757	rs61747126	G	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,85:0.76:112
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chr18	77063512	rs117457629	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=460;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GCTTCAGCCCATGAATGTGCA;SOR=0.252;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=30;WE=77063520;WS=77063502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr18	77097186	rs111329154	CCT	C	1352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.01;MQRankSum=1.572;NF=27;NR=4;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GTCACCTCCCCCTCTGTCCCC;SOR=1.650;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=31;WE=77097195;WS=77097176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr18	77102423	rs11659393	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=1.214;SC=CACAAACGAAGCCTATTGTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=11;WE=77102431;WS=77102413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr18	77107934	rs9965202	C	T	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=54;PP=1693;SC=AGGTACTAAGCCTTCTGTGCT;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=96;WE=77107942;WS=77107924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	77119676	rs3744829	T	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GGGAAAAAAATTTCTCAAATG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=77119684;WS=77119666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr18	77132755	rs2271392	T	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=1.482;SC=GACCCATAGCTCACTCCTGGA;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=47;WE=77132763;WS=77132745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr18	77132793	rs3817178	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=646;ReadPosRankSum=1.246;SC=GTGGTTCTGCGCACTAACGAC;SOR=1.017;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=44;WE=77132801;WS=77132783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr18	77135340	rs8097299	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=1.164;SC=CTTGAAATATCCTGGTATCTC;SOR=0.679;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=26;WE=77135348;WS=77135330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr18	77135472	rs2280058	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=1.483;SC=AATTTAGCCAAACAATATTGA;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=77135480;WS=77135462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr18	77137202	rs1110784	A	G	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=38;PP=2965;SC=AGGGCCCAGGACTTCTTGGTC;SOR=1.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=102;TCR=38;TR=139;WE=77137210;WS=77137192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	77156171	rs74183647	G	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,62:0.77:81
chr18	77156449	rs58346397	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	77160256	.	G	GGGGGGC	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	77160367	.	C	CGCCCCG	2140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.657;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,57:0.30:189
chr18	77170006	rs182507	C	T	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	77171061	rs2230112	T	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,132:0.27:485
chr18	77210902	rs680802	C	T	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=11;PP=1567;SC=CAGGCCTTTACGCTCCCGCGT;SOR=2.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=77210910;WS=77210892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	77211175	rs2290154	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=290;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TCCCGTCACATGCGCTTCACT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=17;WE=77211183;WS=77211165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr18	77211764	rs15350	T	C	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=1946;ReadPosRankSum=1.057;SC=TGGTCCTGTCTGGCCACAACT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=243;TCF=128;TCR=115;TR=160;WE=77211772;WS=77211754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,169:0.68:249
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chr18	77221264	rs2304739	C	T	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GGGGAGGGGGCTCCCCACCAC;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=87;WE=77221286;WS=77221254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,91:0.62:147
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chr18	77287385	rs451691	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=306;SC=TGGACCAGGGTGGGACCGAGG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=77287393;WS=77287375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	77401923	rs73972703	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AACTGCGGACCCAGCCGAGAC;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=77401931;WS=77401921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr18	77401940	rs73480951	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.550;SC=AGACCCTGCAGGGCCTCCAGC;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=10;WE=77401948;WS=77401930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr18	77420703	rs868678	C	G	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=56;PP=2525;SC=AGCTCCCTCCCGGGGTCTTTC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=145;WE=77420711;WS=77420693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	77439637	rs75667721	G	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=575;SC=CACGGTGCCGGCGCTCCGAGG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=77439645;WS=77439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	77473127	rs2279103	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=48;PP=1522;SC=GAATCTCAGACGAGAAAGAAA;SOR=1.167;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=77473135;WS=77473117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	77477515	rs8084175	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=755;SC=AACAGCCTGACGCAGCCGGGT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=77477523;WS=77477505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	77478166	rs55830009	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=817;SC=TGGGAGCGCCGCCCCCGCTTG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=77478174;WS=77478156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	77489169	rs9956086	G	A	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=111;SC=CCTGGAGGCCGAGCTAGAGTC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=77489177;WS=77489159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	77513465	rs8086389	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=981;SC=CTTCTCCTGCGCTGGGGCTCT;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=77513473;WS=77513464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	77513721	rs626169	T	C	6121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=140;PP=2965;SC=GCAACGAGGATGAGGGCAGCA;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=80;TCR=141;TR=220;WE=77513729;WS=77513711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr18	77513841	rs76088733	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=493;SC=AGCAGCACTCGGACGTCCCCG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=77513849;WS=77513831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	77623611	rs62103176	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.72;NF=12;NR=3;PP=306;SC=CCCTAACGCGGTCCGTTCCTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=77623619;WS=77623601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	77623691	rs71338073	G	GGGC	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=1178;SC=CCTGCTCCCCGGGCGGCGGCG;SOR=1.730;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=23;WE=77623699;WS=77623681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	77659553	rs75339189	C	T	6315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.585;SC=CCCGCGCAGCCTGCCCGGGCA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=399;TCF=234;TCR=165;TR=256;WE=77659561;WS=77659543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,269:0.65:416
chr18	77694128	rs202000055	TAA	T,TA	991.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.381;NF=1,1;NR=38,38;PP=409,56;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TGCATTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=39,39;WE=77694137;WS=77694118;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.63:46
chr18	77703476	rs2277723	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=791;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CGGGAGAGACACTGTGTCAGG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=57;WE=77703484;WS=77703466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,57:0.41:139
chr18	77710618	rs72984244	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=530;ReadPosRankSum=0.755;SC=GACGCTGGCCCAGCAGGGAGG;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=30;WE=77710626;WS=77710608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr18	77710715	rs113759560	C	T	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=84;PP=2893;ReadPosRankSum=-1.305;SC=AAGCAAGCCCCCAACTTACCA;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=168;TCR=137;TR=186;WE=77710723;WS=77710705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,187:0.61:308
chr18	77710980	rs2012676	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GCGGGCCACCGGCCGCCTGCT;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=12;WE=77710988;WS=77710970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
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chr18	77728045	rs2298644	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=552;ReadPosRankSum=0.846;SC=TGTGCCTCGGCGGCTCTGGAC;SOR=1.408;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=34;WE=77728053;WS=77728035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
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chr18	77798461	rs3744870	C	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.002;NF=13;NR=3;PP=620;ReadPosRankSum=-1.059;SC=GTCTTGAAAACCCATGTAAGC;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=16;WE=77798469;WS=77798439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
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chr18	77896699	.	C	CA	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=14;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=15;MQ=55.68;NF=0;NR=4;PP=44;QD=12.0;SC=ATAAAACTTGCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=77896707;WS=77896689;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr19	282181	rs139689813	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1102;ReadPosRankSum=0.615;SC=ACAAGGACATCGCTCCAGTGG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=71;WE=282189;WS=282171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr19	282753	rs1138439	G	A	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=72;PP=1835;ReadPosRankSum=0.362;SC=CAGACTCACCGCCAAGAACAC;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=134;WE=282761;WS=282743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,142:0.54:262
chr19	287970	.	G	GT	1195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=10;PP=1328;SC=GGGTAAAGCTGGCCCCACCCC;SOR=1.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=30;WE=287978;WS=287960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	288062	rs11542542	G	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CCATGAGCCCGTGGGTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=89;TCR=64;TR=85;WE=288070;WS=288052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr19	288246	rs10409452	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=1.650;SC=ACACCTGCCTTGGCCTGGAGG;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=17;WE=288254;WS=288236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr19	290947	rs8111051	C	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=285;SC=GCCCGCGTGACTCACCTCCCA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=290955;WS=290937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	291181	rs201395122	AC	A	6317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.383;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=1.054;NF=96;NR=23;PP=2970;ReadPosRankSum=2.442;SC=CCTCGGAGGGACGAGGGCGCG;SOR=1.087;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=262;TCF=195;TCR=67;TR=119;WE=291192;WS=291171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,163:0.48:342
chr19	291184	rs116891859	A	T	6326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.977;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.066;NF=129;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=2.857;SC=CGGAGGGACGAGGGCGCGCAG;SOR=1.130;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=347;TCF=271;TCR=76;TR=154;WE=291192;WS=291171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,169:0.47:359
chr19	312020	.	A	G	632	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.17;NF=3;NR=30;PP=632;QD=20.205188259;SC=CGGGGAGAACAGTCAGCGGCG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=100;TCF=16;TCR=84;TR=33;WE=312028;WS=312010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr19	312143	rs10416918	T	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=28;PP=2459;SC=CGGTCAGCAGTGCCCAGGGCG;SOR=2.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=85;TCR=28;TR=113;WE=312151;WS=312133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	326481	rs4897949	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=841;ReadPosRankSum=0.408;SC=GGGATGCCAGGTTGGGGAGAT;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=64;WE=326489;WS=326471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,72:0.55:132
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chr19	367313	rs585487	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=652;ReadPosRankSum=0.618;SC=GAGCAACACTGAAAGACACAA;SOR=1.279;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=39;WE=367321;WS=367303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
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chr19	372551	rs652081	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=16;PP=1258;SC=CCTTTCCCACACAGCATCCTG;SOR=1.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=65;WE=372559;WS=372541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	373618	rs3214576	GC	G	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.901;NF=1;NR=26;PP=982;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CAGGAGGGTGGCCGAGGTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=27;WE=373626;WS=373608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr19	373673	rs2303814	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=2.154;SC=AAGGACAGTGGGGGGGCCGGC;SOR=0.631;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=19;WE=373681;WS=373663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr19	373690	rs74176336	C	T	649.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CGGCGGGACGCGTGGATTATT;SOR=1.179;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=16;WE=373698;WS=373680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr19	374016	rs2303815	G	A	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=98;PP=2631;ReadPosRankSum=0.006;SC=CCCTTCCTGCGAGGAGACAGG;SOR=0.840;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=331;TCF=134;TCR=197;TR=161;WE=374024;WS=374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,162:0.48:335
chr19	374492	rs10410345	G	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=62;PP=2015;SC=CCAGAGAAGCGTGGGTCTTGC;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=374500;WS=374482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	374547	rs648770	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCGCCTCTCCTTTCCCTCGAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=17;WE=374555;WS=374537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr19	407900	rs10411998	A	G	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=119;PP=2965;SC=GGGGGCTCTCAGCCAGCATGG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=238;WE=407908;WS=407890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	418769	rs12981152	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=561;SC=TCTGGAATTCGACAGAGATGG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=418777;WS=418759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	422534	rs12984753	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	422543	rs2287958	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.946;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr19	422555	rs2287957	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=465;SC=GGAGTCCCTCGTGCACCCGTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=422563;WS=422524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	425182	rs61735134	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=715;ReadPosRankSum=0.129;SC=GCTCCTCGTGGTCCGGGGGGC;SOR=1.167;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=46;WE=425190;WS=425172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr19	439055	rs112380345	G	A	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=104;PP=2965;SC=AGGGGGCTTAGAGAGTGTGGT;SOR=2.129;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=155;TCF=39;TCR=116;TR=143;WE=439063;WS=439045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	460475	rs12980271	G	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	460668	rs189741717	C	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	460729	.	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;ReadPosRankSum=0.355;SC=AGGGGACAGGGCGCGGCGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=460737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	463810	rs60512152	GC	G	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=519;SC=AGGCCCGCCAGCCCCCCGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=16;WE=463818;WS=463800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	464310	rs34551779	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=33;PP=1365;SC=CCGATGGCGCACAGGGGGCAC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=464318;WS=464300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	496532	rs78668504	G	A	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,115:0.56:204
chr19	498212	rs12461640	A	C	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=118;PP=2965;SC=GATTGCAGGCAGGGTCCCAGC;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=81;TCR=118;TR=199;WE=498220;WS=498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	498524	rs2302217	A	G	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=127;PP=2965;SC=CCGTCTCCCCAGCAGCCCTGG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=279;WE=498532;WS=498514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	498894	.	G	T	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=18.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,141:0.82:173
chr19	499425	rs34283757	GACAC	G	3529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.022;NF=2;NR=73;PP=2976;ReadPosRankSum=0.602;SC=TACAAACACAGACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=174;TCF=3;TCR=171;TR=75;WE=499436;WS=499415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr19	500215	rs74361302	C	A	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1094;ReadPosRankSum=0.484;SC=GCTCTCAGGGCAGCCCAAAGA;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=82;WE=500223;WS=500205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,96:0.48:201
chr19	501697	.	T	TCCCAACACCACCTC	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	501701	.	G	GGAGCCTCCCA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	501762	.	A	C	485	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=16;MQ=55.35;NF=29;NR=17;PP=485;QD=11.2993741858;SC=ACCACCTCCCAGGAGCCTCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=46;WE=501770;WS=501752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr19	501762	.	A	AGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCC	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-1.184;QD=26.67;ReadPosRankSum=2.913;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	501900	rs3745925	C	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=924;ReadPosRankSum=0.588;SC=CAGGCTGGGCCCACGCAGGGA;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=68;WE=501908;WS=501890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr19	505071	rs1140823	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CATCCCTCTGTTCACAGAGAT;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=21;WE=505079;WS=505061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr19	507450	rs7246920	G	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=1.767;SC=GCCTTGGGGGGGCTCTAGCGC;SOR=0.459;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=35;WE=507458;WS=507440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr19	536088	.	C	T	1532	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=57.5;NF=28;NR=7;PP=1532;QD=44.7648917871;SC=TTCCGGGACCCGAGGCGCTGG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=35;WE=536098;WS=536078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr19	536090	rs10426138	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.010;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	541685	rs7150	C	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=534;SC=CTTTTTCTCCCTCCCCATGTC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=541693;WS=541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	544315	rs3760874	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=505;SC=ACATCCCGGGACCGTGGGAGA;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=544323;WS=544305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	547224	rs4919846	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=45;PP=2613;SC=GGACAGTCGCAGCAGGCAGCA;SOR=1.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=143;WE=547232;WS=547214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	547491	rs2070795	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CCGACGGCGCCCATTCTCTGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=547499;WS=547481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr19	548865	rs12972174	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=252;SC=TGCCGCCCCCCGCCCCCGCAC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=548873;WS=548855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	549509	rs12459388	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGCCGGGAGCAGCCCCTGTGT;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=549517;WS=549502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	549595	rs1599883	T	C	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=15;PP=2090;SC=CCTCAGCAGGTGCAGAGGCTG;SOR=2.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=78;TCR=16;TR=93;WE=549603;WS=549585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	549678	rs1599882	A	G	8312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=131;PP=2965;SC=GGTGTTGGCCAGAGTCCTGTC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=174;TCR=131;TR=305;WE=549686;WS=549668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	571781	rs62132624	T	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CTCTGTCCTTTCCCTGTTGGC;SOR=0.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=15;WE=571789;WS=571771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr19	577782	rs144824657	G	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=539;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AGCCGGCTTCGTCCAGGCGCC;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=28;WE=577790;WS=577772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr19	578239	rs2283571	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CGCTGTGCCCCGTTGGGCCCA;SOR=0.288;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=33;WE=578247;WS=578229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr19	579010	rs7253615	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=589;ReadPosRankSum=0.817;SC=GATTACAGGCGTGAGCCTCCG;SOR=0.471;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=41;WE=579018;WS=579000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr19	580163	rs5826703	GA	G	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=808;ReadPosRankSum=2.039;SC=CAGTCGGGGAGAAGGGGGTCT;SOR=0.395;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=25;WE=580171;WS=580158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr19	580793	rs10416339	A	C	5123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=12.591;NF=50;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.214;SC=GTGAGAAGCCAAGGAGGCTGG;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=260;TCF=95;TCR=165;TR=140;WE=580852;WS=580783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,144:0.53:271
chr19	580799	.	GCTGGGGGTCCTGGACCCAGCCCTCAGGACTGGGTGAGAGGCCTAGA	G	4865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=13.159;NF=3;NR=71;PP=2964;ReadPosRankSum=0.394;SC=AGCCAAGGAGGCTGGGGGTCC;SOR=0.586;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=165;TCF=8;TCR=157;TR=74;WE=580852;WS=580783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,131:0.52:251
chr19	582253	rs4919862	T	C	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1558;ReadPosRankSum=0.081;SC=GTGGGGCCAGTGCTGACAGGC;SOR=0.459;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=225;TCF=140;TCR=85;TR=114;WE=582261;WS=582243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,118:0.50:235
chr19	582468	rs2074962	A	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=987;ReadPosRankSum=-1.581;SC=ACTTGGAGAGAGTGACTTGCG;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=70;WE=582476;WS=582458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,74:0.41:182
chr19	582775	rs8637	A	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=790;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TCCCTGCTCCACGTCTGCGCC;SOR=1.064;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=60;WE=582783;WS=582765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr19	603513	rs4919815	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=535;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGGGAGGCACCGGCCTGAGGT;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=36;WE=603521;WS=603503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr19	604022	.	A	G	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=24;MQ=54.26;NF=2;NR=4;PP=70;QD=17.4618687579;SC=ATAATGGTGCATGGGCGGGGC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=604030;WS=604012;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	605171	rs12981860	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=261;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TCCTGGTGCCTATGCTGCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=18;WE=605179;WS=605161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
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chr19	613307	rs2301778	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.087;NF=37;NR=31;PP=1050;ReadPosRankSum=0.219;SC=TCGCCAACGCCGACCCCAACT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=68;WE=613315;WS=613297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr19	613506	.	GCGCCTGGAGGGGGAGGGGGCA	G	2479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.246;SC=TGAGGGGGGCGCGCCTGGAGG;SOR=1.603;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=85;TCF=0;TCR=85;TR=25;WE=613534;WS=613496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr19	613898	rs1054786	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.632;NF=27;NR=21;PP=534;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GCGTGCGGGCTGACACCTACT;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=48;WE=613906;WS=613888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr19	617205	rs2072122	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=404;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CGTGCACCCTTCCTGAAGACA;SOR=0.655;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=22;WE=617213;WS=617195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr19	617379	rs62132647	G	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,87:0.46:188
chr19	617386	rs62132648	G	C	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr19	617528	rs55716325	T	TG	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.731;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=343;ReadPosRankSum=0.751;SC=GGTTTTGGGGTGGGGGGGGAA;SOR=1.852;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=20;WE=617536;WS=617518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr19	619021	rs14155	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=1.365;SC=CCAGGCGATAGGGCTGGATGA;SOR=1.562;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=23;WE=619029;WS=619011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr19	633381	rs11669858	A	G	4791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GGAGGAGCCCACGCCGTGGCC;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=463;TCF=233;TCR=230;TR=229;WE=633389;WS=633371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,233:0.49:472
chr19	633529	.	G	GGCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	2593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=3.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=3.278;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr19	641215	rs7246140	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=522;ReadPosRankSum=0.808;SC=CCCACCCTCCTGGGGCTCCCA;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=51;WE=641223;WS=641205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr19	643103	.	GG	AT	911	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=59.56;NF=23;NR=4;PP=911;QD=35.7210324023;SC=CGTCGTGGTCGGGAGGGGACT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=27;WE=643112;WS=643094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,27:0.71:38
chr19	643104	.	G	GGAGGGGACTCGTGGTCTGGGGCAGGGGGGGCTCCTCGTGTCTGTCGTGGTCAT	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=261.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	646704	.	GAGGAGGGCCCGCCACGCACGACCCCAGAGGGCGGCCACC	G	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr19	646743	.	C	G	196	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.76;NF=15;NR=3;PP=196;QD=12.8206229193;SC=GGGCGGCCACCAGGAGGGCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=18;WE=646751;WS=646733;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr19	646900	rs7249518	A	G	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=126;PP=2965;SC=CGCGGGACACAGTGAAGAGTG;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=121;TCR=126;TR=247;WE=646908;WS=646890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	647039	rs2074460	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=61;PP=1958;SC=CTCCGTTAGCTGTCTCCATCG;SOR=1.107;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=109;WE=647047;WS=647029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	649110	rs2040736	G	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=359;SC=GAGCCCGCCCGGGGTCGGAGA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=649118;WS=649100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	652206	rs8102953	G	A	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=30;PP=2397;SC=TGACACGATCGGGAAGCACGA;SOR=1.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=118;WE=652214;WS=652196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	652238	rs11554788	A	G	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.725;SC=CTCACCTCCAACGGTGGCCGG;SOR=0.450;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=164;WE=652260;WS=652228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr19	652739	rs12973146	C	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=20;PP=1928;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CCACACTCGGCGGGGCGGACG;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=148;TCR=38;TR=98;WE=652747;WS=652729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr19	652948	rs10153505	T	G	6832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=160;PP=2965;SC=CCCCCCCAAGTGTGAGGACAG;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=75;TCR=160;TR=235;WE=652956;WS=652938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	676559	rs62134281	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=256;SC=CGGGCGGGGCGGGCCACCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=676567;WS=676549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	680378	rs7246311	C	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=22;PP=744;SC=CCCGGCGCGGCTGCAGGTCTG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=680386;WS=680368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	685985	rs62131270	G	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=39;PP=928;SC=ATCTCACCACGGCCCTCCCTG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=685993;WS=685975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	687142	rs8102982	G	A	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=130;PP=2965;SC=TCTCCCTGGCGGCCTCAGCAG;SOR=1.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=59;TCR=130;TR=189;WE=687150;WS=687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
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chr19	731144	rs1050457	A	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=897;ReadPosRankSum=0.809;SC=CGCCCCAGCCACTGCCAAGGA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=65;WE=731152;WS=731134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr19	740560	rs10419493	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=621;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CGTGTGGGTCTGGCGTCTGCC;SOR=0.283;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=45;WE=740568;WS=740550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr19	799342	rs8100561	G	C	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1348;ReadPosRankSum=0.278;SC=CTCCTGGCCCGGGGACAGCTG;SOR=0.469;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=213;TCF=139;TCR=74;TR=105;WE=799350;WS=799332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,106:0.49:216
chr19	804396	rs3180287	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=0.612;SC=TCCAGTTCTCCAACCACAAGG;SOR=0.753;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=33;WE=804404;WS=804386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
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chr19	808742	rs1135908	G	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=900;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CCTCGGCCACGCTGCACCTCT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=59;WE=808750;WS=808732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,65:0.45:145
chr19	808824	rs62131353	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CTTGGCTGTCCTACCGCGTCG;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=57;WE=808832;WS=808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr19	808920	rs62131354	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GAGCTTGAGCCGAGGGCTGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=808928;WS=808910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	810445	rs10426392	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=2.170;SC=ACGCCTTCCCCGGCTACTCTG;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=14;WE=810453;WS=810435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	814680	rs56944467	G	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1341;ReadPosRankSum=0.717;SC=GGCAGTGAGGGGCCGGACTCA;SOR=0.587;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=84;WE=814688;WS=814670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr19	815086	rs351988	A	G	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=149;PP=2965;SC=GGACACCTGCAGGGCGGAAGG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=154;TCR=149;TR=303;WE=815094;WS=815076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	827975	rs649411	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=747;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AACTCAGACTTAAAGCACAGA;SOR=0.858;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=51;WE=827983;WS=827965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr19	829568	rs12460890	C	T	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=46;PP=2450;ReadPosRankSum=0.227;SC=TCAGGAACCCCGGGGTTAGCA;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=203;TCR=96;TR=148;WE=829576;WS=829558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,146:0.49:298
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chr19	830621	rs653847	A	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=1120;ReadPosRankSum=0.131;SC=GACTACAGTTAATGTCGCTGA;SOR=0.788;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=56;WE=830629;WS=830611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
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chr19	861593	rs1683563	C	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=0.518;SC=GACCCACGCCCCTGCCCTGAT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=861601;WS=861592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	862024	rs1683561	C	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=-2.490;SC=AGAGGGAGCGCGAAGCGGGGG;SOR=0.256;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=42;WE=862032;WS=862014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr19	899305	rs375908582	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=501;ReadPosRankSum=1.521;SC=CCCCTGAGTTCGTAGCGTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=25;WE=899313;WS=899295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr19	899567	rs2930885	C	G	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=76;PP=2157;ReadPosRankSum=0.194;SC=GCCGCAGCCTCGGAGGGTCCG;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=253;TCF=98;TCR=155;TR=127;WE=899575;WS=899557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,125:0.49:257
chr19	900789	rs2930886	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=1.016;SC=CCCCATCCATACCCTGGCCCC;SOR=0.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=900797;WS=900779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	901955	rs4343405	C	T	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=77;PP=2571;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CCCCAGGAGGCGCCTCCCGAC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=172;TCR=148;TR=168;WE=901963;WS=901945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,178:0.53:336
chr19	913048	rs1683587	G	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=44.22;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	913051	rs1623302	C	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=44.22;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	920170	rs350131	G	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=1.083;SC=GGTGGGAGGCGCCGGTGGGGG;SOR=0.053;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=9;WE=920178;WS=920160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	920642	rs350132	T	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=907;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GCGGAGCTGCTCCGCCTGGGG;SOR=0.274;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=51;WE=920650;WS=920632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr19	929678	rs3826948	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=435;ReadPosRankSum=0.878;SC=GAGAGCCCGAGAGTGCCCGGA;SOR=1.040;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=33;WE=929686;WS=929668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr19	929753	rs1799595	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=32;PP=1225;SC=TGGGACACCCAGCCAGCCCCG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=929761;WS=929743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	960187	rs1637993	G	C	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=138;PP=2965;SC=CCCCCACCCCGCTGGAGGGAG;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=83;TCR=141;TR=221;WE=960195;WS=960177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	960266	rs1683584	C	T	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1050;SC=GTGAGCACCCCGTGGCTGGAG;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=960274;WS=960256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	965043	rs12608658	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=57;PP=1525;SC=CAAGCACCAATGGCAGCTCCA;SOR=1.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=965051;WS=965033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	966693	rs6510986	C	T	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=131;PP=2965;SC=CAGCTGTGGCCGCACAGGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=272;WE=966701;WS=966683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	968318	rs8105235	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=3;PP=653;SC=GAGATCGCGCCACTGCACTCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=968326;WS=968308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	968345	rs7251219	CA	TG	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.93;QD=45.74;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	968475	rs146132253	G	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.097;NF=54;NR=61;PP=1540;ReadPosRankSum=0.858;SC=TCAGCATGTCGGTGGAGATCA;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=115;WE=968483;WS=968465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,116:0.47:248
chr19	971933	rs1051504	A	G	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCAACAAAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=118;TCR=99;TR=212;WE=971941;WS=971919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,152:0.97:156
chr19	971949	rs1051505	G	A	7465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=112;TCR=102;TR=210;WE=971957;WS=971939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,189:0.98:193
chr19	984218	rs8112598	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=1.538;SC=ACAAGAAAGCCCCTCTCTCCG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=984239;WS=984215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr19	984533	rs2301810	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=780;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TGGGCAAGAATTACATCAGCG;SOR=1.018;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=48;WE=984541;WS=984523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,53:0.38:139
chr19	984554	rs4806884	C	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=0.155;SC=CCTGGGAGCTCCAGCGGAAGG;SOR=1.037;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=36;WE=984562;WS=984544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr19	984578	rs2301811	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=0.851;SC=GGCGGTGCGGTCTCGCTGCTG;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=23;WE=984586;WS=984568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr19	985815	rs2074573	T	G	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=23;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.839;SC=ACTGCTGTAGTAGCTCCCGTG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=123;TCR=51;TR=81;WE=985823;WS=985805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,80:0.47:172
chr19	985997	rs2074574	C	G	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=91;PP=2144;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AAAGCGTGAGCGTTTCCCACA;SOR=0.867;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=283;TCF=105;TCR=178;TR=140;WE=986005;WS=985987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,144:0.49:292
chr19	990185	rs10409367	G	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=945;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TGTTCCCTCCGCTCCCCGCCT;SOR=0.492;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=56;WE=990193;WS=990175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr19	990281	rs2158367	G	A	13137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr19	990394	rs2240148	T	C	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=68;PP=1480;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CCACGGTCCATGAGCGGAGCC;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=123;WE=990402;WS=990384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,131:0.54:243
chr19	990819	rs2240149	G	A	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=22;PP=1326;ReadPosRankSum=-1.826;SC=TCCCCCTGCCGGGCCGAGCCC;SOR=0.606;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=109;TCR=44;TR=82;WE=990827;WS=990799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr19	991196	rs60416441	CGTCCCAG	CCCCAG,C	13225.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=114;PP=2957;SC=CTGTCTGGCACGTCCCAGGTG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=45;TCR=120;TR=154;WE=991221;WS=991186;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:295
chr19	991199	rs201372013	CCCAGG	C	13223.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr19	991204	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=128;NR=114;PP=2965;QD=20;SC=CACGTCCCAGGTGACCCCTGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=264;TCF=137;TCR=127;TR=242;WE=991221;WS=991186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,242:0.92:264
chr19	991873	rs71335284	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=-2.305;SC=GGCGGGGACTGCCCTGGATGG;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=17;WE=991881;WS=991863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr19	991892	rs71335285	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=6;PP=1100;SC=GGGGCGGAACTTGGCTTGCTG;SOR=3.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=48;WE=991900;WS=991882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	991968	rs1127043	T	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1070;ReadPosRankSum=2.036;SC=CAGTCACCAATGCCGCCATCC;SOR=0.554;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=93;WE=991976;WS=991958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr19	1000420	rs112743753	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=903;ReadPosRankSum=0.126;SC=GTGGCGAGCGACGCCGACAAC;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=61;WE=1000428;WS=1000410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,66:0.36:182
chr19	1000568	rs112236900	C	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=-1.404;SC=CCCTCCTGCCCCGCGCGCCTC;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=17;WE=1000576;WS=1000558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr19	1000785	rs12986002	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GCTGCAGCTGCACTTCCTGGC;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=15;WE=1000807;WS=1000775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	1000799	rs2301813	G	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=14;PP=465;SC=TCCTGGCGGCGGCCACCGAGA;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=1000807;WS=1000775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1003439	rs55646937	G	A	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=81;PP=2578;ReadPosRankSum=0.448;SC=GCCCGTGCCCGTCGGGTGCTG;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=163;TCR=142;TR=172;WE=1003447;WS=1003429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,178:0.56:317
chr19	1003808	rs2240155	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=930;ReadPosRankSum=-0.147;SC=ACGTGAGGCCAGACGCGGTGG;SOR=1.453;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=57;WE=1003816;WS=1003798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr19	1003857	rs4806904	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr19	1003860	rs2240156	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.90;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	1004710	rs4807399	C	T	7531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.108;SC=TGCCTCTGCACGGCCCCCGCC;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=415;TCF=235;TCR=180;TR=202;WE=1004732;WS=1004691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,203:0.48:426
chr19	1004724	rs11880849	A	G	7889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=6;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.284;SC=CCCCGCCCCCACAGGGTGCCC;SOR=0.472;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=470;TCF=259;TCR=211;TR=226;WE=1004732;WS=1004691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,224:0.47:479
chr19	1004740	rs2240157	T	C	18670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=285;NR=238;PP=2965;SC=TGCCCAGGTCTGGCCCAAGCT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=524;TCF=285;TCR=239;TR=523;WE=1004748;WS=1004730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr19	1004808	rs61736783	C	T	7331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.504;NF=152;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.010;SC=CAGACGAAGACGGGCAGTGCC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=571;TCF=281;TCR=290;TR=310;WE=1004816;WS=1004798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,324:0.53:610
chr19	1004823	rs4806908	G	A	9999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.467;NF=128;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.450;SC=AGTGCCCAGCGGGGCAGCTGT;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=548;TCF=268;TCR=280;TR=257;WE=1004831;WS=1004813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,285:0.48:590
chr19	1004844	rs4806909	T	C	9567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.476;NF=107;NR=116;PP=2894;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GCCTGGACCCTGGCACCAACG;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=494;TCF=236;TCR=258;TR=223;WE=1004852;WS=1004834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,262:0.48:546
chr19	1004896	rs10666583	G	GCGTT	8880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.474;NF=38;NR=92;PP=2915;ReadPosRankSum=0.061;SC=GCTGGCCAACGGCTCAGCGCC;SOR=0.702;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=306;TCF=86;TCR=220;TR=130;WE=1004904;WS=1004886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,228:0.48:474
chr19	1005230	rs2240158	C	T	4843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CACTGGTCCACGTGGCTGGGC;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=431;TCF=222;TCR=209;TR=211;WE=1005238;WS=1005220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,216:0.49:443
chr19	1005531	rs12973948	G	C	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=74;PP=1893;ReadPosRankSum=1.717;SC=TCGAGGAGCTGTCGGGGATCC;SOR=0.630;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=241;TCF=83;TCR=158;TR=117;WE=1005541;WS=1005521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,129:0.51:252
chr19	1005598	rs11671828	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=482;ReadPosRankSum=0.045;SC=GGGCTAGCGGTGGCCCCGGGC;SOR=0.392;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=41;WE=1005606;WS=1005588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr19	1008358	rs10403909	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=319;SC=CCTTGTCTGAAGTGACCAACC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=1008366;WS=1008348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	1009185	rs142853420	GAGC	G	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.942;NF=2;NR=6;PP=324;ReadPosRankSum=0.105;SC=CCCCGAGGTGGAGCAGCAGCA;SOR=0.395;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=8;WE=1009195;WS=1009175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	1009365	rs10417824	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GCTGTGCTCCTACGGCCGCCC;SOR=0.984;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=21;WE=1009373;WS=1009355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr19	1009485	rs10401245	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.143;NF=14;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCGGCGCGGCCAGCTCCTGGC;SOR=1.230;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=19;WE=1009493;WS=1009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr19	1009550	rs142516571	GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT	G	1572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.726;NF=6;NR=11;PP=2915;ReadPosRankSum=0.231;SC=AGGCCAGAGCGGCCCCCGCGG;SOR=1.116;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=17;WE=1009584;WS=1009540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr19	1010691	rs2240159	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=813;ReadPosRankSum=0.607;SC=CGCTGGCCCCAGGCGAGACGG;SOR=0.354;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=48;WE=1010699;WS=1010681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr19	1010908	rs7248769	A	G	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr19	1010910	rs7252527	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.02;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr19	1010973	rs8100391	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=623;ReadPosRankSum=1.472;SC=CAGCCCACCCGGGACCATCCA;SOR=0.397;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=34;WE=1010981;WS=1010963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr19	1011823	rs2240161	A	G	13776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=140;PP=2965;SC=AGGAAGCGCTATGAGGGGCTG;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=235;TCR=140;TR=374;WE=1011831;WS=1011813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	1011846	rs10420656	T	C	5272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,237:0.48:492
chr19	1011856	rs113138803	C	A	18519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=315;NR=196;PP=2962;SC=TGGCTCCCGCCCGGCCAGCCC;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=514;TCF=316;TCR=198;TR=511;WE=1011864;WS=1011836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr19	1012379	rs2240162	C	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr19	1012379	.	CGT	GGC	671	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17;NR=3;PP=671;QD=36.2233937431;SC=CACAGCCCCCCGTCCCGCACC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=20;WE=1012389;WS=1012369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	1012381	rs2240163	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr19	1012416	rs112926823	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=877;ReadPosRankSum=-1.200;SC=AGGGAGGAGGGGAGGCCCCGC;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=53;WE=1012424;WS=1012406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr19	1012611	rs970100	A	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=-1.704;SC=GCGCCCCCACACACGTCCCCC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=64;WE=1012619;WS=1012601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,72:0.44:162
chr19	1014398	rs7146	A	G	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=85;PP=2965;SC=TGTCACGCACATGCTCCAGGC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=162;WE=1014406;WS=1014388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	1014537	rs67806247	ACGTGATGGGG	A	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.617;NF=3;NR=9;PP=2980;ReadPosRankSum=-3.140;SC=CCAAGGGCCTACGTGATGGGG;SOR=0.169;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=1014554;WS=1014527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	1020673	rs1005504	C	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=452;SC=GTGGCGCTCGCTGTCCCCAGC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=1020681;WS=1020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1031212	rs7247087	A	G	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=106;PP=2965;SC=GCAGGGACACAGGCTGTCTCA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=87;TCR=106;TR=193;WE=1031220;WS=1031202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	1032369	rs10401325	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=16;PP=1013;SC=CTGTTTCCCCCGCCCCATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=1032377;WS=1032359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1032702	rs4315451	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
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chr19	1043638	rs3752231	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=1.679;SC=CAGAGGCACACGCAGGAGCAA;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=23;WE=1043646;WS=1043628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	1043864	rs4622634	G	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=446;ReadPosRankSum=2.433;SC=CTGGGGAGGTGGGATGTGGCT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=41;WE=1043872;WS=1043854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,42:0.36:117
chr19	1044753	rs3764648	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGTGAGGGCCTGTCCACCTGC;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=1044761;WS=1044743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
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chr19	1047161	rs3752237	A	G	11267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=195;PP=2965;SC=CACAGCTGGGAGACATCCTCC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=405;TCF=207;TCR=198;TR=402;WE=1047169;WS=1047137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr19	1047687	rs4147911	C	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=1.263;SC=CGGGCCGGGTCGCACCTGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=19;WE=1047695;WS=1047677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	1049012	rs4147912	A	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=474;SC=AGGGTGAGGCACTACGAGGCT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=1049020;WS=1049002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	1049305	rs4147915	C	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=65;PP=1974;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GTCCTGGCGTCTCCGTTCGCA;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=339;TCF=194;TCR=145;TR=154;WE=1049313;WS=1049295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,158:0.46:346
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chr19	1049471	.	C	CCA	2241	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=58.55;NF=0;NR=47;PP=2241;QD=48.1276595745;SC=CGTGAGCCCCCCCACTCCCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=47;WE=1049499;WS=1049461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,47:0.84:56
chr19	1049480	.	A	T	1175	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=58.19;NF=0;NR=44;PP=1175;QD=27.4948002852;SC=CCCCACTCCCACCCCGTGAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=44;WE=1049499;WS=1049461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chr19	1049489	.	GC	G	1414	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=56.7;NF=0;NR=34;PP=1414;QD=42.2058823529;SC=CACCCCGTGAGCCCCCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=1049499;WS=1049461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	1049491	.	C	G	847	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=56.43;NF=0;NR=25;PP=847;QD=35.2708485019;SC=CCCCGTGAGCCCCCCCACCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=1049499;WS=1049461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,25:0.76:33
chr19	1050781	.	A	AAATAAT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr19	1051214	rs3752240	A	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1058;ReadPosRankSum=0.452;SC=GTGCCGCTGTAGTGGGCCCCG;SOR=0.813;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=66;WE=1051222;WS=1051204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr19	1051751	rs3764651	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-1.228;SC=AGAGTTGGGGATAGACAGAGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=1051759;WS=1051741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	1052005	rs3764652	C	T	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.227;SC=ACCGTGTGGCCGTGGTGGCAG;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=85;WE=1052013;WS=1051995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,85:0.54:156
chr19	1053299	rs3829687	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TGAGCCGGGGCTCCCTGAAGC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=1053307;WS=1053289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	1053677	rs3752242	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=694;ReadPosRankSum=1.609;SC=TGGCTCAGATGTCCCTTGGGA;SOR=1.010;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=40;WE=1053685;WS=1053667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr19	1054060	rs3752243	A	G	5557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.686;SC=ACGTAACCCTACGGCTCAAGA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=501;TCF=231;TCR=270;TR=251;WE=1054068;WS=1054050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,256:0.50:508
chr19	1055191	rs3745842	G	A	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=76;PP=2058;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CAGTGTAGCCGGCCCGGTGCC;SOR=1.069;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=285;TCF=132;TCR=153;TR=132;WE=1055199;WS=1055181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,133:0.46:289
chr19	1056018	rs3833881	GC	G	1675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.056;NF=8;NR=40;PP=1005;ReadPosRankSum=2.290;SC=AGCTCTCCCGGCCCCCCCGGC;SOR=0.978;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=48;WE=1056026;WS=1056008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr19	1056065	rs881768	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GGCCCCACAGATACGGAGGCT;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=64;WE=1056073;WS=1056055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr19	1056492	rs3752246	G	C	11915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=245;PP=2965;SC=CTGTCTGAGGGTGCACTGTGA;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=168;TCR=245;TR=413;WE=1056500;WS=1056482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr19	1059004	rs2279796	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CCTTTCTGAAAGACCTGCACT;SOR=0.416;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=159;TCF=55;TCR=104;TR=80;WE=1059012;WS=1058994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,83:0.53:157
chr19	1062370	rs34606911	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=458;ReadPosRankSum=-0.433;SC=ACCCAGGCCGTGCCTCTAAAG;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=30;WE=1062378;WS=1062360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr19	1063930	rs4807499	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=537;ReadPosRankSum=1.244;SC=AGCCCCAAAGCACAAGGCCAC;SOR=0.482;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=40;WE=1063938;WS=1063920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr19	1064193	rs4147930	G	A	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=2170;ReadPosRankSum=0.053;SC=GCTCGCGCCTGGCCATCATGG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=115;WE=1064201;WS=1064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr19	1064453	rs4147931	G	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr19	1065044	rs4147935	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=796;ReadPosRankSum=1.070;SC=CACATGGAGGCCGCCTGCGCT;SOR=0.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=53;WE=1065052;WS=1065034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr19	1065197	rs4147936	G	C	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=146;NR=136;PP=2965;SC=GGTCGGGCTGGGGGAGGCAGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=147;TCR=137;TR=282;WE=1065205;WS=1065187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	1066256	rs4147938	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr19	1068734	rs3764653	T	C	7534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,202:0.50:402
chr19	1068738	rs1801284	G	A	7448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,188:0.49:384
chr19	1071312	rs4807506	C	T	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=39;PP=1358;SC=GACGGCGCACCCGGTGCTGGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=1071320;WS=1071302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr19	1074000	rs2074442	A	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=51;PP=2410;SC=CCAGCCTGGAAGACTGTGACG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=136;WE=1074008;WS=1073990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	1074064	rs12610818	C	G	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=56;PP=2707;SC=GGCCATTGCGCGGGTCGGGCC;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=137;WE=1074072;WS=1074054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	1074252	rs11084881	T	G	7453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=122;PP=2965;SC=TGAGAGCTGGTGTCCCAGCAG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=133;TCR=123;TR=255;WE=1074260;WS=1074242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	1077985	rs7251797	A	G	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1295;ReadPosRankSum=-1.254;SC=GGGAGCAGGCAGCACGGCCAC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=86;WE=1077993;WS=1077975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,86:0.53:162
chr19	1080189	rs2074453	G	C	6229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CTCTGTCGGGGGCATGAAGAT;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=617;TCF=312;TCR=305;TR=298;WE=1080197;WS=1080179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,309:0.49:636
chr19	1080311	rs2074454	G	C	13541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=263;PP=2965;SC=TGGCGCGGCCGGAGGCTGCCG;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=489;TCF=225;TCR=264;TR=486;WE=1080319;WS=1080301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr19	1081120	rs8113708	A	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=1044;ReadPosRankSum=1.752;SC=TGGGGTGCCCAGCACCGCCGG;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=1081128;WS=1081110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr19	1081462	rs34275968	C	CG	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.107;NF=8;NR=4;PP=414;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GGGCTGTGAGCGCCCCGGGGA;SOR=0.560;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=12;WE=1081470;WS=1081452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	1081617	rs10404947	A	G	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=97;PP=2965;SC=AGAAGCTGCAAGGCCGCCTGC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=205;WE=1081625;WS=1081607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	1085966	rs3761028	A	G	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=87;PP=2254;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GGCGGATGACACTGGGCTCCT;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=286;TCF=114;TCR=172;TR=147;WE=1085974;WS=1085956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,153:0.51:301
chr19	1086043	rs3761026	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=540;ReadPosRankSum=1.283;SC=GCTTCTCTCTTGCCTGCTCCT;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=35;WE=1086051;WS=1086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr19	1089406	rs41563717	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GCCCTGCACACCGACGGAGGG;SOR=3.516;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=15;WE=1089414;WS=1089396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr19	1090020	rs61585798	TG	T	1914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=1124;SC=GGGGTGTGTGTGGGGGGGGAA;SOR=3.265;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=45;WE=1090028;WS=1090009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr19	1090803	rs3787016	A	G	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.853;SC=ATGCACTAATAGGAACACCTG;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=86;WE=1090811;WS=1090793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,92:0.53:173
chr19	1094004	rs12459404	G	A	7522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=153;NR=115;PP=2965;SC=CTTGTCCCCAGATTGGGCTTT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=153;TCR=115;TR=268;WE=1094012;WS=1093994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	1095151	rs10416031	A	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=31;PP=1642;SC=CCGGCCCTTCATCGCTGCTGC;SOR=1.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=99;WE=1095159;WS=1095141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	1095336	rs1046041	C	T	11133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=206;PP=2965;SC=CCGCCGCCGCCGCTCGCACCC;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=186;TCR=207;TR=392;WE=1095344;WS=1095326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr19	1104078	rs4807542	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=2.323;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	1105621	rs8178973	A	AG	3865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=31;NR=41;PP=2860;ReadPosRankSum=-0.010;SC=AGGGGGTGCCAGCCCCCGACT;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=72;WE=1105629;WS=1105611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,125:0.54:232
chr19	1106477	rs8178977	G	C	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TCTCTAGGGAGCCCGCTTGAG;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=451;TCF=208;TCR=243;TR=221;WE=1106499;WS=1106467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,228:0.49:468
chr19	1106615	rs713041	T	C	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=93;PP=1869;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCCACGCCCTTGGAGCCTTCC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=154;TCR=188;TR=169;WE=1106623;WS=1106605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,179:0.50:355
chr19	1109213	rs2159133	A	G	6756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,180:0.47:384
chr19	1109213	.	AGG	GGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=104;NR=61;PP=2944;QD=20;SC=GCGGTGACCTAGGGACACAGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=238;TCR=137;TR=165;WE=1109223;WS=1109203;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:210,165:0.44:375
chr19	1109215	rs11669443	G	A	6756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,174:0.45:384
chr19	1110829	rs2302109	G	A	5839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.542;SC=GGAACAGGGCGTTCTGCTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=508;TCF=279;TCR=229;TR=263;WE=1110837;WS=1110819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,271:0.52:520
chr19	1115782	rs2072281	G	A	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
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chr19	1116935	rs7251039	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1091;ReadPosRankSum=0.475;SC=ACTGTGGGACGGCAGAGGACT;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=73;WE=1116943;WS=1116925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
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chr19	1119963	rs2074921	A	G	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=61;PP=2351;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGTCTAGCACAGCCTTGCCCA;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=338;TCF=206;TCR=132;TR=165;WE=1119971;WS=1119953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,164:0.48:342
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chr19	1122147	rs2072280	G	A	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=58;PP=2360;ReadPosRankSum=1.501;SC=CGACGCCCTCGAAGGCCTCCC;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=348;TCF=216;TCR=132;TR=156;WE=1122155;WS=1122137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,155:0.46:339
chr19	1122503	rs375435245	G	A	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=116;PP=2713;ReadPosRankSum=0.662;SC=CCGTGGCTTCGATGTCCCGCA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=137;TCR=227;TR=183;WE=1122511;WS=1122493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,189:0.50:377
chr19	1123378	rs4807569	A	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GTTTTGTATAAGCCTGGATTG;SOR=0.380;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=20;WE=1123386;WS=1123368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	1123652	rs4807570	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=638;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CGTGCGTGGCGGGAGCTCAGC;SOR=0.338;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=39;WE=1123660;WS=1123642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr19	1124031	rs2024092	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1082;ReadPosRankSum=1.753;SC=GCTGGAAGGGGAGCAGGATGT;SOR=0.348;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=76;WE=1124039;WS=1124021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,82:0.62:133
chr19	1124053	rs2024093	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=871;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AGCCCGGGCCAGACGGGACAG;SOR=0.309;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=57;WE=1124061;WS=1124043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr19	1127615	rs2074915	G	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=451;ReadPosRankSum=0.757;SC=TATCGTGGGTGGAGGGGGCAG;SOR=1.939;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=22;WE=1127623;WS=1127605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr19	1127720	rs2074916	G	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1331;ReadPosRankSum=1.461;SC=CCACGGACGAGGAGAAGATGG;SOR=0.669;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=97;WE=1127728;WS=1127710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,105:0.41:256
chr19	1128312	rs10412207	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=606;ReadPosRankSum=0.597;SC=GGGCGGGGGCAGCCACGCCCA;SOR=1.348;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=33;WE=1128320;WS=1128302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr19	1147430	rs372686808	AT	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=2.130;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	1147432	.	G	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=2.130;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	1147546	rs79899115	C	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.079;SC=CCCAGCCCGGCAGGACCCATG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=1147554;WS=1147536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	1207238	rs3764640	G	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1247;ReadPosRankSum=0.036;SC=GCCGGGCCGGGCCAGTCACGG;SOR=0.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=51;TCR=105;TR=79;WE=1207246;WS=1207228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,75:0.46:162
chr19	1218523	rs2075604	G	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=923;ReadPosRankSum=2.258;SC=TGTTGGGACCGCGGGGCCTCC;SOR=1.082;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=53;WE=1218531;WS=1218513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr19	1219274	rs34928889	G	A	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=124;NR=78;PP=2965;SC=GTGCTCCCTGGGCCTGTGAGT;SOR=1.120;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=202;WE=1219282;WS=1219264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	1219443	rs147990629	G	GCGGGGGC	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.447;NF=0;NR=15;PP=718;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CCAGGGTGGGGCGGGGGCCGG;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=15;WE=1219451;WS=1219433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	1220321	rs2075606	T	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.910;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1262;ReadPosRankSum=0.987;SC=AGGGGACCCCTGTGAGGGGCA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=96;TCR=26;TR=70;WE=1220329;WS=1220311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr19	1220675	.	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGGACACCTTCTCCGGCTTCA;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=54;WE=1220683;WS=1220665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr19	1222012	rs2075607	G	C	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=74;PP=1528;ReadPosRankSum=-1.857;SC=ACAGGTGAGCGGCCCCTGGGG;SOR=0.526;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=247;TCF=104;TCR=143;TR=134;WE=1222020;WS=1222002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,142:0.55:256
chr19	1231142	rs8110590	T	C	5824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=GGGGCGGGGGTGCGGGAAGGC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=204;WE=1231150;WS=1231132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	1233597	rs3746102	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.545;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=357;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CTGCAGCCCCGGGCCCTCCAG;SOR=0.153;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=23;WE=1233605;WS=1233587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr19	1242048	rs2074513	C	T	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=1675;ReadPosRankSum=0.367;SC=TCCAGGGTCCCCACCCCCAGG;SOR=0.432;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=210;TCF=79;TCR=131;TR=111;WE=1242056;WS=1242038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr19	1268178	rs12975875	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGGGCAGAGAGGCAGGGGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=1268186;WS=1268168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	1270231	rs56378951	GC	G	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.817;NF=1;NR=32;PP=439;ReadPosRankSum=0.144;SC=CTGACAGCCAGCCCCCCCCCC;SOR=1.157;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=33;WE=1270239;WS=1270221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr19	1271274	rs12609287	C	T	5248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.573;SC=AGCAGGAGTCCCGTCTCGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=226;TCR=203;TR=229;WE=1271282;WS=1271264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,239:0.54:443
chr19	1271529	rs4807050	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=532;ReadPosRankSum=-0.686;SC=AGCTGGTACTCACTTTTTCCT;SOR=0.900;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=37;WE=1271537;WS=1271519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr19	1272040	rs12488	T	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=52;PP=1755;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GAGACAGTTATGACAGTTACG;SOR=0.397;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=227;TCF=149;TCR=78;TR=137;WE=1272048;WS=1272030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,143:0.59:241
chr19	1274539	rs8108009	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=230;ReadPosRankSum=1.735;SC=TATGGCCCCATGGCGGGCGCC;SOR=0.454;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=21;WE=1274547;WS=1274529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr19	1277275	rs757292	G	C	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1318;ReadPosRankSum=2.068;SC=AGGAGACGGTGTTTGAGTCCC;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=98;WE=1277283;WS=1277265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,98:0.46:212
chr19	1354983	rs10555657	AGCG	A,AGCGGCGGCG	256.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,3:0.57,0.43:7
chr19	1357082	rs713042	T	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1091;ReadPosRankSum=-1.877;SC=AAATCCTCTCTCTAGAGGAAA;SOR=1.088;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=67;WE=1357090;WS=1357072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr19	1360082	rs8109377	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=923;ReadPosRankSum=1.524;SC=TGCCGTGACCGCAGTGCCTGT;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=69;WE=1360090;WS=1360072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,74:0.43:174
chr19	1360575	rs3826942	G	A	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=63;PP=2379;ReadPosRankSum=0.032;SC=TAAGAGGGGAGGAAACTCAGC;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=322;TCF=183;TCR=139;TR=144;WE=1360583;WS=1360565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,152:0.44:342
chr19	1364139	rs10570720	ACACT	A	6104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.988;NF=19;NR=85;PP=2968;ReadPosRankSum=0.096;SC=TTTGTGCCACACACTCTTTAA;SOR=0.691;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=237;TCF=40;TCR=197;TR=104;WE=1364150;WS=1364129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,163:0.43:376
chr19	1366422	rs2668418	C	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1040;ReadPosRankSum=0.244;SC=GCCTGAGGGGCCAGGCCGGCC;SOR=0.550;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=35;TCR=95;TR=62;WE=1366430;WS=1366412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr19	1367226	rs11668809	G	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TCTGGTAGGTGGATGATGTTT;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=129;TCR=92;TR=98;WE=1367234;WS=1367216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,110:0.46:239
chr19	1371354	rs2668424	T	C	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=79;PP=2230;ReadPosRankSum=1.716;SC=ACTCCCTCCCTACTGCGGGCG;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=149;TCR=183;TR=145;WE=1371362;WS=1371344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,148:0.43:344
chr19	1388538	rs1142530	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGCGTGGGCCCGGCTGTGCAG;SOR=0.996;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=32;WE=1388546;WS=1388528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	1389064	rs7258846	G	T	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=95;PP=2386;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ACTCACATGCGCACATGTGCA;SOR=1.000;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=324;TCF=151;TCR=173;TR=166;WE=1389072;WS=1389054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,176:0.51:346
chr19	1389324	rs66919466	ACT	A	1975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.144;NF=16;NR=18;PP=1253;ReadPosRankSum=-1.743;SC=ACACATGCACACTCACACACA;SOR=0.711;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=34;WE=1389333;WS=1389314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,58:0.39:150
chr19	1389517	rs11666067	C	A	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=93;PP=2179;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TGGAGATGACCCCTCCGTTTC;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=451;TCF=214;TCR=237;TR=172;WE=1389525;WS=1389507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,177:0.38:461
chr19	1399056	rs55776826	C	T	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=68;PP=2478;ReadPosRankSum=0.766;SC=GTGGTCAGGACGGAGGTGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=316;TCF=180;TCR=136;TR=165;WE=1399070;WS=1399046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,170:0.53:321
chr19	1399476	rs73515058	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=819;ReadPosRankSum=0.671;SC=AGGGGCTGCATTGGAGCTGGG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=51;WE=1399484;WS=1399466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr19	1407618	.	AGCC	A	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=64;QD=34.0;SC=GGGAGGAGGCAGCCGCCGCCG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=2;WE=1407628;WS=1407610;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr19	1421046	rs72458772	ACT	A	889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.24;MQRankSum=0.980;NF=15;NR=2;PP=653;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CTTTCAGCTGACTCTTTAAAC;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=17;WE=1421055;WS=1421036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr19	1422299	rs2271055	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=472;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GAAGACCACCTGTGGTGCTGG;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=38;WE=1422307;WS=1422289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr19	1434842	rs61735591	C	T	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-2.293;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,125:0.51:245
chr19	1438865	rs7251165	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr19	1453705	rs12985827	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=281;ReadPosRankSum=0.334;SC=CATATGTCTCTGCCCACACCT;SOR=0.354;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=25;WE=1453713;WS=1453695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	1455933	rs146334923	C	CAGAGTCAGAGCCCAGGGCGAAGTCATCCCAGGA	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=676;ReadPosRankSum=0.479;SC=AGGGAGAAGGCAGAGGTAGGG;SOR=1.119;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=5;WE=1455941;WS=1455923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr19	1456544	rs2656869	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TCTGGCGTGCAGCTCATGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=1456552;WS=1456534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	1456730	rs3896893	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CCCCTCATCTGTCCCCCAGGT;SOR=0.049;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=1456738;WS=1456720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	1457894	rs67685730	C	CGGGGGGGGG,CGG	150.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GGGCGGGTTGCGGGACCTTCG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=1457902;WS=1457884;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.08:12
chr19	1458177	rs10402084	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.635;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.859;SC=ATTGGAGCCCGGAGAGGGACA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=1458185;WS=1458167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	1467684	rs265273	A	C	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=32;PP=2133;SC=GGGCAAGAACAGAGCAGGGCT;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=1467692;WS=1467674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	1467803	rs61749994	C	T	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=81;PP=2571;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TCACGACGCCCACTGAGGAGG;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=390;TCF=223;TCR=167;TR=191;WE=1467811;WS=1467793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,196:0.49:398
chr19	1469030	rs265278	A	G	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2686;ReadPosRankSum=0.116;SC=CGGTGCCCAAAACGCCGGCGC;SOR=0.891;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=417;TCF=223;TCR=194;TR=180;WE=1469038;WS=1469020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,181:0.43:425
chr19	1469530	rs166452	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CGGCGCACCACCTCCGAGAGC;SOR=0.825;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=25;WE=1469538;WS=1469520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr19	1474932	rs144358010	TG	T	4173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.827;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.102;NF=19;NR=75;PP=2948;ReadPosRankSum=0.403;SC=CCACGTGGGCTGGGACCCCGT;SOR=0.764;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=210;TCF=52;TCR=158;TR=94;WE=1474940;WS=1474922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,145:0.45:319
chr19	1475391	rs166451	A	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;ReadPosRankSum=0.045;SC=TCTTAACATGACGGATGCAGC;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=53;WE=1475399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr19	1483673	rs11878809	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr19	1487886	rs111625217	G	A	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=40;PP=1934;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GATATGAGGGGGCCGGGAGGC;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=146;TCR=78;TR=116;WE=1487894;WS=1487876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,120:0.52:229
chr19	1488147	rs4807120	C	T	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1606;ReadPosRankSum=-2.214;SC=AGGGCGCCAGCGGCCCCGTCC;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=102;WE=1488155;WS=1488137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,107:0.57:188
chr19	1489736	rs61015647	GC	G	5885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.377;NF=25;NR=97;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ATGGCTGGTGGCCCCAGGAGG;SOR=0.603;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=254;TCF=47;TCR=207;TR=122;WE=1489744;WS=1489726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,209:0.52:403
chr19	1489770	rs791468	T	G	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.393;NF=80;NR=93;PP=2387;ReadPosRankSum=1.140;SC=GGGCAGGGGGTTGGCCTCCAG;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=157;TCR=182;TR=173;WE=1489778;WS=1489760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,181:0.52:351
chr19	1490377	rs791469	T	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-1.310;SC=CCTGCGCAAATCCCCTCCCTC;SOR=0.247;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=8;WE=1490385;WS=1490367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr19	1491171	rs791473	T	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=467;ReadPosRankSum=0.097;SC=GGCCGGAGCATCGCGGCTCAG;SOR=1.032;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=30;WE=1491179;WS=1491161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr19	1495634	rs2277748	G	A	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=85;PP=2029;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGGCACAGCCGTGGAGCGCAT;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=264;TCF=82;TCR=182;TR=125;WE=1495642;WS=1495624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,132:0.49:269
chr19	1495723	rs76905339	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=1.529;SC=GAGGGGAAGACTCAGTCCCTT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=19;WE=1495731;WS=1495713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	1495756	rs78367532	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=1.303;SC=GAGCCCTGTCCGGGGGCTGAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=15;WE=1495764;WS=1495746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	1496263	rs2244686	A	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=839;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GCCCGCGTGTAACTCCTGCCC;SOR=0.183;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=52;WE=1496271;WS=1496253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr19	1497121	rs2244801	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=1.940;SC=AGCAGCTCCGGGGAGCCCAGG;SOR=0.235;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=17;WE=1497129;WS=1497111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	1497466	rs80104934	G	A	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=95;PP=2910;ReadPosRankSum=0.585;SC=CTGTCCGGCAGGGCCCAGGGC;SOR=0.712;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=189;WE=1497474;WS=1497456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,191:0.52:368
chr19	1497493	rs111564187	G	A	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=91;PP=2710;ReadPosRankSum=0.099;SC=CGGGCACAGGGCAGCTCCCAC;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=385;TCF=204;TCR=181;TR=185;WE=1497501;WS=1497483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,187:0.48:390
chr19	1497543	rs1050017	A	G	7958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,211:0.48:440
chr19	1497547	rs78735375	C	A	4286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,212:0.48:444
chr19	1497762	rs112208222	G	A	6134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=1.928;SC=CTCAGTGCCCGAGCTGGTCCC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=517;TCF=273;TCR=244;TR=277;WE=1497770;WS=1497752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,285:0.54:529
chr19	1506448	rs75714435	T	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=239;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CAGGATCACGTCAGGGATCAA;SOR=0.660;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=15;WE=1506456;WS=1506438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	1507535	rs791461	T	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1529;ReadPosRankSum=-2.162;SC=CGGGTGCCTCTCGCCTCACAT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=74;TCR=107;TR=91;WE=1507543;WS=1507525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chr19	1510661	rs265291	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=668;SC=GGCTGCGCACAGAGACGCCAC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=1510669;WS=1510651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1526931	rs2656858	A	C	11499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=231;NR=180;PP=2965;SC=AACTTCCTGGACCCTGAGGTT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=411;TCF=231;TCR=180;TR=411;WE=1526939;WS=1526921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	1527051	rs11288093	CG	C	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=29.20;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	1527806	rs7254791	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=496;ReadPosRankSum=0.242;SC=AGGTGCAGGCGGATGTTGGGA;SOR=1.735;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=27;WE=1527814;WS=1527796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	1528149	rs139924905	C	CGGCGTGGGGTCCCT	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr19	1528231	rs2668408	T	C	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=42;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.480;SC=CCCCGCCCTGTCCCAGGTAAC;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=140;WE=1528239;WS=1528221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr19	1528780	rs2656861	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-1.111;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	1529527	rs2668409	G	C	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=845;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCTGCAGGTGGGGAGGGAGGA;SOR=0.832;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=66;WE=1529535;WS=1529517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr19	1529550	rs2656863	A	G	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=861;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TACAAGTGACAGGGGGACCAA;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=60;WE=1529558;WS=1529540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
chr19	1530015	rs2668410	C	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.137;SC=GAGGGCTCTGCGGCAGCCTTA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=1530023;WS=1530005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	1533870	rs265286	T	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GTGCTGGGTGTGGGGGCGAGG;SOR=1.565;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=1533878;WS=1533860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	1535179	rs55953917	G	A	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.955;NF=89;NR=87;PP=2648;ReadPosRankSum=0.630;SC=GACGTCCCGCGGAGCCACGGC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=168;TCR=164;TR=176;WE=1535201;WS=1535169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,183:0.53:348
chr19	1535349	rs265281	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CCTGGGGGAGGGCTGGGGGGC;SOR=1.341;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=28;WE=1535357;WS=1535339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr19	1555551	rs2277752	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=475;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GGCCACGTGGTGGTCCGCGCT;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=32;WE=1555559;WS=1555541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr19	1555964	rs61749995	G	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=0.065;SC=CGCCGGGCTCGGGCAGCGTGG;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=15;WE=1555972;WS=1555954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr19	1575326	rs138676931	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr19	1575410	rs375145153	TA	T	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr19	1581040	rs2302300	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=19;PP=995;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CAGGGTCCCCACGGCCACAAG;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=99;TCR=35;TR=72;WE=1581048;WS=1581030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr19	1611917	rs2302086	G	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=387;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GTGGGAGTGGGGGGTAGGATG;SOR=0.663;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=22;WE=1611925;WS=1611907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr19	1615796	rs2074888	G	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1592;ReadPosRankSum=1.023;SC=GCTGGCGGCCGCCGTGGCACC;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=246;TCF=128;TCR=118;TR=115;WE=1615804;WS=1615786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,120:0.47:255
chr19	1615831	rs372056958	C	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CTGCAACAGGCCTAGGGTCAG;SOR=0.851;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=108;WE=1615848;WS=1615821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,114:0.47:244
chr19	1619339	rs8140	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=1.655;SC=GCCCGCCCAGTGACATGGGGC;SOR=0.484;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=24;WE=1619347;WS=1619329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	1619749	rs10648013	A	AGGGTG	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.352;NF=2;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=0.274;SC=CTGTCGGGGAAGGGTGGGGTG;SOR=0.197;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=6;WE=1619757;WS=1619739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	1623850	rs2240592	G	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=479;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TGTCCACTCAGGGCCCACCCC;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=26;WE=1623858;WS=1623840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
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chr19	1650134	rs1860661	A	G	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=59;PP=2685;SC=TGAACTGTGGAGGCAAAGGGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=137;WE=1650142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr19	1796166	rs8100856	C	T	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=67;PP=1604;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ATGATCGTGACGGTGTCCTGG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=106;TCR=144;TR=117;WE=1796174;WS=1796156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,127:0.47:268
chr19	1796943	rs62127692	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=52;PP=1269;ReadPosRankSum=1.227;SC=TCCCCCTCACCGTCCCGCGCT;SOR=0.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=180;TCF=69;TCR=111;TR=88;WE=1796951;WS=1796933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr19	1799763	.	CA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
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chr19	1806210	rs7252063	A	C	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=69;PP=2342;SC=CTCCCTCTGCAAACCCTCCCC;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=118;WE=1806218;WS=1806200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	1806463	rs28397595	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTCTGTCCTCGTCCCGGCCAA;SOR=0.061;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=14;WE=1806471;WS=1806462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	1807136	rs59572086	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=995;ReadPosRankSum=0.556;SC=CCCGCTCCCTCCCCCAGGCAG;SOR=0.575;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=64;WE=1807144;WS=1807126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
chr19	1809479	.	CA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.660;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.117;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	1809598	rs9941464	C	T	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.061;NF=79;NR=44;PP=1887;ReadPosRankSum=0.255;SC=GAGGGTACCACGGCAGCTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=165;TCR=96;TR=123;WE=1809606;WS=1809588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,127:0.47:268
chr19	1809836	rs8107742	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=258;ReadPosRankSum=1.760;SC=ACCCAGGCACTGGGGAGGCCC;SOR=0.143;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=18;WE=1809844;WS=1809826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	1810605	rs716993	T	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1259;ReadPosRankSum=-2.484;SC=CCGCCCCCTCTGCCCAGGATC;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=245;TCF=145;TCR=100;TR=111;WE=1810613;WS=1810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,119:0.46:259
chr19	1811547	rs12609187	A	G	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=85;PP=2776;ReadPosRankSum=0.850;SC=GCCTCCTCTCAGGTGCCCCTC;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=351;TCF=197;TCR=154;TR=196;WE=1811555;WS=1811537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,193:0.55:352
chr19	1811603	rs7250872	C	T	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.149;SC=GTCTCACCTCCGCGGATGCCA;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=399;TCF=207;TCR=192;TR=217;WE=1811611;WS=1811593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,218:0.53:408
chr19	1863628	rs112570276	A	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1914795	rs11666645	C	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=5;PP=824;SC=GCACTGGAGCCGAGGGGAGGG;SOR=2.649;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=37;WE=1914803;WS=1914785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	1914940	rs11084918	A	G	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=77;PP=2965;SC=TGCCCAGGGCAGCTCAGGGTT;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=1914948;WS=1914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	1915118	rs10853957	A	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=992;SC=GCCGTTGGCAAACAGTGTCCT;SOR=3.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=1915126;WS=1915108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1918023	rs10415845	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=1103;SC=ATGGGGTCACTGGGCTGGGGA;SOR=2.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=1918031;WS=1918013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	1918760	rs376128461	CA	C	80.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.431;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	1924005	.	T	C	175	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=2;PP=175;QD=23.3079125052;SC=ACAGTCTGTCTGCCTCGGCCT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=1924013;WS=1923995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,9:0.69:13
chr19	1924050	.	T	C	668	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=30;NR=6;PP=668;QD=19.5214225708;SC=TGAGTCCCCGTGCCCGGCCGC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=36;WE=1924058;WS=1924040;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,36:0.53:68
chr19	1954126	rs34622118	C	CA	12694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=108;PP=2957;SC=GCACCTGATGCGTTAAACCCA;SOR=0.960;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=137;TCF=21;TCR=116;TR=129;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	1954128	rs34797288	T	C	12703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=107;PP=2965;SC=ACCTGATGCGTTAAACCCATT;SOR=0.939;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=192;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	1978271	rs740423	C	T	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTGGGCCCTGCGCTGGCGGTG;SOR=1.084;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=127;TCR=75;TR=201;WE=1978279;WS=1978261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr19	1979386	rs11550450	C	T	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=94;PP=2724;SC=TCGAGGTGCTCTGCGAGAACT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=62;TCR=95;TR=156;WE=1979394;WS=1979376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	1980081	rs71337071	G	A	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.053;SC=GGGGTGGGAGGGCCTGAGGCC;SOR=0.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=135;TCR=104;TR=237;WE=1980089;WS=1980071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr19	1987279	rs11669527	C	T	7715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=161;PP=2965;SC=CAGGCAGCAGCGTGGATACCC;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=119;TCR=162;TR=280;WE=1987287;WS=1987269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	1990825	rs8102506	G	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=61;PP=1703;SC=GTCGCGCCTGGCAAGAGACAT;SOR=1.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=1990833;WS=1990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	1997363	rs1610045	A	G	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=96;PP=2965;SC=CGAGGAAGGCAGCGGGTTCCA;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=148;TCR=96;TR=244;WE=1997371;WS=1997353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	2015540	.	GGGCGGCGGCGGC	G	324.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	2037846	rs1064543	A	C	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	2078176	rs35452475	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=37;PP=1533;ReadPosRankSum=1.111;SC=TGTTGATCTGCGCCTCGATCC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=130;TCR=70;TR=107;WE=2078184;WS=2078166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,113:0.55:206
chr19	2099109	rs2240649	G	T	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.95;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	2099109	.	GCT	TCG,TCT	980	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=19,37;NR=28,55;PP=980,837;QD=21.9886781886;SC=TGCACACCCTGCTGACATCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=47,92;WE=2099119;WS=2099099;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:92
chr19	2099111	rs12984606	T	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr19	2109019	rs2072306	T	C	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CCGGCTCCAATAGGAAGGGAC;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=162;TCF=105;TCR=57;TR=77;WE=2109027;WS=2109009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr19	2109834	rs758286	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=604;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GGAGGCGGAGGGGGTTCGGGG;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=44;WE=2109842;WS=2109824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr19	2110019	rs2074958	T	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=1009;ReadPosRankSum=0.811;SC=GGGCTCAGGGTTCCCCAGGCA;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=59;WE=2110027;WS=2110009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr19	2110746	rs20567	G	A	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CATCGTGGACGGAGGAGCCCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=77;WE=2110754;WS=2110736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr19	2111649	rs2074959	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.278;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=197;ReadPosRankSum=1.322;SC=AACCCCGGCGTGGGGCGGGGG;SOR=0.053;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=13;WE=2111657;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr19	2111873	rs74967342	AC	A	2500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.763;NF=5;NR=44;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CTGCTCCAGCACGCCCCCATC;SOR=0.387;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=10;TCR=102;TR=49;WE=2111881;WS=2111863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr19	2114694	rs79145059	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=44;PP=2057;ReadPosRankSum=-1.073;SC=ACGAGAGGAAGGGAAGCAACC;SOR=0.964;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=266;TCF=169;TCR=97;TR=130;WE=2114702;WS=2114684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,132:0.49:267
chr19	2115479	rs2066779	C	T	8555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GGGAGGGCGGCGGGAGCACCC;SOR=0.683;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=431;TCF=221;TCR=210;TR=225;WE=2115501;WS=2115469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,229:0.52:437
chr19	2115493	rs2066775	A	G	8932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=1.044;SC=AGCACCCCACAGCCCATGTGA;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=472;TCF=237;TCR=235;TR=246;WE=2115501;WS=2115469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,250:0.52:477
chr19	2115668	rs75277331	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ACACGTGCAAGACAAGCCTCG;SOR=0.247;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=21;WE=2115676;WS=2115658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr19	2116281	rs2240656	T	C	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1473;ReadPosRankSum=1.078;SC=CTCGGCGCTGTGGGACACAGC;SOR=0.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=104;WE=2116289;WS=2116271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,108:0.45:242
chr19	2116400	rs9676693	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1101;ReadPosRankSum=0.851;SC=ACTGAGCTTTCACTAACAGGG;SOR=0.815;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=81;WE=2116408;WS=2116390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,80:0.42:189
chr19	2116466	rs734727	G	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=0.834;SC=AATCGCTAACGCTCTGGGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=21;WE=2116474;WS=2116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr19	2116649	rs2074960	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=690;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GGTGCTTGGGACGCCGCTGCT;SOR=1.035;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=46;WE=2116657;WS=2116639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr19	2123712	rs2072305	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=453;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CTCCCAAGCCGCAAGATGGCG;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=25;WE=2123720;WS=2123702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	2127272	rs4807203	A	G	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=83;PP=1984;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CAGTGCCGGCAGCTCAGCTGG;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=90;TCR=161;TR=127;WE=2127280;WS=2127262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,132:0.51:261
chr19	2128987	.	GCC	ACA	220	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=7;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=26;MQ=49.63;NF=8;NR=2;PP=220;QD=27.3467874862;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=2128997;WS=2128971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,10:0.50:20
chr19	2129026	.	CG	AG	1325	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=58.55;NF=13,12;NR=5,9;PP=1315,1325;QD=74.987289586;SC=GGCCCGCCCCCGCCGCTCCGA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=18,21;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr19	2129026	.	CG	C	1325	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=58.55;NF=13,12;NR=5,9;PP=1315,1325;QD=74.987289586;SC=GGCCCGCCCCCGCCGCTCCGA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=18,21;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr19	2129473	rs758287	TC	CG	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=2393;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AACAAGGGGTTCTCATCAGCA;SOR=0.618;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=87;WE=2129482;WS=2129448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,99:0.53:186
chr19	2136992	rs117019553	C	T	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=45;PP=1905;ReadPosRankSum=0.628;SC=AGAGCGGCCCCGGCCCGGGAA;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=175;TCR=99;TR=131;WE=2137000;WS=2136982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,135:0.48:280
chr19	2137870	rs2240658	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=908;ReadPosRankSum=3.388;SC=TTTTGAGCCGCGGCATCAAGC;SOR=0.585;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=68;WE=2137878;WS=2137860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr19	2137885	rs45542440	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=495;ReadPosRankSum=-1.733;SC=TCAAGCGCTCCCTCCCAGCAC;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=39;WE=2137893;WS=2137875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr19	2138654	rs25672	T	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1509;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCTTCACCGCTATGTTGTCCT;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=108;WE=2138662;WS=2138644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr19	2138848	rs12980238	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.205;NF=0;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=0.995;SC=ATCACGAGGTCGGGAGTTTGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=8;WE=2138856;WS=2138838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	2164351	rs12985346	T	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=1.517;SC=CAAGCCGCGCTCACCGGTCCC;SOR=1.563;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=30;WE=2164359;WS=2164341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr19	2180515	rs3810409	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.913;SC=ATAGGTCCCCGGCAAGGTCTG;SOR=0.582;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=2180523;WS=2180507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr19	2189857	rs79010603	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=746;ReadPosRankSum=0.457;SC=CCCTCCAGACCCCTTATGTCA;SOR=0.605;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=49;WE=2189865;WS=2189847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr19	2190947	rs35301355	TTGG	T	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=1143;ReadPosRankSum=0.420;SC=GTCCCGGGTCTTGGTGGTGGA;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=26;WE=2190957;WS=2190937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr19	2194657	rs4807212	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.950;NF=1;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=0.096;SC=TCCTTTCTTGCCGATGTTGGC;SOR=1.453;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=17;WE=2194668;WS=2194647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr19	2194660	rs11268058	A	ATGTTGGCACATGGC	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=2954;SC=TTTCTTGCCGATGTTGGCACA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=7;WE=2194668;WS=2194647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	2208859	rs2301799	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=757;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GTTGCTGTTGTTACCTGGGTG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=49;WE=2208867;WS=2208849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr19	2211050	rs2301800	C	T	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=55;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CTCTGCCCACCGCTCTCCCGA;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=206;TCR=109;TR=163;WE=2211058;WS=2211040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,168:0.52:322
chr19	2214057	rs2074552	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=1220;SC=GTCCTCTGTGCGGGTGGGAGG;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=47;WE=2214065;WS=2214047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	2226676	rs3815308	G	A	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=43;PP=2324;ReadPosRankSum=1.750;SC=GGGCAGCCGCGGCAAGGAGGC;SOR=1.031;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=245;TCF=157;TCR=88;TR=132;WE=2226684;WS=2226666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,135:0.54:249
chr19	2226847	rs113842228	G	T	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.148;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=89;PP=2464;ReadPosRankSum=1.028;SC=CAGCGGCCCCGGCCTGGCCCC;SOR=1.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=286;TCF=121;TCR=165;TR=148;WE=2226855;WS=2226837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,154:0.51:300
chr19	2227621	rs117292860	C	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GCTTGGTGCCCGCACACGCCT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=2227629;WS=2227611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	2244903	rs6510652	T	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=842;SC=CCTGGGCGCTTGAGTACGGTT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=2244911;WS=2244893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	2246652	rs2074861	G	A	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=19;PP=1567;SC=GGCCTCCCCCGGGGTCCCGCT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=2246660;WS=2246642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	2248152	.	T	TGGAGTCCACCCTCCAGCCCCC	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.833;NF=1;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=0.038;SC=CCCCAGCTCCTGGAGTCCACC;SOR=0.777;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=4;WE=2248160;WS=2248142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr19	2250528	rs8112524	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GGGGGGCATGGATTTGTTGCA;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=19;WE=2250536;WS=2250518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	2251512	rs7252789	T	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=21;PP=824;SC=TCTGCCCAGGTGGCCCCGGCG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=2251520;WS=2251502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	2251817	rs10417628	T	C	12593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=270;PP=2965;SC=AAGATGCAGGTCCGTGGGGCC;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=135;TCR=270;TR=405;WE=2251825;WS=2251807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr19	2252990	rs80043033	C	G	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.554;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=38;PP=1515;ReadPosRankSum=2.574;SC=TGCTGCCTCCCCAGGGACGGC;SOR=1.290;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=226;TCF=134;TCR=92;TR=110;WE=2252998;WS=2252980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,116:0.48:242
chr19	2253590	rs3746158	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=743;ReadPosRankSum=-0.597;SC=ACCCCAGCCTCGCCCCACCTC;SOR=0.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=55;WE=2253598;WS=2253580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr19	2255336	rs886363	A	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=772;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AGCAGGTCCCAGGCCAGGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=40;WE=2255344;WS=2255326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr19	2269563	rs374240673	C	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=-2.093;SC=AGAGACGCAGCGGAGGTTTTC;SOR=0.855;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=37;WE=2269571;WS=2269553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr19	2271256	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr19	2271282	rs2074457	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=396;ReadPosRankSum=0.846;SC=GCGGGGTCTTTTGGCCGAGGC;SOR=0.856;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=19;WE=2271290;WS=2271272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	2271323	rs2523175	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=798;ReadPosRankSum=0.089;SC=GGCCGCCCGGACGCCCTGGAG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=44;WE=2271333;WS=2271313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr19	2271577	rs28384674	CT	C	2135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.329;NF=4;NR=35;PP=1464;ReadPosRankSum=1.000;SC=GCCACAGGTACTTTCTTGTGC;SOR=0.558;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=39;WE=2271585;WS=2271567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr19	2271741	rs2074458	G	A	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GTCCTGTGGGGTGAGTCAGGG;SOR=0.723;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=257;TCF=155;TCR=102;TR=114;WE=2271749;WS=2271731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,118:0.45:264
chr19	2290022	.	C	T	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=54;PP=2054;ReadPosRankSum=0.040;SC=GTTGAACTTGCGCGCGCCTCC;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=365;TCF=223;TCR=142;TR=147;WE=2290030;WS=2290012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,151:0.41:370
chr19	2290499	rs7258841	C	T	6098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.523;SC=GCAGAGGAAGCGGACGTCTTC;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCR=199;TR=276;WE=2290507;WS=2290489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,279:0.52:538
chr19	2321854	rs886881	C	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GACTGAGGGACCTCCAGGAAG;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=76;WE=2321862;WS=2321844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,82:0.45:184
chr19	2324060	rs2302057	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=367;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CCCTCGTCCCGCTGCCCCCCT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=2324068;WS=2324050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	2324113	rs140121434	A	AC	2213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.219;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=1913;ReadPosRankSum=0.270;SC=CTCGGCCGCCACCCCACTCAC;SOR=0.414;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=56;WE=2324121;WS=2324103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr19	2324384	rs10404826	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=1.033;SC=GCAGCAGACCACGTCTGCGGG;SOR=3.196;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=21;WE=2324392;WS=2324374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	2328281	rs11666344	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.78;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr19	2337377	rs3752204	C	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=30;PP=2185;SC=GGTGGGAGAACGGGCAGCTGG;SOR=1.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=105;WE=2337385;WS=2337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	2337408	rs55710409	C	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1399;ReadPosRankSum=0.471;SC=TGACTCACATCACGTGAGACA;SOR=0.950;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=111;TCR=62;TR=96;WE=2337416;WS=2337398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,101:0.54:186
chr19	2339773	rs60107832	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=38;PP=1726;ReadPosRankSum=0.768;SC=CCCGAGCCCCGTGTCGGCCAG;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=136;TCR=72;TR=108;WE=2339781;WS=2339763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr19	2339949	rs3746285	T	C	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,153:0.47:323
chr19	2339958	rs1609752	T	C	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;SC=ATTTCTACGATCTCCTCGGTG;SOR=1.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=98;WE=2339966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	2340050	rs1609753	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.119;NF=56;NR=50;PP=1503;ReadPosRankSum=0.027;SC=GCCTGGCCCCCGGCCTCACGG;SOR=0.637;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=111;TCR=101;TR=106;WE=2340058;WS=2340040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,117:0.52:223
chr19	2340154	rs5826760	G	GC	5022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=78;PP=2936;SC=TGCGGCGGCTGCCTTCGGCAA;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=6;TCR=79;TR=84;WE=2340162;WS=2340144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	2341047	rs55818311	C	T	6016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CGGCGGGCAGCGGAGTCCTCG;SOR=0.768;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=326;TCF=163;TCR=163;TR=167;WE=2341068;WS=2341015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,169:0.49:342
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chr19	2343142	rs3746289	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=470;ReadPosRankSum=1.667;SC=TGTGTGGCTCGTGGGAGGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=27;WE=2343150;WS=2343132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	2344034	rs17852546	C	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCTTCCTGACCAAGGTAGGCG;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=33;WE=2344042;WS=2344024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr19	2344484	rs55704748	A	G	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=2368;ReadPosRankSum=0.673;SC=CGGAGCGGATAGGGCTCGAGG;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=141;WE=2344492;WS=2344474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,146:0.52:283
chr19	2353148	rs10402284	T	C	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=2.236;SC=CCCAGCTGAATCCGAGGGCCG;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=331;TCF=132;TCR=199;TR=160;WE=2353158;WS=2353138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,160:0.48:336
chr19	2353150	rs1128402	C	A	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.210;SC=CAGCTGAATCCGAGGGCCGGG;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=321;TCF=124;TCR=197;TR=163;WE=2353158;WS=2353138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,168:0.52:323
chr19	2363778	rs7255676	C	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.655;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	2363787	rs7256144	A	T	204.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	2389872	rs891174	G	C	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=214;PP=2965;SC=CGAGCGGCCAGCATTGGCGTG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=433;TCF=219;TCR=214;TR=433;WE=2389880;WS=2389862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	2389954	rs891175	G	A	10044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	2389958	rs891176	T	A	9932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	2520716	rs1133692	T	C	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=63;PP=2035;SC=GCCCCGTTGTTCAGAGAGCTG;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=108;WE=2520724;WS=2520706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	2520791	rs3764585	C	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=760;SC=CAGGGGCGCCCGGCCTTGGCT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=2520799;WS=2520781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	2524508	rs73516630	A	G	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=110;PP=2965;SC=ATGAGTGTGCATATATGCGTG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=207;WE=2524516;WS=2524498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	2538668	rs16989558	A	G	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=1945;ReadPosRankSum=0.680;SC=TATTTTACTTACAAGGTTCAC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=139;TCR=115;TR=133;WE=2538676;WS=2538658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,136:0.52:263
chr19	2538760	rs7250546	A	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr19	2557272	rs71339116	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=565;ReadPosRankSum=1.155;SC=CATTTGCACACACAGACACGT;SOR=1.739;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=27;WE=2557280;WS=2557262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr19	2557330	rs201765743	GAC	G	3092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.986;NF=34;NR=27;PP=2454;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGTGCACACAGACACACACAT;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=61;WE=2557339;WS=2557320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr19	2557392	rs10421267	C	G	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.975;NF=90;NR=75;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CACGCAGGAGCGAGCGCCTCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=159;TCR=133;TR=165;WE=2557400;WS=2557382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,172:0.57:304
chr19	2575984	.	C	CAG	1926	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=29;MQ=57.82;NF=33;NR=6;PP=1926;QD=50.0;SC=CAGGCAGACACACACATGCTC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=39;WE=2575992;WS=2575983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr19	2576075	.	GCAGACACACACA	G	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.17;NF=33;NR=59;PP=2973;QD=20;SC=ACGCAGACATGCAGACACACA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=81;TCR=146;TR=92;WE=2576094;WS=2576065;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:135,92:0.41:227
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chr19	2642707	.	A	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=764;ReadPosRankSum=0.470;SC=GACCAGGCTGATCTCAAACTC;SOR=1.158;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=42;WE=2642715;WS=2642697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
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chr19	2733250	rs61736898	C	T	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.142;SC=CGTGGGGCTCCACGTACAGCG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=326;TCF=138;TCR=188;TR=175;WE=2733258;WS=2733240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,175:0.53:332
chr19	2811769	.	C	T	253	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=56.69;NF=4;NR=15;PP=253;QD=15.145853292;SC=GCGTCCTGAACGGCAAGGTAC;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=19;WE=2811777;WS=2811759;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	2833587	rs885705	C	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=421;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCCGCACAGGCCTTGTAGATG;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=21;WE=2833595;WS=2833577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr19	2833802	rs867168	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1581;ReadPosRankSum=0.915;SC=AAGCAGTTAGAGGACAGCCAT;SOR=0.707;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=95;WE=2833810;WS=2833792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr19	2833855	rs199517922	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=0.461;SC=ATCCCTTCACGTAGTGGCCGT;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=85;WE=2833872;WS=2833845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,89:0.51:176
chr19	2833864	rs867169	G	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CGTAGTGGCCGTTCCTCAGGA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=90;WE=2833872;WS=2833845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,89:0.49:181
chr19	2853566	rs10412087	A	G	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=80;PP=1972;ReadPosRankSum=2.056;SC=ATATGAGAAGACATACCGCAG;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=287;TCF=110;TCR=177;TR=131;WE=2853574;WS=2853556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,138:0.46:297
chr19	2867583	rs8104536	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=1.210;SC=CCTCCCCTGCCCCAGTCTTCA;SOR=1.508;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=2867591;WS=2867573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	2873439	rs9304900	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-0.167;SC=AGTTCAGTTCCGCAGTGCTGT;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=2873447;WS=2873429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	2878397	rs11084965	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GGCCGGGCGCAGTGGCTCACG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=27;WE=2878405;WS=2878387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr19	2896818	rs8100809	C	T	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=50;PP=1565;ReadPosRankSum=0.449;SC=CAAATGTCCTCGAAAAGATGA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=111;WE=2896826;WS=2896808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,115:0.48:239
chr19	2896948	rs8104326	T	C	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr19	2896953	rs8101379	A	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr19	2900865	rs10420989	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=141;SC=GGGGCTTAGAGATTGTCCAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=2900873;WS=2900862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	2900915	rs7255359	GA	AT	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=2;HapScore=4;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=647;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCGAGGGCGGGACGTTTCGTC;SOR=2.133;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=10;WE=2900938;WS=2900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	2900930	rs12981209	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=666;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TTCGTCCTCCCTGCCGCGCGT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=17;WE=2900938;WS=2900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	2901114	rs11279103	CGCCGAAGTCT	C	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=2964;ReadPosRankSum=0.056;SC=AACCAGAGTCCGCCGAAGTCT;SOR=1.296;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=25;WE=2901131;WS=2901104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr19	2915738	rs2043336	T	A	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=1046;ReadPosRankSum=0.135;SC=GGGAAAGGACTAAGACAGACA;SOR=1.162;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=59;WE=2915746;WS=2915728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr19	2916048	rs2043335	T	A	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=42;PP=2306;ReadPosRankSum=0.321;SC=CTTATTCCTTTTGAGATTTGT;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=125;WE=2916056;WS=2916038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr19	2916358	rs34115054	C	CA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=2.206;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	2917178	rs61742111	G	A	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,135:0.55:244
chr19	2917186	rs2288959	T	C	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.81;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr19	2917287	rs2288958	C	A	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=1997;ReadPosRankSum=0.905;SC=GCAGAGAAAACCTACAAATGC;SOR=0.608;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=301;TCF=151;TCR=150;TR=140;WE=2917295;WS=2917277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,145:0.47:311
chr19	2917509	rs61754927	G	A	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=2764;ReadPosRankSum=0.681;SC=GCTTTTCAAAGACATGAGAAG;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=70;WE=2917530;WS=2917499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr19	2917522	rs61754924	G	A	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=2764;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ATGAGAAGACGCACACGGGAG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=81;WE=2917530;WS=2917499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr19	2917612	rs10410539	T	C	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=62;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GGATCCACACTGGGGACAAAC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=138;TCR=123;TR=132;WE=2917620;WS=2917602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,143:0.53:272
chr19	2917798	rs61755868	A	G	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=-0.511;NF=89;NR=85;PP=2481;ReadPosRankSum=1.153;SC=AGCTCTATAAATGTGAACAAT;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=165;TCR=159;TR=174;WE=2917806;WS=2917788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,176:0.52:338
chr19	2918343	rs113742858	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=680;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GTATAATGCTCCAGAAAATTC;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=35;WE=2918351;WS=2918333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr19	2933480	rs3786948	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=0.835;SC=CCACTGTATTCGTAGATTCAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=2933488;WS=2933479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	2934282	rs3746073	T	C	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=52;PP=2640;SC=CTCGAAAGTATGAGGGACAGC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=123;WE=2934290;WS=2934272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	2936443	rs7251272	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=187;SC=CCCTGTGCCCAGCCGATACTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=2936451;WS=2936433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	2936623	rs4807371	C	T	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=52;PP=1913;SC=ACTTTACAATCTCTTCATCAT;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=2936631;WS=2936613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	2939268	.	A	G	776	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=56.59;NF=41;NR=5;PP=776;QD=17.6254611423;SC=AGGGAATGACACCACCCTTAC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=81;TCR=11;TR=46;WE=2939276;WS=2939258;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr19	2978135	rs445657	G	C	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=38;PP=2255;ReadPosRankSum=0.869;SC=CGGGTGCCTTGCTTCCCTGGC;SOR=0.517;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=115;WE=2978143;WS=2978125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr19	2980269	rs4807380	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.626;SC=GTGGTCTAGAGGCTGCTGGCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=2980277;WS=2980259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	2981487	rs10407929	G	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1159;ReadPosRankSum=0.631;SC=ACTCTGGGGAGGGAGTCCTGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=107;TCR=64;TR=84;WE=2981495;WS=2981476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,92:0.51:179
chr19	2982047	rs10445609	G	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.926;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=461;ReadPosRankSum=0.706;SC=AATTTAAGGTGGGGGAGTAGG;SOR=0.184;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=28;WE=2982055;WS=2982037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr19	2982293	rs11673024	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=605;ReadPosRankSum=0.636;SC=CCCAGCACTTTGGGAGGCCGA;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=49;WE=2982301;WS=2982283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr19	2989380	rs3746075	C	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=662;ReadPosRankSum=-2.458;SC=TTGAGTCTGGCAGAGCCCAGA;SOR=0.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=35;WE=2989388;WS=2989370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr19	2989697	rs6510730	T	C	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.042;NF=47;NR=39;PP=1078;ReadPosRankSum=1.221;SC=AGGCCCTGGATGCCAACCTGG;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=86;WE=2989705;WS=2989687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,93:0.48:192
chr19	2989801	rs143049112	G	GA	1800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.812;NF=0;NR=31;PP=2077;ReadPosRankSum=1.013;SC=TGGGGGGTGGGAAGGGGAAGC;SOR=1.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=1;TCR=66;TR=31;WE=2989818;WS=2989791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr19	2989810	rs504199	G	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.252;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=2070;ReadPosRankSum=0.530;SC=GGAAGGGGAAGCATCCTGTGC;SOR=1.502;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=39;WE=2989818;WS=2989791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr19	2991814	rs428113	T	C	7969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=146;PP=2965;SC=CTTGACCTGATTGCCTCCCGA;SOR=0.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=137;TCR=146;TR=283;WE=2991822;WS=2991804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr19	2993427	rs435806	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1363;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GCCCATTACCTAGATAATGAG;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=88;WE=2993435;WS=2993417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,92:0.53:172
chr19	2993946	rs35271493	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=639;SC=AAAAAGGTGGGTGGGGAGGAT;SOR=1.473;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=34;WE=2993954;WS=2993936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	2994107	rs34438430	C	CT	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1132;SC=CTGCGGTGGGCTGGGGGCAGG;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	2994814	rs439808	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=20;PP=976;SC=TTTGAAGAGATGATGCTTCAT;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=2994822;WS=2994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	2994837	rs401886	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=326;ReadPosRankSum=1.545;SC=TTGAGCTGACAGGTGGAGACC;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=28;WE=2994845;WS=2994827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr19	2994885	rs11084986	G	T	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.631;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=-1.378;SC=ACTGCCCACTGCCCCCCCTCC;SOR=1.284;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=27;WE=2994893;WS=2994875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr19	3006236	rs3050847	A	AAT	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CAGATTGGCCAGAGCCCCACC;SOR=1.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=24;WE=3006244;WS=3006226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr19	3009788	rs216284	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=410;ReadPosRankSum=0.611;SC=GCCTTTCATTTAGAGTTTCCA;SOR=0.256;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=23;WE=3009796;WS=3009778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr19	3014647	rs1844880	C	A	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;PP=1719;ReadPosRankSum=2.002;SC=TCATTGTGGTCATGCCCCTGC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=93;TCR=122;TR=123;WE=3014655;WS=3014637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,124:0.57:219
chr19	3028871	rs2288950	G	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=1.964;SC=CCCGCAGTCCGCACTCACCGG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=20;WE=3028879;WS=3028861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
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chr19	3113305	rs1682811	G	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=9;PP=1546;SC=AGCTCTCGACGTCTCCCCTGC;SOR=3.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=62;WE=3113313;WS=3113295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr19	3119184	rs308046	T	G	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=58;PP=2965;SC=TCTGATTCCCTCTGCCTTCGC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=135;WE=3119192;WS=3119174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	3119239	rs4900	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGTTCCGGACCATCATCACCT;SOR=0.903;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=235;TCF=139;TCR=96;TR=100;WE=3119247;WS=3119229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,107:0.44:244
chr19	3119405	rs370286	T	G	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.80;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	3119405	.	TG	GG,GT	1179	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=13;MQ=60.0;NF=62,33;NR=89,41;PP=1179,1059;QD=8.03821995064;SC=AGGGCCTTACTGGGGGGAGGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=151,74;WE=3119414;WS=3119394;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:158
chr19	3119406	rs451778	G	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr19	3136692	rs411210	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=476;SC=AGGTCAGACATTGGCATCGTG;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=3136700;WS=3136682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	3150238	rs310680	A	G	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=148;PP=2965;SC=ATCCGGGCCTACTATGAGCGT;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=101;TCR=149;TR=249;WE=3150246;WS=3150228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	3186085	rs11551095	G	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=699;ReadPosRankSum=0.167;SC=CTTGTCTGCCGCTCGGCTTCA;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=55;WE=3186093;WS=3186075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr19	3193180	.	C	G	264	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=18;MQ=57.75;NF=12;NR=2;PP=264;QD=21.3408008962;SC=GGGACAGTCACTGGGCCCCCT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=3193188;WS=3193170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr19	3193484	rs499877	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.334;SC=AGGCGTCCCCATCCCAAGGGC;SOR=0.270;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=17;WE=3193492;WS=3193474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr19	3196122	rs311615	T	C	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=15;PP=1233;ReadPosRankSum=0.860;SC=GTGCTGGGGATGCCCCCTGGC;SOR=1.120;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=136;TCR=40;TR=77;WE=3196130;WS=3196112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,77:0.44:176
chr19	3198695	rs311620	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AGTGCTGAGGCCGATGCTGGC;SOR=0.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=3198703;WS=3198690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	3198755	rs2304247	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=565;ReadPosRankSum=1.000;SC=TCTCCAAGCCCCACACACGGG;SOR=0.979;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=36;WE=3198763;WS=3198745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr19	3198777	rs311621	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=741;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CACCTGCCCCAGGAACAGCCA;SOR=0.930;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=57;WE=3198785;WS=3198767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr19	3201695	rs311625	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CCCACCAGGCACCTCTGCAGA;SOR=0.045;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=3201703;WS=3201685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	3204172	rs8106438	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=764;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATGGGTCCGGAGCTCTGCGGA;SOR=0.626;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=60;WE=3204180;WS=3204162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr19	3206235	rs482758	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=0.252;SC=GGGCCAGGCCATGACTACCAC;SOR=0.082;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=20;WE=3206243;WS=3206225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	3207338	rs312068	T	C	6475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-3.339;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,180:0.44:412
chr19	3207348	rs312069	G	C	6303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,172:0.43:404
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chr19	3278206	rs11879556	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=1.383;SC=GCTGTCATCCGGTAGCCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=3278214;WS=3278196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr19	3285012	rs59656659	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=1032;SC=CGCCCCCGCCTAGGGCCCCGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=3285020;WS=3285002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	3293593	rs313784	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=926;SC=GTGATGCTTCAAGAGGCTACA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=3293601;WS=3293583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr19	3382274	rs2074944	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.035;NF=5;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=1.643;SC=GAGCGGCCAGCGGGGAGGGTG;SOR=0.148;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=18;WE=3382282;WS=3382264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	3433694	rs3833877	AC	A	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.498;NF=0;NR=18;PP=512;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TTTCCAGACAACCCCCTGTGT;SOR=0.313;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=18;WE=3433702;WS=3433684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr19	3434413	rs2302220	C	G	3842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=77;PP=2454;ReadPosRankSum=0.234;SC=GTACCCAGGTCCCCACCTCTG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=181;TCR=149;TR=173;WE=3434421;WS=3434403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,183:0.53:343
chr19	3435254	rs2072349	T	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=576;ReadPosRankSum=1.336;SC=TGAGTCACCGTGGCGGGAACT;SOR=1.274;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=41;WE=3435262;WS=3435244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr19	3448869	rs4807473	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=0.065;SC=TAATGGGCTCACAGCCTCTCC;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=21;WE=3448877;WS=3448859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr19	3452683	rs8105687	A	G	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=91;PP=1950;ReadPosRankSum=-1.624;SC=GGCGGGGCGCATTCGGGCCTC;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=77;TCR=191;TR=126;WE=3452691;WS=3452673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,132:0.47:279
chr19	3456738	rs2240665	T	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=748;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GCCACACCCCTGGCACAGGGG;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=38;WE=3456746;WS=3456728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr19	3457058	rs12980469	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=1.602;SC=TAGAGGGACCGCGGGGTGGCC;SOR=0.276;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=25;WE=3457066;WS=3457048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr19	3478646	rs10413312	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=1.266;SC=CTTGGGGAGACGGGCGGGTGC;SOR=1.214;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=3478654;WS=3478636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	3480232	rs2240666	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=371;ReadPosRankSum=-0.976;SC=GCCCAGCGAGAGGGAGGCCGG;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=24;WE=3480240;WS=3480222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr19	3480358	rs2074961	T	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CCAACTCCCCTATCCCGCGAC;SOR=0.659;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=73;WE=3480366;WS=3480348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,72:0.39:184
chr19	3526452	rs2286543	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=0.386;SC=CCCACCTCCCAGGCACCAGCT;SOR=0.160;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16;WE=3526460;WS=3526442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	3526786	rs2286546	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	3533274	rs740681	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=0.969;SC=CGACCGCAGCGCCCCCTCCGC;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=26;WE=3533282;WS=3533264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr19	3534842	rs10155	G	A	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TAAACCTGCCGGGCAGGACCG;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=536;TCF=237;TCR=299;TR=240;WE=3534850;WS=3534832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,245:0.45:547
chr19	3538638	rs8644	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr19	3538646	rs114420443	A	G	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr19	3538647	rs113259909	C	CGTGGGTGCGTG	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr19	3538654	rs1128872	G	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr19	3539444	rs7258234	T	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=28;PP=717;SC=CACTGTGGGGTCTACAGACCT;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=3539452;WS=3539434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	3543397	rs12608919	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=671;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CCACGGGCCCCGGCCAGCCCC;SOR=0.442;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=55;WE=3543405;WS=3543387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
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chr19	3544971	rs12976454	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=684;ReadPosRankSum=0.394;SC=GTAGGCACCGCGGGTACCACC;SOR=0.285;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=44;WE=3544987;WS=3544961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
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chr19	3589413	rs10406702	T	C	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1361;ReadPosRankSum=0.732;SC=CCAGAACCCATGGCCATCCCT;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=115;WE=3589421;WS=3589403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,123:0.49:249
chr19	3589435	rs10426399	C	T	4499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1683;ReadPosRankSum=1.523;SC=ACTCTGTTCCCTCCAGATATG;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=238;TCF=125;TCR=113;TR=116;WE=3589443;WS=3589425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,126:0.49:259
chr19	3589768	rs28532669	G	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=16;PP=1395;SC=GGGTCGGGAGGGGGCTGGGCT;SOR=2.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=3589776;WS=3589758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr19	3595794	rs4523	A	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GGAACAGGATATACACCCAGG;SOR=0.683;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=136;TCR=118;TR=115;WE=3595802;WS=3595784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,119:0.45:263
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chr19	3614403	rs7255692	T	C	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=19;PP=1449;ReadPosRankSum=0.226;SC=ACCGGGCCCGTGCCATGTGGG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=137;TCR=38;TR=88;WE=3614411;WS=3614393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,91:0.50:183
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chr19	3626771	rs17674528	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CGGCTGGGCCAGTGGCCGCGG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=33;WE=3626779;WS=3626761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr19	3633192	rs542462	A	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1624;ReadPosRankSum=0.794;SC=GGACAGGTGAAGGTGGGCGGG;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=106;WE=3633200;WS=3633182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,114:0.48:237
chr19	3633273	rs542690	G	C	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=63;PP=2371;SC=GAGACACTTAGCCCACGGCCA;SOR=1.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=106;WE=3633281;WS=3633263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	3638857	rs55668698	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=1.446;SC=ACGAGCCGGCGGCAGGAGGAG;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=34;WE=3638865;WS=3638847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr19	3641973	rs79056524	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=253;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTGTCCACCTGGGTCCCTTGG;SOR=1.259;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=17;WE=3641981;WS=3641963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	3647440	rs4806948	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=904;ReadPosRankSum=0.293;SC=ATGCCAGGCCACCTCACTCAG;SOR=0.583;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=66;WE=3647448;WS=3647430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,65:0.41:157
chr19	3667294	rs114799461	G	A	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=59;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GGGACCCCAGGCCCTTCGTCC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=172;TCR=118;TR=146;WE=3667302;WS=3667284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,150:0.50:301
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chr19	3721770	rs630335	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AGGAGGACGAGAGCCCGGCCC;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=3721778;WS=3721760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr19	3728275	rs1985864	C	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=517;ReadPosRankSum=0.487;SC=ACAAAAAAACCTGAGGCCCTG;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=40;WE=3728283;WS=3728265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
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chr19	3730041	rs7258176	C	T	11560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GCGACCACATCGTCATGGTGA;SOR=0.471;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=406;TCF=253;TCR=153;TR=405;WE=3730049;WS=3730031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr19	3731783	rs8101530	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=432;ReadPosRankSum=-1.427;SC=ATCAGATCTCGGGTCCTACGG;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=23;WE=3731791;WS=3731773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr19	3731847	rs1879039	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=30;PP=1647;ReadPosRankSum=-1.214;SC=TGGGAGGGCCCGCACCTGGAC;SOR=0.603;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=130;TCR=54;TR=103;WE=3731855;WS=3731837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,105:0.56:187
chr19	3731985	rs1879040	G	A	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=170;PP=2965;SC=TTACAGATTCGGGCCTGGCTG;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=126;TCR=170;TR=295;WE=3731993;WS=3731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	3733651	rs2302304	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=269;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCAACCTCTGGGGGAATTGTC;SOR=0.314;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=17;WE=3733659;WS=3733641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr19	3734175	rs3746122	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=477;ReadPosRankSum=1.083;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTC;SOR=1.236;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=23;WE=3734183;WS=3734165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	3738649	rs599587	A	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=60;PP=1517;SC=GGTGACGCAGAGGAAGCAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=3738657;WS=3738639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	3738971	rs600986	A	G	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=152;PP=2965;SC=AGCCCAGTCCACCGTCTGGCC;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=122;TCR=153;TR=273;WE=3738979;WS=3738961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	3740658	rs10416362	T	G	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	3740771	rs112931167	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=508;ReadPosRankSum=-2.382;SC=GGTGGGGCCCGGAGCTGGAGG;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=31;WE=3740779;WS=3740761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr19	3746087	rs501168	G	A	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1222;ReadPosRankSum=0.313;SC=AAAGTAAGCCGGGTCCTGCTA;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=97;WE=3746095;WS=3746077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,107:0.45:240
chr19	3746207	rs624300	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	3746217	rs77647239	G	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	3749971	rs7257905	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=492;SC=TCCCAGCCTCAGTTTTCTCAT;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=3749979;WS=3749969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	3750205	rs10692689	T	TGG	12731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=117;PP=2966;SC=TATTCCAGATTGGGGCCCTCA;SOR=0.819;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=45;TCR=131;TR=158;WE=3750213;WS=3750195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	3750615	rs1046268	T	C	13572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr19	3750622	rs1046271	A	C	12948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	3750690	rs1046278	A	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=63;PP=1986;SC=TGACCTCTCGAAGGCTGCCAG;SOR=2.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=84;WE=3750698;WS=3750680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	3750869	rs4807505	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=600;ReadPosRankSum=-0.421;SC=ACCCTGATCCGAGACTTTGCC;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=44;WE=3750877;WS=3750859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr19	3752515	rs61735536	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=461;ReadPosRankSum=0.769;SC=CGCGGACAGCGGCCTGGCACG;SOR=0.267;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=26;WE=3752523;WS=3752505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr19	3752874	rs8102086	A	G	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=109;PP=2965;SC=TGGAGGTGGCAGGCGCCTGGG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=120;TCR=110;TR=229;WE=3752882;WS=3752864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	3753148	rs10414283	A	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=0.234;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr19	3753152	rs10411927	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	3753656	rs12609548	T	A	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=33;PP=1748;SC=AAAAAGAATTTAAAAATAAGC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=3753664;WS=3753646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	3753769	rs3746120	C	T	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=67;PP=2805;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TCACGTCCTCCGCGTAGAATA;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=247;TCR=134;TR=192;WE=3753777;WS=3753759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,199:0.51:394
chr19	3762698	rs13960	C	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=20;PP=1604;SC=CGCAATACGTCATGGCGACCA;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=3762706;WS=3762688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	3762926	rs7245624	G	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=61;PP=1832;SC=CAAGCGCAGAGAGGCGGATGC;SOR=2.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=78;WE=3762934;WS=3762916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr19	3778656	rs45508502	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=392;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GCCCCTGCTTCCTCCAGGAAG;SOR=0.262;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=23;WE=3778664;WS=3778646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
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chr19	3779506	rs2066769	C	CG	5915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.866;NF=30;NR=65;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCGTGGGCCCCCTCCCCGCCT;SOR=0.688;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=183;TCF=53;TCR=130;TR=95;WE=3779514;WS=3779496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,173:0.54:320
chr19	3779657	rs2066772	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1434;ReadPosRankSum=1.202;SC=GCTGGGACCCCCCCCGTCCCA;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=86;WE=3779665;WS=3779647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr19	3779934	rs12610723	A	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=669;SC=TGAAACACAGACCCCATGCTC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=3779942;WS=3779924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	3781557	rs12610731	C	T	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=86;PP=2740;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGCCTCAATACGCACCTCCCA;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=351;TCF=194;TCR=157;TR=184;WE=3781565;WS=3781547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,180:0.51:350
chr19	3784757	rs2074976	T	G	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=CAGGAAGGGGTCTCAGGGTGT;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=135;TCR=105;TR=238;WE=3784765;WS=3784747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	3785223	rs4807509	T	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=74;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.805;SC=CACAGGCCAGTCGGCTGGCAC;SOR=2.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=95;WE=3785231;WS=3785213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr19	3806162	rs8109765	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CCCCGCCCGCTCTGCTCCCCG;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=50;TCR=99;TR=68;WE=3806170;WS=3806152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr19	3807039	.	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=0.482;SC=CCCACGGGCCGCCCTCCTGTT;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=3807047;WS=3807036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr19	3811457	rs10413220	G	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQRankSum=-6.140;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr19	3811459	.	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQRankSum=6.189;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr19	3819275	rs2301840	A	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=32;PP=880;SC=GTCTGTGGGGACCCTTGGGGA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=3819283;WS=3819265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	3820191	rs2301843	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=746;ReadPosRankSum=1.569;SC=TGGAGTGGGGCGCTGGCGGGT;SOR=0.570;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=59;WE=3820199;WS=3820181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr19	3820293	rs2301844	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=52;PP=1913;SC=AGCCGCCTGCAGGACCGAGAC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	3820305	rs2301845	T	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=53;PP=1996;SC=GACCGAGACGTGACAGAGCAT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=109;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	3820389	rs2301846	A	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GCAAGGAAGGAAGGGCCAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=28;WE=3820397;WS=3820379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr19	3820441	rs2301847	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=555;SC=TGCCTGCTGTATGCACAGAAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=3820449;WS=3820431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	3822008	rs28510805	C	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=4;PP=1272;SC=GGCCCGACCACAGGCCTCCCA;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=3822016;WS=3821998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	3823192	rs34503630	T	C	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=33;PP=1376;ReadPosRankSum=2.340;SC=GCCTGATCCATGGGAAGGTCC;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=167;TCR=80;TR=106;WE=3823200;WS=3823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,109:0.43:256
chr19	3823237	rs2240231	G	A	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TGACAGCCTCGACTTACCTCC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=459;TCF=263;TCR=196;TR=216;WE=3823245;WS=3823227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,225:0.47:476
chr19	3823292	rs61744821	G	A	5271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.985;SC=AGCAGCCCGCGGGAGCTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=485;TCF=232;TCR=253;TR=237;WE=3823300;WS=3823282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,254:0.50:506
chr19	3827734	rs62132979	G	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=514;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCGGCTTAGCGCGAGGGAACT;SOR=1.469;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=28;WE=3827742;WS=3827724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr19	3831198	rs12461577	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=451;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ACCTTCTTTCAGCAGGCAGCG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=29;WE=3831206;WS=3831188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr19	3831449	rs2240232	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=861;ReadPosRankSum=0.620;SC=CGCGGGCGGCGGGGGCAGCTG;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=52;WE=3831457;WS=3831439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr19	3831525	rs2240233	C	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=52;PP=1749;ReadPosRankSum=1.037;SC=GCGGAGTACACCGACGCGTCA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=136;TCR=101;TR=118;WE=3831533;WS=3831515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,123:0.49:250
chr19	3831765	rs2240235	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=0.023;SC=GGTGTATCCCGAGGACAAGGT;SOR=0.633;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=29;WE=3831773;WS=3831755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr19	3833572	rs56713158	TA	T	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=1.199;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr19	3869128	rs35860262	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=1.877;SC=GCGCGAAGCCCTCACCTTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=13;WE=3869136;WS=3869118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr19	3902722	rs2060247	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=509;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TGATGGCGCTCTCATGAAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=33;WE=3902730;WS=3902712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr19	3908039	rs3810374	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=511;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTCGGGTGGACGGACTGTGGG;SOR=0.929;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=27;WE=3908047;WS=3908029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr19	3908201	rs3810373	T	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=27;PP=1715;SC=TGGTGGGTGGTGCGCGGGAGG;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=3908209;WS=3908191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	3920616	rs8108660	T	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=200;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=3920624;WS=3920606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	3922125	rs56225015	A	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr19	3933802	rs75658866	C	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCTGAGGTCACCTACACGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=18;WE=3933810;WS=3933792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr19	3958397	rs7255123	A	G	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=54;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GCATATCCCCAGTGGCCAAGG;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=268;TCF=151;TCR=117;TR=120;WE=3958405;WS=3958387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,124:0.44:280
chr19	3960020	rs2304193	C	T	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=49;PP=1757;ReadPosRankSum=-2.280;SC=AAGGCCAAGGCGGGAAGCCCA;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=261;TCF=158;TCR=103;TR=129;WE=3960028;WS=3960010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,131:0.49:270
chr19	3963744	rs34381972	C	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=2.217;SC=TCCAGCGCCCCTGTTCTAGGG;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=63;WE=3963752;WS=3963734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr19	3964106	rs2278438	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=0.342;SC=AGACCTCCCGCAAAGCCGGGC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=12;WE=3964114;WS=3964096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr19	3964437	.	AAACCTCACCCTCACGCTCCCCGC	A	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.722;NF=0;NR=22;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CACGCTCCCCAAACCTCACCC;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=0;TCR=66;TR=22;WE=3964467;WS=3964427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr19	3977486	rs36527	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GCACACTGGCATAGAGGCAGC;SOR=0.738;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=43;WE=3977494;WS=3977476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr19	3979408	rs36526	A	G	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=88;PP=2447;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CCGCGATGATATGCTCTCCCG;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=450;TCF=241;TCR=209;TR=186;WE=3979416;WS=3979398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,189:0.42:452
chr19	3980824	rs36525	A	G	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GGGCCCGGCCACCGGGACCAC;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=86;WE=3980832;WS=3980814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,87:0.50:174
chr19	4024020	rs2028827	G	A	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=183;PP=2965;SC=CCCTGACCCCGTGTTTGTCTT;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=214;TCR=183;TR=397;WE=4024028;WS=4023998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr19	4028067	rs4520954	C	T	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=91;PP=2965;SC=CGGTCTCCACCTTGTCGGGTG;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=168;TCR=92;TR=259;WE=4028075;WS=4028057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	4028690	rs10418588	C	G	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GCTCTTGGCTCGAGGCTGAGC;SOR=0.554;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=92;WE=4028698;WS=4028680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,93:0.52:180
chr19	4028783	rs2289863	C	T	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=76;PP=2444;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TCAACCTCACCCACCTCATGT;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=363;TCF=198;TCR=165;TR=172;WE=4028791;WS=4028773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,182:0.48:379
chr19	4032949	rs895333	A	G	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=23;PP=2117;SC=CCAATCCCTCACGGCCCCGAG;SOR=2.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=103;WE=4032957;WS=4032939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	4033244	rs749449	G	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=67;PP=1610;SC=CCCTGGGCCCGGGGCGGCTTG;SOR=5.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=71;WE=4033252;WS=4033234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	4033462	rs7255988	T	C	11136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CAGAGACCTGTGCCCACCTGC;SOR=0.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=242;TCR=157;TR=397;WE=4033470;WS=4033452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
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chr19	4042077	rs4410205	C	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=32;PP=1832;SC=CTCTGAAGCACAGAGGTTAGG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=4042085;WS=4042067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr19	4117705	rs350890	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=59;PP=1742;SC=CCGTGGTGCATCGGCCCCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=70;WE=4117713;WS=4117695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	4153659	rs350879	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=570;ReadPosRankSum=0.435;SC=GAGCTTGCCCGGCCCCAGGTA;SOR=1.684;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=32;WE=4153668;WS=4153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr19	4153856	rs350878	T	C	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=73;PP=2141;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGACCCCATCTCCACCCCTAT;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=263;TCF=120;TCR=143;TR=130;WE=4153864;WS=4153846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,134:0.48:279
chr19	4156841	rs350872	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=542;ReadPosRankSum=1.974;SC=TTGAGCCTCAGCAGCCCCGGG;SOR=1.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=24;WE=4156849;WS=4156836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr19	4169998	rs350852	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=195;SC=CTGACCTGCCGAGTAACCTTG;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=4170006;WS=4169992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4170378	rs350851	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=44;PP=1268;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=4170386;WS=4170368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	4174950	rs350845	A	G	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	4177051	rs350844	A	G	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=38;PP=2132;SC=CAGAGCCCCCACCCCTGCACC;SOR=1.537;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=125;WE=4177059;WS=4177041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	4177331	rs350843	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=554;SC=GGGCAAGTGGACCAACCTCTC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=4177339;WS=4177321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	4180690	rs7260071	T	G	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=CAGATGGATGTGTTCTCATTC;SOR=1.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=153;WE=4180698;WS=4180680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	4180836	rs352493	C	T	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=119;PP=2965;SC=GAACACCACACTGGAAGACTG;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=236;WE=4180844;WS=4180826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	4198154	rs1963331	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=496;ReadPosRankSum=1.143;SC=CGGCGGCCTGCGCTGGTGAGG;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=36;WE=4198162;WS=4198144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr19	4199809	rs112892199	C	CA	2463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.980;NF=33;NR=18;PP=2019;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GAGCCCCTGTCGGGGGCGTGG;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=51;WE=4199817;WS=4199799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr19	4199839	rs6510793	A	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=1.000;NF=65;NR=35;PP=1680;ReadPosRankSum=0.955;SC=AGCAGCCAACACTGCCCCACG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=129;TCR=70;TR=100;WE=4199847;WS=4199829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,110:0.50:218
chr19	4200156	rs2052191	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=705;ReadPosRankSum=0.168;SC=TGTCATGAGCGCGGACGGGGC;SOR=1.277;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=53;WE=4200164;WS=4200146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr19	4200206	rs2052192	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=0.592;SC=AGGAGGAACTAAGCCCAGGTG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=27;WE=4200214;WS=4200196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr19	4201805	rs11672646	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=2.396;SC=GATCGCTTGAGCCTAGGTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=10;WE=4201813;WS=4201796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	4202683	rs352513	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=402;SC=CCTCAAATTCTCAGCTGCTTC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=4202691;WS=4202673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	4202793	rs7260407	A	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=932;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGCCCAGGGTAGGGAAGGCAG;SOR=0.909;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=60;WE=4202801;WS=4202783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr19	4208082	rs2240670	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=741;ReadPosRankSum=1.132;SC=TAGGAGGTCCTAGAGCTTACC;SOR=1.029;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=39;WE=4208090;WS=4208072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr19	4210017	rs67953324	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
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chr19	4210382	rs72980936	C	T	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.102;NF=28;NR=35;PP=967;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TAGGAGGCCTCGGAGATTTGG;SOR=0.777;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=63;WE=4210390;WS=4210372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
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chr19	4217956	rs6510794	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGGGCCGGGCAGCCAGTCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=23;WE=4217964;WS=4217946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr19	4229635	rs400089	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=846;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCCCTGGGGGACTGGGGGGCC;SOR=0.972;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=53;WE=4229643;WS=4229625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr19	4236996	rs4740	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=785;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CAGGTACTACGTCCAAGTGGC;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=52;WE=4237004;WS=4236986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr19	4237067	rs4905	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.162;SC=CCACTGCCACAATGAGCCTGG;SOR=0.254;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=18;WE=4237075;WS=4237057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr19	4250917	rs3803907	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=1.561;SC=GGAGCTCCCCGTTGCTGGAGG;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=4250925;WS=4250907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	4250991	rs3803908	A	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=876;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CAGCGTCCCAAGACAGCTCAC;SOR=0.608;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=59;WE=4250999;WS=4250981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr19	4251069	rs1045750	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1149;ReadPosRankSum=1.339;SC=AGAAATTCAATGCTCGGAAGG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=96;WE=4251077;WS=4251059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,96:0.43:225
chr19	4254211	rs10853970	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	4254308	rs11085067	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=428;ReadPosRankSum=-1.746;SC=AAGATTCTAGTGCCTGGGGAT;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=38;WE=4254316;WS=4254298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr19	4254375	rs11085068	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,55:0.31:177
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chr19	4268543	rs4807565	G	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CCTGTCTGCTGTGGAGCTGAG;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=77;WE=4268551;WS=4268533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr19	4280186	rs10419363	C	T	13088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=239;NR=225;PP=2965;SC=ACCTGGACTTCGAGGACCCCT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=466;TCF=240;TCR=226;TR=464;WE=4280194;WS=4280176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr19	4292480	rs57181230	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=58.56;MQRankSum=-2.362;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GTGTTCCACCCGCCTCGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=4;WE=4292488;WS=4292470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	4292597	rs888932	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGGGATCTCTCACTCCTCTCC;SOR=0.979;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=29;WE=4292605;WS=4292587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr19	4292961	rs11287595	CT	C	1055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=8.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.019;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.673;SOR=1.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,64:0.70:92
chr19	4294542	rs12977100	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GTTCCCACCTCCTCCGCCCTA;SOR=0.627;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=9;WE=4294550;WS=4294532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	4294623	rs58237134	C	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=535;ReadPosRankSum=1.112;SC=CCAGGCACCCCACACGATCGC;SOR=1.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=37;WE=4294631;WS=4294613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr19	4294807	rs78320454	G	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1048;ReadPosRankSum=2.146;SC=GTTCTGTGTGGGGTCATCTGC;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=82;WE=4294815;WS=4294797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,87:0.40:217
chr19	4297925	rs12459030	G	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1003;ReadPosRankSum=1.628;SC=AGACTCAAAAGTCTTAAGATT;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=113;TCR=64;TR=76;WE=4297933;WS=4297915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr19	4302504	rs888933	C	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=53;PP=1588;SC=GGTGTTCCAGCCTGCTGGGGG;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=4302512;WS=4302494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	4304774	rs17523436	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.713;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
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chr19	4306311	rs4807578	T	C	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1820;SC=GTGCCAGCCGTACCTACGAGC;SOR=1.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=88;WE=4306319;WS=4306301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	4308098	rs11669091	T	C	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=39;PP=1209;SC=TTGGCAAAAGTACATACTGAT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=4308106;WS=4308088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr19	4310217	rs56388602	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=0.310;SC=GCAAGACTCCGTCTCAAAAAC;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=38;WE=4310225;WS=4310207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr19	4310327	rs11879976	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;ReadPosRankSum=-0.068;SC=ACCCCACTACCCTGCCCCTGG;SOR=0.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=44;TR=46;WE=4310335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr19	4322990	rs67511110	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=478;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CAGGGGACACGCTGATCGACG;SOR=0.719;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=31;WE=4322998;WS=4322980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr19	4325115	.	G	A	207	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=18;MQ=54.13;NF=10;NR=2;PP=207;QD=20.1476010456;SC=CAGCCTGGGCGACAGAGTGAG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=4325123;WS=4325105;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,12:0.60:20
chr19	4325327	rs10411394	G	A	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AAAGTGTAACGTGTCACATCA;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=140;TCR=113;TR=251;WE=4325335;WS=4325317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr19	4325433	rs1138253	G	A	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.706;SC=CATCTCCAATGGGGGTCACGT;SOR=0.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=83;TCR=121;TR=203;WE=4325441;WS=4325423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr19	4328860	rs11882358	T	C	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=141;PP=2965;SC=TCCGCTCTTCTGCACGTAAAC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=125;TCR=142;TR=265;WE=4328868;WS=4328850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	4331940	rs145454096	AAAAG	A	1101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=2.940;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr19	4332105	rs7258060	A	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=897;ReadPosRankSum=-1.540;SC=AAAGAATCCAAGTCAGTGAGC;SOR=1.010;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=59;WE=4332113;WS=4332095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr19	4333666	rs10413905	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr19	4333711	rs7247504	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=4;PP=684;SC=ATCTCCTGATCCCGGAGAATC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=4333719;WS=4333701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	4338586	rs35303066	CAGAG	C	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.096;NF=24;NR=8;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GACAGGGACTCAGAGAGGTGC;SOR=0.936;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=32;WE=4338597;WS=4338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	4343626	.	C	CGGGGCGCGGGGCTGCA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,1:0.33:3
chr19	4343853	.	AGGC	A	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=33;QD=25.5;SC=TCAGCGGAGGAGGCGGCGGCG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=2;WE=4343863;WS=4343843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr19	4352763	rs11668153	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TGCTCCCTCCCTCCCTCTAGT;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=4352771;WS=4352753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	4352838	rs11668187	C	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.644;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=685;ReadPosRankSum=0.807;SC=TAGCAGGGAGCGGGGGGGCAC;SOR=1.546;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=39;WE=4352846;WS=4352826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr19	4352959	rs11882587	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=795;ReadPosRankSum=1.170;SC=ACGTTCTGGCAGGGGTCTCAG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=59;WE=4352967;WS=4352949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr19	4353841	rs7246177	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.000;SC=ATTTCTTCTTTGTAAATAAGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=4353849;WS=4353831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	4355035	rs2041772	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-2.904;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,50:0.37:136
chr19	4355054	rs2041773	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=7.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr19	4355203	rs2041774	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=2.021;SC=GCATTCTGGGGAGGGTTGGGA;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=4355211;WS=4355193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	4357555	rs4807583	A	G	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=108;PP=2965;SC=CCAAGATCTCACCTTTCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=93;TCR=108;TR=201;WE=4357563;WS=4357545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	4363289	rs62129346	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CACCCCACAGCGAGGTGTGCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=8;WE=4363297;WS=4363279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	4400314	rs62129356	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1088;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCTGGGCCTGCGCTCACCTGG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=89;WE=4400322;WS=4400304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr19	4402659	rs200677191	G	GGCGGCAGCA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.967;NF=1;NR=1;PP=514;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CGGCGGCCGCGGCGGCAGCAG;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=2;WE=4402667;WS=4402649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr19	4402840	rs77734548	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	4406160	rs243342	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ACTTATGCACGATTGGTGTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=4406168;WS=4406150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	4408751	rs243347	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=597;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=4408759;WS=4408741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	4409756	rs2230636	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=77;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CCCTCCGCAGAGTGAGTATCT;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=41;TCR=142;TR=100;WE=4409764;WS=4409746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,101:0.54:186
chr19	4417845	rs34080966	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CCGTAGTCTCTCTTGTTATCT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=4417853;WS=4417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	4423419	rs11668886	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1372;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AGAGCTTCCCCGTCCCAGCCC;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=196;TCF=71;TCR=125;TR=90;WE=4423427;WS=4423409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,94:0.46:205
chr19	4429007	rs62130978	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTAGTGCCCTCGGGCCCTGGG;SOR=1.040;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=26;WE=4429015;WS=4428997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr19	4442336	rs9352	C	T	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1511;ReadPosRankSum=1.048;SC=CCGGATGCTGCGGGTGAGAAG;SOR=0.633;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=217;TCF=113;TCR=104;TR=119;WE=4442344;WS=4442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,128:0.56:227
chr19	4442529	rs243382	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.233;SC=ATGCCAGGCATCGTTCTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=4442537;WS=4442519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	4442999	rs243383	T	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=40;PP=2676;SC=CACCCTGACCTCGAGCCCACT;SOR=1.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=101;TCR=40;TR=141;WE=4443007;WS=4442989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	4446995	rs243389	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GTCCAGGGGCCCGGCTCTCGC;SOR=0.153;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=120;TCF=17;TCR=103;TR=65;WE=4447003;WS=4446985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr19	4453235	rs72990638	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGCTCGTGTACCTGAGGCCCA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=4453243;WS=4453234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	4453324	rs376965	T	C	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.79;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	4453324	.	TG	CC,CG	835	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=36,81;NR=15,35;PP=746,835;QD=15.6758406836;SC=CCACAACCTGTGTCCACCTTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=51,116;WE=4453333;WS=4453314;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:120
chr19	4453325	rs411833	G	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr19	4454000	rs11909	G	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GGGCTAGGGCGGCAGCGGCTG;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=88;WE=4454008;WS=4453990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,90:0.58:155
chr19	4454083	rs1127888	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=765;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TCTTTGTGGGCCTTTTCCCTG;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=54;WE=4454091;WS=4454073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,54:0.39:140
chr19	4457496	rs10425328	CG	GC	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=3;PP=1087;SC=CTGACCCTCGCGTGCCGCTCC;SOR=4.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=42;WE=4457505;WS=4457486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	4457518	rs56153949	C	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=751;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGCCCCTCATCCTCTCCGATC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=39;WE=4457526;WS=4457508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr19	4475606	rs3816048	T	C	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=63;PP=1604;SC=GGAGAGCCAGTGTGAAGCGCG;SOR=1.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=99;WE=4475614;WS=4475596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	4488926	rs10421685	G	A	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=70;PP=1990;SC=CTGATGTCTCGCCTGGCAGCT;SOR=2.511;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=19;TCR=83;TR=89;WE=4488934;WS=4488916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	4491476	rs11878416	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=1;PP=529;SC=GAGCTCAGCTGTCGTGGGTGG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=4491484;WS=4491466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	4493708	rs892161	A	G	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=28;PP=1939;SC=AGAAGGCGCCATCAGCCTCCG;SOR=1.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=4493716;WS=4493698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	4496198	rs2288930	A	G	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=27;PP=2204;SC=GTGGAGGGCGACAGAAAGGGT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=103;WE=4496206;WS=4496188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	4498154	rs919798	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=2.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	4498157	rs919797	G	A	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.27;SOR=2.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	4498245	rs2288926	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=779;SC=CTGCCCTTGAACAGCTGGCCC;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=4498253;WS=4498235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	4498700	rs10406139	A	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=1;PP=468;SC=TTCTGCAGATACAGCTCCCCT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=4498708;WS=4498697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	4499632	rs72100503	AAGCTGGCCGGGGAGG	A	3577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=49;PP=2933;SC=GGCCGAGGAGAAGCTGGCCGG;SOR=2.613;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=3;TCR=131;TR=50;WE=4499654;WS=4499622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	4502201	rs8887	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=25.95;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	4502282	rs13041	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	4502287	rs7254167	G	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=128;SC=TGGGGCGCAGGCGGCAGTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=4502295;WS=4502272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	4508945	rs8105775	A	G	7703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=156;NR=126;PP=2965;SC=CCTTTGGCCCAGGCTGGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=282;WE=4508953;WS=4508935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	4510389	rs8105610	C	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	4511350	rs7259721	T	A	10570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-6.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.234;NF=259;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=3.441;SC=CTTTGGCCACTTTCGCAGCAC;SOR=0.979;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=504;TCF=280;TCR=224;TR=410;WE=4511358;WS=4511340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,444:0.78:571
chr19	4511453	rs7255187	G	A	21901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=377;NR=381;PP=2965;SC=GGCCACGTTCGCAGCACCGGT;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=773;TCF=392;TCR=381;TR=758;WE=4511461;WS=4511443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,806:1.00:806
chr19	4511525	rs7256712	A	G	21081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=326;NR=370;PP=2965;SC=GTCTACACCCATCTGGACGGC;SOR=1.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=696;TCF=326;TCR=370;TR=696;WE=4511533;WS=4511515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,770:1.00:770
chr19	4511647	.	C	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=20;MQ=55.59;NF=93;NR=140;PP=2965;QD=20;SC=CTTTGGCCAACTTCACAGCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=94;TCR=140;TR=233;WE=4511655;WS=4511637;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr19	4511737	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=53.32;NF=74;NR=49;PP=2962;QD=20;SC=GGATGGCCCCTTTGGCCACAT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=339;TCF=197;TCR=142;TR=123;WE=4511754;WS=4511715;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:216,123:0.36:339
chr19	4511746	.	A	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=54.45;NF=133;NR=56;PP=2962;QD=20;SC=CTTTGGCCACATTCGCAGCAC;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=377;TCF=221;TCR=156;TR=189;WE=4511754;WS=4511715;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:188,189:0.50:377
chr19	4511830	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=17;MQ=58.5;NF=149;NR=161;PP=2962;QD=20;SC=TGGTCTGGACAGTCCCTTTGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=712;TCF=375;TCR=337;TR=310;WE=4511838;WS=4511820;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:402,310:0.44:712
chr19	4511908	rs10423606	C	T	8589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.823;NF=119;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=4.102;SC=CGGTCTTGGCCGTGTCTACAC;SOR=0.587;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=596;TCF=286;TCR=310;TR=224;WE=4511943;WS=4511898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,244:0.43:562
chr19	4511927	rs10422025	G	A	11140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-3.817;QD=19.93;ReadPosRankSum=-1.730;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,287:0.51:559
chr19	4511927	.	GCA	ACG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=24;NF=142;NR=179;PP=2944;QD=20;SC=ACCTGTCTGGGCAGCCCCTTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=602;TCF=291;TCR=311;TR=321;WE=4511943;WS=4511898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:281,321:0.53:602
chr19	4511929	rs10424401	A	G	11138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-3.838;QD=19.82;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,287:0.51:562
chr19	4511955	rs7260518	T	C	17110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=322;NR=320;PP=2965;SC=TTCACAGCACTGGTCACCCCA;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=644;TCF=323;TCR=321;TR=642;WE=4511963;WS=4511945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr19	4512669	rs55901236	T	C	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=61;PP=1943;ReadPosRankSum=1.439;SC=CTGCAGACGGTGTCCTTTGTA;SOR=0.541;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=314;TCF=155;TCR=159;TR=126;WE=4512677;WS=4512659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,132:0.41:324
chr19	4513143	.	CA	TG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=42.04;NF=103;NR=52;PP=2947;QD=20;SC=TTCATGGCACCAGTCACCCCA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=169;TCF=115;TCR=54;TR=155;WE=4513152;WS=4513133;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,155:0.92:169
chr19	4513559	rs4807597	A	G	6905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=134;PP=2965;SC=GCTGGACACCACCTCCTTGGT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=112;TCR=134;TR=246;WE=4513567;WS=4513549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	4524016	rs1062223	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=934;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GGCAGGCCCCGCACGCTGGAC;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=69;WE=4524024;WS=4524006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,79:0.49:161
chr19	4525046	rs1610090	A	G	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=68;PP=2561;SC=TTCCCAGGGCAGGCCGGGGCG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=155;WE=4525054;WS=4525036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	4529622	rs200315969	TACACACACAC	T	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=783;SC=CATATATGTATACACACACAC;SOR=2.022;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=4529639;WS=4529612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	4538599	rs966384	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1271;ReadPosRankSum=0.435;SC=AAGAGGCCCGGGGGCAGCCCG;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=76;WE=4538607;WS=4538589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,81:0.50:162
chr19	4544645	rs28731213	T	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr19	4546592	rs112691576	T	TTTAA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	4548015	rs4807602	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=959;ReadPosRankSum=1.121;SC=TCCCGCCCACGGCTGGCCTGG;SOR=0.656;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=53;WE=4548023;WS=4548005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr19	4548245	rs10853972	C	A	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.105;SC=CTCCTGCTGGCGACCCCTTCC;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=486;TCF=259;TCR=227;TR=236;WE=4548253;WS=4548235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,248:0.49:507
chr19	4550383	rs28667487	G	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=940;ReadPosRankSum=0.444;SC=CGACCCTCAGGTTTTTTGTTT;SOR=0.413;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=59;WE=4550391;WS=4550373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr19	4550698	rs2043328	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=465;SC=AACTGTATAACGGGTACAGCT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=4550706;WS=4550688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	4555310	rs10853973	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=644;SC=AAGCCCCAAATCCCGCTGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=4555318;WS=4555300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr19	4557056	rs10422881	A	C	6689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;PP=2965;SC=TGAGGGGGTAACGGGTCCCAG;SOR=1.012;Source=Platypus;TCF=103;WE=4557064;WS=4557046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
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chr19	4670139	rs113015946	G	A	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=57;PP=1982;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGGCCTGCCAGCACTCAAATA;SOR=0.967;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=329;TCF=191;TCR=138;TR=146;WE=4670147;WS=4670129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,146:0.48:307
chr19	4684642	rs8105807	A	G	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=56;PP=1884;ReadPosRankSum=-2.048;SC=CCCGAGACCCAAAGGACCCAG;SOR=0.688;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=275;TCF=164;TCR=111;TR=132;WE=4684650;WS=4684632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,135:0.47:287
chr19	4685276	rs10421782	A	C	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.054;SC=AGATGGTCCAACTGCCAATCT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=415;TCF=207;TCR=208;TR=200;WE=4685284;WS=4685266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,206:0.48:432
chr19	4700187	rs2277735	A	G	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=836;ReadPosRankSum=2.064;SC=CCTTCCCCGCATCATCTAGTA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=69;WE=4700195;WS=4700177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr19	4714468	rs7251000	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=0.201;SC=CTGCCGCTTTCCCCACTCCCT;SOR=1.732;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=28;WE=4714476;WS=4714458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr19	4720031	rs3833278	C	CCCT	818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.520;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
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chr19	4720052	rs3833277	G	GC	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr19	4722408	rs116853154	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TCCAGGGCCATAGAAAACCAT;SOR=0.527;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=4722416;WS=4722398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr19	4723670	rs2277732	C	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=2.113;SC=GGACGAGGCGCGCGGGCGCTG;SOR=1.255;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=19;WE=4723678;WS=4723660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr19	4723807	.	G	A	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=75;PP=2534;ReadPosRankSum=-2.018;SC=CGACAGCCGCGGCGGACACAG;SOR=0.554;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=375;TCF=228;TCR=147;TR=182;WE=4723815;WS=4723797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,186:0.49:382
chr19	4770564	rs11669473	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCAGGAGAACCGGGAATGGAA;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=4770572;WS=4770554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	4772449	rs2885717	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CTGCTGTGTCCCCAGCGCCTG;SOR=1.552;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=28;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr19	4772463	rs3760951	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=1050;ReadPosRankSum=1.398;SC=GCGCCTGGTCCGGGGCCCGGC;SOR=3.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=20;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr19	4816160	rs8120	A	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-2.216;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr19	4816241	rs1046673	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=514;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GGTCAGGCAAGGACACGCGGT;SOR=0.387;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=34;WE=4816249;WS=4816231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr19	4816688	rs143679494	C	T	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=53;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GAGTAGGCTGCGTTCAGTGCC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=134;TCR=109;TR=121;WE=4816696;WS=4816678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,122:0.49:251
chr19	4816719	rs2292151	G	A	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=1971;ReadPosRankSum=-2.008;SC=TCCGCTCACCGTCCAGGTGTT;SOR=0.475;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=296;TCF=165;TCR=131;TR=137;WE=4816727;WS=4816709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,138:0.46:299
chr19	4817288	rs11466722	A	AAGG	2324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.276;QD=20.94;ReadPosRankSum=3.004;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr19	4818378	rs7255265	T	C	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=134;PP=2965;SC=GTGATGGGCCTGTGCAGGCCA;SOR=1.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=79;TCR=134;TR=213;WE=4818386;WS=4818368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	4844665	rs36066928	TC	T	1487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=1448;SC=CACCCCCCAGTCCCCTCATGG;SOR=2.935;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=36;WE=4844673;WS=4844655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	4847713	rs9973235	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=460;ReadPosRankSum=0.480;SC=CAGGCTTAGGACCTGCGACAG;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=31;WE=4847721;WS=4847703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr19	4847868	rs10406652	G	A	4663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.28;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,123:0.53:230
chr19	4847874	rs9304915	A	G	4711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,126:0.54:235
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chr19	4910889	rs2261988	G	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1500;ReadPosRankSum=0.530;SC=TCCCCTCAGCGCCGACACCAT;SOR=0.621;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=296;TCF=158;TCR=138;TR=116;WE=4910897;WS=4910879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,116:0.38:306
chr19	4910924	rs2261986	C	T	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1331;ReadPosRankSum=-3.292;SC=GGACCATGGACGGGAGGCAGA;SOR=0.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=278;TCF=141;TCR=137;TR=110;WE=4910932;WS=4910914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,113:0.39:290
chr19	4929124	rs5826865	GC	G	957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.300;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.320;NF=36;NR=3;PP=535;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GATGCAGATTGCCCCCCCCCC;SOR=2.215;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=39;WE=4929132;WS=4929114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr19	4929413	rs2251520	T	C	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1460;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCACCCACGGTGAGGCGGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=107;TCR=146;TR=115;WE=4929421;WS=4929403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,119:0.46:258
chr19	4929473	rs2123731	A	G	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1077;ReadPosRankSum=0.857;SC=ATGAGACGGAATTGGGGCTGT;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=79;WE=4929481;WS=4929463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,80:0.45:179
chr19	4932993	rs963277	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=506;ReadPosRankSum=-1.232;SC=CTGGGGCGAGCCCTTCCTCTC;SOR=0.238;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=33;WE=4933001;WS=4932983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr19	4944555	rs2602730	G	A	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.190;SC=CCAGGGGTCAGGGTGGTTACC;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=350;TCF=133;TCR=217;TR=193;WE=4944563;WS=4944545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,203:0.55:368
chr19	4945914	rs2250982	A	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGGCTGGCATACACGGCCGGA;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=8;WE=4945922;WS=4945904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	4945974	rs2250978	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.63;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	4954455	rs17883331	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.154;NF=31;NR=30;PP=896;ReadPosRankSum=0.414;SC=GGGGGGCTTCGCGTCCCCCAG;SOR=0.502;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=61;WE=4954463;WS=4954445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr19	4954644	rs2307207	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.189;NF=34;NR=7;PP=824;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CTCCCTCACGCGCCCCACCCT;SOR=1.526;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=41;WE=4954652;WS=4954634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr19	4954679	rs55946225	G	GC	3603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=27;PP=2936;SC=CCCGAGCAGGGCGGGTCCCCG;SOR=2.006;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=84;WE=4954687;WS=4954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	4960583	rs66972926	CTG	C	1615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.518;NF=28;NR=27;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CCTGGTGAGACTGTCCCCACA;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=55;WE=4960592;WS=4960572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,76:0.47:162
chr19	5041049	rs11878982	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=0;PP=613;ReadPosRankSum=1.044;SC=GAGCCCCTCCCGCCTCTTTCA;SOR=2.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=28;WE=5041057;WS=5041039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr19	5041178	rs2240678	T	C	11340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=186;PP=2965;SC=AGGACTTTGATGACCTTGAAC;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=410;TCF=224;TCR=186;TR=410;WE=5041186;WS=5041168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	5047442	rs141865002	T	TG	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=997;ReadPosRankSum=0.552;SC=TCGCAGGTTCTGGGGGTGGCC;SOR=1.145;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=32;WE=5047450;WS=5047432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr19	5047691	rs2620818	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=61;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.740;SC=GTGAGTGTCTGCACTGGCCCT;SOR=1.206;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=159;TCF=39;TCR=120;TR=77;WE=5047699;WS=5047681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr19	5070815	rs61279316	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=484;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTCCCCGCTCCTCCACCTGCC;SOR=1.739;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=27;WE=5070823;WS=5070805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr19	5110794	rs2613739	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=890;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCTGGAGTGCATCCCGGGCCT;SOR=0.943;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=51;WE=5110802;WS=5110784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr19	5111994	rs2613736	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=579;ReadPosRankSum=0.589;SC=GCCAGGCACGATCGCTCACAC;SOR=1.641;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=30;WE=5112002;WS=5111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr19	5132051	rs2620839	G	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1394;SC=GGCTCTCATCGGCCCTGCTCC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=5132059;WS=5132041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	5135392	rs2620836	A	G	11686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=244;NR=174;PP=2965;SC=CTCCCTCGGAAAGGGCTGCCC;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=246;TCR=174;TR=418;WE=5135400;WS=5135382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
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chr19	5137846	rs2613786	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=385;ReadPosRankSum=0.496;SC=AGGAGCATACGCCTGCACCGA;SOR=0.050;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=22;WE=5137854;WS=5137836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr19	5174025	rs12975415	A	G	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-2.073;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,65:0.40:161
chr19	5174030	rs2620822	A	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.665;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr19	5174180	rs2620821	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=871;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AGCAAAGTCTCGTCACCACGG;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=146;TCF=51;TCR=95;TR=60;WE=5174188;WS=5174170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,65:0.41:158
chr19	5206775	rs1143700	A	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GCCTGGGGGGAACCATGGCTT;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=250;TCF=149;TCR=101;TR=109;WE=5206783;WS=5206765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,109:0.44:250
chr19	5208236	rs55727125	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1196;ReadPosRankSum=0.505;SC=TGGGACACTCGAGGGAGCTCA;SOR=0.346;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=74;WE=5208244;WS=5208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr19	5210622	rs2302224	G	A	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=62;PP=2727;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGGAGATGGCGGCCGTGGTCA;SOR=0.372;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=310;TCF=202;TCR=108;TR=160;WE=5210630;WS=5210612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,166:0.51:323
chr19	5210782	rs1143698	G	A	6967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.344;SC=GTCTCCGCCAGCGGCCCCTGT;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=702;TCF=321;TCR=381;TR=331;WE=5210790;WS=5210772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,346:0.47:730
chr19	5212311	rs45439595	G	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1577;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGCGGGGACCGGGGGGAAGCG;SOR=0.946;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=97;WE=5212319;WS=5212301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr19	5212380	rs1064300	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CGGCATCTGGCGGGTTGCAGG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=107;WE=5212388;WS=5212370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,116:0.52:224
chr19	5214533	rs9304921	A	G	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=65;PP=2396;ReadPosRankSum=2.653;SC=GGACAGGCTGACTGGCAGGGG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=164;TCR=134;TR=144;WE=5214541;WS=5214523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,152:0.48:317
chr19	5214697	rs4807697	A	G	8855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=0.639;SC=GCGTTCTGACACCGGTAGCCG;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=138;TCR=179;TR=315;WE=5214705;WS=5214687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr19	5215472	rs10407635	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,84:0.58:144
chr19	5216821	rs145840903	TA	T	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.748;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.434;NF=5;NR=19;PP=813;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ATGCAGGGGGTAGGGGGGGGT;SOR=0.327;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=24;WE=5216829;WS=5216811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr19	5218836	rs73543273	G	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1778;ReadPosRankSum=1.345;SC=ACACAGGTGAGAAGGGGGAAA;SOR=0.882;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=224;TCF=122;TCR=102;TR=122;WE=5218844;WS=5218825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,125:0.54:233
chr19	5220436	rs45479500	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=702;ReadPosRankSum=1.563;SC=TGGGGGCAAACGGGGGAAGCC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=43;WE=5220444;WS=5220426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr19	5220900	rs10412973	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TGATAGGGTCTGTGTTTCATA;SOR=0.418;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=15;WE=5220908;WS=5220890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr19	5222071	rs3746132	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=742;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGAGCCTTAAGCCCTGCTGAA;SOR=0.253;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=39;WE=5222079;WS=5222061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr19	5223018	rs61729778	G	A	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1089;ReadPosRankSum=0.364;SC=GGGTGGCCACGGGGCGTGTCC;SOR=0.517;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=74;WE=5223026;WS=5223008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,78:0.52:151
chr19	5239113	.	AGAGAGAGAGAGAGACAGAAACAAAGGG	A	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr19	5239175	.	G	GGA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	5240142	.	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=380;ReadPosRankSum=0.149;SC=GAAGAGACAAGGCGGGCAGCG;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=20;WE=5240150;WS=5240132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	5250969	rs11670241	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	5255992	rs34548642	A	AT	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.870;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=-1.415;SC=TCATTTTTCTATTTTTTTTCC;SOR=2.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=14;WE=5256000;WS=5255982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	5260878	rs36016542	T	C	9012.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=107;PP=2965;SC=ACAAGGCGGTTGTTGGGGGGC;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=88;TCR=109;TR=194;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	5260879	rs10708972	GT	G	9003.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=101;PP=2969;SC=CAAGGCGGTTGTTGGGGGGCC;SOR=1.055;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=18;TCR=104;TR=119;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	5260933	rs7246162	A	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=61;PP=1772;SC=GCCAGGCCTCAGCACTCTGCC;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=5260941;WS=5260923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	5263061	rs55840918	G	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	5264967	rs4807017	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=19;PP=1606;SC=GATGCTCCCCACCCCCTGCTG;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=81;WE=5264975;WS=5264957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	5265222	rs4807703	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=1.881;SC=GGGCAGAGACGTGAGAGAAAT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=17;WE=5265230;WS=5265212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr19	5455422	rs4375786	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=630;SC=AGAACCCTGGTGACTCCTGGT;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=5455430;WS=5455415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	5455611	rs2240743	C	T	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=107;PP=2965;SC=GCCCTCGCGTCCTGGCCACAG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=142;TCR=108;TR=249;WE=5455619;WS=5455601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	5455796	rs420325	A	G	10449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=179;PP=2965;SC=CCGCGCAGGCAGTGGTACGGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=380;TCF=201;TCR=179;TR=380;WE=5455804;WS=5455786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr19	5455971	rs8103406	G	T	10847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
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chr19	5455989	rs8104246	C	T	4689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCTGATCCGCCGCTACGACTG;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=272;TCF=152;TCR=120;TR=127;WE=5455998;WS=5455961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,134:0.47:288
chr19	5455990	rs17304380	G	A	5483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=1.033;SC=CTGATCCGCCGCTACGACTGC;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=143;WE=5455998;WS=5455961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,153:0.52:294
chr19	5456450	rs8111108	T	C	17182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=349;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=1.274;SC=TGGATGAGTATGAGGAGGGCG;SOR=0.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=625;TCF=351;TCR=274;TR=623;WE=5456463;WS=5456440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,637:1.00:638
chr19	5456930	rs2240747	A	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.159;SC=ACCCATCCCCATCAAGCCTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=5456938;WS=5456920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	5595354	rs10413286	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=7;PP=767;SC=GCCCACAGCCTCACCCAGCTC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=5595362;WS=5595344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	5600370	rs2285969	A	G	12869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=265;PP=2965;SC=ACGTCCACACAAAACAAATCA;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=200;TCR=265;TR=465;WE=5600378;WS=5600360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr19	5661896	.	ATTT	A,ATT	1049.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=5.600;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.441;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,11,41:0.18,0.68:60
chr19	5661945	rs144191205	G	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=74;PP=2141;SC=GCGGAGGCTGGAGTGCAGTGA;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=78;WE=5661953;WS=5661935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	5663920	rs3745628	T	G	6393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=50;PP=2965;SC=GAGAGAACACTCTTGGTGAAA;SOR=2.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=174;TCR=50;TR=224;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	5667204	rs148831822	AC	A	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.396;QD=4.21;ReadPosRankSum=2.318;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,56:0.26:215
chr19	5687059	rs113901360	G	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=54;PP=1622;SC=CCGGTGGTCCGTTCCCTTCGC;SOR=2.043;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=75;WE=5687067;WS=5687049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	5692311	rs3818815	G	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=70;PP=1694;SC=CCTGGGGACCGGCGATACACA;SOR=4.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=77;WE=5692319;WS=5692301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	5694630	rs2436514	C	T	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=60;PP=2074;SC=GGTGGGGTGACGGGCACAGAA;SOR=1.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=88;WE=5694638;WS=5694620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	5696146	rs3745624	G	A	15876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=295;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=0.759;SC=GCTCGGGGATGGTGTCCGTGA;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=578;TCF=299;TCR=279;TR=573;WE=5696154;WS=5696136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,595:1.00:596
chr19	5696245	rs4073993	A	G	12151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=219;PP=2965;SC=CCCAGGCCCCAGACAGGCCCC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=216;TCR=219;TR=435;WE=5696253;WS=5696235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	5707204	rs945828	T	C	12941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=217;NR=272;PP=2965;SC=GGCATCTGTGTGTGTAGGGCC;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=491;TCF=217;TCR=274;TR=489;WE=5707212;WS=5707194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr19	5707628	rs3737237	G	A	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=19;PP=1687;SC=GGAGGAACGGGGGCAGCCGGG;SOR=2.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=79;WE=5707636;WS=5707618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	5746121	rs77656808	C	CA	2380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQ=60.46;NF=1;NR=47;PP=2208;SC=TGGCCTCCTCCAGAGGGGCCG;SOR=2.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=48;WE=5746129;WS=5746111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	5749070	rs58136456	C	T	12303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=227;PP=2965;SC=CAGAAATGACCAGCATTTCAA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=457;TCF=229;TCR=228;TR=456;WE=5749078;WS=5749060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr19	5759231	rs11879365	T	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr19	5766090	rs2446200	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,47:0.22:210
chr19	5775337	rs1026466	G	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,83:0.27:309
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chr19	5783634	rs2446210	T	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr19	5783712	rs2446211	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=495;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GGGGTGGCAGCGGGGCCGGGC;SOR=1.084;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=46;WE=5783720;WS=5783702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr19	5783905	rs3745640	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,41:0.19:215
chr19	5784314	rs10410693	G	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,108:0.26:408
chr19	5785113	rs3826798	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=485;ReadPosRankSum=-1.512;SC=AGGTGGGGGCCGAGGAGGGGC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=36;WE=5785121;WS=5785103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr19	5786718	rs2305927	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,33:0.23:142
chr19	5786815	rs10811	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,69:0.28:245
chr19	5786901	rs1128792	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=935;ReadPosRankSum=3.106;SC=GAGAGTGAGACGCAGAGAGGA;SOR=0.786;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=270;TCF=137;TCR=133;TR=88;WE=5786909;WS=5786891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,87:0.32:270
chr19	5787214	.	TG	CA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=54.16;NF=54;NR=6;PP=2944;QD=20;SC=TGGTGGGAGATGGTGGGAGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=60;WE=5787253;WS=5787204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:85,60:0.41:145
chr19	5789565	rs2436487	T	C	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,157:0.27:579
chr19	5791167	rs2290776	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.805;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,49:0.21:231
chr19	5827620	rs8106995	C	T	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=3;PP=2962;SC=AAATTTGGGACCTGGGAGTGA;SOR=5.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=97;TCR=3;TR=98;WE=5827635;WS=5827618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	5827624	.	GGAGT	G	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.131;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr19	5831724	rs112313064	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=8.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQRankSum=1.220;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr19	5832589	rs9807877	A	C	19604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=443;PP=2965;SC=GGGTCAGAGTATCTGGGAAGT;SOR=1.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=674;TCF=231;TCR=443;TR=674;WE=5832597;WS=5832579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr19	5843784	rs3894326	A	T	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2271;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CCAAGCCGCTATGCTGCGCAC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=111;TCR=108;TR=148;WE=5843792;WS=5843774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,158:0.68:231
chr19	5844537	rs778986	A	G	25428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=452;NR=493;PP=2965;ReadPosRankSum=1.633;SC=CACGATGACCATGTCTGCCTG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=947;TCF=453;TCR=494;TR=945;WE=5844545;WS=5844527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,955:1.00:957
chr19	5844649	rs812936	G	A	13356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=228;NR=267;PP=2965;SC=GGCCATGTCCGTAGCAGGATC;SOR=0.763;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=502;TCF=228;TCR=274;TR=495;WE=5844657;WS=5844639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr19	5844792	rs28362459	A	C	13245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.756;NF=292;NR=291;PP=2962;ReadPosRankSum=1.757;SC=CTGAAATAGCAGTGCGGCCAG;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=837;TCF=414;TCR=423;TR=583;WE=5844800;WS=5844782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,598:0.70:854
chr19	5866585	rs778982	C	T	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=85;PP=2965;SC=AGTGAGGTCCCGGCAGCCCAG;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=118;TCR=85;TR=203;WE=5866593;WS=5866575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	5866654	rs778983	A	G	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=110;PP=2965;SC=TCTGGTACCTAGATTCCTGCT;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=91;TCR=110;TR=201;WE=5866662;WS=5866644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	5866724	rs4807054	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.51;MQRankSum=-2.040;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.204;SOR=2.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr19	5866736	rs57100281	T	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.96;QD=33.56;SOR=3.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	5866816	rs28541500	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=23.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	5867177	rs778970	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.368;NF=28;NR=28;PP=745;ReadPosRankSum=0.217;SC=GCCGGACCACGGCTCCAGCCA;SOR=0.501;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=56;WE=5867185;WS=5867167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,47:0.30:156
chr19	5867748	rs778971	G	T	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:589,179:0.23:768
chr19	5892317	rs1626918	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1090;SC=CCTCAGCGCGCGCATCCGTGG;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=5892325;WS=5892307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	5892382	rs1678867	C	T	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=39;PP=2363;SC=CCTGGAGGGCCGGGGAAGGGC;SOR=1.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=127;WE=5892390;WS=5892372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	5892433	rs1627779	C	T	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=72;PP=2965;SC=GTCCCAGAAGCGGCCATGGTG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=189;WE=5892441;WS=5892423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	5892486	rs1628564	C	T	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=102;PP=2965;SC=ACTAGTCTTTCCTCCTGTCCA;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=225;WE=5892494;WS=5892476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	5892568	rs1629368	G	T	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TCCCGGCTGCGGTGGGCAGGA;SOR=0.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=167;TCR=147;TR=311;WE=5892576;WS=5892558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr19	5892743	rs10432306	C	T	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=88;PP=2965;SC=CCCTGCCGGCCGCAGTAGAGA;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=204;WE=5892751;WS=5892733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	5892770	rs1631032	C	T	6835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CCGGTGCCCTCGAGTGGATGC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=139;TCR=109;TR=243;WE=5892778;WS=5892760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
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chr19	5903807	rs8108064	G	T	9166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GACTTCTCGGGCTGCGCGCGC;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=108;TCR=208;TR=315;WE=5903815;WS=5903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr19	5905141	rs10406399	G	A	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=50;PP=1451;SC=GGTAGGCGGAGGCAGAGCCGA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=5905149;WS=5905131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	5924830	.	C	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,34:0.19:181
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chr19	6042059	rs2288846	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=5.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=2.333;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,58:0.21:274
chr19	6141471	rs10853992	C	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=871;ReadPosRankSum=0.892;SC=TTGGCCTCATCCCTACAGCCC;SOR=1.316;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=61;WE=6141479;WS=6141461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr19	6141758	rs9304926	G	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CCACCCTTTTGTTTTGAGACA;SOR=1.209;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=28;WE=6141766;WS=6141748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr19	6141809	rs9304927	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CAGTGGTGCAGTCATAGCTCA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=6141817;WS=6141799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	6147743	rs9304929	G	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=64;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATAGGTAACAGACATACATAC;SOR=0.215;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=133;TCF=29;TCR=104;TR=87;WE=6147751;WS=6147733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr19	6151549	rs10422296	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=400;ReadPosRankSum=0.920;SC=CTCGAACTTCTGGCCTCAAGC;SOR=0.275;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=25;WE=6151557;WS=6151539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr19	6151703	rs7252466	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTTCTGTTTGCTTTTTCCTTC;SOR=0.704;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=93;WE=6151711;WS=6151693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,95:0.60:158
chr19	6156483	rs4807840	T	C	7890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.571;SC=TCTGCCGAGGTTTGTCAATAT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=512;TCF=271;TCR=241;TR=331;WE=6156491;WS=6156473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,344:0.64:534
chr19	6190811	rs34836033	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=2.154;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	6190823	.	TACACACACACACAC	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr19	6216584	rs150531031	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=561;ReadPosRankSum=0.900;SC=GAGCCTCCAGGGCCCCTCGCC;SOR=0.999;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=32;WE=6216592;WS=6216574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr19	6306971	rs4807863	G	A	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=41;PP=1466;SC=ACTTCTCATGGCTCTTGACCA;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=6306979;WS=6306961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	6333290	rs2335192	T	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=3;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ACCACAGAGCTTGGCATCAAG;SOR=1.559;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=78;TCR=5;TR=59;WE=6333298;WS=6333280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr19	6361845	rs57445020	G	GC	15203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.181;NF=55;NR=188;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TCGGCTGGCTGCCCCGGCCCC;SOR=0.256;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=64;TCR=202;TR=243;WE=6361853;WS=6361835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,473:1.00:474
chr19	6364742	rs371513262	GT	G	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.083;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	6415443	rs1616305	T	C	14870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=306;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GCTGTGGGGGTGCTCCGGGCT;SOR=0.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=579;TCF=272;TCR=307;TR=578;WE=6415451;WS=6415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,574:1.00:575
chr19	6415711	rs62107578	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=514;ReadPosRankSum=1.307;SC=CGGCCCACGCGGCGTTGGGGT;SOR=1.259;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=41;WE=6415719;WS=6415701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,41:0.28:145
chr19	6416696	rs80332810	T	C	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2495;ReadPosRankSum=-1.540;SC=TGGCCTGCAGTGATGGCCCAG;SOR=0.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=151;TCR=121;TR=176;WE=6416704;WS=6416686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,182:0.66:277
chr19	6418142	rs2860167	C	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=92;PP=1697;ReadPosRankSum=1.604;SC=TGCCCCACACCCCCCCACCTC;SOR=0.524;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=435;TCF=135;TCR=300;TR=140;WE=6418150;WS=6418130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,140:0.32:437
chr19	6418237	rs72983829	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=343;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ACCTGCCACTTTAATGGGGAG;SOR=1.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=20;WE=6418245;WS=6418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr19	6443675	rs348341	G	A	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=106;PP=2965;SC=CATCTCCAGTGAAAATCACAA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=77;TCR=107;TR=183;WE=6443683;WS=6443665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	6452305	rs173229	A	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=48;PP=2655;SC=GGGAAAGAGGAACGCGCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=134;WE=6452313;WS=6452295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	6469042	rs150679157	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr19	6472813	.	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CCAGGAGTCTGCCCTCAACCC;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=6472821;WS=6472803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	6495064	rs446199	C	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=705;SC=TTAGGGTCAGCGGGGAGTCAG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=6495072;WS=6495054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	6535080	rs2234182	T	C	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=96;PP=2965;SC=CGGAATAACGTCCAGCCTGGG;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=157;WE=6535088;WS=6535070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	6583564	rs72193958	CTTTTTTTTTTTT	C	282.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.39;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	6585921	rs453462	G	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=226;SC=CCACCACTACGCCCCACCACA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=6585929;WS=6585911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	6586268	rs1862511	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCGTGGAGGAGCAGATGGCCA;SOR=0.703;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=77;WE=6586276;WS=6586258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr19	6590789	rs344589	A	G	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=51;PP=1577;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TACCCATCTCATTCTGTCTTT;SOR=0.447;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=315;TCF=196;TCR=119;TR=121;WE=6590797;WS=6590779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,128:0.39:329
chr19	6665020	rs344560	T	C	28590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=1032;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=459;NR=556;PP=2965;SC=ACGACCACCTTCTCCCCAGCC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1018;TCF=459;TCR=559;TR=1015;WE=6665028;WS=6665010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1028:1.00:1028
chr19	6666908	rs147441311	AAAATAAAT	A	256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=148;SC=GACTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=6666923;WS=6666898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	6669934	rs2291668	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=2.014;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,93:0.26:357
chr19	6689309	rs370834365	CCT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,9:0.14:66
chr19	6689333	.	TAC	T	935	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=36;MMLQ=22;MQ=58.45;NF=2;NR=77;PP=935;QD=11.8860759494;SC=TCTCTCTCTCTACCTACCTCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=4;TCR=139;TR=79;WE=6689358;WS=6689321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr19	6689338	.	ACCTC	A	881	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=36;MMLQ=16;MQ=58.02;NF=2;NR=78;PP=881;QD=11.0875;SC=CTCTCTACCTACCTCCCTCCC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=137;TCF=2;TCR=135;TR=80;WE=6689358;WS=6689321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:57,80:0.58:137
chr19	6690461	rs6417195	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=-1.504;SC=ATTAGAGGGCGGGTCTGTATT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=6690469;WS=6690451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr19	6693571	rs11085194	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,89:0.75:119
chr19	6696342	rs2287848	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=0;PP=810;SC=ATTTGGCTCCATCCATGCCCT;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=34;WE=6696350;WS=6696334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	6696496	rs2287847	T	C	16832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=337;NR=270;PP=2965;SC=GAGTGAGAGATACCGATGGCT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=607;TCF=337;TCR=270;TR=607;WE=6696504;WS=6696486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,624:1.00:624
chr19	6696557	rs2287846	C	G	16213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=284;NR=321;PP=2965;SC=TCATTTACCCCCCTTACCCTG;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=610;TCF=285;TCR=325;TR=605;WE=6696565;WS=6696547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr19	6696597	rs2287845	G	A	10782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=225;PP=2965;SC=CCCTGCAGCCGACTCACCACG;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=161;TCR=225;TR=386;WE=6696605;WS=6696587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr19	6696691	rs2355315	G	T	7434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	6696699	rs2253756	G	A	7187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	6696789	rs2355316	G	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1009;SC=GCGGTGGCTCGTGCCTGTGAT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=6696797;WS=6696779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	6697214	rs5826946	AT	A	1046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=1094;SC=TGCTTCTGAAATTCTGGGACT;SOR=4.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=28;WE=6697222;WS=6697204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	6697406	rs423490	A	G	18441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=380;NR=302;PP=2965;SC=GATGGTAGACAGCAGCCTTGA;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=685;TCF=382;TCR=303;TR=682;WE=6697414;WS=6697396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr19	6697829	rs366510	G	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=1148;SC=GACAGAACACGGAGTGTCAAG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=6697837;WS=6697819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	6702042	rs433594	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=281;SC=TAAAGTGCCAAGAAACATAGG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=6702050;WS=6702032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	6702157	rs428453	C	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=36;PP=1932;SC=CCGACATGCTCACAGCCAGAA;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=102;WE=6702165;WS=6702147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	6702246	rs432823	T	C	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=63;PP=2424;SC=GAGGTTGGGGTATTAGGAGAT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=6702254;WS=6702236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	6702598	rs406514	G	A	10610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.359;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TACCTGCAGGGGGTTTAGATC;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=136;TCR=233;TR=367;WE=6702620;WS=6702588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,381:1.00:382
chr19	6708107	rs10659507	T	TTCTC	3558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.64;QD=44.48;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	6709848	rs2230204	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=733;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CGCTTTTTACCACCAGCTGTG;SOR=0.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=46;TCR=155;TR=61;WE=6709856;WS=6709838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,61:0.30:206
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chr19	6713262	rs1047286	G	A	5516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TTCTGCTCGGGGGTTCTGCAC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=191;TCR=137;TR=231;WE=6713270;WS=6713252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,239:0.72:333
chr19	6718387	rs2230199	G	C	8017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=0.761;SC=AACTTGTTGCGCCCCTTTTCT;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=529;TCF=251;TCR=278;TR=351;WE=6718395;WS=6718377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,354:0.66:533
chr19	6731057	rs2279624	T	C	10154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=200;NR=164;PP=2965;SC=ACGGGTTGTTTCCTGTGGGCT;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=200;TCR=165;TR=364;WE=6731065;WS=6731047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr19	6731766	rs1702375	C	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=15;PP=791;SC=GAAAGAGAGGCCAGACTGGGG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=6731774;WS=6731756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	6732018	rs2291666	C	T	3619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=92;PP=2378;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AGCCTCAGCCCGGGGGCAGGG;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=693;TCF=395;TCR=298;TR=208;WE=6732026;WS=6732008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:487,213:0.30:700
chr19	6732615	rs2047139	T	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=71;PP=1823;SC=GGGAGGCTGATGGTGGTGGTG;SOR=1.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=107;WE=6732623;WS=6732605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	6733517	rs339395	A	G	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-6.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=28;PP=2111;ReadPosRankSum=-1.691;SC=GGGGTGAGGCACTCTGGGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=141;TCR=38;TR=126;WE=6733525;WS=6733507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,126:0.70:179
chr19	6733545	rs339396	G	C	5321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.590;SC=CCTGCAGGGGGCGCTCCCTGG;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=325;TCF=219;TCR=106;TR=228;WE=6733553;WS=6733535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,229:0.70:326
chr19	6734131	rs339397	C	G	10808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGGAAAACGGCATGGGGAGTG;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=656;TCF=307;TCR=349;TR=459;WE=6734139;WS=6734121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,462:0.70:660
chr19	6737481	rs340138	T	C	14391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=235;PP=2965;SC=CAGCGCCAGCTGGTGGATGCG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=522;TCF=287;TCR=235;TR=522;WE=6737489;WS=6737471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr19	6737509	rs339401	G	A	16207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=305;NR=287;PP=2965;SC=CAGCCACCCAGCAGCAGCACC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=593;TCF=306;TCR=287;TR=592;WE=6737517;WS=6737494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr19	6737644	rs3745556	G	A	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=93;PP=2405;ReadPosRankSum=-2.394;SC=GCCCACCGATGAGCCAATCGC;SOR=1.091;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=185;TCF=53;TCR=132;TR=126;WE=6737652;WS=6737634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,130:0.69:189
chr19	6739934	rs344633	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=215;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CACCCTCCGCTCTCTCTCGAA;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=17;WE=6739942;WS=6739924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr19	6743634	rs339407	G	C	6058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=11.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-2.199;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,297:0.83:358
chr19	6744762	rs339405	A	C	10428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.656;SC=AGAGGGAGGTACCCATAGGCT;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=651;TCF=374;TCR=277;TR=433;WE=6744770;WS=6744752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,441:0.67:654
chr19	6754774	rs168129	C	A	15266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=262;NR=281;PP=2965;SC=TCAGGTGAAGCGTGATTATGT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=545;TCF=263;TCR=282;TR=543;WE=6754782;WS=6754764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr19	6760566	.	CA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.582;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr19	6760974	rs7258236	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1191;ReadPosRankSum=-3.346;SC=AAGTCGCCATTTTGCTGAAGA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=279;TCF=130;TCR=149;TR=84;WE=6760982;WS=6760964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,86:0.30:290
chr19	6761008	rs7258083	A	G	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,60:0.27:219
chr19	6761011	rs7246122	T	G	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,52:0.26:203
chr19	6763718	rs2305805	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=526;ReadPosRankSum=0.208;SC=CGTGGTACCAAGGTTGGCCAG;SOR=0.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=47;WE=6763726;WS=6763708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr19	6772872	rs45448796	G	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,81:0.25:328
chr19	6784164	rs149865022	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.464;SC=ACTCAGGAAGTTGAGGCAGGA;SOR=1.880;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=6784172;WS=6784154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr19	6784227	rs76873911	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=377;ReadPosRankSum=1.910;SC=ATTGTGCTACCACTGTACTCC;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=26;WE=6784235;WS=6784217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr19	6820951	rs164016	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=582;ReadPosRankSum=0.501;SC=ATATACAAGACGCAAATAGCA;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=32;WE=6820959;WS=6820941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr19	6821545	rs7258040	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=2;PP=1215;ReadPosRankSum=0.890;SC=TGGGATCTAGCGCCTCAGACA;SOR=2.867;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=67;TCR=4;TR=57;WE=6821553;WS=6821535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr19	6821625	rs28617395	C	T	5911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GCCACTGCCCCGTCACAGGTC;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=347;TCF=213;TCR=134;TR=250;WE=6821633;WS=6821615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,259:0.72:359
chr19	6821931	rs906331	G	C	4352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=113;PP=2902;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GGTGGAGGGTGTGGGGGGACA;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=268;TCF=94;TCR=174;TR=177;WE=6821939;WS=6821921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,188:0.67:282
chr19	6822219	rs347033	T	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ATCCCTGACCTCACAACCCAC;SOR=0.908;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=61;WE=6822227;WS=6822209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr19	6833072	rs308200	C	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=155;SC=GACCCAAAAGCCAATCAATGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=6833080;WS=6833062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	6833777	rs186295	A	G	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=91;PP=2965;SC=CCTGTGTACCACAAATAATGG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=155;WE=6833785;WS=6833767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	6833989	rs308199	G	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=60;PP=1976;SC=GTTGCTGTGTGGGGGCAGGAG;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=108;WE=6833997;WS=6833979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	6836271	rs308196	A	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=379;SC=AAATAGTTTTACAAAGAGTAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=6836279;WS=6836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	6836836	rs308194	G	A	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=3;PP=858;SC=CCATTGAGCAGAGAGATGGAC;SOR=4.047;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=6836877;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	6836844	rs6146454	GACACACACACACACACACACAC	G	2047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;QD=38.64;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	6908675	rs34044572	C	CT	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr19	6913707	rs466876	C	T	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.639;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,157:0.27:577
chr19	6913811	rs457857	A	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,72:0.27:271
chr19	6913878	rs462913	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr19	6919529	rs171674	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.767;SC=AAACGATTCCTTCCTTTTTTT;SOR=0.050;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=7;WE=6919537;WS=6919519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr19	6919624	rs373533	A	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=909;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GCGCTTCTTCAAAGACCACCA;SOR=0.964;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=219;TCF=146;TCR=73;TR=67;WE=6919632;WS=6919614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,70:0.30:231
chr19	6919753	rs461645	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=873;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TCTGGAGAACATTCAGGTTTG;SOR=1.169;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=201;TCF=81;TCR=120;TR=65;WE=6919761;WS=6919743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,66:0.31:213
chr19	6919879	rs252566	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=36;ReadPosRankSum=1.285;SC=CCACAATTTCCAGCAATTCAA;SOR=0.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=7;WE=6919887;WS=6919869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr19	6921697	rs3217675	G	GT	3414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1666;ReadPosRankSum=0.559;SC=GAAGACCTTTGTTTTTTTGTT;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=91;WE=6921705;WS=6921687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,134:0.72:185
chr19	6921713	rs34941944	G	GT	992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,59:0.26:223
chr19	6921868	rs7256147	G	A	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=55;PP=1306;ReadPosRankSum=-0.321;SC=AAATCTTGCCGTTATCATGGC;SOR=0.970;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=71;WE=6921876;WS=6921858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr19	6924672	rs2290634	A	G	7701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=73;PP=2965;SC=GCCAACTCTGAAATTCCTTCC;SOR=1.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=184;TCR=73;TR=257;WE=6924680;WS=6924662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	6924913	.	A	C	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=7.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.18;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=1.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,89:0.76:117
chr19	6924913	.	AAG	CAT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=70;PP=2944;QD=20;SC=TGTCCCCACCAAGCCCCATCT;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=107;TCF=12;TCR=95;TR=74;WE=6924923;WS=6924903;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,74:0.69:107
chr19	6924915	rs369721083	G	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=11.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=2.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,85:0.76:112
chr19	6926355	rs4807915	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=0.824;SC=AGGATTCTGATGCGCATGCTT;SOR=0.437;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=10;WE=6926363;WS=6926345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr19	6926378	rs2228539	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CCCCTCCAGATGGGCTGCGCC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=13;WE=6926386;WS=6926368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr19	6935033	rs11666741	C	A	7428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.875;NF=190;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCTTGTGGATCCTGAGGCAGA;SOR=0.875;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=417;TCF=252;TCR=165;TR=310;WE=6935041;WS=6935023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,316:0.73:431
chr19	6935113	rs252551	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.297;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:552,153:0.22:705
chr19	6935121	rs1160969	T	TAA	4171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.394;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:543,142:0.21:685
chr19	6954725	rs11085209	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.236;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,122:0.23:524
chr19	6960834	rs459883	A	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=4;PP=1546;SC=GAATCCAAGGAAAGAAAAGTG;SOR=3.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=60;WE=6960842;WS=6960824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	6961182	rs460698	G	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=45;PP=1300;SC=ATTTTAGATGGAGTCAGATGT;SOR=7.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=45;WE=6961190;WS=6961172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	6974564	rs466123	C	T	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=154;PP=2965;SC=TTCAAACCGACGGTGCCGCTC;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=202;TCR=154;TR=356;WE=6974572;WS=6974554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr19	6977211	rs4807919	A	G	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=70;PP=2965;SC=AAATAAAACAATGATGTGTAG;SOR=1.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=175;TCR=70;TR=245;WE=6977219;WS=6977201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	6977409	rs7255801	C	T	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=143;PP=2965;SC=AAGTCTCATACCTAAATAATT;SOR=2.327;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=46;TCR=143;TR=189;WE=6977417;WS=6977399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	6980939	rs2035972	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=4;PP=960;SC=TTTTTGAAAATGGAGTCCTTC;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=6980947;WS=6980929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	6981582	rs2035971	A	T	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=6;PP=2341;SC=GTGTCCCCAGACATTGACAGA;SOR=5.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=86;TCR=6;TR=92;WE=6981590;WS=6981572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	6981849	rs1874003	T	C	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=121;PP=2965;SC=TCCCTTCTTCTAGTCACCCTC;SOR=3.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=17;TCR=121;TR=138;WE=6981857;WS=6981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	6981885	rs1874002	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=65;PP=1647;SC=CTAATAATTCTGCAGCCCATC;SOR=4.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=73;WE=6981905;WS=6981875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	6984708	rs7247453	G	A	10426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=195;PP=2965;SC=GGTTCTTACCGTAACAATCCG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=179;TCR=195;TR=374;WE=6984716;WS=6984698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr19	6984927	rs34752448	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=880;SC=CCCATGAAATTTTTATTGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=6984935;WS=6984917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	6988662	rs8107779	T	C	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=13;PP=1990;SC=AAACAGCTCTTGGGACCTCCA;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=68;TCR=13;TR=81;WE=6988670;WS=6988652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	6988791	rs8103492	G	C	12581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.092;NF=238;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GCTATGAATAGACTCACCTCC;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=454;TCF=238;TCR=216;TR=452;WE=6988799;WS=6988781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,468:1.00:469
chr19	6988914	rs1466715	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=94;PP=2841;SC=GCTGAAGACTAGGTGAGTTAG;SOR=2.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=23;TCR=94;TR=117;WE=6988922;WS=6988904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	6990702	rs12972391	A	G	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=58;PP=2965;SC=GAAAATGCCAAATTTGAGGAA;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=6990710;WS=6990692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	6991010	rs8108538	C	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.98;NF=4;NR=18;PP=572;SC=ATCGCATCACCGCACTCCAGC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=6991018;WS=6991000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	6994972	rs10416745	G	A	17364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=384;NR=232;PP=2965;SC=TCTGCAAAACGTAGCTAAGAA;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=616;TCF=384;TCR=232;TR=616;WE=6994980;WS=6994962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr19	7005905	rs62126094	T	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.74;QD=31.47;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	7011766	rs6510942	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=316;ReadPosRankSum=1.118;SC=TCTTGCTTCTTGTTGGCAAAG;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=32;WE=7011774;WS=7011756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,37:0.31:121
chr19	7012026	rs8108169	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQRankSum=-8.042;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr19	7074872	rs2967648	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=11;PP=862;SC=CGGGCAGGAGGGGGGGTGACC;SOR=2.242;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=51;WE=7074880;WS=7074862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	7083818	rs17637922	C	T	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=82;PP=2145;ReadPosRankSum=1.581;SC=TGAGCAAACTCTAACAAGATG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=128;WE=7083826;WS=7083808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,132:0.80:166
chr19	7116963	rs1051690	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=3;PP=1021;SC=CTGAACTCCATTGGACATGGT;SOR=4.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=39;WE=7116971;WS=7116955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	7119636	.	G	GACAC	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr19	7119651	rs184752862	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr19	7119653	rs187956009	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr19	7122495	rs141692149	CA	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	7122511	rs34073323	AT	A	1464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=7;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AAAAAGAAGTATCTTGCCCCT;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=52;WE=7122519;WS=7122501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr19	7125519	rs1799815	G	A	16364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=281;NR=396;PP=2962;ReadPosRankSum=0.018;SC=CGTCCGGCACGTACACAGAGC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=890;TCF=375;TCR=515;TR=677;WE=7125527;WS=7125509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,691:0.76:907
chr19	7150418	rs2252673	C	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=6;PP=1597;SC=CAAAAAGCCACAGAAACCCCT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=60;WE=7150426;WS=7150408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr19	7163140	rs2245655	T	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,40:0.16:253
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chr19	7163230	rs2245648	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,33:0.17:192
chr19	7163326	rs2352953	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.873;NF=0;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CATCCCAGCATTTTGGGCGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=6;WE=7163334;WS=7163316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr19	7166109	rs2059807	A	G	9586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=166;PP=2965;SC=GCATCAGCCTATTAAAAGCAA;SOR=0.973;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=382;TCF=216;TCR=166;TR=378;WE=7166117;WS=7166099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	7166138	rs3815902	G	A	8095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.02;MQRankSum=0.606;NF=208;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.279;SC=ATTCACATACGAATTCACATT;SOR=0.944;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=494;TCF=273;TCR=221;TR=367;WE=7166146;WS=7166128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,354:0.73:482
chr19	7166376	rs2059806	C	T	8061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGGAACCACACGCATCCTGCC;SOR=0.933;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=467;TCF=213;TCR=254;TR=343;WE=7166396;WS=7166366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,352:0.73:483
chr19	7166388	rs2229429	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,122:0.27:444
chr19	7167951	rs2860177	T	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.424;SC=CCTCGCCTCCTCAGCGTCTCT;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=72;WE=7167959;WS=7167941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr19	7168213	rs2245143	C	G,T	6398.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=70,21;NR=132,26;PP=2962,342;SC=GCAGAGGTGACGCTGCTATTC;SOR=1.395;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=249;TCF=91;TCR=158;TR=202,47;WE=7168221;WS=7168203;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.80,0.20:253
chr19	7170517	rs2860178	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=480;SC=CCGGTCCCTCATGCCAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=7170525;WS=7170512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7172209	rs8113777	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,57:0.21:272
chr19	7184238	rs6510959	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.27;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr19	7184243	rs41315074	C	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.67;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr19	7184275	rs2860179	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr19	7184518	rs891087	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,83:0.24:345
chr19	7184651	.	GGA	GGAGA,G	273	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0,0;NR=14,14;PP=123,273;QD=9.21428571429;SC=CGGGCAAACTGGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14,14;WE=7184662;WS=7184641;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:28
chr19	7184674	.	GAAATAAAT	GAAATAAATAAATAAAT,G	333	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=25;MQ=58.31;NF=0,0;NR=14,14;PP=333,162;QD=24.1428571429;SC=GAGAGAGAGGGAAATAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14,14;WE=7184689;WS=7184664;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.88:16
chr19	7293898	rs7508518	G	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=631;SC=GCCCCCGGTGGCCATGGCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=7293906;WS=7293888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	7427607	rs11260007	T	C	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=167;NR=37;PP=2965;SC=AGAATCCAGGTCCTGGCTTCC;SOR=3.067;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=167;TCR=37;TR=204;WE=7427615;WS=7427597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	7507010	.	CCCTTCCTTCCTTCCTT	C	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=1.461;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr19	7509436	rs12983399	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=68;PP=1745;ReadPosRankSum=0.883;SC=TTGCCGTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=0.392;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=110;TCF=27;TCR=83;TR=92;WE=7509444;WS=7509426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,96:0.84:114
chr19	7509492	rs12983450	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=577;ReadPosRankSum=0.093;SC=AACCTCTCAGGCTCAGGTGAT;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=27;WE=7509500;WS=7509482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr19	7512065	rs59050162	T	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1324;ReadPosRankSum=2.723;SC=GTAAAAACAATTTTTTTTTTT;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=75;WE=7512073;WS=7512052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr19	7518268	rs11463454	T	TC	3592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=2778;ReadPosRankSum=0.481;SC=ACCTCATAGATCCACATGTCC;SOR=0.222;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=72;WE=7518276;WS=7518258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,113:0.82:138
chr19	7524727	rs34322626	G	A	11674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.448;SC=CAGAACCAGCGTCTGTGCCGA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=613;TCF=335;TCR=278;TR=485;WE=7524735;WS=7524717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,496:0.79:627
chr19	7524846	rs2287914	C	T	13968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,366:0.79:466
chr19	7524855	rs2287915	C	T	13287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=32.81;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,319:0.79:405
chr19	7528734	rs2287918	A	G	5443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.915;SC=ATCTGCAGGCAGCTGGGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=215;TCR=98;TR=233;WE=7528742;WS=7528724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,244:0.76:323
chr19	7529415	rs2287919	C	T	8694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.139;SC=GGGATGGCAGCATCCTCATGC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=319;TCR=129;TR=347;WE=7529423;WS=7529405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,356:0.78:456
chr19	7531722	rs112677825	A	AAAGGAAGAAG	6213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.832;NF=36;NR=27;PP=2983;ReadPosRankSum=1.755;SC=AGTTAAAAAAAAAGAAGAAGA;SOR=1.088;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=63;WE=7531730;WS=7531709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,102:0.74:138
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chr19	7535249	rs12972299	C	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TCTCTGGGGACCCCCATGGGG;SOR=1.139;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=62;WE=7535257;WS=7535239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,70:0.83:84
chr19	7535843	rs117848732	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,50:0.25:201
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chr19	7542118	rs7256275	G	A	8313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,352:0.82:428
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chr19	7543113	rs7251857	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GTCCCCAGCATGGGCCTGCAC;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=61;WE=7543121;WS=7543103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr19	7547074	rs2303146	A	C	12183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=0.127;SC=GGACGGAGACACAGCGGACAA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=729;TCF=349;TCR=380;TR=530;WE=7547082;WS=7547064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,541:0.73:738
chr19	7550844	rs34970001	G	A	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TCCCCACTTCGGACCTGGCGG;SOR=0.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=70;TCR=129;TR=168;WE=7550852;WS=7550834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,173:0.84:206
chr19	7568966	rs113706007	A	ATCTCTCTCTCTC	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=5.115;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,21:0.16:130
chr19	7569282	rs484870	A	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=2.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,88:0.28:318
chr19	7570729	rs683729	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=289;ReadPosRankSum=0.522;SC=AGTGCTACCAGGTGGGGCCCA;SOR=1.123;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=17;WE=7570737;WS=7570719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
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chr19	7570990	rs685048	A	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.312;SC=CAGAGTGGAGACAGGTGCAGA;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=387;TCF=149;TCR=238;TR=129;WE=7570998;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,128:0.33:388
chr19	7571030	rs3826736	T	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GCAGCAAAGCTACCTGCCGCG;SOR=0.888;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=232;TCF=77;TCR=155;TR=76;WE=7571038;WS=7571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,76:0.32:236
chr19	7571067	rs200631755	A	AAGCCCCGCCCCATGG	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.707;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr19	7571120	.	CCCCCATGGAGCCCCT	C	340	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=340;QD=183.0;SC=GAAAGCCCCGCCCCCATGGAG;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=2;WE=7571142;WS=7571110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr19	7571351	.	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr19	7572169	rs505570	G	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=828;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTTCAGCCTGAAGATCATCC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=37;TCR=125;TR=53;WE=7572177;WS=7572159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,53:0.33:162
chr19	7573098	rs475923	T	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=741;ReadPosRankSum=0.755;SC=ACAGTGCAAGTACAGCCACAT;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=104;TCR=51;TR=50;WE=7573106;WS=7573088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr19	7573287	rs1133378	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr19	7573297	rs608144	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr19	7573301	rs1133380	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr19	7584483	rs78214445	A	C	5166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CGGCGATCCAAAAGTGGACCC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=922;TCF=424;TCR=498;TR=287;WE=7584491;WS=7584473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:643,289:0.31:932
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chr19	7593169	rs2305889	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=716;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCAGACCAGCACTGACCAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=194;TCF=49;TCR=145;TR=55;WE=7593177;WS=7593159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,56:0.29:194
chr19	7595456	rs141657649	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=58;PP=1449;ReadPosRankSum=1.450;SC=AGGGGGTCTTGGGGACACCGC;SOR=0.401;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=10;TCR=98;TR=65;WE=7595464;WS=7595446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr19	7606737	rs492092	G	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
chr19	7607023	rs577866	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr19	7615585	rs577219	T	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=784;SC=CCTCGACAACTCACACACATC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=7615593;WS=7615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	7615682	rs66529260	GA	G	1171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=5;PP=1469;SC=CATTTCGTTGGAAAAAGGGGA;SOR=3.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=41;WE=7615690;WS=7615674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	7616347	rs473899	G	A	8464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=182;PP=2965;SC=GGCCCAGAGCGTGCTGGGAGA;SOR=1.212;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=303;TCF=121;TCR=182;TR=303;WE=7616355;WS=7616337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr19	7616474	rs661825	C	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=608;SC=AAGTAGGACCCAGGTGCAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=7616482;WS=7616464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	7618660	rs508740	A	G	6846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=156;NR=80;PP=2965;SC=CACAGGAGCAAGAATTTCAGA;SOR=1.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=157;TCR=80;TR=236;WE=7618668;WS=7618650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	7619199	rs534464	C	G	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=156;PP=2965;SC=GGTGGGTGGGCCTGGAGCCTC;SOR=1.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=102;TCR=156;TR=258;WE=7619207;WS=7619189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	7619229	rs563266	T	C	8672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	7619239	rs597582	T	C	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	7619329	rs598023	G	A	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.85;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr19	7619338	rs598028	G	C	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	7619647	rs599328	GT	CC	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=2947;SC=CCCACCTCGGGTCCCGTCCTT;SOR=1.385;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=61;WE=7619656;WS=7619637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	7619700	rs524530	G	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=22;PP=1738;SC=CCCTCGCCATGGGGGTAGGCG;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=7619708;WS=7619690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	7621648	rs489056	C	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=37;PP=1057;SC=ACCGCTGACGCCACGTGGGGT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=7621656;WS=7621638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	7621981	rs2446176	A	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=40;PP=2299;SC=CAGCGAGCCCATCGGGCCGGC;SOR=1.241;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=7621989;WS=7621971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	7622226	rs1645800	G	A	7300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.246;SC=CCACACACACGCACACGCGTG;SOR=1.267;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=363;TCF=146;TCR=217;TR=332;WE=7622234;WS=7622212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,307:0.91:337
chr19	7623700	rs535208	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=3;PP=1110;SC=CCGGGCCCCCGAGGGGAGCAG;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=7623708;WS=7623690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	7624078	rs538850	C	T	8685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=207;PP=2965;SC=ATAGGTGGTCCGGCTAAGCTT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=89;TCR=207;TR=295;WE=7624086;WS=7624068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	7670033	.	G	GGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.528;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr19	7673263	rs35625366	T	C	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=115;PP=2328;ReadPosRankSum=0.415;SC=GCAGTGGTCATGAGGGCAGCT;SOR=0.366;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=192;TCF=32;TCR=160;TR=140;WE=7673271;WS=7673253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,148:0.74:201
chr19	7675917	rs747569	C	G	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=55;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GCTGTTGTCTCCCCCCGGGGA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=153;TCR=82;TR=163;WE=7675925;WS=7675907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,172:0.70:247
chr19	7684450	rs143149642	GGGGGGAT	G	5474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=3.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.31;MQRankSum=4.242;QD=28.66;ReadPosRankSum=3.824;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,143:0.75:191
chr19	7688838	rs732457	A	G	389.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=320;ReadPosRankSum=0.721;SC=CACCGCCTCCACTCCCCACCC;SOR=2.049;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=7688846;WS=7688828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr19	7689181	rs372724273	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=941;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GCCCCCAGAGGCTCACCCTCC;SOR=0.435;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=251;TCF=174;TCR=77;TR=82;WE=7689189;WS=7689161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,79:0.32:245
chr19	7692058	rs794084	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=949;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GACATCCTACGCGGAGCTAGT;SOR=0.888;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=65;WE=7692066;WS=7692048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
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chr19	7695620	rs11260004	T	C	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.096;SC=TGCTGGGGACTAATGTCTGCC;SOR=0.878;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=271;TCF=121;TCR=150;TR=170;WE=7695628;WS=7695610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,172:0.63:274
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chr19	7708214	rs2303115	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGAGATGGGGGGTTCTGGGGG;SOR=1.781;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=25;WE=7708222;WS=7708204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
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chr19	7710269	rs710951	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=420;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCAGAGGGCCATTGGTGCACA;SOR=1.121;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=23;WE=7710277;WS=7710259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
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chr19	7712277	rs6791	A	G	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CAAGGCTGGCATAGAAGCCCG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=182;TCR=162;TR=218;WE=7712285;WS=7712267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,227:0.63:358
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chr19	7712585	rs794073	T	G	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=62;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CCCCAACATCTTCCCCAAACC;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=145;WE=7712593;WS=7712575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,146:0.68:214
chr19	7735089	rs10402265	G	C	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=52;PP=2965;SC=CCACGCTCCTGTGTTCCGGGC;SOR=1.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=116;TCR=52;TR=167;WE=7735097;WS=7735079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	7735318	rs112669651	AGATGATGAT	A	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=2994;SC=ATAAACCTGGAGATGATGATG;SOR=3.675;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=25;WE=7735334;WS=7735308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	7742345	rs8107661	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=842;SC=ATGTGTGTGTGGTGTGATCAC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=7742353;WS=7742335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	7755187	.	T	C	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=64;PP=2557;ReadPosRankSum=1.152;SC=ACTGGAGACATGTGCCCGGGG;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=152;TCR=102;TR=160;WE=7755195;WS=7755177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,162:0.62:263
chr19	7763703	rs2287866	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=963;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TCTGAGTCCCACGCCTGCAAC;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=113;TCR=115;TR=79;WE=7763711;WS=7763693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,79:0.33:238
chr19	7764363	rs61499635	GTTTTT	G	4016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.230;HP=15;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.718;NF=5;NR=85;PP=1201;ReadPosRankSum=1.220;SC=AGCTGAAGCCGTTTTTTTTTT;SOR=1.118;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=7;TCR=106;TR=90;WE=7764386;WS=7764353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr19	7764436	rs12980031	G	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=1120;SC=CCCTCAATTTGCCACTCCTTC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=7764444;WS=7764426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr19	7764741	rs2287867	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=904;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GCTGATTTGGGATTTAATGAT;SOR=0.417;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=60;WE=7764749;WS=7764731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
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chr19	7831166	rs868875	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=0.625;SC=TTGAGTTACCAACCCTGCCTG;SOR=0.204;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=33;WE=7831174;WS=7831156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr19	7831226	rs868876	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AACTGCGATCATTGCACTTGG;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=7831234;WS=7831216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
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chr19	7831628	rs2277998	G	A	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.577;NF=93;NR=117;PP=2615;ReadPosRankSum=0.243;SC=GAACTGGCACGACTCCGTCAC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=646;TCF=284;TCR=362;TR=210;WE=7831636;WS=7831618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,214:0.33:648
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chr19	7833690	rs3745376	G	T	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=23;PP=1437;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTACTGGGCAGGGCAGAGGCT;SOR=0.661;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=101;TCR=36;TR=82;WE=7833698;WS=7833680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr19	7833876	rs62128260	T	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.878;SC=GACGAATAGTTGTTTCCCTGC;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=90;WE=7833884;WS=7833866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,95:0.36:267
chr19	7833940	rs67057658	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=1090;ReadPosRankSum=0.060;SC=GTAAGCCAGCGCTTCTTCTCT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=62;WE=7833948;WS=7833930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,64:0.67:95
chr19	7833982	rs1045997	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGCCCTGAGACGGTTCTCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=22;WE=7833990;WS=7833972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
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chr19	7916620	rs580790	A	G	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=73;PP=2780;SC=TGAACCAGGCAGAGCTGATGC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=151;WE=7916628;WS=7916610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	7918103	rs526464	A	G	18287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=262;NR=387;PP=2965;SC=GGTACTGGTAAGAAGGGGGGA;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=649;TCF=262;TCR=387;TR=649;WE=7918114;WS=7918093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr19	7925383	rs118176823	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AAGCCAGCAGGCATGGAGGCT;SOR=0.051;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=12;WE=7925391;WS=7925373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr19	7928462	rs10410459	T	C	11316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=200;PP=2965;SC=ACGCATTGTATCCTCTGTCCC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=412;TCF=211;TCR=201;TR=410;WE=7928470;WS=7928452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
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chr19	7964727	rs3745382	G	A	6856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.226;SC=GTGAGGTGGAGTCACTCAGGC;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=405;TCF=196;TCR=209;TR=283;WE=7964735;WS=7964717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,294:0.70:418
chr19	7965339	rs3745383	C	T	6988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.857;SC=AGATCGCCTACGTCCCTGAGC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;WE=7965347;WS=7965329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,312:0.56:558
chr19	7969486	rs3810211	C	T	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=65;PP=1584;ReadPosRankSum=-2.429;SC=GAGGATTCTCCCTCTCGCTCT;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=30;TCR=101;TR=85;WE=7969494;WS=7969476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,89:0.64:139
chr19	7970635	rs4804833	A	G	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.054;SC=TGGACGAATCAGTCGTTTCTG;SOR=0.720;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=390;TCF=228;TCR=162;TR=265;WE=7970643;WS=7970625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,268:0.67:399
chr19	7975464	rs11879199	A	C	9055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=0.130;SC=CAACGTGAGTACCTGGCCGCG;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=591;TCF=288;TCR=303;TR=373;WE=7975472;WS=7975454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,379:0.64:593
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chr19	7976529	rs2303700	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=457;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GGGGAGGCAATGGCAGGAGGG;SOR=2.569;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=29;WE=7976537;WS=7976519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr19	7983104	.	T	TTTTG	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.787;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
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chr19	7990155	rs150061390	G	C	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CGCAGGGCCGGCTAGGGGGCG;SOR=0.891;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=299;TCF=193;TCR=106;TR=188;WE=7990163;WS=7990145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,191:0.63:302
chr19	7992249	rs34491552	TG	T	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.003;NF=0;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CAGGCAGCTCTGGGGGGGGGC;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=7992257;WS=7992239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr19	7995906	rs4804240	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=-2.283;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr19	7995918	rs4804241	C	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=-3.201;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	7995987	.	TA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.470;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
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chr19	7997870	rs4804243	C	A	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=72;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GAAACACAACCCTCCCTCACA;SOR=0.395;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=47;TCR=110;TR=106;WE=7997878;WS=7997860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,111:0.67:166
chr19	7998386	rs118048213	G	C	13923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=309;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.096;SC=ACACCACGTTGTTCTCCTTGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=898;TCF=431;TCR=467;TR=594;WE=7998394;WS=7998376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,600:0.66:913
chr19	7999874	rs9677009	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-0.331;SC=ACCCAGGAGCCGACTCTTCCT;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=7999882;WS=7999864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr19	8032432	rs3826740	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=0.661;SC=TCAGGAGCGCGCACCCTCCCG;SOR=0.266;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=17;WE=8032440;WS=8032422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
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chr19	8122737	rs2303164	G	A	9529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=156;PP=2965;SC=AGTTATCATCGTCCAAGTTTA;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=182;TCR=157;TR=338;WE=8122745;WS=8122727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	8122767	rs2303165	T	C	9850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=167;NR=176;PP=2965;SC=TCAGCAGCAGTAAGAGGAATG;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=167;TCR=177;TR=343;WE=8122775;WS=8122757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr19	8127075	rs34145389	C	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=2.248;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr19	8131240	rs12460243	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=-1.918;SC=AGGAGATTCTGGCCAATCTCT;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=15;WE=8131248;WS=8131230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr19	8136839	rs73005512	G	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.592;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=580;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCTCCTTCTTGGGGGGGCTGA;SOR=2.271;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=27;WE=8136847;WS=8136829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr19	8137102	rs7256904	G	T	8015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=195;PP=2965;SC=GATGGGCAGGGTGGAGGGGTT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=80;TCR=196;TR=274;WE=8137110;WS=8137092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	8137850	rs376197094	CGTGTGT	C	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.725;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.922;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr19	8151261	rs11665747	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=58;PP=1316;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGCAGCCAGCCTCTCCCACAG;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=78;WE=8151269;WS=8151251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr19	8152725	rs12460643	A	G	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2387;ReadPosRankSum=0.841;SC=ACATGGCCCCATCCTCCCGCA;SOR=0.938;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=276;TCF=162;TCR=114;TR=157;WE=8152733;WS=8152715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,161:0.57:280
chr19	8154760	rs35033566	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=510;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTCTTAGCATGTGGGTGAGG;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=26;WE=8154768;WS=8154750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr19	8154990	rs35002391	C	T	6512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CACCGCTGCCCTCCTGGGGAC;SOR=0.878;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=410;TCF=255;TCR=155;TR=271;WE=8154998;WS=8154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,276:0.66:420
chr19	8156290	rs8104453	A	G	7247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.147;SC=TTTTCTGGGCAATCTGACCCT;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=558;TCF=320;TCR=238;TR=330;WE=8156298;WS=8156280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,343:0.60:572
chr19	8159362	rs7245429	G	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.409;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=668;ReadPosRankSum=1.213;SC=CTGGAAGCCAGGGGGACAGAT;SOR=1.204;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=53;WE=8159370;WS=8159352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,55:0.37:150
chr19	8159409	rs7245552	G	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=370;ReadPosRankSum=0.018;SC=GGCAAGTGCCGGGTAGGCAGG;SOR=0.646;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=34;WE=8159417;WS=8159399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr19	8160334	rs12608849	G	A	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1536;ReadPosRankSum=-1.494;SC=GCTGTGTTGAGGCAATGGCCA;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=116;WE=8160342;WS=8160324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,117:0.39:302
chr19	8160517	rs10413994	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=43;PP=1216;SC=TGTATAGACTATGTATATTAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=8160525;WS=8160507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	8160812	rs10404258	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=838;ReadPosRankSum=-2.533;SC=TCTGAGAACCCACTTTGTGGC;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=77;WE=8160820;WS=8160802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,78:0.32:247
chr19	8162121	rs45624733	C	T	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=2007;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGCACAGTGGCGGACATGCAT;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=130;WE=8162129;WS=8162111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,133:0.65:204
chr19	8165868	rs56182050	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1155;ReadPosRankSum=0.384;SC=TGCGCAAAGGGGAACAAAGCT;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=81;WE=8165876;WS=8165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,83:0.35:235
chr19	8167830	rs12986396	A	G	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=79;PP=2441;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CCAAAGAGATAGGAACTCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=136;WE=8167838;WS=8167820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr19	8167873	rs56921504	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGGCTTGTCCAGGCACAGTGG;SOR=0.384;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=23;WE=8167881;WS=8167863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
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chr19	8168399	rs4289098	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=756;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CCATGCCCAGGTGCTGCTTCT;SOR=0.464;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=42;WE=8168407;WS=8168389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
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chr19	8176458	rs12609936	A	G	12125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
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chr19	8186263	rs7247560	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=53;PP=994;ReadPosRankSum=1.176;SC=TGCGACACTCGTCGATATCTG;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=54;TCR=152;TR=70;WE=8186271;WS=8186253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,71:0.32:219
chr19	8190679	rs12986194	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-1.226;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.259;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
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chr19	8191323	rs7260558	T	C	8000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=160;PP=2965;SC=TTCCCATGGGTGCCTGGGAGG;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=123;TCR=162;TR=282;WE=8191331;WS=8191313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	8191401	rs3813778	G	A	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=125;PP=2965;SC=CGAGGGTGGCGCAGCACTCAG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=257;WE=8191409;WS=8191391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	8196292	rs3813776	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=409;ReadPosRankSum=0.503;SC=GACACAACTCCAACCCCGGGG;SOR=0.806;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=40;WE=8196300;WS=8196282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,44:0.30:149
chr19	8196423	rs3813775	C	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=985;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GGGGACCGGGCAGCCGGATGC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=144;TCR=83;TR=71;WE=8196431;WS=8196413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,73:0.32:228
chr19	8196444	rs4804271	C	T	8505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.905;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TCACCGGAGTCTTTGGCAGGA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=189;TCR=124;TR=312;WE=8196452;WS=8196434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
chr19	8196499	rs3813774	G	A	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GATTGGCACAGCAGCACTCGG;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=461;TCF=239;TCR=222;TR=168;WE=8196516;WS=8196489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,171:0.36:470
chr19	8196508	rs12974280	G	C	6384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.254;SC=AGCAGCACTCGGACTTGGTGA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=457;TCF=236;TCR=221;TR=292;WE=8196516;WS=8196489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,300:0.64:469
chr19	8197865	rs11666450	C	T	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=48;PP=2249;ReadPosRankSum=-1.877;SC=GCTCCAGGCTCACCCATGCAG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=130;TCR=66;TR=140;WE=8197873;WS=8197855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,144:0.72:199
chr19	8200759	rs6603148	G	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=6;PP=310;SC=AGGTGGGTTTGGGGGCACAGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=8200767;WS=8200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	8201051	rs8112525	T	C	27602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1032;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1029:1.00:1030
chr19	8201249	rs9749144	C	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=0.228;SC=AACCGCCCCCCCTTCCACCTG;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=139;TCR=143;TR=94;WE=8201258;WS=8201239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,98:0.34:292
chr19	8201250	rs74793033	C	G	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.104;SC=ACCGCCCCCCCTTCCACCTGG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=139;TCR=142;TR=186;WE=8201258;WS=8201239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,192:0.66:291
chr19	8202944	rs1531547	G	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=879;SC=CCTGGACACCGTCCCCTGTTT;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=8202952;WS=8202934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	8203328	rs7246376	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,69:0.27:254
chr19	8206559	rs72993508	G	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	8206568	rs72993510	G	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	8206748	rs12162233	G	A	16453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=317;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AAGCCCGGCAGGGGAGTGAGA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=603;TCF=317;TCR=286;TR=600;WE=8206756;WS=8206738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,607:1.00:608
chr19	8207070	rs12162237	G	A	8247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=135;PP=2965;SC=GCCCCTGTCTGGAGATCTCTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=144;TCR=135;TR=279;WE=8207078;WS=8207060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr19	8209926	rs899208	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=39;PP=898;SC=ACAGCAAGCCTGTCTTCACCC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=8209934;WS=8209916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	8210608	rs56025743	C	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=851;SC=TAAACGTCCCCTGCAATCTCC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=8210616;WS=8210598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	8212163	rs56243829	C	T	10204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=158;PP=2965;SC=CAATCCACACCGAAGGGGTCT;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=217;TCR=160;TR=373;WE=8212171;WS=8212153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
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chr19	8321946	rs36247	T	C	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.706;SC=ACGATTCCTCTGACTACCTGC;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=66;WE=8321954;WS=8321936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr19	8321969	rs36248	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=820;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAGGTGGGCCCGACCCCTGCC;SOR=0.431;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=45;WE=8321977;WS=8321959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr19	8322594	rs36250	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=3;PP=995;ReadPosRankSum=0.947;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCA;SOR=0.554;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=46;WE=8322602;WS=8322584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr19	8326904	rs36259	G	A	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=176;PP=2965;SC=AAAGAACGGGGCAGCTGGAGG;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=147;TCR=178;TR=323;WE=8326912;WS=8326894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	8367033	rs250510	T	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=885;SC=CAACTTTAATTGCCACCCTCA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=8367041;WS=8367023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	8367525	rs2227288	G	C	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=107;PP=2965;SC=GTAAGGAGGGGGAAGGCAAGA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=237;WE=8367544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	8370120	rs2232778	T	C	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=70;PP=2203;SC=CTGGCTGTGATCCGCAGGAGA;SOR=1.630;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=108;WE=8370128;WS=8370110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	8386701	rs2241590	G	A	14727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=263;NR=261;PP=2965;SC=ATTTCATCACGGGGTTCTGAT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=525;TCF=264;TCR=261;TR=524;WE=8386709;WS=8386691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr19	8387207	rs1057232	G	A	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=71;PP=1974;SC=GTCTGTCACAGTCTGCTCCTT;SOR=3.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=83;WE=8387215;WS=8387197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	8387809	rs71702233	GGA	G	6299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=81;PP=2971;SC=GACTCGCTCTGGAGAGAGGGG;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=23;TCR=88;TR=101;WE=8387818;WS=8387799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	8388310	rs11260079	G	A	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;PP=858;SC=TGCCAGGCGCGATGGCTCACA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=8388318;WS=8388300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	8388380	rs11260080	G	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=377;SC=AACCTGGGAGGTGGAGGTTGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=8388388;WS=8388370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	8389405	rs12981073	G	A	7411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=132;PP=2965;SC=CAGCCTCCAGGGCGATGGCCA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=137;TCR=133;TR=269;WE=8389413;WS=8389395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	8389892	rs111905975	GTCC	G	18216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=218;PP=2971;SC=CCACAGCCATGTCCTCCTCTT;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=26;TCR=237;TR=242;WE=8389902;WS=8389882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr19	8397700	rs145917648	AAAAAT	A	311.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=0;PP=94;SC=ACTCCGTCTCAAAAATAAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=8397712;WS=8397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	8398006	rs7249069	C	T	11364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=219;NR=185;PP=2965;SC=GCCAGCAGTTCGGGTCCCAGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=219;TCR=185;TR=404;WE=8398014;WS=8397996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr19	8398121	rs7248298	G	A	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=86;PP=2625;SC=CGCCCTGCAAGGGACAGGGGC;SOR=1.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=123;WE=8398129;WS=8398111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	8399272	rs8106699	G	A	9073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=153;PP=2965;SC=CAGGTGTGCCGTCTCTCTTCT;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=176;TCR=154;TR=328;WE=8399280;WS=8399262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr19	8399628	rs710949	A	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=26;PP=1020;SC=GGTGCTCCAGACTGGCGCGCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=8399636;WS=8399618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	8400651	rs11669559	C	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=49;PP=1450;SC=CGGCGGGGACCGGGCACAGGC;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=8400659;WS=8400641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	8402473	rs2017507	G	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=983;SC=CAAGTGATCCGCCCACCGTGG;SOR=4.514;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=38;WE=8402481;WS=8402463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	8402505	rs1807414	C	T	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=14;PP=1461;SC=GCTGGGATTACAGGCATGAGC;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=74;WE=8402513;WS=8402495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	8402603	rs737229	C	T	10148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTGTAGGCTGCGTCCACACAC;SOR=0.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=221;TCR=150;TR=369;WE=8402611;WS=8402593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr19	8402642	rs737228	C	T	10605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TCTGTGCATGCGCACACACAC;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=234;TCR=202;TR=432;WE=8402652;WS=8402632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,400:0.99:403
chr19	8436164	rs1044250	C	T	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.500;SC=CATAGCATCACGGGGGACCGC;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=344;TCF=187;TCR=157;TR=202;WE=8436172;WS=8436154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,211:0.59:357
chr19	8454318	rs28364584	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=17;PP=699;SC=AAAAGAGGGGTAGTGGTAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=38;WE=8454326;WS=8454308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr19	8495887	rs2303179	T	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=0.662;SC=GGAAGAGAGCTTCTGAGGTCA;SOR=0.357;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=22;WE=8495895;WS=8495877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr19	8503345	rs34099346	G	C	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1655;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTGAAGATCCGGGAGGCGGAC;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=120;WE=8503353;WS=8503335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,127:0.63:200
chr19	8503574	rs11259981	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=516;SC=GACACCATGCAGAGCCTAGTC;SOR=2.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=22;WE=8503582;WS=8503564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	8528310	rs8102587	A	G	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=45;PP=2965;SC=ACTGTCATTGATATTTACTAT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=112;TCR=45;TR=157;WE=8528318;WS=8528300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	8533504	rs7258281	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.22;SOR=2.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	8533504	.	TGCTCC	CGCTCC,CGCTCT	690	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=51,29;NR=11,8;PP=532,690;QD=9.14147117012;SC=ATAGGAAGCATGCTCCGCATG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62,37;WE=8533517;WS=8533494;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:62
chr19	8533509	rs59319088	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr19	8536373	rs12973706	A	G	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=58;PP=1643;SC=AATTATTGGGACAACTGGACT;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=8536381;WS=8536363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	8548175	rs1599871	A	C	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=121;PP=2965;SC=AGTGGTGAGAAGTGCGGGTTC;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=55;TCR=121;TR=175;WE=8548183;WS=8548165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	8551094	rs2230647	T	C	11857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=220;PP=2965;SC=GCATGGGCCCTGCCATGGGCC;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=207;TCR=221;TR=427;WE=8551102;WS=8551084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr19	8551852	rs11669139	A	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=72;PP=2965;SC=GCTGCAAGGCATGCCTTAGGA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=130;TCR=73;TR=202;WE=8551860;WS=8551842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	8553630	rs6992	C	T	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=140;PP=2965;SC=AGGGGTGTGGCGTGGTTAAGT;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=151;TCR=140;TR=290;WE=8553638;WS=8553620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	8555886	rs2303110	G	C	19279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=310;NR=386;PP=2965;SC=CTTCCTGATAGCCCCCACCAA;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=697;TCF=310;TCR=387;TR=696;WE=8555894;WS=8555876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,710:1.00:710
chr19	8563456	rs2910435	C	G	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=80;PP=2965;SC=GTGTCCCAGCCGCTCCAAACC;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=109;TCR=80;TR=189;WE=8563464;WS=8563446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	8564466	rs4239540	C	A	6547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.391;QD=27.74;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,161:0.68:236
chr19	8564469	rs4990821	C	G	6961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=1.404;QD=28.53;ReadPosRankSum=1.812;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,167:0.68:244
chr19	8564474	rs4239541	G	T	7773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=1.441;QD=28.58;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,188:0.69:272
chr19	8564523	rs4804305	T	G	10315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGGGCCTTCTTGGGGTGCTCG;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=456;TCF=249;TCR=207;TR=307;WE=8564531;WS=8564513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,320:0.67:475
chr19	8586513	rs187544741	G	A	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=112;PP=2418;ReadPosRankSum=0.173;SC=AAAGCTTGAGGTGCCCCTAGC;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=544;TCF=222;TCR=322;TR=181;WE=8586521;WS=8586503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,181:0.33:545
chr19	8591233	rs35536931	G	GTC	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=448;ReadPosRankSum=-1.271;SC=AAACTCAAAAGTCTCTCTCTC;SOR=0.195;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=15;WE=8591242;WS=8591223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr19	8591572	rs2303687	C	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr19	8592207	rs2967774	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=700;ReadPosRankSum=0.912;SC=GCGGCAGGTAAGGACCTGGCT;SOR=1.288;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=45;WE=8592215;WS=8592197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr19	8601051	rs57614495	G	GTC	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.427;NF=12;NR=7;PP=520;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GTCTCCCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=19;WE=8601060;WS=8601041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr19	8615589	rs4804311	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=747;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CTGTGGTACAACGGGGGCAGA;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=73;TCR=122;TR=58;WE=8615597;WS=8615579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,61:0.29:209
chr19	8619302	rs34667346	G	GTGA	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=607;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CCTGGGGGTGGTGATGTTTCA;SOR=1.349;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=15;WE=8619310;WS=8619292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr19	8619461	rs2913925	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGGGCCTGGCAGGGGAGGTCA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=147;TCR=78;TR=81;WE=8619469;WS=8619451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,83:0.36:229
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chr19	8654106	rs73501572	G	A	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=60;PP=2429;ReadPosRankSum=0.941;SC=GAGTGTGGGAGGGAAGCTGGA;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=237;TCF=150;TCR=87;TR=160;WE=8654114;WS=8654096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,164:0.67:246
chr19	8662347	rs5827006	TTGC	T	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=41.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	8669931	rs7255721	G	C	8737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=177;NR=127;PP=2965;SC=CACATGGGAGGTGCTGGCCTG;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=177;TCR=127;TR=304;WE=8669939;WS=8669921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	8808373	rs4804079	G	T	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=1756;ReadPosRankSum=2.187;SC=GCGGTCAGGTGGTTGCCCGCC;SOR=0.750;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=295;TCF=149;TCR=146;TR=116;WE=8808381;WS=8808363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,121:0.40:306
chr19	8808900	rs10410943	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,118:0.28:422
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chr19	8841558	rs28324	T	C	10583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=175;PP=2965;SC=CCCGGCTCCATACACCCATGT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=190;TCR=175;TR=365;WE=8841566;WS=8841548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr19	8923117	rs250315	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-1.301;SC=CCAGGAACACAGCATTCTCAA;SOR=0.904;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=7;WE=8923125;WS=8923107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr19	8932092	rs2910347	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=165;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGCACGAGATGTTGGGGGGGG;SOR=1.131;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=13;WE=8932100;WS=8932082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr19	8932524	rs12978839	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=591;ReadPosRankSum=-1.831;SC=CACACTGACATTTTCTGGGCA;SOR=0.808;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=27;WE=8932532;WS=8932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr19	8953801	rs2969292	T	C	9509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=143;PP=2965;SC=AATTTCTGGTTACTGAGGAAG;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=175;TCR=143;TR=318;WE=8953809;WS=8953791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	8953922	rs2972588	C	T	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=185;PP=2965;SC=CCAAGAAGGCCGTCCTGAAAA;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=126;TCR=185;TR=310;WE=8953930;WS=8953912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	8961772	rs2972591	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=582;SC=ATTATTTGTCAATTAATTAAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=8961780;WS=8961762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	8961981	rs1035442	C	G	12650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=0.846;SC=CATGTGATGACTCCCAGGAGT;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=206;TCR=253;TR=457;WE=8961989;WS=8961971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,467:1.00:468
chr19	8962315	rs2910353	C	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1305;ReadPosRankSum=-1.457;SC=ATCAGGCTACCCCCTCCCTAC;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=102;WE=8962323;WS=8962305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,106:0.63:167
chr19	8974237	rs11670820	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GGCATTGCAGGAGCTCTTAGA;SOR=0.407;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=15;WE=8974245;WS=8974227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	8976471	rs3764554	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=623;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GAGAGGTCCCGAGACCTCTGC;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=38;WE=8976479;WS=8976461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr19	8976504	rs3764553	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=516;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GTGGAGGGAGGAGCAGGGGAA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=29;WE=8976512;WS=8976494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr19	8976713	rs3764552	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TTATCCCACCAGGAGCTGCTG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=106;TCR=63;TR=109;WE=8976721;WS=8976703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,118:0.66:179
chr19	8976921	rs11085755	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=-1.832;SC=GATCAGACTGCGCTCATTATT;SOR=2.206;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=29;WE=8976929;WS=8976911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr19	8977514	rs1469077	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1065;ReadPosRankSum=1.528;SC=TATGCCAGGTATCTCACCCCA;SOR=0.772;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=73;TCR=19;TR=58;WE=8977522;WS=8977504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr19	8982084	rs3752139	C	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=10;PP=793;SC=AGAGAACCGGCAAACAGACAC;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=8982092;WS=8982074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	8987133	rs3764555	T	C	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=90;PP=2965;SC=AGAAGGGAGCTTGGGTTGGTC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=206;WE=8987141;WS=8987123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	8987348	rs150904213	A	AAG	997.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.24;ReadPosRankSum=0.909;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr19	8992971	.	T	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-5.838;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr19	8992972	.	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-5.838;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr19	8992980	.	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-6.388;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,9:0.14:66
chr19	8992981	.	T	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-6.441;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,9:0.13:67
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chr19	8994113	rs2009979	T	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=19;PP=1869;SC=ACACTTGGGGTAGCCAGACTG;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=8994121;WS=8994103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	8994285	rs752410	T	A	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=106;PP=2965;SC=TGGAAGGGGCTGTAATCAGGG;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=78;TCR=106;TR=184;WE=8994293;WS=8994275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	8994373	rs873869	A	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=35;PP=1785;SC=TAGGTGGAACAAGACAAGGTG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=8994381;WS=8994363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	8995853	rs11672574	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=14;PP=608;SC=CTCTCAGATCTTTCCCTCATG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=8995861;WS=8995843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	8997415	.	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=35.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-12.266;QD=1.38;ReadPosRankSum=-4.845;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,20:0.10:194
chr19	8997421	.	A	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=23.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-12.982;QD=1.43;ReadPosRankSum=-3.293;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,22:0.10:212
chr19	8997424	.	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=20.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-13.263;QD=1.51;ReadPosRankSum=-2.838;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,23:0.11:219
chr19	8997454	rs76629162	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=11.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-14.998;QD=0.90;ReadPosRankSum=3.789;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,28:0.09:309
chr19	8997463	rs73001893	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=9.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-15.661;QD=0.56;ReadPosRankSum=4.922;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,28:0.08:336
chr19	8997472	rs113387108	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=7.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-16.180;QD=0.25;ReadPosRankSum=4.035;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,28:0.08:358
chr19	8997481	.	CC	AT	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=6.172;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-16.593;QD=0.21;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,28:0.07:376
chr19	8998532	rs57902801	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=0;PP=1158;SC=GTGTCCCCTTTCTTATCCCTA;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=40;WE=8998540;WS=8998522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	8998763	rs375722672	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-10.590;QD=0.22;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,16:0.08:208
chr19	8998800	.	C	CAGCAAGCAT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.023;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-4.621;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.354;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,11:0.08:131
chr19	8998830	.	G	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.073;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=31.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-6.977;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=4.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,21:0.22:97
chr19	8998832	.	AT	A	415.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.473;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=23.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-5.040;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=4.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,16:0.17:96
chr19	8998834	.	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=26.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-5.077;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=4.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,16:0.16:97
chr19	8998837	.	T	TGA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=23.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-5.490;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.131;SOR=4.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr19	8998839	.	GAC	G	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=20.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-5.413;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=4.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chr19	8998851	.	T	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=27.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-5.131;QD=3.92;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=4.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
chr19	8998857	.	G	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=22.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-5.117;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.451;SOR=4.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr19	8998863	.	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=16.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-5.552;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.005;SOR=3.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,8:0.10:77
chr19	8998867	.	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=13.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-5.238;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.353;SOR=3.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,7:0.09:77
chr19	8998870	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=8.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-4.141;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=2.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,5:0.07:74
chr19	8999383	rs79909361	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=3.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-15.100;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,52:0.17:315
chr19	8999386	rs77049866	A	G	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-14.255;QD=4.83;ReadPosRankSum=-2.630;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,58:0.18:318
chr19	8999429	.	G	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-10.966;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,54:0.13:401
chr19	8999438	rs77891947	A	T	3908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=8.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-12.744;QD=9.33;ReadPosRankSum=3.101;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,112:0.27:419
chr19	8999441	rs80293661	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=10.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-7.560;QD=2.76;ReadPosRankSum=4.024;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,55:0.13:422
chr19	8999443	.	T	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-8.023;QD=2.75;ReadPosRankSum=4.026;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,56:0.13:425
chr19	8999449	rs76798407	G	T	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=5.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-12.839;QD=8.78;ReadPosRankSum=4.442;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,112:0.27:420
chr19	8999453	rs11085765	C	T	7443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=13.346;NF=161;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.768;SC=TGCTGTGGGTCAGCTGGCTCA;SOR=0.476;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=555;TCF=270;TCR=285;TR=306;WE=8999462;WS=8999435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,307:0.72:424
chr19	8999478	rs73493659	T	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=9.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-13.820;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,116:0.26:445
chr19	8999497	.	G	GACCA	1272.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.513;ClippingRankSum=0.000;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=10.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-14.090;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.782;SOR=1.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,63:0.14:441
chr19	8999498	.	GCTTT	G	521.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-11.562;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.030;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,40:0.09:440
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chr19	8999517	.	T	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.613;ClippingRankSum=0.000;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=8.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-14.597;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,31:0.07:460
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chr19	9002576	rs80214581	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=35.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-16.708;QD=1.61;ReadPosRankSum=-4.197;SOR=2.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,44:0.15:298
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chr19	9003706	rs11085778	T	G	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=121;PP=2965;SC=GTAAAAGGTGTGGAAACAAAC;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=86;TCR=121;TR=207;WE=9003714;WS=9003696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	9003749	rs11085779	G	T	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=73;PP=2237;SC=TTAATCTGTTGCATATAGTTA;SOR=1.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=104;WE=9003757;WS=9003739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	9005041	rs62118260	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=57;PP=2315;SC=TCAGCTGGGATTCTGATTAGC;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=111;WE=9005049;WS=9005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	9005674	rs4804091	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=668;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GGATTTTGGGGTCAGGGCGGT;SOR=0.788;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=54;WE=9005682;WS=9005664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,58:0.36:161
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chr19	9006370	rs79341062	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=7.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-9.908;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.402;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,64:0.25:258
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chr19	9015382	rs370037933	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-10.181;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,30:0.09:338
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chr19	9015436	rs34959018	T	TG	3071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.727;NF=7;NR=50;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AGTGTGTGTGTTAGGGGCAGA;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=153;TCF=16;TCR=137;TR=57;WE=9015446;WS=9015424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,101:0.39:258
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chr19	9019377	.	A	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=4.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-5.867;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,13:0.08:161
chr19	9019378	.	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.312;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-6.358;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,11:0.07:158
chr19	9019605	rs12981679	C	G	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=512;ReadPosRankSum=0.829;SC=CTCACTGCTGCTGGTGGGCAC;SOR=1.299;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=35;WE=9019613;WS=9019595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
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chr19	9025584	rs77811999	T	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=26.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-9.591;QD=2.73;ReadPosRankSum=-3.374;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,25:0.23:111
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chr19	9025671	.	G	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.376;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=80.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-12.477;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.026;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,30:0.13:234
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chr19	9025686	.	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.226;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=62.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-11.626;QD=2.17;ReadPosRankSum=-2.568;SOR=6.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,26:0.12:218
chr19	9025689	.	A	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.171;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=61.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-11.426;QD=2.34;ReadPosRankSum=-3.421;SOR=6.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,26:0.12:211
chr19	9025691	.	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.929;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=59.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-11.279;QD=2.38;ReadPosRankSum=-3.508;SOR=6.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,25:0.12:210
chr19	9025695	.	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.134;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=44.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-10.145;QD=1.97;ReadPosRankSum=-3.181;SOR=5.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,20:0.10:198
chr19	9025698	.	T	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.392;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=35.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-9.260;QD=1.56;ReadPosRankSum=-3.736;SOR=4.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,21:0.11:193
chr19	9025700	.	T	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.115;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=41.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-9.765;QD=1.26;ReadPosRankSum=-3.693;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,19:0.10:192
chr19	9025826	rs7256118	T	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=377;SC=TGGAGTAAAGTGGCATGATCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=9025834;WS=9025816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	9028373	rs56396897	G	A	12333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=216;NR=226;PP=2965;SC=ATCCACTGCCGTGGCTGAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=442;TCF=216;TCR=226;TR=442;WE=9028381;WS=9028363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr19	9028432	rs10411029	C	T	8802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=184;PP=2965;SC=GTCCATCCACCTCTCCATCCT;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=122;TCR=184;TR=306;WE=9028440;WS=9028422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	9048342	rs10854118	C	T	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=GGGGTCACCACTCCTGATACC;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=209;WE=9048350;WS=9048332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	9049726	rs11670328	G	A	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=107;PP=2965;SC=CTGAGCTGACGTCTGCCCCAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=147;TCR=107;TR=254;WE=9049734;WS=9049716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	9056405	.	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,69:0.20:341
chr19	9056982	rs11670318	G	A	9265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=166;PP=2965;SC=CTCAAATCCTGTGGTCTCAAA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=167;TCR=167;TR=332;WE=9056990;WS=9056972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	9057408	rs1423051	A	G	8657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=130;PP=2965;SC=TTCCACAAAGAGAGAGCTCTT;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=160;TCR=131;TR=290;WE=9057416;WS=9057398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	9057687	rs1895364	A	G	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=107;PP=2965;SC=AGGGATGTGTATTCTATTAGA;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=213;WE=9057695;WS=9057677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	9057721	rs2216662	C	T	5932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=GTCATGGAGACTTCAGTAGTA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=9057729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	9058907	rs1833777	G	C	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=79;PP=2965;SC=TTTCAAAAACGTGAATTGCCT;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=202;WE=9058915;WS=9058897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	9058942	rs1833778	C	T	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=93;PP=2965;SC=GCTTTAGAAGCGGCCAGACTC;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=146;TCR=93;TR=239;WE=9058950;WS=9058932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	9059808	rs7508222	A	G	7196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=111;PP=2965;SC=GACTTCAGTGATGGCCAGTAT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=127;TCR=111;TR=238;WE=9059816;WS=9059798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	9060605	rs2194168	G	A	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=94;PP=2965;SC=CTTGTCTAGCGCTGATGGTGC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=167;WE=9060613;WS=9060595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	9060656	rs2216663	C	T	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=75;PP=2965;SC=GCTGAATTGCCTCTGTCTCCA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=151;WE=9060664;WS=9060646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	9060812	rs1820099	T	C	8414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=134;PP=2965;SC=GGAGAGGAGATGAGTGGCTAC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=165;TCR=134;TR=299;WE=9060820;WS=9060802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr19	9062544	rs2547063	T	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=111;PP=2965;SC=CAGGCCAGGGTTGAGAAGAGA;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=241;WE=9062552;WS=9062534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	9063678	rs2547064	T	G	11284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=176;PP=2965;SC=GCTTGACGTGTCCAAAGTACT;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=213;TR=389;WE=9063686;WS=9063668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	9063935	rs2252675	G	A	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=112;PP=2965;SC=CTTCAGAGCCGCTGGACTCCC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=242;WE=9063943;WS=9063925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	9065632	rs1867691	T	C	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=94;PP=2965;SC=GTAGCACCAATGGACACTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=194;WE=9065640;WS=9065622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	9070194	rs1344572	A	G	14825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=260;NR=262;PP=2965;SC=GGCGAAGGTGATACCCATTGG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=524;TCF=260;TCR=264;TR=522;WE=9070202;WS=9070184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr19	9070225	rs1559172	G	C	12522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=232;PP=2965;SC=TTGGATGTGTGTGAATCAGCT;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=197;TCR=233;TR=428;WE=9070233;WS=9070215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr19	9070837	rs2547067	G	A	10001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=192;PP=2965;SC=GCTATTGTGGGCCGATCAAGG;SOR=1.065;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=349;TCF=156;TCR=193;TR=339;WE=9070845;WS=9070827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr19	9071763	rs10422567	T	A	11517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=216;NR=187;PP=2965;SC=GCTAGAAGAGTTGACCCCTGT;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=218;TCR=187;TR=403;WE=9071771;WS=9071753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr19	9072313	rs2121133	A	G	7864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=130;PP=2965;SC=GCAGGTGAGGACAGAAAGGAA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=267;WE=9072321;WS=9072303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	9072742	rs2591590	T	C	12088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=226;PP=2965;SC=TCCTGGGAGATGCTGGTCTCC;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=433;TCF=206;TCR=227;TR=431;WE=9072750;WS=9072732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr19	9074950	rs2591591	G	T	13554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=263;NR=218;PP=2965;SC=GTTGTAGCATGGATAGGTACC;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=481;TCF=263;TCR=218;TR=481;WE=9074958;WS=9074940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr19	9075217	rs2547068	T	A	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=113;PP=2965;SC=GACAGCCTGGTGATGGCTTCT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=128;TCR=113;TR=240;WE=9075225;WS=9075207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	9075346	rs2591592	T	A	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=123;PP=2965;SC=GAAGAGATAATACTTGTTTGT;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=151;TCR=123;TR=274;WE=9075354;WS=9075336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	9075584	rs2547069	T	A	7880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=150;PP=2965;SC=TGACCCAGCCTGTGGTCTCTA;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=113;TCR=150;TR=262;WE=9075592;WS=9075574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	9075635	rs2547070	G	A	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=101;PP=2965;SC=TGTCTGTGGTGGACTCAGAAG;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=183;WE=9075643;WS=9075625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	9075737	rs2547071	T	C	7118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=110;PP=2965;SC=GGGTCCTTAATACACTGGAGG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=132;TCR=110;TR=242;WE=9075745;WS=9075727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	9075966	.	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.10;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,38:0.11:331
chr19	9075969	rs2591593	C	T	9769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=147;PP=2965;SC=GGGCACCTGCCCTGGATGTGC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=166;TCR=148;TR=313;WE=9075977;WS=9075956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr19	9076083	rs2547072	G	A	8580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TGCAGCTGGTGTGACTGCACT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=146;TCR=153;TR=297;WE=9076091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr19	9076163	rs2547073	C	T	10341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=141;PP=2965;SC=AAGTGAGTTCCTGGGGAGTTG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=204;TCR=141;TR=344;WE=9076171;WS=9076153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	9076278	rs953551	G	A	20102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=408;NR=316;PP=2965;SC=GGACAGGGGCGTATTTGGGTC;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=727;TCF=410;TCR=317;TR=724;WE=9076286;WS=9076268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,730:1.00:730
chr19	9076728	rs2591594	C	T	18978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=306;NR=364;PP=2965;SC=AGAAGTTGTGCGCCTCTCTGT;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=671;TCF=306;TCR=365;TR=670;WE=9076736;WS=9076718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr19	9076858	rs2547074	C	T	10833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=195;PP=2965;SC=GCTGTGGTTACGTCCAGGATG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=168;TCR=197;TR=363;WE=9076866;WS=9076848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	9076929	rs2547075	T	G	9202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=151;PP=2965;SC=AATGTCACTTTTCACTGCACT;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=313;TCF=160;TCR=153;TR=311;WE=9076937;WS=9076919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr19	9076950	rs2547076	C	A	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=150;PP=2965;SC=TACATTGGCCCTCAGAGTCTC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=160;TCR=151;TR=310;WE=9076958;WS=9076940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr19	9076991	rs2591595	C	T	9017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=161;PP=2965;SC=TGACAGATGACGCAGAGCTTG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=159;TCR=161;TR=320;WE=9076999;WS=9076981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	9077060	rs2591596	C	T	9114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=152;PP=2965;SC=AGGGCAGAGACACTAGTGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=165;TCR=152;TR=317;WE=9077068;WS=9077050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	9077264	rs1862461	T	G	15599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=285;NR=248;PP=2965;SC=CTGTGGTGCTTACCCATGTCT;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=535;TCF=285;TCR=250;TR=533;WE=9077285;WS=9077254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr19	9077436	rs1862462	G	A	10230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=191;PP=2965;SC=AGTTGTCTTTGAAACCAGTTC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=168;TCR=191;TR=359;WE=9077444;WS=9077426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	9077803	rs2591597	T	C	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=121;PP=2965;SC=GGGCTGATGCTGGGTTCCTTG;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=112;TCR=122;TR=233;WE=9077811;WS=9077793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	9077902	rs2547077	A	G	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=93;PP=2859;SC=GTATATGCAAATGGTACAGAA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=57;TCR=93;TR=150;WE=9077910;WS=9077892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	9077984	rs2547078	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=974;SC=TTCCTCCTTCTCTGGGAAAGA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=9077992;WS=9077974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	9080283	.	G	GAGAA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=2.369;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr19	9080462	rs2547065	C	G	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=82;PP=2965;SC=TGCTGGACTGCTCCCCGTCTC;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=190;WE=9080470;WS=9080452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	9083124	rs12608495	G	A	8064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=132;PP=2965;SC=CCAAACTTGGGACCTCAGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=141;TCR=132;TR=273;WE=9083132;WS=9083114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	9086184	rs74999347	G	A	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1538;ReadPosRankSum=0.415;SC=TATCAGAGCCGTTTTCCAATC;SOR=0.742;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=91;WE=9086192;WS=9086174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,99:0.63:158
chr19	9087615	rs1596798	T	A	11289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=192;PP=2965;SC=TTTCTGCCAATTTTGTGTAAT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=209;TCR=192;TR=400;WE=9087623;WS=9087605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr19	9204307	rs4804097	A	G	13140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=280;NR=210;PP=2965;SC=TCTGCCACCCATTGCACTACG;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=490;TCF=280;TCR=210;TR=490;WE=9204315;WS=9204297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr19	9237746	rs369468829	TTTTC	T	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=-2.987;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	9266874	rs139210933	CTG	C	1640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.335;NF=1;NR=34;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ACCCCAGTGACTGTGTCTGCT;SOR=0.989;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=1;TCR=64;TR=35;WE=9266883;WS=9266864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr19	9267319	rs3752199	G	T	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1437;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CCTGTCTCCAGGACTCAGAAT;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=92;WE=9267327;WS=9267309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,99:0.62:160
chr19	9268261	rs3829682	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.328;SC=GTGGTTCTCCGGTGTGTGTCT;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=9268269;WS=9268251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	9296664	rs56246934	T	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=735;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TGTCCTGGGTTGACATCTGTT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=51;WE=9296672;WS=9296654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr19	9346427	rs1968136	T	C	14473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=261;NR=259;PP=2965;SC=TATGTGGCCATGGCACTGCTG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=523;TCF=262;TCR=261;TR=520;WE=9346435;WS=9346417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr19	9346599	rs1985937	C	G	7193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=132;PP=2965;SC=GGGTCTATCTCAGTTCTGCTG;SOR=1.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=238;WE=9346607;WS=9346589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	9408811	rs55772378	AT	A	71.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.210;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr19	9415942	.	TAC	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=4.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,15:0.13:113
chr19	9434930	rs10411624	T	C	15122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=245;NR=288;PP=2965;SC=TGGGCGGCGTTCGGTGGTGTC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=535;TCF=245;TCR=290;TR=533;WE=9434938;WS=9434920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr19	9435306	rs7251157	A	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.590;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr19	9435320	.	GAA	G,GA	1128.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.71;MQRankSum=0.583;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,42:0.23,0.70:60
chr19	9448917	rs8113427	T	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=278;SC=GATCAGTTTCTTTTTTGGCAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=9448925;WS=9448907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	9449149	rs8110197	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=13;PP=860;SC=GGATTCTCAGATTTTATTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=9449157;WS=9449139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	9449337	rs8110584	G	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=47;PP=1452;SC=AGTGGAACAGGGCCCCTGCAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=71;WE=9449345;WS=9449327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	9452026	rs55837495	ACT	A	5928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=62;PP=2974;SC=TTTGACAAACACTCTAAACAT;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=78;WE=9452035;WS=9452016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	9453020	rs151115651	T	C	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AAACACTATGTTTGTAATGAA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=102;WE=9453028;WS=9453010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,107:0.64:166
chr19	9489132	rs2304110	C	T	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=135;PP=2965;SC=CTTCATCTTCCGCAGCTCCCA;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=92;TCR=135;TR=227;WE=9489140;WS=9489122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	9490358	rs12461520	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=977;SC=TTGGGAATGTCACTCAGTGAA;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=9490366;WS=9490348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	9490814	rs2217652	C	T	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=147;PP=2965;SC=GGCATAAACACGGTAAGACTT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=166;TCR=147;TR=313;WE=9490822;WS=9490804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	9491210	rs1347165	C	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=609;SC=TCATACGCACCTACTGAAAAT;SOR=6.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=9491218;WS=9491200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	9492141	rs3826783	C	T	9340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=180;NR=143;PP=2965;SC=AAGCCTTCATCGATCAGTCAT;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=180;TCR=144;TR=323;WE=9492149;WS=9492131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	9492370	rs2230752	A	T	8944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=141;PP=2965;SC=TTATAAATGTATTCAGTGTGA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=176;TCR=142;TR=316;WE=9492378;WS=9492360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	9524185	rs2241356	A	G	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=90;PP=2965;SC=GAAACTTAAAAGCTTTGCCAC;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=126;TCR=90;TR=216;WE=9524193;WS=9524175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	9582092	rs3068759	TAAAA	T	474.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.56;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	9582096	.	A	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	9641821	rs34198502	G	A	4678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGCACTTTGGGAGGCTAAGGC;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=225;TCF=35;TCR=190;TR=170;WE=9641829;WS=9641811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,174:0.76:230
chr19	9646739	rs888872	C	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=4;PP=1289;SC=ACAGGCAGAGCCTGACTCACA;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=9646747;WS=9646729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	9673271	rs147918159	CTCT	C	5604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=89;PP=2965;SC=CTCTCTCCTCCTCTTCCCAGG;SOR=2.676;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=5;TCR=94;TR=93;WE=9673281;WS=9673261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	9764668	.	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	9771286	.	GA	G	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.971;QD=2.19;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr19	9958878	rs2010457	A	G	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=77;PP=2013;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGTAGAGGCCAGGAGGGTCTG;SOR=0.363;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=35;TCR=94;TR=107;WE=9958886;WS=9958868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,111:0.83:134
chr19	9964823	rs8111802	A	G	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=46;PP=2965;SC=CCCAGCCCCCAGAGGCCCCCC;SOR=2.979;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=230;TCR=46;TR=275;WE=9964831;WS=9964813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	9968139	rs11556087	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:588,124:0.17:712
chr19	9968434	rs2303100	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,61:0.16:391
chr19	10071063	rs10406152	T	C	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=39;PP=2965;ReadPosRankSum=1.701;SC=GGCTCCCTCATGGTCCCTCCC;SOR=1.234;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=129;TCR=39;TR=167;WE=10071071;WS=10071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr19	10084379	rs146208120	T	C	17670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=352;PP=2965;SC=CCCTGCCCAATAGGACTAGAT;SOR=0.904;Source=Platypus;TCF=352;WE=10084387;WS=10084358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr19	10090649	rs11879687	A	G	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=128;PP=2965;SC=CCCAACCCCCAATGAGGGTGA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=225;WE=10090657;WS=10090639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	10097443	.	TA	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=3.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,39:0.18:222
chr19	10112058	rs8108105	A	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=1;PP=1267;SC=CCTGACCTCAAATGATCTGCC;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=47;TCR=1;TR=48;WE=10112066;WS=10112048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	10112346	rs2287803	T	C	28847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1057;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=563;NR=478;PP=2965;SC=TCCAAGCTCCTCTGAGAACGT;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1048;TCF=565;TCR=483;TR=1041;WE=10112354;WS=10112335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1052:1.00:1052
chr19	10116076	rs11085529	G	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=4;PP=1597;SC=CACAATCACAGGCTGCAACGG;SOR=4.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=65;WE=10116084;WS=10116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	10116375	rs2303099	G	T	16687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=288;NR=315;PP=2965;SC=CTATGCTGACGGCCACACGGT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=603;TCF=288;TCR=315;TR=603;WE=10116383;WS=10116365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr19	10131851	rs374839771	TA	T	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.235;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr19	10149131	rs17210660	G	T	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=116;PP=2965;SC=CTCCTCCCAGGATCTGTCCCA;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=187;WE=10149139;WS=10149121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	10149207	rs57198581	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=55;PP=1582;SC=ATCTCTCTCAGGTTCCCGAGA;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=10149215;WS=10149197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	10149223	rs16997792	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=39;PP=1047;SC=CGAGAGCCTGATGTACCTCCC;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=10149231;WS=10149213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	10160578	rs11085554	C	T	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=49;PP=2965;SC=CTGTCACCTACGCAGGCATCT;SOR=2.315;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=149;TCR=51;TR=198;WE=10160586;WS=10160568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	10165844	rs60321046	G	A	9311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.16;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,353:0.99:356
chr19	10165854	rs56717463	T	C	15520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr19	10165932	rs8113341	A	G	11296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=209;NR=209;PP=2965;SC=GGCTACACTCAGATGCTGACC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=209;TCR=209;TR=418;WE=10165940;WS=10165922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr19	10166114	rs10426597	A	G	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=51;PP=2965;SC=TGGGGTGTCCAGCGCACGGCC;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=10166122;WS=10166104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	10166233	rs10405132	C	T	35424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.07;SOR=1.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,769:1.00:769
chr19	10166243	rs10403535	G	T	41160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.35;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,888:1.00:888
chr19	10166253	rs10411594	T	C	44016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1044:1.00:1044
chr19	10169245	rs1993466	A	G	11389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=240;NR=159;PP=2965;SC=CATCCACAGGATGGCTACCAA;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=242;TCR=159;TR=399;WE=10169253;WS=10169235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr19	10169261	rs11667703	C	T	13440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=279;NR=199;PP=2965;SC=ACCAAGGCTCCGAGGAGGATG;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=478;TCF=279;TCR=199;TR=478;WE=10169269;WS=10169251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr19	10169278	rs4552116	T	G	15172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=312;NR=255;PP=2965;SC=GATGTATCCCTCACAGCTCTT;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=570;TCF=313;TCR=257;TR=567;WE=10169286;WS=10169268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr19	10169477	rs11667515	G	A	12285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCTCCCTCTGGCCCTCTAGAA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=439;TCF=250;TCR=189;TR=435;WE=10169485;WS=10169467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,448:1.00:449
chr19	10192425	rs112439574	G	GGAA	2533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;MQRankSum=0.824;QD=40.22;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr19	10197488	rs139505689	G	GC	4561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.71;QD=34.56;SOR=3.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr19	10218408	rs2305790	G	A	9427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.031;SC=AAGAAGAGATGGGGCAAAGGT;SOR=0.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=508;TCF=248;TCR=260;TR=387;WE=10218416;WS=10218398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,393:0.77:513
chr19	10218434	rs55752217	C	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,131:0.24:545
chr19	10218524	rs2305791	C	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,91:0.23:399
chr19	10221151	rs2305792	C	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=8.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,93:0.23:396
chr19	10222558	rs2010353	G	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GAGGTCGAGGGGGGTGGAACA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=6;WE=10222566;WS=10222548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr19	10224526	rs3745600	C	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:652,191:0.23:843
chr19	10225682	rs3816556	G	C	10119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.464;SC=AGAACAAAAAGAACCAAGTAG;SOR=0.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=606;TCF=342;TCR=264;TR=431;WE=10225690;WS=10225666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,435:0.71:616
chr19	10225777	rs7401	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,103:0.21:500
chr19	10226052	rs2305795	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
chr19	10226256	rs7710	A	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,108:0.21:519
chr19	10226340	rs71188883	GTGCC	G	4750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.690;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:559,155:0.22:714
chr19	10229297	rs11667630	C	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.970;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,59:0.21:286
chr19	10229521	rs2290687	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,107:0.25:427
chr19	10229726	rs149991692	TGGCAGTCCTCACTCACCTCCC	T	1333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=2.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.731;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,45:0.21:211
chr19	10251048	.	AT	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr19	10251747	rs2290684	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,41:0.20:203
chr19	10257245	rs2288349	G	A	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TGAGGTGGCCGGCAGTGGCCG;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=69;TCR=146;TR=164;WE=10257253;WS=10257235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,164:0.77:214
chr19	10265248	rs2114724	T	C	8231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.005;SC=CTCTGGTCCCTGCCGCATCCT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=235;TCR=218;TR=345;WE=10265256;WS=10265238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,351:0.76:460
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chr19	10362882	rs2358580	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=4;PP=933;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGCGCCTCGCGAGGCTCCAGT;SOR=1.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=42;WE=10362890;WS=10362872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr19	10363455	rs35087032	C	CT	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=5.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.054;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.783;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,45:0.18:253
chr19	10369086	rs17000211	C	T	3899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1047,297:0.22:1344
chr19	10394792	rs1799969	G	A	26240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=455;NR=470;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TTCCCTGGACGGGCTGTTCCC;SOR=0.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=928;TCF=457;TCR=471;TR=925;WE=10394800;WS=10394782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,930:1.00:931
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chr19	10395683	rs5498	A	G	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=178;PP=2965;SC=GGTCACCCGCAAGGTGACCGT;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=119;TCR=178;TR=297;WE=10395691;WS=10395673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	10402131	rs901886	T	C	15922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=290;NR=296;PP=2965;SC=CAAGTCCCGGTGTTCAAAGAG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=587;TCF=290;TCR=297;TR=586;WE=10402139;WS=10402121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr19	10402938	rs1056538	G	A	7918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=172;PP=2965;SC=CAGGCAGCTGGTCTGCAACGT;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=101;TCR=172;TR=272;WE=10402946;WS=10402928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	10403368	rs2228615	G	A	21606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=508;NR=264;PP=2965;SC=CGCAGCTGGGGCCCAAGCTCT;SOR=1.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=775;TCF=508;TCR=267;TR=772;WE=10403376;WS=10403358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,779:1.00:779
chr19	10403947	rs2569702	T	C	10834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=226;PP=2965;SC=GCAGGGTGCATTTCTATCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=158;TCR=228;TR=384;WE=10403955;WS=10403937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr19	10404227	rs2569703	C	G	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=160;NR=9;PP=2965;SC=AGAGTGCATGCCTCGACTAGC;SOR=5.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=161;TCR=9;TR=169;WE=10404235;WS=10404220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	10405906	rs34124276	C	CT	4559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=18;PP=2967;SC=AGGCAGGATCCTCTTCTGCCC;SOR=2.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=78;TCR=18;TR=94;WE=10405914;WS=10405896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	10407169	rs710845	G	C	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=68;PP=2965;SC=CCGTGTGTCTGAACGGAGCGG;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=150;WE=10407177;WS=10407159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	10416777	rs35251981	A	ATAT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr19	10418784	rs281416	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=251;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CCGACGCCAGAGAGCACCCCT;SOR=0.836;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=13;WE=10418792;WS=10418774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	10418838	rs35063123	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AGAAAGGGCGGCCTGGCCCCA;SOR=1.195;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=20;WE=10418846;WS=10418828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr19	10419130	rs281417	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1342;ReadPosRankSum=1.211;SC=GCCCCAGGACCGGGGTGTCCT;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=87;WE=10419138;WS=10419120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,90:0.47:191
chr19	10419468	rs55905227	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CCTTACGGCACCCGTAGATCA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=10419476;WS=10419458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	10421385	rs281418	G	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=0.202;SC=GGCCAGAGGTGGGGGAGGGAG;SOR=1.015;Source=Platypus;TCF=14;TR=18;WE=10421393;WS=10421375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	10426024	rs1124765	T	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGGACAAATGTATAAGGACCT;SOR=0.776;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=13;WE=10426032;WS=10426014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	10426422	rs378395	A	C	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=57;PP=2965;SC=CCTCCTCTCCAGCCGGGCGCG;SOR=1.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=158;TCR=58;TR=215;WE=10426430;WS=10426412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
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chr19	10428790	rs12459144	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.324;SC=AAGACCAACCCCTGCCACCAC;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=10428798;WS=10428780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr19	10431799	rs281425	G	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CCACAGGGGCGGGGGGAGGAG;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=12;WE=10431807;WS=10431789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	10432334	rs12983649	T	G	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.03;MQRankSum=-1.107;NF=91;NR=81;PP=2509;ReadPosRankSum=-1.302;SC=GGGGGCAGGGTGGCCCAGGGA;SOR=0.646;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=315;TCF=160;TCR=155;TR=172;WE=10432342;WS=10432324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,181:0.55:327
chr19	10444826	rs2278442	G	A	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.113;SC=GCAGCCCCGTGTTAGCTCACC;SOR=0.928;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=480;TCF=241;TCR=239;TR=229;WE=10444834;WS=10444816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,212:0.49:437
chr19	10449392	rs2304240	A	G	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1377;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CTGTTATCTGAGAGCCATTGC;SOR=0.986;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=86;WE=10449400;WS=10449382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,90:0.51:176
chr19	10450285	rs281414	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=61;PP=1578;ReadPosRankSum=0.486;SC=GTACCATGGTGGCCATTCTGA;SOR=0.977;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=60;TCR=113;TR=89;WE=10450293;WS=10450275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,91:0.49:184
chr19	10625067	rs6511701	A	C	8664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=142;PP=2965;SC=GTGCACAGATAGCGGCCAGGA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=169;TCR=143;TR=311;WE=10625075;WS=10625057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	10662465	rs192566738	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	10663568	.	GCTC	G	2668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.130;NF=27;NR=45;PP=2975;ReadPosRankSum=1.500;SC=CAGGTCCTCAGCTCCTCCTCA;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=64;TCR=105;TR=72;WE=10663578;WS=10663558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,127:0.47:271
chr19	10664632	rs3087689	A	G	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=30;PP=2455;SC=GGTGCTCAGGAGCTGTTCTTG;SOR=2.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=114;WE=10664640;WS=10664622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	10670184	rs3826709	C	G	7994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TGCTTGAGCTCTTCCTGCTTC;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=262;WE=10670192;WS=10670174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr19	10675564	rs3745247	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CCGGATTCTGCTCCAGAGGAA;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=32;WE=10675572;WS=10675554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr19	10676343	rs3745246	A	T	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.898;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=26;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CGGGGTGCAGAGGGGGGCTTG;SOR=1.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=106;WE=10676351;WS=10676333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr19	10676423	rs3745245	G	A	7447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=198;NR=107;PP=2965;SC=CCGACTCGGAGCTGGAGTCGC;SOR=1.646;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=315;TCF=198;TCR=117;TR=305;WE=10676431;WS=10676413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	10676487	rs34864064	G	GC,GCC	6738.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.212;QD=28.92;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,48,182:0.21,0.78:233
chr19	10676537	rs3745244	C	A	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.661;NF=66;NR=114;PP=2769;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ACTTCCCAACCGGCCGGCGCG;SOR=0.748;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=412;TCF=170;TCR=242;TR=180;WE=10676545;WS=10676527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,142:0.41:349
chr19	10676681	rs3218222	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=39;PP=1193;SC=GGCATGGCGGTTCTGTGGCCC;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=10676689;WS=10676671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	10679067	rs33926515	GAGA	G	3283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=18;PP=2306;SC=TGAAAGCCTAGAGAAGAAGGA;SOR=2.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=48;WE=10679077;WS=10679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	10679240	rs1968445	C	G	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=147;PP=2965;SC=GCACCAGCTCCCGGTGCAGAA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=158;TCR=148;TR=305;WE=10679248;WS=10679230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	10685859	rs1560712	G	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=63;PP=1896;SC=GAGATACCATGTCTACAAAAA;SOR=2.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=10685867;WS=10685849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	10687757	rs7252007	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=3;PP=986;SC=TCATGAGCCATCACACCTGAC;SOR=3.967;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=38;WE=10687765;WS=10687747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	10690321	rs73018660	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TGAGCCACTGCGCTGGGCCCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=10690329;WS=10690311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	10690557	rs10426276	G	C	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=65;PP=2074;SC=GTGGAGAGTGGAGAGTGACCC;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=10690565;WS=10690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	10694720	rs11542916	G	A	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1288;ReadPosRankSum=0.090;SC=TGGCCACATCGCCCTTGTAGT;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=84;WE=10694728;WS=10694710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr19	10697773	rs75323740	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1428;ReadPosRankSum=0.793;SC=GTGTTCCCAGACCTCTTCCTG;SOR=0.648;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=191;TCF=130;TCR=61;TR=94;WE=10697781;WS=10697763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,98:0.49:199
chr19	10697801	rs75192074	G	T	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=54;PP=2062;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CGGAGGGGTCGCCCCTGAATC;SOR=0.905;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=303;TCF=186;TCR=117;TR=145;WE=10697809;WS=10697791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,153:0.48:317
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chr19	10742287	rs1560711	C	T	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=60;PP=2294;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGGTGCCATCCTCTGCTCCAT;SOR=0.820;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=307;TCF=173;TCR=134;TR=144;WE=10742295;WS=10742277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,152:0.47:324
chr19	10742443	rs1560710	C	T	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.290;SC=TATTGGCGCACCGCGCCAGGG;SOR=0.706;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=391;TCF=202;TCR=189;TR=187;WE=10742451;WS=10742433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,196:0.48:405
chr19	10742463	rs1560709	G	T	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=92;PP=2905;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GTCTCACTTTGCTGGGTGGGA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=368;TCF=180;TCR=188;TR=172;WE=10742471;WS=10742453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,182:0.48:379
chr19	10745764	rs2163832	T	C	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=101;PP=2809;ReadPosRankSum=1.138;SC=GGGGCCAGGGTGCCAGGGGCC;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=456;TCF=237;TCR=219;TR=210;WE=10745772;WS=10745754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,212:0.46:465
chr19	10748820	rs3859514	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1525;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GATTTCTGTCTTCTGTGATGA;SOR=0.983;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=95;WE=10748828;WS=10748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,98:0.53:186
chr19	10751769	rs111569642	G	GA	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr19	10752968	rs10405617	A	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGTCCCAGCATAGGATGGAC;SOR=0.549;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=186;TCF=133;TCR=53;TR=86;WE=10752976;WS=10752958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
chr19	10793749	rs2738039	A	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=1013;ReadPosRankSum=0.347;SC=CTCCCATGTGACTGGAATGCC;SOR=1.148;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=48;WE=10793757;WS=10793739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr19	10794630	rs2229383	G	T	5251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GAGGCAACTCGGCGACAGCAG;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=487;TCF=232;TCR=255;TR=233;WE=10794638;WS=10794620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,248:0.48:515
chr19	10794793	rs892087	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=522;ReadPosRankSum=0.981;SC=AGACGGCCCTCGACCCCCACC;SOR=0.655;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=25;WE=10794801;WS=10794783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr19	10818092	rs892085	G	A	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2746;ReadPosRankSum=-1.088;SC=GGGATATGTGGTGGGAGGGGA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=148;TCR=180;TR=168;WE=10818100;WS=10818082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,173:0.51:340
chr19	10883126	rs3826803	C	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1189;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGCTCTTTCTCATTTTCAGCA;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=73;WE=10883134;WS=10883116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr19	10916684	rs2287029	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=69;PP=1681;ReadPosRankSum=1.070;SC=ACCCTGGGGGCGGGAGGACGC;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=64;TCR=141;TR=99;WE=10916692;WS=10916674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,102:0.48:211
chr19	10939792	rs2229920	T	C	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=51;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.544;SC=AGGAGTCGGCTGACCAGGCAC;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=298;TCF=173;TCR=125;TR=127;WE=10939800;WS=10939782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,131:0.42:310
chr19	11038843	rs892010	G	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TAGGGTTGACGCTGGGATGGG;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=23;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr19	11168896	rs8104480	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=506;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGTGGGCGGACTCGGGGGTG;SOR=0.070;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=29;WE=11168904;WS=11168886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr19	11170839	rs7275	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=6.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr19	11221454	rs2738442	T	C	15232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=273;NR=264;PP=2965;SC=GAAGGTGATTTCCGGGTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=538;TCF=274;TCR=264;TR=537;WE=11221462;WS=11221444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr19	11230650	rs145643854	GAAAC	G	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=541;ReadPosRankSum=0.016;SC=AACTCTGTCTGAAACAAACAA;SOR=0.354;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=13;WE=11230661;WS=11230640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr19	11233941	rs5927	A	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CAACCACCCGACCTGTTCCCG;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=460;TCF=206;TCR=254;TR=212;WE=11233949;WS=11233931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,220:0.47:473
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chr19	11332505	rs3826815	C	T	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1444;ReadPosRankSum=1.775;SC=CATGTGACCCCATCTTCCCCT;SOR=0.959;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=245;TCF=145;TCR=100;TR=102;WE=11332513;WS=11332495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,111:0.43:258
chr19	11332570	rs3810307	T	A	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=73;PP=2174;ReadPosRankSum=0.956;SC=GTGCAATCGATAGCAGTGGCA;SOR=0.785;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=316;TCF=159;TCR=157;TR=142;WE=11332578;WS=11332560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,150:0.45:330
chr19	11333358	rs12971537	GA	TT	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=661;ReadPosRankSum=0.774;SC=GAGATGGACTGAAGGTGAGAG;SOR=1.325;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=19;WE=11333367;WS=11333348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr19	11333596	rs3810308	T	C	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1061;ReadPosRankSum=0.044;SC=AGGAGAGGGGTGGCCATCAGT;SOR=0.868;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=76;WE=11333604;WS=11333586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,83:0.53:156
chr19	11346155	rs56322906	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=284;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TCGAACTCCTGACCTCAAATG;SOR=0.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=20;WE=11346163;WS=11346145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
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chr19	11347493	rs737337	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=704;ReadPosRankSum=-2.237;SC=AGGACACGGCTGTGAGCTCCA;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=73;WE=11347501;WS=11347483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,85:0.33:256
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chr19	11358799	rs12978266	G	A	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=97;PP=2925;SC=GGGTGGCTCTGGGCGGCTACA;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=163;WE=11358807;WS=11358789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	11363146	rs8113582	A	T	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=53;PP=2885;SC=GCTGCCCCTAAGTCAGACTCA;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=148;WE=11363154;WS=11363136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	11436221	rs12981706	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.168;NF=32;NR=24;PP=727;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCTGCTTCACATTGATGTTCT;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=56;WE=11436229;WS=11436211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr19	11436302	rs56363898	A	AG	2522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=40;PP=1841;SC=AAGACCCCTGAGGGCAGAGTC;SOR=1.463;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=45;WE=11436310;WS=11436292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	11436339	rs28453057	C	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=397;ReadPosRankSum=0.074;SC=AGAAACCTGGCTTCTAAGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=11436347;WS=11436329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr19	11446520	rs3816864	T	G	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=48;PP=1487;SC=ACCCCTGTCTTAGAGGGGCAC;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=11446528;WS=11446510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	11446553	rs316505	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.977;SC=ATAGCCCCAGCCTTACGGGGG;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=14;WE=11446561;WS=11446543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr19	11447769	.	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr19	11447886	rs3969860	C	T	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TGGCGGTAGACGGTCTTGACC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=494;TCF=282;TCR=212;TR=221;WE=11447894;WS=11447876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,230:0.45:512
chr19	11458739	rs11882629	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TGCTTCCTCTCGGACCTCGAT;SOR=0.795;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=18;WE=11458747;WS=11458729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	11459260	rs12976608	T	C	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=51;PP=2404;SC=CCACCATTGCTGGCCGCGTCT;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=137;WE=11459268;WS=11459250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	11461486	rs36097565	G	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTCTGCAGAGGTGCTGAGCCC;SOR=0.288;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=18;WE=11461494;WS=11461476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	11464003	rs12975236	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.477;NF=15;NR=1;PP=289;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GTCTCAATCTCCTGACCTCGT;SOR=0.274;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=16;WE=11464011;WS=11463993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr19	11465129	rs7251786	C	T	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=14;PP=1037;SC=TGGTGTCACACTGGATCACAT;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=11465137;WS=11465119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	11465316	rs6887	G	C	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=107;PP=2965;SC=GACTCCGACTGTGACCAGGAC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=212;WE=11465324;WS=11465306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	11465533	rs34764693	C	T	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=75;PP=2752;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CCCTGACCCACCCTCTCTCTC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=411;TCF=245;TCR=166;TR=191;WE=11465541;WS=11465523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,191:0.46:412
chr19	11474335	rs8108707	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=914;ReadPosRankSum=0.485;SC=GTATTTACATGGCTCCTATGT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=105;TCR=59;TR=67;WE=11474343;WS=11474325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr19	11507855	rs3816865	G	A	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TCCATCCTTGGGCGTGGTCAG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=86;WE=11507863;WS=11507845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,88:0.51:172
chr19	11512826	rs317910	A	G	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.317;QD=20.65;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr19	11512830	rs3745688	C	T	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.305;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr19	11512968	rs3833251	TC	T	3396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.010;NF=20;NR=50;PP=2801;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGGTCAAGGGTCAAGGGTCAA;SOR=0.635;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=126;TCF=33;TCR=93;TR=70;WE=11512976;WS=11512958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,101:0.50:201
chr19	11516007	rs10416704	T	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.534;SC=ACCGGCTCACTGCCCCCCAGC;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=62;WE=11516015;WS=11515997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr19	11526765	rs167479	G	T	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=64;PP=2024;SC=ATGGGCAGGGGGGTCTCGGAA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=93;WE=11526773;WS=11526755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	11529958	rs1549168	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr19	11534503	rs57892201	TG	T	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=16.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=0.266;SOR=5.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,55:0.92:60
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chr19	11541831	rs143192349	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=869;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AAAAGCCTTCCGGTCACCCTC;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=60;WE=11541839;WS=11541821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,63:0.40:159
chr19	11558240	rs186375	T	C	9622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=111;PP=2965;SC=CCGACCGCACTGCTCACCCGC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=147;TCR=111;TR=258;WE=11558248;WS=11558230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	11558275	rs11557488	G	A	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.358;NF=90;NR=82;ReadPosRankSum=0.717;SC=CGACCTTCCAGCACCTTCTGC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=172;WE=11558283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,178:0.58:307
chr19	11558340	.	AGAGGAG	A,AGAG	4438.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=9,9;NR=68,68;PP=1488,1812;SC=CGTCGCCCACAGAGGAGGAGG;SOR=1.241;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=119;TCF=17;TCR=102;TR=77,77;WE=11558356;WS=11558330;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.44:111
chr19	11565284	rs35334288	TTC	T	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr19	11624491	rs4804168	C	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=7;PP=1277;SC=AAGAGGGATTCGGAGAGGGAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=11624499;WS=11624481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	11660012	rs8100751	T	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	11688200	rs2071485	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=468;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TGAGACCCCCGCCTGCCCTGA;SOR=1.132;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=31;WE=11688208;WS=11688190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr19	11708361	rs11551815	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1031;ReadPosRankSum=1.015;SC=CAAGGTGTCTCCGCCGCAGCC;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=102;TCR=65;TR=68;WE=11708369;WS=11708351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,70:0.40:173
chr19	11708464	rs72997090	G	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1477;ReadPosRankSum=1.067;SC=GAGGGGTCAGGCGTCCCCAGA;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=99;WE=11708472;WS=11708454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,105:0.48:218
chr19	11725823	rs1969533	A	G	94.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	11725826	rs3923752	A	G	94.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	11727384	rs4411616	G	C	33.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr19	11727503	rs4545929	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CTCATTTTTCTGACAAGTCAT;SOR=0.378;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=25;WE=11727511;WS=11727493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr19	11728802	rs4804611	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AAGGATTCACAGTGGAGAAAG;SOR=0.237;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=13;WE=11728810;WS=11728792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr19	11849736	rs72986630	C	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=69;PP=2113;SC=TCTCTCAGCGCCAGAGCCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=113;WE=11849744;WS=11849726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	11925094	rs117233806	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=0;PP=603;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGTCGCCCTCCGTCCATTCCT;SOR=2.890;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=63;TCR=3;TR=31;WE=11925102;WS=11925084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr19	11943697	rs400106	G	A	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1687;ReadPosRankSum=-2.573;SC=ATGGAGAGAAGCCCTATGCAT;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=255;TCF=116;TCR=139;TR=114;WE=11943705;WS=11943687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,120:0.45:266
chr19	11977572	rs11671596	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.480;SC=GATCAAGGCTGAGGGCTCACT;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=11977580;WS=11977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	11979305	rs72994214	C	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=61;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TGTGGGAAAGCCTTCAGATAT;SOR=0.978;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=227;TCF=104;TCR=123;TR=103;WE=11979313;WS=11979295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,112:0.46:246
chr19	12037544	rs279236	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=477;ReadPosRankSum=1.265;SC=TTTAGGGGTAAGCTTTTATAA;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=36;WE=12037552;WS=12037534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
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chr19	12058572	rs192494	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGTAATCCCAGTCCTTTGAGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=12058580;WS=12058562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr19	12076171	rs7251835	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCCCTCGGTCCCCTCGGCCGC;SOR=2.546;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=12076179;WS=12076161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr19	12089903	rs112017572	G	A	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1837;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CTAAGAATGCGCTCTGGAGAA;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=114;WE=12089911;WS=12089893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,122:0.54:225
chr19	12145645	rs61369780	CT	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.094;SC=GAACTTACACCTTTCCAGGCA;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=12145653;WS=12145635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	12146370	rs3745672	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1156;ReadPosRankSum=2.505;SC=GCCTTTCAGGTGACTCCCACG;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=112;TCR=84;TR=103;WE=12146378;WS=12146360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,113:0.54:208
chr19	12146456	rs145945929	C	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1262;ReadPosRankSum=1.615;SC=GAAAGCCAGGCTCCCAACCTC;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=99;WE=12146464;WS=12146446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,99:0.53:187
chr19	12154799	rs67102109	G	C	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1502;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCTCCAGTGTGAGTCCTTTTA;SOR=0.452;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=215;TCF=129;TCR=86;TR=94;WE=12154807;WS=12154789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,104:0.45:233
chr19	12157253	rs10417006	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CCTAAAATGCGGACCCAGAAA;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=17;WE=12157261;WS=12157243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	12157334	rs4804176	T	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=1061;SC=CATTGCACCTTTGTCTCATTT;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=12157342;WS=12157324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	12185102	rs7250239	G	A	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=63;PP=1881;SC=CTAATGTCCCGTGAACATAGA;SOR=3.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=71;WE=12185110;WS=12185092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	12186148	rs10424893	T	C	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=38;PP=1796;SC=GAGAGAGAGTTGATGAAAATA;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=12186156;WS=12186138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	12186611	rs7259684	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=1074;ReadPosRankSum=2.307;SC=GAAACCATATAAATGTAAACA;SOR=0.831;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=64;WE=12186619;WS=12186601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr19	12186732	rs76842919	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=846;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GGTAGTCCCAATTCCCTTTAT;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=54;WE=12186740;WS=12186722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr19	12186761	rs7259845	A	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=46;PP=1845;SC=AAGAACTCACACTGGAGAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=12186769;WS=12186751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	12186857	rs6511763	G	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=58;PP=2455;SC=TGAGGAGAAGGCTTATGAATG;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=12186865;WS=12186847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	12186921	rs8102258	TG	CT	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=2396;ReadPosRankSum=1.525;SC=AGACATGAAGTGACCCACTCT;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=72;WE=12186930;WS=12186911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr19	12187210	rs6511764	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=71;PP=2965;SC=TAAGCAGTGTAGTAAAGCCTT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=155;WE=12187218;WS=12187200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	12187861	rs10426017	T	G	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=68;PP=2714;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GAAACCATATTAATGTAAGGA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=131;WE=12187869;WS=12187851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr19	12191233	rs17001758	A	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1289;ReadPosRankSum=1.981;SC=AGGATGTCATAATACAATTCA;SOR=0.927;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=76;WE=12191241;WS=12191223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr19	12204632	rs201445293	GT	G	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr19	12222259	rs73000467	G	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.523;NF=23;NR=41;PP=1066;ReadPosRankSum=0.696;SC=ATGAGTATCAGGAATATGGAC;SOR=0.491;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=137;TCF=46;TCR=91;TR=64;WE=12222267;WS=12222249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr19	12222381	rs1866382	C	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=38;PP=2603;SC=AAGGATTCTGCGAAGACATTT;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=12222389;WS=12222371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	12222861	rs1975349	T	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=906;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGGAGCGAAATGCTATGAGTG;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=72;WE=12222869;WS=12222851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr19	12224172	rs8109273	T	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CTTTCGTAGATATGAAAGGGC;SOR=0.581;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=188;TCF=96;TCR=92;TR=95;WE=12224180;WS=12224162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,99:0.50:198
chr19	12256358	rs12972621	T	G	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=69;PP=2414;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTTCATGATATCGAACGGAAT;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=161;TCR=132;TR=150;WE=12256366;WS=12256348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,156:0.51:304
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chr19	12402112	rs2458999	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=908;ReadPosRankSum=0.220;SC=TATAATTCAACCAAATACCTA;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=54;WE=12402120;WS=12402102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr19	12405552	rs386901	T	C	5752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.101;SC=ACTCCCGTAGTCAGGGTAGGT;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=529;TCF=285;TCR=244;TR=259;WE=12405560;WS=12405542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,269:0.49:545
chr19	12491302	rs145317058	TTTC	T	11373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=100;PP=2969;SC=ATTCATAGAGTTTCTTCTCTC;SOR=1.045;SbPval=0.44;Source=Platypus;TR=166;WE=12491312;WS=12491292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	12491498	rs4804664	C	T	10982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=181;PP=2965;SC=AGTGGTTTCACGTCTTTGAAG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=192;TCR=182;TR=373;WE=12491506;WS=12491488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	12491639	rs59301182	A	G	18292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=222;PP=2965;SC=ACATTCATACAGTTTCTCCCC;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=197;TCR=222;TR=419;WE=12491647;WS=12491629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr19	12491654	rs57371898	C	T	17571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=205;PP=2965;SC=CTCCCCAGTACGTGTTCTTTC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=190;TCR=205;TR=394;WE=12491662;WS=12491644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	12491779	rs17706075	T	C	11339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.131;NF=218;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCCAGAAAAATGCTTTCCCAC;SOR=0.377;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=417;TCF=218;TCR=199;TR=416;WE=12491787;WS=12491769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr19	12491949	rs11668955	T	C	9709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	12491955	rs11668074	A	C	9865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	12492036	rs10417283	A	T	8965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	12492039	rs10414984	G	T	8965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	12494612	rs10418011	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.80;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	12494621	rs10412448	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	12502457	rs4804669	A	G	9772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=199;PP=2965;SC=ACATTCATACAGTTTCTCCCC;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=145;TCR=199;TR=343;WE=12502465;WS=12502447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr19	12502787	rs12974755	G	A	6051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.398;NF=129;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.642;SC=TTGTTTATGCGTATCTGGCTT;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=504;TCF=257;TCR=247;TR=262;WE=12502795;WS=12502777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,271:0.52:518
chr19	12503130	.	C	T	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=42.32;NF=0;NR=5;PP=28;QD=12.5542425094;SC=GTGCAGGCTTCGTGTCCTGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=5;WE=12503138;WS=12503120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr19	12503326	rs2014364	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.998;NF=24;NR=7;PP=554;ReadPosRankSum=1.087;SC=TTTAAGCTAGGCTTGTTCATT;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=31;WE=12503334;WS=12503316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr19	12541532	rs10422063	C	A	5529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=71;PP=2009;ReadPosRankSum=1.102;SC=GAAATCAATACAGGCTTTCCC;SOR=0.667;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=331;TCF=174;TCR=157;TR=144;WE=12541540;WS=12541522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,153:0.44:350
chr19	12541547	rs10402252	T	G	5699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.631;NF=80;NR=69;PP=2073;ReadPosRankSum=0.112;SC=TTTCCCAAGTTTGCATTTATA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=355;TCF=189;TCR=166;TR=149;WE=12541555;WS=12541537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,159:0.43:371
chr19	12542332	.	C	T	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.231;NF=92;NR=68;PP=2525;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CTCCAGTGTGCGTTCTTTCAT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=175;TCR=133;TR=160;WE=12542340;WS=12542322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,155:0.52:300
chr19	12542772	rs1134389	C	T	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQRankSum=1.495;QD=10.60;ReadPosRankSum=-2.024;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr19	12542848	rs4804692	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQRankSum=-2.465;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.039;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	12542851	rs4804693	AT	GC	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.303;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.35;MQRankSum=-2.399;QD=17.62;ReadPosRankSum=1.342;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr19	12542891	rs140908232	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.877;NF=0;NR=12;PP=458;ReadPosRankSum=-2.719;SC=ACTATCATGCGAAGTGCAGGC;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=12;WE=12542912;WS=12542881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	12542904	rs78266625	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.782;NF=0;NR=8;PP=458;ReadPosRankSum=-2.253;SC=GTGCAGGCTTCGTGTCCTGCT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=12542912;WS=12542881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	12543182	.	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.903;NF=48;NR=36;PP=1165;ReadPosRankSum=0.555;SC=TCTTGTGAGTGTAAATTACCT;SOR=0.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=117;TCR=88;TR=84;WE=12543190;WS=12543172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,49:0.28:178
chr19	12543333	rs3979432	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.07;QD=30.61;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	12551616	rs35084134	C	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.912;NF=24;NR=1;PP=522;ReadPosRankSum=0.316;SC=GGACCCGGGTCCGTAGATCCC;SOR=2.910;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=25;WE=12551624;WS=12551609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr19	12551715	rs11881297	A	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=62;PP=2098;ReadPosRankSum=-1.455;SC=ACGCCGGCCCAGCACACGCAC;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=214;TCR=128;TR=166;WE=12551723;WS=12551705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,168:0.49:346
chr19	12576049	rs7259240	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1002;ReadPosRankSum=1.284;SC=ACGTTTTCCCGCATTCTTTAC;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=81;WE=12576057;WS=12576039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr19	12576573	rs10404972	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-2.093;SC=AAAACAAAACGCACAATTAGT;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=12576581;WS=12576563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	12662318	rs79749579	G	GC	9051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.308;NF=18;NR=128;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GTTGAACATTGCCCCTGTCCC;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=161;TCF=19;TCR=142;TR=146;WE=12662326;WS=12662308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,282:0.99:285
chr19	12719802	.	G	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr19	12720024	rs74777066	G	A	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=35;PP=1322;SC=CATCTAATTAGAAACAAGAGG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=12720032;WS=12720014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	12777602	.	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-1.309;SC=CCAATCGGGGTGGGGGGCGGG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=12777610;WS=12777592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	12787002	rs34820996	G	GAGAC	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=829;SC=CCAGTCACAGGAGACAGACAC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=12787010;WS=12786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	12876278	rs1205169	C	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=113;PP=2965;SC=GAAAAGAAAGCAGGCCAGGCG;SOR=2.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=32;TCR=114;TR=145;WE=12876286;WS=12876268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	12876964	rs897804	G	C	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=94;PP=2965;SC=CATCCTCCAGGTGGCGCTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=169;WE=12876972;WS=12876954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	13029188	rs2965214	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1125;SC=AAGGAGGGAGGATGAGGAGTG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=13029196;WS=13029178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	13030939	.	AT	A	1270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=56.22;NF=19;NR=3;PP=1270;QD=57.8636363636;SC=ACACACACACATAATTATATT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=13030947;WS=13030929;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	13031210	rs2967897	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=38;PP=1038;SC=TCTAGACAGATAGGCCTTGCT;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=43;WE=13031218;WS=13031200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	13039284	rs2293683	A	G	7359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=110;PP=2965;SC=GGTGGGAGACACAGCCTGACT;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=146;TCR=110;TR=256;WE=13039292;WS=13039274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	13044544	rs2974750	C	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=60;PP=1933;SC=TGTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=1.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=13044552;WS=13044534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	13081089	rs11670895	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=954;ReadPosRankSum=-0.649;SC=ACCTTGCATGGCTCCCACTTT;SOR=0.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=87;TCR=15;TR=53;WE=13081097;WS=13081079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr19	13211843	rs117072928	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=0.549;SC=GGAGCCTCCTCGGTGGCCCAC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=20;WE=13211851;WS=13211833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr19	13218799	.	CTTTTTTTTTTTTT	C	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.612;QD=31.77;ReadPosRankSum=1.934;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr19	13220676	rs10414282	G	A	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=64;PP=1806;ReadPosRankSum=1.626;SC=GGTGGTTGGTGGGGAGGGAGG;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=217;TCF=88;TCR=129;TR=111;WE=13220684;WS=13220666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,113:0.52:219
chr19	13227354	rs2302159	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTGCGGCCTCGGTAAGCTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=13227362;WS=13227344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	13249244	rs8112067	A	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=732;ReadPosRankSum=1.085;SC=CCGCGGGGCCACACACTTCCC;SOR=0.334;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=41;WE=13249252;WS=13249234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr19	13255536	rs2304095	T	C	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=1971;ReadPosRankSum=1.150;SC=CACACCAGGGTGGCCGAGAGC;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=119;TCR=128;TR=141;WE=13255544;WS=13255526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,142:0.57:250
chr19	13260240	.	A	AAAAG	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	13317490	rs143342886	GTTA	G	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.978;NF=8;NR=9;PP=634;ReadPosRankSum=-0.399;SC=ATTGTTTATTGTTATTATTAT;SOR=0.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=17;WE=13317500;WS=13317480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr19	13318672	rs16054	CCTGCTG	C,CCTG	649.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=8,8;NR=2,2;PP=345,92;SC=CTGGCCACCGCCTGCTGCTGC;SOR=1.493;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10,10;WE=13318688;WS=13318662;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.56:18
chr19	13318982	rs148672975	AGGAGGG	A	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	13319693	rs16051	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-2.370;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr19	13319989	rs10413221	T	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=1265;SC=TTCCTGCAGCTGCTGCCTGGC;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	13320002	rs2304093	C	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=22;PP=1314;SC=TGCCTGGCCCCCTCTGTCCCC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	13322822	rs3217380	AG	A	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=636;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TGAGTCCGGCAGGGAGGGGAT;SOR=1.209;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=19;WE=13322830;WS=13322812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr19	13323124	rs16048	T	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=40;PP=1961;SC=TGTGTGTGTGTGGGGGGCCCA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=82;WE=13323132;WS=13323112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	13335432	rs3816027	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=897;ReadPosRankSum=0.373;SC=GGAGATCCCCGGTTCCACCCT;SOR=0.825;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=70;WE=13335440;WS=13335422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,74:0.42:177
chr19	13338180	rs143245670	AAAG	A,GAAG	4195.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.277;NF=20,33;NR=33,15;PP=2537,1634;ReadPosRankSum=1.581;SC=CACTAAAAAAAAAGAAGAAGA;SOR=0.574;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=53,48;WE=13338203;WS=13338170;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.40:126
chr19	13339417	rs36088930	GAGAT	G	126.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=1.276;SC=GAGAGAGAGAGAGATATATAT;SOR=0.293;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=13339432;WS=13339407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	13339419	.	GATAT	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=3;PP=174;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GAGAGAGAGAGATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=13339432;WS=13339407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	13341058	rs16041	G	A	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=84;PP=2057;ReadPosRankSum=0.971;SC=GAGAATGGGGGCAGAGACCGA;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=276;TCF=107;TCR=169;TR=144;WE=13341066;WS=13341048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,150:0.53:282
chr19	13355900	rs16039	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=4;PP=864;SC=AGCTATGGCTTCCGGGACACA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=13355908;WS=13355890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	13356150	rs16035	T	G	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=85;PP=2143;ReadPosRankSum=0.504;SC=GCTGGCCGGGTGCATGTTAGA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=80;TCR=138;TR=132;WE=13356158;WS=13356140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,138:0.61:225
chr19	13373477	rs16031	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=561;SC=TGAGCAGTGTACAACCTGCTC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=13373485;WS=13373467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	13387904	rs16030	A	G	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=123;PP=2965;SC=TCTCAAAGGTAAAGACGCCTG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=153;TCR=123;TR=276;WE=13387912;WS=13387894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	13409390	rs16025	C	T	4193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=90;PP=2855;ReadPosRankSum=0.543;SC=CCTTGTCCTCCCTCCGCGCGT;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=185;WE=13409398;WS=13409380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,191:0.54:351
chr19	13409472	rs16023	T	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=58;PP=1374;ReadPosRankSum=-1.646;SC=GCCCTCGCCCTCGCCCTCGCC;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=39;TCR=107;TR=78;WE=13409480;WS=13409462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr19	13409696	rs16022	C	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=0.731;SC=CGGCCTCGCCCTCCCAGAACC;SOR=0.630;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=34;WE=13409704;WS=13409686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr19	13410235	rs12985136	G	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=-1.668;SC=TGACCCAGGCGAACCAACCCA;SOR=0.463;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=34;WE=13410243;WS=13410225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr19	13411482	rs16018	G	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=58;PP=2007;SC=TAAAAGGCACGTGGAATCTTT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=13411490;WS=13411472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	13414594	rs16016	C	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TCCCAAAGAGCGTCAGTACAA;SOR=0.516;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=99;WE=13414602;WS=13414584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,107:0.47:227
chr19	13440985	rs3834988	C	CT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=0.997;SC=TGCAAGCCCTCTGCCCCCACC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=13440993;WS=13440975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	13443770	rs16008	T	C	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,119:0.44:273
chr19	13445144	rs2306348	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTTTGTACTCCGTGGCCTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=19;WE=13445152;WS=13445134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr19	13445208	rs2248069	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=570;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTGAGATCCACTCCATGTACC;SOR=0.998;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=42;WE=13445216;WS=13445198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr19	13445375	rs2306347	T	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	13445407	rs138143360	TTGTG	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	13616693	rs16003	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr19	13879622	rs346152	T	C	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=1.116;SC=CAACTTCTCATACGCCCCCTC;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=167;WE=13879630;WS=13879612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr19	13883099	rs1469071	A	G	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=98;PP=2423;ReadPosRankSum=2.652;SC=GATGTAACCAACTCAGCTCTC;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=142;TCR=201;TR=166;WE=13883107;WS=13883089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,178:0.49:366
chr19	13885215	rs346156	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=291;ReadPosRankSum=1.331;SC=TTTTTCCGCCCCGCTGTATCC;SOR=0.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=22;WE=13885223;WS=13885205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
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chr19	14049191	rs74933767	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TGGGGAGGACGGGCAGGCGGC;SOR=0.127;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=22;WE=14049199;WS=14049181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr19	14065534	rs1056142	A	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.658;SC=GGTCACAGCAACCTCTGAGCC;SOR=0.405;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=17;WE=14065542;WS=14065524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr19	14077247	rs373319604	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCAGCGGTGGCGCCTCACTGG;SOR=0.488;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=42;WE=14077255;WS=14077237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr19	14083659	.	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=0.413;SC=CCGCCGCCTCCGGTGCTGCCA;SOR=1.061;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=23;WE=14083667;WS=14083649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr19	14083761	rs2305780	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=0.259;SC=CCAGTGCTGGTGGAGCTGGCG;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=25;WE=14083769;WS=14083751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr19	14091543	rs146048336	T	TGCATCCTCTCTGGGGTGGGCTC	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.08;MQRankSum=10.051;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,32:0.18:176
chr19	14104251	rs12459114	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.488;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	14139004	rs1982632	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=613;SC=CGTTCAAAGCATCTCCGTCCA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=14139012;WS=14138994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	14141480	rs4263049	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=768;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGGGTGCAGCAGCAGCTGAGC;SOR=0.599;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=64;WE=14141488;WS=14141470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,70:0.39:180
chr19	14141666	rs78161395	G	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=731;ReadPosRankSum=0.562;SC=GGAACCCCTGGGGTTCTTCGG;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=46;WE=14141674;WS=14141656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,50:0.34:145
chr19	14142616	rs6511905	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ACCCAGAGCTCGAAGAGGAGC;SOR=0.197;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=16;WE=14142624;WS=14142606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr19	14143151	rs2306191	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=388;ReadPosRankSum=-1.749;SC=CAGGCGGAAGGGGGGGATTCG;SOR=2.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=20;WE=14143159;WS=14143141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr19	14156840	rs149367806	AAAAC	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.006;NF=9;NR=1;PP=415;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=0.269;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=14156851;WS=14156830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	14162347	rs10404921	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=-2.552;SC=GGGCAAGACTCTGTCTCAAAA;SOR=0.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=14;WE=14162355;WS=14162337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr19	14162676	rs2306190	A	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=48;PP=1924;SC=TGCCCTGACTACTCCTGTCTT;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=14162684;WS=14162666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	14184611	rs142911990	C	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.576;NF=41;NR=26;PP=801;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CGTGCGCGAGCGCGAGCAGGA;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=67;WE=14184619;WS=14184601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,69:0.31:220
chr19	14184713	rs35666756	C	CG	8416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.159;NF=31;NR=108;PP=2936;ReadPosRankSum=1.719;SC=GTAGCAACGCCGGGACCCCCA;SOR=0.885;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=33;TCR=119;TR=139;WE=14184721;WS=14184703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,252:0.99:254
chr19	14185226	rs7258963	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=952;SC=GGAAAGTTGGTGGTGATCTGG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=14185234;WS=14185216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	14194458	rs35357458	C	A	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=119;PP=2965;SC=AGCTGGCCTGCGAGGAGTGGG;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=213;WE=14194466;WS=14194448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	14200896	.	C	CG	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5001;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.51;NF=2;NR=0;PP=37;QD=29.0;SC=TGTGGCGGCGCCGGCGGGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=14200904;WS=14200886;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr19	14207964	.	G	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=2.144;SC=AAGCCCATGGGATTCTGGAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=14207972;WS=14207954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	14294288	rs61051191	GC	G	3384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.45;NF=30;NR=39;PP=1570;SC=CATTTTATCTGCCCCCCCCAG;SOR=1.282;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=69;WE=14294296;WS=14294278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr19	14499421	.	A	G	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;MMLQ=24;MQ=51.19;NF=2;NR=10;SC=CTCGCGCACGAGAAACTCAGC;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=12;WE=14499429;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr19	14507102	rs200115962	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.094;NF=26;NR=0;PP=465;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CCCTCAGCCCTGAAAGCTGCT;SOR=1.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=66;TCR=4;TR=26;WE=14507110;WS=14507092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr19	14507128	rs75902260	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=7.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-4.463;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,26:0.17:150
chr19	14507307	rs62122581	C	T	6666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.403;NF=106;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AGGAAGACGCCGTGAGGCTGG;SOR=0.909;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=550;TCF=238;TCR=312;TR=274;WE=14507315;WS=14507297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,302:0.52:579
chr19	14507342	rs62122582	G	T	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=20.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-14.171;QD=14.19;ReadPosRankSum=-3.458;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,119:0.41:292
chr19	14507345	rs62122583	C	G	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=35.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQRankSum=-14.479;QD=15.38;ReadPosRankSum=-3.044;SOR=2.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,103:0.38:268
chr19	14507373	.	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=30.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-11.069;QD=4.49;ReadPosRankSum=-4.985;SOR=4.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,29:0.23:126
chr19	14508223	rs10412108	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=61;PP=1797;SC=ACTGAGGGGGAAGGCTCAGGG;SOR=5.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=65;WE=14508231;WS=14508213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	14508385	rs10410071	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.874;NF=5;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CACTAATGCCGGGAGGAATGA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=14508393;WS=14508375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr19	14508964	rs7508244	T	C	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=86;PP=2327;SC=AAGGGCAGGATGCTGGGGGAC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=144;WE=14508972;WS=14508954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	14517594	rs74937637	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=998;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TACCCACTCTCCCTCCACCGA;SOR=1.086;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=257;TCF=113;TCR=144;TR=80;WE=14517602;WS=14517584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,84:0.31:273
chr19	14522434	rs55968966	GCCTTA	G	2307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.720;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,71:0.25:279
chr19	14551219	rs79985728	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=318;ReadPosRankSum=1.434;SC=CCCCGGGTACTTCTCAGTTTG;SOR=0.770;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=23;WE=14551227;WS=14551209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr19	14561722	rs8107892	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=23;PP=1190;SC=AGGAGAAATTAACAGAATCCA;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=14561730;WS=14561712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	14562977	rs12973696	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GAAGCCAAGGTGGACGGATCA;SOR=0.324;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=14562985;WS=14562967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr19	14574959	rs2230538	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=1.172;SC=CCAGCCCATCGAGCCTGGTGA;SOR=0.392;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=20;WE=14574967;WS=14574949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr19	14575010	rs34819734	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CCTGGGCAGCGTCAGGGGTCC;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=14575018;WS=14575000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	14578354	rs34422078	C	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=790;ReadPosRankSum=0.169;SC=TCCCCTTACTCTGGCCTCCTC;SOR=1.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=48;WE=14578362;WS=14578344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr19	14578674	rs2287700	C	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=785;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CACCCCTGCCCACTGTGGTTC;SOR=0.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=71;WE=14578682;WS=14578664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr19	14578813	rs10416904	T	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=556;ReadPosRankSum=1.155;SC=GGGGACCTCTTTCTTCTCTTT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=51;WE=14578821;WS=14578803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,53:0.28:188
chr19	14580328	rs2230539	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=0.738;SC=GCCCCGTGCCATGTGAGCCTG;SOR=0.290;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=41;WE=14580336;WS=14580318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr19	14580869	rs34241778	GC	G	2691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=46;PP=2139;SC=TATTCGGGGTGCCCCCCACCC;SOR=1.065;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=67;WE=14580877;WS=14580859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	14584317	rs3745459	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,25:0.22:116
chr19	14589378	rs1127307	C	T	8607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=157;PP=2965;SC=CCATGGTGGCCGCTATTGGGG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=154;TCR=157;TR=311;WE=14589386;WS=14589368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr19	14627050	rs4926222	G	A	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=57;PP=1836;SC=CCCAGAGGCCGTCTGCCATAG;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=14627058;WS=14627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	14629150	rs3962158	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr19	14655812	rs73002853	T	C	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ACTCCTTCCCTTCTCTGTTCC;SOR=0.372;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=60;WE=14655820;WS=14655802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,66:0.73:90
chr19	14655865	rs7252966	T	C	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1570;ReadPosRankSum=0.290;SC=GAGTTGTTTCTAAGCCTCTCA;SOR=0.362;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=94;WE=14655873;WS=14655855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,101:0.64:158
chr19	14674235	rs891089	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.124;SC=CGTGGCACTCCGCAGGAACGC;SOR=0.481;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=14674243;WS=14674225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	14675130	.	C	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=679;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CACCCCTAAGCCCCGCCTTTC;SOR=1.473;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=37;WE=14675138;WS=14675120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr19	14682804	rs9543	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chr19	14736288	rs34381727	C	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=26;PP=2448;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TAGAACAATTCAGATGTTTCA;SOR=1.042;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=85;TCR=26;TR=109;WE=14736296;WS=14736278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr19	14740824	rs77548886	A	AG	3461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=26;PP=2133;SC=TTAAGTTTAAATAACAAAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=14740832;WS=14740814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	14741065	rs62124014	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=697;SC=AACTAATAATGAGCATGAACA;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=14741073;WS=14741055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	14744032	rs732722	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=870;SC=TGGGAACATCGAAGGCACATA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=14744040;WS=14744022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	14744181	rs899217	T	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=962;SC=ACATAAAGTGTCTCTTTTCCT;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=14744189;WS=14744171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	14744311	rs62124017	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=77;SC=GAAGTCAGGAGCTTGAGACCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=14744319;WS=14744301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	14752325	rs8102646	C	T	6920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=86;PP=2965;SC=GCTGGTGTTCCGGATGGCTTT;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=145;TCR=87;TR=231;WE=14752333;WS=14752315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	14827076	.	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.033;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr19	14863150	rs62122600	G	A	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCTTGTGTCCGGTTTGATCAA;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=231;TCF=137;TCR=94;TR=83;WE=14863158;WS=14863140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,86:0.36:242
chr19	14875201	rs7253782	G	T	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=34;PP=2396;SC=GAAGGAGACAGAAAACATGCA;SOR=1.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=121;WE=14875209;WS=14875191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	14875388	rs35612307	G	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=59;PP=1649;SC=GTCCCCAGGGGCCTCCAGCAG;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=14875396;WS=14875378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	14877043	rs2074892	C	T	5551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.612;NF=113;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TCTGAGCTCTCGACCTTCACA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=529;TCF=233;TCR=296;TR=259;WE=14877051;WS=14877033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,268:0.49:545
chr19	14877630	rs6511971	T	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=0;PP=1118;SC=GTGTGGCGAGTCCTTCCTGGG;SOR=7.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=14877638;WS=14877625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	14877799	rs12976472	G	C	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.61;QD=38.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	14877806	rs12976475	G	A	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.73;QD=45.94;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	14877816	rs12985807	T	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.60;QD=55.37;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	14877820	rs12976493	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.81;QD=48.81;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	14877845	rs10420288	C	G	189.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=31.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	14877848	rs10418767	G	A	82.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=41.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	14877857	rs10418770	G	A	84.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=28.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	14877947	rs11672806	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.033;NF=1;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GAGGGTGAAGAATGCCCGTAG;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=14877955;WS=14877937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	14884946	rs2302090	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.142;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.05;MQRankSum=1.761;QD=29.32;ReadPosRankSum=1.024;SOR=4.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	14884965	rs28492070	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQRankSum=-2.429;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr19	14887596	rs2286362	A	G	6366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.073;SC=CGGCAGGAGCAGCAGGGGAAA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=576;TCF=240;TCR=336;TR=295;WE=14887604;WS=14887586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,303:0.51:596
chr19	14910438	rs10415312	C	T	9788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.99;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	14910438	.	CGG	TGA,TGG	2038	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=50,116;NR=63,132;PP=1768,2038;QD=16.1191847333;SC=ATTTCCATTTCGGTGCAGAAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=249;TCF=116;TCR=133;TR=113,248;WE=14910448;WS=14910428;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:249
chr19	14910440	rs62122646	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,129:0.49:264
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chr19	14952706	rs141373725	CAG	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.620;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
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chr19	14974930	rs10407452	G	A	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=58;PP=2064;ReadPosRankSum=1.195;SC=GCTGCAAAATGCATCACCATG;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=324;TCF=204;TCR=120;TR=152;WE=14974938;WS=14974920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,159:0.48:334
chr19	14975368	rs10415965	A	G	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.283;NF=47;NR=64;PP=1711;ReadPosRankSum=0.748;SC=GTGTGGAGGCAGGAGTCTGAG;SOR=0.477;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=204;TCF=79;TCR=125;TR=111;WE=14975376;WS=14975358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr19	14975471	rs11085912	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=767;ReadPosRankSum=-0.724;SC=ATTCTTGTTTCTCTGAAAATC;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=45;WE=14975479;WS=14975461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr19	14991133	rs139042522	TAGA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGAGAAAAAATAGAAGGAGCA;SOR=0.247;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=14991143;WS=14991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	14992042	rs10405136	A	G	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=89;PP=2965;SC=TGATGAGCAGATTCCCGAGCA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=164;WE=14992050;WS=14992032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	14992178	rs143236373	CTATT	C,CTATTTATT	769.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=18,18;PP=989,427;SC=CTTTTTTTTTCTATTTATTTA;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=18,18;WE=14992189;WS=14992168;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.25:20
chr19	15052983	rs3044711	T	TATC	9969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=105;PP=2957;SC=GTCCTAAGAGTATCTGCCAGA;SOR=1.263;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=29;TCR=121;TR=133;WE=15052991;WS=15052973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	15064065	rs10417793	A	G	123.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=111;SC=ATCCCCACCCACCCCGCCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=15064073;WS=15064055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	15064858	rs2269913	A	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	15065169	rs757465	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=352;SC=GGACTGAGGATGGGGCGTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=15065177;WS=15065159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	15072787	rs3827000	A	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=16;PP=1555;SC=TGGCTCCACCATCCCGTGGGC;SOR=2.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=15072795;WS=15072777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr19	15075266	rs3803927	T	C	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=138;PP=2965;SC=ACAACAATAGTGCAGCCAACA;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=99;TCR=138;TR=237;WE=15075274;WS=15075256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	15079078	rs73011399	T	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=35;PP=2070;SC=GTCTCCTTTTTCAAATGTGTA;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=15079086;WS=15079068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr19	15083693	rs3746295	C	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=53;PP=1574;SC=CGCTCTCCCGCAGGAACAGGC;SOR=3.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=64;WE=15083701;WS=15083683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	15121390	rs78628129	A	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1167;ReadPosRankSum=1.584;SC=AACGGCGAGAAGGATGCTAGA;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=208;TCF=88;TCR=120;TR=98;WE=15121398;WS=15121380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,103:0.48:215
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chr19	15124474	rs11085935	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=691;ReadPosRankSum=2.245;SC=ATTCTCTCCTCGTTTTCTAGG;SOR=1.239;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=44;WE=15124482;WS=15124464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
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chr19	15166162	rs3181163	T	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=1157;ReadPosRankSum=0.596;SC=GAACCTCTCCTCCAGGACCCA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=59;WE=15166170;WS=15166152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr19	15166997	rs11574685	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=547;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CTTCTGTTCCCAAGGCCAAAT;SOR=1.041;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=38;WE=15167005;WS=15166987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr19	15198263	rs8105277	A	G	13346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=220;PP=2965;SC=TTGTCCACCCACAGCGTTACT;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=475;TCF=255;TCR=220;TR=473;WE=15198271;WS=15198253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr19	15198292	rs8104843	C	G	14184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=293;NR=215;PP=2965;SC=ATGTGCTCCCCTGTCTGTGGG;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=509;TCF=293;TCR=216;TR=508;WE=15198300;WS=15198282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr19	15198507	rs8108721	T	C	10168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=182;PP=2965;SC=CACCAGCCCATTCTCCTGCAT;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=156;TCR=182;TR=338;WE=15198515;WS=15198497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	15198631	rs8105737	A	C	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=104;PP=2965;SC=TCACTGTCCTATGGGACCATC;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=194;WE=15198639;WS=15198621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	15198764	rs12975625	T	C	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=101;PP=2965;SC=GGAACAAGGATATGAAGGCAG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=195;WE=15198772;WS=15198754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	15223466	rs4808977	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=57;PP=1764;SC=TCAGTGTCTTAGGCTTGAAGC;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=15223474;WS=15223456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	15224225	rs8109071	G	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=2;PP=2908;SC=GCCTAGTTGCGTAAGCAACCA;SOR=6.994;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=101;TCR=2;TR=102;WE=15224233;WS=15224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	15224265	rs8109089	G	C	7467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=49;PP=2965;SC=AAACCTGAAAGGGTCGAAGGC;SOR=2.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=202;TCR=49;TR=251;WE=15224273;WS=15224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	15226611	rs2074261	C	A	12675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=204;PP=2965;SC=CCCCTGGTGACATCTCCCAGA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=432;TCF=226;TCR=206;TR=430;WE=15226619;WS=15226601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr19	15226970	rs2074262	G	A	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:633,202:0.24:835
chr19	15227030	rs2074263	G	A	34498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=658;NR=600;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CGAAGTCCCCGCCATCCACCA;SOR=0.385;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1260;TCF=659;TCR=601;TR=1258;WE=15227038;WS=15227015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1271:1.00:1272
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chr19	15271771	rs1044009	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,63:0.23:278
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chr19	15273248	rs4809029	A	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.972;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr19	15273381	rs4809030	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,57:0.24:239
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chr19	15276055	rs2074617	C	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=8.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.737;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,35:0.22:161
chr19	15276143	rs2074618	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=1.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.777;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,125:0.23:537
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chr19	15508362	rs2058322	G	C	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=TGTAGATTTGGTGGATGAGGC;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=108;TCR=66;TR=173;WE=15508370;WS=15508352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr19	15539439	rs887898	A	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=77;PP=2226;SC=TCCAAGACTCAGGCCGCAGAT;SOR=4.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=8;TCR=77;TR=85;WE=15539447;WS=15539429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	15549255	rs1005953	C	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=662;SC=AGGTGGCCTTCACTGTGGCTC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=15549263;WS=15549250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	15549939	rs929613	C	T	9643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:20,388:0.95:408
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chr19	15569596	rs34234014	A	AC	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=14;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.904;NF=0;NR=6;PP=428;ReadPosRankSum=0.654;SC=TGCCCCCCCCACCCCCCGCCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=15569604;WS=15569582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	15570931	rs3764566	G	A	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=7;PP=1690;ReadPosRankSum=1.041;SC=GGTGTTTGGTGTAGATTGGAA;SOR=1.791;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=99;TCF=89;TCR=10;TR=81;WE=15570939;WS=15570921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,82:0.81:101
chr19	15651539	rs201608860	GCC	G	7227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=29;PP=1601;SC=GTGAGGCTGGGCCCCCTGGAA;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=30;WE=15651548;WS=15651529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	15651548	rs372183725	AAT	A	7197.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.35;SOR=3.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	15651551	rs372614865	T	G	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	15651553	rs62113202	C	G	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.64;SOR=3.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	15651556	.	G	GAGC	6667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.63;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	15651560	rs62113205	C	G	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.60;SOR=3.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	15651562	rs139932061	CG	C	5497.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=29;PP=1198;SC=GCTGGCCTCCCGAGGGCTGGC;SOR=3.575;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=15651576;WS=15651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	15651564	rs60465772	A	T	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=3.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	15651568	rs55832992	C	A	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=3.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	15726487	rs4646523	G	T	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CCCCGTGGCTGCTCCTGCTGG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=178;TCR=102;TR=203;WE=15726495;WS=15726477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,212:0.73:290
chr19	15726589	rs11673150	C	A	11706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=2.401;SC=TCCCGCAGCCCCGGAAACAGA;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=717;TCF=382;TCR=335;TR=520;WE=15726597;WS=15726579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,534:0.72:744
chr19	15726721	rs148338083	A	AACTCACTCATTCCTCTGATC	1527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.20;MQRankSum=2.679;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr19	15728977	rs45597133	T	C	11453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GAGCTTGTGGTGGTGGGCACA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=622;TCF=354;TCR=268;TR=484;WE=15728985;WS=15728967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,488:0.78:628
chr19	15729056	rs714772	C	G	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=937;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:699,235:0.25:934
chr19	15730498	rs55848814	G	GC	14628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=151;PP=2965;SC=ACCGTCGCTTGTGACGCCTGC;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=82;TCR=163;TR=228;WE=15730510;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	15730502	rs61746468	C	T	5580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TCGCTTGTGACGCCTGCCTTC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=147;TR=193;WE=15730510;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,229:0.66:347
chr19	15730632	rs11668616	T	C	4877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TCACATACAATTGGGTCTGGA;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=94;TCR=168;TR=194;WE=15730640;WS=15730622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,205:0.75:275
chr19	15734326	.	TTTAGAGGTGATTGCATAGAAAGCTTCCTGGGAAGAACAAACAGGAGGTCGGAAGGAAGCATG	T	2281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.344;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=17.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.026;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,73:0.24:310
chr19	15739084	rs4239613	T	C	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=222;NR=78;PP=2965;SC=GTGTATGCTCTCTGGATAATT;SOR=2.256;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=301;TCF=223;TCR=78;TR=300;WE=15739104;WS=15739074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	15739274	rs2056820	C	T	14818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=308;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GAGGAGGGTCCTGGGCAGGGC;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=826;TCF=398;TCR=428;TR=596;WE=15739282;WS=15739264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,610:0.72:842
chr19	15739315	rs2056821	T	C	26016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=439;NR=481;PP=2965;SC=CGGACCTTGTTCTTACTGTCC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=921;TCF=440;TCR=481;TR=920;WE=15739323;WS=15739305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,936:1.00:936
chr19	15739446	rs11669673	G	T	9408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GGGCCTGGTCGGGGGAGGGGT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=478;TCF=229;TCR=249;TR=367;WE=15739454;WS=15739436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,370:0.77:481
chr19	15739597	rs2056822	A	C	19863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=341;NR=404;PP=2965;ReadPosRankSum=1.513;SC=GCTTCGACCCAGAAAACGCCC;SOR=0.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=749;TCF=341;TCR=408;TR=745;WE=15739605;WS=15739587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,756:1.00:757
chr19	15739992	rs2239366	T	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=20;PP=2204;SC=ACCTTCCACCTTGGCCCCCAG;SOR=2.471;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=98;WE=15740000;WS=15739987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	15740220	rs4239614	C	T	11933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=263;PP=2965;SC=TTTGCACCAACTACCTTTTCA;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=152;TCR=263;TR=415;WE=15740228;WS=15740210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	15740268	rs2239367	C	G	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=2.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	15740275	rs2283605	G	A	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=3.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	15754893	rs2203998	A	G	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1057;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:789,264:0.25:1053
chr19	15754951	rs28371533	T	C	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,134:0.23:572
chr19	15754975	rs2203999	C	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,87:0.23:371
chr19	15757927	rs1290626	T	C	14906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=247;NR=276;PP=2965;SC=TGAGTATCTGTAGGTGAACAG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=523;TCF=247;TCR=276;TR=523;WE=15757935;WS=15757917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr19	15760053	rs1053037	G	A	10910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.617;NF=250;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=2.261;SC=TGGACAGTCTGCAGAAATGTG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=632;TCF=344;TCR=288;TR=457;WE=15760061;WS=15760043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,470:0.72:651
chr19	15763577	rs2733750	A	C	6896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.937;NF=134;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=2.090;SC=AGGTTGCTGTACACCCTCGGG;SOR=0.526;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=354;TCF=167;TCR=187;TR=277;WE=15763585;WS=15763567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,286:0.78:366
chr19	15763691	rs1805041	G	A	4888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.465;NF=90;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=3.212;SC=CAAAGCACCCGGAATACCAGG;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=111;TCR=110;TR=182;WE=15763699;WS=15763681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,189:0.82:230
chr19	15763721	rs1805042	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=3.462;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,44:0.16:280
chr19	15763775	rs4646511	G	A	5375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.463;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.900;NF=94;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.352;SC=GAGTGCAGGTGCTGGTGCCCT;SOR=1.020;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=284;TCF=125;TCR=159;TR=225;WE=15763783;WS=15763765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,232:0.79:294
chr19	15763798	rs2683039	G	C	4849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TCCTGAGCCTGTCTCATTGGC;SOR=1.045;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=253;TCF=107;TCR=146;TR=195;WE=15763806;WS=15763788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,205:0.77:266
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chr19	15769664	rs7247021	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,47:0.20:231
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chr19	15769965	rs2176919	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.847;NF=3;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AGGCCAGGTTACCGGCTTGAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=15769973;WS=15769964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	15769992	rs2460817	A	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.58;QD=26.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr19	15770027	rs55876862	A	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=28.36;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	15784061	rs7254013	C	A	10496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=214;NR=158;PP=2965;SC=TTCCTGGTAACTGGACTCCTA;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=373;TCF=215;TCR=158;TR=372;WE=15784069;WS=15784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr19	15784116	rs7253210	G	A	11988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=204;NR=232;PP=2965;SC=GACTCTAATCGGCCCATCTCT;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=437;TCF=205;TCR=232;TR=436;WE=15784124;WS=15784106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr19	15784167	rs7254627	A	G	8732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=181;PP=2965;SC=GAGGCCACTTAGTTGTTGGTT;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=122;TCR=181;TR=302;WE=15784175;WS=15784157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr19	15784195	rs10414690	G	C	9441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=1.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	15784200	rs55794585	C	T	9122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	15784214	rs56398124	C	T	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=104;PP=2965;SC=TCTCAGCCCTCGTTTACTCAC;SOR=1.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=153;WE=15784222;WS=15784185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	15784285	rs56205003	C	T	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=36;PP=2137;SC=ACACTGTCCCCGGAGCTCTTC;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=15784293;WS=15784275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	15784319	rs56124328	G	T	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=26;PP=2665;SC=TCCTCACCCTGCATCCCCTCT;SOR=2.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=105;WE=15784327;WS=15784309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	15784377	rs16995376	C	T	6572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,255:0.79:324
chr19	15784386	rs16995378	C	T	15050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.49;SOR=1.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	15784617	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=59.26;NF=55;NR=187;PP=2965;QD=20;SC=TCAGTGAGCTAGGTATTGATG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=55;TCR=187;TR=242;WE=15784625;WS=15784607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	15784660	.	A	G	2489	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=28;MQ=57.93;NF=7;NR=86;PP=2489;QD=27.1373248661;SC=GAGAAGCAAGAGAGATGGCTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=7;TCR=86;TR=93;WE=15784668;WS=15784650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	15789034	rs28416595	C	A	13779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=286;NR=200;PP=2965;SC=CTAAAATTAACCATCACAGGA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=486;TCF=286;TCR=200;TR=486;WE=15789042;WS=15789024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr19	15789098	rs609636	A	G	14922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=283;PP=2965;SC=GGGCTTGAAGAACTCGACCCA;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=540;TCF=256;TCR=284;TR=538;WE=15789112;WS=15789088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr19	15789140	rs609290	A	G	11325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=243;PP=2965;SC=GGGCTTTACGATATGGCTGGG;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=164;TCR=243;TR=407;WE=15789148;WS=15789130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr19	15791180	rs8100667	C	T	16070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.235;NF=212;NR=351;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CTCTTGCCCACTGTCCTTGGC;SOR=1.099;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=566;TCF=213;TCR=353;TR=563;WE=15791188;WS=15791170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,575:1.00:576
chr19	15793062	rs7253816	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQRankSum=5.287;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr19	15793068	rs7254785	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQRankSum=4.716;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr19	15793069	rs10415700	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.599;NF=35;NR=3;PP=2640;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TCTGGTCCTCGCTGGCAATGG;SOR=1.746;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=38;WE=15793077;WS=15793052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr19	15793235	rs2285888	T	C	8835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.713;NF=198;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.977;SC=GGGCAGCAGTTGTCTGGACAT;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=569;TCF=283;TCR=286;TR=403;WE=15793243;WS=15793225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,394:0.70:561
chr19	15795842	rs2018030	C	T	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=2572;ReadPosRankSum=-0.785;SC=GTCCACCCTCCGGTGCTGAAG;SOR=0.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=138;WE=15795850;WS=15795832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr19	15806703	rs695149	A	C	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.752;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AGAGTTGTGTATTTGTTCCCT;SOR=0.341;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=218;TCF=166;TCR=52;TR=168;WE=15806711;WS=15806693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,179:0.79:227
chr19	15807062	rs687774	C	T	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TCACCACCACCACCCCCATCC;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=69;TCR=94;TR=114;WE=15807070;WS=15807052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,119:0.71:167
chr19	15807157	rs688231	A	G	8489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.330;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.278;SC=ACATCACCTCACCCCAAAACA;SOR=1.064;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=277;TCF=160;TCR=117;TR=203;WE=15807165;WS=15807147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,212:0.73:290
chr19	15807175	rs688256	G	C	9073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ACACACACAAGTGTCTCTCCA;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=300;TCF=172;TCR=128;TR=224;WE=15807183;WS=15807165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,238:0.75:318
chr19	15807212	rs596252	T	G	5434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GAAATCCCACTGGCAAACCTT;SOR=0.614;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=299;TCF=156;TCR=143;TR=227;WE=15807220;WS=15807202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,244:0.76:320
chr19	15807305	rs688755	T	C	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=76;PP=2149;ReadPosRankSum=1.602;SC=CTTTTATTCCTTTCTCCGCAG;SOR=1.206;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=105;WE=15807313;WS=15807295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,106:0.81:131
chr19	15807830	rs593421	T	C	8318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GAAGCTGGAATTGATCATGCG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=287;TCR=219;TR=362;WE=15807838;WS=15807820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,361:0.72:503
chr19	15807884	rs593818	A	G	9775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=0.899;SC=CCTGAATGTAAGCTTGCAGTG;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=586;TCF=261;TCR=325;TR=420;WE=15807892;WS=15807874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,422:0.72:587
chr19	15807984	rs594255	G	A	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=70;PP=1768;ReadPosRankSum=0.592;SC=ACAGCCTGCAGGGGGCTCTTG;SOR=0.680;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=16;TCR=94;TR=83;WE=15807992;WS=15807974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr19	15838746	rs11672695	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=7.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.889;SOR=2.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr19	15838753	rs34728106	AG	A	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.948;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.013;SOR=1.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,29:0.21:137
chr19	15838967	rs2285955	G	A	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-1.070;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:477,183:0.28:660
chr19	15838972	rs4569397	T	A	11730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.536;NF=226;NR=247;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.455;SC=TTCACGCTGCTGGGCAACCTG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=641;TCF=306;TCR=335;TR=473;WE=15838980;WS=15838957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,472:0.73:646
chr19	15839081	rs2067083	C	T	10516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.651;NF=197;NR=258;PP=2962;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACACCGTGGCCATCATCCCGC;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=632;TCF=276;TCR=356;TR=455;WE=15839089;WS=15839071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,451:0.73:615
chr19	15839174	rs2285956	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.09;MQRankSum=-2.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=2.168;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,53:0.25:216
chr19	15839910	rs10426009	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=3.122;SC=AAAGATTTCTGTATATGACAA;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=25;WE=15839918;WS=15839900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr19	15852223	rs1966357	A	C	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AGAACTACAGAACCATATCTG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=179;TCR=59;TR=236;WE=15852231;WS=15852213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr19	15852363	rs11670007	G	A	13727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.220;NF=289;NR=302;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TGGATTGAACGCAGACTCCAC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=807;TCF=396;TCR=411;TR=591;WE=15852371;WS=15852353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,600:0.73:823
chr19	15852544	rs11670326	C	T	9332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CTCACTCCTTCCTTCTCATGG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=499;TCF=283;TCR=216;TR=377;WE=15852552;WS=15852534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,391:0.76:512
chr19	15852872	rs2240228	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.572;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,134:0.24:549
chr19	15853150	rs16980824	C	T	4650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTCTAAGCTCCTAATGGCCAG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=195;WE=15853158;WS=15853140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,202:0.72:280
chr19	15881751	rs8112713	A	C	14369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=318;NR=170;PP=2965;SC=CATTTGACATAAAGCTCCATT;SOR=1.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=488;TCF=318;TCR=170;TR=488;WE=15881759;WS=15881741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr19	15881953	rs4807986	A	G	14339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=264;PP=2965;SC=CGGAAGCGCCACCCGTCATGG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=501;TCF=236;TCR=265;TR=500;WE=15881961;WS=15881943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr19	15884810	rs10421246	A	T	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=84;PP=2965;SC=ATTCCAGACCAGATCTGTCCA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=153;TCR=84;TR=237;WE=15884818;WS=15884800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	15890388	rs7259595	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=5;PP=1215;SC=GAGTGAGTGAATGAGCCGCCT;SOR=3.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=46;WE=15890396;WS=15890383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr19	15890625	rs11673423	C	G	13843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=285;PP=2965;SC=GCCAGGAAGCCGGCCAGGAGC;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=496;TCF=210;TCR=286;TR=495;WE=15890633;WS=15890615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
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chr19	15890777	rs55926517	G	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.31;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	15890800	rs56180406	A	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=695;SC=CAGTGGAGAGAAGCAGGGAAG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=15890808;WS=15890790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	15905661	rs67455341	C	A	9488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.558;NF=192;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GGTCCCCAGTCTCCGGAAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=598;TCF=283;TCR=315;TR=407;WE=15905669;WS=15905651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,408:0.69:593
chr19	15905763	.	TGAA	T	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=634;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-1.109;QD=2.11;ReadPosRankSum=-2.388;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,71:0.12:605
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chr19	15918380	rs28426969	C	T	8727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.005;NF=153;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.286;SC=TCACCACCATCCCCATGACCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=511;TCF=220;TCR=291;TR=354;WE=15918388;WS=15918370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,358:0.69:519
chr19	15918455	rs61739573	G	A	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.102;NF=53;NR=61;PP=1593;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GCACGTTGTAGCGCAGGGGGT;SOR=0.459;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=354;TCF=149;TCR=205;TR=114;WE=15918463;WS=15918445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,112:0.34:325
chr19	15918647	rs4081570	G	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=8.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=104.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.642;NF=72;NR=10;PP=1509;ReadPosRankSum=-2.993;SC=TCTCGGAGACGGAGAGGGCGC;SOR=5.640;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=282;TCF=180;TCR=102;TR=82;WE=15918655;WS=15918637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,57:0.22:258
chr19	15932941	rs3761012	A	G	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=104;PP=2965;SC=GTTTGCGTCCAAGGCGATCTC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=193;WE=15932949;WS=15932931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	15933059	rs3761013	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.880;NF=25;NR=40;PP=1029;ReadPosRankSum=0.411;SC=ATGACCTGGAATCTGGCTGAA;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=65;WE=15933067;WS=15933049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr19	15933155	rs367984219	A	AT	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=29.72;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	15934599	rs2285881	C	G	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2813;ReadPosRankSum=2.210;SC=AAGCCACATCCTCAAAGGCTG;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=274;TCF=149;TCR=125;TR=181;WE=15934607;WS=15934589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,188:0.66:286
chr19	15934656	rs10411865	A	G	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=145;PP=2965;SC=TGAGACTGACAGCCCTGGGTA;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=124;TCR=145;TR=269;WE=15934664;WS=15934646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	15989696	rs3952537	G	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=34.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-8.493;QD=0.18;ReadPosRankSum=-4.042;SOR=2.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,30:0.11:262
chr19	15989730	rs4020346	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=15.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-9.738;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,52:0.21:249
chr19	15989811	rs201777106	T	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.947;NF=14;NR=33;PP=673;ReadPosRankSum=1.461;SC=ATCAAGCCGGTAACCTGGCCT;SOR=0.302;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=47;WE=15989819;WS=15989801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr19	15989857	rs376410257	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.862;NF=2;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=-1.289;SC=GTTTGAGGAATAGAGAAGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=17;WE=15989879;WS=15989847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr19	15990048	rs3093198	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,36:0.28:130
chr19	15990431	rs2108622	C	T	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.620;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,140:0.28:509
chr19	15996907	rs3093160	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.133;NF=31;NR=24;PP=651;ReadPosRankSum=-1.671;SC=GCTGCTTCAGCACCCGAAGGT;SOR=0.923;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=55;WE=15996915;WS=15996897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,57:0.30:187
chr19	16006178	rs8109064	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,31:0.23:136
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chr19	16008099	rs2074902	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chr19	16008257	rs3093106	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,174:0.28:626
chr19	16008388	rs3093105	A	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-6.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=579;ReadPosRankSum=0.123;SC=GCCACTGGCCAGAGGCCCAGC;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=31;TCR=143;TR=55;WE=16008396;WS=16008378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,57:0.32:178
chr19	16008434	rs3093103	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TGCAGGGCAGACGGGATGGAC;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=23;WE=16008442;WS=16008424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr19	16008469	rs3093100	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=85;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCCCAGAGAACGGCCCAGGGA;SOR=0.243;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=11;WE=16008477;WS=16008459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
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chr19	16024538	rs1060467	A	G	6657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,301:0.66:453
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chr19	16033379	rs4808409	G	T	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=107;PP=2661;ReadPosRankSum=1.730;SC=GATGTCTCTTGGTCACCACCA;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=32;TCR=141;TR=132;WE=16033387;WS=16033369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,137:0.77:178
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chr19	16035517	rs3746156	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=968;ReadPosRankSum=-2.253;SC=TCCTTTTCCAGCCTACTCCCT;SOR=0.261;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=41;WE=16035525;WS=16035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr19	16038334	rs2219358	G	A	4072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GGAGAGGGGTGAGAGAAGGAC;SOR=0.549;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=246;TCF=75;TCR=171;TR=165;WE=16038342;WS=16038323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,168:0.67:250
chr19	16038390	rs2305803	G	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=44;PP=1075;ReadPosRankSum=0.595;SC=GCACTTCCACGCATCCCACCC;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=51;WE=16038398;WS=16038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr19	16040292	rs3765070	A	G	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=2226;ReadPosRankSum=0.340;SC=TAGGCCGGATAATGTCAGGGT;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=97;TCR=66;TR=121;WE=16040300;WS=16040282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,125:0.74:169
chr19	16040473	rs4808414	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=1073;ReadPosRankSum=-1.954;SC=CCTGAATTAATCATGAATTCC;SOR=1.301;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=65;WE=16040481;WS=16040463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr19	16045141	rs2305801	T	C	12399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=173;NR=277;PP=2965;SC=GCCAGGAGCCTCCAACCAGCA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=174;TCR=278;TR=450;WE=16045149;WS=16045130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr19	16045294	rs2305800	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGACAGTGGAAAGGGGCAAGG;SOR=0.147;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=7;WE=16045302;WS=16045284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr19	16060021	rs16980821	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:555,198:0.26:753
chr19	16060117	rs16980994	C	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=2.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,113:0.25:455
chr19	16060248	rs16980822	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=71;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GACTGTGCCCATCTTGTGGCC;SOR=0.626;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=464;TCF=215;TCR=249;TR=139;WE=16060256;WS=16060238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,141:0.30:475
chr19	16060658	rs11880184	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=11.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.445;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.046;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,13:0.15:89
chr19	16060827	rs1594685	T	G	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=100;PP=2965;SC=CTGTTGTAAGTGTTCAGGTAT;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=73;TCR=100;TR=173;WE=16060835;WS=16060817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	16130594	rs11669662	G	C	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	16130604	rs7250074	T	C	8443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.22;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	16131679	rs757545	T	C	15240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=367;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATGTTGGGACTCCACCAACGC;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=586;TCF=216;TCR=370;TR=581;WE=16131687;WS=16131668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,566:0.99:571
chr19	16136405	rs4808423	C	T	8950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.725;SC=GCCCTGAAACCCGGCCCTGCC;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=198;TCR=120;TR=317;WE=16136413;WS=16136395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr19	16136528	rs140634016	G	GCAGCACCTGGC	11642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=88;PP=2986;SC=GGCAGCCGGGGCAGCACCTGG;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=42;TCR=171;TR=110;WE=16136536;WS=16136518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	16136923	rs757546	T	C	12034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=246;PP=2965;SC=AGCACTCATCTGGGGTTGGCA;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=186;TCR=247;TR=432;WE=16136931;WS=16136913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr19	16137025	rs757547	C	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=78;PP=2357;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AAACCCAGCCCAGCAAGCAGC;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=101;WE=16137033;WS=16137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr19	16137052	rs757548	A	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=54;PP=1665;SC=CCGGGCCCCCAAGCCCGCCAG;SOR=3.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=64;WE=16137060;WS=16137042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	16146400	rs17683335	A	G	11685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=1.741;SC=GTGCATGGAGATGGAGTCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=709;TCF=371;TCR=338;TR=502;WE=16146408;WS=16146390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,517:0.71:724
chr19	16178587	rs4808031	A	C	9274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=184;PP=2965;SC=GGCTGCTGGGAGTCCTCTCTG;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=150;TCR=184;TR=334;WE=16178595;WS=16178577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr19	16186815	rs10633690	C	CCA	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
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chr19	16232508	rs55692650	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=2.078;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,58:0.25:233
chr19	16238279	rs1043308	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,138:0.28:492
chr19	16242887	rs200560717	T	TTTGG	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.361;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,14:0.16:90
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chr19	16254694	rs2446366	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=84;PP=2681;SC=GGGATTTTCTAGGGGCATGGG;SOR=1.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=126;WE=16254702;WS=16254684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	16259383	rs6512085	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CATGTGAGCCGTCACACCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=8;WE=16259391;WS=16259373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	16259460	rs285290	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=371;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GGAGGCACCACAAGCTTCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=34;WE=16259468;WS=16259450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,34:0.27:128
chr19	16259623	rs8103852	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,89:0.26:336
chr19	16265241	rs36088948	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr19	16265494	rs111524	G	A	553.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CTTTCTGCCTGTCACCTACCC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=16265502;WS=16265484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	16268207	rs5827321	TA	T	25840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=400;PP=2975;SC=CGGCAGCAGCTAAAAAAGCCA;SOR=0.870;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=656;TCF=206;TCR=450;TR=588;WE=16268215;WS=16268197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,880:1.00:880
chr19	16268664	rs7250494	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr19	16268666	rs7254242	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr19	16275515	rs6512086	A	G	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GTGGGCGGTGACGGAGAGCAT;SOR=1.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=212;TCR=84;TR=291;WE=16275523;WS=16275505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr19	16275655	rs6512087	C	T	19487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=359;NR=408;PP=2965;ReadPosRankSum=1.828;SC=GGCACTCAGCCCCCCCCGCGT;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=776;TCF=362;TCR=414;TR=767;WE=16275663;WS=16275643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,749:0.99:754
chr19	16275772	rs4808461	A	G	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=137;PP=2965;SC=CAGGAGGGCTAGGCCGGCTGT;SOR=2.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=36;TCR=138;TR=173;WE=16275780;WS=16275762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	16280634	rs2003419	A	G	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=728;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCGGT;SOR=0.470;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=44;WE=16280642;WS=16280624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr19	16280667	rs285282	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CTGGAGTGCAGTGGCACAATC;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=16;WE=16280675;WS=16280657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr19	16283852	.	TACACAC	T	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	16301312	rs206231	A	G	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=100;PP=2965;SC=ACTCACCTCCATGTCTCTTCT;SOR=0.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=135;TCR=100;TR=235;WE=16301320;WS=16301302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	16301544	rs2242143	G	C	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=70;PP=2965;SC=GGGAGCCCAGGGTTCAGGAGT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=148;TCR=72;TR=217;WE=16301552;WS=16301534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	16320075	rs2290802	C	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=81;PP=2383;SC=GGCAAAGCCCCGAGAGCCGTT;SOR=2.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=99;WE=16320083;WS=16320065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	16321047	rs7258138	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=330;SC=TTTATATTTATTTTCTGTTCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=16321055;WS=16321045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	16337423	rs2305939	T	C	7908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=174;PP=2965;SC=CATTACAGCCTAGGGCAGGGT;SOR=1.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=89;TCR=176;TR=263;WE=16337431;WS=16337413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	16338532	rs2124904	G	A	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=154;PP=2965;SC=CTGGGCTGTCGGCAGACTCCT;SOR=1.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=81;TCR=155;TR=234;WE=16338540;WS=16338522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	16339030	rs62116347	C	T	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,190:0.27:693
chr19	16339069	rs2305937	G	A	10731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=278;PP=2965;SC=TCTCTGGCCCGTCCCAGGAGC;SOR=2.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=85;TCR=278;TR=363;WE=16339077;WS=16339059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr19	16339715	rs3752797	C	T	30121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=476;NR=631;PP=2965;ReadPosRankSum=0.382;SC=ACAGCGAGATCGTGTGGTCCA;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1109;TCF=477;TCR=632;TR=1107;WE=16339723;WS=16339705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1123:1.00:1125
chr19	16344528	rs2279060	C	G	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=119;PP=2965;SC=CAGTCAGCTGCAATCAGGACC;SOR=2.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=34;TCR=119;TR=153;WE=16344536;WS=16344518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	16345099	rs897774	T	C	8861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=131;PP=2965;SC=AGTGAGGCCCTACCCGTGGGG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=176;TCR=131;TR=307;WE=16345114;WS=16345089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	16435717	rs8106384	T	C	10779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=196;NR=201;PP=2965;SC=CCGCGTCCTTTCTCCCCGGGT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=196;TCR=203;TR=397;WE=16435725;WS=16435707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr19	16436262	rs3745318	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=4.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,42:0.24:176
chr19	16515380	rs41278192	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=9;PP=1242;ReadPosRankSum=1.312;SC=GCGCTGCCCCGGAGGTGGCCG;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=100;TCR=15;TR=67;WE=16515388;WS=16515370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr19	16539347	rs71178694	G	GAAGA	3270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.51;QD=45.43;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	16547929	rs62118102	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=12.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.771;SOR=2.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr19	16582785	rs7252649	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=16;PP=539;SC=TCCGAGCGCCGGGGGAACGGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=16582793;WS=16582775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	16591464	rs9305079	G	A	9148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=178;PP=2965;SC=AATTATCTGCGTACTCTTCAT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=153;TCR=178;TR=331;WE=16591472;WS=16591454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	16593189	rs138347151	CAACAA	C	4072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=2698;SC=GACCCTGTCTCAACAAAACAA;SOR=3.232;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=46;WE=16593211;WS=16593179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	16593203	rs75847259	A	G	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;QD=39.71;SOR=2.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	16593415	rs8100755	G	A	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.058;SC=AACCATATGGGGTGGTCTCAA;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=93;TCR=149;TR=241;WE=16593423;WS=16593405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr19	16594967	rs10413787	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=793;SC=TTAAATCCTCAATTTCTTTTT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=29;WE=16594987;WS=16594957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	16594979	rs7252242	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.37;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	16601154	rs3810196	T	C	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=38;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CTAGAAGTGGTTGTGTTGCAC;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=132;TCR=39;TR=169;WE=16601162;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr19	16601194	rs3810198	C	T	9584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=126;PP=2965;SC=TAATATAGTACTGCGATTTTC;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=212;TCR=128;TR=338;WE=16601202;WS=16601184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	16606742	rs3810199	G	C	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=133;PP=2965;SC=GGGGACCCTCGAGGATTCGAG;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=73;TCR=133;TR=206;WE=16606750;WS=16606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	16606766	rs3810200	G	C	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=102;PP=2965;SC=TCGCTGCCGTGGACCCCGTGG;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=165;WE=16606774;WS=16606756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	16611527	rs62118143	T	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=454;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TGTGAGCTTTTGCCAAGTAGG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=22;WE=16611535;WS=16611517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr19	16611962	.	C	T	10844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GAATCTGACTCAATGACCGCC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=209;TCR=174;TR=271;WE=16611970;WS=16611952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,279:0.72:389
chr19	16611978	rs728116	T	C	11705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CCGCCGATGCTGGTCTTCCAA;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=427;TCF=260;TCR=167;TR=309;WE=16611986;WS=16611968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,314:0.73:430
chr19	16612011	rs728117	T	C	8845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GAATCCTCTCTGGGGGTGCAC;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=511;TCF=294;TCR=217;TR=379;WE=16612019;WS=16612001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,387:0.75:515
chr19	16612365	rs7251978	G	A	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.98;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr19	16612368	rs11397471	A	AT	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	16613797	rs61130725	CA	C	813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.99;MQRankSum=1.839;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr19	16617646	rs28716321	T	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr19	16620302	rs45510495	C	T	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=45;PP=1774;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGCCATTCTTCATTTTAGGAG;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=115;WE=16620310;WS=16620292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,124:0.65:192
chr19	16631322	rs2303119	T	C	5435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.949;SC=GGGTCCGCTGTGGGGAGAGGC;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=326;TCF=121;TCR=205;TR=230;WE=16631330;WS=16631312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,245:0.71:344
chr19	16631776	rs8111801	G	C	9961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=0.723;SC=CCACAAGGAAGTCGTGAAAAA;SOR=0.904;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=589;TCF=261;TCR=328;TR=410;WE=16631784;WS=16631766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,424:0.70:604
chr19	16633950	rs1043481	T	C	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=94;PP=2810;SC=TGATGTGGGGTGGGCCCTGTC;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=149;WE=16633958;WS=16633940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr19	16665857	rs731617	C	T	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=17;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TGGCAAAGCTCTGACATACAA;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=73;WE=16665865;WS=16665847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,76:0.80:95
chr19	16666101	rs2287869	G	C	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,173:0.27:633
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chr19	16682261	rs62116871	G	A	8704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CACGTCACCAGTTGGCAACAG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=509;TCF=277;TCR=232;TR=363;WE=16682273;WS=16682251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,375:0.72:523
chr19	16791309	rs199622743	G	A	4621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=108;PP=2944;ReadPosRankSum=0.388;SC=GTGCGAGTCCGCAAGATCGCG;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=128;TCR=154;TR=199;WE=16791317;WS=16791299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,204:0.71:289
chr19	16797240	rs2249827	A	G	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=TTCTTGCAGCATTCTTGCCTT;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=186;WE=16797248;WS=16797230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	16798927	rs2547112	T	C	19863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=420;NR=301;PP=2965;SC=CTGTCTCTCTTGCTGTCTCCC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=721;TCF=420;TCR=301;TR=721;WE=16798935;WS=16798917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,739:1.00:739
chr19	16842052	rs8107776	G	T	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=125;PP=2965;SC=ACCCTGAAGTGCCAGACCTTC;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=220;WE=16842060;WS=16842042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	16847476	rs117353506	T	C	10752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=1.456;SC=ATTCGGAACATTGAAGCCACT;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=659;TCF=329;TCR=330;TR=448;WE=16847484;WS=16847458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,463:0.68:681
chr19	16855265	rs812847	A	G	14004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=285;NR=219;PP=2965;SC=CCCCTGTCTGATTCCCTCGCG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=506;TCF=286;TCR=220;TR=504;WE=16855273;WS=16855255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr19	16855990	rs7247028	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=-1.984;SC=GCGAAAGGGGAAATTCCTTAT;SOR=0.370;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=30;WE=16855998;WS=16855980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,31:0.26:117
chr19	16856015	rs3848654	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=189;ReadPosRankSum=1.103;SC=CCATCAGATCTTGTGAGACTT;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=21;WE=16856023;WS=16856005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr19	16860105	rs706764	G	A	21688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=361;NR=415;PP=2965;SC=CTGCCTGGACGCTGATGCCCA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=777;TCF=362;TCR=415;TR=776;WE=16860113;WS=16860095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,792:1.00:792
chr19	16872940	rs773852	G	A	5483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.425;SC=CACTGAACTTGGACCGAAAGG;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=343;TCF=123;TCR=220;TR=231;WE=16872948;WS=16872930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,233:0.68:342
chr19	16876099	rs4808526	T	C	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=102;PP=2965;SC=TTTTCATCAATTCTCATACCT;SOR=1.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=54;TCR=102;TR=156;WE=16876107;WS=16876089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	16899838	rs2608737	A	T	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=18;PP=1928;SC=ACCCTCGCCAACTCTGCTTCA;SOR=2.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=84;WE=16899846;WS=16899828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	16905474	rs2431802	G	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=678;SC=GGTTAGCAACGTTTTCTGCCA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=16905482;WS=16905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	16923494	rs773894	C	G	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,105:0.67:156
chr19	16926067	rs11671361	A	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=-2.263;SC=GCTCCCCAGGACTTGGAGTCA;SOR=0.652;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=59;WE=16926075;WS=16926057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,67:0.33:204
chr19	16957638	rs2241377	A	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=602;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AAGATCCACAAGTGTGCAGAC;SOR=2.712;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=31;WE=16957646;WS=16957629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr19	16976286	rs773911	A	G	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=91;PP=2965;SC=AGAAGAAGCTATCTCGGATGG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=211;WE=16976294;WS=16976276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	16988456	rs2303090	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CAGAGGTAAGAGGCCCTGAGA;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=77;WE=16988464;WS=16988446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
chr19	16988476	rs2258663	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=870;ReadPosRankSum=-1.836;SC=ATGCATGCTCTGTTCCTTCCT;SOR=1.272;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=59;WE=16988484;WS=16988466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr19	17003789	rs773901	T	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=54;PP=1410;ReadPosRankSum=0.706;SC=ACGTGTATTCTTGTCAATATC;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=414;TCF=240;TCR=174;TR=124;WE=17003797;WS=17003766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,127:0.30:426
chr19	17004049	rs1054533	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=639;ReadPosRankSum=1.227;SC=ACTATGTCTCTGAGGGGCCGG;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=208;TCF=83;TCR=125;TR=62;WE=17004057;WS=17004039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,64:0.30:210
chr19	17006697	rs2227366	C	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr19	17006700	rs2981473	G	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr19	17006738	rs60471698	A	ACGCGCG	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=552;ReadPosRankSum=0.489;SC=ACACACACACACGCGCGCGTG;SOR=0.418;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=17;WE=17006746;WS=17006726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr19	17006787	rs2227367	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=0.065;SC=TGTTGCGTGGGCCAGGGTGGA;SOR=0.475;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=38;WE=17006795;WS=17006777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr19	17008578	rs2608732	G	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=5.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,61:0.27:229
chr19	17011860	rs60122837	G	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr19	17011950	rs77345177	A	AC	15010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=134;PP=2936;SC=AGCCAGCCTGACCTGGGTGCC;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=88;TCR=144;TR=214;WE=17011958;WS=17011940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr19	17015428	rs773863	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr19	17025292	rs706761	G	A	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=1933;ReadPosRankSum=0.422;SC=CAGCGGGACAGTGCCGTGGAT;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=522;TCF=255;TCR=267;TR=156;WE=17025300;WS=17025282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,164:0.30:542
chr19	17032550	rs3745331	A	G	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=2.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	17032559	rs3745332	T	C	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	17086171	rs79843187	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TCTTTATCACGTCATGACAAC;SOR=3.580;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=21;WE=17086179;WS=17086161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	17100552	rs1973093	A	G	7515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-4.463;NF=206;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GAGCCCCCACAGGCTTCCCGT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=604;TCF=349;TCR=255;TR=357;WE=17100560;WS=17100542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,366:0.59:625
chr19	17107825	rs3745337	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1199;ReadPosRankSum=1.131;SC=CAGGGGATCCGTTTTCAGCTG;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=79;WE=17107833;WS=17107815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,80:0.56:144
chr19	17108135	rs3745340	C	T	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.400;NF=87;NR=72;PP=2339;ReadPosRankSum=0.340;SC=GTCGAAGTCCCGGGAGCCGAG;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=247;TCF=138;TCR=109;TR=159;WE=17108143;WS=17108125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,156:0.66:237
chr19	17111297	rs4808551	A	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CATGTTGATCATTAAGGCACC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=89;WE=17111305;WS=17111287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,90:0.57:157
chr19	17111411	rs4808064	A	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GGCCAGGTTGACATAGTGTGG;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=95;WE=17111419;WS=17111401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,97:0.51:191
chr19	17119560	rs897768	T	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=44;PP=1147;SC=CAGAAGGGGATGGGCTGGGCC;SOR=1.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=17119568;WS=17119550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	17122630	rs35560062	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=838;ReadPosRankSum=-1.238;SC=AGATACTGGGGAAGGAGTTTG;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=77;WE=17122638;WS=17122620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,84:0.34:244
chr19	17137290	rs11878608	A	C	6454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TCGCTGCAACACTCTGAGCCA;SOR=0.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=498;TCF=281;TCR=217;TR=296;WE=17137298;WS=17137280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,306:0.60:509
chr19	17160564	rs4808557	T	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=364;SC=TCATAGAAAATGGAGGCTTCA;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=17160572;WS=17160554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	17163661	rs2305758	C	T	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=101;PP=2965;SC=CCTTTTTCGCCGTCACGTCCT;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=136;TCR=101;TR=235;WE=17163669;WS=17163651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	17166896	rs3214849	TAA	T	4217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=55;PP=2650;SC=TGTGCAGGGTTAAGATACAGC;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=60;WE=17166905;WS=17166886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	17173418	rs71338609	A	G	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=90;PP=2965;SC=CCCTTCCCAGAAAGGAAAGAA;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=133;TCR=90;TR=223;WE=17173426;WS=17173408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	17179789	rs2305754	G	A	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=39;PP=2538;SC=AATTCCAGTTGCTCAGAACCT;SOR=1.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=93;TCR=39;TR=132;WE=17179797;WS=17179779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	17180033	rs2305753	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GTCACCACTCCTCCTGCTCGC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=40;WE=17180041;WS=17180023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr19	17186136	rs2305751	C	A	19782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=436;NR=295;PP=2965;ReadPosRankSum=0.074;SC=TAACTCCCCACCTCCGCTGCC;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=738;TCF=438;TCR=300;TR=731;WE=17186144;WS=17186126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,744:0.99:748
chr19	17212992	rs3745349	C	T	26551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=978;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=457;NR=492;PP=2965;ReadPosRankSum=0.216;SC=GTAACCTCCCCGAGCTAACCG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=954;TCF=459;TCR=495;TR=949;WE=17213000;WS=17212982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,972:1.00:974
chr19	17273893	rs7256689	G	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=783;ReadPosRankSum=0.454;SC=ATGAGCAGCTGCAGTATTACT;SOR=0.884;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=61;WE=17273912;WS=17273883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr19	17283383	rs11463235	A	AG	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=31;PP=1894;SC=GCGAGGTTCCAGGTGCTCAGA;SOR=1.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=45;WE=17283391;WS=17283373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	17283657	rs2279006	C	T	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=1604;ReadPosRankSum=0.613;SC=GGGAGCTCATCGGCATGGACC;SOR=0.412;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=326;TCF=126;TCR=200;TR=118;WE=17283665;WS=17283647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,124:0.36:341
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chr19	17298724	rs9305088	G	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=775;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCTGCCTGATGTCTCGCATTC;SOR=0.452;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=48;WE=17298732;WS=17298714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr19	17298893	rs3826689	G	T	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1852;ReadPosRankSum=1.067;SC=CACCTGTTCCGTGGCAAAGGC;SOR=0.530;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=117;WE=17298901;WS=17298883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,119:0.61:194
chr19	17298946	rs3826690	T	C	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1384;ReadPosRankSum=0.530;SC=GAGTGTAAACTCAGCAGGTTG;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=74;WE=17298954;WS=17298936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr19	17299009	rs3826691	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=492;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AGGCTGAGGCAGGCGGATCAC;SOR=0.394;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=25;WE=17299017;WS=17298999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr19	17301706	rs62126162	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	17301733	rs34092109	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=566;ReadPosRankSum=0.484;SC=GGAGTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.954;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=26;WE=17301741;WS=17301723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr19	17301863	rs962919	G	A	6044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TCGCTGGCCAGAACACTCACC;SOR=0.923;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=410;TCF=229;TCR=181;TR=259;WE=17301871;WS=17301853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,273:0.63:432
chr19	17301880	rs4808072	T	C	6097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.387;SC=CACCTAGATTTTCCTTTCTCC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=418;TCF=225;TCR=193;TR=258;WE=17301888;WS=17301870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,270:0.62:433
chr19	17302056	rs962918	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=800;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCGGGGCACTACAAACCCACA;SOR=0.440;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=42;WE=17302064;WS=17302046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr19	17302112	rs10541498	ACT	A	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=518;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CCCCAGGGCCACTCTCTGAAA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=13;WE=17302121;WS=17302102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	17303460	rs4808594	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.735;SC=ACACCAGCCTAGGTCTCACTC;SOR=0.042;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=17303468;WS=17303451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	17303774	rs1545620	T	G	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=56;PP=2137;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CCTCCAGGCCTCATGGAGGGG;SOR=0.400;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=136;WE=17303782;WS=17303764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,138:0.66:210
chr19	17305440	rs1064305	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=743;ReadPosRankSum=1.136;SC=CAAGAGCAGGTGCTGAGGAGG;SOR=0.395;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=50;WE=17305448;WS=17305430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr19	17306031	rs2279003	T	C	8593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.872;NF=206;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=0.110;SC=CACCGGCCCCTGGCAGCGCCC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=707;TCF=361;TCR=346;TR=400;WE=17306046;WS=17306021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,401:0.57:708
chr19	17308871	rs376329870	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.420;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	17311442	rs2305766	C	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=15;PP=1124;ReadPosRankSum=0.944;SC=TCCTGTCCCCCCTCAGCCCCC;SOR=1.144;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=93;TCR=28;TR=74;WE=17311450;WS=17311432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr19	17312992	rs2305765	C	T	8045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.300;SC=ACCAGATCGTCGTCAGCAACC;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=657;TCF=323;TCR=334;TR=363;WE=17313000;WS=17312982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,369:0.55:670
chr19	17313178	rs11392202	A	AT	1082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=1235;ReadPosRankSum=0.314;SC=CGCCATCCTTAGCCACGCCCA;SOR=0.238;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=30;WE=17313186;WS=17313168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr19	17313619	rs8101251	C	A	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=50;PP=2323;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CCAGGGGGGCCCCCGCCAACC;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=254;TCF=169;TCR=85;TR=145;WE=17313627;WS=17313609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,149:0.57:261
chr19	17313833	rs2305764	G	A	6947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.833;SC=TTTTTCCCCCGGCATATACGG;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=528;TCF=272;TCR=256;TR=302;WE=17313848;WS=17313823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,305:0.57:537
chr19	17315973	rs77831839	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.43;MQRankSum=1.611;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	17316253	rs2305763	T	C	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;PP=1830;ReadPosRankSum=1.054;SC=GAGCAGCCAGTAGGGGGCGGC;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=63;TCR=111;TR=109;WE=17316261;WS=17316243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,113:0.62:183
chr19	17316697	rs12327728	C	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=566;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GACCAGGAGGCAGAGGCCCCC;SOR=0.561;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=32;WE=17316705;WS=17316692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr19	17316782	rs7248508	T	C	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=59;PP=2405;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GAGCCAGGCGTTGAGCCTGGC;SOR=0.942;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=241;TCF=146;TCR=95;TR=157;WE=17316790;WS=17316772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,166:0.66:250
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chr19	17337223	rs2288542	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=43;PP=1075;ReadPosRankSum=1.778;SC=TGCGCGCCCTGGAGGTCGAGG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=48;WE=17337231;WS=17337213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr19	17337557	rs10425488	G	T	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=33;PP=1317;ReadPosRankSum=0.586;SC=CGCAGGACCCGCCCATCAGCC;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=88;WE=17337565;WS=17337547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,93:0.60:156
chr19	17337676	rs201391966	C	T	4232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=63;PP=2916;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GCCTGGGCCCCCGGTGAGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=205;TCR=117;TR=176;WE=17337684;WS=17337666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,182:0.55:331
chr19	17337928	rs1045201	C	T	7655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TCTCCCAGGCCCTCCTGGGCG;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=560;TCF=264;TCR=296;TR=337;WE=17337936;WS=17337918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,346:0.60:576
chr19	17338033	rs891202	C	T	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=100;PP=2398;ReadPosRankSum=0.743;SC=TGTGATTCTTCATGCCTGGGA;SOR=0.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=116;TCR=166;TR=164;WE=17338041;WS=17338023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,174:0.59:295
chr19	17339025	rs10409527	C	G	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=61;PP=2200;ReadPosRankSum=0.890;SC=TTCTTGAATTCAACTCTCCCT;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=245;TCF=150;TCR=95;TR=149;WE=17339033;WS=17339015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,157:0.59:264
chr19	17339193	rs144117913	C	CT	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.157;NF=0;NR=19;PP=226;ReadPosRankSum=-1.230;SC=TGCCCAGTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=19;WE=17339201;WS=17339183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	17361064	rs10415471	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GCTGGGGAGGCGGGAGGGGAG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=83;WE=17361072;WS=17361054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr19	17362526	rs10469471	A	G	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=87;PP=2326;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GTTGCGAAGGAGAAGAGAGGG;SOR=0.389;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=194;TCF=56;TCR=138;TR=126;WE=17362534;WS=17362516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,132:0.66:201
chr19	17362554	rs78864032	G	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=60;PP=1591;ReadPosRankSum=1.638;SC=AGCCCCAGCCGATCCTGTTTC;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=17;TCR=96;TR=69;WE=17362562;WS=17362544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr19	17362941	rs7247493	A	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=828;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TCAGAGACCCACATCTGGTTC;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=40;WE=17362949;WS=17362931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr19	17366110	rs35026554	CA	C	1505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.140;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr19	17366278	rs4430871	T	C	5688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CCTGGAGCTCTGCCCGTTCCC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=469;TCF=217;TCR=252;TR=264;WE=17366286;WS=17366268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,275:0.57:486
chr19	17367585	rs4464206	G	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=588;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGTGGGTTAAGTTCATGCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=29;WE=17367593;WS=17367575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr19	17379558	rs10424178	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr19	17382505	rs10420922	A	T	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=69;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CAGCCATGGCAGGGAGGGTCC;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=98;WE=17382513;WS=17382495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,100:0.66:152
chr19	17384651	rs113272353	C	T	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=27;PP=1846;ReadPosRankSum=1.101;SC=GAATTACAGGCGTGAGCCACT;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=134;TCR=42;TR=112;WE=17384659;WS=17384641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,115:0.64:180
chr19	17387176	rs34084277	A	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CCTCACAGGCAGCAGTGAACT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=124;TCR=69;TR=117;WE=17387184;WS=17387166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,121:0.60:201
chr19	17387254	rs61634114	G	A	5372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.459;SC=TGATAAGAGGGGCAGACCCCC;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=369;TCF=231;TCR=138;TR=219;WE=17387262;WS=17387244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,225:0.59:381
chr19	17389648	rs10406920	C	T	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CCCGCCTCCCCGGCAGGATAT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=88;TCR=52;TR=94;WE=17389656;WS=17389638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,98:0.68:144
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chr19	17392483	rs7246262	C	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=35;PP=1848;SC=TCCTCCCACCCGGGCTCTTAT;SOR=1.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=104;WE=17392491;WS=17392473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	17392894	rs8100241	G	A	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,93:0.43:214
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chr19	17393449	rs73509996	T	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=0.825;SC=TGACCCCTCTTGCGCTGCCGC;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=14;WE=17393457;WS=17393439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	17393504	rs1864113	G	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=1147;SC=TGGCCGCCGCGTGGGGCTGCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=17393512;WS=17393494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	17393530	rs8108174	T	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=454;ReadPosRankSum=-0.891;SC=GGCCTGGAGCTGCTGCTGAGC;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=35;WE=17393538;WS=17393520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr19	17393925	rs56069439	C	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=2.215;SC=CTATTTGTGGCCAGCTCTTTC;SOR=2.229;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=35;WE=17393933;WS=17393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr19	17394124	rs2363956	T	G	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=61;PP=1837;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GACATTGGCTTGGAGGCTGAC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=391;TCF=221;TCR=170;TR=141;WE=17394132;WS=17394114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,145:0.37:397
chr19	17394504	rs891017	A	C	21263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=337;NR=403;PP=2965;SC=ACGGACACCAACCCCTGGAGC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=741;TCF=338;TCR=403;TR=740;WE=17394512;WS=17394494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
chr19	17394839	rs66753001	A	G	8120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.354;SC=CCCAGCTCTCAGCCCCACTTT;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=586;TCF=290;TCR=296;TR=360;WE=17394847;WS=17394829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,366:0.61:603
chr19	17395003	rs11086065	A	G	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=144;PP=2965;SC=CAGTTTGAGCAGCCAGATCCT;SOR=1.372;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=86;TCR=144;TR=230;WE=17395011;WS=17394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	17395055	rs11882562	C	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=83;PP=2557;SC=CTAGCTTCACCTATCTGCTGC;SOR=1.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=122;WE=17395063;WS=17395045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	17395182	rs4808614	G	T	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=17;PP=463;SC=ATCATCAGCTGCTTCTTCTTC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	17395192	rs60208686	CT	C	254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=226;SC=GCTTCTTCTTCTTTTTTTTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	17396549	rs751599	T	C	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=113;PP=2965;SC=GTGGTTGCGGTGTTGTGTCCC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=237;WE=17396557;WS=17396539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	17396761	rs891018	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=359;SC=AACCTGCACATGCATGTATTT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=17396769;WS=17396751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	17397244	rs10425939	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1240;ReadPosRankSum=0.360;SC=TGGTGGCAGGCTGGCCACCTG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=81;WE=17397252;WS=17397234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,89:0.71:126
chr19	17397483	rs367668712	G	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=10.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.541;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	17397487	.	GTGTGTGTGTGTGTT	G	210.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=9.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=3.017;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr19	17397501	rs1465582	T	G	178.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-3.662;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr19	17397700	rs10401700	A	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=28;PP=808;SC=GGGCAACTCCACCTGGAATAG;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=17397708;WS=17397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	17411507	rs34641950	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=2.087;SC=GACTGTTCCCGAACTCCCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=13;WE=17411515;WS=17411497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	17412366	rs11086066	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=711;ReadPosRankSum=0.446;SC=GTGGCCCCACGGCGTTGGGGG;SOR=0.508;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=56;WE=17412374;WS=17412356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,62:0.37:167
chr19	17412399	rs11086067	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,49:0.32:152
chr19	17416590	rs3217329	CT	C	7518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=94;PP=2975;SC=CCAACGGCCTCTTTTTTGCAC;SOR=1.196;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=186;TCF=82;TCR=104;TR=162;WE=17416598;WS=17416580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	17424932	rs2288463	A	G	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=60;SC=TGTTCCTGGGACTGGGAGGAA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=17424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	17424947	rs12327712	T	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1265;ReadPosRankSum=1.077;SC=GAGGAATTGGTCACTTCCAGG;SOR=0.553;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=73;WE=17424955;WS=17424937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,80:0.58:138
chr19	17430319	rs145884597	AAG	A	1061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.576;NF=16;NR=6;PP=755;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TCCGAAAAAAAAGACTCACAG;SOR=0.274;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=22;WE=17430328;WS=17430309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr19	17434587	rs12977101	T	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=180;SC=GCCAGCAGCCTGCGGGCGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=17434595;WS=17434577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr19	17435887	rs56286266	C	T	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=2.155;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,174:0.40:439
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chr19	17438918	rs11667523	T	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=6;PP=928;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TCGGACGGTGTGTCCCGTCCC;SOR=1.361;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=142;TCF=117;TCR=25;TR=52;WE=17438926;WS=17438908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr19	17440542	rs8110408	C	G	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=64;PP=2792;ReadPosRankSum=0.027;SC=GCAGGGGGGACTGCCGCTGGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=180;TCR=108;TR=173;WE=17440550;WS=17440532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,173:0.60:288
chr19	17440871	rs75728808	G	T	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TCCCCCCAAGGGTGGCAGGGA;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=154;TCR=173;TR=205;WE=17440879;WS=17440861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,201:0.62:322
chr19	17441488	rs1529482	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=0;PP=658;SC=ACCTCTCCCCCTGGGGAGCAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=17441496;WS=17441485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	17448961	rs1864112	A	C	21490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=388;NR=404;PP=2965;SC=GAATTCTCACAGCACCCCGAG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=795;TCF=390;TCR=405;TR=792;WE=17448969;WS=17448951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,813:1.00:813
chr19	17450016	rs3810206	T	C	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=147;PP=2965;SC=CGCTCAGGGGTGCACGTAGTG;SOR=1.109;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=111;TCR=150;TR=258;WE=17450024;WS=17450006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	17450445	rs11669718	G	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr19	17450446	rs4808623	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=40;PP=853;SC=GGAACGCGGGGCCCTTTCTCT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=17450454;WS=17450435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	17502698	rs2278235	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1372;ReadPosRankSum=0.952;SC=AGGCAGAGGAGAGGAGGAGTG;SOR=2.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=59;WE=17502706;WS=17502688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr19	17514440	rs919265	G	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=5;PP=792;SC=TCCCCGCCCCGCTTCCCCAGC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=17514448;WS=17514430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	17514646	rs113321277	T	TGGG	17167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=150;PP=2924;SC=GCGGTACAGATGGCAAATCAG;SOR=1.069;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=35;TCR=161;TR=184;WE=17514654;WS=17514636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	17515154	rs202074905	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1123;ReadPosRankSum=0.844;SC=ACCCCTCCCCGGCCCTCTCCC;SOR=0.453;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=71;WE=17515162;WS=17515144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr19	17516400	rs111617488	A	AGCTGAAAG	9769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=9;NR=99;PP=2965;SC=TCTCCCCTTTAGAGTCTGGCC;SOR=1.927;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=136;TCF=9;TCR=127;TR=108;WE=17516408;WS=17516390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	17533126	rs2303678	A	G	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=49;PP=2965;SC=TCACTCCCCTACCCCCCACTC;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=155;WE=17533134;WS=17533116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	17534693	rs2288408	T	C	7095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=107;PP=2965;SC=ATCTTCCTACTTCCCTCTCCC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=137;TCR=107;TR=244;WE=17534708;WS=17534683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	17535546	rs4808636	C	T	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=53;PP=2717;SC=CCTGAGGGGCCGGCACCCGCC;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=17535554;WS=17535536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	17535658	rs4808637	A	C	10754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=224;NR=176;PP=2965;SC=CTAAGTACCCACTCTGCCATT;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=224;TCR=176;TR=400;WE=17535666;WS=17535648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	17544039	rs62125232	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=755;SC=ACTGTCCACACCCTAGAACAT;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=17544047;WS=17544029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	17544165	rs10415889	C	T	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=91;PP=2965;SC=AGATCACCTCCGTTTGTAAAG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=106;TCR=91;TR=197;WE=17544173;WS=17544155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	17544375	rs55761990	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=674;SC=TCCCCTTCCAGGCAGTGCAGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=17544383;WS=17544365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	17547292	rs4808641	A	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=27;PP=1236;SC=GTCCTTCCCCATGCTCCCTGG;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=75;WE=17547300;WS=17547282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	17556054	rs3810209	A	G	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=129;PP=2965;SC=CAAGGGCCACATGTCTGAGGA;SOR=1.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=73;TCR=130;TR=202;WE=17556062;WS=17556044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
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chr19	17566634	rs56248314	T	A	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1157;ReadPosRankSum=0.089;SC=CTCGGCCGCCTCCTGCCAGTT;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=250;TCF=151;TCR=99;TR=99;WE=17566642;WS=17566624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,103:0.40:260
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chr19	17611490	rs11879407	T	G	13457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.430;SC=ATGGGGATCCTCCACCCATCT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=254;TCR=244;TR=495;WE=17611498;WS=17611480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,506:1.00:508
chr19	17612251	rs11668681	T	C	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=117;PP=2965;SC=CCCACTCCAATCTCTCTCTTC;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=117;TCR=117;TR=234;WE=17612259;WS=17612241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	17622614	rs11086075	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1466;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CGCGCTCGGCCTGTCGGGCGG;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=85;WE=17622630;WS=17622604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr19	17628587	rs6743	A	G	7733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGACCCTCACACTACCTGTCC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=628;TCF=326;TCR=302;TR=363;WE=17628595;WS=17628577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,374:0.58:648
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chr19	17643065	rs12984143	T	C	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=68;PP=2965;SC=GCTCCCTCTTTCTGCAGAAGC;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=129;TCR=69;TR=197;WE=17643073;WS=17643055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	17648350	rs8107859	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=938;SC=CTTCAGGGCATAGGTGGGTCT;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=17648358;WS=17648340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	17651370	rs11878663	A	G	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=97;PP=2965;SC=AGAGCCCCTCAGGCACGCGGC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=218;WE=17651378;WS=17651360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	17660300	rs11666267	G	A	11011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=211;NR=171;PP=2965;SC=CACTCTGGACGGCTGCTTGGA;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=211;TCR=171;TR=382;WE=17660308;WS=17660290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
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chr19	17691751	rs891184	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=685;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TGGGGTTTCACGGTGGGTCTG;SOR=0.492;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=47;WE=17691759;WS=17691741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
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chr19	17728502	rs2287851	T	C	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=32;PP=1545;ReadPosRankSum=1.204;SC=GCGGTCTGGGTACCCTTACCC;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=122;TCR=61;TR=100;WE=17728510;WS=17728492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,105:0.56:188
chr19	17728572	rs56174023	C	T	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=89;PP=2763;ReadPosRankSum=0.303;SC=GCGTGTAGAGCGACAGGGCAT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=169;TCR=147;TR=189;WE=17728580;WS=17728562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,196:0.60:325
chr19	17729148	rs2287849	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=847;ReadPosRankSum=0.966;SC=AATGTGGGTCCGAGGCGAGCC;SOR=0.029;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=41;WE=17729156;WS=17729138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr19	17729672	rs56145097	T	TG	5970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.484;NF=37;NR=98;PP=2972;ReadPosRankSum=0.004;SC=CACATGAGTTTGGGGGGCAGT;SOR=0.647;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=270;TCF=62;TCR=208;TR=135;WE=17729690;WS=17729662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,231:0.58:399
chr19	17729787	rs56257446	T	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.199;NF=22;NR=57;PP=1470;ReadPosRankSum=0.825;SC=GGTAACAACATACAGCTGGGT;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=79;WE=17729795;WS=17729777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr19	17734488	rs10419420	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=7;PP=278;SC=CCAGCCCAGAAGAGGTGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=17734496;WS=17734478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	17738850	rs56388321	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GGGTCTGGGTCTGGAGGAAGC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=28;WE=17738858;WS=17738840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr19	17744075	rs71162163	G	GC	5160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=88;PP=2966;SC=GTCCTTCCCTGCCCCACAGAG;SOR=1.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=109;TCF=8;TCR=101;TR=96;WE=17744083;WS=17744065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr19	17760232	rs11665838	C	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=34;PP=1587;ReadPosRankSum=1.656;SC=CCCCCAACCCCAGGTTGACCA;SOR=0.959;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=250;TCF=160;TCR=90;TR=105;WE=17760240;WS=17760222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,105:0.41:255
chr19	17760561	rs11665951	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=456;SC=GGTGACCTTACTTGGAAACGG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=17760569;WS=17760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	17763392	rs1159365	A	G	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=123;PP=2965;SC=CCAGCCTTGGACTTGGGGTTC;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=184;TCR=124;TR=306;WE=17763400;WS=17763382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	17769166	rs7258943	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=236;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTTACGGTGCCGCTACCGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=15;WE=17769174;WS=17769156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	17777431	rs10424761	A	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1032;ReadPosRankSum=0.311;SC=TTCAGCTGATACCCAAGGAAG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=87;WE=17777439;WS=17777421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,92:0.38:242
chr19	17777508	rs9305092	C	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=812;ReadPosRankSum=1.782;SC=CATCTTGGAACGAATACTGAA;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=53;WE=17777516;WS=17777498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr19	17778832	rs7248783	A	G	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=27;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AGGGAAAGACAAGCTTAGAGA;SOR=0.724;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=254;TCF=173;TCR=81;TR=93;WE=17778840;WS=17778822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,96:0.36:265
chr19	17786748	rs61036582	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=362;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGCTGGGACCCCCTCCCAGTC;SOR=3.105;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=20;WE=17786756;WS=17786738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr19	17837090	rs12975100	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=59;PP=1269;ReadPosRankSum=0.363;SC=ACAGCCTCCCCGGCCTCAACA;SOR=0.515;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=246;TCF=91;TCR=155;TR=95;WE=17837098;WS=17837080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,97:0.38:256
chr19	17837512	rs12983721	G	A	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=64;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCGCCCGCCTGCCTCCTGGAC;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=323;TCF=174;TCR=149;TR=144;WE=17837520;WS=17837502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,148:0.45:327
chr19	17844325	rs2287860	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.073;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=577;ReadPosRankSum=0.429;SC=TAAGCTGTGTTCCCCAGGCCA;SOR=0.215;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=40;WE=17844333;WS=17844315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr19	17885336	rs2287856	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=25;PP=713;SC=CCGAGATCCCCTCCCCTGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=17885344;WS=17885326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	17887024	rs2287853	T	C	10249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=164;PP=2965;SC=GCTGGATGCATTCGTGTGTGA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=186;TCR=164;TR=350;WE=17887032;WS=17887014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	17887563	rs13345379	G	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=1003;SC=CCATGTCTCCGCCTGGTGTTC;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=17887571;WS=17887553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	17888847	rs34991275	C	CA	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	17889044	rs34062212	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=36;PP=1161;SC=ACAGGTGATGGGGATAAGGGA;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=17889052;WS=17889034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	17892193	rs2287852	G	C	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=106;PP=2965;SC=TGGGGGTCGCGTCTGGGGTCC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=232;WE=17892213;WS=17892183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	17892478	rs2042299	A	G	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=35;PP=1803;SC=CTATATTCACACTGTCTATCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=82;WE=17892486;WS=17892468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	17892591	rs2042298	A	G	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=103;PP=2965;SC=CAGCCTTCACAGAGTATGTCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=120;TCR=103;TR=223;WE=17892599;WS=17892581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	17894878	rs265558	C	T	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=90;PP=2965;SC=GGGCATGTCCCGAGGATTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=205;WE=17894886;WS=17894868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	17898717	rs265553	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=0.359;SC=GGCAAGCCCCGGGGTGTGGGG;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=34;WE=17898725;WS=17898707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr19	17922795	rs36686	G	A	16899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=247;NR=346;PP=2965;SC=CCATCGCAACGCCTGTCCTCC;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=594;TCF=247;TCR=347;TR=593;WE=17922803;WS=17922785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,610:1.00:610
chr19	17931077	rs10410852	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr19	17940816	rs3212781	G	C	4728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.833;SC=TCACACTCTAGCCTTTCTTCT;SOR=0.907;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=344;TCF=218;TCR=126;TR=202;WE=17940824;WS=17940806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,209:0.58:359
chr19	17940842	rs3212780	G	A	5448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=CAGAGACTCAGGCGCCAGCTG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=218;TCR=177;TR=231;WE=17940850;WS=17940832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,240:0.58:416
chr19	17941294	rs2302603	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=615;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GGCTGGGGGCTCTGGGAAGCC;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=138;TCF=99;TCR=39;TR=45;WE=17941302;WS=17941284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr19	17942005	rs3212774	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.843;NF=49;NR=17;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GCCGTGGGGAATAGGGGCGGA;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=111;TCR=40;TR=66;WE=17942013;WS=17941995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
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chr19	17955204	rs145500023	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=946;ReadPosRankSum=0.626;SC=GATCAGGGGCGTCTCTTCACT;SOR=0.625;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=69;WE=17955212;WS=17955194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,69:0.32:219
chr19	17983059	rs118133504	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=0.307;SC=GCCTCCTCGGCCCCTGCCAGC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=17983067;WS=17983056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
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chr19	18053340	rs4808105	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=0.959;SC=TTGTTCCTGGTATGTCCCCTG;SOR=0.017;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=18053348;WS=18053331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr19	18096073	rs2278993	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=38;PP=1863;ReadPosRankSum=0.343;SC=GGAGGCAAAGGGGATGGTATA;SOR=0.503;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=260;TCF=183;TCR=77;TR=121;WE=18096081;WS=18096063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,121:0.47:258
chr19	18108956	rs4808732	C	G	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CTCTGTCTCCCGCAGACCCAG;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=357;TCF=188;TCR=169;TR=137;WE=18108964;WS=18108946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,138:0.38:366
chr19	18110890	rs4808110	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=627;ReadPosRankSum=0.257;SC=AGGGATCACACTGGAGTCTTT;SOR=0.795;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=44;WE=18110898;WS=18110880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
chr19	18110994	rs4808733	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ACCCAGGGTTTGGTTAAGGAA;SOR=1.688;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=18111002;WS=18110984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr19	18170265	rs3833286	T	TC	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=0.612;SC=CATCTAGGGTTCCCCCGCAGG;SOR=0.350;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=10;WE=18170273;WS=18170255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	18170384	rs3746190	G	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1470;ReadPosRankSum=1.379;SC=ACGTAGCCTCGGGCGAGTCAC;SOR=0.909;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=95;WE=18170392;WS=18170374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,100:0.51:198
chr19	18170657	rs12461312	C	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=931;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CCCCACCCCCCGGGCAGGGTT;SOR=1.318;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=49;WE=18170665;WS=18170640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr19	18170680	rs17882555	G	A	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1477;ReadPosRankSum=0.838;SC=ACCCCTGACCGTCTGGCCCAC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=81;WE=18170688;WS=18170670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr19	18170962	rs1870063	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=671;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CAGGATGGAACGGACCAGGTC;SOR=0.515;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=39;WE=18170970;WS=18170952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
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chr19	18172841	rs17878533	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=498;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTGCTGCTTCAATAAAGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=26;WE=18172849;WS=18172831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
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chr19	18180451	rs375947	A	G	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=83;PP=2376;ReadPosRankSum=1.690;SC=GCAATACGTCATGCTCTGAGC;SOR=0.381;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=292;TCF=166;TCR=126;TR=175;WE=18180459;WS=18180441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,175:0.59:299
chr19	18180646	rs391410	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AGGGCCAGGGGTGTCTGTGTT;SOR=0.017;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=26;WE=18180654;WS=18180636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr19	18186575	rs17852635	G	A	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=2366;ReadPosRankSum=1.231;SC=GAACGCACACGGGGCTGCTCC;SOR=0.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=150;WE=18186583;WS=18186565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,154:0.62:248
chr19	18186618	rs11575934	T	C	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=65;PP=2166;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GCTCCCCAGCTGCCGTCGTCG;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=141;TCR=101;TR=153;WE=18186626;WS=18186608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,157:0.63:250
chr19	18186752	rs429774	T	C	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=104;PP=2350;ReadPosRankSum=0.469;SC=AACCATCATGTGCTTATTGAG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=311;TCF=136;TCR=175;TR=182;WE=18186760;WS=18186742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,190:0.59:323
chr19	18188408	rs11575926	C	T	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=76;PP=2413;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCACTCCATACGCAGCTGCCC;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=257;TCF=143;TCR=114;TR=167;WE=18188416;WS=18188398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,170:0.64:264
chr19	18192977	rs11575925	G	C	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=46;PP=2058;ReadPosRankSum=0.683;SC=GCAGGAAGTGGCTGACCCCAG;SOR=0.837;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=245;TCF=150;TCR=95;TR=124;WE=18192985;WS=18192967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,129:0.51:255
chr19	18193191	rs2305743	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=889;ReadPosRankSum=-1.626;SC=AACCCTCCCCGCGTCCTTCCT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=65;WE=18193199;WS=18193181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr19	18197635	rs436857	G	A	7199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.701;SC=CGGCTCCATCGGATCCACGTA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=514;TCF=302;TCR=212;TR=321;WE=18197643;WS=18197625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,328:0.62:527
chr19	18197744	rs393548	T	A	6146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=2.379;SC=GAGAAAAGACTGAAAAAAAAG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=451;TCF=191;TCR=260;TR=265;WE=18197752;WS=18197734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,281:0.60:471
chr19	18218444	rs62123561	A	G	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TTCACCTGGGACTGGCGGGCT;SOR=0.244;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=218;WE=18218452;WS=18218434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr19	18218610	rs67234314	A	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=64;PP=1927;SC=CAAACATGGGAGGCCATGCCA;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=18218618;WS=18218600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	18232778	rs273483	A	G	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=108;PP=2965;SC=ACCACGGGCAAGGGTTGGGCA;SOR=1.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=50;TCR=108;TR=158;WE=18232786;WS=18232768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	18233279	rs273486	C	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=689;SC=GGCAGCTGGACTCACGGGGGG;SOR=3.180;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=18233287;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	18234441	rs740691	C	T	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=79;PP=2065;ReadPosRankSum=1.098;SC=TGATGAATCACGTGTACCGGG;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=241;TCF=103;TCR=138;TR=135;WE=18234449;WS=18234431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,137:0.56:246
chr19	18235352	rs123202	T	G	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=35;PP=2722;SC=GGAGACCCAGTGGGTGAGCTG;SOR=1.345;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=97;WE=18235360;WS=18235342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	18235424	rs123203	T	C	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=96;PP=2965;SC=AACCAAGCCCTGGGTGACCAG;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=169;TCR=96;TR=265;WE=18235432;WS=18235414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	18242675	rs273497	C	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.45;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	18245512	rs2270623	C	T	6284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GAGAGTTCATCGACAAGCAGG;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=220;TCR=226;TR=267;WE=18245520;WS=18245502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,281:0.60:467
chr19	18245807	rs12983325	C	T	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,149:0.63:236
chr19	18245813	rs273499	T	C	8677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	18248146	rs541225	T	C	23056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=883;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=410;NR=453;PP=2965;SC=AGCTCGAAGCTGAGGATGATA;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=865;TCF=411;TCR=454;TR=863;WE=18248154;WS=18248136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,881:1.00:881
chr19	18252829	rs613339	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=65;PP=2417;SC=ACATCCGGTAAGTGGCCTGGG;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=133;WE=18252837;WS=18252819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	18255359	rs8108738	G	A	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=54;PP=2030;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCTGGATGCCGGCCGGGGCCG;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=125;TCR=80;TR=134;WE=18255367;WS=18255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,146:0.67:219
chr19	18256418	rs11305984	TC	T	2043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=2;PP=2319;SC=GAGTAGGAGTTCCCCCAGGAT;SOR=6.091;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=68;TCR=3;TR=63;WE=18256426;WS=18256416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	18257750	rs2072490	C	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TCAAGGTGGGCCCCGCCCGGA;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=97;TCR=126;TR=109;WE=18257758;WS=18257740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
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chr19	18258459	rs1566030	A	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=50;PP=1482;SC=ACCCCCCACCACCCCGGCTAC;SOR=3.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=61;WE=18258467;WS=18258439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr19	18273410	rs2006885	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=937;SC=TCAAGAATGGAGGGCCAGGCA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=18273418;WS=18273400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	18276856	rs4808755	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=258;SC=AATGACACTCTGATAGAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=18276864;WS=18276854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	18279638	rs273269	T	C	3602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=93;PP=2103;ReadPosRankSum=-0.834;SC=AGATGCTGAGTGGCAAGCGGG;SOR=0.687;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=495;TCF=256;TCR=239;TR=188;WE=18279646;WS=18279628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,196:0.38:515
chr19	18279816	rs3746187	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=676;ReadPosRankSum=-1.621;SC=CATCCGGGACAGGGGAGCACG;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=46;WE=18279824;WS=18279806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr19	18284651	rs2241089	G	T	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=6.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=23;PP=2317;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CCCCTGCTGCGATGACCCTGT;SOR=1.093;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=248;TCF=193;TCR=55;TR=124;WE=18284659;WS=18284641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,129:0.51:254
chr19	18285751	rs2241090	G	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=783;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GATGAATTGCGTATCACAGCC;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=39;WE=18285759;WS=18285741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr19	18285944	rs11554159	G	A	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=100;PP=2872;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GGTGGCTGCCGAGCCTTCCTG;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=455;TCF=213;TCR=242;TR=194;WE=18285952;WS=18285934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,201:0.43:464
chr19	18286546	rs200373	T	A	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=58;PP=1846;SC=GAGGGGGACATGGGTGGTAAC;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=97;WE=18286554;WS=18286536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	18288069	rs7125	A	G	9337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=174;PP=2965;SC=TCCAGCCACCACACGAGTATG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=176;TCR=175;TR=350;WE=18288077;WS=18288059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	18304700	rs874628	A	G	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1337;ReadPosRankSum=-1.475;SC=GGGCTGCAGCATGGGTCCCTT;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=263;TCF=173;TCR=90;TR=103;WE=18304708;WS=18304690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,106:0.40:265
chr19	18305578	rs16982263	G	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=792;SC=TTCTTGGTTTGCTTCCCAGGC;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=18305586;WS=18305568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	18305824	rs2271881	C	T	12529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=2.167;SC=TCGTGCCCCCCCAATTTCGAG;SOR=0.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=482;TCF=272;TCR=210;TR=475;WE=18305832;WS=18305814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,489:1.00:490
chr19	18307108	rs1044821	C	T	4131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=102;PP=2776;ReadPosRankSum=0.783;SC=GAACCTCATGCGACCTGTGAC;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=598;TCF=290;TCR=308;TR=206;WE=18307116;WS=18307098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,217:0.35:617
chr19	18307224	rs11552160	A	C	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=85;PP=1735;ReadPosRankSum=-1.582;SC=ACCAATCCAGAGCTCCCTCAG;SOR=0.521;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=194;TCF=47;TCR=147;TR=115;WE=18307232;WS=18307214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,118:0.59:201
chr19	18309365	rs2271882	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=10;PP=1339;SC=TCTGCATGGCAAACTCCTACA;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=18309373;WS=18309355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	18322095	rs12611244	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=504;ReadPosRankSum=0.300;SC=ACCTGTGGCGGGGGGTGGGGC;SOR=0.876;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=19;TCR=82;TR=32;WE=18322103;WS=18322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr19	18324329	rs2302209	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=297;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AGGTGACAGGCGCGAGGACCC;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=30;WE=18324337;WS=18324319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr19	18329240	rs1042050	T	C	4320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=95;PP=2836;ReadPosRankSum=0.635;SC=GGTAGTGACCTTCCAGCATCA;SOR=0.694;SbPval=0.68;Source=Platypus;TCF=247;TR=206;WE=18329248;WS=18329230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,214:0.43:496
chr19	18331357	rs5827400	AC	A	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=485;ReadPosRankSum=1.607;SC=GGCCTGCCCAACCCCCCCGCT;SOR=1.127;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=4;TCR=82;TR=26;WE=18331365;WS=18331347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr19	18358783	rs4808122	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1060;SC=ACACCTGTCCAGGTTCAGCAG;SOR=2.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=18358791;WS=18358773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	18359037	rs57884093	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr19	18376518	rs61740751	T	A	5630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.660;SC=CGCCTGTTTCTGGGTGCCAGT;SOR=0.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=354;TCF=183;TCR=171;TR=227;WE=18376526;WS=18376508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,237:0.65:367
chr19	18391171	rs7249	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=600;ReadPosRankSum=2.471;SC=GCACCCTCTCCAAGTCCGGGG;SOR=1.828;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=31;WE=18391179;WS=18391161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
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chr19	18423402	rs2232968	T	C	6581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.366;SC=CGTTGGTGGGTGCAGCACCCA;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=541;TCF=327;TCR=214;TR=302;WE=18423410;WS=18423392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,304:0.55:548
chr19	18426790	rs60931638	TG	T	2122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.075;NF=23;NR=17;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GTGCTGAGGCTGGCCCCCTCT;SOR=0.801;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=40;WE=18426798;WS=18426780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
chr19	18426950	rs2232965	T	C	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=974;ReadPosRankSum=0.298;SC=GTCCCACCCATGACTCATAGA;SOR=0.458;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=78;WE=18426958;WS=18426940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr19	18433714	rs76378167	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr19	18466840	rs34068189	C	T	7778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=184;PP=2965;SC=TGCCAAGGGGCGGCACTTCCT;SOR=1.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=88;TCR=185;TR=271;WE=18466848;WS=18466830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	18497024	rs1059519	G	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=9;PP=1669;SC=ACTCAGGACGGTGAATGGCTC;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=18497032;WS=18497014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	18497137	rs6413435	G	A	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=1.143;SC=CCTCAGAGTTGCACTCCGAAG;SOR=0.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=351;TCF=196;TCR=155;TR=136;WE=18497149;WS=18497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,143:0.40:361
chr19	18497141	rs1059369	T	A	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.179;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.074;SC=AGAGTTGCACTCCGAAGACTC;SOR=0.464;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=360;TCF=199;TCR=161;TR=219;WE=18497149;WS=18497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,223:0.60:369
chr19	18499151	rs1059022	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=16;PP=1161;ReadPosRankSum=0.701;SC=CCGCCCTTCCCGAGGGGCTCC;SOR=1.145;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=66;WE=18499159;WS=18499141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr19	18499238	rs1804826	G	T	4594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=62;PP=2917;ReadPosRankSum=-2.457;SC=TGACACGACCGCTGCGGCGTC;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=363;TCF=233;TCR=130;TR=184;WE=18499246;WS=18499228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,204:0.53:388
chr19	18499305	rs199673307	C	CCGT	14553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.151;NF=65;NR=121;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GTCGCCGCCGCCGTCGCAGTC;SOR=0.726;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=409;TCF=137;TCR=272;TR=186;WE=18499313;WS=18499295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,368:0.58:634
chr19	18499780	rs1227733	A	G	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.79;SOR=1.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	18499780	.	AGGAC	GGGAC,GGGAG	1342	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=39,21;NR=86,51;PP=517,1342;QD=4.41416970038;SC=ACCTGCGCGGAGGACGCGACC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=125,72;WE=18499792;WS=18499770;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:127
chr19	18499784	rs1055150	C	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-2.445;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr19	18502728	rs6512264	C	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=597;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GCCATGGAGGCGTTAGGACGC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=18502736;WS=18502718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	18502835	rs6512265	G	A	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=60;PP=2816;SC=TCATCCATTGGGGCCTGGCCC;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=152;WE=18502843;WS=18502825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	18503019	rs7254789	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.689;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=420;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AAGTCCAGAGTGGGCCAGGTG;SOR=0.296;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=42;WE=18503027;WS=18503009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr19	18503093	rs6512266	T	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=681;SC=CCTGAGATCATGAGTTCAAGA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=18503101;WS=18503083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	18541579	rs11395316	G	GA	7213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=75;NR=37;PP=2979;SC=CTGCAGAGAGGGGGGGCACAC;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=112;WE=18541587;WS=18541569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	18544498	rs2544723	A	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=3.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	18544501	rs62122438	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.51;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	18544505	rs2544724	G	C	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.12;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	18544677	rs78783575	G	GC	8418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=99;PP=2966;SC=GGCCGGAGGGGCTGGCGGGCA;SOR=0.894;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=19;TCR=101;TR=118;WE=18544685;WS=18544667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	18562345	rs62122441	A	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr19	18650278	rs7247733	T	C	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GCCTGGGGTGTGTGGGGATAG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=202;WE=18650286;WS=18650268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr19	18652844	rs10854166	A	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=87;PP=2889;SC=AGAATCCTACACAGCCCCTCA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=150;WE=18652852;WS=18652834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr19	18675854	rs10692700	G	GGGC	2801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=72;PP=2969;ReadPosRankSum=0.871;SC=TGCCACCCCAGCCCAGCTGAC;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=12;TCR=156;TR=77;WE=18675862;WS=18675843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,118:0.51:230
chr19	18679155	rs1468475	C	T	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=38;PP=2144;ReadPosRankSum=0.886;SC=ACAATAAGTCCTACATCACAG;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=153;TCR=74;TR=120;WE=18679163;WS=18679145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,119:0.52:229
chr19	18679379	rs7648	C	G	6245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.746;SC=CCATGTCCAGCCTGGCTCCCC;SOR=1.196;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=427;TCF=179;TCR=248;TR=256;WE=18679387;WS=18679369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,268:0.60:444
chr19	18684563	rs2302055	C	T	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AGAAAGGTACCGGGGTTGGGG;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=374;TCF=215;TCR=159;TR=228;WE=18684571;WS=18684553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,233:0.61:384
chr19	18685964	rs6554	G	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CAAATAAGGTGGTTCTTTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=80;WE=18685972;WS=18685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr19	18699489	rs10415257	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCGGTCTTGGTTCCCCTTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=18699497;WS=18699479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	18699990	rs2074174	T	C	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.816;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=43;PP=2397;ReadPosRankSum=0.363;SC=GGTCCTTGTGTGGCTGCAGAG;SOR=1.330;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=320;TCF=214;TCR=106;TR=154;WE=18699998;WS=18699980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,155:0.49:315
chr19	18700047	rs2074175	A	G	8384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.344;SC=ACCTTCACGAAAAAGGCCCCA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=682;TCF=387;TCR=295;TR=385;WE=18700055;WS=18700035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,386:0.57:683
chr19	18701499	rs7258589	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=801;ReadPosRankSum=0.517;SC=CTGAGAGAGCCTCTAAACTGA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=38;WE=18701507;WS=18701489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr19	18703077	rs3170474	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=469;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TGGCTGGGGTTGCGCCCCACT;SOR=0.477;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=32;WE=18703085;WS=18703067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr19	18704528	rs7256319	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=848;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TGCCCCTCTCCGGGCCTTGGC;SOR=0.390;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=45;WE=18704536;WS=18704518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr19	18707878	rs7247346	A	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=943;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CAGAGGAGGGACCCTCTCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=45;WE=18707886;WS=18707868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr19	18709175	rs35521276	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GTGCAGGGGACCCCTCGGGAT;SOR=1.420;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=95;TCR=25;TR=62;WE=18709183;WS=18709165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr19	18709768	rs8108207	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GCTGAGCCTCGGCTGAGGGGT;SOR=0.972;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=24;WE=18709776;WS=18709758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr19	18728254	rs34863656	G	A	7504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TCCGTGTTCCGCCTCCCAGCG;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=560;TCF=261;TCR=299;TR=336;WE=18728262;WS=18728244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,333:0.60:557
chr19	18731439	rs7258375	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=506;ReadPosRankSum=0.954;SC=TGGGTCCAGCCTTGAGCCCCT;SOR=1.673;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=26;WE=18731447;WS=18731429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	18775077	rs1076235	C	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=23;PP=1602;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GCAGCACGGCCGACAAGAACG;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=112;TCR=38;TR=94;WE=18775085;WS=18775067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,97:0.63:153
chr19	18778445	rs10421503	C	G	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=50;PP=2350;ReadPosRankSum=-1.654;SC=CAGCCACTGCCAGCCACACGT;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=259;TCF=171;TCR=88;TR=156;WE=18778453;WS=18778435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,166:0.62:269
chr19	18876208	rs79054960	C	G	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=99;PP=2378;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CCTACTTCCTCTCTAGGAATG;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=486;TCF=241;TCR=245;TR=189;WE=18876216;WS=18876198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,188:0.38:490
chr19	18895218	rs12327738	G	A	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=79;PP=2149;ReadPosRankSum=0.868;SC=GTGGGCCACCGGAGCCCCCCT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=70;TCR=115;TR=125;WE=18895226;WS=18895208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,128:0.68:189
chr19	18897526	rs5827423	A	AG	4007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=71;PP=2970;SC=CATTAGGATGAGCCAGCCTGA;SOR=1.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=73;WE=18897534;WS=18897516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	18942888	rs4808161	C	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=12;PP=1926;SC=CGCCGGGGCGCGCGGTTTGGT;SOR=2.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=79;WE=18942896;WS=18942878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	18974200	rs2238658	A	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=50;PP=2965;SC=GTCCTGTGAGACGGGCAGCTC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=100;TCR=50;TR=150;WE=18974208;WS=18974190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
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chr19	18980213	rs4808864	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=392;SC=GGGAGGTAGGAACAGGAACTC;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=18980221;WS=18980203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	19017862	rs10330	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CAGGAAGGTGGTGTTGGTCAC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=82;WE=19017870;WS=19017852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,88:0.48:184
chr19	19018962	rs74254003	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=0.012;SC=CCAATGGGGCCGGGTACTGTG;SOR=0.425;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=36;WE=19018970;WS=19018952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr19	19019800	rs73003090	G	A	5389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GAGCAAGACCGTATCTCAAGA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=379;TCF=216;TCR=163;TR=237;WE=19019808;WS=19019790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,243:0.62:390
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chr19	19023853	rs3177137	T	C	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=108;PP=2609;ReadPosRankSum=0.220;SC=CTGGGCTTGATAGCTGTGGGA;SOR=0.901;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=530;TCF=257;TCR=273;TR=193;WE=19023861;WS=19023843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,197:0.36:547
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chr19	19033089	rs2158004	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1276;ReadPosRankSum=0.719;SC=GCCAAGACCCGGGGCCATGGA;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=74;WE=19033097;WS=19033079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr19	19033387	rs2106660	G	A	5452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.336;SC=ACACTGAGGCGTGGCGGTCTA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=237;TCR=195;TR=232;WE=19033395;WS=19033377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,240:0.55:439
chr19	19035159	rs5827425	CT	C	4287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=86;PP=2951;SC=CCTGGGATACCTTCCCCGCCT;SOR=2.342;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=7;TCR=90;TR=93;WE=19035167;WS=19035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	19035370	rs1476505	G	C	9929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=118;PP=2965;SC=ACCCTGTCCCGAGGCCTCACA;SOR=1.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=228;TCR=118;TR=346;WE=19035378;WS=19035360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	19037053	rs2301661	T	C	7190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AGGATCTACCTTTATTCGCCC;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=515;TCF=256;TCR=259;TR=307;WE=19037061;WS=19037043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,325:0.60:540
chr19	19037294	rs2301662	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GCCTGCTCCCGTGAGCAGATT;SOR=2.215;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=15;WE=19037302;WS=19037284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr19	19039908	rs62138076	G	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=19;PP=1491;ReadPosRankSum=-1.161;SC=ATCTGCAAGCGGCTTATAACT;SOR=0.400;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=95;TCR=28;TR=80;WE=19039916;WS=19039898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,80:0.66:122
chr19	19040128	rs372235545	C	T	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=89;PP=2014;ReadPosRankSum=1.197;SC=CCAGCCCGGCCCGGCCCACCC;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=377;TCF=142;TCR=235;TR=145;WE=19040136;WS=19040118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,150:0.39:388
chr19	19040312	rs1059240	G	C	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=91;PP=2965;SC=GCTCAAACAGGCTGACGTCCA;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=160;WE=19040320;WS=19040302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr19	19049198	rs1064351	G	A	4815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.394;SC=AGCCCAGGCCGTAGACTGTGT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=201;TCR=140;TR=205;WE=19049206;WS=19049184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,215:0.61:352
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chr19	19120591	rs55722325	A	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=360;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GGCCCCCCCAATTCTAAAGAG;SOR=0.045;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=20;WE=19120599;WS=19120581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	19135319	rs6511010	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=-1.934;SC=TAAAATCCTGATATGTTTCCA;SOR=0.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=16;WE=19135327;WS=19135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	19136541	rs4808907	C	T	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=107;PP=2937;ReadPosRankSum=-0.769;SC=ACTTGACTGCCGCCCCTAAGC;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=623;TCF=323;TCR=300;TR=215;WE=19136549;WS=19136531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,218:0.34:643
chr19	19137051	.	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr19	19145193	rs2269806	G	A	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=66;PP=2075;SC=AGATAGAGAAGGTGCGGATAA;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=87;WE=19145201;WS=19145183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	19150183	rs12979565	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=478;ReadPosRankSum=-0.462;SC=AGACTTGAAACAGTCCTCCCA;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=35;WE=19150191;WS=19150173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr19	19151692	rs8104799	T	C	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CTACCAGGCATCCCTTAGGGT;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=313;TCF=147;TCR=166;TR=119;WE=19151700;WS=19151682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,122:0.37:330
chr19	19153801	rs3214143	G	GC	853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=816;SC=GAAACCAGGTGCCATTGGGCC;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=19153809;WS=19153791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	19153825	rs4808909	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TCCCCTCCAGCTTCTGCCCGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=19153833;WS=19153815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	19165156	rs4808910	G	A	5177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=GGCCCATTGCGTGCTGTCCTT;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=349;TCF=159;TCR=190;TR=226;WE=19165164;WS=19165146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,233:0.65:359
chr19	19168183	rs7258637	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=0.553;SC=GGACCCCACCCCAAAGCCCCA;SOR=0.313;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=19168191;WS=19168173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	19212658	rs56144126	G	A	3996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=77;PP=2749;ReadPosRankSum=-1.599;SC=CCAAAACAGCGGTAGCTCCCC;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=173;WE=19212666;WS=19212648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,182:0.61:300
chr19	19215612	rs56247515	T	TA	1865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=1576;SC=GGGACAAGATTGGGGGGAAAA;SOR=2.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=19215620;WS=19215602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	19230868	rs756791	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=29;PP=1615;SC=GGCCACCCAGAGCCCCGGCAA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=19230876;WS=19230858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	19232666	rs72993474	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1353;ReadPosRankSum=1.219;SC=AGAGTGAATTCCTAGGGTCTC;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=90;WE=19232674;WS=19232656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,98:0.59:165
chr19	19243843	rs10414676	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=339;ReadPosRankSum=2.005;SC=GGGCCGGTCCTGTGTCCCTGA;SOR=0.487;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=16;WE=19243851;WS=19243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr19	19244033	rs72993497	C	T	7737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGAGCAAGGACGGGCAGTCAG;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=594;TCF=290;TCR=304;TR=352;WE=19244041;WS=19244023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,361:0.59:611
chr19	19245511	rs3826994	T	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.286;SC=AATCAAGGCTTTGCAATTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=19245519;WS=19245501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	19245771	rs3746259	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=419;ReadPosRankSum=-1.350;SC=AACCCAGGCTATTTATAGAGA;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=35;WE=19245779;WS=19245761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,39:0.33:118
chr19	19293661	rs76682873	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=487;ReadPosRankSum=0.060;SC=TATGACTAGATGACATCTGTG;SOR=0.433;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=31;WE=19293669;WS=19293651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr19	19304899	rs34282046	G	C	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;PP=2236;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCACCCCTGAGCCTGTGAATC;SOR=0.417;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=221;TCF=99;TCR=122;TR=140;WE=19304907;WS=19304889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,148:0.63:234
chr19	19304965	rs2283626	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=1033;ReadPosRankSum=0.465;SC=CTCTGGGATTAGCCCTCTGGG;SOR=1.000;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=61;WE=19304973;WS=19304955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr19	19335083	rs2238672	A	G	4702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.900;SC=AGGAGCACACATCTGAGAGGG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=219;TCR=209;TR=212;WE=19335091;WS=19335073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,222:0.50:443
chr19	19348947	rs12981871	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=888;SC=GAGGGGTGATTTCGCCCCGCA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=19348955;WS=19348937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	19431423	rs3934667	T	G	1736.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,85:0.89:96
chr19	19431963	rs12460764	G	T	12237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=260;PP=2965;SC=GGGCCGGGCCGCGAGGGAGGA;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=443;TCF=181;TCR=262;TR=441;WE=19431971;WS=19431942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr19	19446936	rs769267	G	A	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=71;PP=2965;SC=ACTAGATCCCGCAGTTCGAAG;SOR=1.246;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=180;WE=19446944;WS=19446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	19447933	rs34414052	G	GT	1270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.371;SOR=1.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,61:0.84:73
chr19	19449603	rs2074089	G	A	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=173;NR=134;PP=2965;SC=GGCAGGTACCGTAAAACTGAT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=173;TCR=134;TR=307;WE=19449611;WS=19449593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	19449686	rs2074090	G	T	10364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=199;PP=2965;SC=ACCTGGTGTCGGCCTGTGACC;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=172;TCR=199;TR=371;WE=19449694;WS=19449676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	19451591	rs2965190	A	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=67;PP=2965;SC=CCTTGGGGTAATCACAGTCAT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=167;WE=19451599;WS=19451581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	19453521	rs2965191	T	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=77;PP=2965;SC=GGGCCAGGGCTGGGGGCGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=167;WE=19453541;WS=19453511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	19453560	rs2301669	C	A	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=91;PP=2965;SC=CCCTGGTAACCCCTGCTGTCT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=124;TCR=92;TR=215;WE=19453568;WS=19453550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	19453742	rs2965192	A	G	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=55;PP=1574;SC=GCCAGACGCTAGCTGTACCAG;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=69;WE=19453750;WS=19453732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	19454828	rs2965193	G	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=53;PP=1665;SC=GACTGAATTCGCCAAGTGCAT;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=19454836;WS=19454818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	19466293	rs62135557	C	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=896;ReadPosRankSum=0.279;SC=CTCTTTTGTCCAACAAACCCT;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=65;WE=19466301;WS=19466283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,65:0.41:158
chr19	19545990	rs2916076	T	C	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TGTGTGAGCATAGTACCTGGA;SOR=0.994;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=70;WE=19545998;WS=19545980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr19	19547086	rs2916077	T	C	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=99;PP=2490;SC=CAGCAGGCTTTGGTCAGCTTC;SOR=2.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=22;TCR=99;TR=121;WE=19547094;WS=19547076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	19606481	rs113249403	TA	T	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TGTACTTTCATAAAAGCAGCA;SOR=1.244;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=10;WE=19606489;WS=19606471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr19	19606634	rs1047361	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=972;ReadPosRankSum=-1.263;SC=AGGCGTCCTCGAAGCTGGGGC;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=67;WE=19606642;WS=19606624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr19	19613381	rs892022	G	A	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=67;PP=1559;ReadPosRankSum=0.612;SC=CCCATTGTGGGGTTCACCCTT;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=172;TCF=41;TCR=131;TR=86;WE=19613389;WS=19613371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
chr19	19615981	rs111762799	T	TG	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TCTTCAGCTCTGGGGGGGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=9;WE=19615989;WS=19615971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr19	19616026	rs3752151	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.729;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=424;ReadPosRankSum=1.199;SC=GTAGTGTGGGTGGGTTTGCAA;SOR=1.480;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=26;WE=19616034;WS=19616016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr19	19625547	rs7250893	A	G	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=94;PP=2757;ReadPosRankSum=0.230;SC=GGCCTTCGGGATAGAGCACGC;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=518;TCF=283;TCR=235;TR=201;WE=19625555;WS=19625537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,208:0.39:534
chr19	19626734	rs80007081	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1187;ReadPosRankSum=-2.348;SC=GGCTCCTTTGAGAGCTCGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=184;TCR=90;TR=87;WE=19626742;WS=19626724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,91:0.32:283
chr19	19626769	rs17684164	C	T	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GCGCAACACCCCAGAGGCAAG;SOR=0.841;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=392;TCF=226;TCR=166;TR=136;WE=19626789;WS=19626759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,142:0.35:406
chr19	19626781	rs77254326	T	G	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AGAGGCAAGGTGAACGCGAGG;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=420;TCF=239;TCR=181;TR=151;WE=19626789;WS=19626759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,157:0.36:435
chr19	19637930	rs7251447	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=796;SC=CTCTGCCCACAGCCCTTGCCC;SOR=2.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=19637938;WS=19637920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr19	19638743	rs45631651	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=0.410;SC=GGGGCCACTGATCCTGGGGGA;SOR=0.869;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=35;WE=19638751;WS=19638733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr19	19643343	rs113527843	A	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=29;PP=1202;ReadPosRankSum=1.181;SC=GGAGGGTGGCATTGGGACCGG;SOR=0.454;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=223;TCF=157;TCR=66;TR=91;WE=19643351;WS=19643333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,98:0.42:234
chr19	19643636	rs8100927	C	G	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=75;PP=1706;ReadPosRankSum=0.006;SC=GGGTGGTTCACCCCTCAAGAA;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=287;TCF=98;TCR=189;TR=116;WE=19643644;WS=19643626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,117:0.40:294
chr19	19646272	rs2304098	T	C	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=93;PP=2041;ReadPosRankSum=0.686;SC=CAGCGCTGGGTGGCAAGCAAG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=217;TCR=258;TR=174;WE=19646280;WS=19646262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,182:0.38:484
chr19	19648346	rs1054930	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GCCACCCGCGGCCACACCGCA;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=9;WE=19648354;WS=19648336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	19649327	rs11670761	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=0.358;SC=GGACCCACGCGCTTCCCCGGG;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=14;WE=19649335;WS=19649317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	19651140	rs4808970	A	G	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=2296;ReadPosRankSum=2.201;SC=TGGCGCTGGAAGCGCGCACCA;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=307;TCF=152;TCR=155;TR=134;WE=19651148;WS=19651130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,139:0.43:322
chr19	19652157	rs76790018	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=295;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GGCGGTGCCTGGATGTAGAGA;SOR=1.222;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=18;WE=19652165;WS=19652147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	19653524	rs34067609	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=2289;ReadPosRankSum=0.883;SC=TCTAGCACTCGATCAAGAGAG;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=35;WE=19653533;WS=19653514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr19	19653525	rs10664406	A	AAG	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=2281;ReadPosRankSum=0.897;SC=CTAGCACTCGATCAAGAGAGG;SOR=0.701;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=31;WE=19653533;WS=19653514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr19	19654117	rs7252453	G	C	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=29;PP=2002;ReadPosRankSum=-1.819;SC=ACCTGGAGCTGCGGGGACTGC;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=267;TCF=196;TCR=71;TR=113;WE=19654125;WS=19654107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,116:0.42:277
chr19	19654189	rs45556231	G	A	5990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.405;SC=CCGTGCGCTCGGGCACTGCCC;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=707;TCF=443;TCR=264;TR=285;WE=19654204;WS=19654179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,294:0.41:725
chr19	19655670	rs11669558	C	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=114;PP=2674;ReadPosRankSum=1.525;SC=CCGGCTTCTCCGCCAACCCCC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=462;TCF=187;TCR=275;TR=191;WE=19655678;WS=19655660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,196:0.41:478
chr19	19656615	rs61744761	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1582;ReadPosRankSum=1.533;SC=CCTCTGACGGCTTCTCCAGAG;SOR=0.691;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=357;TCF=177;TCR=180;TR=112;WE=19656623;WS=19656605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,118:0.32:366
chr19	19735257	rs1266503	G	T	18495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=351;NR=321;PP=2965;SC=CATTGACCAGGGAGTTGGCCT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=674;TCF=351;TCR=323;TR=672;WE=19735265;WS=19735247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,688:1.00:688
chr19	19737686	rs33982830	C	T	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=1896;ReadPosRankSum=0.354;SC=TGTGCAGCTGCACGGCCATCA;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=132;WE=19737694;WS=19737676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,141:0.57:248
chr19	19740729	rs880090	C	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=370;ReadPosRankSum=-1.822;SC=ATGGGTCCGTCTTCACAATCT;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=20;WE=19740737;WS=19740719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	19751456	rs2043293	C	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=740;SC=CCCAGACCAGCCCAGTGGCAC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=19751464;WS=19751446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	19754149	rs4808975	G	C	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1297;ReadPosRankSum=0.723;SC=GAAGGGCTGGGGTCCTGAACC;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=83;WE=19754157;WS=19754139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,83:0.66:126
chr19	19758190	rs892035	T	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,116:0.38:308
chr19	19868879	rs247782	A	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=938;ReadPosRankSum=0.358;SC=AGACTTTTCCATGAATCTTCC;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=51;WE=19868887;WS=19868869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr19	19910183	rs34277739	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=831;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TAATGAAGGTATAGAGAACAC;SOR=0.496;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=65;WE=19910204;WS=19910173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,66:0.38:175
chr19	19916736	rs12973032	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AACTATTTCCTTGGGAACACA;SOR=0.301;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=20;WE=19916744;WS=19916729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr19	20011986	rs77506572	C	T	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=100;PP=2302;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CTCAGGTATCCCCTTAGTCAG;SOR=0.676;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=525;TCF=220;TCR=305;TR=169;WE=20011994;WS=20011976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,174:0.33:530
chr19	20150075	rs2286920	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=28;PP=1623;SC=GGGAGGCCCCAGTCCCGTCAC;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=91;WE=20150083;WS=20150065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	20150125	rs2286921	T	C	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=70;PP=2965;SC=TGCCCCCACCTCGGGATGCGC;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=201;WE=20150133;WS=20150115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	20150175	rs2286922	G	C	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=119;PP=2965;SC=CCGGGATGTCGTGGAGTCTTA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=151;TCR=122;TR=269;WE=20150183;WS=20150165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	20150247	rs2286923	A	C	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=129;PP=2965;SC=GTCACCGGGAACTACTAGAGC;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=84;TCR=129;TR=213;WE=20150255;WS=20150237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	20150380	rs2335896	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=573;SC=GTTCCCACTCTAGCGCCCATG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=20150388;WS=20150370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	20748522	rs12979592	C	A	9066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=185;PP=2965;SC=GCCACAGAGGCTGGGCCTCTA;SOR=1.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=128;TCR=185;TR=313;WE=20748530;WS=20748512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	20806770	rs34554673	T	TCA	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=8;PP=789;SC=ATATCAATTCTTAGTTAGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=20806778;WS=20806762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	20806824	rs10409289	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=596;SC=CACATTCACATGGTTTCTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=20806832;WS=20806814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	20808149	rs1991528	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=55;PP=2500;SC=AAGCTTTGCCACATTCTATAT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=20808157;WS=20808139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	20808515	rs1968385	T	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=75;PP=2230;SC=AATATAAATATATATATGCAG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=111;WE=20808523;WS=20808505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	20844340	rs3217340	G	GAAGT	4220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.122;QD=12.34;ReadPosRankSum=-2.548;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,117:0.34:342
chr19	21203552	rs2081054	C	T	9651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=0.165;SC=CCCTGTGACCCGCAGGTATTG;SOR=0.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=208;TCR=136;TR=342;WE=21203560;WS=21203542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr19	21205531	rs7252588	C	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=17;PP=1829;SC=CCAAGATATCCGCCATGGTTA;SOR=2.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=84;WE=21205539;WS=21205521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	21216536	rs3760839	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=815;SC=TTCCATATAGGAAAGAATTTT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=21216544;WS=21216526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	21217211	rs1470020	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=435;SC=CAAGTTTGCTATCAGAACCAA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=21217219;WS=21217201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	21299774	rs36125838	T	TATA	11652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.179;NF=43;NR=104;PP=2924;ReadPosRankSum=0.820;SC=CAAAAAAGGTTATGAACTAAA;SOR=0.348;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=167;TCF=44;TCR=123;TR=147;WE=21299782;WS=21299754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr19	21300462	rs2884554	A	G	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=ACAAAACATAAAAGAATTCAT;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=188;WE=21300470;WS=21300452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	21326358	rs17445374	A	G	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.082;NF=94;NR=68;PP=2516;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCATAGGACGACTTGAAATAT;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=162;WE=21326366;WS=21326348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,169:0.64:264
chr19	21349311	rs7256576	C	T	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=138;PP=2965;SC=CTAAATGTTTCATGTCTCTTT;SOR=1.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=81;TCR=138;TR=219;WE=21349319;WS=21349301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	21350520	rs113788883	TA	T	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=2.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,74:0.21:353
chr19	21477379	rs504280	C	T	4602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=92;PP=2862;ReadPosRankSum=-2.686;SC=TGTCACACACCGGTTAAGTCC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=166;TCR=158;TR=192;WE=21477387;WS=21477369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,205:0.60:343
chr19	21477431	rs1781873	T	C	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=73;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TCCACACTTTTACAGCCTTTC;SOR=0.842;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=295;TCF=118;TCR=177;TR=116;WE=21477439;WS=21477421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,117:0.38:307
chr19	21491951	rs685844	T	A	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=22;PP=1819;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CTAGAAACTTTGGAACACAGA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=133;TCR=38;TR=100;WE=21491959;WS=21491941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,104:0.59:175
chr19	21492062	rs547516	G	A	15959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=267;NR=318;PP=2965;SC=GGGTTTGGCTGCCATCTCGTG;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=590;TCF=269;TCR=321;TR=585;WE=21492070;WS=21492039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr19	21493258	rs669560	T	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	21493278	rs34067558	TA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.268;QD=5.41;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	21541806	rs2012013	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=720;ReadPosRankSum=2.548;SC=TTCTTTGTCTTTGGCTGCCGC;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=43;WE=21541814;WS=21541796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr19	21544503	rs12981775	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=1419;ReadPosRankSum=0.106;SC=ACCGAGATATCTGCCATGGTT;SOR=1.175;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=32;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr19	21544514	rs12981564	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.015;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=1419;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGCCATGGTTATGTCAGCTAG;SOR=1.410;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=40;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr19	21544571	rs1142653	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=832;ReadPosRankSum=1.641;SC=CCCATAGGACGACCTGAGGTA;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=212;TCF=125;TCR=87;TR=72;WE=21544579;WS=21544561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,76:0.34:222
chr19	21544714	rs12982282	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=373;ReadPosRankSum=0.333;SC=AAAACATGCTCTACTAAAAAT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=28;WE=21544722;WS=21544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr19	21558311	rs2914645	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=377;SC=ATTATCCATGCAGAAAAAAAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=21558319;WS=21558301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	21558818	rs376940300	CA	C	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=2.137;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,30:0.24:124
chr19	21560141	rs1875256	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=170;SC=ACTGCCTTCAGTTCCTCTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=21560149;WS=21560135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	21560314	rs112058265	G	GCACA	1769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=778;ReadPosRankSum=0.798;SC=ACACAGACGTGCACACACACA;SOR=0.673;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=32;WE=21560323;WS=21560304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr19	21561508	rs145776873	TCTC	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr19	21580012	rs62110379	T	G	6707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CTTCGTGACCTGAAGATACTG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=449;TCF=243;TCR=206;TR=295;WE=21580020;WS=21580002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,312:0.66:471
chr19	21587918	rs7254059	G	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,127:0.42:301
chr19	21588165	rs2650847	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=477;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TGAGTTTCTGGTGCCTGTTTT;SOR=2.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=26;WE=21588173;WS=21588155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr19	21588692	rs1055753	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-1.150;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr19	21606429	rs4621113	G	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.833;NF=45;NR=22;PP=967;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CCCTATAAATGTGAAGAATGT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=115;TCR=62;TR=67;WE=21606437;WS=21606419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,70:0.37:188
chr19	21607878	rs34723025	ATAAT	A	3218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.827;NF=6;NR=31;PP=1665;ReadPosRankSum=1.426;SC=TACACATAAGATAATTAATGC;SOR=0.540;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=37;WE=21607889;WS=21607868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr19	21688495	rs73017722	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TTCTTAGAGGCCCAGCCTGTG;SOR=1.030;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=190;TCF=132;TCR=58;TR=72;WE=21688503;WS=21688485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,72:0.38:191
chr19	21688602	rs10420016	C	G	12939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=239;NR=234;PP=2965;SC=CTGACATCCCCAGAGAGGGGG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=240;TCR=234;TR=473;WE=21688610;WS=21688592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr19	21712415	rs35176838	T	TTC	5003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.500;NF=42;NR=38;PP=2978;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTCAATATATTTCTCTCTCTT;SOR=0.299;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=80;WE=21712423;WS=21712392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,146:0.70:210
chr19	21719026	rs201440300	G	GTA	1059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGTTTGTGACGTATATATATC;SOR=0.170;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=25;WE=21719034;WS=21719016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	21719401	rs35782355	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=384;ReadPosRankSum=0.305;SC=GCAAATCATTTTGCATGCTTT;SOR=0.459;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=28;WE=21719409;WS=21719391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr19	21720803	rs2562473	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=986;ReadPosRankSum=1.885;SC=TGTGGTGGCTCATGCCTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=72;WE=21720811;WS=21720793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr19	21736788	rs2562502	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=46;NR=78;PP=2516;SC=TTGGTTTTTTTACATACTCCC;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=124;WE=21736796;WS=21736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	21838002	rs7351091	G	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=33;PP=1286;SC=AGCAGGACATGAAAGATTCTT;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=21838010;WS=21837992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	21838113	rs34320073	A	AGAT	1913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=1308;SC=TACACAAAGAAGATAACAAAC;SOR=1.828;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=24;WE=21838121;WS=21838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	21838146	rs7351088	C	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=43.85;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	21838146	.	CA	TG	1106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=60.6;NF=9;NR=15;PP=1106;QD=48.3111614526;SC=TGATAACTACCAAGAGCAATA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=24;WE=21838155;WS=21838136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr19	21838147	rs7351087	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=45.11;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	21838240	rs6511279	C	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=13;PP=1118;SC=TAGAAAGAAACCTTTCAAATG;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=21838248;WS=21838230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	21838351	rs7508059	A	G	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=83;PP=2965;SC=TTGTGGCAAAACCTTCAACTG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=176;WE=21838359;WS=21838341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	21838492	rs6511280	C	G	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=47;PP=2618;SC=TGGAGAGAAACCGTACAGATG;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=118;WE=21838500;WS=21838482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	21838565	rs6511281	T	C	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=100;PP=2965;SC=AGAATTCATATTGGAGAGAAA;SOR=0.972;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=245;WE=21838573;WS=21838555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	21838657	rs7508494	G	A	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=161;PP=2965;SC=TGCTGGAGAGGAGCCCTACAA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=158;TCR=162;TR=319;WE=21838665;WS=21838647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	21838785	rs10422946	C	T	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=79;PP=2965;SC=TTAACCACTCCTCAACTCCTA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=162;WE=21838793;WS=21838775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	21838830	rs10422804	A	C	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=GAGAGAAACCATACAAATGTG;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=21838838;WS=21838820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	21909948	rs7246400	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=83;PP=2965;SC=CTTATGTTTAGTAAGGTATGA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=158;WE=21909956;WS=21909938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr19	22153495	rs2359812	A	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=514;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TCATTTGTAGAGTTTCTCTCC;SOR=1.050;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=42;WE=22153503;WS=22153485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr19	22154954	rs2214301	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=765;ReadPosRankSum=0.983;SC=CTTATGATAACTAAGGGTTGA;SOR=0.799;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=58;WE=22154962;WS=22154944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr19	22157302	rs10419899	G	A	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.115;NF=79;NR=75;PP=2136;ReadPosRankSum=1.286;SC=ATGATCTGACGTATTCTTTAC;SOR=0.632;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=296;TCF=149;TCR=147;TR=154;WE=22157310;WS=22157292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,161:0.51:313
chr19	22171646	rs202153431	A	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=8.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-12.079;QD=0.92;ReadPosRankSum=2.991;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,47:0.09:515
chr19	22171651	rs199911466	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=8.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-12.070;QD=0.96;ReadPosRankSum=4.081;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,45:0.09:505
chr19	22171880	rs4574045	C	T	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	22193451	rs2040654	C	G	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=42;PP=2612;SC=ATGGCTGAACCGGACTGAGGT;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=137;WE=22193459;WS=22193441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	22235307	rs415291	C	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=586;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CGCTCTAGCCCGAGCTGCAGG;SOR=0.332;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=39;WE=22235315;WS=22235297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr19	22235491	rs387343	T	G	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=2095;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GGTTGGAACCTGTGGGAAGTC;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=137;TCR=168;TR=147;WE=22235499;WS=22235481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,147:0.47:312
chr19	22235526	rs387315	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=69;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CAGGCCTCCTTGCAGTCAGCC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=77;TCR=149;TR=103;WE=22235534;WS=22235516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,103:0.45:229
chr19	22235577	rs408312	C	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=743;ReadPosRankSum=1.094;SC=AGCTCGGCCTCGGTCCCCCTC;SOR=0.416;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=43;WE=22235585;WS=22235567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr19	22235620	rs423926	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGACAGCCGGGACCCCGGGCG;SOR=0.304;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=18;WE=22235628;WS=22235610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr19	22256396	rs3752163	G	A	5068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.475;NF=106;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.146;SC=AGTACAACAGGTGAAACAGAT;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=204;TCR=236;TR=229;WE=22256404;WS=22256386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,242:0.52:464
chr19	22363826	rs7252593	G	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=6.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-1.791;QD=5.57;ReadPosRankSum=-5.065;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,55:0.25:219
chr19	22363844	rs7252604	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=4.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-4.343;QD=1.31;ReadPosRankSum=-4.948;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,19:0.10:187
chr19	22364233	rs12986319	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=798;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTATAACCTTCTTTGTGCACG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=54;WE=22364241;WS=22364223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
chr19	22469233	rs808373	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=37;PP=2376;SC=CGTTGTTTCTGGTTGCAGCCG;SOR=1.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=125;WE=22469241;WS=22469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	22585517	.	A	C	1613	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=44.34;NF=66;NR=9;PP=1613;QD=21.970282834;SC=ATTTTAAGGAATGGCTTTTTT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=75;WE=22585542;WS=22585507;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,75:0.80:94
chr19	22586192	rs1368476	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.12;QD=27.32;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	22605103	rs11669353	G	C	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=129;PP=2965;SC=GACACAGAAGGGCGAAGACGA;SOR=1.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=70;TR=199;WE=22605111;WS=22605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	22605120	rs11669356	G	T	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=104;PP=2909;SC=ACGAGACCAGGAACTCCGGCT;SOR=1.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=52;TCR=106;TR=156;WE=22605128;WS=22605110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	22782955	rs3214614	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TTATTGTCTGCTTTTTTTTCC;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=22782963;WS=22782951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	22784679	rs115581662	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=1.321;SC=ACGGAGGGTGGGGGAGAAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=22784687;WS=22784669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	22784843	rs11670104	T	G	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1371;ReadPosRankSum=1.103;SC=AGTCCATGGTTAGCCTACTCC;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=100;WE=22784851;WS=22784833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr19	22785134	rs11670207	T	C	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=92;PP=2051;ReadPosRankSum=0.492;SC=CCAGTGCAGATGGGGAGCAGG;SOR=0.555;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=357;TCF=161;TCR=196;TR=174;WE=22785142;WS=22785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,184:0.50:370
chr19	22785278	rs141007327	G	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=690;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TGTGTGGGGGGACCCACCGGG;SOR=1.178;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=47;WE=22785286;WS=22785268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr19	22785453	rs60588450	G	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=1879;ReadPosRankSum=0.289;SC=GAAAGAGCGGGTGGAGGAGCT;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=130;TCR=103;TR=116;WE=22785461;WS=22785443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,120:0.49:244
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chr19	22786126	rs2304143	T	A	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=43;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.337;SC=ATGCAGCTGTTTGGTGAGATG;SOR=1.004;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=302;TCF=199;TCR=103;TR=140;WE=22786134;WS=22786116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,147:0.47:314
chr19	22786284	rs141668737	G	GC	2637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=82;PP=1841;ReadPosRankSum=0.607;SC=GGGAGGCTCCGCCCCCCCATG;SOR=0.820;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=256;TCF=10;TCR=246;TR=86;WE=22786298;WS=22786274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,139:0.41:338
chr19	22869486	rs71357917	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.297;NF=29;NR=40;PP=860;ReadPosRankSum=0.748;SC=ATGCTTGTGACAACATCTCAA;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=69;WE=22869494;WS=22869476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,72:0.42:170
chr19	23328940	rs7247102	G	A	5436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=95;PP=2965;SC=CATACTGGAGGGAAACCCTAC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=184;WE=23328948;WS=23328930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	23406165	rs2885604	T	C	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=44;PP=1428;SC=TAAGGGTTGATGATTGGTTAA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=23406173;WS=23406155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	23406801	rs8110795	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=326;ReadPosRankSum=-1.053;SC=GAAGGTCTTGGGCAAAATAAC;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=31;WE=23406809;WS=23406791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr19	23413937	rs7256859	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=8;PP=2510;SC=TGCCCGCCTTAGCCTCTCCAA;SOR=4.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=85;TCR=8;TR=92;WE=23413945;WS=23413927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	23414167	rs4932841	T	G	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=61;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GCAATACCTGTTTTATTAAAA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=64;TCR=153;TR=86;WE=23414175;WS=23414157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,90:0.40:226
chr19	23433107	rs10405424	G	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1707;ReadPosRankSum=-2.496;SC=TTGCAGGTCAGAGGGCCACAG;SOR=0.430;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=111;WE=23433115;WS=23433097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr19	23542697	rs1821845	G	C	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=80;PP=2965;SC=TAAAAGCTTTGCCACATTCTT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=180;WE=23542705;WS=23542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	23545250	rs1044095	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=32;PP=1387;SC=ATTTCTTTCCAGTATGTCTTA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=23545258;WS=23545240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	23545516	rs112713994	G	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.416;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=576;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TGAGGAAAATGAGGACATATA;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=35;WE=23545538;WS=23545506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr19	23837145	rs11671053	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=929;SC=GCAGAAATTCACCTTGGTATA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=23837153;WS=23837135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	23837365	rs4380159	A	C	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=78;PP=2965;SC=CCCTTGTGCAACTTACATTCA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=175;WE=23837373;WS=23837355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	23845038	rs10418600	T	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=2.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	23845042	rs10418602	T	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.00;SOR=2.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	23869684	rs4020520	G	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=20;PP=1782;SC=TCTTATGGCTGCAGGGGACTG;SOR=2.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=23869692;WS=23869674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	23869823	rs2364624	T	G	8092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.055;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.574;SC=GTCGCACCCGTAACTCTCACC;SOR=0.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=144;TCR=135;TR=277;WE=23869831;WS=23869813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,292:1.00:293
chr19	23869941	rs2364625	A	G	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=ACACAGAGCAATGAAAGCGAG;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=23869949;WS=23869931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	23926332	rs10405811	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=215;SC=CTTCACACTTGTAGGTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=23926340;WS=23926322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	23927252	rs1818990	C	T	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=61;PP=2965;SC=TTCTTCACATCTGTAGGGCTT;SOR=0.968;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=152;WE=23927260;WS=23927242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	23927468	rs1818989	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=27;PP=1047;SC=AGTAAGGGTTAAGGACTGATT;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=23927476;WS=23927458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	23927741	rs61397759	CCA	C	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=424;ReadPosRankSum=0.682;SC=AAAGGCTTTTCCACAGTCTTC;SOR=0.657;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=23927750;WS=23927731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr19	23928102	rs7248674	C	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=60;PP=1714;SC=GGTGAAAAGTCTTGGGCAAAA;SOR=1.336;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=98;WE=23928110;WS=23928092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	23941459	rs6417220	G	A	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=46;PP=2825;SC=GGAGAACTCAGGGCGCAAATT;SOR=1.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=97;TCR=46;TR=142;WE=23941467;WS=23941449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	24289017	rs77922372	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.677;SC=CTTCAAGATGTTTCATCTTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=24289025;WS=24289007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	24345092	rs112811130	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.499;NF=21;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=1.618;SC=TGTTGGAATGCCAGATGAAAC;SOR=0.909;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=32;WE=24345100;WS=24345082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr19	29567046	rs1549945	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGTCCTTCAATCTGTGCCCTT;SOR=0.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=35;WE=29567054;WS=29567036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr19	29567134	rs1549944	T	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GAAATGGCTTTTGGATCAGTG;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=77;WE=29567142;WS=29567124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr19	29704002	rs11666764	T	C	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.75;QD=44.46;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr19	30019505	rs35111102	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=387;ReadPosRankSum=-1.294;SC=AGCCTTGCATCGGTGGCTGCT;SOR=0.323;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=21;WE=30019513;WS=30019495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	30020678	rs35700860	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GCCAGAAGAGTAGGTTTGGGA;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=92;TCR=36;TR=66;WE=30020686;WS=30020668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr19	30106298	rs189372850	G	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1695;ReadPosRankSum=1.630;SC=ATTCTTTGCCGTCTAAGGCAG;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=117;WE=30106306;WS=30106288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,129:0.61:211
chr19	30193721	rs10424582	G	A	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=94;PP=2965;SC=TGACCAGCGCGGTCAGCTGCA;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=128;TCR=94;TR=222;WE=30193729;WS=30193711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	30303714	rs3218029	T	TC	5758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=78;PP=2979;SC=TTGGGGAGCATCCCCCCCATC;SOR=0.768;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=114;WE=30303722;WS=30303704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	30313523	rs67602822	CCTT	C	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=585;ReadPosRankSum=0.997;SC=CAGTGCTGCTCCTTCTTTCAG;SOR=1.035;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=15;WE=30313533;WS=30313513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	30313576	rs3218069	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ATAGGCCAGCCGCGGTGGTTC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=30313584;WS=30313566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	30314666	rs7257694	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AGCAGAGCAGCGGGCCGGAAA;SOR=0.619;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=32;WE=30314674;WS=30314656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr19	30433668	rs1990903	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=680;SC=CCCAGCTGCCCGGGCCCCCGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=30433676;WS=30433658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	30500118	rs3840928	GTGA	G	8125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.307;NF=59;NR=156;PP=2993;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TCTTACCACAGTGATGATGAT;SOR=0.977;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=271;TCF=73;TCR=198;TR=215;WE=30500134;WS=30500102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,326:0.94:348
chr19	30505697	rs75312381	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=361;ReadPosRankSum=0.320;SC=CTCGTGAATTTACTTTTAATG;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=16;WE=30505705;WS=30505690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr19	31025747	rs117798694	G	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TTTCTCCTTCGCTGCAGACAT;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=88;WE=31025755;WS=31025737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,97:0.51:190
chr19	31038995	rs1469705	T	C	6292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.754;SC=ACCACAAGGATGAGATGTCAA;SOR=0.250;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=230;TCF=120;TCR=110;TR=228;WE=31039003;WS=31038978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr19	31048232	rs12489	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=656;SC=TACACACGGTGCACCAATCTA;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=31048240;WS=31048222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	31768416	rs3745784	A	G	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1422;ReadPosRankSum=0.832;SC=TGGCCACAGCAGCCTTCTCCG;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=95;TCR=105;TR=96;WE=31768424;WS=31768406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,99:0.50:200
chr19	31769293	rs143453460	T	C	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1532;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CTTCTTGACCTCCACATTCAG;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=98;WE=31769301;WS=31769283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,101:0.46:221
chr19	31770009	rs28609894	C	T	11538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=0.578;SC=TCATGTGCACCGTCAACTCCA;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=172;TCR=227;TR=398;WE=31770017;WS=31769999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,411:1.00:412
chr19	31840190	rs71173962	AG	A	1702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=36;PP=1414;SC=ACAGGGAGGGAGGGGGCGGCG;SOR=1.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=39;WE=31840198;WS=31840180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	31930388	rs8103449	A	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=27;PP=2027;SC=GGTCTGGATAACTTGCACAGA;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=31930396;WS=31930378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	31930590	.	AGAG	A	2043.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.23;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr19	31930594	.	A	AT	2043.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.64;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr19	32083696	rs7245697	T	C	9038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=150;NR=166;PP=2965;SC=ATGGCTCTACTGCCGTCCACC;SOR=0.860;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=151;TCR=166;TR=316;WE=32083704;WS=32083686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	32873698	rs2270399	A	G	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=75;PP=2965;SC=CTGGAAGTTCAGAAAATGCAG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=152;WE=32873706;WS=32873688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	32930069	rs6510249	G	A	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=126;PP=2965;SC=AGAACTGGGCGCTGCCATTCT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=128;TCR=126;TR=254;WE=32930077;WS=32930059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	32948885	rs11385163	A	AT	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=611;ReadPosRankSum=0.902;SC=ACATTTACTGATTTTGTACAC;SOR=0.671;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=19;WE=32948893;WS=32948875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr19	32954725	rs1544511	G	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=943;SC=CAGAATCCAGGTTTATATACA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=45;WE=32954733;WS=32954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	32955406	rs7252536	A	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	33072069	rs10402931	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=534;SC=TGGATTGGTGGCGCCTGGGCC;SOR=2.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=33072077;WS=33072059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	33072085	rs10405535	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=802;SC=GGGCCCCGCGAGCGCCTGCGC;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=33072093;WS=33072075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	33072266	rs10411464	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1418;SC=GGCTTGGCCCTCGCGGGGCGC;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=68;WE=33072274;WS=33072256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	33072314	rs71351177	G	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=455;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CTCCGGGGCGGAGGCTCTGGG;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=25;WE=33072322;WS=33072304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr19	33072913	rs71351178	T	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.549;SC=AGGTTGTGGTTTTAGACGTTC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=33072921;WS=33072903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	33073086	rs71176137	G	GT	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	33119883	rs6510274	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CTGGAGTGCAATGGTGTGATC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=33119891;WS=33119873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	33130496	rs11084666	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCTAGTCAGTTGGTTCGCTCA;SOR=2.124;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=16;WE=33130504;WS=33130486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	33131336	rs10416829	T	C	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=103;PP=2222;ReadPosRankSum=0.368;SC=GAGATTCAAATGGACTGACAA;SOR=0.480;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=339;TCF=124;TCR=215;TR=171;WE=33131344;WS=33131326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,183:0.50:364
chr19	33134635	rs259228	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AAGTGCTAACACAAGCTTTAT;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=33134643;WS=33134625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	33135458	rs259225	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TCCTACAGGGCCTAGGCCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=18;WE=33135466;WS=33135448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	33137629	rs259220	T	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=496;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CTTCACCCCATTGTGGGTTTG;SOR=0.510;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=27;WE=33137637;WS=33137619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr19	33140719	rs7246047	C	G	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=64;PP=1441;ReadPosRankSum=1.338;SC=CAATTCGGGGCAACATTAGAC;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=194;TCF=51;TCR=143;TR=84;WE=33140727;WS=33140709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,92:0.46:201
chr19	33167837	rs35413309	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=573;ReadPosRankSum=-2.124;SC=GTGCTGCTGGCGGCTGTGGCC;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=42;WE=33167845;WS=33167827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr19	33182746	rs10413279	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	33182750	rs80137870	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	33182751	rs10413282	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	33183291	rs8108621	G	A	17502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=323;PP=2965;SC=CTGCTGCTGCGGCCCAGGACT;SOR=2.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=448;TCF=125;TCR=323;TR=447;WE=33183299;WS=33183281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr19	33183316	rs8109823	A	G	13227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=225;PP=2965;SC=CACCAGGCCCAGCACCCGGGC;SOR=2.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=58;TCR=225;TR=283;WE=33183324;WS=33183306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr19	33211069	rs13346373	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=824;SC=CAGCCGCGCACAGCCTCCCAC;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=33211077;WS=33211059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	33239450	rs4805805	C	G	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=92;PP=2808;SC=AAGCCAGTGCCTGATCACTGC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=42;TCR=92;TR=134;WE=33239458;WS=33239440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	33240570	rs9783983	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=15;PP=777;SC=GGTCCTGCCCGAGGAAGACAT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=33240578;WS=33240560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	33264348	rs12608647	G	T	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=70;PP=2965;SC=CTGAAGAAAAGTTTTCTTTTA;SOR=1.202;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=116;TCR=70;TR=185;WE=33264356;WS=33264338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	33281924	rs11881633	A	G	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=GAACAAGATCAAGCCCTGCTT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=171;WE=33281932;WS=33281914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	33282109	rs11878874	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=426;SC=TTTGAGATTACAGGCATGAGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=33282117;WS=33282099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	33292568	rs12976876	A	T	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=15;PP=1396;SC=TCACAGATAAATTAAAGTGCT;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=33292576;WS=33292558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	33294082	rs10404371	G	A	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=77;PP=2600;SC=TTAAACTGATGTATAACCTGC;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=144;WE=33294090;WS=33294072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	33304690	rs8107900	C	T	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=38;PP=1246;SC=ATGGTAAGTACGCATTTTTTC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=33304698;WS=33304680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	33304711	rs67051599	ATTTG	A	2327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=31;PP=1726;SC=TTAGAAATAAATTTGTTTGAA;SOR=1.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=33304725;WS=33304701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	33304717	rs61062732	T	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=30;PP=1030;SC=ATAAATTTGTTTGAATGGGCG;SOR=1.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=44;WE=33304725;WS=33304701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	33308824	rs34549089	AG	A	898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=4;PP=1920;SC=CAGCCCACCCAGGCATCCTAG;SOR=3.014;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=47;WE=33308832;WS=33308814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33308875	rs77102946	CAA	C	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr19	33316928	rs140235732	G	GTA	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.26;NF=24;NR=1;PP=1192;SC=GTACAAAAAAGTATATATATA;SOR=3.611;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=25;WE=33316936;WS=33316918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	33321447	rs2287884	A	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=149;SC=TTTATTCGTAAGAAAAAAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=33321455;WS=33321437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	33321717	rs10645053	A	AGG	4076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=47;PP=2526;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SOR=1.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=52;WE=33321725;WS=33321707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	33332952	rs2287882	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=807;SC=CTCTAAAATACGATATTTTAA;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=33332960;WS=33332942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	33333155	rs2287881	G	A	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=129;PP=2965;SC=ACAGCCATGCGGCAAAGCTGA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=101;TCR=129;TR=230;WE=33333163;WS=33333145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	33349488	rs2287879	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=78;PP=2079;SC=GGGTCTTTCTTGGCCTCCAAG;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=33349496;WS=33349478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	33351695	rs2287878	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=387;SC=AGGTGAATTTTTTTCCAGGTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=33351703;WS=33351685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	33353041	rs1007161	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=775;SC=CATAGGCCCAGAGTCCATTGT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=33353049;WS=33353031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	33353061	rs1007160	G	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=922;SC=TAAAACGCCAGGCTGATGGCT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=33353069;WS=33353051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	33353343	rs11084671	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=937;SC=GTGCCCGTGCAGGGCCCACCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=33353351;WS=33353333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	33353464	rs11084673	G	A	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	33355055	rs12150889	A	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=43;PP=2261;SC=CTTGCAGCCCACATAGAAGGG;SOR=1.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=128;WE=33355063;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	33355081	rs35170371	G	A	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=65;PP=2965;SC=ACACATACTCGGAGAAGCTGA;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=116;TCR=65;TR=181;WE=33355089;WS=33355071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	33355513	rs12150904	A	C	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=21;PP=2332;SC=CGGGGCTGCAACAGGCTCCCA;SOR=2.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=97;WE=33355521;WS=33355503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	33390796	rs10418340	G	A	7754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=110;PP=2965;SC=CCTGGGTTATGTTTTCTGCCA;SOR=1.024;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=160;TCR=110;TR=269;WE=33390804;WS=33390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	33392087	rs7253415	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=19;PP=1669;SC=CCACTGTACCCAGACCATTTG;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=33392095;WS=33392077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	33406442	rs7246178	A	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=70;PP=1980;SC=CAAAAGAGGAAGATAAAAACT;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=33406450;WS=33406432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	33406484	rs7260149	G	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1211;SC=ACACAATTATGGGCTATTAGG;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=33406492;WS=33406474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	33406549	rs7246326	A	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=221;SC=CTTTTGAGCCAGACGTGGTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=33406557;WS=33406539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	33416959	rs77177810	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr19	33418037	.	C	CCCAT	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=365;SC=TACCCACCTACCCATCCATCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=33418045;WS=33418027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	33430816	rs12461782	T	G	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=31;PP=1150;SC=GAGAGAGAGATAAACTTTTAA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=33430824;WS=33430806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	33439158	rs12710001	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr19	33439187	rs3764633	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	33444453	rs75223967	T	G	8648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.811;QD=23.63;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,222:0.61:366
chr19	33444456	rs2944021	A	G	5632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.897;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,215:0.56:386
chr19	33444479	rs79480383	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,63:0.13:474
chr19	33444511	rs80283382	T	C	7287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=2.057;SC=ACTGGGAACATAGAAAACACC;SOR=1.132;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=523;TCF=265;TCR=258;TR=308;WE=33444527;WS=33444501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,264:0.54:490
chr19	33444519	rs146108457	A	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=5.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.817;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,92:0.19:479
chr19	33444556	rs73579706	T	C	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=31.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.935;SC=AGGTCATCACTGTGGCCTCCT;SOR=1.398;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=405;TCF=171;TCR=234;TR=213;WE=33444564;WS=33444546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,150:0.43:346
chr19	33444576	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=28;MQ=59.74;NF=39;NR=110;PP=2962;QD=20;SC=TCTGTCCTCCCGGGCACTGAC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=301;TCF=103;TCR=198;TR=149;WE=33444596;WS=33444566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr19	33444588	.	T	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=59.68;NF=9;NR=92;PP=2962;QD=20;SC=GGCACTGACATCCCCCAATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=239;TCF=72;TCR=167;TR=101;WE=33444596;WS=33444566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:138,101:0.42:239
chr19	33444707	rs10411735	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GCCAATTTGGCCTGTATTAGA;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=23;WE=33444715;WS=33444697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr19	33467357	rs2304102	G	A	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AAACCAAAGAGCCCAGTAAGA;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=74;WE=33467365;WS=33467336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr19	33467576	rs7258185	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=518;ReadPosRankSum=0.718;SC=CCTTCTTCACGCAGCCCAGGT;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=34;WE=33467584;WS=33467566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr19	33467620	rs7247715	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=656;SC=CATCTTCTCCTGAGACCACAA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=33467628;WS=33467610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	33470874	rs8099835	A	G	6699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=103;PP=2965;SC=GGAAATGTTCAGGGCCTGAAC;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=146;TCR=103;TR=249;WE=33470882;WS=33470864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	33481388	rs7250684	C	T	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=22;PP=2675;SC=TCCACGCCACCACTGACTGCC;SOR=2.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=95;TCR=22;TR=116;WE=33481396;WS=33481378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	33486810	rs4805026	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.27;QD=45.23;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33486822	rs8110267	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=3;PP=1013;SC=CCTGTGCAGCTCTCCTTGTGC;SOR=4.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	33487071	rs12610600	G	C,T	6814.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=69,63;NR=76,65;PP=1844,1938;SC=TGCAGAGGCTGGCCTCCCGCA;SOR=0.860;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=132;TCR=141;TR=145,128;WE=33487079;WS=33487061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:282
chr19	33487182	rs11084689	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=60;PP=1769;SC=CAGAGCATAAAGGCCCAAGGG;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=33487190;WS=33487172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	33487251	rs8110730	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=477;SC=AGCTAGAGCCTGTGATACCCT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=33487259;WS=33487241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	33490480	rs74603434	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.867;NF=9;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CTGGGTGCAGGGGGACACGCA;SOR=0.326;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=12;WE=33490488;WS=33490470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr19	33490685	rs8109247	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=864;SC=TTCTCTACCATGTCTCCAGCT;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=33490693;WS=33490675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	33493334	rs12610963	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.87;MQRankSum=0.835;NF=20;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=0.450;SC=ACACTGGGAAGGGGCAGCCCG;SOR=0.479;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=42;WE=33493342;WS=33493324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr19	33498978	rs2163807	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=356;ReadPosRankSum=0.089;SC=TCTGCCGATCACACCGGGTCC;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=25;WE=33498986;WS=33498968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr19	33503799	rs12460205	T	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TAGTTTTTTTTAATACGGAGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=33503807;WS=33503789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr19	33512632	rs34594918	CA	C	17473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=33;NR=276;PP=2951;SC=CTCAGCAGCCCAAGCTCAGGT;SOR=1.226;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=34;TCR=285;TR=309;WE=33512640;WS=33512616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr19	33572089	rs28372855	G	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=993;ReadPosRankSum=0.596;SC=GGCGGGGCCCGGAAGAGCAGG;SOR=0.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=33572097;WS=33572079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr19	33572290	rs186203529	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1226;SC=CGCTGGGAACACGGCGACGAG;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=33572298;WS=33572280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	33579128	rs7259333	T	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	33584479	rs12460195	G	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=98;PP=2965;SC=TTGCATATGTGTGATTCTCTT;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=161;WE=33584487;WS=33584469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	33586739	rs13345542	G	C	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.114;SC=ATTGCATGGTGTGACTGACCT;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=143;TCR=136;TR=276;WE=33586747;WS=33586729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,292:0.99:295
chr19	33592301	rs10410778	C	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=374;SC=ATGACACGTACTATTTATGTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=33592309;WS=33592291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr19	33597930	rs3760893	C	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=651;SC=TGTGGAAATACCACTATTTAT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=33597938;WS=33597920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr19	33603288	rs3837972	AC	A	3650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=28;PP=2772;SC=TATAGCACAAACTTTTTTCAC;SOR=1.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=33603296;WS=33603277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	33605300	rs10416265	A	G	9539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=190;PP=2965;SC=GAGGAAGAGCATGCACCAGAA;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=160;TCR=190;TR=350;WE=33605320;WS=33605290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr19	33605312	rs10421769	T	C	8948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=179;PP=2965;SC=GCACCAGAATTATCCGCAAAT;SOR=1.087;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=134;TCR=179;TR=313;WE=33605320;WS=33605290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr19	33608733	rs2287681	C	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=811;SC=CAATACAGACCGTCAACAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=33608741;WS=33608723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr19	33620897	rs3826906	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=314;SC=CTTCATTGTGGGTTATTGTGA;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=33620905;WS=33620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	33620993	rs35506888	T	TCC	5694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=36;PP=2974;SC=GTTTTTCACTTTAGCTAACTT;SOR=1.366;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=69;WE=33621001;WS=33620983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	33635761	rs3848596	C	T	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=51;PP=1635;ReadPosRankSum=-0.802;SC=ATCCGGTGGACGGTTCTGTGG;SOR=1.036;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=281;TCF=155;TCR=126;TR=126;WE=33635769;WS=33635751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,139:0.46:304
chr19	33635853	rs3848597	G	A	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCTTTCCCTCGTCTTACACTG;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=70;WE=33635861;WS=33635843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,69:0.43:160
chr19	33635877	rs3848598	T	C	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=10.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=2.001;SOR=1.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr19	33635887	rs3848599	T	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=2.003;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr19	33635991	rs10410058	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GGTCTCAAGCGATTCTCCTCC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=33635999;WS=33635981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	33636010	rs10411610	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCTGCATTGGCCTCCCAAAGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=33636018;WS=33636000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	33638539	rs7249216	T	A	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1715;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GTCATCGTCATCTTATTTCCA;SOR=0.819;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=212;TCF=125;TCR=87;TR=105;WE=33638547;WS=33638529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,112:0.51:221
chr19	33638641	rs35863323	T	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.995;SC=AGTGGGGGCGTTGGTTGCAGC;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=50;TCR=92;TR=76;WE=33638649;WS=33638631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr19	33642273	rs12327849	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.284;SC=CCCATTCATGACTTCCTGAAT;SOR=1.197;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=24;WE=33642281;WS=33642263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr19	33655144	rs1981827	C	T	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.928;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=64;PP=2094;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TTAGCAACAACAAGAAATGGA;SOR=0.978;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=156;TCR=133;TR=147;WE=33655152;WS=33655134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,155:0.52:297
chr19	33663354	rs62125333	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=823;ReadPosRankSum=1.270;SC=CAGGTTGGTATTGGGTAAAAT;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=57;WE=33663362;WS=33663344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chr19	33666154	rs139387848	AAAAC	A	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.038;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	33685836	rs60145560	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=29;PP=1040;SC=CTGACCGACCTCCTCTCCGGC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=33685844;WS=33685826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	33687750	rs3760890	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=939;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TCCCTGAAGACAGGCCTTCAG;SOR=0.521;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=80;WE=33687758;WS=33687740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr19	33695830	rs11666900	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=39;PP=902;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CCGGCCCACAGGGGCGGCACC;SOR=1.211;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=45;WE=33695838;WS=33695820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr19	33696708	rs2112800	T	C	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=129;PP=2965;SC=GCCGCCTCACTGTGGCCTACC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=140;TCR=130;TR=269;WE=33696716;WS=33696698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	33696897	rs11084712	C	T	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1963;ReadPosRankSum=2.124;SC=GTGCCAGCGGCCGAGACGAGC;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=125;TCR=128;TR=126;WE=33696905;WS=33696887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,128:0.50:257
chr19	33698291	rs3745974	T	C	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=71;PP=2965;SC=GAGCCACTGGTAGACGGCCCA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=162;WE=33698299;WS=33698281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr19	33700445	rs2303093	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=653;ReadPosRankSum=1.965;SC=GCTGTCTGTACCCCCGACCCC;SOR=0.508;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=38;WE=33700453;WS=33700435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
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chr19	33703103	rs11669156	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=10;PP=1057;ReadPosRankSum=0.959;SC=AGGACCAGCCCGAGCCTTGGG;SOR=1.004;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=54;WE=33703111;WS=33703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr19	33703706	rs11673535	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GGCAGGATGGAGCCCGGGCAG;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=33703714;WS=33703696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	33792631	rs34529039	C	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=60;PP=1776;SC=TGGGCACGGGCGTGGGCGGCG;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=70;WE=33792639;WS=33792621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	33878198	rs1061338	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=846;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GCCCATCACGAAAAGAGGTTG;SOR=0.297;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=51;WE=33878206;WS=33878188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr19	33878837	rs17570	G	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=960;ReadPosRankSum=0.007;SC=TCGCGGTTAAGGAAGGAGGCG;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=62;WE=33878845;WS=33878827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr19	33882222	rs17569	G	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1273;ReadPosRankSum=1.695;SC=CTCCCACGTCGTGCACGTCAA;SOR=0.806;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=247;TCF=130;TCR=117;TR=101;WE=33882230;WS=33882212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,109:0.42:260
chr19	33953831	rs75449530	T	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=935;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TCTCATCTGTTACTCACTCAG;SOR=0.777;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=68;WE=33953839;WS=33953821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr19	34012861	rs40500	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	34288152	.	GGTGTGT	G	226	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=29;MMLQ=16;MQ=62.15;NF=17;NR=3;PP=226;QD=11.45;SC=CCTGCCGCGCGGTGTGTGTGT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=20;WE=34288165;WS=34288150;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,20:0.74:27
chr19	34288184	.	TGTGTGC	T	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.215;NF=22;NR=10;PP=424;ReadPosRankSum=0.584;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC;SOR=0.578;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=32;WE=34288210;WS=34288172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr19	34288202	rs1139231	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.612;NF=29;NR=10;PP=1387;ReadPosRankSum=1.095;SC=CGCGCGCGCGCGCGCGCTTGT;SOR=0.660;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=39;WE=34288210;WS=34288172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr19	34291283	rs28609628	C	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=736;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CCCCATGGTACATGACTAGGA;SOR=0.867;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=50;WE=34291291;WS=34291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr19	34291303	rs2303175	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=804;ReadPosRankSum=0.407;SC=AGGAATAAGCCTTCTCTGGTT;SOR=1.235;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=56;WE=34291311;WS=34291293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,64:0.44:144
chr19	34302673	rs3215257	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr19	34304260	rs60235724	A	AT	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=758;ReadPosRankSum=0.466;SC=GAGATGGCTTATTTTCTACAG;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=23;WE=34304268;WS=34304250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr19	34513913	rs10418860	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GTGTGAGCATCGTGGAACCAG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=62;WE=34513921;WS=34513903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr19	34706203	rs36006556	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=933;ReadPosRankSum=1.103;SC=GAGCACAGGCGAGGTAGAACT;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=61;WE=34706211;WS=34706193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr19	34820968	.	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GCAGCTTGGACGATAGAAAAA;SOR=0.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=8;WE=34820976;WS=34820958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	34872355	.	GT	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,25:0.20:128
chr19	34885006	rs8108038	A	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=61;PP=1869;SC=GGAGTCAGCAAGATTTGTGGG;SOR=1.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=94;WE=34885014;WS=34884996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	34890322	rs2301263	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=39;PP=1594;SC=GGCTTGGGGCGTGCCTGGCTT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=34890330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	34904539	rs9653103	C	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=102;SC=ACTGCGCCTGCCCTGATAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=34904547;WS=34904529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	34922865	rs3217243	T	TGTATAAA	1805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=1528;SC=ATTGCAAAGTTGTATAAGGGT;SOR=1.501;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=22;WE=34922873;WS=34922855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	34942872	rs2161472	A	T	826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.53;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	34954873	rs10412944	C	G	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=210;SC=TTTAAAAAATCAACCTGACTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=34954881;WS=34954863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr19	34971763	rs7257588	T	C	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=47;PP=2857;SC=CCCTGACAGATAACGGTTTGG;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=145;WE=34971771;WS=34971753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	34971846	rs4344866	C	T	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=110;PP=2965;SC=CCCTAGTCACCTCTCGATTCC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=126;TCR=110;TR=236;WE=34971854;WS=34971836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	34971998	rs7248705	G	A	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=67;PP=2965;SC=GGGGAGGCTCGCCGCCCACCG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=153;WE=34972006;WS=34971988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	34972146	rs7248847	G	C	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=120;PP=2965;SC=TTCAGAGGCCGGTGCGCGGCC;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=224;WE=34972154;WS=34972136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	34972539	rs117651374	C	A	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1136;ReadPosRankSum=-2.552;SC=CGCCGCCACTCCCCCCACATT;SOR=0.742;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=89;WE=34972547;WS=34972529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,96:0.55:176
chr19	34972892	rs12609305	A	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	34973087	rs150721734	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GAGCCGCGGGGAGCGGGGTCC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=10;WE=34973095;WS=34973077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	34973413	rs1465433	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=732;SC=CGGGGCCGGCTCCCTTCCCGC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=34973421;WS=34973403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	34973476	rs8107479	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=323;SC=GCGCGGCCGAGCGGCGGCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=34973484;WS=34973466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	34981505	rs4321301	G	A	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=1084;ReadPosRankSum=0.994;SC=CCCAGGCTGGGCTGTGGAGGA;SOR=2.522;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=50;WE=34981513;WS=34981495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr19	34985466	rs11671685	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=49;PP=1802;SC=CAGCTGATCACTTCTGGTTTC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=34985474;WS=34985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	34986767	rs35126035	A	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.77;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	34986776	rs35570240	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	35036089	rs7259820	G	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=816;SC=GAATTCAGCCGTTTACTTAGG;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=35036097;WS=35036083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	35170730	rs113390534	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=1.506;SC=TTGACTGTTATAGCGTCAGTA;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=15;WE=35170738;WS=35170720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	35174227	rs66509108	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=647;ReadPosRankSum=0.582;SC=AGCATTTTAGGGATACTGTCT;SOR=1.239;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=38;WE=35174235;WS=35174217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr19	35175592	rs10425561	G	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.683;NF=31;NR=41;PP=1222;ReadPosRankSum=-1.802;SC=TCAATCCTCAGTCGCCACTGG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=90;TCR=113;TR=72;WE=35175600;WS=35175582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,67:0.34:198
chr19	35176218	rs113860671	G	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.548;NF=38;NR=46;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GAAACCCTACGAATGCAGTAT;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=84;WE=35176226;WS=35176208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,89:0.43:208
chr19	35260281	rs2242129	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1112;ReadPosRankSum=1.126;SC=CCTAGAAAGGGTGGATTCAAA;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=72;WE=35260289;WS=35260271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr19	35263554	rs114347935	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=639;ReadPosRankSum=1.308;SC=TGGATTCAGGACCCTGGGTAG;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=48;WE=35263562;WS=35263544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr19	35270543	rs7259475	G	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=555;ReadPosRankSum=1.293;SC=GCACTCATAAGGCCTTTCTCC;SOR=0.860;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=38;WE=35270551;WS=35270533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
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chr19	35420966	rs2651123	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.979;SC=CTAATTGCCTACTTGATTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=35420974;WS=35420956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	35422808	rs10422961	C	T	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=89;PP=2378;ReadPosRankSum=0.529;SC=ATAGCCTTCTCCCAGCAGGAG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=123;TCR=163;TR=155;WE=35422816;WS=35422798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,170:0.55:307
chr19	35424504	rs2859486	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TATTTTATTTCTTTTCTACAT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=48;WE=35424512;WS=35424494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
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chr19	35424759	rs2651101	G	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=1.367;SC=AAAAGGCTGAGACTTGGGTAA;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=12;WE=35424767;WS=35424749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
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chr19	35435069	rs765746	A	G	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=942;ReadPosRankSum=0.518;SC=GAGAAGCCCTATGAATGTAAG;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=65;WE=35435077;WS=35435059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr19	35435589	rs3761066	C	T	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1485;ReadPosRankSum=0.806;SC=GTAAGGAATGCGGGAAGGCCT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=91;WE=35435597;WS=35435579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr19	35448803	rs1063235	C	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=17;PP=909;SC=CGCTGATAAACTCTACAGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=35448811;WS=35448793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	35449082	rs3746243	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=839;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CGTAAGGCCTGTCTGGTTTGT;SOR=0.499;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=66;WE=35449090;WS=35449072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,68:0.44:154
chr19	35449409	rs2651081	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=942;ReadPosRankSum=-1.517;SC=CACCACACCCGTGAGGCCGCT;SOR=0.852;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=62;WE=35449417;WS=35449399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
chr19	35449486	rs34687332	T	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1165;ReadPosRankSum=2.486;SC=CCACATTCGTTACACTTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=68;WE=35449494;WS=35449476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr19	35449760	rs2651080	G	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=825;ReadPosRankSum=1.000;SC=GGCTTTCACCGGTGTGAACCC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=56;WE=35449768;WS=35449750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr19	35450229	rs2651079	C	T	9720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=170;PP=2965;SC=CACCTGTTTCCGGGGAAGGTT;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=161;TCR=170;TR=331;WE=35450237;WS=35450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	35451124	rs77771822	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=560;ReadPosRankSum=1.658;SC=TCCCCTAGCTCCCATCGCTGC;SOR=0.902;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=44;WE=35451132;WS=35451114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr19	35451330	rs2546024	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=474;SC=ATAGACTACAAGACAGGAAGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=35451338;WS=35451320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	35451742	rs2651078	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=917;ReadPosRankSum=0.879;SC=AGAGGAGCTCGGGACACCGGG;SOR=0.425;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=59;WE=35451750;WS=35451732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr19	35454604	rs2546028	AA	CG	8717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=136;PP=2947;SC=ACGGTGCGGGAAACCACGGGG;SOR=2.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=40;TCR=141;TR=175;WE=35454613;WS=35454594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	35487125	rs67018685	G	A	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=72;PP=1770;ReadPosRankSum=0.688;SC=GGAGTCCCCCGCCTGCACCCC;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=263;TCF=127;TCR=136;TR=135;WE=35487145;WS=35487115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,136:0.51:267
chr19	35491326	rs3072398	A	AGCCCT	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=458;SC=CGCGCAGCCCAGCCCTGCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=35491334;WS=35491316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35500919	rs11084797	T	C	11765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=172;PP=2965;SC=CCCAGCCCTGTGACTCTCCGC;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=237;TCR=172;TR=409;WE=35500927;WS=35500909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	35502352	rs140658050	CCT	C	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,53:0.12:451
chr19	35504627	rs7251988	C	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=441;SC=GGGTGGGATACTGATAGGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=35504635;WS=35504617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35506622	rs2290648	G	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=10;PP=516;SC=TCCAGGAGGTGGGGTCCGCCC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=35506630;WS=35506612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	35506729	rs2290647	G	A	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=44;PP=2424;SC=TGTCTCCAGCGGACTTGGCTG;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=126;WE=35506737;WS=35506719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	35510102	rs2290646	G	C	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=1.347;SC=TAGACGTGACGCTGAGCCCCT;SOR=0.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=103;TCR=66;TR=167;WE=35510110;WS=35510092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr19	35510504	rs68162641	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=54;PP=1602;SC=CCACTCCTCAAGTCAGCAGCA;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=35510512;WS=35510494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr19	35513746	rs58690566	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=0.900;SC=GCTGGGGGTGTCGGGGGCAGG;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=22;WE=35513754;WS=35513736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
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chr19	35533550	rs11399986	A	AC	2124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=48;PP=1970;SC=ATGCATCCCCACCCCTGTTAG;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=50;WE=35533558;WS=35533540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	35541278	rs12463218	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CACCCGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=35541286;WS=35541268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	35541330	rs57035236	TA	T	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=959;SC=CTGTCCCTGGTAATTAGCTCC;SOR=2.165;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=35541338;WS=35541320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	35550386	.	TA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=2.231;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,17:0.18:97
chr19	35556123	rs2305744	G	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=20;PP=1575;SC=GCAGGCCAGCGGGGGCTGGAC;SOR=1.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=79;WE=35556131;WS=35556113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	35556281	rs2305745	G	A	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.328;SC=TGATGCCACCGTTTGGGAGAC;SOR=0.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=245;WE=35556289;WS=35556271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr19	35556300	rs2305746	A	G	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.489;SC=ACTCTGAACTAGGCTGGGGAT;SOR=0.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=131;TCR=120;TR=250;WE=35556308;WS=35556290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr19	35556357	rs2305747	C	T	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=102;PP=2965;SC=GGAGTAGGGACGCTGAGGGGA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=211;WE=35556365;WS=35556347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	35556640	rs1688031	T	C	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=14;NR=66;PP=1740;SC=GGGATGGAGATGCAGGGGAGT;SOR=3.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=80;WE=35556648;WS=35556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	35556659	rs1672991	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.18;NF=10;NR=43;PP=1365;SC=GTGGGTGGTCAGGCTCCCCAT;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=35556667;WS=35556649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	35556744	rs1688030	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=935;SC=ACTTTGGCCTTCAGCCAGACC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=35556752;WS=35556735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	35557260	rs1042328	T	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=52;PP=1520;SC=ACGCTGGGCCTAGGATGGGAC;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=59;WE=35557268;WS=35557250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	35577870	rs7250814	G	A	12337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=260;NR=173;PP=2965;SC=CTGTGTGTCCGTCTTTGCCGA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=260;TCR=174;TR=433;WE=35577878;WS=35577860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	35590180	rs1687994	T	A	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=113;PP=2965;SC=CCTGTGGGTGTGACATGCATA;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=195;WE=35590188;WS=35590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	35597215	rs10422803	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTGTGCCGAGCCTGCCCTGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=35597223;WS=35597206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	35597352	rs2445826	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=16;PP=1477;SC=ACCACCCGGCTGGGGAGGCCT;SOR=1.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=74;WE=35597360;WS=35597342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	35597462	rs10424084	A	G	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=64;PP=2391;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CAGAGATGTGAGACCCTCAGG;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=204;TCR=136;TR=162;WE=35597470;WS=35597452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,169:0.48:354
chr19	35597620	rs10423723	C	T	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1943;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CAGCTCATTGCGCCTTTTCAA;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=243;TCF=102;TCR=141;TR=124;WE=35597628;WS=35597610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,129:0.51:252
chr19	35597729	rs7258700	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GAGAGAGCCCCGACCTGATGA;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=75;WE=35597737;WS=35597719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr19	35597790	rs62120431	G	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.425;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=609;ReadPosRankSum=0.753;SC=GAAGCTAAAAGAAATACATTG;SOR=1.317;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=43;WE=35597798;WS=35597780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr19	35602014	rs4806085	T	C	9365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=186;NR=165;PP=2965;SC=GTGTCAACCATGCCCCGAGGC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=186;TCR=166;TR=351;WE=35602022;WS=35602004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
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chr19	35602338	rs11665663	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	35602445	rs199877070	TGGG	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.834;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	35608092	rs1006162	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=555;SC=GAATGGGGAACGTGAGGGCAG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=21;WE=35608100;WS=35608082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr19	35609972	rs10543115	GGAC	G	2258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.470;NF=35;NR=11;PP=2945;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TGTCCAGTGAGGACAACAGCG;SOR=0.842;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=46;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr19	35609981	rs10426785	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.428;NF=50;NR=12;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AGGACAACAGCGGGCAGTGGC;SOR=0.965;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=94;TCR=28;TR=62;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr19	35610245	rs2278994	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr19	35622492	rs1688001	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=0.483;SC=GGCTGCGACCCGGCTTCCACG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=41;WE=35622500;WS=35622482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr19	35622695	rs1673007	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.683;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr19	35632165	rs151269496	TCTGGCCCCGCCTCTCCCTGGCCCCGCCTCTCCCTAGCCCCCCTCTCC	T	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.71;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr19	35632634	rs12461849	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1005;ReadPosRankSum=1.329;SC=CTGGGACCAAGCGAGGAAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=74;WE=35632642;WS=35632624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr19	35632674	rs180934614	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=498;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CGAGCTCCCAGCCTAGTGGAG;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=38;WE=35632682;WS=35632664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr19	35633236	rs1687986	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=716;ReadPosRankSum=0.995;SC=CCTCATTTCTGGCGGACCCCG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=50;WE=35633244;WS=35633226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr19	35633503	rs1673004	C	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=1132;ReadPosRankSum=0.670;SC=TCCCTGGCTGCGTAGAGGGAA;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=61;WE=35633511;WS=35633493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr19	35639897	.	GA	G	2493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.615;NF=14;NR=52;PP=2255;ReadPosRankSum=1.422;SC=GCAGATGAAGGAAAACCTTAG;SOR=0.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=31;TCR=102;TR=66;WE=35639905;WS=35639887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,95:0.54:176
chr19	35649281	rs1128882	A	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=882;ReadPosRankSum=3.133;SC=CCACCTCTCCAACCCCAACCT;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=56;WE=35649289;WS=35649271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,57:0.40:144
chr19	35649324	rs1633915	C	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=52;PP=1539;SC=CAGGGGCAGGCGGCGGGGACA;SOR=2.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=65;WE=35649332;WS=35649314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	35649413	.	C	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CTACTCCCAGCTCTGAATGCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=35649421;WS=35649403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	35651531	rs1617607	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=16;PP=1745;SC=ATACAGACATAAGCCACCGCG;SOR=2.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=35651539;WS=35651521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	35654855	rs17612800	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=0.944;SC=TAGTCGCAACCGGGGCTATGT;SOR=0.862;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=20;WE=35654863;WS=35654845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr19	35655151	rs1672994	T	C	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=100;PP=2965;SC=GCCATCTGGTTAGTAACTGCC;SOR=2.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=28;TCR=100;TR=127;WE=35655159;WS=35655141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	35657351	rs8106303	A	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=1007;SC=AGCTGCATATACATACAAACC;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=35657359;WS=35657341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	35660450	rs2285515	T	C	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CGTGACTGAATCATTTCCTTC;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=91;WE=35660458;WS=35660440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,96:0.60:160
chr19	35660508	rs12110	G	A	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=71;PP=2422;SC=TGCCGGAATCGTTGCAGGTGA;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=132;WE=35660516;WS=35660498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	35660546	rs1046294	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=503;ReadPosRankSum=-2.211;SC=GCTGACAACCTGCTGGGCACC;SOR=0.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=46;WE=35660554;WS=35660536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr19	35718938	rs564117	C	T	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TCAAAAATGACGTAATCCACC;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=312;TCF=181;TCR=131;TR=171;WE=35718946;WS=35718928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,177:0.55:323
chr19	35719020	rs541169	C	T	4906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=2.470;SC=AGCGGCTAGACCACACCAGCA;SOR=0.463;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=457;TCF=246;TCR=211;TR=216;WE=35719028;WS=35719010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,224:0.47:473
chr19	35719106	rs565791	A	G	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=105;PP=2948;ReadPosRankSum=0.117;SC=AGGCGTTTACACTCGCCCGGC;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=422;TCF=198;TCR=224;TR=189;WE=35719114;WS=35719096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,202:0.44:454
chr19	35719257	rs11673347	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=998;ReadPosRankSum=0.611;SC=CATCCTGAAAGTCAATTTCAT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=58;WE=35719265;WS=35719247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr19	35741456	rs2073900	T	C	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=98;PP=2220;ReadPosRankSum=-0.640;SC=ACCCCTACGTTGAGTGCCAGG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=146;TCR=191;TR=173;WE=35741464;WS=35741446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,182:0.52:350
chr19	35752917	rs2073899	G	A	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGGGCTTCTCGGGAGCTCCCA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=427;TCF=228;TCR=199;TR=210;WE=35752925;WS=35752907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,221:0.50:443
chr19	35758275	rs142507475	G	GGGA	5717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=2964;ReadPosRankSum=0.773;SC=GAGTAATGGTGGGAGAAGCCG;SOR=1.017;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=75;WE=35758283;WS=35758265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,144:0.53:274
chr19	35760046	.	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	35761519	rs28365133	A	G	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1639;ReadPosRankSum=-1.286;SC=TAGAAGTCAGATTGGCAGGTG;SOR=0.515;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=256;TCF=146;TCR=110;TR=110;WE=35761527;WS=35761509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,117:0.45:262
chr19	35769518	rs34832786	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=912;ReadPosRankSum=0.322;SC=TGGGTGTCCTTGGGCTGAGCC;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=48;WE=35769526;WS=35769508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr19	35769561	rs28365136	T	G	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=29;PP=1832;ReadPosRankSum=0.628;SC=TCAGGCATGATCCGTCAGCGA;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=131;TCR=51;TR=104;WE=35769569;WS=35769551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,112:0.58:193
chr19	35770064	rs2280747	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=879;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCGTCGTGTCCGCCAGATCGA;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=57;WE=35770072;WS=35770054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr19	35770174	rs12742	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CGCCACCACCACGCAGCCGCC;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=16;WE=35770182;WS=35770164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr19	35822821	.	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=394;ReadPosRankSum=-1.639;SC=CCGGTCCTCCCGGATCCAGGG;SOR=1.002;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=22;WE=35822829;WS=35822811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr19	35832910	.	GTCCTTCCTTCCT	GTCCTTCCTTCCTTCCT,G	437.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.07;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0,0;NR=15,15;PP=1540,720;SC=GTGGTGGTCAGTCCTTCCTTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=15,15;WE=35832929;WS=35832900;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr19	35836751	rs4805119	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=46;PP=1298;SC=CCTCATTCCCACTCGGCAACA;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=47;WE=35836759;WS=35836741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	35836859	rs4805120	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=308;SC=TCAAGACCTCATGATACACAC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=35836867;WS=35836849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	35843086	rs2301151	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.339;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=2134;ReadPosRankSum=0.974;SC=GCACTGGCCCGCTCCGGCCTG;SOR=0.444;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=238;TCF=95;TCR=143;TR=140;WE=35843094;WS=35843076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,150:0.60:252
chr19	35850893	rs201234934	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.699;NF=3;NR=30;PP=583;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CCTCGCTCACGCCAGGAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=33;WE=35850901;WS=35850883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr19	35862191	rs201724750	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQRankSum=0.589;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	35978299	rs7976	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1087;ReadPosRankSum=0.963;SC=TCAGCGCTCACGCTAGCCCCC;SOR=0.564;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=82;WE=35978307;WS=35978289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,85:0.43:199
chr19	35978458	rs17638216	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;ReadPosRankSum=1.566;SC=GCCTCGGTGTGAGTTCCCGTT;SOR=0.767;Source=Platypus;TCF=101;WE=35978466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr19	35978567	rs62111717	T	C	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1635;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TTCTGCTTCTTCCCTTACCCC;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=101;WE=35978575;WS=35978557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,101:0.47:215
chr19	35979696	rs10410228	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,94:0.46:206
chr19	35991043	rs11666154	G	T	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=78;PP=2458;SC=ACACCTGCCTGCTCCCCTCCT;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=116;WE=35991051;WS=35991033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	35991373	rs2293695	C	T	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=111;PP=2965;SC=ATTGCCCAGACCCGGGAGCAA;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=217;WE=35991381;WS=35991363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	35991442	rs909072	T	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=74;PP=2414;SC=CACCTGATCGTCTCTGCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=120;WE=35991450;WS=35991432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	35992659	rs11669737	C	A	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=58;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CTCCCCATGCCGCAGCCTAGG;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=251;TCF=145;TCR=106;TR=132;WE=35992667;WS=35992649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,141:0.54:260
chr19	35992691	rs8100640	A	G	8884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
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chr19	35997457	rs6510493	G	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=823;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CAACACCTTGGTCTGGTGGTG;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=57;WE=35997465;WS=35997447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr19	35997644	rs6510494	C	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GGCTGGGCATCGTGGGTCACG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=35997652;WS=35997634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	35998213	rs4358061	A	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=986;ReadPosRankSum=0.336;SC=GGATCCCAGAACCCTGTTTTG;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=56;WE=35998221;WS=35998203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr19	35998362	rs4254439	T	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1235;ReadPosRankSum=-1.721;SC=AGGCTCACCCTATAATTGTCT;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=73;WE=35998370;WS=35998352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr19	35999251	rs11084818	C	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1226;ReadPosRankSum=1.298;SC=TAATGGCACTCTCTTTTGGAA;SOR=1.012;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=164;TCF=55;TCR=109;TR=76;WE=35999259;WS=35999241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr19	36002393	rs11667007	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=2.008;SC=CCACTGCTGCCGCCACTGCTG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=20;WE=36002401;WS=36002383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr19	36002418	rs72334573	GCCA	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=2.448;SC=CACTGCTGCTGCCACCACTGC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=15;WE=36002428;WS=36002408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr19	36003430	rs7254784	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CAGGGAGGCACGCGGAGCATG;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=108;WE=36003438;WS=36003420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,106:0.49:215
chr19	36004106	rs4806163	A	G	14035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=251;PP=2965;SC=AGCATCTGCTACGCCAAAGCC;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=496;TCF=245;TCR=251;TR=496;WE=36004114;WS=36004096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr19	36015521	rs58183088	C	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=19;PP=1331;ReadPosRankSum=0.045;SC=TCTGCCCGCCCGGGGAGCTGT;SOR=0.337;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=116;TCF=91;TCR=25;TR=77;WE=36015529;WS=36015511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,75:0.64:117
chr19	36015652	rs17705633	C	T	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=89;PP=2391;ReadPosRankSum=0.184;SC=GCGTGTTGACCGAGGCCTGCA;SOR=0.725;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=358;TCF=180;TCR=178;TR=168;WE=36015660;WS=36015642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,181:0.49:373
chr19	36015865	rs2285511	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=2.070;SC=AACCCCACAAACGCGGAGGGT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=12;WE=36015873;WS=36015855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr19	36017469	rs62113963	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=1;PP=405;SC=CCCCCCGCCCCGCCAAATGTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=36017477;WS=36017459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	36017928	rs10775583	G	C	17522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=321;NR=307;PP=2965;SC=AAACTGCCCCGCCTCCCTTCC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=631;TCF=323;TCR=308;TR=628;WE=36017936;WS=36017918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr19	36033825	rs2293681	G	A	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CACAGTGTCCGTGCACACCTT;SOR=0.794;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=140;TCR=82;TR=109;WE=36033833;WS=36033815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,113:0.49:232
chr19	36038174	rs12610889	A	G	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=81;PP=2522;ReadPosRankSum=1.371;SC=GCTGGGTCCAAAGTGGGGTGG;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=326;TCF=155;TCR=171;TR=158;WE=36038182;WS=36038164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,163:0.49:332
chr19	36038390	rs7599	A	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=77;PP=2614;SC=TCCCTGCCTCACTCCAGGTTT;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=134;WE=36038398;WS=36038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	36042207	rs2301617	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=0.072;SC=GAGTTATTGGCCAGTTAGAAA;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=10;WE=36042215;WS=36042197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr19	36043871	rs62109961	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr19	36044524	rs2251124	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=803;SC=AGAACCAGCCGGAGCCCAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=36044532;WS=36044514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr19	36045772	rs2733739	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=717;SC=TCCATCTGCAAGCAAGTGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=36045780;WS=36045762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr19	36106337	rs3814983	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=0.445;SC=CAGACATTCTCTTAGAGACCT;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=25;WE=36106345;WS=36106327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr19	36113459	rs2285413	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=526;ReadPosRankSum=1.060;SC=AGGTACCAGCGAGCCAGAGGA;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=29;WE=36113467;WS=36113449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr19	36113658	rs2285414	A	G	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CGTGCCGCGGATGGGAAACAG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=148;TCR=110;TR=124;WE=36113666;WS=36113648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,130:0.48:270
chr19	36122441	rs2285415	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=0.607;SC=CCTAAAGCACGAACCTGATCA;SOR=1.519;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=17;WE=36122449;WS=36122431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	36133982	rs3214104	TG	T	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.942;NF=0;NR=31;PP=997;ReadPosRankSum=1.478;SC=AGGTGGGGACTGGGGTCCCGA;SOR=1.185;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=31;WE=36133990;WS=36133972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr19	36135279	rs3835005	C	CT	2237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.575;NF=7;NR=28;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CAGCCAAATCCGCCCCGTCTC;SOR=0.503;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=35;WE=36135287;WS=36135269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr19	36142296	rs61220012	G	A	6027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GTCACTCACCGCTTGCCTCTT;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=558;TCF=238;TCR=320;TR=276;WE=36142304;WS=36142286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,290:0.51:568
chr19	36145409	rs377609041	CA	C	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=11.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.141;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.982;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr19	36159368	rs2267586	T	G	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GTCAGGCCTGTCCCTGTTTGC;SOR=0.761;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=500;TCF=257;TCR=243;TR=245;WE=36159376;WS=36159358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,251:0.49:509
chr19	36164108	rs75289222	G	T	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=69;PP=2791;ReadPosRankSum=0.382;SC=TCTGCCCGACGGGCCGTCCTC;SOR=0.998;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=401;TCF=237;TCR=164;TR=186;WE=36164116;WS=36164098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,199:0.47:420
chr19	36168872	rs2285420	G	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=739;ReadPosRankSum=0.621;SC=CTGCCTCCTCGCCAGCTCCCG;SOR=0.395;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=60;WE=36168880;WS=36168862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr19	36168914	rs2285421	T	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.943;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
chr19	36206050	rs2227278	A	C	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=60;PP=2513;ReadPosRankSum=0.814;SC=CAAGAGGCAGACCCGAGATGG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=322;TCF=190;TCR=132;TR=159;WE=36206058;WS=36206040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,174:0.51:340
chr19	36207336	rs2234375	G	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=1228;ReadPosRankSum=-1.769;SC=AGCTTTCGCCGCCTTCTTCCT;SOR=0.393;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=61;WE=36207344;WS=36207326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,64:0.44:145
chr19	36207510	rs1052491	G	A	5545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.122;SC=GTCCCAGCCTGGCCTCCATGC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=450;TCF=256;TCR=194;TR=246;WE=36207518;WS=36207491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,247:0.54:457
chr19	36214632	rs11373774	A	AG	1865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=15;PP=1226;SC=CTGTTCCCGCAGCCGGACGAT;SOR=0.994;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=27;WE=36214640;WS=36214622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	36219623	rs142644094	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1138;ReadPosRankSum=1.360;SC=GATGGGCCCCCGTTCAGCTGC;SOR=0.407;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=70;WE=36219631;WS=36219613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr19	36222857	rs16970649	C	T	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GTTCTTGTCCCTGGAGCTCCT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=431;TCF=210;TCR=221;TR=225;WE=36222865;WS=36222847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,234:0.52:448
chr19	36223111	rs61351824	C	A	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1555;ReadPosRankSum=1.637;SC=ACCCTCCCCCCACAGGAAGTC;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=146;TCR=124;TR=119;WE=36223119;WS=36223101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,122:0.44:278
chr19	36223747	rs73590585	A	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1562;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TTGGGGCTGCAGGGGACAGGG;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=119;WE=36223755;WS=36223737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,128:0.50:258
chr19	36224161	rs112013670	C	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1061;ReadPosRankSum=-2.391;SC=TGCCCCCAGGCCCCCTCCTCG;SOR=0.852;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=63;WE=36224169;WS=36224151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr19	36224705	rs231591	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1215;ReadPosRankSum=1.242;SC=CTTCCGGAAGATGGTCCTCCC;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=92;WE=36224713;WS=36224695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,99:0.55:180
chr19	36228667	rs73590598	C	T	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1155;ReadPosRankSum=-2.810;SC=AGCTGGGGGGCGGGTGGTGGT;SOR=0.762;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=81;WE=36228675;WS=36228657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,87:0.54:162
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chr19	36233136	rs4992668	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.005;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=679;ReadPosRankSum=2.805;SC=CCCCATACTGGCTGGAGACCA;SOR=0.055;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=36233147;WS=36233130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr19	36233200	rs3893069	C	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.027;NF=27;NR=10;PP=613;ReadPosRankSum=0.054;SC=GGCTAGGGCTCCTCCCACCTG;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=37;WE=36233208;WS=36233190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr19	36236120	rs231597	A	G	14055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=266;NR=234;PP=2965;SC=AACCCTGGAAAAGGTGCAAAG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=266;TCR=235;TR=500;WE=36236128;WS=36236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr19	36237227	rs3817622	T	A	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=33;PP=1514;ReadPosRankSum=0.660;SC=TGTGGGAGAGTTTCTTCCAAA;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=131;TCR=70;TR=97;WE=36237235;WS=36237217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr19	36237245	rs2293688	C	G	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=45;PP=1812;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AAATAGATCTCGGTGGGAGTT;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=147;TCR=92;TR=119;WE=36237253;WS=36237235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,125:0.50:251
chr19	36243089	rs170758	T	C	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=129;PP=2965;SC=CTGGAGATGGTCAAAGCCCGG;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=164;TCR=129;TR=292;WE=36243097;WS=36243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	36243190	rs231244	T	C	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1090;ReadPosRankSum=1.934;SC=GGCACCCTGGTGGGTTGGGCC;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=95;WE=36243198;WS=36243180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr19	36243813	rs231243	G	A	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=81;PP=2965;SC=CTCCCTACGCGGGCCATCTGC;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=194;WE=36243821;WS=36243803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	36253317	rs807479	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=775;ReadPosRankSum=0.009;SC=AGCCCTAGGACAGAATTAGAA;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=48;WE=36253325;WS=36253307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr19	36257932	rs35876904	CCT	C	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.366;NF=3;NR=16;PP=724;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GACCCTCCACCCTCTCTCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=19;WE=36257941;WS=36257922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	36258721	rs73592448	C	T	5384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCTCTGAAAGCCAAGGCCTTG;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=471;TCF=256;TCR=215;TR=249;WE=36258729;WS=36258711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,260:0.53:490
chr19	36258842	rs231217	G	C	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.526;NF=45;NR=74;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CCACAGTCAAGGCCTCGCCGC;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=245;TCF=98;TCR=147;TR=119;WE=36258850;WS=36258832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,123:0.48:254
chr19	36258937	rs5827939	AG	A	4433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=59;PP=2951;SC=CTGCTTGCCCAGGGCCGCCCT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=101;WE=36258945;WS=36258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	36259480	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr19	36268771	rs231228	C	T	5044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.745;SC=CTGACTGCGCCCATTTCCACT;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=432;TCF=225;TCR=207;TR=230;WE=36268779;WS=36268761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,242:0.54:450
chr19	36268923	rs807491	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=441;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CTGCTGCACGCGTCTGAGCAG;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=30;WE=36268931;WS=36268913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr19	36269915	rs231230	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	36270052	rs231231	A	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=456;ReadPosRankSum=-1.713;SC=GGGCTTGGAGATTCCGAGTGG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=34;WE=36270060;WS=36270042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr19	36273230	rs231223	C	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=680;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CGTGAGCGAGCCCCTCTGACC;SOR=0.433;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=35;WE=36273238;WS=36273220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr19	36273308	rs35297478	G	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=47;PP=2136;ReadPosRankSum=1.529;SC=TCCCGGAGCTGTCTGGCCCTG;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=272;TCF=176;TCR=96;TR=139;WE=36273316;WS=36273298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,138:0.51:273
chr19	36276403	rs120959	T	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AGGCGGGCAATTGGGGGGCGC;SOR=0.293;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=52;TCR=86;TR=80;WE=36276411;WS=36276393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr19	36278470	rs231235	C	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=47;PP=1832;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AGGTCAGTGCCCAGCTCAGGG;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=257;TCF=159;TCR=98;TR=118;WE=36278478;WS=36278460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,121:0.45:269
chr19	36279862	rs59882609	AG	A	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.58;NF=3;NR=24;PP=1000;SC=ATCTGCAGAGAGGGGAACCAT;SOR=2.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=27;WE=36279870;WS=36279852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr19	36342212	rs3814995	C	T	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=86;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGCCCCATCTCAGAGCGGCCG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=174;TCR=187;TR=168;WE=36342220;WS=36342202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,175:0.48:362
chr19	36355595	rs382789	A	G	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=69;PP=2433;SC=TCTGGAGGAGAAAGGGACTCT;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=36355603;WS=36355585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	36355661	rs114074585	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=608;ReadPosRankSum=-1.924;SC=TGGGAGAGGCGGGGCTCCCTT;SOR=0.962;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=38;WE=36355669;WS=36355651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr19	36486445	rs7249826	G	C	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=91;PP=2965;SC=GGCGTGGGTTGCCAGCCTGAC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=123;TCR=92;TR=212;WE=36486453;WS=36486435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	36496121	rs10469279	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=12.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.134;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	36496125	.	C	CT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.721;SOR=2.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	36497358	rs2285422	C	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=20;PP=1118;SC=GGGGCCCCCTCTGGCCACACA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=36497366;WS=36497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	36499173	rs2285424	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1029;ReadPosRankSum=0.837;SC=TTGACCATCTCGGGGGGTGAG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=75;WE=36499181;WS=36499163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr19	36501445	rs2073894	C	T	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1818;ReadPosRankSum=-1.615;SC=CTACAAGCAGCTGGGGCAGTG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=141;TCR=107;TR=119;WE=36501453;WS=36501435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,120:0.47:254
chr19	36508392	rs2073896	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=897;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGAGCCACAAAAGGCCAGGGT;SOR=0.125;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=44;WE=36508400;WS=36508382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr19	36515560	rs10403729	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=0.320;SC=AAAAGAAGGCAGGGACTCAGT;SOR=1.245;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=50;WE=36515568;WS=36515550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr19	36517461	rs77163653	C	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=956;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GTCCTTGCCCCCTCCCAGCCA;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=96;TCR=52;TR=78;WE=36517469;WS=36517444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr19	36530428	rs34250145	G	A	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=70;PP=1617;ReadPosRankSum=-2.295;SC=GACCGCTCAGGAGTTGGCGCA;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=117;TCR=154;TR=121;WE=36530436;WS=36530418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,132:0.46:284
chr19	36536938	rs7258807	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.920;SC=AAACTATGGTAATGTGGTTTG;SOR=0.090;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=36536946;WS=36536928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	36545784	.	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GGCGCCGGCTTTCCCGCGGCT;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=11;WE=36545792;WS=36545782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr19	36549690	rs11538454	C	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AGGTGTCACTCGAGAAGGTGC;SOR=0.666;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=109;TCF=85;TCR=24;TR=59;WE=36549698;WS=36549680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr19	36558113	rs12608517	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AGACTTGGAGTGGGGACGAGC;SOR=0.250;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=36558121;WS=36558103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr19	36558948	rs78943646	T	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=536;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CTGGACAGACTCTTTCTCGTG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=38;WE=36558956;WS=36558938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr19	36564438	.	GC	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=12.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr19	36564653	rs11669890	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GTGAATAACACGCCAAGCAGC;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=32;WE=36564661;WS=36564643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr19	36572564	rs7246292	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=758;ReadPosRankSum=0.694;SC=TGATGGACCCTAGATGTTAGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=37;WE=36572572;WS=36572554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr19	36575645	rs2301734	G	A	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=998;ReadPosRankSum=2.137;SC=AGCCAGAGACGGGTGAGCCCG;SOR=0.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=80;WE=36575653;WS=36575635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr19	36581263	rs3746271	G	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=843;ReadPosRankSum=0.414;SC=GGCTTCCAGGGGAGGGGAGGA;SOR=1.148;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=121;TCF=90;TCR=31;TR=54;WE=36581271;WS=36581253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr19	36582270	rs2301736	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1029;ReadPosRankSum=0.079;SC=CTCTGACTCCGAAGGCAAGTG;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=69;WE=36582278;WS=36582260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr19	36584904	rs2301737	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=453;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CCTGTATTCTCTCCTTACCAT;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=31;WE=36584912;WS=36584894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr19	36585111	rs60492874	CAT	C	913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=821;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TGTAGGGAATCATTGCTGGGT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=18;WE=36585120;WS=36585101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
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chr19	36595436	rs1008328	A	C	8501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=97;PP=2965;SC=TTGGTCTGTTACAGGGCAGCC;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=179;TCR=98;TR=276;WE=36595444;WS=36595426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	36602097	rs2075472	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=0.905;SC=GAGAGCCTTCCGGAGGGCATG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=15;WE=36602105;WS=36602087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr19	36602729	rs1003470	G	C	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=69;PP=1974;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TGAAAGCAAGGCACTGTTCTA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=101;TCR=118;TR=130;WE=36602737;WS=36602719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,140:0.60:232
chr19	36603703	rs2072605	T	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=411;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCAGGGGCCCTGGGACGCTGG;SOR=0.697;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=29;WE=36603711;WS=36603693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr19	36605647	rs2227260	T	C	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=82;PP=2415;ReadPosRankSum=-0.835;SC=AGGGGTTAGTTCTGGAGCCAT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=306;TCF=147;TCR=159;TR=162;WE=36605655;WS=36605637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,168:0.53:319
chr19	36605794	rs2231568	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCCAGCCTTCCGCGCTTGCTC;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=16;WE=36605802;WS=36605784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr19	36632060	rs11084845	T	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCGGCGGTGGTGGAGGCGGCG;SOR=1.757;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=36632068;WS=36632050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	36640769	rs14100	T	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=55;PP=1390;SC=GCCCCCTCACTGCCTTGCTAT;SOR=1.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=36640777;WS=36640759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	36641861	.	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=474;ReadPosRankSum=1.664;SC=TCAAGTCTCTCAGGCCCCCCA;SOR=1.021;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=37;WE=36641869;WS=36641851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr19	36642310	rs2008683	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=9;PP=1843;SC=CAGCCACCTCTTACTCTGGGT;SOR=3.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=71;WE=36642318;WS=36642300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	36642561	.	G	GC	4118.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	36642562	rs2285599	A	C	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=70;PP=2703;SC=ACCCCCCCCGACCCCCCACCT;SOR=3.375;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=89;WE=36642570;WS=36642542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	36642874	rs17879731	T	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=1504;ReadPosRankSum=1.944;SC=CCGGGCTGCCTAGAGGGTCCT;SOR=0.498;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=44;WE=36642892;WS=36642864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr19	36642884	rs17879437	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TAGAGGGTCCTGGAAGGGAGA;SOR=0.604;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=33;WE=36642892;WS=36642864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr19	36674305	rs4805162	A	G	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=91;PP=2965;SC=ACCAGTGTGAATTTTCTGATG;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=209;WE=36674313;WS=36674295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	36685310	rs2287897	C	T	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	36685316	rs2287898	T	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	36685815	.	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=593;ReadPosRankSum=-2.044;SC=AGTTTGTAGCGTCTCCTGTGA;SOR=1.276;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=35;WE=36685823;WS=36685805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	36858944	rs11084857	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=41;PP=1137;SC=CATCATAAATATGAAAACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=36858952;WS=36858934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	36885067	rs17206365	A	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	36980588	rs45573837	T	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=868;ReadPosRankSum=0.999;SC=GTCCGCGCCTTGCGTCAGCCC;SOR=0.532;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=85;WE=36980596;WS=36980578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,89:0.34:259
chr19	36980642	rs45625538	G	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=832;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCGCGCCCCAGAGGCCTCATG;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=73;WE=36980650;WS=36980632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,77:0.31:249
chr19	36981136	rs143933910	GA	G	2132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=1601;ReadPosRankSum=0.922;SC=GACAGGTTTGGAGAGGCAGAA;SOR=0.668;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=127;TCF=21;TCR=106;TR=45;WE=36981144;WS=36981126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,69:0.34:202
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chr19	37064240	rs2967442	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=350;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CGCGGCCCTGAGGCCTGTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=28;WE=37064248;WS=37064230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr19	37064267	rs3096618	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=347;ReadPosRankSum=0.959;SC=AGTCCAACAACGAAAGAGCCC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=28;WE=37064275;WS=37064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr19	37065914	rs3108597	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AGTTTGCTTTGCTATGTTTGT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=37065922;WS=37065904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	37068081	rs2912410	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=319;SC=GGGCTGGTCTGGAACTCCTGA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=37068089;WS=37068071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	37117302	rs3108171	A	G	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ACTGGATGGGAGAAATCACTC;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=83;WE=37117310;WS=37117292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,90:0.68:133
chr19	37147330	rs12981751	T	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGCAAGAGCTTCCTGTGCTTG;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=74;WE=37147338;WS=37147320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,76:0.71:107
chr19	37203249	rs1830031	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=392;ReadPosRankSum=1.128;SC=TGTACCTGGCTAAGTCCACCT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=19;WE=37203257;WS=37203239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr19	37209866	rs34642314	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr19	37210805	rs3108201	C	T	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.331;SC=AGAAACCCTACATTTGTAAAG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=122;WE=37210813;WS=37210795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,134:0.63:213
chr19	37241141	rs1673082	A	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1314;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GTTGAATAAGATGTGCAGACG;SOR=0.764;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=100;WE=37241149;WS=37241131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,100:0.38:263
chr19	37241781	rs2462576	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.662;SC=GGTAGAAAGGGGAGACAAACT;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=37241789;WS=37241771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	37416022	rs1667382	C	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=-2.042;SC=AGAGGGTCTTCTAGCCACCTG;SOR=3.156;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=13;WE=37416030;WS=37416012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr19	37441111	rs571294	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,34:0.25:135
chr19	37441365	rs547483	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-1.439;SC=ACCGTACATATGCGAAATCAT;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=21;WE=37441373;WS=37441355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr19	37441462	rs546589	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr19	37441546	rs140144622	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=1.508;SC=GAATTCATACGGGTGAGAAAC;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=29;WE=37441554;WS=37441536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr19	37441980	rs1644634	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GAGAGACACCAAGTATATTAA;SOR=0.586;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=5;WE=37441988;WS=37441970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr19	37465414	rs1375477	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=653;ReadPosRankSum=-0.679;SC=ACTGGTTTTCAGGACAGTGTC;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=55;WE=37465422;WS=37465404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,58:0.39:148
chr19	37482068	rs1644679	T	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,38:0.26:147
chr19	37482151	rs1667354	A	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,75:0.29:258
chr19	37482765	rs1644681	TG	CA	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr19	37482772	rs1644682	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr19	37482817	rs2547049	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TGAGAAGGCAGCACTTCAGGG;SOR=0.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=37482825;WS=37482807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr19	37487632	rs935706	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TAACAAATGTGCCTTTAATCA;SOR=1.956;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=11;WE=37487640;WS=37487622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr19	37487723	rs935707	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.623;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr19	37487866	rs1667363	A	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr19	37487873	rs1667364	C	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr19	37487975	rs16971886	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=1.933;SC=AAGGCTTTTCGTTATGACACA;SOR=0.602;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=52;WE=37487983;WS=37487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,57:0.34:169
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chr19	37488299	rs1363752	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=952;ReadPosRankSum=0.089;SC=AAGGAATGTGAAAAGGCCTTT;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=65;WE=37488307;WS=37488289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,71:0.36:196
chr19	37488472	rs1644698	C	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.925;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr19	37488481	rs1363753	G	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr19	37488499	rs1667366	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=1.775;SC=AGAACTTAGTTGACACCAGAA;SOR=1.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=24;WE=37488507;WS=37488489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr19	37488565	rs3745770	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-1.589;SC=GGCCTTCATTCGGGCCTCACA;SOR=1.246;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=21;WE=37488573;WS=37488555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr19	37488677	rs3833257	G	GA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.022;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr19	37579810	rs35162188	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CACAACATATGTCTGTCCCCC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=37579818;WS=37579800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	37605917	rs7258360	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=427;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GAATTTTAATGGAGCTAAGAG;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=31;WE=37605925;WS=37605907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr19	37606028	rs4806412	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,68:0.28:241
chr19	37642917	rs77675231	G	A	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=0.348;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,64:0.33:193
chr19	37642922	rs79071992	C	T	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=0.489;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr19	37644051	rs57916401	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.511;NF=20;NR=13;PP=401;ReadPosRankSum=-0.926;SC=TTTGTGTGAATGCTTTGCCAC;SOR=0.817;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=33;WE=37644059;WS=37644041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr19	37676528	rs75662394	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.293;NF=50;NR=48;PP=1377;ReadPosRankSum=0.945;SC=TCCCACACTCGGCACACACAT;SOR=0.510;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=241;TCF=117;TCR=124;TR=98;WE=37676536;WS=37676518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,99:0.40:250
chr19	37677748	rs45626541	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=1.096;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr19	37689998	rs12459637	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=984;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CTTTATCATACACTTGTATAG;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=71;WE=37690006;WS=37689988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr19	37690420	rs1234250	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr19	37854440	rs146330869	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=560;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CCTTTGTGTGCAGGGAGTGTG;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=45;WE=37854448;WS=37854430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,51:0.30:170
chr19	37854580	rs3745764	C	T	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1549;ReadPosRankSum=0.783;SC=CACCAGAGGACACATTCAGGA;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=91;WE=37854588;WS=37854570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr19	37864925	rs61161652	A	AC	1745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=11;PP=1252;SC=CCACCCCGCCACCCTGGCCAG;SOR=1.893;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=30;WE=37864933;WS=37864915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	37918609	rs7254009	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=0.842;SC=AATCATGATGCTTGCAATAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=37918617;WS=37918599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	38040076	rs1564206	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=42;PP=1009;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGCCTGTGTTCCCCGGGGCGC;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=48;WE=38040084;WS=38040066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr19	38046967	rs10420552	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TCCACATCCAGTTTGGCTCCT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=74;WE=38046975;WS=38046957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr19	38047075	rs10420268	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=698;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TGGGAACAGTACACATAAATC;SOR=0.438;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=49;WE=38047083;WS=38047065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr19	38055596	.	C	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=1202;ReadPosRankSum=0.138;SC=CAGTATGGATCCTTTGATGCA;SOR=0.667;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=45;WE=38055620;WS=38055586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr19	38055612	rs4802029	A	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=2723;ReadPosRankSum=0.575;SC=ATGCAGAGTAAGTTCTGAGCC;SOR=0.601;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=68;WE=38055620;WS=38055586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr19	38056574	rs28512414	T	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ATTTCTTACATTCATATGGTT;SOR=0.760;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=19;WE=38056582;WS=38056564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
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chr19	38135444	rs71298747	C	CAAAAAG	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=3.637;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,29:0.24:122
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chr19	38189440	rs958305	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.059;SC=TTCAAAGGGTTTCTTACCACT;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=56;WE=38189448;WS=38189430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,59:0.30:194
chr19	38189616	rs2075284	T	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=748;SC=GTTTCTCTCCTGTATGAATTC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=38189624;WS=38189606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	38189694	rs117357379	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CAAAGGGTTTGTAACCAGTAT;SOR=0.973;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=18;WE=38189702;WS=38189684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr19	38198610	rs7255313	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr19	38229378	rs1291	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=460;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGGCGCGCTCGTACTCTTTAC;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=42;WE=38229386;WS=38229368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr19	38229824	rs3095726	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=2.621;SC=TAGGGTTTCATACCAGTATGA;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=12;WE=38229832;WS=38229814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr19	38314767	rs2305105	A	G	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=46;PP=2337;SC=GAAGTGACAAAAGAACAAATG;SOR=1.108;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=128;WE=38314775;WS=38314757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	38376103	rs73027454	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1043;ReadPosRankSum=0.763;SC=GTTTATCCTTAAAATCCCAGA;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=85;WE=38376111;WS=38376093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,91:0.34:268
chr19	38376485	rs10408510	T	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=73;PP=2836;SC=AATGGCTTCATGTTTGGCCAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=146;WE=38376493;WS=38376475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	38377409	rs7252765	A	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	38377564	rs7253969	T	C	12564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=245;NR=198;PP=2965;SC=AAAACTTTTCTTTTGGTTTGT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=444;TCF=246;TCR=198;TR=443;WE=38377572;WS=38377554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr19	38377773	rs34785154	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2687;ReadPosRankSum=0.142;SC=CTCTGCTTCCGAGCCAGTTTC;SOR=0.626;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=120;TCR=119;TR=151;WE=38377781;WS=38377763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,155:0.64:244
chr19	38378107	rs60704260	G	A	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=86;PP=2631;ReadPosRankSum=0.552;SC=TGGCAATTTCGCTTTCCTCCA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=166;WE=38378115;WS=38378097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,182:0.67:273
chr19	38378539	rs10422056	G	C	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=103;PP=2965;SC=CCAGTATCTTGTTGAACATTC;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=182;WE=38378547;WS=38378529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	38379446	rs6508750	C	T	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=88;PP=2680;ReadPosRankSum=-1.512;SC=TTTTTCAGCTCGGGCTCGTTT;SOR=0.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=172;WE=38379454;WS=38379436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,184:0.68:272
chr19	38381053	.	A	AC	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=1.036;SC=TAAAAAAAAAAAGCATTCTCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=38381061;WS=38381043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	38382328	rs953370	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=65;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AAGAAAAAGCCGGCTTTTCAT;SOR=0.897;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=209;TCF=95;TCR=114;TR=115;WE=38382336;WS=38382318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,120:0.56:215
chr19	38384421	rs3894129	C	G	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=74;PP=2875;SC=GTCCAGAATGCCTATGAGTCT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=141;WE=38384429;WS=38384411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	38621473	rs861304	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=50;PP=1336;SC=CTGGCATGAGGCCTCCCTGGC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=38621481;WS=38621463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	38633159	rs2304132	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=11;PP=895;SC=CCTCCCAGGGCAGGGGTACCC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=38633167;WS=38633149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr19	38702777	rs2288906	C	T	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1566;ReadPosRankSum=3.064;SC=CAGCTCCCTGCGGGGGCAGCC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=107;WE=38702785;WS=38702767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,110:0.67:164
chr19	38706989	rs2278431	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=799;ReadPosRankSum=0.074;SC=GGAGGCATCCGTACCTGTGTG;SOR=0.844;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=58;WE=38706997;WS=38706979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,69:0.40:171
chr19	38708245	.	G	C	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=-1.999;SC=GGGAGCGAGCGAGCCAGGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=35;WE=38708253;WS=38708235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr19	38708398	rs2304175	A	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=497;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GTCTCTGGGCACCCCTCTCTC;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=41;WE=38708406;WS=38708388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr19	38709568	rs2255456	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,107:0.28:388
chr19	38743506	rs73030311	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.258;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=367;ReadPosRankSum=0.162;SC=GCAAAGTGGGAGGCTGGGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=28;WE=38743514;WS=38743496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr19	38743591	rs10993	G	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=460;ReadPosRankSum=1.095;SC=CATCAATGTTGATCTCATCGG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=46;WE=38743599;WS=38743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,53:0.33:162
chr19	38755745	rs112797649	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.365;SC=CTGGGGGCTACTTGATGGCGT;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=38755753;WS=38755735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	38794895	rs2304176	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=1.025;SC=CAACTTCTCTTACCGCCATGG;SOR=0.503;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=28;WE=38794903;WS=38794885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr19	38795250	rs45437199	G	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=1526;ReadPosRankSum=0.671;SC=CCTCACTGCCGCACCTCCATC;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=380;TCF=208;TCR=172;TR=132;WE=38795258;WS=38795240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,135:0.35:390
chr19	38795580	rs201974576	CAAG	C	1537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.370;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,48:0.27:181
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chr19	38817110	rs7250755	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=665;SC=AGGATCACTTAGGTCCAGGAG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=38817118;WS=38817100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	38817363	rs61734615	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.957;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,66:0.27:246
chr19	38817486	rs3745951	T	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1154;ReadPosRankSum=1.293;SC=CTGTGATCTTTGCCCACCTCG;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=307;TCF=158;TCR=149;TR=102;WE=38817494;WS=38817476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,101:0.33:310
chr19	38826947	rs56849284	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=898;ReadPosRankSum=0.310;SC=AAGAGACAGTTTTCATCGAGA;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=60;WE=38826955;WS=38826937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,63:0.40:159
chr19	38827049	rs112867468	G	GGAAC	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=527;ReadPosRankSum=0.922;SC=ACCCGGGGAAGGAACGGGTCC;SOR=2.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=11;WE=38827057;WS=38827039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr19	38834377	rs73043019	G	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=0.546;SC=GGGCCTGGGGGAGGCGGGAGG;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=19;WE=38834385;WS=38834367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr19	38847431	rs2286475	T	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr19	38848796	rs4802351	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GGACTAGCAAACCCGAGTGGG;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=38848804;WS=38848786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	38850246	rs60071299	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	38852384	rs145616447	C	A	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=78;PP=1899;ReadPosRankSum=0.061;SC=GCCAGGAGCGCTACCGGGCGC;SOR=0.770;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=408;TCF=204;TCR=204;TR=153;WE=38852392;WS=38852374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,160:0.38:424
chr19	38858062	rs3745955	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=628;ReadPosRankSum=0.800;SC=TTTTTCCTGCGGCATCTCACT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=38;WE=38858070;WS=38858052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr19	38861333	rs1052375	G	A	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=90;PP=2313;ReadPosRankSum=0.492;SC=CGAGCATGCCGTCTCTGAGAC;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=84;TCR=129;TR=150;WE=38861341;WS=38861323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,162:0.70:232
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chr19	38873076	rs7257976	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=1.250;SC=GTACCTGGCAGCAGCTGGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=14;WE=38873084;WS=38873066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
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chr19	38877923	rs7248540	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=704;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CTCGGAGACTAGTCAGAAAAA;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=230;TCF=113;TCR=117;TR=70;WE=38877931;WS=38877913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,73:0.31:236
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chr19	38882781	rs12609878	T	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=481;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ATGTGCACTGTGGGCTGGCCT;SOR=0.418;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=35;WE=38882789;WS=38882771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr19	38882863	rs151129136	CCCT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr19	38884833	rs8109713	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CGGAGTGGGCGGGACTGCCCC;SOR=0.250;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=38884841;WS=38884823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr19	38886034	rs73044917	C	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,59:0.30:196
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chr19	38886311	rs113422285	T	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=0.942;SC=CTGCCCTGGGTCCCCCAGCGG;SOR=0.586;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=16;WE=38886319;WS=38886301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr19	38886713	rs112133734	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CGCCCCTGCGCGCGTGCCACT;SOR=1.307;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=20;WE=38886721;WS=38886703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr19	38886758	rs140053480	G	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
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chr19	38893935	rs3745959	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.388;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,39:0.24:162
chr19	38894307	rs150024474	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	38895473	rs113976914	G	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=1.629;SC=CCGGCCATCAGTGGAGCTTTT;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=18;WE=38895481;WS=38895463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr19	38896075	rs73044953	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=5.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,57:0.28:207
chr19	38896295	rs3745963	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=333;ReadPosRankSum=1.070;SC=GCAGGGGACCATGCAGAATTG;SOR=0.810;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=27;WE=38896303;WS=38896285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr19	38897502	rs59491640	G	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=448;ReadPosRankSum=1.447;SC=CAGGTCCCACGTGGGGAAGGG;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=30;WE=38897510;WS=38897492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr19	38899501	.	CAAG	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,9:0.10:94
chr19	38899548	rs3745964	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.185;SC=CGGGGGCGGGGGGTCCTCCAT;SOR=0.520;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=17;WE=38899556;WS=38899528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr19	38905683	rs10412098	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=0.335;SC=GCAGCCGGAAACCCGCGCAGC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=19;WE=38905691;WS=38905673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr19	38910987	rs80159218	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GAATTTCTAGGTGCTGAGCTA;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=27;WE=38910995;WS=38910977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr19	38912597	rs4310986	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CTGCTGGGGAGAGGACACTTA;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=14;WE=38912605;WS=38912587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr19	38912764	rs892055	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=518;ReadPosRankSum=-1.618;SC=TCGCCCTCCTATTTTTCCGGT;SOR=0.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=46;WE=38912772;WS=38912754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,53:0.33:159
chr19	38916840	.	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGGCCTCCTCGGTGCTTGGGA;SOR=0.093;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=38916848;WS=38916830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	38935280	rs2229139	A	G	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.938;NF=80;NR=40;PP=2030;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TGCAGACACTATGGAACATGA;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=139;TCR=72;TR=120;WE=38935288;WS=38935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,132:0.58:229
chr19	38935350	rs35018208	T	TC	6381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.769;NF=29;NR=94;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TAAATGGAGATCCCCCCAAAA;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=56;TCR=187;TR=123;WE=38935358;WS=38935340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,246:0.62:398
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chr19	38945851	rs7254832	T	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=924;ReadPosRankSum=0.250;SC=CCTATTGTGATGCCTCTTATT;SOR=0.706;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=62;WE=38945859;WS=38945841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr19	38946182	rs2288888	G	A	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.296;NF=64;NR=93;PP=2508;ReadPosRankSum=-2.213;SC=TGGAGGCCTCGTCTGGTAGGA;SOR=0.589;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=105;TCR=150;TR=157;WE=38946190;WS=38946172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,170:0.63:270
chr19	38946215	rs2288889	G	C	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.324;NF=36;NR=71;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GTGGGACAGAGGCTTGTGGGA;SOR=0.928;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=169;TCF=61;TCR=108;TR=107;WE=38946223;WS=38946205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,116:0.64:181
chr19	38948356	rs2071085	T	C	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1883;ReadPosRankSum=1.481;SC=ATGGATGTCCTTTCCTTAATC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=65;TCR=98;TR=108;WE=38948364;WS=38948346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,113:0.67:169
chr19	38949904	rs3745847	C	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.781;SC=ACGGCTGCCCCGTGCAGGGTG;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=89;WE=38949912;WS=38949894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,98:0.73:134
chr19	38950947	rs2304147	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=983;ReadPosRankSum=1.633;SC=GCTTCCATGTCCCCCACTGAC;SOR=1.009;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=51;WE=38950955;WS=38950937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr19	38953996	rs2304148	A	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=46;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GTGTTCTTGGAAAGAGGGGTC;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=118;WE=38954004;WS=38953986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,122:0.66:186
chr19	38956803	rs2228069	G	A	7689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=121;PP=2965;SC=CGGCGCAGACGACACTGGTGG;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=153;TCR=121;TR=274;WE=38956811;WS=38956793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	38993454	rs1469697	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	39034534	rs181590606	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CCCTCTGGTCTCCATCCACCT;SOR=0.972;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=39034542;WS=39034524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr19	39087650	rs8101811	C	T	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=39;PP=1814;ReadPosRankSum=0.045;SC=CTCAGAGTTCCCAGCACCCTC;SOR=1.169;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=172;TCF=112;TCR=60;TR=122;WE=39087658;WS=39087640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,134:0.71:189
chr19	39088282	.	A	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=530;ReadPosRankSum=-1.590;SC=ATAGGATCCCATATACCACTT;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=26;WE=39088290;WS=39088272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr19	39098734	rs41274336	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=636;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGTGGGGAGTGGGGGGACAGC;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=46;WE=39098742;WS=39098724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,51:0.72:71
chr19	39138608	rs2303040	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=23.72;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	39191383	rs2112649	G	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=67;PP=2138;SC=CAGTGCGGCCGAGCCCTGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=93;WE=39191391;WS=39191373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	39196745	rs3745859	C	T	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=74;PP=2965;SC=CGTATAAGAACGTCAATGTGC;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=172;WE=39196753;WS=39196735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	39215333	rs3786851	C	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=302;SC=TTCTCACCACCCAGGGGCCGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=39215341;WS=39215323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	39224413	rs4801861	A	G	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=111;PP=2965;SC=CGAACTTGTTAAATATGGCCT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=215;WE=39224421;WS=39224403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	39227107	rs202243527	TTTGACCAAGCCCCAGGGCAGG	T	3593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=2926;SC=CCCAGGGCAGTTTGACCAAGC;SOR=1.414;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=47;WE=39227135;WS=39227097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	39228868	rs34488364	G	GCA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=138;SC=GAACCCCTTGGCAGAGACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=39228876;WS=39228858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	39233146	rs936524	A	G	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=79;PP=2446;SC=GGGAGGCGGCAGCTGCAAGGA;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=133;WE=39233154;WS=39233136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	39294033	rs73933059	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.623;SC=AACCTGACCACGAACTCTATC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=39294041;WS=39294030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr19	39306425	rs2075588	A	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=8.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,89:0.29:307
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chr19	39322414	rs117820732	G	T	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1458;ReadPosRankSum=0.079;SC=CGCCGCCATCGCCGCCGCCTT;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=308;TCF=133;TCR=175;TR=111;WE=39322422;WS=39322404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,112:0.36:314
chr19	39328145	rs2278010	A	C	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1861;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GGGGAAAAGTAAAGGTTTTAG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=115;WE=39328153;WS=39328135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,119:0.61:194
chr19	39329205	rs45510794	C	T	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.064;NF=92;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ACCCGTATGACTGACCAGGCA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=154;TCR=176;TR=197;WE=39329213;WS=39329195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,211:0.60:352
chr19	39329517	rs8111670	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GCTGCCCTCCCGAGCCTGAGC;SOR=0.264;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=13;WE=39329525;WS=39329515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr19	39330645	rs77994052	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CCCGCCCAGCGCCACACCAGG;SOR=1.314;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=13;WE=39330653;WS=39330635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr19	39330868	.	T	G	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=59.45;NF=0;NR=9;PP=86;QD=13.4190236164;SC=GGGGAGGGGGTGGGGGGTGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=9;WE=39330876;WS=39330852;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	39334811	rs2278011	T	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=986;SC=TACCCCAGAGTGTGATAAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=39334819;WS=39334801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	39334830	rs2278012	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=728;SC=GACAAGGTAGCACCCCAAGAC;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=39334838;WS=39334820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	39338125	rs862454	G	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1536;ReadPosRankSum=0.719;SC=ACAAGATGACGCCCCACTGGC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=101;WE=39338133;WS=39338115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,107:0.78:138
chr19	39338142	rs862455	A	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TGGCCTCTGTACTGTTGTAGA;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=115;WE=39338150;WS=39338132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr19	39360597	rs113728915	C	T	7582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GTTCTCGCCTCGAGCCAGGCC;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=522;TCF=271;TCR=251;TR=335;WE=39360605;WS=39360587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,350:0.64:550
chr19	39360720	rs8110393	G	A	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=86;PP=2643;SC=GGCGGGGGCGGGGCTCTGCCC;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=27;TCR=86;TR=113;WE=39360728;WS=39360710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	39361658	rs8100220	G	C	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1836;ReadPosRankSum=1.059;SC=GCATTCGGTCGCCTAGAACAG;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=105;WE=39361666;WS=39361648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,106:0.68:155
chr19	39364415	rs6508823	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=492;SC=ATCCACCCGCCTCGACCTACC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=39364423;WS=39364405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	39364584	rs61747761	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-3.009;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr19	39366899	rs1529713	A	G	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=53;PP=2650;SC=AATTTGTGTCATGTTTGTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=96;TCR=53;TR=148;WE=39366907;WS=39366889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	39367111	rs1001413	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TCTGCTTTGTTCACCTGTGGT;SOR=1.121;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=55;WE=39367119;WS=39367101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr19	39372244	rs2082435	C	G	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=82;PP=2330;SC=ACCTCCATCACTTGGAGTGTG;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=122;WE=39372252;WS=39372234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	39380030	rs11667030	CA	TG	7923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=98;PP=2947;SC=AGCTGAGATTCACACCCAGGC;SOR=1.347;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=160;WE=39380039;WS=39380020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	39385532	rs10410544	T	C	11099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=0.808;SC=CTCTCTGCCCTCAGATCCGGG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=412;TCF=184;TCR=228;TR=409;WE=39385540;WS=39385521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr19	39390931	rs2053071	C	G	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=75;PP=2595;SC=CCTGAGGCTTCCTAACCTCAT;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=140;WE=39390941;WS=39390921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr19	39400054	rs11404115	T	TA	1322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.863;NF=0;NR=28;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TCGGTTCTCATAGTGGCATCC;SOR=0.723;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=28;WE=39400062;WS=39400044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
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chr19	39421388	rs730078	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=866;ReadPosRankSum=0.980;SC=TTGGACCGGGAACAAGGCGGC;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=48;WE=39421396;WS=39421378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr19	39433299	rs8113389	A	G	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=60;PP=2239;ReadPosRankSum=0.034;SC=CAAGGGCGCCATAGTGCCCCA;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=224;TCF=140;TCR=84;TR=156;WE=39433307;WS=39433289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,169:0.70:242
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chr19	39435485	rs10416055	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=265;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AGAAGGGCTCGATACTTCTTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=13;WE=39435493;WS=39435475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	39435933	rs11672849	C	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=59.96;MQRankSum=-0.676;NF=15;NR=16;PP=436;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CAGAGCCTGGCGGAGGAGCCT;SOR=0.798;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=31;WE=39435941;WS=39435923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr19	39437258	rs10568003	TCA	T	4934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.690;NF=8;NR=62;PP=2970;ReadPosRankSum=0.038;SC=GGCATTCAAGTCACAGTCAGA;SOR=0.937;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=113;TCF=19;TCR=94;TR=70;WE=39437278;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,122:0.69:178
chr19	39437270	rs2278412	G	A	4999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ACAGTCAGAAGCCACCTCCTC;SOR=0.994;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=123;WE=39437278;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,130:0.69:188
chr19	39440918	rs2304117	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr19	39440966	rs2304118	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
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chr19	39522891	rs3848623	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=317;ReadPosRankSum=1.331;SC=GGCCCGGCTGTGGCTGCGGGA;SOR=0.456;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=21;WE=39522899;WS=39522881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
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chr19	39589518	rs190998143	T	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TCTCCTCCCCTCCACCAGTCG;SOR=0.379;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=13;WE=39589560;WS=39589508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr19	39589520	rs371296886	CACCAGTCGGGGAAGGATGGGGTTGGAGGGAGGG	C	1543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.568;QD=21.15;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=1.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr19	39589869	rs11326424	CG	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.838;NF=0;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=1.201;SC=GCGCGCGGGTCGGGGGCGGTG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=9;WE=39589877;WS=39589859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr19	39590955	rs8110736	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=877;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CCAGCCTGCCGTACATGACAT;SOR=0.772;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=122;TCR=109;TR=74;WE=39590963;WS=39590945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,82:0.32:254
chr19	39592138	rs1313617	C	T	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=81;PP=1932;ReadPosRankSum=0.337;SC=TGCCCTACACCAACCCGCGAG;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=195;TCF=74;TCR=121;TR=135;WE=39592146;WS=39592128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,143:0.69:207
chr19	39735046	rs141228207	C	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1099;ReadPosRankSum=0.585;SC=GGGCCTGACTCCCCCTCTCAC;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=71;WE=39735054;WS=39735036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr19	39760069	rs30481	G	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=39;PP=2038;SC=TCTCTATCCTGCTCCCCAACC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=75;WE=39760077;WS=39760059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr19	39888390	rs1057745	G	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1227;ReadPosRankSum=1.774;SC=GGTGTGCAAAGGGAATGAAGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=87;WE=39888398;WS=39888380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,94:0.72:131
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chr19	39916110	rs16746	GGGA	G	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=0.041;SC=GGATGGGGAAGGGAGGAATGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=39916120;WS=39916100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	39923952	rs17627	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=0.445;SC=GGGCACCAGGGCCTCCAAACT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=11;WE=39923960;WS=39923942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	39924129	rs566130	T	C	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=68;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CACACACCCATCTACCTCATG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=150;TCR=107;TR=168;WE=39924137;WS=39924119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,176:0.64:275
chr19	39932066	rs1865091	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=0.214;SC=CTGCTGGATCTCCTGGGGTCC;SOR=0.733;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=16;WE=39932074;WS=39932056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	39936502	rs1932	G	A	4290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=83;PP=2681;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ACGCGCCAAGGCTGCTGTCTT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=143;TCR=118;TR=183;WE=39936510;WS=39936492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,190:0.70:273
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chr19	39944082	rs1130180	C	T	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,92:0.75:123
chr19	39948871	rs374640896	CCCACCA	C	798.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.29;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr19	39949764	rs1529733	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=966;ReadPosRankSum=0.138;SC=GGTCCCTAAGCGGGAAGGGGC;SOR=0.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=68;WE=39949772;WS=39949754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr19	39955304	rs73035432	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=320;ReadPosRankSum=-2.195;SC=GGAACACCTTTGTGTCCATGT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=39955312;WS=39955294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr19	39963828	rs45568533	T	A	4868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.449;SC=CCCCATTTGTTCTCTGCGTCC;SOR=0.599;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=301;TCF=181;TCR=120;TR=206;WE=39963836;WS=39963818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,212:0.68:312
chr19	39971622	rs2304221	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CGAGGGTGGCCCTCTGAATGT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=39971630;WS=39971612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr19	39972766	rs62120691	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.944;SC=AGCTTCTCTCGTCTTCATTCC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=66;WE=39972774;WS=39972756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr19	39976464	rs4803245	C	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CCCGGGAAACCCAGTGGGTTG;SOR=0.751;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=68;WE=39976472;WS=39976454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr19	39976734	rs4803247	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=0.045;SC=AGAGAACTCTGTTCTGGGAAT;SOR=0.631;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16;WE=39976742;WS=39976724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr19	39976969	rs1865094	T	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.476;SC=ATTGGTGTGGTGGGAGGCGTA;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=72;WE=39976977;WS=39976959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr19	39977173	rs8112528	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GGGATTTGGCGGAGTTGGCAC;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=21;WE=39977181;WS=39977163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	39978610	rs74178079	GTGTA	G	2233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.099;NF=28;NR=12;PP=1911;ReadPosRankSum=0.925;SC=GTGTGATGCTGTGTATGTATG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=40;WE=39978621;WS=39978600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr19	39990245	rs3212275	G	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TCCCAGACCAGTAACTCTACC;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=36;WE=39990253;WS=39990235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr19	39991237	rs2304223	C	G	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=82;PP=2258;ReadPosRankSum=1.211;SC=TCATCTCCCCCTTCCTTCACC;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=284;TCF=149;TCR=135;TR=169;WE=39991245;WS=39991227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,177:0.59:301
chr19	39993415	rs2278440	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=655;ReadPosRankSum=2.214;SC=CATGTTCGGCCGGGCCCACCC;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=39;WE=39993423;WS=39993405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr19	39993560	rs8107127	T	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=522;ReadPosRankSum=1.441;SC=GAGCTGCGCTTCTCGTACCGC;SOR=1.410;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=28;WE=39993568;WS=39993550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr19	39993591	rs8106337	C	G	742.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5546;FS=1.939;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=1.490;SC=AGCCGCCTGCCGTCGGGACCG;SOR=1.314;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=30;WE=39993599;WS=39993581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr19	39994711	rs1110627	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=692;ReadPosRankSum=0.250;SC=TCCCCCATAGTGGTGTGCCGA;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=48;WE=39994719;WS=39994701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr19	39996027	rs2304214	C	T	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=59;PP=2154;ReadPosRankSum=1.139;SC=ACTGCCCACCCGGTTTCCAAG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=196;TCF=112;TCR=84;TR=140;WE=39996035;WS=39996017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,152:0.71:214
chr19	40007067	.	GTC	G	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=59;QD=33.5;SC=CTGGCCCCTTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=40007076;WS=40007057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr19	40093111	rs3764843	C	A	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=35;PP=2242;SC=GAATGAAGCCCGAGGGCAAGG;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=40093119;WS=40093101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	40096127	rs2233709	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=350;SC=CAGGGTCCATCTCCCATAACT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=40096135;WS=40096117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	40149297	rs1860134	T	A	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=99;PP=2965;SC=TACGTGTGTCTCAATGAGTAT;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=163;WE=40149305;WS=40149287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	40170103	rs11083532	A	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=705;ReadPosRankSum=1.064;SC=CCTTTAATAAACTCAATTCAC;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=39;WE=40170111;WS=40170093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr19	40174236	rs7258833	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GCAACTCCAAGGAGAAACTGG;SOR=0.878;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=309;TCF=156;TCR=153;TR=91;WE=40174244;WS=40174226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,99:0.30:332
chr19	40197924	rs4830	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=499;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CATGAACAGTTGTGTGTTTGG;SOR=0.684;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=43;WE=40197932;WS=40197914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr19	40199914	rs10755	C	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,52:0.28:188
chr19	40224833	rs375867	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CCGGGGACAGAGGGAGTTATC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=40224841;WS=40224823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	40224869	rs391646	T	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=1.307;SC=AAGAGCTGCCTCCTGCTCTGA;SOR=0.714;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=14;WE=40224877;WS=40224859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr19	40224887	rs391660	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=998;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TGAGATCCCATGGAAGCCGGG;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=23;WE=40224909;WS=40224877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr19	40224901	rs453827	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=998;ReadPosRankSum=-0.509;SC=AGCCGGGTGCGGGGAGCTCCT;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=33;WE=40224909;WS=40224877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr19	40224986	rs384138	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=942;ReadPosRankSum=0.677;SC=GAAAGGGCATATTCTTGGATT;SOR=0.810;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=71;WE=40224994;WS=40224976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,79:0.40:198
chr19	40225168	rs399641	T	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.250;SC=AGCAGGTCCCTTTCTTGTGGG;SOR=0.457;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=18;WE=40225176;WS=40225158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr19	40225646	rs17608	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=587;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CAAGAAACAGGCAAGTGGTCG;SOR=0.811;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=178;TCF=83;TCR=95;TR=52;WE=40225654;WS=40225636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,55:0.29:189
chr19	40318086	rs12977762	A	G	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=78;PP=2687;ReadPosRankSum=0.296;SC=GCAGGGGTCAAGGTCATCAGG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=279;TCF=148;TCR=131;TR=170;WE=40318094;WS=40318076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,183:0.61:298
chr19	40327312	rs3760924	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=527;ReadPosRankSum=0.090;SC=ACCATTGCTAAGGAGAAAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=34;WE=40327320;WS=40327302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr19	40328327	rs649908	C	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=449;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CCTACCCCACCGGGGCCACCC;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=25;WE=40328335;WS=40328317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr19	40328615	rs616650	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ATGACTATTGCTATCATGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=40328623;WS=40328605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr19	40354067	rs2405	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=601;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CTTCAGCCACTGCAACCTCCA;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=51;WE=40354075;WS=40354057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,57:0.39:146
chr19	40354576	rs2302523	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=41;ReadPosRankSum=0.659;SC=GGCCACAGCCCCAGAATAGCT;SOR=0.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=7;WE=40354584;WS=40354566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr19	40357247	rs887806	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr19	40357341	rs4436880	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,51:0.22:237
chr19	40357360	rs2075097	C	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.984;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,72:0.26:282
chr19	40357683	rs759120	T	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=425;ReadPosRankSum=1.208;SC=GGCAGCCAGCTGCCTGGCATG;SOR=0.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=36;WE=40357691;WS=40357673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr19	40362573	rs10422312	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.71;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	40366362	rs3855679	G	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.05;NF=28;NR=38;PP=1452;SC=CCACAGCCTTGAGGTCGTCTG;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=40366382;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	40366374	rs2053089	G	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=58.59;MQRankSum=1.269;NF=12;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGTCGTCTGCGGGGTCCTGGT;SOR=0.449;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=24;WE=40366382;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr19	40367862	rs6508920	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=14;PP=505;SC=GACAGCTGGCTGGGCAGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=40367870;WS=40367852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	40368274	.	C	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=104.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQRankSum=-7.613;QD=20.60;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=3.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr19	40368280	rs62106924	A	G	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=98.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.58;MQRankSum=-7.762;QD=18.73;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=3.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr19	40368391	rs76288738	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=1.887;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,31:0.13:232
chr19	40368395	rs28472548	C	T	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.927;NF=80;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.018;SC=AAGAATGTCACGGTCCCCACC;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=246;TCF=107;TCR=139;TR=177;WE=40368403;WS=40368381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,170:0.75:227
chr19	40368498	rs12610683	AA	CC	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=58.35;NF=21;NR=35;PP=2309;SC=GTGCCAGATGAAAGGGGTCCG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=40368507;WS=40368488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	40368520	rs36079378	G	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.949;NF=19;NR=29;PP=862;ReadPosRankSum=1.277;SC=AGAAGCCAGGGCCCTCGTACT;SOR=0.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=40368528;WS=40368510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr19	40373869	.	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQRankSum=-1.960;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	40373889	.	CCA	TTG	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQRankSum=-0.486;QD=26.94;ReadPosRankSum=1.325;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr19	40373908	.	C	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.42;MQRankSum=-3.159;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr19	40374023	.	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQRankSum=-0.996;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr19	40374025	.	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.64;MQRankSum=-1.292;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=1.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,7:0.12:57
chr19	40374034	rs138587194	A	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.41;QD=29.93;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	40376880	rs75009537	TG	CC	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.46;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	40384518	rs149161739	T	C	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=16.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	40392359	rs56242719	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.25;QD=28.52;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	40392482	rs62108883	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.50;QD=27.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	40392585	rs79253448	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.176;NF=31;NR=17;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GATACAGCCCTCGCTCCCCGG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=48;WE=40392596;WS=40392575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr19	40392588	rs62108885	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.458;NF=11;NR=8;PP=688;ReadPosRankSum=0.577;SC=ACAGCCCTCGCTCCCCGGCGG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=19;WE=40392596;WS=40392575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr19	40396323	rs369105601	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	40405847	.	C	T	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=52.41;NF=1;NR=1;PP=32;QD=33.3856062736;SC=CCAGTTACACCACCCTCAGCC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=2;WE=40405855;WS=40405837;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr19	40405899	rs7507507	G	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.96;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	40405903	rs199846896	A	AGCCC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.96;QD=91.93;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	40405905	.	C	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.44;QD=45.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	40405905	.	C	CCCAG	107	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=48.85;NF=2;NR=1;PP=107;QD=47.0;SC=CCAGGCCCAACCCCAGCTCAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=40405920;WS=40405895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr19	40405912	rs45494494	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=166;SC=CAACCCCAGCTCAGCACCTTT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=40405920;WS=40405895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	40407901	rs3901397	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.699;NF=10;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=1.281;SC=GAGGGGTGAGGCCCCATATTC;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=13;WE=40407909;WS=40407891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	40408128	rs4803310	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.397;NF=27;NR=36;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TCGGAGGGCACTCCATGGCTG;SOR=1.000;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=63;WE=40408136;WS=40408118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr19	40408532	rs36106401	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTCGCTCCCCGGCGGGCAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=17;WE=40408540;WS=40408522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr19	40408857	rs4802064	T	C	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.811;NF=110;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.163;SC=ACCTGGGAGGTGAGAGAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=205;WE=40408865;WS=40408847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
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chr19	40720079	rs3746005	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CGCCATCGGACGGGGCGCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=30;WE=40720087;WS=40720068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr19	40721877	rs8106744	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.463;SC=CATTCCCCCCGACCCCACACA;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=40721885;WS=40721867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	40723844	rs79666308	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-2.135;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr19	40739513	rs33933140	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=863;ReadPosRankSum=1.180;SC=TAAAACCTGAATCTCCAACCG;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=111;TCR=107;TR=74;WE=40739521;WS=40739503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,77:0.33:231
chr19	40739721	rs2304186	G	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.469;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=723;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AAGTTAGGGGGAAAAAACCAC;SOR=0.957;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=256;TCF=133;TCR=123;TR=75;WE=40739729;WS=40739711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,79:0.31:259
chr19	40742320	rs2304189	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=5.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-2.069;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,30:0.23:129
chr19	40744697	rs3730051	T	C	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=36;PP=2056;ReadPosRankSum=0.926;SC=AGAGGGGCACTAGATGACACT;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=129;TCR=55;TR=119;WE=40744705;WS=40744687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,124:0.64:195
chr19	40788641	rs11880261	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=1.353;SC=TCTGATAAGATGCGGTGGAAG;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=4;WE=40788649;WS=40788631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
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chr19	40854331	rs10414431	A	T	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=40;PP=2052;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCGCCCCGGAAGCATCCTCTC;SOR=1.075;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=121;TCR=65;TR=124;WE=40854339;WS=40854321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,139:0.70:198
chr19	40875800	rs3745198	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr19	40875810	rs3745199	C	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=2.540;SOR=0.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr19	40883844	rs45469694	A	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=1666;ReadPosRankSum=1.302;SC=TTCAGACACCAGGGGCGGCCC;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=375;TCF=195;TCR=180;TR=133;WE=40883852;WS=40883834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,139:0.36:389
chr19	40884160	rs4635	G	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=60;PP=1838;SC=CTGTCCCCGCGCCCCCGCTTC;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=100;WE=40884168;WS=40884150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	40886223	rs56237517	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=958;ReadPosRankSum=0.207;SC=GAACGCACCCGGCTCACCTCA;SOR=0.622;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=70;WE=40886231;WS=40886213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,72:0.34:213
chr19	40900865	rs268674	C	T	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=38;PP=2204;SC=ACCACCTGCCCGGCTGTGGAC;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=40900873;WS=40900855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	40901011	rs3745202	G	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=1.210;SC=CTTTTCCCCCGGGCTGGCACG;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=80;WE=40901019;WS=40901001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,84:0.36:234
chr19	40901496	rs268673	T	C	5378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=117;PP=2965;SC=CTTTTGTCTCTATCATCTCCA;SOR=1.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=66;TCR=117;TR=183;WE=40901504;WS=40901486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	40901604	rs268672	A	G	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	40901614	rs268671	A	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	40904602	rs744389	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=864;ReadPosRankSum=0.424;SC=CCAGGTCCCCGGTGGGCACAG;SOR=0.828;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=70;WE=40904610;WS=40904592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,74:0.37:198
chr19	40909821	rs2613842	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=868;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GGACCTCGCCCAGAGCCCGCC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=53;WE=40909829;WS=40909811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,57:0.71:80
chr19	40929363	rs268687	T	C	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=60;PP=2027;SC=GCCACCGCTGTGTGGCCAGGA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=40929371;WS=40929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	40929553	rs268686	G	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=11;PP=362;SC=GGATCTTGGGGAAGTCACTTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=40929561;WS=40929543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	40947373	rs10560834	GGATC	G	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr19	40947448	rs2887292	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=613;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TCCACTCCCAAGAACCTGGGG;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=51;WE=40947456;WS=40947438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,53:0.30:178
chr19	40947751	rs35314597	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr19	40953713	rs45460395	GA	G	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=326;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGAGTAATTTGAAGCTCTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=40953721;WS=40953703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	40964395	rs11547746	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,52:0.34:155
chr19	41009982	rs71358911	C	T	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=60;PP=1697;ReadPosRankSum=-0.004;SC=AGAACCTTGCCCTGCAGAAGG;SOR=0.967;Source=Platypus;TCF=69;TR=107;WE=41009990;WS=41009972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,110:0.70:158
chr19	41060616	rs2242131	A	G	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=50;PP=2326;SC=CGCTGTTGGGAGTTGGCGCAG;SOR=0.831;Source=Platypus;TCF=63;TR=113;WE=41060624;WS=41060606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	41071177	.	A	AAAAAG,AAAAG	163.80	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.25;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.6694;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=184;SC=TCTCAAAAAAAAAAAGAAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=41071185;WS=41071167;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:3
chr19	41071701	rs62107869	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=171;SC=GGACATGCTCCAGCCTGTCCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=41071709;WS=41071691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	41075662	rs1165837	G	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=40;PP=1070;SC=GGTGGGGATAGGAGGACCCCT;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=41075670;WS=41075652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	41078220	rs1165841	G	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=1140;SC=CCAGATCTCTGAAGTCCTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=41078228;WS=41078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	41081295	rs62107872	T	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1121;ReadPosRankSum=-1.018;SC=ATACGGCCTCTGTGCCCTGTT;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=78;WE=41081303;WS=41081285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,82:0.64:129
chr19	41082868	rs16974365	T	C	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GGGAAGTCATTCATCTGAATG;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=83;WE=41082876;WS=41082858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr19	41082993	rs35684786	GC	G	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.756;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.938;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr19	41083444	rs2290682	C	T	7403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CATCCATCCTCTGCCCCCCTT;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=466;TCF=241;TCR=225;TR=322;WE=41083452;WS=41083434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,327:0.68:482
chr19	41084471	rs3217684	A	AG	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=505;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AATGGAATGGAGGGGCGCGGA;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=41084479;WS=41084461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr19	41094765	rs12977500	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr19	41095086	.	TGAGGACAGTCCTGTCCAACAGGGAGG	T	5515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=41;PP=2957;SC=TGGGCAGCGGTGAGGACAGTC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=16;TCR=71;TR=50;WE=41095119;WS=41095076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	41096189	rs396118	A	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=60;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CACCCACGACAGCCTTCACAG;SOR=0.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=127;WE=41096197;WS=41096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr19	41111069	rs2303729	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,77:0.26:298
chr19	41123093	rs59030801	A	AG	5209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=93;PP=2936;SC=CTCTGTGACCAGGTTACGAGG;SOR=1.642;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=7;TCR=96;TR=98;WE=41123101;WS=41123083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	41173880	rs2604901	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.205;NF=12;NR=12;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GCTGTTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=24;WS=41173864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr19	41173892	rs141662737	CTGCTGT	C	901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.213;NF=1;NR=16;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=0.650;Source=Platypus;TCF=6;TR=17;WS=41173864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr19	41188890	rs3833218	TG	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,22:0.13:175
chr19	41192610	rs112258640	T	TTGAG	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=0.308;SC=ATGTGAGTGTTTGTGACTCTG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=41192618;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	41206208	rs2246095	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=4.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,36:0.23:156
chr19	41209477	rs11538385	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=376;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TCTTGAGTACCGCCAGCAGGT;SOR=1.249;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=27;WE=41209485;WS=41209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr19	41211056	rs3865452	T	C	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1273;ReadPosRankSum=1.624;SC=CTCAAAGATGTGCTGCAGCTG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=89;WE=41211064;WS=41211046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,94:0.71:132
chr19	41248237	.	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GGAGACCCCTGAGACCTAGCT;SOR=0.483;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=14;WE=41248245;WS=41248227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	41251180	rs2369302	T	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=1.149;SC=CTGGGAGTGGTCGTATCCAGG;SOR=2.120;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=30;WE=41251188;WS=41251170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr19	41255309	rs147606106	AC	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.431;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGACACGGGAACCCCCCCCCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=41255317;WS=41255299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr19	41257176	rs1457141	G	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=321;ReadPosRankSum=1.354;SC=CTCCGTCCTTGCCCCTACTCC;SOR=0.961;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=18;WE=41257184;WS=41257166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
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chr19	41269076	rs2305797	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=610;ReadPosRankSum=0.652;SC=TTGGGTGGTCTGGGCAGGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=41;WE=41269084;WS=41269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr19	41283365	rs2233159	C	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=36;PP=1083;SC=CCCTCCTTGGCTTTATGCAAA;SOR=1.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=41283373;WS=41283355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	41306362	rs11547373	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr19	41316355	rs41530251	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.541;NF=14;NR=39;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.190;SC=ACAGATAACATTGGATACAGC;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=53;WE=41316363;WS=41316345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr19	41316370	rs11552615	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.040;NF=6;NR=31;PP=790;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TACAGCATTATCCAGTAGCCG;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=37;WE=41316378;WS=41316360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr19	41324832	rs2545773	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.807;NF=1;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=-1.786;SC=TGGGGAGCGGTGGTGAGATAA;SOR=1.329;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=41324840;WS=41324822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	41332171	rs78011401	C	T	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=82;PP=2479;SC=GGGAAGATGTCGTACAACTGG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=46;TCR=82;TR=128;WE=41332179;WS=41332161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	41350664	rs1809810	A	T	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=72;PP=2139;SC=CAGCATAGGGAACACTTCGGT;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=41350672;WS=41350654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	41351400	rs28399453	G	A	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=97;PP=2965;SC=GGGGAGGAGGGGGAATGTGTT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=191;WE=41351408;WS=41351390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	41354606	rs4986892	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-7.709;QD=2.92;ReadPosRankSum=3.802;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,44:0.24:185
chr19	41354661	rs79584535	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-4.651;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr19	41354688	rs148803816	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-5.281;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.623;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr19	41354689	rs201873185	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-5.281;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.668;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr19	41354712	rs8192725	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=532;SC=AGGGGGCGGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=41354720;WS=41354702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	41355849	rs2302990	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQRankSum=-7.618;QD=3.22;ReadPosRankSum=2.346;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,36:0.25:142
chr19	41355896	rs376970015	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-10.807;QD=1.43;ReadPosRankSum=-4.080;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,22:0.18:119
chr19	41356281	rs1137115	T	C	9078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=162;PP=2965;SC=TCAAGACCATTACAGTCAGGC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=314;WE=41356289;WS=41356271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr19	41381647	rs12460590	A	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=1254;SC=CGTGGCAAAGACCACGTGTTT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=41381655;WS=41381637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	41382607	rs2316206	AG	CA	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.32;QD=44.21;SOR=3.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	41382612	rs2316208	CG	TA	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.20;QD=44.55;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	41382645	rs3865455	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.38;QD=39.79;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	41382653	rs2388869	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.04;QD=45.99;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	41382655	rs2316210	T	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.19;QD=45.84;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	41382665	rs3852869	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.73;QD=43.43;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	41383153	rs2261144	A	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=84;PP=2965;SC=GGCCAAACTCATGGGGATCAC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=170;WE=41383161;WS=41383143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	41383344	rs2302988	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=71;PP=1962;SC=AATGATAGTCTGAATAGGTAA;SOR=1.069;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=128;WE=41383352;WS=41383334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr19	41383799	rs3869579	G	A	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.360;NF=112;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.515;SC=AAGCCATAGCGCAGGGTGGTG;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=112;TCR=76;TR=188;WE=41383807;WS=41383789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
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chr19	41384675	rs4079366	T	C	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=98;PP=2965;SC=CTCCTGCATGTGGATGAGAAA;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=226;WE=41384683;WS=41384665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
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chr19	41386282	rs3815705	G	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=1047;SC=AAGTGCGGGCGCCTTTCCCCA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=41386290;WS=41386272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr19	41386547	rs74219554	G	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.23;QD=43.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	41387620	rs10425150	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.66;QD=32.69;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr19	41387656	rs10425176	A	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.05;QD=41.44;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	41387669	rs10425185	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=22;PP=857;SC=GATGGAGGCGAGTGGGAGTGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=41387677;WS=41387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	41388084	.	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=5.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.793;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,61:0.24:259
chr19	41397370	rs3852870	A	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1103;SC=TCACATAGAAACTTATGACTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=41397378;WS=41397360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	41397806	rs8106551	C	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=590;SC=TGTTTATATCCCTCTAAAATC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=41397814;WS=41397796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	41400906	rs10626476	C	CAGAG	2221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=1733;SC=AGAGAAAAGACAGGCTGAAAA;SOR=1.157;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=31;WE=41400924;WS=41400896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	41400913	rs140473451	AAAAC	A	1319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=794;SC=AGACAGGCTGAAAACAAACAA;SOR=1.044;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=29;WE=41400924;WS=41400896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	41401950	rs4803398	G	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=705;SC=CTGCCTTTTCGGGGTGTTAAA;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=41401958;WS=41401940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	41402162	rs3956342	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=469;SC=TGGGTTCAAGTGATTCTCCTG;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=41402170;WS=41402152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	41402579	rs6508953	A	G	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=101;PP=2965;SC=TCTTTGATGGACATTATCGAG;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=221;WE=41402587;WS=41402569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	41403325	rs7252852	T	C	4636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=89;PP=2711;SC=ATCCCTAAAGTGCAGAGGAGT;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=160;WE=41403333;WS=41403315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	41403982	rs11083583	G	GT	2112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.301;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=1827;ReadPosRankSum=2.036;SC=AAAAACACCTGTTTTATTTTG;SOR=1.469;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=57;WE=41403994;WS=41403972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,87:0.90:97
chr19	41404196	rs10419393	A	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=38;PP=1285;SC=AACATCATCCAGGACACTCAG;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=41404204;WS=41404186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	41405962	rs4803400	T	G	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=163;PP=2965;SC=CTTCTCTCTATGCTCGCTGGT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=202;TCR=163;TR=365;WE=41405970;WS=41405952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr19	41414363	rs8100418	A	T	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=160;NR=105;PP=2965;SC=CGCCGGCACCAGCACAGCCCT;SOR=1.073;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=268;TCF=163;TCR=105;TR=265;WE=41414371;WS=41414353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	41414481	rs72480748	G	A	8891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=179;PP=2965;SC=GATTTGAAGCGGAAGTTCTGC;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=141;TCR=180;TR=320;WE=41414489;WS=41414471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	41415112	rs3844442	T	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=15;PP=1271;SC=AGTAGTAGCCTGGCAGCAAAC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=41415120;WS=41415102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	41416750	rs10419589	T	C	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=87;SC=ATCTTCCTTTTCCAGCCCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=41416758;WS=41416740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	41442597	rs73038469	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=826;SC=GACAGAGAGTGAGAGAGACAG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=41442605;WS=41442587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	41447479	rs34151237	T	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.22;QD=39.09;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	41447492	rs73038475	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.53;QD=41.74;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	41447928	rs3865460	G	A	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=60;PP=2209;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CAAGGCTACAGCCTCTCCTGA;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=127;TCR=90;TR=144;WE=41447936;WS=41447918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,155:0.66:234
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chr19	41531487	rs11670798	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=0.093;SC=GGGGCGTGACAGCCAGGCTGC;SOR=1.347;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=31;WE=41531495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,37:0.29:126
chr19	41531597	rs35930845	C	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,60:0.28:216
chr19	41531825	rs3745276	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=0.752;SC=TTTCCCCACCAAGGCCCGGTC;SOR=1.244;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=14;WE=41531833;WS=41531815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	41558800	rs11083604	T	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.701;NF=37;NR=21;PP=899;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCACCGCACCTGGCCTGTTTG;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=58;WE=41558808;WS=41558790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr19	41558878	rs56156262	G	A	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.922;NF=45;NR=64;PP=1826;ReadPosRankSum=2.106;SC=TCGGGAGACAGGCAGCTTGGA;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=109;WE=41558886;WS=41558868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,108:0.73:148
chr19	41564417	rs12978001	C	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CCAGGCAAGGCGCCTTGGATG;SOR=1.264;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=22;WE=41564425;WS=41564407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr19	41596133	rs1645690	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=527;ReadPosRankSum=1.333;SC=CGAGGGCGGGAACCCGCGCTT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=45;WE=41596141;WS=41596123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,50:0.37:136
chr19	41600800	rs1709081	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr19	41601609	rs1709082	T	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=1.050;SC=TCAGTAGGGGTTGAGGCTGCA;SOR=0.092;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=54;TCR=0;TR=13;WE=41601617;WS=41601599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr19	41601896	rs1709083	C	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=336;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGGAAACGGCCGGGGCAGGGG;SOR=1.428;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=20;WE=41601904;WS=41601886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr19	41622107	rs3833221	G	GC	3428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.789;NF=29;NR=32;PP=2397;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GACAGCATAAGCACAGCCATC;SOR=0.578;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=61;WE=41622115;WS=41622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,106:0.62:170
chr19	41622189	rs305968	G	A	8028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=138;PP=2965;SC=AGCTGCCTCCGGGACCCAGAC;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=145;TCR=138;TR=283;WE=41622197;WS=41622179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr19	41622615	rs12975986	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.392;SC=CTTGTTGACACTCAGGGCTGC;SOR=0.123;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=41622623;WS=41622605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	41626438	rs34650210	CT	C	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.128;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr19	41627548	rs191940398	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=9.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQRankSum=-2.736;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr19	41627550	rs199600778	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQRankSum=-2.908;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr19	41627553	rs200646568	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=8.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQRankSum=-2.787;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr19	41627822	.	T	C	306	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=43.54;NF=16;NR=0;PP=306;QD=21.2982007842;SC=GAACACCCTTTGTCCTCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=16;WE=41627830;WS=41627812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,16:0.38:42
chr19	41627868	rs80319612	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.45;QD=25.94;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	41628677	rs305975	T	G	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=58;PP=2349;ReadPosRankSum=0.220;SC=TGGTCTAGAGTGAAGGGGCCT;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=141;TCR=90;TR=148;WE=41628685;WS=41628667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,157:0.64:245
chr19	41629162	rs139138868	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GAGTGCAGTGGCGTGATCTCG;SOR=0.336;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=9;WE=41629170;WS=41629152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	41631415	rs137939255	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.78;MQRankSum=-0.596;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.918;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr19	41631716	rs371685919	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.53;MQRankSum=-0.766;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,27:0.19:142
chr19	41633980	rs7246981	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=58.83;MQRankSum=-0.471;NF=2;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=0.562;SC=TGCCTGCGCCCGCGCTAACGC;SOR=0.634;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=7;WE=41633988;WS=41633970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr19	41700343	rs338600	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=23;PP=1170;ReadPosRankSum=-1.673;SC=TGGTAGAGGGCGTAGAAGCTA;SOR=0.843;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=79;WE=41700351;WS=41700333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr19	41700493	rs338599	G	C	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=110;PP=2965;SC=ACCTGGGACCGTGGCGGCCTG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=83;TCR=111;TR=192;WE=41700501;WS=41700483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
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chr19	41704304	rs338593	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=0.697;SC=TGGGTTCAGCTCCAACCTGCT;SOR=0.358;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=31;WE=41704312;WS=41704294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr19	41704832	rs338592	A	G	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=81;PP=2559;SC=CTGAATGGGCATGGTGACCTG;SOR=1.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=137;WE=41704840;WS=41704822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	41707094	rs1628289	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=0.043;SC=TTTACTTCCCAAAGGCTGTGT;SOR=0.264;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=41707102;WS=41707084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	41709222	rs57934551	T	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=0.879;SC=TTGGGCTCAGTGAGGGCTGGG;SOR=0.273;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=17;WE=41709230;WS=41709212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr19	41711755	rs338586	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=0.304;SC=GATGCCATTAGGTTTTGTGAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=41711763;WS=41711745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	41711815	rs338585	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=651;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGGACCAAATGGACTGGGGTG;SOR=1.378;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=36;WE=41711823;WS=41711805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr19	41712159	rs71835001	CCT	C	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=365;ReadPosRankSum=1.562;SC=CTGACTCAGCCCTCTCTCTCT;SOR=0.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=11;WE=41712170;WS=41712149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	41725271	rs10411012	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=508;ReadPosRankSum=0.846;SC=TGGGAGCCCAACAACTTCTGA;SOR=0.320;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=34;WE=41725279;WS=41725261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr19	41743861	rs7249222	A	G	10794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=186;PP=2965;SC=TGTGCTGTCAAACGATGGGAT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=199;TCR=186;TR=385;WE=41743869;WS=41743851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr19	41758671	.	AGAGGCTG	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.337;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr19	41798468	.	GAC	G	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=66;QD=35.5;SC=AGACAGAGGAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=41798477;WS=41798458;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr19	41811730	rs12745	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=384;SC=CACCCCCCACTGCACAGACCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=41811738;WS=41811720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	41858876	rs1800471	C	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=789;ReadPosRankSum=0.064;SC=CGCGGCCGGCCGGCCAGGCGT;SOR=0.891;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=62;WE=41858884;WS=41858866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,67:0.43:156
chr19	41858921	rs1800470	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=756;ReadPosRankSum=1.646;SC=TAGCAGCAGCGGCAGCAGCCG;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=52;WE=41858929;WS=41858908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr19	41863777	rs11668109	A	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=21;PP=1388;SC=CTCAGCCTGGACCCGGGTCCA;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=41863785;WS=41863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	41863994	rs73931466	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=486;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CGCTGTGGCTATAGGACTGTT;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=41;WE=41864002;WS=41863984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr19	41869392	rs2241714	T	C	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=78;PP=2965;SC=CGCTGGCCCCTATGATCTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=163;WE=41869400;WS=41869382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	41869468	rs2241713	G	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.297;NF=13;NR=33;PP=866;ReadPosRankSum=0.460;SC=TGTGAGGTAAGTGTATTATCT;SOR=1.052;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=46;WE=41869476;WS=41869458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr19	41869487	rs3217387	C	CA	2171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=39;PP=1950;SC=CTCCATTTGACGGGGGGGAAA;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=43;WE=41869495;WS=41869477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	41889423	rs11880674	A	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.22;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,37:0.93:40
chr19	41889429	rs7259900	A	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.82;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,42:0.91:46
chr19	41889748	rs12602	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=11.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr19	41895839	.	CTT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.809;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr19	41897674	rs878082	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=524;ReadPosRankSum=2.352;SC=CTAGCAGTGAGGGTATATGTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	41897688	rs878083	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=750;ReadPosRankSum=-1.204;SC=ATATGTATCCGCCAGGAGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=21;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr19	41903220	rs10853751	G	A	4567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTCAGTATGCGTCTCCTCCTC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=111;TCR=148;TR=186;WE=41903228;WS=41903210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,197:0.71:279
chr19	41903671	rs892044	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	41903675	rs892043	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.39;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	41919944	rs3213861	A	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=1160;ReadPosRankSum=0.302;SC=GGTCCCCTCTACACCCCCAGG;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=66;WE=41919952;WS=41919934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr19	41920211	rs3213860	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-2.474;SC=AAGCCAGGGTTAGGACTCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=41920219;WS=41920201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr19	41928701	rs284653	C	T	4851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=2196;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCCGTCAGCACCCCCACAGCA;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=121;WE=41928709;WS=41928691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,127:0.62:204
chr19	41928724	rs284654	G	A	5758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=77;PP=2743;ReadPosRankSum=0.303;SC=GACAGCCACCGTAGCATCTTC;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=153;TCR=126;TR=166;WE=41928732;WS=41928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,171:0.60:287
chr19	41928765	rs284655	C	T	5448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.954;NF=126;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.212;SC=CAAAACATGGCCTTATCACCT;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=412;TCF=223;TCR=189;TR=236;WE=41928773;WS=41928755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,249:0.57:437
chr19	41928867	rs3217385	G	GC	4848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.951;NF=16;NR=79;PP=2933;ReadPosRankSum=0.480;SC=ACTCCAGGGAGCCCACACTGA;SOR=0.628;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=28;TCR=155;TR=95;WE=41928875;WS=41928857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,171:0.57:299
chr19	41930396	rs4674	A	G	10415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=1.776;SC=ACCCCAACCTACTCTTCTCAG;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=642;TCF=322;TCR=320;TR=442;WE=41930404;WS=41930386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,453:0.68:662
chr19	41931454	rs113478859	A	AGGCCAGGGCCGG	1962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=2604;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CCAGAGGCCCAGGCCAGGTCA;SOR=1.368;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=19;WE=41931462;WS=41931444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr19	41932084	rs284660	G	T	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=94;PP=2794;ReadPosRankSum=-1.043;SC=GGCTCTCCCAGGCCACTAGTG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=275;TCF=138;TCR=137;TR=185;WE=41932092;WS=41932074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,193:0.67:290
chr19	41932120	rs284661	C	T	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=89;PP=2664;ReadPosRankSum=-2.563;SC=CCGCCTCACCCACCGGAGACC;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=255;TCF=129;TCR=126;TR=172;WE=41932128;WS=41932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,176:0.67:263
chr19	41932275	rs284662	T	C	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GAGACTTGGCTGCCACCACCT;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=117;TCR=126;TR=132;WE=41932283;WS=41932265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,137:0.54:254
chr19	41932612	rs284663	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1312;ReadPosRankSum=1.821;SC=CGGATGTCCACTCGATGTACA;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=80;WE=41932620;WS=41932602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,82:0.57:144
chr19	41937095	rs17318596	G	A	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AGAGCTCAGCGCGGCGCCCAA;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=240;TCR=179;TR=128;WE=41937103;WS=41937085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,136:0.31:434
chr19	41939297	rs1043413	C	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr19	41944237	rs2231940	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=0.137;SC=CTTCTTCTGATTGCCCTCTGG;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=41;WE=41944245;WS=41944227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr19	41945837	rs13346603	T	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,32:0.24:134
chr19	41945848	rs13344547	G	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.720;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,32:0.23:139
chr19	41945904	rs13344563	G	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,25:0.21:117
chr19	41949870	rs3745286	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=1;PP=267;SC=CCCCTTGCTCTCTGGGGTGGC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=41949878;WS=41949860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	42027500	rs4803475	A	G	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.316;NF=37;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.571;SC=CCAAATCTCCATTAAGTGTAT;SOR=0.932;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=90;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,91:0.54:167
chr19	42027514	rs4803476	T	A	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.632;NF=33;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.958;SC=AGTGTATTTTTTGAACAGTGA;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=81;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr19	42083849	rs714106	C	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1024;ReadPosRankSum=1.901;SC=GGATACTACACCCTACAAGTC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=71;WE=42083857;WS=42083839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr19	42085873	rs2302188	A	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1228;ReadPosRankSum=0.755;SC=GTTTAACCATATGCTCACCAT;SOR=0.566;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=85;WE=42085881;WS=42085863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,94:0.66:143
chr19	42092815	rs3745936	T	A	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=90;PP=2625;ReadPosRankSum=0.146;SC=CTGTTTTTACTGGAATTGCTA;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=115;TCR=135;TR=165;WE=42092823;WS=42092805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,165:0.65:253
chr19	42125660	rs1041994	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=775;SC=CTGGGAGCTTTGGGGACGCTC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=42125668;WS=42125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr19	42127907	rs4803488	G	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=2;PP=754;SC=GGAATGAGAGGGAAGGATTCC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=42127915;WS=42127897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr19	42213872	rs35091611	T	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=12.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-14.435;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.560;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,82:0.24:346
chr19	42221607	rs7249230	A	G	8660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.504;SC=AATCCAGAACAAATTAAGTGT;SOR=0.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=137;TCR=171;TR=307;WE=42221615;WS=42221597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,319:1.00:320
chr19	42265866	rs28547939	C	G	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=949;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GCTTTATTCTCTTTCCTCCAG;SOR=0.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=64;WE=42265874;WS=42265856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr19	42265889	rs11548735	G	T	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1117;ReadPosRankSum=0.447;SC=GGCCCAGATGGCCCCACCATT;SOR=0.523;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=73;WE=42265897;WS=42265879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr19	42311060	rs5828129	A	AAAG	1389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GGAGTTGGCCAAATAGGAGAT;SOR=1.721;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=29;WE=42311068;WS=42311054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr19	42312933	rs3752172	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=5.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,82:0.29:280
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chr19	42313921	rs734107	G	T	4575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=1.294;SC=TGAAAATGGGGTTCCCTTCTT;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=162;TCR=118;TR=199;WE=42313929;WS=42313911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,205:0.70:293
chr19	42315281	rs899662	G	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5136;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=-2.056;SC=CTTAGCTTCCGCCAGGAGCTG;SOR=0.501;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=37;WE=42315289;WS=42315271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr19	42315300	rs2008808	G	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TGCTCCTGTGGGTTGATGGAG;SOR=0.628;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=27;WE=42315308;WS=42315290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr19	42342319	rs2290695	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=617;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TAAAGCCCACAACTCCCCTTG;SOR=0.263;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=39;WE=42342327;WS=42342309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr19	42342923	rs10414356	T	A	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=940;ReadPosRankSum=0.011;SC=AGAGCAAGCATAACGAAATTG;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=60;WE=42342931;WS=42342913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr19	42343155	rs4130852	G	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=770;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CTGAGCCCGTGAACTGCCAAC;SOR=0.462;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=44;WE=42343163;WS=42343145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr19	42343526	rs3922888	G	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=0.507;SC=ATAGGCTCCCGCAGACCTTCT;SOR=1.094;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=33;WE=42343534;WS=42343516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr19	42354629	rs2305809	T	C	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.852;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=55;PP=2119;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GGACATCTGGTCCCTCAGAGT;SOR=0.749;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=125;WE=42354637;WS=42354619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,132:0.62:214
chr19	42373298	rs1366610	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.210;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=356;ReadPosRankSum=1.281;SC=AGCAGGGTAGGGGGGGCTGCA;SOR=0.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=22;WE=42373306;WS=42373288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr19	42373679	rs2075750	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGTGGCTTCTTGAGAAGCC;SOR=0.324;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=42373687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr19	42373893	rs2075751	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1093;ReadPosRankSum=0.156;SC=GCCCATACTTCGTCAGGTAGA;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=66;WE=42373901;WS=42373883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
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chr19	42489516	rs2217342	A	C	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=89;PP=2965;SC=GGTTGTCGTGAGTGCAGTCGG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=187;WE=42489524;WS=42489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	42595454	rs146890196	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=400;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GACCTCCAGGGGTCTGTGCTG;SOR=2.398;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=22;WE=42595462;WS=42595444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	42736267	rs851609	A	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr19	42814708	rs138700619	C	T	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCCACGCCACCCCCTCCTCGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=194;WE=42814716;WS=42814698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,203:0.65:310
chr19	43257516	.	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.493;NF=19;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=0.172;SC=TAGAATTCAGGGTAATGTCCA;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=35;WE=43257524;WS=43257506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr19	43372386	rs1064491	T	C	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.487;NF=98;NR=86;PP=2929;ReadPosRankSum=1.392;SC=GCTGAAACTTTTCATTAATTG;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=152;TCR=133;TR=184;WE=43372394;WS=43372376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,189:0.64:294
chr19	43406432	rs62110886	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.918;NF=20;NR=4;PP=346;ReadPosRankSum=-1.786;SC=GCACATTTTCCAATAAAAAAT;SOR=0.083;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=24;WE=43406440;WS=43406422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr19	43420264	rs2074856	C	T	5523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.294;NF=129;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.299;SC=AGGGATCATGCGGAATCACTC;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=350;TCF=200;TCR=150;TR=219;WE=43420272;WS=43420254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,239:0.65:369
chr19	43420451	rs3198831	G	C	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.270;NF=72;NR=76;PP=2657;ReadPosRankSum=-0.728;SC=ATTTGACCGTGTACTACATAT;SOR=0.442;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=148;WE=43420459;WS=43420441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,157:0.73:216
chr19	43433570	rs2074857	A	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.819;NF=42;NR=13;PP=1150;ReadPosRankSum=1.262;SC=CAGCCTGGCTAACAGAGGAAC;SOR=1.354;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=55;WE=43433578;WS=43433560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr19	43433805	rs1065178	A	G	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1940;ReadPosRankSum=0.332;SC=CACAGGTTAAAATCACAGCCT;SOR=0.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=112;WE=43433813;WS=43433795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,122:0.70:174
chr19	43439793	rs7245978	G	A	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=TACCAGATGTGGCCAGTAAGA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=180;WE=43439801;WS=43439783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	43448156	rs55931787	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.868;NF=18;NR=4;PP=467;ReadPosRankSum=0.298;SC=TCCAACTCTGGCTTATAGGGC;SOR=2.080;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=22;WE=43448164;WS=43448146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	43519442	rs10414166	T	C	5121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGGTTAGAGTTTGCGAAGCAG;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=154;TCR=173;TR=214;WE=43519450;WS=43519432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,224:0.65:344
chr19	43530640	rs60941975	GT	G	1439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=28;PP=1219;SC=ACTCTTCCCGGTGGAAGGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=43530648;WS=43530630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	43690506	rs8107936	G	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=23;PP=1217;SC=GTGAGCAGGAGCCCCTTCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=64;WE=43690514;WS=43690496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	43690667	rs12610783	CT	TC	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.25;QD=42.35;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	43690678	rs12610809	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.66;QD=45.06;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	43690700	rs12609374	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=50.29;NF=2;NR=15;PP=359;SC=GGCTCATGGGTGGGGTCAGGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=43690708;WS=43690690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr19	43708968	rs11669435	T	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.23;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr19	43864507	rs57802244	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.648;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,93:0.24:390
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chr19	43883124	rs4803622	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=19;PP=1574;SC=AGTTCAGTCCCCGCAGGGACC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=71;WE=43883132;WS=43883114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	43883313	rs4803623	C	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.74;QD=31.77;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr19	43910764	rs8113556	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-1.591;SC=TTCGAGAGAGACTCTGGCTTC;SOR=0.520;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=18;WE=43910772;WS=43910754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr19	43920443	rs3810375	C	G	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=910;ReadPosRankSum=3.049;SC=GGTTGATTATCTCCATGCCAA;SOR=0.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=52;WE=43920451;WS=43920433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr19	43922061	rs3816438	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=552;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TCCATTGTCCAACCTGTGTGG;SOR=1.345;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=38;WE=43922069;WS=43922051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr19	43922300	rs2278834	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=745;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGTCTCTCCCGATCCTTCCTT;SOR=0.612;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=45;WE=43922308;WS=43922290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr19	43967692	rs2682583	T	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1308;ReadPosRankSum=0.258;SC=GCTCCACCTCTATCTTGGCAG;SOR=0.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=78;WE=43967700;WS=43967682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr19	43969757	rs2259013	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=510;ReadPosRankSum=1.197;SC=TCCCCCCTGGATGTGCCGCCT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=30;WE=43969765;WS=43969747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr19	43982467	rs2682543	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GAGACTGGGCACAGAAACTGG;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=43982475;WS=43982457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr19	43999271	.	G	GA	642	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=56.9;NF=6;NR=0;PP=642;QD=111.5;SC=GAGGGAGGAGGGGCTGGGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=43999300;WS=43999261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,6:0.38:16
chr19	43999292	.	G	GGTCTGAGGGAGGAGGAGACTCGGGGCAGGACCCCTGA	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-2.331;QD=34.99;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	43999634	rs1125030	A	C	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=2125;ReadPosRankSum=-1.319;SC=AGGGCAGGTGACAGGTAGCTC;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=125;WE=43999642;WS=43999624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,132:0.68:193
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chr19	44001891	rs2682549	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=860;ReadPosRankSum=1.307;SC=AAGAACCAGATGCCATTACCT;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=45;WE=44001899;WS=44001881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr19	44012005	rs2599452	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.955;NF=3;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CAGGAGTCCAGGCCCCCAGCC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=3;WE=44012013;WS=44011995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr19	44012880	rs2682578	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.330;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr19	44047550	rs3547	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=21;PP=1284;SC=TACTTCAGGCTTGCGGCACCA;SOR=1.329;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=59;WE=44047558;WS=44047540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	44047826	rs2682557	T	A	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=59;PP=1956;SC=TCACTCATATTGTCCTCGAGC;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=44047834;WS=44047816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	44055726	rs25487	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1217;ReadPosRankSum=0.531;SC=GCCTTACCTCTGGGAGGGCAG;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=92;WE=44055734;WS=44055716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,103:0.69:150
chr19	44055898	rs25486	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CAAAGGGGAACGAGACAGGGG;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=33;WE=44055906;WS=44055888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr19	44079687	rs3213245	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=51;PP=1568;SC=AGTGGGAGGGGGCGGGGTGCG;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=44079695;WS=44079677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	44081288	rs2682585	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=24;PP=1126;SC=GTCCAGACCCACCCCTCCTCA;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=44081296;WS=44081278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	44081499	rs2682586	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	44082791	rs12608635	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr19	44082945	rs304731	T	C	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=79;PP=2965;SC=GGGATCATCATGGTTCTCAAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=164;WE=44082953;WS=44082935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	44098903	rs304726	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr19	44111524	rs146070175	TAC	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=0.827;SC=CCAGGGGGAATACACACACAC;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=9;WE=44111535;WS=44111514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr19	44116956	rs13343696	A	G	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1913;ReadPosRankSum=-2.041;SC=ATTCCCTCCAAGGAGAAGAGT;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=105;WE=44116964;WS=44116946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,108:0.65:165
chr19	44117582	.	T	C	836	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.1;NF=32;NR=31;PP=836;QD=13.8217652785;SC=GGCGAGAGATTGCAGCCGATC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=63;WE=44117590;WS=44117578;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:134,63:0.32:197
chr19	44118188	rs3815422	A	C	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.329;SC=TAGCAAGGAGAGCGACCCCAG;SOR=0.758;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=398;TCF=199;TCR=199;TR=129;WE=44118199;WS=44118178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,141:0.34:418
chr19	44118191	rs34163641	G	A	6602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.781;SC=CAAGGAGAGCGACCCCAGTCA;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=205;TCR=204;TR=278;WE=44118199;WS=44118178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,286:0.67:428
chr19	44118353	rs2302421	G	A	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=68;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAGTCAAGCCGACGCCACCAC;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=339;TCF=150;TCR=189;TR=118;WE=44118361;WS=44118343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,127:0.35:360
chr19	44118680	rs1860149	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=359;SC=CACTGCTGGCATGGGGCACAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=44118688;WS=44118670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	44128437	rs2240633	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=843;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TCAGAGGACGATCCCAGTCTG;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=49;WE=44128445;WS=44128427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr19	44130453	rs3746003	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1257;ReadPosRankSum=1.217;SC=GCCACACCCCGGTCAGACACT;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=254;TCF=83;TCR=171;TR=90;WE=44130461;WS=44130443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,96:0.36:264
chr19	44131297	rs407049	T	C	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=77;PP=2965;SC=AGGATGCGTCTGACAAGGGGG;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=193;WE=44131305;WS=44131287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	44156472	rs2302524	T	C	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=881;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GCTGTTCCCCTTGCAGCTGTA;SOR=0.903;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=60;WE=44156480;WS=44156462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,65:0.39:165
chr19	44223125	rs346049	C	T	4221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTTCTTCCTGCTGGTCTCCCC;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=178;WE=44223133;WS=44223115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,180:0.65:278
chr19	44223145	rs34439296	C	T	3961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=2763;ReadPosRankSum=1.396;SC=CCCGCCGCTGCGGGGCCGTCG;SOR=0.755;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=262;TCF=133;TCR=129;TR=169;WE=44223153;WS=44223135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,175:0.62:280
chr19	44223412	rs34471331	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=1715;ReadPosRankSum=0.886;SC=CCTGGGAGCACGACCTGCCCT;SOR=0.415;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=109;WE=44223420;WS=44223402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,114:0.62:183
chr19	44224161	rs346048	T	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr19	44248878	rs346532	A	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=6;PP=788;SC=CCCTGCTCCCAGTGGGTGCCC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=44248886;WS=44248868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	44254972	rs164070	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=27;PP=889;SC=CTAGACTATACGAAGTCCCTT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=44254980;WS=44254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	44268654	rs12609587	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44268678	rs12611034	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	44268730	rs145810077	TGTC	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=287;SC=GCTAATTTGTTGTCGTTGTCG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=44268740;WS=44268720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	44273516	rs347519	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=13;PP=1615;SC=GGCATGGACATGCACACACAC;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=44273524;WS=44273506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	44274041	rs2306799	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=1012;SC=CCTTGAACCCGCCCAACAGCC;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=44274049;WS=44274031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	44276370	rs3760979	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=764;SC=ATACCCTCCCATCCCCTTCCC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=44276378;WS=44276360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	44278779	rs649540	T	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr19	44278779	.	TAG	GAA	1229	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=15;NR=20;PP=1229;QD=36.6419392818;SC=CAGCTGCCGGTAGGGGGCCAA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=35;WE=44278789;WS=44278769;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:90,35:0.28:125
chr19	44278781	rs563995	G	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,40:0.32:125
chr19	44280837	rs514328	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=27;PP=817;SC=GTCTCCCTCCGCCTGGCCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=54;WE=44280845;WS=44280827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	44302624	rs349053	T	C	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CATTCTGCCATTGCCCTGGAA;SOR=0.980;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=99;WE=44302632;WS=44302614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,109:0.54:202
chr19	44303066	rs11547806	C	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=57;PP=1927;SC=AGCGCGTCCGCGTTCGATTGC;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=44303074;WS=44303056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	44306389	rs72214885	GCCCCCA	G	3105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=1906;ReadPosRankSum=0.475;SC=AGGAGTCCAGGCCCCCAGTCT;SOR=0.345;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=40;WE=44306402;WS=44306379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr19	44351107	rs10421861	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=416;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGTCAAAAACGTATGAGACCA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=22;WE=44351115;WS=44351097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr19	44351166	rs79626467	GGGAGAT	G	2495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=1978;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTTTCCCAGTGGGAGATGAAG;SOR=1.056;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=38;WE=44351179;WS=44351156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr19	44351694	rs2195980	C	T	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1582;ReadPosRankSum=0.793;SC=AAAATTCATACTGGTGTGAAA;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=101;WE=44351702;WS=44351684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,106:0.63:169
chr19	44351836	rs957569	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1497;ReadPosRankSum=-1.677;SC=GTGGCTATCAGCTTACTCAGC;SOR=0.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=90;WE=44351844;WS=44351826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,97:0.71:136
chr19	44352665	rs2356437	TG	CA	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=1855;ReadPosRankSum=0.293;SC=GACCTTTACTTGTGGCTCAAA;SOR=0.868;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=48;WE=44352674;WS=44352655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr19	44352688	rs2883946	G	A	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=784;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TTGTTCATGAGAGAACTCATA;SOR=0.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=44;WE=44352696;WS=44352678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr19	44376681	rs1050054	G	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GTAAAAATGTGCCATGGCTAA;SOR=0.275;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=11;WE=44376689;WS=44376671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr19	44377357	rs239942	C	T	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=49;PP=2630;SC=GAGCCCTTACCAAAAGCCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=132;WE=44377365;WS=44377347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	44377669	rs12977303	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.981;SC=ATTTTCTGATGTTCTGTAAGG;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=32;WE=44377677;WS=44377659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr19	44417575	rs417699	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,39:0.21:190
chr19	44418077	rs407731	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=577;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CTTACCACACCTCTCGCATTT;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=50;WE=44418085;WS=44418067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,53:0.36:149
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chr19	44418693	rs388706	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TTCTTTCCAGTGTGAACTTTC;SOR=0.747;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=56;WE=44418701;WS=44418670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr19	44418824	rs399098	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,46:0.28:165
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chr19	44422982	rs423320	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=-1.527;SC=TATCTCCAAGGCTAACAGAAA;SOR=1.094;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=25;WE=44422990;WS=44422972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr19	44423195	rs423752	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TCATTTCATCGTCTTCAGGAC;SOR=0.199;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=18;WE=44423203;WS=44423185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr19	44423981	rs384329	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr19	44426265	rs413093	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=0.704;SC=AATAAGGTGTATGTAATCTTT;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=8;WE=44426273;WS=44426255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr19	44426467	rs57712519	T	TG	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGTTTTGTTTTTTTTAACGTG;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=13;WE=44426475;WS=44426457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr19	44466754	rs413061	G	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=336;ReadPosRankSum=1.486;SC=TTGCAGTTTGGGGTTATGAGT;SOR=0.430;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=23;WE=44466762;WS=44466744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr19	44469577	rs451601	T	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=594;SC=TTGCCAAACTTCTTTCATAAC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=44469585;WS=44469567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	44470189	rs454301	T	A	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=TAAACAGTCCTTCAGTGATGT;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=200;WE=44470197;WS=44470179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	44470420	rs439676	T	C	7588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=111;PP=2965;SC=ACCATTCAAATGTGGGCAATG;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=157;TCR=112;TR=268;WE=44470428;WS=44470397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	44470548	rs453640	A	G	7416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=125;PP=2965;SC=CACAGCTTCAAGAACATCAGA;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=113;TCR=125;TR=238;WE=44470556;WS=44470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	44470663	rs435590	G	C	9711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=144;PP=2965;SC=AGGAGAAAAAGCATTCAGATG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=187;TCR=144;TR=330;WE=44470671;WS=44470653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	44471209	rs365745	T	A	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=70;PP=2775;SC=TACTCAGAGTTCACAACTTCA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=156;WE=44471217;WS=44471199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	44471323	rs366111	G	A	5760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=95;PP=2965;SC=GAGGGTCCACGGGGGAGAGCG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=191;WE=44471331;WS=44471313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	44500478	rs398235	A	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=76;PP=2501;SC=TAAACAGTCCATCAGTGATGT;SOR=1.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=44500486;WS=44500468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	44500761	rs448921	G	A	10417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=183;PP=2965;SC=AATGTTCATCGTAAATTACAC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=177;TCR=183;TR=360;WE=44500769;WS=44500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	44501116	rs388812	A	G	8640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=158;PP=2965;SC=ACACAGGAGAAAAACCATATA;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=126;TCR=158;TR=284;WE=44501124;WS=44501106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr19	44501227	rs388471	A	G	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=129;PP=2965;SC=AAGAATGTGGAAAGGGATTTT;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=254;WE=44501235;WS=44501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	44501627	rs35292176	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=933;SC=TGACACATAATTGTTCATATT;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=44501635;WS=44501617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	44503379	rs452554	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=17;PP=617;SC=TACATTTCATCCAGTCCTGTA;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=44503387;WS=44503369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	44503541	rs11314755	TA	T	1282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=814;SC=AGACAGACCTTAAGAGTTCAT;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=20;WE=44503549;WS=44503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	44503569	rs7252394	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=388;SC=TTTACAAAACGAATCATGAAC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=44503577;WS=44503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	44503607	rs7253205	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=268;SC=CACTAGAATGTCAGTGACATG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=44503615;WS=44503597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	44511202	rs2356549	A	T	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=48;PP=2096;SC=TACTCAAGACACTGAAGACTC;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=121;WE=44511210;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	44511223	rs424147	T	G	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=52;PP=2536;SC=CAAAAAGTAGTAGGAAAAATG;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=125;WE=44511231;WS=44511213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	44511389	rs2191566	G	T	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=2132;ReadPosRankSum=0.213;SC=TGTCTCTTTTGTGTTGACTTT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=101;WE=44511397;WS=44511378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr19	44530390	rs8101750	T	C	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=57;PP=1758;SC=TACATGATCTTCACAGTGGCA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=44530398;WS=44530380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	44530444	rs3830527	GAC	G	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=15;PP=687;SC=ATGGGCGTGAGACACAGGTGG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=44530453;WS=44530434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	44535999	rs7258517	G	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=50;PP=2756;SC=GATGGAGACTGTTCCAGAAGC;SOR=1.239;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=130;WE=44536007;WS=44535989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	44564401	rs12610472	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=30;PP=769;SC=AAGACTTCTTTGTCGTTGGAC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=44564409;WS=44564391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	44564981	rs3826941	G	A	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=121;PP=2965;SC=CAACCCAAAGGGAAGGGAATT;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=245;WE=44564989;WS=44564971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	44565125	rs4502339	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=53;PP=1615;SC=CCTTCCAGCTAGTGGCCCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=44565133;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	44570393	rs6509138	C	A	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=63;PP=2187;SC=TGAGGAAGGACTATCTATAAT;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=44570401;WS=44570383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	44570551	rs4375771	G	A	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=37;SC=ACATCTCAGCGCTTCATATTC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=44570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	44571154	rs4433920	T	C	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=102;PP=2965;SC=ACTTGCACCATAGAGCCCACA;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=190;WE=44571162;WS=44571144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	44580758	rs57895932	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=380;SC=ATTTATGTTATGAGTAGAAAT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=44580766;WS=44580748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	44585159	rs4803674	T	A	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=70;PP=2965;SC=CATACGTTTGTTGTTGTAGGA;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=175;WE=44585167;WS=44585149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	44586076	rs4553729	T	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=43;PP=1797;SC=ACCATATCAGTGTTCAAGTTC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=44586084;WS=44586066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	44589999	rs139900131	TCTC	T	6951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=68;PP=2965;SC=AGCTCTCAGTTCTCCACACAA;SOR=0.731;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=89;WE=44590009;WS=44589989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	44590558	rs7255701	C	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=37;PP=1905;SC=CCATGGTCCACATGCAAGAGA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=44590566;WS=44590548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	44591360	rs8113249	G	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1108;SC=GAAGCGCTACGAGAGGCGCTT;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=44591368;WS=44591350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	44604914	rs62115526	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=CCAGGAATCATTGGTCATGAG;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=187;WE=44604922;WS=44604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	44610665	rs2068061	A	G	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=85;PP=2965;SC=TCAAGACTTGATGATAAATAG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=202;WE=44610673;WS=44610655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	44610798	rs4239529	A	T	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=GATGTCTCCCACTTTGATTTT;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=170;WE=44610806;WS=44610788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	44611066	rs7508149	T	C	10691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=180;NR=184;PP=2965;SC=ATGTTCATCATAAATTACACA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=180;TCR=185;TR=364;WE=44611074;WS=44611056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr19	44611420	rs4508518	A	G	10702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=162;NR=184;PP=2965;SC=ACACGGGAGAAAAGCCATATA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=162;TCR=184;TR=346;WE=44611428;WS=44611410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	44612005	rs3746321	A	G	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	44612014	rs3200505	A	T	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	44612231	rs3746319	A	G	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=82;PP=2965;SC=TTCATTCTCTAAAGTGCAAGA;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=156;WE=44612239;WS=44612221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	44634903	rs10413195	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=264;SC=AACATTCCCTATATTTATTAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=44634911;WS=44634893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	44676148	rs2232801	G	C	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1273;ReadPosRankSum=0.258;SC=ACAAACGGCTGGGCATCCAGA;SOR=0.386;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=90;WE=44676156;WS=44676138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,95:0.73:130
chr19	44677233	rs12459795	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=-1.833;SC=CACCCTTTGTACTGCTTGCCC;SOR=0.238;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=38;WE=44677241;WS=44677223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
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chr19	44739303	rs2279073	T	C	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1597;ReadPosRankSum=1.154;SC=ATGGCTCCAATCAGAAATTAC;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=98;WE=44739311;WS=44739293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
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chr19	44792701	rs2125579	T	G	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1924;ReadPosRankSum=1.781;SC=GTCCTTCTCATGTGTACTACA;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=123;WE=44792709;WS=44792691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,133:0.65:205
chr19	44792969	rs2609908	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=537;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AATATACATAGTTTGTTTTTC;SOR=0.636;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=35;WE=44792977;WS=44792959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr19	44807359	rs67283809	GAT	G	159.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=177;SC=GAAATTAACAGATATATATAT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=44807368;WS=44807349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	44832684	rs2609880	T	G	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=80;PP=2680;ReadPosRankSum=0.590;SC=GTTTCTCTCCTGTGTGGACTC;SOR=0.468;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=169;WE=44832692;WS=44832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,183:0.76:241
chr19	44832875	rs2722722	A	G	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=2189;ReadPosRankSum=0.026;SC=CCTTGAAGATATAAATTATGG;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=133;WE=44832883;WS=44832865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,138:0.68:204
chr19	44832992	rs2722723	C	G	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1493;ReadPosRankSum=0.446;SC=CCACACTCCTCAGAATTATAT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=88;WE=44833000;WS=44832982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
chr19	44833506	rs4325673	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1388;ReadPosRankSum=0.889;SC=GCTGATGAACCTCAGAGCTGG;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=87;WE=44833514;WS=44833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,99:0.63:157
chr19	44833851	rs4280359	G	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.579;SC=CTATATGAGTGAATATATAGT;SOR=0.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=61;WE=44833859;WS=44833841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr19	44840789	rs2571104	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=509;ReadPosRankSum=-1.007;SC=AACATCCATCTCTTGGGGTTT;SOR=0.830;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=34;WE=44840797;WS=44840779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr19	44845385	rs74260472	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.715;SC=TCTTCTATCCCATTTCTGGGC;SOR=0.458;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=12;WE=44845393;WS=44845375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	44847480	rs5828194	GA	G	3811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=55;PP=2619;ReadPosRankSum=0.390;SC=AGGGTAATACGAAAGAAGCCA;SOR=0.596;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=73;WE=44847488;WS=44847470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,122:0.73:168
chr19	44871287	rs8113807	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.354;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr19	44871293	rs2571074	T	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-3.145;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr19	44890697	rs1836280	A	G	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=68;PP=2965;SC=CACGCTCACAATGTGTGTACT;SOR=0.992;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=166;WE=44890705;WS=44890687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	44890801	rs12610859	T	C	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=105;PP=2965;SC=GGCCTCTCTCTTGTGTGGACT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=200;WE=44890809;WS=44890791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	44891784	rs2571089	T	C	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=90;PP=2965;SC=TTTCCCACAGTTGGGATGTCT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=187;WE=44891792;WS=44891774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	44892206	rs73557001	C	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-12.394;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.552;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,45:0.15:300
chr19	44892225	rs114985922	T	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-12.064;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,42:0.15:288
chr19	44892228	rs117953191	G	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-12.388;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,40:0.14:287
chr19	44892333	rs2571090	A	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=7;NR=40;PP=1041;SC=TGAGAAAATGAAATATGATGG;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=44892341;WS=44892323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	44896487	rs2571123	G	C	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=21;PP=2115;SC=CCAGTGGTCTGATGCTCAGTT;SOR=2.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=44896495;WS=44896477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	44896857	rs2571122	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=309;SC=GTGTCCTTACGTGGCAGAGGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=44896865;WS=44896847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	44898575	.	T	TA	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=30;QD=22.0;SC=TAAAGTATAATAAAAAAAAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=44898583;WS=44898565;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	44898662	rs2571124	C	T	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	44901526	rs2722650	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=522;SC=TCCTCTCACTAGATATCATCT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=44901534;WS=44901516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	45004042	rs12459496	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=347;ReadPosRankSum=0.958;SC=GTTCTCAAGATGTCCCCTTAC;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=17;WE=45004050;WS=45004041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	45004305	rs12977470	G	C	3994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=99;PP=2698;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GACACCAAGCGCTGCCCCACG;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=251;TCF=98;TCR=153;TR=165;WE=45004313;WS=45004295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,175:0.67:263
chr19	45015014	rs77673324	C	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=0.082;SC=CCTACAGACTCTTTAGTAGGG;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=37;WE=45015022;WS=45015004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,39:0.34:116
chr19	45015596	rs1004605	T	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=946;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TGCCATGAAATGTTTAGACAA;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=63;WE=45015604;WS=45015586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr19	45016116	rs8100718	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=804;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GATATATTGCAATACTCAGGA;SOR=0.658;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=53;WE=45016124;WS=45016106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr19	45016990	rs5828200	CT	C	5664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=60;PP=2951;SC=GACTGGGGTCCTTCTGTTGTT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=94;WE=45016998;WS=45016980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	45017477	rs10706694	TA	T	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=959;SC=CGTTGGGAGGTAATCAGATTG;SOR=1.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=45017494;WS=45017467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	45017486	rs4802229	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GTAATCAGATTGTGGTTTTTG;SOR=1.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=18;WE=45017494;WS=45017467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr19	45021210	rs10414398	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GGTCAGGCTGGAGTTGAGCTC;SOR=0.561;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=128;TCR=110;TR=89;WE=45021218;WS=45021200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,89:0.37:241
chr19	45024581	rs12982449	C	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1047;ReadPosRankSum=0.170;SC=CATAGGGCCCCGTGTCATTCC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=64;WE=45024589;WS=45024571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr19	45024875	rs12975863	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=39;PP=977;SC=TCCAGGAGTGTGTGCGTGTGT;SOR=2.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=45024888;WS=45024865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	45024879	rs57244256	CGT	C,CGTGTGT	895.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.142;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=25,25;PP=682,887;ReadPosRankSum=0.958;SC=GGAGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=25,25;WE=45024888;WS=45024865;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.53,0.40:30
chr19	45028169	rs7260180	C	T	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1429;ReadPosRankSum=1.422;SC=TGGAACACAACGGAGAGGTTG;SOR=0.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=90;WE=45028177;WS=45028159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,100:0.61:165
chr19	45029208	rs10408247	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=823;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ACTTTGGGTGGCATCAAGTGG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=66;WE=45029216;WS=45029198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,69:0.33:207
chr19	45033379	.	GCACA	G,GCA	1703.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.320;QD=26.21;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,23,38:0.35,0.58:65
chr19	45116919	rs143337340	T	TA	6215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.124;NF=36;NR=53;PP=2972;ReadPosRankSum=0.551;SC=ATTCTGCTTCTCCCTCCATCT;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=89;WE=45116927;WS=45116909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,174:0.71:246
chr19	45121424	rs10412507	G	A	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=50;PP=2295;SC=CTGCCTTCTCGGAGCTGCCCT;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=120;WE=45121432;WS=45121414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	45126994	rs846857	A	G	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=88;PP=2965;SC=TTCCCTGTTTACACAGACAGC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=123;TCR=88;TR=211;WE=45127002;WS=45126984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	45138648	.	TTCTC	T	155	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=6;NR=0;PP=155;QD=26.3333333333;SC=ATGATTCTTATTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=45138659;WS=45138638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	45138669	rs60475615	TC	T	217.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=1.833;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	45138671	rs370451038	TCTC	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=2.125;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.088;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	45138676	rs375878000	GTC	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=3.238;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr19	45147518	rs5828211	C	CA	8965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=98;PP=2973;SC=GTCTGGCTCCCGCTCCGCATC;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=14;TCR=103;TR=111;WE=45147526;WS=45147508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	45147542	rs439446	T	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=87;PP=2294;SC=GCCGGGTACTTGCCCCCTTGG;SOR=1.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=138;WE=45147550;WS=45147532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	45147576	rs5828212	CG	C	3367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=59;PP=2481;SC=ACGGCCCCGCCGCGGCGCCAC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=61;WE=45147584;WS=45147566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	45150433	rs2272020	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	45150614	rs1058402	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=877;ReadPosRankSum=0.356;SC=GCTGACTTGGGCGCGGCATGG;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=136;TCR=97;TR=72;WE=45150622;WS=45150604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,71:0.29:242
chr19	45157113	rs71171278	A	AG	10518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=91;PP=2974;SC=AATCCCGCGTACCCCAGGCCC;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=160;WE=45157121;WS=45157103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	45162038	rs203710	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=41;PP=1710;SC=ACTCAGGCATATCCCGTAACG;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=99;WE=45162046;WS=45162028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	45164928	.	GC	G	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=1.215;SC=GCAGTTCTTTGCACATGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=18;WE=45164936;WS=45164918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr19	45203837	rs2919848	G	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCATGAGCCAGTGCACCCGGC;SOR=1.071;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=7;WE=45203845;WS=45203827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr19	45206532	rs2965167	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.023;SC=GGCTGGGGACGTGCCCCGAGC;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=19;WE=45206540;WS=45206522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr19	45213701	rs57684876	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=580;ReadPosRankSum=1.151;SC=GGGGTGGGGGCACTGGGGACC;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=45;WE=45213709;WS=45213691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr19	45259435	rs116951192	G	C	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=71;PP=2658;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CAGCATGAGGGTGAGAGGTGA;SOR=0.381;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=241;TCF=145;TCR=96;TR=169;WE=45259443;WS=45259425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,182:0.71:258
chr19	45260971	rs35211322	G	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1698;ReadPosRankSum=0.649;SC=TGGTGCAGCTGCTGCTGCAGG;SOR=0.543;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=99;WE=45260979;WS=45260961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,106:0.66:161
chr19	45261520	rs34401216	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=498;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CCAACGTGAACGCGCAAATGT;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=25;WE=45261528;WS=45261510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr19	45281443	.	C	T	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1428;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCTACCTGGCCAATCTGGAGG;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=95;WE=45281451;WS=45281433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,98:0.64:154
chr19	45296832	rs61750955	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CTGAGGACTCAGGGAACAGCA;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=85;WE=45296840;WS=45296822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,89:0.64:138
chr19	45296894	rs118085256	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=677;ReadPosRankSum=-1.356;SC=AGGGCCAGCCGGGAGCTGGAA;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=45;WE=45296902;WS=45296884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr19	45296942	.	C	CCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGAGGAAGGGCTGGGGT	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-1.187;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	45297454	rs1903831	A	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1274;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CCTCTGTCCCACCCCAGGTGC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=81;WE=45297462;WS=45297440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,78:0.56:139
chr19	45297479	rs116023028	C	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1367;ReadPosRankSum=0.282;SC=TTCGGCTCCTCCATTGCCCCC;SOR=0.682;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=90;WE=45297487;WS=45297469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,92:0.56:164
chr19	45322316	rs117737673	C	T	7193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.923;NF=160;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.732;SC=CCCACAGGCTCGCCAGAGCTA;SOR=0.543;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=446;TCF=226;TCR=220;TR=309;WE=45322324;WS=45322306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,327:0.70:465
chr19	45322744	rs1135062	A	G	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=58;PP=1361;ReadPosRankSum=2.237;SC=CCACTTCGGCACCGGTGAGTG;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=368;TCF=175;TCR=193;TR=114;WE=45322752;WS=45322734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,118:0.30:387
chr19	45322891	rs28399658	C	T	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1762;ReadPosRankSum=0.926;SC=TGGCCGTCAGCGTGGGCCTCC;SOR=0.490;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=94;WE=45322899;WS=45322881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,99:0.60:166
chr19	45322962	rs28399659	A	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TGCTGCCGCCAGCGGCGGGAG;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=137;WE=45322970;WS=45322952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,145:0.61:239
chr19	45323087	rs28399660	A	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=1813;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CCTCCACCCCACATCCCACCA;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=48;WE=45323108;WS=45323077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
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chr19	45324138	rs28399637	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,41:0.31:133
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chr19	45451620	rs5120	T	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=836;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GACACCGAGCTCACACAGAGC;SOR=1.143;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=40;WE=45451628;WS=45451610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr19	45452335	rs4803776	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=455;ReadPosRankSum=0.199;SC=GGAGTCCAGGTCCCCAGACCC;SOR=0.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=25;WE=45452343;WS=45452325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	45458146	rs3760629	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AGGGGTCAGAAGACAAGGGTG;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=45458154;WS=45458138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	45458466	rs143674704	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=527;ReadPosRankSum=0.344;SC=TGGGAGAAAGACGAGTACGGT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=25;WE=45458474;WS=45458456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr19	45458593	rs2238682	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-1.696;SC=CGCGCGATTGCGCTGCGAAGT;SOR=1.033;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=45458601;WS=45458583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	45458925	rs7252480	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGGTCGGTTCCCCTGCACGCT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=45458933;WS=45458915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr19	45465363	rs35566032	GA	G	2938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.788;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.843;NF=10;NR=54;PP=2147;ReadPosRankSum=0.137;SC=TTTGTTCACCGAAAACATTCA;SOR=0.366;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=13;TCR=77;TR=64;WE=45465371;WS=45465353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,105:0.74:141
chr19	45476422	rs204481	T	C	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=120;PP=2965;SC=CCGGAGGAGCTCCACGCGTCG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=222;WE=45476430;WS=45476412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	45477910	rs11318909	CT	C	1976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=55;PP=2139;SC=ACTGAAGGACCTTTTCCTCCA;SOR=4.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=56;WE=45477918;WS=45477900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	45488434	rs204472	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=19;PP=1615;SC=TGCAGGTGCCAGCAGGTCTCA;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=45488442;WS=45488424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	45488567	rs204471	T	C	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=100;PP=2847;SC=TCAAGGTAAATGGGCAGGGTT;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=181;WE=45488575;WS=45488557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	45489548	rs58800134	A	AG	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=10;PP=1034;SC=GCTTGAGCCCAGAATTCGAGA;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=23;WE=45489556;WS=45489538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	45490570	rs3786505	A	G	5743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CCTTCTGCCCACTCTCGCTTT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=369;TCF=160;TCR=209;TR=240;WE=45490578;WS=45490560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,254:0.65:390
chr19	45490636	rs204468	T	C	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=891;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ACTTCCTGGGTGATGAGTTGT;SOR=0.970;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=232;TCF=96;TCR=136;TR=72;WE=45490644;WS=45490626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,76:0.30:256
chr19	45490703	.	G	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1832;ReadPosRankSum=1.207;SC=CGGTGTGGGCGGGACTTCCCG;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=109;WE=45490711;WS=45490693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,118:0.70:169
chr19	45493635	rs875255	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=0.708;SC=CTGGTTCCCCCCTACCCCCTG;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=29;WE=45493643;WS=45493625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr19	45494247	rs11405080	A	AC	8594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.206;NF=15;NR=131;PP=2936;ReadPosRankSum=0.979;SC=GTCTCCAGGTACCACGTATCC;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=15;TCR=141;TR=146;WE=45494255;WS=45494237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr19	45494349	rs11333249	TC	T	1345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=1443;SC=CATAACTGCTTCCCTGGGCGA;SOR=1.923;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=37;WE=45494357;WS=45494339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	45495668	rs2075618	G	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GGTGAGGCCCGGTGGGCAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=52;WE=45495690;WS=45495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr19	45495682	rs2075619	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GGCAGGTGGGAGCTCCCACCG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=42;WE=45495690;WS=45495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr19	45496303	rs9193	T	C	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=63;PP=1998;SC=CAGCGTGTGATGTAGGGGCCG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=137;WE=45496311;WS=45496293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	45506772	rs7251460	T	A	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=41;PP=1781;SC=GACAGGTAAATCTTACCACCT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=45506780;WS=45506762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	45513146	rs150557566	GGCCTTC	G	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr19	45536036	rs10424046	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=504;SC=GGTGACCCACCACCTCGGAGA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=45536044;WS=45536026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	45537417	rs143167603	AAAAT	A	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=371;SC=ACTGTCTCTAAAAATAAATAA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=45537428;WS=45537407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	45561063	rs4803794	A	G	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=96;PP=2965;SC=CACGGTGGCCAAGGTAGAGAA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=191;WE=45561071;WS=45561053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	45571781	rs10445571	T	C	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=104;PP=2965;SC=AGCTCTTCTTTCCCTTGGCAG;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=203;WE=45571789;WS=45571771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	45571900	rs34337168	G	GCC	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=987;SC=CAGCTCCGCTGCCGCTATGCT;SOR=2.985;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=23;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	45571903	rs36097205	G	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=601;SC=CTCCGCTGCCGCTATGCTGGG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	45596533	rs114578504	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AGAGACAAATCCGGGGCCCGG;SOR=3.890;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=15;WE=45596541;WS=45596532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr19	45645795	.	G	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.340;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=850;ReadPosRankSum=-1.896;SC=TGGTGCTGGGGACACAGACAT;SOR=1.421;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=45;WE=45645803;WS=45645785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr19	45649371	rs118054030	C	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,62:0.27:229
chr19	45649503	rs112250728	T	TGTAA	2354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.617;NF=6;NR=33;PP=2034;ReadPosRankSum=0.126;SC=TGGGGGGGCATGTAAGGTGTG;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=39;WE=45649511;WS=45649493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr19	45681560	rs7254936	T	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=96;PP=2517;SC=TCTTGCGTCATGGCGCGAGCC;SOR=1.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=36;TCR=96;TR=132;WE=45681568;WS=45681550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	45682824	rs758506	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=550;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GGGAATCGGCGGAGGAGGCCT;SOR=0.306;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=34;WE=45682832;WS=45682814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr19	45716678	rs346740	G	C	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=85;PP=2667;SC=ACCCAACCCAGCCGTGGACCC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=152;WE=45716686;WS=45716668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	45766729	rs7255933	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=35;ReadPosRankSum=-2.263;SC=ACCAGGCGCAGTGGCTCACTC;SOR=0.052;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=6;WE=45766737;WS=45766719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr19	45769386	rs2240671	G	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=724;ReadPosRankSum=1.029;SC=GTGCCTTGGGGAGGCCTGGGG;SOR=0.568;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=33;WE=45769394;WS=45769376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr19	45769575	rs2240672	G	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=862;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CAGGGACCACGGCTCAGCCCA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=57;WE=45769583;WS=45769565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr19	45774680	rs12984234	A	G	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=40;PP=1832;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CGTCCATGAAAGGCTTTGGCC;SOR=0.895;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=114;WE=45774688;WS=45774670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,113:0.72:156
chr19	45797593	rs34313092	T	C	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=62;PP=1840;ReadPosRankSum=0.708;SC=CCTTCCTGGCTGTGTCTCCTG;SOR=0.529;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=144;WE=45797601;WS=45797583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,152:0.67:228
chr19	45801018	rs173179	T	C	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=46;PP=1857;SC=GCCTGGCACGTGGTTCCACCA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=45801026;WS=45801008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	45801337	rs138525840	T	TTCC	3116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
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chr19	45849751	rs9749477	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=423;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GGTCAGGGGCCGTCTGGCAGG;SOR=0.749;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=33;WE=45849759;WS=45849741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr19	45849909	rs9749618	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=343;ReadPosRankSum=-2.134;SC=TGCGGGAGGAACTGGAGGAGA;SOR=0.492;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=19;WE=45849917;WS=45849899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr19	45852950	.	A	AGGGTG	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=67;QD=18.6;SC=GAGCAACGTGAGGGTGGGGGG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=45852958;WS=45852940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	45854064	.	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
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chr19	45854330	rs3916898	A	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=524;ReadPosRankSum=-2.037;SC=AGGTGCAGAGATGAGGCAAAG;SOR=0.614;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=29;WE=45854338;WS=45854320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr19	45854503	rs143201119	CCCTCA	C	3176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.336;NF=17;NR=27;PP=1972;ReadPosRankSum=0.124;SC=TAACACTTGCCCCTCACCTCC;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=44;WE=45854515;WS=45854493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
chr19	45854716	rs3916891	C	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=638;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CCCCCCTTGCCTCTGGGTACC;SOR=0.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=31;WE=45854724;WS=45854706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr19	45854919	rs13181	T	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TCTATCCTCTTCAGCGTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=90;TCR=95;TR=90;WE=45854927;WS=45854909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,100:0.50:200
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chr19	45855524	rs1052555	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1205;ReadPosRankSum=0.699;SC=GGACACCCTCGTCCACGGTCA;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=86;WE=45855532;WS=45855514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,93:0.63:148
chr19	45856100	rs1799788	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=845;ReadPosRankSum=-3.676;SC=GAGGGGGCGAGGGGGGTTACA;SOR=0.470;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=61;WE=45856113;WS=45856090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr19	45865002	rs171140	C	A	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=69;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GTCTCCCCAGCCAATGAGCAC;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=150;WE=45865010;WS=45864992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,166:0.67:249
chr19	45865217	rs238403	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=314;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTTGTTCAGATGGAGTCTTGC;SOR=2.147;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=20;WE=45865225;WS=45865207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr19	45867259	rs1799793	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=761;ReadPosRankSum=2.573;SC=AGCACTTCGTCGGGCAGCACG;SOR=0.351;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=49;WE=45867267;WS=45867249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr19	45868006	rs238405	A	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GACTCACAGCAAGCAACAGAC;SOR=0.321;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=45868014;WS=45867996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr19	45868038	rs1799786	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=568;ReadPosRankSum=1.658;SC=GACAGGAGACGGGCGGGCAGC;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=32;WE=45868046;WS=45868028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr19	45868309	rs238406	T	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=943;ReadPosRankSum=-2.168;SC=CCTCATAGAATCGGCAGTGGG;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=62;WE=45868317;WS=45868299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
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chr19	45918849	.	A	G	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=16;MQ=57.01;NF=7;NR=0;PP=90;QD=17.8244589353;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=45918857;WS=45918839;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr19	45974593	rs2276469	T	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=38;PP=1185;SC=AGAGGGGATGTTGAGGGGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=45974601;WS=45974583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	45989473	rs73567088	G	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.186;SC=TAGGAGTTGTGAAGAGTGGCC;SOR=0.416;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=15;WE=45989481;WS=45989463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	45997347	rs12609601	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=0.454;SC=CTTTGCGAGGTTGGTCCCTTT;SOR=2.049;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=45997355;WS=45997344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	45998247	rs10401270	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=584;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CTCGAAAATCAGAGTCGTCGT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=47;WE=45998255;WS=45998237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,52:0.29:182
chr19	46002456	rs3745821	G	T	5172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.713;SC=AGGAGGCTCCGGGGAGGCCCC;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=284;TCF=135;TCR=149;TR=208;WE=46002470;WS=46002446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,225:0.73:308
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chr19	46004006	rs60969039	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr19	46025388	rs2301284	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=379;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CATCCTTAGGGCCCTGATTGA;SOR=1.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=19;WE=46025396;WS=46025378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr19	46026970	rs11880111	T	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr19	46027752	rs4802260	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=40;PP=2813;SC=CTCAATGTGACCCCTGGAATA;SOR=1.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=129;WE=46027760;WS=46027742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	46029187	rs56216986	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=673;ReadPosRankSum=1.644;SC=TGATTAGTTTTACCCCATTAA;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=55;WE=46029195;WS=46029177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,56:0.28:200
chr19	46032735	rs149252540	CAG	C	2287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=4.042;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,72:0.27:264
chr19	46032841	rs12971437	G	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=437;ReadPosRankSum=0.239;SC=GCGTGCTGGCGGGGACGCCTT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=24;WE=46032849;WS=46032831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr19	46057081	rs3826860	A	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1079;ReadPosRankSum=0.386;SC=CGCCCAGCTCAGCTGCCGCCT;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=87;WE=46057089;WS=46057071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,94:0.36:259
chr19	46094597	rs3745820	G	A	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=59;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AGGCCACCCAGCCTTCCATGG;SOR=0.896;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=393;TCF=215;TCR=178;TR=137;WE=46094605;WS=46094587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,142:0.34:415
chr19	46122208	.	GA	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr19	46141692	rs138562379	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=0.716;SC=ACAGGCCTGAGCTGCCTTGAC;SOR=0.275;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=46141700;WS=46141683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	46145025	rs2286756	G	T	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=99;PP=2965;SC=GAGCACACAGGTGGGGGCAGA;SOR=2.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=34;TCR=100;TR=133;WE=46145033;WS=46145015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	46180150	rs4803846	A	G	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=22;PP=1994;SC=GCTGGGGGAGACTGGGAGACA;SOR=2.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=89;WE=46180158;WS=46180140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	46191828	rs10403723	C	T	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=101;PP=2965;SC=GAGGCTCCTGCATGGACAAAC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=209;WE=46191836;WS=46191818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	46192367	rs55742289	T	TC	5362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=51;PP=2966;SC=TCTACAGCGTTCCCCATCTGC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=94;WE=46192375;WS=46192357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	46192403	rs28396273	T	A	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=79;PP=2965;SC=ATCCTTCTAGTTCTCTGGGCA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=181;WE=46192411;WS=46192393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	46196634	rs2302593	C	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1055;SC=GGGGGTTGCTCTCATTCTTCC;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=46196642;WS=46196624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	46204938	rs4803847	C	T	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=21;PP=1930;SC=CTGGCATTCACTCTTGTTGGG;SOR=2.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=46204946;WS=46204928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	46214700	rs138545162	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.601;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr19	46248407	rs10404220	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=6.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.986;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=790;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGTGGAATTCGTTTTGGATGT;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=46;WE=46248415;WS=46248397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,49:0.36:137
chr19	46258024	rs918164	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=322;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TTTCAGTAAGATGCCACTCTG;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=24;WE=46258032;WS=46258014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr19	46260375	rs4802275	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=0.190;SC=CCAAAGGGGCCCCATAGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=21;WE=46260383;WS=46260365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr19	46265029	rs8112282	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TCTCGCTGAGCGGGAACAGCA;SOR=0.445;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=28;WE=46265037;WS=46265019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr19	46265047	rs139434566	A	ATCCAGC	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr19	46269076	rs2014576	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=461;ReadPosRankSum=0.527;SC=GGGGAGAAGGGCAGGCTGGTG;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=42;WE=46269084;WS=46269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr19	46269313	rs2014377	G	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr19	46274171	rs635299	A	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	46274972	rs915915	A	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1222;ReadPosRankSum=0.141;SC=ACGAGAGGGGATGCCAAGGGT;SOR=0.682;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=86;WE=46274980;WS=46274962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,91:0.36:250
chr19	46276056	rs16939	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.876;SC=AATGCTGATTCTCTGGTGGAG;SOR=0.392;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=46276064;WS=46276046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	46281745	rs1799894	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=360;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GCCATGCTGCACCCACCTGTG;SOR=1.214;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=27;WE=46281753;WS=46281735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr19	46287200	rs617988	C	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=444;ReadPosRankSum=0.516;SC=GGCGGGGAGTCTCTCCCCAGG;SOR=0.869;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=39;WE=46287208;WS=46287190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr19	46288706	rs3760843	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GAGGTCTTGTACTGAGACACT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=4;WE=46288714;WS=46288696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr19	46289392	rs8110017	G	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,31:0.26:119
chr19	46313758	rs10402263	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=0.172;SC=ACTGGATTGTGCAATGCTGTC;SOR=0.242;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=11;WE=46313766;WS=46313748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	46313825	rs10407137	A	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=411;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GCCCCCACTGACCCTGATGCC;SOR=0.949;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=126;TCF=93;TCR=33;TR=37;WE=46313833;WS=46313815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr19	46318963	rs3810331	C	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=54;PP=2061;SC=CTCCTGGTGACCGGGGAAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=46318971;WS=46318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr19	46332194	rs3745929	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=-2.379;SC=GGAAGCCTCTCGGGGACAGGA;SOR=0.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=21;WE=46332202;WS=46332184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr19	46333632	rs4516331	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=1.771;SC=GTGGGTAAGAGGAAGGAAGAG;SOR=0.518;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=46333640;WS=46333622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	46334955	rs4803866	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CACAAAACCTCGTTTAAATCC;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=21;WE=46334963;WS=46334945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	46341824	rs17850110	C	T	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=69;PP=1941;ReadPosRankSum=2.210;SC=AGGTCCCCGACGGGCCTGGCT;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=111;WE=46341832;WS=46341814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,116:0.72:161
chr19	46345782	rs145931067	A	AC	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.969;NF=0;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGTCTTGTGGAAGATCTCATG;SOR=0.357;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=9;WE=46345790;WS=46345772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	46350960	rs3745928	A	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=534;ReadPosRankSum=0.280;SC=CGTGAAGGAGAGGAAACTGGT;SOR=0.578;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=32;WE=46350968;WS=46350950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr19	46352122	rs2303014	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr19	46352203	rs2303013	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=716;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AGCCTGAGGTCCAGGAGGGAA;SOR=0.531;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=40;WE=46352211;WS=46352193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr19	46357313	rs11670136	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1037;ReadPosRankSum=1.458;SC=CACTGAGCACTGTGGCCGGCA;SOR=0.340;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=68;WE=46357321;WS=46357303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr19	46357811	rs2287718	C	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1223;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGGGAACCAGCGGATGGGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=73;WE=46357819;WS=46357801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,78:0.67:117
chr19	46367661	.	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AGATCCAGAGCGCTCCGTTCC;SOR=1.230;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=46367669;WS=46367651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	46367703	rs11667582	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=357;ReadPosRankSum=1.564;SC=GGTGGGGGCGTAAGCCCGGGG;SOR=0.323;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=28;WE=46367711;WS=46367693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr19	46367901	rs1363538	T	C	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=46;PP=1326;SC=CTTGGGCAGCTGAGGAACTGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=46367909;WS=46367891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	46367945	rs3810329	G	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=379;ReadPosRankSum=1.687;SC=GTCGGGGACCGGGGACGAGGC;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=30;WE=46367953;WS=46367935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr19	46387344	rs11550348	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=881;ReadPosRankSum=0.942;SC=CGCCCTGCATGAAGGCCCAGG;SOR=0.766;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=55;WE=46387352;WS=46387334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,57:0.39:147
chr19	46387503	rs3745926	T	C	7458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=131;PP=2965;SC=GGGTGTCTTCTAGCCGCTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=130;TCR=131;TR=261;WE=46387511;WS=46387493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	46388379	rs3826892	C	G	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=61;PP=2247;ReadPosRankSum=0.318;SC=ATTCCTCTGCCCGGCCTCGCA;SOR=0.728;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=145;WE=46388387;WS=46388369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,151:0.60:253
chr19	46394100	rs142323830	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=1.389;SC=CCTTGGGGGCCGGTGGGGGCA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=8;WE=46394108;WS=46394090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	46394322	rs114387602	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr19	46404579	rs10423899	A	G	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=CGTAGCGCTGAGGGCAGGCGC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=46404599;WS=46404569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr19	46443739	rs28742045	T	G	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=111;PP=2965;SC=AGCCGTAACTTGCCAGCGTGT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=232;WE=46443747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr19	46640551	rs1990765	C	A	8224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=130;PP=2965;SC=ACACCACATGCAATATTATCT;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=162;TCR=131;TR=292;WE=46640559;WS=46640532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
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chr19	46734255	rs2286804	A	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CCCACCCTGCAGCTGCCCTGA;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=46734263;WS=46734245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	46800433	rs3826795	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
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chr19	46811857	rs73059757	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=1.718;SC=GCCAGGGTGCCGGAGGGCACT;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=46811865;WS=46811847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr19	46811984	rs2311054	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=670;ReadPosRankSum=2.352;SC=TGAAGAGTACACTCACCAGCC;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=49;WE=46811992;WS=46811974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr19	46812126	rs757638	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GGCATCTCCTAGGCTGGGGAC;SOR=0.330;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=46812134;WS=46812116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	46812336	rs759299	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=926;ReadPosRankSum=1.217;SC=CCCTCAGGACGCATCTTCCAA;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=52;WE=46812344;WS=46812326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
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chr19	46815499	rs8101480	T	C	9719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=185;PP=2965;SC=TGGACTCCGATGCGGTCAGCA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=166;TCR=185;TR=351;WE=46815507;WS=46815489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
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chr19	46823751	rs3764610	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1252;ReadPosRankSum=1.279;SC=CGGAGCAACACTCTCGCAGAC;SOR=0.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=128;TCR=170;TR=102;WE=46823759;WS=46823741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,103:0.33:315
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chr19	46857286	rs2075144	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCTGAGCCAGGCAGATACTGA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=18;WE=46857294;WS=46857276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	46878989	rs4239538	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.72;MQRankSum=-0.786;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,32:0.25:127
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chr19	46887199	rs4803937	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TCAGGTCTGCACAGAGTGGGA;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=25;WE=46887207;WS=46887189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr19	46892111	rs759290	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=358;SC=AAGAACATGACGAACACCCCC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=46892126;WS=46892101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	46892118	rs3815505	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
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chr19	46893465	rs2311213	A	G	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=53;PP=2513;SC=GGTAAGGGGCAGGGGTAGGTT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=46893473;WS=46893455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	46915091	rs74516985	T	C	5915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.251;SC=TGCCCCCTGGTCAGCTGGGGC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=213;TCR=154;TR=243;WE=46915099;WS=46915081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,253:0.67:377
chr19	46973981	rs4803960	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=471;ReadPosRankSum=-1.880;SC=TTAAAAACTCGGCATCCTGGG;SOR=0.780;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=42;WE=46973989;WS=46973971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
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chr19	46974306	rs12978825	A	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=885;ReadPosRankSum=0.337;SC=GCGGCTCTGAACCTACTATGT;SOR=0.485;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=60;WE=46974314;WS=46974296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
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chr19	46974399	rs3826854	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=1.068;SC=AGCGAGGTCACGTTCCCAGGA;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=4;WE=46974407;WS=46974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	46996928	rs4803966	C	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.12;MQRankSum=1.276;NF=16;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.758;SC=TGGGCCCCGGCGCCCGCGCTC;SOR=0.712;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=32;WE=46996936;WS=46996918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr19	46997016	rs147338403	C	CCGGCCT	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.486;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
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chr19	46998236	rs4803967	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1598;ReadPosRankSum=1.056;SC=TTTCTGCGACCCCGACGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=178;TCR=162;TR=120;WE=46998244;WS=46998226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,121:0.34:361
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chr19	47105585	rs35630463	A	AT	1600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,80:0.34:236
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chr19	47111663	rs3729760	T	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=939;ReadPosRankSum=0.598;SC=AGGGAGCCTCTCTCAGGGTGA;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=134;TCR=100;TR=75;WE=47111671;WS=47111653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,77:0.32:241
chr19	47112648	rs10113	T	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=76;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CTTCCATCCATGTCTTCCAAG;SOR=1.117;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=363;TCF=152;TCR=211;TR=117;WE=47112656;WS=47112638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,121:0.32:378
chr19	47112740	rs710889	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.838;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,11:0.15:73
chr19	47124878	rs201057027	C	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=0.452;SC=GCAAGGAGGTCCCCCATCTCA;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=28;WE=47124886;WS=47124868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr19	47126849	rs4987262	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=0.279;SC=CGGTACATGCGGCAGAGGCTG;SOR=1.025;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=33;WE=47126857;WS=47126839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr19	47137162	rs1005774	C	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=409;SC=TCCACGTCCACCCCTACCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=47137170;WS=47137152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	47137459	rs12974613	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=465;ReadPosRankSum=1.980;SC=CTGCCTGCGACACCTGCGAGC;SOR=0.562;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=32;WE=47137467;WS=47137449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr19	47177913	rs314665	A	G	12016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=239;NR=202;PP=2965;SC=CTCCCAGCGCACGTCGTCACT;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=239;TCR=202;TR=441;WE=47177921;WS=47177903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr19	47193850	rs314671	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.388;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=536;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GGCGGCCTGGTGGTTACCTGC;SOR=0.328;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=41;WE=47193858;WS=47193840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr19	47200618	rs10413222	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
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chr19	47228985	rs313844	G	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=142;SC=GGGCTTGAGGGCCCCTGTCTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=47228998;WS=47228975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	47236268	rs11666600	G	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=1493;ReadPosRankSum=0.274;SC=GGAACAGAGAGACACACCTGC;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=213;TCR=146;TR=116;WE=47236276;WS=47236258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,119:0.33:366
chr19	47239919	rs2270685	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.259;SC=CCCCAGGCCAGGCTCCGCCCA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=11;WE=47239927;WS=47239909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr19	47241659	rs12976352	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.552;SC=GTGGAAGAAACCACTCCCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=47241667;WS=47241649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	47242152	rs34301473	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=-1.214;SC=GAGCCTGGGAGGGCAGACAGG;SOR=1.342;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=32;WE=47242160;WS=47242142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr19	47249296	rs12984041	G	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr19	47282162	rs2070246	G	A	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CCACAGGGGCGTACCTGATCA;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=389;TCF=187;TCR=202;TR=149;WE=47282170;WS=47282152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,154:0.38:402
chr19	47287169	rs313852	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=475;ReadPosRankSum=0.565;SC=AAGAGCCTGGGCACCTGGGGT;SOR=0.408;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=30;WE=47287177;WS=47287159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr19	47291174	rs3027956	G	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=65;PP=2556;ReadPosRankSum=2.445;SC=TTGGCGGTGGGCTCCGCCGCT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=155;WE=47291182;WS=47291164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,156:0.59:266
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chr19	47548327	rs10423289	A	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr19	47549155	rs889170	AT	GC	8051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=52;PP=2947;SC=ACACGAACCAATACTCTGCAT;SOR=1.519;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=117;TCR=59;TR=168;WE=47549164;WS=47549145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	47549454	rs11083857	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-1.936;SC=GCCGCCAGGCCCACGGCGTAC;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=17;WE=47549462;WS=47549444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr19	47549791	rs1862499	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr19	47584699	rs3745619	C	T	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=220;SC=AGGCAGGCCACAGCACTGAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=47584707;WS=47584689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	47585517	rs7250850	G	C	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGGAGTTCGATGT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=47585538;WS=47585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	47585698	rs7251104	G	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=37;PP=1162;SC=GAAGACAGGTGTAGGAAGGGC;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=47585706;WS=47585688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	47587772	rs2303107	G	A	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=85;PP=2723;SC=AGATGGGATCGGGGTTAATAA;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=133;WE=47587780;WS=47587762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	47588202	rs7248181	G	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1104;SC=CAGCCCTTTGGGGGGTGGCTG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=47588210;WS=47588192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	47588325	rs2287842	G	A	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=57;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CCATGTCCTCGTCATAGAAGT;SOR=0.585;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=331;TCF=178;TCR=153;TR=113;WE=47588333;WS=47588315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,112:0.33:337
chr19	47597102	rs10408163	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=262;SC=GGGGATTAAATTAATACCTGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=47597110;WS=47597099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	47634313	rs177918	T	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=19;PP=823;SC=TTGAGGCCGCTAGGGTCTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=47634321;WS=47634303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	47731829	rs3810294	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GAGGGGGTGACGGCCCCACAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=47731837;WS=47731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	47735745	rs117378997	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr19	47761646	rs12985905	G	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,65:0.30:216
chr19	47774983	.	TGTGTGTGCGC	T	262	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=55.0;NF=0;NR=5;PP=262;QD=53.0;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=47775000;WS=47774973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr19	47823038	rs4467185	G	A	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=74;PP=2965;SC=TTCCCCTTAGGACTCCTTCAA;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=116;TCR=74;TR=190;WE=47823046;WS=47823028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	47823484	rs4804049	T	C	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=105;PP=2965;SC=TCCGAGGGGCTGGCTTGGCCT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=202;WE=47823492;WS=47823474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	47823871	rs11880097	G	T	8373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.356;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TGCTGCTGAAGAAGCTGGACT;SOR=0.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=157;TCR=126;TR=282;WE=47823879;WS=47823861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr19	47878858	rs61751860	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=0.596;SC=GGGCGCGGGGCGCAGGCGCAA;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=37;WE=47878866;WS=47878848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr19	47879613	rs2253022	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=335;ReadPosRankSum=1.730;SC=TGGAGGAGGGAACCTGGGCCA;SOR=0.306;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=27;WE=47879621;WS=47879603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr19	47883086	rs28522883	T	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1096;ReadPosRankSum=-2.451;SC=TCCTGGCGGCTTCCCTGCGGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=75;WE=47883094;WS=47883076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
chr19	47885180	rs889167	A	G	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=55;PP=2965;SC=ATTTGGGTGCAGGTAGACCTG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=131;TCR=55;TR=186;WE=47885188;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	47922426	rs62130535	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.398;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=130;ReadPosRankSum=0.507;SC=CTGACGGCCCGCGGTGTTGAC;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=47922434;WS=47922416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	47933190	rs142312177	A	AG	1604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=968;SC=GACACAGAACAGGGCAATCAA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=47933198;WS=47933180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	47933257	rs73940834	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.527;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.873;NF=23;NR=15;PP=597;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGCCGAGTCTGGGGGGAAAAG;SOR=0.345;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=38;WE=47933265;WS=47933247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr19	47933728	rs8104926	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CGTGTCTGCGAGGCAGAGACA;SOR=0.339;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=27;WE=47933736;WS=47933718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr19	47935352	rs4801722	T	C	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=43;PP=2850;SC=CACCTCATTTTGGCAGGATCC;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=143;WE=47935360;WS=47935342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr19	48182522	rs56106931	A	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=931;ReadPosRankSum=0.547;SC=GCTGTGGCCTAAGCGTAGCCC;SOR=0.499;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=52;WE=48182530;WS=48182512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr19	48182568	rs2911005	C	T	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CCACCTTTCCCGGCCTGCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=103;WE=48182576;WS=48182558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,109:0.67:163
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chr19	48182946	rs2911006	T	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AGGGCCCGCCTACCGTGCTGA;SOR=0.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=65;WE=48182954;WS=48182936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,74:0.76:97
chr19	48183114	rs2914438	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=938;ReadPosRankSum=-2.031;SC=CGGCGGCCACACTGGGCCTGG;SOR=1.098;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=55;WE=48183122;WS=48183104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr19	48183771	rs1035938	C	T	9819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=0.084;SC=AACCCATGAGCGTCCACCTCC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=688;TCF=343;TCR=345;TR=431;WE=48183779;WS=48183761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,450:0.62:722
chr19	48184474	rs3745762	C	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=50;PP=1695;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GGGGCAGCCGCCCTCTGCCAC;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=116;WE=48184482;WS=48184462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,120:0.67:179
chr19	48184642	rs58014830	TG	T	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=224;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTGTGGCAGCTGGGGGGGGAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=48184650;WS=48184632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	48198675	rs13346368	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=504;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CAACCTCCCGACCCTGAATGT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=33;WE=48198683;WS=48198665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr19	48198817	rs2241612	T	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=542;ReadPosRankSum=0.985;SC=AGGGAGACACTGGAAGACGCG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=40;WE=48198825;WS=48198807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr19	48202125	rs7248050	C	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1270;ReadPosRankSum=0.478;SC=AGCCGCAGGTCCACGGTGCGC;SOR=1.649;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=59;WE=48202133;WS=48202115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr19	48205288	rs8100472	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GCGAGCTGGCGGCCGTGGAGG;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=68;WE=48205296;WS=48205278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr19	48205725	rs3745760	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr19	48219929	rs61746407	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=654;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCATCCGCACGGTGACCTCGG;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=56;WE=48219937;WS=48219919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,55:0.31:179
chr19	48239557	rs11669035	T	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=476;SC=GAGTGGGGCCTGCAGCCTGTG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=48239565;WS=48239547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	48244045	rs34197064	C	CT	1061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=873;SC=CAGCTACCCCCGAGCTTCTCC;SOR=2.387;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=48244053;WS=48244035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	48244194	rs7255434	A	G	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=59;PP=2291;SC=CGAAGCTGCTAGAGGCACTGG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=126;WE=48244202;WS=48244184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	48244569	rs3745758	G	A	9262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=175;PP=2965;SC=TGGATGATGAGGAGTTCGCGC;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=142;TCR=175;TR=317;WE=48244577;WS=48244559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	48244692	rs3833256	C	CG	1266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=1131;SC=CCGAGTGAGCCGGCCCCCCTC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=29;WE=48244700;WS=48244682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	48245253	rs192939514	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=446;ReadPosRankSum=1.364;SC=CCGGCTCCATCACATCCTCAG;SOR=0.493;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=37;WE=48245261;WS=48245243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr19	48250320	rs2334293	G	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=36;PP=1117;SC=GTGGAATGGCGGTTATTCATT;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=48250328;WS=48250310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	48250414	rs3745756	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=274;SC=GGTCAACCTTAATATAAACAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=48250422;WS=48250404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	48253579	rs3745754	A	G	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=139;PP=2965;SC=CTTCTTTCCCACCAGACTCTG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=113;TCR=139;TR=252;WE=48253587;WS=48253569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	48253667	rs3786780	C	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=1051;SC=GTTTGGGCTTCGGAGTGCAGA;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=48253675;WS=48253657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	48254392	rs10402957	T	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=65;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CACCTATGAATGGGGACAGGA;SOR=0.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=48254400;WS=48254382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr19	48255804	rs1042558	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.281;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=42;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CGTCCCAGGCACCCGCCGTGG;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=122;WE=48255812;WS=48255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr19	48258551	rs10406879	T	C	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=29;PP=1140;SC=AGAGAGAAGGTCTCCCTGTGT;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=66;WE=48258559;WS=48258541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	48258578	rs10405135	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	48258717	rs1804994	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=27.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	48258772	rs11083895	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=5;PP=132;SC=GAAGGCTGGGGCGGCTCAAGT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=48258780;WS=48258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	48258826	rs10411523	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=112;SC=GGAGGGGGCCGGGTCCCAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=48258834;WS=48258816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	48260079	rs889142	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=48;PP=1751;SC=CAGGGCCCCTTCCAGAGTGTG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=48260087;WS=48260069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	48282077	rs111841672	C	CGCAGCGG	7123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=59;PP=2977;SC=TATTGGTAAGCCCAGCGGCCA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=82;WE=48282085;WS=48282065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	48282172	rs1862485	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=53;PP=1875;SC=ATGGGAGCCCTTGTATGGGAA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=48282180;WS=48282162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	48284025	rs34362700	C	CG	3625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=32;PP=2384;SC=AGTGGATGCCCGGGGGGCATT;SOR=1.278;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=71;WE=48284033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	48321645	.	C	CTCCA	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.126;NF=16;NR=0;PP=702;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CCATCCATCCCTCCATCCATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=16;WE=48321653;WS=48321639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr19	48337812	rs62128766	C	T	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=67;PP=1665;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TGAGTACAGTCGTTTCTCTTG;SOR=1.059;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=98;WE=48337820;WS=48337802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,102:0.61:166
chr19	48337897	rs62128767	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=-0.698;SC=AATCACAGGGGCGACTTCAGG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=20;WE=48337905;WS=48337887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	48374950	rs62129966	C	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GGGCCTTTATCCTGCCTGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=48374958;WS=48374940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	48389363	rs296361	G	A	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=59;PP=2218;ReadPosRankSum=1.361;SC=CTCAGTTCACGATTCTGCCTC;SOR=0.873;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=146;WE=48389371;WS=48389353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,155:0.62:250
chr19	48389425	rs11083907	A	G	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=110;PP=2965;SC=CCCTTATCACAAACTCATCAC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=214;WE=48389433;WS=48389415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	48479850	rs374493501	AAAAC	A	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	48484150	rs10422554	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=262;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GAAAAGAAACGCTAATAAAAG;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=20;WE=48484158;WS=48484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr19	48511854	rs12977319	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=439;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CTAGGAGGTAATGGGAAGAGG;SOR=0.529;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=23;WE=48511862;WS=48511844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr19	48512010	rs34842242	G	A	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.045;SC=GACACTCAAAGCAACAGGGAG;SOR=1.021;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=93;WE=48512018;WS=48512000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,100:0.58:171
chr19	48512121	rs7249129	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=0.825;SC=AGCTGGGCGCGGTGGCTGACA;SOR=1.748;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=15;WE=48512129;WS=48512111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr19	48517341	rs62129077	T	C	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=49;PP=2277;ReadPosRankSum=0.058;SC=CGGACATTCATATTAAAGCAA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=142;TCR=79;TR=139;WE=48517349;WS=48517331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,141:0.64:220
chr19	48517495	rs117586587	T	C	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=83;PP=2259;ReadPosRankSum=0.828;SC=GCACCCATATTCATAGCTTAT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=53;TCR=120;TR=120;WE=48517503;WS=48517485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,121:0.68:177
chr19	48517538	rs62129078	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=44;PP=1133;ReadPosRankSum=0.578;SC=CGTGTACAACGGCCAGTGGAA;SOR=1.942;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=52;WE=48517546;WS=48517528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr19	48519158	rs34129198	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=424;ReadPosRankSum=1.333;SC=AGATTACCCACGCTGTATCTT;SOR=0.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=32;WE=48519166;WS=48519148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr19	48519244	rs35792818	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=0.641;SC=TGTGGTGCTCAGTCACCTCTG;SOR=0.471;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=28;WE=48519252;WS=48519234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr19	48522869	rs3815908	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.68;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr19	48522894	rs2115100	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
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chr19	48542414	rs891015	C	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=663;ReadPosRankSum=-1.416;SC=ACAGGCAGACCTCAGAGGGTC;SOR=0.516;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=43;WE=48542422;WS=48542404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr19	48543774	rs8102084	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.244;SC=TCTCCACCCCCAACTCTACTC;SOR=0.307;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=48543782;WS=48543770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	48543862	rs8105198	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=369;ReadPosRankSum=-2.256;SC=CTGGACTCACGGTTCATGCGG;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=26;WE=48543870;WS=48543852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr19	48544753	rs3745745	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GAATTTATACGGAAATGCACA;SOR=0.922;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=35;WE=48544761;WS=48544743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr19	48551546	rs9226	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=0.501;SC=CCAGGTGGACATCAGGGCCCT;SOR=0.791;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=8;WE=48551560;WS=48551536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr19	48558342	rs3217328	TCTCCAGAAGACCC	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=650;ReadPosRankSum=0.566;SC=TTGCAAGACCTCTCCAGAAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=48558362;WS=48558332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr19	48565468	rs4802425	G	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=504;ReadPosRankSum=0.186;SC=GCAAGACTTGGAAATGGAAGG;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=44;WE=48565476;WS=48565458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr19	48581253	rs1019785	C	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TCTGTGCTCGCTGACCTCATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=48581261;WS=48581243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	48588148	rs431234	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=1.427;SC=TGTGGTCTTCCTGGCTGCCCA;SOR=1.432;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=19;WE=48588156;WS=48588138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr19	48593591	rs3745741	G	C	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.771;NF=68;NR=58;PP=1684;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TATCTCTAGGGTTTGACCTTT;SOR=0.771;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=333;TCF=172;TCR=161;TR=126;WE=48593599;WS=48593581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,135:0.39:347
chr19	48598823	rs156631	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=606;ReadPosRankSum=-1.860;SC=CCCAGTGCAGAGAAGCCAGCG;SOR=1.096;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=44;WE=48598831;WS=48598813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr19	48598916	rs156632	A	G	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=41;PP=1364;SC=GGAATGTAGCAGGTATGCAGG;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=48598924;WS=48598906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	48601350	rs251685	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CACTCCGTGCTGTTCCATCCC;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=15;WE=48601358;WS=48601340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr19	48601454	rs251684	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,55:0.29:192
chr19	48601528	rs251683	G	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=377;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTTGGGAGAAGGTGCCAAGAC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=34;WE=48601536;WS=48601518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,37:0.30:124
chr19	48602948	rs2303744	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-2.860;SC=TGCTTAGAGATAACCATGTAG;SOR=0.789;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=28;WE=48602956;WS=48602938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr19	48613544	rs251696	C	A	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	48621036	rs13436	C	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=614;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCAGCACCAGCGCCTGCAGTG;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=51;WE=48621044;WS=48621026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,55:0.35:159
chr19	48622427	rs20581	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=347;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CCAGCTCCTCATCACTGAAGC;SOR=0.658;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=30;WE=48622435;WS=48622417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr19	48622483	rs156647	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=0.704;SC=AGGCTCAGCCAGCCACAGGCC;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=37;WE=48622491;WS=48622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr19	48624625	rs153023	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=2.207;SC=GCGCCCAAGGCGGGGCCCTCA;SOR=0.750;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=29;WE=48624633;WS=48624615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr19	48630700	rs61230848	GCC	G	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.395;NF=1;NR=13;PP=453;ReadPosRankSum=0.636;SC=TCTCCCTCTCGCCCCACCTAA;SOR=0.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=14;WE=48630709;WS=48630690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	48631408	rs156641	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=7.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr19	48631411	.	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
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chr19	48646883	rs2288878	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=758;ReadPosRankSum=-3.144;SC=GACGCAAGAGTGACAGTGGTG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=132;TCR=101;TR=68;WE=48646891;WS=48646873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,70:0.29:244
chr19	48646993	rs415465	C	T	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=107;PP=2965;SC=CCCAGGGCTGCCTCTCTGTCC;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=80;TCR=108;TR=186;WE=48647001;WS=48646983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	48654553	rs20580	G	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-2.652;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr19	48657077	.	T	TCA	376	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5020;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=54.82;NF=7;NR=1;PP=376;QD=47.375;SC=CCTCTTGGCTTCACACACACA;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=48657085;WS=48657067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,8:0.42:19
chr19	48660445	rs274862	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr19	48664798	rs3730862	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=468;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GTAAAGGGGCGACTACAGCAG;SOR=1.118;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=30;WE=48664806;WS=48664788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr19	48668709	rs3730850	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-2.293;SC=CTAACGTAAGAGTTTTTGTTT;SOR=2.000;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=48668717;WS=48668699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	48668795	rs3730849	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=421;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AGGGGCAAGGGAGGGTGCTCA;SOR=0.686;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=36;WE=48668803;WS=48668785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr19	48673458	rs3730840	G	A	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=106;PP=2302;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CGCACCCGCCGCCCTCCGCCT;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=584;TCF=284;TCR=300;TR=207;WE=48673466;WS=48673448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,213:0.36:594
chr19	48693928	rs57930203	C	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=884;SC=TCTTGGCAAGCGGCAAAAGAT;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=48693936;WS=48693918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	48697808	rs34897645	TGG	T	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=670;SC=AATGAATGGGTGGTCCCATTT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=48697817;WS=48697807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	48697961	rs12973411	C	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=39;PP=1523;SC=GGTGTTCTTCCTGACGTCGCG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=48697969;WS=48697951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	48707581	rs1965759	G	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	48707581	.	GTG	ATA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=45;NR=61;PP=2947;QD=20;SC=GATGGAGGGTGTGCCGGAGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=106;WE=48707591;WS=48707571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,106:0.96:110
chr19	48707583	rs1965758	G	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	48709635	rs8110489	G	A	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=TTCAGGAAGCGCCTACCGTAT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=232;WE=48709643;WS=48709625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	48715153	rs3745718	T	C	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=77;PP=2752;SC=CCTCATTGTCTTGGAGATCAT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=48715161;WS=48715143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	48715269	rs2008521	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=681;SC=TTGAGAATCGTTCACTTACAG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=48715277;WS=48715259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	48718401	rs149478741	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.144;NF=10;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=1.231;SC=ACTTGCCTCGGTCTCTCCTTC;SOR=0.793;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=11;WE=48718409;WS=48718391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	48744164	rs11670259	C	T	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=75;PP=2593;ReadPosRankSum=-1.328;SC=TGAACTATAACGAAACACAGA;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=266;TCF=154;TCR=112;TR=175;WE=48744172;WS=48744154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,187:0.67:280
chr19	48788904	rs140236127	GGAAAGAAA	G	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.736;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr19	48806826	rs45465703	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TTCCCCAGGGCCAGAGCTGAG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=11;WE=48806834;WS=48806816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr19	48809732	rs146512076	AT	A	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.646;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.032;NF=0;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CATGAAAGGGATTTTAAAGAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=8;WE=48809740;WS=48809722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr19	48814737	rs76390522	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=0.833;SC=GCTAGAGCAGGAAGGGCAAAC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=9;WE=48814745;WS=48814727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr19	48821757	rs16981988	G	A	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TCCCGAAGCCGCTTGACCTGG;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=127;TCR=139;TR=94;WE=48821765;WS=48821747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,102:0.36:281
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chr19	48830286	rs10415654	T	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
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chr19	48922772	rs11302654	CT	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.142;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr19	48924910	rs138030001	C	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-0.229;SC=ATGTAGTGAGCGAGTGTTGAG;SOR=0.927;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=6;WE=48924918;WS=48924900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr19	48924963	rs1654671	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=1.955;SC=GCCAGATAGCGGGTGTGTCTC;SOR=0.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=21;WE=48924971;WS=48924953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
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chr19	48949286	rs1643487	G	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=1026;SC=AGGGTCGGCGGCGCACGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=48949294;WS=48949276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	48949766	rs929743	C	G	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=95;PP=2965;SC=ACAGGTAAGACCCGAGGCTTT;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=160;WE=48949774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr19	48976969	rs79385411	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=1.960;SC=GAAAGAGGCTATTTCTGTAGG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=48976977;WS=48976962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr19	49090368	rs34482710	T	TA	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=9;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=1.370;SC=GACTCTGTCTTAAAAAAAAAT;SOR=1.123;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=21;WE=49090376;WS=49090358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr19	49096065	rs2302948	C	T	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTACGAGGAGCTGCAGCAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=82;TCR=104;TR=122;WE=49096073;WS=49096055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,128:0.66:194
chr19	49102399	rs1132054	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr19	49102782	rs10410524	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=1.137;SC=TCAGAGTCCCGCCCAGAGGCA;SOR=2.066;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=21;WE=49102790;WS=49102772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr19	49106995	rs3745728	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=671;ReadPosRankSum=0.887;SC=CACGCGGTGCGGGCTGCGGCC;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=36;WE=49107003;WS=49106985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr19	49113029	rs2617803	G	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=-0.736;SC=ACACAGATGAGAAAAGAGAGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=49113037;WS=49113026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	49113919	rs10853802	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TCACAGGACCCCCTGGCCCGG;SOR=0.338;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=11;WE=49113927;WS=49113909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr19	49114236	rs454715	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=645;SC=AAAGTTCAGGTGGGCTAAAGG;SOR=4.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=49114244;WS=49114226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	49116076	rs2617801	C	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=447;SC=TAGGGGTGTGCGCTTGCAAGT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=49116084;WS=49116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49116134	rs2617800	T	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1217;SC=CCCAGTCTGGTGAATGGACAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=49116142;WS=49116124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	49116359	rs447802	T	C	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=1104;ReadPosRankSum=0.706;SC=TCCACATCGGTGGTGGTGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=71;WE=49116367;WS=49116349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr19	49116438	rs376524	A	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CCAAGCCCTGAACCTCATCCG;SOR=0.771;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=76;WE=49116446;WS=49116428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr19	49116555	rs368654	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=51;PP=1785;SC=CGGAATATAGAAAGCCGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=92;WE=49116563;WS=49116545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	49119900	rs138568775	C	CCAGCACAGCACAGCA	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.251;NF=2;NR=6;PP=1557;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TGAGGATGGACCAGCACAGCA;SOR=0.882;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=8;WE=49119908;WS=49119890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	49120434	rs369880	C	T	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=75;PP=2756;ReadPosRankSum=0.278;SC=ACCAACAGTCCAAGCTCTACG;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=153;TCR=117;TR=177;WE=49120442;WS=49120424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,179:0.65:276
chr19	49122248	rs3094287	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=725;ReadPosRankSum=0.130;SC=CATCCCTGCTTTCCTGGCCCC;SOR=0.515;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=42;WE=49122256;WS=49122238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr19	49131764	rs34630951	A	AAG	3276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=2435;ReadPosRankSum=-1.233;SC=GAGCAAATGAAAGATGACCAG;SOR=0.643;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=56;WE=49131772;WS=49131754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr19	49132634	rs3745733	G	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=95;PP=2710;ReadPosRankSum=-1.699;SC=TGCCTCCGCTGGGCACCCCGC;SOR=1.035;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=224;TCF=88;TCR=136;TR=150;WE=49132642;WS=49132624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,153:0.68:225
chr19	49141406	rs137896889	AAGAC	A	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=418;ReadPosRankSum=2.598;SC=CATCCACTGTAAGACAGAGAA;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=11;WE=49141417;WS=49141396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr19	49143025	rs2303147	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=395;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TCCCTCCCTCTGAATCTCGCC;SOR=1.322;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=27;WE=49143033;WS=49143015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr19	49148781	rs10426317	C	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1246;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TCCCCACCTCCACCCTCCCTC;SOR=0.655;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=96;WE=49148799;WS=49148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,101:0.41:246
chr19	49164952	rs281392	A	G	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=61;PP=2111;SC=CCGGCCTGGGACTGGGTGTGG;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=49164960;WS=49164942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	49166875	rs371690	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=712;SC=CCATCCCTCCGTTCCATCTTG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=49166883;WS=49166865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	49167361	rs73581795	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=1.248;SC=TCTCCTTCCCGCTCTACTCAG;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=49167369;WS=49167351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	49168182	rs373002	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=383;SC=ATTATCTTTTTTTTTTGAGAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=49168190;WS=49168172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	49183705	rs3826846	G	A	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=128;PP=2965;SC=CGCTGTGTCCGCCTCACGGGC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=115;TCR=128;TR=243;WE=49183713;WS=49183695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	49206603	rs281377	C	T	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=126;NR=125;PP=2965;SC=ACCACCTGAACGACTGGATGG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=126;TCR=125;TR=251;WE=49206611;WS=49206593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	49206726	rs1800027	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.079;NF=26;NR=18;PP=572;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TCACCCTGCACGACCACGTGC;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=44;WE=49206734;WS=49206716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,46:0.31:147
chr19	49216926	rs281384	A	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=29;PP=2749;SC=GCAGGAGTCCAGAACCTCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=102;TCR=29;TR=131;WE=49216934;WS=49216916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	49217261	rs281385	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=-1.845;SC=TATCCGCGGCACGTGGAAGAG;SOR=1.466;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=37;WE=49217269;WS=49217251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr19	49217305	rs281386	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGCTTGACCTAGAGCAGCCAA;SOR=1.469;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=21;WE=49217313;WS=49217295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	49217520	rs281387	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=428;SC=TTCCTACCGCTGGTCCTCGCC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=49217528;WS=49217510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	49217605	rs281388	T	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=39;PP=1790;SC=GTCCGCAAGCTCATAGCCCCG;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=49217613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	49244219	rs2307018	CG	AA	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=43;PP=2887;SC=TTTGCTCGGCCGCTCCACTGC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=87;WE=49244228;WS=49244209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	49246866	rs838147	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1121;SC=CTGGGGCCAGATCATCTATGA;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=49246874;WS=49246856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	49247601	rs11672046	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=28;PP=1121;SC=AAGGAGGAGGCAGTTGGGGAA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=49247609;WS=49247591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	49247693	rs8108136	C	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=26;PP=1217;SC=GGGACACCGACTCCCATCTTC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=64;WE=49247701;WS=49247683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	49247786	rs8108468	G	A	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=49;PP=1782;SC=GCTCCTTCACGAAGAGATCGC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=106;WE=49247794;WS=49247776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr19	49253389	rs4015	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TCTGAAGCCACGTACTGCTGG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=49253397;WS=49253379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	49254573	rs838137	T	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=794;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TAGCAAATGCTCTGAGGCTGA;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=46;WE=49254581;WS=49254563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr19	49259529	rs838133	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=33;PP=1629;SC=AGCACTCAGGACTGTGGGTTT;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=49259537;WS=49259519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	49260101	rs490942	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=0.947;SC=GGGACAGAGCCGGATGGTGGG;SOR=1.828;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=18;WE=49260109;WS=49260091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr19	49261368	rs739320	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=58;PP=2285;SC=CCCCCCGCACTCCCGGAGCCA;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=49261376;WS=49261358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	49299533	rs557106	A	G	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=69;PP=2965;SC=AGAGCAGCACAGAAAGCCCAC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=171;WE=49299541;WS=49299523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	49300605	rs526744	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=36;PP=1055;SC=TGGAGGGCAGTCTGGTTGGGT;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=56;WE=49300613;WS=49300595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	49339098	rs8110220	T	C	5180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GCCCCGCTGTTCACTGAGAAT;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=170;TCR=163;TR=221;WE=49339106;WS=49339088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,235:0.67:351
chr19	49340858	rs10407029	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=403;ReadPosRankSum=0.180;SC=GCGCTAGGACCCCGGATTCCC;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=24;WE=49340866;WS=49340848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr19	49342269	rs3745705	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5067;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=478;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCAAGGGAATTTGAGGAACTA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=20;WE=49342277;WS=49342268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr19	49364625	rs518822	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=0.955;SC=CAGTTCCCATCGCCTGGTGCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=49364633;WS=49364615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	49368843	rs506425	T	C	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=97;PP=2586;ReadPosRankSum=0.451;SC=AAGGCGTGGATCTTGTTTACT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=91;TCR=149;TR=156;WE=49368851;WS=49368833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,166:0.66:252
chr19	49375676	rs638050	T	C	5996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.548;SC=ATTGTGTTCGTTGCTCTTATC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=421;TCF=225;TCR=196;TR=259;WE=49375684;WS=49375666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,273:0.62:440
chr19	49376582	rs564196	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1490;ReadPosRankSum=0.138;SC=CTCCTCAGCCGCGCCTGGAGC;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=103;WE=49376590;WS=49376572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,111:0.64:174
chr19	49377086	rs611251	T	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GAAGAAGCTGTAAAGAAAGAA;SOR=0.420;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=82;WE=49377094;WS=49377076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr19	49377242	rs557806	G	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GTGTCCCCCCGATCTTCAGGC;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=116;WE=49377250;WS=49377231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,120:0.58:206
chr19	49377319	rs610308	A	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1739;ReadPosRankSum=0.634;SC=AAAGGCACACAAAGAAACTGG;SOR=0.494;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=178;TCF=89;TCR=89;TR=115;WE=49377327;WS=49377309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,120:0.65:186
chr19	49377436	rs556052	G	C	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1692;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TGAGGTCAAGGCTTTGGGGGC;SOR=0.533;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=104;WE=49377444;WS=49377426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,107:0.73:146
chr19	49378994	rs500079	A	G	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2473;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ACGCCGCATCACCCAGGCCCA;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=134;TCR=84;TR=153;WE=49379002;WS=49378984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,156:0.71:219
chr19	49379167	rs524	C	T	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=91;PP=2168;ReadPosRankSum=1.952;SC=AAGCTGTGGCCACACCTTCCC;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=86;TCR=131;TR=151;WE=49379175;WS=49379157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,156:0.70:224
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chr19	49379326	rs688644	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GCGAGCAGCGTCTGTATGTGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=49379334;WS=49379316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr19	49401205	rs145391367	CTTAT	C	813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.660;NF=0;NR=16;PP=650;ReadPosRankSum=0.770;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SOR=0.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=16;WE=49401216;WS=49401195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr19	49404393	rs10416967	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=1.617;SC=GGAAAATCTGCATCACGCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=22;WE=49404401;WS=49404383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr19	49409197	rs71903082	TCACTC	T	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.177;NF=0;NR=17;PP=702;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AAGGGTGGCCTCACTCCCGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=17;WE=49409209;WS=49409187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr19	49409221	rs113033245	TGTGCTAGGCAG	T	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=2966;ReadPosRankSum=-2.717;SC=CAGGTGGTTGTGTGCTAGGCA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=49409239;WS=49409211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr19	49416456	rs2387579	G	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1381;ReadPosRankSum=-2.181;SC=ACGTGCCTGTGAGGACCCCAT;SOR=0.762;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=330;TCF=169;TCR=161;TR=110;WE=49416464;WS=49416446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,111:0.32:350
chr19	49416554	rs5828369	CA	C	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=707;ReadPosRankSum=0.172;SC=GCCCTTGAGGCAAAAAAACTC;SOR=0.801;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=98;TCF=8;TCR=90;TR=35;WE=49416562;WS=49416544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,52:0.39:133
chr19	49421829	rs2287834	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=19;PP=1626;SC=CTAGTGGGGTACTAAAGCCTG;SOR=1.939;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=76;WE=49421837;WS=49421819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	49421966	rs2287836	T	C	9662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=164;PP=2965;SC=GATACCTTGCTATCCTCTTCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=188;TCR=165;TR=352;WE=49421974;WS=49421956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr19	49422437	rs12460533	A	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ACTCACCCTTATCTGGCTCCC;SOR=0.466;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=233;TCF=137;TCR=96;TR=67;WE=49422445;WS=49422427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,69:0.28:248
chr19	49422652	rs73063535	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=2.247;SC=CCCGTCCATTCTCCTGGGTCA;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=19;WE=49422660;WS=49422642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr19	49424354	rs12979307	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1230;SC=CCCTCTCCAACATGGGTGGGC;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=49424362;WS=49424344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	49424381	rs12979328	C	A	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=38;PP=1799;SC=TGGACCTGTGCCCCTGATGGC;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=106;WE=49424389;WS=49424371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	49424925	rs11671777	C	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=735;SC=TTATTAAGCCCGACTGTCAAT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=49424933;WS=49424915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49425772	rs1532704	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=657;SC=CCCTGGGGGCTGGTGTCATGT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=49425780;WS=49425762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	49458262	rs4645881	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=17;PP=863;SC=CGAGCCCCCTCGCCGGCCCGT;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=49458270;WS=49458252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	49459104	rs1805419	A	G	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=46;PP=1338;SC=TGGGCCCCTGAGGACCCAGAA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=49459112;WS=49459094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	49464971	rs704243	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=29;PP=680;SC=ATTGGGGGACGTGGGCATTTT;SOR=1.949;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=39;WE=49464979;WS=49464961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	49465094	rs112938655	C	T	148.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5339;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=0.887;SC=CCCCGCTCCCCGGCACGTCAG;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=49465102;WS=49465084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr19	49469087	rs2230267	T	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.394;NF=51;NR=32;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CTTCCGCGAATTGGCCGAGGA;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=139;TCR=81;TR=83;WE=49469095;WS=49469077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,83:0.37:226
chr19	49474027	rs2270938	A	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=1.003;SC=GGTCTCCAGGACTCTGTGGCA;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=15;WE=49474035;WS=49474017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
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chr19	49485758	rs2270937	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGAGGCATCACGGGGCCTCCT;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=7;WE=49485766;WS=49485748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr19	49518575	rs753308	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.921;SC=TATAGTAGGTATCAGTAAATC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=49518583;WS=49518565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr19	49519873	rs6521	G	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-3.989;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.644;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr19	49519997	rs4002462	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQRankSum=-2.294;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	49520315	rs2387589	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.802;NF=14;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=0.861;SC=AGGGGCCCTGTAGTCTTACCT;SOR=0.898;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=20;WE=49520323;WS=49520305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr19	49520372	rs3752210	A	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.683;NF=23;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=0.164;SC=GTATCTGGCTATATACCTCGG;SOR=0.707;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=46;WE=49520380;WS=49520362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr19	49520502	rs1960072	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTCAGCAGAGCGCCCCAGCCC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=49520510;WS=49520492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr19	49522106	rs8108340	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.437;NF=7;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=0.770;SC=GCAGGAGGCGGTGCCGAGCGA;SOR=0.136;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=49522114;WS=49522096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	49522173	.	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=0.980;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr19	49528937	rs4802537	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-6.849;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,39:0.23:170
chr19	49529379	rs7255292	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=648;SC=TCAGAGCACATGGAGACAGGG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=49529387;WS=49529369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	49535491	rs10413257	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=265;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GTGTGAGCTGTGGAAGGAGGC;SOR=0.927;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=20;WE=49535499;WS=49535481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr19	49540093	rs10853805	A	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.526;NF=10;NR=31;PP=508;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GAACCTGGCCAGAGTCAGCGG;SOR=0.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=26;TCR=88;TR=41;WE=49540101;WS=49540083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr19	49558833	rs12461505	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TAGCGCCAAGGATGAGGCGGA;SOR=0.052;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=6;WE=49558841;WS=49558823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	49605530	rs10419811	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1076;SC=CCCTCCTCCCACCCCAGTCGC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=49605538;WS=49605520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	49621964	rs2232003	T	C	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=98;PP=2965;SC=AGGACAACGCTGCCTACCCTT;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=133;TCR=98;TR=231;WE=49621972;WS=49621954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	49632079	rs4802565	C	A	12647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=245;NR=232;PP=2965;SC=GCCTCTTTTCCTTGACCCCAT;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=245;TCR=232;TR=477;WE=49632100;WS=49632069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr19	49632309	rs4802566	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=59;PP=1939;SC=AATGGAAACCTATAGTTGACT;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=49632317;WS=49632299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	49632500	rs4802567	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=15;PP=642;SC=TAGCTGGTTGCGGCTGCATAC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=49632508;WS=49632490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	49632772	rs1559155	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1026;SC=GGGCTGCCCACGGGGCGGAGC;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=49632780;WS=49632762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	49636633	rs2287761	G	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=930;SC=AACAAGGTGCGGGGAGGACTC;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=49636641;WS=49636623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	49638956	rs745124	C	G	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=66;PP=2965;SC=ACCCCTGGCCCTAGGTCTGTC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=170;WE=49638964;WS=49638946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	49645194	.	ATG	A	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.764;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,11:0.11:100
chr19	49646006	rs4545921	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	49649051	rs3764625	T	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=11;PP=1839;SC=TGCCCTATAATAAGAATCATT;SOR=3.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=77;WE=49649059;WS=49649041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	49651790	rs4802576	G	A	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=80;SC=TCCTGAGGGGGTCAACAGTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=49651798;WS=49651780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr19	49652130	rs116573491	G	A	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=1059;SC=CCATAACCGTGGGGGTGGAGC;SOR=1.107;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=49;WE=49652138;WS=49652118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	49655174	rs1423520	A	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=958;SC=CCACCAGCCTACCGGGCCAGG;SOR=2.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=49655182;WS=49655164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49657710	.	A	ACAT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.501;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr19	49661582	rs3760664	T	C	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=115;PP=2965;SC=CCGCGGATGGTCACGCCCCAG;SOR=1.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=51;TCR=115;TR=166;WE=49661590;WS=49661572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	49685708	rs201110201	CCCAT	C	1513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.252;NF=17;NR=5;PP=995;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CATCCATCCACCCATCCATCC;SOR=1.863;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=22;WE=49685719;WS=49685698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr19	49713868	rs76193804	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=240;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ACCAGGGGCTGGGTCTGGGAT;SOR=0.253;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=20;WE=49713876;WS=49713858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr19	49794028	rs45549132	G	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=40;PP=1043;SC=AAGGAACCTGGAGAAGGGCCA;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=49794036;WS=49794018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	49812403	rs2278405	G	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=42;PP=1284;SC=GCATAAGGGGGTTGTAAAAGA;SOR=1.116;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=77;WE=49812411;WS=49812393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	49838891	rs354020	C	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GGCTACCCAGCCGGGGCCCAG;SOR=0.526;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=301;TCF=168;TCR=133;TR=91;WE=49838899;WS=49838881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,96:0.31:312
chr19	49839015	rs354021	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,85:0.31:271
chr19	49841054	rs354026	G	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=380;ReadPosRankSum=0.256;SC=AGTACACAGAGCTAGCCATTC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=24;WE=49841062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr19	49841090	.	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.507;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=548;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CTGGCCCAGAGATGCACAGGG;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=87;TCR=31;TR=37;WE=49841098;WS=49841080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr19	49842824	rs164820	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=1.512;SC=ACCGGAGGGTGGGGGCGGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=49842832;WS=49842814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	49846398	rs30003	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=361;ReadPosRankSum=-0.297;SC=ACTCCCTCCATGCATACTCCC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=24;WE=49846406;WS=49846388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr19	49851941	rs254661	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=802;ReadPosRankSum=0.709;SC=CTCAGCGACTGTACCAAAATT;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=58;WE=49851949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr19	49862806	rs370879505	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AACAGAACTTCCCCACAGCAT;SOR=0.683;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=40;WE=49862814;WS=49862795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr19	49863041	rs3745306	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=416;ReadPosRankSum=0.487;SC=GCTCCATAAACCTTGGTTACT;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=25;WE=49863049;WS=49863031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr19	49867913	rs919364	G	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=42;PP=2008;SC=GATCCCCTCCGCTGCAGCTCC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=102;WE=49867921;WS=49867903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	49868959	rs2303758	G	T	3435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.625;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=66;PP=2312;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CCTCCATCCCGCCATCCCTCG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=135;WE=49868967;WS=49868949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,144:0.71:204
chr19	49869051	rs2303759	T	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=747;ReadPosRankSum=-1.565;SC=TCCTCACAGATGACCGACAAC;SOR=0.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=56;WE=49869059;WS=49869041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr19	49878115	rs1054770	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=834;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CCTGGAGGGCGGCCACTGGCT;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=62;WE=49878123;WS=49878105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr19	49878196	rs2288481	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,94:0.31:308
chr19	49894027	rs61018355	T	TC	2923.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=16;PP=1486;SC=AGGACACCATTTCCTGCTTCT;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49894028	rs57104627	T	C	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=16;PP=1072;SC=GGACACCATTTCCTGCTTCTC;SOR=1.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=49;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49894152	rs7256629	C	T	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=50;PP=1867;SC=TGGACCTGCCCGAGGGCCCGG;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=107;WE=49894160;WS=49894142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	49894217	rs7256984	G	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1576;ReadPosRankSum=1.490;SC=CCCCGGGGAGGGTGAGGAGGG;SOR=0.916;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=89;WE=49894225;WS=49894207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr19	49899076	rs10405154	G	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	49900877	rs9304688	A	G	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=76;PP=2539;SC=GTTCCAGGGAAGCCAACATTC;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=140;WE=49900885;WS=49900867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	49901125	rs12977735	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=13;PP=913;SC=GAGTCTCTCTCCTGTTTATCT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=49901133;WS=49901115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	49901318	rs10421748	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=76;PP=2698;SC=GAATGCCAAATTGCAGCGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=140;WE=49901326;WS=49901308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	49901484	rs12980364	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=162;SC=CCCATGCTCGTGTCTGCATCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=49901492;WS=49901474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	49902990	rs9807898	A	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=515;SC=GAGGCCACCTACATAAGAGTG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=49902998;WS=49902980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	49903008	rs8110789	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=391;SC=GTGGACCAGTGCCTCCCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=49903016;WS=49902998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	49916084	rs118123822	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.925;SC=TGTAGAAGGTGGTGAATTCAT;SOR=0.787;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=7;WE=49916092;WS=49916074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr19	49920665	.	C	CCTG	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,32:0.24:132
chr19	49920805	rs17206868	A	G	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1000;ReadPosRankSum=0.197;SC=GTCTAGCTCAATAAATCCCCT;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=68;WE=49920813;WS=49920795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr19	49925667	rs12974629	T	G	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=53;PP=2965;SC=GCGCAGGAACTAGGCGCAGTC;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=124;TCR=53;TR=176;WE=49925675;WS=49925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	49930721	rs4802605	T	C	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=149;PP=2965;SC=GAGTCCAACGTCCCTCCTCCC;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=128;TCR=149;TR=277;WE=49930729;WS=49930711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	49935927	rs5828394	A	AG	1639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=1296;SC=ACAGGTGTACAGGGACACTAG;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=49935935;WS=49935917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	49939719	rs2946848	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=540;ReadPosRankSum=0.132;SC=GGCCTGGACGTCTGGTGGGTG;SOR=0.416;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=27;WE=49939727;WS=49939709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr19	49940131	rs3826718	G	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=49;PP=1193;SC=CCAGGATCCAGGGCAAAACCT;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=79;WE=49940139;WS=49940121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	49944730	rs58045148	CA	C	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=57;PP=2527;SC=TCCCGGGGTCCAGCCCCGGCC;SOR=5.010;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=58;WE=49944738;WS=49944720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	49949589	rs1043263	A	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.021;SC=ACTTTTAGGGAAGCCAGCAGC;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=68;WE=49949597;WS=49949579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr19	49949652	rs7462	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,50:0.25:198
chr19	49950298	rs13394	C	T	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=149;PP=2965;SC=GGGAGGTCAACTTCGGCCAAG;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=101;TCR=149;TR=250;WE=49950306;WS=49950288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	49950356	rs12443	C	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=79;PP=2501;SC=GCTTTTCAGGCCTGAGGAGGA;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=110;WE=49950364;WS=49950346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	49950413	rs2335090	C	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCCTGGCGTGCTGTCCCTTTT;SOR=0.641;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=6;WE=49950421;WS=49950403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr19	49954803	rs2293013	C	T	8571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	49954807	rs2293012	T	G	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	49955016	rs2293011	G	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=41;PP=1168;SC=TCAAATCCGTGGGGAATATGT;SOR=3.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=48;WE=49955024;WS=49955006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	49956460	rs11267495	GTAGCCCCACCCCATTCCCAT	G	1851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.733;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.902;NF=14;NR=10;PP=2954;ReadPosRankSum=2.509;SC=TCTGTATCTTGTAGCCCCACC;SOR=1.307;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=24;WE=49956487;WS=49956450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr19	49956690	rs3760670	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=1088;ReadPosRankSum=1.457;SC=TGAGAGTCTGCCCGGCCGGCG;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=71;WE=49956698;WS=49956680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,73:0.62:118
chr19	49962892	rs62128062	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-2.004;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	49964833	.	T	C	505	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MMLQ=25;MQ=51.66;NF=19;NR=2;PP=505;QD=25.7033910737;SC=GAGGAGGGGCTGGGCCTGGAC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=49964841;WS=49964823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr19	49964833	.	T	TGGGCCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCC	795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.55;QD=79.57;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	49964977	rs1320303	C	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=81;PP=2895;SC=CCTGAATGTCCTCAGTGGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=165;WE=49964992;WS=49964967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	49965131	rs76844851	GG	AC	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=7;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.788;SC=GAACTGGGGGGGGTCCCTAGG;SOR=0.900;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=39;WE=49965140;WS=49965121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr19	49965173	rs7259560	A	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=732;ReadPosRankSum=0.528;SC=GCCTGGCGGGAGAGTGTGCGG;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=44;WE=49965181;WS=49965163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr19	49967680	rs2293009	G	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=75;PP=2156;ReadPosRankSum=-1.608;SC=ACAGGCTCCAGGTGGGCACTG;SOR=0.587;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=151;WE=49967688;WS=49967670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,163:0.67:243
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chr19	49979398	rs17272847	G	A	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2337;ReadPosRankSum=1.181;SC=GTTTTCTCCCGCAGTCTGACT;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=103;TCR=123;TR=163;WE=49979406;WS=49979388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,176:0.72:246
chr19	49990992	rs78663425	G	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,53:0.28:188
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chr19	50093454	rs4429389	A	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=922;SC=CCCCATGCAAAGGTCTAGGGG;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=50093462;WS=50093444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	50140068	rs1368464	C	T	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.750;SC=CCGCCACCAGCAACCCCTGTC;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=296;TCF=135;TCR=161;TR=206;WE=50140076;WS=50140058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,215:0.71:304
chr19	50140092	rs1865077	G	A	4709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCTGCCGGTCGTTAATGGCGA;SOR=0.523;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=264;TCF=110;TCR=154;TR=189;WE=50140100;WS=50140082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,198:0.72:274
chr19	50140209	rs1368463	C	T	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=2139;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GAGGGGCCATCGTGGGGACCA;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=124;WE=50140217;WS=50140199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,130:0.68:190
chr19	50140246	rs1865076	C	A	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=59;PP=2279;ReadPosRankSum=0.126;SC=CCCCAAGAGCCCTCAGCCCCC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=130;TCR=88;TR=148;WE=50140254;WS=50140236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,160:0.70:228
chr19	50154904	rs7251334	A	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1202;SC=CGCCCGGCCTACACCGGCCGC;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=50154912;WS=50154894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	50156896	rs10401743	T	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=71;PP=2398;SC=GCTGCCCACGTTGCCCCCGCC;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=130;WE=50156904;WS=50156886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	50161091	rs61743199	A	G	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1611;ReadPosRankSum=0.415;SC=TACTATCAGAAGAAGGACATC;SOR=0.679;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=112;WE=50161099;WS=50161081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,120:0.66:183
chr19	50161265	rs76387513	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=0.078;SC=TGGGAGGTGAGGAGGGTGACA;SOR=0.197;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=50161273;WS=50161255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	50168174	rs34739574	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr19	50183980	rs1433102	TT	CC	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=1434;SC=TGCTGCGCACTTCCTAGGGTC;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=50183989;WS=50183970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	50189524	rs200080723	G	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CACAGGGCTGGGGGCCGTTCC;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=34;WE=50189532;WS=50189514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr19	50195770	rs10423579	TT	CG	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=516;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCCCTTTTTCTTAGAATTTTG;SOR=0.943;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=14;WE=50195779;WS=50195760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr19	50209095	rs7249356	T	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.400;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr19	50216118	rs56405217	T	TG	5766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=67;PP=2974;SC=TGAGTGGAGCTGGGCGCGCTG;SOR=0.777;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=97;WE=50216126;WS=50216108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	50250872	rs8109529	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=395;SC=CCTTGGCTAAGGGGATGGCTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=50250880;WS=50250862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	50265230	rs1273634	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=702;SC=GACCTCGGTCCTCCCCAGCGG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=50265238;WS=50265220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	50285398	.	A	G	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=59.41;NF=0;NR=11;PP=106;QD=12.7973829588;SC=TCTGCGGGGGAGGGGGCTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=11;WE=50285406;WS=50285388;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr19	50296145	rs2302518	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=1.548;SC=AAACCCCATCTTCCCGACTGC;SOR=0.752;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=50296153;WS=50296135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr19	50322611	.	T	TGATGGCTTGGGTGGTTGGGGTCCCTGTAAGGGGCCGTGCATGAGG	1673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.46;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr19	50322619	.	TG	T	2963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=59.82;NF=0;NR=33;PP=2963;QD=20;SC=AGTGATGGCTTGGGGTGGTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=33;WE=50322665;WS=50322609;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr19	50331678	rs5828413	CT	C	1790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=1634;ReadPosRankSum=1.371;SC=GATGGCAACCCTGGGGGCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=41;WE=50331686;WS=50331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr19	50335510	rs3745480	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=875;ReadPosRankSum=0.487;SC=CTGCCTCATGTCCCCGCCTCA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=50;WE=50335518;WS=50335500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr19	50358170	rs1290657	T	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=36;PP=1645;SC=TCCCACCCCATCCACTCTGAG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=50358178;WS=50358160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	50383591	rs8109661	A	G	7899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=144;PP=2965;SC=TTTGACCCCGACTATGAACCT;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=129;TCR=146;TR=273;WE=50383599;WS=50383581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	50391135	rs200066579	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CCTGAGCTGGGCGCTGCCCAG;SOR=0.082;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=50391143;WS=50391125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	50404939	rs1290754	T	G	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=73;PP=2763;ReadPosRankSum=1.038;SC=CCATGGCCTTTATGGTTAGCC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=141;TCR=101;TR=175;WE=50404947;WS=50404929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,182:0.71:255
chr19	50411742	rs892028	A	G	10858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=192;PP=2965;SC=TGAGCTGTGCATCGATGTTCT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=215;TCR=192;TR=407;WE=50411750;WS=50411732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr19	50412217	rs1062798	C	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.671;SC=GCTGCTGCTGCTGGTGGTGGT;SOR=0.675;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=21;WE=50412225;WS=50412207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr19	50412417	rs999583	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=25;PP=1267;SC=TGGGCCCAGTGCTGGTGATGG;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=50412425;WS=50412407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	50435747	rs283525	T	C	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=99;PP=2965;SC=GGAGCCTCCCTTACCCCCCGG;SOR=1.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=162;WE=50435755;WS=50435737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	50435862	rs283526	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=2.175;SC=GATGCCCCGCCCCTCCCACCA;SOR=0.773;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=21;WE=50435870;WS=50435852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr19	50435921	rs201354210	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=12.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr19	50436371	rs8667	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=350;ReadPosRankSum=0.300;SC=TGTGGCTTCTGGGGGCTGGTC;SOR=0.463;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=27;WE=50436379;WS=50436361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr19	50461831	.	TG	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=15.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-4.760;QD=1.07;ReadPosRankSum=-2.676;SOR=3.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,10:0.11:87
chr19	50462244	rs1811375	G	A	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=166;PP=2965;SC=TGGGCCCCCAGTTTGGCACTG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=116;TCR=166;TR=282;WE=50462252;WS=50462234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	50473221	rs377111720	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=42.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQRankSum=-8.141;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=5.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,19:0.12:152
chr19	50473448	rs144693643	G	C	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.062;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,190:0.29:653
chr19	50475346	.	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-3.858;QD=3.18;ReadPosRankSum=-2.941;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr19	50475364	.	T	TG	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.946;NF=6;NR=2;PP=318;ReadPosRankSum=-2.250;SC=GCACTGTGAGTGGGGAAAGGG;SOR=1.118;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=8;WE=50475372;WS=50475354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr19	50476478	rs58165915	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TAACTGACTCATCACCTCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=23;WE=50476486;WS=50476468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr19	50492860	rs10424282	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=312;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TAAGAAGCATCTCTCTGCGGT;SOR=2.030;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=17;WE=50492868;WS=50492850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr19	50493120	rs283517	T	C	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=2595;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ACAAACATTCTACCAAAGATG;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=76;WE=50493139;WS=50493110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
chr19	50493131	rs2304112	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=2462;ReadPosRankSum=0.516;SC=ACCAAAGATGGCATTTTTCAC;SOR=1.471;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=57;WE=50493139;WS=50493110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr19	50496281	rs113770287	G	GAC	1074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=570;SC=TGCAGACCAGGAGGGAGCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=50496289;WS=50496271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	50504250	rs2115507	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	50549462	rs117757975	G	A	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CACCAGGGGAGTGAAGCCCTT;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=110;WE=50549470;WS=50549452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,122:0.73:167
chr19	50657786	rs66651303	AG	A	7070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=52;PP=2966;SC=TGACCCATCCAGGGGAGTCGC;SOR=2.159;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=147;WE=50657794;WS=50657776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	50662529	rs117949749	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AATTGCTGAGGTGAGTTAAAT;SOR=0.589;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=72;WE=50662537;WS=50662519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
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chr19	50713655	rs8106196	G	C	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1926;ReadPosRankSum=0.908;SC=TGCCCGGGCGGAAGGCGCCCC;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=120;WE=50713669;WS=50713645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,139:0.64:217
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chr19	50728148	rs61389250	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GATTGCTTGAGGCCAGGAGTT;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=50728156;WS=50728138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	50728955	rs12983888	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,45:0.24:186
chr19	50730047	rs71180683	TG	T	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.541;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.397;NF=15;NR=2;PP=827;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AGCAAGGAAGTGGGGGGGCAG;SOR=0.111;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=17;WE=50730068;WS=50730037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr19	50730060	rs117118885	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.327;NF=37;NR=5;PP=1878;ReadPosRankSum=0.066;SC=GGGGGCAGCCGCAGCTCTGGG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=42;WE=50730068;WS=50730037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr19	50734004	rs117528736	A	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CCGACTTCGCATGAGGCTCCC;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=27;WE=50734012;WS=50733994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr19	50735024	rs34062561	C	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=1;PP=1262;SC=AGGTGCTAAACGCCCACTCCA;SOR=5.464;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=50735032;WS=50735014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	50750419	rs607227	C	T	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=88;PP=2297;ReadPosRankSum=0.558;SC=GAAAGAGCCGCGCACCCCGGC;SOR=0.983;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=91;TCR=128;TR=147;WE=50750427;WS=50750409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,149:0.67:222
chr19	50752897	rs73061136	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=425;ReadPosRankSum=2.267;SC=CGTGTCCTGCGTCCCTGCAGC;SOR=0.137;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=25;WE=50752905;WS=50752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr19	50753603	rs145569923	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CGTGATCTACCCGCCTCGGCC;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=50753611;WS=50753595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	50753731	rs73061141	G	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=761;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TGTCCAATATGTGGGGATCTG;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=42;WE=50753739;WS=50753721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr19	50753870	rs61731838	C	T	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2101;ReadPosRankSum=-0.965;SC=AGGAGCAGGGCGGCCACCCCA;SOR=0.494;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=139;WE=50753878;WS=50753860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,146:0.67:217
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chr19	50756075	rs73061170	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=1.284;SC=AATCCACAGCGTGAGCACCTT;SOR=2.617;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=19;WE=50756083;WS=50756065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	50758612	rs117835612	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=0.155;SC=GAGGCTTGCTGGAGGAGGAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=50758620;WS=50758602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	50760716	rs378811	C	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,98:0.27:365
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chr19	50762558	rs143135579	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CGGCGGAGGGGCTGGGTGGGA;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=31;WE=50762566;WS=50762548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr19	50764005	rs149039486	C	CGTGT	3668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.852;NF=5;NR=78;PP=2984;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGCGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.186;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=7;TCR=130;TR=83;WE=50764014;WS=50763995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,98:0.68:145
chr19	50764079	rs140241247	A	AGT	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=782;ReadPosRankSum=2.443;SC=TGTGTGTGCAAGTGTGTGTGC;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=22;WE=50764087;WS=50764069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	50766707	rs1529492	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=393;ReadPosRankSum=0.273;SC=GTGGCCCCAGTAGGGAGAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=26;WE=50766715;WS=50766697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
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chr19	50771635	rs930086	T	C	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=709;ReadPosRankSum=0.421;SC=GTCTGGCCCCTTGCATGCCCA;SOR=0.852;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=54;WE=50771643;WS=50771625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
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chr19	50775742	rs1651543	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr19	50780082	rs11669191	C	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1044;ReadPosRankSum=0.890;SC=ATCCACGAGGCGGCAGTGCAG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=71;WE=50780090;WS=50780072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,75:0.68:111
chr19	50780186	rs7259185	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=0.444;SC=GACAGGGCAGGGGGGCCACGG;SOR=0.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=50780194;WS=50780176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr19	50783168	rs149242097	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=485;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TGTGGATCTGCCAGACTGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=22;WE=50783176;WS=50783158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr19	50796352	rs651044	C	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=610;ReadPosRankSum=0.529;SC=CTGTAGGTTGCAGCTCATTCC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=159;TCF=103;TCR=56;TR=51;WE=50796360;WS=50796342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,52:0.33:156
chr19	50796905	rs3745509	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr19	50796960	rs3745510	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr19	50805138	rs3826772	C	T	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=57;PP=1753;SC=TAGGTGAGAGCGGAGGCCACA;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=50805146;WS=50805128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	50812221	rs889002	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=365;SC=GAGTGATGACAGTACCTGGAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=50812229;WS=50812211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	50813263	rs627491	T	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1064;SC=AGGGAGGCAATGACTGGAGCT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=50813271;WS=50813253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	50819119	rs138988257	G	GGCT	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CAAAGCCTGGGGCTGCCTGCA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=50819127;WS=50819109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	50832152	rs375912738	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	50837859	rs56849250	C	CA	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=31.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	50863023	rs638294	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.574;NF=41;NR=27;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GCCAGTAGGCAGGGACCGTGA;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=68;WE=50863031;WS=50863013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr19	50865535	rs676314	A	G	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=71;PP=2212;ReadPosRankSum=0.435;SC=TAGGTTCAGGATCCTGCGTCC;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=139;WE=50865543;WS=50865525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,148:0.64:233
chr19	50868754	rs1274517	A	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=861;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AAGAGGCAGAAAATCCCTCCT;SOR=0.809;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=51;WE=50868762;WS=50868744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr19	50880741	rs2695121	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=914;ReadPosRankSum=0.637;SC=AGTAGGGTCTTTGGAGAGATG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=41;WE=50880749;WS=50880731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr19	50881326	rs28514894	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GCTCTTTGCCTGGGGATCTCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=16;WE=50881334;WS=50881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr19	50881820	rs55652650	A	AAAC	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.510;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,61:0.27:226
chr19	50881822	rs34296657	A	ACAG	3521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.218;NF=26;NR=76;PP=2369;ReadPosRankSum=0.670;SC=AGATTCGGAAACAGCAGCAGG;SOR=0.771;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=132;TCF=30;TCR=102;TR=102;WE=50881830;WS=50881810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,146:0.70:210
chr19	50882169	rs2248949	A	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.85;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr19	50882172	rs41432149	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.21;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr19	50882918	rs2303045	G	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr19	50909389	rs1673041	T	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=20;PP=2290;SC=TCTTCAGGCTTATGTGACGGG;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=93;WE=50909397;WS=50909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	50911947	.	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
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chr19	50922370	rs2244095	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	50940594	rs2293455	G	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=765;ReadPosRankSum=1.171;SC=GCCCAGGCCTGAGCAAGGTTG;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=50940602;WS=50940584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr19	50940938	rs35209148	G	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1178;ReadPosRankSum=0.145;SC=GTCGGATACTGCAGGTGAGCT;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=66;WE=50940946;WS=50940928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr19	50945512	rs35951152	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=2016;ReadPosRankSum=-1.723;SC=AGAGATCAGCGACCCAGACCT;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=120;WE=50945520;WS=50945502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,126:0.58:218
chr19	50951689	rs2445835	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=612;ReadPosRankSum=1.256;SC=TAGGGTGTGCATAGCAGTTAG;SOR=1.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=30;WE=50951697;WS=50951679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr19	50957412	rs35215508	G	A	4944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.489;SC=CGAGGACGTGGCTTCCATCTT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=157;TCR=167;TR=208;WE=50957420;WS=50957402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,221:0.65:338
chr19	50958995	rs12980584	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GGGACAGAGATGGGTGCAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=50959003;WS=50958985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
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chr19	50965272	rs25668	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=758;ReadPosRankSum=2.231;SC=CCCTCAACTGTGCTGTCAGAG;SOR=0.988;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=64;WE=50965280;WS=50965262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
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chr19	50982086	rs921938	C	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AATGGGGGCCCAGATGGGGAG;SOR=1.852;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=18;WE=50982094;WS=50982076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr19	50983930	rs10409679	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1051;ReadPosRankSum=0.362;SC=TGACGCACCCCGGGGGCTGCC;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=84;WE=50983938;WS=50983920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,92:0.59:157
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chr19	51015574	rs12976250	G	C	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AGTCAGTCTGGAGAGCCTGGA;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=316;TCF=162;TCR=154;TR=195;WE=51015582;WS=51015564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,196:0.62:318
chr19	51015869	rs2305761	G	A	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1482;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AGGGGGAGTGGGGTCTTTGCA;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=90;WE=51015877;WS=51015859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,92:0.58:158
chr19	51017835	rs889131	G	A	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=89;PP=2217;ReadPosRankSum=0.587;SC=CCCAGCTCGCGTCAGCCCAGG;SOR=0.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=74;TCR=141;TR=132;WE=51017843;WS=51017825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,136:0.63:217
chr19	51020903	rs61751956	A	G	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1946;ReadPosRankSum=0.928;SC=AGTTGAGGCCAGGCGGGCCTT;SOR=0.520;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=129;WE=51020911;WS=51020893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,129:0.71:182
chr19	51021057	rs61751957	A	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=970;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CCCACTGGCCACGGCGGCCGC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=56;WE=51021065;WS=51021047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr19	51052189	rs11880112	T	C	212.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATGTGGCCTGGGTGCTTGC;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=51052197;WS=51052179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr19	51125896	.	C	T	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=43.08;NF=3;NR=4;PP=95;QD=18.5387446496;SC=CTCCCTCAGACGCAGGCATCT;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=51125904;WS=51125886;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	51128661	rs16986142	T	C	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1617;ReadPosRankSum=1.503;SC=AGTCGTAGTCTACCACGGCGA;SOR=0.571;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=106;WE=51128669;WS=51128651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,115:0.65:178
chr19	51128856	rs10426057	A	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=838;ReadPosRankSum=-1.437;SC=ACAGAGACTCACTCCCTCAGA;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=48;WE=51128864;WS=51128846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr19	51132905	.	G	A	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=28;MQ=49.55;NF=7;NR=0;PP=94;QD=18.3958875067;SC=CCTCAGACCCGGGAGTCCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=51132913;WS=51132899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr19	51132979	.	G	A	430	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=15;MQ=58.59;NF=21;NR=6;PP=430;QD=17.2137486129;SC=CCTCAGACCCGGGAGTCCAGA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=27;WE=51132998;WS=51132969;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,27:0.64:42
chr19	51133356	rs10407511	C	G	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1377;ReadPosRankSum=0.831;SC=GGGCAGGTGGCCGCTCCTCAC;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=88;WE=51133364;WS=51133346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,91:0.63:144
chr19	51159571	rs4801844	T	G	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=107;PP=2965;SC=ACCACCAGCTTCCCAGCCCCT;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=80;TCR=107;TR=187;WE=51159579;WS=51159561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	51161088	rs10404821	C	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=371;SC=CTCCTTTGACCATAGCGACAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=51161096;WS=51161078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	51161197	rs116088642	A	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr19	51170706	rs3745521	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=938;SC=TCCGCTCGTCACAGGGGCCCG;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=51170720;WS=51170696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	51200145	rs80022716	G	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=712;ReadPosRankSum=0.999;SC=AGTATATACAGAGCAGGGCAG;SOR=0.066;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=38;WE=51200153;WS=51200135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr19	51200290	rs34959666	G	GC	5791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=81;PP=2975;SC=ACGTTCACACGCCCCCCAGGC;SOR=0.915;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=131;TCF=33;TCR=98;TR=111;WE=51200298;WS=51200280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	51217550	rs3745530	G	A	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=AACCCCGTCTGAGCCATGGGC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=209;WE=51217558;WS=51217540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	51219468	.	TG	T	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.177;NF=26;NR=13;PP=1057;ReadPosRankSum=0.588;SC=AAAAAGTGGGTGGGGGGCAGA;SOR=1.105;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=39;WE=51219476;WS=51219458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr19	51228634	rs11084024	G	A	8577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCACGCTCGAGAACTGCGTGG;SOR=0.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=158;TCR=131;TR=289;WE=51228642;WS=51228624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
chr19	51228802	rs1053020	T	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=70;PP=2029;SC=CTCCGGAATCTCCCTTCCCTT;SOR=1.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=105;WE=51228810;WS=51228792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	51261635	rs73046514	G	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=413;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TAAATCATCAGTGGGGTCTCG;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=20;WE=51261643;WS=51261625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr19	51261892	rs73046518	G	A	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.074;NF=78;NR=75;PP=2287;ReadPosRankSum=-2.344;SC=GGCCCTTGCCGATTTCATGCT;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=153;WE=51261900;WS=51261882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,167:0.63:264
chr19	51261951	rs11880363	G	T	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=2.485;SC=CCAGGCAGTGGCTCCTTGGAG;SOR=1.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=83;TCR=113;TR=194;WE=51261959;WS=51261941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr19	51262056	rs11883166	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=665;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GTTGCATCTCTGTCCTCTACC;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=39;WE=51262064;WS=51262046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr19	51262620	rs10424138	A	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=55;PP=1973;SC=CCAGTCTTTGACTTCTGCCCT;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=51262628;WS=51262610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	51293955	rs2162784	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=352;ReadPosRankSum=0.261;SC=AGCTGACCACGGTGAGAAGCG;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=31;WE=51293963;WS=51293945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr19	51294003	rs1978605	T	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=8.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	51294773	rs10412900	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr19	51296851	rs266124	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCCATGGGGGGACTCAGAAGA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=51296859;WS=51296850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	51297835	rs143398878	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,74:0.35:212
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chr19	51302473	rs3833237	T	TAAG	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
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chr19	51321919	rs3212841	C	CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.080;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
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chr19	51331205	.	G	T	400	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=14;PP=400;QD=24.1539562526;SC=CCCTGTTTTTGTTTGTTGTTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=51331213;WS=51331194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr19	51331205	rs372866981	G	GT	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	51358333	rs266881	C	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=69;PP=2226;SC=CTTTCCCCCCCAACCCAGCAC;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=19;TCR=69;TR=88;WE=51358341;WS=51358316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	51359566	rs7252245	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=0.307;SC=AACCCTGGCAGGTGCTTGTGG;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=25;WE=51359574;WS=51359556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr19	51361644	rs1810020	A	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=49;PP=2760;SC=CAGGACTCCTAGGTCTGAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=131;WE=51361652;WS=51361634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	51363026	rs2659122	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GTCCCTTCCCCACCGGCCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=51363034;WS=51363016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr19	51363398	rs1058205	C	T	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.253;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=1928;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CCCTATCAACCCCCTATTGTA;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=120;WE=51363406;WS=51363388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,126:0.64:197
chr19	51363448	rs1058274	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1069;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CCAAGACTCAAGCCTCCCCAG;SOR=1.192;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=62;WE=51363456;WS=51363438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr19	51379893	rs198972	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,67:0.25:268
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chr19	51380445	rs8105275	G	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=366;ReadPosRankSum=1.134;SC=CAACACAAGAGGTGATTCTCA;SOR=0.191;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=23;WE=51380453;WS=51380435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
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chr19	51413802	rs198969	G	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=2;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.205;SC=ACAGCCATGGGGGACGGATAA;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=59;TCR=4;TR=41;WE=51413810;WS=51413780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
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chr19	51447065	rs1701949	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=455;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AAGGGGGGCATGAGAGAGGCA;SOR=1.315;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=28;WE=51447073;WS=51447055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
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chr19	51480671	rs59354651	AGGTT	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.063;NF=5;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.286;SC=ACAGGGCATGAGGTTGGTTTA;SOR=0.665;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=7;WE=51480682;WS=51480661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr19	51482969	rs1701924	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=695;SC=CCCAGTCACTCGGGTCAAGCT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=51482977;WS=51482959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	51484984	rs1991820	C	T	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr19	51485013	rs1991818	C	T	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=23;PP=1111;SC=GAGACTTGGGCGGCACCTACT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=51485021;WS=51485003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	51485194	rs1654523	C	T	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=56;PP=1957;SC=TGGAGGAGCACGTGGGTAGCT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=51485202;WS=51485184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	51485622	rs2659067	A	G	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=70;PP=2503;SC=GATAGCAGTAAGATCTGCAGG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=51485630;WS=51485612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	51487067	rs1275221	T	C	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=69;PP=2846;SC=AGCATCACCCTCTCCCCTACA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=160;WE=51487075;WS=51487057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	51487175	rs1624358	T	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=50;PP=1591;SC=AAAATCTTCATCCCTCTGCTG;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=77;WE=51487183;WS=51487165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	51499195	rs1612902	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=532;SC=CCCCACCTAGTCTGCCAGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=51499203;WS=51499185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	51503524	rs1701946	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=44;PP=1425;SC=CCTGTAATGGTGGGGATAGTT;SOR=1.468;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=77;WE=51503532;WS=51503514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	51504075	rs1701947	A	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=614;SC=ACAGGCCCCGAGTACTCCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=51504083;WS=51504065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	51507020	rs2075802	T	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=32;PP=2194;SC=CCGAGATGTGTCCAGGGTATG;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=104;WE=51507028;WS=51507010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	51518222	rs2075696	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=23;PP=660;SC=GGGGTGGCAGGAAGGAGAGAT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=51518230;WS=51518212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	51519114	rs2075691	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=489;SC=CCTGAGGTTCCGGCCTCAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=51519122;WS=51519104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	51519236	rs2075690	A	G	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=42;PP=1900;SC=GCGGGGCCCCAGCACTACGGG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=51519244;WS=51519226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	51519259	rs2075689	C	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=50;PP=2076;SC=TGGCCAGCTTCAGCAACATGA;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=128;WE=51519267;WS=51519249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	51519346	rs1061368	G	C	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	51519364	rs2075688	T	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=63;PP=2111;SC=GGAGCTGCTCTCCCTGAAGAA;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=125;WE=51519372;WS=51519354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	51519451	rs2075687	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=34;PP=1066;SC=AAACCCTTCATAGGGACTGGG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=51519459;WS=51519441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	51519480	rs12981039	C	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=735;SC=TGGGCAGTGACGCAGGGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=51519488;WS=51519470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	51520487	rs3745535	A	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=26;PP=1178;SC=GCGCACGGGGAGCCATAGGCT;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=51520495;WS=51520477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	51522286	rs2304156	C	T	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	51522291	rs2304157	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	51525703	rs1048344	T	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=932;SC=AGAATGTTCGTAGAGGGTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=51525711;WS=51525693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	51530693	rs1474520	G	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=19;PP=1879;SC=CAGGCAGCCCGAGTCCAGCTG;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=88;WE=51530701;WS=51530683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	51530741	rs61752567	C	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=781;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TGCCCGATGACTTCCAGTCCC;SOR=0.969;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=60;WE=51530749;WS=51530731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,66:0.33:200
chr19	51534274	rs187058637	C	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=0.219;SC=TGTCAATACCCCTGCCCCTCA;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=25;WE=51534282;WS=51534264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
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chr19	51535460	rs10635364	T	TCC	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
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chr19	51583003	rs6509518	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GGTCTGAGCCAGAGACTCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=16;WE=51583011;WS=51582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
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chr19	51584951	rs35287116	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,45:0.30:152
chr19	51585112	rs62114143	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTGAGACATGCCCAATATTGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=51585120;WS=51585102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr19	51602298	rs12983578	C	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1138;ReadPosRankSum=1.428;SC=GCGCCCCCCTCGCCGGGAGAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=75;WE=51602306;WS=51602288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,80:0.64:125
chr19	51628529	rs2075803	A	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;ReadPosRankSum=0.837;SC=CCCACATACCAAGAATTGCAC;SOR=0.688;Source=Platypus;TCF=105;WE=51628537;WS=51628519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,86:0.33:258
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chr19	51631165	rs867188	C	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGACCCAATTCTCTATGATAT;SOR=0.866;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=30;WE=51631173;WS=51631155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr19	51656218	rs273661	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTATACAGAGGAATATATCCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=51656226;WS=51656208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	51656454	rs273662	A	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=731;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ACCTATCAGGACAAGAAGCCA;SOR=0.574;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=49;WE=51656462;WS=51656444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr19	51671842	rs118164713	C	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AATGAGAAATCCTCTCTTGCT;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=61;WE=51671850;WS=51671832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,66:0.31:214
chr19	51714781	rs62623429	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.526;NF=45;NR=32;PP=1132;ReadPosRankSum=0.294;SC=ATACTTCTTTCGGATGGAGAG;SOR=0.703;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=77;WE=51714789;WS=51714771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr19	51728641	rs2455069	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=965;ReadPosRankSum=0.597;SC=CATTATATCCAGGGACTCTCC;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=58;WE=51728649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr19	51815243	rs4802779	G	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=11;PP=373;SC=GGGTAATCGGGGGATCAGGGG;SOR=0.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=28;WE=51815251;WS=51815233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	51825238	rs34297802	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CAAGGACGTGCGTGTGCACAT;SOR=1.066;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=25;WE=51825246;WS=51825228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr19	51828848	rs12979633	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=879;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CTCCCACTCTGCTTCCAGTTA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=57;WE=51828856;WS=51828838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr19	51831759	rs201453907	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=86.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=2.362;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
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chr19	51837171	rs7255306	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CCAAGGTAGAAGGATGCTTCT;SOR=0.606;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=20;WE=51837179;WS=51837161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
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chr19	51844978	rs8105710	G	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1812;ReadPosRankSum=1.302;SC=CAGAGAAGGGGGAAACCGGGC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=110;WE=51844986;WS=51844968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,111:0.62:179
chr19	51845371	rs10414211	T	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1064;ReadPosRankSum=1.154;SC=AGCCTGTGGGTTGTCCATGGT;SOR=0.350;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=73;WE=51845379;WS=51845361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,77:0.78:99
chr19	51850290	rs1130426	G	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=65;PP=2297;SC=CCCCTCCAGCGTCACCTGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=136;WE=51850298;WS=51850280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	51850402	rs8112687	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-2.364;SC=AGTACACGCATGGACTAGTGA;SOR=0.497;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=14;WE=51850410;WS=51850392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr19	51853468	rs4802789	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=260;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGAGGCAATCCGAGGGAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=51853476;WS=51853467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr19	51856619	rs2004309	T	C	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.966;NF=6;NR=29;PP=1881;ReadPosRankSum=-1.044;SC=AGCCCCTCCTTCCTCAGACCC;SOR=1.207;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=35;WE=51856649;WS=51856609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr19	51856631	rs3889312	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-0.956;QD=27.99;ReadPosRankSum=-2.622;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
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chr19	51917923	.	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=774;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CACCCCGGCCCAGGTGTTAGG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=38;WE=51917931;WS=51917913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr19	51919231	rs112584540	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-2.458;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr19	51919237	rs199590261	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-2.109;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr19	51919243	rs199660336	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-1.691;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	51919244	rs200798488	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-1.691;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.269;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	51919434	rs375392809	GA	G	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.101;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr19	51919507	rs62114257	T	C	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=97;PP=2965;SC=CCTCATCCCCTGAAGCCTTTT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=125;TCR=98;TR=221;WE=51919515;WS=51919497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	51919949	rs9304711	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.338;NF=27;NR=3;PP=590;ReadPosRankSum=-2.272;SC=GGTCCTCTGTGCGCTCACACC;SOR=1.775;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=30;WE=51919957;WS=51919939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr19	51920613	rs1010425	C	T	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=106;PP=2965;SC=CTGTCCAGTCCTGTCGGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=116;TCR=107;TR=222;WE=51920621;WS=51920603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	51955632	rs28379613	A	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=452;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TTCTATGAGAATCAGCCTCTG;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=35;WE=51955640;WS=51955622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr19	51957556	rs3829659	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-0.563;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	51960940	rs10409962	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=676;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGGTTCCTGGAGTGGCCAGAC;SOR=0.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=56;WE=51960948;WS=51960930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,56:0.29:194
chr19	51961102	rs79185955	CA	C	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.970;NF=12;NR=7;PP=619;ReadPosRankSum=-0.750;SC=ATTTCAATCCCAACCCCCTCC;SOR=0.783;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=19;WE=51961110;WS=51961092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
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chr19	51984005	rs7251664	T	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.164;SC=GAGAAGGACATTATACAGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=51984013;WS=51983995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	51984656	rs62115071	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=529;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GAGTTGGGAAGCAATCTGGGC;SOR=1.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=26;WE=51984664;WS=51984646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
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chr19	51988280	rs10414941	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=549;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TCCATCTCAGGATCCATGGTG;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=41;WE=51988288;WS=51988270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr19	51988326	rs10416318	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=424;ReadPosRankSum=0.666;SC=TGGGTGGCGTTTACATCTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=24;WE=51988334;WS=51988316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr19	51994813	rs16982733	G	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=1.774;SC=ATGGAGGGCTGTTAATTCTAA;SOR=1.148;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=51994821;WS=51994803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	51994851	rs16982735	C	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=484;ReadPosRankSum=-1.671;SC=TTCTTTGCTGCAGGGGTCGTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=26;WE=51994859;WS=51994841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr19	51995046	rs57043266	G	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=763;ReadPosRankSum=0.891;SC=AGCATGGTGTGGGGGGCTGTC;SOR=1.225;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=50;WE=51995054;WS=51995036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr19	52000624	rs3752135	T	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=716;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GATGCAGAAGTACAGGAAGAC;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=36;WE=52000632;WS=52000614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr19	52000904	rs2864097	T	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTTGATTAGTTTTCACCATGG;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=52000912;WS=52000894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	52001143	rs189184640	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=8;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CCCTCTCCCCACCCCGCACTC;SOR=2.368;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=52001151;WS=52001133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	52002291	rs73051351	A	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CAGGTGGCCAAAAGGCTGAGG;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=52002299;WS=52002281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	52002317	rs4801871	G	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GGAGGGGGGGGCCGGGGCTCA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=18;WE=52002325;WS=52002307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr19	52002488	rs968491	C	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.01;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
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chr19	52003331	rs6509544	G	C	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=2043;ReadPosRankSum=1.924;SC=GGAATCGACCGTGGGTATCCT;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=112;WE=52003339;WS=52003321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,116:0.59:197
chr19	52004551	rs3810109	C	T	3724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.936;NF=83;NR=73;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TCTTGGAGCCCGTGCCTTACC;SOR=0.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=156;WE=52004559;WS=52004541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,165:0.66:249
chr19	52004791	rs66949844	G	GC	5979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.742;NF=36;NR=73;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ATGGTCCCCTGCCCGGAACCA;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=206;TCF=66;TCR=140;TR=109;WE=52004799;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,207:0.65:319
chr19	52004903	rs16982743	G	A	5308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.183;NF=98;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.816;SC=ACGGACTTCTGCATTGTCAGC;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=333;TCF=149;TCR=184;TR=227;WE=52004911;WS=52004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,243:0.68:355
chr19	52034506	rs60467951	C	T	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=33;PP=1655;ReadPosRankSum=0.038;SC=GTCCCTCCTCCGGGCATCTCT;SOR=1.352;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=99;WE=52034514;WS=52034496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,106:0.61:175
chr19	52076481	rs2305371	C	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=0.320;SC=GACTCTCCGCCGTGTCCCTGG;SOR=1.201;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=17;WE=52076489;WS=52076471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr19	52076681	rs374970332	T	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=581;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CTGGGGATAGTTCTCCAGAAC;SOR=0.513;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=50;WE=52076689;WS=52076671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
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chr19	52085291	rs1543923	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=534;SC=GCTATAAATGTTAAATGTCCT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=52085299;WS=52085281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	52101918	rs1868947	T	C	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GTGCAGCACATGGTGCTTGTG;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=79;WE=52101926;WS=52101908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,84:0.66:128
chr19	52102232	rs58593232	TGA	T	2116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.359;SC=ATCATCTTAGTGAGAGATGAA;SOR=0.143;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=38;WE=52102241;WS=52102222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr19	52104489	rs8113451	C	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=839;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ACATGGTGGACACCGTGCTCA;SOR=0.496;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=53;WE=52104497;WS=52104479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr19	52104560	rs3752127	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=981;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GCTAGGGGGGTGCCCTTCCGC;SOR=0.995;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=77;WE=52104568;WS=52104550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,81:0.61:133
chr19	52104713	rs3752126	G	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.323;NF=21;NR=27;PP=618;ReadPosRankSum=1.670;SC=TGCTGGACCTGGTGCACTCGG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=48;WE=52104721;WS=52104703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr19	52148980	rs11424909	C	CA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;MQRankSum=-0.423;QD=16.69;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	52148981	.	C	A	395	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=17;MQ=47.15;NF=16;NR=11;PP=395;QD=15.9174523166;SC=ACACACACACCCCCCTCACTC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=27;WE=52148989;WS=52148971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr19	52148981	rs2100297	C	CA	763.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.11;QD=34.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr19	52196453	rs12976445	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=0.563;SC=TCTCTGTGCCTATCTCCATCT;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=46;WE=52196461;WS=52196443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,48:0.36:133
chr19	52196812	rs11881781	G	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=499;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GTGCCGTCCCGTCTGCCCTGC;SOR=0.283;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=40;WE=52196820;WS=52196802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr19	52208277	rs11382950	G	GC	2502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=17;PP=1708;SC=TGGTGTCCAGGCTCCGGGACC;SOR=1.508;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=41;WE=52208285;WS=52208267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	52208492	rs34764077	G	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GTAGGAGGAGGTGCAGCAAGC;SOR=1.302;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=26;WE=52208500;WS=52208482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr19	52217405	rs75977318	G	A	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=853;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CCTGGGGCCTGGGCAGGATTC;SOR=0.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=49;WE=52217413;WS=52217395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr19	52222552	rs11084112	G	A	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=96;PP=2965;SC=ACACGCACCTGCGAGTCCTCA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=122;TCR=97;TR=218;WE=52222560;WS=52222542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	52223121	rs7248778	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=28;PP=1052;SC=GAGCAGCGGCAGGCTGCAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=52223129;WS=52223111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	52223251	rs59168688	T	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	52223266	rs57088533	T	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.80;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	52227137	rs58597876	T	TACAC	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=1;NR=4;PP=315;SC=CATGGCTGTATACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=52227145;WS=52227127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	52249211	rs867228	T	G	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,109:0.71:154
chr19	52249672	rs1042229	A	C,G	6353.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.90;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,56,121:0.32,0.68:177
chr19	52249672	.	ATTTATCCT	CTTTATCCT,GTTTATCCA	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=29,61;NR=27,47;PP=1996,2944;QD=36.2637716526;SC=CAACGGCCACATTTATCCTCT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=56,108;WE=52249688;WS=52249662;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:171
chr19	52249680	rs5030880	T	A	4824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.26;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,120:0.68:177
chr19	52250216	rs5030878	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=42;PP=1236;SC=CCCTCCAGAGATGTTCGTGGG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=52250224;WS=52250206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	52327784	rs3752125	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,71:0.28:257
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chr19	52659991	rs1821278	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=914;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTGCAAGGTTATAACTTTGAC;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=48;WE=52659999;WS=52659981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr19	52660279	rs1366245	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-0.202;SC=ACCCTTTACACATATAAGGTT;SOR=1.539;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=39;WE=52660287;WS=52660269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr19	52660783	rs17696575	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.456;SC=TCATACATTTAGGAAGGATAC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=34;WE=52660791;WS=52660773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr19	52660826	rs61641512	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GAGTTTTTTCGTTGGTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=52660834;WS=52660816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	52664019	rs3794976	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AATTCAATAGAAGATTATGAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=52664027;WS=52664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	52800396	rs117653975	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=0.437;SC=GCCCCCGCCCCGCTCGGACCC;SOR=1.015;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=15;WE=52800404;WS=52800386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr19	52800516	rs67621412	C	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CGCTTCCCAACTCCCCCGCGC;SOR=0.821;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=33;WE=52800524;WS=52800506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,33:0.30:109
chr19	52803669	rs3217319	CTG	C	5448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=67;PP=2969;SC=AAGAGTCATGCTGTGTGATGA;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=82;WE=52803678;WS=52803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	52819231	rs35424613	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGCTCAGATGGGCATGGTGGA;SOR=0.565;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=44;WE=52819239;WS=52819221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr19	52825235	rs8102373	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=37;PP=1581;SC=GTCGCAATTCACACCTTGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=52825243;WS=52825225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	52852523	rs321953	T	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=62;PP=2651;SC=GTTCTCTCTGTTTCTTTCTGA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116;WE=52852531;WS=52852513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	52869022	rs2241586	G	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=23;PP=1039;SC=AACCCTTGAGGCACATCTGTC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=52869030;WS=52869012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	52869278	rs321937	G	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=29;PP=1370;SC=TTTAGAGTCCGTGCAAGCCTT;SOR=1.121;Source=Platypus;TCF=44;TR=73;WE=52869286;WS=52869268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	52869312	rs162120	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=32;PP=1356;SC=TAATCCATACTGCAGAGAAAC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=52869320;WS=52869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	52869534	rs162119	G	A	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=78;PP=2905;SC=GAGAGTGTTCGGGACTTACTA;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=153;WE=52869542;WS=52869524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	52870052	rs1054612	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,19:0.18:104
chr19	52873023	rs707312	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTCTGCCGGGACACAATCTAT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=52873031;WS=52873021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	52873325	rs12983120	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=994;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CTTGAAATCCCCGCATCGCTC;SOR=1.105;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=52;WE=52873333;WS=52873315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr19	52877716	.	AT	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.716;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=1.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr19	52882733	rs10445583	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=1.867;SC=ACTGCAACCTTCGCTTCCTGG;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=8;WE=52882741;WS=52882723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr19	52882805	rs10445584	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr19	52882824	rs10445585	T	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr19	52887145	rs34470614	TA	T	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=356;ReadPosRankSum=0.424;SC=ACAAGTCTCTTAAAAATCAAC;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=14;WE=52887153;WS=52887135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr19	52887246	rs34678014	T	TCAA	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=776;ReadPosRankSum=0.873;SC=GAAAAACCTATCAACAATTCC;SOR=0.473;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=19;WE=52887254;WS=52887236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr19	52887427	rs8104808	A	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,59:0.37:159
chr19	52887437	rs8104812	A	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr19	52887904	rs2042913	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GTAATAAATGTGGCAAGGTCT;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=43;WE=52887912;WS=52887894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,48:0.31:156
chr19	52888070	.	T	TTTGGGAGGCCGAGGCGG	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.574;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=39.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.306;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=5.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,17:0.08:221
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chr19	52888245	rs55748277	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=876;ReadPosRankSum=0.034;SC=GAATGTGGCAAGGACTTCACT;SOR=0.918;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=58;WE=52888253;WS=52888235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr19	52888620	rs3170100	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=1.014;SC=CAGCATGAGATAATTCATTCA;SOR=0.536;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=12;WE=52888628;WS=52888610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	52893473	rs7253837	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.544;SC=TGTCCCCTGCACTGGCCCGCA;SOR=1.296;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=52893481;WS=52893463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	52893538	rs2657917	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=577;ReadPosRankSum=0.694;SC=GCTTCCCATCTGCTCCGCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=37;WE=52893546;WS=52893528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr19	52905067	rs324091	A	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	52909303	rs2290745	C	T	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=129;PP=2965;SC=ATAATGTCCCCTCAGAAGCCG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=264;WE=52909311;WS=52909293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	52909458	rs2245620	T	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=828;SC=CTTTCTTCAGTTATTCTCCTC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=52909466;WS=52909448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	52909989	rs11668956	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=911;SC=TGCGGTGGCAATCATAGCTCA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=52909997;WS=52909979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	52917590	rs162124	G	A	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=56;PP=1584;SC=GGGACTGAACGAAGGGGGCGA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=52917598;WS=52917580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	52917626	rs162123	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=905;SC=ACAAAGGTGTATATTTGGAAG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=52917634;WS=52917616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	52920006	rs10664588	C	CTG	4652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=2957;SC=TCCCTACAAACTGTATGGCAA;SOR=1.106;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=61;WE=52920014;WS=52919996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	52937339	rs17780173	G	A	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=2470;ReadPosRankSum=1.541;SC=CCCTAGGTGAGGATAATGTCC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=155;WE=52937347;WS=52937329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,165:0.70:237
chr19	52937487	rs2608546	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=1.005;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.244;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=25;WE=52937495;WS=52937477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr19	52937530	rs2560997	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=745;SC=AAATGGTTCACGAGGTCAGGA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=52937538;WS=52937520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	52938361	rs11084161	C	A	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.96;NF=121;NR=90;PP=2965;SC=CTGAGTGTTACCTCCATGTTG;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=211;WE=52938369;WS=52938351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	52938417	rs11084162	A	G	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.92;NF=97;NR=113;PP=2965;SC=AGTGAAAATAATAAACAATCC;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=210;WE=52938425;WS=52938407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	52938459	rs11084163	A	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=80;PP=2549;SC=AGGTGTGAACACAGGTGAGAG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=136;WE=52938467;WS=52938449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	52940931	rs1428179	A	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=104;SC=TTTCTGTCAGACTTTAAACAT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=52940939;WS=52940921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	52941171	rs1428180	T	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=21;PP=1197;SC=ATAAGTTTTTTCAGTGTCAAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=52941179;WS=52941161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	52941540	rs1366257	G	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=38;PP=1860;SC=AAAGAATGTGGGAAAGTCTTT;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=52941548;WS=52941530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	52941618	rs1366258	A	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=40;PP=2176;SC=AAATGTAGTGAATGTGGCAAA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=52941626;WS=52941608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	52941847	rs1366259	A	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=44;PP=2192;SC=TTCATACTGGAGAGAAACCTT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=52941855;WS=52941837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	52942159	rs2608497	A	G	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=CAAACCTTCAACGACATAGGA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=179;WE=52942167;WS=52942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	52942445	rs2608498	C	T	11425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=143;PP=2965;SC=AGAGAAGCCTCACAGTTGTAA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=148;TCR=143;TR=291;WE=52942453;WS=52942435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	52942495	rs2561001	G	A	10932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=128;PP=2965;SC=CACACCTTGCGCGACATAGGA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=269;WE=52942503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	52942734	rs2446079	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=44;PP=1205;SC=CAGTGGCTCACGTCTGTAATC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=52942742;WS=52942724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr19	53014851	rs35720624	A	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.486;NF=31;NR=38;PP=1233;ReadPosRankSum=-2.233;SC=GAATGTGGCAAGGCTTTTAAT;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=69;WE=53014859;WS=53014841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,76:0.57:134
chr19	53015384	rs4802965	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=1053;ReadPosRankSum=0.447;SC=TGATTCATCAATCAAGCCTTG;SOR=0.751;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=58;WE=53015392;WS=53015374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr19	53015487	rs35772645	AG	A	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=637;ReadPosRankSum=-2.558;SC=TAAAAGACATAGGAGAATTCA;SOR=0.637;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=22;WE=53015495;WS=53015477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,36:0.30:120
chr19	53057479	rs61746334	G	A	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=50;PP=1948;ReadPosRankSum=0.167;SC=AAAGTTTTCAGTCAGAAATCA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=114;WE=53057487;WS=53057469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,114:0.70:163
chr19	53075519	rs8104138	G	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=1.366;SC=TGTTGGTCAGGATGGTCTCGA;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=5;WE=53075527;WS=53075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr19	53075734	rs3826655	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=406;SC=AAGGAAGTTTCTTTATCCCAG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=53075742;WS=53075724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	53077411	rs162832	T	C	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=83;PP=2965;SC=ATGGCTCTTCTTCAGGTGAGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=172;WE=53077419;WS=53077401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	53085416	rs12975229	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=21;PP=1588;SC=TATAACTTCCGTACTTAATTT;SOR=1.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=78;WE=53085424;WS=53085406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	53085659	rs366793	C	T	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=109;PP=2965;SC=ATGACAAAAACCAAAAAGTTG;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=105;TCR=109;TR=214;WE=53085667;WS=53085649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	53085813	rs3745101	T	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=2121;ReadPosRankSum=1.654;SC=TTGAGAAGGCTATCAACGATG;SOR=0.408;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=96;WE=53085821;WS=53085803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr19	53086124	rs373554	C	A	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=74;PP=2965;SC=AATCCTTACACGTGTAATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=150;WE=53086132;WS=53086114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	53086598	rs3745102	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=26;PP=1706;SC=GCATGTCATCGTAGACTTCAT;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=53086606;WS=53086588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	53099965	rs2279151	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	53099975	rs2279152	C	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	53100323	rs7250630	A	G	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.137;NF=67;NR=58;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TGGAGAATCCATAATGAAGAC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=125;WE=53100331;WS=53100313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,132:0.61:218
chr19	53100377	rs7250969	G	A	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1592;ReadPosRankSum=0.494;SC=TTCAGACATCGATCATATCTT;SOR=0.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=64;TCR=86;TR=96;WE=53100385;WS=53100367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr19	53100585	rs1802617	G	T	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=67;PP=2898;SC=ATACTGGACAGAAATCTTACA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=163;WE=53100593;WS=53100575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	53116643	rs11545619	T	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=-0.821;SC=ATGGATTCTGTGATGTTGTAC;SOR=0.491;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=44;WE=53116651;WS=53116633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr19	53116939	rs78207921	CT	TA	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.770;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-2.478;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.681;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr19	53116949	rs113015820	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=8.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-2.971;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=2.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr19	53117531	rs1056185	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=21;PP=953;SC=GCCACGCTCACTACATTTGTA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=53117539;WS=53117521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	53117809	rs10406458	C	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=58;PP=1707;SC=CATCCTTTCTCCCATGCATGT;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=53117817;WS=53117799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	53209663	.	A	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=6.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,45:0.23:193
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chr19	53303527	rs8107444	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=60;PP=2623;SC=TTCATTACACATGTATGGTTT;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=131;WE=53303535;WS=53303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr19	53571306	rs2288421	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=0.110;SC=AAGGAGTGAATTGTACCTAAT;SOR=2.694;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=13;WE=53571314;WS=53571298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr19	53576465	rs329734	C	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=347;ReadPosRankSum=0.215;SC=ATGTAAGTGACAACATGCAGT;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=16;WE=53576473;WS=53576455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	53576589	rs329733	C	G	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1633;ReadPosRankSum=0.429;SC=TGAGAACAATCTTAGAAGATA;SOR=0.596;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=368;TCF=209;TCR=159;TR=124;WE=53576597;WS=53576579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,126:0.33:381
chr19	53577419	rs8105668	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=461;ReadPosRankSum=0.528;SC=GACACATTCCGGCGTTCTTGG;SOR=0.955;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=33;WE=53577427;WS=53577409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr19	53589677	rs329718	C	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=80;PP=2604;SC=CACAGTCACACGCACAGATCT;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=137;WE=53589685;WS=53589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	53612055	rs10410030	T	C	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1756;ReadPosRankSum=0.327;SC=CCACATTCATTGCATTTGTAA;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=105;WE=53612063;WS=53612045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,109:0.78:139
chr19	53612311	rs4803051	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr19	53612745	rs1133327	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr19	53612757	rs1054485	T	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,37:0.23:160
chr19	53645291	rs2195310	T	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=74;PP=2965;SC=CCACATCCATTAGATTTGTAA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=146;WE=53645299;WS=53645281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	53651845	rs10694633	T	TTC	3237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=6;PP=2478;SC=GAATTCAAACTTGTTTTCCCA;SOR=3.706;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=50;WE=53651853;WS=53651835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	53657144	rs146492650	TCA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-3.005;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,8:0.12:65
chr19	53667804	rs4801958	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=0.118;SC=CCAGTATGGACTGCCATATGG;SOR=0.672;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=84;TCR=59;TR=48;WE=53667812;WS=53667794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr19	53667913	rs12459469	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.380;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=440;ReadPosRankSum=0.061;SC=CAAGATGTGAATTTTGAGTGA;SOR=1.354;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=33;WE=53667921;WS=53667903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr19	53667940	rs12459471	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.816;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,33:0.24:136
chr19	53668549	rs10409924	T	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1301;ReadPosRankSum=0.619;SC=AAGGCTTTTCTCCGGTATGGA;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=83;WE=53668557;WS=53668539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr19	53669273	rs4801959	T	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=48;PP=2334;SC=TTTCCCTTCATGTTGAAATTG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=134;WE=53669281;WS=53669263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	53669492	rs12460170	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=0.845;SC=GGACAAGCCTACAGTGTCACA;SOR=0.981;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=44;WE=53669500;WS=53669482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,46:0.28:164
chr19	53669653	rs12460233	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AGGTAAATAACTATTTCCCAT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=53669661;WS=53669643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr19	53707592	rs28477265	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGATATATCATTGGTGGTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=53707600;WS=53707582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	53727097	rs36114232	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=557;ReadPosRankSum=0.990;SC=CTTGGTATTGGTTTTGTTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=14;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr19	53727100	rs35443981	T	TTA	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.002;NF=5;NR=4;PP=522;ReadPosRankSum=0.605;SC=GGTATTGGTTTTGTTTTTGCC;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=9;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	53727392	rs10401578	T	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.830;NF=36;NR=20;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTGTCAAATCTTCATAGTAAT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=56;WE=53727400;WS=53727382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr19	53727573	rs12985503	A	G	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.396;NF=56;NR=76;PP=2082;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGTAGTGCAGACCTGAATGTG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=89;TCR=113;TR=132;WE=53727581;WS=53727563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,136:0.65:210
chr19	53727591	rs10401984	T	C	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-6.248;QD=23.56;ReadPosRankSum=-2.241;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,107:0.62:172
chr19	53727591	.	TCA	CCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=54.39;NF=30;NR=55;PP=2944;QD=20;SC=GTGATACTTTTCAACTGGCTT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=85;WE=53727601;WS=53727581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:75,85:0.53:160
chr19	53727593	rs11673594	A	G	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQRankSum=-6.709;QD=25.32;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,95:0.59:160
chr19	53727644	rs12972588	T	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.457;NF=16;NR=29;PP=895;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CATATACTCTTATTGGAGGTA;SOR=1.153;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=45;WE=53727652;WS=53727634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr19	53727989	rs10408128	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.993;NF=10;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=0.134;SC=CAGGCCCGTGTAGAGCCCAGG;SOR=0.727;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=20;WE=53727997;WS=53727979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	53728096	rs7248561	A	G	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-2.308;QD=25.25;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr19	53728105	rs7248883	G	C	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-2.337;QD=22.56;ReadPosRankSum=2.482;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr19	53728160	rs7248781	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGGCTCTCTTCCAATTCCTTT;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=84;WE=53728168;WS=53728150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,90:0.59:153
chr19	53728280	rs7248812	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ACTTCATGTAAAGCATCAGAT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=19;WE=53728288;WS=53728270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	53733101	rs4411615	A	G	141.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GCTTTTCCACATGTAAAATAT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=53733109;WS=53733091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr19	53733318	.	CT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	53740406	.	G	GT	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.605;NF=4;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=0.616;SC=TGCAAATTGGGTAAAAGCTTT;SOR=0.588;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=53740414;WS=53740396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr19	53740822	rs8113436	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GGCTTGAACGTTCAGCAAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=15;WE=53740830;WS=53740812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr19	53741068	rs12984188	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=499;ReadPosRankSum=1.288;SC=TAGTGAGGTTCGAACACTGGT;SOR=0.661;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=43;WE=53741076;WS=53741058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,51:0.38:134
chr19	53741188	rs12984473	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=0.891;SC=AGTCATTACACTTGTATGATT;SOR=1.061;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=21;WE=53741196;WS=53741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr19	53754736	rs2965240	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr19	53760758	rs17305059	T	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,42:0.23:184
chr19	53761740	.	T	C	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=56;QD=22.6928031368;SC=TAAATATCAGTGCAGCCTGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=53761748;WS=53761739;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr19	53762537	rs12609049	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1120;ReadPosRankSum=1.807;SC=GGAACAATCTCTACCCCAACT;SOR=0.482;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=232;TCF=140;TCR=92;TR=78;WE=53762545;WS=53762527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,79:0.31:253
chr19	53784899	rs75521956	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.006;NF=7;NR=33;PP=753;ReadPosRankSum=0.254;SC=ATGGGGCAGACGACTCTCCCA;SOR=1.017;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=40;WE=53784907;WS=53784889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr19	53786255	rs8102543	G	T	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.659;QD=28.44;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr19	53786258	rs8102246	A	T	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.706;QD=29.28;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr19	53787375	rs113804227	C	T	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.746;NF=117;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=1.279;SC=CGGGTCACAACGATTCACCTC;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=303;TCF=173;TCR=130;TR=198;WE=53787383;WS=53787365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,203:0.66:306
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chr19	53803121	rs75059813	C	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-10.085;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,43:0.21:209
chr19	53818473	rs7257010	C	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.649;NF=49;NR=34;PP=1361;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTCTTCTTCTCCATTATCTCT;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=83;WE=53818481;WS=53818463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr19	53818502	rs2865265	A	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.734;NF=40;NR=34;PP=1241;ReadPosRankSum=3.763;SC=TGCACTGGGTACAGGTTAAGG;SOR=0.477;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=74;WE=53818510;WS=53818492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr19	53818565	rs56741265	G	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.986;NF=36;NR=49;PP=1357;ReadPosRankSum=-3.319;SC=TTAGCTCTCCGCTGTAAAGGA;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=85;WE=53818573;WS=53818555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr19	53819176	rs11880867	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.091;NF=8;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=0.046;SC=TGGATAATCCCAATAGTTTAC;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=20;WE=53819184;WS=53819166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr19	53849446	rs4803089	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=239;SC=TCTGTTTCATGTTATCTGTAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=53849454;WS=53849436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	53849599	rs8108958	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.332;NF=8;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GCAGCAGTGCCGTATGTGATC;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=17;WE=53849607;WS=53849589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr19	53849632	rs11406858	G	GC	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.98;NF=3;NR=12;PP=672;SC=AGCCGGCTTCGCTCTCGTGCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=53849640;WS=53849622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	53849700	rs4803090	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=7;PP=165;SC=TTGGGAGGCCGAGGCAGGCAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=53849708;WS=53849690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	53854397	rs10415799	G	C	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.486;NF=56;NR=56;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GTTTCAGACCGAAGGGAAAAT;SOR=0.682;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=112;WE=53854405;WS=53854387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,117:0.67:174
chr19	53856349	rs55874600	A	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=589;ReadPosRankSum=0.024;SC=AGTGTAATGAATGTGGCAAGA;SOR=0.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=40;WE=53856357;WS=53856339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,44:0.35:127
chr19	53879561	rs72163028	GACA	G	1795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=1389;SC=GTCTTCTGTGGACAACAAGTA;SOR=1.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=53879571;WS=53879551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	53884412	rs4438413	G	A	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=74;PP=2965;SC=TAACTATGGGGATAATTTTCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=172;WE=53884420;WS=53884402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	53905129	rs111753331	TA	T	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	53910912	rs2061773	G	A	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=9;PP=1506;SC=TTTACCATCTGTACTTAATTT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=53910920;WS=53910902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	53911510	rs8182488	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1152;ReadPosRankSum=0.609;SC=GGAAACATCAGTTAATCCATT;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=269;TCF=150;TCR=119;TR=90;WE=53911518;WS=53911500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,99:0.35:285
chr19	53911973	rs10425136	A	G	7908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=132;PP=2965;SC=TAATGAGTGTAGCAAGACCTT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=135;TCR=133;TR=267;WE=53911981;WS=53911963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	53912242	rs10426347	G	A	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=101;PP=2965;SC=TCAGCCGGACGTCATCCCTTA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=206;WE=53912250;WS=53912232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	53912521	rs73059151	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.773;NF=14;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=1.221;SC=CAGAAAATTCGTACTGAAGAG;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=31;WE=53912529;WS=53912511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr19	53926318	rs36087592	T	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.49;MQRankSum=0.854;QD=24.24;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	53926320	rs34818233	T	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.49;MQRankSum=0.854;QD=24.24;ReadPosRankSum=0.201;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	53991335	rs2617675	G	A	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	53993670	rs2617667	G	A	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.323;NF=80;NR=50;PP=1944;ReadPosRankSum=1.287;SC=CTCATCAACAGCACAAGGCAA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=122;TCR=78;TR=130;WE=53993678;WS=53993660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,135:0.65:208
chr19	53995004	rs2708845	G	A	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=72;PP=2480;SC=GTTTTAATCGGAAAACACACC;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=53995012;WS=53994994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	54007145	rs72487103	G	A	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=78;PP=2401;SC=ATACTGTTCTGCTGCTGATCA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=142;WE=54007153;WS=54007135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	54072757	rs3746304	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TGTTTCCCAGCTCTTTCTATT;SOR=0.277;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=31;WE=54072765;WS=54072747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr19	54074747	rs3746301	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GATGTCACGGGTGTTCAGTCT;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=17;WE=54074755;WS=54074737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr19	54075076	rs6509792	A	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=906;ReadPosRankSum=-0.372;SC=AAACTAGTTGAATTTCTTCTT;SOR=0.418;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=54;WE=54075084;WS=54075066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr19	54075126	rs6509793	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=1.523;SC=TTGATGTGGCCGTGAGCACCA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=22;WE=54075134;WS=54075116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr19	54080144	rs8109631	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=975;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ATGTCAAAAGACCTGCTACTA;SOR=0.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=61;WE=54080152;WS=54080134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr19	54105596	.	G	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5002;HP=1;HapScore=2;MGOF=109;MMLQ=27;MQ=56.99;NF=0;NR=4;PP=46;QD=20.1928031368;SC=CTACAGGCACGTGTCAGCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=54105604;WS=54105586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr19	54188219	rs2060230	G	A	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=97;PP=2965;SC=TTAACCAGGTGAGGAAAATTC;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=227;WE=54188227;WS=54188209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	54211903	rs7256241	T	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=669;ReadPosRankSum=0.156;SC=CAGAAAACGGTCAAACAGCGA;SOR=1.027;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=34;WE=54211911;WS=54211893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr19	54215465	rs4803166	C	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=1.287;SC=AGCCGAGATCCCACCACCGCA;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=5;WE=54215473;WS=54215455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr19	54224191	rs12973211	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.875;NF=14;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=1.617;SC=GCTTGAACCCAGGAGGCGGAG;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=15;WE=54224199;WS=54224181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	54224285	rs58416318	CA	C	2428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.233;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,123:0.39:313
chr19	54240054	rs201913824	G	A	5531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.617;SC=TAACCTGGTCGAAGAACATTC;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=355;TCF=191;TCR=164;TR=234;WE=54240062;WS=54240044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,249:0.64:388
chr19	54252037	rs4803178	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=601;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GCTTATCATCAGACTTGGACG;SOR=0.355;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=56;WE=54252045;WS=54252027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,57:0.35:162
chr19	54257185	rs611356	C	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-3.231;QD=27.22;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr19	54257190	rs62144158	AC	GA	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.665;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-3.946;QD=25.10;ReadPosRankSum=0.861;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr19	54261644	rs3901466	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-2.430;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr19	54307322	rs12460528	G	A,T	6877.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=46,82;NR=58,96;PP=1339,2792;SC=GGTTGGTGCCGAGCACAGAAG;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=128;TCR=154;TR=104,178;WE=54307330;WS=54307312;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.64:287
chr19	54308554	rs4806773	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=42;PP=2572;SC=GCAGCCTGCACTGGGGATGCC;SOR=1.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=91;TCR=42;TR=133;WE=54308562;WS=54308544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	54310961	rs2866112	G	C	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=59;PP=1958;SC=TGTTACTGGTGCTTGACAACT;SOR=1.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=54310969;WS=54310951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	54311090	rs11084300	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=219;SC=CCACAACCTCCGCCTCCTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=54311098;WS=54311080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	54314585	rs6509827	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=37;PP=1065;SC=CTCATCAGCAGCCTCTAATGA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=54314593;WS=54314575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	54327440	rs4539722	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GGGGTGCCGTGAGCCCCAAAG;SOR=0.974;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=29;WE=54327448;WS=54327430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr19	54385437	rs307942	A	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=23;PP=1497;SC=CGCCTCCCCCAACCCGGGGCT;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=54385445;WS=54385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	54385820	rs2547362	C	T	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=93;PP=2722;SC=GAAAGGGGGCCCTGAGGCAGA;SOR=2.462;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=30;TCR=94;TR=122;WE=54385828;WS=54385810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	54387313	rs307956	A	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=607;SC=TGGTTTTCTCAGTGTCCGAGT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=54387321;WS=54387303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	54394965	rs3745406	T	C	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=135;PP=2965;SC=TGGACCCCAATGGTCTCTCTG;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=142;TCR=135;TR=276;WE=54394973;WS=54394955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr19	54395098	rs3745405	G	T	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=57;PP=1698;SC=AGTCTGGGGTGCAGGGAAGGC;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=54395106;WS=54395088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	54396003	.	T	TGC	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr19	54396046	rs146099614	G	GCACA	162.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GCACACACACGCACACACCCC;SOR=0.941;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=17;WE=54396054;WS=54396037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr19	54445594	rs11324363	AG	A	5951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=140;PP=2975;SC=TCCTCGTCTTAGGGGGGTCTC;SOR=2.641;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=5;TCR=152;TR=144;WE=54445602;WS=54445584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	54481334	rs113021440	A	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GTCGGTTGTCAGTGGGGTTGC;SOR=0.755;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=48;WE=54481342;WS=54481324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr19	54483306	rs11880008	G	A	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.483;NF=26;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCACCTGGGCGCGCACGTGTG;SOR=0.993;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=42;TCR=103;TR=94;WE=54483330;WS=54483296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,97:0.68:142
chr19	54483311	.	CGTGTGTGT	C	2815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.573;NF=1;NR=31;PP=1218;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TGGGCGCGCACGTGTGTGTGT;SOR=0.832;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=88;TCF=6;TCR=82;TR=32;WE=54483330;WS=54483296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,93:0.71:131
chr19	54483339	rs12979538	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.538;NF=0;NR=28;PP=1237;ReadPosRankSum=0.203;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=28;WE=54483347;WS=54483329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr19	54496497	rs115964462	T	C	650.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=413;ReadPosRankSum=-1.403;SC=AGGGCTTGCGTCCCACGGACA;SOR=0.330;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=24;WE=54496505;WS=54496487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr19	54502791	rs158199	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1015;ReadPosRankSum=1.018;SC=CTCTCGTCCCGAATCTTACAT;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=66;WE=54502799;WS=54502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
chr19	54544092	rs34886038	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=1.077;SC=CTTTTTAAGACGAGAAACTTA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=5;WE=54544100;WS=54544082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr19	54544177	rs1035829	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-1.554;SC=TTGGCCAGCACGATCCCCCCT;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=20;WE=54544185;WS=54544167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr19	54545390	rs34610948	A	AC	1493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.195;NF=16;NR=14;PP=1152;ReadPosRankSum=0.028;SC=TGACATGGGAATAAGTGGAGC;SOR=0.902;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=30;WE=54545398;WS=54545380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr19	54561716	.	C	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,53:0.27:194
chr19	54566901	rs662850	C	T	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=70;PP=2619;ReadPosRankSum=0.215;SC=ACCTGGAAGTCATTACTTCCA;SOR=0.427;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=279;TCF=177;TCR=102;TR=183;WE=54566909;WS=54566891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,199:0.66:300
chr19	54579363	rs4806706	C	A	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=CCTTTCCCAGCGATTCTCCTT;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=185;WE=54579371;WS=54579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	54600232	rs1657535	A	C	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=45;PP=2425;SC=GCAGCGGTAAATTCCCCCTTG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=54600240;WS=54600222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	54604194	rs3760698	G	C	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=61;PP=1772;ReadPosRankSum=1.661;SC=TTACGGAAGAGAGTATCGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=107;WE=54604202;WS=54604184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,116:0.62:186
chr19	54606209	rs254260	T	G	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=36;PP=1872;SC=AAGTGCAGGTTCCGGTGGCGC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=54606217;WS=54606199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr19	54609027	rs254257	A	G	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=87;PP=2384;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GTTAGGCTCCAACCCCTACCT;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=176;TCF=58;TCR=118;TR=132;WE=54609035;WS=54609017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,136:0.76:180
chr19	54609170	rs254256	A	G	6561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.53;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,161:0.70:230
chr19	54609178	rs254255	C	G	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,187:0.70:268
chr19	54609692	rs254266	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-0.366;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr19	54611287	rs621147	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=583;ReadPosRankSum=-1.266;SC=CACTGGCGCCGGCTCTGGAGC;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=42;WE=54611295;WS=54611277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
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chr19	54627097	rs2303557	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=13;PP=997;SC=AGGCGGGAGATCCAGGAGGCT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=54627105;WS=54627087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	54629697	rs254272	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=350;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGGCCACTTATCAGCTGGGAC;SOR=1.802;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=18;WE=54629705;WS=54629687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr19	54631378	rs171703	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-0.133;SC=ACTCGGGGGGTCCGCTCAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=54631386;WS=54631368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	54631880	rs74716353	T	C	43.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCAGCCTCCTCCCCCCCGGC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=54631888;WS=54631870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	54632352	rs608608	C	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5031;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=260;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GCTGGGCTTCCGGCTGGTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=22;WE=54632360;WS=54632342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr19	54632423	rs655240	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=720;ReadPosRankSum=-2.248;SC=CGCCTCCTCTTCCCCCTAGAT;SOR=0.729;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=40;WE=54632431;WS=54632413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr19	54649671	rs36665	T	C	5760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=111;PP=2965;SC=CCACCTCCCCTCCCAGCCACA;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=100;TCR=111;TR=211;WE=54649679;WS=54649661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	54652203	rs43211	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=815;ReadPosRankSum=0.537;SC=GCAGCGGAGGTGGAGGGAGCA;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=54;WE=54652211;WS=54652193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,62:0.67:93
chr19	54653572	rs36661	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.777;NF=30;NR=36;PP=986;ReadPosRankSum=1.020;SC=GCTGCACCCCCTGCCCCCACC;SOR=0.635;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=66;WE=54653580;WS=54653562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,76:0.62:122
chr19	54653597	rs1611078	CTT	C	1954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.900;NF=4;NR=27;PP=1164;ReadPosRankSum=0.532;SC=TTCTGGATCTCTTTCTCTGGC;SOR=0.954;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=31;WE=54653606;WS=54653587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr19	54657069	rs42318	C	T	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=50;PP=2605;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTCTGCTCATCGGCACATTCT;SOR=0.998;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=215;TCF=139;TCR=76;TR=151;WE=54657077;WS=54657059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,162:0.70:231
chr19	54664044	rs3170255	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=468;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTGCGGGGGTCAAAGAGCCGG;SOR=0.387;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=28;WE=54664052;WS=54664034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr19	54664752	rs36656	A	C	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=59;PP=1740;ReadPosRankSum=0.122;SC=ATGGACCACAAAGCTTAGAAG;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=118;WE=54664760;WS=54664742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,119:0.67:178
chr19	54665970	rs36655	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCTGGAACTCCTGGGTCCCCG;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=67;WE=54665978;WS=54665960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr19	54666387	rs113124754	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=478;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGGGCCACAGCAAGGGGCGGG;SOR=0.278;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=22;WE=54666395;WS=54666377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	54667748	.	G	A	152	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=15;MQ=53.87;NF=0;NR=10;PP=152;QD=18.6771212547;SC=TCGCTCTGTTGCCCAGCCTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=54667756;WS=54667738;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr19	54668487	rs36653	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TGGTTCCACCCGCTCCAGGAA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=15;WE=54668495;WS=54668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	54676763	rs641738	C	T	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.478;NF=47;NR=74;PP=1922;ReadPosRankSum=2.041;SC=GGCCAGCCACCCCCTAGAGGA;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=121;WE=54676771;WS=54676751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,138:0.58:237
chr19	54676814	.	G	GC	2050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.178;NF=3;NR=41;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TTCTTCCATGGCCCAGGCTGG;SOR=0.511;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=44;WE=54676822;WS=54676804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr19	54676872	rs142619556	GGCCAGGGGCAGGTGT	G	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=1544;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GTAAGGGAGGGGCCAGGGGCA;SOR=0.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=17;WE=54676894;WS=54676862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr19	54677759	rs4806721	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=2;PP=1020;SC=GGAGCTTCTCTGGGGCAAGGC;SOR=4.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=54677767;WS=54677749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	54691225	rs1865961	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GCCTTGGCCATTCACTCCACG;SOR=1.106;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=38;WE=54691233;WS=54691215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr19	54695163	rs593073	T	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=70;SC=TGCAGCGGTCTGCGGCGCGCA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=54695171;WS=54695153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr19	54723738	rs255772	G	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=25;PP=1353;SC=CCTCACTCACGATTCTGAGGG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=54723746;WS=54723728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	54723887	.	AC	A	1446	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=58.89;NF=12;NR=35;PP=1446;QD=31.2978723404;SC=CTCTGCCTCGACCCCCCACTC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=47;WE=54723906;WS=54723877;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,47:0.87:54
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chr19	54723893	.	CACT	C	4479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.32;QD=46.18;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	54723898	rs149120972	T	C	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.19;QD=45.05;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	54724006	rs4806726	C	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=24;PP=974;SC=GCGCTCCCCACGAGGCCTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=54724014;WS=54723996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	54726162	rs56182917	T	G	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.17;QD=20.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr19	54726324	rs79304773	G	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.64;QD=47.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	54726701	rs200031404	G	GTCC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	54726711	rs140063405	G	T	183.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.60;QD=36.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	54726784	rs201613832	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.993;NF=15;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-4.464;SC=TCCAAGACTCAGATCTCCCCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=15;WE=54726804;WS=54726774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr19	54726816	rs80332440	A	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQRankSum=3.877;QD=13.06;ReadPosRankSum=2.706;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr19	54726833	rs149695852	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQRankSum=2.946;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr19	54726839	rs141453251	C	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQRankSum=2.927;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr19	54726843	rs138124247	C	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.83;MQRankSum=2.841;QD=20.25;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr19	54726861	rs114813697	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.566;NF=26;NR=25;PP=1530;ReadPosRankSum=-1.855;SC=CGTCTCCTCCCGGTGACCCCG;SOR=0.941;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=51;WE=54726880;WS=54726851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr19	54726872	rs140228691	C	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQRankSum=1.434;QD=8.94;ReadPosRankSum=-3.698;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
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chr19	54743057	rs73053480	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=879;ReadPosRankSum=0.894;SC=CCCCCCATCCGCCATTGACAG;SOR=0.280;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=53;WE=54743065;WS=54743047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr19	54744104	rs11084326	T	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.278;NF=44;NR=15;PP=858;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GGCCTGGGCCTGAGCTGAGCC;SOR=0.464;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=138;TCF=108;TCR=30;TR=59;WE=54744112;WS=54744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr19	54744209	rs8105096	TA	CG	7053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.486;NF=104;NR=77;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GTTGGAGCTGTATGAGCCGTA;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCR=194;TR=181;WE=54744218;WS=54744199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,187:0.42:446
chr19	54744361	rs2361801	A	C	7650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.474;NF=160;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=1.726;SC=TGTCAAAATAACCCCGTGACT;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=605;TCF=273;TCR=332;TR=349;WE=54744369;WS=54744351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,349:0.57:611
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chr19	54745907	rs62133127	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.054;NF=53;NR=13;PP=981;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTCACCTGTCATCACCAGCTC;SOR=1.443;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=153;TCF=115;TCR=38;TR=66;WE=54745915;WS=54745897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,67:0.44:151
chr19	54746051	rs620207	A	C	8372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.747;NF=188;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=0.105;SC=ATTTCTGTCCAAGGGCTCTGG;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=632;TCF=298;TCR=334;TR=384;WE=54746059;WS=54746041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,382:0.61:629
chr19	54754752	rs433291	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.704;NF=16;NR=18;PP=602;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TCAAGCTGTGTAGCTGGGCGT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=34;WE=54754760;WS=54754742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr19	54754820	rs429425	T	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQRankSum=-2.873;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr19	54755911	rs12977057	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.359;NF=35;NR=18;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AGGGGCGGGGCCTCACCCGAG;SOR=1.107;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=53;WE=54755931;WS=54755901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
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chr19	54755994	rs417523	G	A	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.614;NF=65;NR=51;PP=1691;ReadPosRankSum=0.029;SC=CAAGGGGTTCGTCTCCTGGGA;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=116;WE=54756002;WS=54755984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,122:0.72:170
chr19	54756024	rs405443	A	C	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GAGACTTCTCAGTCCTGCCAG;SOR=0.740;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=124;WE=54756032;WS=54756014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,127:0.74:172
chr19	54756302	rs415860	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=15;PP=815;SC=GGGCAGTGAGAGGGCTGTGCG;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=41;WE=54756310;WS=54756292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	54756657	rs434755	C	T	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=62;PP=2601;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGACTTTCCTCTGTGTTTGGT;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=272;TCF=174;TCR=98;TR=165;WE=54756665;WS=54756647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,172:0.61:280
chr19	54759361	rs12975366	T	C	8072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=0.196;SC=ATAGCCGACATCAGAGCGACA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=511;TCF=237;TCR=274;TR=336;WE=54759369;WS=54759351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,356:0.66:541
chr19	54778694	rs62134981	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.318;NF=3;NR=13;PP=193;ReadPosRankSum=0.860;SC=CTGCAGCGGGGGAGAGTGAGA;SOR=1.899;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=16;WE=54778702;WS=54778684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr19	54781466	rs3859538	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-0.664;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr19	54781509	rs1808548	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-1.790;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr19	54781843	rs4022330	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTCCTGAAGTCTCCACCTCAA;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=20;WE=54781851;WS=54781833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr19	54782407	rs1128646	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.95;MQRankSum=-1.578;NF=23;NR=37;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GGGTGTGCCACGGATCTGTCC;SOR=0.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=73;TCR=123;TR=60;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,59:0.28:208
chr19	54782420	rs11666104	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.189;NF=16;NR=28;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ATCTGTCCTGGAGAGAAGAAG;SOR=0.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=44;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,44:0.28:158
chr19	54782704	rs7247451	G	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-5.401;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr19	54782710	rs7247208	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQRankSum=-5.835;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr19	54782724	rs7247538	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.225;NF=13;NR=1;PP=668;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GAGAGGTTGTGTGCACCGTAG;SOR=0.316;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=14;WE=54782732;WS=54782694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr19	54783375	rs373032	T	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.309;NF=43;NR=38;PP=1129;ReadPosRankSum=0.333;SC=GTGGGTGTTCTTCTTCTCCTT;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=269;TCF=140;TCR=129;TR=81;WE=54783383;WS=54783365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,88:0.31:287
chr19	54783923	rs366337	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=50;PP=1625;SC=TGGGCTTGGGAATGGTCCCTG;SOR=1.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=54783931;WS=54783913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	54786022	rs4112253	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr19	54804449	rs79926924	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=1.240;SC=CTTGTCTTCATCTCACTAAGA;SOR=0.839;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=14;WE=54804457;WS=54804439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr19	54848507	rs55873636	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr19	54849463	rs12976217	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1474;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CTCCTGAGGTCACCACAGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=95;WE=54849471;WS=54849453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,107:0.70:152
chr19	54849481	rs7256494	T	G	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GGCTTGGCAGTGCGGACAGGG;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=97;WE=54849489;WS=54849471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,112:0.73:154
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chr19	54870191	rs111949142	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.571;NF=3;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CTCCTCATTCTTGGTGCATCA;SOR=0.707;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=54870199;WS=54870181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr19	54940303	rs3745428	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CCAGATGTCCTGCTGGACATC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=6;WE=54940311;WS=54940298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
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chr19	54942419	rs79275620	C	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,47:0.30:159
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chr19	54962374	rs1035450	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=523;ReadPosRankSum=2.164;SC=TTTTCTGCCCAGCTTCTCTTG;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=45;WE=54962382;WS=54962364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr19	54962467	rs1035451	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=988;ReadPosRankSum=0.934;SC=TTTCTCATAGGCAGTGAAAAA;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=89;WE=54962475;WS=54962457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,101:0.33:306
chr19	54962579	rs1035452	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=426;ReadPosRankSum=1.262;SC=GCGAGAGGGACGGAGGCCAGT;SOR=0.422;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=36;WE=54962587;WS=54962569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,42:0.34:122
chr19	54964019	rs963352	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=213;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GGGATGGGGCCGGGTGGTGGA;SOR=0.591;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=15;WE=54964027;WS=54964009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	54965527	rs7247170	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=1.807;SC=CTGTGACCACCGCGTCCTCAC;SOR=0.093;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=54965535;WS=54965522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	54965860	rs3813148	G	A	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=70;PP=1421;ReadPosRankSum=0.095;SC=ACCGCATGAAGCGTAAGTTGG;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=383;TCF=179;TCR=204;TR=128;WE=54965868;WS=54965850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,133:0.34:397
chr19	54965889	rs3813147	G	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;PP=967;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CGTGGAGGTCGGAGCGGTTGG;SOR=0.971;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=274;TCF=119;TCR=155;TR=93;WE=54965897;WS=54965879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,93:0.33:280
chr19	54966579	rs889147	C	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1031;ReadPosRankSum=0.640;SC=CTGGGAAGCCCGATGACTGGC;SOR=0.962;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=210;TCF=109;TCR=101;TR=72;WE=54966587;WS=54966569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,76:0.35:218
chr19	54969075	rs45605939	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=731;ReadPosRankSum=1.313;SC=TCCTGCCTCCCGCTCCTTGTG;SOR=0.603;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=55;WE=54969083;WS=54969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,59:0.30:198
chr19	54971229	rs3745437	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=11;PP=888;SC=CACCTTCCCCTCAAGGAGGCT;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=54971237;WS=54971219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	54973280	rs10423424	C	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=805;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TCACTCCAGGCGGATCTCAGC;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=84;TCR=95;TR=54;WE=54973294;WS=54973270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,55:0.30:181
chr19	54973988	rs140013148	GCCT	G	2272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,65:0.32:203
chr19	54974318	rs10406453	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=766;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AAGGCGGCCATGGAAGCGGAA;SOR=0.700;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=78;WE=54974326;WS=54974308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,80:0.29:273
chr19	54974774	rs1981829	A	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GCGGCTCCCCATGGATGCACC;SOR=0.582;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=5;WE=54974782;WS=54974764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr19	55009497	rs3865495	A	C	3326.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.419;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-2.768;NF=67;NR=97;PP=2929;ReadPosRankSum=0.593;SC=CTGCTACCACACCACCCTCAG;SOR=1.198;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=164;WE=55009505;WS=55009487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,145:0.88:164
chr19	55014018	rs2287829	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-1.492;SC=GAAAGAACAGAACAGAAAGCT;SOR=0.068;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=16;WE=55014026;WS=55014008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
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chr19	55044241	.	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr19	55142930	rs3843752	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=336;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AGTTAGAATCCGACTCCTGAT;SOR=1.094;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=24;WE=55142938;WS=55142920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
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chr19	55143156	rs12462774	TG	CA	3532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.122;NF=38;NR=46;PP=2570;ReadPosRankSum=2.161;SC=CCTGGGAACATGCAGGGCGGT;SOR=0.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=84;WE=55143165;WS=55143146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,98:0.37:268
chr19	55143452	rs1061680	T	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.424;NF=52;NR=44;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGGAATGTAATCCTCCAGTGT;SOR=0.529;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=96;WE=55143460;WS=55143442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,98:0.35:284
chr19	55143491	rs1061681	G	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.025;NF=55;NR=47;PP=1341;ReadPosRankSum=0.439;SC=GATGGCTTCAGTCTGTGTAAG;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=314;TCF=162;TCR=152;TR=102;WE=55143499;WS=55143481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,104:0.32:325
chr19	55174498	rs28366008	T	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,91:0.68:134
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chr19	55178035	rs1749317	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=536;ReadPosRankSum=-1.762;SC=CGGGGACATCACAGCCCCTCC;SOR=0.797;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=168;TCF=107;TCR=61;TR=52;WE=55178043;WS=55178025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,57:0.32:179
chr19	55246731	rs77241525	C	A	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=TAACTCCAGACACCTGCACGT;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=168;WE=55246739;WS=55246721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	55246897	rs62132699	T	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.560;NF=8;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=0.735;SC=CTCAGGTGTGTGTTCCTCACA;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=25;WE=55246919;WS=55246887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr19	55246909	rs62132700	G	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.31;QD=45.18;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	55246909	.	GCA	ACT	1562	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=52.86;NF=8;NR=25;PP=1562;QD=48.9535719655;SC=TTCCTCACAGGCAGGATGGTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=33;WE=55246919;WS=55246887;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	55246911	rs62132701	A	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.47;QD=43.99;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	55258778	rs34843749	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.83;QD=31.09;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	55258808	rs35861855	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=31;PP=2296;SC=AATAGTTGGCCTTCACCCACT;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=55258816;WS=55258798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	55266496	rs28715756	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=12;PP=1069;SC=GGTCGTCAGCATGGCGTGTGT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=55266504;WS=55266486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	55278630	rs2915996	G	C	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.847;NF=141;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CCTCACTCAGGATTTCCCTCT;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=143;TCR=93;TR=233;WE=55278638;WS=55278620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr19	55281315	rs2304224	G	T	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=46;PP=1769;SC=GTCGCTCTTGGTCGTCAGCAT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=107;WE=55281323;WS=55281305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	55294927	.	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=34;PP=1803;SC=GTTGACTTCCATCTTCTACAG;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=55294935;WS=55294917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	55327891	rs150752618	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.24;MQRankSum=-2.409;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	55328023	rs149862889	C	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-9.030;NF=52;NR=49;PP=1478;ReadPosRankSum=0.898;SC=GGAGGGAGTGCGGGGATGGAG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=101;WE=55328031;WS=55328013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,99:0.68:146
chr19	55328917	rs12983499	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQRankSum=-0.497;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr19	55328959	rs149236621	G	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.91;QD=28.82;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	55331419	rs143886704	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.180;NF=36;NR=64;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TACTCACACCCCCTATCAGTT;SOR=0.982;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=100;WE=55331427;WS=55331409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,103:0.61:169
chr19	55331574	rs150226565	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.83;QD=22.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr19	55341753	rs12985492	A	G	5064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.784;NF=62;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.166;SC=GGCCTTGAGGACGTCTTCTAG;SOR=0.324;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=289;TCF=82;TCR=207;TR=201;WE=55341761;WS=55341743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,208:0.71:292
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chr19	55346409	rs4806584	T	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=470;ReadPosRankSum=0.043;SC=GCAGGTAGGCTCTGATGGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=34;WE=55346417;WS=55346399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr19	55349031	rs58731871	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=484;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CTCTTCCTAGGAGTCCACAGA;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=25;WE=55349039;WS=55349022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr19	55349273	rs1130492	C	A	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.357;NF=60;NR=88;PP=2286;ReadPosRankSum=0.337;SC=CGGTTCTGTTCCTCACTCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=249;TCF=105;TCR=144;TR=148;WE=55349281;WS=55349263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,149:0.58:255
chr19	55396613	rs10402324	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=295;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCCCCATGGCGAGCCACCTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=14;WE=55396621;WS=55396603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr19	55396900	rs1865096	A	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=842;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGCACTACAGATTCCGGTACA;SOR=0.318;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=56;WE=55396908;WS=55396890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr19	55401170	rs16986050	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=841;ReadPosRankSum=1.330;SC=ACCGAGCTGGAGCCAACAGAT;SOR=1.358;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=52;WE=55401178;WS=55401160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr19	55447572	rs775876	A	G	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=88;SC=TAGATCCCCCAGCAACACGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=55447580;WS=55447562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55493728	rs17699678	C	T	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGGAAAACCACGCTGGCCCAG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=90;WE=55493736;WS=55493718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,96:0.64:150
chr19	55493847	rs56073572	C	T	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1786;ReadPosRankSum=-1.517;SC=TTTTGCAGAGCTGGTCTTCAG;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=104;WE=55493855;WS=55493837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,108:0.64:169
chr19	55501348	rs202147826	CA	C	35.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.210;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr19	55512137	rs12768	C	A	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1942;ReadPosRankSum=2.015;SC=GGTTGAAAATCGATGACTTTA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=107;TCR=89;TR=117;WE=55512145;WS=55512127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,125:0.59:211
chr19	55525388	rs10417981	G	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=415;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AATGTATACAGAATTGTACAT;SOR=0.319;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=32;WE=55525396;WS=55525378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr19	55525497	rs1671150	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=0.491;SC=TTTGAGACAAAGTCAGGCTTC;SOR=0.249;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=26;WE=55525505;WS=55525487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr19	55525596	rs1654412	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=409;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CTCAGCCCCCTGAGTTGCTGG;SOR=0.118;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=22;WE=55525604;WS=55525586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr19	55525894	rs1671151	G	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=69;PP=2423;ReadPosRankSum=0.082;SC=AGGGAAGCACGGGAGGATTTT;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=147;WE=55525902;WS=55525884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,153:0.67:230
chr19	55526345	rs1671152	T	G	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.977;SC=TGACCCCCGTTTGATTTCCGG;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=95;TCR=124;TR=154;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,168:0.70:241
chr19	55526359	rs1654413	A	T	5427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=2.258;SC=TTTCCGGGTCAGCGGGAGGGG;SOR=0.332;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=119;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,131:0.65:201
chr19	55526373	rs2304166	G	C	4379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=2.066;SC=GGAGGGGCGGGAGGGGCGGAA;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=99;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,112:0.66:170
chr19	55526932	rs140499950	TTACTC	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=0.842;SC=TATTCTGCCTTTACTCTACAC;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=55526944;WS=55526924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	55527081	rs2304167	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=974;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TTTGGACTGGCGGTGATACTC;SOR=0.522;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=78;WE=55527089;WS=55527071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr19	55527189	rs1671153	G	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.372;SC=ACACACATGGGGAGGCACAAT;SOR=0.533;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=70;WE=55527197;WS=55527179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr19	55527276	rs1654484	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GAGGCTGAGGTAGGAGGCTGG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=55527284;WS=55527266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	55529836	rs1654415	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-2.189;SC=TCACCCAAAACGCTCCTCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=55529844;WS=55529826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	55529933	rs1671192	A	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.29;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr19	55529936	rs2304168	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.16;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
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chr19	55538980	rs1654425	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=819;ReadPosRankSum=0.864;SC=CGCTGGGGGCTGACCACAGGT;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=55;WE=55538988;WS=55538970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr19	55539049	rs5030705	C	T	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.888;SC=CGGCGGTCACCGTGATGATGG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=117;WE=55539080;WS=55539039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,126:0.61:206
chr19	55539061	rs892089	A	G	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGATGATGGGAAAACTAGCCC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=128;WE=55539080;WS=55539039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,136:0.62:221
chr19	55539072	rs892090	T	G	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.555;SC=AAACTAGCCCTGTACCATCTC;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=212;TCF=116;TCR=96;TR=131;WE=55539080;WS=55539039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,140:0.62:224
chr19	55559740	rs1059211	G	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=2342;ReadPosRankSum=1.222;SC=GGACGATGGCGAGCTTGCTCT;SOR=0.924;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=198;TCF=93;TCR=105;TR=136;WE=55559748;WS=55559730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,144:0.69:208
chr19	55570574	rs1654447	A	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1088;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGTGTTGGCACCCGTCACGA;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=79;WE=55570582;WS=55570564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,85:0.60:141
chr19	55574412	rs1654456	G	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.872;NF=15;NR=15;PP=383;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CCGGGCCGGGGACAGGCGTCA;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=30;WE=55574420;WS=55574402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr19	55574429	rs113253419	A	AGGCGTCC	1654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.511;NF=8;NR=11;PP=894;ReadPosRankSum=-1.900;SC=GTCAGGCGTCAGGGGTCGGCG;SOR=0.463;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=19;WE=55574437;WS=55574419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr19	55574512	rs3816043	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.72;MQRankSum=2.642;QD=13.86;ReadPosRankSum=2.620;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr19	55587648	rs372742476	TG	T	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=8.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.813;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr19	55587658	rs62124197	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=7.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.684;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr19	55587668	rs61448344	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.718;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr19	55587822	rs12609976	G	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=64;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CATGAGCACCGCCACAGGGTA;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=154;TCR=175;TR=122;WE=55587839;WS=55587812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,132:0.38:345
chr19	55589591	.	T	C	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=59.8;NF=3;NR=15;PP=331;QD=20.3206229193;SC=GGGCTGGGGGTCTGGACTCCT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=18;WE=55589599;WS=55589581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,18:0.44:41
chr19	55589628	.	T	C	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=27;MQ=56.73;NF=1;NR=4;PP=80;QD=22.9542425094;SC=GTGCTGGGGGTCTGGACTCCT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=55589636;WS=55589618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr19	55591392	rs56378581	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TCCCTAACCCCCTAACCGCCT;SOR=0.850;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=22;WE=55591400;WS=55591382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr19	55593417	rs17700138	C	T	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1253;ReadPosRankSum=1.864;SC=CTGCCTGGTGCTGGCCCCGCG;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=254;TCF=134;TCR=120;TR=89;WE=55593425;WS=55593407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,90:0.35:257
chr19	55594996	rs1628576	C	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=900;ReadPosRankSum=1.228;SC=AAGCGCCCCCCAGGTCGCTGT;SOR=0.677;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=199;TCF=113;TCR=86;TR=70;WE=55595004;WS=55594980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,72:0.33:215
chr19	55598724	rs1054940	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=742;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TCGCTGCAGAAGGAGGAGCTG;SOR=1.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=36;WE=55598732;WS=55598714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr19	55603388	rs10410929	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=50;PP=1516;SC=CCACAAGCCCTTCCCCCACGG;SOR=2.206;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=67;WE=55603396;WS=55603378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	55605704	rs3803899	AC	CT	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=1074;ReadPosRankSum=1.171;SC=ACCCCAGCCCACCCCACACCT;SOR=1.286;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=28;WE=55605713;WS=55605694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr19	55610066	rs55805974	CG	C	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.236;NF=8;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=0.915;SC=TGTCAGAAGTCGGGGGGGTTC;SOR=1.204;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=13;WE=55610074;WS=55610056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr19	55614923	rs2532060	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=749;ReadPosRankSum=2.421;SC=GCTTGGCTGCTTCCACATCCA;SOR=0.490;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=57;WE=55614931;WS=55614913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr19	55623806	rs604216	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=2.057;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	55644123	rs10414711	G	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=814;ReadPosRankSum=0.130;SC=CAAGTAACTTGTTGGTAATAA;SOR=0.951;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=50;WE=55644131;WS=55644113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
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chr19	55652162	rs200177206	G	GTAA	371	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=0.945;QD=33.73;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
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chr19	55660537	rs9636153	T	C	5594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.551;SC=ACCTAGGCTGTGTCTGAGATG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=163;TCR=197;TR=238;WE=55660545;WS=55660527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,256:0.67:380
chr19	55665584	rs7252610	A	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr19	55690751	rs11672000	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.431;SC=CGTGGGAACCAGCAGACCGCG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=55690759;WS=55690741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr19	55693286	rs45607834	C	T	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1508;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GAAGCAGGCACGGGAGTGAGA;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=81;WE=55693294;WS=55693276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr19	55697279	rs61734259	C	T	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,117:0.67:175
chr19	55697752	rs148069644	AG	A	4791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.855;NF=36;NR=73;PP=2972;ReadPosRankSum=1.015;SC=CAGGCGGGTCAGGGGGGCCTT;SOR=0.817;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=195;TCF=57;TCR=138;TR=109;WE=55697774;WS=55697742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,180:0.64:281
chr19	55697766	rs77296713	T	A	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.734;NF=104;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.477;SC=GGGCCTTTAGTTGATCCCCGA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=165;TCR=142;TR=190;WE=55697774;WS=55697742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,191:0.63:304
chr19	55697795	rs111326663	G	C	4937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.728;NF=112;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CTCTCCAGGCGTGCTGGGCAC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=180;TCR=175;TR=220;WE=55697807;WS=55697785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,226:0.63:359
chr19	55697889	rs1136578	G	A	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.631;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=69;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TGGGCTTCAGGGGCACCCGGG;SOR=1.412;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=176;TCF=70;TCR=106;TR=103;WE=55697897;WS=55697879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,107:0.59:182
chr19	55699454	rs890870	T	C	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=51;PP=2416;SC=ACCTGGTACTTGTCTGCAAAA;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=138;WE=55699462;WS=55699444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	55699575	rs3803905	T	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1162;ReadPosRankSum=-2.292;SC=AGACCGTAACTTCTTTTAATC;SOR=1.143;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=71;WE=55699583;WS=55699565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr19	55701232	.	C	T	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5339;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=59;QD=23.4428031368;SC=CATTGTGGTGCGTGCCTGTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=55701240;WS=55701222;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	55708557	rs2288521	A	G	8697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=143;PP=2965;SC=AAATTGTACAACGTCCCGGGT;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=173;TCR=143;TR=316;WE=55708565;WS=55708547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	55708573	rs2288520	G	A	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=CGGGTTCCAGGGCCTCCACTT;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=346;TCF=182;TCR=164;TR=223;WE=55708581;WS=55708563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,230:0.65:353
chr19	55716800	rs2288516	A	G	5195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=CGGTGATGTTAGTGTGTGCTG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=78;TCR=91;TR=169;WE=55716808;WS=55716790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	55738425	rs3745919	G	A	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=109;SC=CGGCGGCAGCGGCGCCTGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=55738433;WS=55738415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	55738634	rs4644955	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=15;PP=798;SC=GATCACCAGGTGGGCATGGGG;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=55738642;WS=55738624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	55738746	rs4374298	G	A	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1472;ReadPosRankSum=1.542;SC=CCGCGCCACAGCATGGCCATC;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=100;WE=55738754;WS=55738736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,108:0.68:159
chr19	55739515	rs4255895	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CTGGGGCCTCTCTCACACGGG;SOR=0.636;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=55739523;WS=55739505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	55739605	rs4606850	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=756;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CCCCCACAGCCGAGCACACAA;SOR=1.452;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=38;WE=55739613;WS=55739595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr19	55739813	rs10419308	G	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=1837;ReadPosRankSum=-1.654;SC=GCGCTTTGGGGAGTGGGGAGC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=124;WE=55739821;WS=55739803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,133:0.68:195
chr19	55740270	.	T	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=691;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GGGATGGCCCTGCCTGGCGCC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=33;WE=55740278;WS=55740260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr19	55741961	rs28678477	G	C	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1170;ReadPosRankSum=0.553;SC=TACCCAGCCCGAGGCTGCAGC;SOR=0.603;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=76;WE=55741969;WS=55741951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
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chr19	55751123	rs8104509	G	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=23;PP=921;SC=TATCGGTGGCGGTGGGAGGCT;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=55751131;WS=55751113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	55756980	rs3745920	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=525;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GGGACTCATCAGCACCCAGGG;SOR=0.255;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=30;WE=55756988;WS=55756970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr19	55758628	rs7258327	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=54;PP=1695;SC=GGCCCCGCCCCGGGACTGCCC;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=55758636;WS=55758618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	55776823	rs67351527	G	A	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=101;PP=2965;SC=CAACCCTATCGCCCGCCCCGT;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=186;WE=55776831;WS=55776813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	55777143	rs62126349	T	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=55;PP=2495;SC=CCTTCCTCTCTACGGGAAGGT;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=55777151;WS=55777133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	55795758	rs201695409	A	AC	138.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=1;PP=67;SC=AGACGGGGCGACGGCCGCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=55795766;WS=55795748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55798565	rs11878562	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,89:0.28:316
chr19	55814881	rs1551562	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=804;ReadPosRankSum=0.739;SC=GCAGGCTCTGAGCTTCCAGCT;SOR=0.821;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=35;WE=55814889;WS=55814871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr19	55815894	rs1172820	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TCCACTCGCTTATCTCAGTCT;SOR=0.485;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=59;WE=55815914;WS=55815884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr19	55815906	rs12977268	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=0.824;SC=TCTCAGTCTCCTGTCCTCTGC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=17;WE=55815914;WS=55815884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr19	55816678	rs1172821	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=682;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TCTCTGCCTTCCCCCTACCAG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=39;WE=55816686;WS=55816668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr19	55816775	rs35949773	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=569;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GGGATGCAGGGGATTCATGCC;SOR=0.817;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=45;WE=55816783;WS=55816765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr19	55817537	rs12972487	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=0.888;SC=TCATGGGACTCGTAGTTCCTT;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=14;WE=55817545;WS=55817527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr19	55817676	rs12973169	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=827;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CCGAGTACAAGGCCAGTGGCG;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=78;WE=55817684;WS=55817666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,84:0.29:285
chr19	55817912	rs71367170	G	A	137.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.792;SC=GCAGCAGGAGGAGGAAATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=55817920;WS=55817902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr19	55823344	rs12978445	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,40:0.28:144
chr19	55824298	rs201710040	G	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TGAACACACAGGGTGCAGCTC;SOR=0.894;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=68;WE=55824306;WS=55824288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr19	55824332	rs7246479	T	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=59;PP=2470;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGTCAACGGCTAAGAGACCGA;SOR=0.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=55824340;WS=55824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr19	55831576	rs897794	AA	CC	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=1.747;SC=GAGACCCACCAAGAACTCCTG;SOR=1.031;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=68;WE=55831597;WS=55831566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,76:0.60:127
chr19	55831589	rs897796	A	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AACTCCTGGGACCCAGGGAGG;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=63;WE=55831597;WS=55831566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr19	55831723	rs897797	T	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=10;PP=729;SC=TGGCTGGGCTTGGGAGCACTG;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=55831731;WS=55831713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	55832427	rs10412726	T	G	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=143;PP=2965;SC=AGGTGAAGGATCGGGGCTGAG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=108;TCR=143;TR=251;WE=55832435;WS=55832417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	55854313	rs2384685	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=647;ReadPosRankSum=0.689;SC=GCCAACCGGGGAAAAGCGAGG;SOR=0.023;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=40;WE=55854321;WS=55854303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr19	55865350	rs12461665	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=420;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCGGGCGGGGGTCACGCGGCA;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=26;WE=55865358;WS=55865340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
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chr19	55869879	rs67168196	GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT	G	4155.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=2919;ReadPosRankSum=2.837;SC=GTCCCAGGGTGGCTCCTTCAT;SOR=0.728;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=39;WE=55869911;WS=55869869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,110:0.64:173
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chr19	55872531	rs11084397	C	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=675;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CACACCACCCCGCCGGCTCAC;SOR=0.488;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=44;WE=55872539;WS=55872521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr19	55872566	rs2124919	A	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=41;PP=1336;SC=GTCTCTGAGCAGCCACCGTCT;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=55872574;WS=55872556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	55872864	rs11673515	G	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=852;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CCTACCCAGCGAGAGGCCTAG;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=51;WE=55872872;WS=55872854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr19	55872955	rs11673554	G	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=324;SC=CCGCTCCTCCGTCAGACCCAG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=55872963;WS=55872945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	55873642	rs4252574	C	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=756;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GCAGGCGCTTCGGCCAGCGGC;SOR=0.385;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=60;WE=55873650;WS=55873632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr19	55879872	rs1126757	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CCAGTGCCCCCGCACTCATGG;SOR=0.953;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=68;WE=55879880;WS=55879862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
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chr19	55903158	rs10653185	C	CAG	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=1049;SC=CAGATGGACTCATGATCACAG;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=55903166;WS=55903148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	55913286	rs11393810	T	TC	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=904;SC=TCATCTTTGCTCCTGTCTCCC;SOR=3.014;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=55913294;WS=55913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	55914374	rs11672075	C	T	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1306;ReadPosRankSum=1.280;SC=TAGACCAGGACGCCTCCACCT;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=96;WE=55914382;WS=55914364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr19	55993260	rs34864744	A	G	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=41;NR=85;PP=2445;SC=CGCCCCGGGTACCGCCTCCGC;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=126;WE=55993268;WS=55993250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr19	55993876	rs10423355	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=14;PP=577;SC=GCCGCCCCCGTCCCGCCGCCA;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=55993884;WS=55993866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55994240	rs12981044	C	T	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=76;PP=2965;SC=GCCACGTGCACACTGGCGAGA;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=55994248;WS=55994230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	55995272	rs11550705	G	A	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=44;PP=1977;SC=TCACTGGCCCGGGCCCCGGGG;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=96;WE=55995280;WS=55995262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	55996939	rs3745450	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=639;ReadPosRankSum=1.186;SC=GTCCTGATCTGGGAAGTGCCG;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=32;WE=55996947;WS=55996929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	55999993	rs4405662	A	G	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=1987;SC=TGAGTGATCCATTCTCCTTGG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=56000001;WS=55999983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	56000157	rs77020325	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr19	56000492	rs11084399	C	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=279;SC=ACTGGGTCCCCGGCCCATCCG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=56000500;WS=56000482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	56001419	rs10716127	CG	C	300.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=10.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.09;ReadPosRankSum=0.674;SOR=4.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr19	56001802	rs5828624	C	CCCAAGCAA	4280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=31;PP=2780;SC=CTCCCCCGACCCCAAGGCTGG;SOR=1.167;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=37;WE=56001810;WS=56001792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	56001871	rs4274529	C	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=735;SC=TCTCCTTAGCCGGGGCCCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=56001879;WS=56001861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	56004901	rs889090	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=140;SC=CCTGAGCATAGCTTAGTCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=56004909;WS=56004892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	56009191	rs34794462	GT	G	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=730;SC=TGGATGAAGAGTCAGGAGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=56009199;WS=56009181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	56009215	rs7254234	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=637;SC=CGGCTTCCCCGACTCTAATTC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=56009223;WS=56009205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	56009741	rs4801701	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=98;SC=TGTGTTATGCCCATTTTACTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=56009749;WS=56009731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	56011091	rs4801314	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=641;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AATGGGAACTGGGTGAGTGAC;SOR=1.214;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=37;WE=56011099;WS=56011081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr19	56011460	rs4801713	C	T	7080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.150;SC=CAGACCTAACCTCACAGACCA;SOR=0.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=201;TCR=219;TR=285;WE=56011468;WS=56011450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,299:0.68:437
chr19	56011880	rs61742932	G	A	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1953;ReadPosRankSum=2.009;SC=TCGTCTGGCCGATGGGCCCAA;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=109;WE=56011888;WS=56011870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,111:0.61:181
chr19	56012590	rs11669496	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=9.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.393;SOR=3.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr19	56012597	rs11669422	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	56015448	rs7257434	C	T	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=81;PP=2864;ReadPosRankSum=-1.822;SC=TGGGTGGGCTCCAGCTGTGAG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=146;TCR=113;TR=184;WE=56015456;WS=56015438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,190:0.72:263
chr19	56024519	rs671542	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=58;PP=1499;SC=CCTCCAACTCTGAGAGTCCAT;SOR=2.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=56024527;WS=56024509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	56024563	rs514574	G	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=782;SC=CTGGGGTGAGGAGACTGGGAC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=56024571;WS=56024553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	56024599	rs671152	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=477;SC=GTAAAGAGACAGATTCCAGAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=56024607;WS=56024589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	56029465	rs4801331	G	A	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	56030009	rs925878	C	T	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.689;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1680;ReadPosRankSum=3.480;SC=TCCCCTTGACCCCCTCACCCT;SOR=0.386;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=280;TCF=142;TCR=138;TR=119;WE=56030017;WS=56029999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,114:0.43:265
chr19	56030428	rs10217	C	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=73;PP=1906;SC=ACAAAAAAAACCCCCAAAGTA;SOR=2.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=30;TCR=73;TR=103;WE=56030436;WS=56030418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	56040962	rs71830799	CAGAGAGG	C	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=813;ReadPosRankSum=-1.692;SC=ATGCAGCCTGCAGAGAGGAGA;SOR=1.773;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=17;WE=56040976;WS=56040952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr19	56041046	rs59876483	GC	AA	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.627;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.409;NF=34;NR=24;PP=1782;ReadPosRankSum=0.379;SC=AAAGCCGTTGGCCTTGGGGGC;SOR=1.061;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=58;WE=56041055;WS=56041036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,63:0.34:186
chr19	56041255	rs620251	C	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TCGGCCGCGGCGGCCAGGCCG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=84;WE=56041263;WS=56041244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr19	56047448	rs310453	A	G	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=53;PP=1899;ReadPosRankSum=0.711;SC=CGGCCATAGCAACCCTGGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=121;WE=56047456;WS=56047438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,122:0.61:201
chr19	56051946	rs73061113	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=0.900;SC=AAAAGAAGACACTCTGGACGG;SOR=1.287;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=56051954;WS=56051936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr19	56052337	rs55643341	A	AC	14508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.291;NF=42;NR=239;PP=2966;ReadPosRankSum=1.838;SC=GCTCCCCAAAACCCAGGTCCC;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=48;TCR=266;TR=281;WE=56052345;WS=56052327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,534:0.99:537
chr19	56052770	rs654439	C	T	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1636;ReadPosRankSum=1.584;SC=GGCTGCAGACCGGGTCGAAGA;SOR=0.451;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=160;TCF=91;TCR=69;TR=110;WE=56052778;WS=56052760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,121:0.70:174
chr19	56055436	rs694398	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=966;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TGGGATAAGCACTCCCAACCT;SOR=0.893;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=74;WE=56055444;WS=56055426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr19	56056184	rs491639	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=508;ReadPosRankSum=-1.306;SC=GAGGCTGGGCAAGGAGCACGC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=34;WE=56056192;WS=56056174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr19	56056257	rs56258384	G	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCTCCTCACCGGGGTCACCCT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=31;WE=56056265;WS=56056247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
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chr19	56089908	rs113850871	C	CCCG	2595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=1608;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTCCGTTCTGCCCTTCTCCCC;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=36;WE=56089916;WS=56089898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
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chr19	56090493	rs12974617	A	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=604;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCCACGTCTCAGGCCACGCTG;SOR=0.956;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=43;WE=56090501;WS=56090483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr19	56104136	rs7247236	T	C	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=70;PP=2542;ReadPosRankSum=0.814;SC=CGGGCGGCGGTCGCCGCCTCC;SOR=0.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=134;WE=56104144;WS=56104126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr19	56104524	rs10403432	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=950;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CGGCCCAGGCCTGCGCTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=57;WE=56104532;WS=56104514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr19	56104560	rs10403462	C	G	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GCAGGTCGTGCGTCAGCTTGT;SOR=0.448;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=94;WE=56104568;WS=56104550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr19	56114045	rs1077806	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=2.310;SC=CGCACCACCACCGCGTGCACT;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=48;WE=56114053;WS=56114035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr19	56114237	rs310459	G	A	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=57;PP=1935;SC=GGGCCGAGGAGGAGGAGGAGA;SOR=1.168;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=101;WE=56114245;WS=56114227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	56135983	rs117034576	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=2.792;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr19	56156447	rs11084406	A	G	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=74;PP=2097;ReadPosRankSum=0.474;SC=ACTCTGGGGAACGCCCGTTTC;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=130;WE=56156455;WS=56156437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,137:0.61:226
chr19	56160399	rs7246799	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=345;SC=CTGGGGTCCGTAGGAAGCCGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=56160407;WS=56160389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	56162776	rs2287791	C	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=23;PP=841;SC=AAGAAGGCAGCGCCAGTGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=56162784;WS=56162766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	56162881	rs519856	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=1.586;SC=GTGCATGGGGCGGGCGCTGAG;SOR=1.700;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=5;WE=56162889;WS=56162871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr19	56163704	rs73062531	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=858;ReadPosRankSum=0.375;SC=TCGCCGAGATCCTTTCTTCCC;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=41;WE=56163712;WS=56163694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr19	56170732	.	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=622;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TCAGGGATCCCCTGGGCCAGC;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=41;WE=56170740;WS=56170722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr19	56170771	rs537728	G	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=29;PP=829;SC=GTGTTGGCCGGCCTGTGGGTG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=56170779;WS=56170761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	56171778	rs507498	A	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=10;PP=821;SC=TGGAGCTTACATGGTTGCGGG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=56171786;WS=56171769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	56175149	rs310444	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=31;PP=904;SC=TTCTCCCCCAGTCCTGTTCCC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=56175157;WS=56175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	56180732	rs681804	T	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=23;PP=1161;SC=TGGGGGGGCATGTGAGGGGCC;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=56180740;WS=56180722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	56180968	rs617073	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=35;PP=1142;SC=TCGTGGAGGACGTGCGGGACG;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=56180976;WS=56180958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	56185250	rs664684	G	A	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=115;NR=61;PP=2965;SC=ACGCTGACTGGCTGTTGGGCG;SOR=1.333;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=176;WE=56185258;WS=56185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	56201146	.	A	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.181;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TTGGGGTGGGAGGGGTTGCTG;SOR=0.132;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=56201154;WS=56201136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	56220504	rs73062405	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	56222998	rs28527338	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=0.325;SC=TGACATCTTACAATGTCAATG;SOR=1.015;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=56223006;WS=56222988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	56223486	rs59900917	G	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GCTCCTGGGGGACGTATGTCT;SOR=1.101;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=56223494;WS=56223476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr19	56273902	.	CAA	AAC	2375	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=40.45;NF=51;NR=6;PP=2375;QD=42.604699559;SC=TGTTTGCAGTCAAAGGGCAGA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=114;TCR=17;TR=57;WE=56273912;WS=56273892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:74,57:0.44:131
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chr19	56274086	rs138079370	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQRankSum=-0.239;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	56274460	rs200071964	A	G	5498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.731;NF=130;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.882;SC=GTGGAAGTCAAGATGATCAGA;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=360;TCF=164;TCR=196;TR=272;WE=56274468;WS=56274450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,241:0.79:307
chr19	56274583	.	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.67;MQRankSum=-3.782;QD=10.98;ReadPosRankSum=-3.195;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr19	56284396	rs141642534	A	T	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=26.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	56288941	rs17708417	C	T	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=88;PP=2965;SC=TGGCTGAACACTTTAAACAAG;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=132;TCR=90;TR=220;WE=56288949;WS=56288931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	56289284	rs56312799	T	TC	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=816;SC=TAAATGTCTTTCCGTTCAATA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=56289292;WS=56289274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	56297249	rs59238812	C	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=49;PP=1519;SC=TGAAGGAAAACAGAGAGAGAA;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=56297257;WS=56297239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	56307583	rs2616940	A	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=35;PP=1150;SC=CGATTTCTTCACATTCGCTGG;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=63;WE=56307591;WS=56307573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	56307723	rs10422937	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=86;SC=CGATGATGTCTACTTGGAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56307731;WS=56307713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	56321344	.	T	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1560;ReadPosRankSum=0.455;SC=AATGGGAGCCTGGCCGTCAGG;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=72;WE=56321352;WS=56321334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,77:0.62:125
chr19	56321414	rs299163	C	A	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=61;PP=2872;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ATTTCGTGAGCAGTGAGGTGA;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=156;TCR=89;TR=168;WE=56321422;WS=56321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,174:0.68:256
chr19	56321517	rs7249635	T	C	5183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.738;SC=ATGCTCTCTCTCCCATCAGGA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=334;TCF=148;TCR=186;TR=219;WE=56321525;WS=56321507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,225:0.64:349
chr19	56368948	rs435148	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr19	56369189	rs441827	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=697;ReadPosRankSum=2.150;SC=TCCCAAGGAAGCTGGGAAACA;SOR=0.541;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=89;TCR=64;TR=56;WE=56369197;WS=56369179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,64:0.40:160
chr19	56369215	rs395503	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=808;ReadPosRankSum=1.135;SC=GTACAGTGATCATTCAAGGAC;SOR=0.504;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=67;WE=56369223;WS=56369205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr19	56369593	rs421810	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,55:0.26:209
chr19	56370166	rs379327	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=990;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TCAAGAGCCACCTTGATCATC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=83;WE=56370174;WS=56370156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,83:0.32:259
chr19	56390237	rs302453	A	T	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=56;PP=1886;ReadPosRankSum=-1.518;SC=ACCCTGCAGCAGCTCAACCTG;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=129;WE=56390245;WS=56390227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,141:0.60:236
chr19	56392875	rs302456	T	G	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1785;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CCCAGGCACTTCTGACGGCTG;SOR=0.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=111;WE=56392883;WS=56392865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,123:0.68:182
chr19	56392920	rs12975929	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=478;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CCATCACAGACGACTGTGACA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=48;WE=56392928;WS=56392910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,55:0.29:187
chr19	56393051	rs302457	T	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=48;PP=1534;SC=AAATCATTGATACTCTGAGTT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=56393059;WS=56393041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr19	56421775	rs11670284	C	T	138.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTACTTTGCCCAAGTAGCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=56421783;WS=56421765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr19	56435454	rs45565240	G	A	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=63;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.623;SC=ACTTGAGAGTGAAGAGACTGG;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=41;TCR=97;TR=91;WE=56435462;WS=56435444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr19	56443864	rs145915426	T	TTTTTTG	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.431;NF=0;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGTACACTTTTTTGTTGTTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=56443872;WS=56443854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr19	56459342	rs306507	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=702;ReadPosRankSum=0.244;SC=TCTCATATTCCGCCCTGGACA;SOR=0.857;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=59;WE=56459350;WS=56459332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,66:0.37:178
chr19	56459614	rs306506	G	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1332;ReadPosRankSum=1.610;SC=AATGTGTGTTGTAGTCCGCAG;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=103;TCR=135;TR=93;WE=56459622;WS=56459604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,101:0.39:261
chr19	56464058	rs306501	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr19	56467375	rs41481648	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.933;SC=TTGCCTGAAGCGGTGTCAATA;SOR=0.675;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=89;WE=56467383;WS=56467365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,95:0.56:171
chr19	56473270	rs117158881	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AAATGAGAAACCTCGTGATGG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=56473278;WS=56473268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	56477687	rs306497	A	G	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=71;PP=2090;SC=TGGAGTCCAAAGCTGTGAAGC;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=56477695;WS=56477677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	56477710	rs306496	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1414;SC=CTATGCAGGGTGCTGAGATCC;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=56477718;WS=56477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	56487430	rs306483	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.130;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	56487450	rs306482	T	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.60;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	56487603	rs306481	A	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=AATAGCCTGAAGGATGATGGG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=171;WE=56487611;WS=56487593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	56490778	rs306475	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9247;FS=2.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=399;ReadPosRankSum=0.074;SC=ACTGCCTGTTCACCTCCATCT;SOR=1.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=21;WE=56490786;WS=56490768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr19	56499279	rs306457	G	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=753;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTAATCCTTAGGCCGTCCAGT;SOR=0.672;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=69;WE=56499287;WS=56499269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,69:0.33:206
chr19	56499345	rs306455	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=481;ReadPosRankSum=-1.291;SC=GGCAAATACCAGGCGTTATCA;SOR=0.244;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=33;WE=56499353;WS=56499335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr19	56511082	rs35427984	C	G	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=73;PP=2697;SC=CTTTCCATGGCGATGTTATCA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=154;WE=56511090;WS=56511072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	56511217	rs12462690	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.341;SC=CATGACACACGGATCGAATCC;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=18;WE=56511225;WS=56511207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr19	56520063	rs16986872	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=544;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TGGTTCCCCTCCATAATTTGG;SOR=1.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=28;WE=56520071;WS=56520053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr19	56520125	rs74763333	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=946;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CTTCATTGAGGCCAGTCTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=71;WE=56520133;WS=56520115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr19	56538203	rs3103612	C	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=311;SC=TGACCTCCCACAGTGCTGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=56538211;WS=56538193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	56552230	rs2569425	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=357;ReadPosRankSum=0.201;SC=AAAGGAGGGAAAGATGGAACT;SOR=0.138;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=20;WE=56552238;WS=56552223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
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chr19	56564916	rs35553570	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.238;SC=AGGAATAAAGGAAACTCCAGT;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=11;WE=56564924;WS=56564906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr19	56565164	rs3103057	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=50;PP=1437;SC=CAGTGTTCTGGCGAGACTCGG;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=56565172;WS=56565154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	56569917	rs386875	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr19	56599437	rs5828672	CTCG	C	2016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=1369;SC=CGCCCGCGGCCTCGTCGTCGT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=27;WE=56599447;WS=56599422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr19	56614652	rs473045	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGGCTGCACCGAGGGCCCTGC;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=20;WE=56614660;WS=56614642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr19	56688781	rs111265125	G	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	56691912	rs274171	G	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr19	56693620	rs3745833	C	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=629;ReadPosRankSum=-1.423;SC=GGAAGGCCATCGGTGAGTGAG;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=56;WE=56693628;WS=56693610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,60:0.29:209
chr19	56693643	rs274174	T	C	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=82;PP=2208;SC=GGGAGTTAGATGTCTTCTCCT;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=129;WE=56693651;WS=56693633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	56702239	rs10425951	A	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=8.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQRankSum=-6.629;QD=2.30;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,22:0.18:121
chr19	56702323	rs4801296	C	T	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=TCACCTGTTACGTCAATACTC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=56702331;WS=56702313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	56703285	rs75028725	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,50:0.32:154
chr19	56703289	rs73617565	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
chr19	56717353	rs10419548	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=863;ReadPosRankSum=0.268;SC=GAGCCACCACAGTCCATGCCA;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=108;TCR=111;TR=74;WE=56717361;WS=56717343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,81:0.34:235
chr19	56718585	rs4801690	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CAGGCCAGCCAAGAGCTGCAG;SOR=0.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=113;TCR=127;TR=88;WE=56718593;WS=56718575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,90:0.35:259
chr19	56719405	rs12979551	A	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=326;ReadPosRankSum=0.394;SC=ATTCTCAGGAAGAGGACTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=25;WE=56719413;WS=56719395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr19	56719822	rs1865101	G	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-13.749;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,43:0.22:194
chr19	56719853	rs1865102	C	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-12.595;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,31:0.17:178
chr19	56733425	rs34187696	C	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,53:0.26:205
chr19	56758980	rs10405301	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAATATTCATTCTCCCCACAG;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=15;WE=56758988;WS=56758970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	56953863	rs8107758	T	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=23;PP=1460;SC=GCTTCTCTCCTGTATGAATGT;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=56953871;WS=56953853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	56953963	rs35914474	G	A	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=108;PP=2965;SC=CCCTTTCTTAGGTTTTACTAG;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=151;TCR=108;TR=259;WE=56953971;WS=56953953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	56969332	rs3745826	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=146;SC=GACACAGCAAAAAGGTGCCAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=56969340;WS=56969327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	56973848	rs35027158	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=57;PP=1735;SC=CACAGGCCCCTACCTAACCTG;SOR=2.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=70;WE=56973856;WS=56973838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	56978525	rs11881919	T	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=900;ReadPosRankSum=1.144;SC=GGCCACATCATGCTAAGGGGA;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=53;WE=56978533;WS=56978515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr19	56981382	rs3760848	T	C	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=970;ReadPosRankSum=1.780;SC=TCTGGCTTTATCTCTTGTCCT;SOR=0.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=64;WE=56981390;WS=56981372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr19	57006415	rs17207481	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.764;NF=17;NR=25;PP=732;ReadPosRankSum=2.028;SC=CTCCTAATCAAGTGTACAACG;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=42;WE=57006423;WS=57006405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,45:0.30:151
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chr19	57050721	rs78346163	G	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=0.512;SC=TTTGAAGCTGGTGGAGTGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=23;WE=57050729;WS=57050711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr19	57058998	rs34136271	C	G	5738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.285;SC=AACCTGGCATCGCTGGGTAAG;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=401;TCF=212;TCR=189;TR=252;WE=57059006;WS=57058988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,260:0.62:419
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chr19	57060573	rs2074941	C	T	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr19	57133633	rs35011777	C	T	11425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=1.443;SC=AGAAGCCCTACGTGTGCGGCG;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=185;TCR=206;TR=388;WE=57133641;WS=57133623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,408:1.00:409
chr19	57175484	rs7250003	A	G	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=85;PP=2815;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GGCAGGGGTAAGGCCGCTCTC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=177;WE=57175492;WS=57175474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,183:0.77:238
chr19	57175578	rs12610410	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=840;ReadPosRankSum=0.942;SC=GGGCTTCTCGCCTGTGTGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=120;TCR=115;TR=68;WE=57175586;WS=57175568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,70:0.28:248
chr19	57176198	rs8108756	T	G	4182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=99;PP=2825;ReadPosRankSum=-1.168;SC=AGATGAACGCTGAACAGTAGC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=129;TCR=160;TR=172;WE=57176206;WS=57176188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,184:0.60:307
chr19	57176304	rs12460400	T	G	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CTTCGGGCTCTCCCCAGGCGC;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=130;WE=57176312;WS=57176294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,140:0.62:224
chr19	57176482	rs12462469	C	T	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2367;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TCCTGGTTTTCCTGCAGGTCC;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=138;WE=57176490;WS=57176472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,148:0.69:214
chr19	57176820	rs12462993	C	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=524;ReadPosRankSum=0.286;SC=TCCACACTGGCTGCCAGGGAC;SOR=1.655;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=27;WE=57176828;WS=57176810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr19	57176838	rs12462995	C	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GACACTACCCCTCAACCCCTG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=20;WE=57176846;WS=57176828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr19	57290733	rs2286750	C	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=331;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GGGCTTCCCCCTCACTACTCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=22;WE=57290741;WS=57290723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
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chr19	57335179	rs1860566	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=53;PP=1679;SC=CATTTCTGAGTTCAAAACCCT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=57335187;WS=57335169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	57641146	rs1027392	A	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=50;PP=2197;SC=TTTTCTGGCAACATGCAGAAT;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=57641154;WS=57641136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	57641799	rs3795003	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1449;ReadPosRankSum=0.259;SC=GCTGACCTCAGAATCCAGTGA;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=81;WE=57641807;WS=57641789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr19	57642098	rs3764574	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TTCAAGAGGTGCCTCAACATC;SOR=0.737;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=42;WE=57642106;WS=57642088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,43:0.31:139
chr19	57642782	rs9973206	C	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=376;SC=AGGGGGAATACGAAGGTGACT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=57642790;WS=57642772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	57646218	rs17305549	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=562;ReadPosRankSum=1.223;SC=GCCATTTCAACATGGAATTCT;SOR=1.448;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=36;WE=57646226;WS=57646208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr19	57646249	rs59231549	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=782;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TTCCAGGCAACCATATCTTCC;SOR=1.089;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=52;WE=57646257;WS=57646230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr19	57646570	rs4801433	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=1.069;SC=TTATGTTGAATGAGGTTTTTC;SOR=1.718;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=29;WE=57646578;WS=57646560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr19	57647015	rs7251328	A	G	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=91;PP=2965;SC=GCTTGTAGGCATTTCCACAGT;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=136;TCR=91;TR=227;WE=57647023;WS=57647005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	57647236	rs7252632	T	C	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=71;PP=2666;SC=GATGGATTATTGCCAACTAAT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=67;TCR=71;TR=138;WE=57647244;WS=57647226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	57648277	rs4801200	A	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=0.288;SC=TCTTCCTCCAACCATGGCTCC;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=50;WE=57648285;WS=57648267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,50:0.32:156
chr19	57648433	rs2370135	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=52;PP=1362;SC=CGTATGCTTGTGTGAATATTT;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=57648441;WS=57648423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	57649901	rs17305556	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=970;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTCTCTGTTCGGGATTCAGCC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=64;WE=57649909;WS=57649891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,69:0.70:98
chr19	57649940	rs17305563	A	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1386;ReadPosRankSum=1.570;SC=TGAAGTTCACAGTGACATCCT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=98;WE=57649948;WS=57649930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,106:0.73:146
chr19	57654065	rs58537382	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=0.525;SC=TGAGGGAAAATGGAAAAGAAC;SOR=0.750;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=50;WE=57654073;WS=57654055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,51:0.30:169
chr19	57654104	rs59976893	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=689;ReadPosRankSum=1.535;SC=GCTTTGGAAGTTGGGGATCAT;SOR=0.752;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=49;WE=57654112;WS=57654094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,50:0.34:149
chr19	57654216	rs77434521	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.609;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr19	57654217	rs10426157	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.461;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr19	57665750	rs8108591	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GTCCAGTTGATATTATCAAGT;SOR=0.408;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=24;WE=57665758;WS=57665740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr19	57665888	rs10420848	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.265;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr19	57665927	rs74258096	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=0.234;SC=AGCCTTTTCCCACCTTTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=17;WE=57665935;WS=57665917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
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chr19	57666840	rs12459119	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTGAGACAGCGGTCTCTCTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=57666848;WS=57666830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr19	57742489	rs58264281	C	T	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=1.895;SC=ATCAGTGAGGCTGCAGGACGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=74;WE=57742522;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr19	57742493	rs142269286	AGGACGAGCAGGATT	A	3135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=2971;ReadPosRankSum=1.817;SC=GTGAGGCTGCAGGACGAGCAG;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=42;WE=57742522;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr19	57742514	rs150998448	G	GC	2369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=2963;ReadPosRankSum=1.253;SC=GATTGGAAGCGCCCCGGCCAG;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=40;WE=57742522;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,87:0.64:137
chr19	57743039	rs758098	T	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr19	57744824	rs148623255	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=1.495;SC=CTTTGCACCCACAGATAATAG;SOR=0.663;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=26;WE=57744832;WS=57744814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr19	57746489	rs369490639	GCA	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.410;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
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chr19	57760057	rs3746231	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CTCTCCCAAGGCACCTGTCCA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=82;WE=57760065;WS=57760047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,82:0.68:120
chr19	57760216	rs1019071	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=686;ReadPosRankSum=0.343;SC=TGGTTTCTCCGTCCTCCCAGC;SOR=0.908;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=40;WE=57760224;WS=57760206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr19	57764770	rs10421632	G	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TAAAAATCCAGTTATTCAGGA;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=76;WE=57764778;WS=57764760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,78:0.60:130
chr19	57765432	rs8100154	A	G	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.274;NF=53;NR=50;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CCTACCTCAAAAGGCACCAGC;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=103;WE=57765440;WS=57765422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,110:0.63:174
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chr19	57835252	rs4801216	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=537;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CTCCACAGCCCACTTGTTCTG;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=32;WE=57835260;WS=57835242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr19	57837926	rs8110400	C	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=465;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CCCCATCCTGCAGTCCCAGAT;SOR=0.452;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=34;WE=57837934;WS=57837916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr19	57838018	rs6510057	C	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=710;ReadPosRankSum=1.128;SC=TTTGTTCAAACCAGAGCTGAT;SOR=0.828;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=56;WE=57838026;WS=57838008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr19	57838058	rs150392165	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=571;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CAGGAGCTATGGATGGCTACA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=39;WE=57838066;WS=57838048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
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chr19	57839567	rs1968090	T	A	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;ReadPosRankSum=1.358;SC=CTTCAGCACCTCATCATCCAC;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=97;TR=140;WE=57839575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,148:0.68:218
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chr19	58213952	rs2074078	C	A	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=102;PP=2965;SC=GATGGCCCCACCGTCGCTTTT;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=177;WE=58213960;WS=58213942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	58231702	rs117201234	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GCCTGTGTCCGGTGTGAAATT;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=11;WE=58231710;WS=58231692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr19	58231807	rs2239986	A	G	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=70;PP=2965;SC=ATAGTAAGTCAGGGGCATTGG;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=176;WE=58231815;WS=58231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	58258466	rs60751243	G	T	7415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=125;NR=130;PP=2965;SC=TCAGGTAATTGTGGCGTCTTC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=255;WE=58258474;WS=58258456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	58258589	rs2074081	G	A	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=89;PP=2934;SC=CGCTCTCTATGGGCCCCCGTT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=148;WE=58258597;WS=58258579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	58262454	rs11419013	C	CT	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=1339;SC=ACTGCCCTCTCTCTCCTTGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=29;WE=58262462;WS=58262444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	58281192	rs74911211	T	TC	6911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.569;NF=21;NR=114;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GAGCCCGCGTTCCCCCCCCGC;SOR=0.782;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=23;TCR=137;TR=135;WE=58281200;WS=58281182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,250:0.96:261
chr19	58281374	rs2285614	G	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=619;SC=GCGCCGGCGGGTGGGATCCCT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=58281382;WS=58281364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr19	58290301	rs200171139	C	T	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1902;ReadPosRankSum=0.088;SC=CAGGAATGTTCGCACTGGAGA;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=121;WE=58290309;WS=58290291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,127:0.62:206
chr19	58291228	rs2158013	A	G	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=92;PP=2789;SC=AGTTCACACCAGATCAAGGTG;SOR=1.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=37;TCR=92;TR=129;WE=58291236;WS=58291218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr19	58310732	rs79759180	T	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=537;ReadPosRankSum=1.472;SC=ATATTCTGTATGTGTCCTGAT;SOR=1.030;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=34;WE=58310740;WS=58310722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr19	58326001	rs2303817	A	G	13685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=1.685;SC=AGAGCCGTAAACAGGTGCCGC;SOR=0.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=489;TCF=247;TCR=242;TR=486;WE=58326009;WS=58325991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,508:1.00:509
chr19	58341978	rs56386189	C	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CATCATCACCCAAAAGCCTGT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=93;WE=58341986;WS=58341968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,95:0.56:169
chr19	58352522	rs12981244	G	A	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQRankSum=-0.333;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,152:0.25:601
chr19	58361328	rs28374851	G	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-0.389;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr19	58361334	rs28577146	G	A	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.36;QD=35.23;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	58361371	rs139873841	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.894;NF=50;NR=39;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GTGACGGCGACCACTGCTCCC;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=89;WE=58361379;WS=58361361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
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chr19	58370727	rs77825740	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=17.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-12.729;QD=0.17;ReadPosRankSum=0.590;SOR=1.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,34:0.13:269
chr19	58371136	rs10405648	G	C	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.855;NF=79;NR=54;PP=2036;ReadPosRankSum=-1.591;SC=ATCATCTTCTGGTTCATGAGA;SOR=1.397;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=266;TCF=148;TCR=118;TR=133;WE=58371144;WS=58371126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,117:0.46:253
chr19	58371456	rs141258730	G	A	4673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.937;NF=102;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACATTTCAGCGAAGCTCTACC;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=319;TCF=168;TCR=151;TR=189;WE=58371464;WS=58371446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,205:0.61:334
chr19	58374130	rs7253130	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=704;ReadPosRankSum=1.120;SC=ATGGGACATTCTGAGGGACCC;SOR=0.630;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=47;WE=58374138;WS=58374120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr19	58374149	rs112449475	G	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=1237;ReadPosRankSum=1.799;SC=CCGGAGGCAGGGTGCCACCTC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=71;WE=58374157;WS=58374139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr19	58385954	rs10412929	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.029;NF=10;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CACATTCATGTTTTTTTTCAG;SOR=0.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=15;WE=58385962;WS=58385944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr19	58386651	rs12610589	C	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.545;NF=21;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=-1.742;SC=AAGGCACAGACCACCCACAAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=34;WE=58386659;WS=58386641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr19	58386762	rs7252219	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.733;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr19	58419100	rs143399338	AGATTC	A	2197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.941;NF=7;NR=25;PP=1695;ReadPosRankSum=1.069;SC=CCCTGAAAAAAGATTCTGGAT;SOR=0.418;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=32;WE=58419112;WS=58419090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr19	58419841	rs10414704	G	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.998;NF=42;NR=23;PP=996;ReadPosRankSum=0.904;SC=CACTCATAAGGCCTTTCTCCA;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=65;WE=58419849;WS=58419831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr19	58419874	rs10415951	T	C	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.380;NF=57;NR=33;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTGTGTTTAATGAGACGGGAT;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=106;TCR=68;TR=90;WE=58419882;WS=58419864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr19	58420162	rs10416584	T	C	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.043;NF=82;NR=62;PP=2527;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CCCACATTCATTGCATTCATA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=144;WE=58420170;WS=58420152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,120:0.52:233
chr19	58420699	rs3745133	C	A	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.779;NF=80;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=2.048;SC=AGTGTGAACACGCTGATGGCT;SOR=0.948;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=344;TCF=174;TCR=170;TR=181;WE=58420707;WS=58420689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,142:0.46:306
chr19	58437629	rs147202003	T	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.046;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.624;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,32:0.19:168
chr19	58437644	.	AGT	A	461.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.109;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.523;QD=2.82;ReadPosRankSum=-4.110;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,22:0.13:164
chr19	58437647	.	A	AGG	326.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.005;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.656;QD=2.11;ReadPosRankSum=-4.006;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,19:0.12:155
chr19	58437654	.	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.733;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.279;QD=0.71;ReadPosRankSum=-4.282;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,12:0.08:143
chr19	58437656	.	GGTTTCAGCA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.138;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=7.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.661;QD=0.31;ReadPosRankSum=-4.086;SOR=1.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,10:0.07:146
chr19	58439306	rs7253514	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=526;ReadPosRankSum=2.040;SC=CACAAGAGTGGGCCTTCTTGG;SOR=0.476;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=45;WE=58439314;WS=58439296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,49:0.37:134
chr19	58455381	rs257652	C	T	6294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=97;PP=2965;SC=GAAGACCCCACTCCTTCCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=218;WE=58455389;WS=58455371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	58458711	rs2161616	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	58469892	rs79804234	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=610;ReadPosRankSum=0.419;SC=TCTGGGAGCAAGCCACGCCCA;SOR=0.188;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=42;WE=58469900;WS=58469882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr19	58470137	rs147492862	T	TG	70.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=68;SC=GGAATAAAAATGGAGACAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=58470145;WS=58470127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	58470153	rs77115785	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=53;SC=CAAAAGGGGTGAGGGAAAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=58470161;WS=58470143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	58472948	rs10588188	GCA	G	3055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=44;PP=2105;SC=GAATTTAGAAGCACAGTTTTC;SOR=2.269;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=45;WE=58472971;WS=58472938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	58472963	rs8102308	T	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=43;PP=1242;SC=GTTTTCATGATGAATAATTCA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=58472971;WS=58472938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	58483709	rs3810128	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=170;SC=CTTGTCTAACACACATGAAGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=58483717;WS=58483708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	58483954	rs11668548	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=52;PP=1571;SC=GAAATAACTTAGCATTAGAGA;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=58483962;WS=58483944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	58485439	rs257676	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=20;PP=1472;SC=GATTCTCACTCCACTGAATGA;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=58485447;WS=58485429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	58485828	rs7249794	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=24.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr19	58490929	rs75971696	T	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.116;SC=ATTCATTGTATTTATACGCTT;SOR=0.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=61;WE=58490937;WS=58490919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr19	58491627	rs11673029	T	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AATGCTTTGCTTTCAAGATTT;SOR=0.537;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=234;TCF=114;TCR=120;TR=88;WE=58491635;WS=58491617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,88:0.35:250
chr19	58500271	rs11880378	T	G	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=194;SC=CTCATATTTGTTATATACTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=58500279;WS=58500261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	58511150	rs10451433	C	T	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=36;PP=1751;SC=ACATCATCCTCTGGGAACAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=58511158;WS=58511140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	58512227	rs10406352	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr19	58512227	.	GT	AC	225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=14;PP=225;QD=14.6562039401;SC=GAGCCCAAGGGTGTGTAAAAA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=19;WE=58512236;WS=58512217;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:46,19:0.29:65
chr19	58512228	rs11670666	T	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=48;PP=776;SC=AGCCCAAGGGTGTGTAAAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=63;WE=58512236;WS=58512217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	58512862	rs45512397	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TAAGAAAAGAGAATTTACATG;SOR=1.050;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=38;WE=58512870;WS=58512852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr19	58513477	rs4801242	G	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=12;PP=1854;SC=CGAAAACGCAGAATGCAAACC;SOR=2.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=78;WE=58513485;WS=58513467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	58513807	rs4801243	A	C	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=96;PP=2965;SC=GCGCAGCAGGATCGGGGTCTG;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=167;WE=58513815;WS=58513797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	58513878	rs113843235	A	G	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.323;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1530;ReadPosRankSum=0.461;SC=TGCGCTTGGGAGCTCCCGGCG;SOR=0.386;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=89;WE=58513886;WS=58513868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,95:0.66:144
chr19	58514095	rs141913767	A	AC	5111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=75;PP=2975;SC=GGCTCTCCTGACCCCCCAAGC;SOR=0.915;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=103;WE=58514104;WS=58514085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	58514183	rs9304808	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=887;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TTCCCCGGCGTCGACCGGAGC;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=59;WE=58514191;WS=58514173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr19	58514475	rs9304809	G	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1286;ReadPosRankSum=1.331;SC=TCGTGGTACCGGGTTTCCCGG;SOR=0.591;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=147;TCR=142;TR=100;WE=58514483;WS=58514465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,104:0.34:307
chr19	58517213	rs77044963	C	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=1.292;QD=21.74;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr19	58520652	rs146263302	G	GT	3480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.625;NF=46;NR=25;PP=2946;ReadPosRankSum=-0.182;SC=AGTGAGTAATGTAAGTTTTTT;SOR=0.389;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=71;WE=58520660;WS=58520642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr19	58549366	rs159870	C	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=614;ReadPosRankSum=1.134;SC=GGCCGCACCTCGCGCTGGGCC;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=52;WE=58549374;WS=58549356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,60:0.33:182
chr19	58549593	rs2241406	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=443;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CGCAGGCTTCCTGCCCCGGGC;SOR=0.568;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=36;WE=58549601;WS=58549583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr19	58565431	rs8104122	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TGGCCAGCCTCGGGCCTCGGC;SOR=0.646;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=18;WE=58565439;WS=58565421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr19	58572959	rs2288274	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=426;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AGCAAGTGACGTTTGAGGACG;SOR=0.713;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=41;WE=58572967;WS=58572949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr19	58572979	rs1469087	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=3.034;SC=GTGGTAGTGGGCTTCAGCCAG;SOR=0.841;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=41;WE=58572987;WS=58572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,46:0.34:135
chr19	58579927	rs12461217	A	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACGTACATTCATACACAAGCC;SOR=0.299;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=12;WE=58579935;WS=58579917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr19	58601221	rs2547354	T	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,89:0.36:250
chr19	58601250	.	C	G	4420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=76;PP=2893;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TCCAGGACATCAGCGAGGCCC;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=270;TCF=150;TCR=120;TR=177;WE=58601258;WS=58601240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,191:0.67:285
chr19	58629609	.	G	A	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=43;PP=1872;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCCAGCCCCAGCCGCTCTGGA;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=122;WE=58629617;WS=58629599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,129:0.64:202
chr19	58629830	rs8108978	A	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=35;PP=944;SC=GCCTAGTGCGACGAGGGCGGG;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=58629838;WS=58629820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	58629878	rs8109275	G	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=315;SC=GGCCGCAGCTGCCTGGCAGCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=58629886;WS=58629868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	58718247	rs45601339	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr19	58718360	rs59557917	A	AG	2388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=33;PP=2166;SC=GGTCCCCGGGAGCCCTGGACC;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=47;WE=58718368;WS=58718350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr19	58791254	.	A	T	243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=14;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=59.05;NF=4;NR=10;PP=243;QD=19.8408008962;SC=ACTTTTTTTTATTTTTTGTCG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=14;WE=58791262;WS=58791235;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr19	58858231	rs3214663	GC	G	2171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=14;PP=1813;SC=TTTAAACAGAGCCTCTCTTCA;SOR=2.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=43;WE=58858239;WS=58858221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	58858614	rs11345647	AG	A	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=19;PP=1685;SC=AGCGCTAACCAGGGGTGCCCA;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=44;WE=58858622;WS=58858604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58858676	rs1265957	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=74;PP=2965;SC=CCAGGCAAACATCAGCAGACG;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=186;WE=58858684;WS=58858666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	58859052	.	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.018;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.276;NF=3;NR=18;PP=1456;ReadPosRankSum=2.386;SC=GCCCCAGGCCACGCCCCAGGC;SOR=1.714;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=21;WE=58859074;WS=58859042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	58859054	rs113490434	GC	G	447.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.486;NF=2;NR=25;PP=1835;ReadPosRankSum=2.081;SC=CCCAGGCCACGCCCCAGGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=27;WE=58859074;WS=58859042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	58859055	rs144085420	C	CCCCAGGCCGCG	204.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.650;NF=2;NR=25;PP=2102;ReadPosRankSum=1.109;SC=CCAGGCCACGCCCCAGGCCAC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=27;WE=58859074;WS=58859042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr19	58859066	rs1265959	A	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=24;PP=1181;SC=CCCAGGCCACACCCCAGGCCA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=58859074;WS=58859042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	58864479	rs893184	T	C	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=117;PP=2965;SC=AGTCTCCAGGTGGGCCTGGCA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=133;TCR=118;TR=250;WE=58864487;WS=58864469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	58864867	rs2375470	A	G	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=60;PP=2012;SC=ATGAGGCCCCAAGGGAGGGCG;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	58864879	rs3833872	T	TG	2443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=43;PP=1898;SC=GGGAGGGCGGTGGGGTGGCTC;SOR=1.936;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=45;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	58868480	rs12609654	G	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,56:0.24:238
chr19	58869515	rs6146577	GTCCCC	G	1918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.573;NF=14;NR=20;PP=1375;ReadPosRankSum=1.919;SC=TCCCTGGGTAGTCCCCTCCAC;SOR=0.902;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=125;TCF=43;TCR=82;TR=34;WE=58869527;WS=58869505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,57:0.29:196
chr19	58870003	rs10692126	T	TGAG	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=1365;ReadPosRankSum=1.095;SC=CTAGCAGATCTGAGAAAACAA;SOR=0.470;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=30;WE=58870011;WS=58869993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr19	58870087	rs11332731	TG	T	5832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.17;MQRankSum=1.895;NF=43;NR=78;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CACACAGGTGTGGACTGGAGA;SOR=0.477;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=211;TCF=80;TCR=131;TR=121;WE=58870095;WS=58870077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,184:0.59:314
chr19	58871130	rs6510138	C	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-0.515;SC=ACGAGGTCAGCAATTCCAAGA;SOR=0.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=58871138;WS=58871120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	58879965	rs7255489	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=2652;ReadPosRankSum=-0.580;SC=ACACTGGGGGACTCTTGCCCG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=132;WE=58879984;WS=58879954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,132:0.97:136
chr19	58879976	rs7255596	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=71;PP=2313;ReadPosRankSum=0.882;SC=CTCTTGCCCGCCTGCTGCTGC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=128;WE=58879984;WS=58879954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr19	58898193	rs975947	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=668;ReadPosRankSum=2.962;SC=CACTGGGCCTCACTCCGCTAA;SOR=0.217;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=46;WE=58898201;WS=58898176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,50:0.83:60
chr19	58898436	rs731835	T	C	96.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTAGCGGACATCCGCCAGGCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=58898444;WS=58898426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	58908150	rs13343526	C	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	58920104	rs145105239	ACGGGAGTTC	A	842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.043;NF=13;NR=5;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GGCGCGGGCCACGGGAGTTCC;SOR=0.346;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=18;WE=58920120;WS=58920094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr19	58928302	rs10423138	T	C	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1431;ReadPosRankSum=0.179;SC=ATGGGGCAGCTTTCCCACCTG;SOR=0.477;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=90;WE=58928310;WS=58928292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,94:0.70:134
chr19	58928786	rs7257872	A	G	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1388;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTATGAGTGTACAGAATGTGG;SOR=0.474;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=74;WE=58928794;WS=58928776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,79:0.65:121
chr19	58929052	rs3764535	G	A	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1731;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AGTGTGGGAAGGCCTTCAAAC;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=117;WE=58929060;WS=58929042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,125:0.71:176
chr19	58929136	rs3764534	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CACATGGGAAGGTCGTTAGCT;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=52;WE=58929144;WS=58929126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr19	58929194	rs3764533	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AAAGGAGGTTAAGGAGAGTGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=58929202;WS=58929184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr19	58945962	rs9941466	C	T	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=64;PP=2639;SC=CAGTGTGAAACTTTTTATTAC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=135;WE=58945970;WS=58945952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	58946056	rs1465789	G	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1474;ReadPosRankSum=0.522;SC=CAGATGGTTGGGGAGAGTGGA;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=87;WE=58946064;WS=58946046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,94:0.60:156
chr19	58951123	rs7259841	T	C	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1273;ReadPosRankSum=0.269;SC=ACACTCCACTTACCTGCGCCG;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=85;WE=58951131;WS=58951113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr19	58962958	rs893188	C	T	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=64;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GCAATGTGAGCTCTGGGGGCT;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=123;WE=58962966;WS=58962948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,136:0.67:204
chr19	58963018	rs893187	C	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=1219;ReadPosRankSum=2.150;SC=CAGGCCACACCGGTGGTCTGG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=74;WE=58963026;WS=58963008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr19	58982384	rs10418774	A	G	8584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=147;PP=2965;SC=TCCGGCTTAGAGAAAAGACAC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=148;TCR=147;TR=294;WE=58982392;WS=58982374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	58983549	rs11673703	G	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1022;ReadPosRankSum=0.689;SC=CTGGCCTTCTGTGAATCCCTT;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=68;WE=58983557;WS=58983539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr19	58989495	rs893185	A	C	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=47;PP=1819;ReadPosRankSum=1.956;SC=CCCTGAGGGGAACCATGGACA;SOR=0.835;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=93;TCR=73;TR=109;WE=58989503;WS=58989485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,118:0.67:175
chr19	58991900	rs882610	G	A	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=76;PP=1970;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CACCCCCGACGCTCACTCACA;SOR=1.213;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=210;TCF=84;TCR=126;TR=118;WE=58991920;WS=58991890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,123:0.57:217
chr19	59010593	rs4801274	A	G	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=226;PP=2965;SC=TCCATCTGCAAGGAGGGAGCC;SOR=1.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=112;TCR=226;TR=338;WE=59010601;WS=59010583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	59010819	rs2278497	G	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=2.642;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr19	59025685	rs4801602	A	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=34;PP=791;SC=CCCCTGCGGAAGACAGGGCGG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=59025693;WS=59025675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	59027672	rs74733770	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=463;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AACAGAACAGTGCCAGTGCCC;SOR=0.266;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=32;WE=59027680;WS=59027662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr19	59068295	.	G	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=738;ReadPosRankSum=0.789;SC=TCTTGTAGAAGCCCTGGGAGG;SOR=0.810;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=57;WE=59068303;WS=59068285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr19	59082605	rs3752109	C	T	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=53;PP=2161;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTCCTCATAGCGGAAGCACCG;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=115;TCR=85;TR=130;WE=59082613;WS=59082595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,138:0.63:218
chr20	76962	rs6111385	T	C	30350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=564;NR=551;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGCCACCATCTGAGGCCACTA;SOR=0.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1117;TCF=564;TCR=553;TR=1115;WE=76970;WS=76952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1147:1.00:1148
chr20	126310	rs11467417	ACC	A	30938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=399;PP=2969;SC=GATGGCTCCTACCCCCGTTTC;SOR=1.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=469;TCF=41;TCR=428;TR=437;WE=126319;WS=126300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,705:1.00:705
chr20	138004	rs6055356	G	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=506;SC=TGGGTGGCCTGAAATTTCCTG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=138012;WS=137995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	139362	rs6055460	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=2;PP=924;ReadPosRankSum=0.390;SC=CAAAACCAACGTGCCTTCAGT;SOR=2.347;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=41;WE=139370;WS=139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr20	139409	rs12624951	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=9.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,24:0.20:118
chr20	139456	rs12624954	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.819;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,49:0.15:330
chr20	139576	rs16995685	C	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:505,70:0.12:575
chr20	139745	rs4142304	T	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1101;SC=CTTCTTCCTTTTGGTTTCTTG;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=139753;WS=139735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	168466	rs4813042	T	A	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=1.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=52;PP=2946;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGCTGCTGGATTAGGCAGCAC;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=186;TCF=129;TCR=57;TR=164;WE=168474;WS=168456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,168:0.88:191
chr20	168728	rs4813043	T	A	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AGCCTGTTACTTTATTGAAGC;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=111;TCR=127;TR=210;WE=168736;WS=168718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,227:0.89:254
chr20	207889	rs2298149	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.234;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,23:0.14:159
chr20	208168	rs6110460	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.867;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr20	210061	rs13045643	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,32:0.12:260
chr20	238435	rs66489228	CTGGTCT	C	10344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.158;NF=35;NR=127;PP=2970;ReadPosRankSum=1.273;SC=GTTCCTGCTCCTGGTCTTGGC;SOR=0.954;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=228;TCF=48;TCR=180;TR=162;WE=238448;WS=238425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,256:0.77:332
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chr20	238530	rs412143	T	G	5102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.703;QD=29.16;ReadPosRankSum=1.750;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,130:0.74:175
chr20	238540	rs416360	C	T	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=1.547;QD=31.67;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,120:0.78:154
chr20	239664	rs420525	T	C	1411.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=1071;ReadPosRankSum=1.525;SC=GACGCTTTAGTAGCCCTGTGC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=51;WE=239672;WS=239654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,52:0.91:57
chr20	239688	rs399083	G	A	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.55;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,92:0.91:101
chr20	239697	rs399094	G	C	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.14;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,106:0.92:115
chr20	259818	rs6035541	G	A	8402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CTCACCGCCAGGGTGTCCTGC;SOR=0.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=279;TCR=104;TR=338;WE=259826;WS=259808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,339:0.88:386
chr20	260053	.	C	A	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.175;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=8.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.43;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,79:0.83:95
chr20	271135	rs3215551	G	GC	2469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=2974;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=78;WE=271143;WS=271125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	278515	rs2223665	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=68;PP=2428;SC=GCCGCGGGGATCCGAAGGGCC;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=278523;WS=278505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	278687	rs5839847	CCGG	C	5735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-4.692;NF=81;NR=65;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CCAGGATGAGCCGGCGGCGGC;SOR=1.874;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=134;TCR=101;TR=146;WE=278711;WS=278677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,219:0.97:226
chr20	334317	rs5839855	TC	T	22577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.218;NF=101;NR=460;PP=2973;ReadPosRankSum=2.132;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;SOR=0.870;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=584;TCF=101;TCR=483;TR=561;WE=334331;WS=334307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,858:1.00:860
chr20	371972	rs6051637	T	C	5351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.292;SC=TGGAGCCCTATGCGCGGCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=185;TCR=67;TR=208;WE=371980;WS=371962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,218:0.81:268
chr20	377226	rs6115830	C	T	9666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TGCCCTTAGCCCCAACCCGAT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=465;TCF=245;TCR=220;TR=391;WE=377234;WS=377216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,401:0.83:481
chr20	397928	rs6115906	C	T	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=2.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=91;PP=2926;ReadPosRankSum=1.158;SC=TGGAGGCCCTCGTGTGCTGCC;SOR=0.953;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=159;WE=397936;WS=397918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,160:0.79:202
chr20	398039	rs67707964	TTG	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr20	398278	rs11698154	G	T	7644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.005;SC=GTGAGGAGGCGGAGGGCGACA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=219;TCR=117;TR=291;WE=398286;WS=398268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,299:0.87:344
chr20	442937	rs708978	C	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=6;PP=315;SC=CCCCCCGGGCCGCCCTCGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=442945;WS=442927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	488930	rs74119	C	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=16;PP=2965;SC=ACTCTGCTTCCTCACTGCAAA;SOR=3.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=107;TCR=16;TR=123;WE=488938;WS=488920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	590456	rs282164	A	G	6588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.822;SC=TGCCCGCGGCACGGAAGCACG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=313;TCF=169;TCR=144;TR=268;WE=590464;WS=590446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,280:0.85:329
chr20	590542	rs2754502	CG	GC	19059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=216;PP=2947;SC=GCCAGGCGCACGGTCTCGATC;SOR=0.919;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=408;TCF=185;TCR=223;TR=399;WE=590551;WS=590532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr20	590900	rs183989	T	C	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=59;PP=1699;SC=GCCGCGTCCCTCCGTGCGCCG;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=590908;WS=590890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	628890	rs6053666	T	C	18066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=352;NR=367;PP=2962;ReadPosRankSum=0.438;SC=ACCCCTACCTTCGTGGAGTTG;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=827;TCF=403;TCR=424;TR=719;WE=628898;WS=628880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,741:0.87:851
chr20	656407	rs146589074	T	TGGC	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr20	741653	rs3215628	CG	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.384;QD=1.84;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,19:0.15:125
chr20	741847	rs910857	A	G	5237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.603;SC=CCTTGACGTAACTGAGGCAGC;SOR=0.386;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=233;TCF=100;TCR=133;TR=204;WE=741855;WS=741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,221:0.88:252
chr20	742237	rs3746801	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,10:0.15:68
chr20	742239	rs6054589	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=4;PP=1212;SC=CCCGGGAGGGTCCCACAGACC;SOR=4.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=67;WE=742247;WS=742235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	744662	rs3833341	A	ACAGGTCAAT	1839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.545;NF=0;NR=25;PP=2954;ReadPosRankSum=0.232;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=25;WE=744670;WS=744652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr20	746423	rs11467076	GTATCTGCCC	G	7544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.19;MQRankSum=0.882;NF=12;NR=92;PP=2938;ReadPosRankSum=1.645;SC=GGCCATGGCGGTATCTGCCCT;SOR=0.641;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=130;TCF=12;TCR=118;TR=104;WE=746439;WS=746413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,185:0.84:220
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chr20	982892	rs6056520	G	A	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.376;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=75;PP=1896;ReadPosRankSum=0.549;SC=CGGCGGGCGCGGGGGCTGCTG;SOR=4.251;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=99;TCF=7;TCR=92;TR=77;WE=982900;WS=982882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,80:0.78:103
chr20	1099329	rs2072962	A	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=7;PP=1080;ReadPosRankSum=0.142;SC=AGAGGGAAGCAGAGTTATAGC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=63;TCR=8;TR=59;WE=1099337;WS=1099328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,62:0.84:74
chr20	1099523	rs1803415	T	G	18721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=978;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=371;NR=420;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CACGGTTACTTCGGCTTGGGT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=969;TCF=457;TCR=512;TR=791;WE=1099531;WS=1099513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,794:0.82:972
chr20	1099666	rs2072961	G	C	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=75;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GTCTGGGGCAGATGGCAGCGT;SOR=0.463;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=8;TCR=85;TR=83;WE=1099674;WS=1099656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,83:0.89:93
chr20	1108262	rs6040024	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=699;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ATGGAAGAACCTTTTATTTCT;SOR=1.890;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=32;WE=1108270;WS=1108252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr20	1115402	.	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=997;ReadPosRankSum=0.587;SC=CTTCCATGACCCTTCCCATGA;SOR=1.071;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=50;WE=1115410;WS=1115392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,53:0.87:61
chr20	1115529	rs4813939	A	G	10199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=223;NR=156;PP=2965;SC=GGTGGTAAACAAGGAGGGGCA;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=380;TCF=223;TCR=157;TR=379;WE=1115537;WS=1115519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr20	1115919	rs2235587	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=4.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,35:0.17:205
chr20	1221171	rs970084	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.650;SC=TATTATAGGAGATAGTCAATC;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=1221179;WS=1221161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr20	1277157	rs6109320	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,20:0.16:123
chr20	1285933	rs3795139	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,60:0.14:439
chr20	1286711	rs4813082	T	C	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=83;PP=2324;SC=GGGCCCATTCTGGCAGCGGCG;SOR=1.438;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=52;TCR=83;TR=135;WE=1286719;WS=1286688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	1292964	rs4814110	T	C	12862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=320;NR=118;PP=2965;SC=CCCTCCCTGGTGCGGCCACCA;SOR=2.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=321;TCR=119;TR=438;WE=1292972;WS=1292954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr20	1293008	rs2273958	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:722,110:0.13:832
chr20	1293046	rs1048621	G	A	22458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1070;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=490;NR=436;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AGCCCGTTGCGGGCCGCAGAA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1055;TCF=560;TCR=495;TR=926;WE=1293054;WS=1293036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,938:0.88:1069
chr20	1293247	rs2273959	C	T	17807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=368;NR=356;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.193;SC=CGAACCACCACGACAATCTTA;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=881;TCF=449;TCR=432;TR=724;WE=1293255;WS=1293237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,737:0.82:900
chr20	1298794	rs6078610	G	A	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=89;PP=2965;SC=AGTGGTTTTCGTGAAGCCTCA;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=222;WE=1298802;WS=1298784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr20	1300395	rs6041382	G	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=335;ReadPosRankSum=0.585;SC=CTGGGCATTAGGGGTGTGAGT;SOR=0.191;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=1300403;WS=1300385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr20	1350672	rs6041749	T	C	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=2.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=48;PP=2656;ReadPosRankSum=0.031;SC=TCCATATGGATTCATGTGCAC;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=111;TCR=55;TR=147;WE=1350680;WS=1350662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,153:0.88:173
chr20	1356261	rs6074549	G	C	24359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=433;NR=432;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TGAAAAAGACGACTGTAACAT;SOR=0.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=869;TCF=435;TCR=434;TR=865;WE=1356271;WS=1356251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,886:1.00:887
chr20	1424303	rs6891	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=18;PP=1394;ReadPosRankSum=0.149;SC=ACTGCTGGGTGTGCACAAGGG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=81;WE=1424311;WS=1424293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,80:0.86:93
chr20	1426393	rs9575	C	T	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=34;PP=2479;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TCTGATTCGTCGATTAAGATG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=128;TCR=42;TR=138;WE=1426401;WS=1426383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,142:0.82:174
chr20	1435905	rs6042377	T	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1371;SC=TACTGGCTAGTTGGGAACACA;SOR=3.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=1435913;WS=1435895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	1457045	rs6042499	T	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=760;ReadPosRankSum=1.208;SC=CCACGCCTCATTGCTGCCCAT;SOR=3.912;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=1457053;WS=1457035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr20	1457910	rs6135048	C	A	6416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.057;SC=CTGCTCCCTTCCCATGACCAA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=184;TCR=123;TR=261;WE=1457918;WS=1457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,264:0.85:309
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chr20	1517979	rs2256229	G	A	4642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.330;SC=GCAAAACTATGTGTTCCATGA;SOR=1.142;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=224;TCF=91;TCR=133;TR=183;WE=1517987;WS=1517969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,193:0.82:235
chr20	1520883	rs2256520	T	C	7498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=2.895;SC=AGGGAATATGTTCTCTCCTAG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=141;TCR=127;TR=266;WE=1520891;WS=1520873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,282:0.99:284
chr20	1532595	rs2249317	T	C	15440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=289;NR=276;PP=2965;SC=GGTAAGGTATTGGGTACGCTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=566;TCF=289;TCR=277;TR=565;WE=1532603;WS=1532585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr20	1538249	rs2250055	C	T	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=28;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCAGCAGATACAGCAGTAAGG;SOR=1.086;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=97;WE=1538257;WS=1538239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,108:0.84:129
chr20	1546742	rs2243602	T	A	11748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=267;NR=150;PP=2965;SC=TGGGCCCTCCTGCTGGCCTTG;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=267;TCR=150;TR=417;WE=1546750;WS=1546732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr20	1546911	rs2243603	C	G	9109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=214;PP=2965;SC=GCCAGCGCTGCTTCTGGAAAT;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=109;TCR=214;TR=323;WE=1546919;WS=1546901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr20	1551485	rs2254458	C	T	12456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CCTTCTGGTGCGCTGAGATCT;SOR=0.369;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=452;TCF=264;TCR=188;TR=449;WE=1551493;WS=1551475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,458:1.00:459
chr20	1552430	rs2253427	T	C	20680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=380;NR=358;PP=2965;SC=TGATGTGGGCTATCTCGCAGA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=739;TCF=380;TCR=359;TR=738;WE=1552438;WS=1552420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,751:1.00:751
chr20	1558991	.	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DP=652;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.662;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:568,82:0.13:650
chr20	1615959	rs9305125	T	C	8190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.887;SC=CTGTGACCTCTAGGGCAAGGC;SOR=0.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=227;TCR=134;TR=319;WE=1615967;WS=1615949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,326:0.89:367
chr20	1617163	rs41275438	G	T	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TACAAAAGGGGCATCGATAAA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=140;TCR=135;TR=227;WE=1617171;WS=1617153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,235:0.81:289
chr20	1629547	rs6110775	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=739;ReadPosRankSum=0.790;SC=GTCCCTGGGCTTCAACTCACC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=31;WE=1629555;WS=1629537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr20	1629604	rs6074948	A	C	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.83;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,88:0.77:115
chr20	1629604	.	AAA	CAG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=62;NR=14;PP=2944;QD=20;SC=TGAGCACTGAAAATCACACCT;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=76;WE=1629614;WS=1629594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr20	1629606	rs6110777	A	G	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.45;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,95:0.77:124
chr20	1629906	rs6079967	C	T	6311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.453;NF=157;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AGATTAATTCCCGGCCTGGTC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=186;TCR=108;TR=246;WE=1629914;WS=1629896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,254:0.82:308
chr20	1638231	rs66989667	G	A	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CAAGTCCAGGGGCAAGGCTAG;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=171;TCR=108;TR=243;WE=1638239;WS=1638221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,250:0.87:288
chr20	2290333	rs214803	C	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=24;PP=2185;SC=AACTGGCAGACGGCCTTCAAC;SOR=2.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=96;WE=2290341;WS=2290323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	2290532	rs214804	T	G	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=131;PP=2965;SC=TAGCCCTTGTTCATTCAAGGA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=73;TCR=131;TR=204;WE=2290540;WS=2290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr20	2290547	rs214805	C	T	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=104;PP=2965;SC=CAAGGACTGACGGGGACCACA;SOR=1.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=50;TCR=104;TR=154;WE=2290555;WS=2290537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	2315929	rs2076406	C	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=63;PP=1928;SC=GGTAATGGGGCTCCCCATCCT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=2315937;WS=2315919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	2321105	rs214830	G	C	10745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=124;PP=2965;SC=GCCCAAGGAGGGGTCCCGGGT;SOR=1.579;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=256;TCR=125;TR=380;WE=2321113;WS=2321095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr20	2321363	rs214831	A	G	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=85;PP=2705;ReadPosRankSum=0.633;SC=ATGGACCTCCAGGCTCCAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=119;WE=2321371;WS=2321353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
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chr20	2361684	rs2422753	C	T	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=75;PP=2965;SC=TCAAGAAACACGGGTCTGTGG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=176;WE=2361692;WS=2361674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr20	2616556	rs910271	T	C	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=48;PP=2965;SC=ATAGGAGGCATGCTTTTCTCT;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=107;TCR=48;TR=155;WE=2616564;WS=2616546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr20	2618140	rs6083915	T	C	11217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=248;NR=176;PP=2965;SC=TTGAGAAGAGTCACAAATCTG;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=425;TCF=248;TCR=177;TR=424;WE=2618151;WS=2618130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr20	2618308	rs6050771	C	T	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=78;PP=2217;SC=TATGAAACAGCGTGAAATCAG;SOR=3.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=97;WE=2618316;WS=2618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	2621998	rs6050798	T	C	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=111;PP=2814;SC=TCCCCACTGATGGCTAGGACT;SOR=1.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=52;TCR=111;TR=163;WE=2622006;WS=2621988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr20	2633234	rs6115305	T	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr20	2633325	rs150527448	GGGGCGC	G	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=-0.853;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,9:0.11:85
chr20	2633378	rs149713688	A	AGAGCCTGGGCCT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.121;NF=26;NR=27;PP=986;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GGCCGCAGACAGGGCCTGGGC;SOR=1.047;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=53;WE=2633388;WS=2633368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,8:0.09:90
chr20	2633380	rs6115306	G	A	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.474;NF=59;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CCGCAGACAGGGCCTGGGCCT;SOR=0.520;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=92;WE=2633388;WS=2633368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,86:0.91:95
chr20	2633398	.	GGCCTGC	G	3102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.551;NF=19;NR=41;PP=2495;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CCTGGGCCTGGGCCTGCGCCT;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=60;WE=2633411;WS=2633388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,79:0.90:88
chr20	2633842	rs73070665	T	C	1381.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=5;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TTTAAGAGCTTCCAAGGCTGA;SOR=0.887;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=46;WE=2633850;WS=2633832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,47:0.90:52
chr20	2633936	rs2073194	T	C	9159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=123;PP=2965;SC=TGGAGGAGTCTGTGCTCAACC;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=208;TCR=123;TR=330;WE=2633944;WS=2633926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr20	2634167	rs6050911	C	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=56;PP=1360;ReadPosRankSum=0.455;SC=AGTATTTGAGCCATACAATGT;SOR=2.064;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=63;WE=2634175;WS=2634157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,66:0.93:71
chr20	2636218	rs742842	C	A	8677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGGCCTCTTGCATTCACACTT;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=404;TCF=226;TCR=178;TR=342;WE=2636226;WS=2636204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,350:0.85:410
chr20	2637071	rs8958	T	C	4988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.613;SC=GGGGTAACACTCCAAAATATG;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=143;TCR=110;TR=205;WE=2637079;WS=2637061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,216:0.81:267
chr20	2638579	rs6753	T	C	5586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.321;NF=136;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CTTTAGGAGATGAGTGAAAAA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=285;TCF=157;TCR=128;TR=244;WE=2638592;WS=2638569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,247:0.87:285
chr20	2638882	rs5856	T	C	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.922;NF=6;NR=52;PP=1400;ReadPosRankSum=-2.411;SC=GAAGAGGCGGTTGGCAAGAGC;SOR=1.315;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=58;WE=2638890;WS=2638872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,57:0.86:66
chr20	2639570	rs6037255	G	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5039;FS=2.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GGAAATGGAAGCCAAGAATGC;SOR=1.545;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=19;WE=2639578;WS=2639560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr20	2640102	rs2235955	G	A	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=37;PP=2454;ReadPosRankSum=0.803;SC=TTCCCCAGAGGGTAGTGCCGA;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=105;TCR=42;TR=125;WE=2640110;WS=2640083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,125:0.84:149
chr20	2644407	rs2073193	C	G	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=137;PP=2965;SC=TCCTCGGCCTCAATTGGGGGA;SOR=1.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=58;TCR=137;TR=195;WE=2644415;WS=2644397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	2644920	rs183476411	G	A	2396.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5438;FS=2.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=74;PP=1812;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TGAGTTCCTGGTATTTCTCTC;SOR=1.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=14;TCR=83;TR=86;WE=2644928;WS=2644910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr20	2673644	.	GGGCGCT	G	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=696;SC=GGGGCACGCGGGGCGCTGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=2673657;WS=2673634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	2686431	.	C	CCACA	146.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	2777459	rs1985525	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=18;PP=1713;SC=GAGGAAGGGGTAGGACTGGGG;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=2777467;WS=2777449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	2777828	rs742707	G	T	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=125;PP=2965;SC=ACCCTGGCCTGACTGCCCACC;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=138;TCR=125;TR=262;WE=2777836;WS=2777818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr20	2778075	rs127076	T	C	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=113;PP=2965;SC=CCTCCAAGCTTACTGTCTCCC;SOR=2.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=40;TCR=113;TR=153;WE=2778083;WS=2778065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr20	2796133	rs2073127	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,76:0.19:409
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chr20	3214819	rs3827075	T	G	17327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=890;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=365;NR=393;PP=2962;ReadPosRankSum=1.742;SC=TCAGGGTCCCTGGCGAAGCGG;SOR=0.521;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=883;TCF=420;TCR=463;TR=758;WE=3214827;WS=3214809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,766:0.86:887
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chr20	3215548	rs3803957	C	A	12153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=0.485;SC=AGCCTAGAGACCCCCAAGAGC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=621;TCF=292;TCR=329;TR=515;WE=3215556;WS=3215538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,527:0.83:635
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chr20	3219692	rs6084314	C	T	5993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.851;SC=GAGACGGTGGCGGAGACCCGG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=182;TCR=115;TR=240;WE=3219700;WS=3219682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,252:0.81:313
chr20	3219894	rs6107260	A	G	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=3.629;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=89;PP=2222;ReadPosRankSum=2.990;SC=ACACACCCCCACGCCGCGCCT;SOR=1.211;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=44;TCR=100;TR=126;WE=3219902;WS=3219884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,127:0.86:147
chr20	3236015	rs1569942	A	G	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=142;PP=2965;SC=TCTATTACACAACTAAGATCT;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=87;TCR=143;TR=229;WE=3236023;WS=3236005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	3245276	.	T	C	155	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=155;QD=23.7214015684;SC=AGTGCAGTGGTGCAATCTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=3245284;WS=3245266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	3275377	rs2281506	G	C	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1699;ReadPosRankSum=0.258;SC=CAATGACAGAGTCAACTCTTC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=96;WE=3275385;WS=3275367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,101:0.83:122
chr20	3285126	rs2254916	A	T	8424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=0.279;SC=GATCCTTGGAAATGATGATAC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=431;TCF=190;TCR=241;TR=360;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,367:0.83:440
chr20	3285140	rs2422864	T	C	10413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=216;PP=2962;SC=ATGATACTTCTATGACGACAG;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=145;TCR=217;TR=360;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr20	3324487	.	CGT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GAGTGCACAGCGTGTGTGTGT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=3;WE=3324496;WS=3324477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr20	3541633	rs235577	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=76;PP=2217;SC=TGTTTAGAAAAGTTCAACCTA;SOR=2.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=17;TCR=76;TR=93;WE=3541641;WS=3541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	3553299	.	TAA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=-0.674;QD=5.84;ReadPosRankSum=2.189;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr20	3557342	rs11472378	G	GTCTGTCTGTCTATCTATCTA	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.797;NF=14;NR=0;PP=817;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=14;WE=3557350;WS=3557337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr20	3564672	rs235540	C	T	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=100;PP=2965;SC=CCAATGCCTACGTGGCCTCCT;SOR=1.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=183;WE=3564680;WS=3564662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	3564772	rs170976	T	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1104;SC=GCATGCCCTCTGTATAGGCAA;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=3564780;WS=3564762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	3565546	rs235538	C	G	9587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=209;PP=2965;SC=CCTTGCATATCCAAATTCAAG;SOR=1.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=326;TCF=116;TCR=210;TR=325;WE=3565554;WS=3565536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr20	3575248	rs235532	G	C	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=136;PP=2965;SC=GGACCACCAGGGAGGACCAAG;SOR=2.265;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=48;TCR=138;TR=184;WE=3575256;WS=3575238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	3624704	rs2246799	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=9.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,20:0.17:119
chr20	3640467	rs635674	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,23:0.18:130
chr20	3640823	rs2853208	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.546;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
chr20	3649713	rs628965	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,14:0.15:94
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chr20	3650066	rs630712	C	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.687;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,20:0.14:147
chr20	3657803	rs568251	AT	GA	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=2.728;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,42:0.14:310
chr20	3674821	rs11467516	GAC	G,GACACAC	1334.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=6.124;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.083;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,17,35:0.28,0.57:61
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chr20	3723091	rs611073	A	G	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.575;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,43:0.16:277
chr20	3726664	rs61734308	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-3.751;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,48:0.14:350
chr20	3726687	rs41279388	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,34:0.12:289
chr20	3731622	rs2474437	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,59:0.14:411
chr20	3732633	rs541760	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1196;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1020,172:0.14:1192
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chr20	3759200	rs2281477	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,35:0.16:224
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chr20	3870124	rs3737084	G	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=97;PP=2965;SC=CGGATGGGAGGGGGCCGGCTC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=180;WE=3870132;WS=3870114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr20	3954789	rs2143236	T	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=632;SC=TTAACTGATTTAAAAAAAACA;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=3954797;WS=3954780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	4053254	rs6139288	A	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=81;PP=2965;SC=GAAGAAGGGAAACCAGGCAGG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=160;WE=4053262;WS=4053244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	4055656	rs6139292	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,8:0.13:61
chr20	4155935	rs2295484	G	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.922;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,83:0.18:473
chr20	4157853	rs1535225	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,5:0.12:41
chr20	4157857	rs1538072	G	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr20	4164283	rs1741327	A	G	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TGCCGTACACAGAGAGCTCAA;SOR=0.519;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=224;TCF=72;TCR=152;TR=196;WE=4164291;WS=4164273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,200:0.87:230
chr20	4202802	rs835873	A	G	7918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=170;PP=2965;SC=GACCGATACTATTTAGCTGCT;SOR=1.310;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=106;TCR=171;TR=276;WE=4202810;WS=4202792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr20	4229514	rs184418609	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	4713176	rs2735677	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:433,72:0.14:505
chr20	4768136	rs55900827	T	C	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=19;PP=2125;SC=CTGCAAAAGCTGGCTTCGAGA;SOR=2.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=82;TCR=19;TR=101;WE=4768144;WS=4768126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	4770440	rs2422992	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=433;SC=ACGATACTCAGAATGTACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=4770448;WS=4770430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	4771336	rs8122874	G	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=785;ReadPosRankSum=0.816;SC=TGGCCAGTGCGACAGCACCCA;SOR=0.486;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=48;WE=4771344;WS=4771326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr20	4776659	rs4549182	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,72:0.15:478
chr20	4839897	.	TA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=2.045;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,39:0.16:247
chr20	4854802	rs182034914	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=61;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CAAAAAACACGTCTTCCCGCG;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=76;WE=4854810;WS=4854792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,77:0.93:83
chr20	4880132	rs71993570	AGCTCAATGCCTTCTGC	A	1670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=2957;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;SOR=3.556;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=16;WE=4880155;WS=4880122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	4880308	rs1776964	G	A	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=127;PP=2965;SC=ACATGGCATCGGCCAACAGGA;SOR=0.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=111;TCR=128;TR=238;WE=4880316;WS=4880298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	5086939	rs6116651	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.799;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.565;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,23:0.13:173
chr20	5098391	rs3730428	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AAAGGCAACACCTAAACAACT;SOR=0.175;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=5098399;WS=5098381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr20	5099516	rs17349	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,82:0.16:500
chr20	5100185	rs17348	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.068;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,16:0.14:115
chr20	5261132	rs6038115	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,39:0.15:266
chr20	5261206	rs4553880	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-3.451;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,29:0.16:179
chr20	5283256	rs3746682	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,70:0.13:529
chr20	5283376	rs3746684	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,34:0.12:275
chr20	5294496	rs8116897	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.991;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,12:0.14:87
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chr20	5454400	rs606389	A	T	6463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-14.635;NF=191;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=3.386;SC=CTCCAGTACCACTCAAATCAG;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=469;TCF=229;TCR=240;TR=387;WE=5454408;WS=5454390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,284:0.77:368
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chr20	5564774	rs6053517	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=337;SC=CATATGAGACTGCTGCTGCAC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=5564782;WS=5564764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	5574134	rs1983694	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=23;PP=635;SC=TTCACAAAACTCCTCAAATAA;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=5574142;WS=5574124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	5753579	rs237422	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr20	5843812	rs1699233	T	C	7453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.043;SC=AAATGTTTGGTCATCCACAGC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=155;TCR=106;TR=259;WE=5843820;WS=5843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr20	5844121	rs1699232	CA	TG	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,23:0.15:150
chr20	5903517	rs236151	A	G	15548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.386;SC=TGGAGAGGAGACAGGGAGCCA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=545;TCF=269;TCR=276;TR=542;WE=5903525;WS=5903507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr20	5905779	rs2821	C	A	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CACCATTTATCTACCCAAGGG;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=86;TCR=147;TR=232;WE=5905787;WS=5905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr20	5935385	rs236114	T	C	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=79;PP=2764;SC=ATCTTACCAATGTATTCGAGG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=164;WE=5935393;WS=5935375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	5948706	rs236100	A	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	5948712	rs236101	C	T	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	5986950	rs6085343	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=519;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CGCCGCTTGGGCTCCGGGAAC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=41;WE=5986958;WS=5986940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr20	5987267	rs2294971	A	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=508;SC=TCAGGTAACAAGCTCTGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=5987275;WS=5987257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	5988095	rs4813786	A	G	7213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=160;PP=2965;SC=CTCTCCTAACATTAACTTTGA;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=260;WE=5988103;WS=5988085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr20	5990625	rs6085346	T	C	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.056;NF=73;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.651;SC=TAAACCGAAATAGCATAGCCT;SOR=0.410;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=84;TCR=150;TR=195;WE=5990633;WS=5990615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,203:0.84:241
chr20	5990726	.	T	TG	292	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=16;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=15;MQ=61.96;NF=0;NR=20;PP=292;QD=14.75;SC=ATATGGGATTTTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=5990734;WS=5990716;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr20	5990727	rs6117033	T	G	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=26.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	6011882	rs2423132	G	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=437;SC=TAATGCATATGAGTACTCTTC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=6011890;WS=6011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	6011934	rs41282950	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=674;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTTTCAGTTCCACTTACTTAC;SOR=0.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=48;WE=6011942;WS=6011924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr20	6025455	rs6085357	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=134;SC=TGGAGAATACCGCTTTGGGCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=6025463;WS=6025445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	6032927	rs6107750	C	T	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=90;PP=2569;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGTTGAGGAGCTGCAGCGCGG;SOR=0.497;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=64;TCR=113;TR=144;WE=6032935;WS=6032917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,152:0.82:185
chr20	6033033	rs6107751	G	A	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1838;ReadPosRankSum=1.353;SC=GGTGCACGGCGGCAGAGCGGC;SOR=1.060;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=106;WE=6033041;WS=6033023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,110:0.85:129
chr20	6064839	rs2232077	T	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=58;PP=1735;SC=TCAACCTCTCTTCACATGCAC;SOR=2.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=73;WE=6064847;WS=6064829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	6069562	rs6117076	C	T	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=58;PP=2408;ReadPosRankSum=1.372;SC=TGAGCCACCGCGTCTGCCCTG;SOR=0.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=137;WE=6069570;WS=6069552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr20	6077726	rs6076938	T	C	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=71;PP=2092;SC=ACAGAAATGTTATAAATATAA;SOR=2.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=94;WE=6077734;WS=6077716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	6096695	rs2295435	C	T	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=174;PP=2965;SC=GATATATCTGCAAAAATGAAA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=161;TCR=174;TR=335;WE=6096703;WS=6096685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr20	6100002	rs6038363	C	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=24;PP=1945;SC=TGGTGATGCACCAGACAGGGT;SOR=2.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=6100010;WS=6099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	6100088	rs10373	A	G	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=127;PP=2965;SC=CTCCTCCAACATGAAGGTCTC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=269;WE=6100096;WS=6100078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr20	6100230	rs2273423	A	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=55;PP=1686;SC=CTGCTGAACAAAAAGGCAGAC;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=6100238;WS=6100220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	6751034	rs1049007	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:661,89:0.12:750
chr20	6759115	rs235768	A	T	12396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=232;PP=2965;SC=CCGTGACCAGACTTTTGGACA;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=208;TCR=232;TR=439;WE=6759123;WS=6759105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr20	6759758	.	AAT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr20	7866261	rs2272813	G	C	10832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=0.238;SC=AAGATACAGAGTGATTCAGAA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=235;TCR=262;TR=423;WE=7866269;WS=7866238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,442:0.86:516
chr20	7866329	rs181718794	A	G	8438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TCTATTTTATATATTCATTTC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=379;TCF=186;TCR=193;TR=322;WE=7866337;WS=7866319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,335:0.86:389
chr20	7875665	rs184710928	T	C	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=28;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TTGCACGTATTTCACCTTGAG;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=95;WE=7875673;WS=7875655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,100:0.88:114
chr20	7921216	rs9753568	A	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6194;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=6;PP=94;SC=GCTTACATCAAGTGAGCAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=7921224;WS=7921206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	8626859	rs41275582	G	T	10213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=1.797;SC=TGCTAAGGGCGTTGCTTCTTC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=479;TCF=205;TCR=274;TR=409;WE=8626867;WS=8626849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,425:0.86:496
chr20	8637727	rs6140670	G	A	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=2.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	8678446	rs2295179	G	A	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=77;PP=2456;SC=GTATATGAATGTTACTAAGAG;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=115;WE=8678454;WS=8678436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr20	8698565	rs6039243	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=41;PP=988;SC=GGGCTGTGCGTGGTGGCTCAT;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=8698573;WS=8698555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	8703145	rs6086563	C	G	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=178;PP=2965;SC=TGGTCACTTTCTGCCATCTAG;SOR=3.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=33;TCR=178;TR=211;WE=8703153;WS=8703135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr20	8705496	rs6056043	A	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=50;PP=1171;SC=CTTAATAGAGAGATTTATGCT;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=59;WE=8705504;WS=8705486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	8708166	rs17446441	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=53;PP=1572;SC=TGGGGCGGATAAATAGTTTCA;SOR=4.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=57;WE=8708174;WS=8708156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	8713842	rs993670	G	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=24;PP=2222;SC=CTTACCCCAAGTATAGATAAA;SOR=2.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=83;TCR=24;TR=106;WE=8713850;WS=8713832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	8719777	rs6039246	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=533;SC=CAGCCTGGGTGACACAGCAAG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=8719785;WS=8719775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	8737734	rs2076413	G	A	15050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=295;NR=244;PP=2965;SC=CAAGTGAAGCGAGAACGACTC;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=295;TCR=244;TR=539;WE=8737742;WS=8737724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr20	8741247	rs3886935	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=46;PP=1238;SC=TAGAGACATACACTTTTAGTT;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=8741255;WS=8741237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	8755243	rs2235613	T	C	7693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=112;PP=2965;SC=ACCTCGCTGCTCTGGATGCTG;SOR=1.079;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=163;TCR=112;TR=274;WE=8755251;WS=8755233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	8769180	rs2327089	C	T	8092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=146;PP=2965;SC=GAAGTAAGCCCTCATTCCCAT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=134;TCR=146;TR=280;WE=8769188;WS=8769170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr20	8769423	rs2076411	T	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=38;PP=1271;SC=TTATTTTATTTTGTACGTCAG;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=8769431;WS=8769413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	8770108	rs4633993	A	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=4;PP=1305;SC=GTCTGAGATTACCATTTGTCA;SOR=4.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=8770116;WS=8770098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	8770130	rs2327090	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=33;PP=2390;SC=TTCTGGATGAATTGGTATAAT;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=113;WE=8770138;WS=8770120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	8770318	rs4816086	A	G	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATGCCTTGCCATAACTTTTTA;SOR=0.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=81;TCR=120;TR=200;WE=8770326;WS=8770308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr20	8770822	rs2294597	C	T	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=108;PP=2965;SC=TTTCTTATAGCTAGAAGAAGC;SOR=1.222;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=173;TCR=108;TR=281;WE=8770830;WS=8770812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr20	8770932	rs2294598	A	C	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=167;PP=2965;SC=AATTAAAATGAACAATTATTT;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=117;TCR=167;TR=284;WE=8770940;WS=8770922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr20	8773295	rs6056119	T	C	14214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=280;PP=2965;SC=CATCTTTTTGTGTCTGGATTT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=537;TCF=257;TCR=280;TR=537;WE=8773303;WS=8773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr20	8782901	rs6056128	G	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=45;PP=1396;SC=GGACTTGCTCGTTTGTCCTTC;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=49;WE=8782909;WS=8782891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	8862157	rs141768696	A	AAGTT	2153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=4;PP=2172;ReadPosRankSum=1.512;SC=ATGATATTTTAAGTTAATGTA;SOR=0.372;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=43;WE=8862165;WS=8862147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr20	9288522	rs6077510	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-2.911;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr20	9364799	rs2076234	A	G	4079.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=37;PP=2950;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AACATGAGATATGCATCTTCA;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=126;TCR=42;TR=148;WE=9364807;WS=9364789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,155:0.89:174
chr20	9368102	rs7265290	A	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=799;ReadPosRankSum=0.717;SC=ACTTCACTATATCCCTAGATG;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=52;WE=9368110;WS=9368092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,59:0.84:70
chr20	9453567	rs2206389	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AGCCACCAGATCTCTAGCTAA;SOR=0.116;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=7;WE=9453575;WS=9453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr20	9497057	rs2232267	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,19:0.17:115
chr20	9498657	rs143992809	T	TCTGCCAGCAGGAGGGGC	2300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=2900;SC=CAATGAGGGTTCTAACTATTG;SOR=3.556;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=18;WE=9498665;WS=9498647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	9625003	rs4816157	G	A	4708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.254;SC=AAATATAAATGGAAAAGAGGC;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=59;TCR=146;TR=172;WE=9625011;WS=9624993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,181:0.85:214
chr20	10019093	rs575534	A	G	12895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=224;NR=236;PP=2965;SC=CCATTAATGGACTTAGTGCTT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=461;TCF=224;TCR=237;TR=460;WE=10019101;WS=10019083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr20	10026357	rs685723	T	C	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=156;PP=2965;SC=TAAAATTGTCTAGCAATTTTG;SOR=1.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=83;TCR=158;TR=239;WE=10026365;WS=10026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr20	10030188	rs652633	T	A	12072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=221;NR=211;PP=2965;SC=CCAAATCCACTGTGGGCCCTT;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=433;TCF=221;TCR=212;TR=432;WE=10030196;WS=10030178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr20	10032413	rs683145	T	G	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=136;PP=2965;SC=AATCTGGAGCTTTAATAGATG;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=127;TCR=137;TR=263;WE=10032421;WS=10032403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr20	10280083	rs363006	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr20	10393145	rs221667	C	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=3;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GATTTATTAACTGTAAGAGGC;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=47;WE=10393153;WS=10393135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr20	10438780	rs6104617	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr20	10439002	rs6039947	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.356;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.580;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
chr20	10439037	rs6039948	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr20	10622501	rs35761929	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,79:0.15:538
chr20	10624924	.	TCA	T	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr20	10625804	rs1801140	T	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.529;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,46:0.17:270
chr20	10629872	rs6108653	T	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr20	10653739	rs62185096	G	A	3651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=121;PP=2744;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCCACTCCCCGCCCCGACGAG;SOR=1.305;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=33;TCR=148;TR=148;WE=10653747;WS=10653729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,144:0.86:167
chr20	11008382	rs4813955	A	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr20	11009079	rs45609436	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GGAGAAAACATATATGGTTTT;SOR=0.116;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=7;WE=11009087;WS=11009069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr20	11790885	rs3036550	C	CTT	1591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=1213;SC=TTTCCTCATACTTCACCTGCC;SOR=3.026;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=27;WE=11790893;WS=11790875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	11791008	rs803665	C	T	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=101;NR=85;PP=2965;SC=CCACTAGCTTCGCCTCTGTCC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=186;WE=11791016;WS=11790998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr20	11791094	rs803664	G	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=83;PP=2360;ReadPosRankSum=0.075;SC=GAGACTGTTAGAAGGAAAGTG;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=68;TCR=95;TR=144;WE=11791102;WS=11791084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,150:0.89:169
chr20	11791211	rs803663	T	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=0.513;SC=AAGAATGAAATCACATCTTTC;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=11791219;WS=11791201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr20	11830180	rs33956420	CT	C	1871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.270;QD=24.63;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
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chr20	13029920	rs934335	C	G	10761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=185;PP=2965;SC=ATCTCCACCTCCTAAACCCCA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=174;TCR=185;TR=359;WE=13029928;WS=13029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr20	13053018	rs243887	T	G	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=101;PP=2965;SC=TCTGTTTGATTTGATGGAGAG;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=214;WE=13053026;WS=13053008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr20	13053035	rs243888	A	G	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=AGAGGGTATCAGACGACTATA;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=208;WE=13053043;WS=13053025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	13071816	rs6109692	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=4.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,31:0.13:244
chr20	13071871	rs243874	C	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=62;PP=1769;SC=AATTGTTAACCTAATTGTCTT;SOR=2.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=79;WE=13071879;WS=13071861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	13074235	rs708937	G	A	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=145;PP=2965;SC=GTGAGTATCAGTGTATTTTCT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=94;TCR=145;TR=239;WE=13074251;WS=13074225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	13090745	rs2236126	G	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chr20	13134931	rs2073303	C	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=51;PP=1480;SC=CCACCTGTCACTCTATCAGCT;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=13134939;WS=13134921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	13464030	rs2273480	C	A	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=102;PP=2965;SC=CAGCACCGAACACCCTGCTTA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=168;WE=13464038;WS=13464020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	13509263	rs3761890	G	A	389.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.7442;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=2.607;SC=TAATAATGATGTAAAACAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=13509271;WS=13509253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr20	13695680	rs6110019	C	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.650;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=2099;ReadPosRankSum=0.113;SC=CTTGTTCTTTCCGTTCTCTTT;SOR=0.690;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=128;WE=13695688;WS=13695670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,137:0.85:161
chr20	13698006	rs4239710	T	C	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=45;PP=2965;SC=GCCTGGTGTCTATGGTTACCT;SOR=1.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=144;WE=13698014;WS=13697996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	13743298	rs754796	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=325;SC=TAATAATTCTAACAGTAAGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=13743306;WS=13743288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	13747441	rs3180370	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	13750448	rs35589194	C	CA	389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	13763896	rs28372964	C	CATTA	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=585;SC=TTTTAAAACACATTCACAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=13763904;WS=13763886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	13769127	rs6042362	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=13;PP=822;SC=AGATGATGTAACCTTCTGGAA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=13769135;WS=13769117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	13782409	rs1015517	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=49;PP=1325;SC=AGAAAACTGTATGTGTTCATG;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=54;WE=13782417;WS=13782399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	13845987	rs761811	C	T	7160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=88;PP=2965;SC=AATTTTAACTCATCTTACTAG;SOR=1.301;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=150;TCR=88;TR=238;WE=13845995;WS=13845977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr20	13846191	rs761812	A	G	7416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CAAGGAGACTAGTTAGCCAGT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=152;TCR=211;TR=299;WE=13846199;WS=13846181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,310:0.82:377
chr20	13847420	rs660710	A	G	12361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=246;PP=2965;SC=AATAAATGGCAAGGGGCTGCC;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=203;TCR=246;TR=449;WE=13847428;WS=13847410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr20	13856558	rs73085418	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=7.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.048;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,24:0.14:168
chr20	13868745	rs243910	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=48;PP=1477;SC=CCTAGCTCCATAATGACCCAT;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=13868753;WS=13868735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	13895660	rs17191270	G	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TGAAGGTAAAGACCAGAAAGC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=57;WE=13895668;WS=13895650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr20	13912309	rs41275404	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=410;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CTTATTTTACGTTGATTCTTC;SOR=0.126;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=28;WE=13912317;WS=13912299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr20	13971235	rs3848777	C	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGGTGATTGGCCCAAGAGCTC;SOR=0.745;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=115;WE=13971243;WS=13971225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,126:0.77:164
chr20	14066276	rs2990505	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=638;ReadPosRankSum=0.092;SC=GAAGAAAATACTCAGGAAACA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=38;WE=14066284;WS=14066266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr20	14306953	rs6079391	G	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,67:0.14:479
chr20	14830453	rs438632	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=11;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TAAGTAGTAACTCTCACATCT;SOR=2.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=78;TCR=12;TR=83;WE=14830461;WS=14830443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,90:0.93:97
chr20	15480226	rs2180526	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=1;PP=1121;SC=TCTGTACTGGTGTAGGACCAG;SOR=6.229;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=45;WE=15480234;WS=15480225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	15480308	rs2145014	G	T	8109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=93;PP=2965;SC=TGTACTTATTGGTTGAACTGA;SOR=1.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=188;TCR=95;TR=281;WE=15480316;WS=15480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr20	15480548	rs2145015	T	A	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=75;PP=2263;SC=TGATGCTCAGTTCCCCCCAAA;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=107;WE=15480556;WS=15480538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	16021720	rs6135652	C	T	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=25;PP=1597;SC=ACCTTTTCTGCAAAAGAAGTT;SOR=1.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=87;WE=16021728;WS=16021710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	16025192	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr20	16030604	.	T	G	199	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=15;MQ=58.91;NF=0;NR=18;PP=199;QD=12.987289586;SC=AGGGTGGGGGTGGGGGGAAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=18;WE=16030612;WS=16030594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,18:0.32:56
chr20	16223808	rs4814463	C	T	6476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.618;SC=GATTTTTGGCCTGAGGAACAG;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=314;TCF=198;TCR=116;TR=268;WE=16223816;WS=16223798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,274:0.85:321
chr20	16223865	rs2144897	T	C	8823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=0.142;SC=GAGGTGGATCTGGTTTTGGAA;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=451;TCF=236;TCR=215;TR=382;WE=16223873;WS=16223855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,388:0.85:455
chr20	16223922	rs1541065	T	C	8067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.033;SC=ATATTTCTACTAGCAAGACAT;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=374;TCF=170;TCR=204;TR=317;WE=16223930;WS=16223912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,327:0.84:390
chr20	16223957	rs1000121	T	C	6260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.832;SC=GATATTTGAGTCTGAAATCCA;SOR=0.867;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=290;TCF=119;TCR=171;TR=246;WE=16223965;WS=16223947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,258:0.84:307
chr20	16224066	rs2144898	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=42;PP=1003;ReadPosRankSum=0.172;SC=ATTGAGGTGGCGGGAGAGGAT;SOR=1.478;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=46;WE=16224074;WS=16224056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr20	16253819	rs4814466	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=422;ReadPosRankSum=1.827;SC=CCGGATCCTCGCATGGGGGAG;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=18;WE=16253827;WS=16253813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	16351329	rs2144893	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr20	16359356	rs5840714	TA	T	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.589;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.469;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr20	16359567	rs6034464	A	G	13063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTCAATCTCCATGCCCAGGGT;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=474;TCF=265;TCR=209;TR=472;WE=16359575;WS=16359557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,484:1.00:486
chr20	16359650	rs8116503	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:531,79:0.13:610
chr20	16362235	rs4814479	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,46:0.14:322
chr20	16407960	rs2273425	A	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.44;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	16410559	rs34550969	A	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,25:0.16:157
chr20	16486698	rs2295115	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,27:0.14:194
chr20	16493533	rs6135775	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,57:0.12:472
chr20	16496362	rs6044046	T	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.813;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,33:0.19:171
chr20	16496415	rs6131837	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.733;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr20	16554067	rs4814510	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr20	16712280	rs6111262	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=460;SC=ATGCCACAGTCCAGTATAATT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=16712288;WS=16712270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	16713144	rs4814548	T	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TAGAGTTTAATTTATGACAGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=16713152;WS=16713134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	16729262	rs6080387	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=0.245;SC=TGAATCTTCTCCAATGTGTAT;SOR=1.092;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=35;WE=16729270;WS=16729252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr20	16729654	rs10627353	A	AAGATG	7107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=69;PP=2912;SC=CTGGCAGTGTAAGATAATTTA;SOR=1.144;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=13;TCR=82;TR=82;WE=16729662;WS=16729644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr20	16730479	rs6075101	C	T	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GCAAAGAGGACGCCTGCGAGT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=60;WE=16730487;WS=16730469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,62:0.87:71
chr20	16730522	rs6135878	T	C	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=43;PP=1990;ReadPosRankSum=0.747;SC=AGCTTTTTCCTGATTGCTATT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=132;WE=16730530;WS=16730512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,140:0.89:157
chr20	17350043	rs111813860	GCA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.733;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,20:0.15:136
chr20	17389830	rs2217182	T	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GGACTAGAAATGTTTAAAGTC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=56;WE=17389838;WS=17389820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,61:0.82:74
chr20	17436895	rs2021789	G	A	4320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,166:0.81:206
chr20	17474690	rs6105762	T	G	9317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGGCCCCAAATACATTTTATC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=269;TCR=181;TR=376;WE=17474698;WS=17474680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,384:0.83:461
chr20	17474968	rs6080718	T	C	9776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=162;PP=2965;SC=CAGGTATAGATGGTTCCTCTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=182;TCR=162;TR=344;WE=17474976;WS=17474958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr20	17475217	rs6136118	C	T	9645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CAGAGTCTTCCGCAACAGAAA;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=454;TCF=229;TCR=225;TR=396;WE=17475225;WS=17475207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,402:0.87:462
chr20	17477592	rs6080719	C	T	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=30;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CCTTTCCCACCGGATCCAGTG;SOR=1.557;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=88;WE=17477600;WS=17477582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,89:0.85:105
chr20	17477751	rs6044850	A	G	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=66;PP=2039;SC=AAAAATGAAAAAAAAGCTTTC;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=108;WE=17477759;WS=17477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr20	17539168	rs6044883	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=6;PP=1705;SC=TCAGACTACTACTGAGCCAAT;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=63;WE=17539176;WS=17539158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	17594714	rs35586556	GC	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=0.624;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr20	17594729	rs13734	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.520;NF=26;NR=2;PP=609;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CGGAAGTTGGGCCTGGATAAC;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=28;WE=17594737;WS=17594719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr20	17595329	rs7261001	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr20	17596155	rs1132274	C	A	8910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TTCTTGTAACCGACATGCCGA;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=265;TCR=220;TR=381;WE=17596163;WS=17596145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,397:0.79:504
chr20	17596219	rs12479820	C	T	7314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GTCTTATAAACGGCTGTGCTG;SOR=0.479;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=364;TCF=163;TCR=201;TR=298;WE=17596227;WS=17596209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,311:0.82:378
chr20	17596731	rs2236250	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:559,91:0.14:650
chr20	17597331	rs911347	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,15:0.11:131
chr20	17597361	rs911348	A	G	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=39;PP=2965;SC=TCTGGGGACCAGCTCACCGCC;SOR=2.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=131;TCR=39;TR=170;WE=17597369;WS=17597351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	17597531	rs2236252	C	T	7567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.623;SC=CAGTCGCACACCCACCATGCT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=149;TCR=215;TR=308;WE=17597539;WS=17597521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,318:0.84:377
chr20	17599214	rs2328181	T	C	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=47;PP=2965;SC=GTCACACTCCTGGCATGGGGA;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=109;TCR=47;TR=156;WE=17599222;WS=17599204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr20	17600357	rs11960	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:581,78:0.12:659
chr20	17602028	rs2236253	T	C	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=105;NR=42;PP=2783;SC=GGCCACCTCCTGCCCCATAGG;SOR=1.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=105;TCR=42;TR=147;WE=17602036;WS=17602018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	17605016	rs2236254	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=1057;SC=TCCTAGTGCCTCTGTGTGTCC;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=17605024;WS=17605006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	17605240	rs6034867	A	T	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=122;PP=2965;SC=GGTCAGGGAGAGCAGCTTCTC;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=89;TCR=122;TR=211;WE=17605248;WS=17605230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr20	17606372	rs2295672	T	C	7590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=162;PP=2965;SC=GGACGGTCCCTTCTGGCTGCC;SOR=1.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=98;TCR=162;TR=260;WE=17606380;WS=17606362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr20	17610729	rs6044917	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=799;SC=CTGGTCCATGTGGGAAGGAAA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=17610737;WS=17610719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	17617531	rs6044923	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=23;PP=609;SC=CCAGCTGCAGTGGGAACGACG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=17617539;WS=17617521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	17674451	rs6080781	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=607;SC=TGTGTCCAGTGGGAGGAGGTG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=17674459;WS=17674441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	18005600	rs2281543	A	C	7337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=1.649;SC=CGAATGCCTGAAAGGATGAGG;SOR=0.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=156;TCR=178;TR=285;WE=18005608;WS=18005590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,295:0.87:341
chr20	18005678	rs373772460	TGC	TC,T	5593.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=82;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GTAAAAGTCATGCCATGACCA;SOR=0.395;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=115;TCF=10;TCR=105;TR=92;WE=18005690;WS=18005668;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:159
chr20	18005681	rs201416729	CA	C	5593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.63;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,135:0.86:157
chr20	18005682	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=59.87;NF=33;NR=81;PP=2962;QD=20;SC=AAGTCATGCCATGACCAAGGA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=39;TCR=99;TR=114;WE=18005690;WS=18005668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,114:0.83:138
chr20	18022077	rs6136266	A	G	7907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.546;SC=TAGAAACACAACATTGTTCCA;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=353;TCF=245;TCR=108;TR=305;WE=18022085;WS=18022067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,309:0.87:357
chr20	18022171	rs1571431	C	T	25293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=920;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=452;NR=448;PP=2965;SC=ACGCACTCCCCGCTCACCTGT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=902;TCF=452;TCR=450;TR=900;WE=18022179;WS=18022161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,917:1.00:917
chr20	18118740	rs1205190	T	G	16257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=282;NR=298;PP=2965;SC=GCGCGCGGCGTCGACCTGGGG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=580;TCF=282;TCR=298;TR=580;WE=18118748;WS=18118730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr20	18118829	rs2295181	A	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,34:0.12:276
chr20	18123084	rs78016265	CT	C	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=336;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GTATCTTCATCTTTTTTTTTG;SOR=0.223;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=22;WE=18123092;WS=18123074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr20	18131620	rs1009545	G	A	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1521;ReadPosRankSum=0.440;SC=ATACTTCAAGGAATATGTAAA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=89;WE=18131628;WS=18131610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,98:0.85:115
chr20	18131723	rs60535649	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGCATGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=18131731;WS=18131713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr20	18142924	rs3748511	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.08;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:817,104:0.11:921
chr20	18143117	rs1205193	T	G	9810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=173;PP=2965;SC=GTGGTTGGGGTCAGAAAGAAG;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=166;TCR=174;TR=338;WE=18143125;WS=18143107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr20	18165137	rs56127806	T	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.671;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=0.270;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr20	18167977	rs2747404	T	C	9536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=162;PP=2965;SC=CAAGCAACCCTGCTATGCTAC;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=183;TCR=162;TR=345;WE=18167985;WS=18167967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	18296072	rs1033545	T	A	11135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=191;NR=188;PP=2965;SC=CCCAGCTCAGTCAGGGAACCC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=193;TCR=189;TR=379;WE=18296080;WS=18296062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr20	18361603	rs1883938	T	C	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=207;NR=150;PP=2965;SC=AGGACAAGTCTGCAAAGCAGA;SOR=1.004;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=360;TCF=210;TCR=150;TR=357;WE=18361611;WS=18361593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr20	18393275	rs59695827	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=656;SC=GAAGAAAGGGCATCCTCCCCC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=18393283;WS=18393265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	18393312	rs6075337	C	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=14;PP=1372;SC=TGATGGCTGTCAGGAGGGGTT;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=18393320;WS=18393302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	18393499	rs6075338	C	T	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=68;PP=2125;SC=ACATCGGGGCCATGCGTGAGG;SOR=1.374;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=18393507;WS=18393489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	18414356	rs6035042	A	G	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=94;PP=2965;SC=CACACACCACACAGATGGGAG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=197;WE=18414364;WS=18414346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	18429497	rs6081147	T	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	18446022	rs74875927	C	A	3586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.079;QD=28.47;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,108:0.86:126
chr20	18446022	.	CTC	ATA	2566	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=26;MQ=60.22;NF=28;NR=76;PP=2566;QD=20;SC=CTCTCTCTCTCTCTATATATA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=39;TCR=100;TR=104;WE=18446032;WS=18445994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:35,104:0.75:139
chr20	18446024	rs6111974	C	A	5447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.347;QD=40.06;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,132:0.97:136
chr20	18446050	rs111987137	A	ATGTGCACTTATAGC	3211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=2900;SC=ATAAATTCCAATGTACACAAA;SOR=3.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=38;WE=18446058;WS=18446040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	18448079	rs1474974	C	A	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=60;PP=2965;SC=TCCACTGGTTCCCCGGGTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=155;TCR=61;TR=214;WE=18448087;WS=18448069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	18460614	rs6035056	A	T	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=34;PP=2508;SC=CTGTTCCAAAATATAGGTGTT;SOR=1.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=94;TCR=34;TR=127;WE=18460622;WS=18460604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	18461237	rs57962043	GT	G	517.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.952;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr20	18462421	rs1055171	A	G	7982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=179;PP=2965;SC=TCCCTCCCACAGGTTTGGTCC;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=111;TCR=179;TR=290;WE=18462429;WS=18462411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr20	18462492	rs4813332	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=65;PP=1859;SC=TTGACTGCCCACGGGTGCAAG;SOR=5.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=70;WE=18462500;WS=18462482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	18462518	rs6111983	C	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=35;PP=1044;SC=CATTAAGAAACAGAGCAAGCA;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=18462526;WS=18462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	18464110	rs3827965	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	18470664	rs3748450	A	G	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=46;PP=1373;SC=ATCTTTCAGTACCCATGGATA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=18470672;WS=18470654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	18470980	rs2424217	A	G	13420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=288;NR=174;PP=2965;SC=TTTACAACCTAAACAGACAGC;SOR=1.305;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=462;TCF=288;TCR=174;TR=462;WE=18470988;WS=18470970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr20	18477614	rs2247746	A	G	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=182;NR=88;PP=2965;SC=GGGCTTTGCTAGAGGGGATTA;SOR=1.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=182;TCR=88;TR=270;WE=18477622;WS=18477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr20	18477870	rs2247757	T	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.910;SC=CCCAGCCTGCTCCCGCAGGGA;SOR=1.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=46;TCR=116;TR=161;WE=18477878;WS=18477860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr20	18505403	rs3762200	G	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=29;PP=1189;SC=GCCCAGGCTGGAGTTCAGTGG;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=18505411;WS=18505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	18505563	.	CT	C	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=7.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr20	18506616	rs911115	TG	CA	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=69;PP=2947;SC=ATCATACAAATGTGCTCTCAG;SOR=2.127;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=95;WE=18506625;WS=18506606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	18511456	rs6081189	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.621;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr20	18511458	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=9.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.723;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr20	18511504	rs3762201	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=31;PP=803;SC=CAGGCTGGTCTCAAACTCCTG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=18511512;WS=18511494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	18523864	rs2295557	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=40;PP=1206;SC=TTCTGCTTTACTTTCGAGAAG;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=18523872;WS=18523854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	18535982	rs1555363	A	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=695;SC=GAATAACATTACTGGGCCGGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=18535990;WS=18535972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	18548293	rs11475009	TC	T	13114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.442;NF=38;NR=290;PP=2966;ReadPosRankSum=1.165;SC=CGATGAGAGTTCCCCGGGGGT;SOR=1.272;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=354;TCF=39;TCR=315;TR=328;WE=18548305;WS=18548283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,482:1.00:484
chr20	18568918	rs6075372	A	G	158.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.66;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr20	18576835	rs138667905	A	G	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=75;PP=2165;ReadPosRankSum=0.696;SC=GGCTTCTACAACAGCTTCCTG;SOR=0.873;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=111;WE=18576843;WS=18576825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,123:0.83:149
chr20	18576912	rs1884875	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=34;PP=1072;SC=CATCCAGGAACGGGTCTTTGG;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=51;WE=18576920;WS=18576902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	18608945	rs3818220	G	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=767;SC=GTCCCTGGAAGAGTCCTCGGT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=18608953;WS=18608935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	18794714	rs1053834	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.377;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,37:0.13:283
chr20	18794754	rs1053839	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.391;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,38:0.14:274
chr20	18806046	rs6136525	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,32:0.19:170
chr20	18810705	rs6136530	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:686,102:0.13:788
chr20	19193682	rs6106031	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.229;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,24:0.18:133
chr20	19261623	rs1569767	G	A	8291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.632;SC=CATGGACCTCGTAGGGGAAGA;SOR=0.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=234;TCR=180;TR=354;WE=19261631;WS=19261613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,359:0.86:419
chr20	19261922	rs3790176	G	A	139.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=102;SC=CTCTGTGTTCGTTTTCTACTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=19261930;WS=19261912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	19560555	rs11087288	GA	G	11458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=92;PP=2967;SC=GATGACAGAAGACATTATCAA;SOR=1.441;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=182;WE=19560563;WS=19560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr20	19560664	rs3790261	G	A	10298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=216;PP=2965;SC=TGTTCTATGCGCTGGCCATTG;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=160;TCR=216;TR=375;WE=19560672;WS=19560654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
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chr20	19634747	rs3790279	T	C	6507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GGGATTCTATTTACTACACGC;SOR=0.464;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=321;TCF=158;TCR=163;TR=267;WE=19634755;WS=19634737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,276:0.83:332
chr20	19646436	.	CGTGT	C,CGT	1052.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.08;SOR=5.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,20:0.43,0.57:35
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chr20	19677615	rs113059140	AAGGGAGGGAGGG	A	2893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.97;QD=41.34;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	19941538	rs199562	A	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=55;PP=1626;SC=AGCTCTGGTTATGAGATGGGC;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=65;WE=19941546;WS=19941528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	19945493	rs6046489	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=514;SC=CGGTAGTTTGTTTGAGAGTAC;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=19945501;WS=19945483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	19951534	rs3803981	T	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.09;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,51:0.12:433
chr20	19951660	rs3803982	C	T	2300.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=68;PP=1793;ReadPosRankSum=0.780;SC=TACATTGCTCCGTCAATCTCT;SOR=1.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=78;WE=19951668;WS=19951650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,84:0.89:94
chr20	20003138	rs371762351	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr20	20023205	rs137935048	C	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,32:0.17:183
chr20	20032998	rs2255255	T	C	10274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.869;SC=TCTGCAGCAGTCGACCTCTGG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=482;TCF=319;TCR=163;TR=408;WE=20033006;WS=20032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,414:0.84:493
chr20	20033137	rs2255258	T	A	20926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=407;NR=469;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GACCTCTCGCTTGAGCCGTGA;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1031;TCF=475;TCR=556;TR=876;WE=20033145;WS=20033127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,890:0.85:1050
chr20	20033242	rs2273057	A	T	7483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TGAGGTGGGTAACGCCGTGCT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=128;TCR=210;TR=288;WE=20033250;WS=20033232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,293:0.85:344
chr20	20033319	rs2273058	A	G	5733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGCCTCCGGAACTGGGATGAC;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=265;TCF=137;TCR=128;TR=223;WE=20033327;WS=20033309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,232:0.86:271
chr20	20033367	rs7508949	C	G	5031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CCGTGGCGCCCTGCAAGGGAG;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=115;TCR=135;TR=206;WE=20033388;WS=20033357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,215:0.85:254
chr20	20033380	rs3817995	A	G	4658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.175;SC=CAAGGGAGTAAGAACGGAGCT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=181;WE=20033388;WS=20033357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,191:0.83:231
chr20	20033423	rs6046572	G	A	3651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,146:0.82:179
chr20	20037222	rs1509573	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=672;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CAGTTTTGTGTGTATTATAAC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=20037230;WS=20037212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr20	20050397	rs200183	G	A	9764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=141;PP=2965;SC=AGATTTTCTCGTTCTTGTCTG;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=209;TCR=141;TR=350;WE=20050405;WS=20050387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr20	20056038	rs11482118	T	TA	1674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=11;PP=1937;SC=TTAGAACAATTAAGCACAATT;SOR=2.256;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=46;WE=20056046;WS=20056028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr20	20071634	rs6046614	T	C	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=192;PP=2965;SC=AGTGACTGATTCATGTGGGAA;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=109;TCR=192;TR=301;WE=20071642;WS=20071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
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chr20	20139951	rs11475376	GC	G	8504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=64;PP=2965;SC=TTGCTCCAGAGCTTGGACTCT;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=20139959;WS=20139941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr20	20144772	rs6081901	G	A	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=82;PP=2757;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGCATCGCTCGTACTGCCTGA;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=175;WE=20144780;WS=20144762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,186:0.86:216
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chr20	20152462	rs996197	A	C	12925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=216;PP=2965;SC=GCATCACCAGAGTGTCAAAGG;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=464;TCF=248;TCR=216;TR=464;WE=20152470;WS=20152452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
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chr20	20180288	rs11474984	AT	A	2891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.212;NF=69;NR=23;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TTATTTGCTGATTTTTTTTTT;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=94;TCR=31;TR=92;WE=20180307;WS=20180278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,119:0.98:122
chr20	20257958	rs2424317	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,37:0.15:253
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chr20	20269631	rs1410263	C	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=52;PP=1502;SC=TTAGGTATGGCTCAGCAGTCA;SOR=1.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=20269639;WS=20269621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	20348962	rs111558392	C	T	13987.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=342;PP=2962;ReadPosRankSum=2.391;SC=CGCCCGTTTCCTACCGGGTCC;SOR=0.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=668;TCF=280;TCR=388;TR=595;WE=20348970;WS=20348952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:75,612:0.89:687
chr20	20350516	rs6137007	T	G	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=91;PP=2661;SC=CGCCCTGCACTCCCCGAACCC;SOR=3.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=17;TCR=91;TR=108;WE=20350524;WS=20350506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	20377421	rs11426947	A	AC	15019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=31.69;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr20	20493222	rs35039408	G	A	7531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.270;SC=AGGGTCCTCGGGGCTCCACTG;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=178;TCR=161;TR=295;WE=20493230;WS=20493212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,308:0.87:354
chr20	20504977	rs56098181	A	G	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=22;PP=1435;ReadPosRankSum=-2.542;SC=AAGTACATGCATAAGACATAT;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=89;WE=20504985;WS=20504967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,91:0.80:114
chr20	20599939	rs376239129	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=2.308;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,44:0.20:220
chr20	20609964	.	A	AAC	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.686;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr20	20693246	.	T	TGCCGCCGCCGCCGCC	1282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=9.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.89;ReadPosRankSum=1.564;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr20	21106714	rs5840900	C	CG	9647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.128;NF=63;NR=102;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CCCGGCCGAACGGCCACCCAG;SOR=0.877;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=212;TCF=77;TCR=135;TR=165;WE=21106722;WS=21106704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,303:0.83:366
chr20	21126194	rs6047271	C	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1118;ReadPosRankSum=1.413;SC=ATCAAACTTTCTTTATATTTA;SOR=1.488;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=69;WE=21126202;WS=21126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,69:0.83:83
chr20	21142454	rs11482592	A	AC	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.22;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=3.339;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr20	21142523	rs4815025	C	G	8671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.122;NF=213;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.063;SC=TTGCAGTGCACGAGGGGATTA;SOR=0.362;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=416;TCF=250;TCR=166;TR=362;WE=21142531;WS=21142513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,359:0.88:409
chr20	21142813	rs2236178	T	C	11065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=0.942;SC=GGTGAGAAAATGCCAGTCACA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=561;TCF=272;TCR=289;TR=466;WE=21142821;WS=21142803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,480:0.83:578
chr20	21186161	rs11087346	A	AG	8503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=84;PP=2936;SC=AGACGTACCGAGGCACAGGTG;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=46;TCR=91;TR=127;WE=21186169;WS=21186151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr20	21186296	rs11321878	TA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr20	21196121	.	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.765;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr20	21227314	rs6047326	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=41;PP=1201;SC=AGTTTTCTCACTGTTTTATGG;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=21227322;WS=21227304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	21307107	rs2296728	A	G	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=2260;ReadPosRankSum=-0.597;SC=ATTATATTACATTGTTTGGTT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=139;WE=21307115;WS=21307097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,141:0.83:170
chr20	21312288	rs202837	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr20	21313109	rs11481754	T	TA	1955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.146;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
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chr20	21321294	rs202845	C	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=45;NR=3;PP=1264;SC=GCCCTTCTTTCCTTTCTGTCA;SOR=5.018;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=21321302;WS=21321284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr20	22562674	rs1212275	T	C	7951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.30;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
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chr20	23028724	rs1042579	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,76:0.15:513
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chr20	23346515	rs6137910	C	G	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTCGAGACAGCGTTTAGTTCT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=69;WE=23346523;WS=23346505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,69:0.77:90
chr20	23347553	rs999072	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=294;SC=TTGGAGTAAACGATTTTTGCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=23347561;WS=23347543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	23350525	rs17830281	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=44;PP=1267;ReadPosRankSum=0.087;SC=GGAACGCTCACGGAATGAATG;SOR=3.014;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=51;WE=23350533;WS=23350515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr20	23360369	rs6137917	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
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chr20	23401904	.	ACC	A,AC	5706.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.645;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.399;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,88,131:0.39,0.58:225
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chr20	23424613	rs3746736	T	C	5438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.350;SC=GAAGATTGGCTGGACCAAATG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=167;TCR=97;TR=218;WE=23424621;WS=23424603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,226:0.84:269
chr20	23424638	rs3746737	C	T	7066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.574;SC=AGGAATGACACGAGCAATTCT;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=345;TCF=195;TCR=150;TR=286;WE=23424646;WS=23424628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,297:0.84:353
chr20	23472391	rs2983288	A	G	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=140;PP=2965;SC=AGAATGAGACAGGGGTGCTGA;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=170;TCR=140;TR=310;WE=23472399;WS=23472381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr20	23529377	rs3004129	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=17;PP=1121;SC=ACCTGTGTCCGCACCACACCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	23529388	rs2983611	C	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=21;PP=1380;SC=CACCACACCCCATGCGGCATC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	23548774	rs2983617	T	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=16;PP=2310;SC=AGACCCCCTGTCCCCACCCCA;SOR=2.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=84;TCR=16;TR=100;WE=23548782;WS=23548764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	23586184	rs2983639	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AGACTAGACATCTTGGTCCCT;SOR=1.017;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=69;WE=23586192;WS=23586174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,76:0.86:88
chr20	23615819	.	TCA	T,TCACA	2309.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.551;NF=47,47;NR=17,17;PP=528,1999;ReadPosRankSum=1.987;SC=AACATGTGCATCACACACACA;SOR=0.380;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=64,64;WE=23615832;WS=23615809;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.77:110
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chr20	23618427	rs1064039	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=547;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CTGGAGCCGGCCGCGGGGCTC;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=36;WE=23618435;WS=23618417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
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chr20	23669630	rs7267397	A	G	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=153;PP=2965;SC=GCAGAGCACAAAGCTGGAGCT;SOR=2.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=49;TCR=153;TR=201;WE=23669638;WS=23669620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	23669663	rs111248870	C	T	2872.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.515;NF=16;NR=89;PP=2285;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGTGAGAGCCCGAGGCAGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=19;TCR=101;TR=105;WE=23669671;WS=23669653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,107:0.88:121
chr20	23728342	rs2982	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-2.515;NF=23;NR=1;PP=517;ReadPosRankSum=0.024;SC=GTCTCTTGGCGCAGGCACATG;SOR=3.461;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=24;WE=23728350;WS=23728332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr20	23729722	rs3188314	G	T	38005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=789;NR=638;PP=2965;SC=TACATATGGTGCGGCCCACCT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1432;TCF=790;TCR=642;TR=1427;WE=23729730;WS=23729712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1407:1.00:1407
chr20	23731426	rs13045477	C	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:558,108:0.16:666
chr20	23731494	rs6076122	A	G	8174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=195;PP=2965;SC=GTACTCAGATACTGGGCCATG;SOR=1.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=281;TCF=85;TCR=196;TR=280;WE=23731502;WS=23731484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr20	23731560	rs6076123	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=57;PP=1651;SC=GGTGAGAGCCCGAGGCAGGGA;SOR=4.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=63;WE=23731568;WS=23731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	23731589	rs113896553	G	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.239;NF=6;NR=21;PP=614;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CAGCAGGCAGGTGTGCATTTA;SOR=1.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=27;WE=23731597;WS=23731579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr20	23805832	rs6036548	G	A	8985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=255;NR=55;PP=2965;SC=CCTGGGACCCGCATCAGGAAC;SOR=3.095;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=317;TCF=258;TCR=59;TR=310;WE=23805840;WS=23805822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr20	23806008	rs6106729	C	T	23043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.331;NF=345;NR=517;PP=2965;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCCATCAGTTCATGCACTCAC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=864;TCF=346;TCR=518;TR=862;WE=23806016;WS=23805998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,861:1.00:862
chr20	23806929	rs58314206	A	C	6490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=57;PP=2965;SC=TGAAGGCCATAAGCAGAGAGT;SOR=2.153;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=161;TCR=57;TR=217;WE=23806937;WS=23806919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr20	23807028	rs4407312	A	C	16070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGCAACAAACAAGGCTGGGAC;SOR=0.266;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=594;TCF=297;TCR=297;TR=591;WE=23807036;WS=23807018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,598:1.00:599
chr20	23807308	rs6106731	G	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1884;SC=GGTCTCCTCGGAGGCAGAGCA;SOR=1.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=87;WE=23807316;WS=23807298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	23807360	rs6106732	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=853;SC=AGCCTGAGGCGGGGATCCCAG;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=23807368;WS=23807350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	23857982	rs2071445	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr20	23860178	rs1799841	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:498,81:0.14:579
chr20	24524218	rs4815274	C	G	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=133;PP=2965;SC=CTGGAGGTCACAGGATGTGTT;SOR=2.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=45;TCR=133;TR=178;WE=24524226;WS=24524208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr20	24524245	rs4813519	A	G	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=88;PP=2554;SC=AGGCCCTCTAAGAATGTGTGA;SOR=3.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=15;TCR=88;TR=103;WE=24524253;WS=24524235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	24645939	rs2892217	G	A	9809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=1.343;SC=TGCTTGTTCCGACTTGCTTAC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=483;TCF=288;TCR=195;TR=409;WE=24645947;WS=24645929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,414:0.85:488
chr20	24930085	rs227653	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,29:0.16:187
chr20	24930221	rs45469992	G	A	6455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.713;SC=GGTAAGTGGCGTTCTCCCCTG;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=325;TCF=156;TCR=169;TR=265;WE=24930229;WS=24930211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,275:0.83:333
chr20	24944933	rs761368	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr20	24973383	rs6138456	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr20	24987438	rs6083718	C	T	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=29;PP=2944;SC=TGGTTCTCACCGCCCCAACCA;SOR=2.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=98;TCR=29;TR=127;WE=24987446;WS=24987428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	24993414	rs6132785	T	C	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=61;PP=2965;SC=CATGGAGGTGTAGGAGTGAAG;SOR=1.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=129;TCR=62;TR=190;WE=24993422;WS=24993404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr20	24994289	rs6050249	C	T	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=102;PP=2965;SC=CTGCCCTCCACGACGCTGCCC;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=175;WE=24994297;WS=24994279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	25004071	rs4813543	G	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=25;PP=1688;SC=ATATGACCTCGCCTCAAACTG;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=25004079;WS=25004061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	25011423	rs6050259	T	C	16858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=327;NR=301;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CCAAGGACTCTGCACTGAAGC;SOR=0.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=630;TCF=328;TCR=302;TR=628;WE=25011431;WS=25011413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,633:1.00:634
chr20	25011639	rs60849220	A	G	10426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=0.490;SC=GAGGAGGGCCAAAATGCAGAG;SOR=0.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=170;TCR=211;TR=378;WE=25011647;WS=25011628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,378:0.99:381
chr20	25027331	rs6132792	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=0;PP=781;ReadPosRankSum=0.972;SC=TTCGCAGGCAGATGGAGCTGG;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=33;WE=25027339;WS=25027326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr20	25038372	rs62217194	G	A	9280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CCCAAGAGTTGGGGGCGTCCT;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=447;TCF=280;TCR=167;TR=382;WE=25038380;WS=25038362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,392:0.85:459
chr20	25038798	rs7265950	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=331;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CCCGGGGCGCCCCGTGGAGTC;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=21;WE=25038806;WS=25038788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr20	25053105	rs743018	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=10;PP=1413;ReadPosRankSum=0.847;SC=CCCCCAGGCCGATACTGTCCT;SOR=1.280;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=69;TCR=13;TR=66;WE=25053113;WS=25053095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,68:0.79:86
chr20	25057191	rs11427085	T	TA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr20	25059381	rs56157240	A	T	6961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.048;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCTATAGAGAAGGGACTGCTG;SOR=0.967;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=331;TCF=190;TCR=141;TR=288;WE=25059389;WS=25059371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,298:0.87:343
chr20	25059546	rs12480307	T	C	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=84;PP=1928;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CCTCGCTGAATGCCTTCTCCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=126;WE=25059554;WS=25059536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,132:0.83:159
chr20	25061865	rs145972043	AATC	A	1206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.203;SC=AGGACCCGTCAATCATTCGAT;SOR=0.632;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=21;WE=25061883;WS=25061855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr20	25061875	rs61304082	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=1199;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AATCATTCGATCATTTCCGCC;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=33;WE=25061883;WS=25061855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr20	25062001	rs7344824	T	A	6453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGGGGAAAAATGGCCCTCTGG;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=325;TCF=216;TCR=109;TR=279;WE=25062017;WS=25061984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,276:0.85:325
chr20	25062145	rs6050306	C	T	6497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.856;SC=GGGCAGGCGGCGCAGCTCCGC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=115;TCR=197;TR=266;WE=25062153;WS=25062135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,267:0.86:312
chr20	25176296	rs6083773	A	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=34;PP=1727;SC=CCGCCTGCGCATGCGCGGCTG;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=25176304;WS=25176286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	25187213	rs2076559	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-2.176;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,58:0.15:386
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chr20	25190598	rs1007707	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,33:0.17:199
chr20	25193949	rs2076561	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,53:0.13:411
chr20	25195394	rs6050445	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr20	25197982	rs4815394	T	C	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=38;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ATTGGCTCCTTATTGCCTGCT;SOR=1.202;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=120;TCR=38;TR=156;WE=25197990;WS=25197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr20	25229231	rs2273473	C	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
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chr20	25257462	rs2424699	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,80:0.15:532
chr20	25258916	rs11466827	G	GCCCTGGGACTGGGTCATGGGGCATGTGCC	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,7:0.10:69
chr20	25259200	rs2261109	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.563;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr20	25259807	rs2261115	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,60:0.16:378
chr20	25260931	rs2227890	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:592,108:0.15:700
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chr20	29625838	rs62198353	C	A	14285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-17.656;NF=349;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=5.931;SC=ATTTTCTCTCCGTTTTTAACT;SOR=0.464;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=902;TCF=516;TCR=386;TR=622;WE=29625846;WS=29625828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,507:0.65:782
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chr20	29625876	rs73611718	C	T	7040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FS=4.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-8.650;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.994;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:665,315:0.32:980
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chr20	29625935	rs62198354	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=9.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-19.400;QD=4.44;ReadPosRankSum=-4.221;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,59:0.15:385
chr20	29625997	rs62198355	A	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQRankSum=-6.353;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,27:0.19:143
chr20	29626027	rs2137756	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-6.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.892;NF=0;NR=31;PP=482;ReadPosRankSum=0.517;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=0.653;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=111;TCF=2;TCR=109;TR=31;WE=29626037;WS=29626017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr20	29628164	rs62199575	G	A	6704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=5.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=-15.424;QD=16.43;ReadPosRankSum=-5.287;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,256:0.63:408
chr20	29628229	.	G	GA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=1245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.37;MQRankSum=-2.481;QD=0.08;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1093,117:0.10:1210
chr20	29628271	rs62199576	C	T	13452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1097;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.216;NF=288;NR=319;PP=2962;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1218;TCF=600;TCR=618;TR=607;WE=29628279;WS=29628261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:546,551:0.50:1097
chr20	29628335	rs11152455	A	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQRankSum=-16.981;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,94:0.17:539
chr20	29628341	rs11152456	C	A	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-17.721;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,87:0.17:514
chr20	29628361	rs11152457	A	C	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=5.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-20.374;QD=4.14;ReadPosRankSum=4.031;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,79:0.17:466
chr20	29628431	rs11152458	C	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.660;NF=29;NR=110;PP=2781;ReadPosRankSum=3.656;SC=TTTAAAGATTCAGTTAATAGC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=51;TCR=188;TR=139;WE=29628449;WS=29628421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,87:0.47:186
chr20	29628477	rs62199577	T	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.361;NF=6;NR=48;PP=753;ReadPosRankSum=2.650;SC=GACTCATTTTTAATTATAAAT;SOR=0.211;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=149;TCF=14;TCR=135;TR=54;WE=29628506;WS=29628467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr20	29628488	rs11152459	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQRankSum=-1.997;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.874;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr20	29628498	rs62199578	A	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQRankSum=-0.942;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr20	29628519	rs76426821	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQRankSum=-0.186;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr20	29630695	rs6087171	C	A	9113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.051;NF=234;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=1.017;SC=CATTTAATTGCAAGCTCTCCT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1022;TCF=531;TCR=491;TR=454;WE=29630703;WS=29630685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:559,462:0.45:1021
chr20	29632519	rs76216438	GA	G	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.393;NF=22;NR=0;PP=373;ReadPosRankSum=-4.208;SC=TTTAATAAGTGAAAAAAGAAA;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=69;TCR=2;TR=22;WE=29632527;WS=29632509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
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chr20	29632662	.	G	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=1033;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQRankSum=-9.476;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:809,147:0.15:956
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chr20	29632714	rs76788819	CT	AG	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQRankSum=-0.918;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:529,154:0.23:683
chr20	29632726	rs138922778	CTATT	C	3152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=8.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQRankSum=-6.014;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,106:0.24:451
chr20	29632761	rs6057390	T	C	5572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.632;NF=46;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.144;SC=TTTCAGTAGCTAATAGAAATG;SOR=0.636;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=270;TCF=56;TCR=214;TR=213;WE=29632790;WS=29632739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,179:0.76:235
chr20	29632772	rs113430333	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQRankSum=-1.436;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,28:0.15:191
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chr20	29632782	.	A	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQRankSum=-1.175;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,31:0.20:155
chr20	29633770	.	T	TAA	263	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=43.43;NF=8;NR=0;PP=263;QD=37.0;SC=TATTTTAATATGTGTTGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=29633778;WS=29633760;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,8:0.53:15
chr20	29633794	rs10084493	C	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.351;NF=23;NR=1;PP=516;ReadPosRankSum=-2.484;SC=ACAATAACCACAATTGAACAC;SOR=0.141;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=24;WE=29633812;WS=29633777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr20	29633823	rs77782557	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=1.261;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
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chr20	29633849	rs374283656	GGC	G	1406.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=5.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQRankSum=2.573;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,44:0.24:187
chr20	29633853	.	T	TTA	1515.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=4.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=2.814;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,45:0.23:193
chr20	29633854	rs77178122	G	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=3.147;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,48:0.24:198
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chr20	29633927	rs62196372	C	A	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=12.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQRankSum=-1.489;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,100:0.32:316
chr20	29633929	rs7509092	A	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=12.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQRankSum=-1.917;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,96:0.30:316
chr20	29633938	rs61041024	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQRankSum=-9.294;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,70:0.23:308
chr20	29633945	.	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQRankSum=-6.766;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,39:0.13:293
chr20	29633952	rs62196374	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=14.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQRankSum=-4.149;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,73:0.28:264
chr20	29633966	rs201513813	GTT	G	3911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.947;HP=11;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.238;NF=7;NR=123;PP=1513;ReadPosRankSum=2.758;SC=ATCTTTTTGTGTTTTTTTTTT;SOR=1.161;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=203;TCF=13;TCR=190;TR=130;WE=29633979;WS=29633956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
chr20	29633986	rs2379676	A	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=20.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQRankSum=-6.041;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.692;SOR=2.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,41:0.21:198
chr20	29634037	rs4006816	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=5;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.512;NF=4;NR=47;PP=792;ReadPosRankSum=0.717;SC=TGAAATTATTGTTTAGCTAGT;SOR=1.033;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=126;TCF=20;TCR=106;TR=51;WE=29634057;WS=29634027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr20	29634043	.	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQRankSum=-3.115;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,12:0.12:99
chr20	29634049	rs2379675	G	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.273;HP=1;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.332;NF=2;NR=44;PP=792;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TTAGCTAGTAGCTAGTTTAAC;SOR=2.033;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=46;WE=29634057;WS=29634027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr20	29634102	.	TCC	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-3.680;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr20	29652000	rs62206780	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.576;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,13:0.13:99
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chr20	29652010	rs78663325	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.464;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,20:0.17:120
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chr20	30449325	rs947310	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,13:0.12:108
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chr20	30451844	rs6087786	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=5.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,26:0.13:206
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chr20	30513702	rs61745444	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1061;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=2.794;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:900,158:0.15:1058
chr20	30513735	rs4911195	C	T	21363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=455;NR=446;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CCAACACCCGCTTCACACTGA;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1075;TCF=538;TCR=537;TR=901;WE=30513743;WS=30513725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,916:0.84:1091
chr20	30527065	rs6061043	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:595,97:0.14:692
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chr20	30661297	rs2297304	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=65;PP=1749;ReadPosRankSum=2.964;SC=CCTCTGAAGTGCTTTGCGCAG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=95;WE=30661305;WS=30661287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,100:0.84:119
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chr20	30729488	rs6089193	T	C	12575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=0.471;SC=CCTGTGCTCCTTGCTGCCTCA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=544;TCF=260;TCR=284;TR=477;WE=30729496;WS=30729478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,492:0.87:563
chr20	30746248	rs6061195	T	C	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=72;PP=2347;ReadPosRankSum=1.675;SC=TCTCGTTCTGTGGCAGCATCC;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=165;WE=30746256;WS=30746238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,176:0.86:204
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chr20	30753270	rs14316	T	C	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=103;PP=2929;ReadPosRankSum=0.295;SC=ACGGCCAAGCTTGCTCCGTCC;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=72;TCR=119;TR=167;WE=30753278;WS=30753260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,168:0.88:191
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chr20	30914706	rs3746606	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=1.504;SC=CTATTAACTTCAAGTATATTT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=34;WE=30914714;WS=30914696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,41:0.85:48
chr20	30954295	rs2295454	A	G	6481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.204;SC=GTTGCTTAACATGAGGGTTTC;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=107;TCR=186;TR=256;WE=30954303;WS=30954285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,270:0.88:307
chr20	30959704	rs2424879	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
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chr20	31019024	rs2295765	C	T	14389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=264;NR=235;PP=2965;SC=GCAGATAACTCCTGGGTAGCT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=264;TCR=236;TR=499;WE=31019032;WS=31019014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr20	31022959	rs6058694	T	C	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=126;PP=2965;SC=GGTCCCATTCTGTCTCTAGTG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=269;WE=31022967;WS=31022949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	31024274	rs4911231	T	C	6451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CACAGGACAGTAATTCAAATG;SOR=0.993;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=295;TCF=135;TCR=160;TR=252;WE=31024282;WS=31024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,257:0.85:304
chr20	31025163	rs2295764	A	G	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=90;PP=2394;ReadPosRankSum=0.920;SC=CATGGGAAACATTGTATATTT;SOR=0.996;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=71;TCR=104;TR=148;WE=31025171;WS=31025153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,148:0.84:177
chr20	31025231	rs2295763	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=-1.055;SC=ATCATTGATATAATACTCTTT;SOR=1.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=42;WE=31025239;WS=31025221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr20	31074372	rs6141734	G	A	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.640;NF=102;NR=22;PP=2429;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TGGGACTCTGGTTTGCCATTA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=124;TCR=27;TR=124;WE=31074380;WS=31074362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,123:0.84:147
chr20	31097877	rs293566	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=504;ReadPosRankSum=1.815;SC=CTCCTGCAGCTCAAACTACTT;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=23;WE=31097885;WS=31097867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr20	31099311	rs159428	T	C	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=97;PP=2276;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GCGGGCCTGTTGCCCACATGG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=162;WE=31099319;WS=31099301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,165:0.85:194
chr20	31108805	rs6141745	T	A	5699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.231;SC=GGTCTGAGCTTTGGTGGCAGG;SOR=0.301;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=104;TCR=161;TR=236;WE=31108813;WS=31108795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,237:0.89:267
chr20	31189411	rs2029086	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,20:0.18:112
chr20	31196471	rs8114375	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:835,166:0.17:1001
chr20	31291161	rs9421	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,22:0.14:155
chr20	31291625	rs28620238	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr20	31291919	rs35093495	GGGCA	G	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,13:0.16:79
chr20	31294655	rs28548540	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,12:0.15:81
chr20	31369136	rs3835238	AC	A	6602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.650;NF=62;NR=57;PP=2954;ReadPosRankSum=2.435;SC=CACAAAACAGACTCCTGGCTG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=119;WE=31369144;WS=31369126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,181:0.83:218
chr20	31374259	rs2424913	C	T	5389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=0.256;SC=CGCCAGACCCCAGGCCTCCAG;SOR=1.023;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=165;TCR=73;TR=204;WE=31374267;WS=31374249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,215:0.86:251
chr20	31374520	rs2424914	A	G	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-3.853;SC=TGTGGCTGGTAGATAATCTGT;SOR=0.453;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=329;TCF=120;TCR=209;TR=299;WE=31374528;WS=31374510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,316:0.91:347
chr20	31374991	rs4911107	G	A	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=30;PP=2517;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TCTGGTCACCGACATCCTTTG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=122;TCR=37;TR=129;WE=31374999;WS=31374981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,132:0.82:161
chr20	31376490	rs4911260	T	C	806.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=652;ReadPosRankSum=1.332;SC=GCGATCCCCCTGCCTCGGTCT;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=30;WE=31376498;WS=31376487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr20	31380309	rs1474738	G	A	901.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=625;ReadPosRankSum=1.376;SC=CAGGACAGCTGTCTGGCTATG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=35;WE=31380317;WS=31380301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
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chr20	31383353	rs910085	T	G	6991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=2.467;SC=GATTGTTGGGTACCTGGGATC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=148;TCR=175;TR=282;WE=31383361;WS=31383343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,288:0.87:331
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chr20	31386347	rs6058891	T	C	6526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=1.185;SC=CCTGGAGCTGTTACATGTGTC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=301;TCF=151;TCR=150;TR=254;WE=31386355;WS=31386337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,262:0.85:310
chr20	31386449	rs2424922	T	C	5124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.073;SC=GGCTTGAATATGTAAGCCACA;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=111;TCR=156;TR=227;WE=31386457;WS=31386439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,229:0.85:270
chr20	31387954	rs1997797	C	G	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=39;PP=1840;ReadPosRankSum=1.394;SC=CTCTGGCCCCCACAGGCTACC;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=112;WE=31387962;WS=31387944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,115:0.87:132
chr20	31388636	rs2424928	T	C	9090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=2.921;SC=GTCTCTCTCTTTCAGATTGAA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=235;TCR=199;TR=374;WE=31388644;WS=31388626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,381:0.86:443
chr20	31389009	rs2065576	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TGGGAACCTGCTGGTCTCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=65;WE=31389017;WS=31388999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,70:0.92:76
chr20	31424619	.	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-2.953;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,42:0.12:358
chr20	31446645	rs853853	A	G	2249.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=29;PP=1612;ReadPosRankSum=-1.615;SC=TCATTTCCCTAGTTCTAAATA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=88;WE=31446653;WS=31446635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,92:0.88:104
chr20	31446936	rs185447925	T	C	844.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=623;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TTTCAATGCATGTATCCTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=33;WE=31446944;WS=31446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr20	31466534	rs13037496	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,62:0.12:519
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chr20	31473180	.	ATG	GTT	1110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=24;NR=1;PP=1110;QD=46.5387149945;SC=TGGCGTGCGCATGTGCGTGCG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=25;WE=31473190;WS=31473170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr20	31473182	rs4911272	G	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.58;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
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chr20	31480938	rs2377733	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=4.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,54:0.15:367
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chr20	31531544	rs13045180	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,55:0.16:346
chr20	31549424	rs11167189	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=14.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,36:0.23:156
chr20	31573528	rs2274343	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,29:0.15:199
chr20	31573769	rs13040459	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.821;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chr20	31577394	rs6058991	G	A	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=43;PP=2383;ReadPosRankSum=2.171;SC=GACACTTGAGGCAGTCAGATG;SOR=1.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=116;TCR=52;TR=144;WE=31577402;WS=31577384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,149:0.85:176
chr20	31577572	rs6088057	C	T	2610.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.333;NF=31;NR=73;PP=2893;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CACGTGTCCACGGGAGGTAAC;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=104;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,107:0.89:120
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chr20	31583384	rs2070310	A	G	7461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CATCAAACAAAGAGAAATTAG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=199;TCR=153;TR=301;WE=31583398;WS=31583374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,309:0.85:362
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chr20	31587793	rs15850	A	G	5623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GTCACGTGGCAGTGCAGTGTC;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=294;TCF=163;TCR=131;TR=238;WE=31587801;WS=31587783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,246:0.81:302
chr20	31619357	rs4911286	C	T	542.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=439;ReadPosRankSum=0.741;SC=CCCAGAAACACCCAGGGGGCT;SOR=3.160;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=31619365;WS=31619347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr20	31619578	rs6059027	A	G	7305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.447;SC=CCGGGCGTGCAGCTGGGAGGC;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=382;TCF=181;TCR=201;TR=312;WE=31619586;WS=31619568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,324:0.82:396
chr20	31619724	rs2070312	A	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=948;ReadPosRankSum=0.680;SC=CAAGGACCAGAGAAAATGGGA;SOR=2.257;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=43;WE=31619732;WS=31619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr20	31621564	rs2070315	C	T	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=63;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATGCTACTGGCATCTACTGGG;SOR=0.860;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=89;WE=31621572;WS=31621554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,92:0.80:115
chr20	31621583	rs2070316	G	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1197;ReadPosRankSum=-1.482;SC=GGCTGAGGTCGGAGATGCTAT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=59;WE=31621591;WS=31621573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,61:0.80:76
chr20	31622083	rs2070317	G	A	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=103;PP=2801;ReadPosRankSum=0.346;SC=AGGCATGACCGTCACTGGCAA;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=106;TCR=129;TR=192;WE=31622091;WS=31622073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,205:0.83:248
chr20	31622768	rs6059032	C	A	15554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=352;NR=288;PP=2962;ReadPosRankSum=1.989;SC=TTGCTATACCCCCCAGCATAT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=771;TCF=428;TCR=343;TR=640;WE=31622776;WS=31622758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,655:0.84:783
chr20	31622839	rs6059033	T	C	19133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1001;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=395;NR=411;PP=2962;ReadPosRankSum=0.135;SC=CCTAAATTCCTGCACTGGTGC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=975;TCF=481;TCR=494;TR=806;WE=31622847;WS=31622829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,825:0.83:996
chr20	31624368	rs6059035	C	T	10129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=265;PP=2962;ReadPosRankSum=0.749;SC=CACCTGGGAGCTGGGGTCTCA;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=492;TCF=189;TCR=303;TR=424;WE=31624376;WS=31624358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,432:0.86:502
chr20	31626558	rs6088078	G	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.8306;FS=15.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=1;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TCATCACCTGGGCTGCCCAGA;SOR=4.332;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=49;WE=31626566;WS=31626548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,53:0.84:63
chr20	31626621	rs6057708	C	T	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TGAAGGGAGCCTCAAAGGGTA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=171;TCR=52;TR=186;WE=31626629;WS=31626611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,194:0.84:232
chr20	31627291	rs4911287	A	G	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=69;PP=1853;ReadPosRankSum=-1.909;SC=TCGGTGGCGGAGCAAGGCTCC;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=107;WE=31627299;WS=31627281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,112:0.85:131
chr20	31629911	rs2070319	G	A	5423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GCCCTGAAATGGAGGCAGATG;SOR=0.259;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=44;TCR=176;TR=196;WE=31629919;WS=31629901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,200:0.90:222
chr20	31643511	rs384430	A	G	1027.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=826;ReadPosRankSum=0.371;SC=CAGGAGTGAAAGTTTCCCTTG;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=34;WE=31643519;WS=31643501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr20	31644520	rs408538	T	C	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TCCCACCTGCTGCATGCCCTA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=108;WE=31644528;WS=31644510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,110:0.85:130
chr20	31647126	rs6088082	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=1.391;SC=CCACTCTGGGCGCCGCCTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=16;WE=31647134;WS=31647116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr20	31647864	rs6088084	C	A	9543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=1.732;SC=CAGCCTGCAACCCTGACCCGC;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=478;TCF=199;TCR=279;TR=406;WE=31647872;WS=31647854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,414:0.85:489
chr20	31647935	rs2424936	G	T	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.239;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=97;PP=2458;ReadPosRankSum=-1.763;SC=GCCAGCTGCGGGGGCCTGAAC;SOR=1.464;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=140;TCF=29;TCR=111;TR=120;WE=31647943;WS=31647925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,122:0.85:143
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chr20	31652292	rs4911290	G	A	10941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TCTTGGGTCCGTGGAATTCTC;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=306;TCR=214;TR=453;WE=31652300;WS=31652282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,464:0.87:535
chr20	31656632	rs6057717	C	G	12355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TGCCCCTGCACCAGCAACTCC;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=634;TCF=312;TCR=322;TR=510;WE=31656640;WS=31656622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,510:0.81:629
chr20	31656837	rs2424938	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=68;PP=1623;ReadPosRankSum=1.347;SC=GGGGGTGACTGTCTCCAGGAC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=18;TCR=88;TR=82;WE=31656845;WS=31656827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,81:0.78:104
chr20	31673846	rs2070325	A	G	5246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CTTCCTGGACATCGCAGTAGA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=160;TCR=93;TR=219;WE=31673854;WS=31673836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,230:0.86:267
chr20	31676622	rs2424949	G	T	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=7;PP=1887;ReadPosRankSum=1.720;SC=CCAAGGTGAAGGTACTCTGTC;SOR=2.015;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=92;TCR=11;TR=84;WE=31676630;WS=31676612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,85:0.81:105
chr20	31676804	rs2889732	A	C	14583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=0.410;NF=263;NR=338;PP=2962;ReadPosRankSum=0.532;SC=AATTTAGTGAACCGAGTCCTG;SOR=0.885;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=701;TCF=312;TCR=389;TR=601;WE=31676812;WS=31676794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,618:0.86:720
chr20	31677474	rs7271727	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.406;QD=35.02;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,38:0.90:42
chr20	31677474	.	AGT	GGC	1399	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.26;NF=3;NR=27;PP=1399;QD=48.4155958287;SC=AGGCCCTTGAAGTGAGGAGTG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=30;WE=31677484;WS=31677464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr20	31677476	rs6057722	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.423;QD=37.71;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,35:0.90:39
chr20	31678534	rs2070326	T	C	4992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCTGGGGATATTGGGAAGTGT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=112;TCR=106;TR=184;WE=31678542;WS=31678524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,202:0.85:239
chr20	31688241	rs11699009	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-3.369;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,49:0.13:389
chr20	31688330	rs11696310	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,32:0.15:214
chr20	31695373	rs62210238	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-2.351;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr20	31812923	rs3818222	G	A	7215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TAACAACATCGTAAAGATGTG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=150;TCR=118;TR=266;WE=31812931;WS=31812913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,273:0.99:275
chr20	31814348	rs1570033	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,54:0.13:401
chr20	31825436	rs58831055	A	AG	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,16:0.13:121
chr20	31826027	rs6059183	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=7.677;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,39:0.14:287
chr20	31826088	rs36225274	GGCAGTGACCCTGAA	G	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=6.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=7.113;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
chr20	31826130	rs6141898	G	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=13.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=3.743;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr20	31827439	rs6141899	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr20	31828254	rs6059186	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,26:0.12:212
chr20	31828265	rs6059187	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,22:0.12:181
chr20	31828336	.	A	AGATG	668.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9837;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=850;ReadPosRankSum=-1.228;SC=GAGCGTGGAAAGATGGATGGA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=16;WE=31828344;WS=31828326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr20	31897554	rs1999663	G	C	6840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TGGAAACCCAGCTCTCCTGTC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=150;TCR=191;TR=286;WE=31897562;WS=31897544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,290:0.84:346
chr20	31954890	rs291674	C	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr20	32077925	rs75667555	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=319;ReadPosRankSum=2.116;SC=ACGGCGACAGCAGCGGTGGTG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=23;WE=32077933;WS=32077919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr20	32212690	rs3803939	C	T	6393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TCATGAATCCCGGGGGCCAAT;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=179;TCR=110;TR=247;WE=32212698;WS=32212680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,253:0.86:295
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chr20	32245869	rs3746461	C	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.641;SC=AGTGACCTCGCTCTCCCCACT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=61;WE=32245877;WS=32245859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
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chr20	32307832	rs188596431	T	G	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=17;PP=1872;ReadPosRankSum=-1.667;SC=GCATCGGACTTCGAACTCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=114;TCF=89;TCR=25;TR=89;WE=32307840;WS=32307822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,88:0.78:113
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chr20	32368929	rs2889785	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=5;PP=1596;ReadPosRankSum=0.771;SC=GAACAAGAGATGATGGCGCTC;SOR=0.306;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=81;TCR=5;TR=74;WE=32368937;WS=32368919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,77:0.87:89
chr20	32378732	rs2747565	G	A	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=110;PP=2965;SC=TATTCCCAGCGCAGGGCACTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=175;TCR=110;TR=285;WE=32378740;WS=32378722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr20	32379263	rs2626551	T	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1538;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AGCTGCAGGCTGGGGCCGAGG;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=109;WE=32379271;WS=32379253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,113:0.86:131
chr20	32637001	rs2284385	A	G	5794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.664;SC=GAATCTTGCTAGAGTGGAGAA;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=162;TCR=109;TR=238;WE=32637009;WS=32636991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,245:0.87:282
chr20	32664864	rs10649600	C	CCAG	8042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.233;NF=107;NR=24;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGAGGTGGCGCCGGCGGCGGC;SOR=1.946;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=114;TCR=27;TR=131;WE=32664872;WS=32664854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr20	32664926	rs2281209	G	A	10328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.426;NF=271;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.709;SC=CGGTGGCGGTGGCAGCAGCCG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=518;TCF=322;TCR=196;TR=433;WE=32664934;WS=32664916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,451:0.85:531
chr20	32665084	rs74408725	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=2.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,58:0.15:389
chr20	32856998	rs6058017	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=48;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GGCCGCGAGCAGGCAGGGCTT;SOR=0.074;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=59;WE=32857006;WS=32856988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr20	32868939	.	G	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=358;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CATTCAGCTTGCCCAGGTGGG;SOR=0.843;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=27;WE=32868947;WS=32868929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr20	32891200	rs819146	G	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,41:0.12:356
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chr20	33045092	rs77385328	G	A	2482.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=0.357;NF=70;NR=25;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AATAAACAATGAAATGAGAAA;SOR=0.173;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=95;WE=33045100;WS=33045082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,103:0.90:114
chr20	33053985	rs11480899	A	AT	455.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=355;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TGATCATGTGATTTTTTCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=33053993;WS=33053975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr20	33057954	rs6059856	G	C	11522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=259;PP=2965;SC=TCTCTGTACTGCCTTAACTTT;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=145;TCR=260;TR=404;WE=33057962;WS=33057944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr20	33057974	rs10716089	CT	C	9086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=177;PP=2951;SC=TGTTGTGTTGCTTTATATTAC;SOR=1.885;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=7;TCR=189;TR=184;WE=33057982;WS=33057964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr20	33059478	rs10606931	GGTGTGTGT	G	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	33068563	rs6059861	A	T	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=964;SC=CATGTAATTTATTAAAATATA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=33068571;WS=33068553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	33104592	rs2424993	G	C	8964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=111;PP=2965;SC=GGCAACCCTGGCAACGTTTCC;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=183;TCR=111;TR=294;WE=33104600;WS=33104582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr20	33114201	rs8116198	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.003;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,33:0.20:164
chr20	33117533	rs111373342	CA	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr20	33147737	rs6059915	C	G	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=85;PP=2657;SC=GGGAGTCGGGCGGCCCCGGTC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=125;WE=33147745;WS=33147727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	33148861	rs6059916	T	G	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=97;PP=2965;SC=CTGGCAGGTGTTGTTGGAAGA;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=164;WE=33148869;WS=33148851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	33150503	rs6059918	C	T	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=56;PP=1694;SC=TGCCTGGGGCCCAGATCACTG;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=70;WE=33150511;WS=33150493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	33222337	.	C	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=-3.247;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr20	33264731	rs76185438	T	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=359;ReadPosRankSum=-2.028;SC=AGGTGGGGCCTGACAGTCTGC;SOR=1.082;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=24;WE=33264739;WS=33264721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr20	33297810	rs369052205	G	GC	320.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=GCGCCCTCTAGACCCCCCGCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=33297819;WS=33297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	33297811	rs2378257	A	C	329.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=28;SC=CGCCCTCTAGACCCCCCGCCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=33297819;WS=33297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	33326680	rs113921126	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,45:0.22:201
chr20	33326876	rs6060025	A	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=63;PP=1890;SC=GGAACATGTCAGGGAAGGGAA;SOR=2.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=33326884;WS=33326866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	33334540	rs910872	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=12;PP=1700;SC=ATTGTTTCCTTGAAGACATGG;SOR=2.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=74;WE=33334548;WS=33334530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	33337751	rs3787220	T	C	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTTGCATGTTTGGAGTTGGTC;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=206;TCR=187;TR=391;WE=33337759;WS=33337741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,394:0.99:396
chr20	33342439	rs1884432	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=13;PP=1216;SC=CCAAGACTTATTACTTATCTG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=33342447;WS=33342429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	33342477	rs6087625	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,22:0.19:118
chr20	33356511	rs2295353	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr20	33364584	rs6060043	C	T	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr20	33370266	rs6060048	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=574;ReadPosRankSum=1.099;SC=CAACAATGTATAATTCATAGT;SOR=0.295;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=36;WE=33370274;WS=33370256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr20	33449198	rs112789855	GC	G	4636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.850;NF=19;NR=67;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TAGCAGAAGGGCAATGAAGAG;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=21;TCR=82;TR=86;WE=33449206;WS=33449188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,129:0.81:159
chr20	33451060	rs75627267	C	T	9227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,406:0.82:493
chr20	33460366	rs11697978	G	C	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=1.192;SC=TAAGGAGATGGAGCTGGAGGT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=120;TCR=60;TR=166;WE=33460374;WS=33460356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,172:0.93:184
chr20	33464710	rs2295096	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=0.980;SC=TCCCTTGGGAAGCTGAGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=33464718;WS=33464700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	33470514	rs6088638	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=5.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr20	33470694	rs4911163	C	T	7700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=169;PP=2965;SC=GGAAAATCTTCATTGAGTGGA;SOR=1.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=104;TCR=169;TR=273;WE=33470702;WS=33470684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr20	33500245	rs3787214	C	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=284;SC=CACACCACCACACCCAGCTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=33500253;WS=33500235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	33500378	rs2378294	G	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=29;PP=889;SC=GAGCCACCGCGCCTGGCCAAT;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=63;WE=33500386;WS=33500368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	33509275	rs3818273	G	A	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=122;PP=2965;SC=AGTGAGTGAAGGGTACAGAAG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=279;WE=33509283;WS=33509265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr20	33509523	rs2273683	C	T	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=65;PP=2965;SC=GTTCTGGGGCCCCTTGGGAGT;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=164;WE=33509531;WS=33509513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	33533736	rs734111	A	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=43;PP=2965;SC=CTGGCCCCCCAATGCTTCACT;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=97;TCR=44;TR=139;WE=33533744;WS=33533726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	33565528	rs117616040	G	C	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=93;PP=2223;ReadPosRankSum=0.509;SC=AGGGCAGGAGGGTGGGCGGGT;SOR=1.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=133;WE=33565536;WS=33565518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,137:0.96:142
chr20	33565755	rs11906160	G	A	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=55;PP=2864;ReadPosRankSum=0.834;SC=GCCTTGGGCCGCCTTGAACCT;SOR=0.480;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=134;TCR=65;TR=167;WE=33565763;WS=33565745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,172:0.85:203
chr20	33572941	rs2425007	A	G	7913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CTGTGAGTCAACCCCCTGCGG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=150;TCR=227;TR=317;WE=33572949;WS=33572931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,325:0.84:389
chr20	33575347	rs3053708	C	CAT	11205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=65;PP=2954;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTACCCCACTCGTGCCCTGCC;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=159;WE=33575355;WS=33575337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,266:0.83:322
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chr20	33582279	rs73905030	C	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GATAGTACAGCGAGACCCATG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=33582287;WS=33582269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr20	33583033	rs10536288	CAAA	C	926.52	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=421;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGAGCACAGCCAAACTTTGCT;SOR=0.257;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,23:0.96:24
chr20	33583037	rs61501849	C	G	935.56	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.98;ReadPosRankSum=-1.979;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,23:0.96:24
chr20	33583114	rs2425014	T	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=613;ReadPosRankSum=1.193;SC=TCCCCCAACCTGGCCCCGTTC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=28;WE=33583122;WS=33583104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr20	33583331	rs2425015	A	G	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.291;SC=TGATGACCTGAAGCTGACACT;SOR=0.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=162;TCR=150;TR=310;WE=33583339;WS=33583321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr20	33584822	rs11167250	T	TG	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=499;SC=GGGGGCGTTATGGGGTCCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=33584830;WS=33584813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	33584864	rs11167251	C	CT	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=9;PP=790;SC=CCTGTGCTGGCCACCCACTCT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=33584872;WS=33584854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	33585437	rs55734215	C	T	8365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CTCTGACCCGCGCCAAGGTGT;SOR=0.652;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=419;TCF=214;TCR=205;TR=346;WE=33585445;WS=33585427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,362:0.83:436
chr20	33587301	rs139695218	CAG	C	10070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.290;NF=80;NR=85;PP=2954;ReadPosRankSum=0.399;SC=ACCCTGGAATCAGGGGTGAGT;SOR=0.557;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=96;TCR=97;TR=165;WE=33587310;WS=33587291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,249:0.88:282
chr20	33587553	.	TC	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr20	33587596	rs80109502	G	A	2177.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5049;FS=2.963;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=2030;ReadPosRankSum=0.749;SC=ATCCACAGGGGGCCCTGGAGC;SOR=0.280;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=91;WE=33587604;WS=33587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,92:0.90:102
chr20	33591107	rs59909520	T	TG	6624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=117;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.436;SC=AGGGAGGGGCTGGGGGGCGCC;SOR=0.827;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=52;TCR=155;TR=160;WE=33591115;WS=33591097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,242:0.87:277
chr20	33591197	rs11481073	A	AG	9626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=102;PP=2933;ReadPosRankSum=2.029;SC=CACCCCCTTGAGGGTGGGGCA;SOR=0.885;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=273;TCF=131;TCR=142;TR=204;WE=33591205;WS=33591187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,319:0.83:383
chr20	33592148	rs73905041	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=2.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1539;ReadPosRankSum=1.090;SC=CAGAAGAGCTGGGTCTCCAGA;SOR=0.361;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=80;WE=33592156;WS=33592138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,80:0.87:92
chr20	33592474	rs752449	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=744;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTCTGAAGCTAGGAGCTCATC;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=36;WE=33592482;WS=33592464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr20	33593674	rs3746430	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=996;ReadPosRankSum=1.460;SC=CCCGGGGGGATAGTCACTACA;SOR=3.160;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=39;WE=33593682;WS=33593664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr20	33604042	rs3736802	T	C	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=86;PP=2442;ReadPosRankSum=0.793;SC=TCAGGACAAGTATCAGTACTG;SOR=1.017;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=39;TCR=97;TR=119;WE=33604050;WS=33604032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,126:0.87:145
chr20	33637606	rs2281626	T	G	6956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TATTATTCAGTTTTGAGAATC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=214;TCR=108;TR=281;WE=33637614;WS=33637587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,285:0.87:327
chr20	33645273	rs41290906	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,22:0.12:180
chr20	33657126	rs1998233	G	A	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=66;PP=2210;ReadPosRankSum=-1.919;SC=AGTCAAAAATGTAAGTATTTG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=148;WE=33657134;WS=33657116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,157:0.79:200
chr20	33665831	rs78704804	A	C	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.565;NF=75;NR=78;PP=2716;ReadPosRankSum=0.721;SC=ACGCCCCTCCAAGGTCCTTAA;SOR=0.840;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=153;WE=33665839;WS=33665821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,159:0.86:184
chr20	33703134	rs17092297	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATCTCATGAGACAGCCCAAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=33703142;WS=33703124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr20	33706187	rs6088722	T	C	820.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=651;ReadPosRankSum=-1.325;SC=AGGAACTAATTCTAGCTCTAC;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=28;WE=33706195;WS=33706177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
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chr20	33713975	rs2295886	A	C	1148.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=1080;ReadPosRankSum=0.355;SC=AACAAAGTACATTATTTGACT;SOR=0.722;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=38;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
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chr20	33857544	rs2275274	C	T	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=4.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=0.528;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,131:0.79:166
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chr20	33859264	rs6058220	T	G	3495.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=34;PP=2527;ReadPosRankSum=0.515;SC=CAACTCTAACTGGGCCAAGGG;SOR=0.736;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=122;TCR=37;TR=143;WE=33859272;WS=33859254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,147:0.90:164
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chr20	33867924	rs2250205	G	A	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=82;PP=2086;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCTGTCTCCTGTCAATCAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=45;TCR=100;TR=115;WE=33867932;WS=33867914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,117:0.79:148
chr20	33868702	rs2425043	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AGGATACCACTCAGCCCAGCC;SOR=0.162;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=72;WE=33868710;WS=33868692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,74:0.87:85
chr20	33872311	rs2275275	G	C	11087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=295;PP=2962;ReadPosRankSum=0.350;SC=GGCGGCGGAGGCGGGAGTTCA;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=515;TCF=157;TCR=358;TR=431;WE=33872319;WS=33872301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,444:0.84:528
chr20	33874720	rs2425049	C	T	11047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=1.190;SC=ATCTGGTGCCCGTCTGGCAGG;SOR=0.485;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=501;TCF=238;TCR=263;TR=444;WE=33874728;WS=33874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:53,443:0.89:496
chr20	33879478	rs2425050	A	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1282;ReadPosRankSum=-1.250;SC=ATAGTGCCAGAGGTGCTGGTC;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=60;WE=33879486;WS=33879468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,60:0.82:73
chr20	33880146	rs111916968	T	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GCAGGGCCCATGGCCCGCACG;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21;WE=33880154;WS=33880136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
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chr20	33972053	rs4911496	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,21:0.12:168
chr20	33972465	.	AAG	A	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	33999712	rs192429590	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,45:0.13:347
chr20	34022196	rs224330	C	T	10212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGAACAGGGCCTTCTCGTGGA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=272;TCR=174;TR=370;WE=34022204;WS=34022186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,388:0.83:465
chr20	34022387	rs224331	A	C	12099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=263;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TCCAGCAAGGAGGCCGGCTGC;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=574;TCF=264;TCR=310;TR=489;WE=34022395;WS=34022377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,503:0.86:587
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chr20	34025756	rs143384	A	G	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=57;PP=1494;ReadPosRankSum=2.069;SC=CGGCAGCAGCAAAGGTGCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=79;WE=34025764;WS=34025746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,85:0.89:96
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chr20	34062642	rs224362	C	T	4552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=77;PP=2961;ReadPosRankSum=-1.860;SC=ATGAGAGCAACGTTTTGGAAA;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=123;TCR=90;TR=180;WE=34062650;WS=34062632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,189:0.85:222
chr20	34062710	rs224363	C	T	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CAGGGATATACCTTCATCTTT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=196;WE=34062718;WS=34062700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,210:0.90:233
chr20	34079200	rs224373	A	G	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=98;NR=99;PP=2965;SC=GGGAGTAGGGAAGAAAGGGGC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=197;WE=34079208;WS=34079190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	34089718	rs2274238	G	T	7630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.283;SC=AATCTGAGCTGATGGAACTAC;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=154;TCR=210;TR=312;WE=34089726;WS=34089708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,322:0.85:380
chr20	34096725	rs2236165	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.367;SC=CTCTGCTCCAACCACAGAGCC;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=54;WE=34096733;WS=34096715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,57:0.80:71
chr20	34099165	rs72173955	CT	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.659;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr20	34116307	rs35756561	C	T	5299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.695;SC=CTGAAGTCCACACCAGGTCAG;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=118;TCR=137;TR=215;WE=34116315;WS=34116297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,231:0.85:272
chr20	34130832	rs66532338	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,30:0.17:174
chr20	34144107	rs224420	T	C	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=132;PP=2965;SC=TCCTGCATTTTGTTCCGTCAG;SOR=1.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=73;TCR=132;TR=205;WE=34144115;WS=34144097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	34144746	rs8825	A	G	11426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=2.123;SC=CACCCCAGGTACTGAGGACAA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=540;TCF=324;TCR=216;TR=458;WE=34144754;WS=34144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,464:0.85:549
chr20	34146779	rs8120157	T	C	10413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AAGACAAAGGTCTTCAGCGGG;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=513;TCF=261;TCR=252;TR=428;WE=34146787;WS=34146769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,438:0.84:524
chr20	34146827	rs139711045	TGAG	T	15026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=181;PP=2964;ReadPosRankSum=1.455;SC=GGGCGGCTGTTGAGGAGAAGA;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=66;TCR=237;TR=229;WE=34146837;WS=34146817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,371:0.82:452
chr20	34147998	rs224424	A	G	20654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.25;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,504:0.84:603
chr20	34148001	rs2145021	C	T	20708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.67;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,514:0.84:615
chr20	34148322	rs41293076	T	G	7586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CACATAGATGTCACTCGACAT;SOR=0.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=354;TCF=203;TCR=151;TR=308;WE=34148330;WS=34148312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,314:0.87:361
chr20	34152684	rs55799727	C	T	4505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=98;PP=2884;ReadPosRankSum=0.935;SC=GGGAGGCCAGCCCACAGTTTG;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=176;WE=34152692;WS=34152674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,188:0.83:226
chr20	34153341	rs224430	C	T	145.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5268;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GTCATACAAACAGGTATAACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=34153349;WS=34153331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr20	34164463	rs1557203	A	G	7519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GACTTCAGCAACAGCCCGATG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=345;TCF=154;TCR=191;TR=291;WE=34164471;WS=34164453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,302:0.84:358
chr20	34169971	rs55804447	T	C	8900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.554;SC=CACTGTCAGATGCCTGACAAG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=452;TCF=252;TCR=200;TR=384;WE=34169979;WS=34169961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,386:0.85:454
chr20	34170035	rs6060486	C	G	11044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=204;PP=2965;SC=GACTCCACACCTTGCCCAGCC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=204;TCR=204;TR=408;WE=34170043;WS=34170025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
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chr20	34173046	rs1536147	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:725,104:0.13:829
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chr20	34219480	rs2230219	G	A	18491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=0.613;SC=ACCCGTCACTGTCATAATCGG;SOR=0.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=557;TCF=267;TCR=290;TR=462;WE=34219488;WS=34219470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,476:0.83:574
chr20	34219496	rs6579255	T	C	18222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=0.141;SC=ATCGGAGCATTGCACCTGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=557;TCF=276;TCR=281;TR=461;WE=34219504;WS=34219486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,473:0.83:571
chr20	34219994	rs10211771	T	C	16968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=371;NR=341;PP=2962;ReadPosRankSum=1.051;SC=CAAACAACCATTATGCCATCC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=842;TCF=437;TCR=405;TR=712;WE=34220002;WS=34219984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,718:0.85:844
chr20	34220755	rs11543244	C	T	7696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.312;SC=TGTAAAAGGACGCAGAGTGGG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=128;TCR=232;TR=303;WE=34220763;WS=34220745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,312:0.84:372
chr20	34243017	rs6121015	C	T	14850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GCATTTCCGTCTTACTACTCA;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=682;TCF=383;TCR=299;TR=582;WE=34243025;WS=34243007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,589:0.85:690
chr20	34257351	rs2180280	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=563;ReadPosRankSum=-0.285;SC=AAATGGGGAGTGCTCCACACC;SOR=0.385;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=30;WE=34257359;WS=34257341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr20	34257663	rs6060546	A	C	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=77;PP=2146;ReadPosRankSum=0.966;SC=AGTCGACAACATTGGCCCCAA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=116;WE=34257671;WS=34257653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,117:0.81:145
chr20	34260921	rs34621588	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,19:0.19:98
chr20	34260980	rs112521373	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=336;ReadPosRankSum=2.148;SC=GAGGCCAAGGTGGACAGATCA;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=21;WE=34260988;WS=34260970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr20	34268874	rs3056722	T	TCCA	1859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=1618;ReadPosRankSum=0.331;SC=GTGAATTATCTCCAATAGTAA;SOR=0.180;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=33;WE=34268882;WS=34268864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr20	34269717	rs11470411	AACT	A	3284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.878;NF=30;NR=22;PP=2366;ReadPosRankSum=-1.120;SC=TTGATTTCCTAACTACACTCC;SOR=1.143;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=52;WE=34269727;WS=34269707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr20	34278606	rs56113530	TA	T	1697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.743;NF=2;NR=34;PP=1424;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGTTCTCTCATACCAACTGAG;SOR=0.472;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=36;WE=34278614;WS=34278596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr20	34285522	rs73281027	T	A	2154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TCTACCTCCATGCACACCTAC;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=83;WE=34285530;WS=34285512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,87:0.91:96
chr20	34288854	rs3088078	C	T	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1415;ReadPosRankSum=-1.372;SC=ACATCTGTCCCTTCCCATCAA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=80;WE=34288862;WS=34288844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,88:0.83:106
chr20	34294903	rs6060574	C	G	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	34328274	rs1538426	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=10;PP=1598;SC=TTATAAGACTGTTAGAAGATT;SOR=3.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=72;WE=34328282;WS=34328264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	34443173	rs2425171	G	C	8476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.827;SC=CCAACACCCTGACAATATAGG;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=404;TCF=214;TCR=190;TR=335;WE=34443181;WS=34443163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,352:0.83:422
chr20	34446395	rs2425178	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=963;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TGTTTATGATAGCAAGTGTTT;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=54;WE=34446403;WS=34446385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,54:0.83:65
chr20	34457513	rs6121073	G	A	9710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.343;SC=AGAATTTGACGTTGTTTGGGT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=465;TCF=236;TCR=229;TR=393;WE=34457521;WS=34457503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,409:0.84:487
chr20	34535247	.	TGGCTGAAATGGCCCTTCCTCCCTTGCCCCATGGA	T	1606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.47;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr20	34535373	rs6088971	T	C	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=67;PP=2429;ReadPosRankSum=0.960;SC=GTGTTGGGAGTTCACTAGGTC;SOR=0.462;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=152;WE=34535381;WS=34535363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,168:0.83:202
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chr20	34568262	rs10627329	C	CAT	1610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=2;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GCACTCATCACGTCAGCCACT;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=34;WE=34568270;WS=34568252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
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chr20	34596371	rs6060750	C	T	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5759;FS=1.985;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=87;PP=2715;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AGACACTCTCCCCAAGATGCT;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=165;WE=34596379;WS=34596361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,172:0.90:191
chr20	34611450	rs11477706	GA	G	3121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.67;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=1.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,132:0.87:151
chr20	35064912	rs1275393	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=753;ReadPosRankSum=2.166;SC=TGCTTCTTGAGAGAACCCCTT;SOR=0.349;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=32;WE=35064920;WS=35064902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr20	35068018	rs1275396	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.341;SC=ACAGTCAAATACAAGCTGGTG;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=58;WE=35068026;WS=35068008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr20	35090820	rs1275391	C	G	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CTGAAGGCCCCCCTTTGAGCC;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=156;TCR=38;TR=170;WE=35090828;WS=35090810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,164:0.86:190
chr20	35312979	rs78294453	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5043;FS=7.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=668;ReadPosRankSum=0.271;SC=AAGGCTGAGCGCAGTAGCTCA;SOR=3.026;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=29;WE=35312987;WS=35312969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr20	35467713	rs1146250	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,59:0.13:455
chr20	35491551	rs6029806	A	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=66;PP=2342;SC=CCGTGAGGAGAACGCGGCGCT;SOR=1.549;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=105;WE=35491559;WS=35491541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	35507542	rs3748459	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=2.165;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,82:0.14:583
chr20	35507621	rs3748461	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr20	35517567	.	C	T	4892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.398;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=0.293;SC=GCCGTCCTGGCATGGCCAAGA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=163;TCR=60;TR=195;WE=35517575;WS=35517557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,197:0.88:225
chr20	35559352	rs6072746	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,38:0.18:215
chr20	35569619	rs6030312	G	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=-0.087;SC=ACTAACAGAAGTTAGATTGGA;SOR=3.282;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=26;WE=35569627;WS=35569609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr20	35632028	.	GA	G	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=2.275;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr20	35661046	rs6017076	A	T	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.6214;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=15;PP=1992;ReadPosRankSum=0.401;SC=AAATTCTTCTAAAGTGCTATA;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=87;TCR=17;TR=93;WE=35661054;WS=35661036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,93:0.89:105
chr20	35710453	rs1892205	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=962;ReadPosRankSum=1.113;SC=GCACAGAGCATGTGTCTCTAT;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=62;WE=35710461;WS=35710443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,69:0.93:74
chr20	35738841	rs1744759	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,30:0.13:228
chr20	35748039	.	G	GAAAGAAAAGAAAAGAAAAGA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,5:0.04:113
chr20	35748894	rs1624888	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,52:0.14:367
chr20	35769592	rs1744769	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,60:0.15:395
chr20	35769647	rs1780680	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,47:0.15:304
chr20	35783494	rs1615246	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,44:0.16:275
chr20	35786188	rs1780687	A	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=5.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.869;SOR=1.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,23:0.15:157
chr20	35787473	rs1744775	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,49:0.19:258
chr20	35807790	rs11467214	G	GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT	5690.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=288;SC=GTTGCGCGTGGCTTTGGGGAG;SOR=1.145;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=16;WE=35807798;WS=35807780;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.79,0.21:110
chr20	35826683	rs2076399	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,10:0.14:72
chr20	35827682	rs2076398	G	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
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chr20	35828757	.	ATT	A	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
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chr20	35869623	.	GTC	G	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.333;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,27:0.16:172
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chr20	36031097	rs2145792	A	G	10988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=157;PP=2965;SC=TGCTTATCTAACAGAGCGGTC;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=221;TCR=157;TR=378;WE=36031105;WS=36031087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr20	36150582	.	C	CA	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=11;NR=0;PP=129;QD=12.5454545455;SC=AATTGCTTTACAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=36150590;WS=36150573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr20	36150600	rs5841264	T	TA	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=25.87;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr20	36405667	rs6020846	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=63;ReadPosRankSum=0.755;SC=AACTCAGATCATAGTACTCGT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=159;WE=36405675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,166:0.90:184
chr20	36488508	rs3833308	TCTCA	T	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=6.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,21:0.15:141
chr20	36500313	rs717599	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:657,95:0.13:752
chr20	36531978	rs6021782	G	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=69;PP=1946;SC=CAGTCGTGGCGGGCATCCCGG;SOR=7.140;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=70;WE=36531986;WS=36531968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	36572310	.	ACC	A,AC	3754.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.228;QD=26.07;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,37,106:0.26,0.74:144
chr20	36615416	rs6022212	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=7;PP=1159;SC=AGCAAATGCCATGCCATGCAA;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=57;WE=36615424;WS=36615406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	36615585	rs58202748	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,54:0.22:249
chr20	36624756	rs2273349	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,30:0.13:237
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chr20	36668874	rs2273353	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,15:0.13:116
chr20	36678416	rs6097507	A	G	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=132;PP=2965;SC=TCACTGTGTGATGAACTCATT;SOR=5.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=9;TCR=132;TR=141;WE=36678424;WS=36678406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	36685915	rs2256288	T	C	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=120;PP=2965;SC=TCAAATTTATTACTTTCTCTT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=222;WE=36685923;WS=36685905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr20	36759751	rs111895659	A	AC	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
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chr20	36761057	rs41274712	C	T	8234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.072;SC=ACTGTGGCTCCAGGGTTCCCA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=204;TCR=169;TR=321;WE=36761065;WS=36761047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,338:0.87:390
chr20	36761202	rs1555074	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=2.299;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,128:0.17:753
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chr20	36770588	rs2076390	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:743,132:0.15:875
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chr20	36774863	rs45437493	T	TG	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,15:0.13:112
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chr20	36868191	rs1205433	C	T	4036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=104;PP=2720;ReadPosRankSum=1.837;SC=AAGGGGAAAACGTCTCCTCTT;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=73;TCR=124;TR=164;WE=36868199;WS=36868181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,170:0.83:204
chr20	36869516	rs1205434	C	A	5344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGCTTTCTGGCTTTGTGCAAG;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=154;TCR=87;TR=208;WE=36869524;WS=36869506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,210:0.86:243
chr20	36870122	rs1205435	T	G	7975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.278;SC=AGGCTGGCTCTGGAACAGGCT;SOR=0.754;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=396;TCF=208;TCR=188;TR=335;WE=36870130;WS=36870112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,336:0.84:402
chr20	36919616	rs6014601	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=19;PP=2216;SC=GTTTCCCACAGTGTGTCCCCG;SOR=2.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=97;WE=36919624;WS=36919606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	36919758	rs10446011	A	G	13316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=259;PP=2965;SC=CAGACAAGACAGGAGACTGGA;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=507;TCF=248;TCR=259;TR=507;WE=36919766;WS=36919734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr20	36932551	rs1341022	G	C	11805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=242;NR=180;PP=2965;SC=CATTTCCCCAGCCGACTCTTT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=242;TCR=181;TR=422;WE=36932559;WS=36932541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr20	36932660	rs1341023	C	T	8029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=177;PP=2965;SC=CCGAGATGGGCGTCCCTGATG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=110;TCR=177;TR=287;WE=36932668;WS=36932650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr20	36932676	rs1341024	G	C	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=151;PP=2965;SC=TGATGGTGCTGGTCGCCATAG;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=74;TCR=151;TR=225;WE=36932684;WS=36932666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr20	36937246	rs2066252	G	A	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=18;PP=2233;SC=GGTGGGGGACGAGTCTGCATT;SOR=2.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=97;WE=36937254;WS=36937236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	36959318	rs5743533	G	A	1946.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=9;PP=1591;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GCTGTGACCCGTGGAAGGGGA;SOR=0.483;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=70;TCR=9;TR=71;WE=36959326;WS=36959308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,71:0.91:78
chr20	36959353	rs5743534	A	G	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=39;PP=2548;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGAAAACCAGACAGTATCCAC;SOR=0.499;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=116;TCR=44;TR=136;WE=36959361;WS=36959343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,138:0.86:160
chr20	36959566	rs2425357	A	G	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.34;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr20	36959566	.	AAGGCAT	GAGGCAA,GAGGCAT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=9,83;NR=18,129;PP=105,2962;QD=5.86918055045;SC=TCATAGGCTCAAGGCATTATT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=27,212;WE=36959580;WS=36959556;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.13:212
chr20	36959572	rs150987507	T	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,28:0.14:201
chr20	36959732	rs6127771	C	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=199;SC=TCCAGACCTTCCCCACCTGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=36959740;WS=36959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	36965617	rs1131847	A	G	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=102;PP=2795;ReadPosRankSum=2.083;SC=GCTGTCAGCCACACCTGTTCC;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=65;TCR=113;TR=161;WE=36965625;WS=36965607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,164:0.90:183
chr20	36979133	rs2232581	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GTCCCCACTGTGGAGAGGGGA;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=36979141;WS=36979130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr20	36979265	rs2232582	T	C	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=76;PP=2728;ReadPosRankSum=1.058;SC=GGCCTGTCCCTGGCCAGGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=152;TCR=98;TR=195;WE=36979273;WS=36979255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,203:0.79:257
chr20	36979514	rs5741815	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=861;ReadPosRankSum=0.412;SC=AGTGTCTTTCTGTCTCTGAGT;SOR=0.473;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=26;WE=36979527;WS=36979504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr20	36979519	.	C	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CTTTCTGTCTCTGAGTCTCTA;SOR=0.653;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=6;WE=36979527;WS=36979504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr20	36983630	rs2232589	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=3.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.6977;FS=4.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=2;PP=1092;ReadPosRankSum=0.677;SC=GCAGGGCGCCGGGAAGGGGTG;SOR=2.794;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=48;WE=36983638;WS=36983620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,48:0.86:56
chr20	36983670	rs2232590	C	G	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=16;PP=2193;ReadPosRankSum=0.918;SC=ACTGGCCTGACCAGGGACCAG;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=91;TCR=18;TR=97;WE=36983678;WS=36983660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,96:0.88:109
chr20	36989269	rs1780623	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,15:0.12:124
chr20	36989302	rs1780624	C	G	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=49;PP=2965;SC=TGATCAGCACCGGGCCAGACC;SOR=1.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=126;TCR=49;TR=174;WE=36989310;WS=36989292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr20	36995340	rs1739639	C	T	8253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=82;PP=2965;SC=CATCCCCCTGCCTCCCCAATC;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=204;TCR=82;TR=285;WE=36995348;WS=36995330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
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chr20	37062583	rs788347	T	C	13113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=248;NR=217;PP=2965;SC=CGCGATTTCTTTCCCTGCACT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=468;TCF=249;TCR=219;TR=465;WE=37062591;WS=37062573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
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chr20	37252210	rs6064778	C	A	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=120;PP=2886;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GGGTGAGAGACCCTGGCGGGG;SOR=0.361;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=202;TCF=62;TCR=140;TR=176;WE=37252218;WS=37252200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,177:0.88:201
chr20	37255995	rs148944768	A	ATGTGTGTTGGTG	1000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.73;MQRankSum=3.091;QD=32.28;ReadPosRankSum=1.171;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr20	37257384	rs35399405	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=598;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGCCAGCCAGACTTGGGCCCC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=37257392;WS=37257374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr20	37257590	rs6070809	C	G	4265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=97;PP=2927;ReadPosRankSum=-2.252;SC=CAGAGAATGGCGACTCCGGTA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=108;TCR=120;TR=184;WE=37257598;WS=37257579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,187:0.81:232
chr20	37266205	rs6026964	C	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=6;PP=1539;ReadPosRankSum=0.578;SC=TCAAGAGGAGCGGTTTGGGTC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=77;TCR=8;TR=68;WE=37266213;WS=37266195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,72:0.81:89
chr20	37278946	rs220520	T	C	5775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAAAATGCAGTACCTTTATCA;SOR=0.279;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=269;TCF=169;TCR=100;TR=231;WE=37278954;WS=37278936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,240:0.87:277
chr20	37279255	rs220519	C	T	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.321;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=34;PP=1927;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AATATGTAAACGTAATTGTTT;SOR=1.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=112;WE=37279263;WS=37279245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,118:0.84:141
chr20	39609426	rs4812473	C	T	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=81;PP=2922;SC=TGCGCTCTCCCTCTTCCAAGC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=39609434;WS=39609416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	39690342	rs1997833	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GCAAGTATGTTTAATTTTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=39690350;WS=39690332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr20	39726776	rs78221809	T	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5057;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=1031;ReadPosRankSum=0.207;SC=GGTGCTTGGGTGTATTTGCAA;SOR=0.463;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=49;WE=39726784;WS=39726766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,48:0.87:55
chr20	39743905	rs6072275	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr20	39788855	rs2076148	A	G	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.026;SC=AACCTTAGCCAGGCCTCTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=59;TCR=110;TR=167;WE=39788863;WS=39788845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr20	39791741	rs34454281	C	T	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCATGCTGGACCATTCTGGGA;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=34;TCR=116;TR=135;WE=39791749;WS=39791731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,135:0.90:150
chr20	39794489	rs6124323	G	A	9788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=205;PP=2965;SC=ATGCAGATGCGTATGTTCAGT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=142;TCR=205;TR=347;WE=39794497;WS=39794479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr20	39797465	rs753381	T	C	11199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=215;NR=193;PP=2965;SC=CTGACCTTCATCAAGAGCGCC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=215;TCR=193;TR=408;WE=39797473;WS=39797455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr20	39797646	rs909708	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=1321;ReadPosRankSum=0.440;SC=GCATGGGAACCCCTACCAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=57;WE=39797654;WS=39797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr20	39813729	rs2664537	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,31:0.10:300
chr20	39830122	rs2235367	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=525;SC=TTTCGAGTACAATCCAGAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=39830130;WS=39830112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	39832628	rs17265513	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,51:0.13:405
chr20	39974316	rs6129820	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=12;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CCATCTGTGCAAAGGCACTCC;SOR=1.522;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=64;WE=39974324;WS=39974306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr20	39977584	rs6072349	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,19:0.18:107
chr20	39977650	rs78339899	C	T	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=26;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TTCACCTTACCAAGCCCCTGA;SOR=0.752;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=126;TCF=97;TCR=29;TR=105;WE=39977658;WS=39977640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,106:0.83:127
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chr20	39985847	rs6072350	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,23:0.16:146
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chr20	40179909	rs6129863	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,47:0.14:333
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chr20	40714540	rs1569548	G	C	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.592;QD=35.08;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,115:0.86:134
chr20	40733082	rs2076247	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.7016;FS=6.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=6;PP=1229;ReadPosRankSum=0.098;SC=AAGCTTGATGCTGGGCTTCTC;SOR=2.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=58;WE=40733090;WS=40733072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,58:0.88:66
chr20	40863182	rs6030076	C	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr20	40979160	rs2071854	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GGAAGCTTTGTTCCTGGCCAG;SOR=0.095;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=14;WE=40979168;WS=40979150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr20	40979430	rs929071	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,22:0.18:125
chr20	40980987	rs6065464	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5015;FS=4.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=605;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GCTGGATGGAGCTCCTTTAGA;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=30;WE=40980995;WS=40980977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr20	41306600	rs2425516	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=2.490;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,47:0.15:320
chr20	41400114	rs147839711	A	T	5045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.844;SC=ACTTCCCACCAGCAATGCACT;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=139;TCR=122;TR=208;WE=41400122;WS=41400104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,217:0.78:278
chr20	41818289	rs2867655	C	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=363;SC=CACTCACCTGCGGCGCTCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=41818297;WS=41818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	42089511	rs2235611	T	C	11139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=239;NR=162;PP=2965;SC=CCCGATCCCCTAAAGAAAATG;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=239;TCR=164;TR=401;WE=42089519;WS=42089501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr20	42157237	rs2071972	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=5.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.113;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,26:0.12:219
chr20	42194989	rs33969356	T	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,44:0.16:281
chr20	42195554	rs112275291	G	GGGAC	1855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=13;PP=1658;SC=GAGGGAGGGAGGGAGGCGGGC;SOR=1.814;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=38;WE=42195562;WS=42195544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	42195863	rs4812721	G	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=33;PP=1027;SC=ATTCAAGACTGTCTGCCATCT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=42195871;WS=42195853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	42196089	rs2071973	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=507;ReadPosRankSum=0.455;SC=GCCTGTTGTTTAACTTGAATT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=23;WE=42196097;WS=42196079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
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chr20	42225114	rs2664519	G	A	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=56;PP=2727;ReadPosRankSum=0.802;SC=TAAATGGAGTGAAACTGTGGA;SOR=0.419;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=157;WE=42225122;WS=42225104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,157:0.88:178
chr20	42242700	rs4473450	C	T	1994.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5507;FS=2.331;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=56;PP=1453;ReadPosRankSum=0.193;SC=CAGAAGGCTTCTATATGTTTT;SOR=0.349;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=67;WE=42242708;WS=42242690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,72:0.91:79
chr20	42249398	rs1555348	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.624;NF=24;NR=1;PP=536;ReadPosRankSum=1.635;SC=TTTAATCTTTCTTCCTTTATC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=25;WE=42249406;WS=42249388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr20	42249479	rs11483104	C	CT	1587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.751;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr20	42264502	rs6031007	G	A	5719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.999;SC=ACACAGTGTGGTCAGTTAGAC;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=182;TCR=116;TR=233;WE=42264510;WS=42264492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,243:0.79:308
chr20	42264726	rs2273523	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=633;ReadPosRankSum=0.499;SC=AGGCATTCGCTGTGGTCCCTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=36;WE=42264734;WS=42264716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr20	42265700	rs6065638	T	C	321.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TTAGTTATGATTTTGGACAAG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=42265708;WS=42265690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr20	42265966	rs6031008	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=1.710;SC=GCAATGGTGCGATCTCGGCTC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=20;WE=42265974;WS=42265956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr20	42275499	rs393115	G	T	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=10;PP=2366;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AATCTCTAAAGTCCAAAGCAC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=117;TCR=12;TR=107;WE=42275507;WS=42275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,105:0.84:125
chr20	42302201	rs826949	C	T	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=7;PP=1135;SC=CATTTGAGTCCAGGAGTTCAA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=42302209;WS=42302191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	42302371	rs826950	C	T	11090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=228;NR=159;PP=2965;SC=GTGGGCTGGCCGCTGCCTACA;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=228;TCR=159;TR=387;WE=42302379;WS=42302361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr20	42310509	rs442143	T	C	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=88;PP=2126;SC=AGTACAGTCCTGCTGTGGCCC;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=128;WE=42310517;WS=42310499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	42328639	rs285162	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=124;PP=2965;SC=TCCTCATCCCTGCTGTGGGTT;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=102;TCR=124;TR=226;WE=42328647;WS=42328629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr20	42328749	rs285163	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=748;SC=CTTCTCTCTCAGGCCCACATC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=42328757;WS=42328739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	42574442	rs4812769	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=21;PP=1772;SC=CTTATACGAATGGGATGGGGG;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=91;WE=42574450;WS=42574432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	42747247	rs3810510	C	T	4332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.274;SC=TCAGCTTTGGCCTTGGCGTGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=179;WE=42747255;WS=42747237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,184:0.84:219
chr20	42806429	rs2064381	A	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=1028;ReadPosRankSum=2.132;SC=TTGTCCTCAAATATCCTCCCG;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=54;WE=42806437;WS=42806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,54:0.78:69
chr20	42814931	rs6031442	T	C	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CCTCCCTGGCTCCACCCCACC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=145;TCR=46;TR=161;WE=42814939;WS=42814921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,161:0.85:189
chr20	42815190	rs1883790	G	A	13941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=336;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGGGCCAGGTGTAGACACCTG;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=681;TCF=276;TCR=405;TR=573;WE=42815198;WS=42815180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,579:0.84:687
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chr20	42826350	rs9346	A	C	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=95;PP=2494;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CTGAGTTCTCACTGCTCCTCG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=154;WE=42826358;WS=42826340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,162:0.84:193
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chr20	42966025	rs1884612	T	C	11562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TCCGGGCCAGTGTGTACCCAC;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=606;TCF=270;TCR=336;TR=503;WE=42966033;WS=42966015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,513:0.83:617
chr20	42972275	rs4812826	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=844;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TCACCAAAGAGGCATATTCCT;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=46;WE=42972283;WS=42972265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr20	43034660	rs736824	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=736;SC=TGACATTCTGTTCTTCCTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=43034668;WS=43034650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	43034693	rs745975	C	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=893;SC=TCTCTCCTGGCGCAGACACGT;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=43034701;WS=43034683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	43036649	rs8121034	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=233;SC=ACAAGACCCCAGACCCATCCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=43036657;WS=43036639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	43036691	rs8122476	T	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=684;SC=GAGCACAACATTTATTAAGGT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=43036699;WS=43036681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	43052570	rs2273618	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=889;SC=CCTTGTGTGATACAAGTCAGG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=43052578;WS=43052560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	43058018	rs3746574	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=2;PP=1282;SC=GATTATCTGGTTTAATTAATT;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=47;WE=43058026;WS=43058008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	43058096	rs3746575	C	G	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=83;PP=2965;SC=CTTTCCCGGGCCTCTTCATTT;SOR=1.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=150;TCR=83;TR=232;WE=43058104;WS=43058086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr20	43090929	rs11482024	T	TA	775.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=1.084;SC=CACTCTAGTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=24;WE=43090937;WS=43090919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr20	43118017	rs36121075	G	A	15043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=324;NR=274;PP=2962;ReadPosRankSum=1.279;SC=CCTGGAACGCGGTACTGCTGG;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=703;TCF=376;TCR=327;TR=598;WE=43118025;WS=43118007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,620:0.85:729
chr20	43254490	rs244074	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=552;SC=CCAGGCCCTAACATGTCCCTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=43254498;WS=43254480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr20	43343908	rs1980803	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=42.75;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	43343930	rs1980804	T	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=731;SC=GCGTGTGTACTCGTGCGTGTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=43343938;WS=43343920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	43348735	rs2296530	C	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,51:0.14:364
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chr20	43438782	rs150963275	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,65:0.13:490
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chr20	43567442	rs6073572	T	C	6813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=1.932;SC=TGTAAGGAAATAGGCAGGGAC;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=139;TCR=187;TR=275;WE=43567450;WS=43567432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,281:0.84:335
chr20	43577620	rs2234206	C	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=633;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CTACAATCCTCTCTCCCAGAG;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=33;WE=43577628;WS=43577610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr20	43577644	rs1884440	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=1.861;SC=TCCTCCCCTGCTGTAAATCAT;SOR=0.914;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=21;WE=43577652;WS=43577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr20	43588802	rs2234200	A	G	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=13;PP=1439;ReadPosRankSum=0.480;SC=TGGTTGCGGGAGTTGGAGGAG;SOR=1.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=68;WE=43588810;WS=43588792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,72:0.84:86
chr20	43589041	rs2234197	G	A	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CACACCTTCCGGGCGCAAGCG;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=169;TCF=45;TCR=124;TR=154;WE=43589049;WS=43589031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,164:0.92:178
chr20	43600673	rs6130717	C	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=17.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=698;ReadPosRankSum=0.913;SC=TGTTCTAGTTCCTAGCAAATA;SOR=4.909;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=29;WE=43600681;WS=43600663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr20	43623658	rs6017460	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=8;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=352;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTCTTTTTTTCTCTGTAGACT;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=43623666;WS=43623648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr20	43625565	rs67595276	CTTGA	C	7414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.809;NF=25;NR=73;PP=2969;ReadPosRankSum=0.030;SC=AATAAAAAAGCTTGATTGATG;SOR=0.339;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=98;WE=43625576;WS=43625555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,182:0.91:201
chr20	43681951	rs2284275	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TAAATGCCTGCGGTTTTTGAC;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=61;WE=43681959;WS=43681941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr20	43743534	rs11700135	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,48:0.12:394
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chr20	43940112	rs2743327	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,21:0.15:141
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chr20	43964407	rs2072791	G	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=823;ReadPosRankSum=1.189;SC=CGCCTGCCCAGCACACCTTCC;SOR=0.385;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=49;WE=43964415;WS=43964397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,53:0.84:63
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chr20	43976875	rs5841588	GC	G	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.479;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,50:0.19:259
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chr20	44144118	rs8125061	C	T	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=139;NR=116;PP=2965;SC=CCCACCACCCCGCCCCCCAGC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=139;TCR=117;TR=255;WE=44144126;WS=44144108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr20	44180868	rs17433181	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=87;PP=2758;SC=GACAAATTTGAGGAATCTTGG;SOR=2.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=117;WE=44180876;WS=44180858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	44181723	rs2294559	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=445;SC=AGACAGCATGACATCCTTGGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=44181731;WS=44181713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	44181980	rs3817886	C	A	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=89;PP=2935;SC=TTCAAAGAGCCTTTCCTTCTC;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=164;WE=44181988;WS=44181970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	44182081	rs6032299	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=749;SC=TCATCATATCATGGGATATGG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=44182089;WS=44182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr20	44184375	rs2250860	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=22;PP=1609;SC=GGCATCCTCATTTAAGAAGTT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=44184383;WS=44184365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	44190705	rs3817887	T	G	9770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=144;PP=2965;SC=TCATCCCCAATAATGCTTTCT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=196;TCR=144;TR=340;WE=44190713;WS=44190695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr20	44190996	rs2272956	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=789;SC=ATGGGGAAGGAGTCTGTCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=44191004;WS=44190986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	44334588	rs232290	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,65:0.14:460
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chr20	44352620	rs6017667	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,73:0.13:570
chr20	44354087	rs6032473	G	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr20	44354372	rs6032474	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,17:0.14:120
chr20	44354387	rs232259	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,11:0.14:79
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chr20	44417643	rs6032537	A	G	5526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.808;SC=ACAATTCATCACCCTGGCACA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=106;TCR=154;TR=220;WE=44417651;WS=44417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,231:0.84:274
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chr20	44422705	rs6032545	G	T	1136.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.985;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTCATGAGGAGCCCAGTCCTT;SOR=0.237;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=43;WE=44422713;WS=44422695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,49:0.89:55
chr20	44423843	rs6104350	C	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=2;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GAATCTAAATCTGGCTGATCC;SOR=1.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=54;TCR=2;TR=47;WE=44423851;WS=44423840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr20	44424937	rs74174972	A	G	243.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATCTATGTCAATTCATCACAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=44424945;WS=44424933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr20	44425026	rs11477536	CA	C	961.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.314;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,54:0.87:62
chr20	44429633	rs199798726	CA	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=9.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.888;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.109;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr20	44451901	rs8860	T	C	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=43;PP=2613;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CCACAAGGGGTCGCGCCTCCC;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=115;TCR=50;TR=139;WE=44451909;WS=44451891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,144:0.84:171
chr20	44452697	rs4629	C	A	12262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=0.528;SC=TCTCCTCGTCCGTCACGTGCT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=605;TCF=299;TCR=306;TR=510;WE=44452705;WS=44452687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,515:0.84:610
chr20	44453335	rs144529565	A	AC	1409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=12.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.226;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,65:0.56:116
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chr20	44468931	rs197669	T	C	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=16;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AGAGATTGGCTGGGGTTTCAG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=67;WE=44468939;WS=44468921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,86:0.81:106
chr20	44468982	rs11418101	A	AC	6440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.669;NF=58;NR=49;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGAAGAACTAATGCTCTATGG;SOR=0.934;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=107;WE=44468990;WS=44468972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,175:0.82:213
chr20	44469290	rs4638862	G	A	16227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=398;NR=296;PP=2962;ReadPosRankSum=0.907;SC=CTACACCCTCGCCGTGATCGG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=805;TCF=460;TCR=345;TR=694;WE=44469298;WS=44469280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,703:0.86:813
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chr20	44470676	rs3848713	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=94;PP=2653;ReadPosRankSum=-1.710;SC=AAACAGAGTCTCACTAAGTTG;SOR=0.332;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=139;WE=44470684;WS=44470666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,64:0.84:76
chr20	44501458	rs6130959	A	G	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=86;PP=2228;ReadPosRankSum=1.539;SC=CACTGTGCACACAATAGGTAC;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=38;TCR=102;TR=119;WE=44501466;WS=44501448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,120:0.85:141
chr20	44505973	rs2903808	T	C	8258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCGGAGACAGTCACCTCTGTG;SOR=0.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=159;TCR=202;TR=322;WE=44505981;WS=44505963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,330:0.89:370
chr20	44506418	rs1045493	G	A	7743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.731;SC=GCCTCTTTCGGGAACAGCAGT;SOR=0.418;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=350;TCF=195;TCR=155;TR=304;WE=44506426;WS=44506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,310:0.87:357
chr20	44515059	rs6094224	T	C	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=14;PP=1190;ReadPosRankSum=-1.137;SC=AACCACCAGCTCTATCCCCAT;SOR=0.049;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=66;WE=44515067;WS=44515049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,72:0.87:83
chr20	44516444	rs7268221	A	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=4.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=57;PP=1430;ReadPosRankSum=0.727;SC=TCTTGCCCTAACCTTGAACGA;SOR=2.770;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=59;WE=44516452;WS=44516434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,59:0.86:69
chr20	44517360	rs1516580	T	C	1056.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=748;ReadPosRankSum=-1.543;SC=GGTCTGGGGCTCCAGGATGCA;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=43;WE=44517368;WS=44517350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,45:0.90:50
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chr20	44522005	rs742034	A	G	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.954;SC=ACATGATCTCAGGTCTGTCCT;SOR=0.348;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=264;TCF=95;TCR=169;TR=229;WE=44522013;WS=44521995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,231:0.87:266
chr20	44522125	rs10633828	C	CT	43.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr20	44522594	rs4810476	A	G	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCCCACCAGCAGCTGATGCGC;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=174;TCR=68;TR=217;WE=44522602;WS=44522584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,223:0.90:248
chr20	44523248	rs2075962	T	C	7429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GTGGAGAGGCTGGGGATCTGT;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=226;TCR=133;TR=305;WE=44523256;WS=44523238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,317:0.85:371
chr20	44523442	rs3215446	TC	T	15311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.599;NF=79;NR=274;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CCACACCCATTCCCCCACCTC;SOR=0.745;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=463;TCF=98;TCR=365;TR=353;WE=44523450;WS=44523432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,531:0.83:642
chr20	44523547	rs2075961	G	A	9832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.810;NF=189;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=0.848;SC=TCAGGTGTGCGAGGGCGTGGG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=453;TCF=223;TCR=230;TR=387;WE=44523555;WS=44523537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,396:0.86:460
chr20	44523782	rs4608591	C	T	9291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=0.558;SC=AGTGAGGTTCCGTGGCCACCT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=164;TCR=267;TR=367;WE=44523790;WS=44523772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,375:0.85:439
chr20	44525464	rs11468785	GC	G	1180.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=1.869;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.559;NF=14;NR=15;PP=478;ReadPosRankSum=1.003;SC=TAGAGAGGTGGCCCCCCCCCA;SOR=0.314;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=29;WE=44525472;WS=44525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,46:0.88:52
chr20	44530838	rs553359	G	T	709.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5054;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=570;ReadPosRankSum=0.901;SC=TACTTTAAGCGCAACATCCCT;SOR=2.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=25;WE=44530846;WS=44530828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr20	44533369	rs11086986	C	A	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=1.191;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=31;PP=2390;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCACTGGGGGCCCCACCTGCA;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=106;TCR=33;TR=126;WE=44533377;WS=44533359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,126:0.89:141
chr20	44578560	rs139139942	C	CCCCT	22883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.370;NF=67;NR=206;PP=2970;ReadPosRankSum=1.599;SC=TCTACCCCAACCCCTGCCTGT;SOR=0.701;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=370;TCF=85;TCR=285;TR=273;WE=44578568;WS=44578550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,556:0.84:659
chr20	44578674	rs16990951	T	A	6545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=2.776;SC=GTAGCCGCTCTGGGCCCAGGA;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=104;TCR=183;TR=248;WE=44578682;WS=44578664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,264:0.87:305
chr20	44578776	rs6065910	A	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=38;SC=CTGCTACTGTACCCAGTGGTG;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=60;WE=44578784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	44578961	rs3746503	A	G	5925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.778;SC=TCCTCCCATCAGGACTGTGCA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=189;TCR=106;TR=248;WE=44578969;WS=44578951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,259:0.84:307
chr20	44582187	rs73128528	A	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr20	44586036	rs3746506	G	A	653.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=496;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GATACCCTGCGGCCTCCGTGG;SOR=1.942;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=22;WE=44586044;WS=44586030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr20	44586694	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.782;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.195;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr20	44588109	rs3746507	G	A	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=133;PP=2965;SC=AAGTCTGCCCGTCCCTAGCCT;SOR=1.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=63;TCR=133;TR=196;WE=44588117;WS=44588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr20	44592364	rs3746511	C	T	9793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=0.678;SC=ACCCTCACCTCTGCTCCACAT;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=452;TCF=206;TCR=246;TR=392;WE=44592372;WS=44592354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,389:0.88:444
chr20	44592636	rs3746512	C	T	10039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=0.603;SC=ACACCTGCCACGGACATGCCA;SOR=0.589;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=496;TCF=249;TCR=247;TR=405;WE=44592644;WS=44592626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,416:0.81:512
chr20	44594228	rs3746513	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGCCACTCCTGACCCACCCAC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=4;WE=44594236;WS=44594218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr20	44594575	rs17448653	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr20	44596207	rs6032606	C	G	9169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=147;PP=2965;SC=TTCCTCTTGGCTCTTGGTGGA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=172;TCR=147;TR=319;WE=44596215;WS=44596197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr20	44599839	rs6017715	G	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=82;PP=2965;SC=CCGTCCAGCCGGGTCCATACC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=134;TCR=82;TR=216;WE=44599847;WS=44599829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
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chr20	44673546	rs2297197	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,28:0.12:225
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chr20	44680412	rs3746522	C	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=8.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,43:0.12:354
chr20	44691350	rs1537028	T	G	10060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGGCCGTCACTGTGCCACTAT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=484;TCF=226;TCR=258;TR=417;WE=44691358;WS=44691340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,421:0.85:494
chr20	44693947	rs2903908	T	C	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=1064;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGTGTGTTCCTACTGATAACT;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=50;WE=44693955;WS=44693937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chr20	44746982	rs1883832	T	C	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=76;PP=2965;SC=CTCACCTCGCTATGGTTCGTC;SOR=1.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=142;TCR=76;TR=218;WE=44746990;WS=44746972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr20	44757407	rs3765459	G	A	9769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GCACTGACCCGCCGTCTGGGA;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=486;TCF=244;TCR=242;TR=415;WE=44757427;WS=44757397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,414:0.86:480
chr20	44839322	rs2425785	G	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGGGGCGGCAGGGATGTTTGG;SOR=1.132;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=33;WE=44839330;WS=44839312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr20	44979641	rs4810503	TA	GC	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1182;SC=ATCAAGATCTTACTGAAATCC;SOR=3.258;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=46;WE=44979650;WS=44979631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	44985307	rs911435	T	G	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=145;PP=2965;SC=ACAGGACAGCTTGGGAGGTCC;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=86;TCR=145;TR=231;WE=44985323;WS=44985297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr20	44996182	rs2257495	A	G	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=138;PP=2965;SC=CACTGAGGCCATCAATCCAGA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=260;WE=44996190;WS=44996172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr20	44996305	rs2297057	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=698;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TTTTGGAACTAATCAGTATAG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=44996313;WS=44996295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr20	44998791	rs2261964	C	T	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=29;PP=2598;SC=CAATGTTATACACTATACGAT;SOR=2.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=92;TCR=29;TR=121;WE=44998799;WS=44998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	45003326	rs2261213	A	G	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=52;PP=1665;SC=GTCTCCGTGTATGCAGGGACC;SOR=2.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=45003334;WS=45003316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	45003788	rs2257545	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=596;SC=CACCATGGGGTTGGTTGTCAG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=45003796;WS=45003778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	45021904	.	C	T	786.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=614;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GATCTTCAGTCGGGCCCTCTT;SOR=0.968;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=27;WE=45021912;WS=45021894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr20	45023247	rs2274676	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=789;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTTGAAGAGTTTGAAGACAGA;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=42;WE=45023255;WS=45023237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr20	45173856	rs6017908	G	C	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=45;PP=2965;SC=ATGATTCAAGGGCTGTTTCTT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=110;TCR=45;TR=155;WE=45173864;WS=45173846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr20	45192218	.	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.48;MQRankSum=0.628;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,22:0.13:173
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chr20	45192254	.	G	A	1927	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=60.76;NF=24;NR=57;PP=1927;QD=24.2193976858;SC=ACAGCAAGAGGGAGAGAGAGA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=81;WE=45192262;WS=45192239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,81:0.93:87
chr20	45192254	rs35374760	G	GAGAGA,GAGAGAGA	4307.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.70;QD=55.23;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,52:0.33,0.67:78
chr20	45195274	rs56923216	C	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=58;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GGGACCCAAACCCCTGGGTCT;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=63;WE=45195282;WS=45195264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,63:0.80:79
chr20	45204266	rs1880898	G	A	7481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGATGTTCCAGGGCACTGTCT;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=360;TCF=199;TCR=161;TR=306;WE=45204274;WS=45204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,316:0.84:374
chr20	45212455	rs389905	T	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=61;PP=1783;SC=ATTCTGTCCTTCAGTGCGCTC;SOR=2.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=85;WE=45212463;WS=45212445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	45214403	rs73113722	A	C	1817.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1258;ReadPosRankSum=1.058;SC=TAAAGCATCTACATTTTAGAA;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=71;WE=45214411;WS=45214393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,75:0.90:83
chr20	45315769	rs11550540	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=6.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,39:0.16:246
chr20	45629941	rs3746492	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr20	45725959	rs947018	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=57;PP=1736;SC=AATTCCTATGACATTTTCCTT;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=70;WE=45725969;WS=45725949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	45795744	rs3091782	T	C	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=112;PP=2965;SC=GCATCCCTTATGACTCTTGGC;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=85;TCR=112;TR=197;WE=45795752;WS=45795734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr20	45795855	rs3092020	A	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=981;SC=TACTGGCTTCAAACAACACAC;SOR=2.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=45;WE=45795863;WS=45795845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	45797749	.	TTC	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,26:0.10:251
chr20	45797883	rs3091653	C	T	11386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=232;PP=2965;SC=CATTGATTGACTGATTGATTA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=399;TCF=164;TCR=235;TR=395;WE=45797891;WS=45797869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr20	45797954	rs3091593	T	A	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=103;PP=2965;SC=AAGGACAAGGTGTGCCTGCCT;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=39;TCR=103;TR=142;WE=45797962;WS=45797944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	45798014	rs3091985	C	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=757;SC=TCACAACTAGCCGGGTGTGGT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=45798022;WS=45798004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	45801319	rs3827049	T	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=728;ReadPosRankSum=0.096;SC=TGCACCCCCCTGCACTAACAC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=35;WE=45801327;WS=45801309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr20	45809652	rs2235907	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=852;ReadPosRankSum=-1.890;SC=CATCCTGGGAATGGGGTGTTT;SOR=0.925;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=39;WE=45809660;WS=45809642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr20	45811860	rs8124918	A	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=15;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TGCAGGCACCAAGCTCTTAAT;SOR=1.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=94;TCR=18;TR=96;WE=45811868;WS=45811850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,100:0.85:118
chr20	45816594	rs3818012	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=852;ReadPosRankSum=-1.919;SC=AAGTCCCCACGTGCTAGACTT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=45;WE=45816602;WS=45816584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr20	45816639	rs3818013	A	G	5281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=10.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.94;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,124:0.87:143
chr20	45816649	rs3818014	C	T	5764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.67;ReadPosRankSum=1.896;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,153:0.84:182
chr20	45850171	rs185274294	G	A	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=2159;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CACAGAGTACGATGATTTTGA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=124;WE=45850179;WS=45850161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,132:0.87:151
chr20	45853037	rs2664544	A	G	12028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=246;NR=192;PP=2965;SC=CACAGTAGCTAGTGTTCCAAC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=246;TCR=192;TR=438;WE=45853045;WS=45853027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
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chr20	45856079	rs11906404	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,15:0.15:99
chr20	45867852	rs2275801	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,34:0.23:147
chr20	45905651	rs3746485	T	C	192.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.000;QD=19.22;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr20	45923383	rs2076402	G	T	12137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=140;PP=2965;SC=TCATTTACGCGTATACCAAGA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=274;TCR=141;TR=414;WE=45923391;WS=45923373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
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chr20	46262994	rs6018606	G	A	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=69;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TTCTCAAAATGCTTTATTATT;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=6;TCR=80;TR=75;WE=46263002;WS=46262984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,78:0.88:89
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chr20	46279613	rs2745724	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.564;NF=51;NR=2;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTAAAAAAAAGAAGGCCCTGG;SOR=1.958;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=60;TCR=3;TR=53;WE=46279623;WS=46279594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr20	46279827	rs6018623	G	A	5227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.834;SC=AGCAGCAGCAGCAGCAGCAAC;SOR=1.110;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=216;WE=46279835;WS=46279804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,216:0.89:244
chr20	46279866	rs28529067	A	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=1889;ReadPosRankSum=0.679;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=156;WE=46279874;WS=46279853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr20	46287012	rs444271	C	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=5;PP=2581;SC=CTGGCCAATACCACAGGTCTG;SOR=4.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=89;TCR=5;TR=94;WE=46287020;WS=46287002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	46288566	rs2294891	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,12:0.13:93
chr20	46386187	rs78249878	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,26:0.19:136
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chr20	47292609	rs144584834	T	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
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chr20	47585642	rs3764683	T	C	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.263;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=58;PP=2820;ReadPosRankSum=0.526;SC=GGACTACAGGTGGGTGCCACC;SOR=0.329;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=207;TCF=143;TCR=64;TR=175;WE=47585650;WS=47585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,176:0.84:210
chr20	47589122	rs2273102	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=48;PP=1035;ReadPosRankSum=1.392;SC=TTTTAGAGGATGACCAACTTA;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=59;WE=47589130;WS=47589112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,59:0.87:68
chr20	47604825	rs4810905	G	A	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=53;PP=2629;ReadPosRankSum=0.253;SC=TTGATGTCTCGAATTTTTTTC;SOR=0.320;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=193;TCF=131;TCR=62;TR=157;WE=47604833;WS=47604815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,162:0.81:199
chr20	47614665	rs3764681	G	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=24;PP=1672;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCAAAGTGCTGAGATTACAGG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=93;TCR=29;TR=99;WE=47614673;WS=47614655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,101:0.81:124
chr20	47615074	.	TAAA	T,TAA	187.27	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9501;FS=3.802;HP=14;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=18;PP=211;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CCATTCCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=19;WE=47615084;WS=47615064;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.78:9
chr20	47621554	rs4810910	G	A	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=27;PP=2169;ReadPosRankSum=-1.518;SC=AGAGACCCACGTCGGTCATTA;SOR=0.796;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=99;TCR=29;TR=115;WE=47621562;WS=47621544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,123:0.90:136
chr20	47628368	rs371203595	ATG	A	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=3.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.918;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,33:0.13:259
chr20	47632754	rs1473718	A	G	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=45;PP=2464;ReadPosRankSum=-1.490;SC=CCAGGAGTGTACAAGAATGCC;SOR=1.514;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=114;TCR=63;TR=139;WE=47632762;WS=47632744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,145:0.79:183
chr20	47634006	rs11086275	A	AT	6319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.199;NF=15;NR=142;PP=2980;ReadPosRankSum=0.655;SC=CACATTGATTATTTTTTTTCT;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=21;TCR=202;TR=157;WE=47634014;WS=47633996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,255:0.86:297
chr20	47639464	rs2426106	G	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=1054;ReadPosRankSum=1.684;SC=CCAGCCTGGAGAACGTAGTGA;SOR=0.477;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=51;WE=47639472;WS=47639454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr20	47648454	rs3091900	CA	C	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.572;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.420;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,53:0.90:59
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chr20	47675176	rs2064853	T	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,69:0.84:82
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chr20	47739814	rs2295714	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,42:0.16:265
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chr20	47775474	rs11480966	A	AC	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=6.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,42:0.11:374
chr20	47839653	rs2273146	C	T	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2497;ReadPosRankSum=0.257;SC=CGGGGCATGGCTGGGGCAGGC;SOR=1.009;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=134;WE=47839661;WS=47839643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,139:0.89:156
chr20	47841660	rs11553387	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,77:0.12:657
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chr20	47845220	rs238165	T	A	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=60;PP=2388;SC=CTAAACTTCTTCTCATTGCTT;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=47845228;WS=47845210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	47846586	rs171130	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=2;PP=833;SC=AGTGCGTTTCTGGGAAACCCA;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=47846594;WS=47846576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	47850182	rs238148	C	T	9805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=202;PP=2965;SC=TGGCTCCCTTCCTGCGGCAGG;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=137;TCR=203;TR=339;WE=47850190;WS=47850172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	47852822	rs238152	G	A	15181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=271;NR=279;PP=2965;SC=TTGCCTCTTCGCACCCCCCTT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=553;TCF=271;TCR=282;TR=550;WE=47852830;WS=47852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr20	47856037	rs238156	T	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=653;SC=GGTGTGGGGGTTGCATTAGAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=47856045;WS=47856027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	47858290	rs35759030	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr20	47859015	rs238204	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=8;PP=2965;SC=ACAGAATGAAAATAGTCTTTG;SOR=4.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=103;TCR=8;TR=111;WE=47859023;WS=47859005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	47859254	rs71186444	CTTTTTTTTTTTTTT	C	9495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=22;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=101;PP=3000;SC=CCTTGGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=3.881;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=3;TCR=147;TR=103;WE=47859276;WS=47859244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr20	47863282	rs8123912	G	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-2.181;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,53:0.13:396
chr20	47863409	rs144647523	ATT	A	4242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.368;HP=13;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=96;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.785;SC=AAAAAGAATGATTTTTTTTTT;SOR=2.452;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=10;TCR=126;TR=104;WE=47863419;WS=47863399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr20	47865372	rs238208	G	A	17260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=322;NR=283;PP=2965;SC=TCTGAACACAGCTGCACACAG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=607;TCF=323;TCR=284;TR=605;WE=47865380;WS=47865362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr20	47865509	rs238209	G	A	21860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=382;NR=420;PP=2965;SC=CCGAGGAATGGTTTTGGGCAC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=803;TCF=383;TCR=420;TR=802;WE=47865517;WS=47865499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,816:1.00:816
chr20	47865784	rs6512577	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,62:0.15:425
chr20	47866411	rs6063378	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=736;ReadPosRankSum=0.088;SC=GTTAGTCATTGTGTGCTTCAT;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=47866419;WS=47866401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr20	47869191	rs6122777	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=1067;ReadPosRankSum=0.242;SC=TCTTTTGCTGGCAACTGGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=54;WE=47869199;WS=47869181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,61:0.86:71
chr20	47871197	rs56335217	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr20	47872327	rs238220	A	G	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=90;PP=2965;SC=TGGGTTGGCTAGATGTGGAAC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=200;WE=47872335;WS=47872317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr20	47872377	rs238221	C	G	5927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=97;PP=2965;SC=TGAGGTCCAGCTGCCAAACAT;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=199;WE=47872385;WS=47872367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	47874005	rs3021	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,70:0.15:461
chr20	47874239	rs11295162	CT	C	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.041;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr20	47881581	rs6063380	A	C	219.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCAGAGCAGTAAAGTGTAGCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=47881589;WS=47881571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr20	47882893	rs238178	T	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.66;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	47886684	rs57950	G	A	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=116;PP=2962;SC=GGGTAAAGTCGTATCTGCCCC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=228;WE=47886704;WS=47886659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr20	47886696	rs139084450	C	G	4675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATCTGCCCCCCATTAGCAAGT;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=190;WE=47886704;WS=47886659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,197:0.82:241
chr20	47892270	rs238191	T	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=30;PP=2430;SC=ATTTCCTTCTTTTATTACTAG;SOR=1.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=111;WE=47892278;WS=47892260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	47948677	.	G	A	221	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=23;MQ=59.56;NF=0;NR=11;PP=221;QD=23.2519284134;SC=GTCTTGCTCTGTTGCCCAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=47948685;WS=47948667;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	47951040	rs200288022	CTTTT	C	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;QD=34.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	47956674	.	TATAATAATA	TATA,T	111	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,2;NR=2,2;PP=111,70;QD=28.75;SC=AAACTGATGCTATAATAATAA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4,4;WE=47956690;WS=47956664;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:7
chr20	47956703	.	TA	T	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.707;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr20	47956706	.	TAATAATAA	T,TATAATAA	573.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=52.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,7:0.36,0.64:11
chr20	47956709	rs372451309	TAATAA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	47956714	.	A	T	269	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=10;NR=7;PP=269;QD=17.8688948557;SC=AATAATAATAATATTAGTGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=47956722;WS=47956704;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr20	48140682	rs5628	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=2.820;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,85:0.13:638
chr20	48184463	rs575322	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.929;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=487;ReadPosRankSum=1.099;SC=CGCCTTGCCCGGGATACTGGA;SOR=1.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=48184471;WS=48184453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr20	48184682	.	G	GCGGGGCTGGCGGGGCTGA	357.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.03;QD=35.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	48184734	.	G	C	83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=93;MMLQ=22;MQ=65.19;NF=2;NR=2;PP=83;QD=29.4428031368;SC=CCCCCACCCGGCGCGCCCCTC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=48184742;WS=48184724;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	48184839	rs566544	TT	GG	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=237;SC=GGGCGCTCTGTTAGAAACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=48184848;WS=48184829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	48184857	rs566508	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=160;SC=CCTGCTCCCCCCAGCTCAGGC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=48184880;WS=48184847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	48184871	rs566468	AT	GG	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;JOINED;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=3;PP=433;SC=CTCAGGCCTGATGGAAAATGT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=48184880;WS=48184847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	48257149	rs421801	C	T	10439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=0.064;SC=CTTTCATTGCCTCTTGAAAGC;SOR=0.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=527;TCF=249;TCR=278;TR=429;WE=48257157;WS=48257139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,448:0.81:551
chr20	48259034	rs2235855	A	G	6287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.231;SC=GCAAACTGCAAGCGCTGGCGC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=169;TCR=140;TR=254;WE=48259042;WS=48259024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,259:0.81:318
chr20	48273299	rs4810968	T	C	8395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=192;PP=2965;SC=TAAAAAAACATACCACATAGC;SOR=1.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=99;TCR=194;TR=291;WE=48273307;WS=48273289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr20	48300990	rs6019972	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=3;PP=1044;ReadPosRankSum=0.144;SC=GTCCCAGCTGCTGGGGAGGCT;SOR=0.714;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=60;TCR=3;TR=51;WE=48300998;WS=48300980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr20	48301146	rs6512586	G	A	10324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=0.689;NF=213;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=0.312;SC=ACATATCAAGGACATAAGCAC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=523;TCF=259;TCR=264;TR=426;WE=48301154;WS=48301136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,439:0.81:542
chr20	48330030	rs12329570	G	C	6567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.851;SC=CTCCCGGCCGGGGCCCCTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=216;TCR=75;TR=248;WE=48330038;WS=48330020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,255:0.86:298
chr20	48330045	rs117026282	G	A	8328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CCTTAGGGAGGGGCGGGGATT;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=266;TCR=121;TR=329;WE=48330053;WS=48330035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,337:0.85:395
chr20	48429316	rs11281224	A	AGACGGAGG	2107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.292;NF=31;NR=3;PP=2132;ReadPosRankSum=1.813;SC=CGGGCCACTGAGACGGAGGGA;SOR=1.463;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=34;WE=48429324;WS=48429306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr20	48429341	rs8121764	C	T	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=15.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.619;NF=81;NR=10;PP=2041;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GGGCCGCCCTCGCGCGGCCGA;SOR=2.722;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=107;TCF=91;TCR=16;TR=91;WE=48429349;WS=48429331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,95:0.85:112
chr20	48429462	rs76846045	G	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,64:0.15:415
chr20	48439582	rs200132126	A	AT	864.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=-1.157;SC=ACATTGTATTATTTTTTTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=25;WE=48439590;WS=48439572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
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chr20	48599473	rs113842434	AC	A	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.254;HP=9;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.624;NF=17;NR=1;PP=780;ReadPosRankSum=0.581;SC=ACCCCCCACCACCCCCCCGGA;SOR=3.383;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=18;WE=48599488;WS=48599460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr20	48599549	rs4647954	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.654;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,85:0.18:479
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chr20	48892144	rs11086306	GT	G	4598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.123;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=85;PP=2373;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TTGTGAAACAGTTTTTTTTTT;SOR=0.535;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=190;TCF=66;TCR=124;TR=139;WE=48892153;WS=48892134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,211:0.82:256
chr20	48892374	rs17789629	C	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=438;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CAAGGGCTTCCTCTGGCCACA;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=21;WE=48892382;WS=48892364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr20	48894756	rs3088220	C	T	8768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.055;SC=GACCCAAGCCCTTCCTTCTGC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=260;TCR=169;TR=367;WE=48894764;WS=48894746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,374:0.86:435
chr20	48894872	rs3761180	T	C	9812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=0.088;SC=ATTAAAACTGTGGGCCAGCCC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=207;TCR=267;TR=419;WE=48894880;WS=48894862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,425:0.88:484
chr20	49196284	rs2230604	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,10:0.15:66
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chr20	49434829	rs11283878	T	TGCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,21:0.15:138
chr20	49458479	rs6096118	C	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
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chr20	49507924	rs142825371	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,9:0.13:71
chr20	49620783	rs1054268	G	T	17147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=306;NR=302;PP=2965;ReadPosRankSum=0.363;SC=TGCCGCTCAGGATGCTGCTCA;SOR=0.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=610;TCF=306;TCR=304;TR=608;WE=49620791;WS=49620773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,622:1.00:624
chr20	49621149	rs6122993	T	C	13387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=275;NR=219;PP=2965;SC=TGCGACGGCCTGCGGCGGCGC;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=495;TCF=275;TCR=220;TR=494;WE=49621157;WS=49621139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr20	49621399	rs4811110	G	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=94;PP=2396;SC=AGGAAAGGAGGGCAGAAGCTC;SOR=2.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=128;WE=49621407;WS=49621389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr20	50071258	rs228840	A	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=78;PP=2368;SC=TCACTGTGATAAGGGGAGATG;SOR=4.150;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=11;TCR=79;TR=88;WE=50071266;WS=50071248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr20	50225206	rs3827032	G	A	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.881;SC=TGGCTGACGCGATAGGAGCTA;SOR=1.772;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=224;TCF=51;TCR=173;TR=188;WE=50225214;WS=50225196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,197:0.84:235
chr20	50225235	rs6021312	G	A	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=86;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GCCAGCCTCCGGCACCCAAGT;SOR=2.362;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=10;TCR=99;TR=93;WE=50225243;WS=50225225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,99:0.85:116
chr20	50230462	rs2235863	A	G	5212.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5141;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.220;SC=CATTGTAGGAAATCTTTGAAG;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=74;TCR=151;TR=201;WE=50230470;WS=50230452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,207:0.90:231
chr20	50238545	rs2235862	A	G	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GGGCCCACTCAAGGTTAGGAG;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=147;TCR=88;TR=202;WE=50238553;WS=50238535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,202:0.86:235
chr20	50241714	rs2235859	C	A	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=10;PP=1765;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCCTTCCCTGCGGGCAGCCCG;SOR=0.240;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=81;TCR=10;TR=80;WE=50241722;WS=50241704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,85:0.89:96
chr20	50244098	rs2426317	T	C	6979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=89;PP=2965;SC=GGGAGGCAGGTGGGGCTGCAA;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=160;TCR=89;TR=249;WE=50244106;WS=50244088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr20	50255762	rs2426333	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=4;PP=1004;SC=TATATTCCCTTGTTAGTCTGG;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=50255770;WS=50255752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	50255849	rs6063682	A	C	5806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.841;SC=TGGGGTACTTAAGCACTTTAA;SOR=0.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=160;TCR=90;TR=226;WE=50255857;WS=50255839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,236:0.90:261
chr20	50256107	rs2426334	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=701;SC=CAGGCTGTGCTATGAACACAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=50256115;WS=50256097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	50273749	rs6021355	G	A	8959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=2.392;SC=TTGGAGAGTGGAAGAACAGCC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=443;TCF=181;TCR=262;TR=378;WE=50273757;WS=50273739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,379:0.85:444
chr20	50286484	rs5841856	T	TA	3087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,139:0.89:156
chr20	50287553	rs6013248	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=0;PP=791;ReadPosRankSum=-1.535;SC=GCAGCAACACGCATCTCTCAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=35;WE=50287561;WS=50287552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr20	50287736	rs2255341	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:638,122:0.16:760
chr20	50287790	rs2255342	A	G	22427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=401;NR=431;PP=2965;SC=CCAGGTTCACACGCAAACTAG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=833;TCF=402;TCR=431;TR=832;WE=50287798;WS=50287780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,848:1.00:848
chr20	50287925	rs2255358	A	G	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=104;PP=2965;SC=GCACACTGCCAGAGCTGAACG;SOR=3.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=14;TCR=104;TR=118;WE=50287933;WS=50287915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr20	50290654	rs6091346	T	C	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=197;NR=98;PP=2965;SC=GAGAAGAAGATGTCACGGCAG;SOR=1.496;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=197;TCR=98;TR=295;WE=50290662;WS=50290644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr20	50305755	rs6067898	G	A	10684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.92;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,271:0.86:315
chr20	50305761	rs6067899	G	A	10315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.45;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,249:0.86:291
chr20	50307502	rs4811222	G	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,24:0.13:178
chr20	50310466	rs6021389	T	C	6173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.727;NF=114;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.247;SC=TGCCATCCCATGCCTGGCCCC;SOR=0.457;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=224;WE=50310491;WS=50310456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,272:0.87:312
chr20	50310483	rs143733288	A	ATC	14534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=123;PP=2954;SC=CCCCCCAGGTATGAGTTTGAG;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=189;TCF=55;TCR=134;TR=176;WE=50310491;WS=50310456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr20	50310709	rs6013259	G	A	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.286;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=59;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TCTGGGCAGCGTCTGCTCTGG;SOR=1.636;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=73;WE=50310717;WS=50310699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr20	50314052	rs58432772	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:525,89:0.14:614
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chr20	50329416	rs1205698	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=60;PP=2965;SC=TTCCCACACCTGCGGCCCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=134;TCR=60;TR=193;WE=50329424;WS=50329406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr20	50734238	rs67904269	T	C	9241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=2.234;SC=AAGTGCAGCATGGGTGTGGAC;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=446;TCF=228;TCR=218;TR=390;WE=50734249;WS=50734228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,408:0.88:464
chr20	50734331	rs62216888	T	G	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=91;PP=2521;ReadPosRankSum=0.034;SC=ATTTTATGATTATTATTCTTT;SOR=1.394;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=41;TCR=102;TR=125;WE=50734339;WS=50734321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,132:0.87:151
chr20	50734367	rs2180366	T	C	1605.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=48;PP=1342;ReadPosRankSum=1.765;SC=CCTCTGCTTGTTCTGTCACTC;SOR=3.649;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=52;WE=50734375;WS=50734357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,54:0.90:60
chr20	50734398	rs8116847	G	T	877.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=738;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ACAGTGATGCGATCACAGCTC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=30;WE=50734406;WS=50734388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr20	50768672	rs3838014	GT	G	2106.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.638;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.008;NF=28;NR=24;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CACTCCTTTTGTTTTTTTAAG;SOR=0.158;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=52;WE=50768680;WS=50768662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,87:0.90:97
chr20	50770577	rs3787179	T	A	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.51;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr20	50770782	rs3787178	G	A	8011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GATGGCTTCCGGGATGGCAGG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=391;TCF=185;TCR=206;TR=329;WE=50770790;WS=50770772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,334:0.84:398
chr20	50771610	rs6096799	A	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=65;PP=1691;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TATAAAAGAAACTAATTATAT;SOR=0.198;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=88;TCF=10;TCR=78;TR=75;WE=50771618;WS=50771600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,76:0.86:88
chr20	50771635	rs1555328	C	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=890;ReadPosRankSum=1.099;SC=ATAGTTATTACAGAGAAAAAA;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=37;WE=50771643;WS=50771625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr20	50803459	rs34252344	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,32:0.13:254
chr20	51802132	rs2010156	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=35;PP=2965;SC=GCACTCCAGCTGGGGATACAG;SOR=2.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=139;TCR=38;TR=173;WE=51802140;WS=51802121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	51870849	rs739870	T	C	16810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=314;NR=286;PP=2965;SC=GCGACTCCTTTGATTCCCTCC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=602;TCF=314;TCR=288;TR=600;WE=51870857;WS=51870839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr20	52185814	rs4602270	C	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr20	52192637	rs34323943	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=6.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,36:0.14:257
chr20	52193088	rs6063966	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,56:0.14:411
chr20	52557934	.	GGT	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CTGGAAGGGAGGTGTGTGTGT;SOR=1.555;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=11;WE=52557945;WS=52557924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr20	52574123	rs113245712	C	A	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=76;PP=2140;ReadPosRankSum=0.677;SC=TGATCTCAGTCATTTATCATT;SOR=0.245;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=39;TCR=93;TR=112;WE=52574131;WS=52574113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,113:0.83:136
chr20	52583523	rs61749687	T	A	8522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGGGTTCAGGTGCAGCATCTC;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=406;TCF=195;TCR=211;TR=340;WE=52583531;WS=52583513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,361:0.84:430
chr20	52592042	rs188154145	G	T	10362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=0.546;NF=122;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.241;SC=AAAGCAAAGGGTTAGTTGGGC;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=161;TCR=159;TR=240;WE=52592055;WS=52592032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,255:0.78:329
chr20	52592045	rs201662471	AGTT	A	10360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.770;NF=30;NR=124;PP=2954;ReadPosRankSum=1.679;SC=GCAAAGGGTTAGTTGGGCTCA;SOR=0.657;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=197;TCF=34;TCR=163;TR=154;WE=52592055;WS=52592032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,254:0.77:328
chr20	52592140	rs11471112	GTA	G,GTATA	1646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.294;NF=2,2;NR=55,55;PP=1752,258;ReadPosRankSum=-0.275;SC=AATGAAAACGGTATATATATA;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=57,57;WE=52592151;WS=52592130;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.82,0.14:57
chr20	52609326	rs6013860	C	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=2.599;SC=ACAAAACACCCTGTAAATGTT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=22;WE=52609334;WS=52609316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
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chr20	52611540	rs208381	C	A	6517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.12;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,285:0.88:324
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chr20	52645167	rs61754122	C	A	4624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GCAGAGAGGACCTTGTCTTGG;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=119;TCR=128;TR=194;WE=52645175;WS=52645157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,196:0.77:253
chr20	52645534	rs466264	T	C	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.677;SC=ACATAAACAGTGGTTATTCAG;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=63;TCR=114;TR=175;WE=52645542;WS=52645524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr20	52674615	rs465184	A	G	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=68;PP=2812;ReadPosRankSum=1.253;SC=TTCCCAGAGTAGCACTGACCT;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=205;TCF=125;TCR=80;TR=168;WE=52674623;WS=52674605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,158:0.82:192
chr20	52675188	rs394732	G	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=-2.865;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr20	52684837	rs3787551	G	T	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=41;PP=2610;ReadPosRankSum=-1.326;SC=CTTAGAGCTCGCTCTCATAGT;SOR=1.213;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=188;TCF=134;TCR=54;TR=152;WE=52684845;WS=52684827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,160:0.81:198
chr20	52685084	rs290446	T	C	779.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=7.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=541;ReadPosRankSum=1.482;SC=TCACACACATTGTCTCCTTTT;SOR=3.119;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=30;WE=52685092;WS=52685074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr20	52781251	rs2762939	G	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=768;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTCTGCACCGGTCCTGGGAGC;SOR=2.015;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=34;WE=52781259;WS=52781241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr20	52786219	rs2296241	G	A	12568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=296;PP=2962;ReadPosRankSum=1.383;SC=CCATAAAATCGGCCAAGACCT;SOR=0.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=614;TCF=256;TCR=358;TR=512;WE=52786227;WS=52786209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,520:0.84:619
chr20	52788314	rs2259735	T	C	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=97;PP=2110;ReadPosRankSum=1.229;SC=AAACAAACACTGAGAATCATG;SOR=1.492;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=44;TCR=111;TR=132;WE=52788322;WS=52788304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,138:0.86:161
chr20	52789743	rs2248137	C	G	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=2092;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GGGGACCCTCCCTGCCCAGAC;SOR=0.467;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=98;WE=52789751;WS=52789733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,101:0.87:116
chr20	53266929	rs79858797	T	A	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ATGTAACTGTTGATTTTAAAT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=183;TCR=89;TR=224;WE=53266937;WS=53266919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,236:0.83:284
chr20	54578849	.	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.738;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,24:0.14:168
chr20	54823738	.	C	T	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=27;PP=1783;ReadPosRankSum=1.965;SC=TGTCTCTCTACCCTCCCCATC;SOR=1.232;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=92;WE=54823746;WS=54823728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,103:0.75:137
chr20	54823779	rs13044293	G	T	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=91;PP=2965;SC=AAACTCTAAGGCCAGATTGAA;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=143;TCR=91;TR=233;WE=54823787;WS=54823769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr20	54945783	rs10485805	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,18:0.15:122
chr20	54961463	rs1047972	T	C	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=90;PP=2965;SC=TGCAAAGGAATGCGCTGGGAA;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=142;TCR=91;TR=232;WE=54961471;WS=54961453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr20	54963149	rs67542863	C	CGACAAGACCAACCTCCATGTGGGTTTATAAATGTGAATGAGATTACAGATTATTCAATTTA	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=106.52;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	54974424	rs2426617	C	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=43;PP=1413;SC=GTATGTGAGACGTTGATGTTA;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=54974432;WS=54974414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	54978835	rs6024853	G	A	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=93;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CCTCCCCCACGTCCTGTCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=20;TCR=108;TR=110;WE=54978843;WS=54978825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,112:0.86:130
chr20	55012743	rs140427912	C	G	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.500;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=77;PP=2040;ReadPosRankSum=0.177;SC=ATCAAACACGCAAAACGGGAG;SOR=1.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=29;TCR=96;TR=98;WE=55012751;WS=55012733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,100:0.80:125
chr20	55025512	rs6024884	C	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=21;PP=1499;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TCTACCATTACAGCATCATGA;SOR=1.118;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=81;WE=55025520;WS=55025502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,84:0.88:96
chr20	55025762	rs6069753	G	A	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=71;PP=1888;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GCTAAGGTGCGGTGTTATGAA;SOR=0.443;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=40;TCR=86;TR=106;WE=55025770;WS=55025752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,107:0.84:128
chr20	55028167	rs2870738	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:508,80:0.14:588
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chr20	55033647	rs3746625	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,48:0.12:387
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chr20	55072472	rs6024911	A	G	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=161;PP=2965;SC=TTTGCAATTTAGGGGGCCGCC;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=170;TCR=161;TR=330;WE=55072480;WS=55072462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr20	55088404	rs1059768	A	G	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=62;PP=2965;SC=TGATGTCATCATGCTCAATGG;SOR=1.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=122;TCR=62;TR=184;WE=55088412;WS=55088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr20	55108617	rs3209183	C	A	5347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.129;NF=44;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGTGATACTGCAGTGTCAAAG;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=50;TCR=179;TR=197;WE=55108625;WS=55108607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,201:0.86:234
chr20	55111371	rs2296130	G	A	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=90;PP=2475;ReadPosRankSum=1.527;SC=CCGAAGTGCAGAATCTTAAAG;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=71;TCR=104;TR=152;WE=55111379;WS=55111361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,159:0.86:185
chr20	55209257	rs35023929	T	C	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGGACAAGATTGGGTTGAATC;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=201;WE=55209265;WS=55209239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr20	55212711	rs6025024	T	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1341;SC=CCAGCCTCAGTGTAGTTGGTT;SOR=4.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=55212719;WS=55212701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	55748206	rs2148328	G	A	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=40;PP=2949;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TGGTGGCCCCGCAGCCTGCCC;SOR=1.090;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=143;TCR=52;TR=157;WE=55748214;WS=55748196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,164:0.80:206
chr20	55800937	rs6070031	C	T	6938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=119;PP=2965;SC=TCTGCTGGAACGTGAGCTTCC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=249;WE=55800945;WS=55800927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr20	55918014	rs2236330	A	G	194.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.967;SC=CACGACTAACATAAGTGTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=55918022;WS=55918004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr20	55929881	rs4811837	T	C	7519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=1.884;SC=ATGTAAGTGCTCCTTAAATAC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=155;TCR=210;TR=301;WE=55929889;WS=55929871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,316:0.83:382
chr20	55966904	rs117963839	C	T	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=84;PP=2128;ReadPosRankSum=1.022;SC=GGGCCCGCACCCCGCCGCACA;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=46;TCR=100;TR=122;WE=55966912;WS=55966894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,133:0.85:157
chr20	55975099	rs6014986	T	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=67;PP=1628;ReadPosRankSum=0.559;SC=TACTTCTCTCTCCCGCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=15;TCR=81;TR=80;WE=55975107;WS=55975089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,83:0.85:98
chr20	55982579	rs3764719	T	C	16662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=404;NR=307;PP=2962;ReadPosRankSum=1.482;SC=GGCCCTAACCTGCTCTGCTTG;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=878;TCF=501;TCR=377;TR=711;WE=55982598;WS=55982558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,725:0.82:888
chr20	56064267	rs6099656	T	C	8259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CTGTGCAAGATGTCTACGATA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=397;TCF=156;TCR=241;TR=352;WE=56064275;WS=56064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,363:0.89:409
chr20	56071296	rs11086611	G	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,118:0.85:139
chr20	56083606	rs55924405	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,22:0.12:185
chr20	56083773	rs73625093	T	C	11887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=264;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GTCGGAAACATTTATTGCAAG;SOR=0.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=532;TCF=232;TCR=300;TR=475;WE=56083781;WS=56083763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:55,486:0.90:541
chr20	56089869	rs11086612	GT	G	6018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=6.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.078;QD=17.25;ReadPosRankSum=2.322;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,305:0.87:349
chr20	56098733	rs6025606	T	C	9879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.626;SC=ATCAGTCCAGTAGTTTCAGCC;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=446;TCF=276;TCR=170;TR=389;WE=56098741;WS=56098723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,396:0.87:453
chr20	56099110	rs147244405	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FS=4.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.249;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,113:0.16:700
chr20	56099305	rs11699220	G	A	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5469;FS=2.136;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=66;PP=1592;ReadPosRankSum=2.613;SC=GTTTCCATAGGGGGGAGAAGG;SOR=1.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=11;TCR=74;TR=75;WE=56099313;WS=56099295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,75:0.88:85
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chr20	56136536	rs1042521	A	G	10228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TGGACAGCCTACCCCAGGCAG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=482;TCF=226;TCR=256;TR=400;WE=56136544;WS=56136526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,416:0.84:498
chr20	56137807	rs1042523	A	G	5894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CGCCTCTGTCAAAGATCGGCA;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=143;TCR=141;TR=233;WE=56137815;WS=56137797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,247:0.83:296
chr20	56137834	rs1062601	A	G	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.847;SC=TGACGGATTCACCCTACGTGG;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=271;TCF=131;TCR=140;TR=214;WE=56137842;WS=56137824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,225:0.80:281
chr20	56137895	rs707555	G	C	4273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=96;PP=2939;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CCTGGAAGCAGTGGGCGATGG;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=173;WE=56137903;WS=56137885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,179:0.80:223
chr20	56138178	rs28359544	C	T	11990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GCAGTGGGTACGGCGGGAACT;SOR=0.557;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=597;TCF=301;TCR=296;TR=510;WE=56138186;WS=56138168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,506:0.85:593
chr20	56139365	rs1804160	G	A	15964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=325;NR=337;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CGACGGGGGCGTTTACTGGGA;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=792;TCF=385;TCR=407;TR=662;WE=56139373;WS=56139355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,682:0.84:813
chr20	56139403	rs2070756	T	C	13024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=284;PP=2962;ReadPosRankSum=2.355;SC=TAGCTTCAGGTGTCACCATCA;SOR=0.515;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=654;TCF=303;TCR=351;TR=540;WE=56139411;WS=56139393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,556:0.83:669
chr20	56140076	rs59716278	C	CT	1801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=819;ReadPosRankSum=1.604;SC=GAACATTTCTCTTTTTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=47;WE=56140084;WS=56140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,78:0.79:99
chr20	56179422	rs6064572	C	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,41:0.13:313
chr20	56179586	rs6123710	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,63:0.16:393
chr20	56179875	rs8118279	A	G	1608.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5494;FS=2.348;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=46;PP=1165;ReadPosRankSum=1.183;SC=TGGCCTGGGCATTTCCACAGG;SOR=0.255;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=57;WE=56179883;WS=56179865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,60:0.91:66
chr20	56182296	rs6123711	A	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,36:0.19:192
chr20	56186884	rs2865394	T	C	10353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=166;PP=2965;SC=CAGTATGGACTGCTCCATGTG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=203;TCR=166;TR=369;WE=56186892;WS=56186874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr20	56190634	rs2073145	C	T	5212.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.256;SC=TGGGGCCTCTCGGCTGCAGAA;SOR=0.913;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=99;TCR=148;TR=217;WE=56190642;WS=56190624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,219:0.88:248
chr20	56191172	rs11468882	CAG	C	10868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.465;NF=85;NR=195;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AACCAAGGCACAGAGAGAGGA;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=383;TCF=123;TCR=260;TR=280;WE=56191181;WS=56191159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,458:0.83:549
chr20	56227514	rs6025698	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=3.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,36:0.13:280
chr20	56227532	rs6025699	T	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=169;PP=2965;SC=AGATGGTGGGTGGCAGGTCGA;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=99;TCR=169;TR=268;WE=56227540;WS=56227522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr20	56228019	rs8183538	G	C	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=29;PP=2965;SC=AGCCCACACTGTTCCAGCCGC;SOR=2.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=107;TCR=29;TR=135;WE=56228027;WS=56228009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	56726107	rs6070358	C	T	14590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=270;NR=269;PP=2965;SC=TGGGATCGGGCAACGCGGTGG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=270;TCR=269;TR=539;WE=56726128;WS=56726097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
chr20	56728780	rs45572335	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=52;PP=1153;ReadPosRankSum=0.511;SC=AACTAAAGAGCATGTTGTAGG;SOR=1.614;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=63;WE=56728788;WS=56728770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr20	56793546	rs583987	A	G	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=38;PP=2845;SC=CGTTCCCACCAGGAGCTAATG;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=110;TCR=38;TR=148;WE=56793554;WS=56793536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	56793706	rs584855	G	A	11311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=227;PP=2965;SC=TGGTTCAGGCGGTGTGCAATG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=418;TCF=190;TCR=228;TR=416;WE=56793714;WS=56793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr20	56793764	rs1192511	G	A	7955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=183;PP=2965;SC=TGGAGGCCCCGTGCTGGAGCA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=103;TCR=183;TR=286;WE=56793772;WS=56793754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr20	56796267	rs521615	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=584;SC=GGGACCCTGACTGGTGGCTGA;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=56796275;WS=56796257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	56798017	rs573485	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,9:0.15:60
chr20	56803353	rs1192514	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,91:0.17:540
chr20	56803676	.	C	CCCG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=1;PP=30;SC=CCCGCCGCCGCCCGCCGCATC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=56803684;WS=56803666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr20	56814195	rs3831236	A	AC	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.115;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr20	56814892	rs614507	G	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,58:0.15:379
chr20	56820702	rs595292	G	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=39;PP=2965;SC=CCTCTCAATGGGTATACAGTG;SOR=2.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=139;TCR=39;TR=178;WE=56820710;WS=56820692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	56820880	rs3746406	C	T	10719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=246;PP=2962;ReadPosRankSum=1.073;SC=CTGCAAGCTACCAAGGACTTT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=535;TCF=234;TCR=301;TR=437;WE=56820888;WS=56820870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,450:0.82:550
chr20	56821127	rs3746405	A	G	4095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=82;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AGCTTTGAGCAGGCGCTGGTC;SOR=0.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=173;WE=56821135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,182:0.85:214
chr20	56822236	rs1541117	C	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TTACTTTTTGCTTCTTTACAT;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=54;WE=56822244;WS=56822226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,57:0.90:63
chr20	56822536	rs4811972	G	A	1383.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5071;FS=1.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=980;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGAAGGGGCCGAGGGACTGGA;SOR=1.234;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=49;WE=56822544;WS=56822526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,52:0.90:58
chr20	56823390	rs11471230	GTTTT	G	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=40;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AGCAGAACCTGTTTTTTTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=42;WE=56823401;WS=56823380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr20	56825826	rs2282205	A	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=448;ReadPosRankSum=2.146;SC=GAAGTTATGAAATTTGAAATT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=20;WE=56825834;WS=56825816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr20	56826934	rs6064631	T	A	4431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TAAATTTTTTTAAAAAATCGA;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=80;TCR=161;TR=214;WE=56826942;WS=56826924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,190:0.87:219
chr20	56838389	rs6128295	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=684;ReadPosRankSum=0.081;SC=CTTATGGGACAGTGCCCACAG;SOR=0.898;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=39;WE=56838397;WS=56838379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr20	56846580	rs6015238	T	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,65:0.86:76
chr20	56861637	rs6026181	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=0.612;SC=GAATCGCAACATTGAGAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=56861645;WS=56861627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr20	56884186	rs483569	T	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr20	56886062	rs542165	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,61:0.14:439
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chr20	57045765	rs3946003	A	G	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=75;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CAGCGCAGGCAGCTGCCCCCG;SOR=1.110;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=40;TCR=91;TR=106;WE=57045773;WS=57045755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,111:0.82:136
chr20	57089814	rs77359399	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,31:0.19:161
chr20	57210979	rs2426774	AG	GA	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.44;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr20	57227427	.	AC	A	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5004;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=25;QD=11.3333333333;SC=CTTCCGCAGCACCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=57227435;WS=57227417;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr20	57234503	.	TA	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.043;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr20	57244493	rs2296524	G	A	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=91;PP=2657;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGCACGCACAGTCAGGCTACC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=183;WE=57244501;WS=57244483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,191:0.82:232
chr20	57246480	rs11474130	T	TTTA	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.994;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr20	57246493	rs6100160	G	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.36;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr20	57266592	rs6128401	C	G	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1672;ReadPosRankSum=0.456;SC=GCTGAGCAGACAGACCTGGAG;SOR=0.381;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=96;WE=57266600;WS=57266582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,98:0.89:110
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chr20	57266913	rs6123823	T	C	5304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TTTAAATGACTCCTGGGTGGA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=253;TCF=108;TCR=145;TR=223;WE=57266921;WS=57266903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,222:0.88:251
chr20	57267942	rs6092682	T	C	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,132:0.86:154
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chr20	57268867	rs3746396	C	A	16178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=292;NR=390;PP=2962;ReadPosRankSum=0.388;SC=ACTACGCCACCGTGGCTGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=796;TCF=345;TCR=451;TR=682;WE=57268875;WS=57268857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,692:0.86:804
chr20	57268994	rs6100166	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=49;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TGCTTCGAGAGGAGGCAGCCA;SOR=1.643;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=51;WE=57269002;WS=57268984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr20	57273545	rs6092683	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=5;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TCTTTCTACAGGTGGCCGGTG;SOR=0.208;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=54;WE=57273553;WS=57273541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,59:0.84:70
chr20	57273885	rs2296526	T	C	6963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TGTCATAGACTCCCAGGAGAG;SOR=0.707;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=320;TCF=103;TCR=217;TR=279;WE=57273893;WS=57273875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,277:0.87:318
chr20	57274077	rs6092684	T	A	605.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=443;ReadPosRankSum=0.558;SC=GAAATGAGAGTGTGTGGAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=21;WE=57274085;WS=57274067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr20	57274151	rs2296528	G	C	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=26;PP=1687;ReadPosRankSum=0.763;SC=TCCCCGACGCGGCACAGGCAG;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=95;WE=57274159;WS=57274141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,99:0.87:114
chr20	57275949	rs6070554	A	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=5;PP=1807;SC=GGCAGGGAGCACCAGGCTCAG;SOR=4.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=61;TCR=5;TR=66;WE=57275957;WS=57275939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	57280575	rs6100174	T	C	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ACGAATACAGTGGCTCCCGGA;SOR=0.469;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=160;TCR=182;TR=299;WE=57280583;WS=57280565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,307:0.88:350
chr20	57288744	rs1570894	G	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GGAGCTGCCCGTCAAGCTTGG;SOR=0.456;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=80;WE=57288752;WS=57288734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,85:0.88:97
chr20	57290347	rs6026468	C	G	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1464;ReadPosRankSum=1.066;SC=GGAGGGGGACCTGGGGAGGGA;SOR=0.150;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=98;WE=57290356;WS=57290337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,104:0.87:120
chr20	57292888	rs2426776	G	A	7196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TTTCCAGGTCGTGGCCACAGC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=359;TCF=185;TCR=174;TR=307;WE=57292896;WS=57292878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,306:0.86:356
chr20	57293089	rs6026470	A	G	10137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.630;NF=213;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GGCCTGGGAGAGGACCCAGAT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=261;TCR=172;TR=351;WE=57293097;WS=57293079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,414:0.84:495
chr20	57293118	rs2426777	T	C	20146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.872;NF=223;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.309;SC=CCAGAACTGATGGAAAATCTC;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=484;TCF=276;TCR=208;TR=392;WE=57293137;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,484:0.84:575
chr20	57293124	rs10470038	A	AG	20557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.237;NF=103;NR=180;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.828;SC=CTGATGGAAAATCTCTCCCCA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=127;TCR=220;TR=283;WE=57293137;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,508:0.85:598
chr20	57293350	rs12480759	G	T	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=89;PP=2247;ReadPosRankSum=1.156;SC=ATTCAGAAGGGACTGGGTGTT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=30;TCR=110;TR=113;WE=57293358;WS=57293340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,118:0.81:146
chr20	57299030	rs201658287	GGAGGAGGAA	G	2858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=1.610;QD=29.78;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,74:0.77:96
chr20	57360720	rs144252791	AGAAAGAAAGAAG	A	1744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.566;QD=31.16;ReadPosRankSum=0.647;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr20	57415110	rs1800900	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=5;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CTTCGGAGCCACTCTCTGCAG;SOR=3.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=63;WE=57415118;WS=57415100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr20	57415995	rs1800905	A	G	10903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=252;PP=2965;SC=GGAGCAGCGCAGGTGGAAAGG;SOR=1.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=141;TCR=253;TR=392;WE=57416003;WS=57415985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr20	57474720	rs35714680	GCA	G	390.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=406;ReadPosRankSum=-0.438;SC=ACACACACACGCACACACATG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=57474729;WS=57474710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr20	57475191	rs13831	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=656;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ACGAAAAATGAACTGAAATCC;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=57475199;WS=57475181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr20	57478448	rs2295583	A	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
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chr20	57565943	rs163782	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,64:0.13:484
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chr20	57569816	rs7341	G	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,39:0.15:264
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chr20	57571763	rs9760	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-2.540;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:506,78:0.13:584
chr20	57572675	rs163785	A	G	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=21;PP=1750;SC=GACCATTTGCATAGATTTCTG;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=57572683;WS=57572665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	57582285	rs71181993	C	CCGGCCT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.518;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr20	57599016	rs163777	T	G	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=88;PP=2965;SC=TGTCGGACACTGTGGTGGAGC;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=179;TCR=88;TR=267;WE=57599024;WS=57599006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	57611828	.	G	GA	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5004;HP=14;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=19;MQ=58.12;NF=0;NR=3;PP=28;QD=11.3333333333;SC=ACAGAATGAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=57611836;WS=57611818;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr20	57828914	rs56738506	T	TC	274.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.662;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.79;MQRankSum=1.220;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr20	57828923	rs259957	A	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.32;QD=34.21;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	57829301	rs259956	T	C	14039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=0.870;SC=CAGTGCTGAATCACGAGACCA;SOR=0.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=502;TCF=250;TCR=252;TR=499;WE=57829309;WS=57829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,506:1.00:507
chr20	57829821	rs3041675	C	CTT	4183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=97;PP=2814;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AACATGGTGTCTGGTCAAAAA;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=4;TCR=101;TR=101;WE=57829830;WS=57829811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr20	57876044	rs155001	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr20	58330128	rs1182477	G	C	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=2;PP=2306;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGAGGGGTGGGGGACCACCCA;SOR=4.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=83;TCR=2;TR=84;WE=58330136;WS=58330118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr20	58411441	rs2426849	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=1;PP=362;SC=TTTCTCTCCTTCCAATTTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=58411449;WS=58411431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	58416428	rs2281930	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr20	58420336	rs1416388	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,51:0.18:277
chr20	58425413	rs2865768	C	T	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=AAATCCTAATCGTACTATTAA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=108;TCR=70;TR=178;WE=58425421;WS=58425403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	58444089	rs41304425	T	C	389.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTGTCAATTCTTTCTCAGATT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=58444097;WS=58444079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr20	58450386	.	A	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr20	58578068	rs6123961	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.434;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr20	58587841	rs910695	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=-0.393;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr20	58644995	rs6071100	T	C	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=34;PP=2849;ReadPosRankSum=1.018;SC=GAGGCTCTTCTGGGGCCAGCC;SOR=0.422;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=130;TCR=38;TR=148;WE=58645003;WS=58644985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,153:0.89:172
chr20	59091946	rs6064934	A	C	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=74;SC=AAAACACATAAAATTATATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=59091954;WS=59091936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	59225139	.	ATGTGTG	A	1419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.320;NF=3;NR=24;PP=1413;ReadPosRankSum=1.234;SC=GTGTATGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.141;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=27;WE=59225152;WS=59225129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr20	59431577	.	TACACACAC	T,TAC	1555.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;QD=37.94;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,21,20:0.51,0.49:41
chr20	59829847	rs3752252	C	T	10386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=219;NR=151;PP=2965;SC=TTTCTGTGAACTTATTGTTTT;SOR=1.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=372;TCF=220;TCR=152;TR=370;WE=59829855;WS=59829837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr20	59908320	rs72064063	TACAC	T	4775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5506;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=74;PP=2994;SC=CACACACATGTACACACACAC;SOR=2.459;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=7;TCR=94;TR=79;WE=59908333;WS=59908310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	59908349	rs11086735	A	G	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=78;PP=2298;SC=ACACATGCACACACACCTGCA;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=18;TCR=78;TR=96;WE=59908357;WS=59908339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	59908377	rs11908491	T	C	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=50;PP=1491;SC=GCTGGCAAGTTTCTCTTTTTC;SOR=3.651;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=57;WE=59908385;WS=59908367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	60145672	rs2252560	T	G	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=59;PP=2776;ReadPosRankSum=1.092;SC=CCTGGTGTGTTTGGGAATGGG;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=159;WE=60145680;WS=60145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,169:0.86:196
chr20	60293919	rs2892179	C	A	19767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=309;NR=411;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TTCACTGTTCCTGCTGTCAGG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=722;TCF=311;TCR=411;TR=720;WE=60293927;WS=60293909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,729:1.00:730
chr20	60294279	rs4925275	A	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=120;PP=2965;SC=GTTTTTGTTCATTGCTAATAC;SOR=1.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=53;TCR=120;TR=173;WE=60294287;WS=60294269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr20	60294296	rs4925196	G	A	2996.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5077;FS=3.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=93;PP=2380;ReadPosRankSum=0.348;SC=ATACAGAGAAGGATGCAAGCC;SOR=1.395;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=28;TCR=104;TR=117;WE=60294304;WS=60294286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,114:0.89:128
chr20	60485327	rs1776237	C	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=779;SC=TGGGCTGACACGGTGTGTTCT;SOR=4.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=60485335;WS=60485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	60485627	rs2427240	C	T	6557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=2.501;SC=TCCGCACAGACCCCGTAACCA;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=76;TCR=158;TR=232;WE=60485635;WS=60485617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,240:0.99:242
chr20	60498832	rs11484270	A	AC	1710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=46;PP=1827;SC=GTCCAGAAATACCCCATGAAA;SOR=4.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=47;WE=60498840;WS=60498822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	60503350	rs6142884	A	G	40531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=1486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=753;NR=708;PP=2965;SC=ATCTGCGAGAAGCCCAACCTG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1463;TCF=754;TCR=709;TR=1461;WE=60503358;WS=60503340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1484:1.00:1484
chr20	60509387	rs3827115	T	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=95;PP=2814;SC=CTGCCGTGGGTGGGAGGCAGC;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=47;TCR=95;TR=142;WE=60509395;WS=60509377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	60511860	rs3761221	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,63:0.14:444
chr20	60512028	rs3761222	G	C	3896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.203;SC=GGACCGAAGTGAGAGCCGTGC;SOR=1.155;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=41;TCR=133;TR=146;WE=60512036;WS=60512018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,149:0.84:177
chr20	60572663	rs2296081	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.575;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,28:0.15:188
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chr20	60575830	rs2281733	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,20:0.19:103
chr20	60582540	rs2281735	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=3.025;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr20	60584072	rs2296086	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,56:0.15:364
chr20	60588049	rs2273991	G	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,69:0.14:504
chr20	60639883	rs1886009	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=311;SC=CGGGCCCGGGTTGGCCGCTGA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=60639891;WS=60639873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	60640305	rs200074661	TGCCAGG	T	205.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=137;SC=CCGGCGGGCTTGCCAGGGCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=60640318;WS=60640295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	60699938	.	C	CT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5591;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=61.78;NF=0;NR=3;PP=31;QD=12.0;SC=GAGGAATAACCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=60699946;WS=60699928;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr20	60704117	rs4925345	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=50;PP=1405;SC=TTTCCTCCTGATTCAGAGGGC;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=60704125;WS=60704107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	60704172	.	A	G	559.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=428;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CTCGGACTGCAGTTTCATAGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=60704180;WS=60704162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr20	60708216	rs6089657	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=6;PP=1664;SC=CAGAGCTGACGGGGCCGCCCC;SOR=3.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=64;WE=60708224;WS=60708206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	60712174	rs3078903	CAGCAGT	C	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=1401;SC=AAGTATTAAGCAGCAGTAGCA;SOR=1.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=20;WE=60712187;WS=60712164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	60712284	rs2057169	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=5;PP=1740;SC=GACGTATGGGGAGCCTCAGAA;SOR=4.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=63;WE=60712292;WS=60712274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	60712347	rs2057168	G	A	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=66;PP=2965;SC=GTTTCCTTCGGAACTGGTACT;SOR=2.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=187;TCR=66;TR=253;WE=60712355;WS=60712337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr20	60712511	rs2281740	A	G	20740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=320;NR=417;PP=2965;SC=AGGAGCATTAACCACCTTTCC;SOR=0.991;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=739;TCF=321;TCR=418;TR=737;WE=60712519;WS=60712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr20	60713311	rs7076	G	A	7861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=163;PP=2965;SC=CCAGGAACTCGCGCACTGACT;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=108;TCR=163;TR=271;WE=60713319;WS=60713301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr20	60713332	rs1135961	A	G	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=134;PP=2965;SC=TGGCACCCCGACCTATGGCAT;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=80;TCR=134;TR=214;WE=60713340;WS=60713322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	60718420	rs3746651	C	T	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=129;PP=2965;SC=ACTCACGGCCCGCGCGCACCC;SOR=1.391;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=80;TCR=129;TR=209;WE=60718428;WS=60718410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	60773041	rs6062140	G	C	4209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GAGACTGCCGGACCTGGCCCT;SOR=0.236;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=179;TCF=50;TCR=129;TR=155;WE=60773049;WS=60773031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,160:0.86:186
chr20	60773684	rs4925355	C	T	4262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GCCTGCTGTTCCCCAGGTCCC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=136;TCR=53;TR=161;WE=60773692;WS=60773674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,168:0.86:195
chr20	60774035	rs6142990	A	G	6807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATCAGTACACTGCTGACTT;SOR=0.340;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=318;TCF=90;TCR=228;TR=268;WE=60774043;WS=60774025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,268:0.85:314
chr20	60776182	rs1054885	G	A	778.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=612;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GCAAACCTGGGTGTGAATTCG;SOR=3.611;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=27;WE=60776190;WS=60776172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr20	60791404	rs3787429	C	T	7135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GCTTCTCCAGCGAGGCCGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=76;TCR=147;TR=191;WE=60791412;WS=60791394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,196:0.87:226
chr20	60791422	rs3787430	C	T	6091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=101;PP=2669;ReadPosRankSum=0.255;SC=AGGACGCCGACGGCTTGGAGC;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=51;TCR=119;TR=145;WE=60791430;WS=60791412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,148:0.87:171
chr20	60792029	rs1739583	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=57;PP=1395;ReadPosRankSum=1.170;SC=GGAATATTGGGCTGGGTGCGC;SOR=1.342;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=79;WE=60792037;WS=60792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,79:0.81:97
chr20	60808026	rs6089695	C	T	10125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=174;PP=2965;SC=AAACCCATGGCGCCACCCTCA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=191;TCR=176;TR=365;WE=60808034;WS=60808016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr20	60831300	rs6089706	G	A	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=105;PP=2965;SC=AGAACCAACTGGGGACGTACT;SOR=1.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=50;TCR=105;TR=155;WE=60831308;WS=60831290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr20	60848248	rs6061476	G	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=681;SC=AACTGAAAACGCACACGGAAC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=60848256;WS=60848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	60848348	rs2236526	C	T	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=41;PP=2776;SC=CCTGTCCCCCCCGTGGATTAT;SOR=1.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=138;WE=60848356;WS=60848338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	60857034	rs2274938	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=60;PP=1779;SC=CTACGTGCATGAGACGCGGGT;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=71;WE=60857042;WS=60857024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	60859381	rs4925225	A	G	4843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=26.47;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	60859430	rs11306058	AT	A	615.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.635;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;MQRankSum=0.941;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.023;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,36:0.86:42
chr20	60859486	rs4925226	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=538;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGTGCA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=60859494;WS=60859476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	60861505	rs375911327	GA	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.505;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr20	60864390	rs3746657	C	T	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=88;PP=2466;SC=AACATGGGTGCGTCCACGCAG;SOR=2.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=123;WE=60864398;WS=60864380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	60881330	rs2427273	G	A	15973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=314;NR=261;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TGCCTGGGGCGCTGGGGGCCA;SOR=0.463;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=576;TCF=314;TCR=262;TR=575;WE=60881338;WS=60881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,589:1.00:590
chr20	60881643	rs2427274	T	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=25;PP=1693;SC=GCGCAGGCAGTGCGGTGGGGC;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=60881651;WS=60881633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	60881780	rs2427275	T	C	9538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=156;PP=2965;SC=CAGCCGGCCTTGGAGGACTGG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=189;TCR=156;TR=345;WE=60881788;WS=60881770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr20	60882277	rs2427277	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=8;PP=783;SC=ACCCGCCCCACGCCGCTCCTC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=60882285;WS=60882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	60882888	rs2427278	A	G	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=136;PP=2965;SC=CAGCAAGGTAACGTGTGCTGT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=76;TCR=136;TR=212;WE=60882896;WS=60882878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr20	60885142	rs2379129	C	A	10345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.660;SC=CAGGACCTGGCGGGGTAGGAA;SOR=0.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=199;TCR=177;TR=371;WE=60885150;WS=60885132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr20	60885448	rs944897	A	G	10588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=200;NR=177;PP=2965;SC=TGCCCTGCTGAGGCCTGGGAT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=200;TCR=177;TR=377;WE=60885467;WS=60885438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr20	60886611	rs2297590	C	T	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=203;NR=232;PP=2965;SC=GGCGGGCAGGCGGTCAGCAGC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=203;TCR=233;TR=435;WE=60886619;WS=60886601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr20	60887581	rs944895	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,73:0.15:499
chr20	60890375	rs6062210	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=36;PP=1095;SC=CCCTATGGATCGTGTGAGACC;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=60890383;WS=60890365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	60891288	rs2065578	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=47;PP=1389;SC=GTCTCAGCGTAGCCTCTGTTC;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=60891296;WS=60891278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	60892116	rs2236521	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=43;PP=1240;SC=GTGGGTAAGCGCAGACGCCCT;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=60892124;WS=60892106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	60892526	rs2427281	A	G	12939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=243;NR=219;PP=2965;SC=TCCGAGCCCCATCCAGGCTGG;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=463;TCF=244;TCR=219;TR=462;WE=60892534;WS=60892516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr20	60892692	rs6062216	C	T	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=96;PP=2965;SC=GATGGGGTGGCGACAGGGGCC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=51;TCR=96;TR=147;WE=60892700;WS=60892682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	60893387	rs183361685	A	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60893639	rs6089732	G	C	8324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=1.834;SC=GCCGGTCGCGGGTTTGTGTGG;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=443;TCF=206;TCR=237;TR=358;WE=60893647;WS=60893629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,364:0.80:454
chr20	60895738	rs6089346	A	G	7702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=130;PP=2965;SC=GTGGGAGGCGAAAGGTGAAGG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=146;TCR=130;TR=275;WE=60895746;WS=60895728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr20	60897071	rs2274936	A	G	7707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=140;PP=2965;SC=TGTTGAGGACACACCTTCACA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=135;TCR=141;TR=275;WE=60897079;WS=60897061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr20	60897487	rs2274934	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,38:0.13:289
chr20	60897488	rs2274933	G	A	5906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.856;SC=CGCAGCCATCGAAACCAAAAT;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=122;TCR=155;TR=238;WE=60897496;WS=60897477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,249:0.87:286
chr20	60897561	rs76706776	CC	GA	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.00;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,96:0.84:114
chr20	60897570	rs71323580	C	G	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.57;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,92:0.86:107
chr20	60897721	rs3737137	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr20	60897772	rs6143021	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=806;ReadPosRankSum=-1.743;SC=GTGCCCGCTGTGGGGGTCGCA;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=63;WE=60897780;WS=60897761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,70:0.79:89
chr20	60899182	rs11698080	C	T	3848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=49;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ACACAGGGGGCGCTGGGGTCG;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=181;TCF=124;TCR=57;TR=149;WE=60899190;WS=60899172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,159:0.83:191
chr20	60899206	rs2427283	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,41:0.16:252
chr20	60899422	rs34599961	C	T	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.589;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.210;SC=GAAGTGCAGCCCCTGGTCTTC;SOR=0.370;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=218;TCF=128;TCR=90;TR=180;WE=60899430;WS=60899412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,185:0.83:222
chr20	60900481	rs2427284	A	G	10571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=126;PP=2965;SC=CCTGCGCAGGAAGACAGCCGA;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=217;TCR=126;TR=343;WE=60900496;WS=60900471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr20	60900579	rs2427285	C	A	18656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=343;NR=303;PP=2965;SC=CAGTGTTGCGCGTCTCCGTAT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=647;TCF=343;TCR=304;TR=646;WE=60900587;WS=60900569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr20	60902214	rs944894	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=26;PP=1750;SC=GACAGACCCCGCTCCTGGCTC;SOR=1.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=60902222;WS=60902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	60902490	rs944892	C	T	27721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1030;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=540;NR=466;PP=2965;ReadPosRankSum=1.591;SC=TGGCTGCACACGGGTGGATGC;SOR=0.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1009;TCF=541;TCR=468;TR=1006;WE=60902498;WS=60902480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1026:1.00:1027
chr20	60902544	rs944891	A	C	28834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=486;NR=548;PP=2965;SC=CCCACCTAAGACCTCCCCGAG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1036;TCF=486;TCR=550;TR=1034;WE=60902552;WS=60902534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1051:1.00:1051
chr20	60902883	rs4925375	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,63:0.13:468
chr20	60903419	rs7262393	C	T	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=102;PP=2705;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GCTGGCACAGCAGGCAGTCGG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=98;TCR=126;TR=181;WE=60903427;WS=60903409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,192:0.80:240
chr20	60904421	rs3065756	GCAGCC	G	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.166;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr20	60904853	rs2427286	T	C	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=163;PP=2965;SC=CACCGGCCCTTGGGCACACGC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=154;TCR=163;TR=317;WE=60904861;WS=60904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr20	60905717	rs2095235	T	C	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=0.282;SC=GAGCCCCTGCTGCCCCCTGGA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=148;TCR=152;TR=296;WE=60905725;WS=60905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,311:0.99:313
chr20	60905878	rs3810548	A	G	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=54;PP=2689;SC=AGCTGGGGACATGGCTGGAGT;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=60905886;WS=60905868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	60906055	rs73613564	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,107:0.20:537
chr20	60906269	rs35653162	C	T	388.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.879;HP=4;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GGGGTGCAGGCGGTACGATGG;SOR=3.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=60906285;WS=60906259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,15:0.38:39
chr20	60907446	rs2151513	T	C	7851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=128;PP=2965;SC=AGCGTGCCTGTTCGGCTGTGA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=145;TCR=130;TR=273;WE=60907454;WS=60907436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr20	60907675	rs6142734	G	A	13310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=276;NR=209;PP=2965;SC=GGGTGTGCACGGCCACGCCCA;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=486;TCF=277;TCR=209;TR=485;WE=60907683;WS=60907653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr20	60908142	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.047;SC=CCCAGGACACGCACATCACTG;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=4;WE=60908150;WS=60908132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr20	60908882	rs12481057	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;SC=GGAAGGTGGCGGGGCTTGGGA;SOR=1.371;Source=Platypus;TR=21;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	60908892	rs141833594	A	AGTGGG	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NR=1;ReadPosRankSum=-1.088;SC=GGGGCTTGGGAGTGGGGTGGG;SOR=2.531;Source=Platypus;TCR=4;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr20	60908964	rs13044266	G	A	10757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=45.78;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr20	60908969	rs13042941	T	C	11002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=42.81;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr20	60909060	rs13038331	A	G	16613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=329;NR=311;PP=2965;SC=AGAAAAGGTCAGGGGAGGTCA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=640;TCF=329;TCR=311;TR=640;WE=60909068;WS=60909050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr20	60909466	rs2379127	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=851;SC=GCGGCCCCGGGTCTCCAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=60909474;WS=60909456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	60909518	rs1105019	G	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=9;PP=771;SC=GACACGGAGAGGCCCGGAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=60909526;WS=60909508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	60909786	rs149378083	G	GTCAGGGC	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.40;QD=42.51;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	60909809	.	C	CAGGGCTCAGGGCGAGGGCG	2122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=63.29;NF=1;NR=14;PP=2122;QD=142.333333333;SC=GCTCAGGGCTCAGGGCGAGGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=60909817;WS=60909799;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr20	60909832	rs7268826	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.64;MQRankSum=2.838;QD=16.31;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=2.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	60909840	.	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=1.834;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr20	60909841	.	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=1.834;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr20	60909974	rs12625368	T	C	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=27;PP=2965;SC=TCACCCGGGCTTCATGCTGCC;SOR=2.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=118;TCR=27;TR=145;WE=60909982;WS=60909964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	60911958	rs2890083	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=950;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:817,130:0.14:947
chr20	60912117	rs3810550	C	T	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.039;SC=GTGTGACACACGTCTGAACAA;SOR=0.774;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=64;TCR=177;TR=209;WE=60912125;WS=60912107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,209:0.86:242
chr20	60912683	rs2427289	T	C	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=94;PP=2965;SC=CGGGCACACATGTGTCACACC;SOR=1.183;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=151;TCR=94;TR=244;WE=60912691;WS=60912673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr20	60913127	rs8124907	A	G	9243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.267;SC=AATGAGGTCCAGCAAACTCAG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=470;TCF=250;TCR=220;TR=385;WE=60913135;WS=60913117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,399:0.82:484
chr20	60913495	rs2151512	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,63:0.18:349
chr20	60920545	rs6143034	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TCACTGCAGCTTCGGCCTTCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=60920553;WS=60920537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	60920624	rs4925385	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,8:0.14:59
chr20	60920700	rs6143035	T	C	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1661;ReadPosRankSum=-1.197;SC=GGCTTTATGCTGACCTATATT;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=129;WE=60920708;WS=60920690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,142:0.88:162
chr20	60920887	rs11204472	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,43:0.16:276
chr20	60921044	rs4925386	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,27:0.16:165
chr20	60921324	rs2427291	G	A	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=92;PP=2556;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CTCAAGGGGTGGGCTCCAAGA;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=63;TCR=108;TR=146;WE=60921332;WS=60921314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,151:0.86:176
chr20	60921643	rs4925229	T	C	9676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=126;PP=2965;SC=TTGACGCCGGTGGTGTGGTGC;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=203;TCR=126;TR=329;WE=60921651;WS=60921633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr20	60921701	rs4925387	A	G	23082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=355;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=0.257;SC=GCCCCACCTCAGGGCCAGCCC;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=576;TCF=358;TCR=218;TR=572;WE=60921709;WS=60921689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,575:1.00:577
chr20	60921721	rs6143036	C	A	14334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=347;NR=256;PP=2962;ReadPosRankSum=0.605;SC=CATTCCCAGCCCTCTAGCCCA;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=696;TCF=404;TCR=292;TR=603;WE=60921729;WS=60921711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,605:0.86:700
chr20	60921896	rs4925388	A	G	21306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=352;NR=408;PP=2965;SC=CGCCCTCCACAGGCCCGGGCA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=760;TCF=352;TCR=408;TR=760;WE=60921904;WS=60921886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
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chr20	60927349	rs483876	C	T	13447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=256;NR=247;PP=2965;SC=TGCAGATGGCCGCGTCGTCCC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=505;TCF=258;TCR=247;TR=503;WE=60927357;WS=60927339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
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chr20	60927482	rs482220	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,25:0.12:207
chr20	60927538	rs623834	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,6:0.10:58
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chr20	60962624	rs755726	T	C	9653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;PP=2965;SC=CTTTCATTCTTACCGCCCAAG;SOR=1.609;Source=Platypus;TCF=122;WE=60962632;WS=60962614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr20	60966318	rs6089219	G	T	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=103;PP=2965;SC=GATGAGCTGCGTCACGCCGCT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=212;WE=60966326;WS=60966308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	60966571	rs117522980	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,24:0.14:171
chr20	60968596	rs1570027	A	G	14637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=319;NR=240;PP=2965;SC=GCAGCAGGCCATGGCTGTCAC;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=561;TCF=321;TCR=240;TR=559;WE=60968604;WS=60968581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr20	60969886	rs2427309	G	T	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=13;PP=1432;SC=GGGGGCAGCCGCACCTGGGGG;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=60969894;WS=60969876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	60969929	rs2427310	C	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=46;PP=2243;SC=TGGGCCTGGCCGAGACCAGGC;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=60969937;WS=60969919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	60970123	rs2427311	A	G	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=113;PP=2965;SC=GGCTCAAGGTACTGCTGCTTC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=220;WE=60970131;WS=60970113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr20	60971327	rs748037	A	C	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=121;NR=15;PP=2965;SC=CCGTGGGCTTATGGAGACCAC;SOR=3.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=121;TCR=15;TR=136;WE=60971335;WS=60971317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	60982118	rs184691263	G	C	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	60986019	rs2236200	A	C	14480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=292;NR=251;PP=2965;SC=AGTGGCTGTCAGTTTCCTTCT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=544;TCF=292;TCR=252;TR=543;WE=60986027;WS=60986009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr20	60989607	rs200738153	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.8257;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GGAGGCCCGCAGGAAGCTGTG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=134;WE=60989615;WS=60989597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,144:0.90:160
chr20	60992224	rs2427325	T	C	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=TGTCACCTCCTCCTCTCCTGA;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=245;WE=60992232;WS=60992214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr20	60992402	rs6061521	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=70;PP=2119;SC=CTAAAGTGGGGTCCTGTTCCA;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=115;WE=60992410;WS=60992392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr20	61040125	rs113912772	G	C	433.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=376;ReadPosRankSum=1.793;SC=AGCCTCTTAGGTCAGGAGCTC;SOR=1.447;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=61040133;WS=61040115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr20	61050379	rs6142775	T	G	5797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.220;SC=GCGGTGGCTGTCTGCGCCCAG;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=164;TCR=113;TR=228;WE=61050387;WS=61050369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,238:0.83:288
chr20	61143487	rs3934574	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=930;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-0.378;QD=0.52;ReadPosRankSum=2.743;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:810,118:0.13:928
chr20	61143945	rs3934573	T	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr20	61143951	rs45612436	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr20	61150928	rs12624794	A	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=49;PP=1474;SC=GTCTGGCCTCAGGAGCAAGGA;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=61150936;WS=61150918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	61162267	rs6062251	T	C	7220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=112;PP=2965;SC=ACCCAGCAGGTGGCGCGGGGA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=257;WE=61162275;WS=61162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr20	61162423	rs6062250	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=76;PP=2540;SC=AGCTGGGTGCTCCTGCTTGTT;SOR=1.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=61162431;WS=61162413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	61167632	rs11483745	G	GT	1459.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.445;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,66:0.86:77
chr20	61167883	rs6143064	G	A	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=110;PP=2965;SC=AGCCACTGCTGAAGGGACTCC;SOR=2.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=34;TCR=110;TR=144;WE=61167891;WS=61167873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr20	61273640	rs74455850	G	C	5383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=1.899;SC=AGCTGGAGCGGGGAGTCCAGG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=91;TCR=171;TR=220;WE=61273648;WS=61273630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,230:0.84:275
chr20	61273721	.	G	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=955;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCCTGGGGGGGAGGAGGGGGC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=52;WE=61273729;WS=61273711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,56:0.86:65
chr20	61288038	rs1047099	G	A	13520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=240;PP=2965;SC=GGTGCGGTACGTCTCGGCCGG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=240;TCR=240;TR=480;WE=61288046;WS=61288028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr20	61288355	rs3195701	G	T	8449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=170;PP=2965;SC=TGGGCACGGGGTCGCTGGTGT;SOR=1.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=120;TCR=170;TR=290;WE=61288363;WS=61288345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr20	61289958	rs2427369	G	A	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=22;PP=2553;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TCCCAGGCACGGGGCCCCACA;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=94;TCR=22;TR=115;WE=61289966;WS=61289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr20	61292373	rs144381587	G	GAGCCCCC	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.6302;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=973;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CCACCTCCGGGAGCCCCCAGC;SOR=1.455;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=16;WE=61292381;WS=61292363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr20	61326380	rs2427394	C	T	11377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=239;NR=176;PP=2965;SC=TAGGATCCAGCCCTGAGCTTC;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=416;TCF=240;TCR=176;TR=415;WE=61326388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr20	61326636	rs13036933	G	A	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=142;PP=2965;SC=GGCAAAATCAGAGAAATAAGG;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=96;TCR=142;TR=238;WE=61326644;WS=61326626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	61331678	rs4809531	C	A	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=90;PP=2965;SC=CATCCTTAGCCCAAGGAGGAA;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=211;WE=61331686;WS=61331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr20	61436509	.	A	AC	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.730;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr20	61439696	rs41282978	C	G	15847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=244;NR=344;PP=2965;SC=CTCACAACCACTGGCAGCCGG;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=589;TCF=244;TCR=345;TR=588;WE=61439716;WS=61439686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr20	61439708	rs760276	G	A	12796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=295;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGCAGCCGGCGCTTCCATCCT;SOR=0.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=476;TCF=180;TCR=296;TR=475;WE=61439716;WS=61439686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,477:1.00:478
chr20	61441035	rs2277772	G	A	14172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=180;NR=327;PP=2965;SC=GGAGGATGGGGGGATGGGGGG;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=509;TCF=181;TCR=328;TR=507;WE=61441043;WS=61441025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr20	61441061	rs45585738	G	A	9794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=241;PP=2965;SC=GAGGCCACAGGGGGAGGGCCC;SOR=1.999;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=94;TCR=241;TR=335;WE=61441069;WS=61441051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr20	61441797	rs2277771	A	G	9080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=190;NR=149;PP=2965;SC=GCACCTGCCCAAGGTCTGGAA;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=190;TCR=149;TR=339;WE=61441805;WS=61441787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr20	61443547	rs2075776	A	G	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=158;PP=2965;SC=GAGGGGCCCCAGCCATTGACC;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=217;TCR=158;TR=374;WE=61443555;WS=61443537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr20	61452837	rs117347229	G	A	17886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=351;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGCAGGCTCTGACCCCATGTT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=672;TCF=352;TCR=320;TR=668;WE=61452845;WS=61452827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,673:1.00:675
chr20	61456458	.	A	G	107	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=18;MQ=50.71;NF=0;NR=5;PP=107;QD=28.3542425094;SC=CTCCGGCGGGAGGGAGGGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=61456466;WS=61456448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	61459315	rs45628843	C	T	9324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=0.695;SC=GTGGCCGGGCCAAGCGGAGAG;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=452;TCF=243;TCR=209;TR=382;WE=61459323;WS=61459305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,393:0.85:465
chr20	61462004	.	A	AC	219	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=59.62;NF=0;NR=4;PP=219;QD=61.75;SC=ACAGTCCCCCACCCCCATGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=61462020;WS=61461994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,4:0.29:14
chr20	61462005	.	CCCCCATGACAGTCCCCCAA	C	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	61462011	.	TG	CC	93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=58.31;NF=0;NR=3;PP=93;QD=48.8226249541;SC=CCCACCCCCATGACAGTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=61462020;WS=61461994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,3:0.75:4
chr20	61467800	rs760087	A	G	17350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=429;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TGCCGCCCCCATGCTGACGAA;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=826;TCF=330;TCR=496;TR=717;WE=61467808;WS=61467784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,724:0.87:833
chr20	61467898	rs910152	G	C	5712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGTCAGCCACGTGCACCGGCT;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=67;TCR=181;TR=219;WE=61467906;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,217:0.88:246
chr20	61468571	rs2294995	T	C	9519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.083;SC=GAGGACCCCCTGGATACCGCG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=166;TCR=186;TR=349;WE=61468579;WS=61468561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,359:0.99:361
chr20	61469969	rs117657687	A	G	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=AAGGTTGATCAGACACCGCTG;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=159;TCR=100;TR=218;WE=61469977;WS=61469959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,229:0.85:271
chr20	61473270	rs58968380	G	GT	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=910;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TGCAGAAGGCGTGCACAGGTC;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=22;WE=61473278;WS=61473260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
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chr20	61597946	rs5842409	CT	C	19694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.403;NF=107;NR=279;PP=2948;ReadPosRankSum=1.285;SC=AGGACCTTGCCTTACCCCAGC;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=131;TCR=338;TR=386;WE=61597954;WS=61597936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,585:0.85:688
chr20	61598899	rs3746750	A	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5014;FS=1.116;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=61;PP=1670;ReadPosRankSum=1.541;SC=CAGCAGCCCCAGGACACAGGG;SOR=1.011;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=95;WE=61598907;WS=61598889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,102:0.87:117
chr20	61835245	rs117568047	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.148;SC=AGCACAGGTGGAGCAAAAACA;SOR=0.138;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=13;WE=61835253;WS=61835235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr20	61878830	rs13038098	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,61:0.12:490
chr20	61907075	rs6011712	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=50;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.962;SC=AGCCTGTAGTTCTGGGACCCT;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=55;WE=61907083;WS=61907065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,54:0.83:65
chr20	61912715	rs2236195	T	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=102;PP=2745;SC=TCACTGCCCCTGCCATGCCAC;SOR=1.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=50;TCR=102;TR=152;WE=61912723;WS=61912705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	61917241	rs6090342	A	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=29;PP=2723;SC=TATGGAAACAACTTGGCCCAC;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=110;WE=61917249;WS=61917231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	61918164	rs6062431	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,33:0.15:222
chr20	61937296	rs753686	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,75:0.13:556
chr20	61937517	.	A	G	1424	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=56.67;NF=14;NR=55;PP=1424;QD=21.141611776;SC=CCACGAGGCCAGGAAGTTCTT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=69;WE=61937525;WS=61937507;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,69:0.84:82
chr20	61941747	rs4809287	A	G	8441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=180;NR=127;PP=2965;SC=TGGTGGAGGGACCCGCCGCCT;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=180;TCR=127;TR=307;WE=61941755;WS=61941737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr20	61943916	rs3833299	GC	G	3070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.636;NF=17;NR=41;PP=2389;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GTGGGGAGAGGCTGGGGCTGG;SOR=0.703;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=58;WE=61943924;WS=61943906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,85:0.84:101
chr20	61946692	rs6090357	C	T	10003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=147;PP=2965;SC=CCCTCCCCAGCGGTCTGTCAG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=226;TCR=147;TR=373;WE=61946700;WS=61946682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr20	61950792	rs3746381	C	T	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.101;SC=GGTATAGGCCCGGCTGGTTGC;SOR=0.754;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=292;TCF=190;TCR=102;TR=247;WE=61950800;WS=61950782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,250:0.85:295
chr20	61951326	rs11478836	CT	C	7148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=71;PP=2976;SC=CTGGCCTGGCCTTGGGGGCTC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=132;WE=61951334;WS=61951316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr20	61951489	rs6089881	G	C	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=129;PP=2965;SC=CACCCGCTGCGGGCTTCGTCA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=225;WE=61951497;WS=61951479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr20	61951789	rs6062891	C	T	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=64;PP=1942;SC=GGTCACAGTGCCTGGGGTCAG;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=90;WE=61951797;WS=61951779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	61952490	rs4809533	A	G	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=99;PP=2937;SC=ACCAGGGAACACTGGCCAATG;SOR=1.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=42;TCR=99;TR=141;WE=61952498;WS=61952480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr20	61953365	rs1884821	T	C	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=41;PP=2502;SC=TCCTCTACCTTGGTTGGGTAG;SOR=1.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=93;TCR=41;TR=133;WE=61953373;WS=61953355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	61959642	rs2273494	G	A	19777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=984;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=483;NR=343;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TCGCATCCCCGGGTCCCCACT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=957;TCF=564;TCR=393;TR=826;WE=61959653;WS=61959632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,851:0.86:984
chr20	61980991	rs3827020	T	C	11811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=174;PP=2965;SC=AACACAGCCATGGGCGGGACT;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=437;TCF=263;TCR=174;TR=437;WE=61980999;WS=61980981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr20	61981536	rs2229960	A	G	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=71;PP=2965;SC=CCAGGGGGACACAGAAGGACG;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=179;WE=61981544;WS=61981518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr20	61981554	rs2229959	C	A	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=88;PP=2965;SC=ACGGTGAGGGCGGGTGCAGGC;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=202;WE=61981562;WS=61981544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	61982085	rs1044394	A	G	28959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=603;NR=472;PP=2965;SC=AGATCTCGGCACAGCACTCGT;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1076;TCF=604;TCR=472;TR=1075;WE=61982093;WS=61982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1074:1.00:1074
chr20	61982124	rs1044393	A	G	36881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=737;NR=639;PP=2965;ReadPosRankSum=1.427;SC=TGCCCACGGCATCCACGATGA;SOR=0.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1383;TCF=743;TCR=640;TR=1376;WE=61982132;WS=61982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1385:1.00:1386
chr20	61982496	rs13041103	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=483;SC=CACGCCCACATCCACGTCCAC;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=61982504;WS=61982486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	61990874	rs6090384	T	C	11735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=239;NR=202;PP=2965;SC=TCAGTCACAGTGCACGATGGC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=442;TCF=239;TCR=203;TR=441;WE=61990882;WS=61990864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr20	61992547	rs6090387	G	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,13:0.14:93
chr20	62038277	rs1801475	T	G	7840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.200;SC=GTCCCGCAGGTTCCCCTCGGG;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=124;TCR=251;TR=310;WE=62038285;WS=62038267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,320:0.83:384
chr20	62046496	rs112006486	C	CGACAGACA	20529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.34;NF=42;NR=178;PP=2980;SC=CCACGGGAACCGACAGACAGA;SOR=0.937;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=286;TCF=49;TCR=237;TR=220;WE=62046504;WS=62046486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr20	62055337	rs45464194	G	A	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.373;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=0.579;SC=CACTGGGGAGGGGGTGAGCAG;SOR=0.068;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=185;TCF=143;TCR=42;TR=162;WE=62055345;WS=62055327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,159:0.89:179
chr20	62070966	rs2297385	G	A	6403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GCAGCGCGAAGAAGGAGACAC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=187;TCR=108;TR=253;WE=62070974;WS=62070956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,262:0.85:307
chr20	62119559	rs2750403	C	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	62119588	rs71799118	GC	G	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=53.31;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	62119594	rs71792296	GC	G	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=47.76;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	62119595	.	C	G	735	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.79;NF=19;NR=3;PP=735;QD=34.9896005703;SC=GGGGCCCGGGCCCGGGGTTCG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=22;WE=62119603;WS=62119580;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,22:0.61:36
chr20	62119615	rs2750402	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=11;PP=1526;SC=GGAGCGCGGCACCGCCGGGGA;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=75;WE=62119623;WS=62119605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	62119875	rs7265428	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=406;ReadPosRankSum=1.819;SC=GCGTCGGGAATGTCCTCGGAA;SOR=0.136;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=29;WE=62119883;WS=62119865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr20	62121702	rs310607	A	G	11088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=153;PP=2965;SC=ACAGGCGTGAACCACTGCGCC;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=401;TCF=248;TCR=153;TR=401;WE=62121710;WS=62121692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr20	62121726	rs310608	T	C	14618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=315;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=0.942;SC=CCTGAGGGTCTGGTTTTCTCC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=315;TCR=208;TR=520;WE=62121736;WS=62121716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,534:1.00:535
chr20	62124459	rs12480745	G	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr20	62126185	rs310617	A	G	7494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.278;SC=GCATGTTGTCACCGTGCCAGC;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=398;TCF=270;TCR=128;TR=316;WE=62126193;WS=62126175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,322:0.80:403
chr20	62127521	rs310619	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,9:0.12:76
chr20	62173029	rs310656	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=24;PP=678;SC=CGGTGAGGCCAGCGTCCACCC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=62173037;WS=62173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	62187187	rs3746348	T	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,115:0.15:752
chr20	62187439	rs734750	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:543,107:0.16:650
chr20	62191321	rs3810477	A	G	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=141;NR=113;PP=2965;SC=TGACAGCCACATTCACTTGGT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=141;TCR=113;TR=254;WE=62191329;WS=62191311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr20	62191475	rs3810478	T	G	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=74;PP=2873;SC=GAGGCCCTGCTGCCGCTGCGC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=62191483;WS=62191465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	62191937	rs11551685	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:638,103:0.14:741
chr20	62192374	rs3810480	C	T	4806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.063;SC=ACAGGGCACCCCAGGTGGGAG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=202;TCF=126;TCR=76;TR=165;WE=62192382;WS=62192364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,175:0.83:210
chr20	62193414	rs310629	A	G	13817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=251;PP=2965;SC=CTCCCCCGGCATGGGCCCTAC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=496;TCF=245;TCR=251;TR=496;WE=62193422;WS=62193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr20	62193587	rs3810482	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	62194030	rs3810483	G	C	10537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=196;PP=2965;SC=TCCCAGTCCTGCGTCTGCCCG;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=361;TCF=165;TCR=196;TR=360;WE=62194038;WS=62194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr20	62194103	rs3810484	A	G	9597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=150;PP=2965;SC=TGCTGGGCCCAGGGCGTGGGC;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=191;TCR=150;TR=340;WE=62194111;WS=62194093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr20	62194128	rs3810485	G	A	11514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=226;NR=169;PP=2965;SC=CGTGGGAGCCGGCAGCCCCTC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=226;TCR=169;TR=395;WE=62194136;WS=62194118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr20	62196807	rs310632	T	C	22032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=382;NR=430;PP=2965;SC=GGGCTCCGCGTGCAGCAGCTT;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=814;TCF=382;TCR=432;TR=812;WE=62196815;WS=62196797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,825:1.00:825
chr20	62196884	rs310633	A	G	15774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=284;PP=2965;ReadPosRankSum=1.275;SC=GCCTGGCGACAGTGTCCAGCA;SOR=0.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=552;TCF=266;TCR=286;TR=548;WE=62196892;WS=62196874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,567:1.00:568
chr20	62197905	rs310634	G	A	209.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.253;NF=1;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GGGGATGAGCGCAGGACGCAG;SOR=3.020;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=62197913;WS=62197895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr20	62198236	rs415304	G	A	24999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=538;NR=390;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.888;SC=ACCTCTGCTCGCGGCCGCCCC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=934;TCF=541;TCR=393;TR=928;WE=62198244;WS=62198226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,937:1.00:940
chr20	62198348	rs438363	C	T	25315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=902;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=396;NR=494;PP=2965;SC=CCGGTCTGGGCTGCCCGCCAC;SOR=0.940;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=891;TCF=396;TCR=495;TR=890;WE=62198356;WS=62198338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,900:1.00:900
chr20	62198662	rs367440	A	G	13400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=223;PP=2965;SC=CGTGCGAGGCATAGGCCAGCG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=487;TCF=263;TCR=224;TR=486;WE=62198670;WS=62198652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr20	62199100	rs422888	G	A	7302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GGCTGTCAGAGGTGAGCAGCA;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=96;TCR=152;TR=245;WE=62199108;WS=62199090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr20	62200575	rs1741594	T	C	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=90;PP=2965;SC=AGTTGGTTGGTGAGATGGGGC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=181;WE=62200583;WS=62200565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr20	62200860	rs1757752	A	G	23284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=414;NR=450;PP=2965;SC=CGAACGAGGCAGCCTGCACAC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=869;TCF=416;TCR=453;TR=864;WE=62200868;WS=62200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,876:1.00:876
chr20	62202240	rs402211	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=49;PP=1566;SC=CAGGGAGGTCAGCAGGGCTAC;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=62202248;WS=62202230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	62221610	rs311496	T	C	14024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=244;PP=2965;SC=TGAGCAGCTGTAGCGGGCTGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=494;TCF=250;TCR=244;TR=494;WE=62221618;WS=62221600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr20	62222211	rs1291170	T	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=611;SC=TCTGCTCACCTGATGCCACAA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=62222219;WS=62222201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	62223371	rs311494	A	G	9666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=265;NR=86;PP=2965;SC=TGGTCTCAGCATACCTGCCAG;SOR=2.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=265;TCR=86;TR=351;WE=62223379;WS=62223361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr20	62224083	rs2236502	C	T	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=65;PP=1890;SC=GGGCAGCCACCACAGCCACAA;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=62224091;WS=62224073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	62227081	rs311489	A	G	14729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=284;NR=267;PP=2965;SC=AGACCTTGTCATGCTGGTAGA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=552;TCF=284;TCR=268;TR=551;WE=62227089;WS=62227071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr20	62229337	rs414897	G	A	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=138;PP=2965;SC=GGCTCTGACCGGTGCAGGCCT;SOR=2.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=34;TCR=138;TR=171;WE=62229345;WS=62229327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	62234241	rs2145262	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1063;SC=GGATGCACTCAGCACAGCTGC;SOR=3.788;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=50;WE=62234249;WS=62234231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	62234273	rs766915	A	G	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=21;PP=2002;SC=AGTCACAGACACCATGAGGCC;SOR=2.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=99;WE=62234281;WS=62234263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	62236148	rs6090471	T	C	9057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CGGCAGCTGCTGCCGCTGCAT;SOR=0.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=156;TCR=176;TR=331;WE=62236156;WS=62236138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr20	62272658	rs2150910	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=525;SC=GAACGTGTTCTGTCGCAGGAT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=62272666;WS=62272648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	62273435	rs186744824	G	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=9;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CCCGCTCCGAGCTCCGCCCCG;SOR=2.631;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=68;WE=62273443;WS=62273425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr20	62275844	rs6010986	TC	CT	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=63;PP=2947;SC=CTTCCAGACGTCGGCACTGTC;SOR=2.448;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=82;WE=62275853;WS=62275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	62291008	rs6089953	A	G	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=88;PP=2553;SC=AGGTGGGGTCAGAGAGAGGAT;SOR=3.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=13;TCR=88;TR=101;WE=62291016;WS=62290998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	62294015	rs2297434	C	T	12400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=245;PP=2965;SC=GCTCAGTGTCCGACAGGCGAG;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=433;TCF=188;TCR=245;TR=433;WE=62294023;WS=62294005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr20	62303794	rs6062300	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=966;SC=CGACATCGCCGGCGCTGTTGC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=62303802;WS=62303784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	62309554	rs41309367	C	T	15948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=271;NR=312;PP=2965;SC=TTGCCCTCCCCGCCTCCTTGC;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=584;TCF=271;TCR=313;TR=583;WE=62309562;WS=62309544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr20	62312299	rs2297440	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=707;SC=CCCAGGGTGATGCTGGTGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=62312307;WS=62312289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	62319464	rs2738785	T	C	8865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=128;PP=2965;SC=AGGCCTGAGGTCCTGAGCAGT;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=179;TCR=128;TR=306;WE=62319472;WS=62319454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr20	62319561	rs2777940	C	G	12300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=233;NR=229;PP=2965;SC=CCAGCTGTGCCCATCCTGGAT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=463;TCF=233;TCR=230;TR=462;WE=62319569;WS=62319551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr20	62319604	rs2777941	A	C	10875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=165;NR=222;PP=2965;SC=CTGGTAGGGAACCCTGCAGAC;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=389;TCF=165;TCR=224;TR=387;WE=62319612;WS=62319594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr20	62320968	rs6062302	T	C	10116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=183;NR=212;PP=2965;SC=AGTTCCTGGATGAGATGAAGG;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=184;TCR=213;TR=395;WE=62320976;WS=62320958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr20	62321655	rs2236506	G	A	18076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=344;PP=2965;SC=AGATGCCAGCGCCGGCCCCCC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=633;TCF=288;TCR=345;TR=631;WE=62321663;WS=62321645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr20	62322288	rs3208007	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=56;PP=1916;SC=CGGGGAGCCCTGGCGAGGAGC;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=62322296;WS=62322278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	62323006	rs2236507	G	C	10372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=146;PP=2965;SC=GGGCTCCTTGGGACCATCTTC;SOR=1.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=375;TCF=228;TCR=147;TR=373;WE=62323014;WS=62322996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr20	62324290	rs61736615	G	A	16952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=329;NR=293;PP=2965;SC=CGATGACTTCGCCGCCCTGGC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=623;TCF=329;TCR=294;TR=622;WE=62324298;WS=62324280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr20	62326110	rs3208008	A	C	8081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=79;PP=2965;SC=CTGGCAGCCAACCACAGTGGG;SOR=1.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=192;TCR=79;TR=271;WE=62326118;WS=62326100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr20	62328375	rs2738787	A	G	15833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=0.414;SC=GGAACTACCTAGAGCGCTGCC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=576;TCF=271;TCR=305;TR=574;WE=62328383;WS=62328364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,582:1.00:584
chr20	62332436	rs2738788	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=9;PP=1151;SC=TCAGTGATGGAGGCAGTCTGC;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=62332444;WS=62332426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	62332638	rs374497353	A	AC	15012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=167;PP=2936;SC=GTGAAGATTCACCTGGCCCTC;SOR=0.856;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=230;TCF=45;TCR=185;TR=211;WE=62332646;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr20	62337622	rs1291211	A	G	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=9;PP=1547;SC=GGTAAGGAAAACTGCTGAGGA;SOR=3.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=64;WE=62337630;WS=62337612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	62338528	rs143886078	G	GC	8512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=163;PP=2966;SC=GGTCAGTGGCGCCCCACGTCC;SOR=1.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=24;TCR=183;TR=185;WE=62338536;WS=62338518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr20	62340115	rs1291212	C	G	12907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=225;PP=2965;SC=GGAAGAGCAGCTTGTTGGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=458;TCF=233;TCR=225;TR=456;WE=62340123;WS=62340105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr20	62364885	rs6011068	T	A	18624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=413;NR=270;PP=2965;SC=GGTGGTTCCCTTCAGTGGCAC;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=684;TCF=414;TCR=270;TR=683;WE=62364893;WS=62364875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
chr20	62367377	rs2427535	A	G	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=148;PP=2965;SC=TGGGGCGTGCAGACACTGCTG;SOR=2.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=40;TCR=148;TR=188;WE=62367385;WS=62367367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr20	62369300	rs914559	C	G	14239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr20	62369426	rs150938918	C	CGGGGCG	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.344;QD=45.18;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr20	62369895	rs1151624	A	G	8464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=149;PP=2965;SC=GGGCCGGCAGATCCTCAGCAG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=138;TCR=149;TR=287;WE=62369903;WS=62369885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr20	62370349	rs1056441	T	C	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=79;PP=2069;SC=GTCCCCGGGCTGCCAGCCCGT;SOR=2.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=112;WE=62370357;WS=62370339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	62372706	rs4809221	G	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=30;PP=1872;SC=CCCGCACCCCGCCCCCATCTC;SOR=1.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=62372714;WS=62372696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	62372813	rs2427536	G	A	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=116;PP=2965;SC=TGGGGGCCCCGGTTGCAGCCT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=247;WE=62372821;WS=62372803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr20	62373707	rs8957	G	T	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=109;PP=2965;SC=CAGAGCCTGAGCAGAGTGATG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=122;TCR=109;TR=231;WE=62373715;WS=62373697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	62374219	rs1151626	A	C	12366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=257;NR=176;PP=2965;SC=ATGTCCTGTGACCCCCCGCAC;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=434;TCF=257;TCR=177;TR=433;WE=62374227;WS=62374208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr20	62374441	rs6742	T	C	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=70;PP=2114;SC=AGGGGCTGGCTTTCACCAGCT;SOR=2.861;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=85;WE=62374449;WS=62374431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	62378349	rs5019252	C	T	16793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=341;NR=259;PP=2965;SC=GCGAGTCTTCCTCATCCTTGT;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=601;TCF=341;TCR=260;TR=600;WE=62378357;WS=62378327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr20	62378364	rs12625387	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:572,101:0.15:673
chr20	62488889	rs368004706	CT	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr20	62517549	rs4809241	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=55;PP=1513;SC=TGGTTGCTGCATCTCAGGGAA;SOR=3.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=66;WE=62517557;WS=62517539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	62559964	rs817362	G	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=68;PP=1857;SC=TGTGTAATGTGCTCCTTATAG;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=81;WE=62559972;WS=62559954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	62571417	rs35264801	AG	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr20	62578077	rs111264888	A	AT	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1068;SC=CCCACAGGGCACCCCCCCCAC;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=24;WE=62578085;WS=62578067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	62594247	rs2275294	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=31;PP=1244;SC=CAGTGTGCTGGGGACATGGCT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=62594255;WS=62594237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	62697751	rs4809251	T	C	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=CCTTGTGTTCTCCTCCAGTAG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=200;WE=62697759;WS=62697741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr20	62703688	.	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=729;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:620,106:0.15:726
chr20	62714783	rs6010717	C	G	11464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=209;PP=2965;SC=CACTCTCAGTCGCCGTCACCG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=410;TCF=201;TCR=209;TR=410;WE=62714791;WS=62714773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr20	62724438	rs6010719	C	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=43;PP=1265;SC=TGTTTTTGACCCTGTCCAGGA;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=62724446;WS=62724428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	62729577	rs2295448	C	T	17427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=352;NR=265;PP=2965;SC=TCTGGGCCCACGTGCCCTCCA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=617;TCF=352;TCR=265;TR=617;WE=62729585;WS=62729567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr20	62737139	.	GGTGA	G	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=27;MQ=53.95;NF=62;NR=18;PP=2971;QD=20;SC=GATGATGGGGGGTGATGATGG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=80;WE=62737172;WS=62737129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,80:0.88:91
chr20	62737148	.	GGGC	G	2945	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=28;MQ=53.82;NF=53;NR=22;PP=2945;QD=20;SC=GGGTGATGATGGGCATGATGA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=75;WE=62737172;WS=62737129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,75:0.90:83
chr20	62737164	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5001;HP=4;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=18;MQ=58.65;NF=151;NR=66;PP=2962;QD=20;SC=GATGATGGGGGTGATGGTGCC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=233;TCF=164;TCR=69;TR=217;WE=62737172;WS=62737129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,217:0.93:233
chr20	62737164	.	G	GTGATGATGGGGGGTGATGATGGGCGTGATGATGGGCGTGACGATGGGGGTAATGGTGGGGGTGATGATGATGGGGGTGATGATGATGATGGGGA	10028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.98;QD=1671.46;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	62737537	rs4809400	C	A	16057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=346;NR=223;PP=2965;SC=CCAGGACCAACGTGTAGACAC;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=569;TCF=346;TCR=223;TR=569;WE=62737545;WS=62737527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr20	62737568	rs4809401	T	C	17934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=369;NR=287;PP=2965;SC=GAACCAGACCTGCTCGGGCCA;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=657;TCF=369;TCR=288;TR=656;WE=62737576;WS=62737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,669:1.00:669
chr20	62744682	rs75030380	G	A	9793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=217;PP=2965;SC=CCTGTAGGCCGGCAGTCCGTG;SOR=1.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=113;TCR=218;TR=330;WE=62744690;WS=62744672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr20	62838933	rs6090069	T	C	11686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=277;NR=110;PP=2965;SC=CACGTTGATTTTGATTTTGTG;SOR=1.916;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=389;TCF=278;TCR=111;TR=387;WE=62838941;WS=62838923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr20	62839888	rs59834539	T	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=60;PP=1562;SC=CTTTCACCCCTGCCCCAGGTG;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=97;WE=62839896;WS=62839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	62843515	rs34535059	A	G	9381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=234;PP=2965;SC=GCTGGGCCGTAGTGGGGGCCA;SOR=1.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=345;TCF=109;TCR=236;TR=343;WE=62843523;WS=62843505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr20	62845108	rs1569995	G	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=692;ReadPosRankSum=1.706;SC=GCATGTGTGTGAGTGTACGTG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=62845116;WS=62845098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr20	62858717	rs13038219	G	A	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=80;PP=2965;SC=GCTCTGGGCCGGGGCTAAACG;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=165;TCR=80;TR=245;WE=62858725;WS=62858707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr20	62858955	rs34184798	A	C	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=88;PP=2699;SC=TTTAATCTGAATTGTTGCCAT;SOR=2.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=121;WE=62858963;WS=62858945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr21	9825838	.	T	C	2380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQRankSum=-5.874;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,161:0.30:536
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chr21	9825966	.	A	C	24400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=2371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-13.107;QD=10.29;ReadPosRankSum=3.925;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1105,1266:0.53:2371
chr21	9826301	rs374753985	T	C	90732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;MQRankSum=1.226;QD=27.49;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,3285:1.00:3300
chr21	10793771	rs200837359	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.730;QD=12.57;ReadPosRankSum=3.772;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr21	10793776	rs368569117	GGAGTT	G	1841.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.743;QD=23.61;ReadPosRankSum=-3.498;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr21	10793781	rs113770789	T	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.796;NF=71;NR=1;PP=1835;ReadPosRankSum=2.204;SC=AGAATGGAGTTGAATGGAGCA;SOR=0.916;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=74;TCR=1;TR=72;WE=10793806;WS=10793771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr21	10793789	.	GCAGAATGGAA	G	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.749;NF=49;NR=1;PP=2974;ReadPosRankSum=1.646;SC=GTTGAATGGAGCAGAATGGAA;SOR=1.041;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=102;TCF=100;TCR=2;TR=50;WE=10793806;WS=10793771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr21	10793822	rs143361187	G	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=18.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=7.353;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,68:0.35:192
chr21	10793825	rs139250106	T	A	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=31.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=7.966;QD=12.26;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
chr21	10793860	.	T	TGG	10072.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=4.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-6.822;QD=29.89;ReadPosRankSum=-4.625;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,243:0.72:337
chr21	10793861	rs28362110	A	G,AATGGAATGGAATGGAGTG	22089.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.07;QD=62.40;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,94,260:0.27,0.73:354
chr21	10793885	rs200167075	A	T	5845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=5.537;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,174:0.26:665
chr21	10793891	rs28490105	T	G	28367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=307;NR=291;PP=2962;SC=GGACACGAATTGGATGGACTT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=598;TCF=307;TCR=291;TR=598;WE=10793899;WS=10793875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,688:1.00:688
chr21	10793906	rs146787155	G	C	6657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=4.435;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:532,198:0.27:730
chr21	10793912	rs200243265	A	G	6562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=3.520;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,197:0.27:730
chr21	10793925	rs28641787	T	A	7274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.199;NF=139;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.833;SC=TGGAATGGGATGTCCTCGAAT;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=641;TCF=287;TCR=354;TR=305;WE=10793933;WS=10793896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,350:0.48:724
chr21	10793946	.	C	CGAATAGAATGGACTT	3617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.762;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,124:0.24:511
chr21	10793961	.	T	TGAATGGAATGGACTC	10760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.681;NF=9;NR=94;PP=2974;ReadPosRankSum=3.358;SC=AGAATGCACTTGAATGGAATG;SOR=1.442;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=293;TCF=18;TCR=275;TR=103;WE=10793969;WS=10793951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,264:0.88:301
chr21	10793981	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=117;MMLQ=24;MQ=59.5;NF=57;NR=87;PP=2962;QD=20;SC=GGACTCGAACAGAATGGAATC;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=270;TCF=80;TCR=190;TR=144;WE=10793989;WS=10793971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:126,144:0.53:270
chr21	10794022	rs28971978	A	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=146;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=90;PP=2962;SC=GAGTGTAATCAAACAGAATGG;SOR=4.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=8;TCR=91;TR=98;WE=10794030;WS=10793996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	10794047	rs28970391	G	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	10794047	.	GTAGTG	ATAGCA,ATAGTG	1553	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=119;MMLQ=27;MQ=59.7;NF=1,1;NR=29,45;PP=1553,466;QD=53.8822624954;SC=GGATGGAATGGTAGTGGATGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=30,46;WE=10794088;WS=10794037;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.62:48
chr21	10794051	rs200584440	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.40;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr21	10794052	rs74672900	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.40;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr21	10794061	.	GGAATGGAATGGAATGGAATA	G	795	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=119;MMLQ=24;MQ=59.59;NF=0;NR=14;PP=795;QD=57.5714285714;SC=TGGATGGAATGGAATGGAATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=14;WE=10794088;WS=10794037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,14:0.38:37
chr21	10862599	rs3883945	C	T	16812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=228;NR=136;PP=2965;SC=CTAGAGAAGCCCCTGAGAGCA;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=228;TCR=136;TR=364;WE=10862607;WS=10862589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr21	10862618	rs3916251	T	C	19363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=263;NR=194;PP=2965;SC=CACAGCTCCTTACCATGGACT;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=263;TCR=195;TR=457;WE=10862626;WS=10862608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr21	10862846	rs3916645	A	T	15964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.56;QD=40.11;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr21	10862846	.	ATCACCAG	TTCACCAA,TTCACCAG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=52.76;NF=152,231;NR=127,172;PP=2944,1467;QD=20;SC=TGGATACACCATCACCAGCTA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=405;TCF=231;TCR=174;TR=279,403;WE=10862861;WS=10862836;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:405
chr21	10862853	rs1961808	G	A	7423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=0.135;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,305:0.72:421
chr21	10862874	rs1807747	A	G	18099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=270;NR=222;PP=2965;SC=CACTGGGTGCACCAGGTCCAT;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=496;TCF=272;TCR=224;TR=492;WE=10862882;WS=10862864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr21	10862947	rs3883944	G	A	17574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=323;NR=294;PP=2965;SC=GCTATGCACAGAAGTTCCAGG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=618;TCF=323;TCR=295;TR=617;WE=10862955;WS=10862937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr21	10863087	rs28521368	T	G	14033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=307;PP=2965;SC=TCTTGAGAGTTTCAGAAACTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=213;TCR=307;TR=520;WE=10863095;WS=10863077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr21	10910291	rs150480	C	T	6800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.578;NF=182;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.783;SC=GCAGAGGCTACTTTGTGATTA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=418;TCF=259;TCR=159;TR=291;WE=10910299;WS=10910281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,289:0.69:416
chr21	10910311	rs9996	T	G	8550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.227;NF=209;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ACTCACCGAATAGAAAAACTG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=515;TCF=293;TCR=222;TR=366;WE=10910319;WS=10910301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,365:0.71:517
chr21	10910347	rs150482	A	G	15045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=260;NR=294;PP=2965;SC=ATACAGAGGTAGACCGTCGAA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=557;TCF=261;TCR=296;TR=554;WE=10910355;WS=10910337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr21	10916293	rs150483	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.488;NF=58;NR=43;PP=1568;ReadPosRankSum=1.552;SC=CTGTATATACAACTATGAGCA;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=101;WE=10916301;WS=10916283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,106:0.67:159
chr21	10920098	rs212146	T	C	8640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=170;PP=2965;SC=GAAGGAGTTTTTACTCCCTGA;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=128;TCR=170;TR=298;WE=10920106;WS=10920088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr21	10935116	rs625018	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.329;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CATCTTCTAGTGGAGATTCAG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=10935124;WS=10935106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr21	10944828	rs146327494	CAAG	C	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,22:0.19:113
chr21	10959858	rs8132579	G	C	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.453;NF=22;NR=62;PP=1441;ReadPosRankSum=0.244;SC=ACACAAAATAGTGATGAAAAA;SOR=1.027;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=54;TCR=146;TR=84;WE=10959866;WS=10959848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,80:0.41:195
chr21	10959881	rs212112	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-4.265;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.293;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,22:0.22:99
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chr21	10971892	rs10433039	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.049;NF=0;NR=16;PP=249;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TCTTTGTTTTGGCTGGGATTT;SOR=1.189;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=16;WE=10971900;WS=10971882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
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chr21	10998165	rs364232	C	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.70;QD=30.38;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr21	11038722	rs62209718	C	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.254;NF=88;NR=38;PP=2182;ReadPosRankSum=0.895;SC=ATTAAAATCACCCTACCTGTT;SOR=0.379;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=175;TCF=126;TCR=49;TR=126;WE=11038730;WS=11038712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,124:0.72:172
chr21	11038843	rs10433076	G	C	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.578;NF=114;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.727;SC=TTCCAGCAGAGGAACTAAGAG;SOR=0.848;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=411;TCF=214;TCR=197;TR=232;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,211:0.55:382
chr21	11038868	rs67736403	C	T	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.894;NF=143;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.076;SC=AGGGTAATTACGCAGCATGTC;SOR=1.254;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=422;TCF=236;TCR=186;TR=250;WE=11038876;WS=11038858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,163:0.48:338
chr21	11038957	rs10433077	T	C	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.281;NF=152;NR=86;PP=2552;ReadPosRankSum=2.303;SC=ATGAAAATGATGACTCTGTCT;SOR=1.307;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=679;TCF=395;TCR=284;TR=238;WE=11038965;WS=11038947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,185:0.34:544
chr21	11039079	rs3888469	C	T	6884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.295;NF=157;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.034;SC=TCAGAATCTTCTTTCTGTTCC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=759;TCF=345;TCR=414;TR=339;WE=11039087;WS=11039069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,331:0.45:741
chr21	11039142	rs2537265	T	A	7621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-2.147;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,214:0.35:608
chr21	11039152	rs2740231	A	C	7729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.656;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,219:0.36:616
chr21	11049364	rs468502	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-0.338;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr21	11049395	rs467462	T	C	2450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-1.030;QD=19.76;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr21	11049404	rs2259244	C	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-0.459;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr21	11049516	rs468629	G	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.93;QD=32.25;SOR=2.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	11049584	rs9808647	C	T	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQRankSum=-5.181;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,108:0.31:346
chr21	11049592	rs3906134	C	T	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=2.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQRankSum=-5.875;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,109:0.30:363
chr21	11058119	rs2261873	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.054;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.612;NF=31;NR=6;PP=643;ReadPosRankSum=0.079;SC=TTTCAGTAAACACATTGGTTG;SOR=0.138;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=80;TCR=13;TR=37;WE=11058127;WS=11058109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr21	11058226	rs4913558	G	C	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=-1.360;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,130:0.26:500
chr21	11058227	rs2775343	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=6.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQRankSum=-10.366;QD=0.23;ReadPosRankSum=-6.001;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,34:0.07:506
chr21	11058229	rs55883018	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=5.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQRankSum=-11.072;QD=0.22;ReadPosRankSum=-6.680;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,40:0.08:521
chr21	11058349	rs209032	T	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=6.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.443;NF=17;NR=80;PP=1575;ReadPosRankSum=2.154;SC=GAGAGAAATCTCTTTATAAAA;SOR=1.978;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=316;TCF=75;TCR=241;TR=97;WE=11058361;WS=11058339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,99:0.42:236
chr21	11058404	rs58094605	A	ACT	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.373;NF=0;NR=21;PP=940;ReadPosRankSum=5.079;SC=GGTATAAAAAACTCTGTACAT;SOR=0.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=21;WE=11058412;WS=11058394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr21	11059734	rs75838613	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-2.017;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	11059735	rs2775349	T	C	588.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.375;NF=11;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCTGTAATCCTGGCACTTTAG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=11059752;WS=11059733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr21	11059744	rs57566895	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-3.024;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr21	11059845	rs7364036	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=421;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ATTAGCCGGACGTGGTGGCAG;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=37;WE=11059862;WS=11059835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr21	11059849	rs11183999	G	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr21	11059854	rs75079963	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.079;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
chr21	11059877	rs7364059	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.441;SC=CCCAGCTACTTAGGAGGCTGA;SOR=0.719;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=44;WE=11059885;WS=11059867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
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chr21	11098863	rs75318310	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-2.003;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr21	14756438	rs3126400	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr21	14756449	.	A	ATATGTG	204	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=59.06;NF=1;NR=2;PP=204;QD=69.0;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=3;WE=14756457;WS=14756428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
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chr21	14756483	rs12627113	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.20;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr21	14756794	rs2792526	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.949;NF=38;NR=27;PP=834;ReadPosRankSum=-1.227;SC=TTCTGCTCCAGAGACTCCTGC;SOR=0.778;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=190;TCF=99;TCR=91;TR=65;WE=14756802;WS=14756784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,66:0.35:191
chr21	14756973	rs2821831	T	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQRankSum=-5.855;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr21	14757043	rs2257596	T	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.151;NF=46;NR=34;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.544;SC=ACATCAACATTCATTATTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=203;TCF=108;TCR=95;TR=80;WE=14757051;WS=14757033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,64:0.40:160
chr21	14757095	rs148845140	G	GT	2262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.36;MQRankSum=-1.448;QD=15.39;ReadPosRankSum=-2.335;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,90:0.61:147
chr21	14757565	rs2821832	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-0.122;SC=ATAACTTGTACGTTTATACAA;SOR=0.487;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=14757573;WS=14757555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr21	14758516	rs2821833	T	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=139;SC=TAGACCTGAATAACACATACT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=14758524;WS=14758506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	14760151	rs2775777	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.280;NF=46;NR=44;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ACTTATTTTTTGTTTGTTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=90;WE=14760159;WS=14760141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr21	14760201	.	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.451;NF=31;NR=37;PP=1992;ReadPosRankSum=0.131;SC=TTTTTAAGTTCCCTTCCTCTT;SOR=0.270;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=68;WE=14760211;WS=14760191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr21	14760203	rs2775779	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQRankSum=-1.574;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr21	14766093	rs2775805	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=411;SC=ATTTATTATCGGTCATAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=14766101;WS=14766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	14771323	.	TTC	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQRankSum=-0.038;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr21	14771325	.	CTT	TGC	554	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=40.37;NF=6;NR=6;PP=554;QD=51.4556562385;SC=ATCTTCTTTTCTTCCTAATTC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=12;WE=14771335;WS=14771315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr21	14771327	rs143695938	TC	T,TGCC	1490.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.22;QD=34.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,35,8:0.81,0.19:43
chr21	14917181	rs62215474	C	T	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=100;PP=2965;SC=CATTTCACTGCCAGTGAAGAG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=213;WE=14917189;WS=14917171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr21	15373420	rs1297087	C	A	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=94;PP=2965;SC=GTTGATCTTACGGTAACATGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=164;WE=15373428;WS=15373410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr21	15516976	rs7283442	T	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=17;PP=706;SC=TTAACATGAGTCTCTGGATCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=15516984;WS=15516966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	15524843	rs57726121	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=410;SC=GGGATACTGAAGAAAGCAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=15524851;WS=15524833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	15593286	rs430245	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=0.712;SC=AGATATGCATATATCTTCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=15593294;WS=15593276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr21	15593495	rs378280	T	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=0.433;SC=CTACAGGTAATTTTAAAAATA;SOR=0.275;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=15593503;WS=15593485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr21	15596683	rs379724	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=130;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GAAAGATAGTGGTTTTTCTTA;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=15596691;WS=15596673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	15596772	rs409782	T	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=14;PP=519;SC=TGAAGAAATGTTGGTGGGCAG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=15596780;WS=15596762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	15596882	rs410052	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=211;SC=GCATTTTATTTAGTATATAAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=15596890;WS=15596872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	15599118	rs2822443	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACTCATGGCTATTGTATAATA;SOR=0.123;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=16;WE=15599126;WS=15599108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr21	15599144	rs2822444	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=251;ReadPosRankSum=1.030;SC=AAACTGTTAATTTTTTTTCCT;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=20;WE=15599152;WS=15599134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr21	15599466	rs7280643	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.365;NF=13;NR=9;PP=267;ReadPosRankSum=1.000;SC=AAATGGACTCACCAACAACCA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=22;WE=15599474;WS=15599456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr21	15646397	rs8129984	A	G	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	15646397	.	AGGCGCCCC	GGGCGCCCA,GGGCGCCCC	747	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=27,36;NR=11,13;PP=747,119;QD=21.0649440753;SC=GCCAGCGGCCAGGCGCCCCGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=38,49;WE=15646413;WS=15646387;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:51
chr21	15646405	rs2236001	C	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr21	15646553	rs28413131	G	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=719;ReadPosRankSum=0.215;SC=GTGGAAGTGGGGAGAGGTGAG;SOR=0.919;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=57;WE=15646561;WS=15646543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr21	15652069	rs2254297	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=251;SC=CTCAAAGTGAATAGTTGTACA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=15652077;WS=15652059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	15659778	rs1014538	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=1.282;SC=TAAAATAATGCAAAAATCAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=15659786;WS=15659768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr21	15660716	rs1153305	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=300;SC=ATTTTCTTTAGTTATGTAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=15660724;WS=15660706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	15663777	rs34559607	A	AGTGT,AGTGTGT	612.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=15,15;NR=4,4;PP=196,161;SC=AACAGGTAAGAGTGTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=19,19;WE=15663785;WS=15663767;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr21	15671844	rs2822558	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=784;ReadPosRankSum=-2.330;SC=GGACTTGACAGCAAACCTCAA;SOR=0.928;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=57;WE=15671852;WS=15671834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr21	15748186	rs2822642	C	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=613;ReadPosRankSum=0.700;SC=AGGATGCGATCAAGTAATCTC;SOR=0.235;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=35;WE=15748194;WS=15748176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr21	15755182	rs34742635	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=489;ReadPosRankSum=0.520;SC=CCCTGGGATGGACACAGCTGG;SOR=1.418;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=22;WE=15755190;WS=15755172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr21	15755205	rs17274128	C	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=714;ReadPosRankSum=0.205;SC=GCCGTCTATCCTACCTTGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=33;WE=15755213;WS=15755195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr21	15755349	rs7281846	T	C	5660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.191;SC=CAACCACCCCTGCCCACTCTG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=379;TCF=195;TCR=184;TR=240;WE=15755357;WS=15755339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,259:0.63:409
chr21	15884949	rs3761320	A	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=40.02;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	15884955	rs3761321	A	T	634.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.429;QD=19.83;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr21	15884974	rs10679308	C	CAAG	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.436;NF=0;NR=10;PP=472;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATTTAATAGACACATATTTTA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=15884982;WS=15884964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr21	15893567	rs760344	A	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGAAAAAGCAAAGGAAACTTA;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=30;WE=15893575;WS=15893557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr21	15893594	rs760345	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=573;SC=ATTTTCACTGTCCAAACTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=15893602;WS=15893584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	15918577	rs7281104	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=387;ReadPosRankSum=0.226;SC=GCTTTCTCTTGAGCATTTTGA;SOR=0.939;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=28;WE=15918585;WS=15918567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr21	15918714	rs12329657	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTCCTCCTTCAGTCAGGATAT;SOR=0.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=15918722;WS=15918704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr21	15954593	rs2822786	G	A	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;PP=2019;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCAGGAAAAGGCTTCCAGTG;SOR=0.508;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=117;WE=15954601;WS=15954583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,128:0.58:219
chr21	15954660	rs2822787	T	C	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=96;PP=2965;SC=AAGTTGCAGTTATTTAAAGTG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=124;TCR=96;TR=220;WE=15954668;WS=15954650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr21	15955911	rs2822793	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=2.440;SC=GCTTCATTAACGTATGCTTCC;SOR=0.518;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=15;WE=15955919;WS=15955901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr21	15974409	rs456067	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=209;SC=AGAAAATCATTTTCATTTAGA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=15974417;WS=15974399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	15984982	rs2822809	C	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;ReadPosRankSum=0.704;SC=TAAATATAAACGGAAAATATT;SOR=1.045;Source=Platypus;TCR=43;TR=38;WE=15984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
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chr21	16337757	rs369484206	G	A	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=2027;ReadPosRankSum=0.275;SC=GTTCACTTTCGCTGGCTGAGC;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=130;WE=16337765;WS=16337747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,134:0.70:191
chr21	16340289	rs2229741	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=836;ReadPosRankSum=-1.502;SC=GCATGCCAGACCCCTGATATG;SOR=0.787;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=60;WE=16340297;WS=16340279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
chr21	17533075	.	T	TTCTTTCTTC,TTCTTCTTTCTTC	1090.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.67;QD=64.16;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,13:0.24,0.76:17
chr21	17533255	rs34726086	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=-2.412;SC=CGTTATCCAAGATACTAGGGA;SOR=0.476;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=44;WE=17533263;WS=17533245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,51:0.34:151
chr21	17560174	rs10629120	T	TTCCTTCCC	3072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.66;QD=46.56;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	18914370	rs1542800	T	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr21	18915188	rs2824340	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.073;SC=GGGCCGCTGTCTGAGACCAAG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=18915196;WS=18915178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr21	18915218	rs2824341	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=0.890;SC=TTTGTCTTATGTAATTTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=6;WE=18915226;WS=18915208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr21	18933828	rs2824359	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ACTGATGTATACCAAATATAT;SOR=0.701;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=42;WE=18933836;WS=18933818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr21	18966724	rs5842649	GACAA	G	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCTCATTAAAGACAAACAAAG;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=7;WE=18966735;WS=18966714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr21	18976385	rs67787603	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TGATCTTTCACAACTCTATTC;SOR=0.263;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=11;WE=18976393;WS=18976375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr21	19165942	rs2824493	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=22;PP=594;SC=TGCAGAAAGCCGGTGCTATGA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=19165950;WS=19165932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	19169155	rs1047978	G	C	5682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=99;PP=2965;SC=GTACTTGGGAGTCAAACTGTG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=190;WE=19169163;WS=19169145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr21	19190427	rs243556	C	T	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=164;SC=TCATTGAAGACATTTTAGTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=19190435;WS=19190424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	19506579	rs2824645	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.343;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGATCTTGCCATTTTTATACT;SOR=0.096;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=19506587;WS=19506569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr21	19506651	rs2824646	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=721;ReadPosRankSum=1.066;SC=ATAAACAGTGGTGACTTCACT;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=49;WE=19506659;WS=19506641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr21	19506694	rs9977750	T	G	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1220;ReadPosRankSum=-2.089;SC=TGGAGGTGTTTTAAGTCAAGC;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=76;WE=19506702;WS=19506684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr21	19506715	rs2824647	C	T	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1246;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TGGCATCTCACTCTTGTAGGT;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=79;WE=19506723;WS=19506705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr21	19666526	rs6517807	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	19666530	rs4395327	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.29;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	19666910	rs2824718	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=25;PP=936;SC=ATGACAACATATTTACTTACA;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=19666918;WS=19666900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	19670118	rs2824721	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr21	19685405	rs7281534	A	G	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1471;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CTAAAGACACAGAGAGCATAA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=94;WE=19685413;WS=19685395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,96:0.65:148
chr21	19687376	rs2144203	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=6;PP=1289;SC=GGTCCTAATAGACACAGTTAT;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=52;WE=19687384;WS=19687366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr21	19713821	rs2824751	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.201;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
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chr21	20058298	rs6517825	C	T	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=26;PP=1253;SC=CCATTAGTAACAACGTTAAAA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=20058306;WS=20058288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	22643720	rs8127865	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=578;SC=TGCTCCTAGCAAATAGTACAG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=22643728;WS=22643710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	22652720	rs9306013	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=280;SC=AAATGCATAACAAAGTAATAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=22652728;WS=22652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	22656409	rs34246223	AT	A	153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=144;SC=CTGTTACATAATTTTTTTTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=22656417;WS=22656399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	22658544	rs111713483	TTTTGTGA	T	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.44;NF=24;NR=4;PP=1616;SC=GCAATGATACTTTTGTGATTT;SOR=3.306;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=28;WE=22658558;WS=22658534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	22696837	rs232467	C	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.321;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.644;SC=TATGCACCCCCCTCCCTCTGG;SOR=0.504;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=53;WE=22696845;WS=22696827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr21	22696881	rs11334381	TG	T	1782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=1175;SC=GGAACAGTATTGGGGATCTTA;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=22696889;WS=22696871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	22746187	rs232518	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AAACAGAGCCTGGACGGCCGT;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=39;WE=22746195;WS=22746177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr21	22757976	rs2826822	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=405;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TTTCCGAGGCGTTACTTTACT;SOR=0.801;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=31;WE=22757984;WS=22757966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr21	22804674	rs2826833	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.051;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-2.132;SC=TTGGCTTTTTCGGTTTCCTCC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=22804682;WS=22804664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr21	22840930	rs2250501	A	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=15;PP=1592;SC=AATATAGTTTATCTAGGTATC;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=22840938;WS=22840920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	22841123	rs2250508	G	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=50;PP=1408;SC=CTTGTTTATTGTCATATCATG;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=22841131;WS=22841113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	22910116	rs2826891	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	22910123	rs9979040	T	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.40;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr21	26960189	rs2829806	T	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.051;SC=GCTTAACCAGTGTTTGTGGCA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=26960197;WS=26960179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr21	26961086	rs2829807	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=1295;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TTGGTTGTTATTGGTTAATTT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=47;WE=26961104;WS=26961076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr21	26961096	rs376402399	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr21	26965071	rs2248298	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=0.233;SC=AATCAAGTCCGGAATTATATC;SOR=0.859;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=13;WE=26965093;WS=26965061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr21	26965100	rs2829809	C	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=524;ReadPosRankSum=-0.384;SC=AATTGGAAGACCTAGAACTTT;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=39;WE=26965108;WS=26965090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr21	26965148	rs1135638	G	A	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=42;PP=1735;SC=GTAAAGACACGCCCTGGAATC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=26965156;WS=26965138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	26965205	rs1057885	T	C	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=46;PP=1690;SC=GAACTGCTGATACTTCATACT;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=87;WE=26965213;WS=26965195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr21	26966317	rs13048408	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.951;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CAAAATATGTAAAAAGGTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=26966325;WS=26966307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr21	26969703	rs1135618	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	26971995	rs2829827	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=1.228;SC=GATAGATACATAGATTCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=12;WE=26972003;WS=26971985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	26973663	rs140202502	A	ATATACT	4452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=2317;SC=ACAAAAAGACATATATGTATA;SOR=1.167;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=47;WE=26973671;WS=26973653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr21	26976237	rs7278284	C	T	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
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chr21	27056099	rs2829863	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TGTCACCAAACTTTAGGACAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=27056107;WS=27056089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr21	27071005	rs9982750	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=2.597;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
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chr21	27078487	rs145633766	TTTTG	T	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=1.492;SC=GAAGTTGTTTTTTTGTTTGTT;SOR=1.678;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=7;WE=27078498;WS=27078477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr21	27086413	rs6516687	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=-2.274;SC=AACAGGATTTGTCTGCCTCTG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=13;WE=27086421;WS=27086403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr21	27097458	rs11909995	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.812;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr21	27101899	rs3216073	CT	C	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-1.052;SC=AACTTACATACTTTGAATATT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=12;WE=27101907;WS=27101889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr21	27121460	rs45484797	A	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=0.589;SC=TAGTTATTTAAAATTTTAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=27121468;WS=27121450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr21	27141273	rs56048433	C	CATTT	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TAAGAAGTCTCATTTTTTCTG;SOR=0.628;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=7;WE=27141281;WS=27141263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr21	27326859	rs2829997	G	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=14;PP=941;SC=TCCTCTGGGGGAAAATACATG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=27326867;WS=27326849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	27327100	rs417676	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=240;SC=ACGGAGTCTCGCTCTGTCGCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=27327108;WS=27327090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	27327862	rs2251337	G	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=395;SC=CGGAGAATGCGTGGGATCCTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=27327870;WS=27327852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	27328175	rs440666	T	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1438;SC=CATGTGAACGTACTGTGAGTC;SOR=1.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=27328183;WS=27328165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	27369481	rs2051504	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=214;SC=GTCAATGATGCTCTTAGCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=27369489;WS=27369471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	27382267	.	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr21	27382362	rs11455808	A	AG	4260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=49;PP=2382;SC=GGGAAGACTGACATGTACACC;SOR=1.462;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=52;WE=27382370;WS=27382352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	27382417	rs2409166	C	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=904;SC=AGCAGGCAAACAACCTACAGA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=27382425;WS=27382407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	27423561	rs2070655	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GTGTTTCATTGTAAGAAAACT;SOR=0.705;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=14;WE=27423569;WS=27423551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr21	27852724	rs966410	A	G	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=75;PP=2155;ReadPosRankSum=0.890;SC=CTATTCCAAAAACAATGCCCG;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=132;WE=27852732;WS=27852710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,142:0.71:200
chr21	27945141	rs62216535	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr21	28210657	rs229042	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=522;ReadPosRankSum=0.930;SC=ATTATTTAGCTTAAAAACACA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=37;WE=28210665;WS=28210647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr21	28212760	rs436525	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=767;ReadPosRankSum=0.901;SC=TGGCTGCATCGGGGCAGTGTT;SOR=0.641;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=62;WE=28212768;WS=28212750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr21	28215826	rs373460567	C	CACA	1560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=2235;ReadPosRankSum=0.436;SC=AAGCACTGCACAGAGAGAAGG;SOR=0.623;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=19;TCR=77;TR=26;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr21	28215836	rs3838077	GC	G	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.548;NF=7;NR=20;PP=2215;ReadPosRankSum=0.234;SC=CAGAGAGAAGGCCGTAGCAGG;SOR=0.580;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=27;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,43:0.30:144
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chr21	28216445	rs408358	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=0.540;SC=CGGACTTATGATCCTGCCTGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=28216453;WS=28216435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr21	28216595	rs428785	C	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=700;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GACCACTGAGCCCCTTCGTCC;SOR=0.629;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=59;WE=28216603;WS=28216585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,62:0.34:181
chr21	28216674	rs409630	G	C	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=932;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CGTCGTCCACGACCCCGCACG;SOR=0.774;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=72;WE=28216682;WS=28216664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,75:0.32:238
chr21	28216692	rs445784	G	T	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=1.185;SC=ACGTGCCGCCGACGTCGCCCT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=66;WE=28216700;WS=28216682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,66:0.28:238
chr21	28217178	rs434857	T	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-2.337;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,90:0.26:340
chr21	28217320	rs402007	C	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,36:0.26:137
chr21	28296324	rs151065	A	G	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=38;PP=1946;SC=CGACTGCATCAGTGCTGAATC;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=108;WE=28296332;WS=28296314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	28302147	rs229091	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=1.297;SC=TTTATCAATTCTGCAAGAGTC;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=28302155;WS=28302137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr21	28302355	rs226794	A	G	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=78;PP=2487;SC=ATTACTGTACAGCCTACATTC;SOR=1.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=132;WE=28302363;WS=28302345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	28305212	rs2830585	C	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=1992;ReadPosRankSum=0.015;SC=ACTGCAGGAGCGGTAGATGGC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=120;TCR=69;TR=120;WE=28305220;WS=28305202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,125:0.64:195
chr21	28305477	rs2830586	T	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=-0.565;SC=ACAGATACAGTTATATTTTCA;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=28305485;WS=28305467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr21	28326276	rs233894	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCAAAAATTGGGCTCATTTAG;SOR=2.559;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=7;WE=28326284;WS=28326266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr21	28326941	rs162506	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.180;SC=CAAATTTAATTCCCAGTGGTA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=28326949;WS=28326931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr21	28338298	rs457947	C	G	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1248;ReadPosRankSum=1.071;SC=GCGGGGACTACCGTCCACTGT;SOR=0.737;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=321;TCF=163;TCR=158;TR=99;WE=28338306;WS=28338288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,108:0.32:336
chr21	28338425	rs78037991	G	A	5578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGGAACCTCCGGCCGCCCGCG;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=330;TCF=155;TCR=175;TR=228;WE=28338433;WS=28338415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,247:0.70:353
chr21	30250555	rs2205446	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=19;PP=1264;SC=GAATAATCCTTTTGGTGAAAG;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=30250563;WS=30250545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	30250615	rs2205447	T	C	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=50;PP=2051;SC=CCGACCATTTTTGCCACCAGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=30250623;WS=30250605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	30250812	rs2205448	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=48;SC=TCATCATTTTTTAGTGTGTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=30250820;WS=30250802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	30252088	rs2205449	T	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATCAGAGTAGTCTGTGATAGC;SOR=1.270;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=30252096;WS=30252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr21	30254695	rs2254507	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=672;SC=AAAATTAGAACGTATTCAATA;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=30254703;WS=30254685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	30255347	rs61735765	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GCTAGGAATGCAGATACTACA;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=12;WE=30255355;WS=30255337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr21	30257418	rs1997605	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=20;PP=1565;SC=TCATCTGCAAGTGGACCCCGC;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=30257426;WS=30257408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	30257560	rs1997606	C	G	11533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr21	30257568	rs1997607	T	C	11806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr21	30257729	rs2859734	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=696;SC=GCATGCCCTCACCCTCATGCG;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=30257737;WS=30257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	30303388	rs58119493	GGTGT	G	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=428;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACATTGTGTAGGTGTGTGTGT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=30303399;WS=30303378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr21	30303685	rs73190119	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.860;SC=ACACTGATAACCACCAATTTT;SOR=1.302;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=12;WE=30303693;WS=30303675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	30315730	rs2274800	G	A	113.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=0.792;SC=AGAGCAGAAAGACCAATACTT;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=30315738;WS=30315720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	30316304	.	T	TTTAA,TTTAAGATTTAAGAA	400.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2654;ReadPosRankSum=1.449;SC=AACAATCAAATGTCATTTAAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=30316316;WS=30316294;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.58:19
chr21	30316305	rs3053575	G	GATTTAAGAAA	399.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.21;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr21	30316308	rs2026246	A	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.707;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr21	30324644	rs2832145	T	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=2.111;SC=AATAAAATGTTTAAACACTGG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=12;WE=30324652;WS=30324634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr21	30324755	rs2832146	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=48;SC=TATCCAAAGAGCTGAGAGTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=30324763;WS=30324745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	30325875	rs2243491	A	T	88.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTGAGAATATATGTCTGATAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=30325883;WS=30325865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	30338293	rs5843357	G	GC	1533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=944;SC=ATGGGGTTTTGTATGTTGCCC;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=30338301;WS=30338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	30341891	rs2254796	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=288;ReadPosRankSum=2.043;SC=CGAGGACTCTAAAGAGCTGGT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=17;WE=30341899;WS=30341881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr21	30357307	rs2245434	C	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=337;SC=CAGACATTTCCGGATATGCTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=30357315;WS=30357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	30365322	rs2249028	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.033;SC=CGCCACCGGAGACGTCACAGC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=13;WE=30365330;WS=30365312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr21	30379968	rs79859718	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TTATGGCATCACTGTTTTATG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=30379976;WS=30379958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr21	30380295	.	G	GA	1616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=2.211;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,65:0.31:213
chr21	30391671	rs138840391	GAAA	G	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.15;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	30400110	rs8133768	G	A	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=109;SC=CATAATATACGTGGCTTAGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=30400118;WS=30400100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	30408670	rs2274802	A	T	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1512;ReadPosRankSum=0.858;SC=TCAGAAAACAAGCCAGCATTA;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=102;WE=30408678;WS=30408660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,114:0.69:165
chr21	30414724	rs2254872	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
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chr21	30442481	rs2183570	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	30445961	rs2012645	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=267;ReadPosRankSum=1.132;SC=GACCGCGGAGGAAGCGAGGAG;SOR=1.169;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=28;WE=30445969;WS=30445951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr21	30464141	rs8132105	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.484;SC=ACTCCCATCTGCTGAGTGCTT;SOR=0.463;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=22;WE=30464149;WS=30464131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr21	30464623	rs147901306	A	AACTCCAGTTTATAGG	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=814;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TCCAGATTTAAACCATTAACA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=2;WE=30464631;WS=30464613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr21	30464916	rs2832170	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=586;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AGTATTCCGTCCACTTTCTGG;SOR=0.936;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=31;WE=30464924;WS=30464906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr21	30481371	rs2832181	G	T	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GTTGACATTCGTAACCTTCCT;SOR=0.831;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=91;WE=30481379;WS=30481361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr21	30481612	rs2832182	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TGCTTATTTTGTGCCCATTTA;SOR=0.456;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=29;WE=30481620;WS=30481602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr21	30532146	rs71944689	TAA	T,TA	794.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006,0.4994;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.417;NF=16,16;NR=11,11;PP=385,19;ReadPosRankSum=0.593;SC=GTTCTCACGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=27,27;WE=30532155;WS=30532136;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.69:39
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chr21	30933893	rs78719925	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=438;ReadPosRankSum=2.042;SC=GCCTTCTATACTGGTAACTGA;SOR=1.781;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=21;WE=30933901;WS=30933883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr21	31655212	rs1557291	A	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=880;SC=TACTGCAGACACCAGGATAGC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=31655220;WS=31655202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	31709691	rs2244485	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=428;ReadPosRankSum=0.587;SC=TGATTGGCACGCTGTCCTTTC;SOR=0.525;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=31;WE=31709699;WS=31709681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr21	31720287	rs762377	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-0.954;SC=AATATTAATAAGTTTAAAACA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=16;WE=31720295;WS=31720277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr21	31744127	rs877346	A	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AAGGGAAGCCACAGCTTCCAT;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=36;WE=31744135;WS=31744117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr21	31802631	rs79061358	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=527;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TTCTCCTCCCGCTCCTTTGGG;SOR=0.698;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=40;WE=31802639;WS=31802621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,42:0.36:116
chr21	31802768	rs2226548	G	A	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=78;PP=2965;SC=CTGGGAGCCCGCCAGCTGCCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=160;WE=31802776;WS=31802758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr21	31803159	rs1539783	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=855;SC=TCCCAATATCTTTTTATTCTT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=31803167;WS=31803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	31803210	rs1539784	C	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=194;SC=TGGCAGACTGCGAAATTAATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=31803218;WS=31803200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	31812772	rs2832873	C	A	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=69;PP=2965;SC=TACCTGCCAACTGGGCTCCTC;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=158;WE=31812780;WS=31812762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr21	31869286	rs2298437	T	C	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGGGCGGCAGTAGCCATATCC;SOR=0.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=139;TCR=103;TR=241;WE=31869294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr21	31913981	rs5843453	AG	A	10477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=108;PP=2976;SC=GTTTTTTAGTAGAATCCAGAG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=42;TCR=110;TR=148;WE=31913989;WS=31913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr21	31914000	rs1023364	T	A	10731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=121;PP=2965;SC=AGAATCCATATCCTTCACGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=244;WE=31914008;WS=31913990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr21	31964916	rs9305426	A	C	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=63;PP=2876;SC=GGCTTTGGCTATGGAGGCCTG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=146;WE=31964924;WS=31964906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr21	31973516	rs198915	T	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=44;PP=1574;SC=GGCTGTGGTCTTAGCGGCTAT;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=31973524;WS=31973506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	31973685	rs1961491	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=273;SC=AAAATTTAGCCCACATTGCCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=31973693;WS=31973675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	31986097	rs74914596	G	A	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=2073;ReadPosRankSum=0.038;SC=CCCAGTCTGCGGAAGCCACAG;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=103;TCR=102;TR=136;WE=31986105;WS=31986087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,142:0.66:215
chr21	31992864	rs1702405	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=721;SC=ATATGAAACCAAACGGCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=31992872;WS=31992854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	32201969	rs35359062	GA	G	4313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=62;PP=2951;SC=TGGTCCCATAGAATAGGGTAT;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=73;WE=32201977;WS=32201959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	32434766	rs2070405	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.879;NF=16;NR=14;PP=501;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CATCATTCACCAGATTTTGAC;SOR=0.563;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=30;WE=32434774;WS=32434764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr21	32491083	rs73191626	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CCAGAAGATATAGCAAAAATT;SOR=1.088;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=23;WE=32491091;WS=32491073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr21	32493031	rs762194	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=4.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,42:0.26:159
chr21	32493204	rs2073371	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
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chr21	32526525	rs12482307	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=457;ReadPosRankSum=0.720;SC=CACTCCTTTACGAGGCAGAGG;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=32;WE=32526533;WS=32526515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr21	33044378	rs73201505	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CTGGCCCTGGGCCCCCGAGCC;SOR=0.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=92;WE=33044386;WS=33044368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,90:0.72:125
chr21	33068962	rs7280330	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=429;ReadPosRankSum=1.294;SC=CAGGGGGTACTGCGGCAGCAG;SOR=0.468;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=31;WE=33068970;WS=33068952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr21	33073985	rs204734	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=270;SC=GAAAAGCAGATGTATTTTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=33073993;WS=33073975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	33074633	rs2202128	A	G	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1253;ReadPosRankSum=0.835;SC=GAGGTTGAATAATTTCAATTT;SOR=0.891;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=74;WE=33074641;WS=33074623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
chr21	33368188	rs2070371	T	C	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=90;PP=2965;SC=CAGGCTCGCTTATGACACAGA;SOR=1.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=165;WE=33368196;WS=33368178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr21	33370900	rs9305483	T	C	9165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=138;PP=2965;SC=TGGCTTCTTCTTCCATGGAGT;SOR=0.768;Source=Platypus;TCR=138;WE=33370908;WS=33370890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr21	33371508	rs2073360	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,24:0.19:125
chr21	33371540	rs2070372	T	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=51;PP=1453;SC=AAACAGCAACTGAACAGAGCT;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=33371548;WS=33371530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	33689156	rs139492775	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CATCGCTCTCGGGGCTGGCTG;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=64;WE=33689164;WS=33689146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr21	33690293	rs2070380	C	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=374;SC=GTCAGCACTGCGGCACCCTGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=33690301;WS=33690283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	33691502	rs11402028	G	GC	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.323;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.449;NF=17;NR=6;PP=814;ReadPosRankSum=0.919;SC=GGCCAGAAGGGCCCCCTGGCG;SOR=2.165;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=23;WE=33691510;WS=33691492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr21	33691754	rs958828	G	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=60;PP=1920;SC=CCTTCAATCCGCCACATCCTG;SOR=0.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=33691762;WS=33691744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr21	33694224	rs3761342	C	G	5687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=95;PP=2965;SC=TGCCGCAGAACGCCAAACACC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=197;WE=33694232;WS=33694214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr21	33710001	rs13046776	C	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=218;SC=TTATTATTTTCTTTTCTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=33710022;WS=33709991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	33710014	.	CT	C	187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	33711126	rs141550612	G	A	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=56;PP=1934;ReadPosRankSum=1.036;SC=GATGAGCTTCGTGCGCACGGA;SOR=0.761;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=130;WE=33711134;WS=33711116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,142:0.68:210
chr21	33719695	rs2070378	C	T	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=108;PP=2965;SC=GGTGTCTTTCCTTCCCGGGGG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=220;WE=33719708;WS=33719685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr21	33721843	rs743306	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=966;SC=GGTTCACAGCTACCAGGCAGT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=33721851;WS=33721833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	33726201	rs2298363	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=874;SC=ACAGACTAGCCGGCCAGGTGC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=33726209;WS=33726191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	33730013	rs7283283	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	33740637	rs7276783	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=392;SC=TCGGCCTCCCGAAGTGCTGGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=33740645;WS=33740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	33746113	rs117415725	A	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=976;ReadPosRankSum=0.893;SC=TTATTAAAAAACAAATTATGA;SOR=1.493;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=46;WE=33746121;WS=33746103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr21	33747688	rs79111976	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr21	33749533	rs4816431	A	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=34;PP=2196;SC=AGCCTACGGGAACAGAGGCCA;SOR=1.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=110;WE=33749541;WS=33749523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr21	33840095	rs8130653	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=3.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,78:0.28:280
chr21	33949059	rs7520	G	A	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=48;PP=2065;SC=GAGTGACACAGGTGTCCGAGG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=113;WE=33949067;WS=33949049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	33964605	rs1783091	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	33964609	rs1720127	G	A	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	33964722	rs146391380	CA	C	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=529;SC=TGGAAAGTGGCAAAAATCTGT;SOR=1.358;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=33964730;WS=33964712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	33974108	rs1043330	T	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	33975696	rs844995	T	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=585;SC=GGGGACAGATTTCTCCCCGTG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=33975704;WS=33975686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	33984477	rs138178722	T	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=787;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CACCGTGAGCTCCTCCAGCTC;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=64;WE=33984485;WS=33984467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr21	33997466	rs701730	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=580;SC=TCTATTGACTACTTTTTTTTT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=33997474;WS=33997456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	34003928	rs71640263	A	AAGTATT	8634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.170;NF=35;NR=57;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.307;SC=ACAGAACTCAAAACATTACTT;SOR=0.362;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=92;WE=34003936;WS=34003918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr21	34011412	rs2230766	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGAGGCTTCAGTGGTTCAGGA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=34011420;WS=34011402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr21	34014192	rs11702774	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GGCCCCAGGCGAGGTTTTACC;SOR=0.738;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=34;WE=34014200;WS=34014182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr21	34014283	rs2833929	C	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.175;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr21	34017857	rs2406	T	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=110;SC=TAGAAAAAACTGTAAAATCCA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=34017865;WS=34017847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	34018437	rs844978	C	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=40;PP=1136;SC=AAATAGTTAACGGGTTCATAC;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=34018445;WS=34018427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	34050937	.	AAT	A	2974	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.34;NF=37;NR=27;PP=2974;QD=20;SC=TAACAAATAAAATATAAAGTG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=64;WE=34050950;WS=34050927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,64:0.85:75
chr21	34050939	rs201012663	TA	T	4990.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;QD=44.17;SOR=1.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	34050941	rs150500694	TA	T	4990.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;QD=43.78;SOR=1.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	34050942	.	A	T	2003	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.35;NF=69;NR=30;PP=2003;QD=20.5835476015;SC=AATAAAATATAAAGTGCACAT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=99;WE=34050950;WS=34050927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,99:0.96:103
chr21	34059207	rs844975	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=3;PP=277;SC=CTGGAAGAATCTGATTACTGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=34059215;WS=34059197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	34059352	rs2254562	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TATTATTTGTTTACCATATAA;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=12;WE=34059360;WS=34059342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr21	34128717	rs7279405	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=51;PP=1514;SC=GTGGAATACAGAGATGTCTGT;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=34128725;WS=34128707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	34157235	rs35174687	GT	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr21	34166190	rs74617086	A	T	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=58;PP=2447;SC=TATATGATTTAAAGGCTGAGT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=130;WE=34166198;WS=34166180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr21	34166343	rs2231390	C	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1121;ReadPosRankSum=0.565;SC=GATGCTTGGCCTCCATGTTGA;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=87;WE=34166351;WS=34166333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,89:0.38:235
chr21	34169181	rs762228	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.603;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=422;ReadPosRankSum=2.011;SC=CCTTAAAAGAAAAAAGAGGGG;SOR=0.173;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=29;WE=34169189;WS=34169171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr21	34169317	rs72564613	C	CT	1462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.976;NF=7;NR=17;PP=777;ReadPosRankSum=0.933;SC=TATTGGTTTGCGGAACATGTG;SOR=0.607;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=24;WE=34169325;WS=34169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,48:0.34:140
chr21	34399045	rs10653077	A	ACTCT	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.523;NF=13;NR=3;PP=601;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TCACTGACTCACTCTCTCTCT;SOR=0.249;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=16;WE=34399053;WS=34399035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr21	34399401	rs762178	A	G	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=86;PP=2688;ReadPosRankSum=0.233;SC=GCTTCAAGTCATCCTCGTCCA;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=317;TCF=163;TCR=154;TR=182;WE=34399409;WS=34399391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,192:0.58:332
chr21	34538065	rs11444667	C	CT	3092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=38;PP=1972;SC=TGGCCTCCTTCTTGTATCCCC;SOR=1.105;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=44;WE=34538073;WS=34538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	34540594	rs11379155	C	CT	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=958;SC=TGCTATAGAGCTGGAATTTAT;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=22;WE=34540602;WS=34540584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	34542356	rs2834118	A	G	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.588;SC=TCTTGTCCTAAGTTCCCAGGC;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=149;TCR=121;TR=181;WE=34542364;WS=34542346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,180:0.73:247
chr21	34602934	rs12482556	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=106;PP=2892;SC=GCTCACCAGCTGGGTGCTCAG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=180;WE=34602942;WS=34602924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr21	34614255	rs1051393	T	G	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=37;PP=1665;SC=TGCCTTCATCTTCAGATCACT;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=34614263;WS=34614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr21	34617239	rs149186597	TTTC	T	3303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.974;NF=6;NR=34;PP=1712;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CAATGCCCTTTTTCTTCTTCT;SOR=0.439;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=40;WE=34617249;WS=34617229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr21	34624386	rs10628836	C	CATCT	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.591;NF=6;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AGACCCCATCCATCTATCTAT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=34624394;WS=34624376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr21	34634878	rs1131668	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=76;SC=GCAAGGTCTCGCTAAGGGCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=34634886;WS=34634868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	34635053	rs3216172	G	GT	2101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=16;PP=1646;SC=AGAGCAAACAGTACAGCTGAT;SOR=1.562;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=33;WE=34635088;WS=34635043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	34635065	rs9984273	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	34635079	rs34865572	CT	C	387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr21	34638859	rs2239573	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,64:0.82:78
chr21	34640788	rs2834167	A	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=758;ReadPosRankSum=-2.003;SC=TGCTTTTGCCAAAGGGAACCT;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=53;WE=34640796;WS=34640778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr21	34660676	rs66527331	ACG	A	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	34660684	.	GCGCA	G	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=27;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=127;QD=16.1111111111;SC=ACACGCGCGCGCGCACACACA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=34660695;WS=34660674;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	34660686	.	G	A	278	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=2;NR=10;PP=278;QD=26.0642677123;SC=ACGCGCGCGCGCACACACACA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=34660695;WS=34660674;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,12:0.55:22
chr21	34660709	rs66834406	CAG	C	271.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr21	34660711	.	G	C	232	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=81;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=232;QD=29.6412458386;SC=CACACACACAGACACGCCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=34660719;WS=34660701;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr21	34668747	rs3171425	A	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=824;ReadPosRankSum=1.600;SC=GGCAGCAAACAAGGGCCAAGA;SOR=0.742;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=62;WE=34668755;WS=34668737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,68:0.30:229
chr21	34697264	rs2850015	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=528;ReadPosRankSum=2.423;SC=GCAGCGCGTGTGCAGAGGGGC;SOR=0.606;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=39;WE=34697272;WS=34697254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr21	34717609	rs199748774	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=741;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AATCAGAACTATGTTCTTAAA;SOR=1.046;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=50;WE=34717617;WS=34717599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
chr21	34726127	rs2856973	T	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=548;SC=AACAGCTAGGTAATGAACAGA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=34726135;WS=34726117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	34793706	rs2834214	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=11;PP=1577;SC=AATAAACCTGCGTTTTGAACA;SOR=2.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=68;WE=34793714;WS=34793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	34799084	.	CTA	C	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=73;QD=41.0;SC=TCTACACCCACTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=34799093;WS=34799074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr21	34799350	rs11910627	C	G	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1065;ReadPosRankSum=0.235;SC=GCAAGAGCATCTTTCTTTTTT;SOR=0.752;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=71;WE=34799358;WS=34799340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr21	34804966	rs1532	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=34;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CATTAACTGATGTTTGTGTTG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=97;WE=34804974;WS=34804956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr21	34839533	rs743334	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1178;SC=TGGGCTGGGTACAGAGGCTCA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=34839541;WS=34839523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	34860749	rs139852262	CAATTA	C	1877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=1637;ReadPosRankSum=0.275;SC=AGGATGGGAACAATTAAATTA;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=33;WE=34860761;WS=34860739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr21	34870990	rs62226457	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1122;ReadPosRankSum=0.041;SC=TACAAAGCCTGGAAGTTGGAA;SOR=1.042;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=62;WE=34870998;WS=34870980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr21	34878450	rs2070390	A	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=654;ReadPosRankSum=0.368;SC=TCATACTACTACTTCTTTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=45;WE=34878462;WS=34878440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr21	34883618	rs8971	T	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=70;PP=2318;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CTGCTGGATATCCCTCAGAAT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=152;WE=34883626;WS=34883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,160:0.65:248
chr21	34892896	rs2834232	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TAAACATCCACATTAGGGAAT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=34892904;WS=34892886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr21	34894623	rs2834234	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=942;SC=CACCTAAACGTCAGGGAAAAT;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=34894631;WS=34894613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	34896962	rs1804385	C	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.052;SC=GACTGTATCACTCCCACAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=34896970;WS=34896952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr21	34902053	rs148913441	CT	GG	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=493;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GCATGAGCCACTGCGCCTGGC;SOR=0.450;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=15;WE=34902062;WS=34902043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr21	34915324	rs1041745	CG	GC	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=1605;SC=CGAATTGGCCCGTGCGCCTCC;SOR=1.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=45;WE=34915333;WS=34915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	34924243	rs16990760	T	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.914;SC=GTACCCAAGATTCTGCTATGT;SOR=0.897;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=78;WE=34924251;WS=34924233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr21	34925142	rs13433428	C	T	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=67;PP=2486;SC=GTGCCATCATCACCATCTGAA;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=128;WE=34925150;WS=34925132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr21	34925689	rs61739710	G	A	5725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.490;SC=TAACTGTCCTGGAGCCTTCGG;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=387;TCF=198;TCR=189;TR=243;WE=34925697;WS=34925679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,255:0.63:402
chr21	34926260	rs13047599	C	T	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=131;PP=2965;SC=GACTAAACAGCGCACAGTATT;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=269;WE=34926268;WS=34926250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr21	34927751	rs34040109	A	AT	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.798;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=1.494;SC=TTAAACCTTAATTTTTTTCTG;SOR=3.860;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=23;WE=34927759;WS=34927741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr21	34948684	rs34377180	G	GA	2417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=21;PP=1441;SC=TTGAGAAATGGAGCCCTTACC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	34948696	rs34373121	GA	G	2680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=1352;SC=GCCCTTACCAGACCCAATTGT;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	34954602	rs77179527	AG	A	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGTATTTAACAGGCATGCTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=34954610;WS=34954592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr21	34959776	rs7283856	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=304;SC=CAAATCCTATGAAAAAAAAGT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=34959784;WS=34959766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	34968503	rs2834240	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.410;SC=TGTAACTAGAATGCTGAAAAA;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=16;WE=34968511;WS=34968493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr21	34968605	rs150787088	GTA	G	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATTTTGCTAAGTATATGTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=34968614;WS=34968595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr21	35012719	rs6517185	GG	CT	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=503;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGTTTGAATCGGGGCTTTCCT;SOR=1.773;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=11;WE=35012728;WS=35012709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr21	35124253	rs2834255	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr21	35127735	rs2154434	C	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=1.331;SC=GAAATATGATCTTTGTTTTCA;SOR=0.245;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=11;WE=35127743;WS=35127725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr21	35134084	rs11444980	G	GC	3047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=24;PP=2318;SC=TTTTTACAAAGCCCTGCGGTA;SOR=1.688;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=57;WE=35134092;WS=35134074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	35138326	rs2248815	A	G	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.470;SC=GGTAAGGAACATGGGCTCTGA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=87;TCR=134;TR=89;WE=35138334;WS=35138316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,90:0.39:228
chr21	35174897	rs11390596	T	TA	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=206;ReadPosRankSum=0.264;SC=TTGTGCTTTTTAAAAAAAAAG;SOR=0.314;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=16;WE=35174905;WS=35174887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr21	35201947	rs1108000	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr21	35206880	rs2248321	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=658;ReadPosRankSum=2.058;SC=CTAATGTGATATGGAATATGT;SOR=1.559;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=29;WE=35206888;WS=35206870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr21	35209174	.	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr21	35228953	rs9305535	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=939;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AGCCCTCAGGACCCAGCAGCC;SOR=0.594;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=50;WE=35228961;WS=35228943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr21	35230921	rs2073366	G	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=922;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GCTCTCAGCGGATCGGCGTGT;SOR=0.971;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=53;WE=35230929;WS=35230911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr21	35231208	rs5843624	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr21	35237349	rs9984732	A	G	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.035;SC=AGTGGCCCTTAAGGCTGTGCC;SOR=0.271;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=52;WE=35237357;WS=35237339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr21	35237608	rs9976801	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=797;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGAAGACGGATGAGGCCCCAG;SOR=1.145;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=51;WE=35237616;WS=35237598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
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chr21	35276209	rs2834293	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ATAACCCGAGAAAACGTACCA;SOR=0.775;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=11;WE=35276217;WS=35276199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr21	35278919	rs3831798	A	ACT	2418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.105;NF=26;NR=12;PP=1642;ReadPosRankSum=-1.222;SC=ATTATAGCCCACTATCAAGTC;SOR=1.113;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=38;WE=35278927;WS=35278909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr21	35281393	rs4591	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=0.625;SC=CACTGATCAGATTGGTAGTGA;SOR=0.917;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=30;WE=35281401;WS=35281383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr21	35284683	rs78234759	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=7.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.208;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,25:0.19:129
chr21	35284734	rs2211873	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,67:0.84:80
chr21	35445873	.	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr21	35446136	rs79607614	C	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr21	35467372	rs11295804	AC	A	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=553;SC=AAAGACTTTGACCCTGCTGTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=35467380;WS=35467362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	35467472	rs11295803	AG	A	5139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=42;PP=2965;SC=CTGTCATTGGAGCGCTATTAT;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=78;WE=35467480;WS=35467462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	35467645	rs8129891	A	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=42;PP=1588;SC=GACCTGGGTAACAATTGGTGC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=35467653;WS=35467635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	35469193	rs4817617	C	A	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=64;PP=2965;SC=GGAACCATACCAAATGCAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=150;WE=35469201;WS=35469183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr21	35469708	rs35685523	G	GA	267.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=315;SC=GGTCTTTGGGGAAAAAAGTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=35469716;WS=35469698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	35772332	rs62211478	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TGCCATCCACCTTTGGGCTGG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=14;WE=35772340;WS=35772322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr21	35821419	rs2070357	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AATCCACCCCTCACCCCTTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=13;WE=35821427;WS=35821412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr21	35821821	rs1805127	T	C	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=125;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TTGCCGTCACTGCTGCGGGGG;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=338;TCF=139;TCR=199;TR=216;WE=35821829;WS=35821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,227:0.64:356
chr21	35893737	rs8131131	T	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1212;ReadPosRankSum=0.915;SC=TACTGCTCCCTGGTGCAGGGC;SOR=1.087;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=73;WE=35893745;WS=35893727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,75:0.69:108
chr21	35896032	rs6517239	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATAAAAATAAAAGGAGTTGAA;SOR=0.085;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=41;WE=35896040;WS=35896022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr21	35985895	rs915540	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=340;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGGAAAAGGTCTGAAATGCTG;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=21;WE=35985903;WS=35985885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr21	36041978	rs7280973	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=6;PP=143;SC=AGGTGCCCCAAGGAGGGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=36041986;WS=36041968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	36080204	rs6517253	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=831;SC=CCAGATTCTCACGGTGGCCCA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=36080212;WS=36080194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	36080398	rs2070368	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=318;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GTTCATAACTTGATTGTCACT;SOR=0.645;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=33;WE=36080406;WS=36080388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr21	36080908	rs2834597	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCATTTTTATGCCCAGAGAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=36080916;WS=36080898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr21	36081626	rs3819041	C	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=692;ReadPosRankSum=0.952;SC=GCAAACCTCTCTTTGTGATTT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=112;TCR=57;TR=55;WE=36081634;WS=36081616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,57:0.32:178
chr21	36164405	rs13051066	G	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	36165041	rs11700756	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=88;SC=ATGCTACTGCTGGGGAGGACG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=36165049;WS=36165031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	36193871	rs2018329	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CTGAGGGCTGTCATCTTTCTT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=36193879;WS=36193861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr21	36206932	rs11702841	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr21	36411119	rs3746865	G	T	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=56;PP=1399;ReadPosRankSum=0.303;SC=AAGCCTGGCAGCCTTGGCCGA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=59;TCR=88;TR=95;WE=36411127;WS=36411109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,99:0.64:155
chr21	36419852	.	ACACACACT	A	649	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=17;MQ=49.0;NF=8;NR=1;PP=649;QD=72.4444444444;SC=ACACACACACACACACACTCT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=36419869;WS=36419842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	36421036	rs8133634	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=774;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GACAGGGAACTGGCAGGCACC;SOR=1.539;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=42;WE=36421044;WS=36421026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr21	36422282	rs10607352	AACACAC	A,AACACACACAC	422.77	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=61.34;MQRankSum=0.640;NF=5,5;NR=5,5;PP=564,498;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTACAGTCTTAACACACACAC;SOR=0.707;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10,10;WE=36422295;WS=36422272;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.92:13
chr21	36422478	rs2071029	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.700;SC=TAATTTACACCTGTAGGTAAA;SOR=1.347;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=36422486;WS=36422468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr21	37092980	rs9981293	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=535;ReadPosRankSum=3.032;SC=GATTTGAAGCGTGTATTCCCA;SOR=0.494;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=41;WE=37092988;WS=37092970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr21	37429679	rs7282629	G	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=29;PP=893;SC=CGCAATGACTGACTTCTGTAT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=37429687;WS=37429669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	37429778	.	T	TA	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5188;HP=14;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=16;MQ=60.18;NF=0;NR=3;PP=29;QD=11.0;SC=CCCCATCTCTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=37429786;WS=37429768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr21	37507501	rs8133052	G	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=56;PP=1793;ReadPosRankSum=0.100;SC=ATGTCGTCCTGCAGCCGCGTG;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=111;TCR=83;TR=130;WE=37507509;WS=37507491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,133:0.65:204
chr21	37507745	rs881711	C	T	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=1969;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGGGGCTCAACGTACTGGTCA;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=126;WE=37507753;WS=37507735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,133:0.56:238
chr21	37507769	rs881712	C	T	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ACGCGGCCGTCGCCTTCAAGA;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=110;WE=37507777;WS=37507759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,118:0.54:220
chr21	37509995	rs12626192	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=2.241;SC=TCACCGACCTCGTTCTTAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=37510003;WS=37509993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	37518362	rs2835286	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=336;ReadPosRankSum=0.912;SC=TATATTTATCATTCTGTTTCA;SOR=0.238;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=28;WE=37518370;WS=37518352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr21	37571667	rs7281674	T	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TGCAACAGTTTATCATAAAGC;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=37571675;WS=37571657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr21	37572810	rs9979031	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=481;ReadPosRankSum=1.815;SC=GTGCGTGGGCGTCTTGTCCAG;SOR=0.287;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=127;TCF=38;TCR=89;TR=42;WE=37572818;WS=37572800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr21	37580881	rs2835320	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.262;SC=CGGCTCCCGGCGATGAGGAAG;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=12;WE=37580889;WS=37580871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr21	37583716	.	C	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=0.121;SC=AACCCACACCCTCCTGACCTG;SOR=0.302;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=25;WE=37583724;WS=37583706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr21	37583804	rs2239568	C	T	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1586;ReadPosRankSum=1.239;SC=GTTTTTATGACCATAAAGAGT;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=107;WE=37583812;WS=37583794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,113:0.58:194
chr21	37586236	rs73202247	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GAAGAAAATCTGACGTGGTCT;SOR=0.034;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=5;WE=37586244;WS=37586230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr21	37586877	rs2850079	T	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=72;PP=2313;SC=ATGCTGCTTCTATCCTATGCT;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=121;WE=37586885;WS=37586867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	37599824	rs7280662	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr21	37599842	rs11431401	C	CA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=0.914;SC=AAGACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=37599850;WS=37599832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr21	37609571	rs2835322	T	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,116:0.29:399
chr21	37617630	rs4817788	T	G	5346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.152;SC=TACAAGCTCCTGCCACACGGA;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=370;TCF=179;TCR=191;TR=232;WE=37617638;WS=37617620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,244:0.63:387
chr21	37619724	rs1023367	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1270;ReadPosRankSum=0.553;SC=GTGATCTCTCCCTAGTTCCTG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=88;TCR=22;TR=70;WE=37619732;WS=37619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr21	37619931	rs5843755	A	AT	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=515;ReadPosRankSum=1.338;SC=AAAAAGGTAAATTTTTTTTTT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=2;TCR=86;TR=40;WE=37619939;WS=37619921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr21	37623447	rs2298450	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=549;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ACTTTTTTTTCCCTATTTTCT;SOR=1.165;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=37;WE=37623455;WS=37623437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr21	37626011	rs62232368	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=954;ReadPosRankSum=0.596;SC=AAGGATGTGTCATCCTTATTT;SOR=0.897;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=57;WE=37626019;WS=37626001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr21	37642196	rs11700664	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=1.123;SC=TTAATGGTACGTATATGCTCA;SOR=0.288;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=16;WE=37642204;WS=37642186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr21	37649170	rs7279450	A	T	246.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=1.450;SC=AAAAGCTGAAAGTTAACAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=37649178;WS=37649160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr21	37650182	rs2070516	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TCAAGTGATCCGCCCTCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=37650190;WS=37650172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr21	37650235	rs2070517	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=426;ReadPosRankSum=0.325;SC=CCGTCGCACCTGGCCAGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=22;WE=37650243;WS=37650225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr21	37652840	rs7281457	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=0.213;SC=TTGACAAGAACGCCACGACAA;SOR=1.550;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=26;WE=37652848;WS=37652830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr21	37653705	rs7277281	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=302;ReadPosRankSum=1.095;SC=ATAGAATTACACTAGTATGAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=18;WE=37653713;WS=37653695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr21	37660161	rs2268299	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	37660190	rs78702655	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GCCTGTAACACTCATTCCTTA;SOR=0.132;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=37660198;WS=37660180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr21	37660268	rs74949130	A	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=759;ReadPosRankSum=0.225;SC=AAGAAACCCTAAACTGCATAT;SOR=1.006;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=40;WE=37660276;WS=37660258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr21	37661180	rs9979272	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=387;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TTAGATATAGAGTTGTCTAAT;SOR=0.952;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=23;WE=37661188;WS=37661170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr21	37664571	.	G	T	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=26;MQ=53.39;NF=0;NR=7;PP=122;QD=22.3958875067;SC=TTTTTTTTTGGTGAGACAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=37664579;WS=37664561;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr21	37665503	rs201394335	CAA	C	52.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr21	37692589	rs2236433	A	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=588;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCCGCGGGATACGCCTCAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=142;TCF=47;TCR=95;TR=46;WE=37692597;WS=37692579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr21	37728892	rs141327973	C	CTTGAA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=230;SC=AGAATTTTTTCTTGATTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=37728900;WS=37728882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	37729088	rs2835339	G	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=18;PP=556;SC=AGAGTAAAGGGATTGTACAAT;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=34;WE=37729096;WS=37729078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	37769852	rs73902504	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTTTGTATTTACTTGGAATTT;SOR=0.387;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=16;WE=37769860;WS=37769842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr21	37784070	rs218630	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr21	37787572	.	CT	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
chr21	37833307	rs219780	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=745;ReadPosRankSum=0.471;SC=ACCCGCTGTGCGTGGCCGAGG;SOR=0.347;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=43;WE=37833315;WS=37833297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr21	37833751	rs219779	G	A	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1682;ReadPosRankSum=1.071;SC=CCATGAGGGCGCGGGCAGCCT;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=109;WE=37833759;WS=37833741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,115:0.73:158
chr21	38081562	rs2070647	T	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=2621;ReadPosRankSum=0.009;SC=TAGAGCGGCCTCGCCGGGGGA;SOR=0.567;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=84;WE=38081585;WS=38081552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,88:0.40:219
chr21	38081577	rs2070648	C	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=2621;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GGGGGAGGAGCGCAGCCGCCG;SOR=0.713;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=83;WE=38081585;WS=38081552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,87:0.41:210
chr21	38092039	rs2070650	A	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGGCAGGGTGAGCACCTGTGA;SOR=0.074;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=38092047;WS=38092033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr21	38117308	rs2073601	C	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=1.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,99:0.25:391
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chr21	38339023	rs184468430	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=416;ReadPosRankSum=0.484;SC=GAAGGGCCGCGCCGCCCCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=38339035;WS=38339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr21	38339027	rs113500531	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr21	38444890	rs2298682	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=779;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGCACCATTGATCCATTCTCG;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=58;WE=38444898;WS=38444880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr21	38460338	rs2835584	T	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATAGAGTTTTTGCCAGCACTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=38460346;WS=38460328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr21	38462716	rs2835588	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-0.506;SC=ATTGACTTCTATATTTTCCTT;SOR=0.275;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=38462724;WS=38462706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr21	38463868	rs138290419	A	ATTATTTAT	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	38466203	rs2835595	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=1.581;SC=ATATAGGACCGTTGTGGACTC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=38466211;WS=38466193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr21	38466261	rs3753070	T	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=-1.585;SC=TGTTTTTTTTTAAACAAATGT;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=14;WE=38466269;WS=38466251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr21	38467857	rs2251161	C	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CCAACTTGTGCAGAATAGATT;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=26;WE=38467865;WS=38467847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr21	38468958	rs2835600	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=529;ReadPosRankSum=0.792;SC=GTTGGTTAAAATATCTCAACC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=34;WE=38468966;WS=38468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
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chr21	38469069	rs2835602	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.751;SC=TACTTAAGTGGTTAAAAGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=38469077;WS=38469059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	38495185	rs11440324	G	GT	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=653;SC=TAAATTTGAGGTCCTTACTAT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=38495193;WS=38495175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	38495213	rs11440325	G	GA	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=612;SC=AAGTAAATTTGAAATCTTTTA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=38495221;WS=38495203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	38495270	rs11440326	A	AT	1477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=832;SC=TGTGTGTGTGATGACTTTTAT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=38495278;WS=38495259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	38498585	rs12185849	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGAAAATATTGAATATTTATT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=38498593;WS=38498575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr21	38512956	rs1133001	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
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chr21	38517058	rs764175	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=325;ReadPosRankSum=-1.400;SC=CTCCCTTACACGCATTTCCCC;SOR=0.164;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=22;WE=38517066;WS=38517048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr21	38520091	.	C	T	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=15;MQ=55.28;NF=0;NR=3;PP=24;QD=19.5904041824;SC=TGCAGTGGCACGATCTTGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=38520099;WS=38520081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	38525198	rs2051162	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=880;SC=CTAAGTTTATGTAATTGTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=38525206;WS=38525188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	38525356	rs1053808	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=1.733;SC=AATACAGCCATGCTTCTCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=39;WE=38525364;WS=38525346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr21	38525652	rs767998	T	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CATTTTCATTTTCCTGCCATA;SOR=0.074;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=38525660;WS=38525642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr21	38528872	rs10706050	TG	T	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=610;SC=TATAATCAGCTGGCTTTCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	38528987	rs62223645	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.558;NF=8;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=1.956;SC=TTCTTTTCTCGTTATGGAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=15;WE=38528995;WS=38528977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr21	38531863	rs4817852	T	C	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=107;SC=GTTTCTAAACTACACTTGTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=38531871;WS=38531853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38531921	rs1787365	C	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=381;SC=TAGTATGAGGCGTTATTTTAA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=38531929;WS=38531911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	38532058	rs34771928	TG	T	4193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=53;PP=2694;SC=GTAAGTTACTTGGATCACTTG;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=66;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	38532068	rs113972351	G	GA	3711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=52;PP=2702;SC=TGGATCACTTGAATCTTACGT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr21	38532086	rs34586966	TG	T	4036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=51;PP=2505;SC=CGTTCTAATCTGATGTTAAAC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=38532094;WS=38532076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	38532192	rs34367119	A	AT	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=657;SC=ACGTACTATTATTCATTAGAA;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=38532200;WS=38532182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	38532901	rs5843796	G	GT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=212;SC=CTTAATTTTAGTATACATTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38532904	rs5843798	T	TA	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	38532910	rs5843800	A	AG	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=264;SC=AGTATACATTAGTATTATTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	38534228	rs11424055	A	AT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=69;SC=AATTTTAATGATTTTTCTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38534234	rs57522570	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=58;SC=AATGATTTTTCTCTTTAATGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38539673	rs1793885	C	T	92.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	38539677	rs4988831	A	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	38539681	rs1793886	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	38539718	rs2000413	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.601;SC=ACATGTTTACGGAAAGCATGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=38539726;WS=38539708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr21	38539745	rs5843802	G	GA	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=259;SC=ATCTAAATGGGAAAAAAAACT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=38539753;WS=38539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	38539836	rs5843803	T	TA	2062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=1311;SC=AAGTGAATTTTATTTTTTGTT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	38539844	rs2000415	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.785;NF=4;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.297;SC=TTTATTTTTTGTTTTGCCCAC;SOR=0.830;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=11;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr21	38563725	rs2835655	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.747;SC=AGAAAGCAAAGGTAAGTTGTA;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=14;WE=38563733;WS=38563715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr21	38564530	rs202143959	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.059;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr21	38567902	rs2835659	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr21	38567911	rs7280251	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=11.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.910;SOR=2.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr21	38568009	rs1053966	G	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1348;ReadPosRankSum=0.638;SC=GTCTTCAGGCGACGATGGCCA;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=307;TCF=169;TCR=138;TR=106;WE=38568017;WS=38567999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,110:0.34:323
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chr21	38600154	rs10716173	CG	C	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=434;SC=GCAGAGGCTGCGGGGTCCACA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=38600162;WS=38600144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	38604570	rs2835680	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AAATCTCTGCCGGCTGATGAC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=38604578;WS=38604569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr21	38850640	rs928763	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=51;PP=1450;SC=CTATCTTGCAGTATGTCATTG;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=38850648;WS=38850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	38858938	rs55650427	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=892;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGCAAACAGCGCAGTGTGCCC;SOR=0.439;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=71;WE=38858946;WS=38858928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,73:0.56:130
chr21	38862862	rs67837743	C	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=9;PP=210;SC=TTGCGGTTTTCGCCATTGCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=38862870;WS=38862852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	38865507	rs2835772	C	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.128;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=571;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TTCATAATTTCTTTTTGTCTT;SOR=2.115;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=28;WE=38865515;WS=38865497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr21	38997701	rs702859	G	A	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=CGTAGAACCCGTCCTCCAGGG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=209;WE=38997709;WS=38997691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr21	39086965	rs2070995	T	C	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=100;PP=2965;SC=TAATTCCCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=185;WE=39086973;WS=39086955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	39089582	rs857961	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=509;SC=CAAATACCAGAATAGGTGTTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=39089590;WS=39089572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	39213020	rs2836016	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=583;SC=TCCTGGAGGTGAGAAGAAAAG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=39213028;WS=39213010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	39492440	.	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=5.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,18:0.14:131
chr21	39671476	rs2230033	G	A	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=111;PP=2965;SC=TTAGAACCCGGTGAGCCCATT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=103;TCR=111;TR=214;WE=39671484;WS=39671466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr21	39739665	rs2836346	T	A	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=57;PP=1603;ReadPosRankSum=0.734;SC=CTGCACAGACTTTCATCAACA;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=113;WE=39739673;WS=39739655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,126:0.53:238
chr21	39775373	rs2836373	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=0.656;SC=TCTGAAGCTCAGGTCATAAGA;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=16;WE=39775381;WS=39775363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr21	39775468	rs17853963	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GGATGTCGGCGTTGTAGCTGG;SOR=0.345;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=77;WE=39775476;WS=39775458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,83:0.68:122
chr21	39818838	rs11701207	C	A	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.671;SC=CCCTATGATGCCCTTTGTGAC;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=166;TCR=178;TR=203;WE=39818857;WS=39818828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,213:0.59:363
chr21	39822650	rs2211871	G	T	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=168;SC=TACACCACTTGTCACATTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=39822658;WS=39822640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	39822906	rs9305648	G	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1624;ReadPosRankSum=2.144;SC=GTTTGTGTCTGTGAATGGAAT;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=95;WE=39822914;WS=39822896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,100:0.60:168
chr21	39823349	rs2051165	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=0.433;SC=GATGTGTTCATTGCAGGTGGA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=19;WE=39823357;WS=39823339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr21	39870310	rs2836441	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=641;SC=GCCATAATGCGATCAAGTTTA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=39870318;WS=39870300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	39947711	rs2836526	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=981;ReadPosRankSum=0.174;SC=TAATAAACAACTGCATTTCTG;SOR=0.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=61;WE=39947719;WS=39947701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr21	40190620	rs10854389	C	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=2.126;SC=ATTCTGAGAACCCCAGAGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=44;WE=40190628;WS=40190610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr21	40191431	rs457705	T	G	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=75;PP=2965;SC=TGCCAGGGACTCCCAAAGACC;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=186;WE=40191439;WS=40191421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	40191638	rs461155	A	G	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.782;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=91;PP=2769;ReadPosRankSum=1.088;SC=GGAGTGACCCAGTGGAGCAAG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=162;WE=40191646;WS=40191628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr21	40250361	rs11464500	T	TAAA	346.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=43.35;ReadPosRankSum=0.489;SOR=2.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr21	40250762	rs5843936	GA	G	2535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=29;PP=1852;SC=TGGTGCAATTGAGAGGAAATT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	40250766	rs1569306	G	A	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=30;PP=1193;SC=GCAATTGAGAGGAAATTGCCC;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=51;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	40553845	rs6517522	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=10;PP=383;SC=AACTTCAATATAAACAGTATC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=40553853;WS=40553835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	40571246	rs1041439	A	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=83;PP=2965;SC=CACTGGTAATAGTTGATTTTC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=185;WE=40571254;WS=40571236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr21	40574305	rs2183573	A	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=18;PP=1211;SC=CTTTCTGATGATTCTGCTGAA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=40574313;WS=40574295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	40584598	rs6517529	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=21;PP=720;SC=TTACTCTCCTCCTTCCAGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=40584606;WS=40584588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	40587003	rs11434832	G	GC	125	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=124;SC=CACCATGTTGGTACGCTGGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=40587011;WS=40586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	40587049	rs4818004	A	G	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=128;SC=GACGGCCTTCACTTCCCAAAG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=40587057;WS=40587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	40597215	rs139986112	A	AAAG	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=981;SC=TACAGATAAAAAAGCCAAAAG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=19;WE=40597223;WS=40597205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	40597236	rs9977787	A	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=373;SC=CACAATACAAAAACAGGCAAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=40597244;WS=40597226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	40600313	rs11702268	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=180;SC=ATATCTCTTCTGGAATTTACA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=40600321;WS=40600303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	40636351	rs200408431	C	T	171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.84;QD=15.62;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	40642189	rs6517532	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=423;SC=ATTTGTTACACTGTACCAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=40642197;WS=40642179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	40646226	rs145636658	A	AGC	1092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=1103;ReadPosRankSum=0.209;SC=AGAGACACAGAGAGCGAGAGA;SOR=1.514;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=33;WE=40646238;WS=40646213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr21	40646228	rs3833352	A	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr21	40646230	rs9977574	C	A	2869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1093;ReadPosRankSum=0.692;SC=ACACAGAGAGCGAGAGAGAGA;SOR=1.291;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=71;WE=40646238;WS=40646213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,80:0.93:86
chr21	40648265	rs2836969	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=326;SC=GTGTTGCTTAGCCCTGTCATT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=40648273;WS=40648255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	40649088	rs139067275	TA	T	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=558;SC=AAATTAAAAATAAAAGTAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=40649096;WS=40649078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	40650621	rs973521	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;QD=29.85;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	40652040	rs2836971	A	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=12;PP=1274;SC=CTACATTAAAAAACAAAACCT;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=40652048;WS=40652030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	40684641	rs2272578	C	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=113;SC=ACGCAGCTATCCCCGGGCCGC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=40684649;WS=40684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	40685239	rs34240248	A	G	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.31;QD=44.47;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	40685246	rs34436313	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.31;QD=43.71;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	40685280	.	G	GGCCCGGGGA	2556	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=37;MMLQ=20;MQ=63.78;NF=4;NR=11;PP=2556;QD=20;SC=AGGGGGACGGGGCCAGGGGAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=40685292;WS=40685270;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,15:0.71:21
chr21	40685283	.	C	CCGGGG	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.88;QD=38.99;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	40685284	.	A	G	346	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=37;MMLQ=15;MQ=61.62;NF=8;NR=8;PP=346;QD=23.7982007842;SC=GGACGGGGCCAGGGGAGCCGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=16;WE=40685292;WS=40685270;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,16:0.67:24
chr21	40685284	.	A	AGCCG	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.86;QD=41.59;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	40685515	.	G	GCGCCGC	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=1.523;SC=TCTCAGGCGCGCGCCGCCGCC;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=40685523;WS=40685505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr21	40686078	rs9981301	G	C	9393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=175;PP=2965;SC=TTCGAGGACAGGAAAGCTTTT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=171;TCR=175;TR=346;WE=40686086;WS=40686068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr21	40686327	rs4624474	T	C	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2283;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ACGGCTCGGCTGGATCCATCC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=141;WE=40686335;WS=40686317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr21	40686382	rs9981349	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=53;PP=1764;SC=GGTGGTGCAGACGGGCCGCAG;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=40686390;WS=40686372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	40715132	rs2070867	G	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=960;SC=ACACGTTGTCGTTTTATTTAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=40715140;WS=40715122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	40715167	rs2070866	A	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=540;SC=TCTTTAAAAAAGTCAATAACC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=40715175;WS=40715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	40719241	rs2249666	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	40719477	rs144316302	T	TA	338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=273;SC=AACTCTCACCTAAGTTTTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=40719485;WS=40719467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	40721611	rs2735313	A	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=341;SC=GGGCGTGGGAAGGAGAGCCGA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=40721619;WS=40721601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	40769017	rs1060180	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=1.397;SC=CTTTATGAGAGAGTCTTATAA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=40769025;WS=40769007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr21	40823981	rs6517549	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CGCATTCCCTGACAGGGGTGT;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=112;TCR=87;TR=75;WE=40824002;WS=40823971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,73:0.35:210
chr21	40847011	rs874221	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GTAAATAAACTGGCTCACAAG;SOR=1.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=40847019;WS=40847001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	40847196	rs940625	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=805;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAATGAAGGTAGAAATCACCG;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=54;WE=40847204;WS=40847186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr21	40847249	rs760284	T	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=865;SC=AAATTAACATTACTTTAGTAC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=40847257;WS=40847239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	40871810	rs9974333	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.581;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr21	40880881	rs138818478	CTTGAA	C	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=540;ReadPosRankSum=0.594;SC=TTTAAACGTACTTGAATTATG;SOR=0.278;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=13;WE=40880893;WS=40880871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr21	40883671	rs3831201	G	GAGA	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=487;ReadPosRankSum=0.106;SC=ACTGCAGAAGGAGAAGAGCCT;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=11;WE=40883679;WS=40883661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr21	40969826	rs662571	G	C	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=105;PP=2965;SC=CGTGGATCCTGCACCAGAGCT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=222;WE=40969834;WS=40969816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr21	40977763	rs73360110	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.849;SC=AGGCTGGTCTCGAACTCCTGA;SOR=0.446;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=40977771;WS=40977753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr21	40977826	rs506382	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=363;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TTGCAGGCACAAGACATCATT;SOR=0.416;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=28;WE=40977834;WS=40977816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr21	40978115	rs78905016	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=634;ReadPosRankSum=0.846;SC=TCCTCAAATGCAGAAATTTGA;SOR=1.096;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=36;WE=40978123;WS=40978105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr21	40981430	.	GA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.804;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr21	41032740	rs3746887	T	C	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=110;PP=2965;SC=AAAGAGAGGATGGTGAAGGGA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=105;TCR=110;TR=215;WE=41032748;WS=41032730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr21	41032804	rs734413	G	A	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=73;PP=2965;SC=CAGCGGAAACGAAAGAGGTGG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=156;WE=41032812;WS=41032794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr21	41117368	rs403527	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=665;SC=ATCAGAGGAAGTAGATTCAGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=41117376;WS=41117358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	41117533	rs425320	T	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=48;PP=1175;SC=GCTGGGAGGTTGGGACGACAG;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=41117541;WS=41117523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	41137362	rs9784201	A	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=974;SC=TGGATGGACAACCTGGGGGTT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=41137370;WS=41137352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	41137499	rs12626544	A	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.205;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,91:0.32:286
chr21	41137507	rs2205204	G	C	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=120;PP=2763;SC=CAAAATGCAAGAGTCCTGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=139;TCR=120;TR=259;WE=41137515;WS=41137489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr21	41142775	rs73217279	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	41142803	rs2837199	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCGAGAGGCATGGTCATGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=41142811;WS=41142793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr21	41142940	rs2837200	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=748;ReadPosRankSum=1.703;SC=CCCGGCTCCCGGATATTTCCT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=49;WE=41142948;WS=41142930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr21	41143246	rs62237180	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ATCATATGGCGACCTTGATTT;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=41143254;WS=41143236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr21	41160242	rs456818	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=362;SC=ATTAAGTACCAGAGGTAGACA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=41160250;WS=41160232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	41165301	rs464574	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=396;SC=CATTCTAAAGAGATGGGATCT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=41165309;WS=41165291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr21	41165677	rs463903	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=488;SC=CTCCATATCAGCTGGTCAGCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=41165685;WS=41165667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	41297873	rs2037920	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=944;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTGAATCTGGGGTATTTAGAA;SOR=0.457;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=160;TCF=112;TCR=48;TR=62;WE=41297881;WS=41297863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr21	41297992	rs2037921	C	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1218;ReadPosRankSum=0.992;SC=CATTCTCTTCCTTACACACTC;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=161;TCR=164;TR=95;WE=41298000;WS=41297982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,99:0.29:339
chr21	41434671	rs2837408	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=271;SC=AAATTACAGTTTTTTCTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=41434679;WS=41434661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	41434841	rs2837409	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;PP=605;SC=GGAAAGAAAGTTAACATTAGT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=41434849;WS=41434831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	41452034	rs2837424	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=430;ReadPosRankSum=1.126;SC=CTCTTCTGGCCGGGAAAAGAA;SOR=1.165;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=28;WE=41452042;WS=41452024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr21	41506058	rs403892	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr21	41514421	rs11701139	G	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=1.492;SC=AACTAGGAGGGGTCTGCAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=14;WE=41514429;WS=41514411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr21	41514688	rs35155500	TA	T	1783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=36;PP=1505;SC=AGCAAAGCAATAACCGAAAAA;SOR=2.256;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=37;WE=41514696;WS=41514678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	41516366	rs2297266	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=793;SC=GGGCAGACCCGAGGGAACCTT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=41516374;WS=41516356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	41551175	rs3804022	G	C	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=87;SC=AGTGATTTCTGAATGCAATGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=41551183;WS=41551165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	41668217	rs3818651	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=1.256;SC=CTGTTTCATACACATGGGACA;SOR=2.200;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=16;WE=41668225;WS=41668207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr21	41684090	rs34336407	C	T	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1497;ReadPosRankSum=0.806;SC=TGTGCATGAGCGAGAGATTGG;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=93;WE=41684098;WS=41684080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr21	42598068	rs57826923	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.125;SC=CGTCAGTATACTTTTTTTTTG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=42598076;WS=42598058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr21	42598396	rs9305731	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.733;SC=GGGGGATACCAATATGTATGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=42598404;WS=42598386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr21	42615293	rs2252576	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr21	42622657	rs960231	G	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=850;SC=CATGGTTTCTGATGTGATCTT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=42622665;WS=42622647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	42688931	rs66482320	C	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TTAGCAAAAGCGGGAGGGCTG;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=88;WE=42688939;WS=42688921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,95:0.79:120
chr21	42694633	rs2838010	A	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=59;PP=1787;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CTTGCCCTGGAAAGCATTCCT;SOR=0.690;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=210;TCF=109;TCR=101;TR=127;WE=42694641;WS=42694623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,141:0.61:233
chr21	42710175	rs2158354	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=414;SC=TGGAAACCCTTCCCCCTCAGG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=42710183;WS=42710165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	42710566	rs2253894	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.566;SC=GAGAGCATCCAAGTGGAAATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=42710574;WS=42710556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	42716275	rs4818234	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=0.380;SC=GCACCAAGGCGAATGCAGACT;SOR=1.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=42716283;WS=42716265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr21	42716548	rs1859297	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr21	42717662	rs417708	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr21	42767733	rs440364	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=270;SC=TCAGGAAAGCTCTGGAATTAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=42767741;WS=42767723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr21	42775180	rs459763	C	T	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=15;PP=1420;SC=CTCCTTTTTGCTTTTTTTGGT;SOR=2.206;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=65;WE=42775188;WS=42775169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr21	42803858	rs463856	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GGACATCACCATGAACAACTA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=10;WE=42803866;WS=42803848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr21	42808015	rs468207	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=46;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TACCACAGACAGGGTGGCTTA;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=58;WE=42808023;WS=42808005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr21	42808054	rs468451	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCTCACAGTTCTGGAGACTGG;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=19;WE=42808062;WS=42808044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr21	42809136	rs112529047	T	C	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1657;ReadPosRankSum=1.277;SC=TGGGGTCTGTTTGTAACTGTT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=107;WE=42809144;WS=42809126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,120:0.71:168
chr21	42809206	rs468646	A	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=-0.162;SC=ACATCAGGCCACGGTTCCTTC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=34;WE=42809214;WS=42809196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr21	42812891	rs467960	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=-0.797;SC=ATGTGGACATCGCCACCACAG;SOR=0.554;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=63;WE=42812899;WS=42812881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr21	42813933	rs145807679	A	AGTGTGT	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.818;NF=0;NR=14;PP=683;ReadPosRankSum=1.802;SC=AGATGTGTGGAGTGTGTGTGT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=42813941;WS=42813923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr21	42817582	rs469288	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCCTTCTTCACTCCCCCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=42817590;WS=42817572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr21	42817612	rs469382	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AAGACATCTGGCCCGTAGCAC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=42817620;WS=42817602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr21	42817930	rs469390	G	A	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=1694;ReadPosRankSum=0.950;SC=TTGACAGAAAGTTAATGCCTT;SOR=0.352;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=100;WE=42817938;WS=42817920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
chr21	42818106	rs467773	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=603;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CTGCTACAACCGAATACCTGA;SOR=1.662;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=30;WE=42818114;WS=42818096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr21	42818132	rs364199	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=333;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGTCATTTATAAACAGTAGAA;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=42818140;WS=42818122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr21	42821265	rs2280807	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TTCTAAAGAAAGGAAAGGTTC;SOR=0.407;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=20;WE=42821273;WS=42821255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr21	42824449	rs2072683	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GTTTCACTCACGTTGGGTAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=42824457;WS=42824439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr21	42824661	rs1050008	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=465;ReadPosRankSum=0.239;SC=ACAGGGGTGCATTGCAGAAGG;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=43;WE=42824669;WS=42824651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,44:0.29:151
chr21	42824733	rs469304	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.610;SC=GGGCTTTCCAGTCCAGCTCGG;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=76;WE=42824741;WS=42824723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,83:0.61:137
chr21	42824874	rs467798	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-1.078;SC=TAGTCTTGCTCTCTCTGTAGG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=42824882;WS=42824864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr21	42830399	.	A	AGTCCCCTCCTCACAGTGTCCCCTCCTCACAGT	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,8:0.16:50
chr21	42830690	rs1557370	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=4.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,103:0.29:356
chr21	42838138	rs73905370	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AAAGGTGGAAAATAATTTTTT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=6;WE=42838146;WS=42838128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr21	42840580	rs462321	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-1.587;SC=CAGCCCTATTTTCCAGCCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=42840588;WS=42840570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr21	42842713	rs112132031	C	CCTAAGGCCTCGGG	2688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=2900;SC=GCGGGTATCACCTATGTCTCC;SOR=2.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=30;WE=42842721;WS=42842703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	42843960	rs464431	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.34;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	42843960	.	AGT	GGA,GGT	498	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10,14;NR=20,32;PP=498,152;QD=18.3822624954;SC=CAGAGCTCTCAGTGGATGAAC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=30,46;WE=42843970;WS=42843950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.64:47
chr21	42843962	rs458213	T	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr21	42845374	rs2298659	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=605;ReadPosRankSum=0.965;SC=GCGCGCTCTCGCCGCCCACAA;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=27;WE=42845391;WS=42845364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
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chr21	42852320	rs734056	C	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=452;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TGTGCCGGTGCTTTCACAGGG;SOR=0.996;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=27;WE=42852328;WS=42852310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr21	42852497	rs12329760	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,63:0.22:280
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chr21	42860485	rs386416	G	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1800;ReadPosRankSum=0.565;SC=GCTGAGAAACGCAATGAGCCT;SOR=0.405;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=56;WE=42860502;WS=42860475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr21	42860494	rs3819138	C	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=850;ReadPosRankSum=-2.174;SC=CGCAATGAGCCTCATGGAGTG;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=24;WE=42860502;WS=42860475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr21	42860593	rs3787947	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=2.352;SC=GAGATGAAGTCTCATTCTGTC;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=42860601;WS=42860583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr21	42861545	rs144948620	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=813;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AGAGTGCAACGTTCAGACCAG;SOR=0.988;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=167;TCF=75;TCR=92;TR=62;WE=42861553;WS=42861535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,65:0.36:180
chr21	42879909	rs75603675	C	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=6.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr21	43133198	rs62214243	C	T	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=52;PP=1486;SC=TAGTGCCTGTCTCTGAATGAT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=70;WE=43133206;WS=43133188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	43133242	rs58060925	A	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.99;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	43133243	rs10610453	AT	A	674.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.17;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	43133247	rs60605755	T	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	43161357	rs3746891	T	C	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=100;PP=2965;SC=TCTGAGGTCATGGCCTCCTTG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=115;TCR=100;TR=215;WE=43161365;WS=43161347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr21	43161805	rs2838113	G	A	5305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=1.703;SC=TGCTAGACTCGTCCCCGTTCT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=201;TCR=145;TR=220;WE=43161813;WS=43161795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,235:0.65:364
chr21	43164345	rs2277790	A	C	306.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=249;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CCTGCCATAGACCGCATGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=43164353;WS=43164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr21	43165824	rs34366846	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5045;FS=6.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=306;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GGGAGAGTGGTCCGGGCGGCG;SOR=2.786;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=43165832;WS=43165814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr21	43177124	rs59885183	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=0.436;SC=TGTCACATCACGAATGCAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=15;WE=43177132;WS=43177114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr21	43221483	rs3850706	A	G	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=41;PP=2860;SC=TGCGGCTGCGAGGGTGGCAAG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=100;TCR=41;TR=141;WE=43221491;WS=43221473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr21	43221826	rs2236696	T	C	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TGATGTTGGTTAAGCCGACTG;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=93;WE=43221834;WS=43221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr21	43222779	rs2838128	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=424;ReadPosRankSum=0.845;SC=TACACTGTGTATAGTAAAAAG;SOR=2.280;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=19;WE=43222787;WS=43222769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr21	43224683	rs2298687	A	G	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr21	43231271	rs28610063	A	G	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=72;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TCTCCCTGACACGTTCCAGGC;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=62;TCR=105;TR=114;WE=43231279;WS=43231261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,116:0.68:170
chr21	43231296	rs28461265	A	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=435;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TAGGGCCTTCAGGAGAAGGTG;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=35;WE=43231304;WS=43231286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr21	43231342	rs28484650	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=103;ReadPosRankSum=0.443;SC=AACGCTCATCCCCAGCCTCGG;SOR=0.144;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=9;WE=43231350;WS=43231332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr21	43236176	rs4075967	G	A	5157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGCGCAGCGCGTGCTTGGTCT;SOR=0.484;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=338;TCF=157;TCR=181;TR=220;WE=43236184;WS=43236166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,233:0.66:353
chr21	43236252	rs28657504	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=90;PP=2529;SC=CTGGGGGCCCATGCCCGAGAC;SOR=2.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=112;WE=43236260;WS=43236242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	43236284	rs4075968	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=831;ReadPosRankSum=0.934;SC=CACAGGCAGCGGCCCGTGCGG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=40;WE=43236292;WS=43236274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr21	43239972	rs28477638	A	G	10066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=ACTCGCGGACATTGTCGTGCA;SOR=0.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=174;TCR=194;TR=367;WE=43239980;WS=43239962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr21	43240356	rs28360602	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=0.885;SC=AAGGTGCGACGGCTCTGTGTG;SOR=1.139;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=20;WE=43240364;WS=43240346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr21	43243585	rs28545527	A	G	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=57;PP=2523;SC=TGCCCTGCCCACAGAACTCTG;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=84;TCR=57;TR=141;WE=43243593;WS=43243575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	43246223	rs28559700	C	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=8;PP=1425;SC=CAAATCTTCCCTGCAATATTC;SOR=2.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=60;WE=43246231;WS=43246213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	43246495	rs28473463	T	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.319;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=643;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GCCAGCATCCTTTCCAGCGCA;SOR=0.359;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=182;TCF=56;TCR=126;TR=61;WE=43246503;WS=43246485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,61:0.33:183
chr21	43254463	rs2839388	A	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=13;PP=1706;SC=CCCATGTGCGACAGCCCTGGT;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=43254471;WS=43254453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	43255359	rs2839391	G	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TTACTGGAAAGTTTCCATCTG;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=11;WE=43255367;WS=43255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr21	43255509	rs2839392	C	T	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=70;PP=2043;ReadPosRankSum=0.391;SC=ATCCGTACCGCACAGCGGCCG;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=158;WE=43255517;WS=43255499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,162:0.72:226
chr21	43255727	rs2839393	T	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=887;SC=TCCACGCCTGTGTCTGTTATG;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=35;WE=43255735;WS=43255717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	43256252	rs4920098	C	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=57;PP=2860;SC=AGGAAACGTGCTGCTTTAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=43256260;WS=43256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr21	43256438	rs4920101	T	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=491;SC=GCTGCAGAGATGATCGCCCAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=43256446;WS=43256428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	43258000	rs8127003	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=1118;SC=GCTGCCAGCATTGTCTGTCCA;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=52;WE=43258008;WS=43257983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	43258138	rs76107411	C	T	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2323;ReadPosRankSum=2.541;SC=CAGGCTCATCCGGAGGGACCT;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=239;TCF=127;TCR=112;TR=153;WE=43258146;WS=43258128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,161:0.64:252
chr21	43258353	rs6586335	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=290;SC=ACATTTACTAGTACAAACAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=43258361;WS=43258343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	43267260	rs2277793	C	T	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=37;PP=1879;SC=ACTGGCTGGGCTCCGACTCCA;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=43267268;WS=43267250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	43274653	rs2277794	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=599;ReadPosRankSum=0.169;SC=AGGTGGGCTCCGGATCGGGGG;SOR=0.194;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=29;WE=43274661;WS=43274643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr21	43277279	rs3833355	C	CT	1591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.849;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,63:0.37:169
chr21	43279137	rs117860551	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=293;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGTCCAAGCTCACCTGCCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=15;WE=43279145;WS=43279127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr21	43281767	rs62621406	C	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TGATTCCACACGCCCTCCACC;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=61;WE=43281775;WS=43281757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr21	43287301	rs190596064	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.645;SC=TCACACACAGAGTGACCCTGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=43287309;WS=43287291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr21	43298846	rs143393748	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=1.092;SC=GGTCCAGGGACCCCCCCGTGC;SOR=0.487;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=39;WE=43298854;WS=43298836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr21	43298954	rs202107842	C	CG	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	43299261	rs112381381	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.120;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr21	43299327	rs185321045	C	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr21	43309191	rs2839403	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GGTAGTTAACATGGGTGCACG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=43309199;WS=43309181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr21	43314865	rs2839410	T	C	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=74;PP=2692;ReadPosRankSum=1.100;SC=GAAAGCCTGTTTCGACTTGGA;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=136;TCR=105;TR=163;WE=43314873;WS=43314855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,181:0.70:259
chr21	43315057	rs2839411	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCCACCTCCACGAGCAACACC;SOR=0.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=38;WE=43315065;WS=43315047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
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chr21	43327793	rs3746904	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=381;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGCCCAGCACCGAGCTGCCGC;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=25;WE=43327801;WS=43327783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr21	43327856	rs3746906	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr21	43327925	rs79187053	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=999;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AAGGGGTGCCGCTGATGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=70;WE=43327933;WS=43327915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr21	43329572	rs61735800	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=773;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ACCCACCTTCTGAGGATCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=58;WE=43329580;WS=43329562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,64:0.67:95
chr21	43332605	rs201192263	T	TA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr21	43332608	rs11387062	T	TA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-0.253;QD=29.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr21	43332611	rs11387061	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-0.319;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr21	43332623	rs2026283	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.99;QD=26.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,2:1.00:2
chr21	43334669	rs3746907	G	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=2.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=291;ReadPosRankSum=1.638;SC=GGGGCTGGAAGAGCCCCTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=15;WE=43334677;WS=43334659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr21	43334896	rs3746908	A	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=34;NR=45;PP=1375;SC=GGAAGTAGCCACTGGACTCCT;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=43334904;WS=43334886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	43338302	rs2839421	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=935;ReadPosRankSum=1.028;SC=GTCCTTGAGAACGTCAGACAT;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=64;WE=43338310;WS=43338292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr21	43338328	rs2839422	C	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=763;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TTGTCTCAGCCACCTGGTCCT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=45;WE=43338336;WS=43338318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr21	43338400	rs2245036	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCCAATCTCACGTCTTCAGGT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=43338408;WS=43338390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr21	43339143	rs10681050	C	CTGTG	3221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.940;NF=7;NR=36;PP=2972;ReadPosRankSum=2.926;SC=GTGCATGTGACTGTGTGAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=100;TCF=11;TCR=89;TR=43;WE=43339162;WS=43339133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr21	43339154	rs2277796	T	C	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=1.707;SC=TGTGTGAGCATGTGTGTGTGC;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=56;WE=43339162;WS=43339133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr21	43373409	rs112301094	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=29;PP=2547;SC=GACGCCTCCAGGAAAGACCTC;SOR=2.285;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=95;TCR=30;TR=124;WE=43373417;WS=43373399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	43412705	rs61751943	A	G	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ACCCGTGCTCATTCACCTTTA;SOR=0.456;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=115;WE=43412713;WS=43412695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,118:0.67:175
chr21	43413553	rs871546	T	G	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=54;PP=2965;SC=TCAAGAGACTTTGCATATACC;SOR=1.388;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=159;WE=43413561;WS=43413543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr21	43413651	rs871545	T	C	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=142;PP=2965;SC=CTTATTGGTATTGGCCTTGAC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=152;TCR=142;TR=293;WE=43413659;WS=43413641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr21	43413731	rs915837	C	T	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=112;PP=2965;SC=TTTTTCCTTGCGCTTCGTTTC;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=189;WE=43413739;WS=43413721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr21	43495970	rs116951179	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=1.408;SC=CAGTGGAGAGGGCTGGTGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=43495978;WS=43495965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr21	43496001	rs117874798	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGGCCTGCGCGAGTGCGGGAG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=43496009;WS=43495991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr21	43496017	rs220285	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GGGAGGTGTGCTCTCACTTGC;SOR=0.317;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=43496025;WS=43496007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	43496381	rs220286	G	T	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=77;PP=2269;SC=GCTGGGCTGGGGCGGGGCCAC;SOR=1.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=109;WE=43496389;WS=43496371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	43504228	rs7278485	T	C	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=1836;ReadPosRankSum=1.641;SC=CGTCAAGACCTGGGGCCTGCC;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=138;WE=43504236;WS=43504218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,143:0.60:238
chr21	43508597	rs112719730	C	T	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.870;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=90;PP=2591;ReadPosRankSum=3.137;SC=CAAGGTTGGGCTTCCCTCAAT;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=261;TCF=128;TCR=133;TR=167;WE=43508605;WS=43508587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,175:0.64:274
chr21	43510437	rs17114359	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=853;ReadPosRankSum=-1.323;SC=TGAGGAGCTCAATGCCTGCTC;SOR=0.644;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=60;WE=43510445;WS=43510427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr21	43510514	rs2839464	C	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AAGCTCCAGCCACGTCTCCAC;SOR=0.191;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=22;WE=43510522;WS=43510504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr21	43518963	rs113802209	C	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=369;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AGATGAGGCTCTGTTACCTGC;SOR=0.201;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=23;WE=43518971;WS=43518953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr21	43518981	rs113060004	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=393;ReadPosRankSum=1.487;SC=TGCTTCAGAAGAGAAAGCCGC;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=24;WE=43518989;WS=43518971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr21	43523941	rs220111	C	A	3929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2839;ReadPosRankSum=1.012;SC=GTCGTGAAGACGTTGATGGAT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=162;WE=43523949;WS=43523931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,167:0.58:286
chr21	43528708	rs112916866	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=-0.387;SC=ATGCCGGGTGTGGGTTCGTTC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=43528716;WS=43528698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr21	43529515	rs220120	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGGCCGTAAGGTTGTCATGAG;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=43529523;WS=43529505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr21	43529548	rs35742122	A	AG	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=638;ReadPosRankSum=0.583;SC=ATGCCCCAAAATGCCCCTGCT;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=43529556;WS=43529538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr21	43529642	rs8127300	A	C	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CTGTTTTCTCATGGGTTTTGA;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=71;WE=43529660;WS=43529632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,100:0.66:151
chr21	43529652	rs11371744	A	AC	3620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=2933;ReadPosRankSum=1.450;SC=ATGGGTTTTGATTGTGTCTCC;SOR=0.550;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=52;WE=43529660;WS=43529632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr21	43530897	rs220125	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=628;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GGGATGCAGAGCAGTCCTGCT;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=36;WE=43530905;WS=43530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr21	43531008	rs220126	T	C	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=60;PP=1796;ReadPosRankSum=1.521;SC=GTGAGCCCCATGGGCGGTGGA;SOR=0.504;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=215;TCF=125;TCR=90;TR=136;WE=43531016;WS=43530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,141:0.64:222
chr21	43531403	rs220127	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr21	43531553	rs220128	A	C	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.341;SC=CCCGAAGGCTACTGGGTCAAC;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=188;TCR=95;TR=174;WE=43531561;WS=43531543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,176:0.62:286
chr21	43531632	rs220129	T	C	6381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.363;SC=GGAAACTCCATCATGGAGCCA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=448;TCF=237;TCR=211;TR=280;WE=43531640;WS=43531622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,288:0.63:459
chr21	43531848	rs220131	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1293;ReadPosRankSum=0.245;SC=TGCATGGGGACTAGGACTAAT;SOR=0.278;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=81;WE=43531856;WS=43531838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr21	43539293	rs220146	G	A	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1291;ReadPosRankSum=0.944;SC=AGTCGTCAGCGTCACCAACGG;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=78;WE=43539301;WS=43539283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,84:0.60:141
chr21	43539523	rs220147	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=0.803;SC=TGAAAGATGTCGTGTTGTGCC;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=43539531;WS=43539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr21	43541342	rs220150	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=569;ReadPosRankSum=0.082;SC=AAGGTAATGTCGTCAGAGTTT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=42;WE=43541350;WS=43541332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr21	43541478	rs113281382	C	CGT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGTGGGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=43541486;WS=43541468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	43546705	rs220157	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=554;SC=TTCCTTGAGATGGAATATACA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=43546713;WS=43546695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	43547788	rs220158	T	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=36;PP=1925;SC=TCAGCTGCCCTGTGCCCAACA;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=43547796;WS=43547778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	43547873	rs220159	G	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1364;ReadPosRankSum=0.601;SC=CTTTATCAACGACTCCATCGT;SOR=0.915;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=86;WE=43547881;WS=43547863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
chr21	43548239	rs2839470	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=0.866;SC=CTTGCCATGATACCTAGTGCT;SOR=0.515;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=39;WE=43548247;WS=43548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
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chr21	43557698	rs3819142	A	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=630;ReadPosRankSum=-1.519;SC=AATCCAGTCCAACAACTTCAG;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=51;WE=43557706;WS=43557688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,51:0.31:167
chr21	43557735	.	CGCAGGCTGACAGGAAGGTGGGTGCGGAGTGGGGTGGGAGGT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr21	43557759	.	C	T	158	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=10;PP=158;QD=14.8285548113;SC=AAGGTGGGTGCGGAGTGGGGT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=13;WE=43557767;WS=43557749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr21	43676586	rs7281684	A	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=702;ReadPosRankSum=0.374;SC=GGCTGGGTGTACTGGCTACAG;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=53;WE=43676594;WS=43676576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr21	43679438	rs915841	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=189;ReadPosRankSum=0.653;SC=CAGCCGTGCATGTACAGGTGG;SOR=0.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=18;WE=43679446;WS=43679428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr21	43679513	rs915842	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.492;SC=CCTGCAAAATCGAAAATGTCT;SOR=0.323;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=15;WE=43679521;WS=43679503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr21	43679554	rs915843	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AAAAGGGTGCCGATGTCTGGC;SOR=0.415;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=11;WE=43679562;WS=43679544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr21	43697129	.	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chr21	43697195	rs2234718	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.862;SC=TGGGACAGGCAACATTTCAGG;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=6;WE=43697203;WS=43697185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr21	43711805	rs55934803	T	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GCATGACGGCTGGGCTTCCCT;SOR=0.301;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=14;WE=43711813;WS=43711795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr21	43716241	rs11910928	A	G	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=56;PP=2316;ReadPosRankSum=-0.897;SC=GGCTGGGAGAACGTCCTCCCT;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=145;WE=43716249;WS=43716231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,154:0.65:238
chr21	43720525	rs1023156	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=1.223;SC=ACACACACATACACACACATA;SOR=0.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=20;WE=43720533;WS=43720515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr21	43766560	rs225334	G	A	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=63;PP=2965;SC=ATTTCATGAAGTATGAAGCTG;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=172;WE=43766568;WS=43766550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr21	43767500	rs225337	T	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=25;PP=1603;ReadPosRankSum=1.754;SC=GCACTGAGGCTGCGAGGCAGC;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=90;WE=43767508;WS=43767490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,90:0.66:136
chr21	43769909	rs34333540	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.496;SC=GGCCTCCTCCGGCCCCTGCTC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=43769917;WS=43769899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr21	43770926	rs5844113	CT	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.929;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr21	43786512	rs225358	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=306;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GGAAGAAGCACGCCTTACCTG;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=25;WE=43786520;WS=43786502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr21	43786606	rs2156310	G	A	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GGTGGCCATTGCCTCCTCTCT;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=123;WE=43786614;WS=43786596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,134:0.64:209
chr21	43792869	rs13047838	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-1.525;SC=TCCCCTTCCTCTTCAGGTTTT;SOR=0.842;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=34;WE=43792877;WS=43792859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr21	43796913	rs1078272	T	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTCTGGTGTGTCGCAACAGCG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=43796921;WS=43796903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	43803412	rs8129105	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TCACTGCCCCTGCTCCCAGAG;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=10;WE=43803420;WS=43803402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr21	43805637	rs2839501	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=636;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TATCTGAACTCACATAGCTGC;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=62;WE=43805645;WS=43805627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,66:0.32:208
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chr21	43808964	rs225432	T	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=240;SC=TGGACCCATTTTACAGATGGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=43808972;WS=43808954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr21	43862466	rs2254368	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGATTTAGACGTGTGTGTGAC;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=43862474;WS=43862456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr21	43863521	rs868092	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-0.630;SC=ACACCTGTCCACAGGACAGTA;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=34;WE=43863529;WS=43863511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr21	43864519	rs4920104	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=0.725;SC=CTTCTAGCCCGGGGGTCTCGC;SOR=0.086;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=43864527;WS=43864515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr21	43892775	rs11203205	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=248;SC=GAGCAGTGGCGCGATCTCCAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=43892783;WS=43892765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	43892875	rs1043807	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
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chr21	43955427	rs228056	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GAAACTGAACAGAAAATGCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=43955435;WS=43955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr21	43959770	rs228063	A	G	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1603;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AAGGGTTTGGATCCGTGGCTC;SOR=1.013;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=97;WE=43959778;WS=43959760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,99:0.56:178
chr21	43959908	rs58348531	TC	T	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=60.47;MQRankSum=1.187;NF=0;NR=10;PP=278;ReadPosRankSum=0.666;SC=ACAAAGTCCTTCCCTTTCTCT;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=43959916;WS=43959898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr21	43963759	rs228075	A	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=932;ReadPosRankSum=0.102;SC=GAGGCCTCGGATTTCCCTGCC;SOR=0.270;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=50;WE=43963767;WS=43963749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr21	43967084	rs118178746	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACTCATTTAATGTGAATCCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=43967092;WS=43967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
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chr21	43974317	rs75870471	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TTTGAGCCACGTCGGCTCTCT;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=31;WE=43974325;WS=43974307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr21	43979127	rs118032072	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=7.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr21	43979265	rs79334525	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=543;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AAGTCTGGTCGGTTGATGATT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=30;WE=43979273;WS=43979255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr21	43979289	rs2839551	C	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CTTAAAAAGACATCTGTGGTT;SOR=0.236;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=20;WE=43979297;WS=43979279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr21	43979389	rs2839553	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GATATTTGTTCGCCTCATACC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=43979397;WS=43979379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	43984190	rs112603915	A	G	97.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GCACTTGAACAGCTTCCCTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=43984198;WS=43984180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
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chr21	43985016	rs915874	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr21	44118958	rs1515755	T	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr21	44163839	rs6586344	A	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=34;PP=1474;SC=GAGATCCTCCACATTCGTCCG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=44163847;WS=44163829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	44171132	rs35998613	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr21	44180866	rs55905735	ACC	A,AC	1590.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=39,39;NR=5,5;PP=311,857;SC=ACCCAATTCCACCCCCCCTCA;SOR=3.958;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=44,44;WE=44180875;WS=44180856;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:47
chr21	44180916	rs1547379	G	A	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=41;PP=2867;SC=AAACACCTACGCCCTGTTTTC;SOR=1.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=104;TCR=42;TR=145;WE=44180924;WS=44180906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	44182135	rs2269168	C	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=642;ReadPosRankSum=1.330;SC=GTTGCTCCCCCGTGCAGGTAC;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=40;WE=44182143;WS=44182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr21	44185794	rs2284970	TC	GA	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	44188175	rs9982811	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=292;SC=AGCCAAGCTCAGTTGCATGGT;SOR=2.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=20;WE=44188184;WS=44188165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	44188249	rs68104891	GC	G	2593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=17;PP=1729;SC=GCAGCAGCAGGCCCGTGTTCT;SOR=1.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=44;WE=44188257;WS=44188239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	44188475	rs34734386	C	CA	3345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=47;PP=2219;SC=TTGCGTTAAACGAGCACGCCT;SOR=2.365;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=48;WE=44188493;WS=44188465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	44188485	rs2284977	T	A	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=44;PP=1273;SC=CGAGCACGCCTGGGTGGTCCC;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=44188493;WS=44188465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44189277	rs113406948	TCAC	T	2796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TGAGTAACTGTCACCACATGT;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=42;WE=44189287;WS=44189267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
chr21	44189329	rs13046985	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=55;PP=1879;SC=ACACACAGGCACACACACATA;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=96;WE=44189337;WS=44189319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr21	44189406	rs13048617	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TACACACAGACGCACATACAG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=44189414;WS=44189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr21	44189440	rs13048632	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TACACACACGCACACAGCTAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=44189448;WS=44189430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr21	44190727	rs13048753	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=710;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GGTTTCCGCACGGAGCACCTG;SOR=0.253;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=42;WE=44190735;WS=44190717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr21	44192449	rs117459332	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGCTTTCACGTTGCAGCACC;SOR=0.042;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=44192457;WS=44192439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr21	44192747	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.853;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.461;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr21	44270402	rs6586251	C	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=23;PP=770;SC=GAACATGGGACTCGGCCACCA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=44270410;WS=44270392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	44273858	rs15736	G	A	8226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=149;PP=2965;SC=TAGACCACAGGAGTGCTTGCC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=140;TCR=149;TR=289;WE=44273866;WS=44273848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr21	44274845	rs1107831	A	G	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=148;PP=2965;SC=CCCACATATCAAGGAAGAGGA;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=106;TCR=148;TR=254;WE=44274853;WS=44274835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr21	44275945	rs62215012	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=1.718;SC=CCGTCAGGTAGGGTGACAGAG;SOR=0.526;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=21;WE=44275953;WS=44275935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr21	44279668	rs149300976	C	CCAGGGGCCAGCGATCCA	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=1880;SC=CCACAGCCAGCCAGGGGCCAG;SOR=2.670;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=44279676;WS=44279658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	44283830	rs62219107	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=1.717;SC=TTTCCAGCTGCTGAAGGTGGT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=31;WE=44283838;WS=44283820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr21	44293744	rs2248490	C	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=70;PP=2965;SC=AGCTGCCAGACTTGGAGAAGG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=171;WE=44293752;WS=44293734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr21	44296933	rs71332377	AT	A	2729.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=45;PP=2391;SC=GAAATAACAAATTTTTTTTTT;SOR=3.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=46;WE=44296943;WS=44296923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44296935	rs116944707	T	A	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=40.28;SOR=3.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44323590	rs4148973	T	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=50;PP=1823;SC=CTTCATCCTCTTCCAGCTCCT;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=44323598;WS=44323580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	44324365	rs10595	G	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=58;PP=1684;SC=CGCGCCAGGGGACGACCGAGG;SOR=2.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=75;WE=44324373;WS=44324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	44327015	rs2839604	G	A	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=60;PP=1969;SC=CTCTTTAAATGAGACATCGTT;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=44327023;WS=44327005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr21	44328830	rs4148976	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=798;SC=AAGCGCCTGTATGTGAGCCAA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=44328838;WS=44328820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	44371114	rs451887	T	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=61;PP=1858;SC=TGTGATATTATTCATAATATC;SOR=2.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=44371122;WS=44371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	44424689	rs3216136	G	GA	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=457;SC=TTCGTGTTCAGAAAAAAAGCC;SOR=2.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=16;WE=44424697;WS=44424679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	44430325	rs234781	T	C	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=51;PP=1210;SC=ATCCAGAAACTGATAATTTAG;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=44430333;WS=44430315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	44445185	rs234719	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=549;SC=CCAACTGAGACGGGGTCTTGC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=44445193;WS=44445175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	44448763	rs170916	G	C	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=36;PP=2605;SC=TCCTGTATAGGGTCTTTACGA;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=127;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	44448775	rs234728	G	A	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=TCTTTACGAAGGCTGTTTTCA;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=153;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr21	44449095	rs234729	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=172;SC=TGGTGAACGAGAGTGCGTGGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=44449103;WS=44449085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	44449917	rs234733	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=678;SC=TAGGTCAAACGAGCAAACAGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=44449925;WS=44449907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	44452424	rs141407897	T	TTCCCTCACCACCCTCCGTCTCTTCG	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	44452455	rs378528	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=105;SC=CTTCGGCTGCTTGCTCTTTAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=44452463;WS=44452445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	44475877	rs8132811	C	T	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=42;PP=2589;ReadPosRankSum=1.792;SC=TCTTGGGGGCCGTGCCGTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=124;WE=44475885;WS=44475867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr21	44476759	rs234701	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=251;SC=TGGGAGGCCCAGGCATAAAGA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=44476767;WS=44476754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	44485350	rs234706	G	A	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=107;PP=2965;SC=CGGTGGTGTCGTAGTGAGCCA;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=202;WE=44485358;WS=44485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr21	44486271	rs234707	G	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=463;SC=CTGCAGCTCAGCCATCCCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=44486279;WS=44486263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	44486324	rs234708	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=925;ReadPosRankSum=1.289;SC=CAGCCAGCCCTGGCCACCCCC;SOR=1.426;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=47;WE=44486332;WS=44486314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr21	44487891	rs234713	G	A	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=130;PP=2965;SC=AACTCACTTGGCCTTGGTCAT;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=248;WE=44487899;WS=44487881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr21	44488033	rs234714	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=49;PP=1453;SC=TCCCTCCACGTTCTTGAGCCT;SOR=3.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=56;WE=44488041;WS=44488023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	44515685	rs2839634	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=848;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TCGTTATACATTACAAAGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=51;WE=44515693;WS=44515675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
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chr21	44579990	rs68189421	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=72;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CACTATAGATGTACCACACAC;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=44579998;WS=44579980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr21	44837551	rs430552	G	A	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,252:0.57:445
chr21	44837555	rs430554	G	A	16827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=185;PP=2634;SC=GCTGGCGGGGGCCTGGCACAC;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=449;TCF=260;TCR=189;TR=443;WE=44837563;WS=44837541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr21	44838413	rs140222760	C	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
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chr21	44846016	rs3746951	C	T	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=1550;ReadPosRankSum=0.740;SC=TGGCCCTGACCCTGGCCCGCG;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=160;TCR=205;TR=128;WE=44846024;WS=44846006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,140:0.36:394
chr21	45053011	rs7277539	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=1.113;SC=ATATACGATAAGTATTCAATA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=45053019;WS=45053001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr21	45064296	rs2246602	C	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-0.880;SC=CATAAAATTACTCAAGATATT;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=30;WE=45064304;WS=45064286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr21	45076373	rs2838340	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=274;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GGACTGTAAGAGTACCTTAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=14;WE=45076381;WS=45076363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr21	45076443	rs2838341	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=631;ReadPosRankSum=0.347;SC=GTTACCACCAATGACTGCTGA;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=103;TCR=48;TR=50;WE=45076451;WS=45076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr21	45077865	rs2838342	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-1.146;SC=GTCTCCGAGCGCACGGGGCGA;SOR=1.473;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=45077873;WS=45077855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr21	45078035	rs2838343	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,78:0.32:246
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chr21	45092095	rs11909064	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr21	45096206	rs2155722	G	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=874;ReadPosRankSum=-0.946;SC=AAATTGCTGCGAAGACGAAGG;SOR=1.012;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=69;WE=45096214;WS=45096196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr21	45107285	rs2838348	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GAACTTTCCTCGTGGTAGAAT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=6;WE=45107293;WS=45107275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr21	45107518	rs7279959	A	G	7025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=134;PP=2965;SC=GTGCAGCCCCATCCCTGGAAC;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=116;TCR=134;TR=250;WE=45107526;WS=45107508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr21	45107562	rs9306160	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=673;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GCCTCTGGGCTGAAAGCCCTG;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=52;WE=45107570;WS=45107552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,52:0.30:173
chr21	45152500	rs2276528	G	A	3983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=104;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TTGTGTCATCGTTGCTTAATA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=109;TCR=169;TR=169;WE=45152508;WS=45152490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,174:0.60:289
chr21	45153751	rs13050307	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CCAGACACACAAGGCCCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=45153759;WS=45153750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr21	45169005	rs9974827	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=1047;ReadPosRankSum=2.295;SC=TTATTTTTCAAGATGGGTCTC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=61;WE=45169013;WS=45168995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr21	45170285	rs1106797	A	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=35;PP=1415;ReadPosRankSum=1.693;SC=GGGGATGGGGATTTCCAGAGC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=98;WE=45170293;WS=45170275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,106:0.62:172
chr21	45170614	rs3042235	A	ATG	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-1.758;SC=ATGTTTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=45170622;WS=45170604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr21	45172628	rs2010795	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=0.650;SC=ATCCAGCACCGGGATGACACC;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=18;WE=45172636;WS=45172618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr21	45175958	rs7527	T	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1204;ReadPosRankSum=0.138;SC=CCCCGCCGCTTGCCCGTGACA;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=88;WE=45175966;WS=45175948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,92:0.68:136
chr21	45196323	.	CGCGCGGGGCGGG	C	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=1312;ReadPosRankSum=0.967;SC=CAAGAAGGGACGCGCGGGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=45196342;WS=45196313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr21	45210932	rs2276246	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=995;ReadPosRankSum=1.061;SC=TTAGGAAACCGTCAAGGTTCG;SOR=0.926;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=64;WE=45210940;WS=45210922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr21	45214953	rs2838370	G	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=685;ReadPosRankSum=0.609;SC=TGCTGGGGCCGGCAGAGGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=32;WE=45214961;WS=45214943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr21	45215046	rs2838371	T	C	5379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.12;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,134:0.60:223
chr21	45215051	rs2838372	A	G	5478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.31;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,143:0.61:235
chr21	45217456	rs2070537	G	A	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=2094;ReadPosRankSum=1.091;SC=CCGACGGGGCGGTGGAGCTGG;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=119;WE=45217464;WS=45217446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,120:0.70:172
chr21	45217559	rs2838378	T	C	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=89;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TCTGCAGAATTGCTGCCCGGA;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=170;WE=45217567;WS=45217549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,178:0.71:249
chr21	45220570	rs731935	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=0.197;SC=TGGGTGCCTTTGCCTTGTCCT;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=45220578;WS=45220560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr21	45220626	rs3216106	A	AC	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GGACCCTGAGACCGTCCCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=45220634;WS=45220616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr21	45220787	rs2329576	A	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=73;PP=2965;SC=GGCACTGACAATGGCACCACC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=174;WE=45220795;WS=45220777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr21	45222058	rs4818868	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACACATTGTCAGGAGGTGGTG;SOR=0.088;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=45222066;WS=45222057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr21	45514141	rs11287102	TG	T	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=608;SC=TTTGGGAGGGTGGGGGTGAAA;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	45514149	rs9941801	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=455;SC=GGTGGGGGTGAAAAAATGAAA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	45514168	rs4819371	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=264;SC=AAGATGGCATCATGTTCTTTA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=45514176;WS=45514158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	45514188	rs4818879	A	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=164;SC=ATAATCTGAAAAACTGAATAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=45514196;WS=45514178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	45522595	rs111964977	C	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=707;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TAACGACGGCCGTGACTCTCG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=49;WE=45522603;WS=45522585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr21	45527112	rs72257518	GCTC	G	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=1;PP=925;SC=GGGCGACGCAGCTCCTCCTGC;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=45527122;WS=45527102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	45527460	rs2850153	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.05;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	45528919	rs2020945	G	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=65;PP=2399;SC=TTTTACCTGCGATGGAAATTC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=125;WE=45528927;WS=45528909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	45534032	rs2243999	C	T	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=97;PP=2965;SC=GGGGTAGCTGCGCGGTGGTGA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=205;WE=45534040;WS=45534022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr21	45538512	rs5844173	TG	T	898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=879;SC=AGTGAATTGTTGGAGTCTGGT;SOR=4.174;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=22;WE=45538520;WS=45538502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	45538647	rs756553	T	C	6671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=93;PP=2965;SC=TCTGCAGCATTTCAGATCAGA;SOR=1.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=135;TCR=93;TR=228;WE=45538655;WS=45538637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr21	45538725	rs756554	C	A	5625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=113;PP=2965;SC=GTTTGTCCCCCGCCTGGGTGG;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=195;WE=45538733;WS=45538715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr21	45538782	rs756555	A	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=66;PP=1950;SC=GGCTACAGGCATACTTGACAG;SOR=1.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=45538790;WS=45538772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	45539240	rs2855652	G	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=497;SC=GCCTGAGCCGGGTACCCCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=45539248;WS=45539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45539426	rs2071142	G	A	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=55;PP=1870;SC=TCCCCGTCCCGTTGGCCTCTG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=45539434;WS=45539416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	45540143	rs2855653	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=515;SC=AGCATCTTAGGTGGGGCGGCA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=45540151;WS=45540133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	45540207	rs2850157	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=14;PP=1674;SC=GGTCTGCCCCCGCCCCTCCTG;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=72;WE=45540215;WS=45540197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr21	45540919	rs2071143	A	G	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=188;PP=2965;SC=GGGACAAGACAGTGCGCCTAT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=154;TCR=188;TR=342;WE=45540927;WS=45540909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr21	45544594	rs2187313	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=80;PP=2669;SC=CAACCTGTCTTTGGACGCCAT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=45544602;WS=45544584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	45550460	rs11311220	TC	T	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=559;ReadPosRankSum=-1.831;SC=GCATTGACCATCCCCTGTGTG;SOR=1.418;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=45550472;WS=45550450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr21	45553430	rs2187314	A	C	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=60;PP=2965;SC=CCCACCGGCGAACTCACTGGA;SOR=1.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=133;TCR=60;TR=192;WE=45553438;WS=45553420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr21	45553476	rs968713	A	C	9450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GGCTCCGCCCAGAAGGCTGCG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=201;TCR=140;TR=339;WE=45553484;WS=45553466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr21	45553596	rs968714	T	C	10586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=188;PP=2965;SC=GCTGTGAGGGTCCTGGTGGCC;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=172;TCR=189;TR=359;WE=45553604;WS=45553586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr21	45560331	rs2838492	C	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=728;SC=CTCACAGCTGCTTTTCTTGTT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=45560339;WS=45560321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	45561020	.	G	A	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AGGATCTATCGGAATCCTCTG;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=418;TCF=225;TCR=193;TR=127;WE=45561028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,135:0.31:442
chr21	45561039	rs1059813	T	C	12139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=220;NR=210;PP=2965;SC=TGTCTCCCCATCCACAGTCAC;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=431;TCF=220;TCR=211;TR=430;WE=45561047;WS=45561029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr21	45564575	rs2838496	G	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=575;SC=CCAGGAGCGAGTTCTCCTCTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=45564583;WS=45564565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	45565473	rs7676	C	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=48;PP=1720;SC=AAATTGCAGCCCCTCAGCCCC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=45565481;WS=45565463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	45642817	rs35694117	TA	T	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.307;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr21	45643008	rs1048710	A	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=72;PP=2102;SC=AGAAGTCTGTATGCAGACAGC;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=45643016;WS=45642998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	45648880	rs55769116	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.406;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr21	45649494	rs7278772	A	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.931;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=551;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GCCCGGACCCACTCCGGACAC;SOR=0.624;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=47;WE=45649502;WS=45649484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr21	45649640	rs7280853	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=552;ReadPosRankSum=1.428;SC=ACACCCTGGTCGGGGCTGGGC;SOR=0.289;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=42;WE=45649648;WS=45649630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr21	45651413	rs3746962	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-0.390;SC=AAGTGTTGCAAGGAAGTATTT;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=11;WE=45651421;WS=45651403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr21	45655124	rs2070557	A	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=-0.940;SC=ACTGTCGGGCACAGCTCAGCA;SOR=0.191;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=12;WE=45655132;WS=45655114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr21	45656774	rs11558819	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=638;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GTAACCTCAACGCTCAAAACC;SOR=1.019;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=195;TCF=128;TCR=67;TR=55;WE=45656782;WS=45656764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,56:0.27:204
chr21	45658474	rs56124762	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GAGGTAGTTAAGCCCATCACA;SOR=0.988;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=27;WE=45658482;WS=45658464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr21	45660835	rs2847224	C	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCGCTCCCGCCGCGCCCGAGG;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=45660843;WS=45660825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr21	45670770	rs7354779	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr21	45670869	rs35874964	CG	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.105;NF=3;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GAGGGGGGGCCGGGGGGGCTG;SOR=0.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=6;WE=45670877;WS=45670859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr21	45675877	rs2070563	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAGTCCCGGGGGGTGGCCTG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=5;WE=45675885;WS=45675867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr21	45675904	rs73366550	T	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=496;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AGTCAGGTGTTTAGAGGCATC;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=24;WE=45675912;WS=45675894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr21	45681153	rs2070565	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=592;SC=GGGGATGCTGTGTCAGGACAC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=45681161;WS=45681143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr21	45712357	rs5844181	AC	A	197.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=1.593;SC=AGGCTGGGCCACCCCCTCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=45712365;WS=45712347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr21	45726504	rs55966702	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.113;QD=17.16;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
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chr21	45726790	rs2070571	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GAGGGGGAGCTTGGGGCCAGG;SOR=2.419;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=45726798;WS=45726780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr21	45732116	rs1057034	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
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chr21	45742115	rs2277808	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=1.441;SC=GTACCTGGGGGCAGGAGGGCC;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=14;WE=45742123;WS=45742105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr21	45743594	rs12482028	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=424;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGCCTGTCCCCGGCCCACCCT;SOR=0.522;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=23;WE=45743602;WS=45743584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr21	45746214	rs4818905	A	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
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chr21	45750248	rs11552067	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=0.347;SC=CACCCGGCACGGCGAGGCTGC;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=49;WE=45750256;WS=45750238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,51:0.29:176
chr21	45784271	rs2276252	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGCTGGCAAAGCTCCAGGGTG;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=45784279;WS=45784261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	45789011	rs34543751	A	AG	1348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=1344;SC=CCTGGGTGTCAGGTGCCCCTC;SOR=2.891;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=32;WE=45789019;WS=45789001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	45789352	rs45552731	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-0.431;QD=27.97;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr21	45799164	rs2838556	T	C	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=46;PP=897;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CCAGGACTCATGGACCGATGC;SOR=1.271;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=54;WE=45799172;WS=45799154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr21	45811343	rs1556314	T	G	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=67;PP=1859;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TGGTGGAGGATCCCGAGCGCC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=96;TCR=106;TR=126;WE=45811351;WS=45811333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,130:0.62:210
chr21	45817620	rs1785436	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GTGGCTCCTCTGGTCCCCAGA;SOR=0.407;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=42;WE=45817628;WS=45817610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr21	45821794	rs1785437	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=455;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CAGCCCCACCCGCTTTTCCAC;SOR=0.874;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=31;WE=45821802;WS=45821784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr21	45825975	rs1614122	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.672;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=302;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GGTGGGCCTCGGGGAGGGCAG;SOR=0.169;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=24;WE=45825983;WS=45825965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr21	45826434	rs1785454	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.196;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CAGTGAGCATCGGGGGCCAGG;SOR=0.174;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=29;WE=45826442;WS=45826424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr21	45826462	rs1618355	C	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=378;ReadPosRankSum=0.612;SC=AGCCCACACACTCTCTGTCCT;SOR=0.404;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=32;WE=45826470;WS=45826452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
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chr21	45837790	rs1785452	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=899;ReadPosRankSum=-2.282;SC=CTCGAGGTGTTGCTTTCTCCT;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=72;WE=45837798;WS=45837780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,78:0.39:201
chr21	45843707	rs35058894	TGAG	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.967;NF=0;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=0.732;SC=AGGAGGGCTCTGAGGAGTGAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=45843717;WS=45843697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr21	45844601	rs13050999	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TGGTGTCTCACTTTCAAAGGG;SOR=2.566;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=8;WE=45844609;WS=45844591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr21	45844751	rs9978351	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=873;SC=CAGACAGCCCAAGCCCTGCAC;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=45844759;WS=45844741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	45845807	rs762428	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=337;SC=ATCCTGGCTCCCAGCCACTGC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=45845815;WS=45845797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	45854925	rs41277556	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=201;ReadPosRankSum=0.324;SC=GGCTCCTGACGCCCGCTGTCC;SOR=0.431;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=21;WE=45854933;WS=45854915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr21	45861790	rs1055540	T	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=57;PP=1111;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGACTCAGGCTGTTCCTGGGC;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=23;TCR=87;TR=73;WE=45861798;WS=45861780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr21	45942111	rs233230	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=-0.125;SC=ACCCACGAGGACAAGGCCAAC;SOR=1.071;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=18;WE=45942119;WS=45942101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr21	45959195	rs233316	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-4.337;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.463;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
chr21	45959312	rs233317	C	T	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=34;PP=2003;SC=GCAGGCGGGCCGGCATACAGG;SOR=1.247;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=95;WE=45959320;WS=45959302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	45959386	rs233318	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.856;NF=31;NR=22;PP=589;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AAGCCGGCTGGCAGCTAGACT;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=53;WE=45959394;WS=45959376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,55:0.31:180
chr21	45959556	.	A	ATG	2400.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,71:0.28:257
chr21	45959557	.	ATC	A	2397.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,71:0.28:258
chr21	45959918	rs233320	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr21	45970812	rs2329834	G	A	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=86;PP=2965;SC=CTGCTGACACGGGGAGGAGGT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=192;WE=45970820;WS=45970802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	45971380	rs6147532	A	AGTGAGTGAGTGT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.035;NF=0;NR=5;PP=618;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GAGGTGTGTGAGTGAGTGAGT;SOR=1.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=5;WE=45971388;WS=45971370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr21	45978488	rs12483390	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.888;NF=24;NR=19;PP=814;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GGGCCGGGGCGCAGCAGCTGG;SOR=0.394;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=43;WE=45978511;WS=45978478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr21	45978499	rs377549	T	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.00;QD=44.85;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	45978503	rs435424	G	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=45.08;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	45978587	rs448908	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-3.321;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,37:0.29:128
chr21	45978592	rs452472	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-3.275;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,37:0.29:126
chr21	45994843	rs12626886	G	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.057;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=758;ReadPosRankSum=0.355;SC=CTCCTCTGACGCCCCGTGTGC;SOR=0.215;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=47;WE=45994851;WS=45994833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr21	46000398	rs2020221	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=772;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGCAGTCGTCCACTCGCCAG;SOR=1.094;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=47;WE=46000406;WS=46000388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr21	46011149	rs62220886	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=54.07;MQRankSum=-3.067;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TCCTGGTCCCTAAGACAAAGA;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=46011157;WS=46011139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr21	46011170	rs233302	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=53.96;MQRankSum=-2.166;NF=2;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GCCTGCCCCATCTTCTGAGGG;SOR=0.061;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=46011178;WS=46011160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr21	46011468	rs465279	G	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=52;PP=2726;SC=GAGGAGGAGGGTCTGCAGCAG;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=131;WE=46011476;WS=46011458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	46012240	rs543542	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.04;QD=28.30;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	46020473	rs113686885	C	CTCAT	5569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=33;PP=2988;SC=GACTCACTCACTCACTCACTC;SOR=1.347;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=68;WE=46020481;WS=46020463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr21	46020527	rs1211103	C	T	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=79;PP=2965;SC=CCAGCATGGCCGCGTCCACTA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=166;WE=46020535;WS=46020517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr21	46020655	rs36208679	CCTGCTGCGCCCCCAG	C	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=22.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQRankSum=-2.633;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.717;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr21	46021088	rs388827	C	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.72;QD=31.42;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	46021179	rs363877	C	A	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=58;PP=2965;SC=GTCTAGCTGCCAGCCGGCTTG;SOR=1.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=114;TCR=58;TR=171;WE=46021187;WS=46021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr21	46021205	rs389167	C	T	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=94;PP=2965;SC=CCTCCTCCCCCTGCCAGCAGG;SOR=1.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=162;TCR=95;TR=256;WE=46021213;WS=46021195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr21	46021370	rs437149	T	C	10206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=144;PP=2965;SC=GCTGTGTGCCTGTCTGCTCTG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=95;TCR=144;TR=239;WE=46021378;WS=46021360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr21	46021390	rs446817	G	C	9631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=127;PP=2965;SC=GGGGCTTCCAGTTCATGCTGC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=217;WE=46021398;WS=46021380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr21	46021481	rs437334	T	C	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=68;PP=2465;SC=TCTGCCGCCCTGTGTGCAGGC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=137;WE=46021502;WS=46021457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr21	46021494	rs369720	A	G	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=64;PP=2668;SC=GTGCAGGCCCACCTGCTGCGT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=143;WE=46021502;WS=46021457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	46021607	rs370092	A	G	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=134;PP=2965;SC=GCTCCCGCCCAGCCTGCTGTG;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=156;TCR=134;TR=289;WE=46021615;WS=46021597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr21	46021759	rs659638	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=33;PP=921;SC=TGCAGTGGACATCAGTGGTCA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=46021767;WS=46021749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	46032094	rs411254	A	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=64;PP=2325;SC=GACGTGGGCCATGTCAGCCGA;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=134;WE=46032102;WS=46032084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	46047418	rs8126553	C	T	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.008;NF=91;NR=67;PP=2366;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTGTGTGCTGCGTGCCCGTCT;SOR=0.842;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=261;TCF=147;TCR=114;TR=158;WE=46047426;WS=46047408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,145:0.58:251
chr21	46047633	rs8127342	A	G	6903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.407;SC=CAGCAGTCCTACTGTGTGCCT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=199;TCR=186;TR=265;WE=46047641;WS=46047623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,287:0.71:407
chr21	46047710	rs8131142	T	C	5283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.080;SC=GGCTTCCTCTTTGTGCTGCCA;SOR=0.521;SbPval=0.45;Source=Platypus;TCF=110;TR=197;WE=46047718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,217:0.73:298
chr21	46047857	rs9980129	C	T	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=2636;ReadPosRankSum=0.952;SC=CACCTCCTCCCGCCAGCCCAG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=169;WE=46047865;WS=46047847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,178:0.69:259
chr21	46047925	rs9979457	G	T	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=1861;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GCTCCCGCCCGGCCTGCTACA;SOR=0.445;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=128;WE=46047933;WS=46047915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,138:0.64:215
chr21	46047971	rs463217	T	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.850;NF=36;NR=47;PP=1318;ReadPosRankSum=1.667;SC=CTGCTGACGGTCATGTCCCCC;SOR=0.466;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=83;WE=46047979;WS=46047961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
chr21	46048053	rs59484649	G	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQRankSum=-1.120;QD=26.87;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr21	46048060	rs57944973	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQRankSum=-1.388;QD=27.79;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr21	46057393	rs2838602	T	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=600;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TGGCGGGTAGTCGACTGCCCA;SOR=0.317;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=44;WE=46057401;WS=46057383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr21	46057548	rs4818947	A	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.359;NF=35;NR=22;PP=1124;ReadPosRankSum=-2.166;SC=CTCCTGCACAACCCCATGCTA;SOR=0.486;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=57;WE=46057556;WS=46057538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr21	46057612	rs66931310	CCTGCTGTGTGCCTGT	C	3778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.179;NF=23;NR=30;PP=2971;ReadPosRankSum=0.966;SC=TGCCAGCAGGCCTGCTGTGTG;SOR=1.001;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=53;WE=46057634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,98:0.62:158
chr21	46057806	rs4818950	G	A	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=-0.779;NR=84;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CGTCTGCTATGTGCCTGTGTG;SOR=0.738;Source=Platypus;TCR=140;WE=46057814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,178:0.62:288
chr21	46057958	rs4818951	C	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.125;NF=40;NR=42;PP=1410;ReadPosRankSum=0.500;SC=CCGTCCCCTCCTGCGGTGCCT;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=82;WE=46057966;WS=46057948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,81:0.72:113
chr21	46058060	rs13051517	C	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.240;NF=45;NR=50;PP=1312;ReadPosRankSum=0.037;SC=CCTGCTACAGCCTCTGCTCTG;SOR=0.962;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=95;WE=46058068;WS=46058050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,86:0.74:117
chr21	46066764	rs4818952	C	T	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=2608;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TGCCGGCAGTCTAGCTGCCAG;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=157;WE=46066772;WS=46066754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,168:0.64:264
chr21	46067180	rs462007	C	T	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=63;PP=2808;SC=CAGCTGCTGCCGCCCGGCCTC;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=150;WE=46067188;WS=46067170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr21	46074104	rs2073437	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGTTTGCTGTGGGAGGATGT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=46074112;WS=46074094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chr21	46077812	rs2838617	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=651;ReadPosRankSum=0.168;SC=CCCAGATGACAGGACCCAGGT;SOR=0.147;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=44;WE=46077820;WS=46077802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr21	46077946	rs9306111	A	G	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=79;PP=2883;ReadPosRankSum=-2.215;SC=TGCTGCATACACAGCCCCTGC;SOR=0.989;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=279;TCF=153;TCR=126;TR=187;WE=46077954;WS=46077936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,189:0.66:285
chr21	46078220	rs9306112	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=409;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GGTACACACCTGTATCCCTCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=23;WE=46078228;WS=46078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr21	46086377	rs2838622	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.208;NF=25;NR=2;PP=587;ReadPosRankSum=0.241;SC=CAGCAGGAAGAGATACTGTAG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=27;WE=46086385;WS=46086367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr21	46086718	rs7275281	GA	CG	7456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=111;PP=2944;ReadPosRankSum=0.079;SC=TGCCTGGCAGGAGCTGGGCAC;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=261;TCF=88;TCR=173;TR=164;WE=46086727;WS=46086708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,189:0.66:285
chr21	46086757	rs7275298	GC	AT	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.212;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=76;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.653;SC=GGGGCTGGGCGCGCAGCAGGC;SOR=1.236;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=141;TCF=30;TCR=111;TR=93;WE=46086766;WS=46086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,116:0.70:165
chr21	46233868	rs147549284	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=508;ReadPosRankSum=0.346;SC=GGGGAGGCTCTGCGGGGGAGC;SOR=1.048;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=43;WE=46233876;WS=46233858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr21	46271452	rs235314	C	T	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,95:0.64:149
chr21	46271460	rs2236442	T	C	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.71;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,96:0.64:150
chr21	46271660	rs235315	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AACAACGGGCATTGTAAGCAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=46271668;WS=46271650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr21	46276343	rs35432315	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GCACAGCAGCCTTCCCTCGCC;SOR=0.372;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=60;WE=46276351;WS=46276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr21	46281314	rs235276	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=0.722;SC=AACCTCCCCCTCAACGCCTCA;SOR=0.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=25;WE=46281322;WS=46281304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr21	46281948	rs73238097	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GCCCCTTGAACGTCAGGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=46281956;WS=46281938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr21	46285416	rs67786546	T	C	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=64;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GCAGTGTAAATATTAGTCCAG;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=59;TCR=95;TR=106;WE=46285424;WS=46285406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,111:0.70:159
chr21	46293692	rs235373	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=744;ReadPosRankSum=-2.476;SC=CCTCGCCATCTGCCCCGCCCC;SOR=0.365;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=47;WE=46293700;WS=46293682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr21	46311813	rs235326	A	G	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=76;PP=2213;ReadPosRankSum=0.950;SC=ACTGGGGAAGAACCTGCACGG;SOR=0.721;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=247;TCF=130;TCR=117;TR=151;WE=46311821;WS=46311803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,160:0.59:269
chr21	46313442	rs2230529	G	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=961;ReadPosRankSum=0.145;SC=GATCCAGGAAGACCCTGGAGG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=74;WE=46313450;WS=46313432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr21	46314907	rs235330	T	A	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=TCTTAATGAGTTGGACCACAT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=107;TCR=78;TR=185;WE=46314915;WS=46314897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr21	46315022	rs2838725	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ACCTGTGCCACGGCATCTCCA;SOR=0.221;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=66;WE=46315030;WS=46315012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr21	46315091	rs2838726	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=0.244;SC=CGGTCCTCAACGCAGTTTTGC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=16;WE=46315099;WS=46315081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	46320313	rs2230528	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CGCCCAGCTTCCCGTCGCCCG;SOR=0.474;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=58;WE=46320321;WS=46320303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
chr21	46320403	rs5030670	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=543;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAGAAGAAGGCGTGGGGGGCA;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=27;WE=46320411;WS=46320393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr21	46321677	rs5030669	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=946;ReadPosRankSum=0.278;SC=GGCTGGGGAGGTGGCAGGCTG;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=189;TCF=64;TCR=125;TR=66;WE=46321694;WS=46321660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,71:0.36:198
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chr21	46327835	rs3746972	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=0.169;SC=AAATAAAAGTACATCAGCAAG;SOR=0.661;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=21;WE=46327843;WS=46327825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
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chr21	46355531	rs11088970	A	G	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=49;PP=1599;ReadPosRankSum=0.360;SC=AGAGTGCAACATGTCACCTAC;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=117;WE=46355539;WS=46355521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,127:0.69:183
chr21	46355710	rs11088971	A	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1284;ReadPosRankSum=0.688;SC=CAGGATCCTCACGCGTGCCGC;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=76;WE=46355718;WS=46355700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr21	46355833	rs11701737	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=1.066;SC=GGAGAAGCAGACCTGAGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=15;WE=46355841;WS=46355823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr21	46357365	rs4818991	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGAGGTCACCATTACAATGAG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=46357373;WS=46357355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr21	46359427	rs12482042	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=509;ReadPosRankSum=0.805;SC=AAGACCAGCCAGACAACACAG;SOR=0.590;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=46;WE=46359435;WS=46359417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr21	46389189	rs12106389	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=1.749;SC=AGCGGCCGCCCGGAGTGGCGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=3;WE=46389197;WS=46389179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr21	46389212	rs79794356	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGATGACCGAACATTCCTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=46389220;WS=46389202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr21	46393090	rs3827260	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=746;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGCTGACTCACGTGGCTTCTC;SOR=1.013;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=60;WE=46393098;WS=46393080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,64:0.42:154
chr21	46554604	rs200755576	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr21	46572572	rs420085	A	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=47;PP=2000;SC=CTTTTTCAGCATCATGGGGCG;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=121;WE=46572585;WS=46572562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	46596639	rs71324410	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=752;SC=ATGCTTCTAGACAGCATTTTA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=46596647;WS=46596629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	46602483	rs373179300	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr21	46641968	rs1051367	G	A	11832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=215;PP=2965;SC=AGATTACCAAGCCCAACGTGT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=220;TCR=217;TR=434;WE=46641976;WS=46641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr21	46685592	rs1006887	C	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=31;PP=1009;SC=GGAGAACTGGCGTCACAGAGG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=46685600;WS=46685582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	46703256	rs11367431	TG	T	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CAGGGGGAGGTGGGGGGGCAC;SOR=0.143;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=9;WE=46703264;WS=46703246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr21	46825251	.	C	CCT	141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=141;QD=81.0;SC=CTGCGGGGGTCGCGGGGGTCC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=2;WE=46825259;WS=46825241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chr21	46875564	rs914230	T	C	12582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=264;NR=207;PP=2965;SC=ACACCAGCCATGCAGCTACCA;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=472;TCF=264;TCR=208;TR=471;WE=46875598;WS=46875554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr21	46898243	rs13046486	C	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,58:0.28:206
chr21	46910574	rs71240730	G	GGGTCTCT	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=0.651;SC=GCCCACTCCCGGAGCGCCAGG;SOR=0.732;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=10;WE=46910582;WS=46910564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr21	46910654	rs71334070	TAAAG	T	2118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.089;NF=9;NR=26;PP=1321;ReadPosRankSum=1.085;SC=GGTCGGGAAATAAAGAACCCC;SOR=0.560;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=35;WE=46910665;WS=46910644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,64:0.30:214
chr21	46911115	rs143641374	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.995;SC=GATGAAATGCCGGACGCGTGG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=65;WE=46911123;WS=46911105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr21	46916516	rs5844240	AC	A	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.332;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.897;NF=1;NR=29;PP=1041;ReadPosRankSum=0.339;SC=TCCTACAGCCACCCTTGGCTG;SOR=0.211;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=30;WE=46916524;WS=46916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr21	46917782	rs2236478	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=434;SC=GCAGGGCACAAGCCCAGCAAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=46917790;WS=46917772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	46918574	rs2282120	T	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=-0.804;SC=ATGGAAGATGTGCCCATGCCA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=48;WE=46918582;WS=46918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr21	46924425	rs149296338	CGGCCCCCCA	C	2390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.38;MQRankSum=0.628;QD=26.27;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
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chr21	46930924	.	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	46930929	.	ACATCC	A	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr21	46930948	rs116087241	A	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=1.774;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr21	46930959	rs147164507	CA	C	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr21	46930992	rs56335679	A	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr21	46930993	rs55690336	C	A	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr21	46931004	rs148407279	T	TAC	2746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.600;NF=18;NR=27;PP=2966;ReadPosRankSum=0.610;SC=CACACACACATACACACGGTT;SOR=0.397;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=45;WE=46931015;WS=46930976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr21	46932082	rs117866003	C	T	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=45;PP=1668;ReadPosRankSum=0.968;SC=GTTTGACTGACGGCCCGGCGC;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=115;WE=46932090;WS=46932072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,123:0.64:191
chr21	46932328	rs7499	G	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1598;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCCTGGATGCGGATGGCCGGA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=93;WE=46932336;WS=46932318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,99:0.62:160
chr21	46932383	rs8199	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=643;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGCAGGGAGCGGCCGGCCAGC;SOR=0.164;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=28;WE=46932391;WS=46932373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr21	46934826	rs1051298	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CAGCACGTCCGCGGTGACCGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=46934834;WS=46934816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr21	46934861	rs1051296	A	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=653;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGGCTGGCACAAGTGTGGGAG;SOR=0.327;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=39;WE=46934869;WS=46934851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr21	46935077	rs11284347	TA	T	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.733;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr21	46951556	rs12659	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1156;ReadPosRankSum=-1.408;SC=CGCCTGGGCCAGGATTCATGC;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=283;TCF=114;TCR=169;TR=92;WE=46951564;WS=46951546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,100:0.33:307
chr21	46952094	rs914231	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=468;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CCCCACCAGGTGTTAGCAATG;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=47;WE=46952102;WS=46952084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,47:0.28:168
chr21	46954343	rs2330184	T	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=31;PP=2191;SC=GGGCACAGGTTCTGCCCACAG;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=46954351;WS=46954333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	46957794	rs1051266	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,34:0.25:134
chr21	46957916	rs1131596	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CGAAGGTGACGCTGTGCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=10;WE=46957924;WS=46957906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr21	46957982	rs13052294	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.036;SC=TCCCTACCCCGCAAAACGAGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=46957990;WS=46957972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	47320377	rs2075891	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CTGGTTTGCTCCTCCAGCACA;SOR=0.045;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=47320385;WS=47320367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr21	47320425	rs7281638	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=460;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGGGCCAGGCTGCTCCCCACC;SOR=1.204;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=26;WE=47320433;WS=47320415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr21	47320605	rs2075890	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCCAGGCTCTGCCCCTGCCGA;SOR=1.371;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=47320613;WS=47320595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr21	47320633	rs2075889	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.740;SC=CCTGTGCTCTTGGCCAGCCGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=47320641;WS=47320623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr21	47320805	rs1547240	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=0.826;SC=TTCCGTCAGCGGACAGAGGCA;SOR=0.141;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=7;WE=47320813;WS=47320795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr21	47329352	rs2277812	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=444;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CCAGCCAGTGTGGGTCCCTGA;SOR=0.926;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=42;WE=47329360;WS=47329342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
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chr21	47406612	rs754507	C	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=927;SC=AGGCACCGGCCCCCCCCGGCA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=47406620;WS=47406602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr21	47409113	rs8129814	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=0.124;SC=GACTAGGCCTCGGAAACTTCC;SOR=0.272;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=24;WE=47409121;WS=47409103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr21	47409503	rs2277814	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=13;PP=1252;SC=GTGTCTCACCATCTCCTCCTG;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=47409511;WS=47409493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	47410378	.	GAATGGGGCGA	G	1989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.61;MQRankSum=1.902;QD=35.53;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=1.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,51:0.91:56
chr21	47410391	.	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.73;MQRankSum=1.926;QD=38.34;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,46:0.88:52
chr21	47410401	rs201910945	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.49;MQRankSum=1.881;QD=37.15;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr21	47410404	rs371490467	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.74;MQRankSum=1.949;QD=33.14;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr21	47410411	rs111649307	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.02;MQRankSum=2.261;QD=29.51;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr21	47410626	rs1980981	T	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=17;PP=916;SC=AGTCTGACAGTTGATTGGCCT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=47410634;WS=47410616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	47410931	rs1980982	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,83:0.26:321
chr21	47412751	rs2850173	A	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	47412840	rs2075893	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.737;SC=GGCCCCTCAACGTGGCCAGCC;SOR=0.936;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=15;WE=47412848;WS=47412830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr21	47417147	rs148786363	CCAGGCCCTTCGTG	C	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=2747;ReadPosRankSum=0.090;SC=ACACTTGTGCCCAGGCCCTTC;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=9;WE=47417167;WS=47417143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr21	47417206	rs11701583	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=565;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CTCCCCCTGCACTGATGGGAC;SOR=0.660;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=34;WE=47417214;WS=47417196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr21	47417224	rs9979532	A	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=764;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GACTGGGGCCAGAGCCTGGGG;SOR=0.326;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=52;WE=47417232;WS=47417214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr21	47417303	rs2839077	T	C	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1448;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GTGAGGCCTGTGGTCCAACGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=102;WE=47417311;WS=47417293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,104:0.61:170
chr21	47417415	rs2276254	C	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.979;NF=31;NR=37;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CCACTCCCCACCCACACCCGC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=68;WE=47417423;WS=47417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr21	47417432	rs3216137	A	AG	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.102;NF=9;NR=29;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CCGCCCACCCAGGGGGGCCTG;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=38;WE=47417440;WS=47417422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr21	47417578	rs2276255	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=1.210;SC=TCACCATGCTAAGCCTGCTCC;SOR=0.906;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=29;WE=47417586;WS=47417568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr21	47417695	rs2276256	G	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=8.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=307;ReadPosRankSum=2.502;SC=CCAACAGCTCGGGCCCTAGGG;SOR=1.695;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=26;WE=47417703;WS=47417685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	47417975	rs3737437	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=14;PP=979;SC=GGCCTGTGCCAGCCAGTGGGT;SOR=1.863;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=53;WE=47417983;WS=47417965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	47418685	rs148345528	ATG	A	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=756;ReadPosRankSum=-1.035;SC=AGCCCAGGAAATGTGTGTGGT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=30;WE=47418694;WS=47418675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr21	47418728	rs141212516	C	CT	2440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=21;PP=1992;SC=CCTCTCTTATCTTTATTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=48;WE=47418736;WS=47418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47419012	rs4819179	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=664;ReadPosRankSum=-1.511;SC=ACGGGGCCAGCGCGCAGATGC;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=55;WE=47419020;WS=47419002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,55:0.34:161
chr21	47419697	rs8131101	C	T	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.24;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr21	47419706	rs11464071	C	CG	1664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=1022;ReadPosRankSum=0.271;SC=ACGCTGCTCACGGGGGGGTGG;SOR=0.819;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=91;TCF=10;TCR=81;TR=45;WE=47419714;WS=47419687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr21	47419747	rs8131632	A	G	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=46;PP=1315;SC=GCCAGGCCCTAGGGACCCGTG;SOR=1.503;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=66;WE=47419755;WS=47419737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr21	47419775	.	C	CGTGAAGATCATAGGGGGACGT	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.671;QD=31.73;ReadPosRankSum=0.537;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr21	47419788	.	G	GA	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.157;QD=29.36;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr21	47419794	rs8126900	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=44.06;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	47419804	rs8131227	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=45.88;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	47420418	rs4818812	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTCAGCCAGCCCCTACCGGCC;SOR=0.397;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=12;WE=47420426;WS=47420408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr21	47420565	rs142824931	AGGAGGGCGGCCGGGGAG	A	2997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=25;PP=2967;SC=AGGCCGGGGAAGGAGGGCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=48;WE=47420589;WS=47420555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47420723	rs13053065	G	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,61:0.38:162
chr21	47420726	rs7276098	C	G	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=79;PP=1431;SC=TCCCGGGGGTCGGGGAGCGAG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=47420734;WS=47420713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr21	47420761	rs7283989	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.906;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr21	47420769	rs7276782	A	G	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	47421315	rs11701124	C	T	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=88;PP=2234;ReadPosRankSum=1.771;SC=GGCCTCGCCCCGCCCGGCTTT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=80;TCR=143;TR=136;WE=47421323;WS=47421305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,139:0.61:228
chr21	47421401	rs144576540	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GGCCACCGCTGCATCCCTGTG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=20;WE=47421409;WS=47421391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr21	47421793	rs8132377	C	T	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.00;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr21	47421797	rs8131313	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr21	47421864	rs8132521	C	T	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1756;ReadPosRankSum=0.475;SC=ACCCCGGTGCCGGTCCCACAG;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=120;WE=47421872;WS=47421854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,124:0.61:202
chr21	47422412	rs35796750	C	T	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=79;PP=2910;ReadPosRankSum=1.208;SC=GAGCAGGCTGCGCCACACCGA;SOR=0.795;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=284;TCF=153;TCR=131;TR=185;WE=47422420;WS=47422402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,195:0.66:297
chr21	47422639	rs2236485	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.30;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	47422639	.	ACCCGG	GCCCGA,GCCCGG	695	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=59.4;NF=9,21;NR=29,51;PP=695,208;QD=19.6965230227;SC=GCATGGGGCCACCCGGGCAGT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=38,72;WE=47422652;WS=47422629;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:72
chr21	47422644	rs2236486	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.139;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr21	47422679	rs2236487	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-2.244;SC=GCGCGGGGCCGCCCGGGCAGT;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=21;WE=47422687;WS=47422669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr21	47422712	rs2236488	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr21	47423133	rs2236489	C	G	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=97;PP=2965;SC=TCTGAGAGGACGGGGCTCTGG;SOR=1.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=146;WE=47423141;WS=47423123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr21	47423233	rs59769541	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=807;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GGAGCTTAGACGCTCTCTGGC;SOR=0.945;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=42;WE=47423241;WS=47423223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr21	47423389	rs1053312	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=926;ReadPosRankSum=-1.116;SC=ACCACCAAGCGCTTCGCCAAG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=70;WE=47423397;WS=47423379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,76:0.41:187
chr21	47423507	rs1053315	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=982;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CAGAGCGGGCGTCGCTGCAGT;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=72;WE=47423515;WS=47423497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,74:0.37:200
chr21	47423636	rs1053320	C	T	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=1603;ReadPosRankSum=0.015;SC=AGGCCTCGTCCGGCGCTGCCA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=378;TCF=192;TCR=186;TR=136;WE=47423644;WS=47423626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,139:0.36:391
chr21	47532544	rs1010688	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=559;ReadPosRankSum=1.132;SC=CACGGTGGGCCGTCCACCCAC;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=38;WE=47532552;WS=47532534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
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chr21	47537222	rs143691012	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=375;ReadPosRankSum=0.565;SC=GCAGCCCTGCGGGGCAGAACC;SOR=0.585;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=34;WE=47537230;WS=47537212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
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chr21	47544451	rs36033678	GC	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr21	47544541	rs3746995	C	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=2.264;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,27:0.24:114
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chr21	47545768	rs1042917	G	A	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GACGACGAACGTATCGACTCC;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=386;TCF=228;TCR=158;TR=142;WE=47545776;WS=47545758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,147:0.37:396
chr21	47545823	rs13052956	G	A	6024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,163:0.40:410
chr21	47545826	rs13046639	C	T	6033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,161:0.40:406
chr21	47545913	rs2839114	G	A	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1790;ReadPosRankSum=0.423;SC=TGTTTGCGGTGGTCATCACGG;SOR=0.759;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=339;TCF=176;TCR=163;TR=126;WE=47545921;WS=47545903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,129:0.37:349
chr21	47546244	rs13050660	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=19;PP=641;SC=ACCTGAGGGATGAATGTGCAG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=47546252;WS=47546241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47551833	rs7279622	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=1.772;SC=TGCCCACCTCCCCTCCGCCCA;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=30;WE=47551841;WS=47551823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr21	47551902	.	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AGCGGCCCGTGGACATCGTCT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=105;WE=47551910;WS=47551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,106:0.62:172
chr21	47556793	rs12774	C	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=616;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TGCCCACCTACCCTCCGGGCC;SOR=0.952;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=49;WE=47556801;WS=47556783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr21	47557074	rs9284510	A	G	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=71;PP=2965;SC=CACTGCCCACAGCCAGTCGGC;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=123;TCR=71;TR=194;WE=47557082;WS=47557064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr21	47558586	rs60525628	A	G	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	47558591	rs62214031	A	G	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr21	47558994	rs1980983	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=641;SC=TATAGCCCTTAGCATCAGGCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=47559002;WS=47558984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	47571383	rs34248722	C	CA	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=1112;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GTGCCCCATCCCCACCGACCT;SOR=1.739;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=28;WE=47571391;WS=47571373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr21	47575260	rs116882059	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=518;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CACGGGCAGCGGCTCTGCCCA;SOR=2.546;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=27;WE=47575268;WS=47575250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	47575372	rs2277820	C	T	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=38;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGACCAGCTCCTCGGGCCTCA;SOR=1.190;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=183;TCF=116;TCR=67;TR=117;WE=47575380;WS=47575362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,125:0.64:194
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chr21	47581423	rs14378	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=628;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGCCGGGCTGCTGTGCAGGGG;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=50;WE=47581431;WS=47581413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
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chr21	47627245	rs2839144	C	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=515;SC=CCTGGCCGGACTGTGTGCTGG;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=47627253;WS=47627236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	47630550	rs2839146	C	T	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=52;PP=2213;SC=TGCGTGGGCTCACGTGCACAG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=125;WE=47630565;WS=47630540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	47635302	rs5844259	T	TC	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=447;SC=GACTTGCCCTTCCCAGGGTTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=47635310;WS=47635292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	47635577	rs2839152	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-2.843;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,13:0.16:79
chr21	47635713	rs11701729	G	A	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=94;PP=2965;SC=AGCTCCTGGTGGGGGCAGTGT;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=47635721;WS=47635703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr21	47635856	rs2839153	C	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=348;SC=GACCCCGAGGCCACATGAAGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=47635864;WS=47635846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47641996	rs2280959	C	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=24;PP=665;SC=TGCTAAAATGCCTTAACCTGA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=47642004;WS=47641986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47642016	rs2280958	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=421;SC=ACATAACATGCCAACACAGGA;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=47642024;WS=47642006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47642397	rs2280955	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=538;SC=GCCCACTCCCCGCCTGCTAGT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=47642405;WS=47642387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	47647618	rs10550493	GAA	G	2805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;MQRankSum=0.456;QD=31.53;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,86:0.97:89
chr21	47669648	rs2330353	T	A	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=65;PP=2097;SC=GCACCTGGCCTGTGCCAGGCA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=47669656;WS=47669638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	47671690	rs2839984	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=419;SC=AGAAGAAAGAAAAATATCACA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=47671698;WS=47671680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47674275	rs2250213	G	A	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=51;PP=2271;ReadPosRankSum=2.042;SC=TCCACCTCTTGGAAACCCCAC;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=146;WE=47674283;WS=47674265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,151:0.65:232
chr21	47676711	rs2839173	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=594;SC=ACCTGGTGCAGGAGATGCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=47676719;WS=47676701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	47676934	rs2839174	T	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=48;PP=1703;SC=CACAGAGTGTTTTCAGGGTCT;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=47676942;WS=47676924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	47678774	rs2839178	A	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=30;PP=1922;SC=TACAGAAACTAATAGCTCATA;SOR=1.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=47678782;WS=47678764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	47681127	rs2839180	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=430;SC=GCATCGTGGCTAGGGTCAGTT;SOR=3.500;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=47681135;WS=47681117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47685787	rs9637172	T	C	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1823;ReadPosRankSum=0.528;SC=TGGGAGGCGTTCTGGTGGGAA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=113;WE=47685795;WS=47685777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,118:0.66:178
chr21	47685939	rs2839181	A	G	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ACACAGGGGTATGACGAGGGA;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=111;WE=47685947;WS=47685929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
chr21	47686152	rs2839182	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=676;SC=AGTGCCCTGCCGAGTACTGCA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=47686160;WS=47686142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	47686174	rs4818831	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=282;SC=GCCCCTTGGGTGTCACCACAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=47686182;WS=47686164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	47687144	rs2839183	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CATGGCCAGCGTGGGGCACAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=47687152;WS=47687134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr21	47692798	rs2839188	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AAGAGGCAACCGTGAGAAGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=14;WE=47692806;WS=47692788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
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chr21	47697650	rs17182664	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TAAACACCACACTGAGGGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=28;WE=47697658;WS=47697630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
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chr21	47717350	rs2839206	C	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=271;SC=GGGCGGCCGGCTTCCCCCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=47717358;WS=47717349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47717616	rs8651	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=44;PP=1601;SC=GGTCGCACACGAATAAATAAC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=47717624;WS=47717606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	47717686	rs2839207	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=27;PP=816;SC=GGTATTTTTCGTTATTGTAAA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=47717694;WS=47717676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	47721985	rs112899928	A	ATGG	1142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.744;NF=4;NR=12;PP=833;ReadPosRankSum=0.337;SC=GCCACACAGCATGGTGGTGGT;SOR=0.426;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=47721993;WS=47721975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr21	47722391	rs1556337	A	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=15;PP=803;SC=GCTGGGGGCTAAGCCTACCTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=47722399;WS=47722381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	47722578	rs1974171	G	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=36;PP=969;SC=CCAGAGAACAGGTGTGTCTGT;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=47722586;WS=47722568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47734659	rs13047478	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=481;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGCGGGTCTGGGGCCAGCGGG;SOR=0.240;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=32;WE=47734667;WS=47734649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr21	47744037	rs3842460	CG	C	1620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=1083;SC=ACAGTTGTCGCGGGGGGAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=36;WE=47744045;WS=47744027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	47766139	rs9982233	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr21	47766650	rs2839217	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=0.581;SC=CCTTTTCTCCGCCGCAGGCCG;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=29;WE=47766658;WS=47766640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr21	47773103	rs2249057	C	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,54:0.27:203
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chr21	47777222	rs2839224	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=398;SC=AGTGCTGTACATGGCACATTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=47777230;WS=47777212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	47783796	rs8131546	T	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=49;PP=1356;SC=GGGAGCTTGCTGCGCTCCACG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=47783804;WS=47783786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr21	47786449	rs9637173	T	A	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=21;PP=2068;SC=GCAAGGGTCATTGCTTCCTGA;SOR=2.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=95;WE=47786457;WS=47786439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	47786494	rs2839226	C	T	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=66;PP=2965;SC=ACTTTGTTGCCGCAGGTTTTT;SOR=1.513;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=139;TCR=66;TR=205;WE=47786502;WS=47786484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr21	47786817	rs2839228	C	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=40;PP=2058;SC=CCTGTTACCTCTCTGAATTTC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=90;WE=47786825;WS=47786807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	47787002	rs6518289	T	C	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=86;PP=2335;SC=CGAACCGAAGTGAGCACAGAG;SOR=1.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=64;TCR=86;TR=149;WE=47787010;WS=47786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr21	47801759	.	T	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=78;PP=1773;ReadPosRankSum=0.113;SC=CCAGCAGGTGTGTGGAATACG;SOR=0.979;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=76;TCR=105;TR=129;WE=47801767;WS=47801749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,133:0.72:186
chr21	47810480	rs141693899	T	TGAC	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr21	47811272	rs3737438	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.239;SC=CAGCCACGGACGCCGAGGCCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=47811280;WS=47811262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr21	47832955	rs112334245	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.376;NF=1;NR=23;PP=469;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AGGCTGGACACGCGGCAGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=24;WE=47832963;WS=47832945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr21	47836653	rs2070425	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=464;ReadPosRankSum=1.458;SC=ACCCAGGGGCCGGGGCTGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=39;WE=47836661;WS=47836643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chr21	47850405	rs2839257	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.148;SC=GATTGTTCTGCGATGTCTCCA;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=22;WE=47850413;WS=47850395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
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chr21	47851753	rs2073376	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=923;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCTCTGCTGCAGAAGCTGAAG;SOR=0.658;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=73;WE=47851761;WS=47851743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,77:0.38:200
chr21	47852151	rs5844270	A	AG	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=521;SC=CTGCCGGCGGACGTCCACACC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=47852159;WS=47852141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	47856106	rs2236616	C	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CTTGCAGCCACCCCTCTGTCC;SOR=0.298;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=47856114;WS=47856096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr21	47858272	rs2051190	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=-1.881;SC=TGCTTAACTCTTACCTGCCTC;SOR=1.845;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=14;WE=47858280;WS=47858262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr21	47859937	rs78656506	C	CT	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.746;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr21	47860217	rs2073377	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TCTCGTCTGCCGGGTGTAGCA;SOR=1.824;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=21;WE=47860225;WS=47860207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr21	47862624	rs2839262	A	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=37;PP=1194;SC=ATTCCGTCAGAGCAGTCGTCC;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=47862632;WS=47862614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	47863757	rs2073380	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.383;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr21	47864813	rs2249970	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr21	47864823	rs2073381	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.14;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr21	47878892	rs11701121	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr21	47904569	rs2032111	G	A	200.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTTCATGGAAGGACATCAGTG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=47904577;WS=47904559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr21	47910523	rs7279002	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr21	47917047	rs11315869	CT	C	4536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=94;PP=2582;SC=TCAAGTGTGGCTTTTTTTTGA;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=16;TCR=104;TR=109;WE=47917055;WS=47917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr21	47931245	rs1029262	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=720;ReadPosRankSum=0.413;SC=TTAAAAAACAATATTATAAAC;SOR=1.810;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=34;WE=47931253;WS=47931235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr21	47953725	rs3747010	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TTCATGTCTCGACCTGTACTG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=47953733;WS=47953715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	47957332	rs2070432	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=525;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGGCCCACTCGCCCTAAGCAT;SOR=0.612;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=36;WE=47957340;WS=47957322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,38:0.30:125
chr21	47958657	rs2839313	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=818;ReadPosRankSum=1.365;SC=TTCTATGACACGGAACATCTT;SOR=2.137;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=43;WE=47958665;WS=47958647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr21	47959692	rs1008548	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr21	47959698	rs1008549	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr21	47961634	rs2070434	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=862;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TTCATCCCCCTCGTCAGTTAA;SOR=0.300;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=44;WE=47961642;WS=47961624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr21	47961711	rs2070435	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=766;ReadPosRankSum=-1.281;SC=AAGCAGTCCTGTCGATGAACG;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=102;TCR=78;TR=63;WE=47961719;WS=47961701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,71:0.37:194
chr21	47966016	rs4818845	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GACCTCCCTGCCCATCACCCT;SOR=0.356;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=19;WE=47966024;WS=47966006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr21	47966810	rs2839318	G	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,29:0.24:121
chr21	47971539	rs2255526	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.994;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr21	47974396	rs36059970	C	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.64;ReadPosRankSum=1.790;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr21	47976203	rs2070428	A	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=899;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTTCTGATGCATTATGGTTAT;SOR=1.038;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=230;TCF=131;TCR=99;TR=68;WE=47976211;WS=47976193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,71:0.29:241
chr21	47978321	rs34920477	G	GC	4771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=49;PP=2966;SC=GGTGCCTGGGGCTGCGGTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=70;WE=47978329;WS=47978311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr21	47983657	rs762253	G	A	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=16;PP=1401;SC=GACCTGACATGAGCACATCAG;SOR=2.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=69;WE=47983665;WS=47983647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr21	48022144	rs2839356	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=550;ReadPosRankSum=1.326;SC=ACAGATGGATTTTAAGAGGAG;SOR=0.374;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=31;WE=48022152;WS=48022134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr21	48022230	rs1051169	C	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1343;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGAGCTCCTTCAGTTCGGATT;SOR=0.742;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=89;WE=48022238;WS=48022220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,92:0.59:156
chr21	48022375	rs2186358	C	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=876;SC=ATACCTCATCCTAAAACATTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=48022383;WS=48022365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	48063476	rs10854485	C	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=22;PP=726;SC=GCAGTGAGGCCGGTCTCCTGC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=48063484;WS=48063466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	48081768	rs143321526	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=642;ReadPosRankSum=-1.851;SC=TGCACGGCTTCACGGCCTGGT;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=65;WE=48081776;WS=48081758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,74:0.36:204
chr22	16157603	rs370790235	G	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	16157622	rs374192809	GG	CA	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	16157841	.	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.95;MQRankSum=1.622;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.655;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	16157883	rs368849066	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.14;MQRankSum=-4.429;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr22	16157912	.	CT	TG	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-4.180;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr22	17055569	rs3729688	T	G	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=85;PP=2578;SC=TTCACTGCAGTGGGGCAGAGT;SOR=2.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=115;WE=17055577;WS=17055559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	17063359	rs2006108	A	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=44;PP=2965;SC=TGGCAGGGAAAGGTTGCTGTC;SOR=2.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=138;TCR=44;TR=182;WE=17063367;WS=17063349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	17072483	rs2236639	A	G	21802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=448;NR=423;PP=2965;SC=ATCTCCATCCAAGACCTAGCT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=875;TCF=451;TCR=424;TR=871;WE=17072491;WS=17072473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,802:1.00:802
chr22	17073066	rs5747988	A	G	16374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=358;NR=250;PP=2965;SC=GAGGCAGGCCAGCCTTCAGCA;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=609;TCF=358;TCR=251;TR=608;WE=17073074;WS=17073056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr22	17073232	rs140295594	G	A	3752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.715;NF=32;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.487;SC=GGCACACCCCGTGCACACTGT;SOR=0.893;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=53;TCR=167;TR=143;WE=17073240;WS=17073222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,142:0.66:216
chr22	17265124	rs114306778	A	C	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.55;QD=24.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	17326914	rs165927	G	A	3762.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=2.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=63;PP=2434;ReadPosRankSum=1.170;SC=TGGAAGACTCGGTGGAGAAGG;SOR=0.429;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=152;WE=17326922;WS=17326904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,160:0.89:179
chr22	17327068	rs165588	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=42;PP=1344;SC=CCGGGCACTGACCAAGCTCCC;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=17327076;WS=17327058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	17488823	rs11378060	C	CG	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,17:0.15:110
chr22	17565888	rs13053694	C	A	11112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CAAAGTGGAGCCGACTCGAAC;SOR=0.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=276;TCR=216;TR=453;WE=17565896;WS=17565878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:41,458:0.92:499
chr22	17565932	rs917864	T	C	14327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGAACGTTCGTTCGCTGCGTC;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=601;TCF=295;TCR=306;TR=555;WE=17565940;WS=17565922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:47,560:0.92:607
chr22	17565974	rs917865	G	C	10783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CGCGACGCCAGCCGGGCCATG;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=203;TCR=252;TR=422;WE=17565982;WS=17565964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,427:0.93:460
chr22	17566206	rs2270241	G	T	622.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=455;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGGACTACGCGCCCGGGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=27;WE=17566214;WS=17566196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr22	17566229	rs2270242	T	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=-0.242;SC=AGGCAGGAAGTCCGCGCCGCG;SOR=0.368;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=21;WE=17566237;WS=17566219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr22	17586471	rs2241046	C	T	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=TTCCTCTGTTCTCATTGCAGA;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=186;WE=17586479;WS=17586461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	17586610	rs11089412	T	G	296.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=7;PP=289;SC=CAGCCCGGGGTGGGGGGTGAG;SOR=0.892;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=17586618;WS=17586595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	17589246	rs879576	G	A	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=72;PP=2753;ReadPosRankSum=2.014;SC=AGCCCAGGAAGGTCTGGATCA;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=166;WE=17589258;WS=17589236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,171:0.89:193
chr22	17590180	rs41323645	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=16;PP=1920;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TGACGGTGCCGCAGTCCGGCT;SOR=0.970;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=89;TCR=20;TR=92;WE=17590188;WS=17590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,96:0.86:111
chr22	17600148	rs9605220	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=507;ReadPosRankSum=0.336;SC=GGTGCAGAAGAACACCCTGGC;SOR=1.652;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=24;WE=17600156;WS=17600138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr22	17600977	rs5994165	G	A	7721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.411;SC=CCGTGGTGCCGAAGGGCGCGC;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=544;TCF=291;TCR=253;TR=341;WE=17600985;WS=17600967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,345:0.62:557
chr22	17601466	rs75243280	T	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=60;PP=1258;ReadPosRankSum=0.273;SC=GGCGCCGACCTCTGCGGCCGG;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=222;TCF=48;TCR=174;TR=74;WE=17601474;WS=17601456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,75:0.33:225
chr22	17601748	rs9606620	C	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=839;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CGGCGTTGGGCACCAGCGGCT;SOR=0.886;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=60;WE=17601756;WS=17601738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr22	17602839	rs5992629	G	A	8869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=133;PP=2965;SC=CCCTGGGGTCGCGAGCCATCT;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=181;TCR=133;TR=314;WE=17602847;WS=17602829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr22	17603477	rs5748871	A	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=23;PP=1770;SC=TTGCAGCGTGATAACACCATG;SOR=1.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=84;WE=17603485;WS=17603467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	17611179	rs5748882	C	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=531;ReadPosRankSum=1.629;SC=AACATGCACACATGTGGCACC;SOR=0.986;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=79;TCR=23;TR=33;WE=17611187;WS=17611169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr22	17611515	rs5748883	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.055;NF=0;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATAAAAATGTTTGATATCTG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=9;WE=17611523;WS=17611505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr22	17619378	rs2244682	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=408;ReadPosRankSum=-1.252;SC=GGGGTGAGAGTAGAGGAGGAG;SOR=1.051;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=28;WE=17619386;WS=17619368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr22	17623837	rs5747009	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.684;NF=18;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=0.210;SC=CAGAGGTGGTAAGTGGCAGAT;SOR=0.175;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=23;WE=17623845;WS=17623827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr22	17623880	rs34058953	G	GC	3524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=28;PP=2743;SC=TGACTCCAAGGCCCCTTGCTG;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=68;WE=17623888;WS=17623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	17640045	rs7287672	G	A	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;PP=2965;SC=TAGCACCTGCGGGCGGGGCGG;SOR=0.724;Source=Platypus;TCF=99;WE=17640053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	17640176	.	GC	G	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.593;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr22	17640399	rs148919630	G	GGGC	4663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=56;PP=2974;SC=GGCACGGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=1.915;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=5;TCR=92;TR=59;WE=17640407;WS=17640389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	17662679	rs41282461	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.310;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=750;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TGGAAGGAGGCGGGGGACCTG;SOR=0.111;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=40;WE=17662687;WS=17662669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr22	17662699	rs58754958	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=908;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GGGAGGACACAGGACACTCAC;SOR=0.188;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=60;WE=17662707;WS=17662689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr22	17662793	rs7289170	A	G	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=62;PP=2136;ReadPosRankSum=-2.315;SC=CATAGAAATCATAGGACAAGC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=141;TCR=102;TR=149;WE=17662801;WS=17662783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,155:0.62:251
chr22	17662917	rs3764846	G	C	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=66;PP=1975;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CAGCACCTGCGCAATAGGAGG;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=84;TCR=114;TR=112;WE=17662925;WS=17662907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,117:0.57:206
chr22	17669199	rs7284498	G	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=980;ReadPosRankSum=-0.080;SC=GACCACCTCCGCTGCCTCTGC;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=75;WE=17669207;WS=17669189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,78:0.42:186
chr22	17669306	rs2231495	T	C	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=78;PP=1590;ReadPosRankSum=0.510;SC=CTTGTAGTCATGCAAGGAGTG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=430;TCF=204;TCR=226;TR=145;WE=17669314;WS=17669296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,146:0.33:440
chr22	17669406	rs9619005	G	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=578;ReadPosRankSum=0.124;SC=GCGCGCCCTGGAGCCTGTGCA;SOR=1.219;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=100;TCF=15;TCR=85;TR=32;WE=17669414;WS=17669396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr22	17680306	rs144627322	T	TCCTCCCTCCCCTCCTCTATCCTCTTCC	1228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.14;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr22	17680519	rs17807317	A	C	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TGGGATCGCCATTTGAGGTGG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=141;TCR=225;TR=202;WE=17680527;WS=17680509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,204:0.56:365
chr22	17684448	.	C	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=0.013;SC=GAGAGCTGGGCTCACCGGCAG;SOR=0.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=15;WE=17684456;WS=17684438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr22	17684475	.	T	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=788;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GGCTCTGATCTCCATGTAGAG;SOR=0.286;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=48;WE=17684483;WS=17684465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr22	17690409	rs362129	G	A	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=1796;ReadPosRankSum=1.843;SC=CCTCCTTGGTGTTCAGCACCA;SOR=0.402;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=116;WE=17690417;WS=17690399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,121:0.72:169
chr22	17956264	rs9605304	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	17978600	rs7284169	G	C	4592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=111;PP=2690;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TTCAGTGTTAGGGCATGATAG;SOR=0.400;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=324;TCF=136;TCR=188;TR=202;WE=17978608;WS=17978590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,214:0.63:340
chr22	17979626	rs17808463	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=539;ReadPosRankSum=1.447;SC=AATGCCAATCCTGTGCCAGAA;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=29;WE=17979634;WS=17979616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr22	17990730	.	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=672;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CCTTTGGCCCTAACCTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=33;WE=17990738;WS=17990720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr22	17990852	rs5747211	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1055;ReadPosRankSum=2.061;SC=TAGGGAAAACGTCCACAGCGC;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=159;TCR=106;TR=91;WE=17990860;WS=17990842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,96:0.35:276
chr22	18004617	rs73389192	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.736;SC=TGATCTTGCCGCCTCGGCCTC;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=18004625;WS=18004607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	18018489	rs2300685	G	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.508;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=71;PP=1811;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TTGTTTGTTTGTTGTTAAATA;SOR=1.695;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=127;TCF=18;TCR=109;TR=79;WE=18018497;WS=18018479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr22	18018509	rs2300686	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=692;ReadPosRankSum=-1.558;SC=ATATATATATTTTGATACGTT;SOR=0.223;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=33;WE=18018517;WS=18018499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr22	18018604	rs2300687	A	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=698;ReadPosRankSum=0.309;SC=AATTCTCATTATCTCTCTGTC;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=95;TCF=80;TCR=15;TR=39;WE=18018621;WS=18018594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr22	18018821	rs116033717	G	A	5527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.256;SC=AAGCAGGGAAGGAGTTTGTGC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=417;TCF=161;TCR=256;TR=240;WE=18018829;WS=18018811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,246:0.57:431
chr22	18018913	rs62241413	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=0.634;SC=AGGACAGTGAACAGAATGTGT;SOR=1.238;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=31;WE=18018921;WS=18018903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr22	18021760	rs1296795	A	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=924;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GTCCTTTCCCAAAGAGTCTGT;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=41;WE=18021768;WS=18021750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr22	18027817	rs149314645	CTT	C	400.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr22	18084001	rs5747254	T	G	5626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=113;PP=2965;SC=AGTCGGCTCATAACCCACTGT;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=200;WE=18084009;WS=18083991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr22	18171650	rs5013026	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=304;ReadPosRankSum=0.055;SC=TCTCCTGCCTCAGCCTCCTGA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=15;WE=18171658;WS=18171640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr22	18178859	rs2257083	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=30;PP=1668;ReadPosRankSum=0.988;SC=TCTGGAAATACAGAATTTTCC;SOR=1.286;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=189;TCF=126;TCR=63;TR=109;WE=18178867;WS=18178849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,117:0.59:199
chr22	18209613	rs4488761	A	G	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGTCACTGTCAGCTAGCCAGA;SOR=0.628;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=321;TCF=160;TCR=161;TR=208;WE=18209621;WS=18209603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,214:0.65:329
chr22	18209920	rs9306198	C	T	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2119;ReadPosRankSum=1.146;SC=GACAAGGGAACCTGACACAGA;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=356;TCF=204;TCR=152;TR=141;WE=18209928;WS=18209910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,143:0.38:372
chr22	18218464	rs181382	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=1426;ReadPosRankSum=0.731;SC=TGCAAAAACATGTTCTCCAGA;SOR=0.334;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=47;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr22	18218475	rs181383	C	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=1426;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTTCTCCAGACCCCTGAAGTC;SOR=0.252;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=33;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr22	18222263	rs181390	A	G	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=96;PP=2791;ReadPosRankSum=0.781;SC=ATCTGTGTTCAGGCAGGGGCG;SOR=0.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=123;TCR=147;TR=179;WE=18222271;WS=18222253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,183:0.66:277
chr22	18233000	rs181405	G	A	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AGGACCCCTCGGGAGGACGAC;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=113;WE=18233008;WS=18232990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,121:0.57:213
chr22	18257138	rs443912	T	G	4552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GGGGCGCGGGTGCACTCACCA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=159;TCR=129;TR=196;WE=18257146;WS=18257128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,204:0.68:301
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chr22	18291791	rs423710	C	G	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=76;PP=2053;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AGGGGAAACACAGGAGTTGCC;SOR=0.463;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=326;TCF=120;TCR=206;TR=130;WE=18291799;WS=18291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,140:0.41:344
chr22	18293650	rs436590	A	G	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1222;ReadPosRankSum=0.212;SC=CAGCAGGCCAACAGGGGCCTG;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=67;WE=18293658;WS=18293640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr22	18300240	rs5992854	T	C	9962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CGGCTTCTTCTAGGAGGTTGG;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=678;TCF=360;TCR=318;TR=428;WE=18300248;WS=18300230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,436:0.63:690
chr22	18300594	rs11704160	G	A	6454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.345;SC=TGGCCATGGCGTCCCGCAGCG;SOR=0.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=423;TCF=229;TCR=194;TR=275;WE=18300602;WS=18300584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,291:0.65:446
chr22	18300879	rs11704809	G	A	14051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1075;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=330;NR=349;PP=2962;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCTCCTCCACGCTCTCCACAA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1070;TCF=520;TCR=550;TR=679;WE=18300887;WS=18300869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,678:0.63:1069
chr22	18301693	rs8135914	T	C	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CACGGGTGGCTGGGGCTGCGG;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=141;WE=18301701;WS=18301683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,137:0.61:223
chr22	18304392	rs2305006	G	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=670;ReadPosRankSum=0.773;SC=TCGCTGAGTCGGCTCCCAGTT;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=32;WE=18304400;WS=18304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr22	18304695	rs5992112	A	G	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GGTGTGCACCATGGCTCTGCT;SOR=0.360;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=167;TCF=121;TCR=46;TR=113;WE=18304703;WS=18304685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,116:0.67:172
chr22	18310363	rs5992872	C	T	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,79:0.66:120
chr22	18310367	rs5992121	T	C	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=1.797;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,81:0.65:124
chr22	18310700	rs143017613	T	TACAC	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.924;NF=1;NR=21;PP=979;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TGCACATGTATACACACACAC;SOR=0.631;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=22;WE=18310708;WS=18310690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr22	18314989	rs5992123	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=56;PP=1309;ReadPosRankSum=0.142;SC=GCTGAGCAGGCGGAGAGAGAC;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=32;TCR=101;TR=73;WE=18314997;WS=18314979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr22	18317423	rs11705197	C	T	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1426;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AACACAAGCACGGTGGGCGGA;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=105;WE=18317431;WS=18317413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,115:0.59:196
chr22	18324564	rs750559	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1285;ReadPosRankSum=0.414;SC=GGCGGGTGGGCGCCCTGCAGC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=126;TCR=110;TR=94;WE=18324572;WS=18324554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,98:0.40:244
chr22	18347851	.	TTTTATTTATTTATTTA	T	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=2323;ReadPosRankSum=0.372;SC=TGGTTTTAAATTTTATTTATT;SOR=0.846;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=8;WE=18347874;WS=18347841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr22	18347916	rs9605418	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	18354783	rs5992128	T	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=106;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TCCTTCTTCATGGAGCCCTGC;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=454;TCF=162;TCR=292;TR=167;WE=18354791;WS=18354773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,172:0.37:465
chr22	18370066	rs4819472	C	A	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTTTGCAGCCCATCAAGAGAC;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=291;WE=18370074;WS=18370056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr22	18372020	rs3747032	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=747;ReadPosRankSum=0.805;SC=CAAGGAAAACATATCAAGATA;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=36;TCR=94;TR=53;WE=18372028;WS=18372010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,55:0.41:135
chr22	18378002	rs2034113	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=621;ReadPosRankSum=0.522;SC=GAATTCTCATTGGTCCTGCAG;SOR=0.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=101;TCR=33;TR=44;WE=18378010;WS=18377992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr22	18379160	rs3213927	T	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ATAATTAAAATATAACACACC;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=32;WE=18379168;WS=18379150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr22	18463608	rs8140977	C	T	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=32;PP=2781;SC=TGTGCTGGCCCGTCACCCTCA;SOR=2.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=103;TCR=32;TR=135;WE=18463616;WS=18463598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	18463747	rs5992941	T	C	8990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=172;PP=2965;SC=ATTGGTCCCCTCCAGACACTG;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=142;TCR=172;TR=314;WE=18463755;WS=18463737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr22	18560825	rs62239019	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=2;PP=1030;SC=TGAGTCTTTGATCGTAACCAG;SOR=4.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=18560833;WS=18560819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	18562888	rs464541	C	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=75;PP=2086;SC=CCCTCCAGATCGGATTCTTTC;SOR=3.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=85;WE=18562896;WS=18562878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr22	18628499	rs1465384	G	T	4288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.842;SC=GTTCCTCAAAGCTGTCTTTGA;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=178;TCR=134;TR=181;WE=18628507;WS=18628489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,185:0.58:321
chr22	18628715	rs361534	C	T	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=6.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=73;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TTTCTTGTACCGAATATTTAC;SOR=1.672;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=199;TCF=62;TCR=137;TR=94;WE=18628723;WS=18628705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,103:0.48:215
chr22	18643166	rs2543716	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=-0.700;NF=2;NR=40;PP=990;ReadPosRankSum=0.558;SC=TCTGCCTCCCGGGTTCAAGCG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=42;WE=18643174;WS=18643156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr22	18644528	rs200388461	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.40;MQRankSum=-0.742;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr22	18644702	rs2542133	T	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.621;NF=32;NR=36;PP=788;ReadPosRankSum=0.575;SC=CAACGTGCCCTGTAAGATACC;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=68;WE=18644710;WS=18644692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr22	18649922	rs9605536	A	G	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.800;NF=80;NR=18;PP=1980;ReadPosRankSum=0.162;SC=AGGGCTAGGAAGAGACAAAGT;SOR=0.160;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=176;TCF=152;TCR=24;TR=98;WE=18649930;WS=18649912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,101:0.55:182
chr22	18650682	rs3180408	C	T	5356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.123;NF=159;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GCCCTGTATACGATCCGGGTG;SOR=1.000;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=475;TCF=279;TCR=196;TR=263;WE=18650690;WS=18650672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,244:0.52:465
chr22	18775372	rs200855725	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.05;MQRankSum=0.493;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr22	18896169	rs426065	C	T	7257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=105;PP=2965;SC=AGATGCCGCCCCATCATTCTG;SOR=1.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=186;TCR=105;TR=290;WE=18896177;WS=18896159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr22	18896189	rs425576	T	C	8950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=148;PP=2965;SC=GTGAGCACTTTCTTGCTTTCT;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=209;TCR=148;TR=357;WE=18896197;WS=18896179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr22	18897416	rs436638	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=4;PP=463;SC=CCCGCCTGCCCCCTCCAGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=18897424;WS=18897406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	18898289	rs441862	G	C	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=54;PP=2273;ReadPosRankSum=1.298;SC=GGAGAGGCCTGGGTGTGGTGA;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=266;TCF=173;TCR=93;TR=150;WE=18898297;WS=18898279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,154:0.56:276
chr22	18898523	rs41277586	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.295;NF=49;NR=42;PP=1547;ReadPosRankSum=1.708;SC=CTGGCTTCTACGTGACCACCA;SOR=0.644;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=230;TCF=114;TCR=116;TR=91;WE=18898531;WS=18898513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,92:0.39:236
chr22	18898874	.	G	A	287	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=58.25;NF=9;NR=14;PP=287;QD=13.9900527194;SC=TGGGGGCAGAGGCTCAGATTC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=23;WE=18898882;WS=18898865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,23:0.56:41
chr22	18899016	rs428224	G	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=18;PP=1141;SC=GGGCCTGGGGGTCACTCTGGC;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=18899024;WS=18899006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	18900669	rs383964	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=12;PP=977;SC=GCTGGAGGCTAAGGGTGTGCT;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=46;WE=18900677;WS=18900659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	18900750	rs372055	G	A	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=61;PP=2965;SC=AGCCACAGCAGCTGCCGCTCC;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=159;WE=18900758;WS=18900740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	18901004	rs450046	C	T	8936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=152;NR=161;PP=2965;SC=AAAGTACACCCGGTGGTCAGC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=313;WE=18901012;WS=18900994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr22	18901090	rs385440	A	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=84;PP=2500;SC=CACTGTCCCCAGTGCAGGGAT;SOR=1.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=37;TCR=84;TR=121;WE=18901098;WS=18901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	18904414	rs455072	A	G	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=27.89;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	18904606	rs375115	T	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=45;PP=1206;SC=GATCCATCCATTGAGCTGGCT;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=18904614;WS=18904596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	18907405	rs9618419	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CCAGCCCACAGGAACCCTCTC;SOR=0.321;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=31;WE=18907413;WS=18907395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr22	18908875	rs1808320	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=58.19;MQRankSum=-4.717;NF=13;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=1.401;SC=GGGACTACCAAGTGCTTGGAC;SOR=0.687;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=26;WE=18908883;WS=18908865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr22	18910284	rs5844366	AC	A	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=760;ReadPosRankSum=1.199;SC=CACGGTGCCCACCCCCTCACA;SOR=0.335;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=74;TCR=15;TR=28;WE=18910292;WS=18910274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr22	18910301	rs2008904	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.044;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr22	18910307	rs2008903	G	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,60:0.35:170
chr22	18910450	rs3216765	CA	C	6056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.630;NF=28;NR=111;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.020;SC=ACTGCAGCTGCAAACGCAGGC;SOR=0.666;Source=Platypus;TCF=68;TR=139;WE=18910458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,216:0.42:512
chr22	18910756	rs2008878	C	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=1001;ReadPosRankSum=0.837;SC=GCGCAGGGTGCGACAGGGAGG;SOR=1.453;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=51;WE=18910764;WS=18910746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr22	18910825	rs201928442	TC	T	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=-3.121;SC=GCCCATGAAGTCCTTGCACAT;SOR=0.368;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=18910836;WS=18910815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr22	18910828	rs1807172	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=-2.722;SC=CATGAAGTCCTTGCACATGGC;SOR=0.368;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=18910836;WS=18910815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr22	18912677	rs11913840	CA	TG	7948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=95;PP=2944;ReadPosRankSum=1.085;SC=CCCGAAGGCCCAGTGGGCCTG;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=472;TCF=222;TCR=250;TR=187;WE=18912686;WS=18912667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,212:0.43:494
chr22	18912779	rs11912152	T	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=48;PP=1147;ReadPosRankSum=2.394;SC=CACACACCAATAGCCCAGGGC;SOR=1.365;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=141;TCF=35;TCR=106;TR=58;WE=18912787;WS=18912769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,60:0.42:144
chr22	18913051	rs112736533	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=1.034;SC=AGCCCAGAGCGACAGGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=14;WE=18913059;WS=18913041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr22	18913277	rs111404325	C	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=907;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GGTCACGCCACCTGAGCCTCA;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=112;TCR=119;TR=70;WE=18913285;WS=18913267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,75:0.31:241
chr22	18913312	rs17810231	G	A	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=62;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TCCCACTGAGGCTGCACGGAG;SOR=0.533;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=96;WE=18913320;WS=18913302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,101:0.68:149
chr22	18918760	rs67625420	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=586;ReadPosRankSum=2.711;SC=AACTCTCCTTTCCCAGCAAGG;SOR=0.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=39;TCR=93;TR=41;WE=18918768;WS=18918750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr22	18918825	rs16983593	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CTCGATATGGTCTCTTGGCGA;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=15;WE=18918833;WS=18918815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr22	18923629	rs146648839	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GCCTCCTGCGCGTTGCCGAAG;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=18923637;WS=18923619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr22	19077049	rs2800960	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1238;SC=TGGCAGTAGGCCAGCAAACCA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=19077057;WS=19077039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	19122498	rs2240110	C	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1239;SC=TGCCTCCACACGGTCAGGGCA;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=19122506;WS=19122488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	19163577	rs35359423	C	CAT	1041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=1183;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCACTGGAATCGTGAGACAAA;SOR=1.292;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=26;WE=19163585;WS=19163567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr22	19172006	rs1018764	T	C	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=84;PP=2351;ReadPosRankSum=1.667;SC=TCTCCCCCGCTGGCATGCTGC;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=219;TCR=163;TR=193;WE=19172014;WS=19171996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,199:0.51:388
chr22	19184095	rs1061325	T	C	4157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=123;PP=2545;ReadPosRankSum=0.827;SC=TCAGTGAACATGCCCATGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=113;TCR=195;TR=190;WE=19184103;WS=19184085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,195:0.61:318
chr22	19187375	rs9605957	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGGCAAGCGTGAGGGTCCCCA;SOR=1.080;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=27;TCR=86;TR=65;WE=19187383;WS=19187365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr22	19187427	rs2236759	C	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=616;ReadPosRankSum=0.981;SC=ACAAGGCACACAGTTGCAAAT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=28;WE=19187435;WS=19187417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr22	19189003	rs11386977	A	AC	8556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=93;PP=2936;SC=GCGGTCTCCAACTACGGATAA;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=127;WE=19189011;WS=19188993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr22	19197896	rs698423	T	C	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=84;PP=2106;ReadPosRankSum=0.083;SC=CCTCATACAGTGCGCTGCTGA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=143;TCR=154;TR=161;WE=19197904;WS=19197886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,169:0.54:313
chr22	19211665	rs9604935	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=794;ReadPosRankSum=0.226;SC=GATGACCCTGCTCCACTCTCC;SOR=0.928;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=43;WE=19211673;WS=19211655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr22	19217613	rs2800963	C	T	329.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=213;SC=AATTAGTTCCCTCCCTTGGTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=19217627;WS=19217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	19217617	rs113338080	C	T	268.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=44.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	19217619	.	TG	T	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=58.36;NF=0;NR=5;PP=106;QD=31.006179974;SC=TTCCCTCCCTTGGTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=19217627;WS=19217603;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr22	19217621	rs9306213	G	T	236.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;QD=47.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	19220648	rs807458	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=865;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TCAACCACACGTGAGTAATCT;SOR=0.478;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=42;WE=19220656;WS=19220638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr22	19318622	rs1210690	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=404;SC=AGCAGCATGGTGCCTGCAGCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=19318630;WS=19318612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	19349590	rs916594	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=315;SC=TGCCTCAAAAGTAAAGGAGAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=19349598;WS=19349580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	19419093	rs8140291	A	G	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=82;PP=2384;SC=CTCCCGCGCCACCCGCCCTCC;SOR=4.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=89;WE=19419101;WS=19419083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	19455376	rs5746742	C	T	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=11;PP=1152;SC=AGAAGAACTCCGCTTATTTGA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=19455384;WS=19455366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	19455836	rs756658	A	G	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=68;PP=2322;SC=ATAGTCACTCACTGTACTTCC;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=130;WE=19455844;WS=19455826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr22	19455871	rs756657	A	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=67;PP=1860;SC=GCAAATTATAAGGCCCTGCGT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=120;WE=19455879;WS=19455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	19458224	rs5993648	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=2;PP=169;SC=TTTGGCCTTCCGAAGTGCTGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=19458232;WS=19458214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	19462466	rs5746744	C	G	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=162;SC=ATGCCCTCCACGGACAATTCA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=19462474;WS=19462456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	19467652	rs5748232	T	C	13185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=246;NR=234;PP=2965;SC=CGGGTCGCCGTGTTCAGCCGG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=481;TCF=246;TCR=235;TR=480;WE=19467660;WS=19467642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr22	19468655	rs5993650	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=48;PP=1400;SC=ATAGATTAAGCGTGTATTTAA;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=19468663;WS=19468645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	19471609	rs737858	A	G	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=64;PP=1956;SC=CTGCCAGGCCAAGGTGTACTG;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=89;WE=19471617;WS=19471599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	19492692	rs8136840	C	G	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=157;SC=CACACCCCCCCGCTCCATCCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=19492700;WS=19492690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	19495967	rs2073736	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=19;PP=1740;SC=GGGCCTGTGAGGGACATTAGC;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=19495975;WS=19495957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	19504318	rs2073733	G	A	10194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=162;PP=2965;SC=CCTGGCCCCCGACATGTCTTG;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=219;TCR=163;TR=380;WE=19504326;WS=19504308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr22	19504470	rs2073732	T	C	17205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=286;NR=333;PP=2965;SC=TTTGAGGCTATTGCAGGCCCT;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=619;TCF=286;TCR=333;TR=619;WE=19504478;WS=19504460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr22	19506456	rs2073760	G	T	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=98;PP=2951;SC=GTTCTGCAGGGGTGGCTGCAG;SOR=1.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=19506464;WS=19506446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	19511925	rs885985	G	A	9635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=201;PP=2965;SC=CGCACCTCCTGGGTCTGCCAG;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=158;TCR=202;TR=359;WE=19511933;WS=19511915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr22	19747082	rs737868	G	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=794;ReadPosRankSum=0.132;SC=TGGTTGCAGCGGAGGCGGCGG;SOR=0.378;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=118;TCF=94;TCR=24;TR=52;WE=19747090;WS=19747072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chr22	19751829	rs2301558	C	T	6635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.639;SC=GACCAACAACCTACTGGACGA;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=731;TCF=360;TCR=371;TR=329;WE=19751837;WS=19751819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,333:0.45:740
chr22	19766782	rs4819522	C	T	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=74;PP=2222;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AAAGCTGAGACGTCTAGGAAC;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=386;TCF=203;TCR=183;TR=162;WE=19766790;WS=19766772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,167:0.41:404
chr22	19794366	rs737860	C	A	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=81;PP=2456;SC=GCGATTAGCCCGGGCTGCTGT;SOR=2.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=22;TCR=81;TR=103;WE=19794374;WS=19794356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	19808769	rs5748449	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GAGGAGCGGGCGCCCCTGAGC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=78;WE=19808777;WS=19808759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,82:0.45:181
chr22	19868218	rs1139793	A	G	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=88;PP=2113;ReadPosRankSum=1.427;SC=CATGATCGCTATGGGTGTCAG;SOR=0.979;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=262;TCF=94;TCR=168;TR=130;WE=19868226;WS=19868208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,138:0.50:276
chr22	19870831	rs2239893	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GCCCTGGTCCCGGGACGCATG;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=24;WE=19870839;WS=19870821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr22	19898837	rs885987	A	G	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1801;ReadPosRankSum=1.454;SC=CACAGGCTCTAAGGGTCCAGT;SOR=0.944;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=240;TCF=137;TCR=103;TR=116;WE=19898845;WS=19898827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,123:0.50:248
chr22	19898886	rs9606176	C	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=2090;ReadPosRankSum=-2.553;SC=CCACCAAGCACGCGCAGGCCT;SOR=0.839;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=243;TCF=132;TCR=111;TR=134;WE=19898894;WS=19898876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,136:0.56:245
chr22	19902526	rs4597638	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=522;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AGAGCTGTCCTGAGGATCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=28;WE=19902534;WS=19902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr22	19902896	rs2073771	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=703;ReadPosRankSum=1.102;SC=GCAGTTCCCACGGCCCCTGCC;SOR=2.027;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=38;WE=19902904;WS=19902886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr22	19905802	rs756661	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1127;ReadPosRankSum=0.042;SC=AGGGCCTCACGATGGACTATT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=79;WE=19905810;WS=19905792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,85:0.43:198
chr22	19906306	rs3747067	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=426;ReadPosRankSum=1.527;SC=GAGGGCTCATCGAGGATAAGC;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=21;WE=19906314;WS=19906296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
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chr22	19907192	rs5748471	A	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=808;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GGCACTCCTCAGGGCTTGTGA;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=60;WE=19907200;WS=19907182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr22	19921003	rs5746847	T	C	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=107;PP=2965;SC=GCAGGGCCCTTGTTAGGTCAT;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=77;TCR=107;TR=184;WE=19921011;WS=19920993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	19950428	rs2239393	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=46;PP=1308;ReadPosRankSum=1.424;SC=TTATCACCCCATTTCCAGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=52;WE=19950436;WS=19950418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr22	19951207	rs4818	C	G	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=220;NR=170;PP=2965;SC=GGGCGAGGCTCATCACCATCG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=391;TCF=220;TCR=171;TR=390;WE=19951215;WS=19951197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr22	19954916	rs61143203	AT	A	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.826;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,39:0.19:205
chr22	19959366	rs165824	G	A	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=66;PP=2965;SC=CCCTAGACACGGGGCCTCACC;SOR=1.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=143;TCR=66;TR=209;WE=19959374;WS=19959356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr22	19959473	rs165815	C	T	12629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=226;PP=2965;SC=CCGCTCCCTCCGGTCCACCGT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=456;TCF=228;TCR=228;TR=454;WE=19959481;WS=19959463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr22	19959955	rs2073744	A	G	9627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=224;PP=2965;SC=GGAGGAGGAGACGGGCTGCAT;SOR=2.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=317;TCF=93;TCR=224;TR=317;WE=19959963;WS=19959945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr22	19960188	rs2518823	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=7;PP=1641;SC=CTCCTTCACCTTCACCCAAGG;SOR=4.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=65;WE=19960196;WS=19960178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	19960606	rs2240715	G	C	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=106;PP=2965;SC=CCCCACCTCCGCGGCTCCCCA;SOR=1.489;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=77;TCR=110;TR=183;WE=19960614;WS=19960596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	19961692	rs148872323	G	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1446;ReadPosRankSum=0.142;SC=CCAGGGTGTTGAAGTTCCGGC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=117;TCR=64;TR=91;WE=19961700;WS=19961682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,90:0.49:184
chr22	19964418	rs2240718	T	G	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=62;PP=2115;SC=CCACCAGGGGTACAAGAAGAG;SOR=1.250;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=104;WE=19964426;WS=19964408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	19967808	rs55812801	G	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=0.149;SC=CACAGCAGCCGCCAGCCCTGC;SOR=1.172;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=34;WE=19967816;WS=19967798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr22	20020889	rs9605051	T	C	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=145;PP=2965;SC=CTGCTGCCCCTGCACCCTGGC;SOR=3.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=28;TCR=146;TR=173;WE=20020897;WS=20020879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	20049285	rs2286482	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=9;PP=228;SC=CTGCTGCCCCGGGAGGCCCAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=20049293;WS=20049275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	20051962	rs187289619	G	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.491;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CAGGCATGGGGTTCCTAACTC;SOR=0.287;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=137;TCF=106;TCR=31;TR=73;WE=20051970;WS=20051952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr22	20079603	rs11089328	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.75;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	20093522	rs8139374	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=663;SC=GGCAACTGGACGGTGAGGTAC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=20093530;WS=20093512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	20096314	rs146291827	G	GCGCCTACCTTGCCAGACCCTGGGCA	2915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=2969;SC=GACCCTGGGCGCGCCTGCCTT;SOR=5.283;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=20;WE=20096322;WS=20096304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	20097730	rs41281423	C	T	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=61;PP=1700;SC=CTCCAACCCACGCTCCTTCCC;SOR=5.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=64;WE=20097738;WS=20097720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	20100166	.	G	GC	1773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.094;NF=12;NR=26;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GGGCTGTGGGGCCCCAAGACC;SOR=0.587;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=38;WE=20100174;WS=20100156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,73:0.43:169
chr22	20100409	rs9606254	C	T	6551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=94;PP=2965;SC=GCCTAGCCCCCACCCAGGCCC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=131;TCR=94;TR=225;WE=20100417;WS=20100399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr22	20102090	rs885980	T	C	7829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=135;PP=2965;SC=CAGGGACTCATGGCTACCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=159;TCR=136;TR=294;WE=20102098;WS=20102080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr22	20104235	rs2008701	C	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=31;PP=1411;SC=TCGGTGCACTCTGCACTCAGC;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=20104243;WS=20104225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	20104301	rs395446	T	C	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=50;PP=2965;SC=TTTCCTCCCCTATCGCACCTG;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=95;TCR=50;TR=144;WE=20104309;WS=20104291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	20113777	rs175163	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=449;SC=AGGGCATGTCTCTTCCACTGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=20113785;WS=20113772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	20119712	rs9606258	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=1263;SC=AGGCGATGGCAGTCCCTCTCC;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=20119720;WS=20119702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	20127554	rs175174	A	G	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=109;PP=2965;SC=GGTTGGGAGGAGGTTTGTCCA;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=167;TCR=109;TR=276;WE=20127562;WS=20127544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr22	20131115	rs9605069	C	T	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CCAGCAGCAACGCCCCGGGGC;SOR=0.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=232;WE=20131123;WS=20131105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr22	20132972	rs175179	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	20134442	rs9606261	T	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=19;PP=1458;SC=GCTGAGACATTCTGGGCTGGG;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=20134450;WS=20134432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	20134525	rs11705346	C	T	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=89;PP=2965;SC=TTCTCTCTCACGGACGCCGCG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=191;WE=20134542;WS=20134515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr22	20134739	rs9605070	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=168;SC=TTTTCCCCAGCCTCTCGGGGC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=13;WE=20134747;WS=20134729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	20136379	rs4819867	C	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGGCTGGGCTCTGCCGTGCAG;SOR=0.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=80;WE=20136387;WS=20136369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr22	20136651	rs113521702	A	T	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=77;PP=2965;SC=CTCTCGCCCAAGCAGGGCCCT;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=119;TCR=77;TR=196;WE=20136659;WS=20136641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	20137046	rs9606264	CC	AT	14568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=102;PP=2947;SC=GCCCCGCCCTCCGTGGCCTCT;SOR=1.232;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=299;TCF=188;TCR=111;TR=282;WE=20137055;WS=20137036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr22	20137822	rs3887519	C	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1222;SC=GCCGCTCCTGCGGCTGGGGCT;SOR=2.147;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=58;WE=20137830;WS=20137812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	20137948	.	G	GTGGGGC	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=699;SC=CAGGCGGTGGGTGGGGCTGGG;SOR=4.977;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=20137956;WS=20137938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	20138105	rs73391926	T	C	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=74;PP=2965;SC=CTCCCTCCCGTGACAGGGGTG;SOR=1.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=136;TCR=74;TR=210;WE=20138113;WS=20138095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	20255020	rs854929	T	C	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=16;PP=2965;SC=CTGCAGATGGTGGGCGTTGCT;SOR=3.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=118;TCR=16;TR=134;WE=20255028;WS=20255010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr22	20255248	rs117475224	G	A	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TAACCCCTTGGTGGCCGGGGC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=449;TCF=175;TCR=274;TR=231;WE=20255256;WS=20255238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,237:0.51:462
chr22	20378965	rs55698413	T	C	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	20379008	rs62218641	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.63;QD=24.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	20379066	rs56006201	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.039;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AAGGCGTGGGCGGGGCGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=20379074;WS=20379056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr22	20385706	rs79640249	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.29;MQRankSum=-1.810;QD=23.77;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr22	20385739	rs146242498	TTGTC	T	2482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=44.33;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	20394502	rs201085493	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=8.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQRankSum=-2.545;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr22	20394526	.	C	T	243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=42.0;NF=12;NR=10;PP=243;QD=12.6259642067;SC=TACTTGATGACAGCCGACACG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=22;WE=20394534;WS=20394516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr22	20718525	rs2277833	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQRankSum=0.744;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr22	20718692	rs1807536	G	A	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=97;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CCCGAGGCCCGACTCTGGGAC;SOR=0.418;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=301;TCF=84;TCR=217;TR=141;WE=20718700;WS=20718682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,149:0.47:314
chr22	20743771	rs361766	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=1;PP=605;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCGCCTGGGGCATGACTGCCC;SOR=1.096;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=86;TCF=82;TCR=4;TR=36;WE=20743779;WS=20743761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr22	20744977	rs78154936	A	G	6211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.308;SC=CCATCTCACAACAAACTAGAA;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=330;TR=282;WE=20744985;WS=20744967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,284:0.48:586
chr22	20745201	rs362125	A	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.347;NF=13;NR=41;PP=2356;ReadPosRankSum=0.496;SC=ACAGTGAGGCACACACACACA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=54;WE=20745214;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr22	20745206	rs10683060	C	CAT	2065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.073;NF=2;NR=42;PP=2982;ReadPosRankSum=-1.487;SC=GAGGCACACACACACATACAC;SOR=0.521;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=44;WE=20745214;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr22	20755098	rs1990249	A	G	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=85;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GCCTTCTTCTACATGGTAGAT;SOR=1.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=306;TCF=134;TCR=172;TR=142;WE=20755109;WS=20755088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,151:0.47:323
chr22	20755226	rs4581986	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=117;ReadPosRankSum=0.335;SC=GAAGTCCCCAAGGGACAGCGT;SOR=0.096;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=11;WE=20755234;WS=20755216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr22	20759534	rs5761555	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=411;ReadPosRankSum=0.070;SC=CTCTGCCTGCACCTTCCAGCC;SOR=1.616;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=26;WE=20759542;WS=20759524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr22	20779604	rs7286419	T	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GCGTGGGAGGTGTGGGGTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=21;WE=20779612;WS=20779594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr22	20779768	rs874101	G	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=843;ReadPosRankSum=0.852;SC=GGTCTCAGGCGCGGGCAAGTC;SOR=0.671;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=54;WE=20779776;WS=20779758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr22	20779822	rs874100	G	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr22	20779946	rs759612	CG	GC	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=2012;SC=TTGCCGCGCACGTCAGCGGCC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=20779955;WS=20779936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	20779973	rs5844418	C	CG	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=1212;SC=GAGGCAGCCTCGGCGCGCTTC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=20779981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	20780024	rs5844420	G	GC	2259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=16;PP=1538;SC=AGAGGCCGGGGCGCGGCGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=20780039;WS=20780014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	20780029	rs370015834	G	GC	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	20780031	rs2329378	G	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	20780091	rs759610	C	G	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	20780097	rs759609	G	C	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	20783662	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=2.610;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr22	20783721	rs8137004	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=-0.884;SC=AGGGGCGGGGCCACGTCCGGG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=14;WE=20783729;WS=20783711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	20795757	rs1153427	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=921;ReadPosRankSum=0.620;SC=TTCCTGGGGACGCAGCTTGGG;SOR=1.296;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=55;WE=20795765;WS=20795747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr22	20811930	rs362087	C	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=413;SC=CTCATGGGGCCTCATCAATGC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=20811938;WS=20811926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	20825631	.	C	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=714;ReadPosRankSum=-1.626;SC=ATGAGACATGCCTCACCTGAA;SOR=0.960;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=38;WE=20825639;WS=20825621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr22	20843885	rs165613	T	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=491;SC=CTCCCCAATTTTAAAAAGAGA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=20843893;WS=20843875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	20862646	rs5750324	T	G	11833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=220;PP=2965;SC=TCAGAGGAACTCTAGCCCCTC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=424;TCF=203;TCR=221;TR=423;WE=20862654;WS=20862636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr22	20891259	rs2269830	C	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=731;SC=TTCCCATATGCCTCTCCTGGA;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=20891267;WS=20891258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	20891545	rs4821915	A	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=67;PP=2144;SC=AGAGGAGAGCATCACAGACTC;SOR=1.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=96;WE=20891553;WS=20891535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	20891568	rs2269831	G	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=49;PP=1464;SC=GAACCCCTCTGTTGGGTGTCC;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=20891576;WS=20891558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	20920813	rs71769813	ACAG	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.608;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,10:0.13:76
chr22	20938775	rs165747	T	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CTGGGAGTGCTGCTGAGAGGG;SOR=0.557;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=219;TCF=94;TCR=125;TR=110;WE=20938783;WS=20938765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr22	21034809	rs28668558	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.93;NF=30;NR=8;PP=796;SC=GAATCAAAGAGCTCCTCAACC;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=21034817;WS=21034799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	21056727	.	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.38;MQRankSum=1.139;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.088;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr22	21064356	rs5760149	A	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.043;NF=4;NR=29;PP=605;ReadPosRankSum=0.195;SC=AGTCCTGTGGACTGGCTGATG;SOR=1.483;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=33;WE=21064364;WS=21064346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr22	21064387	rs5760150	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.306;NF=1;NR=16;PP=276;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CAGGTGTGGGCTCCTGCCACC;SOR=0.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=17;WE=21064395;WS=21064377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr22	21066789	rs5996654	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.469;NF=13;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GGAAGGCCAGAGTGGACTCAT;SOR=0.976;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=28;WE=21066797;WS=21066779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr22	21066897	rs1135929	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.97;MQRankSum=-1.732;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr22	21068878	rs2329478	C	T	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.001;NF=81;NR=83;PP=2080;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CGCACGCGGACGCGTGGAAGT;SOR=0.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=416;TCF=193;TCR=223;TR=164;WE=21068886;WS=21068868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,172:0.40:431
chr22	21069073	rs2276011	C	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.634;SC=ATGTTACATGCGTGTCCACCC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=11;WE=21069081;WS=21069063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr22	21075537	rs5751800	A	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=0.308;SC=GGTGCTTGGCAGTGCACTGAA;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=28;WE=21075545;WS=21075527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr22	21079909	rs5751806	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;ReadPosRankSum=0.286;SC=GGAGATGGGCACAGTGGCTCA;SOR=1.195;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=26;WE=21079917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr22	21080721	rs11462205	T	TG	1887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=1432;ReadPosRankSum=-2.184;SC=GGGCACAAGCTGGTGTGGAAC;SOR=0.642;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=42;WE=21080729;WS=21080711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,67:0.42:161
chr22	21081964	rs4820583	C	T	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=16;PP=1560;SC=AGTTGCCAAGCGGCTGTTTTT;SOR=2.331;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=77;WE=21081972;WS=21081954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	21088146	rs17819969	C	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.038;NF=1;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GAGGGAGCCCCGGACCCAGTT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=21088154;WS=21088136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr22	21107153	rs2329583	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=839;ReadPosRankSum=1.361;SC=GAAGTTTATATACATACACAC;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=55;WE=21107161;WS=21107143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr22	21118918	rs165764	T	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GGTGTTACTATACGTGGTGTC;SOR=0.518;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=13;WE=21118926;WS=21118909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr22	21141300	rs4675	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=55;PP=1299;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TCTACGAGCATCGCACCAGCT;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=89;TCR=133;TR=89;WE=21141308;WS=21141290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,92:0.40:229
chr22	21147293	rs165793	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=302;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GGAGTGAAGGATGTGCCATGG;SOR=0.706;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=18;WE=21147301;WS=21147283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr22	21147581	.	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	21150340	rs165924	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=-1.261;SC=ACAAAGAAAGTGCCATATTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=10;WE=21150348;WS=21150330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr22	21152730	rs165682	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=1.210;SC=GGTTTTCACTTCCCCCCTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=21152738;WS=21152729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	21153590	rs165758	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-2.583;SC=CAGAAGCGCCCTAGCAACAGT;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=12;WE=21153598;WS=21153580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr22	21167605	rs362114	G	GACA	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=935;ReadPosRankSum=0.522;SC=CAATTTTACTGACATATCCAT;SOR=0.801;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=22;WE=21167613;WS=21167595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr22	21167787	rs165854	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=540;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CATCGGGCAAGCAGGAGGCTG;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=39;WE=21167795;WS=21167777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr22	21174312	rs165691	C	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TGAAGGTTCACAATAAGCCAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=21174320;WS=21174302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	21178484	rs165733	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.750;SC=GGTCTGCTGTCAACAGGATGA;SOR=0.083;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=9;WE=21178492;WS=21178474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr22	21188732	rs165729	C	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=458;ReadPosRankSum=0.147;SC=CAGTTGTTTCCCAGCCAGGAG;SOR=0.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=29;WE=21188740;WS=21188722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr22	21213380	rs1061063	C	T	6358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.964;SC=TTTCCCAGACCGAGAGCCGCG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=466;TCF=286;TCR=180;TR=278;WE=21213388;WS=21213370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,278:0.60:466
chr22	21213416	rs1061064	A	G	10274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.787;SC=CTTACCCTAAAAGCTACAATC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=755;TCF=425;TCR=330;TR=451;WE=21213424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,454:0.60:763
chr22	21237644	rs139041915	AC	TT	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=2293;ReadPosRankSum=1.142;SC=TAGCCTCAGAACCAACCCCTT;SOR=0.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=122;TCR=58;TR=67;WE=21237653;WS=21237634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,73:0.40:181
chr22	21241854	rs165877	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=1.835;SC=GTGGGTGCAGTCCCCCCAGGC;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=21241862;WS=21241844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	21311531	rs81027	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=683;ReadPosRankSum=-1.625;SC=TTACCTGGGGCTGGGGAGGTG;SOR=0.319;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=47;WE=21311539;WS=21311521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr22	21311721	rs178251	T	G	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=95;PP=2793;ReadPosRankSum=-0.893;SC=TTTACTCATGTCCCCGCATCG;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=389;TCF=196;TCR=193;TR=197;WE=21311729;WS=21311711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,209:0.52:405
chr22	21322213	.	C	T	8105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.500;SC=TGCCTGCCGGCCATCCTCAGG;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=655;TCF=338;TCR=317;TR=380;WE=21322221;WS=21322203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,385:0.57:671
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chr22	21327834	rs178265	C	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=38;PP=1133;SC=TGCCTGGGAGCGGGGATCAGG;SOR=1.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=57;WE=21327842;WS=21327824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	21329123	rs733455	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=874;SC=GGGTGGGGCAAGTAGGGACCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=21329131;WS=21329113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	21330787	rs7285694	C	T	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.853;SC=TGAGGCTGGCCCGAGGCCGCA;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=494;TCF=242;TCR=252;TR=202;WE=21330795;WS=21330777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,208:0.41:508
chr22	21331043	rs178269	A	T	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=75;PP=2965;SC=GCGTGGGTCGAGCCCTCATGA;SOR=1.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=204;WE=21331051;WS=21331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr22	21331918	rs178275	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr22	21331950	rs178276	C	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=12;PP=1508;SC=ACGCAGAAGGCAGGGACAGGG;SOR=2.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=60;WE=21331958;WS=21331940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	21332122	rs178277	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=50;PP=2040;ReadPosRankSum=1.015;SC=AGTGGCAGGAGGTTCAGGTCA;SOR=0.956;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=344;TCF=206;TCR=138;TR=134;WE=21332130;WS=21332112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,137:0.39:351
chr22	21334873	rs13057408	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TCACCCTCTGGGAGAGAGCTC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=22;WE=21334881;WS=21334863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr22	21334924	rs105034	G	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=405;ReadPosRankSum=1.842;SC=GGGAGGCTATGAGACAGGGGC;SOR=0.581;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=28;WE=21334932;WS=21334914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr22	21335259	rs178278	C	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=54;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TGTCTTGACCCCTCCTCCCCT;SOR=0.920;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=335;TCF=174;TCR=161;TR=121;WE=21335267;WS=21335249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,125:0.36:343
chr22	21337266	rs178280	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=1.574;SC=TTCCTTGGGTGCCCCCCAGGA;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=22;WE=21337274;WS=21337256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr22	21337325	rs13054014	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=824;ReadPosRankSum=1.390;SC=GGCGCAGCAAGCACACAGTGG;SOR=0.854;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=55;WE=21337333;WS=21337315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr22	21337415	rs178281	C	G	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=84;PP=2780;SC=GGACCAGGTACGGAGAAGTAC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=153;WE=21337423;WS=21337405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	21343982	.	TGGGGAGCCAGGGCGCAGGTAGAGGAGGTGAGGGGCAC	T	2963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=63.08;NF=5;NR=26;PP=2963;QD=20;SC=GTGAGGGGCGTGGGGAGCCAG;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=102;TCF=9;TCR=93;TR=31;WE=21344040;WS=21343972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr22	21343992	.	GGGCGCA	G	1984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=7.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.73;MQRankSum=8.681;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr22	21344001	.	TAGAGGAGGTGAGGGGCACGGGGAGCCAGGGC	T	1995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=10.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.11;MQRankSum=8.328;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr22	21344884	rs2073989	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=66;PP=1952;SC=ATATGAAGAACGCCTCTTGCA;SOR=1.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=21344892;WS=21344874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	21344905	rs178290	A	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=58;PP=1632;SC=CCTGGTGGCCATGGTAACCAT;SOR=2.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=21344913;WS=21344895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	21344920	rs17820542	G	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=46;PP=1364;SC=AACCATCCTTGTGAGCTCTGC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=21344928;WS=21344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	21346485	rs112544	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=697;SC=CTCATGCCCATGTGTCTCCCC;SOR=1.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=21346493;WS=21346475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	21346719	rs756876	A	C	10312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=162;NR=205;PP=2965;SC=TGTGATCAACACCTCTCACAC;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=162;TCR=205;TR=367;WE=21346727;WS=21346709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr22	21348084	rs178291	T	C	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;SC=CTGCTGTGCCTGGGCAGTGGG;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=25;WE=21348092;WS=21348074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	21349037	rs178292	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=83;PP=2965;SC=GGGTCAGCGCAATCAGGGTTG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=189;WE=21349045;WS=21349027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	21350461	rs178294	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=440;SC=CACCCACCTCAGGTGGCTTTG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=21350469;WS=21350451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	21350936	rs11704198	G	A	6201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=152;NR=68;PP=2965;SC=TCCCTGGGAGGGTGCGGGCGG;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=152;TCR=68;TR=220;WE=21350948;WS=21350926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr22	21351018	rs143758478	C	T	5565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.592;SC=ACTACGGCTTCTACAACAACC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=591;TCF=307;TCR=284;TR=267;WE=21351026;WS=21350992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,280:0.46:614
chr22	21354970	rs426938	C	G	11583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=233;NR=186;PP=2965;SC=CTGACTTCAGCGGGGCCAGGT;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=420;TCF=233;TCR=187;TR=419;WE=21354978;WS=21354960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr22	21356538	rs368989	A	T	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=106;PP=2965;SC=CGAGTTTCTGACGCGCCCGCG;SOR=2.505;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=33;TCR=106;TR=139;WE=21356546;WS=21356528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	21357006	rs4822808	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=11;PP=1020;SC=CGGCTCACTGCAAACTCCGCC;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=21357014;WS=21356996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	21365668	rs1210564	A	G	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=15.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	21365743	rs389623	GG	AT	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=42.43;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	21365759	rs146547300	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.42;QD=30.75;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	21369676	rs3893495	G	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=321;SC=GGGAAGAGGTGGGGGGTGGGG;SOR=5.421;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=21369684;WS=21369666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	21372405	rs2073598	G	T	14357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=217;NR=294;PP=2965;SC=CAGCCCCAGGGGGCCACCCGT;SOR=1.067;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=511;TCF=217;TCR=294;TR=511;WE=21372413;WS=21372387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr22	21372467	rs2073599	C	G	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=0.916;SC=TGCTCGGTGTCCCCCAGGCAC;SOR=2.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=50;TCR=144;TR=193;WE=21372475;WS=21372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr22	21377071	rs9613540	C	T	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=76;PP=2380;SC=CCAGTGCCCCCAGCAGGGTGG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=21377079;WS=21377061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	21385985	rs402931	C	T	6531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=121;PP=2965;SC=TCAGGTCCAGCGTGGACAGGC;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=227;WE=21385993;WS=21385975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	21403360	rs201821840	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=11.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQRankSum=-0.735;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr22	21403375	rs28504593	CC	AT	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=25.119;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQRankSum=-1.819;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.503;SOR=2.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr22	21411598	rs46148	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=43;PP=1286;SC=CCCTGCCCAGTTACACAGCGT;SOR=2.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=21411606;WS=21411588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	21724377	rs72613702	G	A	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.15;QD=20.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	21797094	rs486362	C	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.86;QD=41.99;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	21797102	rs1210228	G	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.86;QD=41.99;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	21800042	rs467181	T	C	10139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=170;PP=2965;SC=CGGCCTCTGCTCCTCCCGTTG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=185;TCR=173;TR=355;WE=21800050;WS=21800021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr22	21800444	rs128477	T	C	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=126;PP=2965;SC=GCAGCGGCCATGCCAGCGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=151;TCR=126;TR=275;WE=21800452;WS=21800434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr22	21822372	rs66498338	CAGGATCCGGGGGT	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.71;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	21822725	rs430214	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=859;SC=CTGCAGGTGCTTGAGCGGGAC;SOR=3.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=21822733;WS=21822715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	21822744	rs395295	G	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.36;QD=44.42;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	21822774	rs452545	T	G	188.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.60;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	21837250	.	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQRankSum=-0.598;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr22	21842655	rs143994138	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.83;MQRankSum=1.717;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr22	21988599	rs371513	G	A	9073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.027;SC=GCCAAGTGGTGGACGGCGGGC;SOR=0.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=186;TCR=120;TR=305;WE=21988607;WS=21988589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,319:1.00:320
chr22	21989289	rs141095413	C	T	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2827;ReadPosRankSum=0.357;SC=CTTCCCTGCCCTGCAAAGCGT;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=126;TCR=145;TR=160;WE=21989297;WS=21989279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,174:0.60:288
chr22	22007143	rs395006	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=407;SC=GAAGACCCCAGGGACGCACCC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=22007151;WS=22007133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	22007370	rs372150	T	C	6377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.101;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.25;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr22	22024507	rs402225	G	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=737;SC=ATAAGTAAATGAAATACAAAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=22024515;WS=22024497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	22036832	rs1669112	T	C	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=126;PP=2965;SC=GTCCCCTGCCTGCCTGCCCCA;SOR=2.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=48;TCR=126;TR=174;WE=22036840;WS=22036822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	22042079	rs741617	G	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=48;PP=1526;SC=CGGGGGCTGGGTGGGCTTGTC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=22042087;WS=22042059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	22042918	rs2278118	C	T	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=11;PP=1726;SC=CTGCCCCAGGCTGGGCTCAGC;SOR=3.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=77;WE=22042926;WS=22042908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	22048770	rs2070504	C	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=837;SC=TGCCCAAGGACCACCAGGCCA;SOR=4.479;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=29;WE=22048778;WS=22048760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	22055340	rs1859	C	T	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=42;PP=1887;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGGCTGTCACCAGATGCTCCT;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=144;TCR=82;TR=119;WE=22055348;WS=22055330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,121:0.51:235
chr22	22057997	rs147967901	C	CGG,CGGG	1426.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,17:0.45,0.55:31
chr22	22058000	rs861814	C	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=7;PP=1392;SC=AAACTCCCGGCGGGGGGATGG;SOR=3.442;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=62;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	22058586	rs861813	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=56;PP=1356;SC=AGTTCAGATGTGCTCACGCTG;SOR=2.332;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=22058594;WS=22058576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	22221530	rs9610504	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=885;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCCTGAGGCCGAGGCGCGGGC;SOR=0.500;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=59;WE=22221538;WS=22221520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr22	22287964	rs2027790	T	C	4489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=119;PP=2608;ReadPosRankSum=-2.594;SC=GGTGGGGATGTGGTGGGAGTC;SOR=0.889;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=364;TCF=165;TCR=199;TR=209;WE=22287972;WS=22287954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,217:0.58:377
chr22	22288309	rs94194	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=0.621;SC=TCAGCCTTGGTGGGCAGCTCT;SOR=0.129;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=16;WE=22288317;WS=22288299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr22	22312315	rs71316717	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=6.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQRankSum=-8.737;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,51:0.20:260
chr22	22312350	rs2187583	GG	CC	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.907;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQRankSum=-7.414;QD=2.88;ReadPosRankSum=-4.392;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,23:0.14:165
chr22	22313829	rs239918	A	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=406;ReadPosRankSum=1.240;SC=GGTGTCACTGACCTGGCCTAC;SOR=2.219;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=20;WE=22313837;WS=22313819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr22	22326326	rs139565922	GC	G	3358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.803;NF=4;NR=60;PP=2340;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CCCTCCACCTGCCACACAGCA;SOR=0.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=107;TCF=8;TCR=99;TR=64;WE=22326334;WS=22326316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,104:0.62:169
chr22	22329983	rs141580036	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=465;ReadPosRankSum=0.864;SC=ACCGTGCTTACAGACCAAAGC;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=37;WE=22329991;WS=22329973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr22	22330082	rs239927	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1115;ReadPosRankSum=0.384;SC=CAGTCTTCATTTTGTCTCGGT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=74;WE=22330090;WS=22330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr22	22516883	rs34221567	TC	T	14970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=169;PP=2974;SC=TCGCATGGCATCAGCAGCAGC;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=254;TCF=80;TCR=174;TR=241;WE=22516891;WS=22516873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr22	22516998	rs2073453	C	T	10472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=179;PP=2965;SC=TGGGGCTGACCGCTACCTCAC;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=178;TCR=179;TR=357;WE=22517006;WS=22516988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr22	22517026	rs738885	T	C	9081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=168;PP=2965;SC=AACCTCCAGTTTGAGGATGAG;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=129;TCR=168;TR=297;WE=22517034;WS=22517016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr22	22517205	rs737842	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=384;SC=CCTCTGATTTAGAACAATTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=22517213;WS=22517195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	22550339	rs9623052	G	C	11047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=179;PP=2965;SC=CATCTCTCCCGACTGATCTCT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=197;TCR=179;TR=376;WE=22550347;WS=22550329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr22	22550450	rs2073447	C	G	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=133;PP=2965;SC=CTCCTGCACCCGCAGCAGTGG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=286;WE=22550458;WS=22550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr22	22550510	rs2073448	T	G	11111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CCCGGGCAGTTCCCCCACCAC;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=214;TCR=155;TR=364;WE=22550518;WS=22550500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr22	22550760	rs5757323	A	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=70;PP=2086;SC=TGTCTCCACCAGAGAGGGTAG;SOR=2.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=22550768;WS=22550750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	22556270	rs5995639	T	C	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=94;PP=2787;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGCCGCCCTCTCTGTCTGCAT;SOR=0.689;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=184;WE=22556278;WS=22556260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,180:0.53:339
chr22	22556368	rs9306341	C	T	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=1762;ReadPosRankSum=0.714;SC=CAGCAGAAGCCAGGGAGCTCT;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=119;WE=22556376;WS=22556358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,124:0.48:258
chr22	22556662	rs2330029	A	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=741;ReadPosRankSum=-1.487;SC=CATTAAATACAGGATTGTTGT;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=41;WE=22556670;WS=22556652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr22	22569448	rs5750741	T	A	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.921;SC=AACAGCAACATTGTTGGCAAC;SOR=0.548;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=515;TCF=275;TCR=240;TR=228;WE=22569456;WS=22569438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,234:0.44:531
chr22	22569554	rs6001413	C	A	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=97;PP=2322;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CAGAGAGATTCTCTGCATCCA;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=467;TCF=204;TCR=263;TR=182;WE=22569562;WS=22569544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,192:0.40:485
chr22	22569640	rs6001415	T	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1127;ReadPosRankSum=0.545;SC=TGCTCAGCATTGGACAGCAGC;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=38;TCR=120;TR=69;WE=22569648;WS=22569630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
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chr22	22707423	.	T	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=4.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-14.004;QD=2.46;ReadPosRankSum=-4.529;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,36:0.11:317
chr22	22707429	rs73153802	T	C	4447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=7.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-6.628;QD=13.16;ReadPosRankSum=-4.300;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,119:0.35:338
chr22	22707433	.	A	ATC	933.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=15.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-13.091;QD=2.65;ReadPosRankSum=-4.146;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,43:0.12:353
chr22	22707434	.	AAGC	A	990.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=18.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-13.185;QD=2.69;ReadPosRankSum=-4.086;SOR=1.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,46:0.12:368
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chr22	22730634	rs2009587	G	A	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.949;NF=78;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.794;SC=CCTGCACCTTGCGCAGTGGCA;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=345;TCF=132;TCR=213;TR=210;WE=22730642;WS=22730609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,215:0.60:360
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chr22	22730972	.	G	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=11.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-9.789;QD=9.46;ReadPosRankSum=-2.160;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,61:0.28:219
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chr22	22730974	.	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=10.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-9.733;QD=9.66;ReadPosRankSum=-2.454;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,60:0.28:213
chr22	22730980	.	C	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=6.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-9.827;QD=9.50;ReadPosRankSum=-2.372;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,54:0.27:198
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chr22	22731004	.	T	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.848;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=9.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-8.695;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.249;SOR=2.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
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chr22	22731050	.	C	G	517	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=57.4;NF=0;NR=7;PP=517;QD=78.8244589353;SC=TCTGAAGTCTCAGTAAAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=7;WE=22731070;WS=22730991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr22	22731059	.	AAAAC	A	882	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=56.6;NF=0;NR=7;PP=882;QD=127.714285714;SC=TCAGTAAAACAAAACAAAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=22731070;WS=22730991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr22	22735736	rs448848	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-3.173;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,57:0.23:249
chr22	22758488	rs407401	A	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=453;SC=ATTTGCATGGATGGACCCTCC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=22758496;WS=22758478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	22758660	rs28507943	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQRankSum=-0.909;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr22	22758721	rs426552	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=35;PP=1517;SC=CAAGAATCACCGTGTCTGTGT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=22758729;WS=22758711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	22764087	rs2330093	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=477;ReadPosRankSum=0.823;SC=GGCAGGGAGAGATTTGGGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=23;WE=22764095;WS=22764077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr22	22782394	rs165704	A	G	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=100;PP=2815;ReadPosRankSum=0.174;SC=CACAGATGGGAAAGTGGGACA;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=279;TCF=135;TCR=144;TR=185;WE=22782411;WS=22782384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,190:0.66:288
chr22	22786410	rs165657	C	T	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=1696;ReadPosRankSum=0.402;SC=AGAGAGAGGCCCTGGGAAGCC;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=100;WE=22786418;WS=22786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,102:0.68:149
chr22	22842206	rs11109	T	C	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=79;PP=2965;SC=GAGGTTCCAGTGACACTTGAA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=180;WE=22842214;WS=22842196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr22	22842957	rs2236729	T	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=57;PP=2350;SC=CAATTCATTTTCCCTATCAAG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=107;WE=22842965;WS=22842947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	22843118	rs2236730	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=52;PP=1841;SC=CTGAAGGGAACGAAGCTGAAG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=101;WE=22843126;WS=22843108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	22868211	rs361558	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=194;SC=ATGTCACTGTGAAAAACAACC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=22868219;WS=22868201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	22868493	rs361666	G	T	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	22868497	rs361762	G	C	8264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	22868773	rs361737	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.30;QD=45.45;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	22868776	rs362173	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.44;QD=44.66;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	22869123	rs362003	T	C	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=126;PP=2965;SC=TAGTAAAAGTTGCTAAGTAAC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=142;TCR=126;TR=268;WE=22869131;WS=22869113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr22	22869209	rs362124	C	G	11265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
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chr22	22869548	rs362011	T	C	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	22869649	rs361721	G	C	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=58;PP=2187;SC=ACAGAGAAACGGGCATGATGG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=123;WE=22869657;WS=22869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	22869742	rs361959	C	A	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TTCTTCTTGACTTTGAGCCTG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=119;TCR=66;TR=184;WE=22869750;WS=22869732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr22	22890492	rs13604	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CACCCAGCTAGTTAGGCATGA;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=72;WE=22890500;WS=22890482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr22	22890752	rs17497512	A	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.181;SC=AGACTCTGCAAGGCAGATATG;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=67;WE=22890760;WS=22890742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr22	22890792	rs17497547	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=789;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGCTTAAGGTTGTAAGCTGGG;SOR=0.784;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=61;WE=22890800;WS=22890782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr22	22891081	rs2072049	G	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=1.728;SC=AATAGACAAAGCAGTTAGTGC;SOR=0.450;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=17;WE=22891089;WS=22891071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
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chr22	22901988	rs28364788	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.15;ReadPosRankSum=0.753;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr22	22930770	rs6002909	A	G	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=102;PP=2965;SC=CCTCTGAGCTAATGCTTGGTC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=238;WE=22930778;WS=22930760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr22	22989256	rs2904923	A	G	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=86;PP=2965;SC=CCGGTCAGCGAGATCCTGTTC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=192;WE=22989264;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	23010943	rs406876	G	A	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2524;ReadPosRankSum=2.227;SC=CTGGCAATGCGTCCTTTGTCC;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=149;WE=23010951;WS=23010933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,154:0.70:220
chr22	23029263	rs443102	T	C	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.747;SC=TCTCCCCCTCTTCACTCTCTG;SOR=0.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=140;TCR=99;TR=238;WE=23029271;WS=23029253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr22	23029374	rs451369	G	A	8883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.276;NF=141;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=1.354;SC=AAGCCCAGACGCAGCCTCTGG;SOR=0.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=142;TCR=173;TR=312;WE=23029382;WS=23029364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr22	23029698	rs443756	T	C	8976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.282;NF=149;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGGCAGAAGATGAGGCTGACT;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=150;TCR=166;TR=315;WE=23029706;WS=23029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,340:1.00:341
chr22	23029846	rs200665672	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.494;NF=11;NR=19;PP=315;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AAGCCATGAGTAGGCTTGGCC;SOR=0.468;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=30;WE=23029854;WS=23029836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr22	23029871	.	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-5.241;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr22	23029876	.	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-5.510;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr22	23040362	rs5996349	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=736;SC=CTCTGAGGCAAAGGGGATAAG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=23040370;WS=23040352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	23040389	rs6003229	G	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=14;PP=1191;SC=CTGGGGCAGGGCCAGTGCTGG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=23040397;WS=23040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	23040462	rs1312	T	C	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=47;PP=2376;SC=TGCTCCTCACTCTCCTCACTC;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=23040470;WS=23040452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	23040586	rs150422907	T	C	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.54;QD=30.23;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	23040767	rs5751516	G	T	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;SC=ATTTATGAGGGCAGTAAGCGG;SOR=0.829;Source=Platypus;TCF=41;WE=23040775;WS=23040757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	23046741	rs5759380	A	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=319;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGTGGGCCTGAGAGGAAATAA;SOR=1.287;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=22;WE=23046749;WS=23046731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr22	23046915	rs5759381	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TGGTCTTACCCTGAACCCTGA;SOR=1.808;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=18;WE=23046923;WS=23046905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr22	23046940	rs5751527	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=1178;ReadPosRankSum=0.333;SC=AGCCCAGGCATAGCCTCAGGG;SOR=1.061;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=17;WE=23046965;WS=23046930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr22	23046954	rs5759382	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr22	23046957	rs5751528	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr22	23047069	rs5751529	C	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=844;ReadPosRankSum=1.783;SC=CCAGGACAGACAGCCAGGATC;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=143;TCR=87;TR=66;WE=23047077;WS=23047059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,77:0.32:242
chr22	23047104	rs5751530	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,76:0.28:272
chr22	23047143	.	GCC	G	2518.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=3.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,75:0.26:289
chr22	23047146	rs78292630	C	T	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,77:0.26:292
chr22	23047148	rs77364963	T	TGATATAC	2524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,76:0.26:289
chr22	23047290	rs9623875	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,55:0.25:216
chr22	23054916	rs5759408	G	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr22	23055329	rs10560602	CTTATTTAT	C	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=358;ReadPosRankSum=0.931;SC=CAACCTCTCTCTTATTTATTT;SOR=0.368;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=3;WE=23055347;WS=23055319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr22	23055440	rs1008910	C	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-2.893;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,39:0.27:147
chr22	23055533	rs4446155	G	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-2.643;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr22	23055539	rs1985791	G	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-2.608;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,59:0.31:192
chr22	23055752	rs2304533	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=1.730;SC=CCCTCTTGCTCCAGCCCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=8;WE=23055760;WS=23055742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr22	23063645	rs11090173	T	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=2.350;SC=CCATCTCACATTGACACAGAC;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=41;WE=23063653;WS=23063635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr22	23077555	rs4822296	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-9.113;NF=34;NR=29;PP=866;ReadPosRankSum=0.156;SC=TACTGCAGCTTATATACAAGC;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=63;WE=23077563;WS=23077545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr22	23077690	rs4822297	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.969;NF=2;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=0.884;SC=TCCTGCAGTGCGGCCTTGAGA;SOR=0.096;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=11;WE=23077698;WS=23077680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr22	23089740	rs62220366	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=647;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCCTGTGCTGCCCTCACAGCT;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=53;WE=23089748;WS=23089730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
chr22	23089759	rs2040563	A	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=739;ReadPosRankSum=0.964;SC=CTGGTTTGAGAGACATCTCTC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=132;TCR=78;TR=61;WE=23089767;WS=23089749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,61:0.28:217
chr22	23089826	rs1978004	G	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GACTGCCCCCGAAAGCCTGAG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=187;TCR=175;TR=117;WE=23089834;WS=23089816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,114:0.31:367
chr22	23089857	rs2040564	G	A	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,89:0.30:298
chr22	23089865	rs2040565	A	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,84:0.30:284
chr22	23089941	rs3087123	ACT	A	1431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.188;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,45:0.30:151
chr22	23090423	rs34605189	G	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-7.757;QD=3.12;ReadPosRankSum=-2.719;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,30:0.22:139
chr22	23090438	rs56223989	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=15.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-8.559;QD=2.66;ReadPosRankSum=-4.391;SOR=2.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,20:0.19:105
chr22	23101247	rs4822303	GC	AT	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.411;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-9.475;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.105;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr22	23101280	rs1894244	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.053;NF=19;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=0.044;SC=GCACAGGTGACGCCTCCAGGG;SOR=0.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=30;WE=23101288;WS=23101270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr22	23101301	rs4822305	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.377;NF=20;NR=14;PP=391;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AAGGGGCTTCAGGGACCTCTG;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=34;WE=23101309;WS=23101291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr22	23101347	rs1894245	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.021;NF=23;NR=18;PP=655;ReadPosRankSum=2.089;SC=CAGGCTCACCGGGGCCCAGCA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=41;WE=23101355;WS=23101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr22	23101559	rs4134484	G	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.523;NF=17;NR=12;PP=489;ReadPosRankSum=1.049;SC=TGATTTATGAGGTCAGTAATC;SOR=0.891;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=29;WE=23101567;WS=23101549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr22	23135588	rs2016511	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=687;SC=CCCTGTGCAAGGGGCTTCCTG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=23135596;WS=23135578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	23165839	rs5844528	G	GC	2768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=44;PP=2268;SC=GGGCTCTCAGGCCCCTTCTTG;SOR=1.065;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=56;WE=23165847;WS=23165829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	23237752	rs201956362	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.979;NF=29;NR=10;PP=637;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CAACAAGTACGCGGCCAGCAG;SOR=1.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=39;WE=23237760;WS=23237742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr22	23247028	rs464478	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=23;PP=2106;SC=TCTGTGGGTTAAGTGTGGGGG;SOR=2.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=93;WE=23247036;WS=23247018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	23247082	rs2009433	C	T	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=79;PP=2965;SC=GGACCACTGGCCCCAGCTTCC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=124;TCR=80;TR=203;WE=23247090;WS=23247072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	23248758	rs1059142	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.70;QD=24.79;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	23248839	rs7117	A	T	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.09;QD=25.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	23256464	rs463185	G	C	8562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=154;PP=2965;SC=GTGAGGGGACGGAGCTGACCG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=152;TCR=154;TR=306;WE=23256472;WS=23256447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr22	23260276	rs139283039	GGC	G	2030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=17;PP=1663;SC=GGGGTTGGGGGGCGGGGTGGC;SOR=1.378;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=33;WE=23260285;WS=23260266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	23260507	rs410521	T	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=877;SC=CTGGCCCCAATTTCCTCCAGC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=23260515;WS=23260497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	23262162	rs375081	C	A	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=84;SC=ATCCTCAGTCCACCAGAAACC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=23262170;WS=23262152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	23263602	rs373405	C	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=43;PP=1788;SC=CAGCTGACCGCCCTCGGTAAG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=96;WE=23263610;WS=23263592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	23263708	rs737885	T	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=30;PP=915;SC=CCTGTCTGGATGTCTGGAATC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=23263716;WS=23263698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	23405957	rs8139280	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=235;SC=GCTCCCTCCTGCCCCTGGGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=23405965;WS=23405947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	23438116	rs41296233	C	T	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=110;PP=2554;ReadPosRankSum=0.159;SC=ACAATGCCATCGACTCGCTGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=610;TCF=277;TCR=333;TR=200;WE=23438124;WS=23438106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,209:0.33:637
chr22	23478695	rs9612240	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TATCAGGTCCCTGGTCAGGGA;SOR=0.446;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=22;WE=23478703;WS=23478685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr22	23479758	rs34504974	G	GT	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=3.113;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr22	23482460	rs4822360	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=0.240;SC=AGGTCACACAAGGCCATGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=13;WE=23482468;WS=23482450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr22	23482718	rs4822361	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=2.379;SC=TACTTCTCATCTGATCCTCCA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=23482726;WS=23482708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr22	23482744	rs4822362	C	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TGAGGGCAGGCAAATGGGTAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=23482752;WS=23482734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	23492491	.	CT	C	35.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	23523073	.	G	GC	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=129;QD=32.1409600785;SC=CCGGGGCCGGGCTGGCGAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=23523090;WS=23523071;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	23523082	.	G	GC	309	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=309;QD=47.8571428571;SC=GGCTGGCGAGGCGCCGCGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=23523090;WS=23523071;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	23585132	rs1004040	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-2.823;SC=CCTGGTGACAACATCTCTCCA;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=13;WE=23585140;WS=23585122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr22	23627369	rs140504	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=1.111;SC=CAGATCAAGAATGACATCCAG;SOR=3.223;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=9;WE=23627377;WS=23627359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr22	23627441	rs131675	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=207;SC=GTGGCAGCAGTCCCCGCACAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=23627449;WS=23627431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	23632665	rs131677	C	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr22	23637229	.	G	C	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.462;SC=GATAGAGCTGGAGGGCTCCCA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=80;WE=23637237;WS=23637219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr22	23656148	rs66569843	T	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=434;ReadPosRankSum=0.631;SC=CCCACCGCCTTCTGCAGCTCT;SOR=0.354;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=23;WE=23656156;WS=23656139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr22	23657477	rs180810	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=57.45;MQRankSum=1.027;NF=10;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.843;SC=CCCCACCCCCATCTCACTGTA;SOR=2.494;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=23657485;WS=23657467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	23657495	rs180811	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=58.94;MQRankSum=0.380;NF=13;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=0.380;SC=GTAAGGGGTTCATGACACCAG;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=16;WE=23657503;WS=23657485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr22	23657735	rs180812	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCCTGGAGGCGGACAGATGGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=23657743;WS=23657725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr22	23735649	rs8135826	C	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=25.40;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	23915340	rs1064417	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.46;MQRankSum=-0.900;NF=8;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGTATTTATTTAGGGTTTACT;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=23915348;WS=23915330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr22	23956021	.	T	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.536;SC=ACAAGACCTCTATTTGTAGAA;SOR=0.105;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=23956029;WS=23956011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	23956322	rs74953418	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=596;ReadPosRankSum=0.423;SC=GAGGTCTTACGTGGATGTCAT;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=119;TCR=65;TR=55;WE=23956330;WS=23956312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,58:0.30:192
chr22	23961742	rs5844566	G	GGCACCCATAA	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.627;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr22	23962744	rs72559613	T	TTTC	5268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.280;NF=31;NR=33;PP=2967;ReadPosRankSum=0.141;SC=GCCAGCAAGTTTGTTTCTCAG;SOR=0.716;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=64;WE=23962752;WS=23962734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,129:0.62:209
chr22	23974200	rs3827318	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
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chr22	24036657	rs2070448	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr22	24038847	rs1007298	T	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=42;PP=1423;SC=CCCCAGAGAGTCCAGATGAGG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=24038855;WS=24038837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	24086026	rs41277301	C	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr22	24086107	rs5759985	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=995;ReadPosRankSum=1.242;SC=TATAGTGCTCAATGAGGGCTG;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=76;WE=24086115;WS=24086097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,78:0.34:231
chr22	24087319	rs2070451	A	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=758;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TTGCTGGGGGAACCTCCATTG;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=73;TCR=89;TR=63;WE=24087327;WS=24087309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr22	24094836	rs2070452	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=563;ReadPosRankSum=2.820;SC=CCCATTCCCCCGCACACTGCT;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=41;WE=24094844;WS=24094826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,42:0.36:116
chr22	24094912	rs4820566	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=963;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GCCAGGATCTTATGACCCTCA;SOR=0.461;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=248;TCF=148;TCR=100;TR=75;WE=24094920;WS=24094902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,80:0.31:259
chr22	24106674	rs140181	G	A	8297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=140;PP=2965;SC=GGCCCTGTCCGGCCTCCCACC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=152;TCR=140;TR=292;WE=24106682;WS=24106664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr22	24108288	rs140182	C	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=66;PP=2219;SC=TCCCCCTCCCCGCCTGAGTCG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=24108296;WS=24108278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	24108412	rs80027270	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	24109550	rs131444	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=85;SC=TCTCTTGGACTCGCTGCTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=24109558;WS=24109540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	24109774	rs179468	T	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=6;PP=324;SC=AGGGCGCGGCTGGGCGGCTGC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=24109782;WS=24109764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	24109975	rs62241575	A	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=432;ReadPosRankSum=0.693;SC=GGGAGTGCCCACACTTCCCTA;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=36;WE=24109983;WS=24109965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr22	24115236	rs28363612	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GCCCAGCGGCGGATCCGGACC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=24115244;WS=24115226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr22	24121378	rs738792	C	T	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1212;ReadPosRankSum=0.669;SC=GCCTAGGACGCCCACCACCTC;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=92;WE=24121386;WS=24121368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,97:0.67:145
chr22	24121521	rs28363648	T	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=944;ReadPosRankSum=-2.121;SC=GCCCGACCCATCTGATGGGCT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=77;WE=24121529;WS=24121511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,80:0.31:255
chr22	24122499	rs9612427	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=0.820;SC=CTCAGCCATCGGGGGCTGTCC;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=24122507;WS=24122489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	24122750	rs28363660	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=756;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CCACTGACCCCGCCCCCACCC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=65;WE=24122758;WS=24122740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
chr22	24122877	rs28363661	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,58:0.27:213
chr22	24123376	rs28363663	C	A	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=1981;ReadPosRankSum=0.993;SC=CTCTCCCACCCCAGCCAGACG;SOR=0.789;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=338;TCF=170;TCR=168;TR=138;WE=24123384;WS=24123366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,138:0.40:345
chr22	24123727	rs28363665	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=1.657;SC=CCTGGGGGCCGAGGGAGAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=4;WE=24123735;WS=24123717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr22	24125565	rs2877173	G	A	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=45;PP=2503;SC=CCCAGTGTCCGCTCGCCCAGG;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=135;WE=24125573;WS=24125555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	24125689	rs28382575	T	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=1186;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TCGTGGGTCCTGACTTCTTTG;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=182;TCR=177;TR=119;WE=24125697;WS=24125679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,122:0.33:375
chr22	24129553	rs55705149	GGC	G,CGC	2023.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;QD=33.18;SOR=4.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,35,26:0.57,0.43:61
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chr22	24143502	rs738797	C	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=72;PP=1803;ReadPosRankSum=0.074;SC=CTCTCTGGCCCCTCAAGTGGA;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=200;TCF=75;TCR=125;TR=118;WE=24143510;WS=24143492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,116:0.59:198
chr22	24143604	rs34524637	G	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-2.648;SC=TGCCATCCACGTGACTCCCAC;SOR=0.536;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=9;WE=24143612;WS=24143594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr22	24145318	rs11090286	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=-1.380;SC=ACCGTGGCCCCGGGACCCCTG;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=15;WE=24145326;WS=24145308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr22	24145395	rs5760030	A	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=29;PP=2091;SC=GGTTTGCAGAAGCCTGCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=97;WE=24145403;WS=24145385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	24145675	rs5751738	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=30;PP=912;SC=GAACAGTCCCGTTTCCTGCCA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=24145683;WS=24145665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	24158826	rs34737764	AC	A	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CAGGAAGGCCACCCCCAGTGC;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=9;WE=24158834;WS=24158816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr22	24176287	rs5030613	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,42:0.26:163
chr22	24176480	rs34399789	C	CG	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=1.350;SC=TCCTGAGGATCGGGTGGGGGT;SOR=1.216;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=17;WE=24176488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr22	24176959	rs35305666	CA	C	5575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=56;PP=2951;SC=AGGCTCAGGGCAAGAGGCTCT;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=86;WE=24176967;WS=24176949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	24179132	rs1128127	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.157;SC=TTCTGCAGGGGCATCCAGGAG;SOR=0.535;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=15;WE=24179140;WS=24179122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr22	24179176	rs201370576	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr22	24179724	rs2070462	G	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=2.792;SC=GCAGGAAGATGGGGATGGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=24179732;WS=24179723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	24180449	rs6003907	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CTGTGTCCCTCTCTGGCATGG;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=154;TCR=90;TR=75;WE=24180457;WS=24180439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,79:0.31:251
chr22	24199262	rs9680524	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=2.509;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr22	24199704	rs16986337	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.721;NF=23;NR=33;PP=658;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GCCGTCCTTACGGCCTCGGAC;SOR=0.849;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=56;WE=24199712;WS=24199694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr22	24199764	.	AC	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.634;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr22	24204438	rs138381486	G	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=0.603;SC=GTGGGTACTGGCTAACAGCTG;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=40;WE=24204446;WS=24204428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr22	24209759	rs2330626	G	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=311;SC=TGCGCTTATGGTAATGAGATG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=24209767;WS=24209749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	24210050	rs4428104	A	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCATCTGGCTATTCATGAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=24210058;WS=24210040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	24224655	rs9608213	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr22	24224659	rs9612499	C	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr22	24226242	rs2070460	A	G	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1323;ReadPosRankSum=0.163;SC=CTGGGCATCCATCATCACATA;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=93;WE=24226250;WS=24226232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,100:0.67:150
chr22	24226890	rs60699980	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGTCTGTGGGGCCATCTACAC;SOR=0.530;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=267;TCF=147;TCR=120;TR=102;WE=24226898;WS=24226880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,105:0.37:282
chr22	24237463	rs2070767	T	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=43;PP=1696;SC=AGAGCCGGGATATTGGGGAGC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=24237471;WS=24237453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	24284825	rs6003982	C	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=6.281;NF=28;NR=9;PP=642;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CTCAACAGCTCCAAGCTAGCT;SOR=1.378;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=37;WE=24284833;WS=24284815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr22	24285057	rs201546417	TAAAACAAAAACA	T	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=14;PP=2988;SC=AAGGAAATACTAAAACAAAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=24285076;WS=24285047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	24313868	rs79966373	C	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=428;ReadPosRankSum=0.665;SC=CCACATCTTGCAAGACCCCTG;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=36;WE=24313876;WS=24313858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr22	24313954	rs79213832	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
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chr22	24325024	rs201723657	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQRankSum=-0.728;QD=28.98;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr22	24325047	rs149686121	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQRankSum=-0.728;QD=28.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr22	24340650	rs11343686	GT	G	61.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	24340851	rs7291160	G	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-5.036;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,36:0.23:156
chr22	24340938	rs140290	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=52;PP=1596;SC=CATGGGCTGTAGATAGACGAA;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=86;WE=24340946;WS=24340928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	24345691	rs140302	A	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=570;SC=TGAGGCTGGGAAGCTTCCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=24345699;WS=24345681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	24376322	rs4630	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=21;PP=1321;SC=GCAAGTCTTAGGCAAGCCATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=24376330;WS=24376312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	24377034	rs140308	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=24;PP=647;SC=GAGTTACTGGAGTAGGGAGTT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=24377042;WS=24377024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	24383954	rs140313	C	T	5087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGGGGAGCCCCGACTCTTGGA;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=65;TCR=108;TR=172;WE=24383962;WS=24383944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr22	24400069	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.272;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=1.803;SC=TGGGGTTCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=24400077;WS=24400059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr22	24452885	rs2070467	A	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1208;SC=TACACCATCAATAACATTTCT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=24452893;WS=24452875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	24459438	rs762273	T	C	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=104;PP=2965;SC=CTCGGAACTGTCCTGCTGGTA;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=234;WE=24459446;WS=24459428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	24472270	rs2283807	A	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=54;PP=1550;SC=CTGCCAGTGCAGGGCAGGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=24472278;WS=24472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	24480503	rs4820581	G	A	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=47;PP=2934;SC=TGAATGTGTTGCTAATCTGCC;SOR=1.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=153;WE=24480511;WS=24480493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	24492061	rs2236622	T	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=45;PP=1444;SC=TAGCACCCTTTAGGCGACCCC;SOR=1.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=24492069;WS=24492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	24577433	.	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr22	24579049	rs62231981	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-4.862;NF=51;NR=24;PP=1043;ReadPosRankSum=1.324;SC=TGCTCCATGCGCTGTGGCGCC;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=97;TCR=45;TR=75;WE=24579057;WS=24579039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr22	24579157	rs200945728	GA	TC	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.203;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.667;NF=31;NR=46;PP=2342;ReadPosRankSum=-2.277;SC=CCCTACTCAGGATCCATGATG;SOR=1.133;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=77;WE=24579166;WS=24579147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,81:0.41:200
chr22	24621491	rs12627971	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TTGTGGACCCCGGGTGGGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=73;WE=24621510;WS=24621481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr22	24622648	rs2275984	T	C	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=86;PP=2965;SC=CCTCTGCCCCTTGGCAAACTT;SOR=1.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=214;WE=24622656;WS=24622638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	24627296	rs113720411	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr22	24627309	rs12159878	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=-2.429;SC=GCCGGGGGTGCGGGGGAGGGG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=24627317;WS=24627286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	24627651	rs113401846	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=101;ReadPosRankSum=2.137;SC=GCCTCAGGACTGGCCCCTTGG;SOR=1.536;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=11;WE=24627659;WS=24627641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr22	24629380	rs9624434	C	T	114.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACAGCCTGTCCGTGAGGCGCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=24629388;WS=24629370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr22	24640438	.	TCA	T	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=59.42;NF=2;NR=3;PP=95;QD=20.2;SC=ATACATTCACTCACACACACA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=24640447;WS=24640428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr22	24717518	rs3747113	G	A	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1597;ReadPosRankSum=1.703;SC=ATCTTCTCACGCTGGCAAAAA;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=94;WE=24717526;WS=24717508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,99:0.69:144
chr22	24717850	rs204710	A	G	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=68;PP=2965;SC=ATCACCCCTGATAACCAGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=151;WE=24717858;WS=24717840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	24730587	rs5760351	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=729;SC=CGGTTGTGTTCACTTACCTTA;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=24730595;WS=24730577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	24761467	rs204718	G	A	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=56;PP=2607;SC=TAGTGAAGAAGTGAAACGGGA;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=140;WE=24761475;WS=24761457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr22	24837301	rs5751876	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1572;ReadPosRankSum=1.229;SC=CCAATGGCTATGCCCTGGGGC;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=94;WE=24837309;WS=24837291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,97:0.70:138
chr22	24891292	rs2070474	C	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=692;SC=GGGCGCCTGACCGGGCCTGGG;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=24891300;WS=24891282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	24898310	rs2232866	C	T	10934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=196;PP=2965;SC=GAAAGTTCTCCGTCCACATCA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=179;TCR=196;TR=375;WE=24898318;WS=24898300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr22	24909498	.	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TCACTTGCCCCTCTGTATGTT;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=18;WE=24909506;WS=24909488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr22	24936970	rs9704	A	G	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=1.037;SC=CTATTCTAACAATTTTACCAG;SOR=0.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=188;TCR=205;TR=251;WE=24936978;WS=24936960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,259:0.63:410
chr22	24938908	rs8139822	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=587;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGGCCAGGGCATCCTGAGCGG;SOR=0.811;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=37;WE=24938916;WS=24938898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr22	24944053	rs4822506	C	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=55;PP=1722;SC=TGCAGGTAGACGAGCTGGGGA;SOR=1.189;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=96;WE=24944061;WS=24944043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	24944782	rs1003580	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=928;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AGCCCCAACCAAAGATAGCTA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=61;WE=24944790;WS=24944772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr22	24950691	rs16978673	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.279;SC=CCAGCAGGACTTTTCGCTTCT;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=24950699;WS=24950681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	24953479	rs11427005	C	CT	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5211;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AGGAGCTGAGCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=13;WE=24953487;WS=24953469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr22	24953571	rs5760472	A	G	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=47;PP=2423;SC=GATGTGTGCCACATGCCTTTT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=142;WE=24953579;WS=24953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	24964128	rs4597	T	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,93:0.67:139
chr22	24982137	rs77407491	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGCAGTGGCCCGCGTCAGTCG;SOR=0.779;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=73;WE=24982145;WS=24982127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,83:0.33:249
chr22	24985736	rs56017319	GCC	G	1456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=664;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGCTCTGTTGGCCCCCCTGTC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=20;WE=24985745;WS=24985726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr22	24985840	rs61737674	G	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=2.666;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr22	24988920	rs737128	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=0.639;SC=GCACCCGGCGCTCGTAGGGCG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=16;WE=24988928;WS=24988910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr22	25003934	rs2076999	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=13;PP=526;SC=GTGCAGCCCAGAACTGTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=25003942;WS=25003924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	25124095	rs738827	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=910;ReadPosRankSum=1.318;SC=AAGAGAATCTCAAGTTTTATT;SOR=0.523;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=57;WE=25124103;WS=25124085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr22	25129964	rs5760612	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CAGGAAACCAACAACAACATT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=25129972;WS=25129954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	25145453	rs1892723	C	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=58;PP=1790;SC=AATTCTTTCACAATGCTATAA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=82;WE=25145461;WS=25145443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	25202560	rs6004288	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.078;SC=GGCGGCCAGAACAGGTGTGGG;SOR=1.112;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=11;WE=25202568;WS=25202550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr22	25246112	rs139670	G	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=924;SC=GCTTGCTAGCGGCAATATGGG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=25246120;WS=25246102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	25250874	rs7364263	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGTGGTAACCGAGTGACACTG;SOR=0.822;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=18;WE=25250882;WS=25250864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr22	25251500	rs117667552	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,65:0.25:261
chr22	25251981	rs3062177	T	TATCC	2044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.865;NF=12;NR=15;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCTTTACATCTATCCATCCAT;SOR=0.313;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=27;WE=25251989;WS=25251971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,55:0.37:149
chr22	25263240	rs5996780	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=265;ReadPosRankSum=-1.170;SC=GACACCCCATGTTACCTGTGC;SOR=1.571;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=19;WE=25263248;WS=25263230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr22	25263273	rs5996781	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=1.613;SC=GCGACCTCACCGCTCTGTGCC;SOR=1.508;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=9;WE=25263281;WS=25263263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
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chr22	25270455	rs9624633	G	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=1.276;SC=CTGCAGGCCGGTCCATGCTGG;SOR=0.379;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=49;WE=25270463;WS=25270445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr22	25282765	rs139719	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,20:0.21:95
chr22	25291095	rs5760713	C	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AATAGAGATGCAACTAGACTT;SOR=1.302;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=12;WE=25291103;WS=25291085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr22	25293847	rs73405209	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-1.435;SC=ATATTTAAGCCGATCACCTGT;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=9;WE=25293855;WS=25293837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr22	25297755	rs139738	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ACTTAGATGTGATTTTTCATT;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=85;WE=25297763;WS=25297745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,91:0.74:123
chr22	25297965	rs139739	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	25320001	rs188092894	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr22	25320333	rs140365882	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.894;SC=CCCCGGGAGCGGGGTCCTGGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=25320341;WS=25320323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr22	25334058	.	T	TCATTCATTCATG	1490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.30;MQRankSum=6.494;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr22	25577554	rs9612886	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=725;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AGCGTCTTCTGTGCAGGTCTG;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=25577562;WS=25577544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr22	25577688	rs763279	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=84;PP=2802;ReadPosRankSum=-1.472;SC=CCAGGAAGGAGGAGTCGGATG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=160;WE=25577696;WS=25577678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,167:0.96:174
chr22	25577733	rs9612887	T	C	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=73;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGAGGACCCCTGTCAGCCATC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=121;WE=25577741;WS=25577723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,122:0.96:127
chr22	25577846	rs6004466	T	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=305;SC=ACCTTAGCAGTGTAAAGAATA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=25577854;WS=25577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	25586564	rs713707	A	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=690;SC=GCTTGCCCCAACCCCGCCTGG;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=25586572;WS=25586554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	25597331	rs2269672	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=686;ReadPosRankSum=0.488;SC=AACCATTTTCTTTTGGTTTGA;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=40;WE=25597339;WS=25597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr22	25617602	rs739315	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=407;SC=ACACAGTTGGAGCTGATACTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=25617610;WS=25617592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	25625554	rs55700037	G	A	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=36;PP=1214;SC=ACGTAAGTGCGTTGCCAGCCC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=25625562;WS=25625544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	25713933	rs133156	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.30;QD=32.40;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	25714110	rs2064141	T	C	7709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-1.757;QD=33.23;ReadPosRankSum=2.299;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,190:0.82:232
chr22	25714113	rs2330574	A	G	7749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-1.892;QD=33.55;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,191:0.83:231
chr22	25714218	rs2072869	A	T	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.091;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.407;NF=76;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TGCCCCTCACACCCAGCAGGT;SOR=0.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=151;WE=25714226;WS=25714208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,157:0.98:160
chr22	25714415	rs185578320	T	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.794;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=967;ReadPosRankSum=-2.577;SC=TTTCTCTGGGTCTTCTTCCCC;SOR=0.189;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=47;WE=25714423;WS=25714405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr22	25716068	rs133162	C	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=27.83;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	25750814	rs141812512	C	CAGGGCA	2656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.366;NF=0;NR=45;PP=2952;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CTGGATGGGCCAGGGCCATGC;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=45;WE=25750822;WS=25750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr22	25753231	rs133194	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1278;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CCTCGATCTTGTCTGTCTTGG;SOR=1.926;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=61;WE=25753239;WS=25753221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr22	26159289	rs133885	G	A	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	26163996	rs133901	T	C	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=61;SC=AAGTGAACAATGAAATGAATG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=26164004;WS=26163986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	26164079	rs133902	C	T	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=106;SC=TTCTTTCTCCCAGATCCCAGA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=26164087;WS=26164069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	26193982	rs738642	C	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	26228757	.	TA	T	35	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=35;QD=28.0;SC=TGCCAAAATTTAAAAAAACGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=26228765;WS=26228747;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	26228797	rs3859879	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	26298754	rs2072016	G	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=2;PP=53;SC=GCTAAATCTCGGGAAACTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=26298762;WS=26298744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	26304363	rs58609797	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=6;PP=204;SC=ACCAGGAGGAGGAACTGGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=26304371;WS=26304353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	26317155	rs739284	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=26;SC=AGGGAACCTGATTCCGGAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=26317163;WS=26317145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	26343805	rs2072007	A	G	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=56;SC=GTAGTGAATGAGACCTTGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=26343813;WS=26343795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	26388337	rs916425	C	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=215;SC=AGGAGAAGTACGTGGAGGAAC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=26388345;WS=26388327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	26422292	rs41531549	G	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	26422980	rs2236005	A	G	158.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TCGAAAACCCAATTCAGTTCC;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=26422988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr22	26690407	rs137204	T	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=58;SC=CCCAGGAGAGTACCTCACAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26690415;WS=26690397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	26695077	rs663048	G	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=GCGCTAAGATGCTGACATGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26695085;WS=26695067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	26706500	rs35444510	C	CA	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=30;SC=GAAACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=26706508;WS=26706494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	26706826	rs666999	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=86;SC=GGAGCTTCCCTTTCTCTTGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=26706834;WS=26706816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	26769234	rs1076660	T	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=0;PP=136;SC=CTTCTCTTGGTAACTTAGGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=26769242;WS=26769224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	26777795	rs482902	A	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=285;SC=ACAGACGGGCACAGTGGCATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=26777803;WS=26777785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	26829914	rs3747128	T	C	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.044;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1667;ReadPosRankSum=0.260;SC=GCCAGTCCCCTGAGTGCGTGC;SOR=0.113;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=102;WE=26829922;WS=26829904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr22	26830316	rs11705277	G	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=38;PP=1640;SC=GGAACTGTAGGAAGTGCCCAC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=26830324;WS=26830306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	26830478	rs3788398	A	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=600;SC=GTATGTTGCAAGGACAGGGGT;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=26830486;WS=26830468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	26853905	rs1894704	C	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=353;SC=AGCGGCGATCCTGCGGGGTGG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=26853913;WS=26853895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	26853980	rs1894705	T	C	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=94;SC=AGTTACCTTCTGCCCTCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=26853988;WS=26853970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	26854441	rs1894706	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	26854682	rs4822722	T	C	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=26;SC=CAGTGCTTTGTGAGACCGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26854690;WS=26854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	26859942	rs5752330	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=12;PP=519;SC=AGGGACAGCACCAGCCCTTTG;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=26859950;WS=26859932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	26860269	rs2014410	G	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=23;PP=944;SC=TGGTCTTCGAGCTGCTCTTGG;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=26860277;WS=26860259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	26861545	rs3213583	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=200;SC=TATGAACAGGACTTTCCCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=26861553;WS=26861535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	26862153	rs739289	C	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=37;PP=1304;SC=CATAAAAGACCGCCGTTCTCA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=26862161;WS=26862143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	26862212	rs713998	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=641;SC=CGGGGCATCCTCTCCCGTAGG;SOR=2.019;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=26862220;WS=26862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	26864658	rs739290	A	G	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=50;PP=1500;SC=AATTTTAAAGATGCCTAACAG;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=26864666;WS=26864648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	26867490	.	G	A	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=29.3856062736;SC=TGGAGCCTCCGGAGCTGCTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=26867498;WS=26867480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	26877539	rs739291	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=474;SC=CGATGGCTCACGTGCTTGATT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=26877547;WS=26877529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	26879823	rs968425	C	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=226;SC=GATGACGTGCCGAGTGCGCCG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=26879831;WS=26879813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	26879946	rs66831137	GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA	G	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=1391;SC=CGCGGCGGAGGGAGGCGGCGC;SOR=0.784;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=26879974;WS=26879936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	26884039	rs4820682	G	A	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=30;PP=1864;SC=ACAACTGAAGGCCCCTGTGGG;SOR=1.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=26884047;WS=26884029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	26886953	rs34878449	GT	G	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=539;SC=TAATCATGGTGTTTTTTTTTT;SOR=3.312;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=27;WE=26886961;WS=26886943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	26887099	rs4820683	T	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=62;PP=1926;SC=AATTCTATCTTTCTTTACAGG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=26887107;WS=26887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	26887829	rs1045523	A	G	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=95;SC=GCATTGTCCCATTTTACATCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=26887837;WS=26887819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	26890682	rs11703192	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=611;SC=GGAATTGTACCTACAGTCAGG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=26890690;WS=26890672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	26892898	rs5761562	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=436;SC=ATTACACTGACTGGTTTCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=26892906;WS=26892888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	26894985	rs2187956	C	T	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=33;PP=1475;SC=GGCTCTCCAGCCCTCCCTGCC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=78;WE=26894993;WS=26894975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	26895061	rs2157586	G	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=37;PP=1903;SC=GATTTTCCCAGCAACTCACTT;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=26895069;WS=26895051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	26895337	rs1008530	G	A	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=82;PP=2965;SC=TCTCCAGCTCGTGGAAGAGGT;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=183;WE=26895345;WS=26895327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	26924149	rs2283821	C	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=25;PP=1491;SC=CCAGAAGCAGCGGGAACCCCC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=26924157;WS=26924139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	26924312	rs2283822	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=1109;SC=CTCAGCATCACTGAGTCATGC;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=26924320;WS=26924302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	26924336	rs2283823	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=678;SC=TGCTTATTCACGTAGTATTTA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=26924344;WS=26924326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	26928446	rs4149482	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=230;SC=GGGGTTTCACCGTTTTGGTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=26928454;WS=26928443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	26932150	rs3752523	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=25;PP=1082;SC=CAGATGACCAGGAATTGAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=26932158;WS=26932140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	26936724	rs145806494	T	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=9;PP=531;SC=AGGGCCAGAGTCTGAGTGGAA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=26936732;WS=26936714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	26936897	rs12169509	G	A	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=32;PP=1263;SC=TACACAGGCAGGCACTTCTCC;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=26936905;WS=26936887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	26937327	rs4822735	C	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=15;PP=1043;SC=CCTCGGGGTGCGCGTCCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=26937335;WS=26937317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	27004089	rs5761626	A	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=916;SC=AGCCCTGAGGACAGTAGGAAA;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=27004097;WS=27004079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	27021425	rs4276	A	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=26;PP=1331;SC=CCTCCTGCACACTCTACCCTC;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=27021433;WS=27021415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	27021457	rs5761637	T	C	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=41;PP=1584;SC=GGGTGGGCTTTGAGCATGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=99;WE=27021465;WS=27021447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	28194894	rs202212250	CTGCTGT	C	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=587;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=28194907;WS=28194884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	28316591	rs75321888	T	TG	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=583;SC=AGGCAGTCCCTGGAGTCACCG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=28316599;WS=28316581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	29117624	rs199835095	TA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr22	29130300	rs1033667	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=753;SC=AAAACCTGGACAACTCCAATC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=29130308;WS=29130290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	29137944	rs2236142	G	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=17;PP=2267;SC=GTTTAGAAGGGAGAGCGGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=93;WE=29137952;WS=29137934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	29449477	rs2294239	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=279;ReadPosRankSum=0.844;SC=GGCCTGCCACATGCTGGGGAC;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=21;WE=29449485;WS=29449467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr22	29456733	rs6005977	T	C	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1654;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGAGAGCCGGTGAGTCCACAT;SOR=0.537;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=120;WE=29456741;WS=29456723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,127:0.60:211
chr22	29469130	rs7292708	A	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr22	29490497	rs134657	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACAACTAGGGGAAGTCTTTTG;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=29490505;WS=29490487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr22	29495079	rs134665	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CATCCTGGGCGAGGATTTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=29495087;WS=29495069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr22	29562853	rs132316	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=2;PP=1423;SC=TCCAAGAGTTTGAGGCTGCAG;SOR=5.247;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=54;WE=29562861;WS=29562843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	29562893	rs132317	G	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=29;PP=2605;SC=CGCACTCCAGGCTGGGTGACA;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=93;TCR=29;TR=122;WE=29562901;WS=29562883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	29656389	rs2231398	G	T	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=76;PP=2771;SC=CAAGAAGCGAGGCCTGGATGC;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=139;WE=29656397;WS=29656379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr22	29682881	.	CT	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.607;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr22	29695929	rs2518683	T	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=23;PP=981;SC=TCCTCATGTCTCTAGGAAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=29695937;WS=29695919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	29707639	rs34777709	G	GC	4131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=57;PP=2868;SC=ACGGCCTCCTGCCTGCGCAGC;SOR=1.198;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=65;WE=29707647;WS=29707629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	29711251	rs2519485	T	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=77;PP=2511;SC=GCCGGCGCTGTCGCTCCCCGC;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=113;WE=29711259;WS=29711241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	29725893	rs2071578	T	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=47;PP=1499;SC=AGAAGCAGAGTTTGGGGCTGT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=53;WE=29725901;WS=29725883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	29727866	rs174765	C	T	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=113;PP=2965;SC=GGCTGAGTGGCGCGTGGACCT;SOR=1.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=171;WE=29727874;WS=29727856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr22	29727886	rs2857465	T	C	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=78;PP=1906;SC=TGGAGGGGGGTGGCGGGGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=36;TCR=79;TR=114;WE=29727894;WS=29727876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	29734797	rs6006098	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=0;PP=253;SC=CCTCTGGAAAGCCTTCCTAGG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=29734805;WS=29734787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	29738546	rs7285200	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=22;PP=608;SC=AGTGTTGGTGCCGCTGAGCAG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=29738554;WS=29738536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	29755888	rs2072051	T	C	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=85;PP=2965;SC=AGAGGTATACTAGCTTCTTCA;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=162;WE=29755896;WS=29755878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	29763086	rs3044021	CAT	C	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQRankSum=-3.488;QD=0.90;ReadPosRankSum=-5.837;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,21:0.11:195
chr22	29802801	rs141826381	C	A	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.96;QD=25.89;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	29819004	rs3044108	CAT	C	1146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;MQRankSum=1.590;QD=38.22;ReadPosRankSum=0.984;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr22	29819081	rs459310	G	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.19;QD=32.63;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	29833639	rs174718	C	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=19;PP=1056;SC=ACCAATAAAACGCCCTCATGT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=29833647;WS=29833629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	29881884	rs4823040	G	A	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=64;PP=1878;SC=TTGTGTTCCTGCGAGACGCTA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=105;WE=29881892;WS=29881874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	29885473	rs5763269	C	T	11566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.71;MQRankSum=-0.319;NF=205;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=1.151;SC=GCAAAGTCACCGGCTGAGGCC;SOR=0.241;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=423;TCF=206;TCR=217;TR=415;WE=29885481;WS=29885463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,423:0.99:427
chr22	29904354	rs1049536	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=299;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TGTCTTTGGAGAATATCAAGA;SOR=1.136;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=15;WE=29904362;WS=29904344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr22	29904519	rs2283859	T	C	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=52;PP=1820;ReadPosRankSum=-1.955;SC=CCTAGAGAAATAGGAGAACGG;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=115;WE=29904527;WS=29904509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr22	29908072	rs1049534	C	T	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.679;SC=AGCTGGAAAACAGGTGGGATG;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=82;WE=29908080;WS=29908062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr22	29908154	rs2007668	G	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGGGAAATGCGCAGTTCTAAG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=55;WE=29908162;WS=29908144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr22	29913272	rs737976	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1537;ReadPosRankSum=0.802;SC=TCATGGGCAACTGTCACCCAT;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=104;WE=29913280;WS=29913262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr22	29922042	rs71324775	CTACTAGG	C	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=535;ReadPosRankSum=1.259;SC=GAAAAACTAACTACTAGGTAT;SOR=0.560;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=12;WE=29922056;WS=29922032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr22	29924212	rs5763297	T	C	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;ReadPosRankSum=0.682;SC=GTCATAGCAATCTCCCCTTCC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=211;TR=188;WE=29924220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,187:0.47:396
chr22	29925284	rs2302141	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=561;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TGCTAAGCAGTGTGAGTAGGC;SOR=0.245;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=45;WE=29925292;WS=29925274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr22	29957321	rs6361	G	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=51;PP=1454;SC=GGCCTCATTCGCAGGCCCTGA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=29957329;WS=29957311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	29957911	rs469295	T	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=49;PP=1444;SC=GATGACCTCCTCAAGGTTGGC;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=29957919;WS=29957901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	29957944	rs468986	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=909;SC=ACGGGGGAGGCGGGGTGGCCT;SOR=3.500;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=29957952;WS=29957934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr22	29966083	rs456285	C	T	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=43;PP=2327;SC=GAGGATGTTCCGCAAATTTGC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=29966091;WS=29966073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	30034994	rs5763378	G	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=18;PP=1655;SC=AAAATTTAATGCACGCCTTGC;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=84;WE=30035002;WS=30034984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	30077361	rs140086	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=278;SC=CTTGTGGGCCGCAGAGCACCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=30077369;WS=30077351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	30374872	rs372775454	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr22	30384599	rs146320165	T	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGAAAATATTTTTTAAAGAAT;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=27;WE=30384607;WS=30384589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr22	30405151	rs41157	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=78;PP=1987;SC=CATTTTGCATTGCTCTTAAAT;SOR=1.347;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=125;WE=30405159;WS=30405141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	30412465	rs41164	T	C	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=23;PP=1582;SC=AGCTGACTTATCAGAGTGTGC;SOR=1.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=74;WE=30412473;WS=30412455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	30418161	rs41168	A	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=56;PP=1685;SC=GAGTGCCATCAATTTAACTGT;SOR=4.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=62;WE=30418169;WS=30418151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	30640595	rs929273	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=0.547;SC=AGGAAGTGGCGGGAGTCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=30640603;WS=30640585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	30660148	rs201796676	G	C	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GCTCAGCCGTGTCTGAGTTGT;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=119;TCR=144;TR=130;WE=30660156;WS=30660138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,134:0.49:273
chr22	30660517	rs1476576	A	C	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1363;ReadPosRankSum=-1.816;SC=ACAGACAAGTAAGCCTTGAAA;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=94;WE=30660525;WS=30660507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
chr22	30681797	rs6147585	T	TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC	8531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=15;PP=1197;SC=CACTCTCCCCTCTGCCCCAGC;SOR=1.079;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=34;WE=30681805;WS=30681787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	30685560	rs1860217	G	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=1.882;SC=CGGGGGTGGTGCCCGAGCCTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=33;WE=30685568;WS=30685550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr22	30689998	rs11089442	G	A	4774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CTGTCATATAGAGGAGCGGGT;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=434;TCF=206;TCR=228;TR=210;WE=30690006;WS=30689988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,223:0.49:454
chr22	30691631	rs2097919	G	A	8540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=113;PP=2965;SC=TGGGGGCACCGAGCTTCTAAA;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=183;TCR=113;TR=296;WE=30691639;WS=30691621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr22	30691919	rs148680552	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TTAGGGGAGGGGGCCCTCCAC;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=29;WE=30691927;WS=30691909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr22	30714684	rs740219	A	C	10452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=170;PP=2965;SC=TGAACCAAGCACTAATGATTT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=199;TCR=170;TR=369;WE=30714692;WS=30714674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr22	30733914	rs2074731	C	A	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1611;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCACAGATTACAGGAAGCCAA;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=110;WE=30733922;WS=30733904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,117:0.60:194
chr22	30736147	rs2074732	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=0.666;SC=GCTGTAATTCGGAGACTACCA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=30736155;WS=30736137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr22	30738161	rs9608885	C	T	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=65;PP=2965;SC=CCTGGCTCCCCATCTGGAGTC;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=126;TCR=65;TR=191;WE=30738169;WS=30738151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	30738737	rs5753080	G	A	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=58;PP=2965;SC=ACTGTTTTCAGACATAAAACA;SOR=1.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=158;WE=30738745;WS=30738727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	30742623	rs740221	T	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=28;PP=754;SC=AACCAGCCCATCCCTCAGCAG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=30742631;WS=30742613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	30752696	rs5994293	G	T	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=52;PP=2151;SC=CCGGCTGCAGGCTGAGGGGCG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=30752704;WS=30752686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	30770603	rs5749082	T	A	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=181;PP=2965;SC=GGGCAAATCCTTTTGCAGAGC;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=152;TCR=181;TR=333;WE=30770611;WS=30770593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr22	30771554	rs2015035	T	G	18842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=303;NR=378;PP=2965;SC=GCAAGTGCAGTCCAACGACAT;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=681;TCF=303;TCR=378;TR=681;WE=30771562;WS=30771544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,702:1.00:702
chr22	30774340	rs9619104	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=690;SC=TTGAGAAGCCAGGCGCAGTGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=30774348;WS=30774330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	30776419	rs757870	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=0.515;SC=ATCAGGGACATGGGGCCACCC;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=25;WE=30776427;WS=30776409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
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chr22	30782731	rs12171261	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1548;ReadPosRankSum=0.660;SC=CCTCCTGCTCGGCATCCACGA;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=100;WE=30782739;WS=30782721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,99:0.50:197
chr22	30793137	rs757660	G	A	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.822;SC=CTGAGCCCCAGGCAGAAGGAG;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=438;TCF=194;TCR=244;TR=225;WE=30793145;WS=30793127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,231:0.52:447
chr22	30793270	rs887098	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GGCGGGCGGCGGAGGGAACAG;SOR=1.314;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=22;WE=30793278;WS=30793260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr22	30794719	rs11089447	C	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,126:0.54:235
chr22	30802444	rs2072157	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CTTCTTTTGCCGCACCTCCCA;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=43;WE=30802452;WS=30802434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr22	30812549	rs5997642	C	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1107;SC=AGAAATCTAGCCTTGGAGACT;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=30812557;WS=30812539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	30820707	rs5994305	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=601;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CGGCACAGCTAGGATTTGAAC;SOR=0.468;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=45;WE=30820715;WS=30820697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr22	30822920	rs5844906	T	TG	7109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=105;PP=2965;SC=AAAGTCCCTGTGGACACTCCA;SOR=1.440;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=131;TCF=16;TCR=115;TR=121;WE=30822928;WS=30822910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	30823065	rs2072159	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=366;ReadPosRankSum=-2.955;SC=CAAGTCCACTGGCCACTTGCC;SOR=1.159;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=26;WE=30823073;WS=30823055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr22	30823113	rs2072160	T	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TCGCAGGATTTTCTGCCTCTG;SOR=0.380;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=62;WE=30823121;WS=30823103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr22	30823196	rs5753130	T	C	7992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CCAGGGTGACTGTGGCTGTGG;SOR=0.521;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=162;TCR=128;TR=288;WE=30823204;WS=30823186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr22	30857373	rs2240345	A	C	7433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=109;PP=2965;SC=TGGGTAGAACATCTGTCATCT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=146;TCR=109;TR=255;WE=30857381;WS=30857363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr22	30857448	rs5749104	A	G	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=148;PP=2965;SC=TGTCCGCACCATCAGATGAGA;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=328;TCF=178;TCR=150;TR=326;WE=30857456;WS=30857438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr22	30862146	rs1047917	C	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=520;ReadPosRankSum=0.966;SC=TAAGGCCAACCCTAGAAGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=30862154;WS=30862136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr22	30862400	rs1057995	T	A	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=98;PP=2889;SC=CCAAGAGAGATCCCTTCAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=50;TCR=98;TR=148;WE=30862408;WS=30862390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	30863163	rs5997653	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=768;SC=TTCTAGACCCCGACTCTGTCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=30863171;WS=30863153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	30863234	rs58327765	A	ACATCCATC	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=212;SC=CCATCCATCCACATCCATCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=30863242;WS=30863224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	30864610	rs4820853	A	G	9203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=133;PP=2965;SC=AAGTGGCCCAATGATGTCATA;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=185;TCR=133;TR=318;WE=30864618;WS=30864600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr22	30864692	rs4820854	G	A	11049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=210;PP=2965;SC=ACCTGGGCATGAAAAGATGCA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=401;TCF=191;TCR=210;TR=401;WE=30864700;WS=30864682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr22	30864792	rs2269962	C	T	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=92;PP=2965;SC=ATAAAAAGCACTGTCCCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=140;WE=30864800;WS=30864782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	30864817	rs2269963	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=67;PP=2097;SC=AGACAGTGCTATTGTCTCAGG;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=93;WE=30864825;WS=30864807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	30885727	rs34092815	CT	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.184;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.28;MQRankSum=1.857;NF=9;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=0.654;SC=CGCACACCCCCTGAAGCTGGA;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=9;WE=30885735;WS=30885717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr22	30885980	rs17670808	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=863;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AAATGGTGACGTGGGACAAGT;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=51;WE=30885988;WS=30885970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr22	30887446	rs9608942	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=582;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GCCCCAAAGCTGGCTCCCCTG;SOR=0.094;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=62;TCF=60;TCR=2;TR=30;WE=30887454;WS=30887436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr22	30888379	rs140549169	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GAGTAGAGGACGAGCCAGGGA;SOR=0.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=30888387;WS=30888369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr22	30888494	rs17738527	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=828;ReadPosRankSum=2.229;SC=CGTGTCTCCTCACTCATGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=60;WE=30888502;WS=30888484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
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chr22	30891294	rs9606739	G	C	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=29;PP=1736;ReadPosRankSum=-1.021;SC=ACTTTGATGCGCTTCCGGATC;SOR=0.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=142;TCR=54;TR=105;WE=30891302;WS=30891284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr22	30891859	rs9608944	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1069;ReadPosRankSum=0.127;SC=CTTTTGCAGCAAATCCCTGGG;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=77;WE=30891867;WS=30891849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,76:0.41:184
chr22	30899617	rs35340872	C	T	5667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.341;SC=CTGAGACCCTCCTTCCTTCCC;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=447;TCF=223;TCR=224;TR=248;WE=30899625;WS=30899607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,264:0.57:467
chr22	30901592	rs9608956	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=556;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCGACTCGGCTGCTCATGGTG;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=46;WE=30901600;WS=30901582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr22	30921249	rs7289828	G	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=597;ReadPosRankSum=-1.067;SC=AGAACCAAGGGCCCTCACCTG;SOR=1.270;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=35;WE=30921257;WS=30921239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr22	30921371	rs6518698	T	C	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.007;NF=145;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GAATCCCATCTTCAGGCACCA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=289;TCR=236;TR=263;WE=30921379;WS=30921361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,275:0.50:551
chr22	30927975	rs5749118	C	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=92;PP=2299;ReadPosRankSum=-1.381;SC=TTTCTCCACCCTCTTCCCCAG;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=328;TCF=138;TCR=190;TR=163;WE=30927987;WS=30927965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,168:0.50:336
chr22	30928480	.	G	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=858;ReadPosRankSum=0.968;SC=TGCTGTGTCCGGCTGCAGCTG;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=59;WE=30928488;WS=30928470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr22	30930080	rs5753187	T	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=932;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CACTCCAGGCTTCTGGAGAGA;SOR=0.491;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=64;WE=30930088;WS=30930070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,71:0.57:125
chr22	30930158	rs2899151	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=322;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GTTCTTGACCTGGGGAGCCAC;SOR=0.171;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=22;WE=30930166;WS=30930148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr22	30934816	rs5753190	T	C	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=75;PP=1857;ReadPosRankSum=2.277;SC=ATCCTTACCTTGGAGCCAGCG;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=181;TCR=170;TR=153;WE=30934824;WS=30934806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,163:0.44:367
chr22	30975053	rs35157781	C	G	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1621;ReadPosRankSum=0.961;SC=TGGCTCCTGACCTTCTAGGCC;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=105;WE=30975061;WS=30975043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,114:0.53:217
chr22	30987861	rs737953	G	C	9545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=180;PP=2965;SC=CGCGTACAGGGAGCTCCACTT;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=155;TCR=181;TR=335;WE=30987869;WS=30987851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr22	30987933	rs17526668	T	A	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1587;ReadPosRankSum=1.666;SC=TGTCTGTTTGTGCGGGCTGCC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=96;WE=30987941;WS=30987923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,103:0.49:211
chr22	30987960	rs16988803	C	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;ReadPosRankSum=0.720;SC=GATGCCTGTACAAGTCCAGGG;SOR=0.759;Source=Platypus;TCR=88;TR=81;WE=30987968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr22	30988382	rs13053923	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=0.306;SC=TCGCGGTTATGCGGCTAAAAT;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=21;WE=30988390;WS=30988372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr22	31009118	rs11703570	T	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=268;ReadPosRankSum=1.030;SC=CTTTGGGTTTTCTCCCCAGGC;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=21;WE=31009126;WS=31009108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr22	31010242	rs5749134	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CCAAAAGAGCGTGTTGGAAAG;SOR=0.134;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=17;WE=31010250;WS=31010232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr22	31010556	rs5997703	C	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=0.861;SC=CACTGATGACCTCCATACCCT;SOR=1.030;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=19;WE=31010564;WS=31010546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr22	31011504	rs139588634	CAG	C	6142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.506;NF=29;NR=82;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.461;SC=GGGGAACAGTCAGGGGTGGAG;SOR=0.513;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=252;TCF=60;TCR=192;TR=111;WE=31011514;WS=31011494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,167:0.46:367
chr22	31011557	rs2267163	T	C	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.183;NF=98;NR=78;PP=2950;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GCCGGCTGACTTCCTCTCTCT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=377;TCF=208;TCR=169;TR=176;WE=31011565;WS=31011547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,178:0.46:388
chr22	31011610	rs1801198	G	C	4480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.083;NF=110;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TCCCCCATGCGTGGGGCAGAA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=400;TCF=223;TCR=177;TR=193;WE=31011618;WS=31011600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,202:0.48:419
chr22	31011831	.	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=59;PP=1398;ReadPosRankSum=1.102;SC=CACCCATTGACGTCCCAGTGA;SOR=0.341;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=141;TCF=38;TCR=103;TR=85;WE=31011839;WS=31011821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,84:0.58:144
chr22	31011882	rs4820021	A	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=51;PP=1485;SC=TCAGCACAAGATTGTGGGTGT;SOR=5.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=31011890;WS=31011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	31011906	rs5749135	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGGGACACAGCAGCCAAAATG;SOR=0.136;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=12;WE=31011914;WS=31011896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr22	31013549	rs740235	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GGTCACAGAAGAGACGGGGAA;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=20;WE=31013557;WS=31013539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr22	31018777	rs2301956	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=0.376;SC=TCGGGGGTCTGGAGGGGAAGG;SOR=0.627;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=15;WE=31018785;WS=31018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr22	31018817	rs2301957	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=474;ReadPosRankSum=0.271;SC=AGACCTGTGGCCAGGTGGCCT;SOR=1.195;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=30;WE=31018825;WS=31018807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr22	31018884	rs2301958	G	C	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1362;ReadPosRankSum=1.338;SC=TGCTGCTGTGGGTGAGCACTG;SOR=0.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=127;TCR=70;TR=104;WE=31018892;WS=31018874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr22	31018975	rs1131603	T	C	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=76;PP=2219;ReadPosRankSum=-1.886;SC=CAGGCCTCCTTGTCAGGCCCC;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=324;TCF=169;TCR=155;TR=161;WE=31018983;WS=31018965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,166:0.49:336
chr22	31022272	rs2072194	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=2.017;SC=GGAACCCTGTGGGAAGCTGAG;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=13;WE=31022280;WS=31022262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr22	31032920	rs5997714	A	G	6018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.052;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=1.631;SC=GCCACCACCCACTTCAGTTGG;SOR=0.422;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=528;TCF=219;TCR=309;TR=277;WE=31032928;WS=31032910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,290:0.53:545
chr22	31059250	rs2240002	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=1.204;SC=AGTTTAATCTTAAAAAAAATG;SOR=0.086;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=31059258;WS=31059240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr22	31089958	rs11383654	G	GA	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr22	31266546	rs2301816	T	C	9787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=186;PP=2965;SC=AGCACGGCGCTGCACTCCAGC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=167;TCR=186;TR=353;WE=31266554;WS=31266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr22	31266777	rs4820909	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=447;SC=CCATTTCCTGTGGTTCCACGG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=31266785;WS=31266767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	31285680	rs5749186	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=43;PP=967;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TTTCCTGTGCGTGGATGAGCA;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=49;WE=31285688;WS=31285670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr22	31301734	rs10625967	A	AGG	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=1557;SC=GCGACCCGGGAGGAGACACCG;SOR=2.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=34;WE=31301742;WS=31301724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	31318341	rs9609157	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=848;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GAGCGTGTGGCGGGATTGCGG;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=97;TCR=34;TR=56;WE=31318349;WS=31318331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr22	31329056	rs2074578	G	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=0.232;SC=GAAAACTAGCGTAGAGTCCCT;SOR=2.110;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=19;WE=31329064;WS=31329046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr22	31329954	rs5753398	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=2.037;SC=CTGCTGGTGGATGGTATAGAC;SOR=0.540;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=13;WE=31329962;WS=31329944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr22	31335724	rs1005252	T	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TGAGGGGAGGTGGCACTCTAG;SOR=0.839;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=20;WE=31335732;WS=31335714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr22	31342594	rs5753403	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=430;SC=CCACAGCCCTCGTTCCCTCTC;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=31342602;WS=31342584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	31491295	rs3205187	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GCAGATGGAAGCAGAGCCAGC;SOR=0.685;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=19;WE=31491308;WS=31491285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr22	31493460	rs5753458	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=1.982;SC=GAGGCCGAGGTGGGCGGATCA;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=31493468;WS=31493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr22	31494568	rs33991833	A	AC	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.102;NF=18;NR=6;PP=547;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GTGCTACAAGACCCCCCCTCC;SOR=1.244;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=24;WE=31494576;WS=31494558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr22	31494866	rs4281997	G	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.705;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr22	31496837	rs13054770	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTGCCCCCGTCCCCCACCCCT;SOR=0.250;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=31496845;WS=31496827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr22	31497054	rs5753459	A	C	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=69;PP=2201;SC=CGCCGCCTCTACCACCTGCCC;SOR=1.287;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=109;WE=31497062;WS=31497044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	31497110	rs35657209	G	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GGTCCAGGGAGGCGGGTGGGG;SOR=1.828;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=19;WE=31497118;WS=31497100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr22	31500536	rs10304	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TCCGCCCACCGCTGCCCTGTC;SOR=0.876;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=21;WE=31500544;WS=31500526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr22	31501788	rs11705137	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=496;ReadPosRankSum=-1.575;SC=GGCTAGACTCTCAGCCTAGGC;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=27;WE=31501796;WS=31501778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr22	31501833	rs2283875	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=277;ReadPosRankSum=0.127;SC=CCCCCCTCCCCGCCCCAGTCA;SOR=0.914;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=18;WE=31501841;WS=31501823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr22	31503560	rs13053829	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.502;SC=CGTCTGGGCCCCCAGGCTGGC;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=31503568;WS=31503550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr22	31518824	rs8137317	A	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTCAGCAGCCAGTTTGAAGGA;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=31518832;WS=31518814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr22	31521404	rs2240432	G	A	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=63;PP=2711;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGCATCAGGCGCAGCCTCTGT;SOR=0.969;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=285;TCF=170;TCR=115;TR=167;WE=31521412;WS=31521394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,169:0.58:291
chr22	31521850	rs2240431	A	C	9104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=161;PP=2965;SC=GGCTTGGCACACAGAGTACAG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=148;TCR=162;TR=309;WE=31521858;WS=31521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr22	31522064	rs7284757	G	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=995;ReadPosRankSum=0.485;SC=CTTCCAGGGTGGATGGTGTGC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=66;WE=31522072;WS=31522054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr22	31532568	rs757872	G	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1396;SC=AGAGGTCTCCGGATCCCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=66;WE=31532576;WS=31532558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	31533796	rs2072193	G	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=0.262;SC=TGTTGGCTTTGCTGGGGCGCT;SOR=1.366;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=23;WE=31533804;WS=31533786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr22	31533967	rs2074739	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GCACTGTGCCGTACATCCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=31;WE=31533975;WS=31533957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr22	31535872	rs2074735	G	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1581;ReadPosRankSum=0.684;SC=CCACACCACAGTGTGCCAGGC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=103;WE=31535880;WS=31535862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,107:0.55:193
chr22	31536133	rs2232176	A	C	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=87;PP=2965;SC=CAGCTACATGACTGCAGCCTC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=133;TCR=87;TR=220;WE=31536141;WS=31536123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr22	31556103	rs5997893	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TTAGAGCTTCAGCCATGGAAA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=32;WE=31556111;WS=31556093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr22	31583007	rs5997902	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr22	31600328	.	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.167;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr22	31600460	rs2413035	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.593;NF=25;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=1.049;SC=TGTTTTCTCCTTTCTGTCTCT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=52;WE=31600468;WS=31600450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,52:0.28:186
chr22	31602139	rs3208937	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.887;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.692;NF=1;NR=12;PP=157;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGCATAGTTTATGGAAACAAA;SOR=1.833;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=13;WE=31602147;WS=31602129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr22	31658281	rs2073857	A	G	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=61;PP=1303;ReadPosRankSum=-2.255;SC=AGATCCTCTGAGAAATCAGGC;SOR=0.588;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=277;TCF=92;TCR=185;TR=95;WE=31658289;WS=31658271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,100:0.35:287
chr22	31663842	rs2228619	C	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1206;ReadPosRankSum=-1.046;SC=AGCTGAACCTCCTGACAGAGT;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=324;TCF=184;TCR=140;TR=103;WE=31663850;WS=31663832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,107:0.32:331
chr22	31664032	rs5997929	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,35:0.24:146
chr22	31668718	.	C	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=306;ReadPosRankSum=1.849;SC=GGAGGGGACACCCGCAGAGGG;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=27;WE=31668726;WS=31668708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr22	31669267	rs2040532	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=1;PP=1315;SC=GTTCACCTACAGCTGAGGAAG;SOR=6.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=57;TCR=1;TR=58;WE=31669275;WS=31669257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	31672752	rs5997933	A	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr22	31679110	rs2040533	G	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=624;ReadPosRankSum=0.653;SC=AAGGGGGGTGGTGCCCTCCTG;SOR=1.070;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=41;WE=31679118;WS=31679100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr22	31685458	rs5753543	G	A	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=1898;ReadPosRankSum=0.785;SC=GAATCCCAACGAGGGCAGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=478;TCF=249;TCR=229;TR=150;WE=31685466;WS=31685448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,155:0.32:489
chr22	31687142	rs5753544	G	C	14095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=272;PP=2965;SC=CCAGCCCCGGGGCCGTCCCCC;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=507;TCF=235;TCR=272;TR=507;WE=31687150;WS=31687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr22	31687313	rs4820044	A	G	11565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=240;PP=2965;SC=CGGACACAGAATAGCGGGCAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=182;TCR=240;TR=422;WE=31687321;WS=31687303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr22	31724972	rs131207	CA	C	1183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=826;ReadPosRankSum=0.688;SC=CTCCTTCCCCCAACTCCTCTC;SOR=0.248;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=97;TCF=5;TCR=92;TR=27;WE=31724980;WS=31724962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,43:0.32:134
chr22	31741067	rs714909	G	A	6678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GGGGGCGAAAGAGCATTATAT;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=449;TCF=251;TCR=198;TR=287;WE=31741075;WS=31741045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,291:0.64:458
chr22	31795866	rs4820047	T	C	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=81;PP=2403;SC=TCTGCCACGATTAGGAGTCCC;SOR=4.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=10;TCR=81;TR=91;WE=31795874;WS=31795856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	31838085	rs5997988	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1171;ReadPosRankSum=0.836;SC=TGGGTACAGAGCTGGATGACA;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=263;TCF=116;TCR=147;TR=99;WE=31838093;WS=31838075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,102:0.37:274
chr22	31843567	rs2273251	G	C	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=968;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GAAAAGGAGAGGGGAGGGTCA;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=74;WE=31843575;WS=31843557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr22	31844293	rs738658	A	C	10516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TTAATGCATGACATTTCTTGC;SOR=0.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=149;TCR=205;TR=353;WE=31844301;WS=31844283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,373:1.00:374
chr22	31844373	rs2012451	A	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=539;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GTGCCCCAACAGTGGGCTATG;SOR=0.677;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=44;WE=31844381;WS=31844363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr22	31846079	rs144780466	C	CT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr22	31854370	rs4820048	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.129;NF=24;NR=8;PP=543;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AAACCCCAAAAGCATCTAGCA;SOR=0.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=32;WE=31854378;WS=31854360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr22	31854434	rs11293411	AT	A	7209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=84;PP=2975;SC=TTAACCACACATTTTTTAAGT;SOR=1.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=150;WE=31854442;WS=31854424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	31904170	rs2413054	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=19;PP=1356;SC=GAGCTGGCATATAGTTCAGAA;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=31904178;WS=31904160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	31904262	rs146128116	CTT	C	2493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=1630;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AGATAAAAGACTTTGATTCAT;SOR=0.550;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=42;WE=31904271;WS=31904252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr22	31926725	rs3818134	C	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=43;PP=1248;SC=AGGCATTTGCCGGCCATTTTA;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=31926733;WS=31926715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	31942770	rs1968023	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=537;ReadPosRankSum=1.225;SC=TTCATGAGACGGCAAGAATAT;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=27;WE=31942778;WS=31942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr22	31971071	rs10570167	CGTGT	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	31971172	rs10657905	A	ATCT	6273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=29;PP=2957;SC=TTTCCAGCTCATCTAACCTTA;SOR=1.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=83;WE=31971180;WS=31971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	31971258	rs5753700	T	C	7488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=123;PP=2965;SC=GCTCCAGATATACTTCTGTGA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=252;WE=31971266;WS=31971248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr22	31983287	rs112798271	A	ATTTGTTTTGT	12887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=76;PP=2982;SC=ATGCCAATTTATTTGTTTTGT;SOR=1.151;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=183;TCF=33;TCR=150;TR=102;WE=31983295;WS=31983277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	31985385	.	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.911;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr22	31998612	rs2006771	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=3.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-2.348;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,39:0.25:155
chr22	32000207	.	C	T	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1191;ReadPosRankSum=0.331;SC=TACACTCACACAGATGATGTA;SOR=0.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=86;WE=32000215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr22	32001037	rs8142376	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.400;SC=GGGATGATCCCGGGTTCCTAG;SOR=0.016;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=32001045;WS=32001027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr22	32002294	rs5753723	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=440;ReadPosRankSum=0.222;SC=TCTGCCTTCCTCGCACCCATG;SOR=0.467;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=32;WE=32002302;WS=32002284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr22	32015799	.	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=4.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,77:0.28:278
chr22	32097775	rs6518754	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=427;ReadPosRankSum=-1.852;SC=AGAAGAAAGATGGTCAAGCTG;SOR=0.893;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=39;WE=32097783;WS=32097765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,40:0.32:125
chr22	32179850	rs138286	G	C	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=24;PP=2965;SC=AACTGAAACTGTATATGGCAT;SOR=2.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=108;TCR=24;TR=132;WE=32179858;WS=32179840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	32230129	rs191462867	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=487;ReadPosRankSum=-1.746;SC=CTCTGGACTCTGTGATGGAAA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=40;WE=32230137;WS=32230119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr22	32334229	rs3788443	A	C	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=63;PP=1604;ReadPosRankSum=1.150;SC=GCCCCTCCCAACCCAGCCCAC;SOR=0.384;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=192;TCF=51;TCR=141;TR=90;WE=32334237;WS=32334219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,93:0.48:194
chr22	32334295	rs3788444	C	G	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.864;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=794;ReadPosRankSum=0.038;SC=CAAGCCAAAACGTCTAGAAAA;SOR=0.186;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=43;WE=32334303;WS=32334285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr22	32435409	rs130262	G	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CTGCTTCTCTGGGCTTTCCAC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=73;WE=32435417;WS=32435399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr22	32463875	rs135110	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=21;PP=1925;SC=TTTTTCTGCAGCAGCTGAGGG;SOR=2.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=92;WE=32463883;WS=32463865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	32478972	rs131880	A	AG	3569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=2671;ReadPosRankSum=1.122;SC=GAAGGCCAGCAGAAGTAGAGG;SOR=0.820;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=71;WE=32478980;WS=32478962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,120:0.40:298
chr22	32545628	.	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.687;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr22	32545849	rs58570639	C	CA	6544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=78;PP=2957;SC=CACTTGGTGACGTAGAAAACA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=98;WE=32545857;WS=32545839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	32554985	rs5998267	A	G	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=1929;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GGACATCTTCAGCATCTTCGG;SOR=0.528;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=323;TCF=185;TCR=138;TR=144;WE=32554993;WS=32554975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,147:0.44:335
chr22	32579550	rs136428	T	C	9040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=-2.097;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,239:0.48:493
chr22	32579559	rs136429	A	G	9165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,242:0.49:496
chr22	32579676	rs136430	A	G	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=97;PP=2366;ReadPosRankSum=1.057;SC=AAGAATCACTATATTTATCAG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=87;TCR=185;TR=143;WE=32579684;WS=32579666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,148:0.52:282
chr22	32579751	rs136431	C	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.125;NF=6;NR=27;PP=581;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CCAGACCTATCAGCATGATAA;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=33;WE=32579759;WS=32579741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr22	32586632	rs136466	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AGATTAAGTACAATCAAGAAA;SOR=0.257;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=12;WE=32586640;WS=32586623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr22	32586854	rs136467	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=34.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-17.769;QD=1.25;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=3.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,67:0.13:505
chr22	32586875	rs136468	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=22.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-19.062;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=2.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,56:0.11:496
chr22	32586878	rs136469	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=17.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-18.474;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,54:0.11:496
chr22	32586926	rs136470	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-14.448;QD=0.51;ReadPosRankSum=3.287;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,49:0.11:458
chr22	32587023	rs55974778	C	G	12406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FS=8.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-14.249;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,336:0.37:916
chr22	32587027	rs136472	G	C	12574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=964;ExcessHet=3.0103;FS=8.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-14.899;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.090;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,356:0.37:959
chr22	32587478	rs136473	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=808;ReadPosRankSum=0.879;SC=CTTCATGAGGTAACTTCCCTG;SOR=0.053;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=38;WE=32587486;WS=32587468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr22	32589023	rs136478	C	T	8570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=951;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.94;MQRankSum=-1.594;NF=221;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=1.309;SC=CATGGAAGAGCAACAGCAAAG;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=918;TCF=491;TCR=427;TR=408;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:530,417:0.44:947
chr22	32589034	rs136479	T	C	9150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=972;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.94;MQRankSum=-0.796;NF=222;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.814;SC=AACAGCAAAGTAGATCCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=940;TCF=497;TCR=443;TR=419;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:543,425:0.44:968
chr22	32590449	rs108211	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=0.236;SC=ACTGGGTCACGCCCTTCCACA;SOR=0.375;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=46;WE=32590457;WS=32590439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr22	32590522	rs136484	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=0.151;SC=ACTGGTGATATATCTCCAGTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=18;WE=32590530;WS=32590512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr22	32617062	rs5998317	G	A	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=97;PP=2117;ReadPosRankSum=0.050;SC=GTTTGCAATAGTATAATAGAA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=113;TCR=223;TR=145;WE=32617070;WS=32617052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,149:0.43:344
chr22	32621619	rs2294208	C	T	3918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=70;PP=2730;ReadPosRankSum=-1.076;SC=AGCAGGGAAACTTTTTTTCCA;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=461;TCF=282;TCR=179;TR=192;WE=32621627;WS=32621609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,197:0.41:483
chr22	32626908	rs2068209	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=6.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=1079;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTCGAGGCCCGTCTTAGACAG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=99;TCR=17;TR=55;WE=32626916;WS=32626898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr22	32633505	rs5998328	G	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CCCTTGCCTTGCCCTGATTCA;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=18;WE=32633513;WS=32633495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
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chr22	32756684	rs61729165	C	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=2.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-21.439;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,98:0.14:682
chr22	32756703	rs73166367	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-22.223;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:586,131:0.18:717
chr22	32756744	rs2076035	A	G	6048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=8.126;NF=152;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ATGGTGATCAAGGTGTCTTGA;SOR=0.644;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=686;TCF=337;TCR=349;TR=290;WE=32756752;WS=32756734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,291:0.43:680
chr22	32783904	rs12530	T	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=3;PP=1172;ReadPosRankSum=1.792;SC=TTGAGTCTGATGTCAGAAGAG;SOR=2.786;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=112;TCF=97;TCR=15;TR=57;WE=32783912;WS=32783894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr22	32791003	rs2072818	A	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=724;ReadPosRankSum=-0.495;SC=ACAAACGTAGAGCTACGTACT;SOR=0.381;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=42;WE=32791011;WS=32790993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr22	32791929	rs3215463	GC	G	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.240;NF=13;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CTTGTGATCCGCCCCCCCTCG;SOR=0.818;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=14;WE=32791937;WS=32791919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr22	32795641	rs5749426	C	T	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=2204;ReadPosRankSum=0.467;SC=TGGGGTCAGCCTGCAGCATCC;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=279;TCF=132;TCR=147;TR=133;WE=32795649;WS=32795631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,136:0.47:291
chr22	32795751	rs9609527	A	G	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=930;ReadPosRankSum=1.213;SC=AAGTCTCTGGATAAGTATAAA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=68;WE=32795759;WS=32795741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,76:0.48:158
chr22	32796247	rs737779	G	C	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=89;PP=2622;ReadPosRankSum=0.713;SC=ATTTTAAGCTGTTTTCCCATC;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=140;TCR=168;TR=167;WE=32796255;WS=32796237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,166:0.54:308
chr22	32804313	rs5754073	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.147;SC=ACTGTATAACGTGAAGAGGTA;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=20;TCR=82;TR=63;WE=32804321;WS=32804303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr22	32804656	rs2076043	G	A	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=46;PP=2946;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CAATATTTCAGAATTATAATT;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=218;TCR=83;TR=166;WE=32804664;WS=32804646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,169:0.55:305
chr22	32811952	rs5998478	A	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TGTGGATTGGACAGAGGAAAT;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=72;WE=32811960;WS=32811942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr22	32827423	rs200172840	A	AT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=15.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=4.540;QD=0.24;ReadPosRankSum=-4.628;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,16:0.09:179
chr22	32827426	.	A	ATTTATTTATTTATTTTTTT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=17.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=-4.221;SOR=3.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,13:0.07:177
chr22	32831540	rs2076050	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=388;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ATGTTCACTCCACAATTCCCT;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=20;WE=32831548;WS=32831536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr22	32843436	rs4821063	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCATTGTGAACTCCTACAGAG;SOR=0.091;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=22;WE=32843444;WS=32843426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr22	32849192	rs7290725	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=200;SC=TGGCTGGAACCGCAGTGGCCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=32849200;WS=32849182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	32871230	rs11703157	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=-0.186;SC=GATAGGCCAAGTGCGGGGACG;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=22;WE=32871238;WS=32871220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr22	32924733	rs135123	C	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=7.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=0;PP=1010;ReadPosRankSum=3.213;SC=TTCGTCCACACCCCCATTCCT;SOR=2.192;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=93;TCF=91;TCR=2;TR=44;WE=32924741;WS=32924723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr22	33229685	rs242077	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=9;PP=722;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TGGCATGCTATGTCCACCACT;SOR=0.887;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=163;TCF=128;TCR=35;TR=50;WE=33229693;WS=33229675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr22	33229830	rs242076	A	G	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=81;PP=1734;ReadPosRankSum=0.215;SC=AGCATTTAGCACTGATCATGC;SOR=0.891;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=401;TCF=165;TCR=236;TR=130;WE=33229838;WS=33229820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,137:0.33:415
chr22	33253280	rs9862	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=874;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGTACATCCATACGGAAGCTT;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=107;TCR=122;TR=71;WE=33253288;WS=33253270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,74:0.31:239
chr22	33562887	rs9609729	G	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=614;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TCTATGCAATGATACTGGCTA;SOR=0.411;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=31;TCR=112;TR=47;WE=33562895;WS=33562877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,50:0.34:149
chr22	33670708	rs41282599	C	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=636;ReadPosRankSum=0.075;SC=GAATGAATGACTTGATAATGG;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=31;WE=33670716;WS=33670698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr22	33780344	rs150907937	GCTAGGCACAC	G	1367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AAGATGGAGAGCTAGGCACAC;SOR=0.228;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=17;WE=33780361;WS=33780334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr22	33832735	rs713740	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=359;SC=CCAGCATGCCAACAGATAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=33832743;WS=33832725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	34000230	rs695504	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=501;SC=AAAGTGGATTTTGTGCACTCA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=34000238;WS=34000227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	34000282	rs695258	C	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=11;PP=1524;SC=TCAGATTCTGCTGGCAAACAA;SOR=2.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=34000290;WS=34000272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	35478486	rs2899241	A	C	11458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=286;NR=103;PP=2965;SC=GGCCACTGACACAACTTGGAC;SOR=2.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=389;TCF=286;TCR=103;TR=389;WE=35478494;WS=35478476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr22	35478688	rs725267	C	T	10169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=257;PP=2965;SC=CCTCAGCCCCCAGCCTCCATG;SOR=2.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=89;TCR=258;TR=346;WE=35478696;WS=35478678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr22	35481776	rs3810619	T	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=93;PP=2896;SC=GGAAATCGATTTCACAATCCA;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=25;TCR=93;TR=118;WE=35481784;WS=35481766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	35658225	rs4820189	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=11;PP=1253;SC=CCTTCCAGTCAGCCCTTGGAT;SOR=2.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=61;WE=35658233;WS=35658215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	35660875	rs1053593	G	T	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=113;PP=2965;SC=GAGGATGGTGGCTCCCACAAA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=137;TCR=113;TR=250;WE=35660883;WS=35660865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr22	35679951	rs2272789	T	C	10734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=164;PP=2965;SC=CTATGCGGCATTAGCCAAAAA;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=389;TCF=224;TCR=165;TR=387;WE=35679959;WS=35679941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr22	35680095	rs2272790	G	A	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=94;PP=2905;SC=GAAGCAGTGCGATTAATTTCT;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=136;WE=35680103;WS=35680085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr22	35681893	rs1543303	G	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=250;SC=TTAAATATGAGCTTCAAAACC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=35681901;WS=35681883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	35683238	rs741995	T	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=995;SC=GCCCGCCTCTTACTATTGCCT;SOR=4.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=35683246;WS=35683228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	35684533	rs5750093	G	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=34;PP=972;SC=TCTCAGGATGGCGTAACATAG;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=35684541;WS=35684523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	35695802	rs4461	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=11;PP=1644;SC=CGAGCTTCGCGGTGCCACCGC;SOR=3.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=35695810;WS=35695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	35696077	rs138728	G	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=80;PP=1965;SC=GGGAGGGCAAGGAGGCTGGCG;SOR=2.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=22;TCR=80;TR=102;WE=35696085;WS=35696067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	35796652	rs743813	C	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=535;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GCTCACACGCCTCTACCAGCC;SOR=2.376;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=26;WE=35796660;WS=35796642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr22	35797333	rs743815	T	C	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=81;PP=2904;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TAGGATTCACTTCACTTCGCT;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=365;TCF=199;TCR=166;TR=181;WE=35797341;WS=35797323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,188:0.50:376
chr22	35799542	rs713618	C	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GAAGGTGGGTCGGAGGGCAGT;SOR=0.286;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=123;TCF=27;TCR=96;TR=63;WE=35799550;WS=35799532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr22	35810052	rs80433	T	C	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=81;PP=2452;SC=CTCTGGGTCCTCAGGACACCT;SOR=3.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=17;TCR=82;TR=98;WE=35810060;WS=35810042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	35817553	rs2071744	C	T	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=83;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CAGTGTGTGTCTTGCTTCTCT;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=248;TCF=82;TCR=166;TR=120;WE=35817561;WS=35817543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,125:0.48:258
chr22	35817597	rs133431	C	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TTCTTTTTGCCATAAGACCCC;SOR=0.936;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=67;TCR=111;TR=82;WE=35817615;WS=35817587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,86:0.45:192
chr22	36006923	rs35171458	G	GC	4248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=14;PP=2957;SC=CCCAGGCTCTGCTCCTACCTC;SOR=2.978;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=83;TCR=15;TR=86;WE=36006931;WS=36006913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	36007045	rs7292	G	A	5858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.108;NF=143;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CGGTGAGCACGGTGGCACCAT;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=635;TCF=326;TCR=309;TR=287;WE=36007053;WS=36007035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,293:0.45:651
chr22	36007075	rs7293	C	T	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.740;SC=AGTCCTCAGACGCCTTCATCT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=590;TCF=283;TCR=307;TR=265;WE=36007083;WS=36007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,273:0.45:610
chr22	36055406	rs34014315	A	C	6965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.161;SC=GAGCAAGGACAAAGTTTGCGG;SOR=0.625;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=584;TCF=287;TCR=297;TR=299;WE=36055414;WS=36055396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,313:0.52:602
chr22	36114047	rs4821438	C	T	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr22	36114054	rs2899256	C	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr22	36122517	rs17723764	T	C	8695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.519;SC=ACGAGTTGCTTACCAAGACCA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=835;TCF=379;TCR=456;TR=403;WE=36122525;WS=36122507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,409:0.48:857
chr22	36123083	rs2076672	C	T	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=110;PP=2952;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GGGGCAAGGACGGAGACAGCA;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=411;TCF=189;TCR=222;TR=206;WE=36123091;WS=36123073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,214:0.51:423
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chr22	36424450	rs9607299	A	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=1022;SC=GAGGCGGCTGATGCGGCTGGG;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=36424458;WS=36424440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	36537500	rs132618	A	T	17162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=283;NR=299;PP=2965;SC=CTGCTTGACCACCACTTCCAG;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=582;TCF=283;TCR=299;TR=582;WE=36537508;WS=36537490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr22	36541725	rs1807672	G	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=362;SC=GGTGGTTCGAGGTTAATCCTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=36541733;WS=36541715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	36545016	rs9610412	C	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=539;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CTCTGGGGCTCACTGAGTTGT;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=30;WE=36545024;WS=36545006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr22	36545137	rs132642	A	T	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=90;PP=2965;SC=GAGACTTTCCATGGAGCTCTC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=206;WE=36545145;WS=36545127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr22	36545780	rs7290574	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=16;PP=1778;SC=GACTGGGCTCCACTCCCTTAA;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=80;WE=36545788;WS=36545770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	36545826	rs132644	T	C	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=68;PP=2965;SC=TACATGCTTATTGTAAATGAC;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=174;WE=36545834;WS=36545816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	36550537	rs66799354	CAAG	C	4233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=14;PP=2969;SC=TTGGTTTTAACAAGAAGAGCA;SOR=3.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=68;WE=36550547;WS=36550527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	36550782	rs9610413	T	C	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=112;PP=2965;SC=TGTCTAAGTATAGACAGAAAC;SOR=1.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=48;TCR=112;TR=160;WE=36550790;WS=36550772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr22	36556823	rs132653	G	T	13592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=251;NR=242;PP=2965;SC=CGTTCTCCAGGCTCTGAGATA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=495;TCF=252;TCR=243;TR=493;WE=36556831;WS=36556813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr22	36587704	rs132700	T	C	17907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=324;NR=286;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GGTGCCAACATAACGCCAATG;SOR=0.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=611;TCF=324;TCR=287;TR=610;WE=36587712;WS=36587694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,623:1.00:624
chr22	36591274	rs132704	T	C	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=31;PP=2570;SC=CTGGAGGAGGTGTGCCTGCCA;SOR=2.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=124;WE=36591282;WS=36591264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	36593628	rs112900962	A	AC	9749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.231;NF=91;NR=104;PP=2975;ReadPosRankSum=-1.837;SC=AACAGCTGTAACCCCCCATGA;SOR=1.285;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=195;WE=36593648;WS=36593618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
chr22	36593640	rs6000178	A	T	16673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=205;NR=126;PP=2965;SC=CCCCCATGAAACTGCAAGCTA;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=336;TCF=206;TCR=130;TR=331;WE=36593648;WS=36593618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr22	36623731	rs132760	T	C	24926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=382;NR=489;PP=2965;SC=CGCCCAATGATATGCGGGGGT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=872;TCF=382;TCR=490;TR=871;WE=36623739;WS=36623721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,879:1.00:879
chr22	36623920	rs7285167	G	A	5655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.085;SC=TCCAAGTTGCGGGCTTGGGCT;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=525;TCF=281;TCR=244;TR=253;WE=36623928;WS=36623910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,257:0.48:531
chr22	36627521	rs141951757	AAAG	A	7905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.057;NF=41;NR=192;PP=2970;ReadPosRankSum=0.241;SC=CTCTAGTTGGAAAGAAGAAAG;SOR=0.866;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=522;TCF=108;TCR=414;TR=233;WE=36627531;WS=36627511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,375:0.47:792
chr22	36633564	rs916263	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=732;ReadPosRankSum=1.064;SC=AAGTGATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=1.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=34;WE=36633572;WS=36633554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr22	36633654	rs5845261	C	CA	4639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=2845;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GAGACAGCATCTCCTGTGTTG;SOR=0.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=73;WE=36633662;WS=36633644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,135:0.52:262
chr22	36633836	rs916264	A	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.161;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=0.992;SC=GATGCTCTGGACCCCACCTTC;SOR=0.047;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=25;WE=36633844;WS=36633826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr22	36634670	rs1894493	G	C	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.280;NF=138;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.281;SC=CACTCCTGTAGTTATACTCAC;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=506;TCF=307;TCR=199;TR=217;WE=36634678;WS=36634660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,220:0.43:508
chr22	36635444	rs136144	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-6.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=323;ReadPosRankSum=-1.659;SC=GAGCTATTGCAAGAATAAGGA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=61;TCR=2;TR=23;WE=36635452;WS=36635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr22	36635756	rs5756111	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=881;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CCAGACATCCGGGTCCCTCTC;SOR=2.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=37;WE=36635764;WS=36635746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr22	36657596	rs713929	A	G	5430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.644;SC=GCTGTTATGCACTCCCACACT;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=698;TCF=421;TCR=277;TR=286;WE=36657604;WS=36657586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,286:0.41:698
chr22	36657628	rs136163	T	G	6668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=0.705;SC=TTATCCTTTCTTCTTTCCAAC;SOR=0.615;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=875;TCF=470;TCR=405;TR=357;WE=36657636;WS=36657618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,359:0.41:882
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chr22	36661536	rs136174	C	A	9761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=233;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GAATCACAGCCGCTTTGACCG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=947;TCF=466;TCR=481;TR=451;WE=36661546;WS=36661526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:489,453:0.48:942
chr22	36661566	rs136175	G	A	8172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=3.889;SC=GCAGTACCATGGACTACGGAA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=852;TCF=415;TCR=437;TR=383;WE=36661574;WS=36661556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:461,382:0.45:843
chr22	36661646	rs136176	G	A	6393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.240;SC=AAGGAGGTGAGGGAGTTTTTG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=661;TCF=308;TCR=353;TR=293;WE=36661654;WS=36661636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,290:0.45:647
chr22	36661842	rs136177	G	A	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.160;SC=AGGTGGAGAGGGTTAATGAAC;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=394;TCF=185;TCR=209;TR=191;WE=36661850;WS=36661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,196:0.49:400
chr22	36662141	.	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr22	36684331	rs5756130	C	T	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=66;PP=2448;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TGGCTTCGTCCCGGTTCTTGT;SOR=0.882;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=452;TCF=271;TCR=181;TR=177;WE=36684339;WS=36684321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,180:0.39:457
chr22	36690113	rs4821478	G	A	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=45;PP=2965;SC=CACTGCCCGCGCCAGGGTCCT;SOR=2.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=147;TCR=45;TR=192;WE=36690121;WS=36690103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	36691607	rs710181	A	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=46;PP=2740;SC=CTGTTTTCAGAGCCTCTAGCT;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=146;WE=36691615;WS=36691597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	36695173	rs2187776	C	T	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=79;PP=2289;SC=GCCCGGAAATCTGGGGCTGAA;SOR=2.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=22;TCR=79;TR=101;WE=36695181;WS=36695163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	36695247	rs4821480	G	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=441;SC=GGATAATTTTGAAAGGTCACG;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=36695255;WS=36695237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	36701937	rs76330062	G	T	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=21;PP=1913;ReadPosRankSum=-2.187;SC=TGCACGCACAGCAGGGCCCAG;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=146;TCR=39;TR=103;WE=36701945;WS=36701927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,102:0.55:185
chr22	36705529	rs1557529	A	G	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.026;SC=AACCCCATGCATGGAAAAGTC;SOR=1.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=36;TCR=160;TR=195;WE=36705537;WS=36705519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr22	36708084	rs2413396	C	T	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=27;PP=2965;SC=TCCCCGTGAGCGCTCCTCACC;SOR=2.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=112;TCR=27;TR=139;WE=36708092;WS=36708074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	36708338	rs2157257	A	G	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=59;NR=131;PP=2965;SC=AAGAAGCCAAAGCCCGGACAT;SOR=1.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=59;TCR=131;TR=190;WE=36708346;WS=36708328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	36708400	rs34645860	C	CA	1899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.16;NF=1;NR=47;PP=2048;SC=CCAGGAGAAGCAAAGCACTGT;SOR=3.538;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=48;WE=36708408;WS=36708390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	36710047	rs5756141	T	C	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=3.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr22	36710183	rs3752462	T	C	16852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=340;NR=262;PP=2965;SC=GCAAGCCTGGTACTCACTGGC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=602;TCF=340;TCR=262;TR=602;WE=36710191;WS=36710173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr22	36712387	rs5756150	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=769;SC=CCGAGACCCTATCTTTTAAAA;SOR=3.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=36712422;WS=36712377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	36712400	rs67607973	GA	G	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.11;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	36712414	rs5756151	C	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.24;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	36712472	rs5756152	A	G	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=48;PP=2965;SC=AGATCGATGCAGGACCATGAG;SOR=1.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=125;TCR=48;TR=173;WE=36712480;WS=36712462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	36715576	rs145751072	G	A	6845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.346;SC=GAGAGGCCCCGGGTGTTACCT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=645;TCF=362;TCR=283;TR=315;WE=36715584;WS=36715566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,327:0.50:659
chr22	36716202	rs3833922	C	CT	6836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.104;NF=56;NR=50;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CCTGATGCCCCGAGGCCGTGG;SOR=0.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=106;WE=36716217;WS=36716192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,176:0.47:374
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chr22	36722490	rs8136069	C	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=4;PP=1148;ReadPosRankSum=0.266;SC=ATGGGCCCAGCCTCTGCTTCA;SOR=1.928;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=82;TCR=9;TR=54;WE=36722498;WS=36722480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr22	36722534	rs8136336	G	A	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=62;PP=2965;SC=AGCTGAAGCCGGGACCACTAA;SOR=1.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=171;TCR=62;TR=233;WE=36722542;WS=36722524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr22	36722838	rs11316214	CG	C	1674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.434;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.083;NF=2;NR=48;PP=1654;ReadPosRankSum=0.008;SC=TGGCAGAAAACGGGACTGCCA;SOR=0.380;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=3;TCR=112;TR=50;WE=36722846;WS=36722828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr22	36723697	rs5756157	T	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=34;PP=950;SC=AGGAGCATCTTCGGGGGAGAG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=36723705;WS=36723687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	36744886	rs56147525	GC	G	7309.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.506;HP=15;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=51;PP=2992;ReadPosRankSum=2.358;SC=GGGAAGACCCGCCCCCCCCCC;SOR=2.388;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=219;TCF=134;TCR=85;TR=128;WE=36744906;WS=36744871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,175:0.90:194
chr22	36744888	rs56084634	C	G	7462.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=36.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.50;ReadPosRankSum=3.293;SOR=2.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,177:0.89:199
chr22	36744888	.	CCC	GCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=59.63;NF=109;NR=34;PP=2944;QD=20;SC=GAAGACCCGCCCCCCCCCCCC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=281;TCF=208;TCR=73;TR=143;WE=36744906;WS=36744871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:138,143:0.51:281
chr22	36744890	rs55932404	C	T	7463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=38.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.23;ReadPosRankSum=3.814;SOR=2.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,182:0.88:206
chr22	36872750	rs2281082	T	G	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=15;PP=1301;ReadPosRankSum=0.451;SC=TATACTGGCTTCCCTGTGGCA;SOR=0.484;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=138;TCF=111;TCR=27;TR=69;WE=36872758;WS=36872740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr22	36891786	rs5756218	G	C	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=1.572;SC=GCCTGGCGGAGAGCACGACAC;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=428;TCF=266;TCR=162;TR=210;WE=36891794;WS=36891776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,212:0.50:426
chr22	36891858	rs5756219	C	A	6615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GTTCATCATTCTCGGACCTTC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=331;TR=317;WE=36891866;WS=36891848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,320:0.49:653
chr22	36897261	rs73169665	C	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=617;ReadPosRankSum=0.763;SC=CGTCTGGGGACAGTTCTGCCT;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=32;WE=36897269;WS=36897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr22	36900142	.	CACTT	C	5226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.346;NF=46;NR=41;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GCATGGAACTCACTTATTGAA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=87;WE=36900153;WS=36900132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,136:0.53:258
chr22	36900271	rs2277841	T	C	9680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.717;SC=CTGGTTGGTGTTGGCTTCTTC;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=837;TCF=452;TCR=385;TR=437;WE=36900279;WS=36900261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,448:0.53:847
chr22	36900806	rs760718	A	G	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GTGGCTACAAAGAGGACGCTG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=139;TCR=230;TR=194;WE=36900814;WS=36900796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,199:0.53:379
chr22	36907098	rs728785	T	C	6841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TGTGATATGATGTTCACTTTC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=637;TCF=308;TCR=329;TR=318;WE=36907106;WS=36907088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,330:0.51:653
chr22	36912724	rs2076083	C	T	4668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.178;SC=CCAGTCTGGCCACAATACCCA;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=176;TCR=201;TR=210;WE=36912732;WS=36912714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,213:0.55:387
chr22	36914663	rs146405226	AAAGAGTGTG	A	948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.127;NF=20;NR=0;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CCTAACCTCTAAAGAGTGTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=20;WE=36914679;WS=36914653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr22	36919447	rs2076084	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CTTTAAACTACGAAAAATGGG;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=116;TCF=18;TCR=98;TR=62;WE=36919455;WS=36919437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr22	36920062	rs12157889	T	C	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.614;SC=TGTTAAAATCTTGGAGATTTG;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=392;TCF=183;TCR=209;TR=196;WE=36920070;WS=36920041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,202:0.50:403
chr22	37159819	rs739002	T	C	7430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=59;PP=2965;SC=GGCTGCTAAGTGGCAGGGCCA;SOR=2.388;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=198;TCR=59;TR=256;WE=37159827;WS=37159809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	37163329	rs1048012	C	T	28852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1044;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=489;NR=543;PP=2965;SC=CTGAGTTCCCCTGGGTAAAGG;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1033;TCF=489;TCR=544;TR=1032;WE=37163337;WS=37163319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1038:1.00:1038
chr22	37163757	rs74834353	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=417;ReadPosRankSum=0.925;SC=AAGGAACTTCGAAGTCACTCA;SOR=0.350;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=26;WE=37163765;WS=37163747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr22	37171611	rs2009667	A	G	5835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=-1.015;NF=157;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CCTTTGGGAGAGAGAAAGGAA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=522;TCF=316;TCR=206;TR=262;WE=37171619;WS=37171601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,271:0.51:532
chr22	37196871	rs3484	G	A	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=41;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GGAGGGTGGCGAGAGGGGCCG;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=146;TCR=92;TR=105;WE=37196879;WS=37196861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,111:0.45:246
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chr22	37207319	rs113051616	CTAAATAAATAAA	C	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5945;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=468;SC=GAGACTGTCTCTAAATAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=37207338;WS=37207309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr22	37266322	rs2075938	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-6.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.008;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=1.022;SC=TAAACAACGCATTTCTGTTAT;SOR=0.012;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=20;WE=37266330;WS=37266312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr22	37267767	rs2072708	A	G	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1477;ReadPosRankSum=-2.279;SC=CCCCGCCCCCACGCTGGCCAG;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=261;TCF=117;TCR=144;TR=112;WE=37267775;WS=37267757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,119:0.43:274
chr22	37268257	rs5756374	C	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=40;PP=1628;ReadPosRankSum=0.462;SC=CTTATTCTCCCCAAGCCTCAG;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=214;TCF=137;TCR=77;TR=107;WE=37268265;WS=37268247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,108:0.50:217
chr22	37268501	rs2072710	A	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1434;ReadPosRankSum=-1.339;SC=GGTGAGATTGAAGGTGAGGTT;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=80;WE=37268509;WS=37268491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,85:0.49:172
chr22	37268555	rs2072711	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=785;ReadPosRankSum=-2.006;SC=GTGGAAGTGCAATTGGAGGTG;SOR=0.886;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=51;WE=37268563;WS=37268545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr22	37271714	rs146911421	C	T	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=2.448;SC=CGGGGAGCCACGGGCATCTTC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=562;TCF=398;TCR=164;TR=237;WE=37271722;WS=37271704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,245:0.42:577
chr22	37271882	rs2075939	T	C	8942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=0.654;SC=CTACGACCACTGCCCCTCACA;SOR=0.543;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=951;TCF=412;TCR=539;TR=441;WE=37271890;WS=37271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:506,435:0.46:941
chr22	37318426	rs2280976	C	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=754;ReadPosRankSum=0.508;SC=CGCCAGCCCTCCTCCTGCTCC;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=58;WE=37318434;WS=37318416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr22	37318446	rs2075940	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr22	37318515	rs2075941	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.716;SC=TCATCCTGTCTTGGAAAGTCC;SOR=0.484;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=12;WE=37318523;WS=37318505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr22	37319425	rs2072713	G	T	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=120;PP=2799;ReadPosRankSum=1.499;SC=TGATGCTGGGGGCAGGGGCCA;SOR=0.541;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=407;TCF=129;TCR=278;TR=179;WE=37319433;WS=37319415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,184:0.44:420
chr22	37319947	rs4437064	C	G	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=104;PP=2604;ReadPosRankSum=-2.180;SC=CTCTCCCAGGCCCCCCCTCCG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=414;TCF=186;TCR=228;TR=186;WE=37319955;WS=37319937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,194:0.45:427
chr22	37328751	rs2075936	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=608;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGACACGGGGAATGTTCCGTT;SOR=1.119;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=29;WE=37328759;WS=37328741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr22	37328966	rs1534879	G	C	4705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.141;SC=TTTGCCCAGGGAGGGGAGAAA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=166;TCR=254;TR=205;WE=37328974;WS=37328956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,213:0.49:436
chr22	37330082	rs2075937	T	C	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=65;PP=1533;ReadPosRankSum=0.538;SC=GACCAGCTCATAGTTTCTCAC;SOR=0.897;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=249;TCF=85;TCR=164;TR=95;WE=37330090;WS=37330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,97:0.39:251
chr22	37331305	rs2239749	A	G	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=57;PP=2700;ReadPosRankSum=0.628;SC=CGGGGTCTTAAGGAATACTGC;SOR=0.841;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=356;TCF=226;TCR=130;TR=165;WE=37331313;WS=37331295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,164:0.46:356
chr22	37333794	rs131840	A	G	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=1976;ReadPosRankSum=1.378;SC=CGATGGGACCAGGACAGGCCG;SOR=0.427;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=306;TCF=178;TCR=128;TR=141;WE=37333802;WS=37333784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,151:0.47:319
chr22	37387119	rs5750354	C	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=11;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GGCCTCTACTCCAGTGTGAAG;SOR=1.419;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=57;WE=37387127;WS=37387109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr22	37387461	rs6000523	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=488;ReadPosRankSum=1.744;SC=CCCTTAGAGCCAACACACCCT;SOR=0.480;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=25;WE=37387469;WS=37387451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr22	37387505	rs9610625	C	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=609;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TCCCATCACCCGCAGCTCCTC;SOR=0.949;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=41;WE=37387513;WS=37387495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr22	37387757	rs5750355	G	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=797;ReadPosRankSum=0.025;SC=GAGTGGGAAGGGTTTCAAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=40;WE=37387765;WS=37387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
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chr22	37398201	rs743750	C	A	6658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=4.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,175:0.49:358
chr22	37400095	.	C	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,124:0.23:537
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chr22	37453452	rs710185	C	T	6992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=125;PP=2965;SC=CACCCAAGCACGTGTACCGCG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=117;TCR=126;TR=242;WE=37453460;WS=37453442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr22	37462813	rs73160046	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,36:0.25:143
chr22	37462926	rs2235321	G	A	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-3.082;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,143:0.29:493
chr22	37462936	rs855791	A	G	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,133:0.27:492
chr22	37464624	rs877908	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,70:0.27:260
chr22	37467270	rs5756504	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CTCAGACTGGCCTATTGAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=10;WE=37467278;WS=37467260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr22	37469386	rs111916270	AGATG	A	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=512;ReadPosRankSum=0.233;SC=GGAGACCAGAAGATGGATGGA;SOR=0.425;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=11;WE=37469397;WS=37469376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr22	37469591	rs4820268	G	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,109:0.27:406
chr22	37470536	rs2076086	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=712;ReadPosRankSum=1.634;SC=TTCCTGGGTGCTCATAATGGA;SOR=0.903;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=47;WE=37470544;WS=37470526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr22	37470604	rs2072860	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TGAGGAAGGAGAAGGGATGGG;SOR=0.534;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=260;TCF=177;TCR=83;TR=90;WE=37470612;WS=37470594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,93:0.34:271
chr22	37471385	rs9610643	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=7.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.267;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr22	37480797	rs2111833	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr22	37481041	rs2179229	G	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,44:0.21:205
chr22	37485595	rs2235326	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,32:0.16:195
chr22	37485724	rs2235324	T	C	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ATGAGGTCCTTGGGGCCCTGC;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=109;WE=37485732;WS=37485714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,114:0.41:275
chr22	37491545	rs2743824	T	C	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,180:0.28:654
chr22	37491839	rs2543509	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=0.420;SC=TGGGGGGCCCACCCTGACAGC;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=13;WE=37491847;WS=37491837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr22	37492201	rs2743825	T	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-2.064;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr22	37492585	rs5756512	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=665;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TTAGTTTCCCCATTTGAAACA;SOR=0.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=53;WE=37492593;WS=37492575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,54:0.35:153
chr22	37499692	rs5756515	A	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
chr22	37499699	rs5756516	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr22	37524619	rs228942	G	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,134:0.25:536
chr22	37531257	rs3830742	A	AGT	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=841;ReadPosRankSum=1.620;SC=TGTTCATGTAAGTGTGTGTGT;SOR=2.083;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=97;TCF=86;TCR=11;TR=27;WE=37531266;WS=37531247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr22	37531436	rs228953	G	A	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=89;PP=1659;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CCCCGCTGAGGCCCACGAGGA;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=540;TCF=233;TCR=307;TR=162;WE=37531444;WS=37531426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,165:0.30:550
chr22	37533530	rs3218292	G	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=758;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CATCCACCTGGGGCTGAGGGG;SOR=0.302;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=40;WE=37533538;WS=37533520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr22	37533786	rs228957	C	G	3812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,114:0.36:319
chr22	37533795	rs228958	G	C	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,98:0.36:272
chr22	37535328	rs2281093	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGGAGGCCACCGGGATGACCT;SOR=0.399;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=31;WE=37535336;WS=37535318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,36:0.31:117
chr22	37539713	rs2235330	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=3.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,88:0.27:325
chr22	37580442	rs11089827	A	T	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1542;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCCGTCAGCCACCACAGCCTG;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=103;WE=37580450;WS=37580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,108:0.57:188
chr22	37581383	rs7290488	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CCGTTGGCAGCCGCTGGCCAC;SOR=0.531;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=68;WE=37581391;WS=37581373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr22	37602583	rs11406761	G	GC	9062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=93;PP=2936;SC=CTTTCCCCAGGCCCTACAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=59;TCR=99;TR=145;WE=37602591;WS=37602573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr22	37622999	.	C	T	276	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=56.75;NF=2;NR=15;PP=276;QD=18.2806595616;SC=CCATACACCCCTCCCACGCCA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=17;WE=37623007;WS=37622989;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr22	37627845	rs8135343	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=1.258;SC=GCCCTGGTTGGCACTGGGGAC;SOR=0.507;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=15;WE=37627853;WS=37627835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr22	37628053	rs11374583	A	AG	2769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.000;NF=7;NR=41;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AGAGCAAGCGAGGTTGCTAGT;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=16;TCR=93;TR=48;WE=37628061;WS=37628043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr22	37628145	rs2285110	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CACCCCAGGGAATGCTGGGGA;SOR=1.734;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=19;WE=37628153;WS=37628135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr22	37678551	rs3213556	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=24;PP=1759;SC=GCCAGCCCGAACAGCAGCTGG;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	37678565	rs3213557	G	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=35;PP=1881;SC=CAGCTGGGTCGGCAAGCGACA;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	37678814	rs5995410	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=483;SC=GGACACACAGCAGTAGCAAAG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=37678822;WS=37678804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	37678837	rs5995411	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=346;SC=GACGCTGTTTCCCCCTTCATA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=37678845;WS=37678827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	37691907	rs2269590	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=8;PP=1367;SC=GGTGGTTCCCATGCAGGACCC;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=37691915;WS=37691897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	37695256	rs2301435	T	C	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=57;PP=2352;SC=CCCTTCCGCCTCCTCCCCCAG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=127;WE=37695264;WS=37695246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	37699377	rs2239822	T	C	19454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=341;NR=364;PP=2965;SC=GGCCGCCTTTTGAGCGCTTTG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=707;TCF=343;TCR=364;TR=705;WE=37699385;WS=37699367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr22	37700177	rs2284050	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=29;PP=1397;SC=CTGGAAGTCTTCACAGAGGAG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=37700185;WS=37700167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	37888868	rs5756696	G	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=75;PP=2631;SC=ATACCAGCTCGTCGATACCCC;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=137;WE=37888876;WS=37888858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	37898829	rs2235332	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=2.388;SC=CCAGAGAGGCCTTGGCAGGTT;SOR=1.314;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=37898837;WS=37898819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr22	37899101	rs5756705	A	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=17;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TGCAGGCCAAAGGTAGCGCAG;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=193;TCF=150;TCR=43;TR=84;WE=37899109;WS=37899091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr22	37900243	rs3817802	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=48;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGATGGAGCCGGCACTGGGGG;SOR=1.432;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=62;WE=37900256;WS=37900233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,65:0.46:141
chr22	37902500	rs1997674	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=1.970;SC=CTATCACTTACTGAGCACTGT;SOR=1.341;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=21;WE=37902508;WS=37902490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr22	37904957	rs932326	C	G	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1588;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GACAAGTTCACCCAGGATTAT;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=120;TCR=76;TR=102;WE=37904965;WS=37904947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,107:0.52:204
chr22	37905173	rs932327	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CCCATGAAACACACTGGCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=12;WE=37905181;WS=37905163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr22	37906262	rs9610775	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=773;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CGCCGTCAGCCGCTGGTTCTC;SOR=1.426;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=110;TCF=85;TCR=25;TR=47;WE=37906270;WS=37906252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr22	37906493	rs9610776	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TACAGGGGTGGGAAGACCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=19;WE=37906501;WS=37906483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr22	37964299	rs2281098	C	G	5533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.118;NF=100;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.185;SC=TCATGAGCCTCCCAGAAGCCC;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=141;TCR=194;TR=237;WE=37964307;WS=37964289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,243:0.71:343
chr22	37964408	rs200195385	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	1953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.829;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=7.069;NF=10;NR=41;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGCAAACCCCCCAGCGCCTGC;SOR=1.311;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=51;WE=37964436;WS=37964398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr22	38086574	rs9610834	C	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=714;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GAAGCCTTCTCTAGTCCCAAC;SOR=1.280;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=33;WE=38086582;WS=38086564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
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chr22	38122462	rs739138	A	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1231;SC=GGCCGCACCCACAGCCCTGGC;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=38122470;WS=38122452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	38130459	rs8140207	G	T	13127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=223;NR=241;PP=2965;SC=GCCAAGCAGAGCCCCCTCATC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=223;TCR=243;TR=464;WE=38130480;WS=38130449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr22	38130472	rs8140958	T	C	12727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=239;PP=2965;SC=CCCTCATCCTTGGAGTCCTGA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=459;TCF=220;TCR=239;TR=459;WE=38130480;WS=38130449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr22	38142468	rs5756803	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=6;PP=293;SC=AGGCCGGGAGAAGGGCGACGA;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=38142476;WS=38142458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	38146847	rs6519081	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=519;SC=CACCGCCCACTCCACTGAGCC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=38146855;WS=38146837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	38155317	rs5756810	C	G	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=135;PP=2965;SC=CAGATTTCTGCTTGCCGTGTT;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=197;TCR=135;TR=331;WE=38155325;WS=38155307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr22	38164106	rs4821708	C	T	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=150;PP=2965;SC=AGAAGGCCTACCAGGAAGAGC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=283;WE=38164141;WS=38164096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr22	38165223	rs34979986	CG	C	3100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=39;PP=2374;SC=TGGGGGGACACGGGTGGGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=58;WE=38165231;WS=38165213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	38168508	rs762984	T	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=6;PP=831;SC=TGAAGCGAGGTATCTGCGGGG;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=38168516;WS=38168492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	38204259	rs2071910	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=711;SC=GCGGCTCCTACACTCTTAGCT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=38204267;WS=38204249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	38205894	rs2285177	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=23;PP=2372;SC=CTGTAGCTGTTGAATTTGGTG;SOR=2.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=103;WE=38205902;WS=38205884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	38205989	rs2285178	T	C	10086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=157;PP=2965;SC=GGCCTGCCCTTGCCCCACCTG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=191;TCR=157;TR=348;WE=38205997;WS=38205979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr22	38273749	rs9466	T	C	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=93;PP=2965;SC=CCATGCGTATTGATGAGAGCA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=105;TCR=93;TR=198;WE=38273757;WS=38273739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	38307909	rs6519091	T	C	9545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=197;NR=155;PP=2965;SC=CGCCCCTATTTCCCAGTCACC;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=197;TCR=156;TR=352;WE=38307917;WS=38307899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr22	38308048	rs3041723	ATGTG	A	4572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=71;PP=2997;SC=GGCTCTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=1.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=5;TCR=108;TR=74;WE=38308061;WS=38308038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr22	38308291	rs1003689	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=713;SC=GCTGAGGGGTCGCCCCCTAAC;SOR=2.613;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=38308299;WS=38308281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	38341134	rs139859	T	C	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=64;PP=2317;ReadPosRankSum=0.130;SC=TGTCCTTCCCTGTGGCAAAGA;SOR=0.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=154;WE=38341142;WS=38341124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,169:0.98:172
chr22	38369976	rs139884	A	G	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.649;SC=AGCTGCTCACATGGCCTGGGT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=129;TCR=73;TR=198;WE=38369984;WS=38369966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,206:0.99:209
chr22	38453679	rs5845366	A	AG	2046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=3;PP=2027;SC=GTCCCGTATGAGGTGGTGGAG;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=48;WE=38453687;WS=38453669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	38455469	rs713729	T	A	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=82;PP=2191;ReadPosRankSum=0.882;SC=TCTGACCCTCTCAGAGGGGCT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=125;WE=38455477;WS=38455459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,130:0.96:135
chr22	38463535	rs880669	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-1.266;SC=AAGCTGGTCTCAAACTCCTGA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=38463543;WS=38463525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr22	38463652	rs2076369	T	G	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=63;PP=2641;ReadPosRankSum=1.719;SC=CAGTCTTGGCTGGGAAGGGGC;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=158;WE=38463660;WS=38463642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,167:0.95:175
chr22	38463968	rs2076370	A	G	13997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.298;SC=CTCTCCCTGCATCTGTTCTTG;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=594;TCF=352;TCR=242;TR=563;WE=38463976;WS=38463958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:30,570:0.95:600
chr22	38467784	rs760975	G	C	8614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TGGTGTGACCGTGGGCAATCC;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=128;TCR=178;TR=303;WE=38467792;WS=38467774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,311:0.99:315
chr22	38474696	rs2076371	A	G	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=107;PP=2965;SC=GTTCTTCAACACATCCACCAG;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=85;TCR=107;TR=192;WE=38474704;WS=38474686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	38474852	rs1004764	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CTTTATTCCTGTTTTACAGAT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=38474860;WS=38474842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr22	38477342	rs4289289	T	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=81;PP=2775;ReadPosRankSum=1.446;SC=GGCCGGACCCTGGGGGATGCC;SOR=0.506;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=147;WE=38477350;WS=38477332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,158:0.96:164
chr22	38477930	rs2235573	G	A	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.236;SC=AGAGCTCCAGGAGGCGCGTGG;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=111;TCR=162;TR=270;WE=38477938;WS=38477920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,281:0.99:285
chr22	38485484	.	GGGCGGCGGGGGCGCGAAC	G	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	38504372	rs5750540	T	C	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=52;PP=1491;SC=GGGACAGGTCTGGTCCAGCCC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=38504380;WS=38504362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	38506509	rs4820313	A	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=72;PP=2526;SC=TGGACCTGTAAAACTGGTCCA;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=141;WE=38506517;WS=38506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	38609950	rs2235264	G	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=859;SC=TGCCCATGCAGAGCCTCCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=38609958;WS=38609940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	38611080	rs9610915	C	G	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=93;PP=2827;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GGAAGGGGAACTTGGGTAGGT;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=151;WE=38611088;WS=38611070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,152:0.94:162
chr22	38617333	rs2235265	T	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=765;SC=CCTCTGGAAGTGACATGTGAG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=38617341;WS=38617323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	38617704	rs138939062	G	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=64;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TGCTCTTCATGGGGGCACAGC;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=96;WE=38617712;WS=38617694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr22	38689984	rs5757022	T	A	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=109;SC=GTCCTGGCTCTACAGAAGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38689992;WS=38689974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	38699050	rs3830720	GAGGC	G	9222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=116;PP=2973;SC=TCAGGGGTCAGAGGCAGGCAG;SOR=0.943;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=48;TCR=140;TR=156;WE=38699061;WS=38699040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	38822698	rs1063134	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=485;SC=AGAAGGTCCACGGAGCCAGGG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=38822706;WS=38822688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	38823136	rs196059	T	C	8590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=138;PP=2965;SC=TGTGAAAACGTGAGTAGTCCA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=169;TCR=138;TR=307;WE=38823144;WS=38823126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr22	38875549	rs401933	C	T	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=30;PP=1938;SC=GTAAATAGGCCGGGAAATGAC;SOR=1.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=38875557;WS=38875539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	39016403	rs5995598	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=963;ReadPosRankSum=0.529;SC=GACACCCACCAGATCTAGGGT;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=53;WE=39016411;WS=39016393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr22	39024961	rs5995602	G	T	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=46;PP=1379;SC=AAAATTCACAGTATTATTATT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=39024969;WS=39024951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	39079920	rs368066955	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.282;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr22	39222652	rs5757299	G	A	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=0.305;SC=CGGTGAATGCGTAGAGCTCGG;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=176;WE=39222660;WS=39222642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,187:0.97:192
chr22	39224248	rs5757300	T	C	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GGCTCTGTCATCCTGAGGACC;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=131;TCR=94;TR=220;WE=39224256;WS=39224238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,232:0.98:236
chr22	39267312	rs1122771	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=269;SC=TGGCTGAGGCCTGCCATCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=39267320;WS=39267302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	39382079	rs5995649	C	A	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.435;NF=97;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.703;SC=GCCCGCGTGACGATCATGGAC;SOR=0.441;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=99;TCR=132;TR=227;WE=39382087;WS=39382069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,232:0.98:236
chr22	39419112	rs71326743	CTATT	C	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	39440149	rs5750728	C	T	8803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=1.943;SC=GGCCAGTGCGCCCCACCACAT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=139;TCR=192;TR=322;WE=39440157;WS=39440139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,337:0.97:346
chr22	39441096	rs2020390	G	T	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.05;MQRankSum=-3.342;QD=28.89;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,127:0.97:131
chr22	39441203	rs4821862	C	T	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.680;NF=120;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.519;SC=CAGGGGCCCGCGTGAAGATTA;SOR=0.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=243;WE=39441211;WS=39441193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,254:0.98:259
chr22	39445380	rs2014881	G	A	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1482;ReadPosRankSum=1.881;SC=CATCAGCTCCGAGGAATCCAG;SOR=1.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=69;WE=39445388;WS=39445370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,71:0.96:74
chr22	39445554	rs2076101	G	A	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.028;SC=CCACTCACCTGTCTCCTGGAA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=76;TCR=117;TR=189;WE=39445562;WS=39445544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,202:0.98:206
chr22	39448711	rs6001402	C	A	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.547;SC=GGGGTCTCCCCGGGCCTCATG;SOR=0.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=76;TCR=102;TR=173;WE=39448719;WS=39448701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,179:0.97:184
chr22	39448750	rs5757451	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=71;PP=2130;ReadPosRankSum=0.200;SC=CCTGCTCATGTTGTGCAGGCC;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=102;WE=39448758;WS=39448740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,105:0.97:108
chr22	39497509	rs139300	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=697;SC=GGGCTTCCCAAGTAGGAAAGA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=39497517;WS=39497499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	39498373	rs139304	TA	T	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=1054;SC=AGGCTGGTCTTAGAACTCTTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=39498381;WS=39498363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	39626024	rs2239769	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=440;SC=ATTTTTAAGACCGGCCCCTGC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=39626032;WS=39626014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	39626375	rs4821874	A	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=563;SC=GTGGGGCAAAAGCTTTGGCCC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=39626383;WS=39626365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	39636899	.	GTC	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=12.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,15:0.17:87
chr22	39711351	rs2076125	A	G	9785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=210;PP=2965;SC=TTGCACAGCAACTCAAGCCAC;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=137;TCR=210;TR=347;WE=39711359;WS=39711341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr22	39712981	rs137623	A	G	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=100;PP=2965;SC=CTTTTCCACCAGCAAGCGGAG;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=191;WE=39712989;WS=39712971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	39713105	rs470081	C	T	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=42;PP=1189;SC=CCTTTCTGCCCTGGGGAAGCC;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=39713113;WS=39713095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	39713128	rs2072872	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=691;SC=CTCAGTGATGAAGGAAATGGG;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=39713136;WS=39713118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	39714704	rs1569498	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=726;SC=AGAATCCTGACCAGACACCCA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=39714712;WS=39714694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	39714908	rs137625	A	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=25;PP=1581;SC=GCAGCTTTATATGCCAATTAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=39714916;WS=39714898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	39746168	rs3747177	C	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGGGTGTGAGCAAAGGCGGCG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=72;TCR=131;TR=202;WE=39746176;WS=39746158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr22	39770597	rs4821888	A	G	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=142;PP=2965;SC=CACAGAGTCTACAGAGGGCTG;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=251;WE=39770605;WS=39770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr22	39770780	rs4820377	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=645;SC=GCAGGGGAGCGTGGATGGGAT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=39770788;WS=39770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	39777822	rs149306472	C	CCAA	12506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=190;PP=2924;ReadPosRankSum=1.680;SC=TACGTGGAGCCCACTGGGCCG;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=36;TCR=213;TR=221;WE=39777832;WS=39777812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,460:1.00:462
chr22	39795683	rs4821892	G	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=492;SC=CCCTCTTCGGGCGTGGGGTGG;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=39795691;WS=39795673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	39812986	rs6001585	C	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=43;PP=1366;SC=GAGCAACAGGCGTTAGGGAGC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=39812994;WS=39812976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	40054428	rs136848	T	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=46;PP=1324;SC=CTGAAACAATTATCGAAATAG;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=40054436;WS=40054418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	40054948	rs5757761	T	C	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=78;PP=2965;SC=TCTGGGAGATTGTGGGGCAGG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=170;WE=40054956;WS=40054938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	40055304	rs136850	T	C	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=10;PP=1190;SC=TCAGTGTTCATCTCTGTAAAA;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=40055312;WS=40055294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	40055896	rs136851	T	C	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=93;PP=2727;SC=CCCCACAGGGTCTGCGAAAGA;SOR=2.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=34;TCR=93;TR=127;WE=40055904;WS=40055886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	40057273	rs136852	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=80;PP=2187;SC=GAAAGAGCAGTGTCATGTCTC;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=133;WE=40057281;WS=40057263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	40058186	rs136853	A	G	9278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.661;SC=CGCCCACCACATTCATCACGG;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=161;TCR=187;TR=345;WE=40058194;WS=40058171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr22	40058999	rs136854	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=563;ReadPosRankSum=2.007;SC=CGGACCCTCCCGGCCCAGAGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=40059007;WS=40058989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr22	40061683	rs136855	A	G	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGGAAAAGGAAGTCTCAGACA;SOR=0.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=112;TCR=121;TR=229;WE=40061691;WS=40061673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,239:0.99:242
chr22	40075400	rs2294369	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=50;PP=1474;SC=GGCGGGCGGCGGGGGCGACAC;SOR=3.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=59;WE=40075408;WS=40075390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	40075473	rs7288746	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=246;SC=TGGAGAGGTGTGAGGGTCGCC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=40075481;WS=40075463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	40161181	.	TTG	T	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.467;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
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chr22	40545797	.	T	TA	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=86;QD=39.0;SC=GTGTCAAAACTAAAAATTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40545805;WS=40545787;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr22	40546041	rs35629137	C	CA	2757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=27;PP=1402;SC=AAAGTAGAGTCAAAAAGGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=40546049;WS=40546031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	40546153	rs5995826	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=21;PP=577;SC=AGGCCAAGGCGGGCAGATCAC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=40546161;WS=40546143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	40574170	rs6001827	T	A	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=51;PP=2965;SC=CAATTTTTTTTAACCAATTGA;SOR=1.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=104;TCR=51;TR=155;WE=40574178;WS=40574160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	40697176	rs10617561	TGCA	T	5297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=2993;ReadPosRankSum=1.220;SC=GTGAGTGCACTGCAGCAGCAG;SOR=0.459;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=71;WE=40697189;WS=40697166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr22	40746150	rs186758682	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=188;SC=TTTTTTTTTTTTGAGGCAGAG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=20;WE=40746158;WS=40746140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	40754826	rs3830737	GTCTC	G	7132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=2973;ReadPosRankSum=1.369;SC=ATGATTTAAGGTCTCGGTCTG;SOR=0.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=91;WE=40754837;WS=40754816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr22	40759233	rs2068470	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=482;SC=GAACTAGCTCTGTGGAATTCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=40759241;WS=40759223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	40800518	rs760701	G	A	10635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=1.075;SC=ATGATCAGGTGTCACGAGAAA;SOR=0.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=180;TCR=199;TR=376;WE=40800526;WS=40800508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,390:0.99:393
chr22	40800544	rs2235318	C	T	9562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.705;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.444;SC=AGTGCCCTTGCGGCTCCCTTC;SOR=0.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=163;TCR=183;TR=342;WE=40800552;WS=40800534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,356:0.99:360
chr22	40801986	rs9607716	C	T	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=10;PP=1480;SC=GCCCCCTCCCCTCCTTTGCTC;SOR=3.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=40801994;WS=40801976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	40802739	rs143734853	G	A	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=52;PP=1975;SC=AGTTCAGAGCGCGGGGGCTGC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=40802747;WS=40802729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	40803186	rs2018393	G	T	6355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=132;NR=89;PP=2965;SC=TGGTCACCATGGTTCTCTGGG;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=221;WE=40803194;WS=40803176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr22	40803367	rs77222252	C	T	11155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.676;SC=CTACCAAACACGGCCCTAACT;SOR=0.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=229;TCR=176;TR=397;WE=40803375;WS=40803357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,413:0.99:419
chr22	40814500	rs878756	T	C	8095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.133;SC=TTGATGAGGCTGGGGCCCTGA;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=147;TCR=170;TR=311;WE=40814508;WS=40814490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,312:0.98:318
chr22	40814594	rs56211152	C	T	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.423;SC=ACGGGGGCCCCGGGGCCACAG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=88;TCR=108;TR=192;WE=40814602;WS=40814580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chr22	40814636	rs4821944	C	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=88;PP=2867;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TGGCTGGGGCCGCCAGGCTGG;SOR=1.300;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=61;TCR=88;TR=148;WE=40814644;WS=40814626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr22	40820516	rs9611346	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=21;PP=569;SC=CAGGCAAGCCGAGGAGACTAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=40820524;WS=40820506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	40832375	rs9306345	A	G	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=86;PP=2775;SC=TCCACTCGGCACTATTTCCTT;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=146;WE=40832383;WS=40832365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	41075543	rs133072	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=49;PP=2336;SC=CCCCCTTCCCAACTGCGGGGC;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=117;WE=41075551;WS=41075533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	41075695	rs133073	C	T	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=134;PP=2965;SC=CTGGTCCCAACGCCAGCAACA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=260;WE=41075703;WS=41075685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr22	41172351	rs6002128	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=28;PP=836;SC=GAGTGCTTCAAAAAAGCTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=41172359;WS=41172341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	41194909	rs138306	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	41194947	rs113368977	CA	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.609;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr22	41195191	rs113851841	A	AGTGGCATGGTT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=2957;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTTTACG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=41195199;WS=41195181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	41215183	rs5758092	A	G	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=49;PP=2884;ReadPosRankSum=2.378;SC=GCCCGGGCGTAAAGACCCCGT;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=100;TCR=51;TR=147;WE=41215191;WS=41215173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,154:0.97:158
chr22	41215420	.	G	GGGC	893	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=62.5;NF=0;NR=27;PP=893;QD=33.2592592593;SC=GGAAAGCGGGGGGGGGGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=27;WE=41215436;WS=41215410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
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chr22	41215428	.	G	T	594	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=22;PP=594;QD=27.3378788064;SC=GGGGGGGGGGGGCGGCTAAGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=41215436;WS=41215410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr22	41215428	.	G	GGT	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=43.74;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	41227086	rs138335	C	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=442;SC=TTGTCTTGTACAAAAAGACCT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=41227094;WS=41227076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	41240835	rs1573745	G	A	6707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=2.760;SC=TCAAGTCACCGAACTTACCTC;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=101;TCR=141;TR=240;WE=41240843;WS=41240825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr22	41246952	rs2266787	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AACGTATTTACACCTAAAAAA;SOR=0.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=41246960;WS=41246942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr22	41256802	rs103197	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CTACAGGTGCACACCACCACA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=41256810;WS=41256792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr22	41302973	rs5995963	A	T	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=23;PP=1885;SC=ACCAAGCCCCATTATGGTCAC;SOR=2.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=41302981;WS=41302963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	41513094	rs2144342	G	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=223;SC=GAGTGAGGTTGGGAAATGACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=41513102;WS=41513084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	41537234	rs6002267	G	T	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=68;PP=2074;SC=CTAGTAAGTGGTTTTTGTTAT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=111;WE=41537242;WS=41537224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	41550954	rs4822011	C	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=7;PP=2049;SC=TAAAGTTCTTCTGCTTAATTG;SOR=4.375;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=92;TCF=80;TCR=12;TR=87;WE=41550962;WS=41550944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	41550984	.	C	CT	1983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.155;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,94:0.82:115
chr22	41551039	rs20552	T	A	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,308:1.00:309
chr22	41551246	.	C	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=657;SC=TTTTTTTTCCCCCTGAGACAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=41551254;WS=41551236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	41568480	rs2076577	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=3;PP=1581;SC=GAAATTCCTATATGTACATGC;SOR=4.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=53;TCR=3;TR=56;WE=41568488;WS=41568470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	41569609	rs2076578	C	T	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=13;PP=2061;SC=TTCTTGTCTCCTTTGTGCTAC;SOR=2.975;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=69;TCR=13;TR=82;WE=41569617;WS=41569599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	41604399	rs4820432	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	41829794	rs6609	C	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.80;QD=31.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	41833116	rs202641	C	T	20441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=346;NR=383;PP=2965;SC=CATCTTCCACCGCCAGGCCAC;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=729;TCF=346;TCR=383;TR=729;WE=41833124;WS=41833106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,741:1.00:741
chr22	41863681	rs150112406	GGGGAAATATACTAGTCTCCT	G	5535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=71;PP=2966;SC=CTCCTGCCATGGGGAAATATA;SOR=1.914;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=89;TCF=6;TCR=83;TR=74;WE=41863708;WS=41863671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	41864216	rs505533	A	C	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=99;PP=2965;SC=GGAGAAGTACATCCTCGAGCT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=198;WE=41864224;WS=41864206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr22	42059768	rs132788	G	T	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=51;PP=1823;SC=TGAAGAGTGGGCTGAAGAAGC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=42059776;WS=42059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	42076381	rs5758405	C	A	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=ATGGGGGGGACATAAAAATAT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=182;WE=42076389;WS=42076371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr22	42089623	rs739134	T	C	11395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCAGGAATCATGGGCCCAGAA;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=250;TCR=152;TR=401;WE=42089631;WS=42089613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,410:1.00:411
chr22	42109917	rs5758431	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=623;SC=GCAAATCACTATCCTGCACTG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=42109925;WS=42109907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	42111896	rs9306355	A	T	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=16;PP=1582;SC=CCAGTGGGGGAGCTGGACACT;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=42111904;WS=42111886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	42139054	rs5751147	G	A	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=25;PP=1124;SC=TTGCCTTACCGTGAACCTGCT;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=42139062;WS=42139044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	42139078	rs5751148	A	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=35;PP=1560;SC=GTCTCTCTGGATGCAGGAAGG;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=83;WE=42139086;WS=42139068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	42140792	rs56663311	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	42140793	rs62236786	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	42140798	rs56138604	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	42140800	rs58323591	C	CTTTG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	42148467	rs715498	G	A	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=34;PP=2627;SC=CTAGACAGTGGTGGAGTACAT;SOR=1.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=123;WE=42148475;WS=42148457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	42150146	rs1534932	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1492;ReadPosRankSum=2.203;SC=AGTACAGCCACGAGATTTCTT;SOR=1.130;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=85;WE=42150154;WS=42150136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr22	42159229	rs2050033	G	T	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=169;NR=84;PP=2965;SC=TCCTCCTGTCGCTGCAGGACC;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=170;TCR=85;TR=253;WE=42159237;WS=42159219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr22	42190309	rs738247	A	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=926;SC=CAATAGGAGAAGGTCCTCTTG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=42190317;WS=42190299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	42388841	rs133299	G	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=69;PP=2064;SC=GCATCTATAGGTCAAGGCACT;SOR=1.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=100;WE=42388849;WS=42388831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	42390093	rs133301	C	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=0;PP=818;SC=GATGTCGTGCCCATTGTAGCT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=29;WE=42390101;WS=42390083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	42390887	.	C	CTGTG	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.709;QD=36.26;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr22	42415224	.	CA	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr22	42416056	rs133335	A	G	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=78;PP=2965;SC=AGAAATGGAGATGCCATTGAA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=178;WE=42416064;WS=42416046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr22	42418185	rs133341	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=9;PP=1655;SC=GTTAATTGTTTAGTTGATATC;SOR=3.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=42418193;WS=42418175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	42423110	rs2301521	G	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=97;PP=2965;SC=CCAGGCCTCAGGAATCTACAG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=209;WE=42423118;WS=42423100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	42428727	rs133349	A	T	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=64;PP=2691;SC=GGTGGGGCAGACAACCATGGA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=156;WE=42428735;WS=42428717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	42463366	rs133367	C	T	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=87;PP=2577;ReadPosRankSum=1.735;SC=TATCTGACCCCGTCCCATTAA;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=127;WE=42463374;WS=42463356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr22	42463689	rs133368	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=2;PP=1085;SC=ATCTCAATCATGTAAGTGAGC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=42463697;WS=42463679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	42463814	rs133369	C	T	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=124;PP=2965;SC=GCTTGGGATCCGGCATCAGGC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=163;TCR=124;TR=287;WE=42463822;WS=42463804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr22	42473603	rs133383	C	T	10515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=169;PP=2965;SC=ACCTGCTGGCCGCAGAAGGGC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=199;TCR=169;TR=368;WE=42473611;WS=42473593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr22	42522613	rs1135840	G	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=40;PP=1504;SC=GGGGGATGGGGTCACCAGGAA;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=42522621;WS=42522603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	42523309	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-3.466;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr22	42523315	.	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.48;MQRankSum=-3.858;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr22	42523409	rs1985842	G	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=6.023;NF=77;NR=21;PP=1746;ReadPosRankSum=-3.177;SC=TATCACCAGGGGCTGGTGCTG;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=126;TCR=32;TR=98;WE=42523417;WS=42523399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,97:0.63:153
chr22	42523505	rs150552908	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=78.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=-11.595;QD=2.65;ReadPosRankSum=2.055;SOR=4.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,43:0.13:324
chr22	42523514	rs61745683	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=80.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-12.030;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.475;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,40:0.12:332
chr22	42523943	rs16947	A	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.109;NF=99;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.205;SC=ACCACTATGCACAGGTTCTCA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=189;WE=42523951;WS=42523931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr22	42524175	rs5030656	CCTT	C	4921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.294;NF=57;NR=30;PP=2948;ReadPosRankSum=0.863;SC=GCCACTCTCACCTTCTCCATC;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=87;WE=42524185;WS=42524165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,114:0.97:117
chr22	42524708	rs111564371	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-3.217;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr22	42524713	rs112568578	C	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-3.164;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr22	42524743	rs113889384	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.608;NF=31;NR=12;PP=747;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGCACCTCTCGGGAGCTCGCC;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=43;WE=42524751;WS=42524733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr22	42524795	.	A	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.437;NF=42;NR=29;PP=1047;ReadPosRankSum=1.802;SC=CCTCGCGCAGAAAGCCCGACT;SOR=0.541;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=198;TCF=125;TCR=73;TR=71;WE=42524803;WS=42524785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,76:0.38:199
chr22	42524924	rs111606937	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=27.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-3.697;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=4.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,14:0.14:101
chr22	42525132	rs1058164	G	C	8373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=136;PP=2965;SC=GCAAGGTGGAGACGGAGAAGC;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=305;TCF=166;TCR=139;TR=302;WE=42525140;WS=42525122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr22	42525952	rs71328650	C	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.80;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	42526484	rs28371699	A	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=351;SC=TTCTCCAGGAAGTCCCCCAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=42526492;WS=42526474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	42526549	rs56011157	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=17;PP=1180;SC=TCACCCACCACCCATGTTTGC;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=42526588;WS=42526539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr22	42537271	rs28510588	T	C	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;PP=2965;SC=GGCAGTGGTGTAGGGCATGTG;SOR=0.782;Source=Platypus;WE=42537279;WS=42537261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr22	42538029	rs1058167	A	G	10624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.672;NF=193;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TGGGATGTGCAGGAGGACGGG;SOR=0.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=193;TCR=191;TR=383;WE=42538048;WS=42538019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,397:1.00:398
chr22	42538103	rs3021083	T	C	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=119;PP=2965;SC=TCTGCGTTCATCTGGACCAGT;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=55;TCR=119;TR=174;WE=42538111;WS=42538093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr22	42538618	rs2267448	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.23;QD=27.93;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	42538669	rs2856955	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=28;PP=1119;SC=GGTAAGGGGTCGCCTTCTCCG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=42538677;WS=42538659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	42538704	rs2743459	G	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=1251;SC=AGTTCCCGCTGTGTGCCCTTC;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=48;WE=42538712;WS=42538694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	42538876	rs3020732	A	T	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=145;PP=2965;SC=CGCGACAGGAACACCCCTGGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=296;WE=42538884;WS=42538866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr22	42538897	rs2854740	A	G	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;PP=2965;SC=GGCGGGACGGACACGTGGGCG;SOR=0.792;Source=Platypus;TCF=133;WE=42538905;WS=42538887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr22	42539623	rs769261	C	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	42540551	rs2743461	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=615;SC=GGACACTCTCAGCACACCGAG;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=42540559;WS=42540541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	42910376	rs9611811	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=366;SC=CGCCCTCCACGCCCTCCTCCC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=42910384;WS=42910366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	42912377	rs117268004	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.365;QD=23.77;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr22	42912501	rs5751292	A	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=73;SC=GTATTTTGAGAAGAGACAGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=42912509;WS=42912491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	43024410	rs137139	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=507;SC=GGCCTTCTCCCGTGGAGCCCC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=43024418;WS=43024400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	43026792	rs5758820	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=670;SC=TGCACAGGGCAGGAGCGGGAG;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=43026800;WS=43026782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	43027356	rs743889	G	A	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=186;NR=179;PP=2965;SC=GCCGGGCTCCGAATGGGCCCA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=186;TCR=179;TR=365;WE=43027364;WS=43027346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr22	43035849	rs59947151	CTT	C	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;QD=31.17;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	43036356	.	CTTAT	C	513	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.39;NF=0;NR=5;PP=513;QD=103.6;SC=GCGTGGTTCACTTATTTATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=5;WE=43036367;WS=43036346;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,5:0.22:23
chr22	43089055	rs6002904	G	C	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=109;PP=2965;SC=GCAGCTCCTCGGGGTTGATGT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=108;TCR=109;TR=217;WE=43089063;WS=43089045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr22	43195147	rs1128013	A	G	10839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=230;PP=2965;SC=TGGGCAGCACACTGGACAGGC;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=157;TCR=230;TR=387;WE=43195155;WS=43195137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr22	43203137	rs738535	C	T	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=65;PP=2365;SC=AGGAACTTGCCGACAGCCTCT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=128;WE=43203145;WS=43203127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	43206950	rs1018448	A	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=98;PP=2965;SC=CGTCAAAGTAACTGTAGGAGC;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=170;WE=43206958;WS=43206940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	43213631	rs147339109	C	CA	1961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.343;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.314;NF=38;NR=11;PP=1010;ReadPosRankSum=0.266;SC=TAATGAATAACAAAAAAAAAT;SOR=3.149;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=49;WE=43213639;WS=43213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,73:0.94:78
chr22	43218463	rs5758957	C	T	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=110;PP=2965;SC=TTGAAAGCTTCTGTGACTACA;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=203;WE=43218471;WS=43218453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr22	43223095	rs10654612	C	CAT	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=1101;SC=CTCAGTGCTACATCTTATCCA;SOR=1.839;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=20;WE=43223103;WS=43223085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	43230140	rs2273142	C	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=587;SC=TATGTTTCAGCACTTCTTGTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=43230148;WS=43230130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	43253986	rs3046483	C	CTT	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	43267336	rs3842298	T	TC	3367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=16;PP=2708;SC=GCCGCCTCCGTCCCCCCGCTG;SOR=2.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=72;TCR=18;TR=81;WE=43267344;WS=43267326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	43272085	rs5751396	G	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=1;PP=767;SC=AAAAAAGACCGCCCACAGCCT;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=43272093;WS=43272076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	43272792	rs5751397	C	T	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=22;PP=2677;SC=CTGCAGAGCTCCGTGCATTGC;SOR=2.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=93;TCR=22;TR=115;WE=43272800;WS=43272782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	43272830	rs35041824	C	CAG	7214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=64;PP=2979;ReadPosRankSum=-2.062;SC=GACCCCTGGACAGAGAGAGAG;SOR=1.345;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=126;WE=43272838;WS=43272820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,253:0.98:257
chr22	43275250	rs2073199	G	A	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=90;PP=2697;SC=CTCAGTTCCTGCCCAGCGAGC;SOR=1.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=132;WE=43275258;WS=43275240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	43278162	rs4822217	T	C	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=60;PP=2965;SC=TCCAGGCTGATGAGCTCATGG;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=122;TCR=60;TR=182;WE=43278170;WS=43278152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr22	43278220	rs2899365	C	T	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=122;PP=2965;SC=TGGCCATGCCCGGCCCGTGAT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=158;TCR=123;TR=280;WE=43278228;WS=43278210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr22	43280650	rs2273143	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=18;PP=542;SC=TCTCAGGCCTTCCCAGATTCC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=43280658;WS=43280640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	43286876	rs5759012	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=26;PP=1556;SC=AGGAAGTCCTAGGTGCAGGAG;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=43286884;WS=43286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	43289473	rs5759013	G	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=10;PP=2077;SC=CTTTCTCCACGAGCTGCCTCC;SOR=3.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=76;TCR=10;TR=85;WE=43289481;WS=43289463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	43435668	rs2072883	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=488;SC=AAGTGCCTTCGTTTATTTACA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=43435676;WS=43435663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	43442599	rs5759111	T	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=69;PP=1720;SC=GAAAGACCCATGTTCCTCACC;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=105;WE=43442607;WS=43442589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	43455531	rs1132079	C	T	7411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=134;PP=2965;SC=GGTTGTAGTCCTCCTGGTGAC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=127;TCR=134;TR=261;WE=43455539;WS=43455521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr22	43455665	rs5759126	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=970;SC=GCAAACATCCAGACCCCTGCC;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=43455673;WS=43455655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	43459846	rs1052160	G	A	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=139;NR=84;PP=2965;SC=CGACGTTGGTGAGATGAACGA;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=139;TCR=84;TR=223;WE=43459854;WS=43459836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	43558926	rs6971	A	G	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.375;SC=GCTGGCCTTCACGACCACACT;SOR=0.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=202;WE=43558934;WS=43558916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr22	43564963	rs138931	C	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=38;PP=1068;SC=TCAGAACAGCCTCTCAAGAGG;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=43564979;WS=43564953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	43565443	rs138932	C	T	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=14;PP=2671;SC=GGAGCAGCTCCTGCAGGCCCC;SOR=3.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=96;TCR=14;TR=110;WE=43565451;WS=43565433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	43565855	rs138933	C	T	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=122;PP=2965;SC=GACTTTGCCACGCAGCTGTGA;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=87;TCR=122;TR=209;WE=43565863;WS=43565845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	43567936	rs138936	G	A	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=83;PP=2624;SC=ACACATATGGGTTCTTGAGCG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=43567944;WS=43567926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	43569608	rs138938	C	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=53;PP=1947;SC=TGTAAGCCACCCTGCCCAGCC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=119;WE=43569619;WS=43569598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	43572308	rs56293701	T	TG	2279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.798;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.26;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,91:0.93:98
chr22	43575616	rs4822261	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=13;PP=1236;SC=GGGTGGAGGAGGGCTGCACCT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=43575624;WS=43575606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	43575774	rs138945	A	C	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CCAAGACATGAGTGCCCATCA;SOR=0.253;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=92;TCR=95;TR=187;WE=43575782;WS=43575764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr22	43576904	rs2071723	G	A	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=76;PP=2189;ReadPosRankSum=0.530;SC=GCTGGCGCGCGTGCTCCACAC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=112;WE=43576912;WS=43576894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr22	43606143	rs5759217	C	T	10694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=212;NR=172;PP=2965;SC=TTGGGGGAGGCGCGATGTGCC;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=214;TCR=172;TR=384;WE=43606151;WS=43606124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
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chr22	43614601	rs5759219	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=24;PP=597;SC=AGTCCTGGGGCAAGGGGCCAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	43618632	rs139005	CG	C	2063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.48;NF=32;NR=12;PP=1237;SC=ATGGACAGGCCGGGGGGGTTA;SOR=2.200;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=44;WE=43618640;WS=43618622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	43619062	rs2071726	C	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=904;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GAGGAAGACCCCCCTGCCACA;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=44;WE=43619070;WS=43619052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr22	43619404	rs6003115	C	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=14;PP=434;SC=ATGCTGGGCCCAGACAGCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=43619412;WS=43619394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	43623395	rs129415	C	G	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=53;PP=2885;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CAATCCTTCCCGTTCCAGTGG;SOR=1.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=113;TCR=56;TR=163;WE=43623403;WS=43623385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,166:0.97:172
chr22	43739395	rs7286392	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=167;SC=CCGCCCAGCCAGCCCGGCTGA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=43739403;WS=43739385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	43930825	rs4585129	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=649;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TCATTCAACACTTGCTGAGAC;SOR=3.750;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=43930833;WS=43930815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr22	43936219	rs61995890	C	T	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.932;SC=ACTGGCATCTCGTTCCAGAGT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=146;TCR=152;TR=296;WE=43936227;WS=43936209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr22	44079645	rs8141450	T	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=31;PP=1339;SC=TTATCAGTAATGCTTTCTTCA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=44079653;WS=44079635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	44083442	rs5764214	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	44112845	rs5764234	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=771;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GATTCTCCAACGAGACCTCTG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=47;WE=44112853;WS=44112835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr22	44223635	.	C	CCACACA,CCACA	131	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1,1;NR=4,4;PP=131,124;QD=26.8;SC=CGCTGCTTCACCACACACACA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5,5;WE=44223643;WS=44223625;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:11
chr22	44229492	rs138069	G	C	5858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=44;PP=1933;SC=CAGGGCACCCGGAGGACAGCT;SOR=1.152;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=120;WE=44229500;WS=44229482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	44229508	rs138070	G	A	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=55;PP=2520;ReadPosRankSum=1.725;SC=CAGCTGCTCCGGCAGCACTCA;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=148;WE=44229516;WS=44229498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr22	44234933	rs138073	C	T	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.584;SC=AGGGCTGCCCCGACACAGGCC;SOR=0.410;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=178;TCF=58;TCR=120;TR=176;WE=44234941;WS=44234923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr22	44236039	rs9625949	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=508;SC=CAGAGGGAACGGCGGGTCTAG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=44236047;WS=44236029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	44258003	rs189562377	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=528;SC=CACCCGGCCCAGCAGAAGCCC;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=44258022;WS=44257995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	44258014	rs181826322	C	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=666;SC=GCAGAAGCCCCGGGCGCGGGC;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=44258022;WS=44257995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	44280412	rs5764011	G	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=956;SC=GTGAGACAAGGGGTGTATGCC;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=44280420;WS=44280402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	44285428	rs62226145	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=654;SC=GCTGCAATTTGTGGGGAGCAG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=44285436;WS=44285418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	44285667	rs713864	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=11;PP=1044;SC=CGGGGTTCCAGAGTGCACTCA;SOR=2.215;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=50;WE=44285675;WS=44285657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	44285765	rs2017461	A	G	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=69;PP=2813;SC=AAGAGTCAGCAGGAACACAAC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=158;WE=44285773;WS=44285755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	44287062	rs2071884	A	G	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGGGCAGAGCATCCTGCAGCT;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=116;TCR=102;TR=214;WE=44287070;WS=44287052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,221:0.99:224
chr22	44324676	rs139051	A	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=67;PP=2965;SC=GCTCTCGCCTATAACTTCTCT;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=172;WE=44324684;WS=44324666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	44420156	rs112388263	T	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=270;SC=GCCCTCGGCCTCTCCCCGGGG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=44420164;WS=44420146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	44514809	rs5764541	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=312;SC=GCTGTGGTCCCGGTGGTGGCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=44514817;WS=44514799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	44515806	rs761166	G	C	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=217;SC=GGCAAAGAACGGAAGAGCAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=44515814;WS=44515796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	44535904	rs11270419	G	GCTTTCTGGCTGGCTCTGTCCCTCATCCTCCA	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.514;QD=60.46;ReadPosRankSum=0.332;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr22	44559645	rs139079	C	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=30;PP=1619;SC=TGCAGAGGCTCGGTCCTGTCC;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=44559653;WS=44559635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	44559842	rs139081	A	G	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=138;PP=2965;SC=CCCCCGGGAGAGGTGCGCACG;SOR=1.183;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=99;TCR=139;TR=237;WE=44559850;WS=44559832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	44564297	rs139095	A	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=302;SC=AGCTCTCACAAAACCTGTGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=44564305;WS=44564288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	44564347	rs147142455	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=645;SC=GACATGGTGGTGGCCAGTCTT;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=44564355;WS=44564337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	44564407	rs139096	C	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=32;PP=2158;ReadPosRankSum=0.876;SC=ATGCTGGAGACGTGGCTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=110;WE=44564415;WS=44564397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr22	44569142	rs139103	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=754;SC=AGCGGCCAGGAGCACAGGCTG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=44569150;WS=44569132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	44582499	rs79478	T	C	12148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=187;NR=248;PP=2965;SC=GGACACCATCTGTGGTCTTGC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=436;TCF=188;TCR=248;TR=435;WE=44582507;WS=44582489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr22	44586522	rs2272942	C	T	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=0.987;SC=CAACCAACGTCCAGGTGGAGG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=120;TCR=197;TR=308;WE=44586530;WS=44586512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,320:0.97:329
chr22	44594476	rs139151	T	C	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=37;PP=2682;SC=TTCCATGTGATTGTCTCCAGT;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=126;WE=44594484;WS=44594466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	44601499	rs139184	C	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=19;PP=1627;SC=TGGTCGTGGTCAGGGATGCCC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=44601507;WS=44601489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	44602229	rs139186	A	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=55;PP=1768;SC=GAGCACACTGAGGGTGCTCTA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=44602237;WS=44602219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	44602406	rs62226663	C	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=260;SC=CCTGTGCATTCGTGACCCGCT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=44602414;WS=44602396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	44681612	rs135388	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1651;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ACTCCCAACAAGGCGGTGTAA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=93;WE=44681620;WS=44681602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,99:0.95:104
chr22	44893563	rs5765689	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=170;SC=GAGACCCCCAAGCCGAGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=44893571;WS=44893553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	44965320	rs138593	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1638;ReadPosRankSum=2.038;SC=TGTGACATGGGAGTAAGTTTG;SOR=0.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=86;WE=44965328;WS=44965310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr22	44967767	rs138596	C	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AGAGAAATAACGAGGCCCGAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=18;WE=44967775;WS=44967757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr22	45075738	rs763213	T	C	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=37;PP=1086;SC=CCGGAAAAGATGCCGGCGCAG;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=45075746;WS=45075728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	45182157	rs9614930	C	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	45182157	.	CAGGGCGCCTAG	GAGGGCGCATAG,GAGGGCGCGTAC	228	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=72;MMLQ=17;MQ=51.21;NF=5,3;NR=0,0;PP=228,173;QD=56.2935749724;SC=TCGGCTGAGGCAGGGCGCCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5,3;WE=45182176;WS=45182149;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.56:9
chr22	45182165	rs9614931	C	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.04;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	45182186	.	CAGGGCGCGTAGTGGGTGCACGGCTGAGGT	C	990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=41.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	45182321	rs67401095	ATCT	A	2449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=21;PP=1460;SC=ACTTCCTTTAATCTTCTTTGC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=33;WE=45182331;WS=45182311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	45182565	rs9614932	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=293;SC=AAAGTGGGCTCGTCAGGGGCT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=45182573;WS=45182555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45218223	rs136662	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=31;PP=1633;SC=CCTAATCGTTCTTTATTCTCT;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=45218231;WS=45218213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	45244930	rs2269543	C	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=82;PP=2503;SC=AGCAGATTCTCGGGATCACCT;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=45244938;WS=45244920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	45255771	rs2213529	G	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=32;PP=835;SC=CTCCCATGCTGGGCCCGCATG;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=45255779;WS=45255761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	45258457	rs8881	A	G	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=72;PP=2299;SC=CCCTGATGGCAGCCAGAAGAC;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=141;WE=45258465;WS=45258447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	45577372	rs372438307	TCAAGTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA	TTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA,T	955.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=2878;SC=TTGCCTGCTCTCAAGTGGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=45577419;WS=45577362;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr22	45577377	rs376698610	TGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTAA	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	45577411	.	A	T	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=113;QD=29.5542425094;SC=AGTTTATTTAAAAATCCAGTT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=45577419;WS=45577362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,5:0.50:10
chr22	45579422	rs6006950	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=14;PP=594;SC=TTTTTCAGTTAGCACAAAATC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=45579430;WS=45579412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	45593661	rs55790105	C	T	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=2.291;SC=CCCACATCCGCCAGCATTACC;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=125;TCR=81;TR=200;WE=45593669;WS=45593651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,205:0.97:211
chr22	45595721	rs5765217	A	G	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=33;PP=1437;SC=ACTGAAGGGCACGGGGACCCT;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=45595729;WS=45595711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	45603485	rs11705584	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=0.828;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=45603493;WS=45603475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr22	45603501	rs11703294	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5075;FS=3.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=1.185;SC=CACCGCGCCCAGCCTGGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=45603509;WS=45603491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr22	45603545	rs11705041	C	T	703.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=577;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CTGGGGGCCTCTGGTCCCGGT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=28;WE=45603553;WS=45603535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr22	45603638	rs11703323	A	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1732;ReadPosRankSum=1.330;SC=GCACCCCCCAAAGGCAGAGCT;SOR=0.430;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=100;WE=45603646;WS=45603628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,109:0.96:113
chr22	45622014	rs6007506	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=606;SC=AGAGAGCACGCGGCAGCCTCT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=45622022;WS=45622004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	45680824	rs2255432	A	G	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	45682975	rs2673087	A	G	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	45683246	rs2673088	C	T	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=46;PP=1825;SC=CCTACCTGGTCAGGGTGGGTG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=107;WE=45683254;WS=45683236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	45683304	rs1057353	G	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=48;PP=1788;SC=CCTCTGTAACGCACCCCTGTC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=100;WE=45683312;WS=45683294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	45718922	rs34063912	C	CTG	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=459;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TCAGAGGGGACTGTGTGTGTG;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=45718933;WS=45718912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr22	45723854	rs9615108	C	G	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=74;PP=2437;SC=GCGCCATGGTCCTGACCACCA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=45723862;WS=45723844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	45723960	rs9614638	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.93;QD=36.15;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	45723968	rs28412847	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.25;QD=42.91;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45726345	rs7285172	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=480;SC=TTTTGAAGGTATAAGTGTAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=45726353;WS=45726335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	45731182	rs738176	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=13;PP=956;SC=CCGAGGAGGACGAGCTCTTGG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=45731190;WS=45731172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	45732328	rs11704481	G	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=51;PP=1498;SC=GAGCTGCCTCGGGTCTCTCTT;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=45732336;WS=45732318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	45736153	rs3827393	G	A	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=248;SC=GGTTTTCAAAGTCTTCCGTAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=45736161;WS=45736143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	45736485	rs2064068	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=585;SC=AGGAGGGTGACGCGGACACAT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=45736493;WS=45736475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	45741543	rs5765260	G	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1221;SC=AGTCTGGTCAGTTTAGGTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=45741551;WS=45741533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	45741642	rs117203058	A	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=102;SC=AACTTCATTAAACCTATGATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=45741650;WS=45741632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	45748284	rs11375006	C	CT	1864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=11;PP=1039;SC=GGAAGGTCCCCTGGCTTCTGC;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=45748292;WS=45748274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	45748339	rs5765275	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=21;PP=1082;SC=ACCTGTGCACAGCAAACAGGA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=56;WE=45748347;WS=45748329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	45749801	rs9614652	C	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	45749983	rs5764698	G	T	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=72;PP=2744;SC=TGCCTACACAGTCTGGCTTCC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=45749991;WS=45749973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr22	45754517	rs5764701	G	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=185;SC=AAAATGATTCGGTAAGATTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=45754525;WS=45754507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	45754558	rs5765281	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=240;SC=GTGATAAACAACAGAAAGCTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=45754566;WS=45754548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	45755666	rs1012493	C	T	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=ACATATTTTACAGTCATTTGC;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=173;WE=45755674;WS=45755656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	45757987	rs5764704	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=380;SC=TATGTGCTACCTGACCTTCCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=45757995;WS=45757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	45758758	rs719925	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=34;PP=1169;SC=TACCCATTATTAATTACCTTC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=45758766;WS=45758748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	45789642	rs136603	A	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=961;SC=TCTTCATTAAATTCAGACATT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=45789650;WS=45789632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	45810278	rs59404993	A	AC	3892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=48;PP=2490;SC=TAGACATGAAACTTTGGTGAG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=45810286;WS=45810268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	45897997	rs3810631	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=3;PP=906;SC=CCCAGTGGCGTTCCTATGCGT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=45898005;WS=45897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	45898074	rs3810632	T	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=0.567;SC=ATAAATCTACTTGTGGTTCCA;SOR=0.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=106;TCR=55;TR=160;WE=45898082;WS=45898064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr22	45898117	rs3810633	T	C	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=101;PP=2965;SC=CCCCGGTAGCTATGAATTCCT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=124;TCR=101;TR=225;WE=45898138;WS=45898107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr22	45898130	rs3810634	A	T	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=102;PP=2965;SC=GAATTCCTATACAAGAGGCTC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=219;WE=45898138;WS=45898107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	45898252	rs3810635	T	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=1030;SC=ATTTTGGTTGTTTGTTGGCCT;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=45898260;WS=45898242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	45914461	rs7292978	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=277;SC=TGATGCTGTCGTCAAGACAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=45914469;WS=45914451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	45923827	rs136730	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=47;PP=1687;SC=CAGGTCTTCCAGGCATGCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=45923835;WS=45923817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	45924001	rs136731	T	TG	288.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=335;SC=CATGTGATCGTGGGGCTGGCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=45924009;WS=45923991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	45929577	rs105199	T	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=2365;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CACATTCCTTTCTAGGATGTA;SOR=0.233;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=119;WE=45929585;WS=45929567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr22	45931262	rs2071938	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=22;PP=569;SC=CCAGGAGGGGCCAGCGACCTA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=45931270;WS=45931252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	46345714	rs10448591	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=374;SC=TGCAGAACAGCGGCCTAGGCT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=46345722;WS=46345704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	46346121	rs10448592	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=361;SC=CTCAGTCACAGGCCCTGCACT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=46346129;WS=46346111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	46486786	rs9615403	C	T	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=124;SC=AAGCCATGACCTGCCTGCCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=46486794;WS=46486776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	46487011	rs7410377	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=31;PP=981;SC=GGCTGTGTGCGCCAGGCTACA;SOR=1.162;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=46487019;WS=46487001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	46493852	rs3747243	C	T	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	46494039	rs6008955	A	G	160.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	46499120	rs9616125	G	C	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=57;PP=2044;SC=GGCCTGGGCTGAGTCCTCAGG;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=46499128;WS=46499110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	46501355	rs8139990	G	T	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=46;PP=2210;SC=GCCTGTGTTCGCCACGTGGCC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=105;WE=46501363;WS=46501345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	46505337	rs11090905	G	A	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=167;SC=AGGTCCTTAGGTGGGGACTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=46505345;WS=46505327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	46505986	rs2474020	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=808;SC=GTGAGCACTGTAGGCTCTAGG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=46505994;WS=46505976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	46508765	rs731085	C	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=173;SC=GCGGGCAGGGCCAGGTTTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=46508773;WS=46508755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	46677607	rs130642	T	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=56;PP=2020;SC=CTCAGAGACCTTCTGGAAGGT;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=46677615;WS=46677597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	46681141	rs35883013	G	A	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=30;PP=1378;SC=CTTCCAGGGCGAATATGAGGC;SOR=0.982;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=46681149;WS=46681131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	46722400	rs140054	T	C	4505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=59;PP=2562;ReadPosRankSum=0.478;SC=GCTGAGCGCATGGCGTGTGTC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=154;WE=46722408;WS=46722390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr22	46724558	rs140053	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=51;PP=2186;SC=AGAGACATTTTCTCATAAGTT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=120;WE=46724566;WS=46724548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	46760481	rs9615351	C	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=16;PP=1635;SC=GGGGGGTACTCTCCACGGTGA;SOR=2.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=46760489;WS=46760471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	46762214	rs73889254	T	G	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	46765181	rs11273699	G	GTCAGGTCGCCGAC	7108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=40;PP=2967;SC=GCCGATCAATGTCTTCTCTCT;SOR=1.201;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=52;WE=46765189;WS=46765171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	46780375	rs182429985	G	A	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=22;PP=1546;SC=TGCCCGCAGCGGGGCCCTCCC;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=46780383;WS=46780365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	46807510	rs34129506	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=35;PP=1964;SC=TCTTGGAGCCGGTCTGAGTGC;SOR=1.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=101;WE=46807518;WS=46807500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	46860316	rs3747252	G	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=191;SC=CATCCCAGGAGCAGCCTCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=46860324;WS=46860306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	46929359	rs5767248	C	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=0;PP=256;SC=GGGCCTAGGCCGGGCGCCCAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=46929367;WS=46929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	46929692	rs4823561	A	G	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=166;NR=117;PP=2965;SC=GCCGGGATGCAGCCGATCACG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=166;TCR=117;TR=283;WE=46929700;WS=46929682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr22	46931077	rs4823850	G	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=42;PP=1620;SC=CATGGGGGGCGAGCCGTGGTC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=46931085;WS=46931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	46931793	rs1009154	G	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=96;NR=95;PP=2965;SC=CCTCCACCAGGAGCTGGTACT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=191;WE=46931801;WS=46931783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	46931838	rs1009155	G	A	5625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.969;SC=CCGCCCGTGTGCTCACCACGC;SOR=0.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=203;WE=46931846;WS=46931828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr22	47033628	rs138469	A	AT	256.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=331;SC=TCCCTTTCACATGCCACTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=47033636;WS=47033618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	47058992	rs2542040	T	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=55;PP=2063;SC=ACGAGCGGTTTGGGGAGTACG;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=134;WE=47059000;WS=47058982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	47134147	.	G	GGCGGGCT	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	47185265	rs801606	G	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=25;PP=1742;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTCGG;SOR=1.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=89;WE=47185273;WS=47185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	47274638	rs131869	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=613;SC=CACCGCACCGCCCATCAGCGC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=47274646;WS=47274628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	47311404	rs738935	A	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=24;PP=823;SC=TGCAGCTGCCAGTGGCACTAG;SOR=1.009;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=47311412;WS=47311394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	49103660	rs132234	T	C	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	49176220	rs6010527	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	49667985	rs7289562	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	49668188	rs2688112	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=211;SC=CCAGGCTAGATGCAATTTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=49668196;WS=49668178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	49834624	rs11705513	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=0;PP=521;SC=CCCTGTGAGCATCTTTCAGGG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=49834632;WS=49834617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	49834747	rs1016809	C	T	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=88;PP=2965;SC=CTAGTACCGTCTCCTTCTCCC;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=194;WE=49834755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr22	50014002	rs135877	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=836;SC=CTGCTGTCCCAAGCTTGTCAC;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=50014010;WS=50013992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	50017234	rs916362	A	G	8699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CACGTGCTGCAGAGCTCAGGG;SOR=0.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=131;TCR=183;TR=312;WE=50017242;WS=50017224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr22	50018045	rs763128	G	A	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=20;PP=1023;SC=AGTGATGCTCGGGGCTGCTGA;SOR=1.392;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=56;WE=50018053;WS=50018035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	50018069	rs2011097	A	G	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=29;PP=1640;SC=TTGTGGGGAGAGCACAGTGAT;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=50018077;WS=50018059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	50018497	rs5770594	G	A	9467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=158;PP=2965;SC=TGCCTCTGATGACACCCACCT;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=166;TCR=158;TR=323;WE=50018505;WS=50018487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr22	50018639	rs4524218	G	A	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=60;PP=1861;SC=CCCTGACGCCGGGCTGACGGC;SOR=2.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=78;WE=50018662;WS=50018629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	50018651	rs135879	C	T	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	50018654	rs135880	T	A	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.45;SOR=3.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	50020588	rs139834846	G	A	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=119;PP=2887;ReadPosRankSum=-1.866;SC=CAGTGGCACCGTTCTCAGCCA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=461;TCF=199;TCR=262;TR=212;WE=50020596;WS=50020578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,217:0.46:473
chr22	50051007	rs6009803	A	G	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=19;PP=1027;SC=GAAAGACCTAACTGAGACTGG;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=50051015;WS=50050997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	50277835	rs910796	T	C	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=131;PP=2965;SC=AAAATGGCAGTGTGTCTGCCG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=125;TCR=131;TR=256;WE=50277843;WS=50277825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr22	50277883	rs910797	A	G	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=133;PP=2965;SC=TGCTTCCACCACAGCCTGCGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=263;WE=50277891;WS=50277873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr22	50278438	rs910798	A	G	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=102;PP=2965;SC=CCTCGTCTCCAGTAAAGCCGG;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=198;WE=50278446;WS=50278428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr22	50278568	rs910799	A	G	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=105;PP=2965;SC=TTCCGATGACATAGGGGAGGC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=224;WE=50278576;WS=50278558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr22	50278642	rs910800	C	T	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=130;PP=2965;SC=TTGAATCTGGCGCCATCTTCC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=134;TCR=132;TR=264;WE=50278650;WS=50278632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr22	50280136	rs5770755	T	C	12569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=250;PP=2965;SC=CCTTCGAGGCTGCGAGCCGGG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=450;TCF=198;TCR=252;TR=448;WE=50280144;WS=50280126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr22	50354819	rs11541025	C	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1288;ReadPosRankSum=0.527;SC=AGGTGGGCGCCGTGCTGGGTA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=82;WE=50354827;WS=50354809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr22	50356274	rs28645887	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=403;ReadPosRankSum=0.276;SC=CCAGCAGGGACCTCGCCGTCT;SOR=2.595;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=22;WE=50356282;WS=50356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr22	50356302	rs28691713	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=643;ReadPosRankSum=0.206;SC=GGCTCTGCCTCTGTGGTGGGC;SOR=1.113;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=37;WE=50356310;WS=50356292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr22	50356555	rs4078443	T	C	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=91;PP=2965;SC=CTCGCCCTGCTTGGGCCCTCC;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=161;WE=50356563;WS=50356545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr22	50356693	rs4077129	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=60;PP=2275;SC=GACGGGGGCGTCCCGGAGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=50356701;WS=50356683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	50356850	rs1801645	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=348;SC=CCCTGACTTTCTCCTGCGTGG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=50356858;WS=50356840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50435480	rs5771069	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=604;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GGAAGGCAAAAGCAGGGGCGG;SOR=0.918;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=38;WE=50435488;WS=50435470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr22	50436846	rs79102851	G	GTCC	2873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=48;PP=2631;SC=GTCCAGCGCAGTCCTATGGGT;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=48;WE=50436854;WS=50436836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	50437759	.	G	A	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.921;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1390;ReadPosRankSum=1.476;SC=ACCGCGTCAGGGGTCGCAGAC;SOR=0.969;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=185;TCF=100;TCR=85;TR=89;WE=50437767;WS=50437749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
chr22	50437976	rs7290572	G	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=2.289;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr22	50439194	rs9617090	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=888;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TGCTGCCCCCCCTGCTGCCGG;SOR=0.635;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=65;WE=50439202;WS=50439184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr22	50439430	rs137845	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=470;ReadPosRankSum=2.260;SC=AGGCCGCCCAAGGTTTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=29;WE=50439438;WS=50439420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr22	50439706	rs139138549	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.799;SC=CCTGGTGCTCGGAAAGGCTTT;SOR=1.385;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=11;WE=50439714;WS=50439696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr22	50439755	rs137846	G	GCA	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=0.401;SC=CCCTGGGGCTGCAGTCTTTGC;SOR=1.721;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=50439763;WS=50439745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	50454825	rs7292558	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.930;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=439;ReadPosRankSum=-2.980;SC=AAGACCTGCTACCCACAACCT;SOR=1.455;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=36;WE=50454833;WS=50454815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr22	50468907	rs738333	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=513;ReadPosRankSum=2.236;SC=GTCTTCAGGCCCCGCAGCACA;SOR=1.222;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=32;WE=50468915;WS=50468897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr22	50468933	rs79298	G	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=704;ReadPosRankSum=1.507;SC=CAGCGGGTGCGCATTTAGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=48;WE=50468941;WS=50468923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr22	50485793	rs137906	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=769;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGGGATGGAGTGAGGCAACCA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=55;WE=50485801;WS=50485783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr22	50487567	rs137911	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GGCTTTGCCCTCGCCGGGCTG;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=50487575;WS=50487557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr22	50499957	rs41283496	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.696;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=966;ReadPosRankSum=-1.516;SC=GGGGTTGTGCGTTTCCATGCT;SOR=2.093;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=21;WE=50499975;WS=50499947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr22	50499967	rs2072873	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=1326;ReadPosRankSum=1.651;SC=GTTTCCATGCTTGGGGCCAGG;SOR=0.509;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=41;WE=50499975;WS=50499947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr22	50502766	rs11568183	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AAACGCATTGCTATTTCAACA;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=50502774;WS=50502756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr22	50512617	rs2038048	C	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.183;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=28;PP=1298;ReadPosRankSum=-2.399;SC=CCCAGAGCGGCGGCGGGCGGG;SOR=0.369;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=158;TCF=113;TCR=45;TR=86;WE=50512625;WS=50512607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr22	50515766	rs2076137	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=0.676;SC=CTGAGACCCACCTCGCTCACC;SOR=0.749;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=43;WE=50515774;WS=50515756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr22	50515808	rs2072874	C	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=820;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CCCTGCCCTGCGGGGTCAGAA;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=64;WE=50515816;WS=50515798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr22	50518239	rs2235349	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=0.409;SC=TCACGAGCTGTGAATAACATT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=50518247;WS=50518229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr22	50518723	rs79301	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ACTGTCTGTCAGCCCCTCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=173;TCF=117;TCR=56;TR=90;WE=50518731;WS=50518713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr22	50528483	.	G	GCGGCGGTGA	2352	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.26;NF=3;NR=5;PP=2352;QD=297.375;SC=GGCGGCGGCAGCGGCGGTGAC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=8;WE=50528505;WS=50528473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr22	50528496	.	C	CGGTG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.323;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr22	50528497	.	A	G	871	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.18;NF=12;NR=8;PP=871;QD=45.2885606274;SC=CGGTGACGGCAGCCTAGGCCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=20;WE=50528505;WS=50528473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr22	50528497	.	A	ACGGCG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.252;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr22	50528569	rs12628964	A	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.024;NF=21;NR=19;PP=497;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GACGGCGGACACCCCTAGGGA;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=40;WE=50528577;WS=50528559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr22	50528916	rs9617018	C	T	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=44;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TGTCGTTCCTCCCTGTCCGCA;SOR=0.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=119;WE=50528924;WS=50528906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,129:0.50:256
chr22	50529134	rs8142824	T	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=1663;ReadPosRankSum=0.336;SC=AGACGGAGTTTCGCTCTTGTT;SOR=0.324;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=28;WE=50529156;WS=50529124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr22	50529146	rs8140485	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.75;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr22	50529146	.	CCC	TCG	1644	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=18;PP=1644;QD=89.3404144664;SC=GCTCTTGTTGCCCAGGCTGGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=19;WE=50529156;WS=50529124;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,19:0.54:35
chr22	50529148	rs8140486	C	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.63;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr22	50530501	rs9617066	A	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=2478;ReadPosRankSum=0.622;SC=GATTGATGATATGATCTACTT;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=367;TCF=174;TCR=193;TR=162;WE=50530509;WS=50530491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,172:0.45:386
chr22	50538174	rs9617023	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCCAGGAGTTGGAGGCTGCAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=50538182;WS=50538164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr22	50546666	rs3810971	C	T	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=2077;ReadPosRankSum=0.370;SC=GAGATACAAGCGCGTGGACAA;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=177;TCR=137;TR=147;WE=50546674;WS=50546656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,154:0.46:332
chr22	50546844	rs3810972	T	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTGTTTCGTTTGGAAACAATA;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=43;TCR=100;TR=68;WE=50546852;WS=50546834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,68:0.48:142
chr22	50546868	rs3810973	G	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=797;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCTAGTGCTTGCATACCTGAA;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=46;WE=50546876;WS=50546858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr22	50546900	rs3810974	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=1.083;SC=GTAGCTTATGCAACAGTGCTA;SOR=0.452;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=21;WE=50546908;WS=50546890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr22	50546971	rs3810975	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGGATGGCGGACTTGAGCTTC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=11;WE=50546979;WS=50546961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr22	50547247	rs138217	A	G	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=92;PP=2956;SC=TCTGGAGGGCACTTTGTATGA;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=148;WE=50547255;WS=50547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	50548214	rs11703494	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr22	50552278	rs4838839	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=601;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CACTATGACTCAATAATTTCT;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=29;WE=50552286;WS=50552268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr22	50552736	rs4240525	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AGATTAGGTTTTGTGTTTTAT;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=50552744;WS=50552726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr22	50553514	rs742183	A	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=597;ReadPosRankSum=0.560;SC=CCTTTTGGTCAACTTTTGTAT;SOR=0.263;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=42;WE=50553522;WS=50553504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr22	50555486	rs126241	G	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CTAAAGATGAGTCTTAACTCT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=50555494;WS=50555476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr22	50555619	rs138222	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=2147;ReadPosRankSum=0.564;SC=TCCTTTTGCTCTGTTTTTCCG;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=67;WE=50555643;WS=50555609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr22	50555635	rs882753	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=2147;ReadPosRankSum=0.620;SC=TTCCGATTTCCTAATTGGGCG;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=77;WE=50555643;WS=50555609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,82:0.42:195
chr22	50555825	rs4838804	T	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.167;SC=GGCAGTTTTATCTGTGAAGGA;SOR=0.034;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=50555833;WS=50555815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	50558946	rs71316583	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=40;PP=1861;ReadPosRankSum=0.453;SC=CAAGACGACAACTTCCAAGTT;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=216;TCF=141;TCR=75;TR=120;WE=50558954;WS=50558936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,124:0.54:230
chr22	50564442	.	C	T	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=30;QD=16.1928031368;SC=AGGATGGTCTCGATCCCCTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=50564450;WS=50564432;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr22	50564618	rs3830747	A	AT	1355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.758;NF=15;NR=11;PP=676;ReadPosRankSum=1.658;SC=ATGGTAATATATTTTTTAACT;SOR=0.846;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=26;WE=50564626;WS=50564608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr22	50566781	rs4838809	T	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTTGATGATGTGTCGCTAGAT;SOR=0.313;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=50566789;WS=50566771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr22	50566835	rs13055917	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=1.251;SC=ATTGTTTGTTCCTTTTTTAGA;SOR=1.077;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=22;WE=50566843;WS=50566825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr22	50572473	rs2340601	G	A	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=83;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.087;SC=ACTTGAACACGTCATCCACTT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=127;TCR=172;TR=143;WE=50572481;WS=50572463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,147:0.48:307
chr22	50573081	rs3736690	T	G	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1312;ReadPosRankSum=0.763;SC=CAATGTGGCTTTCTCTACACA;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=86;WE=50573089;WS=50573071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr22	50580699	rs9617102	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGTGGGCTCTCATGCAGAAGG;SOR=0.042;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=11;WE=50580707;WS=50580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr22	50581707	rs2272835	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATGTGTCGTCTGTGTCTTCAG;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=58;WE=50581715;WS=50581697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,66:0.50:131
chr22	50582550	rs2272836	C	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GCCGGACAGTCGGATTTTAGT;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=105;WE=50582558;WS=50582540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,112:0.48:232
chr22	50582626	rs2272837	A	G	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr22	50582630	rs11704548	G	A	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.62;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr22	50584201	rs2272838	A	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=708;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCATCACCACATGCAGCAGCT;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=50;WE=50584209;WS=50584191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr22	50585442	rs4838811	C	G	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1218;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTGAACAAGACAGGGATTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=125;TCR=86;TR=90;WE=50585450;WS=50585432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,95:0.42:225
chr22	50585595	rs4838851	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.727;NF=1;NR=17;PP=277;ReadPosRankSum=-3.062;SC=GGAGGAGGTGGCCGGCCAGGG;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=18;WE=50585603;WS=50585585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr22	50585626	.	A	G	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=56.92;NF=1;NR=7;PP=120;QD=19.3464015684;SC=TCTCAGAGGCACTCTGTGCAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=50585634;WS=50585616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr22	50588153	rs2272840	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GGTAAGTCCCGACTACTGTGT;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=21;WE=50588161;WS=50588143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr22	50596318	rs34785258	C	CATT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GCCATTTCATCATTTAACATA;SOR=0.039;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=50596326;WS=50596317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr22	50599466	rs2272843	C	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1012;ReadPosRankSum=0.088;SC=TTACCTCCTGCACTGCAGTCT;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=71;WE=50599474;WS=50599456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr22	50616656	rs7286904	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
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chr22	50656096	rs2038050	A	G	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=86;PP=2652;ReadPosRankSum=0.583;SC=CTCAGCCCCCACCCAGGAGAG;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=180;TCR=180;TR=173;WE=50656104;WS=50656086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,182:0.48:377
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chr22	50660137	rs34455105	G	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=1624;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGCCCCCTCCGCCTGCTGCAG;SOR=0.649;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=127;WE=50660145;WS=50660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,137:0.52:265
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chr22	50684296	rs13058062	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=900;ReadPosRankSum=1.585;SC=ACTGGTCCTTTCCCTCGTCCC;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=67;WE=50684304;WS=50684286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr22	50684708	rs2294404	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1169;ReadPosRankSum=1.258;SC=CTGCCTTGCCGCGTGGCATGG;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=77;WE=50684724;WS=50684698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr22	50685508	rs4838866	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=209;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TCAGCCACACATCTTCTTACA;SOR=0.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=17;WE=50685516;WS=50685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr22	50687655	.	A	AG	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=16;MQ=59.33;NF=1;NR=2;PP=123;QD=50.0;SC=GGCCCGGGGGAGGGGGTGGGT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=3;WE=50687663;WS=50687645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr22	50688148	rs375624686	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=644;ReadPosRankSum=1.276;SC=TACAGACAGCGCTGGTGGCAA;SOR=0.897;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=39;WE=50688156;WS=50688138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr22	50688235	rs738334	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=524;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CCTCCTGCGCTGCCCCTTGCT;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=35;WE=50688243;WS=50688225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr22	50688348	rs1555048	A	G	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TGTTGAACACACAGAACCCGT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=147;TCR=119;TR=129;WE=50688356;WS=50688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,133:0.49:274
chr22	50689030	rs909688	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=536;ReadPosRankSum=0.711;SC=CCTGGGATTCATGGTGGGAGT;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=31;WE=50689038;WS=50689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr22	50693479	rs5771281	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=0.155;SC=CAGGGCCCACAGGGTCCACAC;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=16;WE=50693487;WS=50693469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr22	50693521	rs5771282	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.928;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr22	50693534	rs6010218	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.953;QD=19.34;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr22	50693538	rs6010219	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.951;QD=18.29;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr22	50693554	rs6010220	A	G	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.929;NF=43;NR=16;PP=717;ReadPosRankSum=0.354;SC=CCCAACTCACAGGTCCACACA;SOR=0.603;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=59;WE=50693562;WS=50693544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr22	50694297	rs1129880	A	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=1819;ReadPosRankSum=-1.416;SC=TGCAGCCCACAGACCAGATGT;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=125;TCR=140;TR=124;WE=50694305;WS=50694287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,127:0.46:277
chr22	50695270	rs5771284	A	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=776;ReadPosRankSum=0.203;SC=GTGGCTCAGCACCCAGACCCC;SOR=1.942;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=41;WE=50695278;WS=50695260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr22	50696648	rs2235355	C	T	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=97;PP=2775;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TCGTGCCCAGCGGCCAGCCCA;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=416;TCF=220;TCR=196;TR=210;WE=50696656;WS=50696638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,216:0.51:425
chr22	50699487	rs2272856	G	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=652;SC=ACCCCCGCCCGGCCCCACAGC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=50699495;WS=50699479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50699668	rs2272857	A	G	10073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=184;PP=2965;SC=CGGACTGGAAAGGCCGATACA;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=175;TCR=184;TR=358;WE=50699676;WS=50699658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr22	50703572	rs10626765	C	CAG	3723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=58;PP=2957;SC=AGCCTCAGCACAGTCTGGGAG;SOR=2.331;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=65;WE=50703580;WS=50703562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	50704661	rs2076139	T	C	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=94;PP=2965;SC=TCACGTGTTCTGAGGAGATTT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=220;WE=50704669;WS=50704651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr22	50705059	rs742185	A	G	15114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=272;PP=2965;SC=GGGCGAGGGGACCTCCATCAG;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=546;TCF=273;TCR=273;TR=543;WE=50705067;WS=50705049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr22	50705304	rs760747	C	T	8453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=118;PP=2965;SC=GCATGCAGAGCCAGTCGAGGG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=171;TCR=118;TR=289;WE=50705312;WS=50705294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr22	50705466	rs760748	A	G	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=191;PP=2965;SC=GCGCCAGCCCAAAATCCAGGA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=165;TCR=191;TR=354;WE=50705474;WS=50705456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr22	50713866	rs1042979	G	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	50714289	rs5771118	T	C	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=119;PP=2965;SC=GCACCCCACCTGCCCCCGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=132;TCR=119;TR=251;WE=50714297;WS=50714279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr22	50714491	rs6010224	A	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=781;SC=CTCCCCGGGGAAGCAGCTGGG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=50714499;WS=50714481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50715029	rs5771119	T	C	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=78;PP=2965;SC=CGGGGAGGGCTGTGGGTGCGT;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=143;TCR=78;TR=221;WE=50715037;WS=50715019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr22	50721811	.	G	A	5543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CCAGTTTCCCGAAGACGTCCA;SOR=0.996;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=528;TCF=242;TCR=286;TR=256;WE=50721819;WS=50721801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,266:0.49:545
chr22	50722134	rs11547731	T	C	7444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GACCCCAGGATGGTGATGCGG;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=672;TCF=344;TCR=328;TR=357;WE=50722142;WS=50722124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,364:0.53:691
chr22	50724172	.	A	AC	199	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=56.38;NF=7;NR=0;PP=199;QD=33.2857142857;SC=ACCGGCCGGCACCCCTCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=50724180;WS=50724162;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,7:0.39:18
chr22	50724190	rs28604596	G	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.962;NF=13;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=-1.788;SC=CTCCGCACCTGAGCCTGCCTG;SOR=0.694;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=17;WE=50724198;WS=50724180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr22	50751547	rs151293382	GA	G	3065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.128;NF=15;NR=43;PP=2184;ReadPosRankSum=1.398;SC=TCTGAGAGGGGATGGGTGAGC;SOR=0.452;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=107;TCF=22;TCR=85;TR=58;WE=50751555;WS=50751537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,92:0.53:173
chr22	50757348	rs62241232	G	A	7966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=127;PP=2965;SC=GGTGAGGGCCGACCCACTCCT;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=281;WE=50757356;WS=50757338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr22	50853132	rs60172550	TC	T	608.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=376;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGTGCGGGAGTCCCCCCCCGT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=7;WE=50853142;WS=50853122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr22	50853134	rs115621755	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGCGGGAGTCCCCCCCCGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=11;WE=50853142;WS=50853122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr22	50854317	rs6520165	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-1.098;SC=ATGGTGGTCATCCTTTATCAT;SOR=0.045;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=50854325;WS=50854315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr22	50860565	rs9616844	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CTGCTCTAGGGTTTCTTTTTG;SOR=0.293;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=22;WE=50860573;WS=50860555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr22	50870620	rs2076712	G	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=823;ReadPosRankSum=0.811;SC=GCCCTGCCCAGTCCAGGGATG;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=66;WE=50870629;WS=50870610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr22	50873497	rs1134848	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.062;NF=2;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=0.414;SC=CGCACATCAGCGAGGTCATCC;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=50873505;WS=50873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr22	50874893	rs13054572	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.054;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TGAGGAGGCTCGGGGCTGCCC;SOR=0.430;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=86;WE=50874901;WS=50874883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,93:0.48:194
chr22	50876077	rs9306550	T	C	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=129;PP=2965;SC=CGGCTCTCCCTGCTGCTGAGC;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=112;TCR=130;TR=240;WE=50876085;WS=50876067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr22	50876235	rs5770779	T	C	14203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=314;NR=233;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GCAGTGGGCCTGGAGGAACGC;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=552;TCF=317;TCR=235;TR=547;WE=50876243;WS=50876224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,541:1.00:543
chr22	50876357	rs5770890	C	G	12365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=266;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCCGCCACCCTTT;SOR=1.089;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=457;TCF=190;TCR=267;TR=456;WE=50876365;WS=50876347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr22	50876526	rs11091018	C	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CTAAGCCCCTCTGGGAGCTCT;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=30;WE=50876534;WS=50876516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr22	50877166	rs4824131	G	C	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.686;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.393;SC=AGAAGGAAGCGCCCCCTGTGG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=108;TCR=133;TR=239;WE=50877174;WS=50877154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr22	50878196	rs13057311	G	A	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GGAGTGGTGAGGGACGTGGGT;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=79;WE=50878204;WS=50878186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,83:0.50:165
chr22	50882590	rs6010031	G	A	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=90;PP=2450;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GACAGGGCCCGCAGCCCGCAC;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=376;TCF=200;TCR=176;TR=188;WE=50882598;WS=50882580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,190:0.50:379
chr22	50882752	.	CTT	C,CT	1040.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5704;FS=12.849;HP=13;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.698;NF=1;NR=52;PP=807;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GTGATGCAATCTTTTTTTTTT;SOR=2.381;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=53;WE=50882761;WS=50882742;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.66:53
chr22	50885244	rs113982913	TTC	T	1737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.030;NF=7;NR=22;PP=1182;ReadPosRankSum=1.695;SC=GTGGCGTTAGTTCTCTCTTTA;SOR=0.522;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=29;WE=50885253;WS=50885234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr22	50885775	rs1053744	A	G	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TCTCGTCCACAGTCTTAGGGG;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=446;TCF=223;TCR=223;TR=219;WE=50885783;WS=50885765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,222:0.50:446
chr22	50895133	rs4824117	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=758;ReadPosRankSum=1.965;SC=AAGCACCCAAAGGGGGCCAGG;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=55;WE=50895141;WS=50895123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr22	50899755	rs35628474	AG	A	3791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=43.09;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	50899758	rs2073280	G	C	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=43.19;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	50901259	rs9617014	G	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.578;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1708;ReadPosRankSum=1.186;SC=CACCAGGAAGGGGGGGCTGGG;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=93;WE=50901267;WS=50901249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr22	50901534	rs5771039	A	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=423;SC=CCCAGGCCCCAGCACCTGCCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=50901542;WS=50901524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50903221	rs2076714	C	T	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=50;PP=1899;SC=GGCGGTACGACGCCCTCCCGT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97;WE=50903229;WS=50903211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	50906518	rs1983679	G	A	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=81;SC=CAGTCTCTCCGGGTGAAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=50906526;WS=50906508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	50906917	rs9616852	C	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=49;PP=1961;SC=GGGGTCAGAGCACCCAACCCG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=50906925;WS=50906907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	50913394	rs373485644	CGCG	C	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=291;SC=TGGTTCGCTCCGCGGCGGCGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=50913404;WS=50913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	50925405	rs2232876	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=46;PP=1337;SC=CAGCCACTCCCGCCCTCTTCT;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=50925413;WS=50925395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	50925672	rs2232878	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=828;SC=GATGATGGCGTGGGAGAGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=50925680;WS=50925662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	50925914	rs56311845	GC	G	3294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=49;PP=2088;SC=TTGCCGTCCTGCCCCCCTTCT;SOR=0.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=67;WE=50925922;WS=50925904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	50926768	rs2232883	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=41;PP=1270;SC=TCGGGGAGCCCCAGGTAAGAG;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=50926776;WS=50926758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	50927447	.	C	CGTCCCTCCT	826	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9989;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=60.91;NF=16;NR=8;PP=826;QD=35.4166666667;SC=CATGGCCTCCCGTCCCTCCTG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=24;WE=50927455;WS=50927437;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,24:0.67:36
chr22	50941985	rs6009975	T	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=27;PP=960;SC=CTAGCAGGGCTTGCACAAATC;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=50941993;WS=50941975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	50944128	rs743615	G	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=45;PP=1985;SC=TGCGGCTGCCGTGGCCAGGCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=104;WE=50944136;WS=50944118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	50944163	rs128941	G	A	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=65;PP=2552;SC=TGGTCGTCCAGCAGCGCAGTG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=50944171;WS=50944153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	50945256	rs131824	A	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=41;PP=1403;SC=AGTAGATGACAGGGTGGCGCA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=50945264;WS=50945246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	50946965	rs131823	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=176;SC=CGCCCCACCGTCTCCACGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=50946973;WS=50946955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	50955953	.	C	CAGGG	3799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=24;PP=2751;SC=TGCATGTGGCCAGGGAGGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=47;WE=50955961;WS=50955943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	50957520	rs3091397	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=250;SC=TCTGGGCTCCGTGACTAAAGC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=50957528;WS=50957510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	50959538	rs56229588	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=236;SC=CTGCCCATCATGCTCTTGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=50959546;WS=50959528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	50960101	rs131814	G	A	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=83;PP=2965;SC=GGCATGAGGTGGGGGGGTGGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=184;WE=50960109;WS=50960091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	50961169	rs131813	A	G	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=40;PP=1778;SC=GGTTAGAGGGAGACGGGGAGG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=77;WE=50961177;WS=50961159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	50961854	rs2782	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=518;SC=AGGAGCCGTGTGTCTGCTCCT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=50961862;WS=50961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	50962208	rs12148	T	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.99;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr22	50962782	rs140523	C	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=55;PP=2319;SC=AGGGAGGACCCGAGGCTTGAG;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=127;WE=50962790;WS=50962772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	50964153	rs131805	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=26;PP=1396;SC=CCCTGGATCCTTCCGCTCCCG;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=50964161;WS=50964143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	50964446	rs1138404	A	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=17;PP=680;SC=GCAGCCTCTGACCCACGTCGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=50964454;WS=50964436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	50964862	rs131804	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=17;PP=759;SC=CAGCGCCCTGGGCCTGAGTCC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=50964870;WS=50964852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	50966914	rs470119	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=29;PP=1339;SC=CAACCTGGATTAATGACTGAT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=50966922;WS=50966904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	50968826	.	CAG	C	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.544;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,25:0.21:119
chr22	51040134	rs9616878	C	G	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=175;SC=TAGGAGCTGACGCCTCCCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=51040142;WS=51040127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	51040387	rs12169357	G	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=742;SC=TCTTCTTAGCGTTCACTTGGG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=51040395;WS=51040377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	51040413	rs74937467	T	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=488;SC=AGGGTGGGTGTGAGCTCAGCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=51040421;WS=51040403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	51040430	rs12168113	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=387;SC=AGCCTTGAACCGGGGACTCCT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=51040438;WS=51040420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	51041570	rs10439940	C	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=33;PP=1603;SC=TGATGCTCCCCGATTTCCCTT;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=51041578;WS=51041560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	51042513	rs140511	C	CG	4440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=39.65;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	51043617	rs41282363	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=304;SC=GGGCTGGGTGCCCTCTCCCAC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=51043625;WS=51043607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	51043635	rs79047750	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=264;SC=CACCCAGGACATGGCATGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=51043643;WS=51043625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	51044907	rs73445585	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=393;SC=TTGCTCCTCCTGAGCCTGAGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=51044915;WS=51044897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	51045190	rs1140555	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=45;PP=1490;SC=GAGGAGGGCCCGAGGTGGGAG;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=76;WE=51045198;WS=51045180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	51045230	rs75465264	G	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.237;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GGGACTGGGGGATAGGGTTAG;SOR=0.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=51045238;WS=51045220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr22	51045433	rs131736	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=60;PP=1695;ReadPosRankSum=-1.016;SC=AGAGTCTGACCGTCCCCGAGT;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=87;WE=51045441;WS=51045423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr22	51048781	rs5770941	T	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=869;SC=GGGTGCAGGGTTACGGAGGTG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=51048789;WS=51048771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	51063610	rs6151428	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=607;SC=GCAAGCTGGGCGGGGGGTGCA;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=51063618;WS=51063600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	51063987	rs762674	G	C	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=62;PP=2929;SC=CGGGGGGAGGGATCCACGGGG;SOR=1.142;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=150;WE=51063995;WS=51063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	51064039	rs743616	G	C	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=105;PP=2965;SC=GTACTTTCCAGTCCGCACAGC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=221;WE=51064047;WS=51064029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	51064141	rs762673	G	A	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=64;PP=1812;SC=ACGGGGCGGGGCAGGCCCCAA;SOR=1.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=93;WE=51064149;WS=51064131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	51064169	rs873697	G	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=42;PP=1231;SC=ACATACCTGGGGCTGCCAGCC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=51064177;WS=51064159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	51064416	rs2071421	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=555;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CAAGGTGACATTGGGCAGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=51064424;WS=51064406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr22	51064818	rs762672	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=606;SC=GTGCCCAGCATGAGCCCGGCA;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=51064826;WS=51064808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	51064915	rs6151419	G	A	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=137;SC=GCATCTCCTGGCACCCCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=51064923;WS=51064910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	51065600	rs6151412	G	A	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=2222;ReadPosRankSum=0.580;SC=CTACCTGGTCGTGGGAGTACG;SOR=0.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=123;WE=51065608;WS=51065590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr22	51113001	.	CCG	C	131	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	51113801	.	C	CTGTG	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=118;QD=60.5;SC=GGGGTGGAGGCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=51113809;WS=51113791;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	51133518	rs13055562	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=908;SC=TGGGAGGGTGGGGTGCCGGGA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=51133526;WS=51133508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	51135545	rs9616818	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=385;SC=AGTGGAGGAGTGAGAGCTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=51135553;WS=51135535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	51137249	rs1557620	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=1162;SC=ACCCCACGGCTCCCCGGGCAG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=62;WE=51137257;WS=51137239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	51182485	rs6009961	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=29;PP=1641;SC=TGGTCTGACTATAGCCCCCAG;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=51182493;WS=51182475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chrX	2700202	rs5939320	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=55;PP=1534;SC=CTCTTTCTCAATCTGGTTTGA;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=2700210;WS=2700192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	2715425	rs4484858	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chrX	2726396	rs6567645	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=779;SC=GTATGTATATAAAGTAGCTCC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=2726404;WS=2726386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	2729540	rs11439714	T	TA	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.629;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.725;NF=2;NR=32;PP=538;ReadPosRankSum=-1.771;SC=AAGCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.232;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=34;WE=2729548;WS=2729530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chrX	2732356	rs34201156	C	CT	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chrX	2748051	rs57068689	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=31;PP=2080;SC=GGGGTGACACTGGCGGGGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=107;WE=2748059;WS=2748041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	2748253	rs6642032	G	C	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=75;PP=2453;SC=AGCTCAAGCTGCTTCAGTTCA;SOR=1.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=113;WE=2748261;WS=2748243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	2748292	rs6641656	C	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=44;PP=1332;SC=GCTTGGGTGACAGATTGGTCT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=2748300;WS=2748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	2774478	rs5939132	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=43;PP=1746;SC=CACATCTCGCATTCTTGGAGT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=98;WE=2774486;WS=2774468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	2774700	rs5939133	T	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=437;SC=CTGCCAGATCTGCCACTACCG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=2774708;WS=2774690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	2777985	rs2306734	C	T	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=61;PP=2031;SC=CAAGGCTCAGCGTCCAGCAGC;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=2777993;WS=2777975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	2779570	rs2306735	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=9;PP=870;SC=CAGCTTTGCCACAGTGATGTG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=2779578;WS=2779560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	2832742	rs211648	G	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=46;PP=1619;SC=AAGACAGCGTGTCTGCATTGT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=2832750;WS=2832732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	2833506	rs211649	G	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=293;SC=TTTATTGCAAGTTGGTTCATA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=2833514;WS=2833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	2833856	rs211650	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=266;SC=CCTTCTGAGTTCATCAGTGGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=2833864;WS=2833846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	2836037	rs211653	G	C	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=56;PP=2238;SC=CGCGGAGACAGAGAAGAAACC;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=114;WE=2836045;WS=2836027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chrX	2852915	rs11055	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=247;SC=AGAGGGGGAACGGGCCACAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=2852923;WS=2852905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	2852951	rs11222	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=407;SC=GTCTCCAGATGTTGCCCAGCC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=2852959;WS=2852941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	2856155	rs35143646	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=17;PP=772;SC=GGCACCTCGCCGCCCGCCAGC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=2856163;WS=2856145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	2871011	rs211640	G	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=623;SC=TATTTCTTGAGTATCTACTTT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=2871019;WS=2871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	2877835	rs211636	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=177;SC=GGTGGCTCATGCCCATTATCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=2877843;WS=2877825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	2877876	rs211637	T	C	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=38;SC=GTGGGAGCATTGCCTGAGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=2877884;WS=2877866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	2928125	rs79487908	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=27;PP=1080;SC=CCCAGCATCTCGCAGCTGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=2928133;WS=2928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	2928170	rs77183343	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=31;PP=1023;SC=CCTTCCTGACCGGCCGGTACC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=2928178;WS=2928160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	2945477	rs61751925	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=26;PP=910;SC=ATCTATCCGACGCTGTCTTAT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=2945485;WS=2945467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	2947190	.	T	TTCC	2517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.67;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chrX	2999141	rs5983001	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=234;SC=TCTTGGAAACGCTGTATTTTA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=2999149;WS=2999131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	3002219	rs5983002	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.360;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=1107;ReadPosRankSum=1.017;SC=CTCACATGGTTTTTGCAATGT;SOR=3.045;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=48;WE=3002227;WS=3002209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
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chrX	3190297	rs1726211	C	T	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=69;PP=2965;SC=TTCATAGAGACTCCATTTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=191;WE=3190305;WS=3190287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chrX	3194918	.	TGAAAAACAGGTCATGA	T	3024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=12;PP=2966;SC=ATGGGGATTTTGAAAAACAGG;SOR=2.372;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=37;WE=3194941;WS=3194908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	3195109	rs1635207	C	T	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1136;SC=CTTGGACTTCCAGCCTCCAGA;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=3195117;WS=3195099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	3227682	rs6655019	T	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=345;SC=TAAGAGCTCCTATTCCCCAAC;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=3227690;WS=3227672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	3228096	rs5983115	C	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=30;PP=1346;SC=AAGGGCCGTACTCCGTCTCCA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=3228104;WS=3228086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	3228144	rs112101834	C	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=37;PP=1416;SC=ACACCGAGGCCTCACGAACCG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=3228152;WS=3228134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	3228378	rs5983116	A	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=39.28;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	3228382	rs199982099	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.51;QD=46.67;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	3228411	rs1635233	G	A	307.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.19;QD=38.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	3228420	rs113892373	C	T	276.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.01;QD=39.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	3228675	rs41304697	C	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.19;QD=26.17;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	3228711	rs41304695	G	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=30;PP=843;SC=GGACGGAGTCGCTCTTCCTCA;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=3228719;WS=3228701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	3235724	rs1635242	C	T	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=1096;SC=GTGATGCGGCCCTCCACGGGG;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=3235732;WS=3235714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	3236028	rs5982697	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=973;SC=TCCTGGTATTCGGAGTCATAA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=3236036;WS=3236018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	3239336	rs41305155	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=37;PP=1279;SC=GTTTCAAGATGATCTTGATCA;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=3239344;WS=3239326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	3239545	rs1726199	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=28;PP=932;SC=AACAGGTATGCCTGTCTGTAG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=3239553;WS=3239535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	3239979	rs3813167	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=16;PP=897;SC=ACGCTCTTGAGCTCACTGTAG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=3239987;WS=3239969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	3241256	rs5983119	T	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=44;PP=1985;SC=GGGGGAGAAATAGCAGGAAAA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=101;WE=3241264;WS=3241246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	3241317	rs1635249	T	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=51;PP=1714;SC=TTTTAATCAATGGGGGTACTT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=3241325;WS=3241307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	3530512	rs7066317	A	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=41;PP=989;SC=CATTTATGAAAGCGGCAATCT;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=3530520;WS=3530502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	3592847	rs7880937	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=927;SC=TTAAGTCTTCCGACAAAGGAA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=3592855;WS=3592837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	3631167	rs3752362	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=41;PP=1401;SC=CAGGCTGTACACAGGCGGCTC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=3631175;WS=3631157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	3736489	rs1133336	C	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=38;PP=1705;SC=TCACCAACAGCGTATAAGCAA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=3736497;WS=3736479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	6975782	rs868756	C	G	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=57;PP=2549;SC=CAGTTGATTACACAGAAGGAG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=6975790;WS=6975772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	6995315	rs2379206	C	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=17;PP=1151;SC=GGAAGATGTCCGGGTCTGGCT;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=6995323;WS=6995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	6995417	rs2379207	C	T	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=56;PP=1973;SC=TATCGAACGACGCGGACCCCG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=6995425;WS=6995407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	6995438	rs1803675	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=52;PP=1920;SC=AGCTGGTGGCCAGTGCAAAGG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=6995446;WS=6995428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	7023678	rs1131197	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=333;SC=GAGCGCAGCCGTGGGGAACAC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=7023686;WS=7023668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chrX	8095173	rs1037521	T	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=20;PP=635;SC=AAACATAATGTTATGTGGAAA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=8095181;WS=8095163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chrX	8138160	rs1058238	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=1.813;QD=33.67;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
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chrX	8138170	rs75657421	CT	GC	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQRankSum=1.813;QD=33.67;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chrX	8138182	rs41305169	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.300;NF=5;NR=8;PP=730;ReadPosRankSum=-1.954;SC=CTCCTGACTCAGGGGGTCGTG;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=13;WE=8138190;WS=8138150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chrX	8467201	.	A	AAG	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.03;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	8467239	rs372703313	AAAAG	A	2717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	8467277	rs200326511	GAAGA	G	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=44.26;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	8475698	rs2098137	T	G	100.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	8475734	rs200940482	AAAAG	A	815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	8503641	rs809446	G	A	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=20;PP=1310;SC=CGGAAGGCAGGATCTGGGACT;SOR=1.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=8503649;WS=8503631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	8504773	rs808120	G	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=431;SC=TGCTGACACCGTAGACCTAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=8504781;WS=8504763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	8504833	rs808119	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=19;PP=1318;SC=AGGCAGCCAACAGGCTTGTGG;SOR=1.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=8504841;WS=8504823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	8763464	rs184031578	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	9000594	rs200449273	TG	T	1245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5110;FS=6.047;HP=12;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.160;NF=10;NR=37;PP=509;ReadPosRankSum=0.167;SC=TAGACTTTTTTGGGGGGGGGG;SOR=0.081;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=47;WE=9000603;WS=9000577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,52:0.95:55
chrX	9659768	rs201211593	G	C	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=65;PP=1796;SC=ATGTCAGGGTGGGGGGCGCTC;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=106;WE=9659776;WS=9659758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	9682850	rs56327515	C	T	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=22;PP=1202;SC=ATGTTCATGACGAAACGTCAG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=9682858;WS=9682840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	9859098	rs6640543	A	G	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=105;NR=67;PP=2781;SC=CGGCCTCCCCATTCACCTCCA;SOR=1.134;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=172;WE=9859106;WS=9859088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chrX	9859197	rs6640544	A	G	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=88;PP=2859;SC=AGCCTTCTGCAGGGAGCGCAC;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=168;WE=9859205;WS=9859187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chrX	9866085	rs2073943	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=317;SC=GAAGTGGACGTGGGGTCTTAT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=9866093;WS=9866075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	9866420	rs2073944	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=533;SC=CATGGCTAGATGTCTGGCTTT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=9866428;WS=9866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	10062079	rs5934746	T	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=9;PP=876;SC=TAATAAATAATGCAGCAGACC;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=10062087;WS=10062069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	10062163	rs5934747	G	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=46;PP=2483;SC=TTGTCTCATTGTGTTCCAGAG;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=125;WE=10062171;WS=10062153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	10085674	rs6530368	T	C	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=76;PP=2169;SC=TCCCCGGGGATGGGGAAGGGC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=10085682;WS=10085664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	10166198	rs2240019	A	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=515;SC=TTTTACTTCTACTAACTCATT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=10166206;WS=10166188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	11313027	rs946252	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=49;PP=1499;SC=AAAAATCTGCTCATAGTTGGT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=11313035;WS=11313017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	11786839	rs2525868	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=12;PP=424;SC=ATGGTTCCTTTATTTGTGATT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=11786847;WS=11786829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	12628049	rs2304604	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=508;SC=TCTGCCACACTCTGCCAGAAT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=12628057;WS=12628039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	12633034	rs6654760	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=26;PP=812;SC=CCTGTTCTGCTTTGAAGGCTG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=12633042;WS=12633024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	12722616	rs4469660	C	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=54;PP=1637;SC=TATCACATTTCCATCTTAAAA;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=12722624;WS=12722606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	12724812	rs4532763	T	C	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=164;SC=TCCTAATGAATAGTCTTTGTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=12724820;WS=12724802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	12739294	rs3827468	A	G	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=127;PP=2965;SC=TAGACCACAGATGACTCAAGC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=130;TCR=127;TR=257;WE=12739302;WS=12739284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chrX	12739359	rs5979716	G	C	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=120;PP=2965;SC=AGCAACGAGGGGAGCTATCCA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=218;WE=12739367;WS=12739349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chrX	12809661	rs1731469	G	A	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=76;PP=2839;SC=ATCAGGACCTGTCCCAGCGCG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=12809669;WS=12809651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chrX	12837558	rs5935399	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=408;SC=GCTACATTCCCAAAATACAAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=12837566;WS=12837548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	12838934	rs917580	A	G	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=66;PP=2122;SC=TACTGTCTATACACCAAAGGC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=106;WE=12838942;WS=12838924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	12906030	rs864058	G	A	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=76;PP=2965;SC=TTAACCATACGGAGGTGACTA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=149;WE=12906038;WS=12906020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	12937237	rs5744078	C	T	4986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=62;PP=2912;SC=AGTTATGCGCCGAAGAAAATT;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=153;WE=12937245;WS=12937227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chrX	12937804	rs5744080	C	T	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=CTCTTTCACACGTGCCACCCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=134;TCR=104;TR=238;WE=12937812;WS=12937794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chrX	12939112	rs2407992	G	C	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=71;PP=2965;SC=TTAATAGGCTGAAGCACATCC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=154;WE=12939120;WS=12939102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chrX	12939246	rs368213008	G	A	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=CTTGACTTACGTGGAAACAAA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=109;TCR=88;TR=196;WE=12939254;WS=12939236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chrX	12939928	rs2109135	T	C	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=59;PP=2534;SC=GGGATTGGGATCCGGGATTGG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=132;WE=12939936;WS=12939918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	12940344	rs5741889	A	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=373;SC=ACATTTCTGTATTAGTTATCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=12940352;WS=12940334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	13056654	rs4830483	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	13337059	rs4830842	C	T	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=77;PP=2965;SC=CTGTACTGTGCCTTCACTGAT;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=172;WE=13337067;WS=13337049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chrX	13613061	rs17256423	C	T	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=40;PP=1327;SC=AGTAAGGTAGCCCAGGGTCAT;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=13613069;WS=13613051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	13734539	rs2285633	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=494;SC=GAAACTTACATTTTCACCTGA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=13734547;WS=13734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	13734919	rs35084098	C	CTTTG	352.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.19;NF=0;NR=8;PP=352;SC=TGCTTTTATACTTTGTTATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=13734927;WS=13734909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	13779409	rs112117780	A	AT	73.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TTTTACTGGGATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=13779417;WS=13779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chrX	13803960	rs5978663	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=46;PP=1347;SC=ATAGCCGTTACGGGCAAGAAC;SOR=1.423;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=13803968;WS=13803950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	13835096	rs3747420	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=421;SC=TCCTTTTCTTTTGGACTCCCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=13835104;WS=13835086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	14599230	rs2074210	A	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=156;SC=AATCAGGGAGAAGAATGAGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=14599238;WS=14599220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	14599572	rs2074211	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=895;SC=CCATTTCTCCACTAATGTAGA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=14599580;WS=14599562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	14627144	rs2229963	T	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=17;PP=994;SC=TCAAGTTTCATCTGGAACGCC;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=14627152;WS=14627134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	14868806	rs2905223	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	14930353	rs11400370	C	CT	133.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=1;PP=52;SC=AATAGTTATCCTTTTTTTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=14930361;WS=14930343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	15262814	rs28628283	T	G	183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15301533	rs5935925	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=585;SC=AAAGATACTAGGAGTCTAAGC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=15301541;WS=15301523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	15307563	rs5935930	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=574;SC=AACTTCATCTTTGAAGCTGTA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=15307571;WS=15307553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	15308103	rs5934230	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	15308163	rs6628942	A	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	15332558	rs5935944	A	G	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=41;PP=1962;SC=ACCTTCTGATACGTTCTGAAA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=109;WE=15332566;WS=15332548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	15333842	rs4830529	T	A	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=76;SC=GTTACCGAGATCTCTGTAGGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=15333850;WS=15333832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	15343401	rs35222742	C	CAA	360.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=224;SC=TTCTCCACCTCAAGATTAGTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=15343409;WS=15343391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	15353483	rs45538433	G	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=32;PP=1388;SC=CTACTCTGGAGACCCTCCGAC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=73;WE=15353491;WS=15353473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	15353689	rs4830938	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=18;PP=576;SC=TCCCTGCTGTTCCGCAGCACC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=15353697;WS=15353679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	15373469	rs4531212	C	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=707;SC=TTTTATATATCATTTTTAAAG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=15373477;WS=15373459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	15381109	rs6629030	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=454;SC=ACTGGAAATCAAAGACCGACT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=15381117;WS=15381099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	15403351	rs5935959	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=202;SC=AAGCACATCCGAAGAGTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=15403359;WS=15403341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	15498034	rs5935986	T	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15509448	rs367572122	CA	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chrX	15552564	rs1877752	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=264;SC=TAGGGAACCATGAAAGTAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15552573	rs34879154	G	GA	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=385;SC=ATGAAAGTAGGAAAAAATCCT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	15554602	rs28505625	T	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=269;SC=ATTTTTTATTTAAATATATGG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=15554610;WS=15554592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	15591684	.	AT	A	22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9999;HP=18;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=17;MQ=54.03;NF=0;NR=2;PP=22;QD=12.5;SC=CATCAATCAAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=15591692;WS=15591674;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chrX	15596143	rs113691336	C	CATAAG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=734;SC=ATATTTCCTACATAATAAATA;SOR=3.500;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=15596151;WS=15596133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15607650	rs971249	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=14;PP=355;SC=ACAAAATACATAGATTAGCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=15607658;WS=15607640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	15706830	rs4060	C	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.21;QD=26.31;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	15711209	rs1996225	C	T	1845.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5148;FS=4.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.342;NF=28;NR=50;PP=1221;ReadPosRankSum=-2.405;SC=CTTTAAATGACGTGTTGTATT;SOR=1.439;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=78;WE=15711217;WS=15711199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,79:0.87:91
chrX	15792527	rs4364812	T	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.97;QD=27.42;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15794815	rs5936050	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=16;PP=698;SC=ATAATGACTCGGTTATCTCTT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=15794823;WS=15794805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	15800600	rs4830548	A	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=18;PP=944;SC=TTCTGTTTCTATTTCTAGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=15800608;WS=15800590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	15800751	rs1808	G	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=52;PP=1994;SC=ATGTACAAGCGAAACCCAAGC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=112;WE=15800759;WS=15800741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chrX	15808795	rs4830994	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=605;SC=TGGTGCGCGCTCTGGTGCCCT;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=15808803;WS=15808785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	15817963	rs5980192	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=551;SC=GATTTGCAGCACTCAGTTTAA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=15817971;WS=15817953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	15827524	rs5980193	T	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=16;PP=481;SC=GAGAGGCGCATGTTTCCATTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=15827532;WS=15827514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	16608793	rs1527805	G	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=27;PP=1789;SC=CCTGTGAGGCGAGTCCTATAA;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=91;WE=16608801;WS=16608783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	16709626	rs5980322	G	A	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=62;PP=2666;SC=CAGCAGAAGTGCCTGCCAGAC;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=16709634;WS=16709616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	16761748	rs371508958	CA	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chrX	16762002	rs4830562	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=26;PP=697;SC=CATGGCCTCCATTATGTGCTC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=16762010;WS=16761992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	16887655	rs67984110	C	T	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=61;PP=2238;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AGGGGCTGCGCGACCCAGTCG;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=129;WE=16887663;WS=16887645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,140:0.98:143
chrX	17070688	rs933946	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=214;SC=GACTACAGGAGTGAATACAAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=17070696;WS=17070678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	17080492	rs713355	G	A	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=196;SC=GCACAGAAAAGCTGATGGGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=17080500;WS=17080482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	17092152	rs1346246	G	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=12;PP=910;SC=ACATTTACCTGTTGATGTGTT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=17092160;WS=17092142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	17122102	rs714070	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=126;SC=AGAAAGTTTCCTCAATAAGCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=17122110;WS=17122092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	17157148	rs1946395	T	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=424;SC=AGCTTTTTTTTAATTTAATAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=17157156;WS=17157138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	17705850	rs5901624	C	CT	6255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.06;NF=38;NR=55;PP=2971;SC=CGCCCTGTTTCTTGTCTTGCA;SOR=0.887;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=93;WE=17705858;WS=17705840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chrX	17819377	rs6527818	T	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=80;PP=2957;SC=CTCTGAGGCATCGGGATGGGG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=170;WE=17819385;WS=17819367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chrX	18597869	rs4825261	C	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=240;SC=AAAAAAAGCTCTGTATTGGAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=18597877;WS=18597859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	18824794	rs2239437	T	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=256;SC=CAACAAAATGTAAATAGTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=18824802;WS=18824784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	18844012	rs2273247	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=530;SC=TGTATGTTGGGGATACAAAAT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=18844020;WS=18844002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	19026343	rs58217405	A	AT	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=72;SC=AGTATGTGCCATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=19026351;WS=19026333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	19041592	rs5909263	C	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	19058405	rs6633185	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=141;SC=TAAAATTGTACTATATTAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=19058413;WS=19058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	19410271	rs372720745	G	A	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=53;PP=1901;SC=AGGCTGAAACGAACTCATATG;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=19410279;WS=19410261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	19449491	.	C	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=191;SC=GATGCACATCCTTAGCCTATG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=19449499;WS=19449481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	19478294	rs5909118	T	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=16;PP=448;SC=AAACACAAAATCCTCCAGTCA;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=19478302;WS=19478284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	19478336	rs61014139	C	CA	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=499;SC=GTCTTGCGCCCAAAATGGTTC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=19478344;WS=19478326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	19482476	rs5909299	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=51;PP=1919;SC=AAATAATCAGCGCACGGTGTC;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=19482484;WS=19482466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	20194494	.	CTTAGACATATTTTAATTATAAAGAAATA	C	2444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=2917;SC=AAAAAAGAGACTTAGACATAT;SOR=1.009;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=21;WE=20194529;WS=20194484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	21861434	rs3213451	A	G	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=68;PP=2118;SC=TGCTTTACCAATGGTATTCTT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=21861442;WS=21861424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	21875821	rs11339991	TA	T	175.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=146;SC=CTAAGAGTTTTAAAAAAAAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=21875829;WS=21875811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	21985543	rs3747277	C	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=32;PP=997;SC=CCTTTGACATCTTTTAGGATG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=21985558;WS=21985533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	23398214	rs5926304	T	C	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=56;PP=2225;SC=CCATCCTGTGTTGCTCTATGC;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=23398222;WS=23398204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	23682877	rs477914	T	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1287;SC=GCTGGCATCATCTTTTTCATC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=23682885;WS=23682867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	23682929	rs478051	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=532;SC=AGAAAGCAGAGTATACAGTGG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=23682937;WS=23682919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	23682976	rs476316	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=267;SC=GGAAAGGGGAAATTTTCTATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=23682984;WS=23682966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	23723261	rs2270142	T	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AATTGTTTCCTCTAACAACTA;SOR=1.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=81;WE=23723269;WS=23723251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chrX	23801593	rs3764885	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=320;SC=CGTTTCCCAGAGTGGGGTGAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=23801601;WS=23801583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	23801702	rs3764884	G	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=4;PP=162;SC=GCCCCATTCCGTTCCCCTGAG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=23801710;WS=23801692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	23858452	rs8680	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=292;SC=GCAGAGCATGGAGTTTTCTAC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=23858460;WS=23858442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	23899112	rs112978835	C	T	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=98;PP=2965;SC=TGTTACAGACCGAATGTGCAG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=206;WE=23899120;WS=23899102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chrX	23925834	rs5970618	A	T	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=30;PP=1636;SC=CTGGCAGCGGAGGCTCCGGCA;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=23925842;WS=23925824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	23945611	rs2707144	G	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	24007151	rs5925972	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=915;SC=TCTTAACCTAAGAACACAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=24007159;WS=24007141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	24073761	rs36018672	C	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=49;PP=1840;SC=CACTTTCACACGAAGTTATCA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=24073769;WS=24073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chrX	24751958	rs4058344	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=14;PP=480;SC=ATATGAAGCATCTGTTTGTTT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=24751966;WS=24751948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chrX	26157792	rs5944318	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=39;PP=1908;SC=GTGTATATGCCGATAGGAAGC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=26157800;WS=26157782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chrX	26158233	rs5944319	C	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=TGTATATCATCTTTGCATTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26158241;WS=26158223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	26179532	rs5943854	A	G	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=107;PP=2965;SC=GGTCTCTCCAATGAAGGAAGT;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=197;WE=26179540;WS=26179522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chrX	26213219	rs5986312	T	C	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.409;NF=38;NR=82;PP=2614;ReadPosRankSum=1.664;SC=TTGGCCAGGGTACCTTATGGG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=120;WE=26213227;WS=26213209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chrX	27765431	.	AGG	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=-1.306;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,8:0.14:56
chrX	27765434	.	AGGAGGAGGAG	A,AAGGAGGAG	1169.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.85;MQRankSum=0.838;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.942;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,8,41:0.15,0.79:52
chrX	27765437	.	AGGAGGAG	A	894.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=1.556;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chrX	27766045	rs5926895	A	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=1262;ReadPosRankSum=1.429;SC=TGTTGTCTTCACCATTGACCT;SOR=1.301;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=54;WE=27766053;WS=27766035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chrX	27766776	rs45553337	G	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=44;PP=1593;SC=GTCACGTGACGCAGAGAGGTC;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=27766784;WS=27766766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	27839572	rs1368769	T	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=19;PP=1242;SC=AAGGATGTTTTCCAGAGTTCA;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=27839580;WS=27839562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	27839617	rs12557898	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=32;PP=1646;SC=CATGGACTTCGGGAAGCCCAA;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=78;WE=27839625;WS=27839607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	29417510	rs4829347	C	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=GATATTTTTACTCTCTAAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=29417518;WS=29417500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	30236878	rs2529541	G	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=47;PP=1884;SC=CATTCCCCAGGAGCCTCAGAG;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=86;WE=30236886;WS=30236868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	30254361	rs2071308	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=38;PP=1318;SC=GTGCAGTCTCGCACAGACCCT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=30254369;WS=30254351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	30254376	rs2071309	T	C	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=34;PP=1321;SC=GACCCTCTAATCATGAAGACA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=30254384;WS=30254366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	30254530	rs2071310	A	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=26;PP=923;SC=TGGAGGTGGTATTTGGTGTTG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=30254538;WS=30254520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	30261002	rs2071311	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=40;SC=AAGATCTGGTACAGGAAAAAT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=30261010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	30261158	rs2856733	G	C	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=94;PP=2965;SC=ACTTCCCACTGCTTTATGAAG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=214;WE=30261166;WS=30261148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chrX	30323948	rs3788890	T	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=382;SC=TTAATGATGATTGCAATCATT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=30323956;WS=30323938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	30327367	rs6150	G	A	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=129;PP=2965;SC=AACAGCCCCAGCACTGATCCA;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=109;TCR=130;TR=238;WE=30327375;WS=30327357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chrX	30577846	rs887369	A	C	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=76;PP=2921;SC=ACTCATTCAGAACTGCATTAG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=30577854;WS=30577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	30671896	rs12854653	G	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=342;SC=GGATGCCCCAGCCAGGCCTGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=30671904;WS=30671886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	30709444	rs55895067	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=174;SC=TCTTTTTCCCGGATAATTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=30709452;WS=30709434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	30712796	rs5927587	G	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=164;SC=AACAGGAGAAGTTTTCAGCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30712804;WS=30712786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	30715827	rs2035432	C	T	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chrX	30725794	rs4617310	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=21;SC=TACTATTAAACAACTTTTAGT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=30725802;WS=30725784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	30742592	rs75486718	GA	G	607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=315;SC=TCTTCTTAATGAAAAAAAAAA;SOR=1.358;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=18;WE=30742600;WS=30742582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	30745790	rs5927596	A	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=322;SC=GAAAATCAATAAAAGGTCTAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=30745798;WS=30745780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	30872602	rs5927629	A	G	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=65;PP=2577;SC=TGTTGATTCCATGGAGATGGT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=145;WE=30872610;WS=30872592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	30877477	rs137921689	C	CCACA,CCA	172.87	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8,8;NR=0,0;PP=72,201;SC=AAATCCTGCTCCACACACACA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8,8;WE=30877485;WS=30877472;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chrX	31089930	rs438870	C	T	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=112;PP=2965;SC=TCTCCAGGGCCACGTCGTCCC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=137;TCR=112;TR=249;WE=31089938;WS=31089920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chrX	31132797	rs10536600	CGG	C	2035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=15;PP=548;SC=TCTGACAGTTCGGGGGGGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=19;WE=31132814;WS=31132787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	31132806	rs1269041	G	T	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.73;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	31200832	rs3833412	A	AT	1144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.074;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=429;ReadPosRankSum=0.647;SC=AAAAAATGACATTTTTTTTTT;SOR=1.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=35;WE=31200840;WS=31200822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chrX	31224684	rs2293668	A	G	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=32;PP=1788;SC=TACAGCATTAATATACACGAC;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=31224692;WS=31224674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	31224881	rs2293667	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=611;SC=GAAAAATAAAGGAGTAAAGTG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=31224889;WS=31224871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	31496350	rs1800280	C	T	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=56;PP=2277;SC=TTGAAGTTCCCGGAGTCTTTC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=31496358;WS=31496340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	31676096	rs2270672	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=7;PP=960;SC=TAGAAATAATGTAATTCATAC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=31676104;WS=31676086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	31893307	rs1800275	T	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=454;SC=TTCCCTACCTTAACGTCAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=31893315;WS=31893297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	31986430	rs3761604	C	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=494;SC=AAAATGTTTTCATTCCTATTA;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=31986438;WS=31986420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	32360138	rs3833416	CTT	C	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.81;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	32380996	rs1801187	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1538;SC=GTGGTCACCGCGGTTTGCCAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=32381004;WS=32380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	32503194	rs228406	T	C	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=65;PP=2022;SC=AGGTTGAAGATCTGATAGCCG;SOR=1.377;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=32503202;WS=32503184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	32563488	rs115571	A	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=138;SC=AGACATTGCTAGAAAGACTTC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=32563496;WS=32563478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	32591811	rs5927082	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=52;PP=2268;SC=TACTTTTCCAATTTAATATCC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=32591819;WS=32591801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	32591931	rs5927083	T	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=69;PP=2694;SC=CTTCTGTCCATCTACAGATGT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=147;WE=32591939;WS=32591921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chrX	32868070	rs3764763	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=5;PP=108;SC=CCGAAGATGACGGATGAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=32868078;WS=32868060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	35938045	rs6629019	C	T	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=114;PP=2965;SC=TGCGGGTGATCCCGGCTGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=239;WE=35938053;WS=35938035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chrX	35969297	rs2336029	G	A	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=37;PP=1835;SC=CAAAGCTCATGTGGTTGAGCA;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=109;WE=35969305;WS=35969287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	35969499	rs6632426	A	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1190;SC=TGCGACAGGGATATCAGATAT;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=35969507;WS=35969489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	35971670	rs6632432	A	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	35971684	rs6629023	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	35984887	rs10482306	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=47;PP=1398;SC=CTATTGTGTAGTGCCCACCTG;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=35984895;WS=35984877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	35988996	rs6632446	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	35990124	rs5902124	TA	T	127.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=21.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	35993454	rs6632450	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=342;SC=TGGTATTTGACTCTCCCACCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=35993462;WS=35993444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	35993486	rs4412518	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=10;PP=279;SC=TGGAAGTAGGGATTATTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=35993494;WS=35993476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	36007614	rs6629027	T	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=317;SC=GCTATGAATTTGTTGGGTATA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=36007622;WS=36007604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	36057261	rs6632464	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=224;SC=TAACAACTGTAATGGATATCA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=36057269;WS=36057251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	36057340	rs201762125	TTTTG	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=75;SC=TTATGTGCTTTTTTGTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=36057351;WS=36057330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	36091509	rs2336656	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=48;PP=1421;SC=CTCTAAATTCTTTGCTTCATA;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=36091517;WS=36091499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	36118050	rs5973573	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=223;SC=TGAATCATATGTTAATTAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=36118058;WS=36118040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	36303896	rs5973636	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=45;PP=1477;SC=ACTCAGACCTTTTGTTGTATA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=36303904;WS=36303886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	37701048	rs11771	G	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=20;PP=1621;SC=TATATTTATAGGCTTTTCCCA;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=37701056;WS=37701038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	37701208	rs5964203	A	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1606;SC=TTGTTCAAAAAGAACAATTTT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=37701216;WS=37701198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	37883200	rs73463468	A	G	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=2;PP=122;SC=TAAAAGTAATAGCAAAAACTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=37883208;WS=37883190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	37932886	rs4827330	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=17;PP=726;SC=GCCAGGATGCAGAAAAGTCAG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=37932894;WS=37932876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	37935776	rs5917525	G	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=635;SC=ATTTTTAAATGCTTTCTTTCT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=37935784;WS=37935766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	37935994	rs5918468	T	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=43;PP=1182;SC=TAGCCTGAGGTTAAGGTTGAT;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=37936002;WS=37935984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	37948832	rs4827331	A	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=790;SC=GACCTCAGTCATCAGTAGAGT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=37948840;WS=37948822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	37961512	rs151146415	TGAAA	T	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=850;SC=CAAATATTTATGAAAGAAAGT;SOR=4.174;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=18;WE=37961523;WS=37961502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	37962139	rs56132111	A	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=10;NR=0;PP=261;SC=GTCCTTTCTTACTTTAGTGTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=37962147;WS=37962129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	37967868	rs5918476	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=29;PP=1400;SC=TCAAGTCATATCTTCTTCCTG;SOR=1.166;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=37967876;WS=37967858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	37979767	rs4827334	A	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=43;PP=1077;SC=TGTTTCTAGAAGTGTGGTAGT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=37979775;WS=37979757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	37981474	rs56406900	T	A	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=81;PP=2965;SC=AAGGGGTAACTTTGTTTTAGC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=170;WE=37981482;WS=37981464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	38280206	rs12557315	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=908;SC=CCTAATTCACCTTCTCTAGGT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=38280214;WS=38280196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	38535174	rs4826996	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1221;SC=GGGCTTTTTTATTTCCATGAA;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=38535182;WS=38535157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	39909033	rs5963724	C	T	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=1;PP=232;SC=CCTTGGGCTCCCCCTTTGCCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=39909041;WS=39909026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	39911657	rs5963725	C	A	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=53;PP=1680;SC=TCGTGGCCTACAAAACAGAAA;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=39911665;WS=39911647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	39922359	rs3810694	A	G	31.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	39933339	rs5917933	A	G	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=109;PP=2965;SC=GTGAGCTGCCATCTTTTCTGT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=225;WE=39933347;WS=39933329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chrX	40456961	rs3112299	G	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=869;SC=ATTAATTTCCGTCTTTTTAAA;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=40456969;WS=40456951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	40506697	rs6610447	A	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=69;PP=2965;SC=CGCAGCAGTAACAGGCAGTGG;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=96;TCR=69;TR=165;WE=40506705;WS=40506687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chrX	40514322	rs11266293	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=23;PP=704;SC=ACTATTTTGAGGGGGAAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=40514330;WS=40514312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	40572251	rs142748022	G	T	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=71;PP=2722;SC=CAGTCAAGGTGGCTTCAAATT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=154;WE=40572259;WS=40572241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chrX	41002844	rs5918122	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=56;SC=CAGGAATCTTTTTGAAATAAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=41002852;WS=41002834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	41010474	.	CT	C	46	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=46;QD=20.0;SC=CATCTACCTCCTTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41010482;WS=41010464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	41012486	rs55649554	TAA	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=85;SC=GCCAGCAGTTTAAGAGTCTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41012495;WS=41012476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	41043944	rs5918130	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=27;PP=766;SC=ACAGACTTTTTAAAAATCCTT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=41043952;WS=41043934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	41055311	rs6520734	G	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=685;SC=CCTGGACATAGAGCTTAAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=41055319;WS=41055301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	41084534	rs2302378	G	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=543;SC=GTAAATAACAGGTTCTCCCCT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=41084542;WS=41084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	41524788	rs200400188	AATCCAAATAAAAAGTT	A	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=2932;SC=GAACAATAACAATCCAAATAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=41524811;WS=41524778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	41554814	rs913602	T	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=8;PP=1309;SC=GTAGGAAAAATCTGAAGACAT;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=41554822;WS=41554804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	41587218	rs1023065	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=23;PP=739;SC=TTTTATTAGATAAAACATTCA;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=41587226;WS=41587208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	43741616	rs1181251	G	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=27;PP=934;SC=CCAGTCCTGCGTGCCAGCCAG;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=43741624;WS=43741606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	44202890	rs5902346	G	GC	5696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=64;PP=2965;SC=GCAGGCAGCGGCGCCTCCCGG;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=74;WE=44202898;WS=44202880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	44833841	rs6611055	C	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=244;SC=ATCTTGTTACCGTGTTTGTTA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=44833849;WS=44833831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	45011340	rs4824527	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=564;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=32;WE=45011348;WS=45011330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	45016802	rs6521006	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=1;PP=110;SC=AGCCACAGCACTTTCACACTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=45016810;WS=45016792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	45017166	rs5952693	A	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=158;SC=CGGGAGAAGAAGGGGGCGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=45017174;WS=45017156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	45050973	rs4239958	C	T	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=261;SC=TTCACACCCCCTTCCCATGGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=45050981;WS=45050963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	45606319	.	AGTGTGTGTGTGT	A	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=0.660;QD=26.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chrX	45606333	.	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.45;MQRankSum=-0.875;QD=2.73;ReadPosRankSum=-2.838;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chrX	46321944	rs11342771	CA	C	589.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.442;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chrX	46737138	.	G	GGTGT	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=61.07;NF=0;NR=4;PP=106;QD=27.25;SC=GAATTTTTGGGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=46737146;WS=46737128;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,4:0.40:10
chrX	46893249	rs5906311	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=293;SC=GTTCCCCACAGCATTCAGACT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=46893257;WS=46893239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	47007061	rs200972382	C	CCTGTGCT	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=714;SC=TGAGCCAGGACCTGTGCTAGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=47007069;WS=47007051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	47057647	rs4468050	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=701;SC=TCCCGCCGCCATCCCTGGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=47057655;WS=47057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	47061018	rs4239964	C	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=40;PP=1159;SC=GGGTGAGCTGCGACCATGGGG;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=47061026;WS=47061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	47086681	rs5902386	A	AC	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.619;NF=5;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=1.392;SC=GGAAACAGGGACCCCCCCCCT;SOR=0.606;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=19;WE=47086689;WS=47086671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chrX	47343254	rs2071778	C	T	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=64;PP=2285;SC=GGTCTTAACACCATTTTGCAT;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=47343262;WS=47343244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	47430509	rs34987183	AGT	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chrX	47430611	.	G	GGT	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.643;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chrX	47487912	rs11436787	T	TG	4044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=41;PP=2716;SC=ATTGGAAGGCTGCATGGCCAA;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=61;WE=47487920;WS=47487902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	47658046	rs723119	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=49;PP=1899;SC=CTACATTATACAGTCCACTGA;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=118;WE=47658054;WS=47658036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	47662972	rs909713	T	G	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=68;PP=2945;SC=TCACTGCAAGTAATCAACACC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=146;WE=47662980;WS=47662962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	47663200	rs1207505	G	A	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=109;PP=2965;SC=CAGGACACCAGGGATATCATG;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=203;WE=47663208;WS=47663190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chrX	47695547	rs1207491	T	C	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=27;PP=1595;SC=TTAGTATTGGTACTACGTAGT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=47695555;WS=47695537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	47695742	rs35084954	CT	C	6323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=70;PP=2951;SC=TCCTCCTCCCCTTGTGGTATG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=117;WE=47695750;WS=47695732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chrX	47755164	rs3949810	C	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=417;SC=CTCAGTTCCCCATGAAATGTG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=47755172;WS=47755154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	47757758	rs5906510	T	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chrX	47920356	rs727079	A	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=66;PP=2294;SC=CAATCTGCTCATTCTGGTCAT;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=127;WE=47920364;WS=47920346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	47927449	rs2152823	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	48049666	rs5906557	C	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=37;PP=1078;SC=GCACTCCCTTCGAATCATTTC;SOR=2.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=48049674;WS=48049656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	48053521	rs4239967	T	C	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=32;PP=2212;SC=TGAAAAGCAGTTGCGCTTGAG;SOR=1.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=105;WE=48053543;WS=48053511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	48054740	rs4824675	C	G	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=103;PP=2965;SC=TGCATCTTCTCTGGTATTTGA;SOR=1.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=156;TCR=103;TR=258;WE=48054748;WS=48054730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chrX	48116786	rs7886344	C	G	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=57;PP=1959;SC=GTCCAGGGGACAGAGTAGGGT;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=95;WE=48116794;WS=48116776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	48123139	rs56131009	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=296;SC=GGTAATGCATGTGAAGACGCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=48123147;WS=48123136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	48158947	rs41310647	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1389;ReadPosRankSum=1.217;SC=TGGAGCTGGGTGAGCTCCTCA;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=48158955;WS=48158937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chrX	48163105	rs4598385	A	G	7368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=135;PP=2965;SC=CCTGTATTACACATGAAAGGT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=261;WE=48163113;WS=48163095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chrX	48163717	rs3901052	C	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=47;PP=2858;SC=TGATTTTCTCCGAGGATTTCA;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=102;TCR=47;TR=148;WE=48163725;WS=48163707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chrX	48163886	rs3885827	G	A	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=32;NR=67;PP=2133;SC=ATGATATTCCGTCCTGGTTGA;SOR=1.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=99;WE=48163894;WS=48163876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	48164138	rs5906631	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=1269;SC=CAGTATCTCTATCCTCCCCTC;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=48164146;WS=48164129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	48339985	rs2070991	C	T	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=69;PP=2965;SC=GAGGAGGAAGCGGCAGTCATG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=155;WE=48339993;WS=48339975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chrX	48432791	rs2661105	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=250;SC=ACCACTCCGCTCCTGCTGGCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=48432799;WS=48432781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	48433499	rs2249583	C	G	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=51;PP=2742;SC=TCGCTATTTTCTCACATCTCC;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=147;WE=48433507;WS=48433489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chrX	48433529	rs2249585	C	T	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=CTCCTTCCTGCCACCATTCTT;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=189;WE=48433537;WS=48433519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chrX	48435308	rs235830	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=329;SC=TTTTTGATACGTAAGGTTTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=48435316;WS=48435303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	48435928	rs235829	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	48457034	.	AC	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	48460314	rs235842	A	G	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=GGTGATGACCATGGCAGTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=181;WE=48460322;WS=48460304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chrX	48460625	rs235841	G	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=45;PP=1161;SC=TCCTGGAGACGGAGGACCTGC;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=48460633;WS=48460615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	48544650	rs235423	A	G	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=232;SC=ATGGACGAGCAGGTGCATGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=48544658;WS=48544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	48649426	rs139472040	A	AG	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	48649449	rs62600348	T	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	48649456	rs66717003	T	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	48660435	rs17281216	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=22;PP=614;SC=AGAGGGTTAGCGAAACGTTAG;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=48660443;WS=48660425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	48675926	rs5906712	C	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=239;SC=GATGCTCCCCCCAGCCCATTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=48675934;WS=48675916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	48683251	.	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=9;PP=467;SC=ACCACTACTCCAGCCCAGAAG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=48683259;WS=48683241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	48690416	rs6520383	G	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=234;SC=GCTGGGCTGCGAGGGCGGCAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=48690424;WS=48690406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	48751471	rs1128363	A	G	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=52;PP=2186;SC=GGCCACAGTCAATGGTGGAGA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=118;WE=48751479;WS=48751461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	48759204	rs741932	C	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=14;PP=1190;SC=TGCGGCCCCACAGCGGGCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=60;WE=48759212;WS=48759194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	48891336	rs3027471	G	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=40;PP=1486;SC=CTGAGCACAGGAAGGCAAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=48891344;WS=48891326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chrX	48900900	rs4824738	T	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=659;SC=GGGCGGCGTCTGGGAGATGGG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=48900908;WS=48900890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	49021052	rs12843494	C	T	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=71;PP=2965;SC=CAGCTGTTAGCGTGCTGGACT;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=168;WE=49021060;WS=49021042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chrX	49021256	rs5906744	A	G	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=94;PP=2965;SC=GGTAAGGCACATAGTGCTCCG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=83;TCR=95;TR=177;WE=49021264;WS=49021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chrX	49021537	rs5905720	G	C	6376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=113;PP=2965;SC=GGTCGGGGACGTCGTGCTCCA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=100;TCR=113;TR=213;WE=49021545;WS=49021527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chrX	49022276	rs5953269	C	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	49022286	rs72619037	C	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	49022291	.	GT	G	2696.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=26;NR=4;PP=1352;SC=CAGAACGCCTGTCAAGGGAGA;SOR=3.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=49022319;WS=49022266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	49022293	rs75416104	C	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.94;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	49022293	.	CAA	GAG	1926	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.62;NF=32;NR=4;PP=1926;QD=54.9852187462;SC=GAACGCCTGTCAAGGGAGATT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=36;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,36:0.67:54
chrX	49022295	rs138365388	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	49022309	rs73634213	C	A	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=2.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	49022309	.	CAA	AAG	1520	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=59.73;NF=60;NR=13;PP=1520;QD=21.5543544502;SC=AGATTTCTCTCAAGGTCAGGG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=73;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,73:0.90:81
chrX	49022311	rs7880193	A	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	49022700	rs4824462	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=854;SC=GGCAGCGCAGTTCGCTCAGGA;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=49022708;WS=49022690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	49069366	rs2071316	C	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=25;PP=1361;SC=TAGGGTAATCCGGAGGGATGG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=49069374;WS=49069356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	49070813	rs2071317	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=387;SC=CTGGGCTGAGGCGAGTCTGGG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=49070821;WS=49070803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	49071964	rs2075866	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	49077583	rs2869212	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=24;PP=792;SC=GGGCTAAGGGGGATCACTACA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=49077591;WS=49077573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	49081291	rs2235127	G	A	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.875;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=49;PP=2273;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GCTGCATGGCGCCCACCTCCA;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=133;WE=49081299;WS=49081281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chrX	49084492	rs6609854	C	T	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=TGTCTAGGTCCCTCACCCACT;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=108;TCR=70;TR=178;WE=49084500;WS=49084482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chrX	49087487	rs5905724	G	A	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chrX	49093528	rs2294016	T	C	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=60;PP=2724;SC=ACTATTCCTGTGATCAAGCTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=104;TCR=60;TR=164;WE=49093536;WS=49093518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chrX	49098631	rs2294018	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=57;PP=1692;SC=GGTGTCTGGGATGTGGGCGGG;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=49098639;WS=49098621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	49103097	rs2294019	T	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=106;SC=GTGACTTGTCTGTATACTCTT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=49103105;WS=49103087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	49103224	rs2294020	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=572;SC=AGCGGCTGCAGAAGCAACTGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=49103232;WS=49103214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	49142304	rs139746768	C	T	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=63;PP=2965;SC=AGGTTTCTGACGTTCCGATGA;SOR=1.109;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=170;WE=49142312;WS=49142294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chrX	49370511	rs35846904	A	AAAT	47.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	49458624	rs34808373	G	GACAC	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CAATGCATGAGACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=49458632;WS=49458614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chrX	49642957	rs5906887	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=159;SC=GCTGCCCCCCTCCCCCGGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=49642965;WS=49642945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	49767832	rs456615	A	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	49767835	rs456617	A	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	49767904	rs149259	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=613;SC=AAGGGAGGTAAACCCTCTCTT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=49767912;WS=49767894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	50056814	rs5915179	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=15;PP=1367;SC=TTGAACTATAAGAAGAGTTTA;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=50056822;WS=50056804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	50118957	rs4074321	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=813;SC=GGCTCCACTTCTTTCCCTTTC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=50118965;WS=50118947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	50119085	rs4074320	C	T	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=60;PP=2709;SC=TAAAATATATCATTCAGGATG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=151;WE=50119093;WS=50119075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chrX	50120032	rs4590578	G	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=286;SC=ACAGTGGGTAGAGGGGAAGGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=50120040;WS=50120022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	50121146	rs11415594	A	AG	2047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=1515;SC=AATTTTGATAAGCCTGGTCTC;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=50121154;WS=50121136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	50121849	rs5915424	A	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=441;SC=TCAGAAAGCCAATCTGGGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=50121857;WS=50121839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	50122509	rs4275357	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=590;SC=AGGTTCTCGGACCACCTCCTC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=50122517;WS=50122499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	50122932	rs4489439	A	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	50129369	rs5961179	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=33;PP=1562;SC=GTTCAACTTGAAATATGATGA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=50129377;WS=50129359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	50130544	rs7883609	G	A	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=28;PP=1588;SC=AAAGGAATGGGAACTTACTTT;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=50130552;WS=50130534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	50130717	rs67155896	T	C	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=72;PP=2058;SC=TTCTCTCTTATGTCATCAGTC;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=123;WE=50130725;WS=50130697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	50134383	rs1934192	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=613;SC=GAGATGATGTGAGTGATGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=50134391;WS=50134373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	50135327	rs17328222	C	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=19;PP=1221;SC=ACTGAGTCATCCAGGGACTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=50135335;WS=50135317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	50143965	rs1934190	G	C	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=240;SC=TAATTGCAGTGCTTCTTCCCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=50143973;WS=50143955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	50146570	rs4143304	C	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=47;PP=1772;SC=TCAAAGCACACAATCTGTGAG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=105;WE=50146578;WS=50146560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	50350674	rs3747282	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=830;SC=GCAGCTCCTCTTCCTCCTCCT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=50350682;WS=50350664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	50350728	rs143151534	T	TTCC	1570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.27;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chrX	50350758	rs201922875	C	CTGCTGCTGCTGT	2633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=2978;SC=CCTGTTGCTTCTGCTGCTGCT;SOR=1.436;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=24;WE=50350766;WS=50350748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	50653775	rs3810682	C	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=947;SC=GAACACTAAGCCTTTCAAGAT;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=50653783;WS=50653765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	51075841	rs2625875	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=13.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-7.187;QD=0.66;ReadPosRankSum=2.680;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,43:0.15:285
chrX	51239295	.	ATCCTCGAGGCAGCC	A	5316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=43;PP=2957;SC=TTTGCACTTCATCCTCGAGGC;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=59;WE=51239316;WS=51239285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	51486659	rs974285	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=494;SC=ACCCCGCCGGCGGAGCCCGCT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=51486667;WS=51486649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	52825471	rs2806837	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=7;PP=867;SC=CTAGGTCTTCATCCTCCTGTG;SOR=2.885;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=42;WE=52825479;WS=52825461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	52825546	rs2806838	C	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=50;PP=2214;SC=GGTCATTCTCCAGTTGATTTG;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=123;WE=52825554;WS=52825536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	52891492	rs114794367	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCACCACACCTGGCCACCATT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=52891500;WS=52891482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chrX	52891512	rs78471253	A	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chrX	52891513	rs114568211	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chrX	52891523	rs75536354	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chrX	52891542	rs78672295	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=5;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=0.471;SC=ATGAACAAAAAATGTGCAAGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12;WE=52891550;WS=52891532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chrX	52891565	rs79831867	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=372;ReadPosRankSum=0.126;SC=TCTTTGGAGAAAGCTGCAAAA;SOR=1.101;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=20;WE=52891573;WS=52891555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chrX	52891584	rs5943751	C	A,T	1814.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=23,22;NR=5,11;PP=443,403;SC=AAGTTTATTTCGATATTTTTA;SOR=1.888;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=28,33;WE=52891592;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.56:62
chrX	52891619	.	GT	G	1513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.545;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=925;ReadPosRankSum=0.180;SC=GATAAAAACAGTTTTGTGTTG;SOR=1.072;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=30;WE=52891627;WS=52891609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,48:0.41:118
chrX	52891645	rs75808475	A	G	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
chrX	52891653	rs73206488	C	T	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.248;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
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chrX	52891738	rs79449844	CA	TG	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.601;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.243;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
chrX	52891818	rs73488230	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.704;NF=0;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=0.376;SC=CATTCAGTTAGACCTCTGTAG;SOR=1.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=11;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chrX	52891832	rs66491662	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.37;MQRankSum=1.734;NF=0;NR=8;PP=487;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TCTGTAGAGACTTTGAAGATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=8;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chrX	52895579	.	GGTGT	G,GGT	776.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,19:0.29,0.68:28
chrX	53222043	rs146836963	A	AC	843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=13;PP=553;SC=AGGGATGGCCACCCCCCTACC;SOR=1.942;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=17;WE=53222051;WS=53222033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	53225751	rs1536247	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=551;SC=GGGGAGAGTCAATACAGTAAC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=53225759;WS=53225741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	53228148	rs1977364	C	A	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=80;PP=2965;SC=TCCAGAAAGGCCCATGCTCAC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=170;WE=53228156;WS=53228138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chrX	53265835	rs2296541	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=470;SC=GACCAGCCCTTGTCTCCCCCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=53265843;WS=53265825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	53271147	rs2274307	T	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=18;PP=506;SC=GCTTCAGGCCTCCTGGCACCT;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=53271155;WS=53271137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	53280421	rs7886988	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=35;PP=1039;SC=AGGGAAGAATGGTGGAAGGTG;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=54;WE=53280429;WS=53280411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	53436232	rs1264008	G	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=25;PP=1110;SC=GAGTTACTCCGGCTGGTGAGA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=53436240;WS=53436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	53449336	rs11462431	A	AG	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=358;SC=GGAACCCGTAAGGTCCGCGAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=53449344;WS=53449329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53449568	rs1264011	G	A	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=116;PP=2965;SC=CGGCGCCGGCGGCAGTAGGAC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=104;TCR=117;TR=220;WE=53449576;WS=53449558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chrX	53457622	rs1264013	T	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=64;PP=2440;SC=AAAGCCAGACTATGAGCTCAG;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=127;WE=53457630;WS=53457612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	53461359	rs1264014	G	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=40;PP=1284;SC=CCGAGGCGAAGCGGCGGAAGG;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=53461367;WS=53461349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	53563589	rs426298	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=758;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GCAGGAGCCCACCAGCATCCT;SOR=0.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=53563597;WS=53563579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chrX	53585854	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=0.809;SC=CCACAGAGAACCAGGGAAACA;SOR=0.477;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=53585862;WS=53585844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chrX	53601990	rs35473057	A	C	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=146;SC=GAGAAAGTTCACTTAGACCAG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=53601998;WS=53601980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	53629649	.	A	AAT	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5152;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=10;PP=453;SC=GAGCAAAAGAAATATATATAT;SOR=2.147;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=53629657;WS=53629639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	53631424	rs76706369	T	C	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=225;SC=TCATCCTAAATTGGACTGTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=53631432;WS=53631414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	53641647	rs6638360	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=489;SC=CCTTCTGGATTGATGGCTTCT;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=53641655;WS=53641637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	53652844	rs198501	G	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;QD=42.19;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	53652852	.	T	TGCCGGG	1961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=18;PP=1739;SC=CCGGGGCCGGTGCCGGGACTG;SOR=1.055;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=28;WE=53652860;WS=53652834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	53659047	rs6638409	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=16;PP=751;SC=TCAAACAATACAAAATGACCA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=53659055;WS=53659037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	54107692	rs2516098	T	C	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=57;PP=2965;SC=TAGGCATTTTTCCAAGGAGGC;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=122;TCR=58;TR=179;WE=54107700;WS=54107682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chrX	54117740	rs2495797	C	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=12;PP=1242;SC=GGTACATGAACTCACCTTGAG;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=54117748;WS=54117730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	54161859	rs4826523	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=347;SC=ATATATAGCCCTGACAGTCTA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=54161867;WS=54161849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	54209302	.	G	GGGCGGC	2834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=43;PP=2983;SC=GCAGCTGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=50;WE=54209310;WS=54209292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	54209387	rs2495783	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=31;PP=1221;SC=ATGGTGCCGAATCGGCCCCGC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=54209395;WS=54209377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	54324800	rs41300632	A	G	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	54578195	rs41308614	C	T	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=96;PP=2965;SC=AGAGCCCTGGCTGATGCCCTG;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=217;WE=54578203;WS=54578185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chrX	54953647	rs2273138	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1090;SC=AGAGGGATGGGCATCCTGTGT;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=54953655;WS=54953637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	55116466	rs1845444	C	G	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=13;PP=658;SC=GAGTGAGCTTCTAAGAGCAAG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=55116474;WS=55116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	55173732	rs11327722	TA	T	6692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.24;NF=34;NR=70;PP=2951;SC=GGTCACACAGTAACACTGTCC;SOR=0.947;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=104;WE=55173740;WS=55173722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chrX	55246965	rs5914272	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=10;PP=474;SC=GGACAGGTCCCGTGGCACAGT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=55246973;WS=55246955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	55247030	rs5914273	C	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	55248320	rs5914274	G	A	10624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=226;PP=2965;SC=TGAAGGGAGAGTGGAGAATAA;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=138;TCR=226;TR=364;WE=55248328;WS=55248310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chrX	55286887	rs3761559	G	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=427;SC=ATTAGCAGTAGTGGTACCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=55286895;WS=55286877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	55287031	rs3761560	T	G	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=TAGGACCATCTCCACGTTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=182;WE=55287039;WS=55287021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chrX	55289593	rs2148981	C	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=35;PP=1890;SC=CTTTCTATTGCTTTTTTCCTC;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=55289601;WS=55289583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	55289774	rs4826381	T	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=48;PP=1822;SC=AGCTGGTCATTACTGGGCAGC;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=55289782;WS=55289764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	55479299	rs11545211	G	A	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=58;PP=2868;SC=TCTTCTGGGGGCCCCGAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=55479307;WS=55479289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	55651001	rs2375465	T	C	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=49;PP=1983;SC=GAGACTCGTGTCTTAGCCTTT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=55651009;WS=55650991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	55748820	rs1473761	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=232;SC=GAGGTTGGGGAATTTGTTATG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=55748828;WS=55748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	55757744	rs5960480	T	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=501;SC=AGGCTATAAGTAGGAGTGATT;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=55757752;WS=55757734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	56295438	rs59394346	AAC	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,7:0.12:56
chrX	56296595	.	A	T	3891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=72;PP=2625;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GTTTGGCTTTATCTCTATTTC;SOR=0.472;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=161;WE=56296603;WS=56296585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,168:0.79:212
chrX	56296780	.	AAC	A	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=72;QD=25.0;SC=TCTCACCCCCAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=56296789;WS=56296770;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chrX	57313357	rs2516023	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=16;PP=718;SC=TCTTAGGGGGTCCAAAGTTTG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=57313365;WS=57313347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	57318907	rs4030473	T	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=18;PP=1356;SC=AAATGGCTGCTGACTAAAGTA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=57318915;WS=57318897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	57405163	rs4826543	T	C	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=50;PP=1821;SC=CTATGTGCCGTTATGCTGAAG;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=57405171;WS=57405153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	57474943	rs1821118	A	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=680;SC=TTGATATATGATATCATTCTG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=57474951;WS=57474933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	57475253	rs7059676	A	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=502;SC=AGTTTTAAACATGCAGGTATA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=57475261;WS=57475243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	57515140	rs5915052	T	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=760;SC=AAAAAATACGTTTTCAGGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=57515148;WS=57515130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	57618845	rs199513692	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-4.484;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chrX	57618849	rs200267267	A	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-3.990;QD=9.78;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chrX	57618870	rs189164178	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-3.453;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.577;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chrX	57619648	rs1057328	G	T	5578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=92;PP=2965;SC=ACTTCGAACCGGAGAGGCCTT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=194;WE=57619656;WS=57619638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chrX	57936071	rs201928938	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=19;PP=662;SC=ACCACGCCTGGACCAGAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=57936079;WS=57936061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	62857798	.	CTG	C	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5020;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=76;QD=42.5;SC=TCAAGGGTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=62857807;WS=62857788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chrX	65382685	rs5919015	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=37;PP=1185;SC=TGGAGAAAAGTGTCTGCTCCT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=65382693;WS=65382675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	65393658	rs5918591	A	G	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=72;PP=2467;SC=AGGTCCCAAGAATAAGCTATG;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=105;WE=65393666;WS=65393648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	65420609	rs1264215	A	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=114;SC=GTGCCTTAGCAGCTGGCCCTA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=65420617;WS=65420599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	65478922	rs11433175	T	TA	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=280;SC=AACAATTAGTTAAAGAGCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=65478930;WS=65478912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	65486172	rs2054180	C	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=10;PP=1200;SC=TAAGGACAGGCCTCCTGTCCT;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=65486180;WS=65486162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	65819223	rs4827499	A	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=149;SC=ACTCCTAGTGAATAATACTAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=65819231;WS=65819213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	65819286	rs11379040	G	GT	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=879;SC=TGCTTTTTTTGTTTTTTTCTG;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=28;WE=65819294;WS=65819276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	65822607	rs1385698	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=599;SC=ACTGTGGGTGTATCTGCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=65822615;WS=65822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	65824986	rs1385699	C	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=32;PP=1062;SC=ACTCTGACATCTGTGGTGGCC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=64;WE=65824994;WS=65824976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	66765158	.	TGCAGCA	T	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=7;PP=691;SC=TTGCTGCTGCTGCAGCAGCAG;SOR=1.112;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=8;WE=66765171;WS=66765148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	66789057	rs113613897	G	T	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	66941597	rs1337076	T	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=390;SC=TGGCGAGGGATGGCAATCAGA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=66941605;WS=66941596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	67268376	rs2148827	C	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1387;SC=ATGGGGGACACTTCTAGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=67268384;WS=67268366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	67331903	rs56107322	GCACA	G	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.75;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chrX	67412906	rs1191948	G	A	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=58;PP=1803;SC=GGTACACTAGGGTCAATTCAG;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=90;WE=67412914;WS=67412896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	67429834	rs57516402	CT	C	109.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chrX	67431814	rs2225124	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=743;SC=TATACTAAATATTTGTGATCC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=67431822;WS=67431804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	67719085	rs12843249	G	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=874;SC=GGCCCTTCTTGTACCCGATGC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=67719093;WS=67719075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	67938269	rs55927581	G	A	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=60;PP=2965;SC=ACATTCAGGCGGGGAACCCAC;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=164;WE=67938277;WS=67938259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chrX	68060503	rs2230423	C	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=53;PP=1497;SC=TCTGAGTGCCCGGCACGGCCT;SOR=2.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=68060511;WS=68060493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	68066115	rs149928271	T	C	1324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=892;SC=TGTGTGTGTGTGCCAAACAAA;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=68066123;WS=68066105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	68066220	rs73218774	G	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=209;SC=AAAATATGGTGCTGGGAGGTT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=68066228;WS=68066210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	68381797	rs143670774	C	T	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=49;PP=2130;SC=CTGGCCCCGGCGCCAGCCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=68381805;WS=68381787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chrX	68424753	rs5937177	G	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=797;SC=CTATTACCCCGAGTGGAGTGG;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=68424761;WS=68424743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	68890248	rs5936723	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=250;SC=TAACTGTTTGCGAACTTTTGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=68890256;WS=68890238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	68890298	rs5980833	C	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=54;SC=CCCAAGACTTCGGAAGTTGTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=68890306;WS=68890288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	69080840	rs1203003	G	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=51;PP=1683;SC=CTGTTAAATGGACATTTATAT;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=69080848;WS=69080830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	69242677	.	C	T	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=42;PP=1892;SC=AAGTTCAACACGAGACTTCAT;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=114;WE=69242685;WS=69242667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	69262423	rs2296767	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=554;SC=GGGAGCAAAGTAGCAGTAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=69262431;WS=69262413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	69368853	rs650028	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=744;SC=CTGAGGTGGGTGGATCACCTG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=69368861;WS=69368843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	69459945	rs1152194	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=774;SC=AAGAGGAGGTCCTAACACTTT;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=69459953;WS=69459935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	69478432	rs41310667	C	T	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=51;PP=2577;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGTGGCCGCCCACCTGCAGCT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=129;WE=69478440;WS=69478422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chrX	69478749	rs3829708	G	T	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=TGCGGAGAGAGCGGAGGCGAG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=164;WE=69478757;WS=69478739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chrX	69478775	rs3829709	A	C	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=74;PP=2965;SC=GACTGTGCAGAGCCTGGCAAG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=69478783;WS=69478765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chrX	69478942	rs1152187	T	G	7664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.580;SC=GGTCCCTTTGTTGCTGGTTGT;SOR=0.424;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=254;WE=69478950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chrX	69489530	rs3818862	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=45;PP=1634;SC=AGAAGACCAGCTCCAATGGGA;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=69489538;WS=69489520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	69500583	rs3818861	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=29;PP=1075;SC=TTGTAGAGAGAGGAGATGTAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=69500591;WS=69500573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	69502054	rs5936549	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=11;PP=593;SC=TTTGGCTGCAACCTACCTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=69502062;WS=69502044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	69502479	rs1626469	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=62;PP=2604;SC=CATTTTTGCCACTCTTCTTGG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=142;WE=69502487;WS=69502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	69504073	rs2275412	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.13;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	69504078	rs12556489	T	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=14.065;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.76;ReadPosRankSum=2.161;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chrX	69510335	rs1199470	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=577;SC=AGGGAATTCCCGTAAGAGTGG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=69510343;WS=69510325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	69550098	rs41305391	T	C	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=77;PP=2480;SC=CCCTTCGCTATGCTGACAGAG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=145;WE=69550106;WS=69550088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	69572242	rs1199428	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	69639698	rs1886892	G	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=62;PP=1892;SC=TTATCTATGAGAGACCAGTAG;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=113;WE=69639706;WS=69639688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chrX	69652762	rs2296542	A	G	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=32;PP=1526;SC=CTCCCCACAGAAGATTTGTTA;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=69652770;WS=69652752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	69749852	rs1536250	AT	GA	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=24;PP=1736;SC=TAGTCTTTCTATAATCCAAGA;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=69749861;WS=69749842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	69774517	rs4844240	A	T	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=38;PP=1679;SC=TTGTTTCAAAAGTTTTAGTTT;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=69774525;WS=69774507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	69844797	rs1325094	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=5;PP=104;SC=AATATAATACGTTAAATTACA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=69844805;WS=69844787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	69898742	rs55853716	GA	G	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=42;SC=TTGGTGAGCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=69898750;WS=69898732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	69964084	rs5902674	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5208;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CATTAAAAAGGAAAAAAAATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=69964092;WS=69964074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chrX	70093038	rs5937008	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=12;PP=782;SC=AGTAAGAACACGCCTCATAAT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=70093046;WS=70093028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	70146398	rs4360450	A	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GGGGAGTGGAACTCTGTGGCT;SOR=0.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=61;WE=70146406;WS=70146388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chrX	70148927	rs5936605	T	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=59;PP=1682;SC=AGTCCCTGCCTTTTTCACCTA;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=70148935;WS=70148917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	70149360	rs5936606	G	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=1;PP=117;SC=CAGCAAACCCGCACATTTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=70149368;WS=70149357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	70149404	rs5936607	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1088;SC=ATAAAGAATACTTCCACCCAG;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=70149412;WS=70149394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	70328260	rs182117089	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=510;SC=CCCTTCTCCCAGTTGTCCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=70328268;WS=70328250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	70352617	.	C	CCTCTTCTCTT	281.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=46.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	70368779	.	GGA	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chrX	70469182	rs2341539	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=28;PP=1705;SC=AAAACATAACGGATACAATTG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=70469190;WS=70469172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	70601705	rs28382162	C	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=24;PP=1023;SC=ATGCTCAGGCCATGCCCCGGC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=70601713;WS=70601695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	70613074	.	TTG	T	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=16;MQ=60.47;NF=1;NR=2;PP=88;QD=30.3333333333;SC=CCTGAATGATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=3;WE=70613083;WS=70613064;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chrX	70617443	rs5980760	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=363;SC=AGTGATTCTCATGCCTCAACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=70617451;WS=70617433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	70774984	rs376605851	TTGTG	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chrX	71350133	rs6624595	T	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=74;PP=2170;SC=TCATCCTTACTCTCTCCTTCC;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=104;WE=71350141;WS=71350123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	71354684	rs6625946	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=411;SC=CGCTGTCACGGTCATGGCTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=71354692;WS=71354674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	71357093	rs6625949	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=48;PP=1331;SC=CACCACAGCTGATTCCCCAGT;SOR=1.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=71357101;WS=71357083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	71357160	rs6625950	G	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=440;SC=TGTGGTGATGGGGAACAGGAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=71357168;WS=71357150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	71363415	rs6624597	C	T	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=94;PP=2965;SC=CCGATAACCCCAGTACCTAAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=170;WE=71363423;WS=71363405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chrX	71364479	rs11094247	A	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=51;PP=1552;SC=CTGTTCCAAAAACCAAGAACA;SOR=1.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=70;WE=71364487;WS=71364469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	71379881	rs6624600	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=22;PP=920;SC=CAAAGGTACCGAAAGCACAGT;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=71379889;WS=71379871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	71401607	rs6525589	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	71401614	rs7058353	C	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	71406301	rs6525591	T	C	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=41;PP=1486;SC=CTGTCATCTCTTCTCTAAAGG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=70;WE=71406309;WS=71406291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	71458793	rs202000886	G	GGGAGTTT	8802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=78;PP=2967;SC=TTACCCCGGCGGGAGTTTGGA;SOR=0.780;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=105;WE=71458801;WS=71458783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chrX	71570963	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chrX	71791975	rs3830710	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=0.639;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chrX	71813191	rs200569284	C	CT	222	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AGTCTTTGAACTTTTTTTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=10;WE=71813199;WS=71813181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chrX	71896110	.	CAT	C	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=73;QD=41.0;SC=ACTAATTTGCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=71896119;WS=71896100;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chrX	71933512	.	TCACA	T,TCA	1705.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=10.281;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.629;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,29,43:0.36,0.54:80
chrX	72223371	.	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=213;SC=TGCGGATGCGAATGCGAAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=72223379;WS=72223364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	73063911	rs41307246	T	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=62;PP=2956;SC=GTAAAGATCATAAGGAGTGGG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=144;WE=73063919;WS=73063901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	73071940	.	TA	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chrX	73749319	rs5937843	T	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=319;SC=AGGGAGTCCTTTTTTCCCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=73749327;WS=73749309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	73811695	rs374955178	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=5.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-8.889;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,29:0.19:150
chrX	73811737	rs113198776	T	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=4.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-14.079;QD=2.00;ReadPosRankSum=6.279;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,36:0.12:312
chrX	73811739	rs201164156	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-14.268;QD=1.91;ReadPosRankSum=6.415;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,36:0.11:320
chrX	73811755	rs7883332	C	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-15.677;QD=1.06;ReadPosRankSum=3.836;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,36:0.09:383
chrX	73811761	.	G	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-16.325;QD=0.77;ReadPosRankSum=2.241;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,36:0.09:414
chrX	74332585	rs4148838	G	GT	363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=2;PP=184;SC=CAATTAATATGTTTTTTTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=74332593;WS=74332575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	74375871	rs1039123	G	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=21;PP=1379;SC=CCCGAGGTCAGGAGGGCAACC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=74375879;WS=74375861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	74376420	rs5981325	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1295;SC=AACGAATCATCTCTTCGTGCG;SOR=1.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=67;WE=74376428;WS=74376410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	74494470	rs4892396	T	G	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=100;PP=2965;SC=CCATCATCCGTGACAAGTAAG;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=163;WE=74494491;WS=74494458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chrX	74494483	rs5981831	A	G	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=83;PP=2803;SC=CAAGTAAGCCAAGAGCGGAAG;SOR=1.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=52;TCR=83;TR=135;WE=74494491;WS=74494458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	74511202	rs5981834	G	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	74523367	rs972561	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=320;SC=TAAAATAATTATCTTATGTAA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=74523375;WS=74523357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	74598903	rs5937369	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=597;SC=CTCCCAAGCCGCCTTCTTAGC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=74598911;WS=74598893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	74637193	rs5938062	C	T	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=113;SC=CTATATTGCTCTCGATTTCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74637201;WS=74637183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	74725731	rs375928093	TGA	T	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
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chrX	76139959	rs232961	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=TTTTTTAAGACGCATGTGTAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76139967;WS=76139949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	77119776	.	A	AG	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=16;MQ=59.47;NF=0;NR=2;PP=41;QD=33.5;SC=GGTGGGGGGGAGGGGTGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=77119784;WS=77119766;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chrX	77296047	rs5913631	G	C	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=28;PP=1713;SC=TCTCCTTTCAGTATATTCCAA;SOR=1.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=89;WE=77296055;WS=77296037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	77298857	rs4826245	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=13;PP=695;SC=CTTATCAAGAGAGACAGTCAA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=77298865;WS=77298847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	77528317	rs320995	G	A	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=37;PP=2253;SC=AATGCTTTCTGAATGTAGACA;SOR=1.366;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=116;WE=77528325;WS=77528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	78426471	rs3810712	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=11;PP=512;SC=TTTTGAACCACCATTAGGCAA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=78426479;WS=78426461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	78426488	rs3810711	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=13;PP=727;SC=GCAAAGATAGTTTCTCTAGAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=78426496;WS=78426478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	78426988	rs3827440	T	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=65;PP=2598;SC=TGATGATACCTCTGGCAATAG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=78426996;WS=78426978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	78617053	rs1736662	A	G	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=198;SC=TAAAAGTGCAAGTTTGTTACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=78617061;WS=78617043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	78617999	rs1751133	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=250;SC=TTTGGACAAATTCATTATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=78618007;WS=78617989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	78618050	rs1751134	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=769;SC=AAATGCTTATATAAAAATTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=78618058;WS=78618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	79698593	rs1113265	C	G	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=55;PP=2413;SC=CCATGTTAGACTTCTACAGTG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=79698601;WS=79698583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	79937084	rs3122406	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=238;SC=CCATATCTCTGTTATTTTATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=79937092;WS=79937074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	79942599	rs3029738	GTATA	G	99.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=171;SC=CTGTATGTGTGTATATATATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=79942610;WS=79942589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	79943569	rs3122407	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=68;PP=2383;SC=TTTACTCACCTTTCTTCCAGA;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=132;WE=79943577;WS=79943559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	79999796	rs58601634	T	TCAC	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=763;SC=AAGCAGAAATTCACAATACCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=79999804;WS=79999786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	80064910	rs200402115	A	AC	1990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTCCCTTAGCACCCCCCCACC;SOR=0.990;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=35;WE=80064918;WS=80064898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chrX	82764040	rs5921978	A	G	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	82764040	.	AGG	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=61;NR=50;PP=2947;QD=20;SC=GCAGGTTCGAAGGCTTGCAGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=111;WE=82764050;WS=82764028;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,111:0.87:127
chrX	82764042	rs5921979	G	C	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	83119939	rs5922000	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=673;SC=TTGAATAGCCTAAAAACTTAG;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=83119947;WS=83119929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	83124802	rs5968237	A	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=24;SC=GATAGATTACATAAAAAAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=83124810;WS=83124792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	83352970	rs10521366	T	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=116;SC=AAAACTTCAATCATTTTATGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=83352978;WS=83352960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	83403178	rs1539517	G	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=345;SC=CACATTTCTAGTCATTCTTGC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=83403186;WS=83403168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	84258843	rs3747422	C	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	84350010	rs4828326	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=34;PP=1461;SC=AATCTGAAATATCAATTCATA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=84350018;WS=84350000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	84350128	rs4828327	G	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=583;SC=AAACTGAAGTGAATATTTTGG;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=84350136;WS=84350118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	84358864	rs5922146	C	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	84363140	rs10126146	A	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=35;PP=1616;SC=CTTGCACTCCATTGGTTCATG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=84363148;WS=84363130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	84534383	rs2227090	A	C	1536.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,68:0.92:74
chrX	84563135	rs363774	T	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=22;PP=1150;SC=CTTACTGTCATATCATTTTGA;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=84563143;WS=84563125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	85906213	rs6623751	C	T	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1198;SC=TCTTACTGTTCTATTGTGGGG;SOR=1.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=58;WE=85906221;WS=85906203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	86887244	rs222084	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=23;PP=1216;SC=ACCTCAGGACCAACAGTTGGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=86887252;WS=86887234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	88008423	rs5940915	A	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=19;PP=1420;SC=AGGATGAGTTATCCTACTAAA;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=88008431;WS=88008413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	88008713	rs78677921	T	C	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=75;PP=2964;SC=TCCCAGAAAATTGGTCTCTCA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=161;WE=88008721;WS=88008703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chrX	88009322	rs5984613	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=448;SC=TGGGAATTAAATTAAATTGGG;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=88009330;WS=88009312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	89177024	rs5983979	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=676;SC=TCCCAAACCTACCTTTGTCCT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=89177032;WS=89177014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	89177109	rs11575111	G	C	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=50;PP=2853;SC=GGACGGCCCGGCTGAGACCCA;SOR=1.239;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=146;WE=89177117;WS=89177099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	89177673	rs2290380	G	A	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=124;PP=2965;SC=CAAGGTTTCTGTCACATCCCC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=120;TCR=124;TR=243;WE=89177681;WS=89177663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chrX	91066106	rs147052878	G	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=30.21;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	91066365	rs200537802	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.25;QD=32.34;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	91456467	rs4252207	C	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=94;PP=2805;SC=ATGGCAAAAGCCCTATGATTT;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=178;WE=91456475;WS=91456457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chrX	91758965	rs5942264	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.47;QD=26.78;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	96048757	rs3135400	C	T	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=129;SC=AATCACATTGCAGGTTGGACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=96048765;WS=96048747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	96139406	rs2642219	G	A	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=47;PP=1867;SC=TGCAACTCCTGCTATTAAGAC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=96139414;WS=96139396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	96139459	rs2642218	T	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=60;PP=2104;SC=TACCGTGTAATGTGAACCAGC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=96139467;WS=96139449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	96197175	rs5920973	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=336;SC=ATTGTGTTTTGTGCCTTCTGT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=96197183;WS=96197165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	96502650	rs1409192	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=663;SC=GATAATGTCTCCTTTTAGATG;SOR=2.468;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=96502658;WS=96502640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	96684809	rs375312429	CA	C	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chrX	99661969	rs1953337	G	A	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=122;PP=2965;SC=TTGCTTTGCAGTGAGGGAAGG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=132;TCR=122;TR=252;WE=99661977;WS=99661959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chrX	99849017	rs2073162	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=41;PP=1240;SC=CATTGGAAGTGCACGACTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=99849025;WS=99849007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	99849051	rs2073163	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=1045;SC=GATGTTTTCCTCCTAAGGCTT;SOR=1.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=99849059;WS=99849041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	99849419	rs41310715	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=351;SC=CTAGCTATGTGCCAAACATTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=99849427;WS=99849409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	99919733	rs2022475	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=560;SC=CCAGATAGTCGCACAAGCCAC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=99919741;WS=99919723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	99930892	.	T	C	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=104;QD=27.7542425094;SC=TTTGTACACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=99930900;WS=99930882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	99941705	rs2022039	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=26;PP=1215;SC=AGTGGATTAATAGTGTCCCGC;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=68;WE=99941713;WS=99941695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	99943244	rs5921627	G	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=14;PP=867;SC=CCTGAAAAGAGTGACTAGGAT;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=99943252;WS=99943234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	99956157	rs5967170	T	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=449;SC=GTTAAGATGCTACCAGTCAGA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=99956165;WS=99956147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	100212525	rs6616208	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=62;PP=2047;SC=AAGCTGTTGGTTGAAATCATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=93;WE=100212533;WS=100212515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	100242305	rs5921702	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=448;SC=CTCTTTGAATGAGAGTGACTG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=100242313;WS=100242295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	100243459	rs3934462	G	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=49;PP=1290;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTAGGAGAATGAGAGCTCAGA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=54;WE=100243467;WS=100243449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chrX	100245606	rs6523438	A	G	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=81;PP=2914;SC=GATGGCATCCATTGAGAATGA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=169;WE=100245614;WS=100245596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chrX	100356021	rs200931377	ATAACT	A	4193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=21;PP=2957;SC=CTGATTAATGATAACTTAACA;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=55;WE=100356033;WS=100356011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	100357194	rs12156858	C	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	100357201	rs12156663	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	100357417	rs59141949	CT	C	151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=126;SC=TGAGGAAATGCTTTTTTTTTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=100357425;WS=100357407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	100395547	rs2273379	T	G	341.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GTTCAAAATTTGATGTGGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=100395555;WS=100395540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chrX	100400023	rs2295376	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=838;SC=TTGCTACTCTATATCTGAATG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=100400031;WS=100400013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	100492773	rs5921756	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=316;SC=CGGTAGGTTAGAATCAGAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=100492781;WS=100492763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	100547933	rs5951328	A	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=54;PP=2309;SC=ACGGTCGACAAGAATTTGGGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=121;WE=100547941;WS=100547923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chrX	100604757	rs700	T	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=1006;SC=AGGGGCCTTTTTGTATTGAGT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=100604765;WS=100604747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	100609547	rs2071223	G	A	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=34;PP=1843;SC=GATTAAAACTGTAACACCTAC;SOR=1.544;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=100609555;WS=100609537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	100615025	rs5951412	G	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=368;SC=TATATATATAGAGAGAGAGAG;SOR=5.421;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=100615033;WS=100615015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	100615478	rs2855259	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=772;SC=ATGCTGATCACGGGAATTATG;SOR=5.353;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=30;WE=100615486;WS=100615468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	100617372	rs2071222	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=272;SC=TCACATAGCTTGGAGAGCAGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=100617380;WS=100617362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	100656873	rs5903184	AGGCTG	A	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=8;PP=352;SC=GAACCATTCCAGGCTGGGGGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=100656885;WS=100656863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	100666836	rs3027575	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=575;SC=GTCAGCATAATTGAATTTTCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=100666844;WS=100666826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	100666907	rs372055912	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chrX	100668296	rs3027574	C	T	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=101;PP=2965;SC=TGCAGGAAAACTCCAGTGACT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=206;WE=100668304;WS=100668286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chrX	100742551	rs2361298	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=13;PP=682;SC=TGTTCTACCAGGGACTCGGTT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=100742559;WS=100742541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	100743037	rs963618	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=21;PP=814;SC=TTAGGGTGTACTGCCAAGAGA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=100743045;WS=100743027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	100743826	rs5951332	A	G	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=67;PP=2312;SC=AAGTGGGCCTAGGGCTGAAGT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=133;WE=100743834;WS=100743816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	100745825	rs5951333	T	C	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=65;PP=2965;SC=TCTGCCCGGCTCCAGGCTGTG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=136;WE=100745833;WS=100745815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	100748078	rs5991911	A	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=31;PP=1180;SC=TCCTGGGCTGACACTGGGGAC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=100748086;WS=100748068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	100749038	rs34379067	C	T	115.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	100749041	.	A	G	115.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.62;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	100749127	rs5951336	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=171;SC=TGGGGCTGGGATTTGGTCCTG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=100749135;WS=100749117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	100749585	rs3174476	C	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=34;PP=1649;SC=AGTTTGCACACCAAAGTGAGG;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=77;WE=100749593;WS=100749575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	100911066	rs3850315	C	T	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=18;PP=1011;SC=CAAGCAGGTGCTGGTAGTCAT;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=100911074;WS=100911056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	101138792	rs5944882	T	C	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=62;PP=2354;SC=CTGATGTTTCTGTTTATGACC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=131;WE=101138800;WS=101138782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	101141776	rs67953349	AC	A	214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=189;SC=TTAGAACTGGACCAAAAATTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=101141784;WS=101141766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	101141793	rs5944778	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=ATTTATTAGAGACCATCTACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=101141801;WS=101141783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	101395780	rs11408120	T	TG	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.28;QD=32.50;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	101409252	.	C	CT	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=56.02;NF=2;NR=2;PP=21;QD=10.75;SC=AGTTTTTTTCCTGTTTTTTTT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=101409262;WS=101409242;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chrX	101437635	rs5945049	A	G	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=94;PP=2965;SC=ATTTATCTCCAGGTAAGATTC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=206;WE=101437643;WS=101437625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chrX	102004317	rs2179675	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=30;PP=1125;SC=GGCTGGTAATAGTTTCAGCAC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=102004325;WS=102004307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	102320931	.	ATG	A	136	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=59.88;NF=0;NR=4;PP=136;QD=34.75;SC=CAATTTATATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=102320940;WS=102320921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,4:0.27:15
chrX	102332823	rs148432819	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=564;SC=CCCTCTAAACCTTCCACAGAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=102332831;WS=102332813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	102755551	rs1180895	T	A	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=64;PP=2681;SC=CCCCCCGAGATGGCTGTACGG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=102755559;WS=102755541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	102831217	rs221946	C	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=113;SC=GTAAATATTTCAGGCTTTGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=102831225;WS=102831207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	102840421	rs221931	G	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=460;SC=GGAACTCCTGGGCTGCGGCAT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=102840429;WS=102840411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	102842041	rs11010	T	C	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=81;PP=2398;SC=AGGCCATACATGATATGAATT;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=153;WE=102842049;WS=102842031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chrX	102978965	rs12844618	T	G	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=TCCAAATTCTTCCCCTTAACG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=176;WE=102978973;WS=102978955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	102979486	rs4907817	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=50;PP=1576;SC=GTCTTGGTGATGGAGCTGAAA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=101;WE=102979494;WS=102979476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	103031700	rs11371342	A	AG	358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=32.61;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	103036412	rs521895	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=31;PP=898;SC=TTGCCCACACAACTTCGTTAT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=103036420;WS=103036402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	103267865	rs553509	C	T	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=88;PP=2701;SC=GCGGGCCAGGCGACCAGCCTC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=132;WE=103267873;WS=103267855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	103268333	rs578953	G	A	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=130;PP=2965;SC=GGATGGTCCCGTTGCGTGGCA;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=257;WE=103268341;WS=103268323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chrX	103274226	rs494006	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=403;SC=GCAAAAAGTAAACAAATGTGA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=103274234;WS=103274216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	103420562	rs12014009	G	A	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=112;SC=TGTTACTACCGAAGTAGAAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=103420570;WS=103420552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	104464276	rs375033944	CA	C	7215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=61;PP=2951;SC=CCACAACCTCCAACATCCCCT;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chrX	104464281	rs367644904	TC	T	7215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=61;PP=2966;SC=ACCTCCAACATCCCCTCTGCT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=87;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	105153001	rs209372	A	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=67;PP=2965;SC=TGAAGGCTAAAGCCTCTAAAC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=141;WE=105153009;WS=105152991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	105179132	rs209095	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=11;PP=942;SC=TAGTAATTTCCCTTATTATCT;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=105179140;WS=105179122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	106144812	.	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=883;SC=GTACATGGCTAGATAACTTCC;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=106144820;WS=106144802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	106184601	rs3835279	TGAGAGAGA	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.516;QD=35.05;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chrX	106200202	rs6622126	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=39;PP=1383;SC=GTCTTCATCAGTGAGTTCTTG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=106200210;WS=106200192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	106221490	rs12012022	C	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=56;PP=1689;SC=AAATTTTACACCATATTATAG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=106221498;WS=106221480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	107328436	rs807178	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=1371;SC=TAGGTAGTCTGAAGTGCATAT;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=107328444;WS=107328426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	107415825	rs2881142	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=531;SC=CCCTCTTACTTCCTCACCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=107415833;WS=107415815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	107418281	rs2295914	C	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=23;PP=1151;SC=TATGAAGCCTCTCTTGAGCAT;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=107418289;WS=107418271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	107418906	rs4623610	A	G	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=55;PP=2291;SC=GAGTACCAGCACGTCCAGATG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=135;WE=107418914;WS=107418896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	107423674	.	TACACAC	T,TAC	2636.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.67;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=2.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,59:0.14,0.84:70
chrX	107430579	rs1266715	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1232;SC=TCTGACTACAGGAAAGAGGTA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=107430587;WS=107430569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	107433688	rs1042065	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=44;PP=1887;SC=GGGAACCCTGACTCTTTGTTG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=107433696;WS=107433678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	107437848	rs1266719	G	C	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=37;PP=1707;SC=CCACTAAGTGGAAAGTATGAG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=107437856;WS=107437838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	107438119	rs1266720	G	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=255;SC=GGCAAGGCACGGAATTTGACA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=107438127;WS=107438115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	107448639	rs1266730	G	T	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=66;PP=2393;SC=GCATATGGAAGGCAGACTGTA;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=135;WE=107448647;WS=107448629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	107450101	rs1266732	T	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=719;SC=AAGGCTAGAGTTTATATCATT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=107450109;WS=107450091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	107455014	rs1266736	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=402;SC=CACACACTTACAGTCTTTTTA;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=107455022;WS=107455004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	107463090	rs201304389	CCCATATTGTATT	C	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=2966;SC=TACCCCCCTCCCCATATTGTA;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=107463109;WS=107463080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	108708516	rs502209	C	T	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=33;PP=1595;SC=CCTTAGGACCCGGTAGGGGGT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=108708524;WS=108708506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	108708552	rs12008095	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=2025;ReadPosRankSum=0.101;SC=ACTGTAGAGCAGGGCATCATA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=110;WE=108708560;WS=108708542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chrX	108904729	rs839408	C	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=133;SC=TTTTGACTTACGAAACAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=108904737;WS=108904719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	108917757	rs5942830	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=6;PP=180;SC=AAACATGTTGTAATTCAAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=108917765;WS=108917747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	108917773	rs5943413	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=177;SC=AAGTATTAATAACAAATACAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=108917781;WS=108917763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	109387928	rs946820	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1003;SC=TGGGATTGCTGAAATATGGGT;SOR=1.562;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=109387936;WS=109387918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	109416688	rs34813944	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.966;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chrX	109419165	rs2795995	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=7;PP=592;SC=TATCTGCCCTGTGCCGGCCCT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=109419173;WS=109419155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	110987730	.	A	AT	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=192;SC=CTCCATTGGTATGTCTAAGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=110987738;WS=110987725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	111698036	rs6568050	T	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=28;PP=1727;SC=ATTCTGCGGCTTCAAATGCAG;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=111698044;WS=111698026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	111698440	rs7474140	G	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=56;PP=2187;SC=CTCTCAGCAGGACCCTGCTAC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=111698448;WS=111698430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	111698463	rs112035132	C	T	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=58;PP=2324;SC=TCCACCTCCTCGCTCAAAATC;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=118;WE=111698471;WS=111698453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	114082535	rs5946005	G	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=11;PP=1449;SC=TTTGGATGACGTGTTCTTGTC;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=114082543;WS=114082525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	114400318	rs4361922	T	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=316;SC=TGTAAGAGTTTGCTAAAGACA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=114400326;WS=114400308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	114425181	.	A	AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG	7214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=2965;SC=CGAGGAGTACAGAGGCCGCTC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=36;WE=114425189;WS=114425169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	114425400	rs12857270	G	A	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=111;PP=2965;SC=CGACTGCTGCGGAGGAGGAGG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=105;TCR=111;TR=216;WE=114425408;WS=114425390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chrX	114426171	rs5946294	C	T	11266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=125;PP=2965;SC=CAGCGGAGGCCGCTCGCCTGA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=246;WE=114426179;WS=114426161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chrX	114426193	rs186877600	G	A	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.192;SC=ACCTACAGCCGGGGCCACGAC;SOR=0.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=130;TCR=117;TR=246;WE=114426201;WS=114426183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chrX	114426917	rs4911809	C	T	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=102;PP=2965;SC=TCAAGAGTTACGGCCTGAGCG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=198;WE=114426925;WS=114426907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chrX	115568092	rs2312054	A	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=135;SC=AAGAAAGAAAAGCTCTTACTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=115568100;WS=115568082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	115575989	rs12391221	A	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=474;SC=ATACAATATTAATGAAGCTTC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=115575997;WS=115575979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	117677349	rs1294781	G	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=52;SC=CATAAAGGAAGATCCCAGTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=117677357;WS=117677339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	117677642	rs1294780	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=612;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=117677650;WS=117677632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	117679234	rs55694052	CT	C	397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.10;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	117718669	rs1781091	TT	AA	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	117722176	rs41312765	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=14;PP=469;SC=AGGTTGAAGAGTTTGTTCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=117722184;WS=117722166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	117810831	rs5957040	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=321;SC=AAAGAAAGAACAGGGGCTTTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=117810839;WS=117810821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	117817266	rs4372173	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=440;SC=TCAAAATGCACAACCTTAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=117817274;WS=117817256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	117874898	rs2246663	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=424;SC=TACTGTCTTGTCCTCTAGGAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=117874906;WS=117874888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	118143043	rs2168379	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1130;SC=GCTGATTGCTACGTATTACCT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=118143051;WS=118143033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	118147233	rs2290514	G	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=555;SC=AAAGATAGTTGTGAAAGGATT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=118147241;WS=118147223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	118148229	rs2278954	A	G	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=52;PP=2344;SC=ATCAGCAAGCATCATTGTGGT;SOR=1.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=134;WE=118148237;WS=118148219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	118250710	rs5957111	A	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=191;SC=ATGAGAGGAAAGAGGACCATG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=118250718;WS=118250700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	118281538	rs5910522	C	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=200;SC=CACTGCAGTGCCACAAAAGCA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=118281546;WS=118281528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	118281635	rs11405916	G	GC	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=108;SC=CTAAGAGCTAGCCCTGGGCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=118281643;WS=118281625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	118544448	rs16274	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=750;SC=TGACTGCTCATAAATACTGTG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=118544456;WS=118544438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	118560403	rs217997	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=559;SC=AATAAGTACTGTCAATAATGC;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=118560411;WS=118560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	118585943	rs425331	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=9;PP=588;SC=TGTTTCAATCACCTCATCCCA;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=118585951;WS=118585933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	118603550	rs5910591	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=36;PP=2297;SC=GCATTGATCGAGATGGCATAA;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=118;WE=118603558;WS=118603540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	118603706	rs113356560	A	AG	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-7.805;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chrX	118603713	rs201182381	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-7.805;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chrX	118603729	rs143413528	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-7.802;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,12:0.16:77
chrX	118603742	rs148294496	A	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-6.778;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chrX	118603747	rs141428607	A	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=8.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-6.716;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chrX	118603773	rs148920941	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.821;NF=12;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=1.159;SC=CCCAGGCTCTTAACTTCGCCT;SOR=0.357;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=22;WE=118603781;WS=118603763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chrX	118603818	rs77766798	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-6.665;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chrX	118603830	rs73637847	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-6.495;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chrX	118603844	rs371749	T	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.091;NF=28;NR=24;PP=1769;ReadPosRankSum=2.176;SC=CAGTTTTGGCTCTACTTTGCA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=52;WE=118603852;WS=118603808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,56:0.86:65
chrX	118604436	rs12390	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=19;PP=786;SC=CATTTGACACTGTTCGCCGCC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=118604444;WS=118604426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	118604536	rs5910592	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.26;NF=14;NR=20;PP=640;SC=CTGCCACAAACTGGTGATACA;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=118604544;WS=118604526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	118604553	rs3216181	T	TA	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=720;SC=TACATACCTTTAAAATGGCTG;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=118604561;WS=118604543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	118605012	rs80323990	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-2.048;QD=8.85;ReadPosRankSum=2.533;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chrX	118605017	rs77294853	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-1.901;QD=10.04;ReadPosRankSum=2.102;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chrX	118605023	rs74343587	T	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-1.901;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chrX	118678364	rs5910611	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=11;PP=916;SC=TTTTCCCAAAGCCCTGGCCAA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=118678372;WS=118678354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	118699320	rs5910616	A	G	9275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=144;PP=2965;SC=TTTCGGCATGATTCCCAAGAG;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=177;TCR=144;TR=321;WE=118699328;WS=118699310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chrX	118709567	rs56726502	T	TAA	186.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=6;PP=123;SC=CTTGCTTTCTTAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=118709575;WS=118709557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	118758107	rs11338110	GT	G	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	118758128	rs2782252	T	G	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	118892888	rs2782222	G	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=8;PP=241;SC=CGGCTCCTGCGGGGTGGCTGT;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=118892896;WS=118892878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	118893054	rs2782223	C	A	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=29;PP=1719;SC=GCTGCTGCTGCGGGGCGACCC;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=80;WE=118893062;WS=118893044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	118893137	rs2782224	T	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=56;PP=2304;SC=TGGTACACGATTTCGCCCTAC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=118893145;WS=118893127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	118893413	rs2782225	T	C	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=51;PP=1984;SC=ACAACAGCAGTGGCACCACTG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=118893421;WS=118893403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	118920809	rs7885997	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=765;SC=TTTCTCTCCTCTAACAAGTTT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=118920817;WS=118920799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	118921530	rs73214964	A	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=AGGGTATATAATCTTACGTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=118921538;WS=118921520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	118925181	rs41304508	C	A	10828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=1.752;SC=ACGGGCAGCCCACAGTCAGGC;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=176;TCR=205;TR=380;WE=118925189;WS=118925171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chrX	118925705	rs2240448	C	T	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=43;PP=1243;SC=GGTGCGCTCCCGTGGCGCCGT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=118925713;WS=118925695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	119054001	rs3829719	C	T	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=44;PP=1285;SC=AGCAGTTGCGCAACAACAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=119054009;WS=119053991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	119065893	rs194302	G	A	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=31;PP=1286;SC=ACACACTGCTGCTTACTTCAA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=119065901;WS=119065883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	119070411	rs194307	T	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=14;PP=409;SC=AAGTACAAATTAAAAAATTAT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=119070419;WS=119070401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	119070567	rs194308	A	T	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	119421163	.	T	TACACACACACAC,TACACACACACACAC	228.84	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0,0;NR=4,4;PP=89,81;SC=AAGGTTTGAATACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4,4;WE=119421171;WS=119421153;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chrX	119445015	rs3810749	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=3;PP=815;SC=TCCCGCTCTCCGGCTTTTGGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=119445023;WS=119445005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	119504439	rs2075099	G	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=232;SC=GAATAAGCAAGGACATACTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=119504447;WS=119504429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	119510144	rs3213723	C	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=116;SC=CCTGAGGAAGCATGACTGGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=119510152;WS=119510134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	119510456	rs3213724	G	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=144;SC=TTTCCAGAAAGCATTCAATTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=119510464;WS=119510446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	119590533	rs12097	T	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	120504847	.	T	G	48.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chrX	121376242	rs1970367	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=31;PP=1016;SC=TCAACTGTTGAAAAAGAATTT;SOR=1.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=121376250;WS=121376232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	122318386	rs58044961	A	AG	2884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=30;PP=2053;SC=TTTTAGGCGTACATGGCCAGG;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=44;WE=122318394;WS=122318376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	122336448	rs2285127	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=193;SC=AGGAGACCTATGGCCAGAAGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=122336456;WS=122336438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	122336600	rs11452643	T	TG	2130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=1265;SC=GTTCACCAGGTGGGCCCGCCA;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=33;WE=122336608;WS=122336590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	122338337	rs3752471	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=904;SC=AGTGAGCATCATGGAGGGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=122338345;WS=122338327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	122528803	rs550640	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=411;SC=TCATGATCCTTTCAATGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=122528811;WS=122528793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	122537277	rs502434	T	C	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=25;PP=1335;SC=GCTACTGGAATGAGTATGAAA;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=122537285;WS=122537267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	122537418	rs504096	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=33;PP=951;SC=GCAAGACTTCCGTTTTCTGAA;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=122537426;WS=122537408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	122758529	rs2072914	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=34;PP=1113;SC=ACCTACAGGAGAAAAATGTTT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=122758537;WS=122758519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	122765750	rs3764750	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=20;PP=580;SC=CCAAAGTGATTAAGAAGTCAT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=122765758;WS=122765740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	122805421	rs2105889	C	A	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	123040729	rs28382739	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=183;SC=TCATATCTCCCGGCACTTGTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=123040737;WS=123040719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	123041043	rs28382740	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=868;SC=CTAACTCTATAGTAGGCATGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=123041051;WS=123041033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	123195035	rs2297651	A	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=22;PP=1284;SC=GGCTAGTATGATAATTGTCTA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=123195043;WS=123195025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	123540315	rs960869	G	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=562;SC=ACGTTGCATTGGTCAGGTGTC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=123540323;WS=123540305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	123587110	rs2223416	C	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=16;PP=1221;SC=CATTCTACCTCATTTCTACAT;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=123587118;WS=123587100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	123615545	.	G	GTGTATATATATATA	862	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=48.13;NF=2;NR=0;PP=862;QD=435.5;SC=TGACCCAAGGGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=123615553;WS=123615535;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	123630790	rs3788774	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=212;SC=TCTACTGGCAGTGCTTTGTCT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=123630798;WS=123630780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	125954753	rs41309538	C	T	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=71;PP=2650;SC=CAGAGGATGACGCAGAGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=149;WE=125954761;WS=125954743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	125955644	rs2269776	A	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=487;SC=ACTTGAAACCACGTACCCTCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=125955652;WS=125955634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	128781864	rs3115758	C	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=51;PP=1592;SC=ACATAACCGCCGGGGGTGGGC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=128781872;WS=128781854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	128788390	rs5977130	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=143;SC=CTCGGGGCGCTCTGTCAATCT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=128788398;WS=128788380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	128788714	rs2281069	A	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=97;SC=GTGCGGGCGCAGAGCTCGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=128788722;WS=128788704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	128880614	rs3747343	T	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=19;PP=1065;SC=CCGAGATTCCTGCTGGAGGGC;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=128880622;WS=128880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	128881514	rs73225586	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=432;SC=GACTAACTTTGCCTGAATCAC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=128881522;WS=128881504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	128884332	rs1737130	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=14;PP=672;SC=GAAAGGGTTTCGCTGCTTTTT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=128884340;WS=128884322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	128885573	.	AG	A	130.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.83;QD=32.54;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	128885576	.	AAGGAAGG	A	130.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.83;QD=32.54;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	128888743	rs859576	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=105;SC=GAGCAGGGGGCGTTGGATGAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=128888751;WS=128888733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	128893249	rs859580	T	C	6967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=144;PP=2965;SC=CCTCACCACCTTCCCCCAAGG;SOR=1.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=91;TCR=145;TR=235;WE=128893257;WS=128893239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chrX	128895818	rs859584	A	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=171;SC=TAAAAGCCAGAGCCAATCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=128895826;WS=128895808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	128925156	rs5932684	T	G	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=230;SC=GTAAGAGAAATGAATGCTTAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=128925164;WS=128925146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	128948893	rs5932686	T	C	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	128975722	rs2275604	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=20;PP=932;SC=CAAAGTAACCATAATCAGGTA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=128975730;WS=128975712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	129147079	rs4830173	T	C	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=GGCTGAGGGCTTCTTGGTGCC;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=180;WE=129147087;WS=129147069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chrX	129498836	rs2235800	T	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=334;SC=TGGCCTAAATTCCCTTGTCTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=129498844;WS=129498826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	129505761	rs5930404	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=381;SC=TCAAATTAAGCAAAGAAACAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=129505769;WS=129505751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	129506685	rs7057748	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=184;SC=ATCCACCCACCTCGGCCTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=129506693;WS=129506675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	129506779	rs5932752	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=11;PP=603;SC=GATGCAGCTTGGAATAGCATA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=129506787;WS=129506769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	130217020	rs5932835	G	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=389;SC=TTCGCCCGCTGGGCAGAGCTC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=130217028;WS=130217010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	130220176	rs16999801	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=22;PP=874;SC=CCACAAGATCGTCCAGTCTAG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=130220184;WS=130220166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	130408737	.	T	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=38;PP=1508;SC=TTCTCCATCATGTTCTAGGAC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=130408745;WS=130408727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	130416958	rs5932877	C	T	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=40;PP=1539;SC=TCTTACCAGTCACCCAGATTT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=130416966;WS=130416948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	130420006	rs5930458	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=555;SC=TCCACAACTCTGGTTGAGGGT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=130420014;WS=130419996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	130420415	rs4495600	T	C	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=37;PP=1977;SC=ACTTACCTATTGATGTCATAC;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=109;WE=130420423;WS=130420405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	130423543	rs6637830	G	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=992;SC=TCACTGTATTGTGGGGGGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=130423551;WS=130423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	130678467	rs499030	A	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=68;PP=2697;SC=ATGGCCCAGTATGTGTCTGCT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=130678475;WS=130678457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	130678596	rs17316625	C	G	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.698;SC=TTCTCTCCCTCATTAAGCTGA;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=216;WE=130678604;WS=130678586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chrX	130678844	rs655415	A	C	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=61;PP=2563;SC=TCCAAGTCCTACCCTGACCAG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=134;WE=130678852;WS=130678834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	133379551	rs2428577	C	T	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	133511988	rs5978001	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=138;SC=GTTTTACTGTGATTAATTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=133511996;WS=133511978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	133699960	rs1982	T	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=331;SC=GCTATAGGTTTCTCTTTCTCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=133699968;WS=133699950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	133963268	rs45447592	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	134155904	rs62599865	G	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=20;PP=564;SC=GGCTGAGCTGGCACGAGAGGG;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=134155912;WS=134155894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	134156121	rs2475853	G	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=25;PP=1466;SC=CCAGAGCACCGGTCCCCAGGC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=134156129;WS=134156111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	134185997	rs2498776	T	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=16;PP=1110;SC=ATGTAGGAGCTCGTCTGCACG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=134186005;WS=134185987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	134421168	rs1129093	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	134493747	rs4829778	A	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=612;SC=CTGTCCAAGAAATCAGCCTAA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=134493755;WS=134493737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	134948034	rs2034920	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=26;PP=696;SC=TGCTGGTAACATTTCCTCCCA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=134948042;WS=134948024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	135055694	rs6635201	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=258;SC=CCCTTAGAAGTGCGCCCACAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=135055702;WS=135055684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	135056299	rs5974575	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	135390818	rs5930928	T	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=9;PP=361;SC=CTTTAAGCAATAGGAAAAAAC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=135390826;WS=135390808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	135426693	rs4829829	A	G	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=46;PP=2093;SC=GCATACCTATATTTGCAACTG;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=135426701;WS=135426683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	135426968	rs5930931	C	A	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=53;PP=2005;SC=TTTCAACCACCTACACCTTCT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=135426976;WS=135426958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	135429503	rs4829830	C	A	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=50;PP=2221;SC=GTTGATGAGACCACACCCTCA;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=135429511;WS=135429493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	135430044	rs877761	T	C	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=107;PP=2965;SC=CTCCCAGGACTGTGGAAATGA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=121;TCR=107;TR=228;WE=135430052;WS=135430034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chrX	135430483	rs912002	T	C	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=94;PP=2965;SC=AACTAAATCTTCTAAAACAAT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=186;WE=135430491;WS=135430473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chrX	135431236	rs5930932	T	C	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=63;PP=2965;SC=CACCAATTGCTTTTCTTCTAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=154;WE=135431244;WS=135431226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chrX	135431358	rs5930933	C	T	7923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=134;PP=2965;SC=CAACTCTACCCTCTTTGACAT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=139;TCR=134;TR=272;WE=135431366;WS=135431348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chrX	135435475	rs5903915	AT	A	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=366;SC=ACTAAAACTGATTTTTTTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=18;WE=135435483;WS=135435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	135438388	rs6635268	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=81;SC=ATGTAAGTCAATAGCTCTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=135438396;WS=135438378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	135474420	rs1329546	C	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=27;PP=1498;SC=CATTAACCACCTATGTTGTGA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=135474428;WS=135474410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	135474444	rs34255702	AGAT	A	4692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=33;PP=2919;SC=CCAGCATTTCAGATGATATGT;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=56;WE=135474454;WS=135474434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	135480126	rs5974595	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=55;PP=2141;SC=CCTCCATTTTTCTGGGAGTTG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=121;WE=135480134;WS=135480116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	135496398	rs5930942	G	A	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=59;PP=2337;SC=AACTGTTGACGCCATCTCTCA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=134;WE=135496406;WS=135496388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	135732629	rs41436550	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=187;SC=GAAACTGACAATGCCAATGTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=135732637;WS=135732619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	135961587	rs2011584	G	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.05;QD=27.66;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chrX	137749997	rs5976185	A	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=173;SC=TCTGTTGTGAATCTATGTGGG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=137750005;WS=137749987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	138067202	rs34825181	A	G	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=43;PP=2245;SC=TTCCTCCTGAAGAACTCAAAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=138067210;WS=138067192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	138067368	rs5974786	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=962;SC=TAAATGTTTCGCAGATTTACA;SOR=3.109;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=138067376;WS=138067358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	138678913	.	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CATCTTGCCCAGTTCATTTAA;SOR=0.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=98;WE=138678921;WS=138678903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chrX	138724725	rs926563	G	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=37;PP=1236;SC=TCAACGCAACGTTGATGAAAT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=138724733;WS=138724715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	138774209	rs4824861	C	T	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=48;PP=1730;SC=GTGCAGCCATCTGGGTTCTGG;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=138774217;WS=138774199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	138811003	rs2094702	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=455;SC=AGTGTGTTGCGTATCAAGTAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=138811011;WS=138810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	138825675	rs1268015	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=222;SC=GAAAGTATTATAAAAACAGTA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=138825683;WS=138825665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	138882172	rs10717380	AC	A	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=6.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.911;QD=11.29;ReadPosRankSum=3.062;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chrX	138897130	rs2491014	A	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=11;PP=332;SC=TGTGTCTCAGACAATCCTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=138897138;WS=138897120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	138899005	rs12838569	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=250;SC=AGGTGCAAGTGTAAATAAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=138899013;WS=138898995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	139099429	rs5907565	T	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=19;PP=893;SC=TGGGTATACATAAGGAGGTCA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=139099437;WS=139099419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	139099699	rs5909001	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=228;SC=CTAGCACAACCCCCTTCCTCA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=139099707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	139099828	rs5909002	T	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.395;NF=39;NR=18;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TCATAAAGGTTAAAAAACCCC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=57;WE=139099836;WS=139099816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chrX	139298295	rs396467	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=14.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQRankSum=-8.266;QD=2.65;ReadPosRankSum=-2.287;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,55:0.21:262
chrX	140271268	rs2038375	G	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GCGCACGGAGGCCTCGCAGGA;SOR=1.148;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=54;WE=140271276;WS=140271258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chrX	140785696	rs2983592	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=10.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-6.973;QD=0.64;ReadPosRankSum=-3.639;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,7:0.12:56
chrX	140785714	rs5953618	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.164;NF=19;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=-3.043;SC=TGGTCATTCACCAGTTCCTCT;SOR=2.070;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=21;WE=140785722;WS=140785704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chrX	140785739	rs149295712	A	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-7.467;QD=13.22;ReadPosRankSum=-2.016;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chrX	140785739	.	AAA	CAC	1397	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=56.05;NF=25;NR=8;PP=1397;QD=43.9535719655;SC=ATGTTCTTTTAAAGTTCCTCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=33;WE=140785749;WS=140785729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chrX	140785741	rs144554749	A	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-7.211;QD=12.78;ReadPosRankSum=-2.031;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chrX	140785855	rs146412887	A	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.022;NF=19;NR=31;PP=807;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGTTAAGAAAACAGGGAGAGG;SOR=0.663;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=50;WE=140785863;WS=140785845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chrX	140983031	rs176023	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=654;SC=AGGAGGCCCCACCCCACGCTG;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=36;WE=140983039;WS=140983021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	140983064	rs176024	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=19;PP=1196;SC=GCCCTGGTCAGCCTTGGCAGG;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=140983072;WS=140983054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	140983103	rs176025	C	T	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=39;PP=1880;SC=CCGACTTGCACTGTGGGAGTC;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=140983111;WS=140983093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	140983127	rs176026	G	A	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=50;PP=2216;SC=AGGACCTGAAGCATTTTGCGA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=140983135;WS=140983117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	140993264	rs176036	G	A	6121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=84;PP=2965;SC=CCTCAGAGTTGTCCTGAGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=137;TCR=84;TR=221;WE=140993272;WS=140993254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chrX	140993642	.	C	T	2421	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=70;NR=50;PP=2421;QD=20.4647601046;SC=CCTGAGAGTACTCAAAGTCCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=140993650;WS=140993632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	140993877	.	C	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=27;MQ=50.28;NF=17;NR=48;PP=2962;QD=20;SC=AGGGTTTTGCCCAGTCTCCTC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=214;TCF=74;TCR=140;TR=65;WE=140993892;WS=140993842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:149,65:0.30:214
chrX	140993884	.	C	T	1576	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=49.95;NF=26;NR=44;PP=1576;QD=23.0110173221;SC=TGCCCAGTCTCCTCTCCAGAT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=70;WE=140993892;WS=140993842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:129,70:0.35:199
chrX	140993926	.	C	T	951	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=27;MQ=41.43;NF=8;NR=25;PP=951;QD=29.8718549257;SC=CTCCACTTTACTGAGTCTTTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=33;WE=140993934;WS=140993895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:24,33:0.58:57
chrX	140994171	rs176047	C	G	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=93;PP=2965;SC=AGAGAACTCACAGTACTTTTG;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=119;TCR=93;TR=212;WE=140994179;WS=140994161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chrX	140994407	rs62611965	C	G	10540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=95;PP=2965;SC=TTTCCCCAGTCTCCTCTCCAG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=229;WE=140994427;WS=140994397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chrX	140994419	rs138268726	T	C	10912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=101;PP=2965;SC=CCTCTCCAGATTCCTATGACC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=144;TCR=101;TR=245;WE=140994427;WS=140994397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chrX	140994517	rs62611966	C	G	6922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;PP=2965;SC=CCAGTCTCCTCTCCAGATTCC;SOR=0.752;Source=Platypus;TCF=114;WE=140994525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chrX	140995315	rs56256227	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=47;PP=2043;SC=GTCTTCTCTCCATTTTCCTCA;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=140995323;WS=140995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	140996672	rs41300301	C	T	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=769;SC=CGAGTTTCTACGTGGTGGAGG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=140996680;WS=140996662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	141291732	.	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=37;PP=1125;SC=TCGGGGAGTCGTTGTCAACGT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=141291740;WS=141291722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	142121729	rs4825148	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=418;SC=CATTCCTTCTTATAAAGCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=142121737;WS=142121719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	142122058	rs62601929	T	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=509;SC=TCATCACCACTGATGGCGATG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=142122066;WS=142122048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	142967468	rs237520	T	G	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=59;PP=2552;SC=AGAATAAGTTTAGATATTTTG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=142967476;WS=142967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	144329104	rs6627085	A	G	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=101;PP=2965;SC=ACCAACCAGAATCATGGAACA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=114;TCR=101;TR=215;WE=144329112;WS=144329094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chrX	144329313	rs190583847	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=214;SC=GCCAGAGCCCACCGCCGCTTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=144329321;WS=144329303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	144904882	rs2748588	T	C	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=81;PP=2965;SC=GTCCAACTCCTCGAGTGACTG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=144904890;WS=144904872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chrX	147003564	rs1270092	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=9;PP=337;SC=GCTAATTCTATTCTTCATTTT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=147003572;WS=147003554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	147007220	rs25731	T	A	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=348;SC=TGTTTTTTTTTAATACTTTGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=147007228;WS=147007210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	147014960	rs4824232	C	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=6;PP=189;SC=TCTAAAAAGTCCCAAAGCTAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=147014968;WS=147014950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	147015021	rs4824233	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=142;SC=TAGTAATTCTCCATTTTGACT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=147015029;WS=147015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	147018146	rs25714	C	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=46;PP=1476;SC=TGTTACAGTGCGAATATTTTG;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=147018154;WS=147018136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	147019192	rs25700	G	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=182;SC=TATTTTGGATGTTTTCTCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=147019200;WS=147019182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	147026280	.	T	TTGGG	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=34;QD=58.0192521865;SC=GGCTTATAAATTGGGAAGAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=147026288;WS=147026277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	147026330	.	AC	A	33	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=33;QD=82.0308998699;SC=GCTTCTGTTAACCCTCTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=1;WE=147026338;WS=147026320;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chrX	147088249	rs764631	C	T	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=36;PP=1813;SC=AATCAGGTGGCAAAGCCTTGT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=98;WE=147088257;WS=147088239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	147733265	rs5904246	G	GA	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=8;PP=531;SC=CAAGGGAAGAGATTTTGCTTT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=147733273;WS=147733255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	147891558	rs11117555	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=359;SC=GGAATCCTGATATTCTACTTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=147891566;WS=147891548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	147919063	rs375432534	CAGTTA	C	856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=735;SC=AGTATTAGGTCAGTTAAGTTA;SOR=3.056;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=14;WE=147919075;WS=147919053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	148035344	rs10608807	GAC	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chrX	148037055	rs16994868	G	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=712;SC=GCTTTTAGTAGTAGTCTCTGT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=148037063;WS=148037045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	148055144	rs5980615	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=24;PP=901;SC=TCAGGTGAATAGCCTTTCTGC;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=148055152;WS=148055134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	148062377	rs12688573	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	148062498	rs5936462	C	G	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=79;SC=AAAAGATGTGCTTCAGAGTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=148062506;WS=148062488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	148615567	.	T	TAGG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	148622730	rs3747443	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=563;SC=GTCTCGGGGAGGCAGAGGACT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=148622738;WS=148622720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	148622745	rs3747442	T	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=16;PP=658;SC=AGGACTGTTCTTTCCTGTGGC;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=148622753;WS=148622735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	148627384	rs145921071	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.20;QD=31.07;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	148627504	rs200394392	C	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.67;QD=30.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	148628490	.	A	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.06;QD=31.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	148851571	.	G	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.51;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	149013727	rs5983916	A	G	6898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=108;PP=2965;SC=TCTGGGAAGCATTGAGTGTGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=133;TCR=108;TR=241;WE=149013735;WS=149013717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chrX	149613617	rs6526057	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=199;SC=AGGAATGTGGTTGACTCCACA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=149613625;WS=149613607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	149630848	rs507156	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=105;SC=GCTAGTCTCCTGCACTCCACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=149630856;WS=149630838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	149637925	.	CTG	C	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=15;MQ=56.04;NF=2;NR=0;PP=63;QD=33.0;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=149637934;WS=149637915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chrX	149862214	rs222346	A	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=120;SC=GCGCGAGGCCAGCCCGCCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=149862222;WS=149862204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	149887056	rs526164	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=115;SC=GTTTGGTGTCCTTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=149887064;WS=149887046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	149896019	rs3747313	G	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=405;SC=AAGGAATGCTGTCAATCAGAC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=149896027;WS=149896009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	150348228	rs1202874	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=20;PP=1256;SC=CTCCCTCCCTCGATATGTTTT;SOR=1.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=150348236;WS=150348218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	150349557	rs68058591	CCACCACTGGCCA	C	13325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=111;PP=2974;SC=CACCCTAAACCCACCACTGGC;SOR=0.826;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=68;TCR=118;TR=178;WE=150349576;WS=150349547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chrX	150349649	rs561077	A	G	10940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=215;PP=2965;SC=CCCTAAGCCCACTGCTGCTGA;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=174;TCR=216;TR=389;WE=150349657;WS=150349639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chrX	150789334	rs5904324	T	TA	1870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=19;PP=1169;SC=TTAACACAGATAAAAAAGTTT;SOR=1.217;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=35;WE=150789342;WS=150789324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	150789950	rs945815	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=251;SC=TCTCTTTTTACTAGAAACACA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=150789958;WS=150789940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	150794129	rs142544047	A	AC	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=185;SC=AAAAAGAAACAAACGGGCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=150794137;WS=150794119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	150867321	rs5925008	C	T	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=60;PP=2200;SC=TGGGCAGAGCCGTGGAGGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=116;WE=150867329;WS=150867311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	150869267	rs4323608	A	G	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=113;PP=2965;SC=GAGGCAGCGAACAGCCCCCAG;SOR=1.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=185;WE=150869275;WS=150869257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chrX	150911512	.	GT	AC	116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=58.12;NF=5;NR=1;PP=116;QD=28.2446458104;SC=ACATATATATGTATATATATA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=150911521;WS=150911502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	151080854	rs2245422	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=462;SC=CAGGACCTCTCGCCTCCTCCC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=151080862;WS=151080848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	151137958	rs138244068	A	G	292.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=273;SC=CTCTTCAAGTAGCAAGGGACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=151137966;WS=151137948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	151303393	rs210586	C	T	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=88;PP=2965;SC=TCTATGAAGACTATGCTTAGG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=175;WE=151303401;WS=151303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	151303596	rs210585	C	T	7876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=138;PP=2965;SC=TTCATAATTTCTTATGACACT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=272;WE=151303604;WS=151303586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chrX	151424488	rs60207108	G	GA	2647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=56;PP=2452;SC=TGAAAAGAGAGAAAACAATGT;SOR=2.140;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=60;WE=151424496;WS=151424478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	151514195	rs3830670	G	GA	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=1.734;SC=GCAAGGAAAAGAAAAAAAATA;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=19;WE=151514203;WS=151514185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chrX	151560868	rs5970292	G	A	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=115;PP=2965;SC=AAATCATGGTGCACAAAATTA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=67;TCR=116;TR=182;WE=151560876;WS=151560858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chrX	151817820	rs6627251	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1402;SC=CTATGGCCCCCTCTTCCGTAC;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=151817828;WS=151817810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	151821277	rs3810651	T	A	8063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=151;PP=2965;SC=TGACAGTATTTTTCCTACCGA;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=122;TCR=151;TR=273;WE=151821285;WS=151821267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chrX	151899760	rs2515830	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=5;PP=2267;SC=TGGGCCTCATATCACACGAGG;SOR=5.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=79;TCR=5;TR=83;WE=151899768;WS=151899750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	151909156	rs2515848	A	G	7826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=121;NR=158;PP=2965;SC=AGACAACCCAAAAGGGAAAAG;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=121;TCR=159;TR=279;WE=151909164;WS=151909146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chrX	151997273	rs2301188	A	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=38;PP=1403;SC=GTTGGTTACTACTGTCCTGTA;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=151997281;WS=151997263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	152083006	rs6526140	G	C	9822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chrX	152083012	rs6526141	G	A	9690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chrX	152083059	rs6526142	G	A	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=76;PP=2469;SC=CTTGGAGGCCGCACCAAAGGT;SOR=1.110;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=137;WE=152083067;WS=152083049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	152083089	rs6526143	T	G	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=56;PP=2022;SC=GCTCCCTGGTTTCCCAGGCTC;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=83;WE=152083097;WS=152083079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	152085503	rs12690074	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=647;SC=AGAGCATAGCGGGCACCTGAT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=152085511;WS=152085493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	152089039	rs2071258	G	A	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=44;PP=1605;SC=ATGAAAGGGTGGGTGGAGAGA;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=152089047;WS=152089029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	152090551	rs2071259	T	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=13;PP=1825;SC=CAGTATGCTGTCCTTATCCTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=78;WE=152090559;WS=152090541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	152090809	rs12558188	T	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=60;PP=1901;SC=AGGTAATCCATTGCGCTCATC;SOR=2.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=77;WE=152090817;WS=152090799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	152091153	rs2071261	A	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=32;PP=1842;SC=TGGCAGTAGCATGCCATTGTC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=152091161;WS=152091143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	152106850	rs5969927	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=319;SC=AGAAGCCCCAACCAGAACCCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=152106858;WS=152106840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	152132533	rs5925265	G	A	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.153;NF=87;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.725;SC=ATGTTCCTCCGCCACTTCCTC;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=187;WE=152132541;WS=152132523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chrX	152226542	rs6526155	T	C	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=57;PP=2863;SC=AGTTTTGATGTGAGGCCTTCC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=140;WE=152226550;WS=152226532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chrX	152482064	rs2233046	T	C	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=55;PP=2965;SC=CCCACTGGCCTTGGCTGCAAC;SOR=1.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=152;WE=152482072;WS=152482054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	152482198	rs2233045	G	A	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=113;PP=2965;SC=TGGTTTCAGCGAGGGCCCTTG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=232;WE=152482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chrX	152482917	rs2008160	T	C	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.91;NF=79;NR=121;PP=2965;SC=GAGGAGGAGGTGGCAGCCTGC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=79;TCR=122;TR=200;WE=152482925;WS=152482893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chrX	152609450	rs3213462	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=890;SC=TGCCCTGGCTTGTCATTCAGC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=152609458;WS=152609440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	152609668	rs3213463	T	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=71;PP=2396;SC=GCCAGAGGCCTAGGTGAGCTG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=152609676;WS=152609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	152610051	rs1467880	A	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=381;SC=TCACCTCTTGACCCTGGCATT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=152610059;WS=152610041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	152610108	rs1467881	G	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=24;PP=1121;SC=AAAGACTGATGAGCCCTGGGA;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=152610116;WS=152610098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	152610224	rs35024993	CGTGACCTCT	C	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=2957;SC=ATTATGGGAACGTGACCTCTG;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=30;WE=152610240;WS=152610214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	152610294	rs1467882	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=183;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=671;SC=GGGGCAGGGGACACATGGCTA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=152610302;WS=152610284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	152610947	rs3213465	T	C	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1137;SC=CTCTGGCTGTTGCCATAACCA;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=152610955;WS=152610937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	152610985	rs3213466	T	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CAGGCGTTCCTGTTTTAAATC;SOR=0.499;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=152610993;WS=152610975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chrX	152611190	.	GGGGGTCCCAGCTGAGCTCTTGGAGTTGAGGTTAGGGTTT	G	1221	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=67.16;NF=1;NR=7;PP=1221;QD=156.5;SC=GGTTAGGGTTGGGGGTCCCAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=152611236;WS=152611180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chrX	152613112	rs7066295	C	T	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=90;PP=2965;SC=CCTACGCCTGCGGCCAGTGCG;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=128;TCR=90;TR=218;WE=152613120;WS=152613102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chrX	152728003	rs3020967	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=700;SC=GCCAGCACCATGAGGTTCCCT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=152728011;WS=152727993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	152752077	rs62594117	C	A	11111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=256;NR=177;PP=2965;SC=TGCCCCACCCCTCCCTTGCAG;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=256;TCR=177;TR=433;WE=152752085;WS=152752058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chrX	152770402	rs2980053	A	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=60;PP=1811;SC=TCTGAAGGGGACACATGCTGG;SOR=2.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=77;WE=152770410;WS=152770392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	152771214	rs11363938	GA	G	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=483;SC=AGCATGGACTGAACCTCCTCG;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=152771222;WS=152771208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	152773615	rs5945215	G	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1262;SC=TTGAAGTAGGGTGCAGAGGCA;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=152773623;WS=152773605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	152807425	rs762733	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=38;PP=1115;SC=AAGGAAGCTCGGCTCCTGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=152807433;WS=152807415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	152807665	rs2980012	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=2;PP=1013;SC=GTTCCCCAGAAGGAGGAGGGC;SOR=5.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=37;WE=152807673;WS=152807655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	152807923	rs2980013	G	C	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=205;PP=2965;SC=GCCACCCTCCGGGCCAGCCTG;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=127;TCR=205;TR=332;WE=152807931;WS=152807913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chrX	152814373	rs2285034	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=525;SC=TAAGAAGTCATTGGGCGCCTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=152814381;WS=152814363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	152815089	rs3020949	A	G	12260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=203;PP=2965;SC=CCTACCTAGGAGACACCCACT;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=428;TCF=224;TCR=204;TR=427;WE=152815097;WS=152815079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chrX	152821887	rs3020957	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=543;SC=GTAGCCGAGCCCCCACACCCC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=152821895;WS=152821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	152825414	rs3020959	G	T	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=63;PP=1813;SC=GGCTGGCCAGGGGCACCCGGG;SOR=1.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=99;WE=152825422;WS=152825404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	152825433	rs2980018	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=52;PP=1552;SC=GGAGGACTTCAGGACACTGTT;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=152825441;WS=152825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	152830322	rs4243536	A	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=27;PP=2128;SC=GGGACCTTACACCAGGCAGAT;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=110;WE=152830330;WS=152830312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	152864477	rs199537978	G	GC	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.62;NF=3;NR=1;PP=52;SC=GGCGCCGGCTGCCCTCCGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=152864485;WS=152864467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	152864513	rs200645137	G	GC	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=291;SC=CCCCTCCGCCGCCTCCGGGGC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=152864521;WS=152864503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	152864609	rs201833882	G	GC	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=158;SC=CGCGGCGGGCGTGCCGCCCCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152864617;WS=152864599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	152909047	rs72616448	G	C	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=71;PP=1802;SC=GAGAGAGCCCGGCGCTGAAAT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=100;WE=152909055;WS=152909037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	152913814	rs7882888	C	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=28;PP=912;SC=CCAGGGGGTTCGGGATTCATT;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=152913822;WS=152913804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	152914603	rs7883986	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=326;SC=CCAAGTTGTCCAGGGTCATCT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=152914611;WS=152914593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	152938409	.	TACAC	T,TAC	3197.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.429;QD=26.43;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,19,93:0.16,0.77:121
chrX	152954025	rs384573	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	152989537	rs190031709	C	T	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=73;PP=1985;SC=CGGCCTGGCACACCGTCCCGG;SOR=2.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=100;WE=152989545;WS=152989527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	153031839	rs731416	TG	CC	9183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=107;PP=2947;SC=TCCTCTCACCTGACTTAGATC;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=82;TCR=109;TR=187;WE=153031848;WS=153031829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chrX	153036884	rs2266880	C	T	4991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=100;PP=2965;SC=GCCAGGCAGGCGGGGCAGGGT;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=153036892;WS=153036874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chrX	153037172	rs6643790	G	A	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=5;PP=157;SC=GCACTGTCCTGTCCTCCGTGA;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=153037180;WS=153037162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	153037275	rs6643644	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=487;SC=CAGAGTGGAGCGTGGGTGCGG;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=153037283;WS=153037265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	153037578	.	G	GGGTGGAGAAGGTGCGCTCGGTAGCAGCT	3630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=8;PP=2971;SC=GTCAGGGGAGGGGTGGGCTGT;SOR=0.846;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=15;WE=153037586;WS=153037568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	153037594	rs11156607	C	G	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=19;PP=1323;SC=GCTGTCCCCTCCGTCCCTGAG;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=153037602;WS=153037584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	153037779	rs2266881	G	A	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.711;SC=CGCAGGGGAGGGTAGGAGGGA;SOR=0.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=202;WE=153037787;WS=153037769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chrX	153038101	rs2266884	G	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=14;PP=975;SC=TCCCAAGGGGGACAGAGTGGC;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=153038109;WS=153038091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	153038516	rs5945161	C	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=1352;SC=CACTCCCATACGCCTCAGTGG;SOR=1.276;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=64;WE=153038524;WS=153038506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	153038661	rs2266885	G	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=41;PP=2215;SC=GCCGAGATGAGAGACCCCACT;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=117;WE=153038669;WS=153038651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	153039502	rs6643791	G	C	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=130;PP=2965;SC=TCAGCCGCGAGGGGCCTGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=88;TCR=132;TR=218;WE=153039510;WS=153039492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chrX	153039615	rs1543781	A	G	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=GGGGGCCAGCAGCTTAGGCTC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=190;WE=153039623;WS=153039605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chrX	153040910	.	G	GC	3874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=71;PP=2969;SC=CCACAGACCTGCCCCCATCGC;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=90;WE=153040918;WS=153040900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	153041544	rs5987155	T	C	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=77;PP=2522;SC=AGCAGCGAGATGCAGCGCGTG;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=144;WE=153041552;WS=153041534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	153045812	rs762652	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=99;PP=2965;SC=GAGCAGCCCACGACAGGCACC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=195;WE=153045820;WS=153045802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chrX	153047809	rs1981439	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=18;PP=496;SC=CCCCGCCCCCAGGTAACTGTG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=153047817;WS=153047799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	153048403	rs916001	T	C	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=109;PP=2965;SC=TGCGACTCTCTGCAGGTGCTG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=110;TCR=110;TR=219;WE=153048411;WS=153048393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chrX	153048656	rs201877372	CA	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chrX	153048657	rs2314343	A	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.346;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=378;ReadPosRankSum=0.440;SC=GTCCCCCCCCACCGCTCCCCA;SOR=2.019;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=37;WE=153048665;WS=153048646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chrX	153049389	rs3969088	A	G	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	153049389	.	AGA	GGG	1748	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=33;NR=34;PP=1748;QD=26.8875802218;SC=AAAGGCTGCAAGACATCTGCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=67;WE=153049399;WS=153049379;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,67:0.94:71
chrX	153049391	rs7052332	A	G	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.72;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	153049535	rs4898444	A	G	8341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chrX	153050984	rs1802092	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=54;PP=1571;SC=AGGCCCGGCTGTGGCTCCACC;SOR=2.185;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=153050992;WS=153050974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	153051907	rs2071122	G	A	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=105;PP=2965;SC=CTCGTAGCCTGGGGAGGCAAG;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=85;TCR=106;TR=190;WE=153051915;WS=153051897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chrX	153052649	rs2071123	C	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=36;PP=1039;SC=TTGGCCATCGCAACAGTCAGC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=153052669;WS=153052639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	153052661	rs2269482	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=27;PP=754;SC=ACAGTCAGCCAGAGGGACGGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=153052669;WS=153052639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	153053698	rs72198906	T	TG	1699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1489;SC=AAATGTTTCCTGAACACTAGA;SOR=3.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=153053706;WS=153053688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	153061775	rs2239714	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=585;SC=AGGGGCAGGAAGAGCGCATGG;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=153061783;WS=153061765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	153073752	rs3761532	T	C	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=42;PP=2965;SC=AGGTGGCCTGTCCTCTCTGGA;SOR=1.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=141;WE=153073760;WS=153073742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	153149708	rs77883713	G	GC	5189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=66;PP=2957;SC=ACTGCCCATCGTGGGATCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=68;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	153149715	rs6643650	C	G	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=64;PP=1890;SC=ATCGTGGGATCCTGAGCGCCT;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=87;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	153151277	rs56026845	C	G	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=640;SC=CATCTGGGGCCCCGCAGGTTA;SOR=0.725;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=35;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	153151280	rs143464562	G	GCC	1594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=1073;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTGGGGCCCCGCAGGTTACCC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chrX	153151284	rs199975679	GT	G	2919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=977;SC=GGCCCCGCAGGTTACCCCTCA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	153151423	rs58566947	G	GCGGC	376.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=484;SC=ACCGGGCCGGGACTCCCTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=153151431;WS=153151413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	153151456	rs12837217	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	153151461	rs12837218	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	153151467	rs199929222	CG	C	252.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=146;SC=GTGGTGTCGCCGGGGGATCGC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=153151475;WS=153151446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	153151491	rs36095229	GT	G	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=221;SC=CGCGGCCCGGGTCGCACGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=153151499;WS=153151481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	153170447	rs55712963	G	GC	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=865;SC=TACTGCCACCGACACGTGCAC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=153170455;WS=153170437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	153170980	rs56689668	T	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=22;PP=1474;SC=CCCGACTCCTTCCCAGCTGTG;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=153170988;WS=153170970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	153174819	rs11394527	T	TG	15142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=148;PP=2936;SC=CCACTCCCACTGGCCAAAGCC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=74;TCR=150;TR=220;WE=153174827;WS=153174809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chrX	153174867	rs11405331	T	TG	11305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.226;NF=42;NR=179;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.292;SC=AGCACACGTGTGGCCCCCTGA;SOR=0.894;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=43;TCR=183;TR=221;WE=153174877;WS=153174857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,357:0.99:361
chrX	153174993	rs41299128	C	T	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.191;NF=40;NR=78;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTCCGTCCTGCGGTGGGAAGG;SOR=1.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=118;WE=153175001;WS=153174983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chrX	153175053	rs56015121	G	GC	1183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=1191;SC=AGGGCCAGCAGCTCCGCGCCA;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=26;WE=153175061;WS=153175043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	153178459	rs5904376	G	GC	3080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=38;PP=1842;SC=CAGGGCCCCAGCCCTCAGGGA;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=46;WE=153178467;WS=153178449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	153186412	rs34153599	A	AG	2304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=34;PP=2101;SC=CTAGGGAGAGAGGCCTTTGCC;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=53;WE=153186420;WS=153186401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	153186484	rs11428457	T	TC	4183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=42;PP=2841;SC=GCGGTGTTCCTCCCCACTGTG;SOR=0.895;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=70;WE=153186492;WS=153186474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	153208197	rs11372702	T	TG	895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=1009;SC=CTTCCCCAGGTGGGACATCCC;SOR=5.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=25;WE=153208205;WS=153208196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	153210179	rs146096296	T	TG	2823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=46;PP=2010;SC=CCGCTGGGCCTGGGGCGGGGC;SOR=1.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=49;WE=153210187;WS=153210169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	153210195	.	G	GGC	3026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=41;PP=2016;SC=GGGGCTTTGAGCCCGACCCCC;SOR=2.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	153210199	rs377619070	GA	G	2963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=36;PP=1533;SC=CTTTGAGCCCGACCCCCGCAC;SOR=2.194;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	153215839	rs3027875	G	A	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=76;PP=2965;SC=GGCTGGGCCCGCAGTACACCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=94;TCR=76;TR=170;WE=153215847;WS=153215829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chrX	153277889	rs2239673	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=278;SC=GGCTGCCCCACGCCCTCAGCG;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=153277897;WS=153277887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	153278829	rs1059703	G	A	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=69;PP=2568;SC=GGCGGCCTCCGAATGCCCGGG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=148;WE=153278837;WS=153278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	153279858	rs5945174	G	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=130;SC=ATGGGGTCTCGCTTTGTTGGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=153279866;WS=153279848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	153284192	rs1059702	A	G	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=148;PP=2965;SC=GCAAAACGGAAAGGGGCGGGC;SOR=1.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=76;TCR=149;TR=224;WE=153284200;WS=153284182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chrX	153284483	rs1059701	G	A	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=2496;ReadPosRankSum=1.525;SC=CAGGGCTTGGGACCAGGCCGA;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=131;WE=153284491;WS=153284473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chrX	153482563	rs138416189	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQRankSum=-0.933;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chrX	153577719	rs7063300	G	A	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=40;PP=2044;SC=CCGGGGGCCCGGGTTGCCCAC;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=153577727;WS=153577709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chrX	153629155	rs12012747	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=27;PP=2119;SC=TACATCCCCAATCGTGGCCCT;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=153629163;WS=153629145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	153633359	rs1130929	G	C	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=166;PP=2965;SC=GAAGCAGGAGGGGGATGGCGC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=149;TCR=166;TR=315;WE=153633367;WS=153633349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chrX	153633953	rs1050094	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=487;SC=TCCAGGCTGCTCCAGGGTGCG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=153633961;WS=153633943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	153637305	rs2070807	T	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=13;PP=1321;SC=CCAGAGAGAGTGACGGTTCCT;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=153637313;WS=153637295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	153657083	rs28497482	A	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=26.19;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	153660041	rs11156577	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=231;SC=CACACAGTTGCGCTCCACCAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=153660049;WS=153660038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	153668022	rs370252579	CA	C	136.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chrX	153668172	rs68141802	A	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=30;PP=1521;SC=AAAAAGGGTGAAGAGGTTAAC;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=153668180;WS=153668162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	153714027	rs200846089	TG	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,26:0.15:169
chrX	153984215	rs201754562	C	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=2.397;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chrX	153994596	rs2728532	G	T	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=46;PP=1750;SC=ACAGTGGTACGCTGGATCCCA;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=99;WE=153994604;WS=153994586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	154009617	rs11318110	AG	A	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=28.62;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chrY	13310602	rs200323052	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.41;QD=43.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chrY	13310621	rs74943081	CC	AA	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.25;QD=42.49;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chrY	13310683	rs78176760	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.21;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chrY	13310719	rs79308907	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=41.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chrY	13310784	rs75891039	T	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.79;QD=41.36;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chrY	14475434	.	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrY	14475439	.	G	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrY	14475442	.	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrY	14475454	.	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chrY	14475462	.	A	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrY	14475464	.	T	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.00;QD=53.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475465	.	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475468	.	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	21154323	rs10465459	G	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9758;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=95;SC=AGATGGGGAAGTTTAGAAGAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=21154331;WS=21154313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chrY	21154569	rs17855271	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4